TWI502105B - 用於偵測損壞食物的微生物之組成物 - Google Patents

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Description

用於偵測損壞食物的微生物之組成物 對電子版提交之材料的參考引用
與本文同時提交之電腦可讀核苷酸/胺基酸序列表在本文中以全文引用之方式併入並確認為以下：一個2012年7月20日提交之名為「710675SequenceListing」之8,781位元ASCII(Text)的檔案。
本發明係關於用於偵測損壞食物的微生物之核酸、核酸之支撐物、及套組，以及用於偵測損壞食物的微生物之方法。
微生物(例如，細菌)可引起食物(例如，啤酒)在製造期間或製造之後損壞。一些微生物可引起食物損壞，及若干不良影響中之任一或多者，諸如不良氣味、不良味道，且使得食物食用不安全。無法準確並快速地偵測損壞食物的微生物之存在可能增加食物損壞之風險。引起食物損壞之微生物之快速且準確偵測的障礙可包括例如用於偵測微生物之傳統微生物學方法的超長持續時間。此等傳統方法可能耗時平均7至14天來完成。準確偵測之另一障礙可包括例如一些損壞食物之微生物的基因組序列與非損壞食物之微生物的基因組序列相比之相似性。
因此，對用於偵測引起食物損壞之微生物的改良組成物及方 法存在需求。
本發明之一具體實例提供一種核酸，其由選自由SEQ ID NOs：1-45組成之群的核苷酸序列組成。
本發明之另一具體實例提供一種核酸之集合，其包含兩種或兩種以上核酸，其中該兩種或兩種以上核酸各自由選自由SEQ ID NOs：1-45組成之群的核苷酸序列組成。
本發明之另一具體實例提供一種分析套組，其包含核酸之集合，其中該集合係選自由以下組成之群：(a)SEQ ID NOs：1-3；(b)SEQ ID NOs：4-6；(c)SEQ ID NOs：7-9；(d)SEQ ID NOs：10-12；(e)SEQ ID NOs：13-15；(f)SEQ ID NOs：16-18；(g)SEQ ID NOs：19-21；(h)SEQ ID NOs：22、24及27；(i)SEQ ID NOs：22、25及27；(j)SEQ ID NOs：23、26及27；(k)SEQ ID NOs：28-30；(l)SEQ ID NOs：31-33；(m)SEQ ID NOs：34-36；(n)SEQ ID NOs：37-39；(o)SEQ ID NOs：40-42；及(p)SEQ ID NOs：43-45。
本發明之又一具體實例提供一種偵測食物中一或多種微生物之存在的方法，該方法包含：(a)獲取包含來自食物之分離微生物核酸之至少一個試樣；(b)使本發明核酸、核酸之集合或包括至少一種本發明核酸之支撐物在允許本發明核酸與微生物核酸之間形成複合物之條件下與至少一個試樣接觸；(c)偵測複合物；及視情況(d)比較至少一個試樣中之複合物之量與來自缺乏微生物核酸之陰性樣本的複合物之量，其中來自至少一個試樣之複合物之量增加指示存在一或多種微生物。
本發明之一具體實例提供一種核酸，其由選自由SEQ ID NOs：1-45組成之群的核苷酸序列組成。在一具體實例中，核酸經分離或純化。本發明核酸提供正向引子、反向引子及探針，該等探針可有利地特異性地與微生物核酸雜交以便偵測食物中一或多種微生物的存在。在一些具體實例中，引子及探針特異性地與特定種屬之微生物之核酸雜交。在一尤其較佳具體實例中，引子及探針特異性地與特定種類之微生物之核酸雜交。
本發明核酸可用於偵測引起食物樣本中之食物損壞的一或多種微生物之存在。在本發明之一具體實例中，本發明核酸可特異性地偵測選自由小球菌屬(Pediococcus )、乳桿菌屬(Lactobacillus )、梳狀菌屬(Pectinatus )及巨型球菌屬(Megasphaera )組成之群的一或多種種屬之一或多種微生物。可特異性地藉由本發明核酸偵測之例示性種類之微生物陳述於表1中。
本發明核酸可特異性地偵測任何類型之微生物核酸。在本發明之一具體實例中，微生物核酸為DNA。在又一具體實例中，本發明核酸為由與SEQ ID NOs：1-45中之任一者互補之核苷酸序列組成之核酸。與SEQ ID NOs：1-45中之任一者互補之核酸可偵測微生物RNA。
