CN104818333A - 检测呼吸道感染相关病原微生物的系统及其专用lamp引物 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了检测呼吸道感染相关病原微生物的系统及其专用LAMP引物。该系统化包括检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物和/或环介导等温扩增所需的试剂和/或仪器和/或扩增产物数据处理器;所述扩增产物数据处理器用于区分检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物对待测样本进行环介导等温扩增得到的待测样本扩增产物中是否含有特异性扩增产物。本发明提供的检测呼吸道感染相关病原微生物的系统操作简单、结果便于观察,对常见呼吸道感染相关病原菌可快速、准确的鉴定。

Description

检测呼吸道感染相关病原微生物的系统及其专用LAMP引物
技术领域
本发明涉及生物技术领域中检测呼吸道感染相关病原微生物的系统及其专用LAMP引物。
背景技术
肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、大肠埃希氏菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌、结核分枝杆菌复合群、肺炎支原体和肺炎衣原体这十三种病原菌是呼吸道感染的常见病原菌。呼吸道感染是我国临床上最常见的疾病之一,重症肺炎若不能及时、正确用药,容易危及生命。然而,临床常规的生化指标分析无法对患者所感染的病原菌种做出准确鉴定,大多数临床治疗仍处于经验用药阶段,在使用高级抗生素方面存在较大的盲目性。目前临床上流行使用的相对比较科学地鉴定病原菌的方法主要是依靠细菌培养检测法,但是细菌培养检测法存在较大的缺陷:检测时间长(一般两天左右)、准确率低(假阴性率和假阳性率都较高)、难以检测出难培养的病原体等。
环介导等温扩增法(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是利用一种具有链置换活性和瀑布式核酸扩增功能的Bst DNA聚合酶,在等温条件下进行核酸的变性和自动循环的链置换核酸扩增反应。LAMP针对靶序列的6个区域设计4条特异引物,利用具备链置换功能的DNA聚合酶在恒定温度下不断复制扩增DNA。为了提高反应效率,可在反应体系中添加两条环引物,使之分别与茎环结构结合,启动链置换合成,循环复制。
LAMP具有简便、快速、灵敏、特异的优势,尤其适合在基层开展LAMP试剂盒的应用推广。LAMP技术中,引物是决定检测结果灵敏度和特异性的关键因素。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是如何检测呼吸道感染相关病原微生物的种类。
本发明首先提供了检测呼吸道感染相关病原微生物的系统及其专用LAMP引物。
本发明所提供的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物,为下述十三个引物组中的十三组、任十二组、任十一组、任十组、任九组、任八组、任七组、任六组、任五组、任四组、任三组、任两组或任一组:用于检测肺炎链球菌的引物组、用于检测金黄色葡萄球菌的引物组、用于检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的引物组、用于检测大肠埃希氏菌的引物组、用于检测肺炎克雷伯菌的引物组、用于检测铜绿假单胞菌的引物组、用于检测鲍曼不动杆菌的引物组、用于检测嗜麦芽窄食单胞菌的引物组、用于检测流感嗜血杆菌的引物组、用于检测嗜肺军团菌的引物组、用于检测结核分枝杆菌复合群的引物组、用于检测肺炎支原体的引物组和用于检测肺炎衣原体的引物组;所述用于检测肺炎链球菌的引物组为肺炎链球菌正义6引物组、肺炎链球菌反义6引物组、肺炎链球菌正义4引物组或肺炎链球菌反义4引物组。
本发明提供的成套引物中所述肺炎链球菌正义6引物组由肺炎链球菌引物F3-Z、肺炎链球菌引物B3-Z、肺炎链球菌引物FIP-Z、肺炎链球菌引物BIP-Z、肺炎链球菌引物LF-Z和肺炎链球菌引物LB-Z这6条引物组成;所述肺炎链球菌反义6引物组由肺炎链球菌引物F3-F、肺炎链球菌引物B3-F、肺炎链球菌引物FIP-F、肺炎链球菌引物BIP-F、肺炎链球菌引物LF-F和肺炎链球菌引物LB-F这6条引物组成;所述肺炎链球菌正义4引物组由所述肺炎链球菌引物F3-Z、所述肺炎链球菌引物B3-Z、所述肺炎链球菌引物FIP-Z和所述肺炎链球菌引物BIP-Z这4条引物组成;所述肺炎链球菌反义4引物组由所述肺炎链球菌引物F3-F、所述肺炎链球菌引物B3-F、所述肺炎链球菌引物FIP-F和所述肺炎链球菌引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述肺炎链球菌引物F3-Z是如下a1)至a2)中的任一种单链DNA:
a1)SEQ ID No.1的第6-25位核苷酸的单链DNA;
a2)与a1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎链球菌引物B3-Z是如下a4)至a5)中的任一种单链DNA:
a4)SEQ ID No.1的第213-229位核苷酸的反向互补单链DNA;
a5)与a4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎链球菌引物FIP-Z是如下a7)至a8)中的任一种单链DNA:
a7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.1的第79-100位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.1的第39-55位核苷酸组成的单链DNA;
a8)与a7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎链球菌引物BIP-Z是如下a10)至a11)中的任一种单链DNA:
a10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.1的第101-124位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.1的第166-185位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
a11)与a10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎链球菌引物LF-Z是如下a13)至a14)中的任一种单链DNA:
a13)SEQ ID No.1的第56-77位核苷酸的反向互补单链DNA;
a14)与a13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎链球菌引物LB-Z是如下a16)至a17)中的任一种单链DNA:
a16)SEQ ID No.1的第126-146位核苷酸的单链DNA片段;
a17)与a16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎链球菌引物F3-F是所述肺炎链球菌引物F3-Z的反义DNA;所述肺炎链球菌引物B3-F是所述肺炎链球菌引物B3-Z的反义DNA;所述肺炎链球菌引物FIP-F是所述肺炎链球菌引物FIP-Z的反义DNA;所述肺炎链球菌引物BIP-F是所述肺炎链球菌引物BIP-Z的反义DNA;所述肺炎链球菌引物LF-F是所述肺炎链球菌引物LF-Z的反义DNA;所述肺炎链球菌引物LB-F是所述肺炎链球菌引物LB-Z的反义DNA。
本发明提供的成套引物中所述用于检测金黄色葡萄球菌的引物组为金黄色葡萄球菌正义6引物组、金黄色葡萄球菌反义6引物组、金黄色葡萄球菌正义4引物组或金黄色葡萄球菌反义4引物组;所述金黄色葡萄球菌正义6引物组由金黄色葡萄球菌引物F3-Z、金黄色葡萄球菌引物B3-Z、金黄色葡萄球菌引物FIP-Z、金黄色葡萄球菌引物BIP-Z、金黄色葡萄球菌引物LF-Z和金黄色葡萄球菌引物LB-Z这6条引物组成;所述金黄色葡萄球菌反义6引物组由金黄色葡萄球菌引物F3-F、金黄色葡萄球菌引物B3-F、金黄色葡萄球菌引物FIP-F、金黄色葡萄球菌引物BIP-F、金黄色葡萄球菌引物LF-F和金黄色葡萄球菌引物LB-F这6条引物组成;所述金黄色葡萄球菌正义4引物组由所述金黄色葡萄球菌引物F3-Z、所述金黄色葡萄球菌引物B3-Z、所述金黄色葡萄球菌引物FIP-Z和所述金黄色葡萄球菌引物BIP-Z这4条引物组成;所述金黄色葡萄球菌反义4引物组由所述金黄色葡萄球菌引物F3-F、所述金黄色葡萄球菌引物B3-F、所述金黄色葡萄球菌引物FIP-F和所述金黄色葡萄球菌引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述金黄色葡萄球菌引物F3-Z是如下b1)至b2)中的任一种单链DNA:
b1)SEQ ID No.2的第11-30位核苷酸的单链DNA;
b2)与b1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述金黄色葡萄球菌引物B3-Z是如下b4)至b5)中的任一种单链DNA:
b4)SEQ ID No.2的第222-243位核苷酸的反向互补单链DNA;
b5)与b4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述金黄色葡萄球菌引物FIP-Z是如下b7)至b8)中的任一种单链DNA:
b7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.2的第72-95位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.2的第31-50位核苷酸组成的单链DNA;
b8)与b7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述金黄色葡萄球菌引物BIP-Z是如下b10)至b11)中的任一种单链DNA:
b10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.2的第127-149位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.2的第196-212位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
b11)与b10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述金黄色葡萄球菌引物LF-Z是如下b13)至b14)中的任一种单链DNA:
b13)SEQ ID No.2的第54-71位核苷酸的反向互补单链DNA;
b14)与b13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述金黄色葡萄球菌引物LB-Z是如下b16)至b17)中的任一种单链DNA:
b16)SEQ ID No.2的第157-178位核苷酸的单链DNA片段;
b17)与b16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述金黄色葡萄球菌引物F3-F是所述金黄色葡萄球菌引物F3-Z的反义DNA;所述金黄色葡萄球菌引物B3-F是所述金黄色葡萄球菌引物B3-Z的反义DNA;所述金黄色葡萄球菌引物FIP-F是所述金黄色葡萄球菌引物FIP-Z的反义DNA;所述金黄色葡萄球菌引物BIP-F是所述金黄色葡萄球菌引物BIP-Z的反义DNA;所述金黄色葡萄球菌引物LF-F是所述金黄色葡萄球菌引物LF-Z的反义DNA;所述金黄色葡萄球菌引物LB-F是所述金黄色葡萄球菌引物LB-Z的反义DNA。
本发明提供的成套引物中所述用于检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的引物组为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌正义6引物组、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌反义6引物组、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌正义4引物组或耐甲氧西林金黄色葡萄球菌反义4引物组;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌正义6引物组由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-Z、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-Z、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-Z、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-Z、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LF-Z和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LB-Z这6条引物组成;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌反义6引物组由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-F、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-F、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-F、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-F、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LF-F和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LB-F这6条引物组成;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌正义4引物组由所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-Z、所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-Z、所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-Z和所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-Z这4条引物组成;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌反义4引物组由所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-F、所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-F、所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-F和所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-Z是如下c1)至c2)中的任一种单链DNA:
c1)SEQ ID No.3的第12-30位核苷酸的单链DNA;
c2)与c1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-Z是如下c4)至c5)中的任一种单链DNA:
c4)SEQ ID No.3的第211-234位核苷酸的反向互补单链DNA;
c5)与c4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-Z是如下c7)至c8)中的任一种单链DNA:
c7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.3的第97-121位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.3的第47-71位核苷酸组成的单链DNA;
c8)与c7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-Z是如下c10)至c11)中的任一种单链DNA:
c10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.3的第133-156位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.3的第182-206位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
c11)与c10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LF-Z是如下c13)至c14)中的任一种单链DNA:
c13)SEQ ID No.3的第72-95位核苷酸的反向互补单链DNA片段,该单链DNA片段名称为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LF-Z1;
c14)与c13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LB-Z是如下c16)至c17)中的任一种单链DNA:
c16)SEQ ID No.3的第157-181位核苷酸的单链DNA;
c17)与c16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-F是所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-Z的反义DNA;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-F是所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-Z的反义DNA;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-F是所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-Z的反义DNA;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-F是所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-Z的反义DNA;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LF-F是所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LF-Z的反义DNA;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LB-F是所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LB-Z的反义DNA。
本发明提供的成套引物中所述用于检测大肠埃希氏菌的引物组为大肠埃希氏菌正义6引物组、大肠埃希氏菌反义6引物组、大肠埃希氏菌正义4引物组或大肠埃希氏菌反义4引物组;所述大肠埃希氏菌正义6引物组由大肠埃希氏菌引物F3-Z、大肠埃希氏菌引物B3-Z、大肠埃希氏菌引物FIP-Z、大肠埃希氏菌引物BIP-Z、大肠埃希氏菌引物LF-Z和大肠埃希氏菌引物LB-Z这6条引物组成;所述大肠埃希氏菌反义6引物组由大肠埃希氏菌引物F3-F、大肠埃希氏菌引物B3-F、大肠埃希氏菌引物FIP-F、大肠埃希氏菌引物BIP-F、大肠埃希氏菌引物LF-F和大肠埃希氏菌引物LB-F这6条引物组成;所述大肠埃希氏菌正义4引物组由所述大肠埃希氏菌引物F3-Z、所述大肠埃希氏菌引物B3-Z、所述大肠埃希氏菌引物FIP-Z和所述大肠埃希氏菌引物BIP-Z这4条引物组成;所述大肠埃希氏菌反义4引物组由所述大肠埃希氏菌引物F3-F、所述大肠埃希氏菌引物B3-F、所述大肠埃希氏菌引物FIP-F和所述大肠埃希氏菌引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述大肠埃希氏菌引物F3-Z是如下d1)至d2)中的任一种单链DNA:
d1)SEQ ID No.4的第11-30位核苷酸的单链DNA;
d2)与d1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述大肠埃希氏菌引物B3-Z是如下d4)至d5)中的任一种单链DNA:
d4)SEQ ID No.4的第200-219位核苷酸的反向互补单链DNA;
d5)与d4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述大肠埃希氏菌引物FIP-Z是如下d7)至d8)中的任一种单链DNA:
d7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.4的第77-96位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.4的第38-55位核苷酸组成的单链DNA;
