TWI596109B - 表現腫瘤相關抗原之癌症的胜肽疫苗 - Google Patents
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Description
本申請案依據提申於2007年2月21之美國臨時申請案號碼60/902,949主張優惠，其完整揭露納入於此作為參照。
本發明係關於生物科學之領域，更具體而言係關於癌症治療之領域。尤其，本發明係關於一種新穎的免疫原性胜肽，其作為癌疫苗極為有效，並關於一種用於治療及預防腫瘤之藥物，包含此種胜肽。
已有人證明CD8+細胞毒性T淋巴球(CTL)認識呈現在MHC第I類分子上之腫瘤相關抗原(TAA)所衍生的抗原決定基胜肽，並接著將該腫瘤細胞溶解。自從該MAGE家族之發現作為TAA之第1例，已有許多其他TAA使用免疫學方法被發現(Boon T.(1993)Int J Cancer 54：177-80.；Boon T.et al.,(1996)J Exp Med 183：725-9.；van der Bruggen P et al.,(1991)Science 254：1643-7.；Brichard V et al.,(1993)J Exp Med 178：489-95.；Kawakami Y et al.,(1994)J Exp Med 180：347-52.)。
其中一些TAA目前正在臨床開發作為免疫療法之標靶。目前已發現之TAA，包括MAGE(van der Bruggen P et al.,(1991)Science 254：1643-7.)、gp100(Kawakami Y et al.,(1994)J Exp Med 180：347-52.)、SART(Shichijo S et al.,(1998)J Exp Med 187：277-88.)，及NY-ESO-1(Chen Y.T.et al.,(1997)Proc.Natl.Acd.Sci.USA,94：1914-8.)。另一方面，已被證實特別是在腫瘤細胞會過度表現的某些基因產物，已顯示會被認識作為誘導細胞性免疫反應之標靶。此等基因產物，包括：p53(Umano Y et al.,(2001)Br J Cancer,84：1052-7.)、HER2/neu(Tanaka H et al.,(2001)Br J Cancer,84：94-9.)、CEA(Nukaya I et al.,(1999)Int.J.Cancer 80,92-7.)等。
雖然關於TAA之基礎研究及臨床研究已有顯著的進展(Rosenberg SA et al.,(1998)Nature Med,4：321-7.；Mukherji B.et al.,(1995)Proc Natl Acad Sci USA,92：8078-82.：Hu X et al.,(1996)Cancer Res,56：2479-83.)，但是目前僅有非常有限適於治療癌症的TAA候選者是可得的。於癌細胞中大量表現且表現受限於癌細胞之TAA，將有機會作為免疫治療標靶候選者。
HLA-A24及HLA-A0201均為日本及白種人(Caucasian)族群常見的HLA對偶基因(Date Y et al.,(1996)Tissue Antigen 47：93-101.；Kondo A et al.,(1995)J Immunol 155：4307-12.；Kubo RT et al.,(1994)J Immunol 152：3913-24.；Imanishi et al.,Proceeding of the eleventh International Histocompatibility Workshop and Conference Oxford University
Press,Oxford,1065(1992)；Williams F et al.,(1997)Tissue Antigen 49：129-33.)。因此，此等HLA對偶基因所呈現之癌抗原性胜肽，可能尤其在治療日本及白種人病患的癌症，有特別的效用。再者，已知暴露在高濃度的胜肽，會導致體外誘導低親和性CTL，且產生高水平的專一性胜肽/MHC複合體在抗原呈現細胞(APC)上，將有效地活化此等CTL(Alexander-Miller et al.,(1996)Proc Natl Acad Sci USA 93：4102-7.)。
最近，HLA第I類-結合胜肽序列可使用演算法預測(Jounal of Immunological Methods,(1995),Vol.185,pp.181-190,J.Immunol.,(1994),Vol.152,pp.163-175,Protein science,(2000),Vol.9,pp.1838-1846)。然而，很難說所預測之抗原決定基胜肽能截成適當大小並且與HLA分子一起表現在標靶細胞表面，並被CTL所認識。而且，演算法，例如BIMAS(http：//bimas.dcrt.nih.gov/cgi-bin/molbio/ken_parker_comboform)(Parker KC,et al.,(1994)J Immunol.；152(1)：163-75.；Kuzushima K,et al.,(2001)Blood.；98(6)：1872-81.))雖可顯示HLA分子結合胜肽，但是該提議的胜肽並不是十分的嚴密(rigorous)(Bachinsky MM,et.al.,Cancer Immun.2005 Mar 22；5：6.)。因此TAA篩選仍存有許多挑戰與困難。
最近於cDNA微陣列技術之發展，能夠建構出相較於正常細胞，惡性細胞之基因表現的完整概況(profile)(Okabe,H.et al.,(2001)Cancer Res.,61,2129-37.；Lin YM.et al.,(2002)Oncogene,21；4120-8.；Hasegawa S.et al.,(2002)Cancer Res 62：7012-7.)。此成就能容許對於癌細胞
之複雜天性以及致癌機轉更完整了解，並且促進識別出在腫瘤中表現調控失常之基因(Bienz M.et al.,(2000)Cell 103,311-20.)。於識別為在癌症中上調的抄本(transcript)中，已有以下者被發現：CDH3(GenBank Accession No.NM_001793；SEQ ID NO1、2)、PHA4(GenBank Accession No.L36645；SEQ ID NO3、4)、ECT2(GenBank Accession No.AY376439；SEQ ID NO5、6)、HIG2(GenBank Accession No.NM_013332；SEQ ID NO7、8)、INHBB(GenBank Accession No.NM_002193；SEQ ID NO9、10)、KIF20A(GenBank Accession No.NM_005733；SEQ ID NO11、12)、KNTC2(GenBank Accession No.AF017790；SEQ ID NO13、14)、TTK(GenBank Accession No.NM_003318；SEQ ID NO15、16)，及URLC10(GenBank Accession No.NM_017527；SEQ ID NO 17、18)。此等參考文獻之完整內容納入於此作為參照。這些基因是本案發明人等尤其關注的，在所分析的案例中，於各種癌組織的腫瘤細胞中表現尤其上調(見下述)。因此，得自於CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10之免疫原性胜肽，可能在選擇性殺死表現此種抗原之腫瘤細胞方面為有用。本發明著重於此點及其他需求。
由於細胞毒性藥物，例如M-VAC，時常會帶來嚴重的不良反應，因此，很清楚地，依據充分定性之作用機轉來注意選擇新穎的標靶分子，對於開發有效的而具副作用風險極小化之抗癌藥而言，應該是非常有助益的。為達此目標，先前已對各種癌症及正常的人類組織，進行了表現概況分析。此種
研究已引導發現了尤其在癌症中過度表現的多種基因(Lin YM,et al.,Oncogene.2002 Jun 13；21：4120-8.；Kitahara O,et al.,Cancer Res.2001 May 1；61：3544-9.；Suzuki C,et al.,Cancer Res.2003 Nov 1；63：7038-41.；Ashida S,Cancer Res.2004 Sep 1；64：5963-72.；Ochi K,et al.,Int J Oncol.2004 Mar；24(3)：647-55.；Kaneta Y,et al.,Int J Oncol.2003 Sep；23：681-91.；Obama K,Hepatology.2005 Jun；41：1339-48.；Kato T,et al.,Cancer Res.2005 Jul 1；65：5638-46.；Kitahara O,et al.,Neoplasia.2002 Jul-Aug；4：295-303.；Saito-Hisaminato A et al.,DNA Res 2002,9：35-45.)。此種識別為在各種癌症中過度表現之基因之例子，包括但不限於：CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10。CDH3先前曾被識別為過度表現在膀胱癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、胃癌、瀰漫型胃癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、胰臟癌、軟組織腫瘤，及睪丸癌。EPHA4已被識別於膀胱癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、子宮內膜異位症、瀰漫型胃癌、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌，及軟組織腫瘤。ECT2已被識別於膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、慢性骨髓性白血病(CML)、大腸直腸癌、食道癌、NSCLC、淋巴癌、前列腺癌、腎癌，及小細胞肺癌(SCLC)。HIG2已被識別於腎癌及SCLC。INHBB已被識別於膽管細胞癌、食道癌、NSCLC、腎癌、SCLC及軟組織腫瘤。KIF20A已被識別於膀胱癌、乳癌、膽管細胞癌、食道癌、NSCLC、胰臟癌、前列腺癌、腎癌，及SCLC。KNTC2已被識別於膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細
胞癌、CML、大腸直腸癌、食道癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC，及軟組織腫瘤。TTK已被識別於膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、食道癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、前列腺癌、SCLC，及軟組織腫瘤。URLC10已被識別於膀胱癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、食道癌、胃癌、NSCLC、骨肉瘤、胰臟癌及SCLC。
本發明基於發現可應用之免疫療法標靶。因為TAA常不具免疫原性(immunogenicity)，因此，發現適當標靶極具重要性。如上所述，CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10在許多癌症中已識別為上調控(up-regulated)。更具體而言，此等基因已使用基因體範圍的cDNA微陣列，使用基因表現數據量表而識別。如上所討論，CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10之表現已顯示在各種腫瘤細胞中，從胰臟癌細胞至腎細胞癌，尤為上調控。如表一，CDH3之表現有根據地：在34例膀胱癌中有26例升高、19例子宮頸癌中有17例升高、19例膽管細胞癌例均升高、34例大腸直腸癌中有30例升高、21例子宮內膜異位症中有20例升高、20例胃癌中有13例升高、8例瀰漫型胃癌中有7例升高、37例NSCLC中有36例升高、16例胰臟癌均為升高、21例軟組織腫瘤均為升高，且10例睪丸癌均為升高。
表一更證實了：
EPHA4之表現有根據地：在34例膀胱癌有14例升高、14例子宮頸癌有8例升高、25例膽管細胞癌有10例升高、15例子宮內膜異位症有5例升高、8例瀰漫型胃癌有5例升高、5例卵巢癌均升高、14例胰臟癌均升高、51例前列腺癌有20例升高、23例軟組織腫瘤有14例升高。
ECT2表現之表現有根據地：在19例膀胱癌有17例升高、12例乳癌有5例升高、14例子宮頸癌均升高、13例膽管細胞癌均升高、5例CML均升高、8例大腸直腸癌有7例升高、16例食道癌有12例升高、16例NSCLC有6例升高、10例淋巴癌有8例升高、1例胰臟癌有1例升高、13例前列腺癌有10例升高、6例腎癌有3例升高，及13例SCLC癌有12例升高。
HIG2之表現有根據地：在20例腎癌中有19例升高，及9例軟組織腫瘤中有7例升高。
INHBB之表現有根據地：在21例膽管細胞癌有10例升高、12例食道癌均升高、13例NSCLC有10例升高、24例腎癌有22例升高、14例SCLC癌有8例升高，及49例軟組織腫瘤有45例升高。
KIF20A之表現有根據地：在31例膀胱癌均升高、61例乳癌有38例升高、11例膽管細胞癌有10例升高、19例食道癌有7例升高、22例NSCLC有21例升高、6例卵巢癌均升高、36例前列腺癌有17例升高、11例腎癌有6例升高，及15例SCLC均升高。
KNTC2表現有根據地：在32例膀胱癌有30例升
高、56例乳癌有47例升高、所有10例子宮頸癌升高、22例膽管細胞癌有16例升高、37例CML有17例升高、10例大腸直腸癌有3例升高、46例食道癌有11例升高、19例NSCLC有15例升高、8例淋巴癌有7例升高、24例骨肉瘤有20例升高、5例卵巢癌有3例升高、所有2例胰臟癌升高、37例前列腺癌有15例升高、19例腎癌有14例升高、所有15例SCLC升高，及59例軟組織腫瘤有40例升高。
TTK表現有根據地：在所有27例膀胱癌均升高、30例乳癌有25例升高、16例子宮頸癌有15例升高、所有10例膽管細胞癌均升高、7例CML有5例升高、10例大腸直腸癌有6例升高、44例食道癌之24例升高、15例肝癌有8例升高、所有12例NSCLC均升高、所有6例淋巴癌均升高、16例骨原細胞瘤有13例升高、17例前列腺癌有12例升高、所有15例SCLC均升高，及33例軟組織腫瘤有16例升高。
URLC10表現有根據地：在所有29例膀胱癌均升高、16例子宮頸癌有15例升高、所有7例膽管細胞癌均升高、19例食道癌有7例升高、所有3例胃癌均升高、27例NSCLC有24例升高、19例骨肉瘤有15例升高、5例胰臟癌有4例升高、43例軟組織腫瘤有33例升高。
本發明至少部分基於識別此等基因(CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10)之基因產物之專一性抗原決定基胜肽，其具有誘導細胞毒性T淋巴球(CTL)之能力，該細胞毒性T淋巴球(CTL)對於對應的分子具專一性。如以下所述，使用得自於CDH3、EPHA4、ECT2、
HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK或URLC10A之HLA-A*2402或HLA-A*0201結合候選胜肽，來刺激正常提供者的周邊血液單核細胞(PBMC)。對抗經以各候選胜肽脈衝之HLA-A24或HLA-A2陽性標靶細胞，建立具專一性細胞毒性的CTL選殖體及/或細胞株。此等結果證實此等胜肽為HLA-A24或HLA-A2限制抗原決定基胜肽，能對抗表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK或URLC10之細胞，誘導有效能及專一性的免疫反應。
於是，本發明提供一種治療或預防方法，用於治療或預防與過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK或URLC10相關之疾病，例如癌症。此方法涉及以下步驟：對於需要的個體投予本發明之CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10多胜肽。投予該胜肽產生之誘導抗腫瘤免疫，係由投予此等多胜肽所誘導。因此，本發明提供誘導於一個體中之抗腫瘤免疫之方法，此方法涉及以下步驟：對於該個體投予CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10多胜肽，並提供一種藥學組合物，用於治療或預防與過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10相關之疾病，例如癌症，該藥學組合物包括CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10多胜肽。此種癌症包括但不限於：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、
NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤，及睪丸癌。
本發明尚提供一種用於預防手術後上述疾病復發之方法。
關於上述特定的標的及目標，熟習此項技藝之人士將瞭解，本發明的一個以上態樣能滿足某些目標，而其他一個以上態樣能滿足某些其他的目標。各目標並非均等地適用在本發明的各態樣中。所以，在此，此處之目標可視為本發明任一態樣的選擇。
本發明之額外的目標及特色，將由以下附圖、實施例及詳述而更為顯明。然而必需瞭解，上述本發明之發明內容以及以下的詳述，乃較佳實施形態，並非限制本發明或其他本發明的實施形態。尤其，雖本發明在此參照一些特定實施形態敘述，但應瞭解此等敘述僅為助於理解本發明，而非限制本發明。對於熟悉此項技藝之人士而言，可以在不悖離本發明精神及範疇，如附帶的申請專利範圍所述下進行各種修飾及應用。同樣地，本發明之其他目標、特色、益處及優點，將由此發明內容及以下所述某些實施形態，而更為顯明，且對於熟悉此項技藝之人士而言，為顯明的。此等目標、特色、益處及優點，將從附隨之實施例、資料、圖及所有來自於其等之合理推論，在單獨或考量納入之參考文獻之下而顯明。
+‧‧‧經胜肽脈衝之標靶
-‧‧‧無胜肽脈衝之標靶
R‧‧‧回應子
S‧‧‧刺激子
E‧‧‧效應子
T‧‧‧標靶
本發明之各種態樣及應用，對於熟悉此項技藝之人士而言，將於考慮對於本發明圖式簡單說明及本發明詳細敘
述及其較佳實施形態後，變得顯明：
第1圖顯示篩選抗原決定基胜肽之結果，證明CDH3-A24-10-332(SEQ ID NO：34)、CDH3-A24-10-470(SEQ ID NO：358)、CDH3-A24-9-513(SEQ ID NO：19)、CDH3-A24-9-406(SEQ ID NO：22)、CDH3-A24-10-807(SEQ ID NO：30)及CDH3-A24-10-655(SEQ ID NO：344)顯示有效的IFN-γ生產。“a”繪示陰性胜肽之例，其即使可能有與HLA-A*2402結合之活性，但沒有可偵測到的CTL誘導能力。“b”繪示CDH3-A24-10-332(SEQ ID NO：34)之CTL誘導能力。CDH3-A24-10-332(SEQ ID NO：34)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從顯示於加框井的陽性井#4建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之標靶細胞的專一性反應。“c”繪示CDH3-A24-10-470(SEQ ID NO：358)之CTL誘導能力。CDH3-A24-10-470(SEQ ID NO：358)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從於加框的井顯示之陽性井#4建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之標靶細胞的專一性反應。“d”繪示CDH3-A24-9-513(SEQ ID NO：19)之CTL誘導能力。CDH3-A24-9-513(SEQ ID NO：19)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，於左版面加框井所示之井#6，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。再者於中間版面從加框井所示之陽性井#5建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞
之專一性反應，“e”繪示CDH3-A24-9-406(SEQ ID NO：22)之CTL誘導能力。CDH3-A24-9-406(SEQ ID NO：22)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#2建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“f”繪示CDH3-A24-10-807(SEQ ID NO：30)之CTL誘導能力。CDH3-A24-10-807(SEQ ID NO：30)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示陽性井#5建立CTL細胞株及選殖體。對抗該胜肽導出之建立CTL選殖體，證明對抗經全長CDH3基因及HLA-A24分子兩者轉染之COS7的專一性的CTL活性(右下圖)，另一方面，製備經全長CDH3轉染但不經HLA-A24轉染之COS7，及經HLA-A24轉染但不經全長CDH3轉染之COS7，作為負對照。該CTL選殖體對抗經CDH3及HLA-A24兩者轉染之COS7顯示高專一性CTL活性。“g”繪示CDH3-A24-10-655(SEQ ID NO：344)之CTL誘導能力。CDH3-A24-10-655(SEQ ID NO：344)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#1建立CTL細胞株及選殖體。對抗該胜肽導出之建立CTL選殖體，證明對抗經全長CDH3基因及HLA-A24分子兩者轉染之COS7的專一性CTL活性(右下圖)。另一方面，製備經全長CDH3轉染但不經HLA-A24轉染之COS7，及經HLA-A24轉染但不經全長CDH3轉染之COS7，作為負對照。該CTL選殖體對抗經CDH3及HLA-A24兩者轉染之COS7顯示高專一性CTL活性。