在一具體實例中，本發明核酸進一步包含可偵測標記。標記可為適用於偵測本發明核酸與微生物核酸之雜交(例如，複合物)之任何標記。例示性可偵測標記可包括放射性標記、非放射性標記、螢光標記及化學發光標記中之任一或多者。
本發明之另一具體實例提供一種核酸之集合，其包含兩種或兩種以上核酸，其中該兩種或兩種以上核酸各自由選自由SEO ID NOs：1-45組成之群的核苷酸序列組成。在本發明之一具體實例中，該集合可包含或 進一步包含與選自由SEQ ID NOs：1-45組成之群的核苷酸序列互補之核苷酸序列。該集合可包含任何適合數目之本發明核酸。舉例而言，該集合可包含約2種至約45種或45種以上核酸、約10種或10種以下至約40種或40種以上核酸、或約20種或20種以下至約30種或30種以上核酸。就此而言，該集合可包含2種或2種以上、3種或3種以上、4種或4種以上、5種或5種以上、6種或6種以上、7種或7種以上、8種或8種以上、9種或9種以上、10種或10種以上、11種或11種以上、12種或12種以上、13種或13種以上、14種或14種以上、15種或15種以上、16種或16種以上、17種或17種以上、18種或18種以上、19種或19種以上、20種或20種以上、21種或21種以上、22種或22種以上、23種或23種以上、24種或24種以上、25種或25種以上、26種或26種以上、27種或27種以上、28種或28種以上、29種或29種以上、30種或30種以上、31種或31種以上、32種或32種以上、33種或33種以上、34種或34種以上、35種或35種以上、36種或36種以上、37種或37種以上、38種或38種以上、39種或39種以上、40種或40種以上、41種或41種以上、42種或42種以上、43種或43種以上、44種或44種以上或45種或45種以上核酸。儘管該集合中之兩種或兩種以上核酸可為彼此相同，但在一較佳具體實例中，兩種或兩種以上核酸為彼此不同。因此，兩種或兩種以上核酸可有利地與兩種或兩種以上不同微生物核酸雜交且由此偵測食物中兩種或兩種以上不同微生物之存在。
本發明之一具體實例提供一種分析套組，其包含用於一或多個種類之一或多種微生物之特異性偵測的核酸之集合。分析套組之核酸集 合可包括至少一個引子及一個探針，較佳為至少一個正向引子、至少一個反向引子及至少一個探針。在一具體實例中，分析套組選自由表1之分析套組1至14號組成之群。較佳地，分析套組之核酸集合係選自由以下組成之群：(a)SEQ ID NOs：1-3；(b)SEQ ID NOs：4-6；(c)SEQ ID NOs：7-9；(d)SEQ ID NOs：10-12；(e)SEQ ID NOs：13-15；(f)SEQ ID NOs：16-18；(g)SEQ ID NOs：19-21；(h)SEQ ID NOs：22、24及27；(i)SEQ ID NOs：22、25及27；(j)SEQ ID NOs：23、26及27；(k)SEQ ID NOs：28-30；(l)SEQ ID NOs：31-33；(m)SEQ ID NOs：34-36；(n)SEQ ID NOs：37-39；(o)SEQ ID NOs：40-42；及(p)SEQ ID NOs：43-45。在一具體實例中，分析套組可包括與SEQ ID NOs：1-45中之任一或多者互補之序列。
如本文中所使用之「核苷酸序列(nucleotide sequence)」或「核酸(nucleic acid)」包括「聚核苷酸(polynucleotide)」、「寡核苷酸(oligonucleotide)」及「核酸分子(nucleic acid molecule)」且一般意謂DNA或RNA之聚合物，該DNA或RNA可為單股或雙股、自天然來源合成或獲得(例如，分離及/或純化)，可含有天然核苷酸、非天然核苷酸或變性核苷酸，且可含有天然核苷酸間鍵聯、非天然核苷酸間鍵聯或變性核苷酸間鍵聯，諸如磷醯胺酸鍵聯或硫代磷酸酯鍵聯，而非在未修飾寡核苷酸之核苷酸之間發現的磷酸二酯。一般較佳的是，本發明核酸不包含任何插入、缺失、轉化及/或取代。然而，核酸包含一或多個插入、缺失、轉化及/或取代可能適合於如本文中所論述之一些情況。