d8)与d7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述大肠埃希氏菌引物BIP-Z是如下d10)至d11)中的任一种单链DNA:
d10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.4的第101-122位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.4的第163-183位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
d11)与d10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述大肠埃希氏菌引物LF-Z是如下d13)至d14)中的任一种单链DNA:
d13)SEQ ID No.4的第56-76位核苷酸的反向互补单链DNA片段;
d14)与d13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述大肠埃希氏菌引物LB-Z是如下d16)至d17)中的任一种单链DNA:
d16)SEQ ID No.4的第137-154位核苷酸的单链DNA;
d17)与d16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述大肠埃希氏菌引物F3-F是所述大肠埃希氏菌引物F3-Z的反义DNA;所述大肠埃希氏菌引物B3-F是所述大肠埃希氏菌引物B3-Z的反义DNA;所述大肠埃希氏菌引物FIP-F是所述大肠埃希氏菌引物FIP-Z的反义DNA;所述大肠埃希氏菌引物BIP-F是所述大肠埃希氏菌引物BIP-Z的反义DNA;所述大肠埃希氏菌引物LF-F是所述大肠埃希氏菌引物LF-Z的反义DNA;所述大肠埃希氏菌引物LB-F是所述大肠埃希氏菌引物LB-Z的反义DNA。
本发明提供的成套引物中所述用于检测肺炎克雷伯菌的引物组为肺炎克雷伯菌正义6引物组、肺炎克雷伯菌反义6引物组、肺炎克雷伯菌正义4引物组或肺炎克雷伯菌反义4引物组;所述肺炎克雷伯菌正义6引物组由肺炎克雷伯菌引物F3-Z、肺炎克雷伯菌引物B3-Z、肺炎克雷伯菌引物FIP-Z、肺炎克雷伯菌引物BIP-Z、肺炎克雷伯菌引物LF-Z和肺炎克雷伯菌引物LB-Z这6条引物组成;所述肺炎克雷伯菌反义6引物组由肺炎克雷伯菌引物F3-F、肺炎克雷伯菌引物B3-F、肺炎克雷伯菌引物FIP-F、肺炎克雷伯菌引物BIP-F、肺炎克雷伯菌引物LF-F和肺炎克雷伯菌引物LB-F这6条引物组成;所述肺炎克雷伯菌正义4引物组由所述肺炎克雷伯菌引物F3-Z、所述肺炎克雷伯菌引物B3-Z、所述肺炎克雷伯菌引物FIP-Z和所述肺炎克雷伯菌引物BIP-Z这4条引物组成;所述肺炎克雷伯菌反义4引物组由所述肺炎克雷伯菌引物F3-F、所述肺炎克雷伯菌引物B3-F、所述肺炎克雷伯菌引物FIP-F和所述肺炎克雷伯菌引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述肺炎克雷伯菌引物F3-Z是如下e1)至e2)中的任一种单链DNA:
e1)SEQ ID No.5的第14-30位核苷酸的单链DNA;
e2)与e1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎克雷伯菌引物B3-Z是如下e4)至e5)中的任一种单链DNA:
e4)SEQ ID No.5的第186-203位核苷酸的反向互补单链DNA;
e5)与e4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎克雷伯菌引物FIP-Z是如下e7)至e8)中的任一种单链DNA:
e7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.5的第90-108位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.5的第38-54位核苷酸组成的单链DNA;
e8)与e7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎克雷伯菌引物BIP-Z是如下e10)至e11)中的任一种单链DNA:
e10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.5的第118-140位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.5的第168-185位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
e11)与e10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎克雷伯菌引物LF-Z是如下e13)至e14)中的任一种单链DNA:
e13)SEQ ID No.5的第68-88位核苷酸的反向互补单链DNA;
e14)与e13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎克雷伯菌引物LB-Z是如下e16)至e17)中的任一种单链DNA:
e16)SEQ ID No.5的第151-167位核苷酸的单链DNA;
e17)与e16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎克雷伯菌引物F3-F是所述肺炎克雷伯菌引物F3-Z的反义DNA;所述肺炎克雷伯菌引物B3-F是所述肺炎克雷伯菌引物B3-Z的反义DNA;所述肺炎克雷伯菌引物FIP-F是所述肺炎克雷伯菌引物FIP-Z的反义DNA;所述肺炎克雷伯菌引物BIP-F是所述肺炎克雷伯菌引物BIP-Z的反义DNA;所述肺炎克雷伯菌引物LF-F是所述肺炎克雷伯菌引物LF-Z的反义DNA;所述肺炎克雷伯菌引物LB-F是所述肺炎克雷伯菌引物LB-Z的反义DNA。
本发明提供的成套引物中所述用于检测铜绿假单胞菌的引物组为铜绿假单胞菌正义6引物组、铜绿假单胞菌反义6引物组、铜绿假单胞菌正义4引物组或铜绿假单胞菌反义4引物组;所述铜绿假单胞菌正义6引物组由铜绿假单胞菌引物F3-Z、铜绿假单胞菌引物B3-Z、铜绿假单胞菌引物FIP-Z、铜绿假单胞菌引物BIP-Z、铜绿假单胞菌引物LF-Z和铜绿假单胞菌引物LB-Z这6条引物组成;所述铜绿假单胞菌反义6引物组由铜绿假单胞菌引物F3-F、铜绿假单胞菌引物B3-F、铜绿假单胞菌引物FIP-F、铜绿假单胞菌引物BIP-F、铜绿假单胞菌引物LF-F和铜绿假单胞菌引物LB-F这6条引物组成;所述铜绿假单胞菌正义4引物组由所述铜绿假单胞菌引物F3-Z、所述铜绿假单胞菌引物B3-Z、所述铜绿假单胞菌引物FIP-Z和所述铜绿假单胞菌引物BIP-Z这4条引物组成;所述铜绿假单胞菌反义4引物组由所述铜绿假单胞菌引物F3-F、所述铜绿假单胞菌引物B3-F、所述铜绿假单胞菌引物FIP-F和所述铜绿假单胞菌引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述铜绿假单胞菌引物F3-Z是如下f1)至f2)中的任一种单链DNA:
f1)SEQ ID No.6的第11-30位核苷酸的单链DNA;
f2)与f1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述铜绿假单胞菌引物B3-Z是如下f4)至f5)中的任一种单链DNA:
f4)SEQ ID No.6的第218-235位核苷酸的反向互补单链DNA;
f5)与f4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述铜绿假单胞菌引物FIP-Z是如下f7)至f8)中的任一种单链DNA:
f7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.6的第75-93位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.6的第35-53位核苷酸组成的单链DNA;
f8)与f7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述铜绿假单胞菌引物BIP-Z是如下f10)至f11)中的任一种单链DNA:
f10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.6的第126-144位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.6的第188-205位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
f11)与f10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述铜绿假单胞菌引物LF-Z是如下f13)至f14)中的任一种单链DNA:
f13)SEQ ID No.6的第54-73位核苷酸的反向互补单链DNA;
f14)与f13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述铜绿假单胞菌引物LB-Z是如下f16)至f17)中的任一种单链DNA:
f16)SEQ ID No.6的第153-169位核苷酸的单链DNA;
f17)与f16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述铜绿假单胞菌引物F3-F是所述铜绿假单胞菌引物F3-Z的反义DNA;所述铜绿假单胞菌引物B3-F是所述铜绿假单胞菌引物B3-Z的反义DNA;所述铜绿假单胞菌引物FIP-F是所述铜绿假单胞菌引物FIP-Z的反义DNA;所述铜绿假单胞菌引物BIP-F是所述铜绿假单胞菌引物BIP-Z的反义DNA;所述铜绿假单胞菌引物LF-F是所述铜绿假单胞菌引物LF-Z的反义DNA;所述铜绿假单胞菌引物LB-F是所述铜绿假单胞菌引物LB-Z的反义DNA。
本发明提供的成套引物中所述用于检测鲍曼不动杆菌的引物组为鲍曼不动杆菌正义6引物组、鲍曼不动杆菌反义6引物组、鲍曼不动杆菌正义4引物组或鲍曼不动杆菌反义4引物组;所述鲍曼不动杆菌正义6引物组由鲍曼不动杆菌引物F3-Z、鲍曼不动杆菌引物B3-Z、鲍曼不动杆菌引物FIP-Z、鲍曼不动杆菌引物BIP-Z、鲍曼不动杆菌引物LF-Z和鲍曼不动杆菌引物LB-Z这6条引物组成;所述鲍曼不动杆菌反义6引物组由鲍曼不动杆菌引物F3-F、鲍曼不动杆菌引物B3-F、鲍曼不动杆菌引物FIP-F、鲍曼不动杆菌引物BIP-F、鲍曼不动杆菌引物LF-F和鲍曼不动杆菌引物LB-F这6条引物组成;所述鲍曼不动杆菌正义4引物组由所述鲍曼不动杆菌引物F3-Z、所述鲍曼不动杆菌引物B3-Z、所述鲍曼不动杆菌引物FIP-Z和所述鲍曼不动杆菌引物BIP-Z这4条引物组成;所述鲍曼不动杆菌反义4引物组由所述鲍曼不动杆菌引物F3-F、所述鲍曼不动杆菌引物B3-F、所述鲍曼不动杆菌引物FIP-F和所述鲍曼不动杆菌引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述鲍曼不动杆菌引物F3-Z是如下g1)至g2)中的任一种单链DNA:
g1)SEQ ID No.7的第10-30位核苷酸的单链DNA;
g2)与g1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述鲍曼不动杆菌引物B3-Z是如下g4)至g5)中的任一种单链DNA:
g4)SEQ ID No.7的第206-227位核苷酸的反向互补单链DNA;
g5)与g4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述鲍曼不动杆菌引物FIP-Z是如下g7)至g8)中的任一种单链DNA:
g7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.7的第73-94位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.7的第31-55位核苷酸组成的单链DNA;
g8)与g7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述鲍曼不动杆菌引物BIP-Z是如下g10)至g11)中的任一种单链DNA:
g10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.7的第128-152位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.7的第186-204位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
g11)与g10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述鲍曼不动杆菌引物LF-Z是如下g13)至g14)中的任一种单链DNA:
g13)SEQ ID No.7的第56-71位核苷酸的反向互补单链DNA;
g14)与g13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述鲍曼不动杆菌引物LB-Z是如下g16)至g17)中的任一种单链DNA:
g16)SEQ ID No.7的第156-173位核苷酸的单链DNA;
g17)与g16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述鲍曼不动杆菌引物F3-F是所述鲍曼不动杆菌引物F3-Z的反义DNA;所述鲍曼不动杆菌引物B3-F是所述鲍曼不动杆菌引物B3-Z的反义DNA;所述鲍曼不动杆菌引物FIP-F是所述鲍曼不动杆菌引物FIP-Z的反义DNA;所述鲍曼不动杆菌引物BIP-F是所述鲍曼不动杆菌引物BIP-Z的反义DNA;所述鲍曼不动杆菌引物LF-F是所述鲍曼不动杆菌引物LF-Z的反义DNA;所述鲍曼不动杆菌引物LB-F是所述鲍曼不动杆菌引物LB-Z的反义DNA。
本发明提供的成套引物中所述用于检测嗜麦芽窄食单胞菌的引物组为嗜麦芽窄食单胞菌正义6引物组、嗜麦芽窄食单胞菌反义6引物组、嗜麦芽窄食单胞菌正义4引物组或嗜麦芽窄食单胞菌反义4引物组;所述嗜麦芽窄食单胞菌正义6引物组由嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-Z、嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-Z、嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-Z、嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-Z、嗜麦芽窄食单胞菌引物LF-Z和嗜麦芽窄食单胞菌引物LB-Z这6条引物组成;所述嗜麦芽窄食单胞菌反义6引物组由嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-F、嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-F、嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-F、嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-F、嗜麦芽窄食单胞菌引物LF-F和嗜麦芽窄食单胞菌引物LB-F这6条引物组成;所述嗜麦芽窄食单胞菌正义4引物组由所述嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-Z、所述嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-Z、所述嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-Z和所述嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-Z这4条引物组成;所述嗜麦芽窄食单胞菌反义4引物组由所述嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-F、所述嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-F、所述嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-F和所述嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-Z是如下h1)至h2)中的任一种单链DNA:
h1)SEQ ID No.8的第11-30位核苷酸的单链DNA;
h2)与h1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-Z是如下h4)至h5)中的任一种单链DNA:
h4)SEQ ID No.8的第197-213位核苷酸的反向互补单链DNA;
h5)与h4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-Z是如下h7)至h8)中的任一种单链DNA:
h7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.8的第81-100位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.8的第41-57位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
h8)与h7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-Z是如下h10)至h11)中的任一种单链DNA:
h10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.8的第109-132位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.8的第175-193位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
h11)与h10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述嗜麦芽窄食单胞菌引物LF-Z是如下h13)至h14)中的任一种单链DNA:
h13)SEQ ID No.8的第58-73位核苷酸的反向互补单链DNA;
h14)与h13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述嗜麦芽窄食单胞菌引物LB-Z是如下h16)至h17)中的任一种单链DNA:
h16)SEQ ID No.8的第136-153位核苷酸的单链DNA;
h17)与h16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-F是所述嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-Z的反义DNA;所述嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-F是所述嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-Z的反义DNA;所述嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-F是所述嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-Z的反义DNA;所述嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-F是所述嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-Z的反义DNA;所述嗜麦芽窄食单胞菌引物LF-F是所述嗜麦芽窄食单胞菌引物LF-Z的反义DNA;所述嗜麦芽窄食单胞菌引物LB-F是所述嗜麦芽窄食单胞菌引物LB-Z的反义DNA。
本发明提供的成套引物中所述用于检测流感嗜血杆菌的引物组为流感嗜血杆菌正义6引物组、流感嗜血杆菌反义6引物组、流感嗜血杆菌正义4引物组或流感嗜血杆菌反义4引物组;所述流感嗜血杆菌正义6引物组由流感嗜血杆菌引物F3-Z、流感嗜血杆菌引物B3-Z、流感嗜血杆菌引物FIP-Z、流感嗜血杆菌引物BIP-Z、流感嗜血杆菌引物LF-Z和流感嗜血杆菌引物LB-Z这6条引物组成;所述流感嗜血杆菌反义6引物组由流感嗜血杆菌引物F3-F、流感嗜血杆菌引物B3-F、流感嗜血杆菌引物FIP-F、流感嗜血杆菌引物BIP-F、流感嗜血杆菌引物LF-F和流感嗜血杆菌引物LB-F这6条引物组成;所述流感嗜血杆菌正义4引物组由所述流感嗜血杆菌引物F3-Z、所述流感嗜血杆菌引物B3-Z、所述流感嗜血杆菌引物FIP-Z和所述流感嗜血杆菌引物BIP-Z这4条引物组成;所述流感嗜血杆菌反义4引物组由所述流感嗜血杆菌引物F3-F、所述流感嗜血杆菌引物B3-F、所述流感嗜血杆菌引物FIP-F和所述流感嗜血杆菌引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述流感嗜血杆菌引物F3-Z是如下i 1)至i2)中的任一种单链DNA:
i1)SEQ ID No.9的第12-30位核苷酸的单链DNA;
i2)与i1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述流感嗜血杆菌引物B3-Z是如下i4)至i5)中的任一种单链DNA:
i4)SEQ ID No.9的第223-246位核苷酸的反向互补单链DNA;
i5)与i4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述流感嗜血杆菌引物FIP-Z是如下i7)至i8)中的任一种单链DNA:
i7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.9的第83-107位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.9的第39-58位核苷酸组成的单链DNA;
i8)与i7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述流感嗜血杆菌引物BIP-Z是如下i10)至i11)中的任一种单链DNA:
i10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.9的第114-139位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.9的第176-199位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
i11)与i10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述流感嗜血杆菌引物LF-Z是如下i13)至i14)中的任一种单链DNA:
i13)SEQ ID No.9的第62-82位核苷酸的反向互补单链DNA;
i14)与i13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述流感嗜血杆菌引物LB-Z是如下i16)至i17)中的任一种单链DNA:
i16)SEQ ID No.9的第141-161位核苷酸的单链DNA;
i17)与i16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述流感嗜血杆菌引物F3-F是所述流感嗜血杆菌引物F3-Z的反义DNA;所述流感嗜血杆菌引物B3-F是所述流感嗜血杆菌引物B3-Z的反义DNA;所述流感嗜血杆菌引物FIP-F是所述流感嗜血杆菌引物FIP-Z的反义DNA;所述流感嗜血杆菌引物BIP-F是所述流感嗜血杆菌引物BIP-Z的反义DNA;所述流感嗜血杆菌引物LF-F是所述流感嗜血杆菌引物LF-Z的反义DNA;所述流感嗜血杆菌引物LB-F是所述流感嗜血杆菌引物LB-Z的反义DNA。
本发明提供的成套引物中所述用于检测嗜肺军团菌的引物组为嗜肺军团菌正义6引物组、嗜肺军团菌反义6引物组、嗜肺军团菌正义4引物组或嗜肺军团菌反义4引物组;所述嗜肺军团菌正义6引物组由嗜肺军团菌引物F3-Z、嗜肺军团菌引物B3-Z、嗜肺军团菌引物FIP-Z、嗜肺军团菌引物BIP-Z、嗜肺军团菌引物LF-Z和嗜肺军团菌引物LB-Z这6条引物组成;所述嗜肺军团菌反义6引物组由嗜肺军团菌引物F3-F、嗜肺军团菌引物B3-F、嗜肺军团菌引物FIP-F、嗜肺军团菌引物BIP-F、嗜肺军团菌引物LF-F和嗜肺军团菌引物LB-F这6条引物组成;所述嗜肺军团菌正义4引物组由所述嗜肺军团菌引物F3-Z、所述嗜肺军团菌引物B3-Z、所述嗜肺军团菌引物FIP-Z和所述嗜肺军团菌引物BIP-Z这4条引物组成;所述嗜肺军团菌反义4引物组由所述嗜肺军团菌引物F3-F、所述嗜肺军团菌引物B3-F、所述嗜肺军团菌引物FIP-F和所述嗜肺军团菌引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述嗜肺军团菌引物F3-Z是如下j1)至j2)中的任一种单链DNA:
j1)SEQ ID No.10的第10-30位核苷酸的单链DNA;
j2)与j1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述嗜肺军团菌引物B3-Z是如下j4)至j5)中的任一种单链DNA:
j4)SEQ ID No.10的第197-215位核苷酸的反向互补单链DNA;
j5)与j4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述嗜肺军团菌引物FIP-Z是如下j7)至j8)中的任一种单链DNA:
j7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.10的第77-96位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.10的第35-53位核苷酸组成的单链DNA;
j8)与j7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述嗜肺军团菌引物BIP-Z是如下j10)至j11)中的任一种单链DNA:
j10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.10的第126-147位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.10的第179-196位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
j11)与j10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述嗜肺军团菌引物LF-Z是如下j13)至j14)中的任一种单链DNA:
j13)SEQ ID No.10的第55-76位核苷酸的反向互补单链DNA;
j14)与j13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述嗜肺军团菌引物LB-Z是如下j16)至j17)中的任一种单链DNA:
j16)SEQ ID No.10的第154-176位核苷酸的单链DNA;
j17)与j16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述嗜肺军团菌引物F3-F是所述嗜肺军团菌引物F3-Z的反义DNA;所述嗜肺军团菌引物B3-F是所述嗜肺军团菌引物B3-Z的反义DNA;所述嗜肺军团菌引物FIP-F是所述嗜肺军团菌引物FIP-Z的反义DNA;所述嗜肺军团菌引物BIP-F是所述嗜肺军团菌引物BIP-Z的反义DNA;所述嗜肺军团菌引物LF-F是所述嗜肺军团菌引物LF-Z的反义DNA;所述嗜肺军团菌引物LB-F是所述嗜肺军团菌引物LB-Z的反义DNA;所述用于检测结核分枝杆菌复合群的引物组为结核分枝杆菌复合群正义6引物组、结核分枝杆菌复合群反义6引物组、结核分枝杆菌复合群正义4引物组或结核分枝杆菌复合群反义4引物组;所述结核分枝杆菌复合群正义6引物组由结核分枝杆菌复合群引物F3-Z、结核分枝杆菌复合群引物B3-Z、结核分枝杆菌复合群引物FIP-Z、结核分枝杆菌复合群引物BIP-Z、结核分枝杆菌复合群引物LF-Z和结核分枝杆菌复合群引物LB-Z这6条引物组成;所述结核分枝杆菌复合群反义6引物组由结核分枝杆菌复合群引物F3-F、结核分枝杆菌复合群引物B3-F、结核分枝杆菌复合群引物FIP-F、结核分枝杆菌复合群引物BIP-F、结核分枝杆菌复合群引物LF-F和结核分枝杆菌复合群引物LB-F这6条引物组成;所述结核分枝杆菌复合群正义4引物组由所述结核分枝杆菌复合群引物F3-Z、所述结核分枝杆菌复合群引物B3-Z、所述结核分枝杆菌复合群引物FIP-Z和所述结核分枝杆菌复合群引物BIP-Z这4条引物组成;所述结核分枝杆菌复合群反义4引物组由所述结核分枝杆菌复合群引物F3-F、所述结核分枝杆菌复合群引物B3-F、所述结核分枝杆菌复合群引物FIP-F和所述结核分枝杆菌复合群引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述结核分枝杆菌复合群引物F3-Z是如下k1)至k2)中的任一种单链DNA:
k1)SEQ ID No.11的第14-30位核苷酸的单链DNA;
k2)与k1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述结核分枝杆菌复合群引物B3-Z是如下k4)至k5)中的任一种单链DNA:
k4)SEQ ID No.11的第175-190位核苷酸的反向互补单链DNA;
k5)与k4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述结核分枝杆菌复合群引物FIP-Z是如下k7)至k8)中的任一种单链DNA:
k7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.11的第68-90位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.11的第32-51位核苷酸组成的单链DNA;
k8)与k7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述结核分枝杆菌复合群引物BIP-Z是如下k10)至k11)中的任一种单链DNA:
k10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.11的第113-130位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.11的第147-167位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
k11)与k10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述结核分枝杆菌复合群引物LF-Z是如下k13)至k14)中的任一种单链DNA:
k13)SEQ ID No.11的第52-67位核苷酸的反向互补单链DNA;
k14)与k13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述结核分枝杆菌复合群引物LB-Z是如下k16)至k17)中的任一种单链DNA:
k16)SEQ ID No.11的第131-144位核苷酸的单链DNA;
k17)与k16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述结核分枝杆菌复合群引物F3-F是所述结核分枝杆菌复合群引物F3-Z的反义DNA;所述结核分枝杆菌复合群引物B3-F是所述结核分枝杆菌复合群引物B3-Z的反义DNA;所述结核分枝杆菌复合群引物FIP-F是所述结核分枝杆菌复合群引物FIP-Z的反义DNA;所述结核分枝杆菌复合群引物BIP-F是所述结核分枝杆菌复合群引物BIP-Z的反义DNA;所述结核分枝杆菌复合群引物LF-F是所述结核分枝杆菌复合群引物LF-Z的反义DNA;所述结核分枝杆菌复合群引物LB-F是所述结核分枝杆菌复合群引物LB-Z的反义DNA。
本发明提供的成套引物中所述用于检测肺炎支原体的引物组为肺炎支原体正义6引物组、肺炎支原体反义6引物组、肺炎支原体正义4引物组或肺炎支原体反义4引物组;所述肺炎支原体正义6引物组由肺炎支原体引物F3-Z、肺炎支原体引物B3-Z、肺炎支原体引物FIP-Z、肺炎支原体引物BIP-Z、肺炎支原体引物LF-Z和肺炎支原体引物LB-Z这6条引物组成;所述肺炎支原体反义6引物组由肺炎支原体引物F3-F、肺炎支原体引物B3-F、肺炎支原体引物FIP-F、肺炎支原体引物BIP-F、肺炎支原体引物LF-F和肺炎支原体引物LB-F这6条引物组成;所述肺炎支原体正义4引物组由所述肺炎支原体引物F3-Z、所述肺炎支原体引物B3-Z、所述肺炎支原体引物FIP-Z和所述肺炎支原体引物BIP-Z这4条引物组成;所述肺炎支原体反义4引物组由所述肺炎支原体引物F3-F、所述肺炎支原体引物B3-F、所述肺炎支原体引物FIP-F和所述肺炎支原体引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述肺炎支原体引物F3-Z是如下m1)至m2)中的任一种单链DNA:
m1)SEQ ID No.12的第14-30位核苷酸的单链DNA;
m2)与m1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎支原体引物B3-Z是如下m4)至m5)中的任一种单链DNA:
m4)SEQ ID No.12的第179-195位核苷酸的反向互补单链DNA;
m5)与m4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎支原体引物FIP-Z是如下m7)至m8)中的任一种单链DNA:
m7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.12的第71-89位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.12的第31-51位核苷酸组成的单链DNA;
m8)与m7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎支原体引物BIP-Z是如下m10)至m11)中的任一种单链DNA:
m10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.12的第99-117位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.12的第155-171位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
m11)与m10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎支原体引物LF-Z是如下m13)至m14)中的任一种单链DNA:
m13)SEQ ID No.12的第52-67位核苷酸的反向互补单链DNA;
m14)与m13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎支原体引物LB-Z是如下m16)至m17)中的任一种单链DNA:
m16)SEQ ID No.12的第123-138位核苷酸的单链DNA;
m17)与m16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎支原体引物F3-F是所述肺炎支原体引物F3-Z的反义DNA;所述肺炎支原体引物B3-F是所述肺炎支原体引物B3-Z的反义DNA;所述肺炎支原体引物FIP-F是所述肺炎支原体引物FIP-Z的反义DNA;所述肺炎支原体引物BIP-F是所述肺炎支原体引物BIP-Z的反义DNA;所述肺炎支原体引物LF-F是所述肺炎支原体引物LF-Z的反义DNA;所述肺炎支原体引物LB-F是所述肺炎支原体引物LB-Z的反义DNA。
本发明提供的成套引物中所述用于检测肺炎衣原体的引物组为肺炎衣原体正义6引物组、肺炎衣原体反义6引物组、肺炎衣原体正义4引物组或肺炎衣原体反义4引物组;所述肺炎衣原体正义6引物组由肺炎衣原体引物F3-Z、肺炎衣原体引物B3-Z、肺炎衣原体引物FIP-Z、肺炎衣原体引物BIP-Z、肺炎衣原体引物LF-Z和肺炎衣原体引物LB-Z这6条引物组成;所述肺炎衣原体反义6引物组由肺炎衣原体引物F3-F、肺炎衣原体引物B3-F、肺炎衣原体引物FIP-F、肺炎衣原体引物BIP-F、肺炎衣原体引物LF-F和肺炎衣原体引物LB-F这6条引物组成;所述肺炎衣原体正义4引物组由所述肺炎衣原体引物F3-Z、所述肺炎衣原体引物B3-Z、所述肺炎衣原体引物FIP-Z和所述肺炎衣原体引物BIP-Z这4条引物组成;所述肺炎衣原体反义4引物组由所述肺炎衣原体引物F3-F、所述肺炎衣原体引物B3-F、所述肺炎衣原体引物FIP-F和所述肺炎衣原体引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中所述肺炎衣原体引物F3-Z是如下n1)至n2)中的任一种单链DNA:
n1)SEQ ID No.13的第7-30位核苷酸的单链DNA;
n2)与n1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎衣原体引物B3-Z是如下n4)至n5)中的任一种单链DNA:
n4)SEQ ID No.13的第203-220位核苷酸的反向互补单链DNA;
n5)与n4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎衣原体引物FIP-Z是如下n7)至n8)中的任一种单链DNA:
n7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.13的第76-95位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.13的第35-54位核苷酸组成的单链DNA;
n8)与n7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎衣原体引物BIP-Z是如下n10)至n11)中的任一种单链DNA:
n10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.13的第127-152位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.13的第183-202位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
n11)与n10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎衣原体引物LF-Z是如下n13)至n14)中的任一种单链DNA:
n13)SEQ ID No.13的第55-75位核苷酸的反向互补单链DNA;
n14)与n13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎衣原体引物LB-Z是如下n16)至n17)中的任一种单链DNA:
n16)SEQ ID No.13的第157-179位核苷酸的单链DNA;
n17)与n16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段。
本发明提供的成套引物中所述肺炎衣原体引物F3-F是所述肺炎衣原体引物F3-Z的反义DNA;所述肺炎衣原体引物B3-F是所述肺炎衣原体引物B3-Z的反义DNA;所述肺炎衣原体引物FIP-F是所述肺炎衣原体引物FIP-Z的反义DNA;所述肺炎衣原体引物BIP-F是所述肺炎衣原体引物BIP-Z的反义DNA;所述肺炎衣原体引物LF-F是所述肺炎衣原体引物LF-Z的反义DNA;所述肺炎衣原体引物LB-F是所述肺炎衣原体引物LB-Z的反义DNA。
上文中,名称中带“Z”的引物均作为正义DNA,名称中带“F”的引物均作为反义DNA;反义DNA与对应的正义DNA反向互补。
本发明中,所述肺炎链球菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸序列为GTAG,所述肺炎链球菌引物BIP-Z中的l inker的核苷酸序列为AACAAC;所述金黄色葡萄球菌金黄亚种引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述金黄色葡萄球菌金黄亚种引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述大肠埃希氏菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸序列为CT,所述大肠埃希氏菌引物BIP-Z中的l inker的核苷酸序列为TTT;所述肺炎克雷伯菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述肺炎克雷伯菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸序列为TTTT;所述铜绿假单胞菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述铜绿假单胞菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述鲍曼不动杆菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述鲍曼不动杆菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述流感嗜血杆菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸序列为ATCAAC,所述流感嗜血杆菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述嗜肺军团菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述嗜肺军团菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述结核分枝杆菌复合群引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述结核分枝杆菌复合群引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述肺炎支原体引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述肺炎支原体引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述肺炎衣原体引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述肺炎衣原体引物BIP-Z中的linker的核苷酸序列为TT。
