CN108220413A - 联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用 - Google Patents
联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN108220413A CN108220413A CN201810110676.4A CN201810110676A CN108220413A CN 108220413 A CN108220413 A CN 108220413A CN 201810110676 A CN201810110676 A CN 201810110676A CN 108220413 A CN108220413 A CN 108220413A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- artificial sequence
- locus
- str
- dna
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用，试剂盒包括扩增33个Y‑STR基因座和5个Y‑Indel基因座的特异性引物。与现有技术相比，本发明具有以下优点：本发明所述试剂盒联合检测Y‑STR和Y‑Indel基因座，在增加不同家系间的区分度的同时，确保家系内分型的一致性；本发明所述试剂盒能够更精准、更快速地实现家系鉴定和排查。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学领域，涉及法医遗传学检测技术，具体为一种用于父系血统的亲缘关系鉴定、犯罪嫌疑人家系搜索及Y-STR数据库建立的联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用。
背景技术
人类Y染色体除拟常染色体区外，绝大部分为特异性非重组区，在减数分裂中不发生重组，因此Y染色体上大部分基因不易受重组和回复突变影响且以单倍体的形式呈父系遗传。
Y染色体遗传标记总体上可分为两类:一类是高突变率的多等位基因(Multi-allelic Markers)，代表是微卫星(STRs)；还有一类是低突变率的双等位基因(Bi-allelicMarkers)，代表是单核苷酸多态性(SNPs)和小片段插入/缺失(Indels)。STR遗传标记，是一类由2～6个核苷酸为重复单位组成的长达几十个核苷酸的重复序列，具有较高的单倍型多样性，可进行法医学个体识别、亲子鉴定及DNA家谱构建等。SNPs和Indels遗传标记，遗传稳定、突变率低，具有很强的群体特异性，能清晰记录群体历史，是研究群体父系祖先迁徙史，适用于群体间遗传关系的研究。
Y-STR遗传标记作为一种重要的法庭科学应用工具，具有两大功能：(1)家系排查；(2)父系亲缘关系鉴定。但是，由于Y-STR基因座存在相对较高的突变率(平均突变率在5×10-3左右)，在实际应用中存在以下两种问题：(1)同一父系亲属甚至父子之间，由于突变导致分型不一致的情况；(2)不同父系血统间，由于突变存在分型相近或相同的情况，这两种情况都会为公安刑侦工作提供错误线索或在父系血统的亲权鉴定中得出错误结论。而Y-Indel基因座遗传稳定、突变率极低(平均突变率在3×10-8左右)，可保证了相同父系亲缘关系的个体具有一致的分型，如果Y-Indel分型不一致，则可以直接排除父系亲缘关系。
总之，联合检测Y-STR和Y-Indel基因座，可以利用Y-STR得出更多单倍型信息，但在相同父系血统个体间出现Y-STR分型不一致或不同父系血统个体间Y-STR分型相近的情况下，又能利用Y-Indel低突变率的特性进行更准确的家系排查和鉴定。
发明内容
解决的技术问题：为了克服现有技术的不足，获得一种能进行父系血统的亲缘关系鉴定、Y-STR数据库建立，又能在相同父系血统个体间出现分型不一致或不同父系血统个体间分型相近的情况下，进行更准确的家系排查和鉴定的多色荧光检测试剂盒，本发明提供了联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用。
技术方案：联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒，试剂盒包括扩增33个Y-STR基因座和5个Y-Indel基因座的特异性引物，所述33个Y-STR基因座为：DYS448、GATA_H4、DYS389I、DYS439、DYS389II、DYS520、DYS549、DYS392、DYS456、DYS527a、DYS527b、DYS587、DYS437、DYS460、DYS385a、DYS385b、DYS643、DYS390、DYS443、DYS458、DYS447、DYS635、DYS481、DYS444、DYS393、DYS533、DYS557、DYS19、DYS391、DYS522、DYS438、DYS622和DYS576，所述5个Y-Indel基因座为rs76041101、rs199815934、rs771783753、rs759551978和rs761287737。其中，Y-STR基因座来自本实验室群体调研后，筛选出的适合Y-STR数据库建设及父系血统亲缘关系鉴定的位点。5个Y-Indel基因座筛选自Y染色体系统发育树和1000Genomes Project数据库中中国人群突变型频率大于5％的位点。
基因座筛选工作完成后，进行引物设计及测试工作，利用常规的引物设计软件能够设计出单基因座相应的单扩引物，但是用于鉴定某一特定基因座的引物存在多种选择。在复合基因座混合在一起时，不同基因座引物之间的相互干扰也越来越严重，反应体系的动力学变得越来越复杂。所有引物在同一反应体系中反应，引物间存在复杂的相互影响，引物的选取不当，将会导致反应无法进行。这种引物组的设计，不是传统引物设计软件所能实现的，需要经过反复的测试-引物设计的循环过程。最终筛选出的复合引物组合，需兼顾多重引物的效率、特异性、均衡性，从而达到有效分辨所有基因座的目的。
