CN104031989B - 一种人基因组dna26个基因座的复合扩增的试剂盒 - Google Patents
一种人基因组dna26个基因座的复合扩增的试剂盒 Download PDFInfo
- Publication number
- CN104031989B CN104031989B CN201410208458.6A CN201410208458A CN104031989B CN 104031989 B CN104031989 B CN 104031989B CN 201410208458 A CN201410208458 A CN 201410208458A CN 104031989 B CN104031989 B CN 104031989B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seqidno
- locus
- primer sequence
- amplifying
- primer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及一种同时分析人基因组DNA?26个基因座的五色荧光标记复合扩增系统,同时检测15个常染色体基因座,10个Y染色体基因座及一个性别鉴定基因座;本发明将26个基因座分为4组,共涉及5种颜色的荧光标记;本发明的荧光标记复合扩增系统的灵敏度高,在DNA模板量为0.12?ng的条件下,可检出全部26个基因座;适用于血滤纸、FTA卡采集样本以及提取DNA样本的直接扩增。
Description
技术领域
本发明涉及一种26个基因座的荧光标记复合扩增检验系统,具体是涉及一种同时分析人基因组常染色体及Y染色体基因座的五色荧光标记复合扩增系统,该系统可以应用于个体识别和亲子鉴定。
背景技术
短串联重复序列基因座(STR)是目前普遍应用的遗传标记。90年代初STR基因座多态性的发现,特别是STR基因座具有片段小容易扩增,适宜于检验微量和降解检材,而且各基因座的扩增条件相似而能够复合扩增,因而具有灵敏、准确、快速、信息量大等优点。尤其是在建立DNA数据库方面,STR复合扩增技术具有极大的优越性。因此美国FBI选择了13个STR基因座用于建立DNA数据库—CODIS(CombinedDNAIndexSystem):CSF1PO、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11、FGA、TH01、TPOX、vWA。这些STR基因座通常被称为13个核心基因座。
正因为STR所具备的优点和应用前景,法医学界以及一些大的公司均投入大量的资金对其进行了开发性的研究。90年代中后期以美国AB公司为代表的研发商建立起荧光复合扩增体系。目前最具代表性的是ABI(AppliedBiosystems,USA)公司的IdentifilerTM和Promega(USA)公司的PowerPlex-16荧光检测试剂盒。这两个试剂盒均包括上述13个核心基因座。
人类Y染色体是小的近端着丝粒染色体,它由长臂和微小的短臂两部分组成。Y染色体,除拟常染色体区外,在减数分裂中不发生交换重组,呈单倍型独立向下传递,表现出父系遗传特征,同时序列的变异完全由累积的突变所致,并非重组引起。由于Y染色体的这些特点,Y染色体STR基因座(简称Y-STR)遗传标记作为一种工具已经被广泛应用于法医鉴定、亲权鉴定、失踪人员鉴定、人类迁移进化研究、历史和家系进化研究等多个领域。已发现的Y-STR基因座已有400多个,常用来检测的Y-STR基因座有9个欧洲最小单倍型基因座,包括DYS19、DYS385a/b、DYS389I/II、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393和2个美国DNA分析方法技术工作组(ScientificWorkingGrouponDNAAnalysisMethods,简称SWGDAM)推荐的基因座,包括DYS438、DYS439。
在法医鉴定与亲子鉴定领域,DNA分析主要依赖商业化的试剂盒进行。第一个Y-STR试剂盒是由ReliaGeneTechnologies在2001年研发的Y-PLEXTM6,可复合扩增DYS19、DYS389II、DYS390、DYS391、DYS393、DYS385a/b;2002年ReliaGeneTechnologies又研发了可复合扩增DYS389I、DYS389II、DYS439、DYS438、DYS392的Y-PLEXTM5,到2003年9月ReliaGeneTechnologies推出了整合了Y-PLEXTM6和Y-PLEXTM5所有基因座在内的Y-PLEXTM12。同年10月,Promega公司推出了PowerPlexY试剂盒,可复合扩增12个基因座,其中包括DYS19、DYS385a/b、DYS389I、DYS389II、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS437、DYS438、DYS439。2004年秋,AppliedBiosystems公司(简称AB公司)发布了包含17个Y-STR基因座的YfilerTM试剂盒,其在PowerPlexY的基础上增加了另外5个具有高度多态性的Y-STR基因座,即DYS456、DYS458、DYS635、YGATAH4、DYS448。
随着法医DNA分型技术的发展,目前已经能对类似血痕、精斑、唾液斑、毛发、骨骼等进行DNA分型;同时,随着PCR技术的发展,多重复扩体系可检测的基因座数量也越来越多。专利201010282414.X公开了一种同时分析人基因组DNA的多个基因座的荧光标记复合扩增系统,用于检测如下15个常染色体基因座:D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、D6S1043、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、vWA、D5S818、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51。该专利提供了对15个常染色体基因座和一个性别基因座的分型结果,为五色荧光检测系统。目前,在法医检测中,常染色体分型与Y染色体检测一般都是分开的。最多在常染色体检测中加入了DYS391。因为DYS391多态性差,主要用于辅助性别判定。如果能同时检测常染色体基因座及多态性更高的Y染色体基因座,既能用Y染色体基因座信息于嫌疑人的快速排查,又能根据常染色体基因座信息确定嫌疑人。
发明内容
发明201010282414.X提供了一个同时扩增15个常染色体基因座及1个性别基因座的方案。本发明在201010282414.X方案基础上,将D6S1043基因座改为D19S433基因座,这样使得基因座和ABI(AppliedBiosystems,USA)公司的IdentifilerTM试剂盒基因座一样,同时加入了10个Y染色体基因座,构成了一个26个基因座的复合扩增体系。满足常规法医检测及嫌疑人的快速排查。