本发明中中的退火温度可为引物和模板结合时的温度。
上文中,所述十三种引物组中的各个引物组均可独立包装,每个引物组中各引物也可独立包装。
这里使用的术语“同一性”指与核酸序列的序列相似性。“同一性”包括与本发明所述引物的核苷酸序列具有85%或更高,或90%或更高,或95%或更高同一性的核苷酸序列。同一性可以用肉眼或计算机软件进行评价。使用计算机软件,两个或多个序列之间的同一性可以用百分比(%)表示,其可以用来评价相关序列之间的同一性。
上述85%或85%以上同一性,可为90%或95%以上的同一性。
本发明中所述反义DNA的核苷酸序列为与名称中带“Z”的引物相应的核苷酸序列的反向互补序列。如肺炎衣原体引物B3-F的核苷酸序列为肺炎衣原体引物B3-Z的核苷酸序列的反向互补序列。
本发明提供的成套引物中,各正义6引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2-0.3μmol(如0.2μmol)名称中带“F3-Z”的引物:0.2-0.3μmol名称中带“B3-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-Z”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LF-Z”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LB-Z”的引物;各正义4引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2-0.3μmol(如0.2μmol)名称中带“F3-Z”的引物:0.2-0.3μmol名称中带“B3-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-Z”的引物;各反义6引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2-0.3μmol(如0.2μmol)名称中带“F3-F”的引物:0.2-0.3μmol名称中带“B3-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-F”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LF-F”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LB-F”的引物;各反义4引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2-0.3μmol(如0.2μmol)名称中带“F3-F”的引物:0.2-0.3μmol名称中带“B3-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-F”的引物。
本发明提供的成套引物中,各正义6引物组中各条引物的摩尔比具体可为如下:0.3μmol名称中带“F3-Z”的引物:0.3μmol名称中带“B3-Z”的引物:2.4μmol名称中带“FIP-Z”的引物:2.4μmol名称中带“BIP-Z”的引物:1.0μmol名称中带“LF-Z”的引物:1.0μmol名称中带“LB-Z”的引物;各正义4引物组中各条引物的摩尔比如下:0.3μmol名称中带“F3-Z”的引物:0.3μmol名称中带“B3-Z”的引物:2.4μmol名称中带“FIP-Z”的引物:2.4μmol名称中带“BIP-Z”的引物;各反义6引物组中各条引物的摩尔比如下:0.3μmol名称中带“F3-F”的引物:0.3μmol名称中带“B3-F”的引物:2.4μmol名称中带“FIP-F”的引物:2.4μmol名称中带“BIP-F”的引物:1.0μmol名称中带“LF-F”的引物:1.0μmol名称中带“LB-F”的引物;各反义4引物组中各条引物的摩尔比如下:0.3μmol名称中带“F3-F”的引物:0.3μmol名称中带“B3-F”的引物:2.4μmol名称中带“FIP-F”的引物:2.4μmol名称中带“BIP-F”的引物。
上述所述摩尔比是总摩尔数之比,所述总摩尔数是各引物中各种单链DNA摩尔数之和。
本发明所要解决的另一个技术问题是提供检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物的制备方法。
本发明所提供的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物的制备方法也属于本发明的保护范围。该制备方法具体可包括将检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物中各个引物组分别单独包装的步骤。
本发明所要解决的另一个技术问题是提供一种检测呼吸道感染相关病原微生物的芯片,所述芯片固定有所述检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物,所述芯片可为恒温扩增微流控芯片。
本发明还提供一种检测呼吸道感染相关病原微生物的系统,所述系统包括所述检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物,所述系统可包括所述检测呼吸道感染相关病原微生物的芯片,所述系统还可包括进行环介导等温扩增所需的试剂和/或仪器和/或扩增产物数据处理器,所述试剂不包括环介导等温扩增所需的引物,所述扩增产物数据处理器可用于区分所述检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物对待测样本进行环介导等温扩增得到的待测样本扩增产物中是否含有特异性扩增产物。
本发明所要解决的另一个技术问题是提供一种检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增试剂。
本发明所提供的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增试剂,可包括链置换型DNA聚合酶、甜菜碱、dATP、dCTP、dGTP和dTTP和Mg2+;所述链置换型DNA聚合酶具体可为Bst DNA聚合酶大片段。
本发明所提供的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增试剂,还可包括荧光显色剂。进一步,所述荧光显色剂可为EvaGreen。
本发明所提供的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增所需仪器可为恒温扩增微流控芯片核酸分析仪,所述扩增产物数据处理器内设所述恒温扩增微流控芯片核酸分析仪配套软件。所述仪器可为荧光定量PCR仪,所述扩增产物数据处理器内可设所述荧光定量PCR仪配套软件。
制备下述1)-3)中任一产品的方法也属于本发明的保护范围,所述方法包括制备所述检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物中的各条引物的步骤:
1)所述检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物;
2)所述检测呼吸道感染相关病原微生物的芯片;
3)所述检测呼吸道感染相关病原微生物的系统。
所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物的下述任一种应用也属于本发明的保护范围:
1)所述检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物在制备所述检测呼吸道感染相关病原微生物的芯片中的应用;
2)所述检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物在制备检测呼吸道感染相关病原微生物的系统中的应用;
3)所述检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物在制备检测呼吸道感染相关病原微生物的试剂或试剂盒的应用;
本发明还提供了一种检测呼吸道感染相关病原微生物的方法,包括A或B:
A、提取待测样本的核酸,用所述检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物进行环介导等温扩增,检测扩增产物,确定待测样本是否含有所述成套引物中相应引物组对应的呼吸道感染相关病原微生物;
B、提取待测呼吸道病原微生物的核酸,用所述检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物进行环介导等温扩增,检测扩增产物,确定待测呼吸道病原微生物是为所述成套引物中相应引物组对应的呼吸道感染相关病原微生物。
本发明中,所述呼吸道感染相关病原微生物为下述十三种病原微生物中的十三种、任十二种、任十一种、任十种、任九种、任八种、任七种、任六种、任五种、任四种、任三种、任两种或任一种:肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、大肠埃希氏菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌、结核分枝杆菌复合群、肺炎支原体和肺炎衣原体。
在本发明的一个实施例中,上述金黄色葡萄球菌具体可为金黄色葡萄球菌金黄亚种(Staphylococcus aureus subsp.aureus)。
本发明中所述待测样本具体可来自于人(Homo sapiens)的呼吸道。
实验证明,本发明提供的13个引物组能特异性地检测肺炎链球菌、大肠埃希氏菌、嗜麦芽窄食单胞菌、嗜肺军团菌、肺炎支原体、肺炎衣原体、金黄色葡萄球菌金黄亚种、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、流感嗜血杆菌和结核分枝杆菌复合群,而且与其他病原微生物无交叉反应,如普通变形杆菌、屎肠球菌、变异链球菌、弗氏枸椽酸杆菌、洛菲不动杆菌。同时,本发明提供的13个引物组对肺炎链球菌DNA、大肠埃希氏菌DNA、嗜麦芽窄食单胞菌DNA、嗜肺军团菌DNA、肺炎支原体DNA、肺炎衣原体DNA、金黄色葡萄球菌金黄亚种DNA、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌DNA、肺炎克雷伯菌DNA、铜绿假单胞菌DNA、鲍曼不动杆菌DNA、流感嗜血杆菌DNA和结核分枝杆菌复合群DNA的最小检测限均为5×102拷贝/μl。
附图说明
图1为以肺炎链球菌、大肠埃希氏菌、嗜麦芽窄食单胞菌、嗜肺军团菌、肺炎支原体和肺炎衣原体6种病原菌DNA作为模板,在分别固定13种呼吸道感染病原菌的环介导等温扩增引物的反应池A1-M1和无固定引物的反应池N1至X1中进行PCR反应得到的实时荧光定量扩增曲线。
图2为以金黄色葡萄球菌金黄亚种、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、流感嗜血杆菌和结核分枝杆菌复合群7种病原菌DNA作为模板,在分别固定13种呼吸道感染病原菌的环介导等温扩增引物的反应池A2-M2和无固定引物的反应池N2至X2中进行PCR反应得到的实时荧光定量扩增曲线。
图3为以肺炎病人的痰样本中粗提核酸作为模板,在以分别固定13种呼吸道感染病原菌的环介导等温扩增引物的反应池A3-M3和无固定引物的反应池N3至X3中进行PCR反应得到的实时荧光定量扩增曲线。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所使用的实验材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
下述实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。
下述实施例中的恒温扩增体系为:恒温扩增体系体积为20μl,含有5.5μl的10×ThermoPol Buffer,8.7μl的5M甜菜碱,0.5μl的50mg/ml BSA,0.5μl的400mM MgSO4,1.6μl的20×EvaGreen,0.2μl的400mM dNTPs,2.2μl的8U/μl Bst DNA聚合酶大片段。
下述实施例中的引物均由上海生工生物工程公司合成,Bst DNA聚合酶大片段及10×ThermoPol Buffer为NEB公司产品,甜菜碱为Sigma公司产品,20×EvaGreen为Biotium公司产品。
下述实施例中的普通变形杆菌(Proteus vulgaris)CGMCC No.1.1527于1981年7月1日保藏于中国普通微生物菌种保藏管理中心(简称CGMCC,地址:北京市朝阳区北辰西路1号院3号中国科学院微生物研究所邮编100101),公众可从中国普通微生物菌种保藏管理中心获得该菌株。普通变形杆菌(Proteus vulgaris)CGMCC No.1.1527在下文中简称普通变形杆菌。
下述实施例中的屎肠球菌(Enterococcus faecium)CGMCC No.1.2025于1996年8月12日保藏于中国普通微生物菌种保藏管理中心(简称CGMCC,地址:北京市朝阳区北辰西路1号院3号中国科学院微生物研究所邮编100101),公众可从中国普通微生物菌种保藏管理中心获得该菌株。屎肠球菌(Enterococcus faecium)CGMCC No.1.2025在下文中简称屎肠球菌。
下述实施例中的变异链球菌(Streptococcus mutans)CGMCC No.1.2499于2000年2月28日保藏于中国普通微生物菌种保藏管理中心(简称CGMCC,地址:北京市朝阳区北辰西路1号院3号中国科学院微生物研究所邮编100101),公众可从中国普通微生物菌种保藏管理中心获得该菌株。变异链球菌(Streptococcus mutans)CGMCC No.1.2499在下文中简称变异链球菌。
下述实施例中的弗氏枸椽酸杆菌(Citrobacter freundii)ATCC No.8090保藏于美国模式培养物集存库(简称ATCC,地址:American Type Culture Collection(ATCC)10801UniversityBoulevard Manassas,VA 20110USA),公众可从美国模式培养物集存库获得该菌株。弗氏枸椽酸杆菌(Citrobacter freundii)ATCC No.8090在下文中简称弗氏枸椽酸杆菌。
下述实施例中的洛菲不动杆菌(Acinetobacter lwoffi)ATCC No.15309保藏于美国模式培养物集存库(简称ATCC,地址:American Type Culture Collection(ATCC)10801UniversityBoulevard Manassas,VA 20110USA),公众可从美国模式培养物集存库获得该菌株。洛菲不动杆菌(Acinetobacter lwoffi)ATCC No.15309在下文中简称洛菲不动杆菌。
下述实施例中的肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)ATCC No.6301保藏于美国模式培养物集存库(简称ATCC,地址:American Type Culture Collection(ATCC)10801UniversityBoulevard Manassas,VA 20110USA),公众可从美国模式培养物集存库获得该菌株。肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)ATCC No.6301在下文中简称肺炎链球菌。
下述实施例中的大肠埃希氏菌(Escherichia coli)CGMCC No.1.8732保藏于中国普通微生物菌种保藏管理中心(简称CGMCC,地址:北京市朝阳区北辰西路1号院3号中国科学院微生物研究所邮编100101),公众可从中国普通微生物菌种保藏管理中心获得该菌株。大肠埃希氏菌(Escherichia coli)CGMCC No.1.8732在下文中简称大肠埃希氏菌。
下述实施例中的嗜麦芽窄食单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)ATCC No.31559保藏于美国模式培养物集存库(简称ATCC,地址:American Type Culture Collection(ATCC)10801University Boulevard Manassas,VA 20110USA),公众可从美国模式培养物集存库获得该菌株。嗜麦芽窄食单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)ATCC No.31559在下文中简称嗜麦芽窄食单胞菌。
下述实施例中的嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)ATCC No.33153保藏于美国模式培养物集存库(简称ATCC,地址:American Type Culture Collection(ATCC)10801UniversityBoulevard Manassas,VA 20110USA),公众可从美国模式培养物集存库获得该菌株。嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)ATCC No.33153在下文中简称嗜肺军团菌。
下述实施例中的肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae)ATCC No.15531DTM保藏于美国模式培养物集存库(简称ATCC,地址:American Type Culture Collection(ATCC)10801UniversityBoulevard Manassas,VA 20110USA),公众可从美国模式培养物集存库获得该菌株。肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae)ATCC No.15531DTM在下文中简称肺炎支原体。
下述实施例中的肺炎衣原体(Chamydia pneumoniae)ATCC No.VR-2282TM保藏于美国模式培养物集存库(简称ATCC,地址:American Type Culture Collection(ATCC)10801UniversityBoulevard Manassas,VA 20110USA),公众可从美国模式培养物集存库获得该菌株。肺炎衣原体(Chamydia pneumoniae)ATCC No.VR-2282TM在下文中简称肺炎衣原体。
下述实施例中的金黄色葡萄球菌金黄亚种(Staphylococcus aureus subsp.aureus)CGMCCNo.1.8721保藏于中国普通微生物菌种保藏管理中心(简称CGMCC,地址:北京市朝阳区北辰西路1号院3号中国科学院微生物研究所邮编100101),公众可从中国普通微生物菌种保藏管理中心获得该菌株。金黄色葡萄球菌金黄亚种(Staphylococcus aureus subsp.aureus)CGMCCNo.1.8721在下文中简称金黄色葡萄球菌金黄亚种。
下述实施例中的肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)ATCC No.31488保藏于美国模式培养物集存库(简称ATCC,地址:American Type Culture Collection(ATCC)10801UniversityBoulevard Manassas,VA 20110USA),公众可从美国模式培养物集存库获得该菌株。肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)ATCC No.31488在下文中简称肺炎克雷伯菌。
下述实施例中的铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)CGMCC No.1.2620于2000年6月6日保藏于中国普通微生物菌种保藏管理中心(简称CGMCC,地址:北京市朝阳区北辰西路1号院3号中国科学院微生物研究所邮编100101),公众可从中国普通微生物菌种保藏管理中心获得该菌株。铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)CGMCC No.1.2620在下文中简称铜绿假单胞菌。
下述实施例中的鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)ATCC No.BAA-1710TM保藏于美国模式培养物集存库(简称ATCC,地址:American Type Culture Collection(ATCC)10801University Boulevard Manassas,VA 20110USA),公众可从美国模式培养物集存库获得该菌株。鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)ATCC No.BAA-1710TM在下文中简称鲍曼不动杆菌。
下述实施例中的流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)ATCC No.49766保藏于美国模式培养物集存库(简称ATCC,地址:American Type Culture Collection(ATCC)10801University Boulevard Manassas,VA 20110USA),公众可从美国模式培养物集存库获得该菌株。流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)ATCC No.49766在下文中简称流感嗜血杆菌。
