JP2002506624A - スタフィロコッカス・アウレウスｓｐｏ０ｊ２：ポリヌクレオチドおよび蛋白 - Google Patents

スタフィロコッカス・アウレウスｓｐｏ０ｊ２：ポリヌクレオチドおよび蛋白

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Abstract

(57)【要約】 本発明はｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドおよびｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドならびに組換え技法によるかかるポリペプチドの製法を提供する。さらに、ｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドを用いて抗菌化合物をスクリーニングする方法を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 （技術分野） 本発明は、新規に同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド、その製造
および使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニスト、ならびにそ
の使用に関する。特に、本発明は、ｓｐｏ０Ｊファミリー（以下、ｓｐｏ０Ｊ２
という）のポリヌクレオチドおよびポリペプチドに関する。
【０００２】 （背景技術） 抗生物質を開発するための標的として、スタフィロコッカス属（Staphylococc
i）の遺伝子および遺伝子産物を用いるのが特に好ましい。スタフィロコッカス 属は医学的に重要な微生物属を形成している。それらは２つのタイプの疾病、す
なわち、侵入的および毒素生成的疾病を引き起こすことが知られている。一般に
は、侵入的感染は皮膚表面および深部組織の両方に影響する膿瘍形成により特徴
づけられる。癌患者において、エス・アウレウス（S. aureus）は菌血症の第２ の主要原因である。骨髄炎、敗血症性関節炎、敗血性の血栓性静脈炎および急性
細菌性心内膜炎も比較的よく見られる。スタフィロコッカス属の毒素生成的特性
により生じる症状には少なくとも３つの臨床的症状がある。これらの疾病の明ら
かな徴候は、組織侵入および菌血症に対立するものとしてのエンドトキシンの作
用により生じる。これらの症状は、スタフィロコッカス食中毒、熱傷皮膚症候群
およびトキシンショック症候群を包含する。
【０００３】 スタフィロコッカス・アウレウス感染の頻度は過去２０〜３０年間に劇的に上
昇している。これは多重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人口の
増加に起因している。いくつかのまたはすべての標準的な抗生物質に対して耐性
を有するスタフィロコッカス・アウレウス株を単離することはもはやめずらしい
ことではない。この現象は、この生物に対する新しい抗菌剤、ワクチンおよび診
断試験についての必要性を形成している。 化合物を抗生作用活性についてスクリーンするのに有用な特性を有する、本発
明の態様である、ｓｐｏ０Ｊ２のような因子が必要とされているのは明らかであ
る。かかる因子はまた、感染、機能不全および疾患の発生病理におけるその役割
を決定するのにも有用である。さらに、かかる因子およびそのアンタゴニストお
よびアゴニストを同定し、かつ特徴付けてそのような感染、機能不全および疾患
を防止、改善または修正する方法を見つける必要もある。 本発明の特定のポリペプチドは、ＤＮＡ結合蛋白のｓｐｏ０Ｊ蛋白に類似する
既知のバシラス・サチリス（B.subtilis）推定蛋白ｙｙａＡに対してアミノ酸配
列相同性を有する。
【０００４】 （発明の開示） 表１（配列番号２）に示されるアミノ酸配列と既知のアミノ酸配列またはＤＮ
Ａ結合蛋白のｓｐｏ０Ｊ蛋白に類似するバシラス・サチリス推定蛋白ｙｙａＡな
どの他の蛋白の配列の間の相同性により、新規なｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドと同
定されるポリペプチドを提供することが本発明の目的である。 ｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、特に本明細書にて
ｓｐｏ０Ｊ２と称されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する
ことも本発明の目的である。 本発明の特に好ましい具体例において、ポリヌクレオチドは、全長遺伝子また
はその変種を包含する、表１（配列番号１）に示される配列を含むｓｐｏ０Ｊ２
ポリペプチドをコードする領域を含む。 もう一つ別の本発明の特に好ましい具体例において、表１（配列番号２）のア
ミノ酸配列を含むスタフィロコッカス・アウレウスからのｓｐｏ０Ｊ２蛋白また
はその変種がある。
【０００５】 本発明のさらなる態様として、ｓｐｏ０Ｊ２、特にスタフィロコッカス・アウ
レウスｓｐｏ０Ｊ２をコードする単離された核酸分子、例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡ、ゲノムＤＮＡが提供される。本発明のさらなる具体例は、その生物学的、
診断学的、予防学的、臨床学的または治療学的に有用な変種、ならびにそれらを
含む組成物を包含する。 本発明のもう一つ別の態様によれば、治療または予防を目的として、特に遺伝
的免疫化のために本発明のポリヌクレオチドの使用が提供される。そのうち本発
明の特に好ましい具体例はｓｐｏ０Ｊ２の天然に存在する対立遺伝子変種および
それによりコードされるポリペプチドである。 本発明のもう一つ別の態様において、本明細書にてｓｐｏ０Ｊ２と称される、
スタフィロコッカス・アウレウスの新規なポリペプチド、ならびにその生物学的
、診断学的、予防学的、臨床学的または治療学的に有用な変種、ならびにそれら
を含む組成物が提供される。
【０００６】 そのうち本発明の特に好ましい具体例はｓｐｏ０Ｊ２遺伝子の天然に存在する
対立遺伝子によりコードされるｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドの変種である。 本発明の好ましい具体例において、前記したｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドを産生
するための方法が提供される。 本発明のさらにもう一つ別の態様によれば、そのようなポリペプチドに対する
、例えば、抗生物質を包含する、抗菌剤として有用な阻害剤が提供される。 本発明の特定の好ましい具体例によれば、ｓｐｏ０Ｊ２発現を評価し、疾患を
治療し、遺伝的変異をアッセイし、生物にｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドを投与して、細菌、特にスタフィロコッカス・アウレウス菌に対す
る免疫学的応答を惹起することからなる組成物および方法が提供される。
【０００７】 本発明のこの態様および他の態様の特定の好ましい具体例によれば、特にスト
リンジェントな条件下で、ｓｐｏ０Ｊ２ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズ
するポリヌクレオチドが提供される。 本発明のある種の好ましい具体例において、ｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドに対す
る抗体が提供される。 本発明の他の具体例において、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチド
に結合するか、さもなければ相互作用し、その活性を阻害するか、または活性化
する化合物の同定方法であって、化合物のポリペプチドまたはポリヌクレオチド
への結合を可能とする、もしくはポリペプチドまたはポリヌクレオチドとの別の
相互作用を可能とする条件下で、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチド
をスクリーニングしようとする化合物と接触させ、ポリペプチドまたはポリヌク
レオチドの化合物への結合あるいは化合物との相互作用に応じて検出可能なシグ
ナルを供給することのできる第２の成分に関連したものである、化合物への結合
または化合物との別の相互作用を評価し、その結合あるいはその相互作用により
生じたシグナルの有無を検出することにより、化合物がポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドに結合し、さもなければ相互作用し、その活性を活性化または阻害
するかどうかを決定することからなる方法が提供される。
【０００８】 本発明のもう一つ別の態様によれば、ｓｐｏ０Ｊ２アゴニストおよびアンタゴ
ニスト、好ましくは静菌性または殺菌性アゴニストおよびアンタゴニストが提供
される。 本発明のさらなる態様によれば、細胞または多細胞生物に投与するためのｓｐ
ｏ０Ｊ２ポリヌクレオチドまたはｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドを含む組成物が提供
される。 開示された本発明の精神および範囲内での種々の変更および修飾は、以下の説
明を読み、本開示の他の部分を読めば、当業者に容易に明らかになるであろう。
【０００９】 （発明を実施するための最良の形態） 以下により詳細に説明するように、本発明は、新規なｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチ
ドおよびポリヌクレオチドに関する。詳細には、本発明は、ＤＮＡ結合蛋白のｓ
ｐｏ０Ｊポリペプチドに類似するバシラス・サチリス推定蛋白ｙｙａＡに対する
アミノ酸配列相同性により関連づけられるスタフィロコッカス・アウレウスの新
規なｓｐｏ０Ｊ２のポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。特に、本発
明は、各々、配列番号１および配列番号２として表１に示されるヌクレオチドお
よびアミノ酸配列を有するｓｐｏ０Ｊ２に関する。
【００１０】 表１ ｓｐｏ０Ｊ２ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列 （Ａ）スタフィロコッカス・アウレウスのｓｐｏ０Ｊ２ポリヌクレオチド配列［
配列番号１］ 5'- 1 ATGAAAAAAC CTTTTTCAAA ATTATTTGGT TTGAAAAACA AAGATGACAT 51 CATTGGACAT ATTGAAGAAG ATCGCAATAG TAATGTTGAA TCCATTCAAA 101 TTGAACGTAT CGTTCCCAAC CGTTATCAAC CAAGACAGGT GTTTGAACCA 151 AATAAAATTA AAGAACTTGC TGAATCAATA CATGAACATG GTTTACTACA 201 ACCTATTGTT GTAAGACCGA TTGAAGAAGA TATGTTTGAA ATTATTGCTG 251 GAGAGCGCCG ATTTAGAGCA ATACAATCAC TAAATTTACC TCAAGCAGAC 301 GTTATTATTC GTGATATGGA TGAAGAAGAG ACGGCTGTTG TTGCATTAAT 351 TGAGAATATT CAAAGAGAAA ATTGGTCTGT TGTTGAAGAA GCGGAAGCCT 401 ATAAGAAATT ATTGGAAATT GGTGATACAA CGCAAAGTGA ATTGGCAAAA 451 AGTTTAGGTA AAAGTCAAAG CTTTATTGCA AATAAGTTGC GTTTATTGAA 501 GTTGGCGCCG AAAGTACTAC TTCGCTTAAG AGAAGGTAAA ATTACTGAAC 551 GCCATGCGAG AGCGGTATTA TCATTGTCTG ATAGTGAACA AGAAGCGTTG 601 ATTGAGCAAG TCATTGCACA AAAACTAAAT GTGAAACAGA CTGAAGATAG 651 AGTACGCCAA AAAACGGGGC CCGAAAAAGT CAAAGCACAA AACCTTCGCT 701 TTGCACAAGA TGTCACTCAA GCACGAGATG AGGTAGGCAA AAGTATCCAA 751 GCGATTCAAC AAACAGGACT ACATGTTGAG CATAAAGACA AAGATCATGA 801 AGATTATTAT GAAATAAAAA TTCGAATATA TAAACGTTAG -3'
【００１１】 （Ｂ）この表のポリヌクレオチド配列より推定されるスタフィロコッカス・アウ
レウスのｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチド配列［配列番号２］ NH2- 1 MKKPFSKLFG LKNKDDIIGH IEEDRNSNVE SIQIERIVPN RYQPRQVFEP 51 NKIKELAESI HEHGLLQPIV VRPIEEDMFE IIAGERRFRA IQSLNLPQAD 101 VIIRDMDEEE TAVVALIENI QRENWSVVEE AEAYKKLLEI GDTTQSELAK 151 SLGKSQSFIA NKLRLLKLAP KVLLRLREGK ITERHARAVL SLSDSEQEAL 201 IEQVIAQKLN VKQTEDRVRQ KTGPEKVKAQ NLRFAQDVTQ ARDEVGKSIQ 251 AIQQTGLHVE HKDKDHEDYY EIKIRIYKR -COOH
【００１２】 （Ｃ）スタフィロコッカス・アウレウスＯＲＦ配列を含むポリヌクレオチド配列
［配列番号３］ 5'- 1 GTTATTATTC GTGATATGGA TGATGAAGAG ACGGCTGTTG TTGCATTAAT 51 TGAGAATATT CAAAGAGAAA ATTTGTCTGT TGTTGAAGAA GCGGAAGCCT 101 ATAAGAAATT ATTGGAAATT GGTGATACAA CGCAAAGTGA ATTGGCAAAA 151 AGTTTAGGTA AAAGTCAAAG CTTTATTGCA AATAAGTTGC GTTTATTGAA 201 GTTGGCGCCG AAAGTACTAC TTCGCTTAAG AGAAGGTAAA ATTACTGAAC 251 GCCATGCGAG AGCGGTATTA TCATTGTCTG ATAGTGAACA AGAAGCGTTG 301 ATTGAGCAAG TCATTGCACA AAAACTAAAT GTGAAACAGA CTGAAGATAG 351 AGTACGCCAA AAAACGGGGC CCGAAAAAGT CAAAGCACAA AACCTTCGCT 401 TTGCACAAGA TGTCACTCAA GCACGAGATG AGGTAGGCAA AAGTATCCAA 451 GCGATTCAAC AAACAGGACT ACATGTTGAG CATAAAGACA AAGATCATGA 501 AGATTATTAT GAAATAAAAA TTCGAATATA TAAACGTTAG -3'
【００１３】 （Ｄ）この表のポリヌクレオチドＯＲＦ配列より推定されるスタフィロコッカス
・アウレウスｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチド配列［配列番号４］ NH2- 1 VIIRDMDDEE TAVVALIENI QRENLSVVEE AEAYKKLLEI GDTTQSELAK 51 SLGKSQSFIA NKLRLLKLAP KVLLRLREGK ITERHARAVL SLSDSEQEAL 101 IEQVIAQKLN VKQTEDRVRQ KTGPEKVKAQ NLRFAQDVTQ ARDEVGKSIQ 151 AIQQTGLHVE HKDKDHEDYY EIKIRIYKR -COOH
【００１４】 寄託材料 スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９株を含む寄託株を、１９９５年
９月１１日に、スコットランド、ＡＢ２ １ＲＹ、アバディーン、マチャードラ イブ２３Ｓt.のナショナル・コレクション・オブ・インダストリアル・アンド・
マリーン・バクテリア・リミテッド（本明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）に、
ＮＣＩＭＢ受託番号４０７７１の下で寄託した。その寄託株は寄託の際にスタフ
ィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９と命名された。スタフィロコッカス・ア
ウレウス寄託株を、本明細書では「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称する
。 寄託株は全長のｓｐｏ０Ｊ２遺伝子を含んでいる。寄託株に含まれるポリヌク
レオチドの配列ならびにそれによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列は
、本明細書における配列の記載とのいずれの不一致においても支配的である。 寄託株の寄託は、特許手続き上の微生物寄託の国際承認に関するブタペスト条
約の条件下で行われている。特許が発行されると何ら制限または条件もなく、最
終的に株は分譲される。寄託株は当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ. Ｓ.Ｃ.１１２条の下に要求されるような、寄託が実施可能要件であることを承認
するものではない。 寄託株、それに由来の化合物を製造、使用または販売するには、ライセンスが
必要であるが、そのようなライセンスはここで付与されるものではない。 本発明の一の態様は、寄託株に含まれるスタフィロコッカス・アウレウスＷＣ
ＵＨ２９株により発現可能な成熟ポリペプチドをコードする単離核酸分子を提供
することである。さらには、本発明は寄託株中のＤＮＡのｓｐｏ０Ｊ２ヌクレオ
チド配列およびそれによりコードされるアミノ酸配列を提供する。また、本発明
は寄託株より単離されたｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチド配列およびそれに由来のアミ
ノ酸配列を提供する。
【００１５】 ポリペプチド 本発明のポリペプチドは、表１［配列番号２］のポリペプチド（とりわけ成熟
ポリペプチド）ならびにポリペプチドおよびフラグメント、詳細には、ｓｐｏ０
Ｊ２の生物活性を有し、表１［配列番号１］のポリペプチドまたはその該当部分
と少なくとも７０％の同一性、好ましくは表１［配列番号２］のポリペプチドと
少なくとも８０％の同一性、より好ましくは表１［配列番号２］のポリペプチド
と少なくとも９０％の類似性（より好ましくは、少なくとも９０％の同一性）、
さらにより好ましくは表１［配列番号２］のポリペプチドと少なくとも９５％の
類似性（さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一性）を有するポリペプチ
ドおよびフラグメントを包含し、さらにかかるポリペプチドの部分も包含し、一
般に、ポリペプチドのかかる部分は少なくとも３０個のアミノ酸、より好ましく
は、少なくとも５０個のアミノ酸を含む。
【００１６】 本発明はまた、 Ｘ−（Ｒ1）m−（Ｒ2）−（Ｒ3）n−Ｙ ［式中、アミノ末端のＸは水素であり、カルボキシル末端のＹは水素または金属
であり、Ｒ1およびＲ3はいずれかのアミノ酸残基であり、ｍは１〜１０００の整
数または０であり、ｎは１〜１０００の整数または０であり、Ｒ2は本発明のア ミノ酸配列、特に表１のアミノ酸配列を意味する］ で示されるポリペプチドを包含する。上記の式中、Ｒ2はアミノ末端残基がその 左側でＲ1に結合し、そのカルボキシ末端残基がその右側でＲ3に結合するように
方向づけられる。ｍおよび／またはｎが１より大きい場合、いずれかのＲで表さ
れるアミノ酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいずれであって
もよく、ヘテロポリマーが好ましい。
【００１７】 フラグメントは、その全体が上記したポリペプチドのアミノ酸配列の全部では
ないが、一部と同じであるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ｓｐ
ｏ０Ｊ２ポリペプチドと同様、フラグメントは「独立している（free-standing ）」であるか、またはそれらが一の部分または領域、最も好ましくは単一の連続
した領域、単一のより大きなポリペプチドを形成するより大きなポリペプチドの
中に含まれていてもよい。 好ましいフラグメントは、例えば、表１［配列番号２］のアミノ酸配列または
、アミノ末端を含む連続した一連の残基またはカルボキシル末端を含む連続した
一連の残基のような、その変種の一部を有する末端切断ポリペプチドを包含する
。宿主細胞、特に、スタフィロコッカス・アウレウス中の本発明のポリペプチド
の分解型も好ましい。さらに、アルファヘリックスおよびアルファヘリックス形
成領域、ベータシートおよびベータシート形成領域、ターンおよびターン形成領
域、コイルおよびコイル形成領域、親水領域、疎水領域、アルファ両親媒性領域
、ベータ両親媒性領域、フレキシブル領域、表面形成領域、基質結合領域、およ
び高抗原指数領域を含むフラグメントのような、構造的または機能的属性によっ
て特徴づけられるフラグメントもまた好ましいフラグメントである。
【００１８】 生物学的に活性なフラグメントも好ましいフラグメントである。生物学的に活
性なフラグメントは、類似活性または改良活性を有するもの、または望ましくな
い活性が減少したフラグメントを含め、ｓｐｏ０Ｊ２の活性を媒介するフラグメ
ントである。さらに、動物、特にヒトにおいて抗原性または免疫原性であるフラ
グメントも含まれる。特に好ましいものは、スタフィロコッカス・アウレウスの
生存に必須の機能または個体、特に、ヒトにおいて疾患を開始または疾病を維持
する能力を与える酵素群の受容体またはドメインからなるフラグメントである。 本発明のポリペプチドのフラグメントである変種は、ペプチド合成法により対
応する全長のポリペプチドの製造に使用することができる。したがって、これら
の変種は、本発明の全長ポリペプチドを製造するための中間体として使用できる
。 アミノ酸に関する標準的１文字および３文字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘ
ａａ」なる語もまた、本発明のあるポリペプチドを記載するのに用いられる。「
Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種の天然に存在するいずれかのアミノ酸がポリペ
プチド配列のそのように指定される位置にあってもよいことを意味する。
【００１９】 ポリヌクレオチド 本発明のもう一つの態様は、表１［配列番号２］の推定アミノ酸配列を有する
ｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドをコードする、全長遺伝子を包含する、単離ポリヌク
レオチド、それに密接に関連するポリヌクレオチドおよびそれらの変種に関する
。 表１［配列番号１］に示すポリヌクレオチド配列のような本明細書の情報を使
用し、出発材料としてスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９を使用し、
細菌からの染色体ＤＮＡフラグメントをクローニングし、配列決定し、つづいて
全長クローンを得る標準的クローニングおよびスクリーニング法を使用して、ｓ
ｐｏ０Ｊ２ポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオチドを得ることがで
きる。例えば、表１［配列番号１］に示す配列のような本発明のポリヌクレオチ
ド配列を得るには、典型的には、エシェリシア・コリまたは他の適当な宿主中の
スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９の染色体ＤＮＡのクローンのライ
ブラリーを、部分配列から由来する放射標識したオリゴヌクレオチド、好ましく
は１７量体またはそれより長いオリゴヌクレオチドでプローブする。ついで、該
プローブと同じＤＮＡを有するクローンを厳密な条件を使用して区別できる。該
オリジナル配列から設計された配列決定プライマーで同定された個々のクローン
を配列決定することにより、該配列を両方の方向に伸長し、完全な遺伝子配列を
決定することが可能である。都合よくは、プラスミド・クローンから調製された
変性二本鎖ＤＮＡを用いてかかる配列決定を行う。適当な技法は、Maniatis,T. ，Fritsch,E.F.およびSambrookら、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANUAL，
2nd Ed.；Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New Yo
rk（1989）（特に、ハイブリダイゼーションによるスクリーニング１.９０およ び変性二本鎖ＤＮＡ鋳型の配列決定１３.７０を参照のこと）により記載されて いる。例えば、表１［配列番号１］に示すポリヌクレオチドは、スタフィロコッ
カス・アウレウスＷＣＵＨ２９から由来するＤＮＡライブラリー中に見いだされ
たものである。
【００２０】 表１［配列番号１］のＤＮＡ配列は、表１［配列番号２］に示すのとほぼ同数
のアミノ酸残基を有し、当該分野にて公知のアミノ酸残基の分子量から計算でき
る推定分子量を有する蛋白をコードするオープンリーディングフレームを有する
。配列番号１のヌクレオチド番号１と、ヌクレオチド番号８３８で始まる停止コ
ドンとの間の配列番号１のポリヌクレオチドが、配列番号２のポリペプチドをコ
ードする。 本発明のｓｐｏ０Ｊ２は、構造的に、ｓｐｏ０Ｊファミリーの他の蛋白に関連
する。
【００２１】 本発明は、表１［配列番号１］のコーディング配列と、その全長にわたって同
一であるポリヌクレオチド配列を提供する。また、本発明は、成熟ポリペプチド
またはそのフラグメント用のコーディング配列自体ならびにリーダーまたは分泌
配列、プレ、プロまたはプレプロ蛋白配列をコードするコーディング配列のよう
な他のコーディング配列を有するリーディング・フレーム中の成熟ポリペプチド
またはフラグメントのコーディング配列を提供する。ポリヌクレオチドはまた、
例えば、転写されるが翻訳されない配列、終止シグナル、リボソーム結合部位、
ｍＲＮＡを安定化する配列、イントロン、ポリアデニル化シグナル、および付加
的なアミノ酸をコードする付加的なコーディング配列のごとき、非コーディング
５’および３’配列を包含する非コーディング配列を含むが、これらに限定する
ものではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促進するマーカー配列をコー
ドすることができる。本発明のある種の具体例において、マーカー配列は、ｐＱ
Ｅベクター（Qiagen,Inc.）において提供され、Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.U
SA（1989）86：821-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジンペプチドであ るか、またはＨＡタグ（Wilsonら、Cell，37:767(1984)）である。本発明のポリ
ヌクレオチドは、限定するものではないが、構造遺伝子および遺伝子の発現を調
節する、本来的に結合している配列からなるポリヌクレオチドを包含する。 本発明の好ましい具体例は、表１の配列番号１に示されるヌクレオチド１から
ヌクレオチド８３８のすぐ上流にあるヌクレオチドまで、またはそれを含むヌク
レオチドを含むポリヌクレオチドであり、それは共にｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチド
をコードする。
【００２２】 本発明はまた、式： Ｘ−（Ｒ1）m−（Ｒ2）−（Ｒ3）n−Ｙ ［式中、分子の５’末端のＸは水素であるか、あるいはＹと一緒になって共有結
合を形成し、分子の３’末端のＹは水素または金属であるか、あるいはＸと一緒
になって共有結合を形成し、Ｒ1およびＲ3は、各々、独立していずれかの核酸残
基であり、ｍは１〜３０００の整数または０であり、ｎは１〜３０００の整数ま
たは０であり、Ｒ2は本発明の核酸配列、特に表１より選択される核酸配列を意 味する］ で示されるポリヌクレオチドを包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、Ｒ
2は５’末端残基がその左側でＲ1に結合し、その３’末端残基がその右側でＲ3 に結合するように方向付けられる。ｍおよび／またはｎが１より大きい場合、い
ずれかのＲで表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのい
ずれであってもよく、ヘテロポリマーが好ましい。好ましい具体例において、Ｘ
およびＹが一緒になって共有結合を形成する場合、前記した式のポリヌクレオチ
ドは閉じた環状ポリヌクレオチドであり、それはその式が第２の鎖が相補性を有
する第１の鎖を示す二本鎖ポリヌクレオチドであり得る。もう一つ別の具体例に
おいて、ｍおよび／またはｎは１と１０００の間の整数である。
【００２３】 本発明のポリヌクレオチドはスタフィロコッカス・アウレウス由来であるのが
最も好ましいが、分類学上同じ属の生物より得ることも好ましい。また、例えば
、分類学上同じ科または目の生物から得てもよい。 本明細書で使用する「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」なる語は
、本発明のポリペプチド、特に、細菌性ポリペプチド、より詳細には、表１［配
列番号２］に示すアミノ酸配列を有するスタフィロコッカス・アウレウス・ｓｐ
ｏ０Ｊ２のポリペプチドをコードする配列を含むポリヌクレオチドを包含する。
この語はコーディングおよび／非コーディング配列を含んでもよいさらなる領域
と共に、該ポリペプチドをコードする単一の連続または非連続領域（例えば、組
み込まれたファージ、挿入された配列、エデティング（editing）により中断さ れている）を含むポリヌクレオチドを包含する。 本発明はさらに、表１［配列番号２］の推定アミノ酸配列を有するポリペプチ
ドの変種をコードする、本明細書に記載したポリヌクレオチドの変種に関する。
本発明のポリヌクレオチドのフラグメントである変種は本発明の全長ポリヌクレ
オチドの合成に使用できる。
【００２４】 さらに好ましい具体例は、数個、わずかな、５〜１０、１〜５、１〜３、２ま
たは１個あるいは０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、欠失ま
たは付加された表１［配列番号２］のｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドのアミノ酸配列
を有する、ｓｐｏ０Ｊ２変種をコードするポリヌクレオチドである。特に好まし
くは、ｓｐｏ０Ｊ２の特性、活性を変化させないサイレント置換、付加および欠
失である。 本発明のさらに好ましい具体例は、表１［配列番号２］に示すアミノ酸配列を
を有するｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの全長にわた
って少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドおよびそのようなポリ
ヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドである。また、最も好ましいものは、
ｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと全長にわたって少な
くとも８０％の同一性を有する領域からなるポリヌクレオチドおよびそれと相補
的なポリヌクレオチドである。この点で、その同じものと全長にわたって少なく
とも９０％の同一性を有するポリヌクレオチドが特に好ましく、中でも少なくと
も９５％の同一性を有するものが特に好ましい。さらには、少なくとも９５％の
同一性を有するものの中で少なくとも９７％の同一性を有するものがより好まし
く、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％の同一性を有するものが特
に好ましい。少なくとも９９％の同一性を有するものがより好ましい。
【００２５】 好ましい具体例は、表１［配列番号１］のＤＮＡによってコードされている成
熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリペプチド
をコードするポリヌクレオチドである。 さらに本発明は、本明細書にて上記した配列にハイブリダイズするポリヌクレ
オチドに関する。この点において、本発明は特に、本明細書にて上記したポリヌ
クレオチドに厳密な条件下でハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる場合、「厳密な条件」および「厳密なハイブリダイゼー
ション条件」という語は、ハイブリダイゼーションが、配列間に少なくとも９５
％、好ましくは少なくとも９７％の同一性がある場合にのみ起こることを意味す
る。厳密なハイブリダイゼーション条件の一例として、５０％ホルムアルデヒド
、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ ＮaＣl、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍ
Ｍリン酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデンハート（Denhardt’s）溶液、１０ ％硫酸デキストランおよび２０μｇ／ｍｌ変性切断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中
、４２℃で一夜インキュベーションし、ついでハイブリダイゼーション支持体を
０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗浄することが挙げられる。ハイブリダイゼーシ ョンおよび洗浄条件は周知であり、Sambrookら、MOLECULAR CLONING：A LABORAT
ORY MANUAL，Second Edition，Cold Spring Harbor, N.Y.（1989）、特に、第11
章に例示されている。
【００２６】 本発明はまた、本質的に、配列番号１に示したポリヌクレオチド配列の完全遺
伝子を含む適当なライブラリーを、厳密なハイブリダイゼーション条件下、配列
番号１に示す該ポリヌクレオチド配列の配列を有するプローブまたはそのフラグ
メントでスクリーニングし、該ＤＮＡ配列を単離することにより得ることができ
るポリヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドを提供する。そのようなポリ
ヌクレオチドを得るのに有用なフラグメントには、例えば、本明細書のいずれか
の場所で十分に説明するプローブおよびプライマーが包含される。 本明細書において本発明のポリヌクレオチドの分析についてさらに説明するよ
うに、例えば、上記したような本発明のポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ
およびゲノムＤＮＡに対するハイブリダイゼーションプローブとして使用し、ｓ
ｐｏ０Ｊ２をコードする全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、ｓｐｏ０
Ｊ２遺伝子に対して高い配列類似性を有する他の遺伝子のｃＤＮＡおよびゲノム
クローンを単離することができる。そのようなプローブは、一般に、少なくとも
１５塩基を含むであろう。好ましくは、そのようなプローブは少なくとも３０塩
基からなり、少なくとも５０塩基を有してもよい。特に好ましいプローブは、少
なくとも３０塩基を有し、５０以下の塩基を有する。
【００２７】 例えば、ｓｐｏ０Ｊ２遺伝子のコーディング領域は、表１（配列番号１）のＤ
ＮＡ配列を使用してスクリーニングしてオリゴヌクレオチド・プローブを合成す
ることにより単離できる。ついで、本発明の遺伝子の配列と相補性の配列を有す
る標識したオリゴヌクレオチドを用いてｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡ
のライブラリーをスクリーニングし、ライブラリーのどのメンバーがプローブと
ハイブリダイズするかを決定する。 本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、本明細書においてポリヌク
レオチド分析に関してさらに説明するように、例えば、疾患、特にヒトの疾患に
対する治療および診断の発見のための研究試薬および研究材料として用いること
ができる。 表１（配列番号１または２）の配列に由来するオリゴヌクレオチドである本発
明のポリヌクレオチドは、本明細書に記載の方法に使用できるが、好ましくはＰ
ＣＲに使用し、本明細書で同定したポリヌクレオチドが全体として、または部分
的に感染組織において細菌中で転写されるか否か測定する。そのような配列はま
た、病原体が達した感染の段階およびタイプの診断においても有用性がある。
【００２８】 また、本発明は、成熟蛋白に、さらなるアミノまたはカルボキシ末端アミノ酸
が加わるか、成熟ポリペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成熟形態
が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペプチドをコードするポリヌク
レオチドを提供する。このような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態への蛋
白のプロセッシングにおいて役割を果たし、蛋白を運び、蛋白の半減期を長くし
たり、短くしたり、あるいは分析または生産のための蛋白の取り扱いを容易にす
ることができる。インビボで一般的なように、該付加アミノ酸は細胞酵素により
成熟蛋白からプロセッシングにより除かれる。 一またはそれ以上のプロ配列に融合したポリペプチドの成熟形態を有する前駆
体蛋白は該ポリペプチドの不活性形でもよい。プロ配列がそのような不活性前駆
体から除かれると、一般に活性化される。プロ配列のいくらかまたは全体を、活
性化の前に除去できる。一般に、そのような前駆体はプロ蛋白と称される。
【００２９】 核酸塩基に関する標準記号Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ／Ｕに加えて、また「Ｎ」なる語を
、本発明の特定のポリヌクレオチドを記載するのに用いることができる。「Ｎ」
は、隣接するヌクレオチド位置と一緒になって作用する場合、正確な読み枠を読
中で読まれる場合で、Ｎがそのような読み枠において未成熟終止コドンを形成す
る効果を有する塩基でないことが好ましい場合を除き、４種のＤＮＡ塩基または
ＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡまたはＲＮＡ配列のその指定位置にあることを意
味する。 要するに、本発明のポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配列の加わった成
熟蛋白（プレ蛋白とも称される）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１またはそ
れ以上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダー配列と、一般に、
ポリペプチドの活性な成熟形態を生成するプロセッシング工程の間に除去される
１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコ
ードする。
【００３０】 ベクター、宿主細胞、発現系 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを含むベク
ター、本発明のベクターで遺伝子操作される宿主細胞および組換え技術による本
発明のポリペプチドの製造に関する。さらに無細胞翻訳系を用い、本発明のＤＮ
Ａ構築物由来のＲＮＡを使用してかかる蛋白を製造することができる。 組換え体産生のために、宿主細胞を遺伝子操作し、発現系もしくはそれらの一
部、または本発明のポリヌクレオチドを取り込むことができる。ポリヌクレオチ
ドの宿主細胞への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−
デキストラン媒介トランスフェクション、トランスベクション、マイクロインジ
ェクション、陽イオン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション
、トランスダクション、スクレープ・ローディング、弾道導入および感染のよう
な、Davisら、BASIC METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY（1986）およびSambrookら 、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd Ed. Cold Spring Harbor Lab
oratory Press,Cold Spring Harbor, N.Y.（1989）のごとき複数の標準的研究室
マニュアルに記載されている方法によって行うことができる。
【００３１】 適当な宿主の代表例は、レンサ球菌（streptococcus）、ブドウ球菌（staphyl
ococcus）、腸球菌（enterococcus）、大腸菌（E.coli）、ストレプトマイセス （streptomyces）、シアノバクテリア（cyanpobacteria）および枯草菌（Bacill
us subtilis）のごとき細菌細胞；酵母細胞およびアスペルギルス（Aspergillus
）細胞のごとき真菌細胞；ドロソフィラ（Drosophila）S2およびスポドプテラ（
Spodoptera）Sf9細胞のごとき昆虫細胞；CHO、COS、HeLa、C127、3T3、BHK、293
、CV-1およびボーウェス（Bowes）メラノーマ細胞のごとき動物細胞；および植 物細胞を包含する。
【００３２】 本発明のポリペプチドを製造するために非常に多様な発現系を使用することが
できる。かかる系は、とりわけ、染色体、エピソームおよびウイルス由来の系、
例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由来、トランスポゾン由来、
酵母エピソーム由来、挿入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、バキュ
ロウイルス、ＳＶ４０のごときパポバウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウ
イルス、ニワトリポックスウイルス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスの
ようなウイルス由来のベクター、ならびにコスミドおよびファージミドなどのプ
ラスミドおよびバクテリオファージの遺伝因子由来のベクターのごとき、それら
の組み合わせに由来するベクターを包含する。発現系構築物は、発現を制御なら
びに引き起こす調節領域を有していてもよい。一般に、宿主においてポリヌクレ
オチドを維持、増幅または発現し、および／またはポリペプチドを発現するのに
適した系またはベクターを、この点にて発現に使用してもよい。適当なＤＮＡ配
列を、例えば、Sambrookら、MOLECULAR CLONING，A LABORATORY MANUAL（前掲）
に示されている技術のごとき、種々のよく知られた慣用的技術のいずれかによっ
て、発現系に挿入してもよい。
【００３３】 翻訳された蛋白を小胞体内腔、周辺腔または細胞外環境に分泌するために、適
当な分泌シグナルを発現されるポリペプチドに挿入してもよい。これらのシグナ
ルは、ポリペプチドに固有のものであってもよく、または異種のシグナルであっ
てもよい。 本発明のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈澱、酸抽出、
アニオンまたはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグ
ラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラフ
ィーを包含する、よく知られた方法によって組換え細胞培養物から回収および精
製できる。最も好ましくは、高性能液体クロマトグラフィーが精製に使用される
。ポリペプチドが単離および／または精製の間に変性する場合、蛋白を再生する
ための周知方法を用いて、再び活性な立体配座とすることができる。
【００３４】 診断アッセイ また本発明は、診断試薬として使用するための本発明のｓｐｏ０Ｊ２ポリヌク
レオチドの使用にも関する。真核生物、とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるｓ
ｐｏ０Ｊ２ポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドの検出は、疾患の診断
に関する診断方法を提供するであろう。ｓｐｏ０Ｊ２遺伝子を含む生物に感染、
または感染の可能性がある真核生物（以下、「個体」ともいう）、とりわけ哺乳
動物、特にヒトを、種々の方法により核酸レベルで検出できる。
【００３５】 診断に供する核酸は、感染個体の細胞および組織、例えば、骨、血液、筋肉、
軟骨、および皮膚から得ることができる。ゲノムＤＮＡを検出に直接用いてもよ
く、あるいは分析に付す前にＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いることにより
酵素的に増幅できる。ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡも同じようして使用
できる。増幅を用いると、個体に存在する原核生物の種および株を原核生物遺伝
子の遺伝子型の分析により特徴づけすることができる。対照配列の遺伝子型と比
較した増幅生成物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出できる。点突然
変異は、増幅ＤＮＡを標識したｓｐｏ０Ｊ２ポリヌクレオチド配列にハイブリダ
イズさせることにより同定できる。完全に対合した配列は、ＲＮase消化により 、または融解温度の差により、誤対合二重らせんと区別できる。ＤＮＡ配列の差
はまた、変性剤を伴ったまたは変性剤を含まないゲル中のＤＮＡフラグメントの
電気泳動の移動度の変化により、または直接的なＤＮＡの配列決定により検出で
きる。例えば、Myersら、Science，230:1242（1985）を参照のこと。特異的な位
置での配列の変化はまた、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えば、ＲＮaseおよび Ｓ１保護または化学的切断法によっても明らかにすることができる。例えば、Co
ttonら、Proc.Natl.Acad.Sci.,USA，85:4397-4401（1985）を参照のこと。
【００３６】 本発明の遺伝子中に変異または多型性を担持する細胞を、例えばセロタイピン
グを可能にするような種々の技術によりＤＮＡレベルで検出できる。例えば、Ｒ
Ｔ−ＰＣＲを用いてＲＮＡにおける変異を検出することができる。ＲＴ−ＰＣＲ
を自動検出系、例えばＧeneＳcan等と組み合わせて用いるのが特に好ましい。Ｒ
ＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡもまた同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ
に用いることができる。一例として、ｓｐｏ０Ｊ２をコードする核酸に相補的な
ＰＣＲプライマーを用いて変異を同定および分析することができる。典型的なプ
ライマーの例を下表２に示す。
【００３７】 表２ ｓｐｏ０Ｊ２ポリヌクレオチドの増幅用プライマー 配列番号 プライマー配列 ５ 5'-GTGATATGGATGATGAAGAGACGG-3' ６ 5'-TGCAAAGCGAAGGTTTTGTGC-3'
【００３８】 また本発明は、式： Ｘ−（Ｒ1）m−（Ｒ2）−（Ｒ3）n−Ｙ ［式中、分子の５’末端のＸは水素であり、分子の３’末端のＹは水素または金
属であり、Ｒ1およびＲ3は核酸残基であり、ｍは１〜２０の整数または０であり
、ｎは１〜２０の整数または０であり、Ｒ2は本発明のプライマー配列、特に表 ２より選択されるプライマー配列を意味する］ で示されるポリヌクレオチドを包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、Ｒ
2は５’末端残基がその左側でＲ1に結合し、その３’末端残基がその右側でＲ3 に結合するように方向付けられる。ｍおよび／またはｎが１より大きい場合、い
ずれかのＲ基で表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーの
いずれであってもよく、好ましくは表１のポリヌクレオチドの領域に相捕的なヘ
テロポリマーである。好ましい具体例において、ｍおよび／またはｎは１ないし
１０の間の整数である。 さらに本発明は、５’および／または３’末端から１、２、３または４個のヌ
クレオチドが除去されたプライマーを提供する。特に、これらのプライマーを、
個体由来の試料から単離されたｓｐｏ０Ｊ２ ＤＮＡの増幅に用いることができ る。プライマーを用いて感染個体から単離された遺伝子を増幅して、その遺伝子
をＤＮＡ配列研究のための種々の方法に供してもよい。このようにして、ＤＮＡ
配列中の変異を検出し、感染を診断し、感染剤をセロタイプおよび／または分類
するのに用いることもできる。
【００３９】 本発明はさらに、疾患、好ましくは細菌感染、さらに好ましくはスタフィロコ
ッカス・アウレウスによる感染の診断方法であって、表１［配列番号１］の配列
を有するポリヌクレオチドの発現レベルの上昇を、個体由来のサンプルから決定
することを特徴とする方法を提供する。ｓｐｏ０Ｊ２ポリヌクレオチドの発現の
増加または低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野で周知の方法であ
る任意の方法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブ ロッティングおよびその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定できる。 加えて、正常対照組織サンプルと比較してｓｐｏ０Ｊ２蛋白の過剰発現を検出
するための本発明による診断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検出するこ
とができる。宿主由来のサンプル中のｓｐｏ０Ｊ２蛋白のレベルを決定するため
に用いることができるアッセイ技法は、当業者に周知である。このようなアッセ
イ法は、ラジオイムノアッセイ、競合的結合アッセイ、ウェスタンブロット分析
およびＥＬＩＳＡアッセイを包含する。
【００４０】 抗体 本発明のポリペプチドまたはその変種、あるいはそれらを発現する細胞を、か
かるポリペプチドに免疫特異的な抗体を得るための免疫原として用いることがで
きる。本明細書にて用いる「抗体」は、モノクロナールおよびポリクローナル抗
体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒト化抗体、ならびにＦａｂ免疫グロブ
リン発現ライブラリーの産物を含む、Ｆａｂフラグメントを包含する。 本発明のポリペプチドに対して得られる抗体は、ポリペプチドあるいはエピト
ープが付いたフラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の動物
に、慣用的プロトコルを用いて投与することにより得ることができる。モノクロ
ーナル抗体を調製する場合、連続的細胞系培養により産生される抗体を提供する
当該分野にて周知の技術を用いることができる。例えば、Kohler, G.およびMils
tein, C., Nature，256：495−497（1975）；Kozborら、Immunology Today, 4：
72（1983）；Coleら、MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER THERAPY, Alan R Lis
s,Inc.、77−96頁（1985）に記載されるような種々の技法が挙げられる。
【００４１】 一本鎖抗体を製造するための技術（米国特許第４９４６７７８号）を用いて、
本発明のポリペプチドに対する一本鎖抗体を産生することができる。また、トラ
ンスジェニックマウスまたは他の生物、例えば他の哺乳動物を用いて、ヒト化抗
体を発現させることができる。 別法として、ファージ提示技法を利用して、抗‐ｓｐｏ０Ｊ２の保持に関して
スクリーニングしたヒトのリンパ球のＰＣＲ増幅したｖ遺伝子のレパートリー由
来の、または無処理のライブラリー由来の、ポリペプチドに対する結合活性を有
する抗体遺伝子を選択してもよい（McCafferty,Ｊ.ら、Nature 348:552-554（19
90）；Marks,J.ら、Biotechnology 10:779-783(1992)）。これらの抗体の親和性
はチェインシャフリング（chain shuffling）により改善することもできる（Cla
ckson,T.ら、Nature 352:624-628（1991））。
【００４２】 ２つの抗原結合領域があるならば、各領域を異なるエピトープに向けることも
でき、これは「二特異的抗体」と称される。 前記の抗体を用いてポリペプチドを発現するクローンを単離または同定するこ
とができ、アフィニティークロマトグラフィーにより該ポリペプチドを精製する
