CN112481398B - 多种呼吸道病原菌的实时荧光定量pcr检测方法及试剂盒 - Google Patents

多种呼吸道病原菌的实时荧光定量pcr检测方法及试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN112481398B
CN112481398B CN202011519809.7A CN202011519809A CN112481398B CN 112481398 B CN112481398 B CN 112481398B CN 202011519809 A CN202011519809 A CN 202011519809A CN 112481398 B CN112481398 B CN 112481398B
Authority
CN
China
Prior art keywords
pcr amplification
amplification primer
seq
sequences
detection probe
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202011519809.7A
Other languages
English (en)
Other versions
CN112481398A (zh
Inventor
颜菁
杨朝
刘佳苏
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Jiangsu Huixian Pharmaceutical Technology Co ltd
Original Assignee
Jiangsu Huixian Pharmaceutical Technology Co ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Jiangsu Huixian Pharmaceutical Technology Co ltd filed Critical Jiangsu Huixian Pharmaceutical Technology Co ltd
Priority to CN202011519809.7A priority Critical patent/CN112481398B/zh
Publication of CN112481398A publication Critical patent/CN112481398A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN112481398B publication Critical patent/CN112481398B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851Quantitative amplification
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16Primer sets for multiplex assays
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/166Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes
    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02ATECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Abstract

本发明公开了一种多种呼吸道病原菌的实时荧光定量PCR检测方法及试剂盒。该实时荧光定量PCR检测试剂盒包括PCR引物探针,PCR引物探针包括分别针对肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌、溶血性葡萄球菌及嗜肺军团菌的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针;其序列分别如SEQ ID NO.1~27所示。本发明能够同时对九种呼吸道病原菌进行快速检测和筛查,且具有较高的灵敏度。

