CN108368171A - 用于癌症治疗的axl特异性抗体-药物缀合物 - Google Patents

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D.皮珀
H.J.迪特泽尔
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Abstract

本发明涉及结合至人AXL的抗体‑药物缀合物(ADCs)，其用于治疗用途，特别是用于治疗抗性或难治性癌症。

Description

用于癌症治疗的AXL特异性抗体-药物缀合物
发明领域
本发明涉及结合至人AXL的抗体-药物缀合物(ADCs)，其用于治疗用途，特别是用于治疗抗性或难治性癌症。
发明背景
AXL是一种104-140kDa跨膜蛋白，其属于哺乳动物受体酪氨酸激酶(RTKs)的TAM亚家族，且具有转化能力(Paccez 等人, 2014)。AXL细胞外结构域由两个膜-远端N-末端免疫球蛋白(Ig)样结构域(Ig1和Ig2结构域)和两个膜-近侧纤连蛋白III型(FNIII)重复(FN1-和FN2-结构域)的组合构成(Paccez 等人, 2014)。在各种癌症(包括胃癌、前列腺癌、卵巢癌和肺癌)中已报道了AXL的增强或从头表达(Paccez 等人, 2014)。值得注意的是，已发现对酪氨酸激酶抑制剂、丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂和/或化学疗法具有抗性的几种癌症显示出增强或从头的AXL蛋白。具体地，对表皮生长因子受体(EGFR)靶向治疗具有抗性的肿瘤细胞(Wilson 等人, 2014；Brand 等人, 2015；Zhang 等人, 2012；Blakely 等人, 2012)或B-raf (BRAF)途径的抑制剂(Müller 等人, 2014)显示出增强或从头的AXL表达。另外，在对PI3K抑制剂BYL719具有抗性的头颈癌(SCCHN)细胞中(Elkabets 等人, 2015)、在对HER2靶向剂拉帕替尼具有抗性的乳腺癌中(Liu 等人, 2009)、在对伊马替尼具有抗性的胃肠间质肿瘤(GIST)中(Mahadevan 等人, 2015)、对舒尼替尼具有抗性的肾癌中(Zhou 等人,2015)、在对ALK抑制剂克里唑替尼具有抗性的神经母细胞瘤细胞和非小细胞肺癌(NSCLC)中(Debruyne 等人, 2015；Kim 等人, 2013)、在顺铂具有抗性的食管癌(Hong 等人,2013)中、对IGF-IR抗体MAB391具有抗性的横纹肌肉瘤中(Huang 等人, 2010)、在对FLT3抑制剂米哚妥林(PKC412)或喹扎替尼(AC220)具有抗性的急性骨髓性白血病(AML)中(Park等人, 2015)、在耐药性AML中(Hong 等人, 2008)以及在对伊马替尼具有抗性的慢性粒细胞白血病中(Dufies 等人, 2011)报道了AXL的增强或从头表达。在获得对二甲双胍的抗性的前列腺癌细胞中也诱导了AXL表达(Bansal 等人, 2015)。
AXL可以在结合其配体、维生素K依赖性生长停滞特异性因子6(Gas6)后被活化。Gas6结合至AXL导致AXL二聚化、自磷酸化以及后续的细胞内信号通路的活化，如PI3K/AKT、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、STAT和NF-κB级联(Leconet等人, 2013)。在癌细胞中，AXL表达已经与肿瘤细胞运动性、侵袭、迁移相关，并且参与上皮至间质转化(EMT)(Linger等人,2010)。
AXL和/或其配体Gas6的靶向抑制可以作为使用例如小分子或抗AXL抗体的抗肿瘤疗法是有效的(Linger等人, 2010)。已经描述了抗AXL抗体，其通过下调受体表达、降低肿瘤细胞增殖并诱导细胞凋亡来减弱NSCLC和乳腺癌异种移植物的体内生长(Li等人 等人,2009；Ye 等人, 2010；WO 2011/159980, Genentech)。也已报道了各种其他抗AXL抗体(Leconet 等人, 2013；Iida 等人, 2014；WO 2012/175691, INSERM；WO 2012/175692,INSERM；WO 2013/064685, Pierre Fabré Medicaments；WO 2013/090776, INSERM；WO2009/063965, Chugai Pharmaceuticals 和 WO 2010/131733)，包括基于抗AXL抗体和吡咯并苯并-二氮杂䓬(PBD)二聚体的ADC(WO 2014/174111, Pierre Fabré Medicament和Spirogen Sarl)。
然而，存在治疗对酪氨酸激酶抑制剂、丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂和/或化学疗法具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的癌症(特别是使用AXL-ADC)的改进的方法的需要。
发明概述
本发明人已经发现，基于抗AXL抗体的ADC可以用于有效地治疗对某些治疗剂具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的癌症。
因此，在一个方面，本发明涉及包含结合至人AXL的抗体的ADC，其用于治疗对至少一种治疗剂具有抗性的癌症，所述治疗剂选自酪氨酸激酶抑制剂、PI3K抑制剂、结合至受体酪氨酸激酶的拮抗性抗体、丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂和化疗剂。
在一个方面，本发明涉及包含结合至人AXL的抗体的ADC，其用于与治疗剂组合治疗癌症，所述治疗剂选自化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂、PI3K抑制剂、结合至受体酪氨酸激酶的拮抗性抗体或丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂。ADC和治疗剂可以例如同时、分开或依次施用。
这些和其他方面和实施方案，包括使用基于特征在于其抗原结合特性或序列的抗AXL抗体的AXL-ADC，适用于此类ADC的治疗性部分，此类ADC与某些治疗剂的组合，和治疗抗性肿瘤的方法，在下面进一步详细描述。
附图说明
图1. 抗AXL抗体与用以下转染的HEK293细胞的结合曲线：(A) 人AXL-ECD，(B) 食蟹猴AXL-ECD，或(C) 小鼠AXL-ECD。所显示的数据是一个代表性实验的平均荧光强度(MFI)，如实施例2中所述。
图2. 抗AXL抗体与小鼠-人AXL嵌合体的结合如实施例3中所述进行。测试了以下智人AXL(hsAXL)和小家鼠AXL(mmAXL)嵌合蛋白：(A) hsAXL和模拟物，(B) hsAXL-mmECD，(C) hsAXL-mmIg1，(D) hsAXL-mmIg2，(E) hsAXL-mmFN1，(F) hsAXL-mmFN2。
图3. 在A431细胞中，抗AXL抗体依赖性细胞介导的细胞毒性。如实施例4中所述测定了在A431细胞中由抗AXL抗体引起的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性。
图4. AXL抗体-药物缀合物(AXL-ADC)的结合特性。如实施例5中所述测定了AXL-ADC与用人AXL瞬时转染的HEK293T细胞的结合。所显示的数据是一个代表性实验的平均荧光强度(MFI)。
图5. 由AXL抗体-药物缀合物诱导的体外细胞毒性。如实施例6中解释的，测定了由AXL抗体-药物缀合物诱导的细胞毒性。
图6. 允许结合至AXL的抗体VH和VL变体。比对了具有相同VL或VH区的抗体，并且分别鉴定了VH(图A-D)或VL(图E)序列中的差异并在图中用方框标明。CDR区用下划线标明。
图7. 如实施例8中所述测定了LCLC-103H细胞中由ADC诱导的细胞毒性。
图8. 如实施例9中所述，在治疗性LCLC-103H异种移植模型中MMAE缀合的AXL抗体的抗肿瘤活性。
图9. 如实施例10中所述，使用AXL单克隆抗体的集合进行冷冻PAXF1657肿瘤切片(胰腺癌PDX模型)的免疫组织化学染色。
图10. (A) 用AXL-ADC治疗性处理后的平均肿瘤尺寸(PAXF1657模型)。未缀合的AXL Humab (C)和未靶向的ADC (D)未显示出抗肿瘤活性，表明AXL-ADC的治疗能力依赖于MMAE的细胞毒性活性并且依赖于靶向结合，误差线表示S.E.M.。
图11. 抗AXL抗体与小鼠-人AXL嵌合体的结合如实施例11中所述进行。测试了以下智人AXL(hsAXL)和小家鼠AXL(mmAXL)嵌合蛋白：(A) hsAXL和模拟物，(B) hsAXL-mmECD，(C) hsAXL-mmIg1，(D) hsAXL-mmIg2，(E) hsAXL-mmFN1，(F) hsAXL-mmFN2。
图12. 人Gas6(hGas6)在A431细胞上的结合，所述细胞已经与结合至AXL的Ig1结构域的抗体预孵育。所显示的数据是一个代表性实验的平均荧光强度(MFI)。
图13. 如实施例13中所述，在治疗性A431异种移植模型(其产生高水平的内源性Gas6)中MMAE缀合的AXL抗体的抗肿瘤活性。图板A和B显示来自2个独立实验的结果。
图14. 如实施例13中所述，在治疗性LCLC-103H异种移植模型(其表达低水平的内源性Gas6)中MMAE缀合的AXL抗体的抗肿瘤活性。图板A和B显示来自2个独立实验的结果。
图15. 如实施例8中所述测定了A431细胞(A)和MDA-MB231细胞(B)中AXL-ADC对细胞毒性的诱导。
图16. 甲状腺癌、食道癌、卵巢癌、乳腺癌、肺癌、胰腺癌、宫颈癌和子宫内膜癌中的AXL染色。将AXL阳性细胞的平均AXL染色强度(OD)绘制在X-轴上，而将AXL阳性肿瘤细胞的百分比绘制在Y-轴上。每个点代表源自个体患者的一个肿瘤核心。
图17. 指示不同肿瘤的经AXL免疫染色的肿瘤核心的代表性实例。
图18. AXL抗体特异性结合AXL而非其它TAM受体家族成员。HuMab-AXL抗体与用以下转染的HEK293细胞的结合：人AXL (A)，人MER (B)，人TYRO3 (C)，或与未转染的HEK293细胞的结合 (D)。为了确认经转染细胞的正确表达，将未转染的HEK293F细胞和用AXL (E)、MER (F)或TYRO3 (G)转染的细胞用MER特异性抗体和TYRO3特异性抗体染色。所显示的数据是一个代表性实验的平均荧光强度(MFI)，如实施例15中所述。
图19. 在肿瘤细胞系的质膜上的AXL抗体的检测，所述肿瘤细胞系已经与AXL抗体在4℃孵育1小时，然后在4℃或37℃孵育过夜。在MDA-MB-231细胞(A和B) 和Calu-1细胞(C和D)两者中，相比已在37℃孵育的细胞，在已在4℃孵育的细胞的质膜上检测到更多的抗体，说明在37℃下膜结合抗体的内化。
图20. 与AXL抗体(其已与Fab-TAMRA/QSY7复合)孵育后LCLC-103H细胞的几何平均荧光强度。包括单独的IgG1-b12和Fab-TAMRA/QSY7作为阴性对照。
图21. (A) 在食道癌PDX模型ES0195中用IgG1-AXL-107-vcMMAE治疗性处理后的平均肿瘤尺寸。包括IgG1-b12和IgG1-b12-MMAE分别作为同种型对照抗体和同种型对照ADC。(B) 在雌性SCID小鼠的乳腺脂肪垫中注射MDA-MB-231-luc D3H2LN肿瘤细胞后的第32天，个体小鼠中的肿瘤尺寸。* p<0.05；** p<0.0001。
图22. AXL-ADC在患者来源的宫颈癌异种移植模型中的治疗效果。(A) 在宫颈癌PDX模型CEXF 773中用IgG1-AXL-183-vcMMAE或IgG1-AXL-726-vcMMAE治疗性处理后的平均肿瘤尺寸。分别包括IgG1-b12和IgG1-b12-MMAE作为同种型对照抗体和同种型对照ADC。(B)开始治疗后的第28天，在宫颈癌PDX模型CEXF 773中个体小鼠中的肿瘤尺寸。* p<0.001。
图23. AXL-ADC在原位乳腺癌异种移植模型中的治疗活性。(A) 在原位MDA-MB-231-luc D3H2LN异种移植模型中用IgG1-AXL-183-vcMMAE或IgG1-AXL-726-vcMMAE治疗性处理后的平均肿瘤尺寸。分别包括IgG1-b12和IgG1-b12-MMAE作为同种型对照抗体和同种型对照ADC。(B) 在雌性SCID小鼠的乳腺脂肪垫中注射MDA-MB-231-luc D3H2LN肿瘤细胞后的第32天，个体小鼠中的肿瘤尺寸。* p<0.001。
图24. IgG1-AXL-107-vcMMAE在具有不同的质膜上AXL表达水平的人肿瘤细胞系中的细胞毒性。使用Qifikit分析评估人肿瘤细胞系的质膜中的AXL表达，并且将IgG1-AXL-107-vcMMAE的细胞毒性表示为在暴露于1 µg/mL IgG1-AXL-107-vcMMAE之后留存在细胞培养物中的活肿瘤细胞的百分比。
图25. IgG1-AXL-107-vcMMAE与埃罗替尼的组合在埃罗替尼抗性的NSCLC患者来源的异种移植(PDX)模型中的改善的抗肿瘤功效。在NSCLC PDX模型LU2511中用IgG1-AXL-107-vcMMAE、埃罗替尼或埃罗替尼与IgG1-AXL-107-vcMMAE的组合治疗性处理后的平均肿瘤尺寸。分别包括IgG1‐b12和IgG1‐b12‐MMAE作为同型对照抗体和同种型对照ADC。*，p<0.05；**，p<0.01；ns，不显著(单因素ANOVA检验)。
图26. 获得对EGFR-TKI的抗性的NSCLC细胞系中增强的Axl蛋白表达。通过Western印迹检测Axl蛋白的表达。使用肌动蛋白染色作为同等蛋白上样的对照。在埃罗替尼存在(+)或不存在(-)的情况下培养的细胞中评估Axl的表达。
图27. 在活力测定中评估亲代(野生型)和埃罗替尼抗性HCC827和PC9细胞对IgG1-AXL-107-vcMMAE (A、B、F、G、H、J、K)或EGFR-TKI (C、D、E和I)的敏感性。将亲代(野生型)和埃罗替尼抗性细胞系暴露于增加浓度的IgG1-b12-vcMMAE、IgG1-AXL-107-vcMMAE、埃罗替尼、吉非替尼或阿法替尼4或5天，其后测定细胞活力，如实施例22中所述。
图28. 在建立的黑色素瘤细胞系和患者来源的低传代原发性黑色素瘤细胞系(PDX)中的AXL表达。(A)在建立的黑色素瘤细胞系中观察到可变水平的AXL表达。在PLX4720抗性细胞系(A375-R、SKMEL28R、SKMEL147)中观察到增强的或从头AXL表达。(B)在8/15种患者来源的原发性黑色素瘤细胞系中观察到AXL表达。在建立的黑色素瘤细胞系和低传代PDX培养物中，AXL表达与MITF表达负相关。
图29. 细胞表面上的AXL蛋白表达。通过定量流式细胞术在Axl阴性和Axl阳性黑色素瘤细胞系中测定的AXL表达的实施例。浅灰色曲线代表用AXL特异性抗体染色，而深灰色曲线代表用同种型对照抗体染色。
图30. 建立的黑色素瘤细胞系对IgG1-AXL-107-vcMMAE的敏感性。黑色素瘤细胞系(A-F；CDX)用IgG1-AXL-107-vcMMAE或同种型对照ADC IgG1-b12-vcMMAE处理5天，一式三份。细胞活力用CellTiter-Glo测定法评估并针对ADC浓度绘图。
图31. 原代黑色素瘤细胞培养物对IgG1-AXL-107-vcMMAE的敏感性。低传代原代黑色素瘤细胞系(A-C；PDX)用IgG1-AXL-107-vcMMAE或同种型对照ADC IgG1-b12-vcMMAE处理8天，一式三份。细胞活力用CellTiter-Glo测定法评估并针对ADC浓度绘图。
图32. IgG1-AXL-107-vcMMAE在埃罗替尼抗性的LU0858 NSCLC患者来源的异种移植(PDX)模型中的抗肿瘤功效。显示了用IgG1-AXL-107-vcMMAE、埃罗替尼或埃罗替尼与IgG1-AXL-107-vcMMAE的组合治疗性处理后的平均肿瘤尺寸(A)。分别包括IgG1‐b12和IgG1‐b12‐MMAE作为同型对照抗体和同种型对照ADC。显示了在第11天(B)和第21天(C)每个时间点每组的平均肿瘤尺寸和SEM以及每组每个单独小鼠的肿瘤尺寸。*，p<0.05；**，p<0.01；ns，不显著(Mann-Whitney检验)。
图33. IgG1-AXL-107-vcMMAE在埃罗替尼抗性的LU1868 NSCLC患者来源的异种移植(PDX)模型中的抗肿瘤功效。显示了用IgG1-AXL-107-vcMMAE、埃罗替尼或埃罗替尼与IgG1-AXL-107-vcMMAE的组合治疗性处理后的平均肿瘤尺寸(A)。分别包括IgG1‐b12和IgG1‐b12‐MMAE作为同型对照抗体和同种型对照ADC。显示了在第21天(B)、第28天(C)和第31天(D)每个时间点每组的平均肿瘤尺寸和SEM以及每组每个单独小鼠的肿瘤尺寸。*，p<0.05；**，p<0.01；ns，不显著(Mann-Whitney检验)。
图34. IgG1-AXL-107-vcMMAE在埃罗替尼抗性的LXFA 526 NSCLC患者来源的异种移植(PDX)模型中的抗肿瘤功效。(A)显示了用IgG1-AXL-107-vcMMAE、埃罗替尼或埃罗替尼与IgG1-AXL-107-vcMMAE的组合治疗性处理后的平均肿瘤尺寸。(B)在第23天每个时间点每组的平均肿瘤尺寸和SEM以及每组每个单独小鼠的肿瘤尺寸。*，p<0.05；**，p<0.01；ns，不显著(Mann-Whitney检验)。
图35. IgG1-AXL-107-vcMMAE在已获得对埃罗替尼的抗性的NSCLC患者来源的异种移植(PDX)模型LXFA 677 (A)和LXFA 677_3 (C)中的抗肿瘤功效。显示了用IgG1-AXL-107-vcMMAE、埃罗替尼或埃罗替尼与IgG1-AXL-107-vcMMAE的组合治疗性处理后的平均肿瘤尺寸。(B, D)显示了在LXFA 677模型的第21天(B)或在LXFA 677_3模型的第37天(D)每个时间点每组的平均肿瘤尺寸和SEM以及每组每个单独小鼠的肿瘤尺寸。*，p<0.05；**，p<0.01；ns，不显著(Mann-Whitney检验)。
图36. IgG1-AXL-107-vcMMAE在黑色素瘤模型SKMEL147中的抗肿瘤功效。显示了用IgG1‐b12、IgG1‐b12‐vcMMAE、IgG1-AXL-107或IgG1-AXL-107-vcMMAE治疗性处理后的平均肿瘤尺寸(A)。(B)中显示了观察的(n = 2)或用IgG1-AXL-107-vcMMAE再次处理(n = 4)的IgG1-AXL-107-vcMMAE小鼠中的肿瘤尺寸。
图37. 将SKMEL28野生型细胞(红色)和PLX4720抗性的SKMEL28-R细胞(绿色)1:1混合并用IgG1-AXL-107-vcMMAE (AXL-ADC)、IgG1-b12-MMAE (b12-ADC)、PLX4720 (PLX)、达拉菲尼(dabr)、曲美替尼(tram)或所示的组合处理。(A)相对于未处理的细胞的细胞总数。(B)对应于SKMEL28-R/SKMEL28细胞比率的GFP/mCherry比率。
图38. IgG1-AXL-107-vcMMAE在宫颈癌PDX模型CV1664中的抗肿瘤功效。(A)显示了用IgG1‐b12、IgG1‐b12‐vcMMAE、IgG1-AXL-107、IgG1-AXL-107-vcMMAE或紫杉醇治疗性处理后的平均肿瘤尺寸。(B)显示了在第46天每个时间点每组的平均肿瘤尺寸和SEM以及每组每个单独小鼠的肿瘤尺寸。(C，D)显示了用IgG1-AXL-107-vcMMAE再次处理的IgG1-AXL-107-vcMMAE - (C)或紫杉醇处理的(D)小鼠中的平均肿瘤尺寸。*，p<0.05；**，p<0.01；ns，不显著(Mann-Whitney检验)。
图39. 在原发性黑色素瘤样品中通过免疫组织化学检测的Axl表达的实施例。(A)具有阳性+++ Axl染色强度的黑色素瘤的实施例，(B)具有+和++之间的阳性Axl染色强度的黑色素瘤的实施例，(C)来自同一患者的用威罗菲尼治疗前后的黑色素瘤组织中Axl表达的实施例；左侧= 威罗菲尼前，Axl染色强度弱+；右侧= 威罗菲尼后，Axl染色强度弱+至++，(D)在原发性黑色素瘤组织内具有++强度的异源Axl表达的实施例。
发明详述
治疗性应用
本发明涉及如本文任何方面或实施方案中所定义的AXL-特异性ADC(本文中也称为“AXL-ADC”)，其用于治疗对如本文所述的某些化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂(例如EGFR抑制剂)、丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂(例如BRAF抑制剂)、PI3K抑制剂和受体酪氨酸激酶的拮抗性抗体具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的癌症或肿瘤。
本发明至少部分基于这样的发现：AXL-ADC在体外和体内在诱导对EGFR靶向治疗、BRAF/MEK靶向治疗或微管靶向剂具有抗性的肿瘤细胞中的细胞毒性方面均有效。例如，获得对EGFR抑制剂埃罗替尼、吉非替尼和阿法替尼的抗性的NSCLC细胞在用AXL-ADC治疗后显示降低的活力(实施例21)，并且具有不同EGFR基因状态的埃罗替尼抗性模型显示对AXL-ADC的敏感性(实施例22；表17)。值得注意的是，在其中用EGFR抑制剂埃罗替尼治疗不诱导抗肿瘤活性的几种肿瘤模型中，用AXL-ADC或AXL-ADC和埃罗替尼的组合治疗诱导有效的抗肿瘤活性(实施例22)。例如，源自埃罗替尼敏感的细胞系的埃罗替尼抗性细胞系对AXL-ADC特别敏感 - 在较低剂量下获得更强的抗肿瘤活性(实施例22)。此外，对BRAF抑制剂PLX4720(一种威罗菲尼类似物)或达拉菲尼具有抗性的黑色素瘤细胞系显示增强的AXL表达并且对用AXL-ADC治疗敏感，并且AXL-ADC在对PLX4720具有抗性的体内黑色素瘤模型中显示强烈抗肿瘤活性(实施例23)。此外，AXL-ADC在其中用紫杉醇治疗后肿瘤已进展的宫颈癌肿瘤模型中诱导完全或部分肿瘤消退(实施例24)。
因此，在一个方面，本发明提供AXL-ADC，例如HuMax-AXL-ADC，其用于治疗对至少一种治疗剂具有抗性和/或具有产生抗性的高度倾向的癌症，所述治疗剂选自酪氨酸激酶抑制剂、PI3K抑制剂、受体酪氨酸激酶的拮抗性抗体、丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂和化学治疗剂。在一个具体实施方案中，所述治疗剂选自酪氨酸激酶抑制剂、丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂和化疗剂。
在另一个方面，本发明提供AXL-ADC，例如HuMax-AXL-ADC，其用于与治疗剂组合治疗癌症，所述治疗剂选自化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂、PI3K抑制剂、受体酪氨酸激酶的拮抗性抗体和丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂，其中所述ADC和治疗剂同时、分开或依次施用。所述癌症可以对治疗剂具有抗性和/或可以具有对治疗剂变得抗性的高度倾向。在一个具体实施方案中，所述治疗剂选自酪氨酸激酶抑制剂、丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂和化疗剂。
如本文所用，“抗性的”、“治疗抗性的”或“难治的”癌症、肿瘤等意指个体中的癌症或肿瘤，其中所述癌症或肿瘤从开始治疗起对用治疗剂治疗不应答(在本文中称为“天然抗性”)或初始对用治疗剂治疗应答，但在治疗一段时间后变得无应答或对治疗剂应答较低(在本文中称为“获得性抗性” )，导致疾病进展。对于实体瘤，疾病的初始稳定也代表最初的应答。尽管用治疗剂治疗，但其他抗性指标包括癌症复发、肿瘤负荷增加、新发现的转移等。本领域技术人员可以确定肿瘤或癌症是否具有对治疗剂的抗性或具有对治疗剂变得抗性的高度倾向。例如，美国国家综合癌症网络(NCCN, www.nccn.org)和欧洲医学肿瘤学会(ESMO, www.esmo.org/Guidelines)提供了用于评估特定癌症是否对治疗应答的指南。如下文表1和本文其他地方所述，已经发现对某些化疗剂(例如，微管靶向剂(“MTA”)如紫杉烷)、酪氨酸激酶抑制剂(例如EGFR抑制剂)、丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂(例如BRAF或MEK抑制剂)、PI3K抑制剂和拮抗性抗体发展抗性的癌症或肿瘤表达AXL。
如本文所用，术语“个体”典型地是被施用AXL-ADC的人，包括例如被诊断为具有可通过杀死表达AXL的细胞直接或间接治疗的癌症的人类患者。
如本文所用，对特定治疗剂具有抗性的“高度倾向”的癌症是已知与正在或变得对用某类药物的治疗具有抗性或难治性的高度倾向相关的癌症。例如，正在治疗的癌症患者或已被发现有资格接受本文所述的治疗剂(在抗性和AXL的增强或从头表达之间存在相关性)治疗的癌症患者患有对抗性具有高度倾向的癌症。已知与AXL的增强或从头表达相关且因此可以对治疗剂具有产生抗性的高度倾向的癌症和治疗剂的非限制性实例显示于下表1中。此外，如实施例24中所示，AXL-ADC在其中用紫杉醇治疗后肿瘤已进展的宫颈癌肿瘤模型中诱导完全或部分肿瘤消退。本文其他地方也描述了对治疗剂具有天然或获得性抗性并对AXL-ADC治疗敏感的其他癌症和肿瘤类型。
表1-诱导AXL的增强或从头表达的治疗剂的实例
* N-(3-(5-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-羰基)-2,4-二氟苯基)丙烷-1-磺酰胺
**6-(4-溴-2-氯苯胺基)-7-氟-N-(2-羟基乙氧基)-3-甲基苯并咪唑-5-甲酰胺
***4-[2-(2-氯-4-氟苯胺基)-5-甲基嘧啶-4-基]-N-[(1S)-1-(3-氯苯基)-2-羟基乙基]-1H-吡咯-2-甲酰胺。
如本文所用，“酪氨酸激酶抑制剂”或“TKI”是指抑制酪氨酸激酶或来自酪氨酸激酶的下游信号传导的化合物，通常为药物。酪氨酸激酶是负责向蛋白的酪氨酸添加磷酸酯基团(磷酸化)(这是TKI直接或间接抑制的步骤)的酶。酪氨酸磷酸化导致细胞内信号转导级联的活化。许多TKI可用于癌症治疗。此类TKI及其靶标的非限制性实例显示于上表1中，并且包括例如EGFR抑制剂，如埃罗替尼。在一个实施方案中，如本文所用的术语酪氨酸激酶抑制剂是指特异性抑制酪氨酸激酶的蛋白磷酸化活性(例如EGFR的酪氨酸激酶活性)的化合物。
尽管临床上使用的许多TKI是小分子药物，但也存在“受体酪氨酸激酶抑制剂”(rTKIs)，如结合至受体酪氨酸激酶的细胞外部分(本文称为“mAb/rTKI”)的拮抗性抗体，从而抑制受体介导的信号传导。此类抗体的实例是西妥昔单抗和MAB391。
如本文所用，“磷酸肌醇3-激酶抑制剂”或“PI3KI”是指抑制PI3K/AKT途径中的酶的化合物，通常为药物。PI3KIs的实例包括阿尔拜斯布(Alpelisib)(BYL791)。
如本文所用，“丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂”或“S/Th KI”是指抑制丝氨酸/苏氨酸激酶如BRAF或MEK或来自丝氨酸/苏氨酸激酶的下游信号传导途径(如经由BRAF/MEK途径)的化合物，通常为药物。丝氨酸/苏氨酸激酶是负责丝氨酸或苏氨酸残基的羟基的磷酸化(这是S/Th KI直接或间接抑制的步骤)的酶。丝氨酸或苏氨酸的磷酸化导致细胞内信号转导级联的活化。可用于癌症治疗的S/Th KIs及其靶标的实例显示于上表1中，并且包括BRAF-抑制剂，如威罗菲尼及其类似物或衍生物。在一个实施方案中，如本文所用的术语丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂是指特异性抑制丝氨酸/苏氨酸激酶的蛋白磷酸化活性(例如突变体BRAF或MEK的丝氨酸/苏氨酸激酶活性)的化合物。
威罗菲尼(PLX4032)是突变BRAF激酶的口服生物可利用的、ATP竞争性的小分子抑制剂，其选择性结合并抑制包含某些突变的BRAF，导致表达突变体BRAF激酶的肿瘤细胞中下游的过度活化的MAPK信号传导途径的抑制。在人类癌症中鉴定的BRAF突变通常位于N叶的富含甘氨酸的P环以及激酶结构域内的活化区段和侧翼区域中。威罗菲尼结合并抑制具有某些这些突变(例如但不限于残基V600(例如V600E)，残基L597(例如L597R；Bahadoran等人，2013)；和残基K601(Dahlman等人，2012)中的氨基酸置换的BRAF激酶。
如本文所用，药物的“衍生物”是通过直接化学反应从药物衍生或可衍生的化合物。如本文所用，药物的“类似物”或“结构类似物”是具有与药物相似的结构和/或作用机制、但在至少一种结构要素上不同的化合物。药物的“治疗活性的”类似物或衍生物如例如威罗菲尼或埃罗替尼与药物相比具有相似或改善的治疗功效，但可以在例如稳定性、靶标特异性、溶解性、毒性等中的一种或多种方面不同。
下表2和3显示了分别与威罗菲尼和埃罗替尼具有相似作用机制(分别为BRAF或EGFR抑制)的BRAF和EGFR抑制剂。
表2-BRAF抑制剂
抑制剂名称
威罗菲尼(PLX4032)(PLX4720= 工具化合物) Bollag (2012)
GDC-0879 * Wong (2009)
达拉菲尼(GSK2118436) Hong (2012)
Encorafenib (LGX818) Li (2016)
索拉菲尼(BAY 43-9006) Hilger (2002)
RAF265 (CHIR-265) Mordant (2010)
SB590885 ** King (2006)
AZ628 *** Montagut (2008)
*(E)-5-(1-(2-羟基乙基)-3-(吡啶-4-基)-1H-吡唑-4-基)-2,3-二氢茚-1-酮肟
** (E)-5-(2-(4-(2-(二甲基氨基)乙氧基)苯基)-4-(吡啶-4-基)-1H-咪唑-5-基)-2,3-二氢茚-1-酮肟
***3-(2-氰基丙-2-基)-N-(4-甲基-3-(3-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-6-基氨基)苯基)苯甲酰胺。
表3-EGFR抑制剂
名称 类别
埃罗替尼 TKI Pollack (1999)
吉非替尼 TKI Sirotnak (2000)
阿法替尼 TKI Li (2008)
拉帕替尼 TKI Xia (2002)
埃克替尼 TKI Tan 2012
凡德他尼 TKI Herbst (2007)
奥西莫替尼 TKI Greig (2016)
Rociletinib TKI Sequist (2015)
西妥昔单抗 mAb/rTKI Prewett (1996)
帕尼单抗 mAb/rTKI Yang (2001)
zalutumumab mAb/rTKI Bleeker (2004)
尼妥珠单抗 mAb/rTKI Talavera (2009)
马妥珠单抗 mAb/rTKI Kim (2004)
necitumumab (IMC-11F8) mAb/rTKI Li (2008)
sym004 mAb/rTKI Pedersen (2010)
mab 806 mAb/rTKI Mishima (2001)
MM-151 mAb/rTKI Merrimack
因此，如本文所示，对威罗菲尼、达拉菲尼、曲美替尼或其任何两种或更多种的组合的黑色素瘤抗性；和对埃罗替尼、吉非替尼或阿法替尼或其任何两种或更多种的组合的NSCLC抗性可以与肿瘤细胞的从头或增强的AXL表达有关。因此，此类肿瘤可以有资格用AXL特异性ADC治疗。
在一个方面，本发明提供了治疗个体中的癌症的方法，其中所述癌症对至少一种治疗剂具有抗性，所述治疗剂选自酪氨酸激酶抑制剂、丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂和化疗剂的，所述方法包括施用AXL-ADC。例如，所述癌症已经在先前或仍在进行的用治疗剂治疗期间获得抗性。可替换地，所述癌症从开始用治疗剂治疗起具有抗性。在一个实施方案中，所述癌症是表达AXL的癌症。在其它方面，所述治疗剂是PI3K抑制剂或mAb/rTKI。
在一个方面，本发明提供了治疗个体中的癌症的方法，所述方法包括将AXL-ADC与至少一种选自化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂或丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂的治疗剂组合施用，其中所述ADC和治疗剂同时、分开或依次施用。在一个实施方案中，所述癌症具有对治疗剂的抗性的高度倾向。在一个实施方案中，所述癌症对治疗剂具有抗性。在其它方面，所述治疗剂是PI3K抑制剂或mAb/rTKI。
如本发明的发明人和上述表1中所示，在某些类型的癌症中，抗性的发展与AXL的增加或从头表达相关。此类癌症可以包括，但不限于，黑色素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、宫颈癌、卵巢癌、头颈部的鳞状细胞癌(SCCHN)、乳腺癌、胃肠道间质瘤(GIST)、肾癌、神经母细胞瘤、食道癌、横纹肌肉瘤、急性髓性白血病(AML)、慢性粒细胞白血病(CML)。
在任何前述方面或实施方案的一个实施方案中，所述癌症或肿瘤选自宫颈癌、黑色素瘤、NSCLC、SCCHN、乳腺癌、GIST、肾癌、神经母细胞瘤、食道癌和横纹肌肉瘤。在另一个实施方案中，所述癌症是选自AML和CML的血液癌症。
在一个具体实施方案中，所述癌症或肿瘤的特征在于至少一个选自L858R和T790M、如例如L858R或T790M/L858R的EGFR氨基酸序列中的突变。例如，所述癌症或肿瘤可以是NSCLC。
在一个实施方案中，所述至少一种治疗剂由TKI抑制剂组成或包含TKI抑制剂，所述TKI抑制剂是EGFR拮抗剂、HER2拮抗剂、ALK抑制剂、FLT3抑制剂或其两种或更多种的组合。非限制性的、优选的TKI包括埃罗替尼、吉非替尼、拉帕替尼、奥西莫替尼、罗西替尼、伊马替尼、舒尼替尼、阿法替尼、克里唑替尼、米哚妥林(PKC412)和喹扎替尼(AC220)。在一个实施方案中，所述TKI是EGFR抑制剂，如埃罗替尼或其治疗活性的类似物或衍生物，例如阿法替尼、拉帕替尼、奥西莫替尼、罗西替尼或吉非替尼。
在一个具体实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是埃罗替尼，且所述癌症是对埃罗替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的NSCLC。
在一个具体实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是埃罗替尼，且所述癌症是对埃罗替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的胰腺癌。
在一个具体实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是吉非替尼，且所述癌症是对吉非替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的NSCLC。
在一个具体实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是克里唑替尼，且所述癌症是对克里唑替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的NSCLC。
在一个具体实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是拉帕替尼，且所述癌症是对拉帕替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的乳腺癌。
在一个具体实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是伊马替尼，且所述癌症是对伊马替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的CML。
在一个具体实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是伊马替尼，且所述癌症是对伊马替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的GIST。
在一个具体实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是舒尼替尼，且所述癌症是对舒尼替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的GIST。
在一个具体实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是舒尼替尼，且所述癌症是对舒尼替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的肾癌。
在一个具体实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是克里唑替尼，且所述癌症是对克里唑替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的神经母细胞瘤。
在一个具体实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是米哚妥林(PKC412)，且所述癌症是对米哚妥林具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的AML。
在一个具体实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是喹扎替尼，且所述癌症是对喹扎替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的AML。
在一个具体实施方案中，酪氨酸激酶抑制剂是阿法替尼，且所述癌症是对阿法替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的乳腺癌。
在一个具体实施方案中，酪氨酸激酶抑制剂是阿西替尼，且所述癌症是对阿西替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的肾癌。
在一个具体实施方案中，酪氨酸激酶抑制剂是乐伐替尼，且所述癌症是对乐伐替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的甲状腺癌。
特别考虑的是这样的实施方案，其中所述酪氨酸激酶抑制剂是EGFR抑制剂例，如例如埃罗替尼或其治疗活性的类似物或衍生物，优选地其中所述癌症是对EGFR抑制剂具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的NSCLC。在一个具体实施方案中，所述癌症或肿瘤(例如NSCLC)的特征在于选自L858R和T790M或其组合的EGFR中的至少一个突变。
在一个实施方案中，所述至少一种治疗剂由PI3K抑制剂组成或包含PI3K抑制剂。非限制性的、优选的PI3K抑制剂包括阿尔拜斯布(alpelisib)及其治疗活性的类似物和衍生物。
在一个具体实施方案中，所述PI3Ki是阿尔拜斯布(BYL719)，且所述癌症是对阿尔拜斯布具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的SCCHN。
在一个实施方案中，所述至少一种治疗剂由拮抗性抗体组成或包含拮抗性抗体，所述拮抗性抗体结合至受体酪氨酸激酶的细胞外部分。非限制性的、优选的mAb/rTKI包括西妥昔单抗和抗IGF-IR MAB391以及西妥昔单抗和MAB391的治疗活性的类似物或衍生物。
在一个具体实施方案中，所述mAb/rTKI是西妥昔单抗，且所述癌症是对阿尔拜斯布具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的SCCHN。
在一个具体实施方案中，所述mAb/rTKI是抗IGF-1R抗体MAB391，且所述癌症是对MAB391具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的SCCHN。
在一个实施方案中，所述至少一种治疗剂由S/Th KI组成或包含S/Th KI，所述S/Th KI为BRAF抑制剂、MEK抑制剂或其组合。在一个实施方案中，所述S/Th KI是BRAF抑制剂，如威罗菲尼(PLX4032)或其治疗有效衍生物或类似物，例如PLX4720或达拉菲尼；或VTXKIIE。在一个实施方案中，所述S/Th KI是MEK抑制剂，如司美替尼(AZD6244)或曲美替尼。
在一个具体实施方案中，所述S/Th KI是威罗菲尼，且所述癌症是对威罗菲尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的黑色素瘤。
在一个具体实施方案中，所述S/Th KI是威罗菲尼，且所述癌症是对威罗菲尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的结肠直肠癌。
在一个具体实施方案中，所述s/Th KI是达拉菲尼，且所述癌症是对达拉菲尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的黑色素瘤。
在一个具体实施方案中，所述S/Th KI是达拉菲尼，且所述癌症是对达拉菲尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的结肠直肠癌。
在一个具体实施方案中，所述S/Th KI是司美替尼，且所述癌症是对司美替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的胰腺癌。
在一个具体实施方案中，所述S/Th KI是司美替尼，且所述癌症是对司美替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的黑色素瘤。
在一个具体实施方案中，所述S/Th KI抑制剂是曲美替尼，且所述肿瘤是对曲美替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的黑色素瘤。
在一个具体实施方案中，所述S/Th KI是VTXKIIE，且所述癌症是对VTXKIIE具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的黑色素瘤。
在一个具体实施方案中，所述S/Th KI是PLX4720，且所述癌症是对PLX4720具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的黑色素瘤。
在一个实施方案中，所述至少一种治疗剂由BRAF抑制剂组成或包含BRAF抑制剂。在一个具体实施方案中，所述BRAF抑制剂是威罗菲尼(PLX4032)或其治疗有效的类似物或衍生物，如达拉菲尼或PLX4720。在另一个具体实施方案中，所述BRAF抑制剂是威罗菲尼或其治疗活性衍生物或类似物，且所述肿瘤是对威罗菲尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的黑色素瘤。威罗菲尼是BRAF激酶的抑制剂，所述BRAF激酶携带某些突变，如位于N叶的富含甘氨酸的P环以及激酶结构域内的活化区段和侧翼区域中的突变。在一个实施方案中，所述威罗菲尼类似物是达拉菲尼。
因此，在一个具体实施方案中，本公开提供的AXL-ADC用于治疗对黑色素瘤正在治疗或已经治疗的治疗剂具有抗性的表达AXL的黑色素瘤，其中所述治疗剂是威罗菲尼或治疗有效的类似物或衍生物，且其中黑色素瘤在BRAF中表现出突变。具体而言，黑色素瘤在BRAF中表现出突变，其使得BRAF对威罗菲尼或治疗有效的类似物或衍生物的抑制敏感。非限制性突变包括氨基酸置换、缺失或插入；优选地，所述突变是氨基酸置换。此类突变的特定残基包括，但不限于，V600(例如V600E、V600K和V600D)，残基L597(例如L597R)；和残基K601 (K601E)。在一个实施方案中，所述突变选自V600E、V600D、V600K、L597R和K601E。