优选的，所述特异性引物的序列为：DYS549，SEQ ID NO.1～2；DYS389I，SEQ IDNO.3～4；DYS439，SEQ ID NO.5～6；DYS389II，SEQ ID NO.7～8；DYS438，SEQ ID NO.9～10；DYS527a/b，SEQ ID NO.11～12；DYS622，SEQ ID NO.13～14；DYS481，SEQ ID NO.15～16；DYS437，SEQ ID NO.17～18；DYS448，SEQ ID NO.19～20；DYS587，SEQ ID NO.21～22；DYS390，SEQ ID NO.23～24；GATA_H4，SEQ ID NO.25～26；DYS460，SEQ ID NO.27～28；DYS385a/b，SEQ ID NO.29～30；DYS393，SEQ ID NO.31～32；DYS443，SEQ ID NO.33～34；DYS444，SEQ ID NO.35～36；DYS643，SEQ ID NO.37～38；DYS19，SEQ ID NO.39～40；DYS391，SEQ ID NO.41～42；DYS635，SEQ ID NO.43～44；DYS456，SEQ ID NO.45～46；DYS522，SEQ ID NO.47～48；DYS392，SEQ ID NO.49～50；DYS447，SEQ ID NO.51～52；DYS557，SEQ ID NO.53～54；DYS576，SEQ ID NO.55～56；DYS458，SEQ ID NO.57～58；DYS520，SEQ ID NO.59～60；DYS533，SEQ ID NO.61～62；rs76041101，SEQ ID NO.63～64；rs199815934，SEQ ID NO.65～66；rs771783753，SEQ ID NO.67～68；rs759551978，SEQ IDNO.69～70；rs761287737，SEQ ID NO.71～72。
优选的，所述特异性引物在扩增体系中的终浓度为：DYS549，0.1μM；DYS389I，0.12μM；DYS439，0.09μM；DYS389II，0.11μM；DYS438，0.2μM；DYS527a/b，0.12μM；DYS622，0.3μM；DYS481，0.44μM；DYS437，0.6μM；DYS448，0.1μM；DYS587，0.2μM；DYS390，0.12μM；GATA_H4，0.22μM；DYS460，0.24μM；DYS385a/b，0.31μM；DYS393，0.2μM；DYS443，0.26μM；DYS444，0.13μM；DYS643，0.21μM；DYS19，0.18μM；DYS391，0.15μM；DYS635，0.2μM；DYS456，0.13μM；DYS522，0.1μM；DYS392，0.2μM；DYS447，0.21μM；DYS557，0.22μM；DYS576，0.35μM；DYS458，0.27μM；DYS520，0.21μM；DYS533，0.22μM；rs76041101，0.35μM；rs199815934，0.44μM；rs771783753，0.32μM；rs759551978，0.26μM；rs761287737，0.35μM。
试剂盒中引物序列及使用终浓度如下表所示：
优选的，所述试剂盒需要通过PCR的方法进行DNA模板的富集，除了基因座引物序列和引物浓度等设计调试，还需要调整PCR反应所需的各化学组分，最终使反应体系达到高特异性、高灵敏度及高耐受性，PCR体系中每种化学组分的浓度如下表：
| PCR反应组分 | 浓度 |
| Tris-HCl | 50mM |
| KCl | 40mM |
| 2-Pyrrolidinone | 1.5％ |
| MgCl2 | 1.8mM |
| dNTP | 0.18mM |
| 甘油 | 4％ |
| BSA | 1.8mg/mL |
| polyoxyethylene | 1％ |
| A酶 | 2U |
优选的，所述试剂盒引物分为五组：第一组，DYS392、DYS389I、DYS447、DYS389II、DYS438、DYS549、DYS522，荧光染料标记物为FAM；第二组，DYS391、DYS456、DYS19、DYS448、DYS643、DYS622，荧光染料标记物为HEX；第三组，DYS437、DYS481、DYS533、DYS390、DYS460、DYS527a、DYS527b，荧光染料标记物为ATTO-550；第四组，DYS443、DYS393、GATA_H4、DYS439、DYS635、DYS444、DYS520、rs76041101、rs199815934，荧光染料标记物为ATTO-565；第五组、DYS576、DYS458、DYS385a、DYS385b、DYS557、DYS587、rs771783753、rs759551978、rs761287737，荧光染料标记物为ATTO-590。
以上任一所述试剂盒在父系亲缘关系鉴定、Y-STR数据库建立或家系搜索排查中的应用。
有益效果：(1)本发明所述试剂盒联合检测Y-STR和Y-Indel基因座，在增加不同家系间的区分度的同时，确保家系内分型的一致性；(2)本发明所述试剂盒能够更精准、更快速地实现家系鉴定和排查。
附图说明
图1是本发明所述试剂盒的基因座排布图；
图2是普通血卡直扩样本3500遗传分析仪检测图。
具体实施方式
以下实施例进一步说明本发明的内容，但不应理解为对本发明的限制。在不背离本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改和替换，均属于本发明的范围。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
实施例1
一、基因座筛选
Y-STR基因座来自本实验室群体调研后，筛选出的适合Y-STR数据库建设及父系血统亲缘关系鉴定的位点。利用1000Genomes Project、Y染色体系统发育树和其它数据库中的遗传数据，按照东亚人群中MAF：0.2-0.5之间、中国人群突变型频率大于5％的位点、剔除具有重复多态性的位点及剔除没有reference number的位点等原则，筛选可用于父系血统家系排查及亲缘鉴定的Y-Indel基因座。最终，筛选出33个Y-STR和5个Y-Indel基因座，这38个基因座分别为：DYS448、GATA_H4、DYS389I、DYS439、DYS389II、DYS520、DYS549、DYS392、DYS456、DYS527a、DYS527b、DYS587、DYS437、DYS460、DYS385a、DYS385b、DYS643、DYS390、DYS443、DYS458、DYS447、DYS635、DYS481、DYS444、DYS393、DYS533、DYS557、DYS19、DYS391、DYS522、DYS438、DYS622、DYS576、rs76041101、rs199815934、rs771783753、rs759551978和rs761287737。基因座的排布如图1所示。
二、复合扩增引物序列及其浓度
基因座筛选工作完成后，进行引物设计及测试工作，利用常规的引物设计软件能够设计出单基因座相应的单扩引物，但是用于鉴定某一特定基因座的引物存在多种选择。在复合基因座混合在一起时，不同基因座引物之间的相互干扰也越来越严重，反应体系的动力学变得越来越复杂。所有引物在同一反应体系中反应，引物间存在复杂的相互影响，引物的选取不当，将会导致反应无法进行。这种引物组的设计，不是传统引物设计软件所能实现的，需要经过反复的测试-引物设计的循环过程。最终筛选出的复合引物组合，需兼顾多重引物的效率、特异性、均衡性，从而达到有效分辨所有基因座的目的。