Description

多种呼吸道病原菌的实时荧光定量PCR检测方法及试剂盒
技术领域
本发明属于生物检测技术领域,涉及一种多种呼吸道病原菌的实时荧光定量PCR检测方法及试剂盒。
背景技术
呼吸道感染是世界范围的常见病,也是全球范围内引起人群发病和死亡的最主要原因之一。主要是由呼吸道病毒及一些细菌,支原体,衣原体等引起。通常会引起婴幼儿,老人及免疫受损病人严重的上下呼吸道感染,导致哮喘,细支气管炎,肺炎等,而且极易引起流行或爆发,具有很高的发病率和死亡率。其临床表现相似,这给及时、准确地诊断呼吸道传染病,控制疫情带来很大的挑战。
呼吸道感染分为上呼吸道感染与下呼吸道感染,其中有20%~30%的上呼吸道感染为细菌引起,可单纯发生或继发于病毒感染后发生,多见口腔定植菌溶血性链球。其次,为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和葡萄球菌等,偶见革兰氏阴性杆菌。急性下呼吸道感染:急性气管支气管炎、细支气管炎、肺炎,其中肺炎是5岁以下儿童死亡的最主要原因。
世界卫生组织2013年发布最新的统计结果,世界十大死因中下呼吸道感染(5.9%)位列第三位(前两位为冠心病和中风),位列第四位的慢性阻塞性肺病(5.4%)死亡也多和感染相关。肺炎作为全球传染性疾病最主要的死因之一,更是儿童死亡的第一病因。
目前,我国呼吸道病原体的传统检测方法主要包括以下几种:
(1)病原体检查:即直接做影像及活组织检查,或病原体分离培养,之后在显微镜、电镜下观察,做出诊断。优点是成本低。但存在如下缺点:1)耗时长,一般需3-5天或更长;2)诊断效率低,每次只能每个菌单独培养;3)假阴性结果高,由于抗生素的滥用,细菌在检测过程中生长受到抑制导致。
(2)免疫学检查:应用最广泛的是酶联免疫技术(ELISA)。一般先用一抗与抗原发生特异性结合,然后用通用的酶标记的二抗与一抗发生特异性结合,再将酶显色,之后观察结果。有通量高、敏感、快速等优点。但存在如下缺点:1)易出现假阳性2)灵敏度低3)无法检测多变异的病毒。
(3)分子生物学——PCR检测方法:目前经常应用的有实时荧光定量PCR、免疫PCR、反转录PCR等,都是针对病原体的特异性靶基因进行检测。其中,荧光定量PCR检测方法最为成熟。荧光定量PCR技术的优点:灵敏性高,并可精确定。但目前尚不能解决同时快速检测出多种肺炎病原菌问题。
发明内容
本发明的一个目的是提供一种多种呼吸道病原菌的实时荧光定量PCR检测方法及试剂盒,其能够同时对九种呼吸道病原菌进行快速检测和筛查,且具有较高的灵敏度。
本发明的第一个方面提供一种非疾病的诊断和治疗目的多种呼吸道病原菌的实时荧光定量PCR检测方法,包括将待测样本加入到含有PCR引物探针的PCR反应体系中进行实时荧光定量PCR反应的步骤,所述PCR引物探针包括分别针对肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌、溶血性葡萄球菌及嗜肺军团菌的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针;其中:针对所述肺炎克雷伯菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.1~3所示;针对所述铜绿假单胞菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.4~6所示;针对所述鲍曼不动杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.7~9所示;针对所述金黄色葡萄球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.10~12所示;针对所述肺炎链球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.13~15所示;针对所述流感嗜血杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.16~18所示;针对所述大肠杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.19~21所示;针对所述溶血性葡萄球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.22~24所示;针对所述嗜肺军团菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.25~27所示。
优选地,所述PCR引物探针还包括针对人DNA内参的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针,所述人DNA内参的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.28~30所示。采用人DNA完整性的对照内参,确保在检测过程中对样品质量的判断,避免假阴性。
优选地,各所述正向PCR扩增引物分别连接有荧光基团,不同病原菌对应的荧光基团不同。
优选地,所述检测方法具体包括如下步骤:
采集样本并提取核酸;及
以提取的核酸为模板进行PCR反应并采集荧光;
其中,PCR反应体系中含有核酸提取物、酶及所述PCR引物探针。
更优选地,PCR反应的条件为:95℃1分钟;94℃5秒钟,60℃30秒钟并采集荧光,循环40次。
本发明的第二个方面提供一种多种呼吸道病原菌的实时荧光定量PCR检测试剂盒,包括PCR引物探针,所述PCR引物探针包括分别针对肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌、溶血性葡萄球菌及嗜肺军团菌的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针;其中:针对所述肺炎克雷伯菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.1~3所示;针对所述铜绿假单胞菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.4~6所示;针对所述鲍曼不动杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.7~9所示;针对所述金黄色葡萄球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.10~12所示;针对所述肺炎链球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ IDNO.13~15所示;针对所述流感嗜血杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.16~18所示;针对所述大肠杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.19~21所示;针对所述溶血性葡萄球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.22~24所示;针对所述嗜肺军团菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.25~27所示。
优选地,所述PCR引物探针还包括针对人DNA内参的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针,所述人DNA内参的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.28~30所示。采用人DNA完整性的对照内参,确保在检测过程中对样品质量的判断,避免假阴性。
优选地,各所述正向PCR扩增引物分别连接有荧光基团,不同病原菌对应的荧光基团不同。
