JP2001501463A

JP2001501463A - 新規ｔｒｐＳ

Info

Publication number: JP2001501463A
Application number: JP10513969A
Authority: JP
Inventors: ジェントリー，ダニエル・ロバート; グリーンウッド，レベッカ・クレア; ローラー，エリザベス・ジェーン
Original assignee: SmithKline Beecham Corp
Current assignee: SmithKline Beecham Corp
Priority date: 1996-09-12
Filing date: 1997-09-12
Publication date: 2001-02-06
Also published as: JPH10215882A; US6165759A; WO1998010652A1; EP0843014A3; US6346409B1; US6046174A; EP0843014A2; US6416976B1; GB9619072D0; US5851809A

Abstract

(57)【要約】本発明は、ｔｒｐＳポリペプチドおよびｔｒｐＳポリペプチドをコードするＤＮＡ（ＲＮＡ）および組換え技術によるかかるポリペプチドの生産方法を提供する。また、抗菌性化合物をスクリーニングするためにｔｒｐＳポリペプチドを利用する方法も提供する。

Description

【発明の詳細な説明】新規ｔｒｐＳ関連出願本出願は、１９９６年９月１２日に提出されたＧＢ出願番号９６１９０７２．３の利益を請求する。発明の分野本発明は新規に同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド、ならびにその生産および使用、ならびにその変異体、アゴニストおよびアンタゴニスト、ならびにその使用に関する。特に、これらおよび他の点で、本発明はトリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼファミリー、本明細書中にて以降「ｔｒｐＳ」という、の新規なポリヌクレオチドおよびポリペプチドに関する。発明の背景連鎖球菌は、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、腹鼻腔炎、胸腺蓄膿症および心内膜炎、ならびに、特に、例えば、脳脊髄液感染のごとき髄膜炎を含む数種類の疾病をヒトに引き起こすことが知られている医学的に重要な微生物属を作っている。ストレプトコッカス・ニューモニエ(Streptococcus pneum oniae)は、１００年以上前に単離されてから、徹底的に研究された微生物の一つである。例えば、ＤＮＡが事実上、遺伝物質であるという早期の理解の多くは、この微生物を用いたグリフィン(Griffin)ならびにアベリー(Avery)、マックレオド(Macleod)およびマックカーティー(McCarty)の仕事により断定された。エス・ニューモニエ(S．pneumoniae)を用いた莫大な量の研究にも関わらず、この微生物のビルレンスに関連した多くの疑問が残っている。抗生物質の開発の標的として、連鎖球菌遺伝子および遺伝子産物が特に好んで用いられる。ストレプトコッカス・ニューモニエの感染頻度は過去２０年間で劇的に増加している。このことは多剤耐性菌株の出現および免疫系の低下した人の人口の増加に起因している。もはや、数種または全ての標準的な抗生物質に耐性のあるストレプトコッカス・ニューモニエ株を単離することは珍しいことではない。このことにより、この生物に対する新しい抗−微生物剤および診断試験の両方に対す要望が生じている。ｔ-ＲＮＡシンテターゼは、以下の図式によるタンパク質合成において主要な役割を有する：ここに、ＡＡはアミノ酸である。この過程を阻害すると、荷電したｔ-ＲＮＡのレベルの減少につながり、これが緊縮応答として知られている反応カスケードの引き金となり、その結果、生物の休眠状態を誘導する。細菌のｔ−ＲＮＡシンテターゼの選択的インヒビターはそれ自体、抗菌剤としての可能性を有する。かかるものの一つの例はイソロイシルｔ-ＲＮＡシンテターゼの選択的インヒビターであるムピロシン(mupircocin) である。現在、他のｔ-ＲＮＡシンテターゼが抗菌性の可能性のある標的として試験されているところであり、この過程はシンテターゼの単離により大いに助けられる。明らかに、本発明の新規化合物のごとき、抗生物質活性を有する化合物のスクリーニングに有用であるという利点を有する因子が必要である。また、かかる因子は感染、機能不全および疾病の病因においてその役割を決定するのにも有用である。また、感染、機能不全または疾病を予防、緩和あるいは直す上で役割を担うかかる因子ならびにそのアンタゴニストおよびアゴニストの同定とキャラクタリゼーションも必要である。本発明のポリペプチドは、公知のクロストリジウム・ロンジスポルム(Clostri dium longisporum)トリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼタンパク質とアミノ酸配列相同性を有する。発明の概要本発明の目的は、表１[配列番号：２]に提示されるアミノ酸配列と既知アミノ酸配列またはクロストリジウム・ロンジスポルムトリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼタンパク質のごとき他のタンパク質の配列との間の相同性によって、新規ｔｒｐＳポリペプチドと同定されたポリペプチドを提供することにある。本発明のさらなる目的は、ｔｒｐＳポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、特に、本明細書中ではｔｒｐＳと示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供することにある。本発明の特に好ましい具体例において、該ポリヌクレオチドは、全長遺伝子またはその変異体を含む表１[配列番号：１]に提示される配列を含むｔｒｐＳポリペプチドをコードする領域を含む。本発明のもう一つの特に好ましい具体例において、表１[配列番号：２]に示されるアミノ酸配列またはその変異体を含むストレプトコッカス・ニューモニエ由来の新規ｔｒｐＳタンパク質がある。本発明のもう一つの態様により、寄託株に含まれたストレプトコッカス・ニューモニエ0100993株によって発現可能な成熟ポリペプチドをコードする単離された核酸分子が提供される。本発明のさらなる態様により、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡを含むｔｒｐＳ、特にストレプトコッカス・ニューモニエｔｒｐＳをコードする単離された核酸分子が提供される。本発明のさらなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床的または治療的に有用なその変異体、およびそれを含む組成物を含む。本発明のもう一つの態様により、治療的または予防的な、特に、遺伝的免疫化を目的とする本発明のポリヌクレオチドの使用が提供される。本発明の特に好ましい具体例の中には、ｔｒｐＳの天然対立遺伝子の変異体およびそれによってコードされるポリペプチドがある。本発明のもう一つの態様により、本明細書中にｔｒｐＳとして記されたストレプトコッカス・ニューモニエの新規なポリペプチドならびに、生物学的、診断学的、予防的、臨床的または治療学的に有用なその変異体、およびそれを含む組成物が提供される。発明の特に好ましい具体例の中には、ｔｒｐＳ遺伝子の天然対立遺伝子によってコードされるｔｒｐＳポリペプチドの変異体がある。本発明の好ましい具体例において、前記のｔｒｐＳポリペプチドを生産する方法が提供される。本発明のさらにもう一つの態様により、例えば、抗体を含む抗菌剤として有用なかかるポリペプチドに対するインヒビターが提供される。本発明のある好ましい具体例により、ｔｒｐＳ発現を評価し、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、副鼻腔炎、胸膜蓄膿症および心内膜症、ならびに髄膜炎、特に、例えば脳脊髄液の感染のごとき髄膜炎、といった疾病を治療し、遺伝的変異を評価し、細菌、特にストレプトコッカス・ニューモニエに対する免疫学的応答を高める生物にｔｒｐＳポリペプチドまたはポリヌクレオチドを投与するための産物、組成物および方法が提供される。本発明のこれおよび他の態様のある好ましい具体例により、特にストリンジェントな条件下において、ｔｒｐＳポリヌクレオチド配列とハイブリダイズするポリヌクレオチドが提供される。本発明のある好ましい具体例において、ｔｒｐＳポリペプチドに対する抗体が提供される。本発明の他の具体例において、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドを、スクリーニングすべき化合物とポリペプチドまたはポリヌクレオチド間で結合またはその他相互作用させる条件下で該化合物と接触させて、該化合物との結合またはその他相互作用を評価し、ここに、かかる結合または相互作用は、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドと該化合物との結合または相互作用に反応して検出可能なシグナルを提供できる第二成分と関連し；次いで、該化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドと結合または相互作用することにより発生するシグナルの存在または不存在を検出することによって、該化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドと結合またはその他相互作用して、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活性を阻害または活性化するか否かを測定することを含む、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドと結合またはその他相互作用して、その活性を阻害または活性化する化合物を同定する方法を提供する。本発明のさらにもう一つの態様により、ｔｒｐＳアゴニストおよびアンタゴニスト、好ましくは静菌性または殺菌性アゴニストおよびアンタゴニストが提供される。本発明のさらなる態様において、単細胞または多細胞生物に投与するためのｔｒｐＳポリヌクレオチドまたはｔｒｐＳポリペプチドを含む組成物が提供される。開示された発明の精神および範囲内にある種々の変形と修飾は、以下の記述を読み、本開示の他の部分を読めば、当業者には容易に明らかとなるだろう。用語以下の定義は本明細書中頻繁に用いられるいくつかの語の理解を容易にするために供する。「宿主細胞」は、形質転換またはトランスフェクトされた細胞、あるいは外来ポリヌクレオチド配列により形質転換またはトランスフェクションの能力のある細胞である。当該分野で知られているごとく、「同一性」は配列を比較することにより決定されるごとき２つ以上のポリペプチド配列または２つ以上のポリヌクレオチド配列間の関係である。当該分野ではまた「同一性」はかかる配列の列間のマッチによって決定されるごときポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間において、場合によっては、配列関連性の度合を意味する。「同一性」および「類似性」は公知の方法により容易に算出できる。(Computatioanl Molecular Biology，Lesk ，A．M.編、Oxford University Press，New York，1988；Biocomputing:Informa tics and Genome Projects，Smith，D．W.編、Academic Press，New York，1993 ;Computer Analysis of Sequence Data，Part I，Griffin，A．M.およびGriffin ，H．G.編、Humana Press，New Jersey，1994;Sequence Analysis in Molecular Biology，von Heinje，G.，Academic Press，1987;ならびにSequenc Analysis Primer，Gribskov，M.およびDevereux，J.編、M Stochton Press，New York，19 91;ならびにCarillo，H.およびLipman，D.，SIAM J．Applied Math.，48:1073(1 988))に記載されたものを含むがそれに限定されない。同一性を決定する好ましい方法は供試配列間で最も大きなマッチとなるよう設計される。同一性および類似性を決定する方法は公に入手できるコンピュータープログラムに体系化される。２つの配列間の同一性および類似性を決定する好ましいコンピュータープログラム方法はGCGプログラムパッケージ(GCGprogram package)（Devereux，J.，ら、Nucleic Acids Research 12(1):387(1984)）、B LASTP、BLASTNおよびFASTA（Atschul.，S．F．ら、J．Molec．Biol．215:403-41 0(1990)）を含むが、これらに限定されない。BLAST XプログラムはNCBIおよび他の供給源（BLAST Manual，Altschul，S.，ら、NCBI NLM NIH Bethesda，MD 2089 4;Altscul，S.ら、J．Mol．Biol．215:403-410(1990)）から公に入手できる。例示として、配列番号：１に示される参照ヌクレオチド配列と少なくとも、例えば、95％「同一性」を有するヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドとは、配列番号：１に示される参照ヌクレオチド配列の各１００ヌクレオチドに対して５つまでの点変異を含み得るポリヌクレオチド配列を除き、ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列が参照配列と同一であるということを意図する。換言すると、参照ヌクレオチド配列と少なくとも９５％同一のヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを得るには、参照配列内に５％までのヌクレオチドが欠失するか、あるいは別のヌクレオチドで置換するか、あるいは参照配列の全ヌクレオチドの５％までのいくらかのヌクレオチドが参照配列中へ挿入され得る。参照配列のこれら変異は、参照ヌクレオチド配列の５または３末端位、またはその末端間のいずれの位置でも起こり得、参照配列、または参照配列内の１つ以上の連続した基のどちらかのヌクレオチド間に個々に散在する。同様に、配列番号：２に示される参照アミノ酸配列と少なくとも、例えば、９５％「同一性」を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドとは、配列番号：２に示される参照アミノ酸配列の各１００アミノ酸に対して５つまでの点変異を含み得るポリペプチド配列を除き、ポリペプチドのペプチド配列が参照配列と同一であるということを意図する。換言すると、参照配列と少なくとも９５％同一のヌクレオチド配列を有するポリペプチドを得るには、参照配列内に５％までのアミノ酸残基が欠失するか、あるいは他のアミノ酸と置換するか、あるいは参照配列の全ペプチドの５％までのいくらかのアミノ酸が参照配列中へ挿入されてもよい。参照配列のこれら置換は、参照ペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端位、または参照配列、またはその末端間のいずれの位置で起こり得、参照配列内に１つ以上の連続した基のどちらかのペプチド間に個々に散在する。「単離された」は自然状態から「人の手によつて」変化させられることを意味する、すなわち、それが自然界で起こる場合は、その元の環境から変化させられるかあるいは取り出されるかあるいはその両方である。例えば、生きている生物内に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単離され」ていないが、自然状態の共存する物質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、該用語が本明細書中に用いられるごとく、「単離された」という。一般に、「ポリヌクレオチド」は、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡまたは修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡでもよいいずれのポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドをいう。「ポリヌクレオチド」は、限定されることなく、一本-および二本鎖ＤＮＡ、一本-および二本鎖の領域、または一本、二本および三本鎖領域の混合しているＤＮＡ、一本-および二本鎖ＲＮＡ、および一本-および二本鎖の領域の混合しているＲＮＡ、一本鎖であってもよく、より典型的には二本鎖、または三本鎖領域、または一本-および二本鎖領域が混合し得るＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を含む。さらに、本明細書中にて用いる「ポリヌクレオチド」はＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡおよびＤＮＡ両者を含む三本鎖領域をいう。かかる領域の鎖は同一分子または異なる分子からでもよい。該領域は１つ以上の全分子を含み得るが、より典型的には、いくつかの分子の領域のみを含む。三重-らせん領域の分子の一つはオリゴヌクレオチドであることが多い。本明細書中に用いたごとく、「ポリヌクレオチド」なる語はまた、前記のごとく１つ以上の修飾塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡを含む。従って、安定性またはその他の理由により骨格が修飾されたＤＮＡまたはＲＮＡは該用語が本明細書中に意図されたごとく「ポリヌクレオチド」である。その上、イノシン、またはトリチル化塩基のごとき修飾塩基のごとき異常な塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡは、２つしか例を示さなかったが、該語を本明細書中に用いたごとく、ポリヌクレオチドである。当業者に知られている多くの有用な目的にかなう多種の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡになされたことは評価されるだろう。本明細書中に用いられた「ポリヌクレオチド」なる語は化学的、酵素的、または代謝的に修飾された形態のポリヌクレオチドならびに例えば単純および複合細胞を含むウィルスおよび細胞特有のＤＮＡおよびＲＮＡの化学形態を包含する。また、「ポリヌクレオチド」はしばしばオリゴヌクレオチドといわれる短いポリヌクレオチドも包含する。「ポリペプチド」はペプチド結合または修飾ペプチド結合により互いに結合した２つ以上のアミノ酸を含むいずれのペプチドまたはタンパク質をもいう。「ポリペプチド」は、通常ペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーといわれる短鎖および一般にタンパク質といわれるより長鎖の両者をいう。ポリペプチドは２０個の遺伝子にコードされたアミノ酸より他のアミノ酸を含み得る。「ポリペプチド」はプロセッシングおよび他の翻訳後修飾のごとき自然な方法に、または化学修飾手法のどちらかによって修飾されたものを含む。かかる修飾は基礎的な教科書およびより詳細なモノグラフ、ならびに豊富な研究論文に十分に記載されており、当業者にはよく知られている。あるペプチドのいくつかの部位において、同じ型の修飾が同程度または異なった程度存在することは評価されるだろう。また、あるポリペプチドは多種の型の修飾を含み得る。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖、およびアミノまたはカルボキシ末端を含むポリペプチドのいずれの場所でも起こり得る。修飾は、例えば、アセチル化、アシル化、ADP-リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム基の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋の形成、システインの形成、ピログルタミン酸の形成、ホルミル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解性プロセッシング、リン酸化、ガンマ-カルボキシル化、グリコシル化、GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、プレニル化、ラセミ化、グリコシル化、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマ-カルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル化、セレノイル化、硫酸化、アルギル化のごときトランスファー-ＲＮＡが仲介するタンパク質へのアミノ酸付加、およびユビキチン化を含む。例えば、PROTEINS-S TRUCTURE AND MOLECULAR PROTEINS,第２版、T．E．Creighton，W．H．Freeman C ompany，New York(1993)およびWold，F.，Posttranslational Protein Modifica tions:Perspectives and Prospects，pgs．1-12 in POSTTRANSLATIONAL COVALEN T MODIFICATION OF PROTEINS，B．C．Johnson，Ed.， Academic Press，New York(1983);Seifterら、Meth Enzymol．182:626-646(1990 )およびRattanら、Protein Synthesis:Posttranslational Modifications and A ging，Ann．N．Y．Acad．Sci．663：48-62(1992)を参照されたい。ポリペプチドは分岐鎖であっても、分岐しているかあるいは分岐していない環状であってもよい。環状の、分岐している、および分岐している環状のポリペプチドは翻訳後の自然な過程の結果生じ得、全くの合成的方法によっても作られる。本明細書中にて用いられる「変異体」は、それぞれ参照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは異なるが、本質的な性質は保持しているポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポリヌクレオチドの典型的な変異体はもう一つの参照ポリヌクレオチドとヌクレオチド配列が異なる。変異体のヌクレオチド配列の変化は参照ポリヌクレオチドにコードされるポリペプチドのアミノ酸配列が置換されていても置換されていなくてもよい。ヌクレオチドの変化は、その結果、下記で論じるごとく、参照配列にコードされるポリペプチド中のアミノ酸の置換、付加、欠失、融合および切断を生じ得る。ポリペプチドの典型的な変異体はもう一つの参照ポリペプチドとアミノ酸配列が異なる。一般に、相違は限定されるため、参照ポリペプチドおよび変異体の配列は全体的に酷似しており、多くの領域で同一である。変異体および参照ポリペプチドは１つ以上のいずれの組み合せの置換、付加、欠失によりアミノ酸配列が異なり得る。置換または挿入されたアミノ酸残基は遺伝暗号にコードされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変異体は、対立遺伝子の変異体のごとく自然に起こり得るか、または自然に起こることが知られていない変異体であってもよい。ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの不自然に起こる変異体は変異誘発技法により、直接合成により、および当業者に知られた他の組換え方法によって作られ得る。発明の詳細な記載本発明は、下記により詳細に記載のごとく、新規ｔｒｐＳポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。特に、本発明は、クロストリジウム・ロンジスポルムトリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドと相同なアミノ酸配列が関するストレプトコッカス・ニューモニエの新規なｔｒｐＳのポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。本発明は特に、表１[配列番号：１]および表１[ 配列番号：２]にそれぞれ提示されるヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を有するｔｒｐＳおよび寄託株ＤＮＡのtｒｐＳヌクレオチド配列およびそれによりコードされるアミノ酸配列に関する。表１ｔｒｐＳポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列（Ａ）ストレプトコッカス・ニューモニエのｔｒｐＳポリヌクレオチド配列からの配列[配列番号：１] （Ｂ）この表のポリヌクレオチド配列から推定されるｔｒｐＳポリペプチド配列[配列番号：２] （Ｃ）ポリヌクレオチド配列具体例[配列番号：１] （Ｄ）ポリペプチド配列具体例[配列番号：２] （Ｅ）ストレプトコッカス・ニューモニエのｔｒｐＳポリヌクレオチドＯＲＦ配列からの配列[配列番号：３] （Ｆ）この表のポリヌクレオチドＯＲＦ配列から推定されるｔｒｐＳポリペプチド配列[配列番号：４] 寄託物質ストレプトコッカス・ニューモニエ0100993株を含む寄託物はナショナル・コレクションズ・オブ・インダストリアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッド（National Collections of Industrial and Marine Bacteria Ltd.)（本明細書中「NCIMB」）、23 St．Machar Drive，Aberdeen AB2 1RY，Scotlandに1996 年４月11日に寄託され、受託番号40794が割り当てられている。寄託物は寄託上ストレプトコッカス・ニューモニエ0100993と記載された。１９９６年４月１７日に、イー・コリ（E．coli）中のストレプトコッカス・ニューモニエ0100993ＤＮＡライブラリーは同様にNCIMBに寄託され、受託番号40800と記載された。ストレプトコッカス・ニューモニエ株寄託物は本明細書中にて「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」という。寄託株は全長ｔｒｐＳ遺伝子を含む。寄託株中に含まれるポリヌクレオチド配列ならびに、それによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列は本明細書中の配列のいずれの記載とのいずれの争議の場合においても支配的である。寄託株の寄託物は、特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約の条件下でなされた。該株は変更できず、特許の発行と同時に公に公開される制限または条件の範囲外となるだろう。寄託株は単に当業者の都合のために提供されるが、35U.S.C．§112の下に要されるごとく、寄託が実施可能記載要件であることを認めるものではない。寄託株およびそれから由来した化合物の作成、使用、または販売にはライセンスが必要となり、かかるライセンスはここに許可されない。ポリペプチド本発明のポリペプチドは表１[配列番号：２]のポリペプチド（特に、成熟したポリペプチド）ならびに、ポリペプチドおよび断片、特にｔｒｐＳの生物活性を有するものおよび表１[配列番号：２および４]に示されるポリペプチドと少なくとも７０％の同一性を有するものまたは適切な部分、好ましくは表１[配列番号：２および４]に示されるポリペプチド少なくとも８０％同一性を有するもの、およびより好ましくは表１[配列番号：２および４]に示されるポリペプチドと少なくとも９０％の類似性（より好ましくは少なくとも９０％の同一性）を有するもの、およびさらにより好ましくは表１[配列番号：２および４]に示されるポリペプチドと少なくとも９５％の類似性（さらにより好ましくは９５％の同一性）を有するものを含み、また、一般に、少なくとも３０アミノ酸、およびより好ましくは少なくとも５０アミノ酸を含むポリペプチドのかかる部分を有するかかるポリペプチドの部分を含む。本発明はまた、表１（Ｄ）[配列番号：２]に提示される式［式中、アミノ末端のＸは水素であって、カルボキシル末端のＹは水素または金属であり、Ｒ₁およびＲ₂はいずれのアミノ酸残基でもよく、ｎは１および１０００間の整数である］に示されるポリペプチドを含む。Ｒが１よりも多い場合、Ｒ基のどちらかによって示されるいずれの長さのアミノ酸残基もヘテロポリマーまたはホモポリマーのいずれでもよく、好ましくはヘテロポリマーである。断片は、全体的に部分は同じであるが、全アミノ酸配列が前記のポリペプチドと同じとは限らないアミノ酸配列を有する変異体ポリペプチドである。ｔｒｐＳポリペプチド断片は「それ自体で独立して」いても、その部分または領域、最も好ましくは単一の連続した領域、単一のより大きなポリペプチドを形成するより大きなポリペプチド内に含まれていてもよい。好ましい断片は、例えば、アミノ末端を含む連続した一連の残基、またはカルボキシル末端を含む連続した一連の残基のごとき表１[配列番号：２および４]に示されるアミノ酸配列、またはその変異体の部分を有する末端切断ポリペプチドを含む。また、宿主細胞、特に、ストレプトコッカス・ニューモニエにおける本発明のポリペプチドの分解形態も好ましい。アルファー-ヘリックスおよびアルファー-ヘリックス形成領域、ベーター-シートおよびベーター-シート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水性領域、疎水性領域、アルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可動部、表面-形成領域、基質結合領域、および高抗原インデックス領域を含む断片のごとき構造的、または機能的帰属により特徴付けられた断片はさらに好ましい。また、同様な活性またはそれ以上の活性、または減少した望ましくない活性を持つものを含むｔｒｐＳ活性を伝達する断片である生物活性な断片が好ましい。また、動物、特にヒトにおける抗原的または免疫原的な断片も含む。特に、ストレプトコッカス・ニューモニエの生存率、または個体、特にヒトにおける原因疾病を開始、維持する能力に必須な機能を提供する酵素のレセプターまたはドメインを含む断片が好ましい。本発明のポリペプチド断片である変異体はペプチド合成によって対応するポリペプチド全長を生産するのに用いられ得る；従って、これら変異体は本発明のポリペプチド全長を生産する中間体として用いられ得る。ポリヌクレオチド本発明のもう一つの態様は、表１[配列番号：２および４]に提示される推定アミノ酸配列を有するｔｒｐＳポリペプチドをコードする全長遺伝子およびそれに密に関するポリヌクレオチドおよびその変異体を含む単離されたポリヌクレオチドに関する。表１[配列番号：１および３]に示されるポリヌクレオチド配列のごとき本明細書中に提供された情報を用いて、ｔｒｐＳポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオチドは、標準的なクローニングおよびスクリ−ニング方法、例えば、ストレプトコッカス・ニューモニエ0100993細胞を出発物質として用いて細菌由来の染色体ＤＮＡ断片をクロ−ニングおよび配列決定し、次いでクローン全長を得ることにより得られる。例えば、表１[配列番号：１および３]に示される配列のごとき本発明のポリヌクレオチド配列を得るには、典型的には、イー・コリまたは他の適当な宿主中のストレプトコッカス・ニューモニエ0100993の染色体ＤＮＡのクローンライブラリーに対し、部分配列由来の好ましくは１７ｍｅｒ以上の長さの放射標識化オリゴヌクレオチドでプローブする。次いで、ストリンジェントな条件下とすれば、プローブＤＮＡと同一なＤＮＡを有するクローンが区別できる。従って、元の配列から設計された配列決定プライマーにより同定された個々のクローンを配列決定することにより、配列を両方向に伸長して全長遺伝子を決定できる。都合よくは、かかる配列決定は、プラスミドクローンから調製された変性二本鎖ＤＮＡを用いて行われる。適当な手法はManiatis．T.，Fritsch, E．F．およびSambrookら.,MOLECULAR CLONIG，A LABORATORY MANUAL．2nd Ed.,; Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，New York(1989) に記載される(特にScreening By Hybridization 1.90およびSequencing Denatur ed Double-Stranded DNA Templates 13.70を参照されたい）。本発明を例証して、表１[配列番号：１]にて示されたポリヌクレオチドはストレプトコッカス・ニューモニエ0100993由来のＤＮＡライブラリー中に発見された。表１[配列番号：１]に提示されるＤＮＡ配列は、当該分野において知られているアミノ酸残基の分子量値を用いて算出された推定分子量を持つ表１[配列番号：２]に提示されるおおよその数のアミノ酸残基を有するタンパク質をコードするオープンリーディングフレームを含む。番号１ないし番号１０２３間のヌクレオチドである配列番号：１に示されるポリヌクレオチドは、配列番号：２に示されるポリヌクレオチドをコードする。終止コドンは配列番号：１の番号１０２４のヌクレオチドから始まる。本発明のｔｒｐＳは、寄託株のｔｒｐＳをコードするＤＮＡの配列決定の結果に示されるごとく、他のトリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼファミリーと構造的に関連している。該タンパク質は、公知のタンパク質の中で、クロストリジウム・ロンジスポルムのｔＲＮＡシンテターゼタンパク質と最大の相同性を示す。表１[配列番号：２]に示されるｔｒｐＳはクロストリジウム・ロンジスポルムのｔＲＮＡシンテターゼポリペプチドのアミノ酸配列と、全長にわたり約６６％の同一性および全長にわたり約８１％の類似性を有する。本発明は、表１[配列番号：１]に示されるコード配列と全長にわたり同一なポリヌクレオチド配列を提供する。また、本発明により、成熟ポリペプチドまたはその断片のコード配列自体、ならびに、リーダーまたは分泌配列、プレ-、またはプロ-またはプレプロ-タンパク質配列をコードする配列ごとき他のコード配列と共にリーディングフレーム内に存在する成熟ポリペプチドまたは断片のコード配列を提供する。また、ポリヌクレオチドは例えば、転写された非-翻訳配列のごとき非-コード５'および３'配列、終止シグナル、リボゾーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化させる配列、イントロン、ポリアデニル化シグナル、および付加アミノ酸をコードする付加コード配列を含むが、それらに限定されない。例えば、融合ポリペプチドの精製を容易にするマーカー配列がコードされ得る。本発明のある具体例において、マーカー配列は、pQEベクター（クイアジェン・インコーポレイテッド（Qiagen Inc.））として提供され、かつGentzら、Proc．Natl．Ac ad．Sci.，USA86:821-824(1989)に記載されたごとき、ヘキサ-ヒスチジンペプチド、またはHAタグ（HA tag）(Wilsonら、Cell 37:767(1984))である。また、本発明のポリヌクレオチドは、構造遺伝子および遺伝子発現を制御する自然に結合したその配列を含むが、それに限定されない。本発明の好ましい具体例は、ｔｒｐＳポリペプチドをコードする表１の配列番号：１に提示される１ないし１０２３または１０２４のヌクレオチドを含むポリヌクレオチドである。また、本発明は表１（Ｃ）[配列番号：１]に提示される式［式中、分子の５'末端のＸは水素であって、分子の３’末端のＹは水素または金属であり、Ｒ₁およびＲ₂はいずれの核酸残基でもあって、ｎは１および１００間の整数である。］に示されるポリヌクレオチドをも含む。Ｒが１より多い場合、どちらかのＲ基によって示されるいずれの長さの核酸残基もヘテロポリマーまたはホモポリマーのどちらでもよく、好ましくはへテロポリマーである。本明細書中にて用いられる「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」なる語は本発明のポリペプチド、特に細菌のポリペプチドおよび特に好ましくは表１[配列番号：２]に提示されるアミノ酸配列を有するストレプトコッカス・ニューモニエｔｒｐＳのポリペプチドをコードする配列を含むポリヌクレオチドを含む。また用語は、コードおよび/または非-コード配列も含み得る付加領域と一緒に、ポリペプチドをコードする単一の連続領域または不連続領域（例えば、組み込まれたファージまたは挿入配列または修正によって中断される）を含むポリヌクレオチドも含み得る。さらに、本発明は本明細書中に記載されるポリヌクレオチド変異体であって、表１[配列番号：２]に示される推定アミノ酸配列を有するポリペプチド変異体をコードするポリヌクレオチド変異体に関する。本発明のポリヌクレオチドの断片である変異体は本発明の全長ポリヌクレオチドを合成するのに用いられる。さらなる特に好ましい具体例は、表１[配列番号：２]に示されるｔｒｐＳポリペプチドのアミノ酸配列内で、いくつかの、２−３、５ないし１０、１ないし５、１ないし３、２、１つのアミノ酸が置換するか、欠失するか、あるいは付加されるか、それらが全く起こらないか、いずれかが組み合わさって起こっているものを有するｔｒｐＳ変異体をコードするポリヌクレオチドである。これらの中で、ｔｒｐＳの性質および活性を変化させないサイレントの置換、付加および欠失が特に好ましい。本発明のさらに好ましい具体例は、表１[配列番号：２および４]に提示されるアミノ酸配列を有するｔｒｐＳポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよびかかるポリヌクレオチドと相補的なポリヌクレオチドと全長にわたって、少なくとも７０％同一なポリヌクレオチドである。あるいは、寄託株のｔｒｐＳポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよびそれと相補的なポリヌクレオチドと全長にわたって少なくとも８０％同一である領域を含むポリヌクレオチドが最も好まれる。この点において、同一のものと全長にわたって少なくとも９０％同一なポリヌクレオチドが特に好ましく、これら特に好ましいポリヌクレオチドの中で少なくとも９５％のものはとりわけ好ましい。さらに、少なくとも９５％のものの中で、少なくとも９７％のものは非常に好ましく、これらの中で、少なくとも９８％および少なくとも９９％のものは特に非常に好ましく、少なくとも９９％のものはより好ましい。好ましい具体例は、表１[配列番号：１]に示されるＤＮＡによりコードされる成熟ポリペプチドとして実質的に同様な生物学的機能または活性を保持するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。さらに、本発明は本明細書中にて前記の配列とハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点において、本発明は特に、ストリンジェントな条件下で、本明細書中に前記のポリヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。本明細書中にて用いられるごとく、「ストリンジェントな条件」および「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」なる語は、配列間で少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％の同一性のある場合にのみハイブリダイゼーションが起こるだろうということを意味する。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例は、５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ（150mM NaCl ，15mMクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６)、５ｘデンハルト溶液(Denhardt's solution)、１０％硫酸デキストランおよび２０ μｇ/ml変性、剪断したサケ精液ＤＮＡを含む溶液中で一晩４２℃にてインキュベートし、次いで、約６５℃にて０．１ｘＳＳＣでハイブリダイゼーション支持体を洗浄する。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は公知であり、Sambrook ，ら、Molecular Cloning:A Laboratory Manual，Second Edition,Cold Spring Harbor，N．Y.，(1989)、特にその１１章に例示される。また本発明は、本質的に、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下において、配列番号：１または配列番号：３に提示されるポリヌクレオチド配列の完全な遺伝子を含む適当なライブラリーを配列番号：１に提示される前記ポリヌクレオチド配列またはその断片の配列を有するプローブでスクリーニングし；前記ＤＮＡ配列を単離することによって得られるポリヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有用な断片は、例えば、本明細書中に記載のプローブおよびプライマーを含む。本明細書中にさらに議論したごとく、本発明のポリヌクレオチドアッセイに関しては、例えば、前記の本発明のポリヌクレオチドはＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーションプローブとして用いられ、ｔｒｐＳをコードする全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、ｔｒｐＳ遺伝子と高い配列類似性を有する他の遺伝子のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離できる。一般に、かかるプローブは少なくとも15塩基を含むであろう。好ましくは、かかるプローブは少なくとも３０塩基を有するであろうし、少なくとも５０塩基有し得る。特に好ましいプローブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩基以下であろう。例えば、ｔｒｐＳ遺伝子のコード領域は、オリゴヌクレオチドプローブを合成するために配列番号：１に提供されるＤＮＡ配列を用いてスクリーニングすることによって単離できる。次いで、本発明の遺伝子の配列と相補的な配列を有する標識化されたオリゴヌクレオチドが用いられ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡライブラリーをスクリーニングし、該プローブがハイブリダイズするライブラリーの一員を決定する。本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、例えば、本明細書中にてさらにポリヌクレオチドアッセイに関して議論したごとく、疾病、特にヒトの疾病用治療法および診断法の発見のための研究試薬および物質として用いられる。配列番号：１および/または２に示される配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、本明細書中にて記載したごとき製法において用いられるが、好ましくは、ＰＣＲ用であり、本明細書中に同定されたポリヌクレオチド全体または一部が感染組織中の細菌内で転写されたかどうかを決定する。また、かかる配列は、病原体が達成した感染の段階および感染の型の診断において有用性を有することも認識されている。また、本発明は、成熟タンパク質プラス付加のアミノまたはカルボキシル末端のアミノ酸、または成熟ポリペプチド内のアミノ酸であるポリペプチド（例えば、成熟形が１つより多いポリペプチド鎖を有する場合）をコードし得るポリヌクレオチドも提供する。かかる配列は、前駆体から成熟形へのタンパク質のプロセッシングにおいて役割を担い、タンパク質を輸送させ、タンパク質の半減期を伸ばしたり、短くしたりし、あるいは、数ある中でアッセイまたは生産用のタンパク質の操作を容易にできる。一般に、インビボ(in vivo)の場合は、付加アミノ酸は、細胞酵素によって、成熟タンパク質からプロセッシングにより除去される。１つ以上の前駆体と融合した成熟形のポリペプチドを有する前駆タンパク質は不活性形のポリペプチドであってもよい。前駆解体が除去された場合は、一般に、かかる不活性前駆体は活性化される。前駆体のいくつかまたは全てが活性化の前に除去される。一般に、かかる前駆体はプロタンパク質と呼称される。要約すると、本発明のポリヌクレオチドは、成熟タンパク質、成熟タンパク質プラスリーダー配列（プレタンパク質といってもよい）、プレタンパク質のリーダー配列ではない１つ以上のプロ配列を有する成熟タンパク質の前駆体、または、リーダー配列および一般に、プロセッシング段階で除去され、活性および成熟形のポリペプチドを生産する１つ以上のプロ配列を有するプロタンパク質の前駆体であるプレプロタンパク質をコードし得る。ベクター、宿主細胞、発現また、本発明は、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを含むベクター、本発明のベクターにより遺伝子学的に作成される宿主細胞および、組換え手法による本発明のポリペプチドの生産にも関する。無細胞翻訳系もまた、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを用いてかかるタンパク質を生産するのに用いることができる。組換え体生産には、宿主細胞を遺伝子学的に工作し、発現系またはその一部、または本発明のポリヌクレオチドを組み入れる。Davisら、BASIC METHODS IN MO LECULAR BIOLOGY，(1986)およびSambrookら、MOLECULAR CLONING:A LABORATORY WANUAL．2nd Ed.，Cold Sprng Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor ，N．Y．(1989)のごとき、多くの標準的な実験マニュアルに記載された、リン酸カルシウムトランスフェクション、DEAE-デキストラン介在トランスフェクション、トランスベクション、マイクロインジェクション、陽イオン性脂質-介在トランスフェクション、エレクトロポレーション、トランスダクション、スクレイプローディング(scrape loading)、バリスティック(ballistic)導入および感染のごとき方法により、ポリヌクレオチドを宿主細胞へ導入できる。適当な宿主の代表例は、連鎖球菌、ブドウ球菌、腸球菌イー・コリ（E．coli ）、ストレプトミセスおよびバシラス・サチルス（Bacillus subtilis）細胞のごとき細菌細胞；酵母菌およびアスペルギルス（Aspergillus）細胞のごとき真菌細胞；ドロソフェラ（Drosophila）S2およびスポドプテラ（Spodoptera）Sf9細胞のごとき昆虫細胞；CHO、COS、HeLa、C127、3T3、BHK、2 93およびボウズ(Bowes)黒色腫細胞のごとき動物細胞；および植物細胞を含む。他種類の発現系が本発明のポリペプチドの生産に用いられる。数ある中で、かかるベクターは染色体、エピソームおよびウィルス-由来ベクター、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、バキュロウィルス、SV40のごときパポバウィルス、ワクシニアウィルス、アデノウィルス、鶏痘ウィルス、仮性狂犬病ウィルスおよびレトロウィルスのごときウィルス由来のベクター、およびコスミドおよびファージミドのごときプラスミドおよびバクテリオファージ遺伝子エレメント由来のもののごときその組み合せ体由来のベクターを含む。発現系構築物は、発現を調節し、ならびに引き起こす制御領域を含み得る。一般に、この点において、ポリヌクレオチドを維持、増殖または発現するために、および/または宿主中でポリペプチドを発現するために適当ないずれの系またはベクターも発現に用いられる。例えば、Sambrookら.，MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MANUAL(前記)に提示されたもののごときいずれのよく知られたルーチン的な種々の手法によっても、適当なＤＮＡ配列が発現系へ挿入できる。翻訳されたタンパク質を粗面小胞体の内腔、細胞周辺腔または細胞外環境へ分泌するために、適当な分泌シグナルが、発現されたポリペプチドに組み込まれる。これらのシグナルはポリペプチドに内在してもよく、あるいは異種シグナルであってもよい。本発明のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、およびレクチンクロマトグラフィーを含むよく知られた方法によって組換え細胞培養液から回収および精製できる。最も好ましくは、精製に高速液体クロマトグラフィーが用いられる。単離およびまたは精製の間にポリペプチドが変性する場合は、活性コンホメーションを再生するために、タンパク質の再生のためによく知られた手法が、用いられる。診断学的アッセイまた、本発明は診断試薬としての使用に対する本発明のｔｒｐＳポリペプチドの使用にも関する。真核生物、特に哺乳動物、およびとりわけヒト中のｔｒｐＳの検出は疾病の診断用の診断学的手法を提供する。特に哺乳動物、およびとりわけヒトである真核生物（本明細書中では「個体」ともいう）、特にｔｒｐＳ遺伝子を含む生物により感染されたまたは感染の疑いのあるものが種々の手法により核酸レベルで検出できる。診断用の核酸は、骨、血液、筋、軟骨および皮膚のごとき感染した個体の細胞および組織から得られる。ゲノムＤＮＡが検出に直接用いられるか、あるいは分析に先立ちPCRまたは他の増幅手法により酵素的に増幅される。また、ＲＮＡまたはｃＤＮＡが同様に用いられる。増幅を用いて、原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により、個体に存在する原核生物の種および株のキャラクタリゼーションを行える。参照配列の遺伝子型と比較して、増幅産物の大きさの変化によって、欠失および挿入が検出できる。点変異は、増幅されたＤＮＡを標識化ｔｒｐＳポリヌクレオチド配列とハイブリダイズすることによって同定できる。リボヌクレアーゼ切断によって、または融解温度の違いによって、完全にマッチした配列はミスマッチの二本鎖と区別できる。また、ＤＮＡ配列の違いは、変性試薬でまたはそれなしで、または直接的ＤＮＡ配列決定により、ゲル上ＤＮＡ断片の電気泳動移動度の変化によっても検出できる。例えば、Myersら、Science，230:1242(198 5)を参照されたい。また、特異的部位における配列変化も、リボヌクレアーゼおよびS1保護または化学開裂方法のごときヌクレアーゼ保護アッセイにより明らかになる。例えば、Cottonら、Proc.Natl．Acad．Sci.，USA，85:4397-4401(1985) を参照されたい。また、例えば、血清型を区別する種々の手法によって、本発明の遺伝子内に変異または多型性を有する細胞もＤＮＡレベルで検出できる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲが変異の検出に用いられる。例えば、ジーンスキャン（GeneScan）のごとき自動検出装置と共にＲＴ−ＰＣＲを用いるのが特に好ましい。また、ＲＮＡまたはｃＤＮＡは同じ目的、ＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いられる。例として、ｔｒｐＳをコードする核酸と相補的なＰＣＲプライマーが変異を同定および分析するのに用いられる。代表的プライマーの例を下記表２に示す。表２ｔｒｐＳポリヌクレオチドの増幅用プライマーさらに、本発明は５'および/または３'末端から１、２、３または４つのヌクレオチドを除去したこれらのプライマーを提供する。数ある中で、これらのプライマーは個体由来のサンプルから単離されたｔｒｐＳＤＮＡの増幅に用いられる。プライマーは感染個体から単離された遺伝子の増幅に用いられ、次いで遺伝子はＤＮＡ配列を解明するための種々の手法に付される。かくして、ＤＮＡ配列の変異は、感染を診断し、感染体を血清型別に分け、かつ/あるいは分類するため検出され、用いられる。