复合扩增引物设计时需要注意以下几点：
a、避免不同基因座引物之间存在严重的二聚体和发卡结构，例如：
以上结构的会严重影响基因座的扩增效率，所以设计过程中尽可能避免此结构。
b、确保引物序列中，特别是引物3’端序列，不包含突变位点，例如：
模板序列中，红色字体存在G/A碱基的转换，而且在引物3’端，该引物会出现效率降低，甚至无扩增产物的情况。
c、所有引物序列需要与人全基因组比对，保证所有引物只能扩增出目的峰，特别需要注意引物3’端序列的保守性，例如：
引物3’端序列存在多个碱基与非目标序列匹配，这种引物扩增过程中易出现非特异峰，造成目的产物效率降低，甚至分型的误判。
引物设计好后，先进行单基因座引物的退火温度及浓度梯度实验，检测单对引物的特异性和扩增效率。如果出现特异性和效率问题，则需要重新设计引物，再测试，直到筛选到合格的单基因座引物。
基因座单扩测试完成后，进行单色小复扩实验，即将每一色引物按照一定顺序叠加混合测试，评价方法和标准与单扩测试一样，需要排除产生非特异及扩增效率低的引物，不合格引物重新设计，再按单色复扩步骤重新测试，直到筛选到合格的单色复扩引物。
单色复扩引物确定后，进行大复扩实验，即四组引物分别按照一定顺序叠加混合测试，评价方法和标准与单扩测试一样，需要排除产生非特异及扩增效率低的引物，不合格引物重新设计，再按大复扩步骤重新测试，直到筛选到合格的大复扩引物。
在初步确定了各基因座复合扩增引物后，进行引物的初步组配，利用标准DNA以及其他实际DNA样本为模板，考察每个基因座引物的浓度及检测效率，考察非特异扩增产物，若存在，即通过调整引物序列的方式，对引物序列加以改进。
由于每个基因座的引物序列、扩增子大小和引物扩增效率不尽相同，所有基因座引物加量一样，则整个试剂盒的扩增峰势必会出现高高低低的现象。如果要使试剂盒的检测结果同色内及不同色间达到较高的均衡性，就需要对不同基因座的引物浓度进行摸索调整。将同一个样本电泳后每个基因座的峰高比例换算成体积比，经过如此反复的调试即可得出各基因座引物合理的浓度比例。
试剂盒中引物序列及使用终浓度如下表所示：
三、复合扩增体系中各化学组分及其浓度
PCR反应体系中包含各种离子、dNTP、DNA聚合酶以及各种PCR反应添加剂。为了提高PCR反应的特异性、效率以及抗抑制能力，需要对以上各种组分的浓度进行测试。
PCR反应体系中先进行A聚合酶浓度的测试，1.0U、1.5U、2.0U、2.5U、3.0U共5梯度，最适浓度为1.5U；Tris-HCl分别测试30mM、40mM、50mM、60mM共4梯度，最适浓度为50mM；KCl分别测试30mM、40mM、50mM、60mM、70mM共5梯度，最适浓度为40mM；2-Pyrrolidinone分别测试0.5％、1％、1.5％、2％，共4梯度，最适浓度为1.5％；甘油分别测试2％、3％、4％、5％、6％，共5梯度，最适浓度为4％；polyoxyethylene分别测试0.5％、1％、1.5％、2％、共4梯度，最适浓度为1％；BSA分别测试0.6mg/mL、1.2mg/mL、1.8mg/mL、2.4mg/mL，共4梯度，最适浓度为1.8mg/mL；Mg2+和dNTPs浓度的正交实验，Mg2+测试1.6mM、1.8mM、2.0mM、2.2mM，共4个梯度，dNTPs测试0.16mM、0.18mM、0.2mM、0.22mM，共4个梯度，最终Mg2+和dNTPs的最适浓度分别为1.8mM和0.18mM；最终各反应体系组分及浓度如下表：
| PCR反应组分 | 浓度 |
| Tris-HCl | 50mM |
| KCl | 40mM |
| 2-Pyrrolidinone | 1.5％ |
| MgCl2 | 1.8mM |
| dNTP | 0.18mM |
| 甘油 | 4％ |
| BSA | 1.8mg/mL |
| polyoxyethylene | 1％ |
| A酶 | 2U |
实施例2
将实施例1所述试剂盒用于家系分型，具体如下：
(1)两个未知家系样本：样本1和样本2由某公安局提供。
(2)PCR扩增、毛细管电泳跑样分析。
(3)两个样本分型结果比对。
结果如下表：
由上表可知，两个样本共有四个Y-STR和两个Y-Indel基因座出现差异。现有技术中，有研究表明Y-STR差异3个及3个基因座以上可以排除同一家系，但是该研究是基于17个Y-STR基因座的系统，效能较差。本发明的系统共包含33个Y-STR基因座，所以如果还沿用以上研究标准，可能出现错误排除现象。而Y-Indel基因座遗传过程中非常稳定，如果存在位点间的差异，则可以完全排除同一家系的可能。所以，本发明联合检测人Y染色体STR和Indel基因座，可以更准确的家系排查和鉴定。
序列表
<110> 浙江省公安物证鉴定中心
浙江安宁生物科技有限公司
<120> 联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用
<160> 72
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
aaccccacca caagccat 18
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gtgtgcatag aggtgttcag aat 23
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
acttctgtat ccaactctc 19
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
cacaattatc cctgagtagc 20
<210> 5
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
ataggtggag acagatagat ga 22
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
gttggccagg ctagtctcaa 20
<210> 7
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
acttctgtat ccaactctc 19
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
cacaattatc cctgagtagc 20
<210> 9
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
agtggggaat agttgaacgg t 21
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
