JPH10215882A - 新規トリプトファニルtRNAシンセターゼ - Google Patents

新規トリプトファニルtRNAシンセターゼ

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JPH10215882A
JPH10215882A JP9289010A JP28901097A JPH10215882A JP H10215882 A JPH10215882 A JP H10215882A JP 9289010 A JP9289010 A JP 9289010A JP 28901097 A JP28901097 A JP 28901097A JP H10215882 A JPH10215882 A JP H10215882A
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JP
Japan
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polypeptide
polynucleotide
tryptophanyl
trna synthetase
seq
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JP9289010A
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Elizabeth Jane Lawlor
エリザベス・ジェーン・ローラー
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SmithKline Beecham Ltd
SmithKline Beecham Corp
Original Assignee
SmithKline Beecham Ltd
SmithKline Beecham Corp
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Publication date
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 ストレプトコッカス・ニウモニアエのトリプ
トファニルtRNAシンセターゼをコードする新規ポリ
ヌクレオチドおよびそれから発現されるポリペプチドの
提供。 【解決手段】 配列番号1および2で示されるポリヌク
レオチドおよびポリペプチドならびにそれらのフラグメ
ントおよび変異体。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、新規に同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、それらの使用、
ならびにそれらの変種、アゴニスト、アンタゴニストお
よびそれらの使用に関する。より詳細には、これらおよ
びその他の点において、本発明は、tRNAシンセター
ゼ・ファミリー(以下、トリプトファニルtRNAシン
セターゼと称する)のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドに関する。
【0002】
【従来の技術】ストレプトコッカス属は、例えば、中耳
炎、結膜炎、肺炎、菌血症、副鼻腔炎、胸膜蓄膿症、心
内膜炎、そして、多くは特に、髄液の感染のような髄膜
炎を包含するヒトにおける幾つかのタイプの疾患を起こ
すことが知られている医薬的に重要な微生物の属となっ
ている。該属は100年以上も前に単離されているの
で、ストレプトコッカス・ニウモニアエ(Streptococcu
s pneumoniae)は、非常によく研究されているものの1
つである。例えば、実際、DNAが遺伝物質であるとの
初期の理解の多くは、この微生物を用いたGriffithや、
Avery、Macleodおよび McCartyの研究で予測されてい
た。しかし、膨大な研究にもかかわらず、ストレプトコ
ッカス・ニウモニアエについて、そのビルレンスに関す
る多くの疑問が残っている。ストレプトコッカス遺伝子
および遺伝子産物を抗体の開発のターゲットに用いるこ
とは非常に好ましい。過去20年の間に、ストレプトコ
ッカス・ニウモニアエ感染の頻度は劇的に上昇してい
る。これは、抗体耐性株の急激な増加および免疫系が弱
い人々の人口増加に起因する。標準的な抗体の幾つかま
たは全てに対して耐性なストレプトコッカス・ニウモニ
アエ株を単離することは、もはや稀なことではなくなっ
た。そのため、この微生物に対する新規な抗生物質およ
び診断テストの両方についての要求が生じている。tR
NAシンセターゼは以下の反応式に従い、蛋白合成にお
ける基本的(primary)な役割を有している。
【0003】
【化1】 酵素+ATP+AA⇔酵素・AA−AMP+PPi 酵素・AA−AMP+tRNA⇔酵素+AMP+AA−
tRNA [式中:AAはアミノ酸を意味する。]
【0004】この過程の阻害は、チャージされたtRN
Aのレベルの減少をもたらし、これがストリンジェント
な応答として知られる応答カスケードの引き金を引き、
生物に休眠状態を誘導することになる。細菌性t−RN
Aシンセターゼの選択的阻害剤はそれ自体、抗菌剤とし
ての作用を有する。その1つの例がイソロイシルtRN
Aシンセターゼの選択的阻害剤のムピロシン(mupiroci
n)である。他のtRNAシンセターゼが現在、抗菌剤
ターゲットとして試験されており、この方法は該シンセ
ターゼの単離に大いに助けられている。スタフィロコッ
カス・アウレウスより単離されたイソロイシルtーRN
Aシンセターゼが既に記載されている(Chalker A
F,Ward J M,Fosberry APおよびHodgson J
E,1994,Gene 141:103−108)。明ら
かに、化合物の抗菌活性のスクリーニングに有用な、本
発明の新規化合物のようなファクターの要求がある。そ
のようなファクターも、感染、機能不全および疾患の病
因におけるそれらの役割を測定するのに有用である。ま
た、そのようなファクターならびに感染、機能不全およ
び疾患を予防、改善または矯正する役割を有するそれら
のアンタゴニストおよびアゴニストの同定および特徴付
けの要求もある。
【0005】
【発明が解決しようとする課題】本発明の一つの目的
は、表1(配列番号2)に示すアミノ酸配列と、tRN
Aシンセターゼ蛋白のような他の蛋白の公知アミノ酸配
列との間の相同性により、本発明のトリプトファニルt
RNAシンセターゼポリペプチドとして同定されたポリ
ペプチドを提供することである。本発明のさらなる目的
は、トリプトファニルtRNAシンセターゼポリペプチ
ドをコードするポリヌクレオチド、特に、本明細書にお
いてトリプトファニルtRNAシンセターゼと命名する
ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する
ことである。
【0006】
【課題を解決するための手段】本発明の好ましい具体例
においては、ポリヌクレオチドは、表1(配列番号1)
に示す、配列からなるトリプトファニルtRNAシンセ
ターゼポリペプチドをコードする領域を含むポリヌクレ
オチドまたはその変種からなる。本発明のもう一つ別の
好ましい具体例には、表1(配列番号2)のアミノ酸配
列からなるストレプトコッカス・ニウモニアエからのト
リプトファニルtRNAシンセターゼ蛋白またはその変
種がある。本発明の他の態様によれば、寄託株に含まれ
るストレプトコッカス・ニウモニアエ0100993株
によって発現されうるマチュア・ポリペプチドをコード
する単離核酸分子が提供される。本発明のさらなる態様
では、mRNA、cRNA、ゲノムDNAを含め、トリ
プトファニルtRNAシンセターゼ、特に、ストレプト
コッカス・ニウモニアエトリプトファニルtRNAシン
セターゼをコードする単離核酸分子が提供される。本発
明のさらなる具体例には、生物学的、診断的、予防的、
臨床的または治療的に有用なそれらの変種およびそれら
からなる組成物が包含される。
【0007】他の態様において、本発明は治療または予
防目的、特に、遺伝子免疫用の本発明のポリヌクレオチ
ドの使用が提供される。とりわけ、トリプトファニルt
RNAシンセターゼの天然の対立遺伝子変種およびそれ
によってコードされるポリペプチドが特に好ましい具体
例である。本発明のもう一つ別の態様では、本明細書に
おいてトリプトファニルtRNAシンセターゼと称され
るストレプトコッカス・ニウモニアエの新規ポリペプチ
ドならびにその生物学的、診断的、予防的、臨床的また
は治療的に有用なそれらの変種およびそれらからなる組
成物を提供される。とりわけ、トリプトファニルtRN
Aシンセターゼ遺伝子の天然の対立遺伝子によってコー
ドされるトリプトファニルtRNAシンセターゼの変種
が本発明の特に好ましい具体例である。本発明の好まし
い具体例においては、上記トリプトファニルtRNAシ
ンセターゼポリペプチドの製造法が提供される。本発明
のさらなる態様では、例えば、抗体を含め、抗菌剤とし
て有用なそのようなポリペプチドに対する阻害剤が提供
される。本発明の一つの好ましい具体例においては、ト
リプトファニルtRNAシンセターゼ発現を評価し、例
えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、副鼻腔炎、胸膜
蓄膿症、心内膜炎、そして、多くは特に、髄液の感染の
ような髄膜炎のような疾患を治療し、遺伝的変異を検定
し、生物にトリプトファニルtRNAシンセターゼポリ
ペプチドまたはポリヌクレオチドを投与し、細菌、とり
わけ、ストレプトコッカス・ニウモニアエ細菌に対する
免疫応答を生じさせるための物質、組成物および方法が
提供される。本発明のこの、および他の態様の好ましい
具体例では、トリプトファニルtRNAシンセターゼポ
リヌクレオチド配列に、特に、ストリンジェントな条件
下でハイブリダイズするポリヌクレオチドが提供され
る。
【0008】本発明の他の好ましい具体例では、トリプ
トファニルtRNAシンセターゼポリペプチドに対する
抗体が提供される。本発明の他の具体例では、本発明の
ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを、スクリーニン
グすべき化合物が該ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ドと結合ないしは相互反応できる条件下、該ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドと化合物の結合ないしは相互
反応に応じて検出可能なシグナルを与えることのできる
第2の成分と共に、該化合物と接触させて該化合物との
結合ないしは相互反応を評価し;該ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドと化合物との結合ないしは相互反応か
らのシグナルの有無を検出して、該化合物が該ポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドと結合ないしは相互反応す
るか否か、その活性を阻害するか、活性化するかを測定
することを特徴とする本発明のポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドと結合するか、ないしは相互作用し、その
活性を阻害または活性化する化合物を同定する方法が提
供される。さらに、本発明の他の態様では、トリプトフ
ァニルtRNAシンセターゼアゴニストおよびアンタゴ
ニスト、好ましくは、静菌性または殺菌性アゴニストお
よびアンタゴニストが提供される。さらにまた、本発明
の態様の態様では、細胞または多細胞生物に投与するた
めのトリプトファニルtRNAシンセターゼポリヌクレ
オチドまたはトリプトファニルtRNAシンセターゼポ
リペプチドからなる組成物が提供される。本発明で開示
される精神および範囲内での種々の変更ないしは修飾
は、以下の記載から当業者に容易に理解されるであろ
う。
【0009】
【発明の実施の態様】
定義 本明細書中で頻繁に使用されるある種の用語をその理解
を容易にするために以下に定義する。「宿主細胞」は外
来性ポリヌクレオチド配列によって形質転換またはトラ
ンスフェクションされた、あるいは形質転換またはトラ
ンスフェクションされることのできる細胞である。「同
一性」は、当該分野で公知であり、配列の比較で測定さ
れるような、2つ以上のポリペプチド配列または2つ以
上のポリヌクレオチド配列の間の関係である。また、当
該分野では、「同一性」は、配列の鎖間のマッチによっ
て測定されるようなポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
または「類似性」は公知の方法により容易に計算するこ
とができる。例えば、限定するものではないが、COMPUT
ATIONAL MOLECULAR BIOLOGY,Lesk,A.M.編,Oxford Un
iversity Press,New York,1988;BIOCOMPUTING:INFO
RMATICS AND GENOME PROJECTS,Smith,D.W.編,Academi
c Press,New York,1993;COMPUTER ANALYSIS OF SEQU
ENCE DATA,PART I,Griffin, A.M.およびGriffin, H.
G.編,Humana Press,New Jersey,1994;SEQUENCE ANA
LYSIS IN MOLECULAR BIOLOGY,Von Heinje,G.Academic
Press,1987;SEQUENCE ANALYSIS PRIMER,Gribskov,
M.およびDevereux,J.編,M Stockton Press,New Yor
k,1991;およびCarllio,HおよびLipman,D.,SIAM J.Ap
plied Math.,48:1073(1988)に記載されている方法が挙
げられる。同一性を測定する好ましい方法は、テストす
る配列間に最大のマッチを与えるように設計されてい
る。同一性および類似性を測定する方法は公に入手でき
るコンピュータ・プログラムに組み込まれている。2つ
の配列の間の同一性および類似性を測定するコンピュー
タ・プログラム方法には、限定するものではないが、例
えば、GCSプログラムパッケージ(Devereux,J.ら,N
ucleic Acids Research(1984)12(1):387)、BL
ASTP、BLASTN、FASTA(Atschul,S. F.
ら, J Molec Biol(1990)215:403-410)が包含され
る。BLAST XプログラムはNCBIおよび他の源
(BLAST Manual,Altshul,S.ら,NCBI NL
M NIH Bethesda,MD20894;Altschul,S.ら,J.
Mol.Biol.,215:403-410(1990))から公に入手でき
る。例として、配列番号1の対照標準のヌクレオチド配
列に対して少なくとも、例えば95%の「同一性」を有
するヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドは、そ
のポリヌクレオチド配列が配列番号1の対照標準のヌク
レオチド配列のヌクレオチド各100当たり5つまでの
点突然変異を有してもよいことを除き、そのポリヌクレ
オチドのヌクレオチド配列が、対照標準の配列と同一で
あることを意図とする。言い換えれば、対照標準のヌク
レオチド配列に対して少なくとも95%同一のヌクレオ
チド配列を有するポリヌクレオチドを得るためには、そ
の対照標準の配列におけるヌクレオチドの5%までが欠
失または別のヌクレオチドで置換されていてもよく、ま
たは対照標準の配列における全ヌクレオチドの5%まで
の数のヌクレオチドが対照標準の配列中に挿入されても
よい。対照標準の配列のこれらの変異は対照標準のヌク
レオチド配列の5または3末端部位で、またはそれら末
端部位の間のどこで起こってもよく、対照標準の配列中
のヌクレオチド間に個々に、または対照標準の配列内の
一またはそれ以上の隣接する基において点在してもよ
い。同様に、配列番号2の対照標準のアミノ酸配列に対
して少なくとも、例えば95%同一性を有するアミノ酸
配列を有するポリペプチドは、そのポリペプチド配列が
配列番号2の対照標準のアミノ酸配列のアミノ酸各10
0当たり5つまでのアミノ酸変異を有してもよいことを
除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列が、対照標準の
配列と同一であることを意図とする。言い換えれば、対
照標準のアミノ酸配列に対して少なくとも95%同一の
アミノ酸配列を有するポリペプチドを得るためには、そ
の対照標準の配列におけるアミノ酸残基の5%までが欠
失または別のアミノ酸で置換されていてもよく、または
対照標準の配列における全アミノ酸残基の5%までの数
のアミノ酸が対照標準の配列中に挿入されてもよい。対
照標準の配列のこれらの変化は対照標準のアミノ酸配列
のアミノまたはカルボキシ末端部位で、またはそれら末
端部位の間のどこで起こってもよく、対照標準の配列中
の残基間に個々に、または対照標準の配列内の一または
それ以上の隣接する基において点在してもよい。
【0010】「単離された」とは、「ヒトの手により」
その天然の状態から変えられること、すなわち、天然物
の場合、その本来的な環境から変化または除去あるいは
両方されたことを意味する。例えば、生体に天然に存在
するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単離され
た」ものではないが、その天然状態で共存する物質から
分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチド
は、本明細書で用いる用語としての「単離された」もの
である。
【0011】「ポリヌクレオチド」は、一般に、ポリリ
ボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドの
いずれをもいい、それらは非修飾RNAまたはDNA、
あるいは修飾RNAまたはDNAであってもよい。「ポ
リヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖DNA、単鎖お
よび二本鎖領域または単鎖、二本鎖および三本鎖領域の
混合物であるDNA、単鎖および二本鎖RNA、単鎖お
よび二本鎖領域の混合物であるRNA、および単鎖また
はより典型的には二本鎖または三本鎖領域または一本鎖
および二本鎖領域の混合物であってもよいDNAおよび
RNAを含有してなるハイブリッド分子を包含するが、
これに限定されない。加えて、「ポリヌクレオチド」
は、RNAまたはDNA、あるいはRNAおよびDNA
の両方からなる三本鎖領域をいう。これらの領域の鎖は
同じ分子からのものでも、異なる分子からのものでもよ
い。該領域は、これら分子の一つ以上の全てを含んでも
よいが、より典型的には、分子の幾つかの領域のみを含
む。三本螺旋領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌ
クレオチドである。ポリヌクレオチドなる用語はまた、
一つまたはそれ以上の修飾された塩基を含有する上記D
NAまたはRNAを包含する。すなわち、安定性または
他の理由で修飾された骨格を有するDNAまたはRNA
も包含する。さらに、例えば、トリチル化された塩基の
ような修飾された塩基およびイノシンなどの通常でない
塩基もこれらのDNAまたはRNAに包含される。種々
の修飾がDNAおよびRNAになされており、当業者に
公知のように多くの有用な目的に使用されている。かく
して、「ポリヌクレオチド」は、自然界に典型的に見い
だされるようなポリヌクレオチドの化学的、酵素的また
は代謝的に修飾された形態、ならびにウイルスおよび細
胞に特徴的なDNAおよびRNAの化学形態を包含す
る。さらに「ポリヌクレオチド」は、しばしばオリゴヌ
クレオチドと称される比較的短いポリヌクレオチドも包
含する。
【0012】「ポリペプチド」は、ペプチド結合または
修飾ペプチド結合で互いに結合した2つまたはそれ以上
のアミノ酸を含有してなるいずれのペプチドまたはタン
パク質をもいう。「ポリペプチド」は、通常、ペプチ
ド、オリゴペプチドまたはオリゴマーと称される短い
鎖、および一般にタンパク質と称される長い鎖の両方を
いう。ポリペプチドは、遺伝子コードされている20個
のアミノ酸以外のアミノ酸を含有してもよい。「ポリペ
プチド」は、プロセッシングおよび翻訳後の修飾のごと
き自然の工程、または当該分野においてよく知られてい
る化学修飾技法のいずれかによって修飾されたアミノ酸
配列を有する。かかる修飾は、基本テキストにて、およ
びより詳細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献に
て詳しく記載されている。修飾は、ペプチド骨格、アミ
ノ酸側鎖、およびアミノまたはカルボキシル末端を包含
する、ポリペプチドのどこででも起こりうる。同じ型の
修飾が、所定のポリペプチド中、いくつかの部位で、同
じまたは異なる程度にて存在してもよいことは明らかで
あろう。また、所定のペプチドは多くの型の修飾を有し
ていてもよい。ポリペプチドは、分枝してもよく、分枝
と共にまたはなしで環状であってもよい。環状、分枝化
および分枝化環状ポリペプチドは、翻訳後の自然工程の
結果、得られるものであってもよく、または合成法によ
って作られてもよい。修飾は、例えば、アセチル化、ア
シル化、ADP−リボシル化、アミド化、フラビンの共
有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌク
レオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共
有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、交差結
合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有交
差結合の形成、シスチンの形成、ピログルタメートの形
成、ホルミル化、ガンマーカルボキシル化、糖鎖形成、
GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチ
ル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロセッシン
グ、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、リピド付加、グ
ルタミン酸残基のガンマーカルボキシル化、ヒドロキシ
ル化およびADP−リボシル化、セレノイル化、硫酸
化、アルギニル化などの転移RNA媒介の蛋白質へのア
ミノ酸付加、およびユビキチン化を包含する。例えば、
PROTEINS−STRUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 第2
版,T.E.Creighton,W.H.Freeman and Compan
y,New York,1993およびWold,F.,POSTTRANSLATIONA
L COVALENT MODIFICATION OF PROTEINS,Posttranslati
onal Protein Modifications:Perspectives and Prosp
ects,pgs.1-12,B.C.Johnson編,Academic Press,New
York,1983;Seifterら,“Analysis for protein modif
ications and nonprotein cofactors”,Meth Enzymol
(1990)182:626-646、およびRattanら,“Protein Syn
thesis:Posttranslational Modifications and Agin
g”,Ann NY Acad Sci(1992)663:48-62を参照のこ
と。
【0013】本明細書中で使用される「変種」なる語
は、各々、対照標準のポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドと異なるが、本質的な特性を保持しているポリヌク
レオチドまたはポリペプチドである。ポリヌクレオチド
の典型的な変種は、別の対照標準のポリヌクレオチドと
ヌクレオチド配列において異なっている。変種のヌクレ
オチド配列における変化は、対照標準のポリヌクレオチ
ドによってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列と
変わっていてもよいし、または変わっていなくてもよ
い。ヌクレオチドの変化は、後記するように、対照標準
の配列によってコードされたポリペプチドにおいて、ア
ミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断をもたらしう
る。ポリペプチドの典型的な変種は、別の対照標準のポ
リペプチドとはアミノ酸配列において異なっている。一
般に、差異は、対照標準のポリペプチドとその変種の配
列が全体的に非常に類似しており、多くの領域において
は同一であるように限定される。変種および対照標準の
ポリペプチドは、一またはそれ以上の置換、付加、欠失
のいずれかの組み合わせによって、アミノ酸配列におい
て異なってもよい。置換または挿入されたアミノ酸残基
は、遺伝暗号によってコードされたものであってもなく
てもよい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変種
は、対立遺伝子変種のごとく天然に存在するものであっ
てもよく、または天然に存在することが知られていない
変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドの天然に存在しない変種は、変異誘発法または直接
合成あるいは公知の他の組換体法によって作られてもよ
い。
【0014】本発明は、以下に詳細に記載する新規トリ
プトファニルtRNAシンセターゼポリペプチドおよび
ポリヌクレオチドに関する。特に、本発明は、ストレプ
トコッカス・ニウモニアエのトリプトファニルtRNA
シンセターゼのポリペプチドおよびポリヌクレオチドに
関する。とりわけ、本発明は、各々、表1(配列番号
1)および表1(配列番号2)に示す塩基配列およびア
ミノ酸配列を有するトリプトファニルtRNAシンセタ
ーゼならびに寄託した株中のDNAのトリプトファニル
tRNAシンセターゼヌクレオチド配列およびそれによ
りコードされるアミノ酸配列に関する。
【0015】
【表1】トリプトファニルtRNAシンセターゼポリヌ
クレオチドおよびポリペプチド配列 (A)ストレプトコッカス・ニウモニアエのトリプトフ
ァニルtRNAシンセターゼのポリヌクレオチド配列か
らの配列(配列番号1)
【化2】 (B)この表のポリヌクレオチド配列より推定したトリ
プトファニルtRNAシンセターゼのポリペプチド配列
(配列番号2)
【化3】 (C)ポリヌクレオチド配列具体例(配列番号1)
【化4】 (D)ポリペプチド配列具体例(配列番号2)
【化5】
【0016】寄託材料 ストレプトコッカス・ニウモニアエ0100993株を
含む寄託株を、1996年4月11日に、英国、スコッ
トランド、AB2 1RY、アバディーン、マチャード
ライブ23Stのナショナル・コレクション・オブ・イン
ダストリアル・アンド・マリーン・バクテリア・リミテ
ッド(NCIMB)に、受託番号40794の下で寄託
している。寄託の際、ストレプトコッカス・ニウモニア
エ0100993と命名した。1996年4月17日
に、イー・コリ(E.coli)に入れたストレプトコッカス
・ニウモニアエ0100993DNAライブラリーも同
様に、受託番号40800の下、NCIMBに寄託して
いる。このストレプトコッカス・ニウモニアエ株寄託
を、本明細書では「寄託株」または「寄託株のDNA」
と称する。寄託株は完全長トリプトファニルtRNAシ
ンセターゼ遺伝子を含んでいる。寄託株に含まれるポリ
ヌクレオチドの配列およびそれによりコードされるポリ
ペプチドのアミノ酸配列により、本明細書における配列
の記載との不一致をコントロールするものである。寄託
はブタペスト条約の下で行われている。
【0017】ポリペプチド 本発明のポリペプチドは、表1(配列番号2)のポリペ
プチド(とりわけマチュア・ポリペプチド)ならびに、
特に、トリプトファニルtRNAシンセターゼの生物活
性を有し、表1(配列番号2)のポリペプチドまたはそ
の該当部分と少なくとも70%の同一性、好ましくは表
1(配列番号2)のポリペプチドに対して少なくとも8
0%の同一性、より好ましくは少なくとも90%の類似
性(少なくとも90%の同一性)、さらにより好ましく
は少なくとも95%の類似性(少なくとも95%の同一
性)を有するポリペプチドおよびフラグメントを包含す
る。また、一般に、少なくとも30個のアミノ酸、好ま
しくは、少なくとも50個のアミノ酸を含むポリペプチ
ドの部分も包含する。
【0018】本発明はまた、アミノ基末端Xが水素、カ
ルボキシル末端Yが水素または金属、R1およびR2がい
ずれかのアミノ酸残基、nが1〜1000の整数である
表1(D)に示される式のポリペプチドも包含する。R
が1より多い場合、いずれかのR基で表されるアミノ酸
残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいず
れであってもよく、ヘテロポリマーが好ましい。フラグ
メントは、その全体が、上記したポリペプチドのアミノ
酸の全部ではないが、一部と同じであるアミノ酸配列を
有する変種ポリペプチドである。トリプトファニルtR
NAシンセターゼポリペプチドと同様、フラグメントは
「自立している」であるか、またはそれらが一の部分ま
たは領域、最も好ましくは単一の連続した領域、単一の
より大きなポリペプチドを形成するより大きなポリペプ
チドの中に含まれていてもよい。
【0019】好ましいフラグメントは、例えば、表1
(配列番号2)のアミノ酸配列または、アミノ末端を含
む連続した一連の残基またはカルボキシル末端を含む連
続した一連の残基のような、その変種の一部を有する切
断ポリペプチドを包含する。宿主細胞、特に、ストレプ
トコッカス・ニウモニアエ中の本発明のポリペプチドの
分解型も好ましい。さらに、アルファヘリックスおよび
アルファヘリックス形成領域、ベータシートおよびベー
タシート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイ
ルおよびコイル形成領域、親水領域、疎水領域、アルフ
ァ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領域、界面
形成領域、基質結合領域、および、高抗原指数領域を含
んでなるフラグメントのような、構造的または機能的属
性によって特徴づけられるフラグメントもまた好ましい
フラグメントである。
【0020】生物学的に活性なフラグメントも好ましい
フラグメントである。生物学的に活性なフラグメント
は、類似活性または改良活性を有するもの、または望ま
しくない活性が減少したフラグメントを含め、トリプト
ファニルtRNAシンセターゼの活性を媒介するフラグ
メントである。さらに、動物、特にヒトにおいて抗原性
または免疫原性であるフラグメントも含まれる。特に好
ましいものは、ストレプトコッカス・ニウモニアエの生
存に必須の機能または個体、特に、ヒトにおける疾患の
開始または原因維持能力を与える酵素群の受容体または
ドメインからなるフラグメントである。本発明のポリペ
プチドのフラグメントである変種は、ペプチド合成法に
より対応する完全長のポリペプチド製造に使用すること
ができる。したがって、これらのフラグメントは、本発
明の完全長ポリペプチド製造用の中間体として使用でき
る。
【0021】ポリヌクレオチド本発明のもう一つの態様
は、表1(配列番号2)の推定アミノ酸配列を有するト
リプトファニルtRNAシンセターゼポリペプチドをコ
ードする単離ポリヌクレオチド、それに密接に関連する
ポリヌクレオチドおよびそれらの変種に関する。表1
(配列番号1)に示すポリヌクレオチド配列のような本
明細書の情報を使用し、出発材料としてストレプトコッ
カス・ニウモニアエ0100993を使用し、細菌から
の染色体DNAフラグメントをクローニングし、シーケ
ンシングし、ついで完全長クローンを得る標準的クロー
ニングおよびスクリーニング法を使用して、トリプトフ
ァニルtRNAシンセターゼポリペプチドをコードする
本発明のポリヌクレオチドを得ることができる。例え
ば、表1(配列番号1)に示す配列のような本発明のポ
リヌクレオチド配列を得るには、典型的には、イー・コ
リまたは他の適当な宿主中のストレプトコッカス・ニウ
モニアエ0100993の染色体DNAのクローンのラ
イブラリーを、部分配列から由来する放射標識したオリ
ゴヌクレオチド、好ましくは17−mer以上の長さの
オリゴヌクレオチドでプローブする。ついで、該プロー
ブと同じDNAを有するクローンをストリンジェントな
条件を使用して区別できる。該オリジナル配列から設計
されたシーケンシング・プライマーで同定された個々の
クローンをシーケンシングすることにより、該配列を両
方の方向に伸長し、完全長を決定することが可能であ
る。都合よくは、プラスミド・クローンから調製された
変性二本鎖DNAを用いてかかるシーケンシングを行
う。適当な技法は、Maniatis,T.,Fritsch,E.F.およびS
ambrookら、MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MANUA
L,2nd Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press,Col
d Spring Harbor, N.Y.(1989)(特に、ハイブリダイ
ゼーションによるスクリーニング1.90および変性二
本鎖DNA鋳型13.70参照)により記載されてい
る。例えば、表1(配列番号1)に示すポリヌクレオチ
ドは、ストレプトコッカス・ニウモニアエ010093
3から由来するDNAライブラリー中で見いだしたもの
である。
【0022】表1(配列番号1)のDNA配列は、表1
(配列番号2)に示すおよそまたは正確な数のアミノ酸
残基を有し、公知のアミノ酸残基の分子量から計算でき
る推定分子量を有するタンパク質をコードするオープン
リーディングフレームを含有する。オープンリーディン
グフレームは、当該分野にてよく知られているコドンチ
ャートまたはオープンリーディングフレームを検出する
ためのアルゴリズム、例えばFramesearch法(Wiscons
in Package of the Genetics Computer Group(G
CG) software)、TBLASTN法(Blast softwa
re from NCBI)およびFASTA法(TFASTX
of Pearson&Lipman;PNAS 85:2444(1
988)を用いることにより表1(配列番号2)のポリ
ペプチドと相関させてもよい。本発明のトリプトファニ
ルtRNAシンセターゼは、寄託株のトリプトファニル
tRNAシンセターゼをコードするDNAのシーケンシ
ングの結果により示されるように、tRNAシンセター
ゼ・ファミリーの他のタンパク質と構造的に関連する。
【0023】本発明は、表1(配列番号1)のコード配
列と、その全長に亙って同一であるポリヌクレオチド配
列を提供する。また、本発明は、マチュア・ポリペプチ
ドまたはそのフラグメント用のコード配列自体ならびに
リーダーまたは分泌配列、プレ、プロまたはプレプロタ
ンパク質配列のような他のコード配列を有するマチュア
・ポリペプチドまたはそのフラグメントのコード配列を
提供する。ポリヌクレオチドはまた、例えば、非コード
5'および3'配列に限定するものではないが、転写配
列、非翻訳配列、終止シグナル、リボソーム結合部位、
mRNAを安定化する配列、イントロン、ポリアデニル
化シグナルおよびさらなるアミノ酸をコードする配列の
ような非コード配列を含有してもよい。例えば、融合ポ
リペプチドの精製を促進するマーカー配列をコードする
ことができる。本発明のこの態様のある種の好ましい具
体例において、マーカー配列は、pQEベクター(Qiag
en,Inc.)において提供され、Gentzら、Proc.Natl.Aca
d.Sci.USA(1989)86:821-824に記載されるような、ヘ
キサ−ヒスチジンペプチドであるか、またはHAtagで
ある(Wilsonら,Cell,37:767(1984))。本発明のポ
リヌクレオチドは、限定するものではないが、構造遺伝
子および遺伝子の発現を調節する天然に伴う配列からな
るポリヌクレオチドを包含する。本発明の好ましい態様
は、トリプトファニルtRNAシンセターゼポリペプチ
ドをコードする表1の配列番号1に示すヌクレオチドか
らなるポリヌクレオチドである。
【0024】本発明はまた、分子の5’末端におけるX
が水素、3’末端におけるYが水素または金属、R1
よびR2がいずれかの核酸、nが1〜1000の整数で
ある表1(C)に示した式のポリヌクレオチドを包含す
る。Rが1より多い場合、いずれかのR基で示される核
酸残基の鎖は、ヘテロポリマーでもホモポリマーでもよ
く、ヘテロポリマーが好ましい。本明細書で使用する
「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」なる用
語には、本発明のポリペプチド、特に、細菌性ポリペプ
チド、より詳しくは、表1(配列番号2)に示すアミノ
酸配列を有するストレプトコッカス・ニウモニアエトリ
プトファニルtRNAシンセターゼのポリペプチドをコ
ードする配列を含むポリヌクレオチドを包含する。この
用語はコードおよび/非コード領域を含んでもよいさら
なる領域と共に、該ポリペプチドをコードする単一の連
続または非連続領域(例えば、組み込まれたファージま
たは挿入された配列またはエデティング(editing)に
より中断されている)を含むポリヌクレオチドを包含す
る。本発明はさらに、表1(配列番号2)の推定アミノ
酸配列を有するポリペプチドの変種をコードする、本明
細書に記載したポリヌクレオチドの変種に関する。本発
明のポリヌクレオチドのフラグメントである変種は本発
明の完全長ポリヌクレオチドの合成に使用できる。
【0025】さらに好ましい具体例は、数個、5〜1
0、1〜5、1〜3、2または1個あるいは0個のアミ
ノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、欠失または
付加された表1(配列番号2)のトリプトファニルtR
NAシンセターゼポリペプチドのアミノ酸配列を有す
る、トリプトファニルtRNAシンセターゼ変種をコー
ドするポリヌクレオチドである。特に好ましくは、トリ
プトファニルtRNAシンセターゼの特性、活性を変化
させないサイレント置換、付加および欠失である。本発
明のさらに好ましい具体例は、表1(配列番号2)に示
すアミノ酸配列をを有するトリプトファニルtRNAシ
ンセターゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
の完全長に亙って少なくとも70%の同一性を有するポ
リヌクレオチドおよびそのようなポリヌクレオチドに相
補性のポリヌクレオチドである。また、最も好ましいも
のは、寄託株のトリプトファニルtRNAシンセターゼ
ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの完全長に
亙って少なくとも80%の同一性を有する領域からなる
ポリヌクレオチドおよびそれと相補性のポリヌクレオチ
ドである。この点で、少なくとも90%、さらに好まし
くは、少なくとも95%の同一性を有するものが好まし
い。さらに、これらのうち、少なくとも97%、さらに
は、少なくとも98%、より好ましくは少なくとも99
%の同一性を有するポリヌクレオチドである。好ましい
具体例は、表1(配列番号1)のDNAによってコード
されているマチュア・ポリペプチドと実質的に同じ生物
学的機能または活性を保持するポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドである。
【0026】さらに本発明は、本明細書にて上記した配
列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関
する。この点において、本発明は特に、本明細書にて上
記したポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下で
ハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関す
る。本明細書で使用される「ストリンジェントな条件」
という語は、ハイブリダイゼーションが、配列間に少な
くとも95%、好ましくは少なくとも97%の同一性が
存在する場合にのみ起こることを意味する。ストリンジ
ェントなハイブリダイゼーション条件の例は、50%ホ
ルムアルデヒド、5xSSC(150mM NaCl、1
5mM クエン酸三ナトリウム)、50mMリン酸ナト
リウム(pH7.6)、5xデンハルト(Denhardt's)溶
液、10%硫酸デキストランおよび20μg/ml変性
切断サケ精子DNAを含んでなる溶液中、42℃で一夜
インキュベーションし、ついで0.1xSSCで約65
℃で洗浄する条件である。ハイブリダイゼーションおよ
び洗浄条件は公知であり、Sambrookら、MOLECULAR CLON
ING:A LABORATORY MANUAL,2nd Ed. Cold Spring Harb
or Laboratory Press,Cold Spring Harbor, N.Y.(198
9)、特に、第11章に例示されている。
【0027】本発明は、実質的に、配列番号1に示した
ポリヌクレオチドの完全遺伝子を含む適当なライブラリ
ーを、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件
下、配列番号1に示した該ポリヌクレオチドの配列を有
するプローブまたはそのフラグメントでスクリーニング
し、該DNA配列を単離することにより得ることができ
るポリヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドを提
供する。そのようなポリヌクレオチドを得るのに有用な
フラグメントには、例えば、本明細書に記載するプロー
ブおよびプライマーが包含される。
【0028】本明細書において本発明のポリヌクレオチ
ドの分析についてさらに説明するように、例えば、上記
したような本発明のポリヌクレオチドをRNA、cDN
AおよびゲノムDNAに対するハイブリダイゼーション
・プローブとして使用し、トリプトファニルtRNAシ
ンセターゼをコードする完全長cDNAおよびゲノムク
ローンや、トリプトファニルtRNAシンセターゼ遺伝
子に対して高い配列類似性を有する他の遺伝子のcDN
Aおよびゲノムクローンを単離することができる。その
ようなプローブは、一般に、少なくとも15塩基、好ま
しくは、少なくとも30塩基からなり、少なくとも50
塩基を有してもよく、特に好ましくは、少なくとも30
塩基で、50塩基以下である。例えば、トリプトファニ
ルtRNAシンセターゼ遺伝子のコード領域は配列番号
1に示すDNA配列を使用してスクリーニングしてオリ
ゴヌクレオチド・プローブを合成することにより単離で
きる。本発明の遺伝子と相補性の配列を有する標識した
オリゴヌクレオチドを用いてcDNA、ゲノムDNAま
たはmRNAのライブラリーをスクリーニングし、ライ
ブラリーのどのメンバーがプローブとハイブリダイズす
るか決定する。
【0029】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、本明細書においてポリヌクレオチド分析に関し
てさらに説明するように、例えば、特にヒトの疾患に対
する治療および診断の発見のための研究試薬および研究
材料として用いることができる。配列番号1および/ま
たは2から由来するオリゴヌクレオチドである本発明の
ポリヌクレオチドは、本明細書に記載の方法に使用でき
るが、好ましくはPCRに使用し、本明細書で同定した
ポリヌクレオチドが全体として、または部分的に感染組
織において細菌中で転写されるか否か測定する。そのよ
うな配列はまた、病因が達した感染の段階およびタイプ
の診断にも有用である。また、本発明は、マチュア・タ
ンパク質に、さらなるアミノまたはカルボキシ末端アミ
ノ酸が加わるか、マチュア・タンパク質の内部にアミノ
酸が加わった(例えば、一つ以上のポリペプチド鎖から
のマチュア)ポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
ドを提供する。このような配列は、とりわけ、前駆体か
らマチュアへのタンパク質のプロセッシングにおいて役
割を果たし、タンパク質を運び、タンパク質の半減期を
長くしたり、短くしたり、あるいは分析または生産のた
めのタンパク質の操作を容易にすることができる。in v
ivoで一般的なように、該さらなるアミノ酸は細胞酵素
によりマチュア・タンパク質からプロセッシングにより
除かれる。一つ以上のプロ配列に融合したポリペプチド
のマチュア形を有する前駆体は該ポリペプチドの不活性
形でもよい。プロ配列がそのような不活性前駆体から除
かれると、一般に活性化される。プロ配列の幾らかまた
は全体を、活性化の前に除去できる。一般に、そのよう
な前駆体はプロタンパク質と称される。総じて、本発明
のポリヌクレオチドはマチュア・タンパク質、リーダー
配列の加わったマチュア・タンパク質(プレタンパク質
とも称される)、プレタンパク質のリーダー配列ではな
い一つ以上のプロ配列を有するマチュア・タンパク質の
前駆体、またはリーダー配列と、一般に、ポリペプチド
の活性なマチュア・タンパク質を生じるプロセッシング
工程の間に除去される一つ以上のプロ配列を有するプロ
タンパク質の前駆体であるプレプロタンパク質をコード
する。
【0030】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌ
クレオチド類を含んでなるベクターおよび本発明のベク
ターで遺伝子操作される宿主細胞に、および組換え技術
による本発明のポリペプチドの産生に関する。さらに無
細胞翻訳系を用い、本発明のDNA構築物由来のRNA
を使用してかかるタンパク質を製造することができる。
組換え体産生のために、宿主細胞を遺伝子操作し、本発
明のポリヌクレオチドの発現系またはそれの一部を取り
込むことができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞への導
入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、DEA
E−デキストラン媒介トランスフェクション、トランス
ベクション、マイクロインジェクション、陽イオン脂質
媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、
トランスダクション、スクレープ・ローディング、弾道
導入または感染のような、Davisら、BASIC METHODS IN
MOLECULAR BIOLOGY(1986)およびSambrookら、MOLECUL
AR CLONING:A LABORATORY MANUAL,2nd Ed. Cold Spri
ng Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor, N.
Y.(1989)のごとき複数の標準的研究室マニュアルに記
載されている方法によって行うことができる。
【0031】適当な宿主の代表例は、レンサ球菌(stre
ptococcus)、ブドウ球菌(staphylococcus)、大腸菌
(E.coli)、ストレプトマイセス(streptomyces)およ
び枯草菌(Bacillus subtilis)細胞のごとき細菌細
胞;酵母細胞およびアスペルギルス(Aspergillus)細
胞のごとき真菌細胞;ドロソフィラ(Drosophila)S2
およびスポドプテラ(Spodoptera)Sf9細胞のごとき
昆虫細胞;CHO、COS、HeLa、C127、3T
3、BHK、HEK293およびボーウェス(Bowes)
メラノーマ細胞のごとき動物細胞;および植物細胞を包
含する。本発明のポリペプチド産生のために非常に多様
な発現系を使用することができる。かかる系は、とりわ
け、染色体、エピソームおよびウイルス由来の系、例え
ば、細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由来、ト
ランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入因子由
来、酵母染色体因子由来、バキュロウイルス、SV40
のごときパポーバウイルス、ワクシニアウイルス、アデ
ノウイルス、ニワトリポックスウイルス、偽狂犬病ウイ
ルスおよびレトロウイルスのようなウイルス由来のベク
ター、およびコスミドおよびファージミドなどのプラス
ミドおよびバクテリオファージの遺伝子因子由来のベク
ターのごとき、それらの組み合わせに由来するベクター
を包含する。発現系は、発現を制御ならびに引き起こす
調節領域を有していてもよい。一般に、宿主においてポ
リペプチドを産生するためのポリヌクレオチドを維持、
増幅または発現するのに適した系および/またはベクタ
ーを使用してもよい。適当なDNA配列を、例えば、Sa
mbrookら、MOLECULAR CLONING,A LABORATORY MANUAL
(上掲)に示されている技術のごとき、種々のよく知ら
れた慣用的技術のいずれかによって、発現系に挿入して
もよい。
【0032】翻訳されたタンパク質を小胞体ルーメン、
ペリプラズムまたは細胞外環境に分泌するために、適当
な分泌シグナルが所望のポリペプチドに挿入されていて
もよい。これらのシグナルは、ポリペプチドに固有のも
のであってもよく、または異種のシグナルであってもよ
い。本発明のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたは
エタノール沈澱、酸抽出、アニオンまたはカチオン交換
クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフ
ィー、疎水相互作用クロマトグラフィー、アフィニティ
ークロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマ
トグラフィーおよびレクチンクロマトグラフィーを包含
する、よく知られた方法によって組換え細胞培養物から
回収および精製できる。最も好ましくは、高速液体クロ
マトグラフィーが精製に使用される。ポリペプチドが単
離および/または精製の間に変性する場合、タンパク質
を再生するためのよく知られた方法を用いて、活性コン
ホメーションを再生してもよい。
【0033】診断アッセイ 本発明はまた、診断試薬としての用途における本発明の
トリプトファニルtRNAシンセターゼポリヌクレオチ
ドの使用に関する。真核生物、特に哺乳動物、とりわけ
ヒトにおけるトリプトファニルtRNAシンセターゼの
検出は疾患診断用の診断方法を与える。真核生物(本明
細書においては個体とも称する)、特に哺乳動物、とり
わけヒト、さらに詳細には、トリプトファニルtRNA
シンセターゼ遺伝子を含む生物に感染された、もしくは
感染されやすいこれらの生物は、種々の技術によりDN
Aレベルで検出することができる。
【0034】診断のための核酸は、骨、血液、筋肉、軟
骨および皮膚のごとき、感染した個体の細胞から得るこ
とができる。ゲノムDNAを検出のために直接使用して
もよく、または解析の前にPCRまたは他の増幅技術を
用いることによって酵素的に増幅してもよい。RNAま
たはcDNAもまた同様にして使用してもよい。増幅の
使用し、個体に存在する原核生物遺伝子の遺伝子型を分
析することにより、該原核生物の種および株の特徴付け
を行うことができる。欠失および挿入は正常な遺伝子型
と比較して増幅された産物の大きさが変化していること
によって検出できる。点突然変異は、標識されたトリプ
トファニルtRNAシンセターゼポリヌクレオチド配列
に増幅したDNAをハイブリダイゼーションさせること
によって同定できる。完全に一致した配列は、RNase
消化によりまたは融点における差異によって、ミスマッ
チの二本螺旋と区別することができる。DNA配列の差
異はまた、変性試薬存在下または非存在下でのゲル中の
DNAフラグメントの電気泳動的移動度における変化、
または直接的DNA塩基配列決定によって検出してもよ
い。例えば、Myersら、Science(1985)230:1242(198
5)を参照のこと。特異的な位置での配列の変化はまた、
RNaseおよびS1保護などのヌクレアーゼ保護アッセ
イまたは化学分解法によって明らかにすることができ
る。Cottonら、Proc Natl Acad Sci USA(1985)85:43
97-4401を参照のこと。
【0035】本発明の遺伝子における突然変異または多
形を有する細胞も種々の技術、例えば、血清型判定によ
ってDNAレベルで検出できる。例えば、RT−PCR
を使用して突然変異を検出できる。例えば、GeneScanの
ような自動化検出システムとRT−PCRを組み合わせ
ることが特に好ましい。RNAまたはcDNAも同様な
目的で、PCRまたはRT−PCRに使用できる。一例
として、トリプトファニルtRNAシンセターゼをコー
ドする核酸に相補性のPCRプライマーを使用して突然
変異を同定、分析することができる。本発明は、さら
に、5’および/または3’末端から除去した1、2、
3または4個のヌクレオチドを有するこれらのプライマ
ーも提供する。これらのプライマーは、とりわけ、個体
から由来する試料から単離されたトリプトファニルtR
NAシンセターゼ・DNAの増幅に使用できる。プライ
マーは、感染個体から単離した遺伝子の増幅に使用で
き、ついで、該遺伝子をDNA配列の解析用の種々の技
術に付す。このようにして、DNA配列中の突然変異を
検出でき、感染の診断および感染物質の血清型判定およ
び/または分類に使用できる。
【0036】本発明はまた、個体から由来する試料の、
表1、配列番号1の配列を有するポリヌクレオチドの発
現レベルの増加を検出することからなる疾患、好ましく
は細菌感染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニ
ウモニアエによる感染、最も好ましくは、中耳炎、結膜
炎、肺炎、菌血症、副鼻腔炎、胸膜蓄膿症、心内膜炎、
そして、多くは特に、髄液の感染のような髄膜炎の診断
方法を提供する。トリプトファニルtRNAシンセター
ゼポリヌクレオチドの発現の増加または減少は、例え
ば、増幅、PCR、RT−PCR、RNase保護、ノ
ーザンブロッティングおよび他のハイブリダイゼーショ
ン法のような公知の方法のいずれかによりポリヌクレオ
チドを定量するおとにり測定できる。加えて、正常な対
照組織試料と比較してトリプトファニルtRNAシンセ
ターゼ蛋白の過剰発現を検出する本発明の診断的分析法
が、例えば、感染の存在の検出に使用できる。宿主から
の試料中のトリプトファニルtRNAシンセターゼ蛋白
のレベルの測定に使用できる分析技術は当業者によく知
られている。そのような分析方法には、ラジオイムノア
ッセイ、競合結合分析、ウエスタンブロット分析および
ELISA分析が包含される。
【0037】抗体 本発明のポリペプチドもしくはその変種またはそのアナ
ログ、あるいはそれらを発現する細胞はまた、そのよう
なポリペプチドに免疫特異的な抗体を産生するための免
疫原として用いることもできる。ここで使用する「抗
体」なる用語は、モノクローナルおよびポリクローナル
抗体、キメラ、単鎖、シミアナイズド(simianized)抗
体およびヒト化された抗体ならびにFabイムノグロブ
リン発現ライブラリーの産物を含むFabフラグメント
を包含する。本発明のポリペプチドに対して生じた抗体
は、ポリペプチドまたはエピトープを有するフラグメン
ト、アナログまたは細胞を、動物、好ましくはヒト以外
の動物に、慣用的プロトコルを用いて投与することによ
って得ることができる。モノクローナル抗体を調製する
場合、連続的細胞系培養によって産生された抗体を供給
するいずれの技術も用いることができる。例えば、Kohl
er,G.およびMilstein,C.、Nature(1975)256:495-49
7、Kozborら、Immunology Today(1983)4:72およびCo
leら、MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER THERAPY、77
-96頁、Alan R.Liss,Inc.(1985)に記載のような種々の
方法が挙げられる。
【0038】単鎖抗体を産生する技法(米国特許第49
46778号)をまた適用し、本発明のポリペプチドに
対する単鎖抗体を産生することができる。さらに、トラ
ンスジェニックマウス、または他の哺乳動物を包含する
他の生物を用いて、ヒト化された抗体を発現させてもよ
い。別法として、ファージ・ディスプレー技術を利用し
て、抗トリプトファニルtRNAシンセターゼの保持に
ついてスクリーニングしたヒトからのリンパ球のPCR
増幅v−遺伝子のレパートリーまたは天然ライブラリー
からのポリペプチドに対する結合活性を有する抗体遺伝
子を選択できる(McCafferty,J.ら,(1990),Nature34
8,552-554;Marks,Jら,(1992),Biotechnology,1
0,779-783)。これらの抗体の親和性は鎖シャフリング
(chain shuffling)により向上できる(Clackson,T.
ら,(1991),Nature,352,624-628)。
【0039】二つの抗原結合ドメインが存在する場合、
各ドメインを異なるエピトープに対して向けることがで
き、二重特異性抗体と称する。上記した抗体は、ポリペ
プチドを発現するクローンの単離または同定に使用し、
アフィニティクロマトグラフィーによりポリペプチドを
精製できる。すなわち、とりわけ、トリプトファニルt
RNAシンセターゼポリペプチドに対する抗原は、感染
症、特に細菌感染症、とりわけ、中耳炎、結膜炎、肺
炎、菌血症、副鼻腔炎、胸膜蓄膿症、心内膜炎、そし
て、多くは特に、髄液の感染のような髄膜炎の治療に使
用できる。ポリペプチド変種には、本発明の個々の態様
を形成する抗原的、エピトープ的または免疫学的に均等
な変種を包含する。本明細書で使用する「抗原的に均等
な誘導体」には、本発明の蛋白またはポリペプチドが生
じた場合に病因と哺乳動物宿主の間の即時物理的相互反
応を妨害するある種の抗体によって特異的に認識される
ポリペプチドまたはその均等物が包含される。「免疫学
的に均等な誘導体」には、脊椎動物において抗体を生じ
させる適当な処方で使用する場合、該抗体が病因と哺乳
動物宿主の間の即時物理的相互反応を妨害するペプチド
またはその均等物が包含される。
【0040】抗原的または免疫学的に均等な誘導体また
はその融合蛋白のようなポリペプチドはマウスまたは他
の動物、例えば、ラットまたはニワトリを免疫するため
の抗原として使用される。融合蛋白は該ポリペプチドに
安定性を付与することができる。該抗原は、例えば、結
合(conjugation)により、例えば、ウシ血清アルブミ
ン(BSA)またはキーホールリンペットヘモシアニン
(KLH)のような免疫原性キャリア・蛋白と組み合わ
すことができる。別法として、蛋白またはポリペプチ
ド、あるいはそれらの抗原的または免疫原的に均等なポ
リペプチドの多重コピーからなる多重抗原ペプチドは、
キャリアの使用の必要ないほどに免疫原性を向上させる
に十分な抗原性を有する。好ましくは、抗体またはその
変種を修飾して個体中における免疫原性を少なくする。
例えば、個体がヒトの場合、抗体は、最も好ましくは
「ヒト化」でき、ハイブリドーマ誘導抗体の相補性決定
領域を、例えば、Jones,P.ら,(1986),Nature,321,
522-525またはTempestら,(1991),Biotechnology,9,
266-273に記載のごとくヒト・モノクローナル抗体に移
植する。
【0041】遺伝子免疫における本発明のポリヌクレオ
チドの使用は、好ましくは、プラスミドDNAの分子内
への直接注入(Wolffら,Hum Mol Genet 1992,1:36
3,Manthorpeら,Hum.Gene Ther.,1963:4,419)、
特異的蛋白キャリアを有するDNA複合体のデリバリー
(Wuら,J Biol Chem,1989:264,16985)、リン酸カ
ルシウムによるDNAの共沈澱(BenvenistyおよびResh
ef,PNAS USA,1986:83,9551)、種々の形態のリポ
ソーム中へのDNAのカプセル化(Kanedaら,Science1
989:243,375)、粒子ボンバードメント(Tangら,Nat
ure,1992,356:152,Eisenbraunら,DNA Cell Biol,
1993,12:791)およびクローンしたレトロウイルスベ
クターを使用するin vivo感染(Seegerら,PNAS USA,1
984:81,5849)のような適当デリバリー方法を採用す
る。
【0042】アンタゴニストおよびアゴニスト−分析お
よび分子 本発明のポリペプチドは、例えば、細胞、無細胞調製
物、化学ライブラリーおよび天然物の混合物中の小さい
分子の基質とリガンドの結合を評価するためにも使用で
きる。こえれらの基質とリガンドは天然物でも、構造的
または機能的模倣物であってもよい。Coliganら、Curre
nt Protocols in Immunology 1(2):Chapter5(199
1)を参照のこと。本発明はまた、トリプトファニルt
RNAシンセターゼポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ドの作用を促進(アゴニスト)または遮断(アンタゴニ
スト)する化合物、特に、静菌剤および/または殺菌剤
となる化合物の同定するためのスクリーニング法も提供
する。スクリーニング法には、高処理量(high-through
put)技術が包含される。例えば、アゴニストまたはア
ンタゴニストをスクリーニングするため、トリプトファ
ニルtRNAシンセターゼポリペプチドおよび該ポリペ
プチドの標識基質またはリガンドを含む合成反応ミック
ス、例えば、膜のような細胞コンパートメント、細胞エ
ンベロープまたはそれらの調製物をトリプトファニルt
RNAシンセターゼのアゴニストまたはアンタゴニスト
でありうる候補分子の非存在下または存在下でインキュ
ベートする。トリプトファニルtRNAシンセターゼポ
リペプチドと作動または拮抗する候補分子の能力が、標
識リガンドの結合減少または基質からの生成物の産生減
少に反映される。不必要に結合する分子、すなわち、ト
リプトファニルtRNAシンセターゼポリペプチドの効
力を誘導しないものは、ほとんどの場合、良好なアンタ
ゴニストである。良好に結合し、基質からの生成物の産
生速度を増加させる分子はアゴニストである。基質から
の生成物の産生速度またはレベルの検出は、レポーター
系を使用することにより促進できる。この点で有用なレ
ポーター系には、限定するものではないが、生成物に変
換する比色標識基質、トリプトファニルtRNAシンセ
ターゼポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性におけ
る変化に関与するレポーター遺伝子および公知の結合分
析が包含される。トリプトファニルtRNAシンセター
ゼアンタゴニスト分析の他の例は、トリプトファニルt
RNAシンセターゼと潜在的アンタゴニストをトリプト
ファニルtRNAシンセターゼ結合分子、組換えトリプ
トファニルtRNAシンセターゼ結合分子、天然の基質
またはリガンドあるいは基質またはリガンド模倣物と、
適当な競合阻害分析条件下で結合させる競合法である。
トリプトファニルtRNAシンセターゼは放射能または
比色化合物で標識して、結合分子に結合した、または生
成物に変換したトリプトファニルtRNAシンセターゼ
分子の数を正確に測定し、潜在的アンタゴニストの効力
を評価できるようにすることができる。
【0043】潜在的アンタゴニストには、本発明のポリ
ヌクレオチドまたはポリペプチドと結合し、その活性を
阻害または失わせる小有機分子、ペプチド、ポリペプチ
ドおよび抗体が包含される。潜在的アンタゴニストはま
た、トリプトファニルtRNAシンセターゼ誘導活性を
誘導しない結合分子のような結合分子の同じ部位と結合
し、結合からのトリプトファニルtRNAシンセターゼ
の除外によりトリプトファニルtRNAシンセターゼの
作用を防止する密接に関連した蛋白または抗体のような
小有機分子、ペプチド、ポリペプチドでもよい。潜在的
アンタゴニストには、ポリペプチドと結合し、その結合
部位を占領し、細胞結合分子の結合を防止し、正常な生
物活性を防止する小分子が包含される。小分子の例とし
ては、限定するものではないが、小有機分子、ペプチド
またはペプチド様分子が挙げられる。他の潜在的アンタ
ゴニストには、アンチセンス分子が包含される(これら
の分子について、Okano,J.Neurochem,56:560(199
1);OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE INHIBITORS
OF GENE EXPRESSION,CRC Press,Boca Raton,FL(19
88))。好ましい潜在的アンタゴニストとしては、トリ
プトファニルtRNAシンセターゼの関連活化合物およ
び変種が挙げられる。本明細書に記載したDNA配列の
各々は抗菌化合物の発見、開発に使用できる。コードさ
れた蛋白が発現すると、抗菌薬剤スクリーニング用のタ
ーゲットとして使用できる。さらに、コードされた蛋白
のアミノ末端領域、あるいは各mRNAのシャイン・ダ
ルガーノ配列または他の翻訳促進配列をコードするDN
A配列が目的とするコード配列の発現調節のためのアン
チセンス配列構築に使用できる。
【0044】本発明はまた、感染の後遺症に関与する病
因と哺乳動物宿主間の初期の物理的相互作用を妨害する
ための本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは
インヒビターの使用も提供する。特に、本発明の分子
は、細菌、特にグラム陽性菌の、哺乳動物の内在装置
(in-dwelling device)上または傷内の細胞外マトリッ
クス蛋白への付着の防止、例えば、哺乳動物チロシナー
ゼキナーゼのホスホリル化を開始することによるトリプ
トファニルtRNAシンセターゼ蛋白媒介哺乳動物細胞
侵入の遮断(Rosenshineら,Infect.Immun.,60:2211
(1992))、組織損傷を媒介する哺乳動物細胞外マトリッ
クス蛋白と細菌性トリプトファニルtRNAシンセター
ゼ蛋白間の細菌性付着の遮断、内在装置の移植または他
の手術以外によって開始される感染の病原の通常の進行
の遮断に使用できる。本発明のアンタゴニストおよびア
ゴニストは、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、
副鼻腔炎、胸膜蓄膿症、心内膜炎、そして、多くは特
に、髄液の感染のような髄膜炎の治療に使用できる。ヘ
リコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)(以
下、ピロリ菌と称する)感染は、世界中の胃癌、潰瘍お
よび胃炎を起こす人々の1/3以上の胃に感染している
(International Agency for Research on Cancer(199
4)Schiistosomes,Liver Flukes and Helicobacter Pyl
ori(International Agency for Research on Cancer,
Lyon, France;http://www.uicc,ch/ecp/ecp2904.ht
m))。さらに、該International Agency on Cancerは、
最近、ピロリ菌と胃腺癌の因果関係を認識し、該細菌を
グループI(definite)発癌物質と分類した。本発明の
スクリーニングを使用して見いだされた本発明の好まし
い抗生物質化合物(トリプトファニルtRNAシンセタ
ーゼのアゴニストおよびアンタゴニスト)、特に、広い
スペクトルの抗生物質は、ピロリ菌感染の治療に有用で
ある。かかる治療は、胃腸癌のような、ピロリ菌誘導癌
の出現を減少させる。また、かかる治療は胃潰瘍および
胃炎を治癒させる。
【0045】ワクチン 本発明のもう一つ別の態様は個体、とりわけ、哺乳動物
を感染、特に細菌感染、とりわけストレプトコッカス・
ニウモニアエ感染から保護するために抗体および/また
はT細胞免疫応答を引き起こすのに十分なトリプトファ
ニルtRNAシンセターゼを該個体に接種することから
なる個体において免疫応答を誘発する方法に関する。ま
た、そのような免疫学的応答が細菌性複製を遅らせる方
法も提供する。本発明のさらにもう一つ別の態様は、個
体における免疫学的応答を誘発する方法であって、in v
ivoでトリプトファニルtRNAシンセターゼまたはそ
のフラグメントまたは変種を発現するために、トリプト
ファニルtRNAシンセターゼまたはそのフラグメント
または変種の発現を指向する核酸ベクターを該個体にデ
リバリーし、例えば、サイトカイン産生T細胞または細
胞毒性T細胞を含め、抗体および/またはT細胞免疫応
答のような免疫学的応答を誘発し、該個中で疾患が既に
確立されているか、否かにかかわらず該個体を疾患から
保護することからなる方法に関する。遺伝子の投与の1
方法は、粒子等のコーティングとして所望の細胞に投与
することである。このような核酸ベクターはDNA、R
NA、修飾核酸またはDNA/RNAハイブリッドから
なる。
【0046】本発明のさらなる態様は、個体に導入され
ると、その個体においてトリプトファニルtRNAシン
セターゼまたはそれからコードされる蛋白に対する免疫
学的応答を誘発する免疫学的組成物であって、トリプト
ファニルtRNAシンセターゼまたはそれからコードさ
れる蛋白の抗原をコードし、発現するDNAを含む組換
体トリプトファニルtRNAシンセターゼまたはそれか
らコードされる蛋白からなる組成物に関する。免疫学的
応答は、治療的および予防的に使用でき、抗体免疫また
はCTLまたはCD4+T細胞から生ずるような細胞免
疫から得ることができる。トリプトファニルtRNAシ
ンセターゼポリペプチドまたはそのフラグメントは、そ
れ自体抗体を産生しないが、第一の蛋白を安定化し、生
じた融合蛋白に免疫原性および保護特性を生じさせるコ
−蛋白と融合させることができる。このような融合組換
体蛋白は、好ましくは、さらに、ヘモフィラス・インフ
ルエンザ(Hemophilus influenzae)からのリポプロテ
インD、グルタチオン・トランスフェラーゼ(GST)
またはベータガラクトシダーゼのような抗原性コ−蛋
白、蛋白を安定化し、産生および精製を容易にするよう
な比較的大きいコ−蛋白からなる。さらに、コ−蛋白
は、免疫系の汎化した刺激を与える上で、アジュバント
として作用できる。コ−蛋白は第一の蛋白のアミノまた
はカルボキシ末端に結合することができる。
【0047】本発明は、本発明のポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドおよび、Sato,Y.ら,Science,273:35
2(1996)に記載されるような免疫刺激DNA配列からな
る組成物、組成物、特にワクチン組成物を提供する。ま
た、本発明は、ストレプトコッカス・ニウモニアエ感染
の動物モデルにおける遺伝的免疫実験において使用した
DNA構造物中で細菌細胞表面蛋白の非可変領域をコー
ドすることが示された本発明のポリヌクレオチドまたは
そのフラグメントを使用する方法も提供するもので、予
防的または治療的免疫応答を起こさせることのできる蛋
白エピトープの同定に特に有用である。この方法によ
り、動物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にストレ
プトコッカス・ニウモニアエ感染の予防剤または治療処
置の開発のために、動物の必要な器官から感染に抵抗ま
たは除去するのに有用なモノクローナル抗体を産生させ
ことができる。ポリペプチドは、例えば、損傷組織への
細菌の付着を遮断し、細菌の侵入に対して保護する特異
抗体を生じさせる宿主に対するワクチン用の抗原として
使用できる。損傷組織の例としては、例えば、機械的、
化学的または熱的損傷による、または内在装置の移植に
よる皮膚や結合組織の傷、あるいは口、乳腺、子宮また
は膣のような粘膜における傷が挙げられる。
【0048】本発明はまた、本発明の免疫原性組換体蛋
白および適当な担体からなるワクチン処方も包含する。
蛋白は胃で破壊されうるので、非経口的投与(皮下、筋
肉内、静脈内、皮内等の注射を包含する)が望ましい。
非経口投与に適した処方は、抗酸化剤、緩衝剤、抗菌
剤、およびその処方を個体の体液、好ましくは血液と等
張にする溶質を含有していてもよい、水性および非水性
滅菌注射溶液;懸濁化剤または増粘剤を含有してもよ
い、水性および非水性滅菌懸濁液を包含する。処方は、
単位投与または複数投与用コンテナ、例えば、密封され
たアンプルおよびバイアルにて提供され、使用直前に滅
菌液体担体を添加するだけでよい凍結乾燥状態で貯蔵す
ることができる。ワクチン処方はまた、水中油系のごと
き処方の免疫原性を高めるアジュバント系および当該分
野において知られている他の系を有してもよい。投与量
はワクチンの比活性に依存し、慣用的実験操作によって
容易に決定できる。本発明を、トリプトファニルtRN
Aシンセターゼ蛋白について記載したが、この記載は天
然の蛋白のフラグメントおよび組換体蛋白の免疫原性を
実質的に変化させない付加、欠失、置換を有する同様な
蛋白も包含することが理解されるであろう。
【0049】組成物、キットおよび投与 本発明はまた、上記したポリヌクレオチドまたはポリペ
プチドあるいはそれらのアゴニストまたはアンタゴニス
トからなる組成物に関する。本発明のポリペプチドは、
投与に適した医薬担体のような細胞、組織または器官用
の非滅菌または滅菌担体と組み合わせて使用できる。か
かる組成物は、例えば、媒体添加または治療上有効量の
本発明のポリペプチドと、医薬上許容される担体または
賦形剤を含有してなる。かかる担体は、限定するもので
はないが、食塩水、緩衝食塩水、デキストロース、水、
グリセロール、エタノールおよびその組み合わせを包含
する。処方は投与方法に適していなければならない。本
発明は、さらには、上記した本発明の組成物の一または
それ以上の成分を充填した、一またはそれ以上の容器を
有してなる診断および医薬用パックまたはキットに関す
る。
【0050】本発明のポリペプチドおよび他の化合物
を、単独で、または、治療用化合物などの他の化合物と
組み合わせて用いてもよい。該医薬組成物は、例えば、
局所、経口、経肛門、経膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、
皮下、経鼻、経皮等を含む、いずれかの有効な、都合の
よい方法で投与される。治療および予防において、活性
成分は個体に注射用組成物、例えば、滅菌水性分散液、
好ましくは等張の水性分散液として投与される。また、
組成物は、例えば、軟膏、クリーム、ローション、眼軟
膏、点眼剤、点耳剤、マウスウォッシュ、含浸包帯およ
び縫合糸ならびにエアゾルの形態の局所用処方とするこ
とができ、適当な通常の添加剤、例えば、保存料、薬剤
浸透を助ける溶媒、軟膏やクリームにおけるエモリエン
ト等を含むことができる。そのような局所用処方はま
た、適合する通常の担体、例えば、軟膏ベース、ローシ
ョン用のエタノールまたはオレイルアルコールも含有す
ることができる。このような担体は、処方全量に対して
約1〜98重量%、通常、約80重量%まで含有でき
る。
【0051】哺乳動物、特にヒトに投与するには、1日
の 活性薬剤の用量は、0.01mg/kg〜10mg
/kg、典型的には約1mg/kgである。いずれにし
ても、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もありえ、それら
も本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴
およびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、
その位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、そ
のような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメー
カー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャン
ト、尿カテーテル、連続歩行腹膜透析(continuous amb
ulatory peritoneal dialysis:CAPD)カテーテル
が挙げられる。本発明の組成物は、内在装置の挿入の直
前に対象とする細菌に対する全身的効果を達成するため
に注射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内に
ある間継続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、
特に、ストレプトコッカス・ニウモニアエの傷汚染を防
止するための、いずれもの手術用の手術周辺カバーの拡
張にも使用できる。
【0052】多くの整形外科医は、補綴関節を有するヒ
トは、菌血症を生じ得る歯の治療前に抗生物質による予
防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重篤な
合併症となり、時に、補綴関節の損失および著しい罹病
率、致死率を伴う。したがって、該活性物質は、この状
況の予防的抗生物質の代わりに使用しうる。上記した治
療に加えて、本発明の組成物は一般に、傷組織に露出し
たマトリックス・蛋白への資金不直の予防する傷の治療
剤、抗生物質予防に代え、あるいは共に、歯の治療にお
ける予防的用途に使用できる。別法として、本発明の組
成物は挿入直前の内在装置の浴に使用できる。該活性物
質は、傷または内在装置の浴に1μg/ml〜10μg
/mlの濃度で使用できる。ワクチン組成物は、好まし
くは注射剤の形態である。通常のアジュバントを使用し
て免疫応答を促進できる。ワクチン用の適当な単位投与
量は0.5〜5μg/kgであり、この用量を、好まし
くは1〜3週間の間隔で1〜3回投与する。本発明の化
合物はこの用量において、何の悪い毒作用を示さない。
【0053】
【実施例】以下の実施例は、別に詳細に記載されている
ものを除いて、当業者に周知かつ慣用的である標準的技
法を用いて実施される。実施例は、本発明を説明するも
のであって、これを制限するものではない。 実施例1 株の選択、ライブラリーの調製およびシーケンシング 配列番号1のDNA配列を有するポリヌクレオチドをイ
ー・コリ中のストレプトコッカス・ニウモニアエの染色
体DNAのクローンのライブラリーから得た。重複した
ストレプトコッカス・ニウモニアエDNAを含む2つ以
上のクローンからのシーケンシング・データを使用して
配列番号1のDNA配列を構築した。ライブラリーは、
例えば、以下の方法1および2の慣用的な方法で調製で
きる。全細胞DNAは標準的な方法でストレプトコッカ
ス・ニウモニアエ0100993から単離し、2つの方
法のいずれかでサイズ−フラクショネーションした。
【0054】方法1 標準的方法に従い、ニードル中を通過させて全細胞DN
Aを機械的に剪断し、サイズ−フラクショネーションす
る。11kbpまでのDNAフラグメントを、エクソヌ
クレアーゼおよびDNAポリメラーゼで処理してブラン
ト化し、EcoRIリンカーを加える。フラグメント
を、予めEcoRIで切断したラムダZapIIベクタ
ーに結合し、ライブラリーを標準的方法でパケージし、
パケージしたライブラリーでイー・コリを感染した。こ
のライブラリーを標準的方法で増幅する。 方法2 全細胞DNAを、ライブラリー・ベクターにクローンす
る一連のフラグメントを生ずるのに適した制限酵素の一
つまたは組み合わせで(例、RsaI、RalI、Al
uI、Bshl235I)部分的に加水分解し、そのよ
うなフラグメントを標準的方法によりサイズ−フラクシ
ョネーションする。EcoRIリンカーでDNAに結合
させ、ついで、フラグメントを予めEcoRIで切断し
たラムダZapIIベクターに結合し、ライブラリーを
標準的方法でパケージし、パケージしたライブラリーで
イー・コリを感染した。このライブラリーを標準的方法
で増幅する。
【0055】実施例2 トリプトファニルtRNAシンセターゼの特徴付 放射能標識したアミノ酸のtRNAへの酵素介在組込
は、tRNAおよびATPの存在下、放射能標識したア
ミノ酸からのトリクロロ酢酸により沈澱する放射能とし
てアミノ酸−tRNAを測定するアミノアシル化法(Hu
ghes.J,Mellows.GおよびSoughton,S.,FEBS Letter
s,122:322-324)により測定できる。すなわち、トリ
プトファニルtRNAシンセターゼのインヒビターは、
対照に対するトリクロロ酢酸沈澱放射能の減少により検
出できる。一方、tRNAシンセターゼは、PPiから
の放射能標識ATPの形成を測定する部分PPi/AT
P交換反応を触媒し、トリプトファニルtRNAシンセ
ターゼ・インヒビターの検出に使用できる(Calaender,
R.およびBerg,P.,1966,Biochemistry,5,1681-169
0)。
【0056】
【配列表】
(1)一般的情報: (i)出願人:ローラー、エリザベス (ii)発明の名称:新規トリプトファニルtRNAシ
ンセターゼ (iii)配列の数:2 (iv)連絡先: (A)宛て名:スミスクライン・ビーチャム・コーポレ
イション (B)通り名:スウェードランド・ロード709番 (C)都市名:キング・オブ・プルシア (D)州名:ペンシルベニア (E)国名:アメリカ合衆国 (F)ZIP:19406−0939 (v)コンピューター・リーダブル・フォーム: (A)媒体タイプ:ディスケット (B)コンピューター:IBMコンパチブル (C)作動システム:DOS (D)ソフトウェア:Windowsバージョン2.0用FastSE