本发明的目的之一在于:提供一种通过复合扩增26个基因座来进行个体识别和亲子鉴定的荧光标记STR复合扩增检验系统,同时检测15个常染色体基因座、10个Y染色体基因座及一个性别基因座。涉及检测人基因组中具有多态性的遗传标记。本发明特别涉及用聚合酶链式反应在一个体系中同时扩增多个短串联重复基因座。
为了实现本发明的目的,采用如下技术方案:
一种人基因组DNA26个基因座的复合扩增的试剂盒,包括有用于扩增如下26个基因座的引物:Amelogenin、D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、D19S433、DYS635、DYS456、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、DYS385ab、DYS458、DYS391、vWA、D5S818、FGA、DYS392、DYS390、D8S1179、D21S11、D18S51、DYS393、DYS438。
上述26个基因座的引物及引物在扩增体系中的浓度优选如下:
表1各个基因座的引物及浓度
进一步地,对于上述每个基因座对应的引物中,至少有一个引物的5’端最好是经过标记的,就可以用来对引物的扩增产物进行检测,标记的方式较多,可以采用化学,放射性,荧光,发光和荧光共振能量转移的标记等,最好是采用荧光标记。
进一步地,上述的26个基因座可以进行分组标记,最好是这样分组:Amelogenin、D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、D19S433和DYS635为第一组;DYS456、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、DYS385ab、和DYS458为第二组;DYS391、vWA、D5S818、FGA、DYS392、DYS390为第三组;D8S1179、D21S11、D18S51、DYS393、DYS438为第四组。
以上各组的基因座的引物最好是通过6-FAM、HEX、TEMRA和ROX中的任意一种进行荧光染色,而且各组之间的标记色都不相同。该试剂盒还最好设有内标,其选用橙色荧光标记,荧光标记物为SIZ。该试剂盒中最好还设有男性对照标准品9948(Promega公司美国)。
上述试剂盒的PCR扩增热循环方法优选是:
(1)将PCR扩增管置于热循环仪上;
(2)选择下面推荐的程序进行扩增;
(3)扩增后的样品应避光保存;
表2热循环仪的扩增程序
上述的扩增产物在遗传分析仪上荧光检测的步骤可以是:
由去离子甲酰胺与系统中分子量内标AGCUMarkerSIZ-500组成上样混合物〔(0.5μlAGCUMarkerSIZ-500(无锡中德美联生物技术有限公司,制备方法参照专利CN101307226))×(进样数)+(12μl去离子甲酰胺)×(进样数)〕。将12.5μl上样混合物与1μl扩增产物或系统中等位基因分析标准物AllelicLadder(无锡中德美联生物技术有限公司)混合,避免产生气泡。95℃变性3分钟,冰浴3分钟,并尽快电泳;用遗传分析仪检测分析;
对上述的分型结果进行分析的步骤是:
用片段分析软件GeneMapper分析遗传分析仪检测收集的数据。
电泳采用多道或单道毛细管电泳。
其中基因组DNA样品来源于精斑、唾液斑、组织、血痕或血液。
有益效果
1、本发明涉及一种采用该荧光标记复合扩增检验系统对DNA样品进行分析的方法;其中,本发明适用的DNA样品来源于精斑、唾液斑、组织、血痕或血液等;
2、本发明实现了一管同时做常染色体分析及Y染色体分析,可同时用于案件的快速排查,提高了检测效率,十个Y染色体基因座对于案件的排查有很大的地域指向性;
3、本发明可以在建常染色体数据库的同时,顺带完成Y数据库的建立,大大节约了人力物力财力;
4、本发明包含了AB公司的IdentifilerTM试剂盒基因座,同时涵盖YfilerTM试剂盒中GD值较高的基因座,基本实现了二合一;
5、本发明可以检测出大量女性DNA样本中混有的微量男性DNA,对于混合斑的检测,成效显著,是捉拿强奸犯的必备武器。
6、由于Y染色体特殊的父系遗传,使得Y染色体STR具更高的排除率,用于父-子亲子鉴定检测可以不用单独再做YSTR分析。
综上所述,本发明选择了和ABI(AppliedBiosystems,USA)公司的IdentifilerTM试剂盒一样的15个常染色体基因座和一个性别基因座,并在此基础上填加了和YfilerTM试剂盒中相同的10个多态性较高的Y染色体基因座,分别是DYS635、DYS456、DYS385ab、DYS458、DYS391、DYS392、DYS390、DYS393、DYS438。实现了同一管同时对常染色体和Y染色体同步扩增并利用五色荧光技术进行检测,可以通过对以滤纸和FTA卡为载体的血斑和唾液斑进行直接扩增而无需模板提取和纯化过程,属于国内、外独家产品。可用于案件的快速排查,提高检测效率及案件排查速度。尤其对强奸案中男性样本微量检测及父-子亲子鉴定检测成效显著,本试剂盒适用范围广,兼容性好,与现有法医DNA检测系统完全兼容。
附图说明
图1是对标准品9948样品的STR分型结果;
图2是等位基因分型标准物的STR分型结果;
图3是对女性样本进行检测时,DYS456基因座出现非特异扩增的分型图谱;
图4是对女性样本进行检测时,DYS393基因座出现非特异扩增的分型图谱;
图5是对大量混合女性样本中微量男性DNA的检测;
图6a和图6b是采用EX20+4Y试剂盒进行一个亲子鉴定排除的案例的示意图;其中图6a代表被检父,图6b代表男孩;
图7a和图7b是采用EX16+10Y试剂盒进行一个亲子鉴定排除的案例的示意图;其中图7a代表被检父,图7b代表男孩。
具体实施方式
下面通过具体实施方式结合附图对本发明作进一步详细说明。但本领域技术人员将会理解,下列实施例仅用于说明本发明,而不应视为限定本发明的范围。实施例中未注明具体技术或条件者,按照本领域内的文献所描述的技术或条件(例如参考J.萨姆布鲁克等著,黄培堂等译的《分子克隆实验指南》,第三版,科学出版社)或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可以通过市购获得的常规产品。
实施例1检测基因座的确定;试剂盒引物组、扩增体系、扩增方法的确定
一、基因座的确定
在专利201010282414.X基础上,将D6S1043基因座改为D19S433基因座,其余常色体基因座对5000多名个体进行基因型检测,根据各基因座等位基因的分布频率计算个体识别能力(DP)、杂合度(H)、非父排除率(PE)等数据,表明在16个STR基因座中,除TH01、TPOX基因座外,其余各基因座的DP值均接近0.9,H均大于0.7,PE值大都在0.5以上,这表明它们在法医学上有较好的应用价值。保持现有的常染色体STR,增加一定个数的Y-STR,对亲缘关系的鉴定,家系排查,估计可能的人群来源有巨大的作用。