第2圖顯示篩選抗原決定基胜肽之結果，進而證明Epha4-A24-9-453(SEQ ID NO：41)、Epha4-A24-9-5(SEQ ID NO：44)、Epha4-A24-9-420(SEQ ID NO：48)、Epha4-A24-9-869(SEQ ID NO：46)、Epha4-A24-10-24(SEQ ID NO：78)、Epha4-A02-9-501(SEQ ID NO：376)及Epha4-A02-9-165(SEQ ID NO：379)顯示有效的IFN-γ生產。“a”繪示陰性胜肽之例，其雖可能具與HLA結合之活性，但偵測不到CTL誘導能力。“b”繪示Epha4-A24-9-453(SEQ ID NO：41)之CTL誘導能力。藉由IFN-γ ELISPOT試驗，Epha4-A24-9-453(SEQ ID NO：41)證明相較於控制組之有效IFN-γ生產，及從加框井所示陽性井#3中建立的CTL細胞株，證明對抗經抗原決定基胜肽脈衝之標靶細胞的專一性反應。“c”繪示Epha4-A24-9-5(SEQ ID NO：44)之CTL誘導能力。Epha4-A24-9-5(SEQ ID NO：44)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#2建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“d”繪示Epha4-A24-9-420(SEQ ID NO：48)之CTL誘導能力。Epha4-A24-9-420(SEQ ID NO：48)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，於上版面之加框井顯示之井#6，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。再者，於中間版面加框井所示之陽性井#6建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“e”繪示Epha4-A24-9-869(SEQ ID NO：46)之CTL誘導能力。Epha4-A24-9-869(SEQ ID NO：46)相較於控
制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#5建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“f”繪示Epha4-A24-10-24(SEQ ID NO：78)之CTL誘導能力。Epha4-A24-10-24(SEQ ID NO：78)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#4建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“g”繪示Epha4-A02-9-501(SEQ ID NO：376)之CTL誘導能力。Epha4-A02-9-501(SEQ ID NO：376)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#8建立CTL細胞株及選殖體。以Cr-釋放試驗(CRA)測量經建立之CTL細胞株對抗經該胜肽脈衝之標靶細胞的細胞毒性活性(下圖)，且該CTL細胞株對於經該胜肽脈衝之標靶細胞，具非常有效的專一性細胞毒性活性。“h”繪示Epha4-A02-9-165(SEQ ID NO：379)之CTL誘導能力。Epha4-A02-9-165(SEQ ID NO：379)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#3建立CTL細胞株。以Cr-釋放試驗(CRA)測量經建立之CTL細胞株對抗經該胜肽脈衝之標靶細胞的細胞毒性活性(右圖)，且該CTL細胞株對於經該胜肽脈衝之標靶細胞，具非常有效的專一性細胞毒性活性。
第3圖顯示篩選抗原決定基胜肽之結果，進而證明ECT2-A24-9-515(SEQ ID NO：80)、ECT2-A24-10-40(SEQ ID NO：100)及ECT2-A24-10-101(SEQ ID NO：101)顯示有效的
IFN-γ生產。“a”繪示陰性胜肽之例，其雖可能具與HLA結合之活性，但偵測不到CTL誘導能力。“b”繪示ECT2-A24-9-515(SEQ ID NO：80)之CTL誘導能力。ECT2-A24-9-515(SEQ ID NO：80)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產。左版面之加框井中的井#5及#7，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。再者。從第2版面之加框井所示之陽性井#7建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。CTL細胞株對抗內生性表現ECT2及HLA-A24之癌細胞株TE6的細胞毒性活性，以Cr-釋放試驗(CRA)測量，且該CTL選殖體對抗TE6具有效的細胞毒性活性。另一方面，該效應子細胞未證明對抗僅表現ECT2之癌細胞株TE5，CTL之細胞毒性活性。“c”繪示ECT2-A24-10-40(SEQ ID NO：100)之CTL誘導能力。ECT2-A24-10-40(SEQ ID NO：100)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#2建立CTL細胞株及選殖體。對抗該胜肽導出之建立CTL選殖體，證明對抗經全長ECT2基因及HLA-A24分子兩者轉染之COS7的專一性CTL活性。另一方面，製備經全長ECT2轉染但不經HLA-A24轉染之COS7、經HLA-A24及URLC10基因轉染以取代全長ECT2轉染之COS7，及經HLA-A24轉染並經ECT2-10-101脈衝之COS7，作為負對照。該CTL選殖體對抗經ECT2及HLA-A24兩者轉染之COS7，顯示高專一性CTL活性。“d”繪示ECT2-A24-10-101(SEQ ID NO：101)之CTL誘導能力。
ECT2-A24-10-101(SEQ ID NO：101)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#1建立CTL細胞株。對抗該胜肽導出之建立CTL細胞株，證明對抗經全長ECT2基因及HLA-A24分子兩者轉染之COS7的專一性CTL活性。製備經全長ECT2轉染但不經HLA-A24轉染之COS7、經HLA-A24及URLC10基因轉染取代全長ECT2之COS7，及經HLA-A24轉染並經ECT2-10-40脈衝之COS7，作為負對照。該CTL選殖體對抗經ECT2及HLA-A24兩者轉染之COS7，顯示高專一性CTL活性。
第4圖顯示篩選抗原決定基胜肽之結果，進而證明HIG2-A24-9-19(SEQ ID NO：110)、HIG2-A24-9-22(SEQ ID NO：111)、HIG2-A24-9-8(SEQ ID NO：387)、HIG2-A24-10-7(SEQ ID NO：112)、HIG2-A24-10-18(SEQ ID NO：394)、HIG2-A02-9-15(SEQ ID NO：116)、HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)及HIG2-A02-10-8(SEQ ID NO：121)顯示有效的IFN-γ生產。“a”繪示陰性胜肽之例，其雖可能具與HLA結合之活性，但偵測不到CTL誘導能力。“b”繪示HIG2-A24-9-19(SEQ ID NO：110)之CTL誘導能力。HIG2-A24-9-19(SEQ ID NO：110)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，並且從加框井所示之陽性井#6建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“c”繪示HIG2-A24-9-22(SEQ ID NO：111)之CTL誘導能力。相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#7建立之CTL細胞株及選殖體，證明
對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“d”繪示HIG2-A24-9-8(SEQ ID NO：387)之CTL誘導能力。HIG2-A24-9-8(SEQ ID NO：387)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#5建立之CTL細胞株及選殖體，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“e”繪示HIG2-A02-9-8(SEQ ID NO：114)之CTL誘導能力。HIG2-A02-9-8(SEQ ID NO：114)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#10建立CTL細胞株。該對抗該胜肽導出之建立CTL細胞株，證明對抗經全長HIG2基因及HLA-A02分子兩者轉染之293T的專一性CTL活性。製備經全長HIG2轉染但不經HLA-A02轉染之293T、經HLA-A02及FoxP3基因轉染取代全長HIG2之293T，及經HLA-A02轉染並經HIG2-9-15脈衝之293T，作為負對照。該CTL細胞株對抗經HIG2及HLA-A02兩者轉染之293T顯示高專一性CTL活性。“f”繪示HIG2-A24-10-7(SEQ ID NO：112)之CTL誘導能力。HIG2-A24-10-7(SEQ ID NO：112)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#1及#7建立之CTL細胞株或選殖體，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“g”繪示HIG2-A24-10-18(SEQ ID NO：394)之CTL誘導能力。HIG2-A24-10-18(SEQ ID NO：394)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽
性井#7建立之CTL細胞株及選殖體，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“h”繪示HIG2-A02-9-15(SEQ ID NO：116)之CTL誘導能力。HIG2-A02-9-15(SEQ ID NO：116)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#10建立CTL細胞株。該對抗該胜肽導出之建立CTL細胞株，證明對抗經全長HIG2基因及HLA-A02分子轉染之COS7的專一性CTL活性。製備經全長HIG2轉染但不經HLA-A02轉染之COS7，及經HLA-A02並經HIG2-9-8胜肽脈衝之COS7，作為負對照。該CTL細胞株對抗經HIG2及HLA-A02兩者轉染之COS7，顯示高專一性CTL活性。“i”繪示HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)之CTL誘導能力。HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#10建立CTL細胞株及選殖體。該對抗於該胜肽導出之建立CTL細胞株，證明對抗經全長HIG2基因及HLA-A02分子兩者轉染之COS7的專一性CTL活性(中間圖)。又，製備經全長HIG2轉染但不經HLA-A02轉染之COS7、經HLA-A02及TTK基因轉染取代全長HIG2之COS7，及經HLA-A02轉染並經HIG2-9-8脈衝之COS7，作為負對照。CTL選殖體對抗經全長HIG2基因及HLA-A02分子兩者轉染之293T，及對抗內生性表現HIG2及HLA-A02之癌細胞株Caki-1，之細胞毒性活性，以Cr-釋放試驗(CRA)測量(下圖)，且該CTL選殖體對抗經HIG2基因及HLA-A02兩者轉染之轉染物，及對抗Caki-1，
具有效的細胞毒性活性。另一方面，該效應子細胞未證明對抗僅以HIG2轉染或僅以HLA-A02轉染之293T，CTL細胞株之細胞毒性活性，並且未偵測到僅表現HIG2之癌細胞株A498。“j”繪示HIG2-A02-10-8(SEQ ID NO：121)之CTL誘導能力。HIG2-A02-10-8(SEQ ID NO：121)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#9建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。
第5圖顯示篩選抗原決定基胜肽之結果，證明INHBB-A24-9-180(SEQ ID NO：395)、INHBB-A24-10-180(SEQ ID NO：133)、INHBB-A24-10-305(SEQ ID NO：135)、INHBB-A24-10-7(SEQ ID NO：137)，及INHBB-A24-10-212(SEQ ID NO：426)顯示有效的IFN-γ生產。“a”繪示陰性胜肽之例，其雖可能具與HLA結合之活性，但偵測不到CTL誘導能力。“b”繪示INHBB-A24-9-180(SEQ ID NO：395)之CTL誘導能力。INHBB-A24-9-180(SEQ ID NO：395)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#7建立CTL細胞株及選殖體。經建立之CTL選殖體對抗表現INHBB及HLA-A02兩者之腫瘤細胞Miapaca2的細胞毒性活性，以Cr-釋放試驗(CRA)測量，且該效應子細胞顯示對抗Miapaca2之高專一性細胞毒性活性。另一方面，對於表現INHBB但不表現HLA-A02之Caki-1，未顯示顯著的專一性細胞毒性活性。“c”繪示INHBB-A24-10-180(SEQ ID NO：133)之CTL誘導能力。INHBB-A24-10-180(SEQ ID NO：133)
相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#3，建立CTL細胞株。從對抗該胜肽導出之該建立CTL細胞株，證明對抗經全長INHBB基因及HLA-A24分子兩者轉染之293T，顯示高專一性CTL活性。並且，製備經全長INHBB轉染但不經HLA-A24轉染之293T，及經HLA-A24轉染並經INHBB-10-305胜肽脈衝之293T，作為負對照。“d”繪示INHBB-A24-10-305(SEQ ID NO：135)之CTL誘導能力。INHBB-A24-10-305(SEQ ID NO：135)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#2建立CTL細胞株及選殖體。從對抗該胜肽導出之建立CTL選殖體，證明對抗經全長INHBB基因及HLA-A24分子轉染之293T，顯示高專一性CTL活性。並且，製備經全長INHBB轉染但不經HLA-A24轉染之293T，及經HLA-A24轉染並經INHBB-10-180胜肽脈衝之293T，作為負對照。“e”繪示INHBB-A24-10-7(SEQ ID NO：137))之CTL誘導能力。INHBB-A24-10-7(SEQ ID NO：137)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產。且從上版面之加框井所示之陽性井#8，及下版面之加框井所示之#2，建立CTL細胞株。來自於#8井之該CTL細胞株，證明對抗經全長INHBB基因及HLA-A24分子兩者轉染之293T，顯示專一性的CTL活性。並且，製備經全長INHBB轉染但不經HLA-A24轉染之293T，及經HLA-A24轉染並經INHBB-10-40胜肽脈衝之293T，作為負對照。“f”繪示INHBB-A24-10-212(SEQ ID NO：426)之CTL誘導能力。INHBB-A24-10-212(SEQ ID NO：426)
相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#1建立CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。
第6圖顯示篩選抗原決定基胜肽之結果，證明KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)、KIF20A-A24-9-383(SEQ ID NO：178)、KIF20A-A24-10-66(SEQ ID NO：194)及KIF20A-A24-9-305(SEQ ID NO：174)顯示有效的IFN-γ生產。“a”繪示陰性胜肽之例，其雖可能具與HLA結合之活性，但偵測不到CTL誘導能力。“b”繪示KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)之CTL誘導能力。KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，下右版面之加框井所示之井#5，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。再者，於上左版面從加框井所示之陽性井#5建立之CTL細胞株及選殖體，亦證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。對抗該胜肽導出之建立CTL選殖體，證明對抗經全長KIF20A基因轉染之24-LCL，顯示專一性的CTL活性。又，製備經仿製載體(mock vector)轉染之A24-LCL，作為負對照。CTL選殖體對抗表現KIF20A及HLA-A24兩者之腫瘤細胞Miapaca2的細胞毒性活性，以Cr-釋放試驗(CRA)測量，且該CTL選殖體對抗Miapaca2具有非常有效的專一性細胞毒性活性(下右圖)。另一方面，對抗表現KIF20A但不表現HLA-A24之PK59，未顯示顯著的專一性細胞毒性活性。“c”繪示KIF20A-A24-9-383(SEQ ID NO：178)之CTL誘導能力。
KIF20A-A24-9-383(SEQ ID NO：178)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產。於右版面之加框井所示之井#3及4，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。再者，從左版面之加框井所示之陽性井#3建立之CTL細胞株，亦證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。該建立之CTL細胞株，證明對抗經全長KIF20A基因及HLA-A24分子兩者轉染之COS7，顯示高專一性CTL活性。並且，製備經全長KIF20A轉染但不經HLA-A24轉染之COS7，及經HLA-A24轉染並經KIF20A-9-621胜肽脈衝之COS7，作為負對照。“d”繪示KIF20A-A24-10-66(SEQ ID NO：194)之CTL誘導能力。KIF20A-A24-10-66(SEQ ID NO：194)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從上左版面加框井所示之陽性井#6及從下中版面加框井所示之#3所建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。以極限稀釋從#6井得到之CTL細胞株中選出之CTL選殖體，證明對抗該標靶細胞具專一性CTL活性。該建立之CTL選殖體對抗經全長KIF20A基因及HLA-A24分子兩者轉染之COS7，顯示專一性的CTL活性。並且，製備經全長KIF20A轉染但不經HLA-A24轉染之COS7、經HLA-A24及URLC10基因轉染取代全長KIF20A之COS7，及經HLA-A24轉染並經KIF20A-10-308胜肽脈衝之COS7，作為負對照。“e”繪示KIF20A-A24-9-305(SEQ ID NO：174)之CTL誘導能力。KIF20A-A24-9-305(SEQ ID NO：174)相較於控制組，以IFN-γ
ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從上左版面之加框井所示之陽性井#2及下中版面之加框井所示之#6，建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。再者，以極限稀釋從#2井之CTL細胞株選出之CTL選殖體，證明對抗該標靶細胞之專一性的CTL活性。CTL選殖體對抗表現KIF20A及HLA-A24兩者之腫瘤細胞PK45P的細胞毒性活性，以Cr-釋放試驗(CRA)測量，且CTL選殖體對抗PK45P具非常有效的細胞毒性活性。另一方面，對抗表現KIF20A但不表現HLA-A24之PK59，不具顯著的專一性細胞毒性活性。
第7圖顯示篩選抗原決定基胜肽之結果，證明KNTC2-A24-9-309(SEQ ID NO：196)、KNTC2-A24-9-124(SEQ ID NO：202)、KNTC2-A24-9-154(SEQ ID NO：210)、KNTC2-A24-9-150(SEQ ID NO：213)、KNTC2-A24-10-452(SEQ ID NO：214)、KNTC2-A24-10-227(SEQ ID NO：217)及KNTC2-A24-10-273(SEQ ID NO：223)顯示有效的IFN-γ生產。“a”繪示陰性胜肽之例，其雖可能具與HLA結合之活性，但偵測不到CTL誘導能力。“b”繪示KNTC2-A24-9-309(SEQ ID NO：196)之CTL誘導能力。KNTC2-A24-9-309(SEQ ID NO：196)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#8建立CTL之細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“c”繪示KNTC2-A24-9-124(SEQ ID NO：202)之CTL誘導能力。KNTC2-A24-9-124(SEQ ID NO：202)相較於控制組，以IFN-γ
ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#5建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“d”繪示KNTC2-A24-9-154(SEQ ID NO：210)之CTL誘導能力。KNTC2-A24-9-154(SEQ ID NO：210)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#5建立之CTL細胞株及選殖體，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“e”繪示KNTC2-A24-9-150(SEQ ID NO：213)之CTL誘導能力。KNTC2-A24-9-150(SEQ ID NO：213)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#7建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“f”繪示KNTC2-A24-10-452(SEQ ID NO：214)之CTL誘導能力。KNTC2-A24-10-452(SEQ ID NO：214)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從上左版面之加框井所示之陽性井#4及中間版面之加框井所示之#5，建立之CTL細胞株及選殖體，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。再者，藉由極限稀釋從#5井之CTL細胞株選出之CTL選殖體，證明對抗該標靶細胞之專一性CTL活性。該從#4井之建立CTL細胞株，對抗經全長KNTC2基因及HLA-A24分子兩者轉染之HEK293，顯示專一性的CTL活性。並且，經全長KNTC2轉染但不經HLA-A24轉染之HEK293、經HLA-A24轉染但不經全長KNTC2轉染之HEK293，及經
HLA-A24轉染並經KNTC-9-309胜肽脈衝之HEK293，製備作為負對照。“g”繪示KNTC2-A24-10-227(SEQ ID NO：217)之CTL誘導能力。KNTC2-A24-10-227(SEQ ID NO：217)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#1建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“h”繪示KNTC2-A24-10-273(SEQ ID NO：223)之CTL誘導能力。KNTC2-A24-10-273(SEQ ID NO：223)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#8建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。
第8圖顯示篩選抗原決定基胜肽之結果，證明TTK-A02-9-462(SEQ ID NO：227)、TTK-A02-9-719(SEQ ID NO：233)、TTK-A02-9-547(SEQ ID NO：228)及TTK-A02-10-462(SEQ ID NO：254)顯示有效的IFN-γ生產。“a”繪示陰性胜肽之例，其雖可能具與HLA結合之活性，但偵測不到CTL誘導能力。“b”繪示TTK-A02-9-462(SEQ ID NO：227)之CTL誘導能力。TTK-A02-9-462(SEQ ID NO：227)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#4建立之CTL細胞株及2個選殖體，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。該建立的CTL選殖體，對抗經全長TTK基因及HLA-A02分子轉染之COS7，顯示高專一性CTL活性。並且，製備經全長TTK轉染但不經HLA-A02轉染之COS7、經HLA-A02轉染
但不經全長TTK轉染之COS7，及經HLA-A02轉染並經TTK-9-547胜肽脈衝之COS7，作為負對照。“c”繪示TTK-A02-9-719(SEQ ID NO：233)之CTL誘導能力。TTK-A02-9-719(SEQ ID NO：233)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#1建立CTL細胞株及選殖體。該建立之CTL細胞株，對抗經全長TTK基因及HLA-A02分子兩者轉染之COS7，顯示高專一性CTL活性。並且，製備經全長TTK轉染但不經HLA-A02轉染之COS7，及經HLA-A02及HIG2基因轉染取代全長TTK之COS7，作為負對照。“d”繪示TTK-A02-9-547(SEQ ID NO：228)之CTL誘導能力。TTK-A02-9-547(SEQ ID NO：228)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#2建立CTL細胞株及選殖體。該建立之CTL細胞株對抗經全長TTK基因及HLA-A02分子兩者轉染之COS7，顯示專一性的CTL活性。並且，製備經全長TTK轉染但不經HLA-A02轉染之COS7、經HLA-A02轉染但不經全長TTK轉染之COS7，及經HLA-A02轉染並經TTK-10-462脈衝之COS7，作為負對照。“e”繪示TTK-A02-10-462(SEQ ID NO：254)之CTL誘導能力。TTK-A02-10-462(SEQ ID NO：254)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，並從加框井所示之陽性井#8建立CTL細胞株及3個選殖體。該建立之CTL選殖體，對抗經全長TTK基因及HLA-A02分子兩者轉染之COS7，顯示專一性的CTL活性。並且，製備經全長TTK轉染但不經
HLA-A02轉染之COS7、經HLA-A02轉染但不經全長TTK轉染之COS7，及經HLA-A02轉染並經TTK-9-547胜肽脈衝之COS7，作為負對照。
第9圖顯示篩選抗原決定基胜肽之結果，證明URLC10-A02-9-206(SEQ ID NO：271)、URLC10-A02-9-212(SEQ ID NO：272)及URLC10-A02-10-211(SEQ ID NO：288)顯示有效的IFN-γ生產。“a”繪示陰性胜肽之例，其雖可能具與HLA結合之活性，但偵測不到CTL誘導能力。“b”繪示URLC10-A02-9-206(SEQ ID NO：271)之CTL誘導能力。URLC10-A02-9-206(SEQ ID NO：271)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#7建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“c”繪示URLC10-A02-9-212(SEQ ID NO：272)之CTL誘導能力。URLC10-A02-9-212(SEQ ID NO：272)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#3建立之CTL細胞株，證明對抗經該抗原決定基胜肽脈衝之該標靶細胞之專一性反應。“d”繪示URLC10-A02-10-211(SEQ ID NO：288)之CTL誘導能力。URLC10-A02-10-211(SEQ ID NO：288)相較於控制組，以IFN-γ ELISPOT試驗證明有效能的IFN-γ生產，且從加框井所示之陽性井#5建立CTL細胞株及選殖體。“e”(接續d)，建立之CTL選殖體對抗COS7、Hek293及293T，顯示高專一性CTL活性，該COS7、Hek293及293T係經全長URLC10基因及HLA-A02
分子兩者轉染。並且，製備經全長URLC10轉染但不經HLA-A02轉染之COS7、Hek293或293T，及經HLA-A02轉染並經URLC10-10-64脈衝之COS7、Hek293或293T，作為負對照。
本發明中，在此使用之"一"及"該"，除非特別指明，否則意指"至少一"。
除非另外定義，不然所有此處使用之科技及科學用語，與熟悉本發明所屬技術領域之人士一般瞭解之意義相同。
本發明係部分基於發現可應用之免疫療法的標靶。識別新的TAA，尤其誘導有效能及專一性抗腫瘤免疫反應之TAAs，能擔保未來對付各種形式癌症之胜肽疫苗策略之臨床應用開發(Boon T et al.,(1996)J Exp Med 183：725-9.；van der Bruggen P et al.,(1991)Science 254：1643-7.；Brichard V et al.,(1993)J Exp Med 178：489-95.；Kawakami Y et al.,(1994)J Exp Med 180：347-52.；Shichijo S et al.,(1998)J Exp Med 187：277-88.；Chen YT et al.,(1997)Proc.Natl.Acd.Sci.USA,94：1914-8.；Harris CC,(1996)J Natl Cancer Inst 88：1442-55.；Butterfield LH et al.,(1999)Cancer Res 59：3134-42.；Vissers JL et al.,(1999)Cancer Res 59：5554-9.；van der Burg SH et al.,(1996)J.Immunol 156：3308-14.；Tanaka F et al.,(1997)Cancer Res 57：4465-8.；Fujie T et al.,(1999)Int J Cancer 80：169-72.；Kikuchi M et al.,(1999)Int J Cancer 81：459-66.；Oiso
M et al.,(1999)Int J Cancer 81：387-94.)。因為TAA時常不具免疫原性，因此，發現適合的標靶為極重要的課題。
如上所述，以下序列有人先前曾使用cDNA微陣列技術，識別在各種癌症中為過度表現的：CDH3(GenBank Accession No.NM_001793；SEQ ID NO1、2)、EPHA4(GenBank Accession No.L36645；SEQ ID NO3、4)、ECT2(GenBank Accession No.AY376439；SEQ ID NO5、6)、HIG2(GenBank Accession No.NM_013332；SEQ ID NO7、8)、INHBB(GenBank Accession No.NM_002193；SEQ ID NO 9、10)、KIF20A(GenBank Accession No.NM_005733；SEQ ID NO 11、12)、KNTC2(GenBank Accession No.AF017790；SEQ ID NO 13、14)、TTK(GenBank Accession No.NM_003318；SEQ ID NO 15、16)，及URLC10(GenBank Accession No.NM_017527；SEQ ID NO 17、18)。
於本發明，衍生自CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2,TTK或URLC10之胜肽，顯示為HLA-A24及HLA-A2所限制之TAA抗原決定基，該HLA-A24及HLA-A2乃日本及白種人族群中常現的HLA對偶基因。具體而言，使用對於HLA-A24或HLA-A2之結合親和性，來識別衍生自CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK或URLC10之HLA-A24或HLA-A2結合胜肽候選者。於經過以載有此等胜肽之樹突細胞(DC)對於T細胞進行
體外刺激後，成功地使用以下胜肽建立CTL。
CDH3-A24-9-513(SEQ ID NO：19)、CDH3-A24-9-406(SEQ ID NO：22)、CDH3-A24-10-807(SEQ ID NO：30)、CDH3-A24-10-332(SEQ ID NO：34)、CDH3-A24-10-655(SEQ ID NO：344)、CDH3-A24-10-470(SEQ ID NO：358)、EphA4-A24-9-453(SEQ ID NO：41)、EphA4-A24-9-5(SEQ ID NO：44)、EphA4-A24-9-869(SEQ ID NO：46)、EphA4-A24-9-420(SEQ ID NO：48)、EphA4-A24-10-24(SEQ ID NO：78)、EphA4-A02-9-501(SEQ ID NO：376)、EphA4-A02-9-165(SEQ ID NO：379)、ECT2-A24-9-515(SEQ ID NO：80)、ECT2-A24-10-40(SEQ ID NO：100)、ECT2-A24-10-101(SEQ ID NO：101)、HIG2-A24-9-19(SEQ ID NO：110)、HIG2-A24-9-22(SEQ ID NO：111)、HIG2-A24-9-8(SEQ ID NO：387)、HIG2-A24-10-7(SEQ ID NO：112)、HIG2-A24-10-18(SEQ ID NO：394)、HIG2-A02-9-8(SEQ ID NO：114)、HIG2-A02-9-15(SEQ ID NO：116)、
HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)、HIG2-A02-10-8(SEQ ID NO：121)、INHBB-A24-9-180(SEQ ID NO：395)、INHBB-A24-10-180(SEQ ID NO：133)、INHBB-A24-10-305(SEQ ID NO：135)、INHBB-A24-10-7(SEQ ID NO：137)、INHBB-A24-10-212(SEQ ID NO：426)、KIF20A-A24-9-305(SEQ ID NO：174)、KIF20A-A24-9-383(SEQ ID NO：178)、KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)、KIF20A-A24-10-66(SEQ ID NO：194)、KNTC2-A24-9-309(SEQ ID NO：196)、KNTC2-A24-9-124(SEQ ID NO：202)、KNTC2-A24-9-154(SEQ ID NO：210)、KNTC2-A24-9-150(SEQ ID NO：213)、KNTC2-A24-10-452(SEQ ID NO：214)、KNTC2-A24-10-227(SEQ ID NO：217)、KNTC2-A24-10-273(SEQ ID NO：223)、TTK-A02-9-462(SEQ ID NO：227)、TTK-A02-9-547(SEQ ID NO：228)、TTK-A02-9-719(SEQ ID NO：233)、TTK-A02-10-462(SEQ ID NO：254)、URLC-A02-9-206(SEQ ID NO：271)、URLC-A02-9-212(SEQ ID NO：272)，及
URLC-A02-10-211(SEQ ID NO：288)
此等胜肽為由HLA-A24或HLA-A2所限制之各TAA的抗原決定基胜肽。因為此等抗原過度表現於大多數癌症且與腫瘤細胞增生相關，因此作為對抗癌症之免疫療法為有用。癌症包括，但不限於：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤，及睪丸癌。
於是，本發明尚提供一種用於治療或預防一個體中疾病之方法，該疾病與過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10相關，例如癌症，此方法包括以下步驟：對於該個體投予一免疫原性胜肽，該免疫原性胜肽少於約40個胺基酸，常少於約20個胺基酸，通常少於約15個胺基酸，且具以下SEQ ID NO之胺基酸序列：19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、376、379、80、100、101、110、111、387、112、394、114、116、117、121、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217、223、227、228、233、254、271、272或288。
或者，該免疫原性胜肽可具一胺基酸序列，如以下SEQ ID NO：19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、376、379、80、100、101、110、111、387、112、394、114、116、117、121、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217、223、227、228、
233、254、271、272或288，其中1、2或數個(例如最多5個)胺基酸經取代、刪除或加成，惟所得到之變異體胜肽保留免疫原性活性(亦即，誘導專一於CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之細胞，例如癌症之CTL的能力)。
欲取代、刪除或加成之殘基數，一般為5個胺基酸以下，較佳為4個胺基酸以下，更佳為3個胺基酸以下，又更佳為1或2個胺基酸。考慮之癌症，包括但不限於：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤及睪丸癌。再者，本發明提供用於預防上述疾病手術後復發之方法。
變異體胜肽(亦即，一胜肽，具有對於原始的胺基酸序列進行取代、刪除、加成1、2或數個胺基酸殘基之修飾的胺基酸序列)，已知會保留原本的生物學活性(Mark DF et al.,(1984)Proc Natl Acad Sci USA 81：5662-6.；Zoller MJ and Smith M,(1982)Nucleic Acids Res 10：6487-500.；Dalbadie-McFarland G et al.,(1982)Proc Natl Acad Sci USA 79：6409-13.)。於本發明情境，較佳為，此胺基酸修飾保留原本胺基酸側鏈之性質(亦稱為保守性胺基酸取代的過程)。胺基酸側鏈之性質，例如，包括疏水性胺基酸(A、I、L、M、F、P、W、Y、V)、親水性胺基酸(R、D、N、C、E、Q、G、H、K、S、T)，及具以下官能基或共通之特性的側鏈者：脂肪族側鏈(G、
A、V、L、I、P)；含羥基之側鏈(S、T、Y)；含硫原子之側鏈(C、M)；含羧酸及醯胺之側鏈(D、N、E、Q)；含鹼之側鏈(R、K、H)；及含芳香族之側鏈(H、F、Y、W)。注意，括號內的字母，代表胺基酸之一字母代碼。
於較佳實施形態，該免疫原性胜肽為為九胜肽(9-mer)或十胜肽(10-mer)。
本發明更提供一種誘導一個體中之抗腫瘤免疫之方法，該抗腫瘤免疫係針對於與過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10相關之疾病，例如癌症，該方法包括以下步驟：對於該個體投予一本發明之免疫原性胜肽，該免疫原性胜肽具以下SEQ ID NO之胺基酸序列：19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、376、379、80、100、101、110、111、387、112、394、114、116、117、121、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217、223、227、228、233、254、271、272或288，或投予其變異體(亦即，包括1、2或數個(例如，至少5個)胺基酸取代、刪除或加成)。考慮之癌症包括但不限於：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤，及睪丸癌。
本發明情境中，該個體較佳為哺乳動物。例示之哺乳動物，包括但不限於例如：人類、非人類靈長類、小鼠、大鼠、狗、貓、馬，或牛。
於本發明，該胜肽可經由體內(in vivo)或體外(ex vivo)實驗步驟對於一個體投予。再者，本發明尚提供一種使用九胜肽或十胜肽之用途，該九胜肽或十胜肽擇自於具有以下SEQ ID NO之胺基酸序列的胜肽：19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、376、379、80、100、101、110、111、387、112、394、114、116、117、121、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217、223、227、228、233、254、271、272或288(及其變異體)，以供製造免疫原性組合物，以治療或預防與過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10有關之疾病，例如癌症。考慮之癌症，包括但不限於：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤，及睪丸癌。
以下胜肽之同源性(homology)分析證實其與衍生自已知任意人類基因產物之胜肽不具顯著的同源性。