本發明核酸可基於化學合成及/或酶連接反應使用此項技術中已知之程序來構築。例如，參見Sambrook等人，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，第3版，Cold Spring Harbor Press,Cold Spring Harbor,NY 2001；及Ausubel等人，Current Protocols in Molecular Biology,Greene Publishing Associates及John Wiley & Sons,NY,1994。舉例而言，核酸可使用天然存在之核苷酸或經不同修飾之核苷酸以化學方式合成，該等經修飾之核苷酸經設計以增加分子之生物穩定性或增加雜交時形成之雙螺旋體(例如，硫代磷酸酯衍生物及經吖啶取代之核苷酸)的物理穩定性。可用於產生核酸之經修飾核苷酸之實例包括(但不限於)5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-氯尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、次黃嘌呤、黃嘌呤、4-乙醯基胞嘧啶、5-(羧基羥甲基)尿嘧啶、5-羧甲基胺甲基-2-硫尿苷、5-羧甲基胺甲基尿嘧啶、二氫尿嘧啶、β-D-半乳糖基Q核苷、肌苷、N6 -異戊烯基腺嘌呤、1-甲基鳥嘌呤、1-甲基肌苷、2，2-二甲基鳥嘌呤、2-甲基腺嘌呤、2-甲基鳥嘌呤、3-甲基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、N6 -經取代之腺嘌呤、7-甲基鳥嘌呤、5-甲基胺甲基尿嘧啶、5-甲氧基胺甲基-2-硫尿嘧啶、β-D-甘露糖基Q核苷、5'-甲氧基羧甲基尿嘧啶、5-甲氧基尿嘧啶、2-甲硫基-N-異戊烯基腺嘌呤、尿嘧啶-5-氧乙酸(v)、懷丁苷(wybutoxosine)、假尿嘧啶、Q核苷、2-硫胞嘧啶、5-甲基-2-硫尿嘧啶、2-硫尿嘧啶、4-硫尿嘧啶、5-甲基尿嘧啶、尿嘧啶-5-氧乙酸甲酯、3-(3-胺基-3-N-2-羧丙基)尿嘧啶及2,6-二胺基嘌呤。或者，一或多種本發明之核酸可自諸如Macromolecular Resources(Fort Collins,CO)及Synthegen(Houston,TX)之公司購得。
本發明之一具體實例提供一種支撐物，其包含固定於該支撐物上之本發明核酸、核酸之集合或分析套組之核酸的集合。本發明之另一具體實例提供一種支撐物，其包含固定於該支撐物上之待測試樣本，且本 發明核酸應用於該支撐物上。支撐物可為適用於固定本發明核酸之任何支撐物。例示性支撐物描述於美國專利申請案第6,821,771中，該申請案以引用之方式全文併入本文中。其他例示性支撐物包括可購自Pall公司，Port Washington,NY,USA之GENEDISC板。
支撐物可進一步包含可偵測標記。標記可為適用於偵測本發明核酸與微生物核酸之複合物之任何標記。例示性可偵測標記可包括放射性標記、非放射性標記、螢光標記及化學發光標記中之任一或多者。
本發明之又一具體實例提供一種偵測食物中一或多種微生物之存在的方法，該方法包含：(a)獲取包含來自食物之分離微生物核酸之至少一個試樣；(b)使本發明核酸、核酸之集合、分析套組之核酸之集合或包括至少一種核酸之支撐物在允許本發明核酸與微生物核酸之間形成複合物之條件下與至少一個試樣接觸；(c)偵測複合物；及(d)比較至少一個試樣中之複合物之量與來自缺乏微生物核酸之陰性樣本的複合物之量，其中來自至少一個試樣之複合物之量增加指示存在一或多種微生物。
該方法可包含獲取待測試之食物樣本及以任何適合方式培養樣本中之微生物。舉例而言，當食物為啤酒時，樣本可為純啤酒、非過濾啤酒、經處理之啤酒、醱酵啤酒或其他混濁啤酒中之任一或多者。
該方法可包含在如此項技術中已知之任何適合培養基中培養微生物。培養基可視待測試之食物及微生物的性質而定加以選擇。例示性培養基可包括富集培養液，諸如可自AES CHEMUNEX公司，Cranbury,NJ,USA購得之MRS富集培養液及可自VWR國際公司，West Chester,PA,USA購得之NBB-C富集培養液。
微生物可在任何適合溫度下培養且持續任何適合持續時間，如此項技術中已知。培養溫度及持續時間可視待測試之食物及微生物的性質而定加以選擇。舉例而言，微生物可在約20℃至約40℃、較佳約22℃至約28℃之溫度下培養。微生物可培養約1天至約14天、較佳約2天至約7天。