cctgtaatcc cagcgctttg 20
<210> 11
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
tagcaaaaaa ggaaggaaga ag 22
<210> 12
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
ctcaaaatcc agtgagag 18
<210> 13
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
tccagcctcg gtgataagag 20
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
ttcagtgaag ggctgaagtg 20
<210> 15
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
ctgtcccttt aagaggagt 19
<210> 16
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
caccagaagg ttgcaagact c 21
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
tggattatag gcgtgactgc 20
<210> 18
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
tagggagatg aatgaatgga tg 22
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
agagcttcaa tggagattag 20
<210> 20
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
cctcatattt ctggccggtc t 21
<210> 21
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
acatggtaag tagagtgttt gccatc 26
<210> 22
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
tgagaacaac aaatgtgtat ttgaa 25
<210> 23
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
ccatggatat taggtttatt aca 23
<210> 24
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
tgagtgggag aaatggatga 20
<210> 25
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
atgttatgct gaggagaatt tcc 23
<210> 26
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
cttaacagga taaatcacct atc 23
<210> 27
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
tgtctatcca tatcatcta 19
<210> 28
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
aatttaatat taagattatg g 21
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
aagaaatgaa attcagaaag 20
<210> 30
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
ctatctattc caattacata g 21
<210> 31
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
atgtggtctt ctacttgtgt 20
<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
taatctaact aaataaagtc 20
<210> 33
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
gaattattca gtgcttttc 19
<210> 34
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
tattagcttt ttgcagccc 19
<210> 35
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
tggcatgttt attttcat 18
<210> 36
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
tcactccagt cattttcat 19
<210> 37
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
ccagaaagtg gggctgcacc 20
<210> 38
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
actacttcag tgatggtgca c 21
<210> 39
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
tcactatgac tactgagttt ct 22
<210> 40
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
gccatggcca tgtagtgagg ac 22
<210> 41
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
aattgcttgc aaccagggag 20
<210> 42
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
ccaccagatg ccagtaacat t 21
<210> 43
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
tctcacttca agcaccaagc a 21