在一个实施方案中，所述至少一种治疗剂由化疗剂组成或包含化疗剂，所述化疗剂选自紫杉醇、多西他赛、顺铂、多柔比星、依托泊苷、卡铂和二甲双胍。在一个实施方案中，所述治疗剂是微管靶向剂，如例如紫杉醇、多西他赛或长春新碱，或其任何治疗活性的类似物或衍生物。在一个实施方案中，所述至少一种治疗剂是紫杉烷，如紫杉醇、多西他赛或紫杉醇或多西他赛的治疗活性的类似物或衍生物。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是紫杉醇，且所述癌症是对紫杉醇具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的宫颈癌。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是紫杉醇，且所述癌症是对紫杉醇具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的NSCLC。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是紫杉醇，且所述癌症是对紫杉醇具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的卵巢癌。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是多西他赛，且所述癌症是对多西他赛具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的头颈癌。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是多西他赛，且所述癌症是对多西他赛具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的胃癌。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是多西他赛，且所述癌症是对阿法替尼具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的乳腺癌。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是多西他赛，且所述癌症是对多西他赛具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的前列腺癌。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是多西他赛，且所述癌症是对多西他赛具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的NSCLC。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是顺铂，且所述癌症是对顺铂具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的食管癌。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是顺铂，且所述癌症是对顺铂具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的SCCHN。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是卡铂，且所述癌症是对卡铂具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的SCCHN。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是顺铂，且所述癌症是对顺铂具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的AML。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是多柔比星，且所述癌症是对多柔比星具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的AML。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是依托泊苷，且所述癌症是对依托泊苷具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的AML。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是二甲双胍，且所述癌症是对二甲双胍具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的前列腺癌。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是顺铂，且所述癌症是对顺铂具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的卵巢癌。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是多柔比星，且所述癌症是对多柔比星具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的非小细胞肺癌(NSCLC)。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是替莫唑胺，且所述肿瘤是对替莫唑胺具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的星形细胞瘤。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是卡铂，且所述肿瘤是对卡铂具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的星形细胞瘤。
在一个具体实施方案中，所述化疗剂是长春新碱，且所述肿瘤是对长春新碱具有抗性或具有产生抗性的高度倾向的星形细胞瘤。
因此，在一个方面，本发明涉及治疗有需要的个体中的癌症的方法，其中所述癌症对选自化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂、PI3K抑制剂、mAb/rTKI和丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂的治疗剂具有抗性或具有产生抗性的高度倾向，所述方法包括向所述个体施用治疗有效量的包含结合至人AXL的抗体的ADC。在一个实施方案中，所述治疗剂选自化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂和丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂。例如，所述化疗剂可以是紫杉烷，所述酪氨酸激酶抑制剂可以是EGFR抑制剂，且所述丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂可以是BRAF或MEK抑制剂。在一个实施方案中，所述癌症是表达AXL的癌症。
在一个实施方案中，本发明涉及治疗个体中对埃罗替尼具有抗性的NSCLC的方法，所述方法包括向所述个体施用包含结合至人AXL的抗体的ADC。在一个实施方案中，所述方法进一步包括将埃罗替尼或其类似物或衍生物施用于个体。在一个实施方案中，所述癌症是表达AXL的癌症。
在一个实施方案中，本发明涉及治疗个体中对威罗菲尼具有抗性的黑色素瘤的方法，其中所述黑色素瘤在BRAF中表现出突变并且所述突变提供对突变BRAF的BRAF激酶活性的威罗菲尼抑制，所述方法包括向所述个体施用包含结合至人AXL的抗体的ADC。在一个实施方案中，所述突变是残基V600、L597和/或K601中的氨基酸置换。在一个实施方案中，所述突变选自V600E、V600D、V600K、L597R和K601E。在一个实施方案中，所述方法进一步包括将威罗菲尼或其类似物或衍生物施用于个体。在一个实施方案中，所述类似物是达拉菲尼。在一个实施方案中，所述癌症是表达AXL的癌症。
在一个实施方案中，本发明涉及治疗个体中对紫杉醇具有抗性的宫颈癌的方法，所述方法包括向所述个体施用包含结合至人AXL的抗体的ADC。在一个实施方案中，所述方法进一步包括将紫杉醇或其类似物或衍生物施用于个体。在一个实施方案中，所述癌症是表达AXL的癌症。
至于AXL-ADC，具备本领域普通技术水平的医生可容易地确定并开具所需药物组合物的有效量。鉴于此，当提及药物组合物时，应当理解为也原样包含组合物，或反之亦然。例如，对于在药物组合物中采用的AXL-ADC的剂量，医生可以低于达到所需治疗效果所要求的水平开始，并逐渐增加剂量直到达到所需效果。通常，合适的剂量将是根据具体剂量方案能有效产生治疗效果的最低剂量的化合物的量。此类有效剂量通常将取决于上述因素。
例如，治疗用的“有效量”可通过其稳定疾病进展的能力来测量。化合物抑制癌症的能力可例如在动物模型系统中进行评价，以预测在人类肿瘤中的功效。可替换地，化合物的性质可通过由技术人员已知的体外测定法检查所述化合物抑制细胞生长或诱导细胞毒性的能力来评价。治疗有效量的治疗化合物可减小肿瘤尺寸，或以其它方式改善个体的症状。本领域普通技术人员将能够基于此类因素如个体尺寸、个体症状的严重程度以及所选择的具体组合物或施用途径来确定此类量。例如，如已经指出的，可以使用美国国家综合癌症网络(NCCN, www.nccn.org)和欧洲医学肿瘤学会(ESMO, www.esmo.org/Guidelines)指南用于评价癌症治疗。
本发明的AXL-ADC的治疗有效量的示例性、非限制性范围是0.02-100 mg/kg，如约0.02-30 mg/kg，如约0.05-10 mg/kg，0.1-5 mg/kg或0.1-3 mg/kg，例如约0.5-3 mg/kg或0.5-2 mg/kg。
施用可例如是静脉内、肌内、腹腔内或皮下，并且例如施用到靶标部位附近。
调整以上治疗方法和用途中的剂量方案以提供最佳的所需反应(例如，治疗反应)。例如，可施用单次推注、可随时间推移施用若干个分剂量或可根据治疗情况的急切需要所指示按比例地减少或增加剂量。
在一个实施方案中，通过降低特定毒性如例如通过降低药物-抗体比率(DAR)和/或将AXL-ADC与未标记的抗AXL抗体混合来优化功效-安全性窗口。
在一个实施方案中，在治疗期间(例如在预定时间点)监测治疗的功效。用于测量功效的方法通常取决于特定类型的癌症并且是本领域技术人员熟知的。在一个实施方案中，可通过以下方式监测功效：通过使疾病区域可视化；或通过本文进一步描述的其它诊断方法，例如通过例如使用经标记的抗AXL抗体、片段或源自AXL-特异性抗体的迷你抗体进行一次或多次PET-CT扫描。
如果需要，AXL-ADC的有效日剂量可以是在一整天中以适当的间隔分开施用的两个、三个、四个、五个、六个或更多个分剂量(任选地，以单位剂型)。在另一个实施方案中，通过长时段(如超过24小时)的缓慢连续输注施用所述AXL-ADC以最小化任何不期望的副作用。
还可使用每周、每两周或每三周给药期来施用有效剂量的AXL-ADC。所述给药期可被限制为例如8周、12周或直到已经确立临床进展。在一个实施方案中，AXL-ADC每3周一次(1Q3W)或经4周三次施用(3Q4W)来施用，使得患者在三周或四周间隔接受16或12个周期的AXL-ADC， 持续例如48周，根据需要延长或重复该方案。
例如，在一个实施方案中，所述AXL-ADC可以以10至500 mg/m2，如200至400 mg/m2的周剂量通过输注施用。此类施用可重复例如1至8次，如3至5次。所述施用可在1至24小时，如1至12小时的时段内通过连续输注进行。
在另一个实施方案中，所述AXL-ADC每三周以10至500 mg/m2，如50-200 mg/m2的剂量通过输注施用。此类施用可重复例如1至8次，如3至5次。所述施用可在1至24小时，如1至12小时的时段内通过连续输注进行。
在一个实施方案中，AXL-ADC每周或每三周以约0.1-10 mg/kg，如约1-3 mg/kg的单次剂量施用，最多达十二次、最多达八次，或直到临床进展。所述施用可在1至24小时，如1至12小时的时段内通过连续输注进行。如果必要，此类方案可例如在6个月或12个月之后重复一次或多次。所述剂量可通过例如采集生物样品并使用靶向抗AXL抗体的抗原结合区的抗独特型抗体通过测量施用后血液中本发明的化合物的量来确定或调整。
在一个实施方案中，施用所述AXL-ADC作为维持治疗，如，例如，在六个月或更长时段内每周一次。如本文所用，“维持治疗”意指为了避免或延迟癌症的进展或复发的目的的治疗。通常，如果癌症在初始治疗后完全缓解，则可以使用维持治疗来避免延迟癌症的复发。如果癌症是晚期的并且在初始治疗后没有达到完全缓解，则维持治疗可用于减缓癌症的生长，例如延长患者的生命。
作为非限制性实例，根据本发明的治疗可提供如下日剂量的本发明的化合物：约0.1-100 mg/kg，如约0.1-50 mg/kg，如约0.2、0.5、0.9、1.0、1.1、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、45、50、60、70、80、90或100 mg/kg/天，在治疗开始后第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40天中的至少一者，或者可替换地，第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20周中的至少一者，或其任何组合，每24、12、8、6、4或2小时或其任何组合使用单个剂量或分剂量。
针对剂量的易施用性和均一性，可以剂量单位形式配制胃肠外组合物。如本文所用的剂量单位形式是指物理上离散的单位，其适合用作针对待治疗个体的一体化剂型；每个单位含有经过计算的预定数量的活性化合物以结合所需药物载体产生所需的治疗效果。本发明的剂量单位形式的规格受限于并直接取决于：(a) 活性化合物的独特性质和所要达到的特定治疗效果，以及(b) 在复合此类活性化合物用于个体敏感性治疗上本领域固有的限制。
如本文所述，AXL-ADC可以与至少一种额外的治疗剂组合使用。所述至少一种额外的治疗剂可以包含癌症或肿瘤对其具有抗性或具有发展抗性的高度倾向的化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂、PI3K抑制剂、mAb/rTKI和/或丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂或由其组成，如前述实施方案中所述。
AXL-ADC和一种或多种治疗剂可以同时、分开或依次施用。例如，在一个实施方案中，该组合用于治疗尚未接受用至少一种治疗剂预先治疗的癌症患者。在另一个实施方案中，该组合用于治疗用至少一种治疗剂预先治疗已失败的癌症患者。AXL-ADC和治疗剂的有效剂量和剂量方案取决于待治疗的赘生物、肿瘤或癌症，并且可由本领域技术人员确定。
在一个实施方案中，待与AXL-ADC结合使用的一种或多种治疗剂的剂量和剂量方案与通常用于用一种或多种治疗剂治疗此类赘生物、肿瘤或癌症中的那些相同或基本上相似。在一个实施方案中，治疗剂的剂量低于通常使用的剂量，但剂量方案在其他方面相似。在一个实施方案中，治疗剂的剂量与通常使用的剂量相似，但剂量方案调整为更小或更少频率的施用。
因此，在一个方面，本发明涉及治疗有需要的个体中的癌症的方法，其中所述癌症对选自化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂和丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂的治疗剂具有抗性或具有产生抗性的高度倾向，所述方法包括向所述个体施用(i)包含结合至人AXL的抗体的ADC和(ii)治疗剂。在一个实施方案中，所述化疗剂是紫杉烷，所述酪氨酸激酶抑制剂是EGFR抑制剂，且所述丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂是BRAF或MEK抑制剂。在一个实施方案中，所述癌症是表达AXL的癌症。所述AXL-ADC可以例如根据上文更详细描述的剂量方案以治疗有效量施用。例如，作为非限制性实例，所述AXL-ADC可以以约0.02-100 mg/kg，如约0.02-30 mg/kg，如约0.05-10 mg/kg的量每1周(1Q1W)、每2周(1Q2W)或每3周(1Q3W)或经4周3次施用(3Q4W)进行施用，使得患者在3周或4周间隔持续例如48周接受16或12个周期的AXL-ADC，如负责医生所确定的延长、缩短或重复方案。
在一个实施方案中，本发明涉及治疗个体中对埃罗替尼具有抗性的NSCLC的方法，所述方法包括向所述个体施用(i)包含结合至人AXL的抗体的ADC和(ii)埃罗替尼，或其治疗有效的类似物或衍生物。埃罗替尼可以例如以50-300mg、如100-200mg、如约150mg、每天或每2或3天一次或两次的剂量口服施用。优选地，埃罗替尼以约150mg的剂量每天一次施用。在一个实施方案中，所述癌症是表达AXL的癌症。
在一个实施方案中，本发明涉及治疗个体中对威罗菲尼具有抗性的黑色素瘤的方法，其中所述黑色素瘤在BRAF中表现出突变并且所述突变提供对突变BRAF的BRAF激酶活性的威罗菲尼抑制，所述方法包括向所述个体施用(i)包含结合至人AXL的抗体的ADC和(ii)威罗菲尼，或其治疗有效的类似物或衍生物。在一个实施方案中，所述癌症是表达AXL的癌症。在一个实施方案中，所述突变是残基V600、L597和/或K601中的氨基酸置换。在一个实施方案中，所述突变选自V600E、V600D、V600K、L597R和K601E。威罗菲尼可以，例如，以作为4 x240 mg片剂q12hr(分开大约12小时)施用的约200-2000mg、500-1500mg、如约1000 mg/天、例如960mg的剂量口服施用。
在一个实施方案中，本发明涉及治疗个体中对达拉菲尼具有抗性的黑色素瘤的方法，其中所述黑色素瘤在BRAF中表现出突变并且所述突变提供对突变BRAF的BRAF激酶活性的达拉菲尼抑制，所述方法包括向所述个体施用(i)包含结合至人AXL的抗体的ADC和(ii)达拉菲尼，或其治疗有效的类似物或衍生物。在一个实施方案中，所述癌症是表达AXL的癌症。在一个实施方案中，所述突变是残基V600、L597和/或K601中的氨基酸置换。在一个实施方案中，所述突变选自V600E、V600D、V600K、L597R和K601E。达拉菲尼可以例如以50-300mg、如约100-200mg、如约150mg的剂量每天或每2或3天一次或两次口服施用。优选地，达拉菲尼作为150mg口服每天两次施用，例如在餐前至少1小时或在餐后至少2小时施用。
在一个实施方案中，本发明涉及治疗个体中对达拉菲尼、曲美替尼或两者具有抗性的黑色素瘤的方法，其中所述黑色素瘤在BRAF中表现出突变并且所述突变提供对突变BRAF的BRAF激酶活性的达拉菲尼抑制，所述方法包括向所述个体施用(i)包含结合至人AXL的抗体的ADC，(ii)达拉菲尼或其治疗有效的类似物或衍生物和(iii)曲美替尼或其治疗有效的类似物或衍生物。在一个实施方案中，所述癌症是表达AXL的癌症。在一个实施方案中，所述突变是残基V600、L597和/或K601中的氨基酸置换。在一个实施方案中，所述突变选自V600E、V600D、V600K、L597R和K601E。达拉菲尼可以例如以50-300mg、如约100-200mg、如约150mg、每天或每2或3天一次或两次的剂量口服施用。优选地，达拉菲尼作为150mg口服每天两次施用，例如在餐前至少1小时或在餐后至少2小时施用。曲美替尼可以例如以约0.5至5mg、如约1至4mg、如约2-3mg、如约2mg的剂量每天或每2、3或4天一次或两次口服施用。
在一个方面，本发明涉及治疗个体中对紫杉烷具有抗性的宫颈癌的方法，所述方法包括向所述个体施用(i)包含结合至人AXL的抗体的ADC和(ii)紫杉烷。在一个实施方案中，所述癌症是表达AXL的癌症。优选地，所述紫杉烷是紫杉醇或其治疗有效的类似物或衍生物，如多西他赛。紫杉醇可以例如以约100-500 mg/m2、如约125-400 mg/m2、如约135 mg/m2、175 mg/m2或250mg/m2的剂量经数小时(例如3小时)静脉内(iv)施用于个体，并且该治疗每1、2、3、4、5周、如每3周重复。可替换地，紫杉醇可以作为白蛋白结合的紫杉醇(nab-紫杉醇)静脉内施用，例如以约50-400 mg/m2、如约75-300 mg/m2、如约100-200 mg/m2、如约125 mg/m2的剂量经30分钟至1小时或更多的时段内且每周一次施用，并且每周两次，或每2或3周一次，例如每周一次重复治疗。多西他赛可以进而以约25-500 mg/m2、如约50-300mg/m2、如约75-200 mg/m2、如约100 mg/m2的剂量经30分钟至2小时、如1小时静脉内施用，并且每1、2、3、4或5周(如每3周)重复治疗。
在前述方面的一个具体实施方案中，AXL-ADC单独或与治疗剂组合用于治疗个体中的复发癌症，其中癌症在用治疗剂初始治疗后复发。如果癌症在用AXL-ADC初始治疗后再次复发，AXL-ADC可以再次单独或与治疗剂一起使用，以治疗复发性癌症。
在一个方面，本发明涉及选择患有癌症的个体用于用AXL-ADC和选自化疗剂、TKI、PI3Ki、mAb/rTKI和S/Th KI的治疗剂的组合进行治疗的方法，所述方法包括确定
(a)个体是否符合用化疗剂TKI、PI3Ki、mAb/rTKI或S/Th KI治疗的标准；
(b)癌症中的AXL表达是否与对TKI或S/Th KI的抗性相关；和
(c)选择符合用TKI或S/Th KI治疗的标准且患有AXL表达与对TKI或S/Th KI的抗性相关的癌症的个体。在一个实施方案中，所述治疗剂是化疗剂、TKI或S/Th KI。
在一个方面，本发明涉及治疗诊断具有黑色素瘤的个体的方法，所述黑色素瘤对威罗菲尼或其治疗有效的类似物或衍生物具有抗性或具有产生抗性的高度倾向，所述方法包括施用治疗有效量的包含结合至人AXL的抗体的ADC。
在一个方面，本发明涉及确定患有黑色素瘤的个体是否适合用(i)威罗菲尼或其治疗有效的类似物或衍生物和(ii)包含结合至人AXL的抗体的ADC的组合治疗的方法，其中个体正在接受或已经经受用威罗菲尼(或其类似物或衍生物)的治疗，并且被确定或怀疑对威罗菲尼(或类似物或衍生物)具有抗性，因此确定个体适合于治疗。在一个进一步方面，可以确定黑色素瘤是否表达AXL。在一个实施方案中，所述类似物是达拉菲尼。
在一个方面，本发明涉及治疗诊断具有宫颈癌的个体的方法，所述宫颈癌对紫杉醇或其治疗有效的类似物或衍生物、如另一种紫杉烷(例如多西他赛)具有抗性或具有产生抗性的高度倾向，所述方法包括施用治疗有效量的包含结合至人AXL的抗体的ADC。
在一个方面，本发明涉及确定患有宫颈癌的个体是否适合用(i)紫杉醇或其治疗有效的类似物或衍生物、如另一种紫杉烷(例如多西他赛)和(ii)包含结合至人AXL的抗体的ADC的组合治疗的方法，其中个体正在接受或已经经受用紫杉醇的治疗，并且被确定或怀疑对紫杉醇具有抗性，因此确定个体适合于治疗。在一个进一步方面，可以确定宫颈癌是否表达AXL。
在一个实施方案中，待用抗AXL-ADC治疗的抗性赘生物、肿瘤或癌症已经被确定为表达AXL。
在一个具体实施方案中，这通过检测取自患者的样品中AXL抗原的水平或在其细胞表面上表达AXL的细胞水平来实现。例如，所述患者可以患有宫颈癌、黑色素瘤或NSCLC。待检测的AXL抗原可以是可溶性AXL抗原、细胞相关的AXL抗原或两者。例如，待测试的样品可以在允许抗体与AXL结合的条件下与抗AXL抗体接触，任选地与对照样品和/或结合至无关抗原的对照抗体一起接触。然后可以检测抗体与AXL的结合(例如，使用ELISA)。当与测试样品一起使用对照样品时，分析了两种样品中抗AXL抗体或抗AXL抗体-AXL复合物的水平，并且测试样品中在统计上显著更高的抗AXL抗体或抗AXL抗体-AXL复合物水平显示测试样品中相比对照样品更高的AXL水平，表明AXL的更高表达。可用于此类目的的常规免疫测定法的实例包括但不限于：ELISA、RIA、FACS测定法、等离子体共振测定法、色谱测定法、组织免疫组织化学、Western印迹和/或免疫沉淀。
组织样品可以取自已知或疑似含有AXL抗原和/或表达AXL的细胞的组织。例如，可通过从患者移取组织学标本如肿瘤活检样品或血液样品并在合适制备所述标本之后向此类标本提供抗AXL抗体来实现对AXL表达的原位检测。可通过将所述抗体施加至所述标本或通过将其覆盖在所述标本上来提供所述抗体，随后使用合适的方式进行检测。
在以上测定法中，所述抗AXL抗体可以用可检测物质标记以允许检测结合了AXL的抗体。
样品中细胞上表达的AXL水平也可以根据实施例23中描述的方法测定，其中通过间接免疫荧光使用QIFIKIT分析(DAKO，目录号K0078)使用单克隆抗AXL抗体(此处：小鼠单克隆抗体ab89224；Abcam, Cambridge, UK)定量人肿瘤细胞系质膜上的AXL表达。简而言之，制备单细胞悬浮液，并任选地洗涤。在冰上进行下一步骤。将细胞接种，例如以100,000个细胞/孔或管接种，且然后沉淀并以10 μg/mL的浓度重新悬浮于50μL抗体样品中，任选地将对照抗体添加至平行样品。在4℃下孵育30分钟后，将细胞沉淀并重新悬浮于150 μLFACS缓冲液中，并且通过FACS分析使用例如结合至抗AXL的第二FITC标记抗体和对照抗体测定AXL的量。对于每种细胞系，使用AXL抗体染色的细胞的平均荧光强度，基于如实施例23中所述的校正曲线的公式(从标准曲线内推未知量)计算抗体结合能力(ABC)(在质膜上表达的AXL分子数量的估计值)。在一个实施方案中，使用实施例23的方法，表达AXL的细胞上的AXL水平被估计为至少5000，如至少8000，如至少13000。
在一个具体实施方案中，赘生物、肿瘤或癌症中表达AXL的细胞的存在或水平根据本领域已知的方法通过可检测标记的抗AXL抗体的体内成像来评估。来自部位(如已知或可疑的肿瘤部位)的信号显著高于背景或其他对照，表明AXL在肿瘤或癌症中过表达。
AXL-ADCs
适用于本发明上下文中的ADC可以由任何抗AXL抗体制备。优选的抗AXL抗体的特征在于以下方面和实施方案中阐述的AXL结合特性、可变或高变序列、或结合特性和序列特性的组合中的一种或多种。在一个具体方面，所述抗体结合至AXL，但不与配体生长停滞特异性6(Gas6)竞争AXL结合。最优选的是表4中描述其序列的特定抗AXL抗体，特别是标记为107的抗体和与抗体107共有一个或多个AXL结合特性或CDR、VH和/或VL序列的抗体。
因此，在任何前述方面或实施方案的一个具体实施方案中，抗AXL抗体包含至少一个包含VH区和VL区的结合区，其中所述VH区包含SEQ ID No.:36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列，且所述VL区包含SEQ ID No.:39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列。
在一个优选实施方案中，所述ADC包含与细胞毒性剂连接的这种抗AXL抗体，所述细胞毒性剂是澳瑞他汀或其功能性肽类似物或衍生物，如例如单甲基澳瑞他汀E，优选经由马来酰亚胺己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基-羰基(mc-vc-PAB)接头连接。
如本文所用，术语“抗体”，旨在是指免疫球蛋白分子、免疫球蛋白分子的片段、或其任一的衍生物，其具有在典型的生理条件和/或肿瘤特异性条件下特异性结合抗原的能力，并具有显著时间段的半衰期，如至少约30分钟、至少约45分钟、至少约一小时、至少约两小时、至少约四小时、至少约8小时、至少约12小时、约24小时或以上、约48小时或以上、约3、4、5、6、7或更多天，等等，或任何其它相关功能上定义的时间段(如足以诱导、促进、增强和/或调节与抗体结合抗原相关的生理应答的时间和/或足以使抗体内化的时间)。与抗原相互作用的结合区(或可用于本文中的结合结构域，两者具有相同含义)包括免疫球蛋白分子的重链和轻链两者的可变区。抗体(Ab)的恒定区可介导免疫球蛋白与宿主组织或因子的结合，所述宿主组织或因子包括免疫系统的各种细胞(如效应子细胞)和补体系统的组分如C1q(其为补体活化的经典途径中的第一组分)。如上所述，如本文所用的术语抗体，除非另行说明或与上下文明显抵触，否则包括保持与抗原特异性相互作用(如结合)的能力的抗体片段。已经证明，抗体的抗原结合功能可由全长抗体的片段执行。涵盖在术语“抗体”内的结合片段的实例包括：(i) Fab’或Fab片段，其为由VL、VH、CL和CH1结构域组成的单价片段，或如WO 2007/059782中所述的单价抗体；(ii) F(ab')2 片段，其为包含在铰链区由二硫桥键连接的两个Fab片段的二价片段；(iii) Fd片段，其主要由VH和CH1结构域组成；(iv) Fv片段，其主要由抗体的单臂的VL和VH结构域组成；(v) dAb片段(Ward 等人, 1989)，其主要由VH结构域组成，并且也被称为结构域抗体(Holt 等人, 2003)；(vi) 骆驼抗体(camelid)或纳米抗体(Revets 等人, 2005)以及(vii) 分离的互补决定区(CDR)。此外，虽然Fv片段的两个结构域VL和VH由分开的基因编码，但是可使用重组方法通过合成的接头将它们接合，所述接头使它们能够被制成单蛋白链，其中所述VL和VH区配对以形成单价分子(被称为单链抗体或单链Fv(scFv)，参见例如Bird 等人 (1988)和Huston 等人 (1988))。除非另有说明或与上下文明显抵触，否则术语抗体涵盖了此类单链抗体。虽然此类片段通常被包括在抗体的含义内，但是它们总体上并且各自独立地是本发明的独有特征，具有不同的生物特性和效用。在本文中进一步讨论了这些以及其它可用于本发明的背景中的抗体片段。还应当理解，术语抗体，除非另外指明，否则还包括由任何已知技术(如酶裂解、肽合成和重组技术)提供的多克隆抗体、单克隆抗体(mAb)、抗体样多肽(如嵌合抗体和人源化抗体)以及‘抗体片段’或‘其片段’，所述片段保持特异性结合抗原的能力(抗原结合片段)，并保持与毒素缀合的能力。所生成的抗体可以具有任何同种型。
如本文所用，术语“免疫球蛋白重链”或“免疫球蛋白的重链”，旨在是指免疫球蛋白的重链之一。重链通常由重链可变区(在本文中缩写为VH)和重链恒定区(在本文中缩写为CH)构成，其定义免疫球蛋白的同种型。重链恒定区通常由三个结构域CH1、CH2和CH3构成。如本文所用，术语“免疫球蛋白”，旨在是指一类结构上相关的糖蛋白，其由两对多肽链组成的：一对轻(L)低分子量链和一对重(H)链，全部四条链均可能通过二硫键互相连接。免疫球蛋白的结构已经得到充分表征(参见例如Fundamental Immunology Ch. 7 (Paul,W.,编, 第2版 Raven Press, N.Y. (1989))。在免疫球蛋白的结构内，所述两条重链在所谓“铰链区”中经由二硫键互相连接。与重链一样，各轻链通常由若干区构成：轻链可变区(在本文中缩写为VL)和轻链恒定区。所述轻链恒定区通常由一个结构域CL构成。此外，VH和VL区可被进一步细分为高变化性的区(或高变区，其可在序列和/或结构上限定的环形式上高度可变)，也被称为互补决定区(CDR)，散布在被称为框架区(FR)的更保守的区中。每个VH和VL均通常由三个CDR和四个FR构成，从氨基末端到羧基末端按以下次序排列：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4。CDR序列根据IMGT定义(参见Lefranc 等人 (1999)和Brochet 等人 (2008))。
如本文所用，术语“抗原结合区”或“结合区”，是指能够结合抗原的抗体的区。抗原可以是任何分子，如存在于例如细胞、细菌或病毒粒子中的多肽。除非与上下文相抵触，否则术语“抗原”和“靶标”在本发明的上下文中可互换使用。
如本文所用，术语“结合”，是指抗体与预定的抗原或靶标结合，通常具有对应于如下KD的结合亲和力：约10-6 M或更低，例如10-7 M或更低，如约10-8 M或更低，如约10-9 M或更低，约10-10 M或更低，或约10-11 M或甚至更低(当通过例如表面等离子体共振(SPR)技术在BIAcore 3000仪器中使用所述抗原作为配体而所述蛋白作为被分析物测定时)，并且相比其结合不同于所述预定的抗原或紧密相关的抗原的非特异性抗原(例如，BSA、酪蛋白)的亲和力，其结合所述预定的抗原的亲和力所对应的KD低至少十倍，如低至少100倍，例如低至少1,000倍，如低至少10,000倍，例如低至少100,000倍。亲和力所低于的量取决于蛋白的KD，使得当蛋白的KD极低时(即，所述蛋白高度特异)，则针对抗原的亲和力低于针对非特异性抗原的亲和力的量可以是至少10,000倍。如本文所用，术语“KD”(M)，是指具体抗体－抗原相互作用的解离平衡常数, 并且通过kd除以ka获得。
如本文所用，术语“kd”(秒-1)，是指具体抗体－抗原相互作用的解离速率常数。所述值也被称为koff值或解离速率。
如本文所用，术语“ka”(M-1 x 秒-1)，是指具体抗体－抗原相互作用的结合速率常数。所述值也被称为kon值或结合速率。
如本文所用，术语“KA”(M-1)，是指具体抗体－抗原相互作用的结合平衡常数，并且通过ka除以kd获得。
如本文所用，术语“AXL”，是指名称为AXL的蛋白，其也被称为UFO或JTK11，是含有894个氨基酸、分子量为104-140 kDa的蛋白，其为哺乳动物TAM受体酪氨酸激酶(RTK)亚族的一部分。所述分子量可由于所述蛋白糖基化中的潜在差异而变化。AXL蛋白由该蛋白N-末端的两个细胞外免疫球蛋白样(Ig样)结构域、两个近膜细胞外纤维连接蛋白III型(FNIII)结构域、一个跨膜结构域和一个细胞内激酶结构域组成。当结合其配体Gas6时，AXL通过以下方式活化：通过AXL的细胞外结构域之间独立于配体的嗜同种相互作用、通过在存在反应性氧物质的情况下的自磷酸化(Korshunov 等人, 2012)、或通过经由EGFR的反式活化(Meyer等人, 2013)，并且在若干肿瘤类型中异常表达。在人类中，AXL蛋白由编码SEQ IDNO:130中所示的氨基酸序列的核酸序列编码(人AXL蛋白：Swissprot P30530；食蟹猴AXL蛋白：Genbank 登录号 HB387229.1)。
如本文所用，术语“独立于配体的嗜同种相互作用”，是指两个AXL分子(在相邻细胞上表达)之间的缔合，其在不存在配体的情况下发生。
如本文所用，术语“结合AXL的抗体”，是指结合AXL的细胞外部分上的表位的任何抗体。
术语“表位”意指能够特异性结合抗体的蛋白决定簇。表位通常由分子(如氨基酸、糖基侧链或其组合)的表面组合组成，并通常具有特定的三维结构特性以及特定的电荷特性。构象和非-构象表位的区别在于：在存在变性溶剂的情况下，与前者而非后者的结合丧失。表位可包含直接参与结合的氨基酸残基和不直接参与结合的其它氨基酸残基，如被特定抗原结合肽有效阻断或覆盖的氨基酸残基(换句话讲，该氨基酸残基位于所述特定抗原结合肽的覆盖区内)。
如本文所用，术语“配体”，是指这样的物质，如激素、肽、离子、药物或蛋白，其特异性地并可逆地结合另一蛋白(如受体)以形成更大的复合物。结合至受体的配体可改变其化学构象，并决定其功能状态。例如，配体可用作激动剂或拮抗剂。
如本文所用，术语“生长停滞特异性6”或“Gas6”，是指含有721个氨基酸、分子量为75-80 kDa的蛋白，其用作TAM受体家族(包括AXL)的配体。Gas6由含有多个γ-羧基谷氨酸残基(Gla)的N-末端区构成，这些γ-羧基谷氨酸残基负责与带负电的磷脂膜的特异性相互作用。尽管该Gla结构域对于Gas6与AXL的结合不是必要的，但其对于AXL的活化是必需的。Gas6还可被称为“AXL的配体”。
如本文所用，术语“单克隆抗体”、“单克隆Ab”、“单克隆抗体组合物”、“mAb”等，是指具有单分子组成的抗体分子制备物。单克隆抗体组合物针对特定表位显示出单一结合特异性和亲和力。因此，术语“人单克隆抗体”是指显示出单一结合特异性的抗体，其具有源自人类种系免疫球蛋白序列的可变区和恒定区。人单克隆抗体可由杂交瘤生产，所述杂交瘤包含得自转基因或转染色体的非-人动物(如转基因小鼠)的B细胞，其基因组包含人重链转基因和轻链转基因，并被融合至永生化细胞。
在本发明的上下文中，术语“ADC”是指抗体药物缀合物，其在本发明的上下文中是指偶联至治疗性部分、例如如本申请中所述的细胞毒性部分的抗AXL抗体。其可以例如用接头偶联至半胱氨酸或用其他缀合方法与其他氨基酸偶联。该部分可以例如是药物或毒素等。
如本文所用，“治疗部分”意指当施用于个体时、特别是当作为如本文所述的ADC递送时发挥治疗或预防效果的化合物。“细胞毒性”或“细胞抑制性”部分是对细胞有害(例如杀死)的化合物。用于ADC中的一些细胞毒性或细胞抑制性部分是疏水性的，这意味着它们在水中不具有或仅具有有限的溶解度，例如1 g/L或更少(非常微溶)，如0.8 g/L或更少，如0.6 g/L或更少，如0.4 g/L或更少，如0.3 g/L或更少，如0.2 g/L或更少，如0.1 g/L或更少(实际上不溶解)。示例性疏水细胞毒性或细胞抑制性部分包括，但不限于，某些微管蛋白抑制剂，如澳瑞他汀及其衍生物，例如MMAF和MMAE，以及美登素及其衍生物，例如DM1。
在一个实施方案中，所述抗体对AXL的结合亲和力(KD)的范围在0.3x10-9至63x10-9M，并且其中所述结合亲和力使用生物膜层干涉技术使用可溶性AXL细胞外结构域进行测量。
所述结合亲和力可如实施例2中所述测定。因此，在一个实施方案中，所述抗体对抗原的结合亲和力为0.3x10-9至63x10-9 M，其中所述结合亲和力通过包括以下步骤的方法测定：
i) 将抗AXL抗体上样到抗人Fc捕获生物传感器，并
ii) 通过生物膜层干涉技术在不同的浓度测定可溶性重组AXL细胞外结构域的结合与解离。
如本文所用，术语“可溶性重组AXL细胞外结构域”，是指已经被重组表达的AXL细胞外结构域，其对应于全长蛋白的氨基酸1-447 (SEQ ID NO:130；参见实施例1)。由于不存在跨膜和细胞内结构域，重组AXL细胞外结构域没有附接至例如细胞表面而是留在溶液中。如何重组表达蛋白是众所周知的，参见例如Sambrook (1989)，因此，提供此类重组AXL细胞外结构域是在技术人员的知识范围内的。
在一个实施方案中，所述抗体对AXL的解离速率为6.9x10-5 s-1至9.7x10-3 s-1，并且其中所述解离速率通过生物膜层干涉技术使用可溶性重组AXL细胞外结构域进行测量。
所述结合亲和力可如上(以及在实施例2中)所述测定。因此，在一个实施方案中，所述抗体对AXL的解离速率为6.9x10-5 s-1至9.7x10-3 s-1，并且其中所述解离速率通过包括以下步骤的方法测量：
i) 将抗AXL抗体上样到抗人Fc捕获生物传感器，并
ii) 通过生物膜层干涉技术在不同的浓度测定重组AXL细胞外结构域的结合与解离。
如本文所用，术语“解离速率”，是指结合至其抗原的抗原特异性抗体从该抗原解离的速率，并被表示为s-1。因此，在结合AXL的抗体的上下文中，术语“解离速率”，是指所述结合AXL的抗体从重组的AXL细胞外结构域解离，并被表示为s-1。
在一个方面，用于本发明的用途的ADC包含这样的抗体部分，其结合至AXL细胞外结构域而不与Gas6竞争结合AXL或干扰Gas6结合AXL。在具体的实施方案中，所述抗体结合至细胞外结构域Ig1结构域而不与Gas6竞争结合AXL或干扰Gas6结合AXL。在一个实施方案中，所述抗体结合至Ig1细胞外结构域并且表现出Gas6与AXL的最大结合的降低不超过20%。在一个实施方案中，所述抗体表现出Gas6与AXL的最大结合的降低不超过15%。在一个实施方案中，所述抗体表现出Gas6与AXL的最大结合的降低不超过10%。在一个实施方案中，所述抗体表现出Gas6与AXL的最大结合的降低不超过5%。在一个实施方案中，所述抗体表现出Gas6与AXL的最大结合的降低不超过4%。在一个实施方案中，所述抗体表现出Gas6与AXL的最大结合的降低不超过2%。在一个实施方案中，所述抗体表现出Gas6的最大结合的降低不超过1%。在一个实施方案中，所述抗体结合至AXL细胞外结构域中的Ig2样结构域而不与Gas6竞争结合AXL或干扰Gas6结合AXL。在一个实施方案中，所述抗体结合至AXL细胞外结构域中的Ig2结构域并且表现出Gas6与AXL的最大结合的降低不超过20%，如不超过15%，如不超过10%，如不超过5%，如不超过4%，如不超过2%，如不超过1%。此类实施方案的与Gas6竞争结合或减少Gas6结合的能力可如实施例2或实施例12中所公开的进行测定。在一个实施方案中，所述抗体结合至AXL细胞外结构域中的Ig2结构域而不与Gas6竞争结合AXL或干扰Gas6与AXL的最大结合。
在一个实施方案中，在存在Gas6的情况下的最大抗体结合为在不存在Gas6的情况下的结合的至少90%，如至少95%，如至少97%，如至少99%，如至少100%，如通过竞争测定所测定的，其中所述结合至人AXL的抗体和所述Gas6之间的竞争在与Gas6和不与Gas6预孵育的A431细胞上确定。
抗AXL和配体Gas6之间对AXL的竞争可如实施例2中标题“Gas6结合对抗AXL结合的干扰”下所述测定。因此，在一个实施方案中，所述抗体不与配体Gas6竞争结合AXL，其中所述竞争结合是在包括以下步骤的测定法中测定的：
i) 将表达AXL的细胞与Gas6一起孵育，
ii) 加入待测试的抗AXL抗体，
iii) 加入检测抗AXL抗体的经荧光标记的二级试剂，并
iv) 通过FACS分析所述细胞。
在另一个实施方案中，所述抗体不与配体Gas6竞争结合，其中所述竞争结合是在包括以下步骤的测定法中测定的：
i) 将表达AXL的细胞与抗AXL抗体一起孵育，
ii) 加入Gas6，
iii) 加入检测Gas6的经荧光标记的二级试剂，并
iv) 通过FACS分析所述细胞。
在一个实施方案中，当所述细胞与所述抗体接触时，所述抗体调节表达AXL的细胞中的AXL相关的信号传导。
在一个实施方案中，当所述细胞与所述抗体接触时，所述抗体不调节表达AXL的细胞中的AXL相关的信号传导。
AXL相关信号传导的调节的非限制性实例包括细胞内信号传导途径如PI3K/AKT、丝裂原活化的蛋白激酶(MAPK)、STAT或NF-κB级联的调节。
在一个实施方案中，所述抗AXL抗体或AXL-ADC与包含选自以下的可变重(VH)区和可变轻(VL)区的抗体竞争结合至AXL：
(a) 包含SEQ ID No:1的VH区和包含SEQ ID No:2的VL区[107]；
(b) 包含SEQ ID No:5的VH区和包含SEQ ID No:6的VL区[148]；
(c) 包含SEQ ID No:34的VH区和包含SEQ ID No:35的VL区[733]
(d) 包含SEQ ID No:7的VH区和包含SEQ ID No:9的VL区[154]；
(e) 包含SEQ ID No:10的VH区和包含SEQ ID No:11的VL区[171]；
(f) 包含SEQ ID No:16的VH区和包含SEQ ID No:18的VL区[183]；
(g) 包含SEQ ID No:25的VH区和包含SEQ ID No:26的VL区[613]；
(h) 包含SEQ ID No:31的VH区和包含SEQ ID No:33的VL区[726]；
(i) 包含SEQ ID No:3的VH区和包含SEQ ID No:4的VL区[140]；
(j) 包含SEQ ID No:8的VH区和包含SEQ ID No:9的VL区[154-M103L]；
(k) 包含SEQ ID No:12的VH区和包含SEQ ID No:13的VL区[172]；
(l) 包含SEQ ID No:14的VH区和包含SEQ ID No:15的VL区[181]；
(m) 包含SEQ ID No:17的VH区和包含SEQ ID No:18的VL区[183-N52Q]；
(n) 包含SEQ ID No:19的VH区和包含SEQ ID No:20的VL区[187]；
(o) 包含SEQ ID No:21的VH区和包含SEQ ID No:22的VL区[608-01]；
(p) 包含SEQ ID No:23的VH区和包含SEQ ID No:24的VL区[610-01]；
(q) 包含SEQ ID No:27的VH区和包含SEQ ID No:28的VL区[613-08]；
(r) 包含SEQ ID No:29的VH区和包含SEQ ID No:30的VL区[620-06]；和
(s) 包含SEQ ID No:32的VH区和包含SEQ ID No:33的VL区[726-M101L]。
当在本文中在抗体和Gas6配体的上下文中或在两种或更多种抗体的情况下使用时，术语“与...竞争”或“与...交叉竞争”表明所述抗体分别与配体或另一种抗体(例如，“参照”抗体)竞争与抗原的结合。实施例2描述了如何测试抗AXL抗体与AXL-配体Gas6的竞争的实例。用于两种抗体之间的交叉竞争的优选参照抗体是包含结合区的那些，所述结合区包含本文称为107、148、733、154、171、183、613、726、140、154-M103L、172、181、183-N52Q、187、608-01、610-01、613-08、620-06或726-M101L的抗体的VH区和VL区，如表4中所示。特别优选的参照抗体是标记为107的抗体。
在一个实施方案中，所述抗AXL抗体与根据上述实施方案的任何一种或多种抗体结合AXL上的相同表位，如通过其VH和VL序列所定义，例如包含SEQ ID No:1的VH区和包含SEQ ID No:2的VL区[107]。
确定抗体所结合的表位的方法是本领域熟知的。因此，技术人员将知道如何确定此类表位。然而，确定抗体是否结合本文描述的任何表位的一个实例将是通过将点突变引入AXL细胞外结构域的细胞外结构域，例如用于鉴定参与抗体与抗原结合的氨基酸的目的。在AXL细胞外结构域中引入点突变并测试经点突变的AXL细胞外结构域的抗体结合是在技术人员的知识范围内的，因为预期点突变对总体3D结构的影响是最小的。
实施例3中使用一种替代方法，其中AXL结构域特异性通过如下作图：制备人-小鼠嵌合AXL突变体组，其中人Ig1、Ig2、FN1或FN2结构域已被其鼠类似物置换，和确定哪种突变体与抗AXL抗体结合。该方法基于这些人AXL特异性抗体识别人、而不是小鼠AXL的原理。因此，在单独和具体的实施方案中，所述抗体结合至AXL的Ig1结构域、AXL的Ig2结构域、AXL的FN1结构域或AXL的FN2结构域。
本实施例中也使用更高分辨率的表位作图方法，其鉴定参与抗体结合的AXL细胞外结构域氨基酸。具体地，该方法分析了抗AXL抗体与AXL序列变体文库的结合，所述AXL序列变体文库通过重组衍生自物种的与细胞外结构域中的人AXL序列(SEQ ID NO:130)具有可变水平同源性的AXL序列而产生。该方法基于这些人AXL特异性抗体识别人AXL、而不是来自该实例中使用的任何其他物种的AXL的原理。
因此，在一个实施方案中，所述抗体结合至AXL的Ig1结构域内的表位，且抗体结合取决于对应于人AXL的位置L121至Q129的一个或多个或所有氨基酸或T112至Q124中的一个或多个或全部，其中氨基酸残基的编号是指它们在人AXL (SEQ ID NO:130)中的相应位置。在一个实施方案中，所述抗体结合至AXL的Ig1结构域内的表位，且抗体结合取决于对应于人AXL的位置L121至Q129或T112至Q124的氨基酸。在一个优选实施方案中，抗体结合取决于位置L121、G122、H123、Q124、T125、F126、V127、S128和Q129中的一个或多个或所有氨基酸，其对应于参与本文称为107的抗体的结合的氨基酸。在一个实施方案中，抗体结合取决于位置T112、G113、Q114、Y115、Q116、C117、L118,V119、F120、L121、G122、H123和Q124中的一个或多个或所有氨基酸。
在另一个实施方案中，所述抗体结合至AXL的Ig2结构域内的表位，且抗体结合取决于对应于人AXL的位置D170或D179的组合的一个或多个或所有氨基酸或位置T182至R190中的一个或多个或所有氨基酸。在一个实施方案中，抗体结合取决于位置T182、A183、P183、G184、H185、G186、P187、Q189和R190中的氨基酸。
在另一个实施方案中，所述抗体结合至人AXL的FN1结构域，且抗体结合取决于对应于人AXL的位置Q272至A287和G297至P301的一个或多个或所有氨基酸。在一个实施方案中，抗体结合取决于对应于人AXL的位置Q272至A287和G297 至P301的氨基酸。
在另一个实施方案中，所述抗体结合至人AXL的FN2结构域，且抗体结合取决于对应于人AXL的位置A359、R386和Q436至K439的一个或多个或所有氨基酸。