本发明的第三个方面提供一种多种呼吸道病原菌的实时荧光定量PCR检测试剂盒,包括PCR引物,所述PCR引物包括分别针对肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌、溶血性葡萄球菌及嗜肺军团菌的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物;其中:针对所述肺炎克雷伯菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物的序列分别如SEQ ID NO.1~2所示;针对所述铜绿假单胞菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物的序列分别如SEQ ID NO.4~5所示;针对所述鲍曼不动杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物的序列分别如SEQ ID NO.7~8所示;针对所述金黄色葡萄球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物分别如SEQ ID NO.10~11所示;针对所述肺炎链球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物的序列分别如SEQID NO.13~14所示;针对所述流感嗜血杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物的序列分别如SEQ ID NO.16~17所示;针对所述大肠杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物的序列分别如SEQ ID NO.19~20所示;针对所述溶血性葡萄球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物的序列分别如SEQ ID NO.22~23所示;针对所述嗜肺军团菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物的序列分别如SEQ ID NO.25~26所示。
本发明的第四个方面提供一种多种呼吸道病原菌的实时荧光定量PCR检测试剂盒,包括PCR探针,所述PCR引物探针包括分别针对肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌、溶血性葡萄球菌及嗜肺军团菌的检测探针;其中:针对所述肺炎克雷伯菌的检测探针的序列如SEQ ID NO.3所示;针对所述铜绿假单胞菌的检测探针的序列如SEQ ID NO.6所示;针对所述鲍曼不动杆菌的检测探针的序列如SEQ ID NO.9所示;针对所述金黄色葡萄球菌的检测探针的序列如SEQ IDNO.12所示;针对所述肺炎链球菌的检测探针的序列如SEQ ID NO.15所示;针对所述流感嗜血杆菌的检测探针的序列如SEQ ID NO.18所示;针对所述大肠杆菌的检测探针的序列如SEQ ID NO.21所示;针对所述溶血性葡萄球菌的检测探针的序列如SEQ ID NO.24所示;针对所述嗜肺军团菌的检测探针的序列如SEQ ID NO.27所示。
本发明采用以上方案,相比现有技术具有如下优点:
本发明的检测方法及试剂盒,同时针对九种呼吸道病原体(铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、嗜肺军团菌、大肠杆菌、鲍曼不动杆、溶血性葡萄球菌)进行检测,具有较高的灵敏度,检测敏感性高,特异性好,缩短了检测时间,提高了检测效率将为疾控中心、医院及其它医疗机构提供一种灵敏、准确、快速且低成本的多重基因检测方案。
附图说明
为了更清楚地说明本发明的技术方案,下面将对实施例描述中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1为管1的荧光定量PCR曲线图。
图2为管2的荧光定量PCR曲线图。
图3为管3的荧光定量PCR曲线图。
具体实施方式
下面结合附图对本发明的较佳实施例进行详细阐述,以使本发明的优点和特征能更易于被本领域的技术人员理解。在此需要说明的是,对于这些实施方式的说明用于帮助理解本发明,但并不构成对本发明的限定。
如本说明书和权利要求书中所示,术语“包括”与“包含”仅提示包括已明确标识的步骤和元素,而这些步骤和元素不构成一个排它性的罗列,方法或者设备也可能包含其他的步骤或元素。本文所使用的术语“和/或”包括一个或多个相关的所列项目的任意的组合。
本实施例提供一种多种呼吸道病原菌的实时荧光定量PCR检测试剂盒,用于同时检测肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌、溶血性葡萄球菌及嗜肺军团菌九种呼吸道病原菌。
该试剂盒包括PCR引物及PCR探针。PCR引物包括分别针对肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌、溶血性葡萄球菌及嗜肺军团菌的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物。PCR探针包括分别针对肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌、溶血性葡萄球菌及嗜肺军团菌的检测探针。
针对所述肺炎克雷伯菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.1~3所示;针对所述铜绿假单胞菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.4~6所示;针对所述鲍曼不动杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.7~9所示;针对所述金黄色葡萄球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.10~12所示;针对所述肺炎链球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.13~15所示;针对所述流感嗜血杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.16~18所示;针对所述大肠杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ IDNO.19~21所示;针对所述溶血性葡萄球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.22~24所示;针对所述嗜肺军团菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.25~27所示。
PCR引物探针还包括针对人DNA内参的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针,所述人DNA内参的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQID NO.28~30所示。
上述的针对九种病原菌及人DNA内参的正、反向PCR扩增引物及检测探针的序列具体参见表1。
表1
上述的各正向扩增引物上连接有荧光标记基因。
除此之外,该试剂盒还包括DEPC水、酶混合反应液和阳性对照品。
本实施例还提供一种多种呼吸道病原菌的非疾病的诊断和治疗目的的实时荧光定量PCR检测方法,能够同时检测肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌、溶血性葡萄球菌及嗜肺军团菌九种呼吸道病原菌。
本实施例的检测方法的步骤具体实施如下。
(1)采集样本并提取核酸:采集呼吸道感染患者的鼻咽拭子或痰液的分离培养物,从分离培养物中提取核酸。
(2)以患者核酸为模板进行PCR反应:取核酸提取产物5μL,酶混液10μL,包含如表1所示的各引物和探针的PCR引物溶液5μL,混匀后加入到八连管上进行PCR反应,反应条件:95℃1分钟;94℃5秒钟,循环40次;60℃30秒钟并采集荧光,直至收取PCR产物。采用如表2所示的扩增程序。
表2
反应温度 反应时间 循环数
95℃ 1min
94℃ 5s 40
60℃ 30s
检测实例
将九种病原菌分三管检测,每管三种病原菌及人内参DNA四重引物探针合管检测。每种病原菌灵敏度为10拷贝/μL。