下述实施例中的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococci(MRS))TR558(Ling-Xiang Zhu,Zhi-Wei Zhang,at al.Use of a DNAMicroarray for SimultaneousDetection of Antibiotic Resistance Genes among Staphylococcal ClinicalIsolates.JOURNAL OF CLINCAL MICROBIOLOGY,Nov.2007,p.3514-3521),公众可从申请人处获得,以重复本申请实验。
下述实施例中的结核分枝杆菌复合群(Mycobacterium tuberculosis complex)H37Rv(Yang Liu,Yan-Ling Guo,at al.Application of Hyperbranched Rolling CircleAmplification for Direct Detection of Mycobacterium Tuberculosis in Clinical SputumSpecimens.PLoS One.2013Jun 4;8(6):e64583.doi:10.1371/journal.pone.0064583.Print2013.)。
下述实施例中的恒温扩增微流控芯片核酸分析仪为博奥生物集团有限公司产品,产品目录号为170011。
下述实施例中的恒温扩增微流控芯片按照中国专利号为201420103225.5、授权公告号为CN 203750554 U的实用新型专利的实施例制备。
实施例1、成套引物
本实施例的检测呼吸道感染相关病原菌的环介导等温扩增的成套引物,由独立包装的13个引物组组成。所述呼吸道感染相关病原微生物分别为下述十三种病原微生物:肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌金黄亚种、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、大肠埃希氏菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌、结核分枝杆菌复合群、肺炎支原体和肺炎衣原体。13个引物组中的各引物序列见表1。
表1.13个引物组的引物序列
      
      
      
注:表中下划线为linker的核苷酸序列。
表1中的13个引物组中的每个引物组中的6种引物的摩尔比如下:0.3μmol名称中带“F3-Z”的引物:0.3μmol名称中带“B3-Z”的引物:2.4μmol名称中带“FIP-Z”的引物:2.4μmol名称中带“BIP-Z”的引物:1.0μmol名称中带“LF-Z”的引物:1.0μmol名称中带“LB-Z”的引物。
实施例2、利用恒温扩增微流控芯片检测混合DNA 1样品
2.1、将实施例1中用于检测肺炎链球菌的引物组中的各个引物用琼脂糖溶液包埋并干燥固定在恒温扩增微流控芯片的反应池A1中。
采用同样的方法,将实施例1中用于检测金黄色葡萄球菌金黄亚种的引物组、用于检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的引物组、用于检测大肠埃希氏菌的引物组、用于检测肺炎克雷伯菌的引物组、用于检测铜绿假单胞菌的引物组、用于检测鲍曼不动杆菌的引物组、用于检测嗜麦芽窄食单胞菌的引物组、用于检测流感嗜血杆菌的引物组、用于检测嗜肺军团菌的引物组、用于检测结核分枝杆菌复合群的引物组、用于检测肺炎支原体的引物组和用于检测肺炎衣原体的引物组中的各个引物分别固定在恒温扩增微流控芯片的反应池B1、反应池C1、反应池D1、反应池E1、反应池F1、反应池G1、反应池H1、反应池I1、反应池J1、反应池K1、反应池L1和反应池M1中;反应池N1、反应池O1、反应池P1、反应池Q1、反应池R1、反应池S1、反应池T1、反应池U1、反应池V1、反应池W1和反应池X1中不固定引物,作为空白对照。
2.2、用细菌基因组DNA提取试剂盒(天根生化科技(北京)有限公司)提取肺炎链球菌DNA,操作步骤按DNA提取试剂盒自带说明书进行,得到肺炎链球菌DNA。
按照上述方法,将肺炎链球菌分别替换为大肠埃希氏菌、嗜麦芽窄食单胞菌、嗜肺军团菌、肺炎支原体和肺炎衣原体,其它步骤均不变,分别得到大肠埃希氏菌DNA、嗜麦芽窄食单胞菌DNA、嗜肺军团菌DNA、肺炎支原体DNA和肺炎衣原体DNA。
将上述所述的肺炎链球菌DNA、大肠埃希氏菌DNA、嗜麦芽窄食单胞菌DNA、嗜肺军团菌DNA、肺炎支原体DNA和肺炎衣原体DNA混合得到混合体系1,混合体系1中肺炎链球菌DNA、大肠埃希氏菌DNA、嗜麦芽窄食单胞菌DNA、嗜肺军团菌DNA、肺炎支原体DNA和肺炎衣原体DNA的浓度均为2×103拷贝/μl,将得到的混合体系1中的DNA命名为混合DNA 1。
将混合DNA 1与恒温扩增体系混匀,然后进样至步骤2.1的恒温扩增微流控芯片中,按照恒温扩增微流控芯片核酸分析仪操作说明进行恒温扩增反应及数据分析。反应温度65℃,反应时间50分钟。
结果见图1,固定有肺炎链球菌、大肠埃希氏菌、嗜麦芽窄食单胞菌、嗜肺军团菌、肺炎支原体和肺炎衣原体的引物组的反应池A1、反应池D1、反应池H1、反应池J1、反应池L1和反应池M1所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线;固定有金黄色葡萄球菌金黄亚种、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、流感嗜血杆菌和结核分枝杆菌复合群的引物组的的反应池B1、反应池C1、反应池E1、反应池F1、反应池G1、反应池I1和反应池K1所对应的扩增曲线为水平的直线;不固定引物的反应池N1至X1所对应的扩增曲线也为水平的直线。说明混合DNA 1含有肺炎链球菌DNA、大肠埃希氏菌DNA、嗜麦芽窄食单胞菌DNA、嗜肺军团菌DNA、肺炎支原体DNA和肺炎衣原体DNA。
结果表明,本发明的检测呼吸道感染相关病原菌的环介导等温扩增的成套引物和试剂可准确的检测肺炎链球菌、大肠埃希氏菌、嗜麦芽窄食单胞菌、嗜肺军团菌、肺炎支原体和肺炎衣原体。
实施例3、利用恒温扩增微流控芯片检测混合DNA 2样品
3.1、采用实施例2中2.1的方法,将实施例1中用于检测肺炎链球菌的引物组、用于检测金黄色葡萄球菌金黄亚种的引物组、用于检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的引物组、用于检测大肠埃希氏菌的引物组、用于检测肺炎克雷伯菌的引物组、用于检测铜绿假单胞菌的引物组、用于检测鲍曼不动杆菌的引物组、用于检测嗜麦芽窄食单胞菌的引物组、用于检测流感嗜血杆菌的引物组、用于检测嗜肺军团菌的引物组、用于检测结核分枝杆菌复合群的引物组、用于检测肺炎支原体的引物组和用于检测肺炎衣原体的引物组中的各个引物分别固定在恒温扩增微流控芯片的反应池A2、反应池B2、反应池C2、反应池D2、反应池E2、反应池F2、反应池G2、反应池H2、反应池I2、反应池J2、反应池K2、反应池L2和反应池M2中;反应池N2、反应池O2、反应池P2、反应池Q2、反应池R2、反应池S2、反应池T2、反应池U2、反应池V2、反应池W2和反应池X2中不固定引物,作为空白对照。
3.2、用细菌基因组DNA提取试剂盒(天根生化科技(北京)有限公司)提取金黄色葡萄球菌DNA,操作步骤按DNA提取试剂盒自带说明书进行,得到金黄色葡萄球菌金黄亚种DNA。
按照上述方法,将金黄色葡萄球菌金黄亚种分别替换为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、流感嗜血杆菌和结核分枝杆菌复合群,其它步骤均不变,分别得到耐甲氧西林金黄色葡萄球菌DNA、肺炎克雷伯菌DNA、铜绿假单胞菌DNA、鲍曼不动杆菌DNA、流感嗜血杆菌DNA和结核分枝杆菌复合群DNA。
将上述所述的金黄色葡萄球菌金黄亚种DNA、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌DNA、肺炎克雷伯菌DNA、铜绿假单胞菌DNA、鲍曼不动杆菌DNA、流感嗜血杆菌DNA和结核分枝杆菌复合群DNA混合得到混合体系2,混合体系2中金黄色葡萄球菌金黄亚种DNA、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌DNA、肺炎克雷伯菌DNA、铜绿假单胞菌DNA、鲍曼不动杆菌DNA、流感嗜血杆菌DNA和结核分枝杆菌复合群DNA的浓度均为2×103拷贝/μl,将得到的混合体系2中的DNA命名为混合DNA 2。
将混合DNA 2与恒温扩增体系混匀,然后进样至步骤3.1的恒温扩增微流控芯片中,按照恒温扩增微流控芯片核酸分析仪操作说明进行恒温扩增反应及数据分析。反应温度65℃,反应时间50分钟。
结果见图2,固定有肺炎链球菌、大肠埃希氏菌、嗜麦芽窄食单胞菌、嗜肺军团菌、肺炎支原体和肺炎衣原体的引物组的反应池A2、反应池D2、反应池H2、反应池J2、反应池L2和反应池M2所对应的扩增曲线为水平的直线;固定有金黄色葡萄球菌金黄亚种、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、流感嗜血杆菌和结核分枝杆菌复合群的引物组的反应池B2、反应池C2、反应池E2、反应池F2、反应池G2、反应池I2和反应池K2所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线;不固定引物的反应池N2至X2所对应的扩增曲线也为水平的直线。说明混合DNA 2含有金黄色葡萄球菌金黄亚种DNA、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌DNA、肺炎克雷伯菌DNA、铜绿假单胞菌DNA、鲍曼不动杆菌DNA、流感嗜血杆菌DNA和结核分枝杆菌复合群DNA。
结果表明,本发明的检测呼吸道感染相关病原菌的环介导等温扩增的成套引物和试剂可准确的检测金黄色葡萄球菌金黄亚种、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、流感嗜血杆菌和结核分枝杆菌复合群。
实施例4、利用恒温扩增微流控芯片检测人的痰样本
4.1、采用实施例2中2.1的方法,将实施例1中用于检测肺炎链球菌的引物组、用于检测金黄色葡萄球菌金黄亚种的引物组、用于检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的引物组、用于检测大肠埃希氏菌的引物组、用于检测肺炎克雷伯菌的引物组、用于检测铜绿假单胞菌的引物组、用于检测鲍曼不动杆菌的引物组、用于检测嗜麦芽窄食单胞菌的引物组、用于检测流感嗜血杆菌的引物组、用于检测嗜肺军团菌的引物组、用于检测结核分枝杆菌复合群的引物组、用于检测肺炎支原体的引物组和用于检测肺炎衣原体的引物组中的各个引物分别固定在恒温扩增微流控芯片的反应池A3、反应池B3、反应池C3、反应池D3、反应池E3、反应池F3、反应池G3、反应池H3、反应池I3、反应池J3、反应池K3、反应池L3和反应池M3中;反应池N3、反应池O3、反应池P3、反应池Q3、反应池R3、反应池S3、反应池T3、反应池U3、反应池V3、反应池W3和反应池X3中不固定引物,作为空白对照。
4.2、将用晶芯核酸提取试剂(博奥公司产品)提取肺炎患者的临床痰样本中的核酸与恒温扩增体系混匀,然后进样至步骤4.1的恒温扩增微流控芯片中,按照恒温扩增微流控芯片核酸分析仪操作说明进行恒温扩增反应及数据分析。反应温度65℃,反应时间50分钟。
结果见图3,固定有金黄色葡萄球菌金黄亚种、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和鲍曼不动杆菌的引物组的反应池B3、反应池C3和反应池G3所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线;固定有肺炎链球菌、大肠埃希氏菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、嗜麦芽窄食单胞菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌、结核分枝杆菌复合群、肺炎支原体和肺炎衣原体引物的引物组的反应池A3、反应池D3、反应池E3、反应池F3、反应池H3、反应池I3、反应池J3、反应池K3、反应池L3和反应池M3所对应的扩增曲线为水平的直线;不固定引物的反应池N3至X3所对应的扩增曲线也为水平的直线。说明该人的临床痰样本含有金黄色葡萄球菌金黄亚种DNA、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌DNA和鲍曼不动杆菌DNA。进一步说明该肺炎患者的呼吸道感染金黄色葡萄球菌金黄亚种、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和鲍曼不动杆菌。
实施例5、检测恒温扩增微流控芯片的特异性
利用实施例2中2.1制备的恒温扩增微流控芯片进行特异性实验。
5.1、用细菌基因组DNA提取试剂盒(天根生化科技(北京)有限公司)提取普通变形杆菌DNA,操作步骤按DNA提取试剂盒自带说明书进行,得到普通变形杆菌DNA。
按照上述方法,将普通变形杆菌分别替换为屎肠球菌、变异链球菌、弗氏枸椽酸杆菌和洛菲不动杆菌,其它步骤均不变,分别得到屎肠球菌DNA、变异链球菌DNA、弗氏枸椽酸杆菌DNA和洛菲不动杆菌DNA。
5.2、将普通变形杆菌DNA与恒温扩增体系混匀,然后进样至步骤2.1的恒温扩增微流控芯片中,按照恒温扩增微流控芯片核酸分析仪操作说明进行恒温扩增反应及数据分析。反应温度65℃,反应时间50分钟。
按照上述步骤,将普通变形杆菌DNA分别替换为屎肠球菌DNA、变异链球菌DNA、弗氏枸椽酸杆菌DNA、洛菲不动杆菌DNA、肺炎链球菌DNA、大肠埃希氏菌DNA、嗜麦芽窄食单胞菌DNA、嗜肺军团菌DNA、肺炎支原体DNA、肺炎衣原体DNA、金黄色葡萄球菌金黄亚种DNA、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌DNA、肺炎克雷伯菌DNA、铜绿假单胞菌DNA、鲍曼不动杆菌DNA、流感嗜血杆菌DNA和结核分枝杆菌复合群DNA,其它步骤均不变,分别得到相应的数据分析。
反应池中所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线,即为阳性;反应池中所对应的扩增曲线为水平的直线,即为阴性。检测结果见表2。结果表明本发明能特异性地检测肺炎链球菌、大肠埃希氏菌、嗜麦芽窄食单胞菌、嗜肺军团菌、肺炎支原体、肺炎衣原体、金黄色葡萄球菌金黄亚种、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、流感嗜血杆菌和结核分枝杆菌复合群,而与其他病原微生物无交叉反应,如普通变形杆菌、屎肠球菌、变异链球菌、弗氏枸椽酸杆菌、洛菲不动杆菌。
表2.LAMP特异性检测
      
      
实施例6、检测恒温扩增微流控芯片的灵敏度
利用实施例2中2.1制备的恒温扩增微流控芯片进行灵敏度实验。
将实施例2中2.2和实施例3中3.2制备的肺炎链球菌DNA、大肠埃希氏菌DNA、嗜麦芽窄食单胞菌DNA、嗜肺军团菌DNA、肺炎支原体DNA、肺炎衣原体DNA、金黄色葡萄球菌金黄亚种DNA、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌DNA、肺炎克雷伯菌DNA、铜绿假单胞菌DNA、鲍曼不动杆菌DNA、流感嗜血杆菌DNA和结核分枝杆菌复合群DNA分别稀释后混合得到混合体系3。混合体系3中肺炎链球菌DNA、大肠埃希氏菌DNA、嗜麦芽窄食单胞菌DNA、嗜肺军团菌DNA、肺炎支原体DNA、肺炎衣原体DNA、金黄色葡萄球菌金黄亚种DNA、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌DNA、肺炎克雷伯菌DNA、铜绿假单胞菌DNA、鲍曼不动杆菌DNA、流感嗜血杆菌DNA和结核分枝杆菌复合群DNA的浓度均为5×102拷贝/μl,将得到的混合体系3中的DNA命名为混合DNA 3。
将混合DNA 3与恒温扩增体系混匀,然后进样至步骤2.1的恒温扩增微流控芯片中,按照恒温扩增微流控芯片核酸分析仪操作说明进行恒温扩增反应及数据分析。反应温度65℃,反应时间50分钟。
检测结果显示,固定有检测肺炎链球菌、检测金黄色葡萄球菌金黄亚种、检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、检测大肠埃希氏菌、检测肺炎克雷伯菌、检测铜绿假单胞菌、检测鲍曼不动杆菌、检测嗜麦芽窄食单胞菌、检测流感嗜血杆菌、检测嗜肺军团菌、检测结核分枝杆菌复合群、检测肺炎支原体和检测肺炎衣原体的引物组对应的反应池中扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线;不固定引物的反应池所对应的扩增曲线为水平的直线。可见,本发明对肺炎链球菌DNA、大肠埃希氏菌DNA、嗜麦芽窄食单胞菌DNA、嗜肺军团菌DNA、肺炎支原体DNA、肺炎衣原体DNA、金黄色葡萄球菌金黄亚种DNA、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌DNA、肺炎克雷伯菌DNA、铜绿假单胞菌DNA、鲍曼不动杆菌DNA、流感嗜血杆菌DNA和结核分枝杆菌复合群DNA的最小检测限均为5×102拷贝/μl。

Claims (10)

1.检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物,为下述十三个引物组中的十三组、任十二组、任十一组、任十组、任九组、任八组、任七组、任六组、任五组、任四组、任三组、任两组或任一组:用于检测肺炎链球菌的引物组、用于检测金黄色葡萄球菌的引物组、用于检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的引物组、用于检测大肠埃希氏菌的引物组、用于检测肺炎克雷伯菌的引物组、用于检测铜绿假单胞菌的引物组、用于检测鲍曼不动杆菌的引物组、用于检测嗜麦芽窄食单胞菌的引物组、用于检测流感嗜血杆菌的引物组、用于检测嗜肺军团菌的引物组、用于检测结核分枝杆菌复合群的引物组、用于检测肺炎支原体的引物组和用于检测肺炎衣原体的引物组;
所述用于检测肺炎链球菌的引物组为肺炎链球菌正义6引物组、肺炎链球菌反义6引物组、肺炎链球菌正义4引物组或肺炎链球菌反义4引物组;
所述肺炎链球菌正义6引物组由肺炎链球菌引物F3-Z、肺炎链球菌引物B3-Z、肺炎链球菌引物FIP-Z、肺炎链球菌引物BIP-Z、肺炎链球菌引物LF-Z和肺炎链球菌引物LB-Z这6条引物组成;
所述肺炎链球菌反义6引物组由肺炎链球菌引物F3-F、肺炎链球菌引物B3-F、肺炎链球菌引物FIP-F、肺炎链球菌引物BIP-F、肺炎链球菌引物LF-F和肺炎链球菌引物LB-F这6条引物组成;
所述肺炎链球菌正义4引物组由所述肺炎链球菌引物F3-Z、所述肺炎链球菌引物B3-Z、所述肺炎链球菌引物FIP-Z和所述肺炎链球菌引物BIP-Z这4条引物组成;
所述肺炎链球菌反义4引物组由所述肺炎链球菌引物F3-F、所述肺炎链球菌引物B3-F、所述肺炎链球菌引物FIP-F和所述肺炎链球菌引物BIP-F这4条引物组成;
所述肺炎链球菌引物F3-Z是如下a1)至a2)中的任一种单链DNA:
a1)SEQ ID No.1的第6-25位核苷酸的单链DNA;
a2)与a1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎链球菌引物B3-Z是如下a4)至a5)中的任一种单链DNA:
a4)SEQ ID No.1的第213-229位核苷酸的反向互补单链DNA;
a5)与a4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎链球菌引物FIP-Z是如下a7)至a8)中的任一种单链DNA:
a7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.1的第79-100位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.1的第39-55位核苷酸组成的单链DNA;
a8)与a7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎链球菌引物BIP-Z是如下a10)至a11)中的任一种单链DNA:
a10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.1的第101-124位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.1的第166-185位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
a11)与a10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎链球菌引物LF-Z是如下a13)至a14)中的任一种单链DNA:
a13)SEQ ID No.1的第56-77位核苷酸的反向互补单链DNA;
a14)与a13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎链球菌引物LB-Z是如下a16)至a17)中的任一种单链DNA:
a16)SEQ ID No.1的第126-146位核苷酸的单链DNA片段;