在又另一个实施方案中，所述抗体结合至AXL的Ig1结构域内的表位，且该表位包含或需要对应于人AXL的位置L121至Q129的一个或多个或所有氨基酸或T112至Q124中的一个或多个或全部，其中氨基酸残基的编号是指它们在人AXL (SEQ ID NO:130)中的相应位置。在一个实施方案中，所述抗体结合至AXL的Ig1结构域内的表位，且该表位包含或需要对应于人AXL的位置L121至Q129或T112至Q124的氨基酸。在一个优选实施方案中，该表位包含位置L121、G122、H123、Q124、T125、F126、V127、S128和Q129中的一个或多个或所有氨基酸，其对应于参与本文称为107的抗体的结合的氨基酸。在一个实施方案中，该表位包含位置T112、G113、Q114、Y115、Q116、C117、L118,V119、F120、L121、G122、H123和Q124中的一个或多个或所有氨基酸。
在另一个实施方案中，所述抗体结合至AXL的Ig2结构域内的表位，且该表位包含或需要对应于人AXL的位置D170或D179的组合的一个或多个或所有氨基酸或位置T182至R190中的一个或多个或所有氨基酸。在一个实施方案中，该表位包含或需要位置T182、A183、P183、G184、H185、G186、P187、Q189和R190中的氨基酸。
在另一个实施方案中，所述抗体结合至人AXL的FN1结构域内的表位，所述表位包含或要求对应于人AXL的位置Q272至A287和G297至P301的一个或多个或所有氨基酸。在一个实施方案中，该表位包含或需要对应于人AXL的位置Q272至A287和G297至P301的氨基酸。
在另一个实施方案中，所述抗体结合至人AXL的FN2结构域内的表位，所述表位包含或要求对应于人AXL的位置A359、R386和Q436至K439的一个或多个或所有氨基酸。
在一个实施方案中，所述抗体结合至人AXL的FN1样结构域内的表位。
在一个实施方案中，所述抗体结合至AXL上的表位，所述表位由以下定义的抗体中的任一者识别：
a) VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；
b) VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；
c) VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；
d) VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和53的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154]；
e) VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和54的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154-M103L]；
f) VH区，其包含分别为SEQ ID No：57、58和59的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：60、GAS和61的CDR1、CDR2和CDR3序列，[171]；
g) VH区，其包含分别为SEQ ID No：62、63和64的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：65、GAS和66的CDR1、CDR2和CDR3序列，[172]；
h) VH区，其包含分别为SEQ ID No：67、68和69的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：70、GAS和71的CDR1、CDR2和CDR3序列，[181]；
i) VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、73和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183]；
j) VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、74和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183-N52Q]；
k) VH区，其包含分别为SEQ ID No：78、79和80的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：81、AAS和82的CDR1、CDR2和CDR3序列，[187]；
l) VH区，其包含分别为SEQ ID No：83、84和85的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：86、GAS和87的CDR1、CDR2和CDR3序列，[608-01]；
m) VH区，其包含分别为SEQ ID No：88、89和90的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：91、GAS和92的CDR1、CDR2和CDR3序列，[610-01]；
n) VH区，其包含分别为SEQ ID No：93、94和95的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：96、GAS和97的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613]；
o) VH区，其包含分别为SEQ ID No：98、99和100的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：10、DAS和102的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613-08]；
p) VH区，其包含分别为SEQ ID No：103、104和105的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：106、GAS和107的CDR1、CDR2和CDR3序列，[620-06]；
q) VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和110的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726]；
r) VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和111的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726-M101L]；
s) VH区，其包含分别为SEQ ID No：41、42和43的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：44、AAS和45的CDR1、CDR2和CDR3序列，[140]；
t) VH区，其包含分别为SEQ ID No：93、94和95的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：128、XAS(其中X是D或G)和129的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613 /613-08]；
u) VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、119和120的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148 / 140]；
v) VH区，其包含分别为SEQ ID No：123、124和125的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：60、GAS和61的CDR1、CDR2和CDR3序列，[171 / 172 / 181]；以及
w) VH区，其包含分别为SEQ ID No：121、109和122的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726 / 187]；以及
x) VH区，其包含分别为SEQ ID No：93、126和127的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：96、GAS和97的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613 / 608-01 / 610-01/ 620-06]。
在一个具体实施方案中，所述抗体结合至AXL上的表位，所述表位被任何一种抗体识别，所述抗体通过含有包含选自本文称为107、061、137、148、154-M103L、171、183-N52Q、511、613、726-M102L和733的抗体的抗体的VH和VL序列的结合区来定义。如实施例16中所示，这些抗AXL抗体内化，且因此适用于ADC方法。
在一个实施方案中，所述抗体包含至少一个结合区，所述结合区包含选自以下的VH区和VL区：
(a) VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；
(b) VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；
(c) VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；
(d) VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和53的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154]；
(e) VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和54的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154-M103L]；
(f) VH区，其包含分别为SEQ ID No：57、58和59的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：60、GAS和61的CDR1、CDR2和CDR3序列，[171]；
(g) VH区，其包含分别为SEQ ID No：62、63和64的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：65、GAS和66的CDR1、CDR2和CDR3序列，[172]；
(h) VH区，其包含分别为SEQ ID No：67、68和69的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：70、GAS和71的CDR1、CDR2和CDR3序列，[181]；
(i) VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、73和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183]；
(j) VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、74和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183-N52Q]；
(k) VH区，其包含分别为SEQ ID No：78、79和80的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：81、AAS和82的CDR1、CDR2和CDR3序列，[187]；
(l) VH区，其包含分别为SEQ ID No：83、84和85的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：86、GAS和87的CDR1、CDR2和CDR3序列，[608-01]；
(m) VH区，其包含分别为SEQ ID No：88、89和90的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：91、GAS和92的CDR1、CDR2和CDR3序列，[610-01]；
(n) VH区，其包含分别为SEQ ID No：93、94和95的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：96、GAS和97的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613]；
(o) VH区，其包含分别为SEQ ID No：98、99和100的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：101、DAS和102的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613-08]；
(p) VH区，其包含分别为SEQ ID No：103、104和105的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：106、GAS和107的CDR1、CDR2和CDR3序列，[620-06]；
(q) VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和110的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726]；
(r) VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和111的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726-M101L]；
(s) VH区，其包含分别为SEQ ID No：41、42和43的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：44、AAS和45的CDR1、CDR2和CDR3序列，[140]；
(t) VH区，其包含分别为SEQ ID No：93、94和95的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：128、XAS(其中X是D或G)和129的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613 /613-08]；
(u) VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、119和120的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148 / 140]；
(v) VH区，其包含分别为SEQ ID No：123、124和125的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：60、GAS和61的CDR1、CDR2和CDR3序列，[171 / 172 / 181]；以及
(w) VH区，其包含分别为SEQ ID No：121、109和122的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726 / 187]；以及
(x) VH区，其包含分别为SEQ ID No：93、126和127的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：96、GAS和97的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613 / 608-01 / 610-01/ 620-06]。
在一个实施方案中，所述抗体包含至少一个结合区，所述结合区包含选自以下的VH区和VL区：
(a) 包含SEQ ID No:1的VH区和包含SEQ ID No:2的VL区[107]；
(b) 包含SEQ ID No:5的VH区和包含SEQ ID No:6的VL区[148]；
(c) 包含SEQ ID No:34的VH区和包含SEQ ID No:35的VL区[733]
(d) 包含SEQ ID No:7的VH区和包含SEQ ID No:9的VL区[154]；
(e) 包含SEQ ID No:10的VH区和包含SEQ ID No:11的VL区[171]；
(f) 包含SEQ ID No:16的VH区和包含SEQ ID No:18的VL区[183]；
(g) 包含SEQ ID No:25的VH区和包含SEQ ID No:26的VL区[613]；
(h) 包含SEQ ID No:31的VH区和包含SEQ ID No:33的VL区[726]；
(i) 包含SEQ ID No:3的VH区和包含SEQ ID No:4的VL区[140]；
(j) 包含SEQ ID No:8的VH区和包含SEQ ID No:9的VL区[154-M103L]；
(k) 包含SEQ ID No:12的VH区和包含SEQ ID No:13的VL区[172]；
(l) 包含SEQ ID No:14的VH区和包含SEQ ID No:15的VL区[181]；
(m) 包含SEQ ID No:17的VH区和包含SEQ ID No:18的VL区[183-N52Q]；
(n) 包含SEQ ID No:19的VH区和包含SEQ ID No:20的VL区[187]；
(o) 包含SEQ ID No:21的VH区和包含SEQ ID No:22的VL区[608-01]；
(p) 包含SEQ ID No:23的VH区和包含SEQ ID No:24的VL区[610-01]；
(q) 包含SEQ ID No:27的VH区和包含SEQ ID No:28的VL区[613-08]；
(r) 包含SEQ ID No:29的VH区和包含SEQ ID No:30的VL区[620-06]；和
(s) 包含SEQ ID No:32的VH区和包含SEQ ID No:33的VL区[726-M101L]。
本发明还提供了这样的抗体，其包含上面提及的抗体的VL区、VH区或一个或多个CDR的功能性变体。在AXL抗体的上下文中所用的VL、VH或CDR的功能性变体仍然允许抗体保持至少相当大比例的(至少约50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或以上)亲代抗体的亲和力/亲合力和/或特异性/选择性，并且在一些情况下，此类AXL抗体可具有大于亲代抗体的亲和力、选择性和/或特异性。
此类功能性变体通常与亲代抗体保持显著的序列同一性。两个序列之间的百分比同一性是所述序列共享的相同位置的数量的函数(即，% 同源性 = 相同位置数/总位置数x 100)，并同时考虑到空位的数量以及每个空位的长度，需要引入所述空位以用于所述两个序列的最佳比对。比较序列并确定两个序列之间的百分比同一性可以使用本领域熟知的数学算法完成。
两个氨基酸序列之间的序列同一性可以例如使用如在EMBOSS包(EMBOSS:TheEuropean Molecular Biology Open Software Suite, Rice 等人, 2000, TrendsGenet.16:276-277)、优选版本5.0.0或更晚版本的Needle程序中所实施的Needleman-Wunsch算法(Needleman和Wunsch, 1970, J. Mol. Biol. 48:443-453)进行测定。使用的参数是空位开放罚分10，空位延伸罚分0.5和EBLOSUM62 (BLOSUM62的EMBOSS版本)置换矩阵。Needle标记为“最长同一性”的输出(使用-nobrief选项获得)用作百分比同一性，并且如下计算：
(相同的残基x 100)/(比对的长度 – 比对中的空位的总数)。
变体的VH、VL和/或CDR序列可大多通过保守置换而不同于亲代抗体序列的那些；例如，变体置换中的至少约35%、约50%或以上、约60%或以上、约70%或以上、约75%或以上、约80%或以上、约85%或以上、约90%或以上(例如，约65-95%，如约92%、93%或94%)是保守氨基酸残基替换。
变体的VH、VL和/或CDR序列可大多通过保守置换而不同于亲代抗体序列的那些；例如，变体置换中的10或更少，如9或更少、8或更少、7或更少、6或更少、5或更少、4或更少、3或更少、2或更少或1个是保守氨基酸残基替换。
还提供了实施方案，其中在前述实施方案的可变重链和/或可变轻链的三个CDR序列中允许最多达五个突变或置换的突变或置换。所述最多达五个突变或置换可分布在可变重链的三个CDR序列和可变轻链的三个CDR序列中。所述最多达五个突变或置换可分布在结合区的六个CDR序列中。所述突变或置换可以是保守、物理或功能氨基酸的突变或置换，使得突变或置换不改变表位或优选地对表位的结合亲和力的改变不超过30%，如不超过20%或如不超过10%。所述保守、物理或功能氨基酸选自发现的20种天然氨基酸，即Arg、His、Lys、Asp、Glu、Ser、Thr、Asn、Gln、Cys、Gly、Pro、Ala、Ile、Leu、Met、Phe、Trp、Tyr和Val。
因此，在一个实施方案中，所述抗体包含至少一个结合区，所述结合区包含VH区和VL区，所述VH区和VL区选自与以下具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99%同一性的VH和VL序列：
(a) 包含SEQ ID No:1的VH区和包含SEQ ID No:2的VL区[107]；
(b) 包含SEQ ID No:5的VH区和包含SEQ ID No:6的VL区[148]；
(c) 包含SEQ ID No:34的VH区和包含SEQ ID No:35的VL区[733]
(d) 包含SEQ ID No:7的VH区和包含SEQ ID No:9的VL区[154]；
(e) 包含SEQ ID No:10的VH区和包含SEQ ID No:11的VL区[171]；
(f) 包含SEQ ID No:16的VH区和包含SEQ ID No:18的VL区[183]；
(g) 包含SEQ ID No:25的VH区和包含SEQ ID No:26的VL区[613]；
(h) 包含SEQ ID No:31的VH区和包含SEQ ID No:33的VL区[726]；
(i) 包含SEQ ID No:3的VH区和包含SEQ ID No:4的VL区[140]；
(j) 包含SEQ ID No:8的VH区和包含SEQ ID No:9的VL区[154-M103L]；
(k) 包含SEQ ID No:12的VH区和包含SEQ ID No:13的VL区[172]；
(l) 包含SEQ ID No:14的VH区和包含SEQ ID No:15的VL区[181]；
(m) 包含SEQ ID No:17的VH区和包含SEQ ID No:18的VL区[183-N52Q]；
(n) 包含SEQ ID No:19的VH区和包含SEQ ID No:20的VL区[187]；
(o) 包含SEQ ID No:21的VH区和包含SEQ ID No:22的VL区[608-01]；
(p) 包含SEQ ID No:23的VH区和包含SEQ ID No:24的VL区[610-01]；
(q) 包含SEQ ID No:27的VH区和包含SEQ ID No:28的VL区[613-08]；
(r) 包含SEQ ID No:29的VH区和包含SEQ ID No:30的VL区[620-06]；和
(s) 包含SEQ ID No:32的VH区和包含SEQ ID No:33的VL区[726-M101L]。
本发明还提供了这样的抗体，其包含所述实例的抗体的VL区、VH区或一个或多个CDR的功能性变体。在AXL抗体的上下文中所用的VL、VH或CDR的功能性变体仍然允许抗体保留至少相当大比例(至少约50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或以上)的亲代抗体的亲和力/亲合力和/或特异性/选择性，并且在一些情况下，此类AXL抗体可以与比亲代抗体更大的亲和力、选择性和/或特异性相关。
此类功能性变体通常保留与亲代抗体显著的序列同一性。两个序列之间的百分比同一性是所述序列共享的相同位置的数量的函数(即，% 同源性 = 相同位置数/总位置数x 100)，其考虑空位的数量以及每个空位的长度，其需要引入以用于所述两个序列的最佳比对。比较序列和确定两个序列之间的百分比同一性可以使用本领域熟知的数学算法完成。
变体的VH、VL和/或CDR序列可以主要通过保守置换而不同于亲代抗体序列的那些；例如，变体置换中的至少约35%、约50%或以上、约60%或以上、约70%或以上、约75%或以上、约80%或以上、约85%或以上、约90%或以上(例如，约65-95%，如约92%、93%或94%)是保守氨基酸残基替换。
变体的VH、VL和/或CDR序列可以主要通过保守置换而不同于亲代抗体序列的那些；例如，变体中的置换中的10或更少，如9或更少、8或更少、7或更少、6或更少、5或更少、4或更少、3或更少、2或更少或1个是保守氨基酸残基替换。
还提供了实施方案，其中在前述实施方案的可变重链和/或可变轻链的三个CDR序列中允许最多达五个突变或置换的突变或置换。所述最多达五个突变或置换可分布在可变重链的三个CDR序列和可变轻链的三个CDR序列中。所述最多达五个突变或置换可分布在结合区的六个CDR序列中。所述突变或置换可以是保守、物理或功能氨基酸的突变或置换，使得突变或置换不改变表位或优选地对表位的结合亲和力的改变不超过30%，如不超过20%或如不超过10%。所述保守、物理或功能氨基酸选自发现的20种天然氨基酸，即Arg、His、Lys、Asp、Glu、Ser、Thr、Asn、Gln、Cys、Gly、Pro、Ala、Ile、Leu、Met、Phe、Trp、Tyr和Val。
在一个实施方案中，所述抗体包含至少一个结合区，所述结合区包含VH区和VL区，所述VH区和VL区选自与以下具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99%同一性的VH和VL序列：
(t) 包含SEQ ID No:1的VH区和包含SEQ ID No:2的VL区[107]；
(u) 包含SEQ ID No:5的VH区和包含SEQ ID No:6的VL区[148]；
(v) 包含SEQ ID No:34的VH区和包含SEQ ID No:35的VL区[733]
(w) 包含SEQ ID No:7的VH区和包含SEQ ID No:9的VL区[154]；
(x) 包含SEQ ID No:10的VH区和包含SEQ ID No:11的VL区[171]；
(y) 包含SEQ ID No:16的VH区和包含SEQ ID No:18的VL区[183]；
(z) 包含SEQ ID No:25的VH区和包含SEQ ID No:26的VL区[613]；
(aa) 包含SEQ ID No:31的VH区和包含SEQ ID No:33的VL区[726]；
(bb) 包含SEQ ID No:3的VH区和包含SEQ ID No:4的VL区[140]；
(cc) 包含SEQ ID No:8的VH区和包含SEQ ID No:9的VL区[154-M103L]；
(dd) 包含SEQ ID No:12的VH区和包含SEQ ID No:13的VL区[172]；
(ee) 包含SEQ ID No:14的VH区和包含SEQ ID No:15的VL区[181]；
(ff) 包含SEQ ID No:17的VH区和包含SEQ ID No:18的VL区[183-N52Q]；
(gg) 包含SEQ ID No:19的VH区和包含SEQ ID No:20的VL区[187]；
(hh) 包含SEQ ID No:21的VH区和包含SEQ ID No:22的VL区[608-01]；
(ii) 包含SEQ ID No:23的VH区和包含SEQ ID No:24的VL区[610-01]；
(jj) 包含SEQ ID No:27的VH区和包含SEQ ID No:28的VL区[613-08]；
(kk) 包含SEQ ID No:29的VH区和包含SEQ ID No:30的VL区[620-06]；和
(ll) 包含SEQ ID No:32的VH区和包含SEQ ID No:33的VL区[726-M101L]。
在一个实施方案中，所述抗体包含至少一个结合区，所述结合区包含本领域已知的抗AXL抗体、例如以下任一者中所述的抗体的VH和VL CDR1、CDR2和CDR3序列：Leconet 等人 (2013)、Li 等人 (2009)、Ye 等人 (2010)、Iida 等人 (2014)、WO 2012/175691(INSERM)、WO 2012/175692 (INSERM)、WO 2013/064685 (Pierre Fabré Medicaments)、WO2013/090776 (INSERM)、WO 2009/063965 (Chugai Pharmaceuticals)、WO 2010/131733、WO 2011/159980 (Genentech)、WO09062690 (U3 Pharma)、WO2010130751 (U3 Pharma)、WO2014093707 (Stanford University)和EP2228392A1 (Chugai)，其全部都以其整体通过引用并入。在一个具体实施方案中，所述抗体是鼠抗体1613F12或WO2014174111 (PierreFabré Medicament)中描述的其嵌合或人源化变体，其中小鼠抗体1613F12的VH和VL序列分别作为SEQ ID:8和SEQ ID:7呈现。1613F12的人源化抗体变体的VH序列选自本文作为SEQID NO:29至49和SEQ ID NO:82中公开的序列，并且1613F12的人源化抗体变体的VL序列选自本文作为SEQ ID NO:17至28和SEQ ID:81中公开的序列。一种特定抗体包含其中分别作为SEQ ID NO:29和17公开的VH和VL序列。小鼠、嵌合和人源化1613F12的VH CDR1、CDR2和CDR3序列分别为SEQ ID NO:4、5和6，且小鼠和人源化1613F12的VL CDR1、CDR2和CDR3序列在其中分别作为SEQ ID NO:1、2和3公开。在一个具体实施方案中，所述抗体是在WO2011159980 (Hoffman-La Roche)中描述的抗体，其以其整体通过引用并入，特别是第[0127]至[0229]段(第28-52页)。例如，所述抗体可以包含抗体YW327.6S2的VH和VL高变区(HVR)或VH和VL区，其在本文中公开为SEQ ID NO:7、8和9(分别为VH HVR1、2和3)、SEQ IDNO:10、11和12(分别为VL HVR1、2和3)和SEQ ID NO:103和104(分别为VH和VL序列)。
在一个实施方案中，所述抗体介导抗体介导的细胞表面AXL分子的交联或聚集(例如，由于AXL结合的抗体的Fc区结合至表达FcR的细胞)，其可以导致所述细胞的凋亡。
在一个实施方案中，所述抗体在效应子细胞存在的情况下AXL特异性抗体结合至表达AXL的细胞的质膜后诱导针对表达AXL的细胞的Fc依赖性细胞应答，如ADCC或ADCP。在此类实施方案中，所述抗体的抗体部分通常是全长的并且具有导致ADCC或ADCP应答的同种型如例如IgG1,κ同种型。
在一个实施方案中，在补体蛋白、如存在于正常人血清中的补体蛋白(其可以被活化)存在的情况下，AXL特异性抗体结合至表达AXL的细胞的质膜后，所述抗体诱导针对表达AXL的细胞的CDC应答。在此类实施方案中，所述抗体通常是全长的并且具有能够诱导补体系统活化的同种型如例如IgG1,κ同种型。
所述抗体和/或ADC可以进一步通过结合至AXL后的内化来表征。因此，在一个实施方案中，将所述抗体和/或ADC内化并运输至溶酶体，用于抗AXL抗体-接头-药物复合物的特异性(即可切割接头)或非特异性(不可切割接头)蛋白水解切割。
在一个实施方案中，所述抗体干扰AXL介导的先天或适应性免疫应答的调节，如通过抗体与表达AXL的巨噬细胞、树突细胞或NK细胞的结合。
在一个实施方案中，ADC的治疗性部分经由接头与抗体部分连接，一旦ADC内化，例如通过改变pH或还原性条件，其允许释放药物。合适的接头技术是本领域已知的，如本文所述。
在一个实施方案中，所述抗体包含选自IgG1、IgG2、IgG3和IgG4的同种型的重链。在一个进一步实施方案中，所述抗体包含选自人IgG1、IgG2、IgG3和IgG4的同种型的重链。
如本文所用，术语“同种型”，是指由重链恒定区基因编码的免疫球蛋白类别(例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgD、IgA、IgE或IgM)或其任何同种异型如IgG1m(za)和IgG1m(f)。另外，各重链同种型均可以与κ(κ)或λ(λ)轻链组合。
在一个实施方案中，所述同种型是IgG1，如人IgG1，任选地是同种异型IgG1m(f)。
在一个实施方案中，所述抗体是全长单克隆抗体，任选地是全长人单克隆IgG1,κ抗体。
术语“全长抗体”，当用于本文中时，是指这样的抗体(例如，亲代或变异抗体)，其含有对应于通常存在于该同种型的野生型抗体中的那些的所有重链和轻链恒定结构域和可变结构域。根据本发明的全长抗体可通过包括以下步骤的方法生产：(i) 将CDR序列克隆到合适的载体中，所述载体包含完整的重链序列和完整的轻链序列，并且(ii) 在合适的表达系统中表达所述完整的重链和轻链序列。从CDR序列或完整可变区序列开始生产全长抗体是在技术人员的知识范围内的。因此，技术人员将知道如何生成根据本发明的全长抗体。
在一个实施方案中，所述抗体是人抗体。
如本文所用，术语“人抗体”，旨在包括这样的抗体，其具有源自人类种系免疫球蛋白序列的可变区和框架区以及人免疫球蛋白恒定结构域。本发明的人抗体可包括不是由人类种系免疫球蛋白序列编码的氨基酸(例如，由体外随机或位点特异性诱变或通过体内体细胞突变所引入的突变、插入或缺失)。然而，如本文所用，术语“人抗体”，不旨在包括这样的抗体，其中源自另一非人物种(如小鼠)种系的CDR序列已经被嫁接到人框架序列上。
如本文所用，人抗体是“源自”特定种系序列，如果所述抗体得自使用人免疫球蛋白序列的系统，例如通过免疫携带人免疫球蛋白基因的转基因小鼠或通过筛选人免疫球蛋白基因文库，并且其中所选定的人抗体在氨基酸序列上与由所述种系免疫球蛋白基因编码的氨基酸序列至少90%，如至少95%，例如至少96%，如至少97%，例如至少98%，或如至少99%相同。通常，在重链CDR3之外，源自特定人类种系序列的人抗体将显示出与由所述种系免疫球蛋白基因编码的氨基酸序列不超过20个氨基酸的差异，例如，不超过10个氨基酸的差异，如不超过9、8、7、6或5，例如不超过4、3、2或1个氨基酸的差异。
根据本发明的抗体可在免疫球蛋白重链和/或轻链中包含氨基酸修饰。在具体的实施方案中，所述抗体的Fc区中的氨基酸可被修饰。
如本文所用，术语“Fc区”，是指这样的区，其在抗体的N-至C-末端的方向上包含至少铰链区、CH2区和CH3区。抗体的Fc区可介导免疫球蛋白与宿主组织或因子的结合，所述宿主组织或因子包括免疫系统的各种细胞(如效应子细胞)和补体系统的组分。
如本文所用，术语“铰链区”，是指免疫球蛋白重链的铰链区。因此，例如，人IgG1抗体的铰链区对应于氨基酸216-230(根据如Kabat中所示的Eu编号)Kabat 等人 (1991)。然而，所述铰链区也可以是如本文所述的任何其它亚型。
如本文所用，术语“CH1区”或“CH1结构域”，是指免疫球蛋白重链的CH1区。因此，例如，人IgG1抗体的CH1区对应于氨基酸118-215(根据如Kabat中所示的Eu编号)Kabat 等人(1991)。然而，所述CH1区也可以是如本文所述的任何其它亚型。
如本文所用，术语“CH2区”或“CH2结构域”，是指免疫球蛋白重链的CH2区。因此，例如，人IgG1抗体的CH2区对应于氨基酸231-340(根据如Kabat中所示的Eu编号)Kabat 等人(1991)。然而，所述CH2区也可以是如本文所述的任何其它亚型。
如本文所用，术语“CH3区”或“CH3结构域”，是指免疫球蛋白重链的CH3区。因此，例如，人IgG1抗体的CH3区对应于氨基酸341-447(根据如Kabat中所示的Eu编号)Kabat 等人(1991)。然而，所述CH3区也可以是如本文所述的任何其它亚型。
在另一个实施方案中，所述抗体是效应子功能缺陷型抗体、稳定IgG4抗体或单价抗体。
在一个具体的实施方案中，所述重链已经过修饰使得整个铰链区已经缺失。
在一个实施方案中，所述抗体序列已经过修饰使得其不包含任何N-连接糖基化的受体位点。
在一个实施方案中，所述抗体是单链抗体。
在另外的方面，本发明涉及多特异性抗体，其包含至少根据本文所述的任何方面或实施方案的抗体的第一结合区，和结合不同于所述第一结合区的靶标或表位的第二结合区。如本文所用，术语“多特异性抗体”，是指这样的抗体，其中结合区结合至少两种(如至少三种)不同抗原或相同抗原上的至少两种(如至少三种)不同表位。
在一个实施方案中，本发明涉及使用包含双特异性抗体的ADC，所述双特异性抗体包含根据本文所述的任何方面或实施方案的抗体的第一结合区，和结合不同于所述第一结合区的靶标或表位的第二结合区。
如本文所用，术语“双特异性”，是指结合分子，如这样的抗体，其中所述结合分子的结合区结合两种不同抗原或相同抗原上的两种不同表位。
术语“双特异性抗体”是指对至少两种不同的(通常不重叠的)表位具有特异性的抗体。此类表位可以是在相同或不同靶标上。如果所述表位在不同靶标上，则此类靶标可以是在相同细胞或不同细胞、细胞类型或结构(如细胞外组织)上。
如本文所用，术语“不同靶标”，是指不同于AXL或AXL片段的另一蛋白、分子等。
可用于本发明的双特异性抗体分子的实例包括：(i) 单抗体，其具有包含不同的抗原结合区的两条臂；(ii) 单链抗体，其对两种不同的表位具有特异性，例如，经由通过另外的肽接头串联连接的两个scFv；(iii) 双可变结构域抗体(DVD-IgTM)，其中各轻链和重链均含有通过短的肽键串联的两个可变结构域(Wu 等人, 2010)；(iv) 化学连接的双特异性(Fab’)2 片段；(v) Tandab®，其为融合两个单链双抗体而得到的四价双特异性抗体，其针对每种靶抗原各具有两个结合位点；(vi) flexibody，其为scFv与双抗体组合而得到的多价分子；(vii) 所谓的“对接并锁定”分子(Dock-and-Lock®)，基于蛋白激酶A中的“二聚化和对接结构域”，当其应用于Fab时，可以得到由连接至不同的Fab片段的两个相同的Fab片段组成的三价双特异性结合蛋白；(viii) 所谓的Scorpion分子，包含例如融合至人Fab臂的两末端的两个scFv；以及(ix) 双抗体。
在一个实施方案中，本发明的双特异性抗体是双抗体、交叉抗体(cross-body)如CrossMab，或经由受控Fab臂交换(如WO 2011/131746, Genmab A/S中所述)得到的双特异性抗体。
不同类别的双特异性抗体的实例包括但不限于：(i) IgG样分子，其具有互补CH3结构域以迫使异二聚化；(ii) 重组IgG样双靶向分子，其中所述分子的两侧各自含有至少两种不同抗体的Fab片段或Fab片段的部分；(iii) IgG融合分子，其中全长IgG抗体被融合至额外的Fab片段或Fab片段的部分；(iv) Fc融合分子，其中单链Fv分子或稳定双抗体被融合至重链恒定结构域、Fc区或其部分；(v) Fab融合分子，其中不同的Fab片段被融合在一起，被融合至重链恒定结构域、Fc区或其部分；以及(vi) 基于ScFv的抗体和基于双抗体的抗体以及重链抗体(例如，结构域抗体、Nanobodies®)，其中不同的单链Fv分子或不同的双抗体或不同的重链抗体(例如，结构域抗体、Nanobodies®)相互融合或被融合至另一蛋白或载体分子，被融合至重链恒定结构域、Fc区或其部分。
具有互补的CH3结构域分子的IgG样分子的实例包括但不限于Triomab® (TrionPharma/Fresenius Biotech, WO/2002/020039)、Knobs-into-Holes (Genentech、WO9850431)、CrossMAbs (Roche、WO 2009/080251、WO 2009/080252、WO 2009/080253)、静电匹配的Fc-异源二聚分子(Amgen、EP1870459和WO2009089004；Chugai、US201000155133；Oncomed、WO2010129304)、LUZ-Y (Genentech)、DIG-体、PIG-体和TIG-体(Pharmabcine)、链交换工程改造的结构域体(SEEDbody) (EMD Serono、WO2007110205)、双特异性IgG1和IgG2(Pfizer/Rinat、WO11143545)、不对称支架(Zymeworks/Merck、WO2012058768)、mAb-Fv(Xencor、WO2011028952)、XmAb (Xencor)、二价双特异性抗体(Roche、WO2009/080254)、双特异性IgG (Eli Lilly)、DuoBody®分子(Genmab A/S、WO 2011/131746)、DuetMab(Medimmune、US2014/0348839)、Biclonics (Merus、WO 2013/157953)、NovImmune (κλBodies、WO 2012/023053)、FcΔAdp (Regeneron、WO 2010/151792)、(DT)-Ig (GSK/Domantis)、二合一抗体或双重作用Fabs (Genentech、Adimab)、mAb2 (F-Star、WO2008003116)、Zybodies™ (Zyngenia)、CovX-体(CovX/Pfizer)、FynomAbs (Covagen/Janssen Cilag)、DutaMab (Dutalys/Roche)、iMab (MedImmune)、双重可变结构域(DVD)-IgTM (Abbott、US 7,612,18)、双重结构域双头抗体(Unilever；Sanofi Aventis、WO20100226923)、Ts2Ab (MedImmune/AZ)、BsAb (Zymogenetics)、HERCULES (BiogenIdec、US007951918)、scFv-融合体(Genentech/Roche、Novartis、Immunomedics、ChangzhouAdam Biotech Inc、CN 102250246)、TvAb (Roche、WO2012025525、WO2012025530)、ScFv/Fc融合体、SCORPION (Emergent BioSolutions/Trubion、Zymogenetics/BMS)、Interceptor(Emergent)、双重亲和力重新靶向技术(Fc-DARTTM) (MacroGenics、WO2008/157379、WO2010/080538)、 BEAT (Glenmark)、二-双体(Imclone/Eli Lilly)和化学交联的mAbs(Karmanos Cancer Center)以及共价融合的mAbs (AIMM therapeutics)。
重组IgG样双靶向分子的实例包括但不限于：双靶向(DT)-Ig (GSK/Domantis)、二合一抗体 (Genentech)、交联Mab (Karmanos Cancer Center)、mAb2 (F-Star,WO2008003116)、ZybodiesTM (Zyngenia)、采用相同轻链的方法 (Crucell/Merus, US 7,262,028)、κλBodies (NovImmune) 以及 CovX-body (CovX/Pfizer)。
IgG融合分子的实例包括但不限于：双可变结构域(DVD)-IgTM (Abbott, US 7,612,181)、双结构域双头抗体 (Unilever；Sanofi Aventis, WO20100226923)、IgG样双特异性 (ImClone/Eli Lilly)、Ts2Ab (MedImmune/AZ) 和 BsAb (Zymogenetics)、HERCULES(Biogen Idec, US 7,951,918)、scFv融合 (Novartis)、scFv融合 (Changzhou AdamBiotech Inc, CN 102250246) 以及 TvAb (Roche, WO2012025525、WO2012025530)。
Fc融合分子的实例包括但不限于：ScFv/Fc融合 (Academic Institution)、SCORPION (Emergent BioSolutions/Trubion, Zymogenetics/BMS)、双亲和力再靶向技术(Fc-DARTTM) (MacroGenics, WO2008157379和WO2010080538) 以及 双(ScFv)2-Fab(National Research Center for Antibody Medicine – China)。
Fab融合双特异性抗体的实例包括但不限于：F(ab)2 (Medarex/AMGEN)、双功能或双Fab (Genentech)、Dock-and-Lock® (DNL) (ImmunoMedics)、二价双特异性(Biotecnol) 以及 Fab-Fv (UCB-Celltech)。
基于ScFv的抗体、基于双抗体的抗体和结构域抗体的实例包括但不限于：双特异性T细胞接合子 (BiTE®) (Micromet, Tandem Diabody (TandabTM) (Affimed)、双亲和力再靶向技术 (DART) (MacroGenics)、单链双抗体 (Academic)、TCR样抗体 (AIT,ReceptorLogics)、人血清白蛋白ScFv融合 (Merrimack) 以及 COMBODY (EpigenBiotech)、双靶向nanobodies® (Ablynx)、双靶向的仅含重链的结构域抗体。
根据本发明的用作ADC的双特异性抗体可通过在所述抗体的恒定区中引入修饰而生成。
在一个具体的实施方案中，所述双特异性抗体包含第一和第二重链，所述第一和第二重链中的每一者均包含至少铰链区、CH2和CH3区，其中在所述第一重链中，在对应于人IgG1重链中选自以下位置的位置中的氨基酸中的至少一个已经被置换：K409、T366、L368、K370、D399、F405和Y407，并且在所述第二重链中，在对应于人IgG1重链中选自以下位置的位置中的氨基酸中的至少一个已经被置换：F405、T366、L368、K370、D399、Y407和K409，并且其中所述第一和所述第二重链不在相同位置发生置换。
在一个实施方案中，在所述第一重链中，在对应于人IgG1重链的K409的位置中的氨基酸不是K、L或M，而任选地在对应于人IgG1重链的F405的位置中的氨基酸是F，并且在所述第二重链中，在对应于人IgG1重链的F405的位置中的氨基酸不是F，而在对应于人IgG1重链的K409的位置中的氨基酸是K。