从使用最广泛的17个Y基因座中(DYS19,DYS389I,DYS389II,DYS390,DYS391,DYS392,DYS393,DYS385a,DYS385b,DYS438,DYS439,DYS437,DYS448,DYS456,DYS458,DYS635及YGATAH4)选择多态性较高,基因座等位基因范围较小的基因座。最终选择了DYS635、DYS456、DYS385ab、DYS458、DYS391、DYS392、DYS390、DYS393、DYS438十个Y染色体基因座。除DYS391之外其余九个基因座的GD值均在0.6以上,DYS391为美国最新CODIS推荐的基因座。添加Y基因座的排查能力大大优于专利201310364183.0。
二、荧光标记STR复合扩增体系的优化及建立
在设计引物时,还需要通过反复试验,保证引物的长度适中,具有相似的物理特性和反应动力学特点、Tm值相近、GC含量、引物之间不能形成二聚体;同时也要保证引物扩增的特异性,有些基因座之间的同源性比较高,所以在引物设计上,我们要考虑到其特异性,Y引物要保证女性样本无扩增;同时我们也要考虑到复合扩增中,引物对不同扩增检材的适用性,保证不同检材扩增时,都要满足试剂盒均衡性要求。
经过大量试验后,最后确定的同时分析人基因组DNA26个基因座的荧光标记复合扩增的试剂盒,PCR扩增体系由如下组成:
表3扩增体系组成
组分 | 体积 |
Reaction Mix(反应混合物) | 10.0μL |
基因组DNA | 0.1-10μl(含量为0.125-5ng) |
如上的26个基因座对应的引物混合物 | 5.0μL |
热启动Taq酶(5U/μL) | 0.5μL |
sdH2O | 补足至25.0μL |
其中所述的ReactionMix为MgCl27.5mM,Tris-HClbuffer125mM,KCl125mM,dNTPs7.5mM,BSA2mg/mL。
其中26个基因座对应的引物及其引物浓度如表1所示。
将所述26个基因座分组进行标记,具体为:Amelogenin、D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、D19S433和DYS635为第一组,该组基因座对应的引物的荧光标记物为6-FAM、HEX、TEMRA和ROX的任意一种;DYS456、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、DYS385a/b和DYS458为第二组,该组基因座对应的引物的荧光标记物为与第一组不同的荧光染料标记物;DYS391、vWA、D5S818、FGA、DYS392、DYS390为第三组,该组基因座对应的引物的荧光标记物为与第一组和第二组都不同的荧光染料标记物;D8S1179、D21S11、DYS393、DYS438为第四组,该组基因座对应的引物的荧光标记物为与第一组、第二组和第三组都不同的荧光染料标记物;该试剂盒还设有内标,其选用橙色荧光标记,荧光标记物为SIZ。
试剂盒的扩增步骤如下:
(1)将PCR扩增管置于热循环仪上;
(2)选择下面推荐的程序进行扩增;
(3)扩增后的样品应避光保存;
热循环仪的扩增程序:(1)初始变性:95℃,2分钟;(2)热循环:10个循环:94℃30秒,62℃1分钟,72℃1分钟;再进行20个循环:90℃30秒,60℃1分钟,72℃1分钟;(3)终延伸:60℃,60分钟;(4)保温,4℃,维持。
上述PCR扩增结果在扩增产物在遗传分析仪上荧光检测的步骤是:
由去离子甲酰胺与系统中分子量内标AGCUMarkerSIZ-500组成上样混合物〔(0.5μlAGCUMarkerSIZ-500(无锡中德美联生物技术有限公司))×(进样数)+(12μl去离子甲酰胺)×(进样数)〕。将12.5μl上样混合物与1μl扩增产物或系统中等位基因分析标准物EX16+10YAllelicLadder(无锡中德美联生物技术有限公司)混合,避免产生气泡。95℃变性3分钟,冰浴3分钟,并尽快电泳;用遗传分析仪检测分析。
对分析结果进行分析:用片段分析软件GeneMapper分析遗传分析仪检测收集的数据,将样品分析数据和等位基因分型标准物的分型结果进行比较,得到实际样品的分型数据。对标准品9948(Promega公司美国)进行扩增,分型结果如图1所示。对等位基因分型标准物的分型结果如图2所示。从图中可以看出,对标准品9948的检测结果与其基因型一致,分型标准物的分型结果也与各个等位基因的分型也一致,且无非特性性扩增物出现。
对照例
为与201010282414.X原有体系兼容,反复修改新加引物,调整引物的浓度,做到不影响之前体系的均衡性,新增基因座也不出现非特异,尤其是新增的基因座对女性样本无扩增,这是由于:DYS456、DYS393与X染色体同源性较高,难以找到对女性样本无扩增的合适的引物位点,采用对基因组数据库的比对,找到特异的位点设计引物,使其对女性样本无扩增。
在专利201010282414.X基础上,将D6S1043基因座改为D19S433基因座,然后逐个加入Y基因座,每加入一个检测对女性样本的扩增特异性及男性样本的扩增均衡性,当加入DYS456、DYS393引物的时候,发现其扩增女性样本DNA时也会出现扩增峰,导致分型错误,引物序列,模板序列比对发现,该基因座与X染色体基因同源相似性比较高,容易造成女性样本的非特异扩增,对10ng,50ng,100ng女性样本DNA为模板反复试验,做到Y基因座对女性样本无扩增。
采用如表4所示的引物,对采集的女性的DNA样本进行扩增,扩增程序同实施例1。扩增后结果如图3所示(该图中所所对应的是SEQIDNO.51~52)。
从图中可以看出,DYS456基因座对应的位置出现了非特异扩增峰,说明对照例中的引物会导致结果的误判。在采用SEQIDNO.53~58所示的引物进行扩增时,也同样出现了非特异性扩增峰。这主要是由于DYS456与X染色体同源性较高,对女性样本进行检测时,会出现误扩增的情况。
同理,采用表5中DYS393的引物,也会造成女性样本的非特异扩增峰,扩增程序同实施例1。扩增结果如图4所示(该图中所所对应的是SEQIDNO.59~60)。图中可以看出,DYS393基因座在女性样本中,出来了扩增峰,是该基因座引物在基因组中的非特异扩增峰。在采用SEQIDNO.61~68所示的引物进行扩增时,也同样出现了非特异性扩增峰。用DYS393的序列在NCBI数据库中BLAST发现,其与很多常染色体以及X染色体的同源性较高,导致该基因座引物设计时,较难找到合适的扩增位点,通过基因座序列比对,将引物3片端设计在Y染色体特异的碱基点上,重复实验验证,才找到该位点的特异引物。
表4在DYS456基因座扩增中出现非特异峰的引物表
表5在DYS393基因座扩增中出现非特异峰的引物表
类似地,加入DYS635、DYS438时候发现受PCR抑制剂影响较大,难以找到合适的引物位点,同时DYS635与原体系D13S317引物又引物FAM色多处非特异扩增,反复修改这三对引物,最终找到合适的引物,确定了该三个基因座的排布;DYS392基因座AT碱基含量比较高,反复设计引物扩增效率都比较低,影响试剂盒整体均衡性,最终通过提高引物Tm值,找到合适的引物位点;DYS392基因座AT碱基含量比较高,反复设计引物扩增效率都比较低。
实施例2
采用实施例1中的应用26个基因座的荧光标记复合扩增检验系统中十个Y基因座进行案件排查