<210> 44
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
aatgaagaca cttgcacata c 21
<210> 45
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 45
tctgttgtgg gaccttgtga 20
<210> 46
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 46
cccatcaact cagcccaaaa 20
<210> 47
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 47
tgctttcctt acacctggga 20
<210> 48
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 48
ttgacagggt ggggaacttt 20
<210> 49
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 49
tcctttggag caacatggat g 21
<210> 50
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 50
atttggggta gtgcttagtc c 21
<210> 51
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 51
ctgaagacat gtgccagggt 20
<210> 52
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 52
tgctttgcgt tatctctgcc 20
<210> 53
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 53
gacatacgca tctgcccagc at 22
<210> 54
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 54
cagcagaaga ggagagtcac ct 22
<210> 55
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 55
tgggctgagg agttcaatc 19
<210> 56
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 56
taagcgtatt tgtcttggc 19
<210> 57
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 57
cagactgagc aacaggaatg 20
<210> 58
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 58
gcatgagcca ccacgccca 19
<210> 59
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 59
cccgctatag acagtgaaga ag 22
<210> 60
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 60
cagtggtgca atctcagcat 20
<210> 61
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 61
tgtctcttct aactatat 18
<210> 62
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 62
gcacgctgtt atttcatgg 19
<210> 63
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 63
tctcattgtc ttctcttaag ttg 23
<210> 64
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 64
aggctgcagt aagccatgat 20
<210> 65
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 65
tagtcaagct tacggtatg 19
<210> 66
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 66
tgtactttta tgcactctt 19
<210> 67
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 67
aggtagattt acttataac 19
<210> 68
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 68
ataaaacttc taaggcagat ca 22
<210> 69
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 69
taactttaat gaactcttac tgc 23
<210> 70
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 70
caaaactttt cctatagaag c 21
<210> 71
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 71
gtggttgaga tttttcccac a 21
<210> 72
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 72
ggcagtccaa aagccttaga g 21
Claims (5)
1.联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒，其特征在于，试剂盒包括扩增33个Y-STR基因座和5个Y-Indel基因座的特异性引物，所述33个Y-STR基因座为：DYS448、GATA_H4、DYS389I、DYS439、DYS389II、DYS520、DYS549、DYS392、DYS456、DYS527a、DYS527b、DYS587、DYS437、DYS460、DYS385a、DYS385b、DYS643、DYS390、DYS443、DYS458、DYS447、DYS635、DYS481、DYS444、DYS393、DYS533、DYS557、DYS19、DYS391、DYS522、DYS438、DYS622和DYS576，所述5个Y-Indel基因座为rs76041101、rs199815934、rs771783753、rs759551978和rs761287737。