在一个实施方案中，在所述第一重链中，在对应于人IgG1重链的F405的位置中的氨基酸不是F、R和G，并且在所述第二重链中，在对应于人IgG1重链中选自以下位置的位置中的氨基酸已经被置换：T366、L368、K370、D399、Y407和K409。
在一个实施方案中，在所述第一重链中，在对应于人IgG1重链的K409的位置中的氨基酸不是K、L或M，并且在所述第二重链中，在对应于人IgG1重链的F405的位置中的氨基酸不是F，而任选地在对应于人IgG1重链的K409的位置中的氨基酸是K。
在一个实施方案中，在所述第一重链中，在对应于人IgG1重链的F405的位置中的氨基酸是L，并且在所述第二重链中，在对应于人IgG1重链的K409的位置中的氨基酸是R，或反之亦然。
因此，在一个实施方案中，在所述第一重链中，在对应于人IgG1重链的K409的位置中的氨基酸是R，并且在所述第二重链中，在对应于人IgG1重链的F405的位置中的氨基酸是L。
除非另行说明或与上下文相抵触，否则所述恒定区序列的氨基酸在本文中根据Eu编号索引进行编号(在Kabat, 1991中有述)。术语“Eu编号索引”和“如Kabat中所示的Eu编号”可以互换使用并具有相同的含义和目的。因此，一个序列中的氨基酸或节段“对应于”另一序列中的氨基酸或节段，是指使用标准序列比对程序(如ALIGN、ClustalW之类)通常在默认设置下其与另一氨基酸或节段对齐，并与人IgG1重链具有至少50%、至少80%、至少90%或至少95%的同一性。如何比对序列或序列中的节段并从而确定根据本发明的氨基酸位置在序列中的对应位置，这是本领域熟知的。
如本文所用，术语“对应于位置的氨基酸”，是指人IgG1重链中的氨基酸位置编号。
术语“氨基酸”和“氨基酸残基”在本文中可互换使用，并且不应当理解为限制性的。
在本发明的上下文中，氨基酸可被定义为保守或非保守氨基酸，并且可据此进行分类。氨基酸残基还可被划分成由可替换的物理和功能特性定义的类别。因此，氨基酸的类别可反映在以下列表之一或两者中：
保守类氨基酸残基
酸性残基： D 和 E
碱性残基： K、R 和 H
亲水性不带电残基： S、T、N 和 Q
脂族不带电残基： G、A、V、L 和 I
非极性不带电残基： C、M 和 P
芳族残基： F、Y 和 W
可替换的物理和功能类氨基酸残基
含醇残基： S 和 T
脂族残基： I、L、V 和 M
环烯基相关残基： F、H、W 和 Y
疏水性残基： A、C、F、G、H、I、L、M、R、T、V、W 和 Y
带负电残基： D 和 E
极性残基： C、D、E、H、K、N、Q、R、S 和 T
带正电残基： H、K 和 R
小型残基： A、C、D、G、N、P、S、T 和 V
超小型残基： A、G 和 S
涉及转角形成的残基： A、C、D、E、G、H、K、N、Q、R、S、P 和 T
柔性残基： Q、T、K、S、G、P、D、E 和 R
在本发明的上下文中，抗体中的置换被表示为：
原始氨基酸–位置–置换氨基酸；
参见公认的氨基酸命名法，使用三字母代码或单字母代码(包括代码“Xaa”或“X”)表示任何氨基酸残基。因此，Xaa或X可通常表示20种天然存在的氨基酸中的任一种。如本文所用，术语“天然存在的”，是指下列氨基酸残基中的任一者：甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、丝氨酸、苏氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、天冬酰胺、谷氨酸、谷氨酰胺、脯氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸、甲硫氨酸和半胱氨酸。因此，符号“K409R”或“Lys409Arg”意指抗体在氨基酸位置409包含精氨酸对赖氨酸的置换。
将给定位置的氨基酸置换成任何其它氨基酸被称为：
原始氨基酸–位置；或例如“K409”
对于其中原始氨基酸和/或置换氨基酸可包含不止一个但并非全部氨基酸的修饰，所述不止一个氨基酸可由“，”或“/”分隔。例如，位置409的赖氨酸被精氨酸、丙氨酸或苯丙氨酸置换是：
“Lys409Arg，Ala，Phe”或“Lys409Arg/Ala/Phe”或“K409R，A，F”或“K409R/A/F”或“K409至R，A或F”。
此类标号在本发明的上下文中可互换使用但具有相同含义和目的。
此外，术语“置换”包括置换成其它十九种天然氨基酸中的任一种，或置换成其它氨基酸如非天然氨基酸。例如，位置409的氨基酸K的置换包括下列置换中的每一者：409A、409C、409D、409E、409F、409G、409H、409I、409L、409M、409N、409Q、409R、409S、409T、409V、409W、409P和409Y。顺便一提，这等同于标号409X，其中X代表不同于原始氨基酸的任何氨基酸。这些置换还可标记为K409A、K409C等，或K409A，C等，或K409A/C/等。这同样适用于本文提及的每个及所有位置，以在本文中特别包括此类置换中的任一者。
根据本发明的抗体还可包含氨基酸残基的缺失。此类缺失可记作“del”，并包括例如写作K409del。因此，在此类实施方案中，位置409的赖氨酸已经从氨基酸序列中缺失。
在一个实施方案中，所述双特异性抗体的第一和第二结合区均结合AXL。然而，所述第一结合区包含不同于所述第二结合区的一组CDR序列。因此，在一个具体实施方案中，所述双特异性抗体包含第一和第二结合区以及第一和第二重链，其中所述第一结合区和所述第二结合区各自包含选自以下的VH和VL区：
a) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；
b) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；
c) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：41、42和43的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：44、AAS和45的CDR1、CDR2和CDR3序列，[140]；
d) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和55的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154]；
e) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和54的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154-M103L]；
f) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：57、58和59的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：60、GAS和61的CDR1、CDR2和CDR3序列，[171]；
g) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：62、63和64的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：65、GAS和66的CDR1、CDR2和CDR3序列，[172]；
h) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：67、68和69的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：70、GAS和71的CDR1、CDR2和CDR3序列，[181]；
i) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、73和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183]；
j) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、74和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183-N52Q]；
k) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：78、79和80的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：81、AAS和82的CDR1、CDR2和CDR3序列，[187]；
l) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：83、84和85的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：86、GAS和87的CDR1、CDR2和CDR3序列，[608-01]；
m) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：88、89和90的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：91、GAS和92的CDR1、CDR2和CDR3序列，[610-01]；
n) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：94、95和95的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：96、GAS和97的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613]；
o) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：98、99和100的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：101、DAS和102的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613-08]；
p) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：103、104和105的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：106、GAS和107的CDR1、CDR2和CDR3序列，[620-06]；
q) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和110的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726]；
r) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和111的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726-M101L]；
s) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；
t) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：41、42和43的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：44、AAS和45的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；
u) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和55的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154]；
v) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和54的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154-M103L]；
w) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：57、58和59的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：60、GAS和61的CDR1、CDR2和CDR3序列，[171]；
x) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：62、63和64的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：65、GAS和66的CDR1、CDR2和CDR3序列，[172]；
y) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：67、68和69的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：70、GAS和71的CDR1、CDR2和CDR3序列，[181]；
z) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、73和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183]；
aa) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、74和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183-N52Q]；
bb) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：78、79和80的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：81、AAS和82的CDR1、CDR2和CDR3序列，[187]；
cc) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：83、84和85的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：86、GAS和87的CDR1、CDR2和CDR3序列，[608-01]；
dd) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：88、89和90的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：91、GAS和92的CDR1、CDR2和CDR3序列，[610-01]；
ee) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：94、95和95的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：96、GAS和97的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613]；
ff) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：98、99和100的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：101、DAS和102的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613-08]；
gg) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：103、104和105的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：106、GAS和107的CDR1、CDR2和CDR3序列，[620-06]；
hh) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和110的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726]；
ii) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和111的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726-M101L]；
jj) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：41、42和43的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：44、AAS和45的CDR1、CDR2和CDR3序列，[140]；
kk) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和55的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154]；
ll) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和54的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154-M103L]；
mm) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：57、58和59的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：60、GAS和61的CDR1、CDR2和CDR3序列，[171]；
nn) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：62、63和64的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：65、GAS和66的CDR1、CDR2和CDR3序列，[172]；
oo) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：67、68和69的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：70、GAS和71的CDR1、CDR2和CDR3序列，[181]；
pp) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、73和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183]；
qq) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、74和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183-N52Q]；
rr) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：78、79和80的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：81、AAS和82的CDR1、CDR2和CDR3序列，[187]；
ss) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：83、84和85的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：86、GAS和87的CDR1、CDR2和CDR3序列，[608-01]；
tt) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：88、89和90的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：91、GAS和92的CDR1、CDR2和CDR3序列，[610-01]；
uu) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：94、95和95的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：96、GAS和97的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613]；
vv) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：98、99和100的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：101、DAS和102的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613-08]；
ww) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：103、104和105的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：106、GAS和107的CDR1、CDR2和CDR3序列，[620-06]；
xx) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和110的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726]；以及
yy) 第一VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第一VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；以及第二VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和111的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及第二VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726-M101L]；
缀合至细胞毒性剂、药物等的抗体也被称为抗体－药物缀合物(ADC)。ADC可具有这样长时间的半衰期，其足以使抗体-药物缀合物内化、降解，并通过所释放的毒素诱导细胞杀伤。
因此，ADC可以包含抗AXL抗体或双特异性抗体和治疗部分，如细胞毒性剂、化疗药物等。所述细胞毒性剂、化疗药物等可经由接头缀合至所述抗体或所述双特异性抗体。
ADC经常被设计成使得当缀合至抗体时，细胞毒性有效载荷失活。细胞毒性有效载荷可在ADC结合至细胞质膜后而内化时或响应于肿瘤微环境中的蛋白水解活性，而细胞内释放。如本文所用，术语“内化的”或“内化”，是指这样的生物学过程，其中分子(如AXL-ADC)被细胞膜包住并卷入细胞内部。其也被称为“内吞作用”。
因此，在一些情况下，可能需要使用发生内化的抗体。此类具有良好内化特性的抗体可适于缀合至细胞毒性剂、药物等，任选地经由接头，所述接头被设计为细胞内裂解。
一旦内化，在大多数情况下，ADC可被递送至溶酶体，其中有效药物释放利用了这些细胞器内的分解代谢环境。通常由接头连接抗体与细胞毒性剂。因此，已经设计了专用的接头，其仅在靶标肿瘤细胞内或其上存在的特定微环境中或在肿瘤微环境中被裂解。实例包括由酸性条件、还原条件或特定蛋白酶裂解的接头。
抗体-接头-药物在循环中的稳定性很重要，因为这允许抗体介导的针对特定靶细胞的药物递送。另外，ADC的长循环半衰期在注射后提供若干天至数周的暴露。通过不可裂解的接头和可蛋白酶裂解的接头缀合的药物通常在循环中比二硫接头和腙接头更稳定，但是后两种接头的稳定性可以通过改变相邻化学结构而调节(Alley 等人, 2010)。
在一个实施方案中，所述治疗部分是细胞毒性剂。细胞毒素或细胞毒性剂包括对细胞有害的(例如，杀死)任何试剂。适用于形成用于本发明中的ADC的细胞毒性剂包括：紫杉醇、tubulysins、duostatins、细胞松弛素B、短杆菌肽D、溴化乙锭、吐根碱、丝裂霉素、依托泊苷、tenoposide、长春新碱、长春碱、秋水仙碱、多柔比星、柔红霉素、二羟基二酮炭疽、美登素或其类似物或衍生物、米托蒽醌、光辉霉素、放线菌素D、1-去氢睾酮、糖皮质素、普鲁卡因、丁卡因、利多卡因、普萘洛尔和嘌呤霉素；卡奇霉素或其类似物或衍生物；抗代谢药物(如甲氨蝶呤、6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、阿糖胞苷、氟达拉滨、5-氟尿嘧啶、氮烯咪胺、羟基脲、天冬酰胺酶、吉西他滨、克拉屈滨)、烷化剂(如氮芥、噻替派、苯丁酸氮芥、美法仑、卡莫司汀(BSNU)、洛莫司汀(CCNU)、环磷酰胺、白消安、二溴甘露醇、链脲霉素、达卡巴嗪(DTIC)、甲基苄肼、丝裂霉素C、顺铂及其它铂衍生物如卡波铂；以及多卡霉素A、多卡霉素SA、CC-1065(又名rachelmycin)或CC-1065的类似物或衍生物)、多拉司他汀、澳瑞他汀(auristatin)、吡咯并[2,1-c][1,4]苯二氮杂䓬类药物(PDB)、吲哚并苯二氮杂䓬(IGN)或其类似物；抗生素(如更生霉素(原名放线菌素)、博来霉素、柔比星(原名柔红霉素)、多柔比星、依达比星、光辉霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、普卡霉素、氨茴霉素(AMC))；抗有丝分裂剂(例如，微管素靶向剂)，如白喉毒素及相关分子(如白喉A链及其活性片段和杂交分子)；蓖麻毒素(如蓖麻毒素A或去糖基化的蓖麻毒素A链毒素)、霍乱毒素，志贺样毒素(SLT-I、SLT-II、SLT-IIV)、LT毒素、C3毒素、志贺毒素、百日咳毒素、破伤风毒素、大豆Bowman-Birk蛋白酶抑制剂、假单胞菌外毒素、alorin、皂素、蒴莲根毒素、gelanin、相思子毒素A链、蒴莲根毒素A链、α-帚曲霉素、油桐蛋白、石竹素蛋白、美洲商陆蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜抑制剂、麻疯树毒蛋白、巴豆毒素、肥阜草抑制剂、白树毒素、丝裂蛋白(mitogellin)、局限曲霉素、酚霉素和依诺霉素毒素。其它合适的缀合分子包括：抗微生物/裂解肽，如CLIP、Magainin 2、蜂毒肽、天蚕抗菌肽和P18；核糖核酸酶(RNase)、DNase I、葡萄球菌肠毒素-A、美洲商陆抗病毒蛋白、白喉毒素和假单胞菌内毒素。参见，例如，Pastan 等人，Cell 47,641 (1986) 和 Goldenberg, Calif. A Cancer Journal for Clinicians 44, 43(1994)。可与如本文中他处所述的根据本发明使用的抗AXL抗体或抗体-药物缀合物组合施用的治疗剂，如，例如，抗癌细胞因子或趋化因子，也是可用于与根据本发明使用中公开的抗体缀合的治疗部分的候选者。
如本文所用，术语“细胞毒性剂”，是指对细胞有害的(例如，杀死)任何试剂。关于本领域熟知的这些类别的药物及其作用机制的说明，参见Goodman 等人 (1990)。与制备抗体免疫毒素相关的另外的技术在例如Vitetta 等人 (1993)和US 5,194,594中提供。
在一个实施方案中，所述细胞毒性剂通过可裂解接头连接至所述抗体或其片段，所述接头如4-(2-吡啶二硫代)-戊酸 N-琥珀酰亚胺酯 (SSP)、马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-p-氨基苄氧基羰基(mc-vc-PAB)或AV-1 K-lock 缬氨酸-瓜氨酸。
如本文所用，术语“可裂解的接头”，是指接头的子集，其由靶细胞中或肿瘤微环境中的特定蛋白酶催化，导致细胞毒性剂释放。可裂解接头的实例是基于化学基序(包括二硫化物、腙或肽)的接头。另一子集的可裂解接头，在细胞毒性剂与主要接头之间添加额外的接头基序，即，将接头－药物组合附接至抗体的位点。在一些实施方案中，所述额外的接头基序可由存在于细胞内环境中(例如，溶酶体或内涵体或小凹内)的裂解剂裂解。所述接头可以是，例如，由细胞内肽酶或蛋白酶(包括但不限于溶酶体蛋白酶或内涵体蛋白酶)裂解的肽接头。在一些实施方案中，所述肽接头的长度为至少两个氨基酸或至少三个氨基酸。裂解剂可以包括组织蛋白酶B和D以及纤溶酶，已知其均水解二肽药物衍生物，导致活性药物在靶细胞内部释放(参见，例如，Dubowchik 和 Walker, 1999, Pharm.Therapeutics 83:67-123)。在特定的实施方案中，所述可由细胞内蛋白酶裂解的肽接头是Val-Cit(缬氨酸-瓜氨酸)接头或Phe-Lys(苯丙氨酸-赖氨酸)接头(参见，例如，US6214345，其描述了含有Val-Cit接头的多柔比星的合成)。使用细胞内蛋白水解释放治疗剂的优点在于所述试剂在缀合时通常经过减毒，并且该缀合物的血清稳定性通常较高。
在另一个实施方案中，所述细胞毒性剂通过不可裂解的接头连接至所述抗体或其片段，所述不可裂解的接头如4(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-甲酸琥珀酸亚胺酯(MCC)或马来酰亚胺基己酰基(MC)。
如本文所用，术语“不可裂解的接头”，是指接头的子集，与可裂解接头相反，其不包含由细胞内或细胞外蛋白酶特异性并预测性识别的基序。因此，基于不可裂解接头的ADC不会从抗体释放或裂解，直到整个抗体-接头-药物复合物在溶酶体腔中被降解。不可裂解接头的实例是硫醚。在又另一个实施方案中，所述接头单元不可裂解，并且所述药物通过抗体降解而释放(参见US 2005/0238649)。通常，此类接头基本上对细胞外环境不敏感。如本文所用，“基本上对细胞外环境不敏感”在接头的上下文中意指，当抗体药物缀合化合物存在于细胞外环境(例如血浆)中时，在所述抗体药物缀合化合物的样品中不超过20%，通常不超过约15%，更通常不超过约10%，并且甚至更通常不超过约5%，不超过约3%，或不超过约1%的接头被裂解。接头是否基本上对细胞外环境不敏感可以例如通过如下方式来测定：将抗体药物缀合化合物与血浆孵育预定的时间(例如，2、4、8、16或24小时)，并随后对存在于血浆中的游离药物的量进行定量。
在一个实施方案中，细胞毒性剂选自：DNA靶向剂，例如，DNA烷化剂和交联剂，如卡奇霉素、多卡霉素、rachelmycin(CC-1065)、 吡咯并[2,1-c][1,4] 苯二氮杂䓬(PBD) 和吲哚并苯二氮杂䓬(IGN)；微管靶向剂，如duostatin如duostatin-3、澳瑞他汀如单甲基澳瑞他汀E(MMAE)和单甲基澳瑞他汀F(MMAF)、多拉司他汀、美登素、N(2’)-脱乙酰基-N(2’)-(3-巯基-1-氧代丙基)-美登素(DM1)和 tubulysin；以及核苷类似物；或其类似物、衍生物或前药。
在一个实施方案中，所述AXL-ADC包含以下组合：
i) 可裂解接头和具有旁观者杀伤能力的细胞毒性剂；
ii) 可裂解接头和不具有旁观者杀伤能力的细胞毒性剂；
iii) 不可裂解接头和具有旁观者杀伤能力的细胞毒性剂；或
iv) 不可裂解接头和不具有旁观者杀伤能力的细胞毒性剂。
如本文所用，术语“旁观者杀伤效应”、“旁观者杀伤”、“旁观者杀伤能力”或“旁观者细胞毒性”，是指这样的效应，其中通过可裂解或不可裂解接头缀合至抗体的细胞毒性剂在从抗体释放后有能力扩散穿过细胞膜，并从而引起对相邻细胞的杀伤。当细胞毒性剂通过可裂解或不可裂解接头缀合时，其可为具有旁观者杀伤能力的仅细胞毒性剂或含有所述接头的一部分的细胞毒性剂。扩散穿过细胞膜的能力与细胞毒性剂或细胞毒性剂和接头的组合的疏水性有关。此类细胞毒性剂可有利地是可透过膜的毒素，如已经通过蛋白酶从抗体释放的MMAE。尤其是在具有异质靶表达的肿瘤和其中抗体穿透可能受限的实体瘤中，旁观者杀伤效应可能是期望的。
如本文所用，术语“无旁观者杀伤能力”、“无旁观者杀伤效应”、“无旁观者杀伤”或“无旁观者细胞毒性”，是指这样的效应，其中通过可裂解或不可裂解接头缀合至抗体的细胞毒性剂在从抗体释放后没有能力扩散穿过细胞膜。因此，此类细胞毒性剂或细胞毒性剂与接头的组合当从抗体释放后将无法杀伤相邻细胞。据信，不受理论的约束，细胞毒性剂与可裂解或不可裂解接头的此类组合将仅杀伤表达抗体所结合的靶标的细胞。
抗体与细胞毒性剂之间的稳定连接是ADC的重要因素。可裂解和不可裂解类型的接头均已经在临床前和临床试验中被证明是安全的。
在一个实施方案中，所述细胞毒性剂选自微管靶向剂，如澳瑞他汀和美登素生物碱。
如本文所用，术语“微管靶向剂”，是指抑制有丝分裂(细胞分裂)的试剂或药物。微管是对于细胞分裂期间DNA的正确分离而言必不可少的结构，并且微管的功能关键取决于‘动态不稳定性’，即，微管结构被不断拉长和缩短的过程。微管靶向剂破坏或稳定微管，其阻止有丝分裂纺锤体的形成，导致有丝分裂停滞和细胞凋亡。所述微管靶向剂可以源自例如天然物质如植物碱，并通过破坏或稳定微管聚合来阻止细胞发生有丝分裂，因此阻止有丝分裂纺锤体的形成以及后续的细胞分裂，导致对癌生长的抑制。微管靶向剂的实例是：紫杉醇、多西他赛、长春碱、长春新碱、长春瑞滨、duostatins、澳瑞他汀、美登素生物碱、tubulysins和多拉司他汀。
在一个实施方案中，所述细胞毒性剂是澳瑞他汀或澳瑞他汀肽类似物和衍生物(US 5,635,483;US 5,780,588)。已经证明，澳瑞他汀干扰微管动力学、GTP水解以及细胞核和细胞分裂(Woyke 等人, 2001)，并且具有抗癌(US 5,663,149)和抗真菌活性(Pettit,1998)。澳瑞他汀药物部分可经由接头通过肽药物部分的N(氨基)末端或C(羧基)末端被附接至抗体。
示例性澳瑞他汀实施方案包括N-末端连接的单甲基澳瑞他汀药物部分DE和DF，在Senter 等人 (2004)中公开并在US 2005/0238649中有述。
在具体的实施方案中，所述细胞毒性剂是单甲基澳瑞他汀E(MMAE)；
其中抗体通过合适的接头被连接至MMAE的以上化学结构的左手侧的氮(N)。
在一个实施方案中，所述细胞毒性剂单甲基澳瑞他汀E(MMAE)经由缬氨酸-瓜氨酸(VC)接头被连接至抗体。
在另一个实施方案中，所述细胞毒性剂单甲基澳瑞他汀E(MMAE)经由缬氨酸-瓜氨酸(VC)接头和马来酰亚胺基己酰基(MC)接头被连接至抗体，其中所述细胞毒性剂与所述接头的组合具有化学结构；
其中MAb是抗体。
在一个实施方案中，所述细胞毒性剂是单甲基澳瑞他汀F(MMAF)；
其中抗体通过合适的接头被连接至MMAF的以上化学结构的左手侧的氮(N)。
在一个实施方案中，所述细胞毒性剂单甲基澳瑞他汀F(MMAF)经由马来酰亚胺基己酰基(mc)接头被连接至抗体，其中所述细胞毒性剂与接头的组合具有化学结构；
其中MAb是抗体。
在一个实施方案中，所述细胞毒性剂是duostatin3。
在另一个具体的实施方案中，所述细胞毒性剂是DNA靶向剂。
如本文所用，术语“DNA靶向剂”，是指特定类别的细胞毒性剂，其能够烷基化和/或交联DNA。此类DNA作用试剂的实例是包含吲哚并苯二氮杂䓬二聚体和吡咯并[2,1-c][1,4]苯二氮杂䓬(PBD)的IGN试剂，由于其烷基化和交联DNA的能力而高度有效。另一个实例是包含吲哚并苯二氮杂䓬二聚体的IGN试剂，由于其仅烷基化DNA的能力而高度有效。多卡霉素是另一类DNA作用试剂。多卡霉素是小分子、合成的DNA小沟结合烷化剂。这些化合物适于靶向实体瘤以及血液肿瘤。
在一个实施方案中，所述AXL-ADC包含两到四个细胞毒性分子/抗体。取决于毒素和接头-毒素组合的化学性质，两到四个细胞毒性分子/抗体可优于更大载荷的缀合物(其相比更低载荷的缀合物，被更迅速地从循环中清除)。细胞毒性剂载荷由p表示，并且是分子中细胞毒性剂部分/抗体的平均数(也被称为药物抗体比率，DAR)。细胞毒性剂载荷的范围在1至20个药物部分/抗体，并且可存在于含有用的官能团(如但不限于氨基或巯基)的氨基酸(如赖氨酸或半胱氨酸)上。
在一个实施方案中，细胞毒性剂/抗体的数量为1至8，如2至7，如2至6，如2至5，如2至4，以及如2至3。
在另一个实施方案中，所述AXL-ADC包含四到八个细胞毒性分子/抗体。在另一个实施方案中，所述AXL-ADC包含六到十个细胞毒性分子/抗体。在又另一个实施方案中，所述AXL-ADC包含10到30，如15到25，如20个细胞毒性分子/抗体。
取决于缀合方式，p可受限于抗体上的附接位点的数量，例如当附接是半胱氨酸巯基或赖氨酸时。通常，抗体不含许多游离且有反应性的半胱氨酸巯基，这些基团可如抗体中的大多数半胱氨酸巯基残基一样作为二硫桥键被连接至药物部分。因此，在这些实施方案中，当细胞毒性剂经由半胱氨酸巯基缀合时，所述抗体可在部分或完全还原条件下被还原剂(如二硫苏糖醇(DTT)或三羰基乙基膦(TCEP))还原，以生成反应性半胱氨酸巯基。在某些实施方案中，本发明的ADC的药物载荷范围在1至约8，因为在抗体(部分)还原后将有最多8个游离半胱氨酸巯基变得可用(有8个半胱氨酸参与链间二硫键合)。
在一个实施方案中，所述药物接头部分是vcMMAE。vcMMAE药物接头部分和缀合方法在WO 2004/010957；US 7,659,241；US 7,829,531；和US 7,851,437 (SeattleGenetics；其各自通过引用并入本文中)中公开。vcMMAE通过将接头mc-vc-PAB与细胞毒性部分MMAE缀合而形成，并且使用与文献中所公开的那些类似的方法将vcMMAE药物接头部分结合至抗AXL抗体的半胱氨酸残基处，如实施例8中所述。
在一个实施方案中，所述药物接头部分是mcMMAF。mcMMAF药物接头部分和缀合方法在US 7,498,298；US 7,994,135和WO 2005/081711 (Seattle Genetics；其通过引用并入本文中)中公开，并且使用与文献中所公开的那些类似的方法将mcMMAF药物接头部分结合至抗AXL抗体的半胱氨酸残基处。
在一个实施方案中，所述细胞毒性剂通过如WO 2013/173391, WO 2013/173392和WO 2013/173393 (Concortis Biosystems)中所述的K-LockTM缀合而被连接至抗体氨基酸序列内的1或2个赖氨酸。也可以使用与文献中所公开的那些类似的方法将duostatin3(也称为Duo3)结合至抗AXL抗体的赖氨酸残基处。
其它接头技术可用于根据本发明使用的抗AXL抗体药物缀合物中，如包含羟基的接头。
在一个实施方案中，所述接头连接至通过(部分)还原抗AXL抗体获得的抗AXL抗体的游离半胱氨酸残基。
在一个具体实施方案中，所述接头是mc-vc-PAB且所述细胞毒性剂是MMAE；或所述接头是SSP且所述细胞毒性剂是DM1。
在一个具体实施方案中，所述接头是MMC且所述细胞毒性剂是DM1；或所述接头是MC且所述细胞毒性剂是MMAF。
在一个具体实施方案中，所述接头是可切割的接头AV1-K锁且所述细胞毒性剂是duostatin3。
在一个实施方案中，所述AXL-ADC包含接头mc-vc-PAB、细胞毒性剂MMAE和抗体，其中所述至少一个结合区包含选自以下的VH区和VL区；
在一个实施方案中，所述抗体包含至少一个结合区，所述结合区包含选自以下的VH区和VL区：
(y) VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；
(z) VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；
(aa) VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；
(bb) VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和53的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154]；
(cc) VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和54的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154-M103L]；
(dd) VH区，其包含分别为SEQ ID No：57、58和59的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：60、GAS和61的CDR1、CDR2和CDR3序列，[171]；
(ee) VH区，其包含分别为SEQ ID No：62、63和64的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：65、GAS和66的CDR1、CDR2和CDR3序列，[172]；
(ff) VH区，其包含分别为SEQ ID No：67、68和69的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：70、GAS和71的CDR1、CDR2和CDR3序列，[181]；
(gg) VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、73和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183]；
(hh) VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、74和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183-N52Q]；
(ii) VH区，其包含分别为SEQ ID No：78、79和80的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：81、AAS和82的CDR1、CDR2和CDR3序列，[187]；
(jj) VH区，其包含分别为SEQ ID No：83、84和85的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：86、GAS和87的CDR1、CDR2和CDR3序列，[608-01]；
(kk) VH区，其包含分别为SEQ ID No：88、89和90的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：91、GAS和92的CDR1、CDR2和CDR3序列，[610-01]；
(ll) VH区，其包含分别为SEQ ID No：93、94和95的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：96、GAS和97的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613]；
(mm) VH区，其包含分别为SEQ ID No：98、99和100的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：101、DAS和102的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613-08]；
(nn) VH区，其包含分别为SEQ ID No：103、104和105的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：106、GAS和107的CDR1、CDR2和CDR3序列，[620-06]；
(oo) VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和110的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726]；
(pp) VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和111的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726-M101L]；
(qq) VH区，其包含分别为SEQ ID No：41、42和43的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：44、AAS和45的CDR1、CDR2和CDR3序列，[140]；
(rr) VH区，其包含分别为SEQ ID No：93、94和95的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：128、XAS(其中X是D或G)和129的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613 /613-08]；
(ss) VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、119和120的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148 / 140]；
(tt) VH区，其包含分别为SEQ ID No：123、124和125的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：60、GAS和61的CDR1、CDR2和CDR3序列，[171 / 172 / 181]；以及
(uu) VH区，其包含分别为SEQ ID No：121、109和122的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726 / 187]；以及
(vv) VH区，其包含分别为SEQ ID No：93、126和127的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：96、GAS和97的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613 / 608-01 / 610-01 / 620-06]。
在另一个可替换的实施方案中，抗AXL抗体药物缀合物包含缀合的核酸或核酸相关分子。在一个此类实施方案中，所述缀合的核酸是：细胞毒性核糖核酸酶、反义核酸、抑制性RNA分子(例如，siRNA分子)或免疫刺激性核酸(例如，含有免疫刺激性CpG基序的DNA分子)。
在另一个可替换的实施方案中，抗AXL抗体被缀合至适体或核酶或其功能性肽类似物或衍生物。
