CN115873993B - 一种检测乙型肝炎病毒9个基因型的试剂盒及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明属于生物技术领域,特别涉及一种检测乙型肝炎病毒9个基因型的试剂盒及其应用,本发明的试剂盒包括:引物、探针、核酸释放试剂、PCR缓冲液、对照品、标准品和内标等物质。利用本试剂盒可以对乙型肝炎病毒9个基因型(A~I)进行荧光定量检测,使用本试剂盒不需要提取血清中乙型肝炎病毒核酸,整个反应在同一PCR管中完成,减少换管过程中待检标本受污染的机会,本发明还解决了部分高浓度表面活性剂对PCR扩增产生抑制的技术问题。本试剂盒的最低检出限为30IU/ml,具有灵敏、特异、准确、快速、操作简便等优势,可以大大提高对乙型肝炎病毒的检出效率。
Description
【技术领域】
本发明涉及生物技术领域,特别涉及一种检测乙型肝炎病毒9个基因型的试剂盒及其应用。
【背景技术】
乙型肝炎病毒(HBV)属于嗜肝病毒科,全世界三分之一人口(约20亿人)曾经感染过HBV,目前仍有约2.57亿慢性HBV携带者,我国至少还有9千万慢性HBV携带者。慢性HBV感染可导致慢性肝炎、肝硬化和肝癌等各种肝脏疾病,每年约88万人死于与HBV感染有关的肝脏疾病。虽然大规模推广新生儿乙肝疫苗免疫接种效果显著,但仍然有约5%的免疫失败,而且,在乙肝疫苗长期免疫效果观察中已发现疫苗免疫成功、抗体滴度下降后慢性感染HBV现象。可见,慢性HBV感染仍然是全球性的公共卫生问题。
虽然HBsAg是HBV感染的重要血清标记物,但不能直接反映感染者体内病毒复制情况,不能说明感染者传染性大小,而血清HBV DNA浓度(病毒载量)具有这方面作用。病毒载量是影响母婴传播最重要的危险因素,对病毒载量≥106拷贝/ml、HBsAg和HBeAg双阳性孕妇发生母婴传播风险最高,因此,产前检测HBV病毒载量才能评估这类孕妇是否需要产前抗病毒治疗,降低病毒载量、减少母婴传播风险。过去认为,HBV感染者HBeAg阴转即表示病毒不复制、无传染性,但最近研究发现,HBV基因突变(nt1896 G→A,nt 1762A→T和1764G→A)可导致HBeAg阴性,这类感染者病毒仍在复制,仍具有传染性。病毒载量大于≥104拷贝/ml的慢性HBsAg无症状携带者肝癌风险增高,抗病毒治疗以降低病毒载量可降低肝癌风险,因此,这类感染者需要进行HBV病毒载量监测。很多抗肿瘤药物均可抑制人体免疫,因此,HBsAg阳性的肿瘤患者用抗肿瘤药物前,都要进行HBV病毒载量检测以评估是否需要先行抗HBV治疗,否则,抗肿瘤药物可能激发HBV大量复制、繁殖,威胁生命。可见,检测HBV病毒载量意义重大,应用广泛。
根据全基因组核苷酸序列差异≥8%原则,目前已发现HBV有9个基因型(A、B、C、D、E、F、G、H、I基因型),根据型内S基因核苷酸序列差异≥4%,每个基因型还可细分多个亚型,目前已发现55个基因亚型。
HBV病毒载量检测基本步骤是核酸提取后扩增。提取核酸的目的是去除可能影响DNA聚合酶活性和降低扩增效率的抑制物,然而,各种核酸提取方法复杂,繁琐,耗费人力、耗时、费用高、很容易导致待检标本污染。
目前已有多种国产乙型肝炎病毒实时荧光定量PCR试剂盒用于临床检验、卫生检验和科研检测,但只能检测出HBV 8个基因型(A、B、C、D、E、F、G、H基因型),因此,有必要研制能同时检测出包括最近发现的第九种基因型I的试剂盒。另外,申请人在研究过程中,应用目前我国自主研发、最好的DNA聚合酶之一5G Polymerase进行血清HBV DNA直接扩增实验,发现使用该聚合酶及其配套的缓冲溶液进行血清直接扩增,效果差,结果不可靠,需要先提取病毒DNA再扩增,结果才准确,这使得该酶适用面窄,存在DNA检测技术操作复杂、有可能出现样本受到污染等缺陷,为提高该酶对HBV DNA检测的广度、提高检测灵敏度、简化实验步骤,减少对标本的污染,有必要对该酶缓冲液进行改进。