2.根据权利要求1所述的联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒，其特征在于，所述特异性引物的序列为：DYS549，SEQ ID NO.1～2；DYS389I，SEQ IDNO.3～4；DYS439，SEQ ID NO.5～6；DYS389II，SEQ ID NO.7～8；DYS438，SEQ ID NO.9～10；DYS527a/b，SEQ ID NO.11～12；DYS622，SEQ ID NO.13～14；DYS481，SEQ ID NO.15～16；DYS437，SEQ ID NO.17～18；DYS448，SEQ ID NO.19～20；DYS587，SEQ ID NO.21～22；DYS390，SEQ ID NO.23～24；GATA_H4，SEQ ID NO.25～26；DYS460，SEQ ID NO.27～28；DYS385a/b，SEQ ID NO.29～30；DYS393，SEQ ID NO.31～32；DYS443，SEQ ID NO.33～34；DYS444，SEQ ID NO.35～36；DYS643，SEQ ID NO.37～38；DYS19，SEQ ID NO.39～40；DYS391，SEQ ID NO.41～42；DYS635，SEQ ID NO.43～44；DYS456，SEQ ID NO.45～46；DYS522，SEQ ID NO.47～48；DYS392，SEQ ID NO.49～50；DYS447，SEQ ID NO.51～52；DYS557，SEQ ID NO.53～54；DYS576，SEQ ID NO.55～56；DYS458，SEQ ID NO.57～58；DYS520，SEQ ID NO.59～60；DYS533，SEQ ID NO.61～62；rs76041101，SEQ ID NO.63～64；rs199815934，SEQ ID NO.65～66；rs771783753，SEQ ID NO.67～68；rs759551978，SEQ IDNO.69～70；rs761287737，SEQ ID NO.71～72。
3.根据权利要求1所述的联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒，其特征在于，所述特异性引物在扩增体系中的终浓度为：DYS549，0.1μM；DYS389I，0.12μM；DYS439，0.09μM；DYS389II，0.11μM；DYS438，0.2μM；DYS527a/b，0.12μM；DYS622，0.3μM；DYS481，0.44μM；DYS437，0.6μM；DYS448，0.1μM；DYS587，0.2μM；DYS390，0.12μM；GATA_H4，0.22μM；DYS460，0.24μM；DYS385a/b，0.31μM；DYS393，0.2μM；DYS443，0.26μM；DYS444，0.13μM；DYS643，0.21μM；DYS19，0.18μM；DYS391，0.15μM；DYS635，0.2μM；DYS456，0.13μM；DYS522，0.1μM；DYS392，0.2μM；DYS447，0.21μM；DYS557，0.22μM；DYS576，0.35μM；DYS458，0.27μM；DYS520，0.21μM；DYS533，0.22μM；rs76041101，0.35μM；rs199815934，0.44μM；rs771783753，0.32μM；rs759551978，0.26μM；rs761287737，0.35μM。
4.根据权利要求1所述的联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒，其特征在于，所述试剂盒的PCR反应缓冲液组分及各组分反应浓度为：Tris-HCl、50mM；KCl、40mM；MgCl2、1.8mM；dNTP、0.18mM；甘油、4％；BSA、1.8mg/mL；2-Pyrrolidinone、1.5％；A酶、2U。
5.权利要求1～4任一所述试剂盒在父系亲缘关系鉴定、Y-STR数据库建立或家系搜索排查中的应用。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810110676.4A CN108220413B (zh) | 2018-02-05 | 2018-02-05 | 联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810110676.4A CN108220413B (zh) | 2018-02-05 | 2018-02-05 | 联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN108220413A true CN108220413A (zh) | 2018-06-29 |
| CN108220413B CN108220413B (zh) | 2021-06-29 |
Family
ID=62669766
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201810110676.4A Active CN108220413B (zh) | 2018-02-05 | 2018-02-05 | 联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN108220413B (zh) |
Cited By (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN109321662A (zh) * | 2018-10-31 | 2019-02-12 | 浙江省公安物证鉴定中心 | 一种人类Y染色体15个Indel基因座的荧光标记复合扩增试剂盒 |
| CN109439765A (zh) * | 2018-11-20 | 2019-03-08 | 江苏苏博生物医学科技南京有限公司 | 一种同时检测60个常染色体及y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒 |
| CN109468384A (zh) * | 2018-11-15 | 2019-03-15 | 江苏苏博生物医学科技南京有限公司 | 一种同时检测45个y基因座的复合扩增检测试剂盒 |