在另一个可替换的实施方案中，提供了包含一种或多种放射性标记的氨基酸的抗AXL抗体药物缀合物。放射性标记的抗AXL抗体可同时用于诊断和治疗目的(缀合至放射性标记的分子是另一个可能的特征)。用于多肽的标记的非限制性实例包括：3H、14C、15N、35S、90Y、99Tc以及125I、131I和186Re。用于制备放射性标记的氨基酸及相关肽衍生物的方法是本领域已知的(参见例如Junghans 等人 (1996)；US 4,681,581；US 4,735,210；US 5,101,827；US 5,102,990；US 5,648,471;和US 5,697,902)。例如，卤素放射性同位素可通过氯胺T法缀合。
在一个实施方案中，所述抗体缀合至放射性同位素或含有放射性同位素的螯合物。例如，所述抗体可以缀合至螯合剂接头，例如DOTA、DTPA或tiuxetan，其允许所述抗体与放射性同位素复合。所述抗体还可能或可替换地包含或缀合至一种或多种放射性标记的氨基酸或其它放射性标记的分子。放射性标记的抗AXL抗体可同时用于诊断和治疗目的。放射性同位素的非限制性实例包括：3H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、125I、111In、131I、186Re、213Bs、225Ac和227Th。
抗AXL抗体还可通过共价缀合至聚合物而进行化学修饰以例如延长其循环半衰期。示例性聚合物以及将其附接至肽的方法在例如US 4,766,106；US 4,179,337；US 4,495,285 和 US 4,609,546中说明。另外的聚合物包括聚氧乙基化多元醇和聚乙二醇(PEG)(例如，分子量在约1,000至约40,000之间，如约2,000至约20,000之间的PEG)。这可例如用于如果抗AXL抗体是片段的情况。
可采用本领域已知的任何用于将根据抗AXL抗体缀合至缀合分子(如以上所述的那些)的方法，包括由Hunter 等人 (1974), Pain 等人 (1981) and Nygren (1982)所述的方法。此类抗体可通过将其它部分化学缀合至抗AXL抗体(例如，抗AXL抗体H或L链)的N-末端侧或C-末端侧来生产(参见，例如，Kanemitsu, 1994)。在适当情况下，此类缀合的抗体衍生物还可通过在以下部分缀合而生成：内部残基或糖类、或已经被引入到抗体恒定结构域中的非天然存在的氨基酸或另外的氨基酸。
试剂可直接或间接偶联至抗AXL抗体。间接连接第二试剂的一个实例是经由间隔部分连接至抗体中的半胱氨酸或赖氨酸残基。在一个实施方案中，抗AXL抗体经由间隔或接头缀合至前药分子(其可以经体内活化而成为治疗药物)。施用后，所述间隔或接头通过肿瘤细胞相关的酶或其它肿瘤特异性条件被裂解，由此形成活性药物。此类前药技术和接头的实例在WO 2002/083180, WO 2004/043493, WO 2007/018431, WO 2007/089149, WO2009/017394 和 WO 2010/62171 (Syngenta BV；其各自通过引用并入本文中)中有述。合适的抗体-前药技术和多卡霉素类似物也可见于US 6,989,452 (Medarex；通过引用并入本文中)中。
在一个实施方案中，抗AXL抗体被附接至螯合剂接头，例如tiuxetan，其允许抗体缀合至放射性同位素。
组合、组合物和试剂盒
根据本发明使用的AXL-ADC可以以组合物的形式施用。在一个方面，所述组合物是包含AXL-ADC和药物载体的药物组合物。
在一个实施方案中，AXL-ADC或包含AXL-ADC的药物组合物用于与至少一种正在治疗或已经治疗赘生物的治疗剂(即根据任何前述方面或实施方案的化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂、PI3K抑制剂、mAb/rTKI和/或丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂)组合治疗赘生物。例如，所述治疗剂可以是根据任何上述方面或实施方案的化疗剂、TKI或S/Th TKI。通常，AXL-ADC和治疗剂分开施用。
然而，在一个实施方案中，包含AXL-ADC的药物组合物进一步包含至少一种正在治疗或已经治疗赘生物的治疗剂，即根据任何前述方面或实施方案的化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂、PI3K抑制剂、mAb/rTKI和/或丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂。例如，所述治疗剂可以是根据任何上述方面或实施方案的化疗剂、TKI或S/Th TKI。根据本发明与至少一种治疗剂组合使用的AXL-ADC也可以以试剂盒的形式提供，用于同时、分开或依次施用，其中所述试剂盒可以进一步包含使用说明书。通常将ADC和至少一种治疗剂配制为单独的药物组合物。
在一个实施方案中，所述组合、组合物或试剂盒中的酪氨酸激酶抑制剂是EGFR拮抗剂。
在一个实施方案中，所述组合、组合物或试剂盒中的酪氨酸激酶抑制剂选自埃罗替尼、吉非替尼、拉帕替尼、伊马替尼、舒尼替尼、克里唑替尼、米哚妥林(PKC412)和喹扎替尼(AC220)，如例如埃罗替尼或其类似物或衍生物，如拉帕替尼或吉非替尼。在一个优选实施方案中，所述酪氨酸激酶抑制剂是埃罗替尼。
在一个实施方案中，所述组合、组合物或试剂盒中的丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂选自威罗菲尼、达拉菲尼、司美替尼(AZD6244)、VTX11E、曲美替尼和PLX4720。
在一个实施方案中，所述组合、组合物或试剂盒中的BRAF抑制剂是威罗菲尼(PLX4032)或其治疗有效的类似物或衍生物，如达拉菲尼或PLX4720。在一个实施方案中，所述BRAF抑制剂是威罗菲尼。在一个实施方案中，所述BRAF抑制剂是达拉菲尼。
在一个实施方案中，所述组合、组合物或试剂盒中的丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂包含至少一种BRAF-抑制剂和至少一种MEK抑制剂，其中所述至少一种BRAF抑制剂选自威罗菲尼、达拉菲尼及其组合，且其中所述MEK-抑制剂选自司美替尼(AZD6244)和曲美替尼及其组合。例如，所述组合、组合物或试剂盒可以包含达拉菲尼和曲美替尼；威罗菲尼和曲美替尼；达拉菲尼、威罗菲尼和曲美替尼；达拉菲尼和司美替尼；或威罗菲尼和司美替尼。
在一个实施方案中，所述组合、组合物或试剂盒中的至少一种化疗剂是紫杉烷，例如选自紫杉醇和多西他赛。
在一个实施方案中，所述组合、组合物或试剂盒中的至少一种化疗剂选自顺铂、卡铂、多柔比星、依托泊苷和二甲双胍。
在一个实施方案中，所述组合、组合物或试剂盒中的PI3K抑制剂是阿尔拜斯布(BYL719)。
在一个实施方案中，所述组合、组合物或试剂盒中的mAb/rTKiin是西妥昔单抗或MAB391。
如果需要，所述试剂盒可以进一步包括各种常规药物试剂盒组分中的一种或多种，如例如具有一种或多种药学上可接受的载体的容器、额外的容器等，这对于本领域技术人员是显而易见的。所述试剂盒中也可以包括作为插页或标签的印刷说明，其说明待施用的组分的量、施用指南和/或混合组分的指南。
所述药物组合物可与药学上可接受的载体或稀释剂以及任何其它已知佐剂和赋形剂根据常规技术(如Remington：The Science and Practice of Pharmacy (1995)中所公开的那些)一起配制。
所述药学上可接受的载体或稀释剂以及任何其它已知佐剂和赋形剂应当适用于AXL-ADC以及所选择的施用模式。载体及药物组合物的其它组分的适用性是基于对所选择的化合物或药物组合物的所需生物学特性缺乏显著负面影响(例如，在抗原结合后没有实质性影响(10%或更少的相对抑制、5%或更少的相对抑制，等))而确定的。
药物组合物还可包含稀释剂、填充剂、盐类、缓冲剂、洗涤剂(例如，非离子型洗涤剂，如Tween-20或Tween-80)、稳定剂(例如，糖类或不含蛋白的氨基酸)、防腐剂、组织固定剂、增溶剂和/或适合包含在药物组合物中的其它材料。
药物组合物中活性成分的实际剂量水平可以变化，从而获得活性成分的量，所述量有效实现具体患者、组合物和施用模式的所需治疗应答，而对该患者没有毒性。所选剂量水平将取决于各种药代动力学因素，包括：具体组合物的活性、施用途径、施用时间、所采用的具体化合物的排泄率、治疗持续时间、与所采用的具体组合物联合使用的其它药物、化合物和/或材料、接受治疗的患者的年龄、性别、重量、状况、一般健康和既往病史等医学领域熟知的因素。
所述药物组合物可通过任何合适途径和模式施用。体内和体外施用本发明的化合物的合适途径是本领域熟知的，并且可由本领域普通技术人员选择。
在一个实施方案中，所述药物组合物经胃肠外施用。
如本文所用，术语“胃肠外施用”和“经胃肠外施用”，是指除肠内和局部施用之外的施用模式，通常是通过注射，并且包括：表皮、静脉内、肌内、动脉内、鞘内、囊内、眶内、心内、皮内、腹腔内、腱内、经气管、皮下、表皮下(subcuticular)、关节内、囊下、蛛网膜下腔、椎管内、颅内、胸内、硬膜外以及膜内注射和输注。
在一个实施方案中，所述药物组合物通过静脉内或皮下注射或输注施用。
药学上可接受的载体包括与用于根据本发明使用的AXL-ADC或治疗剂在生理上相容的任何及所有合适的溶剂、分散介质、包衣、抗菌剂和抗真菌剂、等渗剂、抗氧化剂和吸收延迟剂等。
可用于药物组合物中的合适的水性和非水性载体的实例包括：水、盐水、磷酸盐-缓冲盐水、乙醇、葡萄糖、多元醇(如甘油、丙二醇、聚乙二醇等)及其合适的混合物；植物油，如橄榄油、玉米油、花生油、棉籽油和芝麻油；羧甲基纤维素胶体溶液、黄蓍胶和可注射有机酯如油酸乙酯，和/或各种缓冲液。其它载体是药学领域熟知的。
药学上可接受的载体包括无菌水溶液或用于无菌注射溶液或分散剂的临时制备的分散剂和无菌粉末。对药物活性物质使用此类介质和试剂是本领域已知的。除非该常规介质或试剂与所述活性化合物不相容，否则设想了其在药物组合物中的使用。
可例如通过使用包衣材料(如卵磷脂)、通过在分散的情况下保持所需的粒径以及通过使用表面活性剂来保持适当的流动性。
药物组合物还可包含药学上可接受的抗氧化剂例如：(1) 水溶性抗氧化剂，如抗坏血酸、半胱氨酸盐酸盐、硫酸氢钠、焦亚硫酸钠，亚硫酸钠等；(2) 油溶性抗氧化剂，如抗坏血酸棕榈酸酯、丁基化羟基苯甲醚(BHA)、丁基化羟基甲苯(BHT)、卵磷脂、没食子酸丙酯、α-生育酚等；以及(3) 金属螯合剂，如柠檬酸、乙二胺四乙酸(EDTA)、山梨醇、酒石酸、磷酸等。
药物组合物还可在组合物中包含等渗剂，如糖类、多元醇(如甘露醇、山梨醇、甘油)或氯化钠。
药物组合物还可含有一种或多种适用于所选施用途径的佐剂，如防腐剂、润湿剂、乳化剂、分散剂、防腐剂或缓冲剂，其可提高所述药物组合物的保质期或有效性。用于本发明的用途的AXL-ADC或治疗剂可与载体一起制备成如受控释放制剂，包括植入物、透皮贴剂和微胶囊化递送系统，所述载体将保护所述化合物免于迅速释放。此类载体可包括：明胶、单硬脂酸甘油酯、二硬脂酸甘油酯、可生物降解的生物相容性聚合物(如乙烯醋酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、胶原、聚-原酸酯和聚乳酸)本身或与蜡一起，或本领域熟知的其它材料。制备此类制剂的方法对于本领域技术人员是众所周知的。参见例如Robinbson：Sustainedand Controlled Release Drug Delivery Systems (1978)。
在一个实施方案中，化合物可经配制以确保正确的体内分布。用于胃肠外施用的药学上可接受的载体包括无菌水溶液或用于无菌注射溶液或分散剂的临时制备的分散剂和无菌粉末。对药物活性物质使用此类介质和试剂是本领域已知的。除非该常规介质或试剂与所述活性化合物不相容，否则设想了其在药物组合物中的使用。也可将其它活性或治疗性化合物掺入到所述组合物中。
用于注射的药物组合物通常必须是无菌的并且在生产和存储条件下是稳定的。所述组合物可被配制成溶液、微乳液、脂质体、或适合高药物浓度的其它有序结构。载体可以是水性或非水性溶剂或分散介质，其含有例如水、乙醇、多元醇(如甘油、丙二醇、聚乙二醇等)及其合适的混合物；植物油，如橄榄油；以及可注射有机酯，如油酸乙酯。可例如通过使用包衣(如卵磷脂)、通过在分散的情况下保持所需的粒径以及通过使用表面活性剂来保持适当的流动性。在许多情况下，将优选在组合物中包含等渗剂，例如，糖类、多元醇(如甘油、甘露醇、山梨醇)或氯化钠。可通过在组合物中包含延迟吸收的试剂(例如，单硬脂酸盐和明胶)带来注射组合物的延长吸收。无菌注射溶液可通过如下制备：将适当的溶剂中的所需量的活性化合物与例如以上列举的成分之一或其组合相结合，按照需要，后接灭菌微过滤。通常，通过将活性化合物掺入到无菌媒介物中来制备分散剂，所述无菌媒介物含有基础分散介质和所需的例如来自以上列举的那些的其它成分。就用于制备无菌注射溶液的无菌粉末而言，制备方法的实例是真空-干燥和冷冻干燥(冻干)，所述方法从其先前无菌过滤的溶液中得到活性成分的粉末加上任何另外的所需成分。
无菌注射溶液可通过如下制备：将适当的溶剂中的所需量的活性化合物与以上列举的成分之一或其组合相结合，按照需要，后接灭菌微过滤。通常，通过将活性化合物掺入到无菌媒介物中来制备分散剂，所述无菌媒介物含有基础分散介质和所需的来自以上列举的那些的其它成分。就用于制备无菌注射溶液的无菌粉末而言，制备方法的实例是真空干燥和冷冻干燥(冻干)，所述方法从其先前无菌过滤的溶液中得到活性成分的粉末加上任何另外的所需成分。
抗AXL抗体的生产
根据本发明用作ADC的抗体可以在宿主细胞中使用核酸构建体通常以一种或多种表达载体的形式重组制备。在一个实施方案中，所述核酸构建体编码表1中列出的一个或多个序列。在另外的实施方案中，所述表达载体还包含核酸序列，所述核酸序列编码抗体(例如，人IgG1,κ单克隆抗体)的轻链、重链或轻链和重链两者的恒定区。
所表达的抗AXL抗体可随后被缀合至如本文所述的部分。在另一个实施方案中，所述抗AXL抗体可随后被用于在缀合之前生成如本文所述的双特异性抗体。
表达载体可以是任何合适的载体，包括染色体的、非染色体的以及合成的核酸载体(包含合适的表达控制元件组的核酸序列)。此类载体的实例包括：SV40的衍生物、细菌质粒、噬菌体DNA、杆状病毒、酵母质粒、源自质粒和噬菌体DNA的组合的载体、以及病毒核酸(RNA或DNA)载体。在一个实施方案中，编码抗AXL抗体的核酸被包含在裸DNA或RNA载体中，包括例如：线性表达元件(如例如Sykes和Johnson (1997)中所述)、致密核酸载体(如例如US 6,077,835和/或WO 00/70087中所述)、质粒载体如pBR322、pUC 19/18或pUC 118/119、“侏儒(midge)”尺寸最小化的核酸载体(如例如Schakowski 等人 (2001)中所述)，或作为沉淀核酸载体构建体，如磷酸钙沉淀构建体(如例如WO 00/46147；Benvenisty andReshef, 1986；Wigler 等人, 1978；和Coraro and Pearson, 1981)中所述)。此类核酸载体及其用法是本领域熟知的(参见例如US 5,589,466和US 5,973,972)。
在一个实施方案中，所述载体适用于在细菌细胞中表达抗AXL抗体。此类载体的实例包括表达载体如BlueScript(Stratagene)、pIN载体((Van Heeke和Schuster, 1989)，pET载体(Novagen, Madison WI)等)。
表达载体还可能或可选地是适用于在酵母系统中表达的载体。可采用适用于在酵母系统中表达的任何载体。合适的载体包括，例如，包含组成型或诱导型启动子(如α因子、醇氧化酶和PGH)的载体(在Ausubel 等人, 1987和Grant 等人, 1987中有综述)。
核酸构建体和/或载体还可包含编码分泌/定位序列的核酸序列，其可以将多肽(如新生多肽链)靶向至周质空间或进入细胞培养液。此类序列是本领域已知的，并且包括：分泌前导或信号肽、细胞器靶向序列(例如，细胞核定位序列、ER驻留信号、线粒体转运序列、叶绿体转运序列)、膜定位/锚定序列(例如，停止转移序列、GPI锚定序列)等。
在本表达载体中，编码抗AXL抗体的核酸可包含任何合适的启动子、增强子以及其它有助于表达的元件，或与之相关。此类元件的实例包括：强表达启动子(例如，人CMV IE启动子/增强子以及RSV、SV40、SL3-3、MMTV和HIV LTR启动子)、有效的聚(A)终止序列、大肠杆菌中质粒产物的复制起点、作为选择标志物的抗生素抗性基因和/或便利的克隆位点(例如，聚合接头)。核酸还可包含与组成型启动子相对的诱导型启动子，如CMV IE(技术人员将认识到此类术语是对特定条件下基因表达程度的实际说明)。
在一个实施方案中，所述编码抗AXL抗体的表达载体可经由病毒载体而被定位到并且/或者被递送至宿主细胞或宿主动物。
宿主细胞可以是重组真核或原核宿主细胞，如转染瘤，其生产如本文定义的本发明的抗AXL抗体或如本文定义的本发明的双特异性分子。宿主细胞的实例包括酵母、细菌和哺乳动物细胞，如CHO或HEK细胞或其衍生物。例如，在一个实施方案中，所述细胞包含稳定整合到细胞基因组中的核酸，所述核酸包含编码表达抗AXL抗体的序列。在另一个实施方案中，所述细胞包含非整合核酸(如质粒、粘粒、噬粒或线性表达元件)，所述核酸包含编码表达抗AXL抗体的序列。
如本文所用，术语“重组宿主细胞”(或简称“宿主细胞”)，旨在是指其中已经引入了表达载体的细胞。应该理解，此类术语旨在不仅是指具体所讨论的细胞，还是指此类细胞的子代。因为某些修饰可能由于突变或环境影响而出现在后续世代中，所以此类子代可能事实上与亲代细胞不同，但仍然被包括在如本文所用的术语“宿主细胞”的范围内。重组宿主细胞包括例如：转染瘤，如CHO细胞、HEK-293细胞、PER.C6、NS0细胞；和淋巴细胞；以及原核细胞如大肠杆菌和其它真核宿主如植物细胞和真菌。
如本文所用，术语“转染瘤”，包括表达抗体或靶抗原的重组真核宿主细胞，如CHO细胞、PER.C6、NS0细胞、HEK-293细胞、植物细胞或真菌，包括酵母细胞。
所述抗体可以可选地产生自从小鼠脾B细胞制备的杂交瘤，所述小鼠脾B细胞得自用目标抗原免疫的小鼠，例如以在表面表达所述抗原的细胞或编码AXL的细胞外区域的核酸的形式。单克隆抗体还可得自杂交瘤，其源自经免疫的人类或非人哺乳动物如兔子、大鼠、狗、灵长类等的表达抗体的细胞。
人抗体可使用转基因或转染色体小鼠生成，例如HuMAb小鼠，其携带人类免疫系统而非小鼠系统的部分。所述HuMAb小鼠含有人类免疫球蛋白基因迷你位点，其编码未重排人类(μ和γ)重链和κ轻链免疫球蛋白序列，以及使内源性µ和κ链位点失活的所靶向突变(Lonberg 等人, 1994a)。因此，所述小鼠在免疫后产生免疫抗体应答，所引入的人类重链和轻链转基因发生类别变换和体细胞突变以生成高亲和力的人类IgG,κ单克隆抗体(Lonberg 等人, 1994b；Lonberg和Huszar, 1995；Harding和Lonberg, 1995)。HuMAb小鼠的制备在Taylor 等人, 1992；Chen 等人, 1993；Tuaillon 等人, 1994；和Fishwild 等人, 1996中有详细描述。还参见US 5,545,806；US 5,569,825；US 5,625,126；US 5,633,425；US 5,789,650；US 5,877,397；US 5,661,016；US 5,814,318；US 5,874,299；US 5,770,429；US 5,545,807；WO 98/024884；WO 94/025585；WO 93/001227；WO 92/022645；WO92/003918；和WO 01/009187。来自这些转基因小鼠的脾细胞可被用于根据众所周知的技术来生成杂交瘤，其分泌人类单克隆抗体。另外，可以从转基因小鼠或大鼠产生人抗体以产生人-大鼠嵌合抗体，其可以用作完全人单克隆抗体的重组生产的来源。
另外，人抗体可通过展示型技术识别，包括但不限于：噬菌体展示、逆转录病毒展示、核糖体展示、哺乳动物展示、酵母展示以及本领域已知的其它技术，并且所得分子可经受额外的成熟，如亲和力成熟，此类技术是本领域熟知的。
本发明通过下列实施例进一步说明，这些实施例不应被理解为进一步限制性的。
实施例
实施例1 - 免疫和生成AXL抗体
AXL的表达构建体
生成了用于表达各种全长AXL变体的下列密码子优化的构建体：人(智人)AXL(Genbank登录号 NP_068713.2)、人-食蟹猴嵌合AXL，其中人细胞外结构域(ECD)被食蟹猴(Macaca fascicularis)AXL的ECD替换 (Genbank登录 HB387229.1的翻译；aa 1-447)、人-小鼠嵌合AXL，其中人ECD被小鼠(小家鼠)AXL的ECD替换(Genbank登录 NP_033491.2；aa 1-441)、人-小鼠嵌合AXL，其中人Ig样结构域I(aa 1-134, 在本文中也称为“Ig1结构域”)被小鼠AXL的Ig样结构域I替换、人-小鼠嵌合AXL，其中人Ig样结构域II(aa 148-194, 在本文中也称为“Ig2结构域”)被小鼠AXL的Ig样结构域II替换、人-小鼠嵌合AXL，其中人FNIII样结构域I(aa 227-329, 在本文中也称为“FN1结构域”)被小鼠AXL的FNIII样结构域I替换、人-小鼠嵌合AXL，其中人FNIII样结构域II(aa 340-444, 在本文中也称为“FN2结构域”)被小鼠AXL的FNIII样结构域II替换。另外，生成了各种AXL ECD变体的下列密码子优化的构建体：人AXL的细胞外结构域(ECD)(aa 1-447)，其具有C-末端His标签(AXLECDHis)、人AXL的FNIII样结构域II(aa 327-447)，其具有N-末端信号肽和C-末端His标签(AXL-FN2ECDHis)、以及人AXL的Ig1和Ig2结构域(aa 1-227)，其具有C-末端His标签(AXL-Ig12ECDHis)。
所述构建体含有适用于克隆的限制性位点和最佳Kozak(GCCGCCACC)序列(Kozak等人, 1999)。所述构建体被克隆到哺乳动物表达载体pcDNA3.3(Invitrogen)中。
EL4细胞中的AXL表达
用含有完全人AXL编码序列的pcDNA3.3载体稳定转染EL4细胞，并在用抗生素试剂G418(Geneticin)选择后选出稳定克隆。
纯化经His标签的AXL
在HEK-293F细胞中表达AXLECDHis、AXL-FN2ECDHis和AXL-Ig12ECDHis。His标签使得能够用固定化金属亲和层析法纯化。在此方法中，用Co2+阳离子使固定在层析树脂上的螯合剂带电。将含有经His标签的蛋白的上清液与所述树脂以成批模式(即溶液)孵育。所述经His标签的蛋白强力结合至树脂珠粒，而相比所述经His标签的蛋白，存在于培养上清液中的其它蛋白不结合或弱结合。孵育后，从上清液中回收珠粒并填装到柱中。洗涤该柱以移除弱结合的蛋白。然后用含有咪唑(其与His竞争结合Co2+)的缓冲液洗脱强力结合的经His标签的蛋白。通过在除盐柱上的缓冲液交换从蛋白中移除洗脱液。
免疫
抗体IgG1-AXL-061、IgG1-AXL-107、IgG1-AXL-183、IgG1-AXL-613和IgG1-AXL-726源自下列免疫：HCo12-BalbC (IgG1-AXL-107)、HCo17-BalbC (IgG1-AXL-183、IgG1-AXL-726)和HCo20 (IgG1-AXL-061、IgG1-AXL-613)转基因小鼠(Medarex, San José, CA, USA)，其以14天的间隔交替地用20 µg的AXLECDHis蛋白(IgG1-AXL-511、IgG1-AXL-613、IgG1-AXL-183)等、20 µg AXL-FN2ECDHIS 加上 20 µg AXL-Ig12ECDHis (IgG1-AXL-726)或20 µgAXL-Ig12ECDHis (IgG1-AXL-107)进行腹腔内(IP)免疫，并用相同蛋白进行皮下(SC；在尾根部)免疫。总共进行了8次免疫：4次IP和4次SC免疫。对于大多数免疫而言，第一次免疫在完全弗氏佐剂(CFA；Difco Laboratories, Detroit, MI, USA)中进行，而所有后续免疫在不完全弗氏佐剂(IFA；Difco Laboratories, Detroit, MI, USA)中进行。抗体IgG1-AXL-183源自均在Sigma佐剂系统(Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA)中进行的免疫。
抗体IgG1-AXL-137、IgG1-AXL-148、IgG1-AXL-154、IgG1-AXL-171和IgG1-AXL-733源自下列免疫：HCo12-BalbC (IgG1-AXL-137、IgG1-AXL-148)、HCo17-BalbC (IgG1-AXL-154、IgG1-AXL-733)和HCo20-BalbC (IgG1-AXL-171) 转基因小鼠 (Medarex, San José,CA, USA)用20 µg的AXLECDHis蛋白在CFA中免疫。随后，将小鼠以14天的间隔交替地用经全长人AXL转染的EL4细胞在PBS中进行腹腔内(IP)免疫，并用AXLECDHis蛋白在IFA中进行皮下(SC；在尾根部)免疫。
将在如下所述的抗原特异性筛选FMAT测定中检测到的，至少两个连续AXL特异性抗体滴度为200(血清稀释度1/200)或更高的小鼠，在融合前3-4天进行加强(将10 µg的源自AXL的蛋白在PBS中静脉注射)。
同种抗原特异性筛选测定
经免疫小鼠的血清或HuMab(人单克隆抗体)杂交瘤或转染瘤的培养上清液中抗AXL抗体的存在通过同种抗原特异性筛选测定使用荧光微量测定技术(FMAT；AppliedBiosystems, Foster City, CA, USA)确定。为此，使用了具有基于4或8细胞测定的组合的两种不同的测试设计。
基于4细胞的测定测试设计用于测试来自经免疫小鼠的血清，并且用作杂交瘤或转染瘤培养上清液的初筛测试。在4测定测试设计中，分别分析了样品中人抗体与A431(DSMZ)和MDA-MB-231细胞(均在细胞表面表达AXL)的结合以及与TH1021-AXL(瞬时表达全长人AXL的HEK-293F细胞；如上所述产生)和HEK293野生型细胞(阴性对照，其不表达AXL)的结合。
杂交瘤或转染瘤培养上清液样品另外经受基于8细胞测定的测试设计。在8测定测试设计中，分别分析了样品中人抗体与TH1021-hAXL (瞬时表达人AXL的HEK-293F细胞)、TH1021-cAXL (瞬时表达人-食蟹猴AXL嵌合体的HEK-293F细胞，在所述嵌合体中，人ECD已经被食蟹猴AXL的ECD替换)、TH1021-mAXL (瞬时表达人-小鼠AXL嵌合体的HEK-293F细胞，在所述嵌合体中，人ECD已经被小鼠AXL的ECD替换)、TH1021-mIg1 (瞬时表达人AXL的HEK-293F细胞，在所述人AXL中，Ig样结构域I被小鼠AXL的Ig样结构域I替换)、TH1021-mIg2 (瞬时表达人AXL的HEK-293F细胞，在所述人AXL中，Ig样结构域II被小鼠AXL的Ig样结构域II替换)、TH1021-mFN1 (瞬时表达人AXL的HEK-293F细胞，在所述人AXL中，FNIII样结构域I被小鼠AXL的FNIII样结构域I替换)、TH1021-mFN2 (瞬时表达人AXL的HEK-293F细胞，在所述人AXL中，FNIII样结构域II被小鼠AXL的FNIII样结构域II替换)以及HEK293野生型细胞(阴性对照，其不表达AXL)的结合。
将样品加入到细胞中以允许结合至AXL。随后，使用荧光缀合物(山羊抗人IgG Fcγ-DyLight649；Jackson ImmunoResearch)检测HuMab的结合。AXL特异性人源化小鼠抗体A0704P(在HEK-293F细胞中产生)被用作阳性对照，而HuMab-小鼠汇集的血清和ChromPure人IgG、全分子(Jackson ImmunoResearch)分别被用作阴性对照。使用Applied Biosystems8200 细胞检测系统(8200 CDS)扫描样品并将平均荧光用作数据读出。当计数高于50并且计数x荧光高于阴性对照至少三倍时，样品被认为呈阳性。
HuMab杂交瘤生成
将具有足够抗原特异性滴度发展(如上所述)的HuMab小鼠处死并收集脾脏以及腹主动脉和腔静脉旁侧的淋巴结。使用CytoPulse CEEF 50 电融合系统(Cellectis, Paris,France)，基本上根据制造商说明，通过电融合将脾细胞和淋巴结细胞融合至小鼠骨髓瘤细胞系(SP2.0细胞)。然后，使用ClonePix系统(Genetix, Hampshire, Uk)亚克隆原生孔(primary well)。为此，将特异性原生孔杂交瘤接种在由40% CloneMedia (Genetix,Hampshire, UK)和60% HyQ 2x 完全培养基(Hyclone, Waltham, USA)制成的半固体培养基中。根据如上所述的抗原特异性结合测定重新测试亚克隆，并使用IsoCyte系统(Molecular Devices, LLC, Sunnyvale, CA)扫描。使用Octet (Fortebio, Menlo Park,USA)测量IgG水平以选择最佳生产克隆/原生孔，用于进一步扩展。基于标准方案(例如，如Coligan J.E., Bierer, B.E., Margulies, D.H., Shevach, E.M. 和 Strober, W., 编撰，Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons, Inc.,等 2006中所述)完成对所得HuMab杂交瘤的进一步扩展和培养。由此方法得到的克隆被定名为PC1021。
经纯化抗体的质谱法
使用装填有G蛋白树脂的PhyTip柱(PhyNexus Inc., San Jose, USA)在Sciclone ALH3000工作站(Caliper Lifesciences, Hopkinton, USA)上纯化来自6孔或Hyperflask阶段的含有小量0.8 ml等分试样抗体的杂交瘤上清液。根据制造商说明使用PhyTip柱，但缓冲液用以下替换：结合缓冲液 PBS (B. Braun, Medical B.V., Oss, Netherlands) 和洗脱缓冲液 0.1M 甘氨酸-HCl pH 2.7 (Fluka Riedel-de Haën, Buchs, Germany)。纯化后，用2M Tris-HCl pH 9.0 (Sigma-Aldrich, Zwijndrecht, Netherlands)中和样品。可替换地，在一些情况下，使用A蛋白亲和柱层析法纯化更大体积的培养上清液。
纯化后，将样品置于384孔平板(Waters, 100 µl 方孔板，部件号186002631)中。将样品用N-糖苷酶F在37℃去糖基化过夜。加入DTT(15 mg/ml)(1 µl /孔)并在37℃孵育1h。将样品(5或6 µl)在Acquity UPLC™ (Waters, Milford, USA)上用BEH300 C18, 1.7µm, 2.1x 50 mm 柱于60℃脱盐。将均含有0.1% 甲酸(Fluka, 目录号56302, Buchs,Germany)的MQ水和LC-MS级乙腈(Biosolve,目录号01204101, Valkenswaard, TheNetherlands)分别用作洗脱液A和B。在以正离子模式操作的micrOTOF™ 质谱仪(Bruker,Bremen, Germany)上在线记录飞行时间电喷雾电离质谱。在分析前，用ES调校混合物(Agilent Technologies, Santa Clara, USA)校准900-3000 m/z标度。将质谱用DataAnalysis™ 软件 v. 3.4 (Bruker)解卷积，使用最大熵算法寻找介于5至80 kDa之间的分子量。
在解卷积后，比较所得的所有样品的重链和轻链质量(在还原条件下)以找到重复抗体。在重链的比较中，将可能存在的C-末端赖氨酸变体纳入考量。这得到了独特抗体的列表，其中独特被定义为重链和轻链的独特组合。在找到重复抗体的情况下，来自其它测试的结果被用于决定哪种抗体是继续用于实验的最佳材料。
AXL抗体可变结构域的序列分析以及克隆至表达载体中
从0.2至5x106 个杂交瘤细胞中制备总RNA，并根据制造商说明，使用SMART RACE cDNA扩增试剂盒(Clontech)从100 ng 总RNA中制备5’-RACE-互补DNA(cDNA)。通过PCR扩增VH和VL克隆区，并通过无连接酶克隆在框架内被直接克隆至pG1f和pKappa表达载体中(Aslanidis, C. 和 P.J. de Jong, Nucleic Acids Res 1990;18(20)：6069-74)。对于每种抗体，对12个VL克隆和12个VH克隆进行了测序。所得序列示于表4中。CDR序列根据IMGT定义(Lefranc 等人, 1999 and Brochet, 2008)。选择具有正确的开放阅读框(ORF)的克隆用于进一步研究和表达。所发现的所有重链和轻链组合的载体均在FreestyleTM 293-F细胞中使用293fectin瞬时共表达。
对于抗体IgG1-AXL-154、IgG1-AXL-183和IgG1-AXL-726，生成了下列在可变结构域中具有点突变的变体：IgG1-AXL-154-M103L、IgG1-AXL-183-N52Q和IgG1-AXL-726-M101L。使用Quickchange II诱变试剂盒(Stratagene)通过定点诱变生成突变体。
AXL对照抗体
在一些实施例中，使用了针对AXL的比较抗体(IgG1-YW327.6S2)，其已经在之前有过描述(EP 2 220 131, U3 Pharma；WO 2011/159980, Genentech)。这些AXL特异性抗体的VH和VL序列被克隆到pG1f和pKappa表达载体中。
b12抗体
在一些实施例中，抗体b12(一种gp120特异性抗体(Barbas, 1993))被用作阴性对照。
表达
抗体被表示为IgG1,κ。基本上如制造商所述，使用293fectin(Invitrogen, US)将同时编码抗体重链和轻链的质粒DNA混合物瞬时转染到Freestyle HEK293F细胞(Invitrogen,US)中。
抗体的纯化
将培养上清液通过0.2 µm 终端过滤器过滤，上样到5 mL MabSelect SuRe柱(GEHealth Care)并用0.1 M 柠檬酸钠-NaOH, pH 3洗脱。将洗脱物立即用2M Tris-HCl, pH 9中和并过夜透析至12.6 mM NaH2PO4、140 mM NaCl，pH 7.4(B.Braun)中。可替换地，在纯化后，将洗脱物上样到HiPrep脱盐柱并将抗体交换到12.6 mM NaH2PO4、140 mM NaCl，pH 7.4(B.Braun)缓冲液中。透析或缓冲液交换后，将样品通过0.2 µm 终端过滤器灭菌过滤。通过SDS-PAGE确定纯度，并使用Octet(Fortebio, Menlo Park, USA)测量IgG浓度。将经纯化的抗体保存在4℃。
抗体IgG1-AXL-511通过以下方法生成：
AXL的表达构建体
生成了用于表达各种全长AXL变体的下列密码子优化的构建体：人(智人)AXL(Genbank登录号 NP_068713.2)、人-食蟹猴嵌合AXL，其中人细胞外结构域(ECD)被食蟹猴(Macaca fascicularis)AXL的ECD替换 (Genbank登录 HB387229.1的翻译；aa 1-447)、人-小鼠嵌合AXL，其中人ECD被小鼠(小家鼠)AXL的ECD替换(Genbank登录 NP_033491.2；aa 1-441)、人-小鼠嵌合AXL，其中人Ig样结构域I(aa 1-147, 在本文中也称为“Ig1结构域”)被小鼠AXL的Ig样结构域I替换、人-小鼠嵌合AXL，其中人Ig样结构域II(aa 148-227, 在本文中也称为“Ig2结构域”)被小鼠AXL的Ig样结构域II替换、人-小鼠嵌合AXL，其中人FNIII样结构域I(aa 228-326, 在本文中也称为“FN1结构域”)被小鼠AXL的FNIII样结构域I替换、人-小鼠嵌合AXL，其中人FNIII样结构域II(aa 327-447, 在本文中也称为“FN2结构域”)被小鼠AXL的FNIII样结构域II替换。另外，生成了各种AXL ECD变体的下列密码子优化的构建体：人AXL的细胞外结构域(ECD)(aa 1-447)，其具有C-末端His标签(AXLECDHis)、人AXL的FNIII样结构域II(aa 327-447)，其具有N-末端信号肽和C-末端His标签(AXL-FN2ECDHis)、以及人AXL的Ig1和Ig2结构域(aa 1-227)，其具有C-末端His标签(AXL-Ig12ECDHis)。
所述构建体含有适用于克隆的限制性位点和最佳Kozak(GCCGCCACC)序列(Kozak等人(1999) Gene 234：187-208)。所述构建体被克隆到哺乳动物表达载体pcDNA3.3(Invitrogen)中。
EL4细胞中的AXL表达
用含有全长人AXL编码序列的pcDNA3.3载体稳定转染EL4细胞，并在用抗生素试剂G418(Geneticin)选择后选出稳定克隆。
纯化经His标签的AXL
在HEK293F细胞中表达AXLECDHis、AXL-FN2ECDHis和AXL-Ig12ECDHis，并用固定化金属亲和层析法纯化。
免疫
来自4只表达人抗体基因序列的转基因小鼠的材料被用于选择抗体。选择了用各种免疫方案免疫并具有各种抗体应答并从传统杂交瘤方法中得到各种抗体数量的小鼠。小鼠A(在杂交瘤方法中有3.5%命中)是HCo17- BALB/c转基因小鼠(Bristol-Myers Squibb,Redwood City, CA, USA)，其以14天的间隔交替地用20 µg AXL-FN2ECDHIS 加上 20 µgAXL-Ig12ECDHis进行腹腔内(IP)免疫并用相同蛋白在尾根部进行皮下(SC)免疫。总共进行了8次免疫：4次IP和4次SC免疫。对于大多数免疫而言，第一次免疫在完全弗氏佐剂(CFA；Difco Laboratories, Detroit, MI, USA)中进行，而所有后续免疫在不完全弗氏佐剂(IFA；Difco Laboratories, Detroit, MI, USA)中进行。小鼠B(在杂交瘤方法中有0%命中)是HCo12转基因小鼠(Medarex)，其使用与小鼠A类似的免疫方案用20 µg的AXLECDHis蛋白进行免疫。小鼠C(在杂交瘤方法中有38%命中)是HCo12- BALB/c小鼠，其以14天的间隔交替地用经全长人AXL转染的EL4细胞在PBS中进行腹腔内(IP)免疫并用AXLECDHis蛋白在IFA中进行皮下(SC；在尾根部)免疫。小鼠D(在杂交瘤方法中有0%命中)是HCo12转基因小鼠(Medarex)，其使用与小鼠A类似的免疫方案用20 µg的AXL-Ig12ECDHis蛋白进行免疫。
将至少两个连续AXL特异性抗体滴度为200(血清稀释度1/200)或更高的小鼠，在融合前3-4天进行加强(将10 µg的源自AXL的蛋白在PBS中静脉注射)。
从脾脏细胞中分离RNA
使用Mini RNA简易试剂盒(Qiagen)从脾脏细胞中分离总RNA。使用SMART RACE cDNA扩增试剂盒(Clontech, Mountain View, CA, USA)，使用150 ng的RNA、PrimeScript逆转录酶(Clontech)以及SMART IIA oligo和oligodT作为引物合成5’-RACE的第一链cDNA。VL编码区通过PCR扩增，使用Advantage 2聚合酶(Clontech)、引物RACEkLIC4shortFW2 (320nM)、RACEkLIC4LongFW2 (80 nM)以及RACEkLICRV_PmlA3 (400 nM), 进行35个如下循环：95℃，30秒和68℃，1分钟。VH编码区通过PCR扩增，使用Pfu Ultra II 融合 HS DNA聚合酶(Stratagene)、引物RACEG1LIC3shortFW (320 nM)、RACEG1LIC3longFW (80 nM)以及RACEG1LIC3RV2 (400 nM)，进行40个如下循环：95℃等，20秒、66℃，20秒和72℃，30秒，并以一个72℃，3分钟的最后延伸步骤结束。使用琼脂糖凝胶电泳分离编码VH或VL的PCR产物并从凝胶上切取具有预期尺寸的DNA产物并使用Qiagen MiniElute试剂盒纯化。由PCR扩增的VH和VL编码区通过无连接酶克隆在框架内被克隆到哺乳动物表达载体pG1f(含有编码人IgG1恒定区的DNA序列)(对于VH区)和pKappa(含有编码κ轻链恒定区的DNA序列)(对于VL区)中(Aslanidis, C. 和 P.J. de Jong, Nucleic Acids Res 1990;18(20)：6069-74)，在大肠杆菌菌株DH5αT1R(Life technologies)中得到各自含有单个HC或LC表达载体的单菌落。
LEE PCR
通过从表达质粒扩增含有CMV启动子、HC或LC编码区和含有多腺苷酸信号(poly Asignal)的元件的片段生产线性表达元件(LEE’s)。为此，所述区的扩增使用了AccuprimeTaq DNA聚合酶(Life Technologies)以及引物CMVPf(BsaI)2和TkpA(BsaI)r，进行35个如下循环：94℃，45秒、55℃，30秒和68℃，2分钟(LC)或3分钟(HC)，使用大肠杆菌(菌株DH5α)菌落材料中所含的质粒作为DNA模板。
HEK-293细胞中的瞬时表达
抗体被表示为IgG1,κ。使用293fectin(Life technologies)将同时编码抗体重链和轻链的质粒DNA混合物瞬时转染到Freestyle 293-F (HEK293F)细胞(Life technologies,USA)中，基本上如Vink, T., 等人(2014)所述('A simple, robust and highlyefficient transient expression system for producing antibodies', Methods, 65(1), 5-10)。
对于Ab的LEE表达，混合1 µl的HC LEE PCR反应混合物、1 µl的LC PCR反应混合物和1 µl的30 ng/ µl如Vink, T., 等人(2014)中所述的增强复合物(其含有3种表达增强质粒的混合物)，并根据制造商(Life technologies)说明，使用293 fectin作为转染试剂，以100 µl的总体积转染到HEK293F细胞中，使用96孔平板作为容器，基本上同上所述。
AXLECDHis ELISA
用在磷酸盐缓冲盐水(PBS)中的0.5 µg/ml AXLECDHis以100 µl/孔涂布ELISA平板(Greiner, Netherlands)，并在室温(RT)下孵育16小时。移除涂层溶液并通过加入150 µlPBSTC(含有0.1 % tween-20和2% 鸡血清的PBS)/孔阻断这些孔并在RT下孵育1小时。将平板用300 µl PBST(含有0.1 % tween-20的PBS)/孔洗涤三次并加入100 µl的测试溶液，然后在RT下孵育1小时。在用300 µl的PBST/孔洗涤三次后，加入100 µl偶接了辣根过氧化物酶的抗体山羊抗人IgG(稀释度1/3000)并在RT下孵育1小时。在用300 µl的PBST/孔洗涤三次后，加入100 µl的ABTS(1mg/ml)溶液并在RT下孵育直到观察到足够的信号，并通过加入100 µl的2 % 草酸溶液停止反应。在ELISA读出器上于405 nm测量96孔平板。
多样性筛选
分别分析了样品中抗体与TH1021-hAXL (瞬时表达人AXL的HEK293F细胞)、TH1021-cAXL (瞬时表达人-食蟹猴AXL嵌合体的HEK293F细胞，在所述嵌合体中，人ECD已经被食蟹猴AXL的ECD替换)、TH1021-mAXL (瞬时表达人-小鼠AXL嵌合体的HEK293F细胞，在所述嵌合体中，人ECD已经被小鼠AXL的ECD替换)、TH1021-mIg1 (瞬时表达人AXL的HEK293F细胞，在所述人AXL中，Ig样结构域I被小鼠AXL的Ig样结构域I替换)、TH1021-mIg2 (瞬时表达人AXL的HEK293F细胞，在所述人AXL中，Ig样结构域II被小鼠AXL的Ig样结构域II替换)、TH1021-mFN1 (瞬时表达人AXL的HEK293F细胞，在所述人AXL中，FNIII样结构域I被小鼠AXL的FNIII样结构域I替换)、TH1021-mFN2 (瞬时表达人AXL的HEK293F细胞，在所述人AXL中，FNIII样结构域II被小鼠AXL的FNIII样结构域II替换)以及HEK293F细胞(阴性对照，其不表达AXL)的结合。
将来自LEE表达的样品加入到这些细胞中以允许结合至各种AXL构建体。随后，使用荧光缀合物(山羊抗人IgG Fc γ-DyLight649；Jackson ImmunoResearch)检测抗体的结合。使用Applied Biosystems 8200 细胞检测系统(8200 CDS)扫描样品并将平均荧光用作数据读出。当计数高于50并且计数x荧光高于阴性对照至少三倍时，样品被认为呈阳性。
预备HC和LC集合：
对于每只小鼠，挑选含有352 HC表达载体的菌落和含有384 LC表达载体的菌落并通过LEE PCR扩增。对LEE反应的一部分进行测序(AGOWA)。含有正确的VH插入的构建体的百分比在这4只小鼠间差别很大：小鼠A(50%)、小鼠B(23%)、小鼠C(90%)和小鼠D(14%)，并且类似于在杂交瘤方法中获得的命中的差异，参见上文。仅具有有限量的正确插入的小鼠中的HC多样性由一大类相同主导：65/83(小鼠B)和46/49(小鼠D)。对于小鼠B和D，选择独特的HC(对于小鼠B为9，对于小鼠D为4)。对于小鼠A和C，未做出选择。
HC与LC集合的共转染
使用LEE转染方案将单个编码LEE’s的HC与96个编码LEE’s的LC的集合共转染。
结合AXL的抗体的HC选择
对于小鼠B和D，通过AXL ELISA分析了来自单个HC与汇集的LC的LEE共转染的上清液中所产生的抗体混合物的AXL结合。来自小鼠B的9个HC中的7个导致AXL结合，而来自小鼠D的4个HC中的4个均导致AXL结合。
对于小鼠A和C，通过多样性筛选分析了来自单个HC与汇集的LC的LEE共转染的上清液中所产生的抗体混合物的AXL结合。通过识别抗体与AXL变体的结合丧失，此筛选允许识别结合AXL的HC并且进行粗略的表位定位。大约40%的来自小鼠A的HC结合至人AXL，其中大部分丧失了与Ig1或FNIII-2结构域的结合，当这些结构域被小鼠等同物替换后。大约70%的来自小鼠C的HC结合至人AXL，其中大部分丧失了与Ig1或Ig2结构域的结合，当这些结构域被小鼠等同物替换后。基于如通过AXL ELISA或多样性筛选所测定的结合、HC序列信息以及多样性筛选中对特定AXL结构域的结合丧失，选出了总共12个独特的HC用于确定最佳LC。