1、收集案件排查中的不同检材:本实验中样品由上海市局提供。1056份不同的生物检材包括350份血样,330份精斑、260份唾液斑、116份组织。基因组DNA的提取参考《GA/T383-2002法庭科学DNA实验室检验规范》进行。
2、扩增检测
按照实施例1进行PCR扩增、遗传分析仪检测并最终获得分型结果。
3、结论
结果显示(见表1),专利201310364183.0中公开的试剂盒简称为EX20+4Y试剂盒,本申请的试剂盒简称为10Y试剂盒,Y-filer试剂盒简称为16Y试剂盒。通过对不同来源的400份样本测试结果表明,EX20+4Y试剂盒可以把该400份检材分为174种单倍型,本发明10Y试剂盒可以分400种单倍型;600份样本时,EX20+4Y试剂盒可以分为241种单倍型,10Y试剂盒可以分580种单倍型;800份样本时,EX20+4Y试剂盒可以分为301种单倍型,10Y试剂盒可以分689种单倍型;1000份样本时,EX20+4Y试剂盒可以分为432种单倍型,10Y试剂盒可以分886种单倍型。与AB公司的Y-filer试剂盒16Y(DYS389I,DYS389II,DYS390,DYS456,DYS19,DYS385,DYS458,DYS437,DYS438,DYS448,GATA_H4,DYS391,DYS392,DYS393,DYS439,DYS635)在样本数量小的情况下,作用效果差别不大,因此加入四个Y基因座对一定范围的案件排查具有巨大作用,该发明加入十个Y基因组后,数据统计发现,其分辨率基本达到16个Y水平,较方案201310364183.0Y基因座的分辨率得到大大提高。同时该试剂盒可以一次性单管扩增15个常染色体基因座,具有较高的个体识别能力,结合十个Y基因座的排查力,对于案件的侦破起到巨大的作用。
表61000人份模板4Y、10Y分型结果中的单倍型数量的统计
试剂盒 | 400样本数 | 600样本数 | 800样本数 | 1056样本数 |
EX20+4Y(专利201310364183.0) | 174种 | 241种 | 301种 | 432种 |
16Y(Y-filer试剂盒) | 400种 | 600种 | 723种 | 914种 |
10Y(本申请) | 400种 | 580种 | 689种 | 886种 |
实施例3
应用实施例1中的26个基因座的荧光标记复合扩增检验系统对男女混合斑进行检测
1、采用9947A(女性样本),9948(男性样本)标准品,均购至美国Promega公司,模拟不同比例的男女混合斑作为扩增模板。混合斑样本9947A和9948的总量为0.5ng,PCR扩增体系为25μl体系,比例分别为1:1、1:2、1:4、1:8、1:10、1:15、1:20、2:1、4:1、8:1、10:1、15:1、20:1。
2、扩增检测
按照实施例1进行PCR扩增、遗传分析仪检测并最终获得分型结果。
3、结论
结果显示(图5,是以9948:9947A=1:20的样本进行检测的结果),不同比例的男女混合样本扩增结果表明,在9948:9947A=1:20的情况下,仍然可以检测出加入的10个Y的分型,由于女性样本含量较高,女性样本常染色体基因座等位基因扩增峰较高,掩盖了男性样本中常染色体的分型,系统不能读出,而本申请的试剂盒仍然能够良好地检测出男性样本,因此该系统对于检测大量女性样本中混有的微量男性DNA很灵敏,对于混合斑的检测有巨大作用。
实施例4
分别应用专利申请CN201310364183.0中公开的基因座复合扩增试剂盒(EX20+4Y试剂盒)及本发明提供的试剂盒(EX16+10Y试剂盒)进行单亲亲子鉴定
1、收集亲子鉴定案件中的血样:本实验中样品由北京市局提供100个父子对样本,共计200个样。DNA提取采用Chelex-100法分别提取200个全血样本的基因组DNA:取0.5~5μl全血置于灭菌的1.5ml离心管中,加入sdH2O1ml于管中,振荡数秒;置于室温10分钟后,振荡数秒,12000rpm离心3分钟,弃上清液,保留足够上清液盖没沉淀,勿搅起沉淀;加入200μl5%的Chelex-100,振荡数秒;于56℃保温30分钟,振荡数秒;沸水浴10分钟,振荡数秒;12000rpm离心5分钟,上清为提取得到的基因组DNA。基因组DNA的提取参考《GA/T383-2002法庭科学DNA实验室检验规范》进行。也可以直接以血样检测,通过1.2mm孔径血滤纸片或FTA卡血样片实行。
2、扩增检测
按照实施例1进行PCR扩增、遗传分析仪检测并最终获得分型结果。
3、结论
分别应用EX20+4Y及EX16+10Y荧光标记复合扩增检验系统对100对父子对进行单亲亲子鉴定,其中有3对父子对EX20+4Y复合扩增系统中有1个Y基因座分型不符合遗传规律,该3对父子对样本EX16+10Y复合扩增系统中有3个Y基因座分型不复合遗传规律。其中1对父子对检测图谱见图6a、图6b、图7a、图7b,EX20+4Y和EX16+10Y结果显示(见表7),EX20+4Y被检父与某男孩在检测的19个常染色体基因座中,均符合遗传规律,4个Y染色体基因座中1个不符合遗传规律。男孩与被检父在DYS635一个Y基因座上不符合遗传规律,根据司法鉴定技术规范(SF/ZJD0105001-2010)有3个以上的基因座不符合遗传规律,可以排除亲权关系的存在,故EX20+4Y荧光检测试剂盒不能认定或排除父子关系。EX16+10Y结果显示(见表7)被检父与某男孩在检测的15个常染色体基因座均符合遗传规律。男孩与被检父在DYS635、DYS385a、DYS390三个Y基因座上不符合遗传规律,根据司法鉴定技术规范(SF/ZJD0105001-2010)有3个以上的基因座不符合遗传规律,可以排除亲权关系的存在。本发明较201310364183.0,常染色体基因座数目已经够用,较多的Y染色体基因座大大提高了分辨率和排除率,在单亲亲子鉴定中体现出巨大的优越性。
单亲父子关系鉴定,要求检测常染色体基因座及Y染色体基因座,目前的做法是检测一个常染色体基因座检测试剂盒和一个Y染色体基因座检测试剂盒。本实施例中,根据15个常染色体基因座检测结果,无法认定或排除父子关系;而增加的Y基因座最终排除了两者的父子关系。通过本发明方案,将从前需要两个试剂盒,常染色体基因座检测试剂盒和Y染色体基因座检测试剂盒,整合成一个试剂盒,只需一次PCR扩增、电泳检测就能得到更多的信息。亲子检测试剂盒的检测结果如表7所示。
表7检测结果
SEQUENCELISTING
<110>无锡中德美联生物技术有限公司
上海市刑事科学技术研究院
<120>一种人基因组DNA26个基因座的复合扩增的试剂盒
<130>none
<160>68
<170>PatentInversion3.5
<210>1
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<400>1
gggtcaagagcttgtaaag19
<210>2
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>2
ttgtgtgtgcatctgtaagcat22
<210>3
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>3
taacgattccacatttatctcat23
<210>4
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>4
tcagctgactatggattatttt22
<210>5
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<400>5
acagaagtctgggatgtgga20
<210>6
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<400>6
gcccaaaagacagacagaa19
<210>7
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>7
gccccactgcagtccaatctgggt24
<210>8
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>8
atgaaatcaacagaggcttgcatgt25
<210>9
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<400>9
ccctgggctctgtaaagatag21
<210>10
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<400>10
gagcttaaactgggaagctg20
<210>11
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>11
aacctgagtctccaaggactagc23
<210>12
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>12
ttccacacaccctggccatcttc23
<210>13
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<400>13
tgctacatccctagtacctag21
<210>14
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<400>14
gaaatggaattcctactggc20
<210>15
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<400>15
attcaaaggtattgggcttgg21
<210>16
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>16
gtggctgaaaagctcccattat22
<210>17
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>17
aacaggacttagggaccctcac22
<210>18
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<400>18
ggctgtggctggtcttactc20
<210>19
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<400>19
tgccccatagttttgaact19
<210>20
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<400>20
tcacggtctgaaatcgaaat20
<210>21
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<400>21
tgtgacaaggtgattttcc19
<210>22
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<400>22
tctcagaggatgctttagtgc21
<210>23
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>23
gaataatcagtatggacttgga22
<210>24
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>24
ggacagatgataatacatagga22
<210>25
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>25
tcagcctaaggtggacatgttgg23
<210>26
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<400>26
gctgaggcaggaggagttc19
<210>27
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<400>27
cccaagtgaatgccttctat20
<210>28
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>28
gttgtattgtcaatgttctcca22
<210>29
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<400>29
ctttctgccacacggcct18
<210>30
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>30
tgtagattattttcactgtgggaa24
<210>31
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>31
gaagggatggtggatggtgaac22
<210>32
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<400>32
gaggaggttgaggctgcaaaaag23
<210>33
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<400>33
cagaaatgcccaatggaatgc21
<210>34
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<400>34
aacatggtgaaatcctatctctactaga28
<210>35
<211>26
<212>DNA
<213>人工序列
<400>35
tgggaccttgtgataatgtaagatag26
<210>36
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>36
agagggacagaactaatggaatatc25