Q (vi)本願のデータ: (A)出願番号: (B)出願日:1997年9月12日 (C)分類: (vii)先の出願データ: (A)出願番号:9619072.3 (B)出願日:1996年9月12日 (viii)代理人等の情報: (A)氏名:ジミー,エドワード・アール (B)登録番号:38,891 (C)代理人等における処理番号:P31624 (xi)テレコミュニケーションの情報: (A)電話番号:610−270−4478 (B)ファックス番号:610−270−5090 (C)テレックス:
【0057】(2)配列番号1に関する情報: (i)配列の特徴: (A)配列の長さ:594塩基対 (B)配列の型:核酸 (C)鎖の数:1本 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:ゲノムDNA (xi)配列の記載:配列番号1: AAGGCTAATT ATGTTCCTGT TGGGACAGAT CAGAAACCAA TGATTGAGCA AACTCGTGAA 60 ATTGTTCGTT CTTTTAACAA TGCATATAAC TGTGATGTCT TGGTAGAGCC GGAAGGTATT 120 TATCCAGAAA ATGAGAGAGC AGGGCGTTTG CCTGGTTTAG ATGGAAATGC TAAAATGTCT 180 AAATCACTAA ATAATGGTAT TTATTTAGCT GATGATGCGG ATACTTTGCG TAAAAAAGTA 240 ATGAGTATGT ATACAGATCC AGATCATATC CGCGTTGAGG ATCCAGGTAA GATTGAGGGA 300 AATATGGTTT TCCATTATCT AGATGTTTTT GGTCGTCCAG AAGATGCTCA AGAAATTGCT 360 GATATGAAAG AACGTTATCA ACGAGGTGGT CTTGGTGATG TGAAGACCAA GCGTTATCTA 420 CTTGAAATAT TAGAACGTGA ACTGGGTCCT ATTCGTGAGC GCCGTATTGA ATTTGCTAAG 480 GATATGGGAG AAGTTTATAA TATGATTCAA AAAGGTAGTG AAAGAGCGCG TGAAGTTGCG 540 GGTCAAACCC TATCTGAGGT AAAAGGGGCA ATGGGACTTC ATTACTTTAA CTAA 594
【0058】(2)配列番号:2に関する情報: (i) 配列の特徴: (A)配列の長さ:197アミノ酸 (B)配列の型:アミノ酸 (C)鎖の数:1本 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類:蛋白質 (xi)配列の記載:配列番号2: Lys Ala Asn Tyr Val Pro Val Gly Thr Asp Gln Lys Pro Met Ile Glu 1 5 10 15 Gln Thr Arg Glu Ile Val Arg Ser Phe Asn Asn Ala Tyr Asn Cys Asp 20 25 30 Val Leu Val Glu Pro Glu Gly Ile Tyr Pro Glu Asn Glu Arg Ala Gly 35 40 45 Arg Leu Pro Gly Leu Asp Gly Asn Ala Lys Met Ser Lys Ser Leu Asn 50 55 60 Asn Gly Ile Tyr Leu Ala Asp Asp Ala Asp Thr Leu Arg Lys Lys Val 65 70 75 80 Met Ser Met Tyr Thr Asp Pro Asp His Ile Arg Val Glu Asp Pro Gly 85 90 95 Lys Ile Glu Gly Asn Met Val Phe His Tyr Leu Asp Val Phe Gly Arg 100 105 110 Pro Glu Asp Ala Gln Glu Ile Ala Asp Met Lys Glu Arg Tyr Gln Arg 115 120 125 Gly Gly Leu Gly Asp Val Lys Thr Lys Arg Tyr Leu Leu Glu Ile Leu 130 135 140 Glu Arg Glu Leu Gly Pro Ile Arg Glu Arg Arg Ile Glu Phe Ala Lys 145 150 155 160 Asp Met Gly Glu Val Tyr Asn Met Ile Gln Lys Gly Ser Glu Arg Ala 165 170 175 Arg Glu Val Ala Gly Gln Thr Leu Ser Glu Val Lys Gly Ala Met Gly 180 185 190 Leu His Tyr Phe Asn 195
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 FI C12N 9/00 G01N 33/53 D G01N 33/53 C12P 21/08 // C12P 21/08 A61K 37/48 (C12N 1/21 C12R 1:19) (C12N 9/00 C12R 1:19) (71)出願人 595047190 スミスクライン・ビーチャム・パブリッ ク・リミテッド・カンパニー SmithKline Beecham p.l.c. イギリス国ミドルセックス・ティーダブリ ュ8・9イーピー、ブレンフォード、ニュ ー・ホライズンズ・コート(番地の表示な し) (72)発明者 エリザベス・ジェーン・ローラー アメリカ合衆国19355ペンシルベニア州マ ルバーン、ラップ・ロード260番

Claims (22)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 (a)配列番号2のアミノ酸配列からな
    るポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して
    少なくとも70%の同一性を有するポリヌクレオチド;
    (b)ストレプトコッカス・ニウモニアエ(Streptococ
    cus pneumoniae)寄託株に含まれるトリプトファニルt
    RNAシンセターゼ遺伝子によって発現されると同じマ
    チュア・ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに
    対して少なくとも70%の同一性を有するポリヌクレオ
    チド;(c)配列番号2のアミノ酸配列に対して少なく
    とも70%の同一性を有するアミノ酸配列からなるポリ
    ペプチドをコードするポリヌクレオチド;(d)該
    (a)、(b)または(c)のポリヌクレオチドに対し
    て相補性のポリヌクレオチド;および(e)該(a)、
    (b)または(c)のポリヌクレオチドの少なくとも連
    続した15塩基からなるポリヌクレオチドからなる群よ
    り選択されたポリヌクレオチド配列からなる単離ポリヌ
    クレオチド。
  2. 【請求項2】 DNAである請求項1記載のポリヌクレ
    オチド。
  3. 【請求項3】 RNAである請求項1記載のポリヌクレ
    オチド。
  4. 【請求項4】 配列番号1のヌクレオチド配列からなる
    請求項2記載のポリヌクレオチド。
  5. 【請求項5】 配列番号1に示すオープン・リーディン
    グ・フレームのヌクレオチドからなる請求項2記載のポ
    リヌクレオチド。
  6. 【請求項6】 配列番号2のアミノ酸配列からなるポリ
    ペプチドをコードする請求項2記載のポリヌクレオチ
    ド。
  7. 【請求項7】 請求項1記載のポリヌクレオチドを含む
    ベクター。
  8. 【請求項8】 請求項7記載のベクターを含む宿主細
    胞。
  9. 【請求項9】 請求項8記載の宿主細胞からそのDNA
    によってコードされるポリペプチドを発現させることを
    特徴とするポリペプチドの製造法。
  10. 【請求項10】 トリプトファニルtRNAシンセター
    ゼポリペプチドまたはフラグメントを産生するのに十分
    な条件下で、請求項8記載の宿主を培養することを特徴
    とする該ポリペプチドまたはフラグメントの製造法。
  11. 【請求項11】 配列番号2のアミノ酸配列に対して少
    なくとも70%の同一性を有するアミノ酸配列を含有し
    てなるポリペプチド。
  12. 【請求項12】 配列番号2のアミノ酸配列を含有して
    なるポリペプチド。
  13. 【請求項13】 請求項11記載のポリペプチドに対す
    る抗体。
  14. 【請求項14】 請求項11記載のポリペプチドの活性
    または発現を阻害するアンタゴニスト。
  15. 【請求項15】 トリプトファニルtRNAシンセター
    ゼポリペプチドの必要な個体の治療方法であって、請求
    項11記載のポリペプチドの治療上有効量を該個体に投
    与することからなる治療方法。
  16. 【請求項16】 トリプトファニルtRNAシンセター
    ゼポリペプチドの必要な個体の治療方法であって、請求
    項14記載のアンタゴニストの治療上有効量を該個体に
    投与することからなる治療方法。
  17. 【請求項17】 個体における請求項11記載のポリペ
    プチドの発現または活性の関係する疾患の診断方法であ
    って、該個体から由来する試料中の (a)該ポリペプチドをコードする核酸配列を測定する
    こと;および/または (b)該ポリペプチドの存在または量を分析することか
    らなる方法。
  18. 【請求項18】 請求項11記載のポリペプチドと相互
    作用し、その活性を阻害または活性化する化合物の同定
    方法であって、 スクリーニングすべき化合物が該ポリペプチドと相互作
    用できる条件下、該ポリペプチドと化合物の相互反応に
    応じて検出可能なシグナルを与えることのできる第2の
    成分と共に、該ポリペプチドからなる組成物を該化合物
    と接触させて、該化合物の相互反応を評価し;該ポリペ
    プチドと化合物との相互反応からのシグナルの有無を検
    出して、該化合物が該ポリペプチドと相互反応し、その
    活性を活性化するか、阻害するかを測定することからな
    る方法。
  19. 【請求項19】 哺乳動物において免疫応答を誘導する
    方法であって、請求項1記載のトリプトファニルtRN
    Aシンセターゼポリペプチドあるいは抗体および/また
    はT細胞の免疫応答を生じさせるのに適当なそのフラグ
    メントまたは変種を該哺乳動物に接種し、該動物を疾患
    から保護する方法。
  20. 【請求項20】 哺乳動物において免疫応答を誘導する
    方法であって、請求項11記載のトリプトファニルtR
    NAシンセターゼポリペプチドを直接発現する核酸ベク
    ター、あるいは該トリプトファニルtRNAシンセター
    ゼポリペプチドを発現するためのそのフラグメントまた
    は変種、またはin vivoで抗体および/またはT
    細胞の免疫応答を生じさせるためのそのフラグメントま
    たは変種をデリバリーして該動物を疾患から保護する方
    法。
  21. 【請求項21】 配列番号1に示すDNA配列からなる
    ことを特徴とする、ストレプトコッカス・ニウモニアエ
    0100993由来のポリペプチド。
  22. 【請求項22】 トリプトファニルtRNAシンセター
    ゼの相互反応に干渉する薬物を同定する薬物のスクリー
    ニング方法であって、完全なアミノアシル化反応または
    部分的なPPi/ATP交換反応により酵素活性を測定
    することからなる薬物のスクリーニング法。
JP9289010A 1996-09-12 1997-09-12 新規トリプトファニルtRNAシンセターゼ Withdrawn JPH10215882A (ja)

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