TW201811823A - 重組因子ｖｉｉｉ蛋白 - Google Patents

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Abstract

本發明提供在位於因子VIII A域中之可撓性容許環中插入有異源部分，同時保留因子VIII之促凝血活性的重組因子VIII蛋白，例如人類因子VIII蛋白。

Description

重組因子VIII蛋白
本發明係關於一種重組因子VIII蛋白。
血友病(hemophilia)為一種血液凝結因缺乏某些血漿凝血因子而受干擾之出血病症。血友病A及血友病B為兩種分別因缺乏因子VIII(FVIII)及因子IX所引起之不同類型之血友病。
血友病A之特徵在於自發性出血及在創傷之後過度出血。隨時間流逝，常開始於童年早期之向肌肉及關節中之反復出血會導致血友病性關節病及不可逆之關節破壞。此破壞具有進行性且可導致關節靈活性嚴重受限、肌肉萎縮及慢性疼痛(Rodriguez-Merchan,E.C.,Semin.Thromb.Hemost.29：87-96(2003)，其以全文引用的方式併入本文中)。
血友病B(亦稱為克雷司馬斯病(Christmas disease))為世界上最常見遺傳出血病症之一。其導致活體 內及活體外血液凝結活性降低且需要在患病個體之整個生命期間進行廣泛醫學監測。在不存在介入下，患病個體將遭受關節內自發性出血，產生重度疼痛及衰弱性活動受限；向肌肉中出血會導致血液在彼等組織中累積；若不即刻治療，則咽喉及頸部中之自發性出血可能引起窒息；腎出血；及在手術、微小意外損傷或拔牙之後的嚴重出血亦為普遍的。
對血友病之治療係藉由以恢復FVIII及因子IX活性為目標之替代療法來達成。對血友病A之治療係藉由以使FVIII活性恢復至正常程度之1%至5%以防止自發性出血為目標之替代療法來達成(Mannucci,P.M.等人，N.Engl.J.Med.344：1773-1779(2001)，其以全文引用的方式併入本文中)。存在血漿源性及重組FVIII產品可用於按需治療出血事件或藉由防治性治療來預防出血事件發生。基於此等產品之半衰期，治療方案需要頻繁靜脈內投藥。此頻繁投藥會引起疼痛及不便。
本發明提供一種重組FVIII蛋白，其包含：包含式I：(A1)-a1-(A2)-a2-[B]之第一多肽；及包含式II：a3-(A3)-(C1)之第二多肽；其中該第一多肽與該第二多肽以雜二聚體形式融合或存在；其中，a)A1為FVIII之A1域；b)A2為FVIII之A2域；c)[B]為FVIII之B域、其 片段，或缺失或視情況不存在；d)A3為FVIII之A3域；e)C1為FVIII之C1域；f)a1、a2及a3為酸性間隔子區域；其中該A1域包含容許環-1(A1-1)區域及容許環-2(A1-2)區域；其中該A2域包含容許環-1(A2-1)區域及容許環-2(A2-2)區域；其中該A3域包含容許環-1(A3-1)區域及容許環-2(A3-2)區域；其中該等區域A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者包含異源部分；且其中該重組FVIII蛋白展現促凝血活性。
本發明進一步提供一種重組FVIII蛋白，其包含：包含式I：(A1)-a1-(A2)-a2-[B]之第一多肽；及包含式II：a3-(A3)-(C1)之第二多肽；其中該第一多肽與該第二多肽以雜二聚體形式融合或存在；其中，a)A1為FVIII之A1域；b)A2為FVIII之A2域；c)[B]為FVIII之B域、其片段，或缺失或視情況不存在；d)A3為FVIII之A3域；e)C1為FVIII之C1域；f)a1、a2及a3為酸性間隔子區域；其中a3包含異源部分；且其中該重組FVIII蛋白展現促凝血活性。
進一步提供一種本發明之重組FVIII蛋白，其中第一多肽與第二多肽形成包含式(A1)-a1-(A2)-a2-[B]-[a3]-(A3)-(C1)之單一多肽鏈。進一步提供一種本發明之重組FVIII蛋白，其中第二多肽包含式[a3]-(A3)-(C1)-(C2)，其中(C2)為FVIII之C2域。
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白之 容許環包含於表面暴露之可撓性環結構內。舉例而言，根據以DSSP資料庫之登錄號2R7E儲存之成熟FVIII的二級結構，A1-1位於β股1與β股2之間，A1-2位於β股11與β股12之間，A2-1位於β股22與β股23之間，A2-2位於β股32與β股33之間，A3-1位於β股38與β股39之間，且A3-2位於β股45與β股46之間。在某些態樣中，包含A1-1之表面暴露之可撓性環結構對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸15至大約胺基酸45，例如自SEQ ID NO：1之大約胺基酸18至大約胺基酸41的區域。在某些態樣中，包含A1-2之表面暴露之可撓性環結構對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸201至大約胺基酸232，例如自SEQ ID NO：1之大約胺基酸218至大約胺基酸229的區域。在某些態樣中，包含A2-1之表面暴露之可撓性環結構對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸395至大約胺基酸421，例如自SEQ ID NO：1之大約胺基酸397至大約胺基酸418的區域。在某些態樣中，包含A2-2之表面暴露之可撓性環結構對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸577至大約胺基酸635，例如自SEQ ID NO：1之大約胺基酸595至大約胺基酸607的區域。在某些態樣中，包含A3-1之表面暴露之可撓性環結構對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1705至大約胺基 酸1732，例如自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1711至大約胺基酸1725的區域。在某些態樣中，包含A3-2之表面暴露之可撓性環結構對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1884至大約胺基酸1917，例如自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1899至大約胺基酸1911的區域。在一些實施例中，a3對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1649至胺基酸1689的區域。
在某些態樣中，區域A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少兩者包含異源部分。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白在對應於成熟原生人類FVIII中選自由以下組成之群的胺基酸之插入位點處包含異源部分：SEQ ID NO：1之胺基酸18、SEQ ID NO：1之胺基酸22、SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸40、SEQ ID NO：1之胺基酸216、SEQ ID NO：1之胺基酸220、SEQ ID NO：1之胺基酸224、SEQ ID NO：1之胺基酸399、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸409、SEQ ID NO：1之胺基酸599、SEQ ID NO：1之胺基酸603、SEQ ID NO：1之胺基酸1711、SEQ ID NO：1之胺基酸1720、SEQ ID NO：1之胺基酸1725、SEQ ID NO：1之胺基酸1900、SEQ ID NO：1之胺基酸1905、SEQ ID NO：1之胺基酸1910及其任何組合。
在某些態樣中，至少一個容許環包含異源部分之本發明重組FVIII蛋白進一步在a3中包含另外之異 源部分。舉例而言，a3區域係自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1649至大約胺基酸1689。在某些態樣中，重組FVIII蛋白之a3在對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之插入位點處包含另外之異源部分。
在某些態樣中，a3包含異源部分之本發明重組FVIII蛋白進一步在如上所述之區域A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中包含另外之異源部分。在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白在a3中包含異源部分，且在如上所述之區域A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中包含另外兩個異源部分。在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白在a3中包含異源部分，且在如上所述之區域A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中包含另外三個異源部分。
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個包含具有一或多個胺基酸之序列之異源部分。
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個使蛋白質之半衰期(例如活體內半衰期)延長之異源部分。在某些態樣中，使重組FVIII蛋白之半衰期延長之異源部分包含白蛋白、白蛋白結合多肽(ABP)、XTEN、Fc、PAS、人類絨毛膜促性腺素(human chorionic gonadotropin)之β次單位之C端肽(CTP)、聚乙二醇(PEG)、羥乙基澱粉(HES)、白蛋白結合小分子或其組合。 在某些態樣中，使重組FVIII蛋白之半衰期延長之異源部分包含清除受體(clearance receptor)或其片段，其中該清除受體阻斷重組FVIII蛋白與FVIII清除受體結合。在某些態樣中，清除受體為低密度脂蛋白受體相關蛋白1(LRP1)或其FVIII結合片段。
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個異源部分，其包含使可視化或定位該重組FVIII蛋白成為可能之肽或多肽。可使得能夠在活體外、活體內、離體或以其任何組合方式進行可視化或定位。在某些態樣中，使可視化或定位成為可能之肽或多肽包含生物素(biotin)接受體肽、硫辛酸接受體肽、螢光蛋白、用於接合雙砷染料或結合介穩態鎝之含半胱胺酸肽、用於結合銪籠形物以進行基於螢光共振能量轉移(FRET)之近接分析之肽或其任何組合。在某些態樣中，螢光蛋白為GFP、RFP、YFP、EGFP或EYFP。在某些態樣中，雙砷染料為4’,5’-雙(1,3,2-二硫砷雜環戊烷-2-基)螢光素(FlAsH)。在某些態樣中，生物素接受體肽有助於基於抗生物素蛋白(avidin)之試劑及基於抗生蛋白鏈菌素(streptavidin)之試劑之結合。在某些態樣中，硫辛酸接受體肽有助於硫醇反應性探針與結合之硫辛酸結合或有助於直接接合螢光硫辛酸類似物。
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個提高蛋白質之穩定性之異源部分。
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白具有原生FVIII之至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%促凝血活性。促凝血活性可例如藉由發色受質分析、單級凝血分析或兩者加以量測。
進一步提供一種包含編碼本發明之重組FVIII蛋白之序列的分離之核酸，或一種載體(例如表現載體)，或一種包含該分離之核酸分子之宿主細胞。在某些態樣中，宿主細胞表現本發明之重組FVIII蛋白，其中表現可在活體內或在活體外進行。進一步提供一種產生本發明之重組FVIII蛋白之方法，其包括在使重組FVIII蛋白表現之條件下培養本發明之宿主細胞。
本發明進一步提供一種組合物，其包含本發明之重組FVIII蛋白、本發明之分離之核酸、本發明之表現載體或本發明之宿主細胞及醫藥學上可接受之賦形劑。
進一步提供一種藉由投與有效量之本發明組合物來預防、治療、改善或處理有需要之患者之凝血疾病或病狀的方法。進一步提供一種用本發明組合物對患者之凝血疾病或病狀進行診斷或成像之方法。
另外提供一種製備本發明之重組FVIII多肽之方法，其包括將異源部分插入所鑒別之容許位置中，其中該重組FVIII蛋白展現促凝血活性。在某些態樣中，所鑒別之容許位置為容許環，例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2。在某些態樣中，該方法包括將異源部分插 入區域A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少兩者中。在某些態樣中，該方法包括在與對應於成熟原生人類FVIII中選自由以下組成之群的胺基酸之胺基酸緊鄰的下游處插入異源部分：SEQ ID NO：1之胺基酸18、SEQ ID NO：1之胺基酸22、SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸40、SEQ ID NO：1之胺基酸216、SEQ ID NO：1之胺基酸220、SEQ ID NO：1之胺基酸224、SEQ ID NO：1之胺基酸399、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸409、SEQ ID NO：1之胺基酸599、SEQ ID NO：1之胺基酸603、SEQ ID NO：1之胺基酸1711、SEQ ID NO：1之胺基酸1720、SEQ ID NO：1之胺基酸1725、SEQ ID NO：1之胺基酸1900、SEQ ID NO：1之胺基酸1905、SEQ ID NO：1之胺基酸1910及其任何組合。在某些態樣中，該方法包括在與對應於成熟原生人類FVIII中選自由以下組成之群的胺基酸之胺基酸緊鄰的下游處插入異源部分：SEQ ID NO：1之胺基酸188、SEQ ID NO：1之胺基酸221、SEQ ID NO：1之胺基酸333、SEQ ID NO：1之胺基酸336、SEQ ID NO：1之胺基酸339、SEQ ID NO：1之胺基酸416、SEQ ID NO：1之胺基酸442、SEQ ID NO：1之胺基酸490、SEQ ID NO：1之胺基酸713、SEQ ID NO：1之胺基酸1796、SEQ ID NO：1之胺基酸1802及其任何組合。在某些態樣中，該方法包括將另外之異源部分插入a3中，例如與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸 緊鄰的下游處。
在某些態樣中，該方法包括插入異源部分，該異源部分包含插入FVIII序列中之具有一或多個胺基酸之序列。在某些態樣中，該方法包括插入使蛋白質之半衰期，例如活體內半衰期延長之異源部分。在某些態樣中，該方法包括插入異源部分，該異源部分包含使可視化或定位重組FVIII蛋白成為可能之肽或多肽。
在其他態樣中，本發明包括一種建構重組FVIII蛋白之方法，其包括設計編碼如本文所述之重組FVIII蛋白之聚核苷酸。
本發明亦提供一種增加重組FVIII蛋白之表現的方法，其包括將至少一個異源部分插入該重組FVIII蛋白之a3酸性間隔子區域中，其中將該至少一個異源部分插入該a3區域中會引起該重組FVIII蛋白之表現相較於在該a3區域中未插入該至少一個異源部分之相應重組FVIII蛋白之表現有所增加。在一些態樣中，重組FVIII蛋白進一步包含插入一個容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之另外一個異源部分，其中將至少一個異源部分插入a3區域中會引起該重組FVIII蛋白之表現相較於在a3區域中未插入至少一個異源部分之相應重組FVIII蛋白之表現有所增加。在其他態樣中，重組FVIII蛋白進一步包含插入一或多個容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之另外兩個異源部 分，其中將至少一個異源部分插入a3區域中會引起該重組FVIII蛋白之表現相較於在a3區域中未插入該至少一個異源部分之相應重組FVIII蛋白之表現有所增加。在一些態樣中，重組FVIII蛋白進一步包含插入一或多個容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之另外三個異源部分，其中將至少一個另外之異源部分插入a3區域中會引起該重組FVIII蛋白之表現相較於在a3區域中未插入該至少一個異源部分之相應重組FVIII蛋白之表現有所增加。在一些態樣中，重組FVIII蛋白進一步包含插入一或多個容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之另外四個異源部分，其中將至少一個另外之異源部分插入a3區域中會引起該重組FVIII蛋白之表現相較於在a3區域中未插入該至少一個異源部分之相應重組FVIII蛋白之表現有所增加。在一些態樣中，重組FVIII蛋白進一步包含插入一或多個容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之另外五個異源部分，其中將至少一個另外之異源部分插入a3區域中會引起該重組FVIII蛋白之表現相較於在a3區域中未插入該至少一個異源部分之相應重組FVIII蛋白之表現有所增加。在一些態樣中，重組FVIII蛋白進一步包含插入一或多個容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之另外六個異源部分，其中將至少一個另外之異源部分插入a3區域中會引起該重組FVIII蛋白之表現相較於 在a3區域中未插入該至少一個異源部分之相應重組FVIII蛋白之表現有所增加。
圖1(畫面1A至1G)描繪呈現為SEQ ID NO：2之B域缺失(BDD)型成熟人類FVIII構築體之一級序列及域結構。圖示出引入之NheI及ClaI限制位點之位置。應注意胺基酸編號對應於成熟FVIII之一級序列(SEQ ID NO：1)中之胺基酸位置。個別結構域係藉由灰色線/方框加以界定，其中結構域鑒別用灰色文字表示。酸性區域(a1、a2、a3)用虛線方框指示。實心楔形/三角形指示FVIII活化成FVIIIa時凝血酶裂解之位點。空心楔形/三角形指示細胞內蛋白水解加工成FVIII之雙鏈形式的位點。六角形指示N連接型糖基化位點。圓圈指示Tyr硫酸化位點。引入cDNA中以有助於XTEN插入/重組之獨特非原生限制位點(NheI,gctagc；ClaI,atcgat)以灰色用雙下劃線加以突顯。
圖2提供圖1中所述之FVIII構築體的圖示，指示域組構以及原生及非原生限制位點之位置。
圖3圖示結構資料集2R7E、3CDZ及PM0076106之圖解性ASAView輸出結果。圖示出域A1、A2、A3、C1及C2中之胺基酸的溶劑可及表面積(ASA)。
圖4圖示XTEN AE42插入位點之位置的結構 示意圖。對應於FVIII之晶體結構(PDB：2R7E)之中心圖式由域A1、A2、A3、C1及C2之詳細視圖圍繞。β股及α螺旋係圖示為條帶表示。環係圖示為α碳管狀物。在插入位點處之胺基酸係圖示為CPK球形表示。各圖中之編號指示根據圖1中之編號之插人位點的位置。
圖5圖示圖4中所示之插入位點之位置的結構示意圖，其中所得重組FVIII蛋白顯示FVIII活性。
圖6圖示XTEN 144插入位點之位置之結構示意圖。
圖7圖示圖6中所示之插入位點之位置的結構示意圖，其中所得重組FVIII蛋白顯示FVIII活性。
圖8圖示FVIII之域A1、A2、A3、C1及C2之ClustalW多重序列比對，其圖示產生顯示FVIII活性(黑色方框、白色文字)或不顯示FVIII活性(灰色方框、粗體文字)之重組FVIII蛋白的XTEN AE42插入位置。
圖9(畫面9A及9B)圖示以識別號2R7E寄存於蛋白質資料庫中之原生活性人類FVIII晶體結構中之兩個多肽鏈的二級結構之DSSP圖示。胺基酸序列編號與圖1中之蛋白質序列中及SEQ ID NO：1中之胺基酸序列編號相同。β摺片區域係圖示為實心箭頭且指定為β1至β66。容許環之位置由交叉影線方框表示。域A1容許環指定為環A1-1及環A1-2。域A2容許環指定為環A2-1及環A2-2。域A3容許環指定為環A3-1及環A3-2。
圖10圖示FVIII之域A1、A2、A3、C1及C2之ClustalW多重序列比對，其圖示產生顯示FVIII活性(黑色方框、白色文字)或不顯示FVIII活性(灰色方框、粗體文字)之重組FVIII蛋白的XTEN 144插入位置。容許環之位置由虛線矩形指示。
圖11A呈現人類FVIII(PDB：2R7E)之前視結構示意圖，其圖示域A1、A2、A3、C1及C2之位置(用虛線標有圓圈)及以CPK球形表示加以突顯之容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1及A3-2之位置。
圖11B呈現人類FVIII(PDB：2R7E)之側視結構示意圖，其圖示域A1、A2、A3、C1及C2之位置(用虛線標有圓圈)及以CPK球形表示加以突顯之容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1及A3-2之位置。
圖12A、圖12C及圖12E圖示分離之人類FVIII(PDB：2R7E)A域之俯視結構示意圖，其圖示以CPK球形表示加以突顯之容許環之位置。圖12B、圖12D及圖12F圖示分離之人類FVIII(PDB：2R7E)A域之側視結構示意圖，其圖示以CPK球形表示加以突顯之容許環之位置。
圖13圖示使用細胞培養物PK分析，在HemA小鼠(圖13，畫面A)及FVIII/vWF雙重基因剔除(DKO)小鼠(圖13，畫面B)體內，具有域內插入物之兩個FVIII變異體(pSD0050及pSD0062，參見表III)相較於B域缺失 (BDD)型FVIII的PK型態。圖示出五分鐘回收率及半衰期(t1/2 )。
圖14為具有單個XTEN插入物之各種FVIII變異體之發色及aPTT分析活性資料的柱狀圖。所呈現之資料對應於容許環A1-1(對應於SEQ ID NO：1之胺基酸18、26或40)、容許環A2-1(對應於SEQ ID NO：1之胺基酸403或399)、a3區域(對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656)、容許環A3-1(對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1720或1725)、容許環A3-2(對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1900、1905或1910)或羧基端(CT；對應於SEQ ID NO：1之胺基酸2332)中有單個XTEN插入，例如AE144、AG144或AE288。亦圖示BDD-FVII對照之aPTT及發色活性分析活性資料。圖式中亦指示如藉由發色分析測定之活性與如藉由aPTT分析偵測到之活性之間的比率或比率範圍(例如1.1(對於a3插入)或1.4-1.6範圍(對於A1-1插入))(發色/aPTT比率)。
圖15為具有兩個XTEN插入物之各種FVIII變異體之發色及aPTT分析活性資料的柱狀圖。所呈現之資料分別對應於容許環A1-1與a3區域、容許環A2-1與a3區域、容許環A3-1與a3區域、容許環A3-2與a3區域、容許環A1-1與A2-1、容許環A1-1與A3-1、容許環A1-1與A3-2以及容許環A2-1與A3-2中有雙重XTEN插入。
圖16A及圖16B為具有兩個或三個XTEN插入物之各種FVIII變異體之發色及aPTT分析活性資料的柱狀圖。圖16A呈現對應於容許環A1-1(對應於SEQ ID NO：1之胺基酸18或26)、容許環A2-1(對應於SEQ ID NO：1之胺基酸403)、a3區域(對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656)、容許環A3-1(對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1720)、容許環A3-2(對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1900)或羧基端(CT；對應於SEQ ID NO：1之胺基酸2332)中有雙重或三重XTEN插入的資料。該圖表亦圖示對應於在位置1900、B域及CT處插入有XTEN之構築體的資料。圖式中亦指示如藉由發色分析測定之活性與如藉由aPTT分析偵測到之活性之間的比率或比率範圍(例如3.2-4.2(對於3個XTEN插入))(發色/aPTT比率)。
圖16B呈現對應於容許環中有三重XTEN插入之資料。左側畫面圖表中所示之構築體(自左至右)分別對應於以下胺基酸位置中有插入物：對應於SEQ ID NO：1之胺基酸26、403及1656；26、1656及1720；26、1656及1900；403、1656及1720；403、1656及1900；以及1656、1720及1900。右側畫面圖表中所示之構築體對應於具有三個XTEN插入物之構築體，其具有一個插入於容許環A1-1、容許環A2-1、容許環A3-1或容許環A3-2中之XTEN及兩個插入於非容許環中之XTEN，亦即第二XTEN插入在B域中，且第三XTEN插入在羧基端(CT) 上。亦圖示BDD-FVII對照之aPTT及發色活性分析資料。
圖17圖示所投與之具有單個XTEN插入物之各種FVIII變異體相較於BDD-FVIII對照在DKO小鼠體內之血漿含量。XTEN插入在對應於SEQ ID NO：1之胺基酸26、403、1565、1720、1900或羧基端(CT)處。
圖18圖示所投與之具有一個插入物(B域中之XTEN144)、兩個插入物(A3-2容許環中對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1900處之XTEN144及羧基端中之XTEN288；或B域中之XTEN144及羧基端中之XTEN288)及三個XTEN插入物(B域中之XTEN144、羧基端中之XTEN288及A3-2容許環中對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1900處之XTEN144)之各種FVIII變異體相較於BDD-FVIII對照(rFVIII)在DKO小鼠體內的血漿含量。
圖19圖示具有單個CTP1插入物之各種FVIII變異體之發色活性資料的柱狀圖。所呈現之資料對應於在FVIII中不同位置處之長度為45個胺基酸之肽(CTP1，SEQ ID NO：81)的單個插入，該肽涵蓋源於人類絨毛膜促性腺素之羧基端之長度為29個胺基酸的肽。x軸中所示之構築體名稱中之數字對應於後面緊鄰著插入有該狀的胺基酸位置。插入之容許環(及a3區域)位置指示於條柱上方。亦圖示FVIII對照之發色活性分析資料。
圖20圖示具有單個CTP1插入物之各種FVIII 變異體之發色活性資料的柱狀圖。所呈現之資料對應於在FVIII中不同位置處之長度為45個胺基酸之肽(CTP1，SEQ ID NO：81)的單個插入，該肽涵蓋源於人類絨毛膜促性腺素之羧基端之長度為29個胺基酸的肽。x軸中所示之構築體名稱中之數字對應於後面緊鄰著插入有該肽的胺基酸位置。插入之容許環(及a3區域)位置指示於條柱上方。亦圖示FVIII對照之發色活性分析資料。
圖21圖示具有單個白蛋白結合肽(ABP1，SEQ ID NO：83)插入物之各種FVIII變異體之發色活性資料的柱狀圖。所呈現之資料對應於在FVIII中不同位置處之長度為44個胺基酸之肽SEQ ID NO：83的單個插入，該肽涵蓋長度為18個胺基酸之ABP1。x軸中所示之構築體名稱中之數字對應於後面插入有該肽的胺基酸位置。插入之容許環(及a3區域)位置指示於條柱上方。亦圖示FVIII對照之發色活性分析資料。
圖22圖示具有單個Gly-Ser重複序列(HAP1，SEQ ID NO：85)插入物之各種FVIII變異體之發色活性資料的柱狀圖。所呈現之資料對應於在FVIII中不同位置處之長度為41個胺基酸之肽的單個插入，該肽涵蓋具有35個胺基酸之HAP1。x軸中所示之構築體名稱中之數字對應於後面插入有該肽的胺基酸位置。插入之容許環(及a3區域)位置指示於條柱上方。亦圖示FVIII對照之發色活性分析活性資料。
圖23圖示具有單個增強型綠色螢光蛋白(EGFP1，SEQ ID NO：87)插入物之各種FVIII變異體之發色活性資料的柱狀圖。所呈現之資料對應於在FVIII中不同位置處之長度為265個胺基酸之多肽的單個插入，該多肽涵蓋由胺基酸序列Gly-Gly-Gly-Gly-Ser(SEQ ID NO：191)之兩個串聯重複序列側接之具有239個胺基酸殘基的EGFP1序列。x軸中所示之構築體名稱中之數字對應於後面插入有該肽的胺基酸位置。插入之容許環(及a3區域)位置指示於條柱上方。亦圖示FVIII對照之發色活性分析資料。
圖24圖示在化學聚乙二醇化之前及之後且在用凝血酶處理及不用凝血酶處理下，純化之FVIII變異體FVIII-0026-CCP1之SDS-PAGE凝膠之蛋白質特異性染色(左側畫面)及PEG特異性染色(右側畫面)。FVIII-0026-CCP1為含半胱胺酸肽(CCP1；SEQ ID NO：90)插入於緊鄰殘基26之後的變異體。
圖25圖示藉由在Tosoh G3000 SWx1管柱上在214nm下進行UV監測下進行尺寸排阻層析所解析之FVIII-0026-CCP1(實心黑色跡線)及聚乙二醇化之FVIII-0026-CCP1(虛線黑色跡線)的重疊層析圖。將分子量標準物之溶離曲線(灰色跡線)與組分之以單位千道爾頓(kDa)指示之分子量重疊。
應注意術語「一個(a)」或「一個(an)」實體係指一或多個彼實體；例如，「一個核苷酸序列」應理解成表示一或多個核苷酸序列。因此，術語「一個(a)」(或「一個(an)」)、「一或多個」及「至少一個」在本文中可互換使用。
本發明係有關具有改良之性質，例如改良之半衰期或改良之穩定性的某些重組FVIII蛋白，其具有FVIII之促凝血活性且可在宿主細胞中表現。此等重組FVIII蛋白可例如用作對血友病之治療性治療。
術語「聚核苷酸」或「核苷酸」意欲涵蓋單個核酸以及複數個核酸，且係指分離之核酸分子或構築體，例如信使RNA(mRNA)或質體DNA(pDNA)。在某些實施例中，聚核苷酸包含習知磷酸二酯鍵或非習知鍵(例如，諸如存在於肽核酸(PNA)中之醯胺鍵)。
術語「核酸」係指存在於聚核苷酸中之任何一或多個核酸區段，例如DNA或RNA片段。「分離」之核酸或聚核苷酸意欲為已自其原生環境中移出之核酸分子DNA或RNA。舉例而言，出於本發明之目的，載體中所含之編碼FVIII多肽之重組聚核苷酸係視為分離之聚核苷酸。分離之聚核苷酸之其他實例包括維持在異源宿主細胞中或在溶液中自其他聚核苷酸純化(部分或實質上純化)之重組聚核苷酸。分離之RNA分子包括本發明之聚核苷酸 之活體內或活體外RNA轉錄物。本發明之分離之聚核苷酸或核酸進一步包括合成產生之此等分子。此外，聚核苷酸或核酸可包括調節元件，諸如啟動子、強化子、核糖體結合位點或轉錄終止信號。
如本文所用，「編碼區」或「編碼序列」為由可轉譯成胺基酸之密碼子組成之一部分聚核苷酸。儘管「終止密碼子」(tag、tga或taa)通常不轉譯成胺基酸，但其可視為編碼區之一部分，但任何側接序列(例如啟動子、核糖體結合位點、轉錄終止子、內含子及其類似序列)不為編碼區之一部分。編碼區之邊界通常由5’端之起始密碼子(編碼所得多肽之胺基端)及3’端之轉譯終止密碼子(編碼所得多肽之羧基端)來確定。本發明之兩個或兩個以上編碼區可存在於單個聚核苷酸構築體中，例如在單個載體上，或存在於各別聚核苷酸構築體中，例如在各別(不同)載體上。則由此可見單個載體可僅含有單個編碼區，或包含兩個或兩個以上編碼區，例如單個載體可各別地編碼如下所述之結合域A及結合域B。此外，本發明之載體、聚核苷酸或核酸可編碼融合或未融合於編碼本發明之結合域之核酸的異源編碼區。異源編碼區包括(但不限於)特化元件或基元，諸如分泌信號肽或異源功能域。
由哺乳動物細胞分泌之某些蛋白質與分泌信號肽締合，該信號肽在已引發逐漸增長之蛋白質鏈跨越粗糙內質網排出後自成熟蛋白質裂解。一般技術者應知曉信 號肽通常融合於多肽之N端，且自完全或「全長」多肽裂解以產生多肽之分泌或「成熟」形式。在某些實施例中，使用原生信號肽(例如免疫球蛋白重鏈或輕鏈信號肽)，或彼序列之保留引導與之可操作地締合之多肽分泌之能力的功能性衍生物。或者，可使用異源哺乳動物信號肽，例如人類組織纖維蛋白溶酶原活化物(TPA)或小鼠β-葡萄糖醛酸酶(β-glucuronidase)信號肽或其功能性衍生物。
如本文所用，術語「多肽」意欲涵蓋單個「多肽」以及複數個「多肽」，且係指由藉由醯胺鍵(亦稱為肽鍵)線性連接之單體(胺基酸)構成之分子。術語「多肽」係指具有兩個或兩個以上胺基酸之任何一或多條鏈，且不係指特定長度之產物。因此，肽、二肽、三肽、寡肽、「胺基酸鏈」或用以指具有兩個或兩個以上胺基酸之一或多條鏈之任何其他術語包括在「多肽」之定義內，且可使用術語「多肽」替代任何此等術語或可與任何此等術語互換使用。如本文所用，術語「蛋白質」意欲涵蓋包含一或多個多肽的分子，該一或多個多肽在一些情況下可藉由除醯胺鍵以外之鍵締合。舉例而言，諸如原生活性FVIII蛋白之雜二聚體為具有藉由二硫鍵締合之重鏈多肽與輕鏈多肽之雜二聚體。另一方面，蛋白質亦可為單個多肽鏈。在此後者情況下，單個多肽鏈在一些情況下可包含兩個或兩個以上融合在一起以形成蛋白質之多肽次單位。術語「多肽」及「蛋白質」亦欲指具有表現後修飾之產 物，該等修飾包括(但不限於)糖基化、乙醯化、磷酸化、醯胺化、由已知保護/阻隔基團衍生化、蛋白水解裂解或由非天然存在之胺基酸進行修飾。多肽或蛋白質可源於天然生物來源或藉由重組技術產生，而未必自指定之核酸序列轉譯。其可以任何方式產生，包括藉由化學合成產生。
「分離」之多肽、蛋白質或其片段、變異體或衍生物係指不在其天然環境中之多肽或蛋白質。不要求特定純化度。舉例而言，分離之多肽或蛋白質可僅自其原生或天然環境中移出。「重組」多肽或蛋白質係指經由重組DNA技術產生之多肽或蛋白質。出於本發明之目的，在宿主細胞中表現之重組產生之多肽及蛋白質係視為分離之多肽及蛋白質，已藉由任何適合技術分離、份化，或部分或實質上純化之原生或重組多肽亦視為分離之多肽。
如本文所用，術語「宿主細胞」係指帶有或能夠帶有重組核酸之細胞或細胞群體。宿主細胞可為原核細胞(例如大腸桿菌(E.coli))，或者，宿主細胞可為真核細胞，例如真菌細胞(例如酵母細胞，諸如釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、畢赤酵母(Pichia pastoris)或粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe))及各種動物細胞，諸如昆蟲細胞(例如Sf-9)或哺乳動物細胞(例如HEK293F、CHO、COS-7、NIH-3T3)。
本發明中亦包括多肽之片段、變異體或衍生物及其任何組合。在提及本發明之多肽及蛋白質時，術語 「片段」或「變異體」包括保留參考多肽或蛋白質之至少一些性質(例如促凝血活性)之任何多肽或蛋白質。多肽之片段包括蛋白水解片段以及缺失片段。本發明之多肽或蛋白質之變異體包括如上所述之片段以及胺基酸序列因胺基酸取代、缺失或插入而發生改變之多肽或蛋白質。變異體可為天然存在的或非天然存在的。非天然存在之變異體可使用此項技術已知之突變誘發技術來產生。變異型多肽可包含保守或非保守胺基酸取代、缺失或添加。本發明之多肽或蛋白質之「衍生物」為已經改變以展現原生多肽或蛋白質上不存在之另外之特徵且具有促凝血活性之多肽或蛋白質。「衍生物」之實例為Fc融合蛋白。
「保守胺基酸取代」為胺基酸殘基經具有類似側鏈之胺基酸殘基置換之胺基酸取代。具有類似側鏈之胺基酸殘基之家族已在此項技術中加以定義，包括鹼性側鏈(例如離胺酸、精胺酸、組胺酸)、酸性側鏈(例如天冬胺酸、麩胺酸)、不帶電荷極性側鏈(例如甘胺酸、天冬醯胺酸、麩醯胺酸、絲胺酸、酥胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)、非極性側鏈(例如丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸、色胺酸)、β-分支側鏈(例如酥胺酸、纈胺酸、異白胺酸)及芳族側鏈(例如酪胺酸、苯丙胺酸、色胺酸、組胺酸)。因此，若多肽中之胺基酸經來自相同側鏈家族之另一胺基酸置換，則取代視為保守取代。在另一實施例中，一連串胺基酸可經側鏈家族成員 之順序及/或組成不同且在結構上類似之一連串胺基酸保守置換。
術語兩個聚核苷酸或多肽序列之間的「序列一致性百分比」係指在考慮必須引入以達成兩個序列之最佳比對之添加或缺失(亦即空隙)下，在比較窗內由序列所共有之相同匹配位置之數目。匹配位置為在目標序列與參考序列中存在相同核苷酸或胺基酸的任何位置。目標序列中存在之空隙不加以計數，因為空隙不為核苷酸或胺基酸。同樣，參考序列中存在之空隙不加以計數，因為計數目標序列核苷酸或胺基酸，而非參考序列中之核苷酸或胺基酸。
藉由以下方式來計算序列一致性百分比：測定兩個序列中存在相同胺基酸殘基或核酸鹼基之位置的數目以產生匹配位置之數目，用匹配位置之數目除以比較窗中位置之總數且將結果乘以100以產生序列一致性百分比。兩個序列之間序列之比較及序列一致性百分比的測定可使用供線上使用與下載兩者之可易於得到之軟體完成。適合軟體程式可自各種來源獲得，且用於蛋白質序列及核苷酸序列之比對。一種適於測定序列一致性百分比之程式為bl2seq，其為可自美國政府之國家生物技術資訊中心(National Center for Biotechnology Information)BLAST網站(blast.ncbi.nlm.nih.gov)獲得之BLAST程式套件之一部分。Bl2seq使用BLASTN或BLASTP演算法進行兩個序 列之間的比較。BLASTN用於比較核酸序列，而BLASTP用於比較胺基酸序列。其他適合程式為例如作為EMBOSS生物資訊學程式套件之一部分之Needle、Stretcher、Water或Matcher且亦可在www.ebi.ac.uk/Tools/psa上自歐洲生物資訊學學會(European Bioinformatics Institute,EBI)獲得。
與聚核苷酸或多肽參考序列比對之單個聚核苷酸或多肽目標序列內之不同區域可各自具有其自身之序列一致性百分比。應注意序列一致性百分比值應四捨五入至最接近之十分位。舉例而言，80.11、80.12、80.13及80.14向下四捨五入成80.1，而80.15、80.16、80.17、80.18及80.19向上四捨五入成80.2。亦應注意長度值將始終為整數。
熟習此項技術者應瞭解產生序列比對以計算序列一致性百分比並不限於僅由一級序列資料驅動之二元序列-序列比較。序列比對可由多重序列比對獲得。一種適於產生多重序列比對之程式為可自www.clustal.org獲得之ClustalW2。另一適合程式為可自www.drive5.com/muscle/獲得之MUSCLE。或者，ClustalW2及MUSCLE可例如自EBI獲得。
亦應瞭解序列比對可藉由將序列資料與來自異質來源之資料，諸如結構資料(例如結晶蛋白質結構)、功能資料(例如突變位置)或系統發生資料整合來產生。一 種整合異質資料以產生多重序列比對之適合程式為T-Coffee，其可在www.tcoffee.org上獲得，且或者可例如自EBI獲得。亦應瞭解用於計算序列一致性百分比之最終比對可自動或手動策劃。
如本文所用，「對應於成熟原生人類FVIII中之胺基酸之胺基酸」為任何FVIII片段、變異體或衍生物中之胺基酸；其處於與原生人類FVIII中之相應胺基酸相同之位置上。舉例而言，嵌合或雜交FVIII蛋白或其片段(諸如PCT公開案第WO 2011/069164 A2號、第WO 2012/006623 A2號、第WO 2012/006635 A2號或第WO 2012/006633 A2號中所揭示者)可與成熟原生人類FVIII(SEQ ID NO：1)比對，且嵌合或雜交蛋白質中與SEQ ID NO：1之區域比對之區域中的胺基酸「對應」於SEQ ID NO：1中與其比對之胺基酸編號。同樣，任何FVIII片段，例如FVIII雜二聚體之輕鏈(例如A3、C1及C2域)可與SEQ ID NO：1比對以確定SEQ ID NO：1之相應區域，且該片段中對應於成熟原生人類FVIII中之胺基酸的胺基酸將基於SEQ ID NO：1中與其比對之胺基酸來編號。所比對之FVIII區域無需與SEQ ID NO：1之相應區域100%一致，只要區域之間的相似性可易於由一般技術者鑒別即可。因此，FVIII片段、變異體、衍生物或類似物中之所比對區域可與SEQ ID NO：1中之相應區域70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100% 一致。