<210>37
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<400>37
aagggctgctgaccagatt19
<210>38
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>38
actgaaatgatggcactgcaat22
<210>39
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>39
gagaaattcaagacaagccagatta25
<210>40
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<400>40
atagctggggctagaggttcc21
<210>41
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>41
ttcaatcatacacccatatctgtc24
<210>42
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<400>42
ggtaggcaggcagataggc19
<210>43
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>43
cttagacccagttgatgcaatgta24
<210>44
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>44
ctccaaaggacccaattttactgt24
<210>45
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>45
tgcagccagagaaacatcacag22
<210>46
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<400>46
ctgcattttggtaccccataatatattc28
<210>47
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>47
aactcaagtccaaaaaatgagg22
<210>48
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>48
gaggagttcccctacacaagtt22
<210>49
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>49
tgcaagaaagattcactgattacc24
<210>50
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>50
ctgctcccctagttttaaggtaca24
<210>51
<211>26
<212>DNA
<213>人工序列
<400>51
gggaccttgtgataatgtaagataga26
<210>52
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<400>52
gagggacagaactaatggaatatctatc28
<210>53
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>53
ggacctggtgatgatgtaagataga25
<210>54
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>54
agggacggaactaatggaatatct24
<210>55
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>55
tgggaccttgtgataatgtaag22
<210>56
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>56
gaagagggacagaactaaaggaata25
<210>57
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<400>57
gtgtgcgtgtctgtatgtatatgaa25
<210>58
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>58
caagattgtgccactgtatttcag24
<210>59
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<400>59
cgaccatgtggctgtgagtc20
<210>60
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<400>60
cagataacgtgtgtggaagtgaag24
<210>61
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<400>61
attttgaggcctccccgac19
<210>62
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>62
aacaagccagataacgtgtgtg22
<210>63
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<400>63
gataagaataatcagtatgtgacttgga28
<210>64
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<400>64
aggacagatgataaatacataggatgga28
<210>65
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<400>65
atctgggctctggggtgattc21
<210>66
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>66
attcctgtgggctgaaaagctc22
<210>67
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>67
gaggagttcccctacacaagtt22
<210>68
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<400>68
aactcaagtccaaaaaatgagg22
Claims (8)