| CN109852704A (zh) * | 2019-04-04 | 2019-06-07 | 无锡市公安局刑事科学技术研究所 | 一种同时检测32个y染色体基因座的复合扩增试剂盒 |
| CN109880912A (zh) * | 2019-03-07 | 2019-06-14 | 基点认知技术(北京)有限公司 | 44个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN109880913A (zh) * | 2019-03-07 | 2019-06-14 | 基点认知技术(北京)有限公司 | 38个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN110241234A (zh) * | 2019-07-19 | 2019-09-17 | 华中科技大学 | 一种荧光标记的32-plex InDels复合扩增系统及其应用 |
| CN110564861A (zh) * | 2019-08-09 | 2019-12-13 | 湖南省公安科学技术研究所 | 人类Y染色体STR基因座和InDel位点的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 |
Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20140065613A1 (en) * | 2012-09-06 | 2014-03-06 | Life Technologies Corporation | Multiplex Y-STR Analysis |
| CN105986022A (zh) * | 2015-02-13 | 2016-10-05 | 苏州阅微基因技术有限公司 | 24个y染色体str基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN106399543A (zh) * | 2016-10-26 | 2017-02-15 | 四川大学 | 基于74个y染色体snp遗传标记的法医学二代测序试剂盒 |
| CN106520976A (zh) * | 2016-11-28 | 2017-03-22 | 无锡中德美联生物技术有限公司 | 一种扩增人y染色体str基因座的多色荧光复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN106868150A (zh) * | 2017-03-09 | 2017-06-20 | 广州市刑事科学技术研究所 | 一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒及其应用 |
-
2018
- 2018-02-05 CN CN201810110676.4A patent/CN108220413B/zh active Active
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20140065613A1 (en) * | 2012-09-06 | 2014-03-06 | Life Technologies Corporation | Multiplex Y-STR Analysis |
| CN105986022A (zh) * | 2015-02-13 | 2016-10-05 | 苏州阅微基因技术有限公司 | 24个y染色体str基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN106399543A (zh) * | 2016-10-26 | 2017-02-15 | 四川大学 | 基于74个y染色体snp遗传标记的法医学二代测序试剂盒 |
| CN106520976A (zh) * | 2016-11-28 | 2017-03-22 | 无锡中德美联生物技术有限公司 | 一种扩增人y染色体str基因座的多色荧光复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN106868150A (zh) * | 2017-03-09 | 2017-06-20 | 广州市刑事科学技术研究所 | 一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒及其应用 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| LOVORKA BARAC等: "Y chromosomal heritage of Croatian population and its island isolates", 《EUROPEAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS》 * |
| 刘亚举等: "Y-STR家系排查数据库建设问题", 《中国法医学杂志》 * |
Cited By (16)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN109321662A (zh) * | 2018-10-31 | 2019-02-12 | 浙江省公安物证鉴定中心 | 一种人类Y染色体15个Indel基因座的荧光标记复合扩增试剂盒 |
| CN109321662B (zh) * | 2018-10-31 | 2022-03-29 | 浙江省公安物证鉴定中心 | 一种人类Y染色体15个Indel基因座的荧光标记复合扩增试剂盒 |
| CN109468384B (zh) * | 2018-11-15 | 2021-12-28 | 江苏苏博生物医学科技南京有限公司 | 一种同时检测45个y基因座的复合扩增检测试剂盒 |
| CN109468384A (zh) * | 2018-11-15 | 2019-03-15 | 江苏苏博生物医学科技南京有限公司 | 一种同时检测45个y基因座的复合扩增检测试剂盒 |
| CN109439765A (zh) * | 2018-11-20 | 2019-03-08 | 江苏苏博生物医学科技南京有限公司 | 一种同时检测60个常染色体及y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒 |
| CN109439765B (zh) * | 2018-11-20 | 2021-12-21 | 江苏苏博生物医学科技南京有限公司 | 一种同时检测60个常染色体及y染色体基因座的复合扩增检测试剂盒 |