如本文所用，術語「插入位點」係指FVIII多肽或其片段、變異體或衍生物中與可插入有異源部分之位置緊鄰的上游位置。以編號指定「插入位點」，該編號為成熟原生FVIII(SEQ ID NO：1)中插入位點所對應之胺基酸的編號，該胺基酸與插入位置之N端緊鄰。舉例而言，片語「a3在對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之插入位點處包含異源部分」指示異源部分位於對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656及胺基酸1657之兩個胺基酸之間。
如本文所用之片語「與胺基酸緊鄰之下游處」係指緊接於該胺基酸之末端羧基之位置。同樣，片語「與胺基酸緊鄰之上游處」係指緊接於該胺基酸之末端胺基之位置。
如本文所用之術語「插入」、「經插入」、「插入......中」或語法相關術語係指相對於原生成熟人類FVIII中之類似位置，異源部分在重組FVIII多肽中之位置。如本文所用，該等術語係指重組FVIII多肽相對於原生成熟人類FVIII之特徵，且不指示、暗示或意指製備重組FIII多肽之任何方法或過程。舉例而言，對於本文提供之重組FVIII多肽，片語「將異源部分插入A1-2中」意謂重組FVIII多肽在對應於原生成熟人類FVIII中之A1-2區域(自原生成熟人類FVIII之大約胺基酸218至大約胺基 酸229)之區域中包含異源部分，其例如由對應於原生成熟人類FVIII之胺基酸218及219、胺基酸219及220、胺基酸220及221、胺基酸221及222、胺基酸222及223、胺基酸223及224、胺基酸224及225、胺基酸225及226、胺基酸226及227、胺基酸227及228或胺基酸228及229之胺基酸所界定。
「融合」蛋白包含經由醯胺鍵連接於第二多肽之第一多肽，例如其中該第二多肽在自然界中並非天然連接於該第一多肽。可使通常存在於各別蛋白質中之多肽在一起形成融合多肽，或可將通常存在於相同蛋白質中之多肽以新排列方式置放形成融合多肽，例如本發明之FVIII域與免疫球蛋白Fc域之融合或經由缺失B域使得FVIII之A1及A2區域直接與FVIII之A3區域融合。例如藉由化學合成，或藉由產生並轉譯以所需關係編碼肽區域之聚核苷酸來產生融合蛋白。
術語「異源」及「異源部分」意謂聚核苷酸、多肽或其他部分源於與其所比較之實體不同之實體。舉例而言，異源多肽可為合成多肽，或源於不同物種、個體之不同細胞類型或不同個體之相同或不同類型之細胞。在一個態樣中，異源部分可為融合於另一多肽以產生融合多肽或蛋白質之多肽。在另一態樣中，異源部分可為結合於多肽或蛋白質之非多肽部分，諸如PEG。
可存在於多肽中之連接子在本文中稱為「可 裂解連接子」，其包含一或多個不天然存在於該多肽中之異源蛋白酶裂解位點(例如因子XIa或凝血酶裂解位點)且可在裂解位點之N端或C端或兩側包括另外之連接子。此等位點之示範性位置圖示於隨附圖式中且包括例如FVIII之重鏈與FVIII之輕鏈之間的位置。
1.因子VIII
除非另外規定，否則如本文所用之「因子VIII蛋白」或「FVIII蛋白」意謂在凝血中發揮其正常作用之功能性因子VIII蛋白。因此，術語FVIII包括具有功能性之變異型蛋白質。在一個實施例中，FVIII蛋白為人類、豬、犬、大鼠或鼠類FVIII蛋白。功能性FVIII蛋白可為融合蛋白，諸如(但不限於)包含B域完全或部分缺失型FVIII、至少一部分免疫球蛋白恆定區(例如Fc域)或兩者之融合蛋白。多種功能性FVIII變異體已經建構且可用作如本文所述之重組FVIII蛋白。參見PCT公開案第WO 2011/069164 A2號、第WO 2012/006623 A2號、第WO 2012/006635 A2號或第WO 2012/006633 A2號，其皆以全文引用的方式併入本文中。
已知許多功能性FVIII變異體。此外，已在血友病患者中鑒別出FVIII中之數百種非功能性突變。參見例如Cutler等人，Hum.Mutat.19：274-8(2002)，其以全文引用的方式併入本文中。此外，在來自人類之 FVIII與來自其他物種之FVIII之間進行的比較已鑒別出可能為功能所需之保守殘基。參見例如Cameron等人，Thromb.Haemost.79：317-22(1998)及US 6,251,632，其以全文引用的方式併入本文中。
人類FVIII胺基酸序列係自如美國專利第4,965,199號中所示之cDNA推導，該專利以全文引用的方式併入本文中。由cDNA序列得到之原生成熟人類FVIII(亦即無分泌信號肽但在其他轉譯後加工之前)呈現為SEQ ID NO：1。B域部分或完全缺失型FVIII具有功能性且已用於市售FVIII治療劑中。參見例如EP506757B2，其以全文引用的方式併入本文中。
「原生成熟FVIII」包含可能為或可能不為促凝血活性所需之功能域。原生成熟人類FVIII之序列呈現為SEQ ID NO：1。原生FVIII蛋白具有下式：A1-a1-A2-a2-B-a3-A3-C1-C2，其中A1、A2及A3為結構相關之「A域」，B為「B域」，C1及C2為結構相關之「C域」，且a1、a2及a3為酸性間隔子區域。對於SEQ ID NO：1中之一級胺基酸序列位置，人類FVIII之A1域自Ala1延伸至大約Arg336，a1間隔子區域自大約Met337延伸至大約Arg372，A2域自大約Ser373延伸至大約Tyr719，a2間隔子區域自大約Glu720延伸至大約Arg740，B域自大約Ser741延伸至大約Arg1648，a3間隔子區域自大約Glu1649延伸至大約Arg1689，A3域自大約Ser1690延伸 至大約Asn2019，C1域自大約Lys2020延伸至大約Asn2172，且C2域自大約Ser2173延伸至Tyr2332(Saenko等人，J.Thromb.Hemostasis 1：922-930(2005))。除特定蛋白水解裂解位點以外，對FVIII之結構域及區域之間的邊界之位置的指定在不同參考文獻中可有所不同。因此，本文中所提及之邊界藉由使用術語「大約」來指定為大致邊界。
在正常FVIII加工期間，自包含A1、a1、A2、a2及B域之多肽裂解包含a3、A3、C1及C2域(亦即大約Ser1690至Tyr2332)之多肽，從而產生重鏈及輕鏈。B域不為促凝血活性所需，且在某些態樣中，包括市售之治療組合物，FVIII之一些或全部B域缺失(「B域缺失型因子VIII」或「BDD FVIII」)。BDD FVIII之實例為REFACTO® 或XYNTHA® (重組BDD FVIII)，其包含融合於對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1638至2332之第二多肽的對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1至743之第一多肽。可用於產生本發明之重組蛋白之示範性BDD FVIII構築體包括(但不限於)對應於成熟人類FVIII(SEQ ID NO：1)之胺基酸747-1638之胺基酸缺失的FVIII(Hoeben R.C.等人，J.Biol.Chem.265(13)：7318-7323(1990)，其以全文引用的方式併入本文中)，及對應於成熟人類FVIII(SEQ ID NO：1)之胺基酸771-1666或胺基酸868-1562之胺基酸缺失的FVIII(Meulien P.等人，Protein Eng.2(4)：301-6(1988)，其 以全文引用的方式併入本文中)。
在某些態樣中，提供一種重組FVIII蛋白，其中該蛋白質包含含有式I：(A1)-a1-(A2)-a2-[B]之第一多肽，亦即胺基酸鏈；及包含式II：a3-(A3)-(C1)之第二多肽，亦即胺基酸鏈。第一多肽及第二多肽可以單一胺基酸鏈形式存在，亦即經由醯胺鍵融合，或可以雜二聚體形式存在。在一個實施例中，重組FVIII蛋白以單鏈多肽形式包含FVIII重鏈及FVIII輕鏈。單鏈多肽可在FVIII重鏈與FVIII輕鏈之間的裂解位點處含有一或多處取代、缺失或突變。舉例而言，單鏈FVIII多肽可在對應於成熟全長FVIII蛋白之殘基1645、殘基1648或此兩個殘基之精胺酸殘基處含有一或多處取代、缺失或突變，其中該等取代、缺失或突變防止FVIII重鏈及FVIII輕鏈裂解成雜二聚體。取代或突變可為任何已知胺基酸，例如丙胺酸。在另一實施例中，重組FVIII蛋白以單鏈多肽形式包含FVIII重鏈及FVIII輕鏈，其中該FVIII重鏈及該FVIII輕鏈未經加工(在本文中亦稱為「未加工」或「非加工」)。舉例而言，重組FVIII蛋白中之單鏈多肽可仍然保留對應於成熟全長FVIII蛋白之殘基1645、1648或此兩個殘基之精胺酸殘基，但重組FVIII蛋白中之單鏈多肽不裂解成FVIII重鏈及FVIII輕鏈。在其他實施例中，重組FVIII蛋白組合物包含雜二聚體FVIII與未加工FVIII之混合物。在其他實施例中，重組FVIII蛋白組合物包含單鏈 FVIII、未加工FVIII及雜二聚體FVIII之混合物。
根據此態樣，A1為如本文所述之FVIII之A1域，A2為如本文所述之FVIII之A2域，[B]為FVIII之視情況存在之B域或其片段(亦即B域可能為或可能不為蛋白質之一部分，且可僅部分存在)，A3為如本文所述之FVIII之A3域，C1為如本文所述之FVIII之C1域，且a1、a2及a3為酸性間隔子區域。在某些態樣中，第二多肽進一步包含位於(C1)之C端之(C2)，其中C2為FVIII之C2域。儘管本發明之重組多肽之各種FVIII域與原生成熟FVIII(例如原生成熟人類FVIII)之相應區域共有一級序列相似性，但該等區域無需相同，其限制條件為該重組多肽具有促凝血活性。
本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入至少一個容許環或插入a3區域或兩者中之異源部分，具有促凝血活性，且可在宿主細胞中表現。「異源部分」可為異源多肽或非多肽實體(諸如聚乙二醇(PEG))或兩者。以下描述示範性異源部分。在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入至少一個容許環或插入a3區域或兩者中之異源部分，其中該異源部分不為XTEN序列。在其他態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入至少一個容許環或插入a3區域或兩者中之異源部分，其中該異源部分使蛋白質之半衰期，例如活體內半衰期延長，且其中該異源部分不為XTEN序列。包含異源部 分(例如使蛋白質之半衰期延長之異源部分)之構築體描述於實例中。如應用於容許環之術語「插入」或「插入......中」係指使異源部分共價或非共價連接於FVIII多肽，其係藉由將異源部分整合於FVIII多肽鏈內、使異源部分連接於原生胺基酸或異源天然或非天然胺基酸(例如半胱胺酸或使用分子生物學方法在FVIII序列中引入之具有可衍生化側鏈之另一胺基酸)之側鏈或連接於共價或非共價連接於FVIII多肽之連接子或其他分子來達成。術語「插入」在用於多肽序列之情形下時係指在FVIII多肽之胺基酸序列中之兩個連續胺基酸之間引入異源序列(例如多肽或可衍生化胺基酸，諸如半胱胺酸)，或使異源部分與FVIII多肽融合、結合或化學連接。
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白為嵌合蛋白質。如本文所用之「嵌合蛋白質」或「嵌合多肽」意謂當中包括來自不同來源之至少兩段胺基酸之蛋白質或多肽，例如，例如在FVIII之容許環內或a3區域內包含異源多肽的FVIII蛋白，如以下所更詳細描述。嵌合蛋白質或嵌合多肽可包括來自不同來源，諸如不同基因、不同cDNA或不同物種之兩條、三條、四條、五條、六條、七條或七條以上胺基酸鏈。用於本發明之重組多肽中之示範性異源多肽包括(但不限於)使FVIII半衰期延長或穩定性增強之多肽，例如免疫球蛋白Fc區。可包括在本發明之重組多肽中之特定異源多肽在本文中其他地方加以描述。
嵌合蛋白質或嵌合多肽可包括一或多個接合不同子序列之連接子。因此，子序列可直接或經由連接子間接或以兩種方式接合在單個嵌合蛋白質或嵌合多肽內。本文所述之嵌合蛋白質或嵌合多肽可包括有助於蛋白質純化或偵測之另外之多肽(諸如信號序列)及序列(諸如6His及FLAG)。此外，嵌合多肽在N端及/或C端可具有胺基酸或肽添加物。
在某些實施例中，本發明之重組FVIII蛋白係經結合例如以包含非多肽異源部分。結合可經由將接受體胺基酸(例如半胱胺酸)、肽或多肽插入容許環或a3區域或兩者中來達成。如本文所用，結合物係指藉由任何物理化學手段彼此結合之任何兩個或兩個以上實體，該等手段包括(但不限於)疏水性相互作用、共價相互作用、氫鍵相互作用、離子相互作用或其任何組合。因此，在某些態樣中，本發明之結合之重組FVIII蛋白係指具有一或多個藉由共價或非共價相互作用與其結合之實體且具有促凝血活性的重組FVIII蛋白。
「促凝血活性」意謂本發明之重組FVIII蛋白能夠替代原生FVIII參與血液中之凝血級聯。舉例而言，本發明之重組FVIII蛋白在其可作為輔因子活化FIX以將因子X(FX)轉化成活化因子X(FXa)時具有促凝血活性，如例如在發色分析中所測試。
本發明之重組FVIII蛋白無需展現原生成熟人 類FVIII之100%促凝血活性。實際上，在某些態樣中，插入本發明之重組FVIII蛋白中之異源部分可使蛋白質之半衰期顯著延長或穩定性顯著增強，因此較低活性係完全可接受。因此，在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白具有原生FVIII之至少約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%或約100%促凝血活性。
促凝血活性可藉由任何適合之活體外或活體內分析加以量測。FVIII之活性可在凝血級聯之下游藉由監測凝塊產生(凝血分析)或在上游藉由直接量測FX在藉由FVIII-FIX複合物活化之後的酶活性(發色分析)來加以量測(參見例如Barrowcliffe等人，Semin.Thromb.Haemost.28：247-56(2002)；Lee等人，Thromb.Haemost.82：1644-47(1999)；Lippi等人，Clin.Chem.Lab.Med.45：2-12(2007)；Matsumoto等人，J.Thromb.Haemost.4：377-84(2006))。因此，促凝血活性可使用發色受質分析、凝血分析(例如單級或兩級凝血分析)或兩者加以量測。發色分析機制係基於凝血級聯之原理，其中活化FVIII在活化FIX、磷脂及鈣離子存在下會加速FX轉化成FXa 。藉由使針對FXa 具有特異性之對硝基醯苯胺(pNA)受質水解來評估FXa 活性。在405nM下量測之對硝基苯胺之初始釋放速率與FXa 活性成正比且因此與樣品中之FVIII活性成正比。發色分析由國際血栓與止血學會(International Society on Thrombosis and Hemostasis,ISTH)之科學及標準化委員會(Scientific and Standardization Committee,SSC)之因子VIII及因子IX小組委員會(Factor VIII and Factor IX Subcommittee)所推薦。自1994年以來，發色分析亦已成為歐洲藥典(European Pharmacopoeia)之用於指定FVIII濃縮物效能之參考方法(Rosen等人，Thromb.Haemost.54,818-823(1985)；Lethagen等人，Scand.J.Haematol.37,448-453(1986))。
適用於測定促凝血活性之其他適合分析包括例如Scheiflinger及Dockal之美國申請公開案第2010/0022445號中所揭示者，該公開案以全文引用的方式併入本文中。
在某些態樣中，將本發明之重組FVIII蛋白之促凝血活性與原生成熟FVIII進行比較，在某些態樣中，將其與國際標準進行比較。
如本文所用之「等效量」意謂與用國際單位表示相同之FVIII活性量，其與所述多肽之分子量無關。一國際單位(IU)之FVIII活性大致對應於一毫升正常人類血漿中之FVIII之量。如上所述，多種分析可用於量測FVIII活性，包括歐洲藥典發色受質分析及單級凝血分析。
2.因子VIII容許環
如在本文中其他地方所詳細描述，本發明者 已認識到各FVIII「A」域包含可插入有異源部分而不消除重組蛋白質之促凝血活性或重組蛋白質在活體內或活體外在宿主細胞中表現之能力的至少兩個「容許環」。本發明者已鑒別出容許環為尤其具有以下屬性之區域：高表面或溶劑暴露及高構形可撓性。儘管「容許位點」傾向於在容許環中叢集，但本發明者亦已鑒別出在所鑒別容許環外部之可插入有異源部分而不消除重組蛋白質之促凝血活性或重組蛋白質在活體內或活體外在宿主細胞中表現之能力的其他容許位點。術語「容許位置」係指容許環與容許位點兩者。A1域包含容許環-1(A1-1)區域及容許環-2(A1-2)區域，A2域包含容許環-1(A2-1)區域及容許環-2(A2-2)區域，A3域包含容許環-1(A3-1)區域及容許環-2(A3-2)區域。
在某些態樣中，如上所述之重組FVIII蛋白包含至少一個插入容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之異源部分，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。在某些態樣中，如上所述之重組FVIII蛋白包含至少兩個插入FVIII蛋白中之異源部分，其中該兩個異源部分中之至少一者插入於容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中或插入於a3區域中且其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。在某些態樣中，如上所述之重組 FVIII蛋白包含至少三個插入FVIII蛋白中之異源部分，其中該三個異源部分中之至少一者插入於容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中或a3區域中且其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。在某些態樣中，如上所述之重組FVIII蛋白包含至少四個插入FVIII蛋白中之異源部分，其中該四個異源部分中之至少一者插入於容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中或a3區域中且其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。在某些態樣中，如上所述之重組FVIII蛋白包含至少五個插入FVIII蛋白中之異源部分，其中該五個異源部分中之至少一者插入於容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中或a3區域中且其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。在某些態樣中，如上所述之重組FVIII蛋白包含至少六個插入FVIII蛋白中之異源部分，其中該六個異源部分中之至少一者插入於容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中或a3區域中，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。
在某些態樣中，如上所述之重組FVIII蛋白包含至少兩個插入FVIII中，例如插入兩個不同容許環A1-1、 A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之異源部分，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。或者，如上所述之重組FVIII蛋白可包含兩個或兩個以上插入單個容許環中之異源部分，同時有或無異源部分插入其他容許環中，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。在某些態樣中，如上所述之重組FVIII蛋白可包含至少一個插入至少一個如上所述之容許環中之異源部分，且可進一步包含一或多個插入a3中之異源部分，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白可包含三個、四個、五個、六個或六個以上插入一或多個容許環中或a3中之異源部分，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。
在某些態樣中，如上所述之重組FVIII蛋白包含至少一個插入a3中之異源部分，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入a3中之異源部分，且進一步包含一或多個插入一或多個如上所述之容許環中之異源部分，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。
本發明者已認識到本發明之重組FVIII蛋白在 各FVIII A域區域中包含至少兩個容許環，此允許插入異源部分，同時具有促凝血活性且仍然能夠在活體內或活體外由宿主細胞表現。已測定具有不同解析度之各種FVIII晶體結構。使用藉由X射線結晶學及分子動態模擬測定之FVIII及FVIIIa之此等結構產生FVIII之可及表面積及構形可撓性之模型。舉例而言，人類FVIII之晶體結構已藉由Shen等人，Blood 111：1240-1247(2008)及Ngo等人，Structure 16：597-606(2008)測定。此等結構之資料可分別以登錄號2R7E及3CDZ自蛋白質資料庫(Protein Data Bank)(pdb.org)獲得。
根據Shen等人晶體結構的人類FVIII之重鏈及輕鏈的預測二級結構再現於圖9A及圖9B中。在圖9A及圖9B中對根據Shen等人晶體結構預測之各個β股進行連續編號。在某些實施例中，容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1及A3-2包含於FVIII之A域中表面暴露之可撓性環結構內。根據以PDB資料庫之登錄號2R7E(PDB：2R7E)儲存之成熟FVIII的二級結構及如圖9A及圖9B中所示，A1-1位於β股1與β股2之間，A1-2位於β股11與β股12之間，A2-1位於β股22與β股23之間，A2-2位於β股32與β股33之間，A3-1位於β股38與β股39之間，且A3-2位於β股45與β股46之間。圖9A及圖9B中所示之PDB登錄號2R7E之二級結構對應於根據DSSP程式之標準化二級結構指定(Kabsch 及Sander,Biopolymers,22：2577-2637(1983))。以PDB登錄號2R7E儲存之成熟FVIII之DSSP二級結構可在於swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/上可用之DSSP資料庫中獲取(Joosten等人，39(增刊1)：D411-D419(2010))。
在某些態樣中，包含A1-1之表面暴露之可撓性環結構對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸15至大約胺基酸45的區域。在某些態樣中，A1-1對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸18至大約胺基酸41的區域。在某些態樣中，包含A1-2之表面暴露之可撓性環結構對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸201至大約胺基酸232的區域。在某些態樣中，A1-2對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸218至大約胺基酸229的區域。在某些態樣中，包含A2-1之表面暴露之可撓性環結構對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸395至大約胺基酸421的區域。在某些態樣中，A2-1對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸397至大約胺基酸418的區域。在某些態樣中，包含A2-2之表面暴露之可撓性環結構對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸577至大約胺基酸635的區域。在某些態樣中，A2-2對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸595至大約胺基酸607的區域。在某些態樣 中，包含A3-1之表面暴露之可撓性環結構對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1705至大約胺基酸1732的區域。在某些態樣中，A3-1對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1711至大約胺基酸1725的區域。在某些態樣中，包含A3-2之表面暴露之可撓性環結構對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1884至大約胺基酸1917的區域。在某些態樣中，A3-2對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1899至大約胺基酸1911的區域。
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含一或多個插入FVIII之一或多個容許環中或a3區域中或兩者中之異源部分，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。欲插入之異源部分包括(但不限於)(i)使FVIII之半衰期延長或活體內或活體外穩定性增強者；(ii)清除受體；或(iii)有助於可視化或定位重組FVIII蛋白之部分。以下更詳細論述異源部分。
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入於與對應於成熟原生人類FVIII中之一或多個包括(但不限於)以下之胺基酸的一或多個胺基酸緊鄰之下游處的異源部分：SEQ ID NO：1之胺基酸18、SEQ ID NO：1之胺基酸22、SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之 胺基酸40、SEQ ID NO：1之胺基酸216、SEQ ID NO：1之胺基酸220、SEQ ID NO：1之胺基酸224、SEQ ID NO：1之胺基酸399、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸409、SEQ ID NO：1之胺基酸599、SEQ ID NO：1之胺基酸603、SEQ ID NO：1之胺基酸1711、SEQ ID NO：1之胺基酸1720、SEQ ID NO：1之胺基酸1725、SEQ ID NO：1之胺基酸1900、SEQ ID NO：1之胺基酸1905、SEQ ID NO：1之胺基酸1910或其任何組合。在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入於與對應於成熟原生人類FVIII中之一或多個包括(但不限於)以下之胺基酸的一或多個胺基酸緊鄰之下游處的異源部分：SEQ ID NO：1之胺基酸188、SEQ ID NO：1之胺基酸221、SEQ ID NO：1之胺基酸333、SEQ ID NO：1之胺基酸336、SEQ ID NO：1之胺基酸339、SEQ ID NO：1之胺基酸416、SEQ ID NO：1之胺基酸442、SEQ ID NO：1之胺基酸490、SEQ ID NO：1之胺基酸713、SEQ ID NO：1之胺基酸1796、SEQ ID NO：1之胺基酸1802或其任何組合。
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白單獨包含至少一個插入FVIII之a3區域中的異源部分或同時包含至少一個插入FVIII之a3區域中的異源部分以及一或多個插入A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中的異源部分，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主 細胞中表現。在某些態樣中，至少一個異源部分在與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處插入a3區域中。在一些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入如所述之a3區域中(例如與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處)之異源部分，且進一步包括一或多個插入A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之異源部分。在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入如所述之a3區域中(例如與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處)之異源部分，且進一步包括一或多個在與對應於成熟原生人類FVIII中之一或多個包括(但不限於)以下之胺基酸的一或多個胺基酸緊鄰之下游處插入的異源部分：SEQ ID NO：1之胺基酸18、SEQ ID NO：1之胺基酸22、SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸40、SEQ ID NO：1之胺基酸216、SEQ ID NO：1之胺基酸220、SEQ ID NO：1之胺基酸224、SEQ ID NO：1之胺基酸399、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸409、SEQ ID NO：1之胺基酸599、SEQ ID NO：1之胺基酸603、SEQ ID NO：1之胺基酸1711、SEQ ID NO：1之胺基酸1720、SEQ ID NO：1之胺基酸1725、SEQ ID NO：1之胺基酸1900、SEQ ID NO：1之胺基酸1905、SEQ ID NO：1之胺基酸1910或其任何組合。在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入如所述之a3區域中之異源部分，且進一步包括一或多個在與對應於成 熟原生人類FVIII中之一或多個包括(但不限於)以下之胺基酸的一或多個胺基酸緊鄰之下游處插入的異源部分：SEQ ID NO：1之胺基酸188、SEQ ID NO：1之胺基酸221、SEQ ID NO：1之胺基酸333、SEQ ID NO：1之胺基酸336、SEQ ID NO：1之胺基酸339、SEQ ID NO：1之胺基酸416、SEQ ID NO：1之胺基酸442、SEQ ID NO：1之胺基酸490、SEQ ID NO：1之胺基酸713、SEQ ID NO：1之胺基酸1796、SEQ ID NO：1之胺基酸1802或其任何組合。
在其他態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之第一異源部分及插入B域中之第二異源部分。在一個實施例中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入於與以下胺基酸緊鄰之下游處之第一異源部分：對應於成熟FVIII序列(SEQ ID NO：1)之胺基酸18、對應於SEQ ID NO：1之胺基酸22、對應於SEQ ID NO：1之胺基酸26、對應於SEQ ID NO：1之胺基酸40、SEQ ID NO：1之胺基酸216、SEQ ID NO：1之胺基酸220、SEQ ID NO：1之胺基酸224、SEQ ID NO：1之胺基酸399、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸409、SEQ ID NO：1之胺基酸599、SEQ ID NO：1之胺基酸603、SEQ ID NO：1之胺基酸1711、SEQ ID NO：1之胺基酸1720、SEQ ID NO：1之胺基酸1725、SEQ ID NO：1之胺基酸1900、SEQ ID NO：1之胺基酸1905、SEQ ID NO：1之胺基酸1910；及插入B域中，例 如與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745緊鄰之下游處的第二異源部分。
在一些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入於與SEQ ID NO：1之胺基酸403緊鄰之下游處的第一異源部分及插入於與SEQ ID NO：1之胺基酸745緊鄰之下游處的第二異源部分。在其他態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入於與對應於成熟FVIII序列(亦即SEQ ID NO：1)之胺基酸1900緊鄰之下游處的第一異源部分及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745緊鄰之下游處的第二異源部分。在其他態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸18緊鄰之下游處的第一異源部分及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745緊鄰之下游處的第二異源部分。
在其他態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656緊鄰之下游處的第一異源部分及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1900緊鄰之下游處的第二異源部分。在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸26緊鄰之下游處的第一異源部分、插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656緊鄰之下游處的第二異源部分及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1900緊鄰之下游處的第三異源部分。在一些態樣中，第一異源部分與第二異源部分為相同的。在其他態樣 中，第一異源部分為不同的。
在一些實施例中，本發明之FVIII蛋白可為包含FVIII重鏈(HC)及FVIII輕鏈之雙鏈FVIII或單鏈FVIII。
在一些態樣中，將至少一個另外之異源部分插入包含至少一個插入A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分的本發明之重組FVIII蛋白之a3區域中會引起表現量在與a3區域中未插入該至少一個另外之異源部分之重組FVIII蛋白之表現量相比較時有所增加。在一些態樣中，另外之異源部分在與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處插入a3區域中。在一些態樣中，藉由活性分析確定表現量增加。在某些態樣中，活性分析為發色分析或aPTT分析。在一些態樣中，至少一個另外之異源部分插入a3區域中之重組FVIII蛋白包含一個插入A域之一或多個容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分。
在一些態樣中，至少一個另外之異源部分插入a3區域中之重組FVIII蛋白包含兩個插入A域之一或多個容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分。在一些態樣中，至少一個另外之異源部分插入a3區域中之重組FVIII蛋白包含三個插入A域之一或多個容許環(例如如上所述之A1-1、A1- 2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分。在其他態樣中，至少一個另外之異源部分插入a3區域中之重組FVIII蛋白包含三個以上插入A域之一或多個容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分。在一特定實施例中，重組FVIII蛋白包含位於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656緊鄰之下游處的異源部分，其中對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745至胺基酸1656缺失。
在一些態樣中，在與a3區域中未插入至少一個另外之異源部分之重組FVIII蛋白之表現量相比較時，藉由將至少一個另外之異源部分插入包含至少一個插入A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分的本發明之重組FVIII蛋白之a3區域中所引起的表現量增加為增加至少約10%、至少約20%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%、至少約80%、至少約90%或至少約100%。在一些態樣中，在與a3區域中未插入另外之異源部分的重組FVIII蛋白之表現量相比較時，藉由將至少一個另外之異源部分插入包含至少一個插入A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分的本發明之重組FVIII蛋白之a3區域中所引起的表現量增加為增加至至少約2倍、至少約3倍、至少約4倍、至少約5倍、至少約6倍、至少約7倍、至少 約8倍、至少約9倍或至少約10倍。
本發明亦提供一種增加本發明之重組FVIII蛋白之表現的方法，其包括將至少一個異源部分插入重組FVIII蛋白之a3區域中，其中相較於a3區域中未插入該至少一個另外之異源部分之重組FVIII蛋白之表現，a3區域中插入有該至少一個另外之異源部分的該重組FVIII蛋白顯示出表現增加。
在某一態樣中，重組FVIII蛋白包含至少一個插入重組FVIII蛋白之a3酸性間隔子區域中之異源部分。在一個實例中，將至少一個異源部分插入a3區域中會引起重組FVIII蛋白之表現相較於a3區域中未插入該至少一個異源部分的相應重組FVIII蛋白之表現有所增加。在一些態樣中，重組FVIII蛋白進一步包含插入容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之另外一個異源部分。在其他態樣中，重組FVIII蛋白進一步包含插入一或多個容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之另外兩個異源部分。在一些態樣中，重組FVIII蛋白進一步包含插入一或多個容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之另外三個異源部分。在一些態樣中，重組FVIII蛋白進一步包含插入FVIII蛋白，例如一或多個容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之另外四個異源部分。在一些態樣中，重組FVIII蛋白進一步包含插入FVIII蛋白，例 如一或多個容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之另外五個異源部分。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含多個異源插入物，例如超過兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個或十個插入物，其中插入位點包括(但不限於)表X至XVIII中所列之位點或其任何組合，且其中該等插入位點中之至少一者位於容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中或位於a3區域中。