一般来说,要检测核酸,就要先释放核酸,要对细胞、组织材料等生物样本材料进行破碎处理,失活核酸酶,才能释放核酸,表面活性剂如SDS等试剂是核酸释放的经典试剂。但是,SDS对DNA聚合酶活性有一定的抑制作用,影响扩增效果,因此,在PCR反应中SDS的残留量不能过高,例如现有技术《8种快速制备细菌基因组DNA方法的效果评价》王群著一文中指出,SDS浓度过高会对PCR反应有抑制作用,查阅文献发现,现有技术报道SDS的浓度不能高于0.01%。因此,通常需要在裂解完成后提取DNA,去掉SDS再进行PCR扩增,但是此方法繁杂、繁琐,耗费人力、耗时、费用高、且容易导致待检标本污染。为此,有必要探索一种使用SDS等试剂进行核酸释放之后,又不需要进行DNA提取的简便、快捷的HBV DNA检测试剂盒。
【发明内容】
鉴于上述内容,有必要探索一种使用高浓度SDS进行核酸释放之后,不需要提取DNA就能直接进行扩增的HBV DNA检测试剂盒,且该试剂盒可实现对HBV9个基因型的检测(A-I)。
为达到上述目的,本发明所采用的技术方案是:
一种检测乙型肝炎病毒9个基因型的试剂盒,所述试剂盒包括引物对、探针、核酸释放剂和PCR缓冲液;
所述引物对的上游引物HBVWW1的序列如SEQ ID NO.1所示;下游引物HBVWW2的序列如SEQ ID NO.2所示;
所述探针HBVWWPR的序列如SEQ ID NO.3所示;
所述核酸释放剂由0.25mM地衣素、60mM KCl、体积百分比为0.65%的SDS,5mMEDTA和体积百分比为2.3%的TritonX-100组成;
所述PCR缓冲液由5mM MgCl2、40mM的KCl、10mM pH值为7.8的Tris-HCl缓冲液、0.20M的海藻糖、体积百分比为6%的DMSO、50U/ml的DNA聚合酶和2U/ml的尿嘧啶-N-糖基化酶组成;
所述试剂盒还包括内标为巨细胞病毒DNA及其扩增引物对和内标探针;所述扩增引物对的上游引物CVWW1的序列如SEQ ID NO.4所示;下游引物CVWW2的序列如SEQ IDNO.5所示;所述内标探针CVWWPR的序列如SEQ ID NO.6所示。
进一步的,所述乙型肝炎病毒9个基因型为A、B、C、D、E、F、G、H和/或I基因型的一种或多种。
进一步的,所述核酸释放剂还包括35mM的丰原素。
进一步的,所述DNA聚合酶为5G Polymerase。
本发明还包括一种应用所述试剂盒对乙型肝炎病毒9个基因型进行非诊断目的的检测方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤:
(1)在同一PCR反应管中加入核酸释放剂和待检血清样本,反复吹打混匀,置于普通PCR仪中进行核酸裂解、终止核酸裂解并迅速降至4℃;
(2)向步骤(1)降温后的溶液中加入PCR缓冲液、上游引物HBVWW1、下游引物HBVWW2、探针HBVWWPR和所述的内标引物对上游引物CVWW1、下游引物CVWW2、内标探针CVWWPR进行荧光定量PCR反应。
本发明具有如下有益效果:
1、本申请的试剂盒包括:引物、探针、核酸释放试剂、PCR缓冲液、对照品、标准品和内标等物质,利用本申请的试剂盒对HBV DNA进行检测,无需提取血清HBV DNA,直接用血清在同一试管内完成实验,避免了DNA提取过程可能会产生的污染,最低检出限为30IU/ml。
2、本申请的引物按简并引物方法及原则进行设计,确保了能对HBV 9个不同基因型:A、B、C、D、E、F、G、H、I进行荧光定量检测;同时,本申请的核酸释放剂经过改良后,加入了地衣素和/或丰原素,不仅能有效裂解病毒、释放核酸,而且能抵消较高浓度的SDS等表面活性剂对DNA聚合酶的抑制作用,使得在有较高浓度SDS残留的情况下,也能取得良好的扩增效果,与5G Polymerase酶公司的扩增程序相比,扩增效率显著提高,具有:灵敏度高、特异性强、扩增效率好、准确、操作简便、快速等优势,是一种可广泛应用于医疗、卫生单位的乙型肝炎病毒检测试剂盒。
