JP2000102385A - ｄｅｆ１ - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 【課題】 新規ｄｅｆ１ポリペプチドおよび該ポリペプ
チドをコードするポリヌクレオチドが望まれている。 【解決手段】 本発明は、配列番号２のアミノ酸配列か
らなるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対
して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチ
ド；エス・ニューモニエに含まれるｄｅｆ１遺伝子によ
って発現されるのと同じ成熟ポリペプチドをコードする
ポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を
有するポリヌクレオチド；配列番号２のアミノ酸配列に
対して少なくとも７０％の同一性を有するアミノ酸配列
からなるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
前記のポリヌクレオチドに対して相補性のポリヌクレオ
チド；および前記のポリヌクレオチドの少なくとも連続
した１５塩基からなるポリヌクレオチドからなる群より
選択されたポリヌクレオチド配列からなる単離ポリヌク
レオチドを提供するものである。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】本発明は１９９７年２月１０日付けの米国
仮特許出願６０／０３７５３６および１９９７年７月８
日付けの米国特許出願０８／８８９７１１の権利を請求
するものである。

【０００２】

【発明の属する技術分野】本発明は、新規に同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、その製造および
使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニ
スト、ならびにその使用に関するものである。特に、本
発明は、本明細書で「ｄｅｆ１」と称するポリペプチド
・デホルミラーゼ・ファミリーの新規ポリヌクレオチド
およびポリペプチドに関する。

【０００３】

【従来の技術】ストレプトコッカス属（Streptococci）
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトに例え
ば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞炎、
膿胸および心内膜炎、特に例えば脳脊髄液の感染のごと
き髄膜炎を包含する、いくつかの型の疾患を引き起こす
ことが知られている。ストレプトコッカス属の単離から
１００年以上も経過しているため、ストレプトコッカス
・ニューモニエ（Streptococcus pneumoniae）は、より
詳細な研究が為された微生物の一つである。例えば、事
実、DNAが遺伝物質であるという初期の見解の大部分
は、この微生物を用いたGriffithならびに、Avery、Mac
leodおよびMcCartyの研究にて断言された。ストレプト
コッカス・ニューモニエ（S. pneumoniae）に関する研
究は膨大であるにも関わらず、この微生物の毒性に関し
ては多くの疑問が残されている。抗生物質の開発のため
の標的としてストレプトコッカス属の遺伝子および遺伝
子産物を用いるのはとりわけ好ましいことである。

【０００４】ストレプトコッカス・ニューモニエ感染の
頻度は過去２、３０年間に劇的に上昇している。これは
多重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人
の母集団の増加に起因している。いくつかのまたは全て
の標準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプトコ
ッカス・ニューモニエ株を単離することはもはやめずら
しいことではない。この現象により、この生物に対する
新しい抗菌剤、ワクチンおよび診断試験が要求されてい
る。

【０００５】抗生物質活性に関して化合物をスクリーニ
ングするために有用であるという利点を有した、本発明
のｄｅｆ１具体例のごとき因子が必要とされていること
は明白である。かかる因子はまた、感染、機能不全また
は疾病の発病における役割を決定するのに有用である。
感染、機能不全または疾病を予防、改善または治癒する
ための方法を見出すために、かかる因子ならびにそのア
ンタゴニストおよびアゴニストを同定および特徴づけす
る必要もある。特定の本発明のポリペプチドは、既知の
ｆｍｓ、ｐｄｆ、ｄｅｆタンパク質に対してアミノ酸配
列相同性を有する。

【０００６】

【発明が解決しようとする課題】本発明の一つの目的
は、表１（配列番号２または４）に示すアミノ酸配列
と、ｆｍｓ、ｐｄｆ、ｄｅｆタンパク質のごときその他
のタンパク質の既知アミノ酸配列（複数でも可）の間の
相同性により、新規ｄｅｆ１ポリペプチドとして同定さ
れたポリペプチドを提供することである。本発明のさら
なる目的は、ｄｅｆ１ポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド、特に本明細書においてｄｅｆ１と称するポ
リペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供するこ
とである。

【０００７】

【課題を解決するための手段】本発明のとりわけ好まし
い具体例では、該ポリヌクレオチドは、完全長の遺伝子
を含む、表１（配列番号１または３）に示す配列を有し
てなるｄｅｆ１ポリペプチドをコードする領域、または
その変種を有してなる。本発明の別の特に好ましい具体
例には、表１（配列番号２または４）のアミノ酸配列を
有してなるストレプトコッカス・ニューモニエに由来す
る新規ｄｅｆ１タンパク質またはその変種がある。本発
明のさらなる態様は、ｍRNA、cDNA、ゲノムDNAを含め、
ｄｅｆ１、特にストレプトコッカス・ニューモニエｄｅ
ｆ１をコードする単離核酸分子を提供することであ
る。。本発明のさらなる具体例は、生物学的、診断学
的、予防的、臨床的または治療的に有用なその変種、お
よびそのものを含んでなる組成物を包含する。

【０００８】本発明の別の態様によれば、治療または予
防目的で、特に遺伝的免疫における本発明のポリヌクレ
オチドの使用を提供する。本発明の特に好ましい具体例
は、ｄｅｆ１の天然の対立遺伝子変種およびそれにより
コードされるポリペプチドである。本発明の別の態様
は、本明細書でｄｅｆ１と称するストレプトコッカス・
ニューモニエの新規ポリペプチド、ならびに生物学的、
診断学的、予防的、臨床的または治療的に有用なその変
種、およびそのものを含んでなる組成物を提供すること
である。本発明のとりわけ好ましい具体例には、ｄｅｆ
１遺伝子の天然の対立遺伝子によりコードされるｄｅｆ
１ポリペプチドの変種がある。本発明の好ましい具体例
において、前記のｄｅｆ１ポリペプチドの製造方法を提
供する。

【０００９】本発明のさらに別の態様によれば、例え
ば、抗体を含め、抗菌剤として有用な、かかるポリペプ
チドに対する阻害剤が提供される。本発明の特定の好ま
しい具体例によれば、ｄｅｆ１発現を評価し、疾病を治
療し、遺伝的変異を評価し、生物にｄｅｆ１ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドを投与して細菌、特にストレ
プトコッカス・ニューモニエ細菌に対する免疫応答を生
じさせるための物質、組成物および方法が提供される。
本発明のこのおよび他の態様の特定の好ましい具体例に
よれば、ｄｅｆ１ポリヌクレオチド配列に、特に厳密な
条件下でハイブリダイゼーションするポリヌクレオチド
が提供される。本発明の特定の好ましい具体例では、ｄ
ｅｆ１ポリペプチドに対する抗体を提供する。

【００１０】本発明の他の具体例では、本発明のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドに結合し、そうでなけれ
ば相互作用し、その活性を阻害または活性化する化合物
を同定する方法であって、スクリーニングすべき化合物
が本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドと結合
し、そうでなければ相互作用できる条件下で、該ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドを該化合物と接触させ
て、該化合物との結合まあは相互作用を評価し（かかる
結合または相互作用はポリペプチドまたはポリヌクレオ
チドと化合物との結合または相互作用に応答して検出可
能なシグナルを提供できる２次成分に関連するものであ
る）；化合物と該ポリペプチドまたはポリヌクレオチド
との結合または相互作用から生じるシグナルの有無を検
出することにより、化合物がポリペプチドまたはポリヌ
クレオチドと結合するか、そうでなければ相互作用し、
その活性を活性化または阻害するかどうかを決定するこ
とからなる方法を提供する。

【００１１】本発明のさらに別の態様によれば、ｄｅｆ
１アゴニストおよびアンタゴニスト、好ましくは静菌性
または殺菌性アゴニストおよびアンタゴニストが提供さ
れる。本発明のさらなる態様では、ｄｅｆ１ポリヌクレ
オチドまたはｄｅｆ１ポリペプチドを含んでなる、細胞
または多細胞生物に投与するための組成物を提供する。
開示した本発明の精神および範囲内での種々の変更およ
び修飾は、以下の記載および本明細書のその他の部分を
読むことにより、当業者に容易に明らかとなろう。

【００１２】

【発明の実施の態様】本発明は、以下により詳細に記載
されるような新規ｄｅｆ１ポリペプチドおよびポリヌク
レオチドに関する。特に、本発明は、ｆｍｓ、ｐｄｆ、
ｄｅｆポリペプチドに対するアミノ酸相同性により関連
付けられる、ストレプトコッカス・ニューモニエの新規
ｄｅｆ１のポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関す
る。本発明は、特に、各々、表１にて配列番号１および
配列番号２で示されるヌクレオチドおよびアミノ酸配列
を有するｄｅｆ１に関する。

【００１３】

【表１】ｄｅｆ１ポリヌクレオチドおよびポリペプチド
配列

【００１４】（Ａ）ストレプトコッカス・ニューモニエ
ｄｅｆ１ポリンクレオチド配列由来の配列［配列番号
１］

【化１】

【００１５】（Ｂ）この表のポリヌクレオチド配列より
推定されるストレプトコッカス・ニューモニエｄｅｆ１
ポリペプチド配列［配列番号２］

【化２】

【００１６】（Ｃ）ストレプトコッカス・ニューモニエ
ｄｅｆ１・ＯＲＦ配列を有してなるポリヌクレオチド配
列［配列番号３］

【化３】

【００１７】（Ｄ）この表のポリヌクレオチドＯＲＦ配
列より推定されるストレプトコッカス・ニューモニエｄ
ｅｆ１ポリペプチド配列［配列番号４］

【化４】

【００１８】寄託材料 ストレプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３株を
含む寄託株を、１９９６年４月１１日に、スコットラン
ド、ＡＢ２ １ＲＹ、アバディーン、マチャードライブ
２３Ｓt.のナショナル・コレクション・オブ・インダス
トリアル・アンド・マリーン・バクテリア・リミテッド
（本明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）に、受託番号４
０７９４の下で寄託している。その寄託株は、寄託の
際、ストレプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３
と命名された。１９９６年４月１７日に、エシェリキア
・コリに入れたストレプトコッカス・ニューモニエ０１
００９９３DNAライブラリーも同様に、受託番号４０８
００の下、ＮＣＩＭＢに寄託している。このストレプト
コッカス・ニューモニエ株寄託を、本明細書では「寄託
株」または「寄託株のDNA」と称する。

【００１９】寄託株は完全長ｄｅｆ１遺伝子を含んでい
る。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配列ならびに
それによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列
は、本明細書における配列の記載とのいずれの不一致も
調節するものである。寄託株の寄託は、特許手続き上の
微生物寄託の国際承認に関するブタペスト条約の条件下
で行われている。特許が発行されると何ら制限または条
件もなく、最終的に株は分譲される。寄託株は当業者の
便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条の
下に要求されるような、寄託が実施可能要件であること
を承認するものではない。寄託株を製造、使用または販
売するには、ライセンスが必要であるが、そのようなラ
イセンスはここで付与されるものではない。