1.一种人基因组DNA26个基因座的复合扩增的试剂盒,包括有用于扩增如下26个基因座的引物:Amelogenin、D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、D19S433、DYS635、DYS456、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、DYS385ab、DYS458、DYS391、vWA、D5S818、FGA、DYS392、DYS390、D8S1179、D21S11、D18S51、DYS393、DYS438;
所述的引物的序列是:扩增基因座Amelogenin的引物序列如SEQIDNO.1~2所示、扩增基因座D3S1358的引物序列如SEQIDNO.3~4所示、扩增基因座D13S317的引物序列如SEQIDNO.5~6所示、扩增基因座D7S820的引物序列如SEQIDNO.7~8所示、扩增基因座D16S539的引物序列如SEQIDNO.9~10所示、扩增基因座D19S433的引物序列如SEQIDNO.11~12所示、扩增基因座DYS635的引物序列如SEQIDNO.13~14所示、扩增基因座DYS456的引物序列如SEQIDNO.15~16所示、扩增基因座TPOX的引物序列如SEQIDNO.17~18所示、扩增基因座TH01的引物序列如SEQIDNO.19~20所示、扩增基因座D2S1338的引物序列如SEQIDNO.21~22所示、扩增基因座CSF1PO的引物序列如SEQIDNO.23~24所示、扩增基因座DYS385ab的引物序列如SEQIDNO.25~26所示、扩增基因座DYS458的引物序列如SEQIDNO.27~28所示、扩增基因座DYS391的引物序列如SEQIDNO.29~30所示、扩增基因座vWA的引物序列如SEQIDNO.31~32所示、扩增基因座D5S818的引物序列如SEQIDNO.33~34所示、扩增基因座FGA的引物序列如SEQIDNO.35~36所示、扩增基因座DYS392的引物序列如SEQIDNO.37~38所示、扩增基因座DYS390的引物序列如SEQIDNO.39~40所示、扩增基因座D8S1179的引物序列如SEQIDNO.41~42所示、扩增基因座D21S11的引物序列如SEQIDNO.43~44所示、扩增基因座D18S51的引物序列如SEQIDNO.45~46所示、扩增基因座DYS393的引物序列如SEQIDNO.47~48所示、扩增基因座DYS438的引物序列如SEQIDNO.49~50所示。
2.根据权利要求1所述的人基因组DNA26个基因座的复合扩增的试剂盒,其特征在于,各个引物在扩增体系中的终浓度是:SEQIDNO.1~2:0.5μM;SEQIDNO.3~4:0.8μM;SEQIDNO.5~6:0.66μM;SEQIDNO.7~8:1.34μM;SEQIDNO.9~10:0.64μM;SEQIDNO.11~12:0.4μμM;SEQIDNO.13~14:1.74μM;SEQIDNO.15~16:0.84μM;SEQIDNO.17~18:0.54μM;SEQIDNO.19~20:0.76μM;SEQIDNO.21~22:0.7μM;SEQIDNO.23~24:0.88μM;SEQIDNO.25~26:0.88μM;SEQIDNO.27~28:1.94μM;SEQIDNO.29~30:1.56μM;SEQIDNO.31~32:2.1μM;SEQIDNO.33~34:1.16μM;SEQIDNO.35~36:1.34μM;SEQIDNO.37~38:7μM;SEQIDNO.39~40:4.7μM;SEQIDNO.41~42:1.34μM;SEQIDNO.43~44:1.6μM;SEQIDNO.45~46:1.1μM;SEQIDNO.47~48:5μM;SEQIDNO.49~50:0.5μM。
3.根据权利要求1所述的人基因组DNA26个基因座的复合扩增的试剂盒,其特征在于:所述的用于扩增每个基因座对应的引物中,至少有一个引物的5’端是经过标记的。
4.根据权利要求3所述的人基因组DNA26个基因座的复合扩增的试剂盒,其特征在于:所述的引物是通过荧光标记的。
5.根据权利要求4所述的人基因组DNA26个基因座的复合扩增的试剂盒,其特征在于:26个基因座可以进行分组标记,Amel、D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、D19S433和DYS635为第一组;DYS456、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、DYS385ab和DYS458为第二组;DYS391、vWA、D5S818、FGA、DYS392、DYS390为第三组;D8S1179、D21S11、D18S51、DYS393、DYS438为第四组。
6.根据权利要求5所述的人基因组DNA26个基因座的复合扩增的试剂盒,其特征在于:每组使用6-FAM、HEX、TEMRA或ROX中的任一种进行标记,内标选用橙色荧光SIZ,而且各组之间的标记色都不相同。
7.根据权利要求1~6任一项所述的人基因组DNA26个基因座的复合扩增的试剂盒,其特征在于:所述的试剂盒的组成是:ReactionMix,10.0μL;基因组DNA,0.1-10μl;引物混合物,5.0μL;Taq酶,0.5μL;sdH2O,补足至25.0μL;所述的ReactionMix为MgCl27.5mM,Tris-HClbuffer125mM,KCl125mM,dNTPs7.5mM,BSA2mg/mL。
8.根据权利要求1~6任一项所述的人基因组DNA26个基因座的复合扩增的试剂盒在个体识别或亲子鉴定中的应用。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201410208458.6A CN104031989B (zh) | 2014-05-16 | 2014-05-16 | 一种人基因组dna26个基因座的复合扩增的试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201410208458.6A CN104031989B (zh) | 2014-05-16 | 2014-05-16 | 一种人基因组dna26个基因座的复合扩增的试剂盒 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN104031989A CN104031989A (zh) | 2014-09-10 |
CN104031989B true CN104031989B (zh) | 2016-01-20 |
Family
ID=51462983
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201410208458.6A Active CN104031989B (zh) | 2014-05-16 | 2014-05-16 | 一种人基因组dna26个基因座的复合扩增的试剂盒 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN104031989B (zh) |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN105018597B (zh) * | 2015-05-27 | 2018-04-17 | 宁波海尔施基因科技有限公司 | 一种人基因组dna34个基因座的复合扩增试剂盒 |
CN105695569A (zh) * | 2015-12-11 | 2016-06-22 | 广东华美众源生物科技有限公司 | 一种人类基因组33个基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
EP3532634A1 (en) | 2016-10-27 | 2019-09-04 | Onay, Huseyin | Str based rapid personal identification |
CN106521013B (zh) * | 2016-12-30 | 2019-10-15 | 无锡中德美联生物技术有限公司 | 一种针对微量、降解检材的str试剂盒及其应用 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2006071568A2 (en) * | 2004-12-29 | 2006-07-06 | Applera Corporation | Methods, compositions, and kits for forming labeled polynucleotides |
CN101956008A (zh) * | 2010-09-10 | 2011-01-26 | 无锡中德美联生物技术有限公司 | 16个基因座快速复合pcr扩增荧光检测试剂盒 |
CN102703583A (zh) * | 2012-03-23 | 2012-10-03 | 无锡中德美联生物技术有限公司 | 具有改善鉴别能力的y染色体str基因座荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 |
-
2014
- 2014-05-16 CN CN201410208458.6A patent/CN104031989B/zh active Active
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2006071568A2 (en) * | 2004-12-29 | 2006-07-06 | Applera Corporation | Methods, compositions, and kits for forming labeled polynucleotides |
CN101956008A (zh) * | 2010-09-10 | 2011-01-26 | 无锡中德美联生物技术有限公司 | 16个基因座快速复合pcr扩增荧光检测试剂盒 |
CN102703583A (zh) * | 2012-03-23 | 2012-10-03 | 无锡中德美联生物技术有限公司 | 具有改善鉴别能力的y染色体str基因座荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN104031989A (zh) | 2014-09-10 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN103614361B (zh) | 一种人基因组dna24个基因座的复合扩增的试剂盒 | |
McKiernan et al. | Molecular diagnostic applications in forensic science | |
CN103451311B (zh) | 一种同时分析人基因组dna 26个基因座的荧光标记复合扩增的试剂盒及其使用方法和应用 | |
CN105018597B (zh) | 一种人基因组dna34个基因座的复合扩增试剂盒 | |
CN104946632A (zh) | 一种具有增强鉴别能力的常染色体str基因座荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
CN108220413B (zh) | 联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用 | |
CN105177146B (zh) | 人类y染色体27个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
CN109880911A (zh) | 25个人类染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 | |
CN104031989B (zh) | 一种人基因组dna26个基因座的复合扩增的试剂盒 | |
CN105695569A (zh) | 一种人类基因组33个基因座的复合扩增试剂盒及其应用 | |
CN104131072A (zh) | 一种对未知检材进行个体识别和亲权鉴定的方法和系统 | |
CN107904317A (zh) | 人类常染色体str多态性位点复合扩增试剂盒及其应用 | |
CN105385763B (zh) | 一种同时分析人基因组dna 24个基因座的荧光标记复合扩增的试剂盒及其应用 | |
CN104745691A (zh) | 一种同时分析人基因组dna 27个基因座的荧光标记复合扩增的引物组、试剂盒及应用 | |
CN108060237B (zh) | 基于55个y染色体snp遗传标记的法医学复合检测试剂盒 | |
CN101144774B (zh) | 人类STRtyper PCR扩增荧光检测试剂盒 | |
CN102321748A (zh) | 一种同时分析人基因组dna 22个基因座的荧光标记复合扩增的试剂盒及其使用方法和应用 | |
Zheng et al. | Development and validation of a novel SiFaSTRTM 23‐plex system | |
CN107254516A (zh) | 一种六色荧光str分型方法和系统 | |
CN106701988A (zh) | 用于检测短串联重复序列的引物、试剂盒及方法 | |
CN108823294A (zh) | 基于20个单倍群d的y-snp遗传标记的法医学复合检测试剂盒 | |
CN111560442B (zh) | 一种黄牛亲权鉴定和个体识别的复合扩增试剂盒及应用 | |
CN108546762A (zh) | 一种用于法医学个体识别的35个插入/缺失位点的试剂盒 | |
CN108517364B (zh) | 基于56个y染色体snp遗传标记的法医学复合检测试剂盒 | |
CN109762909A (zh) | 一种用于降解检材法医学个体鉴识的44个InDels位点复合扩增检测试剂盒 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
C14 | Grant of patent or utility model | ||
GR01 | Patent grant |