a17)与a16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎链球菌引物F3-F是所述肺炎链球菌引物F3-Z的反义DNA;所述肺炎链球菌引物B3-F是所述肺炎链球菌引物B3-Z的反义DNA;所述肺炎链球菌引物FIP-F是所述肺炎链球菌引物FIP-Z的反义DNA;所述肺炎链球菌引物BIP-F是所述肺炎链球菌引物BIP-Z的反义DNA;所述肺炎链球菌引物LF-F是所述肺炎链球菌引物LF-Z的反义DNA;所述肺炎链球菌引物LB-F是所述肺炎链球菌引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测金黄色葡萄球菌的引物组为金黄色葡萄球菌正义6引物组、金黄色葡萄球菌反义6引物组、金黄色葡萄球菌正义4引物组或金黄色葡萄球菌反义4引物组;
所述金黄色葡萄球菌正义6引物组由金黄色葡萄球菌引物F3-Z、金黄色葡萄球菌引物B3-Z、金黄色葡萄球菌引物FIP-Z、金黄色葡萄球菌引物BIP-Z、金黄色葡萄球菌引物LF-Z和金黄色葡萄球菌引物LB-Z这6条引物组成;
所述金黄色葡萄球菌反义6引物组由金黄色葡萄球菌引物F3-F、金黄色葡萄球菌引物B3-F、金黄色葡萄球菌引物FIP-F、金黄色葡萄球菌引物BIP-F、金黄色葡萄球菌引物LF-F和金黄色葡萄球菌引物LB-F这6条引物组成;
所述金黄色葡萄球菌正义4引物组由所述金黄色葡萄球菌引物F3-Z、所述金黄色葡萄球菌引物B3-Z、所述金黄色葡萄球菌引物FIP-Z和所述金黄色葡萄球菌引物BIP-Z这4条引物组成;
所述金黄色葡萄球菌反义4引物组由所述金黄色葡萄球菌引物F3-F、所述金黄色葡萄球菌引物B3-F、所述金黄色葡萄球菌引物FIP-F和所述金黄色葡萄球菌引物BIP-F这4条引物组成;
所述金黄色葡萄球菌引物F3-Z是如下b1)至b2)中的任一种单链DNA:
b1)SEQ ID No.2的第11-30位核苷酸的单链DNA;
b2)与b1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述金黄色葡萄球菌引物B3-Z是如下b4)至b5)中的任一种单链DNA:
b4)SEQ ID No.2的第222-243位核苷酸的反向互补单链DNA;
b5)与b4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述金黄色葡萄球菌引物FIP-Z是如下b7)至b8)中的任一种单链DNA:
b7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.2的第72-95位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.2的第31-50位核苷酸组成的单链DNA;
b8)与b7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述金黄色葡萄球菌引物BIP-Z是如下b10)至b11)中的任一种单链DNA:
b10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.2的第127-149位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.2的第196-212位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
b11)与b10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述金黄色葡萄球菌引物LF-Z是如下b13)至b14)中的任一种单链DNA:
b13)SEQ ID No.2的第54-71位核苷酸的反向互补单链DNA;
b14)与b13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述金黄色葡萄球菌引物LB-Z是如下b16)至b17)中的任一种单链DNA:
b16)SEQ ID No.2的第157-178位核苷酸的单链DNA片段;
b17)与b16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述金黄色葡萄球菌引物F3-F是所述金黄色葡萄球菌引物F3-Z的反义DNA;所述金黄色葡萄球菌引物B3-F是所述金黄色葡萄球菌引物B3-Z的反义DNA;所述金黄色葡萄球菌引物FIP-F是所述金黄色葡萄球菌引物FIP-Z的反义DNA;所述金黄色葡萄球菌引物BIP-F是所述金黄色葡萄球菌引物BIP-Z的反义DNA;所述金黄色葡萄球菌引物LF-F是所述金黄色葡萄球菌引物LF-Z的反义DNA;所述金黄色葡萄球菌引物LB-F是所述金黄色葡萄球菌引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的引物组为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌正义6引物组、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌反义6引物组、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌正义4引物组或耐甲氧西林金黄色葡萄球菌反义4引物组;
所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌正义6引物组由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-Z、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-Z、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-Z、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-Z、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LF-Z和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LB-Z这6条引物组成;
所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌反义6引物组由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-F、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-F、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-F、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-F、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LF-F和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LB-F这6条引物组成;
所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌正义4引物组由所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-Z、所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-Z、所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-Z和所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-Z这4条引物组成;
所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌反义4引物组由所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-F、所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-F、所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-F和所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-F这4条引物组成;
所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-Z是如下c1)至c2)中的任一种单链DNA:
c1)SEQ ID No.3的第12-30位核苷酸的单链DNA;
c2)与c1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-Z是如下c4)至c5)中的任一种单链DNA:
c4)SEQ ID No.3的第211-234位核苷酸的反向互补单链DNA;
c5)与c4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-Z是如下c7)至c8)中的任一种单链DNA:
c7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.3的第97-121位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.3的第47-71位核苷酸组成的单链DNA;
c8)与c7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-Z是如下c10)至c11)中的任一种单链DNA:
c10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.3的第133-156位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.3的第182-206位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
c11)与c10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LF-Z是如下c13)至c14)中的任一种单链DNA:
c13)SEQ ID No.3的第72-95位核苷酸的反向互补单链DNA片段,该单链DNA片段名称为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LF-Z1;
c14)与c13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LB-Z是如下c16)至c17)中的任一种单链DNA:
c16)SEQ ID No.3的第157-181位核苷酸的单链DNA;
c17)与c16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-F是所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物F3-Z的反义DNA;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-F是所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物B3-Z的反义DNA;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-F是所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-Z的反义DNA;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-F是所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-Z的反义DNA;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LF-F是所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LF-Z的反义DNA;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LB-F是所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测大肠埃希氏菌的引物组为大肠埃希氏菌正义6引物组、大肠埃希氏菌反义6引物组、大肠埃希氏菌正义4引物组或大肠埃希氏菌反义4引物组;
所述大肠埃希氏菌正义6引物组由大肠埃希氏菌引物F3-Z、大肠埃希氏菌引物B3-Z、大肠埃希氏菌引物FIP-Z、大肠埃希氏菌引物BIP-Z、大肠埃希氏菌引物LF-Z和大肠埃希氏菌引物LB-Z这6条引物组成;
所述大肠埃希氏菌反义6引物组由大肠埃希氏菌引物F3-F、大肠埃希氏菌引物B3-F、大肠埃希氏菌引物FIP-F、大肠埃希氏菌引物BIP-F、大肠埃希氏菌引物LF-F和大肠埃希氏菌引物LB-F这6条引物组成;
所述大肠埃希氏菌正义4引物组由所述大肠埃希氏菌引物F3-Z、所述大肠埃希氏菌引物B3-Z、所述大肠埃希氏菌引物FIP-Z和所述大肠埃希氏菌引物BIP-Z这4条引物组成;
所述大肠埃希氏菌反义4引物组由所述大肠埃希氏菌引物F3-F、所述大肠埃希氏菌引物B3-F、所述大肠埃希氏菌引物FIP-F和所述大肠埃希氏菌引物BIP-F这4条引物组成;
所述大肠埃希氏菌引物F3-Z是如下d1)至d2)中的任一种单链DNA:
d1)SEQ ID No.4的第11-30位核苷酸的单链DNA;
d2)与d1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述大肠埃希氏菌引物B3-Z是如下d4)至d5)中的任一种单链DNA:
d4)SEQ ID No.4的第200-219位核苷酸的反向互补单链DNA;
d5)与d4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述大肠埃希氏菌引物FIP-Z是如下d7)至d8)中的任一种单链DNA:
d7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.4的第77-96位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.4的第38-55位核苷酸组成的单链DNA;
d8)与d7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述大肠埃希氏菌引物BIP-Z是如下d10)至d11)中的任一种单链DNA:
d10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.4的第101-122位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.4的第163-183位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
d11)与d10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述大肠埃希氏菌引物LF-Z是如下d13)至d14)中的任一种单链DNA:
d13)SEQ ID No.4的第56-76位核苷酸的反向互补单链DNA片段;
d14)与d13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述大肠埃希氏菌引物LB-Z是如下d16)至d17)中的任一种单链DNA:
d16)SEQ ID No.4的第137-154位核苷酸的单链DNA;
d17)与d16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述大肠埃希氏菌引物F3-F是所述大肠埃希氏菌引物F3-Z的反义DNA;所述大肠埃希氏菌引物B3-F是所述大肠埃希氏菌引物B3-Z的反义DNA;所述大肠埃希氏菌引物FIP-F是所述大肠埃希氏菌引物FIP-Z的反义DNA;所述大肠埃希氏菌引物BIP-F是所述大肠埃希氏菌引物BIP-Z的反义DNA;所述大肠埃希氏菌引物LF-F是所述大肠埃希氏菌引物LF-Z的反义DNA;所述大肠埃希氏菌引物LB-F是所述大肠埃希氏菌引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测肺炎克雷伯菌的引物组为肺炎克雷伯菌正义6引物组、肺炎克雷伯菌反义6引物组、肺炎克雷伯菌正义4引物组或肺炎克雷伯菌反义4引物组;
所述肺炎克雷伯菌正义6引物组由肺炎克雷伯菌引物F3-Z、肺炎克雷伯菌引物B3-Z、肺炎克雷伯菌引物FIP-Z、肺炎克雷伯菌引物BIP-Z、肺炎克雷伯菌引物LF-Z和肺炎克雷伯菌引物LB-Z这6条引物组成;
所述肺炎克雷伯菌反义6引物组由肺炎克雷伯菌引物F3-F、肺炎克雷伯菌引物B3-F、肺炎克雷伯菌引物FIP-F、肺炎克雷伯菌引物BIP-F、肺炎克雷伯菌引物LF-F和肺炎克雷伯菌引物LB-F这6条引物组成;
所述肺炎克雷伯菌正义4引物组由所述肺炎克雷伯菌引物F3-Z、所述肺炎克雷伯菌引物B3-Z、所述肺炎克雷伯菌引物FIP-Z和所述肺炎克雷伯菌引物BIP-Z这4条引物组成;
所述肺炎克雷伯菌反义4引物组由所述肺炎克雷伯菌引物F3-F、所述肺炎克雷伯菌引物B3-F、所述肺炎克雷伯菌引物FIP-F和所述肺炎克雷伯菌引物BIP-F这4条引物组成;
所述肺炎克雷伯菌引物F3-Z是如下e1)至e2)中的任一种单链DNA:
e1)SEQ ID No.5的第14-30位核苷酸的单链DNA;
e2)与e1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎克雷伯菌引物B3-Z是如下e4)至e5)中的任一种单链DNA:
e4)SEQ ID No.5的第186-203位核苷酸的反向互补单链DNA;
e5)与e4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎克雷伯菌引物FIP-Z是如下e7)至e8)中的任一种单链DNA:
e7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.5的第90-108位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.5的第38-54位核苷酸组成的单链DNA;
e8)与e7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎克雷伯菌引物BIP-Z是如下e10)至e11)中的任一种单链DNA:
e10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.5的第118-140位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.5的第168-185位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
e11)与e10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎克雷伯菌引物LF-Z是如下e13)至e14)中的任一种单链DNA:
e13)SEQ ID No.5的第68-88位核苷酸的反向互补单链DNA;
e14)与e13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎克雷伯菌引物LB-Z是如下e16)至e17)中的任一种单链DNA:
e16)SEQ ID No.5的第151-167位核苷酸的单链DNA;
e17)与e16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎克雷伯菌引物F3-F是所述肺炎克雷伯菌引物F3-Z的反义DNA;所述肺炎克雷伯菌引物B3-F是所述肺炎克雷伯菌引物B3-Z的反义DNA;所述肺炎克雷伯菌引物FIP-F是所述肺炎克雷伯菌引物FIP-Z的反义DNA;所述肺炎克雷伯菌引物BIP-F是所述肺炎克雷伯菌引物BIP-Z的反义DNA;所述肺炎克雷伯菌引物LF-F是所述肺炎克雷伯菌引物LF-Z的反义DNA;所述肺炎克雷伯菌引物LB-F是所述肺炎克雷伯菌引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测铜绿假单胞菌的引物组为铜绿假单胞菌正义6引物组、铜绿假单胞菌反义6引物组、铜绿假单胞菌正义4引物组或铜绿假单胞菌反义4引物组;
所述铜绿假单胞菌正义6引物组由铜绿假单胞菌引物F3-Z、铜绿假单胞菌引物B3-Z、铜绿假单胞菌引物FIP-Z、铜绿假单胞菌引物BIP-Z、铜绿假单胞菌引物LF-Z和铜绿假单胞菌引物LB-Z这6条引物组成;
所述铜绿假单胞菌反义6引物组由铜绿假单胞菌引物F3-F、铜绿假单胞菌引物B3-F、铜绿假单胞菌引物FIP-F、铜绿假单胞菌引物BIP-F、铜绿假单胞菌引物LF-F和铜绿假单胞菌引物LB-F这6条引物组成;
所述铜绿假单胞菌正义4引物组由所述铜绿假单胞菌引物F3-Z、所述铜绿假单胞菌引物B3-Z、所述铜绿假单胞菌引物FIP-Z和所述铜绿假单胞菌引物BIP-Z这4条引物组成;
所述铜绿假单胞菌反义4引物组由所述铜绿假单胞菌引物F3-F、所述铜绿假单胞菌引物B3-F、所述铜绿假单胞菌引物FIP-F和所述铜绿假单胞菌引物BIP-F这4条引物组成;
所述铜绿假单胞菌引物F3-Z是如下f1)至f2)中的任一种单链DNA:
f1)SEQ ID No.6的第11-30位核苷酸的单链DNA;
f2)与f1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述铜绿假单胞菌引物B3-Z是如下f4)至f5)中的任一种单链DNA:
f4)SEQ ID No.6的第218-235位核苷酸的反向互补单链DNA;
f5)与f4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述铜绿假单胞菌引物FIP-Z是如下f7)至f8)中的任一种单链DNA:
f7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.6的第75-93位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.6的第35-53位核苷酸组成的单链DNA;
f8)与f7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述铜绿假单胞菌引物BIP-Z是如下f10)至f11)中的任一种单链DNA:
f10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.6的第126-144位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.6的第188-205位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
f11)与f10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述铜绿假单胞菌引物LF-Z是如下f13)至f14)中的任一种单链DNA:
f13)SEQ ID No.6的第54-73位核苷酸的反向互补单链DNA;
f14)与f13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述铜绿假单胞菌引物LB-Z是如下f16)至f17)中的任一种单链DNA:
f16)SEQ ID No.6的第153-169位核苷酸的单链DNA;
f17)与f16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述铜绿假单胞菌引物F3-F是所述铜绿假单胞菌引物F3-Z的反义DNA;所述铜绿假单胞菌引物B3-F是所述铜绿假单胞菌引物B3-Z的反义DNA;所述铜绿假单胞菌引物FIP-F是所述铜绿假单胞菌引物FIP-Z的反义DNA;所述铜绿假单胞菌引物BIP-F是所述铜绿假单胞菌引物BIP-Z的反义DNA;所述铜绿假单胞菌引物LF-F是所述铜绿假单胞菌引物LF-Z的反义DNA;所述铜绿假单胞菌引物LB-F是所述铜绿假单胞菌引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测鲍曼不动杆菌的引物组为鲍曼不动杆菌正义6引物组、鲍曼不动杆菌反义6引物组、鲍曼不动杆菌正义4引物组或鲍曼不动杆菌反义4引物组;
所述鲍曼不动杆菌正义6引物组由鲍曼不动杆菌引物F3-Z、鲍曼不动杆菌引物B3-Z、鲍曼不动杆菌引物FIP-Z、鲍曼不动杆菌引物BIP-Z、鲍曼不动杆菌引物LF-Z和鲍曼不动杆菌引物LB-Z这6条引物组成;
所述鲍曼不动杆菌反义6引物组由鲍曼不动杆菌引物F3-F、鲍曼不动杆菌引物B3-F、鲍曼不动杆菌引物FIP-F、鲍曼不动杆菌引物BIP-F、鲍曼不动杆菌引物LF-F和鲍曼不动杆菌引物LB-F这6条引物组成;
所述鲍曼不动杆菌正义4引物组由所述鲍曼不动杆菌引物F3-Z、所述鲍曼不动杆菌引物B3-Z、所述鲍曼不动杆菌引物FIP-Z和所述鲍曼不动杆菌引物BIP-Z这4条引物组成;
所述鲍曼不动杆菌反义4引物组由所述鲍曼不动杆菌引物F3-F、所述鲍曼不动杆菌引物B3-F、所述鲍曼不动杆菌引物FIP-F和所述鲍曼不动杆菌引物BIP-F这4条引物组成;
所述鲍曼不动杆菌引物F3-Z是如下g1)至g2)中的任一种单链DNA:
g1)SEQ ID No.7的第10-30位核苷酸的单链DNA;
g2)与g1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述鲍曼不动杆菌引物B3-Z是如下g4)至g5)中的任一种单链DNA:
g4)SEQ ID No.7的第206-227位核苷酸的反向互补单链DNA;
g5)与g4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述鲍曼不动杆菌引物FIP-Z是如下g7)至g8)中的任一种单链DNA:
g7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.7的第73-94位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.7的第31-55位核苷酸组成的单链DNA;
g8)与g7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述鲍曼不动杆菌引物BIP-Z是如下g10)至g11)中的任一种单链DNA:
g10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.7的第128-152位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.7的第186-204位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
g11)与g10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述鲍曼不动杆菌引物LF-Z是如下g13)至g14)中的任一种单链DNA:
g13)SEQ ID No.7的第56-71位核苷酸的反向互补单链DNA;
g14)与g13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述鲍曼不动杆菌引物LB-Z是如下g16)至g17)中的任一种单链DNA:
g16)SEQ ID No.7的第156-173位核苷酸的单链DNA;
g17)与g16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述鲍曼不动杆菌引物F3-F是所述鲍曼不动杆菌引物F3-Z的反义DNA;所述鲍曼不动杆菌引物B3-F是所述鲍曼不动杆菌引物B3-Z的反义DNA;所述鲍曼不动杆菌引物FIP-F是所述鲍曼不动杆菌引物FIP-Z的反义DNA;所述鲍曼不动杆菌引物BIP-F是所述鲍曼不动杆菌引物BIP-Z的反义DNA;所述鲍曼不动杆菌引物LF-F是所述鲍曼不动杆菌引物LF-Z的反义DNA;所述鲍曼不动杆菌引物LB-F是所述鲍曼不动杆菌引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测嗜麦芽窄食单胞菌的引物组为嗜麦芽窄食单胞菌正义6引物组、嗜麦芽窄食单胞菌反义6引物组、嗜麦芽窄食单胞菌正义4引物组或嗜麦芽窄食单胞菌反义4引物组;
所述嗜麦芽窄食单胞菌正义6引物组由嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-Z、嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-Z、嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-Z、嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-Z、嗜麦芽窄食单胞菌引物LF-Z和嗜麦芽窄食单胞菌引物LB-Z这6条引物组成;
所述嗜麦芽窄食单胞菌反义6引物组由嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-F、嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-F、嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-F、嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-F、嗜麦芽窄食单胞菌引物LF-F和嗜麦芽窄食单胞菌引物LB-F这6条引物组成;
所述嗜麦芽窄食单胞菌正义4引物组由所述嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-Z、所述嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-Z、所述嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-Z和所述嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-Z这4条引物组成;
所述嗜麦芽窄食单胞菌反义4引物组由所述嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-F、所述嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-F、所述嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-F和所述嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-F这4条引物组成;
所述嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-Z是如下h1)至h2)中的任一种单链DNA:
h1)SEQ ID No.8的第11-30位核苷酸的单链DNA;
h2)与h1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-Z是如下h4)至h5)中的任一种单链DNA:
h4)SEQ ID No.8的第197-213位核苷酸的反向互补单链DNA;
h5)与h4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-Z是如下h7)至h8)中的任一种单链DNA:
h7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.8的第81-100位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.8的第41-57位核苷酸组成的单链DNA;
h8)与h7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-Z是如下h10)至h11)中的任一种单链DNA:
h10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.8的第109-132位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.8的第175-193位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
h11)与h10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述嗜麦芽窄食单胞菌引物LF-Z是如下h13)至h14)中的任一种单链DNA:
h13)SEQ ID No.8的第58-73位核苷酸的反向互补单链DNA;
h14)与h13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述嗜麦芽窄食单胞菌引物LB-Z是如下h16)至h17)中的任一种单链DNA:
h16)SEQ ID No.8的第136-153位核苷酸的单链DNA;
h17)与h16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-F是所述嗜麦芽窄食单胞菌引物F3-Z的反义DNA;所述嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-F是所述嗜麦芽窄食单胞菌引物B3-Z的反义DNA;所述嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-F是所述嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-Z的反义DNA;所述嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-F是所述嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-Z的反义DNA;所述嗜麦芽窄食单胞菌引物LF-F是所述嗜麦芽窄食单胞菌引物LF-Z的反义DNA;所述嗜麦芽窄食单胞菌引物LB-F是所述嗜麦芽窄食单胞菌引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测流感嗜血杆菌的引物组为流感嗜血杆菌正义6引物组、流感嗜血杆菌反义6引物组、流感嗜血杆菌正义4引物组或流感嗜血杆菌反义4引物组;
所述流感嗜血杆菌正义6引物组由流感嗜血杆菌引物F3-Z、流感嗜血杆菌引物B3-Z、流感嗜血杆菌引物FIP-Z、流感嗜血杆菌引物BIP-Z、流感嗜血杆菌引物LF-Z和流感嗜血杆菌引物LB-Z这6条引物组成;
所述流感嗜血杆菌反义6引物组由流感嗜血杆菌引物F3-F、流感嗜血杆菌引物B3-F、流感嗜血杆菌引物FIP-F、流感嗜血杆菌引物BIP-F、流感嗜血杆菌引物LF-F和流感嗜血杆菌引物LB-F这6条引物组成;
所述流感嗜血杆菌正义4引物组由所述流感嗜血杆菌引物F3-Z、所述流感嗜血杆菌引物B3-Z、所述流感嗜血杆菌引物FIP-Z和所述流感嗜血杆菌引物BIP-Z这4条引物组成;
所述流感嗜血杆菌反义4引物组由所述流感嗜血杆菌引物F3-F、所述流感嗜血杆菌引物B3-F、所述流感嗜血杆菌引物FIP-F和所述流感嗜血杆菌引物BIP-F这4条引物组成;
所述流感嗜血杆菌引物F3-Z是如下i1)至i2)中的任一种单链DNA:
i1)SEQ ID No.9的第12-30位核苷酸的单链DNA;
i2)与i1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述流感嗜血杆菌引物B3-Z是如下i4)至i5)中的任一种单链DNA:
i4)SEQ ID No.9的第223-246位核苷酸的反向互补单链DNA;
i5)与i4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述流感嗜血杆菌引物FIP-Z是如下i7)至i8)中的任一种单链DNA:
i7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.9的第83-107位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.9的第39-58位核苷酸组成的单链DNA;
i8)与i7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述流感嗜血杆菌引物BIP-Z是如下i10)至i11)中的任一种单链DNA:
i10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.9的第114-139位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.9的第176-199位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
i11)与i10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述流感嗜血杆菌引物LF-Z是如下i13)至i14)中的任一种单链DNA:
i13)SEQ ID No.9的第62-82位核苷酸的反向互补单链DNA;
i14)与i13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述流感嗜血杆菌引物LB-Z是如下i16)至i17)中的任一种单链DNA:
i16)SEQ ID No.9的第141-161位核苷酸的单链DNA;
i17)与i16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述流感嗜血杆菌引物F3-F是所述流感嗜血杆菌引物F3-Z的反义DNA;所述流感嗜血杆菌引物B3-F是所述流感嗜血杆菌引物B3-Z的反义DNA;所述流感嗜血杆菌引物FIP-F是所述流感嗜血杆菌引物FIP-Z的反义DNA;所述流感嗜血杆菌引物BIP-F是所述流感嗜血杆菌引物BIP-Z的反义DNA;所述流感嗜血杆菌引物LF-F是所述流感嗜血杆菌引物LF-Z的反义DNA;所述流感嗜血杆菌引物LB-F是所述流感嗜血杆菌引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测嗜肺军团菌的引物组为嗜肺军团菌正义6引物组、嗜肺军团菌反义6引物组、嗜肺军团菌正义4引物组或嗜肺军团菌反义4引物组;
所述嗜肺军团菌正义6引物组由嗜肺军团菌引物F3-Z、嗜肺军团菌引物B3-Z、嗜肺军团菌引物FIP-Z、嗜肺军团菌引物BIP-Z、嗜肺军团菌引物LF-Z和嗜肺军团菌引物LB-Z这6条引物组成;
所述嗜肺军团菌反义6引物组由嗜肺军团菌引物F3-F、嗜肺军团菌引物B3-F、嗜肺军团菌引物FIP-F、嗜肺军团菌引物BIP-F、嗜肺军团菌引物LF-F和嗜肺军团菌引物LB-F这6条引物组成;
所述嗜肺军团菌正义4引物组由所述嗜肺军团菌引物F3-Z、所述嗜肺军团菌引物B3-Z、所述嗜肺军团菌引物FIP-Z和所述嗜肺军团菌引物BIP-Z这4条引物组成;
所述嗜肺军团菌反义4引物组由所述嗜肺军团菌引物F3-F、所述嗜肺军团菌引物B3-F、所述嗜肺军团菌引物FIP-F和所述嗜肺军团菌引物BIP-F这4条引物组成;
所述嗜肺军团菌引物F3-Z是如下j1)至j2)中的任一种单链DNA:
j1)SEQ ID No.10的第10-30位核苷酸的单链DNA;
j2)与j1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述嗜肺军团菌引物B3-Z是如下j4)至j5)中的任一种单链DNA:
j4)SEQ ID No.10的第197-215位核苷酸的反向互补单链DNA;
j5)与j4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述嗜肺军团菌引物FIP-Z是如下j7)至j8)中的任一种单链DNA:
j7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.10的第77-96位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.10的第35-53位核苷酸组成的单链DNA;
j8)与j7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述嗜肺军团菌引物BIP-Z是如下j10)至j11)中的任一种单链DNA:
j10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.10的第126-147位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.10的第179-196位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
j11)与j10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述嗜肺军团菌引物LF-Z是如下j13)至j14)中的任一种单链DNA:
j13)SEQ ID No.10的第55-76位核苷酸的反向互补单链DNA;
j14)与j13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述嗜肺军团菌引物LB-Z是如下j16)至j17)中的任一种单链DNA:
j16)SEQ ID No.10的第154-176位核苷酸的单链DNA;
j17)与j16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述嗜肺军团菌引物F3-F是所述嗜肺军团菌引物F3-Z的反义DNA;所述嗜肺军团菌引物B3-F是所述嗜肺军团菌引物B3-Z的反义DNA;所述嗜肺军团菌引物FIP-F是所述嗜肺军团菌引物FIP-Z的反义DNA;所述嗜肺军团菌引物BIP-F是所述嗜肺军团菌引物BIP-Z的反义DNA;所述嗜肺军团菌引物LF-F是所述嗜肺军团菌引物LF-Z的反义DNA;所述嗜肺军团菌引物LB-F是所述嗜肺军团菌引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测结核分枝杆菌复合群的引物组为结核分枝杆菌复合群正义6引物组、结核分枝杆菌复合群反义6引物组、结核分枝杆菌复合群正义4引物组或结核分枝杆菌复合群反义4引物组;
所述结核分枝杆菌复合群正义6引物组由结核分枝杆菌复合群引物F3-Z、结核分枝杆菌复合群引物B3-Z、结核分枝杆菌复合群引物FIP-Z、结核分枝杆菌复合群引物BIP-Z、结核分枝杆菌复合群引物LF-Z和结核分枝杆菌复合群引物LB-Z这6条引物组成;
所述结核分枝杆菌复合群反义6引物组由结核分枝杆菌复合群引物F3-F、结核分枝杆菌复合群引物B3-F、结核分枝杆菌复合群引物FIP-F、结核分枝杆菌复合群引物BIP-F、结核分枝杆菌复合群引物LF-F和结核分枝杆菌复合群引物LB-F这6条引物组成;