【００２０】本発明の一の態様は、寄託株に含まれるス
トレプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３株によ
り発現可能な成熟ポリペプチドをコードする単離核酸分
子を提供することである。さらには、本発明は寄託株中
のDNAのｄｅｆ１ヌクレオチド配列およびそれによりコ
ードされるアミノ酸配列を提供する。また、本発明は寄
託株より単離されたｄｅｆ１ポリペプチド配列およびそ
れに由来のアミノ酸配列を提供する。

【００２１】ポリペプチド 本発明のポリペプチドは、表１［配列番号２または４］
のポリペプチド（とりわけ成熟ポリペプチド）ならび
に、特に、ｄｅｆ１の生物活性を有し、表１［配列番号
１または３］のポリペプチドまたはその該当部分と少な
くとも７０％の同一性、好ましくは表１［配列番号２ま
たは４］のポリペプチドに対して少なくとも８０％の同
一性、より好ましくは表１［配列番号２または４］のポ
リペプチドに対して少なくとも９０％の類似性（より好
ましくは少なくとも９０％の同一性）、さらにより好ま
しくは表１［配列番号２または４］のポリペプチドに対
して少なくとも９５％の類似性（さらにより好ましくは
少なくとも９５％の同一性）を有するポリペプチドおよ
びフラグメントを包含し、さらに、一般に、少なくとも
３０個のアミノ酸、より好ましくは、少なくとも５０個
のアミノ酸を含むポリペプチドの部分を有するかかるポ
リペプチドの部分も包含する。

【００２２】本発明はまた、

【数１】Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ

【００２３】［式中、アミノ末端のＸは水素であり、カ
ルボキシル末端のＹは水素または金属であり、R₁および
R₃はいずれかのアミノ酸残基であり、ｍは１〜１０００
の整数または０であり、ｎは１〜１０００の整数または
０であり、R₂は本発明のアミノ酸配列、特に表１のアミ
ノ酸配列を意味する］で示されるポリペプチドを包含す
る。上記の式中、R₂はアミノ末端残基がその左側でR₁に
結合し、そのカルボキシ末端残基がその右側でR₃に結合
するように方向づけられる。ｍおよび／またはｎが１よ
り大きい場合、いずれかのＲ基で表されるアミノ酸残基
の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいずれで
あってもよく、ヘテロポリマーが好ましい。

【００２４】フラグメントは、その全体が、上記したポ
リペプチドのアミノ酸配列の全部ではないが、一部と同
じであるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドであ
る。ｄｅｆ１ポリペプチドと同様、フラグメントは「自
立している」であるか、またはそれらが一の部分または
領域、最も好ましくは単一の連続した領域、単一のより
大きなポリペプチドを形成するより大きなポリペプチド
の中に含まれていてもよい。

【００２５】好ましいフラグメントは、例えば、表１
［配列番号２または４］のアミノ酸配列または、アミノ
末端を含む連続した一連の残基またはカルボキシル末端
を含む連続した一連の残基のような、その変種の一部を
有する末端切断ポリペプチドを包含する。宿主細胞、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニエ中の本発明のポ
リペプチドの分解型も好ましい。さらに、アルファヘリ
ックスおよびアルファヘリックス形成領域、ベータシー
トおよびベータシート形成領域、ターンおよびターン形
成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水領域、疎水
領域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可
変領域、界面形成領域、基質結合領域、および高抗原指
数領域を含んでなるフラグメントのような、構造的また
は機能的属性によって特徴づけられるフラグメントもま
た好ましいフラグメントである。

【００２６】生物学的に活性なフラグメントも好ましい
フラグメントである。生物学的に活性なフラグメント
は、類似活性または改良活性を有するもの、または望ま
しくない活性が減少したフラグメントを含め、ｄｅｆ１
の活性を媒介するフラグメントである。さらに、動物、
特にヒトにおいて抗原性または免疫原性であるフラグメ
ントも含まれる。特に好ましいものは、ストレプトコッ
カス・ニューモニエの生存に必須の機能または個体、特
に、ヒトにおける疾患の開始または原因維持能力を与え
る酵素群の受容体またはドメインからなるフラグメント
である。本発明のポリペプチドのフラグメントである変
種は、ペプチド合成法により対応する完全長のポリペプ
チドの製造に使用することができる。したがって、これ
らの変種は、本発明の完全長ポリペプチドを製造するた
めの中間体として使用できる。

【００２７】アミノ酸に関する標準的１文字および３文
字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘａａ」なる語もま
た、本発明のあるポリペプチドを記載するのに用いられ
る。「Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種の天然に存在す
るいずれかのアミノ酸がポリペプチド配列のそのような
意図する位置にあってもよいことを意味する。

【００２８】ポリヌクレオチド 本発明のもう一つの態様は、表１［配列番号２または
４］の推定アミノ酸配列を有するｄｅｆ１ポリペプチド
をコードする単離ポリヌクレオチド、それに密接に関連
するポリヌクレオチドおよびそれらの変種に関する。表
１［配列番号１または３］に示すポリヌクレオチド配列
のような本明細書の情報を使用し、出発材料としてスト
レプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３を使用
し、細菌からの染色体DNAフラグメントをクローニング
し、配列決定し、つづいて完全長クローンを得る標準的
クローニングおよびスクリーニング法を使用して、ｄｅ
ｆ１ポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオチ
ドを得ることができる。例えば、表１［配列番号１また
は３］に示す配列のような本発明のポリヌクレオチド配
列を得るには、典型的には、エシェリキア・コリまたは
他の適当な宿主中のストレプトコッカス・ニューモニエ
０１００９９３の染色体DNAのクローンのライブラリー
を、部分配列から由来する放射標識したオリゴヌクレオ
チド、好ましくは１７倍量以上の長さのオリゴヌクレオ
チドでプローブする。ついで、該プローブと同じDNAを
有するクローンをストリンジェントな条件を使用して区
別できる。該オリジナル配列から設計された配列決定プ
ライマーで同定された個々のクローンを配列決定するこ
とにより、該配列を両方の方向に伸長し、完全長を決定
することが可能である。都合よくは、プラスミド・クロ
ーンから調製された変性二本鎖DNAを用いてかかる配列
決定を行う。適当な技法は、Maniatis,T.，Fritsch,E.
F.およびSambrookら、MOLECULAR CLONING：A LABORATOR
YMANUAL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Laboratory Pr
ess, Cold Spring Harbor, New York（1989）（特に、
ハイブリダイゼーションによるスクリーニング１.９０
および変性二本鎖DNA鋳型の配列決定１３.７０を参照の
こと）により記載されている。例えば、表１［配列番号
１または３］に示すポリヌクレオチドは、ストレプトコ
ッカス・ニューモニエ０１００９３３から由来するDNA
ライブラリー中で見いだしたものである。

【００２９】表１［配列番号１または３］のDNA配列
は、表１［配列番号２または４］に示す概数のアミノ酸
残基を有し、公知のアミノ酸残基の分子量から計算でき
る推定分子量を有するタンパク質をコードするオープン
リーディングフレームを有する。ヌクレオチド番号１
と、配列番号１のヌクレオチド番号６１０で始まる停止
コドンの間の配列番号１のポリヌクレオチドが、配列番
号２のポリペプチドをコードする。本発明のｄｅｆ１ポ
リペプチドは、ポリペプチド・デホルミラーゼ・ファミ
リーの他のタンパク質に構造的に関連付けられる。

【００３０】本発明は、表１［配列番号１または３］の
コード配列と、その全長にわたって同一であるポリヌク
レオチド配列を提供する。また、本発明は、成熟ポリペ
プチドまたはそのフラグメント用のコード配列自体なら
びにリーダーまたは分泌配列、プレ、プロまたはプレプ
ロタンパク質配列をコードするコード配列のような他の
コード配列を有するリーディング・フレーム中の成熟ポ
リペプチドまたはフラグメントのコード配列を提供す
る。ポリヌクレオチドはまた、例えば、転写配列、非翻
訳配列、終止シグナル、リボソーム結合部位、ｍRNAを
安定化する配列、イントロン、ポリアデニル化シグナル
および別のアミノ酸をコードする付加コード配列のよう
な非コード５’および３’配列を含む、非コード配列を
含むが、これに限定するものではない。例えば、融合ポ
リペプチドの精製を促進するマーカー配列をコードする
ことができる。本発明のある種の具体例において、マー
カー配列は、ｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）において
提供され、Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA（1989）8
6：821-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジンペ
プチドであるか、またはＨＡタグである（Wilsoｎら、C
ell，37:767(1984)）。本発明のポリヌクレオチドは、
限定するものではないが、構造遺伝子および遺伝子の発
現を調節する天然に伴う配列からなるポリヌクレオチド
を包含する。

【００３１】本発明の好ましい具体例は、表１の配列番
号１に示されるヌクレオチド１からヌクレオチド６１０
の直ぐ上流にあるヌクレオチドまたはそのヌクレオチド
を含むヌクレオチドまでを有するポリヌクレオチドであ
る。

【００３２】本発明はまた、式：

【数２】Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ

【００３３】［式中、分子の５’末端のＸは水素であ
り、分子の３’末端のＹは水素または金属であり、R₁お
よびR₃はいずれかの核酸残基であり、ｍは１〜３０００
の整数または０であり、ｎは１〜３０００の整数または
０であり、R₂は本発明の核酸配列、特に表１より選択さ
れる核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチド
を包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R₂は
５’末端残基がその左側でR₁に結合し、その３’末端残
基がその右側でR₃に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基
で表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモ
ポリマーのいずれであってもよく、ヘテロポリマーが好
ましい。一の具体例として、ＸおよびＹが共有結合し、
それにより上記した式のポリヌクレオチドが閉じられて
いる、環状ポリヌクレオチドが挙げられる。好ましい具
体例において、ｍおよび／またはｎは１と１０００の間
の整数である。

【００３４】本発明のポリヌクレオチドはストレプトコ
ッカス・ニューモニエから誘導されるのが最も好ましい
が、分類学上同じ属の生物より得ることも好ましい。ま
た、例えば、分類学上同じ科または目から得てもよい。
本明細書で使用する「ポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド」なる用語は、本発明のポリペプチド、特
に、細菌性ポリペプチド、より詳しくは、表１［配列番
号２または４］に示すアミノ酸配列を有するストレプト
コッカス・ニューモニエｄｅｆ１のポリペプチドをコー
ドする配列を含むポリヌクレオチドを包含する。この用
語はコードおよび／非コード配列を含んでもよいさらな
る領域と共に、該ポリペプチドをコードする単一の連続
または非連続領域（例えば、組み込まれたファージまた
は挿入された配列またはエデティング（editing）によ
り中断されている）を含むポリヌクレオチドを包含す
る。本発明はさらに、表１［配列番号２または４］の推
定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変種をコードす
る、本明細書に記載したポリヌクレオチドの変種に関す
る。本発明のポリヌクレオチドのフラグメントである変
種は本発明の完全長ポリヌクレオチドの合成に使用でき
る。

【００３５】さらに好ましい具体例は、数個、わずか
な、５〜１０、１〜５、１〜３、２または１個あるいは
０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、
欠失または付加された表１［配列番号２または４］のｄ
ｅｆ１ポリペプチドのアミノ酸配列を有する、ｄｅｆ１
変種をコードするポリヌクレオチドである。特に好まし
くは、ｄｅｆ１の特性、活性を変化させないサイレント
置換、付加および欠失である。