該方法可包含以如此項技術中已知之任何適合方式自微生物萃取核酸。該核酸可為RNA及/或DNA。關於萃取核酸之協定可視待測試之食物、微生物及核酸之性質而定加以選擇，如此項技術中已知。較佳地，核酸以溶解革蘭氏陽性細菌及革蘭氏陰性細菌且在不使用聚合酶鏈反應(PCR)抑制劑之情況下回收可測試量之DNA的任何方式經萃取。核酸萃取可根據製造商之指示使用多種市售核酸萃取套組中之任一種實現。例示性DNA萃取套組可包括例如PEFOOD套組(可自Pall公司，Port Washington,NY,USA購得)。
該方法包含使本發明核酸、核酸之集合、分析套組之核酸之集合或支撐物在允許本發明核酸與微生物核酸之間形成複合物之條件下與至少一個試樣接觸。就此而言，該方法包含使經萃取核酸之樣本在如此項技術中已知之允許本發明核酸特異性地與微生物核酸雜交之條件下與本發明核酸接觸。該方法可包含使用如此項技術中已知之任何適合類型之PCR來擴增本發明核酸及微生物核酸。
該方法包含偵測複合物。複合物可使用例如此項技術中已知之放射性標記或染料來偵測。在一較佳具體實例中，該方法包含使用例如雷射量測自螢光染料發射之光。偵測複合物可進一步包含量測所形成之複 合物之量。
在一具體實例中，該方法視情況包含比較至少一個試樣中之複合物之量與來自缺乏微生物核酸之陰性樣本的複合物之量，其中來自至少一個試樣之複合物之量增加指示存在一或多種微生物。就此而言，若在樣本中所偵測到之複合物的量不多於在已知缺乏微生物核酸之陰性樣本中所偵測到之複合物之量，則樣本對於損壞食物之微生物而言為陰性。若在樣本中所偵測到之複合物的量多於在已知缺乏微生物核酸之陰性樣本中所偵測到之複合物之量，則樣本對於損壞食物之微生物而言為陽性。
該方法可有利地包含同時測試多於一個不同食物樣本中微生物之存在。就此而言，至少一個試樣可為依序或同時測試之兩個或兩個以上不同樣本，亦即，依序或同時測試3個或3個以上、4個或4個以上、5個或5個以上、6個或6個以上、7個或7個以上、8個或8個以上、9個或9個以上、10個或10個以上、11個或11個以上、12個或12個以上、13個或13個以上、14個或14個以上、15個或15個以上、16個或16個以上、17個或17個以上、18個或18個以上、19個或19個以上、20個或20個以上樣本。
該方法可包含偵測引起食物損壞之任一或多種微生物之存在。在本發明之一具體實例中，該方法包含偵測選自由小球菌屬、乳桿菌屬、梳狀菌屬及巨型球菌屬組成之群的一或多種種屬之一或多種微生物的存在。在一較佳具體實例中，該方法包含偵測選自由以下組成之群的一或多個種類之微生物的存在：有害小球菌、意外小球菌、克勞森小球菌、貝奇乳桿菌、短乳桿菌、乾酪乳桿菌、棒狀乳桿菌、丘狀菌落乳桿菌、林氏 乳桿菌、紅色乳桿菌、類布氏乳桿菌(Lactobacillus parabuchneri )、類丘狀菌落乳桿菌、皮洛倫乳桿菌、植物乳桿菌、嗜啤酒梳狀菌、福瑞森加梳狀菌、海克瑞梳狀菌、伯特倫梳狀菌、啤酒巨型球菌及埃氏巨型球菌。
該方法可包含偵測任何食物中之微生物。食物可為例如以下任一或多者：乳製品；脂肪、油及脂肪乳液；食用冰(包括例如雪霜及雪泥)；水果及蔬菜(包括例如菇及菌類，根菜及塊莖，豆及豆莢，以及蘆薈)；海藻；堅果及種子；糖果甜點；穀類及穀類製品；烤焙物(例如，麵包)；肉及肉製品(包括例如家禽及野味)；魚及魚製品(包括軟體動物、甲殼動物及棘皮動物)；蛋及蛋製品；甜味劑，包括例如蜂蜜；鹽、香辛料、湯、調味醬、沙拉、蛋白製品；意欲用於特定營養用途之食物；以及飲料(例如，啤酒及葡萄酒)。在一較佳具體實例中，食物為啤酒。
如本文中所使用之術語「分離的(isolated)」意謂已自天然環境移出。如本文中所使用之術語「純化的(purified)」意謂純度已提高，其中「純度(purity)」為相對術語且並不必定被視為絕對純度。舉例而言，純度可為至少約50%，可大於60%、70%、80%、90%或可為100%。
以下實施例進一步說明本發明，但當然不應被視為以任何方式限制本發明範疇。
實施例1
此實施例說明使用本發明核酸定量偵測乾酪乳桿菌。
基因組DNA係使用DNA萃取套組(可自Pall公司，Port Washington,NY,USA購得)自乾酪乳桿菌(美國菌種保存中心(American Type Culture Collection；ATCC)菌株參考E-011808)分離。細菌DNA用10mM Tris-pH 8.3稀釋至濃度為83pg/μL。Tris-pH 8.3緩衝液(10mM)用作無目標對照組(NTC)。