CDH3-A24-9-513(SEQ ID NO：19)、CDH3-A24-9-406(SEQ ID NO：22)、CDH3-A24-10-807(SEQ ID NO：30)、CDH3-A24-10-332(SEQ ID NO：34)、CDH3-A24-10-655(SEQ ID NO：344)、CDH3-A24-10-470(SEQ ID NO：358)、EphA4-A24-9-453(SEQ ID NO：41)、
EphA4-A24-9-5(SEQ ID NO：44)、EphA4-A24-9-869(SEQ ID NO：46)、EphA4-A24-9-420(SEQ ID NO：48)、EphA4-A24-10-24(SEQ ID NO：78)、EphA4-A02-9-501(SEQ ID NO：376)、EphA4-A02-9-165(SEQ ID NO：379)、ECT2-A24-9-515(SEQ ID NO：80)、ECT2-A24-10-40(SEQ ID NO：100)、ECT2-A24-10-101(SEQ ID NO：101)、HIG2-A24-9-19(SEQ ID NO：110)、HIG2-A24-9-22(SEQ ID NO：111)、HIG2-A24-9-8(SEQ ID NO：387)、HIG2-A24-10-7(SEQ ID NO：112)、HIG2-A24-10-18(SEQ ID NO：394)、HIG2-A02-9-8(SEQ ID NO：114)、HIG2-A02-9-15(SEQ ID NO：116)、HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)、HIG2-A02-10-8(SEQ ID NO：121)、INHBB-A24-9-180(SEQ ID NO：395)、INHBB-A24-10-180(SEQ ID NO：133)、INHBB-A24-10-305(SEQ ID NO：135)、INHBB-A24-10-7(SEQ ID NO：137)、INHBB-A24-10-212(SEQ ID NO：426)、KIF20A-A24-9-305(SEQ ID NO：174)、
KIF20A-A24-9-383(SEQ ID NO：178)、KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)、KIF20A-A24-10-66(SEQ ID NO：194)、KNTC2-A24-9-309(SEQ ID NO：196)、KNTC2-A24-9-124(SEQ ID NO：202)、KNTC2-A24-9-154(SEQ ID NO：210)、KNTC2-A24-9-150(SEQ ID NO：213)、KNTC2-A24-10-452(SEQ ID NO：214)、KNTC2-A24-10-227(SEQ ID NO：217)、KNTC2-A24-10-273(SEQ ID NO：223)、TTK-A02-9-462(SEQ ID NO：227)、TTK-A02-9-547(SEQ ID NO：228)、TTK-A02-9-719(SEQ ID NO：233)、TTK-A02-10-462(SEQ ID NO：254)、URLC-A02-9-206(SEQ ID NO：271)、URLC-A02-9-212(SEQ ID NO：272)及URLC-A02-10-211(SEQ ID NO：288)
因此，顯著地降低了對抗此等分子之免疫療法發生未知或不欲之免疫反應的可能性。
關於HLA抗原，此處呈現的資料證明使用A-24型或A-2型抗原(在日本人高度表現)，對於獲得有效結果為有利的。較佳使用亞型，例如A-2402及A-0201。一般而言，於臨床，會對於需要治療之病患先檢查HLA抗原類型，而後能選擇適當多肽，該適當多肽對於該病患抗原具高水平結合親和
性，或藉由抗原呈現而具細胞毒性T細胞(CTL)誘導能力。再者，為了得到具高結合親和性及CTL誘導能力之胜肽，可依照天然產生之CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10部分胜肽之胺基酸序列，取代、刪除或加成1、2或數個(例如，最多5個)胺基酸。此處，用語“數個”，意指5個以下，較佳為3個以下。再者，除了天然的胜肽，由於藉由結合至HLA抗原而呈現的胜肽序列規則性已知(Kubo RT,et al.,(1994)J.Immunol.,152,3913-24.；Rammensee HG,et al.,(1995)Immunogenetics.41：178-228.；Kondo A,et al.,(1995)J.Immunol.155：4307-12.)，因此可對於本發明之免疫原性胜肽依據此等規則性實施修飾。例如，較佳可利用具高HLA-24結合親和性之胜肽，其中，將自N末端之第2胺基酸取代為苯丙胺酸、酪胺酸、甲硫胺酸或色胺酸。同樣地，亦可使用胜肽之C末端胺基酸取代為苯丙胺酸、白胺酸、異白胺酸、色胺酸或甲硫胺酸者。另一方面，較佳可使用具高HLA-A2結合親和性之胜肽，其中，該自N末端之第2胺基酸取代為白胺酸或甲硫胺酸，及胜肽之C末端胺基酸取代為纈胺酸或白胺酸者。取代不僅實施於末端胺基酸，亦可實施於有潛力之胜肽TCR認識位置。已有數個研究證實胜肽中之胺基酸取代，可與原本者相同或更佳，例如CAP1、p53(264-272)、Her-2/neu(369-377)或gp100(209-217)(Zaremba et al.Cancer Res.57,4570-4577,1997,T.K.Hoffmann et al.J Immunol.(2002)Feb 1；168(3)：1338-47.,S.O.Dionne et al.Cancer Immunol immunother.(2003)52：199-206 and S.O.Dionne et al.Cancer
Immunology,Immunotherapy(2004)53,307-314)。再者，可將1至2個胺基酸加成至胜肽之N末端及/或C末端。
然而，當該胜肽序列與具不同功能之內生性或外生性蛋白質的一部分胺基酸序列為相同，則可能會誘發副作用，例如自體免疫病症或對於特定物質之過敏症狀。因此，較佳為避免該免疫原性序列符合已知蛋白質之胺基酸序列的情形。此情形可藉由使用可得之資料庫實施同源性檢索而避免。若同源性檢索確認該等胜肽中有1、2或數個不同的胺基酸非天然存在，則可避免例如增加與HLA抗原之親和性，及/或增加CTL誘導能力之上述胺基酸序列修飾的危險。
雖然以上已敘述對於HLA抗原具高結合親和性之胜肽，被期待作為癌疫苗為高度有效，但是依照存在高結合親和性作為指標所選擇之候選胜肽，必需對其檢驗實際是否存在CTL誘導能力。CTL誘導能力可以例行地確認，藉由帶有人類MHC抗原之抗原呈現細胞(例如，B淋巴球、巨噬體，及樹突細胞)，或更具體而言來自於人類周邊血液單核白血球之樹突細胞誘導，以有興趣之胜肽刺激，與CD8陽性細胞混合，並測量對抗該標靶細胞之細胞毒性活性。作為該反應系，可使用表現一人類HLA抗原之基因轉殖動物(例如，敘述於BenMohamed L,et al.,(2000)Hum.Immunol.；61(8)：764-79Related Articles,Books,Linkout.)。例如該標靶細胞可以經51Cr等放射性標定，且細胞毒性活性可從該標靶細胞釋放之放射性活性計算。或者，可由以下方式檢驗：測量於存在帶有固定化胜肽的抗原呈現細胞時，CTL所產生及釋放的IFN-γ，並且使
用抗IFN-γ單株抗體來使培養基上之抑制區可見化。
以如上所述方式檢驗胜肽之CTL誘導能力，結果發現對於一HLA抗原具高結合親和性之胜肽不一定具高誘導能力。然而，擇自於以下所示胜肽之胺基酸序列所構成族群之九胜肽或十胜肽，顯示尤高的CTL誘導能力。
CDH3-A24-9-513(SEQ ID NO：19)、CDH3-A24-9-406(SEQ ID NO：22)、CDH3-A24-10-807(SEQ ID NO：30)、CDH3-A24-10-332(SEQ ID NO：34)、CDH3-A24-10-655(SEQ ID NO：344)、CDH3-A24-10-470(SEQ ID NO：358)、EphA4-A24-9-453(SEQ ID NO：41)、EphA4-A24-9-5(SEQ ID NO：44)、EphA4-A24-9-869(SEQ ID NO：46)、EphA4-A24-9-420(SEQ ID NO：48)、EphA4-A24-10-24(SEQ ID NO：78)、EphA4-A02-9-501(SEQ ID NO：376)、EphA4-A02-9-165(SEQ ID NO：379)、ECT2-A24-9-515(SEQ ID NO：80)、ECT2-A24-10-40(SEQ ID NO：100)、ECT2-A24-10-101(SEQ ID NO：101)、HIG2-A24-9-19(SEQ ID NO：110)、HIG2-A24-9-22(SEQ ID NO：111)、HIG2-A24-9-8(SEQ ID NO：387)、
HIG2-A24-10-7(SEQ ID NO：112)、HIG2-A24-10-18(SEQ ID NO：394)、HIG2-A02-9-8(SEQ ID NO：114)、HIG2-A02-9-15(SEQ ID NO：116)、HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)、HIG2-A02-10-8(SEQ ID NO：121)、INHBB-A24-9-180(SEQ ID NO：395)、INHBB-A24-10-180(SEQ ID NO：133)、INHBB-A24-10-305(SEQ ID NO：135)、INHBB-A24-10-7(SEQ ID NO：137)、INHBB-A24-10-212(SEQ ID NO：426)、KIF20A-A24-9-305(SEQ ID NO：174)、KIF20A-A24-9-383(SEQ ID NO：178)、KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)、KIF20A-A24-10-66(SEQ ID NO：194)、KNTC2-A24-9-309(SEQ ID NO：196)、KNTC2-A24-9-124(SEQ ID NO：202)、KNTC2-A24-9-154(SEQ ID NO：210)、KNTC2-A24-9-150(SEQ ID NO：213)、KNTC2-A24-10-452(SEQ ID NO：214)、KNTC2-A24-10-227(SEQ ID NO：217)、KNTC2-A24-10-273(SEQ ID NO：223)、TTK-A02-9-462(SEQ ID NO：227)、TTK-A02-9-547(SEQ ID NO：228)、
TTK-A02-9-719(SEQ ID NO：233)、TTK-A02-10-462(SEQ ID NO：254)、URLC-A02-9-206(SEQ ID NO：271)、URLC-A02-9-212(SEQ ID NO：272)及URLC-A02-10-211(SEQ ID NO：288)
如上所示，本發明提供具細胞毒性T細胞誘導能力之胜肽，亦即，具有以下SEQ ID NO之胺基酸序列：19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、376、379、80、100、101、110、111、387、112、394、114、116、117、121、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217、223、227、228、233、254、271、272或288或其變異體(亦即，其中一、二或數個胺基酸經取代、刪除或加成者)。
較佳為，胺基酸序列由九或十個胺基酸構成，SEQ ID NO為：19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、376、379、80、100、101、110、111、387、112、394、114、116、117、121、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217、223、227、228、233、254、271、272或288，或其變異體，不與其他內生性蛋白質相關之胺基酸序列符合。
尤其，較佳之變異體之例子為，從N末端之第2胺基酸進行胺基酸取代為白胺酸或甲硫胺酸，於C末端胺基酸進行胺基酸取代為纈胺酸或白胺酸，於N末端及/或C末端加成胺基酸1至2個胺基酸。
熟悉此項技術領域之人士將瞭解，除了胺基酸取代及加成，本發明之方法亦可使用免疫學上活性的胜肽片段。用於決定活性片段之方法為該技術領域為人所知的。藉由以此等經修飾胜肽刺激所得到之CTL選殖體，能認識原本的胜肽，並且損害表現該原本胜肽之細胞。
本發明之胜肽，可使用周知的技術製備。例如，該等胜肽可使用重組DNA技術或化學合成其中之一以合成製備。本發明之胜肽可個別合成，或由2個以上胜肽構成之較長的多胜肽。本發明之胜肽較佳為經離析的，亦即，實質上不含其他天然產生之寄主細胞蛋白質及其片段。
本發明之胜肽可包括修飾，例如糖基化(glycosylation)、側鏈氧化或磷酸化；只要此等修飾不破壞此處所述胜肽之生物學活性，即，結合於一HLA抗原並誘導CTL之能力。其他修飾包括例如引入D-胺基酸或其他胺基酸擬似物，以增加該等胜肽之血清半衰期。
又，本發明可包含篩選胜肽之方法，該胜肽中1、2或數個胺基酸經取代，其中該胜肽包含擇自於以下SEQ ID NO所構成族群之胺基酸序列SEQ ID NO19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、80、100、101、110、111、387、112、394、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217或223，該方法包含以下步驟：(a)確認對於1、2或數個胺基酸取代物之整個序列無顯著的序列同源性；(b)測量該候選取代物胜肽之CTL誘導能力；及
(c)選擇胜肽中CTL誘導能力與原本之胜肽相同或更高之胜肽。
例如於較佳實施形態，本發明提供用於識別一胜肽之方法，該胜肽具有CTL之誘導能力，該CTL對抗表現至少1種腫瘤關連性抗原之細胞，其中該腫瘤關連性抗原擇自於以下所構成之族群之抗原：CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10，該方法包含以下步驟：(i)提供或產生至少1個候選序列，該候選序列藉由將一原始胺基酸序列經過取代、刪除或加成1、2或數個胺基酸殘基修飾之胺基酸序列所構成，其中該原始的胺基酸序列擇自於以下SEQ ID NO所構成之族群：SEQ ID NO19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、80、100、101、110、111、387、112、394、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217或223；(ii)選擇該候選序列，該候選序列與來自於該腫瘤相關性抗原以外之任何已知人類基因產物的胜肽，不具實質上顯著的同源性；(iii)使步驟(ii)選出之候選序列所構成之胜肽與抗原呈現細胞接觸；(iv)使步驟(iii)之該抗原呈現細胞與T細胞接觸，以評估該胜肽刺激該T細胞之能力；及(v)識別該胜肽，其CTL誘導能力與該原始之胺基酸序列所構成之胜肽為相同或更高。
較佳地，該胺基酸取代成不同的胺基酸，其中胺基酸側鏈之性質為保守的(稱為保守性胺基酸取代之處理)。胺基酸側鏈之性質的例子，有疏水性胺基酸(A、I、L、M、F、P、W、Y、V)、親水性胺基酸(R、D、N、C、E、Q、G、H、K、S、T)、具以下官能基或共同特性之側鏈：一脂肪族側鏈(G、A、V、L、I、P)；含羥基之側鏈(S、T、Y)；含硫原子之側鏈(C、M)；含羧酸及醯胺之側鏈(D、N、E、Q)；含鹼之側鏈(R、K、H)；及含芳香族之側鏈(H、F、Y、W)。注意到，括號內之字母代表胺基酸之單字母代碼。於本發明，實質上顯著的同源性，係指與欲比較之一已知人類基因具有，例如高於90%，較佳為95%，更佳為99%或100%之相同性。
本發明之胜肽可製備成組合物，包括二種以上本發明之胜肽，以供使用於與過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10相關之疾病例如癌症的疫苗，此種疫苗在體內會誘導CTL。考慮之癌症包括但不限於：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤及睪丸癌。該等胜肽可以為混合物(cocktail)或使用標準技術彼此接合。例如，該等胜肽可表現成單一多胜肽序列。該等組合之胜肽，可為相同或不同。
藉由投予本發明之胜肽，該等胜肽以高密度呈現在抗原呈現細胞之HLA抗原上，進而誘導CTL，該CTL對於由呈現之胜肽與該HLA抗原所成複合體專一性反應。或者，
可將藉由從個體移除樹突細胞所得到，在細胞表面上具有經固定化之本發明胜肽的抗原呈現細胞，經本發明之胜肽刺激。再度投予此等細胞至各個個體，會誘導CTL，並因此增加對於標靶細胞之侵犯性。
更具體而言，本發明提供一種藥物，用於治療及/或預防與過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10相關之疾病例如癌症之增生、轉移等，該藥物包括一或多種本發明胜肽，或編碼為該等胜肽之多核苷酸。本發明之該等胜肽或多核苷酸，在治療與CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10相關之疾病例如癌症方面尤為有用。考慮之癌症包括，但不限於：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤及睪丸癌。
本發明之胜肽可以習知的配方方法配方為藥學組合物，直接投予給一個體。於此情形，除了本發明之胜肽，可適當包括額外的擔體、賦形劑等通常用於藥物的物質而無特別限制。本發明之免疫原性組合物，可用於治療及預防與過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10相關之疾病，例如癌症。考慮之癌症，包括，但不限於：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、
腎癌、SCLC、軟組織腫瘤及睪丸癌。
用於治療及/或預防與過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10相關之疾病例如癌症之免疫原性組合物，包括1種以上本發明之胜肽作為有效成分，並可更包括一佐劑，以使得有效地建立細胞性免疫。或者，該等可以與其他有效成分，例如抗癌藥劑一起投予。
考慮之癌症包括，但不限於：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤及睪丸癌。適當之配方，包括顆粒劑。適當佐劑，敘述於以下文獻(Johnson AG.(1994)Clin.Microbiol.Rev.,7：277-89.)。
佐劑例如包括，但不限於：磷酸鋁、氫氧化鋁及明礬。再者，可便利地使用：微脂體配方；顆粒劑配方，其中藥物結合於直徑數μm之小珠；以及液體結合於胜肽之配方。投予方法可為口服、皮內、皮下、靜脈內注射等，且可包括全身性投予或局部投予到標靶腫瘤之附近。
本發明胜肽之劑量，可依照欲治療之疾病、病患年齡、體重、投予方法等而適當調整。劑量通常為0.001mg至1000mg，較佳為0.01mg至100mg，更佳為0.1mg至10mg，較佳為數天至數個月投予1次，熟悉此項技藝之人士可以輕易地選擇適當劑量及投予方法，且選擇與最適化此等參數乃例行技巧。
本發明尚提供稱為外吐小體(exosome)之胞內小囊，其在表面上呈現由本發明之胜肽及HLA抗原形成之複合體。外吐小體可藉由例如使用國際公開號平11-510507日文翻譯版及2000-512161中詳述之方法製備，較佳為使用得自於治療及/或預防之個體的抗原呈現細胞來製備。本發明之外吐小體，可接種作為癌疫苗，類似於本發明之胜肽。
使用之HLA抗原類型，必需符合需要治療及/或預防之個體之HLA抗原類型。例如，於日本人族群，HLA-A24或HLA-A2常會是適合的，尤其是HLA-A2402或HLA-A0201更為適合。
於一些實施形態，本發明之疫苗組合物，包括會使細胞毒性T淋巴球初始化(prime)之成分。脂質已被識別為能在體內使CTL對抗病毒性抗原初始化的物質。例如棕櫚酸殘基可附著於離胺酸殘基之ε-及α-胺基，並連接於本發明之免疫原性胜肽。接著該脂質化胜肽可直接投予到小粒或微粒，包入微脂體中或於佐劑中乳化。作為其他脂質初始化CTL反應，可使用E.coli脂蛋白，例如三棕櫚醯基-S-甘油半胱胺酸基絲胺酸-絲胺酸(P3CSS)共價鍵結於適當胜肽，來初始化CTL(參見例如Deres K,et al.,(1989)Nature 342：561-4.)。
本發明之免疫原性組合物，亦可包括編碼為此處一種以上所揭露之免疫原性胜肽的核酸。參見例如Wolff JA et al.,(1990)Science 247：1465-8；美國專利號碼5,580,859；5,589,466；5,804,566；5,739,118；5,736,524；5,679,647；及WO 98/04720。DNA類傳遞技術，例如包括"裸露的DNA"、促
進性(bupivicaine、聚合物、胜肽媒介)傳遞、陽離子性脂質複合體，及微粒媒介("基因槍")或壓力媒介的傳遞(見例如美國專利號碼5,922,687)。
本發明之免疫原性胜肽亦可由病毒或細菌性載體表現。適當之表現載體，例如，包括減毒的病毒寄主，例如牛痘或雞痘病毒。此方法涉及使用牛痘病毒，例如作為一載體以表現編碼為該胜肽之核苷酸序列。於引入到寄主中時，該重組牛痘病毒表現該免疫原性胜肽，並引發免疫反應。有用於免疫實驗步驟中的牛痘載體及方法，敘述於例如美國專利號碼4,722,848。其他適當載體為BCG(Bacille Calmette Guerin)。BCG載體敘述於Stover CK,et al.,(1991)Nature 351：456-60。許多的其他載體對於治療性投予或免疫為有用，例如腺病毒及腺病毒相關病毒載體、反轉錄病毒載體、傷寒沙門氏菌載體、去毒炭疽毒素載體等，為此技術領域中已知的。參見例如Shata MT,et al.,(2000)Mol.Med.Today 6：66-71；Shedlock DJ and Weiner DB.,et al.,(2000)J.Leukoc.Biol.68：793-806；及Hipp JD,et al.,(2000)In Vivo 14：571-85。