在一個態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個異源部分，其中該兩個異源部分中之至少一者插入於容許環內或a3區域中或該兩個異源部分兩者均插入於容許環內或a3區域中。第一異源部分與第二異源部分可相同或不同。包含兩個異源部分之重組FVIII蛋白之非限制性實例列於表XI中。在一個實例中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，且第二異源部分插入於環A2-1中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，且第二異源部分插入於容許環A2-2中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A3-1中，且第二異源部分插入於容許環A3-2中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，且第二異源部分插入於a3區域中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A2-1中，且第二異源部分插入於a3區域中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A2-2中，且第二異源部分插入於a3區域中。在 另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A3-1中，且第二異源部分插入於a3區域中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，且第二異源部分插入於容許環A3-2中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A2-1中，且第二異源部分插入於容許環A3-2中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A3-2中，且第二異源部分插入於a3區域中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，且第二異源部分插入於容許環A3-1中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A2-1中，且第二異源部分插入於容許環A3-1中。在另一實施例中，重組FVIII蛋白包含兩個異源部分，即插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656緊鄰之下游處的第一異源部分及插入於與SEQ ID NO：1之胺基酸2332(CT)緊鄰之下游處的第二異源部分，其中對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745至胺基酸1656缺失。在一些實施例中，包含兩個異源部分之FVIII蛋白含有自對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745至胺基酸1685或自對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745至胺基酸1656的缺失或在胺基酸1648(例如R1648A)、1680(Y1680F)或兩者處之突變或取代。
在另一態樣中，重組FVIII蛋白包含三個異源部分，其中該三個異源部分中之至少一者插入於容許環或a3區域中，該三個異源部分中之至少兩者插入於兩個容許環、a3區域或其任何組合中，或該三個異源部分插入 於三個容許環、a3區域或其任何組合中。第一異源部分、第二異源部分或第三異源部分可彼此相同或不同。第一異源部分、第二異源部分及第三異源部分相同或不同。包含三個異源部分之重組FVIII蛋白之非限制性實例在表XII或XIII中。在一個實例中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，且第三異源部分插入於a3區域中。在另一實例中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，且第三異源部分插入於容許環A3-1中。在另一實例中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A3-1中，且第三異源部分插入於容許環A3-2中。在另一實例中，第一異源部分插入於容許環A2-1中，第二異源部分插入於a3區域中，且第三異源部分插入於容許環A3-1中。在另一實例中，第一異源部分插入於容許環A2-1中，第二異源部分插入於a3區域中，且第三異源部分插入於容許環A3-2中。在另一態樣中，第一異源部分插入於a3區域中，第二異源部分插入於容許環A3-1中，且第三異源部分插入於容許環A3-2中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於B域中，且第三異源部分插入於羧基端位置(CT)處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A2-1中，第二異源部分插入於B域中，且第三異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許 環A3-1中，第二異源部分插入於B域中，且第三異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A3-2中，第二異源部分插入於B域中，且第三異源部分插入於CT處。在一些實施例中，包含三個異源部分之FVIII蛋白含有自對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745至胺基酸1685或自對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745至胺基酸1656的缺失或在胺基酸1648(例如R1648A)、1680(Y1680F)或兩者處之突變或取代。
在另一態樣中，重組FVIII蛋白包含四個異源部分，其中該四個異源部分中之至少一者插入於容許環內或a3區域中，該四個異源部分中之至少兩者插入於兩個容許環內、a3區域中或其任何組合中，該四個異源部分中之至少三者插入於三個容許環內、a3區域中或其任何組合中，或該四個異源部分全部插入於四個容許環內、a3區域中或其任何組合中。包含四個異源部分之重組FVIII蛋白之非限制性實例列於表XIV或XV中。第一異源部分、第二異源部分、第三異源部分或第四異源部分相同或不同。在一個實例中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於a3區域中，且第四異源部分插入於容許環A3-1中。在另一實例中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於a3區域中，且第四異源部分插入於容許環A3-2 中。在另一實例中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於容許環A3-1中，且第四異源部分插入於容許環A3-2中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於a3區域中，第三異源部分插入於容許環A3-1中，且第四異源部分插入於容許環A3-2中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A2-1中，第二異源部分插入於a3區域中，第三異源部分插入於容許環A3-1中，且第四異源部分插入於容許環A3-2中。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於B域中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A3-1中，第三異源部分插入於B域中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A3-2中，第三異源部分插入於B域中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A3-2中，第三異源部分插入於B域中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A2-1中，第二異源部分插入於容許環A3-1中，第三異源部分插入於B域中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第 一異源部分插入於容許環A2-1中，第二異源部分插入於容許環A3-2中，第三異源部分插入於B域中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A3-1中，第二異源部分插入於容許環A3-2中，第三異源部分插入於B域中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A2-1中，第二異源部分插入於a3區域中，第三異源部分插入於容許環A3-1中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A2-1中，第二異源部分插入於a3區域中，第三異源部分插入於容許環A3-2中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於a3區域中，第二異源部分插入於容許環A3-1中，第三異源部分插入於容許環A3-2中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於a3區域中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於容許環A3-1中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於容許環A3-2中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第 二異源部分插入於a3區域中，第三異源部分插入於容許環A3-1中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於a3區域中，第三異源部分插入於容許環A3-2中，且第四異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A3-1中，第三異源部分插入於容許環A3-2中，且第四異源部分插入於CT處。在一些實施例中，包含四個異源部分之FVIII蛋白含有自對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745至胺基酸1685或自對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745至胺基酸1656的缺失或在胺基酸1648(例如R1648A)、1680(Y1680F)或兩者處之突變或取代。
在另一態樣中，重組FVIII蛋白包含五個異源部分，其中該五個異源部分中之至少一者插入於容許環內或a3區域中，該五個異源部分中之至少兩者插入於兩個容許環內、a3區域中或其任何組合中，該五個異源部分中之至少三者插入於三個容許環內、a3區域中或其任何組合中，該五個異源部分中之至少四者插入於四個容許環內、a3區域中或其任何組合中，或該五個異源部分全部插入於五個容許環內、a3區域中或其任何組合中。第一異源部分、第二異源部分、第三異源部分、第四異源部分及第五異源部分相同或不同。包含五個異源部分之重組FVIII蛋白之非限制性實例在表XVI中。在一個實例中， 第一異源部分插入於容許環A2-1中，第二異源部分插入於a3區域中，第三異源部分插入於容許環A3-1中，第四異源部分插入於容許環A3-2中，且第五異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於a3區域中，第四異源部分插入於容許環A3-1中，且第五異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於a3區域中，第四異源部分插入於容許環A3-2中，且第五異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於容許環A3-1中，第四異源部分插入於容許環A3-2中，且第五異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於a3區域中，第三異源部分插入於容許環A3-1中，第四異源部分插入於容許環A3-2中，且第五異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於B域中，第四異源部分插入於容許環A3-1中，且第五異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於B域中，第四異源部分插入於容許環 A3-2中，且第五異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於B域中，第三異源部分插入於容許環A3-1中，第四異源部分插入於容許環A3-2中，且第五異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A2-1中，第二異源部分插入於B域中，第三異源部分插入於容許環A3-2中，第四異源部分插入於容許環A3-2中，且第五異源部分插入於CT處。在一些實施例中，包含五個異源部分之FVIII蛋白含有自對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745至胺基酸1685或自對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745至胺基酸1656的缺失或在胺基酸1648(例如R1648A)、1680(Y1680F)或兩者處之突變或取代。
在另一態樣中，重組FVIII蛋白包含六個異源部分，其中該六個異源部分中之至少一者插入於容許環內或a3區域中，該六個異源部分中之至少兩者插入於兩個容許環內、a3區域中或其任何組合中，該六個異源部分中之至少三者插入於三個容許環內、a3區域中或其任何組合中，該六個異源部分中之至少四者插入於四個容許環內、a3區域中或其任何組合中，該六個異源部分中之至少五者插入於五個容許環內、a3區域中或其任何組合中，或該六個異源部分全部插入於六個容許環內、a3區域中或其任何組合中。第一異源部分、第二異源部分、第三異源部分、第四異源部分、第五異源部分及第六異源部 分相同或不同。包含六個異源部分之重組FVIII蛋白之實例包括(但不限於)表XVII。在一個實例中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於a3區域中，第四異源部分插入於容許環A3-1中，第五異源部分插入於容許環A3-2中，且第六異源部分插入於CT處。在另一態樣中，第一異源部分插入於容許環A1-1中，第二異源部分插入於容許環A2-1中，第三異源部分插入於B域中，第四異源部分插入於容許環A3-1中，第五異源部分插入於容許環A3-2中，且第六異源部分插入於CT處。在一些實施例中，包含六個異源部分之FVIII蛋白含有自對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745至胺基酸1685或自對應於SEQ ID NO：1之胺基酸745至胺基酸1656的缺失或在胺基酸1648(例如R1648A)、1680(Y1680F)或兩者處之突變或取代。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於與選自由表X中之胺基酸組成之群的胺基酸緊鄰之下游處的異源部分。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於與兩個胺基酸緊鄰之下游處之異源部分，該兩個胺基酸各自選自由表X中之胺基酸組成之群。在一特定實施例中，兩個異源部分插入於兩個選自由表XI中之插入位點組成之群的插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於與三個胺基酸緊鄰之下游處之異源部分，該三個胺基酸各自選自由表X中之胺基酸組成之群。 在一特定實施例中，三個異源部分插入於三個選自由表XII及XIII中之插入位點組成之群的插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含四個插入於與四個胺基酸緊鄰之下游處之異源部分，該四個胺基酸各自選自由表X中之胺基酸組成之群。在一特定實施例中，四個異源部分插入於四個選自由表XIV及XV中之插入位點組成之群的插入位點中。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含五個插入於與五個胺基酸緊鄰之下游處之異源部分，該五個胺基酸各自選自由表X中之胺基酸組成之群。在一特定實施例中，五個異源部分插入於五個選自由表XVI中之插入位點組成之群的插入位點中。在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含六個插入於與六個胺基酸緊鄰之下游處之異源部分，該六個胺基酸各自選自由表X中之胺基酸組成之群。在一特定實施例中，六個異源部分插入於六個選自由表XVII中之插入位點組成之群的插入位點中。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之胺基酸位置緊鄰的下游處之異源部分及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一異源部分。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、 SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之兩個胺基酸位置緊鄰的下游處之異源部分及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一異源部分。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之三個胺基酸位置緊鄰的下游處之異源部分及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一異源部分。
3.異源部分
本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入於一或多個容許環中或a3區域中或兩者中之異源部分，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。「異源部分」可包含異源多肽或非多肽部分或兩者。在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入於一或多個容許環中或a3區域中或兩者中之異源部分，其中該異源部分不為XTEN序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含至少一個插入於一或多個容許環中或a3區域中或兩者中之異源部分，其中該異源部分為半衰期延長部分(例如活體內半衰期延長部分)，但不為XTEN序列。
咸信FVIII保留至少一部分其促凝血活性之插入位點的發現亦將允許將具有與在融合於FVIII蛋白時延長半衰期相關之非結構化或結構化特徵的其他肽及多肽插入於彼等相同位點中之一或多者中。異源部分(例如半衰期延長部分)之非限制性實例包括白蛋白、白蛋白片段、免疫球蛋白之Fc片段、人類絨毛膜促性腺素之β次單位之C端肽(CTP)、HAP序列、轉鐵蛋白(transferrin)、美國專利申請案第20100292130號之PAS多肽、聚甘胺酸連接子、聚絲胺酸連接子，具有6-40個選自甘胺酸(G)、丙胺酸(A)、絲胺酸(S)、酥胺酸(T)、麩胺酸(E)及脯胺酸(P)之兩種胺基酸類型之胺基酸且具有小於50%至大於50%之不同程度之二級結構的肽及短多肽將尤其適於插入於所鑒別之FVIII活性插入位點中。
在某些態樣中，異源部分使重組FVIII蛋白之活體內或活體外半衰期延長。在其他態樣中，異源部分有助於可視化或定位重組FVIII蛋白。重組FVIII蛋白之可視化及/或定位可在活體內、活體外、離體或以其組合方式進行。在其他態樣中，異源部分使重組FVIII蛋白之穩定性增強。如本文所用，術語「穩定性」係指重組FVIII蛋白回應於環境條件(例如溫度升高或降低)保持一或多種物理性質的此項技術公認之量度。在某些態樣中，物理性質可為維持重組FVIII蛋白之共價結構(例如不存在蛋白水解裂解、不必要之氧化或脫醯胺)。在其他態樣中，物理 性質亦可為重組FVIII蛋白以適當折疊狀態存在(例如不存在可溶性或不溶性聚集物或沈澱物)。在一個態樣中，藉由分析重組FVIII蛋白之生物物理性質，例如熱穩定性、pH值去折疊型態、聚醣之穩定移除、溶解性、生物化學功能(例如結合另一蛋白質之能力)等及/或其組合來量測重組FVIII蛋白之穩定性。在另一態樣中，生物化學功能係藉由相互作用之結合親和力來說明。在一個態樣中，蛋白質穩定性之量度為熱穩定性，亦即對熱激發之抗性。可使用此項技術中已知之方法，諸如HPLC(高效液相層析)、SEC(尺寸排阻層析)、DLS(動態光散射)等來量測穩定性。量測熱穩定性之方法包括(但不限於)差示掃描熱量測定法(DSC)、差示掃描螢光測定法(DSF)、圓二色性(CD)及熱激發分析。
在一特定態樣中，插入重組FVIII蛋白中之一或多個容許環、a3區域或兩者中之異源部分使該重組FVIII蛋白之生物化學活性得以保留。在一個實施例中，生物化學活性為可藉由發色分析量測之FVIII活性。
在一些實施例中，異源部分可經由位於異源部分之N端、C端或N端與C端兩者處之連接子間接插入於插入位點中。在異源部分之N端及C端處之連接子可相同或不同。在一些實施例中，多個連接子可串聯側接異源部分之一個或兩個末端。在一些實施例中，連接子為「Gly-Ser肽連接子」。術語「Gly-Ser肽連接子」係指由 甘胺酸及絲胺酸殘基組成之肽。
示範性Gly/Ser肽連接子包含胺基酸序列(Gly4 Ser)n (SEQ ID NO：60)，其中n為等於或大於1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、46、50、55、60、70、80、90或100之整數。在一個實施例中，n=1，亦即連接子為(Gly4 Ser)(SEQ ID NO：191)。在一個實施例中，n=2，亦即連接子為(Gly4 Ser)2 (SEQ ID NO：192)。在另一實施例中，n=3，亦即連接子為(Gly4 Ser)3 (SEQ ID NO：193)。在另一實施例中，n=4，亦即連接子為(Gly4 Ser)4 (SEQ ID NO：194)。在另一實施例中，n=5，亦即連接子為(Gly4 Ser)5 (SEQ ID NO：195)。在另一實施例中，n=6，亦即連接子為(Gly4 Ser)6 (SEQ ID NO：196)。在另一實施例中，n=7，亦即連接子為(Gly4 Ser)7 (SEQ ID NO：197)。在另一實施例中，n=8，亦即連接子為(Gly4 Ser)8 (SEQ ID NO：198)。在另一實施例中，n=9，亦即連接子為(Gly4 Ser)9 (SEQ ID NO：199)。在另一實施例中，n=10，亦即連接子為(Gly4 Ser)10 (SEQ ID NO：200)。
另一示範性Gly/Ser肽連接子包含胺基酸序列Ser(Gly4 Ser)n (SEQ ID NO：201)，其中n為等於或大於1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、46、50、55、60、70、80、90或100之整數。在一個實施例中，n=1，亦即連接子為Ser(Gly4 Ser)(SEQ ID NO： 202)。在一個實施例中，n=2，亦即連接子為Ser(Gly4 Ser)2 (SEQ ID NO：203)。在另一實施例中，n=3，亦即連接子為Ser(Gly4 Ser)3 (SEQ ID NO：204)。在另一實施例中，n=4，亦即連接子為Ser(Gly4 Ser)4 (SEQ ID NO：205)。在另一實施例中，n=5，亦即連接子為Ser(Gly4 Ser)5 (SEQ ID NO：206)。在另一實施例中，n=6，亦即連接子為Ser(Gly4 Ser)6 (SEQ ID NO：207)。在另一實施例中，n=7，亦即連接子為Ser(Gly4 Ser)7 (SEQ ID NO：208)。在另一實施例中，n=8，亦即連接子為Ser(Gly4 Ser)8 (SEQ ID NO：209)。在另一實施例中，n=9，亦即連接子為Ser(Gly4 Ser)9 (SEQ ID NO：210)。在另一實施例中，n=10，亦即連接子為Ser(Gly4 Ser)10 (SEQ ID NO：211)。
3.1 半衰期延長
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個使蛋白質之半衰期，例如蛋白質之活體內半衰期延長之異源部分。重組FVIII蛋白之半衰期可藉由熟習此項技術者已知之任何方法來測定，例如偵測血漿FVIII活性度之FVIII活性分析(發色分析或單級凝血aPTT分析)或偵測血漿FVIII抗原含量之FVIII ELISA。在一特定實施例中，重組FVIII蛋白之凝血活性之半衰期係藉由單級凝血分析測定。在一更特定實施例中，在小鼠，HemA小 鼠或FVIII及馮威里氏(von Willebrand)因子雙重基因剔除(DKO)小鼠中測定重組FVIII蛋白之凝血活性之半衰期。
在某些態樣中，使本發明之重組FVIII蛋白之半衰期延長的異源部分可包含(但不限於)異源多肽，諸如白蛋白、免疫球蛋白Fc區、XTEN序列、人類絨毛膜促性腺素之β次單位之C端肽(CTP)、PAS序列、HAP序列、轉鐵蛋白、白蛋白結合部分或此等多肽之任何片段、衍生物、變異體或組合。在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含使半衰期延長之異源多肽，其中該異源多肽不為XTEN序列。在其他相關態樣中，異源部分可包括諸如聚乙二醇(PEG)、羥乙基澱粉(HES)、聚唾液酸或此等部分之任何衍生物、變異體或組合之非多肽部分的連接位點。
在其他實施例中，本發明之重組FVIII蛋白結合於一或多種聚合物。聚合物可為水溶性的或非水溶性的。聚合物可共價或非共價連接於FVIII或連接於與FVIII結合之其他部分。聚合物之非限制性實例可為聚(氧化烯烴)、聚(乙烯吡咯啶酮)、聚(乙烯醇)、聚噁唑啉或聚(丙烯醯基嗎啉)。其他類型之聚合物結合型FVIII揭示於以全文引用的方式加以揭示之美國專利第7,199,223號中。
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白可包含一個、兩個、三個或三個以上各自可為相同或不同分子 之異源部分。
3.1.1.Fc區
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入於容許環或a3區域或兩者中之Fc區，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。除非另外規定，否則如本文所用之「Fc」或「Fc區」意謂包含Fc域、其變異體或片段之功能性新生兒Fc受體(FcRn)結合搭配物。FcRn結合搭配物為可由FcRn受體特異性結合且隨後由FcRn受體對FcRn結合搭配物進行主動轉運之任何分子。因此，術語Fc包括IgG Fc之具有功能性之任何變異體。已基於X射線結晶學描述IgG之Fc部分中結合FcRn受體的區域(Burmeister等人，Nature 372：379(1994)，其以全文引用的方式併入本文中)。Fc中與FcRn之主要接觸區接近CH2域與CH3域之接合點。Fc-FcRn接觸點皆在單條Ig重鏈內。FcRn結合搭配物包括(但不限於)完整IgG、IgG之Fc片段及IgG中包括FcRn之完全結合區的其他片段。 Fc可包含免疫球蛋白之具有或不具免疫球蛋白之絞鏈區的CH2及CH3域。亦包括在嵌合蛋白質中維持Fc區之合乎需要性質(例如延長半衰期(例如活體內半衰期))之Fc片段、變異體或衍生物。大量突變體、片段、變異體及衍生物例如描述於PCT公開案第WO 2011/069164 A2號、第 WO 2012/006623 A2號、第WO 2012/006635 A2號或第WO 2012/006633 A2號中，該等公開案全部以全文引用的方式併入本文中。
3.1.2 白蛋白
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入於容許環或a3區域或兩者中之白蛋白多肽或其片段、變異體或衍生物，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。人類血清白蛋白(HSA或HA)(一種其全長形式具有609個胺基酸之蛋白質)負責顯著比例之血清滲透壓且亦充當內源性及外源性配體之載體。如本文所用之術語「白蛋白」包括全長白蛋白或其功能性片段、變異體、衍生物或類似物。白蛋白或其片段或變異體之實例揭示於美國專利公開案第2008/0194481A1號、第2008/0004206 A1號、第2008/0161243 A1號、第2008/0261877 A1號或第2008/0153751 A1號或PCT申請公開案第2008/033413 A2號、第2009/058322 A1號或第2007/021494 A2號中，該等公開案以全文引用的方式併入本文中。
白蛋白結合多肽(ABP)可包含(但不限於)可結合白蛋白之細菌白蛋白結合域、白蛋白結合肽或白蛋白結合抗體片段。如由Kraulis等人，FEBS Lett.378：190-194(1996)及Linhult等人，Protein Sci.11：206-213(2002) 揭示之來自鏈球菌蛋白G之域3為細菌白蛋白結合域之一實例。白蛋白結合肽之實例包括一系列具有核心序列DICLPRWGCLW(SEQ ID NO：45)之肽。參見例如Dennis等人，J.Biol.Chem.2002,277：35035-35043(2002)。白蛋白結合抗體片段之實例揭示於Muller及Kontermann,Curr.Opin.Mol.Ther.9：319-326(2007)；Roovers等人，Cancer Immunol.Immunother.56：303-317(2007)；及Holt等人，Prot.Eng.Design Sci.,21：283-288(2008)中，該等參考文獻以全文引用的方式併入本文中。
在某些態樣中，本發明之重組FVIII多肽包含插入於容許環或a3區域或兩者中之可結合白蛋白之非多肽小分子、其變異體或衍生物的至少一個連接位點，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。舉例而言，本發明之重組FVIII蛋白可包括一或多個連接於一或多個容許環中或a3區域中之有機白蛋白結合部分，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。此等白蛋白結合部分之一實例為如由Trussel等人，Bioconjugate Chem.20：2286-2292(2009)揭示之2-(3-順丁烯二醯亞胺基丙醯胺基)-6-(4-(4-碘苯基)丁醯胺基)己酸酯(「Albu」標籤)。
在一些實施例中，白蛋白結合多肽序列係藉由Gly-Ser肽連接子序列側接在C端、N端或兩端處。在一些實 施例中，Gly-Ser肽連接子為Gly4 Ser(SEQ ID NO：191)。在其他實施例中，Gly-Ser肽連接子為(Gly4 Ser)2 (SEQ ID NO：192)。
3.1.3 XTEN
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入於容許環或a3區域或兩者中之XTEN多肽或其片段、變異體或衍生物，其中該重組蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。如此處所用之「XTEN序列」係指具有主要由小親水性胺基酸構成之非天然存在之實質上非重複序列的延長長度多肽，其中該序列在生理條件下具有低度或不具有二級或三級結構。作為嵌合蛋白搭配物，XTEN可充當載體，從而例如當插入本發明之重組FVIII蛋白之容許環或a3區域中時，賦予某些合乎需要之藥物動力學、物理化學及醫藥性質。此等合乎需要之性質包括(但不限於)藥物動力學參數及溶解性特徵增強。
插入於本發明之重組FVIII蛋白中之XTEN序列可賦予重組蛋白以一或多種以下有利性質：構形可撓性、增強之水溶性、高度蛋白酶抗性、低免疫原性、與哺乳動物受體之低結合作用或增加之流體動力學(或斯托克斯(Stokes))半徑。在某些態樣中，XTEN序列可增強藥物動力學性質，諸如延長半衰期(例如活體內半衰期)或增加 曲線下面積(AUC)，以使本發明之重組FVIII蛋白相較於原生FVIII在活體內停留且具有促凝血活性持續延長時段。
可插入本發明之重組FVIII蛋白中之XTEN序列的實例例如揭示於美國專利公開案第2010/0239554 A1號、第2010/0323956 A1號、第2011/0046060 A1號、第2011/0046061 A1號、第2011/0077199 A1號或第2011/0172146 A1號，或國際專利公開案第WO 2010091122 A1號、第WO 2010144502 A2號、第WO 2010144508 A1號、第WO 2011028228 A1號、第WO 2011028229 A1號或第WO 2011028344 A2號中，該等公開案各自以全文引用的方式併入本文中。
可插入本發明之重組FVIII蛋白中之示範性XTEN序列包括XTEN AE42-4(SEQ ID NO：13)、XTEN 144-2A(SEQ ID NO：15)、XTEN A144-3B(SEQ ID NO：17)、XTEN AE144-4A(SEQ ID NO：19)、XTEN AE144-5A(SEQ ID NO：21)、XTEN AE144-6B(SEQ ID NO：23)、XTEN AG144-1(SEQ ID NO：25)、XTEN AG144-A(SEQ ID NO：27)、XTEN AG144-B(SEQ ID NO：29)、XTEN AG144-C(SEQ ID NO：31)及XTEN AG144-F(SEQ ID NO：33)。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白單獨包含至少一個插入FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺 基酸1656的插入位點)中的異源部分或同時包含至少一個插入FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分以及一或多個插入A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分，其中該等異源部分中之至少一者為XTEN序列。在一些態樣中，該等異源部分中之兩者為XTEN序列。在一些態樣中，該等異源部分中之三者為XTEN序列。在一些態樣中，該等異源部分中之四者為XTEN序列。在一些態樣中，該等異源部分中之五者為XTEN序列。在一些態樣中，該等異源部分中之六者或六者以上為XTEN序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白在容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1、A3-2)、a3或其任何組合內之插入位點中包含一或多個XTEN序列。在一個實施例中，一或多個XTEN序列插入於A1-1內。在另一實施例中，一或多個XTEN序列插入於A1-2內。在其他實施例中，一或多個XTEN序列插入於A2-1內。在其他實施例中，一或多個XTEN序列插入於A2-2內。在其他實施例中，一或多個XTEN序列插入於A3-1內。在一些實施例中，一或多個XTEN序列插入於A3-2內。在某些實施例中，一或多個XTEN序列插入於a3區域內。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於表X中所列之插入位點處之XTEN序列。在其他態樣 中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於表X中所列之兩個插入位點中之XTEN序列。在一特定實施例中，兩個XTEN序列插入於表XI中所列之兩個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於表X中所列之三個插入位點中之XTEN序列。在一特定態樣中，三個XTEN序列插入於表XII、表XIII或兩個表中所列之三個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含四個插入於表X中所列之四個插入位點中之XTEN序列。在一特定態樣中，四個XTEN序列插入於表XIV、表XV或兩者中所列之四個插入位點中。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含五個插入於表X中所列之五個插入位點中之XTEN序列。在一特定態樣中，五個XTEN序列插入於表XVI中所列之五個插入位點中。在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含六個插入於表X中所列之六個插入位點中之XTEN序列。在一特定實施例中，六個XTEN序列插入於表XVII中所列之六個插入位點中。在一些態樣中，所有插入之XTEN序列皆相同。在其他態樣中，至少一個插入之XTEN序列不同於其餘插入之XTEN序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之胺基酸位置緊鄰的下游處之XTEN序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基 酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一XTEN序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之兩個胺基酸位置緊鄰的下游處之XTEN序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一XTEN序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之三個胺基酸位置緊鄰的下游處之XTEN序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一XTEN序列。
3.1.4 CTP
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入於容許環或a3區域或兩者中的人類絨毛膜促性腺素之β次單位之C端肽(CTP)或其片段、變異體或衍生物，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。已知一或多個插入重組蛋白中之CTP肽會延長彼蛋白質之半衰期。參見例如美國專利第5,712,122號，其以全文引用的方式併入本文中。示範性CTP肽包括DPRFQDSSSSKAPPPSLPSPSRLPGPSDTPIL (SEQ ID NO：35)或SSSSKAPPPSLPSPSRLPGPSDTPILPQ(SEQ ID NO：36)。參見例如美國專利申請公開案第US 2009/0087411 A1號，其以引用的方式併入本文中。在一些實施例中，CTP序列係藉由Gly-Ser肽連接子序列側接在C端、N端或兩端處。在一些實施例中，Gly-Ser肽連接子為Gly4 Ser(SEQ ID NO：191)。在其他實施例中，Gly-Ser肽連接子為(Gly4 Ser)2 (SEQ ID NO：192)。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白單獨包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分或同時包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分以及一或多個插入於A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分，其中該等異源部分中之至少一者為CTP序列。在一些態樣中，該等異源部分中之兩者為CTP序列。在一些態樣中，該等異源部分中之三者為CTP序列。在一些態樣中，該等異源部分中之四者為CTP序列。在一些態樣中，該等異源部分中之五者為CTP序列。在一些態樣中，該等異源部分中之六者或六者以上為CTP序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白在容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1、A3-2)、a3或其任何組合內之插入位點中包含一或多個CTP序列。在一個實 施例中，一或多個CTP序列插入於A1-1內。在另一實施例中，一或多個CTP序列插入於A1-2內。在其他實施例中，一或多個CTP序列插入於A2-1內。在其他實施例中，一或多個CTP序列插入於A2-2內。在其他實施例中，一或多個CTP序列插入於A3-1內。在一些實施例中，一或多個CTP序列插入於A3-2內。在某些實施例中，一或多個CTP序列插入於a3區域內。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於表X中所列之插入位點處之CTP序列。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於表X中所列之兩個插入位點中之CTP序列。在一特定實施例中，兩個CTP序列插入於表XI中所列之兩個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於表X中所列之三個插入位點中之CTP序列。在一特定態樣中，三個CTP序列插入於表XII、表XIII或兩個表中所列之三個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含四個插入於表X中所列之四個插入位點中之CTP序列。在一特定態樣中，四個CTP序列插入於表XIV、表XV或兩者中所列之四個插入位點中。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含五個插入於表X中所列之五個插入位點中之CTP序列。在一特定態樣中，五個CTP序列插入於表XVI中所列之五個插入位點中。在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含六個插入於表X中所列之六個插入位點中之CTP序列。在一 特定實施例中，六個CTP序列插入於表XVII中所列之六個插入位點中。在一些態樣中，所有插入之CTP序列皆相同。在其他態樣中，至少一個插入之CTP序列不同於其餘插入之CTP序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之胺基酸位置緊鄰的下游處之CTP序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一CTP序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之兩個胺基酸位置緊鄰的下游處之CTP序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一CTP序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之三個胺基酸位置緊鄰的下游處之CTP序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一CTP序列。