乾酪乳桿菌分析套組(包括正向引子(SEQ ID NO：28)、反向引子(SEQ ID NO：29)及探針(SEQ ID NO：30))用於以每個PCR孔0(NTC)、10、1,000或100,000個複本測試來自乾酪乳桿菌之DNA。探針在5'處用6-FAM螢光染料標記且在3'處用BHQ1淬滅劑標記或在5'處用ROX螢光染料標記且在3'處用BHQ2淬滅劑標記。
GENEDISC板(可自Pall公司，Port Washington,NY,USA購得)係根據製造商之指示而製備。
定量(q)PCR混合套組(「主混液(Master Mix)」)(包括於可自Pall公司，Port Washington,NY,USA購得之GENEDISC偵測套組中)經製備包括SEQ ID NOs：28-30。含於主混液包中之定位於GENEDISC板上之條形碼及定位於識別卡上之條形碼係使用適於GENEDISC週期計(可自Pall公司，Port Washington,NY,USA購得)之條形碼讀取器加以掃描。樣本名稱根據製造商之指示輸入以用於GENEDISC週期計。對應於GENEDISC板扇區中之每一者的六個1.5mL微管經標記。使主混液渦旋2秒，接著短暫地離心2秒。將主混液(37μL)添加至每一微管中。封閉微管。使DNA樣本在台式離心機中離心15秒。
使用移液管將DNA樣本(37μL)轉移至含有主混液之相應微管。封閉該管以防止交叉污染。使該等管輕輕混合2秒且隨後使用微型離心機離心2秒。對其他5個樣本中之每一者重複此等步驟。將來自每一微管之72μL添加至適當GENEDISC板扇區中。
對GENEDISC板施加負載。將填充蓋置放於GENEDISC板之頂部，輕輕按壓該蓋以確保不存在洩漏且起動真空。當GENEDISC週期計指示真空處理完成90%時，輕敲GENEDISC板以移除任何殘餘氣泡。該蓋在釋放真空後經移除。將礦物油(4滴)加載至每一GENEDISC板扇區中。將填充蓋置放於GENEDISC板上並起動真空。該蓋在真空週期結束時經移除並且藉由用70%乙醇擦拭來清潔。檢查該等孔以確保不存在可引起分析套組異常中止之部分或不均勻填充之孔。
將填充蓋放回指定位置中。將GENEDISC板小心地插入GENEDISC週期計中且封閉GENEDISC週期計之蓋罩。使用熱循環條件運行PCR。熱循環條件包括四個溫度113℃、107℃、57℃及63℃。針對45個週期，循環時間為每個週期70秒。PCR結束時，將GENEDISC板移出並丟棄。
分析資料。乾酪乳桿菌分析(SEQ ID NOs：28-30)定量地以每個PCR孔10、1,000及100,000個複本偵測乾酪乳桿菌目標DNA。在不存在目標或存在「無模板(no template)」對照組(NTC)之情況下不存在信號。NTC在不存在目標分子之情況下量測非特異性信號。抑制對照組提供陽性PCR信號且在存在樣本或樣本中存在污染物之情況下量測PCR抑制作用之程度。
實施例2
此實施例說明本發明核酸之特異性。
基因組DNA係自13種損壞啤酒之細菌(表2)分離並經稀釋，如實施例1中所描述。Tris-pH 8.3緩衝液(10 mM)用作無目標對照組(NTC)。所有菌株皆自美國菌種保存中心(ATCC)獲得。
乾酪乳桿菌分析套組(包括正向引子(SEQ ID NO：28)、反向引子(SEQ ID NO：29)及探針(SEQ ID NO：30))用於根據實施例1之程序測試來自表2之13種不同細菌中之每一者之DNA樣本。所有探針在5'處用6-FAM螢光染料標記且在3'處用BHQ1淬滅劑標記或在5'處用ROX螢光染料標記且在3'處用BHQ2淬滅劑標記。
乾酪乳桿菌分析(SEQ ID NOs：28-30)定量地以每個PCR孔10、1,000及100,000個複本偵測乾酪乳桿菌目標DNA。然而，在存在表2之其他12種細菌中之每一者的100,000個複本之情況下無陽性信號。因此，乾酪乳桿菌分析(SEQ ID NOs：28-30)對乾酪乳桿菌具有高度特異性。
本文引用之所有參考文獻，包括公開案、專利申請案及專利，均以引用的方式併入本文中，其引用程度就如同個別地且特定地指示各參考文獻以引用的方式併入且其全文在本文中闡述一般。