管1:肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌,按照1000拷贝/μL、100拷贝/μL、10拷贝/μL的浓度梯度分别对每种菌进行上述PCR检测,荧光检测结果具体如图1所示。
管2:金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌,按照1000拷贝/μL、100拷贝/μL、10拷贝/μL的浓度梯度分别对每种菌进行上述PCR检测,荧光检测结果具体如图2所示。
管3:大肠杆菌、溶血性葡萄球菌、嗜肺军团菌,按照1000拷贝/μL、100拷贝/μL、10拷贝/μL的浓度梯度分别对每种菌进行上述PCR检测,荧光检测结果具体如图3所示。
由图1至图3可知,本实施例的检测方法及试剂盒的扩增效率好,使用拷贝数样本可达到10copy/ul,具有较高的灵敏度。
上述检测方法及试剂盒引入了针对铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、嗜肺军团菌、大肠杆菌、鲍曼不动杆、溶血性葡萄球菌,所设计的特异性扩增引物,可以同时针对九种呼吸道病原体进行检测,总时长不超过80分钟,既节约了生产成本和检测成本,又提高了检测效率及缩短了时间;人DNA完整性的对照内参,确保在检验过程中对样品质量的判断,避免假阴性。
上述实施例只为说明本发明的技术构思及特点,是一种优选的实施例,其目的在于熟悉此项技术的人士能够了解本发明的内容并据以实施,并不能以此限定本发明的保护范围。凡根据本发明的原理所作的等效变换或修饰,都应涵盖在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 江苏汇先医药技术有限公司
<120> 多种呼吸道病原菌的实时荧光定量PCR检测方法及试剂盒
<160> 30
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
cgttgaggtc aacaatgctg c 21
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
tgcacgaaac agtcttcatt cag 23
<210> 3
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ctgcagaaac actgtacgtc gtgttgc 27
<210> 4
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
ggtcgaaagg tggttgttat cc 22
<210> 5
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
acccctccag cgtgctct 18
<210> 6
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
cgttcggcga aacaatccag gccat 25
<210> 7
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
aagtatttaa gtgggacggg caa 23
<210> 8
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
cggaatagcg gaagctttca tag 23
<210> 9
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
aaggctattc ccagaatggg aaaaggacat ga 32
<210> 10
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
aactgagtat gatacatcga gccaag 26
<210> 11
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
aaatgtcttt ttcaatgttt caggtg 26
<210> 12
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
acgatggatg ggcgtattaa accttgaagg 30
<210> 13
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
tgcataggtc tcagcattcc aa 22
<210> 14
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
tcatgcaggt aggacctgtt ga 22
<210> 15
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
ccccaacgtc ccaggcacca tt 22
<210> 16
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
aacgtggtac accagaatac aaca 24
<210> 17
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
tcaccgtaag atactgtgcc taatt 25
<210> 18
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
taggccaacg tcgtgcagat gca 23
<210> 19
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
ggtgctcgcc gcttaacg 18
<210> 20
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
atcccatcgc caatcagca 19
<210> 21
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
accgccgctc tgcgtgattc tctta 25
<210> 22
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
tggtcgctta gtcggaacaa tag 23
<210> 23
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
tcaagtgatg ctttcgcaat tgg 23
<210> 24
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
acattagcga tcgtcggtgg cggta 25
<210> 25
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
caggatggac agaggcttta caat 24
<210> 26
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
aatgggtccg ccaacgct 18
<210> 27
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
ttccttcagg tctcgcatat ggtcca 26
<210> 28
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
ccatcacgcc acagtttcc 19
<210> 29
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
actttggtat cgtggaagga ctca 24
<210> 30
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
tgccatcact gccacccaga aga 23