【附图说明】
图1为采用本发明所述试剂盒检测浓度为104~107标准品的荧光定量PCR扩增曲线图;从左到右浓度依次为:4.00E+07IU/ml、4.00E+06IU/ml、4.00E+05IU/ml、4.00E+04IU/ml的血清样本;
图2为HBV DNA国家阴性参考品荧光定量PCR扩增结果图;
图3为HBV DNA国家阳性参考品荧光定量PCR扩增曲线图;
图4为HBV DNA灵敏度/定量国家参考品最低检出限曲线图;
图5为HBV DNA精密性国家参考品扩增曲线图;
图6为试剂盒对HBV 9个基因型的扩增效果图,图中,九条扩增曲线分别代表A、B、C、D、E、F、G、H、I基因型;
图7-图9为不同核酸释放剂的试剂盒与5G Polymerase酶公司检测试剂盒之间的扩增效果对比图。
【具体实施方式】
为使本发明的上述目的、特征和优点能够更加明显易懂,下面结合附图对本发明的具体实施方式做详细的说明。在下面的描述中阐述了很多具体细节以便于充分理解本发明。但是本发明能够以很多不同于在此描述的其它方式来实施,本领域技术人员可以在不违背本发明内涵的情况下做类似改进,因此本发明不受下面公开的具体实施的限制。
实施例1:
本实施例为采用本发明的试剂盒检测HBV DNA国家标准品效果
具体实施过程如下:
配制试剂盒:本实施例的试剂盒包括如下成份:
①检测HBV DNA引物对和探针,其中,引物对的上游引物序列HBVWW1为:5’-TDTCTGCGGCGTTTTATCAT-3’(其中D表示A或G或T)(参见SEQ ID NO.1);下游引物序列HBVWW2为:5’-ACASACGGGCAACATACCTTG-3’(其中S表示C或G)(参见SEQ ID NO.2);探针HBVWWPR序列为:5’-CTCTTCATCCTGCTGCTATGCC TCATCT-3’(参见SEQ ID NO.3),探针标记5’FAM 3’TAMRA荧光基团。
②内标引物和探针:其中,内标引物对的上游引物序列CVWW1为:5’-ACCCGGCAAGATTTCTAACGG-3’(参见SEQ ID NO.4);下游引物序列CVWW2为:5’-CATTCTGTGGGTCTGCGACTC-3’(参见SEQ ID NO.5);所述内标探针CVWWPR序列为:5’-TAGTCATCGACGGTGCACATCGGCC-3’(参见SEQ ID NO.6),探针标记5’VIC3’TAMRA荧光基团。
③核酸释放剂:由0.25mM地衣素、60mM KCl、体积百分比为0.65%的SDS,5mMEDTA、体积百分比为2.3%的TritonX-100组成;
④PCR缓冲液:由5mM MgCl2、40mM KCl、10mM pH值为7.8的Tris-HCl缓冲液、0.20M海藻糖、体积百分比为6%的DMSO、50U/ml的DNA聚合酶和2U/ml的尿嘧啶-N-糖基化酶(UNG酶)组成,其中,DNA聚合酶为:5G Polymerase。
具体的实验步骤如下:
(1)用HBV DNA阴性血清将HBV DNA标准品稀释成浓度为4.00E+07IU/ml、4.00E+06IU/ml、4.00E+05IU/4.00E+04IU/ml四个浓度梯度。
(2)在干净的200μl PCR反应管,加入核酸释放剂8μl和7μl步骤(1)不同浓度的血清标准品,用移液器吹打混匀,盖好管盖置于普通PCR仪中反应,具体参数如下:
第一步:60℃,10分钟;第二步:97℃,10分钟;第三步:4℃冷却后将经过裂解处理的PCR反应管从普通PCR仪中取出,瞬时离心,小心打开管盖,每管加入35μl PCR缓冲液,缓冲液含检测HBV DNA扩增引物对和探针(其中,每条引物浓度为0.4μM,探针浓度为0.2μM)、内标扩增引物对和探针(其中,每条引物浓度为0.12μM,探针浓度为0.2μM),用移液器吹打混匀;瞬时离心,置于荧光定量PCR仪,应用实时荧光定量PCR检测方法,通过荧光信号的变化实现HBV DNA定量检测,扩增循环条件设置为:
第一步:UNG酶反应,50℃2分钟,1个循环;
第二步:DNA聚合酶活化,预变性95℃10分钟,1个循环;
第三步:变性:95℃10秒,退火、延伸及荧光采集:60℃20秒,45个循环。
得到的结果如图1所示,图1为不同浓度下HBV血清标准品的荧光定量PCR扩增曲线图,曲线中:从左到右的曲线分别对应浓度为4.00E+07IU/ml、4.00E+06IU/ml、4.00E+05IU/ml、4.00E+04IU/ml的血清样本;根据曲线可知,标准曲线相关系数R2=0.991、扩增效率100.041,符合行业标准R2=0.98,扩增效率在90%-110%之间。由此可见,采用实施例1的扩增方法,扩增效率良好。
实施例2:
本发明试剂盒的敏感性和特异性
实验采用的参考品如下:血清HBV DNA阴性8份及阳性9份国家参考品、1份灵敏度/定量国家参考品(HBV DNA含量为1×103IU/mL)和1份精密性国家参考品(HBV DNA含量为6.9×106IU/mL)均购自中国食品药品生物制品检定研究院。核酸释放剂和PCR缓冲液与实施例1相同。
(一)检测阴、阳性参考品符合率:
以HBV国家标准品中的8份阴性、9份阳性参考品作为待检样本,采用上述实施例1步骤进行检测(目的基因和内标的扩增引物和探针及其浓度与实施例1引物和探针及其浓度相同),检测结果表明,8个阴性样本都没有检出信号,内标全都有信号,并且内标的重复性非常好,能够真正的起到监测假阴性的目的(具体见图2);9个阳性样本均有明显的S型扩增曲线,均有Ct值,均可判为阳性(具体见图3)。阴、阳性符合率均为100%,可见,本发明试剂盒敏感性高、特异性强。
(二)最低检出限:
用HBV DNA阴性血清将1份灵敏度/定量国家参考品(HBV DNA含量为1×103IU/mL)稀释至50IU/mL和30IU/mL作为待检样本,采用上述实施例1步骤进行检测(目的基因和内标扩增引物和探针及其浓度与实施例1引物和探针及其浓度相同),每个浓度梯度完成8个重复检测。检测结果见图4,可以看出最低检出限30IU/mL 8次提取扩增均有明显的S型扩增曲线,Ct值在34~37左右,均可判定为阳性。可见,本试剂盒最低检出限为≤30IU/mL。
(三)精密性:
取精密性国家参考品(HBV DNA含量为6.9×106IU/mL),采用上述实施例1步骤进行检测,完成10个重复检测,结果取对数后求变异系数(CV)值。检测结果见图5,结果显示:本试剂盒的精密度较为理想,精密度变异系数为1.9%,符合行业标准≤5%的要求。
实施例3:
本实施例为本发明试剂盒对9个不同HBV基因型的检测结果:
用本发明所述试剂盒检测HBV 9个基因型(A、B、C、D、E、F、G、H、I)标准品。检测步骤:取核酸释放剂8μl加入7μl的血清样本(标准品),用移液器吹打混匀,盖好管盖置于普通PCR仪中反应,具体参数如下:
第一步:60℃,10分钟;第二步:97℃,10分钟;第三步:4℃冷却后将经过裂解处理的PCR反应管从普通PCR仪中取出,瞬时离心,小心打开管盖,每管加入35μl PCR缓冲液,缓冲液含与实施例1相同的扩增引物和探针及其浓度,用移液器吹打混匀;瞬时离心,置于荧光定量PCR仪,应用实时荧光定量PCR检测方法,通过荧光信号的变化实现HBV DNA定量检测,扩增循环条件设置为:
第一步:UNG酶反应,50℃2分钟,1个循环;
第二步:DNA聚合酶活化,预变性95℃10分钟,1个循环;
第三步:变性:95℃10秒,退火、延伸及荧光采集:60℃20秒,45个循环。
实验结果参见图6,图中的6个基因型(A~I)均被扩增出来,说明本申请的试剂盒能对HBV的9个基因型(A~I)实现荧光定量检测分析。