3.1.5 PAS
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入於容許環或a3區域或兩者中之PAS肽或其片段、變異體或衍生物，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。如本文所用之PAS肽或PAS序列意謂主要包含丙胺酸及絲胺酸殘基或主要包含丙胺酸、絲胺酸及脯胺酸殘基之胺基酸序列，該胺基酸序列在生理條件下形成無規捲曲構形。因此，PAS序列為包含以下、基本上由以下組成或由以下組成之可用作嵌合蛋白質中之異源部分之一部分的構築嵌段、胺基酸聚合物或序列卡匣：丙胺酸、絲胺酸及脯胺酸。當除丙胺酸、絲胺酸及脯胺酸以外之殘基作為次要組分添加於PAS序列中時，胺基酸聚合物亦可形成無規捲曲構形。「次要組分」意謂除丙胺酸、絲胺酸及脯胺酸以外之胺基酸可在某種程度上添加於PAS序列中，例如胺基酸之至多約12%，亦即PAS序列之100個胺基酸中有約12個彼等胺基酸；至多約10%；至多約9%；至多約8%；約6%；約5%；約4%；約3%；亦即約2%或約1%。不同於丙胺酸、絲胺酸及脯胺酸之胺基酸可選自由以下組成之群：Arg、Asn、Asp、Cys、Gln、Glu、Gly、His、Ile、Leu、Lys、Met、Phe、Thr、Trp、Tyr及Val。在生理條件下，PAS肽形成無規捲曲構形且藉此可介導本發明重組蛋白之活體內及/或活體外穩定性增強，且具有 促凝血活性。
PAS肽之非限制性實例包括ASPAAPAPASPAAPAPSAPA(SEQ ID NO：37)、AAPASPAPAAPSAPAPAAPS(SEQ ID NO：38)、APSSPSPSAPSSPSPASPSS(SEQ ID NO：39)、APSSPSPSAPSSPSPASPS(SEQ ID NO：40)、SSPSAPSPSSPASPSPSSPA(SEQ ID NO：41)、AASPAAPSAPPAAASPAAPSAPPA(SEQ ID NO：42)、ASAAAPAAASAAASAPSAAA(SEQ ID NO：43)或其任何變異體、衍生物、片段或組合。PAS序列之其他實例可自例如美國專利公開案第2010/0292130 A1號及PCT申請公開案第WO 2008/155134 A1號、歐洲頒佈專利EP2173890獲知。在一些實施例中，PAS序列係藉由Gly-Ser肽連接子序列側接在C端、N端或兩端處。在一些實施例中，Gly-Ser肽連接子為Gly4 Ser(SEQ ID NO：191)。在其他實施例中，Gly-Ser肽連接子為(Gly4 Ser)2 (SEQ ID NO：192)。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白單獨包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分或同時包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分以及一或多個插入於A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2- 2、A3-1或A3-2)中之異源部分，其中該等異源部分中之至少一者為PAS序列。在一些態樣中，該等異源部分中之兩者為PAS序列。在一些態樣中，該等異源部分中之三者為PAS序列。在一些態樣中，該等異源部分中之四者為PAS序列。在一些態樣中，該等異源部分中之五者為PAS序列。在一些態樣中，該等異源部分中之六者或六者以上為PAS序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白在容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1、A3-2)、a3或其任何組合內之插入位點中包含一或多個PAS序列。在一個實施例中，一或多個PAS序列插入於A1-1內。在另一實施例中，一或多個PAS序列插入於A1-2內。在其他實施例中，一或多個PAS序列插入於A2-1內。在其他實施例中，一或多個PAS序列插入於A2-2內。在其他實施例中，一或多個PAS序列插入於A3-1內。在一些實施例中，一或多個PAS序列插入於A3-2內。在某些實施例中，一或多個PAS序列插於a3區域內。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於表X中所列之插入位點處之PAS序列。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於表X中所列之兩個插入位點中之PAS序列。在一特定實施例中，兩個PAS序列插入於表XI中所列之兩個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於表X中所列之三個插 入位點中之PAS序列。在一特定態樣中，三個PAS序列插入於表XII、表XIII或兩個表中所列之三個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含四個插入於表X中所列之四個插入位點中之PAS序列。在一特定態樣中，四個PAS序列插入於表XIV、表XV或兩者中所列之四個插入位點中。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含五個插入於表X中所列之五個插入位點中之PAS序列。在一特定態樣中，五個PAS序列插入於表XVI中所列之五個插入位點中。在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含六個插入於表X中所列之六個插入位點中之PAS序列。在一特定實施例中，六個PAS序列插入於表XVII中所列之六個插入位點中。在一些態樣中，所有插入之PAS序列皆相同。在其他態樣中，至少一個插入之PAS序列不同於其餘插入之PAS序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之胺基酸位置緊鄰的下游處之PAS序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一PAS序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基 酸1900之兩個胺基酸位置緊鄰的下游處之PAS序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一PAS序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之三個胺基酸位置緊鄰的下游處之PAS序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一PAS序列。
3.1.6 HAP
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入於容許環或a3區域或兩者中之高胺基酸聚合物(HAP)肽或其片段、變異體或衍生物，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。HAP肽可包含甘胺酸重複序列，其長度為至少50個胺基酸、至少100個胺基酸、120個胺基酸、140個胺基酸、160個胺基酸、180個胺基酸、200個胺基酸、250個胺基酸、300個胺基酸、350個胺基酸、400個胺基酸、450個胺基酸或500個胺基酸。HAP序列能夠延長融合於或連接於HAP序列之部分的半衰期。HAP序列之非限制性實例包括(但不限於)(Gly)n 、(Gly4 Ser)n 或S(Gly4 Ser)n ，其中n為1、2、3、4、5、6、7、8、9、 10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20。在一個實施例中，n為20、21、22、23、24、25、26、26、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40。在另一實施例中，n為50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190或200。參見例如Schlapschy M等人，Protein Eng.Design Selection,20：273-284(2007)。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白單獨包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分或同時包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分以及一或多個插入於A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分，其中該等異源部分中之至少一者為HAP序列。在一些態樣中，該等異源部分中之兩者為HAP序列。在一些態樣中，該等異源部分中之三者為HAP序列。在一些態樣中，該等異源部分中之四者為HAP序列。在一些態樣中，該等異源部分中之五者為HAP序列。在一些態樣中，該等異源部分中之六者或六者以上為HAP序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白在容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1、A3-2)、a3或其任何組合內之插入位點中包含一或多個HAP序列。在一個實 施例中，一或多個HAP序列插入於A1-1內。在另一實施例中，一或多個HAP序列插入於A1-2內。在其他實施例中，一或多個HAP序列插入於A2-1內。在其他實施例中，一或多個HAP序列插入於A2-2內。在其他實施例中，一或多個HAP序列插入於A3-1內。在一些實施例中，一或多個HAP序列插入於A3-2內。在某些實施例中，一或多個HAP序列插入於a3區域內。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於表X中所列之插入位點處之HAP序列。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於表X中所列之兩個插入位點中之HAP序列。在一特定實施例中，兩個HAP序列插入於表XI中所列之兩個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於表X中所列之三個插入位點中之HAP序列。在一特定態樣中，三個HAP序列插入於表XII、表XIII或兩個表中所列之三個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含四個插入於表X中所列之四個插入位點中之HAP序列。在一特定態樣中，四個HAP序列插入於表XIV、表XV或兩者中所列之四個插入位點中。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含五個插入於表X中所列之五個插入位點中之HAP序列。在一特定態樣中，五個HAP序列插入於表XVI中所列之五個插入位點中。在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含六個插入於表X中所列之六個插入位點中之HAP序列。在 一特定實施例中，六個HAP序列插入於表XVII中所列之六個插入位點中。在一些態樣中，所有插入之HAP序列皆相同。在其他態樣中，至少一個插入之HAP序列不同於其餘插入之HAP序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之胺基酸位置緊鄰的下游處之HAP序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一HAP序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之兩個胺基酸位置緊鄰的下游處之HAP序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一HAP序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之三個胺基酸位置緊鄰的下游處之HAP序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一HAP序列。
3.1.7 轉鐵蛋白
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個插入於容許環或a3區域或兩者中之轉鐵蛋白肽或其片段、變異體或衍生物，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。任何轉鐵蛋白皆可處入本發明之重組FVIII蛋白中。舉例而言，野生型人類Tf(Tf)為一種具有679個胺基酸之約75KDa(不考慮糖基化)之蛋白質，具有似乎由基因複製產生之兩個主要結構域N(約330個胺基酸)及C(約340個胺基酸)。參見基因庫(GenBank)登錄號NM001063、XM002793、M12530、XM039845、XM 039847及S95936(www.ncbi.nlm.nih.gov)，其全部以全文引用的方式併入本文中。
轉鐵蛋白經由轉鐵蛋白受體(TfR)介導之胞吞作用來轉運鐵。在鐵釋放至內體區室中且Tf-TfR複合物再循環至細胞表面之後，Tf釋放回細胞外間隙以進行下一鐵轉運循環。Tf具有超過14-17天之長半衰期(Li等人，Trends Pharmacol.Sci.23：206-209(2002))。已針對半衰期延長作用、癌症療法之靶向傳遞、經口傳遞及胰島素原(proinsulin)之持續活化作用研究轉鐵蛋白融合蛋白(Brandsma等人，Biotechnol.Adv.,29：230-238(2011)；Bai等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102：7292-7296(2005)；Kim等人，J.Pharmacol.Exp.Ther.,334：682-692(2010)；Wang等人，J.Controlled Release 155：386-392(2011))。
在一些實施例中，轉鐵蛋白序列係藉由Gly-Ser肽連接子序列側接在C端、N端或兩端處。在一些實施例中，Gly-Ser肽連接子為Gly4 Ser(SEQ ID NO：191)。在其他實施例中，Gly-Ser肽連接子為(Gly4 Ser)2 (SEQ ID NO：192)。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白單獨包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分或同時包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分以及一或多個插入於A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分，其中該等異源部分中之至少一者為轉鐵蛋白序列。在一些態樣中，該等異源部分中之兩者為轉鐵蛋白序列。在一些態樣中，該等異源部分中之三者為轉鐵蛋白序列。在一些態樣中，該等異源部分中之四者為轉鐵蛋白序列。在一些態樣中，該等異源部分中之五者為轉鐵蛋白序列。在一些態樣中，該等異源部分中之六者或六者以上為轉鐵蛋白序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白在容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1、A3-2)、a3或其任何組合內之插入位點中包含一或多個轉鐵蛋白序列。在一個實施例中，一或多個轉鐵蛋白序列插入於A1-1內。在另一實施例中，一或多個轉鐵蛋白序列插入於A1-2內。在 其他實施例中，一或多個轉鐵蛋白序列插入於A2-1內。在其他實施例中，一或多個轉鐵蛋白序列插入於A2-2內。在其他實施例中，一或多個轉鐵蛋白序列插入於A3-1內。在一些實施例中，一或多個轉鐵蛋白序列插入於A3-2內。在某些實施例中，一或多個轉鐵蛋白序列插入於a3區域內。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於表X中所列之插入位點處之轉鐵蛋白序列。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於表X中所列之兩個插入位點中之轉鐵蛋白序列。在一特定實施例中，兩個轉鐵蛋白序列插入於表XI中所列之兩個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於表X中所列之三個插入位點中之轉鐵蛋白序列。在一特定態樣中，三個轉鐵蛋白序列插入於表XII、表XIII或兩個表中所列之三個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含四個插入於表X中所列之四個插入位點中之轉鐵蛋白序列。在一特定態樣中，四個轉鐵蛋白序列插入於表XIV、表XV或兩者中所列之四個插入位點中。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含五個插入於表X中所列之五個插入位點中之轉鐵蛋白序列。在一特定態樣中，五個轉鐵蛋白序列插入於表XVI中所列之五個插入位點中。在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含六個插入於表X中所列之六個插入位點中之轉鐵蛋白序列。在一特定實施例中，六個轉鐵蛋白 序列插入於表XVII中所列之六個插入位點中。在一些態樣中，所有插入之轉鐵蛋白序列皆相同。在其他態樣中，至少一個插入之轉鐵蛋白序列不同於其餘插入之轉鐵蛋白序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之胺基酸位置緊鄰的下游處之轉鐵蛋白序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一轉鐵蛋白序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之兩個胺基酸位置緊鄰的下游處之轉鐵蛋白序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一轉鐵蛋白序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之三個胺基酸位置緊鄰的下游處之轉鐵蛋白序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一轉鐵蛋白序列。
3.1.8 PEG
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含插入於容許環或a3區域或兩者中之非多肽異源部分或其片段、變異體或衍生物的至少一個連接位點，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。舉例而言，本發明之重組FVIII蛋白可包括一或多個連接在一或多個容許環中或a3區域中之聚乙二醇(PEG)部分，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。
聚乙二醇化FVIII可指FVIII與至少一個聚乙二醇(PEG)分子之間形成之結合物。多種分子量及平均分子量範圍內的PEG可購得。PEG平均分子量範圍之典型實例包括(但不限於)約200、約300、約400、約600、約1000、約1300-1600、約1450、約2000、約3000、約3000-3750、約3350、約3000-7000、約3500-4500、約5000-7000、約7000-9000、約8000、約10000、約8500-11500、約16000-24000、約35000、約40000、約60000及約80000道爾頓(dalton)。此等平均分子量僅作為實例提供且不意欲以任何方式具有限制性。
本發明之重組FVIII蛋白可經聚乙二醇化以包括單個或多個(例如2-4個)PEG部分。聚乙二醇化可藉由此項技術中已知之任何聚乙二醇化反應來進行。製備聚乙二醇化蛋白質產物之方法將通常包括(i)使多肽與聚乙二醇 (諸如PEG之反應性酯或醛衍生物)在可使本發明之肽連接於一或多個PEG基團之條件下反應；及(ii)獲得反應產物。一般而言，反應之最佳反應條件將基於已知參數及所需結果根據具體情況來確定。
存在許多可為熟習此項技術者所用之PEG連接方法，例如Malik F等人，Exp.Hematol.20：1028-35(1992)；Francis,Focus on Growth Factors 3(2)：4-10(1992)；歐洲專利公開案第EP0401384號、第EP0154316號及第EP0401384號；及國際專利申請公開案第WO92/16221號及第WO95/34326號。作為非限制性實例，FVIII變異體可在如本文所述之一或多個容許環中含有半胱胺酸取代，且半胱胺酸可進一步結合於PEG聚合物。參見Mei等人，Blood 116：270-279(2010)及美國專利第7,632,921號，其以全文引用的方式併入本文中。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白單獨包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分或同時包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分以及一或多個插入於A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分，其中該等異源部分中之至少一者為PEG分子。在一些態樣中，該等異源部分中之兩者為PEG。在一些態樣中，該等異源部分中之三者為 PEG。在一些態樣中，該等異源部分中之四者為PEG。在一些態樣中，該等異源部分中之五者為PEG。在一些態樣中，該等異源部分中之六者或六者以上為PEG。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白在容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1、A3-2)、a3或其任何組合內之插入位點中包含一或多個PEG。在一個實施例中，一或多個PEG插入於A1-1內。在另一實施例中，一或多個PEG插入於A1-2內。在其他實施例中，一或多個PEG插入於A2-1內。在其他實施例中，一或多個PEG插入於A2-2內。在其他實施例中，一或多個PEG插入於A3-1內。在一些實施例中，一或多個PEG插入於A3-2內。在某些實施例中，一或多個PEG插入於a3區域內。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於表X中所列之插入位點處之PEG。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於表X中所列之兩個插入位點中之PEG。在一特定實施例中，兩個PEG插入於表XI中所列之兩個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於表X中所列之三個插入位點中之PEG。在一特定態樣中，三個PEG插入於表XII、表XIII或兩個表中所列之三個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含四個插入於表X中所列之四個插入位點中之PEG。在一特定態樣中，四個PEG插入於表XIV、表XV或兩者中所列之四個插入位點中。在一些態樣中，重 組FVIII蛋白包含五個插入於表X中所列之五個插入位點中之PEG。在一特定態樣中，五個PEG插入於表XVI中所列之五個插入位點中。在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含六個插入於表X中所列之六個插入位點中之PEG。在一特定實施例中，六個PEG插入於表XVII中所列之六個插入位點中。在一些態樣中，所有插入之PEG皆相同。在其他態樣中，至少一個插入之PEG不同於其餘插入之PEG。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之胺基酸位置緊鄰的下游處之PEG及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一PEG。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之兩個胺基酸位置緊鄰的下游處之PEG及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一PEG。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺 基酸1900之三個胺基酸位置緊鄰的下游處之PEG及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一PEG。
3.1.9 HES
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個結合在一或多個容許環中或a3區域中之羥乙基澱粉(HES)聚合物，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。HES為天然存在之支鏈澱粉之衍生物且在體內由α-澱粉酶降解。HES展現有利生物性質且在臨床上用作血容量補充劑並用於血液稀釋療法中。參見例如Sommermeyer等人，Krankenhauspharmazie 8：271-278(1987)；及Weidler等人，Arzneim.-Forschung/Drug Res.41：494-498(1991)。
HES主要藉由分子量分佈及取代度表徵。HES之平均分子量(重量平均分子量)為1至300kD、2至200kD、3至100kD或4至70kD。對於羥乙基，羥乙基澱粉可進一步展現0.1至3、0.1至2、0.1至0.9或0.1至0.8之莫耳取代度，以及2至20之範圍內的C2：C6取代比率。平均分子量為約130kD之HES為來自Fresenius之VOLUVEN® 。VOLUVEN® 為一種人工膠體，其例如用於在治療適應證中用於治療及防治血容量過低(hypovolaemia)之容量補充。存在許多可為熟習此項技術者所用之HES 連接方法，例如上述相同PEG連接方法。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白單獨包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分或同時包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分以及一或多個插入於A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分，其中該等異源部分中之至少一者為HES序列。在一些態樣中，該等異源部分中之兩者為HES序列。在一些態樣中，該等異源部分中之三者為HES序列。在一些態樣中，該等異源部分中之四者為HES序列。在一些態樣中，該等異源部分中之五者為HES序列。在一些態樣中，該等異源部分中之六者或六者以上為HES序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白在容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1、A3-2)、a3或其任何組合內之插入位點中包含一或多個HES序列。在一個實施例中，一或多個HES序列插入於A1-1內。在另一實施例中，一或多個HES序列插入於A1-2內。在其他實施例中，一或多個HES序列插入於A2-1內。在其他實施例中，一或多個HES序列插入於A2-2內。在其他實施例中，一或多個HES序列插入於A3-1內。在一些實施例中，一或多個HES序列插入於A3-2內。在某些實施例 中，一或多個HES序列插入於a3區域內。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於表X中所列之插入位點處之HES序列。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於表X中所列之兩個插入位點中之HES序列。在一特定實施例中，兩個HES序列插入於表XI中所列之兩個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於表X中所列之三個插入位點中之HES序列。在一特定態樣中，三個HES序列插入於表XII、表XIII或兩個表中所列之三個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含四個插入於表X中所列之四個插入位點中之HES序列。在一特定態樣中，四個HES序列插入於表XIV、表XV或兩者中所列之四個插入位點中。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含五個插入於表X中所列之五個插入位點中之HES序列。在一特定態樣中，五個HES序列插入於表XVI中所列之五個插入位點中。在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含六個插入於表X中所列之六個插入位點中之HES序列。在一特定實施例中，六個HES序列插入於表XVII中所列之六個插入位點中。在一些態樣中，所有插入之HES序列皆相同。在其他態樣中，至少一個插入之HES序列不同於其餘插入之HES序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸 26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之胺基酸位置緊鄰的下游處之HES序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一HES序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之兩個胺基酸位置緊鄰的下游處之HES序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一HES序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之三個胺基酸位置緊鄰的下游處之HES序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一HES序列。
3.1.10 PSA
在某些態樣中，本發明之重組FVIII蛋白包含至少一個結合在一或多個容許環中或a3區域中之聚唾液酸(PSA)聚合物，其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。PSA為由某些 細菌菌株及在哺乳動物中於某些細胞中產生之唾液酸之天然存在之未分支聚合物。參見例如Roth J.等人，(1993),Polysialic Acid：From Microbes to Man,Roth J.,Rutishauser U.,Troy F.A.編(BirkhäuserVerlag,Basel,Switzerland)，第335-348頁。PSA可藉由有限酸水解或藉由用神經胺糖酸苷酶(neuraminidase)消化或藉由份化聚合物之天然細菌源性形式來以自n=約80個或80個以上唾液酸殘基至n=2之各種聚合度產生。存在許多可為熟習此項技術者所用之PSA連接方法，例如上述相同PEG連接方法。在某些態樣中，活化PSA亦可連接於FVIII上之半胱胺酸胺基酸殘基。參見例如美國專利第5846951號。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白單獨包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分或同時包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分以及一或多個插入於A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分，其中該等異源部分中之至少一者為PSA序列。在一些態樣中，該等異源部分中之兩者為PSA序列。在一些態樣中，該等異源部分中之三者為PSA序列。在一些態樣中，該等異源部分中之四者為PSA序列。在一些態樣中，該等異源部分中之五者為PSA序列。在一些態樣中，該等異源部分中之六者或 六者以上為PSA序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白在容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1、A3-2)、a3或其任何組合內之插入位點中包含一或多個PSA序列。在一個實施例中，一或多個PSA序列插入於A1-1內。在另一實施例中，一或多個PSA序列插入於A1-2內。在其他實施例中，一或多個PSA序列插入於A2-1內。在其他實施例中，一或多個PSA序列插入於A2-2內。在其他實施例中，一或多個PSA序列插入於A3-1內。在一些實施例中，一或多個PSA序列插入於A3-2內。在某些實施例中，一或多個PSA序列插入於a3內。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於表X中所列之插入位點處之PSA序列。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於表X中所列之兩個插入位點中之PSA序列。在一特定實施例中，兩個PSA序列插入於表XI中所列之兩個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於表X中所列之三個插入位點中之PSA序列。在一特定態樣中，三個PSA序列插入於表XII、表XIII或兩個表中所列之三個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含四個插入於表X中所列之四個插入位點中之PSA序列。在一特定態樣中，四個PSA序列插入於表XIV、表XV或兩者中所列之四個插入位點中。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含五 個插入於表X中所列之五個插入位點中之PSA序列。在一特定態樣中，五個PSA序列插入於表XVI中所列之五個插入位點中。在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含六個插入於表X中所列之六個插入位點中之PSA序列。在一特定實施例中，六個PSA序列插入於表XVII中所列之六個插入位點中。在一些態樣中，所有插入之PSA序列皆相同。在其他態樣中，至少一個插入之PSA序列不同於其餘插入之PSA序列。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含一個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之胺基酸位置緊鄰的下游處之PSA序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一PSA序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含兩個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之兩個胺基酸位置緊鄰的下游處之PSA序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一PSA序列。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含三個插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺 基酸1900之三個胺基酸位置緊鄰的下游處之PSA序列及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰的下游處之另一PSA序列。
3.1.11 清除受體
在某些態樣中，可延長本發明之重組FVIII蛋白之半衰期，其中該重組FVIII蛋白包含插入於容許環或a3區域或兩者中之FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之至少一個片段，且其中該重組FVIII蛋白具有促凝血活性且可在活體內或活體外在宿主細胞中表現。插入諸如低密度脂蛋白相關蛋白受體LRP1之清除受體或其片段之可溶性形式可阻斷FVIII結合清除受體且藉此延長其半衰期，例如活體內半衰期。LRP1為一種牽涉於多種蛋白質(包括FVIII)之由受體介導之清除中之600kDa膜主體蛋白。參見例如Lenting等人，Haemophilia 16：6-16(2010)。其他適合之FVIII清除受體為例如LDLR(低密度脂蛋白受體)、VLDLR(極低密度脂蛋白受體)及巨蛋白(megalin)(LRP-2)或其片段。參見例如Bovenschen等人，Blood 106：906-912(2005)；Bovenschen,Blood 116：5439-5440(2010)；Martinelli等人，Blood 116：5688-5697(2010)。