本發明更提供誘導抗原呈現細胞之方法，係使用一種以上本發明之胜肽。該抗原呈現細胞可藉由從周邊血液單核球誘導樹突細胞，然後使該等與1種以上本發明之胜肽，於體外(in vitro)、體外(ex vivo)或體內(in vivo)接觸(刺激)。當本發明之胜肽被投予至此等個體中，具固定化有本發明胜肽之抗原呈現細胞，在該個體之體內被誘導。或者，於將本發明胜肽固定化於該抗原呈現細胞後，可將該細胞對於該個體投予以作
為一疫苗。例如體外(ex vivo)投予可包括以下步驟：a：由一個體收集抗原呈現細胞，以及b：使步驟a之該抗原呈現細胞接觸本發明胜肽。
或者，依照本發明，提供將本發明之胜肽使用於製造一藥學組合物之用途，該藥學組合物誘導抗原呈現細胞。再者，本發明更提供將本發明胜肽供誘導抗原呈現細胞。步驟b得到之該抗原呈現細胞，可投予給該個體作為一疫苗。
本發明更提供一種誘導抗原呈現細胞之方法，該抗原呈現細胞具高水平的細胞毒性T細胞誘導能力，其中，該方法包括以下步驟：於體外將編碼為1種以上本發明之胜肽之多核苷酸所構成之基因轉移至抗原呈現細胞。該被導入之基因可為DNA或RNA形式。關於導入方法，無特別限制，可使用各種習知在此領域實施的方法，例如可適當使用，脂質轉染(lipofection)、電穿孔(electroporation)及磷酸鈣法。更具體而言，轉染(transfection)可依照以下所述方法實施Reeves ME,et al.,(1996)Cancer Res.,56：5672-7.；Butterfield LH,et al.,(1998)J.Immunol.,161：5607-13.；Boczkowski D,et al.,(1996)J.Exp.Med.,184：465-72；國際公開2000-509281號日文翻譯版。藉由將基因轉移到抗原呈現細胞中，該基因於細胞中經歷轉錄、轉譯等，且然後得到的蛋白質經第I或II類MHC處理，並經由一呈現路徑來呈現部分胜肽。
本發明尚提供誘導CTL之方法，係使用1種以上本發明之胜肽。當將本發明之胜肽投予至一個體中，於該個體之體內誘導CTL，且標靶於腫瘤組織中表現CDH3、EPHA4、 ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之細胞，例如癌細胞，的免疫系統強度，可因此增強。
考慮之癌症，包括，但不限於：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤及睪丸癌。或者，本發明之胜肽可使用在體外(ex vivo)治療方法之情境，其中，由個體衍生之抗原呈現細胞及CD8陽性細胞或者周邊血液單核白血球，與1種以上本發明之胜肽於體外接觸(受刺激)，於誘導CTL後，使該細胞返回到該個體。例如，該方法包括以下步驟：a：從一個體收集抗原呈現細胞，b：使步驟a之該抗原呈現細胞接觸本發明胜肽，c：將步驟b之該抗原呈現細胞與CD8+T細胞混合，並共同培養，以誘導細胞毒性T細胞：及d：從步驟c之共同培養物，收集CD8+ T細胞。
或者，依照本發明，提供使用本發明之胜肽於製造一藥學組合物之用途，該藥學組合物誘導CTL。又，本發明尚提供將本發明胜肽供誘導CTL。於步驟d得到之具細胞毒性活性之CD8+ T細胞，可對於該個體投予以作為一疫苗。
本發明更提供經離析之細胞毒性T細胞，係使用本發明之胜肽所誘導。該細胞毒性T細胞，經以呈現一種以上本發明胜肽之抗原呈現細胞刺激而誘導，且較佳為來自於作為治療及/或預防標靶之個體者，且可以單獨投予或與其他藥物
一起投予，其他藥物包括一種以上本發明之胜肽或具抗腫瘤活性之外吐小體。得到之細胞毒性T細胞專一性地對抗呈現本發明胜肽之標靶細胞，或較佳為與用於誘導之胜肽為相同之胜肽。該標靶細胞可為內生性表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之細胞，或經過CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10基因轉染之細胞。於細胞表面呈現本發明胜肽之細胞，由於以此等胜肽刺激，亦可成為受攻擊之個體。
本發明更提供抗原呈現細胞，該抗原呈現細胞呈現由HLA抗原及一種以上本發明之胜肽所形成之複合體。該抗原呈現細胞，係藉由與本發明之胜肽或編碼為此等胜肽之核苷酸接觸而得到，且較佳為來自於成為治療及/或預防標靶之個體，且可單獨投予或與其他藥物一起投予作為疫苗，該其他藥物包括本發明之胜肽、外吐小體或細胞毒性T細胞。
本發明尚提供一種組合物，包含編碼為一多胜肽之核酸，該多胜肽能形成T細胞受體(TCR)之次單元，並提供使用該組合物之方法。該TCR次單元具形成TCR之能力，該TCR賦予T細胞針對呈現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK或URLC10之腫瘤細胞的專一性。藉由使用該技術領域中已知方法，可以識別出經以1種以上本發明之胜肽誘導之CTL之TCR次單元的α-及β鏈核酸(WO2007/032255 and Morgan et al.,J Immunol,171,3288(2003))。該衍生性TCR較佳為以高親合性結合至展現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、
TTK或URLC10胜肽之標靶細胞，且隨意地媒介於體內及體外有效地殺死呈現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK或URLC10胜肽之標靶細胞。
編碼為該TCR次單元之核酸，可以被導入至適當載體，例如反轉錄病毒載體。此等載體為此技術領域中為人所熟知的。該核酸或含該核酸之載體，通常可以轉移到一T細胞內，該T細胞較佳為來自於一病患。有利地，本發明提供一種現成的組合物，容許快速修飾病患本身的T細胞(或其他哺乳動物之T細胞)，以快速且輕易地產生經修飾之具優異癌細胞殺死性質之T細胞。
並且，本發明提供CTL，係藉由以編碼為該TCR次單元多胜肽之核酸轉導(transduction)而製備，該TCR次單元與CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK或URLC10胜肽例如HLA-A24或HLA-A2情境之SEQ ID NO：19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、376、379、80、100、101、110、111、387、112、394、114、116、117、121、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217、223、227、228、233、254、271、272或288結合。該經轉導之CTL，能於體內導引(homing)癌細胞，並使用為人所熟知的體外培養方法擴大族群(例如，Kawakami et al.,J Immunol.,142,3452-3461(1989))。本發明之T細胞可用於形成一免疫原性組合物，該免疫原性組合物在治療或預防需要治療或保護之病患中之癌症為有用(WO2006/031221)。
本發明情境中，用語“疫苗”(亦稱為免疫原性組合物)，係指當接種至動物時，會誘導抗腫瘤免疫或抑制癌症之物質。依照本發明，具SEQ ID NO：19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、80、100、101、110、111、387、112、394、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217或223之胺基酸序列的多胜肽，被提議為HLA-A24限制抗原決定基胜肽，且SEQ ID NO：376、379、114、116、117、121、227、228、233、254、271、272或288之胺基酸序列的多胜肽，被提議為HLA-A2限制抗原決定基胜肽，可對抗於表現誘導CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之細胞，例如表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之癌細胞，誘導有效能且專一性之免疫反應。所考慮之癌症包括，但不限於：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤及睪丸癌。
因此，本發明更包含誘導抗腫瘤免疫之方法，係使用具有SEQ ID NO：19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、376、379、80、100、101、110、111、387、112、394、114、116、117、121、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217、223、227、228、233、254、271、272或288之胺基酸序列的多胜肽或其
變異體(亦即，包括1、2或數個(至多5個)胺基酸取代、刪除或加成)。一般而言，抗腫瘤免疫包括如下的免疫反應：
-誘導對抗腫瘤之細胞毒性淋巴球，該腫瘤包含表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之細胞。
-誘導認識腫瘤之抗體，該腫瘤包含表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之細胞。
-誘導抗腫瘤之細胞介素生產。
因此，當某一胜肽於接種至一動物時誘導任一此等的免疫反應，該胜肽決定具抗腫瘤免疫誘導作用。以一胜肽誘導抗腫瘤免疫，可藉由在體內或體外觀察寄主中的免疫系統對抗該胜肽來偵測。
例如，用於偵測誘導細胞毒性T淋巴球之方法乃為人熟知。進入活體之外來物質，藉由抗原呈現細胞(APC)之作用，而呈現給T細胞及B細胞。回應於以抗原專一性方式由APC所呈現之該抗原的T細胞，由於被該抗原刺激，而分化為細胞毒性T細胞(亦稱為細胞毒性T淋巴球或CTL)，然後增生；此過程在此稱為T細胞之“活化”。因此，某一胜肽所誘導之CTL，可藉由將該胜肽以APC呈現給一T細胞，並偵測CTL之誘導，來評估。再者，APC具活化CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、巨噬體、嗜酸性球及NK細胞之作用，因為CD4+ T細胞在抗腫瘤免疫亦為重要的，因此該胜肽之抗腫瘤免疫誘導作用，可使用此等細胞之活化作用作為指標以評估。
使用樹突細胞(DC)作為APC，以評估誘導CTL作用之方法，在該技術領域係為人所知的。DC為一代表性的APC，具APC當中最強的CTL誘導作用。於此方法中，受試多胜肽首先與DC接觸，然後此DC與T細胞接觸。當與DC接觸後，偵測具細胞毒性之T細胞對抗關注細胞之效果，顯示該受試多胜肽具有誘導細胞毒性T細胞之活性。對抗腫瘤之CTL活性，可使用例如51Cr標定之腫瘤細胞溶解作為指標來偵測。或者，使用3H-胸腺嘧啶攝入活性或LDH(乳糖去氫酶)-釋放作為指標來評估腫瘤細胞損傷程度，係為人所知的。再者，也可藉由使用抗IFN-γ抗體可見化，例如LISPOT試驗，測量在攜帶固定化胜肽之抗原呈現細胞存在下，CTL所產生及釋放之IFN-γ以進行檢驗。
除了DC，也可使用周邊血液單核球細胞(PBMC)作為APC。誘導CTL據報告會藉由於存在GM-CSF及IL-4下培養PBMC而增進。同樣地，CTL已顯示會藉由於存在鑰孔蟲感血藍蛋白(keyhole limpet hemocyanin，KLH)(KLH)及IL-7下培養PBMC而被誘導。
由此等方法確認具CTL誘導活性之受試多胜肽，為具DC活化效果之多胜肽，且因而具CTL誘導活性。因此，誘導對抗表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之細胞的CTL的細胞的多胜肽，作為對抗與CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10相關之疾病例如癌症，的疫苗為有用的。再者，藉由與該多胜肽接觸而獲得誘導相關於過度表
現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之疾病例如癌症的CTL能力的APC，作為對抗該疾病之疫苗為有用。再者，由於以APC呈現該多胜肽抗原而具有後天細胞毒性之CTL，亦可做為對抗相關於CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之疾病，例如癌症之疫苗。此種針對相關於CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之疾病例如癌症，使用起因於APC及CTL之抗腫瘤免疫的治療方法，係稱為細胞免疫療法。考慮之癌症包括，但不限於：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤及睪丸癌。
一般而言，當使用一多胜肽於細胞免疫療法，可藉由組合多種具不同結構的多胜肽並使其與DC接觸而增加CTL誘導之效率。因此，當以蛋白質片段刺激DC時，使用多種類型片段之混合物為有利的。
以一多胜肽誘導抗腫瘤免疫，可藉由藉由觀察誘導生產對抗腫瘤之抗體來進一步確認。例如，當在經該多胜肽免疫之一實驗動物中誘導了對抗一多胜肽之抗體時，且當腫瘤細胞之生長、增生及/或轉移被該等抗體所抑制時，則認定該多胜肽誘導抗腫瘤免疫。
抗腫瘤免疫可藉由投予本發明疫苗而誘導，且誘導抗腫瘤免疫能治療及預防相關於過度表現CDH3、EPHA4、
ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之疾病，例如癌症。對抗或預防發生相關於過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之疾病例如癌症的療法，可包括抑制表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之細胞，例如癌細胞生長、使此等細胞衰退，及抑制出現此等細胞，例如癌細胞。降低具相關於CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之疾病例如癌症之個體的死亡率、降低血液中之疾病標記、緩和與此疾病伴隨而生之可偵測到的症狀等，亦包括在此疾病，例如，癌症之治療或預防。此種治療及預防效果較佳為統計上顯著的，例如觀察之顯著水準5%以下，其中一疫苗對抗相關於CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之疾病例如癌症之該治療或預防效果，係與一未經疫苗投予之對照組比較。例如，可使用學生氏t檢定(Student’s t-test)、Mann-Whitney U-檢定，或ANOVA，來決定統計上之顯著性。
本發明提供治療或預防相關於過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之疾病，例如癌症之方法，該治療化合物或組合物亦可對於罹患或有風險(易罹患)發展為該疾病之個體，預防性或治療性地投予。這些個體可使用標準的臨床方法識別。於本發明之內容，預防性投予係發生在疾病之明顯臨床症狀顯現前，以使得一疾病或病症能被預防或延緩進展。於醫藥領域
中，用語“預防”包含降低死亡率負擔或因疾病而發病的任意活性。預防可發生於初期、次期及第三級預防層級。雖然初期的預防會防止疾病發生，但是次期及第三層級之預防包含旨在預防疾病進展及顯現症狀，並且藉由使功能回復以降低已產生之疾病的負面影響，並降低疾病相關併發症。
於癌症治療領域，用語“有效”，係指一治療導致於一個體中之癌症尺寸、盛行性或轉移可能性降低。當將一治療預防性地實施時，“有效”意指該治療延遲或預防發生癌症或減輕癌症之臨床症狀。對於癌症之評量可使用標準的臨床實驗步驟。再者，一治療之有效性，可以任何已知用於診斷或治療癌症之相關方法判定。例如，癌症可利用組織病理學診斷，或識別異常症狀來診斷。
具免疫學活性之上述胜肽，或編碼為此一胜肽之多核苷酸或載體，可以與佐劑組合。佐劑係指一種當與具免疫學活性之胜肽一起(或依序)投予時，增進對抗該胜肽之免疫反應之化合物。例示之適當佐劑包括霍亂毒素、沙門氏桿菌毒素、明礬等，但不限定於此。
再者，上述具免疫活性之胜肽，或編碼此胜肽之聚核苷酸或載體可與一藥學上可接受的擔體適當組合。此種擔體之例有：無菌水、生理鹽液、磷酸緩衝液、培養液等。再者，該疫苗可視需要包括安定劑、懸浮液、保存劑、界面活性劑等。該疫苗係全身性投予或局部投予。疫苗投予可利用單一投予或以追加多次投予實施。
當使用APC或CTL作為本發明之疫苗，可以利用
例如體外(ex vivo)方法，治療或預防相關於過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10之疾病，例如癌症。更具體而言，收集接受治療或預防之個體的PBMC，於體外與本發明之胜肽接觸。於誘導APC或CTL後，可將該細胞對於該個體投予。APC亦可藉由於體外導入編碼為該胜肽之一載體而誘導。於體外誘導之APC或CTL，可在投予前經選殖。藉由選殖具損害標靶細胞之高活性的細胞並使生長，可以更為有效地實施細胞免疫療法。再者，以此方式所離析之APC及CTL，可以用在細胞免疫療法，不僅是針對得到該細胞之個體，亦可以對抗於其他個體中相似類型的疾病。
本發明之態樣將於以下實施例敘述，此等實施例僅用於說明本發明並協助該技術領域中具有通常知識者製作及使用本發明。這些實施例絕非用來限制本發明範圍。
雖然與此處所述方法及材料類似或均等者，可用在實施或測試本發明，但以下將敘述適當的方法及材料。
以下，本發明將由下列實施例例示但非限制。然而，此處所述材料、方法等，僅係說明本發明態樣，而絕非意欲限制本發明範圍。就其本身而論，與此處所述方法及材料類似或均等者，可用在實施或測試本發明。
細胞株
A24-LCL細胞(HLA-A24)、人類B淋巴母細胞
(B-lymphoblastoid)細胞株，係藉由以Epstain-bar病毒轉型得到。T2細胞、COS7、A498、Caki-2及HEK 293購自於ATCC。Caki-1及MIAPaca-2購自於JCRB。PK-45P、PK-59、TE-5及TE-6購自於TKG。293T購自於GenHunter。
衍生自CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10之候選胜肽選擇
以結合預測軟體“BIMAS”(http：//bimas.dcrt.nih.gov/cgi-bin/molbio/ken_parker_comboform)(Parker KC,et al.,(1994)J Immunol.；152(1)：163-75.；Kuzushima K,et al.,(2001)Blood.；98(6)：1872-81.)，預測會與HLA-A*2402或HLA-A*0201分子結合之衍生自CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK或URLC10之9-mer及10-mer胜肽。此等胜肽係由Sigma(Sapporo,Japan)依照標準固相合成法合成，並經反相HPLC純化。純度(>90%)及該胜肽同一性，以分析性HPLC及質譜分析決定。胜肽溶解於二甲基亞碸(DMSO)，濃度20mg/ml，並保存於攝氏-80度。
體外CTL誘導
使用單核球衍生之樹突細胞作為抗原呈現細胞，以誘導對抗呈現在HLA上的胜肽的CTL反應。DC以另敘方式於體外產生(Nukaya I et al.,(1999)Int.J.Cancer 80,92-7.,Tsai V et al.,(1997)J.Immunol 158：1796-802.)。簡言之，將以Ficoll-Plaque(Pharmacia)溶液從正常自願者(HLA-A*2402及/或HLA-A*0201)分離之周邊血液單核細胞(PBMC)，藉由附著於塑膠培養皿(Becton Dickinson)分離，以便得到單核球部分。
將該單核球富化的族群於存在1000U/ml GM-CSF(Genzyme)及1000U/ml IL-4(Genzyme)，培養於含2%經熱失活的從自身取得的血清(AS)的AIM-V培養基(Invitrogen)。培養7日後，將細胞激素-產生之DC，於存在β2-微球蛋白3mcg/ml，在AIM-V培養基中，於20℃加以合成胜肽20mcg/ml脈衝4小時。此等經胜肽脈衝之DC接著以絲裂黴素C(MMC)(30mcg/ml，30分鐘)失活，並與自身取得之CD8+ T細胞以1：20比例混合，該CD8+T細胞係使用Dynabeads M-450 CD8(Dynal)及DETACHa BEADTM(Dynal)以陽性選擇得到。此等培養物被放於48-井盤(Corning)；各井於AIM-V/2% AS 0.5ml中包含1.5x104經胜肽脈衝的DC、3x105 CD8+ T細胞及10ng/ml的IL-7(Genzyme)。3日後，將此等培養物補充IL-2(CHIRON)至最終濃度20IU/ml。於第7及14天，將T細胞再以該經胜肽脈衝的自身取得的DC刺激。DC各次以與上述相同的程序製備。於第21天第3回合的胜肽刺激後，測試對抗經胜肽脈衝之A24LCL細胞或T2細胞之CTL活性。
CTL擴大族群(expansion)程序
使CTL於培養物中使用類似於Riddell,et al.(Walter et al.,N Engl J Med 333(16)：1038-44,1995；Riddell et al.,Nat Med 2(2)：216-23,1996 Feb)所述方法擴大族群。將總共5 x 104 CTL及2種人類B-淋巴母細胞株再懸浮於AIM-V/5% AS25ml，於存在40ng/ml抗CD3之單株抗體(Pharmingen)，以MMC失活。開始培養1天後，添加120IU/ml的IL-2至培養物中。在第5、8及11天，於培養物中加入含30IU/ml IL-2的
新鮮的AIM-V/5% AS。
建立CTL選殖體
