RU2013150707A

RU2013150707A - Идентификация ассоциированных с образцом полинуклеотидов

Info

Publication number: RU2013150707A
Application number: RU2013150707/10A
Authority: RU
Inventors: Уильям Х. РОБИНСОН; Янн Чун ТАНЬ; Джереми СОКОЛОВЕ
Original assignee: Зе Боард Оф Трастиз Оф Зе Леланд Стэнфорд Джуниор Юниверсити; Департмент Оф Ветеранс Аффэйрс
Priority date: 2011-04-28
Filing date: 2012-04-27
Publication date: 2015-06-10
Also published as: PL3418380T3; EP3415619A2; ZA201308027B; KR20190014574A; KR102033659B1; KR102151656B1; CN117026386A; DK3415619T3; PL3415619T3; SG10201900183VA; ES2925799T3; SI2702146T1; KR20190012281A; MX346359B; HK1257815A1; KR102112205B1; JP6703567B2; EP2702146A2; JP2019077706A; EP3418380B1

Abstract

1. Библиотека полинуклеотидных композиций, содержащая множество композиций,при этом каждая композиция находится в отдельном контейнере,при этом каждая композиция содержит отдельный полученный из образца участок cDNA, содержащий вариабельный участок,при этом каждая композиция содержит сигнальный участок образца,при этом нуклеотидная последовательность каждого сигнального участка образца отличается от нуклеотидной последовательности сигнального участка образца других сигнальных участков образца, присутствующих в каждом отдельном контейнере в библиотеке, ипри этом сигнальный участок образца присоединяется к участку cDNA.2. Библиотека по п. 1, в которой участок cDNA присоединяется к сигнальному участку образца с помощью адаптерного участка.3. Библиотека по п. 2, в которой адаптерный участок содержит нуклеотид dG на своем 3'-конце, а участок cDNA содержит нуклеотид С на своем 3'-конце.4. Библиотека по п. 3, в которой адаптерный участок присоединяется к участку cDNA путем связывания С и dG.5. Библиотека по п. 1, в которой вариабельным участком является вариабельный участок иммуноглобулина В-клетки.6. Библиотека по п. 1, в которой вариабельным участком является вариабельный участок рецептора Т-клетки.7. Библиотека по п. 1, в которой каждая композиция дополнительно содержит универсальный праймерный участок, присоединенный к сигнальному участку образца, и в которой универсальный праймерный участок является существенно идентичным в каждом отдельном контейнере.8. Библиотека по п. 1, в которой отдельным образцом является отдельная В-клетка или отдельная Т-клетка.9. Библиотека по п. 8, в которой отдельной В-клеткой является отдельный пл

Claims

1. Библиотека полинуклеотидных композиций, содержащая множество композиций,

при этом каждая композиция находится в отдельном контейнере,

при этом каждая композиция содержит отдельный полученный из образца участок cDNA, содержащий вариабельный участок,

при этом каждая композиция содержит сигнальный участок образца,

при этом нуклеотидная последовательность каждого сигнального участка образца отличается от нуклеотидной последовательности сигнального участка образца других сигнальных участков образца, присутствующих в каждом отдельном контейнере в библиотеке, и

при этом сигнальный участок образца присоединяется к участку cDNA.

2. Библиотека по п. 1, в которой участок cDNA присоединяется к сигнальному участку образца с помощью адаптерного участка.

3. Библиотека по п. 2, в которой адаптерный участок содержит нуклеотид dG на своем 3'-конце, а участок cDNA содержит нуклеотид С на своем 3'-конце.

4. Библиотека по п. 3, в которой адаптерный участок присоединяется к участку cDNA путем связывания С и dG.

5. Библиотека по п. 1, в которой вариабельным участком является вариабельный участок иммуноглобулина В-клетки.

6. Библиотека по п. 1, в которой вариабельным участком является вариабельный участок рецептора Т-клетки.

7. Библиотека по п. 1, в которой каждая композиция дополнительно содержит универсальный праймерный участок, присоединенный к сигнальному участку образца, и в которой универсальный праймерный участок является существенно идентичным в каждом отдельном контейнере.

8. Библиотека по п. 1, в которой отдельным образцом является отдельная В-клетка или отдельная Т-клетка.

9. Библиотека по п. 8, в которой отдельной В-клеткой является отдельный плазмобласт.

10. Библиотека полинуклеотидных композиций, содержащая множество композиций, в которой каждая композиция находится в отдельном контейнере, при этом каждая композиция содержит походящий из отдельного образца участок cDNA,

содержащий нуклеотид С на 3'-конце участка cDNA, и адаптерный участок для идентификации образца, содержащий сигнальный участок образца, соединенный с адаптерным участком, при этом нуклеотидная последовательность сигнального участка образца каждого адаптерного участка для идентификации образца отличается от нуклеотидной последовательности сигнального участка образца других адаптерных участков для идентификации образца, находящихся в каждом отдельном контейнере в библиотеке, при этом адаптерный участок содержит нуклеотид dG на 3'-конце адаптерного участка, и при этом адаптерный участок для идентификации образца присоединяется к участку cDNA путем связывания С и dG.

11. Библиотека по п. 10, в которой каждый участок cDNA содержит вариабельный участок.

12. Библиотека по п. 11, в которой вариабельным участком является вариабельный участок иммуноглобулина В-клетки.

13. Библиотека по п. 11, в которой вариабельным участком является вариабельный участок рецептора Т-клетки.

14. Библиотека по п. 10, в которой каждая композиция дополнительно содержит универсальный праймерный участок, присоединенный к сигнальному участку образца, и в которой универсальный праймерный участок является существенно идентичным в каждом отдельном контейнере.

15. Библиотека по п. 1, в которой отдельным образцом является отдельная В-клетка или отдельная Т-клетка.

16. Библиотека по п. 15, в которой отдельной В-клеткой является отдельный плазмобласт.

17. Способ получения одного или нескольких представляющих интерес полинуклеотидов, включающий

получение библиотеки по любому из пп. 1-16 и

амплификацию полинуклеотидной библиотеки с набором праймеров для получения одного или нескольких представляющих интерес полинуклеотидов.

18. Способ по п. 17, дополнительно включающий

секвенирование одного или нескольких представляющих интерес полинуклеотидов и

отбор одного или нескольких представляющих интерес полинуклеотидов.

19. Способ по п. 17, при котором набор праймеров содержит один или несколько 3' специфичных для генов праймеров и необязательно 5' универсальный праймер.

20. Способ анализа и использования данных секвенирования, включающий

получение набора данных, ассоциированных со множеством полинуклеотидов, при этом набор данных содержит данные секвенирования для множества полинуклеотидов, при этом каждый полинуклеотид во множестве полинуклеотидов содержит сигнальный участок образца, и при этом каждый сигнальный участок образца в каждом полинуклеотиде является уникальным для отдельного образца, при этом последовательность сигнального участка образца каждого полинуклеотида из первого отдельного образца отличается от последовательности сигнального участка образца других полинуклеотидов во множестве полинуклеотидов из одного или нескольких образцов, отличающихся от первого отдельного образца;

анализ с помощью компьютера набора данных на совпадение данных, ассоциированных с полинуклеотидами с идентичными сигнальными участками образца, при этом совпадение показывает, что полинуклеотиды получены из одного и того же образца; и

отбор одного или нескольких полинуклеотидов и клонирование одного или нескольких полинуклеотидов.