在一些實施例中，清除受體序列係藉由Gly-Ser肽連接子序列側接在C端、N端或兩端處。在一些實施例 中，Gly-Ser肽連接子為Gly4 Ser(SEQ ID NO：191)。在其他實施例中，Gly-Ser肽連接子為(Gly4 Ser)2 (SEQ ID NO：192)。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白單獨包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分或同時包含至少一個插入於FVIII之a3區域(例如對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656的插入位點)中的異源部分以及一或多個插入於A域之容許環(例如如上所述之A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2)中之異源部分，其中該等異源部分中之至少一者為FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之片段。在一些態樣中，該等異源部分中之兩者為FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之片段。在一些態樣中，該等異源部分中之三者為FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之片段。在一些態樣中，該等異源部分中之四者為FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之片段。在一些態樣中，該等異源部分中之五者為FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之片段。在一些態樣中，該等異源部分中之六者或六者以上為FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之片段。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白在容許環(例如A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1、A3-2)、a3或其任何 組合內之插入位點中包含FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之一或多個片段。在一個實施例中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之一或多個片段插入於A1-1內。在另一實施例中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之一或多個片段插入於A1-2內。在其他實施例中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之一或多個片段插入於A2-1內。在其他實施例中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之一或多個片段插入於A2-2內。在其他實施例中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之一或多個片段插入於A3-1內。在一些實施例中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之一或多個片段插入於A3-2內。在某些實施例中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之一或多個片段插入於a3區域內。
在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含插入於表X中所列之插入位點處之FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之一個片段。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含插入於表X中所列之兩個插入位點中之FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物的兩個片段。在一特定實施例中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之兩個片段插入於表XI中所列之兩個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包 含插入於表X中所列之三個插入位點中之FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物的三個片段。在一特定態樣中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之三個片段插入於表XII、表XIII或兩個表中所列之三個插入位點中。在其他態樣中，重組FVIII蛋白包含插入於表X中所列之四個插入位點中之FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物的四個片段。在一特定態樣中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之四個片段插入於表XIV、表XV或兩者中所列之四個插入位點中。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含插入於表X中所列之五個插入位點中之FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物的五個片段。在一特定態樣中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之五個片段插入於表XVI中所列之五個插入位點中。在某些態樣中，重組FVIII蛋白包含插入於表X中所列之六個插入位點中之FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物的六個片段。在一特定實施例中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之六個片段插入於表XVII中所列之六個插入位點中。在一些態樣中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之所有插入片段皆相同。在其他態樣中，FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之至少一個插入片段不同於FVIII清除受體或其FVIII結合 片段、變異體或衍生物之其餘插入片段。
在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之胺基酸位置緊鄰之下游處的FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之一個片段及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰之下游處的FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之另一片段。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之兩個胺基酸位置緊鄰之下游處的FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之兩個片段及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰之下游處的FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之另一片段。在一些態樣中，重組FVIII蛋白包含插入於與對應於成熟原生人類FVIII中SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸1720或SEQ ID NO：1之胺基酸1900之三個胺基酸位置緊鄰之下游處的FVIII清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之三個片段及插入於與對應於SEQ ID NO：1之胺基酸1656之胺基酸緊鄰之下游處的FVIII 清除受體或其FVIII結合片段、變異體或衍生物之另一片段。
3.2 可視化及定位
在某些態樣中，異源部分有助於可視化或定位本發明之重組FVIII蛋白。有助於可視化或定位之插入或結合於重組蛋白中之多種肽及其他部分在此項技術中為已知的。此等部分可用於促成活體外、活體內、離體或以其任何組合方式進行之可視化或定位。
使可視化或定位成為可能之肽或多肽之非限制性實例包括可有助於基於抗生物素蛋白之試劑及基於抗生蛋白鏈菌素之試劑之結合的生物素接受體肽、可有助於硫醇反應性探針與結合之硫辛酸結合或有助於直接接合螢光硫辛酸類似物的硫辛酸接受體肽、螢光蛋白(例如綠色螢光蛋白(GFP)及其變異體(例如EGFP、YFP(諸如EYFP)、mVenus、YPet或Citrine或CFP(諸如Cerulean或ECFP))或紅色螢光蛋白(RFP))、用於接合雙砷染料(諸如4’,5’-雙(1,3,2-二硫砷雜環戊烷-2-基)螢光素(FlAsH))或結合介穩態鎝之含半胱胺酸肽、用於結合銪籠形物以進行基於螢光共振能量轉移(FRET)之近接分析之肽、其任何變異體及其任何組合。
在一些實施例中，使可視化成為可能之肽或多肽(例如GFP，諸如EGFP)係藉由Gly-Ser肽連接子序列 側接在C端、N端或兩端處。在一些實施例中，Gly-Ser肽連接子為Gly4 Ser(SEQ ID NO：191)。在其他實施例中，Gly-Ser肽連接子為(Gly4 Ser)2 (SEQ ID NO：192)。
藉由此等技術標記之重組FVIII蛋白可例如用於病理性血栓形成及溶解之3D成像、促凝血惡性病中之腫瘤成像、血液及血漿中之促凝血微粒之流動式細胞測量定量及表徵、藉由活體內顯微術監測血栓形成。
4.醫藥組合物及治療方法
本發明進一步提供一種使用包含本發明之重組FVIII蛋白之醫藥組合物治療人類受試者之出血病狀的方法。示範性方法包括向有需要之受試者投與治療有效量之包含本發明之重組FVIII蛋白的醫藥組合物/調配物。在其他態樣中，可向有需要之受試者投與包含編碼本發明之重組蛋白之DNA的組合物。在本發明之某些態樣中，可向有需要之受試者投與表現本發明之重組FVIII蛋白之細胞。在本發明之某些態樣中，醫藥組合物包含(i)重組FVIII蛋白，(ii)編碼重組FVIII蛋白之分離之核酸，(iii)包含編碼核酸之載體，(iv)包含編碼重組FVIII蛋白之分離之核酸及/或包含編碼重組FVIII蛋白之核酸之載體的細胞，或(v)其組合，且醫藥組合物進一步包含可接受之賦形劑或載劑。
出血病狀可由凝血病症引起。凝血病症亦可 稱為凝血病。在一個實例中，可用本發明之醫藥組合物治療之凝血病症為血友病或馮威里氏病(vWD)。在另一實例中，可用本發明之醫藥組合物治療之凝血病症為血友病A。
在一些實施例中，與出血病狀相關之出血類型係選自關節積血、肌肉出血、口腔出血、出血、向肌肉內出血、口腔出血、創傷、頭創傷、胃腸出血、顱內出血、腹內出血、胸內出血、骨折、中樞神經系統出血、咽後間隙中出血、腹膜後間隙中出血及髂腰肌鞘中出血。
在其他實施例中，罹患出血病狀之受試者需要手術治療，包括例如手術防治或圍手術期處理。在一個實例中，手術係選自小手術及大手術。示範性手術程序包括拔牙、扁桃體切除術、腹股溝疝切開術、滑膜切除術、開顱術、骨縫合術、創傷手術、顱內手術、腹內手術、胸內手術、關節置換手術(例如全膝關節置換術、髖關節置換術及其類似置換手術)、心臟手術及剖腹生產術。
在另一實例中，受試者係用因子IX並行治療。由於本發明化合物能夠活化FIXa，所以其可用於在向受試者投與FIXa之前預活化FIXa多肽。
本發明方法可對需要防治性治療或按需治療之受試者實施。
包含本發明之重組FVIII蛋白之醫藥組合物可經調配以用於任何適當投藥方式，包括例如局部(例如經 皮或眼部)、經口、經頰、經鼻、經陰道、經直腸或非經腸投藥。
如本文所用之術語非經腸包括皮下、皮內、血管內(例如靜脈內)、肌肉內、經脊椎、顱內、鞘內、眼內、眼周、眶內、滑膜內及腹膜內注射以及任何類似注射或輸注技術。組合物亦可為例如懸浮液、乳液、持續釋放調配物、乳膏劑、凝膠劑或散劑。組合物可用傳統黏合劑及載劑(諸如三酸甘油酯)調配成栓劑。
在一個實例中，醫藥調配物為液體調配物，例如緩衝等張水溶液。在另一實例中，醫藥組合物具有生理性或接近於生理性之pH值。在其他實例中，水性調配物具有生理性或接近於生理性之容積莫耳滲透濃度及鹽度。其可含有氯化鈉及/或乙酸鈉。在一些實例中，本發明之組合物經凍乾。
5.聚核苷酸、載體、宿主細胞及製備方法
本發明進一步提供一種編碼本文所述之重組FVIII蛋白之分離之核酸、一種包含該核酸之表現載體、一種包含該核酸或該載體之宿主細胞或製備該重組FVIII蛋白之方法。
在一個實施例中，本發明包括一種製備重組FVIII蛋白之方法，其包括將異源部分插入如本文所述之所鑒別之容許位置、a3區域或兩者中，其中該重組FVIII 蛋白展現促凝血活性。
在另一實施例中，本發明包括一種延長FVIII蛋白之半衰期而不消除或降低該FVIII蛋白之促凝血活性的方法，其包括將異源部分插入如本文所述之所鑒別之容許位置、a3區域或兩者中，其中相較於無該異源部分之FVIII蛋白，該重組FVIII蛋白展現促凝血活性及延長之半衰期。
在其他實施例中，本發明提供一種建構重組FVIII蛋白之方法，其包括設計編碼在如本文所述之容許環、a3區域或兩者中包含至少一個異源部分之該重組FVIII蛋白的核苷酸序列。
在某些實施例中，本發明包括一種增加重組FVIII蛋白之表現之方法，其包括將異源部分插入如本文所述之所鑒別之容許位置、a3區域或兩者中，其中該重組FVIII蛋白展現促凝血活性。
在其他實施例中，本發明提供一種保留重組FVIII蛋白之促凝血活性之方法，其包括將異源部分插入如本文所述之所鑒別之容許位置、a3區域或兩者中，其中該重組FVIII蛋白展現促凝血活性。
在一些實施例中，核酸、載體或宿主細胞進一步包含編碼蛋白質轉化酶之另一核苷酸。蛋白質轉化酶可選自由以下組成之群：前蛋白轉化酶枯草桿菌蛋白酶(subtilisin)/克欣蛋白酶(kexin)5型(PCSK5或PC5)、前蛋 白轉化酶枯草桿菌蛋白酶/克欣蛋白酶7型(PCSK7或PC5)、酵母Kex 2、前蛋白轉化酶枯草桿菌蛋白酶/克欣蛋白酶3型(PACE或PCSK3)及其兩者或兩者以上之組合。在一些實施例中，蛋白質轉化酶為PACE、PC5或PC7。在一特定實施例中，蛋白質轉化酶為PC5或PC7。參見國際申請公開案第WO 2012/006623號，其以引用的方式併入本文中。在另一實施例中，蛋白質轉化酶為PACE/弗林蛋白酶(Furin)。
如本文所用，表現載體係指含有在引入適當宿主細胞中時，為插入之編碼序列之轉錄及轉譯所必需之元件，或在RNA病毒載體之情況下，為複製及轉譯所必需之元件的任何核酸構築體。表現載體可包括質體、噬菌粒、病毒及其衍生物。
如本文所用之基因表現控制序列為促成其所可操作地連接之編碼核酸之高效轉錄及轉譯的任何調節核苷酸序列，諸如啟動子序列或啟動子-強化子組合。基因表現控制序列可為例如哺乳動物或病毒啟動子，諸如組成性或誘導性啟動子。組成性哺乳動物啟動子包括(但不限於)以下基因之啟動子：次黃嘌呤磷酸核糖基轉移酶(HPRT)、腺苷去胺酶、丙酮酸激酶、β-肌動蛋白啟動子及其他組成性啟動子。在真核細胞中以組成性方式起作用之示範性病毒啟動子包括例如來自巨細胞病毒(CMV)、猿猴病毒(例如SV40)、乳頭狀瘤病毒(papilloma virus)、腺病毒、人類免疫缺乏病毒(HIV)、勞斯肉瘤病毒(Rous sarcoma virus)、巨細胞病毒、莫洛尼白血病病毒(Moloney leukemia virus)之長末端重複序列(LTR)及其他反轉錄病毒之啟動子及單純皰疹病毒之胸苷激酶啟動子。其他組成性啟動子為一般技術者所知。適用作本發明之基因表現序列之啟動子亦包括誘導性啟動子。誘導性啟動子在誘導劑存在下表現。舉例而言，金屬硫蛋白啟動子在某些金屬離子存在下經誘導以促進轉錄及轉譯。其他誘導性啟動子為一般技術者所知。
病毒載體之實例包括(但不限於)來自以下病毒之核酸序列：反轉錄病毒，諸如莫洛尼鼠類白血病病毒、哈維(Harvey)鼠類肉瘤病毒、鼠類乳腺腫瘤病毒及勞斯肉瘤病毒；腺病毒、腺相關病毒；SV40型病毒；多瘤病毒；埃-巴二氏病毒(Epstein-Barr virus)；乳頭狀瘤病毒；皰疹病毒；牛痘病毒；小兒麻痺病毒；及RNA病毒，諸如反轉錄病毒。可易於採用此項技術中熟知之其他載體。某些病毒載體基於非必需基因已經相關基因置換之非細胞病變性真核病毒。非細胞病變性病毒包括反轉錄病毒，其壽命週期涉及基因組病毒RNA反轉錄成DNA，隨後前病毒整合於宿主細胞DNA中。反轉錄病毒已批准用於人類基因療法試驗。最適用的是彼等複製缺陷型(亦即能夠引導所需蛋白質合成，但不能製造感染性粒子)反轉錄病毒。此等遺傳改變之反轉錄病毒表現載體具有用於在活體 內高效率轉導基因之一般效用。用於產生複製缺陷型反轉錄病毒之標準方案(包括以下步驟：將外源性遺傳物質併入質體中，用質體轉染包裝細胞株，由包裝細胞株產生重組反轉錄病毒，自組織培養基收集病毒粒子，及用病毒粒子感染目標細胞)提供於Kriegler,M.,Gene Transfer and Expression,A Laboratory Manual,W.H.Freeman公司，New York(1990)及Murry,E.J.,Methods in Molecular Biology，第7卷，Humana Press公司，Cliffton,N.J.(1991)中。
接著將一或多個表現載體轉染或共轉染至將表現多肽之適合目標細胞中。此項技術中已知之轉染技術包括(但不限於)磷酸鈣沈澱(Wigler等人，(1978)Cell 14：725)、電穿孔(Neumann等人，(1982)EMBO J 1：841)及基於脂質體之試劑。多種宿主表現載體系統可用於表現本文所述之蛋白質，該等系統包括原核細胞與真核細胞兩者。此等包括(但不限於)用含有適當編碼序列之重組噬菌體DNA或質體DNA表現載體轉型之微生物，諸如細菌(例如大腸桿菌)；用含有適當編碼序列之重組酵母或真菌表現載體轉型之酵母或絲狀真菌；用含有適當編碼序列之重組病毒表現載體(例如桿狀病毒)感染之昆蟲細胞系統；用重組病毒表現載體(例如花椰菜花葉病毒(cauliflower mosaic virus)或煙草花葉病毒(tobacco mosaic virus))感染或用含有適當編碼序列之重組質體表現載體(例如Ti質體) 轉型之植物細胞系統；或動物細胞系統，包括哺乳動物細胞(例如HEK 293、CHO、Cos、HeLa、HKB11及BHK細胞)。
在一個實施例中，宿主細胞為真核細胞。如本文所用，真核細胞係指具有胚乳原核之任何動物或植物細胞。動物之真核細胞包括脊椎動物(例如哺乳動物)之細胞及無脊椎動物(例如昆蟲)之細胞。植物之真核細胞可特定包括(但不限於)酵母細胞。真核細胞不同於例如細菌之原核細胞。
在某些實施例中，真核細胞為哺乳動物細胞。哺乳動物細胞為源於哺乳動物之任何細胞。哺乳動物細胞特定包括(但不限於)哺乳動物細胞株。在一個實施例中，哺乳動物細胞為人類細胞。在另一實施例中，哺乳動物細胞為HEK 293細胞，其為一種人類胚腎細胞株。HEK 293細胞可以CRL-1533自美國菌種中心(American Type Culture Collection,Manassas,VA)及以293-H細胞(目錄號11631-017)或293-F細胞(目錄號11625-019)自Invitrogen(Carlsbad,Calif.)獲得。在一些實施例中，哺乳動物細胞為PER.C6® 細胞，其為一種源於視網膜之人類細胞株。PER.C6® 細胞可自Crucell(Leiden,The Netherlands)獲得。在其他實施例中，哺乳動物細胞為中國倉鼠卵巢(CHO)細胞。CHO細胞可自美國菌種中心(Manassas,VA.)獲得(例如CHO-K1；CCL-61)。在其他實施例中，哺乳動物細胞為 幼倉鼠腎(BHK)細胞。BHK細胞可自美國菌種中心(Manassas,Va.)獲得(例如CRL-1632)。在一些實施例中，哺乳動物細胞為HKB11細胞，其為HEK293細胞與人類B細胞株之雜交細胞株。Mei等人，Mol.Biotechnol.34(2)：165-78(2006)。
在其他實施例中，所轉染細胞經穩定轉染。可使用熟習此項技術者已知之習知技術將此等細胞選擇及維持為穩定細胞株。
使含有蛋白質之DNA構築體之宿主細胞在適當生長培養基中生長。如本文所用，術語「適當生長培養基」意謂含有為細胞生長所需之營養素之培養基。為細胞生長所需之營養素可包括碳源、氮源、必需胺基酸、維生素、礦物質及生長因子。視情況，培養基可含有一或多種選擇因子。視情況，培養基可含有小牛血清或胎牛血清(FCS)。在一個實施例中，培養基實質上不含有IgG。生長培養基將通常藉由例如藥物選擇或必需營養素缺乏來選擇含有DNA構築體之細胞，該必需營養素由DNA構築體上或與DNA構築體共轉染之可選擇標記補充。通常使所培養哺乳動物細胞在市售含血清或不含血清培養基(例如MEM、DMEM、DMEM/F12)中生長。在一個實施例中，培養基為CD293(Invitrogen,Carlsbad,CA.)。在另一實施例中，培養基為CD17(Invitrogen,Carlsbad,CA.)。對適於所用特定細胞株之培養基之選擇在一般技術者之水準以內。
在某些態樣中，本發明係關於藉由本文所述之方法產生之重組FVIII蛋白。
活體外製備允許按比例擴大以得到大量所需之經過改變之本發明多肽。用於在組織培養條件下進行哺乳動物細胞培養之技術在此項技術中為已知的且包括例如在氣升反應器中或在連續攪拌反應器中進行均質懸浮培養，或例如在中空纖維、微囊中、在瓊脂糖微珠粒或陶瓷筒上進行固定或包埋細胞培養。必要及/或需要時，可藉由慣用層析方法純化多肽之溶液，該等方法例如凝膠過濾、離子交換層析、疏水性相互作用層析(HIC)、經DEAE-纖維素進行之層析或親和層析。
除非另外指示，否則本發明之實施將採用細胞生物學、細胞培養、分子生物學、轉殖基因生物學、微生物學、重組DNA及免疫學之習知技術，其屬於此項技術之技能。此等技術充分說明於文獻中。參見例如Molecular Cloning A Laboratory Manual，第2版，Sambrook等人編，Cold Spring Harbor Laboratory Press：(1989)；Molecular Cloning：A Laboratory Manual,Sambrook等人編，Cold Springs Harbor Laboratory,New York(1992)；DNA Cloning,D.N.Glover編，第I及II卷(1985)；Oligonucleotide Synthesis,M.J.Gait編，(1984)；Mullis等人之美國專利第4,683,195號；Nucleic Acid Hybridization,B.D.Hames及S.J.Higgins編(1984)； Transcription And Translation,B.D.Hames及S.J.Higgins編(1984)；Culture Of Animal Cells,R.I.Freshney,Alan R.Liss公司，(1987)；Immobilized Cells And Enzymes,IRL Press,(1986)；B.Perbal,A Practical Guide To Molecular Cloning(1984)；論文Methods In Enzymology,Academic Press公司，N.Y.； Gene Transfer Vectors For Mammalian Cells,J.H.Miller及M.P.Calos編，Cold Spring Harbor Laboratory(1987)；Methods In Enzymology，第154及155卷(Wu等人編)；Immunochemical Methods In Cell And Molecular Biology,Mayer及Walker編，Academic Press,London(1987)；Handbook Of Experimental Immunology，第I-IV卷，D.M.Weir及C.C.Blackwell編，(1986)；Manipulating the Mouse Embryo,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,(1986)；及Ausubel等人，Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley and Sons,Baltimore,Maryland(1989)。
闡述免疫學之一般原理之標準參考著作包括Current Protocols in Immunology,John Wiley & Sons,New York；Klein,J.,Immunology：The Science of Self-Nonself Discrimination,John Wiley & Sons,New York(1982)；Roitt,I.,Brostoff,J.及Male D.,Immunology，第6版，London：Mosby(2001)；Abbas A.,Abul,A.及Lichtman,A., Cellular and Molecular Immunology，第5版，Elsevier Health Sciences Division(2005)；及Harlow及Lane,Antibodies：A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press(1988)。
現已詳細描述本發明，藉由參照以下實例將更清楚瞭解本發明，該等實例係僅出於說明目的包括於此且不意欲限制本發明。本文提及之所有專利及公開案皆以全文引用的方式明確併入本文中。
實例 實例1：建構及操作因子VIII基礎載體、選殖、轉染及表現
一般而言，除非另外指示，否則本發明之實施採用化學、生物物理學、分子生物學、重組DNA技術及標準電泳技術之習知技術。參見例如Sambrook,Fritsch及Maniatis,Molecular Cloning：Cold Spring Harbor Laboratory Press(1989)。藉由反轉錄聚合酶鏈反應(RT-PCR)自人類肝臟聚腺苷酸化RNA獲得包括原生信號序列之人類因子VIII之編碼序列(基因庫登錄號NM_000132)。由於FVIII之尺寸較大，所以由各別RT-PCR反應以多個區段獲得編碼序列，且經由一系列PCR反應、限制消化及接合至中間選殖載體中來組裝，該選殖載體含有B域缺失(BDD)型FVIII編碼區(SEQ ID NO：3)，其中絲胺酸743(S743)與麩醯胺酸1638(Q1638)融合， 從而消除全長FVIII之B域中之2682個鹼基對。在與編碼起始Met殘基之ATG密碼子緊鄰之5’端引入Kozak轉譯起始序列GCCGCCACC之後，在HindIII與XhoI位點之間將BDD FVIII多肽編碼序列接合至表現載體pcDNA4//myc-His C(Invitrogen,Carlsbad,CA)中。為有助於將多肽編碼序列插入基礎載體中，藉由基於PCR之標準突變誘發方法引入兩個獨特之限制位點(NheI及ClaI)以使所得之BDD-FVIII蛋白質序列保持不變。在核苷酸位置850-855處引入NheI位點(編碼Ala-Ser)，且在核苷酸位置4984-4989處引入ClaI位點(編碼Ile-Asp)。圖1(畫面A至G)圖示因子VIII構築體之域結構及引入之NheI及ClaI位點之位置(蛋白質序列SEQ ID NO：2；DNA序列SEQ ID NO：3)。
將所得質體指定為pBC0102。隨後藉由在因子VIII序列之C端與Myc抗原決定基標籤(-Glu-Gln-Lys-Leu-Ile-Ser-Glu-Glu-Asp-Leu-)之間及在Myc抗原決定基標籤與C端六組胺酸標籤之間引入編碼包含Ala、Glu、Gly、Pro、Ser及Thr殘基之連接子肽之序列來修飾質體pBC102以產生質體pBC0114。圖2圖示基礎載體pBC0114之拓撲結構。
使用聚乙亞胺(PEI,Polysciences公司，Warrington,PA)或LIPOFECTAMINE® 轉染試劑(Invitrogen,Carlsbad,CA)，用質體pBC0114轉染HEK293F細胞 (Invitrogen,Carlsbad,CA)。使短暫轉染之細胞生長在293Free Style培養基或293 Free Style與CD OPTICHO® 培養基之混合物(Invitrogen,Carlsbad,CA)中。
在轉染之後3-5天收集細胞培養基且藉由發色FVIII活性分析及FVIII ELISA分析FVIII表現。使用含有重組FVIII之經濃縮條件培養基進行初始藥物動力學研究。
實例2A：潛在容許環位點選擇-方法1
使用生物計算方法預測因子VIII中插入異源部分將不會導致促凝血活性喪失之特定位點的位置。對以下進行結構分析：寄存在由結構生物資訊學合作研究協會(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics)(RCSB；www.rcsb.org/pdb)維護之蛋白質資料庫(Protein Data Bank)中之X射線結晶座標3CDZ(Ngo等人，Structure 16：597-606(2008))及2R7E(Shen等人，Blood 111：1240-1247(2008))以及寄存在由Consorzio Interuniversitario per le Applicazioni di Supercalcolo per Università e Riserca(CASPUR)及羅馬大學生物化學科學系(Department of Biochemical Sciences of the University of Rome)維護之蛋白質模型資料庫(Protein Model Database)mi.caspur.it/PMDB/main.php)中之由分子動力學模擬研究獲得的預測精修之FVIII結構之原子座標PM0076106(Venkateswarlu,BMC Struct.Biol.10：7(2010))。
藉由使用ASAView演算法(Ahmad S等人，BMC Bioinformatics 5：51(2004))針對2R7E、3CDZ及PM0076106資料集計算各個別胺基酸殘基之可及表面積(ASA)且亦藉由使用GETAREA演算法(Fraczkiewicz R.及Braun W.,J.Comp.Chem.,19,319-333(1998))針對2R7E及3CDZ資料集計算各個別胺基酸殘基之可及表面積。結構資料集2R7E、3CDZ及PM0076106之圖解性ASAView輸出結果描繪於圖3中。
對於相同結構資料集，GETAREA演算法產生實質上等同之結果。藉由與Venkateswarlu等人中呈現之原子位置波動(APF)資料進行比較來進一步評估具有中等至較高預測ASA(0.5-1)之區域。考慮將對應於ASA值為0.5或0.5以上且APF值為40Å2 之序列位置的序列位置用於進一步分析。
接著藉由使用PYMOL® 分子可視化軟體(Schrödinger)對2R7E、3CDZ及PM0076106之3D結構描繪進行手動檢查來評估構成此所得子集之殘基之表面暴露。考慮將表面暴露且不位於諸如β摺片或α螺旋之確定二級結構元件中之殘基用於進一步評估。
基於在線性胺基酸序列中與已知發生突變會引起血友病A之殘基的鄰近性來進一步評估所得殘基子集(HAMSTeRS資料庫；hadb.org.uk)。排除與已知血友病A突變位點相距五個殘基以內之位點不作進一步考慮。
基於此分析，選擇用於插入異源部分之位點，且將此組位點指定為第1批。
實例2B：潛在容許環位點選擇-方法2
使用計算方法預測因子VIII中插入異源部分將不會導致促凝血活性喪失之特定位點的位置。首先，使用基本局部比對搜尋工具(BLAST；blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)進行跨越不同物種之因子VIII序列分析。選擇總共18個來自10個不同脊椎動物物種之FVIII多肽序列進行變異分析。所用物種為人類(智人(Homo sapiens))(gi：31499，emb：CAA25619.1，SEQ ID NO：63；gi：182803，gb：AAA52484.1，SEQ ID NO：64；gi：182383，gb：AAA52420.1，SEQ ID NO：65；gi：119593053，gb：EAW72647.1，SEQ ID NO：78)、黑猩猩(黑猩猩(Pan troglodytes))(gi：332862036，ref：XP_003317837.1，SEQ ID NO：65)、長臂猿(白頰長臂猿(Nomascus leucogenys))(gi：332260614，ref：XP_003279379.1，SEQ ID NO：66)、兔(穴兔(Oryctolagus cuniculus))(gi：284005234，ref：NP_001164742.1，SEQ ID NO：69)、狗(家犬(Canis lupus familiaris))(gi：50978978，ref：NP_001003212.1，SEQ ID NO：70)、牛(歐洲牛(Bos taurus))(gi：296471126，gb：DAA13241.1，SEQ ID NO：71；gi：224458398，ref：NP_001138980.1，SEQ ID NO：72)、綿羊(綿羊(Ovis aries))(gi：289191358，ref：NP_001166021.1，SEQ ID NO：75)、小鼠(小家鼠(Mus musculus))(gi：238624182，ref：NP_001154845.1，SEQ ID NO：73；gi：238624180，ref：NP_032003.2，SEQ ID NO：74；gi：238624184，ref：NP_001154846.1，SEQ ID NO：76)、豬(野豬(Sus scrofa))(gi：47523422，ref：NP_999332.1，SEQ ID NO：77)、大鼠(褐鼠(Rattus norvegicus))(gi：34328534，ref：NP_899160.1，SEQ ID NO：78；gi：316995315，gb：ADU79113.1，SEQ ID NO：79；gi：316995313，gb：ADU79112.1，SEQ ID NO：80)。超過三個(4)胺基酸不同之位點係視為具高變性。
使用寄存在由結構生物資訊學合作研究協會(RCSB；www.rcsb.org/pdb)維護之蛋白質資料庫中之X射線結晶結構2R7E(Shen等人，Blood 111：1240-1247(2008))進行分子動力學(MD)分析。使用NAMD(www.ks.uiuc.edu/Research/namd/)在43717個明確水分子存在下進行MD模擬，且在1奈秒模擬期間收集1000個快照。使用所收集之快照在VMD(www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/)中計算各殘基之Cα之均方根距離(RMSD)以評估殘基可撓性，且將RMSD值大於4Å之殘基指定為具高度可撓性。
藉由組合此兩種方法，考慮將指定為具高變性及高度可撓性兩者之表面位點用於進一步評估。在此等潛在位點中，排除在線性多肽序列中與藉由方法1(以上實例2A)所鑒別之位點相距5個殘基以內的彼等潛在位點不作進一步評估。基於在線性序列中與已知發生突變會引起 血友病A之殘基的鄰近性來進一步評估所得殘基子集(HAMSTERS資料庫；hadb.org.uk/)。排除與已知血友病A突變位點相距五個殘基以內之位點不作進一步考慮。
基於此分析，選擇用於插入異源部分之位點，且將此組位點指定為第2批。
實例3：XTEN AE42-4插入
為證明FVIII可容許具有可變長度及組成之肽插入在個別結構域內而不喪失輔因子功能，首先藉由標準重組DNA技術插入長度為42個胺基酸之XTEN肽(XTEN AE42-4，SEQ ID NO：13)。XTEN AE42-4 DNA序列(SEQ ID NO：14)編碼胺基酸Gly(G)、Ala(A)、Pro(P)、Ser(S)、Thr(T)及Glu(E)且由5’端AscI限制位點(ggcgcgcc)及3’端XhoI位點(ctcgag)側接，該兩個位點均不存在於基礎載體pBC0114之序列中。
對XTEN AE42-4 DNA序列進行化學合成且插入以使所得DNA構築體將編碼XTEN AE42-4蛋白質序列插入於緊鄰位點選擇中所示之殘基之後的FVIII融合蛋白。
因此，當殘基X表示插入位點且殘基Z表示原生FVIII多肽序列中之下一殘基時，由插入XTEN AE42產生之多肽將含有以下序列：X-GAP GSPAGSPTSTEEGTSESATPESGPGSEPATSGSETPASS-Z X-(SEQ ID NO：13)-Z
此外，在此位置處插入相應DNA序列亦會引入側接XTEN編碼序列之AscI及XhoI限制位點，其在基礎載體中為獨特的且可隨後用於切除介入序列且引入較長XTEN序列、具有不同組成及序列之XTEN序列或無關異源序列。
基於以上在實例2A中所述之方法選擇FVIII序列中之總共16個不同位點進行XTEN AE42插入，且此等位點為所設計之第1批。基於以上在實例2B中所述之方法選擇另外之21個位點進行XTEN AE42插入，且此等位點為所設計之第2批。此等第1批及第2批插入位點之位置概述於表I中。
總之，第1批及第2批位點代表A1域中之12個位點、A2域中之7個位點、A3域中之10個位點、C1域中之4個位點及C2域中之3個位點。第1批及第2批位點在FVIII之3D結構中之位置描繪於圖4中。
FVIII-XTEN變異體之表現
使用聚乙亞胺(PEI，Polysciences公司，Warrington,PA)或LIPOFECTAMINE® 轉染試劑(Invitrogen,Carlsbad,CA)，將具有AE42-4 XTEN插入物之FVIII變異體轉染至HEK293F細胞(Invitrogen,Carlsbad,CA)中。使短暫轉染之細胞生長在293 Free Style培養基或293 Free Style與CD OPTICHO® 培養基之混合物(Invitrogen,Carlsbad,CA)中且藉由發色分析針對FVIII活性且藉由ELISA(酶聯免疫吸附分析)針對FVIII表現來分析重組因子VIII蛋白。
活體外分析
為評估FVIII對XTEN AE42-4插入之可容許性，使用FVIII發色分析來分析來自FVIII-XTEN細胞培養物之培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。
藉由發色分析進行之FVIII活性量測
使用來自DiaPharma之COATEST® SP FVIII套組(批號N089019)量測FVIII活性且所有培育皆在振盪下於37℃培養盤加熱器上進行。使用1×FVIII COATEST® 緩衝液將來自6孔培養盤之FVIII-XTEN AE42-4變異體之短暫轉染培養基的細胞培養收集物稀釋至所需FVIII活性 範圍。以與測試樣品匹配之培養基濃度於含有空白對照轉染培養基之1×FVIII COATEST® 緩衝液中製備FVIII標準物。重組因子VIII(rFVIII)標準物之範圍為100mIU/mL至0.78mIU/mL。將標準物、稀釋之細胞培養物樣品及彙集之正常人類血漿分析對照一式兩份添加至IMMULON® 2HB 96孔培養盤中(25μL/孔)。
將新鮮製備之IXa/FX/磷脂混合物(50μL)、25μL 25mM CaCl2 及50μL FXa受質依序添加至各孔中，在各次添加之間培育5分鐘。在與受質一起培育之後，添加25μL 20%乙酸以終止顯色反應，且用SPECTRAMAX® plus(Molecular Devices)儀器量測在405nm下之吸光度。
使用SoftMax® Pro軟體(第5.2版)進行資料分析。定量下限(LLOQ)為39mIU/mL。
藉由FVIII-HC及FVIII-LC ELISA進行之表現量測
使用ELISA來定量變異體之表現。藉由FVIII-LC ELISA分析對應於XTEN插入於FVIII之A1及A2域中之DNA構築體之FVIII抗原表現量。藉由FVIII-HC ELISA分析對應於XTEN插入於FVIII之A3、C1及C2域中之DNA構築體之FVIII抗原表現量。
在收集之後，藉由用於FVIII-LC ELISA之GMA011抗體(Green Mountain Antibodies)或藉由用於FVIII-HC ELISA之GMA016抗體(Green Mountain Antibodies)捕 捉細胞培養基中之FVIII-XTEN抗原。藉由在4℃下培育隔夜將IMMULON® 2HB 96孔培養盤用100μl/孔之抗FVIII抗體(2μg/ml)塗佈。接著用含有TWEEN-20® 之磷酸鹽緩衝生理食鹽水(PBST)洗滌培養盤四次且在室溫下用阻斷緩衝液(含有10%熱滅活馬血清之PBST)阻斷1小時。
使用1×阻斷緩衝液將來自6孔培養盤之FVIII-XTEN變異體之短暫轉染培養基的細胞培養收集物稀釋至所需FVIII抗原範圍。以與測試樣品匹配之培養基濃度於含有空白對照轉染培養基之1×FVIII阻斷緩衝液中製備FVIII標準物。rFVIII標準物之範圍為50ng/mL至0.39ng/mL。
將標準物、稀釋之細胞培養物樣品及彙集之正常人類血漿分析對照一式兩份添加至IMMULON® 2HB 96孔培養盤中(100μL/孔)且在37℃下培育2小時。在用PBST洗滌四次之後，將100μl HRP-綿羊抗hFVIII抗體(Affinity Biologicals,F8C-EIC-D)添加至各孔中且在37℃下培育培養盤1小時。在用PBST再洗滌四次之後，將100μl TMB超靈敏受質(BioFX)添加至各孔中，隨後顯色5-10分鐘。為終止顯色反應，將50μL H2 SO4 添加至各孔中，且用SPECTRAMAX® plus(Molecular Devices)儀器量測在450nm下之吸光度。
使用SOFTMAX® Pro軟體(第5.4版)進行資料分析。定量下限(LLOQ)為0.0039μg/mL。結果顯示於表II中。
可插入有異源部分而不消除重組蛋白之促凝血活性或不消除重組蛋白在宿主細胞中表現之能力的容許位點叢集在FVIII之三個A域中之每一者中的環內。圖8圖示插入位點在顯示出FVIII活性之重組FVIII蛋白中於域A1、A2及A3上的位置。圖5圖示描繪插入位點在顯示出FVIII活性之重組FVIII蛋白中之位置的結構示意圖。
容許位點叢集在溶劑暴露之具高度可撓性之表面環(容許環)中。A1域環分別位於大致對應於成熟人類FVIII序列(SEQ ID NO：1)中之胺基酸位置15至45及201至232之區域中。A2域環分別位於大致對應於成熟人類FVIII序列(SEQ ID NO：1)中之胺基酸位置395至421及577至635之區域中。A3域環分別位於大致對應於成熟人類FVIII序列(SEQ ID NO：1)中之胺基酸位置1705至1732及1884至1917之區域中。圖9A及圖9B圖示容許環相對於FVIII三維結構中之二級結構元件之位置。
實例4：XTEN 144插入
對以上呈現之初步資料(實例3B)之分析表明在FVIII A域之線性多肽序列及3D結構內存在可能適於插入有異源多肽序列的確定區域。為測試此假設且進一步界定可能適於插入有異源多肽而不喪失FVIII活性之推定 區域的邊界，選擇23個不存在於第1批或第2批中之另外的插入位點且指定為第3批。
藉由插入包含胺基酸殘基Gly(G)、Ala(A)、Pro(P)、Ser(S)、Thr(T)及Glu(E)之具有144個殘基之XTEN AE多肽，或包含胺基酸殘基Gly(G)、Ala(A)、Pro(P)、Ser(S)及Thr(T)之具有144個殘基之XTEN AG多肽來產生第3批構築體。產生具有144個殘基之AE多肽的五種不同型式且指定為XTEN-AE144-2A(SEQ ID NO：15)、XTEN-AE144-3B(SEQ ID NO：17)、XTEN-AE144-4A(SEQ ID NO：19)、XTEN-AE144-5A(SEQ ID NO：21)、XTEN-AE144-6B(SEQ ID NO：23)。產生具有144個殘基之多肽的五種不同型式且指定為XTEN-AG144-1(SEQ ID NO：25)、XTEN-AG144-A(SEQ ID NO：27)、XTEN-AG144-B(SEQ ID NO：29)、XTEN-AG144-C(SEQ ID NO：31)及XTEN-AG144-F(SEQ ID NO：33)。
藉由對跨越基礎載體內插入位點之任一側上最接近之獨特限制位點之DNA區段進行化學合成(GENEART® 基因合成，Invitrogen,Carlsbad,CA)引入編碼具有144個殘基之XTEN的DNA序列。
插入對應於XTEN 144肽之DNA序列以使所得DNA構築體將編碼FVIII融合蛋白，其中XTEN 144蛋白質序列插入於緊鄰位點選擇中所示之殘基之後，且由AscI及XhoI位點側接。
除此等位點之外，亦藉由用限制酶AscI及XhoI切除AE42多肽編碼DNA區段，且在相同位點處引入XTEN AE144及XTEN AG144編碼序列來修飾第1批及第2批中於當中插入XTEN AE42多肽不會消除FVIII促凝血活性的彼等位點。此等第1批、第2批及第3批插入位點之位置概述於表III中。圖6呈現圖示XTEN 144插入位點之位置的FVIII結構示意圖。
FVIII-XTEN 144變異體之表現
使用聚乙亞胺(PEI,Polysciences公司，Warrington,PA)或LIPOFECTAMINE® 轉染試劑(Invitrogen,Carlsbad,CA)，將具有XTEN 144插入物之FVIII變異體轉染至HEK293F細胞(Invitrogen,Carlsbad,CA)中。使短暫轉染之細胞生長在293 Free Style培養基或293 Free Style與CD OPTICHO® 培養基之混合物(Invitrogen,Carlsbad,CA)中。在轉染之後3-5天收集細胞培養基且藉由如實例3中論述之發色FVIII活性分析及FVIII ELISA分析FVIII表現。
將來自短暫轉染之細胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(30kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之物質急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。
活體外分析
為評估FVIII對插入之可容許性，使用FVIII發色分析來分析來自細胞培養物之培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量(參見實例3)。
藉由發色分析進行之FVIII活性量測及藉由FVIII-HC及FVIII-LC ELISA進行之表現量測
如實例3中所述進行發色分析及ELISA分析。所得結果概述於表IV中。
插入有異源部分而不消除重組蛋白之促凝血活性或不消除重組蛋白在宿主細胞中表現之能力的容許位點叢集在FVIII之三個A域中之每一者中的環內。發現容許較短異源部分插入之相同容許環區域可容許較長異源序列插入。圖10圖示XTEN 144插入位點在所產生之顯示 FVIII活性之重組FVIII蛋白中之域A1、A2及A3內之位置。圖7圖示描繪插入位點在顯示FVIII活性之重組FVIII蛋白中之位置的結構示意圖。
此等觀測結果指示FVIII之各A域內之兩個區域能夠適應異源多肽插入而不喪失FVIII輔因子活性。此等所謂容許環之結構描繪(圖11及圖12)說明其佔據各A域中結構類似之位置且自FVIII分子之一面伸出。所鑒別之容許環對應於位於A1、A2及A3域之三維結構中之β股之間的具高度可撓性之環，如圖9A及圖9B中所示。
在FVIII半衰期延長方面對XTEN 144插入進行活體內評估細胞培養基於HemA小鼠體內之PK
用細胞培養物濃縮物以100-300IU/kg對HemA小鼠(8-12週大)進行給藥(n=3/組)。在給藥後第5分鐘、第24小時及第48小時藉由眼眶後采血來採集同一組小鼠之血漿樣品。藉由如先前所述之FVIII發色分析來分析血漿樣品及細胞培養物濃縮物之FVIII活性。使用WINNONLIN® (Pharsight公司，Mountain View,CA)分析FVIII XTEN 144變異體之PK型態。
藉由細胞培養物於HemA小鼠體內之PK來比較具有XTEN 144域內插入物之兩個FVIII變異體(pSD0050及pSD0062，參見表III)與B域缺失(BDD)型FVIII之PK型態(參見圖13，畫面A；及表V)。觀測到此 三種所測試FVIII分子之初始回收率類似，如圖13畫面A中所示。當相較於野生型BDD-FVIII時，兩種FVIII XTEN 144變異體所展現出之半衰期均為野生型BDD-FVIII的兩倍長。
細胞培養基於FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK
藉由以100-300IU/kg單次靜脈內投與含有重組BDD-FVIII、pSD0050或pSD062之細胞培養物濃縮物來處理8-12週大之雄性FVIII/VWF雙重基因剔除(DKO)小鼠(n=3/組)。在輸注後第5分鐘、第8小時及第16小時，經由眼眶後取血採集同一組小鼠之血液樣品。藉由FVIII發色分析來分析血漿樣品及細胞培養物濃縮物之FVIII活性，且使用WINNONLIN® 程式分析rBDD FVIII及FVIII XTEN 144變異體之PK型態。
兩種FVIII XTEN 144域內插入型變異體pSD0050及pSD0062以及rBDD-FVIII在FVIII/VWF DKO小鼠體內之PK型態顯示於圖13畫面B及表V中。由於缺乏VWF保護，所以rBDD-FVIII僅具有15分鐘之血漿半衰期。然而，在兩種XTEN插入型變異體之情況下，半衰期分別延長至3.15小時及3.83小時。在實驗條件下，研究結果說明具有144個胺基酸殘基之XTEN於此等容許環區域處之域內插入不僅保留FVIII活性，且亦使得FVIII半衰期延長。
實例5：多重XTEN插入
在證明FVIII可容許長度為42及144個胺基酸之XTEN序列插入在容許位點中而不喪失輔因子功能之後，設計含有兩個XTEN肽之變異體。此等FVIII變異體含有兩個XTEN 144插入物、兩個XTEN 288插入物或一個XTEN 144插入物及一個XTEN 288插入物。選擇十個長度為144個胺基酸殘基之XTEN序列用於插入在FVIII中之多個位置處：XTEN-AE144-2A(SEQ ID NO：15)、XTEN-AE144-3B(SEQ ID NO：17)、XTEN-AE144-4A(SEQ ID NO：19)、XTEN-AE144-5A(SEQ ID NO：21)、XTEN-AE144-6B(SEQ ID NO：23)、XTEN-AG144-1(SEQ ID NO：25)、XTEN-AG144-A(SEQ ID NO：27)、XTEN-AG144- B(SEQ ID NO：29)、XTEN-AG144-C(SEQ ID NO：31)及XTEN-AG144-F(SEQ ID NO：33)。選擇三個長度為288個胺基酸殘基之不同XTEN序列用於插入在FVIII中之多個位置處：XTEN-AE288_1(SEQ ID NO：45)、XTEN-AG228-2(SEQ ID NO：46)及XTEN-AG228-1(SEQ ID NO：47)。如以上實例2A及3B中所述選擇插入位點。插入位點之位置、插入之XTEN及引入FVIII變異體中之另外之突變概述於表IV中。
插入對應於XTEN 144及288肽之DNA序列以使所得DNA構築體將編碼XTEN 144蛋白質序列插入於緊鄰位點選擇中所示之殘基之後的FVIII融合蛋白。
FVIII-XTEN雙重變異體之表現
使用聚乙亞胺(PEI,Polysciences公司，Warrington,PA)或LIPOFECTAMINE® 轉染試劑(Invitrogen,Carlsbad,CA)，將具有XTEN 144及XTEN 288插入物之FVIII變異體轉染至HEK293F細胞(Invitrogen,Carlsbad,CA)中。使短暫轉染之細胞生長在293 Free Style培養基或293 Free Style與CD OPTICHO® 培養基之混合物(Invitrogen,Carlsbad,CA)中。在轉染之後3-5天收集細胞培養基且藉由發色FVIII活性分析及FVIII ELISA分析FVIII表現。
將來自短暫轉染之FVIII-XTEN雙重變異體細 胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(30kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之物質急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。
活體外分析
為評估FVIII對XTEN 144插入之可容許性，使用如先前所述之FVIII發色分析來分析來自FVIII-XTEN細胞培養物之培養基樣品中之FVIII活性。將藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。
藉由發色分析進行之FVIII-XTEN變異體活性量測
如實例3中所述進行發色分析。所得結果概述於表VI中。
「XTEN插入1」及「XTEN插入2」行指示插入之位置及類型，例如「1910_AG144_C」對應於在成熟人類FVIII之胺基酸位置1910處插入XTEN AG144-C。「另外之修飾」行指示另外之突變之位置及類型，例如「R1648A」指示在成熟人類FVIII之胺基酸位置1648處精胺酸突變成丙胺酸。
藉由FVIII-HC及FVIII-LC ELISA進行之FVIII-XTEN變異體表現量測
如實例3中所述來進行ELISA分析。
在FVIII半衰期延長方面對多重XTEN插入進行活體內評估細胞培養基於HemA小鼠體內之PK
用細胞培養物濃縮物以100-300IU/kg對 HemA小鼠(8-12週大)進行給藥(n=3/組)。在給藥後第5分鐘、第24小時及第48小時藉由眼眶後采血來採集同一組小鼠之血漿樣品。藉由如先前所述之FVIII發色分析來分析血漿樣品及細胞培養物濃縮物之FVIII活性。使用WINNONLIN® (Pharsight公司，Mountain View,CA)分析具有兩個XTEN插入物之FVIII變異體之PK型態。
藉由細胞培養物於HemA小鼠體內之PK來比較具有兩個XTEN域內插入物之FVIII變異體與B域缺失(BDD)型FVIII之PK型態。
細胞培養基於FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK
用細胞培養物濃縮物以約100IU/kg對FVIII-VWF DKO小鼠(8-12週大)進行給藥(n=3/組)。在給藥後第5分鐘採集血液樣品以評估初始回收率，且對同一組小鼠再進行兩次血液採集以評估半衰期(直至給藥後第96小時)。藉由如先前所述之FVIII發色分析來分析血漿樣品及細胞培養物濃縮物之FVIII活性。使用WINNONLIN® (Pharsight公司，Mountain View,CA)分析具有兩個XTEN插入物之FVIII變異體之PK型態。藉由細胞培養物於FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK來比較具有兩個XTEN域內插入物之FVIII變異體與B域缺失(BDD)型FVIII之PK型態。
實例6：GFP插入
綠色螢光蛋白(GFP)為一種具有固有螢光性質及N端與C端緊密接近之緊湊3D結構的約30kDa蛋白質(Shimomura等人，J.Cell Comp.Physiol.59：223-39(1962)；Ormo等人，Science 273：1392-95(1996)；GFP之晶體結構可在蛋白質資料庫中以識別號PDB ID：1EMA獲得)。採用使插入成為可能之包含5’端AscI限制位點、GFP或其變異體之編碼序列及3’端XhoI限制位點之DNA區段，藉由標準分子生物學技術將展現不同光譜性質及穩定性型態之GFP(參見例如SEQ ID NO：48)或其變異體(Davidson及Campbell,Nat.Methods 6：713-717(2009)；Rizzo等人，(2010)。Fluorescent protein tracking and detection.Live Cell Imaging：A Laboratory Manual(Goldman,R.D.,Spector,D.L.及Swedlow,J.R.編)，第3-34頁。Cold Spring Harbor：Cold Spring Harbor Laboratory Press)引入FVIII分子之容許環及a3區段內。測試所得重組FVIII蛋白之促凝血活性且所得重組FVIII蛋白可用於藉由此項技術中已知之方法可視化重組FVIII蛋白之位置。
將GFP插入於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或插入於a3區域或兩者中。如上所述使具有GFP插入物之FVIII變異體轉染且短暫表現於HEK293F細胞中。將來自短暫轉染之細 胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(30kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之物質急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。使用FVIII發色分析來分析來自表現包含GFP之FVIII變異體之細胞培養物的培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。如上所述分析包含GFP之FVIII變異體在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
亦測試所得重組FVIII蛋白以表徵其螢光性質且將其用於使用此項技術中已知之方法(例如流動式細胞測量術或顯微術，諸如共焦顯微術)可視化重組FVIII蛋白之位置。
實例7：插入使半衰期延長之異源部分 實例7.1-插入IgG之Fc區
當IgG之Fc區融合於以下任一蛋白質之C端時，Fc區之融合會賦予凝血因子IX與VIII兩者以循環半衰期之延長(Dumont等人，Blood(2012)，在印刷之前線上發表，doi：10.1182/blood-2011-08-367813；Peters等人，Blood 115：2056-64(2010)；Shapiro等人，Blood 119：666-72(2012))。作為一種替代性方法，藉由標準分子生物學技術將包含由含甘胺酸及絲胺酸之可撓性連接子(參見例如SEQ ID NO：49)分開之相同Fc多肽序列的單鏈 Fc(scFc)區引入FVIII分子之容許環內。此scFc區可另外包括末端可撓性連接子序列以使得插入於容許環中而不使FVIII分子發生結構變形成為可能。欲插入之DNA區段包含5’端AscI限制位點、scFc之編碼序列及3’端XhoI限制位點以使得能夠容易地插入於容許環位點中。測試所得重組FVIII蛋白之促凝血活性及延長之半衰期。
將Fc序列插入於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或插入於a3區域或兩者中。如上所述使具有Fc插入物之FVIII變異體轉染且短暫表現於HEK293F細胞中。將來自短暫轉染之細胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(30kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之物質急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。使用FVIII發色分析來分析來自表現包含Fc異源部分之FVIII變異體之細胞培養物的培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。如上所述分析包含Fc異源部分之FVIII變異體在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例7.2-插入白蛋白或白蛋白結合部分 實例7.2.1-白蛋白插入
可藉由使白蛋白多肽重組融合於蛋白質末端 來延長重組凝血因子之循環半衰期。參見Schulte,Thromb.Res.128(增刊1)：29-S12(2011)。作為此方法之一種替代性方法，可藉由標準分子生物學技術將末端附接有或不附接可撓性連接子區段之白蛋白多肽引入FVIII分子之容許環及a3區段內。欲插入之DNA區段包含5’端AscI限制位點、白蛋白(SEQ ID NO：50)、白蛋白變異體或白蛋白片段之蛋白質編碼序列及3’端XhoI限制位點以使得能夠插入於容許環位點中。測試所得重組FVIII蛋白之促凝血活性及延長之半衰期。
將白蛋白序列插入於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或插入於a3區域或兩者中。如上所述使具有白蛋白插入物之FVIII變異體轉染且短暫表現於HEK293F細胞中。將來自短暫轉染之細胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(30kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之物質急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。使用FVIII發色分析來分析來自表現包含白蛋白異源部分之FVIII變異體之細胞培養物的培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。如上所述分析包含白蛋白異源部分之FVIII變異體在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例7.2.2：插入肽白蛋白結合部分
藉由標準分子生物學技術將一或多個多肽白蛋白結合部分插入FVIII之容許環或a3區域或兩者中，該等部分諸如RLIEDICLPRWGCLWEDD(SEQ ID NO：52)、QRLMEDICLPRWGCLWEDDF(SEQ ID NO：53)、QGLIGDICLPRWGCLWGDSVK(SEQ ID NO：54)或GEWWEDICLPRWGCLWEEED(SEQ ID NO：55)。一種方法在於合成白蛋白結合肽之簡併性核苷酸序列，產生適當之限制核酸內切酶位點，且接著藉由限制酶消化及質體DNA接合來插入白蛋白結合部分。可將n可為0、1、2、3、4或4以上之連接子序列(GGGS)n(SEQ ID NO：51)(Denise等人，J.Biol.Chem.277：35035-35043(2002))在將白蛋白結合肽插入於FVIII中之前添加在白蛋白結合肽之N端及/或C端處。測試所得重組FVIII蛋白之促凝血活性及延長之半衰期。
將多肽白蛋白結合部分之序列插入於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或插入於a3區域或兩者中。如上所述使插入有肽白蛋白結合部分之FVIII變異體轉染且短暫表現於HEK293F細胞中。將來自短暫轉染之細胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(100kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之 物質急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。使用FVIII發色分析來分析來自表現插入有肽白蛋白結合部分之FVIII變異體之細胞培養物的培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。如上所述分析插入有肽白蛋白結合部分之FVIII變異體在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例7.2.3-插入小分子白蛋白結合部分
除肽白蛋白結合部分之外，一或多種具有白蛋白結合能力之小分子亦可連接在FVIII之一或多個容許環或a3區域內。由於基於晶體結構，FVIII在其表面處不具有游離半胱胺酸(PDB：2R7E,Shen等人，Blood 111：1240(2008)；PDB：3CDZ,Ngo,Structure,16：597-606(2008))，所以一種方法在於將含半胱胺酸肽(例如GGGSGCGGGS)(SEQ ID NO：56)插入FVIII之容許環或a3區域中。接著可使白蛋白結合型2-(3-順丁烯二醯亞胺基丙醯胺基)-6-(4-(4-碘苯基)丁醯胺基)己酸酯特異性結合於在FVIII上引入之半胱胺酸。簡言之，可藉由標準分子技術建構含有Cys插入物之FVIII，且可經由親和層析及離子交換層析純化在哺乳動物表現系統(例如HEK293、CHO、BHK21、PER.C6、CAP細胞)中表現之FVIII。
藉由參(2-羧乙基)膦(TCEP)還原純化之重組 FVIII蛋白以暴露所引入半胱胺酸之硫醇基且接著與2-(3-順丁烯二醯亞胺基丙醯胺基)-6-(4-(4-碘苯基)丁醯胺基)己酸酯反應。可藉由HSA親和層析移除未結合之重組FVIII蛋白，因為結合之重組FVIII蛋白將結合HAS親和樹脂。測試所得重組FVIII蛋白之促凝血活性及延長之半衰期。
將小分子白蛋白結合部分序列連接於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或連接於a3區域或兩者中。使用FVIII發色分析來分析具有小分子白蛋白結合部分之FVIII變異體之FVIII活性。如上所述分析具有小分子白蛋白結合部分之FVIII變異體在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例7.3聚乙二醇化
一或多個聚乙二醇(PEG)分子可連接在FVIII之一或多個容許環或a3區域內。由於基於晶體結構，FVIII在其表面處不具有游離半胱胺酸(PDB：2R7E,Shen等人，Blood 111：1240(2008)；PDB：3CDZ,Ngo,Structure,16：597-606(2008))，所以一種方法在於將含半胱胺酸肽(例如GGGSGCGGGS)(SEQ ID NO：56)插入FVIII之容許環或a3區域中。可接著使含有順丁烯二醯亞胺之PEG分子特異性結合於在重組FVIII蛋白上引入之半胱胺酸。簡言 之，可藉由標準分子技術建構含有Cys插入物之重組FVIII蛋白，且可經由親和層析及離子交換層析純化在哺乳動物表現系統(例如HEK293、CHO、BHK21、PER.C6、CAP細胞)中表現之重組FVIII蛋白。藉由參(2-羧乙基)膦(TCEP)還原純化之重組FVIII蛋白以暴露所引入半胱胺酸之硫醇基且接著與順丁烯二醯亞胺PEG反應。測試所得重組FVIII蛋白之促凝血活性及延長之半衰期。
將PEG連接於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或連接於a3區域或兩者中。使用FVIII發色分析來分析聚乙二醇化重組FVIII蛋白之FVIII活性。如上所述分析聚乙二醇化重組FVIII蛋白在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例7.4-插入人類絨毛膜促性腺素β次單位之羧基端肽(CTP)
已證明與人類絨毛膜促性腺素β次單位之具有29個殘基之C端肽融合會增強重組蛋白之藥物動力學性質(Fares等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：4304-7(1992))。可藉由標準分子生物學技術將CTP(DSSSSKAPPPSLPSPSRLPGPSDTPILPQ)(SEQ ID NO：62) 或其聯合型式引入FVIII分子之容許環及a3區段內。欲插入之DNA區段包含5’端AscI限制位點、CTP蛋白質編碼序列及3’端XhoI限制位點以使得能夠插入於容許環位點中。測試所得重組FVIII蛋白之促凝血活性及延長之半衰期。
將CTP序列插入於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或插入於a3區域或兩者中。如上所述使具有CTP插入物之FVIII轉染且短暫表現於HEK293F細胞中。將來自短暫轉染之細胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(30kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之物質急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。使用FVIII發色分析來分析來自表現包含CTP異源部分之重組FVIII蛋白之細胞培養物的培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。如上所述分析包含CTP異源部分之重組FVIII蛋白在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例7.5-融合於清除受體LRP1
脂蛋白受體相關蛋白-1(LRP1)為一種牽涉於多種蛋白質(包括FVIII)之由受體介導之清除中之600kDa膜主體蛋白(Lenting等人，Haemophilia 16：6-15(2010))。 參見SEQ ID NO：57(人類LRP1序列，包含信號肽)。
LRP1與FVIII融合可能會對FVIII產生分子內遮蔽作用，藉此保護FVIII免遭由LRP1引起之正常清除且延長其循環半衰期。可藉由標準分子生物學技術將LRP1之具有4404個胺基酸之細胞外區域或其個別域或片段引入FVIII分子之容許環或a3區段內。欲插入之DNA區段包含5’端AscI限制位點、LRP1(或其個別域或片段)之蛋白質編碼序列及3’端XhoI限制位點以使得能夠插入於容許環位點中。測試所得重組FVIII蛋白之促凝血活性及延長之半衰期。
將LRP1序列(或其個別域或片段)插入於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或插入於a3區域或兩者中。如上所述使具有LRP1插入物之FVIII轉染且短暫表現於HEK293F細胞中。將來自短暫轉染之細胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(30kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之物質急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。使用FVIII發色分析來分析來自表現包含LRP1異源部分之重組FVIII蛋白之細胞培養物的培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。如上所述分析包含LRP1異源部分之重組FVIII蛋白在HemA小鼠 及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例7.6-PAS化
FVIII PAS化係指FVIII與一或多個主要由三種胺基酸(丙胺酸、絲胺酸及脯胺酸)構成之多肽重組融合(參見歐洲專利公開案第EP2173890號)。
示範性PAS多肽可含有以下序列之一個或許多個重複序列：ASPAAPAPASPAAPAPSAPA(SEQ ID NO：37)、AAPASPAPAAPSAPAPAAPS(SEQ ID NO：38)、APSSPSPSAPSSPSPASPSS(SEQ ID NO：39)、APSSPSPSAPSSPSPASPS(SEQ ID NO：40)、SSPSAPSPSSPASPSPSSPA(SEQ ID NO：41)、AASPAAPSAPPAAASPAAPSAPPA(SEQ ID NO：42)或ASAAAPAAASAAASAPSAAA(SEQ ID NO：43)。可藉由標準分子生物學技術將一或多個PAS多肽插入於FVIII之容許環或a3區域或兩者中。一種方法在於合成PAS多肽之簡併性核苷酸序列，產生適當之限制核酸內切酶位點，且藉由限制酶消化及質體DNA接合來插入PAS多肽。可將諸如(GGGS)n (其中n可為0、1、2、3、4或4以上)之連接子序列在將PAS多肽插入至FVIII中之前添加在PAS多肽之N端及/或C端處。測試所得重組FVIII蛋白之促凝血活性及延長之半衰期。
將PAS序列插入於表I或III中揭示之至少一 個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或插入於a3區域或兩者中。如上所述使具有PAS多肽插入物之FVIII轉染且短暫表現於HEK293F細胞中。將來自短暫轉染之細胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(30kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之物質急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。使用FVIII發色分析來分析來自表現包含PAS多肽異源部分之重組FVIII蛋白之細胞培養物的培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。如上所述分析包含PAS多肽異源部分之重組FVIII蛋白在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例7.7-高胺基酸聚合物化
VIII高胺基酸聚合物化係指一或多個主要由富含甘胺酸之高胺基酸聚合物(HAP)構成之多肽與FVIII重組融合。HAP多肽之實例可含有一個(Gly4 Ser)n 模組，其中n可為1、2及至多400(SEQ ID NO：60)。可藉由標準分子生物學技術將一或多個HAP多肽插入於FVIII之容許環或a3區域或兩者中。一種方法在於合成HAP多肽之簡併性核苷酸序列，產生適當之限制酶位點，且藉由限制酶消化及質體DNA接合來插入HAP多肽。測試所得重組 FVIII蛋白之促凝血活性及延長之半衰期。
將HAP序列插入於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或插入於a3區域或兩者中。如上所述使具有HAP多肽插入物之FVIII轉染且短暫表現於HEK293F細胞中。將來自短暫轉染之細胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(30kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之物質急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。使用FVIII發色分析來分析來自表現包含HAP多肽異源部分之重組FVIII蛋白之細胞培養物的培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。如上所述分析包含HAP多肽異源部分之FVIII變異體在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例7.8-羥乙基澱粉化
一或多個羥乙基澱粉(HES)分子可連接在FVIII之一或多個容許環內或連接於FVIII之a3區域。由於基於FVIII之晶體結構，FVIII在其表面處不具有游離半胱胺酸(PDB：2R7E,Shen等人，Blood 111：1240(2008)；PDB：3CDZ,Ngo,Structure,16：597-606(2008))，所以一種方法在於將含半胱胺酸肽(例如GGGSGCGGGS)(SEQ ID NO：56)插入FVIII之容許環或a3區域中，可接著使含有順丁烯二醯亞胺之HES分子特異性結合於在FVIII上引入之半胱胺酸。簡言之，藉由標準分子技術建構含有Cys插入物之重組FVIII蛋白，在哺乳動物表現系統(例如HEK293、CHO、BHK21、PER.C6、CAP細胞)中表現重組FVIII蛋白，且接著經由親和層析及離子交換層析純化。藉由參(2-羧乙基)膦(TCEP)還原純化之重組FVIII蛋白以暴露所引入半胱胺酸之硫醇基且接著與順丁烯二醯亞胺HES反應。測試所得重組FVIII蛋白之促凝血活性及延長之半衰期。
將HES分子連接於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或連接於a3區域或兩者中。使用FVIII發色分析來分析包含HES異源部分之重組FVIII蛋白之FVIII活性。如上所述分析包含HES異源部分之重組FVIII蛋白在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例7.9-轉鐵蛋白融合
可藉由標準分子生物學技術將一或多個轉鐵蛋白分子或其片段或變異體插入於FVIII之容許環或a3區域或兩者中。一種方法在於合成轉鐵蛋白肽之簡併性核苷酸序列，產生適當之限制核酸內切酶位點，且藉由 限制酶消化及質體DNA接合來插入轉鐵蛋白。可將連接子序列(GGGS)n (SEQ ID NO：51)(其中n可為0、1、2、3、4或4以上)在將轉鐵蛋白肽插入至FVIII中之前添加在轉鐵蛋白肽之N端及/或C端處。亦可使用諸如PEAPTDPEAPTD(SEQ ID NO：61)之替代性連接子替代GGGS連接子(Kim等人，J.Pharmacol.Exp.Ther.,2010,334,682-692)。測試所得重組FVIII蛋白之促凝血活性及延長之半衰期。
將轉鐵蛋白序列插入於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或插入於a3區域或兩者中。如上所述使具有轉鐵蛋白插入物之FVIII轉染且短暫表現於HEK293F細胞中。將來自短暫轉染之細胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(30kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之物質急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。使用FVIII發色分析來分析來自表現包含轉鐵蛋白異源部分之重組FVIII蛋白之細胞培養物的培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。如上所述分析包含轉鐵蛋白異源部分之重組FVIII蛋白在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例8：插入異源部分以達成可視化 實例8.1-生物素接受體肽(BAP)
生物素接受體肽(BAP)為一種藉由隨機肽呈現方法鑒別之充當大腸桿菌生物素連接酶之受質的具有13個殘基之肽(LNDIFEAQKIEWH)(SEQ ID NO：58)。大腸桿菌生物素連接酶催化生物素共價連接於肽內單個離胺酸殘基之胺基(Schatz,Biotechnology 11：1138-43(1993))。以此方式，附接有BAP之融合蛋白可用生物素共價標記，藉此促成純化、二次標記及用基於(抗生蛋白鏈菌素)抗生物素蛋白之試劑固定。此外，已開發基於哺乳動物細胞之表現系統以使得能夠對具有BAP序列之重組目標蛋白質進行位點特異性酶促生物素化(Mize等人，Protein Expr.Purif.576：280-89(2008)；Kulman等人，Protein Expr.Purif.52：320-28(2007))。可將所得重組FVIII蛋白用於可視化或定位。
藉由標準分子生物學技術在容許環插入位點或a3區域處將由5’端AscI限制位點及3’端XhoI限制位點側接之BAP編碼序列引入FVIII分子之容許環或a3區域內。
將BAP序列插入於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或插入於a3區域或兩者中。如上所述使具有BAP插入物之重組FVIII蛋 白轉染且短暫表現於HEK293F細胞中。將來自短暫轉染之細胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(30kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之物質用液氮急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。使用FVIII發色分析來分析來自表現包含BAP異源部分之重組FVIII蛋白之細胞培養物的培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。如上所述分析包含BAP異源部分之FVIII變異體在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例8.2-硫辛酸接受體肽(LAP)
具有13個殘基之硫辛酸接受體肽2(LAP2；GFEIDKVWYDLDA)(SEQ ID NO：59)為一類藉由酵母肽呈現方法鑒別之可充當大腸桿菌硫辛酸連接酶之受質的肽基受質之一(Puthenveetil等人，J.Am.Chem.Soc.131：16430-38(2009))。色胺酸37經丙胺酸置換之LplA變異體(W37ALplA)具有改變之受質特異性以使其在活體外或在活細胞中催化螢光7-羥基香豆素(7-hydroxycoumarin)衍生物而非硫辛酸共價結合於LAP2(Uttamapinant等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 107：10914-19(2010))。
藉由標準分子生物學技術在位於容許環中之位點處將由5’端AscI限制位點及3’端XhoI限制位點側接 之LAP2序列引入FVIII分子之容許環及a3區段內，藉此使得能夠對重組FVIII蛋白進行直接及共價位點特異性螢光標記。可將所得重組FVIII蛋白用於可視化。
將LAP序列插入於表I或III中揭示之至少一個位置、容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1或A3-2中之至少一者中之其他適合之插入位點，或插入於a3區域或兩者中。如上所述使具有LAP插入物之FVIII轉染且短暫表現於HEK293F細胞中。將來自短暫轉染之細胞培養基於CENTRICON® 離心管柱(30kDa分子量截斷)中濃縮10倍。接著將濃縮之物質急驟冷凍且儲存在-80℃下以用於將來活體外分析及活體內PK研究。使用FVIII發色分析來分析來自表現包含LAP異源部分之重組FVIII蛋白之細胞培養物的培養基樣品中之FVIII活性。藉由FVIII-HC(FVIII重鏈)及FVIII-LC(FVIII輕鏈)ELISA分析抗原表現量。如上所述分析包含LAP異源部分之FVIII變異體在HemA小鼠及FVIII-VWF DKO小鼠體內之PK。
實例9：藉由在FVIII之a3酸性肽區域內插入XTEN序列來保留或增強FVIII表現
如實例5中所述用B域缺失型FVIII之編碼序列含有2至4個各自具有144個胺基酸殘基之XTEN插入物的FVIII-XTEN DNA構築體轉染貼壁HEK293細胞。構築體之組成及插入位置指示於下表VII中。在轉染後第 5天，藉由如實例3中所述之發色分析來分析細胞培養物上清液之FVIII活性。結果顯示於表VII中。
