WO1994001583A1 - Probe for diagnosing infectious disease - Google Patents
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- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Definitions
- the present invention relates to a probe derived from an infectious disease-causing bacterium, which is useful for detecting and identifying the causative bacterium of an infectious disease.
- infection refers to the invasion of pathogenic microorganisms (hereinafter referred to as "fungi") into a living organism and establishing a foothold for growth. However, it depends on the interrelationship between host resistance and bacterial virulence.
- bacteremia is not caused by a specific bacterium, but is caused by the appearance and inhabitation of various bacterium in the blood. It is a serious and urgent illness that is suspected to be ill, and lasts a few days for pediatric patients and one or two days for terminally ill cancer patients whose body resistance is weakened. Therefore, there is an urgent need to improve treatment methods for bacteremia.
- phagocytic cells of neutrophils In infectious diseases, phagocytic cells of neutrophils, monocytes and macrophages work primarily in living tissues to protect them. The appearance of bacteria in the blood due to bacteremia is considered to be due to the predominant bacteria escaping from the phagocytic tissue into the blood.
- Bacteremia is a condition in which bacteria infiltrate into the blood.
- antibiotics that are sensitive to the causative organism are administered in large amounts.
- antibiotics generally impair the function of organs such as the liver. Therefore, administration of ineffective antibiotics to dangerous patients should be avoided as much as possible. There must be.
- bacteremia Bacteremia that exhibits this is referred to as sepsis.
- the proof of sepsis that is, the establishment of a diagnosis, consists of (1) clinical symptoms, (2) specimen culture, (3) Gram staining of bacteria contained in the specimen, and (4) shock state. Confirmation is essential, and the treatment policy is determined only after these items are confirmed. Therefore, rapid and reliable identification of bacteria is desired in clinical practice.
- the method of detecting and identifying bacteria in a laboratory suspected of bacteremia is limited to culture-bottle-positive specimens using a selective medium. Is being done.
- the method used as a subroutine includes an instrumental analysis method for the metabolites of bacterial components ⁇ bacteria (Yoshimi Benno, “Fast Cell Identification by Gas Chromatography”, Clinical Laboratory, vol. 29, No. .12, November 1985, Medical Science Institute), a method using a specific antibody (see Japanese Patent Application Laid-Open No. 60-224068), and a method using hybridization using the specificity of DNA. (Tables of International Publication No. 61-502376), all of which require isolation of bacteria and culture of bacteria.
- the pretreatment operation requires at least one to two days for selective separation of bacteria from a sample, one day for enrichment, and one day or more for fixation, for a total of three to four days. It takes days, and in reality, this culture is continued until the bacteria grow.Therefore, even if a positive result is obtained by the cultivation method, it often takes more than a week for the pretreatment operation. It is a factor that increases the mortality rate of patients who test positive for culture bottle method. For example, in the Journal of Infectious Diseases, vol. 58, No. 2, pp. 122, 1984, although the blood culture positive rate was 28.6% (163/569), the mortality rate was 84%. It has been reported that it has reached 6% (138/163).
- Staphylococcus epidermidis one of the causative bacteria of bacteremia, is a bacterium that also exists on the skin of normal humans. There is also a risk that this bacterium is taken up and mixed into the specimen.
- the present invention has been completed in view of the above-mentioned problems in the technical field, and the gist of the present invention is that a probe having specific reactivity with DNA or RNA possessed by a major infectious disease causing bacterium. Another object of the present invention is to elucidate the nucleotide sequence of DNA contained in the probe and to provide gene information.
- the orchid is cultured and not grown.
- the causative bacteria of infectious diseases can be detected quickly and reliably.
- primers are designed with reference to the nucleotide sequence information of these probes, hybridization will not be performed, and the infectious disease-causing bacteria will be identified by amplification of DNA by PCR. Can be.
- the probe used for hybridization is non-radioactive, for example, if a probe that has been biotinylated is used, it can be detected using an optical microscope even in a general laboratory that does not have a facility using radioisotopes, making the detection work quick and easy. Can be done.
- Fig. 1 shows the detection of Staphyloco ccu s aureus (S. aureus) It is a restriction map of the Hindlll fragment of a probe.
- FIG. 2 is a restriction map of Hind III fragment of a probe for detecting Staphylococcus epidermidis (Staphylococcus epidermidis).
- FIG. 3 is a restriction map of Hindlll fragment of a probe for detecting Enterococcus faecal is.
- FIG. 4 is a restriction map of a Hindlll fragment of a probe for detecting Pseudomonas aeruginosa (Pseudomonas aeruginosa).
- FIG. 5 is a restriction map of Hind III fragment of a probe for detecting Escherichia coli (Escherichia coli).
- FIG. 6 is a restriction enzyme map of a probe for detecting Enterobacter cloacae (H. enterobacter cloacae) and a Hindlll fragment of Klebsiella pneumonia (Klebsiella pneumoniae).
- Staphylococcus aureus which is a relatively common infectious disease-causing bacterium, especially a sepsis-causing bacterium,
- Staphylococcus epidermidis, Enterococcus faeca 1 is s Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, and Enterobacter cloacae (J. Infection, vol. 26, pp. 159-170 (1993), J. Clin. Microbiol., Vol. 31. pp. 552-557 (1993)).
- Example 1 Preparation of DNA probe derived from infectious disease-causing bacteria
- blood collected from an infected patient with the disease of interest is subjected to a blood culture method (BBC system: blood culture system 'kit; manufactured by Roche) and a commercially available identification kit (Avi 20, Apistaff, AppiStrep 20; both manufactured by Bio-Melume Co., Ltd.), and isolate and identify each infectious disease-causing bacterium according to the instruction manual for each kit.
- BCC system blood culture system 'kit; manufactured by Roche
- a commercially available identification kit Avi 20, Apistaff, AppiStrep 20; both manufactured by Bio-Melume Co., Ltd.
- the strain isolated in (1) above was cultured in a BHI (Brain Heart Infusion) medium, and the cultured cells were collected. After adding achromopeptidase instead of lysozyme, Saito-Miura Genomic DNA is extracted according to the method of “Preparation of Transforming Deoxyribonucleic Acid by Phenol Treatment”, Biochem. Biophys. Acta. Vol. 72, pp.619-629, and the DNA obtained by this extraction is restricted. The enzyme was completely digested with Hindi II and random cloned into vector PBR322.
- plasmids are digested with the restriction enzyme Hindlll, and the insert and plasmid are completely separated by 1% agarose gel electrophoresis (Mupid: Cosmo Bio), followed by Southern Transfection. According to one method, it is transferred to a nylon membrane (Pole BioDyne A: manufactured by Pall Corporation), and the chromosome DNA of each of the above-mentioned strains is transferred to a Niktra with 32 P-dCTP (manufactured by Amersham). A cross-labeled probe, crosno, and hybridization were performed.
- Table 1 lists the probes (probe symbols) for each strain selected by the above method. Table 1 Probe code
- Stapny lococcus aureus SA-7, SA-24, SA-36, SA-77 Staphylococcus epidermi dis SE-3, SE-22, SE-32, SE-37 Enterococcus faecal is S2-1, S2-3, S2 -7, S2-27 Pseudomonas aeruginosa P2-2,? 2-1, P2-17, P4-5
- restriction enzyme maps of the above probes are shown in FIGS. 1 to 6, respectively.
- each clinical strain was isolated according to the method described in Example 1 (2).
- the DNA of the strain is extracted, a certain amount of the extracted DNA (for example, 51) is spotted in nylon filter, and the denatured DNA is subjected to dot blot hybridization.
- a sample of Yon was used.
- DNA probes from each target strain labeled with biotin (Bio-dUTP, manufactured by BRL), were subjected to 45% formamide, 5X SSC, and 42 ° C according to the manual of the above-mentioned manuals. And all night hybrid dize
- Streptavidin-ALP conjugates (manufactured by BRL) were used to detect and develop color, and the status of hybridization was confirmed.
- Staphylococcus epidermidis + + + + + Enterococcus faecal is
- Enterococcus faecal is + + + + + + Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus faecal is
- Enterococcus faecal is
- Enterococcus faecal is
- each probe shows reactivity only to the DNA of the original strain (or its relatives), and the DNA obtained from the strains other than the original strain does not. No reaction (hybridization) was observed, confirming the species specificity.
- nucleotide sequences of the DNA probes of the present invention (total of 23) whose species specificity was confirmed in Examples 1 and 2 were determined according to the following method.
- Escherichia coli K-12, JM109 transformants containing the subcloned insert (to be sequenced) in pGem-3Z (Promega) were added to 5 ml of Luria-Bactani Medium (bacto-tryptone,! Og / lL;
- One lo bacto-yeast extract 5 g / lL; NaCl, lOg / lL; adjusted to pH 7.0 with 5 N NaOH) and cultured overnight.