HC与单个LC的共转染
将所述12个独特的选定HC中的每一单个HC LEE与来自对应小鼠的LC集合的96个单个LC LEE共转染。
结合AXL的抗体的LC选择
通过AXL ELISA分析了单个HC/LC组合的LEE表达的上清液中所产生的抗体的AXL结合。对于每个HC，基于ELISA结果和LC序列信息，找到了至少6个LC并选择单个LC作为最佳。从全部4只小鼠中识别出结合AXL的抗体，即使所述小鼠在杂交瘤方法中并不成功。
抗体511的结合亲和力
测定了一种抗AXL抗体(克隆511)的亲和力。
使用生物膜层干涉技术在ForteBio OctetRED384上测定亲和力。用hIgG(1 µg/mL)为抗人Fc捕获(AHC)生物传感器(ForteBio, Portsmouth, UK；目录号18-5064)上样150s，目标为加载响应1 nm。在基线(150 s)后，测定AXLECDHis的结合(1000 s)与解离(2000s)(如实施例1中所述)，采用2倍稀释步骤，使用10 µg/mL – 0.16 µg/mL (218 nM – 3 nM)的浓度范围。对于计算而言，使用了基于氨基酸序列的AXLECDHis的理论分子质量，即46kDa。实验在OctetRED384上进行，并同时在30℃以1000 rpm摇动。每一抗体均在三次独立实验中进行了测试。
用ForteBio数据分析软件 v7.0.3.1分析数据，除非另行说明，否则使用1:1模式和全局整体拟合，其中结合时间1000 s且解离时间1000 s。之所以使用1000 s的解离时间(而非采集到的2000 s解离时间)，是因为这得到了更好的拟合。通过减去参照曲线(不含AXLECDHis的抗体)校正数据轨迹，使Y-轴对齐基线的最后5 s，并运用了级间校正以及Savitzky-Golay过滤进行处理。
克隆511对AXL的亲和力(KD)为23*10-9M (kon 1.7*105 1/Ms 和 kdis 3.9*10-3 1/s)。
Duostatin-3合成
制备化合物3：
向30 mL Boc-L-苯丙氨酸1(5.36 g等, 20.2 mmol)的二氯甲烷(DCM)溶液中加入羰基二咪唑(CDI, 4.26 g, 26.3 mmol)并搅拌1小时。然后加入15 mL 2(3.67 g, 30.3 mmol)和2,4-二氨基丁酸(DBU, 4.5 mL, 30 mmol)的DCM溶液。将混合物在40℃加热16小时。将混合物用60 mL的DCM和40 mL的水稀释，然后用浓HCl中和至pH 7。收集DCM提取物，用0.2MHCl(60 mL)然后是盐水(60 mL)洗涤，在Na2SO4上干燥，并蒸发以得到7.47 g的Boc保护的磺酰胺。将此材料悬浮于40 mL的甲醇中，然后加入200 mL的6N HCl/异丙醇，并搅拌混合物2小时。在真空下蒸发溶剂，然后加入100 mL的醚。通过过滤收集沉淀物并干燥以得到化合物3的HCl盐(5.93 g, 96%)；MS m/z 269.1 (M+H)。
制备化合物5：
向10 mL 化合物4(1.09 g, 1.6 mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(DMF)溶液中依次加入2-(1H-7-氮杂苯并三氮唑-1-基)-1,1,3,3-四甲基六氟磷酸铀(HATU, 0.61 g, 1.6 mmol)、二异丙基乙胺(DIEA, 0.56 mL)和化合物3(0.49 g, 1.6 mmol)。将混合物搅拌1小时并用100 mL的水和4 mL的乙酸稀释。通过过滤收集沉淀物，在真空下干燥并加入到10 mL的4MHCl/二氧杂环己烷中。30 min等后，加入200 mL的醚并收集不溶的沉淀物并通过HPLC纯化以得到化合物5的四氢呋喃盐(TFA, 1.3 g, 88%)；MS m/z 835.5 (M+H)。在整个手稿中，化合物5被称为duostatin-3。
制备化合物7：
向5 mL 化合物5(500 mg, 0.527 mmol)的DMF溶液中加入化合物6(483 mg, 0.631mmol)、N-羟基苯并三唑(HOBt, 40 mg, 0.296 mmol)和DIEA(0.27 mL)。将混合物搅拌16小时，之后加入0.4 mL的哌啶。1小时后，将混合物用100 mL的醚稀释并收集沉淀物并干燥以得到化合物7的HCl盐(640 mg, 95 %)；MS m/z 1240.7 (M+H)。
制备化合物9：
向5 mL 化合物8(219 mg, 0.62 mmol)的DMF溶液中分别加入HATU(236 mg, 0.62mmol)、DIEA(0.15 mL)和化合物7(316 mg, 1.6 mmol)。1小时后，加入0.2 mL的哌啶并搅拌混合物30 min，然后通过HPLC纯化以得到化合物9的TFA盐(235 mg, 64 %)；MS m/z 1353.8(M+H)。
制备化合物11：
向化合物9(235 mg, 0.16 mmol)的2 mL 甲醇和1 mL 水的溶液中加入二醛10(0.3M，在1.6 mL的iPrOH中)和NaCNBH3(180 mg, 2.85 mmol)的溶液。将混合物在RT下搅拌2小时，并随后通过HPLC纯化得到化合物11的TFA盐(126 mg, 50 %)；MS m/z 1465.8 (M+H)。
生成AXL特异性抗体-药物缀合物(ADC)
经纯化的AXL抗体IgG1-AXL-148、IgG1-AXL-183和IgG1-AXL-726以及阴性对照抗体IgG1-b12由Concortis Biosystems, Inc. (San Diego, CA)通过共价缀合使用K-lockAV1-缬氨酸-瓜氨酸(vc)接头与Duostatin-3缀合(Concortis Biosystems的WO 2013/173391, WO 2013/173392 和 WO 2013/173393)。
随后分析了所述抗AXL抗体药物缀合物的浓度(通过在280 nm的吸光度)、药物抗体比率(‘DAR’)(通过反相色谱法(RP-HPLC)和疏水相互作用色谱法(HIC))、未缀合药物的量(通过反相色谱法)、聚集百分比(通过尺寸排阻色谱法，SEC-HPLC)和内毒素水平(通过LAL)。结果如下(表2)：
表5
IgG1-AXL-148-vcDuostatin3 IgG1-AXL-183-vcDuostatin3 IgG1-AXL-726-vcDuostatin3 IgG1-b12-vcDuostatin3
浓度(mg/mL) 6.57 3.40 5.93 3.36
DAR(通过HIC-HPLC) 1.71 1.79 1.77 2.05
% 未缀合的药物 6.67 4.16 5.38 4.19
% 聚集体(通过SEC-HPLC) 3.71% 3.35 3.42 1.75
实施例2 - AXL抗体的结合特性
AXL抗体的结合亲和力
测定了一组9种抗AXL抗体以及3种这些抗体的变体(其在可变结构域中具有单个氨基酸突变)(IgG1-AXL-154-M103L、IgG1-AXL-183-N52Q、IgG1-AXL-726-M101L)的亲和力。
使用生物膜层干涉技术在ForteBio OctetRED384上测定亲和力。用hIgG(1 µg/mL)为抗人Fc捕获(AHC)生物传感器(ForteBio, Portsmouth, UK；目录号18-5064)上样150s，目标为加载响应1 nm。在基线(150 s)后，测定AXLECDHis的结合(1000 s)与解离(2000s)(如实施例1中所述)，采用2倍稀释步骤，使用10 µg/mL – 0.16 µg/mL (218 nM – 3 nM)的浓度范围。对于计算而言，使用了基于氨基酸序列的AXLECDHis的理论分子质量，即46kDa。实验在OctetRED384上进行，并同时在30℃以1000 rpm摇动。每一抗体均在三次独立实验中进行了测试。
用ForteBio数据分析软件 v7.0.3.1分析数据，除非另行说明，否则使用1:1模式和全局整体拟合，其中结合时间1000 s且解离时间1000 s。之所以使用1000 s的解离时间(而非采集到的2000 s解离时间)，是因为这得到了更好的拟合。对于抗体IgG1-AXL-154和IgG1-AXL-154-M103L，使用了500 s的解离时间。对于IgG1-AXL-012和IgG1-AXL-094，使用了200 s的解离时间。通过减去参照曲线(不含AXLECDHis的抗体)校正数据轨迹，使Y-轴对齐基线的最后5 s，并运用了级间校正以及Savitzky-Golay过滤进行处理。
抗AXL抗体的亲和力(KD)的范围在0.3*10-9M至63*10-9M(表6)。对于突变体IgG1-AXL-183-N52Q而言，其KD低于野生型IgG1-AXL-183，这是由于高大约2.5倍的解离速率。所观察到的其它两种突变体的动力学与野生型IgG的动力学相似。
AXL抗体与人、小鼠和食蟹猴AXL的结合
用全长人AXL、具有食蟹猴细胞外结构域(ECD)的人AXL或具有小鼠ECD的人AXL的表达构建体瞬时转染HEK293T细胞(参见实施例1)。通过流式细胞术评价了HuMab-AXL抗体与这些细胞的结合。将转染的HEK293细胞与AXL-抗体的系列稀释液(最终浓度范围为0.0024-10µg/mL)在4℃孵育30分钟。在PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中洗涤三次后，将细胞与以1/100稀释于PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中的R-藻红蛋白(PE)缀合的山羊抗人IgG F(ab’)2(Jackson ImmunoResearch Laboratories, Inc., West Grove, PA；目录号109-116-098)(最终体积为100 µL)孵育。接下来，将细胞在PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中洗涤两次，重新悬浮于120 μL PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中并在FACS Cantoll(BDBiosciences)上分析。
使用GraphPad Prism V5.04 软件(GraphPad Software, San Diego, CA, USA)，使用非线性回归(具有可变斜率的S型剂量-反应)分析结合曲线。
图1A显示，HuMab-AXL抗体与表达人AXL-ECD的HEK293细胞具有剂量依赖性结合。此外，HuMab-AXL抗体识别具有食蟹猴ECD的AXL，其EC50值在与完全人AXL相同的范围内(图1B)。相比之下，HuMab与具有小鼠ECD的AXL的结合较低(IgG1-AXL-107、IgG1-AXL-154、IgG1-AXL-154-M103L、IgG1-AXL-733、IgG1-AXL-183、IgG1-AXL-183-N52Q)或无法检测到(IgG1-AXL-171、IgG1-AXL-613、IgG1-AXL-726、IgG1-AXL-726-M101L、IgG1-AXL-148；图1C)。正如所预期的，阴性对照抗体IgG1-b12不与表达任何AXL变体的细胞结合(图1)。表7示出了抗AXL抗体与人AXL或具有食蟹猴AXL ECD的人AXL的结合的EC50值和标准偏差(在至少3次实验中测定)。与具有小鼠AXL ECD的人AXL的结合的EC50值由于极低或缺乏结合而无法测定。
AXL抗体与Gas6竞争结合AXL
测试了AXL配体Gas6是否干扰AXL抗体与AXL的结合。因此，将AXL阳性A431细胞与10 µg/mL重组人Gas6(R&D Systems, Abingdon, UK；目录号885-GS)在4℃孵育15分钟。随后，制备AXL抗体的系列稀释液(最终浓度范围为0.014-10 µg/mL)，加入到细胞中并在4℃孵育30分钟。在PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中洗涤三次后，将细胞在100 μL中与第二抗体在4℃避光孵育30 min。将以1/100稀释于PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中的R-藻红蛋白(PE)缀合的山羊抗人IgG F(ab’)2(Jackson ImmunoResearch Laboratories, Inc., WestGrove, PA；目录号109-116-098)用作结合Fc区的第二抗体。接下来，将细胞在PBS/0.1%BSA/0.02% 叠氮化物中洗涤两次，重新悬浮于120 μL PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中并在FACS Cantoll(BD Biosciences)上分析。
可替换地，将A431细胞与10 µg/mL AXL抗体预孵育(15分钟，4℃)以评估在存在AXL抗体的情况下AXL配体Gas6是否仍然可以结合。在抗体预孵育后，将重组人Gas6(R&DSystems, Abingdon, UK；目录号885-GS)的系列稀释液以0.001-20 µg/mL的最终浓度加入到细胞中并在4℃孵育30分钟。在PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中洗涤三次后，将细胞与小鼠抗-Gas6 IgG2a(R&D Systems；cat no. MAB885)在4℃孵育30 min。在PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中洗涤三次后，将细胞与FITC标记的山羊抗小鼠IgG(Dako, Heverlee,Belgium；目录号F049702)在4℃避光孵育30 min。接下来，将细胞在PBS/0.1% BSA/0.02%叠氮化物中洗涤两次，重新悬浮于120 μL PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中并在FACSCantoll(BD Biosciences)上分析。
使用GraphPad Prism V5.04 软件(GraphPad Software, San Diego, CA, USA)，使用非线性回归(具有可变斜率的S型剂量-反应)分析结合曲线。
在其中将A431细胞与Gas6预孵育的实验中(n=3)，抗AXL抗体的最大结合值与在不存在Gas6的情况下的抗体结合相当(Gas6预孵育后的最大结合是没有Gas6预孵育的结合的90-108%)(表7)。有或没有Gas6预孵育的AXL抗体结合的EC50值处于相同范围内，或在Gas6预孵育后稍有提高(表8)。
在存在Gas6的情况下，对照AXL抗体YW327.6S2与A431细胞的结合相比没有Gas的结合大大降低。在存在Gas6的情况下，YW327.6S2的最大结合是没有Gas6的结合的19%，而当细胞已经与Gas6预孵育后，与A431细胞结合的EC50值高21倍。
在其中A431细胞与抗AXL抗体预孵育的实验中，评价了Gas6结合(n=3)。Gas6与A431细胞的结合在有或没有与HuMab-AXL抗体预孵育的情况下是相似的。当细胞与HuMab预孵育时，Gas6结合的平均EC50浓度(0.34-0.83 µg/mL)以及最大Gas6结合与在存在阴性对照抗体b12的情况下的Gas6结合是相似的(EC50浓度：0.40 µg/mL；在存在b12对照抗体的情况下的Gas6结合的95-115%)。相比与b12预孵育，在存在对照AXL抗体YW327.6S2的情况下，Gas6与A431细胞的结合大大降低(EC50浓度高14倍)。在存在对照抗体YW327.6S2的情况下，Gas6的最大结合是在存在阴性对照抗体b12的情况下的结合的17%。
实施例3 – 抗AXL抗体组的表位定位研究
使用人-小鼠AXL嵌合分子测定AXL结构域特异性
使用一组人-小鼠嵌合AXL突变体测定了AXL抗体的AXL结构域特异性。生成了五种不同的嵌合AXL分子，其中人Ig样结构域I(Ig1)、Ig样结构域II(Ig2)、人FNIII样结构域I(FN1)或人FNIII样结构域II(FN2)被其小鼠同系物替换。
生成了下列经密码子优化的用于表达AXL人-小鼠嵌合体的构建体并在HEK293F细胞中表达，如实施例1中所述：
智人AXL (p33-HAHs-AXL)：(SEQ ID NO:148)
小家鼠AXL (p33-HAMm-AXL)：(SEQ ID NO:149)
智人AXL – 小家鼠Ig1结构域(p33-AXL-mIg1)：(SEQ ID NO:150)
智人AXL – 小家鼠Ig2结构域(p33-AXL-mIg2)：(SEQ ID NO:151)
智人AXL – 小家鼠FN1结构域(p33-AXL-mFN1)：(SEQ ID NO:152)
智人AXL – 小家鼠FN2结构域(p33-AXL-mFN2)：(SEQ ID NO:153)
通过流式细胞术测定了1 µg/mL 抗AXL抗体与人-小鼠AXL嵌合体的结合，如实施例2中所述。包括了IgG1-b12作为同种型对照IgG1。
所有抗AXL抗体均结合至人AXL(图2A)，而当人AXL ECD被其小鼠同系物替换后，结合被消除或大大降低(图2B)。包括了人-小鼠交叉反应性单克隆AXL抗体YW327.6S2以确认hsAXL-mmECD的表达。
抗AXL抗体107和613与hsAXL-mmIg1的结合大大降低(图2C)，表明对AXL Ig1结构域中表位的识别。IgG1-AXL-148和IgG1-AXL-171与hsAXL-mmIg2的结合大大降低(图2D)，表明对AXL Ig2结构域中表位的识别。IgG1-AXL-154、IgG1-AXL-183和IgG1-AXL-733与hsAXL-mmFN1的结合大大降低(图2E)，表明对AXL FN1结构域中表位的识别。最后，IgG1-AXL-726与hsAXL-mmFN2的结合丧失(图2F)，表明对FN2结构域内表位的识别。
全部抗AXL抗体的AXL结构域特异性汇总于表9中。
表9
抗体 AXL结构域特异性 参与结合的AXL aa
IgG1-AXL-107 Ig1 L121-Q129
IgG1-AXL-148 Ig2 D170-R190
IgG1-AXL-154 Fn1 Q272-A287, G297-P301
IgG1-AXL-154-M103L n.d.a n.d.
IgG1-AXL-171 Ig2 P170, T182-R190
IgG1-AXL-183 Fn1 未解析
IgG1-AXL-183-N52Q n.d. n.d.
IgG1-AXL-613 Ig1 T112-Q124
IgG1-AXL-726 Fn2 A359, R386, Q436-K439
IgG1-AXL-726-M101L n.d. n.d.
IgG1-AXL-733 Fn1 未解析
IgG1-AXL-061 Ig1 I97-Q124
IgG1-AXL-137 Ig1 Q57, E92-T105
YW327.6S2 Ig1 G39-D59
a n.d.，无法确定。
高分辨率表位定位以识别AXL细胞外结构域中参与AXL抗体结合的氨基酸
为了识别AXL细胞外结构域中参与抗AXL抗体结合的氨基酸，通过在细胞外结构域中重组源自具有可变的同源性水平的物种的AXL序列与人AXL序列而生成了AXL序列变体文库。简而言之，将编码人AXL(Hs)的表达质粒与编码小家鼠(Mm)、短尾负鼠(Md；负鼠)、安乐蜥(Ac；蜥蜴)和金娃娃(Tn；河豚)AXL同系物的克隆质粒混合，或反之亦然。使用了特异于所述克隆载体或所述表达载体的两种引物的组合以进行AXL细胞外结构域(ECD)的PCR扩增，在PCR循环中采用缩简的延伸时间，迫使新生的DNA复制链解链并重退火。使用巢式PCR(同样地，特异于含有源自两种载体的末端的重组产物)扩增全长ECD。
将所得AXL ECD PCR产物克隆到生成全长AXL的表达载体中，并对所得质粒进行测序，根据与模板载体的最大差别进行排序，并选择以生成具有最大分辨能力的最小集合。根据制造商(Life technologies)提供的说明书，将编码来自Hs、Mm、Md、Ac和Tn的AXL同系物的质粒、编码具有小鼠Ig1、Ig2、Fn1或Fn2结构域的Hs AXL的四种人/小鼠嵌合质粒、以及来自重组文库的十六种最区分化质粒转染到HEK293-F细胞中。通过评分/氨基酸(如果突变与(+1)或不与(-1)结合丧失相关)将使用1 µg/mL 抗AXL抗体的FACS结合数据解卷积，之后应用基线校正并标准化至-5到+5的尺度，得到整个ECD上的影响分数/氨基酸。
解卷积的结合数据以参与结合的氨基酸的形式而汇总于表9中。由于在结合位点附近缺少重组事件而造成其结合位点无法以高分辨率定位的抗体被标示为尚不清楚。
实施例4 – Fc介导的效应子功能
抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)
如下所述测定了抗AXL抗体诱导A431表皮样癌细胞的ADCC的能力。使用来自健康志愿者(UMC Utrecht, The Netherlands)的外周血单核细胞作为效应子细胞。
标记靶细胞
将A431细胞(5x106个细胞)收集在培养液(补充有10% 胎牛血清(FSC)的RPMI 1640 培养液)中, 其中已加入100 µCi 51Cr (Chromium-51；Amersham Biosciences Europe GmbH,Roosendaal, The Netherlands)，并将混合物在37℃水浴中摇动孵育1小时(hr)。在洗涤细胞(两次，在PBS中，1200 rpm，5 min)后，将细胞重新悬浮于RPMI1640/10% FSC中并通过台盼蓝拒染法计数。将细胞稀释至1x105个细胞/mL的密度。
制备效应子细胞
根据制造商说明，通过Ficoll(Bio Whittaker；淋巴细胞分离培养液, 目录号17-829E)从45 mL的新鲜抽取的肝素血分离外周血单核细胞(健康志愿者, UMC Utrecht,Utrecht, The Netherlands)。在将细胞重新悬浮于RPMI1640/10% FSC中之后，通过台盼蓝拒染法对细胞计数并稀释至1x107个细胞/mL的密度。
ADCC设置
将50 µl 的51Cr标记的靶细胞移取至96孔平板中，并加入50 µl的抗体，稀释于RPMI1640/10% FSC中(以0.01-10 µg/mL的最终浓度范围3倍稀释)。孵育细胞(室温(RT),15 min)，并加入50 µl 效应子细胞，得到100:1的效应子对靶标比率(为了测定最大裂解，加入100 µl 5% Triton-X100而非效应子细胞；为了测定自发裂解，使用50 µL 靶细胞和100 µL RPMI1640/10% FSC)。将细胞在37℃和5% CO2中孵育过夜。在将细胞离心(1200rpm, 10 min)后，收获70 µL的上清液到微细管中，并在γ计数器中计数。特异性裂解的百分比计算如下：
% 特异性裂解 = (cpm 样品 - cpm 仅靶细胞)/(cpm 最大裂解 - cpm 仅靶细胞)
其中cpm是计数/分钟。
IgG1-AXL-183-N52Q和IgG1-AXL-733以10 µg/mL的浓度在A431细胞中诱导15至21% ADCC(图3)。IgG1-AXL-148、IgG1-AXL-726-M101L、IgG1-AXL-171、IgG1-AXL-613、IgG1-AXL-107和IgG1-AXL-154-M103L以最高达10 µg/mL的浓度无法在A431细胞中诱导显著的ADCC(图3)。
实施例5 – AXL抗体-药物缀合物(AXL-ADC)的结合特性
用全长人AXL的表达构建体瞬时转染HEK293T细胞(参见实施例1)。通过流式细胞术评价了抗AXL抗体和AXL-ADC与这些细胞的结合。将瞬时转染的HEK293细胞与抗AXL抗体或AXL-ADC的系列稀释液(4倍稀释；最终浓度范围为0.003-10 µg/mL)在4℃孵育30分钟。在PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中洗涤三次后，将细胞在100 μL中与第二抗体在4℃避光孵育30 min。将以1/100稀释于PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中的R-藻红蛋白(PE)缀合的山羊抗人IgG F(ab’)2(Jackson ImmunoResearch Laboratories, Inc., West Grove, PA；目录号109-116-098)用作第二抗体。接下来，将细胞在PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中洗涤两次，重新悬浮于120 μL PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中并在FACS Cantoll(BDBiosciences)上分析。
使用GraphPad Prism V5.04 软件(GraphPad Software, San Diego, CA, USA)，使用非线性回归(具有可变斜率的S型剂量-反应)分析结合曲线。
图4显示，抗AXL抗体与表达人AXL-ECD的HEK293细胞的结合类似于AXL-ADC的结合。
实施例6 – 由AXL特异性抗体药物缀合物诱导的体外细胞毒性
将LCLC-103H细胞(人大细胞肺癌)在补充有10%(vol/vol)热失活加强型小牛血清(Perbio；目录号SH30087.03)、2 mM L-谷氨酰胺(Cambrex；目录号US17-905C)、50 IU/mL青霉素和50 μg/mL 链霉素(Cambrex；目录号DE17-603E)的含L-谷氨酰胺的RPMI 1640(Cambrex；目录号BE12-115F)中培养。将MDA-MB-231细胞(人乳腺癌)在补充有10%(vol/vol)热失活加强型小牛血清(Perbio；目录号SH30087.03)、1 mM 丙酮酸钠(Cambrex；目录号BE13-115E)、2 mM L-谷氨酰胺(Cambrex；目录号US17-905C)、100 µM MEM NEAA(Invitrogen；目录号11140)、50 IU/mL 青霉素和50 μg/mL 链霉素(Cambrex；目录号DE17-603E)的DMEM(Cambrex；目录号BE12-709F)中培养。将这些细胞系保持在37℃、5%(vol/vol)CO2、潮湿的培养箱中。将LCLC-103H和MDA-MB-231培养至近于汇合，之后细胞经胰蛋白酶处理，重新悬浮于培养液中并通过细胞过滤器(BD Falcon, 目录号352340)以获得单细胞悬液。在96孔培养板的每个孔中接种1x103个细胞，并将细胞在室温下孵育30 min，并随后在37℃、5% CO2孵育5小时以允许贴板。
在培养液中制备AXL抗体药物缀合物(AXL-ADC；参见实施例1)的系列稀释液(4倍；最终浓度范围为0.00015至10 µg/mL)并加入到平板中。将与1 µM 星形孢菌素(#S6942-200, Sigma)孵育的细胞用作100%肿瘤杀伤的参照。将未经处理的细胞用作0%肿瘤细胞杀伤的参照。将平板在37℃、5% CO2孵育5天。接下来，向孔中加入CellTiter-Glo试剂(Promega；目录号G7571)(20 µL/孔)，并将平板在37℃、5% CO2孵育1.5小时。随后，以180 µL/孔转移到白色96孔Optiplate™ 平板(PerkinElmer, Waltham, MA；目录号6005299)上，在室温下孵育30 min。最后，在EnVision多平板读出器(Envision, Perkin Elmer)上测量发光。
AXL-ADC IgG1-AXL-148-vcDuo3、IgG1-AXL-183-vcDuo3和IgG1-AXL-726-vcDuo3在LCLC-103H细胞中诱导细胞毒性，其中IC50值为0.01至0.06 µg/mL，如图5A中所示。类似地，图5B显示，这些AXL-ADC诱导MDA-MB-231细胞的细胞毒性，其中IC50值为0.005至0.015µg/mL。
实施例7 – 允许结合AXL的抗体VH和VL变体
比对了抗AXL抗体组(实施例1中所述)的VH和VL区的蛋白序列并比较了AXL结合以识别VH或VL区中关键的或可允许的氨基酸残基变化。因此，将具有相同VH或VL区的抗体归类并分别比较与人AXL的结合以及VL或VH序列中的差异。在如实施例1中所述的同种抗原特异性筛选测定中评估了与由HEK-293F细胞瞬时表达的人AXL的结合。在本实施例中所完成的比对的氨基酸位置的编号基于图6中所示的序列完成，即，所示序列中的第一个氨基酸被编号为位置‘1’，第二个为位置‘2’，等等。
首先，将具有相同VL序列的抗体归类。
据发现，IgG1-AXL-148和IgG1-AXL-140具有相同的VL序列，并在HC CDR3区中具有1个氨基酸的差异(在氨基酸位置109处，F替换了I；图6A)。两种抗体均结合至人AXL(表10)，表明位置109处的氨基酸对于抗体结合不是必需的，其中假设在CDR2区中识别出的突变(在氨基酸位置56处，G替换了A)不补偿结合的丧失(图6A)。
据发现，IgG1-AXL-726和IgG1-AXL-187具有相同的VL序列，并且两种抗体均结合至人AXL(表10)。在HC CDR3区中允许两个氨基酸残基的变化(在位置97处R替换了S以及在位置105处A替换了T；图6B)而不丧失结合，其中假设在CDR1区(在位置32处Y替换了H)和/或框架区(P3Q、V24I、Y25D、T86A和T117A)中识别出的突变不补偿结合的丧失(图6B)。
据发现，IgG1-AXL-171、IgG1-AXL-172和IgG1-AXL-181具有相同的VL序列，并且全部抗体均结合至人AXL(表10)。这三种抗体的CDR3区是相同的，但在HC CDR1区(在位置31处S替换了N)或框架区(在位置82处H替换了Q)中允许一个氨基酸残基的变化而不丧失结合(图6C)。
据发现，IgG1-AXL-613、IgG1-AXL-608-01、IgG1-AXL-610-01和IgG1-AXL-620-06具有相同的VL序列，并在HC CDR3区中具有一个氨基酸的差异(在氨基酸位置101处，N替换了D；图6D)。全部抗体均结合至人AXL(表10)，表明位置101处的氨基酸不是必需的，其中假设在HC CDR2区(在氨基酸位置58处，V替换了A)和/或框架区(N35S、M37V、A61V、L70I、S88A)中识别出的突变不补偿结合的丧失(图6D)。
接下来，将具有相同VH序列的抗体归类。
据发现，IgG1-AXL-613和IgG1-AXL-613-08具有相同的VH序列，并在LC的CDR3区中具有五个氨基酸的差异(在位置92至96处，RSNWL替换了YGSSY；图6E)。两种抗体均结合至人AXL(表10)，表明位置92至96处的氨基酸变化是允许的并且不会影响抗体结合，其中假设在CDR1区(在位置30处缺失S)、CDR2区(G51D)和/或框架区(G9A、S54N、R78S、Q100G、L104V)中识别出的突变不补偿结合的丧失(图6E)。
表10
抗体 EC50 (µg/mL) 最大结合(任意单位)
IgG1-AXL-140 0.0026 2889
IgG1-AXL-148 0.0036 3499
IgG1-AXL-171 0.003 2575
IgG1-AXL-172 0.0055 5378
IgG1-AXL-181 0.008 3598
IgG1-AXL-187 0.0065 2563
IgG1-AXL-608-01 0.0035 3318
IgG1-AXL-610-01 0.0023 2947
IgG1-AXL-613 0.0072 5211
IgG1-AXL-613-08 0.0242 2209
IgG1-AXL-620-06 0.0034 4352
IgG1-AXL-726 0.0471 3154
实施例8 – 由MMAE缀合的AXL抗体诱导的体外细胞毒性
MMAE与抗AXL抗体的缀合
抗AXL抗体根据标准程序通过A蛋白层析纯化并缀合至vcMMAE。根据文献中描述的程序，将药物-接头vcMMAE烷基化至还原态抗体的半胱氨酸(参见Sun 等人, 2005；McDonagh等人, 2006；和 Alley 等人, 2008)。通过加入过量的N-乙酰半胱氨酸使反应猝灭。通过纯化移除任何残余未缀合的药物，并在PBS中配制最终的抗AXL抗体药物缀合物。随后分析了所述抗AXL抗体药物缀合物的浓度(通过在280 nm的吸光度)、药物抗体比率(DAR)(通过反相色谱法(RP-HPLC)和疏水相互作用色谱法(HIC))、未缀合药物的量(通过反相色谱法)、聚集百分比(通过尺寸排阻色谱法，SEC-HPLC)和内毒素水平(通过LAL)。结果示于下表11中。
表11 - 抗体-药物缀合物的不同特性的概述。
细胞培养
将LCLC-103H细胞(人大细胞肺癌)和A431细胞(DMSZ, Braunschweig, Germany)在补充有10%(vol/vol)热失活加强型小牛血清(Perbio；目录号SH30087.03)、2 mM L-谷氨酰胺(Cambrex；目录号US17-905C)、50 IU/mL 青霉素和50 μg/mL 链霉素(Cambrex；目录号DE17-603E)的含L-谷氨酰胺的RPMI 1640(Cambrex；目录号BE12-115F)中培养。将MDA-MB231细胞在含有高葡萄糖和HEPES(Lonza #BE12-709F)、含铁的供体牛血清(LifeTechnologies #10371-029)、2 mM L-谷氨酰胺(Lonza #BE17 -605E)、1 mM 丙酮酸钠(Lonza #BE13-115E)和MEM非必需氨基酸溶液(Life Technologies #11140)的DMEM中培养。将这些细胞系保持在37℃、5%(vol/vol)CO2、潮湿的培养箱中。将LCLC-103H、A431和MDA-MB231细胞培养至近于汇合，之后细胞经胰蛋白酶处理，重新悬浮于培养液中并通过细胞过滤器(BD Falcon, 目录号352340)以获得单细胞悬液。在96孔培养板的每个孔中接种1x103个细胞，并将细胞在室温下孵育30 min，并随后在37℃、5% CO2孵育5小时以允许贴板。
细胞毒性测定
在培养液中制备MMAE缀合的AXL抗体的系列稀释液(最终浓度范围为0.00015至10 µg/mL)并加入到平板中。将与1 µM 星形孢菌素(#S6942-200, Sigma)孵育的细胞用作100%肿瘤杀伤的参照。将未经处理的细胞用作100%细胞生长的参照。将平板在37℃、5% CO2孵育5天。接下来，向孔中加入CellTiter-Glo试剂(Promega；目录号G7571)(20 µL/孔)，并将平板在37℃、5% CO2孵育1.5小时。随后，以180 µL/孔转移到白色96孔Optiplate™ 平板(PerkinElmer, Waltham, MA；目录号6005299)上，在室温下孵育30 min。最后，在EnVision多平板读出器(Envision, Perkin Elmer)上测量发光。
MMAE缀合的AXL抗体在LCLC-103H细胞中以0.004至0.219 µg/mL的浓度诱导了50%细胞杀伤，如表12和图7中所示。
类似地，AXL-ADC在A431细胞(表13和图15A)和MDA-MB231细胞(表13和图15B)中有效地诱导了细胞毒性。
表12 – MMAE缀合的AXL抗体在LCLC-103H细胞中的细胞毒性(EC50值)。
表13：MMAE缀合的AXL抗体在A431和MDA-MB-231细胞中的细胞毒性(EC50值)。
实施例9 – 用MMAE缀合的抗AXL抗体在SCID小鼠中治疗性处理LCLC-103H肿瘤异种移植
在SCID小鼠中建立的皮下(SC)LCLC-103H异种移植肿瘤中测定MMAE缀合的抗AXL抗体的体内功效。将在200 μL PBS中的5 x 106 LCLC-103H(大细胞肺癌)肿瘤细胞(得自Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und ZellkulturenGmbH (DSMZ))皮下注射到雌性SCID小鼠的右侧。从肿瘤细胞接种后14-21天开始，当平均肿瘤尺寸为>100-200 mm3并且观察到明显肿瘤生长时，腹腔内单次注射1 mg/kg (20 µg/小鼠) IgG1-AXL-vcMMAE抗体(如补充实施例1中所述)或对照(未缀合的IgG1-b12)(100 μL/小鼠)。每周至少两次测定肿瘤体积。从卡尺(PLEXX)测量结果计算肿瘤体积(mm3)如下：0.52 x (长度) x (宽度)2。
抗AXL-vcMMAE抗体组在建立的SC LCLC-103H肿瘤中显示出广泛的抗肿瘤活性(图8)。克隆IgG1-AXL-733-vcMMAE、IgG1-AXL-107-vcMMAE和IgG1-AXL-148-vcMMAE诱导肿瘤消退；克隆AXL-171-vcMMAE、IgG1-AXL-511-vcMMAE和IgG1-AXL-613-vcMMAE诱导肿瘤生长抑制；而克隆IgG1-AXL-154-M103L-vcMMAE、IgG1-AXL-183-N52Q-vcMMAE和IgG1-AXL-726-M101L-vcMMAE未显示出或仅显示出轻微的肿瘤生长抑制。
使用单因素ANOVA(Dunnett的多重比较检验相对于对照IgG1- b12)的在所有组均完整的最后一天(第30天)的统计分析表明，在IgG1-b12相对于IgG1-AXL-733-vcMMAE、IgG1-AXL-107-vcMMAE和IgG1-AXL-148-vcMMAE之间的肿瘤体积上存在高度显著的差异(p<0.0001)。使用这些克隆治疗导致这些组内的一些小鼠的肿瘤完全消除。相比IgG1-b12，使用克隆IgG1-AXL-171-vcMMAE、IgG1-AXL-511-vcMMAE和IgG1-AXL-613-vcMMAE治疗还显示出显著的肿瘤生长抑制，但该差异较不明显(p<0.05至p<0.001)。相比IgG1-b12对照，用克隆IgG1-AXL-154-M103L-vcMMAE、IgG1-AXL-183-N52Q-vcMMAE和IgG1-AXL-726-M101L-vcMMAE治疗的小鼠的肿瘤生长未受显著影响。
在多种其它体内肿瘤模型中也观察到了抗AXL-vcMMAE抗体的抗肿瘤活性。在两种细胞系来源的异种移植模型(A431；表皮样腺癌，和MDA-MB-231；乳腺癌)中，抗AXL-vcMMAE抗体诱导肿瘤生长抑制，并且抗AXL-vcMMAE抗体在两种患者来源的异种移植模型(来自患有胰腺癌和宫颈癌的患者)中诱导了肿瘤消退。
实施例10 – AXL-ADC在具有异种靶标表达的胰腺癌患者来源的异种移植(PDX)模型中的抗肿瘤功效
在PAXF1657胰腺癌PDX模型中测定了IgG1-AXL-107-vcMMAE、IgG1-AXL-148-vcMMAE和IgG1-AXL-733-vcMMAE的抗肿瘤活性(实验由Oncotest, Freiburg, Germany进行)。将人胰腺肿瘤组织皮下植入到5-7周龄的雌性NMRI nu/nu 小鼠的左侧。动物的随机化如下进行：将携带体积为50 - 250 mm3，优选80 - 200 mm3的肿瘤的动物分散到7个实验组中(8只动物/组)，考虑到具有可比性的组肿瘤体积的中值和平均值。在随机化的当天(第0天)，以4mg/kg或2 mg/kg静脉(i.v.)施用3种ADC，而对照组接收单剂量的IgG1-b12(4 mg/kg)。每周两次监测肿瘤体积(mm3)并从卡尺(PLEXX)测量结果计算如下：0.52 x (长度) x (宽度)2。
采用标准免疫组织化学技术进行PAXF1657肿瘤的染色。简而言之，将冷冻组织用丙酮固定10分钟并使用过氧化氢酶耗尽内源性过氧化物酶。随后，用正常小鼠血清封闭组织切片并通过与5 µg/mL的5种IgG1-AXL抗体(IgG1-AXL-061、IgG1-AXL-137、IgG1-AXL-148、IgG1-AXL-183、IgG1-AXL-726)的集合孵育来进行染色。在与第二、辣根过氧化物酶(HRP)缀合的抗体孵育后，用氨基乙基咔唑(AEC；得到红色)使HRP可视化。将每块玻片用苏木精(蓝色)复染以识别细胞核，并在甘油胶中封片。在手动Zeiss显微镜上以10x和40x的放大率将免疫染色的组织切片数字化。
图9示出了PAXF1657肿瘤中的异种AXL表达。鉴于在一些肿瘤细胞中观察到强烈的AXL染色，其它细胞不显示AXL染色。在黑白照片中，AXL染色呈深灰色。苏木精染色(细胞核)呈浅灰色。
图10A显示，相比对照组，用2 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE、IgG1-AXL-148-vcMMAE和IgG1-AXL-733-vcMMAE治疗小鼠显著减少了PAXF1657肿瘤的生长。以4 mg/kg的剂量，IgG1-AXL-107-vcMMAE、IgG1-AXL-148-vcMMAE和IgG1-AXL-733-vcMMAE诱导PAXF1657肿瘤的肿瘤消退。在治疗后14天， 已经用2mg/kg或4 mg/kg IgG1-AXL-107-MMAE、IgG1-AXL-148-MMAE或IgG1-AXL-733-MMAE治疗的小鼠中的平均肿瘤尺寸显著小于已经用同种型对照IgG(IgG1-b12)治疗的小鼠(p<0.001；Tukey的多重比较检验)。
用未缀合的IgG1-AXL-148治疗小鼠未在PAXF1657模型中导致抗肿瘤活性(图10B)。然而，缀合的IgG1-AXL-148-vcMMAE在此模型中诱导了剂量依赖性抗肿瘤活性(图10B)，表明AXL-ADC的治疗能力依赖于MMAE的细胞毒性活性。
此外，用未靶向的ADC IgG1-b12-vcMMAE治疗小鼠未在PAXF1657模型中显示出抗肿瘤活性(图10C)，表明AXL-ADC的治疗能力还依赖于特异性靶标结合。
实施例11 - 结合至Ig1结构域的AXL抗体
使用一组人-小鼠嵌合AXL突变体测定了AXL抗体IgG1-AXL-061、IgG1-AXL-107、IgG1-AXL-137和IgG1-AXL-613的AXL结构域特异性。包括了人-小鼠交叉反应性单克隆AXL抗体YW327.6S2以确认hsAXL-mmECD的表达。包括了IgG1-b12作为同种型对照抗体。生成了五种不同的嵌合AXL分子并如实施例3中所述在HEK293F中表达。简而言之，人Ig样结构域I(Ig1)、Ig样结构域II(Ig2)、人FNIII样结构域I(FN1)或人FNIII样结构域II(FN2)被其小鼠同系物替换。通过流式细胞术测定了1 µg/mL 抗AXL抗体与人-小鼠AXL嵌合体的结合，如实施例2中所述。
所有抗AXL抗体均结合至人AXL(图11A)，而当人AXL ECD被其小鼠同系物替换后，结合被消除(图11B)。正如所预期的，人-小鼠交叉反应性单克隆AXL抗体YW327.6S2结合至hsAXL-mmECD，确认了hsAXL-mmECD的正确表达。
AXL抗体IgG1-AXL-061、IgG1-AXL-107、IgG1-AXL-137和IgG1-AXL-613与hsAXL-mmIg1的结合大大降低(图11C)，表明对AXL Ig1结构域中表位的识别。与此一致的是，IgG1-AXL-061、IgG1-AXL-107、IgG1-AXL-137和IgG1-AXL-613与hsAXL-mmIg2 (图11D)、hsAXL-mmFN1 (图11E)或hsAXL-mmFN2 (图11F)的结合未受影响。人-小鼠交叉反应性单克隆AXL抗体YW327.6S2结合至所有的嵌合AXL变体，确认了这些蛋白的正确表达。
实施例12 - AXL抗体IgG1-AXL-107和IgG1-AXL-613结合至Ig1结构域但不与Gas6竞争结合
测试了AXL抗体IgG1-AXL-061、IgG1-AXL-107、IgG1-AXL-137或IgG1-AXL-613的结合是否干扰AXL配体Gas6与AXL的结合。因此，如实施例2中所述测试了Gas6与已经与10 µg/mLAXL抗体预孵育的A431细胞的结合。将YW327.6S2与AXL抗体预孵育被描述为与Gas6竞争结合AXL，包括了IgG1-b12(同种型对照)或培养液(阴性对照)作为对照。
使用GraphPad Prism V5.04 软件(GraphPad Software, San Diego, CA, USA)，使用非线性回归(具有可变斜率的S型剂量-反应)分析结合曲线。
图12和表14显示，Gas6与已经与IgG1-AXL-107和IgG1-AXL-613抗体预孵育的A431细胞的结合类似于IgG1-b12和培养液对照。这说明，IgG1-AXL-107和IgG1-AXL-613与AXL的结合不干扰Gas6结合，如实施例2中所示。相比IgG1-b12和培养液对照，在存在IgG1-AXL-061、IgG1-AXL-137和对照AXL抗体YW327.6S2的情况下，Gas6与A431细胞的结合大大降低。
在其中将A431细胞与Gas6预孵育的实验中，IgG1-AXL-107和IgG1-AXL-613的最大结合值与在不存在Gas6的情况下的抗体结合相当(Gas6预孵育后的最大结合是没有Gas6预孵育的结合的91-108%)(表14)。有或没有Gas6预孵育的IgG1-AXL-107和IgG1-AXL-613结合的EC50值处于相同范围内，或在Gas6预孵育后稍有提高(表14)，表明IgG1-AXL-107和IgG1-AXL-613不与Gas6竞争结合。
类似于对照抗体YW327.6S2，相比没有Gas6的结合，在存在Gas6的情况下，IgG1-AXL-061和IgG1-AXL-137与A431细胞的结合大大降低(Gas6预孵育后的最大结合是没有Gas6预孵育的结合的40-43%；表14)。在Gas6预孵育后，无法正确测定IgG1-AXL-061和IgG1-AXL-137的EC50值(表14)。这表明，IgG1-AXL-061和IgG1-AXL-137与Gas6竞争结合AXL。
这些数据证明，结合至AXL Ig1结构域的抗体对Gas6结合具有差异化效应。
表14
a n.a.，不适用
* EC50值由于低结合而不太准确。
实施例13 – AXL-ADC在具有或不具有自分泌(内源性)Gas6生产的异种移植模型中的体内抗肿瘤功效
A431和LCLC-103H肿瘤细胞的Gas6生产
测试了A431细胞和LCLC-103H细胞是否生产Gas6。因此，使细胞在完全培养液中生长3天。根据制造商说明，使用Quantikine人Gas6 ELISA(R&D Systems, Minneapolis, MN)测定了上清液中的Gas6水平。此测定使用定量夹心ELISA技术。特异于人Gas6的单克隆Ab已经被预涂布在微孔板上。将标准品和样品移取到孔中，并通过固定化的Ab结合存在的任何人Gas6。在洗掉任何未结合的物质之后，向孔中加入特异于人Gas6的酶联多克隆Ab。在经洗涤移除任何未结合的Ab-酶试剂后，向孔中加入底物并按在初始步骤中所结合的人Gas6数量的比例进行显色。终止显色并测量颜色的强度。
