JP2002516571A

JP2002516571A - Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓｆａｅｃａｌｉｓポリヌクレオチドおよびポリペプチド

Info

Publication number: JP2002516571A
Application number: JP54828998A
Authority: JP
Inventors: エイ．クンシュ，チャールズ; エイチ．チョイ，ギル; ベイリー，キャメラ; ロマッキー，アレックス
Original assignee: ヒューマンジノームサイエンシーズ，インコーポレイテッド
Priority date: 1997-05-06
Filing date: 1998-05-04
Publication date: 2002-06-04
Also published as: EP0981625A2; WO1998050554A3; JP2002529046A; US20020045737A1; US6448043B1; US20050043528A1; WO1998050554A2; CA2288944A1; CA2289116A1; US6913907B2; AU735444B2; CN1268178A; KR20010012223A; AU7280598A; WO1998050555A2; AU745787B2; US20030017495A1; EP1002090A2; KR20010012236A; AU7279398A

Abstract

(57)【要約】本発明は、Enterococcus faecalis由来の新規の遺伝子およびそれらがコードするポリペプチドに関する。ベクター、宿主細胞、抗体、およびこれらを産生するための方法もまた、提供される。さらに、本発明は、Enterococcusの核酸、ポリペプチド、および生物学的サンプル中の抗体を検出するための診断方法に関する。本発明は、さらに、Enterococcus感染を予防または弱毒化するための新規のワクチンに関する。

Description

【発明の詳細な説明】 Enterococcus faecalisポリヌクレオチドおよびポリペプチド発明の技術分野本発明は新規のEnterococcus faecalis遺伝子（E.faecalis）核酸およびポリペプチドに関する。ベクター、宿主細胞およびそれらを生成する組み換え方法もまた、提供される。本発明のE.faecalisの核酸およびポリペプチドに対するプローブ、プライマーおよび抗体を使用してEnterococcus faecalisを検出する診断方法をさらに提供する。本発明はさらに、E.faecalisポリペプチド活性のアゴニストおよびアンタゴニストを同定するスクリーニング方法ならびにE.faecalis核酸およびポリペプチドを使用するワクチンに関する。発明の背景 Thiercelinにより顕微鏡でやっと見える生物として1988に最初に記載された世紀の変わり目以来、腸球菌はヒトに対して病原性であると認識されてきた。Ente rococcus属は、Enterococcus faecalis種すなわちE.faecalisを含み、これは群の中でも最も一般的な病原体であり、全腸球菌感染の80〜90％を占める。Lewis ら、(1990)Eur J.Clin Microbial Infect Dis.9:111-117を参照のこと。腸球菌感染の発生率は近年増加しており、そして腸球菌は今や２番目に最も頻繁に報告される院内病原体である。腸球菌感染は、抗生物質に対するその耐性のために特に重要である。近年の関心が腸球菌に焦点を向けられているのは、院内感染におけるその増加における役割のためだけではなく、その注目に値するおよび増加している抗菌剤に対する耐性のためでもある。これらの因子は相互に補強される。というのは、抗菌剤が高密度で使用されている環境中において、耐性によって腸球菌の生存が可能にされるからである；病院環境は抗生物質を提供し、これは感受性細菌を排除または抑制し、それにより耐性生物についての選択的な利点を提供し、そして病院はまた、手および環境的な混入の通常の経路を介した耐性腸球菌の播種の可能性を提供する。抗菌薬耐性は２つの一般型に分けられ得、先天的に備わっているすなわち固有の特性、および獲得されたものである。固有の耐性についての遺伝子は他の種の特徴のように、染色体上に存在するようである。獲得性の耐性は存在するDNAにおける変異または新規のDNAの獲得のいずれかから生じる。腸球菌によって発現される種々の先天的な形質としては、ペニシリナーゼ耐性半合成的ペニシリン、セファロスポリン、低レベルのアミノグリコシドおよび低レベルのクリンダマイシンに対する耐性が挙げられる。獲得性の耐性の例としては、クロラムフェニコール、エリスロマイシン、高レベルのクリンダマイシン、テトラサイクリン、高レベルのアミノグリコシド、ペニシリナーゼによるペニシリン、フルオロキノロンおよびバンコマイシンに対する耐性が挙げられる。ペニシリナーゼが存在しない場合の高レベルのペニシリンに対する耐性およびフルオロキノロンに対する耐性が、プラスミドまたはトランスポゾン媒介性であるとして既知ではなく、おそらく変異に起因する。ヒトにおける腸球菌の主な貯蔵器官は胃腸管であるが、細菌はまた胆嚢、尿道および膣に常在し得る。 E.faecalisは、心内膜炎、菌血症、尿路感染症（UTI）、腹腔内感染、軟部組織感染および新生児敗血症における重要な病原体として現れる。Lewisら（1990 ）上述を参照のこと。1970年代および1980年代において、腸球菌は主要な院内病原体として確固として確立された。現在、米国において、これらは院内感染の４番目に主要な原因であり、そして菌血症の３番目に主要な原因である。腸球菌細菌の死亡率は、12％〜68％の範囲であり、この場合における４〜50％において腸球菌性敗血症に起因する死亡を伴う。T.G.Emori（1993）Clin.Microblol.Rev.6: 428〜442を参照のこと。腸球菌の胃腸管にコロニー形成する能力．ならびに多くの固有および獲得性の耐性形質は、これらの生物（通常は相対的に低い固有のビルレンスを有するようである）が２次的侵入者になる優れた機会を与えられることを意味する。腸球菌の院内単離物は全ての有用な抗菌剤に対して本質的に耐性を示すので、腸球菌感染の首尾良い処置及び制御はますます困難となるようである。特に種々の耐性遺伝子が単一の株に共に生じる場合、今後、この事象が同時に生じるのはほとんど確実である。 Enterococcus faecalisにより媒介または悪化される疾患の病因は、E.faecali s遺伝子のプログラムされた発現に関与し、そしてこれらの遺伝子の特徴付けおよびその発現パターンが生物およびその宿主との相互作用についての本発明者らの理解を劇的に増加させることに関与する。E.faecalis遺伝子およびゲノム構成についての知識は、疾患病因学についての我々の理解を向上させ、そして疾患を予防、処置、および診断するための改善された新規の方法を導く。従って、E.fa ecalisのゲノムおよびこの生物のポリヌクレオチドを特徴付ける必要性が存在する。発明の要旨本発明は、表１および配列番号１から配列番号496に示される、単離されたE.f aecalisポリヌクレオチドおよびポリペプチドを提供する（ポリヌクレオチド配列は奇数の配列番号を有し、そしてポリペプチド配列は偶数の配列番号を有する）。本発明の１つの局面は、以下からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを含む、単離された核酸分子を提供する：（ａ）表１に示されるヌクレオチド配列；（ｂ）表１に示されるポリペプチドのアミノ酸配列のいずれかをコードするヌクレオチド配列；および（ｃ）（ａ）または（ｂ）のヌクレオチド配列のいずれかに相補的なヌクレオチド配列。本発明はさらに、上の（ａ）、（ｂ）および（ｃ）の核酸分子のフラグメントについて提供する。本発明のさらなる実施態様は単離された核酸分子を含み、これは上記の（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のヌクレオチド配列のいずれかに少なくとも90％同一およびより好ましくは少なくとも95％、96％、97％、98％または99％同一であるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチド、あるいは上の（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチドにストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む。本発明のさらなる核酸の実施態様は、上記の（ａ）のアミノ酸配列を有するE.faecalisポリペプチドのエピトープ保有部分のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子に関する。本発明はまた、本発明の単離された核酸分子を含む組換えベクター、および組換えベクターを含む宿主細胞、ならびにこれらのベクターおよび宿主細胞を作成する方法に関する。本発明はさらに、組換え技術によるE.faecalisポリペプチドまたはペプチドの産生における、これらのベクターの使用に関する。本発明はさらに、表１に記載のポリペプチドまたはそれらのフラグメントのいずれかのアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する、単離されたE.faecalisポリペプチドを提供する。本発明のポリペプチドはまた、表１に記載のアミノ酸配列に、少なくとも70％類似性、およびより好ましくは少なくとも75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％または99％類似性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチド、ならびに上記のアミノ酸配列に少なくとも70％同一、より好ましくは少なくとも75 ％同一、およびさらにより好ましくは80％、85％、90％、95％、96％、97％、98 ％または99％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチド、ならびにこのようなポリペプチドをコードする単離された核酸分子を含む。本発明はさらに、単一成分または多成分ワクチンを提供し、これは表1に記載の1つ以上のE.faecalisポリヌクレオチドもしくはポリペプチドまたはそのフラグメントを薬学的に受容可能な希釈剤、キャリアもしくは賦形剤とともに含み、ここでE.faecalisポリペプチドは、動物において、Enterococcus属のメンバーもしくは少なくともE.faecalisに対する免疫応答を誘発する有効量で存在する。本発明のE.faecalisポリペプチドはさらに、１つ以上の他の腸球菌または非腸球菌生物の１つ以上の免疫原と組み合わせられて、Enterococcus属のメンバーおよび、必要に応じて、１つ以上の非腸球菌生物に対する免疫応答を誘発することを意図される多成分ワクチンを生成し得る。本発明のワクチンはDNAの形態、例えば、「裸の」DNAで投与され得、ここでDN Ａは1つ以上の腸球菌ポリペプチドおよび、必要に応じて非腸球菌生物の１つ以上のポリペプチドをコードする。１つ以上のポリペプチドをコードするDNAは、これらのポリペプチドが融合タンパク質として発現されるように構築され得る。本発明のワクチンはまた、遺伝的に操作された生物または宿主細胞の成分として投与され得る。従って、遺伝的に操作された生物または宿主細胞（これらは１つ以上のE.faecalisポリペプチドを発現する）は動物に投与され得る。例えば、このような遺伝的に操作された生物または宿主細胞は、１つ以上の本発明のE.fa ecalisポリペプチドを細胞内、その細胞表面上またはその細胞膜周辺腔に含み得る。さらに、このような遺伝的に操作された生物または宿主細胞は１つ以上のE. faecalisポリペプチドを分泌し得る。本発明のワクチンはまた、免疫系のモジュレーターと共に動物に同時投与され得る（例えば、CD86およびGM-CSF）。本発明はまた、Enterococcus属の１つ以上のメンバー、好ましくはE.facalis 種の１つ以上の単離体に対する、動物における免疫学的応答を誘導する方法を提供し、これは動物に上記のワクチンを投与する工程を包含する。本発明はさらに、Enterococcus属のメンバー、好ましくは少なくともE.faecal is種による感染を阻害、減弱、または制御するのに十分な、動物における、感染防御免疫応答を誘導する方法を提供し、これは表１に記載の１つ以上のポリヌクレオチドまたはポリペプチドあるいはそれらのフラグメントを含む組成物を動物に投与する工程を包含する。さらに、これらのポリペプチドまたはそのフラグメントは別の免疫原と結合され得るか、および／あるいはアジュバントとの混合物で投与され得る。本発明はさらに、１つ以上の本発明のE.faecalisポリペプチドの投与によって動物において惹起される抗体、ならびにそのような抗体およびそれらのフラグメントを生成する方法に関する。本発明はさらに、組換え抗体およびそのフラグメントならびに、そのような抗体およびそのフラグメントを生成する方法に関する。本発明はまた、動物においてEnterococcus属のメンバーによって、表１のポリヌクレオチドの発現を検出する診断方法を提供する。１つのこのような方法は、動物由来のサンプルにおいてE.faecalisポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの発現をアッセイする工程を含む。この発現は直接的に（例えば、表１に記載のアミノ酸配列に対する応答において惹起された抗体を使用してポリペプチドレベルをアッセイすることによって）か、または間接的に（例えば、表１に記載のアミノ酸配列に対する特異性を有する抗体についてアッセイすることによって）かのいずれかでアッセイされ得る。ポリヌクレオチドの発現はまた、表１の核酸を検出することによってアッセイされ得る。このような方法の例は、Entero coccus核酸配列を増幅および検出するポリメラーゼ連鎖反応（PCR）の使用を含む。本発明はまた、表１（奇数の配列番号）に記載のヌクレオチド配列の全てまたは部分を有する核酸プローブに関し、これはストリンジェントな条件下でEntero coccus核酸にハイブリダイズし得る。本発明はさらに、動物から得た生物学的サンプルにおいて、１つ以上のEnterococcus核酸を検出する方法に関し、この１つ以上の核酸はEnterococcusポリペプチドをコードし、これは以下の工程を包含する：（ａ）サンプルを１つ以上の上記の核酸プローブと、ハイブリダイゼーションが生じるような条件下で接触する工程、および（ｂ）上記１つ以上のプローブの、生物学的サンプル中に存在するEnterococcus核酸に対するハイブリダイゼーションを検出する工程。本発明のポリペプチドの別の使用は以下：特に、イムノアッセイにおいてE.fa ecalisを検出するため、エピトープタグとして、SDS-PAGEゲル上の分子量マーカーとして、分子ふるいゲル濾過カラムのための分子量マーカーとして、イムノアッセイにおいてE.faecalis検出のために本発明のE.faecalisポリペプチドに特異的に結合する抗体を生成するため、E.faecalisおよび他のEnterococcus種に対する免疫応答を生成するため、ならびにE.faecalis、他のEnterococcus種および他の細菌属に対するワクチンとして、の使用を包含する。本発明の単離された核酸分子、特にDNA分子は、例えば、サザンおよびノザンブロット分析による、遺伝子マッピングのための、および生物学的サンプル中の E.faecalisを同定するためのプローブとして有用である。本発明のポリヌクレオチドはまた、特定のE.faecalisポリヌクレオチドに対するプライマーを使用する PCRによってE.faecalisを検出するのに有用である。本発明の単離されたポリヌクレオチドはまた、本発明のポリペプチドを作成するのに有用である。詳細な説明本発明は組換えE.faecalis核酸およびそのフラグメントに関する。本発明はさらに、組換えE.faecalisポリペプチドおよびそのフラグメントに関する。本発明はまた、これらのポリペプチドを使用して免疫応答を生成する方法、およびEnte rococcus属のメンバー、少なくともE.faecalis属の単離体により生じた疾患に対する免疫感染防御を付与する方法に関する。本発明はさらに、抗原性E.faecalis ポリペプチドをコードする核酸配列ならびに生物学的サンプル中から、E.faecal is核酸およびポリペプチドを検出する方法に関する。本発明はまた、本発明のポリペプチドおよびペプチドに特異的な抗体ならびに宿主動物において生成されたこのような抗体を検出する方法に関する。定義以下の定義は、本発明者らが本発明であると考える内容を明白にするために、提供される。本明細書中に使用される、句「病原性因子」とは、動物における疾患状態または苦痛を引き起こす因子を意味する。例えば、細菌、原虫、真菌、ウイルスおよび後生動物寄生虫（metazoan parasite）がこの定義内に包含され、これらは疾患状態を生成するか、またはそのような生物に感染した動物を疾患状態に感受性である（例えば2次感染）ようにするかのいずれかである。さらに、動物において疾患状態を生成する、Enterococcus属の種および株が包含される。本明細書中に使用される場合、用語「生物」とは、任意の生存している生物系を意味し、病原性因子であるかどうかにかかわらず、これにはウイルスが包含される。本明細書中に使用される場合、用語「Enterococcus」とは、Enterococcus属のメンバーである細菌の任意の種または株を意味する。このような種および株は当業者に公知であり、そして病原性であるものおよび病原性でないものを包含する。本明細書中に使用される場合、句「本発明の１つ以上のE.faecalisポリペプチド」とは、表１に記載（偶数の配列番号）の１つ以上のE.faecalisポリペプチドのアミノ酸配列を含むポリペプチドを意味する。これらのポリペプチドは融合タンパク質として発現され得、ここで本発明のE.faecalisポリペプチドはさらなるアミノ酸配列（これは腸球菌起源または非腸球菌起源のものであり得る）に連結され得る。この句はさらに、本発明のE.faecalisポリペプチドのフラグメントを含むポリペプチドを含む。さらなる定義は明細書中にわたり提供される。表１の説明以下の表１は遺伝子（これはE.faecalisのポリペプチドをコードする）を記載する情報を提供する。表は遺伝子識別名（これは文字EFから成り、これはE.faec alisを示し、すぐ後に３桁の数字コードが続き、これは任意に本発明のE.faecal is遺伝子を番号付ける）を列挙する。１から４の数が３桁の数字の後に続く。数１は先行する３桁の数字の数により特定される遺伝子の完全長オープンリーディングフレームを示す。数２は先行する３桁の数字を特定する遺伝子によりコードされる完全長ポリペプチドを示す。数３は先行する３桁の数字の数により表される遺伝子のポリヌクレオチドフラグメントを表し、これは抗原性ポリペプチドを生成するために使用される。数４は、先行する３桁の数字の数により表される遺伝子の、抗原性ポリペプチドフラグメントを示し、免疫応答を刺激するために、またはワクチンとして使用される。各遺伝子およびフラグメントのヌクレオチドおよびアミノ酸配列はまた、表１に列挙される配列番号の下に、配列表に示される。表２の説明表２は、本発明のポリペプチドとGenBankおよびDerwentデータベースを通じて利用可能なポリペプチド間で、最も密接にマッチする配列に対する登録番号を列挙する。これらの参照番号は、その名称に精通している当業者に一般的に使用される、データベース登録番号である。GenBenkについての命名法の説明はtheNati onal Center for Biotechnology Informationから入手可能である。第1列は本発明の遺伝子またはORFを列挙する。第2列は、GenBankまたはDerwentデータベースにおける「マッチする」遺伝子配列の登録番号を列挙する。第3列は、「マッチする」遺伝子配列の説明を列挙する。第4列および第5列は、それぞれBLASTにより算出された、おそらく、高いスコアおよび最小和（sum）である。GenBankまたはDerwentのいずれのポリペプチド配列とも有意な同一性／類似性を共有しない本発明のポリペプチドは、表２には示さない。１つより多くのGenBankおよびDer wentのポリペプチドと、有意な同一性／類似性を共有する、本発明のポリペプチドは1回より多く表される。表３の説明本発明のE.faecalisポリペプチドは、表３に示される天然の変異体または人為的な操作由来の、１つ以上の保存的アミノ酸置換を含み得る。変化は、好ましくは、保存的アミノ酸置換のような微量性質ものであり、これはタンパク質の折り畳みまたは活性には有意に影響しない。表３に示される、以下のグループ由来の残基は相互に置換され得る：芳香族、疎水性、極性、塩基性、酸性および低分子。表４の説明表４は、JamesonおよびWolf（1988）Comp.Appl.Biosci.4:181-186のアルゴリズムを使用して本発明者らにより予測される、表１に記載の完全長E.faecalisポリペプチドの各々に存在する抗原性エピトープ保有フラグメントの、抗原性エピトープを含む残基を列挙する。Jameson-Wolf抗原性分析はコンピュータープログラムPROTEAN（Version 3.11 for the Power Maclntosh,DNASTAR,Inc.,1228 Sout h Park Street Madison,WI）を使用して行われた。表１に示されるE.faecalisポリペプチドは、表４に記載される残基を含む１つ以上の抗原性エピトープを含み得る。抗原性決定基を予測するために使用される分析規準に依存して、抗原決定基の正確なアドレスはわずかに変化し得ると認識される。表４に示され記載される残基および位置は、表１および配列表に示される各完全長遺伝子配列についてのアミノ酸配列に対応する。Jameson-Wolfアルゴリズムにより認識される抗原性エピトープを有さない本発明のポリペプチドは、表２に表されない。抗原性E.faecalisポリペプチドをコードする核酸配列の選択配列決定されたE.faecalisゲノムDNAをE.faecalis株V586から得た。E.faecali s株V586は1997年５月２日にATCC（10801 University Blvd.Manassas,VA 20110-2 209）に寄託され、そして受託番号55969を与えられた。本明細書中に開示されるE.faecalisゲノムのフラグメントのサブセットに含まれるいくつかのORFは、以下の詳述される多数のスクリーニング規準の使用を介して誘導される。ORFは、メチオニンまたはバリン残基によりアミノ末端で、および通常は終止コドンによりカルボキシ末端で制限される。選択された配列のほとんどは完全なORFから成る。完全なORFを含まないポリペプチドは、対応するポリヌクレオチド配列がポリペプチド配列における最後のアミノ酸残基についてのコドンの後に終止コドンを含むかどうかを決定することによって、決定され得る。異種の系において、完全なORFを発現することが常に好ましいわけではない。一般の研究室での方法により、高度に疎水性のタンパク質を発現および精製することは、挑戦的であり得る。本明細書中に記載される、いくつかのポリペプチドワクチン候補物は、組換えタンパク質の生成を単純化するために、わずかに改変されている。例えば、アミノ末端シグナル配列で見出されるような、高度に疎水性のドメインをコードするヌクレオチド配列は、ポリペプチドの発現に使用されるいくつかの構築物からは排除されている。さらに、カルボキシ末端に生じるいずれかの高度な疎水性アミノ酸配列もまた、組換え発現構築物から排除されている。従って、１つの実施態様において、短縮型または改変型ORFを表すポリペプチドは、抗原として使用され得る。当該分野において、潜在的に免疫原性のポリペプチドを選択する多数の方法が公知である一方、本明細書中に開示される多くのORFは、いくつかの局面の潜在的な免疫原性に対するEnterococcus faecalisのORFのスクリーニングに基づいて選択された。選択規準の１つのセットは以下の通りである：１．Ｉ型シグナル配列：アミノ末端Ｉ型シグナル配列は、新生のタンパク質を原形質および外膜を横切り細菌細胞の外側へと、一般に方向づける。Eschericia coliを用いる研究から得られた実験的証拠は、代表的なＩ型シグナル配列が以下の生化学的および物理的性質から成ることを示唆する（Izard,J.W.およびKend all,D.A.Mol.Microbiol.13:765-773(1994)）。Ｉ型シグナル配列の長さは、約15 〜25であり、主に疎水性アミノ酸残基であり、もっともアミノ末端に正味の正電荷を有する。さらに、シグナル配列の中夫領域は、疎水性環境中においてα−ヘリックス高次構造を採用する。最終的に、切断の実際の部位を囲む領域は理想的には６残基長であり、−１位および−３拉に小さい側鎖アミノ酸を有する。２．IV型シグナル配列：IV型シグナル配列はいくつかの型の機能的なシグナル配列の例であり、これは上に詳述したＩ型シグナル配列に加えて存在する。機能的には関連するが、IV型シグナル配列は独特なセットの生化学的および物理的性質を有する（Strom,M.S.およびLory,S.,J.Bacteriol.174:7345-7351(1992)）。これらは代表的に６〜８アミノ酸であり、正味の塩基性電荷、続いてさらなる16 〜30の主に疎水性残基を有する。IV型シグナル配列の切断部位は、代表的にはもっともアミノ末端での最初の６〜８アミノ酸の後に存在する。さらに、IV型シグナル配列は、一般的に切断部位に対して+1位にフェニルアラニン残基を含有する。３．リポタンパク質：26細菌性リポタンパク質前駆体の切断部位の研究は、リポタンパク質切断に対するコンセンサスアミノ酸配列の定義を可能にした。試験した細菌性リポタンパク質前駆体の約３／４が、切断点と比較して−３位〜＋１位に配列L-(A,S)-(G,A)-Cを含んだ（Hayashi,S.およびWu,H.C.,Bioenerg.Biomem br.22:451-471（1990））。４．LPXTGモチーフ：グラム陽性菌の表面上で見出されるほとんどのアンカータンパク質が、高度に保存されたカルボキシ末端配列を所有することが実験的に決定された。例えば、S.pyogenes、S.mutans、E.faecalis、S.pneumoniaeなどの生物由来のような５０を超えるタンパク質が、これらの細胞外の位置およびカルボキシ末端アミノ酸配列に基づいて同定された（Fischetti，V．A.，ASM News 6 2:405-410(1996)）。保存された領域は、膜貫通ドメインとして機能することが予想される１５〜２０の疎水性アミノ酸に結合した極度にカルボキシル末端での６つの荷電されたアミノ酸からなる。膜貫通ドメインにすぐ隣接して、試験されたほとんど全てのタンパク質に保存される６つのアミノ酸配列がある。この領域のアミノ酸配列は、Ｌ−Ｐ−Ｘ−Ｔ−Ｇ−Ｘであり、ここでＸは任意のアミノ酸である。上記の基準を含む抗原性かつ免疫原性Enterococcus faecalisポリペプチドを選択するアルゴリズムが開発された。このアルゴリズムは、1997年１月３日に出願された米国特許出願第０８／７８１，９８６号（これは、本明細書中で参考として完全に援用される）に記載されるアルゴリズムと類似である。免疫学的に有用なEnterococcus faecalisポリペプチドを選択するための本発明者らによるアルゴリズムの使用が、多くの開示されたORFの選択を生じた。この群において同定されたポリペプチドを含むポリペプチドは、当該分野の標準的な技術および本明細書にさらに記載される技術によって産生され得る。核酸分子配列決定されたE.faecalisゲノムDNAは、E.faecalis株V586から得られた。本明細書の他で議論されるように、本発明のポリヌクレオチドは、DNAのクローニングおよび配列決定のための周知および標準的な手順の日常的な適用によって容易に得られ得る。ライブラリーを得るために、および配列決定するための詳細な方法は、例えば、以下に提供される。広く多様なEnterococcus faecalis株が本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドのクローニングならびに入手のためのE.faecalisゲノムDNAを調製するために使用され得る。広く多様なEnterococcu s faecalis株は公認の受託機関（例えば、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ATCC））から公に入手可能である。核酸およびアミノ酸配列の少数の改変は、E.faecalis株から株への改変であることが理解されることが認識される。本発明は、全てのEnterococcus faecalis株由来の本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの両方を含む遺伝子を提供する。他に示されない限り、本明細書中でDNA分子を配列決定することによって決定されたすべてのヌクレオチド配列は、自動化DNA配列決定機（例えば、Applied B iosystems，Inc.，Foster City，CAのModel 373）を用いて決定され、そして本明細書中で決定されたDNA分子によってコードされるポリペプチドのすべてのアミノ酸配列は、上記のように決定されたDNA配列の翻訳によって推定された。従って、この自動化アプローチによって決定された任意のDNA配列について当該分野において公知のように、本明細書中で決定される任意のヌクレオチド配列はいくつかの誤りを含み得る。自動化によって決定されるヌクレオチド配列は、配列決定されたDNA分子の実際のヌクレオチド配列に対して、代表的には少なくとも約90％同一、より代表的には少なくとも約95％〜少なくとも約99.9％同一である。実際の配列は、当該分野において周知の手動DNA配列決定方法を含む他のアプローチによってさらに正確に決定され得る。当該分野においてまた公知のように、実際の配列と比較して、決定されたヌクレオチド配列における単一の挿入または欠失は、ヌクレオチド配列の翻訳においてフレームシフトを引き起こし、その結果、決定されるヌクレオチド配列によってコードされる推定アミノ酸配列は、配列決定されるDNA分子によって実際にコードされるアミノ酸配列とは完全に異なり、このような挿入または欠失の点にて始まる。表１と、表１に記載されるクローンの核酸配列または表１に記載されるクローンによって発現されるタンパク質のアミノ酸配列のいずれかとの間での衝突の場合、表１に記載されたクローンは制御している。核酸分子またはボリヌクレオチドの「ヌクレオチド配列」によって、DNAまたはRNA配列のいずれかを意味することが意図される。本明細書に提供される情報（例えば、表１中のヌクレオチド配列）を使用して、E．faecalisポリペプチドをコードする本発明の核酸分子が、標準的なクローニングおよびスクリーニング手順（例えば、開始材料としてゲノムDNAを使用してDNAをクローニングするための手順）を使用して得られ得る。例えば、Sambrookら、MOLECULAR CL ONING：A LABORATORY MANUAL（Cold Spring Harbor、N.Y．第２版、１９８９）；Ausubelら、CURRENT PROTOCALS IN MOLECULAR BIOLOGY（John WileyおよびSon s、N.Y．１９８９）を参照のこと。本発明の例として、表１に記載される核酸分子が、E．faecalisゲノムDNA由来のDNAライブラリーにおいて発見された。本発明の核酸分子は、RNA（例えば、mRNA）の形態、またはDNA（例えば、cDNA 、およびクローニングによって得られるか、または合成的に生成されるゲノムDN Aを含む）の形態であり得る。DNAは、二本鎖または一本鎖であり得る。一本鎖DN AまたはRNAは、コード鎖（センス鎖としても知られる）であり得るか、または非コード鎖（アンチセンス鎖とも呼ばれる）であり得る。「単離された」核酸分子によって、ネイティブな環境から取り出された核酸分子（DNAまたはRNA）が意図される。これは、ネイティブな染色体から単離された本発明のE．faecalisポリヌクレオチドを含むＤＮＡのセグメントを含む。これらのフラグメントは、E．faecalisＤＮＡのみからなる単離されたフラグメント、およびベクター配列または他の外来DNAのような異種配列を含むフラグメントの両方を含む。例えば、ベクター中に含まれる組換えDNA分子は、本発明の目的のために単離されると考えられる。単離されたDNA分子のさらなる例は、異種の宿主細胞において維持される組換えDNA分子、または溶液中の（部分的または実質的に）精製されたDNA分子を含む。単離されたRNA分子は、本発明のDNA分子のインビボまたはインビトロでのRNA転写物を含む。本発明による単離された核酸分子は、合成的に生成されたような分子をさらに含む。さらに、本発明の単離された核酸分子は、上記の核酸分子とは実質的に異なる配列を含むが、遺伝コードの縮重に起因して、なお本発明のE．faecalisポリペプチドおよびペプチド（例えば、表１のペプチド）をコードするDNA分子を含む。すなわち全てが、本発明のE．faecalisポリペプチドをコードすることが可能なDNA配列である。これは、当該分野で公知の遺伝コードおよび種特異的コドン優先度(preference)を含有する。従って、当業者にとっては、例えば、特定の宿主のためにコドン発現を最適化するように上記の縮重改変体を生成することは日常的であり得る（例えば、哺乳動物またはE.coliのような他の細菌宿主に好ましい、細菌mRNAにおけるコドンに変更する）。本発明はさらに、表１に示されるヌクレオチド配列を有する単離された核酸分子、または上記の配列の１つに相補的な配列を有する核酸分子を提供する。このような単離された分子「特にDNA分子」は、遺伝子マッピングのための、および生物学的サンプル中のE．faecalisを同定する（例えば、PCR、サザンブロット、ノーザンブロット、または他の形態のハイブリダイゼーション分析による）ためのプローブとして有用である。本発明は、本明細書中に記載されるヌクレオチド配列の一部またはフラグメントをコードする核酸分子にさらに指向される。フラグメントは、表１のヌクレオチド配列または表１に記載されるプラスミドクローン（任意の２つの完全体から選択される、少なくとも１０の連続するヌクレオチド長（片方は５’ヌクレオチド位置を示し、そして他方は３’ヌクレオチド位置を示す）であり、ここで表１の各ヌクレオチド配列の第１のヌクレオチドは、１位である）に含まれるE．fae calisヌクレオチド配列の一部を含む。すなわち、少なくとも１０の連続するヌクレオチド長でのフラグメントが占有し用る５’および３’ヌクレオチド位置の全ての組み合わせが、本発明に含まれる。少なくとも平均フラグメントは、１０の連続するヌクレオチド塩基長であるか、または１０と、表１の全ヌクレオチド配列の長さから１を引いた長さとの間の任意の整数であり得る。それゆえ、表１のヌクレオチド配列の任意の５’および３’ヌクレオチド塩基位置によって特定される連続するフラグメントが、本発明に含まれる。ここで、連続するフラグメントは、１０と全ヌクレオチド配列の長さから１を引いた長さとの間の任意の整数である。さらに本発明は、ヌクレオチド位置によってよりも、ヌクレオチドのサイズによって特定化されるフラグメントを含むポリヌクレオチドを含む。本発明は、１Ｏと全ヌクレオチド配列の長さから１を引いた長さとの間の整数から選択される、連続するヌクレオチドにおける任意のフラグメントサイズを含む。連続するヌクレオチドフラグメントの好ましいサイズは、２０ヌクレオチド、３０ヌクレオチド、４０ヌクレオチド、５０ヌクレオチドを含む。診断プローブおよびプライマーとして有用であり得る他の好ましいサイズの連続するヌクレオチドフラグメントは、上記で議論されるように、５０〜３００の間の各整数を示すフラグメントサイズを含む、５０〜３００ヌクレオチド長のフラグメントを含む。表１に示されるヌクレオチド配列または表１に記載されるプラスミドクローンのE．faeca lisヌクレオチド配列の、すべてではなくても、ほとんどに対応するさらに大きなフラグメントもまた、本発明に従って有用である。もちろん、好ましいサイズは、全ての大きさのフラグメントとして例示的に本発明を制限することを意味しないが、１０と全ヌクレオチド配列の長さから１を引いた長さとの間の任意の整数を示し、そして本発明に含まれる。本発明のさらなる好ましい核酸フラグメントは、表４に記載されるE．faecalisポリペプチドのエピトープ保有部分をコードする核酸分子を包含する。本発明はまた、５’および３’塩基位置によって、または表１の任意のヌクレオチド配列もしくは表１に記載されるプラスミドクローンについて上記に記載されるようなヌクレオチド塩基のサイズによって、特定化される任意のフラグメントの排除を提供する。表１のヌクレオチド配列の任意の数のフラグメントまたは表１のプラスミドクローン（これらは、−ヒ記に記載されるような、５’および３’塩基位置によって、またはヌクレオチドのサイズによって特定される）は、本発明から排除され得る。別の局面において、本発明は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、上記の本発明の核酸分子のポリヌクレオチド（例えば、表１のヌクレオチド配列または表１に記載されるプラスミドクローンのE．faecalis配列）のポリヌクレオチドの一部にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子を提供する。「ストリンジェンドなハイブリダイゼーション条件」によって、50％ホルムアミド、５×SSC（150mM NaCl、15mMクエン酸三ナトリウム）、50mMリン酸ナトリウム(pH7.6)、５×デンハート溶液、10％硫酸デキストラン、および20μg/mlの変性剪毛サケ精子DNAを含む溶液中での、42℃にて一晩のインキュベーション、続いて約65℃にて0.1×SSC中でフィルターの洗浄が意図される。ポリヌクレオチドの「部分」にハイブリダイズするポリヌクレオチドによって、参照ポリヌクレオチドの少なくとも約15ヌクレオチド塩基、そしてより好ましくは少なくとも約20ヌクレオチド塩基、さらにより好ましくは少なくとも約30ヌクレオチド塩基、そしてさらにより好ましくは約30〜70（例えば、50）ヌクレオチド塩基にハイブリダイズするポリヌクレオチド（DNAまたはRNAのいずれか）が意図される。これらは、上記で議論されるような診断用のプローブおよびプライマーとして有用である。例えば、「少なくとも20ヌクレオチド塩基長」のポリヌクレオチドの部分により、参照ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列（例えば、表１に示されるようなヌクレオチド配列）からの20以上の連続したヌクレオチド塩基ヌクレオチドが意図される。表１のヌクレオチド配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドの部分（これは、プローブおよびプライマーとして使用され得る）もまた、５’および３’塩基位置によって、または上記に記載されるようなヌクレオチド塩基のサイズによって、正確に特定化され得るか、あるいは同じ様式で排除され得る。本発明の核酸分子は、表１の全長E．faecalisポリペプチドおよび表１のE．fa ecalisポリペプチドの部分をコードする核酸分子を含む。上記の全長配列をコードする核酸もまた本発明に含まれ、例えば、付加された分泌リーダー配列（例えば、プレ、またはプロ、またはプレプロタンパク質配列）をコードするさらなる配列をさらに含む。さらに上記の全長配列およびそれらの一部をコードする核酸分子が、本発明に含まれ、そして異なる供給源由来の核酸配列によってコードされるさらなる異種アミノ酸配列をさらに含む。さらなる非コード配列（例えば、非コード５’および３’配列を含むがこれらに限定されない）と共に上記のタンパク質配列をコードする核酸もまた、本発明に含まれる。これらの配列は、転写、およびmRNAプロセシング（例えば、リボソーム結合およびmRNAの安定性）において役割を果たし得る、転写配列、非翻訳配列を含む。さらなる機能性を提供するさらなるコード配列もまた、本発明に含まれる。従って、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、マーカー配列（例えば、融合したポリペプチドの精製を容易にするペプチドをコードする配列）と融合され得る。本発明のこの局面の特定の好ましい実施態様において、マーカーアミノ酸配列は、ｐＱＥベクター(QIAGEN，Inc.，9259 Eton Avenue，Chatsworth ，CA，91311)に提供されるタグのようなヘキサヒスチジンペプチドであり、とりわけ、これらの多くが、購入可能である。例えば、ヘキサヒスチジンは、融合タンパク質の従来の精製を提供する。Ｇｅｎｔｚら、（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８６：８２１−２４を参照のこと。「ＨＡ」タグは、インフルエンザ赤血球凝集素タンパク質由来のエピトープに対応する精製のために有用である別のペプチドである。Ｗｉｌｓｏｎら（１９８４）Ｃｅｌｌ３７：７６７を参照のこと。以下で議論されるように、他のこのような融合タンパク質は、ＮまたはＣ末端でＦｃに融合する本発明のE.faecalisポリペプチドを含む。改変体および変異体ポリヌクレオチド本発明は、さらに、表１のE．faeclisポリペプチドの一部、アナログ、または誘導体、ならびにE．faeclisポリペプチドの一部、アナログ、および誘導体を含むそれらの改変体ポリペプチドをコードする、本発明の核酸分子の改変体に関する。改変体は、天然の対立遺伝子改変体のように、天然に存在し得る。「対立遺伝子改変体」によって、生物の染色体上の所定の遺伝子座を占める遺伝子のいくつかの代わりの形態の１つが意図される。例えば、B．Lewin，Genes IV（1990）を参照のこと。天然に存在しない改変体は、当該分野で公知の変異誘発技術を用いて生成され得る。このような核酸改変体には、ヌクレオチドの置換、欠失、または付加により産生される改変体が含まれる。この置換、欠失、または付加には１つ以上のヌクレオチドが含まれ得る。改変体は、コード領域、非コード領域、または両方において変化し得る。コード領域における変化は、保存的または非保存的アミノ酸置換、欠失、または付加を生じ得る。これらの間で特に好ましいのは、サイレントな置換、付加、および欠失であり、これらは本発明のE．faeclisタンパク質、またはそれらの一部の特性および活性を変化させない。この点に関してまた特に好ましいのは、保存的置換である。このようなポリペプチド改変体には、アミノ酸置換、欠失、または付加により産生されるものが含まれる。置換、欠失、または付加は、１つ以上の残基を含み得る。改変は保存的または非保存的なアミノ酸の置換、欠失、または付加を産生し得る。これらの中で、最も好ましいのは、本発明のE．faeclisタンパク質またはその一部の特性および活性を変化させない、サイレントな置換、付加、および欠失である。この点において、また特に好ましいのは、保存的置換である。本発明はまた、本発明の単離された核酸分子を含む組換えベクター、およびこの組換えベクターを含む宿主細胞、ならびにこのようなベクターおよび宿主細胞を作製する方法およびE．faeclisポリペプチドまたはペプチドの組換え技術による産生のためにそれらを使用する方法に関する。本願は、表１に示される核酸配列に対して、少なくとも90%、95%、96%、97%、 98%もしくは99%同一である核酸分子に指向する。上記の核酸配列は、E．faeclis 活性を有するポリペプチドをコードするか否かに関係なく含まれる。このことは、特定の核酸分子がE．faeclis活性を有するポリペプチドをコードしない場合であっても、当業者は核酸分子を使用する方法（例えば、ハイブリダイゼーションプローブ）を知っているからである。E．faeclis活性を有するポリペプチドをコードしない本発明の核酸分子の使用には、とりわけ、DNAライブラリーからのE． faeclis遺伝子またはその対立遺伝子改変体の単離、ならびにノザンブロットによってE．faeclisを含むと推測される、E．faeclis mRNA発現サンプル、環境的サンプルの検出が含まれる。実際に、E．faeclisタンパク質活性を有するポリペプチドをコードする表１に示される核酸配列に対して、少なくとも90％、95％、96％、97％、98％、または 99％同一な配列を有する核酸分子が好ましい。特定化されたタンパク質の活性を測定するに適した特定の生物学的アッセイにおいて測定した場合、「E．faeclis の活性を有するポリペプチド」により、本発明のE．faeclisタンパク質の活性と必ずしも同一ではないが、類似の活性を示すポリペプチドが意図される。遺伝子コードの縮重により、当業者は、表１に示される核酸配列に、少なくとも90%、95％、96％、97％、98％、または99％同一である配列を有する多数の核酸分子がE．faeclisタンパク質活性を有するポリペプチドをコードすることをすぐに理解する。実際、これらのヌクレオチド配列の縮重変異体がすべて同じポリペプチドをコードするので、このことは、上記の比較アッセイを行うことなく当業者に明らかである。縮重変異体でない核酸分子などについて、正当な数の核酸分子もまた、E．faeclisタンパク質活性を有するポリペプチドをコードすることをさらに理解する。これは、当業者が、タンパク質機能（例えば、第２の両親媒性アミノ酸による１つの両親媒性アミノ酸の置換）にそれほど重要でないかまたは重要でないようであるかのいずれかであるアミノ酸置換体を、完全に理解するからである。本発明のポリペプチドの生物学的活性または機能は、高度な構造的同一性／類似性を共有する、他の細菌由来のポリペプチドと類似または同一であることが予期される。表２は、GenbankおよびDerwentデータベースから入手可能なポリペプチドの密接にマッチした配列についてのアクセス番号および記載を列挙する。それ故、本発明のポリペプチドの生物学的活性あたは機能は、表2に列挙される他の細菌属、種、または株由来のポリペプチドと類似または同一であることが予期される。本発明の参照ヌクレオチド配列に対して、例えば、少なくとも95％「同一な」ヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドによって、そのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列が、E．faeclisポリペプチドをコードする参照ヌクレオチド配列の各100ヌクレオチドあたり５つまでの点変異をポリヌクレオチド配列が含み得ることを除いて、参照配列に同一であることが意図される。言い換えれば、参照ヌクレオチド配列と少なくとも95％同一であるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを得るために、参照配列における５％までのヌクレオチドが欠失され得るか、もしくは別のヌクレオチドで置換され得るか、または参照配列において全ヌクレオチドの５％までの多数のヌクレオチドが、参照配列中に挿入され得る。問合せ配列は、表１に示される全体の配列、ORF（オープンリーディングフレーム）、または本明細書中に記載されるような特定化された任意のフラグメントである。実際問題として、任意の特定の核酸分子またはポリペプチドが、本発明のヌクレオチド配列に少なくとも90％、95％、96％、97％、98％、または99％同一であるかどうかは、公知のコンピュータープログラムを用いて従来通りに決定され得る。問合せ配列（本発明の配列）と対象の配列との間の最も全体的なマッチ（全体的な配列アライメントともいわれる）を決定する好ましい方法は、Brutlagら，（Brutlagら（1990）Comp．App．Biosci．6:237-245を参照のこと）のアルゴリズムに基づくFASTBコンピュータープログラムを使用して決定され得る。配列アライメントにおいて、問合せ配列および対象の配列は共にDNA配列である。RNA 配列は、UをTに変換することによって比較され得る。この全体的な配列アライメントの結果は、パーセント同一性である。パーセント同一性を計算するためのDN A配列のFASTDBアライメントにおいて使用される好ましいパラメーターは、Matri x＝Unitary、k-tuple＝４、Mismatch Penalty＝1、Joining Penalty＝30、Rando mization Group Length＝0、Cutoff Score＝1、Gap Penalty＝5、Gap Size Pena lty＝0.05、Window Size＝500、または対象ヌクレオチド配列の長さのいずれか短い方。対象配列は、内部欠失のためではなく、5'または3'欠失のために問合せ配列よりも短い場合、マニュアル補正は結果まで作製される。これは、FASTDBプログラムがパーセント同一性を計算する場合、対象配列の5'または3'縮重を考慮しないからである。問合せ配列と比較して5'末端および3'末端で縮重された参照配列について、パーセント同一性は、マッチ/アラインメントされない対象配列の5'および3'である問合せ配列の塩基数を、問合せ配列の総塩基のパーセントとして計算することによって補正される。ヌクレオチドがマッチ/アラインメントしたか否かは、FASTDB配列アライメントの結果によって決定される。次いで、このパーセントは、特定のパラメーターを使用して上記のFASTDBプログラムによって計算されたパーセント同一性から除され、最終パーセント同一性スコアに到達する。この補正スコアは、本発明の目的にために使用されるスコアである。問合せ配列とマッチ/アラインメントしないFASTDBアライメントによって示されるように、対象配列の5'および3'ヌクレオチドの外側のヌクレオチドのみが、パーセント同一性スコアを手作業で調整する目的のために計算される。例えば、90ヌクレオチド参照配列が、パーセント同一性を決定するために、10 0ヌクレオチド問合せ配列にアライメントする。欠失は参照配列の5'末端で生じ、そしてそれ故、FASTDBアライメントは、5'末端で最初の10ヌクレオチドのマッチ/アラインメントを示さない。10の非対合ヌクレオチドは10％の配列を表し、従って、10％が、FASTDBプログラムによって計算されたパーセント同一性スコアから除される。残った90ヌクレオチドが完全にマッチした場合、最終的なパーセント同一性は90％である。別の例において、90ヌクレオチド参照配列は、100ヌクレオチド問合せ配列と比較される。このとき、欠失は内部欠失であり、従って、問合せ配列とマッチ/アラインメントしない参照配列の5'または3'におけるヌクレオチドは存在しない。この場合、FASTDBによって計算されるパーセント同一性は、手作業で補正されない。再度、問合せ配列にマッチ/アラインメントしない参照配列の5'および3'のヌクレオチドのみが、手作業で補正される。他の手作業補正は、本発明の目的のためにはなされない。ベクターおよび宿主細胞本発明はまた、本発明の単離されたDNA分子を含むベクター、組換えベクターを含む宿主細胞、および宿主細胞によっで発現される本発明のE．faecalisポリペプチドおよびペプチドの産生に関する。組換え構築物は、周知の技術（例えば、感染、形質導入、トランスフェクション、トランスベクション、エレクトロポレーション、および形質転換）を用いて宿主細胞に導入され得る。ベクターは、例えば、ファージベクター、プラスミドベクター、ウイルスベクター、またはレトロウイルスベクターであり得る。レトロウイルスベクターは、複製コンピテントまたは複製欠損であり得る。後者の場合、ウイルスの増殖は、一般的に、相補性宿主細胞においてのみ生じる。ポリヌクレオチドは、宿主における増殖のために、選択マーカーを含むベクターに結合され得る。一般的に、プラスミドベクターは、リン酸カルシウム沈澱物のような沈澱物で、または荷電した脂質との複合体で導入される。ベクターがウイルスである場合、ベクターは、適切なパッケージング細胞株を用いてインビトロでパッケージングされ得、次いで宿主細胞に形質導入され得る。目的のポリヌクレオチドに対するシス作用性制御領域を含むベクターが好ましい。適切なトランス作用性因子は、宿主への導入の際に、宿主によって供給され得るか、相補性ベクターによって供給され得るか、またはベクター自体によって供給され得る。この点における特定の好ましい実施態様において、ベクターは特異的発現を提供し、この特異的発現は、誘導性および/または細胞型特異的であり得る。そのようなベクターのうちで特に好ましいのは、操作するのが容易である環境因子（例えば、温度および栄養添加物）によって誘導可能なベクターである。本発明において有用な発現ベクターは、以下を含む：染色体由来のベクター、エピソーム由来のベクター、およびウイルス由来のベクター（例えば、細菌プラスミド、バクテリオファージ、酵母エピソーム、酵母染色体エレメント、バキュロウイルス、パポバウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルス、およびレトロウイルスのようなウイルス由来のベクター、ならびにその組み合わせ由来のベクター（例えば、コスミドおよびファージミド）。 DNAインサートは、適切なプロモーター（例えば、いくつか例を挙げると、ファージλPLプロモーター、E.coli lacプロモーター、trpプロモーター、およびt acプロモーター、SV40初期プロモーターおよび後期プロモーター、ならびにレトロウイルスLTRのプロモーター）に作動可能に連結されるべきである。他の適切なプロモーターは、当業者に公知である。発現構築物は、さらに、転写開始、転写終結のための部位、および、転写領域中に翻訳のためのリボゾーム結合部位を含む。構築物によって発現される成熟転写物のコード部分は、好ましくは、始めに翻訳開始部位、そして翻訳されるべきポリペプチドの終わりに適切に位置される終止コドン(UAA、UGA、またはUAG)を含む。示されるように、発現ベクターは、好ましくは、少なくとも１つの選択マーカーを含む。このようなマーカーとしては、真核生物細胞培養についてはジヒドロ葉酸レダクターゼまたはネオマイシン耐性、ならびにE.coliおよび他の細菌における培養についてはテトラサイクリン、カナマイシンまたはアンピシリン耐性遺伝子が挙げられる。適切な宿主の代表的な例としては、細菌細胞（例えば、E.co li細胞、Streptomyces細胞、およびSalmonella typhimurium細胞）；真菌細胞（例えば、酵母細胞）；昆虫細胞（例えば、Drosophlia S2細胞およびSpodoptera Sf9細胞）；動物細胞（例えば、CHO細胞、COS細胞、およびBowes黒色腫細胞）；ならびに植物細胞が挙げられるが、これらに限定されない。上記の宿主細胞のための適切な培養培地および条件は当該分野で公知である。細菌における使用に好ましいベクターの中には、pQE70、pQE60、pQE9、pQE10 （Qiagenから入手可能）;pBSベクター、Phagescriptベクター、Bluescriptベクター、pNH8A、pNH16a、pNm8A、pNH46A（Stratageneから入手可能）;ベクターのp ETシリーズ（Novagenから入手可能）ならびにptrc99a、pKK223-3、pKK233-3、pD R540、pRIT5（Pharmaciaから入手可能）が含まれる。好ましい真核生物ベクターの中には、pWLNEO、pSV2CAT、pOG44、pXT1、およびpSG（Stratageneから入手可能）;ならびにpSVK3、pBPV、pMSG、およびpSVL（Pharmaciaから入手可能）が挙げられる。他の適切なベクターは、当業者に容易に明らかである。本発明における使用のために適切な公知の細菌プロモーターには、E．coli la cIおよびlacZプロモーター、T3、T5、およびT7プロモーター、gptプロモーター、λPRよびPLプロモーター、ならびにtrpプロモーターが挙げられる。適切な真核生物プロモーターには、CMV前初期プロモーター、HSVチミジンキナーゼプロモーター、初期および後期SV40プロモーター、レトロウイルスLTRのプロモーター（例えば、ラウス肉腫ウイルスのプロモーター(RSV)）、およびメタロチオネインプロモーター（例えば、マウスメタロチオネイン-Iプロモーター）が挙げられる。宿主細胞への構築物の導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、DEAE -デキストラン媒介トランスフェクション、カチオン性脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、形質導入、感染または他の方法によってもたらされ得る。このような方法は、多くの標準的研究室マニュアルに記載されている（例えば、Davisら、Basic Methods In Molecular Biology(1986)）。高等真核生物による本発明のポリペプチドをコードするDNAの転写は、ベクターへのエンハンサー配列の挿入によって増強され得る。エンハンサーは、所定の宿主細胞型におけるプロモーターの転写活性を増大するように作用する、通常約 10〜300のヌクレオチドのDNAのシス作用性エレメントである。エンハンサーの例は、SV40エンハンサー（これは、ヌクレオチド100〜270での複製起点の後ろ側に位置する）、サイトメガロウイルス初期プロモーターエンハンサー、複製起点の後ろ側のポリオーマエンハンサー、およびアデノウイルスエンハンサーが挙げられる。小胞体内腔へ、細胞周辺腔へ、または細胞外環境への翻訳されたポリペプチドの分泌のために、適切な分泌シグナルが、発現されたポリペプチド(例えば、アミノ酸配列KDEL)に組み込まれ得る。シグナルは、ポリペプチドに対して内在性であり得るか、またはシグナルは異種シグナルであり得る。ポリペプチドは、融合タンパク質のような改変された形態で発現され得、そして分泌シグナルだけでなく、さらなる異種の機能的領域も含み得る。例えば、さらなるアミノ酸、特に荷電アミノ酸の領域が、宿主細胞における、精製の間の、または引き続く操作および保存の間の、安定性および持続性を改善するために、ポリペプチドのＮ末端に付加され得る。また、ペプチド部分が、精製を容易にするためにポリペプチドへ付加され得る。そのような領域は、ポリペプチドの最終調製の前に除去され得る。とりわけ、分泌または排出を生じるため、安定性を改善するため、および精製を容易にするための、ポリペプチドへのペプチド部分の付加は、当該分野でよく知られており、そして日常的な技術である。好ましい融合タンパク質は、タンパク質を溶解するために有用な免疫グロブリン由来の異種領域を含む。例えば、EP-A-0 464 533（カナダ対応出願第2045869号）は、別のヒトタンパク質またはその一部とともに免疫グロブリン分子の定常領域の種々の部分を含む融合タンパク質を開示する。多くの場合、融合タンパク質中のFc部分は、治療および診断における使用に十分に有利であり、従って、例えば改善された薬物動態学的特性を生じる(EP-A 0232 262)。一方、いくつかの使用について、融合タンパク質が、記載される有利な様式で発現され、検出され、そして精製された後に、Fc部分を欠失し得ることが望ましい。これは、Fc部分が、治療および診断における使用に対して障害となると判明する場合（例えば、融合タンパク質が免疫のための抗原として使用されるべき場合）である。薬物の発見において、例えばhIL5-レセプターのようなヒトタンパク質は、hIL-5のアンタゴニストを同定するための高処理能力スクリーニングアッセイの目的でFc部分と融合されている。Bennett，D.ら、(1995)J．Molec．Recogn．8:52-58、およびJohanson K. ら、(1995)J．Biol．Chem．270(16)9459-9471を参照のこと。 E．faecalisポリペプチドは、硫酸アンモニウム沈澱またはエタノール沈澱、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、およびレクチンクロマトグラフィーを含む周知の方法によって組換え細胞培養物から回収され、そして精製され得、そして、高速液体クロマトグラフィー（「HPLC」）が精製のために用いられる。本発明のポリペプチドは以下を含む：天然に精製された産物、化学的合成手順の産物、および原核生物宿主または真核生物宿主（例えば、細菌細胞、酵母細胞、高等植物細胞、昆虫細胞、および哺乳動物細胞を含む）から組換え技術によって産生された産物。ポリペプチドおよびフラグメント本発明は、さらに、表１のアミノ酸配列を有する単離されたE．faecalisポリペプチド、または上記ポリペプチドの一部を含有するペプチドもしくはポリペプチドを提供する。改変ポリペプチドおよび変異ポリペプチド本発明のE．faecalisポリペプチドの特徴を改善または変更するために、タンパク質工学が用いられ得る。当業者に公知の組換えDNA技術は、新規な変異タンパク質すなわち「ムテイン」（１つまたは複数のアミノ酸の置換、欠失、付加または融合タンパク質を含む）を作製するために使用され得る。このような改変ポリペプチドは、例えば、増強した活性または増加した安定性を示し得る。さらに、これらポリペプチドは、少なくとも特定の精製条件および保存条件下で、高収率で精製され得、そして対応する天然のポリペプチドより良好な溶解度を示し得る。Ｎ末端欠失変異体およびＣ末端欠失変異体１つ以上のアミノ酸が生物学的機能の実質的な損失なしでＮ末端またはＣ末端から欠失され得ることは当該分野で公知である。例えば、Ronら、J.Biol.Chem. ，268:2984-2988(1993)は、３個、８個または27個のＮ末端アミノ酸残基を失っていてもヘパリン結合活性を有する改変KGFタンパク質を報告した。従って、本発明は、表１に示したE．faecalisポリペプチドのアミノ酸配列のアミノ末端から、１つ以上の残基を欠失したポリペプチド、およびそのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。同様に、生物学的に機能的なＣ末端欠失ムテインの多くの例が公知である。例えば、インターフェロンγは、タンパク貿のカルボキシ末端からの8〜10アミノ酸残基を欠失させることにより、10倍まで高い活性を示す(例えば、Dobeliら、( 1988)J.Biotechnology 7:199-216を参照のこと)。従って、本発明は、表１に示されたE．faecalisポリペプチドのアミノ酸配列のカルボキシ末端から１つ以上の残基を有するポリペプチドを提供する。本発明はまた、以下に記載のアミノ末端よびカルボキシ末端の両方から１つ以上のアミノ酸を欠失したポリペプチドを提供する。本発明はさらに、本明細書中に記載されたアミノ酸配列の部分またはフラグメントをコードするポリヌクレオチド、ならびに本明細書中に記載の単離されたアミノ酸の部分またはフラグメントに関する。フラグメントは、表１のアミノ酸配列の部分を含み、少なくとも５の連続したアミノ酸長であり、任意の２つの整数から選択され、そのうちの１つはＮ末端位置を示す。本発明のポリペプチドの開始コドンは、１に位置する。少なくとも５の連続したアミノ酸残基長のフラグメントが、表１の任意の所定のアミノ酸配列上に占め得るＮ末端位置およびＣ末端位置のすべての組み合わせが、本発明に含まれる。「少なくとも」は、フラグメントが５の連続したアミノ酸残基長か、または５と、全長アミノ酸配列における残基の数−１との間の任意の整数であり得ることを意味する。従って、表１に示されるアミノ酸配列の任意のＮ末端およびＣ末端位置によって規定される連続したフラグメントが本発明に含まれ、ここで連続したフラグメントは、５と、全長配列における残基の数−１との間の任意の整数である。さらに、本発明は、アミノ酸残基における、Ｎ末端位置およびＣ末端位置によってではなく、サイズによって規定されるフラグメントを含むポリペプチドを含む。本発明は、連続したアミノ酸残基における、５と、全長配列における残基の数−１との間の整数から選択される任意のフラグメントサイズを含む。連続したポリペプチドフラグメントの好ましいサイズは、約５アミノ酸残基、約10アミノ酸残基、約20アミノ酸残基、約30アミノ酸残基、約40アミノ酸残基、約50アミノ酸残基、約100アミノ酸残基、約200アミノ酸残基、約300アミノ酸残基、および約400アミノ酸残基を含む。当然のことながら、５と、全長配列における残基の数−１との間の任意の整数を表すすべてのサイズのフラグメントが本発明に含まれるように、好ましいサイズは、本発明を限定するのではなく、例示することが意図される。本発明はまた、上記のように、アミノ酸残基におけるＮ末端位置およびＣ末端位置によって、またはサイズによって規定される任意のフラグメントの除去を提供する。上記のように、アミノ酸残基におけるＮ末端位置およびＣ末端位置によって、またはサイズによって規定されるフラグメントの任意の数が除去され得る。上記のフラグメントは、活性である必要はない。なぜなら、フラグメントは、例えば、イムノアッセイにおいて、エピトープマッピング、エピトープタグ化において、ワクチンとして、および分子量マーカーとしてタンパク質の特定の部分に対する抗体を生じるために有用である。他の変異体上記で議論したタンパク質のＮ末端欠失形態およびＣ末端欠失形態に加えて、 E．faecalisポリペプチドのいくつかのアミノ酸配列は、タンパク質の構造または機能に有意な影響を与えずに改変され得ることもまた、当業者に認識される。このような配列の差が意図される場合、活性を決定するタンパク質上の決定的な領域が存在することを思い出すべきである。従って、本発明はさらに、実質的なE．faecalisポリペプチド活性を示すか、または下記で議論するタンパク質部分のようなE．faecalisタンパク質の領域を含むE．faecalisポリペプチドの改変体を含む。このような変異体は、当該分野で公知の一般法則に従い、活性に対してほとんど効果を有さないように選択される、欠失、挿入、逆位、反復、および型置換を含む。例えば、表現型的にサイレントなアミノ酸置換を作製する方法に関するガイダンスが提供される。変化させるべきアミノ酸配列の許容を研究するための２つの主要なアプローチが存在する。Bowie，J.U.ら(1990)Science 247:1306-1310を参照のこと。第１の方法は、進化の過程に依存し、ここで変異は、自然淘汰により受け入れられるかまたは拒絶されるかのいずれかである。第２のアプローチは、クローン化遺伝子の特定の位置にアミノ酸変化を導入する遺伝子工学を用い、そして機能性を保持する配列を同定するために選択またはスクリーニングを用いる。これらの研究は、タンパク質が驚くべきことにアミノ酸置換に対して許容性であることを明らかにした。これらの研究は、タンパク質の特定の位置のどのアミノ酸変化が許容されるようであるか示す。例えば、ほとんど埋め込まれたアミノ酸残基は非極性側鎖を必要とするが、表面の側鎖の特徴は一般的にほとんど保存されていない。他のこのような表現型がサイレントな置換は、Bowieら（前出）およびそれに引用される参考文献によって記載されている。保存的置換として代表的に見られる置換は、脂肪族アミノ酸であるAla、Val、LeuおよびIleの間の１つのアミノ酸の別のアミノ酸への交換；ヒドロキシル残基であるSerおよびThrの交換、酸性残基であるAspおよびGluの交換、アミド残基であるAsnとGlnとの間の置換、塩基性残基であるLysおよびArgの交換、ならびに芳香族残基であるPheおよびTyrの間の置換である。従って、表１のポリペプチドのフラグメント、誘導体、アナログ、もしくはホモログ、または表１に列挙されるプラスミドによってコードされるポリペプチドのフラグメント、誘導体、アナログ、もしくはホモログは、以下であり得る：（ｉ）１つ以上のアミノ酸残基が、保存的または非保存的アミノ酸残基（好ましくは、保存的アミノ酸残基）で置換され、そしてこのような置換されたアミノ酸残基が遺伝コードによりコードされた残基でもあっても、そうでなくてもよいもの；あるいは（ｉｉ）１つ以上のアミノ酸残基が置換基を含むもの、あるいは（ｉｉｉ）E．faecalisポリペプチドが、ポリペプチドの半減期を増加させるための化合物（例えば、ポリエチレングリコール）のような別の化合物と融合したもの、あるいは（ｉｖ）さらなるアミノ酸が上記の形態のポリペプチド（例えば、Ig G Fc融合領域ペプチド配列もしくはリーダー配列もしくは分泌配列または上記の形態のポリペプチドもしくはプロタンパク質配列の精製のために使用される配列）と融合したもの。このようなフラグメント、誘導体およびアナログは、本明細書中の教示より当業者の範囲内であると考えられる。従って、本発明のE．faecalisポリペプチドは、天然の変異もしくは人工操作のいずれかに由来する１つ以上のアミノ酸置換、欠失、または付加を含み得る。示されるように、タンパク質の折り畳みまたは活性に有意に影響しない保存的アミノ酸置換のような、小さな性質の変化が好ましい（表３を参照のこと）。本発明のE．faecalisタンパク質における機能に必須のアミノ酸は、当該分野で公知の方法（例えば、部位特異的変異誘発またはアラニンスキャン変異誘発により同定され得る。例えば、Cunninghamら(1989)244:1081-1085を参照のこと。後者の手順は、分子の残基ごとに単一のアラニン変異を導入する。次いで、得られた変異体分子は、生物学的活性について、特定のタンパク質の機能を測定するために適切なアッセイを用いて試験される。特に興味深いのは、荷電したアミノ酸の、他の荷電したアミノ酸または中性のアミノ酸との置換であり、これは、より凝集しないというような、非常に望ましい改善された特性を伴うタンパク質を産生し得る。凝集は活性を減少させるだけではなく、薬学的処方物を調製する場合にも問題であり得る。なぜなら、凝集体が免疫原性であり得るからである。例えば、Pinckardら、(1967)Clin.Exp.Immun ol.2:331-340;Robbinsら、(1987)Diabetes 36:838-845;Clelandら、(1993)Crit. Rev.Therapeutic Drug Carrier Systems 10:307-377を参照のこと。本発明のポリペプチドは、好ましくは、単離された形態で提供され、そして好ましくは、実質的に精製されている。E．faecalisポリペプチドの組換えによって産生されたバージョンは、Smithら、(1988)Gene 67:31-40によって記載される一工程法により実質的に精製され得る。本発明のポリペプチドはまた、天然のまたは組換え供給源から、本発明のポリペプチドに対して指向される抗体を用いて、タンパク質精製の当該分野で周知の方法において、精製され得る。本発明はさらに、以下の群から選択されるアミノ酸配列を含む単離されたE．f aecalisポリペプチドを提供する：(a)表１において示される完全なアミノ酸配列を有する、全長E．faecalisポリペプチドのアミノ酸配列；(b)Ｎ末端メチオニンを除いて、表１において示される完全なアミノ酸配列を有する、全長E．faecali sポリペプチドのアミノ酸配列；(c)表１において列挙されるプラスミドによってコードされる完全なアミノ酸配列；および(ｄ)表１において列挙されるプラスミドによってコードされるＮ末端メチオニンを除いて、完全なアミノ酸配列。本発明のポリペプチドはまた、上記の(a)、(b)、(c)、および(d)において記載されるアミノ酸配列に、少なくとも80％同一、より好ましくは少なくとも90％同一、およびさらにより好ましくは95％、96％、97％、98％、または99％同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。本発明のさらなるポリペプチドは、上記のポリペプチドに対し、少なくとも90 ％の類似性、より好ましくは少なくとも95％の類似性、さらにより好ましくは少なくとも96％、97％、98％、または99％の類似性を有するポリペプチドが含まれる。本発明のさらなる実施態様は、少なくとも１つの保存的アミノ酸置換を含むが、50より多い保存的アミノ酸置換、40より多い保存的アミノ酸置換、30より多い保存的アミノ酸置換、および20より多い保存的アミノ酸置換を含まないアミノ酸配列を有する、E．faecalisポリペプチドのアミノ酸配列を含むポリペプチドに関する。少なくとも１つの保存的アミノ酸置換を有するが、10、９、８、７、６、５、４、３、２、または１より多い保存的アミノ酸置換を有さない、E．faeca lisポリペプチドのアミノ酸配列を含むポリペプチドペプチドもまた提供される。本発明の問合せアミノ酸配列と、少なくとも、例えば95%「同一」のアミノ酸配列を有するポリペプチドによって、対象ポリペプチド配列が問合せアミノ酸配列の各100アミノ酸あたり５までのアミノ酸変化を含み得ることを除き、問合せ配列と同一であることが意図される。換言すれば、問合せアミノ酸配列と少なくとも95%同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドを得るために、対象配列中のアミノ酸残基の５%までが、挿入されるか、欠失されるか、（indels）、または別のアミノ酸により置換され得る。参照配列のこれらの変化は、参照アミノ酸配列のアミノ末端もしくはカルボキシ末端、またはこれらの末端位置の間のいずれかで起こり得るか、これらの変化は、参照配列中の残基間に個々に、または参照配列内の１つ以上の連続した基においてのいずれかに分散して起こり得る。実際に、例えば、任意の特定のポリペプチドが、表１に示されたアミノ酸配列、あるいは表１において列挙されるプラスミドによってコードされるアミノ酸配列に対し、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、または99%同一であるか否かは、公知のコンピュータープログラムを使用して従来通りに決定され得る。問合せ配列（本発明の配列）と対象配列（包括的な配列アラインメントともいわれる）との間の最も全体的な適合性を決定するための好ましい方法は、Brutlagら、（1 990）Comp．App．Biosci．6:237-245のアルゴリズムに基づいたFASTDBコンピュータプログラムを用いて決定され得る。配列アラインメントにおいて、問合せ配列および対象配列は、両方ともアミノ酸配列である。上記のグローバル配列アラインメントの結果は、パーセント同一性である。FASTDBアミノ酸アラインメントにおいて使用される好ましい変数は以下である：マトリックス(Matrix)＝PAM 0 、k-tuple＝２、ミスマッチペナルティー(Mismatch Penalty)＝１、結合ペナルテイー(Joining Penalty)＝20、ランダム化基の長さ(Randomization Group Leng th)＝０、カットオフスコア(Cutoff Score)＝１、ウインドウサイズ(Window Siz e)＝配列長、ギャップペナルティー(Gap Penalty)＝５、ギャップサイズペナルティー(Gap Size Penalty)＝0.05、ウインドウサイズ(Window Size)＝500または、対象アミノ酸配列の長さ（より短い任意の長さ）。対象配列が、内部欠失のためではなく、Ｎ末端欠失またはＣ末端欠失に起因して問合せ配列より短い場合、パーセント同一性での結果は、手動で修正しなくてはならない。これは、FASTDBプログラムが、グローバルパーセント同一性を計算する場合、対象配列のＮ末端短縮およびＣ未端短縮を説明しないからである。問合せ配列と比較して、Ｎ末端およびＣ末端で短縮された対象配列について、パーセント同一性は、対象配列のＮ末端およびＣ末端である問合せ配列の残基数を計算することによって修正され、これは、問合せ配列の総塩基のパーセントとして、対応する対象残基とマッチ/アラインメントされない。残基がマッチ/アラインメントされるか否かは、FASTDB配列アラインメントの結果によって決定される。次いで、このパーセントが、パーセント同一性から差し引かれ、指定の変数を用いる上記のFASTDBプログラムによって計算され、最終的なパーセント同一性スコアに到達する。この最終的なパーセント同一性スコアは、本発明の目的のために使用されるスコアである。問合せ配列とマッチ/アラインメントしない対象のＮ末端およびＣ末端に対する残基のみが、パーセント同一性スコアを手動で調整する目的のために考慮される。すなわち、対象配列の最も遠いＮ末端残基およびＣ末端残基の外側の問合せアミノ酸残基のみ。例えば、９０アミノ酸残基の対象配列を、問い合わせ配列の１００残基とアラインメントして、パーセント同一性を決定する。対象配列のＮ末端において、欠失が生じ、そしてこれにより、FASTDBアラインメントは、Ｎ末端の最初の１０残基とマッチ／アラインメントしない。対を形成しない１０残基は、配列の１０％を表し（マッチしないＮ末端およびＣ末端の残基数／問い合わせ配列における全残基数）、そのためFASTDBプログラムから計算されたパーセント同一性スコアから１０％が引かれる。残りの９０残基が完全にマッチする場合、最終的なパーセント同一性は９０％である。別の例において、９０残基の対象配列を、１００残基の問い合わせ配列と比較する。今回は、欠失は内部にあるので、間い合わせ（配列）とマッチ／アラインメントしない対象配列のＮ末端またはＣ末端の残基は存在しない。この場合、FASTDBによって計算されるパーセント同一性は、手動で補正されない。再度、FASTDBアラインメントにおいて示されるように、対象配列のＮ末端およびＣ末端の外側の残基位置で、問い合わせ配列とマッチ／アラインメントしないもののみが、手動で補正される。他の手動による補正は、本発明の目的において、なされない。上記のポリペプチド配列は、通常の生物学的活性を有するか否かに関係なく、含まれる。なぜなら、特定のポリペプチド分子が生物学的活性を有していなくても、当業者は、なおそのポリペプチドの使用法（例えば、ワクチンとして、または抗体を生成するため）を知るからである。E．faecalis活性を有さない本発明のポリペプチドの他の使用法としては、特に、エピトープタグとして、エピトープマッピングにおいて、および当業者に公知の方法を用いるSDS-PAGEゲルまたは分子ふるいゲルろ過カラムの分子量マーカーとしてが、挙げられる。下記に記載するように、本発明のポリペプチドはまた、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体を惹起させるために用いられ得、これら抗体は、下記の E．faecalisタンパク質の発現の検出のためのアッセイにおいて、またはE．faec alisタンパク質の機能を増強あるいは阻害し得るアゴニストおよびアンタゴニストとして有用である。さらに、このようなポリペプチドは、酵母ツーハイブリッドシステムを用いてE．faecalisタンパク質結合タンパク質（本発明による候補アゴニストおよび候補アンタゴニストであり得る）を「捕捉する」ために用いられ得る。例えば、Fieldsら（1989）Nature 340:245-246を参照のこと。エピトープ保有部分別の局面において、本発明は、本発明のE．faecalisポリペプチドのエピトープ保有部分を含むペプチドまたはポリペプチドを提供する。これらのエピトープは、本発明のポリペプチドの免疫原性または抗原性エピトープである。「免疫原性エピトープ」は、タンパク質全体またはポリペプチド全体が免疫原である場合、抗体応答を誘発するタンパク質の一部として定義される。これら免疫原性エピトープは、分子のいくつかの座に制限されると考えられる。他方、抗体が結合し得るタンパク質分子の領域は、「抗原性決定基」または「抗原性エピトープ」と定義される。タンパク質の免疫原性エピトープの数は、一般には、抗原性エピトープの数よりも少ない。例えば、Geysenら、（1983）Proc．Natl．Acad．Sci．U SA 81:3998-4002を参照のこと。予測される抗原性エピトープを以下の表４に示す。表４は、最も高い程度の抗原性を有すると予測されるエプトープを含むアミノ酸残基のみを列挙することを注意する。表４に列挙されないポリペプチドおよび表４に列挙されないポリペプチドの部分は、非免疫原性とは考えられない。なぜなら、これらのポリペプチドは、インビボでなお抗原性かもしれないが、使用した特定のアルゴリズムによっては、ただ単にそのように認識されないだけなのかもしれないからである。従って、表４は好ましい抗原性エピトープを含むアミノ酸残基を列挙するが、完全なリストではない。他の抗原性エピトープを含むアミノ酸残基は、Jameson-Wolf分析と類似のアルゴリズムにより、あるいは本明細書において記載される方法または当該分野で公知の方法を用いる抗原性応答についてのインビボ試験により決定され得る。抗原性エピトープを保有する（すなわち、抗体が結合し得るタンパク質分子の領域を含む）ペプチドまたはポリペプチドの選択に関して、タンパク質配列の一部を模倣する比較的短い合成ペプチドが、その部分的に模倣されたタンパク質と反応する抗血清を日常的に誘発し得ることが当該分野で周知である。例えば、Su tcliffe,J.G.ら、(1983)「Antibodies that react with predetermined sites o n proteins」,Science 219:660-666を参照のこと。タンパク質反応性血清を誘発し得るペプチドは、タンパク質の一次配列で頻繁に示され、一連の単純な化学的法則により特徴付けられ得、そしてインタクトなタンパク質の免疫優性領域（すなわち、免疫原性エピトープ）にも、アミノ末端またはカルボキシ末端にも、制限されない。非常に疎水的なペプチドおよびペプチドの６以下の残基は、一般的に、模倣されるタンパク質に結合する抗体の誘導において効力がない；より長い、特にプロリン残基を含むペプチドが通常、有効である。Sutcliffeら、前出、6 61頁を参照のこと。例えば、これらのガイドラインに従って設計された２０ペプチドのうち１８は、インフルエンザウイルス赤血球凝集素HA1ポリペプチド鎖の配列の７５％を網羅する8〜39残基を含み、これらのペプチドは、HA1タンパク質またはインタクトなウイルスに反応する抗体を誘導し；そして、MuLVポリメラーゼ由来の１２/１２ペプチドおよびウサギ糖タンパク質由来の１８/１８ペプチドは、それぞれのタンパク質を沈殿する抗体を誘導した。従って、本発明の抗原性エピトープを有するペプチドおよびポリペプチドは、モノクローナル抗体を含む抗体（本発明のポリペプチドに特異的に結合する）を惹起するのに有用である。従って、抗原性エピトープを有するペプチドを用いて免疫されたドナー由来の脾臓細胞の融合により得られたハイブリドーマの高い割合は、一般的に、天然のタンパク質と反応性の抗体を分泌する。Sutcliffeら、前出、663頁を参照のこと。抗原性エピトープを有するペプチドまたはポリペプチドにより惹起された抗体は、模倣されたタンパク質の検出に有用であり、そして異なるペプチドに対する抗体は、翻訳後修飾プロセスを受けるタンパク質前駆体の種々の領域の運命を追跡するために使用され得る。ペプチドおよび抗ペプチド抗体は、模倣されたタンパク質についての種々の定性的または定量的アッセイ（例えば、競合アッセイ）において使用され得る。なぜなら、免疫沈降アッセイにおいて、短いペプチド（例えば、約９アミノ酸）でさえも結合し得、そしてより長いペプチドと置き換わり得ることが示されているからである。例えば、Wils onら、（1984）Cell 37:767-778を参照のこと。本発明の抗ペプチド抗体はまた、模倣されたタンパク質の精製（例えば、当該分野で公知の方法を使用する吸着クロマトグラフィーによる）において有用である。上記のガイドラインに従って設計される本発明の抗原性エピトープを有するペプチドおよびポリペプチドは、本発明のポリペプチドのアミノ酸配列内に含まれる、好ましくは、少なくとも７アミノ酸、より好ましくは少なくとも９アミノ酸、そして最も好ましくは約１０〜約５０アミノ酸（すなわち７と５０の間の任意の整数）の配列を含む。しかし、本発明のポリペプチドのアミノ酸配列のより大きな部分（約５０〜約１００アミノ酸を含む）を含むか、あるいは本発明のポリペプチドの全アミノ酸配列にいたるまでの長さ、およびこの全配列を含むペプチドまたはポリペプチドもまた、本発明のエピトープを有するペプチドまたはポリペプチドと考えられ、そしてまた、模倣されたタンパク質と反応する抗体を誘導するのに有用である。好ましくは、エピトープを有するペプチドのアミノ酸配列は、水性溶媒において実質的な可溶性を提供するように選択され（すなわち、配列は、比較的親水的な残基を含み、そして高度に疎水的な配列は好ましくは避けられる）；そしてプロリン残基を含む配列が特に好ましい。腸球菌特異的免疫応答または抗体の生成に使用され得る、抗原性ポリペプチドまたはペプチドの非限定的な例は、表１に規定されるアミノ酸配列の部分を含む。より詳細には、表４は、本発明のエピトープを有するフラグメントの抗原性に関与する、非限定的な残基のリストを開示する。従って、本発明は、単離および精製された、表４のペプチド配列を含む本発明のポリペプチドの抗原性エピトープを有するフラグメントを、提供する。表４のペプチド配列を含む抗原性エピトープを有するフラグメントは、本発明のポリペプチドの、好ましくは、少なくとも７アミノ酸、より好ましくは少なくとも９アミノ酸および最も好ましくは約１０〜約５０アミノ酸（すなわち７と５０の間の任意の整数）の配列を含む。すなわち、本発明は、表４の配列の１つ以上を含む整数７と５０の間のアミノ酸長の抗原性ポリペプチドを含む。従って、ほとんどの場合、表４のポリペプチドは、抗原性ポリペプチドの一部のみを形成する。表４の配列の１つ以上を含む、整数７と５０の間のアミノ酸長の配列の全ての組み合わせが、含まれる。抗原性エピトープを有するフラグメントは、連続するアミノ酸残基の数によってか、または本発明のポリペプチドフラグメントについて上記の特定のＮ末端およびＣ末端位置（ここで開始コドンの位置は１である）によってのいずれかで、特定され得る。任意の数の記載した本発明の抗原性エピトープを有するフラグメントはまた、同様の様式において、本発明から除外され得る。本発明のエピトープを有するペプチドおよびポリペプチドは、本発明の核酸分子を使用する組換え手段を包含するペプチドまたはポリペプチド作製のための任意の従来手段により生成され得る。例えば、本発明のエピトープを有するアミノ酸配列は、より大きなポリペプチド（組換え生成および精製の間、ならびに抗ペプチド抗体を生成するための免疫化の間にキャリアとして作用する）と融合され得る。エピトープを有するペプチドはまた、化学合成の公知の方法を使用して合成され得る。例えば、Houghtenは、多数のペプチド合成のための単純な方法を記載した。例えば、ＨＡ１ポリペプチドのセグメントの単一アミノ酸改変体を示す、10〜20mgの248の異なる13残基のペプチドを、４週間未満で調製し特徴付け（E LISAタイプの結合研究による）した（Houghten,R.A．Proc．Natl．Acad．Sci．U SA 82:5131-5135(1985)）。この「同時多数ペプチド合成（SMPS）」プロセスは、さらにHoughtenおよび共同研究者ら（1986）の米国特許第4,631,211号に記載される。この手順において、種々のペプチドの固相合成についての個々の樹脂は、分離した溶媒透過性パケット（packet）に含まれ、これは、固相方法に含まれる多数の同一の反復する工程の最適な使用を可能にする。完全に手動の手順は、 50 0〜1000以上の合成を同時に行うことを可能にする。（Houghtenら、（1985）Pro c．Natl．Acad．Sci．USA 82:5131-5135513,4頁）本発明のエピトープを有するペプチドおよびポリペプチドを使用して、当該分野で公知の方法に従い、抗体を誘導する。例えば、Sutcliffeら、前出；Wilson ら、前出;およびBittleら、（1985）J．Gen．Virol．66:2347-2354を参照のこと。一般的に、動物は遊離のペプチドを用いて免疫され得る；しかし、抗ペプチド抗体力価は、ペプチドを高分子キャリア（例えば、キーホールリンペットヘモシニアン（KLH）または破傷風毒素）と結合させることにより高められ得る。例えば、システイを含むペプチドは、m-マレイミドベンゾイル-N-ヒドロキシスクシンイミドエステル（MBS）のようなリンカーを用いてキャリアと結合し得るが、他のペプチドは、グルタルアルデヒドのようなより一般的なリンカー剤を用いてキャリアと結合し得る。ウサギ、ラットおよびマウスのような動物は、遊離のペプチドまたはキャリア結合したペプチドのいずれかで、例えば、約100μgのペプチドまたはキャリアタンパク質およびフロイントアジュバントを含む乳濁液の腹腔内および／または皮内注射によって免疫される。いくつかの追加免疫注射が、例えば、約２週間の間隔で、例えば、固体表面に吸着した遊離のペプチドを用いるELISAアッセイによって検出され得る抗ペプチド抗体の有用な力価を提供するために、必要とされ得る。免疫された動物由来の血清における抗ペプチド抗体の力価は、（例えば、当該分野で周知の方法に従ってペプチドを固体支持体に吸着させ、選択された抗体を溶出することによる）抗ペプチド抗体の選択によって増加し得る。本発明の免疫原性エピトープを有するペプチド（すなわち、タンパク質全体が免疫原である場合、抗体応答を誘発するタンパク質のそれらの一部）は、当該分野で公知の方法に従って同定される。例えば、Geysenら（前出）は、ELISAでの反応に十分な精製度の数百のペプチドの固体支持体での迅速な同時合成の手順を開示する。次に、合成ペプチドと抗体との相互作用は、ペプチドを支持体より除去せずに、簡便に検出される。この様式において、所望のタンパク質の免疫原性エピトープを有するペプチドは、当業者によって日常的に同定され得る。例えば、口蹄疫ウイルスの外皮タンパク質における免疫学的に重要なエピトープは、Ge ys enら（前出）によって、タンパク質の全213アミノ酸配列にわたる全ての208の可能なヘキサペプチドの重複するセットの合成により、７アミノ酸の解像度で位置決めされた。次に、エピトープ内の全ての位置で、全ての20アミノ酸が順番に置換されたペプチドの完全な置換セットが合成され、そして抗体との反応について特異性を付与する特定のアミノ酸が決定された。従って、本発明のエピトープを有するペプチドのペプチドアナログは、本方法によって日常的に作製され得る。 Geysen(1987)の米国特許第4,708,781号は、さらに、所望のタンパク質の免疫原性エピトープを有するペプチドのこの同定方法を記載する。さらになお、Geysen(1990)の米国特許第5,194,392号は、位相幾何学的にエピトープと等価な（すなわち、「ミモトープ（mimotope）」）、目的の抗体の特定のパラトープ（抗原結合部位）と相補的な、モノマー（アミノ酸またはほかの化合物）の配列を、検出または決定する一般的な方法を記載する。より一般的には、またGeysen(1989)の米国特許第4,433,092号は、目的の特定のレセプターのリガンド結合部位に相補的なリガンドとトポグラフィー的に等価な、モノマーの配列を検出または決定する方法を記載する。同様に、Houghten,R.A.ら（1996）の米国特許第5,480,971号は、直鎖C₁-C₇-アルキル過アルキル化オリゴペプチドおよびそのようなペプチドのセットおよびライブラリー、ならびにそのようなオリゴペプチドのセットおよびライブラリーを、目的のアクセプター分子に優先的に結合する過アルキル化オリゴペプチドの配列決定のために使う方法を開示する。従って、本発明のエピトープを有するペプチドの非ペプチドアナログはまた、これらの方法によって日常的に作製され得る。「ポリペプチドおよびフラグメント」についての、本章において引用された各書類の全体の開示を、本明細書において参考として援用する。当業者が理解するように、上記の本発明のポリペプチドおよびそのエピトープを有するフラグメントは、イムノグロブリン（IgG）の定常領域の一部と組み合わせられ得、キメラポリペプチドを生じ得る。これらの融合タンパク質は、精製を容易にし、そしてインビボでの増加した半減期を示す。このことは、例えば、ヒトCD4ポリペプチドの最初の２つのドメインと哺乳動物イムノグロブリンの重鎖または軽鎖の定常領域の種々のドメインよりなるキメラタンパク質について示されている。（EPA 0,394,827;Trauneckerら(1988)Nature331:84-86。）IgG部分に起因してジスルフィド連結した二量体構造を有する融合タンパク質はまた、単量体E．faecalisポリペプチドまたはそのフラグメント単独よりも、他の分子への結合および中和化において、より効率的であり得る。Fountoulakisら（1995） J．Biochem．270:3958-3964を参照のこと。E．faecalisポリペプチドの上記のエピトープをコードする核酸はまた、エピトープタグとしての目的の遺伝子と組み合わせられ得、発現されたポリペプチドの検出および精製を補助し得る。抗体本発明での使用のためのE．faecalisタンパク質特異的抗体は、インタクトなE ．faecalisタンパク質またはその抗原性ポリペプチドフラグメントに対して惹起され得、これはキャリアタンパク質（例えば、アルブミン）をともに用いて、あるいは十分に長い場合では（少なくともほぼ25アミノ酸）キャリアを用いずに動物の系（例えば、ウサギまたはマウス）に提示され得る。本明細書で使用される用語「抗体」(Ab)または「モノクローナル抗体」(Mab) は、E．faecalisタンパク質に対し特異的に結合し得るインタクトな分子、単鎖抗体全体、および抗体フラグメントを含むことを意味する。本発明の抗体フラグメントとしては、FabおよびF(ab')2フラグメントならびに他のフラグメント（１本鎖Fvs(scFv)およびジスルフィド連結したFvs(sdFv)を含む）を含む。本発明はまた、本発明のポリペプチドに特異的なキメラおよびヒト化モノクローナル抗体ならびにポリクローナル抗体を含む。本発明の抗体は、種々の方法のいずれかにより調製され得る。例えば、本発明のポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントを発現する細胞は、ポリクローナル抗体を含む血清の産生を誘発するために動物に対して投与され得る。例えば、E．faecalisポリペプチドまたはそのフラグメントの調製物は、それを天然の混入物を実質的に皆無にするように調製および精製される。次いで、このような調製物は、より大きな特異的な活性のポリクローナル抗血清を産生するために動物に導入される。好ましい方法においては、本発明の抗体はモノクローナル抗体またはその結合フラグメントである。このようなモノクローナル抗体はハイブリドーマ技術を用いて調製され得る。例えば、Harlowら、ANTIBODIES:A LABORATORY MANUAL，(Col d Spring Harbor Laboratory Press，第２版、1988)；Hammerlingら：MONOCLONA L ANTIBODIES AND T-CELL HYBRIDOMAS，Elsevier,N.Y.,(1981)を参照のこと。Fa bおよびF(ab')2フラグメントは、タンパク分解性切断（パパイン（Fabフラグメントを生成するため）またはペプシン（F(ab')2フラグメントを生成するため）のような酵素を用いる）によって精製され得る。あるいは、E．faecalisポリペプチド結合フラグメント、キメラ、およびヒト化抗体は、当該分野で公知の方法を使用する組換えDNA技術の適用または合成化学を介して生成され得る。あるいは、本発明のポリペプチド抗原に結合し得るさらなる抗体は、抗イディオタイプの抗体の使用を通じて２工程の手順で産生され得る。このような方法は、抗体がそれ自身の抗原であり、しかもそれゆえに、第２の抗体に結合する抗体を入手することが可能であるという事実を利用する。この方法に従って、E．fae calisポリペプチド特異的抗体は、動物（好ましくはマウス）を免疫化するために使用される。次いで、このような動物の脾細胞は、ハイブリドーマ細胞を産生するために使用され、そしてハイブリドーマ細胞をスクリーニングして、そのE ．faecalisポリペプチド特異的抗体に結合する能力が、E．faecalisポリペプチド抗原によりブロックされ得る抗体を産生するクローンを同定する。このような抗体は、E．faecalisタンパク質特異的抗体に対する抗イディオタイプ抗体を含み、そしてさらなるE．faecalisポリペプチド特異的抗体の形成を誘導するための、動物の免疫化に使用され得る。本発明の抗体およびそのフラグメントは、抗体により認識されるか、または特異的に結合される本発明のポリペプチドの部分により、記載され得る。本発明のポリペプチド抗体結合フラグメントは、上記のポリペプチドフラグメントについてと同一の様式において、記載または特定され得る（すなわち、Ｎ末端およびＣ末端位置によるか、または連続するアミノ酸残基のサイズによるか）。上記のように、Ｎ末端およびＣ末端位置によるか、またはアミノ酸残基のサイズにより特定される、任意の数の本発明のポリペプチドの抗体結合フラグメントはまた、本発明より除外され得る。従って、本発明は、本発明のポリペプチドの特に記載されたフラグメントに特異的に結合する抗体を含み、そして同一のものの除去を許容する。本発明の抗体およびそのフラグメントはまた、その交差反応性の点から記載または特定され得る。E．faecalis以外のEnterococcusの任意の他の種のポリペプチドに結合しない抗体およびフラグメントは、本発明に含まれる。同様に、Ente rococcusの１つの種にのみ結合する抗体およびフラグメント（すなわち、Entero coccus以外の任意の属由来の細菌に結合しない抗体およびフラグメント）は、本発明に含まれる。診断アッセイ本発明はさらに、本発明のstaphylococcusのポリペプチドをコードする遺伝子の発現を検出することによる、動物におけるstaphylococcus感染をアッセイする方法に関する。この方法は、動物由来の組織または体液をEnterococcus特異的抗体、核酸、またはタンパク質について分析する工程を包含する。Enterococcusに特異的な核酸の分析は、本発明の核酸配列をハイブリダイゼーションプローブまたはプライマーのいずれかとして使用するPCRまたはハイブリダイゼーション技術によってアッセイされる。例えば、Sambrookら、Molecular Cloning:A Labora tory Manual(Cold Spring Harbor Laboratory Press，第２版、1989，54頁参照) ；Eremeevaら、（1994）J．Clin．Microbiol．32:803-810（PCR増幅したDNAの制限酵素断片長多型性の分析によるRicketsiae種の斑点熱群の中の区別を記載する）およびChenら、1994 J．Clin．Microbiol．32:589-595（PCRを介したB．burgd orferi核酸の検出）を参照のこと。 Enterococcusによる感染と関連する疾患状態診断が既に行われている場合、本発明は、疾患状態の進行または後退をモニターするために有用である。疾患状態の進行または後退により、増強したEnterococcus遺伝子発現を提示する患者は、より低いレベルでこれらの遺伝子を発現する患者に比べて、より不良な臨床結果を経験する。「生物学的サンプル」によって、Enterococcusポリペプチド、mRNAまたはDNA を含有する、動物、細胞株、組織培養物、またはその他の供給源から得られた、任意の生物学的サンプルが意図される。生物学的サンプルは、体液（例えば、唾液、血液、血漿、尿、粘液、滑液など）、組織（例えば、筋肉、皮膚、および軟骨）ならびにEnterococcusポリペプチドまたは核酸を含有すると疑われる他の任意の生物学的供給源を含む。組織のような生物学的サンプルを取得する方法は、当該分野で周知である。本発明は、動物におけるEnterococcus感染に関連した疾患の検出のために有用である。好ましい動物としては、サル、尾なしザル、ネコ、イヌ、トリ、ウシ、ブタ、マウス、ウマ、ウサギ、およびヒトが挙げられる。特に好ましいのはヒトである。全RNAは、任意の適切な技術（例えば、Chomczynskiら(1987)Anal.Biochem.162 :156-159に記載される単一工程であるグアニジン−チオシアネート−フェノール −クロロホルム法）を使用して生物学的サンプルから単離され得る。次いで、表１に同定される核酸配列と十分な相同性を有し、相補鎖の間のハイブリダイゼーションを可能にするEnterococcusポリペプチドをコードするmRNAは任意の適切な方法を使用してアッセイされる。これらはノーザンブロット分析、S1ヌクレアーゼマッピング、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、ポリメラーゼ連鎖反応を組み合わせた逆転写（RT-PCR）、およびリガーゼ連鎖反応を組み合わせた逆転写（RT-L CR）を含む。ノーザンブロット分析は、Haradaら（1990）Cell 63:303-312に記載のように行われ得る。手短に言えば全RNAは、生物学的サンプルより上記のように調製される。ノーザンブロットのために、RNAは適切な緩衝液（例えば、グリオキサール／ジメチルスルホキシド／リン酸ナトリウム緩衝液）において変性され、アガロースゲル電気泳動に供され、そしてニトロセルロースフィルターに転写される。RNAがUVリンカーによってフィルターに結合された後、フィルターはホルムアミド、SSC、デンハート液、変性サケ精子DNA、およびリン酸ナトリウム緩衝液を含む溶液中でプレハイブリダイズする。任惹の適切な方法（例えば、³²P-マルチプライムDNA標識システム（Amersham））に従い標識された表１に示すE．faecal isポリヌクレオチド配列を、プローブとして使用する。終夜のハイブリダイゼーションの後、フィルターを洗浄し、X線フィルムに曝露する。本発明に従いプローブとして使用されるDNAは、本章において上記に記載され、そして好ましくは、少なくとも１５ヌクレオチド長である。 S1マッピングは、Fujitaら（1987）Cell.49:357−367に記載されるように、実施し得る。SIマッピングに使用するプローブDNAを調製するために、本発明の上記のE.faecalis DNA配列のセンス鎖を、テンプレートとして使用して標識されたアンチセンスDNAを合成する。次いで、アンチセンスDNAを、適切な制限エンドヌクレアーゼを用いて消化して所望の長さのさらなるDNAプローブを生成し得る。このようなアンチセンスプローブは、標的mRNA（すなわち、EnterococcusポリペプチドをコードするmRNA）に対応する保護されたバンドを可視化するのに有用である。 EnterococcusポリペプチドをコードするmRNAレベルを、例えば、Makinoら（19 90）Technique 2:295−301に記載されるRT-PCRを用いてアッセイする。この方法によって、ポリアクリルアミドゲルバンドにおける「アンプリコン」の放射能は、標的mRNAの当初の濃度に正比例する。手短には、この方法は、RTプライマーおよび適切な緩衝液を含む反応混合物に、生物学的サンプルから単離された総RNA を添加する工程を包含する。プライマーアニーリングのためのインキュベーション後、混合物に、RT緩衝液、dNTP、DTT、RNaseインヒビター、および逆転写酵素を補充し得る。次いで、RNAの逆転写を達成するためのインキュベーション後、R T産物を標識したプライマーを使用するPCRに供する。あるいは、プライマーを標識するのではなく、標識したdNTPをPCR反応混合物に含ませ得る。PCR増幅は、従来技術に従って、DNAサーマルサイクラー中で行い得る。増幅を達成するのに適切な数の回数の後、PCR反応混合物をポリアクリルアミドゲルにおいて電気泳動する。ゲルの乾燥後、適切なバンド（本発明のEnterococcusポリペプチドをコードするmRNAに対応する）の放射能をイメージ分析機を用いて定量する。RTおよび PCR反応成分および条件、試薬、およびゲル濃度、ならびに標識方法は、当該分野で周知である。RT-PCR方法の改変は、当業者には明白である。本発明の核酸を検出し得る他のPCR方法は、PCR PRIMER:A LABORATORY MANUAL（C.W.Dieffenbach ら編、Cold Spring eHarbor Lab Press、1995）に見い出され得る。 DNAおよびRNAの両方を含む本発明のポリヌクレオチドを用いて、バイオチップ技術を使用して本発明のポリヌクレオチドまたはEnterococcus種（これは、E.fa ecalisを含む）を検出し得る。本発明は、高密度チップアレイ（＞1000オリゴヌクレオチド／cm²）および低密度チップアレイ（＜1000オリゴヌクレオチド／cm² ）の両方を含む。本発明のポリヌクレオチドのアレイを含むバイオチップを使用して、生物学的サンプルまたは環境サンプル中のEnterococcus種（これは、E．f aecalisを含む）を検出し得、そしてE.faecalisまたは他のEnterococcus感染を伴う動物（これは、ヒトを含む）を診断し得る。本発明のバイオチップは、迅速な示差的な病原体検出および診断における使用のための、本発明のポリヌクレオチド配列に加えて、細菌、ウイルス、寄生生物、および真菌のポリヌクレオチド配列を含む他の病原体のポリヌクレオチド配列を含み得る。このバイオチップはまた、E.faecalisまたは他のEnterococcus感染をモニターするため、および臨床における薬物治療および研究室における薬物開発に応答する遺伝子変化（欠失、挿入、ミスマッチなど）をモニターするために使用され得る。本発明のポリヌクレオチドのアレイを含むこのバイオチップ技術は、本発明の遺伝子を含む多重の遺伝子の発現を同時にモニターするのに使用され得る。選択されたアレイを含ませるために使用されたポリヌクレオチドは、フラグメントについてと同様な様式で、すなわち、５’位および３’位または連続する塩基対の長さおよび含まれる形態（include from）によって特定され得る。バイオチップ技術を用いた、Ente rococcus種（E.faecalisを含む）を検出するための方法および本発明のポリヌクレオチドの特定の使用は、当該分野で公知の技術を含み、そして米国特許第：55 10270号、同5545531号、同5445934号、同5677195号、同5532128号、同5556752号、同5527681号、同5451683号、同5424186号、同5607646号、同5658732号、および国際出願番号第WO／9710365号、WO／9511995号、WO／9743447号、WO／9535505 号の技術を含み、これらの文献は各々が、本明細書において、その全体が援用される。本発明のポリヌクレオチドを用いるバイオセンサーもまた、E.faecalisまたは他のEnterococcus種およびそれらの感染を検出、診断およびモニターするのに使用され得る。本発明のポリヌクレオチドを用いるバイオセンサーはまた、本発明の特定のポリヌクレオチドを検出するのに使用され得る。本発明のポリヌクレオチドを用いるバイオセンサーはまた、臨床における薬物治療および研究室における薬物開発に応答する遺伝子変化（欠失、挿入、ミスマッチなど）をモニターするのに使用され得る。バイオセンサーを用いたEnterococcus種（E.faecalisを含む）を検出するための方法および本発明のポリヌクレオチドの特定の使用は、当該分野で公知のもの、ならびに米国特許第5721102号、同5658732号、同5631170 号、および国際出願第WO97／35011号、WO／9720203号の技術を含み、これらの文献は各々が本明細書において、その全体が援用される。従って、本発明は、本発明のポリヌクレオチドを含むバイオチップおよびバイオセンサーの両方ならびにそれらの使用方法を含む。生物学的サンプル中のEnterococcusポリペプチドレベルをアッセイすることは、当該分野で公知の任意の方法、例えば、抗体に基づく技術を用いて行い得る。例えば、組織中のEnterococcusポリペプチド発現は、古典的な免疫組織学的方法で研究され得る。これらにおいて、特異的な認識は、一次抗体（ポリクローナルまたはモノクローナル）によって提供されるが、二次検出系は、蛍光、酵素、または他の結合体化した二次抗体を利用し得る。結果として、病理学的検査のための組織切片の免疫組織学的染色が得られる。組織はまた、例えば、尿素および中性界面活性剤を用いて、ウェスタンブロットまたはドット／スロットアッセイのためのEnterococcusポリペプチドの遊離のために、抽出され得る。例えば、Jalk anen、M.ら（1985）J.Cell.Biol.101 976−985；Jalkanen、M.ら、（1987）J.Ce ll.Biol.105：3087−3096を参照のこと。カチオン性固相の使用に基づくこの技術において、Enterococcusポリペプチドの定量は、単離されたEnterococcusポリペプチドを標準として用いて達成され得る。この技術はまた、体液にも適用され得る。 Enterococcusポリペプチド遺伝子発現を検出するための他の抗体に基づく有用な方法は、イムノアッセイ（例えば、ELISAおよび放射免疫アッセイ（RIA））を含む。例えば、Enterococcusポリペプチド特異的モノクローナル抗体を、免疫吸着体および酵素標識プローブの両方として用いて、Enterococcusポリペプチドを検出および定量し得る。サンプルに存在するEnterococcusポリペプチドの量は、線形回帰コンピュータアルゴリズムを用いた標準的な調製物に存在する量を参照して計算され得る。このようなELISAは、Iacobelliら（1988）Breast Cancer Re search and Treatment 11:19−30に記載される。別のELISAアッセイにおいて、２つの異なる特異的なモノクローナル抗体を使用して、体液中のEnterococcusポリペプチドを検出し得る。このアッセイに、おいて、抗体の一方を免疫吸着体として、および他方を酵素標識プローブとして使用する。上記の技術は、本質的に、「一工程」または「二工程」アッセイとして行い得る。「一工程」アッセイは、Enterococcusポリペプチドを固定した抗体に接触させる工程、および洗浄せずに、この混合物と標識した抗体とを接触させる工程を包含する。「二工程」アッセイは、この混合物を標識した抗体と接触させる工程の前に洗浄する工程を包含する。他の従来の方法もまた、適切な場合使用され得る。アッセイ系の１成分を支持体に固定し、それにより系の他の成分をこの成分と接触へともたらさせ、そしてサンプルから容易に除去することを可能とすることが通常所望される。本発明に含まれる上記および他の免疫学的方法の改変はまた、Harlowら、ANTIBODIES：A LABORATORY MANUAL（Cold Spring Harbor Labora tory Press、第２版、1988）に見い出され得る。適切な酵素標識は、例えば、基質との反応によって過酸化水素の産生を触媒するオキシダーゼ群に由来する標識を含む。グルコースオキシダーゼは、良好な安定性およびその基質（グルコース）が容易に入手可能であるので、特に好ましい。オキシダーゼ標識の活性は、酵素標識抗体／基質反応によって形成した過酸化水素の濃度を測定することによってアッセイされ得る。酵素の他に、他の適切な標識は、放射性同位体（例えば、ヨウ素（¹²⁵I、¹²¹I）、炭素（¹⁴C）、イオウ（³⁵S）、三重水素（³H）、インジウム（¹¹²In）、およびテクネチウム（^99mTc ）ならびに蛍光標識（例えば、フルオレセインおよびローダミン）ならびにビオチンを含む。本発明のEnterococcusポリペプチド特異的な抗体について適切なさらなる標識を以下に提供する。適切な酵素標識の例は、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、Entero coccusヌクレアーゼ、Δ-5-ステロイドイソメラーゼ、酵母アルコールデヒドロゲナーゼ、αグリセロールリン酸デヒドロゲナーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、ペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、アスパラギナーゼ、グルコースオキシダーゼ、βガラクトシダーゼ、リボヌクレアーゼ、ウレアーゼ、カタラーゼ、グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ、グルコアミラーゼ、およびアセチルコリンエステラーゼを含む。適切な放射性同位体標識の例は、³H、¹¹¹In、¹²⁵I、¹³¹I、³²P、³⁵S、¹⁴C、⁵¹ Cr、⁵⁷To⁵⁸Co、⁵⁹Fe、⁷⁵Se、¹⁵²Eu、⁹⁰Y、⁶⁷Cu、²¹⁷Ci、²¹¹At、²¹²Pb、⁴⁷Sc，¹ ⁰⁹ Pdなどを含む。¹¹¹Inは、インビボ画像化を使用する場合に好ましい同位体である。なぜなら、これは、¹²⁵Iまたは¹³¹I標識モノクローナル抗体の肝臓による脱ハロゲン化の問題を避けるからである。さらに、この放射性核種は、画像化についてより好ましいγ放射エネルギーを有する。例えば、Perkinsら、（1985）E ur.J.Nucl.Med.10：296−301；Carasquilloら、（1987）J.Nucl.Med.28:281−28 7を参照のこと。例えば、1−（Ｐ−イソチオシアネートベンジル）-DPTAでモノクローナル抗体と結合した¹¹¹Inは、非腫瘍組織、特に肝臓においてほとんど取り込みを示さず、従って、腫瘍の位置付けの特異性を増強する。Estebanら、（1 987）J.Nucl.Med.28:861−870を参照のこと。適切な非放射性同位体標識の例は、¹⁵⁷Gd、⁵⁵Mn、¹⁶²Dy、⁵²TLおよび⁵⁶Feを含む。適切な蛍光標識の例は、¹⁵²Eu標識、フルオレセイン標識、イソチオシアネート標識、ローダミン標識、フィコエリトリン標識、フィコシアニン標識、アロフィコシアニン標識、o-フタルアルデヒド標識、およびフルオレスカミン標識を含む。適切な毒素標識の例は、Pseudomonas毒素、ジフテリア毒素、リシン、およびコレラ毒素を含む。化学発光標識の例は、ルミナール標識、イソルミナール標識、芳香族アクリジニウムエステル標識、イミダゾール標識、アクリジニウム塩標識、シュウ酸エステル標識、ルシフェリン標識、ルシフェラーゼ標識、およびエクオリン標識を含む。核磁気共鳴造影剤の例は、重金属核、例えば、Gd、Mn、および鉄を含む。抗体への上記の標識の結合のための代表的な技術は、Kennedyら、（1976）Cli n.Chim.Acta 70:1-31およびSchursら、（1977）Clin.Chim.Acta 81:1-40によって提供される。後者において言及される結合技術は、グルタルアルデヒド法、過ヨウ素酸塩法、ジマレイミド法、m-マレイミドベンジル-N-ヒドロキシスクシンイミドエステル法であり、これらの方法は、本明細書において参考として援用される。関連する局面において、本発明は、E.faecalis感染に対して特異的な抗体を含む血清をスクリーニングするのに使用するための診断キットを包含する。このようなキットは、少なくとも１つの抗E.faecalis抗体と特異的に免疫反応性である、エピトープを含む、単離されたE.faecalis抗原を含む。このようなキットはまた、上記キットの抗原に対する結合を検出する手段を含む。特定の実施態様において、キットは、組換え産生されたかまたは化学合成されたペプチドまたはポリペプチド抗原を含み得る。ペプチドまたはポリペプチド抗原は、固相支持体に結合され得る。より特異的な実施態様において、上記のキットの検出手段は、上記のペプチドまたはポリペプチド抗原が結合している固相支持体を含む。このようなキットはまた、結合していないレポーター標識された抗ヒト抗体を含み得る。この実施態様において、E.faecalis抗原に対する抗体の結合は、抗E.faecalisポリペプチド抗体に対するレポーター標識された抗体の結合によって検出され得る。関連する局面において、本発明は、E.faecalis感染を、被験体において検出する方法を包含する。この検出法は、被験体からの体液、特に血清を、単離された E.faecalis抗原と反応させる工程、および結合した抗体の存在について抗原を検査する工程を包含する。特定の実施態様において、この方法は、固体支持体に結合したポリペプチド抗原を含み、そして血清は、この支持体と反応される。続いて、この支持体は、レポーター標識した抗ヒト抗体と反応される。次いで、この支持体は、レポーター標識された抗体の存在について検査される。上記のアッセイおよびキットにおいて使用される固体表面試薬は、ポリマービーズ、ディップスティック、96ウェルプレート、またはフィルター材料のような固体支持体材料にタンパク質材料を結合させるための公知の技術によって調製される。これらの結合法は、一般に、支持体へのタンパク質の非特異的な吸着またはタンパク質の共有結合を含み、代表的には、固体支持体上の化学反応基（例えば、活性化カルボキシル、ヒドロキシル、またはアルデヒド基）に対して、遊離アミノ基を介する。あるいは、ストレプトアビジンコーティングプレートが、ビオチン化抗原とともに使用され得る。本発明のポリペプチドおよび抗体（それらのフラグメントを含む）を使用して、Enterococcus種（E.faecalisを含む）を、バイオチップおよびバイオセンサー技術を使用して検出し得る。本発明のバイオチップおよびバイオセンサーは、E.fa ecalisを含むEnterococcus種を特異的に認識する抗体を検出する本発明のポリペプチドを含み得る。本発明のバイオチップおよびバイオセンサーはまた、E.faec alisを含むEnterococcus種、または本発明の特異的なポリペプチドを含むを検出するための本発明のポリペプチドを特異的に認識する抗体を含み得る。本発明のポリペプチドまたは抗体を含むバイオチップまたはバイオセンサーを使用して、生物学的サンプルおよび環境サンプルにおいてE.faecalisを含むEnterococcus種を検出し得、そしてE.faecalisまたは他のEnterococcus感染を有する動物（ヒトを含む）を診断し得る。従って、本発明は、本発明のポリペプチドまたは抗体を含むバイオチップおよびバイオセンサーの両方、ならびにそれらの使用方法を包含する。本発明のバイオチップは、さらに、迅速な示差的病原体検出および診断において使用するために、細菌、ウイルス、寄生生物、および真菌のポリペプチド配列を含む他の病原体のポリペプチド配列を、本発明のポリペプチド配列に加えて含み得る。本発明のバイオチップは、さらに、迅速な示差的病原体検出および診断において使用するために、細菌、ウイルス、寄生生物、および真菌のポリペプチド配列を含む他の病原体に特異的な抗体またはそのフラグメントを、本発明の抗体またはフラグメントに加えて含み得る。また、本発明のバイオチップおよびバイオセンサーを用いて、E.faecalisまたは他のEnterococcus感染をモニターし得、そして臨床における薬物治療および研究室における薬物開発に応じた遺伝子変化（アミノ酸欠失、挿入、置換など）をモニターし得る。また、本発明のポリペプチドまたは抗体を含むバイオチップおよびバイオセンサーを使用して、本発明のポリペプチドを含む、多重なポリペプチドの発現を同時にモニターし得る。本発明のバイオチップまたはバイオセンサーを含むように使用されたポリペプチドは、フラグメントについてと同様の様式で（すなわち、それらのN端、およびC端の位置または連続するアミノ酸残基の長さによって）特定され得る。バイオチップおよびバイオセンサー技術を用いて、E.faecalisを含むEnterococcus種、または特定のポリペプチドを検出するための、本発明の方法ならびにポリペプチドおよび抗体の特定の使用は、当該分野で公知のもの、本発明のポリヌクレオチドを用いるバイオチップおよびバイオセンサーについて上記に列挙される米国特許および国際特許番号のもの、ならびに、米国特許第5658732号、同第5135852号、同第55 67301号、同第5677196号、同第5690894号、および国際特許第WO9729366号、WO96 12957号（これら各々はそれらの全体が本明細書において援用される）を含む。処置：アゴニストおよびアンタゴニスト−アッセイおよび分子本発明はまた、本発明のE.faecalisポリペプチドの生物学的活性を増強またはブロックするものを同定する化合物をスクリーニングする方法を提供する。本発明はさらに、化合物がE.faecalisを殺傷またはその増殖を遅延させる場合を提供する。抗生物質耐性を予防的または治療的にブロックする、E,faecalisアンタゴニスト（E.faecalisリガンドを含む）の能力は、当業者によって容易に試験され得る。例えば、Stradenら、（1997）J.Bacteriol.179（1）：9−16を参照のこと。アゴニストは、天然の生物学的機能を増強する化合物または本発明のポリペプチドに類似する様式で機能する化合物であるが、アンタゴニストは、このような機能を減少させるかまたは除去する。潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリペプチドに結合し、それによりその活性を阻害するかまたは消長させる、有機低分子、ペプチド、ポリペプチド、および抗体を含む。アンタゴニストは、例えば、ペプチドグリカン架橋形成を阻害するために使用され得る。抗生物質耐性を処置するために、E.faecalisに対する抗体を使用して、E.faecalis活性に結合または阻害し得る。任意の上記のアンタゴニストは、薬学的に受容可能なキャリアと組合せて使用され得る。ワクチン本発明はまた、１つ以上の本発明のポリペプチドを含むワクチンを提供する。ワクチンの組成物における異種性は、本発明のE.faecalisポリペプチドを合わせることによって提供され得る。この型の多成分ワクチンが所望される。なぜなら、これらは、単一のポリペプチドワクチンよりも、Enterococcus属の複数の種または株に対する保護的免疫応答を惹起するのにより有効であるようであるからである。多成分ワクチンは、当該分野において、多数の免疫原性成分に対して抗体産生を惹起することが公知である。例えば、Deckerら（1996）J.Infect.Dis.174:S27 0-275を参照のこと。さらに、B型肝炎、ジフテリア、破傷風、百日咳４価ワクチンが最近、ヒト乳児において、４つすべての病原体に対して保護的レベルの抗体を惹起することが実証された。例えば、Aristegui,J.ら（1997）Vaccine 15:7− 9を参照のこと。単一成分ワクチンに加えて、本発明は、多成分ワクチンを包含する。これらのワクチンは、１を超えるポリペプチド、免疫原、または抗原を含む。従って、多成分ワクチンは、本発明のE.faecalisポリペプチドの１を超えるものを含むワクチンである。本発明の範囲内にはさらに、細胞全体およびウイルスワクチン全体がある。このようなワクチンは、組換え産生され得、そして表１に記載の１以上のE.faecal isポリペプチドの発現を含む。例えば、本発明のE.faecalisポリペプチドは、分泌され得るかまたは細胞内、細胞表面上、またはペリプラスム空間のいずれかに配置され得る。さらに、組換えウイルスが使用される場合、本発明のE.faecalis ポリペプチドは、例えば、ウイルスエンベロープ内、キャプシドの表面上、またはキャプシド内部に配置され得る。異種タンパク質を発現する細胞を使用する細胞全体のワクチンは当該分野で公知である。例えば、Robinson、K.ら、（1997） Nature Biotech.15:653−657；Sirard、J.ら（1997）Infect.Immun.65：2029−2 033；Chabalgoity、J.ら、（1997）Infect.Immun.65:2402−2412を参照のこと。これらの細胞は、生で投与され得るか、または投与の前に殺傷され得る。例えば、Chabalgoity,J.ら前出は、マウスにおいて、細胞表面上の融合タンパク質として扁形動物脂肪酸結合タンパク質の部分を発現する、生の弱毒化したSalmonella ワクチン株の首尾よい使用を報告する。多成分ワクチンはまた、当該分野で公知の技術を用いて、１以上の本発明のE ．faecalisポリペプチドまたはそのフラグメントを、さらなる非Enterococcus成分（例えば、ジフテリア毒素または破傷風毒素、および／または免疫応答を惹起することが公知の他の成分）と合わせることによって、調製され得る。このようなワクチンは、Enterococcus属および非Enterococcus病原体の両方のメンバーに対する保護的免疫応答を惹起するのに有用である。本発明のワクチンはまた、DNAワクチンを含む。DNAワクチンは、現在、多数の感染性疾患について開発中である。例えば、Boyerら、（1997）Nat.Med.３：526 −532を参照のこと；Spier、R．(1996)Vaccine 14：1285−1288に概説される。このようなDNAワクチンは、被験体ポリペプチドの発現を可能にする様式に指向された、１以上の本発明のE.faecalisポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。例えば、B.burgdorgeri OspAをコードするプラスミドDNAの直接投与は、マウスにおいて、ボレリア属チャレンジに対して保護的免疫を惹起することが示されている。Lukeら、（1997）J.Infect.Dis.175：91−97を参照のこと。本発明はまた、免疫応答を調節し得る分子とともに同時投与されるワクチンの投与に関する。例えば、Kimら（1997）Nature Biotech.15:641−646は、免疫応答を刺激する分子をコードするDNA配列が同時投与される場合にDNA免疫化によって産生される免疫応答の増強を報告する。同様の様式において、本発明のワクチンは、免疫調節因子をコードする核酸または免疫調節因子そのもののいずれかとともに同時投与され得る。これらの免疫調節因子は、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）およびCD86を含む。本発明のワクチンを使用して、受動免疫または能動免疫のいずれかによるEnte rococcus感染に対する抵抗性を付与し得る。本発明のワクチンを用いて、能動免疫を介して、Enterococcus感染に対する抵抗性を付与する場合、本発明のワクチンを動物に投与して、Enterococcus感染を妨害するかまたは弱毒化するかのいずれかである保護的免疫応答を惹起する。本発明のワクチンを使用して、受動免疫を介してEnterococcus感染に対する耐性を付与する場合、ワクチンを宿主動物（例えば、ヒト、イヌ、またはマウス）に提供し、そしてこの抗血清によって惹起される抗血清を回収し、そしてEnterococcus属のメンバーによって生じる感染を有すると疑われるレシピエントに直接提供する。抗体、または抗体のフラグメントを、毒素分子で標識する能力は、受動免疫を行う場合、Enterococcus感染を処置するためのさらなる方法を提供する。この実施態様において、本明細書において開示されるE.faecalisポリペプチド、またはそのフラグメントを認識し得る抗体、または抗体のフラグメント、ならびに他の Enterococcusタンパク質は、患者へのそれらの投与の前に毒素で標識される。このような毒素誘導体化抗体がEnterococcus細胞に結合する場合、毒素分子は、これらの細胞に局在し、そしてそれらに死を引き起こす。従って、本発明は、本発明のポリペプチドに応答して産生される血清によって認識されそして結合される抗原を有する生物から生じるEnterococcus感染を予防または弱毒化するための手段に関し、そしてこれを提供する。本明細書において使用される場合、ワクチンは、その動物への投与が、疾患の症状または状態の全てまたは部分的な弱毒化（すなわち抑制）、または疾患に対する動物の全部または部分的な免疫をもたらすかのいずれかである場合、疾患を予防または弱毒化するといわれる。ワクチン（またはそれを誘発する抗血清）の投与は、「予防の」または「治療の」目的のいずれかであり得る。予防的に提供される場合、化合物は腸球菌感染の任意の病状の前に提供される。化合物の予防的投与は、任意の引き続く感染を阻止または弱毒することに役立つ。治療的に投与される場合、化合物は、動物が Enterococcus属のメンバーに感染され得ることを示す病状の検出時に、または検出後に提供される。化合物の治療的投与は、任意の実際の感染を弱毒化することに役立つ。従って、本発明のE.faecalisポリペプチドおよびそのフラグメントは、感染の開始に先立って（予測される感染を阻止または弱毒化するために）、または実際の感染の開始後のいずれかに提供され得る。本発明のポリペプチドは、ネイティブなタンパク質の部分をコードする機能的なそれらの誘導体も、純粋な形態で投与され得るか、または高分子キャリアと組み合わされて投与され得る。このようなキャリアの例は、タンパク質および炭水化物である。本発明のポリペプチドの免疫原性を増強するための高分子キャリアとして機能し得る適切なタンパク質には、キーホールリンペットヘマシアニン（ KLH）破傷風毒素、百日咳毒素、ウシ血清アルブミン、およびオボアルブミンなどが挙げられる。このような高分子キャリアへの本発明のポリペプチドの結合についての方法は、Harlowら、ANTIBODIES：A LABORATORY MANUAL,(Cold Spring H arbor Laboratory Press,第２版、1988）に記載されている。組成物の投与が、レシピエントの動物により寛容され得、そしてそうでなければその動物への投与について適切である場合、組成物は、「薬理学的または生理学的に受容可能である」とされる。このような薬剤は、投与量が生理学的に有意である場合、「治療的有効量」で投与されるといわれる。薬剤は、その存在がレシピエント患者の生理学において検出可能な変化を生じる場合、生理学的に有意である。全ての例において、本発明のワクチンは、薬理学的に受容可能な化合物として投与され、当業者は、薬理学的に受容可能な化合物の組成物は、投与される動物動物で変化することを認識する。例えば、ヒトでの使用が意図されるワクチンは、一般に、フロイントアジュバントと同時投与されない。さらに、本発明のE.fa ecalisポリペプチドの純度レベルは、通常は、ヒトに投与される場合のほうが、非ヒト動物に投与される場合よりもより高い。当業者により理解され得るように、本発明のワクチンが動物に投与される場合、塩、緩衝剤、アジュバント、または組成物の効力を改善するために望ましい他の物質を含み得る組成物であり得ることが、。アジュバントは、特異的な免疫応答性を特異的に増加させるために使用され得る物質である。これらの物質は、一般には2つの機能を発揮する：（1）これらは投与後の迅速な異化抗原を阻止し、そして（2）これらは免疫応答を非特異的に刺激する。通常は、アジュバントおよび組成物は、免疫系への提示に先立って混合されるか、または別々だが免疫される動物の同一部位に提示される。アジュバントはそれらの組成物に基づいて幾つかの群におおまかに分けられ得る。これらの群は、オイルアジュバント（例えば、完全フロイトおよび不完全フロイント）、鉱物油（例えば、AlK（SO₄）₂、AlNa（SO₄）₂、AlNH₄（SO₄）、シリカ、カオリンおよび炭素）、ポリヌクレオチド（例えば、ポリICおよびポリAU酸）、および特定の天然物質（例えば、Mycobacterium tuberculosis由来のwax Ｄ、ならびにCoryne bacterium parvumまたはBordetella pertussisおよびBrucella属のメンバーで見出された物質）を含む。アジュバントとして有用である他の物質は、例えば、Qu il Ａ．(Superfos A/S,Denmark)のようなサポニンである。本発明においての使用について好ましいアジュバントには、アルミニウム塩（例えば、AlK（SO₄）₂ 、Al Na（SO₄）₂およびAlNH₄（SO₄））が挙げられる。ワクチン組成物での使用について適切な物質の例は、REMINGTON'S PHARMACEUTICAL SCIENCE 1324-1341（A.Osol 編、Mack Publishing Co，Easton，PA，(1980)(本明細書において参考として援用される)）において提供される。本発明の治療的組成物は、注射、迅速な注入、鼻咽頭吸収（鼻咽頭内的に）、皮膚吸収により非経口的に、または経口的に投与され得る。あるいは、組成物は、筋肉内、または静脈内のいずれかで投与され得る。非経口的な投与のための組成物は、滅菌水性溶液または非水性溶液、懸濁物およびエマルジョンが挙げられる。非水性溶媒の例は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、オリーブ油のような植物油、エチルオレイン酸のような注入可能な有機エステルである。キャリアまたは閉鎖性包帯は、皮膚透過性の増加および抗原吸着の増強に使用され得る。経口投与のための液体投薬形態は、一般には、液体投薬形態を含むリポソーム溶液を含む。リポソームを懸濁するための適切な形態は、エマルジョン、懸濁物、溶液、シロップおよび当該分野で一般に使用される不活性希釈物（例えば、精製水）を含むエリキシルが挙げられる。不活性希釈物に加えて、このような組成物はまた、アジュバント、湿潤剤、乳化剤および懸濁剤または甘味剤、香料剤または芳香剤を含み得る。本発明の治療的組成物は、カプセル化形態で投与され得る。例えば、ポリ（DL -ラクチド-コ-グリコリド）から構成される生分解性ミクロスフェアにカプセル化されたワクチンを使用する鼻腔内免疫。Shahin R.ら、（1995）Infect．Immun ．63:1195-1200を参照のこと。同様に、経口的に投与されるカプセル化Salmonel ia typhimurium抗原もまた使用され得る。Allaoui-Attarki,Kら、（1997）Infec t Immun.65：853-857。本発明のカプセル化ワクチンは、粘膜へのワクチンの接触を含む経路を含む様々な経路により投与され得る（例えば、鼻腔内に、結腸内に、十二指腸内に）。複数の投与レジメが利用される場合、多くの異なる技術が、免疫のタイミングのために存在する。免疫した動物により発現された免疫グロブリンのレパートリーの発現のレベルおよび差異を増加させるために、一回より多く本発明の組成物を使用することは可能である。代表的には、複数の免疫が与えられる場合、それらは1ヶ月から2ヶ月おきに与えられる。本発明に従って、治療的組成物の「有効量」は、所望される生物学的効果に達するために充分である量である。一般には、組成物の有効量を提供するために必要とされる投与量は、動物またはヒトの年齢、状態、性別およびもしあれば疾患の程度、もしあれば、そして当業者により調製され得る他の変数のような因子に依存して変化する。本発明の抗原性調製物は、有効量の単回または複数回のいずれかの量で投与され得る。本発明の組成物の有効量は、用量あたり0.01〜1.000μg/ml、より好ましくは用量あたり0.1〜500μg/ml、最も好ましくは10〜300μg/mlで変化し得る。実施例実施例１：E．feacalisの寄託試料から選択されたDNAクローンの単離３つのアプローチが、任意のE.faecalisゲノムDNAライブラリー由来の本発明のポリヌクレオチドを含むE.faecalisクローンの単離に使用され得る。E.faecal is株V586は、E.faecalis株を入手するための簡便な供給源として寄託されたが、当該分野で公知である広範なE.faecalis株が使用され得る。 E.faecalisゲノムDNAは、以下の方法を使用して調製される。20mlの、富化培地(例えば、Trypticase Soy Broth，Brain Heart Infusion brothまたはSuper b roth)で増殖させた終夜細菌培養物をペレット化し、TES(30mM Tris-pH8.0、25mM EDTA、50mM NaCl)で2回洗浄し、そして5mlの高塩TES(2.5M NaCl)で再懸濁した。リソスタフィンを約50μg/mlの最終濃度まで添加し、そして混合物を1時間、3 7℃でゆっくり回転させてプロトプラスト細胞を作成する。次いで、溶液をインキュベーター（または振盪水浴）に置き、そして55℃まで加熱する。次いで、TE S中の500μlの20％サルコシル（最終濃度2％）を添加して細胞を溶解する。次に、グアニジンHClを7Mの最終濃度（5.5ml中に3.69g）まで添加する。混合物を、5 5℃で、60〜90分間穏かに旋回（swirl）させる。次いで、CsCl勾配を、2.0mlの5 .7M CsClを使用してSW41 ultra clearチューブ中でセットアップし、そして2.85 M CsClで重層する。勾配に注意深くDNA含有GuHCl溶液をする。勾配を30,000rpm 、20℃で、24時間回転させ、低部のDNAバンドを回収する。容量をTE緩衝液で5ml まで増やす。次いで、DNAをプロテアーゼK（10ug/ml）で一晩、37℃で処理し、そしてエタノール沈殿する。沈殿したDNAを、所望の緩衝液で再懸濁する。第1の方法では、プラスミドを、本発明のポリヌクレオチドに対応するポリヌクレオチドプローブを使用して、プラスミドE.faecalisゲノムDNAライブラリーをスクリーニングすることにより直接単離する。詳細には、30〜40ヌクレオチドの特定のポリヌクレオチドを、報告された配列に基づいて、Applied Biosystems DNA synthesizerを使用して合成する。例えば、オリゴヌクレオチドを、T4ポリヌクレオチドキナーゼを使用して³²P-γ-ATPで標識化し、そして日常的な方法に従って精製する（例えば、Maniatisら、Molecular Cloning:A Laboratory Manua l、Cold Spring Harbor Press,Cold Spring、NY(1982)を参照のこと）。ライブラリーを、当業者に公知の技術（例えば、Sambrookら、MOLECULAR CLONING:A LA BORATORY MANUAL（Cold Spring Harbor N.Y．(1989);Ausubelら、CURRENT PROTO COLS IN MOLECULAR BIOLOGY(John Wliey and Sons，N.Y．1989)を参照のこと）を使用して、上記で示されるような適切な宿主(例えば、XL-1 Blue(Stratagene) )中に形質転換する。例えば、Sambrookら、MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MA NUAL（Cold Spring Harbor N.Y．第2版、(1989);Ausubelら、CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY(John Wliey and Sons，N.Y.1989)を参照のこと。形質転換体を、1.5％の寒天培地（適切な選択薬剤（例えば、アンピシリン）を含有する）上に、プレートあたり約150個の形質転換体（コロニー）の密度でプレートする。これらのプレートを、細菌コロニースクリーニングについての日常的方法に従って、ナイロンメンブレンを使用してスクリーニングする。例えば、Sambro okら、MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MANUAL（Cold Spring Harbor N.Y．第2 版、(1989)）;Ausubelら、CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY(John Wile y and Sons，N.Y.1989)、または当業者に公知である他の技術を参照のこと。あるいは、配列番号1〜982のポリヌクレオチドの5’末端および3’末端に由来する15〜25ヌクレオチドの2つのプライマーを合成し、そしてテンプレートとしてE.faecalisゲノムDNA調製物を使用するPCRにより所望のDNAを増幅するために使用する。PCRを、例えば、0.5ugの上記のDNAテンプレートを含む25μlの反応混合物において日常的な反応条件下で実施する。簡便な反応混合物は、1.5〜5mM M gCl₂、0.01%(w/v)ゼラチン、20μMの各dATP、dCTP、dGTP、dTTP、25pmolの各プライマー、および0.25ユニットのTaqポリメラーゼである。35サイクルのPCR（94 ℃、1分の変性；55℃、1分のアニーリング；72℃、1分の伸長反応）を、Perkin Elmer Cetus automated thermal cyclerで実施する。増幅生成物をアガロースゲル電気泳動により分析し、そして予想した分子量のDNAバンドを切り出し、そして精製する。PCR生成物を、DNA生成物のサブクローニングおよび塩基配列決定により選択された配列であることを確認する。最終的に、表１のDNA配列の重複オリゴを化学的に合成し得、そしてこれを利用して当該分野で公知のPCR方法を使用して所望の長さのヌクレオチド配列を生成するために使用し得る。実施例2（ａ）.E.coliの腸球菌ポリペプチドの発現および精製細菌性発現ベクターpQE60を、既に議論した軟組織および全身性感染モデルにおいて使用した本発明のいくつかのポリペプチドフラグメントの細菌性発現について使用した。(QIAGEN,Inc.,9259 Eton Avenue，Chatsworth，CA，91311)。pQE 60は、アンピシリン抗生物質耐性（「Ampr」）をコードし、そしてレプリコンの細菌性複製開始点（「ori」）、IPTG誘導性プロモーター、リボソーム結合部位（「RBS」）。ニッケル-ニトロ-トリ-酢酸（「Ni-NTA」）親和性樹脂（QIAGEN、 Inc.,前出）を使用するアフィニティー精製を可能にするヒスチジン残基をコードする6個のコドンおよび適切な単一の制限酵素切断部位を含む。これらのエレメントを、ポリペプチドをコードする挿入されたDNA分子が、ポリペプチドをコードする挿入されたDNA分子が、このポリペプチドのカルボキシル末端に共有結合した6個のHis残基（すなわち、「6×Hisタグ」）を有するそのポリペプチドを発現するようにアレンジする。本発明の、E.faecalisタンパク質の所望の部分をコードするDNA配列を、表1で示されるE.faecalisポリヌクレオチドの部分をコードする5’および3’配列をアニールするPCRオリゴヌクレオチドプライマーを使用してE.faecalisゲノムDNAから増幅した。pQE60ベクターでのクローニングを容易にするための制限部位を含むさらなるヌクレオチドを、5’および3’の配列にそれぞれ添加する。成熟タンパク質のクローニングのために、5’プライマーは、適切な制限部位、次いで表1の所望のE.faecalisポリヌクレオチド配列のアミノ末端コード配列のヌクレオチドを含む配列を有する。当業者は、5’および3’プライマーが開始するタンパク質コード配列における点が、成熟形態よりも短いか、または長い完全タンパク質の任意の所望の部位をコードするDNAセグメントを増幅するように、変動され得ることを認識する。3’プライマーは、適切な制限部位、次いで終止コドンを除いて、表1のポリペプチドコード配列の3’末端に相補的なヌクレオチドを含む配列を有し、コード配列は、pQE60ベクターの6個のHisコドンのリーディングフレームと、そのリーディングフレームを維持するように、制限部位と整列されている。増幅したE.faecalis DNAフラグメントおよびベクターpQE60を、プライマーの部位を認識する制限酵素で消化し、次いで消化したDNAを共に連結した。E.faeca lis DNAを、制限化pQE60ベクターに、IPTG誘導性プロモーターの下流にE.faecal isタンパク質コード領域を配置し、そして開始AUGおよび6個のヒスチジンコドンとインフレームの様式で挿入した。連結混合物を、標準的手順（例えば、Sambrookら（前出）に記載されるような手順を使用してコンピテントなE.coli細胞に形質転換し、プラスミドpREP4の多重コピーを含むE.coli株Ｍ15/rep4（これは、lacリプレッサーを発現し、そしてカナマイシン耐性（「Kanr」）を与える）を、本明細書中に記載された例示的な実施例の実施において使用した。この株は、E.faecalisのポリペプチドを発現するのに適切である多数の中の1つにすぎず、商業的に入手可能である（QIAGEN、I nc.,前出）。形質転換体をアンピシリンおよびカナマイシンの存在下のLB寒天プレート上で増殖するこれらの能力により同定した。プラスミドDNAを、耐性コロニーから単離し、そしてクローニングしたDNAの同一性を制限分析、PCR、および DNA配列決定により確認した。所望の構築物を含むクローンは、アンビシリン（100μg/ml）およびカナマイシン（25μg/ml）の両方を補充したLB倍地の液体培養において一晩（「O/N」）増殖した。O/N培養物を、大型培養物と播種するために、およそ1：25〜1：250の希釈で使用した。細胞を、600nmでの光学密度（「OD600」）の0.4〜0.6の間まで増殖した。次いで、イソプロピル-β-D-チオガラクトピラノシド（「IPTG」）を、最終濃度の1mMまで添加し、lacIリプレッサーの不活化によりlacリプレッサー感受性プロモーターからの転写を誘導した。細胞を、引き続いてさらに3〜4時間インキュベートした。次いで、細胞を遠心分離により回収した。次いで、細胞を3〜4時間、4℃で6Mグアニジン-HCl、pH8で攪拌した。細胞片を遠心分離によって除去し、そしてE.faecalisポリペプチドを含む上清をニッケル -ニトリロ-トリ-酢酸（「Ni-NTA」）親和性樹脂カラム（QIAGEN、Inc.,前出）にロードした。高親和性でNi-NTA樹脂に結合する6×Hisタグを有するタンパク質を、単純な1工程手順で精製した（詳細についでは、The QIAexpressionist、1995 、QIAGEN、Inc.,前出を参照のこと）。簡潔には、上清を6Mグアニジン-HCl、pH8 のカラムにロード、カラムを10容量の6Mグアニジン-HCl、pH8で最初に洗浄し、次いで、10容量の6Mグアニジン-HCl、pH6で洗浄し、そして最終的には、E.faeca lisポリペプチドを6Mグアニジン-HCl、pH5で溶出した。次いで、精製したタンパク質を、リン酸緩衝化生理食塩水（PBS）または50mM 酢酸ナトリウム、pH6緩衝液および200mM NaClに対する透析により再生した。あるいは、タンパク質を、Ni-NTAカラム上に固定して首尾良く再折畳みし得た。推奨される条件は以下の通りである：プロテアーゼインヒビターを含む500mM NaCl 、20%グリセロール、20mM Tris/HCl pH7.4での線形6M〜1M尿素を用いる再生。再生は、1.5時間かそれよりも長く実施されなければならない。再生後、タンパク質を250mMイミダゾールの添加により溶出し得る。イミダゾールを、PBSまたは50 mM酢酸ナトリウム、pH6緩衝液および200mM NaClに対する最後の透析工程により除去した。精製したタンパク質を4℃で保存するか、または-80℃で凍結した。本発明の幾つかのポリペプチドを、非変性タンパク質精製方法を使用して調製した。これらのポリペプチドについては、各リットルの培養物からの細胞ペレットを4℃の25mlの溶解緩衝液Ａ（溶解緩衝液A＝50mMリン酸ナトリウム、300mM Na Cl、10mM 2-メルカプトエタノール、10％グリセロール、pH7.5（緩衝液50mlあたり1錠剤の完全なEDTAを含まないプロテアーゼインヒビターカクテル(Boehringer Mannheim #1873580も含む)）に再懸濁した。550nmでの吸光度は、およそ10 〜20O.D./mlであった。次いで、懸濁物を、3回の-70℃（エタノール乾燥氷冷浴を使用して）から室温までの凍結/解凍サイクルを経た状態にした。細胞を、氷上に置いたまま、80Wでの3分にわたる短い10秒間のバーストでの超音波処理を介して溶解させた。次いで、超音波処理した試料を15,000RPMで30分、4℃で遠心した。上清を、アガロースに非特異的に結合し得る任意のタンパク質の試料の前浄化のために、1.0mlのCL-4B樹脂を含むカラムに通し、そしてフロースルー画分を回収した。前浄化フロースルーをニッケル-ニトリロ-トリ-酢酸（「Ni-NTA」）親和性樹脂カラム（QIAGEN、Inc.,前出）に適用した。6×Hisタグを有するタンパク質は、高親和性でNi-NTA樹脂に結合し、そして単純な1工程手順で精製し得る。簡潔には、上清を、4℃の溶解緩衝液Ａのカラムにロードし、最初にカラムを、溶出のA280がベースラインに戻るまで、10容量の溶解緩衝液Aで洗浄した。次いで、カラムを5容量のイミダゾール40mMイミダゾールで洗浄した（92％溶解緩衝液Ａ/ 8％緩衝液Ｂ）（緩衝液Ｂ＝50mMリン酸ナトリウム、300mM NaCl,10%グリセロール、10mM 2-メルカプトエタノール、500mMイミダゾール、最終緩衝液のpHは、7. 5であるべきである）。タンパク質を、溶解緩衝液Ａ対溶解緩衝液Ｂの比率を調整することにより作製した一連の漸増イミダゾール溶液でカラムから溶出させた。3つの異なる濃度を使用した：3容量の75mMイミダゾール、3容量の150mMイミダゾール、5容量の500mMイミダゾール。精製タンパク質を含む画分をタンパク質サイズに依存して8％、10％、または14％のSDS-PAGEを使用して分析した。次いで、精製タンパク質を、容易に作動可能な緩衝液中に入れるために、2×リン酸緩衝化生理食塩水（PBS）に対して透析した。精製したタンパク質を、4℃か、または-80℃で保存した。以下の代替的な方法は、封入体の形態で存在する場合での、E,coliで発現されるE.faecalisを精製するために使用され得る。他に特定されない限り、全ての以下の工程は4〜10℃で行われる。 E.coli発酵の産生相を完了する際に、細胞培養物を４〜10℃に冷却し、15,000 rpmでの連続遠心分離により回収する(Heraeus Sepatech)。細胞ペーストの単位重量あたりのタンパク質予測収量および必要とされる精製タンパク質の量に基づいて、細胞ペーストの適切な量(重量)を、100mM Tris，50mM EDTA，pH7.4を含む緩衝液中に懸濁する。細胞を、高列断ミキサーを使用して、均質の懸濁物にまで分散させる。次いで、細胞を、ミクロフルイダイザー(microfluldizer)(Microfluldics,Cor p.またはAPV Gaulin，Inc.)に、4000〜6000psiで溶液を２回通過させることによって溶解させる。次いで、ホモジネートを、0.5MのNaClの最終濃度までNaCl溶液と混合する。次いで、7000×ｇで15分間遠心する。得られたペレットを、0.5M N aCl,100mM Tris、50mM EDTA、pH7.4を使用して再び洗浄する。得られる洗浄された封入体を、1.5Mグアニジンヒドロクロリド(GuHCl)を使用して２〜４時間可溶化する。7000×ｇで15分間の遠心後、ペレットを廃棄し、E. faecalisポリペプチド含有上清を、さらにGuHCl抽出させるために４℃で一晩インキュベートする。高速遠心(30,000×ｇ)して不溶性粒子を除去した後、GuHCl可溶化タンパク質を、50mMナトリウム、pH4.5、150mM NaCl,2mM EDTAを含む20容量の緩衝液を激しく攪拌してGUHCl抽出物と迅速に混合することによって、再折り畳みさせる。再折り畳みされた希釈タンパク質溶液を、さらなる精製工程の前に12時間混合せずに４℃に保持する。再折り畳みしたE.faealisポリペプチド溶液を明澄化するために、予め調製した、適切な表面積を有する0.16μmメンブレンフィルターを装備した接線濾過ユニット(例えば、Filtron)を、40mM酢酸ナトリウム、pH6.0で平衡化して使用した。濾過サンプルを、陽イオン交換樹脂(例えば、Poros HS-50,Perseptive Biosys tems)にロードする。このカラムを、40mM酢酸ナトリウム、pH6.0で洗浄し、そして同じ緩衝液中の250mM、500mM、1000mM、および1500mM NaClを使用して、段階様式にて溶出する。溶出物の280nmにおける吸光度を連続的にモニターする。画分を回収して、SDS-PAGEによってさらに分析する。次いで、E.faecalisポリペプチドを含む画分をプールして、４容量の水と混合する。次いで、希釈したサンプルを、強陰イオン(Poros HQ-50,Perseptive Bios ystems)および弱陰イオン(Poros CM-20,Perseptive Biosystems)交換樹脂の予備調製し直列セットにロードする。このカラムを40mM酢酸ナトリウム、pH6.0で平衡化する。両方のカラムを、40mM酢酸ナトリウム、pH6.0、200mM NaClで洗浄する。次いで、CM-20カラムを、0.2M NaCl,50mM酢酸ナトリウム、pH6.0から1.0M N aCl,50mM酢酸ナトリウム、pH6.5の範囲の10カラム容量の直線勾配を使用して溶出する。溶出物を一定のA₂₈₀でモニタリングしながら画分を回収する。次いで、 (例えば、16％SDS-PSGEによって決定される)E.faecalisポリペプチドを含有する画分をプールする。得られたE.faecalisポリペプチドは、上記の再折り畳みおよび精製工程の後に、95％を越える純度を示す。5μgの精製タンパク質をロードする場合、クーマシーブルー染色した16％SDS-PAGEゲルからは、大きな夾雑物のバンドは認められない。精製タンパク質を、内毒素/LPS夾雑物についても試験し、そして代表的には、LPS含量は、LALアッセイに従えば0.1ng/mlより少ない。実施例２(b)：E.coliにおける腸球菌ポリペプチドの代替的発現および精製ベクターpQE10を、代替的に、以下に議論する軟組織および全身性感染モデルにおいて使用するために、本発明のポリペプチドのいくつかをクローン化および発現させるために用いた。この差異は、ポリペプチドをコードする挿入されたDN Aフラグメントが、そのポリペプチドのアミノ末端に共有結合された６つのHis残基（すなわち、「６×Hisタグ」）を有するそのポリペプチドを発現するようなものである。細菌発現ベクターpQE10(QIAGEN，Inc.，9259 Eton Avenue，Chats worth，CA，91311)を本実施例で用いた。pQE10プラスミドの成分は、本発明のポリペプチドをコードする挿入されたDNA配列が、アミノ末端に共有結合された６つのHis残基（すなわち、「６×Hisタグ」）を有するポリペプチドを発現するように配置される。表1のポリペプチドの所望の部分をコードするDNA配列を、E．faecalisゲノムD NA由来のPCRオリゴヌクレオチドプライマーを用いて増幅した。PCRプライマーは、本発明のポリペプチドの所望のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列にアニーリングする。pQE10ベクターにおけるクローン化を容易にするための制限部位を含むさらなるヌクレオチドを、プライマー配列の5'および3'にそれぞれ付加した。本発明のポリペプチドのクローン化のために、5'プライマーおよび3'プライマーを、それらのそれぞれのヌクレオチドコード配列を増幅するように選択した。当業者は、タンパク質コード配列中の5'プライマーおよび3'プライマー開始点が、本発明のポリペプチドの所望の部分をコードするDNAセグメントを増幅するように変動され得ることを理解する。5'プライマーを、E．faecalisポリペプチドのコード配列のリーディングフレームを維持するように６×Hisタグのコード配列を制限部位とアラインメントさせるように設計した。3'を、停止コドンを含むように設計した。次いで、増幅されたDNAフラグメントをクローン化し、そしてp QE60プラスミドについて上述したようにタンパク質を発現させた。表１のアミノ酸配列をコードするDNA配列はまた、すぐ上の記載と同様のプロトコルによって、融合タンパク質としてクローン化および発現され得る。ここで、pET-32b(+)ベクター（Novagen，601 Science Drive，Madison，WI53711）が、 pQE10の代わりに優先的に用いられる。上述の方法は、実際に産生されるポリペプチドフラグメントに限定されない。上述の方法は、以下の方法と同様に、全長ポリペプチドまたはそれらの所望のフラグメントのいずれかを産生するように用いられ得る。実施例２(c)：E.coliにおける腸球菌ポリペプチドの代替的発現および精製細菌性発現ベクターpQE60を、本実施例の細菌性発現のために使用する（QIAGE N，Inc.,9259 Eton Avenue，Chatsworth，CA，91311）。しかし、本実施例では、ポリペプチドコード配列は、６つのHisコドンの翻訳が阻止され、従って、６ ×Hisタグのないポリペプチドが産生されるように挿入される。 E．faecalisアミノ酸配列の所望の部分をコードするDNA配列を、E．faecalis ゲノムDNA調製物（寄託されたDNAクローン）から、E．faecalisポリペプチドの所望の部分に相当する5'ヌクレオチド配列および3'ヌクレオチド配列にアニーリングするPCRオリゴヌクレオチドプライマーを用いて、増幅される。pQE60におけるクローン化を容易にするための制限部位を含むさらなるヌクレオチドを、5'および3'プライマー配列に連結した。本発明のE．faecalisポリペプチドのクローン化のために、5'および3'プライマーを、それらのそれぞれのヌクレオチドコード配列を増幅するように選択する。当業者は、タンパク質コード配列中の5'プライマーおよび3'プライマー開始点が、本発明のポリペプチドの所望の部分をコードするDNAフラグメントを増幅するように変動され得ることを理解する。3'および5'プライマーは、適切な制限部位、続いてそれぞれ、コード配列の5'および3'末端に相補的なヌクレオチドを含む。3'プライマーは、インフレーム停止コドンを含むようにさらに設計される。増幅されたE．faecalis DNAフラグメントおよびベクターpQE60を、プライマーにおける部位を認識する制限酵素で消化し、そして次いで、消化されたDNAを共に連結する。E．faecalis DNAの制限されたpQE60ベクターへの挿入は、その付随する停止コドンを含むE．faecalisタンパク質コード領域を、IPTG誘導性プロモーターから下流にあり、そして開始AUGとインフレームに配置する。付随する停止コドンは、挿入点の下流の６つのヒスチジンコドンの翻訳を阻止する。連結混合物を、Sambrookらにより記載されるような標準的な手順を用いて、コンピテントなE.coli細胞に形質転換する。複数のコピーのプラスミドpREP4（これは、lacリプレッサーを発現し、そしてカナマイシン耐性（「Kanr」）を付与する）を含有するE.coli株M15/rep4を本明細書中に記載の例示的実施例を行うにあたって使用する。この株（これは、E．faecalisポリペプチドを発現するために適切である多くの株の内の唯一の株である）は、市販されている（QIAGEN Inc .，(前出)）。形質転換体を、アンピシリンおよびカナマイシンの存在下でLBプレート上で増殖するそれらの能力により同定する。プラスミドDNAを耐性コロニーから単離し、そしてクローン化されたDNAの同一性を、制限分析、PCRおよびDN Ａ配列決定により確認する。所望の構築物を含むクローンを、アンビシリン（100μg/ml）およびカナマイシン（25μg/ml）の両方を補充したLB培地における液体培養物中で一晩（「O/N 」）増殖させる。O/N培養物を用いて約1:25〜約1:250の希釈で大規模培養物を接種する。細胞を、0.4と0.6との間の、600nmでの光学密度（「OD600」）にまで増殖させる。次いで、イソプロピル-b-D-チオガラクトピラノシド（「IPTG」）を１mMの最終濃度まで加えて、lacIリプレッサーを不活化することにより、lacリプレッサー感受性プロモーターからの転写を誘導する。細胞をさらに３時間から４時間の間、引き続きインキュベートする。次いで細胞を遠心分離により採取する。 E．faecalisポリペプチドを精製するために、次いで、細胞をpH8の６Ｍグアニジン-HCl中で、４℃にて３時間から４時間撹拌する。細胞細片を遠心分離により除去し、そしてE．faecalisポリペプチドを含む上清を200mMのNaClを補充したpH 6の50mMの酢酸ナトリウム緩衝液に対して透析する。あるいは、タンパク質を、プロテアーゼインヒビターを含む、500mM NaCl、20％グリセロール、25mM Tris- HCl pH7.4に対して透析することによって、首尾良く再び折り畳みさせ得る。再生後、このタンパク質を、イオン交換、疎水性相互作用、およびサイズ排除クロマトグラフィーによって精製し得る。あるいは、アフィニティークロマトグラフィー工程（例えば、抗体カラム）を、純粋なE．faecalisポリペプチドを得るために使用し得る。精製したタンパク質を４℃で保存するかまたは-80℃で凍結する。以下の代替的方法は、それが封入体の形態で存在する場合、E．coliにおいて発現されたE．faecalisポリペプチドを精製するために用いられ得る。他に特定されなければ、以下の工程の全ては４〜10℃で行う。 E．coli発酵の産生期の完了の際に、細胞培養物を４〜10℃に冷却し、細胞を1 5,000rpmでの連続的な遠心分離（Heraeus Sepatech）によって採取する。細胞ペーストの単位重量当りのタンパク質の期待収量および必要とされる精製タンパク質の量に基づいて、適切な量の細胞ペースト（重量基準）を、100mM Tris、50mM EDTA、pH7.4を含む緩衝液溶液中に懸濁する。細胞を、高剪断ミキサーを用いて均一な懸濁液に分散させる。次いで、細胞を、4,000〜6,000psiで２回溶液をマイクロフルイダイザー（Mic rofuidics、Corp.またはAPV Gaulin,Inc.）に通すことによって溶解した。次いで、ホモジネートを、NaCl溶液と0.5M NaClの最終濃度に混合し、次いで7000×g で15分間遠心分離した。得られたペレットを、0.5M NaCl、100mM Tris、50mM ED TA、pH7.4を用いて再度洗浄する。得られた洗浄封入体を、1.5M塩酸グアニジン（GuHCl）で２〜４時間可溶化する。7000×gで15分間の遠心分離後、ペレットを捨て、E．faecalisポリペプチド含有上清を4℃で一晩インキュベートして、さらにGuHCl抽出させる。高速遠心分離（30,000×g）して不溶性粒子を除いた後、GuHCl可溶化タンパク質を、GuHCl抽出物を20容量の緩衝液（50mMナトリウム、pH4.5、150mM NaCl、２ mM EDTAを含む）と激しく攪拌して迅速に混合することにより再折り畳みさせる。再折り畳み希釈タンパク質溶液を、さらなる精製工程前に12時間、混合することなく４℃に置く。再折り畳みE．faecalisポリペプチド溶液を明澄化するために、適切な表面積を有した0.16μmメンブランフィルター（例えば、Filtron）を備え付けた、40mM 酢酸ナトリウム、pH6.0で平衡化して前もって準備した接線濾過ユニットを使用する。濾過されたサンプルを、カチオン交換樹脂（例えば、Poros HS-50、Perse ptive Biosystems）上にロードする。カラムを40mM酢酸ナトリウム、pH6.0で洗浄し、同じ緩衝液において250mM、500mM、1000mM、および1500mM NaClで段階様式に溶出する。溶出液の280nmでの吸光度を連続してモニタリングする。画分を採集し、そしてSDS-PAGEでさらに分析する。次いで、E．faecalisポリペプチドを含有する画分をプールし、そして４容量の水と混合する。次いで、希釈サンプルを、前もって準備した強アニオン交換樹脂（Poros HQ-50、Perseptive Biosystems）および弱アニオン交換樹脂（Poros CM-20、Perseptive Biosystems）の縦列カラムのセットにロードする。カラムを 40mM酢酸ナトリウム、pH6.0で平衡化する。両カラムを、40mM酢酸ナトリウム、p H6.0、200mM NaClで洗浄する。次いで、CM-20カラムを、0.2M NaCl、50mM酢酸ナトリウム、pH6.0から1.0M NaCl、50mM酢酸ナトリウム、pH6.5までの範囲の10カラム容量の線形グラジエントを用いて溶出する。溶出液の一定のＡ₂₈₀モニタリング下で画分を採集する。次いで、E．faecalisポリペプチドを含有する画分（例えば、16％SDS-PAGEにより決定される）をプールする。得られたE．