出於比較之目的，所有FVIII-XTEN構築體在A3域內相對於成熟原生FVIII加以編號之位置1720處皆具有AG144 XTEN插入物。藉由發色分析測定表現量且用單位mIU/mL表示。在A1域中之位置26處具有單個另外之XTEN插入物之構築體(LSD0040.002)或在A2域中之位置403處具有單個另外之XTEN插入物之構築體(LSD0041.008)分別產生175mIU/mL及279mIU/mL之表現量。相比之下，在a3酸性肽內之位置1656處具有單個 另外之XTEN插入物之構築體產生2598mIU/mL之表現量，從而說明a3 XTEN插入型構築體的表現量相對於A1及A2插入型構築體有所增強。
此外，相較於在A1域中之位置26及A3域中之位置1720處具有XTEN插入物之FVIII-XTEN構築體(LSD0040.002)，在a3酸性肽區域內之位置1656處具有另一XTEN插入物之構築體(pSD080.002)產生顯著較高之表現(分別為175mIU/mL與1081mIU/mL)。與此等研究結果一致，在A2域中之位置403及A3域中之位置1720處具有XTEN插入物之構築體(LSD0041.008)產生279mIU/mL之表現量，而在a3酸性肽區域內之位置1656處之另一XTEN插入(PSD083.001)使得表現量增加至789mIU/mL。
最後，在A1域內之位置26處具有XTEN插入物且在A3域內之位置1720及1900處具有兩個XTEN插入物的FVIII-XTEN構築體(PSD082.001)未產生高於定量下限之活性。然而，在a3酸性肽區域內具有另一XTEN插入物之FVIII-XTEN構築體(PSD090.003)產生可偵測活性，從而說明在a3區域內納入XTEN序列可恢復否則將以低於定量下限(LLOQ)之程度表現之FVIII-XTEN構築體的表現(如藉由活性所量測)。在實驗條件下，結果支持以下結論：在1656位置處且推而廣之在a3區域內插入XTEN會增強促凝血性FVIII-XTEN組合物之表現。
實例10：XTEN插入對藉由aPTT量測之FVIII活性之影響
除發色分析(如實例3中所述)之外，亦使用單級活化部分凝血酶原(aPTT)凝血分析測定各種FVIII-XTEN融合蛋白之FVIII活性。
方法：使用SYSMEX® CA-1500儀器(Siemens Healthcare Diagnostics公司，Tarrytown,NY)量測FVIII-XTEN aPTT活性。為產生用於分析之標準曲線，用2%空白對照轉染培養基將WHO因子VIII標準物稀釋至100mU/mL且接著進行兩倍連續稀釋系列，其中最終標準物為0.78mU/mL。首先用aPTT分析緩衝液以1：50稀釋FVIII-XTEN細胞培養物樣品，必要時用2%空白對照轉染培養基進行進一步稀釋。
在稀釋之後，使用SYSMEX® 儀器如下進行aPTT分析：將50μl稀釋之標準物及樣品與50μl缺乏FVIII之人類血漿混合且接著與50μl aPTT試劑混合。在37℃下培育混合物4分鐘，且在培育之後，將50μl CaCl2 添加至混合物中，且立即量測凝血時間。
為測定測試樣品之FVIII活性，使用半對數標度(凝血時間：線性；標準濃度：對數)繪製標準物之凝血時間的曲線以外推凝血時間與FVIII活性之間的方程式，且接著相對於標準曲線計算FVIII-XTEN活性。分析之靈敏度為40mU/mL之因子VIII。
結果：結果概述於圖14至圖16中。當將長度為144或288個胺基酸之單個XTEN插入FVIII中時，在發色分析中展現活性之所有FVIII-XTEN融合蛋白在aPTT分析中亦具有活性。aPTT活性遵循在發色分析中觀測到之趨勢，例如在發色分析中顯示低FVIII活性之彼等分子亦具有低aPTT值。
一般而言，對於單個XTEN插入，融合蛋白之aPTT結果低於藉由發色分析獲得之結果，其中發色分析結果與aPTT結果之比率為1.1至2.2，如圖14中所示。相較於經由發色分析觀測到之活性，具有多重XTEN插入物之FVIII-XTEN融合蛋白之aPTT活性通常顯示進一步降低。對具有兩個XTEN插入物之FVIII-XTEN之分析顯示所有構築體皆具有活性，但在一些情況下，發色分析結果/aPTT結果比率接近4(圖15)。對具有三個XTEN插入物之FVIII-XTEN之分析亦顯示在兩種分析中均具有活性，其中在一些情況下發色分析結果/aPTT結果比率接近5(圖16)，而BDD FVIII對照之比率較類似(圖16之右側)。
另外，XTEN插入位點似乎促成在aPTT與發色活性之間所見到之差異。舉例而言，儘管具有2個XTEN插入物之一些分子所產生之aPTT活性低至發色值的1/4，但具有2個XTEN插入物之其他FVIII分子之aPTT活性值與發色活性相當類似(圖15)。具有3個XTEN 插入物之一些分子所顯示之aPTT活性低至發色活性的1/5，而具有3個XTEN之其他FVIII分子之aPTT活性為其相應發色活性的1/2以上(圖15)。
在實驗條件下，結果支持以下結論：FVIII-XTEN融合蛋白構築體保留促凝血活性，但發色分析通常提供高於在用於研究中之aPTT分析系統中所觀測到之活性度的活性度。
實例11：評估XTEN插入位點對FVIII半衰期延長之影響
方法：在FVIII/VWF DKO小鼠中測試六個在確定位置處具有單個XTEN AG-144插入物之FVIII-XTEN融合蛋白(大體上如實例4中所述)以評估XTEN插入位點對FVIII半衰期之影響。選擇六個在A1-1、A2-1、a3、A3-1、A3-2內或在C端處具有XTEN插入物之代表性FVIII變異體(表IV中所列之pSD-0050、pSD-0003、pSD-0039、pSD-0010及pSD-0063；及pSD-0014，其在位置2332(亦即羧基端)處包含單個AG-144插入物)用於此研究，且使用由基礎載體產生之BDD FVIII作為對照。
藉由以100-200IU/kg單次靜脈內投與來自六個FVIII-XTEN構築體之短暫轉染細胞培養基濃縮物(或陽性對照培養基)來處理FVIII/VWF DKO小鼠，且隨後在給藥後第5分鐘、第7小時及第16小時採集血漿樣品。使用FVIII發色分析測試血漿FVIII活性且使用WINNONLIN® 程 式評估FVIII-XTEN半衰期。研究資料概述於表VIII及圖17中。
結果：觀測到相較於BDD-FVIII對照，所有測試之FVIII-XTEN變異體之半衰期皆顯著較長，但半衰期延長程度不同，其中在403插入位點處具有XTEN之變異體所賦予之半衰期延長作用最小(相較於對照，延長至10倍)，而1900插入型變異體所賦予之半衰期延長作用最大(延長至18倍)。XTEN插入位點在FVIII半衰期延長作用方面的差異可反映不同FVIII域在FVIII活體內清除中之作用。
實例12：評估XTEN插入對FVIII半衰期延長之累加效應
方法：為評估多重XTEN插入對FVIII-XTEN融合蛋白之半衰期之影響，使用來自五個構築體之細胞培養物濃縮物測定具有1至3個XTEN插入物之FVIII-XTEN變異體在FVIII-XTEN DKO小鼠體內之半衰期(大體 上如實例4中所述)。在研究中測試以下五個FVIII-XTEN變異體：在位置1900(相對於全長因子VIII加以編號)處具有AE144插入物之pSD-0062；在FVIII B域(B域胺基酸位置745)中具有AE144之pSD-0005；在FVIII C端(CT)處具有AE288之pSD-0019；B域中插入有AE144且C端處插入有AE288之LSD-0003.006；及在位置1900處、B域內及C端處插入有AE144、AE144及AE288之三個XTEN的LSD-0055.021。使用WINNONLIN® 程式評估FVIII-XTEN半衰期值。
結果：研究結果概述於表IX中，且PK曲線圖示於圖18中。研究結果說明多重XTEN插入對FVIII半衰期延長具有累加效應。就單個XTEN插入而言，FVIII之半衰期自0.25小時延長至3.2-4.0小時，亦即延長至13至16倍。當將B及CT XTEN插入組合在一起時，FVIII半衰期進一步延長至10.6小時，亦即延長至42倍。最後，在位置1900處向B/CT構築體中添加第三XTEN插入物之情況下，在FVIII-VWF DKO小鼠體內之半衰期達到16小時，亦即延長至64倍。
實例13：含有XTEN插入物之其他FVIII變異體
表X至XVIII中呈現之資料對應於含有一至六個XTEN插入物之其他FVIII變異體表現構築體。用於產生構築體之方法、使用ELISA測定表現量之方法及使用發色分析測定促凝血活性之方法詳細描述於上文中。
表X中呈現之結果係使用XTEN插入於基於本文所述之準則所選擇之單個位點中的FVIII變異體來獲得。pBC00114 FVIII陽性對照顯示出良好之表現及FVIII活性。
單個插入位點資料之結果引導具有2個XTEN插入物之FVIII-XTEN變異體構築體之產生，其結果呈現於表XI中。
上述資料之結果引導具有3個XTEN插入物之FVIII-XTEN變異體構築體之產生，其結果呈現於表 XII中。包含3個XTEN插入物之其他FVIII變異體顯示於表XIII中。
產生並分析具有4個XTEN插入物之許多構築體，其中大多數分子展現FVIII活性(表XIV及表XV)，從而表明具有多重XTEN插入之FVIII可仍然保留FVIII活性。
產生並分析有限數目之具有插入於A1、A2、B、A3域及C端中之4個XTEN的FVIII變異體構築體，其中9個分子中有6個分子展現FVIII活性(表XVI)。同時，亦產生2個各自具有6個XTEN插入物之FVIII變異體且其在此發色分析中不展現FVIII活性(表XVII)，從而表明XTEN插入數目及位點對保留FVIII活性而言為重要的。
所呈現之結果支持以下見解：在實驗條件下，用於選擇XTEN插入位點之準則為有效的，將一或多個XTEN插入FVIII之所選位點中很有可能會使得所得XTEN分子保留促凝血活性，且相較於單個或雙重XTEN插入型構築體，插入三個XTEN似乎會使得較大比例之融 合蛋白保留高FVIII促凝血活性度。
實例14：在容許環內之代表性位點處插入CTP1
為證明FVIII可容許具有可變長度及組成之肽插入在個別結構域內而不喪失輔因子功能，藉由標準重組DNA技術插入長度為45個胺基酸之肽(CTP1，SEQ ID NO：81)，其涵蓋源於人類絨毛膜促性腺素之羧基端之長度為29個胺基酸的肽。CTP-1 DNA序列(SEQ ID NO：82)編碼包含由胺基酸序列Gly-Gly-Gly-Gly-Ser(SEQ ID NO：191)側接之源於人類絨毛膜促性腺素之肽(SEQ ID NO：62)的多肽且在末端上側接有均不存在於基礎載體pBC0114之序列中之5’端AscI限制位點(ggcgcgcc)及3’端XhoI位點(ctcgag)。
對CTP-1 DNA序列進行化學合成，用AscI及XhoI消化，且插入於當中獨特AscI及XhoI位點已插入於與指定插入位點緊鄰之下游處的適當FVIII表現質體中，以使所得DNA構築體編碼CTP1蛋白質序列插入於緊鄰位點選擇中所示之殘基之後 的FVIII融合蛋白。
因此，當殘基X表示插入位點且殘基Z表示原生FVIII多肽序列中之下一殘基時，由插入CTP1產生之多肽含有以下序列：X-GAP GGGGSDSSSSKAPPPSLPSPSRLPGPSDTPILPQGGGGSASS -Z X-(SEQ ID NO：81)-Z
此外，在此位置處插入相應DNA序列會保留側接CTP1編碼序列之AscI及XhoI限制位點，其在基礎載體中為獨特的且可隨後用於切除介入CTP1序列且引入在組成、長度及一級序列方面不同之序列。
選擇FVIII序列中總共12個不同之插入位點用於CTP1插入。對於FVIII之各A域，在每一容許環中(亦即環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1及A3-2中)各選擇一個位點以及在a3酸性肽區域內選擇一個位點。此等CTP1插入位點之位置概述於表XVIII中(亦參見表XXIV)。
使用聚乙亞胺(PEI,Polysciences公司，Warrington,PA)將具有CTP1插入物之FVIII變異體用於轉染HEK293F細胞(Life Technologies,Carlsbad,CA)。使短暫轉染之細胞生長在FREESTYLE® F17培養基與CD OPTICHO® 培養基(Life Technologies)之混合物中。在轉染後第五天，藉由發色FVIII分析來分析培養基中重組FVIII-CTP1變異體之活性以評估FVIII對CTP1在此等位點處之插入的可容許性。
使用來自DiaPharma之COATEST® SP FVIII套組量測FVIII活性，且所有培育皆在振盪下於37℃培養盤加熱器上進行。使用1×FVIII COATEST® 緩衝液將來自FVIII-CTP1變異體之短暫轉染之細胞培養基收集物稀釋至所需FVIII活性範圍。以與測試樣品之濃度匹配之濃度於含有來自空白對照轉染之細胞的培養基之1×FVIII COATEST® 緩衝液中製備FVIII標準物。重組因子VIII(rFVIII)標準物之範圍為100mIU/mL至0.78mIU/mL。以25μL/孔將標準物、稀釋之細胞培養物樣品及彙集之正常人類血漿分析對照一式兩份添加至IMMULON® 2HB 96孔培養盤中。將新鮮製備之IXa/FX/磷脂混合物(50μL)、25μL 25mM CaCl2 及50μL FXa受質依序添加至各孔中，在各次添加之間培育5分鐘。在與受質一起培育之後，添加25μL 20%乙酸以終止顯色，且用SPECTRAMAX® plus(Molecular Devices)儀器量測在405nm下之吸光度。使用SOFTMAX® Pro軟體(第5.2版)進行資料分析。定量下限(LLOQ)為39mIU/mL。發色FVIII分析之結果圖示於圖19中。
圖19中描繪之結果顯示FVIII能夠適應CTP1肽插入在容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1及A3-2內以及a3區域內之代表性位點處而不消除FVIII之輔因子活性。在A2域中之位置518、A3域中之位置1861、C1域中之位置2111及C2域中之位置2188處插入CTP1肽會導致FVIII活性度低於定量極限(BLOQ)。相對於針對在容許環或a3區域內之代表性位點處插入CTP1所觀測到的活性，在A1域中之位置116處插入CTP1肽會產生較低但可偵測之FVIII活性。此等結果支持以下結論：FVIII對肽基在此等容許位點處之插入的可容許性為FVIII之固有性質，其不嚴格視插入元件之組成而定。
實例15：在容許環內之其他位點處插入CTP1
為證明FVIII可容許外源性肽基元件個別地插入在容許環內之各種位點處而不喪失輔因子功能，藉由標準重組DNA技術插入長度為45個胺基酸之肽(CTP1，SEQ ID NO：81)，其涵蓋源於人類絨毛膜促性腺素之羧基端之長度為29個胺基酸的肽。CTP1 DNA序列(SEQ ID NO：82)編碼包含由胺基酸序列Gly-Gly-Gly-Gly-Ser(SEQ ID NO：191)側接之源於人類絨毛膜促性腺素之肽(SEQ ID NO：62)之多肽且在末端上側接有均不存在於基礎載體pBC0114 之序列中之5’端AscI限制位點(ggcgcgcc)及3’端XhoI位點(ctcgag)。
對CTP1 DNA序列進行化學合成，用AscI及XhoI消化，且插入於當中獨特AscI及XhoI位點已插入於與指定插入位點緊鄰之下游處的適當FVIII表現質體中，以使所得DNA構築體編碼CTP1蛋白質序列插入於緊鄰位點選擇中所示之殘基之後的FVIII融合蛋白。
因此，當殘基X表示插入位點且殘基Z表示原生FVIII多肽序列中之下一殘基時，由插入CTP1產生之多肽含有以下序列：X-GAP GGGGSDSSSSKAPPPSLPSPSRLPGPSDTPILPQGGGGSASS -Z X-(SEQ ID NO：81)-Z
此外，在此位置處插入相應DNA序列會保留側接CTP1編碼序列之AscI及XhoI限制位點，其在基礎載體中為獨特的且可隨後用於切除介入CTP1序列且引入在組成、長度及一級序列方面不同之序列。
選擇FVIII序列中之總共14個插入位點用於CTP1插入。對於FVIII之各A域，在每一容許環中(亦即環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1及A3-2中)各選擇一個位點以及在a3酸性肽區域內選擇一個位點。此等CTP1插入位點之位置概述於表XIX中(亦參見表XXIV)。
使用聚乙亞胺(PEI,Polysciences公司，Warrington,PA)將具有CTP1插入物之FVIII變異體用於轉染HEK293F細胞(Life Technologies,Carlsbad,CA)。使短暫轉染之細胞生長在FREESTYLE® F17培養基與CD OPTICHO® 培養基(Life Technologies)之混合物中。在轉染後第五天，藉由發色FVIII分析來分析培養基中重組FVIII-CTP1變異體之活性以評估FVIII對CTP1插入的可容許性。
使用來自DiaPharma之COATEST® SP FVIII套組量測FVIII活性，且所有培育皆在振盪下於37℃培養 盤加熱器上進行。使用1×FVIII COATEST® 緩衝液將來自FVIII-CTP1變異體之短暫轉染之細胞培養基收集物稀釋至所需FVIII活性範圍。以與測試樣品之濃度匹配之濃度於含有來自空白對照轉染之細胞的培養基之1×FVIII COATEST® 緩衝液中製備FVIII標準物。重組因子VIII(rFVIII)標準物之範圍為100mIU/mL至0.78mIU/mL。以25μL/孔將標準物、稀釋之細胞培養物樣品及彙集之正常人類血漿分析對照一式兩份添加至IMMULON® 2HB 96孔培養盤中。將新鮮製備之IXa/FX/磷脂混合物(50μL)、25μL 25mM CaCl2 及50μL FXa受質依序添加至各孔中，在各次添加之間培育5分鐘。在與受質一起培育之後，添加25μL 20%乙酸以終止顯色，且用SPECTRAMAX® plus(Molecular Devices)儀器量測在405nm下之吸光度。使用SOFTMAX® Pro軟體(第5.2版)進行資料分析。定量下限(LLOQ)為39mIU/mL。發色FVIII分析之結果圖示於圖20中。
圖20中描繪之結果顯示除圖19中描繪之各容許環中之單個代表性位點之外，FVIII亦能夠適應CTP1肽插入在容許環A1-1、A2-1、A3-1及A3-2內之其他位點處而不消除FVIII之輔因子活性。此等結果支持以下結論：FVIII對肽基插入之可容許性為各容許環之一般性質，且不限於表面環內之特定位置。
實例16：在容許環內之代表性位點處插入白蛋白結合肽ABP1
為證明FVIII可容許外源性肽基元件個別地插入在容許環內之各種位點處而不喪失輔因子功能，藉由標準重組DNA技術插入長度為44個胺基酸之肽(ABP1，SEQ ID NO：83)，其涵蓋長度為18個胺基酸之白蛋白結合肽。ABP1 DNA序列(SEQ ID NO：84)編碼包含由胺基酸序列Gly-Gly-Gly-Gly-Ser(SEQ ID NO：191)之兩個重複序列側接之白蛋白結合肽(SEQ ID NO：52)的多肽且在末端上側接有均不存在於基礎載體pBC0114之序列中之5’端AscI限制位點(ggcgcgcc)及3’端XhoI位點(ctcgag)。
對ABP1 DNA序列進行化學合成，用AscI及XhoI消化，且插入於當中獨特AscI及XhoI位點已插入於與指定插入位點緊鄰之下游處的適當FVIII表現質體中，以使所得DNA構築體編碼ABP1蛋白質序列插入於緊鄰位點選擇中所示之殘基之後的FVIII融合蛋白。
因此，當殘基X表示插入位點且殘基Z表示原生FVIII多肽序列中之下一殘基時，由插入ABP1產生之多肽含有以下序列：X-GAP GGGGSGGGGSRLIEDICLPRWGCLWEDDGGGGSGGGGSASS -Z X-(SEQ ID NO：83)-Z
此外，在此位置處插入相應DNA序列會保留側接ABP1編碼序列之AscI及XhoI限制位點，其在基礎 載體中為獨特的且隨後用於切除介入ABP1序列且引入在組成、長度及一級序列方面不同之序列。
對於FVIII之各A域，在每一容許環中(亦即環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1及A3-2中)各選擇一個ABP1插入位點以及在a3酸性肽區域內選擇一個位點。此等ABP1插入位點之位置概述於表XX中(亦參見表XXIV)。
使用聚乙亞胺(PEI,Polysciences公司，Warrington,PA)將具有ABP1插入物之FVIII變異體用於轉染HEK293F細胞(Life Technologies,Carlsbad,CA)。使 短暫轉染之細胞生長在FREESTYLE® F17培養基與CD OPTICHO® 培養基(Life Technologies)之混合物中。在轉染後第五天，藉由發色FVIII分析來分析培養基中重組FVIII-ABP1變異體之活性以評估FVIII對ABP1插入之可容許性。
使用來自DiaPharma之COATEST® SP FVIII套組量測FVIII活性，且所有培育皆在振盪下於37℃培養盤加熱器上進行。使用1×FVIII COATEST® 緩衝液將來自FVIII-ABP1變異體之短暫轉染之細胞培養基收集物稀釋至所需FVIII活性範圍。以與測試樣品之濃度匹配之濃度於含有來自空白對照轉染之細胞的培養基之1×FVIII COATEST® 緩衝液中製備FVIII標準物。重組因子VIII(rFVIII)標準物之範圍為100mIU/mL至0.78mIU/mL。以25μL/孔將標準物、稀釋之細胞培養物樣品及彙集之正常人類血漿分析對照一式兩份添加至IIMMULON® 2HB 96孔培養盤中。將新鮮製備之IXa/FX/磷脂混合物(50μL)、25μL 25mM CaCl2 及50μL FXa受質依序添加至各孔中，在各次添加之間培育5分鐘。在與受質一起培育之後，添加25μL 20%乙酸以終止顯色，且用SPECTRAMAX® plus(Molecular Devices)儀器量測在405nm下之吸光度。使用SOFTMAX® Pro軟體(第5.2版)進行資料分析。定量下限(LLOQ)為39mIU/mL。發色FVIII分析之結果圖示於圖21中。
圖21中描繪之結果顯示FVIII能夠適應ABP1肽插入在容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1及A3-2內以及a3區域內之代表性位點處而不消除FVIII之輔因子活性。在A1域中之位置116、A2域中之位置518、A3域中之位置1861、C1域中之位置2111及C2域中之位置2188處插入ABP1肽會導致FVIII活性度低於定量極限(BLOQ)。一般而言，個別APB1插入所產生之FVIII活性低於相應CTP1插入所產生之活性，從而指示所插入之肽基元件之組成可調節所得構築體之活性。然而，此等結果支持以下結論：FVIII對肽基在此等容許位點處之插入的總體可容許性為FVIII之固有性質，其不嚴格視插入元件之組成而定。
實例17：在容許環內之代表性位點處插入Gly-Ser重複序列
為證明FVIII可容許外源性肽基元件個別地插入在容許環內之各種位點處而不喪失輔因子功能，藉由標準重組DNA技術插入長度為41個胺基酸之肽(HAP1，SEQ ID NO：85)，其涵蓋具有35個殘基之Gly-Ser重複序列。HAP1 DNA序列(SEQ ID NO：86)編碼包含胺基酸序列Gly-Gly-Gly-Gly-Ser(SEQ ID NO：191)之七個串聯重複序列之多肽且在末端上側接有均不存在於基礎載體pBC0114之序列中之5’端AscI限制位點(ggcgcgcc)及3’端XhoI位點(ctcgag)。
對HAP1 DNA序列進行化學合成，用AscI及XhoI消化，且插入於當中獨特AscI及XhoI位點已插入於與指定插入位點緊鄰之下游處的適當FVIII表現質體中，以使所得DNA構築體編碼HAP1蛋白質序列插入於緊鄰位點選擇中所示之殘基之後的FVIII融合蛋白。
因此，當殘基X表示插入位點且殘基Z表示原生FVIII多肽序列中之下一殘基時，由插入HAP1產生之多肽含有以下序列：X-GAP GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSASS -Z X-(SEQ ID NO：85)-Z
此外，在此位置處插入相應DNA序列會保留側接HAP1編碼序列之AscI及XhoI限制位點，其在基礎載體中為獨特的且隨後用於切除介入HAP1序列且引入在組成、長度及一級序列方面不同之序列。
對於FVIII之各A域，在每一容許環中(亦即環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1及A3-2中)各選擇一個HAP1插入位點以及在a3酸性肽區域內選擇一個位點。此等HAP1插入位點之位置概述於表XXI中(亦參見表XXIV)。
使用聚乙亞胺(PEI,Polysciences公司，Warrington,PA)將具有HAP1插入物之FVIII變異體用於轉染HEK293F細胞(Life Technologies,Carlsbad,CA)。使短暫轉染之細胞生長在FREESTYLE® F17培養基與CD OPTICHO® 培養基(Life Technologies)之混合物中。在轉染後第五天，藉由發色FVIII分析來分析培養基中重組FVIII-HAP1變異體之活性以評估FVIII對HAP1插入之可容許性。
使用來自DiaPharma之COATEST® SP FVIII套組量測FVIII活性，且所有培育皆在振盪下於37℃培養盤加熱器上進行。使用1×FVIII COATEST® 緩衝液將來自 FVIII-HAP1變異體之短暫轉染之細胞培養基收集物稀釋至所需FVIII活性範圍。以與測試樣品之濃度匹配之濃度於含有來自空白對照轉染之細胞的培養基之1×FVIII COATEST® 緩衝液中製備FVIII標準物。重組因子VIII(rFVIII)標準物之範圍為100mIU/mL至0.78mIU/mL。以25μL/孔將標準物、稀釋之細胞培養物樣品及彙集之正常人類血漿分析對照一式兩份添加至IMMULON® 2HB 96孔培養盤中。將新鮮製備之IXa/FX/磷脂混合物(50μL)、25μL 25mM CaCl2 及50μL FXa受質依序添加至各孔中，在各次添加之間培育5分鐘。在與受質一起培育之後，添加25μL 20%乙酸以終止顯色，且用SPECTRAMAX® plus(Molecular Devices)儀器量測在405nm下之吸光度。使用SOFTMAX® Pro軟體(第5.2版)進行資料分析。定量下限(LLOQ)為39mIU/mL。發色FVIII分析之結果圖示於圖22中。
圖22中描繪之結果顯示FVIII能夠適應HAP1肽插入在容許環A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1及A3-2內以及a3區域內之代表性位點處而不消除FVIII之輔因子活性。在A2域中之位置518、C1域中之位置2111及C2域中之位置2188處插入HAP1肽會導致FVIII活性度低於定量極限(BLOQ)。相對於針對在容許環或a3區域內之代表性位點處插入HAP1所觀測到的活性，在A1域中之位置116及A3域中之位置1861處插入HAP1 肽會產生較低但可偵測之FVIII活性。此等結果支持以下結論：FVIII對肽基在此等容許位點處之插入的可容許性為FVIII之固有性質，其不嚴格視插入元件之組成而定。
實例18：在所選容許環內之代表性位點處插入綠色螢光蛋白
為證明FVIII可容許已知採用確定之3維結構之蛋白質插入在容許環內而不喪失輔因子功能，藉由標準重組DNA技術插入長度為265個胺基酸之多肽(EGFP1，SEQ ID NO：87)，其涵蓋增強型綠色螢光蛋白之具有239個胺基酸殘基之序列。EGFP1 DNA序列(SEQ ID NO：89)編碼由胺基酸序列Gly-Gly-Gly-Gly-Ser(SEQ ID NO：191)之兩個串聯重複序列側接的EGFP多肽(SEQ ID NO：88)且在末端上側接有均不存在於基礎載體pBC0114之序列中之5’端AscI限制位點(ggcgcgcc)及3’端XhoI位點(ctcgag)。
對EGFP1 DNA序列進行化學合成，用AscI及XhoI消化，且插入於當中獨特AscI及XhoI位點已插入於與指定插入位點緊鄰之下游處的適當FVIII表現質體中，以使所得DNA構築體編碼EGFP1蛋白質序列插入於緊鄰位點選擇中所示之殘基之後的FVIII融合蛋白。
因此，當殘基X表示插入位點且殘基Z表示原生FVIII多狀序列中之下一殘基時，由插入EGFP1產生 之多肽含有以下序列：X-(SEQ ID NO：87)-Z
此外，在此位置處插入相應DNA序列會保留側接EGFP1編碼序列之AscI及XhoI限制位點，其在基礎載體中為獨特的且可隨後用於切除介入EGFP1序列且引入在組成、長度及一級序列方面不同之序列。
在容許環A1-1、A2-1、A3-1及A3-2中之每一者內以及a3酸性肽區域內選擇EGFP1插入位點。此等EGFP1插入位點之位置概述於表XXII中(亦參見表XXIV)。
使用聚乙亞胺(PEI，Polysciences公司，Warrington,PA)將具有EGFP1插入物之FVIII變異體用於 轉染HEK293F細胞(Life Technologies,Carlsbad,CA)。使短暫轉染之細胞生長在FREESTYLE® F17培養基與CD OPTICHO®培養基(Life Technologies)之混合物中。在轉染後第五天，藉由發色FVIII分析來分析培養基中重組FVIII-EGFP1變異體之活性以評估FVIII對EGFP1插入之可容許性。
使用來自DiaPharma之COATEST® SP FVIII套組量測FVIII活性，且所有培育皆在振盪下於37℃培養盤加熱器上進行。使用1×FVIII COATEST® 緩衝液將來自FVIII-EGFP1變異體之短暫轉染之細胞培養基收集物稀釋至所需FVIII活性範圍。以與測試樣品之濃度匹配之濃度於含有來自空白對照轉染之細胞的培養基之1×FVIII COATEST® 緩衝液中製備FVIII標準物。重組因子VIII(rFVIII)標準物之範圍為100mIU/mL至0.78mIU/mL。以25μL/孔將標準物、稀釋之細胞培養物樣品及彙集之正常人類血漿分析對照一式兩份添加至IMMULON® 2HB 96孔培養盤中。將新鮮製備之IXa/FX/磷脂混合物(50μL)、25μL 25mM CaCl2 及50μL FXa受質依序添加至各孔中，在各次添加之間培育5分鐘。在與受質一起培育之後，添加25μL 20%乙酸以終止顯色，且用SPECTRAMAX® plus(Molecular Devices)儀器量測在405nm下之吸光度。使用SOFTMAX® Pro軟體(第5.2版)進行資料分析。定量下限(LLOQ)為39mIU/mL。發色FVIII分析之結果圖示於 圖23中。
圖23中描繪之結果顯示FVIII能夠適應EGFP1插入在容許環A1-1、A2-1、A3-1及A3-2內以及a3區域內之所選代表性位點處而不消除FVIII之輔因子活性。儘管將EGFP1插入在此等位點中之每一者處均會產生可偵測之FVIII活性，但所觀測到之活性度視插入位點而定，其中將EGFP1插入在a3區域內所產生之活性與由未經修飾之基礎載體獲得之活性類似，將EGFP1插入在容許環A2-1及A3-1內會產生中等FVIII活性，且將EGFP1插入在容許環A1-1及A3-2內會產生低FVIII活性。因此，FVIII在其對EGFP(一種已知採用確定之3維結構之蛋白質)之插入的可容許性程度方面展現隨插入位點變化之顯著可變性。
實例19：插入含Cys肽及化學PEG修飾
為證明FVIII可容許外源性肽基元件插入在容許環內及隨後對彼元件內含有之半胱胺酸殘基進行共價結合而不喪失FVIII輔因子功能，藉由標準重組DNA技術插入長度為41個胺基酸之肽(CCP1，SEQ ID NO：90)，其涵蓋具有35個殘基之含有單個Cys殘基之Gly-Ser重複序列。CCP1 DNA序列(SEQ ID NO：91)編碼包含胺基酸序列Gly-Gly-Gly-Gly-Ser(SEQ ID NO：191)之七個串聯重複序列且在位置21處取代有Cys殘基的多肽且在末端上側 接有均不存在於基礎載體pBC0114之序列中之5’端AscI限制位點(ggcgcgcc)及3’端XhoI位點(ctcgag)。
對CCP1 DNA序列進行化學合成，用AscI及XhoI消化，且插入在質體pBC0184之AscI位點與XhoI位點之間，以使所得DNA構築體FVIII-0026-CCP1編碼CCP1蛋白質序列插入於緊鄰殘基26之後的FVIII融合蛋白。
X-GAP GGGGSGGGGSGGGGSGGCGSGGGGSGGGGSGGGGSASS -Z X-(SEQ ID NO：90)-Z
此外，在此位置處插入相應DNA序列會保留側接CCPP1編碼序列之AscI及XhoI限制位點，其在基礎載體中為獨特的且可隨後用於切除介入CCP1序列且引入在組成、長度及一級序列方面不同之序列。
使用聚乙亞胺(PEI，Polysciences公司，Warrington,PA)將質體FVIII-0026-CCP1用於大規模短暫轉染HEK293F細胞(Life Technologies,Carlsbad,CA)。使短暫轉染之細胞生長在FREESTYLE® F17培養基與CD OPTICHO® 培養基(Life Technologies)之混合物中。
在轉染後第五天收集條件細胞培養基且藉由連續免疫親和層析及離子交換層析步驟來將FVIII-0026-CCP1蛋白質純化至較高程度。
藉由以下方式使PEG共價結合於FVIII-0026-CCP1：用參(2-羧乙基)膦(TCEP)適度還原FVIII-0026- CCP1，藉由離子交換層析純化還原產物，及將經純化之還原FVIII-0026-CCP1與60kDa PEG-順丁烯二醯亞胺一起培育。藉由離子交換層析來解析聚乙二醇化與未聚乙二醇化之FVIII-0026-CCP1。
為確認在FVIII-0026-CCP1之A1域上已特異性發生PEG結合，用凝血酶消化聚乙二醇化物質及未聚乙二醇化物質且藉由非還原性SDS-PAGE連同其未經凝血酶處理之對應物一起分析。熟知用凝血酶消化FVIII會使得在藉由SDS-PAGE解析產物時產生對應於A1域、A2域及殘餘FVIII輕鏈之可明確區分之條帶。因此，將此方法應用於未經處理或進行化學聚乙二醇化之FVIII-0026-CCP1樣品會使得能夠驗證PEG部分已附接至A1域。
為確認FVIII-0026-CCP1已定量地進行聚乙二醇化，藉由在Tosoh G3000 SWx1管柱上進行尺寸排阻層析(SEC)來分析未經修飾之FVIII-0026-CCP1及聚乙二醇化之FVIII-0026-CCP1，且在214nm下監測隨時間變化之溶離物吸光度。將所得層析圖與以17kDa、44kDa、158kDa及670kDa之蛋白質分子量標準物產生之參考層析圖重疊以使得能夠確定未經修飾之FVIII-0026-CCP1與聚乙二醇化之FVIII-0026-CCP1兩者之表觀分子量及評估聚乙二醇化反應之效率。
使用來自DiaPharma之COATEST® SP FVIII套組量測未經修飾之FVIII-0026-CCP1及聚乙二醇化之 FVIII-0026-CCP1之FVIII活性，且所有培育皆在振盪下於37℃培養盤加熱器上進行。使用1×FVIII COATEST® 緩衝液將純化之FVIII-0026-CCP1及單聚乙二醇化之FVIII-0026-CCP1之樣品稀釋至所需FVIII活性範圍。於1×FVIII COATEST® 緩衝液中製備FVIII標準物。重組因子VIII(rFVIII)標準物之範圍為100mIU/mL至0.78mIU/mL。以25μL/孔將標準物及彙集之正常人類血漿分析對照一式兩份添加至IMMULON® 2HB 96孔培養盤中。將新鮮製備之IXa/FX/磷脂混合物(50μL)、25μL 25mM CaCl2 及50μL FXa受質依序添加至各孔中，在各次添加之間培育5分鐘。在與受質一起培育之後，添加25μL 20%乙酸以終止顯色，且用SPECTRAMAX® plus(Molecular Devices)儀器量測在405nm下之吸光度。使用SOFTMAX® Pro軟體(第5.2版)進行資料分析。定量下限(LLOQ)為39mIU/mL。未聚乙二醇化及聚乙二醇化之構築體的活性資料顯示於表XXIII中：
圖24中呈現之結果顯示純化之FVIII-0026-CCP1製備物含有單鏈物質(SC FVIII)及包含重鏈(HC)及輕 鏈(LC)之雙鏈物質。歸因於電泳移動性降低，對應於未經修飾之SC FVIII及HC之蛋白質條帶(泳道1)因聚乙二醇化(泳道2)而上移。藉由PEG染色來觀測對應於聚乙二醇化之SC FVIII及HC而非LC之條帶(泳道7)。用凝血酶處理未經修飾之FVIII-0026-CCP1會產生具有對應於a3缺失型輕鏈(LC a3)、A1域及A2域之條帶(泳道4)的預期裂解產物型態。在此等條帶中，唯有對應於A1域之條帶在聚乙二醇化後向上移動(泳道3)，從而產生電泳移動性降低之藉由PEG染色偵測到之單個條帶(泳道8)。此等結果說明FVIII-0026-CCP1於A1域上經特異性聚乙二醇化。
如圖25中所示，藉由尺寸排阻層析(SEC)進一步分析聚乙二醇化及未聚乙二醇化之FVIII-0026-CCP1。對應於未聚乙二醇化之FVIII-0026-CCP1之主峰以與158kDa分子量標準物之滯留時間類似之滯留時間溶離，而對應於聚乙二醇化之FVIII-0026-CCP1之主峰以略微小於670kDa分子量標準物之滯留時間之滯留時間溶離，從而指示聚乙二醇化使FVIII-0026-CCP1之流體動力學半徑顯著增加。未聚乙二醇化之FVIII-0026-CCP1與聚乙二醇化之FVIII-0026-CCP1兩者之層析圖指示兩種蛋白質物質之純度均>90%。因此，表XXIII中呈現之FVIII活性資料可經解釋以推斷相對於未經修飾之FVIII-0026-CCP1，使PEG化學結合於在FVIII之殘基26之後插入的 含半胱胺酸CCP1肽不會顯著改變所得分子之比活性。此外，所觀測到之FVIII-0026-CCP1與聚乙二醇化之FVIII-0026-CCP1兩者之比活性均類似於對未經修飾之B域缺失(BDD)型FVIII所觀測到之比活性，從而指示在FVIII之容許環A1-1內之殘基26處插入CCP1肽不會自行導致FVIII之比活性降低，無論插入之CCP1肽經聚乙二醇化與否。
實例20：產生FVIII變異體之組合文庫方法
XTEN為一種包含非結構化重複序列之已顯示會延長許多蛋白質之循環半衰期的多肽。XTEN對有效負載分子之清除及功能之影響可藉由改變XTEN插入物之位置、組成、長度及數目來最佳化，該等改變皆可藉由重組技術達成。就鑒別FVIII中可適應XTEN之域內插入之容許環而言，探究用於對FVIII進行XTEN修飾之多變數方法以開發半衰期延長至如用當前臨床候選物觀測到之半衰期的2倍以上之FVIII-XTEN變異體。因此，評估多重XTEN插入對FVIII之活性及藥物動力學之影響。
方法：建構FVIII-XTEN組合文庫，其包含超過400個在A域中之容許環內、在B域接合點處及在C端處具有2至6個XTEN插入物之BDD-FVIII變異體。藉由小規模短暫轉染使變異體在HEK293細胞中表現，且藉由FVIII發色分析量測條件培養基中之FVIII活性。藉由隨時間推移監測血漿FVIII活性來評估在培養基中具有0.3IU/mL FVIII活性之變異體在FVIII基因剔除(HemA)及FVIII/VWF雙重基因剔除(DKO)小鼠體內之藥物動力學(PK)性質。將DKO小鼠用於初始分級目的以消除內源性VWF對半衰期之影響。在PK研究中使用濃縮之條件培養基或部分純化之FVIII-XTEN製備物來增加PK篩檢之通量。使用條件培養基或純化之蛋白質觀測到類似PK型態。
結果：FVIII變異體在存在多達5個XTEN插入物下保留活性。在缺乏VWF之保護益處之DKO小鼠中，由XTEN賦予之半衰期改良具有插入位點依賴性，其中相較於未經修飾之BDD-FVIII之0.25小時，A3域中之單個XTEN插入使半衰期延長至4.5小時，且A2域中之彼等插入使半衰期延長至2.5小時。對於域內插入，144個殘基之XTEN長度在細胞培養物中之活性及半衰期延長作用方面為最佳的，且當插入位點處於不同域中時，多重XTEN插入對PK之影響具有累加性。具有3個XTEN插入物之FVIII在DKO小鼠體內達成16小時之半衰期，表示相對於BDD FVIII延長至64倍，但引入其他XTEN僅使得半衰期標稱延長至18小時，從而指示用XTEN達成之半衰期延長具有累加性但具可飽和性。在DKO小鼠體內已展現3-18小時之半衰期之所選FVIII-XTEN變異體在HemA小鼠體內皆具有類似半衰期(約14小時)。
以上已藉助於說明指定功能及其關係之實施方案之功能性構建塊來描述本發明。此等功能性構建塊之邊界已為描述方便起見而在本文中任意地界定。可界定替代性邊界，只要指定功能及其關係得到適當執行即可。
上文對特定實施例之描述將充分揭示本發明之一般特性以使得他人可在不脫離本發明之一般概念下，在不進行過度實驗下，藉由應用此項技術之技能內之知識而容易地修改及/或改適以達成此等特定實施例之各種應 用。因此，基於本文呈現之教示及指導，此等改適及修改意欲在所揭示之實施例之等效物的含義及範圍內。應瞭解本文之措辭或術語係出於描述而非限制之目的，因此本說明書之術語或措辭應由熟練技術人員根據教示及指導加以解釋。
本發明之廣度及範疇不應受限於任何上述示範性實施例，而應僅根據以下申請專利範圍及其等效物加以確定。本發明之其他實施例對於熟習此項技術者而言藉由考慮本文揭示之本發明之說明書及實施而為顯而易見的。
<110> 拜健艾克麻州股份有限公司(Biogen Idec MA Inc.)