据发现，A431细胞条件细胞培养液含有2576 ng/mL Gas6，而LCLC-103H细胞条件培养液中Gas6的浓度则少不止20倍(表15)。
表15 - 肿瘤细胞条件培养液中的Gas6生产
细胞系 上清液中的Gas6 (ng/mL)
LCLC-103H 126
A431 2576
AXL-ADC的体内抗肿瘤活性
在产生高水平Gas6的A431(表皮样癌)肿瘤模型和产生低水平Gas6的LCLC-103H(大细胞肺癌)肿瘤模型中测定了IgG1-AXL-061-vcMMAE(Ig1结合剂)、IgG1-AXL-107-vcMMAE(Ig1结合剂)、IgG1-AXL-137-vcMMAE(Ig1结合剂)、IgG1-AXL-148-vcMMAE(Ig2结合剂)、IgG1-AXL-183-vcMMAE(FN1结合剂)和IgG1-AXL-726-vcMMAE(FN2结合剂)的体内抗肿瘤活性。
通过在雌性SCID小鼠的右侧皮下注射在200 μL PBS中的5 x 106 A431或LCLC-103H肿瘤细胞(两者均得自Leibniz-Institut - Deutsche Sammlung vonMikroorganismen und Zellkulturen GmbH (DSMZ))进行肿瘤诱导。在肿瘤细胞接种后14-21天，当平均肿瘤尺寸为>100-200 mm3 并且观察到明显的肿瘤生长时，开始治疗。小鼠接收单次注射或每两周总计4次腹腔内注射IgG1-AXL-vcMMAE ADC或对照抗体(未缀合的IgG1-b12)，如所指出的那样。每周至少两次测定肿瘤体积。从卡尺(PLEXX)测量结果计算肿瘤体积(mm3)如下：0.52 x (长度) x (宽度)2。
图13A显示，用3 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE、IgG1-AXL-148-vcMMAE和IgG1-AXL-733-vcMMAE治疗小鼠诱导了A431肿瘤的生长抑制。
图13B显示，用3 mg/kg IgG1-AXL-148-vcMMAE、IgG1-AXL-183-vcMMAE(FN1结合剂)和IgG1-AXL-726-vcMMAE(FN2结合剂)治疗小鼠诱导了A431肿瘤的生长抑制。相比之下，克隆IgG1-AXL-061-vcMMAE和IgG1-AXL-137-vcMMAE在A431异种移植模型中未显示出抗肿瘤活性。
图14A显示，用3 mg/kg IgG1-AXL-061-vcMMAE、IgG1-AXL-137-vcMMAE、IgG1-AXL-148-vcMMAE、IgG1-AXL-183-vcMMAE和IgG1-AXL-726-vcMMAE治疗小鼠在LCLC-103H异种移植模型中诱导了肿瘤消退。类似地，用1 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE或1 mg/kg IgG1-AXL-613-vcMMAE治疗小鼠诱导了LCLC-103H肿瘤消退(图14B)。
归纳起来，全部的AXL-ADC在产生低水平Gas6的LCLC-103H异种移植模型中均显示出抗肿瘤活性。在产生高水平Gas6的A431异种移植模型中，仅在不与AXL配体Gas6竞争的那些AXL-ADC中观察到抗肿瘤活性。
实施例14 – 在不同的肿瘤指征中的AXL表达
在包含来自患有甲状腺癌、食道癌、卵巢癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、宫颈癌或子宫内膜癌或恶性黑色素瘤的患者的组织核心的新鲜切割的石蜡包埋且福尔马林固定的(FFPE)肿瘤组织微阵列(TMA)中评价了AXL的表达。TMA得自US BioMax。
FFPE肿瘤阵列玻片经过脱去石蜡并经受抗原修复(pH 6)，并且通过与0.1% H2O2在柠檬酸盐/磷酸盐缓冲液中孵育而耗尽内源性过氧化物酶。为了检测AXL表达，将TMA与兔-抗AXL(Santa Cruz, 目录号：sc-20741)以1 µg/mL的浓度孵育60 min(室温(RT))。为了识别上皮来源的(肿瘤)细胞，将TMA与兔-抗-细胞角蛋白(Abcam, 目录号ab9377)以1:50的稀释度孵育60 min (RT)。在洗涤步骤后，将TMA与过氧化物酶缀合的抗兔IgG葡聚糖聚合物(ImmunoLogic, 目录号DPVR55HRP)孵育以检测兔抗AXL与兔抗细胞角蛋白抗体的结合。最后，采用二氨基联苯胺(DAB；棕色；DAKO, 目录号K346811)使抗兔IgG葡聚糖聚合物的结合可视化。在含有恶性黑色素瘤组织核心的TMA中，采用氨基乙基咔唑(AEC；红色；Vector,SK4200)使抗兔IgG葡聚糖聚合物的结合可视化。TMA中的细胞核采用苏木精(蓝色)可视化。
AXL和细胞角蛋白免疫染色的TMA采用Aperio玻片扫描仪以20× 放大率数字化，并用组织图像分析软件(Definiens Tissue Studio软件, 版本 3.6.1)使用基于细胞的算法对免疫染色进行定量。该算法经设计以识别并定量活检中AXL阳性或细胞角蛋白阳性细胞的百分比(范围0 – 100%)，并且定量各肿瘤核心中AXL阳性肿瘤细胞中的AXL染色强度(光密度(OD)；范围0 – 3)。当AXL OD为至少0.1时，将肿瘤细胞评为AXL阳性。通过用序列肿瘤核心中的AXL阳性细胞总数除以细胞角蛋白阳性细胞总数来计算AXL阳性肿瘤细胞的百分比/肿瘤核心(范围0 - 100%)。通过用全部AXL阳性肿瘤细胞的AXL OD的总合除以AXL阳性肿瘤细胞的数量来计算各肿瘤核心中的平均AXL染色强度(OD)。
对来自患有恶性黑色素瘤的患者的肿瘤阵列进行手动评分。AXL染色强度被评为弱(1+)、中等(2+)或强(3+)，而AXL阳性黑色素瘤细胞的百分比以10%的区间评分(范围 0 –100%)。
图16提供了甲状腺癌、食道癌、卵巢癌、乳腺癌、肺癌、胰腺癌、宫颈癌和子宫内膜癌的肿瘤核心中AXL表达的图示。表16示出了对于各项指征，在超过10%的肿瘤细胞中具有AXL表达的肿瘤核心的百分比。图17示出了对于各项指征，针对AXL免疫染色的组织核心的代表性实例。这些图表说明了肿瘤组织中AXL的异种表达。
表16
所用缩写：NSCLC，非小细胞肺癌；SLCL，小细胞肺癌；TNBC，三阴性乳腺癌。
实施例15 – AXL抗体特异性结合AXL而非其它TAM受体家族成员。
在HEK-293F细胞中表达人AXL、MER和TYRO3
生成了下列用于表达各种全长蛋白的经密码子优化的构建体：人(智人)AXL(Genbank登录号 NP_068713.2)、人MER(Genbank 登录号 EAW52096.1)和人TYRO3(Genbank 登录号Q06418.1)。所述构建体含有适用于克隆的限制性位点和最佳Kozak(GCCGCCACC)序列(Kozak 等人, 1999)。所述构建体被克隆到哺乳动物表达载体pcDNA3.3(Invitrogen)中。
FreestyleTM 293-F(适应悬浮生长和化学成分确定的Freestyle培养基的HEK-293亚克隆(HEK-293F))细胞得自Invitrogen，并根据制造商说明，使用293fectin(Invitrogen)用表达质粒转染，并生长24-48小时。
AXL抗体与人AXL、人MER或人TYRO3的结合研究
通过流式细胞术评价了经全长人AXL、MER或TYRO3的表达构建体瞬时转染的HEK-293F细胞的HuMab-AXL抗体结合。将转染的HEK-293F细胞与AXL-抗体的系列稀释液(4倍稀释；最终浓度范围为0.002-10 µg/mL)在4℃孵育30分钟。在PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中洗涤三次后，将细胞与以1/100稀释于PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中的R-藻红蛋白(PE)缀合的山羊抗人IgG F(ab’)2(Jackson ImmunoResearch Laboratories, Inc., WestGrove, PA；目录号109-116-098)(最终体积为100 µL)孵育。接下来，将细胞在PBS/0.1%BSA/0.02% 叠氮化物中洗涤两次，重新悬浮于120 μL PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中并在FACS Cantoll(BD Biosciences)上分析。包括了采用小鼠抗人Mer(R&D Systems, 目录号Mab8912)和小鼠抗人Tyro3(Dtk)(R&D Systems, 目录号MAB859)的染色作为表达对照，包括了IgG1-b12作为非结合同种型对照抗体。使用GraphPad Prism V5.04 软件(GraphPadSoftware, San Diego, CA, USA)，使用非线性回归(具有可变斜率的S型剂量-反应)分析结合曲线。
图18A显示，Humab-AXL抗体与表达人AXL的HEK293细胞具有剂量依赖性结合。相比之下，未观察到HuMab-AXL抗体与表达MER(图18B)或TYRO3(图18C)的细胞或与未转染的HEK293细胞(图18D)的结合。采用MER特异性抗体和Tyro3特异性抗体的染色分别确认了经转染的细胞显示出正确的MER表达(图18F)或TYRO3表达(图18G)。
实施例16 – 细胞表面结合的AXL抗体的内化
通过流式细胞术评价细胞表面结合的HuMab-AXL的内化。
通过流式细胞术评价了细胞表面结合的HuMab-AXL抗体内化入MDA-MB-231和Calu-1细胞(人肺癌细胞系；ATCC, 目录号 HTB-54)。将50,000个细胞接种到96孔组织培养平板中并任其在37℃附接6小时。将平板在4℃孵育30分钟，随后与AXL抗体的系列稀释液(最终浓度范围为0.0032-10 µg/mL)在4℃孵育1小时。随后，用不含抗体的组织培养液替换培养液，并将细胞在37℃或4℃孵育过夜(16-18小时)。随后，用40 µL温热的胰蛋白酶溶液使细胞分离，用冰冷的PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物洗涤，并与以1/100稀释于PBS/0.1%BSA/0.02% 叠氮化物中的R-藻红蛋白(PE)缀合的山羊抗人IgG F(ab’)2(JacksonImmunoResearch Laboratories, Inc., West Grove, PA；目录号109-116-098)(最终体积100 µL)在4℃孵育30分钟，以检测细胞表面上的AXL抗体。最后，将细胞在PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中洗涤两次，重新悬浮于120 μL PBS/0.1% BSA/0.02% 叠氮化物中并在FACS Cantoll(BD Biosciences)上分析。
使用GraphPad Prism V5.04 软件(GraphPad Software, San Diego, CA, USA)，使用非线性回归(具有可变斜率的S型剂量-反应)分析结合曲线。
图19显示，对于所测试的所有AXL HuMab抗体以及所有的浓度，在抗体结合后，相比已经在37℃孵育的细胞，在已经在4℃孵育的细胞的质膜上检测到更多抗体。这说明，在37℃，AXL抗体在结合至质膜时即被内化。
Fab-TAMRA/QSY7内化和细胞内降解测定
在Fab-TAMRA/QSY7内化测定中评估了AXL抗体的内化。此测定使用了荧光团(TAMRA)和猝灭剂(QSY7)对。在贴近的情况下，例如，当缀合至相同蛋白时，TAMRA荧光被QSY7猝灭。在此实施例中，山羊抗人IgG Fab片段(Jackson Immunoresearch)与TAMRA/QSY7(Fab-TAMRA/QSY7)缀合，如所述(Ogawa 等人Mol Pharm 2009;6(2):386-395)，而AXL HuMab(1.5 μg/mL)与Fab-TAMRA/QSY7(12 μg/mL；30 min, 4℃)预孵育。随后将复合物加入到LCLC-103H细胞中并在摇动条件下(200 rpm, 37℃)避光孵育24 h。HuMab-Fab-TAMRA/QSY7复合物的内化以及在内涵体和溶酶体中的细胞内降解造成TAMRA/QSY7的解离，导致TAMRA的去猝灭。在FACS Canto-II(BD Biosciences)上测量已经与经Fab-TAMRA/QSY7复合的AXL抗体孵育的LCLC-103H细胞的TAMRA荧光。
如图20中所示，相比IgG1-b12-Fab-TAMRA/QSY7或单独的Fab-TAMRA/QSY7，在与AXL抗体-Fab-TAMRA/QSY7复合物孵育后，LCLC-103H细胞的荧光强度得到增强。这说明，AXL抗体在结合至LCLC-103H细胞时即被内化。
实施例17 – AXL-ADC在食道癌患者来源的异种移植(PDX)模型中的抗肿瘤功效
在BALB/c裸小鼠的皮下食道PDX模型ES0195中评价了IgG1-AXL-107-vcMMAE(本文也称为“HuMax-AXL-ADC”)的抗肿瘤活性(实验由Crown Bioscience.Taicang JiangsuProvince, China进行)。使用了来自携带患者来源的食道异种移植(ES0195)的供体小鼠的肿瘤片段接种到BALB/c裸小鼠中。每只小鼠均在右侧皮下接种一个肿瘤片段(直径2-3mm)，并任肿瘤生长直到肿瘤体积为约150 mm3。动物的随机化如下进行：将携带体积为约150 mm3的肿瘤的动物分散到5个实验组中(8只动物/组)，考虑到具有可比性的组肿瘤体积的中值和平均值。治疗组为：IgG1-b12、IgG1-b12-vcMMAE、IgG1-AXL-107、IgG1- AXL-107-vcMMAE和紫杉醇。在随机化当天(第0天)和第7天，以4 mg/kg的剂量静脉内(i.v.)施用抗体和ADC。在第0、7和14天，以20 mg/kg的剂量腹腔内(i.p.)施用紫杉醇。每周两次监测肿瘤体积(mm3)并从卡尺(PLEXX)测量结果计算如下：0.52 x (长度) x (宽度)2。
图21显示，相比IgG1-b12和IgG1-b12-MMAE对照组，用IgG1-AXL-107-vcMMAE治疗小鼠诱导了ES0195肿瘤的肿瘤消退(第23天的p<0.001，单因素ANOVA检验)。用未靶向的ADCIgG1-b12-vcMMAE治疗小鼠未在此模型中显示出抗肿瘤活性，表明AXL-ADC的治疗能力依赖于特异性靶标结合。用紫杉醇治疗的小鼠显示出肿瘤生长抑制，但相比用IgG1-AXL-107-vcMMAE治疗，其不太有效(第23天的p<0.05，单因素ANOVA检验)。
实施例18 – AXL-ADC在宫颈癌患者来源的异种移植(PDX)模型中的抗肿瘤功效
在NMRI nu/nu 小鼠的患者来源的宫颈癌异种移植CEXF 773模型中评价了IgG1-AXL-183-vcMMAE和IgG1-AXL-726-vcMMAE的抗肿瘤活性(Harlan, Netherlands)。实验由Oncotest(Freiburg, Germany)进行。
肿瘤片段得自裸小鼠中系列继代的异种移植。在从供体小鼠中移除后，将肿瘤切成片段(直径4-5 mm)并置于PBS(含10% 青霉素/链霉素)中直到皮下植入。小鼠在异氟醚麻醉下于体侧接收单侧、皮下肿瘤植入。任肿瘤生长直到肿瘤体积为50-250 mm3。
动物的随机化如下进行：将携带体积为50-250 mm3的肿瘤的动物分散到4个实验组中(8只动物/组)，考虑到具有可比性的组肿瘤体积的中值和平均值。治疗组为：IgG1-b12、IgG1-b12-vcMMAE、IgG1-AXL-183-vcMMAE和IgG1-AXL-726-vcMMAE。在随机化当天(第0天)和第7天，以4 mg/kg的剂量静脉内(i.v.)施用抗体和ADC。每周两次监测肿瘤体积(mm3)并从卡尺(PLEXX)测量结果计算如下：0.52 x (长度) x (宽度)2。
图22显示，相比IgG1-b12和IgG1-b12-MMAE对照组，用IgG1-AXL-183-vcMMAE或IgG1-AXL-726-vcMMAE治疗小鼠诱导了CEXF 773肿瘤的肿瘤消退。用未靶向的ADC IgG1-b12-vcMMAE治疗小鼠未在此模型中显示出抗肿瘤活性，表明AXL-ADC的治疗能力依赖于特异性靶标结合。第28天的肿瘤尺寸统计分析(Kruskal-Wallis 和 Mantel-Cox，使用肿瘤尺寸截止值500 mm3)显示，用IgG1-AXL-183-vcMMAE或IgG1-AXL-726-vcMMAE治疗的小鼠中的平均肿瘤尺寸显著小于已经用IgG1-b12和IgG1-b12-vcMMAE治疗过的小鼠(p<0.001)。IgG1-AXL-183-vcMMAE和IgG1-AXL-726-vcMMAE同等有效。
实施例19 – AXL-ADC在原位乳腺癌异种移植模型中的抗肿瘤功效
在原位MDA-MB-231 D3H2LN异种移植模型中评价了IgG1-AXL-183-vcMMAE和IgG1-AXL-726-vcMMAE的抗肿瘤活性。
将MDA-MB-231-luc D3H2LN Bioware细胞(乳腺癌；Perkin Elmer, Waltham, MA)植入到异氟醚麻醉下的6-11周龄的雌性SCID(C.B-17/IcrPrkdc-scid/CRL)小鼠(Charles-River)的乳腺脂肪垫中。任肿瘤生长，并在肿瘤达到~325 mm3的体积时，将小鼠随机化。因此，将小鼠分散到4个实验组中(6-7只动物/组)，考虑到具有可比性的组肿瘤体积的中值和平均值。治疗组为：IgG1-b12、IgG1-b12-vcMMAE、IgG1-AXL-183-vcMMAE和IgG1-AXL-726-vcMMAE。从随机化的当天开始，这些动物接收每两周总计4次3 mg/kg剂量的抗体或ADC。每周两次监测肿瘤体积(mm3)并从卡尺(PLEXX)测量结果计算如下：0.52 x (长度) x (宽度)2。
图23显示，相比IgG1-b12和IgG1-b12-MMAE对照组，用IgG1-AXL-183-vcMMAE或IgG1-AXL-726-vcMMAE治疗小鼠诱导了MDA-MB-231肿瘤的肿瘤消退。用未靶向的ADC IgG1-b12-vcMMAE治疗小鼠未在此模型中显示出抗肿瘤活性，表明AXL-ADC的治疗能力依赖于特异性靶标结合。第32天的肿瘤尺寸统计分析(单因素Anova检验)显示，已经用IgG1-AXL-183-vcMMAE或IgG1-AXL-726-vcMMAE治疗的小鼠中的平均肿瘤尺寸显著小于已经用IgG1-b12和IgG1-b12-vcMMAE治疗过的小鼠(p<0.001)。在IgG1-AXL-183-vcMMAE和IgG1-AXL-726-vcMMAE治疗组之间未观察到差异，表明这些诱导同等有效的抗肿瘤活性。
实施例20 – 由AXL特异性抗体药物缀合物诱导的体外细胞毒性依赖于靶标表达
在具有不同的AXL表达水平的人肿瘤细胞系中测试了IgG1-AXL-107-vcMMAE的体外细胞毒性。
细胞培养
在含有Glutamax、Hepes和酚红的低基础培养基(MEM)(Life Technologies, 目录号42360-024)中培养LS174T细胞(人结肠直肠腺癌细胞系；ATCC, 目录号 CL-188)。组分为：10% 含铁的供体牛血清(DBSI)(Life Technologies, 目录号10371-029)和1% 丙酮酸钠(100 mM；Lonza, 目录号 BE13-115E)以及1% 青霉素/链霉素(Lonza, 目录号 DE17-603E)。
在RPMI 1640培养液(ATCC Modification；Life Technologies, 目录号 A10491-01)中培养NCI-H226细胞(人肺鳞状细胞癌；ATCC, 目录号 CRL-5826)、NCI-H661细胞(人大细胞肺癌；ATCC, 目录号 HTB-183)和NCI-H1299细胞(人非小细胞肺癌；ATCC, 目录号CRL-5803)。组分为：10% 含铁的供体牛血清(DBSI)(Life Technologies, 目录号10371-029)和1% 青霉素/链霉素(Lonza, 目录号 DE17-603E)。
在含L-谷氨酰胺和HEPES的McCoy的5A培养液(Lonza, 目录号 BE12-168F)中培养SKOV-3细胞(人卵巢腺癌；ATCC, 目录号 HTB-77)。组分为：10% 含铁的供体牛血清(DBSI)(Life Technologies, 目录号10371-029)和1% 青霉素/链霉素(Lonza, 目录号 DE17-603E)。
在含卡托蛋白胨(Catopeptone)而不含HEPES的McCoy的5A培养液(Lonza, 目录号26600-023)中培养Calu-1细胞(人肺表皮样癌；ATCC, 目录号 HTB-54)。组分为：10% 含铁的供体牛血清(DBSI)(Life Technologies, 目录号10371-029)和在0.85% NaCl溶液中的1% L-谷氨酰胺(200 nM)(Lonza, 目录号 BE17-605F)以及1% 青霉素/链霉素(Lonza, 目录号 DE17-603E)。Calu-1细胞对EGFR靶向疗法耐受。
如实施例8中所述培养LCLC-103H细胞(人大细胞肺癌)、A431细胞(人表皮样腺癌)和MDA-MB-231细胞(人乳腺癌)。
人肿瘤细胞系的质膜上AXL表达的定量
采用小鼠单克隆抗体Z49M(Santa Cruz biotechnology, 目录号 sc-73719)使用QIFIKIT(DAKO, 目录号 K0078)通过间接免疫荧光评估了人肿瘤细胞系的质膜上的AXL表达。贴壁细胞经胰蛋白酶处理并通过细胞过滤器以获得单细胞悬液。通过在1,200 rpm离心5分钟得到细胞团块，用PBS洗涤并以1x106个细胞/mL的浓度重新悬浮。接下来的步骤在冰上进行。将100 μL的单细胞悬液(100,000个细胞/孔)接种到聚苯乙烯96孔圆底平板(Greiner Bio-One, 目录号 650101)中。通过在300xg离心3分钟得到细胞团块，并以10 μg/mL的浓度重新悬浮于50 μL 抗体样品或小鼠IgG1同种型对照样品(BD/Pharmingen, 目录号 555746)中。在4℃孵育30分钟后，得到细胞团块并重新悬浮于150 μL FACS缓冲液中。根据制造商说明，向平板中加入设置和校正珠粒。将细胞和并行的珠粒用150 μL FACS缓冲液再洗涤两次，并重新悬浮于50 μL FITC缀合的山羊抗小鼠IgG(1/50；DAKO, 目录号K0078)中。将第二抗体在4℃避光孵育30分钟。将细胞和珠粒用150 μL FACS缓冲液洗涤两次，并重新悬浮于100 μL FACS缓冲液中。在FACS Canto II(BD Biosciences)上通过在活细胞的门内记录10,000个事件来测量免疫荧光。校正珠粒的平均荧光强度被用于计算校正曲线，使用GraphPad Prism软件(GraphPad Software, San Diego, CA, USA)。对于每种细胞系，使用AXL抗体染色的细胞的平均荧光强度，基于校正曲线的公式(从标准曲线内推未知量，使用GraphPad Software)计算抗体结合能力(ABC)(在质膜上表达的AXL分子数量的估计值)。
细胞毒性测定
对于LCLC-103H、A431、MDA-MB-231、NCI-H226、NCI-H661、NCI-H1299、LS174T和SKOV-3细胞，如实施例8中所述进行体外细胞毒性测定。对于Calu-1，如实施例8种所述进行细胞毒性测定，改动之处在于，将细胞培养物孵育11天而非5天。使用Graphpad Prism软件生成剂量-应答曲线，使用非线性回归分析。从该剂量-应答曲线内推在1 µg/mL的IgG1-AXL-107-vcMMAE浓度下活细胞的百分比。
如图24中所示，IgG1-AXL-107-vcMMAE在具有高AXL表达的细胞系中诱导最强力的细胞毒性，而在具有低AXL表达的细胞系中，细胞毒性低或不存在。该图还表明，IgG1-AXL-107-vcMMAE能在对EGFR靶向疗法耐受的细胞(如Calu-1)中有效诱导细胞毒性。
实施例21-IgG1-AXL-107-vcMMAE与埃罗替尼的组合在NSCLC患者来源的异种移植(PDX)模型中的改善的抗肿瘤功效。
LU2511 PDX模型
在BALB/c裸鼠中的皮下埃罗替尼抗性NSCLC PDX模型LU2511中评估IgG1-AXL-107-vcMMAE的抗肿瘤活性(由Crown Bioscience, Changping District, Beijing, China进行的实验)。将来自携带源自患者的NSCLC异种移植物(LU2511)的供体小鼠的肿瘤片段用于接种到BALB/c裸鼠中。每只小鼠在右侧皮下接种一个肿瘤片段(直径为2-3mm)，并且使肿瘤生长，直至肿瘤体积为约200 mm3。动物的随机化如下进行：考虑到可比较的组群肿瘤体积的中值和平均值，将携带体积为约200 mm3的肿瘤的动物分布在5个实验组(每组8只动物)中。处理组为：IgG1‐b12、IgG1‐b12‐vcMMAE、IgG1-AXL-107-vcMMAE、埃罗替尼和埃罗替尼加IgG1-AXL-107-vcMMAE。抗体和ADC在随机化之日(第0天)和第7天以4mg/kg静脉内(i.v.)给药。埃罗替尼以50mg/kg每天口服(经口)给药2周。每周两次监测肿瘤体积(mm3)，并从卡尺(PLEXX)测量值计算为：0.5 x (长度) x (宽度)2。
图25显示用埃罗替尼治疗小鼠没有诱导预期的抗肿瘤活性。与IgG1‐b12 (在第10天，p<0.01，单因素ANOVA检验；图25B)和IgG1‐b12‐MMAE (在第10天，p<0.05，单因素ANOVA检验；图25B)对照组相比，IgG1-AXL-107-vcMMAE诱导LU2511肿瘤的肿瘤生长抑制。在该模型中，用IgG1-AXL-107-vcMMAE和埃罗替尼的组合处理小鼠比单独的IgG1-AXL-107-vcMMAE诱导更有效的抗肿瘤活性(在第17天，p<0.05，单因素ANOVA检验；图25C)。
LU0858 PDX模型
在BALB/c裸鼠中的皮下埃罗替尼抗性NSCLC PDX模型LU0858中评估IgG1-AXL-107-vcMMAE的抗肿瘤活性(由CrownBioscience, Changping District, Beijing, China进行的实验)。将肿瘤片段接种入BALB/c裸鼠中和如上所述进行随机化。
在各组随机化后第0天和第7天用IgG1-AXL-107-vcMMAE (2或4 mg/kg)进行治疗(图32)。还测试IgG1-AXL-107-vcMMAE与EGFR抑制剂埃罗替尼的组合治疗。埃罗替尼每天以50mg/kg的剂量给予14天。单独的埃罗替尼、IgG1-b12-vcMMAE和IgG1-b12用作对照。单独的埃罗替尼对肿瘤生长没有影响。在2mg/kg，单独的IgG1-AXL-107-vcMMAE对肿瘤生长没有影响。在4mg/kg，与IgG1-b12-vcMMAE对照相比，单独的IgG1-AXL-107-vcMMAE诱导肿瘤生长抑制。4 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE与埃罗替尼的组合相比于单独的IgG1-AXL-107-vcMMAE未改善结果(图32)。将埃罗替尼添加至2 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE处理导致与接受4mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE的组类似的生长抑制。
LU1868 PDX模型
在BALB/c裸鼠中的皮下埃罗替尼抗性NSCLC PDX模型LU1858中评估IgG1-AXL-107-vcMMAE的抗肿瘤活性(由CrownBioscience, Changping District, Beijing, China进行的实验)。将肿瘤片段接种入BALB/c裸鼠中和如上所述进行随机化。
在各组随机化后第0天和第7天用IgG1-AXL-107-vcMMAE (2或4 mg/kg)进行治疗。还测试IgG1-AXL-107-vcMMAE与EGFR抑制剂埃罗替尼的组合治疗。埃罗替尼每天以50mg/kg的剂量给予14天。包括用单独的埃罗替尼、IgG1-b12-vcMMAE或IgG1-b12的处理作为对照(图33)。
通过Mann-Whitney检验的分析在第21天进行以比较相比于IgG1-b12或IgG1-b12-vcMMAE的治疗效果，在第28天进行以比较单独的IgG1-AXL-107-vcMMAE 2 mg/kg相比于IgG1-AXL-107-vcMMAE 2 mg/kg和埃罗替尼的组合的效果，并且在第31天进行以比较单独的IgG1-AXL-107-vcMMAE 4 mg/kg相比于IgG1-AXL-107-vcMMAE 4 mg/kg和埃罗替尼的组合的效果。单独的埃罗替尼对肿瘤生长没有影响。在2 mg/kg和4 mg/kg，单独的IgG1-AXL-107-vcMMAE诱导肿瘤生长抑制，而IgG1-AXL-107-vcMMAE与埃罗替尼的组合相比于单独的IgG1-AXL-107-vcMMAE未改善结果(图33)。
LXFA 526 PDX模型
在皮下埃罗替尼抗性NSCLC PDX模型LXFA 526中评估IgG1-AXL-107-vcMMAE的抗肿瘤活性(由Oncotest, Freiburg, Germany进行的实验)。将肿瘤片段接种入4-6周龄雄性NMRInu/nu小鼠中和如上所述进行随机化。
在各组随机化后第0天和第7天用IgG1-AXL-107-vcMMAE (2或4 mg/kg)进行治疗(图34)。还测试IgG1-AXL-107-vcMMAE与EGFR抑制剂埃罗替尼的组合治疗。埃罗替尼每天以50mg/kg的剂量给予14天。单独的埃罗替尼、IgG1-b12-vcMMAE和IgG1-b12用作对照。单独的埃罗替尼对肿瘤生长没有影响。IgG1-AXL-107-vcMMAE以2mg/kg的剂量诱导肿瘤生长抑制，而在4mg/kg的剂量下，IgG1-AXL-107-vcMMAE在所有小鼠中诱导完全肿瘤消退，至少直到第76天。与单独的IgG1-AXL-107-vcMMAE相比，2mg/kg或4mg/kg的剂量水平的IgG1-AXL-107-vcMMAE与埃罗替尼的组合治疗显示出相似的抗肿瘤活性(图34)。
LXFA 677和LXFA 677_3 PDX模型
在皮下NSCLC PDX模型LXFA 677和LXFA 677_3模型(其源自LXFA 677模型且已获得对埃罗替尼的抗性)中评估IgG1-AXL-107-vcMMAE的抗肿瘤活性(由Oncotest, Freiburg,Germany进行的实验)。将肿瘤片段接种入4-6周龄雄性NMRI nu/nu小鼠中和如上所述进行随机化。
在各组随机化后第0天和第7天用IgG1-AXL-107-vcMMAE (2或4 mg/kg)进行治疗。还测试IgG1-AXL-107-vcMMAE与EGFR抑制剂埃罗替尼的组合治疗。埃罗替尼每天以50mg/kg的剂量给予14天。单独的埃罗替尼、IgG1-b12-vcMMAE和IgG1-b12用作对照。如所预期，埃罗替尼诱导LXFA 677模型中的部分肿瘤消退，但对埃罗替尼抗性LXFA 677_3模型中的肿瘤生长没有影响(图35)。IgG1-AXL-107-vcMMAE以2mg/kg的剂量诱导肿瘤生长抑制，而在4mg/kg的剂量下，IgG1-AXL-107-vcMMAE在LXFA 677模型中诱导部分肿瘤消退。在埃罗替尼抗性的LXFA 677_3模型中，IgG1-AXL-107-vcMMAE在两种剂量水平下均诱导完全肿瘤消退，其持续至少直至第41天。在两种模型中，与单独的IgG1-AXL-107-vcMMAE相比，4 mg/kg以及2 mg/kg的IgG1-AXL-107-vcMMAE与埃罗替尼的组合治疗诱导相似的抗肿瘤活性(图35)。
表17. 肺PDX模型、EGFR突变状态和对埃罗替尼和AXL-ADC的应答的概述
模型 EGFR状态 埃罗替尼抗性
LU2511a WT R
LU0858b L858R R
LU1868b T790M/L858R R
LXFA526 WT R
LXFA677 c WT 敏感
LXFA677_res3 c WT R
a Yang 等人 EORTC meeting 2013, Poster 493 (2013)
b Yang 等人 Int. J. Cancer：132, E74–E84 (2013)
c Tschuch 等人 AACR-EORTC meeting 2015, Poster A10 (2015)。
实施例22-对EGFR抑制剂埃罗替尼、吉非替尼和阿法替尼具有抗性的NSCLC细胞系在体外显示出增强的Axl蛋白表达和对IgG1-AXL-107-vcMMAE的增强的敏感性
通过Western印迹分析来评估获得的对埃罗替尼的抗性对NSCLC细胞系组中的Axl蛋白表达的影响。此外，在体外评估NSCLC细胞系对IgG1-AXL-107-vcMMAE的敏感性。
细胞培养和抗癌剂
所有组织培养材料都获得自Gibco Life Technologies (Carlsbad, CA)。埃罗替尼敏感的NSCLC腺癌细胞系HCC827购自ATCC。HCC827细胞是KRAS野生型且在EGFR(缺失E746 -A750)中携带外显子19del突变，这与对EGFR-TKIs的敏感性相关。将细胞在补充有10％胎牛血清(FBS)和50μg/mL青霉素-链霉素的RPMI-1640 Glutamax培养基中培养，并保持在5%CO2和37℃的潮湿气氛中。EGFR抑制剂(埃罗替尼、吉非替尼和阿法替尼)购自SelleckChemicals (Houston, TX)。埃罗替尼和吉非替尼溶解于DMSO中，等分并储存在-20℃下。
短串联重复分析
为了确认细胞系真实性，如制造商所述使用Cell ID™系统(目录G9500, Promega,Madison, USA)进行短串联重复(STR)分析。简言之，将人类基因组的10个特定基因座PCR扩增并通过毛细管电泳分析。我们发现，ER10、ER20和ER30在所有10个基因座具有与亲代HCC827克隆相同的等位基因尺寸。我们还发现，等位基因座尺寸与ATCC公布的那些相同。
DNA纯化和EGFR/KRAS突变检测
使用QIAamp DNA Mini试剂盒(Qiagen, Hilden, Germany)从细胞中提取DNA，并使用TheraScreen EGFR RGQ PCR试剂盒和TheraScreen KRAS RGQ PCR试剂盒(Qiagen,Hilden, Germany)如制造商所述检查EGFR和KRAS突变状态。
用于测试细胞系对埃罗替尼或AXL-ADC的敏感性的体外细胞毒性测定
将2000个细胞/孔(在ER20的情况下，5000个细胞)接种在96孔板中并使其粘附6-8小时，然后加入埃罗替尼、吉非替尼、阿法替尼、IgG1-AXL-107-vcMMAE或同种型对照ADCIgG1-b12-vcMMAE；然后在37℃和5% CO2下孵育5天，并通过Cell Titer Glo测定法进行定量(如实施例8中所述)。未处理的细胞用作100％细胞生长的参照。将平板在37℃、5% CO2下孵育4或5天。结晶紫测定如下进行：在室温下加入染色溶液5分钟，在H2O中洗涤细胞两次，再溶解于柠檬酸钠缓冲液(29.41g柠檬酸钠，在50％ EtOH中)中，并测量570nm处的吸光度。
埃罗替尼或吉非替尼抗性的NSCLC细胞系的产生
通过连续暴露于埃罗替尼，从HCC827细胞系产生三种等基因埃罗替尼抗性细胞系。最初将细胞暴露于1μM埃罗替尼，并且埃罗替尼浓度经六个月的过程分别逐渐增加至20μM或30μM。一旦细胞系已获得埃罗替尼抗性，将它们在如上所述的补充有20μM或30μM埃罗替尼的培养基中培养。
类似地，通过连续暴露于埃罗替尼或吉非替尼，从PC9细胞系产生一种等基因埃罗替尼抗性细胞系和5种吉非替尼抗性细胞系。最初将细胞暴露于1μM埃罗替尼或吉非替尼，并且TKI浓度经六个月的过程逐渐增加直至30μM。
Western印迹
通过Western印迹分析测定Axl的表达。通过使用磷酸特异性抗体测量磷酸化来确定Axl活化。将细胞在冰冷的TBS中洗涤，旋转下来并在RIPA缓冲液(10 mM Tris HCl pH 8, 5mM Na2EDTA pH 8, 1% NP-40, 0,5%脱氧胆酸钠, 0,1% SDS)中裂解，所述RIPA缓冲液含有蛋白酶和磷酸酶抑制剂(Complete Mini PhosphoSTOP, Roche, Basel, Switzerland)。根据制造商的方案，通过Pierce BCA蛋白测定法(Thermo Fisher Scientific, USA)测定蛋白浓度。将5-40μg蛋白在4-12% RunBlue SDS-PAGE凝胶(Expedeon, San Diego, CA)上分离，转移到PVDF膜(GE Healthcare Life Sciences, Denmark)上，封闭，然后与第一抗体在4℃下孵育过夜。抗肌动蛋白抗体购自Abcam(目录号ab8226)，而针对总AXL的抗体购自R&DSystems (目录号AF154)。接下来，将膜与1:5000稀释的山羊抗兔、山羊抗小鼠(Dako,Denmark)或驴抗山羊(Santa Cruz) HRP缀合的第二抗体在室温下孵育1小时。将免疫反应带通过Amersham ECL Prime Western印迹检测试剂(GE Healthcare Life Sciences,Buckinghamshire, UK)可视化并暴露于CL-Xposure膜(Thermo Fisher Scientific,USA)。
结果
HCC827野生型细胞系对埃罗替尼处理高度敏感，IC50为约0.005μM。通过暴露于增加浓度的埃罗替尼达6个月而产生的埃罗替尼抗性细胞系ER10、ER20和ER30对埃罗替尼不敏感(IC50 >50 µM)(表18)。埃罗替尼抗性表型的稳定性通过在埃罗替尼不存在的情况下培养ER10、ER20和ER30细胞系六周来确认。六周后，细胞系显示出相同水平的对埃罗替尼的抗性。埃罗替尼抗性细胞系的EGFR和KRAS的突变状态与亲代细胞系相比保持不变(表18)。Axl蛋白的表达在已获得对埃罗替尼的抗性的HCC827来源的细胞系中上调(图26A)。当细胞系在埃罗替尼不存在的情况下培养时，Axl上调得到保留(图26A)。
类似地，Axl蛋白的表达在已获得对埃罗替尼或吉非替尼的抗性的PC9来源的细胞系中上调(图26B)。
表18.亲代HCC827细胞系和衍生的埃罗替尼抗性细胞系的特征。
评估野生型和埃罗替尼/吉非替尼抗性HCC827和PC9细胞对IgG1-AXL-107-vcMMAE的敏感性。因此，细胞暴露于增加浓度的IgG1-AXL-107-vcMMAE(范围10 µg/mL - 3.8 x10-5 µg/mL)持续5天，其后测定细胞活力。图27A和B显示野生型HCC827和PC9细胞对用IgG1-AXL-107-vcMMAE处理不敏感(图27F和J)，但在用EGFR抑制剂处理后显示出强烈降低的活力(图27C和I)。获得对EGFR-TKI埃罗替尼的抗性的HCC827-ER20和HCC827-ER30细胞系也对EGFR-TKIs吉非替尼和阿法替尼具有抗性(图27D和E)，但在用IgG1-AXL-107-vcMMAE处理后显示出降低的活力(图27A)。获得对EGFR-TKI埃罗替尼的抗性的PC9-ER细胞系(图27I)在用IgG1-AXL-107-vcMMAE处理后也显示出降低的活力(图27B和K)。用对照ADC IgG1-b12-vcMMAE处理，在任何测试的细胞系中都不影响细胞活力，直至10 µg/mL的浓度(图27F、G、H、J和K)。
实施例23-对BRAF抑制剂PLX4720的抗性与上调的Axl蛋白表达和对IgG1-AXL-107-vcMMAE的增强的敏感性相关
在一组确立的人黑色素瘤细胞系(CDX)和患者来源的低传代黑色素瘤细胞系(PDX)中，通过用BRAF抑制剂PLX4720(一种临床批准的BRAF抑制剂威罗菲尼的类似物)治疗，针对其对生长抑制的内在或后天抗性评估Axl蛋白表达和对IgG1-AXL-107-vcMMAE的敏感性。
细胞培养
SKMEL147获得自荷兰癌症研究所的Reuven Agami的实验室。A875获得自ThermoFischer，COLO679获得自Sigma，SKMEL28和A375细胞获得自ATCC。将黑色素瘤细胞系在补充有10％胎牛血清(Sigma)、100U/ml青霉素和0.1mg/ml链霉素(都是Gibco)的DMEM中培养。细胞系在37℃下保持在5% (vol/vol) CO2潮湿培养箱中。
PLX4720抗性细胞系的产生
在最高达3μM的增加浓度的BRAF抑制剂PLX4720 (Selleck Chemicals, Houston, TX,USA, Company：Selleck Chemicals, Houston, TX, USA, 目录号:S1152,)存在的情况下培养BRAF抑制剂敏感细胞系(SKMEL28和A375)以建立对应的PLX4720抗性的SKMEL28R和A375R。所有耐药细胞系都在3μM PLX4720存在的情况下永久培养。
患者来源的低传代(PDX)黑色素瘤细胞系的产生
荷兰癌症研究所的Antoni van Leeuwenhoek医院的医学伦理委员会已批准收集和使用人组织。动物实验由研究所的动物实验委员会批准，并根据适用的规章制度进行。在手术期间，或者通过使用14号针头从恶性黑色素瘤患者取肿瘤活检组织，获得人类肿瘤材料。~5mm3的肿瘤片段用于在NOD.Cg-Prkdc scid Il2rg tm1Wjl /SzJ小鼠中皮下植入，其在麻醉下进行。用卡尺每周两次测量肿瘤生长。在达到1000 mm3的肿瘤尺寸之前，处死小鼠，移取肿瘤并将肿瘤碎片解离成单细胞悬浮液，铺在10cm培养皿上并在DMEM + 10% FBS (Sigma) +100 U/ml青霉素和0.1mg/ml链霉素(都是Gibco)中作为原代细胞培养物生长。
Western印迹分析
使用Western印迹分析测定Axl和MITF的表达。将细胞裂解物中的蛋白在4-12% SDS-PAGE凝胶上分离并转移至PVDF膜，所述PVDF膜随后在5% BSA/PBS-Tween中用对Axl特异性的抗体(sc-1096 Santa Cruz)染色，或者转移至硝酸纤维素膜，所述硝酸纤维素膜在5％脱脂奶粉/PBS-Tween中用MITF (ab12039 Abcam)染色。为了设置凝胶上样的对照，使用针对粘着斑蛋白或β-肌动蛋白的抗体。
黑色素瘤细胞系的质膜上的AXL表达的定量
通过间接免疫荧光使用QIFIKIT分析(DAKO，目录号K0078)定量人肿瘤细胞系的质膜上的AXL表达。使用小鼠单克隆抗体ab89224 (Abcam, Cambridge, UK)检测Axl。将贴壁细胞胰蛋白酶消化并通过细胞过滤器以获得单细胞悬浮液。将细胞通过以1,200rpm离心5分钟来沉淀，用PBS洗涤并以1x106个细胞/mL的浓度重新悬浮。在冰上进行下一步骤。将100μL单细胞悬浮液(100,000个细胞/孔)接种在聚苯乙烯96孔圆底板(Greiner Bio‐One, 目录号650101)中。将细胞通过以300xg离心3分钟来沉淀，并以10 μg/mL的浓度重新悬浮于50μL抗体样品或小鼠IgG1同种型对照样品(目录号QF2040741，批号MA1-10406，Pierce)中。在4℃下孵育30分钟后，将细胞沉淀并重新悬浮于150μL FACS缓冲液(含有0.1 % BSA的PBS)中。根据制造商的说明将设置和校准珠粒加入到平板中。将细胞和珠粒用150μL FACS缓冲液平行洗涤两次以上，并重新悬浮于50μL FITC缀合的山羊抗小鼠IgG (1/50；DAKO, 目录号K0078)中。将第二抗体在4℃避光孵育30分钟。细胞和珠粒用150μL FACS缓冲液洗涤两次并重新悬浮于100μL FACS缓冲液中。在FACS Calibur (BD Biosciences)上通过在活细胞的门内记录10,000个事件来测量免疫荧光。使用校准珠粒的平均荧光强度来使用GraphPadPrism软件(GraphPad Software, San Diego, CA, USA)计算校准曲线。对于每种细胞系，使用AXL抗体染色的细胞的平均荧光强度，基于校准曲线的方程计算抗体结合能力(ABC)，即质膜上表达的AXL分子数量的估计值(使用GraphPad软件从标准曲线插入未知值)。
体外细胞毒性
将细胞培养至接近汇合，其后将细胞用胰蛋白酶消化，重新悬浮于培养基中并通过细胞过滤器(BD Falcon，目录号352340)以获得单细胞悬浮液。使用以下接种密度以96孔形式接种细胞：用于建立的细胞系，2000个细胞/孔，用于PDX衍生的细胞系，4000个细胞/孔。接种后4小时加入IgG1-AXL-107-vcMMAE。在培养基中制备IgG1-AXL-107-vcMMAE的系列稀释液(10倍；范围从0.0001至10 μg/mL的终浓度)并加入平板中。在37℃、5% CO2下孵育5天(对于CD样品)或8天(PDX样品)后，将CellTiter‐Glo试剂(Promega；目录号G7571)加入到孔中并根据制造商的方案进行发光细胞活力测定(Promega, Madison, WI)。通过InfiniteM200微孔板读数仪(Tecan)测量发光，并且如下计算活力：％活力=(目标发光样品 - 发光PAO)/(对照媒介物处理的发光PAO的平均发光)，其中PAO代表用于100％细胞杀死的5 μM苯基氧化砷。
SKMEL147黑色素瘤异种移植模型
在NMRI裸鼠中的皮下黑色素瘤模型SKMEL147中评估IgG1-AXL-107-vcMMAE的抗肿瘤活性。向小鼠左侧腹中皮下注射2.5x105个SKMEL147黑色素瘤细胞，其表达高水平的Axl(参见图28和表15)，将其1:1重新悬浮于基质胶中，总体积为100μL。每周三次用卡尺测量肿瘤，并且当肿瘤为100 mm3时，将动物在以下治疗组中随机化：IgG1-b12 (4 mg/kg)，IgG1-b12-vcMMAE (4 mg/kg)，IgG1-107 (4 mg/kg)，IgG1-107-vcMMAE (2 mg/kg)，和IgG1-107-vcMMAE (4 mg/kg)。
在肿瘤细胞注射后的第12天和第19天(随机化的第1天和第8天)，将测试化合物注射到动物的尾静脉中，总体积为100μL。当肿瘤的尺寸超过1000 mm3时，将动物处死。
SKMEL28野生型细胞和对PLX4720抗性的SKMEL28细胞的混合群体的处理