ことができる。 従って、とりわけ、ｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドに対する抗体を用いて、感染、
とりわけ細菌感染を治療することができる。 ポリペプチド変種は、本発明の特定の態様を形成する、抗原的、エピトープ的
または免疫学的に等価な変種を包含する。本明細書にて用いる「抗原的に等価な
誘導体」なる語は、本発明の蛋白またはポリペプチドに対して産生された場合に
、病原体と哺乳動物宿主の間の直接的な物理的相互作用を妨げる特定の抗体によ
って特異的に認識されるであろうポリペプチドまたはその等価物を包含する。本
明細書にて用いる「免疫学的に等価な誘導体」なる語は、脊椎動物にて抗生物質
を産生するように適当な処方にて用いた場合に、その抗生物質が病原体と哺乳動
物宿主の間の直接的な物理的相互作用を妨げるように作用する、ペプチドまたは
その等価物を包含する。
【００４３】 ポリペプチド、例えば抗原的または免疫学的に等価な誘導体、あるいはその融
合蛋白は、マウスまたは他の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫するた
めの抗原として使用される。融合蛋白はポリペプチドに安定性を付与できる。抗
原は、例えば抱合することにより、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アル
ブミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペット・ヘモシアニン（keyhole limp
et haemocyanin：ＫＬＨ）に結合させることができる。別法として、蛋白もしく
はポリペプチド、またはその抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペプチドの多
重コピーを含む多重抗原性ペプチドは、免疫原性を改良するのに十分な抗原性を
有しており、キャリヤを使用しなくてすむ。 好ましくは、抗体またはその変種を修飾して個体における免疫原性を減少させ
る。例えば、個体がヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」されてお
り；例えばJones,P.ら、Nature 321：522−525（1986）またはTempestら、Biote
chnology 9:266-273（1991）に記載されているように、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植されている。
【００４４】 本発明のポリヌクレオチドの遺伝学的免疫における使用には、好ましくは、プ
ラスミドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet 1：363（1992） ；Manthorpeら、Hum.Gene Ther. 4：419（1963））、特異的蛋白キャリヤを複合
させたＤＮＡの送達（Wuら、J.Biol Chem. 264：16985（1989））、リン酸カル シウムを用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshef、PNAS USA 83：9551（1986）
）、種々の形態のリポソーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243：375（
1989））、微粒子衝撃（Tangら、Nature 356：152（1992）；Eisenbraunら、Ｄ ＮＡ Cell Biol 12：791（1993））およびクローン化レトロウイルスベクターを
用いたインビボ感染（Seegerら、PNAS USA 81：5849（1984））などの適当な送 達方法を用いる。
【００４５】 アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセイおよび分子 さらに、本発明のポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞調製物、化学
的ライブラリー、および天然産物の混合物中の、小分子基質とリガンドとの結合
を評価することもできる。これらの基質およびリガンドは天然の基質およびリガ
ンドであってもよく、または構造上もしくは機能上の模倣物でもよい。例えば、
Coliganら、Current Protocols in Immunology 1（2）：第5章（1991）を参照の
こと。
【００４６】 本発明はまた、ｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの作用、特
に静菌および／または殺菌性である化合物の作用を亢進（アゴニスト）または遮
断（アンタゴニスト）する化合物を同定するための化合物のスクリーニング方法
を提供する。スクリーニング方法にはハイスループット技術が包含される。例え
ば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリーニングするために、ｓｐｏ０Ｊ
２ポリペプチドおよびかかるポリペプチドの標識基質またはリガンドを含む合成
反応混合物、膜、細胞エンベロープもしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメン
ト、またはそれらのいずれかの調製物を、ｓｐｏ０Ｊ２アゴニストまたはアンタ
ゴニストであるかもしれない候補分子の存在下または不在下でインキュベートす
る。候補分子がｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドに作動または拮抗する能力は、標識リ
ガンドの結合の低下またはかかる基質からの生成物の生成低下に反映される。結
合しても影響を及ぼさない分子、すなわちｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドの効果を誘
起しない分子は、ほとんどの場合、良好なアンタゴニストであろう。うまく結合
し、基質からの生成物の生成速度を高める分子はアゴニストである。生成物の基
質からの生成の速度またはレベルの検出はリポーターシステムを用いることによ
り強調できる。この点に関して有用なリポーターシステムは、生成物に転換され
る比色標識基質、ｓｐｏ０Ｊ２ポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化
に応答するリポーター遺伝子、および当該分野で公知の結合アッセイを包含する
が、これらに限定するものではない。
【００４７】 ｓｐｏ０Ｊ２アンタゴニストのアッセイのもう１つの例は、競争阻害アッセイ
に適した条件下で、ｓｐｏ０Ｊ２および潜在的なアンタゴニストを、ｓｐｏ０Ｊ
２結合分子、組換えｓｐｏ０Ｊ２結合分子、天然基質もしくはリガンド、または
基質もしくはリガンド模倣物と混合する、競合アッセイである。ｓｐｏ０Ｊ２を
例えば放射活性または比色化合物により標識し、結合分子に結合した、あるいは
生成物に変換したｓｐｏ０Ｊ２分子の数を正確に決定して、潜在的なアンタゴニ
ストの効果を評価できる。 潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリヌクレオチドおよび／またはポリペ
プチドと結合し、それによりその活性を阻害し、消滅させる小型有機分子、ペプ
チド、ポリペプチドおよび抗体を包含する。潜在的アンタゴニストはまた、ｓｐ
ｏ０Ｊ２により誘導される活性を誘導しない結合分子のような結合分子の同一部
位に結合し、ｓｐｏ０Ｊ２を結合から排除することによりｓｐｏ０Ｊ２の作用を
妨げる、密接に関連した蛋白または抗体のような小型有機分子、ペプチド、ポリ
ペプチドであってもよい。
【００４８】 潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチドの結合部位に結合してその部位を占
領し、それにより細胞性結合分子との結合を妨害して、正常な生物学的活性を妨
害する小型分子を包含する。小型分子の例は、小型有機分子、ペプチド、ペプチ
ド様分子を包含するが、これらに限定するものではない。他の潜在的なアンタゴ
ニストはアンチセンス分子を包含する（これらの分子についての記載に関しては
、Okano,J.，Neurochem. 56:560（1991）；OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENS
E INHIBTORS OF GENE EXPRESSION、ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ州
（1988）を参照のこと）。好ましい潜在的アンタゴニストは、ｓｐｏ０Ｊ２に関
連する化合物およびその変種を包含する。 本明細書で得られるＤＮＡ配列は、各々、抗菌化合物の発見および開発に用い
ることができる。発現でコードされた蛋白は、抗菌薬物をスクリーニングするた
めの標的として用いることができる。加えて、コードされた蛋白のアミノ末端領
域をコードするＤＮＡ配列あるいはシャイン・ダルガノまたは他の個々のｍＲＮ
Ａの翻訳容易化配列を用いて、目的とするコーディング配列の発現を調節するア
ンチセンス配列を構築することができる。
【００４９】 本発明はまた、感染の続発症に関与する、病原体および哺乳動物宿主間の最初
の物理的相互作用を妨害するための、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド
または阻害物質の使用を提供する。特に本発明の分子は、細菌、特にグラム陽性
菌が内在装置上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白、または創傷部の細胞外マト
リックス蛋白に付着することを防御するために；例えば、哺乳動物チロシンキナ
ーゼのリン酸化を開始することによる、ｓｐｏ０Ｊ２蛋白介在の哺乳動物細胞侵
入を遮断するために(Rosenshineら、Infect. Immun. 60：2211 (1992))；哺乳動
物細胞外マトリックス蛋白と組織損傷を媒介する細菌性ｓｐｏ０Ｊ２蛋白との間
の細菌付着を遮断するために；内在装置の埋め込みまたは他の外科的手技以外で
開始した感染における病因の通常の進行を遮断するために使用することができる
。 本発明のアンタゴニストおよびアゴニストを用いて、例えば、疾患を阻害し、
治療することができる。
【００５０】 ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter pylori）（本明細書中、エッチ・ピ
ロリともいう）菌は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３分の１
以上の胃に感染している（国際癌研究機関（International Agency for Researc
h on Cancer）（1994）Schistomoses，Liver Flukes and Helicobacter Pylori （International Agency for Research on Cancer，Lyon，France；http：／／w
ww．uicc．ch／ecp／ecp2904．htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近 になって、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を認識し、その細菌
をグループＩ（限定的）発癌物質と分類した。本発明により提供されるスクリー
ニング法を用いて見出される本発明の好ましい抗菌化合物（ｓｐｏ０Ｊ２のアゴ
ニストおよびアンタゴニスト）、特に広スペクトルの抗生物質は、ヘリコバクタ
ー・ピロリ感染の治療に有用である。このような治療はヘリコバクター・ピロリ
誘発性癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる治療はまた胃潰瘍および胃
炎も治癒する。
【００５１】 ワクチン 本発明の別の態様は、個体、特に哺乳動物における免疫学的応答を誘発する方
法であって、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生成するのに適当なｓｐｏ０
Ｊ２、またはそのフラグメントもしくは変種を個体に接種し、該個体を感染、特
に細菌感染、最も好ましくはスタフィロコッカス・アウレウス感染から防御する
ことを含む方法に関する。さらに、そのような免疫学的応答による細菌複製を遅
らせる方法も提供する。本発明のさらにもう一つ別の態様は、個体における免疫
学的応答を誘発する方法であって、インビボでｓｐｏ０Ｊ２、またはそのフラグ
メントまたは変種を発現するために、該ｓｐｏ０Ｊ２、またはそのフラグメント
または変種の発現を指向する核酸ベクターを該個体に送達し、例えば、サイトカ
イン産生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗体および／またはＴ細胞免疫応
答を生じさせるように免疫学的応答を誘発し、該個体にて疾患が既に確立されて
いるか否かにかかわらず該個体を疾患から保護することを含む方法に関する。遺
伝子を投与する一例は、粒子上のコーティングとして遺伝子を所望の細胞に投与
することによるものである。このような核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核
酸、またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいてもよい。
【００５２】 本発明のさらなる態様は、その中に免疫学的応答を誘発する能力を有するか、
または誘発している個体に導入されると、その個体においてｓｐｏ０Ｊ２または
それによりコードされる蛋白に対する免疫学的応答を誘発する免疫学的組成物で
あって、該ｓｐｏ０Ｊ２またはそれによりコードされる蛋白の抗原をコードし、
かつ発現するＤＮＡを含む組換えｓｐｏ０Ｊ２またはそれによりコードされる蛋
白を含む組成物に関する。免疫学的応答は、治療的および予防的に使用でき、抗
体免疫および／またはＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生ずるような細胞性免疫
から得ることができる。 ｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドまたはそのフラグメントは、それ自体抗体を産生し
ないが、第１の蛋白の安定化ならびに免疫原性および保護特性を有するであろう
融合蛋白の産生能を有する補蛋白（co−Protein）と融合させることができる。 このような融合組換え蛋白は、好ましくは、さらに、ヘモフィラス・インフルエ
ンザ（Hemophilus influenzae）からのリポプロテインＤ、グルタチオン−Ｓ− トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベータガラクトシダーゼのような抗原性補
蛋白、蛋白を可溶化し、その産生および精製を容易にするような比較的大きい補
蛋白からなる。さらに、補蛋白は、免疫系の全身的な刺激を与える上で、アジュ
バントとして作用してもよい。補蛋白は第１の蛋白のアミノまたはカルボキシ末
端のいずれかに結合してもよい。
【００５３】 本発明は、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよび、Sato，Y.ら
，Science，273：352(1996)に記載されるような免疫刺激ＤＮＡ配列からなる組 成物、特にワクチン組成物および方法を提供する。 また、本発明は、スタフィロコッカス・アウレウス感染の動物モデルにおける
そのような遺伝的免疫実験において使用したＤＮＡ構築物中で細菌細胞表面蛋白
の非可変領域をコードすることが明らかにされた、記載されたポリヌクレオチド
またはその特定のフラグメントを使用する方法も提供する。そのような実験は、
予防的または治療的免疫応答を起こさせることのできる蛋白エピトープの同定に
特に有用である。この方法により、動物、とりわけヒトにおける細菌感染、特に
スタフィロコッカス・アウレウス感染の予防剤または治療剤の開発のために、動
物の必須器官から感染の抵抗または除去に特に有用なモノクローナル抗体を産生
させることができると考えられる。 宿主を免疫するための抗原としてポリペプチドを用い、例えば、損傷組織への
細菌の付着を遮断することにより、細菌の侵入を妨げる特異抗体を生じさせるこ
とができる。組織損傷の例としては、例えば、機械的、化学的または熱的損傷に
よる、または内在装置の埋め込みによる皮膚や結合組織の傷、あるいは口、乳腺
、子宮または膣のような粘膜における傷が挙げられる。
【００５４】 本発明はまた、本発明の免疫原性組換えポリペプチドおよび／またはポリヌク
レオチドと適当な担体とからなるワクチン処方も包含する。蛋白は胃で破壊され
うるので、非経口的投与（例えば、皮下、筋肉内、静脈内、皮内等の投与を包含
する）が望ましい。非経口投与に適した処方は、抗酸化剤、緩衝剤、抗菌剤、お
よびその処方を個体の体液、好ましくは血液と等張にする溶質を含有してもよい
、水性および非水性滅菌注射溶液；懸濁化剤または増粘剤を含有してもよい、水
性および非水性滅菌懸濁液を包含する。処方は、単位投与または複数投与用コン
テナ、例えば、密封されたアンプルおよびバイアルにて提供され、使用直前に滅
菌液体担体を添加するだけでよい凍結乾燥状態で貯蔵することができる。ワクチ
ン処方はまた、水中油系のごとき処方の免疫原性を高めるアジュバント系および
当該分野において知られている他の系を有してもよい。投与量はワクチンの比活
性に依存し、慣用的実験操作によって容易に決定できる。 本発明をある種のｓｐｏ０Ｊ２蛋白について記載したが、この記載は天然の蛋
白のフラグメント、ならびに組換え蛋白の免疫原性を実質的に変化させない付加
、欠失または置換を有する同様な蛋白のフラグメントも包含することが理解され
るであろう。
【００５５】 組成物、キットおよび投与 本発明はまた、上記したポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドあるい
はそれらのアゴニストまたはアンタゴニストを含む組成物に関する。本発明のポ
リペプチドは、対象への投与に適した医薬担体のような細胞、組織または器官用
の未滅菌または滅菌担体と組み合わせて使用できる。かかる組成物は、例えば、
媒体添加または治療上有効量の本発明のポリペプチドと、医薬上許容される担体
または賦形剤を含む。かかる担体は、限定するものではないが、食塩水、緩衝食
塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノールおよびその組み合わせを
包含する。処方は投与方法に適していなければならない。本発明は、さらには、
上記した本発明の組成物の一またはそれ以上の成分を充填した、一またはそれ以
上のコンテナを含む診断および医薬用パックおよびキットに関する。 本発明のポリペプチドおよび他の化合物を、単独で、または、治療用化合物な
どの他の化合物と組み合わせて用いてもよい。
【００５６】 該医薬組成物は、例えば、とりわけ、局所、経口、経肛門、経膣、静脈内、腹
腔内、筋肉内、皮下、経鼻、経皮経路による投与を含む、いずれかの有効な、都
合のよい方法で投与される。 治療および予防において、活性成分は個体に注射用組成物、例えば、好ましく
は等張の滅菌水性分散液として投与される。 また、組成物は、例えば、軟膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼剤、点
耳剤、洗口剤、含浸包帯および縫合糸ならびにエアゾルの形態の局所用処方とす
ることができ、適当な通常の添加剤、例えば、保存料、薬剤浸透を助ける溶媒、
軟膏やクリームにおけるエモリエント等を含むことができる。そのような局所用
処方はまた、適合する通常の担体、例えば、クリームまたは軟膏基剤、ローショ
ン用のエタノールまたはオレイルアルコールも含有することができる。このよう
な担体は、処方の約１〜９８重量％を構成してもよく、より一般的には、処方の
約８０重量％までを構成する。
【００５７】 哺乳動物、特にヒトに投与するには、一日の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにしても、
個体に最も適した実際の用量は医者により決定され、個体の年齢、体重および応
答により変化する。上記の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも本発明の範囲内である。 内在装置には外科移植、補綴およびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入
され、その位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、そのような装置とし
ては、人工関節、心臓弁、ペースメーカー、血管グラフト、血管カテーテル、脊
髄液シャント、尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulatory peri
toneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙げられる。 本発明の組成物は、内在装置の挿入の直前に関連する細菌に対する全身的効果
を達成するために注射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内にある間継
続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、特に、スタフィロコッカス・アウ
レウスの傷汚染を防止するために、いずれの手術用の手術周辺カバーの拡張にも
使用できる。
【００５８】 多くの整形外科医は、補綴関節を有するヒトは、菌血症を生じ得る歯の治療前
に抗生物質による予防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重篤な合併
症となり、時に、補綴関節の損失および著しい罹病率、致死率を伴う。したがっ
て、該活性物質を、この状況の予防的抗生物質の代替品として使用することにま
で拡張することができる。 上記した治療に加えて、本発明の組成物は、一般に、傷組織に露出したマトリ
ックス・蛋白への細菌付着を予防するための傷治療剤、抗生物質予防に代え、あ
るいは共に、歯の治療における予防的用途に使用できる。 別法として、本発明の組成物は挿入直前に内在装置を浸すのに使用できる。該
活性物質は、好ましくは、傷または内在装置を浸す場合、１μｇ／ｍｌ〜１０ｍ
ｇ／ｍｌの濃度で使用できる。 便利には、ワクチン組成物は注射剤の形態である。通常のアジュバントを使用
して免疫応答を高めることができる。ワクチン用の適当な単位投与量は抗体０. ５〜５μｇ／ｋｇであり、この用量を、好ましくは１〜３週間の間隔で１〜３回
投与する。指示した用量範囲で、本発明の化合物では、その化合物の適当な個体
への投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察されない。
【００５９】 用語 本明細書中で頻繁に使用される特定の用語を、その理解を容易にするために以
下に定義する。 「疾患（複数でも可）」は、例えば、上気道感染（例えば、中耳炎、細菌性気
管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心
臓感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿瘍
、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、
結膜炎、角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管感 染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキシックショック症候群）、
皮膚感染（例えば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎
）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄炎）などの疾患
を含む、細菌によって引き起こされる疾患、またはかかる細菌による感染に関連
した疾患を意味する。 「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列によって形質転換またはトランス
フェクションされた、あるいは形質転換またはトランスフェクションされうる細
胞である。
【００６０】 「同一性」は、当該分野で公知であり、配列の比較で決定されるような、２ま
たはそれ以上のポリペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオチド
配列の間の関係である。また、当該分野では、「同一性」は、場合によっては、
配列の鎖間の対合によって決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオ
チド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」は、Computational Mo
lecular Biology，Lesk，A.M.編，Oxford University Press，New York，1988；
Biocomputing：Informatics and Genome Projects, Smith, D.W.編，Academic P
ress，New York，1993；Computer Analysis of Sequence Data，Part I，Griffi
n, A.M.およびGriffin, H.G.編，Humana Press，New Jersey，1994；Sequence A
nalysis in Molecular Biology，Von Heinje,G．Academic Press，1987；および
Sequence Analysis Primer，Gribskov,M.およびDevereux, J.編，M Stockton Pr
ess，New York，1991；およびCarllio,HおよびLipman,D.，SIAM J.Applied Math
., 48：1073(1988)に記載されている方法（これらに限らない）を含め、公知方 法により容易に決定することができる。同一性を決定する方法は、テストする配
列間に最大の対合を与えるように設計されている。そのうえ、同一性を測定する
方法は公に入手できるコンピュータ・プログラムに集成されている。２つの配列
の間の同一性を測定する好ましいコンピュータ・プログラム方法は、例えば、Ｇ
ＣＧプログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nucleic Acids Research（1984）1
2（1）：387）、BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atschul,S. F.ら, J.Molec.Biol.