除非本文中另有指示或上下文明確相矛盾，否則術語「一(a/an)」及「該(the)」以及「至少一(at least one)」之使用及描述本發明之上下文中(尤其在以下申請專利範圍之上下文中)之類似提及應解釋為涵蓋單數及複數兩者。除非本文中另有指示或上下文明確相矛盾，否則跟隨一或多項之清單的術語「至少一(at least one)」(例如，「A及B中之至少一者(at least one of A and B)」)之使用應解釋為意謂選自所列項(A或B)或所列項(A及B)中兩者或兩者以上之任何組合中之一項。除非另有說明，否則術語「包含(comprising)」、「具有(having)」、「包括(including)」及「含有(containing)」應解釋為開放式術語(亦即意謂「包括(但不限於)(including,but not limited to)」。除非本文中另有指示，否則本文中敍述值之範圍僅意欲充當個別地提及屬於該範圍內之每一各別值之簡寫方法，且每一各別值併入本說明書中，就如同在本文中個別地敍述該值一般。除非本文另外指出或上下文另外明確相矛盾，否則本文所述之所有方法均可以任何適合次序執行。任何及所有實例或本文中所提供之例示性語言(例如，「諸如(such as)」)之使用僅意欲更好地闡明本發明且不對本發明之範疇施加限制，除非另外主張。本說明書中所有語言均不應解釋為指示任何非主張要素為實踐本發明所必要。
本文描述本發明之較佳具體實例，包括本發明者已知用於進行本發明的最佳模式。一般熟習此項技術者在閱讀前述描述後可顯而易見彼等較佳具體實例之變化形式。本發明者期望熟練技術人員在適當時會使用此等變化形式，且本發明者希望以除本文中所特定描述以外之方式實踐本發明。因此，本發明包括如適用法律所允許，對在隨附申請專利範圍中 所敍述之標的物之所有修改及相等物。此外，除非本文另外指出或上下文另外明確相矛盾，否則本發明涵蓋上述要素之所有可能變化形式之任何組合。
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Claims (12)

  1. 一種核酸之集合，其包含SEQ ID NOs：28-30的核苷酸序列。
  2. 如申請專利範圍第1項之核酸之集合，其進一步包含選自由SEQ ID NOs：1-27及31-45組成之群的核苷酸序列之一或多者。
  3. 一種分析套組，其包含核酸之集合，該核酸包含SEQ ID NOs：28-30的核苷酸序列。
  4. 如申請專利範圍第3項之分析套組，其進一步包含選自由SEQ ID NOs：1-27及31-45組成之群的核苷酸序列之一或多者。
  5. 一種支撐物，其包含固定於該支撐物上之如申請專利範圍第1或2項之核酸之集合或如申請專利範圍第3或4項之分析套組之核酸之集合。
  6. 如申請專利範圍第5項之支撐物，其進一步包含可偵測標記。
  7. 一種偵測食物中乾酪乳桿菌(Lactobacillus casei )之存在的方法，該方法包含：(a)獲取包含來自食物之分離微生物核酸之至少一個試樣；(b)使如申請專利範圍第1項之核酸之集合或如申請專利範圍第3項之分析套組之核酸之集合在允許該核酸與該微生物核酸之間形成複合物之條件下與該至少一個試樣接觸；(c)偵測該複合物；及(d)比較該至少一個試樣中之複合物之量與來自缺乏乾酪乳桿菌核酸之陰性樣本的複合物之量，其中來自該至少一個試樣之複合物之量增加指示存在乾酪乳桿菌。
  8. 如申請專利範圍第7項之方法，其中該食物為飲料。
  9. 如申請專利範圍第7項之方法，其中該食物為啤酒。
  10. 一種偵測食物中一或多種微生物之存在的方法，該方法包含：(a)獲取包含來自食物之分離微生物核酸之至少一個試樣；(b)使如申請專利範圍第2項之核酸之集合或如申請專利範圍第4項之分析套組之核酸之集合在允許該核酸與該微生物核酸之間形成複合物之條件下與該至少一個試樣接觸；(c)偵測該複合物；及(d)比較該至少一個試樣中之複合物之量與來自缺乏微生物核酸之陰性樣本的複合物之量，其中(i)來自與SEQ ID NOs：1-3之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在丘狀菌落乳桿菌(Lactobacillus