将SKMEL28野生型细胞和对PLX4720抗性的SKMEL28细胞(SKMEL28-R)用荧光团mCherry(红色)或GFP(绿色)的表达载体分别转染。随后，将细胞以1:1比率接种，在6孔板中每种细胞系具有50,000个细胞(总共100，000个细胞/孔)。3小时后，将以下化合物加入到孔中：IgG1-AXL-107-vcMMAE (1 µg/mL)，IgG1-b12-MMAE (1 µg/mL；同种型对照ADC)，PLX4720(10 µM；BRAF抑制剂)，达拉菲尼(1 µM；BRAF抑制剂)或曲美替尼(0.1 µM；MEK抑制剂)。4天后，将细胞胰蛋白酶化，在PBS + 1% BSA中洗涤一次并通过流式细胞术分析。
免疫组织化学
在新鲜切割的石蜡包埋和福尔马林固定(FFPE)的具有恶性黑色素瘤的整个组织(WT)中评估AXL的表达。在Sequenza Slide Racks (Ted Pella Inc., Redding, CA, USA；目录号36105)中手动进行染色。
在染色前，在室温下，将FFPE组织载片在100％二甲苯(Sigma-Aldrich，目录号16446；三次，5分钟)中脱石蜡并在96％乙醇(Sigma Aldrich，目录号32294；两次，5分钟)中脱水。其后，进行抗原修复。将IHC载片在柠檬酸盐缓冲液(pH6；DAKO；目录号S2369)中孵育5分钟，并在室温下在柠檬酸盐/磷酸盐缓冲液(0.43M柠檬酸，0.35 M Na2HPO4.2H2O；pH5.8)中封闭内源性过氧化物酶15分钟。在与第一抗体孵育前，将载片在PBS中的10％正常人血清(CLB/Sanquin，目录号K1146)中孵育。通过在补充有2％正常人血清的PBS中与3 μg/mL兔多克隆抗人Axl抗体H-124在室温下孵育60分钟来确定Axl表达。用补充有0.1% Tween-20的PBS中洗涤载片(两次，3分钟)，并用未稀释的Bright Vision多聚-HRP-抗兔IgG检测对Axl特异性的兔抗体的结合。用3-氨基-9-乙基咔唑(AEC)发色团(红色；Sigma，目录号A6926-100TAB)使HRP可视化；苏木精(DAKO，目录号S3309)复染核。由荷兰癌症研究所(NKI,Amsterdam, The Netherlands)的认证病理学家分析载片，该病理学家对每个样品中Axl染色的强度和定位进行评分。实施例显示于图39中。
结果
在一组建立的黑色素瘤细胞系(表19)和低传代原代黑色素瘤细胞系(PDX，表20)中评估AXL表达。如通过western印迹所确定的AXL表达(图28)与建立的细胞系(图28A)以及临床患者来源的样品(图28B)中的MITF表达负相关。在建立的细胞系组中，Axl表达也通过定量流式细胞术确定。AXL阴性和阳性细胞系的实例显示于图29中。所有细胞系的Axl表达水平(表示为ABC)与细胞系的BRAF突变状态一起列于表19中。
接下来，在活力测定中评估建立的黑色素瘤细胞系和PDX组对IgG1-AXL-107-vcMMAE的敏感性。细胞暴露于增加浓度的IgG1-AXL-107-vcMMAE (范围1 x 10-4至10 µg/mL)持续5天，其后测定细胞活力。结果概述于表19和20中，剂量-应答曲线显示于图30和31中。图30显示所有4种表达AXL的细胞系(SKMEL147、A875、A375R、SKMEL28R)(其中三种对PLX4720具有抗性)是对用IgG1-AXL-107-vcMMAE治疗敏感。两种AXL阴性细胞系COLO679和SKMEL28在用IgG1-AXL-107-vcMMAE处理后没有显示活力的变化。在用IgG1-AXL-107-vcMMAE进行的活力测定中测试三种PLX4720抗性PDX样品。图31显示两种AXL高表达PDX培养物MO16和MO19R对用IgG1-AXL-107-vcMMAE处理敏感，而AXL低表达PDX培养物M082没有显示出与用IgG1-b12-vcMMAE对照处理所见不同的应答。
表19. 黑色素瘤细胞系组的特征
*BLQ = 低于定量限值(<3300，校准珠粒的最低ABC值)。
表20. 患者来源的黑色素瘤培养物的特征。
在SKMEL147黑色素瘤异种移植模型中，用IgG1-b12、IgG1-b12-vcMMAE或IgG1-AXL-107处理的小鼠未显示肿瘤生长抑制。IgG1-AXL-107-vcMMAE以2mg/kg诱导肿瘤生长抑制，并且在4mg/kg的剂量，IgG1-AXL-107-vcMMAE诱导强烈的肿瘤消退，其持续直至约第50天(图36A)。
因此，4mg/kg剂量的HuMax-AXL-ADC显示出显著的抗肿瘤作用，但在第50天后肿瘤开始再次生长。在用4 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE的最初肿瘤消退后显示出肿瘤再次生长的四只小鼠在第55天用4 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE的单剂量再次处理，而为了比较，观察另外两只小鼠。
用4 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE再次处理在所有四只小鼠中导致肿瘤消退，而观察的2只小鼠显示出肿瘤生长(图36B)。四只再次处理的小鼠中的两只显示至少保持直至第80天的肿瘤消退，而在另外两只再次处理的小鼠中在约第70天观察到肿瘤再次生长(图36B)。
在SKMEL28 wt细胞和SKMEL28 PLX4720抗性细胞的混合群体中，与未处理对照相比，当用IgG1-AXL-107-vcMMAE、PLX4720或达拉菲尼处理细胞混合物时，总细胞数量减少74-62％(图37A)。用IgG1-AXL-107-vcMMAE和PLX4720、IgG1-AXL-107-vcMMAE和达拉菲尼、达拉菲尼和曲美替尼或达拉菲尼、曲美替尼和IgG1-AXL-107-vcMMAE的组合处理细胞混合物诱导总细胞数量与未处理的细胞相比81-92％减少(图37A)。
为了评估是否根除特定细胞群体，测定绿色(GFP-阳性SKMEL28-R细胞)和红色(mCherry-阳性SKMEL28细胞)的比率。如所预期，未处理和IgG1-b12-vcMMAE处理不影响GFP/mCherry比率，因为总细胞数量也未受影响(图37B)。用IgG1-AXL-107-vcMMAE处理导致GFP/mCherry比率显著降低(图37B)，表明SKMEL28-R细胞的特异性杀伤。相反，用BRAF抑制剂PLX4720或达拉菲尼处理增加了GFP/mCherry比率(图37B)，表明SKMEL28细胞的特异性杀伤。IgG1-AXL-107-vcMMAE和PLX4720、达拉菲尼和曲美替尼或达拉菲尼、曲美替尼和IgG1-AXL-107-vcMMAE的组合显示接近于1的比率(图37B)，表明两种细胞类型以相似的功效被杀死。用IgG1-AXL-107-vcMMAE和达拉菲尼的组合导致GFP/mCherry比率显著降低(图37B)，表明SKMEL28-R细胞在所用浓度下更有效的杀死。
结果IHC
总共分析了45个样品，其中3个样品不含任何肿瘤物质，因此被排除在分析之外。此外，包括来自相同患者的7个匹配的威罗菲尼治疗前和治疗后样品，以及1个匹配的达拉菲尼/曲美替尼治疗前和治疗后样品。
在41/42样品中，在黑色素瘤区域的亚群中检测到Axl表达。每个患者肿瘤的染色强度不同(表21)。
此外，在4/7匹配的威罗菲尼治疗前和治疗后样品中观察到Axl表达的上调(如通过病理学家的染色强度的增加所测量)(表21)。
表21. 来自黑色素瘤患者的肿瘤组织中的Axl染色
病例编号 治疗 治疗前/后 匹配的样品 Axl染色肿瘤细胞a 评价
1 威罗菲尼 后 NA 部分 +
2 威罗菲尼 后 17 微弱 +至+
3 达拉菲尼/曲美替尼 后 NA ++至+++
4 威罗菲尼 后 NA 局灶地+
5 威罗菲尼 后 NA 部分微弱 +
6 达拉菲尼/曲美替尼 后 40 NA 严重坏死的
7 达拉菲尼/曲美替尼 前 16 零星的 +
8 威罗菲尼 后 38 零星的 + 在肿瘤边缘的弱阳性细胞可能是染色伪影的结果
9 威罗菲尼 后 NA -
10 威罗菲尼 后 NA 部分微弱 +
11 威罗菲尼 后 NA 微弱 + 许多噬黑色素细胞 +
12 威罗菲尼 后 NA 局部微弱 + 一些噬黑色素细胞 +
13 威罗菲尼 后 NA ++至+++
14 威罗菲尼 后 39 微弱 + 许多噬黑色素细胞 +
15 威罗菲尼 后 24 微弱 +
16 达拉菲尼/曲美替尼 后 7 微弱 +
17 威罗菲尼 前 2 部分 +
18 威罗菲尼 治疗后疾病稳定18天 NA 微弱 +
19 威罗菲尼 后 NA 局部 +至++
20 威罗菲尼 治疗后疾病稳定20天 NA 微弱 +
21 威罗菲尼 后 NA 微弱 +
22 威罗菲尼 后 NA 部分 + 许多噬黑色素细胞 +
23 威罗菲尼 后 NA +至++
24 威罗菲尼 前 15 零星的 +
25 威罗菲尼 后 NA 零星的 +
26 威罗菲尼 前 44 微弱 + 许多噬黑色素细胞 +
27 威罗菲尼 后 NA 部分且微弱 +
28 威罗菲尼 治疗后疾病稳定28天 NA 微弱 + 存在有限量的肿瘤细胞
29 威罗菲尼 后 NA 部分且微弱 +
30 威罗菲尼 后 NA 部分 +
31 威罗菲尼 后 NA 部分 +
32 威罗菲尼 后 NA + 少量具有黑色素的肿瘤细胞/噬黑色素细胞
33 威罗菲尼 后 NA 局部微弱 +
34 威罗菲尼 后 NA 微弱 +至+
35 威罗菲尼 后 NA 微弱 +
36 威罗菲尼 后 NA 微弱 + 许多噬黑色素细胞 +
37 威罗菲尼 后 NA 部分微弱 +
38 威罗菲尼 前 8 微弱 +至+
39 威罗菲尼 前 14 + 阳性细胞存在于淋巴结窦中。由于这些细胞含有相当丰富的细胞质，因此不确定它们是肿瘤细胞还是巨噬细胞
40 达拉菲尼/曲美替尼 前 6 NA 没有遇到肿瘤性病变
41 威罗菲尼 后 NA NA 没有遇到肿瘤性病变
42 威罗菲尼 后 NA 部分 + 部分阴性区域可能是由于染色伪影
43 威罗菲尼 后 NA 微弱 +至+
44 威罗菲尼 后 26 +至++
45 威罗菲尼 后 NA 部分微弱 +
a-：阴性；阳性染色强度：微弱 +< + < ++ < +++；阳性染色区域：零星<局灶<局部<部分；NA：不可用。
实施例24 - CV1664 PDX模型
在BALB/c裸鼠中的皮下宫颈癌PDX模型CV1664中评估IgG1-AXL-107-vcMMAE的抗肿瘤活性(由CrownBioscience, Changping District, Beijing, China进行的实验)。将肿瘤片段接种入BALB/c裸鼠中和如实施例21中所述进行随机化。
在各组随机化后第0天和第7天用IgG1-AXL-107-vcMMAE (2或4 mg/kg)进行治疗(图38)。在相同日用紫杉醇(20mg/kg；腹膜内)、未缀合的IgG1-AXL-107 (4mg/kg)、IgG1-b12-vcMMAE(4mg/kg)和IgG1-b12 (4mg/kg)治疗被用作对照。
在两种剂量水平下，IgG1-AXL-107-vcMMAE均诱导强烈的肿瘤消退，这持续至少直到第49天(图38A，B)。与IgG1-b12对照组相比，用未缀合的IgG1-AXL-107和IgG1-b12-vcMMAE处理仅诱导对肿瘤生长的较小抑制。紫杉醇诱导部分肿瘤消退。
在第55和62天，在用4 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE的最初肿瘤消退后显示出肿瘤再次生长的两只小鼠用2个剂量的4 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE再次处理。这在两只小鼠中都导致部分肿瘤消退(图38C)。在肿瘤再次生长后，这些小鼠在第105和112天再次用2个剂量的4 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE再次治疗，这再次导致两只动物中的部分肿瘤消退(图38C)。
在第55和62天，在用紫杉醇的最初肿瘤消退后显示出肿瘤再次生长的两只小鼠用2个剂量的4 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE再次处理。三只小鼠中的两只在用IgG1-AXL-107-vcMMAE再次处理后显示完全肿瘤消退(图38D)。另一只小鼠显示出部分肿瘤消退。在肿瘤再次生长后，该小鼠在第98和105天再次用2个剂量的4 mg/kg IgG1-AXL-107-vcMMAE再次治疗，这再次导致部分肿瘤消退(图38D)。
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Claims (84)

1.包含结合至人AXL的抗体的抗体-药物缀合物(ADC)，其用于治疗对至少一种治疗剂具有抗性的癌症，所述治疗剂选自酪氨酸激酶抑制剂、丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂和化疗剂。
2.权利要求1所用的ADC，其中所述酪氨酸激酶抑制剂选自埃罗替尼、阿法替尼、吉非替尼、拉帕替尼、奥西莫替尼、罗西替尼、伊马替尼、舒尼替尼、克里唑替尼、米哚妥林(PKC412)和喹扎替尼(AC220)。
3.权利要求2所用的ADC，其中所述酪氨酸激酶抑制剂是埃罗替尼或其治疗有效的类似物或衍生物，如拉帕替尼、阿法替尼或吉非替尼。
4.权利要求3所用的ADC，其中所述酪氨酸激酶抑制剂是埃罗替尼。
5.权利要求1所用的ADC，其中所述丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂是BRAF-抑制剂或MEK-抑制剂。
6.权利要求5所用的ADC，其中
(a) 所述BRAF抑制剂选自威罗菲尼(PLX4032)、达拉菲尼及其任何治疗有效的类似物或衍生物，如PLX4720；
(b) 所述MEK-抑制剂选自曲美替尼和司美替尼(AZD6244)及其任何治疗有效的类似物或衍生物。
7.权利要求6所用的ADC，其中所述BRAF抑制剂是威罗菲尼。
8.权利要求6所用的ADC，其中所述BRAF抑制剂是达拉菲尼。
9.权利要求5所用的ADC，其中所述MEK-抑制剂是曲美替尼。
10.权利要求1所用的ADC，其中所述化疗剂选自紫杉醇、多西他赛、顺铂、二甲双胍、多柔比星、依托泊苷、卡铂或其组合。
11.权利要求10所用的ADC，其中所述化疗剂是紫杉醇或其治疗有效的类似物或衍生物，如多西他赛。
12.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中
(a) 所述酪氨酸激酶抑制剂选自EGFR拮抗剂、HER2拮抗剂、ALK抑制剂和FLT3抑制剂或其任何组合；
(b) 所述丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂选自BRAF抑制剂和MEK抑制剂或其组合；
(c) 所述化疗剂选自紫杉醇、多西他赛、顺铂、二甲双胍、多柔比星、依托泊苷、卡铂或其组合。
13.权利要求12所用的ADC，其中
(a) 所述酪氨酸激酶抑制剂是EGFR抑制剂；
(b) 所述丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂是BRAF抑制剂；且
(c) 所述化疗剂是紫杉烷。
14.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述癌症在用所述治疗剂治疗期间获得抗性。
15.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述癌症从开始用治疗剂治疗起具有抗性。
16.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述癌症是表达AXL的癌症。
17.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述癌症选自黑色素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、宫颈癌、头颈部的鳞状细胞癌(SCCHN)、乳腺癌、胃肠道间质瘤(GIST)、肾癌、前列腺癌、神经母细胞瘤、胰腺癌、食道癌、横纹肌肉瘤、急性髓性白血病(AML)或慢性粒细胞白血病(CML)。
18.前述权利要求中任一项所用的ADC，其用于与所述治疗剂组合使用，其中所述ADC和所述治疗剂同时、分开或依次施用。
19.包含结合至人AXL的抗体的ADC，其用于治疗对埃罗替尼具有抗性的表达AXL的NSCLC。
20.权利要求19所用的ADC，其中所述ADC与埃罗替尼组合使用，且所述ADC和埃罗替尼同时、分开或依次施用。
21.包含结合至人AXL的抗体的ADC，其用于治疗对威罗菲尼或其治疗有效的类似物或衍生物具有抗性的表达AXL的黑色素瘤，其中所述黑色素瘤在BRAF中表现出突变，所述突变提供对突变BRAF的激酶活性的威罗菲尼抑制。
22.权利要求21所用的ADC，其用于与威罗菲尼组合使用，其中所述ADC和威罗菲尼同时、分开或依次施用。
23.包含结合至人AXL的抗体的ADC，其用于治疗对达拉菲尼或其治疗有效的类似物或衍生物具有抗性的表达AXL的黑色素瘤，其中所述黑色素瘤在BRAF中表现出突变，所述突变提供对突变BRAF的激酶活性的达拉菲尼抑制。
24.权利要求23所用的ADC，其用于与达拉菲尼组合使用，其中所述ADC和达拉菲尼同时、分别或依次施用，其任选地与MEK抑制剂如例如曲美替尼进一步组合施用。
25.权利要求21至24中任一项所用的ADC，其中所述突变位于选自V600、L597和K601的BRAF残基中，如选自V600E、V600K、V600D、L597R和K601E的突变。
26.包含结合至人AXL的抗体的ADC，其用于治疗对紫杉醇或其治疗有效的类似物或衍生物、如多西他赛具有抗性的表达AXL的宫颈癌。
27.权利要求26所用的ADC，其中所述ADC与紫杉醇组合使用，且所述ADC和紫杉醇同时、分开或依次施用。
28.包含结合至人AXL的抗体的ADC，其用于与选自化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂或丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂的治疗剂组合使用以治疗癌症，其中所述ADC和治疗剂同时、分开或依次施用。
29.权利要求28所用的ADC，其用于与埃罗替尼组合使用以治疗NSCLC。
30.权利要求28所用的ADC，其用于与威罗菲尼组合使用以治疗黑色素瘤，其中所述黑色素瘤在BRAF中表现出突变，所述突变提供对突变BRAF的激酶活性的威罗菲尼抑制。
31.权利要求28所用的ADC，其用于与达拉菲尼组合使用以治疗黑色素瘤，其中所述黑色素瘤在BRAF中表现出突变，所述突变提供对突变BRAF的激酶活性的达拉菲尼抑制。
32.权利要求30和31中任一项所用的ADC，其中所述突变位于选自V600、L597和K601的BRAF残基中，如选自V600E、V600K、V600D、L597R和K601E的突变。
33.权利要求28所用的ADC，其用于与曲美替尼组合使用以治疗黑色素瘤。
34.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述ADC包含与所述抗体连接的细胞毒性剂、化疗药物或放射性同位素。
35.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述治疗性部分是细胞毒性剂，其任选地用接头连接到所述ADC。
36.权利要求35所用的ADC，其中所述细胞毒性剂用可裂解接头连接至所述抗体，所述接头如4-(2-吡啶二硫代)-戊酸 N-琥珀酰亚胺酯(SSP)、马来酰亚胺基己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-p-氨基苄氧基羰基(mc-vc-PAB)或AV-1 K-lock 缬氨酸-瓜氨酸。
37.权利要求35至36中任一项所用的ADC，其中所述细胞毒性剂用不可裂解的接头连接至所述抗体，所述不可裂解的接头如4(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-甲酸琥珀酸亚胺酯(MCC)或马来酰亚胺基己酰基(MC)。
38.权利要求35至37中任一项所用的ADC，其中所述细胞毒性剂选自：DNA靶向剂，例如，DNA烷化剂和交联剂，如卡奇霉素、多卡霉素、rachelmycin(CC-1065)、 吡咯并[2,1-c][1,4]苯二氮杂䓬(PBD)和吲哚并苯二氮杂䓬(IGN)；微管靶向剂，如duostatin如duostatin-3、澳瑞他汀如单甲基澳瑞他汀E(MMAE)和单甲基澳瑞他汀F(MMAF)、多拉司他汀、美登素、N(2’)-脱乙酰基-N(2’)-(3-巯基-1-氧代丙基)-美登素(DM1)和 tubulysin；以及核苷类似物；或其类似物、衍生物或前药。
39.权利要求35至38中任一项所用的ADC，其中
(a) 所述接头是可裂解的且所述细胞毒性剂具有旁观者杀伤能力；
(b) 所述接头是可裂解的且所述细胞毒性剂不具有旁观者杀伤能力；
(c) 所述接头是不可裂解的且所述细胞毒性剂具有旁观者杀伤能力；或
(d) 所述接头是不可裂解的且所述细胞毒性剂不具有旁观者杀伤能力。
40.权利要求35至39中任一项所用的ADC，其中所述接头是mc-vc-PAB且所述细胞毒性剂是MMAE。
41.权利要求35至39中任一项所用的ADC，其中所述接头是SSP且所述细胞毒性剂是DM1。
42.权利要求35至39中任一项所用的ADC，其中所述药物是duostatin3。
43.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述抗体不与生长停滞特异性6(Gas6)竞争结合至人AXL。
44.权利要求43所用的ADC，其中在Gas6存在的情况下抗体与人AXL的最大结合为在Gas6不存在的情况下的结合的至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％、如100％，如通过竞争测定法所测定，其中所述结合至人AXL的抗体和所述Gas6之间的竞争在与Gas6和不与Gas6预孵育的A431细胞上确定。
45.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述抗体对人AXL的结合亲和力(KD)在0.3x10-9至63x10-9 M的范围内，任选地其中所述结合亲和力使用生物膜层干涉测量法使用可溶性AXL细胞外结构域进行测量。
46.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述抗体对AXL的解离速率为9.7x10-5至4.4x10-3 s-1，任选地其中所述解离速率通过生物膜层干涉测量法使用可溶性重组AXL细胞外结构域进行测量。
47.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述人AXL的氨基酸序列如SEQ ID NO:130中所指定。
48.前述权利要求中任一项所用的ADC，其结合至如SEQ ID NO:147中所指定的食蟹猴AXL。
49.前述权利要求中任一项所用的ADC，其包含至少一个结合区，所述结合区包含选自以下的VH区和VL区：
(a) VH区，其包含分别为SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列，[107]；
(b) VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、47和48的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148]；
(c) VH区，其包含分别为SEQ ID No：114、115和116的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：117、DAS和118的CDR1、CDR2和CDR3序列，[733]；
(d) VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和53的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154]；
(e) VH区，其包含分别为SEQ ID No：51、52和54的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：55、GAS和56的CDR1、CDR2和CDR3序列，[154-M103L]；
(f) VH区，其包含分别为SEQ ID No：57、58和59的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：60、GAS和61的CDR1、CDR2和CDR3序列，[171]；
(g) VH区，其包含分别为SEQ ID No：62、63和64的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：65、GAS和66的CDR1、CDR2和CDR3序列，[172]；
(h) VH区，其包含分别为SEQ ID No：67、68和69的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：70、GAS和71的CDR1、CDR2和CDR3序列，[181]；
(i) VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、73和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183]；
(j) VH区，其包含分别为SEQ ID No：72、74和75的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：76、ATS和77的CDR1、CDR2和CDR3序列，[183-N52Q]；
(k) VH区，其包含分别为SEQ ID No：78、79和80的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：81、AAS和82的CDR1、CDR2和CDR3序列，[187]；
(l) VH区，其包含分别为SEQ ID No：83、84和85的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：86、GAS和87的CDR1、CDR2和CDR3序列，[608-01]；
(m) VH区，其包含分别为SEQ ID No：88、89和90的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：91、GAS和92的CDR1、CDR2和CDR3序列，[610-01]；
(n) VH区，其包含分别为SEQ ID No：93、94和95的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：96、GAS和97的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613]；
(o) VH区，其包含分别为SEQ ID No：98、99和100的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：101、DAS和102的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613-08]；
(p) VH区，其包含分别为SEQ ID No：103、104和105的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：106、GAS和107的CDR1、CDR2和CDR3序列，[620-06]；
(q) VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和110的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726]；
(r) VH区，其包含分别为SEQ ID No：108、109和111的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726-M101L]；
(s) VH区，其包含分别为SEQ ID No：41、42和43的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：44、AAS和45的CDR1、CDR2和CDR3序列，[140]；
(t) VH区，其包含分别为SEQ ID No：93、94和95的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：128、XAS(其中X是D或G)和129的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613 /613-08]；
(u) VH区，其包含分别为SEQ ID No：46、119和120的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：49、AAS和50的CDR1、CDR2和CDR3序列，[148 / 140]；
(v) VH区，其包含分别为SEQ ID No：123、124和125的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：60、GAS和61的CDR1、CDR2和CDR3序列，[171 / 172 / 181]；以及
(w) VH区，其包含分别为SEQ ID No：121、109和122的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：112、AAS和113的CDR1、CDR2和CDR3序列，[726 / 187]；以及
(x) VH区，其包含分别为SEQ ID No：93、126和127的CDR1、CDR2和CDR3序列；以及VL区，其包含分别为SEQ ID No：96、GAS和97的CDR1、CDR2和CDR3序列，[613 / 608-01 / 610-01/ 620-06]。
50.前述权利要求中任一项所用的ADC，其包含至少一个结合区，所述结合区包含
(a) 包含分别SEQ ID No.:36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列的VH区，和
(b) 包含分别SEQ ID No.:39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列的VL区，[107]。
51.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述抗体包含至少一个结合区，所述结合区包含选自以下的VH区和VL区：
(a) 与SEQ ID No:1具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:2具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[107]；
(b) 与SEQ ID No:5具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:6具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[148]；
(c) 与SEQ ID No:34具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:35具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[733]
(d) 与SEQ ID No:7具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:9具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[154]；
(e) 与SEQ ID No:10具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:11具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[171]；
(f) 与SEQ ID No:16具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:18具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[183]；
(g) 与SEQ ID No:25具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:26具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[613]；
(h) 与SEQ ID No:31具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:33具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[726]；
(i) 与SEQ ID No:3具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:4具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[140]；
(j) 与SEQ ID No:8具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:9具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[154-M103L]；
(k) 与SEQ ID No:12具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:13具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[172]；
(l) 与SEQ ID No:14具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:15具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[181]；
(m) 与SEQ ID No:17具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:18具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[183-N52Q]；
(n) 与SEQ ID No:19具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:20具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[187]；
(o) 与SEQ ID No:21具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:22具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[608-01]；
(p) 与SEQ ID No:23具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:24具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[610-01]；
(q) 与SEQ ID No:27具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:28具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[613-08]；
(r) 与SEQ ID No:29具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:30具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[620-06]；和
(s) 与SEQ ID No:32具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VH区，和与SEQ ID No:33具有至少90％、如至少95％、如至少97％、如至少99％同一性的VL区，[726-M101L]。
52.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述至少一个结合区包含选自以下的VH区和VL区：
(a) 包含SEQ ID No:1的VH区和包含SEQ ID No:2的VL区[107]；
(b) 包含SEQ ID No:5的VH区和包含SEQ ID No:6的VL区[148]；
(c) 包含SEQ ID No:34的VH区和包含SEQ ID No:35的VL区[733]
(d) 包含SEQ ID No:7的VH区和包含SEQ ID No:9的VL区[154]；
(e) 包含SEQ ID No:10的VH区和包含SEQ ID No:11的VL区[171]；
(f) 包含SEQ ID No:16的VH区和包含SEQ ID No:18的VL区[183]；
(g) 包含SEQ ID No:25的VH区和包含SEQ ID No:26的VL区[613]；
(h) 包含SEQ ID No:31的VH区和包含SEQ ID No:33的VL区[726]；
(i) 包含SEQ ID No:3的VH区和包含SEQ ID No:4的VL区[140]；
(j) 包含SEQ ID No:8的VH区和包含SEQ ID No:9的VL区[154-M103L]；
(k) 包含SEQ ID No:12的VH区和包含SEQ ID No:13的VL区[172]；
(l) 包含SEQ ID No:14的VH区和包含SEQ ID No:15的VL区[181]；
(m) 包含SEQ ID No:17的VH区和包含SEQ ID No:18的VL区[183-N52Q]；
(n) 包含SEQ ID No:19的VH区和包含SEQ ID No:20的VL区[187]；
(o) 包含SEQ ID No:21的VH区和包含SEQ ID No:22的VL区[608-01]；
(p) 包含SEQ ID No:23的VH区和包含SEQ ID No:24的VL区[610-01]；
(q) 包含SEQ ID No:27的VH区和包含SEQ ID No:28的VL区[613-08]；
(r) 包含SEQ ID No:29的VH区和包含SEQ ID No:30的VL区[620-06]；和
(s) 包含SEQ ID No:32的VH区和包含SEQ ID No:33的VL区[726-M101L]。
53.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述至少一个结合区含有包含SEQ ID No:1的VH区和包含SEQ ID No:2的VL区[107]。
54.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中
所述抗体包含至少一个结合区，所述结合区含有包含分别SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列的VH区；以及包含分别SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列的VL区，[107]，
所述接头是mc-vc-PAB，且
所述细胞毒性剂是MMAE。
55.权利要求1至50中任一项所用的ADC，其中
所述抗体包含至少一个结合区，所述结合区含有包含分别SEQ ID No：36、37和38的CDR1、CDR2和CDR3序列的VH区；以及包含分别SEQ ID No：39、GAS和40的CDR1、CDR2和CDR3序列的VL区，[107]，
所述接头是SSP，且
所述细胞毒性剂是DM1。
56.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述抗体结合至AXL上的表位，其中所述表位由权利要求39中所定义的抗体中的任一者识别。
57.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述抗体结合至AXL的Ig1结构域内的表位，所述表位包含或需要对应于人AXL的位置L121至Q129或T112至Q124的一个或多个氨基酸。
58.权利要求1至50中任一项所用的ADC，其中所述抗体结合至AXL的Ig2结构域内的表位，所述表位包含或需要对应于人AXL的位置D170或D179的组合的氨基酸或对应于位置T182至R190的一个或多个氨基酸。
59.权利要求1至50中任一项所用的ADC，其中所述抗体结合至人AXL的FN1结构域内的表位，所述表位包含或需要对应于人AXL的位置Q272至A287和G297至P301的一个或多个氨基酸。
60.权利要求1至50中任一项所用的ADC，其中所述抗体结合至人AXL的FN2结构域内的表位，所述表位包含或要求对应于人AXL的位置A359、R386的氨基酸以及对应于位置Q436至K439的一个或多个氨基酸。
61.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述抗体包含选自IgG1、IgG2、IgG3和IgG4的同种型的重链。
62.权利要求61所用的ADC，其中所述同种型是IgG1，任选地同种异型IgG1m(f)。
63.前述权利要求中任一项的ADC，其为全长单克隆抗体，如全长单克隆IgG1,κ抗体。
64.权利要求1至63中任一项所用的ADC，其中所述抗体是效应子功能缺陷型抗体、稳定IgG4抗体或单价抗体。
65.权利要求64所用的ADC，其中所述重链已经过修饰使得整个铰链区已经缺失。
66.权利要求64和65中任一项所用的ADC，其中所述抗体的序列已经过修饰使得其不包含任何N-连接糖基化的受体位点。
67.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述抗体是单链抗体。
68.前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述抗体是多特异性抗体，其包含根据前述实施方案中任一项的抗体的第一结合区，和结合不同于所述第一结合区的靶标或表位的第二结合区。
69.权利要求68所用的ADC，其中所述双特异性抗体包含第一和第二重链，所述第一和第二重链中的每一者均包含至少铰链区、CH2和CH3区，其中在所述第一重链中，在对应于人IgG1重链中选自以下位置的位置中的氨基酸中的至少一个已经被置换：K409、T366、L368、K370、D399、F405和Y407，并且在所述第二重链中，在对应于人IgG1重链中选自以下位置的位置中的氨基酸中的至少一个已经被置换：F405、T366、L368、K370、D399、Y407和K409，并且其中所述第一和所述第二重链不在相同位置发生置换。
70.权利要求1至69中任一项所用的ADC，其中在所述第一重链中，在对应于人IgG1重链的F405的位置中的氨基酸是L，并且在所述第二重链中，在对应于人IgG1重链的K409的位置中的氨基酸是R，或反之亦然。
71.根据前述权利要求中任一项所用的ADC，其中所述抗体包含于包含药学上可接受的载体的药物组合物中。
72.试剂盒，其含有包含结合至人AXL的抗体的ADC和至少一种选自化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂和丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂的治疗剂，其中所述ADC和所述至少一种治疗剂用于同时、分开或依次施用。
73.治疗个体中的癌症的方法，所述方法包括向所述个体施用包含结合至人AXL的抗体的ADC和选自化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂或丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂的治疗剂，其中所述ADC和治疗剂同时、分开或依次施用。
74.治疗个体中的NSCLC的方法，所述方法包括向所述个体施用
包含结合至人AXL的抗体的ADC，和
埃罗替尼，
其中所述ADC和埃罗替尼同时、分开或依次施用。
75.权利要求74的方法，其中所述NSCLC对埃罗替尼具有抗性。
76.权利要求74至75中任一项的方法，其中所述NSCLC表达AXL。
77.治疗个体中的黑色素瘤的方法，所述方法包括向所述个体施用
- 包含结合至人AXL的抗体的ADC，和
- 威罗菲尼或其治疗有效的类似物或衍生物，
其中所述黑色素瘤在BRAF中表现出突变，所述突变提供对突变BRAF的激酶活性的威罗菲尼抑制，且
其中所述ADC和威罗菲尼或其类似物或衍生物同时、分开或依次施用。
78.治疗个体中的黑色素瘤的方法，所述方法包括向所述个体施用
- 包含结合至人AXL的抗体的ADC，和
- 达拉菲尼或其治疗有效的类似物或衍生物，
其中所述黑色素瘤在BRAF中表现出突变，所述突变提供对突变BRAF的激酶活性的达拉菲尼抑制，且
其中所述ADC和达拉菲尼或其类似物或衍生物同时、分开或依次施用。
79.权利要求77和78中任一项的方法，其中所述突变位于选自V600、L597和K601的BRAF残基中，如选自V600E、V600K、V600D、L597R和K601E的突变。
80.权利要求77至79中任一项的方法，其中所述黑色素瘤对威罗菲尼、达拉菲尼或其任一者的类似物或衍生物具有抗性。
81.治疗个体中的黑色素瘤的方法，所述方法包括向所述个体施用
- 包含结合至人AXL的抗体的ADC，和
- 曲美替尼或其治疗有效的类似物或衍生物，和
其中所述ADC和曲美替尼或其类似物或衍生物同时、分开或依次施用。
82.权利要求77至81中任一项的方法，其中所述黑色素瘤表达AXL。
83.治疗有需要的个体中的癌症的方法，
其中所述癌症对选自化疗剂、酪氨酸激酶抑制剂和丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂的治疗剂具有抗性，
所述方法包括向所述个体施用治疗有效量的包含结合至人AXL的抗体的ADC。
84.权利要求72至30中任一项的试剂盒或方法，其包括权利要求1至71中任一项的特征。
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