Claims (5)

1.一种非疾病的诊断和治疗目的多种呼吸道病原菌的实时荧光定量PCR检测方法,包括将待测样本加入到含有PCR引物探针的PCR反应体系中进行实时荧光定量PCR反应的步骤,其特征在于,所述PCR引物探针包括分别针对肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌、溶血性葡萄球菌及嗜肺军团菌的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针;其中:针对所述肺炎克雷伯菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.1~3所示;针对所述铜绿假单胞菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQID NO.4~6所示;针对所述鲍曼不动杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.7~9所示;针对所述金黄色葡萄球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.10~12所示;针对所述肺炎链球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.13~15所示;针对所述流感嗜血杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.16~18所示;针对所述大肠杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.19~21所示;针对所述溶血性葡萄球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.22~24所示;针对所述嗜肺军团菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.25~27所示;
将所述多种呼吸道病原菌分三管检测,每管三种病原菌及人内参DNA四重引物探针合管检测,其中,管1包括肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌及人内参DNA的引物和探针;管2包括金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌及人内参DNA的引物和探针;管3包括大肠杆菌、溶血性葡萄球菌、嗜肺军团菌及人内参DNA的引物和探针;PCR反应的条件为:95℃1分钟;94℃5秒钟,60℃30秒钟并采集荧光,循环40次。
2.根据权利要求1所述的实时荧光定量PCR检测方法,其特征在于:所述人DNA内参的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.28~30所示。
3.根据权利要求1所述的实时荧光定量PCR检测方法,其特征在于,所述检测方法具体包括如下步骤:
采集样本并提取核酸;及
以提取的核酸为模板进行PCR反应并采集荧光;
其中,PCR反应体系中含有核酸提取物、酶及所述PCR引物探针。
4.一种多种呼吸道病原菌的实时荧光定量PCR检测试剂盒,包括PCR引物探针,其特征在于:所述PCR引物探针包括分别针对肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌、溶血性葡萄球菌及嗜肺军团菌的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针;其中:针对所述肺炎克雷伯菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.1~3所示;针对所述铜绿假单胞菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.4~6所示;针对所述鲍曼不动杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.7~9所示;针对所述金黄色葡萄球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.10~12所示;针对所述肺炎链球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.13~15所示;针对所述流感嗜血杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.16~18所示;针对所述大肠杆菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.19~21所示;针对所述溶血性葡萄球菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.22~24所示;针对所述嗜肺军团菌的所述正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ IDNO.25~27所示;所述多种呼吸道病原菌被配置为分三管PCR检测,每管三种病原菌及人内参DNA四重引物探针合管检测,其中,管1包括肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌及人内参DNA的引物和探针;管2包括金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌及人内参DNA的引物和探针;管3包括大肠杆菌、溶血性葡萄球菌、嗜肺军团菌及人内参DNA的引物和探针;PCR反应的条件为:95℃1分钟;94℃5秒钟,60℃30秒钟并采集荧光,循环40次。
5.根据权利要求4所述的实时荧光定量PCR检测试剂盒,其特征在于:所述人DNA内参的正向PCR扩增引物、反向PCR扩增引物及检测探针的序列分别如SEQ ID NO.28~30所示。
CN202011519809.7A 2020-12-21 2020-12-21 多种呼吸道病原菌的实时荧光定量pcr检测方法及试剂盒 Active CN112481398B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011519809.7A CN112481398B (zh) 2020-12-21 2020-12-21 多种呼吸道病原菌的实时荧光定量pcr检测方法及试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202011519809.7A CN112481398B (zh) 2020-12-21 2020-12-21 多种呼吸道病原菌的实时荧光定量pcr检测方法及试剂盒

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN112481398A CN112481398A (zh) 2021-03-12
CN112481398B true CN112481398B (zh) 2024-03-08

Family

ID=74915084

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202011519809.7A Active CN112481398B (zh) 2020-12-21 2020-12-21 多种呼吸道病原菌的实时荧光定量pcr检测方法及试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN112481398B (zh)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113444821B (zh) * 2021-07-01 2023-12-19 江苏汇先医药技术有限公司 一种同步检测多种生殖道病原体的试剂盒及方法
CN114438238B (zh) * 2022-03-04 2023-07-21 广东省人民医院 检测感染性心内膜炎病原体的引物及数字pcr试剂盒
CN114592080B (zh) * 2022-04-01 2023-12-01 领航基因科技(杭州)有限公司 检测四种病原菌的RT-ddPCR试剂
CN116121441B (zh) * 2023-02-06 2023-12-19 爱科睿特生物医疗科技(南京)有限公司 一种同时检测9种呼吸道病原菌的多重rt-pcr方法及试剂盒和应用