所述结核分枝杆菌复合群正义4引物组由所述结核分枝杆菌复合群引物F3-Z、所述结核分枝杆菌复合群引物B3-Z、所述结核分枝杆菌复合群引物FIP-Z和所述结核分枝杆菌复合群引物BIP-Z这4条引物组成;
所述结核分枝杆菌复合群反义4引物组由所述结核分枝杆菌复合群引物F3-F、所述结核分枝杆菌复合群引物B3-F、所述结核分枝杆菌复合群引物FIP-F和所述结核分枝杆菌复合群引物BIP-F这4条引物组成;
所述结核分枝杆菌复合群引物F3-Z是如下k1)至k2)中的任一种单链DNA:
k1)SEQ ID No.11的第14-30位核苷酸的单链DNA;
k2)与k1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述结核分枝杆菌复合群引物B3-Z是如下k4)至k5)中的任一种单链DNA:
k4)SEQ ID No.11的第175-190位核苷酸的反向互补单链DNA;
k5)与k4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述结核分枝杆菌复合群引物FIP-Z是如下k7)至k8)中的任一种单链DNA:
k7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.11的第68-90位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.11的第32-51位核苷酸组成的单链DNA;
k8)与k7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述结核分枝杆菌复合群引物BIP-Z是如下k10)至k11)中的任一种单链DNA:
k10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.11的第113-130位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.11的第147-167位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
k11)与k10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述结核分枝杆菌复合群引物LF-Z是如下k13)至k14)中的任一种单链DNA:
k13)SEQ ID No.11的第52-67位核苷酸的反向互补单链DNA;
k14)与k13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述结核分枝杆菌复合群引物LB-Z是如下k16)至k17)中的任一种单链DNA:
k16)SEQ ID No.11的第131-144位核苷酸的单链DNA;
k17)与k16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述结核分枝杆菌复合群引物F3-F是所述结核分枝杆菌复合群引物F3-Z的反义DNA;所述结核分枝杆菌复合群引物B3-F是所述结核分枝杆菌复合群引物B3-Z的反义DNA;所述结核分枝杆菌复合群引物FIP-F是所述结核分枝杆菌复合群引物FIP-Z的反义DNA;所述结核分枝杆菌复合群引物BIP-F是所述结核分枝杆菌复合群引物BIP-Z的反义DNA;所述结核分枝杆菌复合群引物LF-F是所述结核分枝杆菌复合群引物LF-Z的反义DNA;所述结核分枝杆菌复合群引物LB-F是所述结核分枝杆菌复合群引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测肺炎支原体的引物组为肺炎支原体正义6引物组、肺炎支原体反义6引物组、肺炎支原体正义4引物组或肺炎支原体反义4引物组;
所述肺炎支原体正义6引物组由肺炎支原体引物F3-Z、肺炎支原体引物B3-Z、肺炎支原体引物FIP-Z、肺炎支原体引物BIP-Z、肺炎支原体引物LF-Z和肺炎支原体引物LB-Z这6条引物组成;
所述肺炎支原体反义6引物组由肺炎支原体引物F3-F、肺炎支原体引物B3-F、肺炎支原体引物FIP-F、肺炎支原体引物BIP-F、肺炎支原体引物LF-F和肺炎支原体引物LB-F这6条引物组成;
所述肺炎支原体正义4引物组由所述肺炎支原体引物F3-Z、所述肺炎支原体引物B3-Z、所述肺炎支原体引物FIP-Z和所述肺炎支原体引物BIP-Z这4条引物组成;
所述肺炎支原体反义4引物组由所述肺炎支原体引物F3-F、所述肺炎支原体引物B3-F、所述肺炎支原体引物FIP-F和所述肺炎支原体引物BIP-F这4条引物组成;
所述肺炎支原体引物F3-Z是如下m1)至m2)中的任一种单链DNA:
m1)SEQ ID No.12的第14-30位核苷酸的单链DNA;
m2)与m1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎支原体引物B3-Z是如下m4)至m5)中的任一种单链DNA:
m4)SEQ ID No.12的第179-195位核苷酸的反向互补单链DNA;
m5)与m4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎支原体引物FIP-Z是如下m7)至m8)中的任一种单链DNA:
m7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.12的第71-89位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.12的第31-51位核苷酸组成的单链DNA;
m8)与m7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎支原体引物BIP-Z是如下m10)至m11)中的任一种单链DNA:
m10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.12的第99-117位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.12的第155-171位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
m11)与m10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎支原体引物LF-Z是如下m13)至m14)中的任一种单链DNA:
m13)SEQ ID No.12的第52-67位核苷酸的反向互补单链DNA;
m14)与m13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎支原体引物LB-Z是如下m16)至m17)中的任一种单链DNA:
m16)SEQ ID No.12的第123-138位核苷酸的单链DNA;
m17)与m16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎支原体引物F3-F是所述肺炎支原体引物F3-Z的反义DNA;所述肺炎支原体引物B3-F是所述肺炎支原体引物B3-Z的反义DNA;所述肺炎支原体引物FIP-F是所述肺炎支原体引物FIP-Z的反义DNA;所述肺炎支原体引物BIP-F是所述肺炎支原体引物BIP-Z的反义DNA;所述肺炎支原体引物LF-F是所述肺炎支原体引物LF-Z的反义DNA;所述肺炎支原体引物LB-F是所述肺炎支原体引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测肺炎衣原体的引物组为肺炎衣原体正义6引物组、肺炎衣原体反义6引物组、肺炎衣原体正义4引物组或肺炎衣原体反义4引物组;
所述肺炎衣原体正义6引物组由肺炎衣原体引物F3-Z、肺炎衣原体引物B3-Z、肺炎衣原体引物FIP-Z、肺炎衣原体引物BIP-Z、肺炎衣原体引物LF-Z和肺炎衣原体引物LB-Z这6条引物组成;
所述肺炎衣原体反义6引物组由肺炎衣原体引物F3-F、肺炎衣原体引物B3-F、肺炎衣原体引物FIP-F、肺炎衣原体引物BIP-F、肺炎衣原体引物LF-F和肺炎衣原体引物LB-F这6条引物组成;
所述肺炎衣原体正义4引物组由所述肺炎衣原体引物F3-Z、所述肺炎衣原体引物B3-Z、所述肺炎衣原体引物FIP-Z和所述肺炎衣原体引物BIP-Z这4条引物组成;
所述肺炎衣原体反义4引物组由所述肺炎衣原体引物F3-F、所述肺炎衣原体引物B3-F、所述肺炎衣原体引物FIP-F和所述肺炎衣原体引物BIP-F这4条引物组成;
所述肺炎衣原体引物F3-Z是如下n1)至n2)中的任一种单链DNA:
n1)SEQ ID No.13的第7-30位核苷酸的单链DNA;
n2)与n1)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎衣原体引物B3-Z是如下n4)至n5)中的任一种单链DNA:
n4)SEQ ID No.13的第203-220位核苷酸的反向互补单链DNA;
n5)与n4)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎衣原体引物FIP-Z是如下n7)至n8)中的任一种单链DNA:
n7)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.13的第76-95位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.13的第35-54位核苷酸组成的单链DNA;
n8)与n7)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎衣原体引物BIP-Z是如下n10)至n11)中的任一种单链DNA:
n10)结构为A-linker-B的单链DNA,所述A是SEQ ID No.13的第127-152位核苷酸组成的单链DNA;所述linker是长度为0-10个核苷酸的单链DNA,所述B是SEQ ID No.13的第183-202位核苷酸组成的单链DNA的反向互补单链DNA;
n11)与n10)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎衣原体引物LF-Z是如下n13)至n14)中的任一种单链DNA:
n13)SEQ ID No.13的第55-75位核苷酸的反向互补单链DNA;
n14)与n13)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎衣原体引物LB-Z是如下n16)至n17)中的任一种单链DNA:
n16)SEQ ID No.13的第157-179位核苷酸的单链DNA;
n17)与n16)限定的单链DNA片段具有85%以上的同一性的单链DNA片段;
所述肺炎衣原体引物F3-F是所述肺炎衣原体引物F3-Z的反义DNA;所述肺炎衣原体引物B3-F是所述肺炎衣原体引物B3-Z的反义DNA;所述肺炎衣原体引物FIP-F是所述肺炎衣原体引物FIP-Z的反义DNA;所述肺炎衣原体引物BIP-F是所述肺炎衣原体引物BIP-Z的反义DNA;所述肺炎衣原体引物LF-F是所述肺炎衣原体引物LF-Z的反义DNA;所述肺炎衣原体引物LB-F是所述肺炎衣原体引物LB-Z的反义DNA;
所述呼吸道感染相关病原微生物为下述十三种病原微生物中的十三种、任十二种、任十一种、任十种、任九种、任八种、任七种、任六种、任五种、任四种、任三种、任两种或任一种:肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、大肠埃希氏菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌、结核分枝杆菌复合群、肺炎支原体和肺炎衣原体。
2.根据权利要求1所述的成套引物,其特征在于:所述肺炎链球菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸序列为GTAG,所述肺炎链球菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸序列为AACAAC;所述金黄色葡萄球菌金黄亚种引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述金黄色葡萄球菌金黄亚种引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述大肠埃希氏菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸序列为CT,所述大肠埃希氏菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸序列为TTT;所述肺炎克雷伯菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述肺炎克雷伯菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸序列为TTTT;所述铜绿假单胞菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述铜绿假单胞菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述鲍曼不动杆菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述鲍曼不动杆菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述嗜麦芽窄食单胞菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述嗜麦芽窄食单胞菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述流感嗜血杆菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸序列为ATCAAC,所述流感嗜血杆菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述嗜肺军团菌引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述嗜肺军团菌引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述结核分枝杆菌复合群引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述结核分枝杆菌复合群引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述肺炎支原体引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述肺炎支原体引物BIP-Z中的linker的核苷酸长度为0;所述肺炎衣原体引物FIP-Z中的linker的核苷酸长度为0,所述肺炎衣原体引物BIP-Z中的linker的核苷酸序列为TT。
3.根据权利要求1所述的成套引物,其特征在于:所述成套引物中,各正义6引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2-0.3μmol名称中带“F3-Z”的引物:0.2-0.3μmol名称中带“B3-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-Z”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LF-Z”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LB-Z”的引物;各正义4引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2-0.3μmol名称中带“F3-Z”的引物:0.2-0.3μmol名称中带“B3-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-Z”的引物;各反义6引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2-0.3μmol名称中带“F3-F”的引物:0.2-0.3μmol名称中带“B3-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-F”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LF-F”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LB-F”的引物;各反义4引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2-0.3μmol名称中带“F3-F”的引物:0.2-0.3μmol名称中带“B3-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-F”的引物。
4.检测呼吸道感染相关病原微生物的芯片,其特征在于:所述芯片固定有权利要求1-3任一所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物,所述呼吸道感染相关病原微生物为下述十三种病原微生物中的十三种、任十二种、任十一种、任十种、任九种、任八种、任七种、任六种、任五种、任四种、任三种、任两种或任一种:肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、大肠埃希氏菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌、结核分枝杆菌复合群、肺炎支原体和肺炎衣原体。
5.根据权利要求4所述的芯片,其特征在于:所述芯片为恒温扩增微流控芯片。
6.检测呼吸道感染相关病原微生物的系统,其特征在于:所述系统包括权利要求1-3任一所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物;
所述呼吸道感染相关病原微生物为下述十三种病原微生物中的十三种、任十二种、任十一种、任十种、任九种、任八种、任七种、任六种、任五种、任四种、任三种、任两种或任一种:肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、大肠埃希氏菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌、结核分枝杆菌复合群、肺炎支原体和肺炎衣原体。
7.根据权利要求6所述的系统,其特征在于:所述系统包括权利要求3或4所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的芯片。
8.根据权利要求6或7所述的系统,其特征在于:所述系统包括进行环介导等温扩增所需的试剂和/或仪器和/或扩增产物数据处理器;所述试剂不包括环介导等温扩增所需的引物;所述扩增产物数据处理器用于区分利用权利要求1或2所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物对待测样本进行环介导等温扩增得到的待测样本扩增产物中是否含有特异性扩增产物。
9.制备下述1)-3)中任一产品的方法,包括制备权利要求1-3任一所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物中的各条引物的步骤:
1)权利要求1或2所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物;
2)权利要求3或4所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的芯片;
3)权利要求5-7中任一所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的系统。
10.权利要求1-3任一所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物的下述任一种应用:
1)权利要求1或2所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物在制备权利要求3或4所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的芯片中的应用;
2)权利要求1或2所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物在制备权利要求5-7中任一所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的系统中的应用;
3)权利要求1或2所述的检测呼吸道感染相关病原微生物的环介导等温扩增的成套引物在制备检测呼吸道感染相关病原微生物的试剂或试剂盒的应用;
所述呼吸道感染相关病原微生物为下述十三种病原微生物中的十三种、任十二种、任十一种、任十种、任九种、任八种、任七种、任六种、任五种、任四种、任三种、任两种或任一种:肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、大肠埃希氏菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌、结核分枝杆菌复合群、肺炎支原体和肺炎衣原体。
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