Ct值详见表1。结果可见,HBV 9个基因型(A~I)均有明显的S型扩增曲线及相应Ct值,均可判为阳性标本,说明本试剂盒敏感性高,可检测HBV 9个基因型。
表1本发明试剂盒检测九个基因型的检测结果
样本名称 | 检测结果Ct值 |
HBVA基因型标准品 | 29.576 |
HBVB基因型标准品 | 29.774 |
HBVC基因型标准品 | 29.753 |
HBVD基因型标准品 | 29.622 |
HBVE基因型标准品 | 30.129 |
HBVF基因型标准品 | 29.856 |
HBVG基因型标准品 | 30.203 |
HBVH基因型标准品 | 30.163 |
HBVI基因型标准品 | 30.896 |
HBVDNA阴性血清 | Undetermined |
HBVDNA阳性血清 | 26.043 |
实施例4:
本实施例研究不同核酸释放剂对血清HBVDNA的扩增效果。
细胞裂解对于核酸提取是非常重要的,经典的裂解液都包含表面活性剂(如SDS、TritonX-100、NP-40、Tween20等),但有些表面活性剂如SDS,当它浓度超过一定阈值,就会对DNA聚合酶有明显的抑制作用,降低PCR扩增效率,因此,如果裂解时使用了高浓度的SDS,就需要在裂解反应之后提取DNA再进行扩增,而采用一步法扩增时,为了防止SDS对聚合酶的抑制作用,通常会降低SDS的浓度,这就有可能会存在DNA不能很好释放,从而导致扩增效率低,甚至扩增失败。发明人在应用一步法扩增血清HBV DNA时发现,核酸释放剂的筛选对于扩增效果尤为重要,有些表面活性剂如地衣素、丰原素等除了能破坏细胞膜提高裂解功能外,还可能具有消除SDS对DNA聚合酶的抑制作用,具体可参见如下实验:
(一)含地衣素的核酸释放剂对血清HBV DNA扩增效率的影响:
实验组1:
核酸释放剂:由0.25mM地衣素、60mM KCl、体积百分比为0.65%的SDS,5mM EDTA、体积百分比为2.3%的TritonX-100组成。
实验组2:
核酸释放剂:由60mM KCl、体积百分比为0.65%的SDS,5mM EDTA、体积百分比为2.3%的TritonX-100组成。(不含地衣素)。
实验组1和实验组2的PCR缓冲液与实施例1一致,均由5mM MgCl2、40mM的KCl、10mMpH值为7.8的Tris-HCl缓冲液、0.20M的海藻糖、体积百分比为6%的DMSO、50U/ml的DNA聚合酶和2U/ml的尿嘧啶-N-糖基化酶组成。
对照组:
采用5G Polymerase酶公司的扩增缓冲液;
具体实验步骤:
(1)三个组引物对、探针、内标引物、探针、PCR缓冲液组分和浓度均与实施例1一致;
(2)扩增血清:三个组均采用同一份HBV DNA国家阳性参考品血清;
实验组1和实验组2的扩增前准备:
在2个干净的200μl PCR反应管中加入国家阳性参考品血清7μl,然后分别加入8μl实验组1或实验组2核酸释放剂、置于普通PCR仪中反应,具体参数如下:第一步:60℃,10分钟;第二步:97℃,10分钟;第三步:4℃冷却后完成裂解,之后再加入17.45μl PCR缓冲液、5G Polymerase 0.675μl、上游引物HBVWW1和下游引物HBVWW2各1.25μl,探针HBVWWPR 0.5μl,H2O 13.875μl,用移液器吹打混匀,瞬时离心,备用。
对照组扩增前准备:
参考5G Polymerase酶说明书进行反应,其步骤如下:在1个干净的200μlPCR反应管,加入2x 5G qPCR Buffer GB 25μl,/>5G Polymerase 0.625μl,上游引物HBVWW1和下游引物HBVWW2各1.25μl,探针HBVWWPR 0.5μl,H2O 14.375μl,国家阳性参考品血清7μl。用移液器吹打混匀,瞬时离心,备用。
实验组和对照组扩增程序:
将以上3组PCR反应管置于荧光定量PCR仪,应用实时荧光定量PCR检测方法,通过荧光信号的变化实现HBV DNA定量检测,扩增循环条件设置:
第一步:UNG酶反应,50℃2分钟,1个循环;
第二步:DNA聚合酶活化,预变性95℃10分钟,1个循环;
第三步:变性:95℃10秒,退火、延伸及荧光采集:60℃20秒,45个循环。
得到的结果如图7所示,从图7可见,从Ct值上来看,实验组1(Ct值=25.051)<对照组(Ct值=28.746)<实验组2(Ct值=32.335),说明对照组的扩增效果优于实验组2,主要原因是实验组2反应液中SDS浓度过高,抑制了DNA聚合酶,导致扩增效率差,当反应液中加入了地衣素(实验组1)之后,扩增效率得到显著提高,说明地衣素有可抵消SDS对DNA聚合酶的抑制作用,从CT值可推算,用酶公司缓冲液直接检测血清HBV DNA,所得病毒载量比含地衣素的本发明缓冲液检测所得的病毒载量少11.1倍(每3.32个CT值相差10倍),可见,加入地衣素的核酸释放剂,能显著提高对血清HBV DNA的扩增效率。
(二)含丰原素的核酸释放剂对血清HBV DNA扩增效率的影响:
除了地衣素外,经过对多个表面活性剂的筛选,申请人还发现丰原素也有类似效果,具体如下:
实验组A:
核酸释放剂:由35mM丰原素、60mM KCl、体积百分比为0.65%的SDS,5mM EDTA、体积百分比为2.3%的TritonX-100组成。
实验组B:
核酸释放剂:由60mM KCl、体积百分比为0.65%的SDS,5mM EDTA、体积百分比为2.3%的TritonX-100组成。(不含丰原素)。
实验组A和实验组B的PCR缓冲液与实施例1一致,均由5mM MgCl2、40mM的KCl、10mMpH值为7.8的Tris-HCl缓冲液、0.20M的海藻糖、体积百分比为6%的DMSO、50U/ml的DNA聚合酶和2U/ml的尿嘧啶-N-糖基化酶组成。
对照组:
采用5G Polymerase酶公司的扩增缓冲液;
扩增方法和步骤和(一)实验一致,得到的结果参见图8,从图8可见,从Ct值上来看,实验组A(Ct值=25.947)<对照组(Ct值=29.390)<实验组B(Ct值=31.822);说明对照组的扩增效果优于实验组B,主要原因是实验组B反应液中SDS浓度过高,抑制了DNA聚合酶,导致扩增效率差,当反应液中加入了丰原素(实验组A)之后,扩增效果得到显著提升,说明丰原素可抵消SDS对DNA聚合酶的抑制作用,从CT值可推算,用酶公司缓冲液直接检测血清HBV DNA,所得病毒载量比含丰原素的本发明缓冲液检测所得的病毒载量少10.4倍,可见,加入丰原素的核酸释放剂,能显著提高对血清HBV DNA的扩增效率。
(三)地衣素和丰原素联合应用对血清HBV DNA扩增效率的影响:
实验组a:
核酸释放剂:由0.25mM地衣素、35mM丰原素、60mM KCl、体积百分比为0.65%的SDS,5mM EDTA、体积百分比为2.3%的TritonX-100组成。
实验组b:
核酸释放剂:由0.25mM地衣素、60mM KCl、体积百分比为0.65%的SDS,5mM EDTA、体积百分比为2.3%的TritonX-100组成。
实验组c:
由35mM丰原素、60mM KCl、体积百分比为0.65%的SDS,5mM EDTA、体积百分比为2.3%的TritonX-100组成。
实验组d:
由60mM KCl、体积百分比为0.65%的SDS,5mM EDTA、体积百分比为2.3%的TritonX-100组成。(不含地衣素和丰原素)。
实验组a-实验组d的PCR缓冲液与实施例1一致,均由5mM MgCl2、40mM的KCl、10mMpH值为7.8的Tris-HCl缓冲液、0.20M的海藻糖、体积百分比为6%的DMSO、50U/ml的DNA聚合酶和2U/ml的尿嘧啶-N-糖基化酶组成。
对照组:
采用5G Polymerase酶公司的扩增缓冲液;