faecalisポリペプチドは、上記の再折り畳みおよび精製工程後、9 5％より高い純度を示す。５μgの精製タンパク質をロードしたときには、主要な混入バンドはクマシーブルー染色16％SDS-PAGEゲルからは観察されない。精製タンパク質をまた、内毒素／LPS混入についで試験し、そして代表的には、LPS含量は、LALアッセイに従って、0.1ng/ml未満である。実施例２(d)：他の細菌におけるE．faecalisのクローン化および発現 E．faecalisポリペプチドはまた、S．Skinnerら、（1988）Mol．Microbiol．2 :289-297またはJ.I．Moreno(1996)Protein Expr．Purif．8(3)：332-340の方法を用いてE．faecalisで；C．Rushら、1997 Appl．Micronbiol．Biotechnol．47( 5):537-542の方法を用いてLactobacillusで；またはChangら、米国特許第4,952, 508号の方法を用いてBacillus subtillsで産生され得る。実施例３：COS細胞におけるクローン化および発現 E．faecalis発現プラスミドを、発現ベクターであるpDNAI/AmpまたはpDNAIII( Invitrogen,Inc.より入手され得る)に、E．faecalisポリペプチドをコードするD NAの一部をクローン化することによって作製する。発現ベクターのpDNAI/ampは、以下を含む：（１）E．coliおよび他の原核生物細胞における増殖のために効果的なE．coliの複製起点；（２）プラスミドを含む原核生物細胞の選択のためのアンピシリン耐性遺伝子；（３）真核生物細胞における増殖のためのSV40複製起点；（４）CMVプロモーター、ポリリンカー、SV40イントロン；（５）赤血球凝集素フラグメント（すなわち、精製を容易にするための「HA」タグ）をコードするいくつかのコドン、続いてDNAが、CMVプロモーターの発現制御下に都合よく配置され、そしてポリリンカーでの制限部位によってSV40イントロンとポリアデニル化シグナルに作動可能に連結され得るようにアラインメントされた終結コドンおよびポリアデニル化シグナル。HAタグは、Wilsonら、Cell 37:767(1984)によって記載されたインフルエンザ赤血球凝集素タンパク質由来のエピトープに対応する。標的タンパク質へのHAタグの融合は、HAエピトープを認識する抗体での組換えタンパク質の容易な検出および回収を可能にする。さらにpDNAIIIは、ネオマイシン選択マーカーを含む。 E．faecalisポリペプチドをコードするDNAフラグメントを、組換えタンパク質発現がCMVプロモーターによって指向されるように、ベクターのポリリンカー領域にクローン化する。プラスミドの構築ストラテジーは、以下のとおりである。 E．faecalisゲノムDNA調製物由来のDNAを、E．coliにおいてE．faecalisの発現のためのベクターの構築について先に記載したように好都合な制限部位を含むプライマーを使用して増幅する。5'プライマーは、Kozak配列、AUG開始コドン、およびE．faecalisポリペプチドの5'コード領域のヌクレオチドを含む。3'プライマーは、E．faecalis DNAの3'コード配列に相補的なヌクレオチド、停止コドン、および好都合な制限部位を含む。 PCR増幅DNAフラグメントおよびベクターpDNAI/Ampを、適切な制限酵素で消化し、次いで連結する。連結混合物を、適切なE．coli株(例えば、SURE^TM(Stratag ene Cloning Systems，La Jolla，CA 92037))に形質転換し、そして形質転換された培養物を、アンピシリン培地プレートにプレートし、次いでそれらをアンピシリン耐性コロニーの増殖を可能にするようにインキュベートする。プラスミド DNAを、耐性コロニーから単離し、そしてE．faecalisポリペプチドをコードするフラグメントの存在について制限分析または他の手段で調べる。組換えE．faecalisポリペプチドの発現のために、COS細胞を、上記のように、 DEAE-デキストランを使用して、例えばSanlbrookら（前出）によって記載されるように発現ベクターでトランスフェクトする。細胞を、ベクターによるE．faeca lisの発現のための条件下でインキュベートする。 E．faecalis-HA融合タンパク質の発現を、例えば、Harlowら、前出に記載される方法を使用して、放射標識および免疫沈降によって検出する。この目的のためにトランスフェクションの２日後、細胞を、³⁵S−システインを含む培地で８時間のインキュベーションによって標識する。その細胞および培地を回収し、細胞を洗浄し、界面活性剤を含むRIPA緩衝液：Wilsonら（前出）によって記載されるような150mM NaCl、1% NP-40、0.1% SDS、1% NP-40、0.5% DOC、50mM TRIS、pH7 .5で溶解する。タンパク質を、HA特異的モノクローナル抗体を使用して、細胞溶解物および培養培地から沈殿させる。次いで、沈殿させたタンパク質を、SDS-PA GEおよびオートラジオグラフィーによって分析する。期待したサイズの発現産物は、細胞溶解物中には見られるが、ネガティブコントロールには見られない。実施例４:CHO細胞におけるクローン化および発現ベクターpC4を、本実施例においてE．faecalisポリペプチドの発現に使用する。プラスミドpC4は、プラスミドpSV2-dhfr(ATCC受託番号37146)の誘導体である。そのプラスミドは、SV40初期プロモータの制御下のマウスDHFR遺伝子を含む。これらのプラスミドでトランスフェクトされるジヒドロ葉酸活性を欠損するチャイニーズハムスター卵巣細胞または他の細胞を、化学療法剤メトトレキセートを補充した選択培地（αマイナスMEM、Life Technologies）で細胞を増殖させることによって選択し得る。メトトレキセート（MTX）に耐性の細胞におけるDHFR遺伝子の増幅は、十分に実証されている。例えば、Altら、1978,J.Blol.Chem.253:13 57-1370；Hamlinら、1990，Biochem.et Biophys.Acta,1097:107-143；Pageら、1 991,Biotechnology 9:64-68を参照のこと。漸増する濃度のMTXにおいて、増殖される細胞は、DHFR遺伝子の増幅の結果として、標的酵素であるDHFRの過剰産生によって薬剤に対する耐性を発生する。第二の遺伝子がDHFR遺伝子に連結される場合、通常、同時増幅され、そして過剰発現される。このアプローチが、1,000より多いコピーの増幅遺伝子を保有する細胞株を開発するために使用され得ることは、当該分野において公知である。引き続いて、メトトレキセートを取り除く場合、宿主細胞の１つ以上の染色体に組み込まれた増幅遺伝子を含む細胞株が得られる。プラスミドpC4は、ヒトのサイトメガロウイルス(CMV)(Boshartら、1985、Cell 41:521-530)の前初期遺伝子のエンハンサーから単離されるフラグメントを加えたラウス肉腫ウイルス(Cullenら、1985、Mol.Cell.Blol.，5:438-447)の長末端反復(LTR)の強力なプロモーターを、目的のポリペプチドを発現するために含む。プロモーターの下流に、遺伝子の組み込みを可能にする以下の単一の制限酵素切断部位を置く：BamHI、XbaI、およびAsp718。これらのクローン化部位の後ろにプラスミドは、ラットのプレプロインスリン遺伝子の3'イントロンおよびポリアデニル化部位を含む。他の高効率プロモーター、例えば、ヒトのβ-アクチンプロモーター、SV40の初期もしくは後期プロモーターまたは他のレトロウイルス（例えば、HIVおよびHTLVI）由来の長末端反復もまた発現に使用し得る。Clonte chのTet-OffおよびTet-On遺伝子発現系および類似の系は、哺乳動物細胞において調節された方法(Gossen,Mら、1992、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:5547-5551) で、E．faecalisポリペプチドを発現するために使用し得る。mRNAのポリアデニル化のために、例えば、ヒトの成長ホルモンまたはグロビン遺伝子由来の他のシグナルを、同様に使用し得る。染色体中に組み込まれた目的の遺伝子を保有する安定な細胞株はまた、gpt,G-418またはハイグロマイシンのような選択マーカーを用いる同時トランスフェクションに際して選択され得る。最初に、例えばメトトレキセートを加えたG418のような１つより多い選択マーカーを使用することは有益である。プラスミドpC4を、制限酵素で消化し、次に当該分野において公知の手順で仔ウシ厠ホスファターゼ(phosphate)を使用して脱リン酸化する。次にそのベクターを、１％アガロースゲルから単離する。E．faecalisポリペプチドをコードするDNA配列を、遺伝子の所望される部分の5'および3'配列に対応するPCRオリゴヌクレオチドプライマーを使用して増幅する。制限部位、Kozak配列、AUG開始コドン、およびE．faecalisポリペプチドの5'コード領域のヌクレオチドを含む5'プライマーを合成し、使用する。制限部位、停止コドン、およびE．faecalisポリペプチドの3'コード配列に相補的なヌクレオチドを含む3'プライマーを合成し、使用する。増幅したフラグメントを制限エンドヌクレアーゼで消化し、次に１％アガロースゲルで再び精製する。次に、単離したフラグメントおよび脱リン酸化したベクターを、T4 DNAリガーゼで連結する。次にE．coli HB101またはXL-1 Bl ue細胞を形質転換し、そして例えば制限酵素分析を用いてプラスミドpC4に挿入されるフラグメントを含む細菌を同定する。活性DHFR遺伝子を欠損するチャイニーズハムスター卵巣細胞を、トランスフェクションをするために使用する。５μgの発現プラスミドpC4を、脂質媒介トランスフェクション剤（例えば、Lipofectin^TMまたはLipofectAMINE^TM(Life Technol ogies Gaithersburg、MD)）を使用して、0.5μgのプラスミドpSVneoとともに同時トランスフェクトする。プラスミドpSV2-neoは、優性選択マーカーであるG418 を含む抗生物質の群に耐性を与える酵素をコードするTn5由来のneo遺伝子を含む。細胞を、1mg/ml G418を補充したαマイナスMEMに播種する。２日後、細胞を、トリプシン処理し、そして1mg/ml G418を添加した、10、25、または50ng/mlメトトレキセートを補充したαマイナスMEMにハイブリドーマクローン化プレート（G reiner,Germany）中に播種する。約10〜14日後に単一のクローンを、トリプシン処理し、次いでメトトレキセートの異なる濃度（50nM、100nM、200nM、400nM、800 nM）を使用して６ウェルのペトリ皿または10mlフラスコに播種する。次いで、メトトレキセートの最も高い濃度で増殖するクローンを、より高い濃度のメトトレキセート（１μM、２μM、５μM、10mM、20mM）を含む新しい６ウェルプレートに移す。同じ手順を、100〜200μMの濃度で増殖するクローンが得られるまで繰り返す。所望の遺伝子産物の発現は、例えば、SDS-PAGEおよびウェスタンブロットまたは逆相HPLC分析によって分析される。実施例５：E．faecalisのための定量的マウス軟組織感染モデル本発明の組成物（ポリペプチドおよびペプチドを含む）を、以下の定量的マウス軟組織感染モデルを用いて、ワクチンとして機能する能力、または細菌種（例えばE．faecalis）への免疫応答を増強／刺激する能力についてアッセイする。マウス（例えば、NIH Swiss雌マウス、約7週齢）を、生物学的な保護に有効な量または免疫増強／刺激に有効な量の本発明の組成物で、上述したような当該分野で公知の方法を用いて処置する。例えば、Harlowら、ANTIBODIES:A LABORATORY MANUAL，(Cold Spring Harbor Laboratory Press,第2版、1988を参照のこと)。適切な出発用量の例は、動物あたり20μgである。マウスをチャレンジするために使用される所望の細菌種（例えば、E．faecali s）を、一晩培養物として増殖させる。培養物を、適切な培地において５×10⁸cf u/mlの濃度で希釈し、十分に混合し、連続希釈し、そして力価測定する。望ましい用量を、滅菌PBS中で予め膨潤させた（3g/100ml）滅菌Cytodex３マイクロキャリアービーズでさらに１：２で希釈する。マウスを御しやすくなるが、まだなお動く程度に短時間麻酔し、各動物に0.2mlのCytodex 3ビーズ／細菌混合物を鼠径部に皮下注射した。注射の日を１日目として数えて４日後、マウスを屠殺し、そして膿瘍の内容物を切除し、そして1.0mlの滅菌PBSを含有する15mlの円錐チューブ中に入れる。次いで、膿瘍の内容物を以下のように酵素処理し、プレートした。まず、膿瘍を、チューブ内に入れた滅菌ガラスビーズでボルテックスすることにより破壊する。次いで、調製された酵素混合物3.0ml（1.0mlコラーゲナーゼD （4.0mg/ml）、1.0mlトリプシン（6.0mg/ml）、および8.0ml PBS）を各チューブに添加し、次いで20分間、37℃でインキュベートする。次いで、溶液を遠心分離し、そして上清を排出する。次いで、0.5ml dH2Oを添加し、そしてチューブをボルテックスし、次いで室温で10分間インキュベートする。次いで、0.5ml培地を添加し、サンプルを連続希釈し、寒天プレート上にプレートし、そして37℃で一晩増殖させる。異なるかつ別個のコロニーを有するプレートを計数し、ポジティブコントロールサンプルおよびネガティブコントロールサンプルに比較し、定量する。この方法は、有効な用量の本発明の組成物を、マウスおよびヒトの両方において有効であると当該分野で知られる組成物と比較することにより、組成物を同定し、そしてヒトおよび他の動物について適切かつ有効な用量を決定するために用いられ得る。本発明の組成物を用いるヒトおよび他の動物の有効な処置についての用量は、マウスの上記実験からのデータを用いて外挿され得る。ヒトおよび他の動物におけるさらなる研究が、当該分野で公知の臨床実施の方法を用いて最も有効な用量を決定するために必要とされ得ることが理解される。実施例６：E．faecalis感染のためのマウス全身性好中球減少性モデル本発明の組成物（ポリペプチドおよびペプチドを含む）を、以下の定性的マウス全身性好中球減少性モデルを用いて、ワクチンとして機能する能力、または細菌種（例えばE．faecalis）への免疫応答を増強／刺激する能力についてアッセイする。まず、マウス（例えば、NIH Swiss雌マウス、約7週齢）を、生物学的な保護に有効な量または免疫増強／刺激に有効な量の本発明の組成物で、上述したような当該分野で公知の方法を用いて処領する。例えば、Harlowら、ANTIBODIES :A LABORATORY MANUAL，(Cold Spring Harbor Laboratory Press,第2版、1988) を参照のこと。適切な出発用量の例は、動物あたり20μgである。次いで、マウスに、250〜300mg/kgシクロホスファミドを腹腔内注射した。C.P.注射の日を1日目として数え、マウスを5日間未処置に置き、その後PMNLの回収を開始する。マウスをチャレンジするために使用される所望の細菌種（例えば、E．faecali s）を、一晩培養物として増殖させる。培養物を、適切な培地において５×10⁸cf u/mlの濃度で希釈し、十分に混合し、連続希釈し、そして力価測定する。望ましい用量を、培地中４％醸造酵母中でさらに１：２希釈する。マウスに、細菌／醸造酵母チャレンジを腹腔内注射する。醸造酵母溶液単独をコントロールとして使用する。次いで、マウスを、チャレンジ後1週間は1日に2回、そして翌週の間、1日に1回モニタリングし、罹患率および死亡率を確認する。実験終了時に生存しているマウスを屠殺する。この方法は、有効な用量の本発明の組成物を、マウスおよびヒトの両方において有効であると当該分野で知られる組成物と比較することにより、組成物を同定し、そしてヒトおよび他の動物について適切かつ有効な用量を決定するために用いられ得る。本発明の組成物を用いるヒトおよび他の動物の有効な処置についての用量は、マウスの上記実験からのデータを用いて外挿され得る。ヒトおよび他の動物におけるさらなる研究が、当該分野で公知の臨床実施の方法を用いて最も有効な用量を決定するために必要とされ得ることが理解される。本明細書中で引用した全ての刊行物（特許、特許出願、学術文献、実験書、書物、および他の文書を含む）の開示は、参考として本明細書中にその全体を援用する。本発明は、本明細書中に記載の特定の実施態様によってその範囲が限定されず、実施態様は、本発明の個々の局面の単独の例示として意図される。本明細書中に示され、かつ記載されるものに加えて、機能的に等価な方法および組成物が、本発明の範囲内であり、そして前述の説明および添付の図面から当業者に明らかになる。このような改変は、添付の請求の範囲の範囲内にあることが意図される。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｎ 1/19 1/19 1/21 1/21 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ 5/10 Ｃ１２Ｑ 1/68 ＡＣ１２Ｐ 21/02 Ｇ０１Ｎ 33/50 ＰＣ１２Ｑ 1/68 33/566 Ｇ０１Ｎ 33/50 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ 33/566 5/00 Ａ (31)優先権主張番号６０／０６６，００９ (32)優先日平成９年11月14日(1997．11．14) (33)優先権主張国米国（ＵＳ） (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＺ，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＧＷ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＷ (72)発明者ベイリー，キャメラアメリカ合衆国メリーランド 20912, タコマパーク，ヒッコリーアベニュー 32 (72)発明者ロマッキー，アレックスアメリカ合衆国カリフォルニア 94040, マウンテンビュー，ギルモアストリート 1485

Claims

【特許請求の範囲】１．単離された核酸分子であって、以下：（ａ）表１に示すポリペプチドのアミノ酸配列のいずれか１つをコードするヌクレオチド配列；または（ｂ）（ａ）におけるヌクレオチド配列のいずれか１つに相補的なヌクレオチド配列、（ｃ）表１に示すヌクレオチド配列のいずれか１つに少なくとも95％同一なヌクレオチド配列；または（ｄ）表１に示すヌクレオチド配列のいずれか１つに相補的なヌクレオチド配列に少なくとも95％同一なヌクレオチド配列、からなる群より選択されるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを含む、核酸分子。２．請求項１に記載の（ａ）または（ｂ）におけるヌクレオチド配列に同一なヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドに対して、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載の単離された核酸分子。３．請求項１の（ａ）におけるポリペプチドのエピトープ保有部分をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載の単離された核酸分子。４．ポリペプチドの前記エピトープ保有部分が、表４に列挙されるアミノ酸配列を含む、請求項３に記載の単離された核酸分子。５．ベクターに請求項１に記載の単離された核酸分子を挿入する工程を包含する、組換えベクターを作製するための方法。６．請求項５に記載の方法によって産生される、組換えベクター。７．請求項６に記載のベクターを含む、宿主細胞。８．ポリペプチドを産生する方法であって、以下：（ａ）タンパク質が前記細胞によって発現されるように、請求項７に記載の宿主細胞を増殖させる工程；および（ｂ）発現された該ポリペプチドを回収する工程、を包含する、方法。９．単離されたポリペプチドであって、以下：（ａ）表１の完全アミノ酸配列の１つからなるポリペプチド；（ｂ）Ｎ末端残基を除く、表１の完全アミノ酸配列の１つからなるポリペプチド；（ｃ）生物学的活性を有する（ａ）のポリペプチドのフラグメント；および（ｄ）（ａ）のポリペプチドに特異的な抗体に結合する（ａ）のポリペプチドのフラグメント、からなる群より選択されるポリペプチドを含む、ポリペプチド。１０．請求項９に記載のポリペプチドに特異的な単離された抗体。１１．請求項８に記載の方法に従って産生された、ポリペプチド。１２．表１におけるポリペプチドのいずれか１つのアミノ酸配列からなる群より選択される配列に少なくとも95％同一なアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。１３．表４に示すE.faecalisエピトープのアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド抗原。１４．請求項９に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを含む、単離された核酸分子。１５．請求項１０に記載の抗体を産生する、ハイブリドーマ。１６．ワクチンであって、以下：（１）請求項９に記載のポリペプチドからなる群より選択される１つ以上のE.fa ecalisポリペプチド；および（２）薬学的に受容可能な希釈剤、キャリア、または賦形剤、を含み、ここで、該ポリペプチドが、Enterococcus属のメンバーに対する防御抗体を動物において惹起するために有効な量で存在する、ワクチン。１７．動物においてEnterococcus属のメンバーによって引き起こされる感染を予防または弱毒化する方法であって、請求項９に記載のポリペプチドを該動物に投与する工程を包含し、ここで該ポリペプチドが、該感染を予防または弱毒化するために有効な量で投与される、方法。１８．生物学的サンプルにおいてEnterococcus核酸を検出する方法であって、以下：（ａ）ハイブリダイセーションが生じるような条件下で、該サンプルと、請求項１に記載の１つ以上の核酸を接触させる工程；および（ｂ）該生物学的サンプル中に存在する１つ以上のEnterococcus核酸配列に対する、該核酸のハイブリダイゼーションを検出する工程、を包含する、方法。１９．動物から得られた生物学的サンプルにおけるEnterococcus核酸を検出する方法であって、以下：（ａ）該サンプル中の１つ以上のEnterococcus核酸配列を、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して増幅させる工程；および（ｂ）該増幅されたEnterococcus核酸を検出する工程、を包含する、方法。２０．動物から得られた生物学的サンプルにおけるEnterococcus抗体を検出するためのキットであって、以下：（ａ）固体支持体に付着した、請求項９に記載のポリペプチド；および（ｂ）検出手段。を包含する、キット。２１．動物から得られた生物学的サンプルにおけるEnterococcus抗体を検出する方法であって、以下：（ａ）該サンプルと、請求項９に記載のポリペプチドとを接触させる工程；および（ｂ）抗体−抗原複合体を検出する工程、を包含する、方法。