- the culture was centrifuged (5, OOOrpm, 5 rain.) And collected. 100 1 of a 50 mM glucose / 50 mM Tris-HCl (pH 8.0) / 10raM EDTA solution containing lysozyme (Sigma) at a concentration of 2.5 mg / ml was added to the precipitate, and the mixture was allowed to stand at room temperature for 5 minutes. A 0.2 M sodium hydroxide aqueous solution containing sodium dodecyl sulfate (Sigma) at a concentration of 1% was added to the obtained suspension and mixed. 5M aqueous potassium acetate solution (PH4.8) 1501 was further added and mixed, followed by cooling on ice for 15 minutes.
- PH4.8 aqueous potassium acetate solution
- Type II DNA was adjusted to 5 to 10 g in a 321 solution.
- Type III DNA 321 was transferred to a 1.5 ml mini tube (Eppendorf), and 81 of a 2 M aqueous sodium hydroxide solution was added thereto and mixed gently. After light centrifugation, the mixture was left at room temperature for 10 minutes.
- Diluted T7 DNA polymerase (Pharmacia; 6-8 units / 21) 21 was added to the DNA sample and mixed thoroughly by pipetting or gentle mixing.
- the mixture was dispensed into four solutions, each kept at 4.5 ⁇ 1. When dispensing, a new tip was used. The mixture was incubated at 37 ° C for 5 minutes, and the stop solution was added to each reaction solution in an amount of 51 ° C.
- Bnterococcus faecal is S2-1 (9), S2-3 (10)
- Infectious disease-causing bacteria can be directly detected without multiplication, and bacteria can be identified quickly or accurately. That is, in the diagnosis using the probe of the present invention, bacteria can be identified in one sample, and the time required for diagnosis is about 1 to 2 days, which is 3 to 4 days (the detection rate is low) of the conventional method. The detection rate is remarkably high. Therefore, in addition to providing a revolutionary guideline for the treatment of bacteremia, it is expected that an effective treatment can be carried out in an infectious disease patient in an early stage, and a low mortality rate can be expected.
- PCR is used to amplify the DNA of the causative organism of infectious disease contained in the clinical specimen using primers prepared using part of the information of the analyzed nucleotide sequence, and to quickly diagnose the causative organism. Can help.
- the present invention not only provides a probe for diagnosing infectious diseases, which was the intended purpose, but also serves as a guideline for preparing a primer for PCR, and as a guide for Genomic cDNA contained in a clinical sample. It is expected to have excellent utility as a standard sequence suitable for comparative reference, and will provide valuable clues in the future search and development of probes that specifically react to infectious disease-causing bacteria. It has excellent effects such as:
- Genomic cDNA was obtained by random cloning, and thus the usefulness of the nucleotide sequence of the present invention extends to its phase capture.
- a mutant portion is present in the DNA of the wild-type strain.
- the DNA mutant portion is used as a hybridizer for diagnosis of infectious disease.
- Sequence type nucleic acid
- Sequence type nucleic acid
- AAA TGA A AAATAGAC TT TAT TCCGTTTTAA AATGGTTG AAAAAACCCTTG A CATGCCAT GTATTGCCGTT TACAAA AGTGA AAATCTGT TAGAGAT A ATCATT
- VVVliVVVJ TCAAATTTGG TACATTGCAA CTGTAGTATT TTGATTTTCA AAAGAATAAA AAATAATTTC 8880
- Sequence type nucleic acid
- AAGCTTTCTA ATCTATCGTT AATGATTTGC TTTAAAATTG GGTCGAAGTT AATTGAAGGT 60 GTGAAGTGTA TATCTGTATT AATAACCATG TCATTCATTT GCTGCTTCAC TTTGTTAACA 120 AGTCTTCCGT CATATAAAAA TAATGGTACG ACAATCAATT TTTGATACCG 180 TTTCGATG
- Sequence type nucleic acid
- Organism name S taphylococcus epidermidis
- CAAATAATTT AATTACACTG AAAATAACCT AAAAGCGTAA CACTATTTTA ATATGGGTAT 600
- Sequence type nucleic acid
- Organism name Suyu Hirokotukasu epidermidis (Staphylococcus seiiderinidis)
- Sequence type nucleic acid
- Organism name Suyukorococcus epialuminum ice (S taphy l ococcus ep i de rm i d i s)
- ATTATTACTC CAGGATCGAC AGTTATTCGA ATTTCTAAAA ATACTAATAA ATTTTTTATT 2460
- TAATTAGTGC AATAGGGATT GTAAAATTTC AAGATGTCTT TCTAAGAAGT CACGCCTCAA 2940
- Sequence type nucleic acid
- Organism name Ente rococcu s f aeca l i s;
- TAAGCGCTAC AACCAAATGG AACAAGGCAT TGAACTTCTT TATCAAGGTC CCTTTTTAAT 1800
- CAACCAGTTA CTCGTTTTAG GAATGCTTTT TTCAATGAAA CGGAAGATAT CCAAACCAAT 2160
- Sequence type nucleic acid
- Organism name Enterococcus fuecalis (En t erococcus f aeca 1 is)
- Organism name Enterococcus fuecarlis (Ente rococcu s f aeca li s)
- TTTCCCATAC AATTTTTATC CGGCTAAAAT ATTTCTAGGA GATACCGGGG CGTTATTCCT 600
- Sequence type nucleic acid
- Organism name Enterococcus fuecarlis (Ente rococcu s f aeca li s)
- Sequence type nucleic acid
- Organism name Pseudomonas ae rug i nosa
- CTCTACTGCT TCGGTGCGCT GCTGTGCATC CCGCAGGCGG AACTGGCCGG CGACCCGCTG 2820
- Organism name Pseudomonas ae rug i nosa
- AAGCTTGTTC CAGGCCCTCG ACCGCTGCGA TCTTCTGCGG GTAGGCGGCG ATGGTCTGTT 60 CGGAGTTCGC CAACTGCAGG CGACGCTGCG CCAGCTGCGC CGCCTGCACG CCGGCAAGCA 120 TCAGGTCCTG ATCGAGCGAG GGGTTGAAGC CGCGCACGAA CTCGCTGAAC TGGTAC
- TCGAAGGTGA GCAAGCCACC CAGAATCGGA ATCAACGCTT CGCTGGGTAG GTCCCGCCAG 1140
- Sequence type nucleic acid
- Organism name Syu F'monas aeruginosa (Pseu domonas ae rug i nosa)
- Sequence type nucleic acid
- Raw fej name Pseudomonas ae rug i nosa
- TCTTTTGCGC CTAATCCGTT CTCGACAATA AATAACGGTT TTTGATAACG ATCCCAAAGC 300
- CTCTGCGTCA CTTTCAGTCA TCTCAATGGT GATATTGTGG TCGCGGAAGA AACGCTGCAT 540
- GGTTCCATTT TTCCCATTAC GCATGAGGCT GTAAATCTGA GGTCGAGATC CCTTTGCCAT 1260
- Sequence type nucleic acid
- Organism name Escherichia coli (Es che r i ch i a co l i)
- Sequence type nucleic acid
- Organism name Escherichia coli (Escher i chia colio)
- Sequence type nucleic acid
- Organism name Escherichia coli (Esche r i ch i a co l i)
- Sequence type nucleic acid
- Organism Name Ente robacter cloacae
- AAGCTTGCCC GCATCATTCA GGAGCAGGGG CGTCGCGACC AGTTAGGTGT GAAGTTTGGC 60 AGCGGTGACA GCCCGGACTG CCGGGGGATC ACGGTTCCGG AACTGCAGAG TATCGACTTC 120 GACAAAATCA ACTTCTCTGA CTTCTACGAG GATTTGATGA AGAACCAGAA AATCCCCGAT 180
- GACTTTGCGA AAACCAACGG GATCTCACTC ATTCCGGTCT CGGTTGACGG ACAGGTGGCG 840
- Sequence type nucleic acid
- Organism name Ente erobac t er c l oacae
- AGTGCACTCA ATTAAGACAG TTGATGCAGA TTTCGAAGAG CTTGCACCAT AAATTTCGAA 5580
- ATTATCTCAA CCTTTTCGGG ATCATCATCC CGGCCATCTG GCCCTTACGT TTAATGTGTC 5760
- CAACACTCCC CTGCCATTTC TCGGCAGCCG AGATGTTGAA GCCCTGGCGC TTGAGATAGC 6000
- Sequence type nucleic acid
- Organism name Klebsiella pneumoniae (Kl ebs i e l l a pneumon i ae)
- AAGCTTATTC CACGCTGGAG GCGTCCGGGA TTATCGGCGT CAACGCTATC GCCGGCATCG 60 CCGGGACCAT CATCGCCGGC ATGCTCTCCG ACCGCTTTTT CAAACGCAAC CGCAGCGTGA 120 TGGCCGGATT CATCAGCCTG CTGAACACCG CCGGCTTCGC CCTGATGCTC TGGTCGCCGC 180 ACAATTACTA CACTGATATT CTGGCGATGA TTATCTTCGG GGCCACCATT GGCGCTCTGA 240 CCTGCTTCCT TGGCGGGCTG ATCGCCGTCG ATATCTCTTC GCGCAAGGCC GCCGGGGCCG 300 CGCTCGGCAC CATCGGCATC GCAGCTACGC CGGCCGGC CTGGGCGAGT TTCACCGG 360 GTTCATTATT GATAAAACGG CTATCCTTGA AAACGGCAAA ACGCTGTATG ATTTCAGCAC 420 GTTGGCTG TTCTGGGTGG GTACGGTCTG GG
Description
明 細 書
『感染症診断用プローブ』 〔技術分野〕
本発明は、 感染症疾患の原因菌の検出および同定に有用な感染 症起因菌由来のプローブに関する。
〔背景技術〕
病理学的に、 感染とは病原性の微生物 （以下、 「菌」 と称する） が生体内に侵入し、 増殖の足がかりを確立することを指し、 生体 内での菌の増殖に起因する発症は、 宿主の抵抗力と菌の毒力との 相互関係に依存するものである。
感染症の中でも、 菌血症の治療方法の改善は急務とされている。 すなわち、 菌血症は、 特定の菌によるものではなく、 種々の菌が 血液中に出現、 棲息することに端を発するものであり、 臨床的に は 40度近い高熱が 2 日以上続く とその発病を疑われ、 また、 小児 患者の場合は数日、 生体の抵抗力が弱まつている癌の末期患者の 場合では一日ないし二日間放置すれば死に至る、 という重症かつ 緊急な病気であるため、 菌血症の治療方法の改善は急務とされて いる。
感染症において、 生体組織内では第一義的には好中球、 単球及 びマクロファージ系の食細胞がその防御に働いている。 菌血症 での血液中への菌の出現とは、 優勢になつた菌が食細胞組織から 血液中に侵出したものと考えられる。
菌血症は菌が血液中に侵出した状態であり、 治療においては、 起因菌に感受性のある抗生物質を大量に投与する。 ところが、 抗生物質は一般に肝臓など臓器の機能を低下させるため、 有効で ない抗生物質を危険な状態にある患者に投与することは極力避け
なければならない。
一般に、 細胞の食菌力が菌の毒力に及ばず、 菌が全身の血流中 に拡がる場合を菌血症 （bacteremia) と定義すれば、 蘭の産生す る毒素の働きで、 重い症状を示す菌血症を敗血症（sepsis)と称す る。 そ して、 sepsisの証明、 すなわち診断の確立には、 （1) 臨 床症状、 （2) 検体の培養、 （3) 検体に含まれる菌のグラム染色、 および（4) シ ョ ッ ク状態の確認が必須であり、 これらの項目が確 認されて初めて治療方針が決定される。 したがって、 臨床現場 においては、 迅速かつ確実な菌の同定が望まれているのである。 一般的には、 検査室での菌血症を疑われた検体の菌の検出 · 同 定方法と しては、 カルチャー · ボ トル法で陽性の検体に限つて、 選択培地を用いて同定が行われている。 しかしながら、 実際に はこれら血液検体からの菌の培養の成功率は極めて低く 、 しかも- 菌血症を疑われた時点で、 大量に抗生物質を投与されている場合 には、 たとえ血液中に菌が含まれていても、 增菌 · 増殖できない 場合が多く 、 それ故、 カルチャ ー · ボ トル法で陽性になる割合は 極めて少ない。
さ らに、 サブルーチンと しての方法に、 菌体成分ゃ菌の代謝産 物の機器分析法 （辨野義己、 「ガスクロマ トグラフィ 一による細 菌同定の迅速化」 、 臨床検査、 vol.29， No.12, 1985年 11月、 医 学書院参照） 、 特異抗体を利用した方法 （特開昭 60- 224068号参 照） 、 さ らには、 DNAの特異性を利用したハイブリ ダィゼーシ ョ ンによる方法 （特表昭 61— 502376号） 等があるが、 いずれも、 菌 の分離及び增菌培養を必須とされている。 一方、 感染症におけ る食細胞の機能に着目 したものと して、 血液試料中の白血球成分 が集中しているバフ ィ ーコー 卜 （Buffy coat) の塗抹染色標本を 検鏡する方法がある。 一般に、 バフ ィ 一コー ト標本で菌が検出 される頻度は、 成人菌血症では耳朶血の頻度と同様に 30%程度に
とどまるが、 新生児の場合、 10例中 7例 （70% ) で菌を検出して いる報告もあり、 塗抹標本の検鏡により末梢血中菌の有無に関す る情報は治療における大きな指針となっている。
上記従来技術においては、 その前処理操作と して、 少な く と も 検体からの菌の選択的分離に 1〜 2 日、 増菌に 1 日、 固定操作に 1 日以上、 合計で 3〜 4 日は十分かかり、 現実にはこの培養を菌 が発育するまで続けることになるので、 力ルチヤー ' ボ トル法で 陽性になつた場合ですら、 前処理操作に一週間以上要する場合が 多く 、 これがカルチャー · ボ トル法で陽性を示した患者の死亡率 を押し上げる要因になっている。 例えば、 「感染症学雑誌」 ， vo l . 58, No. 2, pp. 122, 1984年には、 血液培養陽性率が 28. 6% ( 163/569件） でも、 その内死亡率が 84. 6% ( 138/163件） にまで到 つている旨が報告されている。
さ らに、 菌の培養時に疾患の原因菌以外の菌が混入しても区別 できない場合もある。 例えば、 菌血症の起因菌の一つの表皮ブ ドウ球菌 （S t aphy l ococcu s ep i d e rra i de s) は、 正常人の皮膚にも 存在する菌であり、 注射針を皮膚に刺す時にこの菌を取り込んで 検体中に混入するおそれもある。
そして重要なことは、 前述した事情から、 培養すべき検体中の 多く の菌は食細胞に取り込まれ、 抗生物質投与のため死んでいる か静止状態にあるため、 培養条件下でも増殖できる菌の数は少な く 、 臨床検体を用いた培養による実際の菌の検出率は 10%前後と、 非常に低い。 換言すれば、 臨床的に菌血症が疑われた患者の血 液をさ らに一昼夜以上培養して検査しても結局、 その 90%は菌の 存在すら判明しないのが現状である。
このような状況から、 現在は臨床的に敗血症を疑った段階で、 検出結果が出るのを待たずに治療、 すなわち、 最も広範囲な種類 の菌に有効な抗生物質を投与し、 1、 2 日間様子を見て、 効果が
現れないと別の抗生物質に切換えるという試行錯誤的な方法に頼 つているのである。
また、 検体中の菌を染色により検出する方法では、 生体成分も 菌と同様に染色されるため、 検鏡して認められる形態によっての み迅速に菌を判別するのは、 熟練が必要であり、 判定が困難な場 合 t>める。
このように、 迅速 · 確実な診断が求められる疾患であるにもか かわらず、 従来の診断方法では十分対応できていなかったのが実 '\ める。
〔発明の開示〕
本発明は上記当該技術分野が抱えている課題に鑑みて完成され たものであり、 その要旨とすると ころは、 主要な感染症原因菌が 保有する DNAまたは RNAと特異的な反応性を有するプローブであ り、 さ らに、 そのプローブが有する DNAの塩基配列を解明し、 遺 伝子情報を提供することにある。
すなわち、 本発明のプローブにより、 例えば、 食細胞に取り込 まれて破壊されつつある菌においてなお維持されている感染症原 因菌の DNAを検出することにより、 蘭を培養 . 増殖せずに、 感染 症疾患の原因菌が迅速かつ確実に検出できる。 また、 これらの プロ一ブの塩基配列情報を参照してブライマ一をデザイ ンすれば ハイブリ ダィゼーシ ョ ンを行わな く と も、 PCR法による DNAの増 幅により、 感染症原因菌を同定することができる。