| CN109880913B (zh) * | 2019-03-07 | 2022-08-19 | 基点认知技术(北京)有限公司 | 38个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN109880912A (zh) * | 2019-03-07 | 2019-06-14 | 基点认知技术(北京)有限公司 | 44个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN109880913A (zh) * | 2019-03-07 | 2019-06-14 | 基点认知技术(北京)有限公司 | 38个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN109880912B (zh) * | 2019-03-07 | 2022-08-09 | 基点认知技术(北京)有限公司 | 44个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN109852704B (zh) * | 2019-04-04 | 2022-06-07 | 无锡市公安局刑事科学技术研究所 | 一种同时检测32个y染色体基因座的复合扩增试剂盒 |
| CN109852704A (zh) * | 2019-04-04 | 2019-06-07 | 无锡市公安局刑事科学技术研究所 | 一种同时检测32个y染色体基因座的复合扩增试剂盒 |
| CN110241234B (zh) * | 2019-07-19 | 2020-07-21 | 华中科技大学 | 一种荧光标记的32-plex InDels复合扩增系统及其应用 |
| CN110241234A (zh) * | 2019-07-19 | 2019-09-17 | 华中科技大学 | 一种荧光标记的32-plex InDels复合扩增系统及其应用 |
| CN110564861A (zh) * | 2019-08-09 | 2019-12-13 | 湖南省公安科学技术研究所 | 人类Y染色体STR基因座和InDel位点的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN110564861B (zh) * | 2019-08-09 | 2023-05-09 | 湖南省公安科学技术研究所 | 人类Y染色体STR基因座和InDel位点的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN108220413B (zh) | 2021-06-29 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN108220413A (zh) | 联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用 | |
| Schneider | Beyond STRs: the role of diallelic markers in forensic genetics | |
| CN107419017B (zh) | 对未知来源个体进行五大洲际族群来源推断的方法和系统 | |
| CN102676676B (zh) | 一种y染色体str基因座荧光检测试剂盒及其应用 | |
| CN108504749A (zh) | 29个微单倍型位点、筛选方法、复合扩增体系及应用 | |
| CN103352080A (zh) | 一种遗传性耳聋基因检测试剂盒 | |
| CN108441565A (zh) | 人类y染色体37个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
| CN105177146B (zh) | 人类y染色体27个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
| CN102250883B (zh) | 一种荧光标记的x-str基因座复合pcr方法及其应用 | |
| CN105385763B (zh) | 一种同时分析人基因组dna 24个基因座的荧光标记复合扩增的试剂盒及其应用 | |
| Bulbul et al. | Development of a SNP panel for predicting biogeographical ancestry and phenotype using massively parallel sequencing | |
| CN106029902B (zh) | 用于多重分析13个mr y-str的试剂盒和方法 | |
| CN104212886B (zh) | 一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的方法和系统 | |
| Lan et al. | RETRACTED: MtDNA polymorphism analyses in the Chinese Mongolian group: Efficiency evaluation and further matrilineal genetic structure exploration | |
| CN107541554A (zh) | 用于人体个体识别和/或亲权鉴定的遗传标记及其检测方法和试剂盒 | |
| CN106399479A (zh) | 一种用于ⅱ型糖尿病易感基因检测的snp分型试剂盒 | |
| CN109136385A (zh) | 一种提高个体识别率的y-str基因座的荧光标记检测试剂盒 | |
| Jin et al. | Biogeographic origin prediction of three continental populations through 42 ancestry informative SNPs | |
| CN104031989B (zh) | 一种人基因组dna26个基因座的复合扩增的试剂盒 | |
| CN111893192B (zh) | 混合检材分析微单倍型复合扩增体系及构建及单倍型频率 | |
| CN108546762A (zh) | 一种用于法医学个体识别的35个插入/缺失位点的试剂盒 | |
| CN112011622B (zh) | 一种对未知来源个体进行非、东亚、欧洲群体来源分析的方法和系统 | |
| CN105441534A (zh) | 一种用于对中国人群个体进行个体识别和亲子鉴定的方法和系统 | |
| CN109762909A (zh) | 一种用于降解检材法医学个体鉴识的44个InDels位点复合扩增检测试剂盒 | |
| CN109576378A (zh) | 一种复合体系及其检测不平衡混合检材的方法和应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |