JPH1198993A - 新規化合物 - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 【課題】 応答レギュレーターポリペプチドおよび応答
レギュレーターポリペプチドをコードしているＤＮＡ
（ＲＮＡ）、および組み換え法によるかかるポリペプチ
ドの製造方法、ならびに感染、詳細には細菌感染に対す
る防御のための応答レギュレーターポリペプチドの使用
方法を提供する。 【解決手段】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプ
チド。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、一つには、新たに
同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド、なら
びにそれらの製造および使用、ならびにそれらの変種、
アゴニストおよびアンタゴニスト、そしてそれらの使用
に関する。詳細には、これらの点および他の点に関し
て、本発明は、応答レギュレーターファミリーの新規ポ
リヌクレオチドおよびポリペプチド（以下、応答レギュ
レーターという）に関する。

【０００２】

【従来の技術】ストレプトコッカス属（Streptococci）
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトに，例
えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞
炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には例えば脳脊髄液
の感染のごとき髄膜炎を包含する、いくつかの型の疾患
を引き起こすことが知られている。ストレプトコッカス
属の単離から１００年以上も経過しているため、ストレ
プトコッカス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumo
niae）は、より詳細な研究がなされた微生物の一つであ
る。例えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質であるという初期
の見解の大部分は、この微生物を用いたGriffithならび
に、Avery、MacleodおよびMcCartyの研究において述べ
られた。ストレプトコッカス・ニューモニアエに関する
研究は膨大であるにも関わらず、この微生物の毒性に関
しては多くの疑問が残されている。抗生物質の開発のた
めの標的としてストレプトコッカス属の遺伝子および遺
伝子産物を用いるのはとりわけ好ましいことである。

【０００３】ストレプトコッカス・ニューモニアエ感染
の頻度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多
重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の
集団の増加に起因している。いくつかのまたは全ての標
準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ株を単離することはもはやめずらし
いことではない。この現象がこの生物に対する新しい抗
菌剤、ワクチンおよび診断試験についての必要性を形成
した。

【０００４】病原性に関連している特定のStreptococcu
sの因子、例えば、きょう膜多糖、ペプチドグリカン、
ニューモリシン、ＰｓｐＡ補体因子Ｈ結合成分、オート
リシン、ノイラミニダーゼ、ペプチドパーメアーゼ、過
酸化水素、ＩｇＡ１プロテアーゼが同定されているが、
これらがすべてではない。さらに、哺乳動物宿主におけ
る感染および疾病経過におけるかかる遺伝子の一時的発
現に関してはほとんど知られていない。感染の異なる段
階において発現される可能性のある、詳細には感染が確
率された場合に発現される可能性のある細菌遺伝子のセ
ットを発見することは、病原体を抑制する新規抗細菌剤
のスクリーニングおよび特徴づけに関する重要な情報を
提供する。既知蛋白に関するより十分な理解を得ること
のほかに、かかるアプローチはこれまで認識されていな
かった標的を同定するであろう。多くの２成分シグナル
トランスダクションシステム（ＴＣＳＴＳ）が細菌にお
いて同定されている（Stock, J. B., Ninfa, A. J. & S
tock, A. M. (1989) Microbiol. Rev. 53, 450-490）。
これらは、周囲をモニターし、その環境の変化に適応す
る細菌の能力に関与している。これらの細菌ＴＣＳＴＳ
のいくつかは宿主における毒性および細菌の病原性に関
与している。応答レギュレーターはＴＣＳＴＳの成分で
ある。これらの蛋白はヒスチジンキナーゼによりリン酸
化され、いったんリン酸化されると、ＤＮＡ結合ドメイ
ンを介する応答が活性化される。応答レギュレーター
は、約１００個のアミノ酸からなる保存されたＮ末端ド
メインにより特徴づけられる。応答レギュレーターのＮ
末端ドメインならびにＣｈｅＹ（Matsumura, P., Ryde
l, J.J., Linzmeier,R. &Vacante,D. (1984) J. Bacter
iol. 160, 36-41）における残基Ｄ１２、Ｄ１３、Ｄ５
７、Ｔ８７、Ｋ１０９に対応する５個の機能的に重要な
残基を保持することは、保存された構造的特徴を与えて
いる（Volz, K. (1993) Biochemistry 32,11741-1175
3）。サルモネラ・チフィムリウム（Salmonella typhim
urium）（Stock, A. M., Mottonen, J. M., Stock, J.
B. & Schutt, C. E. (1989) Nature,337, 745-749）お
よびエシェリシア・コリ（Escherichia coli）（Volz,
K. &Matsumura, P. (1991) J. Biol. Chem. 266, 15511
-15519）由来のＣｈｅＹならびにエス・チフィムリウム
（S. typhimurium）由来の窒素調節蛋白ＣのＮ末端ドメ
イン（Volkman, B. F., Nohaile, M. J., Amy, N. K.,
Kustu, S. & Wemmer,D. E. (1995) Biochemistry, 34 1
413-1424）の３次元構造は、バチルス・ズブチリス（Ba
cillus subtilis）由来のＳｐｏＯＦの２次構造（Fehe
r, V. A., Zapf, J. W., Hoch, J. A., Dahlquist, F.
W., Whiteley, J. M. & Cavanagh, J.(1995) Protein S
cience, 4, 1801-1814）とともに利用可能である。これ
らの構造は（ａ／ｂ）₅折り畳みを有する。異なる応答
レギュレーター配列の間、特にβ−シート疎水性コア中
の疎水性残基およびα−ヘリックス由来の部位中の疎水
性残基の間において、いくつかの構造残基が保存されて
いる。この応答レギュレーターのファミリーは、Strept
ococcus変異株由来のＳａｐＲ蛋白を包含する。Ｓａｐ
ＲはサカシンＡ生成に関与するＴＣＳＴＳの応答レギュ
レーターである。ヒスチジンキナーゼは、ヒスチジン残
基を自己リン酸化させるＴＣＳＴＳの成分である。次い
で、リン酸基は同族の応答レギュレーターに転移され
る。ヒスチジンキナーゼは５つの短い保存されたアミノ
酸配列を有する（Stock, J. B., Ninfa, A. J. & Stoc
k, A. M. (1989) Microbiol. Rev. 53, 450-490, Swans
on, R. V., Alex, L. A. & Simon, M. I. (1994) TIBS
19 485-491）。これらはリン酸化されたヒスチジン残基
であり、約１００残基後に保存されたアスパラギン残基
が続く。さらに１５ないし４５残基後にＤＸＧＸＧモチ
ーフが見られ、さらに１０〜２０残基後にＦＸＸＦモチ
ーフが続く。さらに１０〜２０残基後にもう１つのグリ
シンモチーフＧＸＧが見られる。毒性因子、運動性、抗
生物質耐性および細胞複製はＴＣＳＴＳにより調節され
るプロセスである。ＴＣＳＴＳ蛋白の阻害剤は、発病に
必要な因子を細菌が産生することを妨害することによ
り、細菌が宿主において感染を確立し維持することを妨
害するであろう。それゆえ、ＴＣＳＴＳ蛋白の阻害は抗
−細菌療法において有用であろう。

【０００５】

【発明が解決しようとする課題】明らかに、抗生物質活
性に関して化合物をスクリーニングするのに有用である
という目下の利益を有する本発明新規化合物のごとき因
子に対する必要性がある。かかる因子は、感染、機能不
全および疾病の発生におけるそれらの役割を調べるのに
も有用である。感染、機能不全または疾病の予防、改善
または修正において役割を果たしうる、かかる因子なら
びにそれらのアンタゴニストおよびアゴニストの同定お
よび特徴づけに対する必要性もある。

【０００６】本発明ポリペプチドは、既知のStreptococ
cus変異株由来のＳｐＲ蛋白に対するアミノ酸配列相同
性を有する。

【０００７】

【課題を解決するための手段および発明の実施の形態】
表１（配列番号：２）に示すアミノ酸配列およびStrept
ococcus変異株由来のＳｐＲ蛋白のごとき既知アミノ酸
配列または他の蛋白の配列の間の相同性により、新規応
答レギュレーターポリペプチドであると同定されたポリ
ペプチド提供することが本発明の目的である。応答レギ
ュレーターポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チド、詳細には本明細書で応答レギュレーターと命名さ
れたポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドを
提供することが本発明のさらなる目的である。本発明の
特に好ましい具体例において、ポリヌクレオチドは、表
１（配列番号：１）に示す配列を含む応答レギュレータ
ーポリペプチドをコードする領域を含み、全長遺伝子ま
たはその変種が包含される。本発明のもう１つの特に好
ましい具体例において、表１（配列番号：２）のアミノ
酸配列を含むStreptococcus pneumoniae由来の新規応答
レギュレーター蛋白、またはその変種がある。本発明の
もう１つの態様によれば、寄託株に含まれるStreptococ
cus pneumoniae 0100993株により発現可能な成熟ポリペ
プチドをコードしている単離核酸分子が提供される。

【０００８】本発明のさらなる態様は、応答レギュレー
ター、詳細にはStreptococcus pneumoniaeの応答レギュ
レーターをコードしている単離核酸分子が提供され、そ
れにはｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含され
る。本発明のさらなる具体例は、生物学的、診断学的、
予防的、臨床的もしくは治療的に有用なその変種、およ
びそれらを含む組成物を包含する。本発明のもう１つの
態様によれば、治療または予防を目的とした、特に遺伝
学的免疫を目的とした、本発明ポリヌクレオチドの使用
が提供される。本発明の特に好ましい具体例には、応答
レギュレーターの天然の対立遺伝子変種およびそれによ
りコードされるポリペプチドがある。

【０００９】本発明のもう１つの態様において、本明細
書において応答レギュレーターと称されるStreptococcu
s pneumoniaeの新規ポリペプチド、ならびに生物学的、
診断学的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なその
フラグメント、変種および誘導体、および前記したフラ
グメントおよびアナログの変種および誘導体、およびそ
れらを含む組成物が提供される。本発明の特に好ましい
具体例には、応答レギュレーター遺伝子の天然の対立遺
伝子によりコードされる応答レギュレーターポリペプチ
ドの変種がある。本発明の好ましい具体例において、上
記応答レギュレーターポリペプチドの製造方法がある。
本発明のさらに別の態様によれば、例えば、抗体を含
め、抗細菌剤として有用なかかるポリペプチドの阻害剤
が提供される。

【００１０】本発明の特定の好ましい具体例によれば、
応答レギュレーター発現の評価、疾病の治療、例えば中
耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞炎、膿胸
および心内膜炎、最も詳細には例えば脳脊髄液の感染の
ごとき髄膜炎の治療、遺伝学的変異のアッセイ、ならび
に細菌、特にStreptococcus pneumoniae細菌に対する免
疫学的応答を生起するための生物への応答レギュレータ
ーポリペプチドまたはポリヌクレオチドの投与のため
の、製品、組成物および方法が提供される。

【００１１】本発明のこのおよび他の態様の特定の好ま
しい具体例によれば、特に、厳密な条件下で応答レギュ
レーターポリペプチド配列にハイブリダイゼーションす
るポリヌクレオチドが提供される。本発明の特定の好ま
しい具体例において、応答レギュレーターポリペプチド
に対する抗体が提供される。本発明の他の具体例におい
て、本発明ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの結
合、あるいは相互作用して、それらの活性を阻害または
活性化する化合物の同定方法が提供され、該方法は、化
合物とポリペプチドまたはポリヌクレオチドとの間の結
合あるいは他の相互作用を可能にする条件下で、本発明
ポリペプチドまたはポリヌクレオチドをスクリーニング
すべき化合物と接触させて、化合物との結合あるいは他
の相互作用を評価し（かかる結合または相互作用は、ポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドと化合物との結合あ
るいは相互作用に応答して検出可能なシグナルを提供す
ることのできる第２の化合物に関連している）、次い
で、化合物とポリペプチドまたはポリヌクレオチドとの
結合または相互作用から生じるシグナルの存在または不
存在を検出することにより、化合物がポリペプチドまた
はポリヌクレオチドに結合あるいは相互作用して、それ
らの活性を活性化または阻害するかどうかを決定するこ
とを含む。本発明のさらにもう１つの態様によれば、応
答レギュレーターアゴニストおよびアンタゴニスト、好
ましくは静細菌性または殺細菌性アゴニストおよびアン
タゴニストが提供される。本発明のさらなる態様におい
て、単細胞または多細胞生物に投与するための、応答レ
ギュレーターポリヌクレオチドまたは応答レギュレータ
ーポリペプチドを含む組成物が提供される。開示した本
発明の精神および範囲内での種々の変更および修飾は、
以下の記載を読むこと、および本明細書のその他の部分
を読むことにより、当業者に容易に明らかとなろう。

【００１２】用語 以下の説明は、本明細書、とりわけ実施例において汎用
される特定の用語の理解を容易にするために示すもので
ある。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列によ
り形質転換もしくはトランスフェクションされた、また
は形質転換またはトランスフェクションすることのでき
る細胞である。

【００１３】当該分野にて周知であるように「同一性」
または「類似性」は、場合によっては、配列を比較して
測定されるような、二つまたはそれ以上のポリペプチド
配列間または二つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配
列間の関係である。当該分野において、「同一性」とは
また、時には、かかる配列の２つの鎖の間の合致により
決定されるような２つのポリペプチドまたはポリヌクレ
オチド配列間の関連性の程度をも意味する。「同一性」
および「類似性」は共に容易に算出できる（Computatio
nal Molecular Biology，Lesk,A.M.編、オックスフォー
ド・ユニバーシティー・プレス、ニューヨーク、1988
年；Biocomputing：Informatics and Genome Project
s，Smith,D.W.編、アカデミック・プレス、ニューヨー
ク、1993年；Computer Analysis of Sequence Data，パ
ートＩ，Griffin,A.M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマ
ナ・プレス、ニュージャージー、1994年；Sequence Ana
lysis in Molecular Biology，von Heinje,G.、アカデ
ミック・プレス、1987年；およびSequence Analysis Pr
imer，Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍストックト
ン・プレス、ニューヨーク、1991年）。２つのポリヌク
レオチドまたは２つのポリペプチド間の同一性および類
似性を測定するための多くの方法がある一方で、その両
方の用語は当業者に周知である（Sequence Analysis in
Molecular Biology, von Heinje,G.,Academic Press,1
987; Squence Analysis Primer, Gribskov,M.およびDev
ereux,J.,編、M Stockton Press, New York,1991;およ
びCarillo,H.,およびLipman,D.,SIAM J., Applied Mat
h., 48:1073(1988)）。２つの配列間で同一性または類
似性を測定するのに通常用いられる方法は、Carillo,H.
およびLipman,D., SIAM J. Applied Math.,48:1073(198
8)に開示されている方法を包含するが、これらに限定さ
れるものではない。同一性を決定するための好ましい方
法は、試験する２つの配列間で最も良く適合するように
設計される。同一性および類似性を測定する方法は、公
に利用できるコンピュータープログラムに集成されてい
る。二つの配列間の同一性および類似性を測定する好ま
しいコンピュータープログラム法は、ＧＣＧプログラム
パッケージ（Devereux,J.ら、Nucleic AcidsResearch 1
2(1):387（1984）、BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atsch
ul,S.F.ら、J.Molec.Biol.215：403（1990）））を包含
するが、これらに限定されるものではない。一例とし
て、配列番号：１の対照ヌクレオチド配列に対して、例
えば少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配
列を有するポリヌクレオチドを挙げると、そのポリヌク
レオチド配列が配列番号：１の対照ヌクレオチド酸配列
のヌクレオチド１００個ごとに５個までのヌクレオチド
の変化を含みうることを除き、そのポリヌクレオチドの
ヌクレオチド配列は対照配列と同一である。言い換える
と、対照酸配列に対して少なくとも９５％同一であるヌ
クレオチド配列を有するポリペプチドを得るためには、
対照配列中の５％までのヌクレオチドが欠失または別の
ヌクレオチドと置換されていてもよく、あるいは対照配
列中の全ヌクレオチドのうち５％までの数のヌクレオチ
ドが対照配列に挿入されたものであってもよい。対照配
列のこれらの変異は、対照ヌクレオチド配列の５’また
は３’末端位置に存在していてもよく、あるいはそれら
の末端位置の間のいずれかの位置に存在していてもく、
対照配列のヌクレオチドに散在していてもよく、あるい
は対照配列内の１個またはそれ以上の一連の群となって
いてもよい。同様に、配列番号：２の対照アミノ酸配列
に対して少なくとも例えば９５％の同一性を有するアミ
ノ酸配列を有するポリペプチドを例に挙げると、そのポ
リペプチド配列が配列番号：２の対照アミノ酸配列のア
ミノ酸１００個ごとに５個までのアミノ酸の変化を含み
うることを除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列は対
照配列と同一である。言い換えると、対照アミノ酸配列
に対して少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を有
するポリペプチドを得るためには、対照配列中のアミノ
酸の５％までが欠失または他のアミノ酸と置換していて
もよく、あるいは対照配列中の全アミノ酸のうち５％ま
での数のアミノ酸が対照配列中に挿入されたものであっ
てもよい。対照配列におけるこれらの変化は、対照アミ
ノ酸配列のアミノまたはカルボキシ末端位置に存在して
もよく、あるいはそれらの末端間のいずれかの位置に存
在してもよく、対照配列中に散在していてもよく、ある
いは対照配列内で１個またはそれ以上の一連の群をなし
ていてもよい。

【００１４】「単離」とは、「人の手によって」天然の
状態から変化させられた、すなわち、天然物の場合、そ
の本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行
われたことを意味する。例えば、天然において生体に存
在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単
離」されていないが、その天然状態で共存する物質から
分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチド
は、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされて
いる。

【００１５】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、また
は修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、ポリ
リボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチド
をも意味する。従って、「ポリヌクレオチド」は、とり
わけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領
域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混
合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならび
に一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本
鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、また
は一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮ
ＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するがこ
れらに限らない。加えて、本明細書で用いる「ポリヌク
レオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡとＤ
ＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。かかる領域に
おける鎖は同一の分子または異なる分子由来のものでよ
い。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上の全
てを含んでいてもよいが、より典型的にはいくつかの分
子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一つ
は、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。
本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」なる用語
は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前
記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安
定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡま
たはＲＮＡも、本明細書が意図するろところの「ポリヌ
クレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない
塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡ
またはＲＮＡ（二つの例だけを示す）も、本明細書での
用語ポリペプチドである。当業者に既知の多くの有用な
目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの修
飾がなされていることは、明らかであろう。「ポリヌク
レオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポリヌ
クレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的に
修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細胞
および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよび
ＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド」
は、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）と称
される短鎖ポリヌクレオチドを包含する。

【００１６】本明細書で用いる「ポリペプチド」は、ペ
プチド結合により直鎖で互いに結合している２個または
それ以上のアミノ酸を含むペプチドまたは蛋白をいうの
に用いる。「ポリペプチド」は、当該分野で通常例えば
ペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称され
る短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に蛋
白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、遺
伝子によりコードされる２０種のアミノ酸以外のアミノ
酸を含んでいてもよい。「ポリペプチド」は、プロセッ
シングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程によ
り、ならびに化学修飾によるものを包含する。かかる修
飾は基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに
多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当
業者に周知である。同じタイプの修飾がポリペプチド中
にいくつかの部位に同程度または種々の程度で存在して
もよいことが理解されるであろう。修飾は、ペプチド骨
格、アミノ酸側鎖、およびアミノもしくはカルボキシ末
端を包含するポリペプチドのいずれの場所にあってもよ
い。修飾としては、例えば、アセチル化、アシル化、Ａ
ＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘ
ム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘
導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホ
スホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、
ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形
成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル
化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアン
カー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリ
ストイル化、酸化、蛋白加水分解プロセッシング、リン
酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、
アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸
付加、およびユビキチネーションがある。例えば、Prot
eins-Structure and Molecular Properties、第2版、T.
E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク
（1993）に記載されている。例えば、Posttranslationa
l Covalent Modification of Proteins、B.C.Johnson
編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（1983）のWo
ld,F., Posttranslational Protein Modifications：Pe
rspective and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth.
Enzymol. 182:626-646（1990）およびRattanら、Protei
n Synthesis：Posttranslational Modifications and A
ging，Ann. N. Y. Acad. Sci. 663:48-62（1992）参
照。ポリペプチドは分枝状あるいは分枝ありまたはなし
の環状であってもよい。環状、分枝状、および分枝状か
つ環状のポリペプチドは、翻訳後の天然プロセスから生
じるものであってもよく、同様に全く合成的な方法によ
り製造されるものであってもよい。

【００１７】本明細書で用いる「変種」なる用語は、対
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の変化は、対照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。以下に論じるように、ヌクレオチ
ドの変化は結果的に、対照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠損、融合およ
び末端切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別
の対照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的
には、差異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、
全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一なもの
に限られる。変種および対照ポリペプチドは、１または
それ以上の置換、付加、欠損が任意の組み合わせで起こ
ることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または
挿入されたアミノ酸残基は、遺伝学的コードによりコー
ドされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドの変種は、例えば対立遺伝子変種
のような自然発生的なものでもよく、または自然発生す
ることが知られていない変種でもよい。ポリヌクレオチ
ドおよびポリペプチドの非自然発生変種は、突然変異技
術または直接的合成、および当業者に知られた他の組み
換え法により製造できる。

【００１８】本発明は、とりわけ、以下に非常に詳細に
説明する、新規応答レギュレーターポリペプチドおよび
ポリヌクレオチドに関する。詳細には、本発明は、Stre
ptococcus変異株由来のＳａｐＲポリペプチドに対する
アミノ酸配列相同性により関連付けられる、Streptococ
cus pneumoniaeの新規応答レギュレーターのポリペプチ
ドおよびポリヌクレオチドに関する。特に本発明は、そ
れぞれ表１（配列番号：１）および表１（配列番号：
２）に示すヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を有す
る応答レギュレーターに関し、さらに寄託株中のＤＮＡ
の応答レギュレーターヌクレオチド配列およびそれによ
りコードされるアミノ酸配列に関する。

【００１９】表１ 応答レギュレーターポリヌクレオチドおよびポリペプチ
ド配列 (A) Streptococcus pneumoniae 応答レギュレーターポ
リヌクレオチド配列由来の配列 [配列番号：1]. 5'- 1 AAAATCGATT GATTTTCAAG AAAGATCCTT TTTCTCGGAG AAGAAGGTCA 51 ATAGCCTGTC AAGTATGCCA GACGTCGCTA TAGAGAAATA CGTCAAAAAT 101 GGTTGAAAGA GGGAGAGTAA GAAGATGAGA ATATTTGTTT TAGAAGATGA 151 TTTTTCCCAA CAGACTAGAA TTGAAACGAC GATTGAGAAA CTTTTGAAAG 201 CACATCATAT CATTCCTAGC TCTTTTGAGG TATTTGGCAA GCCGGACCAA 251 CTGCTGGCAG AGGTACATGA GAAGGGGGCC CATCAGCTAT TCTTTTTGGA 301 TATTGAGATT CGAAATGAAG AGATGAAGGG ACTGGAAGTA GCTAGAAAGA 351 TTCGGGAACA AGACCCTTAT GCCCTAATCG TCTTTGTGAC GACTCACTCG 401 GAGTTTATGC CTCTGTCCTT TCGCTACCAA GTGTCAGCTT TGGACTACAT 451 TGATAAGGCC CTTTCGGCAG AGGAGTTTGA ATCTCGTATC GAGACAGCCC 501 TCCTCTATGC CAATAGTCAA GATAGTAAAA GTCTGGCGGA AGATTGCTTT 551 TACTTTAAAT CAAAATTTGC CCAATTCCAA TATCCTTTCA AAGAGGTTTA 601 CTATCTCGAA ACATCCCCAA GACCCCATCG TGTTATTCTC TATACCAAGA 651 CGGACAGGCT AGAATTTACG GCGAGTTTAG AGGAGGTTTT TAAGCAGGAA 701 CCCAGTCTCT TGCAGTGCCA TCGCTCTTTT CTCATCAATC CTGCAAATGT 751 GGTGCATTTG GATAAGAAAG AAAAACTCCT TTTCTTTCCC AATGGTGGAA 801 GCTGTCTGAT CGCGCGTTAT AAGGTCAGGG AAGTGTCTGA GGCTATTAAT 851 AACTTACACT GAGCTAGGAG AGTTTATGAA CATTGCTTGG ATATTGTTGT 901 ATGCACTTGT TATTAATGGA CTAAAAATTG TCATTTTCTT TAAAGTAAAT 951 GGAATTGGTC TCACTTTCGA TAGAATTTTT AAGGCCTTTC TTCTGAAATT 1001 TCTTCTAGGG ATCATTTTTA CGACTTTTCA ATTTTTGGCT GTAAGTAAAT 1051 ATTTGTCCTA TTTTATAGAA CCTTTGTTCG GTATAGGTCT ATCTTTCTTA 1101 TTGTTAAGAG GGCTTCCTAA AAAAATCCTT ATTTTTTATG GTCTCTTCCC 1151 AATGATATTA GTAGAGCTCT TTTACAGAGG TGTTTCCTAT TTTGTGCTTC 1201 CATTTTTGGG GCAAGGAATT GTAGATGGGG ATGGCAATCC TATCTTTTTA 1251 TTGATTATGA TATTCGTTTG CTTCATAGTT TTAGTCTTTT TGAAATGGTT 1301 AGACTATGAT TTCACTAGAT TGAGAAGGGA GTTTCTAGAT ACAGGTTTTC 1351 AAAAGTCTCT TACTAAGATT AACTGGGCAA TGGGGGCTTA TTATCTAGTG 1401 ATGCAAAGTC TATCTTACCT TGAATATGAA CAAGGTATTC AATCAACGAC 1451 TGTTCGCCAT CTCATCCTAG TGTTTTACCT ACTCTTTTTT ATGGGGGGTA 1501 TCAAGAAATT GGATACCTAT TTGAAGGAAA AACTTCAGGA GGAACTGAAC 1551 CAAGAGCAGA CCTTGCGCTA CAGAGATATG GAACGCTATA GTCGGCATAT 1601 AGAGGAACTT TACAAGGAAA TTCGGAGTTT TCGCCATGAC TACACTAACC 1651 TCTTAACCAG CTTACGTTTG GGCATTGAAG AGGAGGATAT GGAGCAGATA 1701 AAAGAGATCT ACGACTCGGT CTTAAGGGAT TCCAGTCAGA AATTGCAGGA 1751 CAATAAATAT GACCTGGGCA GATTGGTGAA TATTCGTGAC CGTGCCCTCA 1801 AGAGTCTCCT AGCTGGAAAA TTTATAAAAG CTAGAGAAAA GAACATTGTC 1851 TTTAATGTTG AAGTTCCTGA GGAGATTCAG GTTGAGGGGA TGAGCCTACT 1901 TGATTTTCTA ACCATTGTGT CTATCCTTTG TGACAATGCT ATTGAAGTTA 1951 GTGCAGAGGC CAGTCAACCT CATGTTTCAA TCGCCTTTTT AAAAAATGGA 2001 GCACAGGAGA CTTTTATCAT TGAAAACTCC ATCAAAGAAG AGGGCATCGA 2051 TATTTCTGAA ATCTTCTCCT TTGGAGCAAG TTCTAAAGGG GAGGAGAGAG 2101 GAGTTGGTCT CTATACCGTT ATGAAAATTG TGGAAAGTCA TCCCAATACC 2151 AATCTAAATA CTACCTGCCA AAATCAAGTC TTTCGTCAGG TACTTACTGT 2201 GATACATGCA GAATGATAAA AAACAAGACC GAGAGTTCTT GTTTCTCGGT 2251 CTTGTTTTTA TAGCTGAATA GGTAGTTCAA GTGCTTTTGT GATTTTAAAT 2301 TTACTTAAAA TTGTTTCATG TAAGAGTTCT TCCCACCATT CTCCACCTGT 2351 AATTTGGTTG AGTTCGGTAG TTGTTAGTTC TTGAAATGAA GTTAGGTTTT 2401 GTTTCTTATC CATGTTATGA TTCTCCTTTT TGATAAGATA ATAAATAGTT 2451 ATAGAGTGTT ATCTGAAAAT TAATCAGAAT GGGTTAAAAT TTTATCTTTG 2501 AAATAATCAA AATATGTTTT CTTTGCAGTT ACACTAGTGA CGCGACCTTG 2551 TAAGCCATAT TGGATGAGTT TACTATCCTC ATTAGATAGT TTTGCAAGAG 2601 CGGTTAATTT AAAGAGATTG CCTTGCTCTG TTCTGGTAGG AGTTTGATCA 2651 ATTGTCTGAA GTTGGCCGAT GATGGTAATG CCGTGATTTC CAATCTTCTC 2701 CAGTTTTAAT CTTACAGTTT GTCCTTTATC TAGTAGAGGT AGATAGTCAG 2751 AAGCTACGTA GTAAGTGATT AGTACTTCTC TTGTATCTGT GATGATAGGG-3'

【００２０】(B) この表中のポリヌクレオチド配列
から推定される応答レギュレーターポリペプチド配列
[配列番号：2]. NH₂- 1 MRIFVLEDDF SQQTRIETTI EKLLKAHHII PSSFEVFGKP DQLLAEVHEK 51 GAHQLFFLDI EIRNEEMKGL EVARKIREQD PYALIVFVTT HSEFMPLSFR 101 YQVSALDYID KALSAEEFES RIETALLYAN SQDSKSLAED CFYFKSKFAQ 151 FQYPFKEVYY LETSPRPHRV ILYTKTDRLE FTASLEEVFK QEPSLLQCHR 201 SFLINPANVV HLDKKEKLLF FPNGGSCLIA RYKVREVSEA INNLH -COOH

【００２１】(C) ポリヌクレオチド配列の具体例 [配
列番号：1]. X-(R1)n-1 AAAATCGATT GATTTTCAAG AAAGATCCTT TTTCTCGGAG AAGAAGGTCA 51 ATAGCCTGTC AAGTATGCCA GACGTCGCTA TAGAGAAATA CGTCAAAAAT 101 GGTTGAAAGA GGGAGAGTAA GAAGATGAGA ATATTTGTTT TAGAAGATGA 151 TTTTTCCCAA CAGACTAGAA TTGAAACGAC GATTGAGAAA CTTTTGAAAG 201 CACATCATAT CATTCCTAGC TCTTTTGAGG TATTTGGCAA GCCGGACCAA 251 CTGCTGGCAG AGGTACATGA GAAGGGGGCC CATCAGCTAT TCTTTTTGGA 301 TATTGAGATT CGAAATGAAG AGATGAAGGG ACTGGAAGTA GCTAGAAAGA 351 TTCGGGAACA AGACCCTTAT GCCCTAATCG TCTTTGTGAC GACTCACTCG 401 GAGTTTATGC CTCTGTCCTT TCGCTACCAA GTGTCAGCTT TGGACTACAT 451 TGATAAGGCC CTTTCGGCAG AGGAGTTTGA ATCTCGTATC GAGACAGCCC 501 TCCTCTATGC CAATAGTCAA GATAGTAAAA GTCTGGCGGA AGATTGCTTT 551 TACTTTAAAT CAAAATTTGC CCAATTCCAA TATCCTTTCA AAGAGGTTTA 601 CTATCTCGAA ACATCCCCAA GACCCCATCG TGTTATTCTC TATACCAAGA 651 CGGACAGGCT AGAATTTACG GCGAGTTTAG AGGAGGTTTT TAAGCAGGAA 701 CCCAGTCTCT TGCAGTGCCA TCGCTCTTTT CTCATCAATC CTGCAAATGT 751 GGTGCATTTG GATAAGAAAG AAAAACTCCT TTTCTTTCCC AATGGTGGAA 801 GCTGTCTGAT CGCGCGTTAT AAGGTCAGGG AAGTGTCTGA GGCTATTAAT 851 AACTTACACT GAGCTAGGAG AGTTTATGAA CATTGCTTGG ATATTGTTGT 901 ATGCACTTGT TATTAATGGA CTAAAAATTG TCATTTTCTT TAAAGTAAAT 951 GGAATTGGTC TCACTTTCGA TAGAATTTTT AAGGCCTTTC TTCTGAAATT 1001 TCTTCTAGGG ATCATTTTTA CGACTTTTCA ATTTTTGGCT GTAAGTAAAT 1051 ATTTGTCCTA TTTTATAGAA CCTTTGTTCG GTATAGGTCT ATCTTTCTTA 1101 TTGTTAAGAG GGCTTCCTAA AAAAATCCTT ATTTTTTATG GTCTCTTCCC 1151 AATGATATTA GTAGAGCTCT TTTACAGAGG TGTTTCCTAT TTTGTGCTTC 1201 CATTTTTGGG GCAAGGAATT GTAGATGGGG ATGGCAATCC TATCTTTTTA 1251 TTGATTATGA TATTCGTTTG CTTCATAGTT TTAGTCTTTT TGAAATGGTT 1301 AGACTATGAT TTCACTAGAT TGAGAAGGGA GTTTCTAGAT ACAGGTTTTC 1351 AAAAGTCTCT TACTAAGATT AACTGGGCAA TGGGGGCTTA TTATCTAGTG 1401 ATGCAAAGTC TATCTTACCT TGAATATGAA CAAGGTATTC AATCAACGAC 1451 TGTTCGCCAT CTCATCCTAG TGTTTTACCT ACTCTTTTTT ATGGGGGGTA 1501 TCAAGAAATT GGATACCTAT TTGAAGGAAA AACTTCAGGA GGAACTGAAC 1551 CAAGAGCAGA CCTTGCGCTA CAGAGATATG GAACGCTATA GTCGGCATAT 1601 AGAGGAACTT TACAAGGAAA TTCGGAGTTT TCGCCATGAC TACACTAACC 1651 TCTTAACCAG CTTACGTTTG GGCATTGAAG AGGAGGATAT GGAGCAGATA 1701 AAAGAGATCT ACGACTCGGT CTTAAGGGAT TCCAGTCAGA AATTGCAGGA 1751 CAATAAATAT GACCTGGGCA GATTGGTGAA TATTCGTGAC CGTGCCCTCA 1801 AGAGTCTCCT AGCTGGAAAA TTTATAAAAG CTAGAGAAAA GAACATTGTC 1851 TTTAATGTTG AAGTTCCTGA GGAGATTCAG GTTGAGGGGA TGAGCCTACT 1901 TGATTTTCTA ACCATTGTGT CTATCCTTTG TGACAATGCT ATTGAAGTTA 1951 GTGCAGAGGC CAGTCAACCT CATGTTTCAA TCGCCTTTTT AAAAAATGGA 2001 GCACAGGAGA CTTTTATCAT TGAAAACTCC ATCAAAGAAG AGGGCATCGA 2051 TATTTCTGAA ATCTTCTCCT TTGGAGCAAG TTCTAAAGGG GAGGAGAGAG 2101 GAGTTGGTCT CTATACCGTT ATGAAAATTG TGGAAAGTCA TCCCAATACC 2151 AATCTAAATA CTACCTGCCA AAATCAAGTC TTTCGTCAGG TACTTACTGT 2201 GATACATGCA GAATGATAAA AAACAAGACC GAGAGTTCTT GTTTCTCGGT 2251 CTTGTTTTTA TAGCTGAATA GGTAGTTCAA GTGCTTTTGT GATTTTAAAT 2301 TTACTTAAAA TTGTTTCATG TAAGAGTTCT TCCCACCATT CTCCACCTGT 2351 AATTTGGTTG AGTTCGGTAG TTGTTAGTTC TTGAAATGAA GTTAGGTTTT 2401 GTTTCTTATC CATGTTATGA TTCTCCTTTT TGATAAGATA ATAAATAGTT 2451 ATAGAGTGTT ATCTGAAAAT TAATCAGAAT GGGTTAAAAT TTTATCTTTG 2501 AAATAATCAA AATATGTTTT CTTTGCAGTT ACACTAGTGA CGCGACCTTG 2551 TAAGCCATAT TGGATGAGTT TACTATCCTC ATTAGATAGT TTTGCAAGAG 2601 CGGTTAATTT AAAGAGATTG CCTTGCTCTG TTCTGGTAGG AGTTTGATCA 2651 ATTGTCTGAA GTTGGCCGAT GATGGTAATG CCGTGATTTC CAATCTTCTC 2701 CAGTTTTAAT CTTACAGTTT GTCCTTTATC TAGTAGAGGT AGATAGTCAG 2751 AAGCTACGTA GTAAGTGATT AGTACTTCTC TTGTATCTGT GATGATAGGG-(R2)n-Y

【００２２】(D) ポリペプチド配列の具体例 [配列
番号：2]. X-(R1)n- 1 MRIFVLEDDF SQQTRIETTI EKLLKAHHII PSSFEVFGKP DQLLAEVHEK 51 GAHQLFFLDI EIRNEEMKGL EVARKIREQD PYALIVFVTT HSEFMPLSFR 101 YQVSALDYID KALSAEEFES RIETALLYAN SQDSKSLAED CFYFKSKFAQ 151 FQYPFKEVYY LETSPRPHRV ILYTKTDRLE FTASLEEVFK QEPSLLQCHR 201 SFLINPANVV HLDKKEKLLF FPNGGSCLIA RYKVREVSEA INNLH -(R2)n-Y

【００２３】(E) 本発明応答レギュレーターと同族の、
Streptococcus pneumoniaeのヒスチジンキナーゼ由来の
ポリヌクレオチド配列［配列番号：５］ 5'-1 AAAATCGATT GATTTTCAAG AAAGATCCTT TTTCTCGGAG AAGAAGGTCA 51 ATAGCCTGTC AAGTATGCCA GACGTCGCTA TAGAGAAATA CGTCAAAAAT 101 GGTTGAAAGA GGGAGAGTAA GAAGATGAGA ATATTTGTTT TAGAAGATGA 151 TTTTTCCCAA CAGACTAGAA TTGAAACGAC GATTGAGAAA CTTTTGAAAG 201 CACATCATAT CATTCCTAGC TCTTTTGAGG TATTTGGCAA GCCGGACCAA 251 CTGCTGGCAG AGGTACATGA GAAGGGGGCC CATCAGCTAT TCTTTTTGGA 301 TATTGAGATT CGAAATGAAG AGATGAAGGG ACTGGAAGTA GCTAGAAAGA 351 TTCGGGAACA AGACCCTTAT GCCCTAATCG TCTTTGTGAC GACTCACTCG 401 GAGTTTATGC CTCTGTCCTT TCGCTACCAA GTGTCAGCTT TGGACTACAT 451 TGATAAGGCC CTTTCGGCAG AGGAGTTTGA ATCTCGTATC GAGACAGCCC 501 TCCTCTATGC CAATAGTCAA GATAGTAAAA GTCTGGCGGA AGATTGCTTT 551 TACTTTAAAT CAAAATTTGC CCAATTCCAA TATCCTTTCA AAGAGGTTTA 601 CTATCTCGAA ACATCCCCAA GACCCCATCG TGTTATTCTC TATACCAAGA 651 CGGACAGGCT AGAATTTACG GCGAGTTTAG AGGAGGTTTT TAAGCAGGAA 701 CCCAGTCTCT TGCAGTGCCA TCGCTCTTTT CTCATCAATC CTGCAAATGT 751 GGTGCATTTG GATAAGAAAG AAAAACTCCT TTTCTTTCCC AATGGTGGAA 801 GCTGTCTGAT CGCGCGTTAT AAGGTCAGGG AAGTGTCTGA GGCTATTAAT 851 AACTTACACT GAGCTAGGAG AGTTTATGAA CATTGCTTGG ATATTGTTGT 901 ATGCACTTGT TATTAATGGA CTAAAAATTG TCATTTTCTT TAAAGTAAAT 951 GGAATTGGTC TCACTTTCGA TAGAATTTTT AAGGCCTTTC TTCTGAAATT 1001 TCTTCTAGGG ATCATTTTTA CGACTTTTCA ATTTTTGGCT GTAAGTAAAT 1051 ATTTGTCCTA TTTTATAGAA CCTTTGTTCG GTATAGGTCT ATCTTTCTTA 1101 TTGTTAAGAG GGCTTCCTAA AAAAATCCTT ATTTTTTATG GTCTCTTCCC 1151 AATGATATTA GTAGAGCTCT TTTACAGAGG TGTTTCCTAT TTTGTGCTTC 1201 CATTTTTGGG GCAAGGAATT GTAGATGGGG ATGGCAATCC TATCTTTTTA 1251 TTGATTATGA TATTCGTTTG CTTCATAGTT TTAGTCTTTT TGAAATGGTT 1301 AGACTATGAT TTCACTAGAT TGAGAAGGGA GTTTCTAGAT ACAGGTTTTC 1351 AAAAGTCTCT TACTAAGATT AACTGGGCAA TGGGGGCTTA TTATCTAGTG 1401 ATGCAAAGTC TATCTTACCT TGAATATGAA CAAGGTATTC AATCAACGAC 1451 TGTTCGCCAT CTCATCCTAG TGTTTTACCT ACTCTTTTTT ATGGGGGGTA 1501 TCAAGAAATT GGATACCTAT TTGAAGGAAA AACTTCAGGA GGAACTGAAC 1551 CAAGAGCAGA CCTTGCGCTA CAGAGATATG GAACGCTATA GTCGGCATAT 1601 AGAGGAACTT TACAAGGAAA TTCGGAGTTT TCGCCATGAC TACACTAACC 1651 TCTTAACCAG CTTACGTTTG GGCATTGAAG AGGAGGATAT GGAGCAGATA 1701 AAAGAGATCT ACGACTCGGT CTTAAGGGAT TCCAGTCAGA AATTGCAGGA 1751 CAATAAATAT GACCTGGGCA GATTGGTGAA TATTCGTGAC CGTGCCCTCA 1801 AGAGTCTCCT AGCTGGAAAA TTTATAAAAG CTAGAGAAAA GAACATTGTC 1851 TTTAATGTTG AAGTTCCTGA GGAGATTCAG GTTGAGGGGA TGAGCCTACT 1901 TGATTTTCTA ACCATTGTGT CTATCCTTTG TGACAATGCT ATTGAAGTTA 1951 GTGCAGAGGC CAGTCAACCT CATGTTTCAA TCGCCTTTTT AAAAAATGGA 2001 GCACAGGAGA CTTTTATCAT TGAAAACTCC ATCAAAGAAG AGGGCATCGA 2051 TATTTCTGAA ATCTTCTCCT TTGGAGCAAG TTCTAAAGGG GAGGAGAGAG 2101 GAGTTGGTCT CTATACCGTT ATGAAAATTG TGGAAAGTCA TCCCAATACC 2151 AATCTAAATA CTACCTGCCA AAATCAAGTC TTTCGTCAGG TACTTACTGT 2201 GATACATGCA GAATGATAAA AAACAAGACC GAGAGTTCTT GTTTCTCGGT 2251 CTTGTTTTTA TAGCTGAATA GGTAGTTCAA GTGCTTTTGT GATTTTAAAT 2301 TTACTTAAAA TTGTTTCATG TAAGAGTTCT TCCCACCATT CTCCACCTGT 2351 AATTTGGTTG AGTTCGGTAG TTGTTAGTTC TTGAAATGAA GTTAGGTTTT 2401 GTTTCTTATC CATGTTATGA TTCTCCTTTT TGATAAGATA ATAAATAGTT 2451 ATAGAGTGTT ATCTGAAAAT TAATCAGAAT GGGTTAAAAT TTTATCTTTG 2501 AAATAATCAA AATATGTTTT CTTTGCAGTT ACACTAGTGA CGCGACCTTG 2551 TAAGCCATAT TGGATGAGTT TACTATCCTC ATTAGATAGT TTTGCAAGAG 2601 CGGTTAATTT AAAGAGATTG CCTTGCTCTG TTCTGGTAGG AGTTTGATCA 2651 ATTGTCTGAA GTTGGCCGAT GATGGTAATG CCGTGATTTC CAATCTTCTC 2701 CAGTTTTAAT CTTACAGTTT GTCCTTTATC TAGTAGAGGT AGATAGTCAG 2751 AAGCTACGTA GTAAGTGATT AGTACTTCTC TTGTATCTGT GATGATAGGG-3'

【００２４】F 本発明応答レギュレーターと同族の、
配列番号：５のポリヌクレオチドから推定されるStrept
ococcus pneumoniaeのヒスチジンキナーゼ由来のアミノ
酸配列［配列番号：６］ NH2-1 MNIAWILLYA LVINGLKIVI FFKVNGIGLT FDRIFKAFLL KFLLGIIFTT 51 FQFLAVSKYL SYFIEPLFGI GLSFLLLRGL PKKILIFYGL FPMILVELFY 101 RGVSYFVLPF LGQGIVDGDG NPIFLLIMIF VCFIVLVFLK WLDYDFTRLR 151 REFLDTGFQK SLTKINWAMG AYYLVMQSLS YLEYEQGIQS TTVRHLILVF 201 YLLFFMGGIK KLDTYLKEKL QEELNQEQTL RYRDMERYSR HIEELYKEIR 251 SFRHDYTNLL TSLRLGIEEE DMEQIKEIYD SVLRDSSQKL QDNKYDLGRL 301 VNIRDRALKS LLAGKFIKAR EKNIVFNVEV PEEIQVEGMS LLDFLTIVSI 351 LCDNAIEVSA EASQPHVSIA FLKNGAQETF IIENSIKEEG IDISEIFSFG 401 ASSKGEERGV GLYTVMKIVE SHPNTNLNTT CQNQVFRQVL TVIHAE-COOH

【００２５】寄託物質 Streptococcus pneumoniae 0100993株を含有する寄託物
は、ナショナル・コレクション・オブ・インダストリア
ル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッド（ＮＣＩ
ＭＢという）、２３ストリート、マッカードライブ、ア
ベルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランドに１９９６
年４月１１日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４０７９４が
付与された。寄託したことにより、寄託株をStreptococ
cus pneumoniae 0100993株という。１９９６年４月１７
日に、E. coli中のStreptococcuspneumoniae 0100993の
ＤＮＡライブラリーが同様にＮＣＩＭＢに寄託され、受
託番号４０８００を付与された。Streptococcus pneumo
niae株寄託物を、本明細書では「寄託株」または「寄託
株のＤＮＡ」という。寄託株は全長の応答レギュレータ
ー遺伝子を含んでいる。寄託株中に含まれるポリヌクレ
オチド配列ならびにそれによりコードされるポリペプチ
ドのアミノ酸配列は、本明細書の配列に関する任意の記
載に矛盾する事象において支配的である。寄託株の寄託
は、特許手続き上の微生物寄託の国際承認に関するブダ
ペスト条約の条件下でなされている。特許が発行される
と何らの制限または条件もなく、最終的に株は分譲され
る。寄託は当業者の便宜のためにのみ提供され、３５
Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条のもとに要求されるような、寄託が
実施可能要件であることを承認するものではない。寄託
物を製造、使用または販売するためにはライセンスが必
要であるが、そのようなライセンスはここでは賦与され
ていない。

【００２６】ポリペプチド 本発明ポリペプチドは表１［配列番号：２］のポリペプ
チド（詳細には、成熟ポリペプチド）ならびにポリペプ
チドおよびフラグメント、詳細には応答レギュレーター
の生物学的活性を有するものを包含し、さらに表１［配
列番号：２］のポリペプチドまたはその重要部分に対し
て少なくとも７０％、好ましくは表１［配列番号：２］
のポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性を有
するポリペプチドおよびフラグメント、より好ましくは
表１［配列番号：２］のポリペプチドに対して少なくと
も９０％の類似性を有し（より好ましくは、少なくとも
９０％の同一性を有し）、さらにより好ましくは表１
［配列番号：２］のポリペプチドに対して少なくとも９
５％の類似性を有する（さらにより好ましくは少なくと
も９５％の同一性を有する）ポリペプチドおよびフラグ
メント、さらに通常には少なくとも３０個、より好まし
くは少なくとも５０個のアミノ酸を含むかかるポリペプ
チドの部分を包含する。

【００２７】また本発明は表１（Ｄ）に示す式のポリペ
プチドを包含し、式中のアミノ末端においてＸは水素で
あり、カルボキシル末端においてＹは水素または金属で
あり、Ｒ₁およびＲ₂はアミノ酸残基、ｎは１ないし１０
００の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個よりも多
い）により示されるアミノ酸残基の伸長部分はヘテロポ
リマーであってもホモポリマーであってもよく、好まし
くはヘテロポリマーである。

【００２８】フラグメントは、前述のポリペプチドのア
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。応答
レギュレーターポリペプチドについては、フラグメント
は「独立して存在（free standing）」しているか、ま
たは一部分もしくは領域を形成することにより、大型の
ポリペプチド内に含まれていてもよく、最も好ましくは
単一の連続した領域、すなわち大型の単一ポリペプチド
として含まれる。好ましいフラグメントは、表１［配列
番号：２］のアミノ酸配列の一部分を有する末端切断さ
れたポリペプチド、またはそれらの変種を包含するが、
その例としてはアミノ末端を含む一連の残基を切断、ま
たはカルボキシル末端を含む一連の残基を切断したもの
がある。宿主、とりわけStreptococcus pneumoniaeにお
ける、本発明のポリペプチドの分解形態もまた好まし
い。また、構造的または機能的属性により特徴づけられ
たフラグメント、例えばアルファーヘリックスおよびア
ルファーヘリックス形成領域、ベータシートおよびベー
タシート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイ
ルおよびコイル形成領域、親水性領域、疎水性領域、ア
ルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領
域、表面形成領域、基質結合領域、および高抗原性指標
領域を含むフラグメントなども好ましい。応答レギュレ
ーター活性を媒介し、あるいは活性を改善し、望ましく
ない活性を減じられたフラグメントである生物学的に活
性のあるフラグメントも好ましい。動物、とりわけヒト
において抗原的または免疫原的なフラグメントもまた含
まれる。個体、特にヒトにおけるStreptococcus pneumo
niae の生存に必須の機能、あるいは疾病を開始または
維持する能力を付与する酵素の受容体またはドメインを
含むフラグメントが特に好ましい。本発明ポリペプチド
のフラグメントである変種を、ペプチド合成による対応
全長ポリペプチドの製造に使用してもよく、それゆえ、
これらの変種を全長のポリペプチド製造のための中間体
として用いてもよい。本発明ポリヌクレオチドのフラグ
メントである変種を用いて本発明の全長のポリヌクレオ
チドを合成してもよい。

【００２９】ポリヌクレオチド 本発明の別の態様は単離ポリヌクレオチドに関するもの
であり、それには表１［配列番号：２］の推定アミノ酸
配列を有する応答レギュレーターポリペプチドをコード
する全長遺伝子およびそれに密接に関連するポリヌクレ
オチドおよびそれらの変種が包含される。本明細書に提
供される情報を用いて、例えば表１［配列番号：１］に
示すポリヌクレオチド配列を用い、出発物質Streptococ
cus pneumoniae 0100993細胞からの染色体ＤＮＡフラグ
メントをクローニングおよび配列決定するために用いる
ような標準的なクローニングおよびスクリーニングを用
いて、応答レギュレーターポリペプチドをコードしてい
る本発明ポリヌクレオチドを得て、次いで、全長のクロ
ーンを得てもよい。例えば、本発明ポリヌクレオチド配
列、例えば表１［配列番号：１］に示す配列を得るため
に、イー・コリ（E.coli）またはいくつかの他の適切な
宿主におけるStreptococcus pneumoniae 0100993の染色
体ＤＮＡのクローンの典型的なライブラリーを、部分的
配列に由来する、好ましくは１７量体またはそれ以上の
長さの放射性標識化オリゴヌクレオチドにてプローブす
る。プローブのＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持するク
ローンは厳密な条件を用いて区別できる。元の配列から
設計した配列決定プライマーを用いてこのように同定し
た個々のクローンを配列決定することにより、両方向で
配列が伸長できるようになり、全遺伝子配列を決定でき
る。このような配列決定は便宜的にプラスミドクローン
から調製した変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施する。適切
な技法については、Maniatis,T.、Fitsch,F.F.およびSa
mbrookら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、
第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリ
ー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニュー
ヨーク（1989）に記載されている（Screening By Hybri
dization 1.90およびSequencing Denatured Double-Str
anded DNA Templates 13.70参照）。本発明の典型例に
おいて、表１［配列番号：１］に示すポリヌクレオチド
が、Streptococcus pneumoniae 0100993由来のＤＮＡラ
イブラリー中に見いだされた。

【００３０】表１［配列番号：１］に示すＤＮＡ配列
は、表１［配列番号：２］に示すアミノ酸残基数とほぼ
同数のアミノ酸からなる蛋白をコードしている読み枠を
含んでおり、蛋白の推定分子量は、当該分野でよく知ら
れたアミノ酸の分子量を用いて算出できる。ヌクレオチ
ド番号１２５から８５９の間の配列番号：１のポリヌク
レオチドは配列番号：２のポリペプチドをコードする。
停止コドンは配列番号：１のヌクレオチド番号８６０か
ら開始する。本発明応答レギュレーター蛋白は、寄託株
の応答レギュレーターをコードしているＤＮＡの配列決
定結果により示されるように、応答レギュレーターファ
ミリーの他の蛋白に構造的に関連している。本発明蛋白
は、知られた蛋白の中でもStreptococcus pneumoniae変
異株由来のＳａｐＲ蛋白（Genebank受託番号Ｕ７５４８
３）に対して最大の相同性を示す。表１［配列番号：
２］の応答レギュレーター蛋白は、Streptococcus pneu
moniae変異株由来のＳａｐＲポリペプチドのアミノ酸配
列に対して、その全長にわたり約５４％の同一性、そし
てその全長にわたり約７２％の類似性を示す。

【００３１】本発明は、表１［配列番号：１］のコーデ
ィング配列に対して全長にわたり同一であるポリヌクレ
オチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコーディン
グ配列またはそれらのフラグメント、ならびにその他の
コーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリペプチド
のコーディング配列またはそのフラグメント、例えばリ
ーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白配列
をコードする配列も本発明により提供される。ポリヌク
レオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、終止シグ
ナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配
列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転写非翻
訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コーディ
ング配列等の非コーディング５'および３'配列等の非コ
ーディング配列をも含有しうるが、これらに限定するの
ではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促すマー
カー配列をコードすることもできる。本発明のある好ま
しい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（Qiagen, Inc.）中に提供されるようなヘキサ−ヒスチ
ジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci., US
A， 86:821-824（1989）に記載される）またはＨＡタグ
（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発明の
ポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子発現
を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定するも
のではない。

【００３２】本発明の好ましい具体例は、応答レギュレ
ーターポリペプチドをコードいしている、表１の配列番
号：１に示すヌクレオチド１２５から８５９までを含む
ポリヌクレオチドである。

【００３３】また本発明は、表１（Ｃ）に示す式のポリ
ヌクレオチドを包含し、式中のアミノ末端においてＸは
水素であり、カルボキシル末端においてＹは水素または
金属であり、Ｒ₁およびＲ₂はアミノ酸残基、ｎは１ない
し１０００の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個よ
りも多い）により示されるアミノ酸残基の伸長部分はヘ
テロポリマーであってもホモポリマーであってもよく、
好ましくはヘテロポリマーである。

【００３４】上記した本明細書の用語「ポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列を含むポリヌクレオチドを包含し、詳細には、
細菌のポリペプチド、より詳細には表１［配列番号：
２］に示すアミノ酸配列を有するStreptococcus pneumo
niaeの応答レギュレーターのポリペプチドを包含する。
該用語は、コーディング配列および／または非コーディ
ング配列を含んでいてもよいさらなる領域を伴った、ポ
リペプチドをコードしている単一の連続領域または不連
続領域（例えば、組み込まれたファージまたは配列の挿
入または配列の編集により分断されたもの）を含むポリ
ヌクレオチドを包含する。さらに本発明は、表１［配列
番号：２］の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの
変種をコードする上記ポリヌクレオチドの変種にも関す
る。本発明ポリヌクレオチドのフラグメントである変種
を用いて本発明の全長ポリヌクレオチドを合成してもよ
い。

【００３５】さらに特に好ましい具体例は、表１［配列
番号：２］の応答レギュレーターポリペプチドのアミノ
酸配列を有するポリヌクレオチドであり、その中には、
いくつか、少しの、５ないし１０、１ないし５、１ない
し３、２、１または０個のアミノ酸残基を置換、欠損ま
たは付加を任意の組み合わせで施したアミノ酸配列を有
する。中でもとりわけ好ましいものは、応答レギュレー
ターの特性および活性を変化させないサイレント置換、
付加および欠損である。

【００３６】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号：２］に示すアミノ酸配列を有する応答レギ
ュレーターポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チドに対して、その全長にわたり少なくとも７０％の同
一性があるポリヌクレオチド、およびかかるポリヌクレ
オチドに対して相補的なポリヌクレオチドである。ある
いはまた、寄託株の応答レギュレーターポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチドに対してその全長にわ
たり少なくとも８０％同一である領域を含むポリヌクレ
オチド、およびそれに対して相補的なポリヌクレオチド
が最も非常に好ましい。この点に関して、全長で少なく
とも９０％同一であるポリヌクレオチドがとりわけ好ま
しく、中でも少なくとも９５％の同一性を有するものが
特に好ましく、さらに少なくとも９５％の同一性を有す
るものの中でも少なくとも９７％であるのがより好まし
く、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％で
あるのが特に好ましく、さらに少なくとも９９％である
のがより好ましい。特に好ましい具体例は、表１［配列
番号：１］によりコードされる成熟ポリペプチドと実質
的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチドである。

【００３７】本発明はさらに本明細書上述の配列にハイ
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、
１０％硫酸デキストラン、および２０μｇ／ｍｌの変性
し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶液中、４２
℃で一晩インキュベーションし、続いて約６５℃で０.
１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するものである。ハイ
ブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知であり、Samb
rookら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、第
２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク
（1989）、とりわけその第１１章に実例が示されてい
る。

【００３８】本発明はまた、厳密なハイブリダイゼーシ
ョン条件で、配列番号：１に示すポリヌクレオチド配列
に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、配列
番号：１に示す上記ポリヌクレオチド配列またはそのフ
ラグメントの配列を有するプローブでスクリーニング
し、ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできる
ポリヌクレオチド配列を本質的に含むポリヌクレオチド
をも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有
用なフラグメントには、例えば本明細書の別の箇所にお
いて説明するプローブおよびプライマー等がある。

【００３９】本発明のポリヌクレオチドアッセイに関し
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドは、応答レギュレーターをコードするｃＤＮ
Ａ全長およびゲノムクローンを単離するための、および
応答レギュレーター遺伝子に高度な配列類似性を有する
その他の遺伝子のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離
するための、ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用の
ハイブリダイゼーションプローブとして使用することが
できる。このようなプローブは通常少なくとも１５塩基
を含む。好ましくはこのようなプローブは少なくとも３
０塩基を有し、少なくとも５０塩基を有していてもよ
い。とりわけ好ましいプローブは少なくとも３０塩基を
有し、５０塩基またはそれ以下である。例えば、応答レ
ギュレーター遺伝子のコーディング領域は、配列番号：
１に示すＤＮＡ配列を用いてオリゴヌクレオチドプロー
ブを合成してスクリーニングすることにより単離でき
る。次いで、本発明の遺伝子の配列に相補的な配列を有
する標識オリゴヌクレオチドを、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮ
ＡまたはｍＲＮＡのライブラリーのスクリーニングに用
い、プローブがライブラリーのいずれのメンバーにハイ
ブリダイゼーションするのかを決定する。

【００４０】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、例えば、疾病とりわけヒトの疾病の治療法およ
び診断法の発見のための研究試薬および材料として使用
でき、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに論じる。配列番号：１および／または２
の配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明ポリヌク
レオチドを本明細書記載の方法に使用してもよいが、好
ましくはＰＣＲに使用して、本明細書で同定したポリヌ
クレオチドの全体または一部が感染した組織に転写され
るかどうかを決定する。かかる配列が、病原体が達成し
た感染段階および感染型の診断にも有用であることが理
解される。

【００４１】また本発明は、さらなるアミノもしくはカ
ルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内
在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドを
コードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。この
ような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッ
シングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半
減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイも
しくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができ
る。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性
酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除か
れる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態
のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不
活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常に
はこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の
いくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通
常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。要する
に、本発明のポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配
列を加えた成熟蛋白（プレ蛋白と称することができ
る）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１またはそれ以
上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダ
ー配列および１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ
蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコードしていてもよ
く、プロ配列は通常ポリペプチドの活性および成熟形態
を生成するプロセッシング段階で除去される。

【００４２】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、ポリヌクレオチドまたは本発明のポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操
作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来
するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋
白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞
を遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、また
は本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。
ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davi
sら、Basic Methods in Molecular Biology（1986）；S
ambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manua
l、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラ
トリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニ
ュアルに記載される方法により行うことができ、例えば
リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デ
キストラン媒介トランスフェクション、トランスベクシ
ョン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介ト
ランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入お
よび感染等がある。

【００４３】適当な宿主の代表的なものには、細菌細
胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、ス
タフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、スト
レプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母
細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆
虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）お
よびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物
細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３
Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細
胞；ならびに植物細胞等がある。

【００４４】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来
するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファ
ージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコス
ミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発
現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々
の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入
してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A
Laboratory Manual（上述）に記載されている。

【００４５】翻訳蛋白を、小胞体内腔、ペリプラスミッ
クスペースまたは細胞外環境へ分泌させるために、適当
な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むこと
ができる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的な
ものであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよ
い。

【００４６】本発明のポリペプチドは周知の方法によ
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマ
トグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペ
プチドが単離および／または精製中に変性した場合、再
び活性なコンホーメーションにするために、蛋白再生の
ための周知の技法を用いることができる。

【００４７】診断アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明の応
答レギュレーターポリヌクレオチドの使用にも関する。
真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒトにおける応答レギ
ュレーターの検出は、疾患の診断のための診断法を提供
する。応答レギュレーター遺伝子を含む生物に感染した
真核生物（本明細書において「個体」とも称する）とり
わけ哺乳動物、特にヒトを種々の方法によりＤＮＡレベ
ルで検出できる。診断用の核酸は、感染した個体の細胞
および組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚よ
り得ることができる。ゲノムＤＮＡを直接検出に使用し
てもよく、あるいは分析の前にＰＣＲもしくはその他の
増幅法を用いることにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡもまた同じ方法で用いることができる。
増幅法を用いると、真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒ
トに存在する原核生物株を、原核生物遺伝子の遺伝子型
の分析により特徴づけすることができる。対照配列の遺
伝子型と比較した場合の増幅産物の大きさの変化によ
り、欠損および挿入を検出できる。点突然変異は、増幅
ＤＮＡを標識化応答レギュレーターポリヌクレオチド配
列にハイブリダイズさせることにより同定できる。完全
に対合した配列はＲＮアーゼ消化により、または融解温
度の差により、誤対合二重らせんから区別できる。変性
剤含有または不含ゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳
動の移動度の変化を検出することにより、または直接的
なＤＮＡの配列決定により、ＤＮＡ配列の差を検出して
もよい。例えばMeyersら、Science，230:1242（1985）
参照。また、特異的な位置での配列の変化を、ヌクレア
ーゼ保護アッセイ、例えばＲＮアーゼおよびＳ１保護ま
たは化学的切断法によって明らかにしてもよい。例えば
Cottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., USA， 85:4397-44
01 （1985）参照。

【００４８】本発明の遺伝子の突然変異または多型性を
担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ
に用いてもよい。例えば、応答レギュレーターをコード
している核酸に対して相捕的なＰＣＲプライマーを用い
て変異を同定し分析することができる。典型的なプライ
マーの例を下表２に示す。 表２ 応答レギュレーターポリヌクレオチドの増幅用プライマー 配列番号 プライマー配列 3 5'-ATGAGAATATTTGTTTTAGAAGATGA-3' 4 5'-GTGTAAGTTATTAATAGCCTCAGAC-3' 本発明はまた、５'および／または３'末端から１、２、
３または４個のヌクレオチド除去したプライマーをも提
供する。該プライマーを用いて、感染個体から単離され
た遺伝子を増幅してもよく、次いで、該遺伝子をＤＮＡ
配列を調べるための種々の技法に供してもよい。このよ
うに、ＤＮＡ配列における突然変異を検出し、感染の診
断および感染性物質のセロタイピングおよび／または分
類に使用することができる。

【００４９】本発明はまた、疾患、好ましくは細菌感
染、より好ましくはStreptococcus pneumoniaeによる感
染、および最も好ましくは、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌
血症、髄膜炎、静脈洞炎、膿胸および心内膜炎、最も詳
細には例えば脳脊髄液の感染のごとき髄膜炎のような疾
病の診断方法を提供し、該方法は、表１［配列番号：
１］の配列を有するポリヌクレオチドのの発現レベルの
上昇を個体由来の試料から検出することを特徴とする。
応答レギュレーターポリヌクレオチドの発現の増加また
は低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野で
よく知られたいずれかの方法、例えば増幅、ＰＣＲ、Ｒ
Ｔ−ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノーザンブロッティング
およびその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定
できる。

【００５０】さらに、正常対照組織サンプルと比較し
て、応答レギュレーター蛋白の過剰発現を検出するため
の本発明診断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検
出してもよい。宿主由来のサンプル中の応答レギュレー
ター蛋白のレベルを決定するために用いることができる
アッセイ技法は、当業者に周知である。かかるアッセイ
法には、ラジオイムノアッセイ、競争結合アッセイ、ウ
ェスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイ等があ
る。

【００５１】抗体 本発明のポリペプチドもしくはそれらの変種、またはそ
れらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリ
ペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明
細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒ
ト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さ
らに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂ
フラグメントも包含される。本発明のポリペプチドに対
して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトープが付
いたフラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくは
ヒトはでない動物に通常の実験法を用いて投与すること
により得ることができる。連続的細胞系培養により産生
される抗体を提供する、当業者周知の技術を用いて、モ
ノクローナル抗体を調製することができる。例として
は、Kohler， G.およびMilstein, C.，Nature， 256:49
5-497 （1975）； Kozborら、Immunology Today， 4:72
（1983）； Coleら、Monoclonal Antibodies and Canc
er Therapy, Alan R Liss, Inc.、77-96頁（1985）に記
載されるような種々の技法がある。一本鎖抗体の産生の
ために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）
を適用して、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を
得ることができる。また、トランスジェニックマウスま
たはその他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒ
ト化抗体等の抗体を発現させてもよい。

【００５２】別法として、ファージディスプレイ技法を
用いて、抗−ポリペプチドを有することにつきスクリー
ニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ遺伝
子のレパートリーから、抗−応答レギュレーターを有す
ることについてスクリーニングされたヒトから、あるい
は無処理のライブラリーから、ポリペプチドに対する結
合活性を有する抗体遺伝子を選別することもできる（Mc
Cafferty, J.ら、Nature 348:552-554 （1990）； Mark
s, J.ら、Biotechnology 10:779-783 （1992））。これ
らの抗体の親和性はチェインシャフリング（chain shuf
fling）により改善することもできる（Clackson, T.
ら、Nature 352:624-628 （1991））。

【００５３】二つの抗原結合ドメインが存在する場合、
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。

【００５４】上記抗体を用いてポリペプチドを発現する
クローンを単離または同定してもよく、上記抗体を親和
性クロマトグラフィーにより精製することができる。従
って、とりわけ応答レギュレーターに対する抗体を、感
染、とりわけ細菌感染、特に中耳炎、結膜炎、肺炎、菌
血症、髄膜炎、静脈洞炎、膿胸および心内膜炎、最も詳
細には例えば脳脊髄液の感染のごとき髄膜炎のような疾
病の治療に用いてもよい。

【００５５】ポリペプチド変種には抗原的、エピトープ
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
に対して生成した場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。

【００５６】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチ
ドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合すること
により、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブ
ミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシ
アニン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合
することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペ
プチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価
なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。

【００５７】好ましくは、抗体またはそれらの変種を、
個体における免疫原性を減じるために修飾する。例え
ば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は
「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に
移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミ
ドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Gene
t.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419
（1963））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体
の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リ
ン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム
中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（198
9））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。

【００５８】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細
胞、無細胞標品、化学ライブラリー、および天然産物混
合物中における小型分子基質およびリガンドの結合を評
価してもよい。これらの基質およびリガンドは天然基質
およびリガンドであってもよく、構造上または機能上の
模倣物であってもよい。例えば、Coligan et al.,Curre
nt Protocols in Immunology 1(2):Chapter 5 (1991)参
照。

【００５９】また本発明は、応答レギュレーターポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドの作用を増強（アゴニス
ト）または阻害（アンタゴニスト）する化合物、詳細に
は、静菌性および／または殺菌性化合物を同定するため
の、化合物のスクリーニング方法をも提供する。該スク
リーニング方法は高処理量の方法である。例えば、アゴ
ニストまたはアンタゴニストをスクリーニングするため
に、応答レギュレーターポリペプチドを含む、合成反応
混合物、膜、細胞表面膜もしくは細胞壁のごとき細胞コ
ンパートメント、またはそれらのいずれかの調製物、お
よびこのようなポリペプチドの標識基質またはリガンド
を、応答レギュレーターアゴニストまたはアンタゴニス
トとなりうる候補分子の存在下または不在下でインキュ
ベーションする。候補分子が応答レギュレーターポリペ
プチドにアゴナイズまたは拮抗する能力は、標識化リガ
ンドの結合の低下またはこのような基質からの生成物の
産生の低下に反映される。結合しても影響を及ぼさない
分子、すなわち応答レギュレーターの効果を誘導しない
分子は、最も良好なアンタゴニストである可能性があ
る。結合性が良好で、基質からの生成物の生成速度を高
める分子はアゴニストである。基質からの生成物の生成
速度またはレベルはリポーターシステムを用いることに
より強調できる。この点に関して有用なリポーターシス
テムには、生成物に転換される比色測定用標識化基質、
応答レギュレーターポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ド活性の変化に反応するリポーター遺伝子、および当該
分野で周知の結合アッセイ等があるが、これらに限定す
るものではない。

【００６０】応答レギュレーターアンタゴニストのアッ
セイのもう１つの例は競争アッセイであり、競争阻害ア
ッセイに適した条件下で、応答レギュレーターおよび潜
在的アンタゴニストを、応答レギュレーター結合分子、
組換え応答レギュレーター結合分子、天然基質もしくは
リガンド、または基質もしくはリガンド模倣物と混合す
る。例えば放射活性または比色測定用化合物により応答
レギュレーターを標識し、結合分子に結合した、または
生成物に変換された応答レギュレーター分子の数を正確
に決定して、潜在的なアンタゴニストの効果を評価でき
る。

【００６１】潜在的アンタゴニストには、本発明ポリペ
プチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に
関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の
同じ部位に結合するが、応答レギュレーターにより誘導
される活性を誘導せず、それゆえ応答レギュレーターを
結合から排除することにより応答レギュレーターの作用
を妨害する。潜在的アンタゴニストには、ポリペプチド
の結合部位に結合し、およびそれを占領し、それにより
細胞性結合分子への結合を防御して、正常の生物学的活
性を防御する小型分子等がある。小型分子の例として
は、小型有機分子、ペプチド、ペプチド様分子等がある
が、これらに限定するものではない。その他の潜在的ア
ンタゴニストにはアンチセンス分子等がある（これらの
分子についての記載に関してはOkano,J.，Neurochem.5
6:560（1991）；Oligodeoxy-nucleotides as Antisense
Inhibitors of Gene Expression，ＣＲＣプレス、ボッ
カラートン、フロリダ州（1988）参照）。好ましい潜在
的アンタゴニストには、応答レギュレーター関連化合物
および応答レギュレーター変種等がある。

【００６２】本明細書に示す各ＤＮＡ配列を、抗細菌化
合物の発見および開発に使用してもよい。コードされて
いる蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニング
のための標的として使用されうる。さらに、コードされ
ている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイ
ン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコードし
ているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、
目的コーディング配列の発現を制御することもできる。

【００６３】本発明は、感染の続発症に関与する病因お
よび哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害する
ための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻
害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在
デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷
における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細
にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チ
ロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することに
よる、応答レギュレーター蛋白により媒介される哺乳動
物細胞への侵入のブロック（Rosenshine et al., Infec
t. Immunol. 60:2211 (1992)）；哺乳動物細胞外マトリ
ックス蛋白と細菌応答レギュレーター蛋白との間の、組
織ダメージを媒介する細菌付着のブロック；内在デバイ
スの移植または他の外科的方法以外により開始される、
感染における通常の病状の進行のブロックに使用するこ
とができる。

【００６４】本発明は、下記（ｉ）〜（ｉｉｉ）を阻害
する薬剤のスクリーニング方法を提供する。 ｉ）応答レギュレーターとヒスチジンキナーゼとの相互
作用。この場合のスクリーニング方法は、薬剤の存在下
で応答レギュレーターをヒスチジンキナーゼとともにイ
ンキュベーションし、この相互作用をブロックする薬剤
の能力を測定することを含む； ｉｉ）リン酸基をヒスチジンキナーゼから自分自身に転
移させる応答レギュレーターの能力。この場合のスクリ
ーニング方法は、応答レギュレーターを薬剤とともにイ
ンキュベーションし、リン酸化されたヒスチジンキナー
ゼからリン酸基を除去する応答レギュレーターの能力を
測定することを含む； および／またはｉｉｉ）リン酸基が転移された場合の、
自己リン酸化する分子の能力。この場合のスクリーニン
グ方法は、リン酸化された応答レギュレーターを薬剤と
ともにインキュベーションし、自己リン酸化を触媒する
応答レギュレーターの能力を測定することを含む。

【００６５】好ましくは、ヒスチジンキナーゼは応答レ
ギュレーターの同族ヒスチジンキナーゼ、あるいは応答
レギュレーターの基質として作用しうる別のヒスチジン
キナーゼであり、Streptococcus pneumoniaeまたは別の
微生物、例えばBacillus由来のものであってもよい。本
発明応答レギュレーターの同族キナーゼのポリペプチド
およびポリヌクレオチド配列を表１（ＥおよびＦ）に示
す。この新規ヒスチジンキナーゼは、ストレプトコッカ
ス・ゴルドニイ（Streptococcus gordonii）由来のＣｏ
ｍＤセンサー蛋白に対して２６％の同一性を示す。

【００６６】本発明アンタゴニストおよびアゴニスト
を、例えば、感染、とりわけ細菌感染、特に中耳炎、結
膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞炎、膿胸および心
内膜炎、最も詳細には例えば脳脊髄液の感染のごとき髄
膜炎のような疾病の抑制および治療に用いてもよい。

【００６７】ワクチン 本発明の別の態様は、個体とりわけ哺乳動物における免
疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳
細には細菌感染、最も詳細にはStreptococcuspneumonia
e感染から個体を防御するための抗体および／またはＴ
細胞応答を生じさせるに十分な応答レギュレーターまた
はそのフラグメントもしくは変種を個体に接種すること
を特徴とする。かかる免疫学的応答が細菌の複製を遅ら
せる方法も提供される。本発明のさらにもう１つの態様
は、個体における免疫学的応答の誘導方法に関し、該方
法は、疾病が個体においてすでに確立されているか否か
にかかわらず、インビボで応答レギュレーター、または
そのフラグメントもしくは変種を発現させるために応答
レギュレーターまたはそのフラグメントもしくは変種の
発現を指令する核酸ベクターをかかる個体に送達して、
例えば、抗体および／またはＴ細胞免疫応答（例えば、
サイトカイン産生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞）を生じ
させる免疫学的応答を誘導して、該個体を疾病から防御
する抗体を産生させることを特徴とする。迅速に遺伝子
を所望細胞中に投与する方法としては、粒子上にコーデ
ィングすること等がある。かかる核酸ベクターはＤＮ
Ａ、ＲＮＡ、修飾核酸、またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリ
ッドを含んでいてもよい。

【００６８】本発明のさらなる態様は、免疫学的反応を
宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入し
た場合、応答レギュレーターまたはそれによりコードさ
れている蛋白に対する免疫学的反応を該宿主に誘導する
免疫学的組成物に関し、その組成物は組換え応答レギュ
レーターまたはそれによりコードされている蛋白を含
み、応答レギュレーターまたはそれによりコードされて
いる蛋白に対する抗原をコードし発現するＤＮＡを含
む。免疫学的応答を治療的または予防的に用いてもよ
く、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣＤ４⁺Ｔ細胞か
ら生じるような抗体免疫または細胞性免疫の形態であっ
てもよい。

【００６９】応答レギュレーターポリペプチドまたはそ
れらのフラグメントを、それ自身は抗体を産生しない
が、第１の蛋白を安定化し、免疫原的および保護特性を
有する融合蛋白を産生する能力のある共存蛋白（co-pro
tein）と融合させてもよい。好ましくは、かかる融合組
換え蛋白は、抗原補蛋白、例えばヘモフィルス・インフ
ルエンザエ（Hemophilus influenzae）由来のリポ蛋白
Ｄ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）
またはベーターガラクトシダーゼのごとき共存蛋白、蛋
白を可溶化してそれらの産生および精製を促進する比較
的大きな共存蛋白等を含む。さらに、共存蛋白は免疫系
において普遍的な刺激を提供するという意味で、アジュ
バントとして作用することができる。共存蛋白は第１の
蛋白のアミノまたはカルボキシル末端のどちらかに結合
できる。

【００７０】本発明は、本発明のポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドおよびSato Y.ら、Science 273:352 (19
66)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む
組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供す
る。

【００７１】また、本発明は、Streptococcus pneumoni
aeに感染した動物モデルにおいて、かかる遺伝的免疫化
実験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表面蛋白の不
変領域をコードすることが示されている、説明したポリ
ヌクレオチドまたはとりわけそれらのフラグメントを用
いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的または治療
的免疫反応を刺激することができる蛋白エピトープを同
定するのに有用である。この研究は、哺乳動物、とりわ
けヒトにおける細菌感染とりわけStreptococcus pneumo
niae感染の予防薬または治療的処置の開発のために、感
染に抵抗しこれを一掃するのに成功した動物の必須器官
から特に価値あるモノクローナル抗体をうまく調製する
ことを可能にすると思われる。

【００７２】ポリペプチドを宿主接種用抗原として用い
て、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することによ
り細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよ
い。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もし
くは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込
みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等があ
る。

【００７３】また本発明は、適切な担体と一緒になった
免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含す
る。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば
皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好
ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝
液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性無菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性無菌懸濁液等がある。
処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールし
たアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に無
菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として
保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高め
るアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油
系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量
はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により
容易に決定できる。本発明を特定の応答レギュレーター
蛋白に関して説明したが、本発明は天然に存在する蛋白
および、実質的に組換え蛋白の免疫原特性に影響しない
付加、欠失または置換を施した類似の蛋白のフラグメン
トを包含することが理解されよう。

【００７４】組成物、キットおよび投与 本発明はまた上述のポリヌクレオチドもしくはポリペプ
チド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニス
トを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細
胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌
済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬
的担体と混合して用いることができる。このような組成
物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポ
リペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形
剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理
食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定
するものではない。処方は投与法に適したものにすべき
である。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発
明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む
診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。

【００７５】本発明ポリペプチドおよびその他の化合物
を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物
と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便
的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の
経路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、ま
たは予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例
えば好ましくは等張の無菌水性分散物として個体に投与
できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟
膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、
洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾ
ール等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加
物、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならび
に軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよ
い。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例え
ばクリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタ
ノールまたはオレイルアルコールを含有していてもよ
い。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％
であってよく、より通常には重量で処方の約８０％まで
とする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性
物質の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与
量を決定し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じ
て変化させる。上述の投与量は、平均的なケースの典型
例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合
する個々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内であ
る。

【００７６】内在デバイスには外科的インプラント、補
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するものである。この
ようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペース
メーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャ
ント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（contin
uous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カ
テーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与
し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全
身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存
在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手
技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわ
けStreptococcus pneumoniaeの創傷感染を防御すること
もできる。

【００７７】多くの整形外科医は、補てつ関節を有する
ヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗
生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性
の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合
併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。
それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わ
るものとして、活性物質の使用を拡張することが可能で
ある。

【００７８】上述の治療に加え、一般的には本発明組成
物を創傷の治療薬として使用して、創傷組織に曝露した
マトリックス蛋白に細菌が付着するのを防いでもよく、
歯科治療においては抗生物質による予防法に代えて、ま
たはそれと組み合わせて予防的に使用してもよい。

【００７９】別法として、本発明の組成物を用いて挿入
直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デ
バイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１
０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成
物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバ
ントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適
した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、
このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するの
が好ましい。本発明化合物については、指示した投与量
範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒
性効果は観察されない。本明細書に開示した各文献を、
参照によりその全体が本明細書に記載されているものと
みなす。本願が優先権を主張しているいずれの特許出願
も、参照によりその全体が本明細書に記載されているも
のとみなす。

【００８０】

【実施例】以下の実施例は、詳細に説明したこと以外
は、当業者に周知で通常的な標準的な技法を用いて実施
する。実施例は説明のためにのみ示すもので、本発明を
限定するものではない。 実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製造および配列
決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドを、イー・コリ（E.coli）中のStreptococcus pneumo
niaeの染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーから得
た。重複するStreptococcus pneumoniaeのＤＮＡを含有
する２個またはそれ以上のクローンからの配列決定デー
タを用いて配列番号：１の隣接ＤＮＡ配列を構築した場
合もある。通常の方法、例えば以下の方法１および２に
よりライブラリーを製造できる。全細胞ＤＮＡは、Stre
ptococcus pneumoniae 0100993から、標準法に準じて単
離し、二つの方法のどちらかによりサイズ分画する。

【００８１】方法１ 標準法に準じてサイズ分画化するために、全細胞ＤＮＡ
を注射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの
大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよびＤ
ＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断されているベクターラムダＺａｐＩＩに
連結し、標準法によりライブラリーをパッケージング
し、次いでパッケージングしたライブラリーで大腸菌を
感染させる。ライブラリーは標準法により増幅する。 方法２ 全細胞ＤＮＡは、ライブラリーベクター（例えば、Ｒｓ
ａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）にクロ
ーニングするための一連のフラグメントを適切に生じる
１の制限酵素または制限酵素の組み合わせで部分的加水
分解し、かかるフラグメントを標準法に準じてサイズ分
画化する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメ
ントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断されているベク
ターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラ
リーをパッケージングし、次いでパッケージングしたラ
イブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリーを標準
法により増幅する。

【００８２】

【配列表】

（１）一般的情報： （ｉ）出願人：Wallis, Nicola （ｉｉ）発明の名称：新規化合物 （ｉｉｉ）配列の数：６ （ｖｉ）連絡先： （Ａ）宛て名：Dechert Price & Phoads （Ｂ）通り名：997 Lenox Drive, Building 3, Suite 2
10 （Ｃ）都市名：Lawrenceville （Ｄ）州名：ニュージャージー （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）ＺＩＰ：０８５４３ （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）作動システム：ＤＯＳ （Ｄ）Windowsバージョン２．０用FastSEQ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：Bloom, Allen （Ｂ）登録番号：２９１３５ （Ｃ）代理人等における処理番号：ＧＭ１００１５ （ｘｉ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：６０９−５２０−３２１４ （Ｂ）ファックス番号：６０９−５２０−３２５９ （Ｃ）テレックス：

【００８３】（２）配列番号：１に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２８００塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：２本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１： AAAATCGATT GATTTTCAAG AAAGATCCTT TTTCTCGGAG AAGAAGGTCA ATAGCCTGTC 60 AAGTATGCCA GACGTCGCTA TAGAGAAATA CGTCAAAAAT GGTTGAAAGA GGGAGAGTAA 120 GAAGATGAGA ATATTTGTTT TAGAAGATGA TTTTTCCCAA CAGACTAGAA TTGAAACGAC 180 GATTGAGAAA CTTTTGAAAG CACATCATAT CATTCCTAGC TCTTTTGAGG TATTTGGCAA 240 GCCGGACCAA CTGCTGGCAG AGGTACATGA GAAGGGGGCC CATCAGCTAT TCTTTTTGGA 300 TATTGAGATT CGAAATGAAG AGATGAAGGG ACTGGAAGTA GCTAGAAAGA TTCGGGAACA 360 AGACCCTTAT GCCCTAATCG TCTTTGTGAC GACTCACTCG GAGTTTATGC CTCTGTCCTT 420 TCGCTACCAA GTGTCAGCTT TGGACTACAT TGATAAGGCC CTTTCGGCAG AGGAGTTTGA 480 ATCTCGTATC GAGACAGCCC TCCTCTATGC CAATAGTCAA GATAGTAAAA GTCTGGCGGA 540 AGATTGCTTT TACTTTAAAT CAAAATTTGC CCAATTCCAA TATCCTTTCA AAGAGGTTTA 600 CTATCTCGAA ACATCCCCAA GACCCCATCG TGTTATTCTC TATACCAAGA CGGACAGGCT 660 AGAATTTACG GCGAGTTTAG AGGAGGTTTT TAAGCAGGAA CCCAGTCTCT TGCAGTGCCA 720 TCGCTCTTTT CTCATCAATC CTGCAAATGT GGTGCATTTG GATAAGAAAG AAAAACTCCT 780 TTTCTTTCCC AATGGTGGAA GCTGTCTGAT CGCGCGTTAT AAGGTCAGGG AAGTGTCTGA 840 GGCTATTAAT AACTTACACT GAGCTAGGAG AGTTTATGAA CATTGCTTGG ATATTGTTGT 900 ATGCACTTGT TATTAATGGA CTAAAAATTG TCATTTTCTT TAAAGTAAAT GGAATTGGTC 960 TCACTTTCGA TAGAATTTTT AAGGCCTTTC TTCTGAAATT TCTTCTAGGG ATCATTTTTA 1020 CGACTTTTCA ATTTTTGGCT GTAAGTAAAT ATTTGTCCTA TTTTATAGAA CCTTTGTTCG 1080 GTATAGGTCT ATCTTTCTTA TTGTTAAGAG GGCTTCCTAA AAAAATCCTT ATTTTTTATG 1140 GTCTCTTCCC AATGATATTA GTAGAGCTCT TTTACAGAGG TGTTTCCTAT TTTGTGCTTC 1200 CATTTTTGGG GCAAGGAATT GTAGATGGGG ATGGCAATCC TATCTTTTTA TTGATTATGA 1260 TATTCGTTTG CTTCATAGTT TTAGTCTTTT TGAAATGGTT AGACTATGAT TTCACTAGAT 1320 TGAGAAGGGA GTTTCTAGAT ACAGGTTTTC AAAAGTCTCT TACTAAGATT AACTGGGCAA 1380 TGGGGGCTTA TTATCTAGTG ATGCAAAGTC TATCTTACCT TGAATATGAA CAAGGTATTC 1440 AATCAACGAC TGTTCGCCAT CTCATCCTAG TGTTTTACCT ACTCTTTTTT ATGGGGGGTA 1500 TCAAGAAATT GGATACCTAT TTGAAGGAAA AACTTCAGGA GGAACTGAAC CAAGAGCAGA 1560 CCTTGCGCTA CAGAGATATG GAACGCTATA GTCGGCATAT AGAGGAACTT TACAAGGAAA 1620 TTCGGAGTTT TCGCCATGAC TACACTAACC TCTTAACCAG CTTACGTTTG GGCATTGAAG 1680 AGGAGGATAT GGAGCAGATA AAAGAGATCT ACGACTCGGT CTTAAGGGAT TCCAGTCAGA 1740 AATTGCAGGA CAATAAATAT GACCTGGGCA GATTGGTGAA TATTCGTGAC CGTGCCCTCA 1800 AGAGTCTCCT AGCTGGAAAA TTTATAAAAG CTAGAGAAAA GAACATTGTC TTTAATGTTG 1860 AAGTTCCTGA GGAGATTCAG GTTGAGGGGA TGAGCCTACT TGATTTTCTA ACCATTGTGT 1920 CTATCCTTTG TGACAATGCT ATTGAAGTTA GTGCAGAGGC CAGTCAACCT CATGTTTCAA 1980 TCGCCTTTTT AAAAAATGGA GCACAGGAGA CTTTTATCAT TGAAAACTCC ATCAAAGAAG 2040 AGGGCATCGA TATTTCTGAA ATCTTCTCCT TTGGAGCAAG TTCTAAAGGG GAGGAGAGAG 2100 GAGTTGGTCT CTATACCGTT ATGAAAATTG TGGAAAGTCA TCCCAATACC AATCTAAATA 2160 CTACCTGCCA AAATCAAGTC TTTCGTCAGG TACTTACTGT GATACATGCA GAATGATAAA 2220 AAACAAGACC GAGAGTTCTT GTTTCTCGGT CTTGTTTTTA TAGCTGAATA GGTAGTTCAA 2280 GTGCTTTTGT GATTTTAAAT TTACTTAAAA TTGTTTCATG TAAGAGTTCT TCCCACCATT 2340 CTCCACCTGT AATTTGGTTG AGTTCGGTAG TTGTTAGTTC TTGAAATGAA GTTAGGTTTT 2400 GTTTCTTATC CATGTTATGA TTCTCCTTTT TGATAAGATA ATAAATAGTT ATAGAGTGTT 2460 ATCTGAAAAT TAATCAGAAT GGGTTAAAAT TTTATCTTTG AAATAATCAA AATATGTTTT 2520 CTTTGCAGTT ACACTAGTGA CGCGACCTTG TAAGCCATAT TGGATGAGTT TACTATCCTC 2580 ATTAGATAGT TTTGCAAGAG CGGTTAATTT AAAGAGATTG CCTTGCTCTG TTCTGGTAGG 2640 AGTTTGATCA ATTGTCTGAA GTTGGCCGAT GATGGTAATG CCGTGATTTC CAATCTTCTC 2700 CAGTTTTAAT CTTACAGTTT GTCCTTTATC TAGTAGAGGT AGATAGTCAG AAGCTACGTA 2760 GTAAGTGATT AGTACTTCTC TTGTATCTGT GATGATAGGG 2800

【００８４】（２）配列番号：２に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２４５アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：２： Met Arg Ile Phe Val Leu Glu Asp Asp Phe Ser Gln Gln Thr Arg Ile 1 5 10 15 Glu Thr Thr Ile Glu Lys Leu Leu Lys Ala His His Ile Ile Pro Ser 20 25 30 Ser Phe Glu Val Phe Gly Lys Pro Asp Gln Leu Leu Ala Glu Val His 35 40 45 Glu Lys Gly Ala His Gln Leu Phe Phe Leu Asp Ile Glu Ile Arg Asn 50 55 60 Glu Glu Met Lys Gly Leu Glu Val Ala Arg Lys Ile Arg Glu Gln Asp 65 70 75 80 Pro Tyr Ala Leu Ile Val Phe Val Thr Thr His Ser Glu Phe Met Pro 85 90 95 Leu Ser Phe Arg Tyr Gln Val Ser Ala Leu Asp Tyr Ile Asp Lys Ala 100 105 110 Leu Ser Ala Glu Glu Phe Glu Ser Arg Ile Glu Thr Ala Leu Leu Tyr 115 120 125 Ala Asn Ser Gln Asp Ser Lys Ser Leu Ala Glu Asp Cys Phe Tyr Phe 130 135 140 Lys Ser Lys Phe Ala Gln Phe Gln Tyr Pro Phe Lys Glu Val Tyr Tyr 145 150 155 160 Leu Glu Thr Ser Pro Arg Pro His Arg Val Ile Leu Tyr Thr Lys Thr 165 170 175 Asp Arg Leu Glu Phe Thr Ala Ser Leu Glu Glu Val Phe Lys Gln Glu 180 185 190 Pro Ser Leu Leu Gln Cys His Arg Ser Phe Leu Ile Asn Pro Ala Asn 195 200 205 Val Val His Leu Asp Lys Lys Glu Lys Leu Leu Phe Phe Pro Asn Gly 210 215 220 Gly Ser Cys Leu Ile Ala Arg Tyr Lys Val Arg Glu Val Ser Glu Ala 225 230 235 240 Ile Asn Asn Leu His 245

【００８５】（２）配列番号：３に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２６塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：３： ATGAGAATAT TTGTTTTAGA AGATGA 26

【００８６】（２）配列番号：４に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２５塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：４： GTGTAAGTTA TTAATAGCCT CAGAC 25

【００８７】（２）配列番号：５に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２８００塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：２本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：５： AAAATCGATT GATTTTCAAG AAAGATCCTT TTTCTCGGAG AAGAAGGTCA ATAGCCTGTC 60 AAGTATGCCA GACGTCGCTA TAGAGAAATA CGTCAAAAAT GGTTGAAAGA GGGAGAGTAA 120 GAAGATGAGA ATATTTGTTT TAGAAGATGA TTTTTCCCAA CAGACTAGAA TTGAAACGAC 180 GATTGAGAAA CTTTTGAAAG CACATCATAT CATTCCTAGC TCTTTTGAGG TATTTGGCAA 240 GCCGGACCAA CTGCTGGCAG AGGTACATGA GAAGGGGGCC CATCAGCTAT TCTTTTTGGA 300 TATTGAGATT CGAAATGAAG AGATGAAGGG ACTGGAAGTA GCTAGAAAGA TTCGGGAACA 360 AGACCCTTAT GCCCTAATCG TCTTTGTGAC GACTCACTCG GAGTTTATGC CTCTGTCCTT 420 TCGCTACCAA GTGTCAGCTT TGGACTACAT TGATAAGGCC CTTTCGGCAG AGGAGTTTGA 480 ATCTCGTATC GAGACAGCCC TCCTCTATGC CAATAGTCAA GATAGTAAAA GTCTGGCGGA 540 AGATTGCTTT TACTTTAAAT CAAAATTTGC CCAATTCCAA TATCCTTTCA AAGAGGTTTA 600 CTATCTCGAA ACATCCCCAA GACCCCATCG TGTTATTCTC TATACCAAGA CGGACAGGCT 660 AGAATTTACG GCGAGTTTAG AGGAGGTTTT TAAGCAGGAA CCCAGTCTCT TGCAGTGCCA 720 TCGCTCTTTT CTCATCAATC CTGCAAATGT GGTGCATTTG GATAAGAAAG AAAAACTCCT 780 TTTCTTTCCC AATGGTGGAA GCTGTCTGAT CGCGCGTTAT AAGGTCAGGG AAGTGTCTGA 840 GGCTATTAAT AACTTACACT GAGCTAGGAG AGTTTATGAA CATTGCTTGG ATATTGTTGT 900 ATGCACTTGT TATTAATGGA CTAAAAATTG TCATTTTCTT TAAAGTAAAT GGAATTGGTC 960 TCACTTTCGA TAGAATTTTT AAGGCCTTTC TTCTGAAATT TCTTCTAGGG ATCATTTTTA 1020 CGACTTTTCA ATTTTTGGCT GTAAGTAAAT ATTTGTCCTA TTTTATAGAA CCTTTGTTCG 1080 GTATAGGTCT ATCTTTCTTA TTGTTAAGAG GGCTTCCTAA AAAAATCCTT ATTTTTTATG 1140 GTCTCTTCCC AATGATATTA GTAGAGCTCT TTTACAGAGG TGTTTCCTAT TTTGTGCTTC 1200 CATTTTTGGG GCAAGGAATT GTAGATGGGG ATGGCAATCC TATCTTTTTA TTGATTATGA 1260 TATTCGTTTG CTTCATAGTT TTAGTCTTTT TGAAATGGTT AGACTATGAT TTCACTAGAT 1320 TGAGAAGGGA GTTTCTAGAT ACAGGTTTTC AAAAGTCTCT TACTAAGATT AACTGGGCAA 1380 TGGGGGCTTA TTATCTAGTG ATGCAAAGTC TATCTTACCT TGAATATGAA CAAGGTATTC 1440 AATCAACGAC TGTTCGCCAT CTCATCCTAG TGTTTTACCT ACTCTTTTTT ATGGGGGGTA 1500 TCAAGAAATT GGATACCTAT TTGAAGGAAA AACTTCAGGA GGAACTGAAC CAAGAGCAGA 1560 CCTTGCGCTA CAGAGATATG GAACGCTATA GTCGGCATAT AGAGGAACTT TACAAGGAAA 1620 TTCGGAGTTT TCGCCATGAC TACACTAACC TCTTAACCAG CTTACGTTTG GGCATTGAAG 1680 AGGAGGATAT GGAGCAGATA AAAGAGATCT ACGACTCGGT CTTAAGGGAT TCCAGTCAGA 1740 AATTGCAGGA CAATAAATAT GACCTGGGCA GATTGGTGAA TATTCGTGAC CGTGCCCTCA 1800 AGAGTCTCCT AGCTGGAAAA TTTATAAAAG CTAGAGAAAA GAACATTGTC TTTAATGTTG 1860 AAGTTCCTGA GGAGATTCAG GTTGAGGGGA TGAGCCTACT TGATTTTCTA ACCATTGTGT 1920 CTATCCTTTG TGACAATGCT ATTGAAGTTA GTGCAGAGGC CAGTCAACCT CATGTTTCAA 1980 TCGCCTTTTT AAAAAATGGA GCACAGGAGA CTTTTATCAT TGAAAACTCC ATCAAAGAAG 2040 AGGGCATCGA TATTTCTGAA ATCTTCTCCT TTGGAGCAAG TTCTAAAGGG GAGGAGAGAG 2100 GAGTTGGTCT CTATACCGTT ATGAAAATTG TGGAAAGTCA TCCCAATACC AATCTAAATA 2160 CTACCTGCCA AAATCAAGTC TTTCGTCAGG TACTTACTGT GATACATGCA GAATGATAAA 2220 AAACAAGACC GAGAGTTCTT GTTTCTCGGT CTTGTTTTTA TAGCTGAATA GGTAGTTCAA 2280 GTGCTTTTGT GATTTTAAAT TTACTTAAAA TTGTTTCATG TAAGAGTTCT TCCCACCATT 2340 CTCCACCTGT AATTTGGTTG AGTTCGGTAG TTGTTAGTTC TTGAAATGAA GTTAGGTTTT 2400 GTTTCTTATC CATGTTATGA TTCTCCTTTT TGATAAGATA ATAAATAGTT ATAGAGTGTT 2460 ATCTGAAAAT TAATCAGAAT GGGTTAAAAT TTTATCTTTG AAATAATCAA AATATGTTTT 2520 CTTTGCAGTT ACACTAGTGA CGCGACCTTG TAAGCCATAT TGGATGAGTT TACTATCCTC 2580 ATTAGATAGT TTTGCAAGAG CGGTTAATTT AAAGAGATTG CCTTGCTCTG TTCTGGTAGG 2640 AGTTTGATCA ATTGTCTGAA GTTGGCCGAT GATGGTAATG CCGTGATTTC CAATCTTCTC 2700 CAGTTTTAAT CTTACAGTTT GTCCTTTATC TAGTAGAGGT AGATAGTCAG AAGCTACGTA 2760 GTAAGTGATT AGTACTTCTC TTGTATCTGT GATGATAGGG 2800

【００８８】（２）配列番号：６に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：４４６アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：６： Met Asn Ile Ala Trp Ile Leu Leu Tyr Ala Leu Val Ile Asn Gly Leu 1 5 10 15 Lys Ile Val Ile Phe Phe Lys Val Asn Gly Ile Gly Leu Thr Phe Asp 20 25 30 Arg Ile Phe Lys Ala Phe Leu Leu Lys Phe Leu Leu Gly Ile Ile Phe 35 40 45 Thr Thr Phe Gln Phe Leu Ala Val Ser Lys Tyr Leu Ser Tyr Phe Ile 50 55 60 Glu Pro Leu Phe Gly Ile Gly Leu Ser Phe Leu Leu Leu Arg Gly Leu 65 70 75 80 Pro Lys Lys Ile Leu Ile Phe Tyr Gly Leu Phe Pro Met Ile Leu Val 85 90 95 Glu Leu Phe Tyr Arg Gly Val Ser Tyr Phe Val Leu Pro Phe Leu Gly 100 105 110 Gln Gly Ile Val Asp Gly Asp Gly Asn Pro Ile Phe Leu Leu Ile Met 115 120 125 Ile Phe Val Cys Phe Ile Val Leu Val Phe Leu Lys Trp Leu Asp Tyr 130 135 140 Asp Phe Thr Arg Leu Arg Arg Glu Phe Leu Asp Thr Gly Phe Gln Lys 145 150 155 160 Ser Leu Thr Lys Ile Asn Trp Ala Met Gly Ala Tyr Tyr Leu Val Met 165 170 175 Gln Ser Leu Ser Tyr Leu Glu Tyr Glu Gln Gly Ile Gln Ser Thr Thr 180 185 190 Val Arg His Leu Ile Leu Val Phe Tyr Leu Leu Phe Phe Met Gly Gly 195 200 205 Ile Lys Lys Leu Asp Thr Tyr Leu Lys Glu Lys Leu Gln Glu Glu Leu 210 215 220 Asn Gln Glu Gln Thr Leu Arg Tyr Arg Asp Met Glu Arg Tyr Ser Arg 225 230 235 240 His Ile Glu Glu Leu Tyr Lys Glu Ile Arg Ser Phe Arg His Asp Tyr 245 250 255 Thr Asn Leu Leu Thr Ser Leu Arg Leu Gly Ile Glu Glu Glu Asp Met 260 265 270 Glu Gln Ile Lys Glu Ile Tyr Asp Ser Val Leu Arg Asp Ser Ser Gln 275 280 285 Lys Leu Gln Asp Asn Lys Tyr Asp Leu Gly Arg Leu Val Asn Ile Arg 290 295 300 Asp Arg Ala Leu Lys Ser Leu Leu Ala Gly Lys Phe Ile Lys Ala Arg 305 310 315 320 Glu Lys Asn Ile Val Phe Asn Val Glu Val Pro Glu Glu Ile Gln Val 325 330 335 Glu Gly Met Ser Leu Leu Asp Phe Leu Thr Ile Val Ser Ile Leu Cys 340 345 350 Asp Asn Ala Ile Glu Val Ser Ala Glu Ala Ser Gln Pro His Val Ser 355 360 365 Ile Ala Phe Leu Lys Asn Gly Ala Gln Glu Thr Phe Ile Ile Glu Asn 370 375 380 Ser Ile Lys Glu Glu Gly Ile Asp Ile Ser Glu Ile Phe Ser Phe Gly 385 390 395 400 Ala Ser Ser Lys Gly Glu Glu Arg Gly Val Gly Leu Tyr Thr Val Met 405 410 415 Lys Ile Val Glu Ser His Pro Asn Thr Asn Leu Asn Thr Thr Cys Gln 420 425 430 Asn Gln Val Phe Arg Gln Val Leu Thr Val Ile His Ala Glu 435 440 445

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号 ＦＩ Ｃ０７Ｋ 14/315 Ｃ０７Ｋ 16/12 16/12 Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ Ｃ１２Ｐ 21/02 21/08 21/08 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ６１Ｋ 37/02 (71)出願人 595047190 スミスクライン・ビーチャム・パブリッ ク・リミテッド・カンパニー ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ｐ．ｌ．ｃ. イギリス国ミドルセックス・ティーダブリ ュ８・９イーピー、ブレンフォード、ニュ ー・ホライズンズ・コート（番地の表示な し) (72)発明者 ニコラ・ゲイル・ウォリス アメリカ合衆国19087ペンシルベニア州ウ ェイン、シュガータウン・ロード219番

Claims (20)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むポ
   リペプチドコードしているポリヌクレオチドに対して少
   なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド； （ｂ）寄託株のStreptococcus pneumoniae中に含まれる
   応答レギュレーター遺伝子により発現されるのと同じ成
   熟ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対
   して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチ
   ド； （ｃ）配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも
   ７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコ
   ードしているポリヌクレオチド； （ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチド
   に対して相捕的であるポリヌクレオチド；および （ｅ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチド
   の少なくとも１５個の連続した塩基を含むポリヌクレオ
   チド からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含む
   単離ポリヌクレオチド。
2. 【請求項２】 ＤＮＡである請求項１のポリヌクレオチ
   ド。
3. 【請求項３】 ＲＮＡである請求項１のポリヌクレオチ
   ド。
4. 【請求項４】 配列番号１に示す核酸配列を含む請求項
   ２のポリヌクレオチド。
5. 【請求項５】 配列番号１に示すヌクレオチド１２５か
   ら８５９までを含む請求項２のポリヌクレオチド。
6. 【請求項６】 配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリ
   ペプチドをコードしている請求項２のポリヌクレオチ
   ド。
7. 【請求項７】 請求項１のポリヌクレオチドを含むベク
   ター。
8. 【請求項８】 請求項７のベクターを含む宿主細胞。
9. 【請求項９】 請求項８の宿主細胞から上記ＤＮＡによ
   りコードされているポリペプチドを発現させることを含
   む、ポリペプチドの製造方法。
10. 【請求項１０】 応答レギュレーターポリペプチドまた
    はフラグメントの製造方法であって、該ポリペプチドま
    たはフラグメントの生成に十分な条件下で請求項８の宿
    主を培養することを含む方法。
11. 【請求項１１】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して
    少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペ
    プチド。
12. 【請求項１２】 配列番号：２に示すアミノ酸配列を含
    むポリペプチド。
13. 【請求項１３】 請求項１１のポリペプチドに対する抗
    体。
14. 【請求項１４】 請求項１１のポリペプチドの活性また
    は発現を阻害するアンタゴニスト。
15. 【請求項１５】 治療上有効量の請求項１１のポリペプ
    チドを個体に投与することを含む、応答レギュレーター
    ポリペプチドを必要とする個体の治療方法。
16. 【請求項１６】 治療上有効量の請求項１４のアンタゴ
    ニストを個体に投与することを含む、応答レギュレータ
    ーポリペプチドの阻害を必要とする個体の治療方法。
17. 【請求項１７】 個体における請求項１１のポリペプチ
    ドの発現または活性に関連した疾病の診断方法であっ
    て、 （ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定
    すること、および／または （ｂ）個体由来の試料中の該ポリペプチドの存在または
    量について分析することを含む方法。
18. 【請求項１８】 請求項１１のポリペプチドと相互作用
    して、その活性を阻害または活性化する化合物の同定方
    法であって、 化合物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条
    件下で、ポリペプチドとスクリーニングすべき化合物と
    を接触させて化合物の相互作用を評価し（かかる相互作
    用はポリペプチドと化合物との相互作用に応答した検出
    可能シグナルを提供しうる第２の成分に関連したもので
    ある）、 次いで、化合物とポリペプチドとの相互作用により生じ
    るシグナルの存在または不存在を検出することにより、
    化合物がポリペプチドと相互作用して、その活性を活性
    化または阻害するかどうかを決定することを含む方法。
19. 【請求項１９】 哺乳動物における免疫学的応答を含む
    方法であって、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生
    じさせて動物を疾病から防御するに十分な請求項１１の
    応答レギュレーターポリペプチドまたはそのフラグメン
    トもしくは変種を哺乳動物に接種することを含む方法。
20. 【請求項２０】 哺乳動物における免疫学的応答を含む
    方法であって、応答レギュレーターポリペプチドまたは
    そのフラグメントもしくは変種をインビボで発現させ
    て、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせる免
    疫学的応答を誘導して該動物を疾病から防御するするた
    めに、請求項１１の応答レギュレーターポリペプチドま
    たはそのフラグメントもしくは変種の発現を指令する核
    酸ベクターを送達することを含む方法。