collinoides )與類丘狀菌落乳桿菌(Lactobacillus paracollinoides )之一或二者；(ii)來自與SEQ ID NOs：7-9之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在貝奇乳桿菌(Lactobacillus backii )；(iii)來自與SEQ ID NOs：10-12之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在短乳桿菌(Lactobacillus brevis )；(iv)來自與SEQ ID NOs：13-15之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在嗜啤酒梳狀菌(Pectinatus cerevisiiphillus )、福瑞森加梳狀菌(Pectinatus frisingensis )、海克瑞梳狀菌(Pectinatus haikarae )、及伯特倫梳狀菌(Pectinatus portalensis )之一或多者；(v)來自與SEQ ID NOs：16-18之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複 合物之量增加指示存在林氏乳桿菌(Lactobacillus lindneri )；(vi)來自與SEQ ID NOs：19-21之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在啤酒巨型球菌(Megasphaera cerevisiae )與(Megasphaera elsdenii )之一或二者；(vii)來自與SEQ ID NOs：22、24、與27之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在有害小球菌(Pediococcus damnosus )；(viii)來自與SEQ ID NOs：22、25、與27之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在意外小球菌(Pediococcus inopinatus )；(ix)來自與SEQ ID NOs：23、26、與27之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在意外克勞森小球菌(Pediococcus claussenii )；(x)來自與SEQ ID NOs：28-30之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在乾酪乳桿菌；(xi)來自與SEQ ID NOs：31-33之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在棒狀乳桿菌(Lactobacillus coryniformis )；(xii)來自與SEQ ID NOs：34-36之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在冷乳桿菌(Lactobacillus frigidus )；(xiii)來自與SEQ ID NOs：37-39之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在皮洛倫乳桿菌(Lactobacillus perolens )；(xiv)來自與SEQ ID NOs：40-42之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之 複合物之量增加指示存在植物乳桿菌(Lactobacillus plantarum )；且(xv)來自與SEQ ID NOs：43-45之核苷酸序列接觸的至少一個試樣之複合物之量增加指示存在紅色乳桿菌(Lactobacillus rossiae )。
  11. 如申請專利範圍第10項之方法，其中該食物為飲料。
  12. 如申請專利範圍第10項之方法，其中該食物為啤酒。
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