【００３６】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号２または４］に示すアミノ酸配列をを有する
ｄｅｆ１ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの
完全長にわたって少なくとも７０％の同一性を有するポ
リヌクレオチドおよびそのようなポリヌクレオチドに相
補性のポリヌクレオチドである。また、最も好ましいも
のは、ｄｅｆ１ポリペプチドをコードするポリヌクレオ
チドと完全長にわたって少なくとも８０％の同一性を有
する領域からなるポリヌクレオチドおよびそれと相補性
のポリヌクレオチドである。この点で、その同じものと
完全長にわたって少なくとも９０％の同一性を有するポ
リヌクレオチドが特に好ましく、中でも少なくとも９５
％の同一性を有するものが特に好ましい。さらには、少
なくとも９５％の同一性を有するものの中で少なくとも
９７％の同一性を有するものがより好ましく、中でも少
なくとも９８％および少なくとも９９％の同一性を有す
るものが特に好ましい。少なくとも９９％の同一性を有
するものがより好ましい。好ましい具体例は、表１［配
列番号１または３］のDNAによってコードされている成
熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機能または活性
を保持するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
である。

【００３７】さらに本発明は、本明細書にて上記した配
列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関
する。この点において、本発明は特に、本明細書にて上
記したポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下で
ハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関す
る。本明細書で用いる場合、「ストリンジェントな条
件」および「ストリンジェントなハイブリダイゼーショ
ン条件」という語は、ハイブリダイゼーションが、配列
間に少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％の
同一性がある場合にのみ起こることを意味する。ストリ
ンジェントなハイブリダイゼーション条件の一例とし
て、５０％ホルムアルデヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ
ＮaＣl、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭ
リン酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデンハート（Denh
ardt’s）溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０μ
ｇ／ｍｌ変性切断サケ精子DNAを含んでなる溶液中、４
２℃で一夜インキュベーションし、ついでハイブリダイ
ゼーション支持体を０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗浄
することが挙げられる。ハイブリダイゼーションおよび
洗浄条件は公知であり、Sambrookら、MOLECULAR CLONIN
G：A LABORATORY MANUAL，Second Edition，Cold Sprin
g Harbor, N.Y.（1989）、特に、第11章に例示されてい
る。

【００３８】本発明は、実質的に、配列番号１に示した
ポリヌクレオチド配列の完全遺伝子を含む適当なライブ
ラリーを、ストリンジェントなハイブリダイゼーション
条件下、配列番号１に示す該ポリヌクレオチド配列の配
列を有するプローブまたはそのフラグメントでスクリー
ニングし、該DNA配列を単離することにより得ることが
できるポリヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチド
を提供する。そのようなポリヌクレオチドを得るのに有
用なフラグメントには、例えば、本明細書に記載するプ
ローブおよびプライマーが包含される。

【００３９】本明細書において本発明のポリヌクレオチ
ドの分析についてさらに説明するように、例えば、上記
したような本発明のポリヌクレオチドを、RNA、cDNAお
よびゲノムDNAに対するハイブリダイゼーション・プロ
ーブとして使用し、ｄｅｆ１をコードする完全長cDNAお
よびゲノムクローンを単離し、ｄｅｆ１遺伝子に対して
高い配列類似性を有する他の遺伝子のcDNAおよびゲノム
クローンを単離することができる。そのようなプローブ
は、一般に、少なくとも１５塩基を有してなるであろ
う。好ましくは、そのようなプローブは少なくとも３０
塩基からなり、少なくとも５０塩基を有してもよい。特
に好ましいプローブは、少なくとも３０塩基を有し、５
０以下の塩基を有する。例えば、ｄｅｆ１遺伝子のコー
ド領域は、表１（配列番号１または３）のDNA配列を使
用してスクリーニングしてオリゴヌクレオチド・プロー
ブを合成することにより単離できる。ついで、本発明の
遺伝子の配列と相補性の配列を有する標識したオリゴヌ
クレオチドを用いてcDNA、ゲノムDNAまたはmRNAのライ
ブラリーをスクリーニングし、ライブラリーのどのメン
バーがプローブとハイブリダイズするか決定する。

【００４０】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、本明細書においてポリヌクレオチド分析に関し
てさらに説明するように、例えば、疾患、特にヒトの疾
患に対する治療および診断の発見のための研究試薬およ
び研究材料として用いることができる。表１（配列番号
１または２または３または４）の配列から由来するオリ
ゴヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、本
明細書に記載の方法に使用できるが、好ましくはＰＣＲ
に使用し、本明細書で同定したポリヌクレオチドが全体
として、または部分的に感染組織において細菌中で転写
されるか否か測定する。そのような配列はまた、病因が
達した感染の段階およびタイプの診断においても有用性
がある。

【００４１】また、本発明は、成熟蛋白に、さらなるア
ミノまたはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、成熟ポ
リペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。この
ような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態へのタン
パク質のプロセッシングにおいて役割を果たし、タンパ
ク質を運び、タンパク質の半減期を長くしたり、短くし
たり、あるいは分析または生産のためのタンパク質の操
作を容易にすることができる。インビボで一般的なよう
に、該付加アミノ酸は細胞酵素により成熟タンパク質か
らプロセッシングにより除かれる。一またはそれ以上の
プロ配列に融合したポリペプチドの成熟形態を有する前
駆体タンパク質は該ポリペプチドの不活性形でもよい。
プロ配列がそのような不活性前駆体から除かれると、一
般に活性化される。プロ配列の幾らかまたは全体を、活
性化の前に除去できる。一般に、そのような前駆体はプ
ロタンパク質と称される。

【００４２】核酸塩基に関する標準記号Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ
／Ｕに加えて、また「Ｎ」なる語を、本発明の特定のポ
リヌクレオチドを記載するのに用いることができる。
「Ｎ」は、隣接するヌクレオチド位置と一緒になって作
用する場合、正確なリーディング・フレームを読み取る
場合で、Nがそのようなリディング・フレームにて前成
熟末端コドンを形成する効果を有する塩基でないことが
好ましい場合を除き、４種のDNAまたはRNA塩基のいずれ
かがDNAまたはRNA配列のその所定の位置にあることを意
味する。

【００４３】総じて、本発明のポリヌクレオチドは成熟
タンパク質、リーダー配列の加わった成熟タンパク質
（プレタンパク質とも称される）、プレタンパク質のリ
ーダー配列ではない１またはそれ以上のプロ配列を有す
る成熟タンパク質の前駆体、またはリーダー配列と、一
般に、ポリペプチドの活性な成熟形態を生成するプロセ
ッシング工程の間に除去される１またはそれ以上のプロ
配列を有するプロタンパク質の前駆体であるプレプロタ
ンパク質をコードする。

【００４４】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌ
クレオチドを含んでなるベクター、本発明のベクターで
遺伝子操作される宿主細胞および組換え技術による本発
明のポリペプチドの産生に関する。さらに無細胞翻訳系
を用い、本発明のDNA構築物由来のRNAを使用してかかる
タンパク質を製造することができる。組換え体産生のた
めに、宿主細胞を遺伝子操作し、発現系もしくはそれら
の一部、または本発明のポリヌクレオチドを取り込むこ
とができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、
リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デ
キストラン媒介トランスフェクション、トランスベクシ
ョン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介ト
ランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープ・ローディング、弾道導入お
よび感染のような、Davisら、BASIC METHODS IN MOLECU
LAR BIOLOGY（1986）およびSambrookら、MOLECULAR CLO
NING：A LABORATORY MANUAL，2nd Ed. Cold Spring Har
bor Laboratory Press,Cold Spring Harbor, N.Y.（198
9）のごとき複数の標準的研究室マニュアルに記載され
ている方法によって行うことができる。

【００４５】適当な宿主の代表例は、レンサ球菌（stre
ptococcus）、ブドウ球菌（staphylococcus）、腸球菌
（enterococcus）、大腸菌（E.coli）、ストレプトマイ
セス（streptomyces）および枯草菌（Bacillus subtili
s）細胞のごとき細菌細胞；酵母細胞およびアスペルギ
ルス（Aspergillus）細胞のごとき真菌細胞；ドロソフ
ィラ（Drosophila）Ｓ２およびスポドプテラ（Spodopte
ra）Ｓｆ９細胞のごとき昆虫細胞；CHO、COS、HeLa、C1
27、３T3、BHK、HEK293およびボーウェス（Bowes）メラ
ノーマ細胞のごとき動物細胞；および植物細胞を包含す
る。

【００４６】本発明のポリペプチド産生のために非常に
多様な発現系を使用することができる。かかる系は、と
りわけ、染色体、エピソームおよびウイルス由来の系、
例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入因
子由来、酵母染色体因子由来、バキュロウイルス、ＳＶ
４０のごときパポーバウイルス、ワクシニアウイルス、
アデノウイルス、ニワトリポックスウイルス、偽狂犬病
ウイルスおよびレトロウイルスのようなウイルス由来の
ベクター、およびコスミドおよびファージミドなどのプ
ラスミドおよびバクテリオファージの遺伝因子由来のベ
クターのごとき、それらの組み合わせに由来するベクタ
ーを包含する。発現系構築物は、発現を制御ならびに引
き起こす調節領域を有していてもよい。一般に、宿主に
おいてポリヌクレオチドを維持、増幅または発現し、お
よび／またはポリペプチドを発現するのに適した系また
はベクターを、この点にて発現に使用してもよい。適当
なDNA配列を、例えば、Sambrookら、MOLECULAR CLONIN
G，A LABORATORY MANUAL（前掲）に示されている技術の
ごとき、種々のよく知られた慣用的技術のいずれかによ
って、発現系に挿入してもよい。

【００４７】翻訳されたタンパク質を、小胞体内腔、周
辺腔または細胞外環境に分泌するために、適当な分泌シ
グナルを発現されるポリペプチドに挿入してもよい。こ
れらのシグナルは、ポリペプチドに固有のものであって
もよく、または異種のシグナルであってもよい。本発明
のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール
沈澱、酸抽出、アニオンまたはカチオン交換クロマトグ
ラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水
相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマト
グラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィ
ーおよびレクチンクロマトグラフィーを包含する、よく
知られた方法によって組換え細胞培養物から回収および
精製できる。最も好ましくは、高速液体クロマトグラフ
ィーが精製に使用される。ポリペプチドが単離および／
または精製の間に変性する場合、タンパク質を再生する
ための周知方法を用いて、再び活性な立体配座とするこ
とができる。

【００４８】診断アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のｄ
ｅｆ１ポリヌクレオチドの使用にも関連付けられる。真
核生物、とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるｄｅｆ１
の検出は、疾患の診断のための診断方法を提供する。真
核生物（本明細書において「個体」とも称する）、とり
わけ哺乳動物、特にヒトがｄｅｆ１遺伝子を含む生物に
感染するか、または感染している恐れがあると、種々の
方法により核酸レベルで検出できる。