（1990）215：403−410）を包含するが、これに限らない。BLAST Xプログラムは
NCBIおよび他の源（BLAST Manual，Altshul, S．ら，NCBI NLM NIH Bethesda，M
D20894；Altschul,S．ら，J．Mol．Biol.，215：403−410(1990)）から公に入手
できる。また、周知のスミス・ウォーターマン（Smith Waterman)アルゴリズム を用いて同一性を決定することもできる。
【００６１】 ポリペプチド配列の比較のためのパラメーターは以下のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Biol. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：Hentikoff and Hentikoff, Proc.Natl.Acad.Sci.USA.89:109
15-10919（1992）からのＢＬＯＳＳＵＭ６２ ギャップペナルティー：１２ ギャップ長ペナルティー：４ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Genetics Computer Grou
p, Madison WI.から「ギャップ」プログラムとして公に利用できる。上記パラメ
ーターはポリペプチド比較のための省略時パラメーターである（エンドギャップ
についてペナルティーを伴わない）。 ポリヌクレオチド比較のためのパラメーターは下記のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Biol. 48:443-453（1970） 比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ ギャップペナルティー：５０ ギャップ長ペナルティー：３ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Genetics Computer Grou
p, Madison WI.から「ギャップ」プログラムとして公に利用できる。上記パラメ
ーターはヌクレオチド比較のための省略時パラメーターである。
【００６２】 ポリヌクレオチドおよびポリペプチドについての「同一性」に関する好ましい
意味は、下記（１）および（２）に示される。 （１）ポリヌクレオチドの具体例は、さらに、配列番号１の対照配列に対して少
なくとも５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７または１００％の同
一性を有する単離ポリヌクレオチド配列を包含し、該ポリヌクレオチド配列は配
列番号１の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列と比較してある程
度の数までのヌクレオチドの変化を有していてもよい。かかる変化は、少なくと
も１個のヌクレオチドの欠失、置換（トランジションおよびトランスバージョン
を包含）または挿入からなる群より選択され、該変化は対照ヌクレオチド配列の
５’または３’末端の位置あるいはそれらの末端位置の間の位置において、対照
配列中のヌクレオチドにおいて個々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１
またはそれ以上の連続した群として生じてもよい。配列番号１中の全ヌクレオチ
ド数と個々の同一性パーセント値（１００で割ったもの）とをかけて、その積を
配列番号１中の全ヌクレオチド数から差し引くことによりヌクレオチド変化の数
を決定する。これを下式により説明する： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中、ｎnはヌクレオチド変化の数であり、ｘnは配列番号１中の全ヌクレオチド
数であり、ｙは５０％ならば０.５であり、６０％ならば０.６であり、７０％な
らば０.７０であり、８０％ならば０.８０であり、８５％ならば０.８５であり 、９０％ならば０.９０であり、９５％ならば０.９５であり、９７％ならば０. ９７であり、１００％ならば１.００であり、・は積の演算子であり、ｘnとｙと
の整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘnから差し引く。配 列番号２のポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド配列の変化は、好ま
しくはコーディング配列中のナンセンス、ミスセンスまたはフレームシフト変異
を引き起こす可能性があり、それゆえ、かかる変化に随伴してポリヌクレオチド
によりコードされているポリペプチドが変化する。
【００６３】 例えば、本発明のポリヌクレオチド配列は配列番号２の対照配列と同一であっ
てもよく、すなわち、１００％同一であってもよく、あるいは対照配列と比較し
てある程度の数までの核酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％は１
００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１個の核酸の欠失、置換（トラ
ンジションおよびトランスバージョンを包含）または挿入からなる群より選択さ
れ、該変化は対照ポリヌクレオチド配列の５’または３’末端の位置あるいはそ
れらの末端位置の間の位置において、対照配列中の核酸において個々にまたは散
在して、あるいは対照配列中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号２中の全核酸数に個々の同一性を示す整数を１００で割った値をか
けて、その積を配列番号２中の全核酸数から差し引くことにより所定の％同一性
についての核酸変化数を決定する。あるいはこのことは下式により説明される：
ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中、ｎnはアミノ酸変化の数であり、ｘnは配列番号２中の全アミノ酸数であり
、ｙは、例えば７０％ならば０.７０であり、８０％ならば０.８０であり、８５
％ならば０.８５等であり、ｘnとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も近い
整数とした後、ｘnから差し引く。
【００６４】 （２）ポリペプチドの具体例は、さらには、配列番号２のポリペプチド対照配列
に対して少なくとも５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７または１
００％の同一性を有するポリペプチドを含む単離ポリペプチドを包含し、該ポリ
ペプチド配列は配列番号２の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列
と比較してある程度の数までのアミノ酸の変化を有していてもよい。かかる変化
は、少なくとも１個のアミノ酸の欠失、置換（保存的および非保存的置換を包含
）または挿入からなる群より選択され、該変化は対照ポリペプチド配列のアミノ
またはカルボキシ末端の位置あるいはそれらの末端位置の間の位置において、対
照配列中のアミノ酸において個々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１ま
たはそれ以上の連続した群として生じてもよい。配列番号２中の全アミノ酸数と
同一性を示す整数を１００で割った値とをかけて、その積を配列番号２中の全ア
ミノ酸数から差し引くことによりアミノ酸変化の数を決定する。これを下式によ
り説明する： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中、ｎaはアミノ酸変化数であり、ｘaは配列番号２中の全アミノ酸数であり、
ｙは５０％ならば０.５であり、６０％ならば０.６であり、７０％ならば０.７ ０であり、８０％ならば０.８０であり、８５％ならば０.８５であり、９０％な
らば０.９０であり、９５％ならば０.９５であり、９７％ならば０.９７であり 、１００％ならば１.００であり、・は積の演算子であり、ｘaとｙとの整数でな
い積は切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘaから差し引く。
【００６５】 例えば、本発明のポリペプチド配列は配列番号２の対照配列と同一であっても
よく、すなわち、１００％同一であってもよく、あるいは対照配列と比較してあ
る程度の数までのアミノ酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％は１
００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１個のアミノ酸の欠失、置換（
保存的または非保存的置換を包含）または挿入からなる群より選択され、該変化
は対照ポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置あるいはそれらの
末端位置の間の位置において、対照配列中のアミノ酸において個々にまたは散在
して、あるいは対照配列中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよい
。配列番号２中の全アミノ酸数に個々の同一性パーセント値（１００で割ったも
の）をかけて、その積を配列番号２中の全アミノ酸数から差し引くことにより同
一性％値についてのアミノ酸変化数を決定する。これを下式により説明する： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中、ｎaはアミノ酸変化の数であり、ｘaは配列番号２中の全アミノ酸数であり
、ｙは、例えば７０％ならば０.７０であり、８０％ならば０.８０であり、８５
％ならば０.８５等であり、ｘaとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も近い
整数とした後、ｘaから差し引く。
【００６６】 「単離された」とは、「ヒトの手により」、その天然の状態から変えられるこ
と、すなわち、天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あるいは両
方されたことを意味する。例えば、生体に天然に存在するポリヌクレオチドまた
はポリペプチドは「単離された」ものではないが、その天然状態で共存する物質
から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、本明細書で用いる
語としての「単離された」ものである。さらには、形質転換、遺伝的操作により
、または他のいずれかの方法により生物に導入されているポリヌクレオチドまた
はポリペプチドは、まだ生物内にあり、その生物が生きているまたは死んでいる
としても、「単離された」ものである。
【００６７】 「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、一般に、ポリリボヌクレオチドまた
はポリデオキシリボヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡまた
はＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであってもよい。「ポリヌクレオチ
ド」は、単鎖および二本鎖ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖お
よび三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖ＲＮＡ、単鎖および二
本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、および単鎖またはより典型的には二本鎖または
三本鎖領域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮＡおよび
ＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するが、これに限定されない。加えて、本
明細書において用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮＡ、あるいは
ＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖領域をいう。これらの領域の鎖は同じ
分子からのものでも、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら分子の
一またはそれ以上のすべてを含んでもよいが、より典型的には、分子のいくつか
の領域のみを含む。三本螺旋領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチ
ドである。本明細書において用いる場合、「ポリヌクレオチド（複数でも可）」
なる語はまた、一つまたはそれ以上の修飾された塩基を含有する上記ＤＮＡまた
はＲＮＡを包含する。すなわち、安定性または他の理由で修飾された骨格を有す
るＤＮＡまたはＲＮＡも、該用語が本明細書で意図するところの「ポリヌクレオ
チド（複数でも可）」である。さらに、イノシンなどの通常でない塩基、または
トリチル化された塩基などの修飾塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡ（２つの例だけ
を示す）も、その語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオチドである。多種の
修飾がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、当業者に公知のように多くの有用な
目的に使用されていることが理解されよう。本明細書で用いる「ポリヌクレオチ
ド」なる語は、ポリヌクレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的に修
飾された形態、ならびにウイルスおよび、例えば、単純型細胞および複雑型細胞
などの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌク
レオチド（複数でも可）」はまた、しばしばオリゴヌクレオチド（複数でも可）
と称される比較的短いポリヌクレオチドも包含する。
【００６８】 「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプチド結合または修飾ペプチド結合で
互いに結合した２つまたはそれ以上のアミノ酸を含含むいずれのペプチドまたは
蛋白をもいう。「ポリペプチド（複数でも可）」は、通常、ペプチド、オリゴペ
プチドまたはオリゴマーと称される短い鎖、および一般に蛋白と称される長い鎖
の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝子によりコードされている２０個のアミノ
酸以外のアミノ酸を含有してもよい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、プロ
セッシングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の工程、または化学修飾技法の
いずれかによって修飾されたものを有する。かかる修飾は、基本テキストにて、
およびより詳細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献にて詳しく記載されて
おり、それらは当業者に周知である。同じ型の修飾が、所定のポリペプチド中、
いくつかの部位で、同じまたは異なる程度にて存在してもよいことは明らかであ
ろう。また、所定のペプチドは多くの型の修飾を有していてもよい。修飾は、ペ
プチド骨格、アミノ酸側鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチ
ドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−
リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチ
ドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホ
スホチジルイノシトールの共有結合、交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、
脱メチル化、共有交差結合の形成、シスチンの形成、ピログルタメートの形成、
ホルミル化、ガンマーカルボキシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、
ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロセッシング、リン
酸化、プレニル化、ラセミ化、糖鎖形成、脂質付加、硫酸化、グルタミン酸残基
のガンマーカルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル化、セレノ
イル化、硫酸化、アルギニル化のごとき転移ＲＮＡにより媒介される蛋白へのア
ミノ酸付加、およびユビキチネーションを包含する。例えば、PROTEINS−STRUCT
URE AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，Ｔ.Ｅ.Ｃreighton，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman a
nd Ｃompany，New York（1993）およびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONAL COVALENT
MODIFICATION OF PROTEINS，Posttranslational Protein Modifications：Pers
pectives and Prospects,pgs. 1−12，B.C.Johnson編，Academic Press，New Yo
rk（1983）；Seifterら,Meth Enzymol.（1990）182：626−646、およびRattanら
, Protein Synthesis：Posttranslational Modifications and Aging，Ann N.Y.
Acad Sci（1992）663：48-62を参照のこと。ポリペプチドは、分枝してもよく 、分枝を伴ったまたは伴わない環状であってもよい。環状、分枝および分枝環状
ポリペプチドは、翻訳後の天然のプロセッシングの結果であり、同様に全く合成
的な方法で合成できる。
【００６９】 本明細書中で使用される「変種（複数でも可）」なる語は、各々、対照標準の
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドと異なるが、本質的な特性を保持している
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポリヌクレオチドの典型的な変種
は、別の対照標準のポリヌクレオチドとヌクレオチド配列において異なっている
。変種のヌクレオチド配列における変化は、対照標準のポリヌクレオチドによっ
てコードされたポリペプチドのアミノ酸配列と変わっていてもよいし、または変
わっていなくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後記するように、対照標準の配
列によってコードされたポリペプチドにおいて、アミノ酸置換、付加、欠失、融
合および切断をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種は、別の対照標準の
ポリペプチドとはアミノ酸配列において異なっている。一般に、差異は、対照標
準のポリペプチドとその変種の配列が全体的に非常に類似しており、多くの領域
においては同一であるように限定される。変種および対照標準のポリペプチドは
、一またはそれ以上の置換、付加、欠失のいずれかの組み合わせによって、アミ
ノ酸配列において異なってもよい。置換または挿入されたアミノ酸残基は、遺伝
コードによってコードされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチドま
たはポリペプチドの変種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するものであっ
てもよく、または天然に存在することが知られていない変種であってもよい。ポ
リヌクレオチドおよびポリペプチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法また
は直接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によって作られてもよい。
【００７０】 （実施例） 以下の実施例は、別に詳細に記載したこと以外は、当業者に周知で慣用的な標
準的な技法を用いて実施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもので
はない。 実施例１ 株の選択、ライブラリーの製造および配列決定 表１（配列番号１）に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチドは、エシェリ
シア・コリ中のスタフィロコッカス・アウレウスの染色体ＤＮＡのクローンライ
ブラリーより得た。重複するスタフィロコッカス・アウレウスＤＮＡを含有する
２個またはそれ以上のクローンからの配列データを用いて、配列番号１の連続し
たＤＮＡ配列を構築した。ライブラリーは常套手段、例えば以下の方法１および
２により製造してもよい。 全細胞ＤＮＡをスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９より、標準法に
従って単離し、以下に示す二つの方法のいずれかによりサイズ分画する。
【００７１】 方法１ 標準的方法に従ってサイズ分画するために、全細胞ＤＮＡをニードル（needle
）に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの大きさのＤＮＡフラグメントを
エキソヌクレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することによって末端切断
し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断したベ
クター、ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラリーをパッケー
ジングし、次いでパッケージングしたライブラリーでエシェリシア・コリを感染
させる。ライブラリーを標準方法により増幅する。
【００７２】 方法２ 全細胞ＤＮＡをライブラリーベクターにクローニングするための一連のフラグ
メントを得るのに適当な１つの制限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、Ａｌｕ
Ｉ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分解し、かかるフ
ラグメントを標準的方法に従ってサイズ分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡ
に連結し、次いでそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダＺ
ａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラリーをパッケージングし、パッケ
ージングしたライブラリーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリーを
標準方法により増幅する。
【００７３】
【配列表】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｃ０７Ｋ 14/31 Ｃ１２Ｎ 1/15 16/12 1/19 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/21 1/19 Ｃ１２Ｐ 21/00 Ｂ 1/21 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ 5/10 33/50 Ｚ Ｃ１２Ｐ 21/00 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ Ｇ０１Ｎ 33/15 Ａ６１Ｋ 37/02 33/50 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ａ (72)発明者 ワン・ミン アメリカ合衆国19422ペンシルベニア州ブ ルー・ベル、センテニアル・ドライブ302 番 (72)発明者 リサ・ケイ・シリング アメリカ合衆国18940ペンシルベニア州ニ ュータウン、イースト・パーク・ロード６ 番 (72)発明者 エリザベス・ローラー イギリス、エヌジー34・９ビーエス、リン カーンシャー、スリーフォード、ラッシュ キントン、スリーフォード・ロード72番

Claims (24)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする
    ポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド
    を含む単離ポリヌクレオチド。
  2. 【請求項２】 寄託菌のスタフィロコッカス・アウレウスに含有されるｓｐ
    ｏ０Ｊ２遺伝子により発現されるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするポリヌ
    クレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドを含む
    単離ポリヌクレオチド。
  3. 【請求項３】 配列番号２のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％同一で
    あるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む単離
    ポリヌクレオチド。
  4. 【請求項４】 請求項１のポリヌクレオチドに対して相補的である単離ポリ
    ヌクレオチド。
  5. 【請求項５】 ポリヌクレオチドがＤＮＡまたはＲＮＡである請求項１記載
    のポリヌクレオチド。
  6. 【請求項６】 配列番号１に示される核酸配列を含む請求項１記載のポリヌ
    クレオチド。
  7. 【請求項７】 配列番号１に示されるヌクレオチド番号１からヌクレオチド
    番号８３８より始まる停止コドンまでを含む請求項１記載のポリヌクレオチド。
  8. 【請求項８】 配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする
    請求項１記載のポリヌクレオチド。
  9. 【請求項９】 請求項１に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
  10. 【請求項１０】 請求項９に記載のベクターを含む宿主細胞。
  11. 【請求項１１】 請求項１０に記載の宿主細胞から、該ＤＮＡによりコード
    されるポリペプチドを発現させることを含む、ポリペプチドの産生方法。
  12. 【請求項１２】 請求項１０に記載の宿主を、ｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドま
    たはフラグメントの産生に十分な条件下で培養することを含む、そのポリペプチ
    ドまたはフラグメントの産生方法。
  13. 【請求項１３】 配列番号２のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％同一
    であるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
  14. 【請求項１４】 配列番号２に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
  15. 【請求項１５】 請求項１４に記載のポリペプチドに拮抗する抗体。
  16. 【請求項１６】 請求項１４に記載のポリペプチドの活性または発現を阻害
    するアンタゴニスト。
  17. 【請求項１７】 治療上有効量の請求項１４に記載のポリペプチドを個体に
    投与することを含む、ｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドを必要とする個体の治療方法。
  18. 【請求項１８】 治療上有効量の請求項１６に記載のアンタゴニストを個体
    に投与することを含む、ｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドの阻害を必要とする個体の治
    療方法。
  19. 【請求項１９】 個体における請求項１４に記載のポリペプチドの発現また
    は活性に関連する疾患の診断方法であって、 （ａ）該ポリペプチドをコードする核酸配列を決定し、および／または （ｂ）個体より由来の試料中にあるそのポリペプチドの存在または量を分析す
    る ことを含む方法。
  20. 【請求項２０】 請求項１４に記載のポリペプチドと相互作用し、その活性
    を阻害または活性化する化合物の同定方法であって、 該ポリペプチドとスクリーニングすべき化合物との相互作用に応じて検出可能
    なシグナルを供給することのできる第２の成分と結びつく相互作用であり、その
    化合物の相互作用を評価するのに、化合物とポリペプチドの相互作用を可能とす
    る条件下で、該ポリペプチドを含む組成物を該化合物と接触させ；および 化合物とポリペプチドとの相互作用により形成されるシグナルの有無を検出す
    ることにより、化合物がポリペプチドと相互作用して、そのポリペプチドの活性
    を活性化するか、または阻害するかどうかを決定する ことからなる方法。
  21. 【請求項２１】 哺乳動物にて免疫学的応答を誘発する方法であって、該哺
    乳動物に、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生成するのに適当な請求項１４
    に記載のｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドあるいはそのフラグメントまたは変種を接種
    し、該動物を疾患から保護する ことからなる方法。
  22. 【請求項２２】 哺乳動物にて免疫学的応答を誘発する方法であって、イン
    ビボにて請求項１４に記載のｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドあるいはそのフラグメン
    トまたは変種を発現させるために、そのｓｐｏ０Ｊ２ポリペプチドまたはそのフ
    ラグメントもしくは変種の発現を指向するように核酸ベクターを送達し、免疫学
    的応答を誘発させ、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生成して該動物を疾患
    から保護する ことからなる方法。
  23. 【請求項２３】 配列番号４のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードす
    るポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチ
    ドを含む単離ポリヌクレオチド。
  24. 【請求項２４】 配列番号３のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも７
    ０％の同一性を有するポリヌクレオチドを含む単離ポリヌクレオチド。
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