JP2005229838A - 偏性嫌気性グラム陰性菌の検出・識別方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】 マレフィラス・シェルビシェ由来の特定な塩基配列からなるポリヌクレオチドを明らかにし、オリゴヌクレオチドからなるマレフィラス・シェルビシェ検出用プライマーセットを用いて増幅・検出を行うことで、マレフィラス・シェルビシェの検出を行う。
【選択図】なし
Description
まず、本発明のポリヌクレオチドについて説明する。本発明のポリヌクレオチドは、配列番号1に示す塩基配列の全部又は一部からなることを特徴とするが、配列番号1に示す塩基配列の相補配列の全部又は一部からなるポリヌクレオチドをも含む。ここで、配列番号1は、ビールを混濁させ得る偏性嫌気性グラム陰性菌であるMalephilus cerevisiaeの16S rRNA遺伝子の塩基配列を表わす。本発明のポリヌクレオチドは、以下に述べるように、Malephilus cerevisiaeを検出する上で有用であり、Malephilus cerevisiae検出用プライマー、プライマーにより増幅された核酸断片、検出用プローブ等として使用可能である。また、本発明のポリヌクレオチドは蛍光物質等により化学修飾されていてもよい。
次に、本発明のMalephilus cerevisiae検出用プライマーセット及びそれを用いたMalephilus cerevisiaeの検出方法について説明する。本発明のMalephilus cerevisiae検出用プライマーセットは、配列番号2に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号3に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなることを特徴とし、両オリゴヌクレオチドはMalephilus cerevisiaeの16S rRNA遺伝子に特異的な塩基配列を有していることから、Malephilus cerevisiaeの16S rRNA遺伝子を特異的に増幅することができるため、Malephilus cerevisiaeを特異的に検出することが可能である。
最後に、本発明のビール混濁菌の検出・識別用プライマーセット、プローブセット及びキット並びにそれらを用いたビール混濁菌の検出・識別方法について説明する。
M. cerevisiae SBC8034株を、0.2%のリンゴ酸を添加したGAM寒天培地(日水製薬社)で増殖させた。M. cerevisiae SBC8034株の1白金耳量を瓶入りの全麦芽ビール(pH4.5、苦味価30、アルコール5%、容量350mL)に植菌し、ビール瓶に打栓をし、30℃にて約1ヶ月間培養を行ったところ、ビールが混濁した。
(ゲノムDNAの調製)
M. cerevisiae SBC8034株を、0.2%のリンゴ酸を添加したGAM寒天培地に植菌し、30℃にて、7〜14日間、嫌気培養を行った。なお、嫌気培養は、タバイエスペック社製の嫌気培養装置を用い、N2:H2:CO2=90:5:5という条件で行った。嫌気培養したM. cerevisiae SBC8034株の菌体から、DNA抽出液PrepMan Ultra(アプライド・バイオシステムズジャパン社)を用いて、DNAの抽出を行った。
上記方法により調製したDNA抽出液について、MicroSeq Full Gene 16S rDNAキット(アプライド・バイオシステムズジャパン社)を用いて、M. cerevisiae SBC8034株の16S rRNA遺伝子のシークエンスを行った。シークエンスの結果得られたM. cerevisiae SBC8034株の16S rRNA遺伝子配列を配列番号1に示す。本遺伝子配列は、ビールを混濁させる偏性嫌気性グラム陰性菌であるペクチネータス属菌及びメガスフェラ属菌の遺伝子配列とは、明らかに異なっていた。さらに、GenBank等のデータベース検索を行ったが、登録されている何れの遺伝子配列とも一致しなかった。従って、M. cerevisiaeはビールを混濁させる新規な偏性嫌気性グラム陰性菌であることが明らかとなった。
実施例2と同様の方法により、ビールを混濁させ得る様々な菌株からDNAを抽出し、得られたDNA抽出液について、配列番号2及び3に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いて、表2に示した反応試薬の組成でPCRを行った。
実施例2と同様の方法により調製した様々な菌株のDNA抽出液について、プライマーとして配列番号8に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド(16S rRNA遺伝子のユニバーサルプライマー、5’-TGGAGAGTTTGATCCTGGCTC-3’)並びに配列番号3及び6に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを使用し、プローブとして配列番号4の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド(3’末端をリン酸化し、5’末端をLC Red640でラベルしてある)、配列番号7の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド(3’末端をリン酸化し、5’末端をLC Red705でラベルしてある)及び配列番号5の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド(3’末端をFITCでラベルしてある)を使用し、表4に示した反応試薬の組成でPCRを行った。
Claims (7)
- 配列番号1に示す塩基配列の全部又は一部からなるポリヌクレオチド。
- 配列番号2に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号3に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなる、マレフィラス・シェルビシエ(Malephilus cerevisiae)検出用プライマーセット。
- 配列番号8に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号3に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号6に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるビール混濁菌の検出・識別用プライマーセット。
- 配列番号4に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号7に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号5に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるビール混濁菌の検出・識別用プローブセット。
- 請求項3記載のプライマーセット及び請求項4記載のプローブセットを含むことを特徴とするビール混濁菌の検出・識別用キット。
- 請求項2記載のプライマーセットを用いて核酸断片を増幅する工程、及び、得られた核酸断片を検出する工程を含むことを特徴とする遺伝子増幅法によるマレフィラス・シェルビシエ(Malephilus cerevisiae)の検出方法。
- 請求項3記載のプライマーセットを用いて核酸断片を増幅する工程、及び、得られた核酸断片と請求項4記載のプローブセットとのハイブリッドの融解温度を測定する工程を含むことを特徴とするビール混濁菌の検出・識別方法。
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