CN108441565A - 人类y染色体37个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 - Google Patents
人类y染色体37个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN108441565A CN108441565A CN201810203551.6A CN201810203551A CN108441565A CN 108441565 A CN108441565 A CN 108441565A CN 201810203551 A CN201810203551 A CN 201810203551A CN 108441565 A CN108441565 A CN 108441565A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- artificial sequence
- str locus
- dna
- human
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用，所述试剂盒包括扩增37个Y‑STR基因座的特异性引物，其中包括30个低突变Y‑STR基因座，7个快速突变Y‑STR基因座。本发明所述试剂盒包括30个低突变率和7个快速突变、多态性较高的Y‑STR基因座，兼顾了男性家系排查和同一父系不同男性个体之间的区分，为市面上基因座数量最多的Y‑STR检测产品；本发明所述试剂盒中引物具有特异性强，灵敏度高，分型结果准确的优点，完全能够满足实际案件检验、DNA数据库建设以及亲子鉴定的需要；本发明所述试剂盒具有很强的检材适应性。
Description
技术领域
本发明属于法医遗传学领域，涉及一种荧光标记复合扩增检验系统，具体为人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用。
背景技术
上世纪90年代，荧光标记的短串联重复序列基因座(short tandem repeat，STR)被首次提出，并作为遗传标记进行法医物证学相关方面的研究及鉴定。STR标记与其他遗传标记物相比，STR基因座片段小、容易扩增，更适用于微量和降解检材，多个STR基因座可以同时进行复合扩增，混合检材、DNA分子降解的检材和微量生物检材等疑难生物检材能够成功进行DNA检验及分型，因而具有快速、高效、准确、灵敏、信息量大等优点。近年来，STR分型技术被广泛的应用于法医物证中的个体识别和亲子鉴定，尤其是在DNA数据库的建设方面，与以往RFLP等技术相比，STR复合扩增技术具有极大的优越性。
Y染色体STR遗传标记是指存在于人类Y染色体非重组区域的短串联重复序列。Y染色体STR遗传标记与常染色体STR遗传标记相比，具有男性特有、父系遗传及单倍型遗传等三大特征，将其独特性与STR位点分型检测的优越性相结合，可进行法医学个体识别、亲子鉴定及DNA家谱构建等。
Y-STR独特的优势在于同一父系所有男性样本分型一致，可以作为家系排查的工具，从而有效缩小侦查范围，低突变基因座更加适用于家系排查，但低突变基因座往往多态性较低，不利于家系之间的区分。法医上将突变率高于1％的基因座称为快速突变基因座(Rapidly Mutating Y-STR)。快速突变基因座具有较高的相关男性区分能力，而且一般具有较高的多态性。因此，Y-STR试剂盒需要基因座的数量要多，同时基因座的多态性要高，以保证试剂盒具有足够高的整体多态性。
目前，市面上主流试剂盒有Plus、Y23、Goldeneye Y26、STRtyper27Y、AGCU Database Y24等荧光检测试剂盒，基因座数量分别为27个、23个、26个、27个、24个。Plus、Y23、Goldeneye Y26、STRtyper27Y分别含有7个、2个、3个、和7个快速突变基因座。因此，现有技术中的试剂盒存在近亲男性之间的个体鉴别力弱，男性样本间个体识别力不高的缺陷。
发明内容
解决的技术问题：为了克服现有技术的缺陷，获得一种具有高分辨率且能够满足Y-STR数据库建设及男性个体家系排查的试剂盒，本发明提供了人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用。
技术方案：人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒，所述试剂盒包括扩增37个Y-STR基因座的特异性引物，37个Y-STR基因座为：DYS392、DYS389I、DYS447、DYS389II、DYS438、DYS527a、DYS527b、DYS645、DYS596、DYS391、DYS456、DYS19、DYS593、DYS448、DYS627、DYS557、DYS437、DYS481、DYS533、DYS390、DYS385a、DYS385b、DYF387S1a、DYF387S1b、DYS460、DYS393、Y_GATA_H4、DYS439、DYS635、DYS444、DYS643、DYS549、DYS576、DYS458、DYS570、DYS449、DYS518。
优选的，DYS392、DYS389I、DYS447、DYS389II、DYS438、DYS527a、DYS527b、DYS645、DYS596、DYS391、DYS456、DYS19、DYS593、DYS448、DYS557、DYS437、DYS481、DYS533、DYS390、DYS385a、DYS385b、DYS460、DYS393、Y_GATA_H4、DYS439、DYS635、DYS444、DYS643、DYS549、DYS458为低突变Y-STR基因座，DYS627、DYS576、DYS570、DYF387S1a、DYF387S1b、DYS449、DYS518为快速突变Y-STR基因座。
优选的，所述特异性引物的序列为：DYS392、SEQ ID NO:1～2；DYS389I和DYS389II、SEQ ID NO:3～4；DYS447、SEQ ID NO:5～6；DYS438、SEQ ID NO:7～8；DYS527a和DYS527b、SEQ ID NO:9～10；DYS645、SEQ ID NO:11～12；DYS596、SEQ ID NO:13～14；DYS391、SEQ ID NO:15～16；DYS456、SEQ ID NO:17～18；DYS19、SEQ ID NO:19～20；DYS593、SEQ ID NO:21～22；DYS448、SEQ ID NO:23～24；DYS627、SEQ ID NO:25～26；DYS557、SEQ ID NO:27～28；DYS437、SEQ ID NO:29～30；DYS481、SEQ ID NO:31～32；DYS533、SEQ ID NO:33～34；DYS390、SEQ ID NO:35～36；DYS385a和DYS385b、SEQ ID NO:37～38；DYF387S1a、DYF387S1b、SEQ ID NO:39～40；DYS460、SEQ ID NO:41～42；DYS393、SEQID NO:43～44；Y_GATA_H4、SEQ ID NO:45～46；DYS439、SEQ ID NO:47～48；DYS635、SEQ IDNO:49～50；DYS444、SEQ ID NO:51～52；DYS643、SEQ ID NO:53～54；DYS549、SEQ ID NO:55～56；DYS576、SEQ ID NO:57～58；DYS458、SEQ ID NO:59～60；DYS570、SEQ ID NO:61～62；DYS449、SEQ ID NO:63～64；DYS518、SEQ ID NO:65～66。
优选的，所述特异性引物在扩增体系中的终浓度为：DYS392、0.06μM；DYS389I和DYS389II、0.078μM；DYS447、0.18μM；DYS438、0.06μM；DYS527a和DYS527b、0.06μM；DYS645、0.09μM；DYS596、0.21μM；DYS391、0.066μM；DYS456、0.054μM；DYS19、0.204μM；DYS593、0.072μM；DYS448、0.072μM；DYS627、0.21μM；DYS557、0.3μM；DYS437、0.066μM；DYS481 0.078μM；DYS533、0.18μM；DYS390、0.132μM；DYS385a和DYS385b、0.12μM；DYF387S1a、DYF387S1b、0.15μM；DYS460、0.192μM；DYS393、0.09μM；Y_GATA_H4、0.12μM；DYS439、0.084μM；DYS635、0.096μM；DYS444、0.12μM；DYS643、0.18μM；DYS549、0.3μM；DYS576、0.12μM；DYS458、0.144μM；DYS570、0.192μM；DYS449、0.24μM；DYS518、0.30μM。
该试剂盒包括的37个基因座对应的引物及其浓度具体如表1所示：
表1. 37个Y STR基因座引物信息
优选的，所述特异性扩增引物分为五组：DYS392、DYS389I、DYS447、DYS389II、DYS438、DYS527a、DYS527b、DYS645和DYS596为第一组，DYS391、DYS456、DYS19、DYS593、DYS448、DYS627和DYS557为第二组，DYS437、DYS481、DYS533、DYS390、DYS385a、DYS385b、DYF387S1a、DYF387S1b和DYS460为第三组，DYS393、Y_GATA_H4、DYS439、DYS635、DYS444、DYS643和DYS549为第四组，DYS576、DYS458、DYS570、DYS449和DYS518为第五组；每对引物中至少一条采用荧光染料标记其5’端。
优选的，所述荧光染料为：6-FAM、HEX、SUM、LYN、PUR中任意一种，且每组采用的荧光标记不同，内标选用橙色荧光SIZ。
优选的，所述试剂盒包括反应混合液(Reaction Mix)、37个基因座的等位基因、热启动Taq酶、DNA标准品、sdH2O和荧光分子量内标；其中反应混合液的组成为：MgCl2 7.5mM,Tris-HCl 125mM，KCl 125mM，dNTPs 7.5mM，BSA 2g/L。各组分及其含量见表2：
表2.PCR扩增体系
| 组分 | 体积 |
| Reaction Mix | 10.0μL |
| 基因组DNA | Xμl含量为0.125-5ng |
| 引物混合物 | 5.0μL |
| 热启动Taq酶(5U/μL) | 0.5μL |
| sdH2O | 补足至25.0μL |
以上所述的人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒在法医鉴定、亲权鉴定或DNA家谱构建中的应用。步骤如下：收集基因组DNA，进行PCR扩增，分析扩增产物；其中PCR扩增程序为：变性95℃2min，循环94℃30s，60℃1min，65℃1min，30个循环，终止延伸72℃20min，4℃维持。
优选的，法医鉴定、亲权鉴定或DNA家谱构建中采用的样品来源包括利用Chelex法、磁珠提取法或有机抽提法提取的人基因组DNA；或采用免提取的滤纸、FTA卡、棉签、纱布中任意一种载体收集的人类血液或口腔细胞。检材的来源包括人的血液、血痕、精液、唾液、体液、毛发、肌肉或组织器官。
人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒的应用，具体步骤如下：
A、按照表2的组分配制扩增体系。
B、扩增热循环
(l)将PCR扩增管置于热循环仪上；
(2)选择表3推荐的程序进行扩增；
(3)扩增后的样品应避光保存；
表3热循环仪的扩增程序
C、扩增产物在遗传分析仪上荧光检测
由去离子甲酰胺与系统中分子量内标AGCU Marker SIZ-500组成上样混合物〔(0.5μl AGCU Marker SIZ-500(无锡中德美联生物技术有限公司))×(进样数)+(12μl去离子甲酰胺)×(进样数)〕。将12.5μl上样混合物与1μl扩增产物或系统中37个Y基因座等位基因分型标准物Allelic Ladder(无锡中德美联生物技术有限公司)混合，避免产生气泡。95℃变性3分钟，冰浴3分钟，并尽快使遗传分析仪进行电泳检测。
D、分型分析
用片段分析软件GeneMapper ID-X分析步骤C中遗传分析仪检测收集的数据。电泳采用多道或单道毛细管电泳。
有益效果：(1)本发明所述试剂盒包括30个低突变率和7个快速突变、多态性较高的Y-STR基因座，兼顾了男性家系排查和同一父系不同男性个体之间的区分，为市面上基因座数量最多的Y-STR检测产品；(2)本发明所述试剂盒中引物具有特异性强，灵敏度高，分型结果准确的优点，完全能够满足实际案件检验、DNA数据库建设以及亲子鉴定的需要；(3)本发明所述试剂盒具有很强的检材适应性。
附图说明
图1为基因座排布示意图；
图2为本试剂盒标准DNA9948分型图；
图3为37个Y基因座等位基因分型标准物：Allelic Ladder图；
图4为缺少双亲的亲权鉴定中叔叔的Y-STR分型图；
图5为缺少双亲的亲权鉴定中侄子的Y-STR分型图。
具体实施方式
以下实施例进一步说明本发明的内容，但不应理解为对本发明的限制。在不背离本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改和替换，均属于本发明的范围。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
实施例1
一、基因座筛选
通过对DYS19、DYS385a/b、DYS389I、DYS389II、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS437、DYS438、DYS439、DYS448、DYS456、DYS458、DYS635、Y_GATA_H4、DYS481、DYS533、DYS576、DYS643、DYS460、DYS549、DYF387S1a、DYF387S1b、DYS449、DYS518、DYS627、DYS570、DYS527a/b、DYS447、DYS444、DYS557、DYS596、DYS446、DYS510、DYS622、DYS443、DYS587、DYS522、Y_GATA_A10、DYS520、DYS552、DYS593、DYS531、DYS459a/b、DYS508、DYS388、DYS617、DYS645、DYS713、DYS630、DYF404S1、DYS626、DYS526a/b共59个Y染色体短串联重复序列基因座及其等位基因遗传特征进行了深入的研究，筛选出37个Y染色体短串联重复序列基因座：DYS392、DYS389I、DYS447、DYS389II、DYS438、DYS527a、DYS527b、DYS645、DYS596、DYS391、DYS456、DYS19、DYS593、DYS448、DYS627、DYS557、DYS437、DYS481、DYS533、DYS390、DYS385a、DYS385b、DYF387S1a、DYF387S1b、DYS460、DYS393、Y_GATA_H4、DYS439、DYS635、DYS444、DYS643、DYS549、DYS576、DYS458、DYS570、DYS449、DYS518这37个Y染色体短串联重复序列基因座在人群中具有较低的遗传多态性和良好的等位基因频率分布，复合本发明对于位点的要求。每个基因座相应信息见表4：
表4. 37个Y STR基因座信息
二、基因座排布
根据以上37个基因座，设计了独特的基因座排布方式及化学荧光染料标记的方法：DYS392、DYS389I/II、DYS447、DYS438、DYS527a/b、DYS645、DYS596为第一组，荧光染料标记物为6-FAM；DYS391、DYS456、DYS19、DYS593、DYS448、DYS627、DYS557为第二组，荧光染料标记物为HEX；DYS437、DYS481、DYS533、DYS390、DYS385a/b、DYF387S1a、DYF387S1b、DYS460为第三组，荧光染料标记物为SUM；DYS393、Y_GATA_H4、DYS439、DYS635、DYS444、DYS643、DYS549为第四组，荧光染料标记物为LYN；DYS576、DYS458、DYS570、DYS449、DYS518为第五组，荧光染料标记物为PUR，基因座排布如图1。
三、特异性引物设计及复合扩增条件的建立
通过基因座名称或者Y染色体位置，利用UCSC或NCBI网站进行基因座序列下载；其次，根据每个基因座重复单元两侧的序列进行引物设计。
(1)特异性引物设计
在设计引物时，使用的设计软件最佳搭配是Premier和Oligo合并使用，以Premier进行自动搜索，Oligo进行分析评价，引物碱基分布要随机、Tm值相近、GC含量在40％～60％之间、引物自身及引物之间不应存在互补序列；同时也要保证引物扩增的特异性，在NCBI数据库中使用Primer-BLAST软件对设计的引物进行比对分析，要充分考虑引物3’端的特异性，因为引物3’端序列同源性较高的话容易导致错误引发。
随着复合扩增系统中引物数量的增加，不同基因座引物之间的相互干扰也越来越严重，反应体系的动力学变得越来越复杂，因此需要设计大量的引物序列进行复杂的测试，最终保证试剂盒的扩增特异性及效率。
(2)复合扩增条件的建立
先对37基因座的单一扩增条件进行优化，在成功地建立了单个基因座扩增条件的基础上，研究37个基因座复合扩增PCR反应条件，通过大量的反复实验确定了复合扩增中的各个参数，如，循环参数、退火温度、缓冲液离子强度、酶量、复合扩增反应体积的变化以及模板DNA量等，使扩增产物达到平衡、特异的要求，建立起复合扩增体系，同时扩增出37个基因座，最终引物序列及浓度见表1。
四、调整PCR反应混合液
PCR体系中，Mg2+浓度分别测试1.0mM、1.5mM、2.0mM、2.5mM、3.0mM 5个梯度，dNTPs浓度分别测试0.15mM、0.2mM、0.25mM、0.3mM、0.35mM 5个梯度，热启动Taq酶含量分别测试1.0U、1.5U、2.0U、2.5U、3.0U共5梯度，Tris-HCl浓度定为10mM，KCl浓度定为40mM。通过设计正交实验，最终将Mg2+浓度定为2.0mM，dNTPs浓度定为0.25mM，热启动Taq酶含量2.0U，Tris-HCl浓度定为10mM，KCl浓度定为40mM，利用以上材料制备成反应混合液Reaction Mix，加入到PCR体系中。最终PCR体系各组成如下表：
| 组分 | 体积 |
| Reaction Mix | 10.0μL |
| 基因组DNA | Xμl含量为0.125-5ng |
| 引物混合物 | 5.0μL |
| 热启动Taq酶(5U/μL) | 0.5μL |
| sdH2O | 补足至25.0μL |
实施例2家系排查中的应用
(1)收集案件中的血斑：样本由某公安局提供。
(2)样本DNA提取：采用法庭科学DNA实验室检验规范【GA-T383-2002】中硅珠法提取方法。
(3)利用AGCU Database Y30试剂盒对以上两种样本进行分型检测，后将分型结果与本试剂盒进行对比，分型结果比对如下表：
结果显示，嫌疑人和现场样本的分型一致，而嫌疑人父亲与现场样本存在DYS576与DYS449快速突变基因座的差异，故办案过程中就排除了嫌疑人父亲的嫌疑，而AGCUDatabase Y30试剂盒因为缺少DYS576与DYS449，则无法区分该父子。由此可以看出试剂盒中添加Y染色体快速突变基因座可以提高近亲男性之间的个体鉴别力，但因为Y染色体STR只能起到排查作用，所以现场样本和嫌疑人还得加做常染色体STR试剂盒。
实施例3亲权鉴定中的应用
(1)收集口腔脱落细胞：样本由某司法鉴定机构提供。
(2)样本DNA提取：采用法庭科学DNA实验室检验规范【GA-T383-2002】中硅珠法提取方法。
(3)样本检测结果数据比对：叔叔和侄子扩增图谱分别见图4和5，分型结果比对如下表：
以上缺少双亲的亲权鉴定，利用本试剂盒对叔叔和侄子的Y-STR进行了检测。结果显示，叔叔和侄子共有DYS557、DYS460、DYS570和DYS518四个STR基因座分型不一致，根据亲子鉴定案例中，若有3个或3个以上的STR基因座不符合遗传规律，可排除亲子关系，最终可以排除该叔侄之间存在血缘关系。而AGCU Database Y30试剂盒只有DYS460和DYS557存在差异，则无法排除该叔侄之间存在血缘关系。由此可见，Y试剂盒中含有更多的快速突变位点，可以提高男性样本间个体识别力。
序列表
<110> 无锡中德美联生物技术有限公司
广州市刑事科学技术研究所
广东华美众源生物科技有限公司
<120> 人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用
<160> 66
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
tcaaaacaga gggatcatta 20
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gaaacaacta atttgatttc aag 23
<210> 3
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ttgccaagtg ttacttgagg aacac 25
<210> 4
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
acctacttct gtatccaact ctcat 25
<210> 5
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
aagacatgtg ccagggtggt cac 23
<210> 6
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
attctgcctt tctggacaga act 23
<210> 7
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
ggaatagttg aacggtaaac agt 23
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
gaggcataag ccaccatacc t 21
<210> 9
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
gatcgcaaac atagcacttc ag 22
<210> 10
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
gtataagcac ttctcagttg aaac 24
<210> 11
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
tttggttacg ggtggcaatc a 21
<210> 12
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
ctggtgactg aatgccaaat c 21
<210> 13
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
gctttatgtc aaattaaatt tttcat 26
<210> 14
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
gtaggtatga gatgaaattg actatga 27
<210> 15
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
tcaatcatac acccatatct gtctgtct 28
<210> 16
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
ctggttgcaa gcaattgcca tag 23
<210> 17
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
tgccctcaaa cattggactc taatt 25
<210> 18
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
gatgtattag ggttctctag ag 22
<210> 19
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
gagatcaaat tgactgtgat tat 23
<210> 20
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
tccatctggg ttaaggagag tgtcact 27
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
tggcacatgc atgtcatccc 20
<210> 22
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
caagtgacac tgctgattgg aa 22
<210> 23
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
cgtccaaata aagaacagag a 21
<210> 24
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
ggttatttct tgattccctg tg 22
<210> 25
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
cttggaccca ggatgggga 19
<210> 26
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
acataattca aaaaccatgt ggataa 26
<210> 27
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
tcagacctac aacctggaca catgt 25
<210> 28
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
gacactgccc cgtttgagca g 21
<210> 29
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
ctcctgagta gctgggacta t 21
<210> 30
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
atgatagata gataaccaca gat 23
<210> 31
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
tgtggctaac gctgttcagc at 22
<210> 32
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
atgctgaaca gcgttagcca ca 22
<210> 33
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
ctaacatctt tgtcatctac cta 23
<210> 34
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
gtaggtagat gacaaagatg ttag 24
<210> 35
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
agacttcaat atcacagaac at 22
<210> 36
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
gtgggagaaa tggatgacag ta 22
<210> 37
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
gtcatgaact gaaatgatgg cact 24
<210> 38
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
aataatctat ctattccaat tacata 26
<210> 39
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
ttcaaaaatg tttgagtcgt ggt 23
<210> 40
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
cagcttcagc tggactggga aag 23
<210> 41
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
atatctgtct atccatatca tctatcc 27
<210> 42
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
aatcatgctt cacatcttag ac 22
<210> 43
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
tgtcattcct aatgtggtc 19
<210> 44
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
caaaaaatga ggtatgtctc atag 24
<210> 45
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 45
gtatcctagg aatcatcatt aa 22
<210> 46
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 46
gtatctatct atctatctat 20
<210> 47
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 47
ttaggtctaa catttaagtc t 21
<210> 48
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 48
gccaactcgg cctcccaaaa tg 22
<210> 49
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 49
agagtgtctc acttcaagca c 21
<210> 50
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 50
attgaagaca cttgcacata ca 22
<210> 51
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 51
agtcattatt tcattttctc tc 22
<210> 52
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 52
attgagtgga agtggatcct cat 23
<210> 53
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 53
gagcaataaa tttatgcata g 21
<210> 54
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 54
actcactcat aagtaggagc ta 22
<210> 55
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 55
cataagtggt aatgtcccct tt 22
<210> 56
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 56
acaaagccaa tagactttgc caact 25
<210> 57
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 57
gccaagcaac atagcaagac ctcatct 27
<210> 58
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 58
gatgggagta ataagcgtat t 21
<210> 59
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 59
cagactgagc aacaggaatg aa 22
<210> 60
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 60
ggccaggatg gtctcgattt c 21
<210> 61
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 61
agaactgtct acaatggctc acg 23
<210> 62
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 62
gctaagctga aatgcagata ttc 23
<210> 63
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 63
tagagattct tggagtctct c 21
<210> 64
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 64
gtaagctaag attgcaccat t 21
<210> 65
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 65
cattgcactc cagcctgggc a 21
<210> 66
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 66
aagtcttgag tcttgaactc ca 22
Claims (9)
1.人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括扩增37个Y-STR基因座的特异性引物，37个Y-STR基因座为：DYS392、DYS389I、DYS447、DYS389II、DYS438、DYS527a、DYS527b、DYS645、DYS596、DYS391、DYS456、DYS19、DYS593、DYS448、DYS627、DYS557、DYS437、DYS481、DYS533、DYS390、DYS385a、DYS385b、DYF387S1a、DYF387S1b、DYS460、DYS393、Y_GATA_H4、DYS439、DYS635、DYS444、DYS643、DYS549、DYS576、DYS458、DYS570、DYS449、DYS518。
2.根据权利要求1所述的人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒，其特征在于，DYS392、DYS389I、DYS447、DYS389II、DYS438、DYS527a、DYS527b、DYS645、DYS596、DYS391、DYS456、DYS19、DYS593、DYS448、DYS557、DYS437、DYS481、DYS533、DYS390、DYS385a、DYS385b、DYS460、DYS393、Y_GATA_H4、DYS439、DYS635、DYS444、DYS643、DYS549、DYS458为低突变Y-STR基因座，DYS627、DYS576、DYS570、DYF387S1a、DYF387S1b、DYS449、DYS518为快速突变Y-STR基因座。
3.根据权利要求1所述的人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒，其特征在于，所述特异性引物的序列为：DYS392、SEQ ID NO:1～2；DYS389I和DYS389II、SEQID NO:3～4；DYS447、SEQ ID NO:5～6；DYS438、SEQ ID NO:7～8；DYS527a和DYS527b、SEQID NO:9～10；DYS645、SEQ ID NO:11～12；DYS596、SEQ ID NO:13～14；DYS391、SEQ ID NO:15～16；DYS456、SEQ ID NO:17～18；DYS19、SEQ ID NO:19～20；DYS593、SEQ ID NO:21～22；DYS448、SEQ ID NO:23～24；DYS627、SEQ ID NO:25～26；DYS557、SEQ ID NO:27～28；DYS437、SEQ ID NO:29～30；DYS481、SEQ ID NO:31～32；DYS533、SEQ ID NO:33～34；DYS390、SEQ ID NO:35～36；DYS385a和DYS385b、SEQ ID NO:37～38；DYF387S1a、DYF387S1b、SEQ ID NO:39～40；DYS460、SEQ ID NO:41～42；DYS393、SEQ ID NO:43～44；Y_GATA_H4、SEQ ID NO:45～46；DYS439、SEQ ID NO:47～48；DYS635、SEQ ID NO:49～50；DYS444、SEQ ID NO:51～52；DYS643、SEQ ID NO:53～54；DYS549、SEQ ID NO:55～56；DYS576、SEQ ID NO:57～58；DYS458、SEQ ID NO:59～60；DYS570、SEQ ID NO:61～62；DYS449、SEQ ID NO:63～64；DYS518、SEQ ID NO:65～66。
4.根据权利要求1所述的人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒，其特征在于，所述特异性引物在扩增体系中的终浓度为：DYS392、0.06μM；DYS389I和DYS389II、0.078μM；DYS447、0.18μM；DYS438、0.06μM；DYS527a和DYS527b、0.06μM；DYS645、0.09μM；DYS596、0.21μM；DYS391、0.066μM；DYS456、0.054μM；DYS19、0.204μM；DYS593、0.072μM；DYS448、0.072μM；DYS627、0.21μM；DYS557、0.3μM；DYS437、0.066μM；DYS481 0.078μM；DYS533、0.18μM；DYS390、0.132μM；DYS385a和DYS385b、0.12μM；DYF387S1a、DYF387S1b、0.15μM；DYS460、0.192μM；DYS393、0.09μM；Y_GATA_H4、0.12μM；DYS439、0.084μM；DYS635、0.096μM；DYS444、0.12μM；DYS643、0.18μM；DYS549、0.3μM；DYS576、0.12μM；DYS458、0.144μM；DYS570、0.192μM；DYS449、0.24μM；DYS518、0.30μM。
5.根据权利要求3或4所述的人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒，其特征在于，所述特异性扩增引物分为五组：DYS392、DYS389I、DYS447、DYS389II、DYS438、DYS527a、DYS527b、DYS645和DYS596为第一组，DYS391、DYS456、DYS19、DYS593、DYS448、DYS627和DYS557为第二组，DYS437、DYS481、DYS533、DYS390、DYS385a、DYS385b、DYF387S1a、DYF387S1b和DYS460为第三组，DYS393、Y_GATA_H4、DYS439、DYS635、DYS444、DYS643和DYS549为第四组，DYS576、DYS458、DYS570、DYS449和DYS518为第五组；每对引物中至少一条采用荧光染料标记其5’端。
6.根据权利要求5所述的人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒，其特征在于，所述荧光染料为：6-FAM、HEX、SUM、LYN、PUR中任意一种，且每组采用的荧光标记不同。
7.根据权利要求1所述的人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括反应混合液、37个基因座的等位基因、热启动Taq酶、DNA标准品、sdH2O和荧光分子量内标；其中反应混合液的组成为：MgCl2 7.5mM,Tris-HCl 125mM，KCl125mM，dNTPs 7.5mM，BSA 2g/L。
8.权利要求1所述的人类Y染色体37个STR基因座的荧光标记复合扩增试剂盒在法医鉴定、亲权鉴定或DNA家谱构建中的应用。
9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，法医鉴定、亲权鉴定或DNA家谱构建中采用的样品来源包括利用Chelex法、磁珠提取法或有机抽提法提取的人基因组DNA；或采用免提取的滤纸、FTA卡、棉签、纱布中任意一种载体收集的人类血液或口腔细胞。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810203551.6A CN108441565B (zh) | 2018-03-13 | 2018-03-13 | 人类y染色体37个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810203551.6A CN108441565B (zh) | 2018-03-13 | 2018-03-13 | 人类y染色体37个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN108441565A true CN108441565A (zh) | 2018-08-24 |
| CN108441565B CN108441565B (zh) | 2021-02-02 |
Family
ID=63194799
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201810203551.6A Active CN108441565B (zh) | 2018-03-13 | 2018-03-13 | 人类y染色体37个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN108441565B (zh) |
Cited By (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN109468384A (zh) * | 2018-11-15 | 2019-03-15 | 江苏苏博生物医学科技南京有限公司 | 一种同时检测45个y基因座的复合扩增检测试剂盒 |
| CN109880912A (zh) * | 2019-03-07 | 2019-06-14 | 基点认知技术(北京)有限公司 | 44个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN109880913A (zh) * | 2019-03-07 | 2019-06-14 | 基点认知技术(北京)有限公司 | 38个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN110628920A (zh) * | 2019-10-31 | 2019-12-31 | 安徽省公安厅物证鉴定中心 | 人类y染色体35个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN110863056A (zh) * | 2018-08-27 | 2020-03-06 | 深圳华大法医科技有限公司 | 一种人类dna精准分型的方法、试剂和应用 |
| CN112662786A (zh) * | 2021-01-28 | 2021-04-16 | 苏州阅微基因技术有限公司 | 54个y染色体基因座的荧光复合扩增体系、试剂盒及应用 |
| CN112852971A (zh) * | 2020-12-31 | 2021-05-28 | 百特元生物科技（北京）有限公司 | 一种同时扩增人44个y-str基因座的引物组、试剂盒及其应用 |
| CN112852970A (zh) * | 2020-12-31 | 2021-05-28 | 百特元生物科技（北京）有限公司 | 一种同时扩增人37个y-str基因座的引物组、试剂盒及其应用 |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106834456A (zh) * | 2017-01-16 | 2017-06-13 | 江苏苏博生物医学股份有限公司 | 一种采用新型荧光标记方法标记的y‑str复合扩增检测试剂盒及其使用方法 |
| CN107653324A (zh) * | 2017-08-09 | 2018-02-02 | 安徽安龙基因科技有限公司 | 含有35个人类y‑str基于座的复合扩增检测试剂盒 |
-
2018
- 2018-03-13 CN CN201810203551.6A patent/CN108441565B/zh active Active
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106834456A (zh) * | 2017-01-16 | 2017-06-13 | 江苏苏博生物医学股份有限公司 | 一种采用新型荧光标记方法标记的y‑str复合扩增检测试剂盒及其使用方法 |
| CN107653324A (zh) * | 2017-08-09 | 2018-02-02 | 安徽安龙基因科技有限公司 | 含有35个人类y‑str基于座的复合扩增检测试剂盒 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| MIN LI等: "A study of the genetic diversity in the Heze Han population using a novel genotyping system based on 24 Y-chromosomal STR loci", 《FORENSIC SCIENCE INTERNATIONAL: GENETICS SUPPLEMENT SERIES》 * |
| 张广峰等: "快速突变Y-STR基因座的法医学研究进展", 《刑事技术》 * |
Cited By (11)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110863056A (zh) * | 2018-08-27 | 2020-03-06 | 深圳华大法医科技有限公司 | 一种人类dna精准分型的方法、试剂和应用 |
| CN109468384A (zh) * | 2018-11-15 | 2019-03-15 | 江苏苏博生物医学科技南京有限公司 | 一种同时检测45个y基因座的复合扩增检测试剂盒 |
| CN109468384B (zh) * | 2018-11-15 | 2021-12-28 | 江苏苏博生物医学科技南京有限公司 | 一种同时检测45个y基因座的复合扩增检测试剂盒 |
| CN109880912A (zh) * | 2019-03-07 | 2019-06-14 | 基点认知技术(北京)有限公司 | 44个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN109880913A (zh) * | 2019-03-07 | 2019-06-14 | 基点认知技术(北京)有限公司 | 38个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN109880912B (zh) * | 2019-03-07 | 2022-08-09 | 基点认知技术(北京)有限公司 | 44个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN109880913B (zh) * | 2019-03-07 | 2022-08-19 | 基点认知技术(北京)有限公司 | 38个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN110628920A (zh) * | 2019-10-31 | 2019-12-31 | 安徽省公安厅物证鉴定中心 | 人类y染色体35个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 |
| CN112852971A (zh) * | 2020-12-31 | 2021-05-28 | 百特元生物科技（北京）有限公司 | 一种同时扩增人44个y-str基因座的引物组、试剂盒及其应用 |
| CN112852970A (zh) * | 2020-12-31 | 2021-05-28 | 百特元生物科技（北京）有限公司 | 一种同时扩增人37个y-str基因座的引物组、试剂盒及其应用 |
| CN112662786A (zh) * | 2021-01-28 | 2021-04-16 | 苏州阅微基因技术有限公司 | 54个y染色体基因座的荧光复合扩增体系、试剂盒及应用 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN108441565B (zh) | 2021-02-02 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN108441565A (zh) | 人类y染色体37个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
| US9347099B2 (en) | Single cell analysis by polymerase cycling assembly | |
| Schneider | Beyond STRs: the role of diallelic markers in forensic genetics | |
| CN108220413B (zh) | 联合检测人Y染色体STR和Indel基因座的荧光复合扩增试剂盒及其应用 | |
| CN106148552A (zh) | 人类y染色体30个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
| CN111154754B (zh) | 分析dna样品的探针集合和使用所述探针集合的方法 | |
| CN105177146B (zh) | 人类y染色体27个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
| CN105358709A (zh) | 用于检测基因组拷贝数变化的系统和方法 | |
| CN101956008A (zh) | 16个基因座快速复合pcr扩增荧光检测试剂盒 | |
| CN104651488B (zh) | 检测染色体非整倍体数目异常的扩增组合物及快速检测试剂盒 | |
| CN104164504B (zh) | 一种人类y染色体27个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒 | |
| US20120283108A1 (en) | Method for phased genotyping of a diploid genome | |
| CN105463116B (zh) | 一种基于20个三等位基因snp遗传标记的法医学复合检测试剂盒及检测方法 | |
| CN105385763B (zh) | 一种同时分析人基因组dna 24个基因座的荧光标记复合扩增的试剂盒及其应用 | |
| CN108026583A (zh) | Hla-b*15:02的单核苷酸多态性及其应用 | |
| Watson | Analysis of Body Fluids | |
| CN107922966A (zh) | 用于核酸扩增的样品制备 | |
| CN108060240A (zh) | 一种用于插入缺失多态性检测的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
| CN106755448A (zh) | 人类y染色体29个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒 | |
| CN108949757A (zh) | 基于二代测序平台检测微卫星不稳定性的引物组合物、试剂盒和方法 | |
| CN107557475A (zh) | 用于人的23个str位点的复合扩增系统、试剂盒及其用途 | |
| CN106497916A (zh) | 一种用于高通量测序检测的nk细胞多基因变异文库的构建方法及其应用 | |
| Kattenberg et al. | Molecular surveillance of malaria using the PF AmpliSeq custom assay for plasmodium falciparum parasites from dried blood spot DNA isolates from Peru | |
| Nallamilli et al. | Genetic testing for hereditary nonpolyposis colorectal cancer (HNPCC) | |
| CN109929936B (zh) | 一种检测人类y染色体快速突变str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| CP03 | Change of name, title or address |
Address after: Floor 2, Block C, Foshan National Torch Innovation and Entrepreneurship Park, north of Jihua Second Road, Foshan, Guangdong 528000 Patentee after: GUANGDONG HOMY GENETECH Inc. Patentee after: AGCU SCIENTECH Inc. Patentee after: GUANGZHOU CRIMINAL SCIENCE AND TECHNOLOGY Research Institute Address before: No.18-1, Wenhui Road, Huishan District, Wuxi City, Jiangsu Province Patentee before: AGCU SCIENTECH Inc. Patentee before: GUANGZHOU CRIMINAL SCIENCE AND TECHNOLOGY Research Institute Patentee before: GUANGDONG HOMY GENETECH Inc. |
|
| CP03 | Change of name, title or address |