【００４９】診断に供する核酸は、感染した個体の細胞
および組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚よ
り得ることができる。ゲノムDNAは直接的に検出するの
に使用できるか、または分析に付す前にＰＣＲもしくは
その他の増幅法を用いることにより酵素的に増幅でき
る。RNA、cDNAおよびゲノムDNAも同じ方法にて使用でき
る。増幅すると、個体に存在する原核生物の種および株
を、原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけす
ることができる。対照配列の遺伝子型と比較した増幅生
成物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出でき
る。点突然変異は、増幅DNAを標識したｄｅｆ１ポリヌ
クレオチド配列にハイブリダイゼーションすることによ
り同定できる。完全に対合した配列は、ＲＮase消化に
より、または融解温度の差により、誤対合二重らせんと
区別できる。DNA配列の差はまた、変性剤と共にまたは
無しでゲル中のDNAフラグメントの電気泳動の移動度の
変化により、または直接的なDNAの配列決定により検出
できる。例えば、Myersら、Science，230:1242（1985）
を参照のこと。特異的な位置での配列の変化はまた、ヌ
クレアーゼ保護アッセイ、例えば、ＲＮaseおよびＳ１
保護または化学的切断法によっても明らかにすることが
できる。例えば、Cottonら、Proc.Natl.Acad.Sci.,US
A，85:4397-4401（1985）を参照のこと。

【００５０】本発明の遺伝子中に変異または多型性を担
持する細胞はまた、種々の技術により、DNAレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出できる。例え
ば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて変異を検出することができ
る。ＲＴ−ＰＣＲを自動検出系、例えばＧeneＳcan等と
組み合わせて用いるのが特に好ましい。RNA、cDNAまた
はゲノムDNAもまた同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣ
Ｒに用いることができる。一例として、ｄｅｆ１をコー
ドする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを用いて変異を
同定および分析することができる。

【００５１】本発明はまた、式：

【数３】Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ

【００５２】［式中、分子の５’末端のＸは水素であ
り、分子の３’末端のＹは水素または金属であり、R₁お
よびR₃はいずれかの核酸残基であり、ｍは１〜２０の整
数または０であり、ｎは１〜２０の整数または０であ
り、R₂は本発明のプライマー配列、特に表２より選択さ
れるプライマー配列を意味する］で示されるプライマー
を包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R₂はそ
の５’末端残基がその左側でR₁に結合し、その３’末端
残基が右側でR₃に結合するように方向付けられる。ｍお
よび／またはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基で
表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポ
リマーのいずれであってもよく、表1のポリヌクレオチ
ド領域に相補的なヘテロポリマーが好ましい。好ましい
具体例において、ｍおよび／またはｎは１と１０の間の
整数である。

【００５３】本発明はさらに５’および／または３’末
端より除去した１、２、３または４個のヌクレオチドを
含むこれらプライマーを提供する。これらのプライマー
を用いて、とりわけ、個体に由来するサンプルから単離
したｄｅｆ１ DNAを増幅することができる。該プライマ
ーを用いて、感染した個体から単離した遺伝子を増幅し
てもよく、ついで、該遺伝子をDNA配列を調べるための
種々の技法に供することができる。このように、DNA配
列における変異を検出し、これを用いて感染を診断し、
感染性物質をセロタイプおよび／または分類することが
できる。

【００５４】本発明はさらに、疾患、好ましくは細菌感
染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニューモニ
エによる感染の診断方法であって、表１［配列番号１ま
たは３］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベル
の上昇を、個体由来のサンプルから決定することを特徴
とする方法を提供する。ｄｅｆ１ポリヌクレオチドの発
現の増加または低下は、ポリヌクレオチドの定量法とし
て当該分野で周知の方法である任意の方法、例えば増
幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブ
ロッティングおよびその他のハイブリダイゼーション法
を用いて測定できる。

【００５５】加えて、正常対照組織サンプルと比較して
ｄｅｆ１タンパク質の過剰発現を検出するための本発明
による診断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検出
することができる。宿主由来のサンプル中のｄｅｆ１タ
ンパク質のレベルを決定するために用いることができる
アッセイ技法は、当業者に周知である。このようなアッ
セイ法は、ラジオイムノアッセイ、競合的結合アッセ
イ、ウェスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイ
を包含する。

【００５６】抗体 本発明のポリペプチドもしくはその変種、またはそれら
を発現する細胞は、このようなポリペプチドに免疫特異
的な抗体を産生する免疫原として用いることができる。
本明細書で用いる「抗体」は、モノクローナルおよびポ
リクローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体および
ヒト化抗体、ならびにＦａｂ免疫グロブリン発現ライブ
ラリーの生成物を包含するＦａｂフラグメントを包含す
る。

【００５７】本発明のポリペプチドに拮抗して得られる
抗体は、ポリペプチドまたはエピトープが付いたフラグ
メント、アナログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の
動物に、慣用的プロトコルを用いて投与することにより
得ることができる。モノクローナル抗体を調製する場
合、連続的細胞系培養により産生される抗体を提供する
当業者周知の技術を用いることができる。例えば、Kohl
er, G.およびMilstein,C., Nature，256：495−497（19
75）；Kozborら、Immunology Today, 4：72（1983）；C
oleら、MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER THERAPY, A
lan R Liss,Inc.、77−96頁（1985）に記載されるよう
な種々の技法が挙げられる。

【００５８】一本鎖抗体を製造するための技術（米国特
許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポリペプチ
ドに対する一本鎖抗体を産生することができる。また、
トランスジェニックマウスまたは他の生物、例えば他の
哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発現させることができ
る。別法として、ファージディスプレイ（phage displa
y）技法を利用して、抗ｄｅｆ１を保持することについ
てスクリーニングしたヒト由来のリンパ球のＰＣＲ増幅
したｖ遺伝子のレパートリー由来の、または無処理のラ
イブラリー由来のポリペプチドに対する結合活性を有す
る抗体遺伝子を選択してもよい（McCafferty,J.ら、Nat
ure 348:552-554（1990）；Marks,J.ら、Biotechnology
10:779-783(1992)）。これらの抗体の親和性はチェイ
ンシャフリング（chain shuffling）により改善するこ
ともできる（Clackson,T.ら、Nature 352:624-628（199
1））。

【００５９】二つの抗原結合ドメインが存在する場合、
各ドメインは異なるエピトープに向けることができ、そ
れを「二特異性」抗体と称する。前記の抗体を用いてポ
リペプチドを発現するクローンを単離または同定するこ
とができ、アフィニティークロマトグラフィーにより該
ポリペプチドを精製することができる。従って、とりわ
け、ｄｅｆ１ポリペプチドに対する抗体を用いて、感
染、とりわけ細菌感染を治療することができる。

【００６０】ポリペプチド変種は、本発明の特定の態様
を形成する、抗原的、エピトープ的または免疫学的に等
価な変種を包含する。本明細書で用いる「抗原的に等価
な誘導体」なる用語は、本発明に係るタンパク質または
ポリペプチドに対して誘起された場合、病原体および哺
乳動物宿主間での即時的な物理的相互作用を妨害するあ
る種の抗体により特異的に認識されるポリペプチドまた
はその同等物を包含する。本明細書で用いる「免疫学的
に等価な誘導体」なる用語は、脊椎動物において抗体を
誘起させるのに適した処方を用いた場合、抗体が病原体
および哺乳動物宿主間での即時的な物理的相互作用を妨
害するように作用するペプチドまたはその等価物を包含
する。

【００６１】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはその融合タンパク質は、マウスま
たは他の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用される。融合タンパク質はポリ
ペプチドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合す
ることにより、免疫原性キャリヤタンパク質、例えばウ
シ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペ
ット・ヘモシアニン（keyhole limpet haemocyanin：Ｋ
ＬＨ）に結合させることができる。別法として、タンパ
ク質もしくはポリペプチド、またはその抗原的もしくは
免疫学的に等価なポリペプチドの多重コピーを含む多重
抗原性ペプチドは、免疫原性を改良するのに十分な抗原
性を有しており、キャリヤを使用しなくてすむ。

【００６２】抗体またはその変種を修飾し、個体におけ
る免疫原性を減少させることが好ましい。例えば、個体
がヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」さ
れており；例えばJones,P.ら、Nature 321：522−525
（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されているように、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移
植されている。本発明のポリヌクレオチドの遺伝的免疫
における使用は、好ましくは、プラスミドDNAの筋肉へ
の直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet 1：363（199
2）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther. 4：419（196
3））、特異的タンパク質キャリヤを複合させたDNAの送
達（Wuら、J.Biol Chem. 264：16985（1989））、リン
酸カルシウムを用いるDNA共沈（Benvenisty & Reshef、
PNAS USA 83：9551（1986））、種々の形態のリポソー
ム中へのDNA封入（Kanedaら、Science 243：375（198
9））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356：152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12：791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS USA 81：5849（1984））な
どの適当な送達方法を用いる。

【００６３】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 さらに、本発明のポリペプチドを用いて、例えば、細
胞、無細胞調製物、化学的ライブラリー、および天然産
物の混合物中の、小分子基質とリガンドとの結合を評価
することもできる。これらの基質およびリガンドは天然
の基質およびリガンドでよく、または構造上もしくは機
能上の擬似物質でもよい。例えば、Coliganら、Current
Protocols in Immunology 1（2）：第5章（1991）を参
照のこと。本発明はまた、ｄｅｆ１ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドの作用、特に静菌および／または殺菌
性である化合物の作用を亢進（アゴニスト）または遮断
（アンタゴニスト）する化合物を同定するために化合物
をスクリーニングする方法を提供する。スクリーニング
方法には高処理量（high−throughput）技術が包含され
る。例えば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリ
ーニングするために、ｄｅｆ１ポリペプチドおよびかか
るポリペプチドの標識基質またはリガンドを含んでなる
合成反応混合物、膜、細胞エンベロープもしくは細胞壁
のごとき細胞コンパートメント、またはそれらのいずれ
かの調製物を、ｄｅｆ１アゴニストまたはアンタゴニス
トであるかもしれない候補分子の存在下または不在下で
インキュベーションする。候補分子がｄｅｆ１ポリペプ
チドに作動または拮抗する能力は、標識リガンドの結合
の低下またはかかる基質からの生成物の生成低下に反映
される。結合しても影響を及ぼさない分子、すなわちｄ
ｅｆ１ポリペプチドの効果を誘起しない分子は、ほとん
どの場合、良好なアンタゴニストであろう。よく結合
し、基質からの生成物の生成速度を高める分子はアゴニ
ストである。基質からの生成物の生成速度またはレベル
の検出はリポーターシステムを用いることにより増強で
きる。この点に関して有用なリポーターシステムは、生
成物に転換される比色標識基質、ｄｅｆ１ポリヌクレオ
チドまたはポリペプチド活性の変化に応答するリポータ
ー遺伝子、および当該分野で公知の結合アッセイを包含
するが、これらに限定するものではない。

【００６４】ｄｅｆ１アンタゴニストのアッセイの別の
例は、競争阻害アッセイに適した条件下で、ｄｅｆ１お
よび潜在的なアンタゴニストを、ｄｅｆ１結合分子、組
換えｄｅｆ１結合分子、天然基質もしくはリガンド、ま
たは基質もしくはリガンド擬似物質と混合する、競合ア
ッセイである。ｄｅｆ１を例えば放射活性または比色化
合物により標識し、結合分子に結合した、または生成物
に変換したｄｅｆ１分子の数を正確に決定して、潜在的
なアンタゴニストの効果を評価できる。

【００６５】潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリ
ヌクレオチドまたはポリペプチドに結合し、それにより
その活性を阻害し、消滅させる小有機分子、ペプチド、
ポリペプチドおよび抗体を包含する。潜在的アンタゴニ
ストはまた、ｄｅｆ１誘発活性を誘導しない結合分子の
ような、結合分子の同一部位に結合し、ｄｅｆ１を結合
より排除することによりｄｅｆ１の作用を妨げる、密接
に関連したタンパク質または抗体のような小有機分子、
ペプチド、ポリペプチドであるかもしれない。

【００６６】潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチド
の結合部位に結合して占領し、それにより細胞性結合分
子への結合を防御して、正常な生物学的活性を防御する
小分子を包含する。小分子の例は、小有機分子、ペプチ
ド、ペプチド様分子を包含するが、これらに限定するも
のではない。その他の潜在的なアンタゴニストはアンチ
センス分子を包含する（これらの分子についての記載に
関しては、Okano,J.，Neurochem. 56:560（1991）；OLI
GODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE INHIBTORSOF GENE E
XPRESSION、ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ
州（1988）を参照のこと）。好ましい潜在的アンタゴニ
ストは、ｄｅｆ１に関連する化合物およびその変種を包
含する。

【００６７】本明細書で得られるDNA配列は、各々、抗
菌化合物の発見および開発に用いることができる。発現
時に、コードされたタンパク質は、抗菌薬物をスクリー
ニングするための標的として用いることができる。加え
て、コードされたタンパク質もしくはShine-Delgarnoま
たは他の個々のｍRNAの翻訳容易化配列のアミノ末端領
域をコードするDNA配列を用いて、目的とするコーディ
ング配列の発現を調節するアンチセンス配列を構築する
ことができる。

【００６８】本発明はまた、感染の続発症に関与する、
病原体および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を
妨害するための、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオ
チドまたは阻害物質の使用を提供する。特に本発明の分
子を；細菌、特にグラム陽性菌の内在デバイス上の哺乳
動物細胞外マトリックスタンパク質、または創傷部の細
胞外マトリックスタンパク質への付着の防御；例えば、
哺乳動物チロシンキナーゼのリン酸化の開始により、ｄ
ｅｆ１タンパク質介在の哺乳動物細胞侵入の遮断(Rosen
shineら、Infect.Immun. 60：2211(1992))；哺乳動物細
胞外マトリックスタンパク質と組織損傷を媒介する細菌
性ｄｅｆ１タンパク質との間の細菌付着の遮断；内在デ
バイスの埋め込みまたは他の外科的手技以外により開始
した感染における病因の通常の進行の遮断に使用するこ
とができる。

【００６９】本発明のアンタゴニストおよびアゴニスト
を用いて、例えば、疾患を阻害し、治療することができ
る。ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter pylori）
（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌は、胃癌、
潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３分の１以上
の胃に感染している（国際癌研究機関（Ｉnternational
Ａgency for Ｒesearch on Ｃancer）（1994）Ｓchist
omoses，Ｌiver Ｆlukes and ＨelicobacterＰylori
（Ｉnternational Ａgency for Ｒesearch on Ｃance
r，Ｌyon，Ｆrance；http：／／www．uicc．ch／ecp／e
cp2904．htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最
近になって、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因
果関係を認識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌
物質と分類した。本発明により提供されるスクリーン法
を用いて見出された本発明の好ましい抗菌化合物（ｄｅ
ｆ１のアゴニストおよびアンタゴニスト）、特に広域ス
ペクトルの抗生物質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の
治療にて有用である。このような治療はヘリコバクター
・ピロリ誘発性癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。
かかる治療はまた胃潰瘍および胃炎も治癒する。

【００７０】ワクチン 本発明の別の態様は、個体、特に哺乳動物における免疫
学的応答を誘発する方法であって、抗体および／または
Ｔ細胞免疫応答を生成するのに適当なｄｅｆ１、または
そのフラグメントもしくは変種を個体に接種し、該個体
を感染、特に細菌感染、最も好ましくはストレプトコッ
カス・ニューモニエ感染から防御することからなる方法
に関する。さらに、そのような免疫学的応答による細菌
複製を遅らせる方法も提供する。本発明のさらにもう一
つ別の態様は、個体における免疫学的応答を誘発する方
法であって、インビボでｄｅｆ１またはそのフラグメン
トまたは変種を発現するために、該ｄｅｆ１またはその
フラグメントまたは変種の発現を指向する核酸ベクター
を該個体にデリバリーし、例えば、サイトカイン産生Ｔ
細胞または細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗体および／または
Ｔ細胞免疫応答を生じさせるように免疫学的応答を誘発
し、該個体にて疾患が既に確立されているか、否かにか
かわらず該個体を疾患から保護することからなる方法に
関する。遺伝子を投与する一の方法は、粒子等のコーテ
ィングとして遺伝子を所望の細胞に投与することによる
ものである。このような核酸ベクターはDNA、RNA、修飾
核酸またはDNA／RNAハイブリッドからなっていてもよ
い。

【００７１】本発明のさらなる態様は、その中に免疫学
的応答を誘発する能力を有するか、または誘発している
個体に導入されると、その個体においてｄｅｆ１または
それからコードされるタンパク質に対する免疫学的応答
を誘発する免疫学的組成物であって、該ｄｅｆ１または
それからコードされるタンパク質の抗原をコードし、発
現するDNAを含む組換えｄｅｆ１またはそれからコード
されるタンパク質からなる組成物に関する。免疫学的応
答は、治療的および予防的に使用でき、抗体免疫または
ＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生ずるような細胞免疫
から得ることができる。

【００７２】ｄｅｆ１ポリペプチドまたはそのフラグメ
ントは、それ自体抗体を産生しないが、第一タンパク質
の安定化ならびに免疫原性および保護特性を有するであ
ろう融合タンパク質の産生能を有する補タンパク質（co
−Protein）と融合させることができる。このような融
合組換えタンパク質は、好ましくは、さらに、ヘモフィ
ラス・インフルエンザ（Hemophilus influenzae）から
のリポプロテインＤ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェ
ラーゼ（ＧＳＴ）またはベータガラクトシダーゼのよう
な抗原性補タンパク質、タンパク質を可溶化し、その産
生および精製を容易にするような比較的大きい補タンパ
ク質からなる。さらに、補タンパク質は、免疫系の汎化
した刺激を与える上で、アジュバントとして作用でき
る。補タンパク質は第一タンパク質のアミノまたはカル
ボキシ末端のいずれかに結合してもよい。本発明は、本
発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよび、Sa
to，Y.ら，Science，273：352(1996)に記載されるよう
な免疫刺激DNA配列からなる組成物、特にワクチン組成
物および方法を提供する。

【００７３】また、本発明は、ストレプトコッカス・ニ
ューモニエ感染の動物モデルにおけるそのような遺伝的
免疫実験において使用したDNA構築物中で細菌細胞表面
タンパク質の非可変領域をコードすることが明らかにさ
れた記載のポリヌクレオチドまたはその特定のフラグメ
ントを使用する方法も提供するもので、予防的または治
療的免疫応答を起こさせることのできるタンパク質エピ
トープの同定に特に有用である。この方法により、動
物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にストレプトコ
ッカス・ニューモニエ感染の予防剤または治療剤の開発
のために、動物の必要な器官から感染の抵抗または除去
に特に有用なモノクローナル抗体を産生させることがで
きる。該ポリペプチドを宿主を免疫化するための抗原と
して用い、例えば、損傷組織への細菌の付着を遮断する
ことにより、細菌の侵入に拮抗する特異抗体を生じさせ
ることができる。組織損傷の例としては、例えば、機械
的、化学的または熱的損傷による、または内在装置の移
植による皮膚や結合組織の傷、あるいは口、乳腺、子宮
または膣のような粘膜における傷が挙げられる。

【００７４】本発明はまた、本発明の免疫原性組換えタ
ンパク質と、適当な担体とからなるワクチン処方も包含
する。タンパク質は胃で破壊されうるので、非経口的投
与（例えば、皮下、筋肉内、静脈内、皮内等の投与を包
含する）が望ましい。非経口投与に適した処方は、抗酸
化剤、緩衝剤、抗菌剤、およびその処方を個体の体液、
好ましくは血液と等張にする溶質を含有してもよい、水
性および非水性滅菌注射溶液；懸濁化剤または増粘剤を
含有してもよい、水性および非水性滅菌懸濁液を包含す
る。処方は、単位投与または複数投与用コンテナ、例え
ば、密封されたアンプルおよびバイアルにて提供され、
使用直前に滅菌液体担体を添加するだけでよい凍結乾燥
状態で貯蔵することができる。ワクチン処方はまた、水
中油系のごとき処方の免疫原性を高めるアジュバント系
および当該分野において知られている他の系を有しても
よい。投与量はワクチンの比活性に依存し、慣用的実験
操作によって容易に決定できる。本発明をある種のｄｅ
ｆ１タンパク質について記載したが、この記載は天然の
タンパク質のフラグメントおよび組換えタンパク質の免
疫原性を実質的に変化させない付加、欠失、置換を有す
る同様なタンパク質も包含することが理解されるであろ
う。

【００７５】組成物、キットおよび投与 本発明はまた、上記したポリヌクレオチドまたはポリペ
プチドあるいはそれらのアゴニストまたはアンタゴニス
トからなる組成物に関する。本発明のポリペプチドは、
対象への投与に適した医薬担体のような細胞、組織また
は器官用の非滅菌または滅菌担体と組み合わせて使用で
きる。かかる組成物は、例えば、媒体添加または治療上
有効量の本発明のポリペプチドと、医薬上許容される担
体または賦形剤を含有してなる。かかる担体は、限定す
るものではないが、食塩水、緩衝食塩水、デキストロー
ス、水、グリセロール、エタノールおよびその組み合わ
せを包含する。処方は投与方法に適していなければなら
ない。本発明は、さらには、上記した本発明の組成物の
一またはそれ以上の成分を充填した、一またはそれ以上
の容器を有してなる診断および医薬用パックおよびキッ
トに関する。

【００７６】本発明のポリペプチドおよび他の化合物
を、単独で、または、治療用化合物などの他の化合物と
組み合わせて用いてもよい。該医薬組成物は、例えば、
局所、経口、経肛門、経膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、
皮下、経鼻、経皮等を含む、いずれかの有効な、都合の
よい方法で投与される。治療および予防において、活性
成分は個体に注射用組成物、例えば、滅菌水性分散液、
好ましくは等張の水性分散液として投与される。また、
組成物は、例えば、軟膏、クリーム、ローション、眼軟
膏、点眼剤、点耳剤、マウスウォッシュ、含浸包帯およ
び縫合糸ならびにエアゾルの形態の局所用処方とするこ
とができ、適当な通常の添加剤、例えば、保存料、薬剤
浸透を助ける溶媒、軟膏やクリームにおけるエモリエン
ト等を含むことができる。そのような局所用処方はま
た、適合する通常の担体、例えば、クリームまたは軟膏
基剤、ローション用のエタノールまたはオレイルアルコ
ールも含有することができる。このような担体は、処方
全量に対して約１〜９８重量％、通常、約８０重量％ま
で含有できる。

【００７７】哺乳動物、特にヒトに投与するには、１日
の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／
ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにして
も、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも
本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴お
よびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、そ
の位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、その
ような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメーカ
ー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャント、
尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulat
ory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙
げられる。

【００７８】本発明の組成物は、内在装置の挿入の直前
に関連する細菌に対する全身的効果を達成するために注
射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内にある
間継続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニエの傷汚染を防止
するために、いずれの手術用の手術周辺カバーの拡張に
も使用できる。多くの整形外科医は、補綴関節を有する
ヒトは、菌血症を生じ得る歯の治療前に抗生物質による
予防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重篤
な合併症となり、時に、補綴関節の損失および著しい罹
病率、致死率を伴う。したがって、該活性物質を、この
状況の予防的抗生物質の代替品として使用することにま
で拡張することができる。

【００７９】上記した治療に加えて、本発明の組成物
は、一般に、傷組織に露出したマトリックス・タンパク
質への細菌付着を予防するための傷治療剤、抗生物質予
防に代え、あるいは共に、歯の治療における予防的用途
に使用できる。別法として、本発明の組成物は挿入直前
に内在装置を浸すのに使用できる。該活性物質は、傷ま
たは内在装置を浸する場合、１μｇ／ｍｌ〜１０μｇ／
ｍｌの濃度で使用できる。

【００８０】ワクチン組成物は、都合よくは、注射剤の
形態である。通常のアジュバントを使用して免疫応答を
促進できる。ワクチン用の適当な単位投与量は抗体０.
５〜５μｇ／ｋｇであり、この用量を、好ましくは１〜
３週間の間隔で１〜３回投与する。指示した用量範囲
で、本発明の化合物では、その化合物の適当な個体への
投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察されない。本明
細書に開示の引例は出典明示によりその内容を本明細書
の一部とする。本願が優先権を主張するいずれの特許出
願もまた出典明示により本明細書の一部とする。

【００８１】定義 本明細書中で頻繁に使用されるある種の用語をその理解
を容易にするために以下に定義する。「疾患（複数でも
可）」は、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静
脈洞炎、膿胸および心内膜炎、特に例えば脳脊髄液の感
染のごとき髄膜炎を包含する、細菌による感染により引
き起こされる、または該感染に関連する疾患を意味す
る。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列によっ
て形質転換またはトランスフェクションされた、あるい
は形質転換またはトランスフェクションされることので
きる細胞である。

【００８２】「同一性」は、当該分野で公知であり、配
列の比較で測定されるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
測定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
または「類似性」は公知の方法により容易に計算するこ
とができる。例えば、限定するものではないが、Comput
ational Molecular Biology，Lesk，A.M.編，Oxford Un
iversity Press，New York，1988；Biocomputing：Info
rmatics and Genome Projects, Smith,D.W.編，Academi
c Press，New York，1993；Computer Analysis of Sequ
ence Data，Part I，Griffin, A.M.およびGriffin, H.
G.編，Humana Press，New Jersey，1994；Sequence Ana
lysis in Molecular Biology，Von Heinje,G．Academic
Press，1987；およびSequence Analysis Primer，Grib
skov,M.およびDevereux, J.編，M Stockton Press，New
York，1991；およびCarllio,HおよびLipman,D.，SIAM
J.Applied Math., 48：1073(1988)に記載されている方
法が挙げられる。同一性を測定する好ましい方法は、テ
ストする配列間に最大の対合を与えるように設計されて
いる。同一性および類似性を測定する方法は公に入手で
きるコンピュータ・プログラムに組み込まれている。２
つの配列の間の同一性および類似性を測定する好ましい
コンピュータ・プログラム方法には、限定するものでは
ないが、例えば、ＧＣＳプログラムパッケージ（Devere
ux,J.ら，Nucleic Acids Research（1984）12（1）：38
7）、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮおよびＦＡＳＴＡ（A
tschul,S. F.ら, J.Molec.Biol.（1990）215：403−41
0）が包含される。ＢＬＡＳＴ ＸプログラムはＮＣＢＩ
および他の源（ＢＬＡＳＴ Manual，Altshul, S．ら，
ＮＣＢＩ ＮＬＭ ＮＩＨ Bethesda，MD20894；Altschu
l,S．ら，J．Mol．Biol.，215：403−410(1990)）から
公に入手できる。一例として、配列番号１の対照標準の
ヌクレオチド配列に対して少なくとも、例えば９５％の
「同一性」を有するヌクレオチド配列を有するポリヌク
レオチドは、そのポリヌクレオチド配列が配列番号１の
対照標準のヌクレオチド配列のヌクレオチド各１００当
たり５つまでの点突然変異を有してもよいことを除き、
そのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列が、対照標準
の配列と同一であることを意図とする。言い換えれば、
対照標準のヌクレオチド配列に対して少なくとも９５％
同一のヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを得
るためには、その対照標準の配列におけるヌクレオチド
の５％までが欠失または別のヌクレオチドで置換されて
いてもよく、または対照標準の配列における全ヌクレオ
チドの５％までの数のヌクレオチドが対照標準の配列中
に挿入されてもよい。対照標準の配列のこれらの変異は
対照標準のヌクレオチド配列の５または３末端部位で、
またはそれら末端部位の間のどこで起こってもよく、対
照標準の配列中のヌクレオチド間に個々に、または対照
標準の配列内の一またはそれ以上の隣接する基において
点在してもよい。同様に、配列番号２の対照標準のアミ
ノ酸配列に対して少なくとも、例えば９５％同一性を有
するアミノ酸配列を有するポリペプチドは、そのポリペ
プチド配列が配列番号２の対照標準のアミノ酸配列のア
ミノ酸各１００当たり５つまでのアミノ酸変異を有して
もよいことを除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列
が、対照標準の配列と同一であることを意図とする。言
い換えれば、対照標準のアミノ酸配列に対して少なくと
も９５％同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドを得
るためには、その対照標準の配列におけるアミノ酸残基
の５％までが欠失または別のアミノ酸で置換されていて
もよく、または対照標準の配列における全アミノ酸残基
の５％までの数のアミノ酸が対照標準の配列中に挿入さ
れてもよい。対照標準の配列のこれらの変化は対照標準
のアミノ酸配列のアミノまたはカルボキシ末端部位で、
またはそれら末端部位の間のどこで起こってもよく、対
照標準の配列中の残基間に個々に、または対照標準の配
列内の一またはそれ以上の隣接する基において点在して
もよい。

【００８３】「単離された」とは、「ヒトの手によ
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。さらには、形質転換、遺伝的操作により、
またはいずれか他の方法により生物に導入されているポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドは、まだ生物内にあ
り、その生物が生きているまたは死んでいるとしても、
「単離された」ものである。

【００８４】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾RNAま
たはDNA、あるいは修飾RNAまたはDNAであってもよい。
「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖DNA、単鎖
および二本鎖領域または単鎖、二本鎖および三本鎖領域
の混合物であるDNA、単鎖および二本鎖RNA、単鎖および
二本鎖領域の混合物であるRNA、および単鎖またはより
典型的には二本鎖または三本鎖領域または一本鎖および
二本鎖領域の混合物であってもよいDNAおよびRNAを含有
してなるハイブリッド分子を包含するが、これに限定さ
れない。加えて、本明細書にて用いる「ポリヌクレオチ
ド」は、RNAまたはDNA、あるいはRNAおよびDNAの両方か
らなる三本鎖領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子
からのものでも、異なる分子からのものでもよい。該領
域は、これら分子の一またはそれ以上の全てを含んでも
よいが、より典型的には、分子の幾つかの領域のみを含
む。三本螺旋領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌ
クレオチドである。本明細書にて用いる場合、ポリヌク
レオチド（複数でも可）なる用語はまた、一つまたはそ
れ以上の修飾された塩基を含有する上記DNAまたはRNAを
包含する。すなわち、安定性または他の理由で修飾され
た骨格を有するDNAまたはRNAも該用語が本明細書で意図
するところのポリヌクレオチド（複数でも可）である。
さらに、イノシンなどの通常でない塩基、またはトリチ
ル化された塩基などの修飾塩基を有してなるDNAまたはR
NA（２つの例だけを示す）も、その用語を本明細書で用
いる場合のポリヌクレオチドである。多種の修飾がDNA
およびRNAになされており、当業者に公知のように多く
の有用な目的に使用されている。本明細書で用いる「ポ
リヌクレオチド」なる語は、ポリヌクレオチドのこのよ
うな化学的、酵素的または代謝的に修飾された形態、な
らびにウイルスおよび、例えば、単純型細胞および複雑
型細胞などの細胞に特徴的なDNAおよびRNAの化学的形態
を包含する。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」はま
た、しばしばオリゴヌクレオチド（複数でも可）と称さ
れる比較的短いポリヌクレオチドも包含する。

【００８５】「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプ
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含有してなるいずれのペプ
チドまたはタンパク質をもいう。「ポリペプチド（複数
でも可）」は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたは
オリゴマーと称される短い鎖、および一般にタンパク質
と称される長い鎖の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝
子コードされている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を
含有してもよい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、
プロセッシングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の
工程、または化学修飾技法のいずれかによって修飾され
たものを有する。かかる修飾は、基本テキストにて、お
よびより詳細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献
にて詳しく記載されており、それらは当業者に周知であ
る。同じ型の修飾が、所定のポリペプチド中、いくつか
の部位で、同じまたは異なる程度にて存在してもよいこ
とは明らかであろう。また、所定のペプチドは多くの型
の修飾を有していてもよい。修飾は、ペプチド骨格、ア
ミノ酸側鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポ
リペプチドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、
アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド
化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレ
オチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質また
は脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの
共有結合、交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱
メチル化、共有交差結合の形成、システインの形成、ピ
ログルタメートの形成、ホルミル化、ガンマーカルボキ
シル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル
化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白
分解的プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ
化、糖鎖形成、リピド付加、硫酸化、グルタミン酸残基
のガンマーカルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤ
Ｐ−リボシル化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化
などの転移RNA媒介の蛋白質へのアミノ酸付加、および
ユビキチン化を包含する。例えば、PROTEINS−STRUCTUR
E AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，Ｔ.Ｅ.Ｃreight
on，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman and Ｃompany，New York（1993）
およびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONALCOVALENT MODIFIC
ATION OF PROTEINS，Posttranslational Protein Modif
ications：Perspectives and Prospects,pgs. 1−12，
B.C.Johnson編，Academic Press，New York（1983）；S
eifterら,Meth Enzymol.（1990）182：626−646、およ
びRattanら, Protein Synthesis：Posttranslational M
odifications and Aging，Ann N.Y. Acad Sci（1992）6
63：48-62を参照のこと。ポリペプチドは、分枝しても
よく、分枝と共にまたはなしで環状であってもよい。環
状、分枝化および分枝化環状ポリペプチドは、翻訳後の
天然の工程の結果であり、同様に全く合成的な方法で合
成できる。

【００８６】本明細書中で使用される「変種」なる語
は、各々、対照標準のポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドと異なるが、本質的な特性を保持しているポリヌク
レオチドまたはポリペプチドである。ポリヌクレオチド
の典型的な変種は、別の対照標準のポリヌクレオチドと
ヌクレオチド配列において異なっている。変種のヌクレ
オチド配列における変化は、対照標準のポリヌクレオチ
ドによってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列と
変わっていてもよいし、または変わっていなくてもよ
い。ヌクレオチドの変化は、後記するように、対照標準
の配列によってコードされたポリペプチドにおいて、ア
ミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断をもたらしう
る。ポリペプチドの典型的な変種は、別の対照標準のポ
リペプチドとはアミノ酸配列において異なっている。一
般に、差異は、対照標準のポリペプチドとその変種の配
列が全体的に非常に類似しており、多くの領域において
は同一であるように限定される。変種および対照標準の
ポリペプチドは、一またはそれ以上の置換、付加、欠失
のいずれかの組み合わせによって、アミノ酸配列におい
て異なってもよい。置換または挿入されたアミノ酸残基
は、遺伝コードによってコードされたものであってもな
くてもよい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変
種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するものであ
ってもよく、または天然に存在することが知られていな
い変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよびポリペ
プチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法または直
接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によって作
られてもよい。

【００８７】

【実施例】以下の実施例は、別に詳細に記載したこと以
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。

【００８８】実施例１ 株の選択、ライブラリーの製
造および配列決定 表1（配列番号１または３）に示すDNA配列を有するポリ
ヌクレオチドは、エシェリキア・コリにおけるストレプ
トコッカス・ニューモニエの染色体DNAのクローンライ
ブラリーより得た。重複するストレプトコッカス・ニュ
ーモニエDNAを含有する２個またはそれ以上のクローン
からの配列データを用いて、配列番号：１の連続したDN
A配列を構築した。ライブラリーは常套手段、例えば以
下の方法１および２により製造してもよい。全細胞DNA
をストレプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３よ
り、標準法に従って単離し、二つの方法のいずれかによ
りサイズ分画する。

【００８９】方法１ 標準的方法に従ってサイズ分画するために、全細胞DNA
をニードルに通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまで
の大きさのDNAフラグメントをエキソヌクレアーゼおよ
びDNAポリメラーゼで処理することによって平滑末端と
し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フラグメントを、
ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダＺａｐＩＩに連
結し、標準的方法によりライブラリーをパッケージング
し、次いでパッケージングしたライブラリーでエシェリ
キア・コリを感染させる。ライブラリーを標準方法によ
り増幅させる。

【００９０】方法２ 全細胞DNAをライブラリーベクターにクローニングする
ための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制限
酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈ
ｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分解
し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ分
画する。ＥｃｏＲＩリンカーをDNAに連結し、次いでそ
のフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラム
ダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラリー
をパッケージングし、パッケージングしたライブラリー
でエシェリキア・コリを感染させる。ライブラリーを標
準方法により増幅させる。

【００９１】実施例２ Ｄｅｆ１の特徴づけ ｄｅｆ１を感染の間のストレプトコッカス・ニューモニ
エより発現させた。最近では、感染の間の全体的な遺伝
子発現をなすことを意図とする数種の方法が記載されて
いる（Chuang, S.ら、（1993）；Mahan, M.J.ら、Scien
ce 259：686−688（1993）；Hensel, M.ら、Science 26
9：400−403（1995））。これらの新規な技法はグラム
陰性病原体感染である程度は立証されているが、グラム
陽性での感染では全く立証されていない。これはおそら
く、全体的なトランスポゾン変異誘発およびこれらの生
物での方法に必要な適当なベクターの開発が非常に遅い
ためであり、Chuang, S.ら、J. Bacteriol. 175：2026
−2036（1993）に記載の方法の場合には、感染組織から
由来の哺乳動物RNAのない細菌RNAを適量単離し、十分に
高特異的な活性にまで標識した細菌RNAを得ることが困
難なためであろう。

【００９２】本発明は新規な方法を利用して哺乳動物宿
主の感染の種々の段階での病原菌における遺伝子発現を
測定するものである。本発明の態様は、細菌リボソーム
RNAを特異的にアニールする適宜標識化したオリゴヌク
レオチドプローブを、感染組織由来の細菌RNA調製物の
ノーザンブロットにて使用するものである。ハイブリダ
イゼーション標的としてさらに豊富なリボソームRNAを
用いると、感染組織からのＲＴ−ＰＣＲのための適当な
大きさおよび量の細菌ＲＮＡを精製するプロトコルを最
適化することがずっと容易になる。

【００９３】この方法を、スタフィロコッカス・アウレ
ウス（Staphylococcus aureus）にて発現させる遺伝子
に適用するのに有用な適当なオリゴヌクレオチドは、 ５’−GCTCCTAAAAGGTTACTCCACCGGC−３’ （配列番
号５） である。本発明の方法を用いることで、感染の間に転写
された細菌遺伝子を同定することができ、その阻害剤は
抗菌療法にて有用性がある。このような遺伝子転写の、
または得られたｍRNAのその後の翻訳の、または対応す
る発現したタンパク質の機能を特異的な阻害剤は、抗菌
療法にて有用性があるであろう。

【００９４】

【配列表】（１）一般的情報： （ｉ）出願人：ロネット，マイケル・エイ （ｉｉ）発明の名称： ｄｅｆ１ （ｉｉｉ）配列の数：５ （ｉｖ）連絡先： （Ａ）宛名： デチャート・プライス＆ローズ （Ｂ）通り名： ４０００・ベル・アトランティック・
タワー、１７１７アーク・ストリート （Ｃ）都市名： フィラデルフィア （Ｄ）州名： ペンシルベニア州 （Ｅ）国名： アメリカ合衆国 （Ｆ）郵便番号： １９１０３ （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体形態：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭ コンパチブル （Ｃ）オペレーティングシステム：ＤＯＳ （Ｄ）ソフトウェア：ウィンドウズ・バージョン２.０
用のＦａｓｔＳＥＱ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：フォーク，ステファン・ティ （Ｂ）登録番号：３６,７９５ （Ｃ）代理人等における処理番号：ＧＭ５００１０ （ｉｘ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：２１５−９９４−２４８８ （Ｂ）テレファックス番号：２１５−９９４−２２２２ （Ｃ）テレックス：

【００９５】 （２） 配列番号１の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：６１２塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：二本 （Ｄ）トポロジー：線状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号１： ATGTCTGCAA TAGAACGTAT TACAAAAGCT GCTCACTTAA TTGATATGAA CGATATTATC 60 CGTGAAGGGA ATCCTWCTCT ACGCACGGTT GCTGAGGAAG TCACTTTCCC CCTATCTGAC 120 CAGGAAATCA TCCTAGGCGA AAAGATGATG CAATTCCTTA AACATTCCCA AGATCCTGTC 180 ATGGCTGAAA AAATGGGACT CCGCGGTGGT GTTGGACTGG CTGCTCCCCA GTTAGATATC 240 TCAAAACGCA TTATCGCTGT TTTGGTACCT AATATTGTTG AAGAAGGCGA AACTCCACAG 300 GAAGCCTACG ATTTGGAAGC CATTATGTAC AATCCAAAAA TCGTCTCTCA CTCTGTTCAA 360 GATGCTGCTC TTGGCGAAGG AGAAGGTTGC CTGTCTGTTG ACCGTAACGT GCCTGGCTAT 420 GTTGTTCGCC ATGCCCGCGT TACTGTTGAC TACTTTGACA AAGATGGAGA AAAACACCGT 480 ATCAAACTCA AAGGCTACAA CTCCATTGTT GTTCAGCATG AAATTGACCA CATTAACGGT 540 ATCATGTTTT ACGATCGCAT CAATGAAAAA GACCCATTTG CAGTTAAAGA TGGTTTACTG 600 ATTCTTGAAT AA 612

【００９６】 （２） 配列番号２の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２０３アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：一本 （Ｄ）トポロジー：線状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号２： Met Ser Ala Ile Glu Arg Ile Thr Lys Ala Ala His Leu Ile Asp Met 1 5 10 15 Asn Asp Ile Ile Arg Glu Gly Asn Pro Xaa Leu Arg Thr Val Ala Glu 20 25 30 Glu Val Thr Phe Pro Leu Ser Asp Gln Glu Ile Ile Leu Gly Glu Lys 35 40 45 Met Met Gln Phe Leu Lys His Ser Gln Asp Pro Val Met Ala Glu Lys 50 55 60 Met Gly Leu Arg Gly Gly Val Gly Leu Ala Ala Pro Gln Leu Asp Ile 65 70 75 80 Ser Lys Arg Ile Ile Ala Val Leu Val Pro Asn Ile Val Glu Glu Gly 85 90 95 Glu Thr Pro Gln Glu Ala Tyr Asp Leu Glu Ala Ile Met Tyr Asn Pro 100 105 110 Lys Ile Val Ser His Ser Val Gln Asp Ala Ala Leu Gly Glu Gly Glu 115 120 125 Gly Cys Leu Ser Val Asp Arg Asn Val Pro Gly Tyr Val Val Arg His 130 135 140 Ala Arg Val Thr Val Asp Tyr Phe Asp Lys Asp Gly Glu Lys His Arg 145 150 155 160 Ile Lys Leu Lys Gly Tyr Asn Ser Ile Val Val Gln His Glu Ile Asp 165 170 175 His Ile Asn Gly Ile Met Phe Tyr Asp Arg Ile Asn Glu Lys Asp Pro 180 185 190 Phe Ala Val Lys Asp Gly Leu Leu Ile Leu Glu 195 200

【００９７】 （２） 配列番号３の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：４６８塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：二本 （Ｄ）トポロジー：線状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号３： ATGATGCAAT TCCTTAAACA TTCCCAAGAT CCTGTCATGG CTGAAAAAAT GGGACTCCGC 60 GGTGGTGTTG GACTGGCTGC TCCCCAGTTA GATATCTCAA AACGCATTAT CGCTGTTTTG 120 GTACCTAATA TTGTTGAAGA AGGCGAAACT CCACAGGAAG CCTACGATTT GGAAGCCATT 180 ATGTACAATC CAAAAATCGT CTCTCACTCT GTTCAAGATG CTGCTCTTGG CGAAGGAGAA 240 GGTTGCCTGT CTGTTGACCG TAACGTGCCT GGCTATGTTG TTCGCCATGC CCGCGTTACT 300 GTTGACTACT TTGACAAAGA TGGAGAAAAA CACCGTATCA AACTCAAAGG CTACAACTCC 360 ATTGTTGTTC AGCATGAAAT TGACCACATT AACGGTATCA TGTTTTACGA TCGCATCAAT 420 GAAAAAGACC CATTTGCAGT TAAAGATGGT TTACTGATTC TTGAATAA 468