また、 ハイブリ ダイゼーショ ンに用いるプロ一ブを非放射性の もの、 例えば、 ピオチン化したプローブを用いれば、 放射性同位 元素使用施設のない一般検査室でも光学顕微鏡を用いて検出でき 検出作業が迅速、 簡便に行える。
〔図面の簡単な説明〕
第 1 図は、 S t aphy l o co ccu s au reu s (黄色ブ ドウ球菌） 検出用
プローブの Hindlll断片の制限酵素地図である。
第 2図は、 Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌） 検 出用プローブの Hind III断片の制限酵素地図である。
第 3図は、 Enterococcus faecal is 検出用プローブの Hindlll 断片の制限酵素地図である。
第 4図は、 Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌） 検出用プローブ の Hindlll断片の制限酵素地図である。
第 5図は、 Escherichia coli (大腸菌） 検出用プローブの Hind III 断片の制限酵素地図である。
第 6図は、 Enterobacter cloacae (ェンテロバク タ一 ク ロア カェ） 検出用プローブ、 および Klebsiella pneumonia (肺炎桿 菌） の Hindlll断片の制限酵素地図である。
〔発明を実施するための最良の形態〕
以下に、 比較的発症頻度の高い感染症疾患起因菌、 特に敗血症 起因菌と して挙げられる、 Staphylococcus aureus、
Staphylococcus epidermidis 、 Enterococcus f a e c a 1 i s s Pseudomonas aeruginosa 、 Escherichia coli 、 Klebsiella pneumoniae 、 および Enterobacter cloacae (J. Infect ion, vol.26, pp.159-170 (1993), J. Clin. Microbiol. , vol.31. , pp.552-557 (1993) )の各起因菌に由来するプローブの実施例を示 す。
実施例 1 ： 感染症疾患起因菌由来 DNAプローブの調製
(1) 感染症疾患起因菌の分離
まず、 目的とする疾病に罹患した感染患者から採取した血液を 血液培養法 （BBC システム ： 血液培養システム ' キッ ト ； ロ シュ 社製） および市販の同定用キッ 卜 （アビ 20、 ァ ピスタ フ、 ァ ピス ト レップ 20； いずれもバイオ · メ リ ュー社製） に適用し、 当該各 キッ 卜の使用説明書に従って、 各感染症疾患起因菌を分離、 同定
し
(2) 分離菌株が保有する Genomic DNA の抽出および精製
上記（1) にて分離された菌株を BHI (Brain Heart Infusion) 培地で一晚培養し、 培養菌体を集菌して、 リ ゾチームの代わりに ァクロモぺプチダーゼを加えた上で、 Saito- Miura法 ("Preparation of Transforming Deoxyribonucleic Acid by Phenol Treatment", Biochem. Biophys. Acta. vol. 72, pp.619-629) に従つ て、 Genomic DNA を抽出し、 この抽出して得られた DNA を制限酵 素 Hindi IIで完全消化し、 ベク ター PBR322にラ ンダム ク ローニン グした。
(3) 起源細菌種特異的プローブの選抜
次に、 マニアテイ スのマニュアル （T. aniatis, et al. , "Molecular Cloning (A Laboratory Manual) ， Cold Spring Harbour Laboratory (1982)) に従い、 得られた各クロー ンを含 む E. coliを small scale cultureで培養して、 それぞれのク ロ 一ンを含むブラス ミ ドを得た。
これらプラス ミ ドを、 制限酵素 Hindlllで消化し、 1 %ァガロ ースゲル電気泳動 （ミ ュ一ピッ ド ： コスモバイオ社製） で挿入体 とプラス ミ ドを完全に分離した後、 サザーン ト ラ ンスフ ァ一法に よ り、 ナイ ロ ンメ ンブラ ン （ポールバイオダイ ン A ： ポール社製） に転写し、 前述の各菌種のクロモゾーム DNA を32 P-dCTP (アマシ ャム社製） でニッ ク トラ ンスレーシ ョ ンラベルしたプローブとク ロスノ、イブリ ダィゼーシ ョ ンを行った。
このハイブリ ダィゼ一シヨ ンにて、 各挿入体と交差せず、 起源 種細菌由来のプローブとのみ交差するものを、 各感染症起因菌に 特異的な DNA 断片を含むプローブと して選択した。
なお、 Escherichia coli、 Klebsiella pneumoniae および Enterobacter cloacae から調製したプローブに関しては、 これ
らの菌が、 敗血症の起因菌と して同グループ （腸内細菌、 グラム 陰性通気性杆菌） に属することから （前出の J. Infection, vol. 26， pp.159-170 (1993), J. Clin. Microbiol. , vol.31. , pp. 552-557 (1993)を参照） 、 上記した一連の特異性検定においても 上記三つの菌種相互間に交差反応が認められたことから、 上記三 種の菌の一つの菌から調製した各プローブを、 これらの菌を類縁 菌と して一括検出するためのプローブと して位置付けた。
そして、 下記第 1 表に、 以上の方法によって選抜された各菌種 別のプローブ （プローブ記号） を列挙した。 第 1表 プローブ記号
Stapny lococcus aureus SA-7, SA-24, SA-36, SA-77 Staphylococcus ep i dermi d i s SE-3, SE-22, SE-32, SE-37 Enterococcus faecal is S2 - 1, S2-3, S2-7, S2-27 Pseudomonas aeruginosa P2-2, ?2-1, P2-17, P4-5
Escherichia col i EC-24, EC-34, EC- 39, EC-625 Klebsiella pneumoniae KI-50
Enterobacter cloacae ET-12, ET-49
同時に、 上記各プローブの制限酵素地図を、 第 1 図から第 6図 にそれぞれ示した。
実施例 2 ： 各 DNAプローブの種特異性の検定
各プローブと各種感染症原因菌株の DNAとの反応性を、 以下の 方法により検討した。
まず、 検討対家菌株と して、 Staphylococcus aureusヽ
Staphylococcus e i dermi dis 、 Enterococcus faecal is
Pseudomonas aeruginosa 、 Escherichia coli、 Klebsiella pneumoniae ヽ および Enterobacter cloacae の臨床菌株を実施 例 1 (1) に記載の方法に従って改めて分離した。
次に、 各臨床菌株を実施例 1 (2) に記載の方法に従って、 各菌
株の DNA を抽出し、 この抽出した DNA の一定量 （例えば、 5 1) をナイ ロ ンフ ィ ル夕 にスポ ッ 卜 し、 アルカ リ変性したものを ドッ ト · ブロ ッ ト ' ハイブリ ダィゼ一シ ヨ ンの試料と した。 そ して ピオチン（Bio- dUTP, BRL社製） でラベルした各対象菌株由来の DNA プローブを、 前出のマニアテイ スのマニュアルに従い、 45% ホルムア ミ ド、 5 X SSC 、 42°Cの条件下で、 終夜ハイブリ ダィゼ
—シ ヨ ンを実施した。
終夜ハイブリ ダイゼーショ ンを終えた試料を、 55°Cにて 0.1 X
SSC 、 0.1%SDS による 20分間の洗浄を 2回行った後に、
Streptavidin-ALP conjugates (BRL社製） で検出 · 発色させ、 ハ ィブリ ダィゼ一シ ョ ンの状況を確認した。
各プロ一ブと各臨床菌株の DNA との反応性に関する実験結果を. 下記第 2表（i) 〜（vi)に示した。 なお、 表中において、 +の符 号はハイブリ ダィズのシグナルが検出されたことを、 また、 一の 符号はハイブリ ダィズのシグナルが検出されなかったことを示す, 第 2表 （i)
SA-7 SA-24 SA-36 SA-77
Staphylococcus aureus + + + +
Staphylococcus epiderraidis
Enterococcus faecal i s
Pseudomonas aeruginosa
Escherichia co 1 i
Klebsiella pneumoniae
Enterobacter cloacae
SE-3 SE-22 SE-32 SE-37
Staphylococcus aureus
Staphylococcus epidermidis + + + + Enterococcus faecal is
Pseudomonas aerug inosa
Escherichia co 1 i
Klebsiella pneumoniae
Enterobacter cloacae
(iii)
Staphylococcus aureus
Staphylococcus epidermidis
Enterococcus faecal is + + + + Pseudomonas aeruginosa
Escherichia col i
Klebsiel la pneumoniae
Enterobacter cloacae
P2-2 P2-7 P2-17 P4-5
Staphylococcus aureus
Staphylococcus epidermidis
Enterococcus faecal is
Pseudomonas aeruginosa + + + + Escherichia col i
Klebsiel la pneumoniae
Enterobacter cloacae
第 2表 （v)
EC- 24 EC- 34 EC- 39 EC- 625
Staphylococcus aureus
Staphylococcus ep i dermi d i s
Enterococcus faecal is
Pseudomonas aeruginosa
Escherichia col i + + + + Klebsiella pneumoniae + + + + Enterobacter cloacae + + + +
第 2表（vi)
ET-12 ET-49
Staphylococcus aureus
Staphylococcus epidermidis
Enterococcus faecal is
Pseudomonas aeruginosa
Escherichia coli + + +
Klebsiella pneumoniae + + +
Enterobacter cloacae + + +
1 上記表 2から明らかなように、 各プローブはいずれも起源とす る菌株 （あるいはその類縁菌） が保有する DNA に対してのみ反応 性を示し、 起源菌以外の菌株から得た DNA には全く反応 （ハイブ リ ダィズ） を示さず、 その種特異性が確認された。
実施例 3 ： 塩基配列の解析
実施例 1 および 2 にて種特異性が確認された本発明の DNA プロ —ブ （計 23本） の塩基配列を下記の方法に従って決定した。
(1) プラス ミ ド DNAの調製
サブクローンされた （塩基配列を決定すべき） 挿入断片を pGem -3Z(Promega)に含んだ Escherichia coli K- 12, JM109 形質転換 体を、 5 mlの Luria-Bactan i Medium (bacto-tryptone, !Og/lL;
一 l o
bacto - yeast extract, 5g/lL; NaCl, lOg/lL; 5 N NaOHで pH 7.0 に調整） に植菌し、 一晩培養した。
培養液を遠心分離（5, OOOrpm, 5 rain. ) して集菌した。 沈澱物 に 2.5mg/mlの濃度でリ ゾチーム（Sigma) を含む 50mM グルコース /50mM Tris-HCl (pH8.0)/10raM EDTA 溶液を 100 1 加え、 室温で 5分間放置した。 得られた懸濁液に 1 %の濃度で ドデシル硫酸 ナ ト リ ウム（Sigma) を含む 0.2M水酸化ナ ト リ ウム水溶液を加え て混合した。 5 M酢酸カ リ ウム水溶液（PH4.8) 150 1 をさ ら に加えて混合し、 15分間氷冷した。
そして、 遠心分離 （15，000rpm, 15min. )して得た上清を、 フエ ノール/ CHC13処理し、 上清に 2培量のエタノ ールを加え、 さ らに 遠心分離（12， OOOrpm, 5 min. ) して沈澱を得た。 この沈澱物を、 10mM Tris-HCl (pH7.5)/0. IraM EDTA溶液 100 1 に溶解し、 10mg /ml RNaseA ( S igma)溶液を加え、 室温で 分間放置した。
この調製物に 0.1M 酢酸ナ ト リ ゥム水溶液（PH4.8) を 300 1 加え、 フエノ ール/ CHC13処理し、 上清にエタノールを加えて沈澱 を得た。 この沈澱物を乾燥し、 10/z l の蒸留水に溶解したもの を DNA 試料と した。
(2) 塩基配列決定の前処理
塩基配列決定の前処理を AutoRead (登録商標） Sequencing Kit (Pharmasia)を用いて行った。
すなわち、 铸型となる DNA が 32 1 溶液中に 5〜10 g の濃度 になるよう に調整した。 1.5mlの ミニチューブ （エツペン ドルフ） に、 铸型 DNA 32 1 を移し、 2 M水酸化ナ ト リ ゥム水溶液を 8 1 加えて穏やかに混合した。 そして、 軽く遠心した後、 室温で 10 分間放置した。
3 M酢酸ナ ト リ ウム（pH4.8) 7 1 と蒸留水 4 1 を加え、 さ らにエタ ノールを 120/z l 加えて混合し、 ドライアイス上で 15分
間放置した。 そして、 15分間遠心分離して沈澱した DNAを集め、 注意しながら上清を除去した。 得られた沈澱物を 70%エタノ ー ルで洗浄し、 10分間遠心分離した。 そして、 注意しながら再度 上清を除去し、 減圧条件下で沈澱物を乾燥した。
沈澱物を蒸留水 ΙΟίζ Ι に溶解し、 螢光性のプライマー [： Fluorescent Primer, M13 Universal Primer; D -F 1 uoresce in-d [CGA CGTTGTAAAACGACGGCCAGT]-3' (1.6praol/ 1; 0.42 A260 unit/ml); M13 Reverse Primer, 5' -Fluorescein-d[CAGGAAACAG CTATGAC]-3' (2. lpmol/ 1； 0.42 A26。 unit/ml) ] // 1 (0.42 A26。 unit/ ml, 4〜 6 pmol) とアニーリ ング用緩衡液 2 〃 1 を加え、 穏やか に混合した。
そして、 軽く遠心した後、 65°Cで 5分間熱処理を行い、 素早く 37°C条件下に置き、 そこで 10分間保温した。 保温後 10分以上室 温で放置し、 軽く遠心した。 そして、 延長用緩衡液 1 1 とジ メ チルスルホキシ ド 3 1 を加えたものを試料と した。
4本の ミ ニチューブに A、 C、 Gおよび Tと記入し、 それぞれ のチューブに AMix (ddATPを dATP、 dCTP、 c7 dGTPおよび dTTPと共 に溶解したもの） 、 C Mix (ddCTP を dATP、 dCTP、 c7 dGTPおよび dTTPと共に溶解したもの） 、 G Mix (ddGTP を dATP、 dCTP、 c7dGTPおよび dTTPと共に溶解したもの） および T Mix(ddTTPを dATP、 dCTP、 c7 dGTPおよび dTTPと共に溶解したもの） を 2.5〃 1 ずつ分注した。 なお、 それぞれの溶液は使用時までは氷中で保 存し、 使用時には 37°Cで 1 分間以上保温してから使用した。
希釈した T7DNA ポ リ メ ラ一ゼ （Pharmacia; 6〜 8 units/ 2 1) 2 1 を D N A試料に加え、 ピペッティ ングも し く は穏やかな混 合により、 完全に混合した。
混合後すぐに、 この混合液を 4.5^ 1 ずつ保温しておいた 4種の 溶液に分注した。 なお、 分注に際しては新しいチップを用いた <
37°Cで 5分間保温し、 停止溶液を 5 1 ずつそれぞれの反応液 にカロえた。
この分注においても、 新しいチップを用いた。 90°Cで 2〜 3分 間保温し、 すぐに氷中で冷却した。 電気泳動には 1 レーンあた り 4〜 6 // 1 を泳動した。
(3) 塩基配列の決定
実施伊 (j 1 および 2 【こ開示した、 Staphylococcus aureus あるし、 は Staphylococcus epidermidisに対して特異性を有するプローブ それぞれの塩基配列の決定を、 泳動温度 45°C、 泳動時間 6時間と して、 A.L.F. DNA Sequencerシステム （Pharmacia)を用いて行つ
7*- そ して、 各感染症疾患起因菌から調製された下記第 3表に列挙 したプローブ （配列番号） の塩基配列を、 添付の配列表に示した,
^ 32¾ プローブ記号 （配列番号）
Staphylococcus aureus SA-7 (1), SA-24 (2)
SA-36 (3), SA-77 (4)
Staphylococcus epidermidis SE-3 (5), SB-22 (6)
SE-32 (7), SB-37 (8)
Bnterococcus faecal is S2-1 (9), S2-3 (10)
S2-7 (11), S2-27 (12)
Pseudomonas aeruginosa P2-2 (13)， S2-7 (14)
P2-17 (15)， P4-5 (16)
Escherichia coli EC-24 (17), EC-34 (18),
EC - 39 (19), EC-625 (20)
Klebsiella pneumoniae KI-50 (23)
Enterobacter cloacae ET-12 (21)， ET-49 (22)
これにより、 各感染症疾患起因菌 （あるいはその類縁菌） に特 異的な部位を含む遺伝子情報が明らかとなつたのである。
〔産業上の利用可能性〕
本発明のプローブを用いれば、 例えば、 食細胞に取り込まれた
感染症原因菌を増殖することな く 直接検出し、 かつ菌を迅速にし かも正確に同定できる。 すなわち、 本発明のプローブを用いた 診断では、 1 回分の検体で菌の同定まで行え、 診断に要する時間 も従来法の 3 ~ 4 日 （検出される率は低い） から、 約 1 ~ 2 日と 飛躍的に短縮でき、 しかもその検出率は格段と高い。 それ故、 菌血症の治療に対して画期的な指針を与えるばかりでな く 、 感染 症患者に早期の内に有効な治療が実施でき、 ひいては死亡率の低 减も期待される。
また、 感染症疾患起因菌の主要な菌に特異的に反応するプロ一 ブの塩基配列を明らかにしたことにより、 これらプローブを人工 的に調製することを可能と した。 さ らに、 解析した塩基配列の 情報の一部を利用して作製したプライマーを用いて、 臨床検体に 含まれる感染症原因菌の DNA を、 PCR 法によって増幅して、 原因 菌の迅速な診断に役立てることができる。
さ らに、 臨床検体に含まれる Genomi c DNA の塩基配列と本発明 によって解析された塩基配列とを比較参照することにより、 感染 症原因菌種の迅速な同定が行える。
上記したように、 本発明は、 所期の目的であった感染症診断用 プローブを提供するのみならず、 PCR 用プライマ一作製の指針と して、 また臨床検体に含まれる Genomi c DNA との比較参照用に適 した標準配列と して優れた有用性が期待され、 さ らには感染症疾 患起因菌に特異的に反応するプローブの今後の探究 · 開発におけ る貴重な手がかりをもたらすなどの優れた効果を奏するものであ る。
また、 本願出願にて開示した塩基配列は、 臨床分離株の
Genomi c DNA をラ ンダムにクローニングして得られたものであり それ故、 本発明の塩基配列の有用性はその相捕鎖にまで及ぶもの でめる。
さ らに、 野性株が保有する DNA に変異部分が存在することは当 然考えられるが、 上記実施例の開示から明らかなように、 当該 DNA 変異部分が、 感染症診断のためのハイブリ ダィゼーシ ヨ ンへ 利用する際の本発明プローブの特異性、 あるいは本願出願にて開 示した塩基配列情報を感染症の迅速診断を目的と した PCR 法のプ ライマーをデザイ ンするために利用できる等の、 本発明が奏する 有用性には何ら影響を与えるものではない。
配 列 配列番号 ： 1
配列の長さ ： 8959
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
： ス夕ヒロコッカス ァゥレウス （S taphy l ococcus aureus)
株名 ： 臨床分離株 SA - 7
配列
AAGCTTTATC TGCTGAATAT ACCGCATTTT TTATCTTGTT AATTGTCGGC ACATTTTCTT 60 CAATAGTTAA ACCTGCTTTG TTAGCTTCTT CTAATAATGC TCGAGTTACT GTTTATTAAA 120 TGTTCATTCG CTTTTCAACG ACAACTGACG AACCAGTATC TGTTAGCTTA GACGCAACAG 180 CGTTAATCTT CTGATTCACC TTAAATTCTA CATCTGCTTT TTGAGGCTGC TTACGTAGTG 240 TCCCGGTAAT TTCATGTGTA AACTTAGATG GGATGTAAAT ACCTGCAAAA TATTTACCCA 300 TTTTTATCTC ATGATCAGCT TTCTCTCTAC TTACAAACTG CCAATCAAAA CTTTTATTTT 360 TCTTGAGTGT ATTAACCATC GTATTACCGA CATTAACTTT TTTCCCTCTG ATTGTGTCGC 420 CTTTATCTTC ATTAACGACT GCGACCTTGA TGTGTCCCGT GTTGCCATAT GGATCCCACA 480 TTGCCCATAA GTTAAACCAA GCGTAGAACG ATGGCAAAAT AGCTAAGCCT GCTAAGATAA 540 TCCACACAGC TGGCGTCTTA GCTACTTTCT TCAGATCCAT TTTAAATAAT TTAAATGCGT 600 TCTTCATTGT CACACTCCTA TGTAGGAATT ATTCATATTT TTTATATATT TTTTGTAAAT 660 TAATTTATTT TTGCGTTGTG AATTAGTATA ATCAATTTAC TGGAAGATAT TTAGTCGATT 720 GATACCTATC AACTATTTTC AGCATACGAT AAATTATAAC AAATCATAGT TTATTATCAC 780 ACTTAATTAT TATATTTTTC AAGGGAGAAT ACGAAATATG CCTAAAAATA AAATTTTAAT 840 TTATTTGCTA TCAACTACCC TCGTATTACC TACTTTAGTT TCACCTACCG CTTATGCTGA 900 TACACCTCAA AAAGATACTA CAGCTAAGAC AACATCTCAT GATTCAAAAA AATCTAATGA 960 CGATGAAACT TCTAAGGATA CTACAAGTAA AGATACTGAT AAAGCAGACA ACAATAATAC 1020
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TCTATCAA
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配列の長さ ： 10207
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖 一
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genomi c DNA
起源
： ス夕ヒロコッカス 了ウレウス （S t aphy l ococcus aureu s)
株名 ： 臨床分離株 SA - 24
配列
AAGCTTATGG ACCTATTTTA GGTATATTGA TTAGTTGGCT TGGATTAATT TCTGGAACAT 60 TTACAGTCTA TTTGATCTGT AAACGATTGG TGAACACTGA GAGGATGCAG CGAATTAAAC 120
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TCAAATTTGG TACATTGCAA CTGTAGTATT TTGATTTTCA AAAGAATAAA AAATAATTTC 8880
GATTAAGTGC AAAGTCCTTG TAGCAGAATG AACACAACTC ATTTTCAAAA TTGTCTTACT 8940
TATTTATTTG TTATTTGATA ACGAAAAAAG TTATAATGTG AATTAAGATA AAGATGAGGA 9000
GTTGAGAATG AATGAAATTC TTATCATTCA AGTATAATGA CAAAACTTCA TATGGCGTTA 9060
AAGTAAAACG CGAAGATGCT GTATGGGATT TAACACAAGT ATTTGCTGAC TTTGCAGAAG 9120
GAGATTTCCA TCCTAAAACA TTGTTAGCTG GTTTACAACA AAATCATACT TTAGATTTTC 9180
AAGAACAAGT ACGTAAAGCA GTTGTAGCAG CAGAAGATAG CGGCAAAGCT GAAGACTATA 9240
AAATTTCATT TAATGACATT GAATTCTTAC CACCAGTAAC ACCTCCGAAT AATGTGATTG 9300
CTTTTGGTAG AAATTACAAA GATCATGCGA ACGAATTAAA TCATGAAGTA GAAAAATTAT 9360
ATGTATTTAC AAAAGCAGCG TCATCTTTAA CAGGAGATAA TGCAACAATT CCAAATCATA 9420
AAGATATTAC TGATCAATTA GATTATGAAG GTGAATTAGG TATTGTTATT GGTAAGTCTG 9480
GTGAAAAGAT TCCAAAAGCA TTAGCTTTAG ATTATGTTTA CGGCTATACA ATTATTAACG 9540
ATATCACTGA TCGCAAAGCA CAAAGTGAAC AAGATCAAGC ATTTTTATCA AAAAGTTTAA 9600
CTGGCGGTTG CCCAATGGGT CCTTATATCG TTACTAAAGA CGAACTACCA TTACCTGAAA 9660
ATGTAAATAT TGTTACAAAA GTTAACAATG AAATTAGACA AGATGGTAAC ACTGGCGAAA 9720
TGATTCTTAA AATTGATGAA TTAATAGAAG AAATTTCAAA ATATGTTGCA CTACTACCGG 9780
GAGATTATTA TTGCAACTGG TACACCAGCT GGCGTTGGTG CAGGTATGCA ACCACCTAAA 9840
TTTTTACAAC CAGGTGATGA AGTTAAAGTG ACTATTGATA ATATTGGAAC GCTGACAACT 9900
TATATCGCTA AATAATTATC ATTTAAAAAG CTAACCAGGT CTTTATATAG ATTGGTTAGT 9960
TTTTTCTTGC TTTTCTAAAA AGGTGTTAAA GATAAATTAT TTATAATGTT ACCATTTTGA 10020
GATGAAAGTG AAATATTGAT ATTAAGAAGT AGTTGATTAT TTTACAGCAG ATTCACAATA 10080
TTCTAATAAG GGCAATGCAA ATGTCATGTT CTTCCTCTCA AATATAGAAG TGTGGTAGAA 10140
TATATATTCG TGTATAATCA AATCTAGATT AAATTACAAG CAAGTGGGTA TTAATCCCAA 10200
GAAGCTT 10207 配列番号 ： 3
配列の長さ ： 2082
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
- 2 6 ( 2 ) - 新たな用紙
配列の種類 ： Genomi c DNA
起源
： スタヒロコ *ノカス 了ウレウス （S taphy l ococcus aureus)
株名 ： 臨床分離株 SA- 36
配列
AAGCTTTCTA ATCTATCGTT AATGATTTGC TTTAAAATTG GGTCGAAGTT AATTGAAGGT 60 GTGAAGTGTA TATCTGTATT AATAACCATG TCATTCATTT GCTGCTTCAC TTTGTTAACA 120 AGTCTTCCGT CATATAAAAA TAATGGTACG ACAATCAATT TTTGATACCG TTTCGAGATG 180
CTTTCTAAAT CATGTGTAAA ACTAATCTCT CCATATAGCG TTCTCGCATA AGTAGGTTTA 240
TTAATCTGCA AATGTTGAGC GCATATTTGT AACTCTTCGT GTGCCTTAGT AAAATTTCCA 300
TTAATATTGC CGTGTGCAAC AACCATAACT CCAACTTGTT GTTCGTCACC TGCTAATGCG 360
TCACAAATAC GTTGTTCAAT TAATCGTCTC ATTAAAGGAT GTGTGCCAAG TGGCTCGCTT 420
ACTTCTACCT TTATGTCTGG ATACCGTCGT TTCATTTCAT GAACGATATT CGGTATATCC 480
TTGAGATAAT GCATTGCACT AAAGATTAGC AATGGTACAA TTTTAAAATG GTCAACCCCA 540
CTTTGAATCA ACGTCGTCAT TACCGTCTCT AAATCCTGAT GCTCACTTTC TAAAAACGCA 600
ATATCATAGT GATGTATATC ATCTTTTACT AATTCAGAAA TAAATGCTTC TAACGCTTGA 660
TTCTGTCGTC CGTGCCTCAT GCCATGTGCA ACAATGATAT TCCCATTCAC ATTTACCAAC 720
CCTTTCACAC GTATTGTATA CCAAATCATT TTGTTTTTGT GAAAAGAATC ACATTATAAT 780
GTAAAATCAG GGAATTCCCT GATGCCTGTA GTCATGCATA TTCCTTATAC ATTTTCCCTT 840
TTTGTTAAAT CAAAAAAAGC GACCGATATA TGAATCCCTA CTCAACATTT ATTTGAGCAA 900
GCATCAATAT ATCGGTCGCT TGTAGTGTAT ATTATTATCT TAAAATGGTG GTTGGCCTAA 960
TATTGTTTCG TCAAAGCGCT CGGGTATCAA TACTTTGCGC ATGATCACAC CTAAATCGCC 1020
ATCATCATTT TCATGTTCGC TGTATATTTC ATAACCTCTT TTTTCATAAA TTTTAAGTAA 1080
CCACGGATGC AATCTTGCAG ATGTACCTAA AGTAACTGCC GCTGACTTTA ACGTATCTCG 1140
CAAAAATGCT CTTCAACATA AGTAAGTAAT TGGCTACCAT AGCCTTTCCC TTCATACTCA 1200
GGATTTGTCG CAAACCACCA GACAAAAGGA TAGCCCGAAA TACTTTTCAC ACTTCCCCAA 1260
GGATATCTAA CCGTAATCGT AGATATAATT TCATCATCAA TTGTCATGAC AAATGTAGTA 1320
TTTTTATCTA TATTTTCTTT AACAGCATCT AAATTAGCAT TAACTGAAGG CCAATCAATA 1380
CCTAGTTCTC TTAGAGGCGT AAATGCTTCA TGCATGAGTT GTTGCAATTT TTCTGCATCT 1440
- 26 ( 3 ) - 新たな用紙
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AATAACAGA AAATACA AT GTAT TTCTCTT ACGCTA
GCAAACTTTT ACTCGCAATT CTAATCCAAT CTGCATCAGG CTTTAGTGAT TTAATTGAAC 2760
GATCTGCAAA AATTATAGAC AAAATTAGTA CAATTGAGTT AATAACACTG CAGAAAAGTA 2820
TTAATTTAAT AAAAGAATTA AAAAATCCAC TTAGGAAAAC GTTATTTGTA TTAAAGAAAA 2880
AGCTT 2885 配列番号 ： 5
配列の長さ ： 2362
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： ス夕ヒロコッカス ェピデルミディス （S taphy l ococcus e i derm i d i s)
株名 ： 臨床分離株 SE- 3
配列
AAGCTTCACA ACTTGAAAAT ATAGCACAAA CATTAAAGGA TTTAGGTAGA AAACGAGCAA 60
TTTTAATTCA TGGTGCAAAT GGGATGGATG AGGCCACGCT TTCTGGTGAA AATATCATTT 120
ATGAAGTTAG CAGCGAAAGA GCATTAAAAA AATATAGTTT AAAAGCAGAA GAAGTCGGTT 180
TAGCTTATGC AAATAATGAC ACGTTGATAG GTGGTTCACC TCAAACAAAT AAACAAATTG 240
CATTGAATAT CCTAAGTGGC ACGGATCACT CAAGTAAACG AGATGTAGTT TTGTTAAATG 300
CTGGAATTGC TTTATATGTT GCTGAGCAAG TGGAAAGTAT CAAACATGGC GTAGAGAGAG 360
CGAAATATCT CATTGATACA GGTATGGCAA TGAAACAATA TTTAAAAATG GGAGGTTAAG 420
TAATGACTAT TTTAAATGAA ATTATTGAGT ATAAAAAAAC TTTGCTTGAG CGTAAATACT 480
ATGATAAAAA ACTTGAAATT TTACAAGATA ACGGAAATGT TAAGAGGAGA AAGCTGATTG 540
ATTCACTTTA ACTATGATAG AACATTATCA GTTATTGCTG AAATAAAATC GAAAAGCCCA 600
TCTGTACCTC AATTACCGCA ACGTGATCTT GTTCAACAAG TTAAAGATTA TCAAAAATAT 660
GGTGCTAATG CTATTTCAAT ATTAACTGAT GAAAAATACT TTGGCGGTAG TTTTGAACGA 720
TTAAATCAGT TATCAAAGAT AACATCGTTA CCAGTTTTAT GTAAAGATTT TATTATTGAT 780
AAAATTCAAA TAGATGTTGC AAAACGAGCT GGTGCATCTA TTATTTTATT AATAGTAAAT 840
ATTTTAAGTG ATGACCAATT AAAAGAATTG TATTCATATG CAACAAACCA TAATTTAGAA 900
2 8
—9
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
- 生物名 ： ス夕ヒロコッカス ェピデルミディス （S t aphy l ococcus ep i d e rm i d i s)
株名 ： 臨床分離株 SE- 22
配列
AAGCTTGTTT TATTGCTTAG TTATATTTCC AATAACACTC ATTTTATATG TACGTATTGC 60
CAAAAAAAAT TATCTATACA GTAATAAGTA TGAAATGAGA ACTGGAATAA TCATTGGTAT 120
TATTGCTTTA ATTCTAGTAA TTATGCAAGG GTTTCACTTT AACTGGGCTA TTATTCCTAT 180
TTCTATCTAT GGTCATCAGT TTGTATTTTT CGCTGGAATT ATTTTAAGTC TTGTTGGTAT 240
ATTCTTTAAA CGTATAGAAT TTGTAGGAGT TGGCTTACTA TTTTGTCAAA AACATAGATG 300
CAATGGTAAC TGACCCGGAA ATTGCACAGT TTTTCTCTTT AGCAATTTGG ATTATACTTG 360
TTGTGCTAAT CATTTTTTAT ACGATACGTT TATCTGAACG CACTAAATCA TCATCATATA 420
CAAAGATTTA AACTCAGAAA ATATGCTAGA CATATCTTTC TGAGTTTTTT AATTTATTAA 480
AATATATCAT TTGTTTACCA TATAAGTTTG TTTTAGAAAA TGAATCACTA TTTTAATATA 540
CAAATAATTT AATTACACTG AAAATAACCT AAAAGCGTAA CACTATTTTA ATATGGGTAT 600
ATAAATGACT AAAGGGAGGT GCCAAGATGA ATAAAATTCA AATTTGTAAT CAGATTGAAC 660
TTAACTATAT TGATGAAGGC GAAGGCATCC CCATCATTTT AATTCATGGA TTAGATGGAA 720
ACTTGGCAGG ATTTAAAGAT TTAAAAAATG AACTCAAGAA GCAGTATAGA GTAATTACTT 780
ATGATGTCAG AGGTCATGGA AAATCTTCAC GAACAGAATC ATATGAATTA AAAGATCATG 840
TTGAAGATTT AAATGATTTA ATGGGAGCAT TAAATATCGA TTCTGCACAT ATTTTAGGAC 900
ATGATATGGG GGGCATCATT GCGAGTGAAT TTACTGAAAA ATATCAATAT AAAGTGATTA 960
CATTGACAAT TGTTTCGGCC AAAAGTGAAG ACATTGCAAA TGGTTTCAAC AAATTAATGG 1020
TTGATTACCA AGAAGAATTA GCAGGCTTTA ATAAATCTGA GGCAATGATT ATTTTATTCT 1080
CTAAATTATT TAAAGAGAAA GATAAAGCAA TGAAATGGGT ATCAAAGCCA AAAATTATAC 1140
AATAGACCAA CTCCGGAAGA AAGTGCAATT GCAGTACGTG CATTGCTTAA TATTAAAGAT 1200
TTAACTCGTG TTCATCATAA TGTGTCCATA CCTACTTTAA TTGTGAATGG TAAGTATGAC 1260
CCACTCATAC AAAATAAAAG TCATTATGAT ATGGATCAAT ATTATGATCA AGTTACAAAA 1320
ATTGTATTTG ATAATTCAGG ACATGCACCA CATATCGAGG AACCAGAAAA ATTCCTGAAA 1380
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AATATA ATAAAA AAAGA TTACCATAGT TGTC CTTTTTTCGCC
ATTGTCAATG CTATACTAGG TGACTTCAGA GCTTTAGATA CTATGTTTGA AGGACTAGTG 8400 TTAATCATAG CTGGATTAGG TATTTATACG TTACTTAATT ACAAAGATAG GAGGGGGCAA 8460 GATGAAAGAG AATGATGTAG TACTTAAATC AGTTACAAAA ATTGTAGTGT TTATTTTGTT 8520 AACATTTGGA TTTTATGTAT TTTTTGCTGG CCATAATAAT CCAGGTGGTG GCTTTATTGG 8580 TGGCTTGATT TTTAGCTCGG CATTTATCTT AATGTTTCTT GCCTTTGATG TAAATGAAGT 8640 GTTGAAAAAA GCTT 8654 配列番号 ： 7
配列の長さ ： 5024
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： ス夕ヒロコツカス ェピデルミディス （S t aphy l ococcu s e i d e rin i d i s)
株名 ： 臨床分離株 SE-32
配列
AAGCTTTTTG ATTTTTAAAG AAAAAATTAA ACAAGGGGGC ATTGCTTATG GTCAATAGAA 60 GAAAGATATC AATTATTGGC GCGGGACATA CAGGTGGGAC TCTAGCATTC ATTCTTGCAC 120 AAAAGGAATT AGGAGATATT GTGTTGATTG AACGCCAGCA ATCAGAGGGT ATGGCTAAAG 180 GAAAGGCGTT AGATATTTTA GAAAGCGGAC CCATTTGGGG GTTTGACACA TCTGTACATG 240 GTTCAGTAAA TATAGAAGAT ATTAAAGATT CAGACATAGT GGTGATGACT GCAGGTATAC 300 CTAGGAAATC AGGAATGACA AGGAGAAGAA TTAGTTCAAA CTAATGAACA AATAGTACGA 360 GAAACTGCAT TACAAATTGC AACGTATGCA CCTCATTCAA TAATTATTGT ATTGACTAAT 420 CCGGTTGATG TTATGACATA TACTGCATTT AAAGCATCAG GTTTTCCTAA AGAACGTATT 480 ATTGGTCAAT CTGGAATTTT AGACGCTGCA AGATATCGAA CTTTTATTGC TCAAGAACTT 540 AACGTGTCTG TCAAAGATGT AAATGGGTTT GTTTTAGGTG GACATGGTGA TACGATGTTA 600 CCTTTGATTA ATAACACACA CATTAATGGG ATTCCAGTTA AGCATCTTAT TTCTGAAGAA 660 AAGATTGATC AAATTGTTGA ACGTACACGT AAGGGTGGTG CAGAAATTGT TGCATTACTA 720 GGTCAAGGCT CAGCATATTA TGCACCAGCA ACTGCTATAT ATGAAACTAT AGATGCAATT 780
3 5
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ACAACATGAT ATAGGTGTTC AGATCTTTAT CTAGTTACAT AAAAAAGCAA ACATGAATTA 4320
AAATATATTC TAACAAAGTT AAAATATACA TATATTTAAG ATTTAATTTA GTTTTCAAAG 4380
GTACTTCCCA ATTTGTATAA CGGGGCTCAT AATAAAATAA TTGCATCAAA TATAATCCTA 4440
TCCCTAACGG TAAACACATT AATAAAATAG CTTTAGTATA ACTCCATCCT ATTTGATGCC 4500
ATAAATGACC TATCATAAGT TGAATAATGA TGAGACATAC CATTAAAATT ACTTCAATTA 4560
TCATTGGTAT AATCTCACCC CTTTAATAAA CAATATGACT GTTGCTTGTA TGAGCACCAT 4620
TAAAACGACA AATAGTAACG CTTTAACATC TATGATTAAA AAAACCTCTT TCACAATTTT 4680
TAAAGGTGCA TTTAATAAAT AGACAGTATG TAATCTTAAG AATCGACCGA TGTAAATACC 4740
TAATCCATTT AAGAACATTA ATATAACTAT CAATAGTCGA TTTAACCATA CATAAGACGT 4800
AAAATGTGCA ATTTCTAAAA ATATAAGAAT TGTGAGGTAT ATTGCTAAGA GTACGCCAAG 4860
TATTAAATAG GTGAAATAAA TCCATTCTGT GATGTTTAAT CCAGCTAAAA AGTTAAATTG 4920
AAATTGGTTT AAGTGTATGA GATCGGTAAT CATATAAAAT GTGTTTGGAA CTAATAATAG 4980
AAATATGAGT CCGAAAACAA TAAATAAGGG CCATTCAAAA GCTT 5024 配列番号 ： 8
配列の長さ ： 3287
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： ス夕ヒロコッカス ェピアルミアイス （S taphy l ococcus ep i de rm i d i s)
株名 ： 臨床分離株 SE-37
配列
AAGCTTGCCT ATTGATTTTA AAAAATTAAT GATTATAGGT TCACTCATAT CTGTTGCAAC 60
TGCATCAGTG CCTATGTTTT TTGGGAAGCC ATTTTTATAT CAAACTGAAG CAAATGTAAC 120
ATTTCCATTA CTAGGACATG TTCATGTTAC TACTGTGACT TTATTTGAGC TTGGCATCTT 180
ATTAACAGTA GTAGGTGTGA TTGTTACAGT TATGCTATCT ATAAGTGGGG GTAGATCATG 240
AATTTAATAT TACTCCTTGT GATAGGATTT TTAGTGTTTA TTGGAACTTA TATGATTTTA 300
TCTATTAATT TAATTCGTAT TGTTATTGGT ATTTCTATTT ATACACACGC CGGTAATTTA 360
3 8 一
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TTCCTTTGGG TACCCTTTCA AGATGAAGAT GAATTTAAAT TTACAACCTT CTTTGCTGGA 2160
TTTTTAATTG GTTTAATTGT GATTTATATT CTGCATCGCT TTTTTGGTGA AGAATTTTAT 2220
TTGAAAAAGA TATGGGTGGC TATTAAATTT TTAGCTGTAT ACCTATACCA GCTTATTACT 2280
■TCTAGTATAA GTACCATAAA TTACATCTTA TTTAAGACGA ATGAAGTTAA TCCAGGTTTA 2340
CTCACATATG AAACTTCATT AAAAAGTAAT TGGGCTATTA CTTTTTTAAC GATTTTAATT 2400
ATTATTACTC CAGGATCGAC AGTTATTCGA ATTTCTAAAA ATACTAATAA ATTTTTTATT 2460
CACAGTATTG ATGTGTCAGA AAAAGATAAA GAAAATCTTC TAAAAAGTAT TAAGCAGTAT 2520
GAGGATTTAA TTTTGGAGGT GACACGATGA TTGAAATGTT CACTCAAATA TTTATTATAA 2580
GTGCATTAGT GATTTTTGGT ATGGCACTAC TTGTTTGTCT AGTCAGATTA ATTAAAGGTC 2640
CCACTACTGC TGATAGAGTT GTATCATTTG ATGCCTCGAG TGCTGTTGTT ATGTCTATTG 2700
TTGGTGTGAT GAGCGTTATT TTTAACTCAG TGTCTTAATG TTAATTGCAA TTATTTCGTT 2760
TGTCAGTTCG GTCTCAATTT CAAGATTCAT CGGGGAAGGA CGTGTCTTCA ATGGAAATCA 2820
TAAAAGACAT CGTTAGTCTT ATTGCTTCGA TACTTATTTT CTTAGGAAGT ATTATTGCAT 2880
TAATTAGTGC AATAGGGATT GTAAAATTTC AAGATGTCTT TCTAAGAAGT CACGCCTCAA 2940
CGAAAAGTTC TACATTGTCA GTATTACTAA CTGTAGTTGG TGTACTGATC TATTTTATTG 3000
TGAATTCAGG TTTTTTCAGT GTCAGATTAT TATTATCACT AGTTTTTATC AATCTTACAT 3060
CTCCGGTTGG AATGCATTTG ATAAGTAGAG CGGCCTACCG TAATGGTGCA TATATGTACA 3120
GGAAAGACGA TGCATCTAGA CAATCTACTA TCTTATTAAG CCAAAAAGAG TTTAATACGC 3180
CAGAAGAATT AAAAAAACGT GCAAAACTAC GAGAAGAAAG ACGAGAAAAA TTATACTATA 3240
AAGAAAAAGA ATATATTAAT AAAATGGACG ATTGATTGTT TAAGCTT 3287 配列番号 ： 9
配列の長さ ： 2291
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： ェンテ 0コッカス フエカーリス (En t e rococcu s f aeca l i s;
株名 ： 臨床分離株 S2 - 1
4 0
ΐ 一
0891 VDlVVVVOn OIVVIOVIIV VilVOVVVOl 03IVV10VVV 39IV030VVV VD31VD339V
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TATTAAAATG GCTACGTTTG GTAAATTGAC ACAAGTTGTG ACAAAAAATG CAGAGCAACT 1740
TAAGCGCTAC AACCAAATGG AACAAGGCAT TGAACTTCTT TATCAAGGTC CCTTTTTAAT 1800
CTCGGACTAT GCTTCGATTT ATAATCTATC CATTAATTTT ACTAACTTTA ATGAGTTGAC 1860
GGACCAGTAT TTTACGAAAA TTCAATTGGA TTTTAACGAA AATAAGATAC GTTTTTTAGA 1920
TTATGATCAA TCCAACGTCT ATGAAGCGCC CATGACTGTT AATAAGGCGC GCTTAATGGG 1980
AATTATCAAT AAAGAGGGAT TGCAATATCA AGACGTTTCC GAAAATACGC TAACCAAACA 2040
AGGACAATGT TATTTAACCA ATGATATGAA GTTGAAAAAG TACAGTTATA TCTTANTTCG 2100
CAACCAGTTA CTCGTTTTAG GAATGCTTTT TTCAATGAAA CGGAAGATAT CCAAACCAAT 2160
GAAGACAGTC AAGACTTAAC CTATACGAGT AAAGAAGAAC GATTGTTTGC AGAAGAAAAA 2220
CTGGGGAAAA TCGATTTTAA AGGGACCTTG CCAGAAGAGA ATAAACGGGA CTCAATCTAT 2280
AATCAAAGCT T 2291 配列番号 ： 10
配列の長さ ： 3719
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： ェンテロコッカス フエカーリス (En t erococcus f aeca 1 i s)
株名 ： 臨床分離株 S2 - 3
配列
AAGCTTCATT AGAGCGTCAA CTGTTTTTGG TGTTGGGTTC ACAATGTCAA TTAGACGTTT 60 GTGAGTACGC ATTTCGAATT GTTCGCGAGA ATCTTTGTAT TTATGAGTCG CACGAATAAC 120 TGTGTAAAGT GAGCGTTCTG TTGGTAATGG AATCGGACCT GATACGTCAG CTCCAGTTCT 180
TTTTGCTGTT TCCACAATTT TATCCGCTGA TTGATCTAAA ATACGGTGTT CATACGCTTT 240
TAAACGGATA CGAATTTTTT GTTTTGCCAT CTTGTTCCCT CCTTCGCCTA TTTTAAAAGT 300
AGACATAGCT CCACGAAAAT TTATCCGGCA TGCTCGTTCA TGGCAAAGCG TCCGAGCGTG 360
TCGCAACCTC TCGCTTCACA GCCGGCAAAT CAAATCGTTG ATCTACCAAT GCTTTTTACA 420
CTCCTGTAAA CAGCACCTTT TTGATTATAC TATGAAAGGA TAGTGTTAGC AAGGATTTTC 480
4 2 一
O
6—
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： ェンテロコッカス フエカーリス （En t e rococcu s f aeca l i s)
株名 ： 臨床分離株 S2-7
配列
AAGCTTCTAG CGTTTCGGAT TGGCGCCTAT GATGCACCAG GAGAGCGACG AATCAATACC 60 AAAAATATGC CTACAGCAGG AGGACTTGCA ATCTACATTG CTTTTGCTAG TTCATGTTTA 120 TTGATTTTTC GTTCGATTAT CCCACAAGAT TATATTTGGC CGATTATTTT GGCTGGTGGA 180
ATGGTTGTTT TGACAGGCCT CATTGATGAT ATTAAAGAGA TTACTCCAAT GAAAAAAACA 240
ATCGGTATTT TGTTAGCAGC ATTAGTTATT TTATTTTGTT GCTGGAATTC GGATAGATTT 300
TGTGACGTTG CCAGTTGTTG GAATGATTGA TTTGCGCTGG TTTAGTTTAC CACTAACTTT 360
ATTGTGGATT TTAGCGATTA CGAATGCAGT AAATTTAATT GATGGTTTGG ATGGTTTAGC 420
ATCAGGCGTA TCCATTATTG GATTAACCAC GATTGGTATT ACAGGGTATT TTTTCCTACA 480
TGCTAAAACG GTCTATATCC CAATTGTTAT TTTTATTTTA GTTGCGAGCA TTGCGGGATT 540
TTTCCCATAC AATTTTTATC CGGCTAAAAT ATTTCTAGGA GATACCGGGG CGTTATTCCT 600
CGGGTTTATG ATTGCAGTAA TGTCGTTACA GGGCTTGAAA AATGCTACGT TTATTACGGT 660
AATTACGCCA ATGGTGATTT TAGGTGTGCA ATTACGGATA CGGTTTATGC AATTATTCGA 720
CGGCTATTGA ACAAGAAGCC CATTTCCTCA GCAGATAAAA TGCATTTACA TCACCGCTTG 780
TTATCTTTAG GTTTTACCCA TAAAGGGGCG GTCATGACTA TTTATGCATT AGCGTTAGTT 840
TTTTCCTTTG TCTCTTTATT GTTCAGCTAT TCAAGTACAG TAGCATCAAT TTTATTAATT 900
GTCTTTTGTT TAATTGGCTT AGAACTATTC ATTGAACTAA TCGGTCTAGT TGGCGAAGGG 960
CATCAACCGT TGATGTATTT GTTACGGATT TTAGGGAATC GTGAATATCG TCAGGAGCAA 1020
ATGAAAAAGC GACTTGGCAA GCATTCTAAG AGAAAGTAAA GAAATCTTTA GGTTGCTTTG 1080
CGAGAGCTAA ACCTATGATA TAATTCCATT AAACTTAAAA AAGTATATGT GTGAAACATA 1140
TGCTTTTTTT TTAAGACGAT GTTTCAGTAG TAAGGAGAAA TGAGCATGCA AGAAATGGTA 1200
ACAATCTCGA TTGTCACTTA TAATAGTCGT TACATTTTTA ATGTACTAGA CCAATTAAAA 1260
GCCGAACTAG GTACTGATAG TATCTATGAT ATTCATATCT ATGACAATCA TTCTGAAACA 1320
GCGTATCTTG AAAAATTAAC AACATATGAA CCATTTATTA CTATCCATCG CGCTGAAGAA 1380 一 4 5
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GACATCCAAG TGGTTATTAG TGACTTGAAA ATTGTTGATG CGGATTTACA AGTTACCAAT 3180 CCCTCTTATT TAAGTTTCGA AAAGTCAAAC CAGGGTTTTG GCGAAATGCG ATAAAAAGTG 3240 GCTATATTGG GGCAGGTATG GCCTTTCGTC AAGAAATGAA AAACGTCATT TTACCCATTC 3300 CGCCAGAAGT TCCTATGCAT GATATGTGGA TTGGCTTATT AGCTGCACGG AAGAAGCAAA 3360 CGGGTCTCAT TAAAGAACCA TTAGTGCTTT ACCGAAGACA TGGAGCGAAT GTCAGCCCCA 3420 TTATTACCAA AACAAGTTTC CAACAAAAAT TAAATTGGCG TGTGAATTTA TTAAAAGCTT 3480 配列番号 ： 12
配列の長さ ： 2441
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： ェンテロコッカス フエカーリス （En t e rococcu s f aeca l i s)
株名 ： 臨床分離株 S2- 27
配列
AAGCTTCTGC GCTAGGAACC AGCCCTTTAA TTACATCTCC CCATACTGGA TTTGACAATG 60 CCACTTGATA AGCAAAAATC ACAAAAATAA CAACAATTAA AGCAACAACA ATAGCTTCAA 120 TTTTTCTAAA ACCAATTTTT GTCAATAACA ACAAAAGTAA AACATCAAAT ACCGTAATGA 180 AGACAGCCAG ACCTAAAGGA ATATGAAATA ATAAATATAA GGCAATTGCG CCCCCGATAA 240 CTTCAGCGAT ATCTGTAGCC ATAATTGCTA ACTCTGTTAA AATCCATAAT ACAATACCTA 300 ACGTCTTACT AGTTCTAGCA CGAATCGCTT GTGCTAAATC CATCTGTGAA CAATGCCTAA 360 TTTAGCAGCC ATATATTGGA GCAACATTGC AATCAAACTG GAAATTAAAA TAATCGACAT 420 CAATAAATAT TGAAAATTTT GTCCCCCAGT AATTGAAGTA GACCAGTTTC CTGGATCCAT 480 ATACCCCACT GCTACCAATG CTCCTGGACC TGAGTAAGCA AATAACGTTT TCCAAAAACT 540 CATATTTTTA GGCACGTCGA TGGTGCCATT AATTTCTTCA AGCGAAGGAC CATTTGCATA 600 TTCAATCAAA TGATGTCTTT GCTTTGGTTC ATGTTCTTCT GAATTTTTCA ATTCAATTCC 660 TTCTTTCGTT TTGCAATAAT TTTAAAAGGC CCTTCCCGTT AGAAGGTTAA CCTCTAGTAT 720 ATTTTAGGTA CACCTAAAAT ATACTGCTAA AAATAACAAA ATGCAAGACT TGAAAGAAAA 780
4 7 -
AVSS t6 O £lGd£6dfA、
11ν31ν 3Vν33
配列の長さ ： 9515
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： シュ一ドモナス ァエルギゾーサ (Pseudomonas ae rug i nosa)
株名 ： 臨床分離株 P2-2
配列
AAGCTTTCCT CCAGACCCTT CACCGCCGTG GAGATCGACG GCTGGGCGAT GTACAGCTTG 60 CGCGAGGCCT CGGCCACGCT GCCGCATTCC ACGGTGGTCA CGAAATACTT GAGTTGCCGC 120 AAGGTATAGG ACGCCACTGC AAGACCTCAT CGGCGCATCA TCCTCCCCGG GCCGGGCGTG 180
CGCGCCTCGA TTGTTGTGTC CGCCGCGCTG CAAGCAAGTT GCAGGCCGCT GCCGAGCGTC 240
GCGCGCTGGC CGCGGAACGA TTGCCCGCCT GCACGATAAC CCAGCACGAC GCACTTTGCC 300
GGGGCACGCC TGGCCAGCTT TTTCTTATGT CCCGAGGACA TTTTTAATAA TTTTCCTTCG 360
CCGCGGCTTG CGCGACCATC CTTCCCCATC GACCCCATGG ACAGCGGTTC GCCTCCCGGC 420
GGTCCGGGCC ATGCGTGCAG AACCACGACC GGCGCAGACC GGCGAGATAA CAAGGAGAAG 480
GTGGGGTGTT CGAACTCAGC GATTGGCAAC GGCGCGCCGC GACACAGCGC TTCATCGACC 540
AGGCCCTGAT CGGCGGCCGC CAGCGTCCAG CCGCCAGCGG CGCTACCTTC GACGCCATCG 600
ATCCGGCGAG CAATCGCCTG CTGGCGCGGG TCGCGGCCTG CGATGCGGCC GACGTCGACG 660
CGGCAGTGGC CGCCGCCCGC CGCGCCTTCG ACGAAGGCCC CTGGGCGCGT CTCGCCCCGG 720
TCGAGCGCAA GCGCGTGCTC TGCGCCTGGC CGAGCTGATG CTGGCCCATC GCGAAGAGCT 780
GGCGCTGCTC GACTCGCTGA ACATGGGCAA GCCGGTGATG GACGCCTGGA ACATCGATGT 840
ACCCGGCGCC GCCCACGTCT TCGCCTGGTA TGCGGAAAGC CTCGACAAGC TCTACGACCA 900
GGTCGCGCCG GCCGCCCAGC AGACCCTGGC CACCATTACC CGCGTGCCGC TGGGGGTGAT 960
CGGCGCGGTG GTGCCGTGGA ACTTCCCGCT CGACATGGCC GCCTGGAAGC TCGCCCCGGC 1020
CCTGGCCGCC GGCAACTCGG TGGTGCTCAA GCCGGCCGAG CAGTCGCCGT TCTCCGCCCT 1080
GCGCCTGGCC GAGCTGGCCC TGGAGGCGGG GGTGCCGGAA GGCGTGCTGA ACGTGGTGCC 1140
GGGCCTCGGC GAGCAGGCCG GCAAGGCCCT CGGCTTGCAC CCGGAGGTGG ACGCACTGGT 1200
- 9 -
GTTCACCGGC TCCACCGAGG TCGGCAAGTA CTTCATGCAG TATTCCGCGC AATCCAACCT 1260
CAAGCAGGTC TGGCTGGAGT GCGGCGGTAA GAGTCCGAAC CTGGTGTTCG CCGATTGCCG 1320
CGATCTTGAC CTGGCGGCGG AAAAAGGCGC CTTCGGCATT TTCTTCAATC AGGGCGAGGT 1380
CTGTTCGGCG AACTCGCGCT TGCTGGTGGA GCGTTCGATC CACGACGAGT TCGTCGAGCG 1440
CCTGCTGGCC AAGGCCCGCG ACTGGCAGCC GGGCGATCCG CTGGACCCGG GCCAGCCGCG 1500 CCGGCGCCAT CGTCGACCGC CGGCAGACCG CCGGGATTCT CGCCGCCATC GAGCGGGCGC · 1560
AAGGCGAGGG CGCGACCCTG CTCGCGGTGG CCGCCAGTTG ACGATCAACG GTTCGGACAA 1620
CTTCATCGAA CCGACCCTGT TCGGCGACGT ACGCCCGGAC ATGCAGCTGG CCCGCGAGGA 1680
AATCTTCGGC CCGGTGCTGG CGATCAGCGC CTTCGACTCC GAGGACGAGG CCATACGCCT 1740
GGCCAAGGAC AGCCGCTACG GCCTCGCCGC CTCGCTGTGG AGCGACGACC TGCACCGTGC 1800
GCACCGGGTG GCGCGGCGCT TGAATGCCGG AACGTGTCGG TGAATACCGT GGACGCGCTG 1860
GACGTCGCGG TGCCTTTCGG CGGCGGCAAG CAGTCCGGCT TCGGTCGCGA CCTGTCGCTG 1920
CATTCCTTCG ACAAGTACAC CCAGTTGAAG ACGACCTGGT TCCAGTTGCG CTGAAGACGC 1980
GACGGACGCG ACACGACTCG ATGCCGATAA CGACAACAAG AGGACGATCG AATGAACGAC 2040
ACGCCGAACG TGCGTGAGCC GGCCCTGCGC CGCGTGCTCG GGCTGGGACC GCTGCTGGCG 2100
GTGGCCATCG GCCTGGTGGT TTCCCAGGGC GTGATGGTAC TGATGCTGCA AGGCGCCGGG 2160
ACGGCCGGCC TGGGCTTCAT CGTGCCGCTG GGAGTGGCCT ACCTGCTGGC GCTGACTACG 2220
CCTTTTCCTT TTCCGAGCTG GCCCTGATGA TTCCCCGCGC CGGTAGCCTG AGCAGCTACA 2280
CCGAGGTGGC CATCGGGCAT TTCCCGGCGA TCCTGGCGAC CTTTTCCGGC TACGTGGTGG 2340
TGGCGATGTT CGCCCTCTCG GCGGAACTGC TGCTGCTCGA CCTGATCATC GGCAAGGTCT 2400
ACCCCGGCGC GCTGCCGCCG ATGCTGGTGC TACGGCGTGC TCGGCCTGTT CACCCTGCTC 2460
AACCTGCTCG GCATCGACAT CTTCGCGCGC CTGCAGAGCG CGCTGGCGCT GCTGATGATG 2520
ATCGTCCTGC TGGTGCTCGG CCTGGGTGCG GTGAGCAGCG ACCACGCTTC CGCGCAGACC 2580
GCCCTGGCGA GCGGCTGGAA CCCGCTGGGG GTAAGCGCCC TGGCGCTCAC CGCGATGGCC 2640
GTGTGGGGCT TCGTCGGCGC CGAGTTCGTC TGCCCGCTGG TGGAGGAGAC GCGGCGTCCG 2700
GAGCGCAACA TCCCGCGTTC GATGATCCTC GGCCTGAGCA TCATCTTCCT GACCATCGCC 2760
CTCTACTGCT TCGGTGCGCT GCTGTGCATC CCGCAGGCGG AACTGGCCGG CGACCCGCTG 2820
CCACACTTCC TCTTCGCCAA CCGCGTGTTC GGCGAGTACG GCCAGCTGTT CCTGGTGATC 2880
GCCGCGATCA CCGCCACCTG CAGCACCCTC AACTCGTCGC TGGCGGCGAT CCCGCGGATG 2940 一 5 0
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起源
生物名 ： シユードモナス 了エルギノーザ （Pseu domonas ae rug i nosa)
株名 ： 臨床分離株 P2- 7
配列
AAGCTTGTTC CAGGCCCTCG ACCGCTGCGA TCTTCTGCGG GTAGGCGGCG ATGGTCTGTT 60 CGGAGTTCGC CAACTGCAGG CGACGCTGCG CCAGCTGCGC CGCCTGCACG CCGGCAAGCA 120 TCAGGTCCTG ATCGAGCGAG GGGTTGAAGC CGCGCACGAA CTCGCTGAAC TGGTCCACGC 180
CGAACAGGGT GGCGATGAGC TGGCGCTGAT CGCTCGGGGT CCGCGCGGCG ATTCGGGCGA 240
AATCGTCGAG GCGGTTCTTC TCGATGAAGC AGAAGCGATA CTCAGCTTCG TCGGGCTGGA 300
CGGCCTGCGC CTCGCCCGCN GCCGTAGACG ACAGGACTGG CGCGATGTGG CGGCGCAGGC 360
GAGCGTTGTT GCAGTACGTC CGCTGGTCGA CCGCTTGGCC TGCGCTTCGC TGATCGAACC 420
GAGCATCGCC ACTTCCAAGG CTTCGCAGAA GCTGCTCTTG CCGGTGCCGT TGGCACGTNA 480
GACCAAGGTG ATGTCATGGC TGAGGTCGAA CGTCTCCTGC CGCATGAATC CTCGAAACGG 540
CCCGACTTCG AGCTGGTGCA GTCGCCCGAG CGCCGGCCCG TTTTCGGGGC CGCGCGCGTC 600
CCCGTCGTAG GCGACAGGCA TCTGCGCCAA GATGCGCGAT GGCCAGCGGC GCCAAGCCGC 660
GTGGGAGCGC CCCCCGGCGT GCAGCACCGA CCTCGGCCAG TGGCTGCAGG TGATCGAGCA 720
CCAGGGTGCG CCAGCCGGCG CACCGTTTCG TCGTGCACGT GCCGCTGCGT CAAGTGCGCC 780
AGGAACCGGT GGTACTCCGA ACGTATGCTT GCCACAGCGA CCCCTCACTT GGTCAACCAC 840
TGACCGTAAG CCTCCACATC GATCATGGGG ACCGTTCCAC TGAACTGAAG CTGCGCGATC 900
AGCTTGAAAA GAAACGCGGT CGCCGGCTTG TTTTCGTTGG TGTAGCTGTA CGCGCCGCTG 960
GCTTGGTCAT AGAAAAAGTG CCCGTGGGCG GCAACGCATC CGATGTCCAG ACGCCCCTCG 1020
GTGAGGTTTG CGTTCAGCGC CTTGTCCATG GATGGGCCCA ATGCAGGACT CCATTCGCTC 1080
TCGAAGGTGA GCAAGCCACC CAGAATCGGA ATCAACGCTT CGCTGGGTAG GTCCCGCCAG 1140
CGTGCGGGAT CGGCAGGCTC GTGCGGTGCA GCCTGCGCAC ACTGGCGACC TTCTCCTGGC 1200
ATAGCCACAA GCCCCGCGTC AGCCGTCTGC TTGGCCTCGA ACACGGCGTA CACGCTTTCG 1260
GCTGGAATGA TCGTCTCGTT CTCGTAGGTG AAGATAAAAG GCGAATATTG CCGATCAAAC 1320
ACCACCACAT CGATCTGCTG GCTGAAGTTC CCCAGGCTGT CCACCACATG CGCCTTCGCC 1380
GCCTGGTACC GTTTGGGCAG ATAGGTATCC AGCATGTCGA TCCAGACGTT CTCGCTCGCA 1440
TCCCCCTTCG TACCCGGGTG ACCGAAGGTC TTGCGTACTA CGGACAAGCG CTGCTGGATG 1500
- 5 5
TCTTCATGCA GGGACGACAG GAGCTGGGAA AGCGACCACT GGGACATGCT GTACCTCGAT 1560 GGGACGTGTA TGGAAGCCGA TGGAATCAGG ACAGTGGGAA CTTGGGGCCA AACAGTGCGC 1620 GCCAGGGCGA AGCGCTTCGA TATTGCGACC ACGACGCGTG TGGTCGATGG CGATGCTTGC 1680 GTCCTGGCTC GCCTGGAACA GCAGCTGCTN GCGNGCGCTG CTTGCGCGCG GCATCCATAT 1740 CGTTGCTGAT CGCCGGGCCA AGTCCGGCGG GATCCGGCCA CTCGTCATGA ACACGATCGG 1800 CAAGCGTGGC AAAGAACGAC TGGATCTCGC GATCGAACGA TCCTCCCCAG CCGCCGTAAA 1860 GACACTCAAG GGCCATTACC TCGATCAGGA ACGAGGGCTT CACCGGCTTC TGATCGCCGT 1920 GCTTGGGATT GTTGTTCCAG TACTTCACCA TGCGCACGAG ACCTTTCCAC TCATTGCCAT 1980 AGGCTTGGTG CGCTGCGGTC GCCTTGTCCT TATGGATCTC CGGGTCCGTC TTGATCCACT 2040 TTCCGGACGC CGTATCGGGG ATCTCATACT GGTCGCCGGT GTCGAATGCG GGCACCGCAT 2100 CCACGCTGAC CACCCGGTAG TCCGTGTTGT CCTCCGCGTC GATGTGAACA CCGAAATCCA 2160 CGTTGATCGA GNGCGCCTGT TTGCGCACGG CCGCCGAACC GTATTTCTCC ACCAATGCAG 2220 AGTGGAAATC ATCCAGCACT ACCGATGCGG CCTTGCCGTG GTAATGCTTC TCCGAGTCCT 2280 TCAGCACGAA GAAGATGTCG ATATCCTTGA GCGGCTTCGT CTTCGTGTAT CGAGCATAGG 2340 ACCCGGTCAG GAACTGCGCG CAATGCCGAA CTTGGTCTGC AGGTAGTCCC GCACTTCGTT 2400 CTGGCGTTGC GAGGCATTCT TCTGCTCGCG TTCGTTGAGT TCCAGACGCG ACTTGAACTT 2460 GCGAAAAGCT T 2471 配列番号 ： 15
配列の長さ ： 5247
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： シユー F'モナス ァエルギノーサ (Pseu domonas ae rug i nosa)
株名 ： 臨床分離株 P2- 17
配列
AAGCTTCGAG GGGGCTGGGC GAGGATCGAC CGGCCCCGCT CGTGTCGGAA GGGAAGGCCA 60 GGGCTGGCCT GCCCGTTCGG CGCTTCGGCA GGCTGGCGCA GAACGATGCA AGGTCGTTCG 120
5 6
GGTCAGCATC AGGGATGAAA TGACTGACAG GAGTCGGGAT GCTGCGTTAC GTCGTGGGTT 180 TTCTCGCGTT CACCGTGCTG GCGGCCTATC TGTTGCTGGG GGTTTCCCAG CACGCCTTCC 240 TGCCGTGACC GGTCGGCATG GCGGCTTCAG CTGCGTTGCG GAAGAGGCTG TGGCGGCCGT 300 GCGGGATGCC GGTTTTCGGC TTGCCGTGCC TTGCGTTGCA GGCGTCGCGC CGACGCGGCA 360 CGCCAGGGAA GGCCCACAGG GTGACGCCGG CGAGGCCCAG CCAGGCGACG ATCAGCAATG 420 TGACGAAGGA TTCGGGAGTC ATGGTTCGTC CTCCTCTTAC CCAAGGATAG ACCCTGCGGG 480 AAGGGGAATT ACTGCAATCG GTCTTCGACC ATGGTCTGAA ACGCGGTCAC TCGGGGCCGG 540 CGCCGACCAG GGCCAGGCAG CCGGTGAGGC TGGTCAGCAG GGGCAGGGCG AGCAGGAAAG 600 CCAGCCAGAT GGCCTCCATG CGCAACAGCG TGGCGCCGAG GAACAGCGCG ACCAGGAGGA 660 TGGTCATGAG CAGGGCGGTC CAGCCGAAGT ACATGGCGAA GTTGTCGATG CCCAGGCCGA 720 TGCCCCAGCC CAGCAGCAGG GCCCATACCC CGGCCAGAGC CAGGCCGAGG GCCAGCATGC 780 TCGCCAGGGT CCGGGCGGAC GGGGCATGCA GCGGGTGGTT GCGGAATAGC TCGTAGAAGA 840 TCGGCGTATT CATCGGCGTC ACCTCCGCAG GGGAACTTCC AGCCTAGTCC AGCGGGCGAG 900 ACGGCCCTAG ACCTATTTGT CATTACGAGG CGTGACCTCA GGCCGTTAAC ATCCATCTTT 960 TTCCAGGCGA TGCCGTGCAT CGGGCTGCGG GCCCGCTCAC CGTTCGTCGC GCTGAGTCGA 1020 AAAAGAAACC GAAAGGGTTG CGTGCATGAG TTGGCGAACT CGCCTCGTTC GAGGTGGATG 1080 GGTATCAACT GGTCTATCAG GACCTGGGTG AAGGCACGCC GGTGCTACTG GTCCACGGTT 1140 CGCTGTGCGA CTACCGCTAC TGGCAATGGC AGTTGCGCAG CTCGGCAAGC ACCACCGGCT 1200 GATCGTGCCG AGCCTGCGTC ACTACTACCC CGAGCGCTGG GACGGGCAGG GTGCGGACTT 1260 CACCAGCGCC CGCCACGTCG CCGACCTGCT GGCGCTGGTC GAGCGGCTCG GCGAGCCGGT 1320 ACACCTGCTC GGCCATTCCC GTGGCGGCAA CCTGGCGTTG CGCCTGGCGC TGGCCGCTCC 1380 GGACGCCCTG CGTTCGCTGA GCCTGGCCGA TTCCCGGCGG CGACTATGCC GCCGAGGTCT 1440 ACGCCCACGC CGGCCTGCCT GCGCCCGAGG AACCATTGGA ACGCAACCAG TTCCGGCGCC 1500 AGGCGCTCGA ATTGATCCGT GGCGGCGAGG CGGAACGGGG ACTGGAACTG TTCGTCGATA 1560 CGGTGAGCGG CGCCGGGGTA TGGAAACGCT CGTCGGCGAC GTTCCGCCGA ATGACGCTGG 1620 ACAACGCCAT GACCCTGGTC GGGCAGGTGG CCGACCAGCC GCCGGCGCTG GCGCTGTCGG 1680 AACTGCGCTC GATCGACCTG CCGAGCCTGA TCCTCAATGG CGAACGCAGC CCGCTGCCAT 1740 TCCCGGCCAC CGCCGAGGCG CTGGCGGCGG CCCTGCCGCG CGCCGAGCTG CAACGCATCC 1800 AGGGCGCGTC CCATGGCCTC AATGCCACCC GTCCGGCGGC TTTCAACCGG TCGGTGCTGG 1860
5 7 一
TTCACCCT AAGAT AAGGCGC TGTC
TCAATTCG
ACAT ACGT TTTTGG TCACCACT AAGAGAG T GGGCC AAGGCGCGC CAT ACGTCGCT C TCGGCTTTTCGG TT ATCA CTCT AGTGATCTCGCGCTC CG A CGACGCTTGA CCCGT CCGCC ATTTTAC CGCCGC CGTTCG
GAACCTGCCG GAGCGCCTGG ACGCCAGCTA CATCGCCGAG GACAACAACC GCAAGCGCCC 3660 GGTGATGCTG CACCGTGCGA TCCTCGGGTC CTTCGAGCGC TTCATCGGCA TGCTCATCGA 3720 GCACTACGCC GGAGCCTTCC CGGCCTGCTG GCGCCGACCC AGGCAGTGGT GATGAACATC 3780 ACCGACAAGC AGGCCGATTT CGCCGCCGAG GTGGTGCGGA TCCTCGGGGA AAGCGGATTC 3840 CGTGCCAAGT CCGACTTGAG AAACGAGAAG ATCGGCTTTA AAATCCGCGA GCATACTTTG 3900 CTCAAGGTTC CCTATCTCTT GGTTATTGGA GATCGGGAAG TTGAATCGAA GGCCGTCGCG 3960 GTGCGTACGC GCGAAGGGGA AGACCTGGGC TCCATGCCCG TCACCCAGTT CGCTGAGCTG 4020 TTGGCACAGG CGGTTTCCCG GCGTGGTCGC CAAGACTCGG AGTAATCATT ATTAAGCGTG 4080 AAATGAGACA GGATAAGCGA GCTCAACCGA AACCCCCGAT CAACGAGAAC ATCTCGGCTC 4140 GTGAGGTACG GTTGATTGGA GCTGATGGCC AGCAGGTTGG TGTTGTTTCG ATCGATGAGG 4200 CGATCCGCCT AGCCGAAGAG GCGAAGCTGG ACCTGGTTGA GATTTCGGCC GACGCGGTGC 4260 CTCCTGTCTG CCGCATCATG GACTACGGCA AGCACCTGTT CGAGAAGAAG AAGCAGGCTG 4320 CGGTCGCCAA GAAGAACCAG AAGCAGGCGC AGGTCAAAGA AATCAAGTTT CGTCCAGGGA 4380 CGGAAGAAGG GGATTACCAG GTAAAACTAC GCAACCTGGT ACGTTTCCTT AGTGAAGGGG 4440 ACAAGGCCAA GGTATCCCTG CGATTCCGCG GCCGTGAGAT GGCTCACCAG GAGCTGGGGA 4500 TGGAGCTGTT GAAGCGGGTC GAAGCCGACC TCGTGGAGTA CGGCACCGTC GAGCAGCATC 4560 CTAAGCTGGA AGGACGCCAG CTGATGATGG TCATCGCTCC CAAGAAGAAA AAGTAACCAC 4620 CAGGGCACTG GCAGGCCTTG CGGTTATGCG TAATCACTCA ATGCGGAGTA TCCGAACATG 4680 CCAAAGATGA AGACCAAAAA GTGGGCGCGG CCAAGCGCTT CAAGAAGACT GCTGGTGGCC 4740 TCAAGGACAA GCACGCCTTC AAGAGCCACA TCCTGACCAA GATGACCACC AAGCGTAAGC 4800 GTCAACTGCG CGGCACCTCG ATGCTGAACA AGTCTGACGT TGCGCGCGTA GAACGCTCCC 4860 TGCGTCTGCG CTGATTATTA AGGTAGAGGA TTAATTCATG GCTCGTGTTA AGCGTGGCGT 4920 TATCGCCCGT CGTCGTCACA AGAAAATTCT GAAGCTCGCC AAGGGCTACT ACGGTGCACG 4980 CTCGCGCGTG TTCCGCGTTG CCAAGCAGGC GGTGATCAAG GCTGGCCAAT ACGCCTACCG 5040 TGACCGTCGT CAGCGCAAGC GTCAGTTCCG CGCACTGTGG ATCGCCCGTA TCAACGCTGG 5100 TGCTCGTCAG AACGGTCTGT CCTACAGCCG CCTGATCGCC GGCCTGAAAA AGGCGGCCAT 5160 CGAGATCGAC CGTAAGGTCC TGGCCGATCT GGCAGTGAAC GAAAAAGCGG CGTTTACCGC 5220 GATTGTCGAG AAAGCGAAGG CAAGCTT 5247 配列番号： 16 一 5 9
配列の長さ ： 2812
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生 fej名 ： シユードモナス ァエルギノ一ザ （Pseu domonas ae rug i nosa)
株名 ： 臨床分離株 P4 - 5
配列
AAGCTTTGGT GATCTTAACG TGACAAGCTC CTTAGAAAAA TTTTATGAGT TTATTAGCGG 60 GGTCTTTCTT GATCCGACTG TACCAAGACT TTCAACTCGT AAAATACGCA AGCACAAAAG 120 CACTGAAATG CACTCTGCAC GTTTGTCGCC GTCCACGGTA GCGGCATCCC TCAATCACAC 180
CGAAGCGGTG AATCTTTCTA CCTATGCAGA GGCAACACCT GAACAGCAGC AATCCGAGTT 240
CAGCCTGTTT TGGGATGCAA TACGCCACGC TGCTCATGTT GTGCGTGAGC GAAGCCGCAA 300
GGCTGTAGCA AGTAGTGTCG CAATAGCGGC GGGTCACTGC GAGGATTTCA ATAAGCCGAC 360
GTCTGCCACT GATGTGGGAT TGATTATAGA GCCGAACTGC CGCACCCAAT ATGGTTGTTT 420
GTACTGCGAA AACTATTTAT GTCACGGCGA TGAGGAGGAT CTGCATAAAA TTCTGAGTTT 480
GCAATACGTG GTCAATGCCG TGCGTAAATC GGCCCCCGAT GCAGCGCATA CTGAGGCACT 540
TTTCAAAGAG TTATCTATCC ' GGATCGAGTT TATAGTCGAT GCTCTTAGTG AGCGCTCTAG 600
CTCGGTGAAA CAGACAGTCG AAAAGGTTAA AGCTAAGGTG TTTGAATACG GCGAGTTAAC 660
TAAGTTTTGG GAAGTCCGGT TGGGTCGCTA TGAAAAAATG GGGATCGTAT TTTGAGTGCT 720
GCTGTTCAGT CGATAGGTAG TCTTTTTTCT AGCGGCCAGT TTCCAGTCAC CAGCCAGCCA 780
GATAGTGCGG CTCAGCTGTA TGGGAAGCCC GCGTCGGATT TTGTTATCTG TCGCACTGAG 840
TATGGCAATG CAACGGCAGT GTACGGCGAG TCTGTATGGG ACTTTAACCC GTACAGGCTG 900
AGTGCAAAAA AAATTGGCCG AATACGCTTC GATATGGTGT TCGGTGATTA TGGTCATGAT 960
CAGCAAGCGC TGATCGAAGA AGCCAAATAT CTTCTGTATT GTCTTATTTA TTTCGCTGGC 1020
GGTGGGCGGA TTGGTAAGCT GAGTGCATCT ACGATTATTT CATATTGGGT TGTGCTGCGC 1080
ATCGCTATGA AGTTCTGCTA TGCGCAGAAA AAGAAGTCAA TGGTTGGTGT GCTGTCCTTG 1140
CAGCAGCTTT TTACCGTGCC TGTTTATCTA GCGGCTTTTG TTAGTGAAAG TAATTTTGAC 1200 一 6 0 —
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配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： ェシエリキ了 コリ （Esche r i ch i a co l i )
株名 ： 臨床分離株 EC- 24
配列
AAGCTTTTCT TGCGTGTTCT TGTGAGGCTT CCTTCGCCAT TATCATCACG ATCCACATAA 60
ATAAAGCCGT AGCGCTTAGA CATTTGTGAA TGAGATGCAC TGACTAAATC AATTGGCCCC 120
CAACTGGTGT ACCCCATAAT ATCCACACCA TCGGCAATCG CTTCATTTAC CTGTACCAGG 180
TGATCGTTTA AATAGGCAAT TCGATAATCG TCCTGTATCG AACCATCCGC TTCAACGCTG 240
TCTTTTGCGC CTAATCCGTT CTCGACAATA AATAACGGTT TTTGATAACG ATCCCAAAGC 300
GTATTTAACA GAACCCGTAA TCCAACCGGA TCAATTTGCC ACCCCCACTC TGAACTTTTC 360
AGATGCGGAT TGGGGATCAT ATTCAGTATG TTGCCCTGCG CATTTTTATT AATGCTTTCG 420
TCGTGGGAAC ACAACCAGTC ATGTATAACT AAAGAGATGA ATCGACGGTA TGTTTTAAAT 480
CTCTGCGTCA CTTTCAGTCA TCTCAATGGT GATATTGTGG TCGCGGAAGA AACGCTGCAT 540
ATAGCCGGGA TACTGGCCAC GCGCCTGAAC ATCACCAAAG AACATCCAGC GCCGGTTCTC 600
TTCCATGGCC TGCAACATAT CCTGTGGCTG GCAGGTGAGG GGGTAAACCA GCCCACCGAG 660
AAGCATATTG CCGATTTTCG CTTCGGGGAG CAGGCTATGA CAGGCTTTAA CTGCCCGCGC 720
ACTGGCAACC AGTTGATGGT GGATAGCCTG ATAAACTTCC GCCTCGCCAC TCTCTTCTGC 780
CAGCCCCACG CCCGTGAATG GCGCGTGTAA CGACATGTTG ATTTCATTAA ACGTCAGCCA 840
TAACGCCACT TTATGTTGGT AGCGAGTAAA GACCGTGCGG GCGTAATGTT CGAAGTGATC 900
GATGACCGCT CGATTAGCCA ACCGCCGTAG TTTTTCACCA GCCCATATGG CATTTCGTAA 960
TGGGATAACG TTACCAGCGG CTTGATCCCC GCCTGCGCCA TTTCATCAAA CAGCCGATCG 1020
TAAAACGCTA ACCCCGCTTC ATTCGGTTCG ACTTCGTCGC CCTGAGGGAA AATTCGCGCC 1080
CAGGCAATGG AAATACGCAG ACAGGTGAAG CCCATCTCGG CAAATAACGC GATATCTTCC 1140
GGGTAACGGT GATAAAAATC GATGGCGACA TCTTTGATAT TCTCTTTCCC CAGGATGCGC 1200
GGTTCCATTT TTCCCATTAC GCATGAGGCT GTAAATCTGA GGTCGAGATC CCTTTGCCAT 1260
- 6 2 -
GCCTGCCACA CTGTTAACCG CCAGGAAGAC ATCGGCCACA TGGTTACCTA TGACCACCTG 3060
AAACTGGCCA CCGCTTTCCA CCACCATAAT AATACCGGGG GTCTTTTTCA GTACCTCTG C 3120
TTGCGCTTTG CTTTCATCCT TTAATTTAAA AACGTAAATC GCGTTGCGCA ATG CATCAGA 3180
CTCACAATGT TATCTGCGCC CCCGACTCCT GCGACTATTT TTCTGGCTAA CTCCGTCATA 3240
ACTTGCCCTC TACGCTTTGC GGCAAAACTC CAAAAAAAAA CCTGAAAAAA ACGGCCTGAC 3300
GTGAATCAAG CAATTTTTTT CAGGTTTTGC CCGCTTAGTG CGGTAACAAT CCTTTACTCA 3360
GTAATAATAT TTCAGTGTTC TTTGCGCACG CGCTCTATAT TTATGGCTAA AAACATAATC 3420
TCTGCGGGTG AAATTTTACG TTGATACTGC AAACCAATAA AAATGGCGAT CCGTTCCGCA 3480
CATTGCCATG CTTGCGGGTA ATTTTGTTTT ACTGCTTGTT GTAATGATTC ATCACTATCG 3540
TTAATTGAAG CATGTTCAAG AATACGCCAG GATAAAAACT TCAGATGTGT AACCAGTCGC 3600 TGATAACTCA AGCTT 3615 配列番号 ： 18
配列の長さ ： 4954
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： ェシエリキア コリ (Es che r i ch i a co l i )
株名 ： 臨床分離株 EC- 34
配列
AAGCTTAACC GCTCTCATCT GTTGACCGCA CGGCATAGCT ATATTCTGCC GGTCCTGGGA 60
CGTAGCGAGA TTGACATGCA AAAAAACGGT GCGCAGGCGG TAACCGTTGA GGATTCAATG 120
TCGATGATTC ATGCCTCGCG TGGCGTGTTA AAACCCGCCG GTGTAATGCT GAAATCAGAG 180
TGTGCAGTGG TCGCGGGAAT CGCGCAGGCA GCACTACCCC AGAGCGTGGT AGCCTGGGAG 240
TATCTGGTGG AAGATTATGA TCGCATTCGC AATGACATTG AAGCTGTGCT GCCAGAGTTC 300
GCCGACTATA ACCAGCGCAT CCGTCATCCC GGTGGTTTTC ACCTGATAAA TGCAGCTGCT 360
GAAAGGCGCT GGATGACGCC GTCAGGTAAG GCTAATTTCA TTACCAGCAA AGGGCTGTTA 420
GAAGATCCCT CTTCAGCGTT TAACAGTAAG CTGGTCATGG CGACAGTACG CAGCCACGAT 480
6 4 -
S/ 6 a 2S寸D/Jd¾£6，
v¾ s vvv
uv
GCTTGTCTAT ACAGTAGAAA ACAATCAGTT AGGTCTCTAC AAACTGACGG ATCTACAGCA 4020 AAAAGATAAC CTTGCCGCCG CCAATCCGCA GGTCGTTATA GAGATGCAAG GCGTGGTAAG 4080 AGAGTTTATC GACAGCAGCC AGCCACCGCT TAGCGAGGTA AATCAGGAGA AGTTTAACAA 4140 TATCAAGAAA GCACTAAGCG AAGCGAAATA ACTAAACCTT CATGCGGCGG ATTTTTCCGC 4200 CGCCTTATTG AGCGAGATAG CGATGCACGT TACAGCCAAG CCCTCCAGTT TTCAATGTAA 4260 TCTCAAATGT GATTACTGTT TTTACCTTGA AAAAGAGTCG CAGTTTACTC ATGAAAAATG 4320 GATGGATGAC AGCACTTTGA AAGAGTTCAT CAAACAATAT ATCGCAGCGT CTGGCAATCA 4380 GGTCTATTTT ACCTGGCAAG GCGGTGAACC CACTCTGGCT GGCCTGGATT TTTTCCGTAA 4440 AGTTATTCAC TATCAACAAC GCTATGCAGG CCAAAAACGT ATTTTTAATG CATTACAAAC 4500 GAATGGCATT TTATTGAATA ATGAATGGTG TGCCTTCTCA AAGAACATGA ATTTCTGGTG 4560 GTATCTCGAT CGATGGCCCC CAGGAGTTAC ATGACCGTTA CAGACGCAGT AATTCAGGTA 4620 ACGGTACTTT TGCAAAAGTG ATAGCAGCCA TCGAGCGTCT GAAATCATAT CAAGTAGAGT 4680 TTAATACGTT AACCGTCATT AATAACGTTA ATGTCCATTA CCCTCTTGAG GTTTATCATT 4740 TTTTAAAATC TATCGGCAGT AAACATATGC AATTTATCGA ATTGCTAGAA ACCGGGACGC 4800 CGAATATTGA TTTCAGTGGT CATAGTGAGA ACACATTCCG TATCATTGAT TTTTCTGTGC 4860 CTCCCACGGC TTATGGCAAG TTTATGTCAA CCATTTTTAT GCAATGGGTT AAAAACGATG 4920 TGGGTGAAAT TTTCATCCGT CAGTTTGAAA GCTT 4954 配列番号 ： 19
配列の長さ ： 3796
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： ェシエリキア コリ （Escher i ch i a co l i )
株名 ： 臨床分離株 EC- 39
配列
AAGCTTAATC GCGTGAATCA GGAGTAAAAA AATGACAACC CAGACTGTCT CTGGTCGCCG 60 TTATTTCACG AAAGCGTGGC TGATGGAGCA GAAATCGCTT ATCGCTCTGC TGGTGCTGAT 120
6 7 -
/s寸 6 OAV ss/od£6¾l，
§1
TCACTGGTGA TTTTGAATTT AACGGCGGGT TTGACGCTAT GCGCCAACTG CTATCACATC 3660 CGCTGCGTCC TCAGGCCGTC TTTACCGGAA ATGACGCTAT GGCTGTTGGC GTTTACCAGG 3720 CGTTATATCA GGCAGAGTTA CAGGTTCCGC AGGATATCGC GGTGATTGGC TATGACGATA 3780 TCGAACTGGC AAGCTT 3796 配列番号 ： 20
配列の長さ ： 5541
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： ェシエリキア コリ (Esche r i ch i a co l i )
株名 ： 臨床分離株 EC- 625
配列
AAGCTTAAGC CTGCATTTGC TCAATGAAGC GCAGAATGAG CTGGAACTGT CAGAAGGCAG 60 CGACGATAAC GAAGGTATTA AAGAACGTAC CAGCTTCCGT CTGGAGCGTC GGGTCGCCGG 120 AGTGGGTCGT CAAATGGGCC GCGGTAACGG CTATCTGGCA ACCATCGGCG CGATTTCTCC 180 GTTCGTTGGT CTGTTTGGTA CGGTCTGGGG CATCATGAAC AGCTTTATTG GTATCGCGCA 240 AACGCAGACC ACTAACCTGG CAGTCGTTGC GCCGGGTATC GCAGAAGCTC TGTTAGCAAC 300 GGCAATCGGC CTCGTGGCAG CGATTCCTGC GGTCGTTATC TATAACGTAT TTGCACGCCA 360 GATTGGCGGC TTTAAAGCGA TGCTGGGTGA TGTTGCAGCG CAGGTATTGT TGCTGCAAAG 420 CCGTGACCTG GATCTGGAAG CCAGCGCCGC TGCGCATCCG GTTCGTGTCG CACAAAAATT 480 ACGCGCAGGA TAATATCCGA TGGCAATGCA TCTTAACGAA AACCTCGACG ATAACGGCGA 540 AATGCATGAT ATCAACGTGA CGGCGTTTAT CGACGTGATG TTGGTTCTGC TGATTATCTT 600 TATGGTGGCG GCACCGTTAG CGACGGTAGA TGTGAAGGTG AACTTGCCTG CTTCTACCAG 660 CACGCCGCAG CCGCGGCCGG AAAAACCGGT TTATCTGTCG GTGAAGGCAG ACAACTCGAT 720 GTTTATCGGT AACGATCCGG TCACCGATGA AACAATGATT ACGGCGTTGA ATGCGTTAAC 780 CGAAGGCAAG AAAGACACCA CCATCTTCTT CCGAGCGGAT AAAACCGTCG ATTACGAGAC 840 GTTGATGAAG GTAATGGATA CGCTGCATCA GGCGGGTTAC CTGAAGATAG GTCTGGTCGG 900
7 0
Dd0e6df/J 9ε6_，
1E3V 3VVV
L3}〕VV33VV VV iV ,;33VV vvv
13 1V1V 3
TGGCACCTGA CGGCTTAAGT TCCGTTGGAG GTTATCCGGG AAATGATGAT AAAGGTCGTG 4440 AGCTGCAACA GACAGGTTGA TCCAACCAAA CTGATGAATG ATTTCTTTGC CGCAATTGAG 4500 TTTATGCAAC GCTATCCGCA AGCGACAGGC AAAGTGGGTA TTACCGGATT TTGCTATGGC 4560 GGTGGCGTAT CGAACGCGGC GGCTGTCGCG TATCCGGAAC TGGCCTGCGC GGTGCCGTTT 4620 TATGGTCGTC AGGCACCCAC TGCCGATGTG GCGAAGATTG AAGCGCCTTT ACTACTCCAC 4680 TTCGCGGAAC TGGACACCCG AATCAACGAG GGCTGGCCTG CTTACGAGGC GGCGTTGAAA 4740 GCCAATAATA AGGTTTATGA GGCGTATATC TATCCGGGGG TTAATCACGG ATTCCATAAT 4800 GATTCCACGC CCCGTTATGA CAAATCTGCC GCCGATCTTT CCTGGCAAAG GACACTGAAA 4860 TGGTTCGATA AATATCTCTC CTGATAGGTT TATCTCTTAC GGGATTACGT CTTAAACAAG 4920 CATGAAAAAA TAGCGTGCGC AAAAGTCGTT CTTTGCCTAA AATATCGCTA TATATAACAA 4980 TATATAGCGA ATGAGGTGAA CGATGAATAA CCATTTTGGT AAAGGCTTAA TGGCGGGATT 5040 AAAAGCAACG CATGCCGACA GTGCGGTTAA TGTGACAAAA TACTGTGCCG ATTATAAACG 5100 CGGTTTTGTA TTAGGCTACT CACACCGGAT GTACGAAAAG ACCGGAGATC GCCAGCTTAG 5160 CGCCTGGGAA GCGGGTATTC TGACGCGCCG CTATGGACTG GATAAAGAGA TGGTAATGGA 5220 TTTCTTTCGT GAGAATAATT CCTGTTCTAC GTTGCGCTTT TTTATGGCCG GTTATCGCCT 5280 CGAAAATTGA TCAAACATAC GTATTATCTT GCTTTAATTA ATTACACTAA TGCTTCTTCC 5340 CTTCGTTTTA GCGCCCCGCC GCAGTATCAT GATATCGATA ACCATAATAA ATGTGTGGTA 5400 AATGGCGCAT GGATCGCATT ATTGATTTTG CGATTGAGGC AAAATATATG CCAGGTCTTC 5460 GCAACGGAAT AACTATAAAT GACTGGAGAT AACACCCTCA TCCATTCTCA CGGCATTAAC 5520 CGTCGTGATT TCATGAAGCT T 5541 配列番号 ： 21 '
配列の長さ ： 6317
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genomi c DNA
起源
生物名 ： ェンテ Dパクター クロァカェ （Ent e robac ter c l oacae)
株名 ： 臨床分離株 ET- 12
7 3
配列
AAGCTTGCCC GCATCATTCA GGAGCAGGGG CGTCGCGACC AGTTAGGTGT GAAGTTTGGC 60 AGCGGTGACA GCCCGGACTG CCGGGGGATC ACGGTTCCGG AACTGCAGAG TATCGACTTC 120 GACAAAATCA ACTTCTCTGA CTTCTACGAG GATTTGATGA AGAACCAGAA AATCCCCGAT 180
ACCAGCGCGC AGGTCAAGCA GATTAAGGAT CGCATCGCCG CGCAGGTGAA CCAGCAGGGA 240
GGTGGCAAAT GAAGCGTGTC CTCTGTGGCC TGCTTATGGC GCTGGCGAGC CATACGGCAC 300
TGGCCGATGA GATTGTGACG CCGGCTGAGC CGTTCACCGG CTGGTCCTGG TACAACGAAC 360
CGAAAAAGCC CCCTGAGCAG CCCCGGAAAC CGCAGCAGCC AGCACCGCAG CCATTCCGGA 420
TCTCAGCAAA ATGTCCCCGA TGGAGCAGGC CAGGGTGCTG AAAGGGTATA CACAGGAGGC 480
GCTTAACCGC GCCATCCTGT ACCCCTCAAG GGAAAACACG GCGACGTTCC TGCGCTGGCA 540
GAAGTTCTGG ACGGACCGGG CATCGATGTT CAGCCAGTCC TTTGCGGCGG CGCAGCTGAG 600
CCATCCGGAC CTCGACTACA ACCTGGAGTA TCCGCACTAC AACAGCATGG CGCCGTTTAT 660
GCAGACCCGT GACCAGCAGA CGCGGCAGAG CGCCGTGGAG CAGCTTGCGC AGAGTACGGT 720
CTGTTCTACT TCTACCGGGG CAGTGACCCG ATTGATGTGC AGATGGCGGG CGTGGTGGCT 780
GACTTTGCGA AAACCAACGG GATCTCACTC ATTCCGGTCT CGGTTGACGG ACAGGTGGCG 840
GCCACCCTGC CGCAAAGCCG TCCGGACACC GGACAGTCCC GGTCGATGAA TATCACGCAC 900
TTTCCGGCGC TCTTCCTGGT TGACCCGCGC AACCAGAACT ACCGTGCCCT GTCCTATGGC 960
TTCATGACCC AGGATGACCT GTCAAAACGA TTCCTGAACG TGGCCACCGG CTTTAAACCC 1020
AATTCCTGAG AGCCTTTTAT GACAAAAACA CTGTTTACCT CATCCGCGAT GCAGGGCGGG 1080
CTGCCCTGTA TTCCTTCGTC CTCGGCCCGG CACTGGTGCT GTATGTGTTT GTGATGCTGG 1140
CGGCATCAGA CGGCTCACTT TCCCGGCAAT TCCTGACGAC CTTTCATCAC CTGACTGAGG 1200
GTGCGCCTGC CGGCAAGGTG ATGGGATGTG TTAATGAACA TGAGATGGCA GGGCGTTTCT 1260
CGCCACCTGA ACCCGGAGAG TCGTTAAAGC CCGTGCCTTC CGTTTTAGAT AAAGCACCGC 1320
CTGAAGTGTT ATGTCAGCTC GGGCCCGTTG ACAGCGATTC GTGGGCGCGT ACGACAGATG 1380
CAACGTTGCT CAACACCTGG ATTATCTCGG TGATGTTTGG CTTTGGTGTG TGGTTTGTTT 1440