さらに、本発明は疾病、好ましくは細菌感染、より好ましくはストレプトコッカス・ニューモニエによる感染、最も好ましくは、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、腹鼻腔炎、胸腺蓄膿症および心内膜炎、ならびに特に、例えば、脳脊髄液感染のごとき髄膜炎を診断する方法を提供し、個体由来のサンプルから表１[配列番号：１]に示される配列を有するポリヌクレオチドの増加した発現レベルを測定することを含む。ｔｒｐＳポリヌクレオチドの発現レベルの増加または減少は、例えば、増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、リボヌクレアーゼ保護、ノーザンブロッティングおよび他のハイブリダイゼーション方法のごときポリヌクレオチドの定量に当該分野でよく知られているいずれの方法を用いても測定できる。加えて、正常な対照組織サンプルと比較してｔｒｐＳの過剰発現を検出する本発明に従う診断アッセイは、例えば、感染の存在を検出するのに用いられる。宿主由来のサンプルにおいてｔｒｐＳタンパク質のレベルを測定するのに用いられるアッセイ手法は当該分野において当業者にはよく知られている。かかるアッセイ方法はラジオイムノアッセイ、競合的結合測定法、ウエスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイを含む。抗体本発明のポリペプチドまたはその変異体、またはそれらを発現している細胞は、かかるポリペプチドに免疫特異的な抗体を生産する免疫原として使用できる。本明細書中にて用いられる「抗体」はモノクローナルおよびポリクローナル抗体、キメラ、単鎖、シミア化抗体およびヒト化抗体ならびにFab免疫グロブリン発現ライブラリーの産物を含むFabフラグメントを含む。本発明のポリペプチドに対して生じた抗体は、ルーチン的なプロトコルを用いて、ポリペプチドまたはエピトープ担持フラグメント、類似物または細胞を、好ましくはヒトではない動物に注射することによって得られる。モノクローナル抗体の調製には、連続した細胞系培養液によって生産される抗体を提供する当該分野において知られているいずれの手法でも用いられる。例はKohler，G．およびM ilstein，C.，Nature 256:495-497(1975);Kozborら.，Immunology Today 4:72(1 983);MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER THERAPY，Alan R．Liss，Inc.(1985) 中Coleら、pg．77-96のごとき種々の手法を含む。本発明のポリペプチドに対する単鎖抗体の生産には、単鎖抗体生産の手法（米国特許第4,946,778号）が採用できる。また、トランスジェニックマウスまたは、他の哺乳動物のごとき生物がヒト化抗体の発現に用いられる。あるいは、抗-ｔｒｐＳを有することでスクリーニングされたヒト由来リンパ球のＰＣＲ増幅されたv-遺伝子の集積または天然ライブラリーのどちらかからのポリペプチドに対して結合活性を有する抗体遺伝子を選択するのに、ファージデイスプレイ手法が使用される（McCafferty，J．ら(1990)，Nature 348，552-554 ;Marks，J．ら(1992)Biotechnology 10，779-783）。また、これら抗体の親和性は鎖シャッフリング（Clackson，T．ら、(1991)Nature 352，624-628）により改善される。２つの抗原結合ドメインが存在する場合には、各ドメインは、異なるエピトープに対して向けられ-「ビ特異的（bispecific）」抗体と呼ばれる。前記の抗体はポリペプチドを発現するクローンの単離または同定に用いられ、アフィニティークロマトグラフィーによりポリペプチドは精製される。従って、数ある中で、ｔｒｐＳ-ポリペプチドに対する抗体は感染、特に細菌感染およびとりわけ中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、腹鼻腔炎、胸腺蓄膿症および心内膜炎、ならびに特に、例えば、脳脊髄液感染のごとき髄膜炎の治療に用いられる。ポリペプチド変異体は、本発明の特別な態様を形成する、抗原的、エピトープ的にまたは免疫学的に等価な変異体を含む。本明細書中にて用いられる「抗原的に等価な誘導体」なる語は、本発明によるタンパク質またはポリペプチドまで高める場合は、病原体および哺乳動物宿主間の即時の物理的相互作用で中断するある抗体によって特異的に認識されるだろうポリペプチドまたはその等価物を含む。本明細書中にて用いられる「免疫学的に等価な誘導体」なる語は、脊椎動物中で抗体を高める適当な処方で用いる場合は、抗体が、病原体および哺乳動物宿主間の即時の物理的相互作用で中断するように作用するペプチドまたはその等価物を含む。抗原的または免疫学的に等価な誘導体またはその融合タンパク質のごときポリペプチドは、マウスまたは、ラットまたはニワトリのごとき他の動物を免疫する抗体として用いられる。融合タンパク質はポリペプチドに対する安定性を提供できる。抗原は、例えば、コンジュゲーションにより、免疫学的担体タンパク質、例えばウシ血清アルブミン（BSA）またはキーホールリンペット（keyhole limpe t）ヘモシアニン（KLH）と結合できる。あるいは、多コピーのタンパク質またはポリペプチドを含む多種抗原ペプチド、またはその抗原的または免疫学的に等価なそのポリペプチドは担体の使用を不要とするように免疫原性を向上させる十分な抗原性があってもよい。好ましくは、抗体またはその変異体が個体中で免疫原性をより小さくするよう修飾される。例えば、個体がヒトの場合は抗体は好ましくは「ヒト化」され；ここに、例えばJones，P．ら(1986)，Nature 321，522-525またはTempestら、(199 1)Biotechnology 9，266-273に記載のごとく、ハイブリドーマ-由来抗体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植される。遺伝的免疫法における本発明のポリペプチドの使用は、好ましくはプラスミドＤＮＡの筋肉への直接注入（Wolffら、Hum Mol Genet 1992，1:363，Manthorpe ら、Hum Gene Ther．1963:４，419）、特異的タンパク質担体と複合したＤＮＡのデリバリー（Wuら、J Biol Chem．1989:264，16985）、リン酸カルシウムとＤＮＡの共沈殿（BenvensityおよびReshef，PNAS USA，1986:83，9551）、種々の形態のリポソーム中へのＤＮＡのカプセル化（Kanedaら、Science 1989:243,375 ）、微粒子の具体例（Tangら、Nature 1992，356:152，Eisenbraunら、ＤＮＡ C ell Biol 1993，12:791）およびクローン化レトロウィルスベクターを用いてのインビボ(in vivo)感染（Seegerら、PNAS USA，1984:81，5849）のごとき適当なデリバリー方法を用いるだろう。アンタゴニストおよびアゴニスト-アッセイおよび分子また、本発明のポリペプチドは、小さな分子の基質およびリガンド、例えば、細胞、無細胞調製物、化学ライブラリーおよび天然産物混合物の結合を評価するのに用いられる。これら基質およびリガンドは天然基質およびリガンドであってもよく、または構造または機能的擬似物であってもよい。例えば、Coliganら、C urrent Protocols in Immunology 1(2):５章(1991)を参照されたい。また、本発明は、ｔｒｐＳポリペプチドまたはポリヌクレオチド、特に静菌性および/または殺菌性のあるこれら化合物の作用を促進（アゴニスト）または阻害（アンタゴニスト）するものを同定する化合物をスクリーニングする方法も提供する。スクリーニング方法は高-スループット技術を要する。例えば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリーニングするには、合成反応物、膜、細胞エンベロープまたは細胞壁のごとき細胞画分またはｔｒｐＳポリペプチドおよびかかるペプチドの標識化基質またはリガンドを含むそのいずれかの調製物を、ｔｒｐＳアゴニストまたはアンタゴニストであるかもしれない候補分子の不存在または存在下においてインキュベートする。ｔｒｐＳポリペプチドをアゴナイズあるいはアンタゴナイズする候補分子の能力は、標識化リガンドの結合の減少またはかかる基質からの産物の生産の減少に反映する。むやみに、すなわち、ｔｒｐＳポリペプチドの効果を含むことなく結合する分子は良好なアンタゴニストに最適である。十分に結合し基質からの産物生産の速度を上昇させる分子はアゴニストである。基質からの産物生産速度またはレベルの検出はリポーター系を用いることにより促進される。この点において有用であるリポーター系は、産物に変換された比色標識化基質、ｔｒｐＳポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化に反応するリポーター遺伝子、および当該分野で知られている結合アッセイを含むがそれに限定されない。ｔｒｐＳアンタゴニスト用アッセイのもう一つの例は、競合阻害アッセイの適当な条件下、ｔｒｐｓおよび可能性のあるアンタゴニストをｔｒｐＳ-結合分子、組換えｔｒｐＳ結合分子、天然基質またはリガンド、または基質またはリガンド擬似物と結合させる競合アッセイである。ｔｒｐＳは放射活性または比色化合物によるごとく標識化できるので、結合分子と結合した、あるいは産物に変換されたｔｒｐＳ分子の数が可能性のあるアンタゴニストの有効性の評価を正確に測定できる。本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと結合し、それによってその活性を阻害または消失させる可能性のあるアンタゴニストは、小さな有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗体を含む。また、可能性のあるアンタゴニストは、ｔｒｐＳ-誘導活性を誘導することのない結合分子のごとき結合分子上の同一部位に結合し、それによってｔｒｐＳを結合させないことによりｔｒｐＳの作用を妨げる密に関連したタンパク質または抗体のごとき小さな有機分子、ペプチド、ポリペプチドであってもよい。可能性のあるアンタゴニストはポリペプチドの結合部位と結合しそれを占有し、それによって細胞の結合分子と結合するのを妨げるため、正常な生物学的活性が妨げられる小さな分子を含む。小さな分子の例は小さな有機分子、ペプチドまたはペプチド様分子を含むがそれに限定されない。他の可能性のあるアンタゴニストはアンチセンス分子を含む（これら分子の記載については、Okano，J．Neur ochem．56:560(1991);OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE INHIBITORS OF GEN E EXPRESSION，CRC Press，Boca Raton．FL(1988)を参照されたい）。好ましい可能性のあるアンタゴニストはｔｒｐＳの変異体およびそれに関連した化合物を含む。本明細書中に提供される各ＤＮＡ配列は、抗細菌化合物の発見および開発において使用できる。発現しているコードされたタンパク質は抗細菌剤のスクリーニング用標的として使用できる。加えて、コードされたタンパク質のアミノ末端領域をコードするＤＮＡ配列または各々のｍＲＮＡのシャイン-ダルガルノまたは他の翻訳促進配列が、コードする配列の発現を制御するアンチセンス配列を構成できる。また、本発明は、感染後遺症の原因となる病原体および哺乳動物宿主間の初期の物理的相互作用を妨げる本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチドまたはインヒビターの使用も提供する。特に、本発明の分子は：細菌、特にグラム陽性細菌の哺乳動物の内在デバイス上の細胞外基質タンパク質、または創傷の細胞外基質タンパク質への付着の妨害；例えば、哺乳動物のチロシンキナーゼのリン酸化の開始によるｔｒｐＳタンパク質-介在哺乳動物細胞侵入の阻害（Rosenshineら、I nfect．Immun．60:2211(1992)）；組織の損傷を伝達する哺乳動物細胞外基質タンパク質および細菌ｔｒｐＳタンパク質間の細菌の付着の阻害および；内在デバイスによる移植または他の外科的手法による以外の方法で起こされた感染において病原体の正常な進行の阻害に使用できる。本発明のアンタゴニストおよびアゴニストは、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、副鼻腔炎、胸腺蓄膿症および心内膜炎、ならびに特に、例えば、脳脊髄液感染のごとき髄膜炎の抑制および治療するのに用いられる。ヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)（本明細書中、エイチ・ピロリ(H．pylori)）細菌は胃に感染するが、それは胃癌、胃潰瘍および胃炎を起こす世界人口のうち三分の一より多い（InteRNAtiona1 Agency for Research on C ancer(1994)Schistosomes，Liver Flukes and Helicobacter Pylori InteRNAtio nal Agency for Research on Cancer，Lyon，France；http://www.unicc.ch/ecp /ecp2904.htm）。さらに、最近、インターナショナル・エージェンシー・フォー・リサーチ・オン・キャンサー（InteRNAtional Agency for Research on Cance r）は、エイチ・ピロリおよび胃腺癌間の因果関係を認め、該細菌をＩ群（確定）発癌物質に分類した。本発明により提供されるスクリーニングを用いて発見された好ましい本発明の抗菌化合物（ｔｒｐＳのアゴニストおよびアンタゴニスト）、特に広域抗菌スペクトラムの抗生物質は、エイチ・ピロリ感染の治療において有用なはずである。かかる治療は、胃小腸癌のごときエイチ・ピロリ(H．pylori)-誘導癌の出現を減少させるはずである。また、かかる治療は胃潰瘍および胃炎も治療するはずである。ワクチン本発明のもう一つの態様は、感染、特に細菌感染、とりわけストレプトコッカス・ニューモニエ感染から当該個体を保護する抗体および/またはＴ細胞免疫反応の生産に十分なｔｒｐＳ、または断片またはその変異体を接種することを含む個体、特に哺乳動物における免疫学的応答を誘導するための方法に関する。また、それによってかかる免疫学的応答が細菌の複製を低下させる方法も提供する。本発明のさらにもう一つの態様は、例えば、その疾病が個体内ですでに慢性化していてもいなくても、当該個体を疾病から保護するサイトカイン-生産T細胞または細胞傷害性T細胞を含む抗体および/またはT細胞免疫反応を生産するごとき免疫学的応答を誘導するためにｔｒｐＳ、または断片またはその変異体をインビボ (in vivo)で発現するために、かかる個体にｔｒｐＳを直接発現する核酸ベクター、または断片またはその変異体をデリバリすることを含む個体における免疫学的応答を誘導する方法に関する。遺伝子を投与する一つの方法は粒子上コーティングとして所望の細胞中にそれを促進することによるかあるいは別の方法による。かかる核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、またはＤＮＡ/ＲＮＡハイブリッドを含む。本発明のさらなる態様は、その中で誘導された免疫学的応答を起こす能力があるか、あるいはそれを有する個体中に導入された場合は、かかる個体におけるｔｒｐＳまたはそれにコードされるタンパク質[ここに、組成物は、当該ｔｒｐＳまたはそれにコードされるタンパク質をコードし発現するＤＮＡを含む組換えｔｒｐＳまたはそれにコードされるタンパク質を含む]に対する免疫学的応答を誘導する免疫学的組成物に関する。免疫学的応答は治療的または予防的に用いられ、ＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生じるもののごとき抗体免疫または細胞免疫の形態を取り得る。ｔｒｐＳポリペプチドまたはその断片は、それ自体では抗体を生産しないが第一のタンパク質を安定化し免疫原的および保護的性質を持つであろう融合タンパク質を生産する能力のある共タンパク質と融合され得る。従って、融合組換えタンパク質は、好ましくはさらに、ヘモフィルス・インフルザエ(Hemophilus infl uzae)由来のリポタンパク質D、グルタチオン-S-トランスフェラーゼ（GST）またはベーターガラクトシダーゼ、タンパク質を可溶化しその生産および精製を容易にする比較的大きな共タンパク質、のごとき抗原的共タンパク質を含む。さらに、免疫系の全身性刺激を提供するという意味において、共タンパク質はアジュバントとして作用できる。共タンパク質は第一のタンパク質のアミノまたはカルボキシ末端のいずれかに結合できる。本発明によって組成物特に、ワクチン組成物、および本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよびSatoら、Science 273:352(1996)に記載されたもののごとき免疫刺激性ＤＮＡ配列を含む方法が提供される。また、本発明によって、ストレプトコッカス・ニューモニエ感染の動物モデルで遺伝的免疫実験に用いられたＤＮＡ構成物中細菌細胞表面タンパク質の不変部をコードすることが示された記載されたポリヌクレオチドまたはその各断片を用いる方法も提供され、それは特に予防的または治療学的免疫反応を引き起こすことができるタンパク質のエピトープを同定するのに有用であるだろう。このアプローチは、続く哺乳動物、特にヒトの細菌感染、特にストレプトコッカス・ニューモニエ感染の予防的薬剤または治療的処置の開発のための感染にうまく抵抗しそれをクリアした動物の必須器官由来の特に価値のあるモノクローナル抗体の調製が見込めると思われる。ポリペプチドは、例えば細菌が損傷した組織に付着するのを阻害することにより、細菌の侵入に対して保護する特異的抗体を生産する宿主のワクチン接種用抗原として使用できる。組織損傷の例は、引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、例えば、機械的、化学的または熱的損傷によるまたは内在デバイスの移植による、または口、乳腺、尿道または膣のごとき粘膜の創傷を含む。また、本発明は、適当な担体と一緒に本発明の免疫原性組換えタンパク質を含むワクチン処方も含む。該タンパク質は胃で分解されるので、例えば、皮下、筋肉内、静脈内または皮内投与を含む非経口的に投与することが好ましい。非経口投与に適当な処方は、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤および処方を個体の体液、好ましくは血液と等張にする溶質を含み得る水溶性および非水溶性の滅菌注射溶液；および懸濁化剤または増粘剤を含む水溶性および非水溶性の滅菌懸濁液を含む。処方は、単位-用量またはマルチ-用量の容器、例えば、密封アンプルおよびバイアルで提供でき、用時に滅菌液体担体の添加のみ必要な凍結乾燥条件で保存できる。また、ワクチン処方は、当該分野で知られている水中油系および他の系のごとき処方の免疫原性を高めるためのアジュバント系を含む。用量はワクチンの特異的活性に依存し、ルーチン的実験により容易に決定できる。本発明はあるｔｒｐＳタンパク質を参考にして記載されたが、天然に存在するタンパク質および組換えタンパク質の免疫原的性質に実質的には影響しない付加、欠失または置換された類似タンパク質の断片を含むと理解される。組成物、キットおよび投与また、本発明は前記に記載されたポリヌクレオチドまたはポリペプチドまたはそのアゴニストまたはアンタゴニストを含む組成物にも関する。本発明のポリペプチドは、非滅菌または滅菌担体または患者に投与するのに適当な医薬担体のごとき細胞、組織または生物の使用に対する担体を組み合わせて用いられる。かかる組成物は、例えば、培地添加物または治療有効量の本発明のポリペプチドおよび医薬上許容される担体または賦形剤を含む。かかる担体は、セイライン、緩衝セイライン、デキストロース、水、グリセロール、エタノールおよびその組み合わせを含むがそれに限定されない。処方は投与様式に適するはずである。さらに、本発明は、１種類以上の本発明の前記組成物の成分を詰めた１個以上の容器を含む診断および医薬パックおよびキットに関する。本発明のポリペプチドおよび他の化合物は、単独でまたは治療化合物のごとき他の化合物と共に用いられる。医薬組成物は、例えば、数ある中で、局所、経口、肛門、膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮内経路を含むいずれかの有効な慣用的方法で投与できる。治療においてまたは予防薬として、有効な薬剤は例えば、好ましくは等張である滅菌水溶性分散溶液のごとき注射可能な組成物として個体に投与できる。あるいは、組成物は例えば、軟膏剤、クリーム剤、ローション剤、眼軟膏剤、点眼剤、点耳剤、含そう剤、浸透包帯および縫合糸およびエアロゾルの形態で局所適用用に処方でき、例えば、保存剤、薬剤を浸透させる溶媒および軟膏およびクリームの皮膚軟化剤を含む適当な慣用的な添加物を含み得る。また、かかる局所処方は、適合する慣用的な担体、例えばクリーム剤または軟膏剤の基剤およびローション剤用のエタノールまたはオレイルアルコールも含む。かかる担体は、処方重量で約１％ないし約９８％を構成でき；より通常的には処方重量で約８０％までを構成するだろう。哺乳動物、特にヒトへの投与には、有効成分の日用量レベルが０．