【００９８】 （２） 配列番号４の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１５５アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：一本 （Ｄ）トポロジー：線状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号４： Met Met Gln Phe Leu Lys His Ser Gln Asp Pro Val Met Ala Glu Lys 1 5 10 15 Met Gly Leu Arg Gly Gly Val Gly Leu Ala Ala Pro Gln Leu Asp Ile 20 25 30 Ser Lys Arg Ile Ile Ala Val Leu Val Pro Asn Ile Val Glu Glu Gly 35 40 45 Glu Thr Pro Gln Glu Ala Tyr Asp Leu Glu Ala Ile Met Tyr Asn Pro 50 55 60 Lys Ile Val Ser His Ser Val Gln Asp Ala Ala Leu Gly Glu Gly Glu 65 70 75 80 Gly Cys Leu Ser Val Asp Arg Asn Val Pro Gly Tyr Val Val Arg His 85 90 95 Ala Arg Val Thr Val Asp Tyr Phe Asp Lys Asp Gly Glu Lys His Arg 100 105 110 Ile Lys Leu Lys Gly Tyr Asn Ser Ile Val Val Gln His Glu Ile Asp 115 120 125 His Ile Asn Gly Ile Met Phe Tyr Asp Arg Ile Asn Glu Lys Asp Pro 130 135 140 Phe Ala Val Lys Asp Gly Leu Leu Ile Leu Glu 145 150 155

【００９９】 （２） 配列番号５の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２５塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：一本 （Ｄ）トポロジー：線状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号５： GCTCCTAAAA GGTTACTCCA CCGGC 25

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｃ０７Ｋ 14/315 Ｃ０７Ｋ 16/12 ４Ｃ０８４ 16/12 Ｃ１２Ｎ 1/21 ４Ｃ０８５ Ｃ１２Ｎ 1/21 9/00 ４Ｈ０４５ 9/00 Ｃ１２Ｐ 21/08 Ｃ１２Ｐ 21/08 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｇ０１Ｎ 33/569 Ｆ Ｇ０１Ｎ 33/569 Ａ６１Ｋ 37/02 //(Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ１２Ｒ 1:46） (71)出願人 595047190 スミスクライン・ビーチャム・パブリッ ク・リミテッド・カンパニー ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ｐ．ｌ．ｃ. イギリス国ミドルセックス・ティーダブリ ュ８・９イーピー、ブレンフォード、ニュ ー・ホライズンズ・コート（番地の表示な し) (72)発明者 マイケル・エイ・ロネット アメリカ合衆国19426ペンシルベニア州カ レッジビル、ビクトリア・サークル18番 (72)発明者 デボラ・ディ・ジャワースキー アメリカ合衆国19382ペンシルベニア州ウ エスト・チェスター、スキルズ・ブールバ ード1827番 (72)発明者 ミン・ワン アメリカ合衆国19422ペンシルベニア州ブ ルー・ベル、センテニアル・ドライブ302 番 (72)発明者 リチャード・エル・ウォーレン アメリカ合衆国19422ペンシルベニア州ブ ルー・ベル、キャスカート・ロード825番 (72)発明者 クリストファー・エム・トライニ アメリカ合衆国19063ペンシルベニア州メ ディア、ポッター・コート50番 (72)発明者 アナ・エル・コスマトカ アメリカ合衆国18901ペンシルベニア州ド イルズタウン、ペップル・ヒル・ロード 482番 (72)発明者 デイビッド・ジェイ・シー・ノウルズ イギリス、ワイ05・９イービー、ノース・ ヨークシャー、ボーローブリッジ、ヨー ク・ロード、レディウェル・ハウス (72)発明者 ジョン・イー・ホッジソン イギリス、シーエイ３・０エイエフ、カン ブリア、カーライル、ニューフィールド・ ドライブ58番 (72)発明者 マイケル・ティ・ブラック アメリカ合衆国19425ペンシルベニア州チ ェスター・スプリングス、ミルハウス・ウ ェイ502番 (72)発明者 デイビッド・ジェイ・ホームズ アメリカ合衆国19380ペンシルベニア州ウ エスト・チェスター、ウッドミント・ドラ イブ126番 (72)発明者 リチャード・オー・ニコラス アメリカ合衆国19426ペンシルベニア州カ レッジビル、カーメン・ドライブ355番 (72)発明者 ロバート・ケイ・ストドーラ アメリカ合衆国19031ペンシルベニア州フ ラワータウン、ホース・レイン309番 Ｆターム(参考） 4B024 AA01 AA13 BA11 BA31 BA53 BA61 CA09 DA01 DA02 DA05 DA06 DA07 DA08 DA11 DA12 GA03 GA11 HA12 HA17 4B050 CC03 DD02 LL01 LL03 4B063 QA01 QA05 QA18 QA19 QQ03 QQ08 QQ30 QQ44 QQ52 QQ61 QQ79 QR10 QR32 QR48 QR51 QR55 QR58 QR62 QR77 QS03 QS16 QS24 QS25 QS33 QS34 QS36 4B064 AG01 AG26 AG27 AG31 CA02 CA04 CA05 CA06 CA10 CA11 CA19 CA20 CC24 DA01 DA15 4B065 AA19X AA26X AA49X AA49Y AA50X AA53X AA60X AA72X AA88X AA90X AA91X AA93X AB01 AB04 AC14 BA02 BA08 CA24 CA25 CA31 CA44 CA45 CA46 4C084 AA02 AA06 AA07 AA13 AA17 BA01 BA22 BA44 DA39 DC22 ZB092 ZB352 ZC192 4C085 AA03 AA13 AA14 BA14 BB22 DD61 DD62 DD88 GG02 GG03 GG04 GG05 4H045 AA11 AA20 AA30 BA10 CA11 DA75 DA76 DA86 DA89 EA29 EA31 EA52 FA72 FA74 HA05

Claims (24)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】 配列番号２のアミノ酸配列からなるポリ
   ペプチドをコードするポリヌクレオチドと少なくとも７
   ０％の同一性を有するポリヌクレオチドからなる単離ポ
   リヌクレオチド。
2. 【請求項２】 寄託株のストレプトコッカス・ニューモ
   ニエ（Streptococcus pneumoniae）に含まれるｄｅｆ１
   遺伝子によって発現されるのと同じ成熟ポリペプチドを
   コードするポリヌクレオチドと少なくとも７０％の同一
   性を有するポリヌクレオチドからなる単離ポリヌクレオ
   チド。
3. 【請求項３】 配列番号２のアミノ酸配列と少なくとも
   ７０％同一であるアミノ酸配列からなるポリペプチドを
   コードするポリヌクレオチドからなる単離ポリヌクレオ
   チド。
4. 【請求項４】 請求項１のポリヌクレオチドに対して相
   補的である単離ポリヌクレオチド。
5. 【請求項５】 ポリヌクレオチドがDNAまたはRNAである
   請求項１記載のポリヌクレオチド。
6. 【請求項６】 配列番号１に示される核酸配列からなる
   請求項１記載のポリヌクレオチド。
7. 【請求項７】 配列番号１に示されるヌクレオチド１な
   いしヌクレオチド番号６１０より開始する停止コドンか
   らなる請求項１記載のポリヌクレオチド。
8. 【請求項８】 配列番号２のアミノ酸配列からなるポリ
   ペプチドをコードする請求項１記載のポリヌクレオチ
   ド。
9. 【請求項９】 請求項１記載のポリヌクレオチドを含む
   ベクター。
10. 【請求項１０】 請求項９記載のベクターを含む宿主細
    胞。
11. 【請求項１１】 請求項１０記載の宿主細胞からそのDN
    Aによってコードされるポリペプチドを発現させること
    を特徴とするポリペプチドの製造法。
12. 【請求項１２】 ｄｅｆ１ポリペプチドまたはフラグメ
    ントを産生するのに十分な条件下で、請求項１０記載の
    宿主を培養することを特徴とする該ポリペプチドまたは
    フラグメントの製造法。
13. 【請求項１３】 配列番号２のアミノ酸配列と少なくと
    も７０％同一であるアミノ酸配列を有してなるポリペプ
    チド。
14. 【請求項１４】 配列番号２に示されるアミノ酸配列を
    有してなるポリペプチド。
15. 【請求項１５】 請求項１４記載のポリペプチドに対す
    る抗体。
16. 【請求項１６】 請求項１４記載のポリペプチドの活性
    または発現を阻害するアンタゴニスト。
17. 【請求項１７】 ｄｅｆ１ポリペプチドの必要な個体の
    治療方法であって、請求項１４記載のポリペプチドの治
    療上有効量を該個体に投与することからなる治療方法。
18. 【請求項１８】 ｄｅｆ１ポリペプチドの阻害の必要な
    個体の治療方法であって、請求項１６記載のアンタゴニ
    ストの治療上有効量を該個体に投与することからなる治
    療方法。
19. 【請求項１９】 個体における請求項１４記載のポリペ
    プチドの発現または活性に関係する疾患の診断方法であ
    って、該個体から由来する試料中の（ａ）該ポリペプチ
    ドをコードする核酸配列を測定すること；および／また
    は（ｂ）該ポリペプチドの存在または量を分析すること
    からなる方法。
20. 【請求項２０】 請求項１４記載のポリペプチドと相互
    作用し、その活性を阻害または活性化する化合物の同定
    方法であって、 スクリーニングすべき化合物が該ポリペプチドと相互反
    応できる条件下、該ポリペプチドからなる組成物を該化
    合物と接触させて、該化合物の相互反応を評価し（かか
    る相互反応は該ポリペプチドと化合物の相互反応に応じ
    て検出可能なシグナルを与えることのできる第２の成分
    に関与する）；該ポリペプチドと化合物との相互反応か
    ら生じるシグナルの有無を検出して、該化合物が該ポリ
    ペプチドと相互反応し、その活性を活性化するか、阻害
    するかを測定することからなる方法。
21. 【請求項２１】 哺乳動物において免疫応答を誘導する
    方法であって、請求項１４記載のｄｅｆ１ポリペプチド
    あるいは抗体および／またはＴ細胞の免疫応答を生じさ
    せるのに適当なそのフラグメントまたは変種を該哺乳動
    物に接種し、該動物を疾患から保護する方法。
22. 【請求項２２】 哺乳動物において免疫応答を誘導する
    方法であって、請求項１４記載のｄｅｆ１ポリペプチド
    の発現を指向するように核酸ベクター、あるいは該ｄｅ
    ｆ１ポリペプチドを発現するためのそのフラグメントま
    たは変種、またはインビボで免疫学的応答を誘発し、抗
    体および／またはＴ細胞の免疫応答を生じさせるために
    そのフラグメントまたは変種をデリバリーして該動物を
    疾患から保護する方法。
23. 【請求項２３】 配列番号４のアミノ酸配列を有してな
    るポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと少なく
    とも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドを有して
    なる単離ポリヌクレオチド。
24. 【請求項２４】 配列番号３のポリヌクレオチド配列と
    少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドを
    有してなる単離ポリヌクレオチド。