製作稀釋物，使於96圓底的微滴定盤(Nalge Nunc International)成0.3、1及3CTL/井。將CTL與2種人類B-淋巴母細胞細胞株7x104細胞/井、30ng/ml之抗CD3抗體，及125U/ml of IL-2，於總共150μl/井之含5%AS之AIM-V一起培養。將50μl/井的IL-2於10天添加至培養基中，以使得IL-2最終濃度成為125U/ml。於第14天測定CTL之CTL活性，並使用與上述相同方法將CTL選殖體族群擴大。
專一性的CTL活性
為了檢查專一性CTL活性，實施IFN-γ ELISPOT試驗及IFN-γ ELISA。
簡言之，製備經胜肽脈衝的A24-LCL、T2細胞(1 x 104/井)，作為刺激子細胞。使用在48井培養細胞或經極限稀釋的CTL選殖體，作為回應子細胞。IFN-γ ELISPOT試驗及IFN-γ ELISA，依照製造程序實施。
建立強制表現標靶細胞基因及HLA-A02或HLA-A24其中之一或兩者之細胞
將編碼為標靶基因或或HLA-A02或HLA-A24之開放讀取框的cDNA，以PCR放大。將經PCR放大之產物，選殖到pcDNA3.1 myc-His載體(Invitrogen)中。使用lipofectamine(Invitrogen)，依照製造商建議之程序，將此質體轉染進入標靶細胞、HLA-A02及HLA-A24-無效(null)之正常人類細胞株COS7或293T。或者，使用Gene PulserII(Biorad)，
利用電穿孔法將包含此等標靶基因之質體轉染到A24-LCL內。簡言之，於140V及1000μF，將2.5x106 A24-LCL細胞以10mcg質體施加脈衝。轉染後2天，將經轉染的細胞以細胞游離溶液(Cell dissociation solution)處理，並使用於CTL活性試驗作為標靶細胞。
細胞毒性試驗
細胞毒性活性係藉由4小時51Cr釋放試驗評量。將標靶細胞以濃度20μg/mL之胜肽脈衝隔夜。將標靶細胞於37℃以100μCi的Na2 51CrO4標定1小時，然後以RPMI 1640清洗3次。將標靶細胞(1 x 104/100 micro L)及各種數目之效應子細胞100μl，總共體積200μl，放置於一圓底的96井微滴定盤(Corning)，並於37℃培養於CO2培養箱4小時。培養後，從各井收集上清100μl，並使用蓋氏計數器測量放射性活性。自發釋放乃於不存在效應子細胞下，於培養基中來自於標靶細胞之放射性活性，最大釋放乃於1M HCl時，來自於標靶細胞之放射性活性。
專一性細胞毒性百分比(percentage of specific cytoxicity)，以如下式計算而決定：專一性溶解(specific lysis)%=[(實驗釋放-自發釋放)/(最大釋放-自發釋放)]x100。
於癌症中CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10的表現增進
使用cDNA微陣列從各種癌症得到之整體基因表
現概況資料，顯示以下基因之表現升高。
CDH3(GenBank Accession No.NM_001793；SEQ ID NO1、2)、EPHA4(GenBank Accession No.L36645；SEQ ID NO3、4)、ECT2(GenBank Accession No.AY376439；SEQ ID NO5、6)、HIG2(GenBank Accession No.NM_013332；SEQ ID NO7、8)、INHBB(GenBank Accession No.NM_002193；SEQ ID NO9、10)、KIF20A(GenBank Accession No.NM_005733；SEQ ID NO11、12)、KNTC2(GenBank Accession No.AF017790；SEQ ID NO13、14)、TTK(GenBank Accession No.NM_003318；SEQ ID NO15、16)及URLC10(GenBank Accession No.NM_017527；SEQ ID NO17、18)
CDH3表現在以下癌症中，相較於對應的正常組織為有效地升高。
34例膀胱癌中有26例、19例子宮頸癌有17例、19例膽管細胞癌中有19例、34例大腸直腸癌中有30例、21例子宮內膜異位症中有20例、20例胃癌中有13例、8例瀰漫型胃癌中有7例、37例NSCLC中有36例、16例胰臟癌中有16例、
21例軟組織腫瘤中有21例，以及10例睪丸癌中有10例
EPHA4表現在以下癌症中，相較於對應的正常組織為有效地升高。
34例膀胱癌中有14例、14例子宮頸癌中有8例、25例膽管細胞癌中有10例、15例子宮內膜異位症中有5例、8例瀰漫型胃癌中有5例、5例卵巢癌中有5例、14例胰臟癌中有14例、51例前列腺癌中有20例，以及23例軟組織腫瘤中有14例
ECT2表現在以下癌症中，相較於對應的正常組織為有效地升高。
19例膀胱癌中有17例、12例乳癌中有5例、14例子宮頸癌中有14例、13例膽管細胞癌中有13例、5例CML中有5例、8例大腸直腸癌中有7例、16例食道癌中有12例、16例NSCLC中有6例、10例淋巴癌中有8例、
1例胰臟癌中有1例、13例前列腺癌中有10例、6例腎癌中有3例，以及13例SCLC癌中有12例
HIG2表現在20例腎癌中有19例，及9例軟組織腫瘤中有7例，相較於對應的正常組織為有效地升高。
INHBB表現在以下癌症中，相較於對應的正常組織為有效地升高。
21例膽管細胞癌中有10例、12例食道癌中有12例、13例NSCLC中有10例、24例中之腎癌有22例、14例SCLC癌中有8例，49例軟組織腫瘤中有45例
KIF20A表現在以下癌症中，相較於對應的正常組織為有效地升高。
31例膀胱癌中有31例、61例乳癌中有38例、11例膽管細胞癌中有10例、19例食道癌中有7例、22例NSCLC中有21例、6例卵巢癌中有6例、36例前列腺癌中有17例、11例腎癌中有6例，以及
15例SCLC中有15例
KNTC2表現在以下癌症中，相較於對應的正常組織為有效地升高。
32例膀胱癌中有30例、56例乳癌中有47例、10例子宮頸癌中有10例、22例膽管細胞癌中有16例、37例CML中有7例、10例大腸直腸癌中有3例、46例食道癌中有11例、19例NSCLC中有15例、8例淋巴癌中有7例、24例骨肉瘤中有20例、5例卵巢癌中有3例、2例胰臟癌中有2例、37例前列腺癌中有15例、19例腎癌中有14例、15例SCLC中有15例，以及59例軟組織腫瘤中有40例
TTK表現在以下癌症中，相較於對應的正常組織為有效地升高。
27例膀胱癌中有27例、30例乳癌中有25例、16例子宮頸癌中有15例、
10例膽管細胞癌中有10例、7例CML中有5例、10例大腸直腸癌中有6例、44例食道癌中有24例、15例肝癌中有8例、12例NSCLC中有12例、6例淋巴癌中有6例、16例骨原細胞瘤中有13例、17例前列腺癌中有12例、15例SCLC中有15例，以及33例軟組織腫瘤中有16例
URLC10表現在以下癌症中，相較於對應的正常組織為有效地升高。
29例膀胱癌中有29例、16例子宮頸癌中有15例、7例膽管細胞癌中有7例、19例食道癌中有7例、3例胃癌中有3例、27例NSCLC中有24例、19例骨肉瘤中有15例、5例胰臟癌中有4例、43例軟組織腫瘤中有33例
預測衍生自CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK或URLC10之HLA-A24或HLA-A2結合胜肽
表2依照結合親和性之順序，列出針對於CDH3之HLA-A*2402結合胜肽。表2A列出衍生自CDH3之9-mer胜肽，表2B列出衍生自CDH3之10-mer胜肽。
表3依照結合親和性之順序，列出針對於EPHA4之HLA-A*2402及HLA-A*0201結合胜肽。表3A列出衍生自EPHA4之HLA-A*2402結合9-mer胜肽，表3B列出衍生自EPHA4之HLA-A*2402結合10-mer胜肽，表3C列出衍生自EPHA4之HLA-A*0201結合9-mer胜肽。
表4依照結合親和性之順序，列出針對ECT2之HLA-A*2402結合胜肽。表4A列出衍生自ECT2之9-mer胜肽，表4B列出衍生自ECT2之10-mer胜肽。
表5列出針對HIG2之HLA-A*2402及HLA-A*0201結合胜肽，表5A列出衍生自HIG2之HLA-A*2402結合9-mer胜肽，表5B列出衍生自HIG2之HLA-A*2402結合10-mer胜肽，表5C列出衍生自HIG2之HLA-A*0201結合9-mer胜肽，表5D列出衍生自HIG2之HLA-A*0201結合
10-mer胜肽。
表6列出針對INHBB之HLA-A*2402及HLA-A*0201結合胜肽，表6A顯示衍生自INHBB之HLA-A*2402結合9-mer胜肽，表6B列出衍生自INHBB之HLA-A*2402結合10-mer胜肽，表6C列出衍生自INHBB之HLA-A*0201結合9-mer胜肽，表6D列出衍生自INHBB之HLA-A*0201結合10-mer胜肽。
表7依照結合親和性之順序，列出針對KIF20A之HLA-A*2402結合胜肽。表7A列出衍生自KIF20A之9-mer胜肽，表7B列出衍生自KIF20A之10-mer胜肽。
表8依照結合親和性之順序，列出針對KNTC2之HLA-A*2402結合胜肽。表8A列出衍生自KNTC2之9-mer胜肽，表8B列出衍生自KNTC2之10-mer胜肽。
表9依照結合親和性之順序，列出針對TTK之HLA-A*0201結合胜肽。表9A列出衍生自TTK之9-mer胜肽，表9B列出衍生自TTK之10-mer胜肽。
表10列出依照結合親和性之順序，針對URLC10之HLA-A*0201結合胜肽。表10A列出衍生自URLC10之9-mer胜肽，表10B列出衍生自URLC10之10-mer胜肽。
關於表中用語之解釋及定義
起始位置，代表從N末端起算之胺基酸號碼。
結合分數，從材料與方法中所述“BIMAS”得出。
陽性捐出者數，代表CD8+-T細胞能藉由以抗原呈現細胞進行體外刺激而誘導專一性的CTL的捐出者數。以(陽
性捐出者數/總提供者數)表示。
陽性井數，代表能藉由IFN-γ ELISPOT試驗偵測到之專一性IFN-γ生產的井數。可從1位提供者製備4至8井。以(陽性井數/以IFN-γ ELISPOT試驗測試之總井數)表示。
陽性CTL細胞株，代表從陽性井建立之CTL細胞株數。CTL細胞株之產生，係以ELISA決定。以(建立之CTL細胞株數/以IFN-γ ELISPOT試驗測試之陽性井數)表示。
無陽性提供者，並不是以無可偵測到的陽性井定義，而是以無建立CTL細胞株來決定。
表格中以粗體表示之胜肽，具有T細胞刺激活性。
陽性捐出者數、陽性井數及陽性CTL株無資料、“-“，意涵為胜肽以任何因素無法合成。
以經HLA-A*2402限制之來自於CDH3的預測胜肽來刺激T細胞，及以CDH3衍生胜肽刺激來建立CTL細胞株
依照上述”材料及方法”項目中提到的實驗步驟，產生針對於衍生自CDH3之胜肽的CTL。以IFN-γ ELISPOT試驗所決定之具可偵測到的專一性的CTL活性之CTL，如第1圖所示。尤其，CDH3-A24-9-513(SEQ ID NO：19)、CDH3-A24-9-406(SEQ ID NO：22)、CDH3-A24-10-807(SEQ ID NO：30)、CDH3-A24-10-332(SEQ ID NO：34)、CDH3-A24-10-655(SEQ ID NO：344)，及CDH3-A24-10-470(SEQ ID NO：358)，藉由IFN-γ ELISPOT試驗，相較於控制組，證明有效能的IFN-γ生產；經以SEQ ID NO：19刺激之陽性井編號#5之細胞、經以SEQ ID NO：22刺激之陽性井編號#2之細胞、經以SEQ ID NO：30刺激之陽性井編號#5之細胞、經以SEQ ID NO：34刺激之陽性井編號#4之細胞、經以SEQ ID NO：344刺激之陽性井編號#1之細胞，及經以SEQ ID NO：358刺激之陽性井編號#4之細胞，被擴大族群，且建立CTL細胞株。以ELISA決定此等CTL細胞株中，對抗經胜肽脈衝之標靶，相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，具有有效能及專一性的CTL活性者。結果如第1圖所示。但是，表2中之其他胜肽，雖具可能與HLA-A*2402結合之活性，但不能建立CTL細胞株。例如，典型的陰性胜肽(CDH3-A24-10-248)，如第1a圖所示。於本發明，能建立CTL細胞株之胜肽，被選為有效能的CTL刺激胜肽。
建立經CDH3衍生胜肽刺激之CTL選殖體
再者，依照上述”材料與方法”項目中列出之實驗步驟，實施此等CTL細胞株之極限稀釋。圖1f及g顯示從
CDH3-A24-10-807(SEQ ID NO：30)#5CTL細胞株及CDH3-A24-10-655(SEQ ID NO：344)#1 CTL細胞株建立CTL選殖體。CTL選殖體，對抗經胜肽脈衝之標靶，相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，具有有效能及專一性的CTL活性。
對抗表現CDH3及HLA-A*2402之標靶細胞之專一性的CTL活性
對抗此等胜肽建立之CTL細胞株，被檢驗認識表現CDH3及HLA-A*2402之標靶細胞的能力。作為針對於內生性地表現CDH3及HLA-A*2402之標靶細胞之特別模型，對抗以全長CDH3基因及HLA-A*2402分子兩者轉染之COS7之專一性CTL活性，使用CDH3-A24-10-807(SEQ ID NO：30)及CDH3-A24-10-655(SEQ ID NO：344)導出之CTL細胞株作為效應子細胞測試。製備以全長CDH3轉染但不經HLA-A*2402轉染之COS7，以及經HLA-A*2402轉染但不經全長CDH3轉染之COS7，作為控制組。展現對抗COS7之最高專一性CTL活性之CTL選殖體，為經CDH3及HLA-A2402兩者轉染者(第1f及g圖)。
此等結果清楚地證明CDH3-A24-10-807(SEQ ID NO：30)及CDH3-A24-10-655(SEQ ID NO：344)，係與HLA-A2402分子一起天然地表現在標靶細胞表面上，並且認識CTL。再者，此等胜肽為抗原決定基胜肽，可作為標靶於表現CDH3之腫瘤的癌疫苗。
使用經HLA-A*2402或HLA-A*0201限制之來自於EPHA4之預測胜肽來刺激T細胞，並建立經EPHA4衍生胜肽 刺激之CTL細胞株
針對衍生自EphA4之胜肽的CTL，藉由IFN-γ ELISPOT試驗產生。IFN-γ ELISPOT試驗所決定之具可偵測到的專一性的CTL活性之CTL，如第2圖所示。具體而言，IFN-γ ELISPOT試驗證明：EphA4-A24-9-453(SEQ ID NO：41)、EphA4-A24-9-5(SEQ ID NO：44)、EphA4-A24-9-869(SEQ ID NO：46)、EphA4-A24-9-420(SEQ ID NO：48)、EphA4-A24-10-24(SEQ ID NO：78)、EphA4-A02-9-501(SEQ ID NO：376)及EphA4-A02-9-165(SEQ ID NO：379)具有效的IFN-γ生產；且經EphA4-A24-9-453(SEQ ID NO：41)刺激之陽性井編號#3中之細胞、經EphA4-A24-9-5(SEQ ID NO：44)刺激之陽性井編號#2中之細胞、經EphA4-A24-9-869(SEQ ID NO：46)刺激之陽性井編號#5中之細胞、經EphA4-A24-9-420(SEQ ID NO：48)刺激之陽性井編號#6中之細胞、經EphA4-A24-10-24(SEQ ID NO：78)刺激之陽性井編號#4中之細胞、經EphA4-A02-9-501(SEQ ID NO：376)刺激之陽性井編號#8中之細胞，經EphA4-A02-9-165(SEQ ID NO：379)刺激之陽性井編號#3中之細胞，被擴大族群，且建立CTL細胞株。以ELISA決定出相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，對抗經胜肽脈衝之標靶具較高專一性CTL活性的CTL細胞株。尤其，依照上述”材料與方法”項目中列出之實驗步驟，以51Cr-釋放試驗測試經以EphA4-A02-9-501(SEQ ID NO：376)及EphA4-A02-9-165(SEQ ID NO：379)刺激之CTL細胞株。結果如第2a-h圖所示。但是，表3中的其他胜肽，即便可能有結合於HLA-A*2402或
HLA-A*0201之活性，但無法建立CTL細胞株。例如，典型的陰性胜肽(EphA4-A24-9-384)顯示於第2a圖。於本發明，能建立CTL細胞株之胜肽，被選為有效能的CTL刺激胜肽。
以經HLA-A*2402限制之來自於ECT2之預測胜肽來刺激T細胞，並建立經ECT2衍生胜肽刺激之CTL細胞株
針對於衍生自ECT2之胜肽的CTL，依照在”材料與方法”項目中列出之實驗步驟產生。IFN-γ ELISPOT試驗所決定之具可偵測到的專一性的CTL活性之CTL，如第3圖所示。尤其，ECT2-A24-9-515(SEQ ID NO：80),ECT2-A24-10-40(SEQ ID NO：100)及ECT2-A24-10-101(SEQ ID NO：101)顯示有效的IFN-γ生產，且經ECT2-A24-9-515(SEQ ID NO：80)刺激之陽性井編號#7中之細胞、經ECT2-A24-10-40(SEQ ID NO：100)刺激之陽性井編號#2中之細胞，及經ECT2-A24-10-101(SEQ ID NO：101)刺激之陽性井編號#1中之細胞被擴大族群，且建立CTL細胞株。以ELISA決定出相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，對抗經胜肽脈衝之標靶具較高專一性CTL活性的CTL細胞株。結果如第3a-d圖所示。但是，表4中的其他胜肽，即便可能有結合於HLA-A*2402之活性，但無法建立CTL細胞株。例如，典型陰性胜肽(ECT2-A24-10-322、ECT2-A24-9-657及ECT2-A24-10-811)，如第3a圖所示。於本發明，能建立CTL細胞株之胜肽，被選為有效能的CTL刺激胜肽。
建立經ECT2衍生胜肽刺激之CTL選殖體
再者，依照上述”材料與方法”項目中列出之實驗步驟，實施此等CTL細胞株之連續稀釋。從ECT2-A24-10-40(SEQ ID
NO：100)#2 CTL細胞株建立之CTL選殖體，如第3c圖所示。CTL選殖體，對抗經胜肽脈衝之標靶，相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，具有有效能及專一性的CTL活性。
對抗表現ECT2及HLA-A*2402之標靶細胞的專一性CTL活性
所產生對抗此等胜肽建立之CTL細胞株，被檢驗認識表現ECT2及HLA-A*2402之標靶細胞的能力。作為針對於內生性地表現ECT2及HLA-A*2402之標靶細胞之特別模型，對抗以全長ECT2基因及HLA-A*2402分子兩者轉染之COS7之專一性CTL活性，使用ECT2-A24-10-40(SEQ ID NO：100)及ECT2-A24-10-101(SEQ ID NO：101)導出之CTL細胞株作為效應子細胞測試。製備以全長ECT2轉染但不經HLA-A*2402轉染之COS7，以及經HLA-A*2402轉染但不經全長ECT2(取代其他基因，例如URLC10或INHBB)轉染之COS7，作為控制組。展現對抗COS7之最高專一性CTL活性之CTL選殖體，為經ECT2及HLA-A2402兩者轉染者(第3c及d圖)。
此等結果清楚地證明ECT2-A24-10-40(SEQ ID NO：100)及ECT2-A24-10-101(SEQ ID NO：101)，係與HLA-A2402分子一起天然地表現在標靶細胞表面上，並且認識CTL。再者，此等胜肽為抗原決定基胜肽，可作為標靶於表現ECT2之腫瘤的癌疫苗。
對抗內生性表現HLA-A*2402及ECT2之癌細胞株的細胞毒性活性
再者，依照上述”材料與方法”項目中列出之實驗步驟，實
施細胞毒性試驗。結果如第3b圖所示，經ECT2-A24-9-515(SEQ ID NO：80)刺激之CTL選殖體，對於HLA-A24陽性及ECT陽性之癌細胞株TE6，相較於對於HLA-A24陰性及ECT陽性之癌細胞株TE5，顯示顯著高的細胞毒性作用。
以經HLA-A*2402或HLA-A*0201限制之來自於HIG2之預測胜肽來刺激T細胞，並建立經HIG2衍生胜肽刺激之CTL細胞株
針對於衍生自HIG2之胜肽的CTL，依照在”材料與方法”項目中列出之實驗步驟產生。IFN-γ ELISPOT試驗所決定之具可偵測到的專一性的CTL活性之CTL，如第4圖所示。尤其，IFN-γ ELISPOT試驗證明：HIG2-A24-9-19(SEQ ID NO：110)、HIG2-A24-9-22(SEQ ID NO：111)、HIG2-A24-9-8(SEQ ID NO：387)、HIG2-A24-10-7(SEQ ID NO：112)、HIG2-A24-10-18(SEQ ID NO：394)、HIG2-A02-9-8(SEQ ID NO：114)、HIG2-A02-9-15(SEQ ID NO：116)、HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)及HIG2-A02-10-8(SEQ ID NO：121)，具有效的IFN-γ生產；且經HIG2-A24-9-19(SEQ ID NO：110)刺激之陽性井編號#6中之細胞、經HIG2-A24-9-22(SEQ ID NO：111)刺激之陽性井編號#7中之細胞、經HIG2-A24-9-8(SEQ ID NO：387)刺激之陽性井編號#5中之細胞、經HIG2-A24-10-7(SEQ ID NO：112)刺激之陽性井編號#1中之細胞、經HIG2-A24-10-18(SEQ ID NO：394)刺激之陽性井編號#7中之細胞、經HIG2-A02-9-8(SEQ ID NO：114)刺激之陽性井編號#10中之細胞、經HIG2-A02-9-15(SEQ ID NO：116)刺激之陽性井編號#10