０１ｍｇ／ｋｇないし１０ｍｇ／ｋｇ、典型的には１ｍｇ／ｋｇであろうと期待される。いずれの場合においても医師は個体に最適な実際量を決定し、年齢、体重および各個体の反応によって変更するだろう。前記の用量は平均的なケースの模範となる。もちろん、より高いまたはより低い用量範囲に相応する個体の例もあり得るし、かかるものは本発明の範囲内にある。内在デバイスは外科的な移植物、補てつデバイスおよびカテーテル、すなわち個体の身体に挿入されその位置に長期間残存するデバイスを含む。かかるデバイスは、例えば、人工関節、心臓弁、ペースメーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャント、尿カテーテル、連続携行式腹膜灌流（CAPD）カテーテルを含む。本発明の組成物は、内在デバイス挿入の直前に適当な細菌に対して全身性効果を果たす注射により投与される。治療は、手術後、デバイスが体内にある間継続される。加えてまた、組成物は細菌性の創傷感染、特にストレプトコッカス・ニューモニエ創傷感染を予防するいずれの外科的手法に対する周術期のカバーを広げるために用いられる。多くの整形外科医は人工関節を有する人には菌血症を引き起こす可能性のある歯科治療の前に抗生物質による予防を考えるべきだと考える。後期の深部感染は時には、人工関節の損失をもたらす重症な合併症であり、著しい罹患率および死亡率を伴う。従って、この場合、予防的抗生物質の代わりに有効な薬剤の使用を延長できる。前記に記載された治療に加えて、本発明の組成物は一般に、創傷組織中さらされたマトリックスタンパク質への細菌の付着を妨げる創傷治療剤として、抗生物質による予防の代わりに、またはそれと共に歯科治療における予防的使用に用いられる。あるいは、本発明の組成物は、挿入直前に内在デバイスを浸すために用いられる。有効な薬剤は好ましくは、創傷または内在デバイスを浸すために濃度１μｇ／ｍｌないし１０ｍｇ／ｍｌであるだろう。ワクチン組成物は慣用的には注射形態である。慣用的なアジュバントは免疫反応を高めるために用いられる。ワクチン用の適当な単位用量は抗原０．５−５μ ｇ／ｋｇであり、かかる用量は好ましくは１−３週間隔で１−３回投与される。示された用量範囲内で、本発明の化合物を用いて、適当な患者へのその投与を不可能にする有害な毒物学的効果は見られないだろう。本明細書中に開示される各言及はことごとく本明細書中の言及に合わされる。また、本出願の請求が先立ついずれの特許出願も本明細書中の言及に合わされる。実施例下記の実施例は、当該分野において当業者によく知られたルーチン的である、そうでなければ詳細に記載してあるもの以外は標準的手法を用いて行う。実施例は実例であるが、本発明を限定しない。実施例１株選択、ライブラリー生産および配列決定配列番号：１に示されるＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチド配列は、イー・コリ中のストレプトコッカス・ニューモニエの染色体ＤＮＡクローンライブラリーから得られた。重複するストレプトコッカス・ニューモニエＤＮＡを含む２つ以上のクローンからの配列決定データが配列番号：１に示される連続したＤＮＡ配列を構築するのに用いられた。ライブラリーはルーチン的方法、例えば、以下の方法１および２により調製できる。総細胞ＤＮＡは、標準的手順および２つの方法のどちらかによるサイズ-分画によって、ストレプトコッカス・ニューモニエ0100993から単離される。方法１総細胞ＤＮＡを標準的手法によりサイズ-分画するために針を通過させることにより切断する。サイズ１１ｋｂｐまでのＤＮＡ断片はエキソヌクレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼの処理により平滑にし、EcoRIリンカーを付加する。断片を、EcoRIで切断してあるベクターラムダZapIIへ連結し、標準的手順によりライブラリーをパッケージングし、イー・コリをパッケージングされたライブラリーで感染させる。ライブラリーは標準的手順により増幅される。方法２総細胞ＤＮＡを、ライブラリーベクターにクローニングするための一連の断片を生じるのに適当な１種類または組み合わせた制限酵素（例えば、RsaI、PalI、 A1uI、Bsh1235I）で部分分解し、かかる断片を標準的手法によりサイズ一分画する。EcoRIリンカーをＤＮＡに連結し、次いで、断片を、EcoRIで切断してあるベクターラムダZapIIへ連結し、標準的手順によりライブラリーをパッケージングし、イー・コリ（E．coli）をパッケージングされたライブラリーで感染させる。ライブラリーは標準的手順により増幅される。実施例２ｔｒｐＳキャラクタリゼーション放射標識化アミノ酸をｔＲＮＡへ組み込む酵素はｔＲＮＡおよびATP存在下放射標識化アミノ酸からトリクロロ酢酸-沈殿可能な放射活性としてアミノ酸-ｔＲＮＡを測定するアミノアシル化法によって測定できる（Hughes J．Mellows GおよびSoughton S，1980，FEBS Letters，122:322-324）。従って、トリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼのインヒビターは、対照と比較してトリクロロ酢酸沈殿可能な放射活性の減少によって検出できる。あるいは、ＰＰｉからの放射標識化ＡＴＰの形成を測定するｔＲＮＡシンテターゼ触媒部分的ＰＰｉ／ＡＴＰ交換反応が直接的トリプトファニルｔＲＮＡシンテターゼインヒビターの検出に用いられる（Calender RおよびBerg P，1966，Biochemistry，5，1681-1690）。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ａ６１Ｋ 48/00 Ａ６１Ｐ 9/00 Ａ６１Ｐ 9/00 11/00 11/00 25/00 25/00 27/02 27/02 27/16 27/16 31/04 31/04 Ｃ０７Ｋ 16/40 Ｃ０７Ｋ 16/40 Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｎ 1/21 9/00 9/00 Ｇ０１Ｎ 33/15 ＺＧ０１Ｎ 33/15 33/50 Ｚ 33/50 33/53 Ｄ 33/53 33/569 Ｆ 33/569 Ａ６１Ｋ 37/02 //(Ｃ１２Ｎ 9/00 Ｃ１２Ｒ 1:19） (72)発明者ローラー，エリザベス・ジェーンアメリカ合衆国19355ペンシルベニア州マルバーン、ラップ・ロード260番

Claims

【特許請求の範囲】１． (a) 配列番号：２に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド； (b) 寄託株のストレプトコッカス・ニューモニエに含まれるｔｒｐＳ遺伝子によって発現される同一の成熟ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド； (c) 配列番号：２に示されるアミノ酸配列と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含む−ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド； (d) (a)、(b)または(c)に示されるポリヌクレオチドと相補的なポリヌクレオチド；および (e) (a)、(b)、(c)または(d)に示されるポリヌクレオチドの少なくとも１５連続塩基を含むポリヌクレオチドよりなる群から選択されるポリヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチド。２．ポリヌクレオチドがＤＮＡである請求項１記載のポリヌクレオチド。３．ポリヌクレオチドがＲＮＡである請求項１記載のポリヌクレオチド。４．配列番号：１に提示される核酸配列を含む請求項２記載のポリヌクレオチド。５．配列番号：１に提示されるヌクレオチド１ないし１０２３を含む請求項２記載のポリヌクレオチド。６．配列番号：２に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項２記載のポリヌクレオチド。７．請求項１記載のポリヌクレオチドを含むベクター。８．請求項７記載のベクターを含む宿主細胞。９．請求項８記載の宿主細胞から該ＤＮＡにコードされるポリペプチドを発現することよりなるポリペプチドの生産方法。１０．該ポリペプチドまたは断片の生産に十分な条件下において、請求項８記載の宿主を培養することよりなるｔｒｐＳポリペプチドまたは断片を生産する方法。１１．配列番号：２に示されるアミノ酸配列と少なくとも７０％同一なアミノ酸配列を含むポリペプチド。１２．配列番号：２に提示されるごときアミノ酸配列を含むポリペプチド。１３．請求項１１記載のポリペプチドに対する抗体。１４．請求項１１記載のポリペプチドの活性または発現を阻害するアンタゴニスト。１５．治療的有効量の請求項１１記載のポリペプチドを個体に投与することよりなるｔｒｐＳポリペプチドを必要とする個体の治療方法。１６．治療的有効量の請求項１４記載のアンタゴニストを個体に投与することよりなるｔｒｐＳポリペプチドの阻害を必要とする個体の治療方法。１７． (a) 該ポリペプチドをコードする核酸配列を決定し、および/または (b) 個体由来のサンプルにおける該ポリペプチドの存在または量を分析することよりなる個体における請求項１１記載のポリペプチドの発現または活性に関する疾病の診断方法。１８．化合物の相互作用を評価するために化合物およびポリペプチド間で相互作用させる条件下において、ポリペプチドを含む組成物とスクリーニングすべき化合物とを接触させ、ここに、かかる相互作用は、ポリペプチドと化合物との相互作用に応答しての検出可能なシグナルを提供できる第二成分と関連し；次いで、化合物とポリペプチドとの相互作用から生じるシグナルの存在または不存在を検出することにより、化合物がポリペプチドの活性と相互作用しそれを活性化するか、阻害するか否かを決定することよりなる請求項１１記載のポリペプチドの活性と相互作用しそれを活性化するか、あるいは阻害する化合物の同定方法。１９．疾病から哺乳動物を保護する抗体および/またはＴ細胞免疫反応を生じさせるのに十分な、請求項１１記載のｔｒｐＳポリペプチドまたはその断片もしくは変異体を哺乳動物に接種することよりなる哺乳動物において免疫学的応答を誘導する方法。２０．疾病から哺乳動物を保護する抗体および/またはＴ細胞免疫反応を生じさせるための免疫学的応答を誘導するイン・ビボでのｔｒｐＳポリペプチドまたはその断片もしくは変異体を発現させるために、請求項１１記載のｔｒｐＳポリペプチドまたはその断片もしくは変異体の直接発現に核酸べクターをデリバリすることよりなる哺乳動物において免疫学的応答を誘導する方法。