<120> 重組因子VIII蛋白
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<213> 人工序列
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<400> 22
<210> 23
<211> 144
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN AE144-6B合成多肽
<400> 23
<210> 24
<211> 450
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN AE144-6B合成聚核苷酸
<400> 24
<210> 25
<211> 144
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN AG144-1合成多肽
<400> 25
<210> 26
<211> 450
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN AG144-1合成聚核苷酸
<400> 26
<210> 27
<211> 144
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN AG144-A合成多肽
<400> 27
<210> 28
<211> 450
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN AG144-A合成聚核苷酸
<400> 28
<210> 29
<211> 144
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN AG144-B合成多肽
<400> 29
<210> 30
<211> 450
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN AG144-B合成聚核苷酸
<400> 30
<210> 31
<211> 144
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN AG144-C合成多肽
<400> 31
<210> 32
<211> 450
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN AG144-C合成聚核苷酸
<400> 32
<210> 33
<211> 144
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN AG144-F合成多肽
<400> 33
<210> 34
<211> 450
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN AG144-F合成聚核苷酸
<400> 34
<210> 35
<211> 32
<212> PRT
<213> 智人
<400> 35
<210> 36
<211> 28
<212> PRT
<213> 智人
<400> 36
<210> 37
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成肽，PAS肽1
<400> 37
<210> 38
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<223> 合成肽，PAS肽2
<220>
<400> 38
<210> 39
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成肽，PAS肽3
<400> 39
<210> 40
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成肽,PAS肽4
<400> 40
<210> 41
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成肽，PAS肽5
<400> 41
<210> 42
<211> 24
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成肽，PAS肽6
<400> 42
<210> 43
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成肽，PAS肽7
<400> 43
<210> 44
<211> 11
<212> PRT
<213> 智人
<400> 44
<210> 45
<211> 288
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN-AE288-1合成多肽
<400> 45
<210> 46
<211> 288
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN-AG228-2合成多肽
<400> 46
<210> 47
<211> 288
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> XTEN-AG228-1合成多肽
<400> 47
<210> 48
<211> 264
<212> PRT
<213> 末知
<220>
<223> GFP蛋白質序列(基因庫ID AAG34521.1)
<400> 48
<210> 49
<211> 474
<212> PRT
<213> 智人
<400> 49
<210> 50
<211> 591
<212> PRT
<213> 智人
<400> 50
<210> 51
<211> 4
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成序列。序列重複n次，其中n=0、1、2、3、4或4以上。
<400> 51
<210> 52
<211> 18
<212> PRT
<213> 智人
<400> 52
<210> 53
<211> 20
<212> PRT
<213> 智人
<400> 53
<210> 54
<211> 21
<212> PRT
<213> 智人
<400> 54
<210> 55
<211> 20
<212> PRT
<213> 智人
<400> 55
<210> 56
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成肽，含半胱胺酸肽
<400> 56
<210> 57
<211> 4544
<212> PRT
<213> 智人
<400> 57
<210> 58
<211> 13
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 生物素接受體肽(BAP)
<400> 58
<210> 59
<211> 13
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 硫辛酸接受體肽2(LAP2)
<400> 59
<210> 60
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成肽。高胺基酸聚合物化基元。序列重複n次，其中n=1至400。
<400> 60
<210> 61
<211> 12
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 替代性連接子肽序列
<400> 61
<210> 62
<211> 29
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> CTP肽
<400> 62
<210> 63
<211> 2351
<212> PRT
<213> 智人
<400> 63
<210> 64
<211> 2351
<212> PRT
<213> 智人
<400> 64
<210> 65
<211> 2351
<212> PRT
<213> 智人
<400> 65
<210> 66
<211> 2351
<212> PRT
<213> 黑猩猩
<400> 66
<210> 67
<211> 2352
<212> PRT
<213> 白頰長臂猿
<400> 67
<210> 68
<211> 2351
<212> PRT
<213> 智人
<400> 68
<210> 69
<211> 2336
<212> PRT
<213> 穴兔
<400> 69
<210> 70
<211> 2343
<212> PRT
<213> 家犬
<400> 70
<210> 71
<211> 2323
<212> PRT
<213> 歐洲牛
<400> 71
<210> 72
<211> 2323
<212> PRT
<213> 歐洲牛
<400> 72
<210> 73
<211> 2249
<212> PRT
<213> 小家鼠
<400> 73
<210> 74
<211> 2319
<212> PRT
<213> 小家鼠
<400> 74
<210> 75
<211> 2254
<212> PRT
<213> 綿羊
<400> 75
<210> 76
<211> 2247
<212> PRT
<213> 小家鼠
<400> 76
<210> 77
<211> 2133
<212> PRT
<213> 野豬
<400> 77
<210> 78
<211> 2258
<212> PRT
<213> 褐鼠
<400> 78
<210> 79
<211> 2277
<212> PRT
<213> 褐鼠
<400> 79
<210> 80
<211> 2277
<212> PRT
<213> 褐鼠
<400> 80
<210> 81
<211> 45
<212> PRT
<213> 人工序列
<223> CTP-1人工插入構築體
<220>
<400> 81
<210> 82
<211> 134
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> CTP-1人工插入構築體
<400> 82
<210> 83
<211> 44
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 白蛋白結合肽ABP1人工插入構築體
<400> 83
<210> 84
<211> 131
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 白蛋白結合肽ABP1人工插入構築體
<400> 84
<210> 85
<211> 41
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Gly-Ser重複序列(HAP1)人工插入構築體
<400> 85
<210> 86
<211> 122
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> Gly-ser重複序列(HAP1)人工插入構築體
<400> 86
<210> 87
<211> 265
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 增強型GFP(EGFPP1)人工插入構築體
<400> 87
<210> 88
<211> 239
<212> PRT
<213> 未知
<220>
<223> 增強型GFP(EGFPP1)
<400> 88
<210> 89
<211> 794
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 增強型GFP(EGFPP1)人工插入構築體
<400> 89
<210> 90
<211> 41
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 含有單個Cys殘基之Gly-Ser重複序列(CCP1)人工插入構築體
<400> 90
<210> 91
<211> 122
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 含有單個Cys殘基之Gly-Ser重複序列(CCP1)人工插入構築體
<400> 91
<210> 92
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0018-CTP1 DNA序列
<400> 92
<210> 93
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0018-CTP1蛋白質序列
<400> 93
<210> 94
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0022-CTP1 DNA序列
<400> 94
<210> 95
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0022-CTP1蛋白質序列
<400> 95
<210> 96
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0026-CTP1 DNA序列
<400> 96
<210> 97
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0026-CTP1蛋白質序列
<400> 97
<210> 98
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0040-CTP1 DNA序列
<400> 98
<210> 99
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0040-CTP1蛋白質序列
<400> 99
<210> 100
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0116-CTP1 DNA序列
<400> 100
<210> 101
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0116-CTP1蛋白質序列
<400> 101
<210> 102
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0216-CTP1 DNA序列
<400> 102
<210> 103
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0216-CTP1蛋白質序列
<400> 103
<210> 104
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0399-CTP1 DNA序列
<400> 104
<210> 105
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0399-CTP1蛋白質序列
<400> 105
<210> 106
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0403-CTP1 DNA序列
<400> 106
<210> 107
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0403-CTP1蛋白質序列
<400> 107
<210> 108
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0518-CTP1 DNA序列
<400> 108
<210> 109
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0518-CTP1蛋白質序列
<400> 109
<210> 110
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0599-CTP1 DNA序列
<400> 110
<210> 111
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0599-CTP1蛋白質序列
<400> 111
<210> 112
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1656-CTP1 DNA序列
<400> 112
<210> 113
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1656-CTP1蛋白質序列
<400> 113
<210> 114
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1711-CTP1 DNA序列
<400> 114
<210> 115
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1711-CTP1蛋白質序列
<400> 115
<210> 116
<211> 4551
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1720-CTP1 DNA序列
<400> 116
<210> 117
<211> 1517
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1720-CTP1蛋白質序列
<400> 117
<210> 118
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1861-CTP1 DNA序列
<400> 118
<210> 119
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1861-CTP1蛋白質序列
<400> 119
<210> 120
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1900-CTP1 DNA序列
<400> 120
<210> 121
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1900-CTP1蛋白質序列
<400> 121
<210> 122
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1905-CTP1 DNA序列
<400> 122
<210> 123
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1905-CTP1蛋白質序列
<400> 123
<210> 124
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1910-CTP1 DNA序列
<400> 124
<210> 125
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1910-CTP1蛋白質序列
<400> 125
<210> 126
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<-220>
<223> FVIII-2111-CTP1 DNA序列
<400> 126
<210> 127
<211> 1514
<21-2> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-2111-CTP1蛋白質序列
<400> 127
<210> 128
<211> 4542
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-2188-CTP1 DNA序列
<400> 128
<210> 129
<211> 1514
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-2188-CTP1蛋白質序列
<400> 129
<210> 130
<211> 4539
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0026-ABP1 DNA序列
<400> 130
<210> 131
<211> 1513
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0026-ABP1蛋白質序列
<400> 131
<210> 132
<211> 4539
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0116-ABP1 DNA序列
<400> 132
<210> 133
<211> 1513
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0116-ABP1蛋白質序列
<400> 133
<210> 134
<211> 4539
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0216-ABP1 DNA序列
<400> 134
<210> 135
<211> 1513
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0216-ABP1蛋白質序列
<400> 135
<210> 136
<211> 4539
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0403-ABP1 DNA序列
<400> 136
<210> 137
<211> 1513
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0403-ABP1蛋白質序列
<400> 137
<210> 138
<211> 4539
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0518-ABP1 DNA序列
<400> 138
<210> 139
<211> 1513
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0518-ABP1蛋白質序列
<400> 139
<210> 140
<211> 4539
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0599-ABP1 DNA序列
<400> 140
<210> 141
<211> 1513
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0599-ABP1蛋白質序列
<400> 141
<210> 142
<211> 4539
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1656-ABP1 DNA序列
<400> 142
<210> 143
<211> 1513
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1656-ABP1蛋白質序列
<400> 143
<210> 144
<211> 4548
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1720-ABP1 DNA序列
<400> 144
<210> 145
<211> 1516
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1720-ABP1蛋白質序列
<400> 145
<210> 146
<211> 4539
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1861-ABP1 DNA序列
<400> 146
<210> 147
<211> 1513
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1861-ABP1蛋白質序列
<400> 147
<210> 148
<211> 4539
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1900-ABP1 DNA序列
<400> 148
<210> 149
<211> 1513
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1900-ABP1蛋白質序列
<400> 149
<210> 150
<211> 4539
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-2111-ABP1 DNA序列
<400> 150
<210> 151
<211> 1513
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-2111-ABP1蛋白質序列
<400> 151
<210> 152
<211> 4539
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-2188-ABP1 DNA序列
<400> 152
<210> 153
<211> 1513
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-2188-ABP1蛋白質序列
<400> 153
<210> 154
<211> 4530
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0026-HAP1 DNA序列
<400> 154
<210> 155
<211> 1510
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0026-HAP1蛋白質序列
<400> 155
<210> 156
<211> 4530
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0116-HAP1 DNA序列
<400> 156
<210> 157
<211> 1510
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0116-HAP1蛋白質序列
<400> 157
<210> 158
<211> 4530
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0216-HAP1 DNA序列
<400> 158
<210> 159
<211> 1510
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0216-HAP1蛋白質序列
<400> 159
<210> 160
<211> 4530
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0403-HAP1 DNA序列
<400> 160
<210> 161
<211> 1510
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0403-HAP1蛋白質序列
<400> 161
<210> 162
<211> 4530
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0518-HAP1 DNA序列
<400> 162
<210> 163
<211> 1510
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0518-HAP1蛋白質序列
<400> 163
<210> 164
<211> 4530
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0599-HAP1 DNA序列
<400> 164
<210> 165
<211> 1510
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0599-HAP1蛋白質序列
<400> 165
<210> 166
<211> 4530
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1656-HAP1 DNA序列
<400> 166
<210> 167
<211> 1510
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1656-HAP1蛋白質序列
<400> 167
<210> 168
<211> 4539
<212> DNA
<213> 人工序列
<223> FVIII-1720-HAP1 DNA序列
<220>
<400> 168
<210> 169
<211> 1513
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1720-HAP1蛋白質序列
<400> 169
<210> 170
<211> 4530
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1861-HAP1 DNA序列
<400> 170
<210> 171
<211> 1510
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1861-HAP1蛋白質序列
<400> 171
<210> 172
<211> 4530
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1900-HAP1 DNA序列
<400> 172
<210> 173
<211> 1510
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1900-HAP1蛋白質序列
<400> 173
<210> 174
<211> 4530
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-2111-HAP1 DNA序列
<400> 174
<210> 175
<211> 1510
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-2111-HAP1蛋白質序列
<400> 175
<210> 176
<211> 4530
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-2188-HAP1 DNA序列
<400> 176
<210> 177
<211> 1510
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-2188-HAP1蛋白質序列
<400> 177
<210> 178
<211> 794
<212> DNA
<213> 人工序列
<223> 增強型GFP
<220>
<400> 178
<210> 179
<211> 5202
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0026-EGFP1 DNA序列
<400> 179
<210> 180
<211> 1734
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0026-EGFP1蛋白質序列
<400> 180
<210> 181
<211> 5202
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0403-EGFP1 DNA序列
<400> 181
<210> 182
<211> 1734
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0403-EGFP1 DNA序列
<400> 182
<210> 183
<211> 5202
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1656-EGFP1 DNA序列
<400> 183
<210> 184
<211> 1734
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1656-EGFP1蛋白質序列
<400> 184
<210> 185
<211> 5211
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1720-EGFP1 DNA序列
<400> 185
<210> 186
<211> 1737
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1720-EGFP1蛋白質序列
<400> 186
<210> 187
<211> 5202
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1900-EGFP1 DNA序列
<400> 187
<210> 188
<211> 1734
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-1900-EGFP1蛋白質序列
<400> 188
<210> 189
<211> 4530
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0026-CCP1 DNA序列
<400> 189
<210> 190
<211> 1510
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> FVIII-0026-CCP1蛋白質序列
<400> 190
<210> 191
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Gly4Ser連接子
<400> 191
<210> 192
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (Gly4Ser)n連接子，n=2
<400> 192
<210> 193
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (Gly4Ser)n連接子，n=3
<400> 193
<210> 194
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (Gly4Ser)n連接子，n=4
<400> 194
<210> 195
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (Gly4Ser)n連接子，n=5
<400> 195
<210> 196
<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列
<223> (Gly4Ser)n連接子，n=6
<220>
<400> 196
<210> 197
<211> 35
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (Gly4Ser)n連接子，n=7
<400> 197
<210> 198
<211> 40
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (Gly4Ser)n連接子，n=8
<400> 198
<210> 199
<211> 45
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (Gly4Ser)n連接子，n=9
<400> 199
<210> 200
<211> 50
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> (Gly4Ser)n連接子，n=10
<400> 200
<210> 201
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ser(Gly4Ser)n連接子，GGGGS子序列重複n次，其中n=1至400
<400> 201
<210> 202
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ser(Gly4Ser)n連接子，n=1
<400> 202
<210> 203
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ser(Gly4Ser)n連接子，n=2
<400> 203
<210> 204
<211> 16
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ser(Gly4Ser)n連接子，n=3
<400> 204
<210> 205
<211> 21
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ser(Gly4Ser)n連接子，n=4
<400> 205
<210> 206
<211> 26
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ser(Gly4Ser)n連接子，n=5
<400> 206
<210> 207
<211> 31
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ser(Gly4Ser)n連接子，n=6
<400> 207
<210> 208
<211> 36
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ser(Gly4Ser)n連接子，n=7
<400> 208
<210> 209
<211> 41
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ser(Gly4Ser)n連接子，n=8
<400> 209
<210> 210
<211> 46
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ser(Gly4Ser)n連接子，n=9
<400> 210
<210> 211
<211> 51
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> Ser(Gly4Ser)n連接子，n=10
<400> 211

Claims (47)

  1. 一種重組FVIII蛋白，其包含：包含式I：(A1)-a1-(A2)-a2-[B]之第一多肽；及包含式II：a3-(A3)-(C1)之第二多肽；其中該第一多肽與該第二多肽融合呈單一多肽鏈或彼此連結呈雜二聚體；其中，a)A1為FVIII之A1域；b)A2為FVIII之A2域；c)[B]為FVIII之B域或其片段；d)A3為FVIII之A3域；e)C1為FVIII之C1域；f)a1、a2及a3為酸性間隔子區域；其中該A1域包含容許環-1(A1-1)區域及容許環-2(A1-2)區域；其中A1-1對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸15至大約胺基酸45的區域，且其中A1-2對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸201至大約胺基酸232的區域；其中該A2域包含容許環-1(A2-1)區域及容許環-2(A2-2)區域；其中A2-1對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸395至大約胺基酸421的區域，且其中A2-2對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸577至大約胺基酸635的區域；其中該A3域包含容許環-1(A3-1)區域及容許環-2(A3-2)區域；其中A3-1對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1705至大約胺基酸1732的區域，且其中A3-2對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO： 1之大約胺基酸1884至大約胺基酸1917的區域；其中[B]包含異源部分，該異源部分插入於緊鄰對應於成熟人類FVIII之對應於SEQ ID NO：1的胺基酸745之胺基酸的下游處；且其中該重組FVIII蛋白展現促凝血活性。
  2. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中該異源部分不為延長重組多肽(XTEN)。
  3. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中[B]係FVIII之該B域的片段，該FVIII包含該B域之部分缺失。
  4. 如申請專利範圍第3項之重組FVIII蛋白，其中對應於SEQ ID NO：1的胺基酸1648之胺基酸經刪除。
  5. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中該第一多肽與該第二多肽形成包含式(A1)-a1-(A2)-a2-[B]-[a3]-(A3)-(C1)之單一多肽鏈。
  6. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中該第二多肽包含式[a3]-(A3)-(C1)-(C2)，其中(C2)為FVIII之C2域。
  7. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中A1-1對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸18至大約胺基酸41的區域。
  8. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中A1-2對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸218至大約胺基酸229的區域。
  9. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中A2-1對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸397至大約胺基酸418的區域。
  10. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中A2-2對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸595至大約胺基酸607的區域。
  11. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中A3-1對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1711至大約胺基酸1725的區域。
  12. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中A3-2對應於原生成熟人類FVIII中自SEQ ID NO：1之大約胺基酸1899至大約胺基酸1911的區域。
  13. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中第二異源部分插入於該等區域A1-1、A1-2、A2-1、A2-2、A3-1、A3-2或a3中之至少一者中或與羧基端融合。
  14. 如申請專利範圍第13項之重組FVIII蛋白，其中該第二異源部分插入於與對應於成熟原生人類FVIII中選自由以下組成之群的胺基酸之胺基酸緊鄰之下游處：SEQ ID NO：1之胺基酸18、SEQ ID NO：1之胺基酸22、SEQ ID NO：1之胺基酸26、SEQ ID NO：1之胺基酸40、SEQ ID NO：1之胺基酸188、SEQ ID NO：1之胺基酸216、SEQ ID NO：1之胺基酸333、SEQ ID NO：1之胺基酸403、SEQ ID NO：1之胺基酸442、SEQ ID NO：1之胺基酸490、SEQ ID NO：1之胺基酸599、SEQ ID NO：1之胺 基酸1720、SEQ ID NO：1之胺基酸1796、SEQ ID NO：1之胺基酸1802、SEQ ID NO：1之胺基酸1900及其任何組合。
  15. 如申請專利範圍第13項之重組FVIII蛋白，其中該第二異源部分插入於與對應於成熟原生人類FVIII中選自由以下組成之群的胺基酸之胺基酸緊鄰之下游處：SEQ ID NO：1之胺基酸220、SEQ ID NO：1之胺基酸221、SEQ ID NO：1之胺基酸224、SEQ ID NO：1之胺基酸336、SEQ ID NO：1之胺基酸339、SEQ ID NO：1之胺基酸399、SEQ ID NO：1之胺基酸409、SEQ ID NO：1之胺基酸416、SEQ ID NO：1之胺基酸603、SEQ ID NO：1之胺基酸1711、SEQ ID NO：1之胺基酸1725、SEQ ID NO：1之胺基酸1905、SEQ ID NO：1之胺基酸1910及其任何組合。
  16. 如申請專利範圍第13項之重組FVIII蛋白，其中與該FVIII蛋白之羧基端融合的該第二異源部分係緊鄰對應於SEQ ID NO：1的胺基酸2332之胺基酸的下游處。
  17. 如申請專利範圍第13項之重組FVIII蛋白，其包含至少三個、至少四個、至少五個或至少六個異源部分。
  18. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中該至少一個異源部分包含插入於該FVIII序列中之具有一或多個胺基酸之序列。
  19. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中該至少一個異源部分包含使該蛋白質之活體內半衰期延長之 元件。
  20. 如申請專利範圍第19項之重組FVIII蛋白，其中使該重組FVIII蛋白之該活體內半衰期延長之該元件包含白蛋白、白蛋白結合多肽、Fc、丙胺酸/絲胺酸/脯胺酸肽(PAS)、人類絨毛膜促性腺素之β次單位之C端肽(CTP)、聚乙二醇(PEG)、羥乙基澱粉(HES)、白蛋白結合小分子或其組合。
  21. 如申請專利範圍第19項之重組FVIII蛋白，其中使該重組FVIII蛋白之該活體內半衰期延長之該元件包含清除受體或其片段，其中該清除受體阻斷該重組FVIII蛋白與FVIII清除受體結合，且其中該清除受體為低密度脂蛋白受體相關蛋白1(LRP1)或其FVIII結合片段。
  22. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中該至少一個異源部分包含可使該重組FVIII蛋白在活體外、活體內、離體或彼等之任何組合視見或定位之肽或多肽。
  23. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中該至少一個異源部分包含提高該蛋白之穩定性的元件。
  24. 如申請專利範圍第1項之重組FVIII蛋白，其中該重組蛋白具有原生FVIII之至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%促凝血活性。
  25. 一種分離之核酸，其包含編碼如申請專利範圍第1項至第24項中任一項之重組FVIII蛋白之序列。
  26. 一種表現載體，其包含如申請專利範圍第25項之核酸。
  27. 如申請專利範圍第26項之表現載體，其中該載體為質體、噬菌粒、病毒或其衍生物。
  28. 如申請專利範圍第27項之表現載體，其中該病毒載體係選自反轉錄病毒載體、腺病毒載體、腺相關病毒載體、SV40型病毒載體、多瘤病毒載體、埃-巴二氏病毒載體、乳頭狀瘤病毒載體、皰疹病毒載體、牛痘病毒載體及小兒麻痺病毒載體。
  29. 如申請專利範圍第28項之表現載體，其中該反轉錄病毒載體係選自莫洛尼鼠類白血病病毒、哈維鼠類肉瘤病毒、鼠類乳腺腫瘤病毒及勞斯肉瘤病毒。
  30. 如申請專利範圍第26項之表現載體，其中該分離之核酸可操作地連接至啟動子或調節序列。
  31. 一種宿主細胞，其包含如申請專利範圍第25項之分離之核酸。
  32. 一種產生重組FVIII蛋白之方法，其包括在使該重組FVIII蛋白表現之條件下培養如申請專利範圍第31項之宿主細胞。
  33. 一種醫藥組合物，其包含如申請專利範圍第1項至第24項中任一項之重組FVIII蛋白及醫藥學上可接受之賦形劑。
  34. 一種醫藥組合物，其包含如申請專利範圍第25項之分離之核酸及醫藥學上可接受之賦形劑。
  35. 一種醫藥組合物，其包含如申請專利範圍第26項之表現載體及醫藥學上可接受之賦形劑。
  36. 一種醫藥組合物，其包含如申請專利範圍第31項之宿主細胞及醫藥學上可接受之賦形劑。
  37. 一種如申請專利範圍第33項之醫藥組合物於製造用於預防、治療、改善或處理有需要之患者之凝血疾病或病狀的藥劑之用途。
  38. 一種如申請專利範圍第34項之醫藥組合物於製造用於預防、治療、改善或處理有需要之患者之凝血疾病或病狀的藥劑之用途。
  39. 一種如申請專利範圍第35項之醫藥組合物於製造用於預防、治療、改善或處理有需要之患者之凝血疾病或病狀的藥劑之用途。
  40. 一種如申請專利範圍第36項之醫藥組合物於製造用於預防、治療、改善或處理有需要之患者之凝血疾病或病狀的藥劑之用途。
  41. 一種如申請專利範圍第33項之醫藥組合物於製造對患者之凝血疾病或病狀進行診斷或成像的藥劑之用途。
  42. 一種如申請專利範圍第34項之醫藥組合物於製造對患者之凝血疾病或病狀進行診斷或成像的藥劑之用途。
  43. 一種如申請專利範圍第35項之醫藥組合物於製造對患者之凝血疾病或病狀進行診斷或成像的藥劑之用途。
  44. 一種如申請專利範圍第36項之醫藥組合物於製造對患者之凝血疾病或病狀進行診斷或成像的藥劑之用途。
  45. 如申請專利範圍第1項至第24項中任一項之重組FVIII蛋白，其中該第一多肽與該第二多肽彼此融合，藉 此形成單鏈多肽。
  46. 如申請專利範圍第45項之重組FVIII蛋白，其中在殘基1645、殘基1648或殘基1645與1648兩者處之該胺基酸殘基不為精胺酸。
  47. 如申請專利範圍第37項至第44項中任一項之用途，其中該凝血疾病或病狀為血友病。
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