TATATGGCCT GTCCCGGGCC GCTCAGCGTC GCATTTCACC AGACACACAT TCTGTACTGG 1500
TACGGCAGAA CAAGGAGACA CAGGAATGAA ACCAACTCTT CTCGCAGGAC TGATTTTCTG 1560
GGGCATGATG GCGCGCCGTA CTGAGCGAGC TGATGACCTG GTCCGTGGAG CATACACAGC 1620
AGGGCCTGCT GTGGCTGTGC AATGGGATGT GGGCCGGGGC GGCTGGCATG GTGATTTATG 1680
7 4 一
CAGGTTATCG CTGGTACCGT GACGAAAGAG GGCAAACGCA TAAGGAAGGC GATCATGAAC 1740 ATTAAAACCG GACTCACGGC TCTGCTGATG TGCCTGCCCC TGCTGGCGAA CGCGGGGGCG 1800 CGCGAGGAGT TAATGGCGCT TGAAGCGACA AAAACAACCT CTGCTGACGC TGCAGCCATC 1860 ACCGCCTCCA CCATTCCGGT ACCTGCGCCG GCCAG CCTGA TGGCGCTG CC GGACGGACGT 1920 CGGGCTAACA TGAAAGATTA TGCCGTGGTG CTTTTTATGC AGGCACACTG CCAGTACAGC 1980 GCGAAGTTTG ACCCGCTGCT GAAGGGCTGG GCTGATGAGC ATTCTGTCAG GGTTTATCCA 2040 TACACCCTGG ACGGCGGCGG TGATGTGTCT TACCGACGCC GATGATCCCG CGCAAGACGG 2100 ACCCGAATTC TCCCATTGCA GACGAGATTG TCACCTTCTT CGGAAACGGG CTGCCGATTG 2160 CGACACCAAC GGCCTTTATG GTCAACGTTA ACACCCTGAA AGCCTACCCG CTGACCCAGG 2220 GTGTGATGGA CATCCCCGCT CTTGAGAGCC GTATGGCCAG CCTGATTCAG G CTGACATGG 2280 ACAACGTCGA TCCGAAAACG CTGCCGCCCA TGCCGGCAAG TGCGCAGGTC ACCCCTCAGT 2340 AATACAAACG GACTACAAAA TGACGACAAA TACGTATGCG TTATCGCGTA CCGAGCGCGT 2400 GTGGCTGTTA TTCAGCGTGA CGCTGCTTGT GTCCGCAGCT TTCTATGGGG TACTGGCCCA 2460 CCGGGTGGTC AGCGTCTGAC CGTCAGACTG ACAACTGTTT GCAGGACTTT CCGGTGCTCC 2520 TG CTTATCTC GCTGAGTATC GGATTCTTTT TCACCGTCAC CGGGCTGTAC GTCTGCCGG C 2580 AGACCCTGGT CAGGAAACCC CGGGAGGAGA TTGCATGAGG CACATCAGAC TGAAGACGTT 2640 TATCCGAAAC CAGGCTATCG GGATACTGAA AGACAGTAGT GAGGATACGG AAACCCGAAA 2700 ATGGACGGAT TTGTTAACCC TGAAACTGTT TTTATGCCTT AATTTTTACC GCCGTAGTCG 2760 AAAGGGTATA CGTGAAGTGC GCCATCACAA CGCTCAGTGC GATCTCCGTT GACCGCTCCG 2820 AACAGTTTAC GCTCTCGCTT CTCATCCACT ATCCACAGTA CCTGTTGTGG GGCGTTATGG 2880 CCGCGATTAT CGCGCTCATT GCGGTGAATT TACTCGTCTG CGGCTGGTTC TGTCTGGCCA 2940 CATATCTTTG CCGCAAACTG AACCGGACTG ACATCCCGGC AGGCAAGGAT ATGCAAGCTG 3000 TGGAGGTGCC TAATGATTAA GGCGCTTATT ACGGCAGGGG TTGTGTTCTT CTCAGGTCTG 3060 GCAGCGCTGC CTGCTCAGGC GGACGTCAAT GGTGACTCAA CGGCTTCTTT GGCAAGCTGG 3120 GCTACAGCGG CAACGTCTCT CAGGCGCAGG CCTGGCAGGG GCAGGCGGCC GGGTATTTCT 3180 CCGGCGGGTC GGTCTACCTG CGAAACCCCG TCAAAAACGT TCAGCTGATC TCGATGCAGC 3240 TGCCGTCCCT GAACGCCGGC TGCGGCGGTA TCGATGCCTA CCTGGGGTCA TTCAGCATGA 3300 TCAGCGGTGA GGAAATTCAG CGATTCGTGA AGCAAATCAT GAGTAACGCG GCTGG CTATG 3360 CATTCGACCT GGCACTGCAG ACGATGGTCC CGGAGCTGAA GCAGGCGAAA GATTTCCTGC 3420
7 5 -
OAV/df!ode
vvv
J 1 VJ33V3V33
Visv 3VV33 vvsv
vuvδν3
1V1
CGGATTCTTC TATGCCGGGG GAATGACGGC TGCGCAGATC ATGAAGAACA ACATCACGAA 5220
CAGTGCAGTT CGGCAGGGGA TTAAGGGTTT CGCCGCTCGC TCATCCGACA CGGCTAACCT 5280
GCTGAACCTG GCCACCGAGA ACGCTGCAAC CAAACAGCGT CTCAGCTGGG CTGCGGGTAA 5340
TGAGCTTGCC ACCCGAACTC TGCCGTTTGC ACAGTCCCTG CTGATGCTTA TCCTGGTGTG 5400
CCTGTTCCCG TTGATGATTG CGCTGGCCGC ATCAAATCAC ACTATGTTTG GGCTGAACAC 5460
CCTGAAAATA TACATTTCCG GTTTTATCTA TTTCCAGATG TGGCCGGTGA TGTTCGCCAT 5520
CCTTAACTAT GCTGCCAACT ACTGGCTGCA GAGTCAGTCC GGGGGCACGC CTCTGGTGCT 5580
GGCCAACAAG GATGTAGTGG CACTGCAGCA TTCGGACGTG GCGAATCTGG CAGGGTATCT 5640
GTCGTTGTCC ATTCCGGTGC TGTCGTTCGT ATCTGACCAA GGGGGCTGCG GCGATGGGCT 5700
CTCAGGTGGC AGGCAGTGTC CTCAGTTCGG GCGCCTTCAC GTCGGCAGGT GTGGCAGCAA 5760
CCACGGCGGA CGGGAACTGG TCGTTTAACA ACATGTCAAT GGACAATGTC AGCCAGAACA 5820
AGCTGGATAC CAACCTGATG CAGCGTCAGG CCAGCAGACG TGGCAGGCAG ATAATGGTTC 5880
CACGCAGACG CAGACGCCGG TGGCCATACG GTATCGACGG CTCAGGCGCA ATGTCGAATC 5940
TGCCGGTGAA CATGAAGCTC AGCCAGCTGG CCAGCAGTGG TTTCCAGGAG TCTGCCCGCC 6000
AGTCGCAGGT CCAGGCGCAG ACGGCGCTCG ATGGCTACAA CCACAGTGTC ACCAGTGGCT 6060
GGTCGCAGCT CTCACAGCTG TCTCACCAGA CCGGTACCAG CGACAGCCTG ACCAGCGGCA 6120
GTGAAAACAG CCAGGCCACT AACTCAACGC GCGGCGCGAG CATGATGATG TCGGCCGCTG 6180
AAAGCTATGC GAAAGCTAAC AATATCTCGA CGCAGGAAGC CTATAACAAG CTGATGGATA 6240
TCAGTAATCA GGGTTCTGTA TCTGCAGGCA TTAAAGGTAC GGCCGGAGGG GGACTTAATC 6300
TGGGCGTTGT TAAGCTT 6317 配列番号 ： 22
配列の長さ ： 6914
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： ェンテ Dパクタ- ク!]ァカェ （Ent erobac t er c l oacae)
株名 ： 臨床分離株 ET- 49
—3 -3 <r~>
-9 CT —3 —3 C —3 CD
~3 —3 —9 0 ~5
> "-3 > —3 -5
> >
> cn >
> -9 —3 <T3 > > —3 -3 -a
> —3 -3
CD -3 CD "3 CD D -3
> - —3 →
e-
E—
ν。1 jtv
」 3 L1S13V≤1
1V1 iovss 1V3 S3 1〕3V fsvElo Vv J01V
CTTGCCCACC AGCTTCTCTA CTGCGCCGTG GGCTATTCCA CCGCGACGAT ACAGTGCGTA 5220
GAGGTTTTCG TAAGTGACCT GCTCAGGGAA TCCATACTCG CACCATGCGG AATGGCGCTT 5280
ATTGTCCAGC CCCATTGTAG GCGCCAACAG CCCCATACGG GCACGGGCCA TCCGCGCATC 5340
GTTCAACGCA TGGTTGACGG CGAGAGTTAA TTTGTCAGTC ATGGTTTGTC CGTTGGTGGA 5400
TTTAAGGCAT AAAAAAAGGC CGCTTTGGCG ACCTTGTGGC TATTTAAAAA GCTAAACTCT 5460 GTTGAACGAA ATAAACATAA TCTGCTCAGG CTTAACGCCA TAATCACTTG CCAACTTCTG ' 5520
AGTGCACTCA ATTAAGACAG TTGATGCAGA TTTCGAAGAG CTTGCACCAT AAATTTCGAA 5580
GTTTTCAAAT ACTCCGCCGT TGGTGTGGTA AATCTTATAT GACATAAACC AATCATTCAT 5640
AATATCTACT CCCTTACAGA ATTGAGTAGA TATTATCGGC AAGTGCATAT GTTTCTTTAA 5700
ATTATCTCAA CCTTTTCGGG ATCATCATCC CGGCCATCTG GCCCTTACGT TTAATGTGTC 5760
CGTCGAGGCT GTAGCGAATA CCGTCCCAGC AGTGTTCGTA ACCGTCTGCC AGTTTAGGCA 5820
ATACCTCGCC GGTGATGCGG TCCGTTTTGT AGGACCACAT GCGGGCCTCT CTCGCCACAT 5880
TCTTGCAGCG AGGATGGATA ATGATTTCGT CAAAGCCGCG AAGATGCGCG ATACCGTCCT 5940
CAACACTCCC CTGCCATTTC TCGGCAGCCG AGATGTTGAA GCCCTGGCGC TTGAGATAGC 6000
TGATAGTCTC GGGTCGGGCG GAGTCGGCCT TGATGGGCCA GTCACGCGAT CCGGGGATTG 6060
TGTCGTATAG CTCTGGCATA TGGTCGAGCT CTGTCTGCTG ACCGTATGCC TCGTATTCGA 6120
TGTACAGCCG GTTGTGCAGG ATGAACGAGC GCACCAGCGT GTTAGGGTCT TTGGCGAAAC 6180
CGAAGTCAGC ACCGAAGAAA AGGCGATCGG CCTCTTTCCA TAGCTGGTCC GAGAACTCAG 6240
CGATCCGGTA TTTACCGGCC AGCACCTGCT TATCAGAGTT TTCGAGGTAA GCACCTTCCC 6300
AAACCCACGC GTATGTTGCC GGGTCAAGGC GGCGCTGATC GTTCTGTCGC TCACCTTCCA 6360
GCACGTCGGG GAACCATGGA TTATCCGTGT AGTTCATCTC AACGTGATAC AGTCGTCGCC 6420
AGCCTCTTTA CGGAAACGCT TATCCGTGCG CTGCCGTCGC GCTCCGGGTT CCATGTCACC 6480
CAAATCTCTG AACCTTCCTC ACGAACGGTC GGGCTCAGCT TCTGCCAGGC TATTTCGCTG 6540
ACTGATTCAG CCTCATCAAC CCAACAGAGC AAGATGCGCG CTTTCGACTT GATGCTGTCG 6600
AGGTTATGCC GCAGACCGCA GAACACGTAG TTAACGCTCT TGTCGATGGT GCGGATGTAC 6660
TTCTCGCCGA TATCAAAGTT GGAAGCCAGC CAGGGAACAG ACAGGATAGC CTGTTTCACC 6720
TCCTGCATAC TCGACTCTTC CAGTGAGTTC ATGAATTCAC GCGCACAGAG CACCACGCCG 6780
CTTTCACCGT TCATCATCGA CTGATACGCC TTTACGGCTG TCATCAGCGC AAAAGTGCGC 6840
GTCTTGGCAC TACCACGCCC ACCATGCGAG CACCGGTAAC GCTTATTCTC GGCGATGAAC 6900 一 8 1 —
AGTGGCGCAA GCTT 6914 配列番号 ： 23
配列の長さ ： 5975
配列の型 ： 核酸
鎖の数 ： 二本鎖
トポロジー ： 直鎖状
配列の種類 ： Genom i c DNA
起源
生物名 ： クレブシエラ ニューモニエ (K l ebs i e l l a pneumon i ae)
株名 ： 臨床分離株 K I - 50
配列
AAGCTTATTC CACGCTGGAG GCGTCCGGGA TTATCGGCGT CAACGCTATC GCCGGCATCG 60 CCGGGACCAT CATCGCCGGC ATGCTCTCCG ACCGCTTTTT CAAACGCAAC CGCAGCGTGA 120 TGGCCGGATT CATCAGCCTG CTGAACACCG CCGGCTTCGC CCTGATGCTC TGGTCGCCGC 180 ACAATTACTA CACTGATATT CTGGCGATGA TTATCTTCGG GGCCACCATT GGCGCTCTGA 240 CCTGCTTCCT TGGCGGGCTG ATCGCCGTCG ATATCTCTTC GCGCAAGGCC GCCGGGGCCG 300 CGCTCGGCAC CATCGGCATC GCAGCTACGC CGGCGCCGGC CTGGGCGAGT TTCTCACCGG 360 GTTCATTATT GATAAAACGG CTATCCTTGA AAACGGCAAA ACGCTGTATG ATTTCAGCAC 420 GTTGGCGCTG TTCTGGGTGG GTACGGTCTG GGTTCNGCGC TACTCTGTTT TACCACTGCC 480 GCCATCGTCG CCCGGCGCCA TGCCGTCGAA CGGCAGACCT CGTTCTCCTC ATAACCGATT 540 AACGAATAAG GAAGAAGATA TGATGCCTGC AAGACATCAG GGGCTGTTAC GCCTGTTTAT 600 CGCCTGCGCG CTGCCGCTGC TGGCGCTGCA ATCTGCCGCC GCCGCGGACT GGCAGCTGGA 660 GAAAGTGGTC GAGCTCAGCC GCCACGGTAT TCGTCCGCCG ACGGCCGGCA ACCGGGAAGC 720 CATCGAGGCC GCCACCGGCC GACCGTGGAC CGAGTGGACC ACCCATGACG GGGAGCTCAC 780 CGGCCATGGC TATGCCGCCG TGGTCAACAA AGGGCGTGCG GAAGGCCAGC ATTACCGCCA 840 GCTCGGCCTG CTGCAGGCCG GATGCCCGAC GGCGGAGTCG ATATACGTGC GCGCCAGCCC 900 GCTGCAGCGG ACGCGAGCGA CCGCCCAGGC GCTGGTGGAT GGCGCCTTCC CCGGCTGCGG 960 CGTCGCTATC CATTATGTCA GCGGGGATGC CGATCCCCTG TTTCAGACCG ACAAGTTCGC 1020 CGCCACGCAA ACCGACCCCG CCCGCCAGCT GGCGCGGTGA AAGAGAAGGC CGGGGATCTG 1080
8 2 一
3 S1VV3
Claims
1. 感染症疾患起因菌が保有する D N Aと特異的に反応する - D N A断片を含む感染症診断用プローブであって ；
5 前記感染症疾患起因菌力、'、 Staphylococcus aureusヽ
Staphylococcus epiderraidisヽ Enterococcus f aeca 1 i s> Pseudomonas aeruginosa^ Escherichia coli、 Klebsiella pneumoniae、 Entrerobacter cloacae カヽらなるグループカヽら 選択された 1種以上の細菌であることを特徴とする。
10
2. 前記 D N A断片が、 制限酵素 Hindlllで処理して調製された 切断片である、 請求の範囲第 1項に記載の感染症診断用プロ一 ブ。
15 3. 前記感染症診断用プローブが、 配列番号 1乃至 4の少な く と — ^の塩基配歹 を有し、 カヽっ Staphylococcus aureus力く保有 する D N Aと特異的に反応する、 請求の範囲第 1項も し く は第 2項に記載の感染症診断用プロ一ブ。
20 4. 前記感染症診断用プロ一ブが、 配列番号 5乃至 8の少な く と も一つの塩 配歹 ij ¾ し、 カヽっ Staphylococcus ep i dermi d i s が保有する D N Aと特異的に反応する、 請求の範囲第 1項も し く は第 2項に記載の感染症診断用プローブ。
25 5. 前記感染症診断用プローブが、 配列番号 9乃至 12の少な く と ち——つの塩 ¾配歹 (J ¾r し、 力、つ Enterococcus faecalis力く保有 する D N Aと特異的に反応する、 請求の範囲第 1項も し く は第 2項に記載の感染症診断用プローブ。
- 8 6 -
6. 前記感染症診断用プローブが、 配列番号 13乃至 16の少な く と も— ^の塩基配歹 U ¾：有し、 カヽっ Pseudomonas aeruginosa 力く保 有する D N Aと特異的に反応する、 請求の範囲第 1項も し く は 第 2項に記載の感染症診断用プローブ。
7. 前記感染症診断用プローブが、 配列番号 17乃至 23の少な く と も一つの塩基配歹 ijを有し、 力、つ Escherichia col i 、
Entrerobacter cloacae^ および Klebsiella pneumoniaeが保 有する D N Aと特異的に反応する、 請求の範囲第 1項もし く は 第 2項に記載の感染症診断用プローブ。
8 7 -
Priority Applications (13)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CA002139847A CA2139847C (en) | 1992-07-07 | 1993-07-07 | Probe for diagnosing infectious disease |
| DK01203326T DK1160334T3 (da) | 1992-07-07 | 1993-07-07 | Probe til diagnostisering af infektionssygdom, der opstår fra Pseudomonas aeruginosa |
| DK03075757T DK1329518T3 (da) | 1992-07-07 | 1993-07-07 | Probe til diagnosticering af infektionssygdom, der opstår fra Staphylococcus aureus |
| EP93914968A EP0652291B1 (en) | 1992-07-07 | 1993-07-07 | Probe for diagnosing infectious disease |
| AT93914968T ATE241702T1 (de) | 1992-07-07 | 1993-07-07 | Sonde zur diagnose einer ansteckenden krankheit |
| KR1019950700098A KR0159071B1 (ko) | 1992-07-07 | 1993-07-07 | 감염증 진단용 프로브 |
| DK93914968T DK0652291T3 (da) | 1992-07-07 | 1993-07-07 | Probe til diagnosticering af infektionssygdom. |
| DE69333008T DE69333008T2 (de) | 1992-07-07 | 1993-07-07 | Sonde zur diagnose einer ansteckenden krankheit |
| US08/362,577 US5807673A (en) | 1992-07-07 | 1993-07-07 | Probe for diagnosing infectious disease |
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