扩增方法和步骤和(一)实验一致,得到的结果参见图9,从图9可见,从Ct值上来,看实验组a(Ct值=21.471)<实验组b(Ct值=24.477)<实验组c(Ct值=25.092)<对照组(Ct值=28.898)<实验组d(Ct值=31.877);说明对照组的扩增效果优于实验组d,主要原因是实验组D反应液中SDS浓度过高,抑制了DNA聚合酶,导致扩增效率差,当加入地衣素(实验组b)或丰原素(实验组c)后,它们的Ct值均小对照组,进一步说明不管是地衣素还是丰原素,都能提高血清HBV DNA的扩增效率,反应液中同时加入丰原素和地衣素(实验组a)后,其Ct值最低,扩增效果最好,说明地衣素和丰原素具有协同作用,由CT值可推算,对照组所得病毒载量比实验组a所得的病毒载量少22.4倍,可见,同时加入地衣素和丰原素之后,更能提高血清HBV DNA扩增效率。
综上所述,本申请的试剂盒能检测乙型肝炎病毒(HBV)9个基因型(A~I),同时,还利用地衣素和/或丰原素抵消核酸释放剂中高浓度的SDS对DNA聚合酶的抑制作用,效果突出,不需要裂解之后提取DNA,在较高的SDS浓度下仍能达到良好的扩增效果,是一种能实现对HBV简单、高效的扩增的乙肝病毒核酸检测试剂盒。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式,其描述较为具体和详细,但并不能因此而理解为对本发明范围的限制。应当指出的是,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明构思的前提下,还可以做出若干变形和改进,这些都属于本发明的保护范围。因此,本发明的保护范围应以所附权利要求为准。
Claims (2)
1.一种检测乙型肝炎病毒9个基因型的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括引物对、探针、核酸释放剂和PCR缓冲液;
所述引物对的上游引物HBVWW1的序列如SEQ ID NO.1所示;下游引物HBVWW2的序列如SEQ ID NO.2所示;
所述探针HBVWWPR的序列如SEQ ID NO.3所示;
所述核酸释放剂由0.25mM地衣素和/或35mM的丰原素、60mM KCl、体积百分比为0.65%的SDS,5 mM EDTA和体积百分比为2.3%的TritonX-100组成;
所述PCR缓冲液由5mM MgCl2、40 mM的KCl、10 mM pH 值为7.8的Tris-HCl缓冲液、0.20M的海藻糖、体积百分比为6% 的DMSO、50 U/ml的DNA 聚合酶和2U/ml的尿嘧啶-N-糖基化酶组成;
所述试剂盒还包括内标为巨细胞病毒DNA及其扩增引物对和内标探针;所述扩增引物对的上游引物CVWW1的序列如SEQ ID NO.4所示;下游引物CVWW2的序列如SEQ ID NO.5所示;所述内标探针CVWWPR的序列如SEQ ID NO.6所示;
所述乙型肝炎病毒9个基因型为A、B、C、D、E、F、G、H和/或I基因型的一种或多种;
所述DNA聚合酶为TOROIVD® 5G Polymerase。
2.应用如权利要求1所述试剂盒对乙型肝炎病毒9个基因型进行非疾病诊断目的的检测方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤:
(1)在同一PCR反应管中加入核酸释放剂和待检血清样本,反复吹打混匀,置于普通PCR仪中进行核酸裂解、终止核酸裂解并迅速降至4℃;
(2)向步骤(1)降温后的溶液中加入权利要求1所述的核酸释放剂、PCR缓冲液、上游引物HBVWW1、下游引物HBVWW2、探针HBVWWPR和所述上游引物CVWW1、下游引物CVWW2、内标探针CVWWPR进行荧光定量PCR反应。
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