中之細胞、經HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)刺激之陽性井編號#10中之細胞、經HIG2-A02-10-8(SEQ ID NO：121)刺激之陽性井編號#9中之細胞被擴大族群，且建立CTL細胞株。以ELISA決定出相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，對抗經胜肽脈衝之標靶具較高專一性CTL活性的CTL細胞株。結果如第4a-j圖所示。但是，表5中的其他胜肽，即便可能有結合於HLA-A*2402之活性，但無法建立CTL細胞株。例如，典型的陰性胜肽(HIG2-A24-9-7)顯示於第4a圖。於本發明，能建立CTL細胞株之胜肽，被選為有效能的CTL刺激胜肽。
建立經HIG2衍生胜肽刺激之CTL選殖體
再者，依照上述”材料與方法”項目中列出之實驗步驟，實施此等CTL細胞株之極限稀釋。從HIG2-A24-9-22(SEQ ID NO：111)#7 CTL細胞株、HIG2-A24-9-8(SEQ ID NO：387)#5 CTL細胞株、HIG2-A24-10-7(SEQ ID NO：112)#1 CTL細胞株、HIG2-A24-10-18(SEQ ID NO：394)#7 CTL細胞株及HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)#10 CTL細胞株建立之CTL選殖體，如第4c、e、f、g及i圖所示。CTL選殖體，對抗經胜肽脈衝之標靶，相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，具有有效能及專一性的CTL活性。
對抗表現HIG2及HLA-A*0201之標靶細胞的專一性CTL活性
對抗此等胜肽建立之CTL細胞株，被檢驗認識表現HIG2及HLA-A*0201之標靶細胞的能力。作為針對於內生性地表現HIG2及HLA-A*0201之標靶細胞之特別模型，對抗以全長
HIG2基因及HLA-A*0201分子兩者轉染之293T或COS7之專一性CTL活性，使用HIG2-A02-9-8(SEQ ID NO：114)、HIG2-A02-9-15(SEQ ID NO：116)導出之CTL細胞株，及HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)導出之CTL選殖體作為效應子細胞測試。製備以全長ECT2轉染但不經HLA-A*0201轉染之293T或COS7，以及經HLA-A*0201轉染但不經全長ECT2(或取代其他基因，例如FoxP3或TTK)轉染之293T或COS7，作為控制組。展現對抗293T或COS7之最高專一性CTL活性之CTL細胞株，為經ECT2及HLA-A*0201兩者轉染者(第4e、h及i圖)。
此等結果清楚地證明HIG2-A02-9-8(SEQ ID NO：114)、HIG2-A02-9-15(SEQ ID NO：116)及HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)，係與HLA-A2402或HLA-A0201分子一起天然地表現在標靶細胞表面上，並且認識CTL。再者，此等胜肽為抗原決定基胜肽，可作為標靶於表現HIG2之腫瘤的癌疫苗。
對抗內生性表現HLA-A*0201及HIG2之癌細胞株的細胞毒性活性
再者，依照上述”材料與方法”項目中列出之實驗步驟，實施細胞毒性試驗。結果如第4i圖所示，經HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)刺激之CTL選殖體，對於HLA-A02陽性及HIG2陽性之癌細胞株CAki-1，相較於對於HLA-A02陰性及HIG2陽性之癌細胞株A498，顯示顯著高的細胞毒性作用。
以經HLA-A*2402或HLA-A*0201限制之來自於INHBB之預測胜肽來刺激T細胞，並建立經INHBB衍生胜肽 刺激之CTL細胞株
針對於衍生自INHBB之胜肽的CTL，依照在”材料與方法”項目中列出之實驗步驟產生。IFN-γ ELISPOT試驗所決定之具可偵測到的專一性的CTL活性之CTL，如第5圖所示。尤其，IFN-γ ELISPOT試驗證明：INHBB-A24-9-180(SEQ ID NO：395)、INHBB-A24-10-180(SEQ ID NO：133)、INHBB-A24-10-305(SEQ ID NO：135)、INHBB-A24-10-7(SEQ ID NO：137)及INHBB-A24-10-212(SEQ ID NO：426)，具有效的IFN-γ生產；且經INHBB-A24-9-180(SEQ ID NO：395)刺激之陽性井編號#7中之細胞、經INHBB-A24-10-180(SEQ ID NO：133)刺激之陽性井編號#3中之細胞、經INHBB-A24-10-305(SEQ ID NO：135)刺激之陽性井編號#2中之細胞、經INHBB-A24-10-7(SEQ ID NO：137)刺激之陽性井編號#8及#2中之細胞、經INHBB-A24-10-212(SEQ ID NO：426)刺激之陽性井編號#1中之細胞，被擴大族群，且建立CTL細胞株。以ELISA決定出相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，對抗經胜肽脈衝之標靶具較高專一性CTL活性的CTL細胞株。結果如第5b-e圖所示。但是，表6中的其他胜肽，即便可能有結合於HLA-A*2402及HLA*0201之活性，但無法建立CTL細胞株。例如，典型的陰性胜肽(INHBB-A24-9-238)顯示於第5a圖。於本發明，能建立CTL細胞株之胜肽，被選為有效能的CTL刺激胜肽。
建立經INHBB衍生胜肽刺激之CTL選殖體
再者，依照上述”材料與方法”項目中列出之實驗步驟，實
施此等CTL細胞株之極限稀釋。從INHBB-A24-9-180(SEQ ID NO：395)#7 CTL細胞株，及INHBB-A24-10-305(SEQ ID NO：135)#2 CTL細胞株建立之CTL選殖體，如第5b及d圖所示。CTL選殖體，對抗經胜肽脈衝之標靶，相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，具有有效能及專一性的CTL活性。
對抗表現INHBB及HLA-A*2402之標靶細胞的專一性CTL活性
對抗此等胜肽建立之CTL細胞株，被檢驗認識表現INHBB及HLA-A*2402之標靶細胞的能力。作為針對於內生性地表現INHBB及HLA-A*2402之標靶細胞之特別模型，對抗以全長INHBB基因及HLA-A*2402分子兩者轉染之293T之專一性CTL活性，使用INHBB-A24-10-180(SEQ ID NO：133)、INHBB-A24-10-7(SEQ ID NO：137)導出之CTL細胞株，及INHBB-A24-10-305(SEQ ID NO：135)導出之CTL選殖體作為效應子細胞測試。製備以全長INHBB轉染但不經HLA-A*2402轉染之293T，以及經HLA-A*2402轉染但不經全長INHBB轉染之293T，作為控制組。展現對抗293T之最高專一性CTL活性之CTL細胞株，為經INHBB及HLA-A*2402兩者轉染者(第5c、d及e圖)。
此等結果清楚地證明INHBB-A24-10-305(SEQ ID NO：135)、INHBB-A24-10-180(SEQ ID NO：133)及INHBB-A24-10-7(SEQ ID NO：137)，係與HLA-A2402分子一起天然地表現在標靶細胞表面上，並且認識CTL。再者，此等胜肽為抗原決定基胜肽，可作為標靶於表現INHBB之腫瘤的
癌疫苗。
對抗內生性表現HLA-A*2402及INHBB之癌細胞株的細胞毒性活性
再者，依照上述”材料與方法”項目中列出之實驗步驟，實施細胞毒性試驗。結果如第5b圖所示，經INHBB-A24-9-180(SEQ ID NO：395)刺激之CTL選殖體，對於HLA-A24陽性及INHBB陽性之癌細胞株MIAPaca2，相較於對於HLA-A24陰性及INHBB陽性之癌細胞株CAki-2，顯示顯著高的細胞毒性作用。
以經HLA-A*2402限制之來自於KIF20A之預測胜肽來刺激T細胞，並建立經KIF20A衍生胜肽刺激之CTL細胞株
針對於衍生自KIF20A之胜肽的CTL，依照在”材料與方法”項目中列出之實驗步驟產生。IFN-γ ELISPOT試驗所決定之具可偵測到的專一性的CTL活性之CTL，如第6圖所示。尤其，IFN-γ ELISPOT試驗證明：KIF20A-A24-9-305(SEQ ID NO：174)、KIF20A-A24-9-383(SEQ ID NO：178)、KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)及KIF20A-A24-10-66(SEQ ID NO：194)，具有效的IFN-γ生產；且經KIF20A-A24-9-305(SEQ ID NO：174)刺激之陽性井編號#2中之細胞、經KIF20A-A24-9-383(SEQ ID NO：178)刺激之陽性井編號#3中之細胞、經KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)刺激之陽性井編號#5中之細胞、經
KIF20A-A24-10-66(SEQ ID NO：194)刺激之陽性井編號#6中之細胞、被擴大族群，且建立CTL細胞株。以ELISA決定出相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，對抗經胜肽脈衝之標靶具較高專一性CTL活性的CTL細胞株。結果如第6a-e圖所示。但是，表7中的其他胜肽，即便可能有結合於HLA-A*2402之活性，但無法建立CTL細胞株。例如，典型的陰性胜肽(KIF20A-A24-9-647及KIF20A-A24-10-182)顯示於第6a圖。於本發明，能建立CTL細胞株之胜肽，被選為有效能的CTL刺激胜肽。
建立經KIF20A衍生胜肽刺激之CTL選殖體
再者，依照上述”材料與方法”項目中列出之實驗步驟，實施此等CTL細胞株之極限稀釋。從KIF20A-A24-9-305(SEQ ID NO：174)#2 CTL細胞株、KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)#5 CTL細胞株及KIF20A-A24-10-66(SEQ ID NO：194)#6 CTL細胞株建立之CTL選殖體，如第6b、d及e圖所示。對抗經胜肽脈衝之標靶，相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，具有有效能及專一性的CTL活性。
對抗表現KIF20A及HLA-A*2402之標靶細胞的專一性CTL活性
對抗此等胜肽建立之CTL細胞株，被檢驗認識表現KIF20A及HLA-A*2402之標靶細胞的能力。作為針對於內生性地表現KIF20A及HLA-A*2402之標靶細胞之特別模型，對抗以全長KIF20A基因及HLA-A*2402分子兩者轉染之COS7之專一性CTL活性，以及，對抗以全長KIF20A基因電穿孔轉
染之A24-LCL的COS7之專一性CTL活性，使用KIF20A-A24-9-383(SEQ ID NO：178)及KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)導出之CTL細胞株，及導出之CTL選殖體作為效應子細胞測試。製備以全長KIF20A轉染但不經HLA-A*2402轉染之COS7，以及經HLA-A*2402轉染但不經全長KIF20A(或取代全長URLC10基因)轉染之COS7、經HLA-A*2402轉染且經KIF20A-10-308脈衝之COS7、經仿製載體(mock vector)轉染之A24-LCL，作為控制組。
展現對抗COS7之最高專一性CTL活性之CTL細胞株，為經KIF20A及HLA-A*2402兩者轉染者(第6b、c及d圖)。或者，經KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)刺激之CTL細胞株，證明對抗經KIF20A轉染之A24-LCL。
此等結果清楚地證明KIF20A-A24-9-383(SEQ ID NO：178)、KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)及KIF20A-A24-10-66(SEQ ID NO：194)，係與HLA-A2402分子一起天然地表現在標靶細胞表面上，並且認識CTL。再者，此等胜肽為抗原決定基胜肽，可作為標靶於表現KIF20A之腫瘤的癌疫苗。
對抗內生性表現HLA-A*2402及KIF20A之癌細胞株的細胞毒性活性
再者，依照上述”材料與方法”項目中列出之實驗步驟，實施細胞毒性試驗。結果如第6b及e圖所示，經KIF20A-A24-9-305(SEQ ID NO：174)或KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)刺激之CTL選殖體，對於HLA-A24陽性及
KIF20A陽性之癌細胞株PK45P或MIAPaca2，相較於對於HLA-A24陰性及KIF20A陽性之癌細胞株PK59，顯示顯著高的細胞毒性作用。
以經HLA-A*2402限制之來自於KNTC2之預測胜肽來刺激T細胞，並建立經KNTC2衍生胜肽刺激之CTL細胞株
針對於衍生自KNTC2之胜肽的CTL，依照在”材料與方法”項目中列出之實驗步驟產生。IFN-γ ELISPOT試驗所決定之具可偵測到的專一性的CTL活性之CTL，如第7圖所示。尤其，IFN-γ ELISPOT試驗證明：KNTC2-A24-9-309(SEQ ID NO：196)、KNTC2-A24-9-124(SEQ ID NO：202)、KNTC2-A24-9-154(SEQ ID NO：210)、KNTC2-A24-9-150(SEQ ID NO：213)、KNTC2-A24-10-452(SEQ ID NO：214)、KNTC2-A24-10-227(SEQ ID NO：217)及KNTC2-A24-10-273(SEQ ID NO：223)，具有效的IFN-γ生產；且經KNTC2-A24-9-309(SEQ ID NO：196)刺激之陽性井編號#8中之細胞、經KNTC2-A24-9-124(SEQ ID NO：202)刺激之陽性井編號#5中之細胞、經KNTC2-A24-9-154(SEQ ID NO：210)刺激之陽性井編號#5中之細胞、經KNTC2-A24-9-150(SEQ ID NO：213)刺激之陽性井編號#7中之細胞、經KNTC2-A24-10-452(SEQ ID NO：214)刺激之陽性井編號#4及#5中之細胞、經KNTC2-A24-10-227(SEQ ID NO：217)刺激之陽性井編號#1中之細胞、經KNTC2-A24-10-273(SEQ ID NO：223)刺激之陽性井編號#8中之細胞被擴大族群，且建立CTL
細胞株。以ELISA決定出相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，對抗經胜肽脈衝之標靶具較高專一性CTL活性的CTL細胞株。結果如第7a-h圖所示。但是，表8中的其他胜肽，即便可能有結合於HLA-A*2402之活性，但無法建立CTL細胞株。例如，典型的陰性胜肽(KNTC2-A24-10-610)顯示於第7a圖。於本發明，能建立CTL細胞株之胜肽，被選為有效能的CTL刺激胜肽。
建立經KNTC2衍生胜肽刺激之CTL選殖體
再者，依照上述”材料與方法”項目中列出之實驗步驟，實施此等CTL細胞株之極限稀釋。從KNTC2-A24-9-154(SEQ ID NO：210)#5 CTL細胞株及KNTC2-A24-10-452(SEQ ID NO：214)#5 CTL細胞株建立之CTL選殖體，如第7d及f圖所示。CTL選殖體，對抗經胜肽脈衝之標靶，相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，具有有效能及專一性的CTL活性。
對抗表現KNTC2及HLA-A*2402之標靶細胞的專一性CTL活性
對抗此等胜肽建立之CTL細胞株，被檢驗認識表現KNTC2及HLA-A*2402之標靶細胞的能力。作為針對於內生性地表現KNTC2及HLA-A*2402之標靶細胞之特別模型，對抗以全長KNTC2基因及HLA-A*2402分子兩者轉染之HEK293之專一性CTL活性，使用KNTC2-A24-10-452(SEQ ID NO：214)導出之CTL選殖體作為效應子細胞測試。製備以全長ECT2轉染但不經HLA-A*2402轉染之HEK293，以及經HLA-A*2402轉染但不經全長KNTC2轉染之HEK293，及經HLA-A*2402
轉染並經KNTC2-9-309脈衝之HEK293，作為控制組。展現對抗HEK293之最高專一性CTL活性之CTL細胞株，為經KNTC2及HLA-A*2402兩者轉染者(第7f圖)。
此等結果清楚地證明KNTC2-A24-10-452(SEQ ID NO：214)，係與HLA-A2402分子一起天然地表現在標靶細胞表面上，並且認識CTL。再者，此等胜肽為抗原決定基胜肽，可作為標靶於表現KNTC2之腫瘤的癌疫苗。
以經HLA-A*0201限制之來自於TTK 2之預測胜肽來刺激T細胞，並建立經TTK衍生胜肽刺激之CTL細胞株
針對於衍生自TTK之胜肽的CTL，依照在”材料與方法”項目中列出之實驗步驟產生。IFN-γ ELISPOT試驗所決定之具可偵測到的專一性的CTL活性之CTL，如第8圖所示。如第8b-d圖所示，IFN-γ ELISPOT試驗證明：TTK-A2-9-462(SEQ ID NO：227)、TTK-A2-9-547(SEQ ID NO：228)、TTK-A2-9-719(SEQ ID NO：233)及TTK-A2-10-462(SEQ ID NO：254)具有效的IFN-γ生產；且經TTK-A2-9-462(SEQ ID NO：227)刺激之陽性井編號#4中之細胞、經TTK-A2-9-547(SEQ ID NO：228)刺激之陽性井編號#2中之細胞、經TTK-A2-9-719(SEQ ID NO：233)刺激之陽性井編號#1中之細胞、經TTK-A2-10-462(SEQ ID NO：254)刺激之陽性井編號#8中之細胞被擴大族群，且建立CTL細胞株。以ELISA決定出相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，對抗經胜肽脈衝之標靶具較高專一性CTL活性的CTL細胞株。但是，表9中的其他胜肽，即便可能有結合於HLA-A*0201之活性，但無法建立CTL細
胞株。例如，典型的陰性胜肽(TTK-A2-9-278)顯示於第8a圖。於本發明，能建立CTL細胞株之胜肽，被選為有效能的CTL刺激胜肽。
建立經TTK衍生胜肽刺激之CTL選殖體
再者，依照上述”材料與方法”項目中列出之實驗步驟，實施此等CTL細胞株之極限稀釋。從TTK-A2-9-462(SEQ ID NO：227)#4 CTL細胞株、TTK-A2-9-547(SEQ ID NO：228)#2 CTL細胞株、TTK-A2-9-719(SEQ ID NO：233)#1 CTL細胞株及TTK-A2-10-462(SEQ ID NO：254)#8 CTL細胞株建立之CTL選殖體，如第8d、c、d及e圖所示。CTL選殖體，對抗經胜肽脈衝之標靶，相較於對抗未經胜肽脈衝之標靶，具有有效能及專一性的CTL活性。
對抗表現TTK及HLA-A*0201之標靶細胞的專一性CTL活性
對抗此等胜肽建立之CTL細胞株，被檢驗認識表現TTK及HLA-A*0201之標靶細胞的能力。作為針對於內生性地表現TTK及HLA-A*0201之標靶細胞之特別模型，對抗以全長TTK基因及HLA-A*0201分子兩者轉染之COS7之專一性CTL活性，使用TTK-A2-9-462(SEQ ID NO：227)、TTK-A02-9-547(SEQ ID NO：228)、TTK-A2-9-719(SEQ ID NO：233)及TTK-A2-10-462(SEQ ID NO：254)導出之CTL選殖體作為效應子細胞測試。製備以全長TTK轉染但不經HLA-A*0201轉染之COS7，以及經HLA-A*0201轉染但不經全長TTK(或取代之全長HIG2基因)轉染之COS7，及經HLA-A*0201轉染並經不
同之標靶抗原決定基胜肽脈衝之COS7，作為控制組。展現對抗COS7之最高專一性CTL活性之CTL細胞株，為經TTK及HLA-A*0201兩者轉染者(第8b、c、d及e圖)。
此等結果清楚地證明TTK-A2-9-462(SEQ ID NO：227)、TTK-A02-9-547(SEQ ID NO：228)、TTK-A2-9-719(SEQ ID NO：233)及TTK-A02-10-462(SEQ ID NO：254)，係與HLA-A2分子一起天然地表現在標靶細胞表面上，並且認識CTL。再者，此等胜肽為抗原決定基胜肽，可作為標靶於表現TTK之腫瘤的癌疫苗。
以經HLA-A*0201限制之來自於URLC10之預測胜肽來刺激T細胞，並建立經URLC10衍生胜肽刺激之CTL細胞株
針對於衍生自URLC10之胜肽的CTL，依照在”材料與方法”項目中列出之實驗步驟產生。IFN-γ ELISPOT試驗所決定之具可偵測到的專一性的CTL活性之CTL，如第9圖所示。如第9b-d圖所示，IFN-γ ELISPOT試驗證明：URLC-A2-9-206(SEQ ID NO：271),URLC-A2-9-212(SEQ ID NO：272)及URLC-A2-10-211(SEQ ID NO：288)具有效的IFN-γ生產；且經URLC-A2-9-206(SEQ ID NO：271)刺激之陽性井編號#7中之細胞、經URLC-A2-9-212(SEQ ID NO：272)刺激之陽性井編號#3中之細胞、經URLC-A2-10-211(SEQ ID NO：288)刺激之陽性井編號#5中之細胞，被擴大族群。以ELISA決定出相較於對抗未經
胜肽脈衝之標靶，對抗經胜肽脈衝之標靶具較高專一性CTL活性的CTL細胞株。但是，表10中的其他胜肽，即便可能有結合於HLA-A*0201之活性，但無法建立CTL細胞株。例如，典型的陰性胜肽(URLC-A2-9-58)顯示於第9a圖。於本發明，能建立CTL細胞株之胜肽，被選為有效能的CTL刺激胜肽。
對抗表現URLC10及HLA-A*0201之標靶細胞的專一性CTL活性
對抗此等胜肽建立之CTL細胞株，被檢驗認識表現URLC10及HLA-A*0201之標靶細胞的能力。作為針對於內生性地表現URLC10及HLA-A*0201之標靶細胞之特別模型，對抗以全長URLC10基因及HLA-A*0201分子分子兩者轉染之COS7、Hek293及293T之專一性CTL活性，使用URLC10-A02-10-211導出之CTL選殖體作為效應子細胞測試。製備以全長URLC10轉染但不經HLA-A*0201(取代HLA-A*2402)轉染之COS7、Hek293或293T，以及經HLA-A*0201轉染但不經全長URLC10轉染之COS7、Hek293或293T，及經HLA-A*0201轉染並經不同之標靶抗原決定基胜肽(URLC10-A02-10-64)脈衝之COS7，作為控制組。展現對抗COS7、Hek293或293T之最高專一性CTL活性之CTL細胞株，為經URLC10及HLA-A*0201兩者轉染者(第9e圖)。
此等結果清楚地證明URLC10-A02-10-211，係與HLA-A*0201分子一起天然地表現在標靶細胞表面上，並且認識CTL。再者，此等胜肽為抗原決定基胜肽，可作為標靶於表現URLC10之腫瘤的癌疫苗。
該抗原胜肽之同源性分析
所建立之對抗以下胜肽之CTL選殖體，顯示有效能的專一性CTL活性。
CDH3-A24-9-513(SEQ ID NO：19)、CDH3-A24-9-406(SEQ ID NO：22)、CDH3-A24-10-807(SEQ ID NO：30)、CDH3-A24-10-332(SEQ ID NO：34)、CDH3-A24-10-655(SEQ ID NO：344)、CDH3-A24-10-470(SEQ ID NO：358)、EphA4-A24-9-453(SEQ ID NO：41)、EphA4-A24-9-5(SEQ ID NO：44)、EphA4-A24-9-869(SEQ ID NO：46)、EphA4-A24-9-420(SEQ ID NO：48)、EphA4-A24-10-24(SEQ ID NO：78)、EphA4-A02-9-501(SEQ ID NO：376)、EphA4-A02-9-165(SEQ ID NO：379)、ECT2-A24-9-515(SEQ ID NO：80)、ECT2-A24-10-40(SEQ ID NO：100)、ECT2-A24-10-101(SEQ ID NO：101)、HIG2-A24-9-19(SEQ ID NO：110)、HIG2-A24-9-22(SEQ ID NO：111)、HIG2-A24-9-8(SEQ ID NO：387)、HIG2-A24-10-7(SEQ ID NO：112)、HIG2-A24-10-18(SEQ ID NO：394)、
HIG2-A02-9-8(SEQ ID NO：114)、HIG2-A02-9-15(SEQ ID NO：116)、HIG2-A02-9-4(SEQ ID NO：117)、HIG2-A02-10-8(SEQ ID NO：121)、INHBB-A24-9-180(SEQ ID NO：395)、INHBB-A24-10-180(SEQ ID NO：133)、INHBB-A24-10-305(SEQ ID NO：135)、INHBB-A24-10-7(SEQ ID NO：137)、INHBB-A24-10-212(SEQ ID NO：426)、KIF20A-A24-9-305(SEQ ID NO：174)、KIF20A-A24-9-383(SEQ ID NO：178)、KIF20A-A24-10-304(SEQ ID NO：186)、KIF20A-A24-10-66(SEQ ID NO：194)、KNTC2-A24-9-309(SEQ ID NO：196)、KNTC2-A24-9-124(SEQ ID NO：202)、KNTC2-A24-9-154(SEQ ID NO：210)、KNTC2-A24-9-150(SEQ ID NO：213)、KNTC2-A24-10-452(SEQ ID NO：214)、KNTC2-A24-10-227(SEQ ID NO：217)、KNTC2-A24-10-273(SEQ ID NO：223)、TTK-A02-9-462(SEQ ID NO：227)、TTK-A02-9-547(SEQ ID NO：228)、TTK-A02-9-719(SEQ ID NO：233)、TTK-A02-10-462(SEQ ID NO：254)、
URLC-A02-9-206(SEQ ID NO：271)、URLC-A02-9-212(SEQ ID NO：272)及URLC-A02-10-211(SEQ ID NO：288)
此提議SEQ ID NO：19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、376、379、80、100、101、110、111、387、112、394、114、116、117、121、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217、223、227、228、233、254、271、272或288之序列，與衍生自其他分子之胜肽為同源，該衍生自其他分子之胜肽已知會使為人類免疫系統敏感化。
為了排除此可能性，使用BLAST(http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi)演算法，以該等胜肽序列作為查詢條件實施同源性分析。未顯示顯著的序列同源性。
此等結果提議SEQ ID NO：19、22、30、34、344、358、41、44、46、48、78、376、379、80、100、101、110、111、387、112、394、114、116、117、121、395、133、135、137、426、174、178、186、194、196、202、210、213、214、217、223、227、228、233、254、271、272或288之序列為獨特的，且因此對任意無關的分子導出不欲免疫反應的風險低。
識別新的TAA，尤其誘導有效能及專一性抗腫瘤免疫反應者，擔保了在各種類型癌症中胜肽疫苗策略之臨床應用的未來發展(Boon T.et al.,(1996)J Exp Med 183：725-9.；
van der Bruggen P et al.,(1991)Science 254：1643-7.；Brichard V et al.,(1993)J Exp Med 178：489-95.；Kawakami Y et al.,(1994)J Exp Med 180：347-52.；Shichijo S et al.,(1998)J Exp Med 187：277-88.；Chen YT et al.,(1997)Proc.Natl.Acd.Sci.USA,94：1914-8.；Harris CC.,(1996)J Natl Cancer Inst 88：1442-5.；Butterfield LH et al.,(1999)Cancer Res 59：3134-42.；Vissers JL et al.,(1999)Cancer Res 59：5554-9.；van der Burg SH et al.,(1996)J.Immunol 156：3308-14.；Tanaka F et al.,(1997)Cancer Res 57：4465-8.；Fujie T et al.,(1999)Int J Cancer 80：169-72.；Kikuchi M et al.,(1999)Int J Cancer 81：459-66.；Oiso M et al.,(1999)Int J Cancer 81：387-94.)。
cDNA微陣列技術，可以揭露惡性細胞基因表現的整體概況(Lin YM,et al.,Oncogene.2002 Jun 13；21：4120-8.；Kitahara O,et al.,Cancer Res.2001 May 1；61：3544-9.；Suzuki C,et al.,Cancer Res.2003 Nov 1；63：7038-41.；Ashida S,Cancer Res.2004 Sep 1；64：5963-72.；Ochi K,et al.,Int J Oncol.2004 Mar；24(3)：647-55.；Kaneta Y,et al.,Int J Oncol.2003 Sep；23：681-91.；Obama K,Hepatology.2005 Jun；41：1339-48.；Kato T,et al.,Cancer Res.2005 Jul 1；65：5638-46.；Kitahara O,et al.,Neoplasia.2002 Jul-Aug；4：295-303.；Saito-Hisaminato A et al.,DNA Res 2002,9：35-45.)，且在識別有潛力之TAA有效用。於各種癌症中上調之抄本中，使用此等技術識別到新穎的人類基因，稱為CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10。
如上所證明，CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10在許多癌症中過度表現，但在正常組織中表現稀少。此外，此等基因顯示具有與細胞增生相關的重大功能。因此，衍生自CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及URLC10之胜肽，可作為TAA抗原決定基，而可用於誘導對抗癌細胞之顯著及專一性免疫反應。
因此，因CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK and URLC10為新穎的TAA，使用此等抗原決定基胜肽之疫苗，作為免疫療法，對抗各種癌或其他表現此等分子之疾病具有效用。
本發明識別出新的TAA，尤其會誘導有效能及專一性抗腫瘤免疫反應者。此種TAA擔保未來發展對抗與過度表現CDH3、EPHA4、ECT2、HIG2、INHBB、KIF20A、KNTC2、TTK及/或URLC10相關疾病，例如癌症之胜肽疫苗。
所有此處提及之專利、專利申請案，及出版物納入作為參照。
雖本發明已參照特定實施形態詳述，但應瞭解到，上述敘述乃例示性並用於解釋以供瞭解本發明及其較佳實施形態。通過例行的實驗，熟悉此項技藝之人士將能輕易地瞭解，可在不脫離本發明精神及範圍內，對於本發明實施各種變化及修飾。因此，本發明並不欲由以上敘述界定，而是由以下申請專利範圍及其均等物。
<110> 腫瘤療法科學股份有限公司
<120> 表現腫瘤相關抗原之癌症的胜肽疫苗
<130> 0NC-A0704-TW
<150> US 60/902,949
<151> 2007-02-21
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<213> 人工序列
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<223> 人工合成胜肽序列
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<213> 人工序列
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<213> 人工序列
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<223> 人工合成胜肽序列
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<213> 人工序列
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<223> 人工合成胜肽序列
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<213> 人工序列
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<223> 人工合成胜肽序列
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<220>
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<223> 人工合成胜肽序列
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<223> 人工合成胜肽序列
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<223> 人工合成胜肽序列
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<223> 人工合成胜肽序列
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<220>
<223> 人工合成胜肽序列
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<223> 人工合成胜肽序列
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<223> 人工合成胜肽序列
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<223> 人工合成胜肽序列
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<220>
<223> 人工合成胜肽序列
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<223> 人工合成胜肽序列
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<213> 人工序列
<220>
<223> 人工合成胜肽序列
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<212> PRT
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<223> 人工合成胜肽序列
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<212> PRT
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<223> 人工合成胜肽序列
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<223> 人工合成胜肽序列
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工合成胜肽序列
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<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工合成胜肽序列
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<213> 人工序列
<220>
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<220>
<223> 人工合成胜肽序列
<400> 425
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<213> 人工序列
<220>
<223> 人工合成胜肽序列
<400> 426
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工合成胜肽序列
<400> 427
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<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工合成胜肽序列
<400> 428
<210> 429
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工合成肽肽序列
<400> 429
<210> 430
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工合成胜肽序列
<400> 430
<210> 431
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工合成胜肽序列
<400> 431
<210> 432
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工合成胜肽序列
<400> 432
<210> 433
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工合成胜肽序列
<400> 433
<210> 434
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工合成胜肽序列
<400> 434
+‧‧‧經胜肽脈衝之標靶
-‧‧‧無胜肽脈衝之標靶
Claims (22)
- 一種分離之胜肽，其少於15個胺基酸，包含下列序列識別號之胺基酸序列：SEQ ID NO：19、22、30、34或358。
- 一種具細胞毒性T細胞誘導能力之胜肽，其少於15個胺基酸，其中該胜肽包含擇自於：SEQ ID NO：19、22、30、34及358所構成之族群之胺基酸序列，其中，一或二個胺基酸經取代，其中該取代擇自於下列所構成之族群：(a)從SEQ ID NO：19、22、30、34或358之胺基酸序列的N端起之第2胺基酸經苯丙胺酸、酪胺酸、甲硫胺酸或色胺酸取代；及(b)SEQ ID NO：19、22、30、34或358之胺基酸序列的C端胺基酸經苯丙胺酸、白胺酸、異白胺酸、色胺酸或甲硫胺酸取代。
- 一種藥學組合物，用於治療與SEQ ID NO：1基因過度表現之相關疾病，該組合物包括一種以上申請專利範圍第1或2項所述之胜肽，或編碼為該胜肽之多核苷酸。
- 如申請專利範圍第3項所述之藥學組合物，其中該與SEQ ID NO：1基因過度表現之相關疾病為癌症。
- 如申請專利範圍第4項所述之藥學組合物，其中該癌症係擇自於下列所構成族群：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤及睪丸癌。
- 一種外吐小體(exosome)，在其表面上呈現一複合體，該複 合體包含申請專利範圍第1或2項所述之一胜肽，以及一HLA抗原。
- 如申請專利範圍第6項所述之外吐小體，其中該HLA抗原為HLA-A24。
- 如申請專利範圍第7項所述之外吐小體，其中該HLA抗原為HLA-A2402。
- 一種於體外(in vitro)誘導具細胞毒性T細胞誘導能力之抗原呈現細胞之方法，包含以下步驟：使一抗原呈現細胞接觸申請專利範圍第1或2項所述之一胜肽。
- 一種於體外(in vitro)誘導細胞毒性T細胞之方法，係使一抗原呈現細胞接觸申請專利範圍第1或2項所述之一胜肽，且將該抗原呈現細胞與CD8+T細胞混合，並共同培養。
- 一種於體外(in vitro)誘導具細胞毒性T細胞誘導能力之抗原呈現細胞之方法，包含以下步驟：使一基因傳送至一抗原呈現細胞，該基因包含編碼為申請專利範圍第1或2項所述之一胜肽之一多核苷酸。
- 一種分離之細胞毒性T細胞，係藉由申請專利範圍第10項之方法而誘導，或經由編碼TCR次單元多胜肽的核酸轉導，該TCR次單元多胜肽於HLA-A24之情境下與申請專利範圍第1或2項所述之胜肽結合。
- 一種抗原呈現細胞，包含一複合體，該複合體由一HLA抗原及申請專利範圍第1或2項所述之一胜肽所形成。
- 一種抗原呈現細胞，由申請專利範圍第9或11項之方法所誘導。
- 一種疫苗，用於抑制表現SEQ ID NO：1基因之細胞的增生，其中該疫苗包含申請專利範圍第1或2項所述之一胜肽作為有效成分。
- 如申請專利範圍第15項所述之疫苗，其中該表現SEQ ID NO：1基因之細胞為一癌細胞。
- 如申請專利範圍第16項之疫苗，其中該癌症係擇自於下列所構成族群：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤及睪丸癌。
- 如申請專利範圍第15項所述之疫苗，其係配方投予至HLA抗原為HLA-A24之個體。
- 一種如申請專利範圍第1或2項所述之一胜肽或編碼為該胜肽之多核苷酸之用途，其係用於製備治療個體中SEQ ID NO：1基因過度表現之相關疾病的疫苗。
- 如申請專利範圍第19項所述之用途，其中該與SEQ ID NO：1基因過度表現相關之疾病為癌症。
- 一種如申請專利範圍第20項之用途，其中該癌症係擇自於下列所構成族群：膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、膽管細胞癌、CML、大腸直腸癌、子宮內膜異位症、食道癌、胃癌、瀰漫型胃癌、肝癌、NSCLC、淋巴癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰臟癌、前列腺癌、腎癌、SCLC、軟組織腫瘤及睪丸癌。
- 一種識別胜肽之方法，該胜肽具有CTL之誘導能力，該CTL對抗表現至少一種腫瘤相關抗原之細胞，其中該腫瘤相關 抗原係擇自於CDH3所構成族群，該方法包括以下步驟：(i)提供或產生至少1個候選序列，該候選序列藉由將一原始胺基酸序列經過取代一或二個胺基酸殘基修飾之胺基酸序列所構成，其中該原始的胺基酸序列擇自於以下SEQ ID NO所構成之族群：19、22、30、34及358；(ii)選擇該候選序列，該候選序列與來自於該腫瘤相關抗原以外之任何已知的人類基因產物的胜肽，不具實質上顯著的同源性；(iii)使步驟(ii)選出之候選序列所構成之胜肽與抗原呈現細胞接觸；(iv)使步驟(iii)之該抗原呈現細胞與T細胞接觸，以評估該胜肽刺激該T細胞之能力；及(v)識別該胜肽，其CTL誘導能力與該原始之胺基酸序列所構成之胜肽為相同或更高。
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