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101545010A (zh) * 2009-05-11 2009-09-30 北京海康基因芯片开发有限公司 一种检测传染病病原体的方法及试剂盒
CN104818333A (zh) * 2015-05-08 2015-08-05 博奥生物集团有限公司 检测呼吸道感染相关病原微生物的系统及其专用lamp引物
CN108384867A (zh) * 2018-04-28 2018-08-10 宁波市鄞州人民医院 一种实时荧光pcr检测下呼吸道细菌特异性基因的引物、探针、方法及试剂盒
CN109762915A (zh) * 2019-02-18 2019-05-17 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 一种细菌耐药基因的检测方法及其专用试剂盒
CN110607379A (zh) * 2019-07-25 2019-12-24 廊坊诺道中科医学检验实验室有限公司 同时检测多种细菌及支原体的多重pcr检测方法及其应用

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101545010A (zh) * 2009-05-11 2009-09-30 北京海康基因芯片开发有限公司 一种检测传染病病原体的方法及试剂盒
CN104818333A (zh) * 2015-05-08 2015-08-05 博奥生物集团有限公司 检测呼吸道感染相关病原微生物的系统及其专用lamp引物
CN108384867A (zh) * 2018-04-28 2018-08-10 宁波市鄞州人民医院 一种实时荧光pcr检测下呼吸道细菌特异性基因的引物、探针、方法及试剂盒
CN109762915A (zh) * 2019-02-18 2019-05-17 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 一种细菌耐药基因的检测方法及其专用试剂盒
CN110607379A (zh) * 2019-07-25 2019-12-24 廊坊诺道中科医学检验实验室有限公司 同时检测多种细菌及支原体的多重pcr检测方法及其应用

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Development of a real-time PCR assay for the detection and identification of Staphylococcus capitis, Staphylococcus haemolyticus and Staphylococcus warneri;Tadayuki Iwase等;Journal of Medical Microbiology;第56卷;第1346-1349页 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN112481398A (zh) 2021-03-12

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN112481398B (zh) 多种呼吸道病原菌的实时荧光定量pcr检测方法及试剂盒
US20230287524A1 (en) Composition, kit and method for detecting and classifying pathogens causing respiratory tract infection, and application
US11649511B2 (en) Multiplex PCR method for the detection of SARS-CoV-2
CN110408726A (zh) 利用Taqman低密度微流体芯片技术检测29种呼吸道病原体的方法
US11505834B2 (en) Method for detecting Brucella infection and application thereof
WO2020233148A1 (zh) 一种惰性载体沙门氏菌及其潜在应用
CN109988867B (zh) 用于检测社区获得性肺炎的呼吸道病原体的试剂盒
Nomanpour et al. Single tube real time PCR for detection of Streptococcus pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae and Legionella pneumophila from clinical samples of CAP
WO2023109031A1 (zh) 一种呼吸道病原体检测试剂盒及其制备方法与应用
CN107083446B (zh) 腹泻病原菌多重基因检测体系及其试剂盒和应用
Zhang et al. Development of a one-step multiplex real-time PCR assay for the detection of viral pathogens associated with the bovine respiratory disease complex
CN112921123B (zh) 快速检测猫杯状病毒的方法及检测用引物和试剂盒
CN109666753A (zh) 一种检测3种羊致病性支原体的三重荧光定量pcr引物和探针
CN105936945B (zh) 一种联检四种呼吸道病毒的多重逆转录定量pcr试剂盒
CN108411014A (zh) 鉴别a型和b型牛多杀性巴氏杆菌的双重实时荧光定量pcr的引物和探针以及检测方法
CN112961910A (zh) 一种多种呼吸道病毒的实时荧光定量pcr检测方法及试剂盒
CN110904194A (zh) 一种肺炎支原体和肺炎衣原体核酸联合检测试剂盒及其应用
CN116004915A (zh) 检测多种病原体的多重pcr引物探针组合及其检测方法
CN110669853A (zh) 一种检测非粘液型肺炎克雷伯菌毒力的方法
CN113215329A (zh) 呼吸道7种亚型流感病毒多重pcr检测的引物、探针和试剂盒
CN113416797A (zh) 一种同时检测7种型别腺病毒的荧光定量pcr检测试剂盒
CN112941242A (zh) 一种检测呼吸道合胞病毒引物、探针、试剂盒及应用
CN111671889A (zh) 副猪嗜血杆菌2型灭活疫苗的制备方法
CN113718046B (zh) 一种百日咳鲍特杆菌基因组特异性多拷贝序列及其对应的引物和探针与应用
CN1283789C (zh) 一种埃可30型病毒及其用途

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant