PL209107B1 - Kompozycje do zastosowania w leczeniu i diagnozowaniu infekcji Chlamydia - Google Patents

Kompozycje do zastosowania w leczeniu i diagnozowaniu infekcji Chlamydia

Info

Publication number
PL209107B1
PL209107B1 PL365951A PL36595101A PL209107B1 PL 209107 B1 PL209107 B1 PL 209107B1 PL 365951 A PL365951 A PL 365951A PL 36595101 A PL36595101 A PL 36595101A PL 209107 B1 PL209107 B1 PL 209107B1
Authority
PL
Poland
Prior art keywords
seq
sequence
trachomatis
amino acid
polypeptide
Prior art date
Application number
PL365951A
Other languages
English (en)
Other versions
PL365951A1 (pl
Inventor
Steven P. Fling
Yasir A.W. Skeiky
Peter Probst
Ajay Bhatia
Original Assignee
Corixa Corp
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from US09/620,412 external-priority patent/US6448234B1/en
Application filed by Corixa Corp filed Critical Corixa Corp
Publication of PL365951A1 publication Critical patent/PL365951A1/pl
Publication of PL209107B1 publication Critical patent/PL209107B1/pl

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • C07K14/295—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Chlamydiales (O)
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4615—Dendritic cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/462—Cellular immunotherapy characterized by the effect or the function of the cells
    • A61K39/4622—Antigen presenting cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4648—Bacterial antigens
    • A61K39/464835—Chlamydiaceae, e.g. Chlamydia trachomatis or Chlamydia psittaci
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/04—Antibacterial agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/04—Immunostimulants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/515—Animal cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/515—Animal cells
    • A61K2039/5154—Antigen presenting cells [APCs], e.g. dendritic cells or macrophages
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/53—DNA (RNA) vaccination
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide

Description

Opis wynalazku
Przedmiotem wynalazku są kompozycje do zastosowania w leczeniu i diagnozowaniu infekcji Chlamydia. W szczególności, wynalazek dotyczy polipeptydów zawierających antygen Chlamydia i kodują cych je polinukleotydów i ich zastosowania do diagnozowania serologicznego i leczenia infekcji Chlamydia.
Chlamydia to wewnątrzkomórkowe patogeny bakteryjne, które są odpowiedzialne za szereg różnorodnych ważnych ludzkich i zwierzęcych infekcji. Chlamydia trachomatis jest najczęstszą przyczyną chorób przenoszonych drogą płciową i może prowadzić do zapalenia miednicy (ang. pelvic inflammatory disease, PID), skutkującej zatkaniem jajowodów i bezpłodnością. Chlamydia trachomatis może również odgrywać rolę w bezpłodności męskiej. W roku 1990 koszt leczenia PID w USA szacowano na 4 milliardy dolarów. Jaglica będąca skutkiem infekcji ocznej Chlamydia trachomatis stanowi na całym świecie wiodącą przyczynę ślepoty, której można zapobiegać. Chlamydia pneumoniae stanowi główną przyczynę ostrych infekcji dróg oddechowych u ludzi i jak się sądzi odgrywa rolę w patogenezie miażdżycy tętnic, a w szczególności chorobie wieńcowej serca. Wykazano, że dla osób z wysokim mianem przeciwciał wobec Chlamydia pneumoniae istnieje co najmniej dwukrotnie większe prawdopodobieństwo, że będą cierpiały z powodu choroby wień cowej serca niż osoby seroujemne. Infekcje Chlamydia stanowią zatem istotny problem zdrowotny zarówno w USA, jak i na całym ś wiecie.
Infekcje Chlamydia są często bezobjawowe. Przykładowo, zanim kobieta zwraca się o pomoc medyczną z powodu PID, może już nastąpić nieodwracalne uszkodzenie prowadzące do bezpłodności. A zatem istnieje potrzeba w tej dziedzinie ulepszonych szczepionek i kompozycji farmaceutycznych do leczenia infekcji Chlamydia. Niniejszy wynalazek zaspakaja te potrzeby i dostarcza ponadto innych pokrewnych korzyści.
Niniejszy wynalazek dostarcza kompozycji znajdujących zastosowanie w sposobach diagnozowania i leczenia infekcji Chlamydia.
Przedmiotem wynalazku jest kompozycja obejmująca:
a) polipeptyd zawierający sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431; lub
b) polinukleotyd kodujący polipeptyd z (a);
do zastosowania do wywoływania odpowiedzi immunologicznej u pacjenta albo do leczenia lub zapobiegania zakażeniu chlamydiami.
Korzystnie polipeptyd w kompozycji według wynalazku obejmuje sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431, a korzystniej zawiera sekwencję SEK NR ID: 431.
Również korzystnie polipeptyd w kompozycji według wynalazku jest polipeptydem fuzyjnym.
Ponadto korzystnie polipeptyd w kompozycji według wynalazku składa się z sekwencji SEK NR ID: 431 lub jej wariantu wykazującego do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431.
Kompozycja według wynalazku korzystnie obejmuje sekwencję polinukleotydową zawierającą sekwencję SEK NR ID: 407, a korzystniej sekwencję polinukleotydową składającą się z sekwencji SEK NR ID: 407.
W innym aspekcie przedmiotem wynalazku jest kompozycja farmaceutyczna zawierająca wyż ej określoną kompozycję według wynalazku oraz fizjologicznie dopuszczalny nośnik.
Ponadto przedmiotem wynalazku jest szczepionka, która zawiera kompozycję według wynalazku oraz czynnik immunostymulujący. Korzystniej czynnik immunostymulujący w szczepionce według wynalazku obejmuje kombinację QS21 i 3D-MPL.
W kolejnym aspekcie wynalazek dotyczy zastosowania wyż ej wskazanych polipeptydów lub polinukleotydów do wytwarzania leku do leczenia lub zapobiegania zakażeniom chlamydiami albo do wytwarzania zestawu diagnostycznego do wykrywania zakażeń chlamydiami u pacjenta.
Przedmiotem wynalazku jest też polipeptyd zawierający sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR
PL 209 107 B1
ID: 431, lub polinukleotyd kodujący ten polipeptyd lub wariant do zastosowania do wykrywania zakażeń chlamydiami u pacjenta.
W niniejszym opisie opisane zostały polipeptydy zawierające immunogenną część antygenu Chlamydia albo wariant takiego antygenu. Pewne części i inne warianty są immunogenne, tak że zdolność wariantu do reagowania z surowicą odpornościową specyficzną wobec antygenu nie jest znacząco zmniejszona. W szczególności przedstawione zostały polipeptydy zawierające sekwencję aminokwasową, która jest kodowana przez sekwencję polinukleotydową wybraną z grupy składającej się z (a) sekwencji z SEK NR ID: 358-361, 366-385, 406-430, 455-489, 516-517, 523-559 i 582-596; (b) sekwencji komplementarnych do takich sekwencji; oraz (c) sekwencji, które hybrydyzują z sekwencjami z (a) albo (b) w umiarkowanych do bardzo ostrych warunków. Polipeptydy ujawnione niniejszym zawierają co najmniej część białka Chlamydia, która obejmuje sekwencję aminokwasową wybraną z grupy skł adają cej się z sekwencji przedstawionych w SEK NR ID: 362-365, 386-405, 431-454, 490-515, 518-522, 560-581 i 597-599 albo ich wariantów.
Niniejszym opisane zostały także polinukleotydy, które kodują polipeptydy jak opisano wyżej, lub ich części (np. kodujące co najmniej 15 reszt aminokwasowych białka Chlamydia), wektory ekspresyjne zawierające takie polinukleotydy i komórki gospodarza transformowane lub transfekowane takimi wektorami ekspresyjnymi.
Możliwe jest indukowanie ochronnej odporności u pacjenta przez podawanie pacjentowi skutecznej ilości jednej albo więcej kompozycji farmaceutycznych lub szczepionek według wynalazku.
Sposoby leczenia infekcji Chlamydia u pacjenta mogą obejmować otrzymanie jednojądrzastych komórek krwi obwodowej [ang. peripherial blood mononuclear cells, PBMC) od pacjenta, inkubowanie PBMC z opisanym powyżej polipeptydem zawierającym immunogenną część antygenu Chlamydia (lub polinukleotydem, który koduje taki polipeptyd) w celu dostarczenia inkubowanych komórek T i podawanie inkubowanych komórek T pacjentowi. Leczenie infekcji Chlamydia u pacjenta, mo ż e obejmować także inkubowanie komórek prezentujących antygen z wyżej wskazanym polipeptydem (lub polinukleotydem, który koduje taki polipeptyd) w celu dostarczenia inkubowanych komórek prezentujących antygen i podawanie inkubowanych komórek prezentujących antygen pacjentowi. Namnożone komórki mogą, ale nie muszą być klonowane przed podaniem pacjentowi. Komórki prezentujące antygen mogą być wybrane z grupy składającej się z komórek dendrytowych, makrofagów, monocytów, komórek B i fibroblastów. Do leczenia infekcji Chlamydia mogą być stosowane również kompozycje zawierające komórki T albo komórki prezentujące antygen, które były inkubowane z polipeptydem zawierającym immunogenną część antygenu Chlamydia lub kodującym go polinukleotydem. Komórki prezentujące antygen, które wyrażają polipeptyd jak opisano powyżej mogą być stosowane w szczepionkach wraz z czynnikiem immunostymulującym.
Komórki zainfekowane Chlamydia mogą być usuwane z próbki biologicznej przez doprowadzenie do kontaktu próbki biologicznej z komórkami T, które reagują swoiście z białkiem Chlamydia, przy czym etap doprowadzenia do kontaktu jest przeprowadzany w warunkach i w czasie dostatecznym, aby umożliwić usunięcie komórek wyrażających białko z próbki.
Próbka biologiczna traktowana jak opisano powyżej może być stosowana do hamowania rozwoju infekcji Chlamydia przez jej podawanie pacjentowi.
Niniejszym opisane zostały także sposoby i zestawy diagnostyczne do wykrywania infekcji Chlamydia u pacjenta. Sposoby takie mogą obejmować: (a) doprowadzenie do kontaktu próbki biologicznej z co najmniej jednym spośród ujawnionych tu polipeptydów albo białek fuzyjnych; i (b) wykrywanie w próbce czynników wiążących, które wiążą się z polipeptydem albo białkiem fuzyjnym, wykrywając w ten sposób infekcję Chlamydia w próbce biologicznej. Odpowiednie próbki biologiczne obejmują pełną krew, plwocinę, surowicę, osocze, ślinę, płyn mózgowo-rdzeniowy i mocz. Zestaw diagnostyczny może zawierać jeden albo większą liczbę ujawnionych tu polipeptydów albo białek fuzyjnych w kombinacji z odczynnikiem do wykrywania. Zestaw diagnostyczny moż e zawierać monoklonalne przeciwciało bądź poliklonalne przeciwciało, które wiąże się z polipeptydem zawierającym immunogenną część polipeptydu Chlamydia jak opisano powyżej.
Niniejszym opisane zostały także sposoby wykrywania infekcji Chlamydia, które obejmują: (a) pobranie próbki biologicznej od pacjenta; (b) doprowadzenie do kontaktu próbki z co najmniej dwoma starterami oligonukleotydowymi w reakcji łańcuchowej polimerazy, przy czym co najmniej jeden ze starterów oligonukleotydowych jest specyficzny dla ujawnionej tu sekwencji polinukleotydowej; i (c) wykrywanie w próbce sekwencji, która powiela się w obecnoś ci starterów oligonukleotydowych.
PL 209 107 B1
Starter oligonukleotydowy może zawierać co najmniej 10 ciągłych nukleotydów z sekwencji polinukleotydowej dla ujawnionego tu peptydu albo sekwencji, która z nią hybrydyzuje.
Wykrywania infekcji Chlamydia u pacjenta można też prowadzić przez: (a) pobranie próbki biologicznej od pacjenta; (b) doprowadzenie do kontaktu próbki z sondą oligonukleotydową specyficzną wobec ujawnionej tu sekwencji polinukleotydowej; i (c) wykrywanie w próbce sekwencji polinukleotydowej, która hybrydyzuje z sondą oligonukleotydową. Sonda oligonukleotydowa może zawierać co najmniej 15 ciągłych nukleotydów z ujawnionej tu sekwencji polinukleotydowej albo sekwencji, która z nią hybrydyzuje.
Wykaz sekwencji
SEK NR ID: 1 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 1-B1-66 C. trachomatis.
SEK NR ID: 2 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 4-D7-28 C. trachomatis.
SEK NR ID: 3 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 3-G3-10 C. trachomatis.
SEK NR ID: 4 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 10-C10-31 C. trachomatis.
SEK NR ID: 5 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla 1-B1-66.
SEK NR ID: 6 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla 4-D7-28 .
SEK NR ID: 7 to pierwsza przewidywana sekwencja aminokwasowa dla 3-G3-10.
SEK NR ID: 8 to druga przewidywana sekwencja aminokwasowa dla 3-G3-10.
SEK NR ID: 9 to trzecia przewidywana sekwencja aminokwasowa dla 3-G3-10.
SEK NR ID: 10 to czwarta przewidywana sekwencja aminokwasowa dla 3-G3-10.
SEK NR ID: 11 to piąta przewidywana sekwencja aminokwasowa dla 3-G3-10.
SEK NR ID: 12 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla 10-C10-31.
SEK NR ID: 13 to sekwencja aminokwasowa syntetycznego peptydu 1-B1-66/48-67.
SEK NR ID: 14 to sekwencja aminokwasowa syntetycznego peptydu 1-B1-66/58-77.
SEK NR ID: 15 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 2C7-8 z odmiany serologicznej LGV II.
SEK NR ID: 16 to sekwencja DNA przypuszczalnej otwartej ramki odczytu z regionu genomu odmiany serologicznej D C. trachomatis, do którego mapuje się 2C7-8.
SEK NR ID: 17 to przewidywana sekwencja aminokwasowa kodowana przez sekwencję DNA z SEK NR ID: 16.
SEK NR ID: 18 to sekwencja aminokwasowa syntetycznego peptydu CtC7.8-12.
SEK NR ID: 19 to sekwencja aminokwasowa syntetycznego peptydu CtC7.8-13.
SEK NR ID: 20 to przewidywana sekwencja aminokwasowa kodowana przez drugą przypuszczalną otwartą ramkę odczytu z odmiany serologicznej D C. trachomatis.
SEK NR ID: 21 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 4C9-18 z C. S trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 22 to ustalona sekwencja DNA homologiczna do dehydrogenazy lipoamidowej z C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 23 to ustalona sekwencja DNA homologiczna do hipotetycznego białka z C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 24 to ustalona sekwencja DNA homologiczna do metylotransferazy ubichinonowej z C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 25 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 4C9-18#2 BL21 pLysS z C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 26 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla 4C9-18#2 z C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 27 to ustalona sekwencja DNA dla Cp-SWIB ze szczepu TWAR C. pneumoniae.
SEK NR ID: 28 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla Cp-SWIB ze szczepu TWAR C. pneumoniae.
SEK NR ID: 29 to ustalona sekwencja DNA dla Cp-S13(CT509) ze szczepu TWAR C. pneumoniae.
SEK NR ID: 30 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla Cp-S13 ze szczepu TWAR C. pneumoniae.
SEK NR ID: 31 to sekwencja aminokwasowa dla 10-merowego peptydu najwyższej zgodności z CtC7.8-12 i CtC7.8-13.
SEK NR ID: 32 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla klonu 2C7-8 z C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 33 to sekwencja DNA odpowiadająca nukleotydom 597304-597145 z genomu odmiany serologicznej D C. trachomatis (przeszukiwanie NCBI, BLASTN), która wykazuje homologię do klonu 2C7-8.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 34 to przewidywana sekwencja aminokwasowa kodowana przez sekwencję SEK NR ID: 33.
SEK NR ID: 35 to sekwencja DNA dla C.p. SWIB Nde (starter 5') z C. pneumoniae.
SEK NR ID: 36 to sekwencja DNA dla C.p. SWIB EcoRI (starter 3') z C. pneumoniae.
SEK NR ID: 37 to sekwencja DNA dla C.p. S13 Nde (starter 5') z C. pneumoniae.
SEK NR ID: 38 to sekwencja DNA dla C.p. S13 EcoRI (starter 3') z C. pneumoniae.
SEK NR ID: 39 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu CtSwib 52- 67 z C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 40 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu CpSwib 53- 68 z C. pneumoniae.
SEK NR ID: 41 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu HuSwib 288-302 z ludzkiej domeny SWI.
SEK NR ID: 42 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu CtSWI-T 822-837 z fuzji topoizomeraza-SWIB z C. trachomatis.
SEK NR ID: 43 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu CpSWI-T 828-842 z fuzji topoizomeraza-SWIB z C. pneumoniae.
SEK NR ID: 44 to pierwsza ustalona sekwencja DNA dla klonu 19783.3, jen.seq(1>509)CTL2#11-3' C. trachomatis LGV II, reprezentująca koniec 3'.
SEK NR ID: 45 to druga ustalona sekwencja DNA dla klonu 19783.4, jen.seq(1>481)CTL2#11-5' C. trachomatis LGV II, reprezentująca koniec 5'.
SEK NR ID: 46 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 19784CTL2_12con-sensus.seq(1>427)CTL2#12 C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 47 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 19785.4,jen.seq(1>600)CTL2#16-5' C. trachomatis LGV II, reprezentująca koniec 5'.
SEK NR ID: 48 to pierwsza ustalona sekwencja DNA dla klonu 19786.3, jen.seq(1>600)CTL2#18-3' C.trachomatis LGV II, reprezentująca koniec 3'.
SEK NR ID: 49 to druga ustalona sekwencja DNA dla klonu 19786.4, jen.seq(1>600)CTL2#18-5' C. trachomatis LGV II, reprezentująca koniec 5'.
SEK NR ID: 50 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 19788CTL2_21consen-sus.seq(1>406)CTL2#21 C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 51 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 19790CTL2_23consensus.seq(1>602)CTL2#23 C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 52 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 19791CTL2_24consensus.seq-(1>145)CTL2#24 C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 53 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CTL2#4 C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 54 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CTL2#8b C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 55 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 15-G1-89 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do genu dehydrogenazy lipoamidowej CT557.
SEK NR ID: 56 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 14-HI-4 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do genu przeciwutleniacza specyficznego dla tiolu CT603.
SEK NR ID: 57 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 12-G3-83 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do hipotetycznego białka CT622.
SEK NR ID: 58 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 12-B3-95 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do genu dehydrogenazy lipoamidowej CTS57.
SEK NR ID: 59 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 11-H4-28 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do genu dnaK CT396.
SEK NR ID: 60 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 11-H3-68 C. trachomatis LGV II, wykazująca częściową homologię do białka wirulencji PGP6-D i rybosomalnego genu Ll CT318.
SEK NR ID: 61 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 11-G1-34 C. trachomatis LGV II, wykazująca częściową homologię do genu dehydrogenazy jabłczanowej CT376 i do genu hydrolazy glikogenowej CT042.
SEK NR ID: 62 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 11-G10-46 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do hipotetycznego białka CT610.
SEK NR ID: 63 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 11-C12-91 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do genu OMP2 CT443.
SEK NR ID: 64 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 11-A3-93 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do nadrodziny genu HAD CT103.
SEK NR ID: 65 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu klonu 14-H1-4 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do genu przeciwutleniacza specyficznego dla tiolu CT603.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 66 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2#9 C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 67 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2#7 C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 68 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2#6 C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 69 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2#5 C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 70 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2#2 C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 71 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2#1 C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 72 to pierwsza ustalona sekwencja DNA dla klonu 23509.2CtL2#3-5' C. trachomatis LGV II, reprezentująca koniec 5' .
SEK NR ID: 73 to druga ustalona sekwencja DNA klonu dla 23509.1CtL2#3-3' C. trachomatis LGV II, reprezentująca koniec 3'.
SEK NR ID: 74 to pierwsza ustalona sekwencja DNA dla klonu 22121.2CtL2#10-5 ' C. trachomatis LGV II, reprezentująca koniec 5'.
SEK NR ID: 75 to druga ustalona sekwencja DNA dla klonu 22121.1CtL2#10-3' C. trachomatis LGV II, reprezentująca koniec 3'.
SEK NR ID: 76 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 19787.6CtL2#19-5' C. trachomatis LGV II, reprezentująca koniec 5'.
SEK NR ID: 77 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CpSl3-His C. pneumoniae LGV II.
SEK NR ID: 78 to ustalona sekwencja DNA dla klonu Cp_SWIB-His C. pneumoniaee LGV II. SEK NR ID: 79 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 23-G7-68 C. trachomatis LGV II, wykazująca częściową homologię do rybosomalnego białka L11, L10 i L1.
SEK NR ID: 80 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 22-F8-91 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do genu pmpC.
SEK NR ID: 81 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 21-E8-95 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do genów CT610-CT613.
SEK NR ID: 82 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 19-F12-57 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do genów CT858 i recA.
SEK NR ID: 83 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 19-F12-53 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do genu CT445 kodującego syntetazę glutamylo-tRNA.
SEK NR ID: 84 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 19-A5-54 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do genu kryptycznego plazmidu.
SEK NR ID: 85 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 17-E11-72 C. trachomatis LGV II, wykazująca częściową homologię do genów OppC_2 i pmpD.
SEK NR ID: 86 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 17-C1-77 C. trachomatis LGV II, wykazująca częściową homologię do otwartej ramki odczytu CT857 i CT858.
SEK NR ID: 87 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 15-H2-76 C. trachomatis LGV II, wykazująca częściową homologię do genów pmpD i SycE oraz do ORF CT089.
SEK NR ID: 88 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 15-A3-26 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do ORF CT858.
SEK NR ID: 89 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla klonu Cp_SWIB-His C. pnuemoniae. SEK NR ID: 90 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla klonu CtL2_LPDA_FL C. trachomatis
LGV II.
SEK NR ID: 91 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla klonu CpS13-His C. pneumoniae. SEK NR ID: 92 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla klonu CtL2_TSA_FL C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 93 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Ct-Swib 43-61 z C. trachomatis LGV II. SEK NR ID: 94 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Ct-Swib 48-67 z C. trachomatis LGV II. SEK NR ID: 95 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Ct-Swib 52-71 z C. trachomatis LGV II.
SEK NR ID: 96 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Ct-Swib 58-77 z C. trachomatis LGV II. SEK NR ID: 97 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Ct-Swib 63-82 z C. trachomatis LGV II. SEK NR ID: 98 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Ct-Swib 51-66 z C. trachomatis LGV II. SEK NR ID: 99 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Cp-Swib 52-67 z C. pneumoniae.
SEK NR ID: 100 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Cp-Swib 37-51 z C. pneumoniae. SEK NR ID: 101 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Cp-Swib 32-51 z C. pneumoniae. SEK NR ID: 102 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Cp-Swib 37-56 z C. pneumoniae. SEK NR ID: 103 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Ct-Swib 36-50 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 104 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Ct-S13 46-65 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 105 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Ct-S13 60-80 z C. trachomatis.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 106 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Ct-S13 1-20 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 107 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Ct-S13 46-65 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 108 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Ct-S13 56-75 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 109 to sekwencja aminokwasowa dla peptydu Cp-S13 56-75 z C. pneumoniaee. SEK NR ID: 110 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 21-G12-60 C. trachomatis LGV II, zawierająca częściowe otwarte ramki odczytu dla hipotetycznych białek CT875, CT229 i CT228.
SEK NR ID: 111 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 22-B3-53 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do ORF CT110 dla GroEL.
SEK NR ID: 112 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 22-A1-49 C. trachomatis LGV II, wykazująca częściową homologię do ORF CT660 i CT659.
SEK NR ID: 113 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 17-E2-9 C. trachomatis LGV II, wykazująca częściową homologię do ORF CT611 i CT610.
SEK NR ID: 114 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 17-C10-31 C. trachomatis LGV II, wykazująca częściową homologię do ORF CT858.
EK NR ID: 115 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 21-C7-8 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do genu dnaK-podobnego.
SEK NR ID: 116 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 20-G3-45 C. trachomatis LGV II, zawierająca część genu pmpB CT413.
SEK NR ID: 117 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 18-C5-2 C. trachomatis LGV II, wykazująca homologię do ORF rybosomalnego białka S1.
SEK NR ID: 118 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 17-C5-19 C. trachomatis LGV II, zawierająca część ORF dla CT431 i CT430.
SEK NR ID: 119 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 16-D4-22 C. trachomatis LGV II, zawierająca część sekwencji ORF3 i ORF4 z plazmidu do wzrostu w komórkach ssaków.
SEK NR ID: 120 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej LGV II C. trachomatis.
SEK NR ID: 121 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej LGV II C. trachomatis.
SEK NR ID: 122 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej E C. trachomatis.
SEK NR ID: 123 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej E C. trachomatis.
SEK NR ID: 124 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej lA C. trachomatis.
SEK NR ID: 125 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej lA C. trachomatis.
SEK NR ID: 126 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej G C. trachomatis.
SEK NR ID: 127 to przewidywana sekwencja aminokwasowa pełnej długości dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej G C. trachomatis.
SEK NR ID: 128 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej F1 NII C. trachomatis.
SEK NR ID: 129 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej F1 NII C. trachomatis.
SEK NR ID: 130 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej LI C. trachomatis.
SEK NR ID: 131 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej LI C. trachomatis.
SEK NR ID: 132 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej L3 C. trachomatis.
SEK NR ID: 133 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej L3 C. trachomatis.
SEK NR ID: 134 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej Ba C. trachomatis.
SEK NR ID: 135 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej Ba C. trachomatis.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 136 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej MOPN C. trachomatis.
SEK NR ID: 137 to przewidywana sekwencja aminokwasowa pełnej długości dla genu CapI CT529 z odmiany serologicznej MOPN C. trachomatis.
SEK NR ID: 138 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #124-139 z ORF CaplCT529 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 139 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #132-147 z ORF Capl CT529 z odmiany serologicznej L2 z C trachomatis.
SEK NR ID: 140 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #138-155 z ORF Capl CT529 z odmiany serologicznej L2 z C. trachomatis
SEK NR ID: 141 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #146-163 z ORF Capl CT529 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 142 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #154-171 z ORF CapI CT529 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 143 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #162-178 z ORF CapI CT529 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 144 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #138-147 z ORF CapI CT529 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 145 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #139-147 z ORF CapI CT529 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 146 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #140-147 z ORF CapI CT529 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 147 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #138-146 z ORF CapI CT529 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 148 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #138-145 z ORF CapI CT529 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 149 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #F140->I z ORF CapL CT529 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 150 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu # #S139>Ga z ORF CapI CT529 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 151 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu # #S139>Gb z ORF CapI CT529 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis
SEK NR ID: 152 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #2 C7.8-6 z ORF 216aa z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 153 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #2 C7.8-7 z ORF 216aa z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 154 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #2 C7.8-8 z ORF 216aa z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 155 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #2 C7.8-9 z ORF 216aa z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 156 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu #2 C7.8-10 z ORF 216aa z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 157 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu złożonego z 53 aminokwasów z ORF o długości 216aa z klonu 2C7.8 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 158 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu złożonego z 52 aminokwasów z ORF CT529 z klonu 2C7.8 z odmiany serologicznej L2 C. trachomatis.
SEK NR ID: 159 to ustalona sekwencja DNA dla startera 5' (lewego) do klonowania CT529 pełnej długości z odmiany serologicznej L2.
SEK NR ID: 160 to ustalona sekwencja DNA dla startera 5' (prawego) do klonowania CT529 pełnej długości z odmiany serologicznej L2.
SEK NR ID: 161 to ustalona sekwencja DNA dla startera 5' (lewego) do klonowania CT529 pełnej długości z odmiany serologicznej innej niż L2 i MOPN.
SEK NR ID: 162 to ustalona sekwencja DNA dla startera 5' (prawego) do klonowania CT529 pełnej długości z odmiany serologicznej innej niż L2 i MOPN.
SEK NR ID: 163 to ustalona sekwencja DNA dla startera 5' (lewego) do klonowania CT529 pełnej długości z odmiany serologicznej MOPN.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 164 to ustalona sekwencja DNA dla startera 5' (prawego) do klonowania CT529 pełnej długości z odmiany serologicznej MOPN.
SEK NR ID: 165 to ustalona sekwencja DNA dla startera 5' (lewego) dla pBIB-KS.
SEK NR ID: 166 to ustalona sekwencja DNA dla 5' startera (prawego) dla pBIB-KS.
SEK NR ID: 167 to ustalona sekwencja aminokwasowa epitopu peptydowego Capl#139-14 o dł ugoś ci 9 aminokwasów z odmiany serologicznej L2.
SEK NR ID: 168 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla epitopu peptydowego Capl#139-147 o dł ugoś ci 9 aminokwasów z odmiany serologicznej D.
SEK NR ID: 169 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu pmpl (CT874)
C. trachomatis.
SEK NR ID: 170 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu pmpG C. trachomatis. SEK NR ID: 171 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu pmpE C. trachomatis. SEK NR ID: 172 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu pmpD C. trachomatis. SEK NR ID: 173 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu pmpC C. trachomatis. SEK NR ID: 174 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu pmpB C. trachomatis. SEK NR ID: 175 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu pmpl C. trachomatis. SEK NR ID: 176 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu pmpG C. trachomatis. SEK NR ID: 177 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu pmpE C. trachomatis. SEK NR ID: 178 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu pmpD C. trachomatis. SEK NR ID: 179 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu pmpC C. trachomatis. SEK NR ID: 180 to przewidywana sekwencja aminokwasowa dla genu pmpB C. trachomatis. SEK NR ID: 181 to ustalona sekwencja DNA minus sekwencja sygnałowa dla genu pmpl
C. trachomatis.
SEK NR ID: 182 to ustalona następnie sekwencja DNA pełnej długości dla genu pmpG C. trachomatis.
SEK NR ID: 183 to pierwsza ustalona sekwencja DNA minus sekwencja sygnałowa dla genu pmpE C. trachomatis.
SEK NR ID: 184 to pierwsza ustalona sekwencja DNA reprezentująca koniec karboksylowy genu pmpD C. trachomatis.
SEK NR ID: 185 to druga ustalona sekwencja DNA reprezentująca koniec aminowy minus sekwencja sygnałowa genu pmpD C. trachomatis.
SEK NR ID: 186 to pierwsza ustalona sekwencja DNA reprezentująca koniec karboksylowy genu pmpC C. trachomatis.
SEK NR ID: 187 to druga ustalona sekwencja DNA reprezentująca koniec aminowy minus sekwencja sygnałowa genu pmpC C. tachomatis.
SEK NR ID: 188 to ustalona sekwencja DNA reprezentująca gen pmp z odmiany serologicznej MOMPS C. pneumoniae w fuzji z Ra12.
SEK NR ID: 189 to przewidywana sekwencja aminokwasowa minus sekwencja sygnałowa dla genu pmpI C. trachomatis.
SEK NR ID: 190 to przewidywana następnie sekwencja aminokwasowa dla genu pmpG C. trachomatis.
SEK NR ID: 191 to przewidywana sekwencja aminokwasowa minus sekwencja sygnałowa dla genu pmpE C. trachomatis.
SEK NR ID: 192 to pierwsza przewidywana sekwencja aminokwasowa reprezentująca koniec karboksylowy genu pmpD C. trachomatis.
SEK NR ID: 193 to druga przewidywana sekwencja aminokwasowa reprezentująca koniec aminowy minus sekwencja sygnałowa genu pmpD C. trachomatis.
SEK NR ID: 194 to pierwsza przewidywana sekwencja aminokwasowa reprezentująca koniec karboksylowy genu pmpC C. trachomatis.
SEK NR ID: 195 to druga przewidywana sekwencja aminokwasowa reprezentująca koniec aminowy genu pmpC C. trachomatis.
SEK NR ID: 196 to przewidywana sekwencja aminokwasowa reprezentująca gen pmp z odmiany serologicznej MOMPS C. pneumoniae w fuzji z Ra12.
SEK NR ID: 197 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 5' do klonowania genu pmpC C. trachomatis w wektorze do szczepionek SKB.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 198 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 3' do klonowania genu pmpC C. trachomatis w wektorze do szczepionek SKB.
SEK NR ID: 199 to ustalona sekwencja DNA dla sekwencji wstawki do klonowania genu pmpC C. trachomatis w wektorze do szczepionek SKB.
SEK NR ID: 200 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 5' do klonowania genu pmpD C. trachomatis w wektorze do szczepionek SKB.
SEK NR ID: 201 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 3' do klonowania genu pmpD C. trachomatis w wektorze do szczepionek SKB.
SEK NR ID: 202 to ustalona sekwencja DNA dla sekwencji wstawki do klonowania genu pmpD C. trachomatis w wektorze do szczepionek SKB.
SEK NR ID: 203 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 5' do klonowania genu pmpE C. trachomatis w wektorze do szczepionek SKB.
SEK NR ID: 204 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 3' do klonowania genu pmpE C. trachomatis w wektorze do szczepionek SKB.
SEK NR ID: 205 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 5' do klonowania genu pmpG C. trachomatis w wektorze do szczepionek SKB.
SEK NR ID: 206 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 3' do klonowania genu pmpG C. trachomatis w wektorze do szczepionek SKB.
SEK NR ID: 207 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 5' do klonowania części aminokońcowej genu pmpC z C. trachomatis w wektorze pETI7b,
SEK NR ID: 208 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 3' do klonowania części aminokońcowej genu pmpC z C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 209 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 5' do klonowania części karboksykońcowej genu pmpC z C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 210 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 3' do klonowania części karboksykońcowej genu pmpC z C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 211 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 5' do klonowania części aminokońcowej genu pmpD z C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 212 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 3' do klonowania części aminokońcowej genu pmpD z C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 213 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 5' do klonowania części karboksykońcowej genu pmpD C. trachomatis w wektorze pETl7b.
SEK NR ID: 214 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 3' do klonowania części karboksykońcowej genu pmpD z C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 215 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 5' do klonowania genu pmpE z C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 216 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 3' do klonowania genu pmpE C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 217 to ustalona sekwencja DNA dla sekwencji wstawki do klonowania genu pmpE C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 218 to sekwencja aminokwasowa dla sekwencji wstawki dla klonowania genu pmpE C. trachomatis w wektorze thepETI7b.
SEK NR ID: 219 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 5' do klonowania genu pmpG C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 220 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 3' do klonowania genu pmpG C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 221 to sekwencja aminokwasowa dla sekwencji wstawki do klonowania genu pmpG C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 222 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 5' do klonowania genu pmpl C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 223 to ustalona sekwencja DNA dla startera oligonukleotydowego 3' do klonowania genu pmpl C. trachomatis w wektorze pETI7b.
SEK NR ID: 224 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu 1-20 Swib C. pneumoniae. SEK NR ID: 225 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu 6-25 Swib C. pneumoniae. SEK NR ID: 226 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu Swib 12-31 C. pneumoniae. SEK NR ID: 227 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu Swib 17-36 C. pneumoniae.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 228 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu Swib 22-41 C. pneumoniae. SEK NR ID: 229 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu Swib 27-46 C. pneumoniae SEK NR ID: 230 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu Swib 42-61 C. pneumoniae.
SEK NR ID: 231 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu Swib 46-65 C. pneumoniae. SEK NR ID: 232 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu Swib 51-70 C. pneumoniae. SEK NR ID: 233 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu Swib 56-75 C. pneumoniae. SEK NR ID: 234 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu Swib 61-80 C. pneumoniae. SEK NR ID: 235 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu Swib 66-87 C. pneumoniae. SEK NR ID: 236 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 103-122 C. trachomatis. SEK NR ID: 237 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 108-127 C. trachomatis. SEK NR ID: 238 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB113-132 C. trachomatis. SEK NR ID: 239 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB118-137 C. trachomatis. SEK NR ID: 240 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla C. trachomatis Peptydu OMCB 123-143. SEK NR ID: 241 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB128-147 C. trachomatis. SEK NR ID: 242 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 133-152 C. trachomatis. SEK NR ID: 243 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB137-156 C. trachomatis. SEK NR ID: 244 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB142-161 C. trachomatis. SEK NR ID: 245 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 147-166 C. trachomatis. SEK NR ID: 246 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 152-171 C. trachomatis. SEK NR ID: 247 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 157-176 C. trachomatis. SEK NR ID: 248 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 162-181 C. trachomatis. SEK NR ID: 249 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 167-186 C. trachomatis. SEK NR ID: 250 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 171-190 C. trachomatis. SEK NR ID: 251 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 171-186 C. trachomatis. SEK NR ID: 252 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 175-186 C. trachomatis. SEK NR ID: 252 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 175-186 C. trachomatis. SEK NR ID: 253 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu OMCB 185-198 C. pneumoniae. SEK NR ID: 254 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu TSA 96-115 C. trachomatis. SEK NR ID: 255 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu TSA 101-120 C. trachomatis. SEK NR ID: 256 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu TSA 106-125 C. trachomatis. SEK NR ID: 257 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu TSA 111-130 C. trachomatis. SEK ID NR: 258 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu TSA 116-135 C. trachomatis. SEK NR ID: 259 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu TSA 121-140 C. trachomatis. SEK NR ID: 260 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu TSA 126-145 C. trachomatis. SEK NR ID: 261 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu TSA 131-150 C. trachomatis. SEK NR ID: 262 to ustalona sekwencja aminokwasowa dla peptydu TSA 136-155 C. trachomatis. SEK NR ID: 263 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu CT529/CapI C. trachomatis z odmiany serologicznej I.
SEK NR ID: 264 to przewidywana sekwencja aminokwasowa pełnej długości dla genu CT529/Capl C. trachomatis z odmiany serologicznej I.
SEK NR ID: 265 to ustalona sekwencja DNA pełnej długości dla genu CT529/Cap I C. trachomatis z odmiany serologicznej K.
SEK NR ID: 266 to przewidywana sekwencja aminokwasowa pełnej długości dla genu CT529/Capl C. trachomatis z odmiany serologicznej K.
SEK NR ID: 267 to ustalona sekwencja DNA dla klonu 17-G4-36 C. trachomatis wykazująca homologię do części z ORF z podjednostki beta polimerazy RNA zależnej od DNA - CT315 w serD.
SEK NR ID: 268 to ustalona sekwencja DNA dla części sekwencji genu CTO16 C. trachomatis w klonie 2E10.
SEK NR ID: 269 to ustalona sekwencja DNA dla części sekwencji genu syntazty tRNA C. trachomatis w klonie 2E10.
SEK NR ID: 270 to ustalona sekwencja DNA dla części sekwencji genu clpX C. trachomatis w klonie 2E10.
SEK NR ID: 271 to ustalona pierwsza reprezentująca koniec 5' sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-30 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 272 to ustalona druga reprezentująca koniec 3' sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-30 z C. trachomatis.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 273 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-28 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 274 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-27 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 275 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-26 z C.trachomatis.
SEK NR ID: 276 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-24 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 277 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-23 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 278 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-21 z C.trachomatis.
SEK NR ID: 279 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-18 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 280 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-17 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 281 to ustalona pierwsza sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-15 z C. trachomatis, reprezentująca koniec 5'.
SEK NR ID: 282 to ustalona druga sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-15 z C. trachomatis, reprezentująca koniec 3'
SEK NR ID: 283 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-13 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 284 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-10 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 285 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-8 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 286 to ustalona pierwsza sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-6 C, reprezentująca koniec 5'.
SEK NR ID: 287 to ustalona druga sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-6 z C. trachomatis, reprezentująca koniec 3'.
SEK NR ID: 288 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-5 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 289 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-2 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 290 to ustalona sekwencja DNA dla klonu CtL2gam-1 z C. trachomatis.
SEK NR ID: 291 to ustalona pełnej długości sekwencja DNA dla homologa genu CT529
C. pneumoniae.
SEK NR ID: 292 to przewidywana pełnej długości sekwencja aminokwasowa dla homologa genu CT529 C. pneumoniae.
SEK NR ID: 293 to ustalona sekwencja DNA dla sekwencji wstawki dla klonowania genu pmpG C. trachomatis wektorze do szczepionek SKB.
SEK NR ID: 294 to sekwencja aminokwasowa otwartej ramki odczytu klonu CT603.
SEK NR ID: 295 to sekwencja aminokwasowa pierwszej otwartej ramki odczytu klonu CT875. SEK NR ID: 296 to sekwencja aminokwasowa drugiej otwartej ramki odczytu klonu CT875.
SEK NR ID: 297 to sekwencja aminokwasowa pierwszej otwartej ramki odczytu klonu CT858. SEK NR ID: 298 to sekwencja aminokwasowa drugiej otwartej ramki odczytu klonu CT858.
SEK NR ID: 299 to sekwencja aminokwasowa otwartej ramki odczytu klonu CT622.
SEK NR ID: 300 to sekwencja aminokwasowa otwartej ramki odczytu klonu CT610.
SEK NR ID: 301 to sekwencja aminokwasowa otwartej ramki odczytu klonu CT396.
SEK NR ID: 302 to sekwencja aminokwasowa otwartej ramki odczytu klonu CT318.
SEK NR ID: 304 to sekwencja aminokwasowa dla rCt529cl-125 z odmiany serologicznej L2
C. trachomatis, mającego zmodyfikowaną sekwencję N-końca (6-His tag).
SEK NR ID: 305 to sekwencja aminokwasowa dla rCt529cl-125 z odmiany serologicznej L2
C. trachomatis.
SEK NR ID: 306 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpA(N-term).
SEK NR ID: 307 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpA(N-term).
SEK NR ID: 308 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpA(N-term).
SEK NR ID: 309 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpA(N-term).
SEK NR ID: 310 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpA(C-term).
SEK NR ID: 311 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpA(C-term).
SEK NR ID: 312 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpA(C-term).
SEK NR ID: 313 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpA(C-term).
SEK NR ID: 314 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpF(N-term).
SEK NR ID: 315 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpF(N-term).
SEK NR ID: 316 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpF(N-term).
SEK NR ID: 317 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpF(N-term).
SEK NR ID: 318 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpF(C-term).
SEK NR ID: 319 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpF(C-term).
SEK NR ID: 320 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpF(C-term).
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 321 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpF(C-term).
SEK NR ID: 322 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpH(N-term).
SEK NR ID: 323 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpH(N-term).
SEK NR ID: 324 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpH(N-term).
SEK NR ID: 325 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpH(N-term).
SEK NR ID: 326 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpH(C-term).
SEK NR ID: 327 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpH(C-term).
SEK NR ID: 328 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpH(C-term).
SEK NR ID: 329 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpH(C-term).
SEK NR ID: 330 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpB(1).
SEK NR ID: 331 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpB(1).
SEK NR ID: 332 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpB (1) .
SEK NR ID: 333 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpB(1).
SEK NR ID: 334 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpB(2).
SEK NR ID: 335 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpB(2).
SEK NR ID: 336 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpB(2).
SEK NR ID: 337 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpB(2).
SEK NR ID: 338 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpB(3).
SEK NR ID: 339 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpB(3).
SEK NR ID: 340 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpB(3).
SEK NR ID: 341 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpB(3).
SEK NR ID: 342 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpB(4).
SEK NR ID: 343 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpB(4).
SEK NR ID: 344 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpB(4).
SEK NR ID: 345 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpB(4).
SEK NR ID: 346 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpC(1).
SEK NR ID: 347 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpC(1).
SEK NR ID: 348 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpC(1).
SEK NR ID: 349 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpC (1).
SEK NR ID: 350 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpC(2).
SEK NR ID: 351 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpC(2).
SEK NR ID: 352 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpC (2) .
SEK NR ID: 353 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpC (2) .
SEK NR ID: 354 to starter sensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpC(3).
SEK NR ID: 355 to starter antysensowny użyty do syntezy białka fuzyjnego PmpC(3).
SEK NR ID: 356 to sekwencja DNA kodująca białko fuzyjne PmpC(3).
SEK NR ID: 357 to sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego PmpC(3).
SEK NR ID: 358 to sekwencja DNA białka oppA1 pozbawionego pierwszej domeny transbłonowej. SEK NR ID: 359 to sekwencja DNA pełnej długości CT139.
SEK NR ID: 360 to sekwencja DNA pełnej długości ORF-3.
SEK NR ID: 361 to sekwencja DNA pełnej długości CT611.
SEK NR ID: 362 to sekwencja aminokwasowa oppAl rozpoczynająca się od aminokwasu 22. SEK NR ID: 363 to sekwencja aminokwasowa CT139.
SEK NR ID: 364 to sekwencja aminokwasowa ORF-3.
SEK NR ID: 365 to sekwencja aminokwasowa CT611.
SEK NR ID: 366 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0275, genu CT190 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 367 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0407, genu CT103 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 368 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0720, genu 659 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 369 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0716, genu 660 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 370 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0519, genu 430 Chlamydia trachomatis.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 371 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0520, genu Chlamydia trachomatis CT431.
SEK NR ID: 372 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0078, genu CT318 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 373 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0628, genu CT509 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 374 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0540, genu CT414 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 375 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, pmp20, genu CT413 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 376 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0081, genu CT315 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 377 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0761, genu CT610 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 378 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0557, genu CT443 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 379 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0833, genu CT557 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 380 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0134, genu CT604 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 381 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0388, genu CT042 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 382 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn1028, genu CT376 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 383 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0875, genu CT734 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 384 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0908, genu Chlamydia trachomatis CT764.
SEK NR ID: 385 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0728, genu CT622 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 386 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0275, genu Chlamydia trachomatis CT190.
SEK NR ID: 387 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0407, genu CT103 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 388 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0720, genu CT659 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 389 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0716, genu CT660 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 390 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0519, genu CT430 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 391 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0520, genu CT431 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 392 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0078, genu CT318 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 393 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0628, genu CT509 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 394 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0540, genu CT414 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 395 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, pmp20, genu CT413 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 396 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0081, genu CT315 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 397 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae,
CPn0761, genu CT610 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 398 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae,
CPn0557, genu CT443 Chlamydia trachomatis.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 399 przedstawia sekwencję
CPn0833, genu CT557 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 400 przedstawia sekwencję
CPn0134, genu CT604 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 401 przedstawia sekwencję CPn0388, genu CT042 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 402 przedstawia sekwencję CPn1028, genu CT376 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 403 przedstawia sekwencję CPn0875, genu CT734 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 404 przedstawia sekwencję CPn0908, genu CT764 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 405 przedstawia sekwencję CPn0728, genu CT622 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 406 przedstawia sekwencję CT287 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 407 przedstawia sekwencję CT858 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 408 przedstawia sekwencję CT764 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 409 przedstawia sekwencję CT734 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 410 przedstawia sekwencję CT660 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 411 przedstawia sekwencję CT659 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 412 przedstawia sekwencję CT622 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 413 przedstawia sekwencję CT610 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 414 przedstawia sekwencję CT604 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 415 przedstawia sekwencję CT557 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 416 przedstawia sekwencję CT509 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 417 przedstawia sekwencję CT443 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 418 przedstawia sekwencję CT431 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 419 przedstawia sekwencję CT430 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 420 przedstawia sekwencję CT414 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 421 przedstawia sekwencję CT413 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 422 przedstawia sekwencję CT396 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 423 przedstawia sekwencję CT376 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 424 przedstawia sekwencję CT318 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 425 przedstawia sekwencję CT315 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 426 przedstawia sekwencję CT104 Chlamydia trachomatis.
aminokwasow ą homologa Chlamydia pneumoniae, aminokwasow ą homologa Chlamydia pneumoniae, aminokwasow ą homologa Chlamydia pneumoniae, aminokwasow ą homologa Chlamydia pneumoniae, aminokwasow ą homologa Chlamydia pneumoniae, aminokwasow ą homologa Chlamydia pneumoniae, aminokwasow ą homologa Chlamydia pneumoniae,
DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu DNA pełnej długości odmiany serologicznej D genu
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 427 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości
CT103 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 428 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości
CT102 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 429 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości CT098 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 430 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości CT042 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 431 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej D genu CT858 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 432 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej D genu CT764 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 433 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT734 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 434 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT660 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 435 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT659 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 436 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT622 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 437 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT610 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 438 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT604 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 439 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT557 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 440 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT509 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 441 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT443 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 442 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT431 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 443 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT430 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 444 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT414 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 445 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT413 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 446 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT396 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 447 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT376 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 448 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT318 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 449 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT315 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 450 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT104 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 451 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT103 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 452 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT102 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 453 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu Chlamydia trachomatis CT098.
SEK NR ID: 454 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej
D genu CT042 Chlamydia trachomatis.
odmiany serologicznej D genu odmiany serologicznej D genu odmiany serologicznej D genu odmiany serologicznej D genu długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej długości odmiany serologicznej
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 455 odpowiada sekwencji DNA CPn0894, która jest homologiem CP CT751 (amn), która została zidentyfikowana w klonach CTL2-1 i CTL2-5.
SEK NR ID: 456 odpowiada sekwencji DNA CPn0074, która jest homologiem CP CT322 (tuf), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-2.
SEK NR ID: 457 odpowiada sekwencji DNA CPn0122, która jest homologiem CP CT032 (metG), która została zidentyfikowana w klonach CTL2gam2, CTL2-3(5') i CTL2-4.
SEK NR ID: 458 odpowiada sekwencji DNA CPn0121, która jest homologiem CP CT031, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-3(5') (3').
SEK NR ID: 459 odpowiada sekwencji DNA CPn0120, która jest homologiem CP CT030 (gmK), która została zidentyfikowana w klonach CTL2-3(3') i CTL2-21.
SEK NR ID: 460 odpowiada sekwencji DNA CPn0359, która jest homologiem CP CT064 (lepA), która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam5.
SEK NR ID: 461 odpowiada sekwencji DNA CPn0414, która jest homologiem CP CT265 (accA), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-6.
SEK NR ID: 462 odpowiada sekwencji DNA CPn0413, która jest homologiem CP CT264 (msbA), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-6.
SEK NR ID: 463 odpowiada sekwencji DNA CPn0394, która jest homologiem CP CT256 która została zidentyfikowana w klonach CTL2gain6(5') i CTL2-11(5').
SEK NR ID: 464 odpowiada sekwencji DNA CPn0395, która jest homologiem CP CT257 która została zidentyfikowana w klonach CTL2gam6(5') i CTL2-11(5').
SEK NR ID: 465 odpowiada sekwencji DNA CPn0487, która jest homologiem CP CT384, która została zidentyfikowana w klonach CTL2gam6(3') i CTL2-11(3').
SEK NR ID: 466 odpowiada sekwencji DNA CPn0592, która jest homologiem CP CT473, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-8b.
SEK NR ID: 467 odpowiada sekwencji DNA CPn0593, która jest homologiem CP CT474, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-8b.
SEK NR ID: 468 odpowiada sekwencji DNA CPn0197, która jest homologiem CP CT139 (oppA1), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-8b.
SEK NR ID: 469 odpowiada sekwencji DNA CPn0363, która jest homologiem CP CT060 (flhA), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-8b.
SEK NR ID: 470 odpowiada sekwencji DNA CPn0301, która jest homologiem CP CT242, która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam8.
SEK NR ID: 471 odpowiada sekwencji DNA CPn0302, która jest homologiem CP CT243 (lpxD), która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam8.
SEK NR ID: 472 odpowiada sekwencji DNA CPn0324, która jest homologiem CP CT089 (IcrE), która została zidentyfikowana w klonach CTL2-9, CTL2gam1, CTL2gam17 i CTL2-19(5').
SEK NR ID: 473 odpowiada sekwencji DNA CPn0761, która jest homologiem CP CT610, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-10(55') (3').
SEK NR ID: 474 odpowiada sekwencji DNA CPn0760, która jest homologiem CP CT611, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-10(5').
SEK NR ID: 475 odpowiada sekwencji DNA CPn0329, która jest homologiem CP CT154, która została zidentyfikowana w klonach CTL2gam10 i CTL2gam21.
SEK NR ID: 476 odpowiada sekwencji DNA CPn0990, która jest homologiem CP CT833 (infC), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-12.
SEK NR ID: 477 odpowiada sekwencji DNA CPn0984, która jest homologiem CP CT827 (nrdA), która została zidentyfikowana w klonach CTL2-16(3') i CTL2gam15(3').
SEK NR ID: 478 odpowiada sekwencji DNA CPn0985 która jest homologiem CP CT828 (nrdB) która została zidentyfikowana w klonach CTL2-16(3') CTL2gam15(3').
SEK NR ID: 479 odpowiada sekwencji DNA CPn0349, która jest homologiem CP CT067 (ytgA), która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam18.
SEK NR ID: 480 odpowiada sekwencji DNA CPn0325, która jest homologiem CP CT088 (sycE), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-19(5').
SEK NR ID: 481 odpowiada sekwencji DNA CPn0326, która jest homologiem CP CT087 (malQ), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-19 (5').
SEK NR ID: 482 odpowiada sekwencji DNA CPn0793, która jest homologiem CP CT588 (rbsu), która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam23.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 483 odpowiada sekwencji DNA CPn0199, która jest homologiem CP CT199 (oppB1), która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam24.
SEK NR ID: 484 odpowiada sekwencji DNA CPn0666, która jest homologiem CP CT545 (dnaE), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-24.
SEK NR ID: 485 odpowiada sekwencji DNA CPn0065, która jest homologiem CP CT288, która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam27.
SEK NR ID: 486 odpowiada sekwencji DNA CPn0444, która jest homologiem CP CT413 (pmpB), która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam30(5')(3').
SEK NR ID: 487 odpowiada sekwencji DNA CPn-ORF5, która jest homologiem CP CT-ORF3, która została zidentyfikowana w klonach CTL2gam15(5'), CTL2-16(5'), CTL2-18(5'), i CTL2-23.
SEK NR ID: 488 odpowiada sekwencji DNA CPn-ORF6, która jest homologiem CP CT-ORF4, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-18(3').
SEK NR ID: 489 odpowiada sekwencji DNA CP-ORF7, która jest homologiem CP CT-ORF5, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-18(3').
SEK NR ID: 490 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0894, która jest homologiem CP CT751 (amn), która została zidentyfikowana w klonach CTL2-1 i CTL2-5.
SEK NR ID: 491 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0074, która jest homologiem CP CT332 (tuf), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-2.
SEK NR ID: 492 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0122, która jest homologiem CP CT032 (metG), która została zidentyfikowana w klonach CTL2gam2, CTL2-3(5') i CTL2-4.
SEK NR ID: 493 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0121, która jest homologiem CP CT031, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-3(5')(3').
SEK NR ID: 494 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0120 która jest homologiem CP CT030 (gmK) która została zidentyfikowana w klonach CTL2-3 (3') i CTL2-21.
SEK NR ID: 495 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0359, która jest homologiem CP CT064 (lepA), która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam5.
SEK NR ID: 496 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0414, która jest homologiem CP CT265 (accA), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-6.
SEK NR ID: 497 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0413, która jest homologiem CP CT264 (msbA), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-6.
SEK NR ID: 498 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0394, która jest homologiem CP CT256, która została zidentyfikowana w klonach CTL2gam6(5') i CTL2-11(5').
SEK NR ID: 499 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0395, która jest homologiem CP CT257, która została zidentyfikowana w klonach CTL2gam6(5') i CTL2-11(5').
SEK NR ID: 500 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0487, która jest homologiem CP CT384, która została zidentyfikowana w klonach CTL2gam6(3') i CTL2-11(3').
SEK NR ID: 501 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0592, która jest homologiem CP CT473, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-8b.
SEK NR ID: 502 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0593, która jest homologiem CP CT474, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-8b.
SEK NR ID: 503 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0197, która jest homologiem CP CT139 (oppA1), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-8b.
SEK NR ID: 504 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0363, która jest homologiem CP CT060 (flhA), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-8b.
SEK NR ID: 505 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0301, która jest homologiem CP CT242, która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam8.
SEK NR ID: 506 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0302, która jest homologiem CP CT243 (lpxD), która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam8.
SEK NR ID: 507 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0324, która jest homologiem CP CT089 (IcrE), która została zidentyfikowana w klonach CTL2-9, CTL2gam1, CTL2gam17 i CTL2-19(5').
SEK NR ID: 508 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0761, która jest homologiem CP CT610, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-10(5')(3').
SEK NR ID: 509 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0760, która jest homologiem CP CT611, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-10(5').
SEK NR ID: 510 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0329, która jest homologiem CP CT154, która została zidentyfikowana w klonach CTL2gam10 i CTL2gam21.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 511 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0990, która jest homologiem CP CT833 (infC), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-12.
SEK NR ID: 512 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn-ORF5, która jest homologiem CP CT ORF3, która została zidentyfikowana w klonach CTL2gam15(5'), CTL2-16(5'), CTL2-18(5'), i CTL2-23.
SEK NR ID: 513 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0984, która jest homologiem CP CT827 (nrdA) która została zidentyfikowana w klonach CTL2-16(3') i CTL2gam15(3').
SEK NR ID: 514 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0985, która jest homologiem CP CT828 (nrdB) która została zidentyfikowana w klonach CTL2-16(3') CTL2gam15(3').
SEK NR ID: 515 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0349, która jest homologiem CP CT067 (ytgA), która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam18.
SEK NR ID: 516 odpowiada sekwencji DNA CPn-ORF6, która jest homologiem CP CT-ORF4, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-18(3').
SEK NR ID: 517 odpowiada sekwencji DNA CP-ORF7, która jest homologiem CP CT-ORF5, która została zidentyfikowana w klonie CTL2-18(3').
SEK NR ID: 518 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0326, która jest homologiem CP CT087 (malQ), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-19(5').
SEK NR ID: 519 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0325, która jest homologiem CP CT088 (sycE), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-19(5').
SEK NR ID: 520 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0793, która jest homologiem CP CT588 (rbsu), która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam23.
SEK NR ID: 521 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0199, która jest homologiem CP CT199 (oppB1), która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam24.
SEK NR ID: 522 odpowiada sekwencji aminokwasowej CPn0666, która jest homologiem CP CT545 (dnaE), która została zidentyfikowana w klonie CTL2-24.
SEK NR ID: 523 odpowiada sekwencji DNA CPn0065, która jest homologiem CP CT288, która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam27.
SEK NR ID: 524 odpowiada sekwencji DNA CPn0444, która jest homologiem CP CT413 (pmpB), która została zidentyfikowana w klonie CTL2gam30(5')(3').
SEK NR ID: 525 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT751 (amn) zidentyfikowaną z klonów CTL2-1 i CTL2-5.
SEK NR ID: 526 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT322 (tuff) zidentyfikowaną z klonu CTL2-2.
SEK NR ID: 527 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT032 (metG) zidentyfikowaną z klonów CTL2gam2, CTL2-3(5') i CTL2-4.
SEK NR ID: 528 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT031 zidentyfikowaną z klonu CTL2-3(5')(3').
SEK NR ID: 529 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT030 (gmK) zidentyfikowaną z klonów CTL2-3(3') i CTL2-21.
SEK NR ID: 530 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT064 (lepA) zidentyfikowaną z klonu CTL2gam5.
SEK NR ID: 531 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT265 (accA) zidentyfikowaną z klonu CTL2-6.
SEK NR ID: 532 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT624 (msbA) zidentyfikowaną z klonu CTL2-6.
SEK NR ID: 533 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT256 zidentyfikowaną z klonów CTL2gam6(5') i CTL2-11(5').
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 534 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D
C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT257 zidentyfikowaną z klonów
CTL2gam6(5') i CTL2-11(5').
SEK NR ID: 535 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT384 zidentyfikowaną z klonów CTL2gam6(3') i CTL2-11(3').
SEK NR ID: 536 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT473 zidentyfikowaną z klonu CTL2-8b.
SEK NR ID: 537 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT474 zidentyfikowaną z klonów CTL2-8b.
SEK NR ID: 538 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT139 (oppA1) zidentyfikowaną z klonów CTL2-8b.
SEK NR ID: 539 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT060 (flhA) zidentyfikowaną z klonu CTL2-8b.
SEK NR ID: 540 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT242 zidentyfikowaną z klonu CTL2gam8.
SEK NR ID: 541 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT243 (IpxD) zidentyfikowaną z klonu CTL2gam8.
SEK NR ID: 542 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT089 zidentyfikowaną z klonów CTL2-9, CTL2gam1, CTL2gam17, i CTL2-19(5').
SEK NR ID: 543 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT610 zidentyfikowaną z klonu CTL2-10 (5') (3') .
SEK NR ID: 544 przedstawia sekwencję DNA pełnej długoś ci odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT611 zidentyfikowaną z klonu CTL2-10(5').
SEK NR ID: 545 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT154 zidentyfikowaną z klonów CTL2gam10 i CTL2gam21.
SEK NR ID: 546 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT833 (infC) zidentyfikowaną z klonu CTL2-12.
SEK NR ID: 547 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT827 (nrdA) zidentyfikowaną z klonów CTL2-16(3') i CTL2gam15(3').
SEK NR ID: 548 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT828 (nrdB) zidentyfikowaną z klonów CTL2-16(3') i CTL2gam15(3').
SEK NR ID: 549 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT067 (ytgA) zidentyfikowaną z klonu CTL2gam18.
SEK NR ID: 550 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT088 (sycE) zidentyfikowaną z klonów CTL2-19(5').
SEK NR ID: 551 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT087 zidentyfikowaną z klonu CTL219(5').
SEK NR ID: 552 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT588 (rsbu) zidentyfikowaną z klonu
CTL2gam23.
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 553 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D
C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT199 (oppB1) zidentyfikowaną z klonu CTL2gam24.
SEK NR ID: 554 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT545 (dnaE) zidentyfikowaną z klonu CTL2-4.
SEK NR ID: 555 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT288 zidentyfikowaną z klonów CTL2gam27.
SEK NR ID: 556 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT413 (pmpB) zidentyfikowaną z klonu CTL2gam30(5')(3').
SEK NR ID: 557 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT-ORF3 zidentyfikowaną z klonów CTL2gam15(5'), CTL2-16(5'), CTL2-18(5') i CTL2-23.
SEK NR ID: 558 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla pCT-ORF4 zidentyfikowaną z klonu CTL2-18(3').
SEK NR ID: 559 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT-ORF5 zidentyfikowaną z klonów CTL2-18(3').
SEK NR ID: 560 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczna do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT751 (amn) zidentyfikowaną z klonów CTL2-1 i CTL2-5.
SEK NR ID: 561 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczna do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT322 (tuff) zidentyfikowaną z klonu CTL2-2.
SEK NR ID: 562 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT032 (metG) zidentyfikowaną z klonów CTL2gam2, CTL2-3(5') i CTL2-4.
SEK NR ID: 563 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT031 zidentyfikowaną z klonu CTL2-3(5') (3').
SEK NR ID: 564 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT030 (gmK) zidentyfikowaną z klonów CTL2-3(3') i CTL2-21.
SEK NR ID: 565 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT064 (lepA) zidentyfikowaną z klonu CTL2gam5.
SEK NR ID: 566 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT265 (accA) zidentyfikowaną z klonu CTL2-6.
SEK NR ID: 567 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT624 (msbA) zidentyfikowaną z klonów CTL2-6.
SEK NR ID: 568 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT256 zidentyfikowan ą z klonów CTL2gam6(5') i CTL2-11(5').
SEK NR ID: 569 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT257 zidentyfikowaną z klonów CTL2gam6(5') i CTL2-11(5').
SEK NR ID: 570 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT384 zidentyfikowan ą z klonów CTL2gam6(3') i CTL2-11(3').
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 571 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej
D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT473 zidentyfikowaną z klonu CTL2-8b.
SEK NR ID: 572 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT474 zidentyfikowaną z klonów CTL2-8b.
SEK NR ID: 573 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT139 (oppA1) zidentyfikowaną z klonów CTL2-8b.
SEK NR ID: 574 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachoimtis LGV II dla CT060 (flhA) zidentyfikowaną z klonu CTL2-8b.
SEK NR ID: 575 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT242 zidentyfikowan ą z klonu CTL2gam8.
SEK NR ID: 576 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT243 (IpxD) zidentyfikowaną z klonu CTL2gam8.
SEK NR ID: 577 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT089 zidentyfikowan ą z klonów CTL2-9, CTL2gam1, CTL2gam17, i CTL2-19(5').
SEK NR ID: 578 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT610 zidentyfikowan ą z klonu CTL2-10(5')(3')
SEK NR ID: 579 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT611 zidentyfikowan ą z klonu CTL2-10(5').
SEK NR ID: 580 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT154 zidentyfikowan ą z klonów CTL2gam10 i CTL2gam21.
SEK NR ID: 581 przedstawia sekwencję aminokwasową pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT833 (infC) zidentyfikowaną z klonu CTL2-12.
SEK NR ID: 582 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT-ORF3 zidentyfikowaną z klonów CTL2gam15(5'), CTL2-16(5'), CTL2-18(5') i CTL2-23.
SEK NR ID: 583 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT827 (nrdA) zidentyfikowaną z klonów CTL2-16(3') i CTL2gam15(3').
SEK NR ID: 584 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT828 (nrdB) zidentyfikowaną z klonów CTL2-16(3') i CTL2gam15(3').
SEK NR ID: 585 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT067 (ytgA) zidentyfikowaną z klonu CTL2gam18.
SEK NR ID: 586 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla pCT-ORF4 zidentyfikowaną z klonu CTL2-18(3')
SEK NR ID: 587 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT-ORF5 zidentyfikowaną z klonów CTL2-18(3').
SEK NR ID: 588 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D
C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT087 zidentyfikowaną z klonu
CTL2-19(5').
PL 209 107 B1
SEK NR ID: 589 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT088 (sycE) zidentyfikowaną z klonów CTL2-19(5').
SEK NR ID: 590 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT588 (rsbu) zidentyfikowaną z klonu CTL2gam23.
SEK NR ID: 591 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości w odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT199 (oppB1) zidentyfikowaną z klonu CTL2gam24.
SEK NR ID: 592 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT545 (dnaE) zidentyfikowaną z klonu CTL2-4.
SEK NR ID: 593 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT288 zidentyfikowaną z klonów CTL2gam27.
SEK NR ID: 594 przedstawia sekwencję DNA pełnej długości odmiany serologicznej D C. trachomatis homologiczną do sekwencji C. trachomatis LGV II dla CT413 (pmpB) zidentyfikowaną z klonu CTL2gam30(5')(3').
SEK NR ID: 595 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0406, genu CT102 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 596 przedstawia sekwencję DNA homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0315, genu CT098 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 597 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0406, genu CT102 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 598 przedstawia sekwencję aminokwasową homologa Chlamydia pneumoniae, CPn0315, genu CT098 Chlamydia trachomatis.
SEK NR ID: 599 przedstawia sekwencję aminokwasową białka CT287 odmiany serologicznej D Chlamydia trachomatis.
Opis figur
Fig. 1 przedstawia indukcję INF-γ z linii komórek T swoistych wobec Chlamydia aktywowanych przez docelowe komórki wyrażające klon 4C9-18#2.
Fig. 2 przedstawia retrowirusowe wektory pBIB-KS1,2,3 zmodyfikowane pod kątem posiadania miejsca inicjacji translacji Kozak i kodonów stop.
Fig. 3 przedstawia specyficzną lizę w teście uwalniania chromu z komórek P815 traktowanych peptydami CtC7.8-12 (SEK NR ID: 18) i CtC7.8-13 (SEK NR ID: 19) z Chlamydia.
Fig. 4 przedstawia miana izotypów przeciwciał u myszy C57B1/6 immunizowanych białkiem SWIB C. trachomatis.
Fig. 5 przedstawia odpowiedź proliferacyjną komórek T swoistych wobec Chlamydia dla splenocytów myszy C3H immunizowanych białkiem SWIB C. trachomatis.
Fig. 6 przedstawia sekwencje starterów 5' i 3' zaprojektowanych dla C. pneumoniae, które zastosowano do otrzymywania genów SWIB i S13 z C. pneumoniae.
Fig. 7A i 7B przedstawiają indukcję IFN-γ w ludzkiej linii komórek T anty-Chlamydia (TCL-8) zdolnej do reakcji krzyżowej z C. trachomatis i C. pneumoniae po aktywacji przez komórki dendrytowe pochodzące z monocytów wyrażających białka z Chlamydia.
Fig. 8 przedstawia identyfikację epitopów dla komórek T w białku rybosomalnym S13 z Chlamydia przy użyciu linii komórek T TCL 8 EB/DC.
Fig. 9 A i B przedstawia odpowiedź proliferacyjną komórek T CP-21, otrzymanych wobec komórek dendrytowych zainfekowanych C. pnuemoniae, na zrekombinowane białko SWIB C. pneumoniae, ale nie na białko SWIB C. trachomatis.
Fig. 10 przedstawia swoistą wobec C. trachomatis odpowiedź proliferacyjną na SWIB pierwotnej linii komórek T (TCT-10 EB) z bezobjawowego dawcy.
Fig. 11 przedstawia identyfikację epitopu dla komórek T w SWIB z C. trachomatis przy użyciu swoistej wobec antygenu linii komórek T (TCL-10 EB).
Fig. 12 przedstawia swoistą wobec C. trachomatis odpowiedź proliferacyjną pierwotnych linii komórek T (TCT-10 EB) otrzymanych od dwóch pacjentów na swoiste dla CT antygeny CT622, CT875 i CTEB.
PL 209 107 B1
Szczegółowy opis wynalazku
Jak zaznaczono powyżej, niniejszy wynalazek dotyczy ogólnie kompozycji, które mogą być stosowane w sposobach diagnozowania i leczenia infekcji Chlamydia. W jednym z aspektów kompozycje będące przedmiotem wynalazku zawierają polipeptyd obejmujący sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431.
Niniejszym ujawniono polipeptydy, zawierające immunogenną część antygenu Chlamydia, przy czym antygen Chlamydia zawiera sekwencję aminokwasową kodowaną przez ujawnioną tu cząsteczkę polinukleotydową, sekwencję komplementarną do takiej sekwencji nukleotydowej i wariantów takich sekwencji.
Stosowany tu termin „polipeptyd obejmuje łańcuchy polipeptydowe dowolnej długości, włączając w to białka pełnej długości (tj. antygeny), przy czym reszty aminokwasowe są połączone kowalencyjnymi wiązaniami peptydowymi. A zatem polipeptyd zawierający immunogenną część jednego z antygenów będących przedmiotem wynalazku może stanowić w całości część immunogenną lub może zawierać dodatkowe sekwencje. Dodatkowe sekwencje mogą pochodzić z natywnego antygenu Chlamydia lub mogą być heterologiczne i sekwencje takie mogą (ale nie muszą) być immunogenne.
Stosowany tu termin „polinukleotyd(y) oznacza jedno-lub dwuniciowy polimer zasad deoksyrybonukleotydowych lub rybonukleotydowych i obejmuje DNA i odpowiadające mu cząsteczki RNA, włączając w to cząsteczki HnRNA i mRNA, zarówno sensowne jak i antysensowne, i obejmuje cDNA, DNA genomowy i DNA zrekombinowany, jak również polinukleotydy całkowicie albo częściowo zsyntetyzowane. Cząsteczka HnRNA zawiera introny i odpowiada cząsteczce DNA zasadniczo w sposób jeden na jeden. Cząsteczka mRNA odpowiada cząsteczce HnRNA i DNA, z której zostały wycięte introny. Polinukleotyd może stanowić cały gen lub jego część. Funkcjonalne, antysensowne polinukleotydy mogą zawierać fragment odpowiadającego im polinukleotydu i definicja „polinukleotydu obejmuje zatem takie funkcjonalne antysensowne fragmenty.
„Część immunogenna antygenu to część, która jest zdolna do reagowania z surowicą otrzymaną od osób zainfekowanych Chlamydia (tj. daje odczyt absorbancji dla surowic od osób zainfekowanych, która jest co najmniej trzy odchylenia standardowe powyżej absorbancji otrzymanej dla surowic od osób niezainfekowanych w opisanym tu reprezentatywnym teście ELISA). Takie immunogenne części generalnie zawierają co najmniej około 5 reszt aminokwasowych, korzystniej co najmniej 10, jeszcze korzystniej co najmniej 20 reszt aminokwasowych. Sposoby wytwarzania i identyfikowania immunogennych części antygenów są dobrze znane w tej dziedzinie i obejmują te zebrane w Paul, Fundamental Immunology, wyd. 3., Raven Press, 1993, str. 243-247 i zacytowanych tam odnośnikach. Takie techniki obejmują przeszukiwanie polipeptydów pod kątem zdolności do reagowania ze specyficznymi wobec antygenu, przeciwciałami, surowicami odpornościowymi i/lub liniami lub klonami komórek T. W znaczeniu tu używanym, surowice odpornościowe (antysurowice) lub przeciwciała są „swoiste wobec antygenu jeżeli wiążą się specyficznie z antygenem (tj. reagują z białkiem w teście ELISA lub innym teście immunologicznym i nie reagują wykrywalnie z niespokrewnionymi białkami). Takie surowice odpornościowe i przeciwciała można wytworzyć jak tu opisano stosując dobrze znane techniki. Fragment immunogenny natywnego białka Chlamydia jest fragmentem, który reaguje z taką surowicą odpornościową i/lub komórkami T na poziomie, który nie jest znacząco mniejszy niż reaktywność polipeptydu pełnej długości (np. w teście ELISA i/lub teście na reaktywność komórek T). Takie immunogenne części mogą reagować w takich testach na poziomie, który jest podobny lub większy niż reaktywność polipeptydu pełnej długości. Takie poszukiwania można przeprowadzić przy zastosowaniu metod dobrze znanych biegłym w tej dziedzinie, takich jak opisane w Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988. Przykładowo, polipeptyd można unieruchamiać na takim podłożu i doprowadzić do kontaktu z surowicą pacjenta w celu umożliwienia wiązania się przeciwciał w surowicy do unieruchomionego polipeptydu. Niezwiazaną surowicę można następnie usunąć i związane przeciwciała wykryć przy zastosowaniu na przykład białka A wyznakowanego 125I.
Przykłady immunogennych części antygenów obejmują, na przykład, epitopy stymulujące komórki T dostarczone w SEK NR ID: 9, 10, 18, 19, 31, 93-96, 98, 100-102, 106, 108, 138-140, 158, 167, 168, 246, 247 i 254-256. Polipeptydy zawierające co najmniej immunogenną część jednego albo większej liczby antygenów Chlamydia jak tu opisano można użyć osobno albo w połączeniu w celu wykrycia infekcji Chlamydia u pacjenta.
PL 209 107 B1
Rozwiązania według wynalazku mogą wykorzystywać również warianty powyższych cząsteczek polipeptydowych i polinukleotydowych. Takie warianty obejmują między innymi naturalnie występujące warianty, w szczególności inne odmiany serologiczne Chlamydia, takie jak odmiany D, E i F, jak również kilka odmian serologicznych LGV, które wykazują homologię z opisanymi tu cząsteczkami polipeptydowymi i polinukleotydowymi.
Stosowany tu termin „wariant polipeptydu oznacza polipeptyd, który różni się od tego polipeptydu jedynie konserwatywnymi podstawieniami i/lub modyfikacjami tak, że właściwości antygenowe polipeptydu są zachowywane. W korzystnym wykonaniu, warianty polipeptydów różnią się od zidentyfikowanej sekwencji podstawieniem, delecją lub addycją pięciu lub mniej aminokwasów. Takie warianty można zasadniczo zidentyfikować poprzez modyfikowanie polipeptydów przy użyciu na przykład opisanych tu reprezentatywnych procedur. Innymi słowy, zdolność wariantu do reagowania z surowicą odpornościową swoistą wobec antygenu może być wzmocniona albo niezmieniona w stosunku do białka natywnego lub może być zmniejszona mniej niż 50%, korzystnie mniej niż 20% w stosunku do białka natywnego. Takie warianty mogą generalnie być identyfikowane poprzez modyfikowanie jednej z powyż szych sekwencji polipeptydowch i okreś lenie reaktywnoś ci zmodyfikowanego polipeptydu ze specyficznymi wobec antygenu opisanymi tu przeciwciałami lub surowicami odpornościowymi. Korzystne warianty obejmują te, z których usunięta została jedna lub więcej części, takich jak N-końcowa sekwencja liderowa lub domena transbłonowa. Inne korzystne warianty obejmują warianty, w których z N- i/lub C-końca dojrzałego białka, zostały usunięte małe odcinki (np. 1-30 aminokwasów, korzystnie 5-15 aminokwasów).
„Konserwatywne podstawienie jest takim, w którym jeden aminokwas jest podstawiony innym aminokwasem, który ma podobne właściwości, tak, że specjalista w dziedzinie chemii peptydów będzie oczekiwał, iż struktura drugorzędowa i natura hydropatyczna polipeptydu pozostanie zasadniczo niezmieniona. Podstawień aminokwasowych można zasadniczo dokonać na podstawie podobieństwa w polarnoś ci, ł adunku, rozpuszczalności, hydrofobowoś ci, hydrofilowoś ci i/lub amfipatycznej natury reszt. Przykładowo, aminokwasy naładowane ujemnie obejmują kwas asparaginowy i kwas glutaminowy, aminokwasy naładowane dodatnio obejmują lizynę i argininę, a aminokwasy z nienaładowanymi polarnymi grupami głównymi o podobnej wartości hydrofilowości obejmują leucynę, izoleucynę i walinę, glicynę i alaninę, asparaginę i glutaminę, serynę, treoninę, fenyloalaninę i tyrozynę. Inne grupy aminokwasów, które mogą reprezentować konserwatywne zmiany obejmują : (1) ala, pro, gly, glu, asp, gln asn, ser, thr; (2) cys, ser, tyr, thr; (3) val, ile, leu, met, ala, phe; (4) lys, arg, his; oraz (5) phe, tyr, trp, his. Wariant może również lub alternatywnie zawierać zmiany niekonserwatywne. Warianty polipeptydów mogą różnić się od sekwencji natywnej podstawieniem, delecją lub dodaniem pięciu lub mniejszej liczby aminokwasów. Warianty mogą być również (lub alternatywnie) zmodyfikowane, poprzez na przykład usunięcie lub dodanie aminokwasów, które mają minimalny wpływ na immunogenność, strukturę drugorzędową i naturę hydropatyczną polipeptydu. Na przykład, polipeptyd może być połączony z sekwencją sygnałową (lub liderową) na końcu N białka, która kotranslacyjne lub potranslacyjnie kieruje transportem białka. Polipeptyd może być również połączony z linkerem lub inną sekwencją w celu ułatwienia syntezy, oczyszczania i identyfikacji polipeptydu (np. poli-His) lub wzmacnia wiązania polipeptydu z podłożem stałym. Przykładowo, polipeptyd może być połączony z regionem Fc immunoglobuliny.
„Wariant polinukleotydu to sekwencja, która różni się od tej sekwencji polinukleotydowej posiadaniem jednej albo większej liczby delecji, podstawień lub addycji tak, że immunogenność kodowanego polipeptydu nie jest zmniejszona w stosunku do białka natywnego. Wpływ na immunogenność kodowanego polipeptydu można ogólnie badać jak tu opisano. Takie modyfikacje można łatwo wprowadzić przy zastosowaniu standardowych technik mutagenezy, jak przedstawiono na przykład w Angelman i wsp. (DNA, 2:183, 1983). Warianty nukleotydowe mogą być naturalnie wystę pują cymi wariantami allelicznymi jak omówiono poniżej, albo wariantami niewystępującymi naturalnie. Polipeptydy tu ujawnione obejmują warianty, które są kodowane przez sekwencje polinukleotydowe, które są zasadniczo homologiczne do jednej albo większej liczby sekwencji polinukleotydowych konkretnie tu wymienionych. Używany tu termin „zasadnicza homologia dotyczy sekwencji polinukleotydowych, które mają zdolność hybrydyzowania w umiarkowanie ostrych warunkach. Odpowiednie umiarkowanie ostre warunki obejmują wstępne płukanie w roztworze 5 X SSC, 0,5% SDS, 1,0 mM EDTA (pH 8,0); hybrydyzację przez noc w 50°C-65°C, 5 X SSC lub w przypadku homologii międzygatunkowej w 45°C z 0,5 X SSC; następnie dwukrotne przemywanie w 65°C przez 20 minut każdym z roztworów: 2 X, 0,5 X i 0,2 X SSC zawierających 0,1% SDS. Takie hybrydyzujące sekwencje polinukleotydowe mogą być
PL 209 107 B1 stosowane w rozwiązaniach według wynalazku, tak jak sekwencje nukleotydowe, które na skutek degeneracji kodu genetycznego kodują polipeptyd, który jest taki sam jak polipeptyd stosowany w rozwiązaniach według wynalazku.
Mówi się, że dwie sekwencje nukleotydowe albo polipeptydowe są „identyczne jeżeli sekwencja reszt nukleotydowych albo aminokwasowych w tych dwóch sekwencjach jest taka sama po dopasowaniu tak, aby maksymalnie sobie odpowiadać, jak opisano poniżej. Porównania pomiędzy dwiema sekwencjami przeprowadza się typowo poprzez porównywanie sekwencji w oknie porównania w celu zidentyfikowania i porównania lokalnych regionów podobieństwa sekwencji. Stosowany tu termin „okno porównania oznacza odcinek obejmujący około 20 kolejnych pozycji, zwykle od 30 do około 75, 40 do około 50, w której sekwencja może być porównywana z sekwencją odnośnikową o tej samej liczbie kolejnych pozycji po optymalnym dopasowaniu dwóch sekwencji.
Optymalne dopasowanie sekwencji w celu ich porównania można przeprowadzić przy zastosowaniu programu Megalign z zestawu oprogramowania bioinformatycznego Lasergene (DNASTAR, Inc., Madison, WI) przy zastosowaniu standardowych parametrów. Program ten stosuje kilka schematów porównywania opisanych w następujących odnośnikach: Dayhoff, M.O. (1978) A model of evolutionary change in proteins - Matrices for detecting distant relationships. W Dayhoff, M.O. (red.) Atlas of Protein Sequence and Structure, National Biomedical Research Foundation, Washington DC Tom. 5, Supl. 3, str. 345-358; Hein J. (1990) Unified Approach to Alignment and Phylogenes, str. 626-645 Methods in Enzymology tom. 183, Academic Press, Inc., San Diego, CA; Higgins, D.G. i Sharp, P.M. (1989) Fast and sensitive multiple sequence alignments on a microcomputer CABIOS 5:151-153; Myers, E.W. i Muller W. Optimal alignments in linear space (1988) CABIOS 4:11-17; Robinson, E.D. (1971) Comb. Theor 11:105; Santou, N. Nes, M. (1987) The neighbor joining method. A new method for reconstructing phylogenetic trees Mol. Biol. Evol. 4:406-425; Sneath, P.H.A. i Sokal, R.R. (1973) Numerical Taxonomy - the Principles and Practice of Numerical Taxonomy, Freeman Press, San Francisco, CA; Wilbur, W.J. i Lipman, D.J. (1983) Rapid similarity searches of nucleic acid and protein data banks Proc. Nad. Acad, Sci. USA 80:726-730.
Alternatywnie, optymalne dopasowanie sekwencji do porównania można przeprowadzić przy zastosowaniu algorytmu lokalnej identyczności według Smith i Waterman (1981) Add. APL. Math 2:482, algorytmu identyczności dopasowania według Needleman i Wunsch (1970) J. Mol. Biol. 48:443, poprzez poszukiwanie podobieństw metodami Pearson i Lipman (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 2444, poprzez komputerową realizację tych algorytmów (GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA i TFASTA w pakiecie oprogramowania Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group (GOG), 575 Science Dr., Madison, WI), albo poprzez sprawdzanie.
Jednym z ilustrujących przykładów algorytmów, które są przydatne do określania podobieństwa sekwencji są algorytmy BLAST i BLAST 2.0, opisane w Altschul i wsp. (1977) Nucl. Acids Res. 25:3389-3402 i Altschul i wsp. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410, odpowiednio. BLAST i BLAST 2.0 można zastosować na przykład z opisanymi tu parametrami do określania procentu identyczności sekwencji dla polinukleotydów i polipeptydów według wynalazku. Oprogramowanie do przeprowadzenia analiz BLAST jest dostępne publicznie poprzez National Center for Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). W jednym z ilustrujących przykładów, wynik sumaryczny można uzyskać stosując dla sekwencji nukleotydowych parametry M (nagroda za parę pasujących reszt; zawsze > 0) i N (kara za reszty nie pasujące; zawsze <0). Dla sekwencji aminokwasowych, można zastosować tablice wyników w celu obliczenia wyniku sumarycznego. Wydłużanie słowa w każdą stronę jest zatrzymywane kiedy sumaryczny wynik dopasowania spada o wartość X w stosunku do osiąganej wartości maksymalnej; wynik sumaryczny dochodzi do zera lub poniżej na skutek akumulacji jednej albo większej liczby wyników ujemnych dla dopasowania reszt; albo dotarcia do końca każdej z sekwencji. Parametry W, T i X algorytmu BLAST określają czułość i szybkość dopasowania. Program BLASTN (dla sekwencji nukleotydowych) stosuje jako parametry domyślne długość słowa (W) - 11, i wartość oczekiwaną (E) - 10, a tablica porównań BLOSUM62 (patrz Henikoff i Henikoff (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915), (B) - 50, wartość oczekiwaną (E) wynoszącą 10, M=5, N=-4 i porównywanie obu nici.
Korzystne jest, jeżeli „procent identyczności sekwencji określa się poprzez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania co najmniej 20 pozycji, przy czym część sekwencji polinukleotydowej lub polipeptydowej w oknie porównania może zawierać wstawienia albo delecje (tj. przerwy) stanowiące 20 procent lub mniej, zwykle 5 do 15 procent, 10 do 12 procent, w porównaniu z sekwencjami odnoś nikowymi (które nie zawierają wstawień lub delecji) dla optymalPL 209 107 B1 nego dopasowania dwóch sekwencji. Procent jest obliczony poprzez określenie liczby pozycji, w których w obydwu sekwencjach występują identyczne zasady kwasu nukleinowego lub reszty aminokwasowe aby uzyskać liczbę pasujących pozycji, poprzez podzielenie liczby pasujących pozycji przez całkowitą liczbę pozycji w sekwencji odnośnikowej (tj. wielkość okna) i pomnożenie wyniku przez 100, uzyskując procent identyczności sekwencji.
A zatem niniejszy wynalazek dostarcza rozwiązań wykorzystujących sekwencje polinukleotydowe i polipeptydowe o zasadniczej identyczności w stosunku do ujawnionych tu sekwencji, na przykład mających co najmniej 90%, 95%, 96%, 97%, 98% lub 99% albo więcej identyczności sekwencji przy porównaniu z sekwencją polinukleotydową albo polipeptydową odniesienia stosując opisane tu metody (np. analizę BLAST przy użyciu standardowych parametrów, jak opisano poniżej). Specjalista w dziedzinie zorientuje się, że wartości te można odpowiednio dobrać w celu określenia identyczności białek kodowanych przez dwie sekwencje nukleotydowe biorąc pod uwagę degenerację kodonów, podobieństwo aminokwasów, umiejscowienie otwartych ramek odczytu i temu podobne.
Wyizolowane polinukleotydy i polipeptydy mogą zawierać różne długości ciągłych odcinków sekwencji identycznych z albo komplementarnych z jedną albo większą liczbą ujawnionych tu sekwencji. Przykładowo, polinukleotydy mogą zawierać co najmniej około 15, 20, 30, 40, 50, 75, 100, 150, 200, 300, 400, 500 lub 1000 albo więcej ciągłych nukleotydów z jednej lub większej liczby ujawnionych tu sekwencji, jak również długości pośrednie. Będzie od razu zrozumiałe, że „długości pośrednie w tym kontekście oznaczają dowolne długości mieszczące się pomiędzy wymienionymi wartościami, takie jak 16, 17, 18, 19, itd.; 21, 22, 23, itd.; 30, 31, 32, itd.; 50, 51, 52, 53, itd.; 100, 101, 102, 103, itd.; 150, 151, 152, 153, itd.; włączając w to liczby całkowite w obrębie 200-500; 500-1000, i temu podobne.
Polinukleotydy wykorzystywane w rozwiązaniach według wynalazku albo ich fragmenty, niezależnie od długości samej sekwencji kodującej, można łączyć z innymi sekwencjami DNA, takimi jak promotory, sygnały poliadenylacji, dodatkowe miejsca dla enzymów restrykcyjnych, zgrupowanie miejsc do klonowania, inne odcinki kodujące i temu podobne, tak, że ich całkowita długość może znacznie się różnić. Bierze się zatem pod uwagę iż można zastosować fragment kwasu nukleinowego niemal dowolnej długości, przy czym korzystne jest, jeżeli całkowita długość jest ograniczona przez łatwość wytwarzania i zastosowania w protokole rekombinowania DNA, który zamierza się stosować. Przykładowo, reprezentatywne odcinki DNA o całkowitej długości około 10000, około 5000, około 3000, około 2000, około 1000, około 500, około 200, około 100, około 50 par zasad i temu podobne (włączając w to wszystkie długości pośrednie) bierze się pod uwagę jako przydatne w rozwiązaniach według wynalazku.
Warianty polinukleotydowe obejmują również allele genów kodujących przedstawione tu sekwencje nukleotydowe. Stosowany tu termin „allel albo „sekwencja alleliczna to alternatywna forma genu, która może powstać w rezultacie co najmniej jednej mutacji w sekwencji kwasu nukleinowego. Allele mogą prowadzić do powstania zmienionych mRNA albo polipeptydów, których struktura lub funkcja może, ale nie musi być zmieniona. Dany gen może nie mieć żadnej, mieć jedną albo wiele form allelicznych. Powszechnie występujące zmiany mutacyjne, które prowadzą do powstania alleli generalnie zalicza się do naturalnych delecji, addycji i/lub podstawień nukleotydów. Każdy z tych typów zmian może nastąpić sam albo w połączeniu z innymi, raz albo więcej razy w danej sekwencji.
Niniejszym opisano polipeptydy obejmujące sekwencję aminokwasową zawierającą co najmniej immunogenną część antygenu Chlamydia (albo wariant takiego antygenu), która zawiera jedną albo więcej sekwencji aminokwasowych kodowanych przez (a) sekwencję polinukleotydową wybraną z grupy składającej się z sekwencji z SEK NR ID: 358-361, 407-430, 455-489, 525-559 i 582-598; (b) sekwencji komplementarnych do takich sekwencji; (c) sekwencji zasadniczo homologicznych do sekwencji z (a) albo (b). Jak omówiono w Przykładach poniżej, kilka ujawnionych tu antygenów Chlamydia rozpoznaje linie komórek T, które rozpoznają pochodzące od monocytów komórki dendrytowe zainfekowane zarówno Chlamydia trachomatis, jak i Chlamydia pneumoniae, co wskazuje, że mogą one reprezentować immunoreaktywny epitop wspólny dla Chlamydia trachomatis i Chlamydia pneumoniae. Antygeny mogą być zatem wykorzystywane w szczepionce zarówno dla infekcji C. trachomatis narządów płciowych, jak i infekcji C. pneumoniae. Dalsza charakretystyka tych antygenów Chlamydia z Chlamydia trachomatis i Chlamydia pneumoniae, w celu określenia zakresu reakcji krzyżowej jest dostarczona w Przykładzie 6. Dodatkowo, Przykład 4 opisuje fragmenty cDNA (SEK NR ID: 15, 16 i 33) izolowane z C. trachomatis, które kodują białka (SEK NR ID: 17-19 i 32) zdolne do stymulowania specyficznej wobec Chlamydia mysiej linii komórek T CD+8.
PL 209 107 B1
Ogólnie, antygeny Chlamydia i sekwencje polinukleotydowe kodujące takie antygeny można wytworzyć przy zastosowaniu różnorodnych procedur. Przykładowo, cząsteczki polinukleotydowe kodujące antygeny Chlamydia można wyizolować z biblioteki genomowej albo ekspresyjnej cDNA poprzez przeszukiwanie przy użyciu specyficznej wobec Chlamydia linii komórek T, jak opisano poniżej, i sekwencjonowania stosując techniki dobrze znane specjalistom w dziedzinie. Dodatkowo, polinukleotyd można zidentyfikować, jak opisano bardziej szczegółowo poniżej, poprzez przeszukiwanie mikromacierzy z cDNA pod kątem ekspresji towarzyszącej Chlamydia (tj. ekspresji, która jest co najmniej dwukrotnie większa w komórkach zainfekowanych Chlamydia niż w kontroli, co określa się przy zastosowaniu opisanego tu reprezentatywnego testu). Takie poszukiwania można przeprowadzić przy zastosowaniu mikromacierzy Synetani (Palo Alto, CA) zgodnie z instrukcjami producenta (i zasadniczo tak, jak opisano przez Schena i wsp. Proc. Natl. Acad Sci USA 93:10614-10619, 1996 i Heller i wsp.. Proc. Natl. Acad Sci. USA 94:2150-2155, 1997). Alternatywnie, polipeptydy można amplifikować z cDNA przygotowanego z komórek wyrażających opisane tu białka. Takie polinukleotydy można amplifikować w reakcji łańcuchowej polimerazy (POR). W tym podejściu, można zaprojektować startery specyficzne dla sekwencji w oparciu o dostarczone tu sekwencje i można je kupić albo zsyntetyzować.
Antygeny można wytworzyć na drodze rekombinowania DNA, jak opisano poniżej, poprzez wstawienie sekwencji polinukleotydowej, która koduje antygen do wektora ekspresyjnego i wyrażenie antygenu w odpowiednim gospodarzu. Antygeny można oceniać pod kątem pożądanej właściwości, takiej jak zdolność do reakcji z surowicą otrzymaną od osób zainfekowanych Chlamydia, jak tu opisano i można je sekwencjonować przy zastosowaniu tradycyjnych reakcji chemicznych Edmana. Patrz Edman i Berg, Eur. J. Blochem. 80:116-132, 1967.
Sekwencje polinukleotydowe kodujące antygeny można również otrzymać poprzez przeszukiwanie biblioteki cDNA albo genomowej dla Chlamydia pod kątem sekwencji polinukleotydowych, które hybrydyzują ze zdegenerowanymi oligonukleotydami pochodzącymi z częściowych sekwencji aminokwasowych wyizolowanych antygenów. Zdegenerowane sekwencje oligonukleotydowe do zastosowania w takich przeszukiwaniach można zaprojektować i zsyntetyzować, a przeszukanie można przeprowadzić jak opisano (na przykład) w Sambrook, J. i wsp. (1989) Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, NY (i odnośnikach tam zacytowanych). Można również zastosować reakcję łańcuchową polimerazy (PCR), stosując powyższe oligonukleotydy w metodach dobrze znanych w dziedzinie w celu wyizolowania kwasu nukleinowego-sondy z biblioteki cDNA albo genomowej, Następnie można przeprowadzić przeszukanie biblioteki przy użyciu wyizolowanej sondy.
Powieloną część można użyć do izolacji genu pełnej długości z odpowiedniej biblioteki (np. biblioteki cDNA Chlamydia) przy zastosowaniu dobrze znanych technik. Wśród tych technik, bibliotekę (cDNA lub genomową) przeszukuje się przy zastosowaniu jednego lub większej liczby sond polinukleotydowych lub starterów odpowiednich do amplifikacji. Korzystne jest, jeżeli bibliotekę selekcjonuje się pod względem wielkości, tak aby zawierała większe cząsteczki. Biblioteki poddane reakcji losowej syntezy DNA mogą również być korzystne do zidentyfikowania regionów leżących po stronie 5' i przed genami. Biblioteki genomowe są korzystne do otrzymywania intronów i sekwencji rozciągających się w stronę 5'.
Do technik hybrydyzacyjnych, częściowe sekwencje mogą być znakowane (np. poprzez reakcję przesuwania nacięć, ang. nick-translation, lub znakowania na końcach 32P) przy zastosowaniu dobrze znanych technik. Biblioteki bakteryjne lub bakteriofagowe przeszukuje się następnie poprzez hybrydyzowanie filtrów zawierających zdenaturowane kolonie bakteryjne (lub murawkę zawierającą łysinki fagowe) z wyznakowaną sondą (patrz Sambrook i wsp., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratories, Cold Spring Harbor, NY, 1989). Hybrydyzujące kolonie lub łysinki wybiera się i namnaża, po czym izoluje się DNA do dalszej analizy. Klony cDNA można analizować w celu okreś lenia licznych dodatkowych sekwencji poprzez na przykład PCR przy zastosowaniu startera z częściowej sekwencji i startera z wektora. Mapy restrykcyjne i częściowe sekwencje można wytworzyć w celu zidentyfikowania jednego lub większej liczby zachodzących na siebie klonów. Następnie można określić kompletną sekwencję przy zastosowaniu standardowych technik, które mogą obejmować wytwarzanie serii klonów delecyjnych. Otrzymane w rezultacie zachodzące na siebie sekwencje można następnie złożyć w jedną ciągłą sekwencję. Cząsteczkę cDNA pełnej długości można następnie wytworzyć poprzez ligację odpowiednich fragmentów stosując dobrze znane techniki.
Alternatywnie, istnieją liczne techniki amplifikacji, umożliwiające otrzymywanie sekwencji kodującej pełnej długości z częściowej sekwencji cDNA. Wśród takich technik, amplifikację przeprowadza się zasadniczo poprzez PCR. Można zastosować dowolny z różnorodnych dostępnych handlowo zePL 209 107 B1 stawów do przeprowadzenia etapu amplifikacji. Startery można zaprojektować przy zastosowaniu technik dobrze znanych w dziedzinie (patrz na przykład Mullis i wsp., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 51:263, 1987; Erlich red., PCR Technology, Stockton Press, NY, 1989) i oprogramowania dobrze znanego w tej dziedzinie. Korzystne startery mają długość 22-30 nukleotydów, zawartość GC co najmniej 65% i łączą się z sekwencją docelową w temperaturze od około 68°C do 72°C. Powielony region można zsekwencjonować, jak opisano powyżej i zachodzące na siebie sekwencje złożyć w ciągłą sekwencję.
Jedną z takich technik amplifikacji jest odwrócona reakcja PCR (ang. inverse PCR) (patrz Triglia i wsp.. Nucl. Acids Res. 16:8186, 1988), w której stosuje się enzymy restrykcyjne do wytworzenia fragmentu w znanym regionie genu. Fragment ten zamyka się następnie w kółko poprzez wewnątrzkomórkową ligację i stosuje jako matrycę do PCR z różnymi starterami pochodzącymi ze znanego regionu. W alternatywnym podejściu, sekwencje sąsiadujące z częściową sekwencją można uzyskać poprzez amplifikację ze starterem wobec sekwencji linkera i startera specyficznego dla znanego regionu. Powielone sekwencje poddaje się zazwyczaj drugiej rundzie amplifikacji z tym samym starterem linkerowym i drugim starterem specyficznym dla znanego regionu. Wariant tych procedur, wykorzystujący dwa startery, które inicjują wydłużanie w przeciwnych kierunkach od znanej sekwencji jest opisany w WO 96/38591. Dodatkowe techniki obejmują wyłapującą reakcję PCR (ang. capture PCR) (Lagerstrom i wsp., PCR Methods Applic. 1:111-19, 1991) i kroczącą reakcję PCR (Parker i wsp.. Nucli. Acids. Res. 19:3055-60, 1991). Amplifikacja za pośrednictwem transkrypcji, lub TMA, jest inną metodą, którą można zastosować do amplifikacji DNA, rRNA lub mRNA, jak opisano w patencie USA nr PCT/US91/03184. Ta autokatalityczna i izotermiczna metoda nie oparta o PCR i wykorzystuje dwa startery oraz dwa enzymy: polimerazę RNA i odwrotną transkryptazę. Jeden starter zawiera sekwencję promotorową dla polimerazy RNA. W pierwszej amplifikacji, promotor-starter hybrydyzuje z docelową cząsteczką rRNA w określonym miejscu. Odwrotna transkryptaza wytwarza kopię DNA docelowej cząsteczki rRNA poprzez wydłużenie z końca 3' promotora-startera. RNA w powstałym kompleksie jest degradowany i drugi starter wiąże się z kopią DNA. Nowa nić DNA jest syntetyzowana z końca startera poprzez odwrotną transkryptazę, z wytworzeniem dwuniciowego DNA. Polimeraza RNA rozpoznaje sekwencję promotorową w matrycy DNA i rozpoczyna transkrypcję. Każdy z nowo zsyntetyzowanych amplikonów RNA wchodzi ponownie w proces TMA i służy jako matryca nowej rundy replikacji prowadząc do wykładniczej ekspansji amplikonu RNA. Inne metody wykorzystujące amplifikację można również zastosować w celu otrzymania sekwencji cDNA pełnej długości.
W niektórych przypadkach, możliwe jest otrzymanie sekwencji cDNA pełnej długości poprzez analizę sekwencji dostarczonych w bazie danych znaczników sekwencji ulegających ekspresji (EST), takich jak dostępne z GenBanku. Poszukiwanie zachodzących na siebie EST można generalnie przeprowadzić przy zastosowaniu dobrze znanych programów (np. analizy NCBI BLAST) i takie znaczniki EST można zastosować do wytworzenia ciągłych sekwencji pełnej długości. Pełnej długości sekwencje DNA można również otrzymać poprzez analizę fragmentów genomowych.
Warianty polinukleotydowe można ogólnie wytworzyć dowolną z metod znanych w tej dziedzinie, włączając w to syntezę chemiczną, na przykład syntezę chemiczną w fazie stałej na fosforamidycie. Modyfikacje sekwencji polinukleotydowej można również wprowadzać przy zastosowaniu standardowych technik mutagenezy, takich jak miejscowo-specyficzna metageneza kierowana przez oligonukleotyd (patrz Adelman i wsp., DNA 2:183, 1983). Alternatywnie, cząsteczki RNA można wytworzyć poprzez transkrypcję in vivo albo in vitro sekwencji DNA kodujących białko Chlamydia lub jego część, przy założeniu, że DNA jest włączony do wektora z odpowiednim promotorem polimerazy RNA (takim jak T7 lub SP6).
Niektóre części można zastosować do wytworzenia zakodowanego peptydu, jak tu opisano. Ponadto, lub alternatywnie, część można podać pacjentowi, tak że zakodowany polipeptyd jest wytwarzany in vivo (np. poprzez transfekowanie komórek prezentujących antygen, takich jak komórki dendrytowe, konstruktem cDNA kodującym polipeptyd Chlamydia i podawanie transfekowanych komórek pacjentowi).
Część sekwencji komplementarna do sekwencji kodującej (tj. polinukleotyd antysensowny) można również zastosować jako sondę lub do modulowania ekspresji genu. Konstrukty cDNA, które mogą być transkrybowane do antysensownego RNA można również wprowadzić do komórek tkanek w celu ułatwienia wytwarzania antysensownego RNA. Antysensowne polinukleotydy można zastosować, jak tu opisano, do hamowania ekspresji białka Chlamydia. Technologię antysensowną można zastosować do kontrolowania w ekspresji genów poprzez tworzenie struktury potrójnej helisy, co
PL 209 107 B1 zwiększa zdolność dwuniciowej helisy do ostatecznego otwarcia się dla związania polimeraz, czynników transkrypcyjnych lub cząsteczek regulacyjnych (patrz Gee i wsp., w Huber i Carr, Molecular and Immunologic Approaches, Futura Publishing Co. (Mt. Kisco, NY; 1994). Alternatywnie, cząsteczka antysensowna może być zaprojektowana tak, aby hybrydyzować z regionem kontrolnym (np. promotorem, wzmacniaczem lub miejscem inicjacji transkrypcji) i blokować gen albo blokować translację poprzez hamowanie wiązania transkryptu do rybosomów.
Część sekwencji kodującej albo sekwencję komplementarną można również zaprojektować jako sondę albo starter do wykrywania ekspresji genu. Sondy mogą być znakowane rozmaitymi grupami wskaźnikowymi, takimi jak izotopy promieniotwórcze albo enzymy i mają długość co najmniej 10 nukleotydów, korzystnie co najmniej 20 nukleotydów, jeszcze korzystniej co najmniej 30 nukleotydów. Jak zaznaczono powyżej, korzystne jest jeżeli startery mają długość 22-30 nukleotydów.
Dowolny polinukleotyd może być ponadto zmodyfikowany w celu zwiększenia stabilności in vivo. Możliwe modyfikacje obejmują między innymi dodawanie sekwencji flankujących na końcach 5' i 3'; zastosowanie fosforotionianu albo 2' O-metylu zamiast wiązań fosfodiestarazowych w szkielecie węglowym; i/lub włączenie nietypowych zasad, takich jak inozyna, keozyna i wybutozyna, jak również -acetylo, -metylo, -tio i innych zmodyfikowanych form adeniny, cytydyny, guaniny, tyminy i urydyny.
Opisane tu sekwencje nukleotydowe można łączyć z różnymi innymi sekwencjami nukleotydowymi przy zastosowaniu ustalonych technik rekombinowania DNA. Przykładowo, polinukleotyd można klonować w różnych wektorach do klonowania, włączając w to plazmidy, fagmidy, pochodne faga lambda i kosmidy. Wektory będące przedmiotem szczególnego zainteresowania obejmują wektory ekspresyjne, wektory replikacyjne, wektory do wytwarzania sond i wektory do sekwencjonowania. Ogólnie, wektory będą zawierały początek replikacji funkcjonalny w co najmniej jednym organizmie, dogodne miejsce rozpoznawane przez enzymy restrykcyjne i jeden lub większą liczbę markerów sekwencyjnych. Inne elementy będą zależały od pożądanego zastosowania i nie będą oczywiste dla specjalisty w dziedzinie.
Syntetyczne polipeptydy mające mniej niż około 100 aminokwasów i zasadniczo mniej niż około 50 aminokwasów można również wytworzyć syntetycznie stosując techniki dobrze znane specjalistom w tej dziedzinie. Przykładowo, takie polipeptydy można zsyntetyzować przy zastosowaniu dowolnej z dostępnych handlowo technik w fazie stał ej, takich jak metoda syntezy w fazie stał ej Merrifield, gdzie aminokwasy dodaje się kolejno do rosnącego łańcucha aminokwasowego. Patrz Merrifield, J. Am. Chem. Soc. 85:2149-2146, 1963. Urządzenia do automatycznej syntezy polipeptydów są dostępne handlowo od dostawców takich, jak Perkin Elmer/Applied BioSystems Divsion, Foster City, CA. i mogą być obsługiwane zgodnie z instrukcjami producentów.
Immunogenne części antygenów Chlamydia można wytworzyć i identyfikować przy zastosowaniu dobrze znanych technik, takich jak te zebrane w Paul, Fundamental Immunology, wyd. 3., Raven Press, 1993, str. 243-247 i zacytowanych tam odnośnikach. Takie techniki obejmują przeszukiwanie części polipeptydowych natywnego antygenu pod kątem właściwości immunogennych. W tych przeszukiwaniach można generalnie zastosować opisane tu reprezentatywne testy ELISA. Immunogenna część polipeptydu to część, która, w ramach takich reprezentatywnych testów, wytwarza sygnał w takim teś cie, który jest zasadniczo podobny do wytwarzanego przez antygen peł nej dł ugoś ci. Innymi słowy, immunogenna część antygenu Chlamydia wytwarza co najmniej około 20%, a korzystnie około 100% sygnału indukowanego przez antygen pełnej długości w opisanym tu modelu ELISA.
Części i inne warianty antygenów Chlamydia można wytworzyć przy zastosowaniu technik rekombinowania DNA. Warianty natywnego antygenu można generalnie wytworzyć przy zastosowaniu standardowych technik mutagenezy, takich jak miejscowo-specyficzna metageneza kierowana przez oligonukleotyd. Odcinki sekwencji polinukleotydowej mogą być również usuwane przy użyciu standardowych technik dla umożliwienia wytworzenia skróconych polipeptydów.
Zrekombinowane polipeptydy zawierające części i/lub warianty natywnego antygenu można łatwo wytworzyć z sekwencji polinukleotydowej kodującej polipeptyd przy zastosowaniu rozmaitych technik dobrze znanych specjalistom w dziedzinie. Przykładowo, supernatanty z odpowiednich układów gospodarz/wektor, które wydzielają zrekombinowane białko lub polipeptyd do pożywki hodowlanej można najpierw zagęścić przy zastosowaniu dostępnych handlowo filtrów. Po zagęszczeniu, koncentrat można nałożyć na odpowiednie złoże do oczyszczania, takie jak złoże powinowactwa lub żywice jonowymienne. Wreszcie można zastosować jeden lub więcej etapów HPLC z odwróconymi fazami do dalszego oczyszczania zrekombinowanego polipeptydu.
PL 209 107 B1
Różne wektory ekspresyjne znane specjalistom w tej dziedzinie można zastosować do wyrażania opisanych tu zrekombinowanych polipeptydów. Ekspresję można uzyskać w dowolnej odpowiedniej komórce gospodarza, która zastała stransformowana lub transfekowana wektorem ekspresyjnym zawierającym cząsteczkę DNA, która koduje zrekombinowany polipeptyd. Odpowiednie komórki gospodarza obejmują prokarionty, drożdże i komórki wyższych eukariontów. Korzystne jest, jeżeli stosowanymi komórkami gospodarza są E. coli, drożdże lub linie komórek ssaczych, takie jak COS i CHO. Sekwencje DNA wyrażane w ten sposób mogą kodować antygeny występujące naturalnie, części antygenów występujących naturalnie lub inne ich warianty.
Ogólnie, niezależnie od sposobu wytworzenia, ujawnione tu polipeptydy są wytwarzane i wyizolowane w postaci zasadniczo czystej. Korzystne jest, jeżeli takie polipeptydy są w około 90% czyste, korzystniej w co najmniej 95% czyste, najkorzystniej w co najmniej 99% czyste.
W niektórych konkretnych wykonaniach, polipeptyd może być białkiem fuzyjnym, zawierającym wiele polipeptydów zawierających sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji, jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431 lub zawiera co najmniej jeden taki polipeptyd i niespokrewnioną sekwencję, taką jak znane białko Chlamydia. Partner fuzji może, na przykład, pomagać w dostarczaniu epitopów dla pomocniczych komórek T (immunologiczny partner fuzji), korzystnie epitopów dla pomocniczych komórek T rozpoznawanych u człowieka, lub może pomagać w wyrażaniu białka (wzmacniacz ekspresji) na poziomach wyższych niż natywne białko zrekombinowane. Innych partnerów fuzji można wybrać tak, aby zwiększyć rozpuszczalność białka lub umożliwić białku dotarcie do odpowiednich przedziałów wewnątrzkomórkowych. Jeszcze inni partnerzy fuzji obejmują znaczniki powinowactwa, które ułatwiają oczyszczanie białka. Sekwencję DNA kodującą białko fuzyjne według niniejszego wynalazku można skonstruować przy zastosowaniu znanych technik rekombinowania DNA w celu złożenia oddzielnych sekwencji DNA kodujących na przykład pierwszy i drugi polipeptyd, w odpowiednim wektorze ekspresyjnym. Koniec 3' sekwencji DNA kodującej pierwszy polipeptyd poddaje się ligacji z lub bez linkera polipeptydowego z końcem 5' sekwencji DNA kodującej drugi polipeptyd, tak, że ramki odczytu sekwencji są w fazie, w celu umożliwienia translacji mRNA dla dwóch sekwencji DNA do pojedynczego białka- fuzji, która zachowuje aktywność biologiczną zarówno pierwszego, jaki i drugiego polipeptydu.
Sekwencję łącznika peptydowego można zastosować do oddzielenia pierwszego i drugiego składnika polipeptydowego na odległość wystarczającą w celu zapewnienia fałdowania się każdego z polipeptydów w swoją drugorzędową i trzeciorzędową strukturę. Taką sekwencję peptydu łącznikowego wstawia się do białka fuzyjnego przy zastosowaniu standardowych technik dobrze znanych w tej dziedzinie. Odpowiednie sekwencje peptydu łącznikowego można wybrać biorąc pod uwagę następujące czynniki: (1) ich zdolność do przyjmowania elastycznej rozległej konformacji; (2) ich niezdolność do przyjmowania struktury drugorzędowej, która mogłaby oddziaływać z funkcjonalnymi epitopami pierwszego i drugiego polipeptydu; i (3) brak reszt hydrofobowych lub naładowanych, które mogłyby reagować z funkcjonalnymi epitopami polipeptydów. Korzystne sekwencje łączników polipeptydowch zawierają reszty Gly, Asn i Ser. Inne prawie obojętne aminokwasy, takie jak Thr i Ala można również zastosować w sekwencji łącznikowej. Sekwencje aminokwasowe, które mogą być zwykle zastosowane jako łączniki obejmują te ujawnione w Maratea i wsp., Gene 40:39-46, 1985; Murphy i wsp., Proc. Natl. Acad. Sci USA 83:8258-8262, 1986; patent USA nr 4935233 i patent USA nr 4751180. Sekwencja łącznika może mieć zwykle długość od 1 do około 50 aminokwasów. Alternatywą do zastosowania sekwencji łącznika peptydowego (jeśli to pożądane) może być użycie niezbędnych N-końcowych regionów aminokwasowych (jeśli są obecne) w pierwszym i drugim polipeptydzie w celu oddzielenia domen funkcjonalnych i zapobiegania zawadzie sferycznej.
Poddawane ligacji sekwencje DNA są łączone w sposób funkcjonalny z odpowiednimi transkrypcyjnymi lub translacyjnymi elementami regulacyjnymi. Elementy regulacyjne odpowiedzialne za ekspresję DNA są umieszczane jedynie po stronie 5' sekwencji DNA kodującej pierwsze polipeptydy. Podobnie, kodony stop wymagane do zakończenia translacji i sygnały terminacji transkrypcji są obecne jedynie na końcu 3' sekwencji DNA kodującej drugi polipeptyd.
Niniejszym dostarczone są kompozycje zawierające białka fuzyjne, które zawierają polipeptyd zawierający sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431, łącznie z niespokrewnionym białkiem immunogennym. Korzystnie białko immunogenne ma zdolność wzbudzania odpowiedzi przypominającej.
PL 209 107 B1
Przykłady takich białek obejmują białka tężca, gruźlicy i zapalenia wątroby (patrz, na przykład Stoute i wsp. New Engl. J. Med., 336: 8691, 1997).
W korzystnych wykonaniach, immunologiczny partner w fuzji pochodzi z białka D, powierzchniowego białka gram-ujemnej bakterii Haemophilus influenza B (WO 91/18926). Korzystne jest, jeżeli pochodna białka D zawiera początkową jedną trzecią część białka (np. początkowych N-końcowych 100-110 aminokwasów), a pochodna białka D może mieć dołączone lipidy. W niektórych korzystnych wykonaniach, pierwszych 109 reszt lipoproteiny D stanowiącej partnera fuzji jest dołączonych na końcu N w celu dostarczenia polipeptydu z dodatkowym egzogennym epitopem dla komórek T w celu zwiększenia poziomu ekspresji w E. coli (a zatem działając jako wzmacniacz ekspresji). Lipidowy ogon zapewnia optymalną prezentację antygenu komórkom prezentującym antygen. Inni partnerzy w fuzji obejmują niestrukturalne białko z wirusa grypy, NS1 (hemaglutyninę). Typowo, stosuje się 81 N-końcowych aminokwasów, jakkolwiek można zastosować różne fragmenty, które zawierają epitopy dla pomocniczych komórek T.
W innym wykonaniu immunologiczny partner fuzji jest białkiem znanym jako LYTA albo jego częścią (korzystnie częścią C-końcową). LYTA pochodzi ze Streptococcus pneumoniae, który syntetyzuje amidazę N-acetylo-L-alaniny znaną jako amidaza LYTA (kodowana przez gen LytA; Gene 43:265-292, 1986). LYTA jest autolizyną, która specyficznie rozkłada pewne wiązania w szkielecie peptydoglikanowym. C-końcowa domena białka LYTA jest odpowiedzialna za powinowactwo do choliny i do niektórych analogów choliny, takich jak DEAE. Zdolność ta została wykorzystana do opracowania plazmidów E. coli wyrażających C-LYTA przydatnych do ekspresji białek fuzyjnych. Oczyszczanie białek hybrydowych zawierających fragment LYTA-C na końcu aminowym został opisany (patrz Biotechnology 10:795-798, 1992). W korzystnym wykonaniu, powtórzona część może być wstawiona do białka fuzyjnego. Powtórzona część znajduje się w regionie C-końcowym, rozpoczynającym się od reszty 178. Szczególnie korzystna powtórzona część obejmuje reszty 188-305.
Polinukleotyd Ral2 pochodzący z Mycobacterium tuberculosis może być połączony z polinukleotydem kodującym polipeptyd zawierający sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431. Kompozycje Ral2 i sposoby ich użycia do wzmacniania ekspresji heterologicznych sekwencji polinukleotydowych są opisane w zgłoszeniu patentowym USA 60/158585, ujawnienie którego jest tu włączone w całości jako odniesienie. Pokrótce, Ral2 oznacza region polinukleotydowy, który stanowi podsekwencję kwasu nukleinowego MTB32A Mycobacterium tuberculosis. MTB32A to proteaza serynowa o masie cząsteczkowej 32 kD kodowana przez gen z wirulentnych i awirulentnych szczepów M. tuberculosis. Sekwencja nukleotydowa i sekwencja aminokwasowa MTB32A została opisana w zgłoszeniu patentowym USA 60/158585; patrz również Skeiky i wsp., Infection and Immun. (1999) 67:3998-4007. W jednym z wykonań polipeptyd Ral2 użyty do wytworzenia polipeptydu fuzyjnego zawiera C-końcowy fragment sekwencji kodującej MTB32A, która jest skuteczna przy wzmacnianiu ekspresji i/lub immunogenności heterologicznych antygenowych polipeptydów Chlamydia, z którymi jest połączona. Polipeptyd Ral2 odpowiada C-końcowemu fragmentowi MTB32A o wielkości około 14 kD zawierającemu niektóre albo wszystkie reszty aminokwasowe od 192 do 323 MTB32A.
Zrekombinowane kwasy nukleinowe, które kodują polipeptyd fuzyjny zawierającą polipeptyd Ral2 i heterologiczny polipeptyd Chlamydia będący przedmiotem zainteresowania można łatwo skonstruować przy zastosowaniu konwencjonalnych technik inżynierii genetycznej. Korzystne jest, aby zrekombinowane cząsteczki kwasu nukleinowego były skonstruowane tak, żeby sekwencja polinukleotydowa Ral2 była umieszczona po stronie 5' wybranej heterologicznej sekwencji polipeptydowej Chlamydia. Może być również właściwe umieszczenie sekwencji polinukleotydowej Ral2 po stronie 3' wybranej heterologicznej sekwencji polipeptydowej albo wstawienie heterologicznej sekwencji polipeptydowej w miejscu znajdującym się w obrębie sekwencji polinukleotydowej Ral2.
Ponadto, dowolny odpowiedni polinukleotyd, który koduje Ral2 albo jego część lub inny wariant można użyć do konstruowania zrekombinowanych polinukleotydów fuzyjnych zawierających Ral2 i jeden albo więcej ujawnionych tu polinukleotydów Chlamydia. Korzystne jest, jeżeli polinukleotydy Ral2 zawierają co najmniej 15 kolejnych nukleotydów, co najmniej nukleotydów, co najmniej 60 nukleotydów, co najmniej 100 nukleotydów, co najmniej 200 nukleotydów lub co najmniej 300 nukleotydów, które kodują część polipeptydu Ral2.
Polinukleotydy Ral2 mogą zawierać sekwencję natywną (tj. sekwencję endogenną, która koduje polipeptyd Ral2 lub jego część) albo mogą zawierać wariant takiej sekwencji. Warianty polinukleotyPL 209 107 B1 dowe Ral2 mogą zawierać jedno lub więcej podstawień, dodatków, delecji i insercji, tak, że aktywność biologiczna zakodowanego polipeptydu fuzyjnego nie jest zasadniczo zmniejszona w stosunku do polipeptydu fuzyjnego zawierającego natywny polipeptyd Ral2. Korzystne jest, jeżeli warianty wykazują co najmniej 70% identyczności, korzystniej co najmniej około 80% identyczności, a najkorzystniej co najmniej około 90% identyczności z sekwencją polinukleotydową, która koduje polipeptyd Ral2 lub jego część.
Niniejszym opisano sposoby stosowania jednego albo większej liczby powyższych polipeptydów lub białek fuzyjnych (albo polinukleotydów kodujących takie polipeptydy lub białka fuzyjne) do indukowania ochronnej odporności wobec infekcji Chlamydia u pacjenta. Stosowany tu termin „pacjent odnosi się do jakiegokolwiek zwierzęcia ciepłokrwistego, korzystnie człowieka. Pacjent może być dotknięty chorobą lub może być wolny od wykrywalnej choroby i/lub infekcji. Innymi słowy, ochronną odporność można indukować w celu zapobiegania albo leczenia infekcji Chlamydia.
W tym aspekcie polipeptyd, bia ł ko fuzyjne albo czą steczka polinukleotydowa jest na ogó ł obecna w kompozycji farmaceutycznej albo szczepionce. Kompozycje farmaceutyczne mogą zawierać jeden lub większą liczbę polipeptydów, każdy z nich może zawierać jedną albo więcej powyższych sekwencji (albo ich wariantów) i dopuszczalny fizjologicznie nośnik. Szczepionki mogą zawierać jeden lub większą liczbę powyższych polipeptydów i czynnik immunostymulujący, taki jak adiuwant lub liposom (do którego polipeptyd może być włączony). Takie, kompozycje farmaceutyczne i szczepionki mogą również zawierać inne antygeny Chlamydia bądź wstawione do połączonego polipeptydu bądź obecne jako osobny polipeptyd.
Alternatywnie, szczepionka może zawierać polipeptydy kodujące jedną albo większą liczbę opisanych powyżej polipeptydów, takich jak polipeptyd wytworzony in situ. W takich szczepionkach polinukleotydy mogą być obecne w dowolnym z różnorodnych systemów dostarczania znanych specjalistom w tej dziedzinie, włączając w to systemy ekspresji kwasów nukleinowych, bakteryjne i wirusowe systemy ekspresji. Odpowiednie systemy ekspresji kwasów nukleinowych zawierają niezbędne sekwencje polinukleotydowe dla ekspresji u pacjenta (takie jak odpowiedni promotor i sygnał terminacyjny). Bakteryjny system dostarczania obejmuje podawanie bakterii (takiej jak Bacillus-Calmette-Guerrin), która wyraża polipeptyd na swojej powierzchni. W korzystnym wykonaniu, polinukleotydy można wprowadzać przy zastosowaniu wirusowego systemu dostarczania (np. wirusa krowianki lub innego wirusa ospy, retrowirusa lub adenowirusa), który może obejmować zastosowanie wirusów niepatogennych (defektywnych). Techniki włączania polinukleotydów do takich systemów ekspresyjnych są dobrze znane specjalistom w tej dziedzinie. Polinukleotydy mogą być również podawane jako „nagie wektory plazmidowe jak opisano przykładowo w Ulmer i wsp., Science 259:1745-1749, 1993 i artykule przeglądowym Cohen, Science 259:1691-1692, 1993. Techniki włączania DNA do takich wektorów są znane specjalistom w tej dziedzinie. Wektory retrowirusowe mogą dodatkowo przenosić albo wstawiać gen dla markera selekcyjnego (pomocnego przy identyfikacji lub selekcji transdukowanych komórek) i/lub część kierującą do celu, taką jak gen, który koduje ligand dla receptora na specyficznej komórce docelowej w celu uczynienia wektora specyficznym wobec celu. Kierowanie do celu można uzyskać stosując przeciwciała przy użyciu metod znanych specjalistom w tej dziedzinie.
Inne kompozycje dla celów farmaceutycznych zawierają koloidalne systemy rozpraszające, takie jak kompleksy makrocząsteczkowe, nanokapsułki, mikrokulki, kulki i systemy oparte o lipidy, obejmujące emulsje oleju w wodzie, micele, micele mieszane i liposomy. Korzystnym system koloidalnym do zastosowania jako cząsteczka transportowa in vitro i in vivo jest liposom (tj. sztuczny pęcherzyk błonowy). Pobieranie nagich polinukleotydów można zwiększyć poprzez włączenie polinukleotydów do/lub na biodegradowalnych kulkach, które są wydajnie transportowane do komórek. Przygotowanie i zastosowanie takich systemów jest dobrze znane specjalistom w tej dziedzinie.
W pokrewnych aspektach, szczepionki polinukleotydowe jak opisano powyż ej moż na podawać jednocześnie albo po polipeptydzie zawierającym sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431, albo po znanym antygenie Chlamydia. Przykładowo, po podaniu polinukleotydów kodujących polipeptyd według niniejszego wynalazku, „nagi bądź w układzie dostarczania jak opisano powyżej, może następować podawanie antygenu w celu wzmocnienia ochronnego efektu odpornościowego szczepionki.
Ujawnione tu polipeptydy i polinukleotydy mogą być również użyte do immunoterapii adopcyjnej do leczenia infekcji Chlamydia. Immunoterapię adopcyjną można ogólnie zaklasyfikować jako immunoterapię czynną albo bierną. W immunoterapii czynnej, leczenie polega na stymulacji in vivo endo34
PL 209 107 B1 gennego układu odpornościowego gospodarza do reakcji przeciw nowotworom, poprzez podanie czynników modyfikujących odpowiedź immunologiczną (takich jak szczepionki, adiuwanty bakteryjne i/lub cytokiny).
W immunoterapii biernej, leczenie obejmuje dostarczenie czynników biologicznych o ustalonej aktywności immunologicznej przeciw nowotworowi (takich jak komórki efektorowe lub przeciwciała) mogących bezpośrednio lub pośrednio pośredniczyć w działaniu przeciw Chlamydia i niekoniecznie zależeć od nienaruszonego układu immunologicznego gospodarza. Przykłady komórek efektorowych obejmują komórki T, jak omówiono wyżej, limfocyty T (takie jak cytotoksyczne limfocyty CD8+ i pomocnicze limfocyty T CD4+), komórki-zabójcy (takie jak komórki NK, ang. Natural Killers, i komórkizabójcy aktywowane limfokiną), komórki B lub komórki prezentujące antygen (takie jak komórki dendrytowe i makrofagi) wyrażające ujawnione antygeny. Ujawnione tu polipeptydy można także zastosować do wytworzenia przeciwciał lub przeciwciał antyidiotypowych (jak opisano powyżej i w patencie USA nr 4918164) do immunoterapii biernej.
Główną metodą wytwarzania odpowiedniej liczby komórek T do immunoterapii adopcyjnej jest hodowanie komórek odpornościowych T in vitro. Warunki hodowli do namnażania pojedynczych specyficznych względem antygenu komórek T do ilości kilku miliardów z zachowaniem rozpoznawania antygenu in vivo są dobrze znane w dziedzinie. Takie warunki hodowli in vitro typowo wykorzystują przerywaną stymulację antygenem, często w obecności cytokin, takich jak IL-2, i nie dzielących się komórek odżywczych. Jak zaznaczono powyżej, opisane tu immunoreaktywne polipeptydy można wykorzystać do szybkiego namnożenia komórek T specyficznych względem antygenu w hodowli w celu wytworzenia wystarczającej liczby komórek do immunoterapii. W szczególności komórki prezentujące antygen, takie jak komórki dendrytowe, makrofagi, monocyty, fibroblasty lub komórki B można traktować pulsowo immunoreaktywnymi polipeptydami albo sekwencję(e) polinukleotydową można wprowadzić do komórek prezentujących antygen stosując rozmaite standardowe techniki dobrze znane w tej dziedzinie. Na przykład komórki prezentujące antygen można transfekować lub transdukować sekwencją polinukleotydowa, gdzie ta sekwencja posiada region promotorowy odpowiedni do zwiększenia ekspresji i może być ona wyrażana jako część zrekombinowanego wirusa lub innego systemu ekspresyjnego. Szereg wektorów wirusowych można użyć do transdukowania komórki prezentującej antygen, włączając w to wirusa ospy, wirusa krowianki i adenowirusa; a także komórki prezentujące antygen można transfekować ujawnionymi tu sekwencjami polinukleotydowymi rozmaitymi sposobami, włączając w to technologię działa genowego, dostarczanie za pośrednictwem lipidów, elektroporację, szok osmotyczny i mechanizmy dostarczania za pośrednictwem cząstek, prowadzącymi do wydajnych i akceptowalnych poziomów ekspresji ustalanymi przez specjalistę w tej dziedzinie. Aby hodowane komórki T były skuteczne przy leczeniu, hodowane komórki T muszą mieć zdolność do wzrostu i szerokiego rozprzestrzeniania się oraz do długotrwałego przeżywania in vivo. Badania wykazały, że hodowane komórki T można indukować do wzrostu in vivo i przeżycia długi czas w znaczącej liczbie przez powtarzaną stymulację antygenem uzupełnionym IL-2 (patrz, na przykład, Cheever i wsp., Immunological Reviews 157:177, 1997).
Ujawnione tu polipeptydy można również użyć do wytworzenia i/lub wyizolowania komórek T reaktywnych wobec Chlamydia, które można następnie podawać pacjentowi. W jednej z technik, swoiste wobec antygenu linie komórek T można wytworzyć poprzez immunizację in vivo krótkimi peptydami odpowiadającymi immunogennej części ujawnionych polipeptydów. Otrzymane w rezultacie specyficzne wobec antygenu klony komórek T CD8+ i CD4+ można izolować z pacjenta, namnażać przy użyciu standardowych technik hodowlanych i wprowadzać ponownie do pacjenta.
Alternatywnie, peptydy odpowiadające immunogennym częściom polipeptydów można użyć do wytworzenia podzbioru komórek T reaktywnych wobec Chlamydia poprzez wybiórczą stymulację in vitro i namnożenie autologicznych komórek T w celu dostarczenia komórek T swoistych wobec antygenu, które można następnie przenieść do pacjenta, jak opisano na przykład w Chang i wsp. (Crit. Rev. Oncol. Hematol., 22(3), 213, 1996). Komórki układu immunologicznego, takie jak komórki T, można izolować z krwi obwodowej pacjenta przy zastosowaniu dostępnego handlowo systemu rozdziału, takiego jak system Isolex™, dostępny z Nexell Therapeutics, Inc. Ivine, CA. Wydzielone komórki stymuluje się jednym albo większą liczbą immunoreaktywnych peptydów zawartych w nośniku dostarczającym, takim jak mikrokulka, w celu dostarczenia komórek T swoistych wobec antygenu. Populację komórek T swoistych wobec antygenu namnaża się następnie przy użyciu standardowych technik hodowlanych i wprowadza z powrotem do pacjenta.
PL 209 107 B1
W innych wykonaniach, komórki T i/lub receptory swoiste wobec ujawnionych tu polipeptydów można klonować, namnażać i przenosić do innych wektorów albo komórek efektorowych do zastosowania w terapii adoptywnej. Konkretnie, komórki T można transfekować odpowiednimi genami w celu wyrażenia domen zmiennych z monoklonalnych przeciwciał swoistych wobec Chlamydia jako zewnątrzkomórkowych elementów rozpoznania i połączonych z łańcuchami przekazującymi sygnały receptora komórek T, prowadząc do aktywacji komórek T, swoistej lizy i uwolnienia cytokin. Umożliwia to komórkom T zmianę specyficzności w sposób niezależny od MHC. Patrz na przykład Eshhar, Z., Cancer Immunol Immunother, 45(3-4) : 131-6, 1997 i Hwu, P., i wsp., Cancer Res, 55(15):3369-73, 1995. Inne wykonanie może obejmować transfekcję łańcuchów alfa i beta receptora komórek T swoistych wobec antygenu Chlamydia do innych komórek T, jak w Cole, DJ, i wsp., Cancer Res, 55(4):748-52, 1995.
W dalszym wykonaniu, syngeniczne albo autologiczne komórki dendrytowe moż na traktować pulsowo peptydami odpowiadającymi co najmniej immunogennej części ujawnionego tu polipeptydu. Otrzymane w rezultacie komórki dendrytowe swoiste wobec antygenu mogą być bądź przeniesione do pacjenta, bądź użyte do stymulowania komórek T w celu dostarczenia komórek T swoistych wobec antygenu, które można z kolei podawać pacjentowi. Zastosowanie traktowanych pulsowo peptydem komórek dendrytowych do wytwarzania komórek T specyficznych wobec antygenu i następujące po tym zastosowanie takich komórek T specyficznych wobec antygenu do zwalczania choroby w modelu mysim zostało pokazane przez Cheever i wsp., Immunological Reviews. 157: 177, 1997). Dodatkowo, wektory wyrażające ujawnione polinukleotydy można wprowadzać do komórek macierzystych pobranych od pacjenta i namnażać klonalnie in vitro w celu dokonania autologicznego przeszczepu z powrotem do tego samego pacjenta.
W pewnych aspektach ujawnione tu polipeptydy, polinukleotydy, czynniki wi ążące i/lub komórki układu immunologicznego mogą wchodzić w skład kompozycji farmaceutycznych albo kompozycji immunologicznych (tj. szczepionek). Kompozycje farmaceutyczne zawierają jeden lub większą liczbę takich związków lub komórek i dopuszczalny fizjologicznie nośnik. Szczepionki mogą zawierać jeden lub większą liczbę takich związków lub komórek i czynnik immunostymulujący. Czynnikiem immunostymulującym może być dowolna substancja, która wzmacnia odpowiedź immunologiczną na egzogenny antygen. Przykłady czynników immunostymulujących obejmują adiuwanty, biodegradowalne mikrokulki (np. galaktyd polimleczanowy) i liposomy (do których związek może być włączony; patrz np. Fullerton, patent USA nr 4, 235, 877). Wytwarzanie szczepionki jest ogólnie opisane np. w M.F. Powell and M.J. Newman, red., „Vaccine Design (the subunit and adjuvant approach) Plenum Press (NY, 1995). Kompozycje farmaceutyczne i szczepionki w zakresie niniejszego wynalazku mogą również zawierać inne związki, które mogą być aktywne lub nieaktywne biologicznie. Przykładowo, w kompozycji albo szczepionce moż e być obecny jeden lub wię ksza liczba fragmentów immunogennych innych antygenów nowotworowych, bądź wchodzących w skład białka fuzyjnego, bądź jako osobny związek w kompozycji albo szczepionce.
Kompozycja farmaceutyczna lub szczepionka mogą zawierać DNA kodujący jedną albo większą liczbę opisanych powyżej polipeptydów, takich jak polipeptyd wytworzony in situ. Jak zaznaczono powyżej, DNA może być obecny w dowolnym z różnorodnych systemów dostarczania znanych specjalistom w tej dziedzinie, włączając w to systemy ekspresji kwasów nukleinowych, bakterie i wirusowe systemy ekspresji. Liczne techniki dostarczania genu są dobrze znane w tej dziedzinie, takie jak opisane w Rolland, Crit. Rev. Therap. Drug Carrier Systems 15:143-198, 1998 i zacytowanych tam odnośnikach. Odpowiednie systemy ekspresji kwasów nukleinowych zawierają niezbędne sekwencje DNA dla ekspresji u pacjenta (takie jak odpowiedni promotor i sygnał terminacyjny). Bakteryjne systemy dostarczania obejmują podawanie bakterii (takiej jak Bacillus-Calmette-Guerrin), która wyraża immunogenną część polipeptydu na swojej powierzchni albo wydziela taki epitop.
W korzystnym wykonaniu, DNA można wprowadzać przy zastosowaniu wirusowego układu dostarczania (np. wirusa krowianki lub innego wirusa ospy, retrowirusa, adenowirusa, bakulowirusa, togawirusa, bakteriofaga i temu podobnych), który często polega na zastosowaniu niepatogennych (defektywnych), zdolnych do replikacji wirusów.
Przykładowo, wiele wirusowych wektorów ekspresyjnych pochodzi z wirusów z rodziny Retroviridae. Rodzina ta obejmuje wirusy mysiej białaczki, wirusy mysich nowotworów sutka, ludzkie wirusy HFV (ang. human foamy virus), wirusa mięsaka Rousa i wirusy niedoboru odporności, włączając w to wirusy ludzkie, małpie i kocie. Rozważania dotyczące projektowania retrowirusowych wektorów ekspresyjnych są dyskutowane w Comstock i wsp. (1997).
PL 209 107 B1
Znakomite wirusowe wektory ekspresyjne w oparciu o mysiego wirusa białaczki (ang. murine leukemia virus, MLV) zostały opracowane przez Kim i wsp. (1998). Przy tworzeniu wektorów MLV Kim i wsp. stwierdzili, że całą sekwencję gag, łącznie z regionem leżącym tuż przed nią, można usunąć nie wpływając znacząco na pakowanie i ekspresję genów wirusa. Ponadto, stwierdzono, że prawie cały region U3 można zastąpić najwcześniejszym promotorem ludzkiego cytomegalowirusa bez szkodliwych efektów. Dodatkowo, można dodać MCR i wewnętrzne miejsca wejścia rybosomów (ang. internal ribosome entry site, IRES) bez niekorzystnych efektów. W oparciu o te obserwacje, Kim i wsp. zaprojektowali serię wektorów ekspresyjnych w oparciu o MLV posiadających jedną albo więcej opisanych powyżej właściwości.
W miarę jak coraz więcej dowiadywano się o ludzkim wirusie HFV (ang. human foamy virus), odkrywano cechy, które są korzystne dla jego zastosowania jako wektora ekspresyjnego. Cechy te obejmują ekspresję pol poprzez składanie RNA i translację od zdefiniowanego kodonu inicjacyjnego. Inne aspekty wirusowych wektorów ekspresyjnych w oparciu o HFV są omówione w Bodem i wsp. (1997).
Murakami i wsp. (1997) opisują kompetentne pod względem replikacji ptasie wektory wirusowe w oparciu o wirusa mięsaka Rousa (RSV), IR1 i IR2, do wyraż ania heterologicznego genu na wysokim poziomie. W tych wektorach IRES pochodzący z wirusa zapalenia mózgu i mięśnia sercowego (ang. encephalomyocarditis virus, EMCV) jest wstawiony pomiędzy gen env i gen heterologiczny. W wektorze IR1 zachowane jest miejsce akceptorowe składania RNA, obecne poniżej genu env, natomiast brak go w wektorze IR2. Murakami i wsp. pokazali wysokie poziomy ekspresji kilku różnych genów heterologicznych przy użyciu tych wektorów.
Ostatnio opracowano szereg retrowirusowych wektorów ekspresyjnych w oparciu o lentiwirusy. Kafri i wsp. (1997) pokazali utrzymującą się ekspresję genów dostarczanych bezpośrednio do wątroby i mięśni przez wektor ekspresyjny w oparciu o ludzkiego wirusa niedoboru odpornoś ci (ang. human immunodeficiency virus, HIV). Jedną z zalet tego systemu jest właściwa wirusowi HIV zdolność do transdukowania nie dzielących się komórek. Ponieważ wirusy według Kafri i wsp. są pseudotypowane poprzez glikoproteinę G wirusa pryszczycy (ang. vesicular stomatitis virus G glycoprotein, VSVG), mogą one transdukować szeroki zakres tkanek i typów komórek.
Opracowano szereg wektorów ekspresyjnych w oparciu o adenowirusy, głównie ze względu na korzyści oferowane przez te wektory w zastosowaniach w terapii genowej. Adenowirusowe wektory ekspresyjne i sposoby użycia takich wektorów są przedmiotem wielu patentów USA, włączając w to patent USA nr 5698202, patent USA nr 5616326, patent USA nr 5585362 i patent USA nr 5518913.
Dodatkowe konstrukty adenowirusowe są opisane w Khatri i wsp. (1997) i Tomanin i wsp. (1997). Khatri i wsp. opisują nowe bydlęce adenowirusowe wektory ekspresyjne i ich zdolność do infekowania bydlęcej małżowiny nosowej i komórek nerki królika, jak również szerokiego zakresu typów komórek ludzkich, włączając w to płuca i fibroblasty napletka jak również linie z wątroby, sutka, okrężnicy i siatkówki. Tomanin i wsp. opisują adenowirusowe wektory ekspresyjne zawierające gen dla polimerazy RNA T7. Po wprowadzeniu do komórek zawierających heterologiczny gen połączony funkcjonalnie z promotorem T7, wektory mają zdolność do kierowania ekspresją genu z promotora T7. Autorzy sugerują, że system ten może być przydatny do klonowania i ekspresji genów kodujących białka cytotoksyczne.
Wirusy ospy są szeroko stosowne do ekspresji heterologicznych genów w komórkach ssaków. Z biegiem lat wektory te były ulepszane dla umożliwienia wysokiej ekspresji genu heterologicznego i ułatwienia włączania wielu heterologicznych genów do jednej cząsteczki. Przy wysiłkach zmniejszania efektu cytopatycznego i zwiększania bezpieczeństwa, szczególnie dużo uwagi poświęcono mutantom wirusa krowianki i innym wirusom ospy, które dokonują abortywnej infekcji w komórkach saków (Oertli i wsp., 1997). Przegląd zastosowania wirusów jako wektorów ekspresyjnych jest dokonany w Carroll i Moss (1997).
Togawirusowe wektory ekspresyjne, które obejmują alfawirusowe wektory ekspresyjne są stosowane do badania struktury i funkcji białek i do celów wytwarzania białka. Atrakcyjne właściwości togawirusowych wektorów ekspresyjnych to szybka i wydajna ekspresja genów, szeroki zakres gospodarza i genomy RNA (Huang, 1996). Ponadto, wykazano, że zrekombinowane szczepionki w oparciu o alfawirusowe wektory ekspresyjne indukują silną humoralną i komórkową odpowiedź immunologiczną z dobrą pamięcią immunologiczną i efektami ochronnymi (Tubulekas i wsp., 1997). Alfawirusowe wektory ekspresyjne i ich zastosowanie są dyskutowane na przykład w Lundstrom (1997).
PL 209 107 B1
W jednym z badań Li i Garoff (1996) użyli wirusa gorączki Semliki Forest (ang. Semliki Forest virus, SFV) do wyrażania retrowirusowych genów i do wytwarzania retrowirusowych cząstek w komórkach BHK-21. Cząstki wytwarzane tym sposobem miały aktywność proteazy i odwrotnej transkryptazy i były infekcyjne. Ponadto, w zawiesinach wirusowych nie można było wykryć wirusa pomocniczego. A zatem system ten ma właściwości, które są atrakcyjne dla jego zastosowania w protokołach leczenia.
Bakulowirusowe wektory ekspresyjne są tradycyjnie stosowane do wyrażania heterologicznych białek w komórkach owadów. Przykłady białek obejmują ssacze receptory chemokin (Wang i wsp., 1997), białka reporterowe, takie jak białko o zielonej fluorescencji (Wu i wsp., 1997) i białka fuzyjne FLAG (Wu i wsp., 1997; Koh i wsp., 1997). Przeglądu ostatnich postępów w technologii bakulowirusowych wektorów ekspresyjnych, włączając w to ich zastosowanie w wektorach wirionowych do prezentacji i ekspresji w komórkach ssaków dokonał Possee (1997). Inne prace przeglądowe dotyczące bakulowirusowych wektorów ekspresyjnych obejmują Jones i Morikawa (1996) oraz O'Reilly (1997).
Inne przydatne wirusowe systemy ekspresyjne są ujawnione na przykład w Fisher-Hoch i wsp., Proc. Natl. Acad Sci USA 86:317-321, 1989; Flexner i wsp., Ann. N.Y.: Acad Sci. 569:86-103, 1989; Flexner i wsp., Vaccine 8:17-21, 1990; patentach USA nr 4603112, 4769330 i 5017487; WO 89/01973; patencie USA nr 4777127; GB 2200651; EP 0345242; WO 91/02805; Berkner, Biotechniques 6:616-627, 1988; Rosenfeld i wsp., Science 252:431-434, 1991; Kolls i wsp., Proc. Natl. Acad Sci USA 91:215-219, 1994; Kass-Eisler i wsp. Proc. Natl. Acad Sci USA 90:11498-11502, 1993; Guzman i wsp., Circulation 88:2838-2848, 1993 oraz Guzman i wsp., Cir. Res. 73:1202-1207, 1993. Techniki włączania DNA do takich układów ekspresyjnych są dobrze znane specjalistom w tej dziedzinie. W innych systemach DNA może być również „nagi jak opisano przykładowo w Ulmer i wsp., Science 259:1745-1749, 1993 i artykule przeglądowym Cohen, Science 259:1691-1692, 1993. Pobieranie nagiego DNA można zwiększyć poprzez opłaszczenie DNA na biodegradowalnych kulkach, które są wydajnie transportowane do komórek.
Będzie oczywiste, że szczepionka może zawierać składnik polinukleotydowy i/lub polipeptydowy, zgodnie z wymaganiami. Będzie również oczywiste, że szczepionka może zawierać farmaceutycznie dopuszczalne sole polinukleotydów i/lub polipeptydów. Takie sole mogą być wytworzone z farmaceutycznie dopuszczalnych nietoksycznych zasad, włączając w to zasady organiczne (np. sole pierwszorzędowych, drugorzędowych i trzeciorzędowych amin i zasadowych aminokwasów) i zasady nieorganiczne (np. sole sodowe, potasowe, litowe, amonowe, wapniowe i magnezowe). Jakkolwiek dowolny odpowiedni nośnik znany specjalistom w tej dziedzinie można zastosować w kompozycjach farmaceutycznych według tego wynalazku, typ nośnika będzie różnił się w zależności od sposobu podawania. Kompozycje według niniejszego wynalazku można sporządzić dla każdego dowolnego odpowiedniego sposobu podawania, włączając w to na przykład podawanie miejscowe, doustne, donosowe, dożylne, doczaszkowe, dootrzewnowe, podskórne lub domięśniowe. Przy podawaniu pozajelitowym, takim jak zastrzyki podskórne, nośnik korzystnie zawiera wodę, sól fizjologiczną, alkohol, tłuszcz, wosk i bufor. Do podawania doustnego można zastosować dowolny z powyższych nośników lub nośnik stały, taki jak mannitol, laktoza, skrobia, stearynian magnezu, sacharyna sodowa, talk, celuloza, glukoza, sacharoza i węglan magnezowy. W kompozycjach farmaceutycznych według niniejszego wynalazku jako nośniki można również zastosować biodegradowalne mikrokulki (np. poliglikolan polimleczanowy). Odpowiednie biodegradowalne kulki są ujawnione na przykład w patentach USA nr 4897268 i 5075109.
Takie kompozycje mogą również zawierać bufory (np. obojętną buforowaną sól fizjologiczną lub sól fizjologiczną buforowaną fosforanem), węglowodany (np. glukozę, sacharozę i dekstrany), mannitol, białka, polipeptydy lub aminokwasy takie jak glicyna, przeciwutleniacze, związki chelatujące, takie jak, EDTA lub glutation, adiuwanty (np., wodorotlenek glinu) i/lub środki konserwujące. Alternatywnie, kompozycje według niniejszego wynalazku mogą być sporządzone jako liofilizat. Związki mogą być również zamknięte w liposomach przy zastosowaniu dobrze znanej technologii.
W szczepionkach według tego wynalazku można zastosować rozmaite czynniki immunostymulujące. Przykładowo, można włączyć tam adiuwant. Większość adiutantów zawiera substancję zaprojektowaną tak, aby chroniła antygen przed szybkim katabolizowaniem, taką jak wodorotlenek glinu albo olej mineralny i czynniki stymulujące odpowiedź immunologiczną, takie jak lipid A, białka pochodzące z Bortadella pertussis lub Mycobacterium tuberculosis. Odpowiednie adiuwanty są dostępne na rynku, jak na przykład niekompletny adiuwtant Freunda i kompletny adiuwant Freunda (Difco Laboratories, Detroit, MI); Merck Adjuvant 65 (Merck and Company, Inc., Rahway, NJ); AS-2 (SmithKline
PL 209 107 B1
Beecham, Filadelfia, PA); sole glinu, takie jak żel wodorotlenku glinu (alum) lub fosforan glinu; sole wapnia, żelaza lub cynku; nierozpuszczalna zawiesina acylowanej tyrozyny; acylowane cukry; kationowe lub anionowe pochodne polisacharydów; polifosfazeny; biodegradowalne mikrokulki; monofosforylolipid A i kwail A. Jako adiuwanty można również zastosować cytokiny, takie jak GM-CSF lub interleukina -2, - 7, albo -12.
W dostarczonych tu w szczepionkach, w wybranych sytuacjach, kompozycja adiuwanta może być zaprojektowana tak, aby indukować odpowiedź immunologiczną głównie typu Th1 lub Th2. Wysokie poziomy cytokin typu Th1 (np. IFN-γ, TNF-α, IL-2 i IL-12) mają tendencję do faworyzowania indukcji komórkowej odpowiedzi immunologicznej na podawany antygen. W przeciwieństwie do tego, wysokie poziomy cytokin typu Th2 (np. IL-4, IL-5, IL-6 i IL-10) faworyzują indukcję humoralnej odpowiedzi immunologicznej. Po podaniu dostarczonej tu szczepionki, u pacjenta rozwinie się odpowiedź immunologiczna, która będzie obejmowała odpowiedzi typu Th1 i Th2. W korzystnym wykonaniu, w którym przeważająca jest odpowiedź typu Th1, poziom cytokin typu Th1 będzie zwiększać się do poziomu większego niż poziom cytokin typu Th2. Poziomy tych cytokin można łatwo zmierzyć przy zastosowaniu standardowych testów. W celu dokonania przeglądu cytokin, patrz Mosmann i Coffman, Ann. Rev. Immunol. 7:145-173, 1989.
Korzystne adiuwanty do zastosowania do wzbudzania głównie odpowiedzi typu Th1 obejmują na przykład kombinację monofosforylolipidu A, korzystnie 3-de-O-acylowanego monofosforylolipidu A (3D-MPL) razem z solą glinu. Adiuwanty MPL są dostępne z Corixa Corporation (Seattle, WA; patrz patenty USA nr 4436727; 4877611; 4866034 i 4912094). Oligonukleotydy zawierające CpG (w których dinukleotyd CpG jest niemetylowany) indukują również głównie odpowiedź Th1. Takie oligonukleotydy są dobrze znane i opisane na przykład w WO 96/02555 i WO 99/33488 oraz patentach USA nr 6008200 i 5856462. Immunostymulujące sekwencje DNA są również opisane, na przykład przez Sato i wsp., Science 273:352, 1996. Innym korzystnym adiuwantem jest saponina, korzystnie QS21 (Aquila Biopharmaceuticals Inc., Farmingham, MA), która może być zastosowana sama albo w kombinacji z innymi adiuwantami. Przykładowo, wzmocniony system obejmuje kombinację monofosforylolipidu A i pochodnych saponiny, takie jak kombinacja QS21 i 3D-MPL, jak opisano w WO 94/00153, albo mniej reaktywna kombinacja, gdzie QS21 jest wygaszana cholesterolem, jak opisano w WO 96/33739. Inne korzystne kompozycje obejmują emulsję oleju w wodzie i tokoferol. Szczególnie silna mieszanka adiutantów, obejmująca QS21, 3D-MPL i tokoferol w emulsji oleju w wodzie jest opisana w WO 95/17210.
Inne korzystne adiuwanty obejmują Montanide ISA 720 (Seppic, Francja), SAF (Chiron, Kalifornia, Stany Zjednoczone), ISOCOMS (CSL), MF-59 (Chiron), seria adiuwantów SBAS (np. SBAS-2 lub SBAS-4, dostępne z (SmithKline Beecham, Rixensart, Belgia), Detox (Corixa, Hamilton, MT), RC-529 (Corixa, Hamilton, MT) i inne aminoalkiloglukozaminido-4-fosforany (AGP), jak te opisane w zgłoszeniach patentowych USA nr 08/853826 i 09/074720.
Dowolną dostarczoną tu szczepionkę można wytworzyć przy zastosowaniu dobrze znanych sposobów, których rezultatem jest kompozycja antygenu, czynnika immunostymulującego i odpowiedniego nośnika albo zaróbki. Opisane tu kompozycje można podawać jako część preparatu o przedłużonym uwalnianiu (tj. preparatu, takiego jak kapsułka, tampon lub żel (złożony na przykład z polisacharydów), które powodują powolne uwalnianie składnika po podaniu). Takie preparaty ogólnie można przygotować stosując dobrze znaną technologię (patrz, np. Coombes i wsp., Vaccine 14:1429-1448, 1996) i podawać np. poprzez wszczepienie doustne, doodbytowe lub podskórne albo przez wszczepienie w żądanym docelowym miejscu. Preparaty o powolnym uwalnianiu mogą zawierać polipeptyd, polinukleotyd lub przeciwciało zawieszone w substancji nośnikowej i/lub zawarte w zbiorniku otoczonym błoną kontrolującą tempo uwalniania.
Nośniki do zastosowania w takich kompozycjach są odpowiednie biologicznie i mogą także być biodegradowalne; korzystne jest jeżeli preparaty umożliwiają względnie stałe uwalnianie składnika aktywnego. Takie nośniki obejmują mikrocząstki poli(laktydo-koglikolidowe), jak również poliakrylan, lateks, skrobię, celulozę, dekstran i temu podobne. Inne nośniki o opóźnionym uwalnianiu obejmują supramolekularne biowektory, które zawierają nie-płynny hydrofilowy rdzeń (np. połączony krzyżowo polisacharyd albo oligosacharyd) i ewentualnie warstwę zewnętrzną zawierającą związek amfipatyczny, taki jak fosfolipid (patrz np. patent USA nr 5151254 i zgłoszenia PCT WO 94/20078, WO/94/23701 i WO 96/06638). Ilość składnika aktywnego zawarta w kompozycji o powolnym uwalnianiu zależy od miejsca wszczepienia, poziomu i oczekiwanego czasu uwalniania oraz natury stanu chorobowego, który ma być leczony lub któremu ma zapobiegać.
PL 209 107 B1
Dowolny z wielu nośników dostarczających można wykorzystać w kompozycjach farmaceutycznych i szczepionkach do ułatwienia wytwarzania specyficznej dla antygenu odpowiedzi immunologicznej skierowanej przeciw komórkom zainfekowanym Chlamydia. Nośniki dostarczające obejmują komórki prezentujące antygen (APC), takie jak komórki dendrytowe, makrofagi, komórki B, monocyty i inne komórki, które można zmienić tak, aby były wydajnymi komórkami APC. Komórki takie mogą, ale nie muszą być zmodyfikowane genetycznie, aby zwiększyć zdolność prezentowania antygenu, zwiększyć aktywację i/lub utrzymywanie odpowiedzi komórek T, aby mieć działanie przeciwnowotworowe per se i/lub być immunologicznie zgodnymi z biorcą (tj. mieć pasujący haplotyp HLA). Komórki APC można ogólnie izolować z jednego z wielu płynów biologicznych i narządów i mogą być komórkami autologicznymi, allogenicznymi, syngenicznymi lub ksenogenicznymi.
Możliwe jest wykorzystanie komórek dendrytowych lub ich prekursorów jako komórek prezentujących antygen. Komórki dendrytowe są bardzo wydajnymi komórkami APC (Banchereau i Steinman, Nature 392:245-251, 1998) i wykazano, że są efektywnymi fizjologicznymi adiuwantami dla wywołania profilaktycznej lub terapeutycznej odporności (patrz Timmerman i Levy, Ann. Rev. Med. 50:507-529, 1999). Ogólnie, komórki dendrytowe można zidentyfikować w oparciu o ich typowy kształt (gwiaździste in situ, z zaznaczonymi wypustkami cytoplazmatycznymi (dendrytami) widocznymi in vitro), ich zdolności do pobierania, obróbki i prezentowania antygenów z wysoką wydajnością i ich zdolności do inaktywacji odpowiedzi komórek T, które nie miały kontaktu z antygenem. Komórki dendrytowe można oczywiście zmienić, aby wyrażały specyficzne powierzchniowe receptory komórkowe lub ligandy nie znajdowane powszechnie na komórkach dendrytowych in vivo lub ex vivo, i tak zmodyfikowane komórki dendrytowe są brane pod uwagę w niniejszym wynalazku. Jako alternatywę dla komórek dendrytowych w szczepionce, albo kompozycji immunogennej, można użyć naładowane antygenem pęcherzyki wydzielane z komórek dendrytowych (zwane egzosomami) (patrz Zitvogel i wsp., Nature Med. 4:594-600, 1998).
Komórki dendrytowe i ich prekursory można otrzymać z krwi obwodowej, szpiku kostnego, węzłów limfatycznych, śledziony, skóry, krwi pępowinowej lub każdej innej dostępnej tkanki lub płynu. Przykładowo, komórki dendrytowe można odróżnicować ex vivo przez dodanie kombinacji cytokin, takich jak GM-CSF, IL-4, IL-13 i/lub TNFa do hodowli monocytów zebranych z krwi obwodowej. Alternatywnie, komórki CD34 dodatnie zebrane z krwi obwodowej, krwi pępowinowej lub szpiku kostnego można odróżnicować w komórki dendrytowe przez 5 dodanie do pożywki do hodowli kombinacji GM-CSF, IL-3, TNFa, ligandu CD40, LPS, ligandu ftl3 i/lub innego składnika(ów) indukującego dojrzewanie i proliferację komórek dendrytowych.
Dogodne jest podzielenie komórek dendrytowych na „niedojrzałe i „dojrzałe, co pozwala na proste rozróżnienie między dwoma dobrze scharakteryzowanymi fenotypami. Jednakże, nie powinno się uważać, że nomenklatura ta wyklucza istnienie wszystkich możliwych pośrednich stadiów różnicowania. Niedojrzałe komórki dendrytowe charakteryzuje się jako APC o wysokiej zdolności pobierania i obróbki antygenu, co koreluje z wysoką ekspresją receptora Fcy i receptora mannozy. Dojrzały fenotyp typowo charakteryzuje się niską ekspresją tych markerów, ale wysoką ekspresją komórkowych cząsteczek powierzchniowych odpowiedzialnych za aktywację komórek T, takich jak MHC klasy I i II, cząsteczki adhezyjne (np. CD54 i CD11) oraz cząsteczki kostymulujące (np. CD40, CD80 i CD86 i 4-1BB).
Komórki APC ogólnie można transfekować polinukleotydem kodującym białko Chlamydia (lub część albo inny jego wariant) tak, polipeptyd Chlamydia lub jego immunogenna część wyrażana jest na powierzchni komórki. Transfekcja taka może mieć miejsce ex vivo, a kompozycję zawierającą takie transfekowane komórki można następnie wykorzystać w celach leczniczych jak tu opisano. Alternatywnie, można podać pacjentowi nośnik dostarczający gen, który trafia do komórek dendrytowych lub innych komórek prezentujących antygen, co prowadzi do transfekcji zachodzącej in vivo. Transfekcję in vivo i ex vivo komórek dendrytowych ogólnie można przeprowadzić stosując metody znane w dziedzinie, takie jak opisane w WO 97/24447 lub podejście z zastosowaniem działa genowego, opisane przez Mahvi i wsp., Immunology and Cell Biology 75:456-460, 1997. Naładowanie antygenem komórki dendrytowe można otrzymać przez inkubację komórek dendrytowych lub komórek prekursorowych z polipeptydem Chlamydia, DNA (nagim lub na wektorze plazmidowym) lub RNA; albo zrekombinowaną bakterią lub wirusem wyrażającym antygen (np. wektorami w oparciu o wirusy krowianki, ospy drobiu, adenowirusy lub lentiwirusy). Przed naładowaniem polipeptyd można kowalencyjnie połączyć z partnerem immunologicznym wspomagającym komórki T (np. cząsteczką nośnikową).
PL 209 107 B1
Alternatywnie komórkę dendrytową można traktować pulsowo niesprzężonym partnerem immunologicznym, oddzielnie lub w obecności polipeptydu.
Drogi i częstość podawania kompozycji farmaceutycznych i szczepionek, jak również dawki będą różnić się od osoby do osoby. Generalnie, kompozycje farmaceutyczne i szczepionki można podawać poprzez zastrzyki doskórne, domięśniowe, dożylne lub podskórne, donosowo (np. poprzez wdychanie) lub doustnie. Można podawać między 1 a 3 dawki w okresie 1-36 tygodni. Korzystne jest podawanie 3 dawek w odstępach 3-4 miesięcy, a szczepienie przypominające może być podawane później okresowo. Alternatywne protokoły mogą być odpowiednie dla indywidualnych pacjentów. Odpowiednią dawką polipeptydu lub DNA jest taka, która po podaniu jak tu opisano jest zdolna do wzbudzenia odpowiedzi immunologicznej u immunizowanego pacjenta wystarczającej dla ochrony pacjenta przez infekcją Chlamydia przez 1-2 lata. Zasadniczo, ilość peptydu obecna w dawce (lub wytwarzana in situ przez DNA w dawce) waha się od około 1 pg do około 100 mg na kg wagi gospodarza, typowo od około 10 pg do około 1 mg, a korzystnie około 100 pg do około 1 μg. Odpowiednie dawki będą zróżnicowane w zależności od rozmiarów pacjenta, ale będą zazwyczaj mieścić się w zakresie od 0,1 ml do około 5 ml.
Jakkolwiek dowolny odpowiedni nośnik znany biegłym w tej dziedzinie można zastosować w kompozycjach immunogennych według tego wynalazku, typ nośnika będzie różnił się w zależności od sposobu podawania. Przy podawaniu pozajelitowym, takim jak zastrzyki podskórne, nośnik korzystnie zawiera wodę, sól fizjologiczną, alkohol, tłuszcz, wosk lub bufor. Do podawania doustnego można zastosować dowolny z powyższych nośników lub nośnik stały, taki jak mannitol, laktoza, skrobia, stearynian magnezu, sacharyna sodowa, talk, celuloza, glukoza, sacharoza i węglan magnezowy. W kompozycjach farmaceutycznych według niniejszego wynalazku jako nośniki można również zastosować biodegradowalne mikrokulki (np. galaktyd polimleczanowy). Odpowiednie biodegradowalne kulki są ujawnione, na przykład, w patentach USA nr 4897268 i 5075109.
Ogólnie, odpowiedni tryb dawkowania i leczenia dostarcza aktywnego związku(ów) w ilości wystarczającej do przynoszenia korzyści terapeutycznej i/lub profilaktycznej. Taką odpowiedź można śledzić poprzez ustalenie polepszania się obrazu klinicznego u pacjentów leczonych w porównaniu do pacjentów nie leczonych. Zwiększenie wcześniej istniejących odpowiedzi immunologicznych na białko Chlamydia generalnie koreluje z poprawianiem się obrazów klinicznych. Takie odpowiedzi immunologiczne można ogólnie ocenić stosując standardowe oznaczenia proliferacji, cytotoksyczności lub testów na cytokiny, które można przeprowadzić stosując próbki otrzymane od pacjentów przed i po leczeniu.
Opisane niniejszym polipeptydy mogą być stosowane do diagnozowania infekcji Chlamydia. Zakażenie chlamydiami w próbce biologicznej może być wyryte przy użyciu jednego albo większej liczby powyższych polipeptydów, bądź samych bądź w kombinacji. Dla jasności, termin „polipeptyd będzie stosowany do opisywania konkretnych zastosowaniań diagnostycznych. Jednakże będzie jasne dla specjalisty w dziedzinie, że w takich metodach można również zastosować białka fuzyjne.
W używanym tu znaczeniu „próbka biologiczna to dowolna zawierająca przeciwciało próbka otrzymana od pacjenta. Korzystne jest, jeżeli próbką jest pełna krew, plwocina, surowice, osocze, ślina, płyn mózgowo-rdzeniowy lub mocz. Korzystniej, jeżeli próbką jest krew, plwocina, surowica lub osocze otrzymane od pacjenta. Polipeptydy stosuje się w teście, jak opisano poniżej, do ustalenia obecności albo nieobecności przeciwciał wobec polipeptydu(ów) w próbce w stosunku do ustalonej wcześniej wartości granicznej. Obecność takich przeciwciał wskazuje na uprzednie uczulenie antygenami Chlamydia, co może wskazywać na infekcję Chlamydia.
Gdy stosowany jest więcej niż jeden polipeptyd, zastosowane polieptydy powinny być komplementarne (tj. jeden składnik polipeptydowy będzie miał tendencję do wykrywania infekcji w takich próbkach, gdzie infekcja nie byłaby wykryta przez inny składnik polipeptydowy). Komplementarne polipeptydy można generalnie zidentyfikować poprzez zastosowanie każdego polipeptydu indywidualnie dla dokonania oceny próbek surowicy otrzymanych od serii pacjentów, o których wiadomo, że są zainfekowani Chlamydia. Po ustaleniu, które próbki dają pozytywny wynik testu z którym polipeptydem (jak opisano poniżej), można sporządzić kombinację dwóch albo większej liczby polipeptydów, które mają zdolność wykrywania infekcji w większości, jeżeli nie wszystkich testowanych próbkach.
Istnieją różnorodne sposoby przeprowadzania testów znane specjalistom w dziedzinie z użyciem jednego albo większej liczby polipeptydów do wykrywania przeciwciał w próbce. Patrz np. Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988. W korzystnym wykonaniu, test obejmuje zastosowanie polipeptydu unieruchomionego na stałym podłożu do wiązaPL 209 107 B1 nia się i usuwania przeciwciała próbki. Związane przeciwciało można następnie wykryć stosując odczynnik wykrywający, zawierający grupę wskaźnikową. Odpowiednie odczynniki wykrywające zawierają przeciwciała, które wiążą się z kompleksem przeciwciało/polipeptyd i wolny polipeptyd wyznakowany grupą wskaźnikową (np. w teście pół-współzawodnictwa). Alternatywnie, można zastosować test współzawodnictwa, w którym przeciwciało, które wiąże się z polipeptydem znakuje się grupą wskaźnikową i umożliwia się wiązanie z unieruchomionym antygenem po inkubacji antygenu z próbką. Stopień w jakim składniki próbki hamują wiązanie wyznakowanego przeciwciała z polipeptydem jest wskaźnikiem reaktywności próbki z unieruchomionym polipeptydem.
Podłożem stałym może być jakikolwiek materiał znany specjalistom w tej dziedzinie, do którego może być przytwierdzony antygen. Na przykład, stałym podłożem może być studzienka w płytce do mikromiareczkowania lub nitroceluloza albo inna odpowiednia błona. Alternatywnie, podłożem może być kulka lub dysk, taki jak szkło, wata szklana, lateks lub materiał z tworzywa sztucznego, taki jak polistyren lub polichlorek winylu. Podłożem może także być cząstka magnetyczna lub sensorowe włókno optyczne, takie jak ujawnione na przykład w patencie USA nr 5359681.
Polipeptydy można unieruchamiać na podłożu stałym stosując liczne techniki znane specjalistom w tej dziedzinie. W kontekście niniejszego wynalazku termin „związany dotyczy obu rodzajów przylegania: połączenia niekowalencyjnego, takiego jak adsorpcja i wiązania kowalencyjnego (które może być bezpośrednim połączeniem między antygenem i grupami funkcjonalnymi na podłożu lub może być wiązaniem za pomocą czynnika łączącego krzyżowo). Korzystne jest wiązanie poprzez adsorpcję do studzienki na płytce do mikromiareczkowania lub do błony. W takich przypadkach adsorpcję można uzyskać poprzez doprowadzenie do kontaktu polipeptydu, w odpowiednim buforze, z podłożem stałym przez odpowiednią ilość czasu. Czas kontaktu zmienia się wraz temperaturą lecz typowo wynosi między około 1 godziną a około 1 dniem. Ogólnie, kontakt studzienki płytki do mikromiareczkowania (takiej jak polistyren lub polichlorek winylu) z ilością polipeptydu w zakresie od około 10 ng do około 1 μg i korzystnie około 100 ng, jest wystarczający do unieruchomienia odpowiedniej ilości antygenu.
Połączenie kowalencyjne polipeptydu z podłożem stałym ogólnie można uzyskać przez przeprowadzenie najpierw reakcji z odczynnikiem bifunkcjonalnym reagującym zarówno z podłożem, jak i z grupą funkcyjną, taką jak grupa hydroksylowa lub aminowa polipeptydu. Na przykład, polipeptyd można połączyć kowalencyjnie z podłożami posiadającymi odpowiednią powłokę polimerową przy użyciu benzochinonu lub poprzez kondensację grupy aldehydowej na podłożu z aminą i antywnym wodorem polipeptydu (patrz np. Pierce Immunotechnology Catalog and Handbook, 1991, w A12-A13).
Test może być enzymatycznym testem immunosorpcyjnym (ELISA). Test ten można przeprowadzić przez doprowadzenie najpierw do kontaktu polipeptydu unieruchomionego na stałym podłożu, zwykle studzience płytki do mikromiareczkowania, z próbką tak, że pozwala się na wiązanie przeciwciała przeciw polipeptydom w próbce z unieruchomionym polipeptydem. Niezwiązaną próbkę usuwa się następnie z unieruchomionego polipeptydu i dodaje się odczynnik wykrywający, zdolny do wiązania się z unieruchomionym kompleksem przeciwciało-polipeptyd. Następnie ustala się ilość odczynnika wykrywającego, która pozostaje związana z podłożem stałym, stosując metodę odpowiednią dla specyficznego odczynnika wykrywającego.
Bardziej konkretnie, po unieruchomieniu przeciwciała na podłożu, jak opisano wyżej, pozostałe miejsca wiązania białka na podłożu są typowo blokowane. Można zastosować dowolny czynnik blokujący znany specjalistom w tej dziedzinie, taki jak albumina surowicy bydlęcej czy Tween 20 (Sigma Chemical Co., St. Louis, MO). Unieruchomiony polipeptyd inkubuje się następnie z próbką i pozwala się na wiązanie przeciwciała z antygenem. Próbkę można rozcieńczyć przed inkubacją odpowiednim rozcieńczalnikiem takim jak bufor fosforanowy (PBS). Ogólnie, odpowiedni czas kontaktu (tj. czas inkubacji) jest okresem czasu wystarczającym do wykrycia obecności przeciwciała w próbce zainfekowanej HGE. Korzystne jest, jeżeli czas kontaktu jest wystarczający do osiągnięcia poziomu wiązania wynoszącego przynajmniej 95% osiąganego przy równowadze między związanym i niezwiązanym przeciwciałem. Specjaliści w tej dziedzinie zorientują się, że czas niezbędny do osiągnięcia równowagi można łatwo ustalić poprzez oznaczenie poziomu wiązania osiąganego w pewnym okresie czasu. W temperaturze pokojowej czas inkubacji około 30 minut jest na ogół wystarczający.
Niezwiązaną próbkę można następnie usunąć przez przepłukanie podłoża stałego odpowiednim buforem, takim jak PBS, zawierającym 0,1% Tween 20TM. Do podłoża stałego można następnie dodać odczynnik wykrywający. Odpowiednim odczynnikiem wykrywającym jest dowolny związek, który wiąże się z unieruchomionym kompleksem przeciwciało-polipeptyd i może być wykryty różnymi
PL 209 107 B1 sposobami znanymi specjalistom w tej dziedzinie. Korzystne jest, jeżeli odczynnik wykrywający zawiera czynnik wiążący (taki jak na przykład Białko A, Białko G, immunoglobulina, lektyna lub wolny antygen) połączone z grupą wskaźnikową.
Odczynnik wykrywający inkubuje się następnie z unieruchomionym kompleksem przeciwciało-polipeptyd przez czas wystarczający do wykrycia związanego przeciwciała. Potrzebny czas można ogólnie ustalić z instrukcji producenta albo poprzez oznaczenie poziomu wiązania osiąganego w pewnym okresie czasu. Niezwiązany odczynnik wykrywający usuwa się następnie i związany odczynnik wykrywający wykrywa się przy użyciu grupy wskaźnikowej. Metoda wykorzystana do wykrycia grupy wskaźnikowej zależy od natury grupy wskaźnikowej. Dla grup radioaktywnych, ogólnie odpowiednie jest zliczanie scyntylacyjne lub metody autoradiograficzne. Metod spektroskopowych można użyć do wykrycia barwników, grup luminescencyjnych i fluorescencyjnych. Biotynę można wykryć używając awidyny związanej z inną grupą wskaźnikową (zazwyczaj grupą radioaktywną lub fluorescencyjną albo enzymem). Grupy wskaźnikowe będące enzymami można ogólnie wykrywać przez dodanie substratu (ogólnie przez specyficzny okres czasu), po którym następuje analiza spektroskopowa lub inna produktów reakcji.
Aby ustalić obecność lub brak przeciwciał anty-Chlamydia w próbce, sygnał wykrywany z grupy wskaźnikowej, która pozostaje związana z podłożem stałym porównuje się zazwyczaj z sygnałem odpowiadającym wcześniej ustalonej wartości granicznej. W jednym z korzystnych wykonań wartość graniczna jest średnią sygnału otrzymanego gdy unieruchomione przeciwciało inkubuje się z próbkami od nie zainfekowanych pacjentów. Ogólnie, próbki dające sygnał wyższy o więcej niż trzy odchylenia standardowe od wcześniej ustalonej wartości granicznej jest uznawany jako dodatni dla infekcji Chlamydia. W innym korzystnym wykonaniu wartość graniczną ustala się wykorzystując krzywą „Receiver Operator Curve zgodnie z metodą Sackett i wsp., Clinical Epidemiology: A Basic Science for Clinical Medicine, Little Brown and Co., 1985, str. 106-7. Pokrótce, w tym wykonaniu, wartość graniczną można ustalić z wykresu dla par rzeczywistych wartości dodatnich (tj. wrażliwości) i wartości fałszywie dodatnich (100% specyficzności), co odpowiada każdej możliwej wartości granicznej dla wyniku testu diagnostycznego. Wartość graniczna na wykresie najbliższa górnego, lewego rogu (tj. wartość, która obejmuje największy obszar) jest najdokładniejszą wartością graniczną i próbka dająca sygnał wyższy niż wartość graniczna ustalona tą metodą może zostać uznana za dodatnią. Alternatywnie, wartość graniczną można przesunąć w lewo wzdłuż wykresu w celu minimalizacji poziomu wyników fałszywie ujemnych. Ogólnie, próbka dająca sygnał wyższy niż wartość graniczna ustalona tą metodą jest uznawana za dodatnią dla infekcji Chlamydia.
Inne testy diagnostyczne można przeprowadzać jako szybki test przepływowy lub paskowy, gdzie antygen unieruchamia się na błonie, takiej jak nitroceluloza. W teście przepływowym przeciwciała z próbki wiążą się z unieruchomionym polipeptydem w czasie gdy próbka przechodzi przez błonę. Odczynnik wykrywający (np. białko A-koloidalne złoto), wiąże się następnie z kompleksem przeciwciało-polipeptyd gdy roztwór zawierający odczynnik wykrywający przechodzi przez błonę. Wykrywanie związanego odczynnika wykrywającego można następnie przeprowadzić jak opisano powyżej. W przypadku testu paskowego jeden koniec błony, z którym związany jest polipeptyd zanurza się w roztworze zawierającym próbkę. Próbka migruje wzdłuż błony przez region zawierający odczynnik wykrywający i do obszaru unieruchomionego polipeptydu. Zatężenie odczynnika wykrywającego w obszarze unieruchomionego polipeptydu wskazuje na obecność przeciwciał anty-Chlamydia w próbce. Zazwyczaj, zatężenie odczynnika wykrywającego w tym miejscu daje wzór, taki jak linia, który można odczytać wzrokowo. Brak takiego wzoru wskazuje na wynik ujemny. Generalnie, ilość polipeptydu unieruchomionego na błonie dobrana jest tak, aby dawać wzór rozróżnialny wzrokowo gdy próbka biologiczna zawiera poziom przeciwciał wystarczający do wytworzenia sygnału dodatniego w teście ELISA, jak dyskutowano powyżej. Korzystne jest, jeżeli ilość polipeptydu unieruchomionego na błonie mieści się w zakresie od 25 ng do około 1 μg, a bardziej korzystnie od około 50 ng do około 500 ng. Takie testy można typowo przeprowadzić z bardzo małą ilością (np. jedną kroplą) surowicy albo krwi pacjenta.
Oczywiście istnieją liczne inne protokoły testów odpowiednie do zastosowania z opisanymi tu polipeptydami, a w szczególności z polipeptydem zawierającym sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431. Powyższe opisy mają stanowić jedynie przykład. Jednym z przykładów alternatywnego protokołu testu, który może być przydatny do zastosowania w takich metodach jest technika Western, gdzie
PL 209 107 B1 białka obecne w próbce biologicznej rozdziela się na żelu przed ekspozycją na czynnik wiążący. Takie techniki są dobrze znane specjalistom w tej dziedzinie.
Niniejszym opisane zostały ponadto czynniki, takie jak przeciwciała i ich fragmenty wiążące antygen, które swoiście wiążą się z białkiem Chlamydia. W znaczeniu tu stosowanym, mówi się że przeciwciało lub jego fragment wiążący antygen „wiążą się swoiście z białkiem Chlamydia jeżeli reagują na wykrywalnym poziomie (na przykład w teście ELISA) z białkiem Chlamydia i nie reagują w sposób wykrywalny z niespokrewnionymi białkami w podobnych warunkach. Stosowany tu termin „wiązanie oznacza niekowalencyjne połączenie pomiędzy dwiema odrębnymi cząsteczkami, tak, że tworzy się kompleks. Zdolność do wiązania można ocenić na przykład poprzez określenie stałej wiązania dla tworzenia się kompleksu. Stała wiązania jest wartością otrzymaną wówczas, kiedy stężenie kompleksu dzieli się przez produkt stężeń składników. Ogólnie mówi się, że dwa składniki „wiążą się, jeżeli stała wiązania dla tworzenia kompleksu przekracza około 103 l/mol. Stałą wiązania można określić stosując metody znane w tej dziedzinie.
Czynniki wiążące mogą być ponadto zdolne do rozróżniania pomiędzy pacjentami z i bez infekcji Chlamydia przy zastosowaniu dostarczonych tu reprezentatywnych testów. Innymi słowy, przeciwciała lub inne czynniki wiążące, które wiążą się z białkiem Chlamydia będą wytwarzać sygnał wskazujący na obecność infekcji Chlamydia u co najmniej 20% pacjentów z chorobą i będą dawać sygnał ujemny wskazujący na brak choroby u co najmniej 90% osobników bez infekcji. W celu określenia, czy czynnik wiążący spełnia te wymagania, próbki biologiczne (np. krew, surowicę, plwocinę, mocz i/lub biopsje tkanki) z pacjentów z i bez infekcji Chlamydia (co ustala się w standardowych testach klinicznych) można testować, jak tu opisano, pod kątem obecności polipeptydów, które wiążą się z czynnikiem wiążącym. Będzie oczywiste, że statystycznie znacząca liczba próbek z i bez choroby powinna być przetestowana. Każdy czynnik wiążący powinien spełniać powyższe kryteria, jednakże specjaliści w tej dziedzinie zorientują się, że czynniki wiążące można zastosować w kombinacji w celu ze zwiększenia czułości.
Dowolny czynnik, który spełnia te wymagania może być czynnikiem wiążącym. Przykładowo, czynnikiem wiążącym może być rybosom, z lub bez składnika peptydowego, cząsteczka RNA albo polipeptyd. W korzystnym wykonaniu, czynnikiem wiążącym jest przeciwciało albo jego fragment wiążący antygen. Przeciwciała można wytworzyć dowolną z różnorodnych technik znanych specjalistom w tej dziedzinie. Patrz np. Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988. Ogólnie, przeciwciała można wytworzyć techniką hodowli komórkowych, włączając w to wytwarzanie przeciwciał monoklonalnych, jak tu opisano, albo poprzez transfekcję genów dla przeciwciał do odpowiednich bakteryjnych albo ssaczych komórek gospodarza w celu umożliwienia wytwarzania zrekombinowanych przeciwciał. W jednej z technik, polipeptyd zawierający immunogen jest wyjściowo wstrzykiwany do dowolnego z szerokiego zakresu ssaków (np. myszy, szczury, króliki, owce lub kozy). Na tym etapie, opisane niniejszym polipeptydy mogą służyć jako immunogen bez modyfikacji. Alternatywnie, szczególnie dla stosunkowo krótkich polipeptydów, większą odpowiedź immunologiczną można wzbudzić, jeżeli polipeptyd jest połączony z białkiem nośnikowym, takim jak albumina z surowicy bydlęcej lub hemocyjanina ze skałoczepa. Immunogen wstrzykuje się do gospodarza, korzystnie zgodnie z ustalonym uprzednio harmonogramem obejmującym jedno lub więcej immunizacji przypominających i zwierzęta skrwawią się okresowo. Poliklonalne przeciwciała swoiste wobec polipeptydu można następnie oczyścić z surowicy na przykład poprzez chromatografię powinowactwa przy zastosowaniu polipeptydu połączonego z odpowiednim podłożem stałym.
Monoklonalne przeciwciała swoiste wobec antygenowego polipeptydu będącego przedmiotem zainteresowania można wytworzyć na przykład przy zastosowaniu techniki Kohler and Milstein, Eur. J. Immunol. 6:511-519, 1976 i jej ulepszeń. Pokrótce, metody te obejmują wytworzenie unieśmiertelnionych linii komórkowych zdolnych do wytwarzania przeciwciał mających pożądaną swoistość (tj. reaktywność z polipeptydem będącym przedmiotem zainteresowania). Takie linie komórkowe można wytworzyć na przykład z komórek śledziony otrzymanych ze zwierzęcia immunizowanego jak opisano powyżej. Komórki śledziony unieśmiertelnia się następnie na przykład poprzez fuzję z partnerem fuzji-komórką szpiczaka, korzystnie taką, która jest syngeniczna z immunizowanym zwierzęciem. Można zastosować różnorodne techniki fuzji. Przykładowo, komórki śledziony i komórki szpiczaka można mieszać z niejonowym detergentem przez kilka minut, a następnie wysiewać przy niskiej gęstości na pożywkę selekcyjną, która podtrzymuje wzrost komórek hybrydowych, ale nie komórek szpiczaka. Korzystna technika selekcji stosuje selekcję HAT (hipoksanyna, aminopteryna, tymidyna). Po wystarczającym okresie czasu, zwykle około 1 do 2 tygodni, obserwuje się komórki hybryd. Pojedyncze ko44
PL 209 107 B1 lonie selekcjonuje się i supernatanty z ich hodowli testuje się pod kątem aktywności wiązania wobec polipeptydu. Korzystne są hybrydomy mające wysoką reaktywność i swoistość.
Przeciwciała monoklonalne można izolować z supernatantów rosnących kolonii hybrydom. Ponadto, rozmaite techniki można zastosować w celu zwiększenia wydajności, takie jak wstrzykniecie linii komórkowej hybrydomy do jamy otrzewnowej odpowiedniego kręgowca-gospodarza, takiego jak mysz. Przeciwciała monoklonalne można następnie zebrać z płynu puchlinowego albo krwi. Zanieczyszczenia można usunąć z przeciwciał przy zastosowaniu konwencjonalnych technik, takich jak chromatografia, filtracja w żelu, precypitacja i ekstrakcja. Polipeptydy można zastosować w procesie oczyszczania, na przykład etapie chromatografii powinowactwa.
Czasami korzystne może być zastosowanie fragmentów przeciwciał wiążących antygen. Takie fragmenty obejmują fragmenty Fab, które można wytworzyć przy zastosowaniu standardowych technik. Pokrótce, immunoglobuliny można oczyścić z surowicy królika poprzez chromatografię powinowactwa na kolumnie ze złożem z Białkiem A (Harlow i Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988) i trawić papainą w celu uzyskania fragmentów Fab i Fc. Fragmenty Fab i Fc można rozdzielić poprzez chromatografię powinowactwa na kolumnie ze złożem z białkiem A.
Przeciwciała monoklonalne można łączyć z jednym lub większą liczbą czynników terapeutycznych. Odpowiednie pod tym względem czynniki obejmują izotopy promieniotwórcze, induktory różnicowania, leki, toksyny i ich pochodne. Korzystne izotopy radioaktywne obejmują 90Y, 123I, 125I, 131I, 186Re, 188Re, 211At i 212Bi. Korzystne leki obejmują metotreksan, analogi pirymidyn i puryn. Korzystne różnicowe induktory obejmują estry forbolowe i kwas masłowy. Korzystne toksyny obejmują rycynę, abrynę, toksynę dyfterytu, cholery, żeloninę, egzotoksynę Pseudomonas, toksynę Shigella i antywirusowe białko szkarłatki.
Czynnik terapeutyczny może być połączony (np. połączony kowalencyjnie) z odpowiednim przeciwciałem monoklonalnym, bądź bezpośrednio, bądź pośrednio (np. przez grupę łącznikową). Bezpośrednia reakcja pomiędzy czynnikiem i przeciwciałem jest możliwa, jeżeli każde posiada podstawnik zdolny do reagowania ze sobą nawzajem. Przykładowo, grupa nukleofilowa, taka jak grupa aminowa lub sulfohydrylowa na jednym z nich może mieć zdolność do reagowania z grupą zawierającą karbonyl, taką jak bezwodnik lub kwaśny halogenek lub z grupą alkilową zawierającą dobrą grupę opuszczającą (np. halogenek) na drugiej.
Alternatywnie, może być pożądane połączenie czynnika terapeutycznego i przeciwciała poprzez grupę łącznikową. Grupa łącznikowa może funkcjonować jako przerywnik dla oddzielenia przestrzennego przeciwciała od czynnika w celu uniknięcia zanurzenia zdolności wiązania. Grupa łącznikowa może również służyć do zwiększania reaktywności chemicznej podstawnika na czynniku lub przeciwciele, a zatem zwiększania wydajności połączenia. Zwiększenie reaktywności chemicznej może ułatwiać zastosowanie czynnika lub grup funkcyjnych czynników, co inaczej nie byłoby możliwe.
Będzie oczywiste dla specjalisty w dziedzinie, że jako grupy łącznikowe można zastosować rozmaite bifunkcjonalne lub polifunkcjonalne odczynniki, zarówno homo- jak i heterofunkcjnalne (takie jak opisane w katalogu Pierce Chemical Co., Rockford, IL). Łączenie można przeprowadzić na przykład poprzez grupy aminowe, karboksylowe, sylfhydrylowe lub utlenione reszty węglowodanowe. Istnieje szereg publikacji opisujących taką metodologię np. patent USA nr 4671958 dla Rodwell i wsp.
Tam gdzie czynnik terapeutyczny jest silniejszy w postaci wolnej od części antygenowej immunokoniugatów, może być pożądane zastosowanie grupy łącznikowej, która jest cięta w czasie albo po wniknięciu do komórki. Opisano wiele różnych ulegających cięciu grup łącznikowych. Mechanizmy wewnątrzkomórkowego uwolnienia czynnika od tych grup łącznikowych obejmują cięcie poprzez redukcję mostków dwusiarczkowych (np. patent USA nr 4489710 dla Spitler), naświetlenie wiązań fotolabilnych (np. patent USA nr 4625014 dla Senter i wsp.), poprzez hydrolizę pochodnych w aminokwasowych łańcuchach bocznych (np. patent USA nr 4638045 dla Kohn i wsp.), poprzez hydrolizę za pośrednictwem dopełniacza z surowicy (np. patent USA nr 4671958 dla Rodwell i wsp.) i hydrolizę katalizowaną kwasem (np. patent USA nr 4569789 dla Blattler i wsp.).
Może być pożądane połączenie więcej niż jednego czynnika z przeciwciałem. W jednym z wykonań wiele cząsteczek czynnika może być połączonych z jedną cząsteczką przeciwciała. Więcej niż jeden rodzaj czynnika może być połączony z jednym przeciwciałem. Niezależnie od konkretnego wykonania, immunokoniugaty z więcej niż jednym czynnikiem można przygotowywać różnymi sposobami. Przykładowo, więcej niż jeden czynnik można związać z cząsteczką przeciwciała lub można zastosować łączniki, które dostarczają wielu miejsc do przyłączania. Alternatywnie, można zastosować nośnik.
PL 209 107 B1
Nośnik może przenosić czynniki na wiele sposobów, włączając w to tworzenie wiązań kowalencyjnych bezpośrednio bądź poprzez grupę łącznikową. Odpowiednie nośniki obejmują białka, takie jak albuminy (np. patent USA nr 4507234 dla Kato i wsp.), peptydy i polisacharydy, takie jak aminodekstran (np. patent USA nr 4699784 dla Shih i wsp.). Nośnik może również przenosić czynnik poprzez wiązanie niekowalencyjne albo zamknięcie w kapsułce, jak w przypadku pęcherzyków lipidowych (np. patenty USA nr 4429008 i 4873088). Nośniki specyficzne dla czynników zawierających radionuklidy obejmują radiohalogenowane małe cząsteczki i związki chelatujące. Na przykład, patent USA nr 4735792 ujawnia reprezentatywne radiohalogenowane małe cząsteczki i ich syntezę. Chelaty radionuklidów mogą być tworzone ze związków chelatujących, które obejmują te zawierające atomy azotu i siarki jako atomy donorowe dla wiązania metalu lub tlenku metalu z radionuklidem. Na przykład patent USA nr 4673562, dla Davison i wsp. ujawnia reprezentatywne związki chelatujące i ich syntezę.
Można zastosować rozmaite drogi podawania przeciwciał i immunokoniugatów. Typowo, podawanie będzie dożylne, domięśniowe, podskórne lub regionach miejscowo-specyficznych poprzez zastosowanie odpowiednich metod. Będzie oczywiste, że precyzyjna dawka przeciwciała/immunokoniugatu będzie zróżnicowana w zależności od zastosowanego przeciwciała, gęstości antygenu w nowotworze i tempa zanikania przeciwciał.
Przeciwciała można użyć w testach diagnostycznych w celu wykrycia obecności antygenów Chlamydia stosując testy podobne do przedstawionych szczegółowo powyżej i innych technik dobrze znanych specjalistom w tej dziedzinie, dostarczając sposobu wykrywania infekcji Chlamydia u pacjenta.
Odczynniki diagnostyczne mogą również zawierać sekwencje DNA, kodujące jeden albo więcej powyższych polipeptydów albo jedną albo więcej ich części. Przykładowo, można zastosować przynajmniej dwa startery oligonukleotydowe w teście opartym na reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) w celu powielenia cDNA specyficznego dla Chlamydia pochodzącego z próbki biologicznej, gdzie przynajmniej jeden starter oligonukleotydowy jest specyficzny wobec cząsteczki DNA kodującej opisany tu polipeptyd. Obecność powielonego cDNA wykrywa się następnie stosując techniki dobrze znane w tej dziedzinie, takie jak elektroforeza. Podobnie, sondy oligonukleotydowe specyficzne wobec cząsteczki DNA kodującej polipeptyd można użyć w teście hybrydyzacyjnym, aby wykryć obecność polinukleotydu kodującego polipeptyd odniesienia w próbce biologicznej.
Stosowany tu termin „starter/sonda oligonukleotydowa specyficzna wobec cząsteczki DNA oznacza sekwencję oligonukleotydową, która jest przynajmniej w około 80%, korzystniej w przynajmniej około 90%, a bardziej korzystnie w przynajmniej około 95% identyczna z badaną cząsteczką. Startery oligonukleotydowe i/lub sondy, które można z powodzeniem zastosować w metodach diagnostycznych mają przynajmniej 10-40 nukleotydów długości. Startery oligonukleotydowe mogą zawierać przynajmniej około 10 ciągłych nukleotydów w cząsteczce DNA kodującej jeden z ujawnionych tu polipeptydów. Sondy oligonukleotydowe do zastosowania w metodach diagnostycznych mogą zawierać przynajmniej około 15 ciągłych nukleotydów w cząsteczce DNA kodującej jeden z ujawnionych tu polipeptydów. Techniki zarówno dla testów opartych na PCR, jak i testów hybrydyzacyjnych są dobrze znane w tej dziedzinie (patrz na przykład Mullis, jak wyżej; 1987; Erlich, jak wyżej). Startery lub sondy można zatem użyć do wykrywania sekwencji specyficznych dla Chlamydia w próbkach biologicznych. Sondy lub startery DNA zawierające opisane powyżej sekwencje oligonukleotydowe można użyć pojedynczo albo w kombinacji.
P r z y k ł a d 1
Izolacja sekwencji DNA kodujących antygeny Chlamydia
Antygeny Chlamydia wyizolowano poprzez klonowanie ekspresyjne genomowej biblioteki DNA z Chlamydia trachomatis LGV II zasadniczo jak opisano w Sanderson i wsp. (J. Exp. Med., 1995, 182:1751-1757) i pokazano, że indukują proliferację PBMC i IFN-γ w immunoreaktywnej linii komórek T.
Linię komórek T swoistą wobec Chlamydia wytworzono poprzez stymulowanie ciałkami podstawowymi Chlamydia trachomatis LGV II PBMC od normalnego dawcy bez historii infekcji dróg genitalnych przez Chlamydia. Stwierdzono, że ta linia komórek T, określana jako TCL-8, rozpoznaje pochodzące od monocytów komórki dendrytowe zainfekowane zarówno Chlamydia trachomatis, jak i Chlamydia pneumonia.
Losowo pofragmentowaną bibliotekę genomową Chlamydia trachomatis LGV II skonstruowano w Lambda ZAP (Stratagene, La Jolla, CA) i powieloną bibliotekę wysiano w 96-studzienkowych płyt46
PL 209 107 B1 kach do mikromiareczkowania przy gęstości 30 klonów/studzienkę. Bakterie indukowano w celu wyrażenia zrekombinowanego białka w obecności 2 mM IPTG przez 3 godz., a następnie osadzano i zawieszano w 200 μl RPMI 10% FBS. 10 μl zaindukowanej zawiesiny bakteryjnej przeniesiono do 96studzienkowych płytek zawierających autologiczne, pochodzące od monocytów komórki dendrytowe. Po 2 godz. inkubacji, komórki dendrytowe przemyto w celu usunięcia wolnej E. coli i dodano komórki T swoiste wobec Chlamydia. Pule dodatnich E. coli identyfikowano poprzez określenie wytwarzania IFN-γ i proliferacji komórek T w odpowiedzi na pule.
Zidentyfikowano cztery dodatnie pule, które rozbito dalej uzyskując cztery czyste klony (określane jako 1-B1-66, 4-D7-28, 3-G3-10 i 10-C10-31), z wielkością wstawki, odpowiednio, 481 bp, 183 bp, 110 bp i 1400 bp. Ustalone sekwencje DNA dla 1-B1-66, 4-D7-28, 3-G3-10 i 10-C10-31 są przedstawione w SEK NR ID: 1-4, odpowiednio. Klon 1-B1-66 znajduje się w regionie 536690 genomu C. trachomatis (baza danych NCBI dla C. trachomatis). W obrębie klonu 1-B1-66 zidentyfikowano otwartą ramkę odczytu (ORF) (nukleotydy 115 -375), która koduje wcześniej zidentyfikowane białko o wielkości 9 kDa (Stephens i wsp., nr dostępu Genbank AE001320), sekwencja którego jest przedstawiona w SEK NR ID: 5. Klon 4-D7-28 to mniejszy region tej samej ORF (aminokwasy 22-82 z 1-B1-66). Klon 3-G3-10 to region 74559 genomu C. trachomatis. Wstawka jest sklonowana w orientacji antysensownej w stosunku do jej orientacji w genomie. Klon 10-C10-31 zawiera otwartą ramkę odczytu, która odpowiada opublikowanej wcześniej sekwencji białka rybosomalnego S13 z Chlamydia trachomatis (Gu, L. i wsp. J. Bacteriology, 177:2594-2601, 1995). Przewidywane sekwencje białkowe dla 4-D7-28 i 10-C10-31 są przedstawione w SEK NR ID: 6 i 12, odpowiednio. Przewidywane sekwencje białkowe dla 3-G3-10 są przedstawione w SEK NR ID: 7-11.
W pokrewnej serii badań przesiewowych, zastosowano dodatkowe linie komórek T w celu przeszukania biblioteki genomowej Chlamydia trachomatis LGV II jak opisano powyżej. Linie komórek T swoiste wobec Chlamydia (TCT-1) pochodziły od pacjenta z infekcją Chlamydia dróg genitalnych poprzez stymulowanie PBMC pacjenta autologicznymi pochodzącymi od monocytów komórkami dendrytowymi zinfekowanymi ciałkami podstawowymi Chlamydia trachomatis LGV II. Jeden klon, 4C9-18 (SEK NR ID: 21), zawierający wstawkę o wielkości 1256 bp, wywoływał swoistą odpowiedź immunologiczną, co mierzono w standardowych testach proliferacyjnych ze swoistą dla Chlamydia linią komórek T TCT-1. Następująca potem analiza wykazała, że klon ten zawiera trzy znane sekwencje: dehydrogenazę lipoamidową (nr dostępu Genbank AE001326), ujawnioną w SEK NR ID: 22; hipotetyczne białko CT429 (nr dostępu Genbank AE001316), ujawnioną w SEK NR ID: 23; część otwartej ramki odczytu metylotransferazy ubichinonowej CT428 (nr dostępu Genbank. AE001316), ujawnioną w SEK NR ID: 24.
W dalszych badaniach z klonem 4C9-18 (SEK NR ID: 21), sekwencja aminokwasowa pełnej długości dla dehydrogenazy lipoamidowej (SEK NR ID: 22) z C. trachomatis (LGV II) została wyrażona w klonie CtL2-LPDA-FL, jak ujawniono w SEK NR ID: 90.
W celu dalszego scharakteryzowania otwartej ramki odczytu zawierającej epitop(y) stymulujące komórki T, fragment cDNA zawierający nukleotydy 1-695 z klonu 4C9-18 z sekwencją cDNA kodującą znacznik 6X-Histidyna na końcu aminowym subklonowano w miejscu Ndel/EcoRI wektora pET17b (Novagen, Madison, WI), nazwano klonem 4C9-18#2 BL21 pLysS (SEK NR ID: 25, z odpowiadającą sekwencją aminokwasowa przedstawioną w SEK NR ID: 26) i transformowano do E. coli. Wybiórcza indukcja transformowanej E. coli 2 mM IPTG przez trzy godziny doprowadziła do ekspresji białka o wielkości 26 kDa z klonu 4C9-18#2 BL21 pLysS, co wykazano poprzez standardową SDS-PAGE i barwienie Coomassie. W celu wykazania immunogenności białka kodowanego przez klon 4C9-18#2 BL21 pLysS, E. coli wyrażającą białko o wielkości 26 kDa mianowano na 1 x 104 komórek dendrytowych pochodzących z monocytów i inkubowano przez dwie godziny. Hodowle komórek dendrytowych przemywano i dodawano 2,5 x 104 komórek T (TCT-1) i umożliwiano inkubację przez dodatkowe 72 godziny, po czym oznaczano poziom IFN-γ w supernatancie znad hodowli poprzez ELISA. Jak pokazano na Fig. 1, okazało się poprzez pomiar IFN-γ, że linia komórek T TCT-1 odpowiada na zaindukowane hodowle, co wskazuje na specyficzną wobec Chlamydia odpowiedź komórek T wobec sekwencji dehydrogenazy lipoamidowej. Podobnie, pokazano, że białko kodowane przez klon 4C9-18#2 BL21 pLysS stymuluje linię komórkową TCT-1 w standardowym teście proliferacyjnym.
W kolejnych badaniach w celu zidentyfikowania dodatkowych antygenów Chlamydia trachomatis przy zastosowaniu opisanej powyżej ekspresyjnej techniki klonowania z udziałem komórek T CD4+ uzyskano dodatkowe klony. Specyficzne wobec Chlamydia linie komórek T, TCT-1 i TCL-8, jak również linię komórek T TCP-21, użyto do przeszukania biblioteki genomowej Chlamydia trachomatis
PL 209 107 B1
LGVII. Linia komórek T TCP-21 pochodziła z pacjenta wykazującego humoralną odpowiedź immunologiczną na Chlamydia pnuemoniae. Linia komórkowa TCT-1 zidentyfikowała 37 dodatnich pul, linia komórkowa TCT-3 zidentyfikowała 41 dodatnich pul, a linia komórkowa TCP-21 zidentyfikowała 2 dodatnie pule. Następujące klony pochodziły z 10 spośród tych dodatnich pul. Klon 11-A3-93 (SEK NR ID: 64), zidentyfikowany przez linię komórkową TCP-21, to fragment genomowy o wielkości 1339 bp wykazujący homologię do nadrodziny HAD (CT103). Druga wstawka w tym samym klonie wykazuje homologię z genem fab I (CT104) obecnym na komplementarnej nici. Klon 11-C12-91 (SEK NR ID: 63), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCP-21, ma wstawkę o wielkości 269 bp, który jest częścią genu OMP2 (CT443) i wykazuje homologię z bogatym w cysteinę białkiem błony zewnętrznej o wielkości 60 kDa z C. pneumoniae.
Klon 11-G10-46, (SEK NR ID: 62), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3, zawiera wstawkę o wielkości 688 bp, która wykazuje homologię do hipotetycznego białka CT610. Klon 11-G1-34, (SEK NR ID: 61), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3, ma dwie częściowe otwarte ramki odczytu (ORF) we wstawce, której ma wielkość 1215 bp. Jedna ORF wykazuje homologię do genu dehydrogenazy jabłczanowej (CT376), a druga ORF wykazuje homologię genu hydrolazy glikogenu (CT042). Klon 11-H3-68, (SEK NR ID: 60), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3, ma dwie ORF i całkowitą wielkość wstawki 1180 bp. Jedna częściowa ORF koduje zakodowane na plazmidzie białko wirulencji PGP6-D, podczas gdy druga ORF to pełna ramka odczytu dla genu rybosomalnego L1 (CT318). Klon 11-H4-28, (SEK NR ID: 59), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3, zawiera wstawkę o wielkości 552 bp i jest częścią ORF dla genu dnaK (CT396). Klon 12-B3-95, (SEK NR ID: 58), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-1, ma wstawkę o wielkości 463 bp i jest częścią ORF dla genu dehydrogenazy lipoamidowej (CT557). Klony 15-G1-89 i 12-B3-95 są identyczne, (SEK NR ID: 55 i 58, odpowiednio), zostały zidentyfikowane przy użyciu linii komórkowej TCT-1, zawierają wstawkę o wielkości 463 bp i są częścią ORF dla genu dehydrogenazy lipoamidowej (CT557). Klon 12-G3-83, (SEK NR ID: 57), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-1, zawiera wstawkę o wielkości 1537 bp i ma część ORF dla hipotetycznego białka CT622.
Klon 23-G7-68, (SEK NR ID: 79), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3, zawiera wstawkę o wielkości 950 bp i zawiera małą część rybosomalnej ORF L11, całą ORF dla rybosomalnego białka L1 i część ORF rybosomalnego białka L10. Klon 22-F8-91, (SEK NR ID: 80), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-1, zawiera wstawkę o wielkości 395 bp, która zawiera część ORF dla pmpC na nici komplementarnej klonu. Klon 21-E8-95, (SEK NR ID: 81), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3, zawiera wstawkę o wielkości 2085 bp, która zawiera część CT613 ORF, pełną ORF for CT612, pełną ORF for CT611 i część ORF for CT610. Klon 19-F12-57, (SEK NR ID: 82), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3 zawiera wstawkę o wielkości 405 bp, która zawiera część ORF CT858 i niewielką część ORF recA. Klon 19-F12-53, (SEK NR ID: 83), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3, zawiera wstawkę o wielkości 379 bp, która jest częścią ORF dla CT455 kodującej syntetazę tRNA. Klon 19-A5-54, (SEK NR ID: 84), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3, zawiera wstawkę o wielkości 715 bp, która jest częścią ORF3 (komplementarna nić klonu) kryptycznego plazmidu. Klon 17-E11-72, (SEK NR ID: 85), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-1, zawiera wstawkę o wielkości 476 bp, która jest częścią ORF dla Opp_2 i pmpD. Region pmpD tego klonu pokrywa się z regionem pmpD klonu 15-H2-76. Klon 17-C177, (SEK NR ID: 86), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3, zawiera wstawkę o wielkości 1551 bp, która jest częścią ORF CT857, jak również częścią ORF CT858. Klon 15-H2-76, (SEK NR ID: 87), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-1, zawiera wstawkę o wielkości 3031, która zawiera dużą część ORF pmpD, część ORF CT089, jak również część ORF dla SycE. Klon 15-A3-26, (SEK NR ID: 88), zawiera wstawkę o wielkości 976 bp, która zawiera część ORF dla CT858. Klon 17-G4-36, (SEK NR ID: 267), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-10, zawiera wstawkę o wielkości 680 bp, która jest w ramce z beta-gal w plazmidzie i wykazuje homologię z częścią ORF dla podjednostki beta polimerazy RNA kierowanej przez DNA (CT315 w SerD).
Kilka opisanych powyżej klonów wykazuje homologię do różnych polimorficznych białek błonowych. Sekwencja genomowa Chlamydia trachomatis zawiera rodzinę dziewięciu polimorficznych białek błonowych, oznaczonych jako pmp. Geny te są nazwane pmpA, pmpB, pmpC, pmpD, pmpE, pmpF, pmpG, pmpH i pmpl. Uważa się, że białka wyrażane z tych genów mają udział biologiczny w wytwarzaniu ochronnej odpowiedzi immunologicznej na infekcje Chlamydia. W szczególności pmpC, pmpD, pmpE i pmpl zawierają przewidywane peptydy sygnałowe, sugerując że są one białkami błony zewnętrznej, a zatem potencjalnym celem immunologicznym.
PL 209 107 B1
W oparciu o sekwencję odmiany serologicznej LGVII Chlamydia trachomatis, zaprojektowano parę starterów w celu powielenia w reakcji PCR fragmentów pmpC, pmpD, pmpE, pmpG, pmpH i pmpl pełnej długości. Otrzymane w rezultacie fragmenty subklonowano w wektorze do szczepionek DNA JA4304 lub JAL, którym jest JA4304 ze zmodyfikowanym linkerem (SmithKline Beecham, London, England). Konkretnie, PmpC subklonowano w wektorze JAL przy użyciu oligonukleotydu 5' GAT AGG CGC GCC GCA ATC ATG AAA TTT ATG TCA GCT ACT GCT G i oligonukleotydu 3' CAG AAC GCG TTT AGA ATG TCA TAC GAG CAC CGC A, jak przedstawiono w SEK NR ID: 197 i 198, odpowiednio. Powielenie genu poprzez PCR w warunkach dobrze znanych w tej dziedzinie i ligację w miejscach 5' ASCI/3' Mlul wektora JAL przeprowadzono po wstawieniu krótkiej sekwencji nukleotydowej GCAATC (SEK NR ID: 199) przed ATG w celu utworzenia sekwencji typu Kozak. Otrzymany w rezultacie wektor ekspresyjny zawierał gen pmpC pełnej długości złożony z 5325 nukleotydów (SEK NR ID: 173) zawierający hipotetyczną sekwencję sygnałową, która koduje białko o wielkości 187 kD (SEK NR ID: 179). Gen pmpD subklonowano w wektorze do szczepionek JA4304 po powieleniu genu w reakcji PCR przy użyciu następujących oligonukleotydów: 5' oligo-TGC AAT CAT GAG TTC GCA GAA AGA TAT AAA AAG C (SEK NR ID: 200) i 3' oligo-CAG AGC TAG CTT AAA AGA TCA ATC GCA ATC CAG TAT TC (SEK NR ID: 201). Gen wstawiono poprzez ligację w miejscu 5' HIII-wytępione/3' Mlul wektora do szczepionek JA4304 przy zastosowaniu standardowych technik znanych w tej dziedzinie. CAATC (SEK NR ID: 202) wstawiono przed ATG w celu utworzenia sekwencji typu Kozak. Klon ten jest unikatowy z tego względu, że brak jest treoniny w miejscu Hindlll na skutek procedury wytępiania, ponieważ w sekwencji typu Kozak ostatnia jest glicyna. Wstawka, fragment o długości 4593 nukleotydów (SEK NR ID: 172) jest pełnej długości genem dla pmpD zawierającym hipotetyczną sekwencję sygnałową, która koduje białko 161 kD (SEK NR ID: 178). PmpE subklonowano do wektora JA4304 przy użyciu 5' oligo-TGC AAT CAT GAA AAA AGC GTT TTT CTT TTT C (SEK NR ID: 203), i 3' oligoCAG AAC GCG TCT AGA ATC GCA GAG CAA TTT C (SEK NR ID: 204). Po powieleniu poprzez PCR, gen wstawiono poprzez ligację w miejscu 5' HIII-wytępione/3' Mlul JA4304. Aby to ułatwić dodano krótką sekwencję nukleotydową, TGCAATC (SEK NR ID: 293), przed kodonem inicjacyjnym w celu utworzenia sekwencji typu Kozak i odtworzenia miejsca Hindlll. Wstawka jest genem pmpE pełnej długości (SEK NR ID: 171) zawierającym hipotetyczną sekwencję sygnałową. Gen pmpE koduje białko 105 kD (SEK NR ID: 177). Gen pmpG powielono w reakcji PCR przy użyciu 5' oligo-GTG CAA TCA TGA TTC CTC AAG GAA TTT ACG (SEK NR ID: 205) i 3' oligo-CAG AAC GCG TTT AGA ACC GGA CTT TAC TTC C (SEK NR ID: 206) i subklonowano w wektorze JA4304. Podobne strategie klonowania zastosowano dla genów pmpl i pmpK. Ponadto, zaprojektowano pary starterów w celu powielenia w reakcji PCR fragmentów pełnej długości albo zachodzących na siebie genów pmp, które następnie klonowano w celu uzyskania ekspresji w wektorze pET17b (Novagen, Madison, WI) i transfekowano do E. coli BL21 pLysS w celu ekspresji, a następnie oczyszczania z zastosowaniem metody histydyna-nikiel dostarczonej przez Novagen. W kilku genach kodujących zrekombinowane białka, jak opisano poniżej, brak natywnej sekwencji sygnałowej dla ułatwienia ekspresji białka. Ekspresję białka pełnej długości dla pmpC uzyskano poprzez ekspresję dwóch zachodzących na siebie fragmentów, reprezentujących końce karboksylowe. Przy subklonowaniu aminokońcowej części pmpC, której brak sekwencji sygnałowej, (SEK NR ID: 187, z odpowiadającą jej sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 195) użyto 5' oligo-CAG ACA TAT GCA TCA CCA TCA CCA TCA CGA GGC GAG CTC GAT CCA AGA TC (SEK NR ID: 207) i 3' oligo-CAG AGG TAC CTC AGA TAG CAC TCT CTC CTA TTA AAG TAG G (SEK NR ID: 208) oraz miejsce klonowania 5' NdeI/3' KPN wektora. Koniec karboksylowy genu, fragment karboksykońcowy pmpC (SEK NR ID: 186, z odpowiadającą jej sekwencją aminokwasowa przedstawioną w SEK NR ID: 194), subklonowano w miejscu do klonowania 5' NheI/3' KPN wektora ekspresyjnego przy użyciu następujących starterów: 5' oligo-CAG AGC TAG CAT GCA TCA CCA TCA CCA TCA CGT TAA GAT TGA GAA CTT CTC TGG C (SEK NR ID: 209) i 3' oligo-CAG AGG TAC CTT AGA ATG TCA TAC GAG CAC CGC AG (SEK NR ID: 210). PmpD wyrażono również jako dwa zachodzące na siebie białka. Aminokońcowa część białka pmpD, której brak sekwencji sygnałowej, (SEK NR ID: 185, z odpowiadającą jej sekwencją aminokwasową przedstawioną SEK NR ID: 193) zawiera kodon inicjacyjny pET17b i jest wyrażane jako białko 80 kD. Dla celów ekspresji i oczyszczania, za kodonem inicjacyjnym występuje sześciohistydynowy znacznik i jest on dołączony do 28 aminokwasu (nukleotyd 84) genu. Zastosowano następujące startery, 5' oligo-CAG ACA TAT GCA TCA CCA TCA CCA TCA CGG GTT AGC (SEK NR ID: 211) i 3' oligo-CAG AGG TAC CTC AGC TCC TCC AGC ACA CTC TCT TC (SEK NR ID: 212), w celu włączenia w miejscu do klonowania 5' NdeI/3' KPN wektora ekspresyjnego. Część karboksykońcową pmpD (SEK NR
PL 209 107 B1
ID: 184) wyrażono jako białko 92 kD (SEK NR ID: 192). W celu ekspresji, a następnie oczyszczania, włączono dodatkową metioninę, alaninę i serynę, które reprezentują kodon inicjacyjny i pierwsze dwa aminokwasy wektora pET17b. Sześciohistydynowy znacznik za metioniną, alaniną i seryną jest dołączony do 691 aminokwasu (nukleotyd 2073) genu. 5' oligo-CAG AGC TAG CCA TCA CCA TCA CCA TCA CGG TGC TAT TTC TTG CTT ACG TGG (SEK NR ID: 213) i 3' oligo-CAG AGG TAC TTn AAA AGA TCA ATC GCA ATC CAG TAT TCG (SEK NR ID: 214) użyto do klonowania wstawki w miejscu do klonowania 5' NheI/3' KPN wektora ekspresyjnego. PmpE wyrażono jako białko 106 kD (SEK NR ID: 183 z odpowiadającą jej sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 191). We wstawce pmpE brak również natywnej sekwencji sygnałowej. Przeprowadzono amplifikację genu w reakcji PCR w warunkach dobrze znanych w tej dziedzinie przy użyciu następujących starterów oligonukleotydowych: 5' oligo-CAG AGG ATC CAC ATC ACC ATC ACC ATC ACG GAC TAG CTA GAG AGG TTC (SEK NR ID: 215) i 3' oligo-CAG AGA ATT CCT AGA ATC GCA GAG CAA TTT C (SEK NR ID: 216) i powieloną wstawkę włączono poprzez ligację w miejscu 5' BamHI/3' EcoRI JA4304. Krótką sekwencję nukleotydową, przedstawioną w SEK NR ID: 217, wstawiono przed kodonem inicjacyjnym w celu utworzenia sekwencji typu Kozak i odtworzenia miejsca Hindlll. Wyrażone białko zawiera kodon inicjacyjny i dalszych 21 aminokwasów z wektora ekspresyjnego pET17b, tj., MASMTGGQQMGRDSSLVPSSDP (SEK NR ID: 218). Ponadto, włączono sześciohistydynowy znacznik przed sekwencją opisaną powyżej i jest on dołączony do 28 aminokwasu (nukleotyd 84) genu, co eliminuje hipotetyczny peptyd sygnałowy. Sekwencje przedstawione w SEK NR ID: 183 z odpowiadającymi im sekwencjami aminokwasowymi przedstawionymi w SEK NR ID: 191 nie zawierają tych dodatkowych sekwencji. Gen pmpG (SEK NR ID: 182, z odpowiadającą jej sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 190) powielono w reakcji PCR w warunkach dobrze znanych w tej dziedzinie przy użyciu następujących starterów oligonukleotydowych: 5' oligo-CAG AGG TAC CGC ATC ACC ATC ACC ATC ACA TGA TTC CTC AAG GAA TTT ACG (SEK NR ID: 219) i 3' oligoCAG AGC GGC CGC TTA GAA CCG GAC TTT ACT TCC (SEK NR ID: 220) i włączono poprzez ligację w miejscu do klonowania 5' KPN/3' Notl wektora ekspresyjnego. Wyrażone białko zawiera dodatkową sekwencję aminokwasowa na końcu aminowym, a mianowicie MASMTGGQQNGRDSSLVPHHHHHH (SEK NR ID: 221), która zawiera kodon inicjacyjny i dodatkową sekwencję aminokwasową z wektora ekspresyjnego pET17b. Gen pmpl (SEK NR ID: 181 z odpowiadającą jej sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 189) powielono w reakcji PCR w warunkach dobrze znanych w tej dziedzinie przy użyciu następujących starterów oligonukleotydowych: 5' oligo-CAG AGC TAG CCA TCA CCA TCA CCA TCA CCT CTT TGG CCA GGA TCC C (SEK NR ID: 222) i 3' oligo-CAG AAC TAG TCT AGA ACC TGT AAG TGG TCC (SEK NR ID: 223) i włączono poprzez ligację do wektora ekspresyjnego w miejscu do klonowania 5'NheI/3' Spel. Wyrażone białko o wielkości 95 kD zawiera kodon inicjacyjny plus dodatkową alaninę i serynę z wektora pET17b na końcu aminowym białka. Dodatkowo, sześciohistydynowy znacznik jest dołączony do 21 aminokwasu genu, co eliminuje hipotetyczny peptyd sygnałowy.
Klon 14H1-4, (SEK NR ID: 56), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3, zawiera pełną ORF dla genu TSA, przeciwutleniacza specyficznego dla tiolu - CT603 (ORF CT603 jest homologiem CPn0778 z C. pnuemoniae). Otwartą ramkę odczytu TSA w klonie 14-H1-4 powielono w taki sposób, że wyrażane białko posiada dodatkową metioninę i znacznik 6 x histidyna (koniec aminowy). Powieloną wstawkę subklonowano w miejscu Nde/EcoRI wektora pET17b. Po indukcji tego klonu przy użyciu IPTG, białko o wielkości 22,6 kDa oczyszczono poprzez chromatografię powinowactwa na agarozie Ni-NTA. Ustalona sekwencja aminokwasowa dla ORF o długości 195 aminokwasów z klonu 14-H1-4, kodująca gen TSA jest przedstawiona w SEK NR ID: 65. W wyniku dalszej analizy uzyskano klon pełnej długości dla genu TSA, określany jako CTL2-TSA-FL, z sekwencją aminokwasową pełnej długości przedstawioną w SEK NR ID: 92.
Dalsze badania przyniosły 10 dodatkowych klonów zidentyfikowanych przy użyciu linii komórek T, TCT-1 i TCT-3, jak opisano powyżej. Klonami zidentyfikowanymi przy użyciu linii TCT-1 są: 16-D4-22, 17-C5-19, 18-C5-2, 20-G3-45 i 21-C7-66; klonami zidentyfikowanymi przy użyciu linii komórkowej TCT-3 są: 17-C10-31, 17-E2-9, 22-A1-49 i 22-B3-53. Klon 21-G12-60 był rozpoznawany zarówno przez obydwie linie komórek T, TCT-1 i TCT-3. Klon 16-D4-22 (SEK NR ID: 119), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-1 zawiera wstawkę o wielkości 953 bp, która zawiera dwa geny, części otwartych ramek odczytu 3 (ORF3) i ORF4 plazmidu C. trachomatis do wzrostu u komórkach ssaków. Klon 17-C5-19 (SEK NR ID: 118), zawiera wstawkę o wielkości 951 bp, która zawiera część ORF dla DT431, kodującego proteazę cliP_1 i część ORF dla CT430 (epimeraza diaminopimelano50
PL 209 107 B1 wa). Klon 18-C5-2 (SEK NR ID: 117) jest częścią ORF dla rybosomalnego białka S1 we wstawce o długości 446 bp, który został zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-1. Klon 20-G3-45 (SEK NR ID: 116), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-1 zawiera wstawkę o wielkości 437 bp która jest częścią genu pmpB (CT413). Klon 21-C7-66 (SEK NR ID: 115), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-1 zawiera wstawkę o wielkości 995 bp która jest częścią białka dnaK-podobnego. Wstawka w tym klonie nie zachodzi na wstawkę w klonie dla TCT-3, 11-H4-28 (SEK NR ID: 59), dla której wykazano, że jest częścią genu dnaK CT396. Klon 17-C10-31 (SEK NR ID: 114), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3 zawiera wstawkę o wielkości 976 bp. Klon ten zawiera część ORF dla CT858, proteazy zawierającej domeny IRBP i DHR. Klon 17-E2-9 (SEK NR ID: 113) zawiera część ORF dla dwóch genów, CT611 i CT610, które znajdują się we wstawce o wielkości 1142 bp. Klon 22-A1-49 (SEK NR ID: 112), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-3 zawiera również dwa geny we wstawce o długości 698 bp. Część ORF dla CT660 (gyraza DNA (gyrA_2)) jest obecna na nici górnej, natomiast pełna ORF hipotetycznego białka CT659 jest obecna na nici komplementarnej. Klon 22-B3-53 (SEK NR ID: 111), zidentyfikowany przy użyciu linii komórkowej TCT-1 ma wstawkę o wielkości 267 bp, która koduje część ORF dla GroEL (CT110). Klon 21-G12-60 (SEK NR ID: 110), zidentyfikowany przy użyciu obydwóch linii komórkowych, TCT-1 i TCT-3, zawiera wstawkę o wielkości 1461 bp która zawiera część ORF dla hipotetycznych białek CT875, CT229 i CT228.
Dodatkowe antygeny Chlamydia zidentyfikowano poprzez przeszukanie genomowej biblioteki ekspresyjnej Chlamydia trachomatis (odmiana serologiczna LGV II) w wektorze Lambda Screen-1 (Novagen, Madison, WI) z surowicami pobranymi od kilku osób zainfekowanych Chlamydia przy zastosowaniu technik dobrze znanych w tej dziedzinie. Zidentyfikowano następujące immuno-reaktywne klony i zsekwencjonowano wstawki zawierające geny Chlamydia: CTL2#1 (SEK NR ID: 71); CTL2#2 (SEK NR ID: 70); CTL2#3-5' (SEK NR ID: 72, pierwsza ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 5'); CTL2#3-3' (SEK NR ID: 73, druga ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 3'); CTL2#4 (SEK NR ID: 53); CTL2#5 (SEK NR ID: 69); CTL2#6 (SEK NR ID: 68); CTL2#7 (SEK NR ID: 67); CTL2#8b (SEK NR ID: 54); CTL2#9 (SEK NR ID: 66); CTL2#10-5 (SEK NR ID: 74, pierwsza ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 5'); CTL2#10-3' (SEK NR ID: 75, druga ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 3'); CTL2#11-5'(SEK NR ID: 45 pierwsza ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 5'); CTL2#11-3' (SEK NR ID: 44, druga ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 3'); CTL2#12 (SEK NR ID: 46); CTL2#16-5' (SEK NR ID: 47); CTL2 # 18-5' (SEK NR ID: 49, pierwsza ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 5'); CTL2#18-3' (SEK NR ID: 48, druga ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 3'); CTL2#19-5' (SEK NR ID: 76, ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 5'); CTL2#21 (SEK NR ID: 50); CTL2#23 (SEK NR ID: 51) i CTL2#24 (SEK NR ID: 52).
Dodatkowe antygeny Chlamydia trachomatis zidentyfikowano poprzez serologiczne klonowanie ekspresyjne. W badaniach tych zastosowano surowice pobrane od kilku osób zainfekowanych Chlamydia jak opisano powyżej, ale jako przeciwciała drugorzędowe oprócz przeciwciał IgG zastosowano przeciwciała IgA i IgM. Przeszukiwanie klonów tą metodą zwiększa wykrywanie antygenów rozpoznawanych przez wczesną odpowiedź immunologiczną na infekcję Chlamydia, to jest śluzówkową humoralną odpowiedź immunologiczną. Zcharakteryzowano następujące immuno-reaktywne klony i zsekwencjonowano wstawki zawierające geny Chlamydia: CTL2gam-1 (SEK NR ID: 290), CTL2gam-2 (SEK NR ID: 289), CTL2gam-5 (SEK NR ID: 288), CTL2gam-6-3' (SEK NR ID: 287, druga ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 3'), CTL2gam-6-5' (SEK NR ID: 286, pierwsza ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 5'), CTL2gam-8 (SEK NR ID: 285), CTL2gam-10 (SEK NR ID: 284), CTL2gam-13 (SEK NR ID: 283), CTL2gam-15-3' (SEK NR ID: 282, a druga ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 3'), CTL2gam-15-5' (SEK NR ID: 281, pierwsza ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 5'), CTL2gam-17 (SEK NR ID: 280), CTL2gam-18 (SEK NR ID: 279), CTL2gam-21 (SEK NR ID: 278), CTL2gam-23 (SEK NR ID: 277), CTL2gam-24 (SEK NR ID: 276), CTL2gam-26 (SEK NR ID: 275), CTL2gam-27 (SEK NR ID: 274), CTL2gam-28 (SEK NR ID: 273), CTL2gam-30-3' (SEK NR ID: 272, druga ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 3') i CTL2gam-30-5' (SEK NR ID: 271, pierwsza ustalona sekwencja genomowa reprezentująca koniec 5').
P r z y k ł a d 2
Indukcja proliferacji komórek T i wytwarzania interferonu-γ przez antygeny Chlamydia trachomatis
PL 209 107 B1
Zdolność zrekombinowanych antygenów Chlamydia trachomatis do indukcji proliferacji komórek T i wytwarzania interferonu-γ określa się jak następuje.
Białka indukuje się IPTG i oczyszcza poprzez chromatografię powinowactwa na agarozie N-iNTA (Webb i wsp., J. Immunology 157:5034-5041, 1996). Oczyszczone polipeptydy przeszukuje się następnie pod kątem zdolności do indukowania proliferacji komórek T w preparatach PBMC. PBMC z pacjentów z C. trachomatis, jak również prawidłowych dawców, dla których wiadomo, że ich komórki T ulegają proliferacji w odpowiedzi na antygeny Chlamydia hoduje się w pożywce zawierającej RPMI 1640 z dodatkiem 10% puli ludzkiej surowicy i 50 μg/ml gentamycyny. Dodaje się oczyszczone polipeptydy w dwóch powtórzeniach w stężeniach od 0,5 do 10 μg/ml. Po sześciu dniach hodowli w 96-studzienkowych okrągłodennych płytkach ,w objętości 200 gl, z każdej studzienki pobiera się 50 gl pożywki w celu oznaczenia poziomów IFN-γ, jak opisano poniżej. Płytki traktuje się następnie pulsowo 1 gCi/studzienkę trytowanej tymidyny przez dalsze 18 godzin, zbiera się i określa pobieranie trytu przy użyciu gazowego licznika scyncylacyjnego. Frakcje, które prowadzą do trzykrotnie większej proliferacji w obydwu powtórzeniach niż proliferacja obserwowana w komórkach w samej pożywce uważa się za dodatnie.
IFN-γ mierzy się stosując enzymatyczny test immunosorpcyjny (ELISA). Płytki ELISA opłaszcza się mysim monoklonalnym przeciwciałem skierowanym wobec ludzkiego IFN-γ (PharMingen, San Diego, CA) w PBS przez cztery godziny w temperaturze pokojowej. Studzienki blokuje się następnie PBS zawierającym 5% (WN) odtłuszczone mleko w proszku przez 1 godzinę w temperaturze pokojowej. Płytki przemywa się sześciokrotnie PBS/0,2% TWEEN-20 i próbki rozcieńczone 1:2 w pożywce hodowlanej w płytkach ELISA inkubuje się przez noc w temperaturze pokojowej. Płytki ponownie przemywa się i do każdej studzienki dodaje się poliklonalną króliczą surowicę anty-ludzki IFN-γ rozcieńczoną 1:3000 w PBS/10% normalnej koziej surowicy. Płytki inkubuje się następnie przez dwie godziny w temperaturze pokojowej, przemywa i dodaje się anty-króliczą IgG połączoną z peroksydazą z chrzanu (Sigma Chemical So., St. Louis, MO) w rozcieńczeniu 1:2000 w PBS/5% odtłuszczone mleko w proszku. Po następnych dwóch godzinach inkubacji w temperaturze pokojowej płytki przemywa się i dodaje się substrat TMB. Reakcję zatrzymuje się następnie po 20 min. 1 N kwasem siarkowym. Gęstość optyczną określa się przy 450 nm stosując 570 nm jako odnośnikową długość fali. Frakcje, które prowadzą do dwukrotnie większej wartości OD w obydwu powtórzeniach niż średnia wartość OD z komórek hodowanych w samej pożywce plus 3 odchylenia standardowe uważa się za dodatnie.
Stosując powyższą metodologię stwierdzono, że zrekombinowane białko 1B1-66 (SEK NR ID: 5), jak również dwa peptydy syntetyczne odpowiadające resztom aminokwasowym 48-67 (SEK NR ID: 13; określana jako 1-B1-66/48-67) i 58-77 (SEK NR ID: 14, określana jako 1B1-66/58-77), odpowiednio, z SEK NR ID: 5, indukują odpowiedź proliferacyjną i wytwarzanie IFN-γ w linii komórek T swoistej dla Chlamydia użytej do przeszukiwania genomowej biblioteki C. trachomatis LGV II.
Dalsze badania zidentyfikowały swoisty dla C. trachomatis epitop dla komórek T w białku rybosomalnym S13. Stosując standardowe techniki mapowania epitopów dobrze znane w tej dziedzinie zidentyfikowano dwa epitopy dla komórek T w białku rybosomalnym S13 (rS13) przy użyciu swoistej wobec Chlamydia linii komórek T z dawcy CL-8 (linia komórek T TCL-8 EB/DC). Fig.8 pokazuje, że pierwszy peptyd, rS13 1-20 (SEK NR ID: 106) jest w 100% identyczny z odpowiadającą mu sekwencją C. pneumoniae, wyjaśniając reaktywność krzyżową linii komórek T wobec zrekombinowanego rS13 z C. trachomatis i C. pneumoniae. Odpowiedź na drugi peptyd rS13 56-75 (SEK NR ID: 108) jest swoista dla C. trachomatis wskazując, że odpowiedź na rS13 u tych zdrowych bezobjawowych dawców była wzbudzana wobec C. trachomatis, a nie C. pneumoniae lub jakiejkolwiek innej infekcji bakteryjnej.
Jak opisano w Przykładzie 1, klon 11-C12-91 (SEK NR ID: 63), zidentyfikowany przy użyciu linii TCP-21 ma wstawkę o wielkości 269 bp, która stanowi część genu OMP2 (CT443) i wykazuje homologię do bogatego w cysteinę białka błony zewnętrznej o wielkości 60 kDa z C. pneumoniae, określanego jako OMCB. W celu dalszego zdefiniowania reaktywnego epitopu(ów), przeprowadzono mapowanie epitopów stosując serię zachodzących na siebie peptydów i opisany powyżej test immunologiczny. Pokrótce, odpowiedzi proliferacyjne ustalano poprzez stymulowanie 2,5 X 104 komórek T TCP-21 w obecności 1 x 104 pochodzących od monocytów komórek bądź nieinfekcyjnymi ciałkami elementarnymi pochodzącymi z C. trachomatis i C. pneumoniae, bądź peptydami pochodzącymi z sekwencji białkowej białka OMCB z C. trachomatis lub C. pneumoniae (0,1 (gg/ml). Komórki T TCP-21 odpowiadały na epitopy CT-OMCB #167-186, CT-OMCB #171-190, CT-OMCB #171-186 i w mniejszym stopniu na CT-OMCB #175-186 (SEK NR ID: 249-252, odpowiednio). Należy zaznaczyć, że linia
PL 209 107 B1 komórek T TCP-21 dawała również odpowiedź proliferacyjną na peptyd C. pneumoniae CPOMCB #171-186 (SEK NR ID: 253), która była równa albo większa niż odpowiedź na peptydy C. trachomatis. Podstawienia aminokwasowe w pozycji drugiej (np. Asp w miejsce Glu) i pozycji czwartej (np. Cys w miejsce Ser) nie zmieniały odpowiedzi proliferacyjnej komórek T, co wskazuje, że epitop ten jest epitopem wykazującym reaktywność krzyżową między C. trachomatis i C. pneumoniae.
W celu dalszego zdefiniowania opisanego powyżej epitopu, uż yto dodatkową linię komórek T, TCT-3, w doświadczeniach z mapowaniem epitopów. Testy immunologiczne przeprowadzono jak opisano powyżej z tą różnicą, że testowano jedynie peptydy z C. trachomatis. Komórki T dawały odpowiedź proliferacyjną na dwa peptydy, CT-OMCB #152-171 i CT OMCB #157-176 (SEK NR ID: 246 i 247, odpowiednio), definiując w ten sposób dodatkowy immunogenny epitop w bogatym w cysteinę biał ku bł ony zewnę trznej C. trachomatis.
Klon 14H1-4, (SEK NR ID: 56, z odpowiadającą jej pełną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 92), zidentyfikowano przy użyciu linii komórkowej TCT-3 w opisanym wcześniej ekspresyjnym systemie klonowania z zastosowaniem komórek T CD4 i wykazano, że zawiera on pełną ORF dla genu specyficznego dla tiolu przeciwutleniacza (CT603), określanego jako TSA. Przeprowadzono testy immunologiczne mapujące epitopy jak opisano powyżej w celu dalszego zdefiniowania epitopu. Linia komórek T TCT-3 wykazywała silną odpowiedź proliferacyjną na zachodzące na siebie peptydy, CT-TSA #96-115, CT-TSA #101-120 i CT-TSA #106-125 (SEK NR ID: 254-256, odpowiednio), wykazując obecność immunogennego epitopu w genie specyficznego dla tiolu przeciwutleniacza z odmiany serologicznej LGVII C. trachomatis.
P r z y k ł a d 3
Synteza polipeptydów
Polipeptydy można syntetyzować na syntetyzatorze peptydów Millipore 9050 przy zastosowaniu reakcji chemicznej FMOC z aktywacją przez HPTU (heksafluorofosforan O-benzotriazolo+N,N,N',N'--tetrametylouronionowy). Do końca aminowego peptydu można przyłączyć sekwencję Gly-Cys-Gly w celu dostarczenia sposobu przeprowadzenia połączenia albo znakowania peptydu. Odcięcie peptydu od podłoża stałego można przeprowadzić przy zastosowaniu następującej mieszaniny do cięcia: kwas trifluorooctowy:etanoditiol:tioanizol:woda:fenol (40:1:2:2:3). Po przeprowadzeniu cięcia przez 2 godziny, peptydy można wytrącić w zimnym eterze metylo-t-butylowym.
Osady peptydu można następnie rozpuścić w wodzie zawierającej 0,1% kwas trifluorooctowy (TFA) i liofilizowanej przed oczyszczaniem poprzez HPLC C18 z odwróconymi fazami. Gradient 0%-60% acetonitrylu (zawierającego 0,1% TFA) w wodzie (zawierającej 0,1% TFA) można zastosować do wymywania peptydów. Po liofilizacji czystych frakcji, peptydy można charakteryzować przy zastosowaniu spektrometrii mas z elektrorozpylaniem i poprzez analizę aminokwasów.
P r z y k ł a d 4
Izolacja i charakteryzacja sekwencji DNA kodujących antygeny Chlamydia przy zastosowaniu systemów retrowirusowych wektorów ekspresyjnych i następującej po tym analizy immunologicznej.
Bibliotekę genomową Chlamydia trachomatis LGV II skonstruowano poprzez ograniczone trawienia stosując enzymy restrykcyjne BamHI, Bglll, BstYi i Mbol. Fragmenty po trawieniu restrykcyjnym poddano następnie ligacji w miejscu BamHI wektorów retrowirusowych pBIB-KS1,2,3. Ten zestaw wektorów został tak zmodyfikowany, aby posiadał miejsce inicjacji translacji Kozak i kodony stop w celu umożliwienia ekspresji biał ek z krótkich fragmentów genomowego DNA, jak pokazano na Fig. 2. Wytworzono pule DNA z 80 klonów i transfekowano je do retrowirusowej linii pakującej Phoenix-Ampho, jak opisano w Pear, W.S., Scott, M.L. i Nolan, G.P., Generation of High Titre, Helperfree Retroviruses by Transient Transfection. Methods in Molecular Medicine: Gene Therapy Protocols, Humana Press, Totowa, NJ, str. 41-57. Bibliotekę Chlamydia w postaci retrowirusów transdukowano następnie do komórek P815 wyrażających H2-Ld, które użyto następnie jako komórki docelowe do stymulacji specyficznej wobec antygenu linii komórek T.
Swoistą wobec Chlamydia, mysią ograniczoną do H2d linię komórek T CD8+ namnożono w hodowli poprzez powtarzane rundy stymulacji napromieniowanymi zainfekowanymi C. trachomatis komórkami J774 i napromieniowanymi syngenicznymi komórkami śledziony, jak opisano w Starnbach, M., w J.Immunol., 153:5183, 1994. Tą specyficzną dla Chlamydia linię komórek T użyto do przeszukania powyższej biblioteki genomowej Chlamydia wyrażonej przez transfekowaPL 209 107 B1 ne retrowirusami komórki P815. Zidentyfikowano dodatnie pule DNA poprzez wytwarzanie IFN-γ przy użyciu analizy Elispot (patrz Lalvani i wsp., J.Experimental Medicine 186:859-865, 1997).
Zidentyfikowano dwie dodatnie pule, określane jako 2C7 i 2E10, poprzez testy Elispot na IFN-γ. Stabilne transduktanty komórek P815 z puli 2C7 poddano klonowaniu poprzez ograniczone rozcieńczenia i wyselekcjonowano poszczególne klony w oparciu o ich zdolność do wzbudzania wytwarzania IFN-γ w swoistej dla Chlamydia linii CTL. Z tego procesu przeszukiwania wyselekcjonowano cztery dodatnie klony, określane jako 2C7-8, 2C7-9, 2C7-19 i 2C7-21. Podobnie przeszukiwano dalej dodatnią pulę 2E10, co dodało dodatkowe klony dodatnie, które zawierają trzy wstawki. Te trzy wstawki to fragmenty genów CT016, syntazy tRNA i clpX (SEK NR ID: 268-270, odpowiednio).
Transgeniczny DNA z tych czterech dodatnich klonów 2C7 powielono w reakcji PCR przy użyciu starterów specyficznych dla pBIB-KS w celu wybiórczej amplifikacji wstawki DNA Chlamydia. Powielone wstawki oczyszczono z żelu i sekwencjonowano. Jeden z immunoreaktywnych klonów, 2C7-8 (SEK NR ID: 15, z przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 32), to fragment o długości 160 bp z homologią do nukleotydów 597304-597145 z Chlamydia trachomatis, odmiana serologiczna D (NCBI, przeszukiwanie BLASTN; SEK NR ID: 33, z przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 34). Sekwencja klonu 2C7-8 mapuje się w obrębie dwóch przypuszczalnych otwartych ramek odczytu z regionu o wysokiej homologii opisanego tuż powyżej i dla jednej z tych przypuszczalnych otwartych ramek odczytu, fragmentu złożonego z 298 aminokwasów (SEK NR ID: 16, z przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 17) pokazano, że wykazuje aktywność immunologiczną.
Klonowanie sekwencji pełnej długości dla 298-aminokwasowego fragmentu (określanej jako gen CT529 i/lub Cap1) z odmiany serologicznej L2 przeprowadzono poprzez powielenie w reakcji PCR przy użyciu starterów 5'-ttttgaagcaggtaggtgaatatg (lewy) (SEK NR ID: 159) i 5' ttaagaaatttaaaaaatccctta (prawy) (SEK NR ID: 160) z zastosowaniem jako matrycy genomowego DNA C. trachomatis L2. Ten produkt PCR oczyszczono z żelu, sklonowane w pCRBlunt (Invitrogen, Carlsbad, CA) w celu sekwencjonowania, a następnie subklonowano w miejscu EcoRI pBIB-KMS, pochodnej pBIB-KS dla uzyskania ekspresji. Homolog CT529 z Chlamydia pnuemoniae jest przedstawiony w SEK NR ID: 291, z odpowiadającą mu sekwencją aminokwasową przedstawioną SEK NR ID: 292.
DNA pełnej długości kodujący różne odmiany serologiczne CT529 powielono w reakcji PCR z lizatów bakteryjnych zawierających 105 IFU, zasadniczo jak opisano w (Denamur, E., C. Sayada, A. Souriau, J.Orfila, A. Rodolakis i J. Elion. 1991. J. Gen. Microbiol. 137: 2525). Następujące odmiany serologiczne powielono jak opisano: Ba (SEK NR ID: 134, z odpowiadającą jej przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 135); E (BOUR) and E (MTW447) (SEK NR ID: 122, z odpowiadającą jej przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 123); F (NI1) (SEK NR ID: 128, z odpowiadającą jej przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 129); G; (SEK NR ID: 126, z odpowiadającą jej przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 127); la (SEK NR ID: 124, z odpowiadającą jej przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 125); L1 (SEK NR ID: 130, z odpowiadającą jej przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 131); L3 (SEK NR ID: 132, z odpowiadającą jej przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 133); I (SEK NR ID: 263, z odpowiadającą jej przewidywaną sekwencją aminokwasowa przedstawioną w SEK NR ID: 264); K (SEK NR ID: 265, z odpowiadającą jej przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 266) oraz MoPn (SEK NR ID: 136 z odpowiadającą jej przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 137). Reakcje PCR przeprowadzono z zastosowaniem zestawu Advantage Genomie PCR Kit (Clontech, Palo Alto, CA) stosując startery specyficzna dla DNA odmiany serologicznej L2 (zewnętrzne wobec ORF). Sekwencje starterów to 5' ggtataatatctctctaaattttg (lewySEK NR ID: 161) i 5'-agataaaaaaggctgtttc' (prawy-SEK NR ID: 162) z wyjątkiem MoPn, który wymagał 5'-ttttgaagcaggtaggtgaatatg (lewy-SEK NR ID: 163) i 5'-tttacaataagaaaagctaagcactttgt (prawy-SEK NR ID: 164). Powielony w reakcji PCR DNA oczyszczono przy użyciu zestawu do oczyszczania QIAquick PCR purification kit (Qiagen, Valencia, CA) i sklonowane w pCR2.1 (Invitrogen, Carlsbad, CA) w celu zsekwencjonowania.
Sekwencjonowanie DNA pochodzącego z powielonych w reakcji PCR wstawek z immunoreaktywnych klonów przeprowadzono przy zastosowaniu automatycznego sekwenatora (ABI 377)
PL 209 107 B1 z użyciem obydwu specyficznych dla pBIB-KS starterów: startera lewego 5'-ccttacacagtcctgctgac (SEK NR ID:165) i startera prawego 3'-gtttccgggccctcacattg (SEK NR ID: 166). Sklonowany w PCRBlunt DNA kodujący CT529 z odmiany serologicznej L2 i sklonowane w pCR2.1 DNA kodujące CT529 z odmiany serologicznej Ba, E (BOUR), E (MTW447), F (NIL), G, la, K, L1, L3 i MoPn zsekwencjonowano przy użyciu startera dla promotora T7 oraz lewego startera uniwersalnego dla M13 i startera prawego dla M13.
W celu ustalenia, czy te dwie przypuszczalne ramki odczytu (SEK NR ID: 16 i 20) kodują białko z towarzyszącą mu funkcją immunologiczną, zsyntetyzowano zachodzące na siebie peptydy (o długości 17-20 aminokwasów) rozciągające się na dwie ramki odczytu, jak opisano w Przykładzie 3. Zastosowano standardowy test uwalniania chromu w celu określenia procentu specyficznej lizy traktowanych pulsowo peptydem ograniczonych do H2d komórek docelowych. W tym teście próbki komórek P815 (H2d) znakowano w 37°C przez i godzinę z 100 μ Ci 51Cr, w obecności lub przy braku 1 gg/ml wskazanego peptydu. Po tej inkubacji wyznakowane komórki P815 przepłukiwano w celu usunięcia nadmiaru 51Cr i peptydu, a następnie wysiewano w dwóch powtórzeniach na płytki do mikrohodowli w stężeniu 1000 komórek/studzienkę. Dodawano efektorowe komórki CTL (swoiste dla Chlamydia komórki T CD8) we wskazanych stosunkach komórek efektorowych/docelowych. Po 4-godzinnej inkubacji supernatanty zbierano i mierzono w liczniku gamma pod kątem uwalniania 51Cr do supernatantu. Dwa zachodzące na siebie peptydy z otwartej ramki odczytu o długości 298 aminokwasów specyficznie stymulowały linię CTL. Zsyntetyzowano peptydy przedstawione w SEK NR ID: 138-156, reprezentujące produkt translacji otwartej ramki odczytu CT529 (genu Cap1) i 216-aminokwasowej otwartej ramki odczytu homologa L2 odmiany serologicznej D. Jak pokazano na Fig.3, peptydy CtC7.8-12 (SEK NR ID: 18, określany również jako Cap1#132-147, SEK NR ID: 139) i CtC7.8-13 (SEK NR ID: 19, określany również jako Cap1#138-155, SEK NR ID: 140) były zdolne do wzbudzania 38 do 52% specyficznej lizy, odpowiednio, przy stosunku komórek efektorowych do docelowych 10:1. Dokładnie, odcinek nakładania się na siebie tych dwóch peptydów zawierał peptyd wiążący H2d (Kd i Ld). Zsyntetyzowano 10-aminokwasowy peptyd odpowiadający tej zachodzącej na siebie sekwencji (SEK NR ID: 31) i stwierdzono, że wytwarza on silną odpowiedź immunologiczną linii CTL anty-Chlamydia w teście elispot. Co istotne, przeszukiwanie ostatniej bazy danych Genbank nie wykazało białek przypisanych uprzednio do tego genu. A zatem klon 2C7-8 (SEK NR ID: 15), kodujący przypuszczalną ramkę odczytu, definiuje gen, który zawiera antygen Chlamydia zdolny do stymulowania swoistych wobec antygenu komórek T CD8+ w sposób ograniczony do MHC-I, wykazując, że antygen ten można użyć do opracowania szczepionki przeciw Chlamydia.
W celu potwierdzenia tych wyników i dalszego mapowania epitopu, wytworzono skrócone peptydy (SEK NR ID: 138-156) i testowano je pod kątem rozpoznawania przez komórki T w teście ELISPOT dla IFN-γ. Skrócenie obejmujące Ser139 (Cap1#140-147, SEK NR ID: 146) lub Leu147 (Cap1#138-146, SEK NR ID: 147) znosi rozpoznawanie przez komórki T. Wyniki te wskazują, że 9-merowy peptyd Cap1#139-147 (SFIGGITYL, SEK NR ID: 145) jest minimalnym epitopem rozpoznawanym przez komórki T swoiste wobec Chlamydia.
Porównanie sekwencji Cap1 (CT529) z wybranych odmian serologicznych C. trachomatis (SEK NR ID: 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137 i 139) wykazuje jedną różnicę aminokwasową znajdującą się w pozycji 2 proponowanego epitopu. Homologiczny peptyd odmiany serologicznej D to SIIGGITYL (SEK NR ID: 168). Porównywano zdolność SFIGGITYL i SIIGGITYL do czynienia komórek celem rozpoznawanym przez komórki T swoiste dla Chlamydia. Seryjne rozcieńczenia każdego z peptydów inkubowano z komórkami P815 i testowano pod kątem rozpoznawania przez komórki T w teście uwalniania 51Cr jak opisano powyżej. Komórki T swoiste wobec Chlamydia rozpoznają peptyd z odmiany serologicznej L2 przy minimalnym stężeniu 1 nM a peptyd z odmiany serologicznej D przy minimalnym stężeniu 10 nM.
Dalsze badania pokazały, że klon komórek T swoisty wobec Cap1#139-147 rozpoznaje komórki zainfekowane C. trachomatis. W celu potwierdzenia, że Cap139-147 jest prezentowany na powierzchni komórek zainfekowanych Chlamydia, komórki Balb3T3 (H-2d) były infekowane odmianą serologiczną L2 C. trachomatis i testowane w celu ustalenia, czy komórki te są rozpoznawane przez klon komórek T CD8+ swoisty wobec epitopu Cap1#139-147 (SEK NR ID: 145). Klon komórek T CD8+ swoisty wobec epitopu Cap1#139-147 otrzymano poprzez ograniczone rozcieńczenie linii 69 komórek T. Klon komórek T specyficznie rozpoznawał komórki zainfekowane Chlamydia. W tych doświadczeniach, komórkami docelowymi były zainfekowane C. trachomatis
PL 209 107 B1 (kontrola pozytywna) albo niezainfekowane komórki Balb/3T3, wykazując 45%, 36% i 30% swoistej lizy przy stosunku komórek efektorowych do docelowych, odpowiednio, 30:1, 10:1 i 3:1; albo opłaszczone epitopem Cap1#139-147 (SEK NR ID: 145) lub nie traktowane komórki P815, wykazując 83%, 75% i 58% swoistej lizy przy stosunku komórek efektorowych do docelowych, odpowiednio, 30:1, 10:1 i 3:1 (kontrole negatywne miały mniej niż 5% lizy we wszystkich przypadkach). Dane te sugerują, że epitop jest prezentowany w czasie infekcji.
Badanie in vivo pokazują, że komórki T swoiste wobec epitopu Cap1#139-147 są uczulane w czasie infekcji myszy C. trachomatis. W celu ustalenia, czy infekcja C. trachomatis zapoczątkowuje odpowiedź komórek T swoistych wobec epitopu Cap1#139-147, myszy infekowano i.p. 108 IFU odmiany serologicznej L2 C. trachomatis. Dwa tygodnie po infekcji myszy uśmiercano i komórki śledziony stymulowano napromieniowanymi, syngenicznymi komórkami śledziony traktowanymi pulsowo epitopem peptydu Cap1#139-147. Po 5 dniach po stymulacji hodowle zastosowano w standardowym teście uwalniania 51Cr w celu ustalenia czy komórki T swoiste wobec epitopu Cap1#139-147 są obecne w hodowli. Konkretnie, komórki śledziony z myszy immunizowanej odmianą serologiczną L2 C. trachomatis albo myszy kontrolnej, której wstrzyknięto PBS po 5 dniach hodowli z opłaszczonymi peptydem Cap1#139-147 syngenicznymi komórkami śledziony i komórkami T CD8+ zdolnymi do specyficznego rozpoznawania epitopu Cap1#139-147 dawały 73%, 60% i 32% swoistej lizy przy stosunku komórek efektorowych do docelowych, odpowiednio, 30:1, 10:1 i 3:1. Procent lizy u myszy kontrolnych wynosił około 10% przy stosunku komórek efektorowych do docelowych 30:1 i stopniowo spadał wraz z obniżeniem stosunków E:T. Komórki docelowe były opłaszczone peptydem Cap1#139-147 albo nie traktowane komórki P815. Dane te sugerują, że komórki T swoiste wobec peptydu Cap1#139-147 są uczulane w czasie infekcji myszy C. trachomatis.
Lokalizacja Ct529
Przeprowadzono badania pokazujące, że Ct529 (określany tu jako Cap-1) lokalizuje się w błonie inkluzji w komórkach zainfekowanych C. trachomatis i nie jest związany z ciałkami elementarnymi albo ciałkami siateczkowymi. Jak opisano powyżej, Cap-1 zidentyfikowano jako produkt z Chlamydia, który stymuluje CTL CD8+. Te CTL są ochronne w mysim modelu infekcji, co czyni Cap-1 dobrym kandydatem na szczepionkę. Ponadto, ponieważ te CTL są ograniczone do MHC-I, gen Cap-1 musi mieć dostęp do cytosolu zainfekowanych komórek, co może być unikatową właściwością określonych produktów genów Chlamydia. A zatem ustalenie lokalizacji komórkowej produktów genów byłoby przydatne przy charakteryzowaniu Cap-1 jako kandydata na szczepionkę. W celu wykrycia lokalizacji wewnątrzkomórkowej Cap-1, królicze poliklonalne przeciwciała skierowane wobec zrekombinowanego polipeptydu, obejmującego N-końcowych 125 aminokwasów Cap-1 (SEK NR ID: 305, z sekwencją aminokwasową obejmującą N-końcowy znacznik 6-His dostarczoną w SEK NR ID: 304) zastosowano do barwienia komórek McCoy zainfekowanych Chlamydia.
Królicze przeciwciała poliklonalne anty-Cap-1 otrzymano poprzez hiperimmunizację królików zrekombinowanym polipeptydem, rCt529c1-125 (SEK NR ID: 305) obejmującym N-końcową część Cap-1. Zrekombinowane białko rCt29e1-125 otrzymano z E. coli transformowanej plazmidem ekspresyjnym pET (jak opisano powyżej) zawierającym nukleotydy 1-375 kodujące N-końcowe 1-125 aminokwasy Cap-1. Zrekombinowane białko oczyszczono poprzez Ni-NTA stosując techniki dobrze znane w tej dziedzinie. Dla surowicy odpornościowej będącej kontrolą dodatnią poliklonalne surowice odpornościowe skierowane przeciw ciałkom elementarnym wytworzono poprzez immunizację królików oczyszczonymi ciałkami elementarnymi C. trachomatis (Biodesign, Sacco, Maine). Surowice „pre-immune pochodzące z królików sprzed immunizacji polipeptydem Cap-1 użyto jako kontrolę negatywną.
Przeprowadzono immunocytochemię na jednowarstwowej hodowli komórek McCoy na szkiełkach nakrywkowych inokulowanych bądź odmianą serologiczną L2 C. trachomatis bądź C. psitacci, szczepem 6BC, w stężeniu 106 IFU (jednostek tworzących inkluzje) na ml. Po 2 godzinach, pożywkę odsysano i zamieniano na świeżą pożywkę RP-10 uzupełnioną cykloheksymidem (1,0 μg/ml). Zainfekowane komórki inkubowano w 7% CO2 przez 24 godziny i utrwalano poprzez odessanie pożywki, przemycie komórek jeden raz PBS i utrwalenie metanolem przez 5 minut. W celu zabarwienia antygenem, utrwalone pojedyncze warstwy komórek przemywano, PBS i inkubowano w 37°C przez 2 godziny z rozcieńczeniami 1:100 swoistych albo kontrolnych surowic odpornościowych. Komórki przemywano PBS i inkubowano przez 1 godzinę z wyznakowany56
PL 209 107 B1 mi izotiocjanianem fluoresceiny (FITC), anty-króliczymi IgG (KPL, Gaithersburg) i barwiono błękitem Evansa (0,05%) w PBS. Fluorescencję obserwowano przy użyciu obiektywu 100X (mikroskop epifluorescencyjny Zeiss), i fotografowano (aparat Nikon UFX-11A).
Wyniki tych badań pokazują, że Cap-1 lokalizuje się w błonie inkluzyjnej komórek zainfekowanych C. trachomatis. Przeciwciało swoiste wobec Cap-1 znakowało błony inkluzyjne komórek zainfekowanych C. trachomatis, ale nie ciałka elementarne Chlamydia znajdujące się w tych inkluzjach albo uwalniane w procesie utrwalania. W przeciwieństwie do tego przeciwciała przeciw ciałkom elementarnym, wyraźnie barwiły ciałka bakteryjne, nie tylko w obrębie inkluzji, ale te uwalniane w procesie utrwalania. Specyficzność przeciwciała anty-Cap-1 jest wykazana przez fakt, że nie barwi ono komórek zainfekowanych C. psittaci. Specyficzność znakowania Cap-1 jest również pokazana przez brak reaktywności surowicy sprzed immunizacji. Wyniki te sugerują, że Cap-1 jest uwalniany z bakterii i staje się związany z błoną inkluzji Chlamydia. A zatem, Cap-1 jest produktem genu, który może być przydatny do stymulowania komórek T CD8+ przy opracowywaniu szczepionki przeciw infekcjom powodowanym przez Chlamydia.
Znaczenie genu Cap-1 jako potencjalnego antygenu dla CTL w szczepionce przeciw infekcjom Chlamydia jest dalej zilustrowany przez dodatkową serię badań. Najpierw, wykazano, że CTL swoiste wobec epitopu dla MHC-I peptydu Cap-1 CT529 #138-147 z C. trachomatis (SEK NR ID: 144) są pobudzane z wysoką częstością w czasie naturalnej infekcji. Konkretnie, myszy Balb/C mice inokulowano 106 I.F.U. odmianą serologiczną L2 C. trachomatis,. Po 2 tygodniach, pobierano śledziony i oceniano ilościowo poprzez analizę Elispot pod kątem komórek wydzielających IFN-γ w odpowiedzi na komórki prezentujące antygen traktowane pulsowo peptydem Cap-1 #138-147. W dwóch doświadczeniach, liczba komórek wydzielających IFN-γ wśród 105 splenocytów wynosiła około 1% wszystkich komórek T CD8+. Ta wysoka częstość CTL CD8+ odpowiadających na epitop MHC-1 (peptyd Cap-1 CT529 #138-147) sugeruje, że Cap-1 jest wysoce immunogenny przy infekcjach.
Wyniki z drugiej serii badań pokazały, że białko Cap-1 jest dostępne w cytozolu komórki gospodarza prawie natychmiast po infekcji. Jest to pokazane w profilu czasowym prezentacji peptydu Cap-1 CT529 #138-147. Pokrótce, komórki 3T3 infekowano odmianą serologiczną L2 C. trachomatis przez różne okresy czasu, a następnie testowano pod kątem rozpoznawania przez CTL swoiste wobec peptydu Cap-1 CT529 #138-147. Wyniki pokazują, że komórki 3T3 zainfekowane C. trachomatis stają się celem dla rozpoznawania przez CTL swoiste wobec antygenu już po dwóch godzinach po infekcji. Wyniki te sugerują że Cap-1 jest wczesnym białkiem syntetyzowanym w trakcie rozwoju ciałek elementarnych C. trachomatis do ciałek siateczkowych. Odpowiedź immunologiczna CTL CD8+ skierowana przeciw produktowi genu wyrażanemu wcześnie w infekcji może być szczególnie skuteczna w szczepionce przeciw infekcji Chlamydia.
P r z y k ł a d 5
Wytwarzanie odpowiedzi przeciwciałowych i komórek T u myszy immunizowanych antygenami Chlamydia.
Przeprowadzono badania nad immunogennością w celu określenia odpowiedzi przeciwciał i komórek T u myszy immunizowanych oczyszczonymi białkami, bądź SWIB bądź S13 z adiuwantem Montanide albo po immunizacjach w oparciu o DNA przy zastosowaniu wektorów ekspresyjnych zawierających sekwencje DNA dla SWIB lub S13. SWIB jest również określany jako klon 1-B1-66 (SEK NR ID: 1, z odpowiadającą jej przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 5), a rybosomalne białko S13 jest również określane jako klon 10-C10-31 (SEK NR ID: 4, z odpowiadającą jej przewidywaną sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 12). W pierwszym doświadczeniu grupa trzech myszy C57BL/6 była dwukrotnie immunizowana i śledzona pod kątem odpowiedzi przeciwciałowych i komórek T CD4+. Immunizacje DNA były doskórne u podstawy ogona, a immunizacje polipeptydem podawano drogą podskórną. Wyniki standardowych testów włączania 3H do komórek śledziony z immunizowanych myszy wskazują na silną odpowiedź proliferacyjną w grupie immunizowanej oczyszczonym zrekombinowanym polipeptydem SWIB (SEK NR ID: 5). Dalsza analiza poprzez testy indukcji cytokin, jak opisano wcześniej, wykazała, że grupa immunizowana polipeptydem SWIB dawała mierzalną odpowiedź IFN-γ i IL-4. Następnie przeprowadzono testy w oparciu o ELISA w celu określenia głównych izotypów przy odpowiedzi przeciwciałowej w grupie doświadczalnej immunizowanej polipeptydem SWIB. Fig. 4 pokazuje, że w grupie immunizowanej SWIB występowała odpowiedź humoralna, która była głównie IgG1.
PL 209 107 B1
W drugim doświadczeniu, myszy C3H immunizowane trzykrotnie 10 μg oczyszczonego białka SWIB (określanego również jako 1-B1-66, SEK NR ID: 5) bądź w PBS, bądź zmieszanego z Montanide w odstępach trzech tygodni i zbierano trzy tygodnie po trzeciej immunizacji. Miana przeciwciał skierowanych przeciw białku SWIB określano poprzez standardowe techniki w oparciu o ELISA znane w tej dziedzinie, wykazując że białko SWIB z adiuwantem Montanide indukuje silną immunologiczną odpowiedź humoralną. Określono odpowiedzi proliferacyjne komórek T poprzez test w oparciu o XTT (Scudiero, i wsp., Cancer Research, 1988, 48:4827). Jak pokazano na Fig. 5, splenocyty z myszy immunizowanych polipeptydem SWIB plus Montanide wzbudzały swoistą wobec antygenu odpowiedź proliferacyjną. Dodatkowo, zdolność splenocytów z immunizowanych zwierząt do wydzielania IFN-γ w odpowiedzi na rozpuszczalny zrekombinowany polipeptyd SWIB określono przy zastosowaniu opisanego uprzednio testu indukcji cytokin. Splenocyty ze wszystkich zwierząt w grupie immunizowanej polipeptydem SWIB z adiuwantem Montanide wydzielały IFN-γ w odpowiedzi na antygen SWIB Chlamydia; wykazując swoistą wobec Chlamydia odpowiedź immunologiczną.
W dalszym doświadczeniu, myszy C3H immunizowane w trzech odrębnych punktach czasowych u podstawy ogona 10 μg oczyszczonego białka SWIB lub S13 (C. trachomatis, białko SWIB, klon 1-B1-66, SEK NR ID: 5 i białko S13, klon 10-C1031, SEK NR ID: 4) z adiuwantem SBAS2 (SmithKline Beecham, London, England). Miana przeciwciał swoistych wobec antygenu mierzono poprzez ELISA, wykazując, że obydwa polipeptydy indukowały silną odpowiedź IgG z mianami w zakresie od 1 x 10-4 do 1 x 10-5. Składniki IgG1 i IgG2a tej odpowiedzi były obecne w prawie równych ilościach. Swoiste wobec antygenu odpowiedzi proliferacyjne, określane w standardowych testach włączania 3H do komórek śledziony z immunizowanych myszy były bardzo silne dla SWIB (50000 cpm powyżej kontroli negatywnej), a nawet silniejsze dla S13 (100000 cpm powyżej kontroli negatywnej). Wytwarzanie IFN-γ testowano poprzez standardowe techniki ELISA z supernatantów dla namnażającej się hodowli. Restymulacja hodowli in vitro białkiem S13 indukowała wysokie poziomy wytwarzania IFNy, około 25 ng/ml versus 2 ng/ml dla kontroli negatywnej. Restymulacja białkiem SWIB również indukowała IFNy, jakkolwiek w mniejszym stopniu.
W pokrewnym doświadczeniu, myszy C3H immunizowano w trzech odrębnych punktach czasowych u podstawy ogona 10 μg oczyszczonego białka SWIB lub S13 (C. trachomatis, białko SWIB, klon 1-B1-66, SEK NR ID: 5 i białko S13, klon 10-C10-31, SEK NR ID: 4) zmieszanego z 10 μg toksyny cholery. Immunizację śluzówkową dokonywano poprzez szczepienie donosowe. Swoiste wobec antygenu odpowiedzi przeciwciałowe określano poprzez standardowe techniki ELISA. Swoiste wobec antygenu przeciwciała IgG były obecne we krwi myszy immunizowanych SWIB, z mianami w zakresie od 1 x 10-3 do 1 x 10-4, ale niewykrywalne u zwierząt immunizowanych S13. Swoiste wobec antygenu odpowiedzi komórek T z izolowanych splenocytów, mierzone poprzez wytwarzanie IFNy, dawały podobne wyniki do opisanych wyżej dla immunizacji ogólnoustrojowej.
Przeprowadzono badania na zwierzętach w celu określenia immunogenności epitopu CT529 dla CTL z odmiany serologicznej LGVII, zdefiniowanego jako 10-merowy peptyd największej zgodności CT529 (CSFIGGITYL - SEK NR ID: 31), który zidentyfikowano jako epitop CTL ograniczony do H2-Kd. Myszy BALB/c (3 myszy na grupę) immunizowane trzykrotnie 25 μg peptydu zmieszanego z różnymi adiuwantami. Peptyd podawano u podstawy ogona bądź w SKB Adjuvant System SBAS-2, SBAS-7 (SmithKline Beecham, London, England) bądź Montanide. Peptyd podawano również donosowo zmieszany z 10 μg toksyny cholery (CT). Myszy, które nie miały styczności z antygenem użyto jako kontrolę. Cztery tygodnie po 3-ciej immunizacji komórki śledziony restymulowano LPS-blastami traktowanymi pulsowo 10 μg 10-merowego peptydu największej zgodności CT529 przy trzech różnych stosunkach efektor do LPS-blasty: 6, 1,5 i 0,4 przy gęstości 1 x 106 komórek/ml. Po 2 restymulacjach, komórki efektorowe testowano pod kątem ich zdolności do lizy traktowanych pulsowo komórek P815 przy zastosowaniu standardowego testu uwalniania chromu. Niezwiązany peptyd z owoalbuminy z jaja kurzego użyto jako kontrolę negatywną. Wyniki pokazują, że znacząca odpowiedź immunologiczna była wzbudzana wobec 10-merowego peptydu największej zgodności i że swoiste wobec antygenu komórki T zdolne do lizowania traktowanych pulsowo komórek docelowych były wzbudzane w odpowiedzi na immunizację peptydem. Konkretnie, swoiste wobec antygenu aktywności lityczne były znajdywane w grupie z adiuwantem SBAS-7 i CT podczas gdy Montanide i SBAS-2 nie dawały wzmacniania przy immunizacji epitopem dla CTL.
PL 209 107 B1
P r z y k ł a d 6
Ekspresja i charakteryzacja genów Chlamydia pneumoniae
Ludzka linia komórek T, TCL-8, opisana w Przykładzie 1, rozpoznaje Chlamydia trachomatis, jak również infekowane Chlamydia pneumonia komórki dendrytowe pochodzące od monocytów, sugerując że Chlamydia trachomatis i pneumonia mogą kodować reagujące krzyżowo epitopy dla komórek T. W celu wyizolowania genów Chlamydia pneumonia homologicznych do klonów 1B1-66 z Chlamydia trachomatis LGV II określanych również jako SWIB (SEK NR ID: 1) i klonu 10C10-31, określanego również jako białko rybosomalne S13 (SEK NR ID: 4), komórki HeLa 229 infekowano szczepem TWAR C. pneumonia (CDC/CWL-029). Po trzech dniach inkubacji, komórki
HeLa zainfekowane C. pneumonia zebrano, przemyto i zawieszono w 200 μΐ wody i ogrzewano we wrzącej łaźni wodnej przez 20 minut. Dziesięć mikrolitrów zawiesiny rozbitych komórek użyto jako matrycę do PCR.
Zaprojektowano startery specyficzne dla C. pneumonia dla klonów 1B1-66 i 10C10-31, tak, że koniec 5' miał znacznik 6X-Histydyna w wstawione miejsce Nde I, a koniec 3' miał kodon stop i włączone miejsce BamHI (Fig. 6). Produkty PCR powielano i sekwencjonowano przy zastosowaniu standardowych technik dobrze znanych w tej dziedzinie. Produkty PCR specyficzne dla C. pneumonia klonowano w wektorze ekspresyjnym pET178 (Novagen, Madison, WI) i transfekowano do E. coli BL21 pLysS dla ekspresji, a następnie oczyszczania przy użyciu chromatografii histydyna-nikiel dostarczonej przez Novagen. Wytworzono w ten sposób dwa białka C. pneumonia, białko o wielkości 10-11 kDa określane jako CpSWIB (SEK NR ID: 27 i SEK NR ID: 78 mająca znacznik 6X His, odpowiadającymi im sekwencjami aminokwasowymi przedstawionymi w SEK NR ID: 28, odpowiednio), białko o wielkości 15 kDa określane jako CpS13 (SEK NR ID: 29 i SEK NR ID: 77, mające znacznik 6X His, z odpowiadającymi im sekwencjami aminokwasowymi przedstawionymi w SEK NR ID: 30 i 91, odpowiednio).
P r z y k ł a d 7
Indukcja proliferacji komórek T i wytwarzania interferonu-γ przez antygeny Chlamydia pneumoniae
Zdolność zrekombinowanych antygenów Chlamydia pneumoniae do indukcji proliferacji komórek T i wytwarzania interferonu-γ określa się jak następuje.
Białka indukuje się IPTG i oczyszcza poprzez chromatografię powinowactwa na agarozie Ni-NTA (Webb i wsp., J. Immunology 157:5034-5041, 1996). Oczyszczone polipeptydy przeszukuje się następnie pod kątem zdolności do indukowania proliferacji komórek T w preparatach PBMC. PBMC z pacjentów z C. pneumoniae, jak również prawidłowych dawców, dla których wiadomo, że ich komórki T ulegają proliferacji w odpowiedzi na antygeny Chlamydia hoduje się w pożywce zawierającej RPMI 1640 z dodatkiem 10% puli ludzkiej surowicy i 50 μg/ml gentamycyny. Dodaje się oczyszczone polipeptydy w dwóch powtórzeniach w stężeniach od 0,5 do 10 μg/ml. Po sześciu dniach hodowli w 96-studzienkowych okrągłodennych płytkach, o objętości 200 gl, z każdej studzienki pobiera się 50 gl pożywki w celu oznaczenia poziomów IFN-γ, jak opisano poniżej. Płytki traktuje się następnie pulsowo 1 gCi/studzienkę trytowanej tymidyny przez dalsze 18 godzin, zbiera się i określa pobieranie trytu przy użyciu gazowego licznika scyncylacyjnego. Frakcje, które prowadzą do trzykrotnie większej proliferacji w obydwu powtórzeniach niż proliferacja obserwowana w komórkach w samej pożywce uważa się za dodatnie.
IFN-γ mierzono stosując enzymatyczny test immunosorpcyjny (ELISA). Płytki ELISA opłaszcza się mysim monoklonalnym przeciwciałem skierowanym wobec ludzkiego IFN-γ (PharMingen, San Diego, CA) w PBS przez cztery godziny) w temperaturze pokojowej. Studzienki blokuje się następnie PBS, zawierającym 5% (WN) odtłuszczone mleko w proszku przez 1 godzinę w temperaturze pokojowej. Płytki przemywa się sześciokrotnie PBS/0,2% TWEEN-20 i próbki rozcieńczone 1:2 w pożywce hodowlanej w płytkach ELISA inkubuje się przez noc w temperaturze pokojowej. Płytki ponownie przemywa się i do każdej studzienki dodaje się poliklonalną króliczą surowicę anty-ludzki IFN-γ rozcieńczoną 1:3000 w PBS/10% normalnej koziej surowicy. Płytki inkubuje się następnie przez dwie godziny w temperaturze pokojowej, przemywa i dodaje się anty-króliczą IgG połączoną z peroksydazą chrzanową (Sigma Chemical So., St. Louis, MO) w rozcieńczeniu 1:2000 w PBS/5% odtłuszczone mleko w proszku. Po następnych dwóch godzinach inkubacji w temperaturze pokojowej płytki przemywa się i dodaje się substrat TMB. Reakcję zatrzymuje się następnie po 20 min. 1 N kwasem siarkowym. Gęstość optyczną określa się przy 450 nm stosując 570 nm jako odnośnikową długość fali. Frakcje, które prowadzą do dwukrotnie większej wartości
PL 209 107 B1
OD w obydwu powtórzeniach niż średnia wartość OD z komórek hodowanych w samej pożywce plus 3 odchylenia standardowe uważa się za dodatnie.
Ludzką linię komórek T anty-Chlamydia (TCL-8) zdolną do reakcji krzyżowej z C. trachomatis i C. pneumonia użyto do ustalenia, czy wyrażone białka opisane w przykładzie powyżej, (tj., CpSWIB, SEK NR ID: 27 i SEK NR ID: 78 mająca znacznik 6X His, z odpowiadającą jej sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 2 oraz białko o wielkości 15 kDa określane jako CpS13 SEK NR ID: 29 i SEK NR ID: 77, mające znacznik 6X His, z odpowiadającymi im sekwencjami aminokwasowymi przedstawionymi w SEK NR ID: 30 i 91, odpowiednio), posiadają epitopy dla komórek T wspólne dla C. trachomatis i C. pneumonia. Pokrótce, E. coli wyrażającą białka Chlamydia mianowano na 1 x 104 komórkach dendrytowych pochodzących od monocytów. Po dwóch godzinach hodowle komórek dendrytowych przemywano i dodawano 2,5 x 104 komórek T (TCL-8) i umożliwiano inkubację przez dodatkowe 72 godziny. Ilość INF-γ w supernatancie hodowlanym ustalano następnie poprzez ELISA. Jak pokazano na Fig. 7A i 7B, linia komórek T TCL-8 swoiście rozpoznawała białko rybosomalne S13 zarównoo z C. trachomatis jak i C. pneumonia co pokazano poprzez specyficzną dla antygenu indukcję IFN-γ, podczas gdy jedynie białko SWIB z C. trachomatis było rozpoznawane przez linię komórek T. Aby uwiarygodnić te wyniki, epitop dla komórek T ze SWIB C. trachomatis zidentyfikowano poprzez mapowanie epitopów, stosując jako cel komórki traktowane pulsowo serią zachodzących na siebie peptydów i linie komórek T TCL-8. Test włączania 3H-tymidyny wykazał, że peptyd określany jako C.t.SWIB 52-67 z SEK NR ID: 39 dawał najsilniejszą proliferację linii TCL-8. Zsyntetyzowano homologiczne peptydy odpowiadające sekwencji SWIB z C. pneumoniae (SEK NR ID: 40), fuzji topoisomerazaSWIB z C. pneumoniae (SEK NR ID: 43) i C. trachomatis (SEK NR ID: 42) jak również ludzkiej domenie SWI (SEK NR ID: 41) i badano w powyższym teście. Linia komórek T TCL-8 rozpoznawała jedynie peptyd C. trachomatis z SEK NR ID: 39 a nie odpowiadający mu peptyd C. pneumoniae (SEK NR ID: 40) ani inne odpowiadające im peptydy opisane powyżej (SEK NR ID: 41-43).
Swoiste wobec Chlamydia linie komórek T wytworzono z dawcy CP-21 z dodatnim mianem surowicy przeciw C. pneumoniae poprzez stymulowanie PBMC dawcy komórkami dendrytowymi pochodzącymi od monocytów zainfekowanych, bądź C. trachomatis, bądź C. pneumoniae, odpowiednio. Komórki T wytworzone wobec C. pneumoniae odpowiadały na zrekombinowane SWIB C. pneumoniae ale nie na SWIB C. trachomatis, podczas gdy linia komórek T wytworzona przeciw C. trachomatis nie odpowiadała na SWIB ani C. trachomatis ani C. pneumoniae (patrz Fig. 9). Odpowiedź immunologiczna swoista wobec SWIB C. pneumoniae u dawcy CP-21 potwierdza infekcję C. pneumoniae i wskazuje na wzbudzenie swoistych wobec SWIB C. pneumoniae komórek T w czasie infekcji C. pneumoniae in vivo.
Mapowanie epitopów dla odpowiedzi komórek T na SWIB C. pneumoniae pokazało, że komórki T swoiste wobec Cp-SWIB odpowiadały na zachodzące na siebie peptydy Cp-SWIB 32-51 (SEK NR ID: 101) i Cp-SWIB 37-56 (SEK NR ID: 102), wskazując na swoisty dla SWIB C. pneumoniae epitop dla komórek T CpSWIB 37-51 (SEK NR ID: 100).
W dodatkowych doświadczeniach, linie komórek T wytworzono z dawcy CP1, dawcy również serododatniego dla C. pneumoniae poprzez stymulowanie PBMC nieinfekcyjnymi ciałkami elementarnymi C. trachomatis i C. pneumoniae, odpowiednio. Konkretnie, określono odpowiedzi proliferacyjne poprzez stymulowanie 2,5 x 104 komórek T w obecności 1 x 104 komórek dendrytowych pochodzących od monocytów i nieinfekcyjnych ciałek elementarnych pochodzących z C. trachomatis i C. pneumoniae, zrekombinowanego białka SWIB bądź z C. trachomatis bądź C. pneumoniae. Odpowiedź komórek T wobec SWIB przypominała dane otrzymane z liniami komórek T z CP-21 pod tym względem że SWIB C. pneumoniae, a nie SWIB C. trachomatis wzbudzało odpowiedź linii komórek T dla C. pneumoniae. Dodatkowo, linia komórek T dla C. trachomatis nie namnażała się w odpowiedzi na SWIB ani C. trachomatis ani C. pneumoniae, jakkolwiek ulegała proliferacji w odpowiedzi na ciałka elementarne zarówno z CT jak i CP. Jak opisano w Przykładzie 1, klon 11-C12-91 (SEK NR ID: 63), zidentyfikowany przy użyciu linii TCP-21 ma wstawkę o wielkości 269 bp, która stanowi część genu OMP2 (CT443) i wykazuje homologię do bogatego w cysteinę białka błony zewnętrznej o wielkości 60 kDa z C. pneumoniae, określanego jako OMCB. W celu dalszego zdefiniowania reaktywnego epitopu(ów), przeprowadzono mapowanie epitopów stosują serię zachodzących na siebie peptydów i opisany powyżej test immunologiczny. Pokrótce, odpowiedzi proliferacyjne ustalano poprzez stymulowanie 2,5 x 104 komórek T TCP-21 w obecności 1 x 104 pochodzących od monocytów komórek bądź nieinfekcyjnymi ciałka60
PL 209 107 B1 mi elementarnymi pochodzącymi z C. trachomatis i C. pneumoniae, bądź peptydami pochodzącymi z sekwencji białkowej białka OMCB z C. trachomatis lub C. pneumoniae (0,1 gg/ml). Komórki T TCP-21 odpowiadały na epitopy CT-OMCB #167-186, CT-OMCB #171-190, CT-OMCB #171-186 i w mniejszym stopniu na CT-OMCB #175-186 (SEK NR ID: 249-252, odpowiednio). Należy zaznaczyć, źe linia komórek T TCP-21 dawała również odpowiedź proliferacyjną na peptyd C. pneumoniae CP-OMCB #171-186 (SEK NR ID: 253), która była równa albo większa niż odpowiedź na peptydy C. trachomatis. Podstawienia aminokwasowe w pozycji drugiej (np. Asp w miejsce Glu) i pozycji czwartej (np. Cys w miejsce Ser) nie zmieniały odpowiedzi proliferacyjnej komórek T, co wskazuje, że epitop ten jest epitopem wykazującym reaktywność krzyżową między C. trachomatis i C. pneumoniae.
P r z y k ł a d 8
Odpowiedzi immunologiczne ludzkich PBMC i linii komórek T wobec antygenów Chlamydia Przedstawione tu przykłady sugerują, że istnieje populacja zdrowych dawców wśród ogólnej populacji, która została zainfekowana C. trachomatis i wytworzyła ochronną odpowiedź immunologiczną, kontrolującą infekcję C. trachomatis. Dawcy ci przypominali klinicznie bezobjawowych i seroujemnych dla C. trachomatis. W celu dalszego scharakteryzowania odpowiedzi immunologicznych prawidłowych dawców wobec antygenów Chlamydia, którzy zostali zidentyfikowani poprzez klonowanie ekspresyjne z użyciem CD4, PBMC otrzymane od 12 zdrowych dawców testowano wobec zestawu zrekombinowanych antygenów Chlamydia włączając w to SWIB C. trachomatis, C. pneumoniae oraz S13 C. trachomatis, C. pneumoniae. Dane te są zebrane w Tabeli I poniżej. Wszyscy dawcy byli seroujemni pod względem C. trachomatis, podczas gdy 6/12 miało dodatnie miano C. pneumoniae. Stosując wskaźnik stymulacji >4 jako odpowiedź dodatnią, 11/12 osób odpowiadało na ciałka elementarne C. trachomatis, a 12/12 odpowiadało na ciałka elementarne C. pneumoniae. Jeden dawca, AD104, odpowiadał na zrekombinowane białko S13 C. pneumoniae, ale nie na zrekombinowane białko S13 C. trachomatis, wskazując na odpowiedź swoistą dla C. pneumoniae. Trzech spośród 12 dawców miało odpowiedź swoistą dla SWIB C. trachomatis, ale nie SWIB C. pneumoniae, potwierdzając infekcję C. trachomatis. S13 C. trachomatis i C. pneumoniae wzbudzało odpowiedź u 8/12 dawców, sugerując infekcję Chlamydia. Dane te pokazują zdolność SWIB i S13 do wzbudzania odpowiedzi komórek T w PBMC zdrowych badanych pacjentów.
T a b e l a 1
Odpowiedź immunologiczna zdrowych badanych osób wobec Chlamydia
Dawca Płeć Miano IgG Chlamydia CT EB CP EB CT Swib CP Swib CT S13 CP S13 CT 1pdA CT TSA
AD 100 mężczyzna ujemne ++ +++ + - ++ ++ - n.t.
AD 104 kobieta ujemne +++ ++ - - - ++ + n.t.
AD 108 mężczyzna CP 1:256 ++ ++ + +/- + + + n.t.
AD112 kobieta ujemne ++ ++ + - + - +/- n.t.
AD120 mężczyzna ujemne - + - - - - - n.t.
AD 124 kobieta CP 1:128 ++ ++ - - - - - n.t.
AD 128 mężczyzna CP 1:512 + ++ - - ++ + ++ -
AD132 kobieta ujemne ++ ++ - - + + - -
AD136 kobieta CP 1:128 + ++ - - +/- - - -
AD 140 mężczyzna CP 1:256 ++ ++ - - + + - -
AD 142 kobieta CP 1:512 ++ ++ - - + + + -
AD 146 kobieta ujemne ++ ++ - - ++ + + -
CT= Chlamydia trachomatis; CP = Chlamydia pneumoniae; EB = ciałka elementarne Chlamydia; Swib = zrekombinowane białko Swib Chlamydia; S13 = zrekombinowane białko S13 Chlamydia; IpdA = zrekombinowane białko IpdA Chlamydia; TSA= zrekombinowane białko TSA Chlamydia. Wartości reprezentują wyniki standardowych testów proliferacyjnych. Odpowiedzi proliferacyjne ustalono poprzez stymulowanie 3 x 105 PBMC 1 x 104 komórek dendrytowych pochodzących od monocytów inkubowanych wstępnie z odpowiednimi zrekombinowanymi antygenami albo ciałkami elementarnymi (EB). Testy zbierano po 6 dniach z pulsem 3H-tymidyną po co najmniej 18 godz.
PL 209 107 B1
SI: Wskaźnik stymulacji +/-: SI~ 4 +: SI > 4 ++: SI 10-30 +++: SI> 30
W pierwszej serii doświadczeń, wytworzono linie komórek T od zdrowej kobiety (CT-10) z historią ekspozycji genitalnej na C. trachomatis, poprzez stymulację komórek T ciałkami elementarnymi C. trachomatis LGV II jak opisano uprzednio. Jakkolwiek badana osoba była eksponowana na C. trachomatis, nie nastąpiła u niej serokonwersja i nie rozwinęły się objawy kliniczne, co sugeruje że u dawcy CT-10 mogła rozwinąć się ochronna odpowiedź immunologiczna wobec C. trachomatis. Jak pokazano na Fig. 10, pierwotna linia komórek T swoista wobec Chlamydia, pochodząca z dawcy CT-10 odpowiadała na SWIB C. trachomatis, ale nie na zrekombinowane białka SWIB C. pneumoniae, potwierdzając ekspozycję CT-10 na C. trachomatis. Mapowanie epitopowe odpowiedzi na SWIB C. trachomatis pokazało, że dawca odpowiadał na ten sam epitop Ct-SWIB 52-67 (SEK NR ID: 39) co linia komórek T TCL-8, jak pokazano na Fig. 11.
Wytworzono dodatkowe linie komórek T jak opisano powyżej dla różnych pacjentów C. trachomatis. Zestawienie profilu klinicznego pacjentów i odpowiedzi proliferacyjnych na różne ciałka elementarne i zrekombinowane białka C. trachomatis i C. pneumoniae są zebrane w Tabeli II:
T a b e l a II
Odpowiedź proliferacyjna pacjentów z C. trachomatis
Pacjenci Objawy kliniczne Miano IgG CT EB CP EB CT Swib CP Swib CT S13 CP S13 CT 1pdA CT TSA
CT-1 NGU ujemne + + - - ++ ++ ++ +
CT-2 NGU ujemne ++ ++ - - + +/- - -
CT-3 bezobjawowy wydalał Eb Dx był HPV Ct1:512 Cp 1:1024 Cps 1:256 + + + +
CT-4 bezobjawowy wydalał Eb Ct 1:1024 + + - - - - - -
CT-5 BV Ct 1:256 Cp 1:256 ++ ++ - - + - - -
CT-6 wysypka w kroczu wydzielina Cp 1:1024 + + - - - - - -
CT-7 owrzodzenie genitalne BV Ct 1:512 Cp 1:1024 + + - - + + + -
CT-8 nieznane nie testowny ++ ++ - - - - - -
CT-9 bezobjawowy Ct 1:128 Cp 1:128 +++ ++ - - ++ + + -
CT-10 łagodny świąd sromu ujemne ++ ++ - - - - - -
CT-11 BV, nieprawidłowa wydzielina Ct 1:512 +++ +++ - - +++ +/- ++ +
CT-12 bezobjawowy Cp 1:512 ++ ++ - - ++ + + -
NGU = nie gonokokowe zapalenie cewki moczowej; BV = bakteryjne zapalenie pochwy; CT = Chlamydia trachomatis; CP = Chlamydia pneumoniae; EB = ciałka elementarne Chlamydia; Swib = zrekombinowane białko Swib Chlamydia; S13 = zrekombinowane białko S13 Chlamydia; IpdA = zrekombinowane białko IpdA Chlamydia; TSA= zrekombinowane białko TSA Chlamydia.
Wartości reprezentują wyniki standardowych testów proliferacyjnych. Odpowiedzi proliferacyjne ustalono poprzez stymulowanie 3 x 105 PBMC odpowiednimi zrekombinowanymi antygenami albo ciałkami elementarnymi (EB). Testy zbierano po 6 dniach z pulsem 3H-tymidyną po co najmniej 18 godz.
PL 209 107 B1
SI: Wskaźnik stymulacji
+ /-: SI~ 4
+: SI > 4
++: SI 10-30
+++: SI> 30
Stosując zestaw bezobjawowych (jak zdefiniowano powyżej) badanych pacjentów i pacjentów z C. trachomatis zebranych w Tablach I i II, przeprowadzono szerokie badanie odpowiedzi immunologicznych PBMC pochodzących z dwóch grup. Pokrótce, PBMC z pacjentów z C. trachomatis, jak również zdrowych dawców, hoduje się w pożywce zawierającej RPMI 1640 z dodatkiem 10% puli ludzkiej surowicy i 50 μg/ml gentamycyny. Dodaje się oczyszczone polipeptydy, zestaw zrekombinowanych antygenów Chlamydia, włączając w to SWIB i S13 C. trachomatis i C. pneumoniae, jak również Ida i TSA C. trachomatis w dwóch powtórzeniach w stężeniach od 0,5 do 10 μg/ml. Po sześciu dniach hodowli w 96-studzienkowych okrągłodennych płytkach w objętości 200 gl, z każdej studzienki pobiera się 50 μl pożywki w celu oznaczenia poziomów IFN-γ, jak opisano poniżej. Płytki traktuje się następnie pulsowo 1 gCi/studzienkę trytowanej tymidyny przez dalsze 18 godzin, zbiera się i określa pobieranie trytu przy użyciu gazowego licznika scyncylacyjnego. Frakcje, które prowadzą do trzykrotnie większej proliferacji w obydwu powtórzeniach niż proliferacja obserwowana w komórkach w samej pożywce uważa się za dodatnie.
Odpowiedzi proliferacyjne na zrekombinowane antygeny Chlamydia wykazały, że większość bezobjawowych dawców i pacjentów z C. trachomatis rozpoznawało antygen S13 C. trachomatis antygen (8/12) a większość pacjentów z C. trachomatis rozpoznawało antygen S13 C. pneumonia (8/12), przy czym 4/12 bezobjawowych dawców rozpoznawało również antygen S13 C. pneumonia. Ponadto, sześciu spośród dwunastu pacjentów z C. trachomatis i czterech spośród dwunastu bezobjawowych dawców dawało odpowiedzi proliferacyjne na antygen IpdA z C. trachomatis. Wyniki te pokazują, że antygen S13 C. trachomatis i C. pneumonia, antygen Swib C. trachomatis i antygen IpdA C. trachomatis są rozpoznawane przez bezobjawowych dawców wskazując, że antygeny te były rozpoznawane w czasie ekspozycji na Chlamydia i wzbudzona została wobec nich odpowiedź immunologiczna. To sugeruje, że antygeny te mogą odgrywać rolę w nadawaniu ochronnej odporności w komórkach gospodarza. Ponadto, antygen S13 C. trachomatis i C. pneumonia jest rozpoznawany równie dobrze wśród pacjentów z C. trachomatis, co wskazuje, że białka S13 z C. trachomatis i C. pneumonia mogą mieć wspólne epitopy. Tabela III podsumowuje wyniki tych badań.
T a b e l a III
Antygen Zdrowi dawcy Pacjenci z Ct.
C.t.-Swib 3/12 0/12
C.p.-Swib 0/12 0/12
C.t.-S13 8/12 8/12
C.p.-S13 4/12 8/12
IpdA 4/12 6/12
TSA 0/12 2/12
Zapoczątkowano serię badań w celu określenia komórkowej odpowiedzi immunologicznej na krótkotrwały kontakt z linią komórek T wytworzoną z bezobjawowych dawców i pacjentów z C. trachomatis. Komórkowe odpowiedzi immunologiczne mierzono w standardowych testach proliferacyjnych i dla IFN-γ, jak opisano w Przykładzie 7. Konkretnie, większość antygenów było w postaci pojedynczych kolonii klonów E. coli wyrażających antygeny Chlamydia, jakkolwiek w testach użyto również pewne zrekombinowane białka. Pojedyncze klony E. coli mianowano na 1 x 104 komórek dendrytowych, pochodzących od monocytów i po dwóch godzinach hodowle przemywano i dodawano 2,5 x 104 komórek T. Test z użyciem zrekombinowanych białek przeprowadzono jak opisano uprzednio. Proliferację określano po czterech dniach ze standardowym pulsem 3H-tymidyną przez co najmniej 18 godz. Indukcję INF-γ określono w supernatantach hoPL 209 107 B1 dowlanych zabranych po czterech dniach stosując standardowe testy ELISA, jak opisano powyżej. Wyniki pokazują, że wszystkie testowane antygeny C. trachomatis z wyjątkiem C. T. Swib, wzbudzały odpowiedź proliferacyjną na jedną lub więcej linii komórek T pochodzących z pacjentów z C. trachomatis. Ponadto, odpowiedzi proliferacyjne były wzbudzane zarówno z pacjentów z C. trachomatis, jak i bezobjawowych dawców na następujące geny Chlamydia: CT622, groEL, pmpD, CT610 i rS13.
Klon 12G3-83 zawiera również oprócz CT622, sekwencje CT734 i CT764, a zatem te sekwencje genowe mogą mieć również immunoreaktywne epitopy. Podobnie, klon 21G12-60 zawiera poza CT875 sekwencje dla hipotetycznych genów dla białek, CT229 i CT228; a 15H2-76 zawiera również sekwencje z CT812 i CT088, wykazując także homologię z genem sycE. Klon 11H3-61 zawiera również sekwencje wykazujące homologię z białkiem wirulencji PGP6-D.
T a b e l a IV
Klon Antygen C.t. (przypuszczalny*) TCL z bezobj. dawców TCL z pacjentów z C.t. SEK NR ID:
1B-66 (E.coli) Swib 2/2 0/4 5
1B1-66 (białko) Swib 2/2 0/4 5
12G3-83 (E.coli) CT622* 2/2 4/4 57
22B3-53 (E. coli) GROEL 1/2 4/4 111
22B3-53 (białko) groEL 1/2 4/4 111
15H2-76 (E.coli) PmbD* 1/2 3/4 87
11H3-61 (E. coli) rL1* 0/2 3/4 60
14H1-4 (E. coli) TSA 0/2 3/4 56
14H1-4 (białko) TSA 0/2 3/4 56
1G10-46 (E. coli) CT610 1/2 1/4 62
10C10-17 (E.coli) rS13 1/2 1/4 62
10C10-17 (białko) rS13 1/2 1/4 62
21G12-60 (E. coli) CT875* 0/2 2/4 110
11H4-32 (E. coli) dnaK 0/2 2/4 59
21C7-8 (E.coli) dnaK 0/2 2/4 115
17C10-31 (E.coli) CT858 0/2 2/4 114
P r z y k ł a d 9
Badania nad ochroną z zastosowaniem antygenów Chlamydia
1. SWIB
Badania nad ochroną przeprowadzono u myszy w celu określenia czy immunizacja antygenami Chlamydia może wpływać na choroby dróg płciowych będące wynikiem inokulacji przez Chlamydia. Zastosowano dwa modele; model inokulacji wewnątrzpochwowej, która stosuje ludzki izolat zawierający szczep Chlamydia psittaci (MTW447) i model inokulacji wewnątrzmacicznej, która obejmuje ludzki izobat zidentyfikowany jako Chlamydia trachomatis, odmiana serologiczna F (szczep NI1). Obydwa szczepy indukują zapalenie górnych dróg genitalnych, które przypominają zapalenie śluzówki macicy i zapalenie jajowodu powodowane u kobiet przez Chlamydia trachomatis. W pierwszym doświadczeniu, myszy C3H (4 myszy na grupę) immunizowane trzykrotnie 100 gg wektora ekspresyjnego pcDNA-3 zawierającego DNA SWIB C. trachomatis (SEK NR ID: 1, z odpowiadającą jej sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 5). Inokulacji dokonano u podstawy ogona dla immunizacji ogólnoustrojowej. Dwa tygodnie po ostatniej immunizacji, zwierzęta traktowano progesteronem i infekowano bądź przez pochwę bądź przez inokulację do macicy. Dwa tygodnie po infekcji zwierzęta uśmiercano i dokonywano sekcji dróg genitalnych, wybarwiano i badano histopatologię. Oceniano poziom zapalenia (od + dla bardzo łagodnego do +++++ dla bardzo poważnego). Wyniki przypisane każdemu jajowodowi/jajnikowi sumowano
PL 209 107 B1 i dzielono przez liczbę badanych narządów aby otrzymać średni wynik zapalenia dla grupy. W modelu inokulacji macicy, immunizowane zwierzęta stanowiące kontrolę negatywną otrzymujące pusty wektor wykazywały stałe zapalenie ze średnim wynikiem dla jajnika/macicy wynoszącym 6,12, w przeciwieństwie do 2,62 dla grupy immunizowanej DNA. W modelu inokulacji pochwowej i infekcji wstępującej, immunizowane zwierzęta stanowiące kontrolę negatywną miały średni wynik zapalenia jajnika/macicy 8,37, versus 5,00 dla grupy immunizowanej DNA. Ponadto w ostatnim modelu, inokulowane myszy nie wykazywały oznak zatkania jajowodów, podczas gdy grupy będące zaszczepioną kontrolą negatywną miały komórki zapalne w świetle jajowodu.
W drugim doświadczeniu, myszy C3H (4 myszy na grupę) immunizowane trzykrotnie 50 gg wektora ekspresyjnego pcDNA-3 zawierającego DNA SWIB C. trachomatis (SEK NR ID: 1, z odpowiadającą jej sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 5) zamkniętego w mikrokulkach polimleczanowo-koglikolidowych (PLG); immunizacji dokonano dootrzewnowo. Dwa tygodnie po ostatniej immunizacji, zwierzęta traktowano progesteronem i infekowano C. psittaci do pochwy. Dwa tygodnie po infekcji zwierzęta uśmiercano i dokonywano sekcji dróg genitalnych, wybarwiano i badano histopatologię. Poziom zapalenia oceniano jak opisano powyżej. Wyniki przypisane każdemu jajowodowi/jajnikowi sumowano i dzielono przez liczbę badanych narządów aby otrzymać średni wynik zapalenia dla grupy. Immunizowane zwierzęta stanowiące kontrolę negatywną otrzymujące pusty wektor zamknięty w PLG wykazywały stałe zapalenie ze średnim wynikiem zapalenia jajnika/macicy 7,28, versus 5,71 dla grupy immunizowanej DNA. W modelu inokulacji pochwowej i infekcji wstępującej, immunizowane zwierzęta stanowiące kontrolę negatywną miały średni wynik zapalenia jajnika/macicy 8,37, versus 5,00 dla grupy immunizowanej DNA zamkniętym w PLG. Zapalenie w otrzewnej wynosiło 1,75 dla grupy szczepionej versus 3,75 dla kontroli.
W trzecim doświadczeniu, myszy C3H (4 myszy na grupę) immunizowano trzykrotnie 10 gg wektora ekspresyjnego pcDNA-3 zawierającego DNA SWIB C. trachomatis (SEK NR ID: 1, z odpowiadającą jej sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 5) lub S13 (SEK NR ID: 4, z odpowiadającą jej sekwencją aminokwasową przedstawioną w SEK NR ID: 12) zmieszane z toksyną cholery (CT); preparat podawano donosowo pod znieczuleniem w objętości 20 gl. Dwa tygodnie po ostatniej immunizacji zwierzęta traktowano progesteronem i infekowano bądź poprzez inokulację dopochwową C. psittaci bądź poprzez wstrzyknięcie odmiany serologcznej F C. trachomatis do macicy. Dwa tygodnie po infekcji zwierzęta uśmiercano i dokonywano sekcji dróg genitalnych, wybarwiano i badano histopatologię. Poziom zapalenia oceniano jak opisano powyżej. Wyniki przypisane każdemu jajowodowi/jajnikowi sumowano i dzielono przez liczbę badanych narządów aby otrzymać średni wynik zapalenia dla grupy. W modelu inokulacji macicy, immunizowane zwierzęta stanowiące kontrolę negatywną otrzymujące samą toksynę cholery wykazywały stałe zapalenie ze średnim wynikiem dla jajnika/macicy wynoszącym 4,25 (analizowano jedynie 2 myszy; dwie inne zdechły) versus do 5,0 dla grupy immunizowanej s13 plus toksyna cholery. Nie traktowane zwierzęta miały średni wynik zapalenia jajnika/macicy 7. W modelu inokulacji pochwowej i infekcji wstępującej, immunizowane zwierzęta stanowiące kontrolę negatywną miały średni wynik zapalenia jajnika/macicy 7,37 versus 6,75 dla grupy immunizowanej s13 plus toksyna cholery i 5,37 dla grupy immunizowanej SWIB plus toksyna cholery. Nie traktowane zwierzęta miały średni wynik zapalenia jajnika/macicy wynoszący 8.
Trzy opisane powyżej doświadczenia sugerują, że swoista dla SWIB ochrona jest możliwa do otrzymania. Ten efekt ochronny jest bardziej wyraźny w modelu infekcji homologicznej, ale jest nadal obecny przy prowokacyjnej infekcji heterologicznej C. psittaci.
2. CT529/Cap1
CT529/Cap1 zidentyfikowano wcześniej jako produkt z Chlamydia, który stymuluje CTL CD8+. W tym przykładzie poszukiwaliśmy potwierdzenia, że immunizacja Cap1 będzie ochronna w zwierzęcym modelu infekcji Chlamydia.
W celu wytworzenia zrekombinowanego wirusa krowianki dla dostarczania immunogennego fragmentu Cap1, fragment DNA zawierający zmodyfikowaną sekwencję Kozak i pary zasad 319-530 genu cap1 (CT529) powielono z genomowego DNA C. trachomatis L2 DNA stosując PCR™ i poddano ligacji z pSC11ss (Earl PL, Koenig S, Moss B (1991) Biological and immunological properties of human immunodeficiency virus type 1 envelope glycoprotein: analysis of proteins with truncations and deletions expressed by recombinant vaccinia viruses. J Virol. 65:31-41). DNA strawiono SalI i Stul. Część genu cap1 włączona poprzez ligację do pSC11ss koduje aminokwasy
PL 209 107 B1
107-176 białka Cap1, zawierającego zidentyfikowany uprzednio epitop CTL obejmujący aminokwasy 139-147. Otrzymany w rezultacie plazmid użyto do transfekcji komórek CV-1 (ATCC# CCL70; Jensen FC i wsp. (1964) Infection of human and simian tissue cultures with Rous Sarcoma Virus. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 52: 53-59), które następnie infekowano wirusem krowianki typu dzikiego. W wyniku rekombinacji homologicznej pomiędzy wirusem typu dzikiego i plazmidowym DNA powstały zrekombinowane wirusy krowianki, które zostały wyselekcjonowane na podstawie zarówno ekspresji beta-galaktozydazy, jak i inaktywacji kinazy tymidynowej, jak opisano wcześniej (Chakrabarti i wsp.. Mol Cell Biol. 1985, 5(12):3403-9). Zrekombinowany wirus został oczyszczony trzykrotnie poprzez łysinki i zmiareczkowany po hodowli w ludzkich komórkach TK143B. Preparaty wirusa traktowano równą objętością 0,25 mg/ml trypsyny przez 30 min. w 37°C i rozcieńczano w PBS przed immunizacją myszy. Grupy po 5 myszy zostały użyte we wszystkich doświadczeniach i jako grupy kontrolne. Dane prezentowane poniżej są reprezentatywne dla trzech niezależnych doświadczeń.
Grupę myszy immunizowano dootrzewnowo 106 zrekombinowanych wirusów krowianki i umożliwiono powrót do zdrowia przez 3 tygodnie. Grupy stanowiące kontrolę ujemną immunizowano bądź samym buforem, bądź wirusem krowianki typu dzikiego. Jako kontrolę dodatnią grupę myszy infekowano dożylnie (i.v.) 106 i.f.u. C. trachomatis. Pokazano uprzednio, że liczba organizmów podana grupie stanowiącej kontrolę pozytywną jest usuwana w ciągu dwóch tygodni. Po 3 tygodniach zwierzęta w każdej grupie prowokowano i.v. 106 i.f.u. C. trachomatis. Trzy dni po prowokacji myszy uśmiercano i ustalano i.f.u. na śledzionę.
Średnia liczba organizmów znajdywanych w śledzionach zwierząt immunizowanych wirusem krowianki wyrażającym Cap1 (7,1x104) była 2,6-razy niższa (p<0,01; analiza Wilcoxon'sRank Sum) niż zwierząt w grupach kontrolnych immunizowanych bądź buforem (1,8x105) bądź wirusem krowianki typu dzikiego (1,9x105). Zwierzęta w grupach dodatnich miały 77-razy mniej organizmów (2,4x103) na śledzionę niż zwierzęta z grup stanowiących kontrolę ujemną (p<0,01; analiza Wilcoxon's-Rank Sum). Dane te pokazują, że immunizacja immunogennym fragmentem Cap1 może dawać statystycznie znaczący poziom ochrony przeciw infekcji C. trachomatis.
P r z y k ł a d 10
Białka fuzyjne Pmp/Ra12
Wytworzono rozmaite konstrukty fuzji Pmp/Ra12 syntetyzując najpierw fragmenty PCR zawierające miejsce restrykcyjne Not I. Każdy fragment PCR włączono następnie poprzez ligację w miejscu restrykcyjnym NotI pCRX1. Wektor pCRX1 zawiera część 6HisRa12 fuzji. Część Ra12 konstruktu fuzji koduje polipeptyd odpowiadający resztom aminokwasowym 192-323 z MTB32A Mycobacterium tuberculosis, jak opisano w zgłoszeniu patentowym USA 60/158585, ujawnienie którego jest tu włączone jako odniesienie. Prawidłową orientację każdej wstawki określono poprzez jej wzór trawienia enzymami restrykcyjnymi, a jej sekwencję zweryfikowano. Liczne konstrukcje fuzji wytworzono dla PmpA, PmpB, PmpC, PmpF and PmpH, jak opisano dalej poniżej:
Białka fuzyjne dla PmpA
PmpA to białko o wielkości 107 kD zawierające 982 aa i zostało ono sklonowane z odmiany serologicznej E. Białko PmpA zostało podzielone na 2 zachodzące na siebie fragmenty, część (N-końcową) i (C- końcową) PmpA.
PmpA(N-term) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCATGTTTATAACAAAGGAACTTATG (SEK NR ID:306)
GAGAGCGGCCGCTTACTTAGGTGAGAAGAAGGGAGTTTC (SEK NR ID:307) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 308, kodując białko o wielkości 66 kD (619 aa) reprezentujące odcinek 1-473 aa PmpA. Sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 309.
PmpA(C-term) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCCATTCTATTCATTTCTTTGATCCTG (SEK NR ID:310)
GAGAGCGGCCGCTTAGAAGCCAACATAGCCTCC (SEK NR ID:311) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 312, kodując białko o wielkości 74 kD (691 aa) reprezentujące odcinek 438-982 aa PmpA. Sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 313.
PL 209 107 B1
Białka fuzyjne dla PmpF
PmpF to białko o wielkości 112 kD zawierające 1034 aa i zostało ono sklonowane z odmiany serologicznej E. Białko PmpF zostało podzielone na 2 zachodzące na siebie fragmenty, część PmpF(N-term) i (C-term).
PmpF(N-term) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCATGATTAAAAGAACTTCTCTATCC (SEK NR ID:314)
GAGAGCGGCCGCTTATA-ATTCTGCATCATCTTCTATGGC (SEK NR ID:315) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 316, kodując białko o wielkości 69 kD (646 aa) reprezentujące odcinek 1-499 aa PmpF. Sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 317.
PmpF(C-term) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCGACATACGAACTCTGATGGG (SEK NR ID:318)
GAGAGCGGCCGCTTAAAAGACCAGAGCTCCTCC (SEK NR ID:319) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 320, kodując białko o wielkości 77 kD (715 aa) reprezentujące odcinek 466-1034 aa PmpF. Sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 321.
Białka fuzyjne dla PmpH
PmpH to białko o wielkości 108 kD zawierające 1016 aa i zostało ono sklonowane z odmiany serologicznej E. Białko PmpH zostało podzielone na 2 zachodzące na siebie fragmenty, część PmpH(N-term) i (C-term).
PmpH(N-term) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCATGCCTTTTTCTTTGAGATCTAC (SEK NR ID:322)
GAGAGCGGCCGCTTACACAGATCCATTACCGGACTG (SEK NR ID:323) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 324, kodując białko o wielkości 64 kD (631 aa) reprezentujące odcinek 1-484 aa PmpH. Sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 325. Stwierdzono, że linia dawcy CHH037 jest reaktywna wobec tego białka.
PmpH(C-term) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCGATCCTGTAGTACAAAATAATTCAGC (SEK NR ID:326)
GAGAGCGGCCGCTTAAAAGATTCTATTCAAGCC (SEK NR ID:327) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 328, kodując białko o wielkości 77 kD (715 aa) reprezentujące odcinek 449-1016 aa PmpH. Sekwencja aminokwasową białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 329. Stwierdzono, że linia dawcy C12 jest reaktywna wobec tego białka.
Białka fuzyjne dla PmpB
PmpB to białko o wielkości 183 kD zawierające 1750 aa i zostało ono sklonowane z odmiany serologicznej E. Białko PmpB zostało podzielone na 4 zachodzące na siebie fragmenty, część PmpB(1), (2), (3) i (4).
PmpB(1) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCATGAAATGGCTGTCAGCTACTGCG (SEK NR ID: 330)
GAGAGCGGCCGCTTACTTAATGCGAATTTCTTCAAG (SEK NR ID: 331) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 332 i koduje białko o wielkości 53 kD (518 aa) reprezentujące odcinek 1-372 aa PmpB. Sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 333.
PmpB(2) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCGGTGACCTCTCAATTCAATCTTC (SEK NR ID:334)
GAGAGCGGCCGCTTAGTTCTCTGTTACAGATAAGGAGAC (SEK NR ID:335) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 336 i koduje białko o wielkości 60 kD (585 aa) reprezentujące odcinek 330-767 aa PmpB. Sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 337. Linie komórkowe pochodzące z linii pacjentów CT1, CT3, CT4 odpowiadają na to zrekombinowane białko pmpB.
PmpB(3) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCGACCAACTGAATATCTCTGAGAAC (SEK NR ID:338)
GAGCGGCCGCTTAAGAGACTACGTGGAGTTCTG (SEK NR ID:339) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 340 i koduje
PL 209 107 B1 białko o wielkości 67 kD (654 aa) reprezentujące odcinek 732-1236 aa PmpB. Sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 341.
PmpB(4) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCGGAACTATTGTGTTCTCTTCTG (SEK NR ID: 342)
GAGAGCGGCCGCTTAGAAGATCATGCGAGCACCGC (SEK NR ID: 343) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 344 i koduje białko o wielkości 76 kD (700 aa) reprezentujące odcinek 1160-1750 aa PmpB. Sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 345.
Białka fuzyjne dla PmpC
PmpC to białko o wielkości 187 kD zawierające 1774 aa i zostało ono sklonowane z odmiany serologicznej E. Białko PmpC zostało podzielone na 3 zachodzące na siebie fragmenty, część PmpC(1), (2) i (3).
PmpC(1) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCATGAAATTTATGTCAGCTACTGC (SEK NR ID:346)
GAGAGCGGCCGCTTACCCTGTAATTCCAGTGATGGTC (SEK NR ID:347) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 348 i koduje białko o wielkości 51 kD (487 aa) reprezentujące odcinek 1-340 aa PmpC.
Sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 349.
PmpC (2) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCGATACACAAGTATCAGAATCACC (SEK NR ID: 350)
GAGAGCGGCCGCTTAAGAGGACGATGAGACACTCTCG (SEK NR ID: 351) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 352 i koduje białko o wielkości 60 kD (583 aa) reprezentujące odcinek 305-741 aa PmpC. Sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 353.
PmpC(3) powielono przy użyciu startera sensownego i antysensownego:
GAGAGCGGCCGCTCGATC7VATCTAACGAAAACACAGACG (SEK NR ID: 354)
GAGAGCGGCCGCTTAGACCAAAGCTCCATCAGCAAC (SEK NR ID:355) odpowiednio. Otrzymany w rezultacie konstrukt fuzji ma sekwencję DNA przedstawioną w SEK NR ID: 356 i koduje białko o wielkości 70 kD (683 aa) reprezentujące odcinek 714-1250 aa PmpC. Sekwencja aminokwasowa białka fuzyjnego jest przedstawiona w SEK NR ID: 357.
P r z y k ł a d 11
Immunogenność CT622
Linie komórek T swoistych wobec Chlamydia wytworzono z dwóch pacjentów z infekcjami Chlamydia i linie te nazwano CT1 i CT13. Linie komórek T wytworzono bądź wobec pochodzących z monocytów komórek dendrytowych zainfekowanych odmianą serologiczną E C. trachomatis przez 72 godziny (CT1-ERB) bądź wobec zabitych ciałek elementarnych odmiany serologicznej E (EB) (CT13-EEB). Po wytworzeniu linie testowano wobec zrekombinowanego białka swoistego dla Chlamydia, CT622, w teście proliferacyjnym. Testy proliferacyjne przeprowadzano poprzez stymulowanie 2,5 x 104 komórek T w obecności 1x104 pochodzących z monocytów komórek dendrytowych ze zrekombinowanymi antygenami CT (2 gg/ml) albo EB Chlamydia (1 gg/ml). Test inkubowano przez 4 dni z pulsem 3H-tymidyny przez co najmniej 18 godzin.
Linia komórkowa CT1-ERB wykazywała odpowiedzi proliferacyjne znacząco powyżej pożywek kontrolnych po stymulacji CT622, CT875 i CT EB. Linia komórkowa CT13-EEB wykazywała odpowiedź proliferacyjną znacząco powyżej pożywek kontrolnych po stymulacji CT622, CT875 i CT EB (patrz Fig. 12).
P r z y k ł a d 12
Klonowanie i ekspresja genów CT611, 0RF3 i OppA1 Chlamydia trachomatis pełnej długości
Ekspresję zrekombinowanego białka dla otwartych ramek odczytu pełnej długości przeprowadzono dla klonów zawierających geny CT611, ORF-3 i oppA1. Klonami, które zawierały geny będące przedmiotem zainteresowania były: CtL2-8 (SEK NR ID:285), który koduje 4 ORF (CT474, CT473, CT060 i CT139), CtL2-10 (SEK NR ID:284), który koduje ORF CT610 i CT611 oraz klony 16CtL2-16 (SEK NR ID:47), 16-D4-22 (SEK NR ID:119) i 19-A5-54 (SEK NR ID:84), wszystkie zawierające sekwencje spokrewnione z ORF-3. Sekwencje w obrębie CtL2-10 (Ct-610) i CtL2-16 (ORF-3) również niezależnie zidentyfikowano poprzez klonowanie przez ekspresję na komórkach
T. Klon CtL2-8 był dalej badany, ponieważ klon ten stymulował odpowiedzi proliferacyjne i wytwarzanie IFN-gamma przez dwie linie komórek T wytworzone przeciw odmianie serologicznej E.
PL 209 107 B1
Klonowanie i ekspresja sekwencji klonów:
Stwierdzono, że CtL2-10 koduje dwie otwarte ramki odczytu (ORF), CT610 i CT611, i sąsiadują one ze sobą w klonie genomowym. ORF pełnej długości z CT610 (zawierająca domenę syntezy PQQ) wyrażono uprzednio i wykazano, że stymuluje odpowiedzi proliferacyjne linii komórek T wytworzonych przeciw Chlamydia. W celu ustalenia, czy druga ORF, CT611, była również rozpoznawana przez komórki T, sekwencję pełnej długości CT611 powielono poprzez PCR i poddano zabiegom inżynierii genetycznej w celu uzyskania ekspresji białka. Sekwencja nukleotydowa jest ujawniona w SEK NR ID:361 z odpowiednią sekwencją aminokwasową ujawnioną w SEK NR ID:365.
Dla drugiego klonu serologicznego, CtL2-8, stwierdzono, że zawiera 4 ORF (CT474, CT473, CT060 i CT139). Zachodzące na siebie peptydy dla trzech najmniejszych przewidywanych ORF (CT474, CT473 i CT060) nie stymulowały odpowiedzi proliferacyjnej linii komórek T. Sugeruje to, że immunostymulujący antygen znajduje się w czwartej ORF, CT139. ORF T139 ma długość około 450 nukleotydów. Sekwencja nukleotydowa pełnej długości jest ujawniona w SEK NR ID:359, a sekwencja aminokwasowa pełnej długości jest ujawniona w SEK NR ID:363. Porównanie sekwencji aminokwasowych z Genbank ujawniło, że jest to białko wiążące się z oligopeptydydem (oppA1), jak również należące do rodziny transportera peptydowego ABC. Białko to ma długość 462 aminokwasów i przewidywaną wielkość 48,3 kDa i wydaje się zawierać 2 regiony transbłonowe.
W celu uzyskania ekspresji sekwencji oppA1 pełnej długości zaprojektowano oligonukleotydy, które powielają specyficznie sekwencję rozpoczynającą się od reszty aminokwasowej 22 (pozbawioną pierwszej domeny transbłonowej), której sekwencja nukleotydowa jest ujawniona w SEK NR ID:358 i której sekwencja aminokwasowa jest ujawniona w SEK NR ID:362. Pokazano ekspresję białka w E. coli.
Dokonano również klonowania sekwencji pełnej długości i ekspresji zrekombinowanego białka dla ORF-3. Sekwencje nukleotydowe i aminokwasowe są ujawnione w SEK NR ID:360 i 364, odpowiednio.
P r z y k ł a d 13
Zrekombinowane antygeny Chlamydia rozpoznawane przez linie komórek T
Linie komórek T pacjentów wytworzono z następujących z dawców: CT1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT6, CT7, CT8, CT9, CT10, CT11, CT12, CT13, CT14, CT15 i CT16, niektórzy przedyskutowani powyżej. Podsumowanie dotyczących ich szczegółów jest zamieszczone w Tabeli V.
T a b e l a V: Pacjenci z C. trachomatis
Pacjenci Płeć Wiek Manifestacja kliniczna Odmiana serologiczna Miano IgG Wielokrotne infekcje
1 2 3 4 5 6 7
CT1 M 27 NGU LCR Ujemne Nie
CT2 M 24 NGU D Ujemne E
CT3 M 43 Bezobjawowy Wydalane Eb Dx była HPV J Ct 1:512 Cp 1:1024 Cps 1:256 Nie
CT4 F 25 Bezobjawowy Wydalane Eb J Ct 1:1024 Y
CT5 F 27 BV LCR Ct 1:256 Cp 1:256 F/F
CT6 M 26 Wysypka kroczowa, upławy, trudności w oddawaniu moczu G Cp 1:1024 N
CT7 F 29 BV Owrzodzenie genitalne E Ct 1:512 Cp 1:1024 N
CT8 F 24 Nieznane LCR Nie testowane NA
PL 209 107 B1 cd. tabeli V
1 2 3 4 5 6 7
CT9 M 24 Bezobjawowy LCR Ct 1:128 Cp 1:128 N
CT10 F 20 Łagodny świąd pochwy Ujemne Ujemne 12/1/98
CT11 F 21 BV Nieprawidłowy papkowaty wymaz J Ct 1:512 F/F/J/E/E PID 6/96
CT12 M 20 Bez objawowy LCR Cp 1:512 N
CT13 F 18 BV, rzeżączka, wydalanie pochwowe Ct, trudności w oddawaniu moczu G Ct 1:1024 N
CT14 M 24 NGU LCR Ct 1:256 Cp 1:256 N
CT15 F 21 Śluzoworopne zapalenie szyjki macicy upławy pochwowe Hodowla Ct 1:256 Ct IgM 1:320 Cp 1:64 N
CT16 M 26 Bezobjawowy/kontakt LCR NA N
CL8 M 38 Brak historii klinicznej choroby Ujemne Ujemne N
NGU = niegonokokowe zapalenie cewki moczowej; BV = bakteryjne zapalenie pochwy; CT = Chlamydia trachomatis; Cp = Chlamydia pneumoniae; Eb = ciałka podstawowe Chlamydia; HPV = ludzki wirus brodawczaka; Dx = diagnoza; PID = choroba zapalna miednicy; LCR = reakcja łańcuchowa ligazy.
PBMC pobierano od drugiej serii dawców i z ich podzbioru wytworzono linie komórek T. Zestawienie szczegółów dla trzech takich linii T jest zebrane w tabeli przedstawionej poniżej.
T a b e l a VI: Zdrowi dawcy
Dawca Płeć Wiele Miano CT IgG Miano CT IgG
CHH011 F 49 1:64 1:16
CHH037 F 22 0 0
CHH042 F 25 0 1:16
Dawcą CHH011 jest zdrowa 49-letnia kobieta seroujemna pod względem C. trachomatis. PBMC wytwarzały wyższe ilości IFN-gamma w odpowiedzi na ciałka elementarne C. trachomatis w porównaniu do ciałek elementarnych C. pneumoniae, co wskazuje na odpowiedź swoistą wobec C. trachomatis. Dawcą CHH037 jest 22-letnia zdrowa kobieta seroujemna pod względem C. trachomatis. PBMC wytwarzały wyższe ilości IFN-gamma w odpowiedzi na ciałka elementarne C. trachomatis w porównaniu do ciałek elementarnych C. pneumoniae, co wskazuje na odpowiedź swoistą wobec C. trachomatis. Dawcą CHH042 jest 25-letnia zdrowa kobieta z mianem IgG 1:16 dla C. pneumoniae. PBMC wytwarzały wyższe ilości IFN-gamma w odpowiedzi na ciałka elementarne C. trachomatis w porównaniu do ciałek elementarnych C. pneumoniae, co wskazuje na odpowiedź swoistą wobec C. trachomatis.
Zrekombinowane białka dla kilku genów Chlamydia trachomatis wytworzono jak opisano powyżej. Sekwencje dla MOMP pochodziły z odmiany serologicznej F. Geny CT875, CT622, pmp-B-2, pmpA i CT529 pochodziły z odmiany serologicznej E, a sekwencje genów gro-EL, Swib, pmpD, pmpG, TSA, CT610, pmpC, pmpE, S13, IpdA, pmpl i pmpH-C pochodziły z LII.
Kilka linii pacjenta i dawcy opisanych powyżej testowano wobec zrekombinowanych białek Chlamydia. Tabela IV podsumowuje wyniki odpowiedzi komórek T na te zrekombinowane białka Chlamydia.
PL 209 107 B1
T a b e l a VII: Zrekombinowane antygeny Chlamydia rozpoznawane przez linie komórek T
c Φ O) c < ω ro o .i o E o 5 ω U ω 1= o c ω § _Ω 35 Ό * o. CM _l 00 _l O LU O 1— o LU 1— O LU CO 1— o CM _l 1— O LU LO 1— o LU 1— O LU CM 1— O LU CO 1— o LU O I I o LU h- CO O I I o
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14
Gro-EL (CT110) L2 10 - + + + + + + + + + +
MompF (CT681) F 10 - + + + + + + + + + +
CT875 E 8 - + + + + + + + + + +
SWIB (CT460) L2 8 + + - + - + - + + + +
pmpD (CT812) L2 5 - + + + + - - + + - -
pmpG (CT871) L2 6 - + + - + + nt - + + -
TSA (CT603) L2 6 - - + + + + - - + - +
CT622 E 3 - - + + + - - - - - -
CT610 L2 3 - + - + - - - + - - -
pmpB-2 (CT413) E 3 - - + + + - - - - - -
pmpC (CT414) L2 4 - - - + - + - + - - +
pmpE (CT869) L2 3 - + + - - - - - + - -
S13 (CT509) L2 3 + - - - + - - - - - -
IpdA (CT557) L2 3 - - + + - - - - - + -
pmpI (CT874) L2 2 - - + - - - - - - + -
pmpH-C (CT872) L2 1 - - - - - - - + - - -
pmpA (CT412) E 0 - - - - - - - - - - -
CT529 E 0 - - - - - - - - - - -
PL 209 107 B1
Lista sekwencji <110> Corixa Corporation Fling, Steven P. Skeiky, Yasir A. W. Probst, Peter Bhatia, Ajay <120> Związki oraz sposoby leczenia i diagnozowania infekcji Chlamydia <130> 210121.46902PC <140> PCT/US01/23121 <141> 2001-07-20 <160> 599 <170> FastSEQ dla Windows wersja 3.0/4.0 <210> 1 <211> 481 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400 ctgaagactt gcgaaggaag caaaataaga gttggtgcag gagaatagtc aaagtttttg cacatcatta agttcattct > 1 ggctatgttt agccctcaac actctgcttt gacctatgcc ttcaagatcc gaactgaaaa aataaaatag ttttgttcgt tttattttga ttttcttatc catgcagcct tcgcacagag tacaaacaaa acctatcgat aaattgactc ttttgtgggt cgataaacct accttcttta gtgaacgtat atcattaaga cgtaatatca atgttccaaa acgtgttcct attactgtat agttaaggca actaggagtc ccgctgattt aaatgtggga atcccgatga tgacaaaaat cgtctttaag ctttaacaac taaaagagtt atccatgagt agctgccatc ttacattaag taaattggct ggtttctcaa atgaggaact tatcttagca
120
180
240
300
360
420
480
481
<210> 2
<211> 183
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 2
agaaaatgtg ggattacatt 60
tcaatcccga tgataaattg 120
aaatgacaaa aatggtttct 180
183
<210> 3 <211> 110 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 3 gctgcgacat catgcgagct tgcaaaccaa catggacatc tccaatttcc ccttctaact 60 cgctctttgg aactaatgct gctaccgagt caatcacaat cacatcgacc no <21O> 4 <211> 555 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 4 cggcacgagc ctaagatgct tatactactt taagggaggc ccttcgtatg ccgcgcatca 60 ttggaataga tattcctgcg aaaaagaaat taaaaataag tcttacatat atttatggaa 120
PL 209 107 B1 tagggccagc tctttctaaa gagattattg ctagattgca gttgaatccc gaagctagag 180 ctgcagagtt gactgaggaa gaggttggtc gactaaacgc tcttttacag tcggattacg 240 ttgttgaagg ggatttgcgc cgtcgtgtgc aatctgatat caaacgtctg attactatcc 300 atgcttatcg tggacaaaga catagacttt ctttgcctgt tcgtggtcag agaacaaaaa 360 caaattctcg cacgcgtaag ggtaaacgta aaactattgc aggtaagaag aaataataat 420 ttttaggaga gagtgttttg gttaaaaatc aagcgcaaaa aagaggcgta aaaagaaaac 480 aagtaaaaaa cattccttcg ggcgttgtcc atgttaaggc tacttttaat aatacaattg 540 taaccataac agacc 555
<210> 5 <211> 86 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
<400> 5
Met Ser Gin Asn Lys Asn Ser Ala Phe Met Gin Pro Val Asn Val Ser
1 5 10 15
Ala Asp Leu Ala Ala Ile Val Gly Ala Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu
20 25 30
Ile Ile Lys Lys Met Trp Asp Tyr Ile Lys Glu Asn Ser Leu Gin Asp
35 40 45
Pro Thr Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val
50 55 60
Phe Gly Thr Glu Lys Pro Ile Asp Met Phe Gin Met Thr Lys Met Val
65 70 75 80
Ser Gin His Ile Ile Lys
85
<210> 6
<211> 61
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 6
Ile Val Gly Ala Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu Ile Ile Lys Lys Met
1 5 10 15
Trp Asp Tyr Ile Lys Glu Asn Ser Leu Gin Asp Pro Thr Asn Lys Arg
20 25 30
Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr Glu Lys
35 40 45
Pro Ile Asp Met Phe Gin Met Thr Lys Met Val Ser Gin
50 55 60
<210> 7
<211> 36
<212> PRT
<213> Chlamyida trachomatis
<400> 7
Ala Ala Thr Ser Cys Glu Leu Ala Asn Gin His Gly His Leu Gin Phe
1 5 10 15
Pro Leu Leu Thr Arg Ser Leu Glu Leu Met Leu Leu Pro Ser Gin Ser
20 25 30
Gin Ser His Arg
35
<210> 8
<211> 18
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 8
Leu Arg His His Ala Ser Leu Gin Thr Asn Met Asp Ile Ser Asn Phe
1 5 10 15
Pro Phe <210> 9
PL 209 107 B1 <211> 5 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> Leu Ala Leu
Trp Asn 5 <210> 10 <211> 11 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 10
Cys Cys Tyr Arg Val Asn His Asn His Ile 15 10
Asp <210> 11 <211> 36 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 11
Val Asp Val
1
Glu Leu Glu
Met Met Ser
35
Gin
Ala Ala Leu Val Pro Lys Ser
10 15
His Val Gly Leu Gin Ala Arg
30
<210> 12 <211> 122 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 12
Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile Asp Ile Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys
1 5 10 15
Ile Ser Leu Thr Tyr Ile Tyr Gly Ile Gly Pro Ala Leu Ser Lys Glu
20 25 30
Ile Ile Ala Arg Leu Gin Leu Asn Pro Glu Ala Arg Ala Ala Glu Leu
35 40 45
Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn Ala Leu Leu Gin Ser Asp Tyr
50 55 60
Val Val Glu Gly Asp Leu Arg Arg Arg Val Gin Ser Asp Ile Lys Arg
65 70 75 80
Leu Ile Thr Ile His Ala Tyr Arg Gly Gin Arg His Arg Leu Ser Leu
85 90 95
Pro Val Arg Gly Gin Arg Thr Lys Thr Asn Ser Arg Thr Arg Lys Gly
100 105 110
Lys Arg Lys Thr Ile Ala Gly Lys Lys Lys
115 120
<210> 13 <211> 20 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 13
Asp Pro Thr Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys 15 10 15
Val Phe Gly Thr 20 <210> 14 <211> 20 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
PL 209 107 B1 <400> 14
Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr Glu Lys Pro Ile Aso Met 1 5 io i5
Phe Gin Met Thr 20 <210> 15 <211> 161 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 15 atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcttc atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg cgcaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg a <210> 16 <211> 897 <212> DNA <213> Chlymidia trachomatis
120
161 <400 atggcttcta acacagccca attaaggttg gcgggctctt actgttgtcg caaagcttct ctcacagcag atcggaggaa aaaatgctgg agctatatta gcggaaagag gaagtgccgg ttcacgcgca gacgttttca ggatgtacgt > 16 tatgcggacg acaataaaat ccaagtctgc ccgcacacat ctttagggaa tctctcacat atctttgtgt ttacctacct caaaaccgtt tggcggctaa cagattgcga gagaggaaaa tcaagtatgc aattggtgcc tcacttctgc tttagggtct ggcaagggta tgccgaattg tacagcttcc tgcctttaac gaaagctgct gtctcataag cgcgacattc tctttcttcc ccatgcagcg agcccgctgc tgcttgcgag actcctcact gctgcctatt aattattgga ggtacaggga gtaaataaga accgcaaata caagtgtcca ggagcgttgc agtcagaaaa cgcagagcgg ggagctatcc caaactaaag tctgtggtgg gctcgtattg aagaaagtcg atgctcgaga acaatgggta ttgtgcactt atgctctaaa cgaagggaat ttttggaaca aaggattagg caggaacagt cgcaagaagg ctgcggctgt gtccgattct caaatatggg gtgctggact cgagagaaga ctggagagaa agtttttgga ttcgtgcgat tctgcgccag agcttttttt ggataagact agctggaggc ggatgcgaga tcaaagtgcg ggatgagggg ctgtagcatc gtttgtcaac atcttctgtt cgctatcagt gtcgttactc agccaagacg atgcgttgcc tgtggctgct agcataa
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
897 <210> 17 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 17 Met Ala Ser Ile
Lys Ala Phe Phe 20
Lys Thr Lys Gly 35
Glu Leu Thr Ala 50
Ala His Ile Thr 65
Thr Val Val Ala
Val Gin Ser Ala 100
Lys Thr Gin Glu 115
His Lys Arg Arg 130
Thr Tyr Leu Ala 145
Lys Met Leu Ala
Gly Ser Ser Val
Cys Gly 5
Thr Gin
Met Asp
Asn Ile
Ala Ser 70
Leu Gly 85
Gin Ser
Gly Asp
Ala Ala
Thr Phe 150
Lys Pro 165
Ser Tyr
Arg Leu
Pro Asn
Lys Thr 40
Leu Glu 55
Gin Val
Asn Ala
Phe Phe
Glu Gly 120
Ala Ala 135
Gly Ala
Phe Leu
Ile Met
Gly Ser 10
Asn Lys 25
Ile Lys
Gin Ala
Ser Lys
Phe Asn 90
Ser His 105
Leu Thr
Val Cys
Ile Arg
Ser Ser 170
Ala Ala
Gly Thr Gly Asn
Met Ala
Val Ala
Gly Gly 60
Gly Leu 75
Gly Ala
Met Lys
Ala Asp
Ser Ile 140
Pro Ile 155
Gin Thr
Arg Val 30
Lys Ser 45
Ala Gly
Gly Asp
Leu Pro
Ala Ala 110
Leu Cys 125
Ile Gly
Leu Phe
Lys Ala
Asn His Ala Ala
Ala Leu 15
Val Asn
Ala Ala
Ser Ser
Ala Arg 80
Gly Thr 95
Ser Gin
Val Ser
Gly Ile
Val Asn 160
Asn Met 175
Ser Val
PL 209 107 B1
180 185 190
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200 205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Val Pro Gly
210 215 220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr
225 230 235 240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu
245 250 255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro Ile Thr Met
260 265 270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Ile
275 280 285
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290 295
<210> IB <211> 18 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
Arg
Tyr <400> Ala Ala
Leu
Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe Ile 5 10
Gly Gly Ile Thr 15 <210> 19 <211> 18 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 19
Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile 1 5 10 15
Arg Pro <210> 20 <211> 216 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 20
Met Arg Gly Ser Gin Gin Ile Phe Val Cys Leu Ile Ser Ala Glu Arg
1 5 10 15
Leu Arg Leu Ser Val Ala Ser Ser Glu Glu Leu Pro Thr Ser Arg His
20 25 30
Ser Glu Leu Ser Val Arg Phe Cys Leu Ser Thr Lys Cys Trp Gin Asn
35 40 45
Arg Phe Phe Leu Pro Lys Leu Lys Gin Ile Trp Asp Leu Leu Leu Ala
50 55 60
Ile Leu Trp Arg Leu Thr Met Gin Arg Leu Trp Trp Val Leu Asp Ser
65 70 75 80
Leu Ser Val Arg Lys Glu Gin Ile Ala Lys Pro Ala Ala Leu Val Leu
85 90 95
Arg Glu Lys Ser Arg Tyr Ser Lys Cys Arg Glu Arg Lys Met Leu Ala
100 105 110
Arg Arg Lys Ser Leu Glu Arg Lys Pro Arg Arg Ser Arg Ala Ser Ser
115 120 125
Met His Ser Ser Leu Cys Ser Arg Ser Phe Trp Asn Ala Leu Pro Thr
130 135 140
Phe Ser Asn Trp Cys Arg Cys Leu Leu Gin Trp Val Phe Val Arg Leu
145 150 155 160
Trp Leu Leu Asp Val Arg Ser Leu Leu Gin Leu Leu Asp Cys Ala Leu
165 170 175
Ser Ala Pro Glu His Lys Gly Phe Phe Lys Phe Leu Lys Lys Lys Ala
180 185 190
PL 209 107 B1
Val Leu Ser Lys Lys Lys Gin Pro Phe 215 Phe Leu Ser Thr Lys Cys Leu Ala Phe
195 Ile Val 210 Lys Ile Val 200 Leu 205
<210> 21
<211> 1256
<212> DNA
<213> Chlamydia trachomatis
<400> 21
ctcgtgccgg cacgagcaaa gaaatccctc aaaaaatggc cattattggc ggtggtgtga 60 tcggttgcga attcgcttcc ttattccata cgttaggctc cgaagtttct gtgatcgaag 120 caagctctca aatccttgct ttgaataatc cagatatttc aaaaaccatg ttcgataaat 180 tcacccgaca aggactccgt ttcgtactag aagcctctgt atcaaatatt gaggatatag 240 gagatcgcgt tcggttaact atcaatggga atgtcgaaga atacgattac gttctcgtat 300 ctataggacg ccgtttgaat acagaaaata ttggcttgga taaagctggt gttatttgtg 360 atgaacgcgg agtcatccct accgatgcca caatgcgcac aaacgtacct aacatttatg 420 ctattggaga tatcacagga aaatggcaac ttgcccatgt agcttctcat caaggaatca 480 ttgcagcacg gaatataggt ggccataaag aggaaatcga ttactctgct gtcccttctg 540 tgatctttac cttccctgaa gtcgcttcag taggcctctc cccaacagca gctcaacaac 600 atctccttct tcgcttactt tttctgaaaa atttgataca gaagaagaat tcctcgcaca 660 cttgcgagga ggagggcgtc tggaagacca gttgaattta gctaagtttt ctgagcgttt 720 tgattctttg cgagaattat ccgctaagct tggttacgat agcgatggag agactgggga 780 tttcttcaac gaggagtacg acgacgaaga agaggaaatc aaaccgaaga aaactacgaa 840 acgtggacgt aagaagagcc gttcataagc cttgctttta aggtttggta gttttacttc 900 tctaaaatcc aaatggttgc tgtgccaaaa agtagtttgc gtttccggat agggcgtaaa 960 tgcgctgcat gaaagattgc ttcgagagcg gcatcgcgtg ggagatcccg gatactttct 1020 ttcagatacg aataagcata gctgttccca gaataaaaac ggccgacgct aggaacaaca 1080 agatttagat agagcttgtg tagcaggtaa actgggttat atgttgctgg gcgtgttagt 1140 tctagaatac ccaagtgtcc tccaggttgt aatactcgat acacttccct aagagcctct 1200 aatggatagg ataagttccg taatccatag gccatagaag ctaaacgaaa cgtatt 1256 <210> 22 <211> 601 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 22 ctcgtgccgg cacgagcaaa gaaatccctc aaaaaatggc cattattggc ggtggtgtga 60 tcggttgcga attcgcttcc ttattccata cgttaggctc cgaagtttct gtgatcgaag 120 caagctctca aatccttgct ttgaataatc cagatatttc aaaaaccatg ttcgataaat 180 tcacccgaca aggactccgt ttcgtactag aagcctctgt atcaaatatt gaggatatag 240 gagatcgcgt tcggttaact atcaatggga atgtcgaaga atacgattac gttctcgtat 300 ctataggacg ccgtttgaat acagaaaata ttggcttgga taaagctggt gttatttgtg 360 atgaacgcgg agtcatccct accgatgcca caatgcgcac aaacgtacct aacatttatg 420 ctattggaga tatcacagga aaatggcaac ttgcccatgt agcttctcat caaggaatca 480 ttgcagcacg gaatataggt ggccataaag aggaaatcga ttactctgct gtcccttctg 540 tgatctttac cttccctgaa gtcgcttcag taggcctctc cccaacagca gctcaacaac 600 a 601 <210> 23 <211> 270 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 23 acatctcctt cttcgcttac tttttctgaa aaatttgata cagaagaaga attcctcgca 60 cacttgcgag gaggagggcg tctggaagac cagttgaatt tagctaagtt ttctgagcgt 120 tttgattctt tgcgagaatt atccgctaag cttggttacg atagcgatgg agagactggg 180 gatttcttca acgaggagta cgacgacgaa gaagaggaaa tcaaaccgaa gaaaactacg 240 aaacgtggac gtaagaagag ccgttcataa 270 <210> 24 <211> 363 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis
PL 209 107 B1 <400> 24 ttacttctct aaaatccaaa tggttgctgt gccaaaaagt agtttgcgtt tccggatagg gcgtaaatgc gctgcatgaa agattgcttc gagagcggca tcgcgtggga gatcccggat actttctttc agatacgaat aagcatagct gttcccagaa taaaaacggc cgacgctagg aacaacaaga tttagataga gcttgtgtag caggtaaact gggttatatg ttgctgggcg tgttagttct agaataccca agtgtcctcc aggttgtaat actcgataca cttccctaag agcctctaat ggataggata agttccgtaa tccataggcc atagaagcta aacgaaacgt att <210> 25 <211> 696 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 25 gctcgtgccg gcacgagcaa agaaatccct caaaaaatgg ccattattgg cggtggtgtg atcggttgcg aattcgcttc cttattccat acgttaggct ccgaagtttc tgtgatcgaa gcaagctctc aaatccttgc tttgaataat ccagatattt caaaaaccat gttcgataaa ttcacccgac aaggactccg tttcgtacta gaagcctctg tatcaaatat tgaggatata ggagatcgcg ttcggttaac tatcaatggg aatgtcgaag aatacgatta cgttctcgta tctataggac gccgtttgaa tacagaaaat attggcttgg ataaagctgg tgttatttgt gatgaacgcg gagtcatccc taccgatgcc acaatgcgca caaacgtacc taacatttat gctattggag atatcacagg aaaatggcaa cttgcccatg tagcttctca tcaaggaatc attgcagcac ggaatatagg tggccataaa gaggaaatcg attactctgc tgtcccttct gtgatcttta ccttccctga agtcgcttca gtaggcctct ccccaacagc agctcaacaa catctccttc ttcgcttact ttttctgaaa aatttgatac agaagaagaa ttcctcgcac acttgcgagg aggagggcgt ctggaagacc agttga <210> 26 <211> 231 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
120
180
240
300
360
363
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
696 <400> 26
Ala Arg Ala Gly Thr Ser Lys Glu Ile Pro Gin Lys Met Ala Ile Ile
1 5 10 15
Gly Gly Gly Val Ile Gly Cys Glu Phe Ala Ser Leu Phe His Thr Leu
20 25 30
Gly Ser Glu Val Ser Val Ile Glu Ala Ser Ser Gin Ile Leu Ala Leu
35 40 45
Asn Asn Pro Asp Ile Ser Lys Thr Met Phe Asp Lys Phe Thr Arg Gin
50 55 60
Gly Leu Arg Phe Val Leu Glu Ala Ser Val Ser Asn Ile Glu Asp Ile
65 70 75 80
Gly Asp Arg Val Arg Leu Thr Ile Asn Gly Asn Val Glu Glu Tyr Asp
85 90 95
Tyr Val Leu Val Ser Ile Gly Arg Arg Leu Asn Thr Glu Asn Ile Gly
100 105 110
Leu Asp Lys Ala Gly Val Ile Cys Asp Glu Arg Gly Val Ile Pro Thr
115 120 125
Asp Ala Thr Met Arg Thr Asn Val Pro Asn Ile Tyr Ala Ile Gly Asp
130 135 140
Ile Thr Gly Lys Trp Gin Leu Ala His Val Ala Ser His Gin Gly Ile
145 150 155 160
Ile Ala Ala Arg Asn Ile Gly Gly His Lys Glu Glu Ile Asp Tyr Ser
165 170 175
Ala Val Pro Ser Val Ile Phe Thr Phe Pro Glu Val Ala Ser Val Gly
180 185 190
Leu Ser Pro Thr Ala Ala Gin Gin His Leu Leu Leu Arg Leu Leu Phe
195 200 205
Leu Lys Asn Leu Ile Gin Lys Lys Asn Ser Ser His Thr Cys Glu Glu
210 215 220
Glu Gly Val Trp Lys Thr Ser
225 230
<210> 27 <211> 264 <212> DNA
PL 209 107 B1 <213> Chlamydia pneumoniae <400> 27 atgagtcaaa aaaataaaaa gcagttatag ttggcaaggg tacattaaaa aacacaactg aatcttgcca aagtctttgg ctttccaaac atattgtaaa ctctgctttt atgcatcccg tgaatatttc cacagattta acctatgccc agaaccgaaa ttgtaaagaa agtttgggaa tcaggatcaa aaaaataaac gtaatatcct tcccgatgcg ctctagtgat cctatcgaca tgttccaaat gaccaaagcc ataa
120
180
240
264 <210> 28 <211> 87 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 28
Met Ser Gin Lys Asn Lys Asn Ser Ala Phe Met His Pro Val Asn Ile
1 5 10 15
Ser Thr Asp Leu Ala Val Ile Val Gly Lys Gly Pro Met Pro Arg Thr
20 25 30
Glu Ile Val Lys Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys Gin
35 40 45
Asp Gin Lys Asn Lys Arg Asn Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys
50 55 60
Val Phe Gly Ser Ser Asp Pro Ile Asp Met Phe Gin Met Thr Lys Ala
65 70 75 80
Leu Ser Lys His Ile Val Lys
85
<210> 29 <211> 369 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400>
atgccacgca tatatttatg cctgaggcaa caatcagaat ttgatcgcca caacgtacaa aagaaataa <210>
<211>
<212>
<213>
tcattggaat gaataggatc gagcctctga ataccgtaga tccattctta aaactaattc tgatattcct agctcgttct attaactgaa aggggatttg tcgaggtcag tcgtactcga gcaaagaaaa gatgaaatca gaagaagtag cgacgtcgtg agacatagac aaaggtaaaa agttaaaaat ttaaaaagtt gacgactgaa ttcaatcgga tttctttacc gaaaaacagt aagtctgaca gaagttagat ctctctgcta tatcaaaaga agtaagagga cgcaggtaag
120
180
240
300
360
369
122
PRT
Chlamydia pneumoniae <400> 30
Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile Asp Ile Pro Ala Lys Lys Lys
1 5 10
Ile Ser Leu Thr Tyr Ile Tyr Gly Ile Gly Ser Ala Arg Ser
20 25 30
Ile Ile Lys Lys Leu Lys Leu Asp Pro Glu Ala Arg Ala Ser
Thr Glu Glu 50
Thr Val Glu 65
Glu Val Gly Arg Leu Asn Ser Leu 55
Gly Asp Leu Arg Arg Arg Val Gin 70 75
Arg
Ser
Leu Ile Ala Ile His Ser Tyr Arg Gly Gin
85 90
Pro Val Arg Gly Gin Arg Thr Lys Thr Asn
100 105
Lys Arg Lys Thr Val Ala Gly Lys Lys Lys
115 120
Leu
Ser
His
Arg
Gin Ser
Asp Ile
Arg Leu
Thr Arg 110
Leu Lys 15
Asp Glu
Glu Leu
Glu Tyr
Lys Arg 80
Ser Leu 95
Lys Gly <210> 31 <211> 10 <212> PRT
PL 209 107 B1 <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 31
Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 15 10 <210> 32 <211> 53 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 32
Leu Cys Val Ser His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys
1 5 10
Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg
20 25 30
Leu Phe Val Asn Lys Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser Ser
35 40 45
Lys Ala Asn Met Gly
50
<210> 33 <211> 161 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 33 atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg <210> 34 <211> 53 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis ctgtagcatc atcggaggaa 60 gtttgtcaac aaaatgctgg 120 a 161 <400> 34
Leu Cys Val Ser His Lys Arg Arg
1 5
Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu Ala
20
Leu Phe Val Asn Lys Met Leu Ala
35 40
Lys Ala Asn Met Gly
50
Ala Ala Ala Val Cys Ser Ile 10 15
Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile
Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr 45 <210> 35 <211> 55 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 35 gatatacata tgcatcacca tcaccatcac atgagtcaaa aaaaataaaa actct <210> 36 <211> 33 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 36 ctcgaggaat tcttatttta caatatgttt gga <210> 37 <211> 53 <212> DNA
PL 209 107 B1 <213> Chlamydia pneumoniae <400> 37 gatatacata tgcatcacca tcaccatcac atgccacgca tcattggaat gat <210> 38 <211> 30 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 38 ctcgaggaat tcttatttct tcttacctgc <210> 39 <211> 16 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 39
Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr 15 10 15 <210> 40 <211> 16 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 40
Lys Arg Asn Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly Ser 15 10 15 <210> 41 <211> 15 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 41
Lys Glu Tyr Ile Asn Gly Asp Lys Tyr Phe Gin Gin Ile Phe Asp 15 10 15 <210> 42 <211> 16 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 42
Lys Lys Ile Ile Ile Pro Asp Ser Lys Leu Gin Gly Val Ile Gly Ala 15 10 15 <210> 43 .
<211> 15 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
PL 209 107 B1 <223> Wykonano w laboratorium <400> 43
Lys Lys Leu Leu Val Pro Asp Asn Asn Leu Ala Thr Ile Ile Gly 15 10 15
<210> 44
<211> 509
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 44
ggagctcgaa ttcggcacga gagtgcctat tgttttgcag gctttgtctg atgatagcga taccgtacgt gagattgctg tacaagtagc tgttatgtat ggttctagtt gcttactgcg cgccgtgggc gatttagcga aaaatgattc ttctattcaa gtacgcatca ctgcttatcg tgctgcagcc gtgttggaga tacaagatct tgtgcctcat ttacgagttg tagtccaaaa tacacaatta gatggaacgg aaagaagaga agcttggaga tctttatgtg ttcttactcg gcctcatagt ggtgtattaa ctggcataga tcaagcttta atgacctgtg agatgttaaa ggaatatcct gaaaagtgta cggaagaaca gattcgtaca ttattggctg cagatcatcc agaagtgcag gtagctactt tacagatcat tctgagagga ggtagagtat tccggtcatc ttctataatg gaatcggttc tcgtgccgg
120
180
240
300
360
420
480
509
<210> 45
<211> 481
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> cecha dowolna
<222> 23
<223> n=A,T,C albo G
<400> 45
gatccgaatt cggcacgagg cantatttac tcccaacatt acggttccaa ataagcgata aggtcttcta ataaggaagt taatgtaaga ggctttttta ttgcttttcg taaggtagta ttgcaaccgc acgcgattga atgatacgca agccatttcc atcatggaaa agaacccttg gacaaaaata caaaggaggt tcactcctaa ccagaaaaag ggagagttag tttccatggg ttttccttat atacacccgt ttcacacaat taggagccgc gtctagtatt tggaatacaa attgtcccca agcgaatttt gttcctgttt cagggatttc tcctaattgt tctgtcagcc atccgcctat ggtaacgcaa ttagctgtag taggaagatc aactccaaac aggtcataga aatcagaaag ctcataggtg cctgcagcaa taacaacatt cttgtctgag tgagcgaatt <210> 46 <211> 427 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<221> cecha_dowolna <222> 20 <223> n=A,T,C albo G <400> 46 gatccgaatt cggcacgagn tttttcctgt tttttcttag tttttagtgt tcccggagca ataacacaga tcaaagaacg gccattcagt ttaggctctg actcaacaaa acctatgtcc tctaagccct gacacattct ttgaacaacc ttatgcccgt gttcgggata agccaactct cgcccccgaa acatacaaga aacctttact ttatttcctt tctcaataaa ggctctagct tgctttgctt tcgtaagaaa gtcgttatca tcgatattag gcttaagctt aacctctttg atacgcactt ggtgctgtgc tttcttacta tctttttctt ttttagttat gtcgtaacga tacttcccgt agtccatgat tttgcacaca ggaggctctg agtttgaagc aacctcqtqc cgaattc <210> 47 <211> 600 <212> DNA <213> Chlamydia
120
180
240
300
360
420
480
481
120
180
240
300
360
420
427
PL 209 107 B1
<220>
<221> cecha dowolna
<222> 522
<223> n=A,T,C albo G
<400> 47
gatccgaatt cagcttattc gatagtacag aaagctttta aggaacattg agctctggga gttgttctag tcatcaggcg ccgacaacgt ctttctaatg cggcacgaga tagaaaagtt tccaagatat acaactttcc aaactttatt gcatgttctt ctttggtacg ttcctaattt attcattacg gcaatgatat tgcttctatt gggagatcaa tttagacaaa aatcactaat aggaggaact agtctcagca agaaggtgat atgtagtcta tgtaggcggt tttaggaata acaattggtt attcttggtg atcacaacag aaaattcaat gaaataggaa gatattattg tctaagccct agaaccagaa ttagaaagcg acaaatcttc tggatgcgga gaattgctga acccttctct gcaacgggtt aattcacagt catcaagaat acgcgattag ttattaatac gngtggtatg taatgtatct aaaagcttac 60 tactattgtt 120 aggtttgttg 180 attcactccc 240 cacacccaaa 300 ggaaggcggc 360 ttatggatac 420 aggattgact 480 ggttaatgcc 540 tttttggagg 600
<210> 48
<211> 600
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 48
ggagctcgaa ttcggcacga atgatgcagg aattaggtcc cgtttgatgt gtatactatg atccagaaga taaattggat attgggccaa gttgcatccc aagagcaaaa aactaaggtg ccttggaaaa catgtctttt aactgttatc ctctaatttt ctatttgttg aagcagtcct aatttaagaa agttactttt gctctatgaa acactatctt tcgtgtaagc tgcgggtcta acgtttagag tgcaaatcaa ctagacaaga tcaagaacag agaattagtg tccttgttta tatccaattc tttttgtttc ctttttggtt ggtcagcaag aaagtgttgt ctccaacgtt taagcataat gagagtctgg agacactttt ctcgtatttt tctaaactgt gcaaatgatt acttctgaca taacactttt ttttccagtt agagtaagtt caaagccttt gaataatcct atggtagagt taggtctaat tcggataaaa 60 gattttaaat 120 ctagccccca 180 ttccctaaaa 240 cctcccttaa 300 atctattcag 360 tttagcttta 420 aaagagtttt 480 tctaagggag 540 tcggggaaat 600
<210> 49
<211> 600
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 49
gatccgaatt cggcacgaga cagcttattc tagaaaagtt gatagtacag tccaagatat aaagctttta acaactttcc aggaacattg aaactttatt agctctggga gcatgttctt gttgttctag ctttggtacg tcatcaggcg ttcctaattt ccgacaacgt attcattacg ctttctaatg gcaatgatat <210> 50 <211> 406 <212> DNA <213> Chlamydia tgcttctatt gggagatcaa tttagacaaa aatcactaat aggaggaact agtctcagca agaaggtgat atgtagtcta tgtaggcggt tttaggaata acaattggtt attcttggtg atcacaacag aaaattcaat gaaataggaa gatattattg tctaagccct agaaccagaa ttagaaagcg acaaatactt tggatgcgga gaattgctga acccttctct gcaacgggtt aattcacagt catcaagaat acgcgattag ttattaatac gtgtggtatg ctaatgtatc aaaagcttac 60 tactattgtt 120 aggtttgttg 180 attcactccc 240 cacacccaaa 300 ggaaggcggc 360 ttatggatac 420 aggattgact 480 ggttaatgcc 540 ttttttggag 600 <400:
gatccgaatt gctatcaaat tcctatgttc cattaaccac atctttcttt cttcttgaga agctccttgt cggcacgagt agcttattca ttcagctata aacataatca cttctggaaa gggagcttga acatcaatca tcttagcttg gtctttcatt aaaatacttc aattcgctag tctttctctg ataaaaatgt cggctatgca cttaattacg agttaaacga ttaaaacttg cggcagcaat aatcccgagc gactgccggc gtctcgtgcc taattaacca tcttttctag atatgctgta ttcgacagcg attcaaacgg atttgcttct gaattc aactaaaggg 60 ccatgactca 120 atcaaatcat 180 ctatgctcta 240 cgctcaagtt 300 tcagagccaa 360
406 <210> 51 <211> 602 <212> DNA
PL 209 107 B1 <213> Chlamydia <400:
gatccgaatt ttgaaagctt cccaggaaca aaaagctctg ggcgttgttc tactcatcag actccgacaa gccctttcta gaggtaatac tatttagaga tc cggcacgaga ttaacaactt ttgaaacttt ggagcatgtt tagctttggt gcgttcctaa cgtattcatt atggcaatga ctcaaacaaa aaaaagttcg tattttagac tccaatcact attaggagga cttagtctca acgagaaggt tttatgtagt acgtgtaggc tattttagga cgcttaaaca aattacgggg aaaatcacaa aataaaattc actgaaatag gcagatatta gattctaagc ctaagaacca ggtttagaaa ataacaaata atttttattg tttgttatgc cagacccttc aatgcaacgg gaaaattcac ttgcatcaag cctacgcgat gaattattaa gcggtgtggt cttctaatgt gatttttctt aaaataaact tctaggtttg 60 gttattcact 120 agtcacaccc ISO aatggaaggc 240 tagttatgga 300 tacaggattg 360 atgggttaat 420 atcttttttg 480 ataggtttta 540 cgtgccgaat 600
602
<210> 52
<211> 145
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 52
gatccgaatt cggcacgagc tcgtgccgat gtgttcaaca gcatccatag gatgggcagt 60 caaatatact ccaagtaatt ctttttctct tttcaacaac tccttaggag agcgttqqat 120 aacattttca gctcgtgccg aattc
145
<210> 53
<211> 450
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 53
gatccgaatt cggcacgagg gatcaaaccc acacttggga cttcctcaga atacagctgt ttcgatagaa atcttgcaca ctacagaaat tcccaatttc attcttgata ccccatgcct cagaaccaca aatatacaaa ctgcaggcaa ataagcctcg taatcggcac caagtaccta tcggtcacct atagcaggat ttgaaggtat gccaactctg acctctttgc tgccgaattc cgcactgctg caacataacg gattctctac gataagcgtt ctttatgaag cattaagggt cttgtagtct acactcatct gtccgctaaa cagtccgcgt cgtagttctg cttatgatac aattgcgatt ctgaaaacgc cctcgagctc 60 aacttccctt 120 tcctgcaagt 180 gaaaagaaat 240 atgtcgacat 300 ccgtattcat 360 gcataaacat 420
450
<210> 54
<211> 716
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 54
gatcgaaatt acttttgcct tcgtcagggg atgtggaatt tcttaagaag agcttcggac ttcttaatcc ccatccaaaa gctctccatc aaattacttt aaaaatgatc aggcaaatgg cggcacgagc agagaggcac attctgctag acattccata aggtgacgtg tacctctgct caaagatcct ggaaaaactg tccagaggga gatatatccc gacaaggagc aatatcaaag ggcacgagtt actatactaa aggggtaggg gactttcgca gattgggtgg ctctacaccc gtactttcct gtgaagcaag atcatagctc aataatatta acgctaaatt taaacagtat ttctgatagc gaagtttctt gaaaaaaccc tcattcccaa ggcagccttg attaccctgt ctctatctaa ctttaggaac atcaagaagc cgcgctgtca tgtacatacc acaactgggg gatttacaat gggtgtgtgg ttattactat catttacaca gcaccaaggg agatggcaca tcgtcagcga acaatatcga ttctactcct gcgtttggcc ccaaaatcaa atctcgtgcc cctttattca 60 cacagtcctg 120 gaccatgcgc 180 gctctacacc 240 attccttttg 300 ttctggctta 360 ttgattgctg 420 gtagctgaaa 480 tttcctggga 540 gaggtatcca 600 tcagccatct 660 gaattc 716 <210> 55 <211> 463 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 55 tctcaaatcc ttgctttgaa taatccagat atttcaaaaa ccatgttcga taaattcacc 60 cgacaaggac tccgtttcgt actagaagcc tctgtatcaa atattgagga tataggagat 120 cgcgttcggt taactatcaa tgggaatgtc gaagaatacg attacgttct cgtatctata 180
PL 209 107 B1 ggacgccgtt tgaatacaga aaatattggc ttggataaag ctggtgttat ttgtgatgaa cgcggagtca tccctaccga tgccacaatg cgcacaaacg tacctaacat ttatgctatt ggagatatca caggaaaatg gcaacttgcc catgtagctt ctcatcaagg aatcattgca gcacggaata taggtggcca taaagaggaa atcgattact ctgctgtccc ttctgtgatc tttaccttcc ctgaagtcgc ttcagtaggc ctctccccaa cag <210> 56 <211> 829 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 56 gtactatggg atcattagtt ggaagacagg ctccggattt ttctggtaaa gccgttgttt gtggagaaga gaaagaaatc tctctagcag actttcgtgg taagtatgta gtgctcttct tttatcctaa agattttacc tatgtttgtc ctacagaatt acatgctttt caagatagat tggtagattt tgaagagcat ggtgcagtcg tccttggttg ctccgttgac gacattgaga cacattctcg ttggctcact gtagcgagag atgcaggagg gatagaggga acagaatatc ctctgttagc agacccctct tttaaaatat cagaagcttt tggtgttttg aatcctgaag gatcgctcgc tttaagagct actttcctta tcgataaaca tggggttatt cgtcatgcgg ttatcaatga tcttccttta gggcgttcca ttgacgagga attgcgtatt ttagattcat tgatcttctt tgagaaccac ggaatggttt gtccagctaa ctggcgttct ggagagcgtg gaatggtgcc ttctgaagag ggattaaaag aatacttcca gacgatggat taagcatctt tgaaagtaag aaagtcgtac agatcttgat ctgaaaagag aagaaggctt tttaattttc tgcagagagc cagcgaggct tcaataatgt tgaagtctcc gacaccaggc aatgctaagg cgacgatatt agttagtgaa gtctgagtat taaggaaatg aaggccaaag aaatagctat caataaagaa gccttcttcc ttgactctaa agaatagtat gtcgtatcc <210> 57 <211> 1537 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 57 acatcaagaa atagcggact cgcctttagt gaaaaaagct gaggagcaga ttaatcaagc acaacaagat attcaaacga tcacacctag tggtttggat attcctatcg ttggtccgag tgggtcagct gcttccgcag gaagtgcggc aggagcgttg aaatcctcta acaattcagg aagaatttcc ttgttgcttg atgatgtaga caatgaaatg gcagcgattg caatgcaagg ttttcgatct atgatcgaac aatttaatgt aaacaatcct gcaacagcta aagagctaca agctatggag gctcagctga ctgcgatgtc agatcaactg gttggtgcgg atggcgagct cccagccgaa atacaagcaa tcaaagatgc tcttgcgcaa gctttgaaac aaccatcagc agatggttta gctacagcta tgggacaagt ggcttttgca gctgccaagg ttggaggagg ctccgcagga acagctggca ctgtccagat gaatgtaaaa cagctttaca agacagcgtt ttcttcgact tcttccagct cttatgcagc agcactttcc gatggatatt ctgcttacaa aacactgaac tctttatatt ccgaaagcag aagcggcgtg cagtcagcta ttagtcaaac tgcaaatccc gcgctttcca gaagcgtttc tcgttctggc atagaaagtc aaggacgcag tgcagatgct agccaaagag cagcagaaac tattgtcaga gatagccaaa cgttaggtga tgtatatagc cgcttacagg ttctggattc tttgatgtct acgattgtga gcaatccgca agcaaatcaa gaagagatta tgcagaagct cacggcatct attagcaaag ctccacaatt tgggtatcct gctgttcaga attctgtgga tagcttgcag aagtttgctg cacaattgga aagagagttt gttgatgggg aacgtagtct cgcagaatct caagagaatg cgtttagaaa acagcccgct ttcattcaac aggtgttggt aaacattgct tctctattct ctggttatct ttcttaacgt gtgattgaag tttgtgaatt gagggggagc caaaaaagaa tttctttttt ggctcttttt tcttttcaaa ggaatctcgt gtctacagaa gtcttttcaa taataagttc ttagttccaa aagaagaaaa tatataaaag aaaaaactcc taattcattt aaaaagtgct cggcagactt cgtggaaaat gtctgtaaag ctggagggga atcagcagaa agatgcaaga tatccgagaa aaaaggctca ggctcgtgcc gaattcggca cgagactacg aaagaaaggt cttttctttc ggaatctgtc attggatctg cgtaagactt aaagttcggc aacacaggct ctgtcttctc tttaggtttc ttgcgcgaga aaaattttct caagtaacaa gaagatttct ttttacagcc ggcatccggc ttctcgcgaa gtataac <210> 58 <211> 463 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 58 tctcaaatcc ttgctttgaa taatccagat atttcaaaaa ccatgttcga taaattcacc cgacaaggac tccgtttcgt actagaagcc tctgtatcaa atattgagga tataggagat
240
300
360
420
463
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
829
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1537
120
PL 209 107 B1 cgcgttcggt ggacgccgtt cgcggagtca ggagatatca gcacggaata tttaccttcc taactatcaa tgaatacaga tccctaccga caggaaaatg taggtggcca ctgaagtcgc tgggaatgtc aaatattggc tgccacaatg gcaacttgcc taaagaggaa ttcagtaggc gaagaatacg ttggataaag cgcacaaacg catgtagctt atcgattact ctctccccaa attacgttct cgtatctata 180 ctggtgttat ttgtgatgaa 240 tacctaacat ttatgctatt 300 ctcatcaagg aatcattgca 360 ctgctgtccc ttctgtgatc 420 cag 463
<210> 59
<211> 552
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 59
trachomati acattcctcc acggaatttt ttgaagcaag ttcataaaga gaatgatctt ttgttaaaga ccacaacagc aagctatgca ggccaaacat gaggaagcgc tgctcctcgc acacgtttct ctctggatta ggaagacaaa tagagccgaa aattgaagag tatcaaagca ggctcaatcc taactccgaa ct ggccatccac gctaaagatg aaagaagatg caacgaaaag aaagctgtga catattgaga gcttctgatg gcatccgcag gatctgaaaa aaattgaggt ctgctagtgg aaattcaaca aagcttctga aagattacca aagtacgcca agttgagtac cagcatcttc aacatagttt aaccttcgat attgatgcca 60 acgcgaacaa aaaatccgta 120 aatgatccgc gatgcagagc 180 tgtgaaaaat gaagccgatg 240 cgacaaaatt cctgcagaac 300 agcaatcaaa gaagatgctt 360 tcgtatgcaa aaaatcggag 420 tgcagcgaat gctcaaggag 480 cagcacacga cctccagcag 540
552
<210> 60
<211-> 1180
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 60
trachomati atcctagcgg cttttaggag acaacttttt cttgcatatt tcgatcccct gtcgatgtga gatgtagagt tggtatccaa tttaaaacag gatcgatcca aggtaaagtt agcaggagcg tgacttcgat agttttaggt ggttaaaact tgtatgcaac tgaagcgttg agttaatttc gattgcgtta tcgcgaggtt taaaactgct aaaaaatcta catcttggat acgagctttt ataaatccgc tagggaaagt aattagttaa gagacttacg tgtcctactg agaaagagtg ttgcgaattt gactttgttg gttgcggttg ccaagaaacc attgcggaac gtcggagttg tgtgcagcct actatttcct taattctaag gaagaaaaga tactggtcag taatgctaga agagttagtt tataaacctc atatattttg atgtggaatc agagctgcat atttagctaa tgcgtttcga atcagcaaat tagtttttgc gtagcgacga ccactcccga ttatgcctac tgcgaaaagg cgaagctttc tagttaaagc cgaccatggg tttaaagagg taaccgcttc ataaaatcca aaaatcctga tttagaacta cccaaccaaa gccgctagaa tcgtgccgaa aattatgaca gtcgtattct tcaaacggtt tcgtggttcg tgctggagat cttggtagaa tatgatgaga gcctaaagcc taaaattgaa tttcgatagt taagcccgca gccaggggtt aaaaatgaaa tcggcacgag tacagaagca acacgtactt 60 gtaaggatca cttctcctca 120 agtcttctgc ttacaatgct 180 ctctacaaaa agagtttcaa 240 aaggcgattt aaaaaccaag 300 ttcggcacga gcggcacgag 360 aagcatggaa aacgcattcg 420 ttgggtgaag cgatagatat 480 gatgtgtctg ttaaattagg 540 gtttctttac ctcacggtac 600 aaggctgcag aggctattga 660 aaaatcaaag gtggatgggt 720 gaggtcggaa agctaggaaa 780 ggaactgtaa caacagatgt 840 tttaaagctg atcgagctgg 900 gcgcaaatca aagaaaatgt 960 actgctaaag gacaatattt 1020 accgtggata ctagggagtt 1080 gaagagaaaa agttgctgct 1140
1180
<210> 61
<211> 1215
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 61
trachomati attacagcgt attccttata aaatggggag aaagattttt tcccagatta tagcatgtta gggaaatcac tatcgcagag gagtcgtggt agctttagca ggcacgagta gtgcaggtaa gggtcagttc attgttgcta gttgttggga ttgagaaaga tcgcatagag tccgccaaac acgatagcgg agtgcagtaa gaggctgctc tcgaaattgc cgacatcatt ctagaggccc cgcaaggaaa accctgtgaa actttcatgc cagaagtacc aagtgcctga atcgtgattg ttgaagcacg gatcaatata aggcatttct gcatgatgct aggaatggag agctttgaac taccaattgc gatgctacga tttatcggct ttttacgcaa gttagagaat agggaagtct tcagccaaaa agtgaatggt tttgatggca ttgatgcggc 60 agaagagatc ttctaaagaa 120 acaacagcca agcgggatgc 180 tggatagcaa tgaatcatgc 240 ttggaccaga atcgtatgca 300 gtatcacaag ttgtggtttg 360 gctctgatta atgaccgtcc 420 attatggtgc cttctgtaca 480 tcggcagctt ctgcagcacg 540 gaaggactcg tgccgaattc 600 cgtatgctta taaactacgt 660
PL 209 107 B1 ggtacagact tgagctctca aaagtttgct acagattctt aagaatatct actcccctca actatttgga tcccctaaac agttacctga aatatgagga ttttgactgg gaaggcgaca gaaaattact tcatttatga aatgcatgtt cggtcattca gtttcccatc ctggaacttt ccttggtatc atcgaaaaaa ggcgttcatg cagttgaact ccttcctatt ttcgaattcg aaaaatcagg acttccccca cctgtgtaac tattgggggt tgcccctctc gccgttatac ttatggggca gacccttgcg actcttgtca aagcgttaca ccgtgcggga atcgaagtca catacaggct ttgaa <210> 62 <211> 688 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 62 gtggatccaa aaaagaatct aaaaagccat acaaagattg ctaacacttt atcagcgtca tctttgagaa gcatctcaat catgccgcac atccgcttct tcatgttctg tgaaatatgc atccaaagta ctcagtcaat ccacgaattt tctctctagc cataagaata caaagcagcc actcctgcag ctaaagaatc aagtagctac tttcgctttt gctgcttcac taggctcatg taactcctag agcaaacaca aactgcttcc acaaatcaat cttcatccat caagttatct aacaataact tacgcgcctc gaatcgcaga taaatattta ggaaaggctt tgatatgtaa cctgtaattg ctctttagta agctccccct tcgaccattt gcatatgctt attttgaata attaaatcta actgatctaa tcatttcttt tcttgactcc acgtaacc <210> 63 <211> 269 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 63 atgttgaaat cacacaagct gttcctaaat atgctacggt aaattactgc tacaggtaaa agggattgtg ttgatgttat gtgaagcaga gttcgtacgc agtgatccag cgacaactcc tttggaaaat tgaccgctta ggacaaggcg aaaagagtaa ctcttaaaga aggttgctgc tttacagct <210> 64 <211> 1339 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 64 cttttattat ggcttctggg gatgatgtca acgatatcga ttaaaattgt tatacagacg gctccagagg agatgcatgg ccccggcgaa ggatcttggt attctctccg cctgggaagc agctagttaa tccttaggaa acatttctgg acctatgccc cacatagaga gtttctcccg taattgcgct agctagggga tgcgcctact tgctcagctt ccattggaga aggtagtgga caccattctc tcaataaatc caatagcttt tcctgcacgg gatagtattc actcggactc cccaacgtcg gccggcttcc actttctaaa gcagcttttg ctgcgttcat tcctccgcca ggaagcaaga taagttagag agatggtgct agctcctgca agagagaagg ctgataaagg agtagctgga tgtacttaag agaggtatca agtaatggtt tagcaatttc cggactgttt atcaatgtgt ccaaaatctt ttttcacctg ttctacaact aagatctttg taacgtttat tttccaaaat ttcctgagga actggcatcc atgggataga ttttagcgaa agttagcaat agatgcattg aattttccta actcccaaga ttgagagaaa ggtccccaca agtatggttg cgcctgcttc tgctaacatt cccgttatca tcgcctatgc cggctatgaa agcaattttt catgagctaa ccccattttg tcttcttgag agaggagagt gaaacgggcc tcataataca taaggagtag attcactggc acatcgcaga cccttattct 720 aagaaaagga ttacgcattt 780 ctcctttgca ccttccaaaa 840 cccgagatcc gtcttcccag 900 tagaccacct caaacaacta 960 atgaaaccgt ccatccattt 1020 attcttcggt gaattttttc 1080 ctccggcccg agagttcaag 1140 ttctcgatgt cgttttcaat 1200
1215 cgttacttct tgcgatgcct 60 gagcgctttt tcttctctag 120 atagtcttca ggattggaaa 180 gatacgtgga atttgactct 240 tcctgtacac caccgcatga 300 agcctctaac tcttctggag 360 atgattaggg taaccgttct 420 taaatcatcg caacgactat 480 ataatagtct ttggcacgag 540 cacataaaac gtgtgttcta 600 aaaattcata aacacctcca 660
688 aggatctccc tatcctgttg 60 cattactcag caattaccat 120 tactgctgat ggtaagctag 180 aattactgta tgggtaaaac 240
269 cctgctatct cgaggagatt 60 attagcggac tttttggctc 120 tggtgagctg cgttacaaac 180 atcacattgg ctccgtgatc 240 gagactaaga aggctgctgc 300 gcccagtctt ggtagtaatc 360 ctagctaatg gccctgccga 420 caagccagta cttttgtatc 480 taccctggaa cagcacgcat 540 ttcataattg ggccaaaatg 600 gcggcaagat agcctttacg 660 gctaaagagt gaacaagaat 720 tcggatacag tgtacccaga 780 atatcttctg gggtgtcgaa 840 tctccattgg agagttcacg 900 attttataga taggaaccca 960 ttggcaatgc cccagccata 1020 cctgttaaat caattttcaa 1080 agcagattct ttattattga 1140 tggatccagg tttctagagt 1200
PL 209 107 B1 aaagagtttc cttgtcaaat tcttatatgg gtagagttaa tcaactgttt tcaagtgatt 126 tatgtttatt ttaaaataat ttgttttaac aactgtttaa tagttttaat ttttaaagtą 132 tgaaaaacag gttttatat 133 <210> 65 <211> 195 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
Met <400> Gly Ser 65 Leu Val 5 Gly Arg Gin Ala Pro 10 Asp Phe Ser Gly Lys 15 Ala
Val Val Cys Gly 20 Glu Glu Lys Glu Ile 25 Ser Leu Ala Asp Phe 30 Arg Gly
Lys Tyr Val 35 Val Leu Phe Phe Tyr Pro 40 Lys Asp Phe Thr 45 Tyr Val Cys
Pro Thr Glu 50 Leu His Ala Phe 55 Gin Asp Arg Leu Val 60 Asp Phe Glu Glu
His 65 Gly Ala Val Val Leu Gly 70 Cys Ser Val Asp 75 Asp Ile Glu Thr His 80
Ser Arg Trp Leu Thr 85 Val Ala Arg Asp Ala 90 Gly Gly Ile Glu Gly 95 Thr
Glu Tyr Pro Leu 100 Leu Ala Asp Pro Ser 105 Phe Lys Ile Ser Glu 110 Ala Phe
Gly Val Leu 115 Asn Pro Glu Gly Ser Leu 120 Ala Leu Arg Ala 125 Thr Phe Leu
Ile Asp Lys 130 His Gly Val Ile 135 Arg His Ala Val Ile 14 0 Asn Asp Leu Pro
Leu 145 Gly Arg Ser Ile Asp Glu 150 Glu Leu Arg Ile 155 Leu Asp Ser Leu Ile 160
Phe Phe Glu Asn His 165 Gly Met Val Cys Pro 170 Ala Asn Trp Arg Ser 175 Gly
Glu Arg Gly Met 180 val Pro Ser Glu Glu 185 Gly Leu Lys Glu Tyr 190 Phe Gin
Thr Met Asp 195 <210> 66 <211> 520 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 66 gatccgaatt cggcacgagg aggaatggaa gggccctccg attttaaatc tgctaccatg 60 ccattcacta gaaactccat aacagcggtt ttctctgatg gcgagtaaga agcaagcatt 120 tgatgtaaat tagcgcaatt agagggggat gaggttactt ggaaatataa ggagcgaagc 180 gatgaaggag atgtatttgc tctggaagca aaggtttctg aagctaacag aacattgcgt 240 cctccaacaa tcgcctgagg attctggctc atcagttgat gctttgcctg aatgagagcg 300 gacttaagtt tcccatcaga gggagctatt tgaattagat aatcaagagc tagatccttt 360 attgtgggat cagaaaattt acttgtgagc gcatcgagaa tttcgtcaga agaagaatca 420 tcatcgaacg aatttttcaa tcctcgaaaa tcttctccag agacttcgga aagatcttct 480 gtgaaacgat cttcaagagg agtatcgcct ttttcctctg 520 <210> 67 <211> 276
PL 209 107 B1 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 67 gatccgaatt cggcacgagg tattgaagga gaaggatctg actcgatcta atgcctatct atgaagttat gaatatggat ctagaaacac gaagatcttt caagggcact atcaggaccc aagagcttca gattatgacc tcccacgtgc gatttgccta gaagcccata tcctactcca cctttgcctt ctagatatca atggatgtag aagcagggtt ccgtgaggca gtttat tgaaatcatg tgcggtacag tagcgactat gctacagaat
120
180
240
276
<210> 68
<211> 248
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 68
gatccgaatt cggcacgagg tgttcaagaa tatgtccttc aagaatgggt gatctaccgg tagaagagtt gctagaaaaa cgatatcaga aattccgaac tatgaaactt cttctgaaag cgattctgag gcataagaag catttagttt ttctctttta tccatattag ggctaacgat aacgtctcaa gcagaaattt tcttattg <210> 69 <211> 715 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<221> cecha_dowolna <222> 34 <223> n=A,T(C albo G <400> 69 gatccgaatt cggcacgaga aggtagatcc gatntcagca aaagtgctcc ttccttcggt atcctgcagc aaataaggtg gcacactcca tctcggacag attttcatat agttttcgac ggaactcttt attaaactcc caaaaccgaa gtgggtgatg cctatatggt aagggaggtt tttggcttcg agaatattgg ttgtacgaca aaattagcta atgcagggac ctctgggggg aagtatgcat atcttttcgg atgctagcaa cagggacaaa ataatctcct atttggtagt gcctccgcac atgcccaaca tgatcgctgc tgtagcattg ggaaggaaag tacggtaaga gctgctcctg gagagcctaa tttaaaatcg atgattgagg aggcgcatgc gctgccgaaa acatggatcc tcgagaaaca gggacctgat gaaaacatcc acggtaatac ccmaaattag taagaaggag atagggctgg tggtagagcc ggtatagcgc tctagcatgt cacaggcgat tgtttcttcg tatgttgatg ggtcataaat cacagatatt ataatggtta gagaatcttt taaattgaaa gataggtcta tattcggttt tttctctagg
120
180
240
248
<210> 70
<211> 323
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 70
gatccgaatt cggcacgagc agaacgtaaa cagcacactt aaaccgtgta cactgtttgg caagcaaaca accattcctc tttccacatc gttcttacca ggagcaatcc aacattctct cctgcacgac cttctgggag ttcttttctg ccccagtaac aatcgtttct ttagtatctc taagaccgac caactgaact ctttaacaat tccacgctca atacgtccag ttactacagt tcctcgtccg acacgtcctc aatgggcatt aag <210> 71 <211> 715 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 71 gatccgaatt cggcacgagg aaaaaaagat tctctaacca ttataatatc gacccatcaa cataaaaaaa tcagcgaaga aacaatcgcc tgtgacatgc ataccggctc taccattcaa gagttccagc cctatctcct tcttactaat taaaggaaga tttgagcttt tgttagtcgt tgatcatttt ctgatgttcc gggatcttaa aacacagatc tgtgaatttg agatttcagc aactcttgaa ctgatttttt ttttc tgaggtttaa atacctctga aacatttcaa ttatcggaaa gagatagaga tgtgatttat tagagcggct tttgggtatt
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
715
120
180
240
300
323
120
180
PL 209 107 B1 acgtggatgt tttcgctgaa atctatcagg tccctgtttc tcgaggatcc atgttttcgg gcagcgcatg cgcctcaaat tcacacctca atcatcgatt ttaaattagg ctctccagga gcagctctta ccgtagatct gtgttctttc cttcccaatg ctacagcagc gatcatgttg ggcatgtgcg gaggcttaag atcccactac caaataggag attattttgt ccctgttgct agcatccgaa aagatggaac atcagatgca tacttccccc cagaggtccc tgcattagct aattttgtcg tacaaaaaat gatcaccaat attctcgaag ccaaaaacct cccttaccat ataggcatca cccacacgac taacattcgg ttttgggagt ttaataaaga gttccgtcga aaactatatg aaaataaagc tcaaactgtc gagatggagt gtgccacctt atttgctgca ggataccgaa ggaatcttcc tttaggagca cttttgctga tatcggatct acctt
240
300
360
420
480
540
600
660
715
<210> 72
<211> 641
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> cecha dowolna
<222> 550,559,575,583,634,638
<223> n=A,T,C albo G
<400> 72
gatccgaatt cggcacgaga tctcctcgag ctcgatcaaa cccacacttg ggacaagtac ctacaacata acggtccgct aaaaacttcc cttcttcctc agaatacagc tgttcggtca cctgattctc taccagtccg cgttcctgca agtttcgata gaaatcttgc acaatagcag gatgataagc gttcgtagtt ctggaaaaga aatctacaga aattcccaat ttcttgaagg tatctttatg aagcttatga tacatgtcga catattcttg ataccccatg cctgccaact ctgcattaag ggtaattgcg attccgtatt catcagaacc acaaatatac aaaacctctt tgccttgtag tctctgaaaa cgcgcataaa catctgcagg caaataagca ccggtaatat gtccaaaatg caaaggacca tttgcgtaag gcaacgcaga agtaataaga atacgggaag attccactat ttcacgtcgc tccagttgta cagagaagga tcttttcttc tggatgttcc gaaaccttgn tctcttcgnc tctctcctgt agcanacaaa tgnctctctc gacatctctt tcagcgtatt cggactgatg ccctaaagat cccnggangt t
<210> 73 <211> 584 <212> DNA <213> Chlamydia
<220>
<221> cecha_dowolna
<222> 460,523,541,546
<223> n=A,T,C albo G
<400> 73
gaattcggca cgagacattt ctagaatgga accggcaaca aacaaaaact ttgtatctga agatgacttt aagcaatctt tagataggga agattttttg gaatgggtct ttttatttgg gacttattac ggaacgagta aggcggagat ttctagagtt ctgcaaaagg gtaagcactg catagccgtg attgatgtac aaggagcttt ggctctgaag aagcaaatgc cggcagtcac tatttttatt caagctccct ctcaagaaga acttgagcgc cgtttgaatg ctcgggattc agagaaagat ttccagaaga aagaaagatt agagcatagc gctgtcgaaa ttgctgccgc tagcgaattt gattatgttg tggttaatga tgatttgatt acagcatatc aagttttaag aagtattttt atagctgaag aacataggat gagtcatggn tagaaaagat cgtttaacta atgaaagact gaataagcta tttgatagcc cctttagttt ggntaattac gtaattaagc nagctnagaa caaaattgct agaggagatg ttcgttcttc taac
<210> 74
<211> 465
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 74
gatccgaatt cggcacgagc tcgtgccgtt tgggatcgtg taatcgcatc ggagaatggt taagaaatta ttttcgagtg aaagagctag gcgtaatcat tacagatagc catactactc caatgcggcg tggagtactg ggtatcgggc tgtgttggta tggattttct ccattacaca actatatagg atcgctagat tgtttcggtc gtcccttaca gatgacgcaa agtaatcttg tagatgcctt agcagttgcg gctgttgttt gtatgggaga ggggaatgag caaacaccgt tagcggtgat agagcaggca cctaatatgg tctaccattc atatcctact tctcgagaag agtattgttc tttgcgcata gatgaaacag aggacttata cggacctttt ttgcaagcgg
120
180
240
300
360
420
480
540
600
641
120
180
240
300
360
420
480
540
584
120
180
240
300
360
420
PL 209 107 B1 ttaccgtgga gtcaagaaaa gaaatgatgg aggtgtttat gaatt
465
<210> 75
<211> 545
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 75
gaattcggca aaagttttct ctatatgttc atccacgaat ccactcctgc ttgctgcttc caaactgctt ctaacaataa taggaaaggc taagc cgagatgaaa tccaaaaacc tgtgaaatat tttctctcta agctaaagaa actaggctca ccacaaatca cttacgcgcc tttgatatgt agttagcgtc tcttcctctc gcatagtctt gcgatacgtg tctcctgtac tgagcctcta atatgattag tctaaatcat aaataatagt acaggggatt ttgattagtg caggattgga gaatttgact accaccgcat actcttctgg ggtaaccgtt cgcaacgact ctttggcata ctcctaccaa atccctctgc aaatccaaag ctcataagaa gaaagtagct agtaactcct ctcttcatcc atgaatcgca cgcctgtaat agaattccga 60 aactacttta 120 tactcagtca 180 tacaaagcag 240 actttcgctt 300 agagcaaaca 360 atcaagttat 420 gataaatatt 480 tgctctttag 540
545 gatccgaatt aaaccaggtg caatctgaga actgtaataa attagggact ctttggatac tgctggagtc tgctttgtct aatctctaac gctcgcccgt aaaaggagaa attatcccaa agatacttct
<210> 76
<211> 797
<212> DNA
<213> Chlamydia
<220>
<221> cecha dowolna
<222> 788,789
<223> n=A,T,C albo G
<400> 76
cggcacgaga acttcccacg ttccaacgtc aaagagcgcg caaatcaaca aacaatgttg atgcttggaa atcaatggat caactctatc tacttagttc cttccagatt tcccgacgta cctaagcatg aaagttgnng gggaata tacgctagat atcttccttc acctacctca cttcctttat gccctcttac ctgtacaaat aacttccaga ctccgcaatc tctgtgatcg ttttttcgca tacatgctct tcatccagca ggggtatgcg gcgataaatg tctagtacgc acacagcctc gcaaaatcaa tcctgattcc tgaagaggat gaataccttt taatattaaa gcttaacatg gcatgccaat aggtatgtat atcttccatt taccggttat cggataatga ctcctcatgc catcacccta tttgaacaac aataatgcct ggtaattcag agacaaaaaa ggcactctag acctatctaa atctggatgc cacctgtaaa cgaaagattt ttttctcttc ggattatcct 60 tccagtacct 120 acttgtaaaa 180 tccttactga 240 gtatagttcg 300 gatttttagt 360 ttttcaaagc 420 gatacggtga 480 atggagaaaa 540 aatctatctc 600 ttatgccgtc 660 ggaatcagat 720 atactcaaaa 780
797
<210> 77
<211> 399
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 77
catatgcatc accatcacca aaaaagttaa aaataagtct atcattaaaa agttgaagtt gtaggacgac tgaactctct cgtgttcaat cggatatcaa agactttctt taccagtaag aaaagaaaaa cagtcgcagg tcacatgcca gacatatatt agatcctgag gctacaatca aagattgatc aggacaacgt taagaagaaa cgcatcattg tatggaatag gcaagagcct gaatataccg gccatccatt acaaaaacta taagaattc gaattgatat gatcagctcg ctgaattaac tagaagggga cttatcgagg attctcgtac tcctgcaaag 60 ttctgatgaa 120 tgaagaagaa 180 tttgcgacgt 240 tcagagacat 300 tcgaaaaggt 360
399
<210> 78
<211> 285
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 78
atgcatcacc atcaccatca catgagtcaa aaaaataaaa actctgcttt tatgcatccc 60 gtgaatattt ccacagattt agcagttata gttggcaagg gacctatgcc cagaaccgaa 120 attgtaaaga aagtttggga atacattaaa aaacacaact gtcaggatca aaaaaataaa 180
PL 209 107 B1 cgtaatatcc ttcccgatgc gaatcttgcc aaagtctttg gctctagtga tcctatcgac 240 atgttccaaa tgaccaaagc cctttccaaa catattgtaa aataa 285 <210> 79 <211> 950 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 79 aaattaactc gagcacaaat tacggcaatt gctgagcaaa agatgaagga catggatgtc 60 gttcttttag agtccgccga gagaatggtt gaagggactg cccgaagcat gggtgtagat 120 gtagagtaat tagttaaaga gctgcataat tatgacaaag catggaaaac gcattcgtgg 180 tatccaagag acttacgatt tagctaagtc gtattctttg ggtgaagcga tagatatttt 240 aaaacagtgt cctactgtgc gtttcgatca aacggttgat gtgtctgtta aattagggat 300 cgatccaaga aagagtgatc agcaaattcg tggttcggtt tctttacctc acggtacagg 360 taaagttttg cgaattttag tttttgctgc tggagataag gctgcagagg ctattgaagc 420 aggagcggac tttgttggta gcgacgactt ggtagaaaaa atcaaaggtg gatgggttga 480 cttcgatgtt gcggttgcca ctcccgatat gatgagagag gtcggaaagc taggaaaagt 540 tttaggtcca agaaacctta tgcctacgcc taaagccgga actgtaacaa cagatgtggt 600 taaaactatt gcggaactgc gaaaaggtaa aattgaattt aaagctgatc gagctggtgt 660 atgcaacgtc ggagttgcga agctttcttt cgatagtgcg caaatcaaag aaaatgttga 720 agcgttgtgt gcagccttag ttaaagctaa gcccgcaact gctaaaggac aatatttagt 780 taatttcact atttcctcga ccatggggcc aggggttacc gtggatacta gggagttgat 840 tgcgttataa ttctaagttt aaagaggaaa aatgaaagaa gagaaaaagt tgctgcttcg 900 cgaggttgaa gaaaagataa ccgcttctca aggttttatt ttgttgagat 950
<210> 80
<211> 395
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 80
tttcaaggat tttgttttcc cgatcatctt actaaatgca gctccaacaa tcacatcatg 60 ggctggttta gcatctaagg caacagaagc tcctctgctg taataagtga attcttcaga 120 agtaggtgtt cctacttgcg atagcatcgt tcctagtcct gatatccaca ggttgttata 180 gctaacttca tcaaagcgag ctagattcat tttatcgttg agcaagcctt gtttgactgt 240 gaccattgac atttgagatc ccagaatcga gttcgcatag aaatgattgt ctctaggtac 300 ataagcccat tgtctataag agtcaaattt ccagagcgct gagatcgttc cattttgtag 360 ttgatcagga tccagagtga gtgttcctgt atatc 395 <210> 81 <211> 2085 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 81 atttggcgaa ggagtttggg ctacggctat taataaatca ttcgtgttcg ctgcctccaa 60 gaccagattg tgtactttct tatgaagaat ctcctattga gcaaatgttg cgttggggag 120 agtctcagtt agaacaattt gctcaagtag gtttagatac aagttggcaa gttgttttcg 180 atccaggaat aggatttggg aagactcccg ttcagtcgat gttattgatg gatggagtaa 240 agcagtttaa acgtgtttta gagtgtcctg tattaatagg ccattctaga aaatcgtgtt 300 tgagtatgtt gggccgattt aatagtgacg atcgtgattg ggaaacgatc ggctgttctg 360 tatctcttca tgatcgagga gttgattatc tacgtgtgca tcaggttgaa ggtaacagac 420 gtgccttagc cgctgctgct tgggctggta tgtttgtatg atccaagcaa caggtatcgt 480 tgctattgat cccagaggag tgatgggagc tttaggcaag ctcccttgga gttatcccga 540 agatctacgt ttttttgcag aaaccattcg aaatcatccc atcattatgg gacgaaagac 600 ttgggagtct cttccagaca agtataagca tgggcgggat atcgttgtct tttctcgcag 660 gatgcatcca ccacaatgca taggagtttc ttcctttgca gagtatggga cactatcttt 720 gaatcatccg tttttaattg ggggagcgga gctctttgaa agttttttcc aacaaaacct 780 tctgaaagct tgttttgtca cacatatcaa aaagaaatat tggggcgata ctttcttccc 840 tatcacgcga ttatcaggat ggaagaagga atgtatttgt aatacagagg atttcagtat 900 ttattattat gaaaataact ccgatcaaaa cacgtaaagt atttgcacat gattcgcttc 960 aagagatctt gcaagaggct ttgccgcctc tgcaagaacg gagtgtggta gttgtctctt 1020 caaagattgt gagtttatgt gaaggcgctg tcgctgatgc aagaatgtgc aaagcagagt 1080 tgataaaaaa agaagcggat gcttatttgt tttgtgagaa aagcgggata tatctaacga 1140 aaaaagaagg tattttgatt ccttctgcag ggattgatga atcgaatacg gaccagcctt 1200 ttgttttata tcctaaagat attttgggat cgtgtaatcg catcggagaa tggttaagaa 1260 attattttcg agtgaaagag ctaggcgtaa tcattacaga tagccatact actccaatgc 1320
PL 209 107 B1 ggcgtggagt actgggtatc gggctgtgtt ggtatggatt taggatcgct agattgtttc ggtcgtccct tacagatgac ccttagcagt tgcggctgtt gtttgtatgg gagaggggaa tgatagagca ggcacctaat atggtctacc attcatatcc gttctttgcg catagatgaa acagaggact tatacggacc ggagtcaaga aaagaaatga tggaggtgtt tatgaatttt tattcaaaat aagcatatgc tagaacacac gttttatgtg tactaaagag caattacagg cgtatgccaa agactattat taaatattta tctgcgattc atagtcgttg cgatgattta agataacttg atggatgaag agaacggtta ccctaatcat tgtgtttgct ctaggagtta ctccagaaga gttagaggct aaaagcgaaa gtagctactt tcatgcggtg gtgtacagga ggctgctttg tattcttatg agagtcaaat tccacgtatc ttctccatta gcaaagtaat tgagcaaaca tacttctcga ttttttgcaa ttagatcagt aaatggtcga ttacatatca gaggcgcgta attgatttgt catgagccta gattctttag gcctc cacaactata cttgtagatg ccgttagcgg gaagagtatt gcggttacgt tagatttaat agggggagct aagcctttcc agttattgtt ggaagcagtt gtgaagcagc ctgcaggagt
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2085
<210> 82
<211> 405
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 82
ttcatcggtc tagttcgcta ttctactctc caatggttcc gcaatcatta tgcaacgagt ggtttgaaaa gcgggtacaa ttctccctgt cattgggcct gttatatggg agtcggaggg cttcggtgac tgatggggat ggtaagagcc ataaagtagg atagttggca ggacatggaa gattttgatc cttcaggacc attggctcca taaagggagg agaaaacttc gatataggga gcaaaaaata aattagctcc tccattccga actgcagaat gcatttttgg tattgggagt tcttttccgc atttctaaga gcctccttgg atcgtatcaa ttgat gcagagcttc accgatgggt gcttatattt attcctacat gaagaattgt ggtgaaagta
120
180
240
300
360
405
<210> 83
<211> 379
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 83
tataccattc gtttgaaagt gcctttgacg ggagaaagtg ggtcgtgtcg ttttcccttg ggcagatgtt gacgatcaag ttccctacgt atcactttgc taatgtagtt gatgatcatt ttgcgagggg aagagtggtt aagttctaca cctaaacacc gggtgggagc ctccgcagtt tttccatatg ccgcttcttc ctttccaaga gaaagaatcc tacttctatt ttttactatc gaagcgttca tgaatttcc tttttgaaga ttttggttaa tgatggggat ttcttcttta taaatcctga gggatgctgg tcaatgcaaa atcagacggg tacccatgtg caaagctttt tggaagtaag atacaaaaaa
120
180
240
300
360
379
<210> 84
<211> 715
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 84
tcaatcctgt attaataatt ctggttctta gactacataa atccataact aatcgcgtag ggcttagaat caccttctcg cgccttccat tcttgatgca ataatatctg ctgagactaa tgggtgtgac tgtgaatttt cctatttcag ttcctcctaa gagtgaataa cccgttgcat tgaattttat tagtgattgg acaaacctag agaagggtct gttgtgattt tgtctaaaat caatagtatc agcaattcca ccaagaattt gatctcccaa aagctttttc cgcatccaaa ccaattgtaa tagaagcatt ctgttaaaga tattccatca gaagctgtca ttttggctgc caaggattat ttgctggtcc ttgagcggct ctgtcatttg caaagacgca gttttgagtg ttatacaaat aaaaaccaga tttttatttt gagctttaaa taaattaggt ttttagtttc attaggaacg taccaaagct gaacatgctc taaagtttca aaagttgtta atcttggact cttttctaga ggttgatgga gacaggtgtt cccaactttg atttcccatt aagtttgcta cctgatgagt agaacaacgc ccagagcttt atgttcctgg aaagctttca gtactatcaa ataagctggt ttattggaga gatgttgtcc atattatcag ttaaaactct ttaat
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
715
<210> 85
<211> 476
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 85
ctcgtgccgc tcgtgccgct cgtgccggtc ttttagaaga gcgtgaagct ttaaataatt
PL 209 107 B1 cgattacgtt tatcatggat aagcgtaatt ggatagaaac cgagtctgaa caggtacaag 120 tggttttcag agatagtaca gcttgcttag gaggaggcgc tattgcagct caagaaattg 180 tttctattca gaacaatcag gctgggattt ccttcgaggg aggtaaggct agtttcggag 240 gaggtattgc gtgtggatct ttttcttccg caggcggtgc ttctgtttta gggactattg 300 atatttcgaa gaatttaggc gcgatttcgt tctctcgtac tttatgtacg acctcagatt 360 taggacaaat ggagtaccag ggaggaggag ctctatttgg tgaaaatatt tctctttctg 420 agaatgctgg tgtgctcacc tttaaagaca acattgtgaa gacttttgct tcgaat 476
<210> 86
<211> 1551
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 86
gcgtatcgat atttcttctg ttacattctt tatagggatt ctgttggctg ttaatgcgct 60 aacctactct catgtattac gggatttatc tgtgagtatg gatgcgctgt tttctcgtaa 120 cacgcttgct gttcttttag gtttagtctc tagcgtttta gataatgtgc cattagtcgc 180 tgcaacaata ggtatgtatg acttacctat gaacgatcct ctttggaaac tcattgccta 240 tacagcaggc acagggggaa gtattctcat cattggatcc gctgcaggtg ttgcctacat 300 gggaatggaa aaagtgagtt tcggctggta tgtcaaacac gcttcttgga ttgctttagc 360 cagttatttt ggaggtctag cagtctattt tctaatggaa aattgtgtga atttgttcgt 420 ttgaggtagt cagtatggca gagtttcttt aaaaattctt ttaataaaag ggttctctgc 480 ctattctagg cccctttttg aatggaaaaa tgggtttttg gagaacatcg attatgaaaa 540 tgaataggat ttggctatta ctgcttacct tttcttctgc catacattct cctgtacgag 600 gagaaagctt ggtttgcaag aatgctcttc aagatttgag ttttttagag catttattac 660 aggttaaata tgctcctaaa acatggaaag agcaatactt aggatgggat cttgttcaaa 720 gctccgtttc tgcacagcag aagcttcgta cacaagaaaa tccatcaaca agtttttgcc 780 agcaggtcct tgctgatttt atcggaggat taaatgactt tcacgctgga gtaactttct 840 ttgcgataga aagtgcttac cttccttata ccgtacaaaa aagtagtgac ggccgtttcfc 900 actttgtaga tatcatgact ttttcttcag agatccgtgt tggagatgag ttgctagagg 960 tggatggggc gcctgtccaa gatgtgctcg ctactctata tggaagcaat cacaaaggga 1020 ctgcagctga agagtcggct gctttaagaa cactattttc tcgcatggcc tctttagggc 1080 acaaagtacc ttctgggcgc actactttaa agattcgtcg tccttttggt actacgagag 1140 aagttcgtgt gaaatggcgt tatgttcctg aaggtgtagg agatttggct accatagctc 1200 cttctatcag ggctccacag ttacagaaat cgatgagaag ctttttccct aagaaagatg 1260 atgcgtttca tcggtctagt tcgctattct actctccaat ggttccgcat ttttgggcag 1320 agcttcgcaa tcattatgca acgagtggtt tgaaaagcgg gtacaatatt gggagtaccg 1380 atgggtttct ccctgtcatt gggcctgtta tatgggagtc ggagggtctt ttccgcgctt 1440 atatttcttc ggtgactgat ggggatggta agagccataa agtaggattt ctaagaattc 1500 ctacatatag ttggcaggac atggaagatt ttgatccttc aggaccgcct c 1551
<210> 87
<211> 3031
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 87
atgtaggccc tcaagcggtt ttattgttag accaaattcg agatctattc gttgggtcta 60 aagatagtca ggctgaagga cagtataggt taattgtagg agatccaagt tctttccaag 120 agaaagatgc agatactctt cccgggaagg tagagcaaag tactttgttc tcagtaacca 180 atcccgtggt tttccaaggt gtggaccaac aggatcaagt ctcttcccaa gggttaattt 240 gtagttttac gagcagcaac cttgattctc cccgtgacgg agaatctttt ttaggtattg 300 cttttgttgg ggatagtagt aaggctggaa tcacattaac tgacgtgaaa gcttctttgt 360 ctggagcggc tttatattct acagaagatc ttatctttga aaagattaag ggtggattgg 420 aatttgcatc atgttcttct ctagaacagg ggggagcttg tgcagctcaa agtattttga 480 ttcatgattg tcaaggattg caggttaaac actgtactac agccgtgaat gctgaggggt 540 ctagtgcgaa tgatcatctt ggatttggag gaggcgcttt ctttgttacg ggttctcttt 600 ctggagagaa aagtctctat atgcctgcag gagatatggt agttgcgaat tgtgatgggg 660 ctatatcttt tgaaggaaac agcgcgaact ttgctaatgg aggagcgatt gctgcctctg 720 ggaaagtgct ttttgtcgct aatgataaaa agacttcttt tatagagaac cgagctttgt 780 ctggaggagc gattgcagcc tcttctgata ttgcctttca aaactgcgca gaactagttt 840 tcaaaggcaa ttgtgcaatt ggaacagagg ataaaggttc tttaggtgga ggggctatat 900 cttctctagg caccgttctt ttgcaaggga atcacgggat aacttgtgat aataatgagt 960 ctgcttcgca aggaggcgcc atttttggca aaaattgtca gatttctgac aacgaggggc 1020 cagtggtttt cagagatagt acagcttgct taggaggagg cgctattgca gctcaagaaa 1080 ttgtttctat tcagaacaat caggctggga tttccttcga gggaggtaag gctagtttcg 1140 gaggaggtat tgcgtgtgga tctttttctt ccgcaggcgg tgcttctgtt ttagggacta 1200 ttgatatttc gaagaattta ggcgcgattt cgttctctcg tactttatgt acgacctcag 1260
PL 209 107 B1 atttaggaca ctgagaatgc ggaaaattct ccggaggaat agtttccttt gagcgatttt atcgtttgca ttcatgggat acgcaatggg gaaatggaag tagcttcaga atttccaagt actcgccatc taaaatcgga gcaatctcca aaaatagctt ctaaaacctt cattaaatga tccgcgctct tggcatcggt aaccaggtga aatctgagat ctgtaataaa ttagggactc tttggataca gctggagtca gctttgtcta atctctaacc ctcgcccgtt aaaggagaac <210:
<211:
<212:
<213:
<400:
aggtggatgg ggactgcagc ggcacaaagt gagaagttcg ctccttctat atgatgcgtt cagagcttcg ccgatgggtt cttatatttc ttcctacata aagaatttgc aaacgaacaa accgtccttt ctttagattg tgggagacaa ttggacgtca ctctttttgg <210 = <211 = <212 = <213 = aatggagtac tggtgtgctc gggaggagga ttcttttaca attcagcaaa aggaagagaa gtgcagcgaa ggatagcact acaaggagtc cgtcgatttt aacctttgct aacctcatcc agagaaaacc gggcccttcc agccttacac aaagcatgaa cttacaatta actggtaggc taatggctgt tatcacaaat cttcccacga tccaacgtca aagagcgcgc aaatcaacag acaatgttgc tgcttggaaa tcaatggatc aactctatct acttagttct ttccagattt > 88
976 > DNA
Chlamydia > 88 ggcgcctgtc tgaagagtcg accttctggg tgtgaaatgg cagggctcca tcatcggtct caatcattat tctccctgtc ttcggtgact tagttggcag taagattatt cccaggtggt agaacttcct gttaaccctg catggaagga agtattgaat ttttga
PRT
Chlamydia cagggaggag acctttaaag gcgattttag ggaaatgcga aaagaagggc gtagctattc gaagaagcga tcgattgttg tcaggaggag tctcgaaata tccagagcaa ccctctaatt gctgttatgg attcctcctg tctgtagata ggacatgccc gtagaagata ccagatactg tcgcctagaa acgctagatg tcttccttct cctacctcaa ttcctttatg ccctcttact tgtacaaatt acttccagag tccgcaatct ctgtgatcgg tttttcgcag acatgctcta caagatgtgc gctgctttaa cgcactactt cgttatgttc cagttacaga agttcgctat gcaacgagtg attgggcctg gatggggatg gacatggaag caagtatttt agtgtccttt aaacatagaa ttggaaaacg tatactgtgg tgttggagta gagctctatt acaacattgt ctactggtaa gagctccaca gaccactctc tccacaacgc cattattagg gcaactcttc ctcttttatc ttgctagttt atacatctcc gcgctaattt agtttctagt caaaattgca gcttttttga ctattccatc aattcccttc gtcctcaaac tattctctgg cgataaatgc ctagtacgcc cacagcctcc caaaatcaat cctgattcca gaagaggatg aataccttta aatattaaag cttaacatga catgccaata g
tcgctactct gaacactatt taaagattcg ctgaaggtgt aatcgatgag tctactctcc gtttgaaaag ttatatggga gtaagagcca attttgatcc cttctaatac atctttatgc tgattctgac tagacacaaa atctacaggt aaggggatat tggtgaaaat gaagactttt ggtggaaatt agctcttcca ttcaggatat tgcagtagta ttgttgtgga agtaagattt taaaacagtg gggaggacgc ttcatcgctt acatcaaatg gaatggcatg agtatatatg tagaaatatt cttaacgaca ctcttccaaa tgaagtttta agctgaaaaa ggataatgag tcctcatgct atcaccctaa ttgaacaact ataatgcctg gtaattcagg gacaaaaaat gcactctagg cctatctaaa tctggatgca atatggaagc ttctcgcatg tcgtcctttt aggagatttg aagctttttc aatggttccg cgggtacaat gtcggagggt taaagtagga ttcaggaccg agaagctttg actgctttcc tcaggatgaa cgtggagtct tgccgagtat cgagttatca atttctcttt gcttcgaatg accaataatt actcaagagg tctgggggag tttgagcaaa ggaggcgctg ggtaataatt cagttagctg aatgttctgt cgctccttat cttgcttctt gtagcagatt acggaactaa gggaacttgg ggaaatttaa gctcaaaagg aacttattct aaacagcagc gattatccta ccagtacctc cttgtaaaaa ccttactgaa tatagttcgc atttttagtt tttcaaagct atacggtgaa tggagaaaag atctatctca aatcacaaag gcctctttag ggtactacga gctaccatag cctaagaaag catttttggg attgggagta cttttccgcg tttctaagaa cctccttggg attatcgacc atgttgacag gtggttgatg cgccttgctc ttaaaaagct acacctattc
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3031
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
976
<400> 89
Met His His His His 5 His His Met Ser Gin 10 Lys Asn Lys Asn Ser 15 Ala
Phe Met His Pro 20 Val Asn Ile Ser Thr 25 Asp Leu Ala Val Ile 30 Val Gly
Lys Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu Ile Val Lys Lys Val Trp Glu Tyr
PL 209 107 B1
40 45
Ile Lys 50 Lys His Asn Cys Gin 55 Asp Gin Lys Asn Lys 60 Arg Asn Ile Leu
Pro 65 Asp Ala Asn Leu Ala 70 Lys Val Phe Gly Ser 75 Ser Asp Pro Ile Asp 80
Met Phe Gin Met Thr 85 Lys Ala Leu Ser Lys 90 His Ile Val Lys
<210> 90 <211> 474 <212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 90
Met Ala Ser His His 5 His His His His Met 10 Asn Glu Ala Phe Asp 15 Cys
Val Val Ile Gly 20 Ala Gly Pro Gly Gly 25 Tyr Val Ala Ala Ile 30 Thr Ala
Ala Gin Ala Gly 35 Leu Lys Thr Ala 40 Leu Ile Glu Lys Arg 45 Glu Ala Gly
Gly Thr 50 Cys Leu Asn Arg Gly 55 Cys Ile Pro Ser Lys 60 Ala Leu Leu Ala
Gly 65 Ala Glu Val Val Thr 70 Gin Ile Arg His Ala 75 Asp Gin Phe Gly Ile 80
His Val Glu Gly Phe 85 Ser Ile Asn Tyr Pro 90 Ala Met Val Gin Arg 95 Lys
Asp Ser Val Val 100 Arg Ser Ile Arg Asp 105 Gly Leu Asn Gly Leu 110 Ile Arg
Ser Asn Lys Ile 115 Thr Val Phe Ser 120 Gly Arg Gly Ser Leu 125 Ile Ser Ser
Thr Glu 130 Val Lys Ile Leu Gly 135 Glu Asn Pro Ser Val 140 Ile Lys Ala His
Ser 145 Ile Ile Leu Ala Thr 150 Gly Ser Glu Pro Arg 155 Ala Phe Pro Gly Ile 160
Pro Phe Ser Ala Glu 165 Ser Pro Arg Ile Leu 170 Cys Ser Thr Gly Val 175 Leu
Asn Leu Lys Glu 180 Ile Pro Gin Lys Met 185 Ala Ile Ile Gly Gly 190 Gly Val
Ile Gly Cys Glu 195 Phe Ala Ser Leu 200 Phe His Thr Leu Gly 205 Ser Glu Val
Ser Val 210 Ile Glu Ala Ser Ser 215 Gin Ile Leu Ala Leu 220 Asn Asn Pro Asp
Ile 225 Ser Lys Thr Met Phe 230 Asp Lys Phe Thr Arg 235 Gin Gly Leu Arg Phe 240
Val Leu Glu Ala Ser 245 Val Ser Asn Ile Glu 250 Asp Ile Gly Asp Arg 255 Val
Arg Leu Thr Ile 260 Asn Gly Asn Val Glu 265 Glu Tyr Asp Tyr Val 270 Leu Val
PL 209 107 B1
Ser Ile Gly Arg Arg Leu Asn Thr Glu Asn Ile Gly Leu 285 Asp Lys Ala
275 280
Gly Val Ile Cys Asp Glu Arg Gly Val Ile Pro Thr Asp Ala Thr Met
290 295 300
Arg Thr Asn Val Pro Asn Ile Tyr Ala Ile Gly Asp Ile Thr Gly Lys
305 310 315 320
Trp Gin Leu Ala His Val Ala Ser His Gin Gly Ile Ile Ala Ala Arg
325 330 335
Asn Ile Gly Gly His Lys Glu Glu Ile Asp Tyr Ser Ala Val Pro Ser
340 345 350
Val Ile Phe Thr Phe Pro Glu Val Ala Ser Val Gly Leu Ser Pro Thr
355 360 365
Ala Ala Gin Gin Gin Lys Ile Pro Val Lys Val Thr Lys Phe Pro Phe
370 375 380
Arg Ala Ile Gly Lys Ala Val Ala Met Gly Glu Ala Asp Gly Phe Ala
385 390 395 400
Ala Ile Ile Ser His Glu Thr Thr Gin Gin Ile Leu Gly Ala Tyr Val
405 410 415
Ile Gly Pro His Ala Ser Ser Leu Ile Ser Glu Ile Thr Leu Ala Val
420 425 430
Arg Asn Glu Leu Thr Leu Pro Cys Ile Tyr Glu Thr Ile His Ala His
435 440 445
Pro Thr Leu Ala Glu Val Trp Ala Glu Ser Ala Leu Leu Ala Val Asp
450 455 460
Thr Pro Leu His Met Pro Pro Ala Lys Lys
465 470
<210> 91
<211> 129
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 91
Met His His His His His His Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile Asp Ile
5 10 15
Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys Ile Ser Leu Thr Tyr Ile Tyr Gly Ile
20 25 3 0
Gly Ser Ala Arg Ser Asp Glu Ile Ile Lys Lys Leu Lys Leu Asp Pro
35 40 45
Glu Ala Arg Ala Ser Glu Leu Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn
50 55 60
Ser Leu Leu Gin Ser Glu Tyr Thr Val Glu Gly Asp Leu Arg Arg Arg
65 70 75 80
Val Gin Ser Asp Ile Lys Arg Leu Ile Ala Ile His Ser Tyr Arg Gly
85 90 95
Gin Arg His Arg Leu Ser Leu Pro Val Arg Gly Gin Arg Thr Lys Thr
100 105 110
PL 209 107 B1
Asn Ser Arg Thr Arg Lys Gly Lys Arg Lys Thr Val Ala Gly Lys Lys
115 120 125
Lys
Met <210> <211> <212> <213> <400> His His 92 202 PRT Chlamydia 92 His Met Gly Ser Leu Val 10 Gly Arg Gin 15 Ala
His His 5 His
Pro Asp Phe Ser 20 Gly Lys Ala Val Val Cys Gly Glu 25 Glu Lys 30 Glu Ile
Ser Leu Ala 35 Asp Phe Arg Gly Lys Tyr Val Val Leu 40 Phe 45 Phe Tyr Pro
Lys Asp Phe 50 Thr Tyr Val Cys 55 Pro Thr Glu Leu His 60 Ala Phe Gin Asp
Arg 65 Leu Val Asp Phe Glu 70 Glu His Gly Ala Val Val 75 Leu Gly Cys Ser 80
Val Asp Asp Ile Glu 85 Thr His Ser Arg Trp Leu Thr 90 Val Ala Arg 95 Asp
Ala Gly Gly Ile 100 Glu Gly Thr Glu Tyr Pro Leu Leu 105 Ala Asp 110 Pro Ser
Phe Lys Ile 115 Ser Glu Ala Phe Gly Val Leu Asn Pro 120 Glu 125 Gly Ser Leu
Ala Leu Arg 130 Ala Thr Phe Leu 135 Ile Asp Lys His Gly 14 0 Val Ile Arg His
Ala 145 Val Ile Asn Asp Leu 150 Pro Leu Gly Arg Ser Ile 155 Asp Glu Glu Leu 160
Arg Ile Leu Asp Ser 165 Leu Ile Phe Phe Glu Asn His 170 Gly Met Val 175 Cys
Pro Gly Ala Asn Leu Lys Trp 180 Glu Arg Tyr Ser Phe Gly Gin Glu Arg Gly Met Val 185 Thr Met Asp Pro Ser 190 Glu Glu
195 200 <210> 93 <211> 19 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 93 Glu Asn Ser Leu Gin Asp Pro Thr Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp 15 10 15
Asp Lys Leu
PL 209 107 B1
<210> 94
<211> 20
<212> PRT
<213> Sekwencja
<220>
<223> Wykonano ’
<400> 94
Asp Pro Thr Asn
1
Val Phe Gly Thr
20
<210> 95
<211> 20
<212> PRT
<213> Sekwencja
<220>
<223> Wykonano i
<400> 95
Lys Arg Asn Ile
1
Glu Lys Pro Ile
20
<210> 96
<211> 20
<212> PRT
<213> Sekwencj a
<220>
<223> Wykonano i
<400> 96
Asp Asp Lys Leu
1
Phe Gin Met Thr
20
sztuczna <210> 97 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 97
Lys Val Phe Gly Thr Glu Lys Pro Ile Asp Met Phe Gin Met Thr Lys 15 10 15
Met Val Ser Gin <210> 98 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<22 3 > Wykonano w laboratorium <400> 98
Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly 1 5 10 15
Thr Glu Lys Pro
PL 209 107 B1 <210> 99 <211> 16 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 99
Asn Lys Arg Asn Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly 15 10 15 <210> 100 <211> 15 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 100
Lys Met Trp Asp Tyr Ile Lys Glu Asn Ser Leu Gin Asp Pro Thr 15 10 15 <210> 101 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 101
Thr Glu Ile Val Lys Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys 15 10 15
Gin Asp Gin Lys 20 <210> 102 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 102
Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys Gin Asp Gin Lys Asn 15 10 15
Lys Arg Asn Ile 20 <210> 103 <211> 15 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 103 Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys Gin Asp Gin Lys 15 10 15 <210> 104 <211> 20
100
PL 209 107 B1
<212> PRT <213> Sekwencja sztuczna
<220> <223> Wykonano w laboratorium
<400> 104 Ala Glu Leu Thr 1 Ser Asp Tyr Val 20 Glu Glu Glu Val 5 Gly Arg 10 Leu Asn Ala Leu Leu 15 Gin
<210> 105 <211> 21 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna
<220> <223> Wykonano w laboratorium
<400> 105 Leu Gin Ser Asp 1 Ser Asp Ile Lys 20 Tyr Val Val Glu 5 Arg Gly Asp 10 Leu Arg Arg Arg Val 15 Gin
<210> 106 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna
<220> <223> Wykonano w laboratorium
<400> 106 Met Pro Arg Ile 1 Ile Ser Leu Thr 20 Ile Gly Ile Asp 5 Ile Pro 10 Ala Lys Lys Lys Leu 15 Lys
<210> 107 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna
<220> <223> Wykonano w laboratorium
<400> 107 Ala Glu Leu Thr 1 Ser Asp Tyr Val 20 Glu Glu Glu Val 5 Gly Arg 10 Leu Asn Ala Leu Leu 15 Gin
<210> 108 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna
<220> <223> Wykonano w laboratorium
<400> 103 Leu Asn Ala Leu 1 Arg Arg Val Gin Leu Gin Ser Asp 5 Tyr Val 10 Val Glu Gly Asp Leu 15 Arg
PL 209 107 B1
101 <210> 109 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 109
Leu Asn Ser Leu Leu Gin Ser Glu Tyr Thr Val Glu Gly Asp Leu Arg 1 5 10 15
Arg Arg Val Gin 20 <210> 110 <211> 1461 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 110 ctatctatga ggcactatca tgcctagaag atgtagaagc atgtagtgac gtgatatgct aagtcgatag aagaagaaat attatctcgt attgccaaga gctccattga ggttgcaaca ctgagaataa taaagactcc gttctgcatg tccgctttaa tttaccgttg gaatacttgt cgctggggta tcctgcatta atcctcttat ttcagaagag tcttacggac ggacagatta ctacacaaga agttatgaat ggacccaaga cccatatcct agggttccgt acagccgcaa taccaacggg ggaataaact tctctttggt gccgctcgtg gttggaagaa ggaggatgct aaatcagaac ggcattatcg tcagatattg ttgcggattt aaataaaaag ccaacagctt tccaaaattt ttagctttgg attattggat gctagcttag aaggacgctt gatctccaag gagaaaaatg tggttggata atggatctag gcttcagatt actccacctt gaggcagttt gagcgtattc tcacagacat ggtatctacc gggcttcttt ccgaattcgg aaaatattag aaacaagaaa acttgcagtc gagcggctgc catctgagag atagtgattt gtggaaaaat cctgcgtaga tggatatagc ttttgtgcgc ctgcttgtgt aagcaaaaaa tggcctccgt ctttggaagc agcaagcttt g
aaacacgaag atgacctccc tgccttctag atgcttcttt ccaatagtca ttagcaacct ataggtttgt ttttattcaa cacgagcggc atttgtgtaa ttcgtcatca aattaacagc aggtgcaggc ttaggggttc gcgagtaaag gagtactact gacaaaatct tttagctatc tagcaatgtc gggtgcggga tgttttggct ctctttcatt taaggtaatg attgtccgat atcttttgcg acgtgctagc atatcagcta tgtagcagga gcaggtggaa gatgcagcgt atcaaaaaac aaaagaaagc acgaggagct gcgtcatgcc gacagaaagg agagttgtgt atcccgtcgt cttttgctta cgccgttctg attagcggag acttcgtctt gtaggcgctt atatttactg atatctcgtc gagcaacgtt aataagatgt gaatttgaga gtgcgcttag gtacagcaag gactatgatt cagaatatgg atgtacaatt gggattctgc tgggatagag taagcccacc cctcttcaag gtaagtaagt gcaacaattt tttaaacagc aaattgagat aaaaaataat cggcgcttta atacagtttt acgcttcttc caacaaaagg tagttgttgt taataggtat ttatgtatcg tgcgtaatct ttctgcgagg ttgattgttt ttttatctag
120
190
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1461 <210> 111 <211> 267 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 111 gtcctcttct tattatagca gaagacattg aaggcgaagc tttagctact ttggtcgtga 60 acagaattcg tggaggattc cgggtttgcg cagttaaagc tccaggcttt ggagatagaa 120 gaaaagctat gttggaagac atcgctatct taactggcgg tcaactcatt agcgaagagt 180 tgggcatgaa attagaaaac gctaacttag ctatgttagg taaagctaaa aaagttatcg 240 tttctaaaga agacacgacc atcgtcg 267 <210> 112 <211> 698 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 112 tgataagcaa gcaaccgctc aactagcagc tctaactatt aaaaaaatcc tctgttttga 60 tgaaaattcc tacgagaagg agctggcatg cttagaaaag aaacgcagta gcgtacaaaa 120 agatctgagc caactgaaaa aatacacagt tctctacatc aagaagctgc tcgaaaccta 180 cagacaactc gggcatcgaa agacaaaaat tgcaaaattt gatgacctac ctaccgagag 240
102
PL 209 107 B1 agtctccgct aaacgtgact gagaagaaaa aagctgtaaa ctcgacttgc cgataatttt cctgcacctc ctaaaaactc cataagaaag cggcccttga acggtgttag cgtatacgtt tacggaaacc accgatatct tttcagatgc tttcatgcga caaaagaact gatccttaaa aaaatacgcg taccgctctt aataaagtac cccttagcaa acttcctctg agcaaatcct cgctgcgctc ctctcgggcc cgctaagact ccataatttc ggatagcctt cagtcaattc gcttatcaac acacaagc gatcaagaag agaacttcta 300 aaaaagacta cagtcttctc 360 ttctctaaca atgactcaaa 420 taggctgact ttcacattat 480 aatagtgcgt ccttctttac 540 gtagataatc gtattggttc 600 aagatttttt acaatgtacg 660
698 <210> 113 <211> 1142 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 113 ctcttcaaag agagttgata aacgaaaaaa gccttttgtt aagaaattat aatgcggcgt ctatatagga agatgcctta agcggtgata gtattgttct tacgtggagt ttaattattc gagcttacta tttcctaaat ttgttagata cagtttgtgt gcagcaaaag ggagtggctg cgtggattga ca attgtgagtt aaaaaagaag gaaggtattt ttatatccta tttcgagtga ggagtactgg tcgctagatt gcagttgcgg gagcaggcac ttgcgcatag caagaaaaga aaaataagca aagagcaatt atttatctgc acttgatgga ttgctctagg cgaaagtagc ctttgtattc ctgagtactt tatgtgaagg cggatgctta tgattccttc aagatatttt aagagctagg gtatcgggct gtttcggtcg ctgttgtttg ctaatatggt atgaaacaga aatgatggag tatgctagaa acaggcgtat gattcatagt tgaagagaac agttactcca tactttcatg ttatgagagt tggattttcc cgctgtcgct tttgttttgt tgcagggatt gggatcgtgt cgtaatcatt gtgttggtat tcccttacag tatgggagag ctaccattca ggacttatac gtgtttatga cacacgtttt gccaaagact cgttgcgatg ggttacccta gaagagttag cggtggtgta caaattccac aatcctgaag gatgcaagaa tgtgcaaagc 60 gagaaaagcg ggatatatct 120 gatgaatcga atacggacca 180 aatcgcatcg gagaatggtt 240 acagatagcc atactactcc 300 ggattttctc cattacacaa 360 atgacgcaaa gtaatcttgt 420 gggaatgagc aaacaccgtt 480 tatcctactt ctcgagaaga 540 ggaccttttt tgcaagcggt 600 attttttaga tcagttagat 660 atgtgaaatg gtcgaagggg 720 attatttaca tatcaaagcc 780 atttagaggc gcgtaagtta 840 atcatattga tttgtggaag 900 aggctcatga gcctagtgaa 960 caggagattc tttagctgca 1020 gtatcgctag agagaaaatt 1080 actatgcata tttcacagaa 1140
1142 <210> 114 <211> 976 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 114 aggtggatgg ggactgcagc ggcacaaagt gagaagttcg ctccttctat atgatgcgtt cagagcttcg ccgatgggtt cttatatttc ttcctacata aagaatttgc aaacgaacaa accgtccttt ctttagattg tgggagacaa ttggacgtca ctctttttgg ggcgcctgtc tgaagagtcg accttctggg tgtgaaatgg cagggctcca tcatcggtct caatcattat tctccctgtc ttcggtgact tagttggcag taagattatt cccaggtggt agaacttcct gttaaccctg catggaagga agtattgaat ttttga caagatgtgc gctgctttaa cgcactactt cgttatgttc cagttacaga agttcgctat gcaacgagtg attgggcctg gatggggatg gacatggaag caagtatttt agtgtccttt aaacatagaa ttggaaaacg tatactgtgg tgttggagta tcgctactct gaacactatt taaagattcg ctgaaggtgt aatcgatgag tctactctcc gtttgaaaag ttatatggga gtaagagcca attttgatcc cttctaatac atctttatgc tgattctgac tagacacaaa atctacaggt aaggggatat atatggaagc aatcacaaag 60 ttctcgcatg gcctctttag 120 tcgtcctttt ggtactacga 180 aggagatttg gctaccatag 240 aagctttttc cctaagaaag 300 aatggttccg catttttggg 360 cgggtacaat attgggagta 420 gtcggagggt cttttccgcg 480 taaagtagga tttctaagaa 540 ttcaggaccg cctccttggg 600 agaagctttg attatcgacc 660 actgctttcc atgttgacag 720 tcaggatgaa gtggttgatg 780 cgtggagtct cgccttgctc 840 tgccgagtat ttaaaaagct 900 cgagttatca acacctattc 960
976 <210> 115 <211> 995 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 115 ttatcctaga aatttggtgt tatcgaccta gggacgacca tcaatatgag actcttgcgt cgaaaaaaga ctctgttatg aagtctaaca aaattattgg 60 gaaggtggcc aacctaaagt 120
PL 209 107 B1
103 tattgcctct tctgaaggaa ctcgtactac tccttctatc gttgctttta aaggtggcga aactcttgtt ggaattcctg caaaacgtca ggcagtaacc aatcctgaaa aaacattggc ttctactaag cgattcatcg gtagaaaatt ctctgaagtc gaatctgaaa ttaaaacagt cccctacaaa gttgctccta actcgaaagg agatgcggtc tttgatgtgg aacaaaaact gtacactcca gaagaaatcg gcgctcagat cctcatgaag atgaaggaaa ctgctgaggc ttatctcgga gaaacagtaa cggaagcagt cattaccgta ccagcttact ttaacgattc tcaaagagct tctacaaaag atgctggacg tatcgcagga ttagatgtta aacgcattat tcctgaacca acagcggccg ctcttgctta tggtattgat aaggaaggag ataaaaaaat cgccgtcttc gacttaggag gaggaacttt cgatatttct atcttggaaa tcggtgacgg agtttttgaa gttctctcaa ccaacgggga tactcacttg ggaggagacg acttcgacgg agtcatcatc aactggatgc ttgatgaatt caaaaaacaa gaaggcattg atctaagcaa agataacatg gctttgcaaa gattgaaaga tgctgctgaa aaagcaaaaa tagaattgtc tggtgtatcg tctactgaaa tcaatcagcc attcatcact atcgacgcta atggacctaa acatttggct ttaactctaa ctcgcgctca attcgaacac ctagcttcct ctctcattga gcgaaccaaa caaccttgtg ctcaggcttt aaaag <210> 116 <211> 437 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 116 gtcacagcta aaggcggtgg gctttatact gataagaatc tttcgattac taacatcaca ggaattatcg aaattgcaaa taacaaagcg acagatgttg gaggtggtgc ttacgtaaaa ggaaccctta cttgtaaaaa ctctcaccgt ctacaatttt tgaaaaactc ttccgataaa caaggtggag gaatctacgg agaagacaac atcaccctat ctaatttgac agggaagact ctattccaag agaatactgc caaaaaagag ggcggtggac tcttcataaa aggtacagat aaagctctta caatgacagg actggatagt ttctgtttaa ttaataacac atcagaaaaa catggtggtg gagcctttgt taccaaagaa atctctcaga cttacacctc tgatgtggaa acaattccag gaatcac <210> 117 <211> 446 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 117 aagtttacct agaccaaact gaagatgacg aaggaaaagt tgttttatcc agagaaaaag caacaagaca acgacaatgg gaatacattc ttgctcactg cgaggaaggt tctattgtta agggacaaat tacccgaaaa gttaagggtg gtttgatcgt agatattggt atggaagcct tccttccagg atcccaaata gacaataaga agatcaagaa cttagatgat tacgtaggca aggtttgtga gttcaaaatt ctcaaaatca acgtggatcg tcggaacgtt gttgtatcta gaagagaact tctcgaagct gaacgcattt ctaagaaagc agagttgatc gagcaaatca ctatcggtga acgtcgcaaa ggtatcgtta agaatatcac agatttcgga gtattcttgg atcttgatgg cattgacggc ctactc <210> 118 <211> 951 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 118 agtattgcga aatattactg tgagaagcaa tgctgagagc ggttctagta aaagtgaggg gagagctgtc agaagggatc gctcaggaag cgagacaacg tgtggctgat ttattaggaa gattccctct ttatcctgaa atcgatctgg aaacgctagt ttagtgggag actctatgcc tgaaggggaa atgatgcata agttgcaaga tgtcatagat agaaagttgt tggattctcg tcgtattttc ttctccgaac ctgtaacgga gaaaagtgct gcagaagcca tcaaaaagct ttggtatttg gaactcacca atcctgggca gccaattgta tttgtcatta atagccctgg agggtctgtt gatgctgggt ttgctgtttg ggaccaaatt aaaatgatct cttctccttt gactacagtt gttacaggtt tagcagcatc tatgggatct gtattgagtt tgtgtgctgt tccaggaaga cgttttgcta cgcctcatgc gcgcattatg attcaccagc cttctattgg aggaaccatt actggtcaag ccacggactt ggatattcat gctcgtgaaa ttttaaaaac aaaagcacgc attattgatg tgtatgtcga ggcaactgga caatctccag aggtgataga gaaagctatc gatcgagata tgtggatgag tgcaaatgaa gcaatggagt ttggactgtt agatgggatt ctcttctctt ttaacgactt gtagatatct tttatattct ggagcaggaa acagtttcat tttgggagaa tcgatgcctt ctcttgagga tgttctgttt ttatgccagg aagagatggt tgatgggttt ttatgtgtag agtcttctga aatagcagat gctaaactca ctgtttttaa tagtgatgga tctatcgcgt ctatgtgcgg gaatgggttg c
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
995
120
180
240
300
360
420
437
120
180
240
300
360
420
446
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
951
104
PL 209 107 B1 <210> 119 <211> 953 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 119 atatcaaagt catcaacacc ataatccatc ttattctaga gtacagtcca cttttaacaa acattgaaac ctgggagcat ttctagcttt caggcgttcc caacgtattc ctaatggcaa tacctcaaac agaaaaaagt ttattaaaat tacaacctat tgggcaaatg tgtcgcagcc aaccaatgct aaagttggga agatatttta ctttccaatc tttattagga gttcttagtc ggtacgagaa taatttatgt attacgtgta tgatatttta aaacgcttaa tcgaattacg tgttaaagat taatttcccc acagagccgc aaaatgacag tctattacaa gatcaaattc gacaaaatca actaataaaa ggaactgaaa tcagcagata ggtgattcta agtctaagaa ggcggtttag ggaataacaa acaattttta gggtttgtta tcctggtatc tcgtcaaaaa tcaaggacca cttctgatgg ttggtttgga ttggtggaat caacagaccc ttcaatgcaa taggaaaatt ttattgcatc agccctacgc ccagaattat aaagcggtgt atacttctaa ttggattttt tgcaaaataa ggtctgcgat taaggttatc gcaaataatc aatatcttta tgcggaaaaa tgctgatact ttctctaggt cgggttattc cacagtcaca aagaatggaa gattagttat taatacagga ggtatgggtt tgtatctttt cttataggtt aagcaaagtg tccgactcgt aagtgagaaa cttgggacaa 60 acagtctcca 120 gcttaccagc 180 attgttgata 240 ttgttgaaag 300 actcccagga 360 cccaaaagct 420 ggcggcgttg 480 ggatactcat 540 ttgactccga 600 aatgcccttt 660 ttggaggtaa 720 ttatatttag 780 agggacgatt 840 ccaacatcaa 900 tca 953 <210> 120 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia
<220>
<221> cecha dowolna
<222> 3 95
<223> n=A,T,C albo G
<400> 120
atggcttcta acacagccca gttaaggtcg gcgggctctt actgttctcg caaagcttct ctcgtagcag atcggaggaa aaaatgctgg agctatatta gcggaaagag gaattgtcgg ttcacgcgca gacgttttca ggatgtacgt tatgcggacg gcaataaaat ccaagtctgc ccgcacacat ctttagggaa tctcttacat atctttgtgt ttacctacct cgcaaccgtt tggcggctaa cagattgcga gagaggaaaa tcaagtatgc aattggtgcc tcacttctgc tttagggtct ggcaagggta tgccgaattg tacagcttcc tgcctttaac gaaagctgct gtctcataag cgcgacattc tctttcttcc ccatgcagcg agcccgctgc tgcttgcgag actcctcact gttgcctatt agttattgga ggtacaggga gtaaataaga accgcaaata caagtgtcca ggagcgttgc agtcagaaac cgcanagcgg ggagctatcc caaattaaag tttgtggtgg gctcgtattg aggagagtcg atgctcgaga acaatgggta ttgtggactt atgctctaaa cgaagggaat ttttggaaca aaggattagg caggaacagt cgcaagaagg ctgcggctgt gtccgattct caaatatggg gttctggact cgagagaaga ctggagagaa agtttttgga ttcgtgcaat tctgcgccag agcttttttt 60 ggataagact 120 agctggaggc 180 ggatgcgaga 240 tcaaagtgcg 300 ggatgagggg 360 ctgtagcttc 420 gtttgtcaac 480 atcttctgtt 540 cgctatcagt 600 gtcgtcactc 660 agccaagacg 720 atgcgttgcc 780 tgtggctgcg 840 agcataa 897 <210> 121 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 121
Met 1 Ala Ser Ile Cys 5 Gly Arg Leu Gly Ser 10 Gly Thr Gly Asn Ala 15 Leu
Lys Ala Phe Phe 20 Thr Gin Pro Ser Asn 25 Lys Met Ala Arg Val 30 Val Asn
Lys Thr Lys 35 Gly Met Asp Lys Thr 40 Val Lys Val Ala Lys 45 Ser Ala Ala
Glu Leu 50 Thr Ala Asn Ile Leu 55 Glu Gin Ala Gly Gly 60 Ala Gly Ser Ser
Ala 65 His Ile Thr Ala Ser 70 Gin Val Ser Lys Gly 75 Leu Gly Asp Ala Arg 80
PL 209 107 B1
105
Thr Val Leu Ala Leu 85 Gly Asn Ala Phe Asn Gly 90 Ala Leu Pro Gly 95 Thr
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser Tyr Met Lys Ala Ala Ser Gin
100 105 110
Lys Pro Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Val Ala Asp Leu Cys Val Ser
115 120 125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile
130 135 14 0
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn
145 150 155 160
Lys Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser Ser Gin Ile Lys Ala Asn Met
165 170 175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr Ile Met Ala Ala Asn His Ala Ala Phe Val
180 185 190
Val Gly Ser Gly Leu Ala Ile Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200 205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Ser Leu Glu Leu Ser Gly
210 215 220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Arg Arg Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr
225 230 235 240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu
245 250 255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro Ile Thr Met
260 265 270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Val
275 280 285
Ile Gly Leu Trp Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290 295
<210> 122 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 122 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60 acacagccca gcaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120 gttaaggtcg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatacgaga 240 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300 caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg 360 ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtggcttc 420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagttatcc gtccgattct gtttgtcaac 480 aaaatgctgg tgaacccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt 600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc 660 gaagtgtcgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagagagtcg ctggagagaa agccaagacg 720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780 gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct 840 ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa 897 <210> 123 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 123
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu
1 5 10 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Ser Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn
20 25 30
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Val Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala
40 45
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 50 55 60
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp Thr Arg
70 75 80
Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr
106
PL 209 107 B1
85 90 95
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin
100 105 110
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Val Ser
115 120 125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Gly Phe Ile Gly Gly Ile
130 135 140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Val Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn
145 150 155 160
Lys Met Leu Val Asn Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met
165 170 175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr Ile Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Val
180 185 190
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200 205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Val Ser Gly
210 215 220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Arg Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr
225 230 235 240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu
245 250 255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro Ile Thr Met
260 265 270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Ile
275 280 285
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290 295
<210> 124 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 124 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60 acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120 attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 240 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300 caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg 360 ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc 420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac 480 aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt 600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc 660 gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg 720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780 gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct 840 ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa 897 <210> 125 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 125
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 1 5 10 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Asn Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn 20 25 30
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Ile Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala 35 40 45
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 50 55 60
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp Ala Arg 65 70 75 BO
Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr
90 95
PL 209 107 B1
107
Val Gin Ser Ala Gin Ser 100 Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin
105 110
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Val Ser
115 120 125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Ile Ile Gly Gly Ile
130 135 140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn
145 150 155 160
Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met
165 170 175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr Ile Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Val
180 185 190
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200 205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Val Pro Gly
210 215 220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr
225 230 235 240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu
245 250 255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro Ile Thr Met
260 265 270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Ile
275 280 285
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290 2 95
<210> 126 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 126 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60 acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120 attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 240 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300 caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg 360 ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc 420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac 480 aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt 600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc 660 gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg 720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780 gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct 840 ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa 897 <210> 127 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 127
Met 1 Ala Ser Ile Cys 5 Gly Arg Leu Gly Ser 10 Gly Thr Gly Asn Ala 15 Leu
Lys Ala Phe Phe 20 Thr Gin Pro Asn Asn 25 Lys Met Ala Arg Val 30 Val Asn
Lys Thr Lys 35 Gly Met Asp Lys Thr 40 Ile Lys Val Ala Lys 45 Ser Ala Ala
Glu Leu 50 Thr Ala Asn Ile Leu 55 Glu Gin Ala Gly Gly 60 Ala Gly Ser Ser
Ala 65 His Ile Thr Ala Ser 70 Gin Val Ser Lys Gly 75 Leu Gly Asp Ala Arg 80
Thr Val Val Ala Leu 85 Gly Asn Ala Phe Asn 90 Gly Ala Leu Pro Gly 95 Thr
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin
108
PL 209 107 B1
100 105 110
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Val Ser
115 120 125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Ile Ile Gly Gly Ile
130 135 140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn
145 150 155 160
Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met
165 170 175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr Ile Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Val
180 185 190
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200 205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Val Pro Gly
210 215 220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr
225 230 235 240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu
245 250 255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro Ile Thr Met
260 265 270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Ile
275 280 285
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290 295
<210> 128 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 128 .
atggcttcta tatgtggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt SO acacagccca gcaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120 gttaaggtcg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatacgaga 240 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300 caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg 360 ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtggcttc 420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagttatcc gtccgattct gtttgtcaac 480 aaaatgctgg tgaacccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt 600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc 660 gaagtgtcgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagagagtcg ctggagagaa agccaagacg 720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780 gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct 840 ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa 897 <210> 129 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 129
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu
1 5 10 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Ser Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn
20 25 30
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Val Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala
35 40 45
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser
50 55 60
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp Thr Arg
65 70 75 80
Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr
85 90 95
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin
100 105 110
PL 209 107 B1
109
Lys Thr Gin Glu 115 Gly Asp Glu Gly Leu 120 Thr Ala Asp Leu 125 Cys Val Ser
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Gly Phe Ile Gly Gly Ile
130 135 140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Val Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn
145 150 155 160
Lys Met Leu Val Asn Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met
165 170 175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr Ile Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Val
180 185 190
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200 205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Val Ser Gly
210 215 220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Arg Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr
225 230 235 240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu
245 250 255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro Ile Thr Met
260 265 270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Ile
275 280 285
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290 295
<210> 130 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 130 atggctgcta tatgtggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60 acacagccca gcaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120 gttaaggtcg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 240 actgttctcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300 caaagcttct tctcttacat gaaagctgct agtcagaaac cgcaagaagg ggatgagggg 360 ctcgtagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcttc 420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac 480 aaaatgctgg cgcaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tttgtggtgg gttctggact cgctatcagt 600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgtcactc 660 gaattgtcgg gagaggaaaa tgcttgcgag aggggagtcg ctggagagaa agccaagacg 720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780 gacgttttca aattggtgcc gttgcctatt acaatgggta ttcgtgcaat tgtggctgcg 840 ggatgtacgt tcacttctgc agttattgga ttgtggactt tctgcaacag agtataa 897 <210> 131 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 131
Met Ala Ala Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu
1 5 10 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Ser Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn
20 25 30
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Val Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala
35 40 45
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser
50 55 60
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp Ala Arg
65 70 75 80
Thr Val Leu Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr
85 90 95
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser Tyr Met Lys Ala Ala Ser Gin
100 105 110
Lys Pro Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Val Ala Asp Leu Cys Val Ser
110
PL 209 107 B1
115 12 0 125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile
130 135 140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn
145 150 155 160
Lys Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met
165 170 175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr Ile Met Ala Ala Asn His Ala Ala Phe Val
180 185 190
Val Gly Ser Gly Leu Ala Ile Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200 205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Ser Leu Glu Leu Ser Gly
210 215 220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Arg Gly Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr
225 230 235 240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu
245 250 255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro Ile Thr Met
260 265 270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Val
275 280 285
Ile Gly Leu Trp Thr Phe Cys Asn Arg Val
290 295
<210> 132 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 132 atggctgcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60 acacagccca gcaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120 gttaaggtcg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 240 actgttctcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300 caaagcttct tctcttacat gaaagctgct agtcagaaac cgcaagaagg ggatgagggg 360 ctcgtagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcttc 420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac 480 aaaatgctgg cgcaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tttgtggtgg gttctggact cgctatcagt 600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgtcactc 660 gaattgtcgg gagaggaaaa tgcttgtgag aggagagtcg ctggagagaa agccaagacg 720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780 gacgttttca aattggtgcc gttgcctatt acaatgggta ttcgtgcaat tgtggctgcg Θ40 ggatgtacgt tcacttctgc agttattgga ttgtggactt tctgcaacag agtataa 897 <210> 133 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 133
Met Ala Ala Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu
1 5 10 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Ser Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn
20 25 30
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Val Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala
35 40 45
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser
50 55 60
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp Ala Arg
65 70 75 80
Thr Val Leu Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr
85 90 95
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser Tyr Met Lys Ala Ala Ser Gin
100 105 110
Lys Pro Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Val Ala Asp Leu Cys Val Ser
115 120 125
PL 209 107 B1
111
His Lys 130 Arg Arg Ala Ala Ala Ala 135 Val Cys Ser Phe 140 Ile Gly Gly Ile
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn
145 150 155 160
Lys Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met
165 170 175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr Ile Met Ala Ala Asn His Ala Ala Phe Val
180 185 190
Val Gly Ser Gly Leu Ala Ile Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200 205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Ser Leu Glu Leu Ser Gly
210 215 220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Arg Arg Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr
225 230 235 240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu
245 250 255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro Ile Thr Met
260 265 270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Val
275 280 285
Ile Gly Leu Trp Thr Phe Cys Asn Arg Val
290 295
<210> 134 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 134 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60 acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120 attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 240 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300 caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg 360 ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc 420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac 480 aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt 600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc 660 gaaatgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg 720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780 gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct 840 ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa 897 <210> 135 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 135
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu
1 5 10 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Asn Asn Lys Met Ala Arg val Val Asn
20 25 30
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Ile Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala
35 40 45
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser
50 55 60
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp Ala Arg
65 70 75 80
Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr
85 90 95
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin
100 105 110
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Val Ser
115 120 125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Ile Ile Gly Gly Ile
112
PL 209 107 B1
130 135
Thr 145 Tyr Leu Ala Thr Phe 150 Gly Ala
Lys Met Leu Ala Lys 165 Pro Phe Leu
Gly Ser Ser Val 180 Ser Tyr Ile Met
Val Gly Ala 195 Gly Leu Ala Ile Ser 200
Arg Cys 210 Ala Arg Ile Ala Arg 215 Glu
Glu 225 Glu Asn Ala Cys Glu 230 Lys Lys
Phe Thr Arg Ile Lys 245 Tyr Ala Leu
Glu Cys Val Ala 260 Asp Val Phe Lys
Gly Ile Arg 275 Ala Ile Val Ala Ala 280
Ile Gly 290 Leu Cys Thr Phe Cys 295 Ala
140
Ile Arg Pro 155 Ile Leu Phe Val Asn 160
Ser Ser 170 Gin Thr Lys Ala Asn 175 Met
Ala 185 Ala Asn His Ala Ala 190 Ser Val
Ala Glu Arg Ala Asp 205 Cys Glu Ala
Glu Ser Leu Leu 220 Glu Met Pro Gly
Val Ala Gly 235 Glu Lys Ala Lys Thr 240
Leu Thr 250 Met Leu Glu Lys Phe 255 Leu
Leu 265 Val Pro Leu Pro Ile 270 Thr Met
Gly Arg Cys Ala Thr Phe Thr 285 Ser Ala Ile
<210> 136 <211> 882 <212> DNA <213> Chlamydia <400 atggcttctg acgcgtcccg ataaaggttg gcagggactg acagtaatgg cgaagctgtc aaagatctct ggagcaactt cttgccaaac atcatggcag agagcagact gaaggcaata tacagattcc attcctttgc tctgcagtta
136 tatgtgggcg gtaacaagct ggaagtctgc atgcacatgt ctctagggaa tcgcccattt gtgtttctca atattacaac cattcctttc cgaaccatgc gtgaagagcg aattaacagc ttactatgat caatttcgca ttggcttagg attaagtgct atcacggttt tgctgaatta tacggcggcc tgtcttcaat acgagcggcc tagacgaaga tttcggagcg ctcccaagcc ggcatctgtg gtgtgatcgc tatttcggaa agaaaaacta tggaattcgt tactttttgg ggggtgggga gtaaatagcg acggcgagta aaggtgtcta gggtctgtgc ggcaaagaag gctgcggctg attcgtccga aaagaagggt cttgggtctg attcgatgta gagaaggcta tttgagatgg gctattgttg tctagagcat acagatttaa caaaaggatt ttttagagca aagcacttgg cagcaaccat aagaaacatg aggcttgtaa cattactcgt tgggagcttc ctttaagtat gtgaggatgg gatcatggac tggcggatat ctgcgggatg aa cgcatttttc agacagatca aactgggggg ggacgcgcga tcaaagtgcg ctccaaggtg tgttattgga taacaagctt tgttggttat tagcgcagaa tgaaatttgc tctcattaag cttcaagtta tacgttgact
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
882 <210> 137 <211> 293 <212> PRT <213> Chlamydia
<400> 137
Met 1 Ala Ser Val Cys 5
Asn Ala Phe Phe 20 Thr
Ser Ala Lys 35 Gly Leu
Glu Leu 50 Thr Ala Ser
Ala 65 His Val Thr Ala
Thr Val Met Ala Leu 85
Ile Gin Ser Ala 100 Arg
Glu Glu Glu 115 Thr Cys
Arg Arg 130 Ala Ala Ala
Gly Arg Leu Ser Ala Gly Val Gly Asn Arg Phe 10 15
Arg Pro Gly Asn Lys Leu Ser Arg Phe Val Asn 25 30
Asp Arg Ser Ile Lys Val Gly Lys Ser Ala Ala 40 45
Ile Leu Glu Gin Thr Gly Gly Ala Gly Thr Asp 55 60
Ala Lys Val Ser Lys Ala Leu Gly Asp Ala Arg 70 75 80
Gly Asn Val Phe Asn Gly Ser Val Pro Ala Thr
95
Ser Cys Leu Ala His Leu Arg Ala Ala Gly Lys
105 no
Ser Lys Val Lys Asp Leu Cys Val Ser His Arg
120 125 Glu Ala Cys Asn Val Ile Gly Gly Ala Thr Tyr
135 140
PL 209 107 B1
113
Ile Thr 145 Thr Phe Gly Ala 150 Ile Arg Pro Thr Leu 155 Leu Val Asn Lys Leu 160
Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gin Ala Lys Glu Gly Leu Gly Ala
165 170 175
Ser Val Gly Tyr Ile Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Val Leu Gly
180 185 190
Ser Ala Leu Ser Ile Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Glu Arg Cys
195 200 205
Asp Arg Ile Arg Cys Ser Glu Asp Gly Glu Ile Cys Glu Gly Asn Lys
210 215 220
Leu Thr Ala Ile Ser Glu Glu Lys Ala Arg Ser Trp Thr Leu Ile Lys
225 230 235 240
Tyr Arg Phe Leu Thr Met Ile Glu Lys Leu Phe Glu Met Val Ala Asp
245 250 255
Ile Phe Lys Leu Ile Pro Leu Pro Ile Ser His Gly Ile Arg Ala Ile
260 265 270
Val Ala Ala Gly Cys Thr Leu Thr Ser Ala Val Ile Gly Leu Gly Thr
275 280 285
Phe Trp Ser Arg Ala
290
<210> 138 <211> 16 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna . <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 138
Asp Leu Cys Val Ser His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser 1 5 10 15 <210> 139 <211> 16 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 139
Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 15 10 15 <210> 140 <211> 18 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 140
Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile 15 10 15
Arg Pro <210> 141 <211> 18 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 141
114
PL 209 107 B1
Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn Lys 15 10 15
Met Leu <210> 142 <211> 18 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 142
Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn Lys Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser 15 10 15
Ser Gin <210> 143 <211> 17 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 143
Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met Gly 15 10 15
Ser <210> 144 <211> 10 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 144
Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 1 5 io <210> 145 <211> 9 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 145
Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 1 5 <210> 146 <211> 8 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 146
Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 1 5
PL 209 107 B1
115 <210> 147 <211> 9 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 147
Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr 1 5 <210> 148 <211> 8 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 148
Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr 1 5 <210> 149 <211> 10 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 149
Cys Ser Ile Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 15 10 <210> 150 <211> 10 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 150
Cys Gly Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 15 10 <210> 151 <211> 9 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 151
Gly Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 1 5 <220>
<223> Wykonano w laboratorium <210> 152 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna
116
PL 209 107 B1 <400> 152
Gin Ile Phe Val Cys Leu Ile Ser Ala Glu Arg Leu Arg Leu Arg Leu 1 5 10 15
Ser Val Ala Ser 20 <210> 153 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 153
Glu Arg Leu Arg Leu Arg Leu Ser Val Ala Ser Ser Glu Glu Leu Pro 15 10 15
Thr Ser Arg His 20 <210> 154 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 154
Ala Ser Ser Glu Glu Leu Pro Thr Ser Arg His Ser Glu Leu Ser Val 15 10 15
Arg Phe Cys Leu 20 <210> 155 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 155
Arg His Ser Glu Leu Ser Val Arg Phe Cys Leu Ser Thr Lys Cys Trp 1 5 io 15
Arg Asn Arg Phe 20 <210> 156 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 156
Leu Ser Thr Lys Cys Trp Arg Asn Arg Phe Phe Leu Pro Lys Leu Lys 1 5 io 15
Gin Ile Trp Asp 20 <210> 157 <211> 53 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna
PL 209 107 B1
117 <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 157
Ile Phe Val Cys Leu Ile Ser Ala Glu Arg Leu Arg Leu Ser Val
1 5 10 15
Ser Ser Glu Glu Leu Pro Thr Ser Arg His Ser Glu Leu Ser Val
20 25 30
Phe Cys Leu Ser Thr Lys Cys Trp Arg Asn Arg Phe Phe Leu Pro
35 40 45
Leu Lys Gin Ile Trp
50
<210> 158 <211> 52 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 158
Leu Cys Val Ser His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe
1 5 10 15
Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile
20 25 30
Leu Phe Val Asn Lys Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser Ser Gin Ile
35 40 45
Lys Ala Asn Met 50 <210> 159 <211> 24 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 159 ttttgaagca ggtaggtgaa tatg
<210> 160
<211> 24
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 160
ttaagaaatt taaaaaatcc ctta
<210> 161
<211> 24
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 161
ggtataatat ctctctaaat tttg
<210> 162
<211> 19
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 162
agataaaaaa ggctgtttc <210> 163 <211> 24 <212> DNA <213> Chlamydia
118
PL 209 107 B1 <400> 163 ttttgaagca ggtaggtgaa tatg
<210> 164
<211> 29
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 164
tttacaataa gaaaagctaa gcactttgt
<210> 165
<211> 20
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 165
ccttacacag tcctgctgac
<210> 166
<211> 20
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 166
gtttccgggc cctcacattg
<210> 167
<211> 9
<212> PRT
<213> Sekwencja sztuczna
<220>
<223> Wykonano w laboratorium
<400> 167
Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu
5
<210> 168
<211> 9
<212> PRT
<213> Sekwencja sztuczna
<220>
<223> Wykonano w laboratorium
<400> 168
Ile Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu
<210> 169 <211> 2643 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 169 gcaatcatgc acagcggtcc aatcatgtcg tgtgctcatg gtatctaaac tccattcaaa tctattattc tgtcgaaatc cacaactatc caggctcaaa gcggatttaa gacctgatca tctttggcca tctgtacatt catcacaaga tccatatcac actttcgctt atcaaaagaa atgctgaagg ttttcacagc ccttctcttt atggcggcgc tatgaacttc ggatccctta ttttgaggac cgatcctttg ggaccccaaa cctttccttc tggtcagtta ctctggagga ttttgaagag atctagaaat tatttgctgt tgttgtctat ggtgaaaccg tgtaccatgg tatgtacttg gaggctcttt acagattgct tccttgcgca gccatctctg aattcttcta gtgtcgccta agtaatctta gtgctgctat ccctcctcac agagcctctt gaaattccta ttaaagaaaa cttccaagga ataatggtag cggatgcctt aaggaaatgg tttctttcgc tttgttcagg tttgtcatcc taaaaatcct tcctgctctt ctgttggttc aggagatctt aagctctcct catgagtttc ttctctacag cggagccatt ccgtaatcgt gaatgtaaac
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
PL 209 107 B1
119 cctctctttt tcactggaaa ctccgccacg aatggaggcg ctatttgttg tatcagcgat ctaaacacct cagaaaaagg ctctctctct cttgcttgta accaagaaac gctatttgca agcaattctg ctaaagaaaa aggcggggct atttatgcca agcacatggt attgcgttat aacggtcctg tttccttcat taacaacagc gctaaaatag gtggagctat cgccatccag tccggaggga gtctctctat ccttgcaggt gaaggatctg ttctgttcca gaataactcc caacgcacct ccgaccaagg tctagtaaga aacgccatct acttaragaa agatgcgatt ctttcttcct tagaagctcg caacggagat attcttttct ttgatcctat tgtacaagaa agtagcagca aagaatcgcc tcttccctcc tctttgcaag ccagcgtgac ttctcccacc ccagccaccg catctccttt agttattcag acaagtgcaa accgttcagt gattttctcg agcgaacgtc tttctgaaga agaaaaaact cctgataacc tcacttccca actacagcag cctatcgaac tgaaatccgg acgcttagtt ttaaaagatc gcgctgtcct ttccgcgcct tctctctctc aggatcctca agctctcctc attatggaag cgggaacttc tttaaaaact tcctctgatt tgaagttagc tacgctaagt attccccttc attccttaga tactgaaaaa agcgtaacta tccacgcccc taatctttct atccaaaaga tcttcctctc taactctgga gatgagaatt tttatgaaaa tgtagagctt ctcagtaaag agcaaaacaa tattcctctc cttactctcc ctaaagagca atctcattta catcttcctg atgggaacct ctcttctcac tttggatatc aaggagattg gactttttct tggaaagatt ctgatgaagg gcattctctg attgctaatt ggacgcctaa aaactatgtg cctcatccag aacgtcaatc tacactcgtt gcgaacactc tttggaacac ctattccgat atgcaagctg tgcagtcgat gattaataca acagcgcacg gaggagccta tctatttgga acgtggggat ctgctgtttc taatttattc tatgttcacg acagctctgg gaaacctatc gataattggc atcatagaag ccttggctac ctattcggta tcagtactca cagtttagat gaccattctt tctgcttggc tgcaggacaa ttactcggga aatcgtccga ttcctttatt acgtctacag aaacgacctc ctatatagct actgtacaag cgcaactcgc tacctctcta atgaaaatct ctgcacaggc atgctacaat gaaagtatcc atgagctaaa aacaaaatat cgctccttct ctaaagaagg attcggatcc tggcatagcg ttgcagtatc cggagaagtg tgcgcatcga ttcctattgt atccaatggt tccggactgt tcagctcctt ctctattttc tctaaactgc aaggattttc aggaacacag gacggttttg aggagagttc gggagagatt cggtcctttt ctgccagctc tttcagaaat atttcacttc ctataggaat aacatttgaa aaaaaatccc aaaaaacacg aacctactat tactttctag gagcctacat ccaagacctg aaacgtgatg tggaatcggg acctgtagtg ttactcaaaa atgccgtctc ctgggatgct cctatggcga acttggattc acgagcctac atgttccggc ttacgaatca aagagctcta cacagacttc agacgctgtt aaatgtgtct tgtgtgctgc gtgggcaaag ccatagttac tccctggatc tggggaccac ttacaggttc tag <210> 170 <211> 2949 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 170 atgattcctc aaggaattta cgatggggag acgttaactg tatcatttcc ctatactgtt ataggagatc cgagtgggac tactgttttt tctgcaggag agttaacatt aaaaaatctt gacaattcta ttgcagcttt gcctttaagt tgttttggga acttattagg gagttttact gttttaggga gaggacactc gttgactttc gagaacatac ggacttctac aaatggggca gctctaagta atagcgctgc tgatggactg tttactattg agggttttaa agaattatcc ttttccaatt gcaattcatt acttgccgta ctgcctgctg caacgactaa taagggtagc cagactccga cgacaacatc tacaccgtct aatggtacta tttattctaa aacagatctt ttgttactca ataatgagaa gttctcattc tatagtaatt tagtctctgg agatggggga gctatagatg ctaagagctt aacggttcaa ggaattagca agctttgtgt cttccaagaa aatactgctc aagctgatgg gggagcttgt caagtagtca ccagtttctc tgctatggct aacgaggctc ctattgcctt tgtagcgaat gttgcaggag taagaggggg agggattgct gctgttcagg atgggcagca gggagtgtca tcatctactt caacagaaga tccagtagta agtttttcca gaaatactgc ggtagagttt gatgggaacg tagcccgagt aggaggaggg atttactcct acgggaacgt tgctttcctg aataatggaa aaaccttgtt tctcaacaat gttgcttctc ctgtttacat tgctgctaag caaccaacaa gtggacaggc ttctaatacg agtaataatt acggagatgg aggagctatc ttctgtaaga atggtgcgca agcaggatcc aataactctg gatcagtttc ctttgatgga gagggagtag ttttctttag tagcaatgta gctgctggga aagggggagc tatttatgcc aaaaagctct cggttgctaa ctgtggccct gtacaatttt taaggaatat cgctaatgat ggtggagcga tttatttagg agaatctgga gagctcagtt tatctgctga ttatggagat attattttcg atgggaatct taaaagaaca gccaaagaga atgctgccga tgttaatggc gtaactgtgt cctcacaagc catttcgatg ggatcgggag ggaaaataac gacattaaga gctaaagcag ggcatcagat tctctttaat gatcccatcg agatggcaaa cggaaataac cagccagcgc agtcttccaa acttctaaaa attaacgatg gtgaaggata cacaggggat attgtttttg ctaatggaag cagtactttg taccaaaatg ttacgataga gcaaggaagg attgttcttc gtgaaaaggc aaaattatca gtgaattctc taagtcagac aggtgggagt ctgtatatgg aagctgggag tacattggat tttgtaactc cacaaccacc acaacagcct cctgccgcta atcagttgat cacgctttcc
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2643
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
120
PL 209 107 B1 aatctgcatt tgtctctttc ttctttgtta gcaaacaatg cagttacgaa tcctcctacc 1680 aatcctccag cgcaagattc tcatcctgca gtcattggta gcacaactgc tggttctgtt 1740 acaattagtg ggcctatctt ttttgaggat ttggatgata cagcttatga taggtatgat 1800 tggctaggtt ctaatcaaaa aatcaatgtc ctgaaattac agttagggac taagccccca 1860 gctaatgccc catcagattt gactctaggg aatgagatgc ctaagtatgg ctatcaagga 1920 agctggaagc ttgcgtggga tcctaataca gcaaataatg gtccttatac tctgaaagct 1980 acatggacta aaactgggta taatcctggg cctgagcgag tagcttcttt ggttccaaat 2040 agtttatggg gatccatttt agatatacga tctgcgcatt cagcaattca agcaagtgtg 2100 gatgggcgct cttattgtcg aggattatgg gtttctggag tttcgaattt cttctatcat 2160 gaccgcgatg ctttaggtca gggatatcgg tatattagtg ggggttattc cttaggagca 2220 aactcctact ttggatcatc gatgtttggt ctagcattta ccgaagtatt tggtagatct 2280 aaagattatg tagtgtgtcg ttccaatcat catgcttgca taggatccgt ttatctatct 2340 acccaacaag ctttatgtgg atcctatttg ttcggagatg cgtttatccg tgctagctac 2400 gggtttggga atcagcatat gaaaacctca tatacatttg cagaggagag cgatgttcgt 2460 tgggataata actgtctggc tggagagatt ggagcgggat taccgattgt gattactcca 2520 tctaagctct atttgaatga gttgcgtcct ttcgtgcaag ctgagttttc ttatgccgat 2580 catgaatctt ttacagagga aggcgatcaa gctcgggcat tcaagagcgg acatctccta 2640 aatctatcag ttcctgttgg agtgaagttt gatcgatgtt ctagtacaca tcctaataaa 2700 tatagcttta tggcggctta tatctgtgat gcttatcgca ccatctctgg tactgagaca 2760 acgctcctat cccatcaaga gacatggaca acagatgcct ttcatttagc aagacatgga 2820 gttgtggtta gaggatctat gtatgcttct ctaacaagta atatagaagt atatggccat 2880 ggaagatatg agtatcgaga tgcttctcga ggctatggtt tgagtgcagg magtaaagtc 2940 yggttctaa 2949 <210> 171 <211> 2895 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 171 atgaaaaaag cgtttttctt tttccttatc ggaaactccc tatcaggact agctagagag 60 gttccttcta gaatctttct tatgcccaac tcagttccag atcctacgaa agagtcgcta 120 tcaaataaaa ttagtttgac aggagacact cacaatctca ctaactgcta tctcgataac 180 ctacgctaca tactggctat tctacaaaaa actcccaatg aaggagctgc tgtcacaata 240 acagattacc taagcttttt tgatacacaa aaagaaggta tttattttgc aaaaaatctc 300 acccctgaaa gtggtggtgc gattggttat gcgagtccca attctcctac cgtggagatt 360 cgtgatacaa taggtcctgt aatctttgaa aataatactt gttgcagact atttacatgg 420 agaaatcctt atgctgctga taaaataaga gaaggcggag ccattcatgc tcaaaatctt 480 tacataaatc ataatcatga tgtggtcgga tttatgaaga acttttctta tgtccaagga 540 ggagccatta gtaccgctaa tacctttgtt gtgagcgaga atcagtcttg ttttctcttt 600 atggacaaca tctgtattca aactaataca gcaggaaaag gtggcgctat ctatgctgga 660 acgagcaatt cttttgagag taataactgc gatctcttct tcatcaataa cgcctgttgt 720 gcaggaggag cgatcttctc ccctatctgt tctctaacag gaaatcgtgg taacatcgtt 780 ttctataaca atcgctgctt taaaaatgta gaaacagctt cttcagaagc ttctgatgga 840 ggagcaatta aagtaactac tcgcctagat gttacaggca atcgtggtag gatctttttt 900 agtgacaata tcacaaaaaa ttatggcgga gctatttacg ctcctgtagt taccctagtg 960 gataatggcc ctacctactt tataaacaat atcgccaata ataagggggg cgctatctat 1020 atagacggaa ccagtaactc caaaatttct gccgaccgcc atgctattat ttttaatgaa 1080 aatattgtga ctaatgtaac taatgcaaat ggtaccagta cgtcagctaa tcctcctaga 1140 agaaatgcaa taacagtagc aagctcctct ggtgaaattc tattaggagc agggagtagc 1200 caaaatttaa ttttttatga tcctattgaa gttagcaatg caggggtctc tgtgtccttc 1260 aataaggaag ctgatcaaac aggctctgta gtattttcag gagctactgt taattctgca 1320
9attttcatc aacgcaattt acaaacaaaa acacctgcac cccttactct cagtaatggt 1380 tttctatgta tcgaagatca tgctcagctt acagtgaatc gattcacaca aactgggggt 1440 gttgtttctc ttgggaatgg agcagttctg agttgctata aaaatggtac aggagattct 1500 gctagcaatg cctctataac actgaagcat attggattga atctttcttc cattctgaaa 1560 agtggtgctg agattccttt attgtgggta gagcctacaa ataacagcaa taactataca 1620 gcagatactg cagctacctt ttcattaagt gatgtaaaac tctcactcat tgatgactac 1680 gggaactctc cttatgaatc cacagatctg acccatgctc tgtcatcaca gcctatgcta 1740 tctatttctg aagctagcga taaccagcta caatcagaaa atatagattt ttcgggacta 1800 aatgtccctc attatggatg gcaaggactt tggacttggg gctgggcaaa aactcaagat 1860 ccagaaccag catcttcagc aacaatcact gatccacaaa aagccaatag atttcataga 1920 accttactac taacatggct tcctgccggg tatgttccta gcccaaaaca cagaagtccc 1980 ctcatagcta acaccttatg ggggaatatg ctgcttgcaa cagaaagctt aaaaaatagt 2040 gcagagctga cacctagtgg tcatcctttc tggggaatta caggaggagg actaggcatg 2100 atggtttacc aagatcctcg agaaaatcat cctggattcc atatgcgctc ttccggatac 2160 tctgcgggga tgatagcagg gcagacacac accttctcat tgaaattcag tcagacctac 2220 accaaactca atgagcgtta cgcaaaaaac aacgtatctt ctaaaaatta ctcatgccaa 2280
PL 209 107 B1
121 ggagaaatgc tcttctcatt gcaagaaggt ttcttgctga ctaaattagt tgggctttac agctatggag accataactg tcaccatttc tatactcaag gagaaaatct aacatctcaa gggacgttcc gcagtcaaac gatgggaggt gctgtctttt ttgatctccc tatgaaaccc tttggatcaa cgcatatact gacagctccc tttttaggtg ctcttggtat ttattctagc ctgtctcact ttactgaggt gggagcctat ccgcgaagct tttctacaaa gactcctttg atcaatgtcc tagtccctat tggagttaaa ggtagcttta tgaatgctac ccacagacct caagcctgga ctgtagaatt ggcataccaa cccgttctgt atagacaaga accagggatc gcgacccagc tcctagccag taaaggtatt tggtttggta gtggaagccc ctcatcgcgt catgccatgt cctataaaat ctcacagcaa acacaacctt tgagttggtt aactctccat ttccagtatc atggattcta ctcctcttca accttctgta attatctcaa tggggaaatt gctctgcgat tctag <210> 172 <211> 4593 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 172 atgagttccg agaaagatat aaaaagcacc tgttctaagt tttctttgtc tgtagtagca gctatccttg cctctgttag cgggttagct agttgcgtag atcttcatgc tggaggacag tctgtaaatg agctggtata tgtaggccct caagcggttt tattgttaga ccaaattcga gatctattcg ttgggtctaa agatagtcag gctgaaggac agtataggtt aattgtagga gatccaagtt ctttccaaga gaaagatgca gatactcttc ccgggaaggt agagcaaagt actttgttct cagtaaccaa tcccgtggtt ttccaaggtg tggaccaaca ggatcaagtc tcttcccaag ggttaatttg tagttttacg agcagcaacc ttgattctcc ccgtgacgga gaatcttttt taggtattgc ttttgttggg gatagtagta aggctggaat cacattaact gacgtgaaag cttctttgtc tggagcggct ttatattcta cagaagatct tatctttgaa aagattaagg gtggattgga atttgcatca tgttcttctc tagaacaggg gggagcttgt gcagctcaaa gtattttgat tcatgattgt caaggattgc aggttaaaca ctgtactaca gccgtgaatg ctgaggggtc tagtgcgaat gatcatcttg gatttggagg aggcgctttc tttgttacgg gttctctttc tggagagaaa agtctctata tgcctgcagg agatatggta gttgcgaatt gtgatggggc tatatctttt gaaggaaaca gcgcgaactt tgctaatgga ggagcgattg ctgcctctgg gaaagtgctt tttgtcgcta atgataaaaa gacttctttt atagagaacc gagotttgtc tggaggagcg attgcagcct cttctgatat tgcctttcaa aactgcgcag aactagtttt caaaggcaat tgtgcaattg gaacagagga taaaggttct ttaggtggag gggctatatc ttctctaggc accgttcttt tgcaagggaa tcacgggata acttgtgata agaatgagtc tgcttcgcaa ggaggcgcca tttttggcaa aaattgtcag atttctgaca acgaggggcc agtggttttc agagatagta cagcttgctt aggaggaggc gctattgcag ctcaagaaat tgtttctatt cagaacaatc aggctgggat ttccttcgag ggaggtaagg ctagtttcgg aggaggtatt gcgtgtggat ctttttcttc cgcaggcggt gcttctgttt tagggactat tgatatttcg aagaatttag gcgcgatttc gttctctcgt actttatgta cgacctcaga tttaggacaa atggagtacc agggaggagg agctctattt ggtgaaaata tttctctttc tgagaatgct ggtgtgctca cctttaaaga caacattgtg aagacttttg cttcgaatgg gaaaattctg ggaggaggag cgattttagc tactggtaag gtggaaatta ccaataattc cggaggaatt tcttttacag gaaatgcgag agctccacaa gctcttccaa ctcaagagga gtttccttta ttcagcaaaa aagaagggcg accactctct tcaggatatt ctgggggagg agcgatttta ggaagagaag tagctattct ccacaacgct gcagtagtat ttgagcaaaa tcgtttgcag tgcagcgaag aagaagcgac attattaggt tgttgtggag gaggcgctgt tcatgggatg gatagcactt cgattgttgg caactcttca gtaagatttg gtaataatta cgcaatggga caaggagtct caggaggagc tcttttatct aaaacagtgc agttagctgg aaatggaagc gtcgattttt ctcgaaatat tgctagtttg ggaggaggag ctcttcaagc ttctgaagga aattgtgagc tagttgataa cggctatgtg ctattcagag ataatcgagg gagggtttat gggggtgcta tttcttgctt acgtggagat gtagtcattt ctggaaacaa gggtagagtt gaatttaaag acaacatagc aacacgtctt tatgtggaag aaactgtaga aaaggttgaa gaggtagagc cagctcctga gcaaaaagac aataatgagc tttctttctt agggagtgta gaacagagtt ttattactgc agctaatcaa gctcttttcg catctgaaga tggggattta tcacctgagt catccatttc ttctgaagaa cttgcgaaaa gaagagagtg tgctggagga gctatttttg caaaacgggt tcgtattgta gataaccaag aggccgttgt attctcgaat aacttctctg atatttatgg cggcgccatt tttacaggtt ctcttcgaga agaggataag ttagatgggc aaatccctga agtcttgatc tcaggcaatg caggggatgt tgttttttcc ggaaattcct cgaagcgtga tgagcatctt cctcatacag gtgggggagc catttgtact caaaatttga cgatttctca gaatacaggg aatgttctgt tttataacaa cgtggcctgt tcgggaggag ctgttcgtat agaggatcat ggtaatgttc ttttagaagc ttttggagga gatattgttt ttaaaggaaa ttcttctttc agagcacaag gatccgatgc tatctatttt gcaggtaaag aatcgcatat tacagccctg aatgctacgg aaggacatgc tattgttttc cacgacgcat tagtttttga aaatctaaaa gaaaggaaat ctgctgaagt attgttaatc aatagtcgag aaaatccagg ttacactgga tctattcgat ttttagaagc agaaagtaaa gttcctcaat gtattcatgt acaacaagga
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2895
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
122
PL 209 107 B1 agccttgagt tgctaaatgg agctacatta tgtagttatg gttttaaaca agatgctgga 3060 gctaagttgg tattggctgc tggatctaaa ctgaagattt tagattcagg aactcctgta 3120 caagggcatg ctatcagtaa acctgaagca gaaatcgagt catcttctga accagagggt 3180 gcacattctc tttggattgc gaagaatgct caaacaacag ttcctatggt tgatatccat 3240 actatttctg tagatttagc ctccttctct tctagtcaac aggaggggac agtagaagct 3300 cctcaggtta ttgttcctgg aggaagttat gttcgatctg gagagcttaa tttggagtta 3360 gttaacacaa caggtactgg ttatgaaaat catgctttgt tgaagaatga ggctaaagtt 3420 ccattgatgt ctttcgttgc ttctagtgat gaagcttcag ccgaaatcag taacttgtcg 3480 gtttctgatt tacagattca tgtagcaact ccagagattg aagaagacac atacggccat 3540 atgggagatt ggtctgaggc taaaattcaa gatggaactc ttgtcattaa ttggaatcct 3600 actggatatc gattagatcc tcaaaaagca ggggctttag tatttaatgc attatgggaa 3660 gaaggggctg tcttgtctgc tctgaaaaat gcacgctttg ctcataatct cactgctcag 3720 cgtatggaat tcgattattc tacaaatgtg tggggattcg cctttggtgg tttccgaact 3780 ctatctgcag agaatctggt tgctattgat ggatacaaag gagcttatgg tggtgcttct 3840 gctggagtcg atattcaatt gatggaagat tttgttctag gagttagtgg agctgctttc 3900 ctaggtaaaa tggatagtca gaagtttgat gcggaggttt ctcggaaggg agttgttggt 3960 tctgtatata caggattttt agctggatcc tggttcttca aaggacaata tagccttgga 4020 gaaacacaga acgatatgaa aacgcgttat ggagtactag gagagtcgag tgcttcttgg 4080 acatctcgag gagtactggc agatgcttta gttgaatacc gaagtttagt tggtcctgtg 4140 agacctactt tttatgcttt gcatttcaat ccttatgtcg aagtatctta tgcttctatg 4200 aaattccctg gctttacaga acaaggaaga gaagcgcgtt cttttgaaga cgcttccctt 4260 accaatatca ccattccttt agggatgaag tttgaattgg cgttcataaa aggacagttt 4320 tcagaggtga actctttggg aataagttat gcatgggaag cttatcgaaa agtagaagga 4380 ggcgcggtgc agcttttaga agctgggttt gattgggagg gagctccaat ggatcttcct 4440 agacaggagc tgcgtgtcgc tctggaaaat aatacggaat ggagttctta cttcagcaca 4500 gtcttaggat taacagcttt ttgtggagga tttacttcta cagatagtaa actaggatat 4560 gaggcgaata ctggattgcg attgatcttt taa 4593 <210> 173 <211> 5331 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 173 gcaatcatga aatttatgtc agctactgct gtatttgctg cagtactctc ctccgttact 60 gaggcgagct cgatccaaga tcaaataaag aataccgact gcaatgttag caaagtagga 120 tattcaactt ctcaagcatt tactgatatg atgctagcag acaacacaga gtatcgagct 180 gctgatagtg tttcattcta tgacttttcg acatcttccg gattacctag aaaacatctt 240 agtagtagta gtgaagcttc tccaacgaca gaaggagtgt cttcatcttc atctggagaa 300 aatactgaga attcacaaga ttcagctccc tcttctggag aaactgataa gaaaacagaa 360 gaagaactag acaatggcgg aatcatttat gctagagaga aactaactat ctcagaatct 420 caggactctc tctctaatcc aagcatagaa ctccatgaca atagtttttt cttcggagaa 480 ggtgaagtta tctttgatca cagagttgcc ctcaaaaacg gaggagctat ttatggagag 540 aaagaggtag tctttgaaaa cataaaatct ctactagtag aagtaaatat ctcggtcgag 600 aaagggggta gcgtctatgc aaaagaacga gtatctttag aaaatgttac cgaagcaacc 660 ttctcctcca atggtgggga acaaggtggt ggtggaatct attcagaaca agatatgtta 720 atcagtgatt gcaacaatgt acatttccaa gggaatgctg caggagcaac agcagtaaaa 780 caatgtctgg atgaagaaat gatcgtattg ctcacagaat gcgttgatag cttatccgaa 840 gatacactgg atagcactcc agaaacggaa cagactaagt caaatggaaa tcaagatggt 900 tcgtctgaaa caaaagatac acaagtatca gaatcaccag aatcaactcc tagccccgac 960 gatgttttag gtaaaggtgg tggtatctat acagaaaaat ctttgaccat cactggaatt 1020 acagggacta tagattttgt cagtaacata gctaccgatt ctggagcagg tgtattcact 1080 aaagaaaact tgtcttgcac caacacgaat agcctacagt ttttgaaaaa ctcggcaggt 1140 caacatggag gaggagccta cgttactcaa accatgtctg ttactaatac aactagtgaa 1200 agtataacta ctccccctct cgtaggagaa gtgattttct ctgaaaatac agctaaaggg 1260 cacggtggtg gtatctgcac taacaaactt tctttatcta atttaaaaac ggtgactctc 1320 actaaaaact ctgcaaagga gtctggagga gctattttta cagatctagc gtctatacca 1380 acaacagata ccccagagtc ttctaccccc tcttcctcct cgcctgcaag cactcccgaa 1440 gtagttgctt ctgctaaaat aaatcgattc tttgcctcta cggcagaacc ggcagcccct 1500 tctctaacag aggctgagtc tgatcaaacg gatcaaacag aaacttctga tactaatagc 1560 gatatagacg tgtcgattga gaacattttg aatgtcgcta tcaatcaaaa cacttctgcg 1620 aaaaaaggag gggctattta cgggaaaaaa gctaaacttt cccgtattaa caatcttgaa 1680 ctttcaggga attcatccca ggatgtagga ggaggtctct gtttaactga aagcgtagaa 1740 tttgatgcaa ttggatcgct cttatcccac tataactctg ctgctaaaga aggtggggtt 1800 attcattcta aaacggttac tctatctaac ctcaagtcta ccttcacttt tgcagataac 1860 actgttaaag caatagtaga aagcactcct gaagctccag aagagattcc tccagtagaa 1920 ggagaagagt ctacagcaac agaaaatccg aattctaata cagaaggaag ttcggctaac 1980 actaaccttg aaggatctca aggggatact gctgatacag ggactggtgt tgttaacaat 2040
PL 209 107 B1
123 gagtctcaag acacatcaga tactggaaac gctgaatctg gagaacaact acaagattct 2100 acacaatcta atgaagaaaa tacccttccc aatagtagta ttgatcaatc taacgaaaac 2160 acagacgaat catctgatag ccacactgag gaaataactg acgagagtgt ctcatcgtcc 2220 tctaaaagtg gatcatctac tcctcaagat ggaggagcag cttcttcagg ggctccctca 2280 ggagatcaat ctatctctgc aaacgcttgt ttagctaaaa gctatgctgc gagtactgat 2340 agctcccctg tatctaattc ttcaggttca gacgttactg catcttctga taatccagac 2400 tcttcctcat ctggagatag cgctggagac tctgaaggac cgactgagcc agaagctggt 2460 tctacaacag aaactcctac tttaatagga ggaggtgcta tctatggaga aactgttaag 2520 attgagaact tctctggcca aggaatattt tctggaaaca aagctatcga taacaccaca 2580 gaaggctcct cttccaaatc taacgtcctc ggaggtgcgg tctatgctaa aacattgttt 2640 aatctcgata gcgggagctc tagacgaact gtcaccttct ccgggaatac tgtctcttct 2700 caatctacaa caggtcaggt tgctggagga gctatctact ctcctactgt aaccattgct 2760 actcctgtag tattttctaa aaactctgca acaaacaatg ctaataacgc tacagatact 2820 cagagaaaag acacctttgg aggagctatc ggagctactt ctgctgtttc tctatcagga 2880 ggggctcatt tcttagaaaa cgttgctgac ctcggatctg ctattgggtt ggtgccagac 2940 acacaaaata cagaaacagt gaaattagag tctggctcct actactttga aaaaaataaa 3000 gctttaaaac gagctactat ttacgcacct gtcgtttcca ttaaagccta tactgcgaca 3060 tttaaccaaa acagatctct agaagaagga agcgcgattt actttacaaa agaagcatct 3120 attgagtctt taggctctgt tctcttcaca ggaaacttag taaccccaac gctaagcaca 3180 actacagaag gcacaccagc cacaacctca ggagatgtaa caaaatatgg tgctgctatc 3240 tttggacaaa tagcaagctc aaacggatct cagacggata accttcccct gaaactcatt 3300 gcttcaggag gaaatatttg tttccgaaac aatgaatacc gtcctacttc ttctgatacc 3360 ggaacctcta ctttctgtag tattgcggga gatgttaaat taaccatgca agctgcaaaa 3420 gggaaaacga tcagtttctt tgatgcaatc cggacctcta ctaagaaaac aggtacacag 3480 gcaactgcct acgatactct cgatattaat aaatctgagg attcagaaac tgtaaactct 3540 gcgtttacag gaacgattct gttctcctct gaattacatg aaaataaatc ctatattcca 3600 caaaacgtag ttctacacag tggatctctt gtattgaagc caaataccga gcttcatgtc 3660 atttcttttg agcagaaaga aggctcttct ctcgttatga cacctggatc tgttctttcg 3720 aaccagactg ttgctgatgg agctttggtc ataaataaca tgaccattga tttatccagc 3780 gtagagaaaa atggtattgc tgaaggaaat atctttactc ctccagaatt gagaatcata 3840 gacactacta caagtggaag cggtggaacc ccatctacag atagtgaaag taaccagaat 3900 agtgatgata ccaaggagca aaataataat gacgcctcga atcaaggaga aagcgcgaat 3960 ggatcgtctt ctcctgcagt agctgctgca cacacatctc gtacaagaaa ctttgccgct 4020 gcagctacag ccacacctac gacaacacca acggctacaa ctacaacaag caaccaagta 4080 atcctaggag gagaaatcaa actcatcgat cctaatggga ccttcttcca gaaccctgca 4140 ttaagatccg accaacaaat ctccttgtta gtgctcccta cagactcatc aaaaatgcaa 4200 gctcagaaaa tagtactgac gggtgatatt gctcctcaga aaggatatac aggaacactc 4260 actctggatc ctgatcaact acaaaatgga acgatctcag cgctctggaa atttgactct 4320 tatagacaat gggcttatgt acctagagac aatcatttct atgcgaactc gattctggga 4380 tctcaaatgt caatggtcac agtcaaacaa ggcttgctca acgataaaat gaatctagct 4440 cgctttgatg aagttagcta taacaacctg tggatatcag gactaggaac gatgctatcg 4500 caagtaggaa cacctacttc tgaagaattc acttattaca gcagaggagc ttctgttgcc 4560 ttagatgcta aaccagccca tgatgtgatt gttggagctg catttagtaa gatgatcggg 4620 aaaacaaaat ccttgaaaag agagaataac tacactcaca aaggatccga atattcttac 4680 caagcatcgg tatacggagg caaaccattc cactttgtaa tcaataaaaa aacggaaaaa 4740 tcgctaccgc tattgttaca aggagtcatc tcttacggat atatcaaaca tgatacagtg 4800 actcactatc caacgatccg tgaacgaaac caaggagaat gggaagactt aggatggctg 4860 acagctctcc gtgtctcctc tgtcttaaga actcctgcac aaggggatac taaacgtatc 4920 actgtttacg gagaattgga atactccagt atccgtcaga aacaattcac agaaacagaa 4980 tacgatcctc gttacttcga caactgcacc tatagaaact tagcaattcc tatggggtta 5040 gcattcgaag gagagctctc tggtaacgat attttgatgt acaacagatt ctctgtagca 5100 tacatgccat caatctatcg aaattctcca acatgcaaat accaagtgct ctcttcagga 5160 gaaggcggag aaattatttg tggagtaccg acaagaaact cagctcgcgg agaatacagc 5220 acgcagctgt acccgggacc tttgtggact ctgtatggat cctacacgat agaagcagac 5280 gcacatacac tagctcatat gatgaactgc ggtgctcgta tgacattcta a 5331 <210> 174 <211> 5265 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 174 gcaatcatga aatggctgtc agctactgcg gtgtttgctg ctgttctccc ctcagtttca 60 gggttttgct tcccagaacc taaagaatta aatttctctc gcgtagaaac ttcttcctct 120 accactttta ctgaaacaat tggagaagct ggggcagaat atatcgtctc tggtaacgca 180 tctttcacaa aatttaccaa cattcctact accgatacaa caactcccac gaactcaaac 240
124
PL 209 107 B1 tcctctagct actcctgatc atgacacgat ggcggtgcta caaaataact tcagggatta aaacctacag ggaaatgatt caaagtcact actccctctc gcagactctc tttgctgaga gctgaagaaa cagagtcttt ggtataaact gaaacaaaaa gcttgggcct gactctagct ggtgggcttt gcaaataaca gaaaactctc tacggagaag actgccaaag acaggactgg tttgttacca acgcctgtac ggcgtgtgta tctgcagcag actgcagaac tcaactgctc tcttcacaag gacttattga ggtggaatct aactccgcta ctagtctcct aaaactgtaa tcctcatcca caagcagccg ggaggagcta tctgggaacc gccatctatg ttctcgggga gcgatctact tctatagcta accattggag gggaatacgg gcaactagcg atttttgaaa aaagggaata tttacaaaag acagctacac gcagccatct cttcttgctt gatactcccg gctaaaggga tcaacacaaa acaggaacta gcaatccttc tttgagcaga aacatagcta actcctcaag agtgcatccg gcagcagtgc ctaacaggag ggaagcgatc tatgatttaa ttagattcta cgctgggtat ctagcggaga ctaaaggtgg caggaacaga tcttctctca tatcccagct ctaaagcgac aacctaaagc cggtgtcttc ttatttgtgc ataagccagg aagaggtact aagatgtttc agggaggagc ttaattctaa tccaagatct aaatcacttt cttcctctcc ctggctcaga atactgataa aagcgacaga accgtctaca acaacatcac aagagggcgg atagtttctg aagaaatctc atggtgaaac caaaacgtct aaaatggtgg agcccgcagc taagcacacc cctctcctgc tcgattatgt atgctaaaaa cagagatagg tatctgtaac atatttctaa caggagtcgc cagcagccgc tctatggaga aagctatcga ccaaaacctc acagtgtctc cccctactgt caccgaagac gagccattgc ctgatttagg gatctcaaaa gaaaccaagc atattacctt atgctacgat aagctagttc ttggagatcc cttctggaaa ctagcaagtt agactattag acgtttatga ttgtgttctc acaacggaac aagaagggtc acggagctct caggggaaat gaggaagcgg cttcaggttc accttacttt tagatgtacc ctttatctgg atccacaaac acatacctag aactgcttcc cggcgccttt aggttcctta aggagagctg atccggagga tttctcctgc tcaaacagca ccccagttcc tacagctact atctggggga attctcaata tttcgagaat tatctatgct ctacagtaaa tgaagaaatt accttcttta tcaatctggt ctcggatacc gaatctttcg tgttggaggt atttttgaaa cctatctaat tggactcttc tttaattaat tcagacttac agtcattact tgccttatct tggagcccac agcttctgcc ttcatcttct aacctctaat agttgatacg agccaagatg tggaggtatc agagaacctt tctgaaatca aacaacagct accatcatct aaaggttaca taacaatccc tttgtctatt cactgggaaa tacattgaat ttcttctgaa agggacagcc agctgcaata tagcattaca taataaacgt caatcaaaat tgagtcttta tgcaacatct aggaaccact cattactttt ttgtagtatt ctttttcgat aactttagat ttctgaatta tttagttctt taaattaatt agctatcaat cttctctcct ggtcagcagt tgccgcaact aatagatcct actaattaag ggatcttttc agggaaactt ggataatcat gtttctgagg tataacgcgc actctgtctg ctatttacag gcgatttttg aactctgcag agcgaaacgt agtagagctg cctgctgctc gctatctatg aataaagcta attacatcat aaaggtgacc caaggtgggg cgcattaagt aaagctcaag tctggagcaa tcagaaacag attactaaca ggtgcttacg aactcttccg ttgacaggga ataaaaggta aacacatcag acctctgatg ggcaataaat aaccttcaaa acatgcccag gcgacgtcta accgtctctt aaggaaactc actatcagca tcccgcatag tgctgtaaag gttgggaaag ggcttctctt tcagcacctg ccagcaacac ttctctcaat tcccaatcat ggatcttccg tctcaaacaa tgtcctgcga gatggatcct attaccctat ggaactctag gaaaaaatta ggagcgattt acatccactc ggatctgttc ggacaaaata caatcgtctc agcaacaaca gcaggatacg tgtgtgcaca attaataaag catgaaaaca aaagagaaaa atggaacccg gggttaacga ccagaattac agtataccaa actccaacta aatggaaact cttccgacta cctcagaaag caagccagat ttttatgcga atagtgactc actccggagt agataaaaat atctgacaag gaggatctac aagttcctgc cgggttctag aacccgcagc aaaccgatac ctaaaggcga ctaaagatgg taaaagtaca tctcaattca gggctctata acaataaagc catctgcagg ctacagtctc ttccagtcac tcacaggaat taaaaggaac ataaacaagg agactctatt cagataaagc aaaaacatgg tggaaacaat ctacaggagg gcatttctat atagcttccc ctcccaaatc cattaacctt aagatcctaa aaaacactgc accaactgaa aatctttaga aaggtggagg tctcgaacaa ctgcagctgc caacttattc gtagcgggac cgttgaacgt atgctggaac cagggcaaat cattctctaa caggaaattc ctggagtctc ctaatgcaaa ctttagaaaa actctcctag atgatggaag tttttacagg caaatactgc aaacagatgc gtttacagaa tcaaactctc cctctaccaa aagagaacag aatcttacat cagaactcca gagctgtgtt ttgatctttc gtatcgttgc caaatcctaa tgagcgagaa tttaccaaaa acacaagtga ggtacatggg ggacattcga actctatctt tacaacaacg tttgtccttt gactggtgaa tctaaccatc aatctcccta tcctgttaag tagttctagc agctaatctt agaaacatca ccttactatc aggagcgatc aactaacggt atcttctaaa tgttgaagga tggaacgttc aaatgcagat cgactcagga agctaaaggc tatcgaaatt ccttacttgt tggaggaatc ccaagagaat tcttacaatg tggtggagcc tccaggaatc taatggtgga atccgggaat aacggcggat tgccccggtc actagcagcc tgctgataca taagaaaggc tatctctgag actagatgct cttacatgct caaagcaaac tgcttcccta aggtgtagta ttgtcagttc acaaggagga ctcctatatt agcgggagga caatacagcc tattaaagat tcgattttca tacacccagt cggttctttt cgtttccatt cgctatctac aaataacgtt caactatggg cattttaacc taaccaaggt tctacaagcc aaaaacaggt taatccatat cccacagaat cgtagtctct atctaaccaa cagtatgggg cacgacctct aaggatttct caaagttttc ccctatgtta cgtccaagtc aacctggaca tacctatcgt aggctcccaa
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3060
3120
3180
3240
3300
3360
3420
3480
3540
3600
3660
3720
3780
3840
3900
3960
4020
4080
4140
4200
4260
4320
PL 209 107 B1
125 aactcaatga ttgttgtgaa gcaagggctt atcaacaaca tgttgaataa tgcccgcttc 4380 gatgatatcg cttacaataa cttctgggtt tcaggagtag gaactttctt agctcaacaa 4440 ggaactcctc tttccgaaga attcagttac tacagccgcg gaacttcagt tgccatcgat 4500 gccaaaccta gacaagattt tatcctagga gctgcattta gtaagatagt ggggaaaacc 4560 aaagccatca aaaaaatgca taattacttc cataagggct ctgagtactc ttaccaagct 4620 tctgtctatg gaggtaaatt cctgtatttc ttgctcaata agcaacatgg ttgggcactt 4680 cctttcctaa tacaaggagt cgtgtcctat ggacatatta aacatgatac aacaacactt 4740 tacccttcta tccatgaaag aaataaagga gattgggaag atttaggatg gttagcggat 4800 cttcgtatct ctatggatct taaagaacct tctaaagatt cttctaaacg gatcactgtc 4860 tatggggaac tcgagtattc cagcattcgc cagaaacagt tcacagaaat cgattacgat 4920 ccaagacact tcgatgattg tgcttacaga aatctgtcgc ttcctgtggg atgcgctgtc 4980 gaaggagcta tcatgaactg taatattctt atgtataata agcttgcatt agcctacatg 5040 ccttctatct acagaaataa tcctgtctgt aaatatcggg tattgtcttc gaatgaagct 5100 ggtcaagtta tctgcggagt gccaactaga aectctgcta gagcagaata cagtactcaa 5160 ctatatcttg gtcccttctg gactctctac ggaaactata ctatcgatgt aggcatgtat 5220 acgctatcgc aaatgactag ctgcggtgct cgcatgatct tctaa 5265 <210> 175 <211> 880 <212> PRT <213> Chlamydia <220>
<221> WARIANT <222> 336 <223> Xaa = Dowolny aminokwas <400> 175
Ala Ile Met Arg Pro Asp His Met Asn Phe Cys Cys Leu Cys Ala Ala
1 5 10 15
Ile Leu Ser Ser Thr Ala Val Leu Phe Gly Gin Asp Pro Leu Gly Glu
20 25 30
Thr Ala Leu Leu Thr Lys Asn Pro Asn His Val Val Cys Thr Phe Phe
35 40 45
Glu Asp Cys Thr Met Glu Ser Leu Phe Pro Ala Leu Cys Ala His Ala
50 55 60
Ser Gin Asp Asp Pro Leu Tyr val Leu Gly Asn Ser Tyr Cys Trp Phe
65 70 75 80
Val Ser Lys Leu His Ile Thr Asp Pro Lys Glu Ala Leu Phe Lys Glu
85 90 95
Lys Gly Asp Leu Ser Ile Gin Asn Phe Arg Phe Leu Ser Phe Thr Asp
100 105 110
Cys Ser Ser Lys Glu Ser Ser Pro Ser Ile Ile His Gin Lys Asn Gly
115 120 125
Gin Leu Ser Leu Arg Asn Asn Gly Ser Met Ser Phe Cys Arg Asn His
130 135 140
Ala Glu Gly Ser Gly Gly Ala Ile Ser Ala Asp Ala Phe Ser Leu Gin
145 150 155 160
His Asn Tyr Leu Phe Thr Ala Phe Glu Glu Asn Ser Ser Lys Gly Asn
165 170 175
Gly Gly Ala Ile Gin Ala Gin Thr Phe Ser Leu Ser Arg Asn Val Ser
180 185 190
Pro Ile Ser Phe Ala Arg Asn Arg Ala Asp Leu Asn Gly Gly Ala Ile
195 200 205
Cys Cys Ser Asn Leu Ile Cys Ser Gly Asn Val Asn Pro Leu Phe Phe
210 215 220
Thr Gly Asn Ser Ala Thr Asn Gly Gly Ala Ile Cys Cys Ile Ser Asp
225 230 235 240
Leu Asn Thr Ser Glu Lys Gly Ser Leu Ser Leu Ala Cys Asn Gin Glu
245 250 255
Thr Leu Phe Ala Ser Asn Ser Ala Lys Glu Lys Gly Gly Ala Ile Tyr
260 265 270
Ala Lys His Met Val Leu Arg Tyr Asn Gly Pro Val Ser Phe Ile Asn
275 280 285
Asn Ser Ala Lys ile Gly Gly Ala Ile Ala Ile Gin Ser Gly Gly Ser
290 2 95 300
126
PL 209 107 B1
Leu Ser Ile Leu Ala Gly Glu Gly Ser Val Leu Phe Gin Asn Asn Ser
305 310 315 320
Gin Arg Thr Ser Asp Gin Gly Leu Val Arg Asn Ala Ile Tyr Leu Xaa
325 330 335
Lys Asp Ala Ile Leu Ser Ser Leu Glu Ala Arg Asn Gly Asp Ile Leu
340 345 350
Phe Phe Asp Pro Ile Val Gin Glu Ser Ser Ser Lys Glu Ser Pro Leu
355 360 365
Pro Ser Ser Leu Gin Ala Ser Val Thr Ser Pro Thr Pro Ala Thr Ala
370 375 380
Ser Pro Leu Val ile Gin Thr Ser Ala Asn Arg Ser Val Ile Phe Ser
385 390 395 400
Ser Glu Arg Leu Ser Glu Glu Glu Lys Thr Pro Asp Asn Leu Thr Ser
405 410 415
Gin Leu Gin Gin Pro Ile Glu Leu Lys Ser Gly Arg Leu Val Leu Lys
420 425 430
Asp Arg Ala Val Leu Ser Ala Pro Ser Leu Ser Gin Asp Pro Gin Ala
435 440 445
Leu Leu Ile Met Glu Ala Gly Thr Ser Leu Lys Thr Ser Ser Asp Leu
450 455 460
Lys Leu Ala Thr Leu Ser Ile Pro Leu His Ser Leu Asp Thr Glu Lys
465 470 475 480
Ser Val Thr Ile His Ala Pro Asn Leu Ser Ile Gin Lys Ile Phe Leu
485 490 495
Ser Asn Ser Gly Asp Glu Asn Phe Tyr Glu Asn Val Glu Leu Leu Ser
500 505 510
Lys Glu Gin Asn Asn Ile Pro Leu Leu Thr Leu Pro Lys Glu Gin Ser
515 520 525
His Leu His Leu Pro Asp Gly Asn Leu Ser Ser His Phe Gly Tyr Gin
530 535 54 0
Gly Asp Trp Thr Phe Ser Trp Lys Asp Ser Asp Glu Gly His Ser Leu
545 550 555 560
Ile Ala Asn Trp Thr Pro Lys Asn Tyr Val Pro His Pro Glu Arg Gin
565 570 575
Ser Thr Leu Val Ala Asn Thr Leu Trp Asn Thr Tyr Ser Asp Met Gin
580 585 590
Ala Val Gin Ser Met Ile Asn Thr Thr Ala His Gly Gly Ala Tyr Leu
595 600 605
Phe Gly Thr Trp Gly Ser Ala Val Ser Asn Leu Phe Tyr val His Asp
610 615 620
Ser Ser Gly Lys Pro Ile Asp Asn Trp His His Arg Ser Leu Gly Tyr
625 630 635 640
Leu Phe Gly Ile Ser Thr His Ser Leu Asp Asp His Ser Phe Cys Leu
645 650 655
Ala Ala dy Gin Leu Leu Gly Lys Ser Ser Asp Ser Phe Ile Thr Ser
660 665 670
Thr Glu Thr Thr Ser Tyr Ile Ala Thr Val Gin Ala Gin Leu Ala Thr
675 680 685
Ser Leu Met Lys Ile Ser Ala Gin Ala Cys Tyr Asn Glu Ser Ile His
690 695 700
Glu Leu Lys Thr Lys Tyr Arg Ser Phe Ser Lys Glu Gly Phe Gly Ser
705 710 715 720
Trp His Ser Val Ala Val Ser Gly Glu Val Cys Ala Ser ile Pro Ile
725 730 735
Val Ser Asn Gly Ser Gly Leu Phe Ser Ser Phe Ser Ile Phe Ser Lys
740 745 750
Leu Gin Gly Phe Ser Gly Thr Gin Asp Gly Phe Glu Glu Ser Ser Gly
755 760 765
Glu Ile Arg Ser Phe Ser Ala Ser Ser Phe Arg Asn Ile Ser Leu Pro
770 775 780
Ile Gly Ile Thr Phe Glu Lys Lys Ser Gin Lys Thr Arg Thr Tyr Tyr
785 790 795 800
Tyr Phe Leu Gly Ala Tyr Ile Gin Asp Leu Lys Arg Asp Val Glu Ser
805 810 815
Gly Pro Val Val Leu Leu Lys Asn Ala Val Ser Trp Asp Ala Pro Met
820 825 830
Ala Asn Leu Asp Ser Arg Ala Tyr Met Phe Arg Leu Thr Asn Gin Arg
835 840 845
PL 209 107 B1
127
Ala Leu His 850 Arg Leu Gin Thr 855 Leu Leu Asn Val Ser 860 Cys Val Leu Arg
Gly Gin Ser His Ser Tyr Ser Leu Asp Leu Gly Thr Thr Tyr Arg Phe
865 870 875 880
<210> 176 <211> 982 <212> PRT <213> Chlamydia <220>
<221> WARIANT <222> 981
<223> Xaa = Dowolny aminokwas
<400> 176
Met Ile Pro Gin Gly Ile Tyr Asp Gly Glu Thr Leu Thr Val Ser Phe
1 5 10 15
Pro Tyr Thr Val ile Gly Asp Pro Ser Gly Thr Thr Val Phe Ser Ala
20 25 30
Gly Glu Leu Thr Leu Lys Asn Leu Asp Asn Ser Ile Ala Ala Leu Pro
35 40 45
Leu Ser Cys Phe Gly Asn Leu Leu Gly Ser Phe Thr Val Leu Gly Arg
50 55 60
Gly His Ser Leu Thr Phe Glu Asn Ile Arg Thr Ser Thr Asn Gly Ala
65 70 75 80
Ala Leu Ser Asn Ser Ala Ala Asp Gly Leu Phe Thr Ile Glu Gly Phe
85 90 95
Lys Glu Leu Ser Phe Ser Asn Cys Asn Ser Leu Leu Ala Val Leu Pro
100 105 110
Ala Ala Thr Thr Asn Lys Gly Ser Gin Thr Pro Thr Thr Thr Ser Thr
115 120 125
Pro Ser Asn Gly Thr Ile Tyr Ser Lys Thr Asp Leu Leu Leu Leu Asn
130 135 14 0
Asn Glu Lys Phe Ser Phe Tyr Ser Asn Leu Val Ser Gly Asp Gly Gly
145 150 155 160
Ala Ile Asp Ala Lys Ser Leu Thr Val Gin Gly Ile Ser Lys Leu Cys
165 170 175
Val Phe Gin Glu Asn Thr Ala Gin Ala Asp Gly Gly Ala Cys Gin Val
180 185 190
Val Thr Ser Phe Ser Ala Met Ala Asn Glu Ala Pro Ile Ala Phe val
195 200 205
Ala Asn Val Ala Gly Val Arg Gly Gly Gly Ile Ala Ala Val Gin Asp
210 215 220
Gly Gin Gin Gly Val Ser Ser Ser Thr Ser Thr Glu Asp Pro Val Val
225 230 235 240
Ser Phe Ser Arg Asn Thr Ala Val Glu Phe Asp Gly Asn Val Ala Arg
245 250 255
Val Gly Gly Gly Ile Tyr Ser Tyr Gly Asn Val Ala Phe Leu Asn Asn
260 265 270
Gly Lys Thr Leu Phe Leu Asn Asn Val Ala Ser Pro Val Tyr Ile Ala
275 280 285
Ala Lys Gin Pro Thr Ser Gly Gin Ala Ser Asn Thr Ser Asn Asn Tyr
290 295 300
Gly Asp Gly Gly Ala Ile Phe Cys Lys Asn Gly Ala Gin Ala Gly Ser
305 310 315 320
Asn Asn Ser Gly Ser val Ser Phe Asp Gly Glu Gly Val Val Phe Phe
325 330 335
Ser Ser Asn Val Ala Ala Gly Lys Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Lys Lys
340 345 350
Leu Ser Val Ala Asn Cys Gly Pro Val Gin Phe Leu Arg Asn Ile Ala
355 360 365
Asn Asp Gly Gly Ala Ile Tyr Leu Gly Glu Ser Gly Glu Leu Ser Leu
370 375 380
Ser Ala Asp Tyr Gly Asp Ile Ile Phe Asp Gly Asn Leu Lys Arg Thr
385 390 395 400
Ala Lys Glu Asn Ala Ala Asp Val Asn Gly Val Thr Val Ser Ser Gin
405 410 415
128
PL 209 107 B1
Ala Ile Ser Met 420 Gly Ser Gly Gly Lys 425 Ile Thr Thr Leu Arg 430 Ala Lys
Ala Gly His Gin Ile Leu Phe Asn Asp Pro Ile Glu Met Ala Asn Gly
435 440 445
Asn Asn Gin Pro Ala Gin Ser Ser Lys Leu Leu Lys Ile Asn Asp Gly
450 455 460
Glu Gly Tyr Thr Gly Asp Ile val Phe Ala Asn Gly Ser Ser Thr Leu
465 470 475 480
Tyr Gin Asn Val Thr Ile Glu Gin Gly Arg Ile Val Leu Arg Glu Lys
485 490 495
Ala Lys Leu Ser val Asn Ser Leu Ser Gin Thr Gly Gly Ser Leu Tyr
500 505 510
Met Glu Ala Gly Ser Thr Leu Asp Phe Val Thr Pro Gin Pro Pro Gin
515 520 525
Gin Pro Pro Ala Ala Asn Gin Leu ile Thr Leu Ser Asn Leu His Leu
530 535 540
Ser Leu Ser Ser Leu Leu Ala Asn Asn Ala Val Thr Asn Pro Pro Thr
545 550 555 560
Asn Pro Pro Ala Gin Asp Ser His Pro Ala Val Ile Gly Ser Thr Thr
565 570 575
Ala Gly Ser Val Thr Ile Ser Gly Pro Ile Phe Phe Glu Asp Leu Asp
580 585 590
Asp Thr Ala Tyr Asp Arg Tyr Asp Trp Leu Gly Ser Asn Gin Lys Ile
595 600 605
Asn Val Leu Lys Leu Gin Leu Gly Thr Lys Pro Pro Ala Asn Ala Pro
610 615 620
Ser Asp Leu Thr Leu Gly Asn Glu Met Pro Lys Tyr Gly Tyr Gin Gly
625 630 635 640
Ser Trp Lys Leu Ala Trp Asp Pro Asn Thr Ala Asn Asn Gly Pro Tyr
645 650 655
Thr Leu Lys Ala Thr Trp Thr Lys Thr Gly Tyr Asn Pro Gly Pro Glu
660 665 670
Arg Val Ala Ser Leu Val Pro Asn Ser Leu Trp Gly Ser Ile Leu Asp
675 680 685
Ile Arg Ser Ala His Ser Ala ile Gin Ala Ser Val Asp Gly Arg Ser
690 695 700
Tyr Cys Arg Gly Leu Trp Val Ser Gly Val Ser Asn Phe Phe Tyr His
705 710 715 720
Asp Arg Asp Ala Leu Gly Gin Gly Tyr Arg Tyr Ile Ser Gly Gly Tyr
725 730 735
Ser Leu Gly Ala Asn Ser Tyr Phe Gly Ser Ser Met Phe Gly Leu Ala
740 745 750
Phe Thr Glu Val Phe Gly Arg Ser Lys Asp Tyr val Val Cys Arg Ser
755 760 765
Asn His His Ala Cys Ile Gly Ser Val Tyr Leu Ser Thr Gin Gin Ala
770 775 780
Leu Cys Gly Ser Tyr Leu Phe Gly Asp Ala Phe Ile Arg Ala Ser Tyr
785 790 795 800
Gly Phe Gly Asn Gin His Met Lys Thr Ser Tyr Thr Phe Ala Glu Glu
805 810 815
Ser Asp Val Arg Trp Asp Asn Asn Cys Leu Ala Gly Glu Ile Gly Ala
820 825 830
Gly Leu Pro Ile Val Ile Thr Pro Ser Lys Leu Tyr Leu Asn Glu Leu
835 840 845
Arg Pro Phe Val Gin Ala Glu Phe Ser Tyr Ala Asp His Glu Ser Phe
850 855 860
Thr Glu Glu Gly Asp Gin Ala Arg Ala Phe Lys Ser Gly His Leu Leu
865 870 875 880
Asn Leu Ser Val Pro Val Gly Val Lys Phe Asp Arg Cys Ser Ser Thr
885 890 895
His Pro Asn Lys Tyr Ser Phe Met Ala Ala Tyr Ile Cys Asp Ala Tyr
900 905 910
Arg Thr Ile Ser Gly Thr Glu Thr Thr Leu Leu Ser His Gin Glu Thr
915 920 925
Trp Thr Thr Asp Ala Phe His Leu Ala Arg His Gly Val Val Val Arg
930 935 940
Gly Ser Met Tyr Ala Ser Leu Thr Ser Asn Ile Glu Val Tyr Gly His
945 950 955 960
PL 209 107 B1
129
Gly Arg Tyr Glu Gly Ser Lys Val 980 <210> 177 <211> 964 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 177 Tyr 965 Xaa Arg Phe Asp Ala
Met 1 Lys Lys Ala Phe 5 Phe Phe Phe
Leu Ala Arg Glu 20 Val Pro Ser Arg
Pro Asp Pro 35 Thr Lys Glu Ser Leu 40
Asp Thr 50 His Asn Leu Thr Asn 55 Cys
Leu 65 Ala Ile Leu Gin Lys 70 Thr Pro
Thr Asp Tyr Leu Ser 85 Phe Phe Asp
Ala Lys Asn Leu 100 Thr Pro Glu Ser
Pro Asn Ser 115 Pro Thr Val Glu Ile 120
Phe Glu 130 Asn Asn Thr Cys Cys 135 Arg
Ala 145 Ala Asp Lys Ile Arg 150 Glu Gly
Tyr Ile Asn His Asn 165 His Asp Val
Tyr Val Gin Gly 180 Gly Ala Ile Ser
Glu Asn Gin 195 Ser Cys Phe Leu Phe 200
Asn Thr 210 Ala Gly Lys Gly Gly 215 Ala
Phe 225 Glu Ser Asn Asn Cys 230 Asp Leu
Ala Gly Gly Ala Ile 245 Phe Ser Pro
Gly Asn Ile Val 260 Phe Tyr Asn Asn
Ala Ser Ser 275 Glu Ala Ser Asp Gly 280
Leu Asp 290 Val Thr Gly Asn Arg 295 Gly
Thr 305 Lys Asn Tyr Gly Gly 310 Ala Ile
Asp Asn Gly Pro Thr 325 Tyr Phe Ile
Gly Ala Ile Tyr 340 Ile Asp Gly Thr
Arg His Ala 355 Ile Ile Phe Asn Glu 360
Ala Asn 370 Gly Thr Ser Thr Ser 375 Ala
Thr 385 Val Ala Ser Ser Ser 390 Gly Glu
Gin Asn Leu Ile Phe 405 Tyr Asp Pro
Ser Val Ser Phe 420 Asn Lys Glu Ala
Ser Gly Ala 435 Thr Val Asn Ser Ala 440
Thr Lys Thr Pro Ala Pro Leu Thr
Ser Arg 970 Gly Tyr Gly Leu Ser 975 Ala
Leu Ile 10 Gly Asn Ser Leu Ser 15 Gly
Ile 25 Phe Leu Met Pro Asn 30 Ser Val
Ser Asn Lys Ile Ser 45 Leu Thr Gly
Tyr Leu Asp Asn 60 Leu Arg Tyr Ile
Asn Glu Gly 75 Ala Ala Val Thr Ile 80
Thr Gin 90 Lys Glu Gly Ile Tyr 95 Phe
Gly 105 Gly Ala Ile Gly Tyr 110 Ala Ser
Arg Asp Thr Ile Gly 125 Pro Val Ile
Leu Phe Thr Trp 140 Arg Asn Pro Tyr
Gly Ala Ile 155 His Ala Gin Asn Leu 160
Val Gly 170 Phe Met Lys Asn Phe 175 Ser
Thr 185 Ala Asn Thr Phe Val 190 Val Ser
Met Asp Asn Ile Cys 205 Ile Gin Thr
Ile Tyr Ala Gly 220 Thr Ser Asn Ser
Phe Phe Ile 235 Asn Asn Ala Cys Cys 240
Ile Cys 250 Ser Leu Thr Gly Asn 255 Arg
Arg 265 Cys Phe Lys Asn Val 270 Glu Thr
Gly Ala Ile Lys Val 285 Thr Thr Arg
Arg Ile Phe Phe 300 Ser Asp Asn Ile
Tyr Ala Pro 315 Val Val Thr Leu Val 320
Asn Asn 330 Ile Ala Asn Asn Lys 335 Gly
Ser 345 Asn Ser Lys Ile Ser 350 Ala Asp
Asn Ile Val Thr Asn 365 Val Thr Asn
Asn Pro Pro Arg 380 Arg Asn Ala Ile
Ile Leu Leu 395 Gly Ala Gly Ser Ser 400
Ile Glu 410 Val Ser Asn Ala Gly 415 Val
Asp 425 Gin Thr Gly Ser Val 430 Val Phe
Asp Phe His Gin Arg 445 Asn Leu Gin
Leu Ser Asn Gly Phe Leu Cys Ile
130
PL 209 107 B1
450 455 460
Glu Asp His Ala Gin Leu Thr Val Asn Arg Phe Thr Gin Thr Gly Gly
465 470 475 480
Val Val Ser Leu Gly Asn Gly Ala Val Leu Ser Cys Tyr Lys Asn Gly
485 490 495
Thr Gly Asp Ser Ala Ser Asn Ala Ser Ile Thr Leu Lys His Ile Gly
500 505 510
Leu Asn Leu Ser Ser Ile Leu Lys Ser Gly Ala Glu Ile Pro Leu Leu
515 520 525
Trp Val Glu Pro Thr Asn Asn Ser Asn Asn Tyr Thr Ala Asp Thr Ala
530 535 540
Ala Thr Phe Ser Leu Ser Asp Val Lys Leu Ser Leu Ile Asp Asp Tyr
545 550 555 560
Gly Asn Ser Pro Tyr Glu Ser Thr Asp Leu Thr His Ala Leu Ser Ser
565 570 575
Gin Pro Met Leu Ser ile Ser Glu Ala Ser Asp Asn Gin Leu Gin Ser
580 585 590
Glu Asn Ile Asp Phe Ser Gly Leu Asn Val Pro His Tyr Gly Trp Gin
595 600 605
Gly Leu Trp Thr Trp Gly Trp Ala Lys Thr Gin Asp Pro Glu Pro Ala
610 615 620
Ser Ser Ala Thr Ile Thr Asp Pro Gin Lys Ala Asn Arg Phe His Arg
625 630 635 640
Thr Leu Leu Leu Thr Trp Leu Pro Ala Gly Tyr Val Pro Ser Pro Lys
645 650 655
His Arg Ser Pro Leu Ile Ala Asn Thr Leu Trp Gly Asn Met Leu Leu
660 665 670
Ala Thr Glu Ser Leu Lys Asn Ser Ala Glu Leu Thr Pro Ser Gly His
675 680 685
Pro Phe Trp Gly Ile Thr Gly Gly Gly Leu Gly Met Met Val Tyr Gin
690 695 700
Asp Pro Arg Glu Asn His Pro Gly Phe His Met Arg Ser Ser Gly Tyr
705 710 715 720
Ser Ala Gly Met Ile Ala Gly Gin Thr His Thr Phe Ser Leu Lys Phe
725 730 735
Ser Gin Thr Tyr Thr Lys Leu Asn Glu Arg Tyr Ala Lys Asn Asn Val
740 745 750
Ser Ser Lys Asn Tyr Ser cys Gin Gly Glu Met Leu Phe Ser Leu Gin
755 760 765
Glu Gly Phe Leu Leu Thr Lys Leu Val Gly Leu Tyr Ser Tyr Gly Asp
770 775 780
His Asn Cys His His Phe Tyr Thr Gin Gly Glu Asn Leu Thr Ser Gin
785 790 795 800
Gly Thr Phe Arg Ser Gin Thr Met Gly Gly Ala Val Phe Phe Asp Leu
805 810 815
Pro Met Lys Pro Phe Gly Ser Thr His Ile Leu Thr Ala Pro Phe Leu
820 825 830
Gly Ala Leu Gly Ile Tyr Ser Ser Leu Ser His Phe Thr Glu Val Gly
835 840 845
Ala Tyr Pro Arg Ser Phe Ser Thr Lys Thr Pro Leu Ile Asn Val Leu
850 855 860
Val Pro Ile Gly Val Lys Gly Ser Phe Met Asn Ala Thr His Arg Pro
865 870 875 880
Gin Ala Trp Thr Val Glu Leu Ala Tyr Gin Pro Val Leu Tyr Arg Gin
885 890 895
Glu Pro Gly Ile Ala Thr Gin Leu Leu Ala Ser Lys Gly Ile Trp Phe
900 905 910
Gly Ser Gly Ser Pro Ser Ser Arg His Ala Met Ser Tyr Lys Ile Ser
915 920 925
Gin Gin Thr Gin Pro Leu Ser Trp Leu Thr Leu His Phe Gin Tyr His
930 935 940
Gly Phe Tyr Ser Ser Ser Thr Phe Cys Asn Tyr Leu Asn Gly Glu Ile
945 950 955 960
Ala Leu Arg Phe
<210> 178 <211> 1530
PL 209 107 B1
131 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 178
Met 1 Ser Ser Glu Lys 5 Asp Ile Lys
Ser Val Val Ala 20 Ala Ile Leu Ala
Val Asp Leu 35 His Ala Gly Gly Gin 40
Gly Pro 50 Gin Ala Val Leu Leu 55 Leu
Gly 65 Ser Lys Asp Ser Gin 70 Ala Glu
Asp Pro Ser Ser Phe 85 Gin Glu Lys
Val Glu Gin Ser 100 Thr Leu Phe Ser
Gly Val Asp 115 Gin Gin Asp Gin Val 120
Phe Thr 130 Ser Ser Asn Leu Asp 135 Ser
Gly 145 Ile Ala Phe Val Gly 150 Asp Ser
Asp Val Lys Ala Ser 165 Leu Ser Gly
Leu Ile Phe Glu 180 Lys Ile Lys Gly
Ser Leu Glu 195 Gin Gly Gly Ala Cys 200
Asp Cys 210 Gin Gly Leu Gin Val 215 Lys
Glu 225 Gly Ser Ser Ala Asn 230 Asp His
Phe Val Thr Gly Ser 245 Leu Ser Gly
Gly Asp Met Val 260 Val Ala Asn Cys
Asn Ser Ala 275 Asn Phe Ala Asn Gly 280
Val Leu 290 Phe Val Ala Asn Asp 295 Lys
Ala 305 Leu Ser Gly Gly Ala 310 Ile Ala
Asn Cys Ala Glu Leu 325 Val Phe Lys
Asp Lys Gly Ser 340 Leu Gly Gly Gly
Leu Leu Gin 355 Gly Asn His Gly Ile 360
Ser Gin 370 Gly Gly Ala Ile Phe 375 Gly
Glu 385 Gly Pro Val Val Phe 390 Arg Asp
Ala Ile Ala Ala Gin 405 Glu Ile Val
Ile Ser Phe Glu 420 Gly Gly Lys Ala
Gly Ser Phe 435 Ser Ser Ala Gly Gly 440
Ile Ser 450 Lys Asn Leu Gly Ala 455 Ile
Thr 465 Ser Asp Leu Gly Gin 470 Met Glu
Gly Glu Asn Ile Ser 485 Leu Ser Glu
Asp Asn Ile Val 500 Lys Thr Phe Ala
Ser Thr 10 Cys Ser Lys Phe Ser 15 Leu
Ser 25 Val Ser Gly Leu Ala 30 Ser Cys
Ser Val Asn Glu Leu 45 Val Tyr Val
Asp Gin Ile Arg 60 Asp Leu Phe Val
Gly Gin Tyr 75 Arg Leu Ile Val Gly 80
Asp Ala 90 Asp Thr Leu Pro Gly 95 Lys
Val 105 Thr Asn Pro Val Val 110 Phe Gin
Ser Ser Gin Gly Leu 125 Ile Cys Ser
Pro Arg Asp Gly 140 Glu Ser Phe Leu
Ser Lys Ala 155 Gly Ile Thr Leu Thr 160
Ala Ala 170 Leu Tyr Ser Thr Glu 175 Asp
Gly 185 Leu Glu Phe Ala Ser 190 Cys Ser
Ala Ala Gin Ser Ile 205 Leu Ile His
His Cys Thr Thr 220 Ala Val Asn Ala
Leu Gly Phe 235 Gly Gly Gly Ala Phe 240
Glu Lys 250 Ser Leu Tyr Met Pro 255 Ala
Asp 265 Gly Ala Ile Ser Phe 270 Glu Gly
Gly Ala Ile Ala Ala 285 Ser Gly Lys
Lys Thr Ser Phe 300 Ile Glu Asn Arg
Ala Ser Ser 315 Asp Ile Ala Phe Gin 320
Gly Asn 330 Cys Ala Ile Gly Thr 335 Glu
Ala 345 Ile Ser Ser Leu Gly 350 Thr Val
Thr Cys Asp Lys Asn 365 Glu Ser Ala
Lys Asn Cys Gin 380 Ile Ser Asp Asn
Ser Thr Ala 395 Cys Leu Gly Gly Gly 400
Ser Ile 410 Gin Asn Asn Gin Ala 415 Gly
Ser 425 Phe Gly Gly Gly Ile 430 Ala Cys
Ala Ser Val Leu Gly 445 Thr Ile Asp
Ser Phe Ser Arg 460 Thr Leu Cys Thr
Tyr Gin Gly 475 Gly Gly Ala Leu Phe 480
Asn Ala 490 Gly Val Leu Thr Phe 495 Lys
Ser Asn Gly Lys Ile Leu Gly Gly
505 510
132
PL 209 107 B1
Gly Ala Ile 515 Leu Ala Thr Gly Lys 520 Val Glu Ile Thr Asn 525 Asn Ser Gly
Gly Ile Ser Phe Thr Gly Asn Ala Arg Ala Pro Gin Ala Leu Pro Thr
530 535 540
Gin Glu Glu Phe Pro Leu Phe Ser Lys Lys Glu Gly Arg Pro Leu Ser
545 550 555 560
Ser Gly Tyr Ser Gly Gly Gly Ala Ile Leu Gly Arg Glu Val Ala Ile
565 570 575
Leu His Asn Ala Ala Val Val Phe Glu Gin Asn Arg Leu Gin Cys Ser
580 585 590
Glu Glu Glu Ala Thr Leu Leu Gly Cys Cys Gly Gly Gly Ala Val His
595 600 605
Gly Met Asp Ser Thr Ser Ile Val Gly Asn Ser Ser Val Arg Phe Gly
610 615 620
Asn Asn Tyr Ala Met Gly Gin Gly Val Ser Gly Gly Ala Leu Leu Ser
625 630 635 640
Lys Thr Val Gin Leu Ala Gly Asn Gly Ser Val Asp Phe Ser Arg Asn
645 650 655
Ile Ala Ser Leu Gly Gly Gly Ala Leu Gin Ala Ser Glu Gly Asn Cys
660 665 670
Glu Leu Val Asp Asn Gly Tyr Val Leu Phe Arg Asp Asn Arg Gly Arg
675 680 685
Val Tyr Gly Gly Ala Ile Ser Cys Leu Arg Gly Asp Val Val Ile Ser
690 695 700
Gly Asn Lys Gly Arg Val Glu Phe Lys Asp Asn Ile Ala Thr Arg Leu
705 710 715 720
Tyr Val Glu Glu Thr Val Glu Lys Val Glu Glu Val Glu Pro Ala Pro
725 730 735
Glu Gin Lys Asp Asn Asn Glu Leu Ser Phe Leu Gly Ser Val Glu Gin
740 745 750
Ser Phe Ile Thr Ala Ala Asn Gin Ala Leu Phe Ala Ser Glu Asp Gly
755 760 765
Asp Leu Ser Pro Glu Ser Ser Ile Ser Ser Glu Glu Leu Ala Lys Arg
770 775 780
Arg Glu Cys Ala Gly Gly Ala Ile Phe Ala Lys Arg Val Arg Ile Val
785 790 795 800
Asp Asn Gin Glu Ala Val Val Phe Ser Asn Asn Phe Ser Asp Ile Tyr
805 810 815
Gly Gly Ala Ile Phe Thr Gly Ser Leu Arg Glu Glu Asp Lys Leu Asp
820 825 830
Gly Gin Ile Pro Glu Val Leu Ile Ser Gly Asn Ala Gly Asp Val Val
835 840 845
Phe Ser Gly Asn Ser Ser Lys Arg Asp Glu His Leu Pro His Thr Gly
850 855 860
Gly Gly Ala Ile Cys Thr Gin Asn Leu Thr Ile Ser Gin Asn Thr Gly
865 870 875 880
Asn Val Leu Phe Tyr Asn Asn Val Ala Cys Ser Gly Gly Ala Val Arg
885 890 895
Ile Glu Asp His Gly Asn Val Leu Leu Glu Ala Phe Gly Gly Asp Ile
900 905 910
Val Phe Lys Gly Asn Ser Ser Phe Arg Ala Gin Gly Ser Asp Ala Ile
915 920 925
Tyr Phe Ala Gly Lys Glu Ser His Ile Thr Ala Leu Asn Ala Thr Glu
930 935 940
Gly His Ala Ile Val Phe His Asp Ala Leu Val Phe Glu Asn Leu Lys
945 950 955 960
Glu Arg Lys Ser Ala Glu Val Leu Leu Ile Asn Ser Arg Glu Asn Pro
965 970 975
Gly Tyr Thr Gly Ser Ile Arg Phe Leu Glu Ala Glu Ser Lys Val Pro
980 985 990
Gin Cys Ile His Val Gin Gin Gly Ser Leu Glu Leu Leu Asn Gly Ala
995 1000 1005
Thr Leu Cys Ser Tyr Gly Phe Lys Gin Asp Ala Gly Ala Lys Leu Val
1010 1015 1020
Leu Ala Ala Gly Ser Lys Leu Lys Ile Leu Asp Ser Gly Thr Pro Val
1025 1030 1035 1040
Gin Gly His Ala Ile Ser Lys Pro Glu Ala Glu Ile Glu Ser Ser Ser
1045 1050 1055
PL 209 107 B1
133
Glu Pro Glu Gly Ala His Ser Leu Trp Ile Ala Lys Asn Ala Gin Thr 1060 1065 1070
Thr Val Pro Met Val Asp Ile His Thr Ile Ser Val Asp Leu Ala Ser 1075 1080 1085
Phe Ser Ser Ser Gin Gin Glu Gly Thr Val Glu Ala Pro Gin Val Ile 1090 1095 1100
Val Pro Gly Gly Ser Tyr Val Arg Ser Gly Glu Leu Asn Leu Glu Leu
H05 ino m5 1120
Val Asn Thr Thr Gly Thr Gly Tyr Glu Asn His Ala Leu Leu Lys Asn ll25 1130 1135
Glu Ala Lys Val Pro Leu Met Ser Phe Val Ala Ser Ser Asp Glu Ala
1140 1145 1150
Ser Ala Glu Ile Ser Asn Leu Ser Val Ser Asp Leu Gin Ile His Val
1155 1160 1165
Ala Thr Pro Glu Ile Glu Glu Asp Thr Tyr Gly His Met Gly Asp Trp
1170 H75 ligo
Ser Glu Ala Lys Ile Gin Asp Gly Thr Leu Val Ile Asn Trp Asn Pro 1185 1190 1195 1200
Thr Gly Tyr Arg Leu Asp Pro Gin Lys Ala Gly Ala Leu Val Phe Asn
1205 1210 1215
Ala Leu Trp Glu Glu Gly Ala Val Leu Ser Ala Leu Lys Asn Ala Arg
1220 1225 1230
Phe Ala His Asn Leu Thr Ala Gin Arg Met Glu Phe Asp Tyr Ser Thr
1235 1240 1245
Asn Val Trp Gly Phe Ala Phe Gly Gly Phe Arg Thr Leu Ser Ala Glu
1250 1255 1260
Asn Leu Val Ala Ile Asp Gly Tyr Lys Gly Ala Tyr Gly Gly Ala Ser
1265 1270 1275 1280
Ala Gly Val Asp Ile Gin Leu Met Glu Asp Phe Val Leu Gly Val Ser
1285 1290 1295
Gly Ala Ala Phe Leu Gly Lys Met Asp Ser Gin Lys Phe Asp Ala Glu
1300 1305 1310
Val Ser Arg Lys Gly Val Val Gly Ser Val Tyr Thr Gly Phe Leu Ala
1315 1320 1325
Gly Ser Trp Phe Phe Lys Gly Gin Tyr Ser Leu Gly Glu Thr Gin Asn
1330 1335 1340
Asp Met Lys Thr Arg Tyr Gly Val Leu Gly Glu Ser Ser Ala Ser Trp 1345 1350 1355 1360
Thr Ser Arg Gly Val Leu Ala Asp Ala Leu Val Glu Tyr Arg Ser Leu
1365 1370 1375
Val Gly Pro Val Arg Pro Thr Phe Tyr Ala Leu His Phe Asn Pro Tyr
1380 1385 1390
Val Glu Val Ser Tyr Ala Ser Met Lys Phe Pro Gly Phe Thr Glu Gin
1395 1400 1405
Gly Arg Glu Ala Arg Ser Phe Glu Asp Ala Ser Leu Thr Asn Ile Thr
1410 1415 1420
Ile Pro Leu Gly Met Lys Phe Glu Leu Ala Phe Ile Lys Gly Gin Phe
1425 1430 1435 1440
Ser Glu Val Asn Ser Leu Gly Ile Ser Tyr Ala Trp Glu Ala Tyr Arg
1445 1450 1455
Lys Val Glu Gly Gly Ala Val Gin Leu Leu Glu Ala Gly Phe Asp Trp
1460 1465 1470
Glu Gly Ala Pro Met Asp Leu Pro Arg Gin Glu Leu Arg Val Ala Leu
1475 1480 1485
Glu Asn Asn Thr Glu Trp Ser Ser Tyr Phe Ser Thr Val Leu Gly Leu
1490 1495 1500
Thr Ala Phe Cys Gly Gly Phe Thr Ser Thr Asp Ser Lys Leu Gly Tyr 1505 1510 1515 1520
Glu Ala Asn Thr Gly Leu Arg Leu Ile Phe
1525 1530 <210> 179 <211> 1776 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 179
Ala Ile Met Lys Phe Met Ser Ala Thr Ala Val Phe Ala Ala Val Leu
134
PL 209 107 B1
1 5 10
Ser Ser Val Thr Glu Ala Ser Ser Ile Gin Asp Gin Ile
20 25
Asp Cys Asn Val Ser Lys Val Gly Tyr Ser Thr Ser Gin
35 40 45
Asp Met Met Leu Ala Asp Asn Thr Glu Tyr Arg Ala Ala
50 55 60
Ser Phe Tyr Asp Phe Ser Thr Ser Ser Gly Leu Pro Arg
65 70 75
Ser Ser Ser Ser Glu Ala Ser Pro Thr Thr Glu Gly Val
85 90
Ser Ser Gly Glu Asn Thr Glu Asn Ser Gin Asp Ser Ala
100 105
Gly Glu Thr Asp Lys Lys Thr Glu Glu Glu Leu Asp Asn
Ile 115 120 125
Tyr Ala Arg Glu Lys Leu Thr Ile Ser Glu Ser Gin
130 135 140
Ser Asn Pro Ser Ile Glu Leu His Asp Asn Ser Phe Phe
145 150 155
Gly Glu Val Ile Phe Asp His Arg Val Ala Leu Lys Asn
165 170
Ile Tyr Gly Glu Lys Glu Val Val Phe Glu Asn Ile Lys
180 185
Val Glu Val Asn Ile Ser Val Glu Lys Gly Gly Ser Val
195 200 205
Glu Arg Val Ser Leu Glu Asn Val Thr Glu Ala Thr Phe
210 215 220
Gly Gly Glu Gin Gly Gly Gly Gly Ile Tyr Ser Glu Gin 225 230 235
Ile Ser Asp Cys Asn 245 Asn Val His Phe Gin Gly Asn Ala 250
Thr Ala Val Lys Gin 260 Cys Leu Asp Glu 265 Glu Met Ile Val
Glu Cys Val 275 Asp Ser Leu Ser Glu 280 Asp Thr Leu Asp Ser 285
Thr Glu 290 Gin Thr Lys Ser Asn 295 Gly Asn Gin Asp Gly Ser 300
Lys 305 Asp Thr Gin Val Ser 310 Glu Ser Pro Glu Ser Thr Pro 315
Asp Val Leu Gly Lys 325 Gly Gly Gly Ile Tyr Thr Glu Lys 330
Ile Thr Gly Ile Thr 340 Gly Thr Ile Asp 345 Phe Val Ser Asn
Asp Ser Gly 355 Ala Gly Val Phe Thr 360 Lys Glu Asn Leu Ser 365
Thr Asn 370 Ser Leu Gin Phe Leu 375 Lys Asn Ser Ala Gly Gin 380
Gly 385 Ala Tyr Val Thr Gin 390 Thr Met Ser Val Thr Asn Thr 395
Ser Ile Thr Thr Pro 405 Pro Leu Val Gly Glu Val Ile Phe 410
Thr Ala Lys Gly His 420 Gly Gly Gly Ile 425 Cys Thr Asn Lys
Ser Asn Leu 435 Lys Thr Val Thr Leu 440 Thr Lys Asn Ser Ala 445
Gly Gly 450 Ala Ile Phe Thr Asp 455 Leu Ala Ser Ile Pro Thr 460
Pro 465 Glu Ser Ser Thr Pro 470 Ser Ser Ser Ser Pro Ala Ser 475
Val Val Ala Ser Ala 485 Lys Ile Asn Arg Phe Phe Ala Ser 490
Pro Ala Ala Pro Ser 500 Leu Thr Glu Ala 505 Glu Ser Asp Gin
Thr Glu Thr 515 Ser Asp Thr Asn Ser 520 Asp Ile Asp Val Ser 525
Ile Leu 530 Asn Val Ala Ile Asn 535 Gin Asn Thr Ser Ala Lys 540
Ala Ile Tyr Gly Lys Lys Ala Lys Leu Ser Arg Ile Asn
15 Lys Asn Thr
30 Ala Phe Thr
Asp Ser Val
Lys His Leu
Ser Ser 80 Ser
Pro 95 Ser Ser
110 Gly Gly Ile
Asp Ser Leu
Phe Gly Glu
Gly Gly 160 Ala
Ser 175 Leu Leu
190 Tyr Ala Lys
Ser Ser Asn
Asp Met Leu
Ala Gly 240 Ala
Leu 255 Leu Thr
270 Thr Pro Glu
Ser Glu Thr
Ser Pro Asp
Ser Leu 320 Thr
Ile 335 Ala Thr
350 Cys Thr Asn
His Gly Gly
Thr Ser Glu
Ser Glu 400 Asn
Leu 415 Ser Leu
430 Lys Glu Ser
Thr Asp Thr
Thr Pro Glu
Thr Ala 480 Glu
Thr 495 Asp Gin
510 Ile Glu Asn
Lys Gly Gly
Asn Leu Glu
PL 209 107 B1
135
545 550 555
Leu Ser Gly Asn Ser Ser Gin Asp Val Gly Gly
565 570
Glu Ser Val Glu Phe Asp Ala Ile Gly Ser Leu
580 585
Ser Ala Ala Lys Glu Gly Gly Val Ile His Ser
595 600
Ser Asn Leu Lys Ser Thr Phe Thr Phe Ala Asp
610 615
Ile Val Glu Ser Thr Pro Glu Ala Pro Glu Glu
625 630 635
Gly Glu Glu Ser Thr Ala Thr Glu Asn Pro Asn
645 650
Ser Ser Ala Asn Thr Asn Leu Glu Gly Ser Gin
660 665
Thr Gly Thr Gly Val Val Asn Asn Glu Ser Gin
675 680
Gly Asn Ala Glu Ser Gly Glu Gin Leu Gin Asp
690 695
Glu Glu Asn Thr Leu Pro Asn Ser Ser Ile Asp
705 710 715
Thr Asp Glu Ser Ser Asp Ser His Thr Glu Glu
725 730
Val Ser Ser Ser Ser Lys Ser Gly Ser Ser Thr
740 745
Ala Ala Ser Ser Gly Ala Pro Ser Gly Asp Gin
755 760
Ala Cys Leu Ala Lys Ser Tyr Ala Ala Ser Thr
770 775
Ser Asn Ser Ser Gly Ser Asp Val Thr Ala Ser
785 790 795
Ser Ser Ser Ser Gly Asp Ser Ala Gly Asp Ser
805 810
Pro Glu Ala Gly Ser Thr Thr Glu Thr Pro Thr
820 825
Ala Ile Tyr Gly Glu Thr Val Lys Ile Glu Asn
835 840
Ile Phe Ser Gly Asn Lys Ala Ile Asp Asn Thr
850 855
Ser Lys Ser Asn Val Leu Gly Gly Ala Val Tyr
865 870 875
Asn Leu Asp Ser Gly Ser Ser Arg Arg Thr Val
885 890
Thr Val Ser Ser Gin Ser Thr Thr Gly Gin Val
900 905
Tyr Ser Pro Thr Val Thr Ile Ala Thr Pro Val
915 920
Ser Ala Thr Asn Asn Ala Asn Asn Ala Thr Asp
930 935
Thr Phe Gly Gly Ala Ile Gly Ala Thr Ser Ala
945 950 955
Gly Ala His Phe Leu Glu Asn Val Ala Asp Leu
965 970
Leu Val Pro Asp Thr Gin Asn Thr Glu Thr Val
980 985
Ser Tyr Tyr Phe Glu Lys Asn Lys Ala Leu Lys
995 1000
Ala Pro Val Val Ser Ile Lys Ala Tyr Thr Ala
1010 1015
Arg Ser Leu Glu Glu Gly Ser Ala Ile Tyr Phe
1025 1030 1035
Ile Glu Ser Leu Gly Ser Val Leu Phe Thr Gly
1045 1050
Thr Leu Ser Thr Thr Thr Glu Gly Thr Pro Ala
1060 1065
560
Gly Leu Cys Leu Thr 575
Leu Ser His Tyr Asn 590
Lys Thr 605 Val Thr Leu
Asn Thr Val Lys Ala
620
Ile Pro Pro Val Glu 640
Ser Asn Thr Glu Gly 655
Gly Asp Thr Ala Asp 670
Asp Thr 685 Ser Asp Thr
Ser Thr Gin Ser Asn
700
Gin Ser Asn Glu Asn 720
Ile Thr Asp Glu Ser 735
Pro Gin Asp Gly Gly 750
Ser Ile 765 Ser Ala Asn
Asp Ser Ser Pro Val
780
Ser Asp Asn Pro Asp 800
Glu Gly Pro Thr Glu 815
Leu Ile Gly Gly Gly 830
Phe Ser 845 Gly Gin Gly
Thr Glu Gly Ser Ser
860
Ala Lys Thr Leu Phe 880
Thr Phe Ser Gly Asn 895
Ala Gly Gly Ala Ile 910
Val Phe 925 Ser Lys Asn
Thr Gin Arg Lys Asp
940
Val Ser Leu Ser Gly 960
Gly Ser Ala Ile Gly 975
Lys Leu Glu Ser Gly 990
Arg Ala 1005 Thr Ile Tyr
Thr Phe Asn Gin Asn
1020
Thr Lys Glu Ala Ser 1040
Asn Leu Val Thr 1055 Pro
Thr Thr Ser Gly Asp
1070
Val Thr Lys Tyr Gly Ala Ala Ile Phe Gly Gin
1075 1080
Gly Ser Gin Thr Asp Asn Leu Pro Leu Lys Leu
Ile Ala Ser 1085 Ser Asn
Ile Ala Ser Gly Gly
136
PL 209 107 B1
1090
1095
1100
1110
Asn Glu Tyr Arg Pro Thr Ser Ser Asp Thr
1115 1120
Ser Ile Ala Gly Asp Val Lys Leu Thr Met
1130 1135
Thr Ile Ser Phe Phe Asp Ala Ile Arg Thr
1105
1125
1140 1145 1150 '
Ser Thr Lys Lys Thr Gly Thr Gin Ala Thr Ala Tyr Asp Thr Leu Asp H55 1160 1165
Ile Asn Lys Ser Glu Asp Ser Glu Thr Val Asn Ser Ala Phe Thr Gly 1170 1175 H80
Thr Ile Leu Phe Ser Ser Glu Leu His Glu Asn Lys Ser Tyr Ile Pro 1185 1190 1195 1200
Gin Asn Val Val Leu His Ser Gly Ser Leu Val Leu Lys Pro Asn Thr , 1205 1210 1215
Glu Leu His Val Ile Ser Phe Glu Gin Lys Glu Gly Ser Ser Leu Val
1220 1225 1230
Met Thr Pro Gly Ser Val Leu Ser Asn Gin Thr Val Ala Asp Gly Ala
1235 1240 1245
Leu Val Ile Asn Asn Met Thr Ile Asp Leu Ser Ser Val Glu Lys Asn
1250 1255 1260
Gly Ile Ala Glu Gly Asn Ile Phe Thr Pro Pro Glu Leu Arg Ile Ile
1265 1270 1275 1280
Asp Thr Thr Thr Ser Gly Ser Gly Gly Thr Pro Ser Thr Asp Ser Glu 1285 1290 1295
Ser Asn Gin Asn Ser Asp Asp Thr Lys Glu Gin Asn Asn Asn Asp Ala 1300 1305 1310
Ser Asn Gin Gly Glu Ser Ala Asn Gly Ser Ser Ser Pro
1315
Ala Asn Gly Ser Ser Ser Pro Ala Val Ala
1320 1325
Thr Arg Asn Phe Ala Ala Ala Ala Thr Ala
1335 1340
Thr Ala Thr Thr Thr Thr Ser Asn Gin Val
1330
1345 1350 1355 13g0
Ile Leu Gly Gly Glu Ile Lys Leu Ile Asp Pro Asn Gly Thr Phe Phe 1365 1370 1375
Gin Asn Pro Ala Leu Arg Ser Asp Gin Gin Ile Ser Leu Leu Val Leu 1380 1385 1390
Pro Thr Asp Ser Ser Lys Met Gin Ala Gin Lys Ile Val Leu Thr Gly 1395 1400 1405
Asp Ile Ala Pro Gin Lys Gly Tyr Thr Gly Thr Leu Thr Leu Asp Pro 1410 1415 1420
Asp Gin Leu Gin Asn Gly Thr Ile Ser Ala Leu Trp Lys Phe Asp Ser
1425 1430 1435 1440
Tyr Arg Gin Trp Ala Tyr Val Pro Arg Asp Asn His Phe Tyr Ala Asn
1445 1450 1455
Ser Ile Leu Gly Ser Gin Met Ser Met Val Thr Val Lys Gin Gly Leu 1460 1465 1470
Leu Asn Asp Lys Met Asn Leu Ala Arg Phe Asp Glu Val Ser Tyr Asn 1475 1480 1485
Asn Leu Trp Ile Ser Gly Leu Gly Thr Met Leu Ser Gin Val Gly Thr 1490 1495 1500
Pro Thr Ser Glu Glu Phe Thr Tyr Tyr Ser Arg Gly Ala Ser Val Ala 1505 1510 1515 1520
Leu Asp Ala Lys Pro Ala His Asp Val Ile Val Gly Ala Ala Phe Ser
1525 1530 1535
Lys Met Ile Gly Lys Thr Lys Ser Leu Lys Arg Glu Asn Asn Tyr Thr . 1540 1545 1550
His Lys Gly Ser Glu Tyr Ser Tyr Gin Ala Ser Val Tyr Gly Gly Lys
1555 1560 1565
Pro Phe His Phe Val Ile Asn Lys Lys Thr Glu Lys Ser Leu Pro Leu 1570 1575 1580
Leu Leu Gin Gly Val Ile Ser Tyr Gly Tyr Ile Lys His Asp Thr Val 1585 , 1590 1595 1600
Thr His Tyr Pro Thr Ile Arg Glu Arg Asn Gin Gly Glu Trp Glu Asp
1805 1610 1615
Leu Gly Trp Leu Thr Ala Leu Arg Val Ser Ser Val Leu Arg Thr Pro 1620 1625 1630
Ala Gin Gly Asp Thr Lys Arg Ile Thr Val Tyr Gly Glu Leu Glu Tyr
PL 209 107 B1
137
1640
1635
1645
Ser Ser Ile Arg Gin Lys Gin Phe Thr Glu Thr Glu Tyr Asp Pro Arg
1650 1655 1660
Tyr Phe Asp Asn Cys Thr Tyr Arg Asn Leu Ala Ile Pro Met Gly Leu
1665 1670 1675 1680
Ala Phe Glu Gly Glu Leu Ser Gly Asn Asp Ile Leu Met Tyr Asn Arg
1685 1690 1695
Phe Ser Val Ala Tyr Met Pro Ser Ile Tyr Arg Asn Ser Pro Thr Cys
1700 1705 1710
Lys Tyr Gin Val Leu Ser Ser Gly Glu Gly Gly Glu Ile Ile Cys Gly
1715 1720 1725
Val Pro Thr Arg Asn Ser Ala Arg Gly Glu Tyr Ser Thr Gin Leu Tyr
1730 1735 1740
Pro Gly Pro Leu Trp Thr Leu Tyr Gly Ser Tyr Thr Ile Glu Ala Asp
1745 1750 1755 1760
Ala His Thr Leu Ala His Met Met Asn Cys Gly Ala Arg Met Thr Phe
1765
1770
1775 <210> 180 <211> 1752 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 180
Met Lys Trp Leu Ser Ala Thr Ala Val Phe Ala Ala Val Leu Pro Ser
1 5 10 15
Val Ser Gly Phe Cys Phe Pro Glu Pro Lys Glu Leu Asn Phe Ser Arg
20 25 30
Val Glu Thr Ser Ser Ser Thr Thr Phe Thr Glu Thr Ile Gly Glu Ala
35 40 45
Gly Ala Glu Tyr Ile Val Ser Gly Asn Ala Ser Phe Thr Lys Phe Thr
50 55 60
Asn Ile Pro Thr Thr Asp Thr Thr Thr Pro Thr Asn Ser Asn Ser Ser
65 70 75 80
Ser Ser Ser Gly Glu Thr Ala Ser Val Ser Glu Asp Ser Asp Ser Thr
85 90 95
Thr Thr Thr Pro Asp Pro Lys Gly Gly Gly Ala Phe Tyr Asn Ala His
100 105 110
Ser Gly Val Leu Ser Phe Met Thr Arg Ser Gly Thr Glu Gly Ser Leu
115 120 125
Thr Leu Ser Glu Ile Lys Met Thr Gly Glu Gly Gly Ala Ile Phe Ser
130 135 140
Gin Gly Glu Leu Leu Phe Thr Asp Leu Thr Ser Leu Thr Ile Gin Asn
145 150 155 160
Asn Leu Ser Gin Leu Ser Gly Gly Ala Ile Phe Gly Gly Ser Thr Ile
165 170 175
Ser Leu Ser Gly Ile Thr Lys Ala Thr Phe Ser Cys Asn Ser Ala Glu
180 185 190
Val Pro Ala Pro Val Lys Lys Pro Thr Glu Pro Lys Ala Gin Thr Ala
195 200 205
Ser Glu Thr Ser Gly Ser Ser Ser Ser Ser Gly Asn Asp Ser Val Ser
210 215 220
Ser Pro Ser Ser Ser Arg Ala Glu Pro Ala Ala Ala Asn Leu Gin Ser
225 230 235 240
His Phe Ile Cys Ala Thr Ala Thr Pro Ala Ala Gin Thr Asp Thr Glu
245 250 255
Thr Ser Thr Pro Ser His Lys Pro Gly Ser Gly Gly Ala Ile Tyr Ala
260 265 270
Lys Gly Asp Leu Thr Ile Ala Asp Ser Gin Glu Val Leu Phe Ser Ile
275 280 285
Asn Lys Ala Thr Lys Asp Gly Gly Ala Ile Phe Ala Glu Lys Asp Val
290 295 300
Ser Phe Glu Asn Ile Thr Ser Leu Lys Val Gin Thr Asn Gly Ala Glu
305 310 315 320
Glu Lys Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Lys Gly Asp Leu Ser Ile Gin Ser
325 330 335
Ser Lys Gin Ser Leu Phe Asn Ser Asn Tyr Ser Lys Gin Gly Gly Gly
340 345 350
138
PL 209 107 B1
Ala Leu Tyr Val Glu Gly Gly Ile Asn 360 Phe Gin Asp Leu 365 Glu Glu Ile
355
Arg Ile Lys Tyr Asn Lys Ala Gly Thr Phe Glu Thr Lys Lys Ile Thr
370 375 380
Leu Pro Ser Leu Lys Ala Gin Ala Ser Ala Gly Asn Ala Asp Ala Trp
385 390 395 400
Ala Ser Ser Ser Pro Gin Ser Gly Ser Gly Ala Thr Thr Val Ser Asp
405 410 415
Ser Gly Asp Ser Ser Ser Gly Ser Asp Ser Asp Thr Ser Glu Thr Val
420 425 430
Pro Val Thr Ala Lys Gly Gly Gly Leu Tyr Thr Asp Lys Asn Leu Ser
435 440 445
Ile Thr Asn Ile Thr Gly Ile Ile Glu Ile Ala Asn Asn Lys Ala Thr
450 455 460
Asp Val Gly Gly Gly Ala Tyr Val Lys Gly Thr Leu Thr Cys Glu Asn
465 470 475 480
Ser His Arg Leu Gin Phe Leu Lys Asn Ser Ser Asp Lys Gin Gly Gly
485 490 495
Gly Ile Tyr Gly Glu Asp Asn Ile Thr Leu Ser Asn Leu Thr Gly Lys
500 505 510
Thr Leu Phe Gin Glu Asn Thr Ala Lys Glu Glu Gly Gly Gly Leu Phe
515 520 525
Ile Lys Gly Thr Asp Lys Ala Leu Thr Met Thr Gly Leu Asp Ser Phe
530 535 540
Cys Leu Ile Asn Asn Thr Ser Glu Lys His Gly Gly Gly Ala Phe Val
545 550 555 560
Thr Lys Glu Ile Ser Gin Thr Tyr Thr Ser Asp Val Glu Thr Ile Pro
565 570 575
Gly Ile Thr Pro Val His Gly Glu Thr Val Ile Thr Gly Asn Lys Ser
580 585 590
Thr Gly Gly Asn Gly Gly Gly Val Cys Thr Lys Arg Leu Ala Leu Ser
595 600 605
Asn Leu Gin Ser Ile Ser Ile Ser Gly Asn Ser Ala Ala Glu Asn Gly
610 615 620
Gly Gly Ala His Thr Cys Pro Asp Ser Phe Pro Thr Ala Asp Thr Ala
625 630 635 640
Glu Gin Pro Ala Ala Ala Ser Ala Ala Thr Ser Thr Pro Lys Ser Ala
645 650 655
Pro Val Ser Thr Ala Leu Ser Thr Pro Ser Ser Ser Thr Val Ser Ser
660 665 670
Leu Thr Leu Leu Ala Ala Ser Ser Gin Ala Ser Pro Ala Thr Ser Asn
675 680 685
Lys Glu Thr Gin Asp Pro Asn Ala Asp Thr Asp Leu Leu Ile Asp Tyr
690 695 700
Val Val Asp Thr Thr Ile Ser Lys Asn Thr Ala Lys Lys Gly Gly Gly
705 710 715 720
Ile Tyr Ala Lys Lys Ala Lys Met Ser Arg Ile Asp Gin Leu Asn Ile
725 730 735
Ser Glu Asn Ser Ala Thr Glu Ile Gly Gly Gly Ile Cys Cys Lys Glu
740 745 750
Ser Leu Glu Leu Asp Ala Leu Val Ser Leu Ser Val Thr Glu Asn Leu
755 760 765
Val Gly Lys Glu Gly Gly Gly Leu His Ala Lys Thr Val Asn Ile Ser
770 775 780
Asn Leu Lys Ser Gly Phe Ser Phe Ser Asn Asn Lys Ala Asn Ser Ser
785 790 795 800
Ser Thr Gly Val Ala Thr Thr Ala Ser Ala Pro Ala Ala Ala Ala Ala
805 810 815
Ser Leu Gin Ala Ala Ala Ala Ala Ala Pro Ser Ser Pro Ala Thr Pro
820 825 830
Thr Tyr Ser Gly Val Val Gly Gly Ala Ile Tyr Gly Glu Lys Val Thr
835 840 845
Phe Ser Gin Cys Ser Gly Thr Cys Gin Phe Ser Gly Asn Gin Ala Ile
850 855 860
Asp Asn Asn Pro Ser Gin Ser Ser Leu Asn Val Gin Gly Gly Ala Ile
865 870 875 880
Tyr Ala Lys Thr Ser Leu Ser Ile Gly Ser Ser Asp Ala Gly Thr Ser
885 890 895
PL 209 107 B1
139
Tyr Ile Phe Ser Gly
900
Gly Gin ile Ala Gly
915
Cys Pro Ala Thr Phe
930
Thr Ser Ser Glu Asp
945
Gly Gly Ala Ile Ala
965
Phe Ser Gly Asn Thr
980
Asn Ala Asn Thr Pro
995
Glu Lys Ile Thr Leu
1010
Ser Val 92 5 Ala Gin 910 Thr Thr
Lys Asp
Gly Val
Gly Thr
990
Asn Ser
1005
Glu ) Arg .
Ser Ile
Asp Gly
Gly Ser '
1070
Ser Ala '
1085
Ile 1 Phe i
1 Leu Thr :
Leu Gin .
Ala Gly '
1150
Ser Phe :
1165
Gin Asn 1
905
Gly Ala Ile Tyr Ser Pro Thr 920
Ser Asn Asn Thr Ala Ser Ile 935 940
Gly Ser Ser Gly Asn Ser Ile 950 955 960
Gly Thr Ala Ile Thr Leu Ser Gly Val Ser 970 975
Ala Asp Leu Gly Ala Ala Ile Gly Thr 985
Ser Ala Thr Ser 1000
Glu Asn Gly Ser
1015 1020
Ala Asn Lys Arg Gly Ala Ile Tyr Ser Pro Ser Val Ser Ile Lys Gly 1025 1030 1035 1040
Asn Asn Ile Thr Phe Asn Gin Asn Thr Ser Thr His Asp Gly Ser Ala
1045 1050 1055
Ile Tyr Phe Thr Lys Asp Ala Thr Ile Glu Ser Leu Gly Ser Val Leu 1060 1065
Phe Thr Gly Asn Asn Val Thr Ala Thr Gin Ala Ser Ser Ala Thr Ser 1075 1080
Gly Gin Asn Thr Asn Thr Ala Asn Tyr Gly Ala Ala Ile Phe Gly Asp 1090 1095 1100
Pro Gly Thr Thr Gin Ser Ser Gin Thr Asp Ala Ile Leu Thr Leu Leu
1105 1110 1115 H20
Ala Ser Ser Gly Asn Ile Thr Phe Ser Asn Asn Ser Leu Gin Asn Asn
1125 1130 1135
Gin Gly Asp Thr Pro Ala Ser Lys Phe Cys Ser Ile Ala Gly Tyr Val 1140 1145
Lys Leu Ser Leu Gin Ala Ala Lys Gly Lys Thr Ile Ser Phe Phe Asp 1155 1160 1165
Cys Val His Thr Ser Thr Lys Lys Thr Gly Ser Thr Gin Asn Val Tyr 1170 H75 1180
Glu Thr Leu Asp Ile Asn Lys Glu Glu Asn Ser 1185 1190
Thr Ile Val Phe Ser Ser Glu Leu I 1205
Gin Asn Ala Ile Leu His Asn Gly Ί
1220 1225
Glu Leu His Val Val Ser Phe Glu C 1235 1240
Met Glu Pro Gly Ala Val Leu Ser Asn Gin Asn Ile Ala Asn Gly Ala 1250 1255 1260
Leu Ala Ile Asn Gly Leu Thr Ile Asp Leu Ser Ser Met Gly Thr Pro
1265 1270 1275 1280
Gin Ala Gly Glu Ile Phe Ser Pro Pro Glu Leu Arg Ile Val Ala Thr
1285 1290 1295
Thr Ser Ser Ala Ser Gly Gly Ser Gly Val Ser Ser Ser Ile Pro Thr 1300 1305 1310
Asn Pro Lys Arg Ile Ser Ala Ala Val Pro Ser Gly Ser Ala Ala Thr 1315 1320 1325
Thr Pro Thr Met Ser Glu Asn Lys Val Phe Leu Thr Gly Asp Leu Thr 1330 1335 1340
Tyr Gin Asn Pro Met Leu Gly Ser 1355 1360
Leu Pro Thr Asn Thr Ser Asp Val 1370 1375 □eu Thr Leu Ser Gly Asp Leu Phe Pro Gin Lys Gly 1380 1385 1390
Ser Asn Pro Gin Thr Gly Lys Leu 1400 1405
Tyr Arg Arg Trp Val Tyr Ile Pro 1420
Ser Ile Leu Gly Ser Gin Asn Ser 1435 1440
Asn Ser Asn Pro Tyr Thr Gly
1195 1200
Glu Asn Lys Ser Tyr Ile Pro
1210 1215
Leu Val Leu Lys Glu Lys Thr
1230
Lys Glu Gly Ser Lys Leu Ile
1245
Leu Ile Asp Pro Asn Gly Asn
1345 1350
Asp Leu Asp Val Pro Leu Ile
1365
Gin Val Tyr Asp Leu Thr Leu
Tyr Met Gly Thr Trp Thr Leu
1395
Gin Ala Arg Trp Thr Phe Asp
1410 1415
Arg Asp Asn His Phe Tyr Ala .
1425 1430
140
PL 209 107 B1
Met Ile Val Val Lys Gin Gly Leu Ile Asn Asn Met Leu Asn Asn Ala
1445 1450 1455
Arg Phe Asp Asp Ile Ala Tyr Asn Asn Phe Trp 1465 Val Ser Gly Val 1470 Gly
1460
Thr Phe Leu Ala Gin Gin Gly Thr Pro Leu Ser Glu Glu Phe Ser Tyr
1475 1480 1485
Tyr Ser Arg Gly Thr Ser Val Ala Ile Asp Ala Lys Pro Arg Gin Asp
1490 1495 1500
Phe Ile Leu Gly Ala Ala Phe Ser Lys Ile Val Gly Lys Thr Lys Ala
1505 1510 1515 1520
Ile Lys Lys Met His Asn Tyr Phe His Lys Gly Ser Glu Tyr Ser Tyr
1525 1530 1535
Gin Ala Ser Val Tyr Gly Gly Lys Phe Leu Tyr Phe Leu Leu Asn Lys
1540 1545 1550
Gin His Gly Trp Ala Leu Pro Phe Leu Ile Gin Gly Val Val Ser Tyr
1555 1560 1565
Gly His Ile Lys His Asp Thr Thr Thr Leu Tyr Pro Ser Ile His Glu
1570 1575 1580
Arg Asn Lys Gly Asp Trp Glu Asp Leu Gly Trp Leu Ala Asp Leu Arg
1585 159C > 1595 1600
Ile Ser Met Asp Leu Lys Glu Pro Ser Lys Asp Ser Ser Lys Arg Ile
1605 1610 1615
Thr Val Tyr Gly Glu Leu Glu Tyr Ser Ser Ile Arg Gin Lys Gin Phe
1620 1625 1630
Thr Glu Ile Asp Tyr Asp Pro Arg His Phe Asp Asp Cys Ala Tyr Arg
163 5 1640 1645
Asn Leu Ser Leu Pro Val Gly Cys Ala Val Glu Gly Ala Ile Met Asn
1650 1655 1660
Cys Asn Ile Leu Met Tyr Asn Lys Leu Ala Leu Ala Tyr Met Pro Ser
1665 167C » 1675 1680
Ile Tyr Arg Asn Asn Pro Val Cys Lys Tyr Arg Val Leu Ser Ser Asn
1685 ' 1690 1695
Glu Ala Gly Gin Val Ile Cys Gly Val Pro Thr Arg Thr Ser Ala Arg
1700 1705 1710
Ala Glu Tyr Ser Thr Gin Leu Tyr Leu Gly Pro Phe Trp Thr Leu Tyr
1715 1720 1725
Gly Asn Tyr Thr Ile Asp Val Gly Met Tyr Thr Leu Ser Gin Met Thr
1730 1735 1740
Ser Cys Gly Ala Arg Met Ile Phe
1745 1750
<210> 181 <211> 2601 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 181 atggctagcc atcaccatca ccatcacctc tttggccagg atcccttagg tgaaaccgcc 60 ctcctcacta aaaatcctaa tcatgtcgtc tgtacatttt ttgaggactg taccatggag 120 agcctctttc ctgctctttg tgctcatgca tcacaagacg atcctttgta tgtacttgga 180 aattcctact gttggttcgt atctaaactc catatcacgg accccaaaga ggctcttttt 240 aaagaaaaag gagatctttc cattcaaaac tttcgcttcc tttccttcac agattgctct 300 tccaaggaaa gctctccttc tattattcat caaaagaatg gtcagttatc cttgcgcaat 360 aatggtagca tgagtttctg tcgaaatcat gctgaaggct ctggaggagc catctctgcg 420 gatgcctttt ctctacagca caactatctt ttcacagctt ttgaagagaa ttcttctaaa 480 ggaaatggcg gagccattca ggctcaaacc ttctctttat ctagaaatgt gtcgcctatt 540 tctttcgccc gtaatcgtgc ggatttaaat ggcggcgcta tttgctgtag taatcttatt 600 tgttcaggga atgtaaaccc tctctttttc actggaaact ccgccacraa tggaggcsct 660 atttgttgta tcagcgatct aaacacctca gaaaaaggct ctctctctct tgcttgtaac 720 caaraaacgc tatttgcaag caattctgct aaagaaaaag gcggggctat ttatgccaag 780 cacatggtat tgcgttataa cggtcctgtt tccttcatta acaacagcgc taaaataggt 840 ggagctatcg ccatccagtc cggagggagt ctctctatcc ttgcaggtga aggatctgtt 900 ctgttccaga ataactccca acgcacctcc gaccaaggtc tagtaagaaa cgccatctac 960 ttagagaaag atgcgattct ttcttcctta gaagctcgca acggagatat tcttttcttt 1020 gatcctattg tacaagaaag tagcagcaaa gaatcgcctc ttccctcctc tttgcaagcc 1080 agcgtgactt ctcccacccc agccaccgca tctcctttag ttattcagac aagtgcaaac 1140 cgttcagtga ttttctcgag cgaacgtctt tctgaagaag aaaaaactcc tgataacctc 1200 acttcccaac tacagcagcc tatcgaactg aaatccggac gcttagtttt aaaagatcgc 1260
PL 209 107 B1
141 gctgtccttt ccgsgccttc tctctctcag gatcctcaag ctctcctcat tatggaagcg ggaacttctt taaaaacttc ctytgatttg aagttagsta cgstaagtat tccccttcat tccttagata ctgaaaaaag cgtaactatc cacgccccta atctttctat ccaaaagatc ttcctctcta actctggaga tgagaatttt tatgaaaatg tagagcttct cagtaaagag caaaacaata ttcctctcct tactctccct aaagagcaat ctcatttaca tcttcctgat gggaacctct cttctcactt tggatatcaa ggagattgga ctttttcttg gaaagattct gatgaagggc attctctgat tgctaattgg acgcctaaaa actatgtgcc tcatccagaa cgtcaatcta cactcgttgc gaacactctt tggaacacct attccgatat gcaagctgtg cagtcgatga ttaatacaac agcgcacgga ggagcctatc tatttggaac gtggggatct gctgtttcta atttattcta tgttcacgac agctctggga aacctatcga taattggcat catagaagcc ttggctacct attcggtatc agtactcaca gtttagatga ccattctttc tgcttggctg caggacaatt actcgggaaa tcgtccgatt cctttattac gtctacagaa acgacctcct atatagctac tgtacaagcg caactcgcta cctctctaat gaaaatctct gcacaggcat gctacaatga aagtatccat gagctaaaaa caaaatatcg ctccttctct aaagaaggat tcggatcctg gcatagcgtt gcagtatccg gagaagtgtg cgcatcgatt cctattgtat ccaatggttc cggactgttc agctccttct ctattttctc taaactgcaa ggattttcag gaacacagga cggttttgag gagagttcgg gagagattcg gtccttttct gccagctctt tcagaaatat ttcacttcct ataggaataa catttgaaaa aaaatcccaa aaaacacgaa cctactatta ctttctagga gcctacatcc aagacctgaa acgtgatgtg gaatcgggac ctgtagtgtt actcaaaaat gccgtctcct gggatgctcc tatggcgaac ttggattcac gagcctacat gttccggctt acgaatcaaa gagctctaca cagacttcag acgctgttaa atgtgtcttg tgtgctgcgt gggcaaagcc atagttactc cctggatctą gggaccactt acaggttcta g <210> 182 <211> 3021 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 182 atggctagca tgactggtgg acagcaaatg ggtcgggatt caagcttggt accgcatcac catcaccatc acatgattcc tcaaggaatt tacgatgggg agacgttaac tgtatcattt ccctatactg ttataggaga tccgagtggg actactgttt tttctgcagg agagttaaca ttaaaaaatc ttgacaattc tattgcagct ttgcctttaa gttgttttgg gaacttatta gggagtttta ctgttttagg gagaggacac tcgttgactt tcgagaacat acggacttct acaaatgggg cagctctaag taatagcgct gctgatggac tgtttactat tgagggtttt aaagaattat ccttttccaa ttgcaattca ttacttgccg tactgcctgc tgcaacgact aataagggta gccagactcc gacgacaaca tctacaccgt ctaatggtac tatttattct aaaacagatc ttttgttact caataatgag aagttctcat tctatagtaa tttagtctct ggagatgggg gagctataga tgctaagagc ttaacggttc aaggaattag caagctttgt gtcttccaag aaaatactgc tcaagctgat gggggagctt gtcaagtagt caccagtttc tctgctatgg ctaacgaggc tcctattgcc tttgtagcga atgttgcagg agtaagaggg ggagggattg ctgctgttca ggatgggcag cagggagtgt catcatctac ttcaacagaa gatccagtag taagtttttc cagaaatact gcggtagagt ttgatgggaa cgtagcccga gtaggaggag ggatttactc ctacgggaac gttgctttcc tgaataatgg aaaaaccttg tttctcaaca atgttgcttc tcctgtttac attgctgcta agcaaccaac aagtggacag gcttctaata cgagtaataa ttacggagat ggaggagcta tcttctgtaa gaatggtgcg caagcaggat ccaataactc tggatcagtt tcctttgatg gagagggagt agttttcttt agtagcaatg tagctgctgg gaaaggggga gctatttatg ccaaaaagct ctcggttgct aactgtggcc ctgtacaatt tttaaggaat atcgctaatg atggtggagc gatttattta ggagaatctg gagagctcag tttatctgct gattatggag atattatttt cgatgggaat cttaaaagaa cagccaaaga gaatgctgcc gatgttaatg gcgtaactgt gtcctcacaa gccatttcga tgggatcggg agggaaaata acgacattaa gagctaaagc agggcatcag attctcttta atgatcccat cgagatggca aacggaaata accagccagc gcagtcttcc aaacttctaa aaattaacga tggtgaagga tacacagggg atattgtttt tgctaatgga agcagtactt tgtaccaaaa tgttacgata gagcaaggaa ggattgttct tcgtgaaaag gcaaaattat cagtgaattc tctaagtcag acaggtggga gtctgtatat ggaagctggg agtacattgg attttgtaac tccacaacca ccacaacagc ctcctgccgc taatcagttg atcacgcttt ccaatctgca tttgtctctt tcttctttgt tagcaaacaa tgcagttacg aatcctccta ccaatcctcc agcgcaagat tctcatcctg cagtcattgg tagcacaact gctggttctg ttacaattag tgggcctatc ttttttgagg atttggatga tacagcttat gataggtatg attggctagg ttctaatcaa aaaatcaatg tcctgaaatt acagttaggg actaagcccc cagctaatgc cccatcagat ttgactctag ggaatgagat gcctaagtat ggctatcaag gaagctggaa gcttgcgtgg gatcctaata cagcaaataa tggtccttat actctgaaag ctacatggac taaaactggg tataatcctg ggcctgagcg agtagcttct ttggttccaa atagtttatg gggatccatt ttagatatac gatctgcgca ttcagcaatt caagcaagtg tggatgggcg ctcttattgt cgaggattat gggtttctgg agtttcgaat ttcttctatc atgaccgcga tgctttaggt cagggatatc ggtatattag tgggggttat
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2601
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
142
PL 209 107 B1 tccttaggag caaactccta ctttggatca tcgatgtttg gtctagcatt taccgaagta tttggtagat ctaaagatta tgtagtgtgt cgttccaatc atcatgcttg cataggatcc gtttatctat ctacccaaca agctttatgt ggatcctatt tgttcggaga tgcgtttatc cgtgctagct acgggtttgg gaatcagcat atgaaaacct catatacatt tgcagaggag agcgatgttc gttgggataa taactgtctg gctggagaga ttggagcggg attaccgatt gtgattactc catctaagct ctatttgaat gagttgcgtc ctttcgtgca agctgagttt tcttatgccg atcatgaatc ttttacagag gaaggcgatc aagctcgggc attcaagagc ggacatctcc taaatctatc agttcctgtt ggagtgaagt ttgatcgatg ttctagtaca catcctaata aatatagctt tatggcggct tatatctgtg atgcttatcg caccatctct ggtactgaga caacgctcct atcccatcaa gagacatgga caacagatgc ctttcattta gcaagacatg gagttgtggt tagaggatct atgtatgctt ctctaacaag taatatagaa gtatatggcc atggaagata tgagtatcga gatgcttctc gaggctatgg tttgagtgca ggaagtaaag tccggttcta a <210> 183 <211> 2934 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 183 atggctagca tgactggtgg acagcaaatg ggtcgggatt caagcttggt accgagctcg gatccacatc accatcacca tcacggacta gctagagagg ttccttctag aatctttctt atgcccaact cagttccaga tcctacgaaa gagtcgctat caaataaaat tagtttgaca ggagacactc acaatctcac taactgctat ctcgataacc tacgctacat actggctatt ctacaaaaaa ctcccaatga aggagctgęt gtcacaataa cagattacct aagctttttt gatacacaaa aagaaggtat ttattttgca aaaaatctca cccctgaaag tggtggtgcg attggttatg cgagtcccaa ttctcctacc gtggagattc gtgatacaat aggtcctgta atctttgaaa ataatacttg ttgcagacta tttacatgga gaaatcctta tgctgctgat aaaataagag aaggcggagc cattcatgct caaaatcttt acataaatca taatcatgat gtggtcggat ttatgaagaa cttttcttat gtccaaggag gagccattag taccgctaat acctttgttg tgagcgagaa tcagtcttgt tttctcttta tggacaacat ctgtattcaa actaatacag caggaaaagg tggcgctatc tatgctggaa cgagcaattc ttttgagagt aataactgcg atctcttctt catcaataac gcctgttgtg caggaggagc gatcttctcc cctatctgtt ctctaacagg aaatcgtggt aacatcgttt tctataacaa tcgctgcttt aaaaatgtag aaacagcttc ttcagaagct tctgatggag gagcaattaa agtaactact cgcctagatg ttacaggcaa tcgtggtagg atctttttta gtgacaatat cacaaaaaat tatggcggag ctatttacgc tcctgtagtt accctagtgg ataatggccc tacctacttt ataaacaata tcgccaataa taaggggggc gctatctata tagacggaac cagtaactcc aaaatttctg ccgaccgcca tgctattatt tttaatgaaa atattgtgac taatgtaact aatgcaaatg gtaccagtac gtcagctaat cctcctagaa gaaatgcaat aacagtagca agctcctctg gtgaaattct attaggagca gggagtagcc aaaatttaat tttttatgat cctattgaag ttagcaatgc aggggtctct gtgtccttca ataaggaagc tgatcaaaca ggctctgtag tattttcagg agctactgtt aattctgcag attttcatca acgcaattta caaacaaaaa cacctgcacc ccttactctc agtaatggtt ttctatgtat cgaagatcat gctcagctta cagtgaatcg attcacacaa actgggggtg ttgtttctct tgggaatgga gcagttctga gttgctataa aaatggtaea ggagattctg ctagcaatgc ctctataaca ctgaagcata ttggattgaa tctttcttcc attctgaaaa gtggtgctga gattccttta ttgtgggtag agcctacaaa taacagcaat aactatacag cagatactgc agctaccttt tcattaagtg atgtaaaact ctcactcatt gatgactacg ggaactctcc ttatgaatcc acagatctga cccatgctct gtcatcacag cctatgctat ctatttctga agctagcgat aaccagctac aatcagaaaa tatagatttt tcgggactaa atgtccctca ttatggatgg caaggacttt ggacttgggg ctgggcaaaa actcaagatc cagaaccagc atcttcagca acaatcactg atccacaaaa agccaataga tttcatagaa ccttactact aacatggctt cctgccgggt atgttcctag cccaaaacac agaagtcccc tcatagctaa caccttatgg gggaatatgc tgcttgcaac agaaagctta aaaaatagtg cagagctgac acctagtggt catcctttct ggggaattac aggaggagga ctaggcatga tggtttacca agatcctcga gaaaatcatc ctggattcca tatgcgctct tccggatact ctgcggggat gatagcaggg cagacacaca ccttctcatt gaaattcagt cagacctaca ccaaactcaa tgagcgttac gcaaaaaaca acgtatcttc taaaaattac tcatgccaag gagaaatgct cttctcattg caagaaggtt tcttgctgac taaattagtt gggctttaca gctatggaga ccataactgt caccatttct atactcaagg agaaaatcta acatctcaag ggacgttccg cagtcaaacg atgggaggtg ctgtcttttt tgatctccct atgaaaccct ttggatcaac gcatatactg acagctccct ttttaggtgc tcttggtatt tattctagcc tgtctcactt tactgaggtg ggagcctatc cgcgaagctt ttctacaaag actcctttga tcaatgtcct agtccctatt ggagttaaag gtagctttat gaatgctacc cacagacctc aagcctggac tgtagaattg gcataccaac ccgttctgta tagacaagaa ccagggatcg cgacccagct cctagccagt aaaggtattt ggtttggtag tggaagcccc tcatcgcgtc atgccatgtc ctataaaatc tcacagcaaa cacaaccttt gagttggtta actctccatt tccagtatca tggattctac
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3021
120
180
240
300
360
420
430
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
PL 209 107 B1
143 tcctcttcaa ccttctgtaa ttatctcaat ggggaaattg ctctgcgatt ctag 2934 <210> 184 <211> 2547 <212 > DNA <213> Chlamydia <400> 184 atggctagcc atcaccatca ccatcacggt gctatttctt gcttacgtgg agatgtagtc 60 atttctggaa acaagggtag agttgaattt aaagacaaca tagcaacacg tctttatgtg 120 gaagaaactg tagaaaaggt tgaagaggta gagccagctc ctgagcaaaa agacaataat 180 gagctttctt tcttagggag tgtagaacag agttttatta ctgcagctaa tcaagctctt 240 ttcgcatctg aagatgggga tttatcacct gagtcatcca tttcttctga agaacttgcg 300 aaaagaagag agtgtgctgg aggagctatt tttgcaaaac gggttcgtat tgtagataac 360 caagaggccg ttgtattctc gaataacttc tctgatattt atggcggcgc catttttaca 420 ggttctcttc gagaagagga taagttagat gggcaaatcc ctgaagtctt gatctcaggc 480 aatgcagggg atgttgtttt ttccggaaat tcctcgaagc gtgatgagca tcttcctcat 540 acaggtgggg gagccatttg tactcaaaat ttgacgattt ctcagaatac agggaatgtt 600 ctgttttata acaacgtggc ctgttcggga ggagctgttc gtatagagga tcatggtaat 660 gttcttttag aagcttttgg aggagatatt gtttttaaag gaaattcttc tttcagagca 720 caaggatccg atgctatcta ttttgcaggt aaagaatcgc atattacagc cctgaatgct 780 acggaaggac atgctattgt tttccacgac gcattagttt ttgaaaatct aaaagaaagg 840 aaatctgctg aagtattgtt aatcaatagt cgagaaaatc caggttacac tggatctatt 900 cgatttttag aagcagaaag taaagttcct caatgtattc atgtacaaca aggaagcctt 960 gagttgctaa atggagctac attatgtagt tatggtttta aacaagatgc tggagctaag 1020 ttggtattgg ctgctggatc taaactgaag attttagatt caggaactcc tgtacaaggg 1080 catgctatca gtaaacctga agcagaaatc gagtcatctt ctgaaccaga gggtgcacat 1140 tctctttgga ttgcgaagaa tgctcaaaca acagttccta tggttgatat ccatactatt 1200 tctgtagatt tagcctcctt ctcttctagt caacaggagg ggacagtaga agctcctcag 1260 gttattgttc ctggaggaag ttatgttcga tctggagagc ttaatttgga gttagttaac 1320 acaacaggta ctggttatga aaatcatgct ttgttgaaga atgaggctaa agttccattg 1380 atgtctttcg ttgcttctag tgatgaagct tcagccgaaa tcagtaactt gtcggtttct 1440 gatttacaga ttcatgtagc aactccagag attgaagaag acacatacgg ccatatggga 1500 gattggtctg aggctaaaat tcaagatgga actcttgtca ttaattggaa tcctactgga 1560 tatcgattag atcctcaaaa agcaggggct ttagtattta atgcattatg ggaagaaggg 1620 gctgtcttgt ctgctctgaa aaatgcacgc tttgctcata atctcactgc tcagcgtatg 1680 gaattcgatt attctacaaa tgtgtgggga ttcgcctttg gtggtttccg aactctatct 1740 gcagagaatc tggttgctat tgatggatac aaaggagctt atggtggtgc ttctgctgga 1800 gtcgatattc aattgatgga agattttgtt ctaggagtta gtggagctgc tttcctaggt 1860 aaaatggata gtcagaagtt tgatgcggag gtttctcgga agggagttgt tggttctgta 1920 tatacaggat ttttagctgg atcctggttc ttcaaaggac aatatagcct tggagaaaca 1980 cagaacgata tgaaaacgcg ttatggagta ctaggagagt cgagtgcttc ttggacatct 2040 cgaggagtac tggcagatgc tttagttgaa taccgaagtt tagttggtcc tgtgagacct 2100 actttttatg ctttgcattt caatccttat gtcgaagtat cttatgcttc tatgaaattc 2160 cctggcttta cagaacaagg aagagaagcg cgttcttttg aagacgcttc ccttaccaat 2220 atcaccattc ctttagggat gaagtttgaa ttggcgttca taaaaggaca gttttcagag 2280 gtgaactctt tgggaataag ttatgcatgg gaagcttatc gaaaagtaga aggaggcgcg 2340 gtgcagcttt tagaagctgg gtttgattgg gagggagctc caatggatct tcctagacag 2400 gagctgcgtg tcgctctgga aaataatacg gaatggagtt cttacttcag cacagtctta 2460 ggattaacag ctttttgtgg aggatttact tctacagata gtaaactagg atatgaggcg 2520 aatactggat tgcgattgat cttttaa 2547 <21O> 185 <211> 2337 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 185 atgcatcacc atcaccatca cgggttagct agttgcgtag atcttcatgc tggaggacag 60 tctgtaaatg agctggtata tgtaggccct caagcggttt tattgttaga ccaaattcga 120 gatctattcg ttgggtctaa agatagtcag gctgaaggac agtataggtt aattgtagga 180 gatccaagtt ctttccaaga gaaagatgca gatactcttc ccgggaaggt agagcaaagt 240 actttgttct cagtaaccaa tcccgtggtt ttccaaggtg tggaccaaca ggatcaagtc 300 tcttcccaag ggttaatttg tagttttacg agcagcaacc ttgattctcc ccgtgacgga 360 gaatcttttt taggtattgc ttttgttggg gatagtagta aggctggaat cacattaact 420 gacgtgaaag cttctttgtc tggagcggct ttatattcta cagaagatct tatctttgaa 480 aagattaagg gtggattgga atttgcatca tgttcttctc tagaacaggg gggagcttgt 540 gcagctcaaa gtattttgat tcatgattgt caaggattgc aggttaaaca ctgtactaca 600
144
PL 209 107 B1 gccgtgaatg tttgttacgg gttgcgaatt ggagcgattg atagagaacc aactgcgcag ttaggtggag acttgtgata atttctgaca gctattgcag ggaggtaagg gcttctgttt actttatgta ggtgaaaata aagacttttg gtggaaatta gctcttccaa tcaggatatt gcagtagtat tgttgtggag gtaagatttg aaaacagtgc ggaggaggag ctattcagag gtagtcattt tatgtggaag aataatgagc gctcttttcg cttgcgaaaa ctgaggggtc gttctctttc gtgatggggc ctgcctctgg gagctttgtc aactagtttt gggctatatc agaatgagtc acgaggggcc ctcaagaaat ctagtttcgg tagggactat cgacctcaga tttctctttc cttcgaatgg ccaataattc ctcaagagga ctgggggagg ttgagcaaaa gaggcgctgt gtaataatta agttagctgg ctcttcaagc ataatcgagg ctggaaacaa aaactgtaga tttctttctt catctgaaga gaagagagtg tagtgcgaat tggagagaaa tatatctttt gaaagtgctt tggaggagcg caaaggcaat ttctctaggc tgcttcgcaa agtggttttc tgtttctatt aggaggtatt tgatatttcg tttaggacaa tgagaatgct gaaaattctg cggaggaatt gtttccttta agcgatttta tcgtttgcag tcatgggatg cgcaatggga aaatggaagc ttctgaagga gagggtttat gggtagagtt aaaggttgaa agggagtgta tggggattta tgctggagga gatcatcttg agtctctata gaaggaaaca tttgtcgcta attgcagcct tgtgcaattg accgttcttt ggaggcgcca agagatagta cagaacaatc gcgtgtggat aagaatttag atggagtacc ggtgtgctca ggaggaggag tcttttacag ttcagcaaaa ggaagagaag tgcagcgaag gatagcactt caaggagtct gtcgattttt aattgtgagc gggggtgcta gaatttaaag gaggtagagc gaacagagtt tcacctgagt gctgactcga gatttggagg tgcctgcagg gcgcgaactt atgataaaaa cttctgatat gaacagagga tgcaagggaa tttttggcaa cagcttgctt aggctgggat ctttttcttc gcgcgatttc agggaggagg cctttaaaga cgattttagc gaaatgcgag aagaagggcg tagctattct aagaagcgac cgattgttgg caggaggagc ctcgaaatat tagttgataa tttcttgctt acaacatagc cagctcctga ttattactgc catccatttc gcagatccgg aggcgctttc agatatggta tgctaatgga gacttctttt tgcctttcaa taaaggttct tcacgggata aaattgtcag aggaggaggc ttccttcgag cgcaggcggt gttctctcgt agctctattt caacattgtg tactggtaag agctccacaa accactctct ccacaacgct attattaggt caactcttca tcttttatct tgctagtttg cggctatgtg acgtggagat aacacgtctt gcaaaaagac agctaatcaa ttctgaagaa ctgctaa
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2337 <210> 186 <211> 2847 <212> DNA <213 > Chlamydia <400> 186 atggctagca atattttctg gtcctcggag cgaactgtca ggaggagcta tctgcaacaa gctatcggag gctgacctcg ttagagtctg gcacctgtcg gaaggaagcg ttcacaggaa acctcaggag ggatctcaga cgaaacaatg gcgggagatg gcaatccgga attaataaat tcctctgaat tctcttgtat tcttctctcg ttggtcataa ggaaatatct ggaaccccat aataatgacg gctgcacaca acaccaacgg atcgatccta ttgttagtgc gatattgctc aatggaacga agagacaatc tgcatcacca gaaacaaagc gtgcggtcta ccttctccgg tctactctcc acaatgctaa ctacttctgc gatctgctat gctcctacta tttccattaa cgatttactt acttagtaac atgtaacaaa cggataacct aataccgtcc ttaaattaac cctctactaa ctgaggattc tacatgaaaa tgaagccaaa ttatgacacc ataacatgac ttactcctcc ctacagatag cctcgaatca catctcgtac ctacaactac atgggacctt tccctacaga ctcagaaagg tctcagcgct atttctatgc tcaccatcac tatcgataac tgctaaaaca gaatactgtc tactgtaacc taacgctaca tgtttctcta tgggttggtg ctttgaaaaa agcctatact tacaaaagaa cccaacgcta atatggtgct tcccctgaaa tacttcttct catgcaagct gaaaacaggt agaaactgta taaatcctat taccgagctt tggatctgtt cattgattta agaattgaga tgaaagtaac aggagaaagc aagaaacttt aacaagcaac cttccagaac ctcatcaaaa atatacagga ctggaaattt gaactcgatt gttaagattg accacagaag ttgtttaatc tcttctcaat attgctactc gatactcaga tcaggagggg ccagacacac aataaagctt gcgacattta gcatctattg agcacaacta gctatctttg ctcattgctt gataccggaa gcaaaaggga acacaggcaa aactctgcgt attccacaaa catgtcattt ctttcgaacc tccagcgtag atcatagaca cagaatagtg gcgaatggat gccgctgcag caagtaatcc cctgcattaa atgcaagctc acactcactc gactcttata ctgggatctc agaacttctc gctcctcttc tcgatagcgg ctacaacagg ctgtagtatt gaaaagacac ctcatttctt aaaatacaga taaaacgagc accaaaacag agtctttagg cagaaggcac gacaaatagc caggaggaaa cctctacttt aaacgatcag ctgcctacga ttacaggaac acgtagttct cttttgagca agactgttgc agaaaaatgg ctactacaag atgataccaa cgtcttctcc ctacagccac taggaggaga gatccgacca agaaaatagt tggatcctga gacaatgggc aaatgtcaat tggccaagga caaatctaac gagctctaga tcaggttgct ttctaaaaac ctttggagga agaaaacgtt aacagtgaaa tactatttac atctctagaa ctctgttctc accagccaca aagctcaaac tatttgtttc ctgtagtatt tttctttgat tactctcgat gattctgttc acacagtgga gaaagaaggc tgatggagct tattgctgaa tggaagcggt ggagcaaaat tgcagtagct acctacgaca aatcaaactc acaaatctcc actgacgggt tcaactacaa ttatgtacct ggtcacagtc
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
PL 209 107 B1
145 aaacaaggct tgctcaacga taaaatgaat ctagctcgct ttgatgaagt tagctataac 1980 aacctgtgga tatcaggact aggaacgatg ctatcgcaag taggaacacc tacttctgaa 2040 gaattcactt attacagcag aggagcttct gttgccttag atgctaaacc agcccatgat 2100 gtgattgttg gagctgcatt tagtaagatg atcgggaaaa caaaatcctt gaaaagagag 2160 aataactaca ctcacaaagg atccgaatat tcttaccaag catcggtata cggaggcaaa 2220 ccattccact ttgtaatcaa taaaaaaacg gaaaaatcgc taccgctatt gttacaagga 2280 gtcatctctt acggatatat caaacatgat acagtgactc actatccaac gatccgtgaa 2340 cgaaaccaag gagaatggga agacttagga tggctgacag ctctccgtgt ctcctctgtc 2400 ttaagaactc ctgcacaagg ggatactaaa cgtatcactg tttacggaga attggaatac 2460 tccagtatcc gtcagaaaca attcacagaa acagaatacg atcctcgtta cttcgacaac 2520 tgcacctata gaaacttagc aattcctatg gggttagcat tcgaaggaga gctctctggt 2580 aacgatattt tgatgtacaa cagattctct gtagcataca tgccatcaat ctatcgaaat 2640 tctccaacat gcaaatacca agtgctctct tcaggagaag gcggagaaat tatttgtgga 2700 gtaccgacaa gaaactcagc tcgcggagaa tacagcacgc agctgtaccc gggacctttg 2760 tggactctgt atggatccta cacgatagaa gcagacgcac atacactagc tcatatgatg 2820 aactgcggtg ctcgtatgac attctaa 2847 <210> 187 <211> 2466 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 187 atgcatcacc atcaccatca cgaggcgagc tcgatccaag atcaaataaa gaataccgac 60 tgcaatgtta gcaaagtagg atattcaact tctcaagcat ttactgatat gatgctagca 120 gacaacacag agtatcgagc tgctgatagt gtttcattct atgacttttc gacatcttcc 180 ggattaccta gaaaacatct tagtagtagt agtgaagctt ctccaacgac agaaggagtg 240 tcttcatctt catctggaga aaatactgag aattcacaag attcagctcc ctcttctgga 300 gaaactgata agaaaacaga agaagaacta gacaatggcg gaatcattta tgctagagag 360 aaactaacta tctcagaatc tcaggactct ctctctaatc caagcataga actccatgac 420 aatagttttt tcttcggaga aggtgaagtt atctttgatc acagagttgc cctcaaaaac 480 ggaggagcta tttatggaga gaaagaggta gtctttgaaa acataaaatc tctactagta 540 gaagtaaata tctcggtcga gaaagggggt agcgtctatg caaaagaacg agtatcttta 600 gaaaatgtta ccgaagcaac cttctcctcc aatggtgggg aacaaggtgg tggtggaatc 660 tattcagaac aagatatgtt aatcagtgat tgcaacaatg tacatttcca agggaatgct 720 gcaggagcaa cagcagtaaa acaatgtctg gatgaagaaa tgatcgtatt gctcacagaa 780 tgcgttgata gcttatccga agatacactg gatagcactc cagaaacgga acagactaag 840 tcaaatggaa atcaagatgg ttcgtctgaa acaaaagata cacaagtatc agaatcacca 900 gaatcaactc ctagccccga cgatgtttta ggtaaaggtg gtggtatcta tacagaaaaa 960 tctttgacca tcactggaat tacagggact atagattttg tcagtaacat agctaccgat 1020 tctggagcag gtgtattcac taaagaaaac ttgtcttgca ccaacacgaa tagcctacag 1080 tttttgaaaa actcggcagg tcaacatgga ggaggagcct acgttactca aaccatgtct 1140 gttactaata caactagtga aagtataact actccccctc tcgtaggaga agtgattttc 1200 tctgaaaata cagctaaagg gcacggtggt ggtatctgca ctaacaaact ttctttatct 1260 aatttaaaaa cggtgactct cactaaaaac tctgcaaagg agtctggagg agctattttt 1320 acagatctag cgtctatacc aacaacagat accccagagt cttctacccc ctcttcctcc 1380 tcgcctgcaa gcactcccga agtagttgct tctgctaaaa taaatcgatt ctttgcctct 1440 acggcagaac cggcagcccc ttctctaaca gaggctgagt ctgatcaaac ggatcaaaca 1500 gaaacttctg atactaatag cgatatagac gtgtcgattg agaacatttt gaatgtcgct 1560 atcaatcaaa acacttctgc gaaaaaagga ggggctattt acgggaaaaa agctaaactt 1620 tcccgtatta acaatcttga actttcaggg aattcatccc aggatgtagg aggaggtctc 1680 tgtttaactg aaagcgtaga atttgatgca attggatcgc tcttatccca ctataactct 1740 gctgctaaag aaggtggggt tattcattct aaaacggtta ctctatctaa cctcaagtct 1800 accttcactt ttgcagataa cactgttaaa gcaatagtag aaagcactcc tgaagctcca 1860 gaagagattc ctccagtaga aggagaagag tctacagcaa cagaaaatcc gaattctaat 1920 acagaaggaa gttcggctaa cactaacctt gaaggatctc aaggggatac tgctgataca 1980 gggactggtg ttgttaacaa tgagtctcaa gacacatcag atactggaaa cgctgaatct 2040 ggagaacaac tacaagattc tacacaatct aatgaagaaa atacccttcc caatagtagt 2100 attgatcaat ctaacgaaaa cacagacgaa tcatctgata gccacactga ggaaataact 2160 gacgagagtg tctcatcgtc ctctaaaagt ggatcatcta ctcctcaaga tggaggagca 2220 gcttcttcag gggctccctc aggagatcaa tctatctctg caaacgcttg tttagctaaa 2280 agctatgctg cgagtactga tagctcccct gtatctaatt cttcaggttc agacgttact 2340 gcatcttctg ataatccaga ctcttcctca tctggagata gcgctggaga ctctgaagga 2400 ccgactgagc cagaagctgg ttctacaaca gaaactccta ctttaatagg aggaggtgct 2460 atctga 2466 <210> 188 ' <211> 1578
146
PL 209 107 B1 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 188 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt cctagaggtt caccgctgcc tgtggggaat ccagctgaac caagtttatt actatgtggg aaggtgcttc aggagatcct tgcgatcctt gcgctacttg attagcatcc gcgcaggata ctacggagat tatgttttcg atcgtgtatt gtgaataaaa cttttagcgg catggctgca actcctacgc aggctatagg aatactaatc agccagaagc aaatggcaga ccgaacatcg cttacggaag gatgcagagt ggttttcaaa tgcagccttc ctagccttaa acatttggga attttctgca ccttaggggc atccaatgga tacttcaaag caagttcggc ttggttgggt taatagggtt ttcagctgca agctcaatct ctaccgatct cttcctaacg taggcattac ccaaggtgtt gtggaatttt atacagacac tggagcgtag gtgcacgtgg agctttatgg gaatgtggtt gtgcaacttt ttccaatacg ctcaatctaa tcctaagatt gagatgctca acgtcacttc caatttgtga ttcacaaacc aagaggctat aaaggagcta gctcgaattt ataacggctg gaacaacaga agctacagac accaaatcag ctacaattaa tggcaagtag gcctcgccct gtcttacaga ttgaatatgc ttgttccata aactggtcaa gagcaacttt tgatgctgat actatccgca ttgctcaacc tcggagattc ttaacattac tacatggaac ccaagcctta taggatcaac cccaataata gtggtaagga tgttctatct gatgtcttgc aaattgcttc aacaaaatga agtctagaaa agcttgtggt gtagctgttg gtgcaacgtt gacaaatggt caatcactgg tgaagcacgc ttaatcaatg aaagagctgc gcacaattcc gcttctaa <210> 189 <211> 866 <212> PRT <213> Chlamydia <220>
<22 1> WARIANT <222> 220, 242, 425, 448, 453, 455 <223> Xaa = Dowolny aminokwas <400> 189
Met Ala Ser His His His His His His Leu Phe Gly Gin Asp Pro Leu 15 10 15
Gly Glu Thr Ala Leu Leu Thr Lys Asn Pro Asn His Val Val Cys Thr 20 25 30
Phe Phe Glu Asp Cys Thr Met Glu Ser Leu Phe Pro Ala Leu Cys Ala 35 40 45
His Ala Ser Gin Asp Asp Pro Leu Tyr Val Leu Gly Asn Ser Tyr Cys 80 55 60
Trp Phe Val Ser Lys Leu His Ile Thr Asp Pro Lys Glu Ala Leu Phe 55 70 . 75 80
Lys Glu Lys Gly Asp Leu Ser Ile Gin Asn Phe Arg Phe Leu Ser Phe
90 95
Thr Asp Cys Ser Ser Lys Glu Ser Ser Pro Ser Ile Ile His Gin Lys
100 105 no
Asn Gly Gin Leu Ser Leu Arg Asn Asn Gly Ser Met Ser Phe Cys Arg _ 115 120 125
Asn His Ala Glu Gly Ser Gly Gly Ala Ile Ser Ala Asp Ala Phe Ser
130 135 140
Leu Gin His Asn Tyr Leu Phe Thr Ala Phe Glu Glu Asn Ser Ser Lys
150 155 160
Gly Asn Gly Gly Ala Ile Gin Ala Gin Thr Phe Ser Leu Ser Arg Asn
165 170 175
Val Ser Pro Ile Ser Phe Ala Arg Asn Arg Ala Asp Leu Asn Gly Gly
180 185 190
Ala Ile Cys Cys Ser Asn Leu Ile Cys Ser Gly Asn Val Asn Pro Leu ccagggtggg 60 caagcttccc 120 caacggcaac 180 catctccacc 240 gatggcggac 300 caagtcgggc 360 cccgctagta 420 aatcgatggc 480 gtgtgacgcc 540 aaaagttgat 600 taacgcaagt 660 gcatatgcaa 720 tcgcttcgac 780 tgcattcaac 840 tccaatgcaa 900 atcattttct 960 aggagctgag 1020 aagcccagca 1080 tcctttacct 1140 ataccatgaa 1200 tattggcgta 1260 taaattaaaa 1320 cactgctttg 1380 gattcagatc 1440 aatcgacgct 1500 tcacatgaat 1560
PL 209 107 B1
147
Phe Phe 195 Thr Gly Asn Ser Ala 200 Thr
Ser 210 Asp Leu Asn Thr Ser 215 Glu Lys
225 Gin Xaa Thr Leu Phe 230 Ala Ser Asn
Ile Tyr Ala Lys 245 His Met Val Leu
Ile Asn Asn 260 Ser Ala Lys Ile Gly
Gly Ser 275 Leu Ser Ile Leu Ala 280 Gly
Asn 290 Ser Gin Arg Thr Ser 295 Asp Gin
305 Leu Glu Lys Asp Ala 310 Ile Leu Ser
Ile Leu Phe Phe 325 Asp Pro Ile Val
Pro Leu Pro 340 Ser Ser Leu Gin Ala
Thr Ala 355 Ser Pro Leu Val Ile 360 Gin
Phe 370 Ser Ser Glu Arg Leu 375 Ser Glu
385 Thr Ser Gin Leu Gin 390 Gin Pro Ile
Leu Lys Asp Arg 405 Ala Val Leu Ser
Gin Ala Leu 420 Leu Ile Met Glu Ala
Asp Leu 435 Lys Leu Xaa Thr Xaa 440 Ser
Glu 450 Lys Ser Val Thr Ile 455 His Ala
465 Phe Leu Ser Asn Ser 470 Gly Asp Glu
Leu Ser Lys Glu 485 Gin Asn Asn Ile
Gin Ser His 500 Leu His Leu Pro Asp
Tyr Gin 515 Gly Asp Trp Thr Phe 520 Ser
Ser 530 Leu Ile Ala Asn Trp 535 Thr Pro
545 Arg Gin Ser Thr Leu 550 Val Ala Asn
Met Gin Ala Val 565 Gin Ser Met Ile
Tyr Leu Phe 580 Gly Thr Trp Gly Ser
His Asp 595 Ser Ser Gly Lys Pro 600 Ile
Gly 610 Tyr Leu Phe Gly Ile 615 Ser Thr
625 Cys Leu Ala Ala Gly 630 Gin Leu Leu
Thr Ser Thr Glu 645 Thr Thr Ser Tyr
Ala Thr Ser 660 Leu Met Lys Ile Ser
Ile His 675 Glu Leu Lys Thr Lys 680 Tyr
Gly 690 Ser Trp His Ser Val 695 Ala Val
705 Pro Ile Val Ser Asn 710 Gly Ser Gly
Ser Lys Leu Gin 725 Gly Phe Ser Gly
205
Asn Gly Gly Xaa 220 Ile Cys Cys Ile
Gly Ser Leu 235 Ser Leu Ala Cys Asn 240
Ser Ala 250 Lys Glu Lys Gly Gly 255 Ala
Arg 265 Tyr Asn Gly Pro Val 270 Ser Phe
Gly Ala Ile Ala Ile 285 Gin Ser Gly
Glu Gly Ser Val 300 Leu Phe Gin Asn
Gly Leu Val 315 Arg Asn Ala Ile Tyr 320
Ser Leu 330 Glu Ala Arg Asn Gly 335 Asp
Gin 345 Glu Ser Ser Ser Lys 350 Glu Ser
Ser Val Thr Ser Pro 365 Thr Pro Ala
Thr Ser Ala Asn 380 Arg Ser Val Ile
Glu Glu Lys 395 Thr Pro Asp Asn Leu 400
Glu Leu 410 Lys Ser Gly Arg Leu 415 Val
Xaa 425 Pro Ser Leu Ser Gin 430 Asp Pro
Gly Thr Ser Leu Lys 445 Thr Ser Xaa
Ile Pro Leu His 460 Ser Leu Asp Thr
Pro Asn Leu 475 Ser Ile Gin Lys Ile 480
Asn Phe 490 Tyr Glu Asn Val Glu 495 Leu
Pro 505 Leu Leu Thr Leu Pro 510 Lys Glu
Gly Asn Leu Ser Ser 525 His Phe Gly
Trp Lys Asp Ser 540 Asp Glu Gly His
Lys Asn Tyr 555 Val Pro His Pro Glu 560
Thr Leu 570 Trp Asn Thr Tyr Ser 575 Asp
Asn 585 Thr Thr Ala His Gly 590 Gly Ala
Ala Val Ser Asn Leu 605 Phe Tyr Val
Asp Asn Trp His 620 His Arg Ser Leu
His Ser Leu 635 Asp Asp His Ser Phe 640
Gly Lys 650 Ser Ser Asp Ser Phe 655 Ile
Ile 665 Ala Thr Val Gin Ala 670 Gin Leu
Ala Gin Ala Cys Tyr 685 Asn Glu Ser
Arg Ser Phe Ser 700 Lys Glu Gly Phe
Ser Gly Glu 715 Val Cys Ala Ser Ile 720
Leu Phe 730 Ser Ser Phe Ser Ile 735 Phe
Thr Gin Asp Gly Phe Glu Glu Ser
148
PL 209 107 B1
740
Ser Gly Glu 755 Ile Arg Ser Phe Ser 760
Leu Pro 770 Ile Gly Ile Thr Phe 775 Glu
Tyr 785 Tyr Tyr Phe Leu Gly 790 Ala Tyr
Glu Ser Gly Pro Val 805 Val Leu Leu
Pro Met Ala Asn 820 Leu Asp Ser Arg
Gin Arg Ala 835 Leu His Arg Leu Gin 840
Leu Arg Arg 850 Phe Gly Gin Ser His Ser 855 Tyr
745 750
Ala Ser Ser Phe Arg 765 Asn Ile Ser
Lys Lys Ser Gin 780 Lys Thr Arg Thr
Ile Gin Asp 795 Leu Lys Arg Asp Val 800
Lys Asn 810 Ala Val Ser Trp Asp 815 Ala
Ala 825 Tyr Met Phe Arg Leu 830 Thr Asn
Thr Leu Leu Asn Val 845 Ser Cys Val
Ser Leu Asp Leu 860 Gly Thr Thr Tyr
865 <210> 190 <211> 1006 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 190
Met 1 Ala Ser Met Thr 5 Gly Gly Gin
Val Pro His His 20 His His His His
Gly Glu Thr 35 Leu Thr Val Ser Phe 40
Ser Gly 50 Thr Thr Val Phe Ser 55 Ala
Asp 65 Asn Ser Ile Ala Ala 70 Leu Pro
Gly Ser Phe Thr Val 85 Leu Gly Arg
Ile Arg Thr Ser 100 Thr Asn Gly Ala
Gly Leu Phe 115 Thr Ile Glu Gly Phe 120
Asn Ser Leu Leu Ala Val Leu Pro
Gin Met 10 Gly Arg Asp Ser Ser 15 Leu
Met 25 Ile Pro Gin Gly Ile 30 Tyr Asp
Pro Tyr Thr Val Ile 45 Gly Asp Pro
Gly Glu Leu Thr 60 Leu Lys Asn Leu
Leu Ser Cys 75 Phe Gly Asn Leu Leu 80
Gly His Ser Leu Thr Phe Glu Asn
130 135
Gin Thr Pro Thr Thr Thr Ser Thr 145 150
Lys Thr Asp Leu Leu 165 Leu Leu Asn
Asn Leu Val Ser 180 Gly Asp Gly Gly
Val Gin Gly 195 Ile Ser Lys Leu Cys 200
Ala Asp 210 Gly Gly Ala Cys Gin 215 Val
Asn 225 Glu Ala Pro Ile Ala 230 Phe Val
Gly Gly Ile Ala Ala 245 Val Gin Asp
Thr Ser Thr Glu 260 Asp Pro Val Val
Glu Phe Asp 275 Gly Asn Val Ala Arg 280
Gly Asn 290 Val Ala Phe Leu Asn 295 Asn
Val 305 Ala Ser Pro Val Tyr 310 Ile Ala
Ala Ser Asn Thr Ser 325 Asn Asn Tyr
Lys Asn Gly Ala 340 Gin Ala Gly Ser
95
Ala Leu Ser Asn Ser Ala Ala Asp 105 no
Lys Glu Leu Ser Phe 125 Ser Asn Cys
Ala Ala Thr Thr 14 0 Asn Lys Gly Ser
Pro Ser Asn 155 Gly Thr Ile Tyr Ser 160
Asn Glu 170 Lys Phe Ser Phe Tyr 175 Ser
Ala 185 Ile Asp Ala Lys Ser 190 Leu Thr
Val Phe Gin Glu Asn 205 Thr Ala Gin
Val Thr Ser Phe 220 Ser Ala Met Ala
Ala Asn Val 235 Ala Gly Val Arg Gly 240
Gly Gin 250 Gin Gly Val Ser Ser 255 Ser
Ser 265 Phe Ser Arg Asn Thr 270 Ala Val
Val Gly Gly Gly Ile 285 Tyr Ser Tyr
Gly Lys Thr Leu 300 Phe Leu Asn Asn
Ala Lys Gin 315 Pro Thr Ser Gly Gin 320
Gly Asp 330 Gly Gly Ala Ile Phe 335 Cys
Asn 345 Asn Ser Gly Ser Val 350 Ser Phe
PL 209 107 B1
149
Asp Gly Glu 355 Gly Val Val Phe Phe 360
Gly Gly 370 Ala Ile Tyr Ala Lys 375 Lys
Val 385 Gin Phe Leu Arg Asn 390 Ile Ala
Gly Gin Ser Gly Glu 405 Leu Ser Leu
Phe Asp Gly Asn 420 Leu Lys Arg Thr
Asn Gly Val 435 Thr Val Ser Ser Gin 440
Lys Ile 450 Thr Thr Leu Arg Ala 455 Lys
Asp 465 Pro Ile Glu Met Ala 470 Asn Gly
Lys Leu Leu Lys Ile 485 Asn Asp Gly
Phe Ala Asn Gly 500 Ser Ser Thr Leu
Gly Arg Ile 515 Val Leu Arg Glu Lys 520
Ser Gin 530 Thr Gly Gly Ser Leu 535 Tyr
Phe 545 Val Thr Pro Gin Pro 550 Pro Gin
Ile Thr Leu Ser Asn 565 Leu His Leu
Asn Ala Val Thr 580 Asn Pro Pro Thr
Pro Ala Val 595 Ile Gly Ser Thr Thr 600
Pro Ile 610 Phe Phe Glu Asp Leu 615 Asp
Trp 625 Leu Gly Ser Asn Gin 630 Lys Ile
Thr Lys Pro Pro Ala 645 Asn Ala Pro
Met Pro Lys Tyr 660 Gly Tyr Gin Gly
Asn Thr Ala 675 Asn Asn Gly Pro Tyr 680
Thr Gly 690 Tyr Asn Pro Gly Pro 695 Glu
Ser 705 Leu Trp Gly Ser Ile 710 Leu Asp
Gin Ala Ser Val Asp 725 Gly Arg Ser
Gly Val Ser Asn 740 Phe Phe Tyr His
Tyr Arg Tyr 755 Ile Ser Gly Gly Tyr 760
Gly Ser 770 Ser Met Phe Gly Leu 775 Ala
Lys 785 Asp Tyr Val Val Cys 790 Arg Ser
Val Tyr Leu Ser Thr 805 Gin Gin Ala
Asp Ala Phe Ile 820 Arg Ala Ser Tyr
Thr Ser Tyr 835 Thr Phe Ala Glu Glu 840
Cys Leu 850 Ala Gly Glu Ile Gly 855 Ala
Ser 865 Lys Leu Tyr Leu Asn 870 Glu Leu
Ser Tyr Ala Asp His 885 Glu Ser Phe
Ser Ser Asn Val Ala 365 Ala Gly Lys
Leu Ser Val Ala 380 Asn Cys Gly Pro
Asn Asp Gly 395 Gly Ala Ile Tyr Leu 400
Ser Ala 410 Asp Tyr Gly Asp Ile 415 Ile
Ala 425 Lys Glu Asn Ala Ala 430 Asp Val
Ala Ile Ser Met Gly 445 Ser Gly Gly
Ala Gly His Gin 460 Ile Leu Phe Asn
Asn Asn Gin 475 Pro Ala Gin Ser Ser 480
Glu Gly 490 Tyr Thr Gly Asp Ile 495 Val
Tyr 505 Gin Asn Val Thr Ile 510 Glu Gin
Ala Lys Leu Ser Val 525 Asn Ser Leu
Met Glu Ala Gly 540 Ser Thr Leu Asp
Gin Pro Pro 555 Ala Ala Asn Gin Leu 560
Ser Leu 570 Ser Ser Leu Leu Ala 575 Asn
Asn 585 Pro Pro Ala Gin Asp 590 Ser His
Ala Gly Ser Val Thr 605 Ile Ser Gly
Asp Thr Ala Tyr 620 Asp Arg Tyr Asp
Asn Val Leu 635 Lys Leu Gin Leu Gly 640
Ser Asp 650 Leu Thr Leu Gly Asn 655 Glu
Ser 665 Trp Lys Leu Ala Trp 670 Asp Pro
Thr Leu Lys Ala Thr 685 Trp Thr Lys
Arg Val Ala Ser 700 Leu Val Pro Asn
Ile Arg Ser 715 Ala His Ser Ala Ile 720
Tyr Cys 730 Arg Gly Leu Trp Val 735 Ser
Asp 745 Arg Asp Ala Leu Gly 750 Gin Gly
Ser Leu Gly Ala Asn 765 Ser Tyr Phe
Phe Thr Glu Val 780 Phe Gly Arg Ser
Asn His His 795 Ala Cys Ile Gly Ser 800
Leu Cys 810 Gly Ser Tyr Leu Phe 815 Gly
Gly 825 Phe Gly Asn Gin His 830 Met Lys
Ser Asp Val Arg Trp 845 Asp Asn Asn
Gly Leu Pro Ile 860 Val Ile Thr Pro
Arg Pro Phe 875 Val Gin Ala Glu Phe 880
Thr Glu 890 Glu Gly Asp Gin Ala 895 Arg
150
PL 209 107 B1
Ala Phe Lys Ser 900 Gly
Lys Phe Asp 915 Arg Cys
Ala Ala 930 Tyr Ile Cys
Thr 945 Leu Leu Ser His
Ala Arg His Gly Val 965
Ser Asn Ile Glu 980 Val
Ser Arg Gly 995 Tyr Gly
His Leu Leu Asn 905 Leu Ser
Ser Ser Thr 920 His Pro Asn
Asp Ala 935 Tyr Arg Thr Ile
Gin 950 Glu Thr Trp Thr Thr 955
Val Val Arg Gly Ser 970 Met
Tyr Gly His Gly 985 Arg Tyr
Leu Ser Ala 100C Gly 1 Ser Lys
Val Pro Val 910 Gly Val
Lys Tyr 925 Ser Phe Met
Ser 94 0 Gly Thr Glu Thr
Asp Ala Phe His Leu 960
Tyr Ala Ser Leu 975 Thr
Glu Val Tyr Arg 1005 Arg 990 Phe Asp Ala
<210> 191 <211> 977 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 191
Met Ala Ser Met Thr
1 5
Val Pro Ser Ser Asp 20
Glu Val Pro 35 Ser Arg
Thr Lys Glu 50 Ser Leu
Asn Leu Thr Asn Cys
65
Leu Gin Lys Thr Pro 85
Leu Ser Phe Phe Asp 100
Leu Thr Pro 115 Glu Ser
Pro Thr Val 130 Glu Ile
Asn Thr Cys Cys Arg
145
Lys Ile Arg Glu Gly 165
His Asn His Asp Val 180
Gly Gly Ala 195 Ile Ser
Ser Cys Phe 210 Leu Phe
Gly Lys Gly Gly Ala
225
Asn Asn Cys Asp Leu 245
Ala Ile Phe Ser Pro 260
Val Phe Tyr 275 Asn Asn
Glu Ala Ser 290 Asp Gly
Thr Gly Asn Arg Gly
305
Tyr Gly Gly Ala Ile 325
Pro Thr Tyr Phe Ile 340
Tyr Ile Asp 355 Gly Thr
Ile Ile Phe Asn Glu
Tyr Leu Asp Asn Leu Arg 70 75
Asn Glu Gly Ala Ala Val
Gly Gly Gin Gin Met 10 Gly
Pro His His His 25 His His
Ile Phe Leu 40 Met Pro Asn
Ser Asn Lys Ile Ser Leu
Thr Gin Lys Glu Gly Ile 105
Gly Gly Ala 120 Ile Gly Tyr
Arg Asp 135 Thr Ile Gly Pro
Leu 150 Phe Thr Trp Arg Asn 155
Gly Ala Ile His Ala 170 Gin
Val Gly Phe Met Lys Asn
185
Arg Asp Ser Ser 15 Leu
His Gly Leu 30 Ala Arg
Ser Val 45 Pro Asp Pro
Thr 60 Gly Asp Thr His
Tyr Ile Leu Ala Ile 80
Thr Ile Thr Asp 95 Tyr
Tyr Phe Ala 110 Lys Asn
Ala Ser 125 Pro Asn Ser
Val Ile Phe Glu Asn
140
Pro Tyr Ala Ala Asp 160
Asn Leu Tyr Ile 175 Asn
Phe Ser Tyr 190 Val Gin
Val Ser Glu Asn Gin
Thr Ala Asn Thr Phe Val 200
Met Asp 215 Asn Ile Cys Ile
Ile 230 Tyr Ala Gly Thr Ser 235
Phe Phe Ile Asn Asn 250 Ala
Ile Cys Ser Leu 265 Thr Gly
Arg Cys Phe 280 Lys Asn Val
Gly Ala 295 Ile Lys Val Thr
Arg 310 Ile Phe Phe Ser Asp 315
Tyr Ala Pro Val Val 330 Thr
Asn Asn Ile Ala 345 Asn Asn
Ser Asn Ser 360 Lys Ile Ser
Asn Ile Val Thr Asn Val
205
Gin Thr Asn Thr Ala 220
Asn Ser Phe Glu Ser 240
Cys Cys Ala Gly 255 Gly
Asn Arg Gly 270 Asn Ile
Glu Thr 285 Ala Ser Ser
Thr 300 Arg Leu Asp Val
Asn Ile Thr Lys Asn 320
Leu Val Asp Asn 335 Gly
Lys Gly Gly 350 Ala Ile
Ala Asp 365 Arg His Ala
Thr Asn Ala Asn Gly
PL 209 107 B1
151
370 375 380
Thr Ser Thr 385 Ser Ala Asn Pro Pro Arg Arg Asn Ala Ile Thr Val Ala 400
390 395
Ser Ser Ser Gly Glu ile Leu Leu Gly Ala Gly Ser Ser Gin Asn Leu
405 410 415
Ile Phe Tyr Asp Pro He Glu Val Ser Asn Ala Gly Val Ser Val Ser
420 425 430
Phe Asn Lys Glu Ala Asp Gin Thr Gly Ser Val Val Phe Ser Gly Ala
435 440 445
Thr Val Asn Ser Ala Asp Phe His Gin Arg Asn Leu Gin Thr Lys Thr
450 455 460
Pro Ala Pro Leu Thr Leu Ser Asn Gly Phe Leu Cys ile Glu Asp His
465 470 475 480
Ala Gin Leu Thr Val Asn Arg Phe Thr Gin Thr Gly Gly Val Val Ser
485 490 495
Leu Gly Asn Gly Ala Val Leu Ser Cys Tyr Lys Asn Gly Thr Gly Asp
500 505 510
Ser Ala Ser Asn Ala Ser Ile Thr Leu Lys His Ile Gly Leu Asn Leu
515 520 525
Ser Ser Ile Leu Lys Ser Gly Ala Glu Ile Pro Leu Leu Trp Val Glu
530 535 540
Pro Thr Asn Asn Ser Asn Asn Tyr Thr Ala Asp Thr Ala Ala Thr Phe
545 550 555 560
Ser Leu Ser Asp Val Lys Leu Ser Leu Ile Asp Asp Tyr Gly Asn Ser
565 570 575
Pro Tyr Glu Ser Thr Asp Leu Thr His Ala Leu Ser Ser Gin Pro Met
580 585 590
Leu Ser Ile Ser Glu Ala Ser Asp Asn Gin Leu Gin Ser Glu Asn Ile
595 600 605
Asp Phe Ser Gly Leu Asn Val Pro His Tyr Gly Trp Gin Gly Leu Trp
610 615 62 0
Thr Trp Gly Trp Ala Lys Thr Gin Asp Pro Glu Pro Ala Ser Ser Ala
625 630 635 640
Thr Ile Thr Asp Pro Gin Lys Ala Asn Arg Phe His Arg Thr Leu Leu
645 650 655
Leu Thr Trp Leu Pro Ala Gly Tyr Val Pro Ser Pro Lys His Arg Ser
660 665 670
Pro Leu Ile Ala Asn Thr Leu Trp Gly Asn Met Leu Leu Ala Thr Glu
675 680 685
Ser Leu Lys Asn Ser Ala Glu Leu Thr Pro Ser Gly His Pro Phe Trp
690 695 700
Gly Ile Thr Gly Gly Gly Leu Gly Met Met Val Tyr Gin Asp Pro Arg
705 710 715 720
Glu Asn His Pro Gly Phe His Met Arg Ser Ser Gly Tyr Ser Ala Gly
725 730 735
Met Ile Ala Gly Gin Thr His Thr Phe Ser Leu Lys Phe Ser Gin Thr
740 745 750
Tyr Thr Lys Leu Asn Glu Arg Tyr Ala Lys Asn Asn Val Ser Ser Lys
755 760 765
Asn Tyr Ser Cys Gin Gly Glu Met Leu Phe Ser Leu Gin Glu Gly Phe
770 775 780
Leu Leu Thr Lys Leu Val Gly Leu Tyr Ser Tyr Gly Asp His Asn Cys
785 790 795 800
His His Phe Tyr Thr Gin Gly Glu Asn Leu Thr Ser Gin Gly Thr Phe
805 810 815
Arg Ser Gin Thr Met Gly Gly Ala Val Phe Phe Asp Leu Pro Met Lys
820 825 830
Pro Phe Gly Ser Thr His Ile Leu Thr Ala Pro Phe Leu Gly Ala Leu
835 840 845
Gly Ile Tyr Ser Ser Leu Ser His Phe Thr Glu Val Gly Ala Tyr Pro
850 855 860
Arg Ser Phe Ser Thr Lys Thr Pro Leu Ile Asn Val Leu Val Pro Ile
865 870 875 880
Gly Val Lys Gly Ser Phe Met Asn Ala Thr His Arg Pro Gin Ala Trp
885 890 895
Thr Val Glu Leu Ala Tyr Gin Pro Val Leu Tyr Arg Gin Glu Pro Gly
900 905 910
Ile Ala Thr Gin Leu Leu Ala Ser Lys Gly Ile Trp Phe Gly Ser Gly
152
PL 209 107 B1
915 920
Ser Pro 930 Ser Ser Arg His Ala 935 Met
Gin 945 Pro Leu Ser Trp Leu 950 Thr Leu
Ser Phe Ser Ser Thr Phe 965 Cys Asn Tyr
Ser Tyr Lys Ile 925 Ser Gin Gin Thr
His Phe Gin 940 Tyr His Gly Phe Tyr
Leu Asn 955 Gly Glu Ile Ala Leu 960 Arg
970 975
<210> 192 <211> 848 <212> PRT <213> Chlamydia
<400> 192 Met Ala Ser His His His His His
1 Gly Asp Val Val 5 Ile Ser Gly Asn
Asn Ile Ala 20 Thr Arg Leu Tyr Val
Glu Val 35 Glu Pro Ala Pro Glu 40 Gin
Leu 50 Gly Ser Val Glu Gin 55 Ser Phe
65 Phe Ala Ser Glu Asp 70 Gly Asp Leu
Glu Glu Leu Ala 85 Lys Arg Arg Glu
Lys Arg Val 100 Arg Ile Val Asp Asn
Asn Phe 115 Ser Asp Ile Tyr Gly 120 Gly
Glu 130 Glu Asp Lys Leu Asp 135 Gly Gin
145 Asn Ala Gly Asp Val 150 Val Phe Ser
His Leu Pro His 165 Thr Gly Gly Gly
Ile Ser Gin 180 Asn Thr Gly Asn Val
Ser Gly 195 Gly Ala Val Arg Ile 200 Glu
Ala 210 Phe Gly Gly Asp Ile 215 Val Phe
225 Gin Gly Ser Asp Ala 230 Ile Tyr Phe
Ala Leu Asn Ala 245 Thr Glu Gly His
Val Phe Glu 260 Asn Leu Lys Glu Arg
Asn Ser 275 Arg Glu Asn Pro Gly 280 Tyr
Ala 290 Glu Ser Lys Val Pro 295 Gin Cys
305 Glu Leu Leu Asn Gly 310 Ala Thr Leu
Ala Gly Ala Lys 325 Leu Val Leu Ala
Asp Ser Gly 340 Thr Pro Val Gin Gly
Glu Ile 355 Glu Ser Ser Ser Glu 360 Pro
Ala 370 Lys Asn Ala Gin Thr 375 Thr Val
385 Ser Val Asp Leu Ala 390 Ser Phe Ser
His Gly 10 Ala Ile Ser Cys Leu 15 Arg
Lys 25 Gly Arg Val Glu Phe 30 Lys Asp
Glu Glu Thr Val Glu 45 Lys Val Glu
Lys Asp Asn Asn Glu Leu Ser Phe
Ile Thr Ala Ala Asn Gin Ala Leu
405 ao
Ser Pro 90 Glu Ser Ser Ile Ser 95 Ser
Cys 105 Ala Gly Gly Ala Ile 110 Phe Ala
Gin Glu Ala Val Val 125 Phe Ser Asn
Ala Ile Phe Thr 140 Gly Ser Leu Arg
Ile Pro Glu 155 Val Leu Ile Ser Gly 160
Gly Asn 170 Ser Ser Lys Arg Asp 175 Glu
Ala 185 Ile Cys Thr Gin Asn 190 Leu Thr
Leu Phe Tyr Asn Asn 205 Val Ala Cys
Asp His Gly Asn 220 Val Leu Leu Glu
Lys Gly Asn 235 Ser Ser Phe Arg Ala 240
Ala Gly 250 Lys Glu Ser His Ile 255 Thr
Ala 265 Ile Val Phe His Asp 270 Ala Leu
Lys Ser Ala Glu Val 2B5 Leu Leu Ile
Thr Gly Ser Ile 300 Arg Phe Leu Glu
Ile His Val 315 Gin Gin Gly Ser Leu 320
Cys Ser 330 Tyr Gly Phe Lys Gin 335 Asp
Ala 345 Gly Ser Lys Leu Lys 350 Ile Leu
His Ala Ile Ser Lys 365 Pro Glu Ala
Glu Gly Ala His 380 Ser Leu Trp Ile
Pro Met Val 395 Asp Ile His Thr Ile 400
Ser Ser 410 Gin Gin Glu Gly Thr 415 Val
PL 209 107 B1
153
Glu Ala Pro Gin 420 Val Ile Val
Glu Leu Asn 435 Leu Glu Leu Val
His Ala 450 Leu Leu Lys Asn Glu 455
Ala 465 Ser Ser Asp Glu Ala 470 Ser
Asp Leu Gin Ile His 485 Val Ala
Gly His Met Gly 500 Asp Trp Ser
Val Ile Asn 515 Trp Asn Pro Thr
Gly Ala 530 Leu Val Phe Asn Ala 535
Ala 545 Leu Lys Asn Ala Arg 550 Phe
Glu Phe Asp Tyr Ser 565 Thr Asn
Arg Thr Leu Ser 580 Ala Glu Asn
Ala Tyr Gly 595 Gly Ala Ser Ala
Phe Val 610 Leu Gly Val Ser Gly 615
Gin 625 Lys Phe Asp Ala Glu 630 Val
Tyr Thr Gly Phe Leu 645 Ala Gly
Leu Gly Glu Thr 660 Gin Asn Asp
Glu Ser Ser 675 Ala Ser Trp Thr
Val Glu 690 Tyr Arg Ser Leu Val 695
Leu 705 His Phe Asn Pro Tyr 710 Val
Pro Gly Phe Thr Glu 725 Gin Gly
Ser Leu Thr Asn 740 Ile Thr Ile
Phe Ile Lys 755 Gly Gin Phe Ser
Ala Trp 770 Glu Ala Tyr Arg Lys 775
Glu 785 Ala Gly Phe Asp Trp 790 Glu
Glu Leu Arg Val Ala 805 Leu Glu
Ser Thr Val Leu 820 Gly Leu Thr
Asp Ser Lys Leu Gly Tyr Glu
935
Pro Gly 425 Gly Ser Tyr Val Arg 430 Ser
Asn 440 Thr Thr Gly Thr Gly 445 Tyr Glu
Ala Lys Val Pro Leu 460 Met Ser Phe
Ala Glu Ile Ser 475 Asn Leu Ser Val
Thr Pro Glu 490 Ile Glu Glu Asp Thr 495
Glu Ala 505 Lys Ile Gin Asp Gly 510 Thr
Gly 520 Tyr Arg Leu Asp Pro 525 Gin Lys
Leu Trp Glu Glu Gly 540 Ala Val Leu
Ala His Asn Leu 555 Thr Ala Gin Arg
Val Trp Gly 570 Phe Ala Phe Gly Gly 575
Leu Val 585 Ala Ile Asp Gly Tyr 590 Lys
Gly 600 Val Asp Ile Gin Leu 605 Met Glu
Ala Ala Phe Leu Gly 620 Lys Met Asp
Ser Arg Lys Gly 635 Val Val Gly Ser
Ser Trp Phe 650 Phe Lys Gly Gin Tyr 655
Met Lys 665 Thr Arg Tyr Gly Val 670 Leu
Ser 680 Arg Gly Val Leu Ala 685 Asp Ala
Gly Pro Val Arg Pro 700 Thr Phe Tyr
Glu Val Ser Tyr 715 Ala Ser Met Lys
Arg Glu Ala 730 Arg Ser Phe Glu Asp 735
Pro Leu 745 Gly Met Lys Phe Glu 750 Leu
Glu 760 Val Asn Ser Leu Gly 765 Ile Ser
Val Glu Gly Gly Ala 780 Val Gin Leu
Gly Ala Pro Met 795 Asp Leu Pro Arg
Asn Asn Thr 810 Glu Trp Ser Ser Tyr 815
Ala Phe Cys Gly Gly Phe Thr Ser
825 830
Ala Asn Thr Gly Leu Arg Leu Ile 840 845
Gly
Asn
Val
Ser
480
Tyr
Leu
Ala
Ser
Met
560
Phe
Gly
Asp
Ser
Val
640
Ser
Gly
Leu
Ala
Phe
720
Ala
Ala
Tyr
Leu
Gin
800
Phe
Thr
Phe <210> 193 <211> 778 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 193
Met 1 His His His His 5 His His
Ala Gly Gly Gin 20 Ser Val Asn
Val Leu Leu 35 Leu Asp Gin Ile
Ser Gin Ala Glu Gly Gin Tyr
Gly Leu Ala Ser Cys Val Asp Leu 15
10
Glu Leu Val Tyr Val Gly Pro Gin
25 30
Arg Asp Leu Phe Val Gly Ser Lys
40 45
Arg Leu Ile Val Gly Asp Pro Ser
His
Ala
Asp
Ser
154
PL 209 107 B1
Phe 50 Gin Glu Lys Asp Ala 55 Asp Thr
65 Thr Leu Phe Ser Val 70 Thr Asn Pro
Gin Asp Gin Val 85 Ser Ser Gin Gly
Asn Leu Asp 100 Ser Pro Arg Asp Gly
Val Gly 115 Asp Ser Ser Lys Ala 120 Gly
Ser 130 Leu Ser Gly Ala Ala 135 Leu Tyr
145 Lys Ile Lys Gly Gly 150 Leu Glu Phe
Gly Gly Ala Cys 165 Ala Ala Gin Ser
Leu Gin Val 180 Lys His Cys Thr Thr
Ala Asn 195 Asp His Leu Gly Phe 200 Gly
Ser 210 Leu Ser Gly Glu Lys 215 Ser Leu
225 Val Ala Asn Cys Asp 230 Gly Ala Ile
Phe Ala Asn Gly 245 Gly Ala Ile Ala
Ala Asn Asp 260 Lys Lys Thr Ser Phe
Gly Ala 275 Ile Ala Ala Ser Ser 280 Asp
Leu 290 Val Phe Lys Gly Asn 295 Cys Ala
305 Leu Gly Gly Gly Ala 310 Ile Ser Ser
Asn His Gly Ile 325 Thr Cys Asp Lys
Ala Ile Phe 340 Gly Lys Asn Cys Gin
Val Phe 355 Arg Asp Ser Thr Ala 360 Cys
Gin 370 Glu Ile Val Ser Ile 375 Gin Asn
385 Gly Gly Lys Ala Ser 390 Phe Gly Gly
Ser Ala Gly Gly 405 Ala Ser Val Leu
Leu Gly Ala 420 Ile Ser Phe Ser Arg
Gly Gin 435 Met Glu Tyr Gin Gly 440 Gly
Ser 450 Leu Ser Glu Asn Ala 455 Gly Val
465 Lys Thr Phe Ala Ser 470 Asn Gly Lys
Ala Thr Gly Lys 485 Val Glu Ile Thr
Thr Gly Asn 500 Ala Arg Ala Pro Gin
Pro Leu 515 Phe Ser Lys Lys Glu 520 Gly
Gly 530 Gly Gly Ala Ile Leu 535 Gly Arg
545 Ala Val Val Phe Glu 550 Gin Asn Arg
Thr Leu Leu Gly 565 Cys Cys Gly Gly
Thr Ser Ile 580 Val Gly Asn Ser Ser
Leu Pro Gly 75 Lys Val Glu Gin Ser 80
Val Val 90 Phe Gin Gly Val Asp 95 Gin
Leu 105 Ile Cys Ser Phe Thr 110 Ser Ser
Glu Ser Phe Leu Gly 125 Ile Ala Phe
Ile Thr Leu Thr 140 Asp Val Lys Ala
Ser Thr Glu 155 Asp Leu Ile Phe Glu 160
Ala Ser 170 Cys Ser Ser Leu Glu 175 Gin
Ile 185 Leu Ile His Asp Cys 190 Gin Gly
Ala Val Asn Ala Glu 205 Gly Ser Ser
Gly Gly Ala Phe 220 Phe Val Thr Gly
Tyr Met Pro 235 Ala Gly Asp Met Val 240
Ser Phe 250 Glu Gly Asn Ser Ala 255 Asn
Ala 265 Ser Gly Lys Val Leu 270 Phe Val
Ile Glu Asn Arg Ala 285 Leu Ser Gly
Ile Ala Phe Gin 300 Asn Cys Ala Glu
Ile Gly Thr 315 Glu Asp Lys Gly Ser 320
Leu Gly 330 Thr Val Leu Leu Gin 335 Gly
Asn 345 Glu Ser Ala Ser Gin 350 Gly Gly
Ile Ser Asp Asn Glu 365 Gly Pro Val
Leu Gly Gly Gly 380 Ala Ile Ala Ala
Asn Gin Ala 395 Gly Ile Ser Phe Glu 400
Gly Ile 410 Ala Cys Gly Ser Phe 415 Ser
Gly 425 Thr Ile Asp Ile Ser 430 Lys Asn
Thr Leu Cys Thr Thr 445 Ser Asp Leu
Gly Ala Leu Phe 460 Gly Glu Asn Ile
Leu Thr Phe 475 Lys Asp Asn Ile Val 480
Ile Leu 490 Gly Gly Gly Ala Ile 495 Leu
Asn 505 Asn Ser Gly Gly Ile 510 Ser Phe
Ala Leu Pro Thr Gin 525 Glu Glu Phe
Arg Pro Leu Ser 540 Ser Gly Tyr Ser
Glu Val Ala 555 Ile Leu His Asn Ala 560
Leu Gin 570 Cys Ser Glu Glu Glu 575 Ala
Gly 585 Ala Val His Gly Met 590 Asp Ser
Val Arg Phe Gly Asn Asn Tyr Ala
PL 209 107 B1
155
595 600 605
Met Gly Gin Gly Val Ser Gly Gly Ala Leu Leu Ser Lys Thr Val Gin
610 615 620
Leu Ala Gly Asn Gly Ser Val Asp Phe Ser Arg Asn Ile Ala Ser Leu
625 630 635 640
Gly Gly Gly Ala Leu Gin Ala Ser Glu Gly Asn Cys Glu Leu Val Asp
645 650 655
Asn Gly Tyr Val Leu Phe Arg Asp Asn Arg Gly Arg Val Tyr Gly Gly
660 665 670
Ala Ile Ser Cys Leu Arg Gly Asp Val Val Ile Ser Gly Asn Lys Gly
675 680 685
Arg Val Glu Phe Lys Asp Asn Ile Ala Thr Arg Leu Tyr Val Glu Glu
690 695 700
Thr Val Glu Lys Val Glu Glu Val Glu Pro Ala Pro Glu Gin Lys Asp
705 710 715 720
Asn Asn Glu Leu Ser Phe Leu Gly Ser Val Glu Gin Ser Phe Ile Thr
725 730 735
Ala Ala Asn Gin Ala Leu Phe Ala Ser Glu Asp Gly Asp Leu Ser Pro
74 0 745 750
Glu Ser Ser Ile Ser Ser Glu Glu Leu Ala Lys Arg Arg Glu Cys Ala
755 760 765
Gly Gly Ala Asp Ser Ser Arg Ser Gly Cys
770 775 <210> 194 <211> 948 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 194
Met 1 Ala Ser Met His 5 His His His His His 10 Val Lys Ile Glu Asn 15 Phe
Ser Gly Gin Gly 20 Ile Phe Ser Gly Asn 25 Lys Ala Ile Asp Asn 30 Thr Thr
Glu Gly Ser 35 Ser Ser Lys Ser Asn 40 Val Leu Gly Gly Ala 45 Val Tyr Ala
Lys Thr 50 Leu Phe Asn Leu Asp 55 Ser Gly Ser Ser Arg 60 Arg Thr Val Thr
Phe 65 Ser Gly Asn Thr Val 70 Ser Ser Gin Ser Thr 75 Thr Gly Gin Val Ala 80
Gly Gly Ala Ile Tyr 85 Ser Pro Thr Val Thr 90 ile Ala Thr Pro Val 95 Val
Phe Ser Lys Asn 100 Ser Ala Thr Asn Asn 105 Ala Asn Asn Ala Thr 110 Asp Thr
Gin Arg Lys 115 Asp Thr Phe Gly Gly 120 Ala Ile Gly Ala Thr 125 Ser Ala val
Ser Leu 130 Ser Gly Gly Ala His 135 Phe Leu Glu Asn val 140 Ala Asp Leu Gly
Ser 145 Ala Ile Gly Leu Val 150 Pro Asp Thr Gin Asn 155 Thr Glu Thr Val Lys 160
Leu Glu Ser Gly Ser 165 Tyr Tyr Phe Glu Lys 170 Asn Lys Ala Leu Lys 175 Arg
Ala Thr Ile Tyr 180 Ala Pro Val Val Ser 185 Ile Lys Ala Tyr Thr 190 Ala Thr
Phe Asn Gin 195 Asn Arg Ser Leu Glu 200 Glu Gly Ser Ala Ile 205 Tyr Phe Thr
Lys Glu 210 Ala Ser Ile Glu Ser 215 Leu Gly Ser Val Leu 220 Phe Thr Gly Asn
Leu 225 Val Thr Pro Thr Leu 230 Ser Thr Thr Thr Glu 235 Gly Thr Pro Ala Thr 240
Thr Ser Gly Asp Val 245 Thr Lys Tyr Gly Ala 250 Ala Ile Phe Gly Gin 255 Ile
Ala Ser Ser Asn 260 Gly Ser Gin Thr Asp 265 Asn Leu Pro Leu Lys 270 Leu Ile
Ala Ser Gly 275 Gly Asn Ile Cys Phe 280 Arg Asn Asn Glu Tyr 285 Arg Pro Thr
Ser Ser Asp Thr Gly Thr Ser Thr Phe Cys Ser Ile Ala Gly Asp Val
290 295 300
156
PL 209 107 B1
Lys 305 Leu Thr Met Gin Ala 310 Ala Lys
Ala Ile Arg Thr Ser 325 Thr Lys Lys
Asp Thr Leu Asp 340 Ile Asn Lys Ser
Ala Phe Thr 355 Gly Thr Ile Leu Phe 360
Ser Tyr 370 Ile Pro Gin Asn Val 375 Val
Lys 385 Pro Asn Thr Glu Leu 390 His Val
Ser Ser Leu Val Met 405 Thr Pro Gly
Ala Asp Gly Ala 420 Leu Val Ile Asn
Val Glu Lys 435 Asn Gly Ile Ala Glu 440
Leu Arg 450 Ile Ile Asp Thr Thr 455 Thr
Thr 465 Asp Ser Glu Ser Asn 470 Gin Asn
Asn Asn Asp Ala Ser 485 Asn Gin Gly
Pro Ala Val Ala 500 Ala Ala His Thr
Ala Ala Thr 515 Ala Thr Pro Thr Thr 520
Ser Asn 530 Gin Val Ile Leu Gly 535 Gly
Gly 545 Thr Phe Phe Gin Asn 550 Pro Ala
Leu Leu Val Leu Pro 565 Thr Asp Ser
Val Leu Thr Gly 580 Asp Ile Ala Pro
Thr Leu Asp 595 Pro Asp Gin Leu Gin 600
Lys Phe 610 Asp Ser Tyr Arg Gin 615 Trp
Phe 625 Tyr Ala Asn Ser Ile 630 Leu Gly
Lys Gin Gly Leu Leu 645 Asn Asp Lys
Val Ser Tyr Asn 660 Asn Leu Trp Ile
Gin Val Gly 675 Thr Pro Thr Ser Glu 680
Ala Ser 690 Val Ala Leu Asp Ala 695 Lys
Ala 705 Ala Phe Ser Lys Met 710 Ile Gly
Asn Asn Tyr Thr His 725 Lys Gly Ser
Tyr Gly Gly Lys 740 Pro Phe His Phe
Ser Leu Pro 755 Leu Leu Leu Gin Gly 760
His Asp 770 Thr Val Thr His Tyr 775 Pro
Glu 785 Trp Glu Asp Leu Gly 790 Trp Leu
Leu Arg Thr Pro Ala 805 Gin Gly Asp
Glu Leu Glu Tyr 820 Ser Ser Ile Arg
Tyr Asp Pro Arg Tyr Phe Asp Asn
835 840
Gly Lys Thr 315 Ile Ser Phe Phe Asp 320
Thr Gly 330 Thr Gin Ala Thr Ala 335 Tyr
Glu 345 Asp Ser Glu Thr Val 350 Asn Ser
Ser Ser Glu Leu His 365 Glu Asn Lys
Leu His Ser Gly 380 Ser Leu Val Leu
Ile Ser Phe 395 Glu Gin Lys Glu Gly 400
Ser Val 410 Leu Ser Asn Gin Thr 415 Val
Asn 425 Met Thr Ile Asp Leu 430 Ser Ser
Gly Asn Ile Phe Thr 445 Pro Pro Glu
Ser Gly Ser Gly 460 Gly Thr Pro Ser
Ser Asp Asp 475 Thr Lys Glu Gin Asn 480
Glu Ser 490 Ala Asn Gly Ser Ser 495 Ser
Ser 505 Arg Thr Arg Asn Phe 510 Ala Ala
Thr Pro Thr Ala Thr 525 Thr Thr Thr
Glu Ile Lys Leu 540 Ile Asp Pro Asn
Leu Arg Ser 555 Asp Gin Gin Ile Ser 560
Ser Lys Met Gin Ala Gin Lys Ile
570 575
Gin Lys Gly Tyr Thr Gly Thr Leu 585 590
Asn Gly Thr Ile Ser 605 Ala Leu Trp
Ala Tyr Val Pro 620 Arg Asp Asn His
Ser Gin Met 635 Ser Met Val Thr Val 640
Met Asn 650 Leu Ala Arg Phe Asp 655 Glu
Ser 665 Gly Leu Gly Thr Met 670 Leu Ser
Glu Phe Thr Tyr Tyr 685 Ser Arg Gly
Pro Ala His Asp 700 Val Ile Val Gly
Lys Thr Lys 715 Ser Leu Lys Arg Glu 720
Glu Tyr 730 Ser Tyr Gin Ala Ser 735 Val
Val 745 Ile Asn Lys Lys Thr 750 Glu Lys
Val Ile Ser Tyr Gly 765 Tyr Ile Lys
Thr Ile Arg Glu 780 Arg Asn Gin Gly
Thr Ala Leu 795 Arg Val Ser Ser Val 800
Thr Lys 810 Arg Ile Thr Val Tyr 815 Gly
Gin 825 Lys Gin Phe Thr Glu 830 Thr Glu
Cys Thr Tyr Arg Asn 845 Leu Ala Ile
PL 209 107 B1
157
Pro Met 850 Gly Leu Ala Phe Glu 855 Gly Glu Leu Ser Gly 860 Asn Asp Ile Leu
Met Tyr Asn Arg Phe Ser Val Ala Tyr Met Pro Ser Ile Tyr Arg Asn
865 870 875 880
Ser Pro Thr cys Lys Tyr Gin Val Leu Ser Ser Gly Glu Gly Gly Glu
885 890 895
Ile Ile Cys Gly Val Pro Thr Arg Asn Ser Ala Arg Gly Glu Tyr Ser
900 905 910
Thr Gin Leu Tyr Pro Gly Pro Leu Trp Thr Leu Tyr Gly Ser Tyr Thr
915 920 925
Ile Glu Ala Asp Ala His Thr Leu Ala His Met Met Asn Cys Gly Ala
930 935 940
Arg Met Thr Phe
945 <210> 195 <211> 821 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 195
Met His His His His His His Glu Ala Ser Ser Ile Gin Asp Gin Ile
1 5 10 15
Lys Asn Thr Asp Cys Asn Val Ser Lys Val Gly Tyr Ser Thr Ser Gin
20 25 30
Ala Phe Thr Asp Met Met Leu Ala Asp Asn Thr Glu Tyr Arg Ala Ala
35 40 45
Asp Ser Val Ser Phe Tyr Asp Phe Ser Thr Ser Ser Gly Leu Pro Arg
50 55 60
Lys His Leu Ser Ser Ser Ser Glu Ala Ser Pro Thr Thr Glu Gly Val
65 70 75 80
Ser Ser Ser Ser Ser Gly Glu Asn Thr Glu Asn Ser Gin Asp Ser Ala
85 90 95
Pro Ser Ser Gly Glu Thr Asp Lys Lys Thr Glu Glu Glu Leu Asp Asn
100 105 110
Gly Gly Ile Ile Tyr Ala Arg Glu Lys Leu Thr Ile Ser Glu Ser Gin
115 120 125
Asp Ser Leu Ser Asn Pro Ser Ile Glu Leu His Asp Asn Ser Phe Phe
130 135 140
Phe Gly Glu Gly Glu Val Ile Phe Asp His Arg Val Ala Leu Lys Asn
145 150 155 160
Gly Gly Ala Ile Tyr Gly Glu Lys Glu Val Val Phe Glu Asn Ile Lys
165 170 175
Ser Leu Leu Val Glu Val Asn Ile Ser val Glu Lys Gly Gly Ser Val
180 185 190
Tyr Ala Lys Glu Arg Val Ser Leu Glu Asn Val Thr Glu Ala Thr Phe
195 200 205
Ser Ser Asn Gly Gly Glu Gin Gly Gly Gly Gly Ile Tyr Ser Glu Gin
210 215 220
Asp Met Leu Ile Ser Asp Cys Asn Asn Val His Phe Gin Gly Asn Ala
225 230 235 240
Ala Gly Ala Thr Ala Val Lys Gin Cys Leu Asp Glu Glu Met Ile Val
245 250 255
Leu Leu Thr Glu Cys Val Asp Ser Leu Ser Glu Asp Thr Leu Asp Ser
260 265 270
Thr Pro Glu Thr Glu Gin Thr Lys Ser Asn Gly Asn Gin Asp Gly Ser
275 280 285
Ser Glu Thr Lys Asp Thr Gin Val Ser Glu Ser Pro Glu Ser Thr Pro
290 295 300
Ser Pro Asp Asp Val Leu Gly Lys Gly Gly Gly Ile Tyr Thr Glu Lys
305 310 315 320
Ser Leu Thr Ile Thr Gly Ile Thr Gly Thr Ile Asp Phe Val Ser Asn
325 330 335
Ile Ala Thr Asp Ser Gly Ala Gly Val Phe Thr Lys Glu Asn Leu Ser
340 345 350
Cys Thr Asn Thr Asn Ser Leu Gin Phe Leu Lys Asn Ser Ala Gly Gin
355 360 365
His Gly Gly Gly Ala Tyr val Thr Gin Thr Met Ser Val Thr Asn Thr
158
PL 209 107 B1
370 375 380
Thr Ser Glu Ser Ile Thr Thr Pro Pro Leu Val Gly Glu Val Ile Phe
385 390 395 400
Ser Glu Asn Thr Ala Lys Gly His Gly Gly Gly Ile Cys Thr Asn Lys
405 410 415
Leu Ser Leu Ser Asn Leu Lys Thr Val Thr Leu Thr Lys Asn Ser Ala
420 425 430
Lys Glu Ser Gly Gly Ala Ile Phe Thr Asp Leu Ala Ser Ile Pro Thr
435 440 445
Thr Asp Thr Pro Glu Ser Ser Thr Pro Ser ser Ser Ser Pro Ala Ser
450 455 460
Thr Pro Glu Val Val Ala Ser Ala Lys Ile Asn Arg Phe Phe Ala Ser
465 470 475 480
Thr Ala Glu Pro Ala Ala Pro Ser Leu Thr Glu Ala Glu Ser Asp Gin
485 490 495
Thr Asp Gin Thr Glu Thr Ser Asp Thr Asn Ser Asp Ile Asp Val Ser
500 505 510
Ile Glu Asn Ile Leu Asn Val Ala Ile Asn Gin Asn Thr Ser Ala Lys
515 520 525
Lys Gly Gly Ala Ile Tyr Gly Lys Lys Ala Lys Leu Ser Arg Ile Asn
530 535 540
Asn Leu Glu Leu Ser Gly Asn Ser Ser Gin Asp Val Gly Gly Gly Leu
545 550 555 560
Cys Leu Thr Glu Ser Val Glu Phe Asp Ala Ile Gly Ser Leu Leu Ser
565 570 575
His Tyr Asn Ser Ala Ala Lys Glu Gly Gly Val Ile His Ser Lys Thr
580 585 590
Val Thr Leu Ser Asn Leu Lys Ser Thr Phe Thr Phe Ala Asp Asn Thr
595 600 605
Val Lys Ala Ile Val Glu Ser Thr Pro Glu Ala Pro Glu Glu Ile Pro
610 615 620
Pro Val Glu Gly Glu Glu Ser Thr Ala Thr Glu Asn Pro Asn Ser Asn
625 630 635 640
Thr Glu Gly Ser Ser Ala Asn Thr Asn Leu Glu Gly Ser Gin Gly Asp
645 650 655
Thr Ala Asp Thr Gly Thr Gly Val Val Asn Asn Glu Ser Gin Asp Thr
660 665 670
Ser Asp Thr Gly Asn Ala Glu Ser Gly Glu Gin Leu Gin Asp Ser Thr
675 680 685
Gin Ser Asn Glu Glu Asn Thr Leu Pro Asn Ser Ser Ile Asp Gin Ser
690 695 700
Asn Glu Asn Thr Asp Glu Ser Ser Asp Ser His Thr Glu Glu Ile Thr
705 710 715 720
Asp Glu Ser Val Ser Ser Ser Ser Lys Ser Gly Ser Ser Thr Pro Gin
725 730 735
Asp Gly Gly Ala Ala Ser Ser Gly Ala Pro Ser Gly Asp Gin Ser Ile
740 745 750
Ser Ala Asn Ala Cys Leu Ala Lys Ser Tyr Ala Ala Ser Thr Asp Ser
755 760 765
Ser Pro Val Ser Asn Ser Ser Gly Ser Asp Val Thr Ala Ser Ser Asp
770 775 780
Asn Pro Asp Ser Ser Ser Ser Gly Asp Ser Ala Gly Asp Ser Glu Gly
785 790 795 800
Pro Thr Glu Pro Glu Ala Gly Ser Thr Thr Glu Thr Pro Thr Leu Ile
805 810 815
Gly Gly Gly Ala Ile
820 <210> 196 <211> 525 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 196
Met 1 His His His His 5 His His Thr Ala Ala 10 Ser Asp Asn Phe Gin 15 Leu
Ser Gin Gly Gly 20 Gin Gly Phe Ala Ile 25 Pro Ile Gly Gin Ala 30 Met Ala
PL 209 107 B1
159
Ile Ala Gly 35 Gin Ile Lys Leu Pro Thr Val 40 His Ile Gly Pro 45 Thr Ala
Phe Leu Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg Val
50 55 60
Gin Arg Val val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile Ser Thr
65 70 75 80
Gly Asp Val Ile Thr Ala Val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser Ala Thr
85 90 95
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Val Ile Ser
100 105 110
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Val Thr
115 120 125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Pro Leu Val Pro Arg Gly Ser
130 135 140
Pro Leu Pro Val Gly Asn Pro Ala Glu Pro Ser Leu Leu Ile Asp Gly
145 150 155 160
Thr Met Trp Glu Gly Ala Ser Gly Asp Pro Cys Asp Pro Cys Ala Thr
165 170 175
Trp Cys Asp Ala Ile Ser Ile Arg Ala Gly Tyr Tyr Gly Asp Tyr Val
180 185 190
Phe Asp Arg Val Leu Lys Val Asp Val Asn Lys Thr Phe Ser Gly Met
195 200 205
Ala Ala Thr Pro Thr Gin Ala Ile Gly Asn Ala Ser Asn Thr Asn Gin
210 215 220
Pro Glu Ala Asn Gly Arg Pro Asn Ile Ala Tyr Gly Arg His Met Gin
225 230 235 240
Asp Ala Glu Trp Phe Ser Asn Ala Ala Phe Leu Ala Leu Asn Ile Trp
245 250 255
Asp Arg Phe Asp Ile Phe Cys Thr Leu Gly Ala Ser Asn Gly Tyr Phe
260 265 270
Lys Ala Ser Ser Ala Ala Phe Asn Leu Val Gly Leu Ile Gly Phe Ser
275 280 285
Ala Ala Ser Ser Ile Ser Thr Asp Leu Pro Met Gin Leu Pro Asn Val
2 90 295 300
Gly Ile Thr Gin Gly Val Val Glu Phe Tyr Thr Asp Thr Ser Phe Ser
305 310 315 320
Trp Ser Vał Gly Ala Arg Gly Ala Leu Trp Glu Cys Gly Cys Ala Thr
325 330 335
Leu Gly Ala Glu Phe Gin Tyr Ala Gin Ser Asn Pro Lys Ile Glu Met
340 345 350
Leu Asn Val Thr Ser Ser Pro Alą Gin Phe Val Ile His Lys Pro Arg
355 360 365
Gly Tyr Lys Gly Ala Ser Ser Asn Phe Pro Leu Pro Ile Thr Ala Gly
370 375 380
Thr Thr Glu Ala Thr Asp Thr Lys Ser Ala Thr ile Lys Tyr His Glu
385 390 395 400
Trp Gin Val Gly Leu Ala Leu Ser Tyr Arg Leu Asn Met Leu val Pro
405 410 415
Tyr Ile Gly Val Asn Trp Ser Arg Ala Thr Phe Asp Ala Asp Thr Ile
420 425 430
Arg Ile Ala Gin Pro Lys Leu Lys Ser Glu Ile Leu Asn Ile Thr Thr
435 440 445
Trp Asn Pro Ser Leu Ile Gly Ser Thr Thr Ala Leu Pro Asn Asn Ser
450 455 460
Gly Lys Asp Val Leu Ser Asp Val Leu Gin Ile Ala Ser Ile Gin Ile
465 470 475 480
Asn Lys Met Lys Ser Arg Lys Ala cys Gly Val Ala Val Gly Ala Thr
485 490 495
Leu Ile Asp Ala Asp Lys Trp Ser Ile Thr Gly Glu Ala Arg Leu Ile
500 505 510
Asn Glu Arg Ala Ala His Met Asn Ala Gin Phe Arg Phe
515 520 525
<210> 197 <211> 43 <212> DNA <213> Chlamydia
160
PL 209 107 B1 <400> 197 gataggcgcg ccgcaatcat gaaatttatg tcagctactg ctg <210> 198 <211> 34 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 198 cagaacgcgt ttagaatgtc atacgagcac cgca <210> 199 <211> 6 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 199 gcaatc <210> 200 <211> 34 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 200 tgcaatcatg agttcgcaga aagatataaa aagc <210> 201 <211> 38 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 201 cagagctagc ttaaaagatc aatcgcaatc cagtattc <210> 202 <211> 5 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 202 caatc <210> 203 <211> 31 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 203 tgcaatcatg aaaaaagcgt ttttcttttt c <210> 204 <211> 31 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 204 cagaacgcgt ctagaatcgc agagcaattt c <210> 205 <211> 30 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 205 gtgcaatcat gattcctcaa ggaatttacg <210> 206
PL 209 107 B1
161 <211> 31 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 206 cagaacgcgt ttagaaccgg actttacttc c <210> 207 <211> 50 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 207 cagacatatg catcaccatc accatcacga ggcgagctcg atccaagatc <210> 208 <211> 40 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 208 cagaggtacc tcagatagca ctctctccta ttaaagtagg <210> 209 <211> 55 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 209 cagagctagc atgcatcacc atcaccatca cgttaagatt gagaacttct ctggc <210> 210 <211> 35 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 210 cagaggtacc ttagaatgtc atacgagcac cgcag <210> 211 <211> 36 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 211 cagacatatg catcaccatc accatcacgg gttagc <210> 212 <211> 35 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 212 cagaggtacc tcagctcctc cagcacactc tcttc <210> 213 <211> 51 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 213 cagagctagc catcaccatc accatcacgg tgctatttct tgcttacgtg g <210> 214 <211> 38 <212> DNA <213> Chlamydia
162
PL 209 107 B1 <400> 214 cagaggtact taaaagatca atcgcaatcc agtattcg <210> 215 <211> 48 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 215 cagaggatcc acatcaccat caccatcacg gactagctag agaggttc <210> 216 <211> 31 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 216 cagagaattc ctagaatcgc agagcaattt c <210> 217 <211> 7 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 217 tgcaatc <210> 218 <211> 22 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 218
Met Ala Ser Met Thr Gly Gly Gin Gin Met Gly Arg Asp Ser Ser Leu 15 10 15
Val Pro Ser Ser Asp Pro 20 <210> 219 <211> 51 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 219 cagaggtacc gcatcaccat caccatcaca tgattcctca aggaatttac g <210> 220 <211> 33 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 220 cagagcggcc gcttagaacc ggactttact tcc <210> 221 <211> 24 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 221
Met Ala Ser Met Thr Gly Gly Gin Gin Asn Gly Arg Asp Ser Ser Leu 1 5 10 15
Val Pro His His His His His His 20 <210> 222 <211> 46 <212> DNA
PL 209 107 B1
163 <213> Chlamydia <400> 222 cagagctagc catcaccatc accatcacct ctttggccag gatccc <210> 223 <211> 30 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 223 cagaactagt ctagaacctg taagtggtcc <210> 224 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 224
Met Ser Gin Lys Asn Lys Asn Ser Ala Phe Met His Pro Val Asn Ile 15 10 15
Ser Thr Asp Leu 20 <210> 225 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 225
Lys Asn Ser Ala Phe Met His Pro Val Asn Ile Ser Thr Asp Leu Ala 15 10 15
Val Ile Val Gly 20 <210> 226 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 226
His Pro Val Asn Ile Ser Thr Asp Leu Ala Val Ile Val Gly Lys Gly 15 10 15
Pro Met Pro Arg 20
<210> <211> <212> <213> 227 20 PRT Sekwencja sztuczna
<220>
<223> Wykonano w laboratorium
<400> 227
Ser Thr Asp Leu Ala Val Ile Val
1 5
Glu Ile Val Lys
20
164
PL 209 107 B1 <210> 228 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 228
Val Ile Val Gly Lys Gly Pro Met 1 5 Val Trp Glu Tyr 20 <210> 229 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220> <223> Wykonano w laboratorium <400> 229 Pro Arg 10 Thr Glu Ile Val Lys 15 Lys
Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu Ile 1 5 Lys Lys His Asn 20 <210> 230 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220> <223> Wykonano w laboratorium <400> 230 Val Lys 10 Lys Val Trp Glu Tyr 15 Ile
Ile Lys Lys His Asn Cys Gin Asp 1 5 Pro Asp Ala Asn 20 <210> 231 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220> <223> Wykonano w laboratorium <400> 231 Gin Lys 10 Asn Lys Arg Asn Ile 15 Leu
Asn Cys Gin Asp Gin Lys Asn Lys 1 5 Leu Ala Lys Val . 20 <210> 232 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220> <223> Wykonano w laboratorium <400> 232 Arg Asn 10 Ile Leu Pro Asp Ala 15 Asn
Lys Asn Lys Arg Asn Ile Leu Pro 1 5 Asp Ala 10 Asn Leu Ala Lys Val 15 Phe
PL 209 107 B1
165
Gly Ser Ser Asp 20 <210> 233 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 233
Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly Ser Ser Asp Pro 15 10 15 Ile Asp Met Phe <210> 234 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 234
Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly Ser Ser Asp Pro Ile Asp Met Phe Gin 15 10 15
Met Thr Lys Ala 20 <210> 235 <211> 22 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 235
Phe Gly Ser Ser Asp Pro Ile Asp Met Phe Gin Met Thr Lys Ala Leu 1 5 io 15
Ser Lys His Ile Val Lys 20 <210> 236 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 236
Val Glu Ile Thr Gin Ala Val Pro Lys Tyr Ala Thr Val Gly Ser Pro 15 10 15
Tyr Pro Val Glu 20
<210> 237
<211> 20
<212> PRT
<213> Sekwencja sztuczna
<220>
<223> Wykonano w laboratorium
<400> 237
166
PL 209 107 B1
Ala Val Pro Lys Tyr Ala Thr Val Gly Ser Pro Tyr Pro Val Glu Ile 15 10 15
Thr Ala Thr Gly <210> 238 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 238
Ala Thr Val Gly Ser Pro Tyr Pro Val Glu Ile Thr Ala Thr Gly Lys 15 10 15 Arg Asp Cys Val <210> 239 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 239
Pro Tyr Pro Val Glu Ile Thr Ala Thr Gly Lys Arg Asp Cys Val Asp 15 10 15
Val Ile Ile Thr <210> 240 <211> 21 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 240
Ile Thr Ala Thr Gly Lys Arg Asp Cys Val Asp Val Ile Ile Thr Gin 15 10 15
Gin Leu Pro Cys Glu 20 <210> 241 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 241
Lys Arg Asp Cys Val Asp Val Ile Ile Thr Gin Gin Leu Pro Cys Glu 15 10 15
Ala Glu Phe Val 20
<210> <211> <212> <213> 242 20 PRT Sekwencja sztuczna
<220>
<223> Wykonano w laboratorium
PL 209 107 B1
167
<400> 242 Asp Val Ile 1 Ser Asp Pro Ile Ala 20
<210> 243
<211> 20
<212> PRT
<213> Sekwencj a
<220>
<223> Wykonano '
<400> 243
Thr Gin Gin Leu
1
Thr Thr Pro Thr
20
<210> 244
<211> 20
<212> PRT
<213> Sekwencj a
<220>
<223> Wykonano i
<400> 244
Cys Glu Ala Glu
1
Asp Gly Lys Leu
20
<210> 245
<211> 20
<212> PRT
<213> Sekwencj a
<220>
<223> Wykonano i
<400> 245
Val Arg Ser Asp
1
Trp Lys Ile Asp
20
Thr Gin Gin Leu Pro Cys Glu Ala Glu Phe Val Arg sztuczna w laboratorium
Pro Cys Glu Ala Glu Phe Val Arg Ser Asp Pro Ala sztuczna w laboratorium
Phe Val Arg Ser Asp Pro Ala Thr Thr Pro Thr Ala sztuczna w laboratorium
<210> 246
<211> 20
<212> PRT
<213> Sekwencja
<220>
<223> Wykonano i
<400> 246
Ala Thr Thr Pro
1
Leu Gly Gin Gly
20
sztuczna w laboratorium
Pro Ala Thr Thr Pro Thr Ala Asp Gly Lys Leu Val
Thr Ala Asp Gly Lys Leu Val Trp Lys Ile Asp Arg <210> 247 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna
168
PL 209 107 B1 <220>
<223 > Wykonano w laboratorium <400> 247
Ala Asp Gly Lys Leu Val Trp Lys Ile Asp Arg Leu Gly Gin Gly Glu 1 5 10 15
Lys Ser Lys Ile 20 <210> 248 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 248
Val Trp Lys Ile Asp Arg Leu Gly Gin Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr 15 10 15
Val Trp Val Lys 20 <210> 249 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 249
Arg Leu Gly Gin Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro 15 10 15
Leu Lys Glu Gly 20 <210> 250 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 250
Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly 15 10 15
Cys Cys Phe Thr 20 <210> 251 <211> 16 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 251
Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly 1 5 10 15 <210> 252 <211> 12 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna
PL 209 107 B1
169 <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 252
Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly 1 5 io <210> 253 <211> 16 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 253
Gly Asp Lys Cys Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly 15 10 15 <210> 254 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 254
Thr Glu Tyr Pro Leu Leu Ala Asp Pro Ser Phe Lys Ile Ser Glu Ala 15 10 15
Phe Gly Val Leu <210> 255 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 255
Leu Ala Asp Pro Ser Phe Lys Ile Ser Glu Ala Phe Gly Val Leu Asn 15 10 15
Pro Glu Gly Ser <210> 256 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 256
Phe Lys Ile Ser Glu Ala Phe Gly Val Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu 1 5 10 15
Ala Leu Arg Ala 20 <210> 257 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna <220>
<223> Wykonano w laboratorium
170
PL 209 107 B1
<400> 257 Ala Phe Gly 1 Phe Leu Ile Val Asp 20
<210> 258
<211> 20
<212> PRT
<213> Sekwencj a
<220>
<223> Wykonano i
<400> 258
Asn Pro Glu Gly
1
His Gly Val Ile
20
<210> 259
<211> 20
<212> PRT
<213> Sekwencj a
<220>
<223> Wykonano \
<400> 259
Leu Ala Leu Arg
1
His Ala Val Ile
20
sztuczna w laboratorium sztuczna w laboratori
Leu Asn. Pro Glu Gly Ser Leu Ala Leu Arg Ala Thr
Ser Leu Ala Leu Arg Ala Thr Phe Leu Ile Asp Lys
Ala Thr Phe Leu Ile Asp Lys His Gly Val Ile Arg
<210> 260
<211> 20
<212> PRT
<213> Sekwencja
<220>
<223> Wykonano i
<400> 260
Thr Phe Leu Ile
1
Asp Leu Pro Leu
20
sztuczna w laboratorium
Asp Lys His Gly Val Ile Arg His Ala Val Ile Asn
<210> 261
<211> 20
<212> PRT
<213> Sekwencja
<220>
<223> Wykonano ,
<400> 261
Lys His Gly Val
1
Arg Ser Ile Asp
20
sztuczna w laboratorium
Ile Arg His Ala Val Ile Asn Asp Leu Pro Leu Gly <210> 262 <211> 20 <212> PRT <213> Sekwencja sztuczna
PL 209 107 B1
171 <220>
<223> Wykonano w laboratorium <400> 262
Arg His Ala Val Ile Asn Asp Leu Pro Leu Gly Arg Ser Ile Asp Glu 15 10 15
Glu Leu Arg Ile 20 <210> 263 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<221> cecha_dowolna <222> 604 <223> n=A,T,C albo G <400> 263 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggagt ggataagact attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 9c999ctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt gcgnaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa <210> 264 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <220>
<221> WARIANT <222> 202 <223> Xaa = Dowolny aminokwas <400> 264
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 15 10 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Asn Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn 20 25 30
Lys Thr Lys Gly Val Asp Lys Thr Ile Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala 35 40 45
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser
55 60
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp Ala Arg 65 70 75 ao
Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr go 95
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin
Ιθθ 105 no
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Val Ser
115 120 125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Ile Ile Gly Gly Ile
130 135 140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn 145 150 155 160
Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
897
172
PL 209 107 B1 165 170 175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr Ile Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Val
180 185 190
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser Ala Xaa Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200 205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Val Pro Gly
210 215 220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr 225 230 235 240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu
245 250 255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro Ile Thr Met
260 265 270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Ile
275 280 285
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290 295 <210> 265 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<221> cecha_dowolna <222> 604 <223> n=A,T,C albo G <400> 265 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 9c99SJctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt gcgnaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
897 <210> 266 <211> 29B <212> PRT <213> Chlamydia <220>
<22 1> WARIANT <222> 202 <223> Xaa = Dowolny aminokwas <400> 266
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 15 10 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Asn Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn 20 25 30
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Ile Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala 35 40 45
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 50 55 60
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp Ala Arg 65 70 75 80
Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr
PL 209 107 B1
173
85 90
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser His Met
100 105
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala
115 120
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser
130 135
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile Arg Pro
145 150 155
Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gin
165 170
Gly Ser Ser Val Ser Tyr Ile Met Ala Ala Asn
180 185
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser Ala Xaa Arg
195 200
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Leu
210 215
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Val Ala Gly
225 230 235
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met
245 250
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro
260 265
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr
275 280
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290 295
95
Lys Ala Ala 110 Ser Gin
Asp Leu 125 Cys Val Ser
Ile 140 Ile Gly Gly Ile
Ile Leu Phe Val Asn 160
Thr Lys Ala Asn 175 Met
His Ala Ala 190 Ser Val
Ala Asp 205 Cys Glu Ala
Leu 220 Glu Val Pro Gly
Glu Lys Ala Lys Thr 240
Leu Glu Lys Phe 255 Leu
Leu Pro Ile 270 Thr Met
Phe Thr 285 Ser Ala Ile
<210> 267 <211> 680 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 267 tctatatcca tattgatagg aaaaaacgtc gcagaaagat gagctttagg atattcaaca gatgcagata ttattgaaga gttccttacg ttcagagaag gattttgtcg cgttagttgg tagttgatgc ggattcttca ttagtttacg ggaaagctgg tgctaaaacg catcttagat acgggagtcc aatctttgaa aaaatcaccc aattattaag atgctcgcaa aagatcctac ttaaagattt ttatcgcaga ttacgaccag gagagcctgc ccacaattat gcgtttattc ttcgatgcta aacgttataa ataaattaaa taaaaaatta ggcttcccat tagacgacga tgagaaaaga agatgttatc ggcgcgttga aatatttgat agaagacatc tatcgatgat attgaccatt tggcaaaccg aactaattca gaatcactgt <210> 268 <211> 359 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 268 cttatgttct ggagaatgtt gcaacaacat attaatcgaa agaaaccaag cccttttgag aaaaaacctg tacttcgcat agctcctaac aaagagctaa ttttttcctc ttccttgttt taaatatagc aagtgctctt ggaacacctc atcaacaatc agagactgtc tctccatcaa ttaaatggag tttcaaagta atcacaagac tctatgaaag ctatctgatt ccatcgagca tttagctatg acgtttatcc gttcttttct gtagaggagc taaagtttta gctgataacg agagaagcta agtactgcta gattgctgtt ggcgcagatg ggattcttac gaagctgctc aactttagct aatgctcgat tttaggccgc gttggacgtt aacattatct caagtgactt tcgtttgcga atgggcgatg acgagttcgc tctgttggag
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
680
<210> 269
<211> 124
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 269
gatcgaatca attgagggag ctcattaaca agaatagctg ggaataacaa gaaataggta atcggtacca ttgatagaac ccagctcctc ctagtaacat cctttagcca tttgttgaat ttctgaggcg ctgtggactc gcttgtccta gattaggtat atatcccctt ccgtccctcc gaaatgtatg gggaaatac
120
180
240
300
359 cagtttcttt gcgttcttct gaacacgaca aatcgcagaa
120
174
PL 209 107 B1 ggtt
124 <210> 270 <211> 219 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 270 gatcctgttg ggcctagtaa taatacgttg gatttcccat aactcacttg tttatcctgc 60 ataagagcac ggatacgctt atagtggtta tagacggcaa ccgaaatcgt ttttttcgcg 120 cgctcttgtc caatgacata agagtcgatg tggcgtttga tttctttagg ggttaacact 180 ctcagacttg ttggagagct tgtggaagat gttgcgatc 219 <210> 271 <211> 511 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<221> cecha_dowolna <222> 447 <223> n=A,T,C albo G <400> 271 ggatccgaat acaaagaggt tgttatcgat cctgttctcc atggtgcggc ttgttgcgac tcagattaga tctctgttac cctccaccta tcggcacgag tttggcatag agcttggttc atagatagct tgctgcggct tcctgtggat aatatttaca agataaggag tctctgtagc gagaaaatat atggctcctc ccagagaact cctcctacta gcttgtaggg gaggagtttg gttttagcat actagangca ggagttctca aggaggttcc cttgtacgtt gacaagtccc cacctgaata aagcagcagc ctttgttgtt gtaagcctcc tctagtttta akcatcggaa caacgatgat gctacattga agttggtgtt tgcagcaggt cgagaaagag accttctttc aagatttttt gatctaatag tgggagggat gagaatgtaa gctggagatg gctgaagctg aagcctgatt ccaacaaggt acagcagata
12 0 180 240 300 360 420 480 511 <210> 272 <211> 598 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 272 ctcttcctct ctctggctca ttatactgat caaagcgaca tcaccgtcta agacaacatc aaaagagggc ggatagtttc ccaaagaaat gtacatggtg cctcaatcta aactcggata aagaatcttt gatgttggag caatttttga accctatcta ggtggactct tgtttaatta ctctcagact aaacagtcat gttctggagc cctcaaaaac cgattactaa gtggtgctta aaaactcttc atttgacagg tcataaaagg ataacacatc tacacctctt tactggcaat aactacagtc agttccagtc catcacagga cgtaaaagga cgataaacaa gaagactcta tacagataaa agaaaaacat gatgtggaaa aaatctacag tccgactcag acagctaaag attatcgaaa acccttactt ggtggaggaa ttccaagaga gctcttacaa ggtggtggga caattccagg gaggtaatgg gagactctag gcggtgggct ttgcaaataa gtaaaaactc tctacggaga atactgccaa tgacaggact gcctttgtta aatcacgcct tggagggc
120
180
240
300
360
420
480
540
598 <210> 273 <211> 126 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 273 ggatccgaat tcggcacgag atgagcctta tagtttaaca aaagcttctc acattccttc 60 gatagctttt tattagccgt ttttagcatc ctaatgagat ctcctcgttc gtaacaaata 120 cgagag 126 <210> 274 <211> 264 ' <212> DNA <213> Chlamydia <400> 274 ggatccgaat tcggcacgag ctcttttaaa tcttaattac aaaaagacaa attaattcaa
PL 209 107 B1
175 tttttcaaaa aagaatttaa acattaattg ttgtaaaaaa acaatattta ttctaaaata 120 ataaccatag ttacggggga atctctttca tggtttattt tagagctcat caacctaggc 180 atacgcctaa aacatttcct ttgaaagttc accattcgtt ctccgataag catcctcaaa 240 ttgctaaagc tatgtggatt acgg 264 <210> 275 <211> 359 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 275 ggatccgaat tttcagctgc ttaaaacttg attgaattgg aaccgtaccg tcctttattt tcggcacgag aaattctttt ttctcttaaa ataattttgc ctttttttct tttgattttg ataaaacctg agataaatat ttaattctag cttaataatt aaaattaatg ttcttctgtt aaccacaaca caaccatttc tatttaagta cacattcttt tttcttcatt agtaatgctt aagatctaaa ttcagtttca ttcaacatag ttcagtaatt attcatttta caataatagt acttcttgat tatcttggaa cccattatta ttaggttcta taagccactt taataattt
120
180
240
300
359 <210> 276 <211> 357 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 276 aaaacaattg atgggtagta tgatgaaaac gttagataag tttcggggaa atcttccgct atataatttt gtgactctaa ggaaacatcc cctttattca tctcttatct attcttggac ttttttcata cgttttttat tttcgccaga cccagtatęt acaaagatcg ttgaaagctt acttccagac tattaagacg aactttagca tatctatttg aaatctcagc gtgtttactc tcctttctag atccccggag ctattaaaga aaatgtctgc attattgctg gtgccgaatt aaaagtcttt atccttttaa atcgttacgg taacactaga ccgctcttcc cggatcc
120
180
240
300
357 <210> 277 <211> 505 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 277 ggatccgaat agcactaaaa ggtaaaaatc cggagacacg taacaataaa gcagctgttt atgtttttca acgattagaa cctcctaccg tcggcacgag gagactcctc ctaaggccat ctgggttgtg tgcatagtgt gttgaacggc ggaataagga agagtttagc taactgcagg ctcgtgccga ttcaagaacg accaggatgc gccacaagaa tacaaacatc ttcttgaata gtaggcgcac ttggggacct aatat ttgcttgctt agagtgtaag gacaggaaag tagtattcta ccagattcag gaggagagct gcattgactc tcgcctataa cagtcacccc cagggtgagg agatatctcc gttctcgtgt ctgtctgttg cactcaaaaa ctttcccgga caaagatatc atcggtatag aggaacttca attaggagct tgcgtaatga atagaagaga ggtatgtaac agcatcagca aaagaaatct
120
180
240
300
360
420
480
505 <210> 278 <211> 407 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 278 ggatccgaat aagaaaaaca ctttggctct ccttcgccca aacaaatagc acctactcaa ccgtatgaga tcggcacgag gaaggcattc gctaactgga attacagaga tcctatctgt caagatacag aaataggatt aactactgag tccataccaa gcggtgctgg cacagcttca ccccagagag attctgatga agggaaacaa caaattgggt gatttgttgc tatgattaaa ggcctttatg cgtgcttacg cgaacaaccg aacgacagca atccaacttc atcgacaata aactttgaag gacgtctggt gcccctactc agtaccagcc aaccaca ctctttacga aaactccaat acctattcat ctcttctaga cttcaagtag agcaagctat
120
180
240
300
360
407 <210> 279 <211> 351 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 279 ctcgtgccgc ttacaggagg cttgtatcct ttaaaataga gtttttctta tgaccccatg
176
PL 209 107 B1 tggcgatagg ccgggtctag cgccgatagt agaaatatcg gttggttttt gtccttgagg ggatcgtata ctttttcaaa gtatggtccc cgtatcgatt atctggaggc tcttatgtct ttttttcata ctagaaaata taagcttatc ctcagaggac tcttgtgttt agcaggctgt ttcttaatga acagctgttc ctctagtcga ggaaatcaac ccgctgatga gagcatctat gtcttgtcta tgaatcgcat gatttgtgat tctcgtgccg aattcggatc c <210> 280 <211> 522 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 280 ggatccgaat tcggcacgag cagaggaaaa aggcgatact cctcttgaag atcgtttcac agaagatctt tccgaagtct ctggagaaga ttttcgagga ttgaaaaatt cgttcgatga tgattcttct tctgacgaaa ttctcgatgc gctcacaagt aaattttctg atcccacaat aaaggatcta gctcttgatt atctaattca aatagctccc tctgatggga aacttaagtc cgctctcatt caggcaaagc atcaactgat gagccagaat cctcaggcga ttgttggagg acgcaatgtt ctgttagctt cagaaacctt tgcttccaga gcaaatacat ctccttcatc gcttcgctcc ttatatttcc aagtaacctc atccccctct aattgcgcta atttacatca aatgcttgct tcttactcgc catcagagaa aaccgctgtt atggagtttc tagtgaatgg catggtagca gatttaaaat cggagggccc ttccattcct cc <210> 281 <211> 577 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 281 ggatccgaat tcggcacgag atgcttctat tacaattggt ttggatgcgg aaaaagctta ccagcttatt ctagaaaagt tgggagatca aattcttggt ggaattgctg atactattgt tgatagtaca gtccaagata ttttagacaa aatcacaaca gacccttctc taggtttgtt gaaagctttt aacaactttc caatcactaa taaaattcaa tgcaacgggt tattcactcc caggaacatt gaaactttat taggaggaac tgaaatagga aaattcacag tcacacccaa aagctctggg agcatgttct tagtctcagc agatattatt gcatcaagaa tggaaggcgg cgttgttcta gctttggtac gagaaggtga ttctaagccc tacgcgatta gttatggata ctcatcaggc gttcctaatt tatgtagtct aagaaccaga attattaata caggattgac tccgacaacg tattcattac gtgtaggcgg tttagaaagc ggtgtggtat gggttaatgc cctttctaat ggcaatgata ttttaggaat aacaaat <210> 282 <211> 607 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 282 actmatcttc cccgggctcg agtgcggccg caagcttgtc gacggagctc gatacaaaaa tgtgtgcgtg tgaaccgctt cttcaaaagc ttgtcttaaa agatattgtc tcgcttccgg attagttaca tgtttaaaaa ttgctagaac aatattattc ccaaccaagc tctctgcggt gctgaaaaaa cctaaattca aaagaatgac tcgccgctca tcttcagaaa gacgatccga cttccataat tcgatgtctt tccccatggg gatctctgta gggagccagt tatttgcgca gccattcaaa taatgttccc aagcccattt gtacttaata ggaacaagtt ggttgacatc gacctggttg cagttcacta gacgcttgct atttagatta acgcgtttct gttttccatc taaaatatct gcttgcataa gaaccgttaa ttttattgtt aatttatatg attaattact gacatgcttc acacccttct tccaaagaac agacaggtgc tttcttcgct ctttcaacaa taattcctgc cgaagcagac ttattcttca tccaacgagg ctgaattcct ctcttattaa tatctac <210> 283 <211> 1077 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 283 ggatccgaat tcggcacgag aagttaacga tgacgatttg ttcctttggt agagaaggag caatcgaaac taaatgtgcg agagcatgtg aagactccaa tgcaggaata atcccctcat ttctagtaag caggaaaaaa gctcgtaacg cctcttcatc ggtggctaat gtataaaagg ctcgtcctga ctcatgcatt tcggcatgat ctggcccaac tgaaggataa tctaatccag cggaaatgga gtgagtttgt aatacttgtc catcgtcatc ttgaagaaga tacgaataaa
120
180
240
300
351
120
180
240
300
360
420
480
522
120
180
240
300
360
420
480
540
577
120
180
240
300
360
420
480
540
600
607
120
180
240
300
PL 209 107 B1
177 atccgtggaa tactccaggt cgccctgttg caaaacgtgc tgcatgtttt cctgaagaaa 360 tgcccagtcc tcccccttcc actccaatta attggacttt tggattcggg ataaaatgat 420 ggaaaaatcc aatagcgttg gagccacctc cgatacatgc aatcagaata tcaggatctc 480 ttcctgcaac tgcatggatt tgctctttca cttcagcgct tataacagac tgaaaaaatc 540 gaacgatatc gggataaggt aaaggtccta aggccgatcc taagcaatag tgagtaaatg 600 agtgtgttgt tgcccaatct tgtagagctt gattaactgc atctttgagt ccacaagatc 660 cttttgttac agaaacgact tcagcaccta aaaagcgcat tttctctaca tttggtttct 720 gtcgttccac atcttttgct cccatgtata ctacacaatc taatcctaga taagcacacg 780 ctgttgctgt tgctactcca tgttgtcccg cacctgtttc agctacaaca cgtgttttcc 840 caagatattt agcaagcaaa cactgaccaa gagcattatt cagtttatgt gctcctgtat 900 gcaaaagatc ttcgcgttta agaaatactc tagggccatc aatagctcga gcaaaattct 960 taacttcagt cagaggagtt tgtctccccg catagttttt caaaatacaa tctagttcag 1020 ataaaaaact ttgctgagtt ttgagaatct cccattccgc ttttagattc tgtatag 1077 <210> 284 <211> 407 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 284 ggatccgaat tcggcacgag aactactgag caaattgggt atccaacttc ctctttacga 60 aagaaaaaca gaaggcattc tccataccaa gatttgttgc atcgacaata aaactccaat 120 ctttggctct gctaactgga gcggtgctgg tatgattaaa aactttgaag acctattcat 180 ccttcgccca attacagaga cacagcttca ggcctttatg gacgtctggt ctcttctaga 240 aacaaatagc tcctatctgt ccccagagag cgtgcttacg gcccctactc cttcaagtag 300 acctactcaa caagatacag attctgatga cgaacaaccg agtaccagcc agcaagctat 360 ccgtatgaga aaataggatt agggaaacaa aacgacagca aaccaca 407 <210> 285 <211> 802 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 285 ggatccgaat tcggcacgag ttagcttaat gtctttgtca tctctaccta catttgcagc 60 taattctaca ggcacaattg gaatcgttaa tttacgtcgc tgcctagaag agtctgctct 120 tgggaaaaaa gaatctgctg aattcgaaaa gatgaaaaac caattctcta acagcatggg 180 gaagatggag gaagaactgt cttctatcta ttccaagctc caagacgacg attacatgga 240 aggtctatcc gagaccgcag ctgccgaatt aagaaaaaaa ttcgaagatc tatctgcaga 300 atacaacaca gctcaagggc agtattacca aatattaaac caaagtaatc tcaagcgcat 360 gcaaaagatt atggaagaag tgaaaaaagc ttctgaaact gtgcgtattc aagaaggctt 420 gtcagtcctt cttaacgaag atattgtctt atctatcgat agttcggcag ataaaaccga 480 tgctgttatt aaagttcttg atgattcttt tcaaaataat taacatgcga agctagccga 540 ggagtgccgt atgtctcaat ccacttattc tcttgaacaa ttagctgatt ttttgaaagt 600 cgagtttcaa ggaaatggag ctactcttct ttccggagtt gaagagatcg aggaagcaaa 660 aacggcacac atcacattct tagataatga aaaatatgct aaacatttaa aatcatcgga 720 agctggcgct atcatcatat ctcgaacaca gtttcaaaaa tatcgagact tgaataaaaa 780 ctttcttatc acttctgagt ct 802 <210> 286 <211> 588 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 286 ggatccgaat tcggcacgag gcaatattta ctcccaacat tacggttcca aataagcgat 60 aaggtcttct aataaggaag ttaatgtaag aggctttttt attgcttttc gtaaggtagt 120 attgcaaccg cacgcgattg aatgatacgc aagccatttc catcatggaa aagaaccctt 180 ggacaaaaat acaaaggagg ttcactccta accagaaaaa gggagagtta gtttccatgg 240 gttttcctta tatacacccg tttcacacaa ttaggagccg cgtctagtat ttggaataca 300 aattgtcccc aagcgaattt tgttcctgtt tcagggattt ctcctaattg ttctgtcagc 360 catccgccta tggtaacgca attagctgta gtaggaagat caactccaaa caggtcatag 420 aaatcagaaa gctcataggt gcctgcagca ataacaacat tcttgtctga gtgagcgaat 480 tgtttaaaag atgggcgatt atgagctacc tcatcagaga ctattttaaa tagatcattt 540 tgggtaatca atccttctat agacccatat tcatcaatga taatctcg 588 <210> 287 <211> 489
178
PL 209 107 B1 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<221> cecha_dowolna <222> 488 <223> n=A,T,C albo G <400> 287 agtgcctatt gttttgcagg ctttgtctga tgatagcgat accgtacgtg agattgctgt acaagtagct gttatgtatg gttctagttg cttactgcgc gccgtgggcg atttagcgaa aaatgattct tctattcaag tacgcatcac tgcttatcgt gctgcagccg tgttggagat acaagatctt gtgcctcatt tacgagttgt agtccaaaat acacaattag atggaacgga aagaagagaa gcttggagat ctttatgtgt tcttactcgg cctcatagtg gtgtattaac tggcatagat caagctttaa tgacctgtga gatgttaaag gaatatcctg aaaagtgtac ggaagaacag attcgtacat tattggctgc agatcatcca gaagtgcagg tagctacttt acagatcatt ctgagaggag gtagagtatt ccggtcatct tctataatgg aatcggttct cgtgccgnt <210> 288 <211> 191 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 288 ggatccgaat tcaggatatg ctgttgggtt atcaataaaa agggttttgc cattttttaa gacgactttg tagataacgc taggagctgt agcaataata tcgagatcaa attctctaga gattctctca aagatgattt ctaagtgcag cagtcctaaa aatccacagc ggaacccaaa tccgagagag t <210> 289 <211> 515 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 289 ggatccgaat tcggcacgag gagcgacgtg aaatagtgga atcttcccgt attcttatta cttctgcgtt gccttacgca aatggtcctt tgcattttgg acatattacc ggtgcttatt tgcctgcaga tgtttatgcg cgttttcaga gactacaagg caaagaggtt ttgtatattt gtggttctga tgaatacgga atcgcaatta cccttaatgc agagttggca ggcatggggt atcaagaata tgtcgacatg tatcataagc ttcataaaga taccttcaag aaattgggaa tttctgtaga tttcttttcc agaactacga acgcttatca tcctgctatt gtgcaagatt tctatcgaaa cttgcaggaa cgcggactgg tagagaatca ggtgaccgaa cagctgtatt ctgaggaaga agggaagttt ttagcggacc gttatgttgt aggtacttgt cccaagtgtg ggtttgatcg agctcgagga gatgagtgtc agcag <210> 290 <211> 522 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 290 ggatccgaat tcggcacgag ggaggaatgg aagggccctc cgattktama tctgctacca tgccattcac tagaaactcc ataacagcgg ttttctctga tggcgagtaa gaagcaagca tttgatgtaa attagcgcaa ttagaggggg atgaggttac ttggaaatat aaggagcgaa gcgatgaagg agatgtattt gctctggaag caaaggtttc tgaagctaac agaacattgc gtcctccaac aatcgcctga ggattctggc tcatcagttg atgctttgcc tgaatgagag cggacttaag tttcccatca gagggagcta tttgaattag ataatcaaga gctagatcct ttattgtggg atcagaaaat ttacttgtga gcgcatcgag aatttcgtca gaagaagaat catcatcgaa cgaatttttc aatcctcgaa aatcttctcc agagacttcg gaaagatctt ctgtgaaacg atcttcaaga ggagtatcgc ctttttccyc tg
120
180
240
300
360
420
480
489
120
180
191
120
180
240
300
360
420
480
515
120
180
240
300
360
420
480
522
<210> 291
<211> 1002
<212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 291
PL 209 107 B1
179 atggcgacta acgcaattag atcggcagga agtgcagcaa gtaagatgct gctgccagtt gccaaagaac cagcggctgt cagctccttt gctcagaaag ggatttattg tattcaacaa ttttttacaa accctgggaa taagttagca aagtttgtag gggcaacaaa aagtttagat aaatgcttta agctaagtaa ggcggtttct gactgtgtcg taggatcgct ggaagaggcg ggatgcacag gggacgcatt gacctccgcg agaaacgccc agggtatgtt aaaaacaact cgagaagttg ttgccttagc taatgtgctc aatggagctg ttccatctat cgttaactcg actcagaggt gttaccaata cacacgtcaa gccttcgagt taggaagcaa gacaaaagaa agaaaaacgc ctggggagta tagtaaaatg ctattaactc gaggtgatta cctattggca gcttccaggg aagcttgtac ggcagtcggt gcaacgactt actcagcgac attcggtgtt ttacgtccgt taatgttaat caataaactc acagcaaaac cattcttaga caaagcgact gtaggcaatt ttggcacggc tgttgctgga attatgacca ttaatcatat ggcaggagtt gctggtgctg ttggcggaat cgcattagaa caaaagctgt tcaaacgtgc gaaggaatcc ctatacaatg agagatgtgc cttagaaaac caacaatctc agttgagtgg ggacgtgatt ctaagcgcgg aaagggcatt acgtaaagaa cacgttgcta ctctaaaaag aaatgtttta actcttcttg aaaaagcttt agagttggta gtggatggag tcaaactcat tcctttaccg attacagtgg cttgctccgc tgcaatttct ggagccttga cggcagcatc cgcaggaatt ggcttatata gcatatggca gaaaacaaag tctggcaaat aa <210> 292 <211> 333 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 292
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1002
Met 1 Ala Thr Asn Ala 5 Ile Arg Ser
Leu Leu Pro Val 20 Ala Lys Glu Pro
Lys Gly Ile 35 Tyr Cys Ile Gin Gin 40
Leu Ala 50 Lys Phe Val Gly Ala 55 Thr
Leu 65 Ser Lys Ala Val Ser 70 Asp Cys
Gly Cys Thr Gly Asp 85 Ala Leu Thr
Leu Lys Thr Thr 100 Arg Glu Val Val
Ala Val Pro 115 Ser Ile Val Asn Ser 120
Arg Gin 130 Ala Phe Glu Leu Gly 135 Ser
Gly 145 Glu Tyr Ser Lys Met 150 Leu Leu
Ala Ser Arg Glu Ala 165 Cys Thr Ala
Thr Phe Gly Val 180 Leu Arg Pro Leu
Lys Pro Phe 195 Leu Asp Lys Ala Thr 200
Ala Gly 210 Ile Met Thr Ile Asn 215 His
Gly 225 Gly Ile Ala Leu Glu 230 Gin Lys
Leu Tyr Asn Glu Arg 245 Cys Ala Leu
Gly Asp Val Ile 260 Leu Ser Ala Glu
Ala Thr Leu 275 Lys Arg Asn Val Leu 280
Leu Val 290 Val Asp Gly Val Lys 295 Leu
Cys 305 Ser Ala Ala Ile Ser 310 Gly Ala
Gly Leu Tyr Ser Ile 325 Trp Gin Lys
Ala Gly 10 Ser Ala Ala Ser Lys 15 Met
Ala 25 Ala Val Ser Ser Phe 30 Ala Gin
Phe Phe Thr Asn Pro 45 Gly Asn Lys
Lys Ser Leu Asp 60 Lys Cys Phe Lys
Val Val Gly 75 Ser Leu Glu Glu Ala 80
Ser Ala 90 Arg Asn Ala Gin Gly 95 Met
Ala 105 Leu Ala Asn Val Leu 110 Asn Gly
Thr Gin Arg Cys Tyr 125 Gin Tyr Thr
Lys Thr Lys Glu 140 Arg Lys Thr Pro
Thr Arg Gly 155 Asp Tyr Leu Leu Ala 160
Val Gly 170 Ala Thr Thr Tyr Ser 175 Ala
Met 185 Leu Ile Asn Lys Leu 190 Thr Ala
Val Gly Asn Phe Gly 205 Thr Ala Val
Met Ala Gly Val 220 Ala Gly Ala Val
Leu Phe Lys 235 Arg Ala Lys Glu Ser 240
Glu Asn 250 Gin Gin Ser Gin Leu 255 Ser
Arg 265 Ala Leu Arg Lys Glu 270 His Val
Thr Leu Leu Glu Lys 285 Ala Leu Glu
Ile Pro Leu Pro 300 Ile Thr Val Ala
Leu Thr Thr Lys 330 Ala 315 Ser Ala Gly Ser Lys Ala Gly Ile 320
<210> 293
180
PL 209 107 B1 <211> 7 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 293 tgcaatc <210> 294 <211> 196 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 294
Thr Met Gly Ser Leu 5 Val Gly Arg Gin Ala 10 Pro Asp Phe Ser Gly 15 Lys
Ala Val Val Cys 20 Gly Glu Glu Lys Glu 25 Ile Ser Leu Ala Asp 30 Phe Arg
Gly Lys Tyr 35 Val Val Leu Phe Phe 40 Tyr Pro Lys Asp Phe 45 Thr Tyr Val
Cys Pro 50 Thr Glu Leu His Ala 55 Phe Gin Asp Arg Leu 60 Val Asp Phe Glu
Glu 65 His Gly Ala Val Val 70 Leu Gly Cys Ser Val 75 Asp Asp Ile Glu Thr 80
His Ser Arg Trp Leu 85 Thr Val Ala Arg Asp 90 Ala Gly Gly Ile Glu 95 Gly
Thr Glu Tyr Pro 100 Leu Leu Ala Asp Pro 105 Ser Phe Lys Ile Ser 110 Glu Ala
Phe Gly Val 115 Leu Asn Pro Glu Gly 120 Ser Leu Ala Leu Arg 125 Ala Thr Phe
Leu Ile 130 Asp Lys His Gly Val 135 Ile Arg His Ala Val 14 0 Ile Asn Asp Leu
Pro 145 Leu Gly Arg Ser Ile 150 Asp Glu Glu Leu Arg 155 Ile Leu Asp Ser Leu 160
Ile Phe Phe Glu Asn 165 His Gly Met Val Cys 170 Pro Ala Asn Trp Arg 175 Ser
Gly Gin Glu Thr Arg Met Gly 180 Asp Met Val Pro Ser Glu 185 Glu Gly Leu Lys Glu 190 Tyr Phe
195 <210> 295 <211> 181 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 295
Lys Gly Gly Lys Met 5 Ser Thr Thr Ile Ser 10 Gly Asp Ala Ser Ser 15 Leu
Pro Leu Pro Thr 20 Ala Ser Cys Val Glu 25 Thr Lys Ser Thr Ser 30 Ser Ser
Thr Lys Gly 35 Asn Thr Cys Ser Lys 40 Ile Leu Asp Ile Ala 45 Leu Ala Ile
PL 209 107 B1
181
Val Gly 50 Ala Leu Val Val Val 55 Ala Gly Val Leu Ala 60 Leu Val Leu Cys
Ala 65 Ser Asn Val Ile Phe 70 Thr Val Ile Gly Ile 75 Pro Ala Leu Ile Ile 80
Gly Ser Ala Cys Val 85 Gly Ala Gly Ile Ser 90 Arg Leu Met Tyr Arg 95 Ser
Ser Tyr Ala Ser 100 Leu Glu Ala Lys Asn 105 Val Leu Ala Glu Gin 110 Arg Leu
Arg Asn Leu 115 Ser Glu Glu Lys Asp 120 Ala Leu Ala Ser Val 125 Ser Phe Ile
Asn Lys 130 Met Phe Leu Arg Gly 135 Leu Thr Asp Asp Leu 140 Gin Ala Leu Glu
Ala 145 Lys Val Met Glu Phe 150 Glu Ile Asp Cys Leu 155 Asp Arg Leu Glu Lys 160
Asn Glu Gin Ala Leu 165 Leu Ser Asp Val Arg 170 Leu Val Leu Ser Ser 175 Tyr
Thr Arg Trp Leu Asp
180 <210> 296 <211> 124 <212> PRT <213> Chlamydia
<400> 296 Ile Tyr Glu Val Met 5 Asn Met Asp Leu Glu 10 Thr Arg Arg Ser Phe 15 Ala
Val Gin Gin Gly 20 His Tyr Gin Asp Pro 25 Arg Ala Ser Asp Tyr 30 Asp Leu
Pro Arg Ala 35 Ser Asp Tyr Asp Leu 40 Pro Arg Ser Pro Tyr 45 Pro Thr Pro
Pro Leu Pro 50 Ser Arg Tyr Gin 55 Leu Gin Asn Met Asp 60 Val Glu Ala Gly
Phe Arg Glu 65 Ala Val Tyr 70 Ala Ser Phe Val Ala 75 Gly Met Tyr Asn Tyr 80
Val Val Thr Gin Pro 85 Gin Glu Arg Ile Pro 90 Asn Ser Gin Gin Val 95 Glu
Gly Ile Leu Arg 100 Asp Met Leu Thr Asn 105 Gly Ser Gin Thr Phe 110 Ser Asn
Leu Met Gin 115 Arg Trp Asp Arg Glu 120 Val Asp Arg Glu
<210> 297 <211> 488 <212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 297 Lys Gly Ser Leu Pro Ile Leu Gly Pro Phe Leu Asn Gly Lys Met Gly
5 10 15
182
PL 209 107 B1
Phe Trp Arg Thr 20 Ser Ile Met Lys Met 25 Asn Arg Ile Trp Leu 30 Leu Leu
Leu Thr Phe 35 Ser Ser Ala Ile His 40 Ser Pro Val Arg Gly 45 Glu Ser Leu
Val Cys 50 Lys Asn Ala Leu Gin 55 Asp Leu Ser Phe Leu 60 Glu His Leu Leu
Gin 65 Val Lys Tyr Ala Pro 70 Lys Thr Trp Lys Glu 75 Gin Tyr Leu Gly Trp 80
Asp Leu Val Gin Ser 85 Ser Val Ser Ala Gin 90 Gin Lys Leu Arg Thr 95 Gin
Glu Asn Pro Ser 100 Thr Ser Phe Cys Gin 105 Gin Val Leu Ala Asp 110 Phe Ile
Gly Gly Leu 115 Asn Asp Phe His Ala 120 Gly Val Thr Phe Phe 125 Ala Ile Glu
Ser Ala 130 Tyr Leu Pro Tyr Thr 135 Val Gin Lys Ser Ser 140 Asp Gly Arg Phe
Tyr 145 Phe Val Asp Ile Met 150 Thr Phe Ser Ser Glu 155 Ile Arg Val Gly Asp 160
Glu Leu Leu Glu Val 165 Asp Gly Ala Pro Val 170 Gin Asp Val Leu Ala 175 Thr
Leu Tyr Gly Ser 180 Asn His Lys Gly Thr 185 Ala Ala Glu Glu Ser 190 Ala Ala
Leu Arg Thr 195 Leu Phe Ser Arg Met 200 Ala Ser Leu Gly His 205 Lys Val Pro
Ser Gly 210 Arg Thr Thr Leu Lys 215 Ile Arg Arg Pro Phe 220 Gly Thr Thr Arg
Glu 225 Val Arg Val Lys Trp 230 Arg Tyr Val Pro Glu 235 Gly Val Gly Asp Leu 240
Ala Thr Ile Ala Pro 245 Ser Ile Arg Ala Pro 250 Gin Leu Gin Lys Ser 255 Met
Arg Ser Phe Phe 260 Pro Lys Lys Asp Asp 265 Ala Phe His Arg Ser 270 Ser Ser
Leu Phe Tyr 275 Ser Pro Met Val Pro 280 His Phe Trp Ala Glu 285 Leu Arg Asn
His Tyr 290 Ala Thr Ser Gly Leu 295 Lys Ser Gly Tyr Asn 300 Ile Gly Ser Thr
Asp 305 Gly Phe Leu Pro Val 310 Ile Gly Pro Val Ile 315 Trp Glu Ser Glu Gly 320
Leu Phe Arg Ala Tyr 325 Ile Ser Ser Val Thr 330 Asp Gly Asp Gly Lys 335 Ser
His Lys Val Gly 340 Phe Leu Arg Ile Pro 345 Thr Tyr Ser Trp Gin 350 Asp Met
Glu Asp Phe 355 Asp Pro Ser Gly Pro 360 Pro Pro Trp Glu Glu 365 Phe Ala Lys
Ile Ile Gin Val Phe Ser Ser Asn Thr Glu Ala Leu Ile Ile Asp Gin
370 375 380
PL 209 107 B1
183
Thr 385 Asn Asn Pro Gly Gly 390 Ser Val Leu Tyr Leu 395 Tyr Ala Leu Leu Ser 400
Met Leu Thr Asp Arg 405 Pro Leu Glu Leu Pro 410 Lys His Arg Met Ile 415 Leu
Thr Gin Asp Glu 420 Val Val Asp Ala Leu 425 Asp Trp Leu Thr Leu 430 Leu Glu
Asn Val Asp 435 Thr Asn Val Glu Ser 440 Arg Leu Ala Leu Gly 445 Asp Asn Met
Glu Gly 450 Tyr Thr Val Asp Leu 455 Gin Val Ala Glu Tyr 460 Leu Lys Ser Phe
Gly 465 Arg Gin Val Leu Asn 470 Cys Trp Ser Lys Gly 475 Asp Ile Glu Leu Ser 480
Thr Pro Ile Pro Leu Phe Gly Phe
485 <210> 298 <211> 140 <212> PRT <213> Chlamydia
<400> 298
Arg Ile Asp Ile Ser Ser 5 Val Thr Phe Phe 10 Ile Gly Ile Leu Leu 15 Ala
Val Asn Ala Leu Thr Tyr Ser His Val Leu Arg Asp Leu Ser Val Ser
20 25 30
Met Asp Ala Leu Phe Ser Arg Asn Thr Leu Ala Val Leu Leu Gly Leu
35 40 45
Val Ser Ser Val Leu Asp Asn Val Pro Leu Val Ala Ala Thr Ile Gly
50 55 60
Met Tyr Asp Leu Pro Met Asn Asp Pro Leu Trp Lys Leu Ile Ala Tyr
65 70 75 80
Thr Ala Gly Thr Gly Gly Ser Ile Leu Ile Ile Gly Ser Ala Ala Gly
85 90 95
Val Ala Tyr Met Gly Met Glu Lys Val Ser Phe Gly Trp Tyr Val Lys
100 105 110
His Ala Ser Trp Ile Ala Leu Ala Ser Tyr Phe Gly Gly Leu Ala Val
115 120 125
Tyr Phe Leu Met Glu Asn Cys Val Asn Leu Phe Val
130 135 140
<210> 299 <211> 361 <212> PRT <213> Chlamydia
<400> 299
His Gin Glu Ile Ala Asp Ser Pro Leu Val Lys Lys Ala Glu Glu Gin
5 10 15
Ile Asn Gin Ala Gin Gin Asp Ile Gin Thr Ile Thr Pro Ser Gly Leu
25 30
184
PL 209 107 B1
Asp Ile Pro 35 Ile Val Gly Pro Ser 40 Gly Ser Ala Ala Ser 45 Ala Gly Ser
Ala Ala Gly Ala Leu Lys Ser Ser Asn Asn Ser Gly Arg Ile Ser Leu
50 55 60
Leu Leu Asp Asp Val Asp Asn Glu Met Ala Ala Ile Ala Met Gin Gly
65 70 75 80
Phe Arg Ser Met Ile Glu Gin Phe Asn Val Asn Asn Pro Ala Thr Ala
85 90 95
Lys Glu Leu Gin Ala Met Glu Ala Gin Leu Thr Ala Met Ser Asp Gin
100 105 110
Leu Val Gly Ala Asp Gly Glu Leu Pro Ala Glu Ile Gin Ala Ile Lys
115 120 125
Asp Ala Leu Ala Gin Ala Leu Lys Gin Pro Ser Ala Asp Gly Leu Ala
130 135 140
Thr Ala Met Gly Gin Val Ala Phe Ala Ala Ala Lys Val Gly Gly Gly
145 150 155 160
Ser Ala Gly Thr Ala Gly Thr Val Gin Met Asn Val Lys Gin Leu Tyr
165 170 175
Lys Thr Ala Phe Ser Ser Thr Ser Ser Ser Ser Tyr Ala Ala Ala Leu
180 185 190
Ser Asp Gly Tyr Ser Ala Tyr Lys Thr Leu Asn Ser Leu Tyr Ser Glu
195 200 205
Ser Arg Ser Gly Val Gin Ser Ala Ile Ser Gin Thr Ala Asn Pro Ala
210 215 220
Leu Ser Arg Ser Val Ser Arg Ser Gly Ile Glu Ser Gin Gly Arg Ser
225 230 235 240
Ala Asp Ala Ser Gin Arg Ala Ala Glu Thr Ile Val Arg Asp Ser Gin
245 250 255
Thr Leu Gly Asp Val Tyr Ser Arg Leu Gin Val Leu Asp Ser Leu Met
260 265 270
Ser Thr Ile Val Ser Asn Pro Gin Ala Asn Gin Glu Glu Ile Met Gin
275 280 285
Lys Leu Thr Ala Ser Ile Ser Lys Ala Pro Gin Phe Gly Tyr Pro Ala
290 295 300
Val Gin Asn Ser Val Asp Ser Leu Gin Lys Phe Ala Ala Gin Leu Glu
305 310 315 320
Arg Glu Phe Val Asp Gly Glu Arg Ser Leu Ala Glu Ser Gin Glu Asn
325 330 335
Ala Phe Arg Lys Gin Pro Ala Phe Ile Gin Gin Val Leu Val Asn Ile
340 345 350
Ala Ser Leu Phe Ser Gly Tyr Leu Ser
355 360 <210> 300 <211> 207 <212> PRT
PL 209 107 B1
185
<213> Chlamydia
<400> 300
Ser Ser Lys Ile Val 5 Ser Leu Cys Glu Gly 10 Ala Val Ala . Asp Ala . 15 Arg
Met Cys Lys Ala 20 Glu Leu Ile Lys Lys 25 Glu Ala Asp Ala Tyr 30 Leu Phe
Cys Glu Lys Ser 35 Gly Ile Tyr Leu 40 Thr Lys Lys Glu Gly 45 Ile Leu Ile
Pro Ser Ala Gly 50 Ile Asp Glu 55 Ser Asn Thr Asp Gin 60 Pro Phe Val Leu
Tyr Pro Lys Asp 65 Ile Leu 70 Gly Ser Cys Asn Arg 75 Ile Gly Glu Trp Leu 80
Arg Asn Tyr Phe Arg 85 val Lys Glu Leu Gly 90 val Ile Ile Thr Asp 95 Ser
His Thr Thr Pro 100 Met Arg Arg Gly Val 105 Leu Gly Ile Gly Leu 110 Cys Trp
Tyr Gly Phe Ser 115 Pro Leu His Asn 120 Tyr Ile Gly Ser Leu 125 Asp Cys Phe
Gly Arg Pro Leu 130 Gin Met Thr 135 Gin Ser Asn Leu Val 140 Asp Ala Leu Ala
Val Ala Ala Val 145 Val Cys 150 Met Gly Glu Gly Asn 155 Glu Gin Thr Pro Leu 160
Ala Val Ile Glu Gin 165 Ala Pro Asn Met Val 170 Tyr His Ser Tyr Pro 175 Thr
Ser Arg Glu Glu 180 Tyr Cys Ser Leu Arg 185 Ile Asp Glu Thr Glu 190 Asp Leu
Tyr Gly Pro Phe 195 <210> 301 <211> 183 <212> PRT <213> Chlamydia Leu Gin Ala Val 200 Thr Trp Ser Gin Glu 205 Lys Lys
<400> 301
Ile Pro Pro Ala Pro 5 Arg Gly His Pro Gin 10 Ile Glu Val Thr Phe 15 Asp
Ile Asp Ala Asn 20 Gly Ile Leu His Val 25 Ser Ala Lys Asp Ala 30 Ala Ser
Gly Arg Glu Gin 35 Lys Ile Arg Ile 40 Glu Ala Ser Ser Gly 45 Leu Lys Glu
Asp Glu Ile Gin 50 Gin Met Ile 55 Arg Asp Ala Glu Leu 60 His Lys Glu Glu
Asp Lys Gin Arg 65 Lys Glu 70 Ala Ser Asp Val Lys 75 Asn Glu Ala Asp Gly 80
Met Ile Phe Arg Ala 85 Glu Lys Ala Val Lys 90 Asp Tyr His Asp Lys 95 Ile
Pro Ala Glu Leu Val Lys Glu Ile Glu Glu His Ile Glu Lys Val Arg
186
PL 209 107 B1
100 105 110
Gin Ala Ile 115 Lys Glu Asp Ala Ser 120 Thr Thr Ala Ile Lys 125 Ala Ala Ser
Asp Glu 130 Leu Ser Thr Arg Met 135 Gin Lys Ile Gly Glu 140 Ala Met Gin Ala
Gin 145 Ser Ala Ser Ala Ala 150 Ala Ser Ser Ala Ala 155 Asn Ala Gin Gly Gly 160
Pro Asn Ile Asn Ser 165 Glu Asp Leu Lys Lys 170 His Ser Phe Ser Thr 175 Arg
Pro Pro Ala Gly Gly Ser Ala
180 <210> 302 <211> 232 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 302
Met Thr Lys His Gly 5 Lys Arg Ile Arg Gly 10 Ile Gin Glu Thr Tyr 15 Asp
Leu Ala Lys Ser 20 Tyr Ser Leu Gly Glu 25 Ala Ile Asp Ile Leu 30 Lys Gin
Cys Pro Thr 35 Val Arg Phe Asp Gin 40 Thr Val Asp Val Ser 45 Val Lys Leu
Gly Ile 50 Asp Pro Arg Lys Ser 55 Asp Gin Gin Ile Arg 60 Gly Ser Val Ser
Leu 65 Pro His Gly Thr Gly 70 Lys Val Leu Arg Ile 75 Leu Val Phe Ala Ala 80
Gly Asp Lys Ala Ala 85 Glu Ala Ile Glu Ala 90 Gly Ala Asp Phe Val 95 Gly
Ser Asp Asp Leu 100 Val Glu Lys Ile Lys 105 Gly Gly Trp Val Asp 110 Phe Asp
Val Ala Val 115 Ala Thr Pro Asp Met 120 Met Arg Glu Val Gly 125 Lys Leu Gly
Lys Val 130 Leu Gly Pro Arg Asn 135 Leu Met Pro Thr Pro 140 Lys Ala Gly Thr
Val 145 Thr Thr Asp Val Val 150 Lys Thr Ile Ala Glu 155 Leu Arg Lys Gly Lys 160
Ile Glu Phe Lys Ala 165 Asp Arg Ala Gly Val 170 Cys Asn Val Gly Val 175 Ala
Lys Leu Ser Phe 180 Asp Ser Ala Gin Ile 185 Lys Glu Asn Val Glu 190 Ala Leu
Cys Ala Ala 195 Leu Val Lys Ala Lys 200 Pro Ala Thr Ala Lys 205 Gly Gin Tyr
Leu Val Asn Phe Thr Ile Ser Ser Thr Met Gly Pro Gly Val Thr Val
210 215 220
Asp Thr Arg Glu Leu Ile Ala Leu 225 230
PL 209 107 B1
187 <210> 303 <211> 238 <212> PRT <213> chlamydia <400> 303
Ile Asn Ser Lys Leu 5 Glu Thr Lys
Ile Lys Lys Ser 20 Phe Lys Met Gly
Thr Gin Asn 35 Cys Val Phe Ala Asp 40
Glu Pro 50 Leu Lys Asp Gin Gin 55 Ile
Val 65 Ala Ala Lys Met Thr 70 Ala Ser
Asn Asn Pro Ser Thr 85 Asn Ala Ser
Lys Ala Tyr Gin 100 Leu Ile Leu Glu
Gly Ile Ala 115 Asp Thr Ile Val Asp 120
Lys Ile 130 Thr Thr Asp Pro Ser 135 Leu
Phe 145 Pro Ile Thr Asn Lys 150 Ile Gin
Asn Ile Glu Thr Leu 165 Leu Gly Gly
Thr Pro Lys Ser 180 Ser Gly Ser Met
Ala Ser Arg 195 Met Glu Gly Gly Val 200
Asp Ser 210 Lys Pro Tyr Ala Ile 215 Ser
Asn Leu Cys Ser Leu Arg Thr Arg
Asn Leu 10 Ile Tyr Leu Lys Leu 15 Lys
Asn 25 Ser Gly Phe Tyr Leu 30 Tyr Asn
Asn Ile Lys Val Gly 45 Gin Met Thr
Ile Leu Gly Thr 60 Thr Ser Thr Pro
Asp Gly Ile 75 Ser Leu Thr Val Ser 80
Ile Thr 90 Ile Gly Leu Asp Ala 95 Glu
Lys 105 Leu Gly Asp Gin Ile 110 Leu Gly
Ser Thr Val Gin Asp 125 Ile Leu Asp
Gly Leu Leu Lys 140 Ala Phe Asn Asn
Cys Asn Gly 155 Leu Phe Thr Pro Arg 160
Thr Glu 170 Ile Gly Lys Phe Thr 175 Val
Phe 185 Leu Val Ser Ala Asp 190 Ile Ile
Val Leu Ala Leu Val 205 Arg Glu Gly
Tyr Gly Tyr Ser 220 Ser Gly Val Pro
Ile Ile Asn Thr Gly Leu
235
225 230 <210> 304 <211> 133 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 304
His Met His His His His His His 5
Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 20
Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn 35 40
Met Ala 10 Ser Ile Cys Gly Arg 15 Leu
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Ser
25 30
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr
188
PL 209 107 B1
Val Lys 50 Val Ala Lys Ser Ala 55 Ala Glu Leu Thr Ala 60 Asn Ile Leu Glu
Gin 65 Ala Gly Gly Ala Gly 70 Ser Ser Ala His Ile 75 Thr Ala Ser Gin Val 80
Ser Lys Gly Leu Gly 85 Asp Thr Arg Thr Val 90 Val Ala Leu Gly Asn 95 Ala
Phe Asn Gly Ala 100 Leu Pro Gly Thr Val 105 Gin Ser Ala Gin Ser 110 Phe Phe
Ser His Met 115 Lys Ala Ala Ser Gin 120 Lys Thr Gin Glu Gly 125 Asp Glu Gly
Leu Thr Ala Asp Leu
130 <210> 305 <211> 125 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 305
Met Ala Ser Ile Cys 5 Gly Arg Leu Gly Ser 10 Gly Thr Gly Asn Ala 15 Leu
Lys Ala Phe Phe 20 Thr Gin Pro Ser Asn 25 Lys Met Ala Arg Val 30 Val Asn
Lys Thr Lys 35 Gly Met Asp Lys Thr 40 Val Lys Val Ala Lys 45 Ser Ala Ala
Glu Leu 50 Thr Ala Asn Ile Leu 55 Glu Gin Ala Gly Gly 60 Ala Gly Ser Ser
Ala 65 His Ile Thr Ala Ser 70 Gin Val Ser Lys Gly 75 Leu Gly Asp Thr Arg 80
Thr Val Val Ala Leu 85 Gly Asn Ala Phe Asn 90 Gly Ala Leu Pro Gly 95 Thr
Val Gin Ser Ala 100 Gin Ser Phe Phe Ser 105 His Met Lys Ala Ala 110 Ser Gin
Lys Thr Gin 115 Glu Gly Asp Glu Gly 120 Leu Thr Ala Asp Leu 125
<210> 306 <211> 38 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 306 gagagcggcc gctcatgttt ataacaaagg aacttatg <210> 307 <211> 39 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 307 gagagcggcc gcttacttag gtgagaagaa gggagtttc <210> 308
PL 209 107 B1
189 <211> 1860 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 308 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact atccatgctc catcatcctt ccttattcgt gataccttta ctcatactca ctagcaggga attaatatca ttacgaaaac gacatctctt ggtggcgtta ggagctatca cgtggaggag caaattactt cttgtcgagt aacgggggag ttctctcaaa gaacagaatc atcacctctt gccggagatc attgctcata gcttccctag gcagcgaaca tcttccccta atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct actacgatca atcttactct ttgcagaaat ccatgatctc gtgatttctc aaatttcctt atggttttgg ttgttgcttt ttaaaaacaa tccagctcca tctttaccaa caattagcgg tcgaaggcaa tcttaggaaa ctatatacac atcatgcgaa aagatactat ctcaatgctc ttggaggagg gtggtaatat atcgacacaa aaaaccattc tacaaatcaa cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc catgtttata aagacaactt tattcccaag ggaattagct ttcctgtcct gttactaaat cttaggaaaa agccggagtc tggatctgaa ccaccacatt aggagatatg taaccaagct tgacttcgca tagcgctgtg tgcaggacct aagtaatttc taagaaaggc tcgctttgaa aattactgct agcaattctt tgcatttagc ttctatctta tattcatttc tgctcctgag tccgataact atggcgatcg ggcttgggtg gctccggcgg ccgatcaact atctcggtga gagggacccc acaaaggaac tctcaatctc tttctactag atttctggac gaaggcacta aaagtttcat aattcttctg ttttctgaat agcacaggag gccttccgca aaaggaagcg gtaacttctt ggatccagaa catggaggtg cttgccttta aaagcgaatc ggagcgattt aaaaataccg cataatacca ctagaaggga ggcaatacca atcaaagaag tttgatcctg tatgaaactc tccagctgtc cgggccagat ttgtcgacaa caagtctcgg cggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt ttatgaatcg caaatacaaa gagctctaat ataaacaagg attacatcat cagggggagc cgtccattca cctctattga gaatttttac ataatatcac tatcctttgt catcaatgaa ttctttttct ctatctacaa aagagaacac aacaaacatc acgcgcaata ctaaagaagg tcactttttc aaaaaccttc tgcttcatat ctccctataa tcatggcatt ccttcttctc ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat agttatagaa cttcttagta cgtctatgct taaagatcga caatcgcaaa ctttcggaat ttttaaacac atttactgat tgcgaaagag caaagggaat agatcaacgt acatagtggt taataaccaa taagaatggc aacaatagct ccccattcta tgtgaactta cggtggagcc cgataatgct tctaaccttg caccaaaaaa aatccaactt gtcagcatca acctaagtaa
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860 <210> 309 <211> 619 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 309
Met 1 His His His His 5 His His Thr Ala Ala 10
Ser Gin Gly Gly 20 Gin Gly Phe Ala Ile 25 Pro
Ile Ala Gly 35 Gin Ile Lys Leu Pro 40 Thr Val
Phe Leu 50 Gly Leu Gly Val Val 55 Asp Asn Asn
Gin 65 Arg Val Val Gly Ser 70 Ala Pro Ala Ala
Gly Asp Val Ile Thr 85 Ala Val Asp Gly Ala 90
Ala Met Ala Asp 100 Ala Leu Asn Gly His 105 His
Val Thr Trp 115 Gin Thr Lys Ser Gly 120 Gly Thr
Leu Ala 130 Glu Gly Pro Pro Ala 135 Glu Phe Cys
Arg 145 Pro Leu Met Phe Ile 150 Thr Lys Glu Leu
Ile His Ala His Tyr 165 Asp Gin Arg Gin Leu 170
Asn Phe Leu Val 180 His His Pro Tyr Leu 185 Thr
Leu Gly Ala Leu Ile Val Tyr Ala Pro Tyr
Ser
Ile
His
Gly
Ser
Pro
Pro
Arg
Arg
Met
155
Ser
Leu
Ser
Asp Asn Phe
Gly Gin Ala
Ile Gly 30 Pro
Asn 45 Gly Ala
60 Leu Gly Ile
Ile Asn Ser
Gly Asp Val
Thr Gly 110 Asn
Tyr 125 Pro Ser
14 0 Asn Arg Val
Gin Ser Pro
Ile Pro Lys
Phe Ala 190 Glu
Gin Leu 15
Met Ala
Thr Ala
Arg Val
Ser Thr 80
Ala Thr 95
Ile Ser
Val Thr
His Trp
Ile Glu 160
Asn Thr 175
Phe Leu
Met Glu
190
PL 209 107 B1
195 200
Leu Ala Ile Ser Gly His Lys Gin Gly Lys Asp
210 215
Met Ile Ser Ser Cys Pro Glu Gly Thr Asn Tyr
225 230 235
Leu Ile Leu Ser Asp Phe Ser Leu Leu Asn Lys
245 250
Ala Phe Arg Asn Leu Ala Gly Lys Ile Ser Phe
260 265
Ser Ala Ser Ile His Phe Lys His Ile Asn Ile
275 280
Gly Val Phe Ser Glu Ser Ser Ile Glu Phe Thr
290 295
Val Ala Phe Gly Ser Glu Ser Thr Gly Gly Ile
305 310 315
Asp Ile Ser Phe Lys Asn Asn His His Ile Ala
325 330
Thr Lys Gly Asn Gly Gly Val Ile Gin Leu Gin
340 345
Ser Val Ser Phe Val Asp Gin Arg Gly Ala Ile
355 360
Gin Ala Val Thr Ser Ser Ser Met Lys His Ser
370 375
Ile Ser Gly Asp Phe Ala Gly Ser Arg Ile Leu
385 390 395
Gin Ile Thr Phe Glu Gly Asn Ser Ala Val His
405 410
Asn Lys Asn Gly Leu Val Glu Phe Leu Gly Asn
420 425
Phe Lys Glu Asn Thr Thr Ile Ala Asn Gly Gly
435 440
Asn Phe Lys Ala Asn Gin Gin Thr Ser Pro Ile
450 455
His Ala Asn Lys Lys Gly Gly Ala Ile Tyr Ala
465 470 475
Glu Gin Asn Gin Asp Thr Ile Arg Phe Glu Lys
485 490
Gly Gly Gly Ala Ile Thr Ser Ser Gin Cys Ser
500 505
Thr Ile Thr Phe Ser Asp Asn Ala Ala Gly Asp
515 520
Ile Leu Leu Glu Gly Lys Lys Pro Ser Leu Thr
530 535
Gly Asn Ile Ala Phe Ser Gly Asn Thr Met Leu
545 550 555
Ala Ser Leu Asp Arg His Asn Ser Ile Leu Ile
565 570
Lys Ile Gin Leu Ala Ala Asn Lys Asn His Ser
580 585
Pro Val Met Ala Leu Ser Ala Ser Ser Ser Pro
595 600
Pro Glu Tyr Glu Thr Pro Phe Phe Ser Pro Lys
610 615
205
Arg 220 Asp Thr Phe Thr
Ile Ile Asn Arg Lys 240
Val Ser Ser Gly 255 Gly
Leu Gly Lys 270 Asn Ser
Asn Gly 285 Phe Gly Ala
Asp 300 Leu Arg Lys Leu
Phe Thr Ala Lys Glu 320
Phe Arg Asn Asn 335 Ile
Gly Asp Met 350 Lys Gly
Ile Phe 365 Thr Asn Asn
Gly 380 Arg Gly Gly Ala
Phe Leu Asn Asn Gin 400
Gly Gly Ala Ile 415 Tyr
Ala Gly Pro 430 Leu Ala
Ala Ile 445 Tyr Thr Ser
Leu 460 Phe Ser Gin Asn
Gin Tyr Val Asn Leu 480
Asn Thr Ala Lys 495 Glu
Ile Thr Ala 510 His Asn
Leu Gly 525 Gly Gly Ala
Leu 540 Ile Ala His Ser
His Ile Thr Lys Lys 560
Lys Glu Ala Pro 575 Tyr
Ile His Phe 590 Phe Asp
Ile Gin 605 Ile Asn Ala
<210> 310 <211> 39 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 310 gagagcggcc gctccattct attcatttct ttgatcctg <210> 311 <211> 33 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 311
PL 209 107 B1
191 gagagcggcc gcttagaagc caacatagcc <210> 312 <211> 2076 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis tcc <400> 312 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact gcatcatctt aagggtatga aatagaacat aatggagccc ccaggatcct aaagaacccc caagcagaga gatcctgaag atcttgctca acgaacaaac aacaatacta gaatccaatc cagacagcct tcatacttcg gaagaaagct tccctgacac ccagaacaca ccccttactg tgctccaaaa ggagcctctt atcgaagcca ttttccaaga ttagggaata aaacgagaaa aatggctgtt aaagcatgtt aatagcttat atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct cccctataca tcgttttctc cgatttttaa atctgattgt ccttggctct tagaaattaa tccgtgccgg gattattcta cctctgataa aatcaggatt aacaaaaaat gagtggggcg ctcataactt gagttttaat ttatatctcg tctctggagg tcacttcaga tcaattctac aagatcacac atacattcct caaatatctt caaaacttct gctcttttgc acccatccac cagttccaac ccttatacat cctgcggagg cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc ccattctatt aatcaatgct gggtgcgaat ccaacccgtt ccaaagcttc atacacgatg tggtttaagc caacgctcct cgaaaatcgc aactgtagat ccaaggagcc attaagagct tgccgttcct aggcgatcat tggaggaact tttaggagct aggctcacat aggaattgtt attatgtgca ctatgggaaa agaatatgat gcaaagagct aaacatcgcc tctactaggt tcttgctcac ctccgcacac cacggcatat ctatgttggc tccgataact atggcgatcg ggcttgggtg gctccggcgg ccgatcaact atctcggtga gagggacccc catttctttg cctgagtatg cttttagatg catctatata aaacagaccg aactcgttct tttggagtag ttacgattat gatactgcag atctccaaat tggcatttta tcttggctcc aattccttat ctatgtaata ggagcagaaa acaggaacct atgttcggag cagaatgtcg gccttagatc tgggatacat caaactatgc tttactgaaa atccccatag aagggatcca ctggctatga acattggcaa actatcaacc ttctaa tccagctgtc cgggccagat ttgtcgacaa caagtctcgg cggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt atcctgtcat aaactccctt atgctaggga atggcaccct gaggacgtat tccatggcaa atatctctcc ccggatcccc catcaccata ttactactga gctggcagcc caacaggaga ggagcacatt atcgatctct tgtctaccca ctatcatacg attcgttcgt gtttaaccca acaacgcgat tcggtatgcg gcgtattctc caggctataa ggattggtta tcggttactc atgattttgc atcaattgat gtgaagggaa ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat ggcattgtca cttctcacct agatgttgca atctatcgaa cagtttatct catatccagc ttctaatctt atctatccat ccaaatggaa ttctctagtt aaatactata atatgtcctt tttactttta tattcctact ctcctcagaa cttaactccc tgcagactta tgtctgggga ggtccgcata aggaacatta attcgccaac cccaagaagt tgaattctgc tcgagatatt ttggactacc tcttcgctat gaacctctcc
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2076 <210>
<211>
<212>
<213>
313
691
PRT
Chlamydia trachomatis <400> 313
Met 1 His His His His 5 His His Thr Ala Ala 10 Ser Asp Asn Phe Gin 15 Leu
Ser Gin Gly Gly 20 Gin Gly Phe Ala Ile 25 Pro Ile Gly Gin Ala 30 Met Ala
Ile Ala Gly 35 Gin Ile Lys Leu Pro 40 Thr Val His Ile Gly 45 Pro Thr Ala
Phe Leu 50 Gly Leu Gly Val Val 55 Asp Asn Asn Gly Asn 60 Gly Ala Arg Val
Gin 65 Arg Val Val Gly Ser 70 Ala Pro Ala Ala Ser 75 Leu Gly Ile Ser Thr 80
Gly Asp Val Ile Thr 85 Ala Val Asp Gly Ala 90 Pro Ile Asn Ser Ala 95 Thr
Ala Met Ala Asp 100 Ala Leu Asn Gly His 105 His Pro Gly Asp Val 110 Ile Ser
Val Thr Trp 115 Gin Thr Lys Ser Gly 120 Gly Thr Arg Thr Gly 125 Asn Val Thr
Leu Ala 130 Glu Gly Pro Pro Ala 135 Glu Phe Cys Arg Tyr 140 Pro Ser His Trp
192
PL 209 107 B1
Arg 145 Pro Leu His Ser Ile 150 His
Ala Ser Ser Ser Pro 165 Ile Gin
Phe Phe Ser Pro 180 Lys Gly Met
Asp Asp Ala 195 Arg Glu Asp Val
Pro Val 210 His Leu Tyr Asn Gly 215
Leu 225 Ile Val Gin Ser Phe 230 Lys
Pro Gly Ser Ser Leu 245 Ala Leu
Asn Ile Ser Ser 260 Lys Glu Pro
Val Asp Ile 275 Ser Pro Ser Asn
Ala Pro 290 Leu Arg Leu Ser Gly 295
Leu 305 Phe Tyr Glu Asn Arg 310 Asp
Ile Leu Leu Thr Ser 325 Asp Lys
Asp Ser Leu Val 340 Thr Asn Lys
Phe Ser Trp 355 Gin Pro Asn Thr
Arg Ala 370 Ser Trp Leu Pro Thr 375
Val 385 Gly Arg Ala Val Pro 390 Asn
Gin Thr Ala Ser His 405 Asn Leu
Leu Ile Pro Thr 420 Ser Tyr Phe
Glu Met Ser 435 Thr His Ser Ser
Gly Ala 450 Thr Gly Thr Ser Ile 455
Ser 465 Gly Gly Gly Ser His 470 Met
Pro Glu His Ile Thr 485 Ser Glu
His Val Trp Gly 500 Pro Leu Thr
Asp His Asn 515 Ala Met Val Arg
Gly Lys 530 Trp Asp Thr Phe Gly 535
Thr 545 Phe Leu Glu Tyr Asp 550 Gin
Ile Glu Ala Thr Asn 565 Ile Leu
Asn Pro Arg Ser 580 Phe Ser Lys
Ile Gly Ile 595 Gly Tyr Glu Phe
Leu Gly 610 Lys Gly Ser Ile Gly 615
Pro 625 Ser Thr Leu Ala His 630 Leu
Asn Gly Cys Ser Val 645 Pro Thr
Ile Leu Arg Tyr 660 Lys Ala Cys
Asn Arg Glu Gly Lys Asn Leu
675
Phe Phe Asp Pro 155 Val Met Ala Leu
Ile Asn Ala 170 Pro Glu Tyr Glu Thr 175
Ile Val 185 Phe Ser Gly Ala Asn 190 Leu
Ala 200 Asn Arg Thr Ser Ile 205 Phe Asn
Thr Leu Ser Ile Glu 220 Asn Gly Ala
Gin Thr Gly Gly 235 Arg Ile Ser Leu
Tyr Thr Met 250 Asn Ser Phe Phe His 255
Leu Glu 265 Ile Asn Gly Leu Ser 270 Phe
Leu 280 Gin Ala Glu Ile Arg 285 Ala Gly
Ser Pro Ser Ile His 300 Asp Pro Glu
Thr Ala Ala Ser 315 Pro Tyr Gin Met
Thr Val Asp 330 Ile Ser Lys Phe Thr 335
Gin Ser 345 Gly Phe Gin Gly Ala 350 Trp
Ile 360 Asn Asn Thr Lys Gin 365 Lys Ile
Gly Glu Tyr Val Leu 380 Glu Ser Asn
Ser Leu Trp Ser 395 Thr Phe Leu Leu
Gly Asp His 410 Leu Cys Asn Asn Arg 415
Gly Val 425 Leu Ile Gly Gly Thr 430 Gly
Glu 440 Glu Glu Ser Phe Ile 445 Ser Arg
Ile Arg Leu Thr Pro 460 Ser Leu Thr
Phe Gly Asp Ser 475 Phe Val Ala Asp
Gly Ile Val 490 Gin Asn Val Gly Leu 495
Val Asn 505 Ser Thr Leu Cys Ala 510 Ala
Ile 520 Cys Ser Lys Lys Asp 525 His Thr
Met Arg Gly Thr Leu 540 Gly Ala Ser
Thr Met Arg Val 555 Phe Ser Phe Ala
Gin Arg Ala 570 Phe Thr Glu Thr Gly 575
Thr Lys 585 Leu Leu Asn Ile Ala 590 Ile
Cys 600 Leu Gly Asn Ser Ser 605 Phe Ala
Tyr Ser Arg Asp Ile 620 Lys Arg Glu
Ala Met Asn Asp 635 Phe Ala Trp Thr
Ser Ala His 650 Thr Leu Ala Asn Gin 655
Ser Leu 665 Tyr Ile Thr Ala Tyr 670 Thr
Ser Asn Ser Leu Ser Cys Gly Gly
680 685
Ser
160
Pro
Leu
Gin
His
Ser
240
Gly
Gly
Asn
Gly
Glu
320
Thr
His
Leu
Arg
Leu
400
Ser
Ala
Leu
Leu
Leu
480
Thr
Leu
Tyr
Tyr
Asn
560
Tyr
Pro
Leu
Asn
Thr
640
Leu
Ile
Tyr
PL 209 107 B1
193
Val Gly Phe 690 <210> 314 <211> 38 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 314 gagagcggcc gctcatgatt aaaagaactt ctctatcc <210> 315 <211» 36 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 315 agcggccgct tataattctg catcatcttc tatggc <210> 316 <211> 1941 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 316 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact tttttttatc cggcgattta accgcccaaa tcaggcaata ggagcctttg tgcaacaact cgattcttaa gttggaacag actttgacag gccatctctg aacaatcaca gcaatctgta aactataacc aacaaagaaa gcaagtaacg tctatctact attgacatcc gcctttaatt attgttttta ctttttcata gatactcgta aataacccac tctggagctg aaagaacaca gaagatgatg atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct tttcaactat ctttttcgga acatcgtttt cgcaaactca atatggttac actgcacaca ataatcaaga gagatcacaa ggaatcgaac ctgacactca cgctcaatca gtagaagaga aaggcgggaa gaatcatctt gaggagccat tcgacagcaa gagataacgg tatcgaaacc ataataacgt ttaataataa tctattttta catctcctac ttgtgttctc attacattaa cagaattata cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc catgattaaa atccattttg tagagagatt atctaattta aatcttttct tacctcattc taataaaggc cgtgcttttt cgaaaaaaat tcttgccttt aatatcaata tataccgtac cttgtgctca aggtggagct ttcaaacaat tcaaacgaca cactgctaca acccgtctat acgttcagcg tgtctttact tgagataaca tgatcttttc cagtagaaac ctacaatcaa agaagcccca a
tccgataact atggcgatcg ggcttgggtg gctccggcgg ccgatcaact atctcggtga gagggacccc agaacttctc caagctaatg cagttcgtcc cagtcaaacg aattccgtta acggcctctg ggaggagcta tataataaca aggggcggtg attaacaata actgataccg acgcaagctg atcagcaata attagcgcta agttccctgg caaggattta cacgccgggg tttctaaata acaaattata cttgacggta ccatatacat caatgggagc accattaccg atgtctagtg actactttaa tccagctgtc cgggccagat ttgtcgacaa caagtctcgg cggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt tatcctttgc aaacggatac tagatcccgc gaaccggagc acaccaccgc ataatgctaa ttcgttccgg tatcggcagg cgctttatgc tgtctggaga ttaaaggaat aaaatatggc attctggtcc cccgatgtgt gatggagcca ctttacgaaa gagccattaa actctgctgc tccatacagg atttattagg tgtctctcgg gtgttaaaga ttaacccgga acatacgaac aattcggaac ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat ttgcctcagt gctacagttc ctctttaatt ctgtaccatt agattctggt tctactcttc aggacctatt ggctaaatat aactactatc ctgcggtgga tttatttgaa acgaggagga catagttttt tattgacaat atcttcttct taataaaggc ctgtggttac ctggggagcg gacaggcgat gaaacggaaa cgctaaaaaa aaatactagc aacagagttt tctgatgggt gctagccata
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1941 <210> 317 <211> 646 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 317
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu 1 5 10 15
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala Ile Pro Ile Gly Gin Ala Met Ala
194
PL 209 107 B1
20 25 30
Ile Ala Gly Gin Ile Lys Leu Pro Thr Val His Ile Gly Pro Thr Ala
35 40 45
Phe Leu Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg Val
50 55 60
Gin Arg Val Val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile Ser Thr
65 70 75 80
Gly Asp Val Ile Thr Ala Val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser Ala Thr
85 90 95
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Val Ile Ser
100 105 110
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Val Thr
115 120 125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp
130 135 140
Arg Pro Leu Met Ile Lys Arg Thr Ser Leu Ser Phe Ala Cys Leu Ser
145 150 155 160
Phe Phe Tyr Leu Ser Thr Ile Ser Ile Leu Gin Ala Asn Glu Thr Asp
165 170 175
Thr Leu Gin Phe Arg Arg Phe Thr Phe Ser Asp Arg Glu Ile Gin Phe
180 185 190
Val Leu Asp Pro Ala Ser Leu Ile Thr Ala Gin Asn Ile Val Leu Ser
195 200 205
Asn Leu Gin Ser Asn Gly Thr Gly Ala Cys Thr Ile Ser Gly Asn Thr
210 215 220
Gin Thr Gin Ile Phe Ser Asn Ser Val Asn Thr Thr Ala Asp Ser Gly
225 230 235 240
Gly Ala Phe Asp Met Val Thr Thr Ser Phe Thr Ala Ser Asp Asn Ala
245 250 255
Asn Leu Leu Phe Cys Asn Asn Tyr Cys Thr His Asn Lys Gly Gly Gly
260 265 270
Ala Ile Arg Ser Gly Gly Pro Ile Arg Phe Leu Asn Asn Gin Asp Val
275 280 285
Leu Phe Tyr Asn Asn Ile Ser Ala Gly Ala Lys Tyr Val Gly Thr Gly
290 295 300
Asp His Asn Glu Lys Asn Arg Gly Gly Ala Leu Tyr Ala Thr Thr Ile
305 310 315 320
Thr Leu Thr Gly Asn Arg Thr Leu Ala Phe Ile Asn Asn Met Ser Gly
325 330 335
Asp Cys Gly Gly Ala Ile Ser Ala Asp Thr Gin Ile Ser Ile Thr Asp
340 345 350
Thr Val Lys Gly Ile Leu Phe Glu Asn Asn His Thr Leu Asn His Ile
355 360 365
Pro Tyr Thr Gin Ala Glu Asn Met Ala Arg Gly Gly Ala Ile Cys Ser
370 375 380
Arg Arg Asp Leu Cys Ser Ile Ser Asn Asn Ser Gly Pro Ile Val Phe
385 390 395 400
Asn Tyr Asn Gin Gly Gly Lys Gly Gly Ala Ile Ser Ala Thr Arg Cys
405 410 415
Val Ile Asp Asn Asn Lys Glu Arg Ile Ile Phe Ser Asn Asn Ser Ser
420 425 430
Leu Gly Trp Ser Gin Ser Ser Ser Ala Ser Asn Gly Gly Ala Ile Gin
435 440 445
Thr Thr Gin Gly Phe Thr Leu Arg Asn Asn Lys Gly Ser Ile Tyr Phe
450 455 460
Asp Ser Asn Thr Ala Thr His Ala Gly Gly Ala Ile Asn Cys Gly Tyr
465 470 475 480
Ile Asp Ile Arg Asp Asn Gly Pro Val Tyr Phe Leu Asn Asn Ser Ala
485 490 495
Ala Trp Gly Ala Ala Phe Asn Leu Ser Lys Pro Arg Ser Ala Thr Asn
500 505 510
Tyr Ile His Thr Gly Thr Gly Asp Ile Val Phe Asn Asn Asn Val Val
515 520 525
Phe Thr Leu Asp Gly Asn Leu Leu Gly Lys Arg Lys Leu Phe His Ile
530 535 540
Asn Asn Asn Glu Ile Thr Pro Tyr Thr Leu Ser Leu Gly Ala Lys Lys
545 550 555 560
Asp Thr Arg Ile Tyr Phe Tyr Asp Leu Phe Gin Trp Glu Arg Val Lys
PL 209 107 B1
195
565 570 575
Glu Asn Thr Ser Asn Asn Pro Pro Ser Pro Thr Ser Arg Asn Thr Ile
580 585 590
Thr Val Asn Pro Glu Thr Glu Phe Ser Gly Ala Val Val Phe Ser Tyr
595 600 605
Asn Gin Met Ser Ser Asp Ile Arg Thr Leu Met Gly Lys Glu His Asn
610 615 620
Tyr ile Lys Glu Ala Pro Thr Thr Leu Lys Phe Gly Thr Leu Ala Ile
625 630 635 640
Glu Asp Asp Ala Glu Leu 645 <210> 318 <211> 34 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 318 gagagcggcc gctcgacata cgaactctga tggg 34 <210> 319 <211> 33 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 319 gagagcggcc gcttaaaaga ccagagctcc tcc 33 <210> 320 <211> 2148 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 320 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg 60 cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc 120 accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac 180 ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc 240 ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac 300 gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc 360 ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat 420 ccatcacact ggcggccgct cgacatacga actctgatgg gtaaagaaca caattacatt 480 aaagaagccc caactacttt aaaattcgga acgctagcca tagaagatga tgcagaatta 540 gaaatcttca atatcccgtt tacccaaaat ccgactagcc ttcttgcttt aggaagcggc 600 gctacgctga ctgttggaaa gcacggtaag ctcaatatta caaatcttgg tgttatttta 660 cccattattc tcaaagaggg gaagagtccg ccttgtattc gcgtcaaccc acaagatatg 720 acccaaaata ctggtaccgg ccaaactcca tcaagcacaa gtagtataag cactccaatg 780 attatcttta atgggcgcct ctcaattgta gacgaaaatt atgaatcagt ctacgacagt 840 atggacctct ccagagggaa agcagaacaa ctaattctat ccatagaaac cactaatgat 900 gggcaattag actccaattg gcaaagttct ctgaatactt ctctactctc tcctccacac 960 tatggctatc aaggtctatg gactcctaat tggataacaa caacctatac catcacgctt 1020 aataataatt cttcagctcc aacatctgct acctccatcg ctgagcagaa aaaaactagt 1080 gaaactttta ctcctagtaa cacaactaca gctagtatcc ctaatattaa agcttccgca 1140 ggatcaggct ctggatcggc ttccaattca ggagaagtta cgattaccaa acataccctt 1200 gttgtaaact gggcaccagt cggctacata gtagatccta ttcgtagagg agatctgata 1260 gccaatagct tagtacattc aggaagaaac atgaccatgg gcttacgatc attactcccg 1320 gataactctt ggtttgcttt gcaaggagct gcaacaacat tatttacaaa acaacaaaaa 1380 cgtttgagtt atcatggcta ctcttctgca tcaaaggggt ataccgtctc ttctcaagca 1440 tcaggagctc atggtcataa gtttcttctt tccttctccc agtcatctga taagatgaaa 1500 gaaaaagaaa caaataaccg cctttcttct cgttactatc tttctgcttt atgtttcgaa 1560 catcctatgt ttgatcgcat tgctcttatc ggagcagcag cttgcaatta tggaacacat 1620 aacatgcgga gtttctatgg aactaaaaaa tcttctaaag ggaaatttca ctctacaacc 1680 ttaggagctt ctcttcgctg tgaactacgc gatagtatgc ctttacgatc aataatgctc 1740 accccatttg ctcaggcttt attctctcga acagaaccag cttctatccg agaaagcggt 1800 gatctagcta gattatttac attagagcaa gcccatactg ccgttgtctc tccaatagga 1860 atcaaaggag cttattcttc tgatacatgg ccaacactct cttgggaaat ggaactagct 1920 taccaaccca ccctctactg gaaacgtcct ctactcaaca cactattaat ccaaaataac 1980 ggttcttggg tcaccacaaa taccccatta gctaaacatt ccttttatgg gagaggttct 2040
196
PL 209 107 B1 cactecotca aattttctca tctgaaacta tttgctaact atcaagcaga agtggctact 2100 tccaotgtct cacactacat caatgcagga ggagctctgg tcttttaa 2148 <210> 321 <211» 715 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis c400> 321
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
1 5 10 15
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala Ile Pro Ile Gly Gin Ala Met Ala
20 25 30
Ile Ala Gly Gin Ile Lys Leu Pro Thr Val His Ile Gly Pro Thr Ala
35 40 45
Phe Leu Gly Łeu Gly val val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg Yal
50 55 60
Gin Arg val Val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile Ser Thr
65 70 75 SO
Gly Asp val Ile Thr Ala val ASp Gly Ala Pro ile Asn Ser Ala Thr
85 90 95
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Yal Ile Ser
100 105 110
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Ann Yal Thr
115 120 125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp
130 135 140
Arg Pro Leu Asp Ile Arg Thr Leu Met Gly Lys Glu His Asn Tyr Ile
145 150 15 5 160
Lys Glu Ala Pro Thr Thr Leu Lys Phe Gly Thr Leu Ala Ile Glu Asp
165 170 17 5
Asp Ala Glu Leu Glu Ile Phe Asn Ile Pro Phe Thr Gin Asn Pro Thr
180 185 190
Ser Leu Leu Ala Leu Gly Ser Gly Ala Thr Leu Thr Val Gly Lys His
195 200 205
Gly Lys Leu Asn Ile Thr Aan Leu Gly Yal Ile Leu Prc Ile Tle Len
210 215 220
Lys Glu Gly Lys Ser Pro Pro Cys Ile Arg val Asn. Pro Gin Asp Met
225 230 235 240
Thr Gin Asn Thr Gly Thr Gly Gin Thr Pro Ser Ser Thr Ser Ser ile
245 250 255
Ser Thr Pro Met Ile Ile Phe Asn Gly Arg Leu Ser Ile Yal Asp Glu
260 265 270
Asn Tyr Glu Ser Val Tyr Asp Ser Met Asp Leu Ser Arg Gly Lys Ala
275 280 285
Glu Gin Leu Ile Leu Ser Ile Glu Thr Thr Asn Asp Gly Gin Leu Asp
2 90 295 300
Ser Asn Trp Gin Ser Ser Leu Asn Thr Ser Leu Leu Ser Pro Pro His
305 310 315 320
Tyr Gly Tyr Gin Gly Leu Trp Thr Pro Asn Trp Ile Thr Thr Thr Tyr
325 330 335
Thr Ile Thr Leu Asn Asn Asn Ser Ser Ala Pro Thr Ser Ala Thr Ser
340 34 5 350
Ile Ala Glu Gin Lys Lys Thr Ser Glu Thr Phe Thr Pro Ser Asn Thr
355 360 365
Thr Thr Ala Ser Ile Pro Aan ile I1ys Ala Ser Ala Gly Ser Gly Ser
370 375 380
Gly Ser Ala Ser Asn Ser Gly Glu val Thr Ile Thr Lys His Thr Leu
385 3 90 395 400
Val Val Asn Trp Ala Pro Val Gly Tyr Ile Yal Asp Pro Ile Arg
405 410 415
Gly Asp Leu Ile Ala Asn Ser Leu Yal His Ser Gly Arg Asn Met Thr
420 425 430
Met Sly Leu Arg Ser Leu Leu Pro Asp Asn Ser Trp Phe Ala Leu Gin
435 440 445
Gly Ala Ala Thr Thr Leu Phe Thr Lys Gin Gin. Lys Arg Leu Ser Tyr
450 455 460
His Gly Tyr Ser Ser Ala Ser Lys Gly Tyr Thr val Ser Ser Gin Ala
PL 209 107 B1
197
465 470 475 480
Ser Gly Ala His Gly His Lys Phe Leu Leu Ser Phe Ser Gin Ser Ser
485 490 495
Asp Lys Met Lys Glu Lys Glu Thr Asn Asn Arg Leu Ser Ser Arg Tyr
500 505 510
Tyr Leu Ser Ala Leu Cys Phe Glu His Pro Met Phe Asp Arg Ile Ala
515 520 525
Leu Ile Gly Ala Ala Ala Cys Asn Tyr Gly Thr His Asn Met Arg Ser
530 535 540
Phe Tyr Gly Thr Lys Lys Ser Ser Lys Gly Lys Phe His Ser Thr Thr
545 550 555 560
Leu Gly Ala Ser Leu Arg Cys Glu Leu Arg Asp Ser Met Pro Leu Arg
565 570 575
Ser Ile Met Leu Thr Pro Phe Ala Gin Ala Leu Phe Ser Arg Thr Glu
580 585 590
Pro Ala Ser ile Arg Glu Ser Gly Asp Leu Ala Arg Leu Phe Thr I.eu
5 95 600 605
Glu Glu Ala His Thr Ala Val Val Ser Pro Ile Gly Ile Lys Gly Ala
610 615 620
Tyr Ser Ser Asp Thr Trp Pro Thr Leu Ser Trp Glu Met Glu Leu Ala
625 630 635 640
Tyr Gin Pro Thr Leu Tyr Trp Lys Arg Pro Leu Leu Asn Thr Leu Leu
645 650 655
ile Gin Asn Asn Gly Ser Trp Val Thr Thr Asn Thr Pro Leu Ala Lys
660 665 670
His ser Phe Tyr Gly Arg Gly Ser H1b Ser Leu Lys Phe Ser His Leu
675 680 685
Lys Leu Phe Ala Asn Tyr Gin Ala Glu Val Ala Thr Ser Thr Val Ser
690 695 700
His Tyr Ile Asn Ala Gly Gly Ala Leu Val Phe
705 710 715
<210s 322 <211> 37 <212 > DNA <213> Chlamydia trachomatis <400? 322 gagagcggcc gctcatgcct ttttctttga gatctac <210? 32.3 <211> 36 <212s DNA <213? Chlamydia trachomatis <400> 323 gagagcggcc gcttacacag atccattacc ggactg <210? 324 <211? 1896 <212? DNA <213? Chlamydia trachomatis <4005 324 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact gcttgtttgt gtaaccactc gtctatgcag accggacaaa gccttcatct aaaaatgttt atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct gttcctattc cttttaaggg gggcagagaa accatacatfc cagcaggaga cttgcggaga cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc catgcctttt gtatggattc ggacgatgtt cggctcaatt atcatfctaca gacacttact aaagggaatg tccgataact atggcgatcg ggcttgggtg gctccggcgg ccgatcaact atctcggtga gagggacccc tctttgagat gcgagctctc tacttgaatg atctcagcta gattctcaag ctgaaagatt atctcaggga tccagctgtc cgggccagat ttgtcgacaa caagtctcgg cggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt ctacatcatt ctcaagtgtt gagactgcgc atggcgacaa ggccagttct tttcgagttt aaaccgtgag ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat ttgtttttta aacacctaat ttttgteaat tttaacgatt tcaaaattat gatgttctcg tatttccgga
120
180
240
300
360
420
4B0
540
600
660
720
780
840
198
PL 209 107 B1 gcaggcgaag tgattttttg ggataactct gtggggtatt ctcctttgtc tattgtgcca 300 gcatcgactc caactcctcc agcaccagca ccagctcctg ctgcttcaag ctctttatct 960 ccaacagtta gtgatgctcg gaaagggtct attttttctg tagagactag tttggagatc 1020 tcaggcgtea aaaaaggggt catgttcgat aataatgccg ggaattttgg aacagttttt 1080 cgaggtaata gtaataataa tgctggtagt gggggtagtg ggtctgctac aacaccaagt 1140 tttaeagtta aaaactgtaa agggaaagtt tctttcacag ataacgtagc ctcctgtgga 1200 ggcggagtag tctacaaagg aactgtgctt ttcaaagaca atgaaggagg catattcttc 1260 cgagggaaca cagcatacga tgatttaggg attcttgctg ctactagtcg ggatcagaat 1320 acggagacag gaggcggtgg aggagttatt tgctctccag atgattctgt aaagtttgaa 1380 ggcaataaag gttctattgt ttttgattac aactttgcaa aaggcagagg cggaagcatc 1440 ctaacgaaag aattctctct tgtagcagat gattcggttg tctttagtaa caatacagca 1500 gaaaaaggcg gtggagctat ttatgctcct actatcgata taagcacgaa tggaggatcg 1560 attctgtttg aaagaaaccg agctgcagaa ggaggcgcca tctgcgtgag tgaagcaagc 1620 tctggttcaa ctggaaatct tactttaagc gcttctgatg gggatattgt ttttcctggg 1660 aatatgacga gtgatcgtcc tggagagcgc agcgcagcaa gaatcttaag tgatggaacg 1740 actgtttctt taaatgcttc cggactatcg aagetgatct tttatgatce tgtagtacaa 1800 aataattcag cagcgggtgc atcgacacca tcaccatctt cttcctctat gcctggtgct 1860 gtcacgatta atcagtccgg taatggatct gtgtaa 1896 <210> 325 c211> 631 <212> PRT <213 s Chlamydia trachomatis <400> 325
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
1 5 10 15
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala Ile Pro ile Gly Gin Ala Met Ala
20 25 30
Ile Ala Gly Gin Ile Lys Leu Pro Thr Val His Ile Gly Pro Thr Ala
35 40 45
Phe Leu Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg Val
50 55 60
Gin Arg Vai Val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly ile Ser Thr
65 70 75 80
Gly Asp Val Ile Thr Ala Val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser Ala Thr
85 90 95
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp val Ile Ser
100 105 no
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Val Thr
115 12 0 125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro ser His Trp
130 13 5 140
Arg Pro Leu Met Pro Phe Ser Leu Arg Ser Thr Ser Phe cys Phe Leu
145 150 155 160
Ala Cys Leu Cys Ser Tyr Ser Tyr Gly Phe Ala Ser Ser Pro Gin Val
165 170 175
Leu Thr Pro Asn Val Thr Thr Pro Phe Lys Gly Asp ASp val iyr Leu
180 185 190
Asn Gly Asp cys Ala Phe Val Asn Val Tyr Ala Gly Ala Glu Asn Gly
195 200 205
Ser Ile Ile Ser Ala Aan Gly Asp Asn Leu Thr Ile Thr Gly Gin Asn
210 215 220
His Thr I,eu Ser Phe Thr Asp Ser Gin Gly Pro Val Leu Gin Asn Tyr
225 230 235 240
Ala Phe Ile Ser Ala Gly Glu Thr Leu Thr Leu Lys Asp Phe Ser Ser
245 250 255
Leu Met Phe Ser Lys Asn Val ser Cys Gly Glu Lys Gly Met Ile Ser
260 265 270
Gly Lys Thr Val Ser Ile Ser Gly Ala Gly Glu Val Ile Phs Trp Asp
275 280 285
Asn Ser Val Giy Tyr Ser Pro Leu Ser Ile val Pro Ala Ser Thr Pro
2 90 295 300
Thr Pro Pro Ala Pro Ala Pro Ala Pro Ala Ala Ser Ser Ser Leu Ser
305 310 315 320
Pro Thr Val Ser Asp Ala Arg Lys Gly Ser Ile Phe Ser val- Glu Thr
325 330 335
Ser Leu Glu Ile Ser Gly Val Lys Lys Gly val Met Phe Asp Asn Asn
PL 209 107 B1
199
340
345
350
Ala Gly Asn Phe Gly Thr Val Phe Arg Gly Asn Ser Asn Asn Asn Ale
55
360
365
Gly Ser Gly Gly Ser Gly Ser Ala Thr Thr Pro Ser Phe Thr Val Lvs
370
375
380
Asn Cys Lys Gly Lys Val Ser Phe Thr Asp Asn Val Ala Ser Cys Gly
385
390
95
400
Gly Gly Val Val Tyr Lys Gly Thr Val Leu Phe Lys Asp Asn Glu Gly
405
410
415
Gly Ile Phe Phe Arg Gly Asn Thr Ala Tyr Asp Asp Leu Gly Ile Leu
420
425
430
Ala Ala Thr Ser Arg Asp Gin Asn Thr Glu Thr Gly Gly Gly Gly Gly
435
440
445
450 CYS SCr Pr° ASP ASP 731 LYS GlU θ1Υ ASn LYE Gly
455
460
Ser ile Val Phe Asp Tyr Asn Phe Ala Lys Gly Arg Gly Gly Ser ile
465
470
475
480
Leu Thr Lys Glu Phe Ser Leu Val Ala Asp Asp Ser Val Val Phe Ser
485
490
495
Asn Asn Thr Ala Glu Lys Gly Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Pro Thr ile
500
505
510
Asp Ile Ser Thr Asn Gly Gly Ser Ile Leu Phe Glu Arg Asn Arg Ala
515
520
525
Ala Glu Gly Gly Ala Ile Cys Val Ser Glu Ala Ser Ser Gly Ser Thr
530
535
0
Gly Asn Leu Thr Leu Ser Ala Ser Asp Gly Asp ile Val Phe Ser Gly
545
550
555
560
Asn Met Thr Ser Asp Arg Pro Gly Glu Arg Ser Ala Ala Arg Ile Leu
565
570
575
Ser Asp Gly Thr Thr Val Ser Leu Asn Ala Ser Gly Leu Ser Lys Leu
580
585
590
Ile Phe Tyr Asp Pro Val Val Gin Asn Asn Ser Ala Ala Gly Ala Se
595
600
605
Thr Pro Ser Pro Ser Ser Ser Ser Met Pro Gly Ala Val Thr Ile Ast;
SIO
615
Gin Ser Gly Asn Gly Ser Val
620
625
530 <210> 326 <211> 40 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 326 gagagcggcc gctcgatcct gtagtacaaa ataattcagc <210> 327 <211> 33 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400? 327 gagagcggcc gcttaaaaga ttctattcaa gcc <210> 328 <211? 2148 <212? DNA <213? Chlymadia trachomatis <400? 328 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg 60 cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc 120 accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac 180 ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc 240 ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac 300 gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgqqc 360 ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat 420 ccatcacact ggcggccgct cgatcctgta gtacaaaata attcagcagc gggtgcatcg 480
200
PL 209 107 B1 acaccatcac catcttcttc ttctatgcct ggtgctgtca cgattaatca gtccggtaat ggatctgtga tttttaccgc cgagtcattg actccttcag aaaaacttca agttcttaac tctacttcta acttcccagg agctctgact gtgtcaggag gggagttggt tgtgacggaa ggagctacct taactactgg gaccattaca gecacctctg gacgagtgac tttaggatcc ggagcttcgt tgtctgccgt tgcaggtgct gcaaataata attatacttg tacagtatct aagttgggga ttgatttaga atccttttta actcctaact ataagacggc catactgggt gcggatggaa cagttactgt taacagcggc tctactttag acctagtgat ggagaatgag gcagaggtct atgataatcc gctttttgtg ggatcgctga caattccttt tgttactcta tcttctagta gtgctagtaa cggagttaca aaaaattctg tcactattaa tgatgcagac gctgcgcact atgggtatca aggctcttgg tctgcagatt ggacgaaacc gcctctggct cctgatgcta aggggatggt acctcctaat accaataaca ctctgtatct gacatggaga cctgcttcga attacggtga atatcgactg gatcctcaga gaaagggaga actagtaccc aactctcttt gggtagcggg atctgcatta agaaccttta ctaatggttt gaaagaacac tatgtttcta gagatgttgg atttgtagca tctctgcatg ctctcgggga ttatattctg aattatacgc aagatgatcg ggatggcttt ttagctagat atgggggatt ccaggcgacc gcagcctccc attatgaaaa tgggtcaata tttggagtgg cttttggaca actctatggt cagacaaaga gcagaatgta ttactctaaa gatgctggga acatgacgat gttgtcctgt ttcggaagaa gttacgtaga tattaaagga acagaaactg ttatgtattg ggagacggct tatggctatt ctgtgcacag aatgcatacg cagtatttta atgacaaaac gcagaagttc gatcattcga aatgtcattg gcacaacaat aactattatg cgtttgtagg tgccgagcat aatttcttag agtactgcat tcctactcgt cagttagcta gagattatga gcttacaggg tttatgcgtt ttgaaatggc cggaggatgg tccagttcta cacgagaaac tggctcccta actagatatt tcgctcgcgg gtcagggcat aatatgtcgc ttccaatagg aattgtagct catgcagttt ctcatgtgcg aagatctcct ccttctaaac tgacactaaa tatgggatat agaccagaca tttggcgtgt cactccacat tgcaatatgg aaattattgc taacggagtg aagacaccta tacaaggatc cccgctggca cggcatgcct tcttcttaga agtgcatgat actttgtata ttcatcattt tggaagagcc tatatgaact attcattaga tgctcgtcgt cgacaaaccg cacattttgt atctatgggc ttgaatagaa tcttttaa <210> 329 <211> 715 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
540
600
660
720
780
040
900
960
1020 1080 1140 1200 1260 1320 1380 1440 1500 1560 1620 1680 1740 1800 1860 1920 1980 2040 2100 214 8
Met 1 His His His His 5 His His Thr Ala Ala 10 Ser Asp Asn Phe Gin 15 Leu
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala Ile Pro Ile Gly Gin Ala Met Ala
20 25 30
Ile Ala Gly Gin Ile Lys Leu Pro Thr val His Ile Gly Pro Thr Ala
35 40 45
Phe Leu Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg val
50 55 60
Gin Arg Val Val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile Ser Thr
65 70 75 80
Gly Asp Val Ile Thr Ala Val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser Ala Thr
85 90 95
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Val Ile Ser
100 105 110
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Val Thr
115 120 125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp
130 135 140
Arg Pro Leu Asp Pro Val Val Gin Asn Asn Ser Ala Ala Gly Ala ser
145 150 155 ISO
Thr Pro Ser Pro Ser Ser Ser Ser Met Pro Gly Ala val Thr Ile Asn
165 170 175
Gin Ser Gly Asn Gly Ser Val Ile Phe Thr Ala Glu Ser Leu Thr Pro
180 185 190
Ser Glu Lys Leu Gin Val Leu Asn Ser Thr Ser Asn Phe Pro Gly Ala
195 200 205
Leu Thr Val Ser Gly Gly Glu Leu Val Val Thr Glu Gly Ala Thr Leu
210 215 220
Thr Thr Gly Thr Ile Thr Ala Thr Ser Gly Arg val Thr Leu Gly Ser
225 230 235 240
Gly Ala Ser Leu Ser Ala Val Ala Gly Ala Ala Asn Asn Asn Tyr Thr
Thr 245 250 255
Cys Val Ser Lys Leu Gly Ile Asp Leu Glu Ser Phe Leu Thr Pro
PL 209 107 B1
201
260 265 270
Asn Tyr Lys Thr Ala 275 Ile Leu Gly Ala Asp Gly Thr Val Thr Val Asn
280 285
Ser Gly Ser Thr Leu Asp Leu Val Met Glu Asn Glu Ala Glu Val Tyr
290 2 95 300
Asp Asn Pro Leu Phe Val Gly Ser Leu Thr Ile Pro Phe Val Thr Leu
305 310 315 320
Ser Ser Ser Ser Ala Ser Asn Gly Val Thr Lys Asn Ser Val Thr Ile
325 330 335
Asn Asp Ala Asp Ala Ala His Tyr Gly Tyr Gin Gly Ser Trp Ser Ala
340 345 350
Asp Trp Thr Lys Pro Pro Leu Ala Pro Asp Ala Lys Gly Met Val Pro
355 360 365
pro Asn Thr Asn Asn Thr Leu Tyr Leu Thr Trp Arg Pro Ala Ser Asn
370 375 380
Tyr Gly Glu Tyr Arg Leu Asp Pro Gin Arg Lys Gly Glu Leu Val Pro
385 390 395 4 00
Asn Ser Leu Trp Val Ala Gly Ser Ala Leu Arg Thr Phe Thr Asn Gly
405 410 415
Leu Lys Glu His Tyr Val Ser Arg Asp Val Gly Phe Val Ala Ser Leu
420 425 430
His Ala Leu siy Asp Tyr Ile Leu Asn Tyr Thr Gin Asp Asp Arg Asp
435 440 445
Gly Phe Leu Ala Arg Tyr Giy Gly Phe Gin Ala Thr Ala Ala Ser His
450 455 460
Tyr Glu Asn Gly Ser ile Phe Gly Val Ala Phe Gly Gin Leu Tyr Gly
4 65 470 475 480
Gm Thr Lys Ser Arg Met Tyr Tyr Ser Lys Asp Ala Gly Asn Met Thr
485 490 495
Met Leu Ser Cys Phe Gly Arg Ser Tyr Val Asp Ile Lys Gly Thr Glu
500 505 510
Thr Val Met Tyr Trp Glu Thr Ala Tyr Gly Tyr Ser Val His Arg Met
515 520 525
His Thr Gin Tyr Phe Asn Asp Lys Thr Gin Lys Phe A3p His Ser Lya
530 535 540
Cys His Trp His Asn Asn Asn Tyr Tyr Ala Phe val Gly Ala Glu H.ia
545 550 555 560
Asn Phe Leu Glu Tyr Cys ile Pro Thr Arg Gin Leu Ala Arg Asp Tyr
565 570 575
Glu Leu Thr Gly Phe Met Arg Phe Glu Met Ala Gly Gly Trp Ser Ser
580 5S5 590
Ser Thr Arg Glu Thr Gly Ser Leu Thr Arg Tyr Phe Ala Arg Gly Ser
595 600 605
Gly His Asn Met Ser Leu Pro Ile Gly Ile Val Ala His Ala Val Ser
610 615 620
His Val Arg Arg Ser Pro Pro Ser Lys Leu Thr Leu Asn Met Gly Tyr
625 630 635 640
Arg Pro Asp Ile Trp Arg Val Thr Pro His Cys Asn Met Glu Ile Ile
645 650 655
Ala Asn dy Val Lys Thr Pro Ile Gin Gly Ser Pro Leu Ala Arg His
660 655 670
Ala Phe Phe Leu Glu Val His Asp Thr Leu Tyr Ile Hi a His Phe Gly
675 680 685
Arg Ala Tyr Met Asn Tyr Ser Leu Asp Ala Arg Arg Arg Gin Thr Ala
690 695 700
His Phe Val Ser Met Gly Leu Asn Arg Ile Phe
705 710 715 <210> 330 <211> 3S <212> DNA <213> Chlymadia trachomatis <400i 330 gagagcggcc gctcatgaaa tggctgtcag ctactgcg 3S <210> 331 <211> 34
202
PL 209 107 B1 <212? DNA <213> Chlymadia trachomatis <400> 331 gagcggccgc ttacttaatg cgaatttctt caag 34 <210> 332 <211? 1557 <212> DNA <213? Chlymadia trachomatis <400? 332 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg 60 cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc 120 accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac 180 ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc 240 ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac 3 00 gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc 360 ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat 420 ccatcacact ggcggccgct catgaaatgg ctgtcagcta ctgcggtgtt tgctgctgtt 480 ctcccctcag tttcagggtt ttgcttccca gaacctaaag aattaaattt ctctcgcgta 540 gaaacttctt cctctaccac ttttactgaa acaattggag aagctggggc agaatatatc 600 gtctctggta acgcatcttt cacaaaattt accaacattc ctactaccga tacaacaact 660 cccacgaact caaactcctc tagctctagc ggagaaactg cttccgtttc tgaggatagt 720 gactctacaa caacgactcc tgatcctaaa ggtggcggcg ccttttataa cgcgcactcc 7S0 ggagttttgt cctttatgac acgatcagga acagaaggtt cettaaetct gtctgagata 840 aaaatgactg gtgaaggcgg tgctatcttc tctcaaggag agctgctatt tacagatctg 900 acaagtctaa ccatccaaaa taacttatcc cagctatccg gaggagcgat ttttggagga 960 tctacaatct ccctatcagg gattactaaa gcgactttct cctgcaactc tgcagaagtt 1020 cctgctcctg ttaagaaacc tacagaacct aaagctcaaa cagcaagcga aacgtcgggt 1080 tctagtagtt ctagcggaaa tgattcggtg tcttccccca gttccagtag agctgaaccc 1140 gcagcagcta atcttcaaag tcactttatt tgtgctacag ctaetcctgc tgctcaaacc 1200 gatacagaaa catcaactcc ctctcataag ccaggatctg ggggagctat ctatgctaaa 1260 ggcgacctta ctatcgcaga ctctcaagag gtactattct caataaataa agctactaaa 1320 gatggaggag cgatctttgc tgagaaagat gtttctttcg agaatattac atcattaaaa 1380 gtacaaaeta aeggtgctga agaaaaggga ggagctatct atgctaaagg tgacctctca 1440 attcaatctt ctaaacagag tctttttaat tctaactaca gtaaacaagg tgggggggct 1500 ctatatgttg aaggaggtat aaacttccaa gatcttgaag aaattcgcat taagtaa 1557 <210? 333 <211? 518 <212> PRT <213? Chlymadia trachomatis <400 333
Met 1 His His His His 5 His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
10 15
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala Ile Pro Ile Gly Gin Ala Met Ala
20 25 30
Ile Ala Gly Gin Ile Lys Leu Pro Thr Vai His Ile Gly Pro Thr Ala
35 40 45
Phe Leu Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Al a Arg Val
50 55 60
Gin Arg Val val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile Ser Thr
65 70 75 80
Gly Asp Val Ile Thr Ala Val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser Ala Thr
85 90 95
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Val Ile Ser
100 105 110
val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Val Thr
115 120 125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp
13 0 135 140
Arg Pro Leu Met Lys Trp Leu Ser Ala Thr Ala Val Phe Ala Ala Val
145 150 155 .160
Leu Pro Ser Val Ser Gly Phe Cys Phe Pro Glu Pro Lys Glu Leu Asn
165 170 175
Phe Ser Arg Val Glu Thr Ser Ser Ser Thr Thr Phe Thr Glu Thr Ile
PL 209 107 B1
203
180 185 190
Gly Glu Ala Gly Ala Glu Tyr Ile val Ser Gly Asn Ala Ser Phe Thr
195 200 205
Lys Phe Thr Asn ile Pro Thr Thr Asp Thr Thr Thr Pro Thr Asn Ser
210 215 220
Asn Ser Ser ser ser Ser Gly Glu Thr Ala Ser Val Ser Glu Asp Ser
225 230 235 240
Asp Ser Thr Thr Thr Thr Pro Asp Pro Lys Gly Gly Gly Ala Phe Tyr
245 250 255
Asn Ala His Ser Gly Val Leu Ser Phe Net Thr Arg Ser Gly Thr Glu
260 265 270
Gly Ser Leu Thr Leu Ser Glu Ile Lys Net Thr Gly Glu Gly Gly Ala
2 75 260 285
Ile Phe Ser Gin Gly Glu Leu Leu Phe Thr Asp Leu Thr Ser Leu Thr
290 295 300
Ile Gin Asn Asn Leu Ser Gin Leu Ser dy Gly Ala Ile Phe Gly Gly
30S 310 315 320
Ser Thr Ile Ser Leu Ser Gly Ile Thr Lys Ala Thr Phe Ser Cys Asn
325 330 335
Ser Ala Glu Val Pro Ala Pro Val Lys Lys Pro Thr Glu Pro Lys Ala
340 345 350
Gin Thr Ala Ser GlU Thr Ser Gly Ser Ser Ser Ser Ser Gly Asn Asp
355 360 365
Ser val Ser Ser Pro Ser Ser Ser Arg Ala Glu Prc Ala Ala Ala Asn
370 3 75 380
Leu Gin Ser His Phe Ile Cys Ala Thr Ala Thr Pro Ala Ala Gin Thr
385 390 395 400
Asp Thr Glu Thr Ser Thr Pro Ser His Lys Pro Gly Ser Gly Gly Ala
4 05 410 415
Ile Tyr Ala Lys Gly Asp Leu Thr Ile Ala Asp Ser Gin Glu val Leu
420 425 430
Phe Ser Ile Asn Lys Ala Thr Lys Asp Gly Gly Ala Ile Phe Ala Glu
435 440 445
Lys Asp Val Ser Phe Glu Asn Ile Thr Ser Leu Lys val Gin Thr Asn
450 455 460
Gly A-i. 3. Glu Glu Lys Gly Gly Ala ile Tyr Ala Lys Gly Asp Leu Ser
465 470 475 480
Ile Gin Ser ser Lys Gin Ser Leu Phe Asn Ser Aen Tyr Ser Lys Gin
485 490 4 95
Gly Gly Gly Ala Leu Tyr Val Glu Gly Gly Ile Asn Phe Gin Asp Leu
500 505 510
Glu Glu Ile Arg Ile Lys 515 <210? 334 <211? 37 <212? DNA <213> Chlymadia trachomatis <400> 334 gagagcggcc getcggtgac ctetcaattc aatettc 37 <21'i> 335 <211? 39 <212> DNA <213? Chlamydia trachomatis <400? 335 gagagcggcc gcttagttct ctgttacaga taaggagac 39 <210> 336 <211> 1753 <212? DNA <213> Chlymadia trachomatis <400> 336 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg €0 cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc 120
204
PL 209 107 B1 accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat ccatcacact ggcggccgct cggtgacctc tcaattcaat cttctaaaca gagtcttttt aattctaact acagtaaaca aggtgggggg gctctatatg ttgaaggagg tataaacttc caagatcttg aagaaattcg cattaagtac aataaagctg gaacgttcga aacaaaaaaa atcactttac cttctttaaa agctcaagca tctgcaggaa atgcagatgc ttgggcctct tcctctcctc aatctggttc tggagcaact acagtctccg actcaggaga ctctagctct ggctcagact cggatacctc agaaacagtt ccagtcacag ctaaaggcgg tgggctttat actgataaga atctttcgat tactaacatc acaggaatta tcgaaattgc aaataacaaa gcgacagatg ttggaggtgg tgcttacgta aaaggaaccc ttacttgtga aaactctcac cgtctacaat ttttgaaaaa ctcttccgat aaacaaggtg gaggaatcta cggagaagac aacatcaccc tatctaattt gacagggaag actctattcc aagagaatac tgccaaagaa gagggcggtg gactcttcat aaaaggtaca gataaagctc ttacaatgac aggactggat agtttctgtt taattaataa cacatcagaa aaacatggtg gtggagcctt tgttaccaaa gaaatctctc agacttacac ctctgatgtg gaaacaattc caggaatcac gcctgtacat ggtgaaacag tcattactgg caataaatct acaggaggta atggtggagg cgtgtgtaca aaacgtcttg ccttatctaa ccttcaaagc atttctatat ccgggaattc tgcagcagaa aatggtggtg gagcccacac atgcccagat agcttcccaa cggcggatac tgcagaacag cccgcagcag cttctgccgc gacgtctact cccaaatctg ccccggtctc aactgctcta agcacacctt catcttctac cgtctcttca ttaaccttac tagcagcctc ttcacaagcc tctcctgcaa cctctaataa ggaaactcaa gatcctaatg ctgatacaga cttattgatc gattatgtag ttgatacgac tatcagcaaa aacactgcta agaaaggcgg tggaatctat gctaaaaaag ccaagatgtc ccgcatagac caactgaata tctctgagaa ctccgctaca gagataggtg gaggtatctg ctgtaaagaa tctttagaac tagatgctct agtctcctta tctgtaacag agaactaa <210? 337 <211> 585 <212? PRT
3> Chlamydia trachomatis
J> 337
Hia His His His His Hie Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu 5 10 15
Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala Ile Pro Ile Gly Gin Ala Met Ala 20 25 30
Ala Gly Gin ile Lys Leu Pro Thr Val His Ile Gly Pro Thr Ala 25 40 45
Leu Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg Val
55 60
Arg Val Val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile ser Thr 70 75 so
Asp Val Ile Thr Ala Val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser Ala Thr 85 90 ss
Met Ala Aap Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp val Ile Ser 100 105 HO
Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Val Thr 115 120 125
Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp
130 135 140
Pro Leu Gly Asp Leu Ser ile Gin Ser Ser Lys Gin Ser Leu Phe 150 155 160
Asn Ser Asn Tyr Ser Lys Gin Gly Gly Gly Ala Leu Tyr Val Glu Gly 165 170 175
Gly Ile Asn Phe Gin Asp Leu Glu Glu Ile Arg Ile Lys Tyr Asn Lys 180 185 Igo
Ala Gly Thr Phe Glu Thr Lys Lys Ile Thr Leu Pro Ser Leu Lys Ala 155 200 205
Gin Ala Ser Ala Gly Asn Ala Asp Ala Trp Ala Ser Ser Ser Pro Gin
210 215 220
Ser Gly Ser Gly Ala Thr Thr Val Ser Asp Ser Gly Asp Ser Ser ser
225 230 235 240
Gly Ser Asp Ser Asp Thr Ser Glu Thr Val Pro Val Thr Ala Lys Gly 245 250 255
Gly Gly Leu Tyr Thr Asp Lys Asn Leu Ser Ile Thr Asn Ile Thr Gly
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020 10BO 1140 1200 1260 13 2 0 1380 1440 1500 1550 1620 1680 1740 1758 <40
Met
Ser
Ile
Phe
Gin
Gly
Ala
Val
Leu
Arg
145
PL 209 107 B1
205
206
PL 209 107 B1 ggcgaogtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact ggtggaggta acagagaacc aatctgaaat gcaacaacag gcaccatcat gaaaaggtta gataacaatc tctttgtcta tccactggga gttacattga acttcttctg gcagggacag ggagctgcaa aatagcatta gctaataaac ttcaatcaaa attgagtctt tctgcaacat ceaggaacca aacattactt ttttgtagta agctttttcg gaaactttag tcttctgaat actttagttc tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct tctgctgtaa ttgttgggaa caggcttctc cttcagcacc ctccagcaac cattctctca cctcccaatc ttggatcttc aatctcaaac attgtcctgc aagatggatc ccattaecct taggaactct cagaaaaaat gtggagcgat atacatccac taggatctgt ctggacaaaa ctcaatcgtc ttagcaacaa ttgcaggata attgtgtgca atattaataa tacatgaaaa ttaaagagaa cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc cgaccaactg agaatcttta agaaggtgga tttctcgaac tgctgcagct accaacttat atgtagcggg atcgttgaac cgatgctgga aacagggcaa gacattctct ctcaggaaat atctggagtc agctaatgca tactttagaa ttactctcct tcatgatgga tctttttaca tacaaatact tcaaacagat cagtttacag cgtcaaactc cacctctacc agaagagaac caaatcttac aacagaactc ccgatcaact atctcggtga gagggacccc aatatctctg gaactagatg ggcttacatg aacaaagcaa gctgcttccc tcaggtgtag acttgtcagt gtacaaggag acctcctata atagcgggag aacaatacag tctattaaag tctcgatttt aatacaccca aacggttctt agcgtttcca agcgctatct ggaaataacg gccaactatg gccattttaa aataaccaag tctctacaag aaaaaaacag agtaatccat atcccacaga cacgtagtct □ggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt agaactccgc ctctagtctc ctaaaactgt actcctcatc tacaagcagc taggaggagc tctctgggaa gagccatcta ttttctcggg gagcgatcta cctctatagc ataccattgg cagggaatac gtgcaactag ttatttttga ttaaagggaa actttacaaa ttacagctac gggcagccat cccttcttgc gtgatactcc ccgctaaagg gttcaacaca atacaggaac atgcaatcct cttaa gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat tacagagata cttatetgta aaatatttct cacaggagtc cgcagcagcc tatctatgga ccaagctatc tgccaaaacc gaacagtgtc ctcccctact tacaccgaag aggagccatt ggctgattta cggatctcaa aagaaaccaa taatattacc agatgctacg acaagctagt ctttggagat ttcttctgga cgctagcaag gaagactatt aaacgtttat tattgtgttc tcacaacgga
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020 1080 1140 1200 12S0 1320 13B0 1440 1500 1560 1620 1680 1740 1800 1860 192 0 1965
<210> 341 <211> 654 <212» PRT <213> Chlamydia trachomatis
<400 341
Met Hia His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
1 5 10 15
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala Ile Pro Ile Gly □ ln Ala Met Ala
20 25 30
Ile Ala Gly Gin Ile Lys Leu Prc Thr Val His Ile Gly Pro Thr Ala
35 40 45
Phe Len Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn. Gly Ala Arg Yal
50 55 SC
Gin Arg val Val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile Ser Thr
65 70 75 80
Gly Aap Val Ile Thr Ala Val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser Ala Thr
85 90 95
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Val Ile Ser
100 105 110
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Val Thr
115 12 0 125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp
130 135 140
Arg Pro Leu Asp Gin Leu Asn Ile Ser Glu Asn Ser Ala Thr Glu ile
145 150 155 160
Gly Gly Gly Ile Cys Cys Lys Glu Ser Leu Glu Leu Asp Ala Leu Yal
165 170 175
Ser Leu Ser Yal Thr Glu Asn Leu Val Gly Lys Glu Gly Gly Gly Leu
180 185 190
His Ala Lys Thr Val Asn Ile Ser Asn Leu Lys Ser Gly Phe Ser Phe
195 200 205
Ser Asn Asn Lys Ala Asn Ser Ser Ser Thr Gly Val Ala Thr Thr Ala
210 215 220
Ser Ala Pro Ala Ala Ala Ala Ala Ser Leu □ln Ala Ala Ala Ala Ala
225 230 235 240
Ala Pro Ser Ser Pro Ala Thr Pro Thr Tyr Ser Gly Yal Yal Gly Gly
245 250 255
PL 209 107 B1
207
Ala Ile Tyr Gly Glu 260 Lys Val Thr Phe 265 Ser Gin Cys Ser Gly 270 Thr Cys
Gin Phe Ser Gly Asn Gin Ala Ile Asp Asn Asn Pro Ser Gin Ser Ser
275 260 285
Leu Asn Val Gin Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Lys Thr Ser Leu Ser Ile
290 295 300
Gly Ser Ser Asp Ala Gly Thr Ser Tyr Ile Phe Ser Gly Asn Ser Val
305 310 315 320
Ser Thr Gly Lys Ser Gin Thr Thr Gly Gin Ile Ala Gly Gly Ala Ile
325 330 335
Tyr Ser Pro Thr Val Thr Leu Asn Cys Pro Ala Thr Phe Ser Asn Asn
340 345 350
Thr Ala Ser Ile Ala Thr Pro Lys Thr Ser Ser Glu Asp Gly Ser Ser
355 360 365
Gly Asn Ser Ile Lys Asp Thr Ile Gly Gly Ala Ile Ala Gly Thr Ala
370 375 380
Ile Thr Leu Ser Gly Val Ser Arg Phe Ser Gly Asn Thr Ala Asp Leu
385 390 395 400
Gly Ala Ala ile Gly Thr Leu Ala Asn Ala Asn Thr Pro Ser Ala Thr
405 410 415
Ser Gly Ser Gin Asn Ser ile Thr Glu Lys Ile Thr Leu Glu Asn Gly
420 425 430
Ser Phe Ile Phe Glu Arg Asn Gin Ala Asn Lys Arg Gly Ala Ile Tyr
435 440 445
Ser Pro Ser Val Ser Ile Lys Gly Asn Asn ile Thr Phe Asn Gin Asn
450 455 460
Thr Ser Thr His Asp Gly Ser Ala Ile Tyr Phe Thr Lys Asp Ala Thr
465 470 475 480
Ile Glu Ser Leu Gly Ser Val Leu Phe Thr Gly Asn Asn Val Thr Ala
485 490 495
Thr Gin Ala Ser Ser Ala Thr Ser Gly Gin Asn Thr Asn Thr Ala Asn
500 505 510
Tyr Gly Ala Ala Ile Phe Gly Asp Pro Gly Thr Thr Gin Ser Ser Gin
515 520 525
Thr Asp Ala Ile Leu Thr Leu Leu Ala Ser Ser Gly Asn Ile Thr Phe
530 535 540
Ser Asn Asn Ser Leu Gin Asn Asn Gin Gly Asp Thr Pro Ala Ser Lys
545 550 555 560
Phe Cys Ser Ile Ala Gly Tyr Val Lys Leu Ser Leu Gin Ala Ala Lys
565 570 575
Gly Lys Thr Ile Ser Phe Phe Asp Cys Val His Thr Ser Thr Lys Lys
580 585 590
Thr Gly Ser Thr Gin Asn val Tyr Glu Thr Leu Asp Ile Asn Lys Glu
5S5 600 605
Glu Asn Ser Asn Pro Tyr Thr Gly Thr Ile Val Phe Ser Ser Glu Leu
610 615 620
His Glu Asn Lys Ser Tyr Ile Pro Gin Asn Ala Ile Leu His Asn Gly
625 630 635 640
Thr Leu Val Leu Lys Glu Lys Thr Glu Leu His Val Val Ser
645 650
<210? 342 <211> 36 <212? DNA <213? Chlamydia trachomatis <400? 342 gagagcggcc gctcggaact attgtgttct cttctg 36 <210? 343 <211? 35 <212? DNA <213? Chlamydia trachomatis <400? 343 gagagcggcc gcttagaaga tcatgcgagc accgc 35 <210? 344
208
PL 209 107 B1 <211? 2103 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 344 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact tcttacatcc gaactccacg gctgtgttat gatctttcca atcgttgcca aatcctaaaa agcgagaaca taccaaaacc acaagtgacg tacatgggaa acattcgata tctatcttag ttgaataatg actttcttag acttcagttg aagatagtgg gagtactctt caacatggtt catgatacaa ttaggatggt tctaaacgga acagaaatcg cctgtgggat cttgcattag ttgtcttcga gcagaataca atcgatgtag taa atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct cacagaatgc tagtctcttt ctaaccaaaa gtatggggac cgaectctag ggatttctgc aagttttcct ctatgttagg tccaagtcta cctggacatt cctatcgtcg gctcccaaaa cccgcttcga ctcaacaagg ccatcgatgc ggaaaaccaa accaagcttc gggcacttcc caacacttta tagcggatct tcactgtcta attacgatcc gcgctgtcga cctacatgcc atgaagctgg gtactcaact gcatgtatac cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc cggaactatt aatccttcac tgagcagaaa catagctaac tcctcaagca tgcatccgga agcagtgcct aacaggagac aagcgatcta tgatttaact agattctaat ctgggtatac ctcaatgatt tgatatcgct aactcctctt caaacctaga agccatcaaa tgtctatgga tttcctaata cccttctatc tcgtatctct tggggaactc aagacacttc aggagctatc ttctatctac tcaagttatc atatcttggfc gctategcaa tccgataact atggcgatcg ggcttgggtg gctccggcgg ccgatcaact atctcggtga gagggacccc gtgttctctt aacggaactt gaagggtcta ggagctctag ggggaaatet ggaagcgggg tcaggttctg cttacettaa gatgtaccac ntatctgggg ccacaaacag atacctaggg gttgtgaagc tacaataact tccgaagaat caagatttta aaaatgcata ggtaaattcc caaggagtcg catgaaagaa atggatctta gagtattcca gatgattgtg atgaactgta agaaataatc tgcggagtgc cccttctgga atgaetaget tccagctgtc cgggccagat ttgtcgacaa caagtctcgg cggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt ctgaattaca tagttcttaa aactaattat ctatcaatgg tctctcctcc tcagcagtag ccgcaactac tagatcctaa taattaagct atcttttccc ggaaacttea ataatcattt aagggcttat tctgggtttc tcagttacta tcctaggagc attacttcca tgtatttctt tgtcctatgg ataaaggaga aagaaccttc gcafctcgcca cttacagaaa atattcttat ctgtctgtaa caactagaac ctctctacgg gcggtgctcg ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat tgaaaacaaa agagaaaaca ggaacccgga gttaacgatt agaattacgt tataccaaca tccaactatg tggaaacttt tccgactaac tcagaaaggg agccagatgg ttatgcgaac caacaacatg aggagtagga cagccgcgga tgcatttagt taagggctct gctcaataag acatattaaa ttgggaagat taaagattct gaaacagttc tctgtcgctt gtataataag atatcgggta etctgctaga aaactatact catgatcttc
120
1Θ0
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2103 <210?
<211?
<212?
<213?
345
700
FRT chlamydia trachomatis <400? 345
Met His His Hia His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
i 5 10 15
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala Ile Pro Ile Gly Gin Ala Met Ala
2C 25 30
Ile Ala Gly Gin Ile Lys Leu Pro Thr Val His Ile Gly Pro Thr Ala
3S 40 45
Phe Leu Gly Leu Gly val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg val
50 55 60
Gin Arg val Val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile Ser Thr
65 70 75 80
Gly ASp Val Ile Thr Ala val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser Ala Thr
B5 90 95
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His Hia Pro Gly Asp Val Ile ser
100 105 110
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Val Thr
115 120 125
leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp
130 135 140
Arg Pro Leu Gly Thr Ile Val Phe Ser Ser Glu Leu His Glu Asn Lys
14 5 150 155 160
PL 209 107 B1
209
Ser Tyr Ile Pro Gin 165 Asn Ala Ile
Lys Glu Lys Thr 180 Glu Leu His Val
Ser Lys Leu 195 Ile Met Glu Pro Gly 200
Ala Aan 210 Gly Ala Leu Ala Ile 215 Asn
Met 225 Gly Thr Pro Gin Ala 230 Gly Glu
Ile Val Ala Thr Thr 245 Ser Ser Ala
Ser Ile Pro Thr 260 Asn Pro Lys Arg
Ser Ala Ala 275 Thr Thr Pro Thr Met 280
Gly Asp 290 Leu Thr Leu ile Asp 295 Pro
Met 305 Leu Gly Ser Asp Leu 310 Asp val
Thr Ser Asp Val Gin 325 Val Tyr Asp
Pro Gin Lys Gly 340 Tyr Met Gly Thr
Thr Gly Lys 355 Leu Gin Ala Arg Trp 360
Val Tyr 370 Ile Pro Arg Asp Asn 375 His
Ser 385 Gin Asn Ser Met Ile 390 Val Val
Leu Asn Asn Ala Arg 405 Phe Asp Asp
Ser Gly Val Gly Thr Phe Leu Ala
420
Glu Phe Ser Tyr Tyr Ser Arg Gly 435 440
Pro Arg Gin Asp Phe Ile Leu Gly 450 455
Lys 465 Thr Lys Ala Ile Lys 470 Lys Met
Glu Tyr Ser Tyr Gin 485 Ala Ser Val
Leu Leu Asn Lys 500 Gin His Gly Trp
Val val Ser 515 Tyr Gly His Ile Lys 520
Ser Ile 530 His Glu Arg Asn Lys 535 Gly
Ala 545 Asp Leu Arg Ile Ser 550 Met Asp
Ser Lys Arg Ile Thr 565 Val Tyr Gly
Gin Lys Gin Phe 580 Thr Glu Ile Asp
Cys Ala Tyr 595 Arg Asn Leu Ser Leu 600
Ala Ile 610 Met Asn Cys Asn Ile 615 Leu
Tyr 625 Met Pro Ser Ile Tyr 630 Arg Asn
Leu Ser Ser Asn Glu 645 Ala Gly Gin
Thr Ser Ala Ara 660 Ala Glu Tyr Ser
Trp Thr Leu 675 Tyr Gly Asn Tyr Thr 680
Ser Gin Met Thr Ser Cys Gly Ala
690 £95
Leu His 170 Asn Gly Thr Leu Val 175 Leu
val 185 Ser Phe Glu Gin Lys 190 Glu Gly
Ala Val Leu Ser Asn 205 Gin Asn Ile
Gly Leu Thr Ile 220 Asp Leu Ser Ser
Ile Phe Ser 235 Pro Pro Glu Leu Arg 240
Ser Gly 250 Gly Ser Gly Val Ser 255 Ser
Ile 265 Ser Ala Ala Val Pro 270 Ser Gly
Ser Glu Asn Lys Val 285 Phe Leu Thr
Asn Gly Asn Phe 300 Tyr Gin Asn Pro
Pro Leu Ile 315 Lys Leu Pro Thr Asn 320
Leu Thr 330 Leu Ser Gly Asp Leu 335 Phe
Trp 345 Thr Leu Asp Ser Asn 350 Pro Gin
Thr Phe Asp Thr Tyr 3 65 Arg Arg Trp
Phe Tyr Ala Asn 380 Ser Ile Leu Gly
Lys Gin Gly 395 Leu Ile Asn Asn Met 400
Ile Ala 410 Tyr Asn Asn Phe Trp 415 Val
Gin 425 Gin Gly Thr Pro Leu 430 Ser Glu
Thr Ser Val Ala Ile 445 Asp Ala Lys
Ala Ala Phe Ser 460 Lys Ile Val Gly
His Asn Tyr 475 Phe His Lys Gly Ser 480
Tyr Gly 490 Gly Lys Phe Leu Tyr 4 95 Phe
Ala 505 Leu Pro Phe Leu Ile 510 Gin Gly
His Asp Thr Thr Thr 525 Leu Tyr Pro
Asp Trp Glu Asp 540 Leu Gly Trp Leu
Leu Lys Glu 555 Pro Ser Lys Asp Ser 560
Glu Leu Glu Tyr Ser Ser Ile Arg
570 575
Tyr Asp Pro Arg His Phe Asp Asp
505 590
Pro Vał Gly Cys Ala Val Glu Gly
605
Met Tyr Asn Lya Leu Ala Leu Ala 620
Asn Pro Val 635 Cys Lys Tyr Arg Val 640
Val Ile Cys Gly Val Pro Thr Arg
650 S55
Thr Gin Leu Tyr Leu Gly Pro Phe
6S5 670
Ile Asp Val Gly Met Tyr Thr Leu
685
Arg Met Ile Phe
700
210
PL 209 107 B1 <210> 346 <211> 37 <212> DNA <213 > Chlamydia trachomatis <400> 346 gagagcggcc gctcatgaaa tttatgtcag ctactgc <210> 347 <211> 37 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 347 gagagcggcc gcttaccctg taattccagt gatggtc <210> 348 <211> 1464 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400s 348 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact ctctcctccg gttagcaaag acagagtatc □ctagaaaac tcttcatctg gataagaaaa actatctcag tttttcttcg gctatttatg aatatctcgg gttaccgaag gaacaagata gcaacagcag gatagcttat ggaaatcaag actcctagcc accatcactg atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct ttactgaggc taggatattc gagctgctga atcttagtag gagaaaatac cagaagaaga aatctcagga gagaaggtga gagagaaaga tcgagaaagg caaccttctc tgttaatcag taaaacaatg ccgaagatac atggttcgtc ccgacgatgt gaattacagg cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc catgaaattt gagctcgatc aacttctcaa tagtgtttca tagtagtgaa tgagaattca actagacaat ctctctctct agttatcttt ggtagtcttt gggtagcgtc ctccaatggt tgattgcaac tctggatgaa actggatagc tgaaacaaaa tttaggtaaa gtaa tccgataact atggcgatcg ggcttgggtg gctccggcgg ccgatcaact atctcggtga gagggacccc atgtcagcta caagatcaaa gcatttactg ttctatgact gcttctccaa caagattcag
99cggaatca aatccaagca gatcacagag gaaaacataa tatgcaaaag ggggaacaag aatgtacatt gaaatgatcg actccagaaa gatacacaag ggtggtggta tccagctgtc cgggccagat ttgtcgacaa caagtctcgg cggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt ctgctgtatt taaagaatac atatgatgct tttcgacatc cgacagaagg ctccctcttc tttatgctag tagaactcca ttgccctcaa aatctctact aacgagtatc gtggtggtgg tccaagggaa tattgctcac cggaacagac tatcagaatc tctatacaga ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat tgctgcagta cgactgcaat agcagacaac ttccggatta agtgtcttca tggagaaact agagaaacta tgacaatagt aaacggagga agtagaagta tttagaaaat aatctattca tgctgcagga agaatgcgtt taagtcaaat accagaatca aaaatctttg
120 1B0 240 300 350 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960 1020 1080 1140 1200 1260 1320 1380 144 0 1464 <210> 349 <211? 487 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 349
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
1 5 10 15
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala Ile Pro Ile Gly Gin Ala Met Ala
20 25 30
Ile Ala Gly Gin Ile Lys Leu Pro Thr val His Ile Gly Pro Thr Ala
35 40 45
Phe Leu Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg Val
50 55 60
Gin Arg Val Val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile Ser Thr
65 70 75 80
Gly Asp Val Ile Thr Ala val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser Ala Thr
85 90 95
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Val Ile Ser
PL 209 107 B1
211
100
Val Thr Trp 115 Gin Thr Lys Ser
Leu Ala 130 Glu Gly Pro Pro Ala 135
Arg 145 Pro Leu Met Lys Phe 150 Met
Leu Ser Ser Val Thr 165 Glu Ala
Thr Asp Cys Asn 180 Val Ser Lys
Thr Asp Met 195 Met Leu Ala Asp
Val Ser 210 Phe Tyr Asp Phe Ser 215
Leu 225 Ser Ser Ser Ser Glu 230 Ala
Ser Ser Ser Gly Glu 245 Asn Thr
Ser Gly Glu Thr 260 Asp Lys Lys
Ile Ile Tyr 275 Ala Arg Glu Lys
Leu Ser 290 Asn Pro Ser Ile Glu 295
Glu 305 Gly Glu Val Ile Phe 310 Asp
Ala Ile Tyr Gly Glu 325 Lys Glu
Leu Val Glu Val 340 Asn Ile Ser
Lys Glu Arg 355 Val Ser Leu Glu
Asn Gly 370 Gly Glu Gin Gly Gly 375
Leu 385 Ile Ser Asp Cys Asn 390 Asn
Ala Thr Ala Val Lys 405 Gin Cys
Thr Glu Cys Val 420 Asp Ser Leu
Glu Thr Glu 435 Gin Thr Lys Ser
Thr Lys 450 Asp Thr Gin Val Ser 455
Asp 465 Asp Val Leu Gly Lys 470 Gly
Thr Ile Thr Gly Ile Thr Gly
485 105 110 Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Val Thr 120 125
Glu Phe Cys Arg Tyr 140 Pro Ser His Trp
Ser Ala Thr Ala 155 Val Phe Ala Ala Val 160
Ser Ser Ile 170 Gin Asp Gin Ile Lys 175 Asn
Val Gly 185 Tyr Ser Thr Ser Gin 190 Ala Phe
Asn 200 Thr Glu Tyr Arg Ala 205 Ala Asp Ser
Thr Ser Ser Gly Leu 220 Pro Arg Lys His
Ser Pro Thr Thr 235 Glu Gly Val Ser Ser 240
Glu Asn Ser 250 Gin Asp Ser Ala Pro 255 Ser
Thr Glu 265 Glu Glu Leu Asp Asn 270 Gly Gly
Leu 280 Thr Ile Ser Glu Ser 285 Gin Asp Ser
Leu His Asp Asn Ser 300 Phe Phe Phe Gly
His Arg Val Ala 315 Leu Lys Asn Gly Gly 320
Val Val Phe 330 Glu Asn Ile Lys Ser 335 Leu
Val Glu 345 Lys Gly Gly Ser Val 350 Tyr Ala
Asn 360 Val Thr Glu Ala Thr 365 Phe Ser Ser
Gly Gly Ile Tyr Ser 380 Glu Gin Asp Met
Val His Phe Gin 395 Gly Asn Ala Ala Gly 400
Leu Asp Glu 410 Glu Met Ile Val Leu 415 Leu
Ser Glu 425 Asp Thr Leu Asp Ser 430 Thr Pro
Asn 440 Gly Asn Gin Asp Gly 445 Ser Ser Glu
Glu Ser Pro Glu Ser 460 Thr Pro Ser Pro
Gly Gly Ile Tyr 475 Thr Glu Lys Ser Leu 480
<210> 350 <211> 37 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 350 gagagcggcc gctcgataca caagtatcag aatcacc <210> 351 <211> 37 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 351 gagagcggcc gcttaagagg acgatgagac actctcg <210> 352 <211> 1752
212
PL 209 107 B1 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 352 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ccatcacact ggcggccgct cgatacacaa gtatcagaat caccagaatc cccgacgatg ttttaggtaa aggtggtggt atctatacag aaaaatcttt ggaattacag ggactataga ttttgtcagt aacatagcta ccgattctgg ttcactaaag aaaacttgtc ttgcaccaac acgaatagcc tacagttttt gcaggtcaac atggaggagg agcctacgtt actcaaacca tgtctgttac agtgaaagta taactactcc ccctctcgta ggagaagtga ttttctctga aaagggcacg gtggtggtat ctgcactaac aaactttctt tatctaattt actctcacta aaaactctgc aaaggagtct ggaggagcta tttttacaga ataccaacaa cagatacccc agagtcttct accccctctt cctcctcgcc cccgaagtag ttgcttctgc taaaataaat cgattctttg cctctacggc gccccttctc taacagaggc tgagtctgat caaacggatc aaacagaaac aatagcgata tagacgtgtc gattgagaac attttgaatg tcgctatcaa tctgcgaaaa aaggaggggc tatttacggg aaaaaagcta aactttcccg cttgaacttt cagggaattc atcccaggat gtaggaggag gtctctgttt gtagaatttg atgcaattgg atcgctctta tcccactata actctgctgc ggggttattc attctaaaac ggttactcta tctaacctca agtctacctt gataacactg ttaaagcaat agtagaaagc actcctgaag ctccagaaga gtagaaggag aagagtctac agcaacagaa aatccgaatt ctaatacaga gctaacacta accttgaagg atctcaaggg gatactgctg atacagggac aacaatgagt ctcaagacac atcagatact ggaaacgctg aatctggaga gattctacac aatctaatga agaaaatacc cttcccaata gtagtattga gaaaacacag acgaatcatc tgatagccac actgaggaaa taactgacąa tcgtcctctt aa <210> 353 <211> 583 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat aactcctagc gaccatcact agcaggtgta gaaaaactcg taatacaact aaatacagct aaaaacggtg tctagcgtct tgcaagcact agaaccggca ttctgatact tcaaaacact tattaacaat aactgaaagc taaagaaggt cacttttgca gattcctcca aggaagttcg tggtgttgtt acaactacaa tcaatctaac gagtgtctca
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1752
<400> 353
Met 1 His His His His 5 His His
Ser Gin Gly Gly 20 Gin Gly Phe
Ile Ala Gly 35 Gin Ile Lys Leu
Phe Leu 50 Gly Leu Gly Val Val 55
Gin 65 Arg Val Val Gly Ser 70 Ala
Gly Asp Val Ile Thr 85 Ala Val
Ala Met Ala Asp 100 Ala Leu Asn
Val Thr Trp 115 Gin Thr Lys Ser
Leu Ala 130 Glu Gly Pro Pro Ala 135
Arg 145 Pro Leu Asp Thr Gin 150 Val
Pro Asp Asp Val Leu 165 Gly Lys
Leu Thr Ile Thr 180 Gly Ile Thr
Ala Thr Asp 195 Ser Gly Ala Gly
Thr Asn Thr Asn Ser Leu Gin
Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe 10
Ala Ile Pro Ile Gly Gin Ala 25 30
Pro Thr Val His Ile Gly Pro 40 45
Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala 60
Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile 75
Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser 90
Gly His His Pro Gly Asp Val 105 no
Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn 120 125 Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser 140
Ser Glu Ser Pro Glu Ser Thr 155
Gly Gly Gly Ile Tyr Thr Glu 170
Gly Thr Ile Asp Phe Val Ser 185 Igo
Val Phe Thr Lys Glu Asn Leu 200 205 Phe Leu Lys Asn Ser Ala Gly
Gin Leu 15
Met Ala
Thr Ala
Arg Val
Ser Thr 80
Ala Thr 95
Ile Ser
Val Thr
His Trp
Pro Ser 160
Lys Ser 175
Asn Ile
Ser Cys
Gin His
PL 209 107 B1
213
214
PL 209 107 B1 <400? 356 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact cacactgagg cctcaagatg aacgcttgtt tcaggttcag gctggagact ttaataggag ggaatatttt aacgtcctcg agacgaactg gctggaggag aactctgcaa ggagctatcg gttgctgacc aaattagagt tacgcacctg gaagaaggaa ctcttcacag acaacctcag aacggatctc ttccgaaaca attgcgggag gatgcaatcc gatattaata ttctcctctg ggatctcttg ggctcttctc gctttggtct atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct aaataactga gaggagcagc tagctaaaag acgttactgc ctgaaggacc gaggwgctat ctggaaacaa gaggtgcggt tcaccttctc ctatctactc caaacaatgc gagctacttc tcggatctgc ctggctccta tcgtttccat gcgcgattta gaaacttagt gagatgtaac agacggataa atgaataccg atgttaaatt ggacctctac aatctgagga aattacatga tattgaagcc tcgttatgac aa cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc cgatcaatct cgagagtgtc ttcttcaggg ctatgctgęg atcttctgat gactgagcca ctatggagaa agctatcgat ctatgctaaa cgggaatact tcctactgta taataacgct tgctgtttct tattgggttg ctactttgaa taaagcctat ctttacaaaa aaccccaacg aaaatatggt ccttcccctg tcctacttct aaccatgcaa taagaaaaca ttcagaaact aaataaatcc aaataccgag acctggatct tccgataact atggcgatcg ggcttgggtg gctccggcgg ccgatcaact atctcggtga gagggacccc aacgaaaaca tcatcgtcct gctccctcag agtactgata aatccagact gaagctggtt actgttaaga aacaccacag acattgttta gtctcttctc accattgcta acagatactc ctatcaggag gtgccagaca aaaaataaag actgcgacat gaagcatcta ctaagcacaa gctgctatct aaactcattg tctgataccg gctgcaaaag ggtacacagg gtaaactctg tatattccac cttcatgtca gttctttcga tccagctgtc cgggccagat ttgtcgacaa caagtctcgg cggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt cagacgaatc ctaaaagtgg gagatcaatc gctcccctgt cttcctcatc ctacaacaga ttgagaactt aaggctcctc atctcgatag aatctacaac ctcctgtagt agagaaaaga gggctcattt cacaaaatac ctttaaaacg ttaaccaaaa ttgagtcttt ctacagaagg ttggacaaat cttcaggagg gaacctctac ggaaaacgat caactgccta cgtttacagg aaaacgtagt tttcttttga accagactgt ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat atctgatagc atcatctact tatctctgca atctaattct tggagatagc aactcctact ctctggccaa ttccaaatct cgggagctct aggtcaggtt attttctaaa cacctttgga cttagaaaac agaaacagtg agctactatt cagatctcta aggctctgtt cacaccagcc agcaagctca aaatatttgt tttctgtagt cagtttcttt cgatactctc aacgattctg tctacacagt gcagaaagaa tgctgatgga
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2052 <210? 357 <211> 683 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 357 Met His His His 1
Ser Gin Gly Gly 20
Ile Ala Gly Gin 35
Phe Leu Gly Leu 50
Gin Arg Val Val 65
Gly Asp Val Ile
Ala Met Ala Asp 100
Val Thr Trp Gin 115
Leu Ala Glu Gly 130
Arg Pro Leu Asp 145
His Thr Glu Glu
Gly Ser Ser Thr 180 trachomatis
His His His 5
Gin Gly Phe
Ile Lys Leu
Gly Val Val 55
Gly Ser Ala 70
Thr Ala Val 85
Ala Leu Asn
Thr Lys Ser
Pro Pro Ala 135
Gin Ser Asn 150
Ile Thr Asp 165
Pro Gin Asp
Thr Ala Ala 10
Ala Ile Pro 25
Pro Thr Val 40
Asp Asn Asn
Pro Ala Ala
Asp Gly Ala 90
Gly His His 105
Gly Gly Thr 120
Glu Phe Cys
Glu Asn Thr
Glu Ser Val 170
Gly Gly Ala 185
Ser Asp Asn
Ile Gly Gin
His Ile Gly 45
Gly Asn Gly 60
Ser Leu Gly 75
Pro Ile Asn
Pro Gly Asp
Arg Thr Gly 125
Arg Tyr Pro 140
Asp Glu Ser 155
Ser Ser Ser
Ala Ser Ser
Phe Gin Leu 15
Ala Met Ala 30
Pro Thr Ala
Ala Arg Val
Ile Ser Thr 80
Ser Ala Thr 95
Val Ile Ser 110
Asn Val Thr
Ser His Trp
Ser Asp Ser 160
Ser Lys Ser 175
Gly Ala Pro 190
PL 209 107 B1
215
Ser Gly Asp 195 Gin Ser Ile Ser
Ala Ala 210 Ser Thr Asp Ser Ser 215
Val 225 Thr Ala Ser Ser Asp 230 Asn
Ala Gly Asp Ser Glu 245 Gly Pro
Glu Thr Pro Thr 260 Leu Ile Gly
Lys Ile Glu 275 Asn Phe Ser Gly
Ile Asp 290 Asn Thr Thr Glu Gly 295
Gly 305 Ala Val Tyr Ala Lys 310 Thr
Arg Arg Thr Val Thr 325 Phe Ser
Thr Gly Gin Val 340 Ala Gly Gly
Ala Thr Pro 355 Val Val Phe Ser
Asn Ala 370 Thr Asp Thr Gin Arg 375
Ala 385 Thr Ser Ala Val Ser 390 Leu
Val Ala Asp Leu Gly 405 Ser Ala
Thr Glu Thr Val 420 Lys Leu Glu
Lys Ala Leu 435 Lys Arg Ala Thr
Ala Tyr 450 Thr Ala Thr Phe Asn 455
Ala 465 Ile Tyr Phe Thr Lys 470 Glu
Leu Phe Thr Gly Asn 485 Leu Val
Gly Thr Pro Ala 500 Thr Thr Ser
Ile Phe Gly 515 Gin Ile Ala Ser
Pro Leu 530 Lys Leu Ile Ala Ser 535
Glu 545 Tyr Arg Pro Thr Ser 550 Ser
Ile Ala Gly Asp Val 565 Lys Leu
Ile Ser Phe Phe 580 Asp Ala Ile
Gin Ala Thr 595 Ala Tyr Asp Thr
Glu Thr 610 Val Asn Ser Ala Phe 615
Leu 625 His Glu Asn Lys Ser 630 Tyr
Gly Ser Leu Val Leu 645 Lys Pro
Glu Gin Lys Glu 660 Gly Ser Ser
Ser Asn Gin Thr Val Ala Asp
Ala 200 Asn Ala Cys Leu Ala 205 Lys Ser
Pro Val Ser Asn Ser 220 Ser Gly Ser
Pro Asp Ser Ser 235 Ser Ser Gly Asp
Thr Glu Pro 250 Glu Ala Gly Ser Thr 255
Gly Gly 265 Ala Ile Tyr Gly Glu 270 Thr
Gin 280 Gly Ile Phe Ser Gly 285 Asn Lys
Ser Ser Ser Lys Ser 300 Asn Val Leu
Leu Phe Asn Leu 315 Asp Ser Gly Ser
Gly Asn Thr 330 Val Ser Ser Gin Ser 335
Ala Ile 345 Tyr Ser Pro Thr Val 350 Thr
Lys 360 Asn Ser Ala Thr Asn 365 Asn Ala
Lys Asp Thr Phe Gly 380 Gly Ala Ile
Ser Gly Gly Ala 395 His Phe Leu Glu
Ile Gly Leu 410 Val Pro Asp Thr Gin 415
Ser Gly 425 Ser Tyr Tyr Phe Glu 430 Lys
Ile 440 Tyr Ala Pro Val Val 445 Ser Ile
Gin Asn Arg Ser Leu 460 Glu Glu Gly
Ala Ser Ile Glu 475 Ser Leu Gly Ser
Thr Pro Thr 490 Leu Ser Thr Thr Thr 495
Gly Asp 505 Val Thr Lys Tyr Gly 510 Ala
Ser 520 Asn Gly Ser Gin Thr 525 Asp Asn
Gly Gly Asn Ile Cys 540 Phe Arg Asn
Asp Thr Gly Thr 555 Ser Thr Phe Cys
Thr Met Gin 570 Ala Ala Lys Gly Lys 575
Arg Thr 585 Ser Thr Lys Lys Thr 590 Gly
Leu 600 Asp Ile Asn Lys Ser 605 Glu Asp
Thr Gly Thr Ile Leu 620 Phe Ser Ser
Ile Pro Gin Asn 635 Val Val Leu His
Asn Thr Glu 650 Leu His Val Ile Ser 655
Leu Gly Val 665 Ala Met Leu Thr Val Pro Gly Ser 670 Val
Tyr
Asp
Ser
240
Thr
Val
Ala
Gly
Ser
320
Thr
Ile
Asn
Gly
Asn
400
Asn
Asn
Lys
Ser
Val
480
Glu
Ala
Leu
Asn
Ser
560
Thr
Thr
Ser
Glu
Ser 64 0 Phe
Leu <210> 358 <211> 1248 <212> DNA <213> Chlamydia
675
680
216
PL 209 107 B1 <400> 358 catatgcatc accatcacca tcaccctcca gaatcgggct taatcatagc cattcacgat 60 gatcctcgct ctctttctcc agaaaaagga gaaaatgctt tccatttttc tttgtccaag 120 gctttatttg ctactctctt cagagaagag ctctctggat taacccctgc tctggtctcc 180 tcctatcaag tttcggaaga cgggcggttt tatcgttttt gtattcgtaa agatgctaag 240 tggagtgacg gctctctttt acttgcagaa gatgtaatag ctgcttggga acacactaaa 300 caagctgggc gatattccct actttttgaa aagctatctt ttcgagcctc ttcttcttcg 360 gaaatcctta ttgaactcaa agaacccgag cctcaactat tggcgatatt agcctctccg 420 ttttttgctg tgtatcgtcc agaaaatcct tttctttctt ctggaccttt tatgccaaaa 480 acctatgtgc aagggcaaac gctcgttcta caaaaaaacc cttattacta tgaccatgcg 540 catgtggaat tacattccat agactttcgc atcattccca acatttacac agctctacac 600 ctcttaagaa gaggtgacgt ggattgggtg gggcagcctt ggcaccaagg gattcctttt 660 gagcttcgga ctacctctgc tctctacacc cattaccctg tagatggcac attctggctt 720 attcttaatc ccaaagatcc tgtactttcc tctctatcta atcgtcagcg attgattgct 780 gccatccaaa aggaaaaact ggtgaagcaa gctttaggaa cacaatatcg agtagctgaa 840 agctctccat ctccagaggg aatcatagct catcaagaag cttctactcc ttttcctggg 900 aaaattactt tgatatatcc caataatatt acgcgctgtc agcgtttggc cgaggtattg 960 caagaacaat gccgagacgc aggtatccag ctgactcttg aaggactcga ataccatgta 1020 tttgttcaaa aacgagccac tcaagatttc tctgtctcca cagcaacttc tatagctttc 1080 catccccttg ctaaatctaa gttcgatcaa acggctctag acaatttcac ttgtctgccc 1140 ttgtaccaca tagaatatga ttatattttg agcagaccgc tagatcaaat tgttcactat 1200 ccttcaggta gtgttgattt gacctatgca cactttcact aggaattc 1248 <210> 359 <211> 1311<212> DNA <213> Chlamydia <400> 359 catatgcatc accatcacca tcacatgtat gttcgctcta tcttttttag tattatcgcc 60 ttcctaacgg tcggatgctc cttttctcct ccagaatcgg gcttaatcat agccattcac 120 gatgatcctc gctctctttc tccagaaaaa ggagaaaatg ctttccattt ttctttgtcc 180 aaggctttat ttgctactct cttcagagaa gagctctctg gattaacccc tgctctggtc 240 tcctcctatc aagtttcgga agacgggcgg ttttatcgtt tttgtattcg taaagatgct 300 aagtggagtg acggctctct tttacttgca gaagatgtaa tagctgcttg ggaacacact 360 aaacaagctg ggcgatattc cctacttttt gaaaagctat cttttcgagc ctcttcttct 420 tcggaaatcc ttattgaact caaagaaccc gagcctcaac tattggcgat attagcctct 480 ccgttttttg ctgtgtatcg tccagaaaat ccttttcttt cttctggacc ttttatgcca 540 aaaacctatg tgcaagggca aacgctcgtt ctacaaaaaa acccttatta ctatgaccat 600 gcgcatgtgg aattacattc catagacttt cgcatcattc ccaacattta cacagctcta 660 cacctcttaa gaagaggtga cgtggattgg gtggggcagc cttggcacca agggattcct 720 tttgagcttc ggactacctc tgctctctac acccattacc ctgtagatgg cacattctgg 780 cttattctta atcccaaaga tcctgtactt tcctctctat ctaatcgtca gcgattgatt 840 gctgccatcc aaaaggaaaa actggtgaag caagctttag gaacacaata tcgagtagct 900 gaaagctctc catctccaga gggaatcata gctcatcaag aagcttctac tccttttcct 960 gggaaaatta ctttgatata tcccaataat attacgcgct gtcagcgttt ggccgaggta 1020 ttgcaagaac aatgccgaga cgcaggtatc cagctgactc ttgaaggact cgaataccat 1080 gtatttgttc aaaaacgagc cactcaagat ttctctgtct ccacagcaac ttctatagct 1140 ttccatcccc ttgctaaatc taagttcgat caaacggctc tagacaattt cacttgtctg 1200 cccttgtacc acatagaata tgattatatt ttgagcagac cgctagatca aattgttcac 1260 tatccttcag gtagtgttga tttgacctat gcacactttc actaggaatt c 1311 <210> 360 <211> 813 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 360 atgcatcacc atcaccatca cggaaattct ggtttttatt tgtataacac tcaaaactgc 60 gtctttgctg ataatatcaa agttgggcaa atgacagagc cgctcaagga ccagcaaata 120 atccttggga caacatcaac acctgtcgca gccaaaatga cagcttctga tggaatatct 180 ttaacagtct ccaataatcc atcaaccaat gcttctatta caattggttt ggatgcggaa 240 aaagcttacc agcttattct agaaaagttg ggagatcaaa ttcttggtgg aattgctgat 300 actattgttg atagtacagt ccaagatatt ttagacaaaa tcacaacaga cccttctcta 360 ggtttgttga aagcttttaa caactttcca atcactaata aaattcaatg caacgggtta 420 ttcactccca ggaacattga aactttatta ggaggaactg aaataggaaa attcacagtc 480 acacccaaaa gctctgggag catgttctta gtctcagcag atattattgc atcaagaatg 540
PL 209 107 B1
217 gaaggcggcg ttgttctagc tttggtacga gaaggtgatt ctaagcccta cgcgattagt 600 tatggatact catcaggcgt tcctaattta tgtagtctaa gaaccagaat tattaataca 660 ggattgactc cgacaacgta ttcattacgt gtaggcggtt tagaaagcgg tgtggtatgg 720 gttaatgccc tttctaatgg caatgatatt ttaggaataa caaatacttc taatgtatct 780 tttttggagg taatacctca aacaaacgct taa 813 <210? 361 <211> 750 <212? DNA <213> Chlamydia <400> 361 atgcatcacc atcaccatca caaaataact ccgatcaaaa cacgtaaagt atttgcacat 60 gattcgcttc aagagatctt gcaagaggct ttgccgcctc tgcaagaacg gagtgtggta 120 gttgtctctt caaagattgt gagtttatgt gaaggcgctg tcgctgatgc aagaatgtgc 180 aaagcagagt tgataaaaaa agaagcggat gcttatttgt tttgtgagaa aagcgggata 240 tatctaacga aaaaagaagg tattttgatt ccttctgcag ggattgatga atcgaatacg 300 gaccagcctt ttgttttata tcctaaagat attttgggat cgtgtaatcg catcggagaa 360 tggttaagaa attattttcg agtgaaagag ctaggcgtaa tcattacaga tagccatact 420 actccaatgc ggcgtggagt actgggtatc gggctgtgtt ggtatggatt ttctccatta 480 cacaactata taggatcgct agattgtttc ggtcgtccct tacagatgac gcaaagtaat 540 cttgtagatg ccttagcagt tgcggctgtt gtttgtatgg gagaggggaa tgagcaaaca 600 ccgttagcgg tgatagagca ggcacctaat atggtctacc attcatatcc tacttctcga 660 gaagagtatt gttctttgcg catagatgaa acagaggact tatacggacc ttttttgcaa 720 gcggttacgt ggagtcaaga aaagaaatag 750 <210> 362 <211> 412 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 362
Met His His His His 5 His His Pro Pro Glu 10 Ser Gly Leu Ile Ile 15 Ala
Ile His Asp Asp 20 Pro Arg Ser Leu Ser 25 Pro Glu Lys Gly Glu 30 Asn Ala
Phe His Phe 35 Ser Leu Ser Lys Ala 40 Leu Phe Ala Thr Leu 45 Phe Arg Glu
Glu Leu 50 Ser Gly Leu Thr Pro 55 Ala Leu Val Ser Ser 60 Tyr Gin Val Ser
Glu 65 Asp Gly Arg Phe Tyr 70 Arg Phe Cys Ile Arg 75 Lys Asp Ala Lys Trp 80
Ser Asp Gly Ser Leu 85 Leu Leu Ala Glu Asp 90 Val Ile Ala Ala Trp 95 Glu
His Thr Lys Gin 100 Ala Gly Arg Tyr Ser 105 Leu Leu Phe Glu Lys 110 Leu Ser
Phe Arg Ala 115 Ser Ser Ser Ser Glu 120 Ile Leu Ile Glu Leu 125 Lys Glu Pro
Glu Pro 130 Gin Leu Leu Ala Ile 135 Leu Ala Ser Pro Phe 140 Phe Ala Val Tyr
Arg 145 Pro Glu Asn Pro Phe 15 0 Leu Ser Ser Gly Pro 155 Phe Met Pro Lys Thr 160
Tyr Val Gin Gly Gin 165 Thr Leu Val Leu Gin 170 Lys Asn Pro Tyr Tyr 175 Tyr
Asp His Ala His 180 Val Glu Leu His Ser 185 Ile Asp Phe Arg Ile 190 Ile Pro
Asn Ile Tyr 195 Thr Ala Leu His Leu 200 Leu Arg Arg Gly Asp 205 Val Asp Trp
Val Gly 210 Gin Pro Trp His Gin 215 Gly Ile Pro Phe Glu 220 Leu Arg Thr Thr
Ser 225 Ala Leu Tyr Thr His 230 Tyr Pro Val Asp Gly 235 Thr Phe Trp Leu Ile 240
Leu Asn Pro Lys Asp 245 Pro Val Leu Ser Ser 250 Leu Ser Asn Arg Gin 255 Arg
Leu Ile Ala Ala 260 Ile Gin Lys Glu Lys 265 Leu Val Lys Gin Ala 270 Leu Gly
Thr Gin Tyr 275 Arg Val Ala Glu Ser 280 Ser Pro Ser Pro Glu 285 Gly Ile Ile
218
PL 209 107 B1
Ala His 290 Gin Glu Ala Ser Thr Pro 295 Phe Pro Gly Lys 300 Ile Thr Leu Ile
Tyr Pro Asn Asn Ile Thr Arg Cys Gin Arg Leu Ala Glu Val Leu Gin
305 310 315 320
Glu Gin Cys Arg Asp Ala Gly Ile Gin Leu Thr Leu Glu Gly Leu Glu
325 330 335
Tyr His Val Phe Val Gin Lys Arg Ala Thr Gin Asp Phe Ser Val Ser
340 345 350
Thr Ala Thr Ser Ile Ala Phe His Pro Leu Ala Lys Ser Lys Phe Asp
355 360 365
Gin Thr Ala Leu Asp Asn Phe Thr Cys Leu Pro Leu Tyr His Ile Glu
370 375 380
Tyr Asp Tyr Ile Leu Ser Arg Pro Leu Asp Gin Ile Val His Tyr Pro
385 390 395 400
Ser Gly Ser Val Asp Leu Thr Tyr Ala His Phe His
405 410
<210> 363 <211> 433 <212> PRT <213> Chlamydia
<400> 363
Met His His His His His His Met Tyr Val Arg Ser Ile Phe Phe Ser
5 10 15
Ile Ile Ala Phe Leu Thr Val Gly Cys Ser Phe Ser Pro Pro Glu Ser
20 25 30
Gly Leu Ile Ile Ala Ile His Asp Asp Pro Arg Ser Leu Ser Pro Glu
35 40 45
Lys Gly Glu Asn Ala Phe His Phe Ser Leu Ser Lys Ala Leu Phe Ala
50 55 60
Thr Leu Phe Arg Glu Glu Leu Ser Gly Leu Thr Pro Ala Leu Val Ser
65 70 75 80
Ser Tyr Gin Val Ser Glu Asp Gly Arg Phe Tyr Arg Phe Cys Ile Arg
85 90 95
Lys Asp Ala Lys Trp Ser Asp Gly Ser Leu Leu Leu Ala Glu Asp Val
100 105 110
Ile Ala Ala Trp Glu His Thr Lys Gin Ala Gly Arg Tyr Ser Leu Leu
115 120 125
Phe Glu Lys Leu Ser Phe Arg Ala Ser Ser Ser Ser Glu Ile Leu Ile
130 135 140
Glu Leu Lys Glu Pro Glu Pro Gin Leu Leu Ala Ile Leu Ala Ser Pro
145 150 155 160
Phe Phe Ala Val Tyr Arg Pro Glu Asn Pro Phe Leu Ser Ser Gly Pro
165 170 175
Phe Met Pro Lys Thr Tyr Val Gin Gly Gin Thr Leu Val Leu Gin Lys
180 185 190
Asn Pro Tyr Tyr Tyr Asp His Ala His Val Glu Leu His Ser Ile Asp
195 200 205
Phe Arg Ile Ile Pro Asn Ile Tyr Thr Ala Leu His Leu Leu Arg Arg
210 215 220
Gly Asp Val Asp Trp Val Gly Gin Pro Trp His Gin Gly Ile Pro Phe
225 230 235 240
Glu Leu Arg Thr Thr Ser Ala Leu Tyr Thr His Tyr Pro Val Asp Gly
245 250 255
Thr Phe Trp Leu Ile Leu Asn Pro Lys Asp Pro Val Leu Ser Ser Leu
260 265 270
Ser Asn Arg Gin Arg Leu Ile Ala Ala Ile Gin Lys Glu Lys Leu Val
275 280 285
Lys Gin Ala Leu Gly Thr Gin Tyr Arg Val Ala Glu Ser Ser Pro Ser
290 295 300
Pro Glu Gly Ile Ile Ala His Gin Glu Ala Ser Thr Pro Phe Pro Gly
305 310 315 320
Lys Ile Thr Leu Ile Tyr Pro Asn Asn Ile Thr Arg Cys Gin Arg Leu
325 330 335
Ala Glu Val Leu Gin Glu Gin Cys Arg Asp Ala Gly Ile Gin Leu Thr
340 345 350
PL 209 107 B1
219
Leu Glu Gly 355 Leu Glu Tyr His Val 360
Asp Phe 370 Ser Val Ser Thr Ala 375 Thr
Lys 385 Ser Lys Phe Asp Gin 390 Thr Ala
Leu Tyr His Ile Glu 405 Tyr Asp Tyr
Ile His Yal His Tyr 420 Pro Ser Gly Ser
Phe Val Gin Lys Arg 365 Ala Thr Gin
Ser Ile Ala Phe 380 His Pro Leu Ala
Leu Asp Asn 395 Phe Thr Cys Leu Pro 400
Ile Leu 410 Ser Arg Pro Leu Asp 415 Gin
Val 425 Asp Leu Thr Tyr Ala 430 His Phe
<210> 354 <211> 2S4 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 364
Met Gly Asn Ser Gly IZ Phe Tyr Leu
Ala Asp Asn Ile 20 3 Lys Val Gly Gin
Gin Ile Ile 35 Leu Gly Thr Thr Ser 40
Ala Ser 50 Asp Gly Ile Ser Leu 55 Thr
Ala 65 Ser Ile Thr Ile Gly 70 Leu Asp
Leu Glu Lys Leu Gly 85 Asp Gin Ile
Val Asp Ser Thr 100 Val Gin Asp Ile
Ser Leu Gly 115 Leu Leu Lys Ala Phe 120
Ile Gin 130 Cys Asn Gly Leu Phe 135 Thr
Gly 145 Gly Thr Glu Ile Gly 150 Lys Phe
Ser Met Phe Leu Val 165 Ser Ala Asp
Gly Val Val Leu 180 Ala Leu Val Arg
Ile Ser Tyr 195 Gly Tyr Ser Ser Gly 200
Thr Arg 210 Ile Ile Asn Thr Gly 215 Leu
Val 225 Gly Gly Leu Glu Ser 230 Gly Val
Gly Asn Asp Ile Leu 245 Gly Ile Thr
Glu Yal Ile Pro 260 Gin Thr Asn Ala
Tyr Asn 10 Thr Gin Asn Cys Val 15 Phe
Met 25 Thr Glu Pro Leu Lys 30 Asp Gin
Thr Pro Val Ala Ala 45 Lys Met Thr
Val Ser Asn Asn 60 Pro Ser Thr Asn
Ala Glu Lys 75 Ala Tyr Gin Leu Ile 80
Leu Gly 90 Gly Ile Ala Asp Thr 95 Ile
Leu 105 Asp Lys Ile Thr Thr 110 Asp Pro
Asn Asn Phe Pro Ile 125 Thr Asn Lys
Pro Arg Asn Ile 140 Glu Thr Leu Leu
Thr Val Thr 155 Pro Lys Ser Ser Gly 160
Ile Ile 170 Ala Ser Arg Met Glu 175 Gly
Glu 185 Gly Asp Ser Lys Pro 190 Tyr Ala
Val Pro Asn Leu Cys 205 Ser Leu Arg
Thr Pro Thr Thr 220 Tyr Ser Leu Arg
Val Trp Val 235 Asn Ala Leu Ser Asn 240
Asn Thr 250 Ser Asn Yal Ser Phe 255 Leu
<21 <21 <21: <21: 0> 365 ydia
1> 249
2> PRT
3> Chlam;
<400> 365 Met His His His His His His Lys
Val Phe Ala His 5 Asp Ser Leu Gin
Pro Leu Gin 20 Glu Arg Ser Val Val
Leu 35 Cys Glu Gly Ala Yal Ala 40 Asp
Ile Thr 10 Pro Ile Lys Thr Arg 15 Lys
Glu 25 Ile Leu Gin Glu Ala 30 Leu Pro
Val Val Ser Ser Lys 45 Ile Val Ser
Ala Arg Met Cys Lys Ala Glu Leu
220
PL 209 107 B1
50 55 60
Ile Lys Lys Glu Ala Asp Ala Tyr Leu Phe Cys Glu Lys Ser Gly Ile
65 70 75 80
Tyr Leu Thr Lys Lys Glu Gly Ile Leu Ile Pro Ser Ala Gly Ile Asp
85 90 95
Glu Ser Asn Thr Asp Gin Pro Phe Val Leu Tyr Pro Lys Asp Ile Leu
100 105 110
Gly Ser Cys Asn Arg Ile Gly Glu Trp Leu Arg Asn Tyr Phe Arg Val
115 120 125
Lys Glu Leu Gly Val Ile Ile Thr Asp Ser His Thr Thr Pro Met Arg
130 135 140
Arg Gly Val Leu Gly Ile Gly Leu Cys Trp Tyr Gly Phe Ser Pro Leu
145 150 155 160
His Asn Tyr Ile Gly Ser Leu Asp Cys Phe Gly Arg Pro Leu Gin Met
165 170 175
Thr Gin Ser Asn Leu Val Asp Ala Leu Ala Val Ala Ala Val Val Cys
180 185 190
Met Gly Glu Gly Asn Glu Gin Thr Pro Leu Ala Val Ile Glu Gin Ala
195 200 205
Pro Asn Met Val Tyr His Ser Tyr Pro Thr Ser Arg Glu Glu Tyr Cys
210 215 220
Ser Leu Arg Ile Asp Glu Thr Glu Asp Leu Tyr Gly Pro Phe Leu Gin
225 230 235 240
Ala Val Thr Trp Ser Gin Glu Lys Lys
245 <210> 366 <211> 2413 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 366 atggacccaa aagaaaaaaa ttacgatgca tccgctatta ctgttttaga agggetacaa 60 gctgttcgtg agcgccccgg gatgtacatt ggagatacgg gaatcacggg tcttcatcat 120 ctagtctatg aggttgtaga caacagcatt gacgaagcca tggcaggtta ttgctctagg 180 attgatgttc gcattttaga ggacgggggt attgtcatcg tagataatgg ccgaggaatc 240 cctatagaag ttcacgaaag agagtctgca aaacaaggta gagaggtctc tgctttagaa 300 gtggttttaa cagtccttca tgctggagga aaattcgata aggatagcta taaagtatcc 360 ggaggcttgc acggagttgg ggtttcttgc gttaatgctc tttcggagaa attagttgcc 420 acggtcttta aagataagaa gtgttatcaa atggagttct ctaggggaat tcctgtaact 480 ccattgcagt atgtaagtgt tagtgatcgg cagggaacag aaatcgtttt ctaccctgat 540 cctaaaatat tttcgacttg tacttttgat cgctctattt taatgaaacg cttgcgagag 600 cttgctttct taaatcgtgg gatcacaata gtctttgaag atgatcgaga tgttagcttt 660 gacaaggtta ccttctttta tgagggaggg attcaatctt ttgtaagtta cctgaatcaa 720 aataaagaaa gccttttctc tgaaccgatt tatatttgtg gaactcgagt aggagatgat 780 ggagaaatcg agtttgaagc agccttacaa tggaattcag ggtattctga acttgtttat 840 tcctatgcca ataatattcc tacacgccaa ggaggaacgc atcttacagg gttttctacc 900 gcgcttacta gggtaatcaa tacgtatatt aaagctcata accttgcgaa gaataataag 960 cttgcattaa ccggagaaga tattcgagaa ggtctgacag ctgtgatttc tgtaaaggtc 1020 ccaaatccac aatttgaagg gcaaacaaaa cagaaattag gaaacagtga tgttagctca 1080 gtggctcaac aggttgtagg ggaagctctg acaatctttt ttgaagagaa tcctcaaatt 1140 gctaggatga ttgttgataa ggtttttgtt gcagcgcaag ctagagaagc tgcaaaaaaa 1200 gctcgagaat tgactttaag gaaaagtgct ttagatagcg cacgcttacc tggaaaacta 1260 attgattgtt tagaaaaaga tcccgaaaag tgtgagatgt acattgtgga gggggattct 1320 gctggaggat ctgcgaaaca aggtagagat cgaagatttc aagcaattct gcctattcga 1380 ggtaaaattc tgaacgtaga aaaagctcgt ctacagaaaa ttttccaaaa ccaagagata 1440 ggaaccatca tagcagcttt aggctgtggc ataggtgctg ataattttaa tctcagtaaa 1500 ttacgctata gacgtatcat tatcatgaca gatgctgacg tggacggttc tcatattcgt 1560 accctacttc tcacattctt ctatcgtcat atgacagcgc ttattgaaaa tgaatgtgtt 1620 tatattgctc aacctccttt atacaaggtg agtaagaaaa aagacttccg ttatattctt 1680 tcagagaaag aaatggacag ctatttgctc atgttaggca cgaatgagag ctccattctc 1740 tttaaatcta cggaaagaga attacgtgga gaggctttag agagttttat caacgtcatt 1800 ttagatgtag agagctttat aaacactctt gagaaaaaag cgattccctt ctctgaattt 1860 ttagagatgt ataaagaggg gataggctat cctttgtact atcttgctcc ggcaactgga 1920 atgcagggag ggcgctatct ttattctgat gaggaaaaag aagaagcttt agctcaagaa 1980 gaaactcata agtttaaaat catagagctt tataaagttg ctgtgttcgt agatattcaa 2040 aatcaactca aagaatatgg tttagatatt tctagctatc ttatccctca gaaaaacgag 2100
PL 209 107 B1
221 attgtgattg gaaatgaaga ttccccaagc tgtaactata gctgctatac cttggaagaa 2ISO gtcattaact atcttaaaaa tcttggaaga aaaggcatag aaattcagag gtataaaggt 2220 cttggagaga tgaatgccga ccagctttgg gatactacta tgaatcctga gcagagaaca 2280 ctcattcatg tgtcattgaa ggatgccgta gaagcagacc atattttcac tatgttgatg 2340 ggggaagaag tccctccaag aagagaattc atagaaagtc atgctttgtc cattaggata 2400 aataatttag atatttag 2418 <210> 367 <211> 888 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 367 atggaaaagt tactagtgac tgatattgac ggtacaatta cccatcaatc tcatcattta 60 gataaaaagg tgtatgagcg gctctatgcg ctgcaccaag ctggttggaa gttgtttttc 120 ttgacgggaa ggtattataa atatgctgca cgcttgtttt ctgattttga tgctccatat 180 ttattaggat gccaaaacgg cgcttctgta tggtcttcaa catcatcaaa tcttctctat 240 tctaaaagtt taccctcaga tttattatgt attttacaag attgtatgga gggggcaacg 300 gctctttttt ccgtggaatc aggagctcct tacggggatc actactatcg cttttcaccg 360 actcctatag ctcaagattt acacgaatat gtagatccta ggtactttcc taatgctaag 420 gaaagagaga tcctatttga aacgcgctct ttaaaagacg actatgcttt tcctagtttt 480 gctgcagcaa aagtctttgg actgcgagat gaggtcatca gaattcaaaa ggagctggaa 540 cgccaagaag cactgacttc agtcgcgacg atgacgttaa tgcgctggcc ctttgacttt 600 cgctatgcca tcttgttttt aacagataaa agcgtctcta aaggcaaagc cttagatcgt 660 gttgtcaata tactttatga tggaaagaaa ccctttgtca tggcttcagg agatgatgct 720 aatgatctcg atcttattga gagaggagat tttaaaattg tgatgagttc cgcacctgaa 780 gagatgcacg ttcatgcgga ctttctagct cccccagcag ataagaatgg cattctttca 840 gcttgggaag ctggtgtccg ctattatgac gaccttatga gtctttag 388 <210> 368 <211> 237 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 368 atgaaagaat ttttagccta tatcattaag aatctagtgg accgccctga agaagtccgt 60 attaaagaag ttcaggggac tcacacgatt atttatgaac taagtgtagc taaacctgat 120 atcgggaaga tcattggcaa agaaggccgt acgatcaaag cgattcgtac tcttctggtt 180 tctgtagcaa gcaggaacaa tgtaagggtc agtttagaaa ttatggaaga aaagtag 237 <210> 369 <211> 1437 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 369 atgcgtgacg tttcagagct ttttcgaaca cattttatgc attacgcgtc ttacgtaatt 60 ttagagagag cgattcctca tattcttgat ggcttaaaac cggtgcagcg tcgacttcta 120 tggactttat tccttatgga cgacgggaaa atgcataaag ttgccaatat tgcaggaaga 180 actatggctc tccatcccca tggcgatgcc cctattgttg aagctcttgt tgtcttagca 240 aataaaggct acctcatcga cacgcaagga aacttcggaa atccccttac gggagatcct 300 cacgctgctg cccgttatat agaagcacga ctcagtcctt tagctcgaga aacgctcttt 360 aataccgact tgatagcttt tcatgactct tatgatggaa gagaaaaaga acctgatatt 420 ttacctgcaa agctccccgt gcttttactt catggtgtgg acgggattgc tgtggggatg 480 accacgaaaa ttttccctca caattttgca gaacttttga aagcgcaaat tgcaatttta 540 aatgataaaa aattcactgt gtttcctgac tttccttcgg gaggattgat ggatccctcg 600 gagtatcaag atggattggg atcgattaca ctgcgtgcat ctatagacat tattaatgat 660 aaaacgcttg tagtgaaaca aatttgtcct caatctacga ctgagacttt gatccgttct 720 atagagaacg cagcaaaacg tggcacaatt aaaatcgata ccatccaaga cttctctaca 780 gatgtccccc acattgaaat taagctgcca aaaggctctc gagccaaaga gatgcttccc 840 ttgttattcg agcatactga atgccaggtg attctctatt ctaagcccac agtcatttac 900 gagaataagc ctgtagaatg ttcgatatcc gagattctca aactgcatac tacagctcta 960 caggggtatc ttgaaaaaga acttttgttg ctccaagaac aacttacttt ggaccattat 1020 cataaaacct tagaatacat ctttattaaa cataagctct atgattctgt ccgagaagtc 1080 ctagccataa acaagaaaat ttctgctgat gacctacatc aagcagtgct ccatgctctg 1140
222
PL 209 107 B1 gagccctggc tcactaacga gccatagaaa gtcaagtacc atcacaaact ttcatgagct ttaagaaaat aaaaacaagc tcaaaggact ttaagacggc tgcaactccc cctttgcttt agcgatacaa tttagaacgc aaagacatct gttacaaaac aagacacctc tcaacttgct 1200 aatgaagagg catgcactaa ggaactgcta 1260 aaagatcttg gaagaataaa agaagtcacc 1320 catggacact taggagagag aaaaacacag 1380 atcttgaaac aacaaacctt aatttaa 1437 <210? 370 <211? 774 <212? DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 370 atggcatttt cgtttccttc acgagggttg atttttaatt gctcacttag tattcaggat agagcttctg atccatacgg tctatcttag aattttgttc gaaggggaaa tcctatggat agtcaaaata attctccttc ttggtgaaac atggtttttt ccgatggatc cttctcagaa atttttattc ttcatcgatt gagtgcctca gtccttttct agatactggg ctgcagcttg ggaaggagtc ggggacgggt aacgatctct acttcctgag atatttaaag acgtccaacg gggaaaatcg ttgggatcgt ggagtcgcgt tgctgtcgta tcgctatcat acattgccag tggaacaggg gatccaaatc atatcttcag aaatatttta gttgaagatg ccctcttctt atgtgtggta gacatctctg gtgcttgtag cctgatcctc attcttcctg cagaccttct ttgcgcgttc gctctagctt catacttggg ggctctgtaa tctattctgg ttcggttctt gtgctgatgc acggcttgcg tatctacgga atatgactct ttcccaaaga agatttctac ctccagatgg gtacttacga ctgctcttgt gtggagagct ctagagattt agcaggaaat 60 atgccaagag 120 gcaactcatt 180 ttgtgcgatt 240 tagtggtcta 300 cgcagattgg 360 ggtcgtttgt 420 tttagatctt 480 ggtgaatgtc 540 acgtggagtc 600 tgtgtcaaac 660 tatgactgtg 720 ataa 774 <210> 371 <211> 576 <212> DNA <213? Chlamydia pneumoniae <400> 371 atggcagacg cgcagagtat ctttggtatt gggggatctg gtcactactg gctcctggaa ggtggaccga acaaaagctc gaaaaggcta ttggatggca gggaagttca ttttctcaga tggaattaaa tggacgcagg ttgtgacagg ggagatttgc ttaccggtca gcattataga tcgatagaga ttttattctc taaattacgt gcctgtaaca agatcctgga ttttgctgtt gttggcagct aactcctcat ggcaaccgat tgtctatgta tatgtggatg cttcaacgat gatattatag gagaaaagtg aagcctatag tgggatcaaa tctatgggct tctagaatta ttagacattc gaggcgacaa acagccaacg ctctaa aaaaagagtt cttccgatgc tttttgtgat ttaaaatgtt cggtattgag tgattcatca atgcgagaga atcaacctcg aagctaagga attggaagcg 60 aattaaaaag 120 caatagtcct 180 aacctcaccc 240 tttatgtgca 300 accttcaata 360 gattttaaaa 420 agatatcata 480 ttttggttta 540
576 <210> 372 <211> 699 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 372 atgacaaaac tattctttgc actgtagatg ggagccgttt gggaacaaag gttgaaaaaa atgcgtgaag aaaacaggaa attgaattta gaaagcagtc cctcctgcag ggtatttcta atggaaaacg gggaggctat tatctatcaa ttttacctaa tcaaagaagc ttaaatccgg taggaaaatt cggtaaccac aagcagaccg aaatcaaaga ctaaaggtca tagatactag tatacgaggc agatatttta gttagggata tggtacagga tgttgaagcg gtggctggaa aggaaaagtc agacgttgct cgcaggcgta aaatattgaa atatttagtc agaattaatg atcttaaaga aaacaatgtc gatcctaaaa aaaactttaa ggcgcagact ttcgatgttg ttaggaccta aaagcaatct tgtaatgtag gctctaagtt tcattcacta gcatcttaa actatgattt ctccagtacg agagcgacca gaattttggt ttatgggaag ctgtcgctac gaaatctaat ccgaattgcg gcgtaggtaa ctgctttaat tttcttccac ctcaaaatca 60 cttcgatcaa 120 acaaattcgt 180 ttttgcttca 240 cgacgatctt 300 cccagatatg 360 gcctacacct 420 taaaggaaaa 480 gttgtctttt 540 taaggccaaa 600 tatggggcct 660
699 <210> 373 <211? 369 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae
PL 209 107 B1
223 <400? 373 atgccacgca tatatttatg cctgaggcaa caatcagaat ttgatcgcca caacgtacaa aagaaataa tcattggaat gaataggatc gagcctctga ataccgtaga tccattctta aaactaattc tgatattcct agctcgttct attaactgaa aggggatttg tcgaggtcag tcgtactcga gcaaagaaaa gatgaaatca gaagaagtag cgacgtcgtg agacatagac aaaggtaaaa agttaaaaat ttaaaaagtt gacgactgaa ttcaatcgga tttctttacc gaaaaacagt aagtctgaca 60 gaagttagat 120 ctctctgcta 180 tatcaaaaga 240 agtaagagga 300 cgcaggtaag 360
369 <210? 374 <211? 5172 <212? DNA <213? Chlamydia pneumoniae <400? 374 atgaagtggc taccagctac agctgttttt gctgccgtac tccccgcact aacagccttc 60 ggagatcccg cgtctgttga aataagtacc agccatacag gatccgggga tcctacaagc 120 gacgctgcct taacaggatt tacacaaagt tccacagaaa ctgacggtac tacctatacc 180 attgtcggtg atatcacctt ctctactttt acgaatattc ctgttcccgt agtaactcca 240 ata9ttccag caatagctct aaaggaggaa gtagcagtag tggagctaca 300 tctctaatcc gatcctcaaa cctacactcc gattttgatt ttacaaaaga tagcgtgtta 360 gacctctatc accttttctt tccttcagct tcaaatactc tcaatcctgc actcctttct 420 tccagtagca gcggtggatc ctcgagcagc agtagctcct catcatctgg aagtgcatct 480 gctgttgttg ctgcggaccc aaaaggaggc gctgcctttt atagtaacga ggctaacgga 540 actttaacct tcactacaga ctctggaaat cccggctccc tgactcttca gaatcttaaa 600 atgaccggag atggagccgc catctactcg aagggtcctc tagtatttac tggtttaaaa 660 aatctaacct ttacaggaaa tgaatctcag aaatctggag gtgctgccta tactgaaggc 720 gcactcacaa cacaagcaat cgttgaagcc gtaactttta ctggcaacac ctcggcaggg 700 caaggaggcg ctatctatgt taaagaagct accctattca atgctctaga cagcctcaaa 840 tttgaaaaaa acacttctgg gcaagctggt ggtggaatct atacagagtc tacgctcaca 900 atctcgaaca tcacaaaatc tattgaattt atctctaata aagcttctgt ccctgccccc 960 ► ^ί9?96 ccacctctcc ggctccaagt agcttaataa attctacaac gatcgatacc 1020 agcatccgca actccagcag tggctcctgt tgctgccgta 1080 caatctctac tcaagagacc gcaggaaatg gaggcgctat ctatgctaaa 114 0 aggtattt cgatatccac gtttaaagat ctgaccttca agtctaactc tgcatcggta 1200 ttactgtcga ttctagcact attggagaat ctggaggtgc tatctttgca 1260 a^actcta tacaaatcca acagtgcacg ggaaccacct tattcagtgg caatactgcc 1320 aataagtctg gtgggggtat ttacgctgta ggacaagtca ccctagaaga tatagcgaat 1380 ctgaagatga ccaacaacac ctgtaaaggt gaaggtggag ccatctacac taaaaaggct 1440 ttaactatca acaacggtgc cattctcact acattttctg gaaatacatc gacagataat 1500 ggtggggcta tttttgctgt aggtggcatc actctctctg atcttgtaga agtccgcttt 1560 cctatAottt agaccggaaa ttattccgct cctattacca aagcggctag caacacagct 1620 c££a9ttt cta9=tctac aactgctgca tctcctgcgg tccctgctgc cgctgcagca 1680 * ac9cagcaaa aggaggggct ttatatagta cagaaggact gactgtatct 174 0 ?9 c9atatt9tc gtttgaaaac aacgaatgcc agaatcaagg aggtggggct 1800 ? aaaccttcca gtgttccgat tctcatcgcc tccagtttac tagtaataaa 1860 gcagcagatg aaggcggggg cctgtattgt ggtgacgatg tcacgctaac gaacctgaca 1920 tcaaaaaaat rt^^9^ Saatagcagt gagaaacatg gaggtgggct ctctctcgcc 1980 tcaggaaaat ctctgactat gacatcgtta gagagcttct gcttaaatgc aaatacagca 2040 aaggaaaacg gaggcggtgc gaatgtccct gaaaatattg tactcacctt cacctatact 2100 cccactccaa atgaacctgc gcctgtgcag cagcccgtgt atggagaagc tcttgttact 2160 ??aa^aCa9 ccacaaaaag tggtgggggc atttacacga aaaatgcggc cttctcaaat 222 0 ί9 taac^tt:t9a tcaaaatacc tcttcagaaa atggtggtgc cttacttacc 2280 caaaaagctg cagataaaac ggactgttct ttcacctata ttacaaatgt caatatcacc 2340 ^faa£Cag ttacaggaaa tggtgggggc attgctgggg gaaaagcaca tttcgatcgc 2400 “9 fc atC “acagtcca aagcaaccaa gcaaagaaag gtggtggggt ttatcttgaa 2460 gatgccctca tcctggaaaa ggttattaca ggttctgtct cacaaaatac agctacagaa 2520 agtggtgggg gtatctacgc taaggatatt caactacaag ctctacctgg aagcttcaca 2580 attaccgata ataaagtcga aactagtctt actactagca ctaatttata tggtgggggc 2640 atc^tcca gtggagctgt cacgctaacc aatatatctg gaacctttgg cattacagga 2700 aactctgtta tcaatacagc gacatcccag gatgcagata tacaaggtgg gggcatttat 2760 gcaaccacgt ctctctcaat aaatcaatgt aatacaccca ttctatttag caacaactct 2820 gctgccacta aaaaaacatc aacaacaaag caaattgctg gtggggctat cttctccgct 2880 gcagtaacta tcgagaataa ctctcagccc attattttct taaataattc cgcaaagtcg 2940 gaagcaacta cagcagcaac tgcaggaaat aaagatagct gtggaggagc cattgcagct 3000 aactctgtta ctttaacaaa taaccctgaa ataaccttta aaggaaatta tgcagaaact 3060 ggaggagcga ttggctgtat tgatcttact aatggctcac ctccccgtaa agtctctatt 3120 gcagacaacg gttctgtcct ttttcaagac aactctgcgt taaatcgcgg aggcgctatc 3180
224
PL 209 107 B1 tatggagaga ctatcgatat ctccaggaca ggtgcgactt tcatcggtaa ctcttcaaaa 3240 catgatggaa gtgcaatttg ctgttcaaca gccctaactc ttgcgccaaa ctcccaactt 3300 atctttgaaa acaataaggt tacggaaacc acagccacta caaaagcttc cataaataat 3360 ttaggagctg caatttatgg aaataatgag actagtgacg tcactatctc tttatcagct 3420 gagaatggaa gtattttctt taaaaacaat ctatgcacag caacaaacaa atactgcagt 3480 attgctggaa acgtaaaatt tacagcaata gaagcttcag cagggaaagc tatatctttc 3540 tatgatgcag ttaacgtttc caccaaagaa acaaatgctc aagagctaaa attaaatgaa 3600 aaagcgacaa gtacaggaac gattctattt tctggggaac ttcacgaaaa taaatcctat 3660 attccacaga aagtcacttt cgcacatggg aatctcattc taggtaaaaa tgcagaactt 3720 agcgtagttt cctttaccca atctccaggc accacaatca ctatgggccc aggatcggtt 3780 ctttccaacc atagcaaaga agcaggagga atcgctataa acaatgtcat cattgatttt 3840 agtgaaatcg ttcctactaa agataatgca acagtagctc cacccactct taaattagta 3900 tcgagaacta atgcagatag taaagataag attgatatta caggaactgt gactcttcta 3960 gatcctaatg gcaacttata tcaaaattct tatcttggtg aagaccgcga tatcactctt 4020 ttcaatatag acaattctgc aagtggggca gttacagcca cgaatgtcac ccttcaaggg 4080 aatttaggag ctaaaaaagg atatttagga acctggaatt tggatccaaa ttcctcgggt 4140 tcaaaaatta ttctaaaatg gacctttgac aaatacctgc gctggcccta catccctaga 4200 gacaaccact tctacatcaa ctctatttgg ggagcacaaa actctttagt gactgtgaaa 4260 caagggatct tagggaacat gttgaacaat gcaaggtttg aagatcctgc tttcaacaac 4320 ttctgggctt cggctatagg atctttcctt aggaaagaag tatctcgaaa ttctgactca 4380 ttcacctatc atggcagagg ctataccgct gctgtggatg ccaaacctcg ccaagaattt 4440 attttaggag ctgccttcag tcaggttttt ggtcacgccg agtctgaata tcaccttgac 4500 aactataagc ataaaggctc aggtcactct acacaagcat ctctttatgc tggcaatatc 4560 ttctattttc ctgcgatacg gtctcggcct attctattcc aaggtgtggc gacctatggt 4620 tatatgcaac atgacaccac aacctactat ccttctattg aagaaaaaaa tatggcaaac 4680 tgggatagca ttgcttggtt atttgatctg cgtttcagtg tggatcttaa agaacctcaa 4740 cctcactcta cagcaaggct taccttctat acagaagctg agtataccag aattcgccag 4800 gagaaattca cagagctaga ctatgatcct agatctttct ctgcatgctc ttatggaaac 4860 ttagcaattc ctactggatt ctctgtagac ggagcattag cttggcgtga gattattcta 4920 tataataaag tatcagctgc gtacctccct gtgattctca ggaataatcc aaaagcgacc 4980 tatgaagttc tctctacaaa agaaaagggc aacgtagtca acgttctccc tacaagaaac 5040 gcagctcgtg cagaggtgag ctctcaaatt tatcttggaa gttactggac actctacggc 5100 acgtatacta ttgatgcttc aatgaatact ttagtgcaaa tggccaacgg agggatccgg 5160 tttgtattct ag 5172 <210> 375 <211> 5172 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 375 atgaagtggc taccagctac agctgttttt gctgccgtac tccccgcact aacagccttc 60 ggagatcccg cgtctgttga aataagtaęc agccatacag gatccgggga tcctacaagc 120 gacgctgcct taacaggatt tacacaaagt tccacagaaa ctgacggtac tacctatacc 180 attgtcggtg atatcacctt ctctactttt acgaatattc ctgttcccgt agtaactcca 240 gacgccaacg atagttccag caatagctct aaaggaggaa gtagcagtag tggagctaca 300 tctctaatcc gatcctcaaa cctacactcc gattttgatt ttacaaaaga tagcgtgtta 360 gacctctatc accttttctt tccttcagct tcaaatactc tcaatcctgc actcctttct 420 tccagtagca gcggtggatc ctcgagcagc agtagctcct catcatctgg aagtgcatct 480 gctgttgttg ctgcggaccc aaaaggaggc gctgcctttt atagtaacga ggctaacgga 540 actttaacct tcactacaga ctctggaaat cccggctccc tgactcttca gaatcttaaa 600 atgaccggag atggagccgc catctactcg aagggtcctc tagtatttac tggtttaaaa 660 aatctaacct ttacaggaaa tgaatctcag aaatctggag gtgctgccta tactgaaggc 720 gcactcacaa cacaagcaat cgttgaagcc gtaactttta ctggcaacac ctcggcaggg 780 caaggaggcg ctatctatgt taaagaagct accctattca atgctctaga cagcctcaaa 840 tttgaaaaaa acacttctgg gcaagctggt ggtggaatct atacagagtc tacgctcaca 900 atctcgaaca tcacaaaatc tattgaattt atctctaata aagcttctgt ccctgccccc 960 gctcctgagc ccacctctcc ggctccaagt agcttaataa attctacaac gatcgatacc 1020 tcgactctcc aaacccgagc agcatccgca actccagcag tggctcctgt tgctgccgta 1080 actccaacac caatctctac tcaagagacc gcaggaaatg gaggcgctat ctatgctaaa 1140 caaggtattt cgatatccac gtttaaagat ctgaccttca agtctaactc tgcatcggta 1200 gatgccaccc ttactgtcga ttctagcact attggagaat ctggaggtgc tatctttgca 1260 gcagactcta tacaaatcca acagtgcacg ggaaccacct tattcagtgg caatactgcc 1320 aataagtctg gtgggggtat ttacgctgta ggacaagtca ccctagaaga tatagcgaat 1380 ctgaagatga ccaacaacac ctgtaaaggt gaaggtggag ccatctacac taaaaaggct 1440 ttaactatca acaacggtgc cattctcact acattttctg gaaatacatc gacagataat 1500
99tggggcta tttttgctgt aggtggcatc actctctctg atcttgtaga agtccgcttt 1560 agtaaaaata agaccggaaa ttattccgct cctattacca aagcggctag caacacagct 1620
PL 209 107 B1
225 cctgtagttt cctgttacaa ggaatcacat tacgttacta gcagcagatg gggaaaacac tcaggaaaat aaggaaaacg cccactccaa ggaaatacag ttatcttctg caaaaagctg aacaatacag attgataatc gatgccctca agtggtgggg attaccgata atctattcca aactctgtta gcaaccacgt gctgccacta gcagtaacta gaagcaacta aactctgtta ggaggagcga gcagacaacg tatggagaga catgatggaa atctttgaaa ttaggagctg gagaatggaa attgctggaa tatgatgcag aaagcgacaa attccacaga agcgtagttt ctttccaacc agtgaaatcg tcgagaacta gatcctaatg ttcaatatag aatttaggag tcaaaaatta gacaaccact caagggatct ttctgggctt ttcacctatc attttaggag aactataagc ttctattttc tatatgcaac tgggatagca cctcactcta gagaaattca ttagcaattc i tataataaag tatgaagttc 1 gcagctcgtg <
acgtatacta l tttgtattct ;
: ctagctctac i acgcagcaaa ' cgatattgtc i aaaccttcca [ aaggcggggg : tatttcaaga ctctgactat [ gaggcggtgc i atgaacctgc [ ccacaaaaag I taacttttga [ cagataaaac ! ctacaggaaa ttacagtcca tcctggaaaa gtatctacgc ataaagtcga gtggagctgt tcaatacagc ctctctcaat aaaaaacatc tcgagaataa cagcagcaac ctttaacaaa ttggctgtat gttctgtcct ctatcgatat gtgcaatttg acaataaggt caatttatgg gtattttctt acgtaaaatt ttaacgtttc gtacaggaac aagtcacttt cctttaccca atagcaaaga ttcctactaa atgcagatag gcaacttata acaattctgc ctaaaaaagg ttctaaaatg tctacatcaa tagggaacat cggctatagg atggcagagg ctgccttcag ataaaggctc ctgcgatacg atgacaccac ttgcttggtt cagcaaggct cagagctaga ctactggatt tatcagctgc tctctacaaa cagaggtgag ttgatgcttc ag aactgctgca aggaggggct gtttgaaaac gtgttccgat cctgtattgt gaatagcagt gacatcgtta gaatgtccct gcctgtgcag tggtgggggc tcaaaatacc ggactgttct tggtgggggc aagcaaccaa ggttattaca taaggatatt aactagtctt cacgctaacc gacatcccag aaatcaatgt aacaacaaag ctctcagccc tgcaggaaat taaccctgaa tgatcttact ttttcaagac ctccaggaca ctgttcaaca tacggaaacc aaataatgag taaaaacaat tacagcaata caccaaagaa gattctattt cgcacatggg atctccaggc agcaggagga agataatgca taaagataag tcaaaattct aagtggggca atatttagga gacctttgac ctctatttgg gttgaacaat atctttcctt ctataccgct tcaggttttt aggtcactct gtctcggcct aacctactat atttgatctg taccttctat ctatgatcct ctctgtagac gtacctccct agaaaagggc ctctcaaatt aatgaatact tctcctgcgg ttatatagta aacgaatgcc tctcatcgcc ggtgacgatg gagaaacatg gagagcttct gaaaatattg cagcccgtgt atttacacga tcttcagaaa ttcacctata attgctgggg gcaaagaaag ggttctgtct caactacaag actactagca aatatatctg gatgcagata aatacaccca caaattgctg attattttct aaagatagct ataaccttta aatggctcac aactctgcgt ggtgcgactt gccctaactc acagccacta actagtgaca ctatgcacag gaagcttcag acaaatgctc tctggggaac aatctcattc accacaatca atcgctataa acagtagctc attgatatta tatcttggtg gttacagcca acctggaatt aaatacctgc ggagcacaaa gcaaggtttg aggaaagaag gctgtggatg ggtcacgccg acacaagcat attctattcc , ccttctattg , cgtttcagtg acagaagctg i agatctttct i ggagcattag i gtgattctca <
aacgtagtca <
tatcttggaa t ttagtgcaaa t i tccctgctgc l cagaaggact : agaatcaagg ! tccagtttac [ tcacgctaac I gaggtgggct gcttaaatgc tactcacctt atggagaagc aaaatgcggc atggtggtgc ttacaaatgt gaaaagcaca gtggtggggt cacaaaatac ctctacctgg ctaatttata gaacctttgg tacaaggtgg ttctatttag gtggggctat taaataattc gtggaggagc aaggaaatta ctccccgtaa taaatcgcgg tcatcggtaa ttgcgccaaa caaaagcttc tcactatctc caacaaacaa cagggaaagc aagagctaaa ttcacgaaaa taggtaaaaa ctatgggccc acaatgtcat cacccactct caggaactgt aagaccgcga cgaatgtcac tggatccaaa gctggcccta actctttagt aagatcctgc tatctcgaaa ccaaacctcg agtctgaata ctctttatgc aaggtgtggc aagaaaaaaa tggatcttaa agtataccag ctgcatgctc cttggcgtga ggaataatcc acgttctccc gttactggac tggccaacgg cgctgcagca gactgtatct aggtggggct tagtaataaa gaacctgaca ctctctcgcc aaatacagca cacctatact tcttgttact cttctcaaat cttacttacc caatatcacc ttttgatcgc ttatcttgaa agctacagaa aagcttcaca tggtgggggc cattacagga gggcatttat caacaactct cttctccgct cgcaaagtcg cattgcagct tgcagaaact agtctctatt aggcgctatc ctcttcaaaa ctcccaactt cataaataat tttatcagct atactgcagt tatatctttc attaaatgaa taaatcctat tgcagaactt aggatcggtt cattgatttt taaattagta gactcttcta tatcactctt ccttcaaggg ttcctcgggt catccctaga gactgtgaaa tttcaacaac ttctgactca ccaagaattt tcaccttgac tggcaatatc gacctatggt tatggcaaac agaacctcaa aattcgccag ttatggaaac gattattcta aaaagcgacc tacaagaaac actctacggc agggatccgg
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3060
3120
3180
3240
3300
3360
3420
3480
3540
3600
3660
3720
3780
3840
3900
3960
4020
4080
4140
4200
4260
4320
4380
4440
4500
4560
4620
4680
4740
4800
4860
4920
4980
5040
5100
5160
5172 <210> 376 <211> 3759 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae
226
PL 209 107 B1 <400> 376 atgttgaagt gccctgaacg aatcttatcg aaatccaaat gaagaaagag aaaatatcgg tataacgaag ctaccgttct ccagaagaat gtatccgtag ttaaccgatg aaacgggaat actgataaag ggacatttat cgttctccag gaattaactt ttcagaatca ttccttatcg atttatatcc atattgatag cgagctcttg gatactcttc agttctctta gaagtgagaa attattgatg aagcctcctc atgttaaaac ggatgctcga gaaaatcatc ctattatcaa ttaaaagatt tttatcgtag tctactatca tgaggctctt tataagctca atcgcaaact ttgagaaaag aagatgtgat gaaaaagctt gtgtagacga gaactcattc aaaatcaatg agaatgaatt tattcgattt aaaggtctcg ctagcgtgtt gaccaaacca accctgtagc ggaggactaa atagagaacg ggacgtattt gtcctattga tcctcttttg ctaaaattaa gatggaatcg taacagatga attgcacagg cttcagcaag gtacgttatg ctggagaagc tctccgaaac agctcgtttc gcgaaccgcg ccttgatggg gaagctcctg ttgttggcac gttgttgcag aagaagatgg gcaaaacata atcctacaat tcaggaactt gcattaacca gatgtgattg ctgatggacc ctcgttgcct ttatgccttg aaattgatca gagaagatgc cgagatacaa aattaggaaa gtattggcca atctcggtga gatattcttg ttggtaagat ctgctccgtg ctatttttgg cctccaggaa ctgaaggcgt tcaaagagtg atgacgaact tataaaaacc aagttgcaac ttaaatgaga aagcacctgc gaaggcctac tctttgatca cttttaatgc ctaactgtga acggcattac aacggctaga gatgcagatt tagatcatgg aaacttcaag ttggagataa atcgttcccg aagcggatat aaccccctcg gggtgccttc tatgcagcaa aaactgcagg caacgtatct gggatatgat tatgatggga agacaggtga ctaaagctca gtcacttgat ttagtcacgc aacaacctct atggaagttt gggctctaga gtgaaatctg atgatgtctc aacctcttgc gatcaggaac ctaggacttg atgttcgtcc <210> 377 <211> 675 <212> DNA ggtcagtgtt aaaaaaaagg taagtcttat aagcagtttc tttagaagag gttttcaggg tgagtacctt tcatataatt aggaattacc tatagcgtca caaagaagaa gaagtctata cattaatgga gctgaaagag tgaacaagaa aaacattcca tggaagttgg ctcgaagcta aaaaaaacgt agaagaaaaa agatgcagat atcatcgaag agactttgct cttcttgttg tctagtttat ggaaaagccg tgctggaatc gcttctgtta aatgctcgct aaggatccta actacgtcca ggagaacctg ctttgacccc aaacgttata aggcttctct atagatgatg cggagcctta aagtatctga tattgatcat cttgctaatc tcgttcagga cttgctagaa ctcctcagat acgttgactc aaaagatttc tttggccgct tgagttaact cacaaacgac cgcaggattt gaagttcgtg aactcctgaa ggtccaaata cgaatttgga ttcattgaaa aatcgaatac atgacagccg cctagatgag tacaatatgt tttcgaagca gatacaagca tattgttaca ggattgattc ctccaatatg caacgtcaag tggattagaa tgtcgtgctg tgttgttgat tttgttgatg taaacgtacc tatcatctga acagcccttg tgtgcagtcg cgcaactgat cgtggagaac gtatggatac aactttgagg ctatacctct atttatattg agaagagatc actcgtgaca ggatgggatc attcgtatcg cacaccaaaa tcagaaacag tgaaaaagct gctgacgtta cgttatggat gttaaagtct tgtagaagaa gctgttcatc tttaaaaaca gaatatcgtg agccattatt caccgtcgta agagacaata gaacggatag aatgtatgaa gtgttgaaag aatcaattat aagactgaag tgtcattcgc caagttaaag aatggctgga cgacacggaa gccatatctc tctaacggag aaggatgaac cttggacagg catttacgtg aaaacccctg gatagaacag ggattaccag acgctttgat aacaaggtag cgctgataag attcacgcaa cggtggtaaa gctcagatgg agcatatggg gttgctcata aggaagaaca aggatttacg gcctgagtcg ttcaatgtgc tatggtcgta gacgcttaa aagatatccc ttcaaattgg aaatttttcc tgggtgtgcc ctttgaaagt tgggaacgat tcgttgtttc aaggtaatat ttttcgatat ttctagcaat aattcttcac gaaggatttt gagaaaagtt agattgctgt cagattcata caactctagc atctaggacg aagctctgtc ttcgtttgaa gacgtgtccg tggagaaaat caggaaaagt cccagctttc gtctttctgc acgtgcacgc ttggtctgat ctccttatag atgttgaaga ttacggaacc ccgtaaccca ctttcttaga cggttccctt ctaaagattc gttacaaagt aaaagttcct gtgatgtcat ttgctttagg atgcgatcat aggaattcga ttcctaacgt gtgctgaggt aattagctcc aagatgcatc tcagtagaaa ttaaagattt agaaattagg cagcagaaat aacaagaaga gacttctatc ttgagcatat tctacgttgc ataaaggtgt aaactgtaca tattagaaac tttttgaagg aagatgggaa tgataggcta gatctatagg gaggacaaag tgctccaaga aatctatcgt taattaaaga agaccttcca aaaattagca cattaaatcc aaaatattct ccgttttcgt ccctctaatg ccaagttcat tttattctcc taatgactta cacctttatc aataggagaa agcagacaat aagtacagca agatgctgat cgaagccgct taatgcacgt tgtagggcgt tcaagttact aatgggagat ctctgtcgga tgttagagag tgtctctgct gcagtttatg attaggtcca aagtcattat cacctctctt aattgtaaga agaatgtgtg cgtctgttgg tatggatgtt gcacgacgat acttaaaacc tggagctatt agttgttgct tagatctaat aactaagggt taaaaatgta tatctctgaa actaacagcc atctgatgaa taaacctggg agaagagcgt tttaacagtg ggatagattg gcaaaaagga agctctctta cgttgttcat tttagtggat agattacgaa tcgtgaggga ctctaagaga tgtttccaaa aatgatcctg acacctaggt attccctgaa gtccttctta tatctatatg gccatattct attcggggaa aattctaacc taagggggaa gatgcagggt
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3060
3120
3180
3240
3300
3360
3420
3480
3540
3600
3660
3720
3759
PL 209 107 B1
227 <213> Chlamydia pneumoniae <400> 377 atgacatcct ggatagaatt acttgataag caaattgaag atcaacatat gttaaagcac 60 gaattttatc agcgttggtc tgaaggaaag ttagaaaaac aacaacttca agcttatgcc 120 aaagattact atttacatat taaagcattt ccttgttacc tttcagcgct gcatgctcgc 180 tgtgatgact tgcagattcg tagacaaatt cttgagaatc tcatggatga agaagctgga 240 aatcctaatc acatagattt atggagacag tttgctttat ctcttggagt ttctgaagag 300 gagcttgcca atcatgaatt cagtcaggct gctcaagata tggtagcgac atttcgccgc 360 ttatgcgaca tgccacaact tgccgtgggt ttaggcgctc tctatactta tgagattcag 420 attcctcaag tctgtgtaga gaaaatccgt ggtttgaaag aatattttgg agtttctgct 480 cgaggctatg catactttac tgtacatcaa gaagctgata ttaaacatgc cagcgaagag 540 aaagaaatgc tacaaacttt ggtaggcaga gagaatcctg atgctgtttt gcaaggatca 600 caagaagttt tagatactct atggaacttt ttgagctctt ttattaattc aacggagcct 660 tgttcttgta agtag 675 <210> 378 <211> 1671 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400? 378 atgtccaaac tcatcagacg agtagttacg gtccttgcgc taacgagtat ggcgagttgc 60 tttgccagcg ggggtataga ggccgctgta gcagagtctc tgattactaa gatcgtcgct 120 agtgcggaaa caaagccagc acctgttcct atgacagcga agaaggttag acttgtccgt 180 agaaataaac aaccagttga acaaaaaagc cgtggtgctt tttgtgataa agaattttat 240 ccctgtgaag agggacgatg tcaacctgta gaggctcagc aagagtcttg ctacggaaga 300 ttgtattctg taaaagtaaa cgatgattgc aacgtagaaa tttgccagtc cgttccagaa 360 tacgctactg taggatctcc ttaccctatt gaaatccttg ctataggcaa aaaagattgt 420 gttgatgttg tgattacaca acagctacct tgcgaagctg aattcgtaag cagtgatcca 480 gaaacaactc ctacaagtga tgggaaatta gtctggaaaa tcgatcgcct gggtgcagga 540 gataaatgca aaattactgt atgggtaaaa cctcttaaag aaggttgctg cttcacagct 600 gctactgtat gtgcttgccc agagctccgt tcttatacta aatgcggtca accagccatt 660 tgtattaagc aagaaggacc tgactgtgct tgcctaagat gccctgtatg ctacaaaatc 720 gaagtagtga acacaggatc tgctattgcc cgtaacgtaa ctgtagataa tcctgttccc 780 gatggctatt ctcatgcatc tggtcaaaga gttctctctt ttaacttagg agacatgaga 840 cctggcgata aaaaggtatt tacagttgag ttctgccctc aaagaagagg tcaaatcact 900 aacgttgcta ctgtaactta ctgcggtgga cacaaatgtt ctgcaaatgt aactacagtt 960 gttaatgagc cttgtgtaca agtaaatatc tctggtgctg attggtctta cgtatgtaaa 1020 cctgtggagt actctatctc agtatcgaat cctggagact tggttcttca tgatgtcgtg 1080 atccaagata cactcccttc tggtgttaca gtactcgaag ctcctggtgg agagatctgc 1140 tgtaataaag ttgtttggcg tattaaagaa atgtgcccag gagaaaccct ccagtttaaa 1200 cttgtagtga aagctcaagt tcctggaaga ttcacaaatc aagttgcagt aactagtgag 1260 tctaactgcg gaacatgtac atcttgcgca gaaacaacaa cacattggaa aggtcttgca 1320 gctacccata tgtgcgtatt agacacaaat gatcctatct gtgtaggaga aaatactgtc 1380 tatcgtatct gtgtaactaa ccgtggttct gctgaagata ctaacgtatc tttaatcttg 1440 aagttctcaa aagaacttca gccaatagct tcttcaggtc caactaaagg aacgatttca 1500 ggtaataccg ttgttttcga cgctttacct aaactcggtt ctaaggaatc tgtagagttt 1560 tctgttacct tgaaaggtat tgctcccgga gatgctcgcg gcgaagctat tctttcttct 1620 gatacactga cttcaccagt atcagacaca gaaaataccc acgtgtatta a 1671 <210> 379 <211> 1386 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400? 379 atgacccaag aatttgattg tgttgttatt ggtgcgggac ctagtggcta tgttgccgca 60 atcactgctg cgcaatcaaa attacggacc gctcttattg aagaagacca ggctgggggg 120 acctgcttaa accgcggatg catcccttca aaagccctca ttgctggagc caatgttgta 180 tctcacatta agcatgcgga gcagttcggc atccatgttg atggttatac aatcgattac 240 cctgcgatgg caaaaagaaa aaatacagtc gtccagggga tccgtcaagg attagaagga 300 ttgatccgca gcaacaagat tactgtctta aaaggaaccg gatctctagt atcttctaca 360 gaagttaaag ttattggcca agacacgact ataatcaaag ccaatcatat tatcctagct 420 acaggatccg agcctcgtcc tttcccaggg gttcccttct cctctagaat tttgagttcc 480 acagggatct tagaacttga agtcctccct aaaaagctcg ctattattgg tggcggcgtt 540 attggctgtg aatttgcgtc tctatttcac actttaggcg ttgagattac cgttatagaa 600 gctttggatc atattcttgc ggttaacaat aaagaagttt ctcaaaccgt aacgaataaa 660
228
PL 209 107 B1 tttacgaaac aaggaattcg aattcttacc aaagcctcga tctctgcaat cgaagaatcc 720 caaaaccaag ttcgcattac tgtgaacgat caagtggaag agtttgatta tgtcttggtg 780 gctattggtc gccaatttaa tacagcaagt atagggctag ataatgctgg agtgatccgg 840 gacgatcgtg gcgtgattcc tgttgacgaa accatgcgca ctaatgttcc aaatatctat 900 gcgattggag acatcactgg aaagtggcta cttgctcatg tggcttcgca ccaaggcgtt 960 attgccgcga aaaatatttc gggacatcac gaagttatgg attattctgc cataccttct 1020 gtgatcttta cccacccaga aattgctatg gtaggtctat ctctacaaga agcagaacaa 1080 caaaatcttc ctgcaaagct caccaaattt ccttttaaag cgattggaaa agctgttgct 1140 ttgggagcat ctgatggttt tgctgctatt gtgagtcatg aaattaccca gcaaatactc 1200 ggagcttatg tcataggacc tcacgcctca tcattaattg gagagatgac cttagcgatc 1260 cgcaatgagc tgaccctacc ttgcatatat gaaaccgtgc atgctcatcc cacactctct 1320 gaagtttggg ctgaaggtgc tttacttgct acaaatcacc ctttacactt ccctcctaag 1380 tcatga 1386 <210? 380 <211> 1635 <212> DNA <213 > Chlamydia pneumoniae <400> 380 atggcagcga aaaatattaa atataatgaa gaagccagaa aaaaaataca taaaggggta 60 aaaactcttg cagaagcagt aaaagttact ctaggtccta aaggacgtca cgtagttata 120 gataagagct ttggctctcc ccaagtgact aaagatggtg ttactgtagc taaagaaatc 180 gagctcgaag acaaacatga aaacatgggc gctcagatgg taaaagaagt cgccagcaaa 240 actgctgaca aagcaggcga cggaactaca acagcaactg ttcttgcaga agcaatctat 300 agcgaaggtc taagaaatgt cactgccggt gccaatccta tggacctaaa aagaggtatc 360 gacaaagccg taaaagttgt tgttgatgaa ctcaaaaaaa ttagtaaacc tgtacaacat 420 cacaaagaaa tcgctcaagt agctactatc tcagcaaata atgattccga aatcggaaat 480 cttattgcag aagctatgga aaaagttggt aaaaacggat ccattactgt tgaagaagct 540 aaaggcttcg aaactgttct cgacgttgta gaaggaatga acttcaaccg tggatacctc 600 tccagctact tctccacaaa tccagaaact caagaatgcg ttttagaaga cgctctgatt 660 ctaatctacg ataaaaaaat ctctggaatt aaagacttcc ttccagtttt acaacaagta 720 gcagaatctg gacgccctct tttaatcatt gcagaagaaa ttgaaggaga agctttagca 780 actctagtag tcaatagact ccgtgcagga ttcagagtct gtgcagtgaa agctcctggt 840 ttcggtgaca gaagaaaagc tatgttagaa gacatcgcta tccttactgg tggccaacta 900 gttagcgaag aacttggcat gaaactagag aatacaactc tagcaatgtt aggaaaagct 960 aagaaagtta tcgtaactaa agaagatacc acaatcgtcg aaggcttagg aaacaaacct 1020 gatatccaag ctcgatgcga caatattaaa aaacaaatcg aagatagcac ttcagattac 1080 gacaaagaaa aactccaaga gcgtttagct aaactctccg gtggtgtcgc cgtaatccgc 1140 gtaggagctg ctaccgaaat agagatgaaa gagaaaaaag acagagtaga tgatgcacaa 1200 cacgcaacca ttgcagctgt cgaagaagga atcctccctg gtggtggaac tgccttagtt 1260 cgctgtatcc ctacactaga agctttcctt cctatgctag caaacgaaga cgaagctatt 1320 ggtactcgta ttattctaaa agcattaaca gctccattaa agcaaattgc aagtaacgca 1380 ggtaaagaag gcgctatcat ttgtcagcaa gttctagcaa gatctgcaaa tgaaggctat 1440 gatgctttac gtgacgctta tacagatatg attgacgcag gaattttaga tccaactaaa 1500 gtgactcgct cagctctaga aagcgcagct tctatcgcag gattactcct cacaacagaa 1560 gccttaatcg ctgatatccc agaagagaaa tcttcttcag ctccagcgat gccaagcgca 1620 ggaatggact actag 1635 <210> 381 <211> 1995 <212? DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 381 atggaaaaag tttcttctta tccctcagtt cctttacctc ttggggcttc taaaatttcc 60 ccaaaccgct atcgatttgc tttatatgct tcacaagcta ccgaagtcat ccttgcttta 120 acagacgaaa attcagaagt catagaagtc cctctttacc ccgatacaca ccgcacgggt 180 gcgatttggc atatagagat cgagggtatt tctgatcaat cgtcttatgc atttcgtgtt 240 catgggccta aaaagcatgg aatgcaatac tcttttaaag aatatcttgc agatccctat 300 gcgaagaata ttcattcccc acagagtttt ggttcgcgaa agaaacaggg ggattatgca 360 ttttgttatt taaaggaaga accatttcct tgggatggtg atcagcctct gcatttgccg 420 aaagaagaga tgatcatcta tgagatgcat gtacgttcct tcacgcaatc ttcttcatct 480 agggttcatg ctccgggaac cttcctagga atcattgaaa agatcgacca tctgcataag 540
PL 209 107 B1
229 ctgggaatca acgctgttga actcttacct atctttgagt tcgatgagac tgcgcatcct 600 tttagaaatt cgaaattccc ttatctgtgc aattattggg gttatgctcc cctaaatttc 660 ttttctcctt gccgacgtta tgcttatgcc tctgatcctt gcgctccaag tagagagttt 720 aaaactttag taaagacctt gcatcaagaa ggtattgagg tcattcttga tgttgttttt 780 aatcatacgg gottgcaagg gacgacctgc tctttgcctt ggatagacac tccgagctat 840 tatattttag atgcacaagg tcactttaca aattattcag gctgtggaaa cactctcaat 900 acaaaccgcg cccccacgac ccaatggatt ctcgacatct tacgttattg ggtagaagaa 960 atgcatgtcg atgggttccg atttgatctt gcttctgtct tttctcgtgg tccttcggga 1020 tctcccctac aattcgctcc tgttttagag gcgatttctt ttgatccttt acttgcgagc 1080 acaaagatta tagctgagcc ttgggatgct ggcggtttgt atcaggtggg ctatttcccc 1140 acactgtctc caagatggag tgaatggaac ggcccgtatc gtgataacgt gaaagcattt 1200 cttaatgggg atcaaaatct cataggaacc tttgcttcta gaatttcagg atctcaagac 1260 atctatcctc acggctcgcc tacaaattcg attaactatg tcagttgcca tgatggtttt 1320 acgttatgtg acactgtgac ttataaccac aaacataatg aggctaacgg agaggataat 1380 cgtgacggca cagatgcgaa ctacagctac aatttcggaa cggaagggaa aacagaagac 1440 cctggcattc ttgaagttcg tgaaagacag ttacgaaatt ttttccttac tttgatggtc 1500 tcgcaaggca ttccgatgat tcaatcagga gatgagtatg cccataccgc ggaaggcaat 1560 aacaaccgtt gggctttgga ttcgaatgcg aattacttcc tttgggatca gcttaccgca 1620 aagcctacac tgatgcactt tctctgtgat ctcattgcgt ttcgaaaaaa atataaaaca 1680 ctttttaatc gaggctttct ttccaataag gaaatcagtt gggtagatgc tatgggaaat 1740 cccatgacat ggcgccctgg aaatttctta gcatttaaaa taaaatcgcc aaaagcgcat 1800 gtatatgttg cttttcacgt gggagctcaa gaccaacttg cgaccttacc taaagcctcc 1860 agcaactttc ttccttatca aatagttgcc gagagtcagc aagggtttgt ccctcaaaat 1920 gtagcaacgc cgacagtgtc gctacagccc cataccacgc taattgcgat cagccatgcg 1980 aaagaggtta cctga 1995 <210> 382 <211> 987 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 382 atggcattca aagaggtcgt tcgtgttgct gtcacaggag gcaaagggca gattgcgtat 60 aattttttat ttgcattagc ccatggagat gtttttggag tggatcgtgg tgtagattta 120 cggatctatg atgtgccggg tacagagaga gctctctcag gggtgcgtat ggagctcgat ISO gacggtgcat atcctctttt acatcgtctg cgtgtgacga catcgttaaa cgacgctttt 240 gatggtatcg atgcggcgtt tctgataggt gctgtgcctc gtggacccgg tatggagcga 300 ggagatcttt taaagcaaaa tggtcagatc ttttcgttac agggggccgc tttaaataca 360 gcagcaaaaa gagatgctaa gatttttgtt gtagggaacc ctgtcaatac gaattgctgg 420 attgctatga aacatgctcc cagattgcat cggaaaaatt tccatgcgat gttacgcttg 480 gatcagaatc gcatgcatag catgctcgct catcgtgctg aggttcctct agaggaggtc 540 tcccgtgttg tcatctgggg aaatcattct gcaaagcagg ttcctgactt cacacaagca 600 cgtatctcag ggaaacccgc agccgaggtt atcggagatc gagattggtt ggaaaacatt 660 ttagtacact ccgtgcagaa tcgtggaagc gctgtaattg aagcaagagg gaaatcttcg 720 gcagcatccg catctcgagc acttgccgag gccgcgcgat ctattttttg tcctaaaagt 780 gacgagtggt tttcttctgg agtgtgttcg gatcataatc cttatggtat tcctgaagac 840 ttgatttttg gttttccatg tcgtatgttg ccttctggag attatgaaat cattcctgga 900 ttgccttggg agccttttat cagaaataag attcaaattt ccctggatga aattgctcag 960 gaaaaagcta gcgtgtcttc gttataa 987 <210> 383 <211> 654 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 383 atgaaaagag tcatttataa aaccatattt tgcgggttaa ctttacttac aagtttgagt 60 agttgttccc tggatcctaa aggatataac ctagagacaa aaaactcgag ggacttaaat 120 caagagtctg ttatactgaa ggaaaaccgt gaaacacctt ctcttgttaa gagactctct 180 cgtcgttctc gaagactctt cgctcgacgt gatcaaactc agaaggatac gctgcaagtg 240 caagctaact ttaagaccta cgcagaaaag atttcagagc aggacgaaag agacctttct 300 ttcgttgtct cgtctgctgc agaaaagtct tcaatttcgt tagctttgtc tcagggtgaa 360 attaaggatg ctttgtaccg tatccgagaa gtccaccctc tagctttaat agaagctctt 420 gctgaaaacc ctgccttgat agaagggatg aaaaagatgc aaggccgtga ttggatttgg 480 aatcttttct taacacaatt aagtgaagta ttttctcaag cttggtctca aggggttatc 540 tctgaagaag atatcgccgc atttgcctcc accttaggtt tggactccgg gaccgttgcg 600 tccattgtcc aaggggaaag gtggcccgag cttgtggata tagtgataac ttaa 654
230
PL 209 107 B1 <210> 384 <211> 813 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 384 atgatcataa ccgggtcctc tgtgttccta tctcccatta attgcagaac aaagaagctg tctcctgata gggaaccgat ttcccctctc ctccctaaag ccgaaaatca tcttcaggca aagcacatga tttccaaatt taaaaaacaa aatactcttt cattttgttg ggaacctatt atttacgtct agtcgagctt ataagggcat ctaatacgtt tgaatctccc aaaaaatgct ttgatttatc gtctgttaag aaaaaagtcc tcttattatt tgagctcatg atgttatgct gttatttctc tttagtttcc ttctgcggat gcatgctctt tacaattttc atgcaatctc tcagattttt ttttaccaag tttatctgat acttccaatt tgtaatcgag aaaagctcta ataagacgtt tcgatcctga cctgaactgt tccactctat gcacctacat gggatttttt tataccttac gaggggagct ttctctcaag attcttctta gcataccctg aagaccttag agcgaaaaac tga ttttcaaaac tcgttttgag ctttatctaa ccaaagtccc atctccatga cctctttagt aaacacctat gctttcttgg aagatttaaa aggagcttgc gagaaattat atcgtgcctt aatatgtcta gcttttccct 60 ttcccttgtt 120 attcaatcct 180 tcctactgcg 240 attctctatt 300 tatagaaaaa 360 tgcttatgtt 420 tcaaccgtac 480 aatgcaaaaa 540 tatggagtct 600 agtgacgctc 660 agacctgtat 720 tgatttgcgt 780
813 <210> 385 <211> 1956 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 385 atggttaatc ctttctgctc gcaggtgcgg ttgcgttctg aacagctcgt acgcctcctc atctttacct gtcactaata gaaactaaga gcttcggata caggctgctc atgcaagata cagacagatg tttgcaggac aacatagatt aaaaagttcc aaagatctta gttggaggct gatgatgctg atgttcaata agagcagcga gctttagaag cagatcgctt gggtcatctg cagatatcag aatgatgcga cctagagcac atttctggca gtaatgcaga acatcggcag tctacacaga gctgaaataa aatatcggct ctattggtcc aaggattgga aagctaagcc cagtgaatgc cttctactag cacccacgtt caacatcact taaaggatac atgccgatgc accaagcgat ttctccaatc acccagtagt ctacagcgac agaacgctag cagctaaagc ccgactctcc aaaatatcaa ccaagcaaca aaaatgagac cggaaaatcc aagccgctgg cggctctagg ctgctgctgt taaaacagct caggttatga ctcgtgatgt gaacagaagc atagcagaac tcatccagtc tgacaaagcc agttcatagc aagcactttc ctctatattc aggtcctata ggcgagtgca taaagaatct tctcatgagt cagatctgca tgatgattat agctgacata agcggctact agttaaagtt tcttgactct tgtagcaaac cccagggaaa acagatagag tggagctgta agcaatcgct aattcttcaa acctgcagat aggaagtagt cgcttccatt tgattctcaa agatgacagt taaagctggg tgtgagcgca ttacaagacc tgcttacaaa gataaacaat tcgaggacca tcttggagat gaatcctcaa tccacagttt taaattagaa ctttgaaacg tggttatctc gacgaaacag gcaaataaga aagaccgatt ctggcagata gacgtggact aagactcaag caggctgctt gatgaggaaa ggcgcgcaaa ttaggtaaac aataacaaag acgcctgcaa aaagatggaa gaaaatgcta actgctaaga gaagcggaac ggttctgatg attggtagta ttgatgtctg gctgcccaac gctgctgcag caacaacagg ggagttcctc tcaaaatcta tccatcaatg gtaagtaccc gaaaaaacag gtctatagtc gcgaataatg ggctatcctt agtttgtttg aactccttgt caataa aacgcacacc gtgcggaagc ctgtagagcg agctgggtat caacgacagc cgcaaacagc tggtgagcct ccgcaatcgc ttacagaatt tgacttcctt cagctgagct ttgctcaatc atgcgattag aatctaataa cacaaatagc aaatggtaat ttccaaatcc ttcgtgtttc ggtttcgtca aggagctcgc cgctggcaga gcatactcaa ccgctgcagc caggttctga atgcctatgg ccgctctcac atcaagccct aagtttcggc aggagatcag atgtgcaact ctgaaggatc ttattcagca tcccgcagat tcaaagaata atggagcatc tgcttctagt gaccgcacct ttacgatact ccaggatgct tgcggagtgg agcgaaatat cgacctctta tcttaaagag tttagttgat ggatgcatat cagtataagc tgaagctcag acaggctgag aggaactaca catgctgtta gatgattcac agcacaagct tgctcagaaa tgctttagga aagttctata ttataaaaca tagggcacga acgatccgtt cgctagggtg actacaatct acaaaagctt ttctaatgac taggacagca ggtgctggtc
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1956 <210> 386 .
<211> 805 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 386
PL 209 107 B1
231
Met Asp Pro Lys Glu 5 Lys Asn Tyr Asp Ala 10 Ser Ala Ile Thr Val 15 Leu
Glu Gly Leu Gin 20 Ala Val Arg Glu Arg 25 Pro Gly Met Tyr Ile 30 Gly Asp
Thr Gly Ile 35 Thr Gly Leu His His 40 Leu Val Tyr Glu Val 45 Val Asp Asn
Ser Ile 50 Asp Glu Ala Met Ala 55 Gly Tyr Cys Ser Arg 60 Ile Asp Val Arg
Ile 65 Leu Glu Asp Gly Gly 70 Ile Val Ile Val Asp 75 Asn Gly Arg Gly Ile 80
Pro Ile Glu Val His 85 Glu Arg Glu Ser Ala 90 Lys Gin Gly Arg Glu 95 Val
Ser Ala Leu Glu 100 Val Val Leu Thr Val 105 Leu His Ala Gly Gly 110 Lys Phe
Asp Lys Asp 115 Ser Tyr Lys Val Ser 120 Gly Gly Leu His Gly 125 Val Gly Val
Ser Cys 130 Val Asn Ala Leu Ser 135 Glu Lys Leu Val Ala 140 Thr Val Phe Lys
Asp 145 Lys Lys Cys Tyr Gin 150 Met Glu Phe Ser Arg 155 Gly Ile Pro Val Thr 160
Pro Leu Gin Tyr Val 165 Ser Val Ser Asp Arg 170 Gin Gly Thr Glu Ile 175 Val
Phe Tyr Pro Asp 180 Pro Lys Ile Phe Ser 185 Thr Cys Thr Phe Asp 190 Arg Ser
Ile Leu Met 195 Lys Arg Leu Arg Glu 200 Leu Ala Phe Leu Asn 205 Arg Gly Ile
Thr Ile 210 Val Phe Glu Asp Asp 215 Arg Asp Val Ser Phe 220 Asp Lys Val Thr
Phe 225 Phe Tyr Glu Gly Gly 230 Ile Gin Ser Phe Val 235 Ser Tyr Leu Asn Gin 240
Asn Lys Glu Ser Leu 245 Phe Ser Glu Pro Ile 250 Tyr Ile Cys Gly Thr 255 Arg
Val Gly Asp Asp 260 Gly Glu Ile Glu Phe 265 Glu Ala Ala Leu Gin 270 Trp Asn
Ser Gly Tyr 275 Ser Glu Leu Val Tyr 280 Ser Tyr Ala Asn Asn 285 Ile Pro Thr
Arg Gin 290 Gly Gly Thr His Leu 295 Thr Gly Phe Ser Thr 300 Ala Leu Thr Arg
Val 305 Ile Asn Thr Tyr Ile 310 Lys Ala His Asn Leu 315 Ala Lys Asn Asn Lys 320
Leu Ala Leu Thr Gly 325 Glu Asp Ile Arg Glu 330 Gly Leu Thr Ala Val 335 Ile
Ser Val Lys Val 340 Pro Asn Pro Gin Phe 345 Glu Gly Gin Thr Lys 350 Gin Lys
Leu Gly Asn 355 Ser Asp Val Ser Ser 360 Val Ala Gin Gin Val 365 Val Gly Glu
232
PL 209 107 B1
Ala Leu 370 Thr Ile Phe Phe Glu 375 Glu Asn Pro Gin Ile 380 Ala Arg Met Ile
Val 385 Asp Lys Val Phe Val 390 Ala Ala Gin Ala Arg 395 Glu Ala Ala Lys Lys 400
Ala Arg Glu Leu Thr 405 Leu Arg Lys Ser Ala 410 Leu Asp Ser Ala Arg 415 Leu
Pro Gly Lys Leu 420 Ile Asp Cys Leu Glu 425 Lys Asp Pro Glu Lys 430 Cys Glu
Met Tyr Ile 435 Val Glu Gly Asp Ser 440 Ala Gly Gly Ser Ala 445 Lys Gin Gly
Arg Asp 450 Arg Arg Phe Gin Ala 455 Ile Leu Pro Ile Arg 460 Gly Lys Ile Leu
Asn 465 Val Glu Lys Ala Arg 470 Leu Gin Lys Ile Phe 475 Gin Asn Gin Glu Ile 480
Gly Thr Ile Ile Ala 485 Ala Leu Gly Cys Gly 490 Ile Gly Ala Asp Asn 495 Phe
Asn Leu Ser Lys 500 Leu Arg Tyr Arg Arg 505 Ile Ile Ile Met Thr 510 Asp Ala
Asp Val Asp 515 Gly Ser His Ile Arg 520 Thr Leu Leu Leu Thr 525 Phe Phe Tyr
Arg His 530 Met Thr Ala Leu Ile 535 Glu Asn Glu Cys Val 540 Tyr Ile Ala Gin
Pro 545 Pro Leu Tyr Lys Val 550 Ser Lys Lys Lys Asp 555 Phe Arg Tyr Ile Leu 560
Ser Glu Lys Glu Met 565 Asp Ser Tyr Leu Leu 570 Met Leu Gly Thr Asn 575 Glu
Ser Ser Ile Leu 580 Phe Lys Ser Thr Glu 585 Arg Glu Leu Arg Gly 590 Glu Ala
Leu Glu Ser 595 Phe Ile Asn Val Ile 600 Leu Asp Val Glu Ser 605 Phe Ile Asn
Thr Leu 610 Glu Lys Lys Ala Ile 615 Pro Phe Ser Glu Phe 620 Leu Glu Met Tyr
Lys 625 Glu Gly Ile Gly Tyr 630 Pro Leu Tyr Tyr Leu 635 Ala Pro Ala Thr Gly 640
Met Gin Gly Gly Arg 645 Tyr Leu Tyr Ser Asp 650 Glu Glu Lys Glu Glu 655 Ala
Leu Ala Gin Glu 660 Glu Thr His Lys Phe 665 Lys Ile Ile Glu Leu 670 Tyr Lys
Val Ala Val 675 Phe Val Asp Ile Gin 680 Asn Gin Leu Lys Glu 685 Tyr Gly Leu
Asp Ile 690 Ser Ser Tyr Leu Ile 695 Pro Gin Lys Asn Glu 700 Ile Val Ile Gly
Asn 705 Glu Asp Ser Pro Ser 710 Cys Asn Tyr Ser Cys 715 Tyr Thr Leu Glu Glu 720
Val Ile Asn Tyr Leu Lys Asn Leu Gly Arg Lys Gly Ile Glu Ile Gin
PL 209 107 B1
233
725 730 735
Arg Tyr Lys Gly 740 Leu Gly Glu Met Asn 745 Ala Asp Gin Leu Trp 750 Asp Thr
Thr Met Asn 755 Pro Glu Gin Arg Thr 760 Leu Ile His Val Ser 765 Leu Lys Asp
Ala Val 770 Glu Ala Asp His Ile 775 Phe Thr Met Leu Met 780 Gly Glu Glu Val
Pro 785 Pro Arg Arg Glu Phe 790 Ile Glu Ser His Ala 795 Leu Ser Ile Arg Ile 800
Asn Asn Leu Asp Ile
805 <210? 387 <211> 295 <212> PRT <213? Chlamydia pneumoniae <400> 387
Met Glu Lys Leu Leu 5 Val Thr Asp Ile Asp 10 Gly Thr Ile Thr His 15 Gin
Ser His His Leu 20 Asp Lys Lys Val Tyr 25 Glu Arg Leu Tyr Ala 30 Leu His
Gin Ala Gly 35 Trp Lys Leu Phe Phe 40 Leu Thr Gly Arg Tyr 45 Tyr Lys Tyr
Ala Ala 50 Arg Leu Phe Ser Asp 55 Phe Asp Ala Pro Tyr 60 Leu Leu Gly Cys
Gin 65 Asn Gly Ala Ser Val 70 Trp Ser Ser Thr Ser 75 Ser Asn Leu Leu Tyr 80
Ser Lys Ser Leu Pro 85 Ser Asp Leu Leu Cys 90 Ile Leu Gin Asp Cys 95 Met
Glu Gly Ala Thr 100 Ala Leu Phe Ser Val 105 Glu Ser Gly Ala Pro 110 Tyr Gly
Asp His Tyr 115 Tyr Arg Phe Ser Pro 120 Thr Pro Ile Ala Gin 125 Asp Leu His
Glu Tyr 130 Val Asp Pro Arg Tyr 135 Phe Pro Asn Ala Lys 14 0 Glu Arg Glu Ile
Leu 145 Phe Glu Thr Arg Ser 150 Leu Lys Asp Asp Tyr 155 Ala Phe Pro Ser Phe 160
Ala Ala Ala Lys Val 165 Phe Gly Leu Arg Asp 170 Glu Val Ile Arg Ile 175 Gin
Lys Glu Leu Glu 180 Arg Gin Glu Ala Leu 185 Thr Ser Val Ala Thr 190 Met Thr
Leu Met Arg 195 Trp Pro Phe Asp Phe 200 Arg Tyr Ala Ile Leu 205 Phe Leu Thr
Asp Lys 210 Ser Val Ser Lys Gly 215 Lys Ala Leu Asp Arg 220 Val Val Asn Ile
Leu one Tyr Asp Gly Lys Lys Pro Phe Val Met Ala Ser Gly Asp Asp Ala
230 235
234
PL 209 107 B1
Asn Asp Leu Asp Leu 245 Ile Glu Arg Gly Asp 250 Phe Lys Ile Val Met 255 Ser
Ser Ala Pro Glu 260 Glu Met His Val His 265 Ala Asp Phe Leu Ala 270 Pro Pro
Ala Asp Lys 275 Asn Gly Ile Leu Ser 280 Ala Trp Glu Ala Gly 285 Val Arg Tyr
Tyr Asp 290 Asp Leu Met Ser Leu 295
<210> 388 <211> 78 <212? PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 388
Met Lys Glu Phe Leu 5 Ala Tyr Ile Ile Lys 10 Asn Leu Val Asp Arg 15 Pro
Glu Glu Val Arg 20 Ile Lys Glu Val Gin 25 Gly Thr His Thr Ile 30 Ile Tyr
Glu Leu Ser 35 Val Ala Lys Pro Asp 40 Ile Gly Lys Ile Ile 45 Gly Lys Glu
Gly Arg 50 Thr Ile Lys Ala Ile 55 Arg Thr Leu Leu Val 60 Ser Val Ala Ser
Arg 65 Asn Asn Val Arg Val 70 Ser Leu Glu Ile Met 75 Glu Glu Lys
<210> 389 <211? 478 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 389
Met Arg Asp Val Ser 5 Glu Leu Phe Arg Thr 10 His Phe Met His Tyr 15 Ala
Ser Tyr Val Ile 20 Leu Glu Arg Ala Ile 25 Pro His Ile Leu Asp 30 Gly Leu
Lys Pro Val 35 Gin Arg Arg Leu Leu 40 Trp Thr Leu Phe Leu 45 Met Asp Asp
Gly Lys 50 Met His Lys Val Ala 55 Asn Ile Ala Gly Arg 60 Thr Met Ala Leu
His 65 Pro His Gly Asp Ala 70 Pro Ile Val Glu Ala 75 Leu Val Val Leu Ala 80
Asn Lys Gly Tyr Leu 85 Ile Asp Thr Gin Gly 90 Asn Phe Gly Asn Pro 95 Leu
Thr Gly Asp Pro 100 His Ala Ala Ala Arg 105 Tyr Ile Glu Ala Arg 110 Leu Ser
Pro Leu Ala 115 Arg Glu Thr Leu Phe 120 Asn Thr Asp Leu Ile 125 Ala Phe His
Asp Ser 130 Tyr Asp Gly Arg Glu 135 Lys Glu Pro Asp Ile 14 0 Leu Pro Ala Lys
PL 209 107 B1
235
Leu 145 Pro Val Leu Leu Leu 150 His Gly Val Asp Gly 155 Ile Ala Val Gly Met 160
Thr Thr Lys Ile Phe Pro His Asn Phe Ala Glu Leu Leu Lys Ala Gin
165 170 175
Ile Ala Ile Leu Asn Asp Lys Lys Phe Thr Val Phe Pro Asp Phe Pro
180 185 190
Ser Gly Gly Leu Met Asp Pro Ser Glu Tyr Gin Asp Gly Leu Gly Ser
195 200 205
Ile Thr Leu Arg Ala Ser Ile Asp Ile Ile Asn Asp Lys Thr Leu Val
210 215 220
Val Lys Gin Ile Cys Pro Gin Ser Thr Thr Glu Thr Leu Ile Arg Ser
225 230 235 240
Ile Glu Asn Ala Ala Lys Arg Gly Thr Ile Lys Ile Asp Thr Ile Gin
245 250 255
Asp Phe Ser Thr Asp Val Pro His Ile Glu Ile Lys Leu Pro Lys Gly
260 265 270
Ser Arg Ala Lys Glu Met Leu Pro Leu Leu Phe Glu His Thr Glu Cys
275 280 285
Gin Val Ile Leu Tyr Ser Lys Pro Thr Val Ile Tyr Glu Asn Lys Pro
290 295 300
Val Glu Cys Ser Ile Ser Glu Ile Leu Lys Leu His Thr Thr Ala Leu
305 310 315 320
Gin Gly Tyr Leu Glu Lys Glu Leu Leu Leu Leu Gin Glu Gin Leu Thr
325 330 335
Leu Asp His Tyr His Lys Thr Leu Glu Tyr Ile Phe Ile Lys His Lys
340 345 350
Leu Tyr Asp Ser Val Arg Glu Val Leu Ala Ile Asn Lys Lys Ile Ser
355 360 365
Ala Asp Asp Leu His Gin Ala Val Leu His Ala Leu Glu Pro Trp Leu
370 375 380
His Glu Leu Ala Thr Pro Val Thr Lys Gin Asp Thr Ser Gin Leu Ala
385 390 395 400
Ser Leu Thr Ile Lys Lys Ile Leu Cys Phe Asn Glu Glu Ala Cys Thr
405 410 415
Lys Glu Leu Leu Ala Ile Glu Lys Lys Gin Ala Ala Ile Gin Lys Asp
420 425 430
Leu Gly Arg Ile Lys Glu Val Thr Val Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Leu
435 440 445
Glu Arg His Gly His Leu Gly Glu Arg Lys Thr Gin Ile Thr Asn Phe
450 455 460
Lys Thr Ala Lys Thr Ser Ile Leu Lys Gin Gin Thr Leu Ile
465 470 475 <210> 390 <211> 257 <212> PRT
236
PL 209 107 B1
<2ΐ: l> Chlamydia pneumoniae
<400> 390
Met Ala Phe Tyr Ser Pro Ser Thr Ile Ser Lys Tyr Phe Ile Tyr Ser
5 10 15
Gly Ala Gly Asn Arg Phe Leu Leu Gly Glu Thr Leu Pro Glu Val Glu
20 25 30
Asp Val Arg Phe Leu Cys Gin Glu Thr Arg Val Asp Gly Phe Leu Tyr
35 40 45
Leu Lys Pro Ser Ser Cys Ala Asp Ala Gin Leu Ile Ile Phe Asn Ser
50 55 60
Asp Gly Ser Arg Pro Thr Met Cys Gly Asn Gly Leu Arg Cys Ala Ile
65 70 75 80
Ala His Leu Ala Ser Gin Lys Gly Lys Ser Asp Ile Ser Val Ser Thr
85 90 95
Asp Ser Gly Leu Tyr Ser Gly Tyr Phe Tyr Ser Trp Asp Arg Val Leu
100 105 110
Val Asp Met Thr Leu Ala Asp Trp Arg Ala Ser Val His Arg Leu Glu
115 120 125
Ser Arg Pro Asp Pro Leu Pro Lys Glu Val Val Cys Ile His Thr Gly
130 135 140
Val Pro His Ala Val Val Ile Leu Pro Glu Ile Ser Thr Leu Asp Leu
145 150 155 160
Ser Ile Leu Gly Pro Phe Leu Arg Tyr His Gin Thr Phe Ser Pro Asp
165 170 175
Gly Val Asn Val Asn Phe Val Gin Ile Leu Gly His Cys Gin Leu Arg
180 185 190
Val Arg Thr Tyr Glu Arg Gly Val Glu Gly Glu Thr Ala Ala Cys Gly
195 200 205
Thr Gly Ala Leu Ala Ser Ala Leu Val Val Ser Asn Ser Tyr Gly Trp
210 215 220
Lys Glu Ser Ile Gin Ile His Thr Trp Gly Gly Glu Leu Met Thr Val
225 230 235 240
Ser Gin Asn Arg Gly Arg Val Tyr Leu Gin Gly Ser Val Thr Arg Asp
245 250 255
Leu
<210> 391 <211> 191 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae
<400> 391 Met Ala Asp Gly Glu 5 Val His Lys Leu Arg 10 Asp Ile Ile Glu Lys 15 Glu
Leu Leu Glu Ala 20 Arg Arg Val Phe Phe 25 Ser Glu Pro Val Thr 30 Glu Lys
Ser Ala Ser Asp Ala Ile Lys Lys Leu Trp Tyr Leu Glu Leu Lys Asp
PL 209 107 B1
237
35 40 45
Pro Gly 50 Lys Pro Ile Val Phe 55 Val He Asn Ser Pro 60 Gly Gly Ser Val
Asp 65 Ala Gly Phe Ala Val 70 Trp Asp Gin Ile Lys 75 Met Leu Thr Ser Pro 80
Val Thr Thr Val Val 85 Thr Gly Leu Ala Ala 90 Ser Met Gly Ser Val 95 Leu
Ser Leu Cys Ala 100 Ala Pro Gly Arg Arg 105 Phe Ala Thr Pro His 110 Ser Arg
Ile Met Ile 115 His Gin Pro Ser Ile 120 Gly Gly Pro Ile Thr 125 Gly Gin Ala
Thr Asp 130 Leu Asp Ile His Ala 135 Arg Glu ile Leu Lys 140 Thr Lys Ala Arg
Ile 145 Ile Asp Val Tyr Val 150 Glu Ala Thr Asn Gin 155 Pro Arg Asp Ile Ile 160
Glu Lys Ala Ile Asp 165 Arg Asp Met Trp Met 170 Thr Ala Asn Glu Ala 175 Lys
Asp Phe Gly Leu 180 Leu Asp Gly Ile Leu 185 Phe Ser Phe Asn Asp 190 Leu
<210> 392 <211> 232 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 392
Met Thr Lys His Gly 5 Lys Arg Ile Arg Gly 10 Ile Leu Lys Asn Tyr 15 Asp
Phe Ser Lys Ser 20 Tyr Ser Leu Arg Glu 25 Ala Ile Asp Ile Leu 30 Lys Gin
Cys Pro Pro 35 Val Arg Phe Asp Gin 40 Thr Val Asp Val Ser 45 Ile Lys Leu
Gly Ile 50 Asp Pro Lys Lys Ser 55 Asp Gin Gin Ile Arg 60 Gly Ala val Phe
Leu 65 Pro Asn Gly Thr Gly 70 Lys Thr Leu Arg Ile 75 Leu Val Phe Ala Ser 80
Gly Asn Lys Val Lys 85 Glu Ala Val Glu Ala 90 Gly Ala Asp Phe Met 95 Gly
Ser Asp Asp Leu 100 Val Glu Lys Ile Lys 105 Ser Gly Trp Leu Glu 110 Phe Asp
Val Ala Val 115 Ala Thr Pro Asp Met 120 Met Arg Glu Val Gly 125 Lys Leu Gly
Lys Val 130 Leu Gly Pro Arg Asn 135 Leu Met Pro Thr Pro 140 Lys Thr Gly Thr
Val 14 5 Thr Thr Asp Val Ala 150 Lys Ala Ile Ser Glu 155 Leu Arg Lys Gly Lys 160
Ile Glu Phe Lys Ala 165 Asp Arg Ala Gly Val 170 Cys Asn Val Gly Val 175 Gly
238
PL 209 107 B1
Lys Leu Ser Phe Glu Ser Ser Gin Ile Lys Glu Asn Ile Glu Ala Leu
180 185 190
Ser Ser Ala Leu Ile Lys Ala Lys Pro Pro Ala Ala Lys Gly Gin Tyr
195 200 205
Leu Val Ser Phe Thr Ile Ser Ser Thr Met Gly Pro Gly Ile Ser Ile
210 215 220
Asp Thr Arg Glu Leu Met Ala Ser
225 230
<210> 393 <211> 122 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 393 Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile Asp Ile Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys
5 10 15
Ile Ser Leu Thr Tyr Ile Tyr Gly Ile Gly Ser Ala Arg Ser Asp Glu
20 25 30
Ile Ile Lys Lys Leu Lys Leu Asp Pro Glu Ala Arg Ala Ser Glu Leu
35 40 45
Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn Ser Leu Leu Gin Ser Glu Tyr
50 55 60
Thr Val Glu Gly Asp Leu Arg Arg Arg Val Gin Ser Asp Ile Lys Arg
65 70 75 80
Leu Ile Ala Ile His Ser Tyr Arg Gly Gin Arg His Arg Leu Ser Leu
85 90 95
Pro Val Arg Gly Gin Arg Thr Lys Thr Asn Ser Arg Thr Arg Lys Gly
100 105 110
Lys Arg Lys Thr Yal Ala Gly Lys Lys Lys
115 120
<210> 394 <211> 1723 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 394 Met Lys Trp Leu Pro Ala Thr Ala Val Phe Ala Ala Val Leu Pro Ala
5 10 15
Leu Thr Ala Phe Gly Asp Pro Ala Ser Val Glu Ile Ser Thr Ser His
20 25 30
Thr Gly Ser Gly Asp Pro Thr Ser Asp Ala Ala Leu Thr Gly Phe Thr
35 40 45
Gin Ser Ser Thr Glu Thr Asp Gly Thr Thr Tyr Thr Ile Val Gly Asp
50 55 60
Ile Thr Phe Ser Thr Phe Thr Asn Ile Pro Yal Pro Val Val Thr Pro
65 70 75 80
Asp Ala Asn Asp Ser Ser Ser Asn Ser Ser Lys Gly Gly Ser Ser Ser
85 90 95
PL 209 107 B1
239
Ser Gly Ala Thr 100 Ser Leu Ile Arg Ser 105 Ser Asn Leu His Ser 110 Asp Phe
Asp Phe Thr 115 Lys Asp Ser Val Leu 120 Asp Leu Tyr His Leu 125 Phe Phe Pro
Ser Ala 130 Ser Asn Thr Leu Asn 135 Pro Ala Leu Leu Ser 140 Ser Ser Ser Ser
Gly 145 Gly Ser Ser Ser Ser 150 Ser Ser Ser Ser Ser 155 Ser Gly Ser Ala Ser 160
Ala Val Val Ala Ala 165 Asp Pro Lys Gly Gly 170 Ala Ala Phe Tyr Ser 175 Asn
Glu Ala Asn Gly 180 Thr Leu Thr Phe Thr 185 Thr Asp Ser Gly Asn 190 Pro Gly
Ser Leu Thr 195 Leu Gin Asn Leu Lys 200 Met Thr Gly Asp Gly 205 Ala Ala Ile
Tyr Ser 210 Lys Gly Pro Leu Val 215 Phe Thr Gly Leu Lys 220 Asn Leu Thr Phe
Thr 225 Gly Asn Glu Ser Gin 230 Lys Ser Gly Gly Ala 235 Ala Tyr Thr Glu Gly 240
Ala Leu Thr Thr Gin 245 Ala Ile Val Glu Ala 250 Val Thr Phe Thr Gly 255 Asn
Thr Ser Ala Gly 260 Gin Gly Gly Ala Ile 265 Tyr Val Lys Glu Ala 270 Thr Leu
Phe Asn Ala 275 Leu Asp Ser Leu Lys 280 Phe Glu Lys Asn Thr 235 Ser Gly Gin
Ala Gly 290 Gly Gly Ile Tyr Thr 295 Glu Ser Thr Leu Thr 300 Ile Ser Asn Ile
Thr 305 Lys Ser Ile Glu Phe 310 Ile Ser Asn Lys Ala 315 Ser Val Pro Ala Pro 320
Ala Pro Glu Pro Thr 325 Ser Pro Ala Pro Ser 330 Ser Leu Ile Asn Ser 335 Thr
Thr Ile Asp Thr 340 Ser Thr Leu Gin Thr 345 Arg Ala Ala Ser Ala 350 Thr Pro
Ala Val Ala 355 Pro Val Ala Ala Val 360 Thr Pro Thr Pro Ile 365 Ser Thr Gin
Glu Thr 370 Ala Gly Asn Gly Gly 375 Ala Ile Tyr Ala Lys 380 Gin Gly Ile Ser
Ile 385 Ser Thr Phe Lys Asp 390 Leu Thr Phe Lys Ser 395 Asn Ser Ala Ser Val 400
Asp Ala Thr Leu Thr 405 Val Asp Ser Ser Thr 410 Ile Gly Glu Ser Gly 415 Gly
Ala Ile Phe Ala 420 Ala Asp Ser Ile Gin 425 Ile Gin Gin Cys Thr 430 Gly Thr
Thr Leu Phe 435 Ser Gly Asn Thr Ala 440 Asn Lys Ser Gly Gly 445 Gly Ile Tyr
Ala Val Gly Gin Val Thr Leu Glu Asp Ile Ala Asn Leu Lys Met Thr
240
PL 209 107 B1
450 455 460
Asn 465 Asn Thr Cys Lys Gly Glu Gly Gly Ala Ile 470 475 Tyr Thr Lys Lys Ala 480
Leu Thr Ile Asn Asn Gly Ala Ile Leu Thr Thr 485 490 Phe Ser Gly Asn Thr 495
Ser Thr Asp Asn Gly Gly Ala Ile Phe Ala Val 500 505 Gly Gly Ile Thr Leu 510
Ser Asp Leu 515 Val Glu Val Arg Phe Ser Lys Asn 520 Lys Thr Gly Asn Tyr 525
Ser Ala Pro 530 Ile Thr Lys Ala Ala Ser Asn Thr 535 Ala Pro Val Val Ser 540
Ser 545 Ser Thr Thr Ala Ala Ser Pro Ala Val Pro 550 555 Ala Ala Ala Ala Ala 560
Pro Val Thr Asn Ala Ala Lys Gly Gly Ala Leu 565 570 Tyr Ser Thr Glu Gly 575
Leu Thr Val Ser Gly Ile Thr Ser Ile Leu Ser 580 585 Phe Glu Asn Asn Glu 590
Cys Gin Asn 595 Gin Gly Gly Gly Ala Tyr Val Thr 600 Lys Thr Phe Gin Cys 605
Ser Asp Ser 610 His Arg Leu Gin Phe Thr Ser Asn 615 Lys Ala Ala Asp Glu 620
Gly 625 Gly Gly Leu Tyr Cys Gly Asp Asp Val Thr 630 535 Leu Thr Asn Leu Thr 640
Gly Lys Thr Leu Phe Gin Glu Asn Ser Ser Glu 645 650 Lys His Gly Gly Gly 655
Leu Ser Leu Ala Ser Gly Lys Ser Leu Thr Met 660 665 Thr Ser Leu Glu Ser 670
Phe Cys Leu 675 Asn Ala Asn Thr Ala Lys Glu Asn 680 Gly Gly Gly Ala Asn 685
Val Pro Glu 690 Asn Ile Val Leu Thr Phe Thr Tyr 695 Thr Pro Thr Pro Asn 700
Glu 705 Pro Ala Pro Val Gin Gin Pro Val Tyr Gly 710 715 Glu Ala Leu Val Thr 720
Gly Asn Thr Ala Thr 725 Lys Ser Gly Gly Gly 730 Ile Tyr Thr Lys Asn 735 Ala
Ala Phe Ser Asn 740 Leu Ser Ser Val Thr 745 Phe Asp Gin Asn Thr 750 Ser Ser
Glu Asn Gly TCC Gly Ala Leu Leu Thr Gin Lys Ala Ala Asp Lys Thr Asp
760 765
Cys Ser 770 Phe Thr Tyr Ile Thr 775 Asn Val Asn Ile Thr 780 Asn Asn Thr Ala
Thr 785 Gly Asn Gly Gly Gly 790 Ile Ala Gly Gly Lys 795 Ala His Phe Asp Arg 800
Ile Asp Asn Leu Thr 805 Val Gin Ser Asn Gin 810 Ala Lys Lys Gly Gly 815 Gly
PL 209 107 B1
241
Val Tyr Leu Glu Asp Ala 820 Leu Ile Leu Glu 825 Lys Val Ile Thr Gly Ser 830
Val Ser Gin Asn Thr Ala 835 Thr Glu Ser Gly 840 Gly Gly Ile 845 Tyr Ala Lys
Asp Ile Gin Leu Gin Ala 850 Leu 855 Pro Gly Ser Phe Thr 860 Ile Thr Asp Asn
Lys 865 Val Glu Thr Ser Leu 870 Thr Thr Ser Thr Asn Leu 875 Tyr Gly Gly Gly 880
Ile Tyr Ser Ser Gly Ala 885 Val Thr Leu Thr 890 Asn Ile Ser Gly Thr Phe 895
Gly Ile Thr Gly Asn Ser 900 Val Ile Asn Thr 905 Ala Thr Ser Gin Asp Ala 910
Asp Ile Gin Gly Gly Gly 915 Ile Tyr Ala Thr 920 Thr Ser Leu 925 Ser Ile Asn
Gin Cys Asn Thr Pro Ile 930 Leu 935 Phe Ser Asn Asn Ser 940 Ala Ala Thr Lys
Lys 945 Thr Ser Thr Thr Lys 950 Gin Ile Ala Gly Gly Ala 955 Ile Phe Ser Ala 960
Ala Val Thr Ile Glu Asn 965 Asn Ser Gin Pro 970 Ile Ile Phe Leu Asn Asn 975
Ser Ala Lys Ser Glu Ala 9B0 Thr Thr Ala Ala 985 Thr Ala Gly Asn Lys Asp 990
Ser Cys Gly Gly Ala Ile 995 Ala Ala Asn Ser 1000 Val Thr Leu Thr Asn Asn 1005
Pro Glu Ile Thr Phe Lys 1010 Gly Asn Tyr Ala 1015 Glu Thr Gly 1020 Gly Ala Ile
Gly Cys Ile Asp Leu Thr Asn 1025 1030 Gly Ser Pro Pro Arg 1035 Lys Val Ser Ile 1040
Ala Asp Asn Gly Ser Val 1045 Leu Phe Gin Asp Asn Ser 1050 Ala Leu Asn Arg 1055
Gly Gly Ala Ile Tyr Gly 1060 Glu Thr Ile Asp 1065 Ile Ser Arg Thr Gly Ala 1070
Thr Phe Ile Gly Asn Ser 1075 Ser Lys His Asp 1080 Gly Ser Ala 1085 Ile Cys Cys
Ser Thr Ala Leu Thr Leu 1090 Ala 1095 Pro Asn Ser Gin Leu 1100 Ile Phe Glu Asn
Asn 1105 Lys Val Thr Glu Thr 1110 Thr Ala Thr Thr Lys Ala 1115 Ser Ile Asn Asn 1120
Leu Gly Ala Ala Ile Tyr 1125 Gly Asn Asn Glu 1130 Thr Ser Asp Val Thr Ile 1135
Ser Leu Ser Ala Glu Asn 1140 Gly Ser Ile Phe 1145 Phe Lys Asn Asn Leu Cys 1150
Thr . Ala Thr Asn Lys Tyr 1155 Cys Ser Ile Ala 1160 Gly Asn Val 1165 Lys Phe Thr
Ala Ile Glu Ala Ser Ala 1 1 -i Λ Gly Lys Ala Ile Ser Phe Tyr . Asp Ala Val
1170 1175 1180
242
PL 209 107 B1
Asn Val 1185 Ser Thr Lys Glu Thr Asn Ala Gin Glu Leu Lys Leu Asn Glu 1200
1190 1195
Lys Ala Thr Ser Thr Gly Thr Ile Leu Phe Ser Gly Glu Leu His Glu
1205 1210 1215
Asn Lys Ser Tyr Ile Pro Gin Lys Val Thr Phe Ala His Gly Asn Leu
1220 1225 1230
Ile Leu Gly Lys Asn Ala Glu Leu Ser Val Val Ser Phe Thr Gin Ser
1235 1240 1245
Pro Gly Thr Thr Ile Thr Met Gly Pro Gly Ser Val Leu Ser Asn His
1250 1255 1260
Ser Lys Glu Ala Gly Gly Ile Ala Ile Asn Asn Val Ile Ile Asp Phe
1265 1270 1275 1280
Ser Glu Ile Val Pro Thr Lys Asp Asn Ala Thr Val Ala Pro Pro Thr
1285 1290 1295
Leu Lys Leu Val Ser Arg Thr Asn Ala Asp Ser Lys Asp Lys Ile Asp
1300 1305 1310
Ile Thr Gly Thr Val Thr Leu Leu Asp Pro Asn Gly Asn Leu Tyr Gin
1315 1320 1325
Asn Ser Tyr Leu Gly Glu Asp Arg Asp Ile Thr Leu Phe Asn Ile Asp
1330 1335 1340
Asn Ser Ala Ser Gly Ala Val Thr Ala Thr Asn Val Thr Leu Gin Gly
1345 1350 1355 1360
Asn Leu Gly Ala Lys Lys Gly Tyr Leu Gly Thr Trp Asn Leu Asp Pro
1365 1370 1375
Asn Ser Ser Gly Ser Lys Ile Ile Leu Lys Trp Thr Phe Asp Lys Tyr
1380 1385 1390
Leu Arg Trp Pro Tyr Ile Pro Arg Asp Asn His Phe Tyr Ile Asn Ser
1395 1400 1405
Ile Trp Gly Ala Gin Asn Ser Leu Val Thr Val Lys Gin Gly Ile Leu
1410 1415 1420
Gly Asn Met Leu Asn Asn Ala Arg Phe Glu Asp Pro Ala Phe Asn Asn
1425 1430 1435 1440
Phe Trp Ala Ser Ala Ile Gly Ser Phe Leu Arg Lys Glu Val Ser Arg
1445 1450 1455
Asn Ser Asp Ser Phe Thr Tyr His Gly Arg Gly Tyr Thr Ala Ala Val
1460 1465 1470
Asp Ala Lys Pro Arg Gin Glu Phe Ile Leu Gly Ala Ala Phe Ser Gin
1475 1480 1485
Val Phe Gly His Ala Glu Ser Glu Tyr His Leu Asp Asn Tyr Lys His
1490 1495 1500
Lys Gly Ser Gly His Ser Thr Gin Ala Ser Leu Tyr Ala Gly Asn Ile
1505 1510 1515 1520
Phe Tyr Phe Pro Ala Ile Arg Ser Arg Pro Ile Leu Phe Gin Gly Val
1525 1530 1535
Ala Thr Tyr Gly Tyr Met Gin His Asp Thr Thr Thr Tyr Tyr Pro Ser
PL 209 107 B1
243
1540
1545
1550
Ile Glu Glu Lys 1555 Asn Met Ala Asn Trp 1560 Asp Ser Ile Ala Trp 1565 Leu Phe
Asp Leu Arg Phe Ser Val Asp Leu Lys Glu Pro Gin Pro His Ser Thr
1570 1575 1580
Ala Arg Leu Thr Phe Tyr Thr Glu Ala Glu Tyr Thr Arg Ile Arg Gin
1585 1590 1595 1600
Glu Lys Phe Thr Glu Leu Asp Tyr Asp Pro Arg Ser Phe Ser Ala Cys
1605 1610 1615
Ser Tyr Gly Asn Leu Ala Ile Pro Thr Gly Phe Ser Val Asp Gly Ala
1620 1625 1630
Leu Ala Trp Arg Glu Ile Ile Leu Tyr Asn Lys Val Ser Ala Ala Tyr
1635 1640 1645
Leu Pro Val Ile Leu Arg Asn Asn Pro Lys Ala Thr Tyr Glu Val Leu
1650 1655 1660
Ser Thr Lys Glu Lys Gly Asn Val Val Asn Val Leu Pro Thr Arg Asn
1665 1670 1675 1680
Ala Ala Arg Ala Glu Val Ser Ser Gin Ile Tyr Leu Gly Ser Tyr Trp
1685 1690 1695
Thr Leu Tyr Gly Thr Tyr Thr Ile Asp Ala Ser Met Asn Thr Leu Val
1700 1705 1710
Gin Met Ala Asn Gly Gly Ile Arg Phe Val Phe
1715 1720
<210> 395 <211> 1723 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400? 395
Met Lys Trp Leu
Leu Thr Ala Phe 20
Thr Gly Ser Gly 35
Gin Ser Ser Thr 50
Ile Thr Phe Ser 65
Asp Ala Asn Asp
Ser Gly Ala Thr 100
Asp Phe Thr Lys 115
Ser Ala Ser Asn 130
Gly Gly Ser Ser 145
Ala Val Val Ala
Glu Ala Asn Gly 180
Ser Leu Thr Leu 195
Pro Ala Thr 5
Gly Asp Pro
Asp Pro Thr
Glu Thr Asp 55
Thr Phe Thr 70
Ser Ser Ser 85
Ser Leu Ile
Asp Ser Val
Thr Leu Asn 135
Ser Ser Ser 150
Ala Asp Pro 165
Thr Leu Thr
Gin Asn Leu
Ala Val
Ala Ser 25
Ser Asp 40
Gly Thr
Asn Ile
Asn Ser
Arg Ser 105
Leu Asp 120
Pro Ala
Ser Ser
Lys Gly
Phe Ala 10
Val Glu
Ala Ala
Thr Tyr
Pro Val 75
Ser Lys 90
Ser Asn
Leu Tyr
Leu Leu
Ser Ser 155
Gly Ala 170
Thr Asp
Phe Thr 185
Lys Met Thr Gly 200
Ala Val
Ile Ser
Leu Thr 45
Thr Ile 60
Pro Val
Gly Gly
Leu His
His Leu 125
Ser Ser 140
Ser Gly
Ala Phe
Ser Gly
Asp Gly 205
Leu Pro Ala 15
Thr Ser His 30
Gly Phe Thr
Val Gly Asp
Val Thr Pro 80
Ser Ser Ser 95
Ser Asp Phe 110
Phe Phe Pro
Ser Ser Ser
Ser Ala Ser 160
Tyr Ser Asn 175
Asn Pro Gly 190
Ala Ala Ile
244
PL 209 107 B1
Tyr Ser 210 Lys Gly Pro Leu Val 215 Phe Thr Gly Leu Lys 220 Asn Leu Thr Phe
Thr Gly Asn Glu Ser Gin Lys Ser Gly Gly Ala Ala Tyr Thr Glu Gly
225 230 235 240
Ala Leu Thr Thr Gin Ala Ile Val Glu Ala Val Thr Phe Thr Gly Asn
245 250 255
Thr Ser Ala Gly Gin Gly Gly Ala Ile Tyr Val Lys Glu Ala Thr Leu
260 265 270
Phe Asn Ala Leu Asp Ser Leu Lys Phe Glu Lys Asn Thr Ser Gly Gin
275 280 285
Ala Gly Gly Gly Ile Tyr Thr Glu Ser Thr Leu Thr Ile Ser Asn Ile
290 295 300
Thr Lys Ser Ile Glu Phe Ile Ser Asn Lys Ala Ser Val Pro Ala Pro
305 310 315 320
Ala Pro Glu Pro Thr Ser Pro Ala Pro Ser Ser Leu Ile Asn Ser Thr
325 330 335
Thr Ile Asp Thr Ser Thr Leu Gin Thr Arg Ala Ala Ser Ala Thr Pro
340 345 350
Ala Val Ala Pro Val Ala Ala Val Thr Pro Thr Pro Ile Ser Thr Gin
355 360 365
Glu Thr Ala Gly Asn Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Lys Gin Gly Ile Ser
370 375 380
Ile Ser Thr Phe Lys Asp Leu Thr Phe Lys Ser Asn Ser Ala Ser Val
385 390 395 400
Asp Ala Thr Leu Thr Val Asp Ser Ser Thr Ile Gly Glu Ser Gly Gly
405 410 415
Ala Ile Phe Ala Ala Asp Ser Ile Gin Ile Gin Gin Cys Thr Gly Thr
420 425 430
Thr Leu Phe Ser Gly Asn Thr Ala Asn Lys Ser Gly Gly Gly Ile Tyr
435 440 445
Ala Val Gly Gin Val Thr Leu Glu Asp Ile Ala Asn Leu Lys Met Thr
450 455 460
Asn Asn Thr Cys Lys Gly Glu Gly Gly Ala Ile Tyr Thr Lys Lys Ala
465 470 475 480
Leu Thr Ile Asn Asn Gly Ala Ile Leu Thr Thr Phe Ser Gly Asn Thr
485 490 495
Ser Thr Asp Asn Gly Gly Ala Ile Phe Ala Val Gly Gly Ile Thr Leu
500 505 510
Ser Asp Leu Val Glu Val Arg Phe Ser Lys Asn Lys Thr Gly Asn Tyr
515 520 525
Ser Ala Pro Ile Thr Lys Ala Ala Ser Asn Thr Ala Pro Val Val Ser
530 535 540
Ser Ser Thr Thr Ala Ala Ser Pro Ala Val Pro Ala Ala Ala Ala Ala
545 550 555 560
Pro Val Thr Asn Ala Ala Lys Gly Gly Ala Leu Tyr Ser Thr Glu Gly
565 570 575
Leu Thr Val Ser Gly Ile Thr Ser Ile Leu Ser Phe Glu Asn Asn Glu
580 585 590
Cys Gin Asn Gin Gly Gly Gly Ala Tyr Val Thr Lys Thr Phe Gin Cys
595 600 605
Ser Asp Ser His Arg Leu Gin Phe Thr Ser Asn Lys Ala Ala Asp Glu
610 615 620
Gly Gly Gly Leu Tyr Cys Gly Asp Asp Val Thr Leu Thr Asn Leu Thr
625 630 635 640
Gly Lys Thr Leu Phe Gin Glu Asn Ser Ser Glu Lys His Gly Gly Gly
645 650 655
Leu Ser Leu Ala Ser Gly Lys Ser Leu Thr Met Thr Ser Leu Glu Ser
660 665 670
Phe Cys Leu Asn Ala Asn Thr Ala Lys Glu Asn Gly Gly Gly Ala Asn
675 680 685
Val Pro Glu Asn Ile Val Leu Thr Phe Thr Tyr Thr Pro Thr Pro Asn
690 695 700
Glu Pro Ala Pro Val Gin Gin Pro Val Tyr Gly Glu Ala Leu Val Thr
705 710 715 720
Gly Asn Thr Ala Thr Lys Ser Gly Gly Gly Ile Tyr Thr Lys Asn Ala
725 730 735
Ala Phe Ser Asn Leu Ser Ser Val Thr Phe Asp Gin Asn Thr Ser Ser
740 745 750
PL 209 107 B1
245
Glu Asn Gly Gly Ala Leu Leu Thr Gin Lys Ala Ala Asp Lys Thr Asp
755 760 765
Cys Ser 770 Phe Thr Tyr Ile Thr Asn 775 Val Asn Ile Thr Asn Asn 780 Thr Ala
Thr Gly 785 Asn Gly Gly Gly 790 Ile Ala Gly Gly Lys Ala His Phe 795 Asp Arg 800
Ile Asp Asn Leu Thr 805 Val Gin Ser Asn Gin Ala Lys Lys Gly 810 Gly 815 Gly
Val Tyr Leu Glu Asp 820 Ala Leu Ile Leu Glu Lys Val Ile Thr 825 830 Gly Ser
Val Ser Gin Asn Thr 835 Ala Thr Glu 840 Ser Gly Gly Gly Ile Tyr 845 Ala Lys
Asp Ile 850 Gin Leu Gin Ala Leu Pro 855 Gly Ser Phe Thr Ile Thr 860 Asp Asn
Lys Val 865 Glu Thr Ser Leu 870 Thr Thr Ser Thr Asn Leu Tyr Gly 875 Gly Gly 880
Ile Tyr Ser Ser Gly 885 Ala Val Thr Leu Thr Asn Ile Ser Gly 890 Thr 895 Phe
Gly Ile Thr Gly Asn 900 Ser Val Ile Asn Thr Ala Thr Ser Gin 905 910 Asp Ala
Asp Ile Gin Gly Gly 915 Gly Ile Tyr 92 0 Ala Thr Thr Ser Leu Ser 925 Ile Asn
Gin Cys 930 Asn Thr Pro Ile Leu Phe 935 Ser Asn Asn Ser Ala Ala 940 Thr Lys
Lys Thr 945 Ser Thr Thr Lys 950 Gin Ile Ala Gly Gly Ala Ile Phe 955 Ser Ala 960
Ala Val Thr Ile Glu 965 Asn Asn Ser Gin Pro Ile Ile Phe Leu 970 Asn 975 Asn
Ser Ala Lys Ser Glu 980 Ala Thr Thr Ala Ala Thr Ala Gly Asn 985 990 Lys Asp
Ser Cys Gly Gly Ala 995 Ile Ala Ala Asn Ser Val Thr Leu Thr 1000 1005 Asn Asn
Pro Glu Ile Thr Phe 1010 Lys Gly Asn 1015 Tyr Ala Glu Thr Gly Gly 1020 Ala Ile
Gly Cys 1025 Ile Asp Leu Thr Asn Gly 1030 Ser Pro Pro Arg Lys Val 1035 Ser Ile 1040
Ala Asp Asn Gly Ser Val 1045 Leu Phe Gin Asp Asn Ser Ala Leu 1050 Asn Arg 1055
Gly Gly Ala Ile Tyr 1060 Gly Glu Thr Ile Asp Ile Ser Arg Thr Gly 1065 1070 Ala
Thr Phe Ile Gly Asn 1075 Ser Ser Lys His Asp Gly Ser Ala Ile 1080 1085 Cys Cys
Ser Thr Ala Leu Thr 1090 Leu Ala Pro 1095 Asn Ser Gin Leu Ile Phe 1100 Glu Asn
Asn Lys 1105 Yal Thr Glu Thr Thr Ala 1110 Thr Thr Lys Ala Ser Ile 1115 Asn Asn 1120
Leu Gly Ala Ala Ile Tyr 1125 Gly Asn Asn Glu Thr Ser Asp Ile 1130 Thr Ile 1135
Ser Leu Ser Ala Glu 1140 Asn Gly Ser Ile Phe Phe Lys Asn Asn Leu 1145 1150 Cys
Thr Ala Thr Asn Lys 1155 Tyr Cys Ser Ile Ala Gly Asn Val Lys 1160 1165 Phe Thr
Ala Ile Glu Ala Ser 1170 Ala Gly Lys 1175 Ala Ile Ser Phe Tyr Asp 1180 Ala Val
Asn Val 1185 Ser Thr Lys Glu Thr Asn 1190 Ala Gin Glu Leu Lys Leu 1195 Asn Glu 1200
Lys Ala Thr Ser Thr 1205 Gly Thr Ile Leu Phe Ser Gly Glu Leu 1210 His 1215 Glu
Asn Lys Ser Tyr Ile 1220 Pro Gin Lys Val Thr Phe Ala His Gly 1225 123C Asn ) Leu
Ile Leu Gly Lys Asn 1235 Ala Glu Leu 1240 Ser Val Val Ser Phe Thr 1 1245 Gin Ser
Pro Gly 125C Thr Thr Ile 1 Thr Met Gly 1255 Pro Gly Ser Val Leu Ser 1260 Asn His
Ser Lys 1265 Glu Ala Gly Gly 1270 Ile Ala Ile Asn Asn Val Ile Ile 1275 Asp Phe 1280
Ser Glu Ile Val Pro 1285 Thr Lys Asp Asn Ala Thr Val Ala Pro 1290 Pro 1295 Thr
246
PL 209 107 B1
Leu Lys Leu Val Ser Arg Thr Asn Ala Asp Ser Lys Asp Lys 1310 Ile 1 Asp
1300 1305
Ile Thr Gly Thr Val Thr Leu Leu Asp Pro Asn Gly Asn Leu Tyr Gin
1315 1320 1325
Asn Ser Tyr Leu Gly Glu Asp Arg Asp Ile Thr Leu Phe Asn Ile Asp
1330 1335 1340
Asn Ser Ala Ser Gly Ala Val Thr Ala Thr Asn Val Thr Leu Gin Gly
1345 1350 1355 1360
Asn Leu Gly Ala Lys Lys Gly Tyr Leu Gly Thr Trp Asn Leu Asp Pro
1365 1370 1375
Asn Ser Ser Gly Ser Lys Ile Ile Leu Lys Trp Thr Phe Asp Lys Tyr
1380 1385 1390
Leu Arg Trp Pro Tyr Ile Pro Arg Asp Asn His Phe Tyr Ile Asn Ser
1395 1400 1405
Ile Trp Gly Ala Gin Asn Ser Leu Val Thr Val Lys Gin Gly Ile Leu
1410 1415 1420
Gly Asn Met Leu Asn Asn Ala Arg Phe Glu Asp Pro Ala Phe Asn Asn
1425 1430 1435 1440
Phe Trp Ala Ser Ala Ile Gly Ser Phe Leu Arg Lys Glu Val Ser Arg
1445 1450 1455
Asn Ser Asp Ser Phe Thr Tyr His Gly Arg Gly Tyr Thr Ala Ala Val
1460 1465 1470
Asp Ala Lys Pro Arg Gin Glu Phe Ile Leu Gly Ala Ala Phe Ser Gin
1475 1480 1485
Val Phe Gly His Ala Glu Ser Glu Tyr His Leu Asp Asn Tyr Lys His
1490 - 1495 1500
Lys Gly Ser Gly His Ser Thr Gin Ala Ser Leu Tyr Ala Gly Asn Ile
1505 1510 1515 1520
Phe Tyr Phe Pro Ala Ile Arg Ser Arg Pro Ile Leu Phe Gin Gly Val
1525 1530 1535
Ala Thr Tyr Gly Tyr Met Gin His Asp Thr Thr Thr Tyr Tyr Pro Ser
1540 1545 1550
Ile Glu Glu Lys Asn Met Ala Asn Trp Asp Ser Ile Ala Trp Leu Phe
1555 1560 1565
Asp Leu Arg Phe Ser Val Asp Leu Lys Glu Pro Gin Pro His Ser Thr
1570 1575 1580
Ala Arg Leu Thr Phe Tyr Thr Glu Ala Glu Tyr Thr Arg Ile Arg Gin
1585 1590 1595 1600
Glu Lys Phe Thr Glu Leu Asp Tyr Asp Pro Arg Ser Phe Ser Ala Cys
1605 1610 1615
Ser Tyr Gly Asn Leu Ala Ile Pro Thr Gly Phe Ser Val Asp Gly Ala
1620 1625 1630
Leu Ala Trp Arg Glu Ile Ile Leu Tyr Asn Lys Val Ser Ala Ala Tyr
1635 1640 1645
Leu Pro Val Ile Leu Arg Asn Asn Pro Lys Ala Thr Tyr Glu Val Leu
1650 1655 1660
Ser Thr Lys Glu Lys Gly Asn Val Val Asn Val Leu Pro Thr Arg Asn
1665 1670 1675 1680
Ala Ala Arg Ala Glu Val Ser Ser Gin Ile Tyr Leu Gly Ser Tyr Trp
1685 1690 1695
Thr Leu Tyr Gly Thr Tyr Thr Ile Asp Ala Ser Met Asn Thr Leu Val
1700 1705 1710
Gin Met Ala Asn Gly Gly Ile Arg Phe Val Phe
1715 1720
<210> 396 <211> 1252 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 396
Met Leu Lys Cys Pro 5 Glu Arg Val Ser Val 10 Lys Lys Lys Glu Asp 15 Ile
Pro Asp Leu Pro Asn Leu Ile Glu Ile Gin Ile Lys Ser Tyr Lys Gin
25 30
PL 209 107 B1
247
Phe Leu Gin 35 Ile Gly Lys Leu Ala 40 Glu Glu Arg Glu Asn 45 Ile Gly Leu
Glu Glu Val Phe Arg Glu Ile Phe Pro Ile Lys Ser Tyr Asn Glu Ala
50 55 60
Thr Val Leu Glu Tyr Leu Ser Tyr Asn Leu Gly Val Pro Lys Tyr Ser
65 70 75 80
Pro Glu Glu Cys Ile Arg Arg Gly ile Thr Tyr Ser Val Thr Leu Lys
85 90 95
Val Arg Phe Arg Leu Thr Asp Glu Thr Gly Ile Lys Glu Glu Glu Val
100 105 110
Tyr Met Gly Thr Ile Pro Leu Met Thr Asp Lys Gly Thr Phe Ile Ile
115 120 125
Asn Gly Ala Glu Arg Val Val Val Ser Gin Val His Arg Ser Pro Gly
130 135 140
Ile Asn Phe Glu Gin Glu Lys His Ser Lys Gly Asn Ile Leu Phe Ser
145 150 155 160
Phe Arg Ile Ile Pro Tyr Arg Gly Ser Trp Leu Glu Ala Ile Phe Asp
165 170 175
Ile Asn Asp Leu Ile Tyr Ile His Ile Asp Arg Lys Lys Arg Arg Arg
ISO 185 190
Lys Ile Leu Ala Ile Thr Phe Ile Arg Ala Leu Gly Tyr Ser Ser Asp
195 200 205
Ala Asp Ile Ile Glu Glu Phe Phe Thr Ile Gly Glu Ser Ser Leu Arg
210 215 220
Ser Glu Lys Asp Phe Ala Leu Leu Val Gly Arg Ile Leu Ala Asp Asn
225 230 235 240
Ile Ile Asp Glu Ala Ser Ser Leu Val Tyr Gly Lys Ala Gly Glu Lys
245 250 255
Leu Ser Thr Ala Met Leu Lys Arg Met Leu Asp Ala Gly Ile Ala Ser
260 265 270
Val Lys Ile Ala Val Asp Ala Asp Glu Asn His Pro Ile Ile Lys Met
275 280 285
Leu Ala Lys Asp Pro Thr Asp Ser Tyr Glu Ala Ala Leu Lys Asp Phe
290 295 300
Tyr Arg Arg Leu Arg Pro Gly Glu Pro Ala Thr Leu Ala Asn Ala Arg
305 310 315 320
Ser Thr Ile Met Arg Leu Phe Phe Asp Pro Lys Arg Tyr Asn Leu Gly
325 330 335
Arg Val Gly Arg Tyr Lys Leu Asn Arg Lys Leu Gly Phe Ser Ile Asp
340 345 350
Asp Glu Ala Leu Ser Gin Val Thr Leu Arg Lys Glu Asp Val Ile Gly
355 360 365
Ala Leu Lys Tyr Leu Ile Arg Leu Lys Met Gly Asp Glu Lys Ala Cys
370 375 380
Val Asp Asp Ile Asp His Leu Ala Asn Arg Arg Val Arg Ser Val Gly
385 390 395 400
248
PL 209 107 B1
Glu Leu Ile Gin Asn 405 Gin Cys Arg Ser Gly 410 Leu Ala Arg Met Glu 415 Lys
Ile Val Arg Glu 420 Arg Met Asn Leu Phe 425 Asp Phe Ser Ser Asp 430 Thr Leu
Thr Pro Gly 435 Lys Val Val Ser Ala 440 Lys Gly Leu Ala Ser 445 Val Leu Lys
Asp Phe 450 Phe Gly Arg Ser Gin 455 Leu Ser Gin Phe Met 460 Asp Gin Thr Asn
Pro 465 Val Ala Glu Leu Thr 470 His Lys Arg Arg Leu 475 Ser Ala Leu Gly Pro 480
Gly Gly Leu Asn Arg 485 Glu Arg Ala Gly Phe 490 Glu Val Arg Asp Val 495 His
Ala Ser His Tyr 500 Gly Arg Ile Cys Pro 505 Ile Glu Thr Pro Glu 510 Gly Pro
Asn Ile Gly 515 Leu Ile Thr Ser Leu 520 Ser Ser Phe Ala Lys 525 Ile Asn Glu
Phe Gly 530 Phe Ile Glu Thr Pro 535 Tyr Arg Ile Val Arg 540 Asp Gly Ile Val
Thr 545 Asp Glu Ile Glu Tyr 550 Met Thr Ala Asp Val 555 Glu Glu Glu Cys Val 560
Ile Ala Gin Ala Ser 565 Ala Ser Leu Asp Glu 570 Tyr Asn Met Phe Thr 575 Glu
Pro Val Cys Trp 580 Val Arg Tyr Ala Gly 585 Glu Ala Phe Glu Ala 590 Asp Thr
Ser Thr Val 595 Thr His Met Asp Val 600 Ser Pro Lys Gin Leu 605 Val Ser Ile
Val Thr 610 Gly Leu Ile Pro Phe 615 Leu Glu His Asp Asp 620 Ala Asn Arg Ala
Leu 625 Met Gly Ser Asn Met 630 Gin Arg Gin Ala Val 635 Pro Leu Leu Lys Thr 640
Glu Ala Pro Val Val 645 Gly Thr Gly Leu Glu 650 Cys Arg Ala Ala Lys 655 Asp
Ser Gly Ala Ile 660 Val Val Ala Glu Glu 665 Asp Gly Val Val Asp 670 Phe Val
Asp Gly Tyr 675 Lys Val Val Val Ala 680 Ala Lys His Asn Pro 685 Thr Ile Lys
Arg Thr 690 Tyr His Leu Lys Lys 695 Phe Leu Arg Ser Asn 700 Ser Gly Thr Cys
Ile 705 Asn Gin Gin Pro Leu 710 Cys Ala Val Gly Asp 715 val Ile Thr Lys Gly 720
Asp Val Ile Ala Asp 725 Gly Pro Ala Thr Asp 730 Arg Gly Glu Leu Ala 735 Leu
Gly Lys Asn Val 740 Leu Val Ala Phe Met 745 Pro Trp Tyr Gly Tyr 750 Asn Phe
Glu Asp Ala Ile Ile Ile Ser Glu Lys Leu Ile Arg Glu Asp Ala Tyr
PL 209 107 B1
249
755 760 765
Thr Ser 770 Ile Tyr Ile Glu Glu Phe Glu Leu Thr 775 Ala Arg Asp Thr Lys 780
Leu Gly 785 Lys Glu Glu Ile Thr Arg Asp Ile Pro 790 795 Asn Val Ser Asp Glu 800
Val Leu Ala Asn Leu 805 Gly Glu Asp Gly Ile Ile 810 Arg Ile Gly Ala Glu 815
Val Lys Pro Gly Asp 820 Ile Leu Val Gly Lys Ile 825 Thr Pro Lys Ser Glu 830
Thr Glu Leu Ala Pro 835 Glu Glu Arg Leu Leu Arg 840 Ala Ile Phe Gly Glu 845
Lys Ala 850 Ala Asp Val Lys Asp Ala Ser Leu Thr 855 Val Pro Pro Gly Thr 860
Glu Gly 865 Val Val Met Asp Val Lys Val Phe Ser 870 875 Arg Lys Asp Arg Leu 880
Ser Lys Ser Asp Asp 885 Glu Leu Val Glu Glu Ala 890 Val His Leu Lys Asp 895
Leu Gin Lys Gly Tyr 900 Lys Asn Gin Val Ala Thr 905 Leu Lys Thr Glu Tyr 910
Arg Glu Lys Leu Gly 915 Ala Leu Leu Leu Asn Glu 920 Lys Ala Pro Ala Ala 925
Ile Ile 930 His Arg Arg Thr Ala Glu Ile Val Val 935 His Glu Gly Leu Leu 94 0
Phe Asp 945 Gin Glu Thr Ile Glu Arg Ile Glu Gin 950 955 Glu Asp Leu Val Asp 960
Leu Leu Met Pro Asn 965 Cys Glu Met Tyr Glu Val 970 Leu Lys Gly Leu Leu 975
Ser Asp Tyr Glu Thr 980 Ala Leu Gin Arg Leu Glu 985 Ile Asn Tyr Lys Thr 990
Glu Val Glu His Ile 995 Arg Glu Gly Asp Ala Asp 1000 Leu Asp His Gly Val 1005
Ile Arg Gin Val Lys 1010 Val Tyr Val Ala Ser Lys 1015 Arg Lys Leu Gin Val 1020
Gly Asp 1025 Lys Met Ala Gly Arg His Gly Asn Lys Gly Val Val Ser Lys 1030 1035 1040
Ile Val Pro Glu Ala Asp Met Pro Tyr Leu Ser 1045 1050 Asn Gly Glu Thr Val 1055
Gin Met Ile Leu Asn 1060 Pro Leu Gly Val Pro Ser 1065 Arg Met Asn Leu Gly 1070
Gin Val Leu Glu Thr 1075 His Leu Gly Tyr Ala Ala 1080 Lys Thr Ala Gly Ile 1085
Tyr Val 1090 Lys Thr Pro Val Phe Glu Gly Phe Pro 1095 Glu Gin Arg Ile Trp 1100
Asp Met 1105 Met Ile Glu Gin Gly Leu Pro Glu Asp 1110 1115 Gly Lys Ser Phe Leu 1120
250
PL 209 107 B1
Tyr Asp Gly Lys Thr Gly Glu Arg Phe Asp Asn Lys Val Val Ile Gly 1125 1130 1135
Tyr Ile Tyr Met Leu Lys Leu Ser His Leu Ile Ala Asp Lys Ile His 1140 1145 1150
Ala Arg Ser Ile Gly Pro Tyr Ser Leu Val Thr Gin Gin Pro Leu Gly 1155 1160 1165
Gly Lys Ala Gin Met Gly Gly Gin Arg Phe Gly Glu Met Glu Val Trp 1170 1175 1180
Ala Leu Glu Ala Tyr Gly Val Ala His Met Leu Gin Glu Ile Leu Thr
1185 1190 1195 1200
Val Lys Ser Asp Asp Val Ser Gly Arg Thr Arg Ile Tyr Glu Ser Ile
1205 1210 1215
Val Lys Gly Glu Asn Leu Leu Arg Ser Gly Thr Pro Glu Ser Phe Asn 1220 1225 1230
Val Leu Ile Lys 1235 Glu Met Gin Gly Leu Gly Leu Asp Val Arg 1245 Pro Met
124 0
Val Val Asp Ala
1250
<210> 397
<211> 224
<212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 397
Met Thr Ser Trp Ile Glu Leu Leu Asp Lys Gin Ile Glu Asp Gin His
5 10 15
Met Leu Lys His Glu Phe Tyr Gin Arg Trp Ser Glu Gly Lys Leu Glu
20 25 30
Lys Gin Gin Leu Gin Ala Tyr Ala Lys Asp Tyr Tyr Leu His Ile Lys
35 40 45
Ala Phe Pro Cys Tyr Leu Ser Ala Leu His Ala Arg Cys Asp Asp Leu
50 55 60
Gin Ile Arg Arg Gin Ile Leu Glu Asn Leu Met Asp Glu Glu Ala Gly
65 70 75 80
Asn Pro Asn His Ile Asp Leu Trp Arg Gin Phe Ala Leu Ser Leu Gly
85 90 95
Val Ser Glu Glu Glu Leu Ala Asn His Glu Phe Ser Gin Ala Ala Gin
100 105 110
Asp Met Val Ala Thr Phe Arg Arg Leu Cys Asp Met Pro Gin Leu Ala
115 120 125
Val Gly Leu Gly Ala Leu Tyr Thr Tyr Glu Ile Gin Ile Pro Gin Val
130 135 140
Cys Val Glu Lys Ile Arg Gly Leu Lys Glu Tyr Phe Gly Val Ser Ala
145 150 155 160
Arg Gly Tyr Ala Tyr Phe Thr Val His Gin Glu Ala Asp Ile Lys His
165 170 175
Ala Ser Glu Glu Lys Glu Met Leu Gin Thr Leu Val Gly Arg Glu Asn
PL 209 107 B1
251
185 190
Pro Asp Ala 195 Val Leu Gin Gly Ser 200 Gin Glu Val Leu Asp 205 Thr Leu Trp
Asn Phe 210 Leu Ser Ser Phe Ile 215 Asn Ser Thr Glu Pro 220 Cys Ser Cys Lys
<210> 398 <211? 556 <212? PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 398
Met Ser Lys Leu Ile 5 Arg Arg Val Val Thr 10 Val Leu Ala Leu Thr 15 Ser
Met Ala Ser Cys 20 Phe Ala Ser Gly Gly 25 Ile Glu Ala Ala Val 30 Ala Glu
Ser Leu Ile 35 Thr Lys Ile Val Ala 40 Ser Ala Glu Thr Lys 45 Pro Ala Pro
Val Pro 50 Met Thr Ala Lys Lys 55 Val Arg Leu Val Arg 60 Arg Asn Lys Gin
Pro 65 Val Glu Gin Lys Ser 70 Arg Gly Ala Phe Cys 75 Asp Lys Glu Phe Tyr 80
Pro Cys Glu Glu Gly 85 Arg Cys Gin Pro Val 90 Glu Ala Gin Gin Glu 95 Ser
Cys Tyr Gly Arg 100 Leu Tyr Ser Val Lys 105 Val Asn Asp Asp Cys 110 Asn Val
Glu Ile Cys 115 Gin Ser Val Pro Glu 120 Tyr Ala Thr Val Gly 125 Ser Pro Tyr
Pro Ile 130 Glu Ile Leu Ala Ile 135 Gly Lys Lys Asp Cys 14 0 Val Asp Val Val
Ile 145 Thr Gin Gin Leu Pro 150 Cys Glu Ala Glu Phe 155 Val Ser Ser Asp Pro 160
Glu Thr Thr Pro Thr 165 Ser Asp Gly Lys Leu 170 Val Trp Lys Ile Asp 175 Arg
Leu Gly Ala Gly 180 Asp Lys Cys Lys Ile 185 Thr Val Trp Val Lys 190 Pro Leu
Lys Glu Gly 195 Cys Cys Phe Thr Ala 200 Ala Thr Val Cys Ala 205 Cys Pro Glu
Leu Arg 210 Ser Tyr Thr Lys Cys 215 Gly Gin Pro Ala Ile 220 Cys Ile Lys Gin
Glu 225 Gly Pro Asp Cys Ala 230 Cys Leu Arg Cys Pro 235 Val Cys Tyr Lys Ile 240
Glu Val Val Asn Thr 245 Gly Ser Ala Ile Ala 250 Arg Asn Val Thr Val 255 Asp
Asn Pro Val Pro 260 Asp Gly Tyr Ser His 265 Ala Ser Gly Gin Arg 270 Val Leu
Ser Phe Asn 275 Leu Gly Asp Met Arg 280 Pro Gly Asp Lys Lys 285 Val Phe Thr
252
PL 209 107 B1
Val Glu 290 Phe Cys Pro Gin Arg 295 Arg Gly Gin Ile Thr 300 Asn Val Ala Thr
Val 305 Thr Tyr Cys Gly Gly 310 His Lys Cys Ser Ala 315 Asn Val Thr Thr Val 320
Val Asn Glu Pro Cys 325 Val Gin Val Asn Ile 330 Ser Gly Ala Asp Trp 335 Ser
Tyr Val Cys Lys 340 Pro Val Glu Tyr Ser 345 Ile Ser Val Ser Asn 350 Pro Gly
Asp Leu Val 355 Leu His Asp Val Val 360 Ile Gin Asp Thr Leu 365 Pro Ser Gly
Val Thr 370 Val Leu Glu Ala Pro 375 Gly Gly Glu Ile Cys 380 Cys Asn Lys Val
Val 385 Trp Arg Ile Lys Glu 390 Met Cys Pro Gly Glu 395 Thr Leu Gin Phe Lys 4Ό0
Leu Val Val Lys Ala Gin Val Pro Gly Arg Phe Thr Asn Gin Val Ala
405 410 415
Val Thr Ser Glu Ser Asn Cys Gly Thr Cys Thr Ser Cys Ala Glu Thr
420 425 430
Thr Thr His 435 Trp Lys Gly Leu Ala 440 Ala Thr His Met Cys 445 Val Leu Asp
Thr Asn Asp Pro Ile Cys Val Gly Glu Asn Thr Val Tyr Arg Ile Cys
450 455 460
Val Thr Asn Arg Gly Ser Ala Glu Asp Thr Asn Val Ser Leu Ile Leu
465 470 475 480
Lys Phe Ser Lys Glu Leu Gin Pro Ile Ala Ser Ser Gly Pro Thr Lys
485 490 495
Gly Thr Ile Ser Gly Asn Thr Val Val Phe Asp Ala Leu Pro Lys Leu
5 0 0 505 510
Gly Ser Lys Glu Ser Val Glu Phe Ser Val Thr Leu Lys Gly Ile Ala
515 520 525
Pro Gly Asp Ala Arg Gly Glu Ala Ile Leu Ser Ser Asp Thr Leu Thr
530 535 540
Ser Pro Val Ser Asp Thr Glu Asn Thr His Val Tyr
545 550 555
<210> 399 <211> 461 <212? PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 399 Met Thr Gin Glu Phe 5 Asp Cys Val Val Ile 10 Gly Ala Gly Pro Ser 15 Gly
Tyr Val Ala Ala 20 Ile Thr Ala Ala Gin 25 Ser Lys Leu Arg Thr 30 Ala Leu
Ile Glu Glu 35 Asp Gin Ala Gly Gly 40 Thr Cys Leu Asn Arg 45 Gly Cys Ile
PL 209 107 B1
253
Pro Ser 50 Lys Ala Leu Ile Ala Gly Ala Asn Val Val Ser His Ile Lys
55 60
His Ala Glu Gin Phe Gly Ile His Val Asp Gly Tyr Thr Ile Asp Tyr
65 70 75 80
Pro Ala Met Ala Lys Arg Lys Asn Thr Val Val Gin Gly Ile Arg Gin
85 90 95
Gly Leu Glu Gly Leu Ile Arg Ser Asn Lys Ile Thr Val Leu Lys Gly
100 105 110
Thr Gly Ser Leu Val Ser Ser Thr Glu Val Lys Val Ile Gly Gin Asp
115 120 125
Thr Thr Ile Ile Lys Ala Asn His Ile Ile Leu Ala Thr Gly Ser Glu
130 135 140
Pro Arg Pro Phe Pro Gly Val Pro Phe Ser Ser Arg Ile Leu Ser Ser
145 150 155 160
Thr Gly Ile Leu Glu Leu Glu Val Leu Pro Lys Lys Leu Ala Ile Ile
165 170 175
Gly Gly Gly Val Ile Gly Cys Glu Phe Ala Ser Leu Phe His Thr Leu
180 185 190
Gly Val Glu Ile Thr Val Ile Glu Ala Leu Asp His Ile Leu Ala Val
195 200 205
Asn Asn Lys Glu Val Ser Gin Thr Val Thr Asn Lys Phe Thr Lys Gin
210 215 220
Gly Ile Arg Ile Leu Thr Lys Ala Ser Ile Ser Ala Ile Glu Glu Ser
225 230 235 240
Gin Asn Gin Val Arg Ile Thr Val Asn Asp Gin Val Glu Glu Phe Asp
245 250 255
Tyr Val Leu Val Ala Ile Gly Arg Gin Phe Asn Thr Ala Ser Ile Gly
260 265 270
Leu Asp Asn Ala Gly Val Ile Arg Asp Asp Arg Gly Val Ile Pro Val
275 280 285
Asp Glu Thr Met Arg Thr Asn Val Pro Asn Ile Tyr Ala Ile Gly Asp
290 295 300
Ile Thr Gly Lys Trp Leu Leu Ala His Val Ala Ser His Gin Gly Val
305 310 315 320
Ile Ala Ala Lys Asn Ile Ser Gly His His Glu Val Met Asp Tyr Ser
325 330 335
Ala Ile Pro Ser Val Ile Phe Thr His Pro Glu Ile Ala Met Val Gly
340 345 350
Leu Ser Leu Gin Glu Ala Glu Gin Gin Asn Leu Pro Ala Lys Leu Thr
355 360 365
Lys Phe Pro Phe Lys Ala Ile Gly Lys Ala Val Ala Leu Gly Ala Ser
370 375 380
Asp Gly Phe Ala Ala Ile Val Ser His Glu Ile Thr Gin Gin Ile Leu
385 390 395 400
Gly Ala Tyr Val Ile Gly Pro His Ala Ser Ser Leu Ile Gly Glu Met
405 410 415
254
PL 209 107 B1
Thr Leu Ala Ile 420 Arg Asn Glu Leu Thr 425 Leu Pro Cys Ile Tyr 430 Glu Thr
Val His Ala 435 His Pro Thr Leu Ser 440 Glu Val Trp Ala Glu 445 Gly Ala Leu
Leu Ala 450 Thr Asn His Pro Leu 455 His Phe Pro Pro Lys 460 Ser
<210> 400 <211> 544 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 400
Met Ala Ala Lys Asn 5 Ile Lys Tyr Asn Glu 10 Glu Ala Arg Lys Lys 15 Ile
His Lys Gly Val 20 Lys Thr Leu Ala Glu 25 Ala Val Lys Val Thr 30 Leu Gly
Pro Lys Gly 35 Arg His Val Val Ile 40 Asp Lys Ser Phe Gly 45 Ser Pro Gin
Val Thr 50 Lys Asp Gly Val Thr 55 Val Ala Lys Glu Ile 60 Glu Leu Glu Asp
Lys 65 His Glu Asn Met Gly 70 Ala Gin Met Val Lys 75 Glu Val Ala Ser Lys 80
Thr Ala Asp Lys Ala 85 Gly Asp Gly Thr Thr 90 Thr Ala Thr Val Leu 95 Ala
Glu Ala Ile Tyr 100 Ser Glu Gly Leu Arg 105 Asn Val Thr Ala Gly 110 Ala Asn
Pro Met Asp 115 Leu Lys Arg Gly Ile 120 Asp Lys Ala Val Lys 125 Val Val Val
Asp Glu 130 Leu Lys Lys Ile Ser 135 Lys Pro Val Gin His 140 His Lys Glu Ile
Ala 145 Gin Val Ala Thr Ile 150 Ser Ala Asn Asn Asp 155 Ser Glu Ile Gly Asn 160
Leu Ile Ala Glu Ala 165 Met Glu Lys Val Gly 170 Lys Asn Gly Ser Ile 175 Thr
Val Glu Glu Ala 180 Lys Gly Phe Glu Thr 185 Val Leu Asp Val Val 190 Glu Gly
Met Asn Phe 195 Asn Arg Gly Tyr Leu 200 Ser Ser Tyr Phe Ser 205 Thr Asn Pro
Glu Thr 210 Gin Glu Cys Val Leu 215 Glu Asp Ala Leu Ile 220 Leu Ile Tyr Asp
Lys 225 Lys Ile Ser Gly Ile 230 Lys Asp Phe Leu Pro 235 Val Leu Gin Gin Val 240
Ala Glu Ser Gly Arg 245 Pro Leu Leu Ile Ile 250 Ala Glu Glu Ile Glu 255 Gly
Glu Ala Leu Ala 260 Thr Leu Yal Yal Asn 265 Arg Leu Arg Ala Gly 270 Phe Arg
PL 209 107 B1
255
Val Cys Ala 275 Val Lys Ala Pro Gly 280 Phe Gly Asp Arg Arg 285 Lys Ala Met
Leu Glu 290 Asp Ile Ala Ile Leu 295 Thr Gly Gly Gin Leu 300 Val Ser Glu Glu
Leu 305 Gly Met Lys Leu Glu 310 Asn Thr Thr Leu Ala 315 Met Leu Gly Lys Ala 320
Lys Lys Val Ile Val 325 Thr Lys Glu Asp Thr 330 Thr Ile Val Glu Gly 335 Leu
Gly Asn Lys Pro 340 Asp Ile Gin Ala Arg 345 Cys Asp Asn Ile Lys 350 Lys Gin
Ile Glu Asp 355 Ser Thr Ser Asp Tyr 360 Asp Lys Glu Lys Leu 365 Gin Glu Arg
Leu Ala 370 Lys Leu Ser Gly Gly 375 val Ala Val Ile Arg 380 Val Gly Ala Ala
Thr 385 Glu Ile Glu Met Lys 390 Glu Lys Lys Asp Arg 395 Val Asp Asp Ala Gin 400
His Ala Thr Ile Ala 405 Ala Val Glu Glu Gly 410 Ile Leu Pro Gly Gly 415 Gly
Thr Ala Leu Val 420 Arg Cys Ile Pro Thr 425 Leu Glu Ala Phe Leu 430 Pro Met
Leu Ala Asn 435 Glu Asp Glu Ala Ile 440 Gly Thr Arg Ile Ile 445 Leu Lys Ala
Leu Thr 450 Ala Pro Leu Lys Gin 455 Ile Ala Ser Asn Ala 460 Gly Lys Glu Gly
Ala 465 ile Ile Cys Gin Gin 470 Val Leu Ala Arg Ser 475 Ala Asn Glu Gly Tvr 480
Asp Ala Leu Arg Asp 485 Ala Tyr Thr Asp Met 490 Ile Asp Ala Gly Ile 495 Leu
Asp Pro Thr Lys 500 Val Thr Arg Ser Ala 505 Leu Glu Ser Ala Ala 510 Ser Ile
Ala Gly Leu 515 Leu Leu Thr Thr Glu 520 Ala Leu Ile Ala Asp 525 Ile Pro Glu
Glu Lys Ser Ser Ser Ala Pro Ala Met Pro Ser Ala Gly Met Asp Tyr
530 535 540 <210> 401 <211> 664 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 401
Met Glu Lys Val Ser Ser Tyr Pro Ser Val Pro Leu Pro Leu Gly Ala
5 10 15
Ser Lys Ile Ser Pro Asn Arg Tyr Arg Phe Ala Leu Tyr Ala Ser Gin
20 25 30
Ala Thr Glu Val Ile Leu Ala Leu Thr Asp Glu Asn Ser Glu Val Ile
35 40 45
Glu Val Pro Leu Tyr Pro Asp Thr His Arg Thr Gly Ala Ile Trp His
256
PL 209 107 B1
50 55 60
Ile 65 Glu Ile Glu Gly Ile 70 Ser Asp Gin Ser Ser 75 Tyr Ala Phe Arg Val 80
His Gly Pro Lys Lys His Gly Met Gin Tyr Ser Phe Lys Glu Tyr Leu
85 • 90 95
Ala Asp Pro Tyr Ala Lys Asn Ile His Ser Pro Gin Ser Phe Gly Ser
100 105 110
Arg Lys Lys Gin Gly Asp Tyr Ala Phe Cys Tyr Leu Lys Glu Glu Pro
115 120 125
Phe Pro Trp Asp Gly Asp Gin Pro Leu His Leu Pro Lys Glu Glu Met
130 135 140
Ile Ile Tyr Glu Met His Val Arg Ser Phe Thr Gin Ser Ser Ser Ser
145 150 155 160
Arg Val His Ala Pro Gly Thr Phe Leu Gly Ile Ile Glu Lys Ile Asp
165 170 175
His Leu His Lys Leu Gly Ile Asn Ala Val Glu Leu Leu Pro Ile Phe
180 185 190
Glu Phe Asp 195 Glu Thr Ala His Pro 200 Phe Arg Asn Ser Lys 205 Phe Pro Tyr
Leu Cys 210 Asn Tyr Trp Gly Tyr 215 Ala Pro Leu Asn Phe 220 Phe Ser Pro Cys
Arg 225 Arg Tyr Ala Tyr Ala 230 Ser Asp Pro Cys Ala 235 Pro Ser Arg Glu Phe 240
Lys Thr Leu Val Lys Thr Leu His Gin Glu Gly Ile Glu Val Ile Leu
250 255
Asp Val Val Phe 260 Asn His Thr Gly Leu 265 Gin Gly Thr Thr Cys 270 Ser Leu
Pro Trp Ile 275 Asp Thr Pro Ser Tyr 280 Tyr Ile Leu Asp Ala 285 Gin Gly His
Phe Thr 290 Asn Tyr Ser Gly Cys 295 Gly Asn Thr Leu Asn 300 Thr Asn Arg Ala
Pro 305 Thr Thr Gin Trp Ile 310 Leu Asp Ile Leu Arg 315 Tyr Trp Val Glu Glu 320
Met His Val Asp Gly Phe Arg Phe Asp Leu Ala Ser Val Phe Ser Arg
225 330 335
Gly Pro Ser Gly Ser Pro Leu Gin Phe Ala Pro Val Leu Glu Ala Ile 340 345 35q
Ser Phe Asp 355 Pro Leu Leu Ala Ser 360 Thr Lys Ile Ile Ala 365 Glu Pro Trp
Asp Ala 370 Gly Gly Leu Tyr Gin 375 Val Gly Tyr Phe Pro 380 Thr Leu Ser Pro
Arg 385 Trp Ser Glu Trp Asn 390 Gly Pro Tyr Arg Asp 395 Asn Val Lys Ala Phe 400
Leu Asn Gly Asp Gin 405 Asn Leu Ile Gly Thr 410 Phe Ala Ser Arg Ile 415 Ser
PL 209 107 B1
257
Gly Ser Gin Asp 420 Ile Tyr Pro His Gly Ser 425 Pro Thr Asn Ser 430 Ile Asn
Tyr Val Ser Cys His Asp Gly Phe Thr Leu Cys Asp Thr Val Thr Tyr
435 440 445
Asn His Lys His Asn Glu Ala Asn Gly Glu Asp Asn Arg Asp Gly Thr
450 455 460
Asp Ala Asn Tyr Ser Tyr Asn Phe Gly Thr Glu Gly Lys Thr Glu Asp
465 470 475 480
Pro Gly Ile Leu Glu Val Arg Glu Arg Gin Leu Arg Asn Phe Phe Leu
485 490 495
Thr Leu Met Val Ser Gin Gly Ile Pro Met Ile Gin Ser Gly Asp Glu
500 505 510
Tyr Ala His Thr Ala Glu Gly Asn Asn Asn Arg Trp Ala Leu Asp Ser
515 520 525
Asn Ala Asn Tyr Phe Leu Trp Asp Gin Leu Thr Ala Lys Pro Thr Leu
530 535 540
Met His Phe Leu Cys Asp Leu Ile Ala Phe Arg Lys Lys Tyr Lys Thr
545 550 555 560
Leu Phe Asn Arg Gly Phe Leu Ser Asn Lys Glu Ile Ser Trp Val Asp
565 570 575
Ala Met Gly Asn Pro Met Thr Trp Arg Pro Gly Asn Phe Leu Ala Phe
580 585 590
Lys Ile Lys Ser Pro Lys Ala His Val Tyr Val Ala Phe His Val Gly
595 600 605
Ala Gin Asp Gin Leu Ala Thr Leu Pro Lys Ala Ser Ser Asn Phe Leu
610 615 620
Pro Tyr Gin Ile Val Ala Glu Ser Gin Gin Gly Phe Val Pro Gin Asn
625 630 635 640
Val Ala Thr Pro Thr Val Ser Leu Gin Pro His Thr Thr Leu Ile Ala
645 650 655
Ile Ser His Ala Lys Glu Yal Thr
660 <210> 402 <211> 328 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 402
Met Ala Phe Lys Glu Val Val Arg Val Ala Val Thr Gly Gly Lys Gly
5 10 15
Gin Ile Ala Tyr Asn Phe Leu Phe Ala Leu Ala His Gly Asp Val Phe
20 25 30
Gly Val Asp Arg Gly Val Asp Leu Arg Ile Tyr Asp Val Pro Gly Thr
35 40 45
Glu Arg Ala Leu Ser Gly Val Arg Met Glu Leu Asp Asp Gly Ala Tyr
50 55 60
Pro Leu Leu His Arg Leu Arg Yal Thr Thr Ser Leu Asn Asp Ala Phe
258
PL 209 107 B1
70 75 80
Asp Gly Ile Asp Ala 85 Ala Phe Leu Ile Gly Ala 90 Val Pro Arg Gly 95 Pro
Gly Met Glu Arg Gly Asp Leu Leu Lys Gin Asn Gly Gin Ile Phe Ser
100 105 110
Leu Gin Gly Ala Ala Leu Asn Thr Ala Ala Lys Arg Asp Ala Lys Ile
115 120 125
Phe Val Val Gly Asn Pro Val Asn Thr Asn Cys Trp Ile Ala Met Lys
130 135 140
His Ala Pro Arg Leu His Arg Lys Asn Phe His Ala Met Leu Arg Leu
145 150 155 160
Asp Gin Asn Arg Met His Ser Met Leu Ala His Arg Ala Glu Val Pro
165 170 175
Leu Glu Glu Val Ser Arg Val Val ile Trp Gly Asn His Ser Ala Lys
180 185 190
Gin Val Pro Asp Phe Thr Gin Ala Arg Ile Ser Gly Lys Pro Ala Ala
195 200 205
Glu Val Ile Gly Asp Arg Asp Trp Leu Glu Asn Ile Leu Val His Ser
210 215 220
Val Gin Asn Arg Gly Ser Ala Val Ile Glu Ala Arg Gly Lys Ser Ser
225 230 235 240
Ala Ala Ser Ala Ser Arg Ala Leu Ala Glu Ala Ala Arg Ser Ile Phe
245 250 255
Cys Pro Lys Ser Asp Glu Trp Phe Ser Ser Gly Val Cys Ser Asp His
260 265 270
Asn Pro Tyr Gly Ile Pro Glu Asp Leu Ile Phe Gly Phe Pro Cys Arg
275 280 285
Met Leu Pro Ser Gly Asp Tyr Glu Ile Ile Pro Gly Leu Pro Trp Glu
290 295 300
Pro Phe Ile Arg Asn Lys Ile Gin Ile Ser Leu Asp Glu Ile Ala Gin
305 310 315 320
Glu Lys Ala Ser Val Ser Ser Leu
325 <210> 403 <211> 217 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 403
Met Lys Arg Val Ile Tyr Lys Thr Ile Phe Cys Gly Leu Thr Leu Leu
5 10 15
Thr Ser Leu Ser Ser Cys Ser Leu Asp Pro Lys Gly Tyr Asn Leu Glu
20 25 30
Thr Lys Asn Ser Arg Asp Leu Asn Gin Glu Ser Val Ile Leu Lys Glu
35 40 45
Asn Arg Glu Thr Pro Ser Leu Val Lys Arg Leu Ser Arg Arg Ser Arg
50 55 60
PL 209 107 B1
259
Arg Leu Phe Ala Arg Arg Asp Gin Thr Gin Lys Asp Thr Leu Gin Val
65 70 75 80
Gin Ala Asn Phe Lys Thr Tyr Ala Glu Lys Ile Ser Glu Gin Asp Glu
85 90 95
Arg Asp Leu Ser Phe Val Val Ser Ser Ala Ala Glu Lys Ser Ser Ile
100 105 110
Ser Leu Ala Leu Ser Gin Gly Glu Ile Lys Asp Ala Leu Tyr Arg Ile
115 120 125
Arg Glu Val His Pro Leu Ala Leu Ile Glu Ala Leu Ala Glu Asn Pro
130 135 140
Ala Leu Ile Glu Gly Met Lys Lys Met Gin Gly Arg Asp Trp Ile Trp
145 150 155 160
Asn Leu Phe Leu Thr Gin Leu Ser Glu Val Phe Ser Gin Ala Trp Ser
165 170 175
Gin Gly Val Ile Ser Glu Glu Asp Ile Ala Ala Phe Ala Ser Thr Leu
180 185 190
Gly Leu Asp Ser Gly Thr Val Ala Ser Ile Val Gin Gly Glu Arg Trp
195 200 205
Pro Glu Leu Val Asp Ile Val Ile Thr
210 215 <210> 404 <211> 270 <212> PRT
<213> Chlamydia <400> 404 pneumoniae
Met Ile Ile Ile Lys 5 Asn Asn Glu Leu Met 10 Ile Arg Arg Phe Phe 15 Lys
Thr Leu Phe Pro 20 Pro Gly Pro Gin Tyr 25 Ser Leu Cys Tyr Ala 30 Ser Ile
Leu Ile Val 35 Leu Ser Ser Leu Val 4Ó Cys Val Pro Thr Phe 45 Cys Trp Leu
Phe Leu 50 Pro Glu Leu Ser Leu 55 Ser Lys Phe Asn Pro 60 Ser Pro Ile Arg
Asn 65 Leu Phe Leu Val Ser 70 Ser Thr Leu Ser Lys 75 Val Pro Pro Thr Ala 80
Ile Ala Glu His Leu 85 Arg Leu Ser Ala Asp 90 Ala Pro Thr Tyr Leu 95 His
Glu Phe Ser Ile 100 Lys Glu Ala Glu Ser 105 Ser Leu His Ala Leu 110 Gly Ile
Phe Ser Ser 115 Leu Val Ile Glu Lys 120 Ser Pro Asp Asn Lys 125 Gly Ile Thr
Ile Phe 130 Tyr Thr Leu Gin Thr 135 Pro Ile Ala Tyr Val 14 0 Gly Asn Arg Ser
Asn 145 Thr Leu Cys Asn Leu 150 Glu Gly Ser Cys Phe 155 Leu Gly Gin Pro Tyr 160
260
PL 209 107 B1
Phe Pro Ser Leu Asn 165 Leu Pro Gin Ile Phe 170 Phe Ser Gin Glu Asp 175 Leu
Lys Met Gin Lys 180 Leu Pro Lys Glu Lys 185 Met Leu Phe Thr Lys 190 Ile Leu
Leu Lys Glu 195 Leu Ala Met Glu Ser 200 Pro Lys Ile Ile Asp 205 Leu Ser Leu
Ser Asp 210 Ala Tyr Pro Gly Glu 215 Ile Ile Val Thr Leu 220 Ser Ser Gly Ser
Leu 225 Leu Arg Leu Pro Ile 230 Lys Thr Leu Asp Arg 235 Ala Leu Asp Leu Tyr 240
Lys His Met Lys Lys 245 Ser Pro Val Ile Glu 250 Ser Glu Lys Gin Tyr 255 Val
Tyr Asp Leu Arg Phe Pro Asn Phe Leu Leu Leu Lys Ala Leu
260 265 270 <210> 405 <211> 651 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 405
Met Val Asn Pro Ile Gly Pro Gly Pro Ile Asp Glu Thr Glu Arg Thr
5 10 15
Pro Pro Ala Asp Leu Ser Ala Gin Gly Leu Glu Ala Ser Ala Ala Asn
20 25 30
Lys Ser Ala Glu Ala Gin Arg Ile Ala Gly Ala Glu Ala Lys Pro Lys
35 40 45
Glu Ser Lys Thr Asp Ser Val Glu Arg Trp Ser Ile Leu Arg Ser Ala
50 55 60
Val Asn Ala Leu Met Ser Leu Ala Asp Lys Leu Gly Ile Ala Ser Ser
65 70 75 80
Asn Ser Ser Ser Ser Thr Ser Arg Ser Ala Asp Val Asp Ser Thr Thr
85 90 95
Ala Thr Ala Pro Thr Pro Pro Pro Pro Thr Phe Asp Asp Tyr Lys Thr
100 105 110
Gin Ala Gin Thr Ala Tyr Asp Thr Ile Phe Thr Ser Thr Ser Leu Ala
115 120 125
Asp Ile Gin Ala Ala Leu Val Ser Leu Gin Asp Ala Val Thr Asn Ile
130 135 140
Lys Asp Thr Ala Ala Thr Asp Glu Glu Thr Ala Ile Ala Ala Glu Trp
145 150 155 ISO
Glu Thr Lys Asn Ala Asp Ala Val Lys Val Gly Ala Gin Ile Thr Glu
165 170 175
Leu Ala Lys Tyr Ala Ser Asp Asn Gin Ala Ile Leu Asp Ser Leu Gly
180 185 190
Lys Leu Thr Ser Phe Asp Leu Leu Gin Ala Ala Leu Leu Gin Ser Val
195 200 205
Ala Asn Asn Asn Lys Ala Ala Glu Leu Leu Lys Glu Met Gin Asp Asn
PL 209 107 B1
261
210 215 220
Pro 225 Val Val Pro Gly Lys 230 Thr Pro Ala Ile Ala 235 Gin Ser Leu Val Asp 240
Gin Thr Asp Ala Thr 245 Ala Thr Gin Ile Glu 250 Lys Asp Gly Asn Ala 255 Ile
Arg Asp Ala Tyr 260 Phe Ala Gly Gin Asn 265 Ala Ser Gly Ala Val 270 Glu Asn
Ala Lys Ser 275 Asn Asn Ser Ile Ser 280 Asn Ile Asp Ser Ala 285 Lys Ala Ala
Ile Ala 290 Thr Ala Lys Thr Gin 295 Ile Ala Glu Ala Gin 300 Lys Lys Phe Pro
Asp 305 Ser Pro Ile Leu Gin 310 Glu Ala Glu Gin Met 315 Val Ile Gin Ala Glu 320
Lys Asp Leu Lys Asn 325 Ile Lys Pro Ala Asp 330 Gly Ser Asp Val Pro 335 Asn
Pro Gly Thr Thr 340 Val Gly Gly Ser Lys 345 Gin Gin Gly Ser Ser 350 Ile Gly
Ser Ile Arg 355 Val Ser Met Leu Leu 360 Asp Asp Ala Glu Asn 365 Glu Thr Ala
Ser Ile 370 Leu Met Ser Gly Phe 375 Arg Gin Met Ile His 380 Met Phe Asn Thr
Glu 385 Asn Pro Asp Ser Gin 390 Ala Ala Gin Gin Glu 395 Leu Ala Ala Gin Ala 400
Arg Ala Ala Lys Ala 405 Ala Gly Asp Asp Ser 410 Ala Ala Ala Ala Leu 415 Ala
Asp Ala Gin Lys 420 Ala Leu Glu Ala Ala 425 Leu Gly Lys Ala Gly 430 Gin Gin
Gin Gly Ile 435 Leu Asn Ala Leu Gly 440 Gin Ile Ala Ser Ala 445 Ala Val Val
Ser Ala 450 Gly Val Pro Pro Ala 455 Ala Ala Ser Ser Ile 460 Gly Ser Ser Val
Lys 465 Gin Leu Tyr Lys Thr 470 Ser Lys Ser Thr Gly 475 Ser Asp Tyr Lys Thr 480
Gin Ile Ser Ala Gly 485 Tyr Asp Ala Tyr Lys 490 Ser Ile Asn Asp Ala 495 Tyr
Gly Arg Ala Arg 500 Asn Asp Ala Thr Arg 505 Asp Val Ile Asn Asn 510 Val Ser
Thr Pro Ala 515 Leu Thr Arg Ser Val 520 Pro Arg Ala Arg Thr 525 Glu Ala Arg
Gly Pro 530 Glu Lys Thr Asp Gin 535 Ala Leu Ala Arg Val 540 Ile Ser Gly Asn
Ser 545 Arg Thr Leu Gly Asp 550 Val Tyr Ser Gin Val 555 Ser Ala Leu Gin Ser 560
Yal Met Gin Ile Ile Gin Ser Asn Pro Gin Ala Asn Asn Glu Glu Ile
565 570 575
262
PL 209 107 B1
Arg Gin Lys Leu 580 Thr Ser Ala Val Thr 585 Lys Pro Pro Gin Phe 590 Gly Tyr
Pro Tyr Val 595 Gin Leu Ser Asn Asp 600 Ser Thr Gin Lys Phe 605 Ile Ala Lys
Leu Glu 610 Ser Leu Phe Ala Glu 615 Gly Ser Arg Thr Ala 620 Ala Glu Ile Lys
Ala 625 Leu Ser Phe Glu Thr 630 Asn Ser Leu Phe Ile 635 Gin Gin Val Leu Val 640
Asn Ile Gly Ser Leu 645 Tyr Ser Gly Tyr Leu 650 Gin
<210> 406 <211> 1074 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400? 406 gtgcgtaaaa ctgtcattgt tgctatgtct ggaggagtgg attcctcggt tgttgcttat 60 ctcttaaaga agcaagggga gtataatgtt gttgggctct tcatgaaaaa ttggggagag 120 caggacgaga atggtgagtg tactgcaacc aaagattttc gcgatgtaga gcggatcgca 180 gaacaattgt ccattccata ttacacagtt tccttttcta aggaatataa agagcgagtg 240 ttttctagat ttctaagaga atatgcgaac ggctacactc ccaatcctga tgtgttatgc 300 aatcgagaaa tcaaatttga tttattacag aagaaggtac gtgagctaaa aggtgatttt 360 ttagccacgg gacattattg tcgaggaggg gctgatggaa ctggtttgtc cagaggaata 420 gaccccaata aagaccaaag ttatttctta tgtggcactc ctaaggatgc tttatccaat 480 gtacttttcc ccctgggagg tatgtataaa acggaggtac gtcgaattgc tcaagaagct 540 ggtttagcta ccgccacaaa aaaagatagc acagggattt gcttcattgg taaacggcct 600 tttaagagtt tccttgagca gtttgtagca gactctcctg gagacattat tgattttgat 660 acacaacagg tagtcggccg acatgaagga gcccattatt atacgattgg acagcgtcga 720 gggttaaaca taggaggaat ggaaaagcct tgttatgttc ttagcaagaa tatggaaaag 780 aatattgttt acattgtaag gggtgaagat catcctttac tttatcgaca agagctttta 840 gctaaggaac ttaattggtt tgttcccttg caggagccta tgatctgtag tgctaaagtt 900 cggtacagat cccctgacga gaaatgttct gtatatcctt tggaagatgg aacggtaaaa 960 gtgattttcg atgtccctgt gaaagctgtc acccctggac agactgtagc tttctaccag 1020 ggggacattt gtttaggagg aggagtgatt gaagtgccta tgattcatca gctg 1074 <210> 407 <211> 1827 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 407 atgggttttt ggagaacatc gattatgaaa atgaatagga tttggctatt actgcttacc 60 ttttcttctg ccatacattc tcctgtacaa ggagaaagct tggtttgcaa gaatgctctt 120 caagatttga gttttttaga gcatttatta caggttaaat atgctcctaa aacatggaaa 180 gagcaatact taggatggga tcttgttcaa agctccgttt ctgcacagca gaagcttcgt 240 acacaagaaa atccatcaac aagtttttgc cagcaggtcc ttgctgattt tatcggagga 300 ttaaatgact ttcacgctgg agtaactttc tttgcgatag aaagtgctta ccttccttat 360 accgtacaaa aaagtagtga cggccgtttc tactttgtag atatcatgac tttttcttca 420 gagatccgtg ttggagatga gttgctagag gtggatgggg cgcctgtcca agatgtactc 480 gctactctat atggaagcaa tcacaaaggg actgcagctg aagagtcggc tgctttaaga 540 acactatttt ctcgcatggc ctctttaggg cacaaagtac cttctgggcg cactacttta 600 aagattcgtc gtccttttgg tactacgaga gaagttcgtg tgaaatggcg ttatgttcct 660 gaaggtgtag gagatttggc taccatagct ccttctatca gggctccaca gttacagaaa 720 tcgatgagaa gctttttccc taagaaagat gatgcgtttc atcggtctag ttcgctattc 780 tactctccaa tggttccgca tttttgggca gagcttcgca atcattatgc aacgagtggt 840 ttgaaaagcg ggtacaatat tgggagtacc gatgggtttc tccctgtcat tgggcctgtt 900 atatgggagt cggagggtct tttccgcgct tatatttctt cggtgactga tggggatggt 960 aagagccata aagtaggatt tctaagaatt cctacatata gttggcagga catggaagat 1020 tttgatcctt caggaccgcc tccttgggaa gaatttgcta agattattca agtattttct 1080 tctaatacag aagctttgat tatcgaccaa acgaacaacc caggtggtag tgtcctttat 1140 ctttatgcac tgctttccat gttgacagac cgtcctttag aacttcctaa acatagaatg 1200
PL 209 107 B1
263 attctgactc aggatgaagt ggttgatgct ttagattggt taaccctgtt ggaaaacgta gacacaaacg tggagtctcg ccttgctctg ggagacaaca tggaaggata tactgtggat ctacaggttg ccgagtattt aaaaagcttt ggacgtcaag tattgaattg ttggagtaaa ggggatatcg agttatcaac gcctattcct ctttttggtt ttgagaagat tcatccacat cctcgagttc aatactctaa accgatttgt gttttgatca atgagcaaga cttttcttgt gctgacttct tccctgtagt tttgaaagac aatgatcgag ctcttattgt tggtactcga acagctggag ctggaggatt tgtctttaat gtgcagttcc caaatagaac tggaataaaa acttgttctt taacaggatc attagctgtt agagagcatg gtgccttcat tgagaacatc ggagtcgaac cgcatatcga tctgcctttt acagcgaatg atattcgcta taaaggctat tccgagtatc ttgataaggt caaaaaattg gtttgtcagc tgatcaataa cgacggtacc attattcttg cggaagatgg tagtttt <210> 408 <211> 804 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 408 ttgccccccc gctccccctc ttttttagta catatatggc gtcttttttt tgctaaaggg ccgaattatt ctcttcccta cgctttcctg tgtatcttcg ttagcgttct cgtcttttta cccatcggct tatggctgac tctgcctagt tttttaaatt tcaagcactc cctaacgcct attaagacat tgtttcttac ctgtacggag cctccttgcc ttcctgagcc ttttttctcg gatatcttgc atctttctgc tgattcccct ccagctttac agacattttc cacgaagtct gccgagcact ttttaaatga attaggagtt ttttctttta tttctattga gaaggttcct gatcataaag gcttagctat ttcctatgct ttgcatactc cgttagcttt tttaggaaat caaactcata cattcatagg ttatgaagga caaaccttcc cagctttgcc cttttttcaa tccttagaac tacctacagt cttcttttcg caacaagctc tttcccaaac acgcattcca catcaaacac tgtctattgt cacgagccta atagatcaac tacagatgga tcctcctagc atcattgact tatctcaaat cgatcattat ccgggagaat ttgtggtatc cttatcttct ggaacactct tacgttttcg taaagactct ttccttcctg gaatccaaca ctatcaacaa gcactctctc taggagcctt ctctcctcaa caagctgtca tttgcgacct tcgttgcgaa gactatcttt tacttaaacg taaa <210> 409 <211> 663 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 409 atgaaaaagt ttatctataa gtatagcttt ggagctctct tgttgctctc cgggctctcc ggattgagca gctgttgcgc caactcttat ggatcgactc ttgcaaaaaa tacagccgag ataaaagaag aatctgttac acttcgcgag aagccggatg ccggctgtaa aaagaaatct tcttgttact tgagaaaatt tttctcgcgc aagaaaccta aagagaagac agagcctgtg ttgccgaact ttaagtctta cgcagatcca atgacagatt ccgaaagaaa agacctttct ttcgtagtat ctgctgctgc tgataagtct tctattgctt tggctatggc tcagggggaa attaaaggcg cattatcgcg tattagagag atccatcctc ttgcattgtt acaagctctt gcagaagatc ctgctttaat tgctggaatg aaaaagatgc aaggacggga ttgggtctgg aatatcttta tcacagaatt aagcaaagtt ttttctcaag cagcatcttt aggggctttc agcgttgcag acgttgccgc gttcgcgtcg accttaggat tagactcggg gaccgttacc tcaattgttg atggggaaag gtgggctgag ctgatcgatg tcgtgattca gaaccctgct ata <210> 410 <211> 1470 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 410 atgagcgacc tctcggacct atttaaaact catttcacac agtatgcgtc ttacgtcatt ttggaacgtg caatccctca tgttttagat ggcctcaagc ctgttcaaag aaggcttctt tggaccttat tccgtatgga tgatggtaaa atgcataagg tggctaatat cgcaggacgt acgatggcgc tgcacccgca tggtgatgcg cctatcgtgg aagctcttgt cgttttggca aataaagggt tcctgataga gacacaaggg aactttggta accctctcac aggagatcct catgcagcgg ctcgttatat agaagcgcgg ctaagccctt tagctaaaga ggtacttttt aatacggatc tcatgacctt ccatgattct tacgatggaa gagagcaaga acccgatatc ttagctgcaa agattcctct actactcctt catggcgtgg atggcatcgc agtagggatg actacaaaaa ttttccctca caacttttgt gatctactag aagcacaaat agctatactg aatgaccaac cgttttctct ccttcccgac ttccctccag gaggcacgat ggatgcttcc
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1827
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
804
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
663
120
180
240
300
360
420
480
540
600
264
PL 209 107 B1 gactaccaag atggcttagg atccattgtt ctgcgcgcaa caattgatat tattaatgac aaaaccttgc taatcaaaga aatctgtcct tccacaacta cagagactct aattcgttct atcgaaaacg cagcaaaacg aggaatcatt aaaatcgatt cgattcaaga tttctctacg gacctccctc atatcgagat caaactccct aaaggtatct acgctaaaga tctgttacgc cctctatata cacatacaga atgtcaggtt atcttaacct ctcggccaac agctatttac cagggaaaac cttgggaaac aacgatcagc gaaatcctac gcttacaaac caagactctc caaaattacc taaaaaaaga attactcata ctagaagatt ccttaagccg cgagctgtac cacaaaactt tagaatatct attcattaaa cataagcttt acgataccgt gcgctccatg ctttctaaaa gaaagacgtc tccttcatca agtaccattc acaacgctgt tttggaagct ctgactccat ttcttgacac gctcccggct cctgataagc aagcaaccgc tcaactagca gctctaacta ttaaaaaaat cctctgtttt gatgaaaatt cctacgagaa ggagctggca tgcttagaaa agaaacgcag tagcgtacag aaagatctga gccaactgaa aaaatacaca gttctctaca ttaagaagct gctcgaaacc tacagacaac tcgggcatcg aaagacaaaa attgcaaaat ttgatgacct acctaccgag agagtctccg ctcataagaa agcaaaagaa ctcgctgcgc tcgatcaaga agagaacttc <210> 411 <211> 234 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 411 atgaaagagt ttttagcgta cattgtaaaa aatcttgttg ataagccaga ggaagtgcat ctgaaagagg tgcagggaac caatacgatt atctacgaat tgactgttgc taagggagat atcggtaaaa ttatcggtaa agaaggacgc actattaagg ctatccgtac tttattggtt tccgtagcaa gtcgagataa tgtgaaagtc agcctagaaa ttatggaaga gcgg <210> 412 <211> 1941 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 412
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1470
120
180
234 atggaatcag gaccagaatc agtttcttct gggcaaatcg cttctaattc ggagaccaaa tcagcatcgt cctctgtaag cagctggagt tctcttcgtg atgccatctt gaataaaaat gaggcctcta cttctacctc tacggttaca aaatcgaatt ttgatacggc gaaaagtgga gagacgaaaa tggctgattt aatggcagct aaggctgaag ttacaagaat taaagaagct ctcaatcagt tagttaaact tgaaaaacag acagactctg cagatcagat tccagcgatt gcagatcaaa ttatcaaaga tctggaagga aacgcaggag aggttatcaa agcttcttct cagtctattg tggatgctgg ggatcaaagc aatagcccag ataatatcgc agccacgaag aacgagttaa aacaagagca tacagggcta gagcagatta gtcaagcaca aaaagatatt cctatcgttg gtccgagtgg gtcagctgct tcctctaaca attcaggaag aatttccttg gcgattgcaa tgcaaggttt tcgatctatg acagctaaag agctacaagc tatggaggct ggtgcggatg gcgagctccc agccgaaata ttgaaacaac catcaacaga tggtttagct gccaaggttg gaggaggctc cgcaggaaca ctttacaaga cagcgttttc ttcgacttct ggatattctg cttacaaaac actgaactct tcagctatta gtcaaactgc aaatcccgcg gaaagtcaag gacgcagtgc agatgctagc agccaaacgt taggtgatgt atatagccgc attgtgagca atccgcaagt aaatcaagaa agcaaagctc cacaatttgg gtatcctgct tttgctgcgc aattggaaag agagtttgtt gagaatgcgt ttagaaaaca gcccgctttc ctattctctg gttatctttc t <210> 413 aatcagagct cgatgaatcc aattattaat gagtccacga aggagtcaga agcgagtcct tttttatcct cagcaaagca tgcattaatc tctagtccaa cagactctct ctctcaatta cgtgtagctg cgcgagatta taatgaggct ttagagaacg ctacgacact tgctgaatac ctccaagata tggagcgttt ggctaaacag cttcaagaga aacaagaggt tattgataag aatcagactt taaaggaaac tttaacaacc aatagtcagt tagagatcaa caaaaattct caaaacataa gttatgaagc tgttctcact gaagcgggaa ttaagttagg acaagctttg caggctgcag ttcttcaagc acagcaaaat aaattaattg atgctgctga aacgaaggta acggactcgc ctttagtgaa aaaagctgag caagagatca aacctagtgg ttcggatatt tccgcaggaa gtgcggtagg agcgttgaaa ttgcttgatg atgtagacaa tgaaatggca atcgaacaat ttaatgtaaa caatcctgca cagctgactg cgatgtcaga tcaactggtt caagcaatca aagatgctct tgcgcaagct acagctatgg gacaagtggc ttttgcagct gctggcactg tccagatgaa tgtaaaacag tccagctctt atgcagcagc actttccgat ttatattccg aaagcagaag cggcgtgcag ctttccagaa gcgtttctcg ttctggcata caaagagcag cagaaactat tgtcagagat ttacaggttc tggattcttt gatgtctacg gagattatgc agaagctcac ggcatctatt gttcagaatt ctgcggatag cttgcagaag gatggggaac gtagtctcgc agaatctcga attcaacagg tgttggtaaa cattgcttct
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1941
PL 209 107 B1
265 <211> 693 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 413 atgatggagg tgtttatgaa ttttttagat cagttagatt taattattca aaataagcat atgctagaac acacatttta tgtgaaatgg tcgaaggggg agcttactaa agagcaatta caggcgtatg ccaaagacta ttatttacat atcaaagcct ttcctaaata tttatctgcg attcatagtc gttgcgatga tttagaggcg cgtaagttat tgttagataa cttgatggat gaagagaacg gttaccctaa tcatattgat ttgtggaagc agtttgtgtt tgctctagga gttactccag aagagttaga ggctcatgag cctagtgaag cagcaaaagc gaaagtagct actttcatgc ggtggtgtac aggagattct ttagctgcag gagtggctgc tttgtattct tatgagagtc aaattccacg tatcgctaga gagaaaattc gtggattgac tgagtacttt ggattttcca atcctgaaga ctatgcatat ttcacagaac atgaagaagc ggatgtgcgg catgctagag aagaaaaagc gctcattgag atgcttctca aagatgacgc tgataaagtg ttagaggcat cgcaagaagt aacgcaatct ttgtatggct ttttagattc ttttttggat ccaggaactt gttgtagttg tcatcaatct tat <210> 414 <211> 1599 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 414 ttgtctaata gttttcgaga ccaagaacaa ggtttacagg cagtctttcg cgccgcgcgt gtaatatctc atatgttttc tcagacaatc ggtccttatg ggtttagcac gattgttcat aatgtccagg atacgcggac aacgcaagat agtcagagta tgctgaagga tattctgttt ccagatgtct ttgaaaatat aggtatgaaa ctcatccgag atactgcctt gcgaactcgt atgcgattcg gagatggggc aaaaaccaca gctttactaa tagaagcgtt attagcggag ggcatgacag gtatccagaa aggtttggat cctcatgaaa tccatcgagg aatgcttctt gcggaaaaga aaatccaaga ggttttttat agagaaacat ttcctctaag cgatctggaa catacagtgt atgtatccag tatcgcgcga cgttgtaata gcgaaatcgc gtctgtttta tctagcgcag tgggttatgg agggaagaac ggttactata tcgtagaaga acatgaagag catgaaacat actggcatgc cgaagagcat gctgtgtggg attttggata tgcttctcct tactttatta cgcatgcgga aacaggaacg gtagaatata gccaggttta tattttagtt agtgaacagc cgctgcatta ttcgaaccca tcttttttaa catttcttca atcagttgtt caggcaggga aaacaccgct tgtgatttta gcagaagctt ttgataaaga attattagct atgctggaaa tgaatcaaat agagagggtt ttccctgtct gtgctgtgaa agtatctggg aagcacgccc gggaatcttt agaggacatt gcggtattaa ccggagctac attgctctca gaaatggatt tcgaagacag cgaggaagag agaatcacaa atcgattagg ctttgtagca ggaatttgtg tttcttctac cagtctttgt gtccctagag aaacagacaa taagcagaga atggcagaac actgtgcttt tttacaggat aaattgagtt tctcacagga agaagaggct agcgctaggt tgagaaggag attggcaagg ctttcttcag gcgaagtatg tattcatatt gctgcagact gtattcctca ggaggagata ggttatatca cctcttctat acgagccatg acagaatctt tacgatcagg atgcttgcct ggaggtgggt gcgcattcat tcgagcggca agagaaattt ctgttccgct tgctctttct cctagtgagc gttttggttt tcttgctgtg cttagtgccg cagagaagcc ttttcgtgcc attgttactc gcagcagaag agtggaggag gaggtgttct ctgaagtctt ctctcaagcg gactggcgag taggatttaa cggagtttct ggatttgtgg aagatattgt ttcgcaaggg atttgtgatg gagcctcttg tattcagtat gctttaagtc atgcagtggg gacgactggt ctgttgttaa catctgcgct ctttatagct tcgcaggagc cgatgttgag agaggaaaat tctgaagaa <210> 415 <211> 1395 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 415 atgaatgaag ctttcgactg tgtagttatc ggagcggggc cagggggcta tgttgcagca atcactgccg ctcaagcagg actcaaaact gcgctaatcg aaaagcgaga ggctggcgga acctgtttaa accgagggtg tattccttct aaagccctct tagcaggagc tgaagtcgtt acccaaatac gccatgctga ccagtttggg attcatgtag aaggattcag catcaactat cccgctatgg tacaaaggaa ggattccgta gtccgtagca tccgcgatgg acttaatggt ctcattcgca gcaataagat cactgtcttc tctggaagag gctctttgat ctcttcaaca gaagtaaaaa tcttaggaga aaacccttct gtaatcaaag cgcactccat tatcctagcc accggctctg aaccacgagc tttccccggg attccttttt ccgcagaatc tcctcggatt ttatgctcaa caggcgtgct aaacctcaaa gaaatccctc aaaaaatggc cattattggc ggtggtgtga tcggttgcga attcgcttcc ttattccata cgttaggctc cgaagtttct
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
693
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1599
120
180
240
300
360
420
480
540
600
266
PL 209 107 B1 gtgatcgaag caagctctca aatccttgct ttgaataatc cagatatttc aaaaaccatg 6S0 ttcgataaat tcacccgaca aggactccgt ttcgtactag aagcctctgt atcaaatatt 720 gaggatatag gagatcgcgt tcggttaact atcaatggga atgtcgaaga atacgattac 780 gttctcgtat ctataggacg ccgtttgaat acagaaaata ttggcttgga taaagctggt 840 gttatttgtg atgaacgcgg agtcatccct accgatgcca caatgcgcac aaacgtacct 900 aacatttatg ctattggaga tatcacagga aaatggcaac ttgcccatgt agcttctcat 960 caaggaatca ttgcagcacg gaatatagct ggccataaag aggaaatcga ttactctgcc 1020 gtcccttctg tgatctttac cttccctgaa gtcgcttcag taggcctatc cccaacagca 1080 gctcaacaac aaaaaatccc cgtcaaagta acaaaattcc catttcgagc tattggaaaa 1140 gcggtcgcaa tgggcgaggc cgatggattt gcagccatta tcagccatga gactactcag 1200 cagatcctag gagcttatgt gattggccct catgcctcat cactgatttc cgaaattacc 1260 ctagcagttc gtaatgaact gactcttcct tgtatttacg aaactatcca cgcacatcca 1320 accttagcag aagtttgggc tgaaagtgcg ttgttagctg ttgatacccc attacatatg 1380 ccccctgcta aaaaa 1395 <210> 416 <211> 366 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 416 atgccacgca tcattggaat agatattcct gcgaaaaaga aattaaaaat aagtcttaca 60 tatatttatg gaatagggcc agctctttct aaagagatca ttgctagatt gcagttgaat 120 cccgaagcta gagctgcaga gttgactgag gaagaggttg gtcgactaaa cgctctttta 180 cagtcggatt acgttgttga aggggatttg cgccgtcgtg tgcaatctga tatcaaacgt 240 ctgattacta tccatgctta tcgtggacaa agacatagac tttctttgcc tgttcgtggt 300 cagagaacaa aaacaaattc tcgcacgcgt aagggtaaac gtaaaactgt tgcaggtaag 360 aagaaa 366 <210> 417 <211> 1659 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400? 417 atgcgaatag gagatcctat gaacaaactc atcagacgag cagtgacgat cttcgcggtg 60 actagtgtgg cgagtttatt tgctagcggg gtgttagaga cctctatggc agagtctctc 120 tctacaaacg ttattagctt agctgacacc aaagcgaaag acaacacttc tcataaaagc 180 aaaaaagcaa gaaaaaacca cagcaaagag actcccgtag accgtaaaga ggttgctccg 240 gttcatgagt ctaaagctac aggacctaaa caggattctt gctttggcag aatgtataca 300 gtcaaagtta atgatgatcg caatgttgaa atcacacaag ctgttcctga atatgctacg 360 gtaggatctc cctatcctat tgaaattact gctacaggta aaagggattg tgttgatgtt 420 atcattactc agcaattacc atgtgaagca gagttcgtac gcagtgatcc agcgacaact 480 cctactgctg atggtaagct agtttggaaa attgaccgct taggacaagg cgaaaagagt 540 aaaattactg tatgggtaaa acctcttaaa gaaggttgct gctttacagc tgcaacagta 600 tgcgcttgtc cagagatccg ttcggttaca aaatgtggac aacctgctat ctgtgttaaa 660 caagaaggcc cagagaatgc ttgtttgcgt tgcccagtag tttacaaaat taatatagtg 720 aaccaaggaa cagcaacagc tcgtaacgtt gttgttgaaa atcctgttcc agatggttac 780 gctcattctt ctggacagcg tgtactgacg tttactcttg gagatatgca acctggagag 840 cacagaacaa ttactgtaga gttttgtccg cttaaacgtg gtcgtgctac caatatagca 900 acggtttctt actgtggagg acataaaaat acagcaagcg taacaactgt gatcaacgag 960 ccttgcgtac aagtaagtat tgcaggagca gattggtctt atgtttgtaa gcctgtagaa 1020 tatgtgatct ccgtttccaa tcctggagat cttgtgttgc gagatgtcgt cgttgaagac 1080 actctttctc ccggagtcac agttcttgaa gctgcaggag ctcaaatttc ttgtaataaa 1140 gtagtttgga ctgtgaaaga actgaatcct ggagagtctc tacagtataa agttctagta 1200 agagcacaaa ctcctggaca attcacaaat aatgttgttg tgaagagctg ctctgactgt 1260 ggtacttgta cttcttgcgc agaagcgaca acttactgga aaggagttgc tgctactcat 1320 atgtgcgtag tagatacttg tgaccctgtt tgtgtaggag aaaatactgt ttaccgtatt 1380 tgtgtcacca acagaggttc tgcagaagat acaaatgttt ctttaatgct taaattctct 1440 aaagaactgc aacctgtatc cttctctgga ccaactaaag gaacgattac aggcaataca 1500 gtagtattcg attcgttacc tagattaggt tctaaagaaa ctgtagagtt ttctgtaaca 1560 ttgaaagcag tatcagctgg agatgctcgt ggggaagcga ttctttcttc cgatacattg 1620 actgttccag tttctgatac agagaataca cacatctat 1659 <210? 418 <211> 576 <212? DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D
PL 209 107 B1
267 <400> 418 atgcctgaag gggaaatgat gcataagttg caagatgtca tagatagaaa tctcgtcgta ttttcttctc cgaacctgta acggagaaaa gtgctacaga aagctttggt atttggaact caccaatcct gggcagccaa ttgtatttgt cctggagggt ctgttgatgc tgggtttgct gtttgggacc aaattaaaat cctttgacta cagttgttac aggtttagca gcatctatgg gatctgtatt gctgttccag gaagacgttt tgctacgcct catgcgcgca ttatgattca attggaggaa ccattactgg tcaagccacg gacttggata ttcatgctcg aaaacaaaag cacgcattat tgatgtgtat gtcgaggcaa ctggacaatc atagagaaag ctatcgatcg agatatgtgg atgagtgcaa atgaagcaat ctgttagatg ggattctctt ctcttttaac gacttg <210> 419 <211? 825 <212? DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 419 atgggattct cttctctttt aacgacttgt agatatcttt tatattctgg agtttcattt tgggagaatc gatgccttct cttgaggatg ttctgttttt gagatggttg atgggttttt atgtgtagag tcttctgaaa tagcagatgc gtttttaata gtgatggatc tatcgcgtct atgtgcggga atgggttgcg gcgcacgtag cccagtgctt tggacttgaa gatgtttcta ttgaaacaga taccaaggta agttcttttc tatgaatcgg gtattggttg atatgacatt aaaaaagctg agcggaaatt aacgcatgtg ttgcctggta tgccggaaca attgatacag gggttccgca tgtcgtggtt ttcgtttctg atttaagtaa caagaatggg ggtctttctt gcgttatcat gaagattttg ctcctgaagg gattttgttc agcggaagaa ggatgatcta ctgottgtct atacttatga gagcgagaaa ccttatcttg tgggacaggg atgttggcaa gtgctttggt atcttttctc taggacaaga tttctctata gcggtgtgtt ctcgtagtag aagatttttt ctgagaaagg caaggtattt ttagagggtc ctgtgagcct agtgagaact ttgggtggtt agagcctaaa tcaagacgtt ttgga <210? 420 <211> 5310 <212> DNA <213? Chlamydia trachomatis serovar D gttgttggat agccatcaaa cattaatagc gatctcttct gagtttgtgt ccagccttct tgaaatttta tcgagaggtg ggagtttgga
120
180
240
300
360
420
480
540
576 agcaggaaac atgccaggaa taaactcact gtgcgcaatg acgtggtgtt acctgattgg agtatttttt ggttcccgta tgtaaatgta gcgaggttgt tgcagcggat aaatctgatt attgaatcgt
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
825 <400? 420 atgaaattta agctcgatcc acttctcaag agtgtttcat agtagtgaag gagaaaacag atctcagaat ttcttcggag atttatggag atcgcggtcg accgaagcaa caggatatgt acagcagtaa agcttatccg aatcaagacg cctagccccg atcactggaa ggtgtattca aactcggcag acaactagtg acagctaaag acggtgactc gcgtctatac agcactcctg ccggcagccc gatactaata aacacttctg aacaatcttg tgtcagctac aagatcaaat catttactga tctatgactt cttctccaac aagaagaact ctcaggactc aaggtgaagt agaaagaggt agaaaggggg ccttctcctc taatcagtga aacaatgtct aagatacact gttcgtctga acgatgtttt ttacagggac ctaaagaaaa gtcaacatgg aaagtataac ggcacggtgg tcactaaaaa caataacaga aagtagttgc cttctctaac gcgatataga cgaaaaaagg aactttcagg tgctgtattt aaagaatacc tatgatgcta ttcgacatct gacagaagga agacaatggc tctctctaat tatctttgat agtctttgaa tagcgtctat caatggtggg ttgcaacaat ggatgaagaa ggatagcact aacagaagat aggtaaaggt tatagatttt cttgtcttgc aggaggagcc tactccccct tggtatctgc ctctgcaaag taccccagaa ttctgctaaa agaggctgag cgtgtcgatt aggggctatt gaattcatcc gctgcagcac gactgcaatg gcagacaaca tccagattac gtgtcttcat ggaatcattt caaagcatag cacagagttg aacataaaat gcaaaagaac gaacaaggtg gtacatttcc atgatcgtat ccagaaacgg acacaagtat ggtggtatct gtcagtaaca accaacacga tacgttactc ctcataggag actaacaaac gagtctggag tcttctaccc ataaatcgat tctgatcaaa gagaacattt tacgggaaaa caggatgtag tctcctccgt ttagcaaatt cagagtatcg ctagaaaaca cttcatctgg atgctagaga aactccatga ccctcaaaaa ctctactagt gagtatcttt gtggtggaat aagggaatgc tgctcgcaga aacagactga cagaatcacc atacagaaaa tagctaccga atagcctaca aaaccatgtc aagtgatttt tttctttatc gagctatttt cctcttcctc tctttgcctc cggatcaaac tgaatgtcgc aagctaaact gaggaggtct tactgaggcg aggatattca agctgctgat tcttagtagt agaaactgat gaaactaact caatagtatt cggaggagct agaagtaaat agaaaatgtt ctattcagaa tgcaggagca atgcgttgat gtcaaatgga agaatcaact atctttgacc ttctggagca gtttttgaaa tgttactaat ctctgaaaat taatttaaaa tacagatctg ctcgcctgca tacggcaaaa agaaacttct tatcaatcaa ttcccgtatt ctgtttaact
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
268
PL 209 107 B1 gaaagcgtag aatttgatgc aattggatcg ctcttatccc actataactc tgctgctaaa 1740 gaaggtgggg ctattcattc taaaacggtt actctatcta acctcaagtc taccttcact 1800 tttgcagata acactgttaa agcaatagta gaaagcactc ctgaagctcc agaagagatt 1860 cctccagtag aaggagaaga gtctacagca acagaagatc caaattctaa tacagaagga 1920 agttcggcta acactaacct tgaaggatct caaggggata ctgctgatac agggactggt 1980 gatgttaaca atgagtctca agacacatca gatactggaa acgctgaatc tgaagaacaa 2040 ctacaagatt ctacacaatc taatgaagaa aatacccttc ccaatagtaa tattgatcaa 2100 tctaacgaaa acacagacga atcatctgat agccacactg aggaaataac tgacgagagt 2160 gtctcatcgt cctctgaaag tggatcatct actcctcaag atggaggagc agcttcttca 2220 ggggctccct caggagatca atctatctct gcaaacgctt gtttagctaa aagctatgct 2280 gcgagtactg atagctcccc cgtatctaat tcttcaggtt cagaagagcc tgtcacttct 2340 tcttcagatt cagacgttac tgcatcttct gataatccag actcttcctc atctggagat 2400 agcgctggag actctgaaga accgactgag ccagaagctg gttctacaac agaaactctt 2460 actttaatag gaggaggtgc tatctatgga gaaactgtta agattgagaa cttctctggc 2520 caaggaatat tttctggaaa caaagctatc gataacacca cagaaggctc ctcttccaaa 2580 tctgacgtcc tcggaggtgc ggtctatgct aaaacattgt ttaatctcga tagcgggagc 2640 tctagacgaa ctgtcacctt ctccgggaat actgtctctt ctcaatctac aacaggtcag 2700 gttgctggag gagctatcta ctctcctact gtaaccattg ctactcctgt agtattttct 2760 aaaaactctg caacaaacaa tgctaataac actacagata ctcagagaaa agacaccttt 2820 ggaggagcta tcggagctac ttctgctgtt tctctatcag gaggggctca tttcttagaa 2880 aacgttgctg acctcggatc tgctattggg ttggtgccag gcacacaaaa tacagaaaca 2940 gtgaaattag agtctggctc ctactacttt gaaaaaaata aagctttaaa acgagctact 3000 atttacgcac ctgtcgtttc cattaaagcc tatactgcga catttaacca aaacagatct 3060 ctagaagaag gaagcgcgat ttactttaca aaagaagcat ctattgagtc tttaggctct 3120 gttctcttca caggaaactt agtaacccta acgctaagca caactacaga aggcacacca 3180 gccacaacct caggagatgt aacaaaatat ggtgctgcta tctttggaca aatagcaagc 3240 tcaaacggat ctcagacgga taaccttccc ctgaaactca ttgcttcagg aggaaatatt 3300 tgtttccgaa acaatgaata ccgtcctact tcttctgata ccggaacctc tactttctgt 3360 agtattgcgg gagatgttaa attaaccatg caagctgcaa aagggaaaac gatcagtttc 3420 tttgatgcaa tccggacctc tactaagaaa acaggtacac aggcaactgc ctacgatact 3480 ctcgatatta ataaatctga ggattcagaa actgtaaact ctgcgtttac aggaacgatt 3540 ctgttctcct ctgaattaca tgaaaataaa tcctatattc cacaaaacgt agttctacac 3600 agtggatctc ttgtattgaa gccaaatacc gagcttcatg ttatttcttt tgagcagaaa 3660 gaaggctctt ctctcgttat gacacctgga tctgttcttt cgaaccagac tgttgctgat 3720 ggagctttgg tcataaataa catgaccatt gatttatcca gcgtagagaa aaatggtatt 3780 gctgaaggaa atatctttac tcctccagaa ttgagaatca tagacactac tacaggtgga 3840 agcggtggaa ccccatctac agatagtgaa agtaaccaga atagtgatga taccgaggag 3900 caaaataata atgacgcctc gaatcaagga gaaagcgcga atggatcgtc ttctcctgca 3960 gtagctgctg cacacacatc tcgtacaaga aactttgccg ctgcagctac agccacacct 4020 acgacaacac caacggctac aactacaaca agcaaccaag taatcctagg aggagaaatt 4080 aaactcatcg atcctaatgg gaccttcttc cagaaccctg cattaagatc cgaccaacaa 4140 atctccttgt tagtgctccc tacagactca tcaaaaatgc aagctcagaa aatagtactg 4200 acgggtgata ttgctcctca gaaaggatat acaggaacac tcactctgga tcctgatcaa 4260 ctacaaaatg gaacgatctc agtgctctgg aaatttgact cttatagaca atgggcttat 4320 gtacctagag acaatcattt ctatgcgaac tcgattctgg gatctcaaat gttaatggtc 4380 acagtcaaac aaggcttgct caacgataaa atgaatctag ctcgctttga ggaagttagc 4440 tataacaacc tgtggatatc aggactagga acgatgctat cgcaagtagg aacacctact 4500 tctgaagaat tcacttatta cagcagagga gcttctgttg ccttagatgc taaaccagcc 4560 catgatgtga ttgttggagc tgcatttagt aagatgatcg ggaaaacaaa atccttgaaa 4620 agagagaata actacactca caaaggatcc gaatattctt accaagcatc ggtatacgga 4680 ggcaaaccat tccactttgt aatcaataaa aaaacggaaa aatcgctacc gctattgtta 4740 caaggagtca tctcttacgg atatatcaaa catgatacag tgactcacta tccaacgatc 4800 cgtgaacgaa acaaaggaga atgggaagac ttaggatggc tgacagctct ccgtgtctcc 4860 tctgtcttaa gaactcctgc acaaggggat actaaacgta tcactgttta cggagaattg 4920 gaatactcca gtatccgtca gaaacaattc acagaaacag aatacgatcc tcgttacttc 4980 gacaactgca cctatagaaa cttagcaatt cctatggggt tagcattcga aggagagctc 5040 tctggtaacg atattttgat gtacaacaga ttctctgtag catacatgct atcaatctat 5100 cgaaattctc caacatgcaa ataccaagtg ctctcttcag gagaaggcgg agaaattatt 5160 tgtggagtac cgacaagaaa ctcagctcgc ggagaataca gcacgcagct gtacctggga 5220 cctttgtgga ctctgtatgg atcctacacg atagaagcag acgcacatac actagctcat 5280 atgatgaact gcggtgctcg tatgacattc 5310 <210> 421 <211> 5253 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 421
PL 209 107 B1
269 atgaaatggc tgtcagctac tgcggtgttt gctgctgttc tcccctcagt ttcagggttt 60 tgcttcccag aacctaaaga attaaatttc tctcgcgtag gaacttcttc ctctaccact 120 tttactgaaa cagttggaga agctggggca gaatatatcg tctctggtaa cgcatctttc 180 acaaaattta ccaacattcc tactaccgat acaacaactc ccacgaactc aaactcctct 240 agctctaacg gagagactgc ttccgtttct gaggatagtg actctacaac aacgactcct 300 gatcctaaag gtggcggcgc cttttataac gcgcactccg gagttttatc ctttatgaca 360 cgatcaggaa cagaaggttc cttaactctg tctgagataa aaataactgg tgaaggcggt 420 gctatcttct ctcaaggaga gctgctattt acagatctga caggtctaac catccaaaat 480 aacttatccc agctatccgg aggagcgatt tttggagaat ctacaatctc cctatcaggg 540 attactaaag cgactttctc ctccaactct gcagaagttc ctgctcctgt taagaaacct 600 acagaaccta aagctcaaac agcaagcgaa acgtcgggtt ctagtagttc tagcggaaat 660 gattcggtgt cttcccccag ttccagtaga gctgaacccg cagcagctaa tcttcaaagt 720 cactttattt gtgctacagc tactcctgct gctcaaaccg atacagaaac atcaactccc 780 tctcataagc caggatctgg gggagctatc tatgctaaag gcgaccttac tatcgcagac 840 tctcaagagg tactattctc aataaataaa gctactaaag atggaggagc gatctttgct 900 gagaaagatg tttctttcga gaatattaca tcattaaaag tacaaactaa cggtgctgaa 960 gaaaagggag gagctatcta tgctaaaggt gacctctcaa ttcaatcttc taaacagagt 1020 ctttttaatt ctaactacag taaacaaggt ggtggggctc tatatgttga aggagatata 1080 aacttccaag atcttgaaga aattcgcatt aagtacaata aagctggaac gttcgaaaca 1140 aaaaaaatca ctttaccaaa agctcaagca tctgcaggaa atgcagatgc ttgggcctct 1200 tcctctcctc aatctggttc tggagcaact acagtctcca actcaggaga ctctagctct 1260 ggctcagact cggatacctc agaaacagtt ccagccacag ctaaaggcgg tgggctttat 1320 actgataaga atctttcgat tactaacatc acaggaatta tcgaaattgc aaataacaaa 1380 gcgacagatg ttggaggtgg tgcttacgta aaaggaaccc ttacttgtga aaactctcac 1440 cgtctacaat ttttgaaaaa ctcttccgat aaacaaggtg gaggaatcta cggagaagac 1500 aacatcaccc tatctaattt gacagggaag actctattcc aagagaatac tgccaaagaa 1560 gagggcggtg gactcttcat aaaaggtaca gataaagctc ttacaatgac aggactggat 1620 agtttctgtt taattaataa cacatcagaa aaacatggtg gtggagcctt tgttaccaaa 1680 gaaatctctc agacttacac ctctgatgtg gaaacaattc caggaatcac gcctgtacat 1740 ggtgaaacag tcattactgg caataaatct acaggaggta atggtggagg cgtgtgtaca 1800 aaacgtcttg ccttatctaa ccttcaaagc atttctatat ccgggaattc tgcagctgaa 1860 aatggtggtg gagcccacac atgcccagat agcttcccaa cggcggatac tgcagaacag 1920 cccgcagcag cttctgccgc gacgtctact cccgagtctg ccccagtggt ctcaactgct 1980 ctaagcacac cttcatcttc taccgtctct tcattaacct tactagcagc ctcttcacaa 2040 gcctctcctg caacctctaa taaggaaact caagatccta atgctgatac agacttattg 2100 atcgattatg tagttgatac gactatcagc aaaaacactg ctaagaaagg cggtggaatc 2160 tatgctaaaa aagccaagat gtcccgcata gaccaactga atatctctga gaactccgct 2220 acagagatag gtggaggtat ctgctgtaaa gaatctttag aactagatgc cctagtctcc 2280 ttatctgtaa cagagaacct tgttgggaaa gaaggtggag gcttacatgc taaaactgta 2340 aatatttcta atctgaaatc aggcttctct ttctcgaaca acaaagcaaa ctcctcatcc 2400 acaggagtcg caacaacagc ttcagcacct gctgcagctg ctgcttccct acaagcagcc 2460 gcagcagccg taccatcatc tccagcaaca ccaacttatt caggtgtagt aggaggagct 2520 atctatggag aaaaggttac attctctcaa tgtagcggga cttgtcagtt ctctgggaac 2580 caagctatcg ataacaatcc ctcccaatca tcgttgaacg tacaaggagg agccatctat 2640 gccaaaacct ctttgtctat tggatcttcc gatgctggaa cctcctatat tttctcgggg 2700 aacagtgtct ccactgggaa atctcaaaca acagggcaaa tagcgggagg agcgatctac 2760 tcccctactg ttacattgaa ttgtcctgcg acattctcta acaatacagc ctctatggct 2820 acaccaaaga cttcttctga agatggatcc tcaggaaatt ctattaaaga taccattgga 2880 ggagccattg cagggacagc cattacccta tctggagtct ctcgattttc agggaatacg 2940 gctgatttag gagctgcaat aggaactcta gctaatgcaa atacacccag tgcaactagc 3000 ggatctcaaa atagcattac agaaaaaatt actttagaaa acggttcttt tatttttgaa 3060 agaaaccaag ctaataaacg tggagcgatt tactctccta gcgtttccat taaagggaat 3120 aatattacct tcaatcaaaa tacatccact catgatggaa gtgctatcta ctttacaaaa 3180 gatgctacga ttgagtcttt aggatctgtt ctttttacag gaaataacgt tacagctaca 3240 caagctagtt ctgcaacatc tggacaaaat acaaatactg ccaactatgg ggcagccatc 3300 tttggagatc caggaaccac tcaatcgtct caaacagatg ccattttaac ccttcttgct 3360 tcttctggaa acattacttt tagcaacaac agtttacaga ataaccaagg tgatactccc 3420 gctagcaagt tttgtagtat tgcaggatac gtcaaactct ctctacaagc cgctaaaggg 3480 aagactatta gctttttcga ttgtgtgcac acctctacca aaaaaatagg ttcaacacaa 3540 aacgtttatg aaactttaga tattaataaa gaagagaaca gtaatccata tacaggaact 3600 attgtgttct cttctgaatt acatgaaaac aaatcttaca tcccacagaa tgcaatcctt 3660 cacaacggaa ctttagttct taaagagaaa acagaactcc acgtagtctc ttttgagcag 3720 aaagaagggt ctaaattaat tatgaaaccc ggagctgtgt tatctaacca aaacatagct 3780 aacggagctc tagttatcaa tgggttaacg attgatcttt ccagtatggg gactcctcaa 3840 gcaggggaaa tcttctctcc tccagaatta cgtatcgttg ccacgacctc tagtgcatcc 3900 ggaggaagcg gggtcagcag tagtatacca acaaatccta aaaggatttc tgcagcagcg 3960 ccttcaggtt ctgccgcaac tactccaact atgagcgaga acaaagtttt cctaacagga 4020 gaccttactt taatagatcc taatggaaac ttttaccaaa accctatgtt aggaagcgat 4080
270
PL 209 107 B1 ctagatgtac cactaattaa gcttccgact aacacaagtg acgtccaagt ctatgattta 4140 actttatctg gggatctttt ccctcagaaa gggtacatgg gaacctggac attagattct 4200 aatccacaaa cagggaaact tcaagccaga tggacattcg atacctatcg tcgctgggta 4260 tacataccta gggataatca tttttatgcg aactctatct taggctccca aaactcaatg 4320 attgttgtga agcaagggct tatcaacaac atgttgaata atgcccgctt cgatgatatc 4380 gcttacaata acttctgggt ttcaggagta ggaactttct tagctcaaca aggaactcct 4440 ctttccgaag aattcagtta ctacagccgc ggaacttcag ttgccatcga tgccaaacct 4500 agacaagatt ttatcctagg agctgcattt agtaagatgg tggggaaaac caaagccatc 4560 aaaaaaatgc ataattactt ccataagggc tctgagtact cttaccaagc ttctgtctat 4620 ggaggtaaat tcctgtattt cttgctcaat aagcaacatg gttgggcact tcctttccta 4680 atacaaggag tcgtgtccta tggacatatt aaacatgata caacaacact ttacccttct 4740 atccatgaaa gaaataaagg agattgggaa gatttaggat ggttagcgga tcttcgtatc 4800 tctatggatc ttaaagaacc ttctaaagat tcttctaaac ggatcactgt ctatggggaa 4860 cttgagtatt ccagcattcg ccagaaacag ttcacagaaa tcgattacga tccaagacac 4920 ttcgatgatt gtgcttacag aaatctgtcg cttcctgtgg gatgcgctgt cgaaggagct 4980 atcatgaact gtaatattct tatgtataat aagcttgcat tagcctacat gccttctatc 5040 tacagaaata atcctgtctg taaatatcgg gtattgtctt cgaatgaagc tggtcaagtt 5100 atctgcggag tgccaactag aacctctgct agagcagaat acagtactca actatatctt 5160 ggtcccttct ggactctcta cggaaactat actatcgatg taggcatgta tacgctatcg 5220 caaatgacta gctgcggtgc tcgcatgatc ttc 5253 <210> 422 <211> 1980 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 422 atgagcgaaa aaagaaagtc taacaaaatt attggtatcg acctagggac gaccaactct 60 tgcgtctctg ttatggaagg tggccaacct aaagttattg cctcttctga aggaactcgt 120 actactcctt ctatcgttgc ttttaaaggt ggcgaaactc ttgttggaat tcctgcaaaa 180 cgtcaggcag taaccaatcc tgaaaaaaca ttggcttcta ctaagcgatt catcggtaga 240 aaattctctg aagtcgaatc tgaaattaaa acagtcccct acaaagttgc tcctaactcg 300 aaaggagatg cggtctttga tgtggaacaa aaactgtaca ctccagaaga aatcggcgct 360 cagatcctca tgaagatgaa ggaaactgct gaggcttatc tcggagaaac agtaacggaa 420 gcagtcatta ccgtaccagc ttactttaac gattctcaaa gagcttctac aaaagatgct 480 ggacgtatcg caggattaga tgttaaacgc attattcctg aaccaacagc ggccgctctt 540 gcttatggta ttgataagga aggagataaa aaaatcgccg tcttcgactt aggaggagga 600 actttcgata tttctatctt ggaaatcggt gacggagttt ttgaagttct ctcaaccaac 660 ggggatactc acttgggagg agacgacttc gatggagtca tcatcaactg gatgcttgat 720 gaattcaaaa aacaagaagg cattgatcta agcaaagata acatggcttt gcaaagattg 780 aaagatgctg ctgaaaaagc aaaaatagaa ttgtctggtg tatcgtctac tgaaatcaat 840 cagccattca tcactatcga cgctaatgga cctaaacatt tggctttaac tctaactcgc 900 gctcaattcg aacacctagc ttcctctctc attgagcgaa ccaaacaacc ttgtgctcag 960 gctttaaaag atgctaaatt gtccgcttct gacattgatg atgttcttct agttggcgga 1020 atgtccagaa tgcctgcggt acaagcagtt gtaaaagaga tctttggtaa agagcctaat 1080 aaaggcgtca atccagatga agttgtagcg attggagctg ctattcaggg tggtgtcctc 1140 ggcggagaag tgaaagacgt tctgttgttg gatgtgattc ccctctcttt aggaattgag 1200 actctaggtg gggtcatgac tcctttggta gagagaaaca ctacaatccc tactcagaag 1260 aagcaaatct tctctacagc cgctgacaat cagccagcag tgactatcgt cgttcttcaa 1320 ggtgaacggc ctatggcgaa agacaataag gaaattggaa gatttgatct aacagacatt 1380 cctcctgctc ctcgcggcca tccacaaatt gaggtaacct tcgatattga tgccaacgga 1440 attttacacg tttctgctaa agatgctgct agtggacgcg aacaaaaaat ccgtattgaa 1500 gcaagctctg gattaaaaga agatgaaatt caacaaatga tccgcgatgc agagcttcat 1560 aaagaggaag acaaacaacg aaaagaagct tctgatgtga aaaatgaagc cgatggaatg 1620 atctttagag ccgaaaaagc tgtgaaagat taccacgaca aaattcctgc agaacttgtt 1680 aaagaaattg aagagcatat tgagaaagta cgccaagcaa tcaaagaaga tgcttccaca 1740 acagctatca aagcagcttc tgatgagttg agtactcata tgcaaaaaat cggagaagct 1800 atgcaggctc aatccgcatc cgcagcagca tcttctgcag cgaatgctca aggagggcca 1860 aacattaact ccgaagatct gaaaaaacat agtttcagca cacgacctcc agcaggagga 1920 agcgcctctt ctacagacaa cattgaagat gctgatgttg aaattgttga taaacctgag 1980 <210> 423 <211> 978 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 423 atggtttctc aaacagtgag tgtagcagta acaggaggaa cagggcaaat agcctatagc 60
PL 209 107 B1
271 tttctatttt ctctggctca tggagatgtt tttggccttg attgtggcat cgatctgcgt 120 atctacgata ttcctggaac agaaagggct ttatctggtg tgcgcatgga gctagatgat 180 ggtgctttcc ctttattaca gcgtgtgcag gtaacgacat cattgcatga tgcttttgat 240 ggcattgatg cggcattcct tatagggtca gttcctagag gcccaggaat ggagagaaga 300 gatcttctaa agaaaaatgg ggagattttt gctacgcaag gaaaagcttt gaacacaaca 360 gccaagcggg atgcaaagat ttttgttgtt gggaaccctg tgaataccaa ttgctggata 420 gcaatgaatc atgctcccag attattgaga aagaactttc atgcgatgct acgattggac 480 cagaatcgta tgcatagcat gttatcgcat agagcagaag tacctttatc ggctgtatca 540 caagttgtgg tttggggaaa tcactccgcc aaacaagtgc ctgattttac gcaagctctg 600 attaatgacc gtcctatcgc agagacgata gcggatcgtg attggttaga gaatattatg 660 gtgccttctg tacagagtcg tggtagtgca gtaatcgaag cacgagggaa gtcttcggca 720 gcttctgcag cacgagcttt agcagaggct gctcgatcaa tatatcagcc aaaagaagga 780 gaatggtttt cttccggagt gtgttcggac cacaatccct atggattacc ggaagattta 840 atctttggtt tcccttgtcg aatgctagca acgggagaat atgaagtgat tccaaggctt 900 ccttgggatg cctttatccg tgggaaaatg caaatatctc ttgatgagat tcttcaggaa 960 aaagctagcg tatctttg g7g <210> 424 <211> 696 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 424 atgacaaagc atggaaaacg cattcgtggt atccaagaga cttacgattt agctaagtcg 60 tattctttgg gtgaagcgat agatatttta aaacagtgtc ctactgtgcg tttcgatcaa 120 acggttgatg tgtctgttaa attagggatc gatccaagaa agagtgatca gcaaattcgt 180 ggttcggttt ctttacctca cggtacaggt aaagttttgc gaattttagt ttttgctgct 240 ggagataagg ctgcagaggc tattgaagca ggagcggact ttgttggtag cgacgactta 300 gtagagaaaa tcaaaggtgg atgggttgac ttcgatgttg cggttgccac tcccgatatg 360 atgagagagg tcggaaagct aggaaaagtt ttgggtccaa gaaaccttat gcctacgcct 420 aaagccggaa ctgtaacaac agatgtggtt aaaactgttg cggaactgcg aaaaggtaaa 480 attgaattta aagctgatcg agctggtgta tgcaacgtcg gagttgcgaa gctttctttc 540 gatagtgcgc aaatcaaaga aaatgtcgaa gcgttgtgtg cagccttagt taaagctaaa 600 cccgcaactg ctaaaggaca atatttagtt aatttcacta tttcctcgac catggggcca 660 ggggttaccg tggatactag ggagttgatt gcgtta 696 <210> 425 <211> 3756 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 425 atgttcaagt gcccggagcg ggtcagcatc aaaaagaaag aagatatttt agatcttcct 60 aatcttgtcg aagttcaaat caagtcgtat aagcagtttc ttcaaatcgg gaagcttgct 120 gaagagcgag aaaacattgg tttagaagaa gtcttcagag aaattttccc tatcaagtct 180 tataatgaag ctacgatttt agagtacctc tcttataact taggagtgcc caaatactcc 240 ccagaagagt gtattcgtcg gggaatcacc tatagtgtta ctttaaaggt tcgtttccgt 300 ttaactgatg aaacggggat taaagaagaa gaagtctata tgggaaccat ccccatcatg 360 actgataagg gaacctttat tattaatggg gcagagagag tcgttgtttc tcaagtccac 420 cgttctccag gaatcaattt tgaacaagaa aaacattcta aaggaaatgt tttattttct 480 tttagaatta ttccttatcg aggaagttgg ttagaagctg tcttcgacat taatgacctt 540 atctatatcc atattgatag gaaaaaacgt cgcagaaaga ttttagctat gacgtttatc 600 cgagctttag gatattcaac agatgcagat attattgaag agttcttttc tgtagaggag 660 cgttccttac gtttagagaa ggattttgtc gcgttagttg gtaaagtttt agctgataac 720 gtagttgatg cggattcttc attagtttac gggaaagctg gagagaagct aagtactgct 780 atgctaaaac gcatcttaga tgcgggagtc caatctttga agattgctgt tggcgcagat 840 gaaaatcacc caattattaa gatgctcgca aaagatccta cggattctta cgaagctgct 900 cttaaagatt tttatcgcag attacgacca ggagagcctg caactttagt taatgctcga 960 tccacaatta tgcgcttatt cttcgatgct aaacgctata atttaggccg cgttggacgt 1020 tataaattaa ataaaaaatt aggattccca ttagacgacg aaacattatc tcaagtgact 1030 ttgagaaaag aagatgttat cggcgcgttg aaatatttga ttcgtttgcg aatgggcgat 1140 gagaagacat ctatcgatga tattgaccat ttggcaaacc gacgagttcg ctctgttgga 1200 gaactaatt.c agaatcactg tcgttctgga ttggctagaa tggaaaagat cgttcgagaa 1260 agaatgaatc tctttgattt ctcttctgat accctaactc caggaaagat tatttctgct 1320 aaagggttag tcagtgtcct gaaagatttc ttcagccgtt ctcaattatc tcagtttatg 1380 gatcagacaa accctgtcgc agaattgacg cacaagcgtc gtctgtcagc attaggacct 1440
99999att9a atagagaaag agctgggttt gaagttcgag acgttcacgc aagccactat 1500 ggtagaattt gtccaattga gactcctgaa ggaccaaaca ttgggttgat tacttcactg 1560
272
PL 209 107 B1 tcttcctttg ctaagatcaa tgaatttgga ttcatagaga ctccttatcg tgtcgtgcgc 1620 gatggcatcg tgacagatga aattgagtat atgacagcag atgttgaaga agagtgtgtc 1680 attgctcagg cttctgcgga gctcgatgag tatgatatgt ttaaaactcc cgtatgctgg 1740 gctagataca aaggagaggc ttttgaagcc gacacaagta cggttacgca tatggacgtt 1800 tctccaaaac agctggtatc tgtggttacg gggctgattc ctttcttgga acacgacgat 1860 gctaaccgag ctcttatggg atcgaacatg caacggcagg ctgtaccatt attgaaaacg 1920 gaagctgcta ttgttggaac tggattagaa gggcgtgctg ccaaagattc tggagctatt 1980 attgtggctc aggaagatgg ggtagtcgaa tacgtagata gctatgagat tgtcgtagcg 2040 aagaagaata atccaacgct taaggatcgt tatcagctta aaaaattctt aagatccaac 2100 tccggaacat gcatcaacca aactcctttg tgttctgtgg gagatgtggt tacgcatgga 2160 gatgttttag cggatggccc agcaaccgat aaaggggaat tggctcttgg taaaaacgta 2220 ttagtagcct tcatgccttg gtacgggtat aacttcgaag atgcgattat catctccgag 2280 aggttgatta aacaagatgc gtacacttct atttacatag aagaatttga gttaacagct 2340 cgagatacaa aactcggtaa agaagaaatt actagagata ttcctaacgt ttctgaagag 2400 gttttggcaa atctcggaga ggatggtgtc gtccgtattg gggctgaagt caagccggga 2460 gatattcttg tcggtaaaat cactccgaaa tctgagacgg aactagctcc tgaagagcgt 2520 ttgttgcgag ctatttttgg agagaaggcg gcggacgtaa aagatgcctc tctaacggtt 2580 cctcctggta cagaaggagt cgtaatggat gtcaaagtat tcagcagaaa ggatcgcttg 2640 tccaagagcg atgatgaact ggttgaagaa gctgtgcatc ttaaggatct acagaaagaa 2700 tataagagtc agttagctca attgaaagta gaacatagag agaaactggg ggctctattg 2760 ctcaatgaaa aagctcctgc agcgattata caccgtcgtt cggcagatat tttggttcaa 2820 gaaggtgcta tttttgatca agagactatc gaactcttag aaagagagtc gctagttgat 2880 ttgctgatgg ctccttgtga catgtatgat gttttgaaag atattctttc tagctatgaa 2940 acagctgttc agcgtttgga agtcaattat aaaaccgaag ctgagcacat aaaagaaggt 3000 gatgctgact tagatcatgg agttatccga caagttaaag tttacgtggc ttccaagcga 3060 aaacttcaag ttggggataa aatggctgga cgtcacggaa acaagggagt ggtttccaag 3120 attgttccag aagcagacat gcctttctta gctaacggtg aaacagtaca gatgattttg 3180 aacccgttag gggtgccttc tcgaatgaac cttggacagg ttttagagac acatttagga 3240 tatgctgcaa aaactgcagg tatctatgtg aaaactccgg tctttgaagg gttcccagag 3300 tctcgtattt gggatatgat gatagagcag ggattgcccg aagatggtaa gtcttaccta 3360 tttgatggta aaaccggaga gcgtttcgat agcaaagtgg tcgttggata catctacatg 3420 ttgaaattga gtcacttaat tgctgataag atccacgctc gttctatagg accttactct 3480 ctcgttacgc agcaacctct tggaggtaaa gcgcagatgg gaggacagag attcggggaa 3540 atggaggtat gggctttaga ggcgtatggg gtagctcata tgttacaaga gattctgact 3600 gttaagtccg acgatgtttc gggaagaact cgtatctacg aatcaatcgt gaaaggagaa 3660 aacttacttc gttctggaac gcctgagtcg ttcaacgttt tgattaaaga aatgcaaggt 3720 ctagggcttg atgttcgccc tatggtagta gatgct 3756 <210> 426 <211> 894 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 426 atgttgaaaa ttgatttaac aggaaaaatt gctttcatag ccggcatagg cgatgataac 60 gggtatggct ggggcattgc caaaatgtta gcagaagcag gcgcaaccat acttgtgggg 120 acctgggttc ctatctataa aattttctct caatctttgg agttaggaaa attcaatgca 180 tctcgtgaac tctccaatgg agaattgcta actttcgcta aaatctatcc catggatgcc 240 agtttcgaca ccccagaaga tattcctcag gaaattttgg aaaataaacg ttacaaagat 300 ctttctgggt acactgtatc cgaagttgta gaacaggtga aaaaacattt tggacacatt 360 gatattcttg ttcactcttt agcaaacagt ccggaaattg ctaaaccatt acttgatacc 420 tctcgtaaag gctatcttgc cgccttaagt acatccagct actcctttat cagccttctc 480 tctcattttg gcccaattat gaatgcagga gctagcacca tctctctaac ttatcttgct 540 tccatgcgtg ctgttccagg gtatggcgga ggaatgaacg cagcaaaagc tgctttagaa 600 agtgatacaa aagtactggc ttgggaagcc ggccgacgtt ggggagtccg agtgaatact 660 atctcggcag ggccattagc tagccgtgca ggaaaagcta ttggatttat tgagagaatg 720 gtggattact accaagactg ggctccacta ccttctccaa tggaagctga gcaagtaggc 780 gcagcagcag ccttcttagt ctctccccta gctagcgcaa ttacgggaga aactctctat 840 gtggatcacg gagccaatgt gatgggcata ggtccagaaa tgtttcctaa ggat 894 <210> 427 <211> 894 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 427 atgagtttac agaagttatt agttacagac attgacggga caattacaca tcaatcccac 60 ctacttcatg atcgtgttgt aaaggctttg catcaatact atgattctgg ttggcagtta 120
PL 209 107 B1
273 ttttttctaa ctggcagata tttttcttat gcatatcctc ccttttctat taggtagcca gaatggttct tccgtgtggt atttattttc gtagcttgtc tcgagatttt ctatatgttt ttagatctca ttgcctgtat agaatctgga gcctctaatc ggattaggga aaacatctca ggaactcaaa gcgattcttg ccagaagctg cgcgactgct ggtggatgtt cagggacatt gaagattttg ccattgccaa atttttcggt gagagagagg agatttattc aatctccaga agtttcttca caggtaacca tttgatttca aatacgcagt gcttttactt actttaaaag gtagatcaag ttgttcagac cttctataaa gagaataagc gatgatgcta acgatatcga cctgctatct cgaggagatt gctccagagg agatgcatgg attagcggac tttttggctc attctctccg cctgggaagc tggtgagctg cgttacaaac <210> 428 <211> 459 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 428 atgttgcgct tgtttcaaca tatattgtgt tttttagaag gtccctcaag agctttcttt tgtcaatgaa gctttctctg ggtaggatgc taggctcttt acttctcctg ttagggatat tttcgacgtt ttttgcgttc ccgcggacat cttcctagcg ttggatcaac gggttttggc ttcaaaaacc tccatctatg actttagttg ttgctgagag aggagagcga gtgaccttat acagatctta atgagctaat acagaaggat caaaaaaaac atgctttcag gtttcttaaa gcaatttaaa gaaaagaaa <210> 429 <211? 1707 <212> DNA <213? Chlamydia trachomatis serovar D tttttcaaaa cctccacgga tagagaaata gtgatgtata atgctgtgta tatcagaaga aagtgaagaa tgaattacat atgtttcaaa cttttattat ttaaaattgt ccccggcgaa agctagttaa aagacccttc gttctatgcg ttggaggggg gcaattcgtc tgattaaagt tatctgaatt cttcgactcc cttttcggtt taaagagttt ttttgaagat ctttcgaaag ttttcctaca attttcttat aattatggat gcgttggcct aggttttgct ggcttctggg tatacagacg ggattttggt tcct gtttgtagac ttgggaagta gtgtttgcta cattaagatt agcgaacaag tcctccgaat tcgaggggag
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
894
120
180
240
300
360
420
459 <400> 429 atgccaaaac aagctgatta tacttgggga ttaccagaag acgttaaaca atttaaagac acagaagaag aacccactag cgaagtacat gacataagca aagactttgt tgttgtagat atgtctgagt ttatcgactc ttcagaaggt ctagaccaaa ctgaggatga cgaaggaaaa caacgacaat gggaatacat tcttgctcac attacccgaa aagttaaggg tggtttgatc ggatcccaaa tagacaataa gaagatcaag gagttcaaaa ttctcaaaat caacgtagat cttctcgaag ctgaacgcat ttctaagaaa gagcgtcgca aaggtatcgt taagaatatc ggcattgacg gcctactcca cattacagac gaaatggttg aactcaacca agaattggaa ggtcgcgtag ctcttggcct caaacaaaaa aaatatcctc caggaaaacg tgttcgcgga tttattgaaa tcgaagaagg aattgaaggc aagaacattg tagatcctaa tgaagtggtc ctttctatcc aaaaagatga aggaaaaatc ccttgggata acattgaaga aaaatatcct aatctgacaa actacggagc tttcgttgag atctctgaca tgagttggat taaaaaagtt aataccgtcg aagcagttat tctgtctgta gtgaaacaat taactcctaa tccatgggat gatatctctg gcgtagtaac taaaattacg ggtatcgaag gactgatcca tgtatccgag gatgttctct ctattggaga caaagtttct aagaaagttt ctctttctat taaagagttc gcggaagaag aatcttctga cagagac gcaaaaaaga atctcgatac gatagcttgc 60 cttctctacg cgatgtatgg cttcaccgcg 120 cctggtgcga tcctaaaagg tacagttgtt 180 gtcggcttaa aatctgaggg agttattcct 240 ttaactgtcg gagccgaagt cgaagtttac 300 gttgttttat ccagagaaaa agcaacaaga 360 tgcgaggaag gttctattgt taagggacaa 420 gtagatattg gtatggaagc cttccttcca 480 aacttagatg attacgtagg caaggtttgt 540 cgtcggaacg ttgttgtatc tagaagagaa 600 gcagagttga tcgagcaaat cactatcggt 660 acagatttcg gagtattctt ggatcttgat 720 atgacatgga aacgcattcg tcacccatcc 780 gtcatcatcc ttagcgttga taaagaaaaa 840 gagcataatc cttgggaaga tattgagaag 900 aaaattgtta aactccttcc ttatggagca 960 cttattcacg tttcagagat gtcttgggtt 1020 aacaaaggtg atgaagtcga agtagttgtt 1080 tctctcggtc tcaaacaaac aaaacacaat 1140 atcggcctcc gcgtaacagc agaaattaaa 1200 ttggagccag gaatcgaagg tttgatccat 1260 tcccatcctt cagagctctt caaaaaaggt 1320 gacaaagaaa gcaaaaaaat cactttgggc 1380 gagattgaag ttatgttccc tgtcggaagt 1440 gctttcggag ctttcgttga gttgcaaaat 1500 ctttcagaga aaccttttgc taaaattgaa 1560 gctaaagtta tcaagctaga cccagatcac 1620 cttgttcatg ggggagatgc tggtcacgat 1680
1707 <210> 430 <211> 1998 <212? DNA
274
PL 209 107 B1 <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 430 atggaatctt tgtctgttcg ttccactatc cctttacctc taggagccaa aaagctctcc 60 gctgatcgct accgtttttc tctattttct tcacaagccc agcaggttac tcttgtacta 120 ttagaccctc tttctgaaat tcatgaaatt cctctatctt ctaccgacca caggactgga 180 gccatctggc atatcgaaat tgcaggcatt tctagtgaat ggtcgtatgc ttataaacta 240 cgtggtacag acttgagctc tcaaaagttt gctacagatt cttacatcgc agacccttat 300 tctaagaata tctactcccc tcaactattt ggatccccta aacaagaaaa ggattacgca 360 tttagttacc tgaaacatga ggattttgac tgggaaggcg acactccttt gcaccttcca 420 aaagaaaatt acttcattta tgaaatgcat gttcggtcat tcacccgaga tccgtcttcc 480 caggtttccc atcctggaac tttccttggt attatcgaaa aaatagacca cctcaaacaa 540 ctaggcgttc atgcagttga actccttcct attttcgaat tcgatgaaac cgtccatcca 600 tttaaaaatc aggacttccc ccacctgtgt aactattggg ggtattcttc ggtgaatttt 660 ttctgcccct ctcgccgtta tacttatggg gcagaccctt gcgctccggc ccgagagttc 720 aagactcttg tcaaagcatt acaccgtgcg ggaatcgaag tcattctcga tgtcgttttc 780 aatcatacag gctttgaagg cacaagctgc cctcttccct ggatagatct agaatcctat 840 tatatggtca atgatcatgg ggatctcatg aatttctccg ggtgtggtaa tacagtcaat 900 accaacaccc ccactactct gaaatggatt cttgatgctt tgcggtactg ggtacaggaa 960 atgcacgtag atggatttcg ttttgattta gcctcagtct tctctagaga tccacaagga 1020 gtccctctcc ctttaacccc cattttgcaa gctatatcct ctgattccat tttatcagaa 1080 actaaactga tcgctgaacc ttgggacgct ggaggtttgt atcagcttgg acacttcccc 1140 tctatatcaa cccgatggag cgagtggaat ggatgctacc gtgaccatgt aaaagccttc 1200 ctgaatggag atgctcatca agtaagttcc tttgcttcac gaatatctgg atctcatgac 1260 atctatccca atgggaaacc tacgaactcg attaactata tctgctctca tgatggcttc 1320 acactctacg atactgttgc ctataacgat aagcacaatg aagagaatgg tgaatacaat 1380 cgtgatggga cttcagcaaa ctatagctat aactttggct gcgaaggaga aacgacagat 1440 cccaccattt gcgctctacg tgaacgccaa atgaaaaact tctttcttgc tctcttttta 1500 tctcaaggaa ttcccatgat acaatccgga gatgaatatg ggcacacagc ttatggaaat 1560 aataatcact ggtgcttaga cacaaagatc aattactttc tttgggatcg attagctgaa 1620 aggaaagaac tgttttcttt cttatgccaa gtcattgctc tgcgcaaagc ttataccgaa 1680 ttattcaata cctctttctt atcagaagat acgattacct ggctaaatac aaaaggttct 1740 cccagagagt ggggagccga tcattatcta gcttttgagt tgaaacacct gaactacagt 1800 ttattcgtag cgttttatag tgggaatgaa cgtattgaga tctctttacc taaacctaga 1860 aaagaacatt tggcctatga aaaaattgta gatagcacaa caggattctt ttctcagata 1920 ttatctccca aactctctct tgaaccttat agctctttgg tagccatcag cagaagaaaa 1980 acctccttgg aatctaga 1998 <210> 431 <211> 609 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 431
Met Gly Phe Trp Arg 5 Thr Ser Ile Met Lys 10 Met Asn Arg Ile Trp 15 Leu
Leu Leu Leu Thr 20 Phe Ser Ser Ala Ile 25 His Ser Pro Val Gin 30 Gly Glu
Ser Leu Val 35 Cys Lys Asn Ala Leu 40 Gin Asp Leu Ser Phe 45 Leu Glu His
Leu Leu 50 Gin Val Lys Tyr Ala 55 Pro Lys Thr Trp Lys 60 Glu Gin Tyr Leu
Gly 65 Trp Asp Leu Val Gin 70 Ser Ser Val Ser Ala 75 Gin Gin Lys Leu Arg 80
Thr Gin Glu Asn Pro 85 Ser Thr Ser Phe Cys 90 Gin Gin Val Leu Ala 95 Asp
Phe Ile Gly Gly 100 Leu Asn Asp Phe His 105 Ala Gly Val Thr Phe 110 Phe Ala
Ile Glu Ser 115 Ala Tyr Leu Pro Tyr 120 Thr Val Gin Lys Ser 125 Ser Asp Gly
PL 209 107 B1
275
Arg Phe 130 Tyr Phe Val Asp Ile Met 135 Thr Phe Ser Ser 140 Glu Ile Arg Val
Gly Asp Glu Leu Leu Glu Val Asp Gly Ala Pro Val Gin Asp Val Leu
145 150 155 160
Ala Thr Leu Tyr Gly Ser Asn His Lys Gly Thr Ala Ala Glu Glu Ser
165 170 175
Ala Ala Leu Arg Thr Leu Phe Ser Arg Met Ala Ser Leu Gly His Lys
180 185 190
Val Pro Ser Gly Arg Thr Thr Leu Lys Ile Arg Arg Pro Phe Gly Thr
195 200 205
Thr Arg Glu Val Arg Val Lys Trp Arg Tyr Val Pro Glu Gly Val Gly
210 215 220
Asp Leu Ala Thr Ile Ala Pro Ser Ile Arg Ala Pro Gin Leu Gin Lys
225 230 235 240
Ser Met Arg Ser Phe Phe Pro Lys Lys Asp Asp Ala Phe His Arg Ser
245 250 255
Ser Ser Leu Phe Tyr Ser Pro Met Val Pro His Phe Trp Ala Glu Leu
260 265 270
Arg Asn His Tyr Ala Thr Ser Gly Leu Lys Ser Gly Tyr Asn Ile Gly
275 280 285
Ser Thr Asp Gly Phe Leu Pro Val Ile Gly Pro Val Ile Trp Glu Ser
290 295 300
Glu Gly Leu Phe Arg Ala Tyr Ile Ser Ser Val Thr Asp Gly Asp Gly
305 310 315 320
Lys Ser His Lys Val Gly Phe Leu Arg Ile Pro Thr Tyr Ser Trp Gin
325 330 335
Asp Met Glu Asp Phe Asp Pro Ser Gly Pro Pro Pro Trp Glu Glu Phe
340 345 350
Ala Lys Ile Ile Gin Val Phe Ser Ser Asn Thr Glu Ala Leu Ile Ile
355 360 365
Asp Gin Thr Asn Asn Pro Gly Gly Ser Val Leu Tyr Leu Tyr Ala Leu
370 375 380
Leu Ser Met Leu Thr Asp Arg Pro Leu Glu Leu Pro Lys His Arg Met
385 390 395 400
Ile Leu Thr Gin Asp Glu Val Val Asp Ala Leu Asp Trp Leu Thr Leu
405 410 415
Leu Glu Asn Val Asp Thr Asn Val Glu Ser Arg Leu Ala Leu Gly Asp
420 425 430
Asn Met Glu Gly Tyr Thr Val Asp Leu Gin Val Ala Glu Tyr Leu Lys
435 440 445
Ser Phe Gly Arg Gin Val Leu Asn Cys Trp Ser Lys Gly Asp Ile Glu
450 455 460
Leu Ser Thr Pro Ile Pro Leu Phe Gly Phe Glu Lys Ile His Pro His
465 470 475 480
Pro Arg Val Gin Tyr Ser Lys Pro Ile Cys Val Leu Ile Asn Glu Gin
485 490 495
276
PL 209 107 B1
Asp Phe Ser Cys 500 Ala Asp Phe Phe Pro 505 Val Val Leu Lys Asp 510 Asn Asp
Arg Ala Leu 515 Ile Val Gly Thr Arg 520 Thr Ala Gly Ala Gly 525 Gly Phe Val
Phe Asn 530 Val Gin Phe Pro Asn 535 Arg Thr Gly Ile Lys 540 Thr Cys Ser Leu
Thr 545 Gly Ser Leu Ala Val 550 Arg Glu His Gly Ala 555 Phe Ile Glu Asn Ile 560
Gly Val Glu Pro His 565 Ile Asp Leu Pro Phe 570 Thr Ala Asn Asp Ile 575 Arg
Tyr Lys Gly Tyr 580 Ser Glu Tyr Leu Asp 585 Lys Val Lys Lys Leu 590 Val Cys
Gin Leu Ile 595 Asn Asn Asp Gly Thr 600 Ile Ile Leu Ala Glu 605 Asp Gly Ser
Phe <210> 432 <211> 268 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 432
Met Pro Pro Arg Ser 5 Pro Ser Phe Leu Val 10 His Ile Trp Arg Leu 15 Phe
Phe Ala Lys Gly 20 Pro Asn Tyr Ser Leu 25 Pro Tyr Ala Phe Leu 30 Cys Ile
Phe Val Ser 35 Val Leu Val Phe Leu 40 Pro Ile Gly Leu Trp 45 Leu Thr Leu
Pro Ser 50 Phe Leu Asn Phe Lys 55 His Ser Leu Thr Pro 60 Ile Lys Thr Leu
Phe 65 Leu Thr Cys Thr Glu 70 Pro Pro Cys Leu Pro 75 Glu Pro Phe Phe Ser 80
Asp Ile Leu His Leu 85 Ser Ala Asp Ser Pro 90 Pro Ala Leu Gin Thr 95 Phe
Ser Thr Lys Ser 100 Ala Glu His Phe Leu 105 Asn Glu Leu Gly Val 110 Phe Ser
Phe Ile Ser 115 Ile Glu Lys Val Pro 120 Asp His Lys Gly Leu 125 Ala Ile Ser
Tyr Ala 130 Leu His Thr Pro Leu 135 Ala Phe Leu Gly Asn 140 Gin Thr His Thr
Phe 145 Ile Gly Tyr Glu Gly 150 Gin Thr Phe Pro Ala 155 Leu Pro Phe Phe Gin 160
Ser Leu Glu Leu Pro 165 Thr Va.l Phe Phe Ser 170 Gin Gin Ala Leu Ser 175 Gin
Thr Arg Ile Pro i nn His Gin Thr Leu Ser Ile Yal Thr Ser Leu Ile Asp
PL 209 107 B1
277
Gin Leu Gin 195 Met Asp Pro Pro Ser 200 Ile Ile Asp Leu Ser 205 Gin Ile Asp
His Tyr 210 Pro Gly Glu Phe Val 215 Val Ser Leu Ser Ser 220 Gly Thr Leu Leu
Arg 225 Phe Arg Lys Asp Ser 230 Phe Leu Pro Gly Ile 235 Gin His Tyr Gin Gin 240
Ala Leu Ser Leu Gly 245 Ala Phe Ser Pro Gin 250 Gin Ala Val Ile Cys 255 Asp
Leu Arg Cys Glu Asp Tyr Leu Leu Leu Lys Arg Lys
260 265 <210> 433 <211> 221 <212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 433
Met Lys Lys Phe Ile Tyr Lys Tyr Ser Phe Gly Ala Leu Leu Leu Leu
5 10 15
Ser Gly Leu Ser Gly Leu Ser Ser Cys Cys Ala Asn Ser Tyr Gly Ser
20 25 30
Thr Leu Ala Lys Asn Thr Ala Glu Ile Lys Glu Glu Ser Val Thr Leu
35 40 45
Arg Glu Lys Pro Asp Ala Gly Cys Lys Lys Lys Ser Ser Cys Tyr Leu
50 55 60
Arg Lys Phe Phe Ser Arg Lys Lys Pro Lys Glu Lys Thr Glu Pro Val
65 70 75 80
Leu Pro Asn Phe Lys Ser Tyr Ala Asp Pro Met Thr Asp Ser Glu Arg
85 90 95
Lys Asp Leu Ser Phe Val Val Ser Ala Ala Ala Asp Lys Ser Ser Ile
100 105 110
Ala Leu Ala Met Ala Gin Gly Glu Ile Lys Gly Ala Leu Ser Arg Ile
115 120 125
Arg Glu Ile His Pro Leu Ala Leu Leu Gin Ala Leu Ala Glu Asp Pro
130 135 140
Ala Leu Ile Ala Gly Met Lys Lys Met Gin Gly Arg Asp Trp Val Trp
145 150 155 160
Asn Ile Phe Ile Thr Glu Leu Ser Lys Val Phe Ser Gin Ala Ala Ser
165 170 175
Leu Gly Ala Phe Ser Val Ala Asp Val Ala Ala Phe Ala Ser Thr Leu
180 185 190
Gly Leu Asp Ser Gly Thr Val Thr Ser Ile Val Asp Gly Glu Arg Trp
195 200 205
Ala Glu Leu Ile Asp Val Val Ile Gin Asn Pro Ala Ile
215 220 <210> 434 <211> 490 <212> PRT
278
PL 209 107 B1 <213 > Chlamydia trachomatis serovar D <400> 434
Met Ser Asp Leu Ser 5 Asp Leu Phe Lys Thr 10 His Phe Thr Gin Tyr 15 Ala
Ser Tyr Val Ile 20 Leu Glu Arg Ala Ile 25 Pro His Val Leu Asp 30 Gly Leu
Lys Pro Val 35 Gin Arg Arg Leu Leu 40 Trp Thr Leu Phe Arg 45 Met Asp Asp
Gly Lys 50 Met His Lys Val Ala 55 Asn Ile Ala Gly Arg 60 Thr Met Ala Leu
His 65 Pro His Gly Asp Ala 70 Pro Ile Val Glu Ala 75 Leu Val Val Leu Ala 80
Asn Lys Giy Phe Leu 85 Ile Glu Thr Gin Gly 90 Asn Phe Gly Asn Pro 95 Leu
Thr Gly Asp Pro 100 His Ala Ala Ala Arg 105 Tyr Ile Glu Ala Arg 110 Leu Ser
Pro Leu Ala 115 Lys Glu Val Leu Phe 120 Asn Thr Asp Leu Met 125 Thr Phe His
Asp Ser 130 Tyr Asp Gly Arg Glu 135 Gin Glu Pro Asp Ile 14 0 Leu Ala Ala Lys
Ile 145 Pro Leu Leu Leu Leu 150 His Gly Val Asp Gly 155 Ile Ala Val Gly Met 160
Thr Thr Lys Ile Phe 165 Pro His Asn Phe Cys 170 Asp Leu Leu Glu Ala 175 Gin
Ile Ala Ile Leu 180 Asn Asp Gin Pro Phe 185 Ser Leu Leu Pro Asp 190 Phe Pro
Pro Gly Gly 195 Thr Met Asp Ala Ser 200 Asp Tyr Gin Asp Gly 205 Leu Gly Ser
Ile Val 210 Leu Arg Ala Thr Ile 215 Asp Ile Ile Asn Asp 220 Lys Thr Leu Leu
Ile 225 Lys Glu Ile Cys Pro 230 Ser Thr Thr Thr Glu 235 Thr Leu Ile Arg Ser 240
Ile Glu Asn Ala Ala 245 Lys Arg Gly Ile Ile 250 Lys Ile Asp Ser Ile 255 Gin
Asp Phe Ser Thr 260 Asp Leu Pro His Ile 265 Glu Ile Lys Leu Pro 270 Lys Gly
ile Tyr Ala 275 Lys Asp Leu Leu Arg 280 Pro Leu Tyr Thr His 285 Thr Glu Cys
Gin Val 290 Ile Leu Thr Ser Arg 295 Pro Thr Ala Ile Tyr 300 Gin Gly Lys Pro
Trp 305 Glu Thr Thr Ile Ser 310 Glu Ile Leu Arg Leu 315 Gin Thr Lys Thr Leu 320
Gin Asn Tyr Leu Lys 325 Lys Glu Leu Leu Ile 330 Leu Glu Asp Ser Leu 335 Ser
Arg Glu Leu Tyr 340 His Lys Thr Leu Glu 345 Tyr Leu Phe Ile Lys 350 His Lys
PL 209 107 B1
279
Leu Tyr Asp Thr Val Arg Ser Met Leu Ser Lys Arg Lys Thr Ser Pro
355 360 365
Ser Ser Ser Thr ile His Asn Ala Val Leu Glu Ala Leu Thr Pro Phe
370 375 380
Leu Asp Thr Leu Pro Ala Pro Asp Lys Gin Ala Thr Ala Gin Leu Ala
385 390 395 400
Ala Leu Thr Ile Lys Lys Ile Leu Cys Phe Asp Glu Asn Ser Tyr Glu
405 410 415
Lys Glu Leu Ala Cys Leu Glu Lys Lys Arg Ser Ser Val Gin Lys Asp
420 425 430
Leu Ser Gin Leu Lys Lys Tyr Thr Val Leu Tyr Ile Lys Lys Leu Leu
435 440 445
Glu Thr Tyr Arg Gin Leu Gly His Arg Lys Thr Lys Ile Ala Lys Phe
450 455 460
Asp Asp Leu Pro Thr Glu Arg val Ser Ala His Lys Lys Ala Lys Glu
465 470 475 480
Leu Ala Ala Leu Asp Gin Glu Glu Asn Phe
485 490
<210> 435 <211> 78 <212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 435 Met Lys Glu Phe Leu Ala Tyr Ile Val Lys Asn Leu val Asp Lys Pro
5 10 15
Glu Glu Val His Leu Lys Glu Val Gin Gly Thr Asn Thr Ile Ile Tyr
20 25 30
Glu Leu Thr Val Ala Lys Gly Asp Ile Gly Lys ile Ile Gly Lys Glu
35 40 45
Gly Arg Thr Ile Lys Ala Ile Arg Thr Leu Leu Val Ser Val Ala Ser
50 55 60
Arg Asp Asn Val Lys Val Ser Leu Glu Ile Met Glu Glu Arg
65 70 75
<210? 436 <211> 647 <212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 436 Met Glu Ser Gly Pro Glu Ser Val Ser Ser Asn Gin Ser Ser Met Asn
5 10 15
Pro Ile Ile Asn Gly Gin Ile Ala Ser Asn Ser Glu Thr Lys Glu Ser
20 25 30
Thr Lys Glu Ser Glu Ala Ser Pro Ser Ala Ser Ser Ser Val Ser Ser
35 40 45
Trp Ser Phe Leu Ser Ser Ala Lys His Ala Leu Ile Ser Leu Arg Asp
50 55 60
280
PL 209 107 B1
Ala 65 Ile Leu Asn Lys Asn 70 Ser Ser Pro Thr Asp 75 Ser Leu Ser Gin Leu 80
Glu Ala Ser Thr Ser 85 Thr Ser Thr Val Thr 90 Arg Val Ala Ala Arg 95 Asp
Tyr Asn Glu Ala 100 Lys Ser Asn Phe Asp 105 Thr Ala Lys Ser Gly 110 Leu Glu
Asn Ala Thr 115 Thr Leu Ala Glu Tyr 120 Glu Thr Lys Met Ala 125 Asp Leu Met
Ala Ala 130 Leu Gin Asp Met Glu 135 Arg Leu Ala Lys Gin 140 Lys Ala Glu Val
Thr 145 Arg Ile Lys Glu Ala 150 Leu Gin Glu Lys Gin 155 Glu Val Ile Asp Lys 160
Leu Asn Gin Leu Val 165 Lys Leu Glu Lys Gin 170 Asn Gin Thr Leu Lys 175 Glu
Thr Leu Thr Thr 180 Thr Asp Ser Ala Asp 185 Gin Ile Pro Ala Ile 190 Asn Ser
Gin Leu Glu 195 Ile Asn Lys Asn Ser 200 Ala Asp Gin Ile Ile 205 Lys Asp Leu
Glu Gly 210 Gin Asn Ile Ser Tyr 215 Glu Ala Val Leu Thr 220 Asn Ala Gly Glu
Val 225 Ile Lys Ala Ser Ser 230 Glu Ala Gly Ile Lys 235 Leu Gly Gin Ala Leu 240
Gin Ser Ile Val Asp 245 Ala Gly Asp Gin Ser 250 Gin Ala Ala Val Leu 255 Gin
Ala Gin Gin Asn 260 Asn Ser Pro Asp Asn 265 Ile Ala Ala Thr Lys 270 Lys Leu
Ile Asp Ala 275 Ala Glu Thr Lys Val 280 Asn Glu Leu Lys Gin 285 Glu His Thr
Gly Leu 290 Thr Asp Ser Pro Leu 295 Val Lys Lys Ala Glu 300 Glu Gin Ile Ser
Gin 305 Ala Gin Lys Asp Ile 310 Gin Glu Ile Lys Pro 315 Ser Gly Ser Asp Ile 320
Pro Ile Val Gly Pro 325 Ser Gly Ser Ala Ala 330 Ser Ala Gly Ser Ala 335 Val
Gly Ala Leu Lys 340 Ser Ser Asn Asn Ser 345 Gly Arg Ile Ser Leu 350 Leu Leu
Asp Asp Val 355 Asp Asn Glu Met Ala 360 Ala Ile Ala Met Gin 365 Gly Phe Arg
Ser Met 370 Ile Glu Gin Phe Asn 375 Val Asn Asn Pro Ala 380 Thr Ala Lys Glu
Leu 385 Gin Ala Met Glu Ala 390 Gin Leu Thr Ala Met 395 Ser Asp Gin Leu Val 400
Gly Ala Asp Gly Glu 405 Leu Pro Ala Glu Ile 410 Gin Ala Ile Lys Asp 415 Ala
Leu Ala Gin Ala Leu Lys Gin Pro Ser Thr Asp Gly Leu Ala Thr Ala
PL 209 107 B1
281
420 425 430
Met Gly Gin Val Ala Phe 435 Ala Ala Ala Lys Val 440 Gly Gly Gly Ser Ala 445
Gly Thr Ala Gly Thr Val 450 Gin Met Asn Val Lys 455 Gin Leu Tyr Lys Thr 460
Ala 465 Phe Ser Ser Thr Ser 470 Ser Ser Ser Tyr Ala 475 Ala Ala Leu Ser Asp 480
Gly Tyr Ser Ala Tyr Lys 485 Thr Leu Asn Ser Leu 490 Tyr Ser Glu Ser Arg 495
Ser Gly Val Gin Ser Ala 500 Ile Ser Gin Thr Ala 505 Asn Pro Ala Leu Ser 510
Arg Ser Val Ser Arg Ser 515 Gly Ile Glu Ser Gin 520 Gly Arg Ser Ala Asp 525
Ala Ser Gin Arg Ala Ala 530 Glu Thr Ile Val Arg 535 Asp Ser Gin Thr Leu 540
Gly 545 Asp Val Tyr Ser Arg 550 Leu Gin Val Leu Asp 555 Ser Leu Met Ser Thr 560
Ile Val Ser Asn Pro Gin 565 Val Asn Gin Glu Glu 570 Ile Met Gin Lys Leu 575
Thr Ala Ser Ile Ser Lys 580 Ala Pro Gin Phe Gly 585 Tyr Pro Ala Val Gin 590
Asn Ser Ala Asp Ser Leu 595 Gin Lys Phe Ala Ala 600 Gin Leu Glu Arg Glu 605
Phe Val Asp Gly Glu Arg 610 Ser Leu Ala Glu Ser 615 Arg Glu Asn Ala Phe 620
Arg Lys Gin Pro Ala Phe Ile Gin Gin Val Leu Val Asn Ile Ala Ser
630 635 640
Leu Phe Ser Gly Tyr Leu Ser 645 <210> 437 <211> 231 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 437
Met Met Glu Val Phe 5 Met Asn Phe Leu Asp 10 Gin Leu Asp Leu Ile 15 Ile
Gin Asn Lys His 20 Met Leu Glu His Thr 25 Phe Tyr Val Lys Trp 30 Ser Lys
Gly Glu Leu 35 Thr Lys Glu Gin Leu 40 Gin Ala Tyr Ala Lys 45 Asp Tyr Tyr
Leu His 50 Ile Lys Ala Phe Pro 55 Lys Tyr Leu Ser Ala 60 Ile His Ser Arg
Cys 65 Asp Asp Leu Glu Ala 70 Arg Lys Leu Leu Leu 75 Asp Asn Leu Met Asp 80
Glu Glu Asn Gly Tyr 85 Pro Asn His Ile Asp 90 Leu Trp Lys Gin Phe 95 Val
282
PL 209 107 B1
Phe Ala Leu Gly 100 Val Thr Pro Glu Glu 105 Leu Glu Ala His Glu 110 Pro Ser
Glu Ala Ala 115 Lys Ala Lys Val Ala 120 Thr Phe Met Arg Trp 125 Cys Thr Gly
Asp Ser 130 Leu Ala Ala Gly Val 135 Ala Ala Leu Tyr Ser 140 Tyr Glu Ser Gin
Ile 145 Pro Arg Ile Ala Arg 150 Glu Lys Ile Arg Gly 155 Leu Thr Glu Tyr Phe 160
Gly Phe Ser Asn Pro 165 Glu Asp Tyr Ala Tyr 170 Phe Thr Glu His Glu 175 Glu
Ala Asp Val Arg 180 His Ala Arg Glu Glu 185 Lys Ala Leu Ile Glu 190 Met Leu
Leu Lys Asp 195 Asp Ala Asp Lys Val 200 Leu Glu Ala Ser Gin 205 Glu Val Thr
Gin Ser 210 Leu Tyr Gly Phe Leu 215 Asp Ser Phe Leu Asp 220 Pro Gly Thr Cys
Cys Ser Cys His Gin Ser Tyr
225 230 <210> 438 <211> 533 <212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 438
Met Ser Asn Ser Phe Arg Asp Gin Glu Gin Gly Leu Gin Ala Val Phe
5 10 15
Arg Ala Ala Arg Val Ile Ser His Met Phe Ser Gin Thr Ile Gly Pro
20 25 30
Tyr Gly Phe Ser Thr Ile Val His Asn Val Gin Asp Thr Arg Thr Thr
35 40 45
Gin Asp Ser Gin Ser Met Leu Lys Asp Ile Leu Phe Pro Asp Val Phe
50 55 60
Glu Asn Ile Gly Met Lys Leu Ile Arg Asp Thr Ala Leu Arg Thr Arg
65 70 75 8 0
Met Arg Phe Gly Asp Gly Ala Lys Thr Thr Ala Leu Leu Ile Glu Ala
85 90 95
Leu Leu Ala Glu Gly Met Thr Gly Ile Gin Lys Gly Leu Asp Pro His
100 105 110
Glu Ile His Arg Gly Met Leu Leu Ala Glu Lys Lys Ile Gin Glu Val
115 120 125
Phe Tyr Arg Glu Thr Phe Pro Leu Ser Asp Leu Glu His Thr Val Tyr
130 135 140
Val Ser Ser Ile Ala Arg Arg Cys Asn Ser Glu Ile Ala Ser Val Leu
145 150 155 160
Ser Ser Ala Val Gly Tyr Gly Gly Lys Asn Gly Tyr Tyr Ile Yal Glu
165 170 175
PL 209 107 B1
283
Glu His Glu Glu 180 His Glu Thr Tyr Trp 185 His Ala Glu Glu His 190 Ala Val
Trp Asp Phe 195 Gly Tyr Ala Ser Pro 200 Tyr Phe Ile Thr His 205 Ala Glu Thr
Gly Thr 210 Val Glu Tyr Ser Gin 215 val Tyr Ile Leu Val 220 Ser Glu Gin Pro
Leu 225 His Tyr Ser Asn Pro 230 Ser Phe Leu Thr Phe 235 Leu Gin Ser Val Val 240
Gin Ala Gly Lys Thr 245 Pro Leu Val Ile Leu 250 Ala Glu Ala Phe Asp 255 Lys
Glu Leu Leu Ala 260 Met Leu Glu Met Asn 265 Gin Ile Glu Arg Val 270 Phe Pro
Val Cys Ala 275 Val Lys Val Ser Gly 280 Lys His Ala Arg Glu 285 Ser Leu Glu
Asp Ile 290 Ala Val Leu Thr Gly 295 Ala Thr Leu Leu Ser 300 Glu Met Asp Phe
Glu 305 Asp Ser Glu Glu Glu 310 Arg Ile Thr Asn Arg 315 Leu Gly Phe Val Ala 320
Gly Ile Cys Val Ser 325 Ser Thr Ser Leu Cys 330 Val Pro Arg Glu Thr 335 Asp
Asn Lys Gin Arg 340 Met Ala Glu His Cys 345 Ala Phe Leu Gin Asp 350 Lys Leu
Ser Phe Ser 355 Gin Glu Glu Glu Ala 360 Ser Ala Arg Leu Arg 365 Arg Arg Leu
Ala Arg 370 Leu Ser Ser Gly Glu 375 Val cys Ile His Ile 380 Ala Ala Asp Cys
Ile 385 Pro Gin Glu Glu Ile 390 Gly Tyr Ile Thr Ser 395 Ser Ile Arg Ala Met 400
Thr Glu Ser Leu Arg 405 Ser Gly Cys Leu Pro 410 Gly Gly Gly Cys Ala 415 Phe
Ile Arg Ala Ala 420 Arg Glu Ile Ser Val 425 Pro Leu Ala Leu Ser 430 Pro Ser
Glu Arg Phe 435 Gly Phe Leu Ala Val 440 Leu Ser Ala Ala Glu 445 Lys Pro Phe
Arg Ala 450 Ile Val Thr Arg Ser 455 Arg Arg Val Glu Glu 460 Glu Val Phe Ser
Glu 465 Val Phe Ser Gin Ala 470 Asp Trp Arg Val Gly 475 Phe Asn Gly Val Ser 480
Gly Phe Val Glu Asp 485 Ile Val Ser Gin Gly 490 Ile Cys Asp Gly Ala 495 Ser
Cys Ile Gin Tyr 5 00 Ala Leu Ser His Ala 505 Val Gly Thr Thr Gly 510 Leu Leu
Leu Thr Ser 515 Ala Leu Phe Ile Ala 520 Ser Gin Glu Pro Met 525 Leu Arg Glu
Glu Asn Ser Glu Glu 530
284
PL 209 107 B1 <210> 439 <211> 465 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400? 439
Met Asn Glu Ala Phe 5 Asp Cys Val Val Ile 10 Gly Ala Gly Pro Gly 15 Gly
Tyr Val Ala Ala 20 Ile Thr Ala Ala Gin 25 Ala Gly Leu Lys Thr 30 Ala Leu
Ile Glu Lys 35 Arg Glu Ala Gly Gly 40 Thr Cys Leu Asn Arg 45 Gly Cys Ile
Pro Ser 50 Lys Ala Leu Leu Ala 55 Gly Ala Glu Val Val 60 Thr Gin Ile Arg
His 65 Ala Asp Gin Phe Gly 70 Ile His Val Glu Gly 75 Phe Ser Ile Asn Tyr 80
Pro Ala Met val Gin 85 Arg Lys Asp Ser Val 90 Val Arg Ser Ile Arg 95 Asp
Gly Leu Asn Gly 100 Leu Ile Arg Ser Asn 105 Lys Ile Thr Val Phe 110 Ser Gly
Arg Gly Ser 115 Leu Ile Ser Ser Thr 120 Glu Val Lys Ile Leu 125 Gly Glu Asn
Pro Ser 130 Val Ile Lys Ala His 135 Ser ile Ile Leu Ala 140 Thr Gly Ser Glu
Pro 145 Arg Ala Phe Pro Gly 150 Ile Pro Phe Ser Ala 155 Glu Ser Pro Arg Ile 160
Leu Cys Ser Thr Gly 165 Val Leu Asn Leu Lys 170 Glu Ile Pro Gin Lys 175 Met
Ala He Ile Gly 180 Gly Gly Val Ile Gly 185 Cys Glu Phe Ala Ser 190 Leu Phe
His Thr Leu 195 Gly Ser Glu Val Ser 200 Val Ile Glu Ala Ser 205 Ser Gin Ile
Leu Ala 210 Leu Asn Asn Pro Asp 215 Ile Ser Lys Thr Met 220 Phe Asp Lys Phe
Thr 225 Arg Gin Gly Leu Arg 230 Phe Val Leu Glu Ala 235 Ser Val Ser Asn Ile 240
Glu Asp Ile Gly Asp 245 Arg Val Arg Leu Thr 250 Ile Asn Gly Asn Val 255 Glu
Glu Tyr Asp Tyr 260 Val Leu Val Ser Ile 265 Gly Arg Arg Leu Asn 270 Thr Glu
Asn Ile Gly 275 Leu Asp Lys Ala Gly 280 Val Ile Cys Asp Glu 285 Arg Gly Val
Ile Pro 290 Thr Asp Ala Thr Met 295 Arg Thr Asn Val Pro 300 Asn Ile Tyr Ala
Ile Gly Asp Ile Thr Gly Lys Trp Gin Leu Ala His Val Ala Ser His
305 310 315 320
PL 209 107 B1
285
Gin. Gly Ile Ile Ala 325 Ala Arg Asn Ile Ala 330 Gly His Lys Glu Glu 335 Ile
Asp Tyr Ser Ala 340 Val Pro Ser Val Ile 345 Phe Thr Phe Pro Glu 350 Val Ala
Ser Val Gly 355 Leu Ser Pro Thr Ala 360 Ala Gin Gin Gin Lys 365 Ile Pro Val
Lys Val 370 Thr Lys Phe Pro Phe 375 Arg Ala Ile Gly Lys 380 Ala Val Ala Met
Gly 385 Glu Ala Asp Gly Phe 390 Ala Ala Ile Ile Ser 395 His Glu Thr Thr Gin 400
Gin Ile Leu Gly Ala 405 Tyr Val Ile Gly Pro 410 His Ala Ser Ser Leu 415 Ile
Ser Glu Ile Thr 420 Leu Ala Val Arg Asn 425 Glu Leu Thr Leu Pro 430 Cys Ile
Tyr Glu Thr 435 Ile His Ala His Pro 440 Thr Leu Ala Glu Val 445 Trp Ala Glu
Ser Ala Leu Leu Ala Val Asp Thr Pro Leu His Met Pro Pro Ala Lys
450 455 460
Lys
465 <210? 440 <211> 122 <212? PRT
<21: !> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 440
Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile 5 Asp Ile Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys 10 15
Ile Ser Leu Thr 20 Tyr Ile Tyr Gly Ile 25 Gly Pro Ala Leu Ser Lys Glu 30
Ile Ile Ala Arg 35 Leu Gin Leu Asn Pro 40 Glu Ala Arg Ala Ala Glu Leu 45
Thr Glu Glu Glu 50 Val Gly Arg 55 Leu Asn Ala Leu Leu Gin Ser Asp Tyr 60
Val 65 Val Glu Gly Asp Leu Arg 70 Arg Arg Val Gin Ser Asp Ile Lys Arg 75 80
Leu Ile Thr Ile His Ala Tyr 85 Arg Gly Gin Arg His Arg Leu Ser Leu 90 95
Pro Val Arg Gly 100 Gin Arg Thr Lys Thr 105 Asn Ser Arg Thr Arg Lys Gly 110
Lys Arg Lys Thr Val Ala Gly Lys Lys Lys 115 120 <210? 441 <211> 553 <212? PRT <213? Chlamydia trachomatis serovar D <400? 441
286
PL 209 107 B1
Met Arg Ile Gly Asp 5 Pro Met Asn Lys Leu 10 Ile Arg Arg Ala Val 15 Thr
Ile Phe Ala Val 20 Thr Ser Val Ala Ser 25 Leu Phe Ala Ser Gly 30 Val Leu
Glu Thr Ser 35 Met Ala Glu Ser Leu 40 Ser Thr Asn Val Ile 45 Ser Leu Ala
Asp Thr 50 Lys Ala Lys Asp Asn 55 Thr Ser His Lys Ser 60 Lys Lys Ala Arg
Lys 65 Asn His Ser Lys Glu 70 Thr Pro Val Asp Arg 75 Lys Glu Val Ala Pro 80
Val His Glu Ser Lys 85 Ala Thr Gly Pro Lys 90 Gin Asp Ser Cys Phe 95 Gly
Arg Met Tyr Thr 100 Val Lys Val Asn Asp 105 Asp Arg Asn Val Glu 110 Ile Thr
Gin Ala Val 115 Pro Glu Tyr Ala Thr 120 Val Gly Ser Pro Tyr 125 Pro Ile Glu
Ile Thr 130 Ala Thr Gly Lys Arg 135 Asp Cys Val Asp Val 140 Ile Ile Thr Gin
Gin 145 Leu Pro Cys Glu Ala 150 Glu Phe Val Arg Ser 155 Asp Pro Ala Thr Thr 160
Pro Thr Ala Asp Gly 165 Lys Leu Val Trp Lys 170 Ile Asp Arg Leu Gly 175 Gin
Gly Glu Lys Ser 180 Lys Ile Thr Val Trp 185 Val Lys Pro Leu Lys 190 Glu Gly
Cys Cys Phe 195 Thr Ala Ala Thr Val 200 Cys Ala Cys Pro Glu 205 Ile Arg Ser
Val Thr 210 Lys Cys Gly Gin Pro 215 Ala Ile Cys Val Lys 220 Gin Glu Gly Pro
Glu 225 Asn Ala Cys Leu Arg 230 Cys Pro Val Val Tyr 235 Lys Ile Asn Ile Val 240
Asn Gin Gly Thr Ala 245 Thr Ala Arg Asn Val 250 Val Val Glu Asn Pro 255 Val
Pro Asp Gly Tyr 260 Ala His Ser Ser Gly 265 Gin Arg Val Leu Thr 270 Phe Thr
Leu Gly Asp 275 Met Gin Pro Gly Glu 280 His Arg Thr Ile Thr 285 Val Glu Phe
Cys Pro 290 Leu Lys Arg Gly Arg 295 Ala Thr Asn Ile Ala 300 Thr Val Ser Tyr
Cys 305 Gly Gly His Lys Asn 310 Thr Ala Ser Val Thr 315 Thr Val Ile Asn Glu 320
Pro Cys Val Gin Val 325 Ser Ile Ala Gly Ala 330 Asp Trp Ser Tyr Val 335 Cys
Lys Pro Val Glu 340 Tyr Val Ile Ser Val 345 Ser Asn Pro Gly Asp 350 Leu Val
Leu Arg Asp 355 Val Val Val Glu Asp 360 Thr Leu Ser Pro Gly 365 Val Thr Val
PL 209 107 B1
287
Leu Glu Ala 370 Ala Gly Ala Gin 375 Ile Ser Cys Asn Lys 380 Val Val Trp Thr
Val Lys Glu Leu Asn Pro Gly Glu Ser Leu Gin Tyr Lys Val Leu Val
385 390 395 400
Arg Ala Gin Thr Pro Gly Gin Phe Thr Asn Asn Val Val Val Lys Ser
405 410 415
cys Ser Asp Cys Gly Thr Cys Thr Ser Cys Ala Glu Ala Thr Thr Tyr
420 425 430
Trp Lys Gly Val Ala Ala Thr His Met Cys Val Val Asp Thr Cys Asp
435 440 445
Pro Val Cys Val Gly Glu Asn Thr Val Tyr Arg Ile Cys Val Thr Asn
450 455 460
Arg Gly Ser Ala Glu Asp Thr Asn Val Ser Leu Met Leu Lys Phe Ser
465 470 475 480
Lys Glu Leu Gin Pro Val Ser Phe Ser Gly Pro Thr Lys Gly Thr Ile
485 490 495
Thr Gly Asn Thr Val Val Phe Asp Ser Leu Pro Arg Leu Gly Ser Lys
500 505 510
Glu Thr Vał Glu Phe Ser Val Thr Leu Lys Ala Val Ser Ala Gly Asp
515 520 525
Ala Arg Gly Glu Ala Ile Leu Ser Ser Asp Thr Leu Thr Val Pro Val
530 535 540
Ser Asp Thr Glu Asn Thr His Ile Tyr
545 550 <210? 442 <211> 192 <212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 442
Met Pro Glu Gly Glu Met Met 5 His Lys Leu Gin Asp Val Ile Asp Arg 10 15
Lys Leu Leu Asp 20 Ser Arg Arg Ile Phe 25 Phe Ser Glu Pro Val Thr Glu 30
Lys Ser Ala Thr 35 Glu Ala Ile Lys Lys 40 Leu Trp Tyr Leu Glu Leu Thr 45
Asn Pro Gly Gin 50 Pro Ile Val 55 Phe Val Ile Asn Ser Pro Gly Gly Ser 60
Val Asp Ala Gly 65 * Phe Ala Val 70 Trp Asp Gin Ile Lys Met Ile Ser Ser 75 80
Pro Leu Thr Thr Val Val Thr 85 Gly Leu Ala Ala Ser Met Gly Ser Val 90 95
Leu Ser Leu Cys 100 Ala Val Pro Gly Arg 105 Arg Phe Ala Thr Pro His Ala 110
Arg Ile Met Ile 115 His Gin Pro Ser Ile 120 Gly Gly Thr Ile Thr Gly Gin 125
288
PL 209 107 B1
Ala Thr 130 Asp Leu Asp Ile His 135 Ala Arg Glu Ile Leu 140 Lys Thr Lys Ala
Arg 145 Ile Ile Asp Val Tyr 150 Val Glu Ala Thr Gly 155 Gin Ser Arg Glu Val 160
Ile Glu Lys Ala Ile 165 Asp Arg Asp Met Trp 170 Met Ser Ala Asn Glu 175 Ala
Met Glu Phe Gly Leu Leu Asp Gly Ile Leu Phe Ser Phe Asn Asp Leu
180 185 190 <210> 443 <211> 275 <212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 443
Met Gly Phe Ser Ser Leu Leu Thr Thr Cys Arg Tyr Leu Leu Tyr Ser
5 10 15
Gly Ala Gly Asn Ser Phe Ile Leu Gly Glu Ser Met Pro Ser Leu Glu
20 25 30
Asp Val Leu Phe Leu Cys Gin Glu Glu Met Val Asp Gly Phe Leu Cys
35 40 45
Val Glu Ser Ser Glu Ile Ala Asp Ala Lys Leu Thr Val Phe Asn Ser
50 55 60
Asp Gly Ser Ile Ala Ser Met Cys Gly Asn Gly Leu Arg Cys Ala Met
65 70 75 80
Ala His Val Ala Gin Cys Phe Gly Leu Glu Asp Val Ser Ile Glu Thr
85 90 95
Glu Arg Gly Val Tyr Gin Gly Lys Phe Phe Ser Met Asn Arg Val Leu
100 105 110
Val Asp Met Thr Leu Pro Asp Trp Lys Lys Ala Glu Arg Lys Leu Thr
115 120 125
His Val Leu Pro Gly Met Pro Glu Gin Val Phe Phe Ile Asp Thr Gly
130 135 140
Val Pro His Val Val Val Phe Val Ser Asp Leu Ser Lys Val Pro Val
145 150 155 160
Gin Glu Trp Gly Ser Phe Leu Arg Tyr His Glu Asp Phe Ala Pro Glu
165 170 175
Gly Val Asn Val Asp Phe Val Gin Arg Lys Lys Asp Asp Leu Leu Leu
180 185 190
Val Tyr Thr Tyr Glu Arg Gly Cys Glu Arg Glu Thr Leu Ser Cys Gly
195 200 205
Thr Gly Met Leu Ala Ser Ala Leu Val Ala Ala Asp Ile Phe Ser Leu
210 215 220
Gly Gin Asp Phe Ser Ile Ala Val Cys Ser Arg Ser Arg Asn Leu Ile
225 230 235 240
Lys Ile Phe Ser Glu Lys Gly Lys Val Phe Leu Glu Gly Pro Val Ser
245 250 255
Leu Leu Asn Arg Ser Glu Asn Phe Gly Trp Leu Glu Pro Lys Ser Arg
PL 209 107 B1
289
260 265 270
Arg Phe Gly 275
<210> <211> <212> <213> 444 1770 PRT Chlamydia trachomatis serovar D
<40Q> 444
Met Lys Phe Met Ser 5 Ala Thr Ala Val Phe 10 Ala Ala Ala Leu Ser 15 Ser
Val Thr Glu Ala 20 Ser Ser Ile Gin Asp 25 Gin Ile Lys Asn Thr 30 Asp Cys
Asn Val Ser 35 Lys Leu Gly Tyr Ser 40 Thr Ser Gin Ala Phe 45 Thr Asp Met
Met Leu 50 Ala Asp Asn Thr Glu 55 Tyr Arg Ala Ala Asp 60 Ser Val Ser Phe
Tyr 65 Asp Phe Ser Thr Ser 70 Ser Arg Leu Pro Arg 75 Lys His Leu Ser Ser 80
Ser Ser Glu Ala Ser 65 Pro Thr Thr Glu Gly 90 Val Ser Ser Ser Ser 95 Ser
Gly Glu Thr Asp 100 Glu Lys Thr Glu Glu 105 Glu Leu Asp Asn Gly 110 Gly Ile
Ile Tyr Ala 115 Arg Glu Lys Leu Thr 120 Ile Ser Glu Ser Gin 125 Asp Ser Leu
Ser Asn 130 Gin Ser Ile Glu Leu 135 His Asp Asn Ser Ile 140 Phe Phe Gly Glu
Gly 145 Glu Val Ile Phe Asp 150 His Arg Val Ala Leu 155 Lys Asn Gly Gly Ala 160
Ile Tyr Gly Glu Lys 165 Glu Val Val Phe Glu 170 Asn Ile Lys Ser Leu 175 Leu
Val Glu Val Asn 180 Ile Ala Yal Glu Lys 185 Gly Gly Ser Val Tyr 190 Ala Lys
Glu Arg Val 195 Ser Leu Glu Asn Val 200 Thr Glu Ala Thr Phe 205 Ser Ser Asn
Gly Gly 210 Glu Gin Gly Gly Gly 215 Gly Ile Tyr Ser Glu 220 Gin Asp Met Leu
Ile 225 Ser Asp Cys Asn Asn 230 val His Phe Gin Gly 235 Asn Ala Ala Gly Ala 240
Thr Ala Val Lys Gin 245 Cys Leu Asp Glu Glu 250 Met Ile Val Leu Leu 255 Ala
Glu Cys Val Asp 260 Ser Leu Ser Glu Asp 265 Thr Leu Asp Ser Thr 270 Pro Glu
Thr Glu Gin 275 Thr Glu Ser Asn Gly 280 Asn Gin Asp Gly Ser 285 Ser Glu Thr
Glu Asp 290 Thr Gin Yal Ser Glu 295 Ser Pro Glu Ser Thr 300 Pro Ser Pro Asp
290
PL 209 107 B1
Asp 305 Val Leu Gly Lys Gly 310 Gly Gly Ile Tyr Thr 315 Glu Lys Ser Leu Thr 320
Ile Thr Gly Ile Thr 325 Gly Thr Ile Asp Phe 330 Val Ser Asn Ile Ala 335 Thr
Asp Ser Gly Ala 340 Gly Val Phe Thr Lys 345 Glu Asn Leu Ser Cys 350 Thr Asn
Thr Asn Ser 355 Leu Gin Phe Leu Lys 360 Asn Ser Ala Gly Gin 365 His Gly Gly
Gly Ala 370 Tyr Val Thr Gin Thr 375 Met Ser Val Thr Asn 380 Thr Thr Ser Glu
Ser 385 Ile Thr Thr Pro Pro 390 Leu Ile Gly Glu Val 395 Ile Phe Ser Glu Asn 400
Thr Ala Lys Gly His 405 Gly Gly Gly ile Cys 410 Thr Asn Lys Leu Ser 415 Leu
Ser Asn Leu Lys 420 Thr Val Thr Leu Thr 425 Lys Asn Ser Ala Lys 430 Glu Ser
Gly Gly Ala 435 Ile Phe Thr Asp Leu 440 Ala Ser Ile Pro Ile 445 Thr Asp Thr
Pro Glu 450 Ser Ser Thr Pro Ser 455 Ser Ser Ser Pro Ala 460 Ser Thr Pro Glu
Val 465 Val Ala Ser Ala Lys 470 Ile Asn Arg Phe Phe 475 Ala Ser Thr Ala Lys 480
Pro Ala Ala Pro Ser 485 Leu Thr Glu Ala Glu 490 Ser Asp Gin Thr Asp 495 Gin
Thr Glu Thr Ser 500 Asp Thr Asn Ser Asp 505 Ile Asp Val Ser Ile 510 Glu Asn
Ile Leu Asn 515 Val Ala Ile Asn Gin 520 Asn Thr Ser Ala Lys 525 Lys Gly Gly
Ala Ile 530 Tyr Gly Lys Lys Ala 535 Lys Leu Ser Arg Ile 540 Asn Asn Leu Glu
Leu 545 Ser Gly Asn Ser Ser 550 Gin Asp Val Gly Gly 555 Gly Leu Cys Leu Thr 560
Glu Ser Val Glu Phe 565 Asp Ala Ile Gly Ser 570 Leu Leu Ser His Tyr 575 Asn
Ser Ala Ala Lys 580 Glu Gly Gly Ala Ile 585 His Ser Lys Thr Val 590 Thr Leu
Ser Asn Leu 595 Lys Ser Thr Phe Thr 600 Phe Ala Asp Asn Thr 605 Val Lys Ala
Ile Val 610 Glu Ser Thr Pro Glu 615 Ala Pro Glu Glu Ile 620 Pro Pro Val Glu
Gly 625 Glu Glu Ser Thr Ala 630 Thr Glu Asp Pro Asn 635 Ser Asn Thr Glu Gly 640
Ser Ser Ala Asn Thr 645 Asn Leu Glu Gly Ser 650 Gin Gly Asp Thr Ala 655 Asp
Thr Gly Thr Gly Asp Val Asn Asn Glu Ser Gin Asp Thr Ser Asp Thr
PL 209 107 B1
291
660 665 670
Gly Asn Ala 675 Glu Ser Glu Glu Gin 680 Leu Gin Asp Ser Thr 685 Gin Ser Asn
Glu Glu 690 Asn Thr Leu Pro Asn 695 Ser Asn Ile Asp Gin 700 Ser Asn Glu Asn
Thr 705 Asp Glu Ser Ser Asp 710 Ser His Thr Glu Glu 715 Ile Thr Asp Glu Ser 720
Val Ser Ser Ser Ser 725 Glu Ser Gly Ser Ser 730 Thr Pro Gin Asp Gly 735 Gly
Ala Ala Ser Ser 740 Gly Ala Pro Ser Gly 745 Asp Gin Ser Ile Ser 750 Ala Asn
Ala Cys Leu 755 Ala Lys Ser Tyr Ala 760 Ala Ser Thr Asp Ser 765 Ser Pro Val
Ser Asn 770 Ser Ser Gly Ser Glu 775 Glu Pro Val Thr Ser 780 Ser Ser Asp Ser
Asp 785 Val Thr Ala Ser Ser 790 Asp Asn Pro Asp Ser 795 Ser Ser Ser Gly Asp 800
Ser Ala Gly Asp Ser 805 Glu Glu Pro Thr Glu 810 Pro Glu Ala Gly Ser 815 Thr
Thr Glu Thr Leu 820 Thr Leu Ile Gly Gly 825 Gly Ala Ile Tyr Gly 830 Glu Thr
Val Lys Ile 835 Glu Asn Phe Ser Gly 840 Gin Gly Ile Phe Ser 845 Gly Asn Lys
Ala Ile 850 Asp Asn Thr Thr Glu 855 Gly Ser Ser Ser Lys 860 Ser Asp Val Leu
Gly 865 Gly Ala Val Tyr Ala 870 Lys Thr Leu Phe Asn 875 Leu Asp Ser Gly Ser 880
Ser Arg Arg Thr Val 885 Thr Phe Ser Gly Asn 890 Thr Val Ser Ser Gin 895 Ser
Thr Thr Gly Gin 900 Val Ala Gly Gly Ala 905 Ile Tyr Ser Pro Thr 910 Val Thr
Ile Ala Thr 915 Pro Val Val Phe Ser 920 Lys Asn Ser Ala Thr 925 Asn Asn Ala
Asn Asn 930 Thr Thr Asp Thr Gin 935 Arg Lys Asp Thr Phe 940 Gly Gly Ala Ile
Gly 945 Ala Thr Ser Ala Val 950 Ser Leu Ser Gly Gly 955 Ala His Phe Leu Glu 960
Asn Val Ala Asp Leu 965 Gly Ser Ala Ile Gly 970 Leu Val Pro Gly Thr 975 Gin
Asn Thr Glu Thr 980 Val Lys Leu Glu Ser 985 Gly Ser Tyr Tyr Phe 990 Glu Lys
Asn Lys Ala 995 Leu Lys Arg Ala Thr Ile 1000 Tyr Ala Pro Val Val 1005 Ser Ile
Lys Ala Tyr 1010 Thr Ala Thr Phe Asn 1015 Gin Asn Arg Ser Leu 1020 Glu Glu Gly
292
PL 209 107 B1
Ser Ala 1025 Ile Tyr Phe Thr Lys 1030 Glu Ala Ser Ile Glu Ser Leu Gly Ser
1035 1040
Val Leu Phe Thr Gly Asn Leu Val Thr Leu Thr Leu Ser Thr Thr Thr
1045 1050 1055
Glu Gly Thr Pro Ala Thr Thr Ser Gly Asp Val Thr Lys Tyr Gly Ala
1060 1065 1070
Ala Ile Phe Gly Gin Ile Ala Ser Ser Asn Gly Ser Gin Thr Asp Asn
1075 1080 1085
Leu Pro Leu Lys Leu Ile Ala Ser Gly Gly Asn Ile Cys Phe Arg Asn
1090 1095 1100
Asn Glu Tyr Arg Pro Thr Ser Ser Asp Thr Gly Thr Ser Thr Phe Cys
1105 1110 1115 1120
Ser Ile Ala Gly Asp Val Lys Leu Thr Met Gin Ala Ala Lys Gly Lys
1125 1130 1135
Thr Ile Ser Phe Phe Asp Ala Ile Arg Thr Ser Thr Lys Lys Thr Gly
1140 1145 1150
Thr Gin Ala Thr Ala Tyr Asp Thr Leu Asp Ile Asn Lys Ser Glu Asp
1155 1160 1165
Ser Glu Thr Val Asn Ser Ala Phe Thr Gly Thr Ile Leu Phe Ser Ser
1170 1175 1180
Glu Leu His Glu Asn Lys Ser Tyr Ile Pro Gin Asn Val Val Leu His
1185 1190 1195 1200
Ser Gly Ser Leu Val Leu Lys Pro Asn Thr Glu Leu His Val Ile Ser
1205 1210 1215
Phe Glu Gin Lys Glu Gly Ser Ser Leu Val Met Thr Pro Gly Ser Val
1220 1225 1230
Leu Ser Asn Gin Thr Val Ala Asp Gly Ala Leu Val Ile Asn Asn Met
1235 1240 1245
Thr Ile Asp Leu Ser Ser Val Glu Lys Asn Gly Ile Ala Glu Gly Asn
1250 1255 1260
Ile Phe Thr Pro Pro Glu Leu Arg Ile Ile Asp Thr Thr Thr Gly Gly
1265 1270 1275 1280
Ser Gly Gly Thr Pro Ser Thr Asp Ser Glu Ser Asn Gin Asn Ser Asp
1285 1290 1295
Asp Thr Glu Glu Gin Asn Asn Asn Asp Ala Ser Asn Gin Gly Glu Ser
1300 1305 1310
Ala Asn Gly Ser Ser Ser Pro Ala Val Ala Ala Ala His Thr Ser Arg
1315 1320 1325
Thr Arg Asn Phe Ala Ala Ala Ala Thr Ala Thr Pro Thr Thr Thr Pro
1330 1335 1340
Thr Ala Thr Thr Thr Thr Ser Asn Gin Val Ile Leu Gly Gly Glu Ile
1345 1350 1355 1360
Lys Leu Ile Asp Pro Asn Gly Thr Phe Phe Gin Asn Pro Ala Leu Arg
1365 1370 1375
Ser Asp Gin Gin Ile Ser Leu Leu Val Leu Pro Thr Asp Ser Ser Lys
1380 1385 1390
PL 209 107 B1
293
Met Gin Ala Gin Lys Ile Val Leu Thr Gly Asp Ile Ala Pro Gin Lys 1395 1400 1405
Gly Tyr Thr Gly Thr Leu Thr Leu Asp Pro Asp Gin Leu Gin Asn Gly 1410 1415 1420
Val Pro Arg Asp Asn His Phe Tyr Ala Asn Ser Ile Leu Gly Ser Gin 1445 1450 1455
Met Leu Met Val Thr Val Lys Gin Gly Leu Leu Asn Asp Lys Met Asn 1460 1465 1470
Leu Ala Arg Phe Glu Glu Val Ser Tyr Asn Asn Leu Trp Ile Ser Gly 1475 1480 1485
Leu Gly Thr Met Leu Ser Gin Val 1495 Gly Thr Pro Thr Ser Glu Glu Phe 1500
1490
Thr Tyr Tyr 1505 Ser Arg Gly Ala Ser 1510 Val Ala Leu Asp Ala Lys Pro Ala 1515 1520
His Asp Val Ile Val Gly 1525 Ala Ala Phe Ser Lys 1530 Met Ile Gly Lys Thr 1535
Lys Ser Leu Lys Arg Glu 1540 Asn Asn Tyr Thr 1545 His Lys Gly Ser Glu Tyr 1550
Ser Tyr Gin Ala 1555 Ser Val Tyr Gly Gly 1560 Lys Pro Phe His Phe Val Ile 1565
Asn Lys Lys 1570 Thr Glu Lys Ser Leu 1575 Pro Leu Leu Leu Gin Gly Val Ile 1580
Ser Tyr Gly 1585 Tyr Ile Lys His Asp 1590 Thr Val Thr His Tyr Pro Thr Ile 1595 1600
Arg Glu Arg Asn Lys Gly 1605 Glu Trp Glu Asp Leu 1610 Gly Trp Leu Thr Ala 1515
Leu Arg Val Ser Ser Val 1620 Leu Arg Thr 1625 Pro Ala Gin Gly Asp Thr Lys 1630
Arg Ile Thr 1635 Val Tyr Gly Glu Leu 164C Glu 1 Tyr Ser Ser Ile Arg Gin Lys 1645
Gin Phe Thr 1650 Glu Thr Glu Tyr Asp 1655 Pro Arg Tyr Phe Asp Asn Cys Thr 1660
Tyr 1665 Arg Asn Leu Ala Ile 1670 Pro Met Gly Leu Ala 1675 Phe Glu Gly Glu Leu 1680
Ser Gly Asn Asp Ile Leu Met Tyr Asn Arg Phe Ser Val Ala Tyr Met
1685 lego 1695
Leu Ser Ile Tyr Arg Asn Ser Pro Thr Cys Lys Tyr Gin Val Leu Ser 1700 1705 1710
Ser Gly Glu Gly Gly Glu Ile Ile Cys Gly Val Pro Thr Arg Asn Ser 1715 1720 1725
Ala Arg Gly Glu Tyr Ser Thr Gin Leu Tyr Leu Gly Pro Leu Trp Thr 1730 1735 1740
Leu Tyr Gly Ser Tyr Thr Ile Glu Ala Asp Ala His Thr Leu Ala His
294
PL 209 107 B1
1745 1750 1755 1760
Met Met Asn Cys Gly Ala Arg Met Thr Phe
1765 1770
<210> 445 <211> 1751 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 445
Met Lys Trp Leu Ser Ala 5 Thr Ala Yal Phe 10 Ala Ala Val Leu Pro 15 Ser
Val Ser Gly Phe Cys Phe Pro Glu Pro Lys Glu Leu Asn Phe Ser Arg
20 25 30
Val Gly Thr Ser Ser Ser Thr Thr Phe Thr Glu Thr Val Gly Glu Ala
35 40 45
Gly Ala Glu Tyr Ile Val Ser Gly Asn Ala Ser Phe Thr Lys Phe Thr
50 55 60
Asn Ile Pro Thr Thr Asp Thr Thr Thr Pro Thr Asn Ser Asn Ser Ser
65 70 75 80
Ser Ser Asn Gly Glu Thr Ala Ser Val Ser Glu Asp Ser Asp Ser Thr
85 90 95
Thr Thr Thr Pro Asp Pro Lys Gly Gly Gly Ala Phe Tyr Asn Ala His
100 105 110
Ser Gly Val Leu Ser Phe Met Thr Arg Ser Gly Thr Glu Gly Ser Leu
115 120 125
Thr Leu Ser Glu Ile Lys Ile Thr Gly Glu Gly Gly Ala Ile Phe Ser
130 135 140
Gin Gly Glu Leu Leu Phe Thr Asp Leu Thr Gly Leu Thr Ile Gin Asn
145 150 155 160
Asn Leu Ser Gin Leu Ser Gly Gly Ala Ile Phe Gly Glu Ser Thr ile
165 170 175
Ser Leu Ser Gly Ile Thr Lys Ala Thr Phe Ser Ser Asn Ser Ala Glu
1Θ0 185 190
Val Pro Ala Pro Val Lys Lys Pro Thr Glu Pro Lys Ala Gin Thr Ala
195 200 205
Ser Glu Thr Ser Gly Ser Ser Ser Ser Ser Gly Asn Asp Ser Val Ser
210 215 220
Ser Pro Ser Ser Ser Arg Ala Glu Pro Ala Ala Ala Asn Leu Gin Ser
225 230 235 240
His Phe Ile Cys Ala Thr Ala Thr Pro Ala Ala Gin Thr Asp Thr Glu
245 250 255
Thr Ser Thr Pro Ser His Lys Pro Gly Ser Gly Gly Ala Ile Tyr Ala
260 265 270
Lys Gly Asp Leu Thr Ile Ala Asp Ser Gin Glu Val Leu Phe Ser Ile
275 280 285
Asn Lys Ala Thr Lys Asp Gly Gly Ala Ile Phe Ala Glu Lys Asp Yal
290 295 300
PL 209 107 B1
295
Ser 305 Phe Glu Asn Ile Thr 310 Ser Leu Lys Val Gin 315 Thr Asn Gly Ala Glu 320
Glu Lys Gly Gly Ala 325 Ile Tyr Ala Lys Gly 330 Asp Leu Ser Ile Gin 335 Ser
Ser Lys Gin Ser 340 Leu Phe Asn Ser Asn 345 Tyr Ser Lys Gin Gly 350 Gly Gly
Ala Leu Tyr 355 Val Glu Gly Asp Ile 360 Asn Phe Gin Asp Leu 365 Glu Glu Ile
Arg Ile 370 Lys Tyr Asn Lys Ala 375 Gly Thr Phe Glu Thr 380 Lys Lys Ile Thr
Leu 385 Pro Lys Ala Gin Ala 390 Ser Ala Gly Asn Ala 395 Asp Ala Trp Ala Ser 400
Ser Ser Pro Gin Ser 405 Gly Ser Gly Ala Thr 410 Thr Val Ser Asn Ser 415 Gly
Asp Ser Ser Ser 420 Gly Ser Asp Ser Asp 425 Thr Ser Glu Thr Val 430 Pro Ala
Thr Ala Lys 435 Gly Gly Gly Leu Tyr 440 Thr Asp Lys Asn Leu 445 Ser Ile Thr
Asn Ile 450 Thr Gly Ile Ile Glu 455 Ile Ala Asn Asn Lys 460 Ala Thr Asp Val
Gly 4S5 Gly Gly Ala Tyr Val 470 Lys Gly Thr Leu Thr 475 Cys Glu Asn Ser His 480
Arg Leu Gin Phe Leu 485 Lys Asn Ser Ser Asp 490 Lys Gin Gly Gly Gly 495 Ile
Tyr Gly Glu Asp 500 Asn Ile Thr Leu Ser 505 Asn Leu Thr Gly Lys 510 Thr Leu
Phe Gin Glu 515 Asn Thr Ala Lys Glu 520 Glu Gly Gly Gly Leu 525 Phe Ile Lys
Gly Thr 530 Asp Lys Ala Leu Thr 535 Met Thr Gly Leu Asp 540 Ser Phe Cys Leu
Ile 545 Asn Asn Thr Ser Glu 550 Lys His Gly Gly Gly 555 Ala Phe Val Thr Lys 560
Glu Ile Ser Gin Thr 565 Tyr Thr Ser Asp Val 570 Glu Thr Ile Pro Gly 575 Ile
Thr Pro Val His 580 Gly Glu Thr Val Ile 585 Thr Gly Asn Lys Ser 590 Thr Gly
Gly Asn Gly 595 Gly Gly Val Cys Thr 600 Lys Arg Leu Ala Leu 605 Ser Asn Leu
Gin Ser 610 Ile Ser Ile Ser Gly 615 Asn Ser Ala Ala Glu 620 Asn Gly Gly Gly
Ala 625 His Thr Cys Pro Asp 630 Ser Phe Pro Thr Ala 635 Asp Thr Ala Glu Gin 640
Pro Ala Ala Ala Ser 645 Ala Ala Thr Ser Thr 650 Pro Glu Ser Ala Pro 655 Val
Val Ser Thr Ala Leu Ser Thr Pro Ser Ser Ser Thr Val Ser Ser Leu
296
PL 209 107 B1
660 665 670
Thr Leu Leu 675 Ala Ala Ser Ser Gin 680 Ala Ser Pro Ala Thr 685 Ser Asn Lys
Glu Thr 690 Gin Asp Pro Asn Ala 695 Asp Thr Asp Leu Leu 700 Ile Asp Tyr Val
Val 705 Asp Thr Thr Ile Ser 710 Lys Asn Thr Ala Lys 715 Lys Gly Gly Gly Ile 720
Tyr Ala Lys Lys Ala 725 Lys Met Ser Arg Ile 730 Asp Gin Leu Asn Ile 735 Ser
Glu Asn Ser Ala 740 Thr Glu Ile Gly Gly 745 Gly Ile Cys Cys Lys 750 Glu Ser
Leu Glu Leu 755 Asp Ala Leu Val Ser 760 Leu Ser Val Thr Glu 765 Asn Leu Val
Gly Lys 770 Glu Gly Gly Gly Leu 775 His Ala Lys Thr Val 780 Asn Ile Ser Asn
Leu 785 Lys Ser Gly Phe Ser 790 Phe Ser Asn Asn Lys 795 Ala Asn Ser Ser Ser 800
Thr Gly Val Ala Thr 805 Thr Ala Ser Ala Pro 810 Ala Ala Ala Ala Ala 815 Ser
Leu Gin Ala Ala 820 Ala Ala Ala Val Pro 825 Ser Ser Pro Ala Thr 830 Pro Thr
Tyr Ser Gly 835 Val Val Gly Gly Ala 840 Ile Tyr Gly Glu Lys 845 Val Thr Phe
Ser Gin 850 Cys Ser Gly Thr Cys 855 Gin Phe Ser Gly Asn 860 Gin Ala Ile Asp
Asn 865 Asn Pro Ser Gin Ser 870 Ser Leu Asn Val Gin 875 Gly Gly Ala Ile Tyr 880
Ala Lys Thr Ser Leu 885 Ser Ile Gly Ser Ser 890 Asp Ala Gly Thr Ser 895 Tyr
Ile Phe Ser Gly 900 Asn Ser Val Ser Thr 905 Gly Lys Ser Gin Thr 910 Thr Gly
Gin Ile Ala 915 Gly Gly Ala Ile Tyr 920 Ser Pro Thr Val Thr 925 Leu Asn Cys
Pro Ala 930 Thr Phe Ser Asn Asn 935 Thr Ala Ser Met Ala 940 Thr Pro Lys Thr
Ser 945 Ser Glu Asp Gly Ser 950 Ser Gly Asn Ser Ile 955 Lys Asp Thr Ile Gly 960
Gly Ala Ile Ala Gly 965 Thr Ala Ile Thr Leu 970 Ser Gly Val Ser Arg 975 Phe
Ser Gly Asn Thr 980 Ala Asp Leu Gly Ala 985 Ala Ile Gly Thr Leu 990 Ala Asn
Ala Asn Thr 995 Pro Ser Ala Thr Ser 1000 Gly Ser Gin Asn Ser 1005 Ile Thr Glu
Lys Ile 1010 Thr Leu Glu Asn Gly 1015 Ser Phe Ile Phe Glu 1020 Arg Asn Gin Ala
PL 209 107 B1
297
Asn Lys Arg Gly Ala Ile Tyr Ser Pro Ser Val Ser Ile Lys Gly Asn
1025 1030 1035 1040
Asn Ile Thr Phe Asn Gin Asn Thr Ser Thr His Asp Gly Ser Ala Ile
1045 1050 1055
Tyr Phe Thr Lys Asp Ala Thr Ile Glu Ser Leu Gly Ser Val Leu Phe 1060 1065 1070
Thr Gly Asn Asn Val Thr Ala Thr Gin Ala Ser Ser Ala Thr Ser Gly 1075 1080 1085
Gin Asn Thr Asn Thr Ala Asn Tyr Gly Ala Ala Ile Phe Gly Asp Pro 1090 1095 1100
Gly Thr Thr Gin Ser Ser Gin Thr Asp Ala Ile Leu Thr Leu Leu Al 1105 ino mg
1120
Ser Ser Gly Asn Ile Thr Phe Ser Asn Asn Ser Leu Gin Asn Asn Gin H25 1130 1135
Gly Asp Thr Pro Ala Ser Lys Phe Cys Ser Ile Ala Gly Tyr Val Lys 1140 1145 1150
Leu Ser Leu Gin Ala Ala Lys Gly Lys Thr Ile Ser Phe Phe Asp Cys 1155 1160 1165
Val His Thr Ser Thr Lys Lys Ile Gly Ser Thr Gin Asn Val Tyr Glu 1Π0 1175 1180
Thr Leu Asp Ile Asn Lys Glu Glu Asn Ser Asn Pro Tyr Thr Gly Thr 1185 1190 H95 1200
Ile Val Phe Ser Ser Glu Leu His Glu Asn Lys Ser Tyr Ile Pro Gin
1205 1210 1215
Asn Ala Ile Leu His Asn Gly Thr Leu Val Leu Lys Glu Lys Thr Glu 1220 1225 1230
Leu His Val Val Ser Phe Glu Gin Lys Glu Gly Ser Lys Leu Ile Met 1235 1240 1245
Lys Pro Gly Ala Val Leu Ser Asn Gin Asn Ile Ala Asn Gly Ala Leu 1250 1255 1260
Val Ile Asn Gly Leu Thr Ile Asp Leu Ser Ser Met Gly Thr Pro Gin 1265 1270 1275 1280
Ala Gly Glu Ile Phe Ser Pro Pro Glu Leu Arg Ile Val Ala Thr Thr
1285 1290 1295
Ser Ser Ala Ser Gly Gly Ser Gly Val Ser Ser Ser Ile Pro Thr Asn 1300 1305 1310
Pro Lys Arg Ile Ser Ala Ala Ala Pro Ser Gly Ser Ala Ala Thr Thr 1315 1320 1325
Pro Thr Met Ser Glu Asn Lys Val Phe Leu Thr Gly Asp Leu Thr Leu 1330 1335 1340
Ile Asp Pro Asn Gly Asn Phe Tyr Gin Asn Pro Met Leu Gly Ser Asp
1345 1350 1355 1360
Leu Asp Val Pro Leu Ile Lys Leu Pro Thr Asn Thr Ser Asp Val Gin
1365 1370 1375
Val Tyr Asp Leu Thr Leu Ser Gly Asp Leu Phe Pro Gin Lys Gly Tyr 1380 1385 1390
298
PL 209 107 B1
Met Gly Thr Trp Thr Leu Asp Ser Asn Pro Gin Thr Gly Lys Leu Gin 1395 1400 1405
Ala Arg Trp Thr Phe Asp Thr Tyr Arg Arg Trp Val Tyr Ile Pro Arg 1410 1415 1420
Asp Asn 1425 His Phe Tyr Ala Asn Ser 1430 Ile Leu Gly Ser Gin Asn Ser Met
1435 1440
Ile Val Val Lys Gin Gly Leu Ile Asn Asn Met Leu Asn Asn Ala Arg
1445 1450 1455
Phe Asp Asp Ile Ala Tyr Asn Asn Phe Trp Val Ser Gly Val Gly Thr
1460 146E 1 1470
Phe Leu Ala Gin Gin Gly Thr Pro Leu Ser Glu Glu Phe Ser Tyr Tyr
1475 1480 1485
Ser Arg Gly Thr Ser Val Ala Ile Asp Ala Lys Pro Arg Gin Asp Phe
1490 1495 1500
Ile Leu Gly Ala Ala Phe Ser Lys Met Val Gly Lys Thr Lys Ala Ile
1505 1510 1515 1520
Lys Lys Met His Asn Tyr Phe His Lys Gly Ser Glu Tyr Ser Tyr Gin
1525 1530 1535
Ala Ser Val Tyr Gly Gly Lys Phe Leu Tyr Phe Leu Leu Asn Lys Gin
1540 1545 1550
His Gly Trp Ala Leu Pro Phe Leu Ile Gin Gly Val Val Ser Tyr Gly
1555 1560 1565
His Ile Lys His Asp Thr Thr Thr Leu Tyr Pro Ser Ile His Glu Arg
1570 1575 1580
Asn Lys Gly Asp Trp Glu Asp Leu Gly Trp Leu Ala Asp Leu Arg Ile
1585 1590 1595 1600
Ser Met Asp Leu Lys Glu Pro Ser Lys Asp Ser Ser Lys Arg Ile Thr
1605 1610 1615
Val Tyr Gly Glu Leu Glu Tyr Ser Ser Ile Arg Gin Lys Gin Phe Thr
1620 1625 1630
Glu Ile Asp Tyr Asp Pro Arg His Phe Asp Asp Cys Ala Tyr Arg Asn
1635 1640 1645
Leu Ser Leu Pro Val Gly Cys Ala Val Glu Gly Ala Ile Met Asn Cys
1650 1655 1660
Asn Ile Leu Met Tyr Asn Lys Leu Ala Leu Ala Tyr Met Pro Ser Ile
1665 1670 1675 1680
Tyr Arg Asn Asn Pro Val Cys Lys Tyr Arg Val Leu Ser Ser Asn Glu 1685 1690 1695
Ala Gly Gin Val Ile Cys Gly Val Pro Thr Arg Thr Ser Ala Arg Ala 1700 1705 1710
Glu Tyr Ser Thr Gin Leu Tyr Leu Gly Pro Phe Trp Thr Leu Tyr Gly 1715 , 1720 1725
Asn Tyr Thr Ile Asp Val Gly Met Tyr Thr Leu Ser Gin Met Thr Ser 1730 1735 1740
Cys Gly Ala Arg Met Ile Phe
PL 209 107 B1
299
1745 1750 <210> 446 <211? 660 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 446
Met Ser Glu Lys Arg 5 Lys Ser Asn Lys Ile 10 Ile Gly Ile Asp Leu 15 Gly
Thr Thr Asn Ser 20 Cys Val Ser Val Met 25 Glu Gly Gly Gin Pro 30 Lys Val
Ile Ala Ser 35 Ser Glu Gly Thr Arg 40 Thr Thr Pro Ser Ile 45 Val Ala Phe
Lys Gly 50 Gly Glu Thr Leu Val 55 Gly Ile Pro Ala Lys 60 Arg Gin Ala Val
Thr 65 Asn Pro Glu Lys Thr 70 Leu Ala Ser Thr Lys 75 Arg Phe Ile Gly Arg 80
Lys Phe Ser Glu Val 85 Glu Ser Glu Ile Lys 90 Thr Val Pro Tyr Lys 95 Val
Ala Pro Asn Ser 100 Lys Gly Asp Ala Val 105 Phe Asp Val Glu Gin 110 Lys Leu
Tyr Thr Pro 115 Glu Glu Ile Gly Ala 120 Gin Ile Leu Met Lys 125 Met Lys Glu
Thr Ala 13 0 Glu Ala Tyr Leu Gly 135 Glu Thr Val Thr Glu 140 Ala Val Ile Thr
Val 145 Pro Ala Tyr Phe Asn 150 Asp Ser Gin Arg Ala 155 Ser Thr Lys Asp Ala 160
Gly Arg Ile Ala Gly 165 Leu Asp Val Lys Arg 170 Ile Ile Pro Glu Pro 175 Thr
Ala Ala Ala Leu 180 Ala Tyr Gly Ile Asp 185 Lys Glu Gly Asp Lys 190 Lys Ile
Ala Val Phe 195 Asp Leu Gly Gly Gly 200 Thr Phe Asp Ile Ser 205 Ile Leu Glu
Ile Gly 210 Asp Gly Val Phe Glu 215 Val Leu Ser Thr Asn 220 Gly Asp Thr His
Leu 225 Gly Gly Asp Asp Phe 230 Asp Gly Val Ile Ile 235 Asn Trp Met Leu Asp 240
Glu Phe Lys Lys Gin 245 Glu Gly Ile Asp Leu 250 Ser Lys Asp Asn Met 255 Ala
Leu Gin Arg Leu 260 Lys Asp Ala Ala Glu 265 Lys Ala Lys Ile Glu 270 Leu Ser
Gly Val Ser 275 Ser Thr Glu Ile Asn 280 Gin Pro Phe Ile Thr 285 Ile Asp Ala
Asn Gly 290 Pro Lys His Leu Ala 295 Leu Thr Leu Thr Arg 300 Ala Gin Phe Glu
His 305 Leu Ala Ser Ser Leu 310 Ile Glu Arg Thr Lys 315 Gin Pro Cys Ala Gin 320
300
PL 209 107 B1
Ala Leu Lys Asp Ala 325 Lys Leu Ser Ala Ser 330 Asp Ile Asp Asp Val 335 Leu
Leu Val Gly Gly 340 Met Ser Arg Met Pro 345 Ala Val Gin Ala val 350 Val Lys
Glu Ile Phe 355 Gly Lys Glu Pro Asn 360 Lys Gly Val Asn Pro 365 Asp Glu Val
Val Ala 370 Ile Gly Ala Ala Ile 375 Gin Gly Gly Val Leu 380 Gly Gly Glu Val
Lys 385 Asp Val Leu Leu Leu 390 Asp Val Ile Pro Leu 395 Ser Leu Gly Ile Glu 400
Thr Leu Gly Gly Val 405 Met Thr Pro Leu Val 410 Glu Arg Asn Thr Thr 415 Ile
Pro Thr Gin Lys 420 Lys Gin Ile Phe Ser 425 Thr Ala Ala Asp Asn 430 Gin Pro
Ala Val Thr 435 Ile Val Val Leu Gin 440 Gly Glu Arg Pro Met 445 Ala Lys Asp
Asn. Lys 450 Glu Ile Gly Arg Phe 455 Asp Leu Thr Asp Ile 460 Pro Pro Ala Pro
Arg 465 Gly His Pro Gin Ile 470 Glu Val Thr Phe Asp 475 Ile Asp Ala Asn Gly 480
Ile Leu His Val Ser 485 Ala Lys Asp Ala Ala 490 Ser Gly Arg Glu Gin 495 Lys
Ile Arg Ile Glu 500 Ala Ser Ser Gly Leu 505 Lys Glu Asp Glu Ile 510 Gin Gin
Met Ile Arg 515 Asp Ala Glu Leu His 520 Lys Glu Glu Asp Lys 525 Gin Arg Lys
Glu Ala 530 Ser Asp Val Lys Asn 535 Glu Ala Asp Gly Met 540 Ile Phe Arg Ala
Glu 545 Lys Ala Val Lys Asp 550 Tyr His Asp Lys Ile 555 Pro Ala Glu Leu Val 560
Lys Glu Ile Glu Glu 565 His Ile Glu Lys Val 570 Arg Gin Ala Ile Lys 575 Glu
Asp Ala Ser Thr 580 Thr Ala Ile Lys Ala 585 Ala Ser Asp Glu Leu 590 Ser Thr
His Met Gin 595 Lys Ile Gly Glu Ala 600 Met Gin Ala Gin Ser 605 Ala Ser Ala
Ala Ala 610 Ser Ser Ala Ala Asn 615 Ala Gin Gly Gly Pro 620 Asn Ile Asn Ser
Glu 625 Asp Leu Lys Lys His 630 Ser Phe Ser Thr Arg 635 Pro Pro Ala Gly Gly 640
Ser Ala Ser Ser Thr Asp Asn Ile Glu Asp Ala Asp Val Glu Ile Val
545 650 655
Asp Lys Pro Glu 660
PL 209 107 B1
301 <210> 447 <211> 326 <212> PRT
<213> Chlamydia <400> 447 trachomatis serovar D
Met Val Ser Gin Thr 5 Val Ser Val Ala Val 10 Thr Gly Gly Thr Gly 15 Gin
Ile Ala Tyr Ser 20 Phe Leu Phe Ser Leu 25 Ala His Gly Asp Val 30 Phe Gly
Leu Asp Cys 35 Gly Ile Asp Leu Arg 40 Ile Tyr Asp Ile Pro 45 Gly Thr Glu
Arg Ala 50 Leu Ser Gly val Arg 55 Met Glu Leu Asp Asp 60 Gly Ala Phe Pro
Leu 65 Leu Gin Arg Val Gin 70 Val Thr Thr Ser Leu 75 His Asp Ala Phe Asp 80
Gly Ile Asp Ala Ala 85 Phe Leu Ile Gly Ser 90 Val Pro Arg Gly Pro 95 Gly
Met Glu Arg Arg 100 Asp Leu Leu Lys Lys 105 Asn Gly Glu Ile Phe 110 Ala Thr
Gin Gly Lys 115 Ala Leu Asn Thr Thr 12 0 Ala Lys Arg Asp Ala 125 Lys Ile Phe
Val Val 130 Gly Asn Pro Val Asn 135 Thr Asn Cys Trp Ile 140 Ala Met Asn His
Ala 145 Pro Arg Leu Leu Arg 150 Lys Asn Phe His Ala 155 Met Leu Arg Leu Asp 160
Gin Asn Arg Met His 165 Ser Met Leu Ser His 170 Arg Ala Glu Val Pro 175 Leu
Ser Ala Val Ser 180 Gin Val Val Val Trp 185 Gly Asn His Ser Ala 190 Lys Gin
Val Pro Asp 195 Phe Thr Gin Ala Leu 200 Ile Asn Asp Arg Pro 205 Ile Ala Glu
Thr Ile 210 Ala Asp Arg Asp Trp 215 Leu Glu Asn Ile Met 220 Val Pro Ser Val
Gin 225 Ser Arg Gly Ser Ala 230 Val Ile Glu Ala Arg 235 Gly Lys Ser Ser Ala 240
Ala Ser Ala Ala Arg 245 Ala Leu Ala Glu Ala 250 Ala Arg Ser Ile Tyr 255 Gin
Pro Lys Glu Gly 260 Glu Trp Phe Ser Ser 265 Gly Val Cys Ser Asp 270 His Asn
Pro Tyr Gly 275 Leu Pro Glu Asp Leu 280 Ile Phe Gly Phe Pro 285 Cys Arg Met
Leu Ala 290 Thr Gly Glu Tyr Glu 295 Val Ile Pro Arg Leu 300 Pro Trp Asp Ala
Phe 305 ile Arg Gly Lys Met 310 Gin Ile Ser Leu Asp 315 Glu Ile Leu Gin Glu 320
Lys Ala Ser Val Ser Leu 325
302
PL 209 107 B1 <210> 448 <211> 232 <212> PRT
<212 i> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 448
Met Thr Lys His Gly Lys Arg Ile Arg Gly Ile Gin Glu Thr Tyr Asp
5 10 15
Leu Ala Lys Ser Tyr Ser Leu Gly Glu Ala Ile Asp Ile Leu Lys Gin
20 25 30
Cys Pro Thr Val Arg Phe Asp Gin Thr Val Asp Val Ser Val Lys Leu
35 40 45
Gly Ile Asp Pro Arg Lys Ser Asp Gin Gin Ile Arg Gly Ser Val Ser
50 55 60
Leu Pro His Gly Thr Gly Lys Val Leu Arg Ile Leu Val Phe Ala Ala
65 70 75 80
Gly Asp Lys Ala Ala Glu Ala Ile Glu Ala Gly Ala Asp Phe Val Gly
85 90 95
Ser Asp Asp Leu Val Glu Lys Ile Lys Gly Gly Trp Val Asp Phe Asp
100 105 110
val Ala Val Ala Thr Pro Asp Met Met Arg Glu Val Gly Lys Leu Gly
115 120 125
Lys Val Leu Gly Pro Arg Asn Leu Met Pro Thr Pro Lys Ala Gly Thr
130 135 140
Val Thr Thr Asp Val Val Lys Thr Val Ala Glu Leu Arg Lys Gly Lys
145 150 155 160
Ile Glu Phe Lys Ala Asp Arg Ala Gly Val Cys Asn Val Gly Val Ala
165 170 175
Lys Leu Ser Phe Asp Ser Ala Gin Ile Lys Glu Asn Val Glu Ala Leu
180 185 190
Cys Ala Ala Leu Val Lys Ala Lys Pro Ala Thr Ala Lys Gly Gin Tyr
195 200 205
Leu Val Asn Phe Thr Ile Ser Ser Thr Met Gly Pro Gly Val Thr Val
210 215 220
Asp Thr Arg Glu Leu Ile Ala Leu
225 230
<210> 449
<211> 1252
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 449
Met Phe Lys Cys Pro Glu Arg Val Ser Ile Lys Lys Lys Glu Asp Ile
5 10 15
Leu Asp Leu Pro Asn Leu Val Glu Val Gin Ile Lys Ser Tyr Lys Gin
20 25 30
Phe Leu Gin Ile Gly Lys Leu Ala Glu Glu Arg Glu Asn Ile Gly Leu
35 40 45
PL 209 107 B1
303
Glu Glu 50 Val Phe Arg Glu Ile 55 Phe Pro Ile Lys Ser 60 Tyr Asn Glu Ala
Thr 65 Ile Leu Glu Tyr Leu 70 Ser Tyr Asn Leu Gly 75 Val Pro Lys Tyr Ser 80
Pro Glu Glu Cys Ile 85 Arg Arg Gly Ile Thr 90 Tyr Ser Val Thr Leu 95 Lys
Val Arg Phe Arg 100 Leu Thr Asp Glu Thr 105 Gly Ile Lys Glu Glu 110 Glu Val
Tyr Met Gly 115 Thr Ile Pro Ile Met 120 Thr Asp Lys Gly Thr 125 Phe Ile Ile
Asn Gly 130 Ala Glu Arg Val Val 135 Val Ser Gin val His 140 Arg Ser Pro Gly
Ile 145 Asn Phe Glu Gin Glu 150 Lys His Ser Lys Gly 155 Asn Val Leu Phe Ser 160
Phe Arg Ile ile Pro 165 Tyr Arg Gly Ser Trp 170 Leu Glu Ala Val Phe 175 Asp
ile Asn Asp Leu 180 Ile Tyr Ile His Ile 185 Asp Arg Lys Lys Arg 190 Arg Arg
Lys ile Leu 195 Ala Met Thr Phe Ile 200 Arg Ala Leu Gly Tyr 205 Ser Thr Asp
Ala Asp 210 Ile Ile Glu Glu Phe 215 Phe Ser Val Glu Glu 220 Arg Ser Leu Arg
Leu 225 Glu Lys Asp Phe Val 230 Ala Leu Val Gly Lys 235 Val Leu Ala Asp Asn 240
Val Val Asp Ala Asp 245 Ser Ser Leu Val Tyr 250 Gly Lys Ala Gly Glu 255 Lys
Leu Ser Thr Ala 260 Met Leu Lys Arg Ile 265 Leu Asp Ala Gly Val 270 Gin Ser
Leu Lys Ile 275 Ala Val Gly Ala Asp 280 Glu Asn His Pro Ile 285 Ile Lys Met
Leu Ala 290 Lys Asp Pro Thr Asp 295 Ser Tyr Glu Ala Ala 300 Leu Lys Asp Phe
Tyr 305 Arg Arg Leu Arg Pro 310 Gly Glu Pro Ala Thr 315 Leu Val Asn Ala Arg 320
Ser Thr Ile Met Arg 325 Leu Phe Phe Asp Ala 330 Lys Arg Tyr Asn Leu 335 Gly
Arg Val Gly Arg 340 Tyr Lys Leu Asn Lys 345 Lys Leu Gly Phe Pro 350 Leu Asp
Asp Glu Thr 355 Leu Ser Gin Val Thr 360 Leu Arg Lys Glu Asp 365 Val Ile Gly
Ala Leu 370 Lys Tyr Leu Ile Arg 37.5 Leu Arg Met Gly Asp 380 Glu Lys Thr Ser
Ile 385 Asp Asp Ile Asp His 390 Leu Ala Asn Arg Arg 395 Val Arg Ser Val Gly 400
Glu Leu Ile Gin Asn His Cys Arg Ser Gly Leu Ala Arg Met Glu Lys
304
PL 209 107 B1
405 410 415
Ile Val Arg Glu 420 Arg Met Asn Leu Phe 425 Asp Phe Ser Ser Asp 430 Thr Leu
Thr Pro Gly 435 Lys Ile Ile Ser Ala 440 Lys Gly Leu Val Ser 445 Val Leu Lys
Asp Phe 450 Phe Ser Arg Ser Gin 455 Leu Ser Gin Phe Met 460 Asp Gin Thr Asn
Pro 465 val Ala Glu Leu Thr 470 His Lys Arg Arg Leu 475 Ser Ala Leu Gly Pro 480
Gly Gly Leu Asn Arg 485 Glu Arg Ala Gly Phe 490 Glu Val Arg Asp Val 495 His
Ala Ser His Tyr 500 Gly Arg Ile Cys Pro 505 Ile Glu Thr Pro Glu 510 Gly Pro
Asn Ile Gly 515 Leu Ile Thr Ser Leu 520 Ser Ser Phe Ala Lys 525 Ile Asn Glu
Phe Gly 530 Phe Ile Glu Thr Pro 535 Tyr Arg Val Val Arg 540 Asp Gly ile Val
Thr 545 Asp Glu Ile Glu Tyr 550 Met Thr Ala Asp Val 555 Glu Glu Glu Cys Val 560
Ile Ala Gin Ala Ser 565 Ala Glu Leu Asp Glu 570 Tyr Asp Met Phe Lys 575 Thr
Pro Val Cys Trp 580 Ala Arg Tyr Lys Gly 585 Glu Ala Phe Glu Ala 590 Asp Thr
Ser Thr Val 595 Thr His Met Asp Val 600 Ser Pro Lys Gin Leu 605 Val Ser Val
val Thr 610 Gly Leu Ile Pro Phe 615 Leu Glu His Asp Asp 620 Ala Asn Arg Ala
Leu 625 Met Gly Ser Asn Met 630 Gin Arg Gin Ala Val 635 Pro Leu Leu Lys Thr 640
Glu Ala Ala Ile Val 645 Gly Thr Gly Leu Glu 650 Gly Arg Ala Ala Lys 655 Asp
Ser Gly Ala Ile 660 Ile Val Ala Gin Glu 665 Asp Gly Val Val Glu 670 Tyr Val
Asp Ser Tyr 675 Glu ile Val Val Ala 680 Lys Lys Asn Asn Pro 685 Thr Leu Lys
Asp Arg 690 Tyr Gin Leu Lys Lys 695 Phe Leu Arg Ser Asn 700 Ser Gly Thr Cys
Ile 705 Asn Gin Thr Pro Leu 710 Cys Ser Val Gly Asp 715 Val Val Thr His Gly 720
Asp Val Leu Ala Asp 725 Gly Pro Ala Thr Asp 730 Lys Gly Glu Leu Ala 735 Leu
Gly Lys Asn Val 740 Leu Val Ala Phe Met 745 Pro Trp Tyr Gly Tyr 750 Asn Phe
Glu Asp Ala Ile Ile Ile Ser Glu Arg Leu Ile Lys Gin Asp Ala Tyr
755 760 765
PL 209 107 B1
305
Thr Ser 770 Ile Tyr Ile Glu Glu 775 Phe Glu Leu Thr Ala Arg Asp 780 Thr Lys
Leu 785 Gly Lys Glu Glu Ile Thr 790 Arg Asp Ile Pro 795 Asn Val Ser Glu Glu 800
Val Leu Ala Asn Leu Gly Glu 805 Asp Gly Val Val 810 Arg Ile Gly Ala 815 Glu
Val Lys Pro Gly 820 Asp Ile Leu Val Gly Lys Ile 825 Thr Pro Lys 830 Ser Glu
Thr Glu Leu 835 Ala Pro Glu Glu Arg 840 Leu Leu Arg Ala Ile Phe 845 Gly Glu
Lys Ala 850 Ala Asp Val Lys Asp 855 Ala Ser Leu Thr Val Pro Pro 860 Gly Thr
Glu 865 Gly Val Val Met Asp Val 870 Lys Val Phe Ser 875 Arg Lys Asp Arg Leu 880
Ser Lys Ser Asp Asp Glu Leu 885 Val Glu Glu Ala 890 Val His Leu Lys 895 Asp
Leu Gin Lys Glu 900 Tyr Lys Ser Gin Leu Ala Gin 905 Leu Lys Val 910 Glu His
Arg Glu Lys 915 Leu Gly Ala Leu Leu 920 Leu Asn Glu Lys Ala Pro 925 Ala Ala
Ile Ile 930 His Arg Arg Ser Ala 935 Asp Ile Leu Val Gin Glu Gly 94 0 Ala Ile
Phe 945 Asp Gin Glu Thr Ile Glu 950 Leu Leu Glu Arg 955 Glu Ser Leu Val Asp 960
Leu Leu Met Ala Pro Cys Asp 965 Met Tyr Asp Val 970 Leu Lys Asp Ile 975 Leu
Ser Ser Tyr Glu 980 Thr Ala Val Gin Arg Leu Glu 985 Val Asn Tyr 990 Lys Thr
Glu Ala Glu 995 His Ile Lys Glu Gly Asp Ala Asp 1000 Leu Asp His 1005 Gly Val
Ile Arg Gin 1010 Val Lys Val Tyr Val 1015 Ala Ser Lys Arg Lys Leu 1020 Gin Val
Gly Asp 1025 Lys Met Ala Gly Arg 1030 His Gly Asn Lys 1035 Gly Val Val Ser Lys 1040
Ile Val Pro Glu Ala Asp Met 1045 Pro Phe Leu Ala 1050 Asn Gly Glu Thr 1055 Val
Gin Met Ile Leu 1060 Asn Pro Leu 1 Gly Val Pro Ser 1065 Arg Met Asn 107C Leu Gly
Gin Val Leu 1075 Glu Thr His Leu Gly 1080 Tyr Ala Ala Lys Thr Ala 1085 Gly Ile
Tyr Val 1090 Lys Thr Pro Val Phe 1095 Glu Gly Phe Pro Glu Ser Arg 1100 Ile Trp
Asp 1105 Met Met Ile Glu Gin Gly Leu 1110 Pro Glu Asp 1115 Gly Lys Ser Tyr Leu 1120
Phe Asp Gly Lys Thr Gly Glu 1125 Arg Phe Asp Ser 1130 Lys Val Val Val 1135 Gly
306
PL 209 107 B1
Tyr Ile Tyr Met Leu 1140 Lys Leu Ser His Leu 1145 Ile Ala Asp Lys 1150 Ile His
Ala Arg Ser Ile Gly Pro Tyr Ser Leu Val Thr Gin Gin Pro Leu Gly
1155 1160 1165
Gly Lys Ala Gin Met Gly Gly Gin Arg Phe Gly Glu Met Glu Val Trp
1170 1175 1180
Ala Leu Glu Ala Tyr Gly Val Ala His Met Leu Gin Glu Ile Leu Thr
1185 1190 1195 1200
Val Lys Ser Asp Asp Val Ser Gly Arg Thr Arg Ile Tyr Glu Ser Ile
1205 1210 1215
Val Lys Gly Glu Asn Leu Leu Arg Ser Gly Thr Pro Glu Ser Phe Asn
1220 1225 1230
Val Leu Ile Lys Glu Met Gin Gly Leu Gly Leu Asp Val Arg Pro Met
1235 1240 1245
val Val Asp Ala
1250 <210> 450 <211? 298 <212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 450
Met Leu Lys Ile Asp Leu Thr 5 Gly Lys Ile Ala Phe Ile Ala Gly Ile 10 15
Gly Asp Asp Asn 20 Gly Tyr Gly Trp Gly 25 Ile Ala Lys Met Leu Ala Glu 30
Ala Gly Ala Thr 35 Ile Leu Val Gly Thr 40 Trp Val Pro Ile Tyr Lys Ile 45
Phe Ser Gin Ser 50 Leu Glu Leu 55 Gly Lys Phe Asn Ala Ser Arg Glu Leu 50
Ser Asn Gly Glu 65 Leu Leu Thr 70 Phe Ala Lys Ile Tyr Pro Met Asp Ala 75 80
Ser Phe Asp Thr Pro Glu Asp 85 Ile Pro Gin Glu Ile Leu Glu Asn Lys 90 95
Arg Tyr Lys Asp 100 Leu Ser Gly Tyr Thr 105 Val Ser Glu Val Val Glu Gin 110
Val Lys Lys His 115 Phe Gly His Ile Asp 120 Ile Leu Val His Ser Leu Ala 125
Asn Ser Pro Glu 130 Ile Ala Lys 135 Pro Leu Leu Asp Thr Ser Arg Lys Gly 140
Tyr Leu Ala Ala 145 Leu Ser Thr 150 Ser Ser Tyr Ser Phe Ile Ser Leu Leu 155 160
Ser His Phe Gly Pro Ile Met 165 Asn Ala Gly Ala Ser Thr Ile Ser Leu 170 175
Thr Tyr Leu Ala 180 Ser Met Arg Ala Val 185 Pro Gly Tyr Gly Gly Gly Met 190
PL 209 107 B1
307
Asn Ala Ala Lys Ala Ala Leu Glu Ser Asp Thr Lys Val Leu Ala Trp
195 200 205
Glu Ala Gly Arg Arg Trp Gly Val Arg Val Asn Thr Ile Ser Ala Gly
210 215 220
Pro Leu Ala Ser Arg Ala Gly Lys Ala Ile Gly Phe Ile Glu Arg Met
225 230 235 240
val Asp Tyr Tyr Gin Asp Trp Ala Pro Leu Pro Ser Pro Met Glu Ala
245 250 255
Glu Gin Val Gly Ala Ala Ala Ala Phe Leu Val Ser Pro Leu Ala Ser
260 265 270
Ala Ile Thr Gly Glu Thr Leu Tyr Val Asp His Gly Ala Asn Val Met
275 280 285
Gly Ile Gly Pro Glu Met Phe Pro Lys Asp
290 295 <210> 451 <211> 298 <212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 451
Met Ser Leu Gin Lys Leu Leu Val Thr Asp Ile Asp Gly Thr Ile Thr
5 10 15
His Gin Ser His Leu Leu His Asp Arg Val Val Lys Ala Leu His Gin
20 25 30
Tyr Tyr Asp Ser Gly Trp Gin Leu Phe Phe Leu Thr Gly Arg Tyr Phe
35 40 45
Ser Tyr Ala Tyr Pro Leu Phe Gin Asn Phe Ser Val Pro Phe Leu Leu
50 55 60
Gly Ser Gin Asn Gly Ser Ser Val Trp Ser Ser Thr Asp Lys Glu Phe
65 70 75 80
Ile Tyr Phe Arg Ser Leu Ser Arg Asp Phe Leu Tyr Val Leu Glu Lys
85 90 95
Tyr Phe Glu Asp Leu Asp Leu Ile Ala Cys Ile Glu Ser Gly Ala Ser
100 105 110
Asn Arg Asp Val Tyr Phe Arg Lys Gly Leu Gly Lys Thr Ser Gin Glu
115 120 125
Leu Lys Ala Ile Leu Asp Ala Val Tyr Phe Pro Thr Pro Glu Ala Ala
130 135 140
Arg Leu Leu Val Asp Val Gin Gly His Leu Ser Glu Glu Phe Ser Tyr
145 150 155 160
Glu Asp Phe Ala Ile Ala Lys Phe Phe Gly Glu Arg Glu Glu Val Lys
165 170 175
Lys Ile Met Asp Arg Phe Ile Gin Ser Pro Glu Val Ser Ser Gin Val
180 185 190
Thr Met Asn Tyr Met Arg Trp Pro Phe Asp Phe Lys Tyr Ala Val Leu
195 200 205
Leu Leu Thr Leu Lys Asp Val Ser Lys Gly Phe Ala Val Asp Gin Val
308
PL 209 107 B1
210 215 220
Val Gin Thr Phe 225 Tyr Lys 230 Glu Asn Lys Pro Phe 235 Ile Met Ala Ser Gly 240
Asp Asp Ala Asn Asp Ile Asp Leu Leu Ser Arg Gly Asp Phe Lys Ile
245 250 255
Val Ile Gin Thr Ala Pro Glu Glu Met His Gly Leu Ala Asp Phe Leu
260 265 270
Ala Pro Pro Ala Lys Asp Phe Gly Ile Leu Ser Ala Trp Glu Ala Gly
275 280 285
Glu Leu Arg Tyr Lys Gin Leu Yal Asn Pro
290 295
<210> 452
<211> 153
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 452
Met Leu Arg Leu Phe Gin His ile Leu Cys Phe Leu Glu Glu Asp Pro
5 10 15
Ser Phe Yal Asp Val Pro Gin Glu Leu Ser Phe Val Asn Glu Ala Phe
20 25 30
Ser Gly Ser Met Arg Trp Glu Val Gly Arg Met Leu Gly Ser Leu Leu
35 40 45
Leu Leu Leu Gly Ile Phe Gly Gly Gly Cys Leu Leu Phe Arg Arg Phe
50 55 60
Leu Arg Ser Arg Gly His Leu Pro Ser Gly Asn Ser Ser Ile Lys Ile
65 70 75 80
Leu Asp Gin Arg Val Leu Ala Ser Lys Thr Ser Ile Tyr Val Ile Lys
85 90 95
Val Ala Asn Lys Thr Leu Val Val Ala Glu Arg Gly Glu Arg Val Thr
100 105 110
Leu Leu Ser Glu Phe Pro Pro Asn Thr Asp Leu Asn Glu Leu Ile Gin
115 120 125
Lys Asp Gin Lys Lys Pro Ser Thr Pro Arg Gly Glu Met Leu Ser Gly
130 135 140
Phe Leu Lys Gin Phe Lys Glu Lys Lys
145 150
<210> 453
<211> 569
<212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis serovar D
<4O0> 453
Met Pro Lys Gin Ala Asp Tyr Thr Trp Gly Ala Lys Lys Asn Leu Asp
5 10 15
Thr Ile Ala Cys Leu Pro Glu Asp Val Lys Gin Phe Lys Asp Leu Leu
20 25 30
Tyr Ala Met Tyr Gly Phe Thr Ala Thr Glu Glu Glu Pro Thr Ser Glu
PL 209 107 B1
309
35 40 45
Val His Pro Gly Ala Ile Leu Lys Gly Thr Val Val Asp Ile Ser Lys
50 55 60
Asp Phe Val Val Val Asp Val Gly Leu Lys Ser Glu Gly Val Ile Pro
65 70 75 80
Met Ser Glu Phe Ile Asp Ser Ser Glu Gly Leu Thr Val Gly Ala Glu
85 90 95
Val Glu Val Tyr Leu Asp Gin Thr Glu Asp Asp Glu Gly Lys Val Val
100 105 110
Leu Ser Arg Glu Lys Ala Thr Arg Gin Arg Gin Trp Glu Tyr Ile Leu
115 120 125
Ala His Cys Glu Glu Gly Ser Ile Val Lys Gly Gin Ile Thr Arg Lys
130 135 14 0
Val Lys Gly Gly Leu Ile Val Asp Ile Gly Met Glu Ala Phe Leu Pro
145 150 155 160
Gly Ser Gin Ile Asp Asn Lys Lys Ile Lys Asn Leu Asp Asp Tyr Val
165 170 175
Gly Lys Val Cys Glu Phe Lys Ile Leu Lys Ile Asn Val Asp Arg Arg
180 185 190
Asn Val Val Val Ser Arg Arg Glu Leu Leu Glu Ala Glu Arg Ile Ser
195 200 205
Lys Lys Ala Glu Leu Ile Glu Gin Ile Thr Ile Gly Glu Arg Arg Lys
210 215 220
Gly Ile Val Lys Asn Ile Thr Asp Phe Gly Val Phe Leu Asp Leu Asp
225 230 235 240
Gly Ile Asp Gly Leu Leu His Ile Thr Asp Met Thr Trp Lys Arg Ile
245 250 255
Arg His Pro Ser Glu Met Val Glu Leu Asn Gin Glu Leu Glu Val Ile
260 265 270
Ile Leu Ser Val Asp Lys Glu Lys Gly Arg Val Ala Leu Gly Leu Lys
275 280 285
Gin Lys Glu His Asn Pro Trp Glu Asp Ile Glu Lys Lys Tyr Pro Pro
290 295 300
Gly Lys Arg Val Arg Gly Lys Ile Val Lys Leu Leu Pro Tyr Gly Ala
305 310 315 320
Phe Ile Glu Ile Glu Glu Gly Ile Glu Gly Leu Ile His Val Ser Glu
325 330 335
Met Ser Trp Val Lys Asn Ile Val Asp Pro Asn Glu Val Val Asn Lys
340 345 350
Gly Asp Glu Val Glu Val Val Val Leu Ser Ile Gin Lys Asp Glu Gly
355 360 365
Lys Ile Ser Leu Gly Leu Lys Gin Thr Lys His Asn Pro Trp Asp Asn
370 375 380
Ile Glu Glu Lys Tyr Pro Ile Gly Leu Arg Val Thr Ala Glu Ile Lys
385 390 395 400
310
PL 209 107 B1
Asn Leu Thr Asn Tyr Gly Ala Phe Yal Glu 410 Leu Glu Pro Gly Ile 415 Glu
405
Gly Leu Ile His Ile Ser Asp Met Ser Trp Ile Lys Lys Val Ser His
420 425 430
Pro Ser Glu Leu Phe Lys Lys Gly Asn Thr Val Glu Ala Val Ile Leu
435 440 445
Ser Val Asp Lys Glu Ser Lys Lys Ile Thr Leu Gly Val Lys Gin Leu
450 455 460
Thr Pro Asn Pro Trp Asp Glu Ile Glu Val Met Phe Pro Val Gly Ser
465 470 475 480
Asp Ile Ser Gly Val Val Thr Lys Ile Thr Ala Phe Gly Ala Phe Val
485 490 495
Glu Leu Gin Asn Gly Ile Glu Gly Leu Ile His Val Ser Glu Leu Ser
500 505 510
Glu Lys Pro Phe Ala Lys Ile Glu Asp Val Leu Ser Ile Gly Asp Lys
515 520 525
Val Ser Ala Lys Val Ile Lys Leu Asp Pro Asp His Lys Lys Val Ser
530 535 540
Leu Ser Ile Lys Glu Phe Leu Val His Gly Gly Asp Ala Gly His Asp
545 550 555 560
Ala Glu Glu Glu Ser Ser Asp Arg Asp
565 <210> 454 <211> 666 <212> PRT
<213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 454
Met Glu Ser Leu Ser Val Arg Ser Thr Ile Pro Leu Pro Leu Gly Ala
5 10 15
Lys Lys Leu Ser Ala Asp Arg Tyr Arg Phe Ser Leu Phe Ser Ser Gin
20 25 30
Ala Gin Gin Val Thr Leu Val Leu Leu Asp Pro Leu Ser Glu Ile His
35 40 45
Glu Ile Pro Leu Ser Ser Thr Asp His Arg Thr Gly Ala Ile Trp His
50 55 60
Ile Glu Ile Ala Gly Ile Ser Ser Glu Trp Ser Tyr Ala Tyr Lys Leu
65 70 75 80
Arg Gly Thr Asp Leu Ser Ser Gin Lys Phe Ala Thr Asp Ser Tyr Ile
85 90 95
Ala Asp Pro Tyr Ser Lys Asn Ile Tyr Ser Pro Gin Leu Phe Gly Ser
100 105 110
Pro Lys Gin Glu Lys Asp Tyr Ala Phe Ser Tyr Leu Lys His Glu Asp
115 120 125
Phe Asp Trp Glu Gly Asp Thr Pro Leu His Leu Pro Lys Glu Asn Tyr
130 135 140
Phe Ile Tyr Glu Met His Yal Arg Ser Phe Thr Arg Asp Pro Ser Ser
PL 209 107 B1
311
145 150 155 160
Gin Val Ser His Pro Gly Thr Phe Leu 165 Gly Ile Ile Glu Lys Ile 170 175 Asp
His Leu Lys Gin 180 Leu Gly Val His Ala 185 Val Glu Leu Leu Pro Ile 190 Phe
Glu Phe Asp Glu 195 Thr Val His Pro Phe 200 Lys Asn Gin Asp Phe Pro 205 His
Leu Cys Asn Tyr 210 Trp Gly Tyr Ser Ser 215 Val Asn Phe Phe Cys Pro 220 Ser
Arg Arg Tyr Thr 225 Tyr Gly Ala Asp Pro 230 Cys Ala Pro Ala Arg Glu 235 Phe 240
Lys Thr Leu Val Lys Ala Leu His Arg 245 Ala Gly Ile Glu Val Ile 250 255 Leu
Asp Val Val Phe 260 Asn His Thr Gly Phe 265 Glu Gly Thr Ser Cys Pro 270 Leu
Pro Trp Ile Asp 275 Leu Glu Ser Tyr Tyr 280 Met Val Asn Asp His Gly 285 Asp
Leu Met Asn Phe 290 Ser Gly Cys Gly Asn 295 Thr Val Asn Thr Asn Thr 300 Pro
Thr Thr Leu Lys 305 Trp Ile Leu Asp Ala 310 Leu Arg Tyr Trp Val Gin 315 Glu 320
Met His Val Asp Gly Phe Arg Phe Asp 325 Leu Ala Ser Val Phe Ser 330 335 Arg
Asp Pro Gin Gly 340 Val Pro Leu Pro Leu 345 Thr Pro Ile Leu Gin Ala 350 Ile
Ser Ser Asp Ser 355 Ile Leu Ser Glu Thr 360 Lys Leu Ile Ala Glu Pro 365 Trp
Asp Ala Gly Gly 370 Leu Tyr Gin Leu Gly 375 His Phe Pro Ser Ile Ser 380 Thr
Arg Trp Ser Glu 385 Trp Asn Gly Cys Tyr 390 Arg Asp His Val Lys Ala 395 Phe 400
Leu Asn Gly Asp Ala His Gin Val Ser 405 Ser Phe Ala Ser Arg Ile 410 415 Ser
Gly Ser His Asp 420 Ile Tyr Pro Asn Gly 425 Lys Pro Thr Asn Ser Ile 430 Asn
Tyr Ile Cys Ser 435 His Asp Gly Phe Thr 440 Leu Tyr Asp Thr Val Ala 445 Tyr
Asn Asp Lys His 450 Asn Glu Glu Asn Gly 455 Glu Tyr Asn Arg Asp Gly 460 Thr
Ser Ala Asn Tyr 465 Ser Tyr Asn Phe Gly 470 Cys Glu Gly Glu Thr Thr 475 Asp 480
Pro Thr Ile Cys Ala Leu Arg Glu Arg 485 Gin Met Lys Asn Phe Phe 490 495 Leu
Ala Leu Phe Leu Ser Gin Gly Ile Pro Met Ile Gin Ser Gly Asp Glu
500 505 510
312
PL 209 107 B1
Tyr Gly His 515 Thr Ala Tyr Gly Asn 520 Asn Asn His Trp Cys 525 Leu Asp Thr
Lys Ile Asn Tyr Phe Leu Trp Asp Arg Leu Ala Glu Arg Lys Glu Leu
530 535 540
Phe Ser Phe Leu Cys Gin Val Ile Ala Leu Arg Lys Ala Tyr Thr Glu
545 550 555 560
Leu Phe Asn Thr Ser Phe Leu Ser Glu Asp Thr Ile Thr Trp Leu Asn
565 570 575
Thr Lys Gly Ser Pro Arg Glu Trp Gly Ala Asp His Tyr Leu Ala Phe
580 585 590
Glu Leu Lys His Leu Asn Tyr Ser Leu Phe Val Ala Phe Tyr Ser Gly
595 600 605
Asn Glu Arg Ile Glu Ile Ser Leu Pro Lys Pro Arg Lys Glu His Leu
610 615 620
Ala Tyr Glu Lys Ile Val Asp Ser Thr Thr Gly Phe Phe Ser Gin Ile
625 630 635 640
Leu Ser Pro Lys Leu Ser Leu Glu Pro Tyr Ser Ser Leu Val Ala Ile
645 650 655
Ser Arg Arg Lys Thr Ser Leu Glu Ser Arg
660 665
<210> 455 <211> 882 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 455 gtgtccaaac atacttctga atccaggatt gctcaagata tgttagaacg ttattctggc 60 tctagcgtaa agcaattttg tccttatctc ttactcacga acttctctta ctatatccaa 120 acctttgcaa aacttcatgg ggtgcccgtc tttgagggtt ctatgttttc tgctgcccat 180 gctcctcatc ttaaaacttc aattttagat tttaaactag ggtctccagg agctgcatta 240 actatagact tatgttcatt tcttcctgat ctcaaagcag cgcttatgtt aggaatgtgt 300 gggggcttac gctctcatta tcaggttgga gattactttg tccccgtagc tagoatacgt 360 ggagagggta cttcagacgc ctatttccct cctgaagttc cggctcttgc aaattttgtt 420 gtacagaaag caacaactga agttttagaa gataagaagg caaactacca tattggcatt 480 acccacacga ccaacattcg cttttgggaa tttaacaaaa aatttagaaa aaaactgtac 540 gaaaccaaag ctcaatcegc tgaaatggag tgtgcgacac tttttgctgc cggataccgt 600 agaaacctgc ccattggagc gttattattg atttcagatc ttcccttaag gaaggaggga 660 atcaaaacga agtccagtgg gaacttcatc tttaatactt atacggaaga ccacatctta 720 acaggacaag aagtcataga gaaccttgaa aaagtcatgc taaaacgagc agcttctgac 780 cataagaagg atcaacagta tcgaggatta cctcatatgg aagttggaga agccgatgac 840 actatggcta gcggctctga aacttccgac agtgactatt ga 882 <210> 456 <211> 1185 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 456 atgtcaaaag aaacttttca acgtaataag ccccatatca atattgggac gatcgggcac 60 gttgaccatg gtaaaactac gctaacagcg gcaattacac gcgcgctatc aggggatgga 120 ttggcctctt tccgtgacta tagttcaatt gacaatactc cagaagaaaa ggctcgtgga 180 attactatca acgcttctea cgttgaatac gaaaccccaa atcgtcacta cgctcacgta 240 gactgccctg gtcacgctga ctatgttaaa aatatgatta caggcgccgc tcaaatggac 300 ggagctatcc tagtcgtttc agctacagac ggagctatgc cacaaactaa agaacatatc 360 ttgctagctc gccaggttgg agttccttat atcgttgttt tcttgaataa agtagatatg 420 atctctcaag aagatgctga acttattgac cttgttgaga tggaacttag tgagcttctt 480 gaagaaaaag gctacaaagg atgccctatt atccgtggtt ctgctttgaa agctcttgaa 540
PL 209 107 B1
313 ggtgatgcaa attatatcga aaaagttcga gaacttatgc aagctgtgga tgacaacatc 600 cctacaccag aaagagaaat tgataagcct ttcttaatgc ctatcgaaga cgtattctca 660 atctctggtc gtggtactgt ggttacagga agaatcgagc gtggaatcgt taaagtttct 720 gataaagttc agctcgtggg attaggagag actaaagaaa caatcgttac tggagtcgaa 780 atgttcagga aagaacttcc tgaaggtcgt gcaggagaaa acgttggttt actcctcaga 840 ggtattggaa agaacgatgt tgaaagaggt atggtggttt gtcagcctaa cagcgtgaag 900 cctcatacga aatttaagtc agctgtttac gttcttcaga aagaagaagg cggacgtcat 960 aagcctttct tcagcggata cagacctcag ttcttcttcc gtactacaga cgtgacagga 1020 gtcgtaactc ttcctgaagg aactgaaatg gtaatgcctg gagataacgt tgagcttgat 1080 gttgagctca ttggaacagt tgctcttgaa gaaggaatga gatttgcaat tcgtgaaggt 1140 ggtcgtacta tcggcgctgg aacgatttca aagatcaatg cttaa 1185 <210> 457 <211> 1656 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 457 atgccacaaa aagtcctgat tacttcagct ttaccctatg ctaatggtcc gctacatttt 60 ggacatattg caggagtcta tcttcctgca gatgtgtatg caagattccg tagattgtta 120 ggagacgatg tcctttatat ttgtggttcc gatgaatttg gcatagcgat caccttaaat 180 gcggatcgtg aggggttggg gtatcaagag tacgtggata tgtaccataa gttaoataaa 240 gatacttttg agaagttagg gtttgctttg gatttctttt ctaggacgac gaaccctttt 300 catgctgagc ttgtccaaga tttttattcc caacttaaag cgtctggatt gattgaaaat 360 cgcatatctg aacaactgta ttcagaacaa gaacaacgtt ttcttgcgga tcgttatgta 420 gaagggacgt gtcctcggtg cggttttgat catgctcgag gagacgagtg tcagagctgt 480 ggtgcggatt atgaggctat agatttaatc ggccctaagt ctaagatttc tggggttgag 540 ttagtaaaaa aagagactga gcactcatat tttcttttgg accgtatgaa agacgctcta 600 ctttctttta ttoagggatg ctatttacct gatcatgtcc gtaaatttgt tgttgattac 660 atagaacatg toaggtctcg agccattact cgagatttat cttgggggat tcctgttcca 720 gactttcctg gaaaggtgtt ttatgtatgg tttgacgctc ctataggata tatcagtgga 780 actatggaat gggcagcttc tcaaggaaac cotgacgaat ggaagcgttt ctggcttgaa 840 gacggtgtag agtatgtcca gtttataggt aaagataatc ttcctttcca ttctgtagtt 900 ttcccagcta tggaattggg tcagaaactt gactataaaa aagttgatgc cctcgtagtt 960 tcagagtttt atcttttaga aggacggcaa ttcagtaaat ccgagggcaa ttatgtggat 1020 atggacaagt ttttgagttc ctattcctta gacaaattgc gctatgtatt ggoggctaca 1080 gctcctgaaa cttcggatag tgagtttact ttccttgatt ttaagactcg ttgtaattot 1140 gagttggtag gaaagtttgg gaattttata aaccgagttc ttgcttttgc agaaaagaat 1200 cactatgaca agctttctta tcattctgtg gttttagaag atagtgacag ggcatttctt 1260 gaagaagcgc gtcaacttgt tcgagatgct gagaagtgct acagagagta tagtttacgt 1320 aaggctacga gtgtgattat gtcactggca gctttaggga atgtctattt taaccaacaa 1380 gcaccttgga agctattgaa agaagggact cgtgagcgtg ttgaggccat tttattctgc 1440 gcatgttatt gtcagaagtt gttagcttta atttcttatc ctattattcc cgaaagcgct 1500 gtagctattt gggagatgat ctcaccaaaa tctttagaaa attgcaattt ggatacgatg 1560 tatgctaggg atctatggaa agaagaaatt cttgatgtta taaacgaaga atttcatttg 1620 aagtccccca ggttattatt tactactgta gagtag 1656 <210? 458 <211> 294 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 458 atgattaaaa aagatcgttt cactaatgaa aagttaaata agcttttcga tagtcctttt 60 agcctagtga actacgcgat taaacaagca aagatcaaaa ttgccaaagg cgatgttcgc 120 tcctctaatg ttgcgatcga aacactcgtc ttgttagata gagaagggat acagcctgag 180 tttactgaag agattgtagt aactgctagc cctactgtgg aaagaaagag atcagaacat 240 acaaattcta gaaaaaaaga tccctcagca tatacttgga gtgatgtaaa gtaa 294 <210? 459 <211> 618 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400? 459 atgaataaga tcctagttga ctctcctttt tctccagatc accagaagtg ctgtcctaag 60 ctttttacaa ttagtgctcc tgctggagtt ggaaagacaa cacttgtccg tatgttagag 120 caagagtttt cttctgcttt tgctgagact atatcggtaa caacaaggaa acctcgagag 180
314
PL 209 107 B1 ggtgaagtcc caggtaaaga ttatcatttt gtttcccacg aagaatttca aagacttttg gatcgtcagg ctctcttaga atgggtgttc ttattcggag agtgttacgg aacaagtatg ttagagattg aaagaatttg gagcctaggg aagcacgctg ttgctgttat tgatatccaa ggagccttgt ttattcgctc tcggatgcct agtgtatcta tttttattgc tccaccttca caggaggagt tagaaagaag gttagcttca cggggatctg aagagggctc tcaaagaaaa gaacggctgg agcacagtct tattgagcta gcagctgcaa atcagtttga ttatgtcatt attaacgacg acttaaatca agcgtacagg gttttaaaaa gcatttttat agctgaagaa cataggaaca tattatga <210> 460 <211> 1809 <212? DNA <213? Chlamydia pneumoniae <400? 460 ttgaaagaat ataagataga gaacattcgc aatttttcaa tcatagcgca tattgatcac gggaagtcta caattgctga tcgcctttta gaaagtacga gcacagtaga agaacgggag atgcgtgagc agctcttaga ttccatggat cttgaaagag agcgtggcat tacaattaaa gctcatcctg tcaccatgac gtatctatat gaaggagagg tgtatcaact gaacctgatt gatacccctg gtcacgtgga cttttcgtat gaagtctctc gatctctatc tgcatgtgag ggcgccttac ttattgtaga tgccgcccag ggggtgcagg cacaaagtct tgctaatgtc tacctggccc ttgaaagaga tttagagatc attcctgtat taaacaagat tgatctacct gccgctgatc ccgtgagaat tgctcaacag attgaagatt atataggcct agacactacg aacattattg cctgttctgc aaaaacaggt caggggatcc ctgcaatcct gaaagcaatt atcgatcttg ttcctcctcc aaaagcacct gcagaaacag agcttaaagc tttagtcttt gattctcatt atgaccctta cgttggcatt atggtctacg tacgcattat tagcggggaa ttaaaaaaag gagaccgcat tacttttatg gcggctaaag gctcctcgtt tgaagtctta ggtatagggg cctttctccc taaagcaaca tttatagaag gttccttacg ccctggtcag gtgggttttt ttattgccaa tctcaaaaaa gtgaaggatg tgaagatcgg cgatacagtc acgaaaacaa aacatcctgc aaaaactcct ttggaaggct tcaaagagat caatccggta gtttttgctg gaatttatcc tatagattct tctgattttg atactttgaa agatgcttta ggaagactac agctcaatga ttctgcttta actatagaac aagaaagcag tcactcttta ggctttggtt ttcgttgtgg cttcttagga cttcttcatc ttgagattat ctttgaaaga atcattcgag aatttgactt agatattatt gcaacggctc caagtgtcat ctataaagtc gtcttaaaaa acgggaaagt tctagatatt gataacccct caggatatcc ggatcctgcg atcatcgagc atgtggaaga gccttgggtt catgtgaata ttatcacccc tcaagaatat ctgagcaaca ttatgaacct ctgtttagat aaacgtggga tctgcgtaaa aacagaaatg ctagatcagc accgtctagt tcttgcttac gaactccctt taaatgagat tgtctcggat ttcaatgaca agctgaagtc agtaactaaa ggttatggat cctttgacta ccgtcttggg gattaccgta agggatcgat catcaaatta gaggttctta ttaacgagga gcccatagat gctttttctt gtttagtcca tagagataaa gcagaatctc gtggaagaag tatctgcgaa aagcttgtgg acgtgattcc acaacaactc ttcaagattc ccatccaagc tgccattaac aaaaaagtca ttgccagaga aacgattcgt gcgctttcta agaacgtgac cgcaaagtgt tatggcggag atattactag gaaacgcaag ctgtgggaaa agcaaaagaa aggaaaaaaa cgtatgaagg aatttggaaa agtttccatt cccaatacag ctttcattga agttctaaaa ttagattaa <210> 461 <211> 975 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400? 461 atggaacttc ttccacacga aaaacaagta gttgaatatg aaaaggctat agccgaattt aaagaaaaaa ataagaaaaa ttctctctta tcttcttcag agattcagaa attggaaaag cgtttagata aattaaaaga aaagatctat tcggatttga ctccttggga gcgtgtacaa atatgtcgcc acccttcgcg tccccgtact gtcaactata ttgaagggat gtgtgaggag tttgtcgagc tttgtggaga tcgcaccttc cgagatgatc ccgcagttgt tggtggcttt gtaaaaatcc agggtcagcg ttttgtcctt attggccaag aaaagggatg cgatacagcg tcacgccttc ataggaactt cggtatgtta tgtcccgagg gtttcagaaa agcccttcgc ttaggaaaac tcgctgaaaa gtttggcttg cctgtggtct ttcttgtcga taccccagga gcatatcctg gattgactgc tgaagagaga ggacaaggat gggcaattgc caaaaatctt tttgagctct caagacttgc cactcccgtg attattgtcg ttatcggtga gggatgttca ggtggagctt tgggcatggc tgtaggtgat tctgtagcta tgttagagca ttcctattat tctgtaattt ccccagaagg atgcgcctcc attctttgga aagatcctaa gaaaaatagc gaagcagctt ccatgttgaa aatgcatgga gaaaacttaa aacaatttgg cattatcgat actgttatca aagagcccat tgggggagct caccacgatc ctgcattggt atatagcaat gttcgagagt ttatcatcca agagtggtta cgattaaaag atctagctat agaagagctg
240
300
360
420
480
540
600
618
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1809
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
PL 209 107 B1
315 ttggagaaac ggtacgaaaa atttcgctct ataggtcttt atgaaactac ttctgaaagc 960 ggtcctgagg cataa 975 <210> 462 <211> 1980 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 462 atgaaactac ttctgaaagc ggtcctgagg cataaaaatc atctcgttat attaggctgt 60 tctctactcg caattttagg acttaccttt tcatctcaga tggagatttt ttctttaggg 120 atgattgcta aaacaggccc cgacgccttt ttactttttg gacgtaagga atctggaaaa 180 cttgtaaagg tttcagaact aagtcagaaa gatattttag agaattggca ggcaattagt 240 aaggattcag agacacttac agtctctgat gccacgacat acatcgccga acatgggaaa 300 agcacagcct ctctgacgag caagctctct aagtttgtcc gtaactacat cgatgtgagc 360 cgctttcgag gactggcaat cttcttaatc tgcgttgcta tttttaaagc agtcacctta 420 tttttccaac gtttccttgg gcaagtcgtt gctatacggg taagccgaga cttacgtcag 480 gactacttta aggccctaca acaactcccc atgaccttct tccatgatca tgatatcggt 540 aatttaagta atcgtgtcat gacagattct gcaagcattg ccttagcagt aaactcttta 600 atgattaact acattcaagc cccaattacc ttcatattga cattgggagt ctgtctgtcg 660 atttcatgga agttttcaat tcttatttgt gttgcctttc ctatctttat ccttcccatt 720 gtcgtgatcg ctagaaagat caaaaattta gcaaaacgta ttcaaaagag tcaggattca 780 ttttcctccg ttctttatga ttttcttgct ggggttatga cagtaaaagt ctttcgtaca 840 gaaaaatttg ccttcacaaa atattgtgag cataacaata agatttctgc tttagaggag 900 aaaagtgctg cttacggttt gcttccacga cccctcctgc ataccatagc ttctttattt 960 tttgcttttg tcgtcgttat cggaatttat aaatttgcta ttcctcccga agaacttatc 1020 gtattttgtg gtttgctcta cctaatctac gaccctatta agaagttcgg ggatgaaaat 1080 acctccatca tgaggggatg tgctgctgcg gagagatttt atgaagtctt gaatcacccc 1140 gatcttcata gtcaaaaaga aagagaaatc gagttccttg gactttctaa tacaatcaca 1200 ttcgagaatg tttccttcgg ctatcaggaa gataagcaca tcctcaaaaa tctaagcttt 1260 accttacata aaggcgaagc tctaggcatt gtaggaccta caggatctgg aaaaacaaca 1320 cttgttaaat tacttcctag gctctacgaa gtctcccaag gaaagattct tatcgactct 1380 cttcctatta cggaatataa caaagggtcc ttaaggaatc acatcgcctg tgtattacag 1440 aatcctttct tattctatga tactgtatgg aataacctta cctgtggtaa ggatatggag 1500 gaggaggctg ttttagaagc tctaaaacgt gcctacgctg atgagtttat tttaaagctc 1560 cctaaaggag tccatagcgt gctcgaagaa tctgggaaga atctctcagg aggacagcag 1620 caacgtttgg caatagcacg tgctctgttg aaaaacgcct ccatcttaat tttagatgag 1680 gcaacgtcag ctctagatgc cattagtgaa aattacatta agaatatcat tggagagctt 1740 aaaggacagt gcacacaaat cattattgcc cacaagctga ccactcttga acatgtagat 1800 cgcgtgctct acatagaaaa tggtcaaaaa attgccgaag gcacaaaaga agaactctta 1860 cagacgtgtc ctgaattttt aaaaatgtgg gagctctcag ggactaaaga atataacagg 1920 gtctttgttc ctgatcacaa attagtcgca aatcctacgg acatggcaat aacaacttag 1980 <210> 463 <211> 1236 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 463 atgattccta ccatgttaat gttcttcatt atctgtttta ctttatgctc gggattcatt 60 tcgttatctc aaattgcttt gttttctttg cctacgagtt tgatctcgca ctataagcgc 120 tctaaatcta agaaacagca gcgagtagct acccttcttc tacatcccca ccacctgctc 180 atcaccttaa ttttttgtga tatcggactg aatattgcta ttcaaaactg ttttgccatt 240 ctatttggag atgcagcttc gtggtggttt actgtaggtc ttcctttagc aattactttg 300 atcttaggtg agattctccc taaagcagta gctcttcctt ttaatacaca gattgctagt 360 tccgtagccc ctcttattct ttgtgttact aaaatcttca aacccctact ccactggggt 420 atcgtaggaa ttaattatgt ggtccaatgg attttatcga agcaacagat tgatatcatc 480 caaccccaag agctgaagga agtattgcaa agttgtaagg atttcggcgt agtcaatcaa 540 gaagaaagcc gtttactcta tggttatctt tctcttagtg attgtagtgt taaagagcgt 600 atgcagccac gccaggatat tttattttat gatatccaaa cccctttaga gaacctctat 660 cttttatttt ctaaacagca ttgctcacga gttcctatat gtaacgataa cctccaaaac 720 cttctgggca tttgcacagc gcgctctctt cttttacatg acaagccact gcaatcttcg 780 gatgatctcc tccccttgct gaaaaaaccg tattatatgc cagaaaccat ctctgcaaaa 840 atggctttat gtcagatggc agctgaagac gaaaccctag ggatgatcat tgatgaatac 900 ggatctattg aaggattgat cactcaagaa gacctctttg aaattgttgc tggagaaatt 960 gtagaccaga gagataataa aatactctat accacctcag gagctgatgt tattattgcc 1020 tcaggaactt tagaactccg tgagtttagt gagatcttcg atatcaacct accgacgaac 1080 aataatattg cgactatagg aggctggtta atagagcaaa tcggaacgat tccgacaaca 1140
316
PL 209 107 B1 ggaatgaaac tctcttggaa taacttgctt ttccaggtat tagacgctgc tccgaatcgc attcgccgtg tgtatataag gaaattgtat gactaa <210» 464 <211» 1215 <212» DNA <213» Chlamydia pneumoniae <400» 464 atgactaatt ctgctctott ttggatagga gtcaacatta tctgtattgt cttacaagga ttctattcga tgatggaaat ggcctgcgtg tcatttaacc gtgtacgatt gcaatactat ctgactaaag atcataagaa agctcgctac attaatttcc tgattcgccg cccctatcgt ttatttggaa cggtgatgtt aggagtgaat atcgctctac aagtcgggtc tgagtcctca agaaattgct atcgagcttt aggaatcact ccagattacg ctcctttcac tcaaattttt atagttgtga tttttgcaga acttctacct ctaacaatat cacggaagat tcctgaaaaa ttagcacttt ggggagcacc gattctctat tattcccact atattttcta tcctctgatt cagctcatag gaagtctcac tgagggtctt tactatottc taaatattag gaaagaaaaa ttgaactcta cattaagtag agaogagttc caaaaagctt tagagactca ccatgaagaa caagatttca atacaattgc tacaaatatt ttctctttaa gtgcgacttg tgcagatcag gtatgccaac ctttagaaca ggttaccatg cttccttctt ctgcaaatgt taaagatttt tgccggacta taaaaaatac agatatcaac tttattcctg tctatcacaa ggcccgaaaa aacgttattg ggattgccca tcctaaagac tttgtcaata aagctcttga tgaaccccta atcaataatc tacactcgcc ttggtttatc actgcaaaat caaaacttat tcgtatcctc aaagagtttc gagacaaccg ttcgagtgtt gctgttgtcc tcaatgcttc tggtgaacct ataggtattc ttagtttaaa tgcaattttc aaaatcttat tcaacactac aaacattgct catttaaaac ccaagaccat ctctgttatt gaaagaacgt ttcctggcaa ctctcgcata aaagatctgc aaaaagaact cgatattcaa tttccgcaat atcctgtaga aaccctagcc caattggtat tgcaactgct agacagtcct gcagaagtag gaacttctgt aattatcaac aacttgcttt tagaagttaa agagatgtct ttatctggga taaaaaccgt atcgattaaa aacttactct catag <210» 465 <211» 1632 <212» DNA <213» Chlamydia pneumoniae <400» 465 ttgttcggct cggagtccct ccgttatcaa ttgttgatcc aagattttgc aaaagtttca gaagagggca taggcctttt ggagtctaaa gagtattctt tacttcaggc taagctagtt ttaagggctc tggctcaaaa ttcttctttt gatgattggt ttagaagttt taagaagtgt cagatttcct atccagagtt agctcatgat cgcgatgtct tagaagaatt tgggattcaa gttctgcgtg agggaatcga aaatccttcc gtgaccgttc gtgctgtgag tgtccttgct attgggcttg ctagagattt tcgcttggtc cctctcctgc tccaaagttg taatgatgac agtgctattg ttcgatcttt ggctcttcag gttgctgtga actatggctc tgaaagttta aaaaaggcca ttgtagagct tgcccgtaat gatgattcta ttcatgttcg gattacagca tatcaggtgg tcgctctttt acagatagag gagctattgc catttttaag agagcgtgct gagaacaaac ttgtagatag tgtagaacgt cgagaggcgt ggaaggcttg cttggaactc tcttctcaat ttctagagac gggtgtagct aaggacgata ttgatcaagc gttgttcact tgtgaagtgt tgcgtaacgg tatgttgcca gagactactg agatttttac agaactctta tctgtagagc atcctgaagt gcaggagtct ctcttacttt ctgctttagc ttggagtcat cagctacaga atcacaaaga gtttcttagt aaagtgcgcc atgtgatgtg cacttctcca tttgcaaaag tacgttttca agctgctgca cttctccatc tgcatggaga ccctttgggc agagactctc tggttgaggg cttgcgctct cctcaacctc ttgtgtgtga ggcagcttcg gcggctctct gctctttagg aatccatgga gtccctttgg caaaggagca tttggagagc ctttcttctc gaaaggctgc tgcgaacctc tccattttgc ttcttgtgag ccgtgaagat attgaaagag ctggagatgt gattgctcgc tacctctcca atcctgaaat gtgctgggct atagagtatt tcttatggga tgcacaatgg aatttacgtg gtgatacctt ccctctatat tcggatatga ttaaacgtga gattggtagg aagctcattc gccttttggc agtagctcgc tatagccaag ccaaggctgt aacagcaacg ttcctttcag gacagcaagc tcagggatgg agcttttttt ctggaatgtt ctgggaagag ggagatgtga aaacttctga ggatttggtt acagatgctt gctttgcagc aaagttggaa ggagcgttag cctcgctatg tcagaaaaaa gatcaagctt ccctacagag ggtctctcaa ctttataatg acagccgttg gcaagataaa ttagcaatct tagagagcgt tgctttttct gagaatcttg atgctgtgcc ttttcttcta gactgctgcc atcacgaagc tccttcgctg cgaagtgcag cagcgggtgc tcttttctct attttcaaat aa <210» 466 <211» 312
1200
1236
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1215
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1632
PL 209 107 B1
317 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 466 atgtcattta aacgtttctt gcaacagatc cctgtacgta tctgtctact tattatctat ctctaccaat ggcttatctc ccctctctta ggctcgtgct gtagattttt tccttcctgt tcgcactatg cagaacaagc cttaaaatct cacggcttcc tgatgggctg ctggctttct ataaagagaa tcggaaagtg tggcccctgg catcctggag gcattgacat ggtccctaag actgctttgc aggaagtttt agaaccttac caggaaatag acggtggtga ttcaagccat ttttctgaat ga <210> 467 <211> 1089 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 467 atggctttca aaagaaaaac tagatggctg tggcaagtct tgatcctgag tgtgggattg aatatgcttt ttttgctctt attttactct gccatatttc gtaaagacat ctataagctg catttatttt ccggaccttt gattgcgaaa agtagtcgta aggtctacct ttctgaagat tttttaaacg agatatctca agcatctttg gacgacttga tttcgttgtt caaagatgag cgctatatgt atggtcggcc gataaaactt tgggcgttga gtgtagcgat agcttcccac cacatagaca tcactcctgt gctttcgaag cctttgacct atacagagtt gaaaggatct tcagtgcggt ggcttttgcc gaatattgat cttaaagact ttcctgtgat tttggactat ttgcgttgcc acaagtatcc ctatacttct aagggcttgt ttttgctgat agaaaagatg gtacaagaag gctgggtaga tgaagattgc ctgtatcatt tctgctcgac tccagaattt ctttacttgc gtacgttact tgtaggtgca gacgtgcagg cctcttcagt agcctcatta gctcgtatgg tgattcgttg cggatccgaa cgtttctttc atttttgcaa tgaagagagc cgcacttcca tgatttcagc tacacaacgt cagaaagtct taaaatctta tttagattgt gaagaatctc tggcagcctt gcttttgctt gtccatgata gtgatgttgt tttgcatgaa ttttgtgatg aagatcttga gaaggtcatc cgcctgatgc ctcaagagtc tccctatagt cagaatttct tctctcgatt acagcattct ccgcgtagag agttggcctg catgtcgact cagagggtag aggctcctcg tgttcaagaa gatcaggatg aagagtatgt ggtacaggac ggggattctt tatggttgat agctaagagg tttggcattc ctatggataa gatcattcag aaaaatggct tgaatcacca ccgtctattt cctggtaagg ttctaaaact tcctgcaaag cagtcttag <210> 468 <211> 1308 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 468 atgttttcac gatggatcac cctcttttta ttattcatta gccttactgg atgctcctcc tactcttcaa aacataaaca atctttaatt attcccatac atgacgaccc tgtagctttt tctcctgaac aagcaaaacg ggccatggac ctttctattg cccaacttct ttttgatggt ctgactagag aaactcatcg cgaatccaat gatttggaat tagcgattgc cagtcgctat acagtctctg aagacttttg ctcttatacg ttctttatca aagacagcgc tttatggagc gacggaacac caatcacctc cgaagatatc cgtaacgctt gggagtatgc acaggagaac tctccccaca tacagatctt ccaaggactt aacttctcaa ctccttcatc aaatgcaatt acgattcatc tcgactcgcc caaccccgat tttcctaagc ttcttgcctt tcctgcattt gctatcttta aaccagaaaa cccgaagctc tttagcggtc cgtatactct tgtagagtat ttcccagggc ataacattca tttaaagaaa aaccctaact attacgacta ccactgcgtc tccatcaact ccatcaaact gctcattatt cctgatatat atacagccat ccacctccta aacagaggca aggtggactg ggtaggacaa ccctggcatc aagggattcc ttgggagctc cataaacaat cgcaatatca ctactacacc tatcctgtag aaggtgcctt ctggctttgt ctaaatacaa aatccccaca cttaaatgat cttcaaaaca gacatagact cgctacttgt attgataaac gttctatcat tgaagaagct cttcaaggaa cccaacaacc agcggaaaca ctgtcccgag gagctccaca accaaatcaa tataaaaaac aaaagcctct aactccacaa gaaaaactcg tgcttaccta tccctcagat attctaagat gccaacgcat agcagaaatc ttaaaggaac aatggaaagc tgctggaata gatttaatcc ttgaaggact cgaataccat ctgtttgtta acaaacgaaa agtccaagac tacgccatag caacacagac tggagttgct tattacccag gagcaaatct aatttctgaa gaagacaagc tcctgcaaaa ctttgagatt atcccgatct actatctgag ctatgactat ctcactcaag attttataga gggagtaatc tataatgctt ctggagctgt agatctcaaa tatacctatt tcccctag <210> 469 <211> 1749
120
180
240
300
312
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1089
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1308
318
PL 209 107 B1 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400? 469 gtgtctggga agaaagatgg tgtaagggga atgatctttg tccctcttag catcctagta ctaatctttt tacctcttcc tcagatcctt cttgattttg gattgtgtat tagttttgca ttgtctttac taacggtctg ttgggtcttt accttaaatt caagcaattc agcgaagctt tttcctccat ttttcttata tctttgccta ttgcggttgg gattgaatct tgcatcaaca cgatggattg tctcttcagg aaccgcctct tctctgattg tttctttagg cagtttcttc tctttaggaa gtctatgggc agcaacgttt gcgtgcctcc ttcttttctt tgtgaacttt ttgatggttt caaagggttc ggaaagaatc gcagaggtcc gttcgcggtt tttcttagag gctcttccag caaaacagat ggctttagat tctgatcttg tttctggaag agcttcttat aaggctgtca aaaaacaaaa aaatgccctt atagaagaag gggatttctt ctctgccatg gagggggtct ttcgttttgt taaaggggat gcaattatta gttgtatcct tttactcgtg aacgtagttt ctgtaacttg tctttattat acttcgggtt atgctcttga gcagatgtgg tttacagttt taggagatgc tttagtgagt caagtacctg ctttacttac ttcgtgtgct gcagccactc ttattagtaa aatcgataag gaagagagcc ttttaaatta cctgttcgaa tactacaaac agttgcgtca gcatttcagg gtggtgtcgt tattgatctt ttctttgtgc tgcattccca gttctccaaa attccctatc gttttgctcg cgagtctttt atggttggcg tatcgaaaag aagagcctgc atcagaagat tcttgtatag aacgtgcgtt ctcttatgtt gagggggcct gccctaagga acaagaatca cagttctatc aagtatatcg tgcagcatcc gaagaagtat ttgaagattt aggagttaga ttgcctgtgc ttacttctct acgtattgaa gagcgtcctt ggctccgagt atttggccag aatgtatact tagatgaaat gactccagag gctgtgcttc ctttccttag aaacatcgct catgaggctc tcaatgccga ggtagttcaa aagtaccttg aggaatcaga gagagtgttt ggcatcgctg ttgaagacat cgttcctaag aaaatctctt taagctctct tgtagttctt tctcgcctcc ttgttagaga aagggtatcg cttaagcttt tcccaaagat tctagaggcc gttgcggtat accaaaattc tggagacagc ttggagatcc ttgcggaaaa agtgcgaaag tctctcggat attggattgg gagaagtctc tgggatcaga aacaaaccct tgaggtaatt accatagatt ttcatgttga agaattgata aacagctcat actcaaagtc taatcctgta atgcaagaga atgtgatccg tcgagtagac agtcttttag aacggtcggt atttaaagat tttcgagcca tagttacgag ctgtgaaaca cgatttgaga tgaaaaaaat gctcgaccca catttccctg atcttttggt tttatctcat gatgagcttc ctaaagaaat ccctatttcc ttcttaggga tcgtttcaga tgagatttta gttccttaa <210? 470 <211> 516 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 470 atgaaaaaat tattattttc tacatttctt cttgttttag gatcaacaag cgcagctcat gcaaatttag gctatgttaa tttaaagcga tgtcttgaag aatccgatct aggtaaaaag gaaactgaag aattggaagc tatgaaacag cagtttgtaa aaaatgctga gaaaatagaa gaagaactca cttctattta taataagttg caagatgaag attacatgga aagcctatcg gattctgcct ctgaagagtt gcgaaagaaa ttcgaagatc tttcaggaga gtacaatgcg taccagtctc agtactatca atctatcaat caaagtaatg taaaacgcat tcaaaaactc attcaagaag taaaaatagc tgcagaatca gtgcggtcca aagaaaaact agaagctatc cttaatgaag aagctgtctt agcaatagca cctgggactg ataaaacaac cgaaattatt gctattctta acgaatcttt caaaaaacaa aactag <210? 471 <211> 1083 <212> DNA <213? Chlamydia pneumoniae <400> 471 atgtccgaag caccagtcta cactcttaaa cagttagctg agctactaca agtcgaagtt caaggaaata tagaaactcc tatttcaggt gttgaagata ttagtcaggc gcaacctcac catattgctt ttttagataa tgagaaatac tctagctttc taaaaaacac caaagctggt gctattattt tatctagatc tcaggcaatg caacatgccc acctaaagaa aaactttctt attaccaatg aatccccttc tctaacattt caaaagtgca tagagttgtt tattgaaccc gtaacatcag ggtttcctgg tattcatcct actgcagtga ttcatcctac tgcacgtatt gagaaaaatg taaccataga accttacgtt gtcattagtc aacatgccca tatcggctct gacacataca tcggagctgg aagtgtcatt ggagctcaca gcgttctagg tgctaactgt ctgattcacc ctaaggtggt gattcgagaa agagtcctca tgggaaaccg tgtagttgtt caacctggag ctgttttagg atcctgtggt tttggttata ttacaaatgc ttttggtcat cacaaacctt taaagcatct aggctatgtg attgtaggtg atgatgtaga aatcggagcc
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1749
120
180
240
300
360
420
480
516
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
PL 209 107 B1
319 aacactacga gataaccaag caagcaggca ggaattactg acaaaatcta acacatcggt ttagaaaaac taa tagatcgtgg tacaagtagc ttgcaggttc ggcatatttc tcacctctcc tgattgctaa aagtaagaga tcgattcaag tcatcacgta tacaaaaatt tattgcagac aggcatttat aattcggaac tctatcgact aacaccgtga gaaattggaa ggtgaacatg catgtgatca ggaggcgctc cttcctaaaa cccagccttg tccatgaagg agcatagtat tcatcattgg tgattgctca cagcacgacc ctgaagaaag ctgagattcc aactaaaata tattgttgcc agggcaaacc aactggagtc ttatcaagaa actaagtaag ttcagagatc
720
780
840
900
960
1020
1080
1083 <210> 472 <211> 1200 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 472 atggcagcat gtagaagctg gagatgaaca aaaaaaaagg gctgagaaaa gcttctggga gacgatgctt etgeaatcca aaagaagcgc ggtgcgaaaa tcagggcttc ctttctatgc atgaaaggaa caagttctca gaaagtcgcg gatctaaact acagcatcta accggtgtct tcagcagaca ataaacaatg caggaggcac cagctgcaaa tgattcaaca aagagaagtt aatctgaatc attctgaaat ctccagaaga cagctttgga ttatccaagc acatcttatt gctctttgta ttcaagaccg tggcaacaga tgacagaaac ttcctatttt ttgtgaaggt aagtagaacg tgaacttatt aacgtcagca aagattatcc aggtggttta agcagatgca atcteaggac tcaaactcta tacagaagag ctctggtcaa cattcttgct ctacctggtt aaggaatact tgcctcteaa cttagaagtg ctatacctac attaaaaagg tcgtaacctg actcgatagc agctgagtcc agaagtccgc cttttctgct attaggagct caaagcatca ggaggcactc gcagaagttg ctgacaaatc gaatctcgga aagcctgaca gaacttcgcg cttgtacaag caaacgactc catacggagc gaatatgcag actggagaca caagatatgg cagggtccct caagcagttc ttaaaagctg taccataaaa aatctcatag ttacgtcaaa atgattgcta gacttcccta agggtgtcaa tagccagcca ccgcagcagc aaaaaggaga cagatcttgc gcctgcgtga agaaaattaa caccctccca aattcggacg accaactgaa cacatacctg ctattgtcag aegtacccag ttacctcgta agggaatcca tcattaacga gagacgatgt cgtcgtcacg atgctttaga aaccctatcc ccttgcagct agaaggttct aacacgcacg agctggaaag tgataagtat tgcaatagga agacccagct aggtaaatta aactgctatt tgtttctcct tgatcagcta ctcctttcta tgcgcaacta cgattacttt aactccttct taagttccca tgattctgtg ccttttctct tgctgtaaat ttggtcatga
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200 <210> 473 <211> 675 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 473 atgacatcct gaattttatc aaagattact tgtgatgact aatcctaatc gagcttgcca ttatgcgaca attcctcaag cgaggctatg aaagaaatgc caagaagttt tgttcttgta ggatagaatt agcgttggtc atttacatat tgcagattcg acatagattt atcatgaatt tgccacaact tctgtgtaga catactttac tacaaacttt tagatactct agtag acttgataag tgaaggaaag taaagcattt tagacaaatt atggagacag cagtcaggct tgccgtgggt gaaaatccgt tgtacatcaa ggtaggcaga atggaacttt caaattgaag ttagaaaaac ccttgttacc cttgagaatc tttgctttat gctcaagata ttaggcgctc ggtttgaaag gaagctgata gagaatcctg ttgagctctt atcaacatat aacaacttca tttcagcgct tcatggatga ctcttggagt tggtagcgac tctatactta aatattttgg ttaaacatgc atgctgtttt ttattaattc gttaaagcac agcttatgcc gcatgctcgc agaagctgga ttctgaagag atttcgccgc tgagattcag agtttctgct cagcgaagag gcaaggatca aacggagcct
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
675 <210» 474 <211> 741 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 474 atgaaaatca ctagagtctt gtctctttat aagcaagaag tgggggatac ttgtatccta tatcatctcg ccacagtcaa cattgcctaa gtgaaggtgc cagatgccta tcattccttc gggatttttt agcattgcgg aacaccaaaa gttaaacgaa tgttgtagaa tgtttttgta agcggggatt gctttccgtg aatcattata atatatcctt cgctctattg cttgagaagg gagaaatacg gacgagtcca aatactctag tcggatagtc atgatgacct ttgtgattac tttctaaaga gcatatatct atgttgaagg gggattggtt atacgactcc atattctatt gtctaagata tgaattaata aactaagaag ttattttgtg aaggaatttc gttgcgtcgg
120
180
240
300
360
420
320
PL 209 107 B1 ggaactatgg aaaccagatt tcggcagctg gaggaagctc ttagcaatcg actcccgcac gtttaggctt gttttggtcg cggttctttg ccaagattac ctgaggatga caacctcctg atgttggaat tgctttgaag tatgggagag cttccattct agatttatat a
ggttttttcc atgacttata ggagacgagc tctccaacta ggtcctctgc ctttatataa gcaatttatt agactcccat cattacaaga tacaatctat ttatgtagga agatggttta tgctattata tatgagcact ggcatgggaa
480
540
600
660
720
741 <210» 475 <211» 1062 <212» DNA <213» Chlamydia pneumoniae <400» 475 atgaataaaa gtaggaattt gaagctatca atagaacacg caacagagtt tttaaaattc gcagggcgta ggatctgcga catagctcgg gatcaaacag ctcgaaaaaa tcggagatta attgatagaa.
gactttgttt aataaaactc gaaagcttga tggaaagatc atagaaaaaa gacaaaaaga ttgcaagagc tctactcaaa ctgatgaaga taactcgaca cccaaatctt aactgatgca actacaccaa agctctgtga gaaagtattt tccagacagc ttcaagcctt gtcatagcaa ctataaatac tacttgcagg tcatactgga tagctaagca gtcttccagt taaattaaaa tcctcgtggt tcaatgcaat gatcttccta agctcaagca aaagcaagec tcaaaaagct tctttctcta tctcattatc tgttcttcct tcagaaaacc acatcaagca acttactttt cgcaccctgt atctataaat aaacctgacc ttcagaacat agaagagcaa atctgtgtta gacactttta gaggacatgc cgtatttata aaaaacaaag agcaatgtaa ctttccatag cgtttagata acaaatacct caagatcgta atccaagttg aaacaacgag aagcaattac actcttcacc tggtctaaag aaacaacaaa cctacagtag gaagcagcgt ttattagcac agactttttt gtaaaattct acctctcaga ttacgatcta ctttagtcga ataagaaaga ataatctcat ctggagactt aaattgcaat ctatgtttgc gaatccatgt gacaattaaa ataagtttgc gaagattctc atcagaaact acgatgaaga ga gttgatttta aaagtctgaa atgcgatgct acccaagatc ctatcaaaaa gcaacctcca tgcttggcta tctaggaatg ttctataaag acaagctgta tctgacccac agatattatc tatcaataaa agttatagat cttaaatgat tcgaatgatt aaaagaaatt
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1062 <210» <211>
<212>
<213>
476
561
DNA
Chlamydia pneumoniae <400> 476 gtggcattaa tcagccggag gcaggtcttg gactacggta catcaggtgc actaagttaa atgttccgtg agtcagggtt ttgatttgtg gcccaagatg attttaagat aacagttagg atttagttga aataccgtta gcataaaaga agcaagcgcg gtagagaatt tagaggatat ttgtggctcc aaaaccaata taacaggcaa aatacttgct agttgcttca tggtctgaca agttaagctt tacgttcgtt agcttatcca tggtttcgtt aggaacagta a
ataagagctc atcaaagatg aatagcgagc aaaaaggaaa aagcctaaca gaaaaaggaa gaacatggtt gaagctgaac aaaacaaaga ctaaagttcg ctttggattt ctcctgtatg aagatagtaa tagacgaaaa ataaagtcaa ttaaagttgt ccaaactagc aaaaacagga tctcattggt agcccgagag taagatcatg aaaagctcaa tgatttttcg aattacatgc tcaaaaaatg aggtcgttcc aaagtctcat
120 180 240 300 360 420 480 54 0 561 <210» 477 <211> 3135 <212> DNA <213» Chlamydia pneumoniae <400> 477 atggtcgaag tttaatcaag gaaactagtt gtcgtgaagg caggatcttg attgtttaca atacgtagag aaagcattca attaatgacc attaatctgg gatgtggcca gatcaagatg gacggcacca ttgaagaaaa atcggatttt ctccactacc aagtcctcgc tagaaagtca gggaccaacg acgggggaag gagcgacgct ttacccttag aagagatcca agaattatat gacaagaaga cctaccttct gcattacacc ccaggctttg taaagactta taaaatttca gctctatatt caaggcagag cgctaaattt ccaaattaat gatcgttgaa agatattgtt tttatataga gtttgtcccc gagaaaaaca atcgtcaaac gaggcagctt gaagaatcta gaaggtcagg agcgggttgc cgcggtaact aatcctatga gggatgactc gatgtcctaa gaaaagcaac gaagctcgtg caagaggaaa gatttagaaa gtaatggaat ttcgagatac ttgcgcaaat tagtcactgt aggatgtggc cttcgtccat agatctctgc ctcctgcaac gccttcatgg ttatggttgc cacgagcccg cgtacgttgt agaggttttc gtttgtccca gcgtagctta tactcataaa agagagaatc tcgcgattat aattgccatc agctctcgaa actatccgaa tgaagaagct cggctattat tgctaataaa tcaaaaagaa ttgggcatgc
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
PL 209 107 B1
321 aaacgctttc ctaaaactac agattctcaa ctgcttgcag atatggcatt tatgaatttg tattcaggaa tcaaagaaga cgaggtcacc acagcatgca tcatggcggc acgtgccaat atcgagagag aacctgatta cgcttttatc gcagcagaac tcctcacgag ttccttgtat gaagagacct taggatgcag ctctcaagac cccaatttat cagaaataca taaaaaacat tttaaagaat acatcctcaa tggagaagag tatcgcttga atcctcaatt aaaggattat gatctcgatg ctcttagtga agtcctagac ctctctagag accaacagtt ttcctatatg ggagtccaaa atctctacga tcgctatttt aatctgcatg aaggacgacg tttagagact gcgcagatct tttggatgcg ggtttctatg ggcttagcct taaatgaagg agaacaaaag aatttttggg caatcacttt ctataatctg ttatccacat tccgctatac cccagcaact cctacattgt ttaactccgg aatgcgtcat tcccaactca gttcatgcta tctttccaca gtaaaagatg acctaagtca catttataag gtgatttctg ataatgcttt gctttctaaa tgggcagggg gaattggaaa tgattggaca gatgtccgtg ctacaggagc tgtaattaag ggaaccaatg gaaagagtca aggcgtcatt cccttcatta aggttgccaa tgatactgca attgcagtga atcagggggg caaacgtaaa ggtgctatgt gcgtatattt agaaaactgg cacttggatt acgaagactt tttagaattg cggaagaata caggagatga gcgtcgtaga actcacgata tcaatacagc aagctggatt cctgatctct tctttaagag actagaaaaa aaaggcatgt ggacactctt tagccccgat gatgtcccag gtttacacga agcctatggg ttagagtttg aaaagcttta tgaagaatat gaacgtaagg ttgaatctgg ggaaatccgt ctttataaaa aagtagaagc cgaagtgctg tggcgtaaaa tgttaagcat gctttacgaa acagggcatc cttggattac atttaaagat ccttcgaata ttcgctcaaa ccaagatcat gttggcgtcg tacgctgttc taatctatgt acagagattt tattgaactg ttcggaatca gagactgcag tttgtaattt aggttccata aacttggtag aacatatccg taatgacaag ttagatgaag aaaaattaaa agaaactatc tcaatagcca tccgtatttt ggataacgtt attgacctga acttctaccc tacaccagag gctaaacaag ccaacctaac tcacagagct gtggggttgg gggttatggg attccaggat gttctttacg agttgaacat tagctatgcc tcacaagaag ctgtcgaatt ttctgacgag tgctcggaga tcatcgcata ctacgctatt ctagcctcga gcttactcgc gaaagaacga ggtacatatg cttcttattc aggatctaag tgggatcgtg ggtatctacc cttagatact atcgagcttc tcaaagaaac tcgcggagag cataatgttc ttgtagacac atcaagtaaa aaagattgga ctccagttcg tgatactatc cagaaatacg gaatgagaaa tagccaggtc atggcaattg ctcctacagc aacgatctcg aatatcatag gggtcaccca atctatagag cccatgtata aacatctctt tgtaaagtcc aacctttccg gagagtttac gatccccaac acctacctga ttaaaaaact taaggaatta ggactttggg atgcagaaat gttagatgat ctaaaatatt ttgacggatc tctattggaa attgaaagga tccctaatca cttgaaaaag cttttcctta cggcatttga aatcgaaccc gagtggatta tagagtgtac ctctagaaga cagaaatgga ttgatatggg agtttctcta aatctgtatc ttgctgagcc agatggtaaa aaactctcca atatgtatct cacggcttgg aaaaaaggat taaagactac ctattattta agatctcaag ctgcaacatc agtagagaaa tcatttatag atatcaataa acgcggcatt cagcctcgtt ggatgaaaaa taaatcagcg tccacaagta ttgtggtcga aagaaaaaca acccccgttt gttcaatgga agaaggttgc gaatcttgtc aataa <210> 478 <211> 1041 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 478 atggaagcag atattttaga tggaaagctc aaacgggttg aggtaagtaa aaaaggattg gtgaattgta atcaagtaga tgtcaatcag ctagtcccta tcaagtataa atgggcttgg gaacattacc tcaatggatg tgcaaacaac tggcttccta ctgaagttcc tatggcaaga gatatcgagt tgtggaaatc agatgaactg tctgaagacg aacgcagggt cattttgtta aacctaggat ttttcagtac cgcggaaagc ctagtcggaa ataacatcgt tcttgctatc ttcaaacata tcacaaaccc tgaagcaaga cagtatttac tgcgtcaagc ttttgaggaa gccgtacata cacatacatt tctctatatt tgcgaatctt taggacttga tgaaggcgaa gtattcaatg cctataatga aagagcctca attagggcta aagatgattt tcaaatgaca ttaacagtcg atgtccttga tcctaatttt tctgtacagt cttcagaagg ccttgggcag ttcattaaaa acttagtagg atactatatc attatggaag gaatcttctt ctatagtggt tttgtaatga ttctctcttt ccatagacaa aataaaatga caggaattgg agaacagtac caatacatcc tcagagatga aaccatacat ttaaattttg gaatcgatct tatcaatgga attaaagaag aaaaccccga agtttggact acggaactac aagaagaaat cgtcgctctt attgaaaaag ctgtagagct tgaaattgag tacgctaaag attgcttacc tcgaggaatc ttgggattaa gatcttcgat gtttatagat tacgttcgtc atattgcaga tcgtcgttta gagagaattg ggttgaagcc tatc.tatcac tccagaaatc ctttcccttg gatgagcgaa accatggatc tgaataaaga aaagaatttc tttgaaaccc gggttaccga ataccaaacc gctggtaatt taagttggta a <21O> 479 .
<211> 984
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3060
3120
3135
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1041
322
PL 209 107 B1 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 479 atggatgcga aaatgggata tatatttaaa gtgatgcgtt ggattttctg tttcgtggca 60 tgtggtataa cttttggatg taccaattct gggtttcaga atgcaaattc acgtccttgt 120 atactatcca tgaatcgcat gattcatgat tgtgttgaaa gagtcgtggg gaataggctt 180 gctaccgctg ttttgatcaa aggatcctta gaccctcatg cgtatgagat ggttaaaggg 240 gataaggaca agattgctgg aagtgccgta attttttgta acggcctggg tcttgagcat 300 acattaagtt tgcggaagca tttagaaaat aatcccaata gtgtcaagtt aggggagcgg 360 ttgatagcgc gtggggcctt tgttcctcta gaagaagacg gtatttgcga tcctcatatc 420 tggatggatc tttctatttg gaaggaagct gtcatagaaa ttacagaagt tctcattgaa 480 aagttccctg aatggtctgc tgaatttaaa gcaaatagtg aggaacttgt ttgtgaaatg 540 tctattttag attcttgggc gaaacaatgc ttgagcacaa ttcctgaaaa tttacggtat 600 cttgtctcag gtcataatgc gttcagttac tttacacgtc gctatttagc tactcctgaa 660 gaagtggctt ccggagcatg gaggtctcgt tgtatttctc otgagggtct atctccagaa 720 gctcaaatca gtgttcgtga tattatggcg gttgtagatt atattaatga gcatgatgtc 780 agtgtggttt tccctgagga tactctgaac caagatgcgt tgaaaaaaat tgtttcttct 840 ctgaagaaaa gtcatttagt tcgtctagct caaaaaccat tgtatagtga taatgtggac 900 gacaattatt ttagcacctt taaacataat gtctgcctta tcacagaaga attaggaggg 960 gtggctcttg aatgtcaaag atga 984 <210> 480 <211> 444 <212 > DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 480 atgcaaaacc aatacgagca attactagaa tccttagcac ccctattaaa tacgacactt 60 gctccagata aaaataactc ttgtttaatc cgtttcagcg atacccatgt ccctgtgcaa 120 atagaagaag atggaaattc cggagatctt gcagtatcga cactactagg tactcttcct 180 gaaaacgtat ttcgcgagcg tattttcaaa gctgctctct ctgtaaatgg ctcgttccaa 240 tccagcatca agggaattct aggctacggt gaggtcactc aacagctcta tctttcagat 300 atcctgagta tgaactacct aaatggagaa aagttattcg agtatctcaa gctcttttct 360 ttgcatgcta agatttggat ggaatcccta agaacaggga atcttcctga ccttcatgtt 420 ttgggaatct actacgtcgc gtga 444 <210? 481 <211> 1581 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 481 gtgaatgttt taaaatacac aaaacactca ccctcagcac atgcttggaa acttatagga 60 acctctccta aacacgggat ttatctccca ctattttcaa tacacacaaa aaatagctgt 120 ggaatcggtg aatttttaga tctcattcct ctgatctctt ggtgccaaaa acagggcttc 180 agcgttattc agcttctccc tttaaatgat actggtgaag atacgagtcc ctataacagc 240 atctcttccg tagccctgaa tcccotattc ctttccctat cctctcttcc aaatatcgat 300 accatccctg aagttgccaa gaaacttcaa gatatgcatg agttatgctc gactccatca 360 gtcagctata ctcaagttaa agaaaaaaaa tgggcattct taagagagta ctaccaaaaa 420 tgttgcaagt cttccctcga aggaaactca aatttttctg agtttctaga aagcgagcgc 480 tattggcttt atccctatgg gacctttcgt gcaatcaaac atcatatgca cggagaacct 540 attaataact ggccgaagtc gctcacagat caggagaatt ttccggactt aactaaaaaa 600 ttccatgatg aagtcctctt tttttcctat ctacagtttc tctgttacca acagctctgc 660 gaagtgaaag cctatgcaga tcaacaccac gtcctgctta aaggagacct ccctattctt 720 attagcaagg atagctgtga tgtttggtat ttccgagact acttttcttc atcaaggtct 780 gtaggagctc ctcctgacct ctacaattct gaaggacaaa actggcatct gcctatttat 840 aatttttcac aacttgccaa agacgactac atttggtgga aagagcgtct gcgatatgct 900 caaaacttct attccgtcta tcgcttagat catattatag gatttttccg tttgtggatt 960 tgggattctt caggaagagg aaggttcatt ccagacaatc ctaaagacta tataaagcag 1020 ggcacggaga tcctttctac tatgctcgga gcctcttcta tgttacctat cggagaagat 1080 ttagggatta taccccaaga cgtcaaaacg acattaacac acttaggaat ctgtggaacc 1140 cggattccac gatgggaacg caactgggaa agcgacagtg ccttcattcc cctaaaagat 1200 tataatccac tttctgtgac cactctctct acccacgact ctgatacgtt tgcccaatgg 1260 tggctcaatt cacctaagga agctaagcaa tttgctaaat ttctacatct tccttttcaa 1320 aaaaccctga ctacagaaac tcaaatagac atcttaaaac tttctcatga atcagcatct 1380 atctttcata tcaacctctt taacgattat ctcgccctct gccctgattt agtatcaaaa 1440 aatctacaaa gagaacgcat taatacacct gggacaattt ctaaaaagaa ttggtcgtat 1500
PL 209 107 B1
323 cgagttcggc cttccttaga agaactcgct attcataaaa aatttaatgg ttacattgag aagatcctta caggactgta a <210> 482 <211> 1908 <212? DNA <213? Chlamydia pneumoniae <400? 482 atgatccctt ttactaaaac aatagggttc cgtttgtggt tggcttgcgc cgttgctatc attgcacctc tagggatcaa catcgtatgg ttaaacctag atcaataccg caccatagtc tctgctattt ctactgcact gaaagaaaac gctgctttca aagccaatac tctcactcag attgtccctt tgaatgtcga tgttctatct ctattttctg atgtcttaga tttagatgct ggtattccag agactccgaa cgttctcctt agcaatgaaa tgcagaaagt attccaaggg atctataatg aaatctcttt aatcaaggta ttcccaaatg gagataaaat tgttgttgct tctagcattc ctgaacactt aggggaaaac tataatcaca aaatagacat ccctaagaac actccatttt tagcagccct aaaacaatct cctaaaaatc aggaagtctt ttctgtaatg caagctaatg tttttgatgc aaaaactcaa gaactccaag ggatcttata caccacgttc agtgctgaga gcttactcaa agatctcctg ataaacaagc aatcctatct cactgtaaaa actgcgatcc tttccaaata cggcgttatc ttaaaagctt ctgatcctgc tctccatctc catactgtct accctgacat gacgaaagaa aaattctgcc aagtttttct caatgatgat ccttgcccta tagactcaga attaggtcct ttaactctct cccctctgga tattggagaa aatttctatt cttttaaaat caaagatact gagatttggg gctgtattga aaatgttccc agtatagata ttgcagtcct ttcctatgct aaaaaagaag agagctttgc gcctttatgg cgcagagctc gcatgtacac tgcctatttc ttttgcattc tcttagggag cctcatagcc tttattgtag caagacgatt gtcgttacct atcagaaaac ttgccactgc gatgatagaa tctaggaaaa acaaaaactg cctctatact gacgactcct tagggtttga gatcaacaga cttggccata tttttaatgc tatggtggag aatctccaca aacagcaaca cctcgctaag acgaactttg agatgaaaga aaatgcacag aacgctctac atttaggaga gcaggctcag cagcgacttc ttcctaatac tctccccagc tatcctcata tagaactcgc aaaagcctat atccctgcca ttactgtagg tggtgatttc tttgatgttt ttgttgtagg agagggttcg aaggctcgcc tattcctgat tgttgctgac gcctcaggga aaggtgttaa tgcttgtggg tattcgctat ttctaaaaaa tatgctcaga acattccttt ctcgctcttc gtctcttcaa caggcaatcc aagaaacctc acgcttattt tataacaata caaaaaactc agggatgttt gtcactctat gtgtgtactg ttatcatcaa acttccaaca ccatggaata ttattcttgt ggacatcctc ctgcctgcta cctagatcct gatggcgaga cttcttggct attccatcct ggaatggctt taggcttcct tcccgaagtt gcgaacatca cttcaaagct atttcatcct aagccagggt ctctctttgt cttgtattct gatggtatta cagaagccca taataacaat aacgacatgt ttggagaaga gcgcctacaa gctgcaattc aaggattgac agggaaaagt gctgctgatg ccgtccacag gttgatgtta agtgtaaaaa cctttgtcgg gaactcccat caacatgacg acatcacctt attaatatta aaggtattag aatcatga <210> 483 <211> 945 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 483 gtgttctcat acataaaaaa ccgaattctt tttaatttgc tttctctatg gattgttttg acactcacgt tcctagttat gaaaaccatc ccaggagatc ctttcaatga cgaaggctgc aatgttcttt ccgaagaggt cttacaaacc ctaaagtctc gatacggttt agataaacct ctctatcaac aatacacaca atacctccac tccatcgcaa aactagattt tgggaactcg ttagtttata aagatcgcaa agtaacgaac atcatttcga ctgcctttcc tatatcagca atcctaggat tgcaaagtct ttttctctcc ataggagggg ggatcgctct cggcaccata gcagcattaa aaaaaaagaa acaaagacgc tatattctag gcgcctctat actccaaatc tcgattcctg cttttatatt cgcaacactc ttacaatatg tctttgctgt aaaaattcct cttcttccta tcgcctgttg gggaagcttt actcatacta tactcccgac tctcgcactt gctgtaactc ccatggcctt catcatacag cttacctact cttcagtatc cgcagcatta aacaaagact atgtcctact agcctatgca aaaggactct ccccacttaa agtcgttata aaacatattt taccctacgc catattccca accatttctt attccgcatt cctaactact acagtgatta caggaacctt tgctatcgaa aatatcttct gtattcctgg attaggtaaa tggtttattt gtagtatcaa acaacgagac tacccagtag cccttggctt atccgtattt tatggaacct tatttatgct ctcttcttta ctttctgacc tgattcaatc cattatagat ccgcaaatcc gttatgcgca cggaaaggaa aaaaaaagaa aataa <210> 484 <211> 3723 <212> DNA
1560
1581
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1908
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
945
324
PL 209 107 B1 <213> Chlamydia pneumoniae <400> 484 ttgacctgga taccccttca ctgtcattot caatactctg ttcttgatgc aatgagctcc 60 atcaaagatt tcgttgcgaa aggtcaggaa tttggaattc ccgctctggc tctaacagac 120 catgggaatc tttatggagc tgttgatttc tataaagaat gcactcaaaa agggatccaa 180 cccatcattg gttgcgagtg ttatattgct ccaggatcac gtttcgataa gaaaaaagag 240 aagcgtagtc gtgcagcaca ccatctcatt ttattatgta aaaatgaaca agggtaccgc 300 aacctttgta ttttaacctc cctagcattt actgagggtt tctattactt tcctcggata 360 gacaaggatc ttttgagaca gtactctgaa ggcttaatct gtttatctgg ttgtttatct 420 agttctgttt cagatgctgc cttaaaatct ccggaagctc tgcttcttga attgcaatgg 480 tttcaagacc tattcaaaga tgattatttc acagaagtac aactacacaa gatgtccgaa 540 gagagcattg caggctttaa agaggaatgg ttaaagcaag aatattactc tctcattgaa 600 aaacagatca aagtcaatac tgcagtgtta gaagcaagta agcgcttagg cattcctact 660 gtagctacga atgacatcca ttacatcaat gcaaacgatt ggcaagctca tgaaatcctg 720 ttgaatgtcc aatctgggga gactgtgcgg attgcgaaac agaatactca tatccccaat 780 cctaaacgaa aggtctatcg cagtcgcgag tactatttta aatcccctgc gcaaatggca 840 gagttattta aagatattcc tgaggtcatt tccaacacat tagaagttgc caaacggtgt 900 gattttactt ttgatttttc caagaaacac taccctatct atgtccctga atctttaaaa 960 accttaaaca gctacacgga ggaagaccgt tatcaagctt ctgcagtctt cttaaaacag 1020 ctagctgaag aagctttgcc taagaaatac tcttctgaag ttcttgctca tattgctaag 1080 aaatttccac atcgggaccc tatcgatatt gtcaaagaaa ggatggacat ggagatggcc 1140 atcatcattc ctaaaggaat gtgtgactat cttttgattg tttgggacat tattcattgg 1200 gccaaagcaa atggcattcc tgtaggccęt ggaagaggtt caggagctgg atccgtatta 1260 ctatttttgt tagggatcac agaaatcgag cccatacgat ttgatttatt ctttgagaga 1320 tttatcaatc ctgagcgttt gtcttaccca gatattgaca tcgatatttg catggcagga 1380 cgtgaacgtg tcattaatta tgcaattgag cgtcatggca aagataatgt agctcaaatc 1440 attacttttg gaactatgaa agccaaaatg gctgtcaaag atgtgggaag aactttagac 1500 atggccttat ctaaagtgaa ccacattgcg aaacatattc cagatttaaa tactacgttg 1560 tctaaagctt tagaaacaga tcctgaccta catcagctct atattaacga tgccgaatct 1620 gcacaagtga ttgatatggc gctttgctta gaaggctcca tacggaatac aggggttcat 1680 gctgctggtg tgattatctg tggagaccag ctgaccaatc acattccgat ttgtatttct 1740 aaagactcca caatgattac aacacaatac tctatgaaac ccgtggagag tgttggaatg 1800 cttaaagtcg acttattagg gctcaagact ttaaccagta tcaatattgc aatgtctgca 1860 attgaaaaga aaacaggaca atcgctagct atggcgacac tgcctttgga tgatgccacc 1920 acattttctc ttttacatca gggaaagact atggggatat ttcaaatgga atccaagggg 1980 atgcaagaat tagcaaaaaa cctacgccct gacctctttg aggaaatcat tgctatgggt 2040 gctttatacc gcccaggccc tatggatatg attccttctt ttattaaccg caagcatggc 2100 aaagaaatta tagaatacga ccatcccctt atggaatcca ttcttaagga aacctatgga 2160 attatggtct accaagagca agtcatgcag attgctggtg cattagctag ttattctctt 2220 ggagaaggtg atgtattacg acgtgccatg gggaagaaag acttccaaca gatggagcag 2280 gagcgcgaaa agttctgtaa acgcgcctgc aataacggca tagatcctga gttagcgact 2340 gtcatctttg ataagatgga aaaatttgct gcctacggct ttaacaaatc tcatgctgct 2400 gcctatggct tgattactta tacaacggcg tatctcaaag caaattatcc taaagagtgg 2460 cttgcggcct tacttacctg tgattctgac gatattgaga agataggaaa actgattcga 2520 gaagctcaga gtatgggcat tccgattctt cctcctcata tcaatgtctc tagcaatcac 2580 tttgtagcta ctgatgaagg catacgcttt gcgatgggag ctattaaagg gattgggcgt 2640 ggtttaattg agagcattgt agaagagaga gatcatcatg gtccttatga gagcatccgc 2700 gactttatcc agaggtctga tttaaaaaaa gtttcgaaaa aaagtataga aagtttaatc 2760 gatgcgggtt gttttgattg ctttgattct aaccgagatt tgctgttagc ctctgtagag 2820 cccctctatg aagctattgc caaagacaag aaagaggctg catctggtgt gatgacgttc 2880 tttactttag gagctatgga tcgaaaaaat gaagtcccca tttgtcttcc taaagacatt 2940 ccgactcgct ctaagaaaga acttttaaaa aaagaaaaag agctcttagg gatttacctt 3000 acagagcacc ctatggatac cgtgcgagat catctttctc gtctttctgt agttcttgct 3060 ggagaatttg aaaatctccc gcatggttct gtagtccgca ccgtgtttat tattgataaa 3120 gtaacgacta aaatttcatc aaaagcgcaa aagaagtttg ctgtccttcg tgttagtgat 3180 ggcatcgatt cttatgaact gccgatctgg ccagatatgt atgaagaaca acaagaactt 3240 ctagaagaag atcgtcttat ctatgctatt cttgttttag ataagcgcag tgattctcta 3300 cgtatttctt gtcgctggat gaaagatctt tctattgtta atgaaaacat catttatgag 3360 tgtgatcaag cttttgatag aataaaaaat caggtgcaaa aaatgtcatt tacaatgtca 3420 acctctggca aagaaactaa agctaaaggg aataagccta atgagaatgg gcatacacaa 3480 gctttagctc ctgtgactct atctttagat ctcaatgaac tccgtcatag tcatctatgt 3540 atcttaaaga agattgtgca aaagcaccct ggctcacgga cattagtttt agtttttact 3600 caagataacg aaagagttgc ctcgatgtct cctgacgacg cgtatttcgt ttgtgaagat 3660 attgaagaac tccgtcaaga acttgtgact gcagaccttc ctgtgcgtgt aattactgtt 3720 tga 3723 <210> 485
PL 209 107 B1
325 <211? 1731 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 485 atgacagatt ttcctactca cttcaaagga cccaaactta accccattaa agtaaatcca aacttttttg agaggaatcc taaagtcgca agggtactgc aaattacagc cgtagtctta ggaatcattg ccctcttatc cggtatagta ctcattatag gcacccctct cggagctcct ataagtatga tcctcggcgg atgtctttta gcttctggag gcgccttatt tgttggtggt acgattgcta cgatattgca agctagaaat agttataaga aggccgtgaa ccaaaagaaa ctctcagagc ctttgatgga acgccccgaa ttgaaagcct tagattattc cctagatctg aaagaggtat gggacctaca tcattctgtt gtcaaacatc ttaaaaaatt agacctgaat ctttccaaaa cccaaaggga agttctaaat caaatcaaaa ttgatgatga gggaccctcc ctaggggaat gcgccgctat gatttcagaa aactacgacg catgcttaaa gatgctcgcg tatcgtgagg agctcctgaa agaacaaacc caataccaag agacacgatt caatcagaac ctcactcata gaaataaagt tttgctctcc atcctctcaa ggatcacgga caatatttct aaagcgggcg gggtcttttc tttgaaattt tccacgctaa gctcgcggat gtcacgaatt cataccacca ccactgtgat tctggcttta agtgccgttg tttctgtcat ggtcgtagca gctctaattc caggtggcat tttagcacta cctatacttt tggctgttgc tatttctgca ggagtgattg tcaccggact ttcctatcta gttcgtcaga ttttaagtaa caccaagcgt aatcgtcagg atttttataa agattttgta aaaaatgtag atatagagct tcttaaccaa acggtaactt tacagcgatt cctctttgaa atgctcaaag gtgttctgaa agaagaagaa gaagtctcct tagaaggtca agattggtat acacaataca taaccaatgc acccatagaa aaaagattga tcgaagagat cagagttacc tacaaagaga tcgatgctca gaccaaaaaa atgaagacag acttggagtt cttagaaaat gaggtgcgtt ccgggagact gtctgtagcg tccccgtcgg. aagatccaag tgaaactcct atttttactc aaggtaagga gtttgcaaag ttacgtcgcc aaacctctca gaatatatcc acgatttatg gtccggacaa tgaaaatatt gatcccgaat tttccttacc ctggatgcct aaaaaagaag aagaaataga coatagctta gaacctgtta caaagttgga acccggttca agagaagagt tgttgttggt agagggggtc aacccaacct taagagaact caatatgaga attgcacttc tacaacaaca actatcaagt gtccgaaaat ggagacaccc tcgaggggaa cattacggga atgttatcta ttcagataca gaactcgatc gtattcagat gctagaaggc gcattttata atcacctcag ggaagctcaa gaggaaatca cccagtctct cggagacctt gttgacattc aaaaccgtat tttagggatc atagttgaag gggactcaga ttcaagaaca gaagaagagc ctcaggaata g <210? 486 <211> 4224 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 486 atgaaatatt ctttaccttg gctacttacc tcttcggctt tagttttctc cctacatcca ctaatggctg ctaacacgga tctctcatca tccgataact atgaaaatgg tagtagtggt agcgcagcat tcactgccaa ggaaacttcg gatgcttcag gaactaccta cactctcact agcgatgttt ctattacgaa tgtatctgca attactcctg cagataaaag ctgttttaca aacacaggag gagcattgag ttttgttgga gctgatcact cattggttct gcaaaccata gcgcttacgc atgatggtgc tgcaattaac aataccaaca cagctctttc tttctcagga ttctcgtcac tcttaatcga ctcagctcca gcaacaggaa cttcgggcgg caagggtgct atttgtgtga caaatacaga gggaggtact gcgactttta ctgacaatgc cagtgtcacc ctccaaaaaa atacttcaga aaaagatgga gctgcagttt ctgcctacag catcgatctt gctaagacta cgacagcagc tctcttagat caaaatacta gcacaaaaaa tggcggggcc ctctgtagta cagcaaacac tacagtccaa ggaaactcag gaacggtgac cttctcctca aatactgcta cagataaagg tggggggatc tactcaaaag aaaaggatag cacgctagat gccaatacag gagtcgttac cttcaaatct aatactgcaa agacgggggg tgcttggagc tctgatgaca atcttgctct taccggcaac actcaagtac tttttcagga aaataaaaca accggctcag cagcacaggc aaataacccg gaaggttgtg gtggggcaat ctgttgttat cttgctacag caacagacaa aactggatta gccatttctc agaatcaaga aatgagcttc actagtaata caacaactgc gaatggtgga gcgatctacg ctactaaatg tactctggat ggaaacacaa ctcttacctt cgatcagaat actgcgacag caggatgtgg cggagctatc tatacagaaa ctgaagattt ttctcttaag ggaagtacgg gaaccgtgac cttcagcaca aatacagcaa agacaggcgg cgccttatat tctaaaggaa acagctcgct gactggaaat accaacctgc tcttttcagg gaacaaagct acgggcccga gtaattcttc agcaaatcaa gagggttgcg gtggggcaat cctagccttt attgattcag gatccgtaag cgataaaaca ggactatcga ttgcaaacaa ccaagaagtc agcctcacta gtaatgctgc aacagtaagt ggtggtgcga tctatgctac caaatgtact ctaactggaa acggctccct gacctttgac ggcaatactg ctggaacttc aggaggggcg atctatacag aaactgaaga ttttactctt acaggaagta caggaaccgt gaccttcagc acaaatacag caaagacagg cggcgcctta tattctaaag gcaacaactc tctgtctggt aataccaacc tgctcttttc agggaacaaa
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1731
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
326
PL 209 107 B1 gctacgggcc cgagtaattc ttcagcaaat caagagggtt gcggtggggc aatcctatcg 1680 tttcttgagt cagcatctgt aagtactaaa aaaggactct ggattgaaga taacgaaaac 1740 gtgagtctct ctggtaatac tgcaacagta agtggcggtg cgatctatgc gaccaagtgt 1800 gctctgcatg gaaacacgac tcttaccttt gatggcaata ctgccgaaac tgcaggagga 1860 gcgatctata cagaaaccga agattttact cttacgggaa gtacgggaac cgtgaccttc 1920 agcacaaata cagcaaagac agcaggggct ctacatacta aaggaaatac ttcctttacc 1980 aaaaataagg ctcttgtatt ttctggaaat tcagcaacag caacagcaac aacaactaca 2040 gatcaagaag gttgtggtgg agcgatcctc tgtaatatct cagagtctga catagctaca 2100 aaaagcttaa ctcttactga aaatgagagt ttaagtttca ttaacaatac ggcaaaaaga 2160 agtggtggtg gtatttatgc tcctaagtgt gtaatctcag gcagtgaatc cataaacttt 2220 gatggcaata ctgctgaaac ttcgggagga gcgatttatt cgaaaaacct ttcgattaca 2280 gctaacggtc ctgtctcctt taccaataat tctggaggca agggaggcgc catttatata 2340 gccgatagcg gagaactttc cttagaggct attgatgggg atattacttt ctcagggaac 2400 cgagcgactg agggaacttc aactcccaac tcgatccatt taggtgcagg ggctaagatc 2460 actaagcttg cagcagctcc tggtcatacg atttattttt atgatcctat tacgatggaa 2520 gctcctgcat ctggaggaac aatagaggag ttagtcatca atcctgttgt caaagctatt 2580 gttcctcctc cccaaccaaa aaatggtcct atagcttcag tgcctgtagt ccctgtagca 2640 cctgcaaacc caaacacggg aactatagta ttttcttctg gaaaactccc cagtcaagat 2700 gcctcgattc ctgcaaatac taccaccata ctgaaccaga agatcaactt agcaggagga 2760 aatgtcgttt taaaagaagg agccacccta caagtatatt ccttcacaca gcagcctgat 2820 tctacagtat tcatggatgc aggaacgacc ttagagacca cgacaactaa caatacagat 2880 ggcagcatcg atctaaagaa tctctctgta aatctggatg ctttagatgg caagcgtatg 2940 ataacgattg ccgtaaacag cacaagtggg ggattaaaaa tctcagggga tctgaaattc 3000 cataacaatg aaggaagttt ctatgacaat cctgggttga aagcaaactt aaatcttcct 3060 ttcttagatc tttcttctac ttcaggaact gtaaatttag acgacttcaa tccgattcct 3120 tctagcatgg ctgctccgga ttatgggtat caagggagtt ggactctggt tcctaaagta 3180 ggagctggag ggaaggtgac tttggtcgcg gaatggcaag cgttaggata cactcctaaa 3240 ccagagcttc gtgcgacttt agttcctaat agcctttgga atgcttatgt aaacatccat 3300 tctatacagc aggagatcgc cactgcgatg tcggacgctc cctcacatcc agggatttgg 3360 attggaggta ttggcaacgc cttccatcaa gacaagcaaa aggaaaatgc aggattccgt 3420 ttgatttcca gaggttatat tgttggtggc agcatgacca cccctcaaga atataccttt 3480 gctgttgcat tcagccaact ctttggcaaa tctaaggatt acgtagtctc ggatattaaa 3540 tctcaagtct atgcaggatc tctctgtgct cagagctctt atgtcattcc cctgcatagc 3600 tcattacgtc gccacgtcct ctctaaggtc cttccagagc tcccaggaga aactcccctt 3660 gttctccatg gtcaagtttc ctatggaaga aaccaccata atatgacgac aaagcttgcg 3720 aacaacacac aagggaaatc agactgggac agccatagct tcgctgttga agtcggtggt 3780 tctcttcctg tagatctaaa ctacagatac cttaccagct actctcccta tgtgaaactc 3840 caagttgtga gtgtaaatca aaaaggattc caagaggttg ctgctgatcc acgtatcttt 3900 gacgctagcc atctggtcaa cgtgtctatc cctatgggac tcaccttcaa acacgaatca 3960 gcaaagcccc ccagtgcttt gcttcttact ttaggttacg ctgtagatgc ttaccgggat 4020 caccctcact gcctgacctc cttaacaaat ggcacctcgt ggtctacgtt tgctacaaac 4080 ttatcacgac aagctttctt tgctgaggct tctggacatc tgaagttact tcatggtctt 4140 gactgcttcg cttctggaag ttgtgaactg cgcagctcct caagaagcta taatgcaaac 4200 tgtggaactc gttattcttt ctaa 4224 <210> 487 <211> 804 <212 > DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 487 atgggcaatt caggtttcta tttacaagat actcaaaaca ctattttcgc agataacatt 60 cgtcttggtc aaatgaccac agttcttaaa aaagacgagg ttattatagg cacagataca 120 actccaacag taacaaaatt tagtggcgat aagggaattg taattactac agactcaacc 180 ataacaccat ctagcactac tttttctttg gatatggaag ctgtaatcaa agaagtaaca 240 gataaaatct taactcaaat tgaagatgag ttagtcaaag acattataaa aaacataact 300 caaagtctaa tagaagaagt aattaagaaa atacacattg atccttcttt ctcatattct 360 agagcattta aagatgttaa tataactaat aaaattcagt gcaatggtct atttacaaaa 420 gaaaatatag ggaatttaga cggaggaaca gaaatagctt cgtcttcagt aacacctgat 480 aatgctaata gtatgttctt aatttgtgcg gatattatag ccacacgcat ggaaggaaca 540 gtggccttgg cgttagttaa agaaggagat ttatctcctt gctctattag ttatggatac 600 tccgctggat atccgaatat aatttcacta agagcaaccg tcggaaacaa aacaactgct 660 ccagttaaat tctctttgag agcaggaggg atggatagtg gtgttgtgtg ggtaaatgct 720 atgccaaatg gagaaaaaat tttaggagtt gacgcagttt cgaagattac tatcttagaa 780 gtaaaaccac aaacaaatgg ttaa 804 <210> 488 <211> 306
PL 209 107 B1
327 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 488 atgaataaca tttccagaac ccaacagagc tcatctctag aagctcaaaa gaataa gacaaaacac tagatatcaa tttatcacaa accttttccc aagctctgat taatgacttt agtaaaaata aagtatatct agactctcca catgctaatt atcagaattg gataaagaaa gtcatactca gtagttgaag ctatcaagaa tgaaggatgt aagttacttt atttactaaa aattagaaaa aagacatgtt tgaaaaggcg tttgacttct cagcattgaa aaataatctt ctcaaaaaca
120
180
240
300
306 <210> 489 <211> 806 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 489 gtgaaaacaa aatgttggtt ccacaagcaa gacattttta ttacacatag gtactggata tgtattttag gatcatttga aaagagtttt tctttttggg tacgaaggga ttaaaagaaa cgtctaacaa ttgtgagtaa tagcattttg gtaatttagc accttactac gaagttcagg taccttctag caagtcattt acactccacc ttgtttgtct gttcagtgtt acggaaggaa aagtgttatc catccatagc aggagataga gttagtcaaa ctcatttaaa ccaatatagc aggtcttggt aaacgtaagg tattctcata gcgttcatet aagtctgggg tactcctgaa acctaaaaag ttcaacaaat tagtaaagta taacgcatac agataaacta gaagca ggagggactg aacaaaaagg gtacaatctt gatatcattc gaggagtttc ttacaactta acgctcaccg ccattttcca aaagacttat tcaacctact cgaagagaca cctaattcta ttcaataaag gtaaaactac ttttgcttgt gttatgaatc aagatacgaa gagaatttaa ttgaatccaa aagaagcctt tattaggatt cagtgttagg tgaacattat taacattaag gagcaagtca aaatgtctgc cttgtctctc ggatttagat taatttgaac gatagaaaac tagaaatagt ttatgatctg tattgcatca acagaaaatc aatagttttt agaatctatc cagatctctt tgacatactg ccaggaagtg
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
806 <210> 490 <211> 293 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 490 Met Ser Lys 1
Arg Tyr Ser
Thr Asn Phe 35
Pro Val Phe 50
Lys Thr Ser 65
Thr Ile Asp
Leu Gly Met
Phe Val Pro 115
Phe Pro Pro 130
Thr Thr Glu 145
Thr His Thr
Lys Lys Leu
Thr Leu Phe 195
Leu Leu Ile 210
Ser Ser Gly 225
His Thr 5
Gly Ser 20
Ser Tyr Glu Gly
Ile Leu
Leu Cys 85
Cys Gly 100
Val Ala
Glu Val
Val Leu
Thr Asn 165
Tyr Glu 180
Ala Ala
Ser Asp
Asn Phe
Ser Glu Ser Arg
Ser Val
Tyr Ile
Ser Met 55
Asp Phe
Ser Phe
Gly Leu
Ser Ile
Pro Ala 135
Glu Asp 150
Ile Arg
Thr Lys
Gly Tyr
Leu Pro 215
Ile Phe 230
Lys Gin 25
Gin Thr 40
Phe Ser
Lys Leu
Leu Pro
Arg Ser 105
Arg Gly 120
Leu Ala
Lys Lys
Phe Trp
Ala Gin 185
Arg Arg 200
Leu Arg
Asn Thr
Ile Ala 10
Phe Cys
Phe Ala
Ala Ala
Gly Ser 75
Asp Leu 90
His Tyr Glu Gly
Asn Phe
Ala Asn 155
Glu Phe 170
Ser Ala
Asn Leu
Lys Glu
Tyr Thr 235
Gin Asp
Pro Tyr
Lys Leu 45
His Ala 60
Pro Gly
Lys Ala
Gin Val
Thr Ser 125
Val Val 140
Tyr His Asn Lys
Glu Met
Pro Ile 205
Gly Ile 220
Glu Asp
Met Leu Glu 15
Leu Leu Leu 30
His Gly Val
Pro His Leu
Ala Ala Leu 80
Ala Leu Met 95
Gly Asp Tyr 110
Asp Ala Tyr
Gin Lys Ala
Ile Gly Ile 160
Lys Phe Arg 175
Glu Cys Ala 190
Gly Ala Leu
Lys Thr Lys
His Ile Leu 240
328
PL 209 107 B1
Thr Gly Gin Glu Val 245 Ile Glu Asn Leu Glu Lys Val Met Leu Lys Arg
250 255
Ala Ala Ser Asp His Lys Lys Asp Gin Gin Tyr Arg Gly Leu Pro His
260 265 270
Met Glu Val Gly Glu Ala Asp Asp Thr Met Ala Ser Gly Ser Glu Thr
275 280 285
Ser Asp Ser Asp Tyr
290 <210> 491 <211> 394 <212> PRT
<21: 3> Chlamydia pneumoniae
<400> 491
Met Ser Lys Glu Thr Phe Gin Arg Asn Lys Pro His Ile Asn Ile Gly
1 5 10 15
Thr Ile Gly His Val Asp His Gly Lys Thr Thr Leu Thr Ala Ala Ile
20 25 30
Thr Arg Ala Leu Ser Gly Asp Gly Leu Ala Ser Phe Arg Asp Tyr Ser
35 40 45
Ser Ile Asp Asn Thr Pro Glu Glu Lys Ala Arg Gly Ile Thr Ile Asn
50 55 60
Ala Ser His Val Glu Tyr Glu Thr Pro Asn Arg His Tyr Ala His Val
65 70 75 80
Asp Cys Pro Gly His Ala Asp Tyr Val Lys Asn Met Ile Thr Gly Ala
85 90 95
Ala Gin Met Asp Gly Ala Ile Leu Val Val Ser Ala Thr Asp Gly Ala
100 105 110
Met Pro Gin Thr Lys Glu His Ile Leu Leu Ala Arg Gin Val Gly Val
115 120 125
Pro Tyr Ile Val Val Phe Leu Asn Lys val Asp Met Ile Ser Gin Glu
130 135 140
Asp Ala Glu Leu Ile Asp Leu Val Glu Met Glu Leu Ser Glu Leu Leu
145 150 155 160
Glu Glu Lys Gly Tyr Lys Gly Cys Pro Ile Ile Arg Gly Ser Ala Leu
165 170 175
Lys Ala Leu Glu Gly Asp Ala Asn Tyr Ile Glu Lys Val Arg Glu Leu
180 185 190
Met Gin Ala Val Asp Asp Asn Ile Pro Thr Pro Glu Arg Glu Ile Asp
195 200 205
Lys Pro Phe Leu Met Pro Ile Glu Asp Val Phe Ser Ile Ser Gly Arg
210 215 220
Gly Thr Val Val Thr Gly Arg Ile Glu Arg Gly Ile Val Lys Val Ser
225 230 235 240
Asp Lys Val Gin Leu Val Gly Leu Gly Glu Thr Lys Glu Thr Ile Val
245 250 255
Thr Gly Val Glu Met Phe Arg Lys Glu Leu Pro Glu Gly Arg Ala Gly
260 265 270
Glu Asn Val Gly Leu Leu Leu Arg Gly Ile Gly Lys Asn Asp Val Glu
275 280 285
Arg Gly Met Val Val Cys Gin Pro Asn Ser Val Lys Pro His Thr Lys
290 295 300
Phe Lys Ser Ala Val Tyr Val Leu Gin Lys Glu Glu Gly Gly Arg His
305 310 315 320
Lys Pro Phe Phe Ser Gly Tyr Arg Pro Gin Phe Phe Phe Arg Thr Thr
325 330 335
Asp Val Thr Gly Val Val Thr Leu Pro Glu Gly Thr Glu Met Val Met
340 345 350
Pro Gly Asp Asn Val Glu Leu Asp Val Glu Leu Ile Gly Thr Val Ala
355 360 365
Leu Glu Glu Gly Met Arg Phe Ala Ile Arg Glu Gly Gly Arg Thr Ile
370 375 380
Gly Ala Gly Thr Ile Ser Lys Ile Asn Ala
385 390 <210> 492 <211> 560
PL 209 107 B1
329 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <220>
<221> WARIANT <222> 553,554,555,556,558,559,560 <223> Xaa = Dowolny aminokwas <400> 492
Met Pro Gin Lys Val Leu Ile Thr Ser Ala Leu Pro Tyr Ala Asn Gly
1 5 10 15
Pro Leu His Phe Gly His Ile Ala Gly Val Tyr Leu Pro Ala Asp Val
20 25 30
Tyr Ala Arg Phe Arg Arg Leu Leu Gly Asp Asp Val Leu Tyr Ile Cys
35 40. 45
Gly Ser Asp Glu Phe Gly Ile Ala Ile Thr Leu Asn Ala Asp Arg Glu
50 55 60
Gly Leu Gly Tyr Gin Glu Tyr val Asp Met Tyr His Lys Leu His Lys
65 70 75 80
Asp Thr Phe Glu Lys Leu Gly Phe Ala Leu Asp Phe Phe Ser Arg Thr
85 90 95
Thr Asn Pro Phe His Ala Glu Leu Val Gin Asp Phe Tyr Ser Gin Leu
100 105 110
Lys Ala Ser Gly Leu Ile Glu Asn Arg Ile Ser Glu Gin Leu Tyr Ser
115 120 125
Glu Gin Glu Gin Arg Phe Leu Ala Asp Arg Tyr Val Glu Gly Thr Cys
130 135 140
Pro Arg Cys Gly Phe Asp His Ala Arg Gly Asp Glu Cys Gin Ser Cys
145 150 155 160
Gly Ala Asp Tyr Glu Ala Ile Asp Leu Ile Gly Pro Lys Ser Lys Ile
165 170 175
Ser Gly Val Glu Leu Val Lys Lys Glu Thr Glu His Ser Tyr Phe Leu
180 185 190
Leu Asp Arg Met Lys Asp Ala Leu Leu Ser Phe Ile Gin Gly Cys Tyr
195 200 205
Leu Pro Asp His Val Arg Lys Phe Val Val Asp Tyr Ile Glu His Val
210 215 220
Arg Ser Arg Ala Ile Thr Arg Asp Leu Ser Trp Gly Ile Pro Val Pro
225 230 235 240
Asp Phe Pro Gly Lys Val Phe Tyr Val Trp Phe Asp Ala Pro Ile Gly
245 250 255
Tyr Ile Ser Gly Thr Met Glu Trp Ala Ala Ser Gin Gly Asn Pro Asp
260 265 270
Glu Trp Lys Arg Phe Trp Leu Glu Asp Gly Val Glu Tyr Val Gin Phe
275 280 285
Ile Gly Lys Asp Asn Leu Pro Phe His Ser Val Val Phe Pro Ala Met
290 295 300
Glu Leu Gly Gin Lys Leu Asp Tyr Lys Lys Val Asp Ala Leu Val Val
305 310 315 320
Ser Glu Phe Tyr Leu Leu Glu Gly Arg Gin Phe Ser Lys Ser Glu Gly
325 330 335
Asn Tyr Val Asp Met Asp Lys Phe Leu Ser Ser Tyr Ser Leu Asp Lys
340 345 350
Leu Arg Tyr Val Leu Ala Ala Thr Ala Pro Glu Thr Ser Asp Ser Glu
355 360 365
Phe Thr Phe Leu Asp Phe Lys Thr Arg Cys Asn Ser Glu Leu Val Gly
370 375 380
Lys Phe Gly Asn Phe Ile Asn Arg Val Leu Ala Phe Ala Glu Lys Asn
385 390 395 400
His Tyr Asp Lys Leu Ser Tyr His Ser Val Val Leu Glu Asp Ser Asp
405 410 415
Arg Ala Phe Leu Glu Glu Ala Arg Gin Leu Val Arg Asp Ala Glu Lys
42 0 425 430
Cys Tyr Arg Glu Tyr Ser Leu Arg Lys Ala Thr Ser Val Ile Met Ser
435 440 445
Leu Ala Ala Leu Gly Asn Val Tyr Phe Asn Gin Gin Ala Pro Trp Lys
450 455 460
Leu Leu Lys Glu Gly Thr Arg Glu Arg Val Glu Ala Ile Leu Phe Cys
330
PL 209 107 B1
465 470 475 480
Ala Cys Tyr Cys Gin Lys Leu Leu Ala Leu Ile Ser Tyr Pro Ile Ile
485 490 495
Pro Glu Ser Ala Val Ala Ile Trp Glu Met Ile Ser Pro Lys Ser Leu
500 505 510
Glu Asn Cys Asn Leu Asp Thr Met Tyr Ala Arg Asp Leu Trp Lys Glu
515 520 525
Glu Ile Leu Asp Val Ile Asn Glu Glu Phe His Leu Lys Ser Pro Arg
530 535 540
Leu Leu Phe Thr Thr Val Glu Thr Xaa Xaa Xaa Xaa Phe Xaa xaa Xaa
545 550 555 560
<210> 493 <211> 97 <212? PRT
<213 > Chlamydia pneumoniae
<400> 493
Met Ile Lys Lys Asp Arg Phe Thr Asn Glu Lys Leu Asn Lys Leu Phe
1 5 10 15
Asp Ser Pro Phe Ser Leu Val Asn Tyr Ala Ile Lys Gin Ala Lys Ile
20 25 30
Lys Ile Ala Lys Gly Asp Val Arg Ser Ser Asn Val Ala Ile Glu Thr
35 40 45
Leu Val Leu Leu Asp Arg Glu Gly Ile Gin Pro Glu Phe Thr Glu Glu
50 55 60
Ile val Val Thr Ala Ser Pro Thr Val Glu Arg Lys Arg Ser Glu His
65 70 75 80
Thr Asn Ser Arg Lys Lys Asp Pro Ser Ala Tyr Thr Trp Ser Asp Val
85 90 95
Lys
<210? 494 <211> 205 <212? PRT <213? Chlamydia pneumoniae
<400> 494
Met Asn Lys Ile Leu Val Asp Ser Pro Phe Ser Pro Asp His Gin Lys
1 5 10 15
Cys Cys Pro Lys Leu Phe Thr Ile Ser Ala Pro Ala Gly Val Gly Lys
20 25 30
Thr Thr Leu Val Arg Met Leu Glu Gin Glu Phe Ser Ser Ala Phe Ala
35 40 45
Glu Thr Ile Ser Val Thr Thr Arg Lys Pro Arg Glu Gly Glu Val Pro
50 55 60
Gly Lys Asp Tyr His Phe Val Ser His Glu Glu Phe Gin Arg Leu Leu
65 70 75 80
Asp Arg Gin Ala Leu Leu Glu Trp Val Phe Leu Phe Gly Glu Cys Tyr
85 90 95
Gly Thr Ser Met Leu Glu Ile Glu Arg Ile Trp Ser Leu Gly Lys His
100 105 110
Ala Val Ala Val Ile Asp Ile Gin Gly Ala Leu Phe Ile Arg Ser Arg
115 120 125
Met Pro Ser Val Ser Ile Phe Ile Ala Pro Pro Ser Gin Glu Glu Leu
130 135 140
Glu Arg Arg Leu Ala Ser Arg Gly Ser Glu Glu Gly Ser Gin Arg Lys
145 150 155 160
Glu Arg Leu Glu His Ser Leu Ile Glu Leu Ala Ala Ala Asn Gin Phe
165 170 175
Asp Tyr Val Ile Ile Asn Asp Asp Leu Asn Gin Ala Tyr Arg Val Leu
180 185 190
Lys Ser Ile Phe Ile Ala Glu Glu His Arg Asn Ile Leu
195 200 205
<210> 495
<211? 602
PL 209 107 B1
331 <212> PRT
<213> Chlamydia <400> 495 pneumoniae
Met 1 Lys Glu Tyr Lys 5 Ile Glu Asn
His Ile Asp His 20 Gly Lys Ser Thr
Thr Ser Thr 35 Val Glu Glu Arg Glu 40
Met Asp 50 Leu Glu Arg Glu Arg 55 Gly
Thr 65 Met Thr Tyr Leu Tyr 70 Glu Gly
Asp Thr Pro Gly His 85 Val Asp Phe
Ser Ala Cys Glu 100 Gly Ala Leu Leu
Gin Ala Gin 115 Ser Leu Ala Asn Val 120
Glu Ile 130 Ile Pro Val Leu Asn 135 Lys
Val 145 Arg Ile Ala Gin Gin 150 Ile Glu
Asn Ile Ile Ala Cys 165 Ser Ala Lys
Leu Lys Ala Ile 180 Ile Asp Leu Val
Thr Glu Leu 195 Lys Ala Leu Val Phe 200
Gly Ile 210 Met Val Tyr Val Arg 215 Ile
Asp 225 Arg Ile Thr Phe Met 230 Ala Ala
Gly Ile Gly Ala Phe 245 Leu Pro Lys
Arg Pro Gly Gin 260 Val Gly Phe Phe
Asp Val Lys 275 Ile Gly Asp Thr Val 280
Thr Pro 290 Leu Glu Gly Phe Lys 295 Glu
Ile 305 Tyr Pro Ile Asp Ser 310 Ser Asp
Gly Arg Leu Gin Leu 325 Asn Asp Ser
Ser His Ser Leu 340 Gly Phe Gly Phe
His Leu Glu 355 Ile Ile Phe Glu Arg 360
Ile Ile 370 Ala Thr Ala Pro Ser 375 Val
Gly 385 Lys Val Leu Asp Ile 390 Asp Asn
Ile Ile Glu His Val 405 Glu Glu Pro
Pro Gin Glu Tyr 420 Leu Ser Asn Ile
Gly Ile Cys 435 Val Lys Thr Glu Met 440
Ala Tyr 450 Glu Leu Pro Leu Asn 455 Glu
Leu 465 Lys Ser Val Thr Lys 470 Gly Tyr
Asp Tyr Arg Lys Gly 485 Ser Ile Ile
Glu Pro Ile Asp 500 Ala Phe Ser Cys
Ile Arg 10 Asn Phe Ser Ile Ile 15 Ala
Ile 25 Ala Asp Arg Leu Leu 30 Glu Ser
Met Arg Glu Gin Leu 45 Leu Asp Ser
Ile Thr Ile Lys 60 Ala His Pro Val
Glu Val Tyr 75 Gin Leu Asn Leu Ile 80
Ser Tyr 90 Glu Val Ser Arg Ser 95 Leu
Ile 105 Val Asp Ala Ala Gin 110 Gly Val
Tyr Leu Ala Leu Glu 125 Arg Asp Leu
Ile Asp Leu Pro 140 Ala Ala Asp Pro
Asp Tyr Ile 155 Gly Leu Asp Thr Thr 160
Thr Gly 170 Gin Gly Ile Pro Ala 175 Ile
Pro 185 Pro Pro Lys Ala Pro 190 Ala Glu
Asp Ser His Tyr Asp 205 Pro Tyr Val
Ile Ser Gly Glu 220 Leu Lys Lys Gly
Lys Gly Ser 235 Ser Phe Glu Val Leu 240
Ala Thr 250 Phe Ile Glu Gly Ser 255 Leu
Ile 265 Ala Asn Leu Lys Lys 270 Val Lys
Thr Lys Thr Lys His 285 Pro Ala Lys
Ile Asn Pro Val 300 Val Phe Ala Gly
Phe Asp Thr 315 Leu Lys Asp Ala Leu 320
Ala Leu 330 Thr Ile Glu Gin Glu 335 Ser
Arg 345 Cys Gly Phe Leu Gly 350 Leu Leu
Ile Ile Arg Glu Phe 365 Asp Leu Asp
Ile Tyr Lys Val 380 Val Leu Lys Asn
Pro Ser Gly 395 Tyr Pro Asp Pro Ala 400
Trp Val 410 His Val Asn Ile Ile 415 Thr
Met 425 Asn Leu Cys Leu Asp 430 Lys Arg
Leu Asp Gin His Arg 445 Leu Val Leu
Ile Val Ser Asp 460 Phe Asn Asp Lys
Gly Ser Phe 475 Asp Tyr Arg Leu Gly 480
Lys Leu 490 Glu Val Leu Ile Asn 495 Glu
Leu 505 Val His Arg Asp Lys 510 Ala Glu
332
PL 209 107 B1
Ser Arg Gly Arg Ser Ile Cys Glu Lys 520 Leu Val Asp Val 525 Ile Pro Gin
515
Gin Leu Phe Lys Ile Pro Ile Gin Ala Ala Ile Asn Lys Lys Val Ile
530 535 540
Ala Arg Glu Thr Ile Arg Ala Leu Ser Lys Asn Val Thr Ala Lys Cys
545 550 555 560
Tyr Gly Gly Asp Ile Thr Arg Lys Arg Lys Leu Trp Glu Lys Gin Lys
565 570 575
Lys Gly Lys Lys Arg Met Lys Glu Phe Gly Lys Val Ser Ile Pro Asn
580 585 590
Thr Ala Phe Ile Glu Val Leu Lys Leu Asp
595 600 <210> 496 <211> 324 <212> PRT
<2i: )> Chlamydia pneumoniae
<400> 496
Met Glu Leu Leu Pro His Glu Lys Gin Val Val Glu Tyr Glu Lys Ala
1 5 10 15
Ile Ala Glu Phe Lys Glu Lys Asn Lys Lys Asn Ser Leu Leu Ser Ser
20 25 30
Ser Glu Ile Gin Lys Leu Glu Lys Arg Leu Asp Lys Leu Lys Glu Lys
35 40 45
Ile Tyr Ser Asp Leu Thr Pro Trp Glu Arg Val Gin Ile Cys Arg His
50 55 60
Pro Ser Arg Pro Arg Thr Val Asn Tyr Ile Glu Gly Met Cys Glu Glu
65 70 75 80
Phe Val Glu Leu Cys Gly Asp Arg Thr Phe Arg Asp Asp Pro Ala Val
85 90 95
Val Gly Gly Phe Val Lys Ile Gin Gly Gin Arg Phe Val Leu Ile Gly
100 105 110
Gin Glu Lys Gly Cys Asp Thr Ala Ser Arg Leu His Arg Asn Phe Gly
115 120 125
Met Leu Cys Pro Glu Gly Phe Arg Lys Ala Leu Arg Leu Gly Lys Leu
130 135 140
Ala Glu Lys Phe Gly Leu Pro Val Val Phe Leu Val Asp Thr Pro Gly
145 150 155 160
Ala Tyr Pro Gly Leu Thr Ala Glu Glu Arg Gly Gin Gly Trp Ala Ile
165 170 175
Ala Lys Asn Leu Phe Glu Leu Ser Arg Leu Ala Thr Pro Val Ile Ile
180 185 190
Val Val Ile Gly Glu Gly Cys Ser Gly Gly Ala Leu Gly Met Ala Val
195 200 205
Gly Asp Ser Val Ala Met Leu Glu His Ser Tyr Tyr Ser Val Ile Ser
210 215 220
Pro Glu Gly Cys Ala Ser Ile Leu Trp Lys Asp Pro Lys Lys Asn Ser
225 230 235 240
Glu Ala Ala Ser Met Leu Lys Met His Gly Glu Asn Leu Lys Gin Phe
245 250 255
Gly Ile Ile Asp Thr Val Ile Lys Glu Pro Ile Gly Gly Ala His His
260 265 270
Asp Pro Ala Leu Val Tyr Ser Asn Val Arg Glu Phe Ile Ile Gin Glu
275 280 285
Trp Leu Arg Leu Lys Asp Leu Ala Ile Glu Glu Leu Leu Glu Lys Arg
290 295 300
Tyr Glu Lys Phe Arg Ser Ile Gly Leu Tyr Glu Thr Thr Ser Glu Ser
305 310 315 320
Gly Pro Glu Ala
<210> 497
<211> 659
<212> PRT
<213> Chlamydia
<400> 497
pneumoniae
PL 209 107 B1
333
Met 1 Lys Leu Leu Leu 5 Lys Ala Yal Leu Arg His 10 Lys Asn His Leu 15 Val
Ile Leu Gly Cys Ser Leu Leu Ala Ile Leu Gly Leu Thr Phe Ser Ser
20 25 30
Gin Met Glu Ile Phe Ser Leu Gly Met Ile Ala Lys Thr Gly Pro Asp
35 40 45
Ala Phe Leu Leu Phe Gly Arg Lys Glu Ser Gly Lys Leu Val Lys Val
50 55 60
Ser Glu Leu Ser Gin Lys Asp Ile Leu Glu Asn Trp Gin Ala Ile Ser
65 70 75 80
Lys Asp Ser Glu Thr Leu Thr Val Ser Asp Ala Thr Thr Tyr Ile Ala
85 90 95
Glu His Gly Lys Ser Thr Ala Ser Leu Thr Ser Lys Leu Ser Lys Phe
100 105 110
Val Arg Asn Tyr Ile Asp Val Ser Arg Phe Arg Gly Leu Ala Ile Phe
115 120 125
Leu Ile Cys Val Ala Ile Phe Lys Ala Val Thr Leu Phe Phe Gin Arg
130 135 140
Phe Leu Gly Gin Val Val Ala Ile Arg Val Ser Arg Asp Leu Arg Gin
145 150 155 160
Asp Tyr Phe Lys Ala Leu Gin Gin Leu Pro Met Thr Phe Phe His Asp
165 170 175
His Asp Ile Gly Asn Leu Ser Asn Arg Val Met Thr Asp Ser Ala Ser
180 185 190
Ile Ala Leu Ala Val Asn Ser Leu Met Ile Asn Tyr Ile Gin Ala Pro
195 200 205
Ile Thr Phe Ile Leu Thr Leu Gly Val Cys Leu Ser Ile Ser Trp Lys
210 215 220
Phe Ser Ile Leu Ile Cys Val Ala Phe Pro Ile Phe Ile Leu Pro Ile
225 230 235 240
Val Val Ile Ala Arg Lys Ile Lys Asn Leu Ala Lys Arg Ile Gin Lys
245 250 255
Ser Gin Asp Ser Phe Ser Ser Val Leu Tyr Asp Phe Leu Ala Gly Val
260 265 270
Met Thr Val Lys Val Phe Arg Thr Glu Lys Phe Ala Phe Thr Lys Tyr
275 280 285
Cys Glu His Asn Asn Lys Ile Ser Ala Leu Glu Glu Lys Ser Ala Ala
290 295 300
Tyr Gly Leu Leu Pro Arg Pro Leu Leu His Thr Ile Ala Ser Leu Phe
305 310 315 320
Phe Ala Phe Val Val Val Ile Gly Ile Tyr Lys Phe Ala Ile Pro Pro
325 330 335
Glu Glu Leu Ile Val Phe Cys Gly Leu Leu Tyr Leu Ile Tyr Asp Pro
340 345 350
Ile Lys Lys Phe Gly Asp Glu Asn Thr Ser Ile Met Arg Gly Cys Ala
355 360 365
Ala Ala Glu Arg Phe Tyr Glu Val Leu Asn His Pro Asp Leu His Ser
370 375 380
Gin Lys Glu Arg Glu Ile Glu Phe Leu Gly Leu Ser Asn Thr Ile Thr
385 390 395 400
Phe Glu Asn Val Ser Phe Gly Tyr Gin Glu Asp Lys His Ile Leu Lys
405 410 415
Asn Leu Ser Phe Thr Leu His Lys Gly Glu Ala Leu Gly Ile Val Gly
420 425 430
Pro Thr Gly Ser Gly Lys Thr Thr Leu Val Lys Leu Leu Pro Arg Leu
435 440 445
Tyr Glu Val Ser Gin Gly Lys Ile Leu Ile Asp Ser Leu Pro Ile Thr
450 455 460
Glu Tyr Asn Lys Gly Ser Leu Arg Asn His Ile Ala Cys Val Leu Gin
465 470 475 480
Asn Pro Phe Leu Phe Tyr Asp Thr Val Trp Asn Asn Leu Thr Cys Gly
485 490 495
Lys Asp Met Glu Glu Glu Ala Val Leu Glu Ala Leu Lys Arg Ala Tyr
500 505 510
Ala Asp Glu Phe Ile Leu Lys Leu Pro Lys Gly Val His Ser Val Leu
515 520 525
Glu Glu Ser Gly Lys Asn Leu Ser Gly Gly Gin Gin Gin Arg Leu Ala
530 535 540
334
PL 209 107 B1
Ile Ala Arg Ala Leu Leu Lys Asn Ala Ser Ile Leu Ile Leu Asp Glu
545 550 555 560
Ala Thr Ser Ala Leu Asp Ala Ile Ser Glu Asn Tyr Ile Lys Asn Ile
565 570 575
Ile Gly Glu Leu Lys Gly Gin Cys Thr Gin Ile Ile Ile Ala His Lys
580 585 590
Leu Thr Thr Leu Glu His Val Asp Arg Val Leu Tyr Ile Glu Asn Gly
595 600 605
Gin Lys Ile Ala Glu Gly Thr Lys Glu Glu Leu Leu Gin Thr Cys Pro
610 615 620
Glu Phe Leu Lys Met Trp Glu Leu Ser Gly Thr Lys Glu Tyr Asn Arg
625 630 635 640
Val Phe Val Pro Asp His Lys Leu Val Ala Asn Pro Thr Asp Met Ala
645 650 655
Ile Thr Thr
<210> 498 <211> 411 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae
<40C )> 498
Met Ile Pro Thr Met Leu Met Phe Phe Ile Ile Cys Phe Thr Leu Cys
1 5 10 15
Ser Gly Phe Ile Ser Leu Ser Gin Ile Ala Leu Phe Ser Leu Pro Thr
20 25 30
Ser Leu Ile Ser His Tyr Lys Arg Ser Lys Ser Lys Lys Gin Gin Arg
35 40 45
Val Ala Thr Leu Leu Leu His Pro His His Leu Leu Ile Thr Leu Ile
50 55 60
Phe Cys Asp Ile Gly Leu Asn Ile Ala Ile Gin Asn Cys Phe Ala Ile
65 70 75 80
Leu Phe Gly Asp Ala Ala Ser Trp Trp Phe Thr Val Gly Leu Pro Leu
85 90 95
Ala Ile Thr Leu Ile Leu Gly Glu Ile Leu Pro Lys Ala Val Ala Leu
100 105 110
Pro Phe Asn Thr Gin Ile Ala Ser Ser Val Ala Pro Leu Ile Leu Cys
115 120 125
Val Thr Lys Ile Phe Lys Pro Leu Leu His Trp Gly Ile Val Gly Ile
130 135 14 0
Asn Tyr Val Val Gin Trp Ile Leu Ser Lys Gin Gin Ile Asp Ile Ile
145 150 155 160
Gin Pro Gin Glu Leu Lys Glu Val Leu Gin Ser Cys Lys Asp Phe Gly
165 170 175
Val Val Asn Gin Glu Glu Ser Arg Leu Leu Tyr Gly Tyr Leu Ser Leu
180 185 190
Ser Asp Cys Ser Val Lys Glu Arg Met Gin Pro Arg Gin Asp Ile Leu
195 200 205
Phe Tyr Asp Ile Gin Thr Pro Leu Glu Asn Leu Tyr Leu Leu Phe Ser
210 215 220
Lys Gin His Cys Ser Arg Val Pro Ile Cys Asn Asp Asn Leu Gin Asn
225 230 235 240
Leu Leu Gly Ile Cys Thr Ala Arg Ser Leu Leu Leu His Asp Lys Pro
245 250 255
Leu Gin Ser Ser Asp Asp Leu Leu Pro Leu Leu Lys Lys Pro Tyr Tyr
260 265 270
Met Pro Glu Thr Ile Ser Ala Lys Met Ala Leu Cys Gin Met Ala Ala
275 280 285
Glu Asp Glu Thr Leu Gly Met Ile Ile Asp Glu Tyr Gly Ser Ile Glu
290 295 300
Gly Leu Ile Thr Gin Glu Asp Leu Phe Glu Ile Val Ala Gly Glu Ile
305 310 315 320
Val Asp Gin Arg Asp Asn Lys Ile Leu Tyr Thr Thr Ser Gly Ala Asp
325 330 335
Val Ile Ile Ala Ser Gly Thr Leu Glu Leu Arg Glu Phe Ser Glu Ile
340 345 350
Phe Asp Ile Asn Leu Pro Thr Asn Asn Asn Ile Ala Thr Ile Gly Gly
PL 209 107 B1
335
365
355 360
Trp Leu 370 Ile Glu Gin Ile Gly 375 Thr
Ser 385 Trp Asn Asn Leu Leu 390 Phe Gin
Ile Arg Arg Val Tyr 405 Ile Arg Lys
Ile Pro Thr Thr 380 Gly Met Lys Leu
Val Leu Asp Ala Ala Pro Asn Arg
395 400
Leu Tyr Asp
410
<210? 499 <211> 404 <212? PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 499
Met 1 Thr Asn Ser Ala 5 Leu Phe Trp
Val Leu Gin Gly 20 Phe Tyr Ser Met
Asn Arg Val 35 Arg Leu Gin Tyr Tyr 40
Arg Tyr 50 Ile Asn Phe Leu Ile 55 Arg
Val 65 Met Leu Gly Val Asn 70 Ile Ala
Arg Asn Cys Tyr Arg 85 Ala Leu Gly
Thr Gin Ile Phe 100 Ile Val Val Ile
Ile Ser Arg 115 Lys Ile Pro Glu Lys 120
Leu Tyr 130 Tyr Ser His Tyr Ile 135 Phe
Ser 145 Leu Thr Glu Gly Leu 150 Tyr Tyr
Leu Asn Ser Thr Leu 165 Ser Arg Asp
His His Glu Glu 180 Gin Asp Phe Asn
Leu Ser Ala 195 Thr Cys Ala Asp Gin 200
Thr Met 210 Leu Pro Ser Ser Ala 215 Asn
Lys 225 Asn Thr Asp Ile Asn 230 Phe Ile
Asn Val Ile Gly Ile 245 Ala His Pro
Asp Glu Pro Leu 260 Ile Asn Asn Leu
Lys Ser Lys 2 75 Leu Ile Arg Ile Leu 280
Ser Val 290 Ala Val Val Leu Asn 295 Ala
Ser 305 Leu Asn Ala Ile Phe 310 Lys Ile
His Leu Lys Pro Lys 325 Thr Ile Ser
Asn Ser Arg Ile 340 Lys Asp Leu Gin
Gin Tyr Pro 3 55 Val Glu Thr Leu Ala 360
Ser Pro 370 Ala Glu Val Gly Thr 375 Ser
Glu 385 Asn Val Leu Lys Leu Glu Ser Met Ser 390 Leu Ser
Ile Gly 10 Val Asn Ile Ile Cys 15 Ile
Met 25 Glu Met Ala Cys Val 30 Ser Phe
Leu Thr Lys Asp His 45 Lys Lys Ala
Arg Pro Tyr Arg 60 Leu Phe Gly Thr
Leu Gin Val 75 Gly Ser Glu Ser Ser 80
Ile Thr 90 Pro Asp Tyr Ala Pro 95 Phe
Phe 105 Ala Glu Leu Leu Pro 110 Leu Thr
Leu Ala Leu Trp Gly 125 Ala Pro Ile
Tyr Pro Leu Ile 140 Gin Leu Ile Gly
Leu Leu Asn 155 Ile Arg Lys Glu Lys 160
Glu Phe 170 Gin Lys Ala Leu Glu 175 Thr
Thr 185 Ile Ala Thr Asn Ile 190 Phe Ser
Val Cys Gin Pro Leu 205 Glu Gin Val
Val Lys Asp Phe 220 Cys Arg Thr Ile
Pro Val Tyr 235 His Lys Ala Arg Lys 240
Lys Asp 250 Phe Val Asn Lys Ala 255 Leu
His 265 Ser Pro Trp Phe Ile 270 Thr Ala
Lys Glu Phe Arg Asp 285 Asn Arg Ser
Ser Gly Glu Pro 300 Ile Gly Ile Leu
Leu Phe Asn 315 Thr Thr Asn Ile Ala 320
Val Ile 330 Glu Arg Thr Phe Pro 335 Gly
Lys 345 Glu Leu Asp Ile Gin 350 Phe Pro
Gin Leu Val Leu Gin 365 Leu Leu Asp
Val Ile Ile Asn 380 Asn Leu Leu Leu
Gly Ile Lys 395 Thr Val Ser Ile Lys 400
<210> 500
336
PL 209 107 B1 <211? 543 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 500
Met Phe Gly 1 Ser Glu Ser Leu Arg Tyr Gin Leu Leu Ile Gin Asp 15 Phe
5 10
Ala Lys Val Ser Glu Glu Gly Ile Gly Leu Leu Glu Ser Lys Glu Tyr
20 25 3 0
Ser Leu Leu Gin Ala Lys Leu Val Leu Arg Ala Leu Ala Gin Asn Ser
35 40 45
Ser Phe Asp Asp Trp Phe Arg Ser Phe Lys Lys Cys Gin Ile Ser Tyr
50 55 60
Pro Glu Leu Ala His Asp Arg Asp Val Leu Glu Glu Phe Gly Ile Gin
65 70 75 80
Val Leu Arg Glu Gly Ile Glu Asn Pro Ser Val Thr Val Arg Ala Val
85 90 95
Ser Val Leu Ala Ile Gly Leu Ala Arg Asp Phe Arg Leu Val Pro Leu
100 105 110
Leu Leu Gin Ser Cys Asn Asp Asp Ser Ala Ile Val Arg Ser Leu Ala
115 120 125
Leu Gin Val Ala Val Asn Tyr Gly Ser Glu Ser Leu Lys Lys Ala Ile
130 135 140
Val Glu Leu Ala Arg Asn Asp Asp Ser Ile His Val Arg Ile Thr Ala
145 150 155 160
Tyr Gin Val Val Ala Leu Leu Gin Ile Glu Glu Leu Leu Pro Phe Leu
165 170 175
Arg Glu Arg Ala Glu Asn Lys Leu Val Asp Ser Val Glu Arg Arg Glu
180 185 190
Ala Trp Lys Ala Cys Leu Glu Leu Ser Ser Gin Phe Leu Glu Thr Gly
195 200 205
Val Ala Lys Asp Asp Ile Asp Gin Ala Leu Phe Thr Cys Glu Val Leu
210 215 220
Arg Asn Gly Met Leu Pro Glu Thr Thr Glu Ile Phe Thr Glu Leu Leu
225 230 235 240
Ser Val Glu His Pro Glu Val Gin Glu Ser Leu Leu Leu Ser Ala Leu
245 250 255
Ala Trp Ser His Gin Leu Gin Asn His Lys Glu Phe Leu Ser Lys Val
260 265 270
Arg His Val Met Cys Thr Ser Pro Phe Ala Lys Val Arg Phe Gin Ala
275 280 285
Ala Ala Leu Leu His Leu His Gly Asp Pro Leu Gly Arg Asp Ser Leu
290 295 300
Val Glu Gly Leu Arg Ser Pro Gin Pro Leu Val Cys Glu Ala Ala Ser
305 310 315 320
Ala Ala Leu Cys Ser Leu Gly Ile His Gly Val Pro Leu Ala Lys Glu
325 330 335
His Leu Glu Ser Leu Ser Ser Arg Lys Ala Ala Ala Asn Leu Ser Ile
340 345 350
Leu Leu Leu Val Ser Arg Glu Asp Ile Glu Arg Ala Gly Asp Val Ile
355 360 365
Ala Arg Tyr Leu Ser Asn Pro Glu Met Cys Trp Ala Ile Glu Tyr Phe
370 375 380
Leu Trp Asp Ala Gin Trp Asn Leu Arg Gly Asp Thr Phe Pro Leu Tyr
385 390 395 400
Ser Asp Met Ile Lys Arg Glu Ile Gly Arg Lys Leu Ile Arg Leu Leu
405 410 415
Ala Val Ala Arg Tyr Ser Gin Ala Lys Ala Val Thr Ala Thr Phe Leu
420 425 430
Ser Gly Gin Gin Ala Gin Gly Trp Ser Phe Phe Ser Gly Met Phe Trp
435 440 445
Glu Glu Gly Asp Val Lys Thr Ser Glu Asp Leu Val Thr Asp Ala Cys
450 455 460
Phe Ala Ala Lys Leu Glu Gly Ala Leu Ala Ser Leu Cys Gin Lys Lys
465 470 475 480
Asp Gin Ala Ser Leu Gin Arg Val Ser Gin Leu Tyr Asn Asp Ser Arg
485 490 495
Trp Gin Asp Lys Leu Ala Ile Leu Glu Ser Val Ala Phe Ser Glu Asn
PL 209 107 B1
337
500 505 510
Leu Asp Ala Val Pro Phe Leu Leu Asp Cys Cys His His Glu Ala Pro
515 520 525
Ser Leu Arg Ser Ala Ala Ala Gly Ala Leu Phe Ser Ile Phe Lys
530 535 540 <210> 501 <211> 103 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 501 Met Ser Phe Lys Arg Phe Leu Gin Gin Ile Pro Val Arg Ile Cys Leu
1 Leu Ile Ile Tyr 5 10 15 Leu Tyr Gin Trp Leu Ile Ser Pro Leu Leu Gly Ser
20 Cys Cys Arg Phe 25 30 Phe Pro Ser Cys Ser His Tyr Ala Glu Gin Ala Leu
35 Lys Ser His Gly 40 45 Phe Leu Met Gly Cys Trp Leu Ser Ile Lys Arg Ile
50 Gly Lys Cys Gly 55 60 Pro Trp His Pro Gly Gly Ile Asp Met Val Pro Lys
65 Thr Ala Leu Gin 70 75 80 Glu Val Leu Glu Pro Tyr Gin Glu Ile Asp Gly Gly
Asp Ser Ser His - 100 <210> 502 <211> 362 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 502 Met Ala Phe Lys 85 90 95 Phe Ser Glu pneumoniae Arg Lys Thr Arg Trp Leu Trp Gin Val Leu Ile Leu
1 Ser Val Gly Leu 5 10 15 Asn Met Leu Phe Leu Leu Leu Phe Tyr Ser Ala Ile
20 Phe Arg Lys Asp 25 30 Ile Tyr Lys Leu His Leu Phe Ser Gly Pro Leu Ile
35 Ala Lys Ser Ser 40 45 Arg Lys Val Tyr Leu Ser Glu Asp Phe Leu Asn Glu
50 Ile Ser Gin Ala 55 60 Ser Leu Asp Asp Leu Ile Ser Leu Phe Lys Asp Glu
65 Arg Tyr Met Tyr 70 75 80 Gly Arg Pro Ile Lys Leu Trp Ala Leu Ser Val Ala
Ile Ala Ser His 85 90 95 His Ile Asp Ile Thr Pro Val Leu Ser Lys Pro Leu
100 Thr Tyr Thr Glu 105 110 Leu Lys Gly Ser Ser Val Arg Trp Leu Leu Pro Asn
115 Ile Asp Leu Lys 120 125 Asp Phe Pro Val Ile Leu Asp Tyr Leu Arg Cys His
130 Lys Tyr Pro Tyr 135 140 Thr Ser Lys Gly Leu Phe Leu Leu Ile Glu Lys Met
145 Val Gin Glu Gly 150 155 160 Trp Val Asp Glu Asp Cys Leu Tyr His Phe Cys Ser
Thr Pro Glu Phe 165 170 175 Leu Tyr Leu Arg Thr Leu Leu Val Gly Ala Asp Val
180 Gin Ala Ser Ser 185 190 Val Ala Ser Leu Ala Arg Met Val Ile Arg Cys Gly
195 Ser Glu Arg Phe 200 205 Phe His Phe Cys Asn Glu Glu Ser Arg Thr Ser Met
210 Ile Ser Ala Thr 215 220 Gin Arg Gin Lys Val Leu Lys Ser Tyr Leu Asp Cys
225 Glu Glu Ser Leu 230 235 240 Ala Ala Leu Leu Leu Leu Val His Asp Ser Asp Val
Val Leu His Glu 245 250 255 Phe Cys Asp Glu Asp Leu Glu Lys Val Ile Arg Leu
260 Met Pro Gin Glu 265 270 Ser Pro Tyr Ser Gin Asn Phe Phe Ser Arg Leu Gin
338
PL 209 107 B1
275 280 285
His Ser Pro Arg Arg Glu Leu Ala Cys Met Ser Thr Gin Arg Val Glu
290 295 300
Ala Pro Arg Val Gin Glu Asp Gin Asp Glu Glu Tyr Val Val Gin Asp
305 310 315 320
Gly Asp Ser Leu Trp Leu Ile Ala Lys Arg Phe Gly Ile Pro Met Asp
325 330 335
Lys Ile Ile Gin Lys Asn Gly Leu Asn His His Arg Leu Phe Pro Gly
340 345 350
Lys Val Leu Lys Leu Pro Ala Lys Gin Ser
355 360 <210> 503 <211> 582 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 503
Met Ser Gly Lys Lys Asp Gly Val Arg Gly Met Ile Phe Val Pro Leu
1 5 10 15
Ser Ile Leu Val Leu Ile Phe Leu Pro Leu Pro Gin Ile Leu Leu Asp
20 25 30
Phe Gly Leu Cys Ile Ser Phe Ala Leu Ser Leu Leu Thr Val Cys Trp
35 40 45
Val Phe Thr Leu Asn Ser Ser Asn Ser Ala Lys Leu Phe Pro Pro Phe
50 55 60
Phe Leu Tyr Leu Cys Leu Leu Arg Leu Gly Leu Asn Leu Ala Ser Thr
65 70 75 80
Arg Trp Ile Val Ser Ser Gly Thr Ala Ser Ser Leu Ile Val Ser Leu
85 90 95
Gly Ser Phe Phe Ser Leu Gly Ser Leu Trp Ala Ala Thr Phe Ala Cys
100 105 110
Leu Leu Leu Phe Phe Val Asn Phe Leu Met Val Ser Lys Gly Ser Glu
115 120 125
Arg Ile Ala Glu Val Arg Ser Arg Phe Phe Leu Glu Ala Leu Pro Ala
130 135 140
Lys Gin Met Ala Leu Asp Ser Asp Leu Val Ser Gly Arg Ala Ser Tyr
145 150 155 160
Lys Ala Val Lys Lys Gin Lys Asn Ala Leu Ile Glu Glu Gly Asp Phe
165 170 175
Phe Ser Ala Met Glu Gly Val Phe Arg Phe Val Lys Gly Asp Ala Ile
180 185 190
Ile Ser Cys Ile Leu Leu Leu Val Asn Val Val Ser Val Thr Cys Leu
195 200 205
Tyr Tyr Thr Ser Gly Tyr Ala Leu Glu Gin Met Trp Phe Thr Val Leu
210 215 220
Gly Asp Ala Leu Val Ser Gin Val Pro Ala Leu Leu Thr Ser Cys Ala
225 230 235 240
Ala Ala Thr Leu Ile Ser Lys Ile Asp Lys Glu Glu Ser Leu Leu Asn
245 250 255
Tyr Leu Phe Glu Tyr Tyr Lys Gin Leu Arg Gin His Phe Arg Val Val
260 265 270
Ser Leu Leu Ile Phe Ser Leu Cys Cys Ile Pro Ser Ser Pro Lys Phe
275 280 285
Pro Ile Val Leu Leu Ala Ser Leu Leu Trp Leu Ala Tyr Arg Lys Glu
290 295 300
Glu Pro Ala Ser Glu Asp Ser Cys Ile Glu Arg Ala Phe Ser Tyr Val
305 310 315 320
Glu Gly Ala Cys Pro Lys Glu Gin Glu Ser Gin Phe Tyr Gin Val Tyr
325 330 335
Arg Ala Ala Ser Glu Glu Val Phe Glu Asp Leu Gly Val Arg Leu Pro
340 345 350
Val Leu Thr Ser Leu Arg Ile Glu Glu Arg Pro Trp Leu Arg Val Phe
355 360 365
Gly Gin Asn Val Tyr Leu Asp Glu Met Thr Pro Glu Ala Val Leu Pro
370 375 380
Phe Leu Arg Asn Ile Ala His Glu Ala Leu Asn Ala Glu Val Val Gin
385 390 395 400
PL 209 107 B1
339
Lys Tyr Leu Glu Glu 405 Ser Glu Arg Yal Phe 410 Gly Ile Ala Val Glu 415 Asp
Ile Val Pro Lys Lys Ile Ser Leu Ser Ser Leu val Val Leu Ser Arg
420 425 430
Leu Leu Val Arg Glu Arg Val Ser Leu Lys Leu Phe Pro Lys Ile Leu
435 440 445
Glu Ala Val Ala Val Tyr Gin Asn Ser Gly Asp Ser Leu Glu Ile Leu
450 455 460
Ala Glu Lys Val Arg Lys Ser Leu Gly Tyr Trp Ile Gly Arg Ser Leu
465 470 475 480
Trp Asp Gin Lys Gin Thr Leu Glu Val Ile Thr Ile Asp Phe His Val
485 490 495
Glu Glu Leu Ile Asn Ser Ser Tyr Ser Lys Ser Asn Pro Val Met Gin
500 505 510
Glu Asn Val Ile Arg Arg Val Asp Ser Leu Leu Glu Arg Ser Val Phe
515 520 525
Lys Asp Phe Arg Ala Ile Val Thr Ser Cys Glu Thr Arg Phe Glu Met
530 535 540
Lys Lys Met Leu Asp Pro His Phe Pro Asp Leu Leu Val Leu Ser His
545 550 555 560
Asp Glu Leu Pro Lys Glu Ile Pro Ile Ser Phe Leu Gly Ile Val Ser
565 570 575
Asp Glu Yal Leu Yal Pro
580 <210> 504 <211> 435 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 504
Met 1 Phe Ser Arg Trp 5 Ile Thr Leu Phe Leu 10 Leu Phe Ile Ser Leu 15 Thr
Gly Cys Ser Ser Tyr Ser Ser Lys His Lys Gin Ser Leu Ile Ile Pro
20 25 30
Ile His Asp Asp Pro Val Ala Phe Ser Pro Glu Gin Ala Lys Arg Ala
35 40 45
Met Asp Leu Ser Ile Ala Gin Leu Leu Phe Asp Gly Leu Thr Arg Glu
50 55 60
Thr His Arg Glu Ser Asn Asp Leu Glu Leu Ala Ile Ala Ser Arg Tyr
65 70 75 80
Thr Val Ser Glu Asp Phe Cys Ser Tyr Thr Phe Phe Ile Lys Asp Ser
85 90 95
Ala Leu Trp Ser Asp Gly Thr Pro Ile Thr Ser Glu Asp Ile Arg Asn
100 105 110
Ala Trp Glu Tyr Ala Gin Glu Asn Ser Pro His Ile Gin Ile Phe Gin
115 120 125
Gly Leu Asn Phe Ser Thr Pro Ser Ser Asn Ala Ile Thr Ile His Leu
130 135 140
Asp Ser Pro Asn Pro Asp Phe Pro Lys Leu Leu Ala Phe Pro Ala Phe
145 150 155 160
Ala Ile Phe Lys Pro Glu Asn Pro Lys Leu Phe Ser Gly Pro Tyr Thr
165 170 175
Leu Val Glu Tyr Phe Pro Gly His Asn Ile His Leu Lys Lys Asn Pro
180 185 190
Asn Tyr Tyr Asp Tyr His Cys Val Ser Ile Asn Ser Ile Lys Leu Leu
195 200 205
Ile Ile Pro Asp Ile Tyr Thr Ala Ile His Leu Leu Asn Arg Gly Lys
210 215 220
Val Asp Trp Val Gly Gin Pro Trp His Gin Gly Ile Pro Trp Glu Leu
225 230 235 240
His Lys Gin Ser Gin Tyr His Tyr Tyr Thr Tyr Pro Val Glu Gly Ala
245 250 255
Phe Trp Leu Cys Leu Asn Thr Lys Ser Pro His Leu Asn Asp Leu Gin
260 265 270
Asn Arg His Arg Leu Ala Thr Cys Ile Asp Lys Arg Ser Ile Ile Glu
275 280 285
Glu Ala Leu Gin Gly Thr Gin Gin Pro Ala Glu Thr Leu Ser Arg Gly
340
PL 209 107 B1
Ala 290 Pro Gin Pro Asn Gin 295 Tyr Lys Lys Gin Lys 300 Pro Leu Thr Pro Gin
305 Glu Lys Leu Val Leu 310 Thr Tyr Pro Ser Asp 315 Ile Leu Arg Cys Gin 320 Arg
Ile Ala Glu Ile 325 Leu Lys Glu Gin Trp 330 Lys Ala Ala Gly Ile 335 Asp Leu
Ile Leu Glu 340 Gly Leu Glu Tyr His 345 Leu Phe Val Asn Lys 350 Arg Lys Val
Gin Asp 355 Tyr Ala Ile Ala Thr 360 Gin Thr Gly Val Ala 365 Tyr Tyr Pro Gly
Ala 370 Asn Leu Ile Ser Glu 375 Glu Asp Lys Leu Leu 380 Gin Asn Phe Glu Ile
385 Ile Pro Ile Tyr Tyr 390 Leu Ser Tyr Asp Tyr 395 Leu Thr Gin Asp Phe 400 Ile
Glu Gly Val Ile 405 Tyr Asn Ala Ser Gly 410 Ala Val Asp Leu Lys 415 Tyr Thr
Tyr Phe Pro 435 420 425 430
<210> 505 <211> 171 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 505
Met Lys Lys Leu Leu Phe Ser Thr Phe Leu Leu Val Leu Gly Ser Thr
1 5 10 15
Ser Ala Ala His Ala Asn Leu Gly Tyr Val Asn Leu Lys Arg Cys Leu
20 25 30
Glu Glu Ser Asp Leu Gly Lys Lys Glu Thr Glu Glu Leu Glu Ala Met
35 40 45
Lys Gin Gin Phe Val Lys Asn Ala Glu Lys Ile Glu Glu Glu Leu Thr
50 55 60
Ser Ile Tyr Asn Lys Leu Gin Asp Glu Asp Tyr Met Glu Ser Leu Ser
65 70 75 80
Asp Ser Ala Ser Glu Glu Leu Arg Lys Lys Phe Glu Asp Leu Ser Gly
85 90 95
Glu Tyr Asn Ala Tyr Gin Ser Gin Tyr Tyr Gin Ser Ile Asn Gin Ser
100 105 110
Asn Val Lys Arg Ile Gin Lys Leu Ile Gin Glu Val Lys Ile Ala Ala
115 120 125
Glu Ser Val Arg Ser Lys Glu Lys Leu Glu Ala Ile Leu Asn Glu Glu
130 135 140
Ala Val Leu Ala Ile Ala Pro Gly Thr Asp Lys Thr Thr Glu Ile Ile
145 150 155 160
Ala Ile Leu Asn Glu Ser Phe Lys Lys Gin Asn
165 170
<210>
<211>
<212>
<213>
506
360
PRT
Chlamydia pneumoniae <400> 506
Met 1 Ser Glu Ala Pro 5 Val Tyr Thr Leu Lys 10 Gin Leu Ala Glu Leu 15 Leu
Gin Val Glu Val Gin Gly Asn Ile Glu Thr Pro Ile Ser Gly Val Glu
20 25 30
Asp Ile Ser Gin Ala Gin Pro His His Ile Ala Phe Leu Asp Asn Glu
35 40 45
Lys Tyr Ser Ser Phe Leu Lys Asn Thr Lys Ala Gly Ala Ile Ile Leu
50 55 60
Ser Arg Ser Gin Ala Met Gin His Ala His Leu Lys Lys Asn Phe Leu
65 70 75 80
Ile Thr Asn Glu Ser Pro Ser Leu Thr Phe Gin Lys Cys Ile Glu Leu
85 90 95
Phe Ile Glu Pro Val Thr Ser Gly Phe Pro Gly Ile His Pro Thr Ala
PL 209 107 B1
341
100 105 110
Val Ile His Pro Thr Ala Arg Ile Glu Lys Asn Val Thr Ile Glu Pro
115 120 125
Tyr Val val Ile Ser Gin His Ala His Ile Gly Ser Asp Thr Tyr Ile
130 135 140
Gly Ala Gly Ser Val Ile Gly Ala His Ser Val Leu Gly Ala Asn Cys
145 150 155 160
Leu Ile His Pro Lys Val Val Ile Arg Glu Arg Val Leu Met Gly Asn
165 170 175
Arg Val Val Val Gin Pro Gly Ala Val Leu Gly Ser Cys Gly Phe Gly
180 185 190
Tyr Ile Thr Asn Ala Phe Gly His His Lys Pro Leu Lys His Leu Gly
195 200 205
Tyr Val Ile Val Gly Asp Asp Val Glu Ile Gly Ala Asn Thr Thr Ile
210 215 220
Asp Arg Gly Arg Phe Lys Asn Thr Val Ile His Glu Gly Thr Lys Ile
225 230 235 240
Asp Asn Gin Val Gin Val Ala His His Val Glu Ile Gly Lys His Ser
245 250 255
Ile Ile Val Ala Gin Ala Gly Ile Ala Gly Ser Thr Lys Ile Gly Glu
260 265 270
His Val Ile Ile Gly Gly Gin Thr Gly Ile Thr Gly His Ile Ser Ile
275 280 285
Ala Asp His Val Ile Met Ile Ala Gin Thr Gly Val Thr Lys Ser Ile
290 295 300
Thr Ser Pro Gly Ile Tyr Gly Gly Ala Pro Ala Arg Pro Tyr Gin Glu
305 310 315 320
Thr His Arg Leu Ile Ala Lys Ile Arg Asn Leu Pro Lys Thr Glu Glu
325 330 335
Arg Leu Ser Lys Leu Glu Lys Gin Val Arg Asp Leu Ser Thr Pro Ser
340 345 350
Leu Ala Glu Ile Pro Ser Glu Ile
355 360 <210> 507 <211> 399 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 507
Met Ala Ala Ser Gly Gly Thr Gly Gly Leu Gly Gly Thr Gin Gly Val
1 5 10 15
Asn Leu Ala Ala Val Glu Ala Ala Ala Ala Lys Ala Asp Ala Ala Glu
20 25 30
Val Val Ala Ser Gin Glu Gly Ser Glu Met Asn Met Ile Gin Gin Ser
35 40 45
Gin Asp Leu Thr Asn Pro Ala Ala Ala Thr Arg Thr Lys Lys Lys Glu
50 55 60
Glu Lys Phe Gin Thr Leu Glu Ser Arg Lys Lys Gly Glu Ala Gly Lys
65 70 75 80
Ala Glu Lys Lys Ser Glu Ser Thr Glu Glu Lys Pro Asp Thr Asp Leu
85 90 95
Ala Asp Lys Tyr Ala Ser Gly Asn Ser Glu Ile Ser Gly Gin Glu Leu
100 105 110
Arg Gly Leu Arg Asp Ala Ile Gly Asp Asp Ala Ser Pro Glu Asp Ile
115 120 125
Leu Ala Leu Val Gin Glu Lys Ile Lys Asp Pro Ala Leu Gin Ser Thr
130 135 140
Ala Leu Asp Tyr Leu Val Gin Thr Thr Pro Pro Ser Gin Gly Lys Leu
145 150 155 160
Lys Glu Ala Leu Ile Gin Ala Arg Asn Thr His Thr Glu Gin Phe Gly
165 170 175
Arg Thr Ala Ile Gly Ala Lys Asn Ile Leu Phe Ala Ser Gin Glu Tyr
180 185 190
Ala Asp Gin Leu Asn Val Ser Pro Ser Gly Leu Arg Ser Leu Tyr Leu
195 200 205
Glu Val Thr Gly Asp Thr His Thr Cys Asp Gin Leu Leu Ser Met Leu
210 215 220
342
PL 209 107 B1
Gin Asp Arg Tyr Thr Tyr Gin Asp Met Ala Ile Val Ser Ser Phe Leu
225 230 235 240
Met Lys Gly Met Ala Thr Glu Leu Lys Arg Gin Gly Pro Tyr Val Pro
245 250 255
Ser Ala Gin Leu Gin Val Leu Met Thr Glu Thr Arg Asn Leu Gin Ala
260 265 270
Val Leu Thr Ser Tyr Asp Tyr Phe Glu Ser Arg Val Pro Ile Leu Leu
275 280 285
Asp Ser Leu Lys Ala Glu Gly Ile Gin Thr Pro Ser Asp Leu Asn Phe
290 295 300
Val Lys Val Ala Glu Ser Tyr His Lys Ile Ile Asn Asp Lys Phe Pro
305 310 315 320
Thr Ala Ser Lys Val Glu Arg Glu Val Arg Asn Leu Ile Gly Asp Asp
325 330 335
Val Asp Ser Val Thr Gly Val Leu Asn Leu Phe Phe Ser Ala Leu Arg
340 345 350
Gin Thr Ser Ser Arg Leu Phe Ser Ser Ala Asp Lys Arg Gin Gin Leu
355 360 365
Gly Ala Met Ile Ala Asn Ala Leu Asp Ala Val Asn Ile Asn Asn Glu
370 375 380
Asp Tyr Pro Lys Ala Ser Asp Phe Pro Lys Pro Tyr Pro Trp Ser
385 390 395 <210> 508 <211> 224 <212> PRT
<21: i> Chlamydia pneumoniae
<400> 508
Met Thr Ser Trp Ile Glu Leu Leu Asp Lys Gin Ile Glu Asp Gin His
1 5 10 15
Met Leu Lys His Glu Phe Tyr Gin Arg Trp Ser Glu Gly Lys Leu Glu
20 25 30
Lys Gin Gin Leu Gin Ala Tyr Ala Lys Asp Tyr Tyr Leu His Ile Lys
35 40 45
Ala Phe Pro Cys Tyr Leu Ser Ala Leu His Ala Arg Cys Asp Asp Leu
50 55 60
Gin Ile Arg Arg Gin Ile Leu Glu Asn Leu Met Asp Glu Glu Ala Gly
65 70 75 80
Asn Pro Asn His Ile Asp Leu Trp Arg Gin Phe Ala Leu Ser Leu Gly
85 90 95
Val Ser Glu Glu Glu Leu Ala Asn His Glu Phe Ser Gin Ala Ala Gin
100 105 110
Asp Met Val Ala Thr Phe Arg Arg Leu Cys Asp Met Pro Gin Leu Ala
115 120 125
Val Gly Leu Gly Ala Leu Tyr Thr Tyr Glu Ile Gin Ile Pro Gin Val
130 135 140
Cys Val Glu Lys Ile Arg Gly Leu Lys Glu Tyr Phe Gly Val Ser Ala
145 150 155 160
Arg Gly Tyr Ala Tyr Phe Thr Val His Gin Glu Ala Asp Ile Lys His
165 170 175
Ala Ser Glu Glu Lys Glu Met Leu Gin Thr Leu Val Gly Arg Glu Asn
180 185 190
Pro Asp Ala Val Leu Gin Gly Ser Gin Glu Val Leu Asp Thr Leu Trp
195 200 205
Asn Phe Leu Ser Ser Phe Ile Asn Ser Thr Glu Pro Cys Ser Cys Lys
210 215 220
<21C l> 509
<211> 246
<212> PRT
<213 > Chlamydia pneumoniae
<400> 509
Met Lys Ile Thr Thr Val Lys Thr Pro Lys Ile Tyr Pro Tyr Asp Asp
1 5 10 15
Leu Tyr Ser Ile Leu Glu Ser Ser Leu Pro Lys Leu Asn Glu Arg Ser
20 25 30
PL 209 107 B1
343
Ile Val Val 35 Ile Thr Ser Lys Ile Val 40 Ser Leu Cys Glu 45 Gly Ala Val
Val Glu Leu Glu Lys Val Ser Lys Asp Glu Leu Ile Lys Gin Glu Ala
50 55 60
Asp Ala Tyr Val Phe Val Glu Lys Tyr Gly Ile Tyr Leu Thr Lys Lys
65 70 75 80
Trp Gly Ile Leu Ile Pro Ser Ala Gly Ile Asp Glu Ser Asn Val Glu
85 90 95
Gly Tyr Phe Val Leu Tyr Pro Arg Asp Phe Leu Leu Ser Val Asn Thr
100 105 110
Leu Gly Asp Trp Leu Arg Asn Phe Tyr His Leu Glu His Cys Gly Ile
115 120 125
Ile Ile Ser Asp Ser His Thr Thr Pro Leu Arg Arg Gly Thr Met Gly
130 135 140
Leu Gly Leu Cys Trp Asn Gly Phe Phe Pro Leu Tyr Asn Tyr Val Gly
145 150 155 160
Lys Pro Asp Cys Phe Gly Arg Ala Leu Lys Met Thr Tyr Ser Asn Leu
165 170 175
Leu Asp Gly Leu Ser Ala Ala Ala Val Leu Cys Met Gly Glu Gly Asp
180 185 190
Glu Gin Thr Pro Ile Ala Ile Ile Glu Glu Ala Pro Lys Ile Thr Phe
195 200 205
His Ser Ser Pro Thr Thr Leu Gin Asp Met Ser Thr Leu Ala Ile Ala
210 215 220
Glu Asp Glu Asp Leu Tyr Gly Pro Leu Leu Gin Ser Met Ala Trp Glu
225 230 235 240
Thr Pro Ala Pro Thr Ser
245
<210> 510 <211> 353 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 510
Met Asn Lys Arg Gin Lys Asp Lys Leu Lys Ile Cys Val Ile Ile Ser
1 5 10 15
Thr Leu Ile Leu Val Gly Ile Phe Ala Arg Ala Pro Arg Gly Asp Thr
20 25 30
Phe Lys Thr Phe Leu Lys Ser Glu Glu Ala Ile Ile Tyr Ser Asn Gin
35 40 45
Cys Asn Glu Asp Met Arg Lys Ile Leu Cys Asp Ala Ile Glu His Ala
50 55 60
Asp Glu Glu Ile Phe Leu Arg Ile Tyr Asn Leu Ser Glu Pro Lys Ile
65 70 75 80
Gin Gin Ser Leu Thr Arg Gin Ala Gin Ala Lys Asn Lys Val Thr Ile
85 90 95
Tyr Tyr Gin Lys Phe Lys Ile Pro Gin Ile Leu Lys Gin Ala Ser Asn
100 105 110
Val Thr Leu Val Glu Gin Pro Pro Ala Gly Arg Lys Leu Met His Gin
115 120 125
Lys Ala Leu Ser Ile Asp Lys Lys Asp Ala Trp Leu Gly Ser Ala Asn
130 135 140
Tyr Thr Asn Leu Ser Leu Arg Leu Asp Asn Asn Leu Ile Leu Gly Met
145 150 155 160
His Ser Ser Glu Leu Cys Asp Leu Ile Ile Thr Asn Thr Ser Gly Asp
165 170 175
Phe Ser Ile Lys Asp Gin Thr Gly Lys Tyr Phe Val Leu Pro Gin Asp
180 185 190
Arg Lys Ile Ala Ile Gin Ala Val Leu Glu Lys Ile Gin Thr Ala Gin
195 200 205
Lys Thr Ile Gin Val Ala Met Phe Ala Leu Thr His Ser Glu Ile Ile
210 215 220
Gin Ala Leu His Gin Ala Lys Gin Arg Gly Ile His Val Asp Ile Ile
225 230 235 240
Ile Asp Arg Ser His Ser Lys Leu Thr Phe Lys Gin Leu Arg Gin Leu
245 250 255
Asn Ile Asn Lys Asp Phe Val Ser Ile Asn Thr Ala Pro Cys Thr Leu
344
PL 209 107 B1
260
His His Lys 275 Phe Ala Val Ile Asp 280
Ile Asn 290 Trp Ser Lys Gly Arg 295 Phe
Ile 305 Leu Glu Asn Leu Thr 310 Lys Gin
Trp Lys Asp Leu Ala 325 Lys His Ser
Glu Ala Lys Glu Ile 340 Ile Glu Lys Ser
265 270
Asn Lys Thr Leu Leu 285 Ala Gly Ser
Ser Leu Asn Asp 300 Glu Ser Leu Ile
Gin Asn Gin 315 Lys Leu Arg Met Ile 320
Glu His 330 Pro Thr Val Asp Asp 335 Glu
Leu 345 Pro Val Glu Glu Gin 350 Glu Ala
<210> 511 <211? 136 <212? PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 511
Met Ala Leu Asn Phe Lys Ile Asn Arg Gin Ile Arg Ala Pro Lys
1 5 10 15
Arg Leu Ile Gly Ser Ala Gly Glu Gin Leu Gly Ile Leu Ala Ile
20 25 30
Asp Ala Leu Asp Leu Ala Arg Glu Ala Gly Leu Asp Leu Val Glu
35 40 45
Ala Ser Asn Ser Glu Pro Pro Val Cys Lys Ile Met Asp Tyr Gly
50 55 60
Tyr Arg Tyr Gly Leu Thr Lys Lys Glu Lys Asp Ser Lys Lys Ala
65 70 75
His Gin Val Arg Ile Lys Glu Val Lys Leu Lys Pro Asn Ile Asp
85 90 95
Asn Asp Phe Ser Thr Lys Leu Lys Gin Ala Arg Thr Phe Val Glu
100 105 no
Gly Asn Lys Val Lys Ile Thr Cys Met Phe Arg Gly Arg Glu Leu
115 120 125
Tyr Pro Glu His Gly Phe Lys Val Val Gin Lys Met Ser Gin Gly
130 135 140
Glu Asp Ile Gly Phe Val Glu Ala Glu Pro Lys Leu Ala Gly Arg
145 150 155
Leu Ile Cys Val Val Ala Pro Gly Thr Val Lys Thr Lys Lys Lys
165 170 175
Glu Lys Ser His Ala Gin Asp Glu Asn Gin
Val
Lys
Val
Lys
Gin
Glu
Lys
Ala
Leu
Ser
160
Gin
180 165 <210> 512 <211> 276 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <220>
<221? WARIANT <222? 269,270,271,272,274,275,276 <223> Xaa = Dowolny aminokwas <400> 512
Met Gly Asn Ser Gly Phe Tyr Leu Gin Asp Thr Gin Asn Thr Ile 1 5 10 15
Ala Asp Asn Ile Arg Leu Gly Gin Met Thr Thr Val Leu Lys Lys
25 30
Glu Val Ile Ile Gly Thr Asp Thr Thr Pro Thr Val Thr Lys Phe
40 45
Gly Asp Lys Gly Ile Val Ile Thr Thr Asp Ser Thr Ile Thr Pro
55 60
Ser Thr Thr Phe Ser Leu Asp Met Glu Ala Val Ile Lys Glu Val 65 70 75
Asp Lys Ile Leu Thr Gin Ile Glu Asp Glu Leu Val Lys Asp Ile 85 90 95
Phe
Asp
Ser
Ser
Thr
Ile
PL 209 107 B1
345
Lys Asn Ile Thr Gin 100 Ser Leu Ile Glu Glu 105 Val Ile Lys Lys 110 Ile His
Ile Asp Pro Ser Phe Ser Tyr Ser Arg Ala Phe Lys Asp Val Asn Ile
115 120 125
Thr Asn Lys Ile Gin Cys Asn Gly Leu Phe Thr Lys Glu Asn Ile Gly
130 135 140
Asn Leu Asp Gly Gly Thr Glu Ile Ala Ser Ser Ser Val Thr Pro Asp
145 150 155 160
Asn Ala Asn Ser Met Phe Leu Ile Cys Ala Asp Ile Ile Ala Thr Arg
165 170 175
Met Glu Gly Thr Val Ala Leu Ala Leu Val Lys Glu Gly Asp Leu Ser
180 185 190
Pro Cys Ser Ile Ser Tyr Gly Tyr Ser Ala Gly Tyr Pro Asn Ile Ile
195 200 205
Ser Leu Arg Ala Thr Val Gly Asn Lys Thr Thr Ala Pro Val Lys Phe
210 215 220
Ser Leu Arg Ala Gly Gly Met Asp Ser Gly Val Val Trp Val Asn Ala
225 230 235 240
Met Pro Asn Gly Glu Lys Ile Leu Gly Val Asp Ala Val Ser Lys Ile
245 250 255
Thr Ile Leu Glu Yal Lys Pro Gin Thr Asn Gly Thr Xaa Xaa Xaa Xaa
260 265 270
Phe Xaa Xaa Xaa
275 <210> 513 <211> 1044 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 513
Met Val Glu Val Glu Glu Lys His Tyr Thr Ile Val Lys Arg Asn Gly
1 5 10 15
Met Phe Val Pro Phe Asn Gin Asp Arg Ile Phe Gin Ala Leu Glu Ala
20 25 30
Ala Phe Arg Asp Thr Arg Ser Leu Glu Thr Ser Ser Pro Leu Pro Lys
35 40 45
Asp Leu Glu Glu Ser Ile Ala Gin Ile Thr His Lys Val Val Lys Glu
50 55 60
Val Leu Ala Lys Ile Ser Glu Gly Gin Val Val Thr Val Glu Arg Ile
65 70 75 80
Gin Asp Leu Val Glu Ser Gin Leu Tyr Ile Ser Gly Leu Gin Asp Val
B5 90 95
Ala Arg Asp Tyr Ile Val Tyr Arg Asp Gin Arg Lys Ala Glu Arg Gly
100 105 110
Asn Ser Ser Ser Ile Ile Ala Ile Ile Arg Arg Asp Gly Gly Ser Ala
115 120 125
Lys Phe Asn Pro Met Lys Ile Ser Ala Ala Leu Glu Lys Ala Phe Arg
130 135 140
Ala Thr Leu Gin Ile Asn Gly Met Thr Pro Pro Ala Thr Leu Ser Glu
145 150 155 160
Ile Asn Asp Leu Thr Leu Arg Ile Val Glu Asp Val Leu Ser Leu His
165 170 175
Gly Glu Glu Ala Ile Asn Leu Glu Glu Ile Gin Asp Ile Val Glu Lys
180 185 190
Gin Leu Met Val Ala Gly Tyr Tyr Asp Val Ala Lys Asn Tyr Ile Leu
195 200 205
Tyr Arg Glu Ala Arg Ala Arg Ala Arg Ala Asn Lys Asp Gin Asp Gly
210 215 220
Gin Glu Glu Phe Val Pro Gin Glu Glu Thr Tyr Val Val Gin Lys Glu
225 230 235 240
Asp Gly Thr Thr Tyr Leu Leu Arg Lys Thr Asp Leu Glu Lys Arg Phe
245 250 255
Ser Trp Ala Cys Lys Arg Phe Pro Lys Thr Thr Asp Ser Gin Leu Leu
260 265 270
Ala Asp Met Ala Phe Met Asn Leu Tyr Ser Gly Ile Lys Glu Asp Glu
275 280 285
Yal Thr Thr Ala Cys Ile Met Ala Ala Arg Ala Asn Ile Glu Arg Glu
346
PL 209 107 B1
290 295 300
Pro Asp Tyr Ala Phe Ile Ala Ala Glu Leu Leu Thr Ser Ser Leu Tyr
305 310 315 320
Glu Glu Thr Leu Gly Cys Ser Ser Gin Asp Pro Asn Leu Ser Glu Ile
325 330 335
His Lys Lys His Phe Lys Glu Tyr Ile Leu Asn Gly Glu Glu Tyr Arg
340 345 350
Leu Asn Pro Gin Leu Lys Asp Tyr Asp Leu Asp Ala Leu Ser Glu Val
355 360 365
Leu Asp Leu Ser Arg Asp Gin Gin Phe Ser Tyr Met Gly Val Gin Asn
370 375 380
Leu Tyr Asp Arg Tyr Phe Asn Leu His Glu Gly Arg Arg Leu Glu Thr
385 390 395 400
Ala Gin Ile Phe Trp Met Arg Val Ser Met Gly Leu Ala Leu Asn Glu
405 410 415
Gly Glu Gin Lys Asn Phe Trp Ala Ile Thr Phe Tyr Asn Leu Leu Ser
420 425 430
Thr Phe Arg Tyr Thr Pro Ala Thr Pro Thr Leu Phe Asn Ser Gly Met
435 440 445
Arg His Ser Gin Leu Ser Ser Cys Tyr Leu Ser Thr Val Lys Asp Asp
450 455 460
Leu Ser His Ile Tyr Lys Val Ile Ser Asp Asn Ala Leu Leu Ser Lys
465 470 475 480
Trp Ala Gly Gly Ile Gly Asn Asp Trp Thr Asp Val Arg Ala Thr Gly
485 490 495
Ala Val Ile Lys Gly Thr Asn Gly Lys Ser Gin Gly Val Ile Pro Phe
500 505 510
Ile Lys Val Ala Asn Asp Thr Ala Ile Ala Val Asn Gin Gly Gly Lys
515 520 525
Arg Lys Gly Ala Met Cys Val Tyr Leu Glu Asn Trp His Leu Asp Tyr
530 535 540
Glu Asp Phe Leu Glu Leu Arg Lys Asn Thr Gly Asp Glu Arg Arg Arg
545 550 555 560
Thr His Asp Ile Asn Thr Ala Ser Trp Ile Pro Asp Leu Phe Phe Lys
565 570 575
Arg Leu Glu Lys Lys Gly Met Trp Thr Leu Phe Ser Pro Asp Asp Val
580 585 590
Pro Gly Leu His Glu Ala Tyr Gly Leu Glu Phe Glu Lys Leu Tyr Glu
595 600 605
Glu Tyr Glu Arg Lys Val Glu Ser Gly Glu Ile Arg Leu Tyr Lys Lys
610 615 620
Val Glu Ala Glu Val Leu Trp Arg Lys Met Leu Ser Met Leu Tyr Glu
625 630 635 640
Thr Gly His Pro Trp Ile Thr Phe Lys Asp Pro Ser Asn Ile Arg Ser
645 650 655
Asn Gin Asp His Val Gly Val Val Arg Cys Ser Asn Leu Cys Thr Glu
660 665 670
Ile Leu Leu Asn Cys Ser Glu Ser Glu Thr Ala Val Cys Asn Leu Gly
675 680 685
Ser Ile Asn Leu Val Glu His Ile Arg Asn Asp Lys Leu Asp Glu Glu
690 695 700
Lys Leu Lys Glu Thr Ile Ser Ile Ala Ile Arg Ile Leu Asp Asn Val
705 710 715 720
Ile Asp Leu Asn Phe Tyr Pro Thr Pro Glu Ala Lys Gin Ala Asn Leu
725 730 735
Thr His Arg Ala Val Gly Leu Gly Val Met Gly Phe Gin Asp Val Leu
740 745 750
Tyr Glu Leu Asn Ile Ser Tyr Ala Ser Gin Glu Ala Val Glu Phe Ser
755 760 765
Asp Glu Cys Ser Glu Ile Ile Ala Tyr Tyr Ala Ile Leu Ala Ser Ser
770 775 780
Leu Leu Ala Lys Glu Arg Gly Thr Tyr Ala Ser Tyr Ser Gly Ser Lys
785 790 795 800
Trp Asp Arg Gly Tyr Leu Pro Leu Asp Thr Ile Glu Leu Leu Lys Glu
805 810 815
Thr Arg Gly Glu His Asn Val Leu Val Asp Thr Ser Ser Lys Lys Asp
820 825 830
Trp Thr Pro Val Arg Asp Thr Ile Gin Lys Tyr Gly Met Arg Asn Ser
PL 209 107 B1
347
835 840 845
Gin Val 850 Met Ala Ile Ala Pro Thr Ala 855 Thr Ile Ser 860 Asn Ile Ile Gly
Val Thr Gin Ser Ile Glu Pro Met Tyr Lys His Leu Phe Val Lys Ser
865 870 875 880
Asn Leu Ser Gly Glu Phe Thr Ile Pro Asn Thr Tyr Leu Ile Lys Lys
885 890 895
Leu Lys Glu Leu Gly Leu Trp Asp Ala Glu Met Leu Asp Asp Leu Lys
900 905 910
Tyr Phe Asp Gly Ser Leu Leu Glu Ile Glu Arg Ile Pro Asn His Leu
915 920 925
Lys Lys Leu Phe Leu Thr Ala Phe Glu Ile Glu Pro Glu Trp Ile Ile
930 935 940
Glu Cys Thr Ser Arg Arg Gin Lys Trp Ile Asp Met Gly Val Ser Leu
945 950 955 960
Asn Leu Tyr Leu Ala Glu Pro Asp Gly Lys Lys Leu Ser Asn Met Tyr
965 970 975
Leu Thr Ala Trp Lys Lys Gly Leu Lys Thr Thr Tyr Tyr Leu Arg Ser
980 985 990
Gin Ala Ala Thr Ser Val Glu Lys Ser Phe Ile Asp Ile Asn Lys Arg
995 1000 1005
Gly Ile Gin Pro Arg Trp Met Lys Asn Lys Ser Ala Ser Thr Ser Ile
1010 1015 1020
Val Val Glu Arg Lys Thr Thr Pro Val Cys Ser Met Glu Glu Gly Cys
1025 1030 1035 1040
Glu Ser Cys Gin
<210> 514 <211> 346 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae
<400> 514
Met Glu Ala Asp Ile Leu Asp Gly Lys Leu Lys Arg Val Glu Val Ser
1 5 10 15
Lys Lys Gly Leu Val Asn Cys Asn Gin Val Asp Val Asn Gin Leu Val
20 25 30
Pro Ile Lys Tyr Lys Trp Ala Trp Glu His Tyr Leu Asn Gly Cys Ala
35 40 45
Asn Asn Trp Leu Pro Thr Glu Val Pro Met Ala Arg Asp Ile Glu Leu
50 55 60
Trp Lys Ser Asp Glu Leu Ser Glu Asp Glu Arg Arg Val Ile Leu Leu
65 70 75 80
Asn Leu Gly Phe Phe Ser Thr Ala Glu Ser Leu Val Gly Asn Asn Ile
85 90 95
Val Leu Ala Ile Phe Lys His Ile Thr Asn Pro Glu Ala Arg Gin Tyr
100 105 110
Leu Leu Arg Gin Ala Phe Glu Glu Ala Val His Thr His Thr Phe Leu
115 120 125
Tyr Ile Cys Glu Ser Leu Gly Leu Asp Glu Gly Glu Val Phe Asn Ala
130 135 140
Tyr Asn Glu Arg Ala Ser Ile Arg Ala Lys Asp Asp Phe Gin Met Thr
145 150 155 160
Leu Thr Val Asp Val Leu Asp Pro Asn Phe Ser Val Gin Ser Ser Glu
165 170 175
Gly Leu Gly Gin Phe Ile Lys Asn Leu Val Gly Tyr Tyr Ile Ile Met
180 185 190
Glu Gly Ile Phe Phe Tyr Ser Gly Phe Val Met Ile Leu Ser Phe His
195 200 205
Arg Gin Asn Lys Met Thr Gly Ile Gly Glu Gin Tyr Gin Tyr Ile Leu
210 215 220
Arg Asp Glu Thr Ile His Leu Asn Phe Gly Ile Asp Leu Ile Asn Gly
225 230 235 240
Ile Lys Glu Glu Asn Pro Glu Val Trp Thr Thr Glu Leu Gin Glu Glu
245 250 255
Ile Val Ala Leu Ile Glu Lys Ala Val Glu Leu Glu Ile Glu Tyr Ala
260 265 270
348
PL 209 107 B1
Lys Asp Cys 275 Leu Pro Arg Gly Ile 280 Leu Gly Leu Arg Ser 285 Ser Met Phe
Ile Asp Tyr Val Arg His Ile Ala Asp Arg Arg Leu Glu Arg Ile Gly
290 295 300
Leu Lys Pro Ile Tyr His Ser Arg Asn Pro Phe Pro Trp Met Ser Glu
305 310 315 320
Thr Met Asp Leu Asn Lys Glu Lys Asn Phe Phe Glu Thr Arg Val Thr
325 330 335
Glu Tyr Gin Thr Ala Gly Asn Leu Ser Trp
340 345 <210> 515 <211> 327 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 515 Met Asp Ala Lys Met Gly Tyr Ile Phe Lys Val Met Arg Trp Ile Phe
1 Cys Phe Val Ala 5 10 15 Cys Gly Ile Thr Phe Gly Cys Thr Asn Ser Gly Phe
20 Gin Asn Ala Asn 25 30 Ser Arg Pro Cys Ile Leu Ser Met Asn Arg Met Ile
35 His Asp Cys Val 40 45 Glu Arg Val Val Gly Asn Arg Leu Ala Thr Ala Val
50 Leu Ile Lys Gly 55 60 Ser Leu Asp Pro His Ala Tyr Glu Met Val Lys Gly
65 Asp Lys Asp Lys 70 75 80 Ile Ala Gly Ser Ala Val Ile Phe Cys Asn Gly Leu
Gly Leu Glu His 85 90 95 Thr Leu Ser Leu Arg Lys His Leu Glu Asn Asn Pro
100 Asn Ser Val Lys 105 110 Leu Gly Glu Arg Leu Ile Ala Arg Gly Ala Phe Val
115 Pro Leu Glu Glu 120 125 Asp Gly Ile Cys Asp Pro His Ile Trp Met Asp Leu
130 Ser Ile Trp Lys 135 140 Glu Ala Val Ile Glu Ile Thr Glu Val Leu Ile Glu
145 Lys Phe Pro Glu 150 155 160 Trp Ser Ala Glu Phe Lys Ala Asn Ser Glu Glu Leu
Val Cys Glu Met 165 170 175 Ser Ile Leu Asp Ser Trp Ala Lys Gin Cys Leu Ser
180 Thr Ile Pro Glu 185 190 Asn Leu Arg Tyr Leu Val Ser Gly His Asn Ala Phe
195 Ser Tyr Phe Thr 200 205 Arg Arg Tyr Leu Ala Thr Pro Glu Glu Val Ala Ser
210 Gly Ala Trp Arg 215 220 Ser Arg Cys Ile Ser Pro Glu Gly Leu Ser Pro Glu
225 Ala Gin Ile Ser 230 235 240 Val Arg Asp Ile Met Ala Val Val Asp Tyr Ile Asn
Glu His Asp Val 245 250 255 Ser Val Val Phe Pro Glu Asp Thr Leu Asn Gin Asp
260 Ala Leu Lys Lys 265 270 Ile Val Ser Ser Leu Lys Lys Ser His Leu Val Arg
275 Leu Ala Gin Lys 280 285 Pro Leu Tyr Ser Asp Asn Val Asp Asp Asn Tyr Phe
290 Ser Thr Phe Lys 295 300 His Asn Val Cys Leu Ile Thr Glu Glu Leu Gly Gly
305 Val Ala Leu Glu <210> 516 <211> 101 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 516 Met Asn Asn Arg 310 315 320 Cys Gin Arg 325 pneumoniae Gin Asn Thr Asn Asp Phe Ile Arg Ile Val Lys Asp
10 15
PL 209 107 B1
349
val Glu Lys Ala 20 Phe Pro Glu Leu
Glu Lys Val Thr Phe Leu Thr Ser
35 40 .
Ile Ser Val Ile Leu Asn Leu Leu
50 55
Leu Phe Pro Asp Ser Pro Val Val
65 70
Lys Leu Lys Lys Ala Leu Ile Met
85
Phe Ser Lys Thr Glu
Asp 25 Ile Lys Val Lys Ile 30 Asp Lys
Pro Thr Glu Leu Tyr 45 His Lys Ser
Asn Ser Ile Glu 60 Ser Ser Leu Asp
Glu Glu Leu 75 Glu Lys Asn Asn Leu 80
Leu Ile Leu Ser Arg Lys Asp Met
95
100 <210> 517 <211> 261 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 517
Met Lys Thr Ile Ala Phe cys Ser
1 Thr Leu Ser Leu 5 Asn Val Gly Cys
Lys val Leu 20 Leu Val Asp Leu Asp
Leu Gly 35 Val Gin Ser Cys Tyr 40 Glu
Ser 50 Ser Gly Asn Val Arg 55 Asp Ile
65 Leu His Ile Val Pro 70 Ser Ser Ile
Asn Arg Asn Ser 85 Val Leu Asp Thr
Leu Ile Glu 100 Ser Asn Tyr Asp Leu
Leu Gly 115 Thr Leu Thr Glu Glu 120 Ala
Val 130 Cys Leu Thr Pro Glu 135 Pro Phe
145 Lys Glu Phe Cys Ser 150 Val Leu Pro
Gly Ile val Phe 165 Ser Phe Trp Asp
Tyr Leu Asn 180 Ile Ile Glu Ser Ile
Lys val 195 Arg Arg Asp Ile Thr 200 Leu
Ser 210 Ile Ala Asn Ala Tyr 215 Pro Asn
225 Arg Leu Thr Lys Glu 230 Ile Glu Asp
Ala Gin Glu Val 260 245 Leu
Phe Lys 10 Gly Gly Thr Gly Lys 15 Thr
Asn 25 Leu Ala Gin Tyr Ser 30 Asn Lys
Pro Gin Ala Asn Leu 45 Thr Thr Gly
Ser Asn Leu Asn 60 Asp Ile Phe Arg
Ile Gin Asp 75 Thr Lys Ile Glu Asn 80
Leu Ile 90 Glu Glu Phe Arg Glu 95 Phe
Ser 105 His Leu Arg Ser Ser 110 Leu Gin
Cys Ile Leu Asp Thr 125 Pro Pro Ser
Phe Ile Ala Ser 14 0 Asp His Leu Ile
Ser Ile Leu 155 Gly Leu Gin Lys Ile 160
Lys Lys 170 Lys Asp Leu Ser Val 175 Leu
Gly 185 Arg Asn Ser Thr Asn 190 Ser Thr
Tyr Glu Gly Lys Val 205 Leu Ser Ser
Ser Arg Ser Leu 220 Leu Lys Glu Thr
Ser Arg Ala 235 Ser His Asp Ile Leu 240
Lys Leu 250 Phe Asn Lys Glu Met 255 Ser
<210> 518 <211> 526 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 513
Met Asn Val Leu Lys Tyr Thr Lys
1 5
Lys Leu Ile Gly 20 Thr Ser Pro Lys
Ser Ile His 35 Thr Lys Asn Ser Cys 40
Ile Pro 50 Leu Ile Ser Trp Cys 55 Gin
His Ser 10 Pro Ser Ala His Ala 15 Trp
His 25 Gly Ile Tyr Leu Pro 30 Leu Phe
Gly Ile Gly Glu Phe 45 Leu Asp Leu
Lys Gin Gly Phe 60 Ser Val Ile Gin
350
PL 209 107 B1
Leu Leu Pro Leu Asn Asp Thr Gly Glu Asp Thr Ser Pro Tyr Asn Ser
65 70 75 80
Ile Ser Ser Val Ala Leu Asn Pro Leu Phe Leu Ser Leu Ser Ser Leu
85 90 95
Pro Asn Ile Asp Thr Ile Pro Glu Val Ala Lys Lys Leu Gin Asp Met
100 105 110
His Glu Leu Cys Ser Thr Pro Ser Val Ser Tyr Thr Gin Val Lys Glu
115 120 125
Lys Lys Trp Ala Phe Leu Arg Glu Tyr Tyr Gin Lys Cys Cys Lys Ser
130 135 14 0
Ser Leu Glu Gly Asn Ser Asn Phe Ser Glu Phe Leu Glu Ser Glu Arg
145 150 155 160
Tyr Trp Leu Tyr Pro Tyr Gly Thr Phe Arg Ala Ile Lys His His Met
165 170 175
His Gly Glu Pro Ile Asn Asn Trp Pro Lys Ser Leu Thr Asp Gin Glu
ISO 185 190
Asn Phe Pro Asp Leu Thr Lys Lys Phe His Asp Glu val Leu Phe Phe
195 200 205
Ser Tyr Leu Gin Phe Leu Cys Tyr Gin Gin Leu Cys Glu Val Lys Ala
210 215 220
Tyr Ala Asp Gin His His Val Leu Leu Lys Gly Asp Leu Pro Ile Leu
225 230 235 240
Ile Ser Lys Asp Ser Cys Asp Val Trp Tyr Phe Arg Asp Tyr Phe Ser
245 250 255
Ser Ser Arg Ser val Gly Ala Pro Pro Asp Leu Tyr Asn Ser Glu Gly
260 265 270
Gin Asn Trp His Leu Pro ile Tyr Asn Phe Ser Gin Leu Ala Lys Asp
275 280 285
Asp Tyr Ile Trp Trp Lys Glu Arg Leu Arg Tyr Ala Gin Asn Phe Tyr
290 295 300
Ser Val Tyr Arg Leu Asp His Ile Ile Gly Phe Phe Arg Leu Trp Ile
305 310 315 320
Trp Asp Ser Ser Gly Arg Gly Arg Phe Ile Pro Asp Asn Pro Lys Asp
325 330 335
Tyr Ile Lys Gin Gly Thr Glu Ile Leu Ser Thr Met Leu Gly Ala Ser
340 345 350
Ser Met Leu Pro Ile Gly Glu Asp Leu Giy Ile Ile Pro Gin Asp Val
355 360 365
Lys Thr Thr Leu Thr His Leu Gly Ile Cys Gly Thr Arg Ile Pro Arg
370 375 380
Trp Glu Arg Asn Trp Glu Ser Asp Ser Ala Phe Ile Pro Leu Lys Asp
385 390 395 400
Tyr Asn Pro Leu Ser Val Thr Thr Leu Ser Thr His Asp Ser Asp Thr
405 410 415
Phe Ala Gin Trp Trp Leu Asn Ser Pro Lys Glu Ala Lys Gin Phe Ala
420 425 430
Lys Phe Leu His Leu Pro Phe Gin Lys Thr Leu Thr Thr Glu Thr Gin
435 440 445
Ile Asp Ile Leu Lys Leu Ser His Glu Ser Ala Ser Ile Phe His Ile
450 455 460
Asn Leu Phe Asn Asp Tyr Leu Ala Leu Cys Pro Asp Leu Val Ser Lys
465 470 475 480
Asn Leu Gin Arg Glu Arg Ile Asn Thr Pro Gly Thr Ile Ser Lys Lys
485 490 495
Asn Trp Ser Tyr Arg Val Arg Pro Ser Leu Glu Glu Leu Ala Ile His
500 505 510
Lys Lys Phe Asn Gly Tyr Ile Glu Lys Ile Leu Thr Gly Leu
515 520 525 <210> 519 <211> 147 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 519
Met Gin Asn Gin Tyr Glu Gin Leu Leu Glu Ser Leu Ala Pro Leu Leu
1 5 10 15
Asn Thr Thr Leu Ala Pro Asp Lys Asn Asn Ser Cys Leu Ile Arg Phe
PL 209 107 B1
351
20 25 30
Ser Asp Thr His Val Pro Val Gin Ile Glu Glu Asp Gly Asn Ser Gly
35 40 45
Asp Leu Ala Val Ser Thr Leu Leu Gly Thr Leu Pro Glu Asn Val Phe
50 55 60
Arg Glu Arg Ile Phe Lys Ala Ala Leu Ser Val Asn Gly Ser Phe Gin
65 70 75 80
Ser Ser Ile Lys Gly Ile Leu Gly Tyr Gly Glu Val Thr Gin Gin Leu
85 90 95
Tyr Leu Ser Asp ile Leu Ser Met Asn Tyr Leu Asn Gly Glu Lys Leu
100 105 110
Phe Glu Tyr Leu Lys Leu Phe Ser Leu His Ala Lys Ile Trp Met Glu
115 120 125
Ser Leu Arg Thr Gly Asn Leu Pro Asp Leu His Val Leu Gly Ile Tyr
130 135 14 0
Tyr Val Ala
145 <210> 520 <211> 635 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 520
Met Ile Pro Phe Thr Lys Thr Ile Gly Phe Arg Leu Trp Leu Ala Cys
1 5 10 15
Ala Val Ala Ile Ile Ala Pro Leu Gly Ile Asn Ile val Trp Leu Asn
20 25 30
Leu Asp Gin Tyr Arg Thr Ile Val Ser Ala Ile Ser Thr Ala Leu Lys
35 40 45
Glu Asn Ala Ala Phe Lys Ala Asn Thr Leu Thr Gin Ile Val Pro Leu
50 55 60
Asn Val Asp val Leu Ser Leu Phe Ser Asp Val Leu Asp Leu Asp Ala
65 70 75 80
Gly Ile Pro Glu Thr Pro Asn Val Leu Leu Ser Asn Glu Met Gin Lys
85 90 95
Val Phe Gin Gly Ile Tyr Asn Glu Ile Ser Leu Ile Lys Val Phe Pro
100 105 110
Asn Gly Asp Lys Ile Val Val Ala Ser Ser Ile Pro Glu His Leu Gly
115 120 125
Glu Asn Tyr Asn His Lys Ile Asp Ile Pro Lys Asn Thr Pro Phe Leu
130 135 140
Ala Ala Leu Lys Gin Ser Pro Lys Asn Gin Glu Val Phe Ser val Met
145 150 155 160
Gin Ala Asn Val Phe Asp Ala Lys Thr Gin Glu Leu Gin Gly Ile Leu
165 170 175
Tyr Thr Thr Phe Ser Ala Glu Ser Leu Leu Lys Asp Leu Leu Ile Asn
180 185 190
Lys Gin Ser Tyr Leu Thr Val Lys Thr Ala Ile Leu Ser Lys Tyr Gly
195 200 205
Val Ile Leu Lys Ala Ser Asp Pro Ala Leu His Leu His Thr Val Tyr
210 215 220
Pro Asp Met Thr Lys Glu Lys Phe Cys Gin Val Phe Leu Asn Asp Asp
225 230 235 240
Pro Cys Pro Ile Asp Ser Glu Leu Gly Pro Leu Thr Leu Ser Pro Leu
245 250 255
Asp Ile Gly Glu Asn Phe Tyr Ser Phe Lys Ile Lys Asp Thr Glu Ile
260 265 270
Trp Gly Cys Ile Glu Asn Val Pro Ser Ile Asp Ile Ala Val Leu Ser
275 280 285
Tyr Ala Lys Lys Glu Glu Ser Phe Ala Pro Leu Trp Arg Arg Ala Arg
290 295 300
Met Tyr Thr Ala Tyr Phe Phe Cys Ile Leu Leu Gly Ser Leu Ile Ala
305 310 315 320
Phe Ile Val Ala Arg Arg Leu Ser Leu Pro Ile Arg Lys Leu Ala Thr
325 330 335
Ala Met Ile Glu Ser Arg Lys Asn Lys Asn Cys Leu Tyr Thr Asp Asp
340 345 350
352
PL 209 107 B1
Ser Leu Gly Phe Glu Ile Asn Arg Leu Gly His 360 Ile Phe 365 Asn Ala Met
355
Val Glu Asn Leu His Lys Gin Gin His Leu Ala Lys Thr Asn Phe Glu
370 375 380
Met Lys Glu Asn Ala Gin Asn Ala Leu His Leu Gly Glu Gin Ala Gin
385 390 395 400
Gin Arg Leu Leu Pro Asn Thr Leu Pro Ser Tyr Pro His Ile Glu Leu
405 410 415
Ala Lys Ala Tyr Ile Pro Ala Ile Thr Val Gly Gly Asp Phe Phe Asp
420 425 430
Val Phe Val Val Gly Glu Gly Ser Lys Ala Arg Leu Phe Leu Ile Val
435 440 445
Ala Asp Ala Ser Gly Lys Gly Val Asn Ala Cys Gly Tyr Ser Leu Phe
450 455 460
Leu Lys Asn Met Leu Arg Thr Phe Leu Ser Arg Ser Ser Ser Leu Gin
465 470 475 480
Gin Ala Ile Gin Glu Thr Ser Arg Leu Phe Tyr Asn Asn Thr Lys Asn
485 490 495
Ser Gly Met Phe Val Thr Leu Cys Val Tyr Cys Tyr His Gin Thr Ser
500 505 510
Asn Thr Met Glu Tyr Tyr Ser Cys Gly His Pro Pro Ala Cys Tyr Leu
515 520 525
Asp Pro Asp Gly Glu Thr Ser Trp Leu Phe His Pro Gly Met Ala Leu
530 535 540
Gly Phe Leu Pro Glu Val Ala Asn Ile Thr Ser Lys Leu Phe His Pro
545 550 555 560
Lys Pro Gly Ser Leu Phe Val Leu Tyr Ser Asp Gly Ile Thr Glu Ala
565 570 575
His Asn Asn Asn Asn Asp Met Phe Gly Glu Glu Arg Leu Gin Ala Ala
580 585 590
Ile Gin Gly Leu Thr Gly Lys Ser Ala Ala Asp Ala Val His Arg Leu
595 600 605
Met Leu Ser Val Lys Thr Phe Val Gly Asn Ser His Gin His Asp Asp
610 615 620
Ile Thr Leu Leu Ile Leu Lys Val Leu Glu Ser
625 630 635 <210> 521 <211> 314 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 521
Met Phe Ser Tyr Ile Lys Asn Arg Ile Leu Phe Asn Leu Leu Ser Leu
1 5 10 15
Trp Ile Val Leu Thr Leu Thr Phe Leu Val Met Lys Thr Ile Pro Gly
20 25 30
Asp Pro Phe Asn Asp Glu Gly Cys Asn Val Leu Ser Glu Glu Val Leu
35 40 45
Gin Thr Leu Lys Ser Arg Tyr Gly Leu Asp Lys Pro Leu Tyr Gin Gin
50 55 60
Tyr Thr Gin Tyr Leu His Ser Ile Ala Lys Leu Asp Phe Gly Asn Ser
65 70 75 80
Leu Val Tyr Lys Asp Arg Lys Val Thr Asn Ile Ile Ser Thr Ala Phe
85 90 95
Pro Ile Ser Ala Ile Leu Gly Leu Gin Ser Leu Phe Leu Ser Ile Gly
100 105 110
Gly Gly Ile Ala Leu Gly Thr Ile Ala Ala Leu Lys Lys Lys Lys Gin
115 120 125
Arg Arg Tyr Ile Leu Gly Ala Ser Ile Leu Gin Ile Ser Ile Pro Ala
130 135 140
Phe Ile Phe Ala Thr Leu Leu Gin Tyr Val Phe Ala Val Lys Ile Pro
145 150 155 160
Leu Leu Pro Ile Ala Cys Trp Gly Ser Phe Thr His Thr Ile Leu Pro
165 170 175
Thr Leu Ala Leu Ala Val Thr Pro Met Ala Phe Ile Ile Gin Leu Thr
180 185 190
Tyr Ser Ser Val Ser Ala Ala Leu Asn Lys Asp Tyr Val Leu Leu Ala
PL 209 107 B1
353
Tyr Ala 195 Lys Gly Leu Ser Pro 200 Leu
Pro 210 Tyr Ala Ile Phe Pro 215 Thr Ile
225 Thr Val Ile Thr Gly 230 Thr Phe Ala
Gly Leu Gly Lys 245 Trp Phe Ile Cys
Val Ala Leu 260 Gly Leu Ser Val Phe
Ser Leu 275 Leu Ser Asp Leu Ile 280 Gin
Tyr 290 Ala His Gly Lys Glu 295 Lys Lys
305 310
Lys Val Val Ile 205 Lys His Ile Leu
Ser Tyr Ser 220 Ala Phe Leu Thr Thr
Ile Glu 235 Asn Ile Phe Cys Ile 240 Pro
Ser 250 Ile Lys Gin Arg Asp 255 Tyr Pro
265 Tyr Gly Thr Leu Phe 270 Met Leu Ser
Ser Ile Ile Asp 285 Pro Gin Ile Arg
Arg Lys 300
<210> 522 <211> 1240 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 522
Met 1 Thr Trp Ile Pro 5 Leu His Cys
Ala Met Ser Ser 20 Ile Lys Asp Phe
Ile Pro Ala 35 Leu Ala Leu Thr Asp 40
Asp Phe 50 Tyr Lys Glu Cys Thr 55 Gin
Cys 65 Glu Cys Tyr Ile Ala 70 Pro Gly
Lys Arg Ser Arg Ala 85 Ala His His
Gin Gly Tyr Arg 100 Asn Leu Cys Ile
Gly Phe Tyr 115 Tyr Phe Pro Arg Ile 120
Ser Glu 130 Gly Leu Ile Cys Leu 135 Ser
Asp 145 Ala Ala Leu Lys Ser 150 Pro Glu
Phe Gin Asp Leu Phe 165 Lys Asp Asp
Lys Met Ser Glu 180 Glu Ser Ile Ala
Gin Glu Tyr 195 Tyr Ser Leu Ile Glu 200
Val Leu 210 Glu Ala Ser Lys Arg 215 Leu
Asp 225 Ile His Tyr Ile Asn 230 Ala Asn
Leu Asn Val Gin Ser 245 Gly Glu Thr
His Ile Pro Asn 260 Pro Lys Arg Lys
Phe Lys Ser 275 Pro Ala Gin Met Ala 280
Val Ile 290 Ser Asn Thr Leu Glu 2 95 Val
Asp 305 Phe Ser Lys Lys His 310 Tyr Pro
Thr Leu Asn Ser Tyr 325 Thr Glu Glu
Phe Leu Lys Gin 340 Leu Ala Glu Glu
Glu Yal Leu Ala His Ile Ala Lys
355 360
His Ser 10 Gin Tyr Ser Val Leu 15 Asp
Val 25 Ala Lys Gly Gin Glu 30 Phe Gly
His Gly Asn Leu Tyr 45 Gly Ala Val
Lys Gly Ile Gin Pro Ile Ile Gly
Ser Arg Phe Asp Lys Lys Lys Glu 75 80
Leu Ile Leu Leu Cys Lys Asn Glu 90 95
Leu Thr Ser Leu Ala Phe Thr Glu
105 no
Asp Lys Asp Leu Leu Arg Gin Tyr 125
Gly Cys Leu Ser Ser Ser Val Ser 140
Ala Leu Leu Leu Glu Leu Gin Trp 155 160
Tyr Phe Thr Glu Val Gin Leu His 170 175
Gly Phe Lys Glu Glu Trp Leu Lys
185 190
Lys Gin Ile Lys Val Asn Thr Ala 205
Gly Ile Pro Thr Val Ala Thr Asn 220
Asp Trp Gin Ala His Glu Ile Leu 235 240
Yal Arg Ile Ala Lys Gin Asn Thr 250 255
Yal Tyr Arg Ser Arg Glu Tyr Tyr
265 270
Glu Leu Phe Lys Asp Ile Pro Glu 285
Ala Lys Arg Cys Asp Phe Thr Phe 300
Ile Tyr Val Pro Glu Ser Leu Lys 315 320
Asp Arg Tyr Gin Ala Ser Ala Yal
330 335
Ala 345 Leu Pro Lys Lys Tyr 350 Ser Ser
Lys Phe Pro His Arg 365 Asp Pro Ile
354
PL 209 107 B1
Asp Ile Val 370 Lys Glu Arg Met Asp Met Glu Met Ala Ile Ile Ile Pro
375 380
Lys Gly Met Cys Asp Tyr Leu Leu Ile Val Trp Asp Ile Ile His Trp
385 390 395 400
Ala Lys Ala Asn Gly Ile Pro Val Gly Pro Gly Arg Gly Ser Gly Ala
405 410 415
Gly Ser Val Leu Leu Phe Leu Leu Gly Ile Thr Glu Ile Glu Pro Ile
420 425 430
Arg Phe Asp Leu Phe Phe Glu Arg Phe Ile Asn Pro Glu Arg Leu Ser
435 440 445
Tyr Pro Asp Ile Asp Ile Asp Ile Cys Met Ala Gly Arg Glu Arg Val
450 455 460
Ile Asn Tyr Ala Ile Glu Arg His Gly Lys Asp Asn Val Ala Gin Ile
465 470 475 480
Ile Thr Phe Gly Thr Met Lys Ala Lys Met Ala Val Lys Asp Val Gly
485 490 495
Arg Thr Leu Asp Met Ala Leu Ser Lys Val Asn His Ile Ala Lys His
500 505 510
Ile Pro Asp Leu Asn Thr Thr Leu Ser Lys Ala Leu Glu Thr Asp Pro
515 520 525
Asp Leu His Gin Leu Tyr Ile Asn Asp Ala Glu Ser Ala Gin Val Ile
530 535 540
Asp Met Ala Leu Cys Leu Glu Gly Ser Ile Arg Asn Thr Gly Val His
545 550 555 560
Ala Ala Gly Val Ile Ile Cys Gly Asp Gin Leu Thr Asn His Ile Pro
565 570 575
Ile Cys Ile Ser Lys Asp Ser Thr Met Ile Thr Thr Gin Tyr Ser Met
580 585 590
Lys Pro Val Glu Ser Val Gly Met Leu Lys Val Asp Leu Leu Gly Leu
595 600 605
Lys Thr Leu Thr Ser Ile Asn Ile Ala Met Ser Ala ile Glu Lys Lys
610 615 620
Thr Gly Gin Ser Leu Ala Met Ala Thr Leu Pro Leu Asp Asp Ala Thr
625 630 635 640
Thr Phe Ser Leu Leu His Gin Gly Lys Thr Met Gly Ile Phe Gin Met
645 650 655
Glu Ser Lys Gly Met Gin Glu Leu Ala Lys Asn Leu Arg Pro Asp Leu
660 665 670
Phe Glu Glu Ile Ile Ala Met Gly Ala Leu Tyr Arg Pro Gly Pro Met
675 680 685
Asp Met Ile Pro Ser Phe Ile Asn Arg Lys His Gly Lys Glu Ile Ile
690 695 700
Glu Tyr Asp His Pro Leu Met Glu Ser Ile Leu Lys Glu Thr Tyr Gly
705 710 715 720
Ile Met Val Tyr Gin Glu Gin Val Met Gin Ile Ala Gly Ala Leu Ala
725 730 735
Ser Tyr Ser Leu Gly Glu Gly Asp Val Leu Arg Arg Ala Met Gly Lys
740 745 750
Lys Asp Phe Gin Gin Met Glu Gin Glu Arg Glu Lys Phe Cys Lys Arg
755 760 765
Ala Cys Asn Asn Gly Ile Asp Pro Glu Leu Ala Thr Val Ile Phe Asp
770 775 780
Lys Met Glu Lys Phe Ala Ala Tyr Gly Phe Asn Lys Ser His Ala Ala
785 790 795 800
Ala Tyr Gly Leu Ile Thr Tyr Thr Thr Ala Tyr Leu Lys Ala Asn Tyr
805 810 815
Pro Lys Glu Trp Leu Ala Ala Leu Leu Thr Cys Asp Ser Asp Asp Ile
820 825 830
Glu Lys Ile Gly Lys Leu Ile Arg Glu Ala Gin Ser Met Gly Ile Pro
835 840 845
Ile Leu Pro Pro His Ile Asn Val Ser Ser Asn His Phe Val Ala Thr
850 855 860
Asp Glu Gly Ile Arg Phe Ala Met Gly Ala Ile Lys Gly Ile Gly Arg
865 870 875 880
Gly Leu Ile Glu Ser Ile Val Glu Glu Arg Asp His His Gly Pro Tyr
885 890 895
Glu Ser Ile Arg Asp Phe ile Gin Arg Ser Asp Leu Lys Lys Val Ser
900 905 910
PL 209 107 B1
355
Lys Lys Ser 915 Ile Glu Ser Leu Ile Asp 920 Ala Gly Cys Phe 925 Asp Cys Phe
Asp Ser Asn 930 Arg Asp Leu Leu 935 Leu Ala Ser Val Glu 940 Pro Leu Tyr Glu
Ala Ile Ala 945 Lys Asp Lys 950 Lys Glu Ala Ala Ser 955 Gly Val Met Thr Phe 960
Phe Thr Leu Gly Ala Met 965 Asp Arg Lys Asn 970 Glu Val Pro Ile Cys 975 Leu
Pro Lys Asp Ile 980 Pro Thr Arg Ser Lys 985 Lys Glu Leu Leu Lys 990 Lys Glu
Lys Glu Leu 995 Leu Gly Ile Tyr Leu Thr 1000 Glu His Pro Met Asp 1005 Thr Val
Arg Asp His 1010 Leu Ser Arg Leu Ser Val 1015 Val Leu Ala Gly 1020 Glu Phe Glu
Asn Leu Pro 1025 His Gly Ser Val 1030 Val Arg Thr Val Phe 1035 Ile Ile Asp Lys 1040
Val Thr Thr Lys Ile Ser 1045 Ser Lys Ala Gin Lys 1050 Lys Phe Ala Val Leu 1055
Arg Val Ser Asp Gly Ile 1060 Asp Ser Tyr Glu 1065 Leu Pro Ile Trp Pro 1070 Asp
Met Tyr Glu Glu 1075 Gin Gin Glu Leu Leu 1080 Glu Glu Asp Arg Leu 1085 Ile Tyr
Ala Ile Leu 1090 Val Leu Asp Lys Arg Ser 1095 Asp Ser Leu Arg 1100 Ile Ser Cys
Arg Trp Met 1105 Lys Asp Leu Ser 1110 Ile Val Asn Glu Asn 1115 Ile Ile Tyr Glu 1120
Cys Asp Gin Ala Phe Asp 1125 Arg Ile Lys Asn Gin 1130 Val Gin Lys Met Ser 1135
Phe Thr Met Ser Thr Ser 1140 Gly Lys Glu Thr 1145 Lys Ala Lys Gly Asn 1150 Lys
Pro Asn Glu Asn 1155 Gly His Thr Gin Ala 1160 Leu Ala Pro Val Thr 1165 Leu Ser
Leu Asp Leu 1170 Asn Glu Leu Arg His Ser 1175 His Leu Cys Ile 1180 Leu Lys Lys
Ile Val Gin 1185 Lys His Pro Gly 1190 Ser Arg Thr Leu Val 1195 Leu Val Phe Thr 1200
Gin Asp Asn Glu Arg Val 1205 Ala Ser Met Ser Pro 1210 Asp Asp Ala Tyr Phe 1215
Val Cys Glu Asp Ile Glu 1220 Leu Pro Val Arg Val Ile 1235 Glu Thr Leu Arg Gin 1225 Val 1240 Glu Leu Val Thr Ala 1230 Asp
<210> 523 <211> 576 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 523
Met Thr Asp Phe Pro Thr His Phe Lys Gly Pro Lys Leu Asn Pro Ile
1 5 10 15
Lys Val Asn Pro Asn Phe Phe Glu Arg Asn Pro Lys Val Ala Arg Val
20 25 30
Leu Gin Ile Thr Ala Val val Leu Gly Ile Ile Ala Leu Leu Ser Gly
35 40 45
Ile Val Leu Ile Ile Gly Thr Pro Leu Gly Ala Pro Ile Ser Met Ile
50 55 60
Leu Gly Gly Cys Leu Leu Ala Ser Gly Gly Ala Leu Phe Val Gly Gly
65 70 75 80
Thr Ile Ala Thr Ile Leu Gin Ala Arg Asn Ser Tyr Lys Lys Ala val
85 90 95
Asn Gin Lys Lys Leu Ser Glu Pro Leu Met Glu Arg Pro Glu Leu Lys
100 105 110
Ala Leu Asp Tyr Ser Leu Asp Leu Lys Glu Val Trp Asp Leu His His
115 120 125
Ser Val Val Lys His Leu Lys Lys Leu Asp Leu Asn Leu Ser Lys Thr
130 135 140
Gin Arg Glu Val Leu Asn Gin Ile Lys Ile Asp Asp Glu Gly Pro Ser
356
PL 209 107 B1
145 150 155 160
Leu Gly Glu Cys Ala Ala Met Ile Ser Glu Asn Tyr Asp Ala Cys Leu
165 170 175
Lys Met Leu Ala Tyr Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Gin Thr Gin Tyr
180 185 190
Gin Glu Thr Arg Phe Asn Gin Asn Leu Thr His Arg Asn Lys Val Leu
195 200 205
Leu Ser Ile Leu Ser Arg Ile Thr Asp Asn Ile Ser Lys Ala Gly Gly
210 215 220
Val Phe Ser Leu Lys Phe Ser Thr Leu Ser Ser Arg Met Ser Arg Ile
225 230 235 240
His Thr Thr Thr Thr val Ile Leu Ala Leu Ser Ala Val Val Ser Val
245 250 255
Met Val Val Ala Ala Leu Ile Pro Gly Gly Ile Leu Ala Leu Pro Ile
260 265 270
Leu Leu Ala Val Ala Ile Ser Ala Gly Val Ile Val Thr Gly Leu Ser
275 280 285
Tyr Leu Val Arg Gin Ile Leu Ser Asn Thr Lys Arg Asn Arg Gin Asp
290 295 300
Phe Tyr Lys Asp Phe Val Lys Asn Val Asp Ile Glu Leu Leu Asn Gin
305 310 315 320
Thr Val Thr Leu Gin Arg Phe Leu Phe Glu Met Leu Lys Gly Val Leu
325 330 335
Lys Glu Glu Glu Glu Val Ser Leu Glu Gly Gin Asp Trp Tyr Thr Gin
340 345 350
Tyr Ile Thr Asn Ala Pro Ile Glu Lys Arg Leu Ile Glu Glu Ile Arg
355 360 365
Val Thr Tyr Lys Glu Ile Asp Ala Gin Thr Lys Lys Met Lys Thr Asp
370 375 380
Leu Glu Phe Leu Glu Asn Glu Val Arg Ser Gly Arg Leu Ser Val Ala
385 390 395 400
Ser Pro Ser Glu Asp Pro Ser Glu Thr Pro Ile Phe Thr Gin Gly Lys
405 410 415
Glu Phe Ala Lys Leu Arg Arg Gin Thr Ser Gin Asn Ile Ser Thr Ile
420 425 430
Tyr Gly Pro Asp Asn Glu Asn Ile Asp Pro Glu Phe Ser Leu Pro Trp
435 440 445
Met Pro Lys Lys Glu Glu Glu Ile Asp His Ser Leu Glu Pro Val Thr
450 455 460
Lys Leu Glu Pro Gly Ser Arg Glu Glu Leu Leu Leu Val Glu Gly Val
465 470 475 480
Asn Pro Thr Leu Arg Glu Leu Asn Met Arg Ile Ala Leu Leu Gin Gin
485 490 495
Gin Leu Ser Ser Val Arg Lys Trp Arg His Pro Arg Gly Glu His Tyr
500 505 510
Gly Asn Val Ile Tyr Ser Asp Thr Glu Leu Asp Arg Ile Gin Met Leu
515 520 525
Glu Gly Ala Phe Tyr Asn His Leu Arg Glu Ala Gin Glu Glu Ile Thr
530 535 540
Gin Ser Leu Gly Asp Leu Val Asp Ile Gin Asn Arg Ile Leu Gly Ile
545 550 555 560
Ile Val Glu Gly Asp Ser Asp Ser Arg Thr Glu Glu Glu Pro Gin Glu
565 570 575 <210> 524 <211> 439 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <220>
<221> WARIANT <222> 428,429,430,431,432,433,434,435,437,438,439 <223> Xaa = Dowolny aminokwas <400> 524
Ile Thr Ile Ala Val Asn Ser Thr Ser Gly Gly Leu Lys Ile Ser Gly 15 10 15
Asp Leu Lys Phe His Asn Asn Glu Gly Ser Phe Tyr Asp Asn Pro Gly
PL 209 107 B1
357
Leu Lys Ala 20 Asn Leu Asn Leu Pro 25 Phe Leu Asp
Gly Thr 35 Val Asn Leu Asp Asp 40 Phe Asn Pro Ile
Ala 50 Pro Asp Tyr Gly Tyr 55 Gin Gly Ser Trp Thr
65 Gly Ala Gly Gly Lys 70 Val Thr Leu Val Ala 75 Glu
Tyr Thr Pro Lys 85 Pro Glu Leu Arg Ala 90 Thr Leu
Trp Asn Ala 100 Tyr Val Asn Ile His 105 Ser Ile Gin
Ala Met 115 Ser Asp Ala Pro Ser 120 His Pro Gly Ile
Gly 130 Asn Ala Phe His Gin 135 Asp Lys Gin Lys Glu
145 Leu Ile Ser Arg Gly 150 Tyr Ile Val Gly Gly 155 Ser
Glu Tyr Thr Phe 165 Ala Val Ala Phe Ser 170 Gin Leu
Asp Tyr Val 180 Val Ser Asp Ile Lys 185 Ser Gin Val
Cys Ala 195 Gin Ser Ser Tyr Val 200 Ile Pro Leu His
His 210 Val Leu Ser Lys Val 215 Leu Pro Glu Leu Pro
225 Val Leu His Gly Gin 230 Val Ser Tyr Gly Arg 235 Asn
Thr Lys Leu Ala 245 Asn Asn Thr Gin Gly 250 Lys Ser
Ser Phe Ala 260 Val Glu Val Gly Gly 265 Ser Leu Pro
Arg Tyr 275 Leu Thr Ser Tyr Ser 280 Pro Tyr Val Lys
Val 290 Asn Gin Lys Gly Phe 295 Gin Glu Val Ala Ala
305 Asp Ala Ser His Leu 310 Val Asn val Ser Ile 315 Pro
Lys His Glu Ser 325 Ala Lys Pro Pro Ser 330 Ala Leu
Tyr Ala Val 340 Asp Ala Tyr Arg Asp 345 His Pro His
Thr Asn 355 Gly Thr Ser Trp Ser 360 Thr Phe Ala Thr
Ala 370 Phe Phe Ala Glu Ala 375 Ser Gly His Leu Lys
385 Asp Cys Phe Ala Ser 390 Gly Ser Cys Glu Leu 395 Arg
Tyr Asn Ala Asn 405 Cys Gly Thr Arg Tyr 410 Ser Phe
Xaa Xaa Xaa 420 Phe Xaa Xaa Xaa 425
30
Leu Ser 45 Ser Thr Ser
Pro 60 Ser Ser Met Ala
Leu Val Pro Lys Val 80
Trp Gin Ala Leu 95 Gly
Val Pro Asn 110 Ser Leu
Gin Glu 125 Ile Ala Thr
Trp 140 Ile Gly Gly Ile
Asn Ala Gly Phe Arg 160
Met Thr Thr Pro 175 Gin
Phe Gly Lys 190 Ser Lys
Tyr Ala 205 Gly Ser Leu
Ser 220 Ser Leu Arg Arg
Gly Glu Thr Pro Leu 240
His His Asn Met 255 Thr
Asp Trp Asp 270 Ser His
Val Asp 285 Leu Asn Tyr
Leu 300 Gin Val Val Ser
Asp Pro Arg Ile Phe 320
Met Gly Leu Thr 335 Phe
Leu Leu Thr 350 Leu Gly
Cys Leu 365 Thr Ser Leu
Asn 380 Leu Ser Arg Gin
Leu Leu His Gly Leu 400
Ser Ser Ser Arg 415 Ser
Xaa Xaa Xaa 430 Xaa Xaa
435 <210? 525 <211> 8S7 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 525 atgacccatc agcataaaaa aatcagcgaa gaaacaatcg tataccggct ctaccgttca agagttccag ccctatctcc tacgtggatg ttttcgctga aatctatcag gtccctgttt gcagcgcatg cgcctcaaat tcacacctca atcatcgatt gcagctctta ccgtagatct gtgttctttc cttcccaatg ggcatgtgtg gaggcttaag atcccactac caaataggag agcatccgaa aagatggaac atcagatgca tacttccccc aattttgtcg tacaaaaaat gatcaccaat attctcgaag cctgtgacat ttcttactaa ctcgaggatc ttaaattagg ctacagcagc attattttgt cagaggtccc ccaaaaacct gctagagcgc ttttgcgtat catgttttcg ctotccagga gatcatgttg ccctgttgct tgcattagct cccttaccat
120
180
240
300
360
420
480
358
PL 209 107 B1 ataggcatca cccacacgac taacattcgg ttttgggagt ttaataaaga gttccgtcga 540 aaactatatg aaaataaagc tcaaactgtc gagatggagt gtgccacctt atttgctgca 600 ggataccgaa ggaatcttcc tttaggagca cttttgctga tatcggatct acctttgcga 660 aaagatggaa ttaaaactaa ggaaagcagt tcggcagtcc taaactctca caccaaagag 720 catatactaa caggcgttga ggtgtttgcc tctctacaag agaaatcagg cccaggaatc 780 aagaaaacaa aaggcttgcc gcacatggag tttgggcaag ccgatgattc tctttctgaa 840 caaactgaag tttctggcgg ggatttc 867 <210> 526 <211> 1182 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400» 526 atgtcaaaag aaacttttca acgtaataag cctcatatca acatagggac cattggocac 60 gttgaccatg gtaagactac gttgacagct gctattacgc gtgcgttgtc tggagatggg 120 ttggctgatt ttcgtgatta tagctctatt gacaacactc ctgaagaaaa agctcgcggt 180 attacaatta acgcttccca cgttgagtac gaaacagcta atcgtcacta cgctcacgtg 240 gactgccctg gtcacgctga ctatgttaaa aacatgatca ccggtgcagc tcaaatggac 300 ggggctattc tagtagtttc tgcaacagac ggagctatgc ctcaaactaa agagcatatt 360 cttttggcaa gacaagttgg ggttccttac atcgttgttt ttctcaataa aattgacatg 420 atttccgaag aagacgctga attggtcgac ttagttgaga tggagttggt tgagcttctt 480 gaagagaaag gatacaaagg gtgtccaatc atcagaggtt ctgctctgaa agctttggaa 540 ggggatgctg catacataga gaaagttcga gagctaatgc aagccgtcga tgataacatc 600 cctactccag aaagagaaat tgacaagcct ttcttaatgc ctattgagga cgtattctct 660 atctccggac gaggaactgt agtaactgga cgtattgagc gtggaattgt taaagtttcc 720 gataaagttc agttggtcgg tcttagagat actaaagaaa cgattgttac tggggttgaa 780 atgttcagaa aagaactccc agaaggtcgt gcaggagaga acgttggatt gctcctcaga 840 ggtattggta agaacgatgt ggaaagagga atggttgttt gcttgccaaa cagtgttaaa 900 cctcatacac agttcaagtg tgctgtttac gttttgcaaa aagaagaagg tggacgacat 960 aagcctttct tcacaggata tagacctcaa ttcttcttcc gtacaacaga cgtcacaggt 1020 gtggtaactc tgcctgaggg aattgagatg gtcatgcctg gggataacgt tgagtttgaa 1080 gtgcaattga ttagcoctgt ggctttagaa gaaggtatga gatttgcgat tcgtgaaggt 1140 ggtcgtacaa tcggtgctgg aactatttct aagatcattg ca 1182 <210> 527 <211> 1650 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 527 gtggaatctt cccgtattct tattacttct gcgttgcctt acgcaaatgg tcctttgcat 60 tttggacata ttaccggtgc ttatttgcct gcagatgttt atgcgcgttt tcagagacta 120 caaggcaaag aggtcttgta tatttgtggt tctgatgaat acggaatcgc aattaccctt 180 aatgcagagt tggcaggcat ggggtatcaa gaatatgtcg acatgtatca taagcttcat 240 aaagatacct tcaagaaatt gggaatttct gtagatttct tttccagaac tacgaacact 300 tatcatcctg ctattgtgca agatttctat cgaaacttgc aggaacgcgg actggtagag 360 aatcaggtga ccgaacagct gtattctgag gaagaaggga agtttctagc ggaccgttat 420 gttgtaggta cttgtcccaa gtgtgggttc gatcgagctc gaggagatga gtgtcagcag 480 tgcggtgccg attacgaagc tagagatctg aaagagcctc gttctaaatt aacgggggca 540 gctttatctt tacgtgatac ggaacatgct tacttgcatt tggagcgcat gaaagaagat 600 ttgcttgctt tcgtgcaagg tatttatcta cgtcctcata tgcgtaattt cgttacggat 660 tacatcgagc atttacgtcc tcgagcagtg actcgagatt tgtcttgggg aatacccgtt 720 cctgatttgg aaaataaggt attctatgta tggttcgatg ctccaattgg ttacataagt 780 ggaactatgg attgggcagc atcgattgga gaccctgaag cttggaagaa gttttggttg 840 gacgatactg tgacctacgc acagtttata ggtaaagata atacttcttt ccatgcggct 900 attttccctg ctatggaaat aggacaatct cttccctata agaaagtgga tgctcttgta 960 acatcagaat ttttattgtt agaaggtttc cagttcagta aatcggatgg gaattttata 1020 gacatggatg cgtttttaga aacgtattcc ttggataaac tgcgttatgt gttggcagcg 1080 attgctccag agacttcgga tagcgaattc tctttccaag agttcaagac gcgatgcaat 1140 tctgagcttg tagggaagta tggaaatttt gtgaatcgag ttctagcttt tgctgttaag 1200 aatggatgca cagagctttc ttctcctcaa ttagagcaaa aggatttgga ttttatctca 1260 aaatctcaaa aacttgctaa ggatgcagcc gaacattacg cacaatacag tttgcgtaag 1320 gcgtgttcca cgattatgga attagctgct ttagggaatg gctatttcaa tgatgaagct 1380 ccatggaaat tggctaaaga gggtaactgg aatcgggtac gcgctattct attctgtgct 1440 tgttactgcc agaagttgct agctctcatt tcctatccta ttatgcctga aacagcattg 1500 aagattttgg aaatgatagc tccacattcc ttagatctag gttcccaaga tccagataga 1560 ttacaatctc tttggacaga ttcctttttt gattactcgg aagagaaatt ttctctgaaa 1620
PL 209 107 B1
359 gagcctgaat tattgttcac aatggtagag 1650 <210> 528 <211> 300 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 528 atggctagaa aagatcgttt aactaatgaa agactgaata agctatttga tagccccttt 60 agtttggtta attacgtaat taagcaagct aagaacaaaa ttgctagagg agatgttcgt 120 tcttctaatg tcgcgattga ggcgctgaac ttcctggatc tttatggcat tcagtccgaa 180 tacgctgaaa gagatgatcg agagagacat ttgtctgcta caggagagag acgaagagaa 240 caaggtttcg gaacatccag aagaaaagat ccttctctgt acaactggag cgacgtgaaa 300 <210> 529 <211> 615 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 529 atgtcagtaa aggttatttc ccccttttct caagacgggg ttcaatgctt tcccaagctt 60 tttatcatta gcgctcctgc tggagcaggg aagacaacac tcacccatat gctacaaaga 120 gagtttcctg atgcatttga gaagacggtg tcgtcaacga cacgttcggc tcgtccaggc 180 gaagtgcatg gcgtggatta tttgtttgta tctgaagatg actttaagca atctttagat 240 agggaagatt ttttggaatg ggtcttttta tttgggactt attacggaac gagtaaggcg 300 gagatttcta gagttctgca aaagggtaag cactgtatag ccgtgattga tgtacaagga 360 gctttggctc tgaagaagca aatgccggca gtcactattt ttattcaagc tccctctcaa 420 gaagaacttg agcgccgttt gaatgctcgg gattcagaga aagatttcca gaagaaagaa 480 agattagagc atagcgctgt cgaaattgct gccgctagcg aatttgatta tgttgtggtt 540 aatgatgatt tgattacagc atatcaagtt ttaagaagta tttttatagc tgaagaacat 600 aggatgagtc atggc 615 <210> 530 <211> 1806 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 530 ttgaaaccgt ataaaattga gaacattcgt aatttttcta tcattgctca tatcgaccac 60 gggaaatcta cgatcgcaga tcgtttgtta gaaagtacta gtactatcga acaaagagag 120 atgcgcgaac aacttttaga ttctatggat ctagaaagag aacgcgggat taccatcaaa 180 gcgcatccgg tcactatgac ctatgaatac gaaggggaga cttacgaact caatctaata 240 gatactcctg gacacgtaga tttctcttat gaagtatccc gatcactagc agcttgtgaa 300 ggagcgctgc ttatagtaga tgctgcccaa ggtgttcaag ctcaaagctt agctaatgta 360 tatctggctc tagaacgaga tttagaaatc attcctgttt taaataaaat agacttacct 420 gctgctcaac cagaagctat aaaaaaacaa atcgaagagt tcatcggatt agatacttca 480 aacaccattg cttgctcagc gaaaacaggt cagggtatcc ctgaaatttt agagtctatt 540 atacgactcg ttcccccacc aaaacctcca caggaaacag aacttaaagc tttgatcttt 600 gattctcact acgatcctta tgtaggaatc atggtttatg tacgcgtgat cagtggagaa 660 atcaaaaagg gagatcgcat taccttcatg gcaaccaaag gctcctcttt tgaggtctta 720 ggaataggag ctttcttacc ggaagctact ctcatggaag gatccttacg agccggacaa 780 gtgggatact tcattgccaa cctaaaaaaa gtaaaggatg taaaaattgg cgatacagtc 840 actactgtta aacatcctgc taaagagcct ttagaaggct ttaaagaaat caaacctgta 900 gtgtttgctg gtatctatcc tatagattct tctgactttg ataccctgaa agatgctcta 960 ggccggttgc agctaaacga ctcagctctt acgattgaac aagagaacag tcattctctc 1020 ggatttgggt tccgctgtgg atttttagga ctgctgcact tagaaatcat ctttgagaga 1080 atctctagag aatttgatct cgatattatt gctacagctc ctagcgttat ctacaaagtc 1140 gtcttaaaaa atggtaaaac cctttttatt gataacccaa cagcatatcc tgacccagct 1200 cttattgaac acatggagga gccttgggtc catgttaata tcattacgcc tcaagagtat 1260 ctcagcaata ttatgagcct ttgtatggat aagcgtggga tctgtctaaa aacagatatg 1320 cttgaccaac acagactggt gctttcatat gagctgcctc tcaatgagat tgtttctgat 1380 ttcaatgata aactcaaatc tgtgacgaaa ggatacggct cctttgatta ccggttagga 1440 gattataaaa agggtgctat cattaagctg gaaattctaa ttaatgatga ggctgttgat 1500 gccttttcct gccttgtaca cagagacaaa gcagaatcaa aaggcagaag catctgcgag 1560 aaactcgtag atgttatccc tcctcagctc tttaaaatcc ctattcaggc ggccatcaat 1620 aaaaagatta ttgccagaga gacgattcga gctttagcga aaaatgtaac tgctaagtgc 1680 tatggtggag atatcacaag aaaacgcaag ttgtgggaca aacagaaaaa agggaagaaa 1740 cgaatgaaag aattcggaaa agtatccatt ccgaacacgg cgtttgttga agtccttaaa 1800
360
PL 209 107 B1
atggag <210> 531 <211> 972 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 531 1806
gtggaactac aaagaaaaaa cgtttagata atttgtcgac tttgtagaac gcaaagattc tctcgcatgc ttagctaaaa gctttccctg tttgagttag ggaggcgctc tctgtaattt gatgctgctg gcagtgatca gttcaagaat ctagaaaaac gattctgagg ttcctcatga ataaagaaaa gattaaaaga atccttcgag tttgtggaga aagggcagcg atcgtaactt tggcagagaa gattaacagc ctagattagc taggaatggc ctcctgaagg ccatgttaaa aagaacccat atgtccttca gatatcagaa ca aaaacaggtt cagcctgctt aaaaatttat acctagaaca tcgaacgttc tttcatgctt cgggatgctt attcggtttg cgaagaaaga taccccaatc tataggagat gtgtgcttct aatgcatgga aggtggggct agaatggctt attccgaacg gtcgaatacg tcttcttcag tccgatctca gtgaattata cgagatgatc atagggcaag tgtcccgaag ccaattatct ggtcaaggtt attgtaattg gttgtagcga attttatgga gaggatctta catcacaatc aaattgaaag ataggtctat aaaaaacgat agattcaaaa ccccttggga tcgaaggaat ctgcagttgt aaaagggttg gctttagaaa ttctcgttga gggctattgc tgattggtga tgctagaaca aagatcctaa agggatttgc ctgcggccac atttaccggt atgaaacttc cgccgagttt attggataag aagagtacaa gtgcgaagag cggagggttc cgacacaaaa ggctctacgc tacccctgga gacaaactta aggatgttca ctcgtattat aaagaacagc tattgtggac atatcgtagt agaagagttg ttctgaaagc
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
972 <210» 532 <211> 1938 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 532 atgaaacttc tctcttttat cttattgcta ttagtcaaaa ggtgagggag ggctctcagt cgtttgcaat ttttttcaga gattacttct aatctaagta atggtgaatt atttcttgga gttatcattg tctgccgctg gagcagtttt cgcagtgctg tttgctttgg gtcttttgtg gcgaatatca aagcagcagt cagttttgca ttagtattaa accatagcaa tcacttccga cagcatccat tcagaagaag atgcctcaag cagcaacgtt gaggcaacat ttaaaaggcc gatcggattg ttagactctt ctcaatgctg ttctgaaagc ccatattagg agacaggtcc ggaaagagct acacgctatc caataacaaa gcctcgcgct ggtttttagc tagctttaca gtcgtgtgat acattcaggc aattttgtgc caaagaaagt cgttattgga cttttagtaa cgtatagttt tcattatgat ggcttttgta tgtggggatg ccaatgtttc atgtatcctt aaaaagggga agttattgcc tacgaagcta ttttattcta aagtatttca gcgtgcacag tgacaatagc cagcattgga gttgtacaca tttacttgga gcccagcttt tcgtaaaa gattctgagg gctaacaata tgatacgttt gtccaaagat tttgcctcaa aaggctttcc ttttctagta acaattaatt aacgctcccg agcagattca tcctatcact ttgtgtttgt taaagcattg ttttctttta gtattgtcag aattccaaga cggtttgtat tctcatttat cgctgctgca tgaaaagtta tggatatgta ggctatcggt aaggctttat ctgcaaaaat tgatacggtg tgctttaaag cttattagag tagagcattg tgccattagc aattatcatt acaagggaąg tcaaagaatg cataagaagc acgtctcaag cttctttttg caacttcttg gcgaatgctt gcctatctct gttgttgcta gctattcgtg atgacattct tctatgattg atgactttag ttagcgttcc gctaaacgaa ggtattctta aaaaatgatg cctcttctgc cattttcata gatccgatta gaacggtttt aatgaattcc gaggatagtc attgttggtc gaagtctctc tctttaagga tggaataacc caagctcatg gaatccagta ctgcataaca gaaaattatg gcccacaagc aaaatagcag tgggtcttat atttagtttt cagaaatttt ggaagcagga aacagtggga atattgcgaa ctggttgttt ttttgaaatc tgagctgctc ttcatgcaca cattagctat ccttagtagt ctatttttat ttcaaaagag cagtaaaagt agattgctcg acactattgc tcccacctga aaaagtttgc atgaagtatt agggattaca ccgtattatc caacaggatc atggcgaact aacatattgg tgacttgtgg cctacgaatt aaaatttatc cctccattct ttaaagagat tctccactct aaggaaccaa cgggtgctaa attcggtttt ttctctaggt gggagcttcc taatattgtt acattcagga tgacttttct aacaacgcta tttacgtaaa cgatatgggg taatgccctt gtgcttgtct tttgccaatt tcaagatcat atttagaact attggaagag ctcgttgttc ggagcttgtg tgatgaaaat ggatctagca acatagtatt ggatttcaac tgggaaatct gttaattgat ttgtgtgctg cagaaccttt tgtttctaaa tggaggtcag gttgctagat agtcgggcag cgaatacgta agaagagtta ggactgggaa
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1938 <210> 533 <211> 1242
PL 209 107 B1
361 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 533 atgttttctt tctttatcgc tcaaaaaata atgaccctag ttagtaggcg gttttgggag attgtaaccc atctcgggta caaccccaag gaggaaagtc atgacgccca aaactcttct caaaatctct tctgccgaag gctaagacag gaatatgggt ggggtagctc attgctgcag actacagcta gaaacaggaa aattgtgtga cagcaattgt atatagcttt ggcagctccg tcttcttcga attcggcatc aaattgtccc caatcatctt tcaattttat aattaaaaga gtcttctatt aacaagaaat ctggacctaa taggagtttg aactcttgcc ctttgtatca ctatagaagg ataatcgccc gcacctatga attgcgttac caaaattcgc aacgggtgta tattctaact attctcgctc acaaattgcc catagggatt tctattgctt taaggttatc tgcctcaact cgttcagaaa agtcctccga tggctatcta cattttttat acaaagctat ttctgcaaaa tctccttcgt tctagcagga attgatcacc atcttttaaa gctttctgat cataggcgga ttggggacaa tataaggaaa gcaatttttg ccttcttcoc aatcttatgg aatattggag accgtaggag gcaatccctt aaaagcttcc atgttggccc agctgtaaag tccatggaag gatgtcctta tccaaagttc ttgcttcttc aaacctcact gaagactgtg caaaatgatc caattcgctc ttctatgacc tggctgacag tttgtattcc acccatggaa tcttgtgctc ttattgctca cctaccccaa tgcaaaactg ttcccctcgc acaatgcacg gccctatatt gtcaagaaag atttcggagt aaggtagcat ctccgattga tagtttgtaa tctacaaaga acattcctga gtttaggtat tatttaaaat actcagacaa tgtttggagt aacaattagg aaatactaga ac ggggtttgtt ttacagtcac tcatttgctc catagcaacc tttgacacta aattgcaaag tgattgggct tgattttatt tgtaaatcat taaagaacgc aaatttatat aggtggtcta aaaattacaa aacagtatca tatcattgat agtctctgat gaatgttgtt tgatcttcct agaaatccct cgcggctcct
120 iao
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1242 <210> 534 <211> 1212 <212? DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 534 atggaaacta gggttctttt taccttacga cgcttatttg tcacgaactt attttagtcg aaaatcgcct atccaatgtg acgctccact gagcatgatt caagtatgtc gtttgccagc aagaatgtag gttgtccctt atccaagaat cctatgggag gcccaattaa ttgtctgaaa gagcaactca aacgacctac aaagatactc actctccctt ccatgatgga aaagcaataa gaaccgtaat gttacaaact tcatttttgc taaaaggagc tcggtggcat caacgcttag tcaatgtgat aatatttgga tcgttcgtcg tgggaatagc acctaagctc tccgcaagaa ttttaggctt aacccaaacc tagaaaatga tgttaaaact tgttagaggt tg tttctggtta aatggcttgc aaaagcctct gttgggagta cctagggatt tgaattaatt ccctatcctc taccaatatg ccgagatgaa agctacaaat ccaaatcccg ccatcgttta ttttccaaaa tccctggttc tagttctaac acatacggtg aacttcttta gctcgatatt tctggatact aaaagagatt ggagtgaacc atatcattca tacattaact aatattgctt tctcctgaat cctttagcta tatttcgctc atctacttta ttgcaaaaga attttctctt atactttcag gattttgtcc aacctcatta ataacagcta gtcgccattg tttaaaacgt attgaacgaa atttttatgg cctccagaag tccttgtacg tcctttgtat atcgcgtgcg tccttgttag tgcaaatagg atgctcctgc tctctcgtaa actatctttt ttctgaatat cattagaaac taagcgcaac ctaccgcttc ctgtttacca atcgaaatcc aatctaagct ttttaaataa tattcaacac ctttctctgg ataatgattg taggcgcctc gcatcaaaac ttttgtccaa gttgcaatat aagaccttat gtctgagtca aacgcaaatt aattccagaa ctatccgctc taaggaagag tcatcatgaa ttctgtagag cgtacgagat taaagttaaa cagtgaccct cattcatgcg taatggcgag aagaaatatc gaacacacct tacaacaatt tatcattatc tgttgctatc
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1212 <210> 535 <211> 1617 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 535 atgtgttgtg accgcagcgc ttggctttac cgttctcaag gcttctcttc ttagctgtag gatgatagcg tgcttactgc tggatggatc aagaggctaa gagccttagc aacgctttcc tacaaaaaaa ggatggcgag ataccgtacg gcgccgtggg taattccatc gacctcatta caaacatcat ttcattggaa tattagacat agactatcgg tgagattgct cgatttagcg caacaacgaa tcttccgatt gaatattctg gcagatcgtg tcttcactta ttagtgccta gtacaagtag aaaaatgatt tgcgtttttg gttccttact cttggagaga atattcatga ccgttcgagt ttgttttgca ctgttatgta cttctattca tgagtatcgt agaagctcgc ggccttcctc ggatcttgca aattactatt ggctttgtct tggttctagt agtacgcatc
120
180
240
300
360
420
480
362
PL 209 107 B1 actgcttatc gtgctgcagc cgtgttggag atacaagatc gtagtccaaa atacacaatt agatggaacg gaaagaagag gttcttactc ggcctcatag tggtgtatta actggcatag gagatgttaa aggaatatcc tgaaaagtgt acggaagaac gcagatcatc cagaagtgca ggtagctact ttacagatca ttccggtcat cttctataat ggaatcggtt caaaagttag cgtgttcaga tgcaagctgc agccattctc tatttagaag aagcttacag aaggtttatc agctacttcc agcatccttt gtctgctcat tagggattca tggagttcat ttagctggac ggaatgcgtt ctcgagtgaa tcttgctttc gcgcttttgg gaagctggag atgttgttgc ttcttttatt catagaatag cagtttttat gtgaagatca gaagattttt gtagcttcat atgaaaaggg atttggcgaa gaagatcatt cgtttattag gcaaaaatgg ttgtcgctca gtatttagca gggcagcagg gaagtctttt gggaagaagg ggatagcgag gattttgttg tttgcgtttg ccttagagaa agctctttct tttttgcaac ttgcatgcag tgatcagttt atatccacat agtcgctggc gaagcaattg cttattcaga aaatagaatc gctacatgtt caggaagcgg cctctttaca atcggcagct gcaggagctg <210? 536 <211? 312 <212? DNA <213? C. Trachomatis D serovar <400? 536 atgcaaactt cccggatcag ctcttttttc cgagggcttg atttctcctt ttctcggggc tccttgtcgc tttttcccta gttgcactaa agaaacatcc gctcagaaaa agcctttttc aaatgcggcc cttggtgcat aggaggtatc gatctcgtcc tatctcagtt cccctacccc tctagcagaa tccccagacg caagaaactt ct <210? 537 <211> 100S <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400? 537 atgcagcttt tttttggtag attttacgaa gtggcgtgta gagagggatg taggagtttt tatggggata gaaggaagag aaaaaaacga ttaaatggct gaagcaagct ctcgttctta ttactgcttt tgatttattc gaccgtattt agaaaagata ccagggaatc tcatcgctaa aagttcacga atagggaaga agactagaaa atgcttcgtt tgccgattta ttagccttgt ttcggccatc cattaaaatc ttgggctcta ggggtgagca atcgctccta tgctgacgca tcctttaact tttattagac tggttacttc cggatattaa tgatcaggag tttacacgga gagaggttcc cattctcttc acgaggtttt tttcgtatta gggatggtgg atgaagatgt tctgtatcgg ttttgtcatc cgttctctcc tttttggtgc ggaaatcgaa gctgcttcgg attatccaag gaggggagga cttattcttt tccctgtgtt gcgatttctg atcatcagag gcgctgtttt ctgaaagctt ttagcagctc ttctcttgtt agtacatgac gcggactggg agcgatttac aatcctttat tcaacttttg cctagagagg cttgggtgtg tggcacagtc ctgtcgtctg gggattctgc <210? 538 <211? 1278 <212? DNA <213? C. Trachomatis D serovar <400? 538 atgtatgttc gctctatctt ttttagtatt atcgccttcc tctcctccag aatcgggctt aatcatagcc attcacgatg gaaaaaggag aaaatgcttt ccatttttct ttgtccaagg agagaagagc tctctggatt aacccctgct ctggtctcct gggcggtttt atcgtttttg tattcgtaaa gatgctaagt ttgtgcctca aagcttggag atcaagcttt agattcgtac ttctgagagg cttgtaattc gagatccttt gtgaagctgc gttttttatc taagtcgaga agccctgtcg ctcctctgca ttgcagctca tgggatggag aaccattaca gcgaaggagg aagacaagtt ttttaagaga tattcgcctt tttacgagtt atctttatgt aatgacctgt attattggct aggtagagta actttctgct cggagaagat ctcagaagcg aaaagtacaa gaaggtagaa agctattgaa ggtagaaatc gtacagcaaa tttctgttct agaagagagt agaagctggg gactatcttg gcgttgtctg attcaaa
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1617 ttcacctgta catgctctga tcatcgccaa ctagaacttc acaggaotgt ccgttgggcg gtacgctctt gcgcttactc tgttgaagaa gccacacacc
120
180
240
300
312 tagtagcaag gatcaggagc gttctattgt tttataaatt ttcctgaaga tgcaggaaga tccaaaaata tcaaaagtcc tttgtcagta tggtgcgtga ttcctgagtt tcgcttctct gtttagaaaa atgtggatag tgttgcatga cacactatac tagagggg tattttgagg tatgcaaagt gaatatccta acgggttttt cattttggaa gagaatggtt ttttgtagat tgaacgtact tttgcttaca ttgtgaagca tctctatgtg ggcaagaatg tcgtcaaacg acaggaacct gttttctgat taagaagttt
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1008 taacggtcgg atcctcgctc ctttatttgc cctatcaagt ggagtgacgg atgctccttt tctttctcca tactctcttc ttcggaagac ctctctttta
120
180
240
300
PL 209 107 B1
363 cttgcagaag atgtaatagc tgcttgggaa ctttttgaaa agctatcttt tcgagcctct gaacccgagc ctcaactatt ggcgatatta gaaaatcctt ttctttcttc tggacctttt ctcgttctac aaaaaaaccc ttattactat gactttcgca tcattcccaa catttacaca gattgggtgg ggcagccttg gcaccaaggg ctctacaccc attactctgt agatggcaca gtactttcct ctctatctaa tcgtcagcga gtgaagcaag ctttaggaac acaatatcga atcatagctc atcaagaagc ttctactcct aataatatta cgcgctgtca gcgtttggcc ggtatccagc tgactcttga aggactcgaa caagatttct ctgtctccac agcaacttct ttcgatcaaa cggctctaga caatttcact tatattttga gcagaccgct agatcaaatt acctatgcac actttcac <210> 539 <211> 1815 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 539 atgcaaaata ttcttcgaac ttcttcttgc gtgtggaatc gggtggctgt tgtgaataac atccccagtt gtatactgtt tactttgata ggggtatgta caaatttagc gtgctccttg tcttcagctt cggctcgtat tttcccttct ggcctgaatt tagcctccac ccgatggatt tttgcgttag ggaatttctt ttcccttggg ctcctgtttt tagtgaattt tctcgtcata cgagctcgtt tttcattaga agcgctccca gctgctggaa ggatcgggta tagcagagcg agtgattact tctccgccat ggagggcgta agttgggtgt tgttaggagt gaatatccta gttggcgatt tgtggttaac tgtattaggc cttacatcgt gtgcagcagc aacgcttata cagcatctgc tagattatta tgagcagagt ctatgtggga tggcttgtat tccaggagct ttattattct tagggtataa gaatccttct cgggtagagt ttgtattgcc tgatgaggga gcccgcaatc agatttatca agagttaggc catgtaacag gatcttctcc acgtttaatc ctgtcttgcc cagctatact agaatcgatt cgcttcgtta ctcgcttagt tgatgagttt atccttccgt taaaaatatc agagaattct gaacgagtgt ctttgcattt attccctaag caaccaaaga attctcagga attggtagag ggtttatcct tatggaatcg ccaagatgtc gagcagtttg tgagagattc acaagaaaag gctcaggtga agcatttatt gcgggtaggg tccgaaacaa gaaaagaact gaaacgcata ttagcacata gcgaacttcc agaagagatc gaggttttat tatca <210> 540 <211> 519 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 540 atgaaaaagt tcttattact tagcttaatg aattctacag gcacaattgg aatcgttaat gggaaaaaag aatctgctga attcgaaaag aagatggagg aagaactgtc ttctatctat ggtctatccg agaccgcagc tgccgaatta tacaacacag ctcaagggca gtattaccaa cacactaaac aagctgggcg atattcccta tcttcttcag aaatocttat tgaactcaaa gcctctccgt tttttgctgt gtatcgtcca atgccaaaaa cctatgtgca agggcaaacg gaccatgcgc atgtggaatt acattccata gctctacacc tcttaagaag aggtgacgtg attccttttg agcttcggac tacctctgct ttctggctta ttcttaatcc caaagatcct ttgattgctg ccgtccaaaa ggaaaaactg gtagctgaaa gctctccatc tccagaggga tttcctggga aaattacttt gatatatccc gaggtattgc aagaacaatg ccgagacgca taccatgtat ttgttcaaaa acgagccact atagctttcc atccccttgc taaatctaag tgtctgccct tgtaccacat agaatatgat gttcactatc cttcaggtag tgttgatttg
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1278 agatatatgt ttttgctggg tattcgttcg tttagaggaa gttcatggaa aattgtagca ttccatttac ctagatggct gattgatttt tcgatcattt tttgggtgtt ttctctacgc ctccttttgt atctttgtct attgcgactt ttatcttctg gatgggcttc tcctttaatt agcatcccgg ttgctcttac ggtatgttta actaaaggag cagagcgtat tgcggaagtg ggtaaacaaa tgtctttaga tgctgatatt tctgttaaaa aaagctctct tttagaagag ttccgctttg taaaaggcga tgcgataatg gctgctctgt ttttaggacg agctactcat gatgctttag tgagtcaaat tccagcattg gctaaagttg gggaaaaaga aagtctagcg cgccagagtt ttctttttat cgctttgatc cctaaagctc tgatcctagg tttttcagtt tcaggagaga ctcttctctt ccagaaagaa gtgggaaatc ctgctaattt gtacaaggac gtagttttcc cggaagctat tgttgtacgt ttttctgggc aagaggtcgc tttgagagag aggcagctag ctccagaaao gatcagtgaa cgagagcatg cattcttatc gatagaagag ttgattttct tattgagagc tcttgttaga attctcgaag ctatagatgt atatggctct tgtgtacgaa aatatcttgg gaagcaaatt ttagaggtaa ttacgataga ctctctggtt gttgtgttgg atttaaatga aaaagtagtt gaggggaatt ttcgagctat cgtaacggga gtggatcctt atttcccaga tttattggtt cctataactt tgttaggagc ggtgtctgat
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1815 tctttgtcat ctctacctac atttgcagct ttacgtcgct gcctagaaga gtctgctctt atgaaaaacc aattctctaa cagcatgggg tccaagctcc aagacgacga ttacatggaa agaaaaaaat tcgaagatct atctgcagaa atattaaacc aaagtaatct caagcgcatg
120
180
240
300
360
364
PL 209 107 B1 caaaagatta tggaagaagt gaaaaaagct tctgaaactg tgcgtattca agaaggcttg tcagtccttc ttaacgaaga tattgtctta tctatcgata gttcggcaga taaaaccgat gctgttatta aagttcttga tgattctttt caaaataat <210> 541 <211> 1062 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar
420
480
519 <400> 541 atgtctcaat ggaaatggag atcacattct atcatcatat acttctgagt gactcaggat gatcatgttt tgccatattg atccatcctc ccaggagctg aaacatttaa acaactatcg aatcttgtgc gctggaattg ataaccggac aaatctatta catcgccaag gagaaactag ccacttattc ctactcttct tagataatga ctcgaacaca ctccttccct tcccaggtat gtattgagcc ggtcaggtag gagtagttat ttataggctc aacacctcgg acagaggccg aaattgccca caggttctac atatttgcat cttctccagg tagccaaagt tccagaaatt tcttgaacaa ttccggagtt aaagtatgct gtttcaaaaa agtttttcaa tcatccgaca ctatgctgta cgtcattgga tagagaacga ttgtgggttc gaaagtcatt gtttaaacac tcaggtggag aaagattggc tgcagatcat gatctatggc acgcaacctt agaagctctc ttagctgatt gaagagatcg aaacatttaa tatcgagact aagtgtttag gccgttatcc gtttgtcagc gcttattcaa gtctctattg gggtatgtta attgaagacg agtgttgtgc gtcggtcaac aatcatgtaa gtcattatga ggagcgcctg ccacgactcg tcagaacaac ttttgaaagt aggaagcaaa aatcatcgga tgaataaaaa aattattcat atccaactgc atgctcatgt ccgttggaga ggaaacgagt ctagtgcttt acgtagagat gtgaaggttc acagcatgat ttatcggtgg tggctcagac ctcgtccata aagaacgtat at cgagtttcaa aacggcacac agctggcgct ctttcttatc tactcctgtt gattattgaa tggatctgct acactcttat aattattcaa tggacagcac cggcgcaaat gaaaattgat tgtagctcaa acaagccggc tggcgtcact tcaagaaatt cgcagcactt
120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 84 0 900 960 1020 1062 <210> 542 <211> 1263 <212> DNA <213> C. Trachomatis D <400> 542 atgactgcat gcacaagctg gaggcaagta aaaaaaaaag gcagaaaaga acagaagatc gatgattctt ataaaggatc tccactctca ggacgcaatg tcgcttcgct caaatgcttg ggcatggtag tatatgacgg aatattggga acgacaggaa tccaaagctc gttttaaact gaaaaaaaac aatgaggatt catgctccag ccc caggaggagc ctgcagctac tgctcaaagg gagagaagtt aatccgagag tttccgaagt ctcctgacga tagctcttga ttcaggcaaa ttctgttagc ccttatattt cttcttactt cagatttaaa aactaagcaa acttggaaaa atttaactaa aaaaggcatt tattcttccg agcagctggc atcctaaacc tacctcaatc tggagggcta tcaagatgca atgtgaggat tgaatcatta cacagaggaa ctccggagaa aattctcgat ttatctaatt gcatcaactg ttcagaaacc ccaagtaacc gccatcagag atcggagggc tctccaagcc tagcttaaag aaccttctta aaatgaactg cgctcttaat atcggttatc aggtgacttc tgagattcca ggcagcaccc caagaggtta ctcataaatc gaagctcgtc aaaggcgata gattttcgag gcgctcacaa caaacagctc atgagccaga tttgcttcca tcatccccct aaaaccgctg ccttccattc ttacactctg catgaaggac caattagtag gtaggcccag ggctgttcgc acaaatacgc ccacgatctt acgtcaccta aaacagtaga tcggctctca ctgcagctgc gcaaaccaac ctcctcttga gattgaaaaa gtaaattttc cctctgatgg atcctcaggc gagcaaatac ctaattgcgc ttatggagtt ctcctgcaaa taaatagctt atgcccctat aagataaatt atactggtcc ctagaatatt tagatgcgat ccttctctag cctcaacaca cgttgcgcga ggaagcttct aacccgaatc agcggataaa agatcgtttc ttcgttcgat tgatcccaca gaaacttaag gattgttgga atctccttca taatttacat tctagtaaat attgcaagta ttttgataga tccatcctta cccttcctct tcaaactgaa ctctggagct aaatgcggat tacgcctcct gcctccatca
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1263 <210> 543 <211> 693 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 543 atgatggagg tgtttatgaa ttttttagat cagttagatt taattattca aaataagcat 60 atgctagaac acacatttta tgtgaaatgg tcgaaggggg agcttactaa agagcaatta 120 caggcgtatg ccaaagacta ttatttacat atcaaagcct ttcctaaata tttatctgcg 180 attcatagtc gttgcgatga tttagaggcg cgtaagttat tgttagataa cttgatggat 240
PL 209 107 B1
365 gaagagaacg gttaccctaa tcatattgat ttgtggaagc agtttgtgtt tgctctagga 300 gttactccag aagagttaga ggctcatgag cctagtgaag cagcaaaagc gaaagtagct 360 actttcatgc ggtggtgtac aggagattct ttagctgcag gagtggctgc tttgtattct 420 tatgagagtc aaattccacg tatcgctaga gagaaaattc gtggattgac tgagtacttt 480 ggattttcca atcctgaaga ctatgcatat ttcacagaac atgaagaagc ggatgtgcgg 540 catgctagag aagaaaaagc gctcattgag atgcttctca aagatgacgc tgataaagtg 600 ttagaggcat cgcaagaagt aacgcaatct ttgtatggct ttttagattc ttttttggat 660 ccaggaactt gttgtagttg tcatcaatct tat 693 <210> 544 <211> 729 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 544 atgaaaataa ctccgatcaa aacacgtaaa gtatttgcac atgattcgct tcaagagatc 60 ttgcaagagg ctttgccgcc tctgcaagaa cggagtgtgg tagttgtctc ttcaaagatt 120 gtgagtttat gtgaaggcgc tgtcgctgat gcaagaatgt gcaaagcaga gctgataaaa 180 aaagaagcgg atgcttattt gttttgtgag aaaagcggga tatatctaac gaaaaaagaa 240 ggtattttga ttccttctgc agggattgat gaatcgaata cggaccagcc ttttgtttta 300 tatcctaaag atattttggg atcgtgtaat cgcatcggag aatggttaag aaattatttt 360 cgagtgaaag agctaggcgt aatcattaca gatagccata ctactccaat gcggcgtgga 420 gtactgggta tcgggctgtg ttggtatgga ttttctccat tacacaacta tataggatcg 480 ctagattgtt tcggtcgtcc cttacagatg acgcaaagta atcttgtaga tgccttagca 540 gttgcggctg ttgtttgtat gggagagggg aatgagcaaa caccgttagc ggtgatagag 600 caggcaccta atatggtcta ccattcacat cctacttctc gagaagagta ttgttctttg 660 cgcatagatg aaacagagga cttatacgga ccttttttgc aagcggttac gtggagtcaa 720 gaaaagaaa 729 <210> 545 <211> 1149 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 545 atgcttccac atcagcagaa cagcagttct gaacgtgccc gtcatcacga atctcgctca 60 catcggcatt cctcatcatc aagacatcat gttacgcgat ctcaatcaag cgcactccct 120 caattgcaag agcgtcctgt gcctcatcca cttgcagaaa gagaattgat tatattccat 180 tccgtacatc agcagcagaa taataatcct ctaagaatga tttgcgatac cattcgccaa 240 gctcaaagag ggatatttat gcgcatttac accatatcat ctgatgacat tatccaatct 300 ctaattcaga cttcgcacca tgttcctgta gaagtcaaat accattgcgg agaaagctta 360 cctgtagcat gtcaaaactc gagagtcgtc ttgcgtctga ctaacggaag aaccctccaa 420 cataaaaaaa ctatgttggc tgatttccaa acagtagtta caggatcagc caactacacg 480 gacttgtctc tcaatcacga tgccaacgtg acggcatgta tagaaagttc agaattacat 540 gacgcagtct tttctgaaag accccaactg gttcatgtcg gacctcagct gctcaattac 600 attcctatcc agcgtttgat tcctaatgca gcatcaaaaa tgattttgaa tgcaattaac 660 caagcaacgg acagtatttt tgtcttgatg tatatcttct taagcccaga attcttctta 720 gctcttgccc aagctatgcg aagaggagtt cgagtaaaag taatcatcga caaccattcc 780 aaacaagata catgcaaact actgagcaaa ttgggtatcc aacttcctat ttacgaaaga 840 aaaacggaag gcgttctcca tactaagatt tgttgcatcg acaataaaac tctaatcttt 900 ggctctgcta actggagcgg tgctggtatg attaaaaact ttgaagacct attcatcctt 960 cgcccaatta cagagacaca gcttcaggcc tttatggacg tctggtctct tctagaaaca 1020 aatagctcct atctgtcccc agagagcgtg cttacggctc ctactccttc aagtagacct 1080 actcaacaag atacagattc tgatgacgaa caaccgagta ccagccagca agatatccgt 1140 atgagaaaa 1149 <210> 546 <211> 579 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 546 ttgtggtttc ttttaggctc tccgtcagcg attactaatt ttagcagggt agatgtggct 60 ttaaacctaa gaataaatag gcagatacga gctcctaggg tacgtgtaat aggttccgca 120 ggagagcagc taggcatatt gagtataaaa gaggccctag atttagccaa ggaagctaat 180 ttagaccttg ttgaggttgc ttcaaactca gagcctcccg tgtgcaaaat catggactat 240 gggaagtatc gttacgacgt aactaaaaaa gaaaaagata gtaagaaagc acagcaccaa 300 gtacgtatca aagaggttaa gcttaagcct aatatcgatg ataacgactt tcttacgaaa 360
366
PL 209 107 B1 gcaaagcaag ctagagcctt tattgagaaa ggaaataaag taaaggtttc cgggggcgag agttggctta tcccgaacac gggtataagg ttattcaaag ggcttagagg acataggttt tgttgagtca gagcctaaac tgaatggccg tgtgttattg ctccgggaac actaaaaact aagaaaaaa <210> 547 <211> 3159 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 547 atgtttacaa ggatagttat ggtcgatcta caagaaaagc aatgcacaat aatggaatgt ttgttccttt cgatcggaac cgtatttttc aggctttaga cgagacactc gcagaattga tgatcatatg cctttgcctg aagatctgga cgctcgataa cgcatcaggt agttaaagaa gttgtgcaaa agattacaga gttactgtag agcgtatcca agatatggtt gaaagccaac tatatgtgaa gatgttgctc gcgattatat tgtctatcgc gatgaccgta aagcgcatcg tggcaaagcc tatccgttgt tcgtcgttgt gggactgttg tacactttaa atttccgccg ctttggaaaa agctttccga gctaccgata agactgaggg agttctgtgc gagaggaaat caatgctttg acgcaaaaca ttgtcgcgga tgttgtcctc aacaggatag acgcattgat atcgagaaga ttcaagatat caactaatgg ttgttgggca ttatgctgtt gcaaagaact atattcttta cgcgctcgtg ttcgtgataa cagagaagag gacgggagta cagaaaagac gaagctgttg aggtgctcag taaagacggt tctacctata caatgacgca ttggctcatt tagcgcgcgc ttgtagtcgt tttccagaaa cgacagatgc accgatatgg ctttcgcaaa tttctattcc ggtatcaaag agtctgaagt tgtattatgg cggctcgtgc caatattgaa aaggagcctg attatgcctt gagctcttac ttgacgttgt atataaggaa gcgttaggga aatcgaaata ttagaacaag cacatcgcga tcatttcaaa cgctacatcg cagaagggga ctgaatgctg aactgaaaca tctttttgat ttagacgcgt tagccgatgc tctcgagatc tacagttttc ttacatgggt attcaaaatc tgtatgatcg caccacgaag gttgccgttt agaaactccc caaatttttt ggatgcgcgt ttggcattga atgagcaaga caagacttct tgggctatta ctttttataa acattccgat atacaccagc tacgccaacc ttgttcaatt caggtatgcg ttaagctctt gctatctttc cactgtacaa gataatttgg tcaatatcta gctgataacg ctatgctatc taagtgggca ggagggatag gtaatgattg cgtgcaacag gggctttaat taaaggaacc aatggaagaa gtcagggagt attaaggtga caaatgatac agcagtcgca gtgaatcaag gtggtaaacg gtatgcgtct atttagaagt ttggcacctc gactacgaag atttccttga aatacagggg atgagcgtcg acgggctcat gatgtcaata tagctagctg cttttcttca aacgtttaca gcaaaaaggg acatggactc tattcagccc ccgggattac acgatgctta tggggaagaa tttgagcgtt tgtacgaaga aaggttgata ccggagagat tcggttattc aagaaggtag aagctgaaga aaaatgctca gcatgctttt tgaaacggga cacccatgga tgacttttaa aacatccgtt cggctcaaga tcataaaggc gtggtgcgtt gttccaatct attttgttaa actgctcgga gacagaaact gctgtttgta atttaggatc gttcaacata tcgtagggga tgggttagat gaggaaaaac tctctgagac gcagtccgta tgttggataa cgtgattgat attaactttt atccaacaaa gaggcgaact ttgctcaccg cgctattgga ttaggggtga tgggattcca tataagctag atataagcta tgcttcgcaa gaagctgtag aatttgctga gagttgattt cttactatgc gattcaagct tcttgtctgc tcgctaaaga tacagctctt ataaaggatc gaaatgggat agaggtttgc tccctattga ttgttagcga actatcgagg agaagcaaat ctccagatgg atacgtcatc tgggaaccta tccgtagttt ggttaaagag catggtatgc gacattgtca atagctccga cagcgacgat ctccaacatt ataggagtaa ctcaatctat tacaaacatt tgtttgtgaa gtctaatttg tccggagaat tcacgattcc ttaattgaga agttgaagaa attaggtatc tgggatgctg atatgttaga tattttgatg ggtctttatt ggaaatcgag cgtataccag atcacttaaa ttgacagctt ttgagattga accagaatgg attatcgaat gcgcgtctcg tggattgata tggggcaatc cctcaacctt tatcttgccc agccagacgg tcgaatatgt atttaacggc ttggaaaaaa ggtttgaaaa ctacgtatta tcatcagcaa cgaccgttga aaaatctttt gtagatatta ataagagagg cgttggatga agaataagtc tgcttcggca ggaattattg ttgaaagagc cctgtctgtt ctttggaaga agggtgtgaa gcatgtcag <210> 548 <211> 1038 <212> DNA ttgtatgttt aatgtgtcag ttctttgatc
420
480
540
579
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3060
3120
3159 tgttaagcgc agcagctttt aagttccata tggacaagtg tggtttgcaa gaaaaaatct tcctatgaaa gatgactcca aatagaagaa tgttgaacag tcgagaagct tatagcagaa ttcgcagttg ggcgctgctt agtactggcc tgttgctgca tgctgaggat tacctatcgt tatggatcta ttattttaat tgctatgggg tttgctttcg gcattctcag taaggtcatt gacggcgatt aattcctttt caagggagct attgagaaag gattccagat agatgatgtt atatgagcgg tctgtggaga agatccatcc gtgtacggag gattaactta gatctctata ggaagctaaa agatgccttg ctacagttca acgaggcact tacgattcag aagaaaagat gcttatggct tgagccaacg aaatgtgtat tgacctgaaa acatattttc aagacaaaaa gaaaaaactg tctgagatct aattcagcct gaagaaagca
PL 209 107 B1
367 <213> C. Trachomatis D serovar <400> 548 atgcaagcag atattttaga tggaaaacag aaacgcgtta atctaaatag caagcgtcta 60 gtgaactgca accaggtcga tgtcaaccaa cttgttccta ttaagtacaa atgggcttgg 120 gaacattatt tgaatggctg cgcaaataac tggctcccta cagagatccc catggggaaa 180 gacatcgaat tatggaagtc ggatcgtctt tctgaagatg agcggcgagt cattcttttg 240 aatttaggtt ttttcagcac cgcagagagc ttggttggga ataatattgt tctagcaatt 300 tttaaacatg taactaatcc ggaagcgaga caatatcttt taagacaagc ttttgaagaa 360 gcggttcaca cgcacacatt tttgtatatt tgtgagtcac tcggattaga cgagaaagaa 420 attttcaatg cctataacga gcgtgctgcg attaaggcca aagatgattt ccagatggaa 480 atcactggca aggtattaga tcctaatttt cgcacggact ctgttgaggg tctacaggag 540 tttgttaaaa acttagtagg atactacatc attatggaag ggattttctt ctatagtggg 600 tttgtgatga tcctttcctt ccacagacaa aataagatga ttggtattgg agaacaatat 660 caatacatct taagagatga gacaatccac ttgaactttg gtattgattt gatcaacggg 720 ataaaagaag agaacccgga gatttggact ccagagttac agcaagaaat tgtcgaatta 780 attaagcgag ctgtcgattt agaaattgag tatgcgcaag actgtctccc tagagggatt 840 ttgggattga gagcttcgat gttcatcgat tatgtgcagc atattgcaga ccgtcgtttg 900 gaaagaatcg gattaaaacc tatttatcat acgaaaaacc cattcccttg gatgagcgaa 960 acaatagacc ttaataaaga gaaaaacttc tttgaaacaa gggttataga atatcaacat 1020 gcagcaagct taacttgg 1038 <210> 549 <211> 978 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 549 atgtcttttt ttcatactag aaaatataag cttatcctca gaggactctt gtgtttagca 60 ggctgtttct taatgaacag ctgttcctct agtcgaggaa atcaacccgc tgatgaaagc 120 atctatgtct tgtctatgaa tcgcatgatt tgtgattgcg tgtctcgcat aactggggat 180 cgagtcaaga atattgttct gattgatgga gcgattgatc ctcattcata tgagatggtg 240 aagggggatg aagaccgaat ggctatgagc cagctgattt tttgcaatgg tttaggttta 300 gagcattcag ctagtttacg taaacattta gagggtaacc caaaagtcgt tgatttaggt 360 caacgtttgc ttaacaaaaa ctgttttgat cttctgagtg aagaaggatt ccctgaccca 420 catatttgga cggatatgag agtatggggt gctgctgtaa aagagatggc tgcggcatta 480 attcaacaat ttcctcaata tgaagaagat tttcaaaaga atgcggatca gatcttatca 540 gagatggagg aacttgatcg ttgggcagcg cgttctctct ctacgattcc tgaaaaaaat 600 cgctatttag tcacaggcca caatgcgttc agttacttta ctcgtcggta tctatcctct 660 gatgcggaga gagtgtctgg ggagtggaga tcgcgttgca tttctccaga agggttgtct 720 cctgaggctc agattagtat ccgagatatt atgcgtgtag tggagtatat ctctgcaaac 780 gatgtagaag ttgtcttttt agaggatacc ttaaatcaag atgctttgag aaagattgtt 840 tcttgctcta agagcggaca aaagattcgt ctcgctaagt ctcctttata tagcgataat 900 gtctgtgata actattttag cacgttccag cacaatgttc gcacaattac agaagaattg 960 ggagggactg ttcttgaa 978 <210> 550 <211> 438 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 550 atgcaaaatc aatttgaaca actccttact gaattaggga ctcaaatcaa cagccctctt 60 actcctgatt ccaataatgc ctgtatagtt cgctttggat acaacaatgt tgctgtacaa 120 attgaagagg atggtaattc aggattttta gttgctggag tcatgcttgg aaaacttcca 180 gagaatacct ttagacaaaa aattttcaaa gctgctttgt ctatcaatgg atctccgcaa 240 tctaatatta aaggcactct aggatacggt gaaatctcta accaactcta tctctgtgat 300 cggcttaaca tgacctatct aaatggagaa aagctcgccc gttacttagt tcttttttcg 360 cagcatgcca atatctggat gcaatctatc tcaaaaggag cacttccaga tttacatgct 420 ctaggtatgt atcacctg 438 <210> 551 <211> 1581 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 551 atgccgtcat tatcccaatc ccgacgtatc atccagcaat cttccattcg aaagatttgg 60
368
PL 209 107 B1 aatcagatag caagaaagtt tcgtgtggtt ccttacaata ccctataaag caacttcctc tactaccgcg gaacaggaaa gataaccttc catgaacgta caacagatga atccctattc tcttcagaat ctccccattt ttacgttatg cgattttggg tatctagctc ataggagaag gtatgcggca cctttcgatc ttagcctcat ctcccctatt aaaacctctt ttgatatcaa aattgggtgt tctttacttg atacttctcc gtgggatagg ttcaaatcct gcatttcttc aagaagtgcc aagtacatta tgtgtaaaca aatattggtt ctattaatca cttttgcgga cacaagtgcg taatcagtaa ctgtaggtgc gtaatatgaa cggagaattt tatgggatga aagggcaaga atctgggaac ctagaattcc aatacgaccc ggtggaaaga cttccaccct ctatttttcg aaactcctcg atcgagttaa aggctctatt taagcatggc tgaatttctt tcaaattctt gatagcactc agctgcggaa tgaaaaagtt gaaaaaactc acatccctac ttggccaacc agatatacaa ggagcatgcc agatagctgc tcctcctgac aactttgcaa ttactcttta gtctggatgc tatcttatct gatcccttcc tcgttgggaa tctatccgtc atctcctcag atctcttcac catcaatctt ctacgaaaga gccttctatt t
gtatgcgtac gacctgattc ccgattaacg aatcctcttc acacgcatac cgctctatga actgatcatc gctctctttc acctacacag tttcactctt aattgcaaaa gatgtctggt ctgtataatg caagataact taccgtcttg ggacgctttg cacctcttga gatgtgaaac cgaaactggg acaagcctct gaatccaaac aatcataccg attaatgact atcaatctgc gaagatttat cgttattttc ctatgatcga atacagggtc acctttctat gagaaatgca agagagattt ctgattttta gctctatccg atctctccca atctacagta gctgtctcat tttataggca cggaaggtca acctctggtg atcatgtcgt aacctcatga ccagttcatc gtatgctcga aggggaatgg ctactcatga tatttgctca aaatcctgaa atctggctct caggaactat cctctcattc tctctatact ttggtgtatc ctgttcgagt ctctgcgctc gcaactctct ttttcaagag tgccttctgt agaacatttg gattaccgag tttgtgcttc caaaggggat ttacttttcc gaactggcat gaaggagcgc cggtctcttt tccgaaaaac tatgctacct gtcttttgcc agcctatacc ttcctctaca gtttttagga actctctcac gttcccggat ttcaaaaaat taagctaaat
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1581 <210> 552 <211> 1950 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 552 atgaccatcc tttcgtttat caattgaacc aatgctttat gctctctttt ctaagtaaag aaagaggctg aactataacc tccggttccg caagaagtcc cttgcagcta cttcaagcaa caattttgtg cctttaaatc acagaaatgt gaagaaaaat ttttgttgcg cctatccgga gaacccgatt caaagccttt caaaatgcat gattccccaa ttctttgata gatgcttccg catacctttt ttctatcaac tacgcaacac cctaatggag gttcctcctc accgatgggg aaagcattag ttctctatta ttgaaaatac ctattcatga ggcttatctg ttcagcaata ttaaagctca cagaaatttt aaatggagaa atgggaactt aagagatttt attctcaggt ttggcgtact aagatcctct cagattcctc atgttttcct tcgatcctct ggggatatat ctataatttt tacttttagg agctggctac ctctgggctt tgcaacagca tacgactagg ctacagaaat tctttgttat ggaaaggagt tgagtgagct agacagctga gagaactaga atatctcttt accctgctta tgactgaagc tggcttcgtt agtcttttgt ctaaggaacc gaataaatat tgtggccgct caagaaaaca cactttacaa tgatctagac gatctttcac tagagtcgtt cctatcagat tctggctgtc ctataccctt ctccgtaaaa tttagatctt tcgcgatgat tccttatggc ccactctcta tgcttcttta aagcattaca ggccatgatg tgaaattaat atctttagca agaagaagct cgctaaagcc aggcgaaggt caatgcgtgc ctcctctatt atctgggatg atactattct cctgtcgcat cactctcgtt aagcaataag gacgaaacaa gaaagattgc ttccgcttat tccatgatct attatgttcc ctctcctcta caaactattc agaggagtcc tccacttata gcttctagcc tctcaaccat ttacaaacga tcggatacca actgcaattc gtatcgatac atctgccccc gagaatttcg cctgagatgg tggcgacgaa gcttttttag gaaactcgtc catctaggag gaaaaaaatt caacaatgcc tatattcctg ccccaagcta gcctactcct caagaagccg tttgtaacac tgtggccaca cctggtatgg cttgaagagg catggagaga agtgccgaag ccacaacatg ccttcacacg ccttagggat tcacttccga ctttaaatat ctgctgaacc aagagatttc gcatcgaaca ttctcgctac atatttttga actatttatt tctctaaaaa acaaaacggt ctcatctctt tttcattttg atttccgtat ccttactgta ttgcaaaacg gcaatcaaca aaatctttaa tcgagatcaa tgcttcctaa caattacggt aactctttct tattcctgaa ttcaacaaac tatgcattta acccagcgtg ccttaggatt agtctctttt tgtttggaga aagccatcca acgatatcac cacgataggt caatatcttg tctgcgagaa tgatatcctg ggatcttgct tctagtaaaa acttggtaaa tttgcgacat tatcagctct aaatggatta tggcatcatt ttctaaagag actacgcccc cattgggaac attgacttat ctttgcttat cctatccaag ccatccatat ctccatggtg acagcatgca ccagctgcct aggaggagat aatcgttgct aaacatgtta agctgctctc ttgttatcat tctccgagct tttacctgaa agtgctctat agaacgctta atctatcatg tttactcgtt
12 0 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960 1020 1080 1140 1200 1260 1320 1380 1440 1500 1560 1620 1680 1740 1800 1860 1920 1950 <210> 553
PL 209 107 B1
369 <211> 939 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 553 atgctcagct acataaagag gcggctgttg tttaatttgc tttctttatg ggtagtagtg actctaacgt tttttattat taagacgatc cccggagatc cttttaatga tgaaaacgga aacatccttt cgtcagaaac tttagcacta ttaaagaatc gttacgggtt agataagcct ttattcaccc agtatcttat ctatttgaaa tgtctgctaa cactagattt cggggaatct cttatctaca aagatcgtac tgtgatcagt attattgctg ccgctcttcc atcttccgct attcttggac ttgaaagctt gtgtttatcc ctcttcggag gcattactct tggaattctg gcagctttct ataaaaaaag ctgcggccga actattttct tttcttctgt gattcagata tcagtacccg cctttgttat aggagccttt ttacaatatg tttttgctat aaaatattct tgtctaccca tagcttgctg gggaaatttc tctcacacct tattgccctc aatagcttta gcaattactc ctatggcatt cattactcag ctaacctgtg cctctgtttc cgccaattta aaaaaagatt acgtcttatt agcttacgct aaaggacttt ctccttttaa ggtgttaata aaacacattt tgccctacgc tttattccct gtgatttcgt actcagcttt tcttataaca actttaatga ctggaacctt ctctatagaa aaccttttct gcatccccgg tcttgggaaa tggttcattt gcagtattaa acaaagagac taccctatca ccttaggact ttctgtgttt tacggggcct ttttcatgct aacttcactt tgttgcgacc ttctgcaagc gtggatagat ccacaaattc gttattctta tgggaaagaa cgttctaaa
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
939 <210» 554 <211> 3711 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 554 ttgacctgga ttccattaca ttgccactct cagtattcca tcttggatgc aacatgctca 60 atcaagaagt ttgttgccaa agcagtggaa tatcaaattc ccgcgctcgc tcttaccgat 120 cacgggaatt tgtttggcgc ggtcgaattt tataagacct gtaaacaaaa cgcgattaaa 180 cctatcatcg ggtgtgagct atacgtcgca ccctcttctc gtttcgataa aaaaaaagaa 240 cgaaaaagcc gagttgccaa ccatctcatc cttctttgta aagatgaaga agggtatcgc 300 aacctttgtt tgctctcctc tcttgcttac acagaaggtt tttactatgt gcctcgoata 360 gatagagatc ttttgagcca acactccaaa ggacttatct gcttatcagc ctgtttatcc 420 ggatcggttg ctcaagctgc attggaatct gaagaagatt tagaaaaaga tcttttatgg 480 tatcaagatc tgtttcaaga agactttttc agtgaagtac aactccacaa atcctcagaa 540 gaaaaagttg ctctatttga agaaacttgg ttaaaacaaa actactatca attcattgag 600 aaacaactca aagtaaatga agctgtttta gctacttcta aacgccttgg tattccttca 660 gttgctacaa atgatattca ctatttgaat ccggacgatt ggctcgctca tgaaatttta 720 ctcaatgttc agtctagaga gcctattcgg acagctaaac aaaatactta cattcccaat 780 cctaaacgca aaacctatcc tagtagggaa ttttatttta aatcccctca agagatcgca 840 gagctatttg cagcacatcc agagactatt accaatacgt gtatcgttgc cgagcgctgc 900 cacctagagc ttgattttga aaccaaacac tatcctatct acgtcccaga agctttacaa 960 aaaaaaggat cctacacaga agaggagcgc tacaaagcat cctcagcctt cttagaagaa 1020 ctttgcgagc aaggattaac cagcaaatac acacccgagc ttctaggaca cattgcaaag 1080 aaattccctg gggaagaccc tcttacgctg gttaaagaac gtctcaaatt ggaatcctct 1140 attattatct ccaaagggat gtgcgattac ttgctcattg tctgggatat tattaactgg 1200 gcaaaagatc atgggattcc tgttggcccc ggtcgaggct ctggagcggg ctctgtoatg 1260 cttttccttc tggggattac tgaaatagaa ccgattcgct tcgacctttt cttcgaacgt 1320 ttcatcaacc cggaacggat atcgtatccc gatatcgata tcgatatctg tatgattggc 1380 agagagcgcg ttattaacta tgctatagaa cgtcatggta aagataatgt agcccaaatt 1440 attacatttg gcaccatgaa agccaaaatg gctattaagg atgtgggtag aactttagat 1500 acccccttag ctaaagtgaa cttcatcgcg aaacatattc ccgatcttaa tgctaccatt 1560 acttcggcat tagaggctga tccagaatta aggcaactgt atgtagatga cgctgaagct 1620 gcagaagtta ttgatatggc taaaaaacta gagggatcta tccgcaatac tggagtgcat 1680 gctgcgggag tgattatctg tggagatcct ctcactaacc atatcccgat ttgtgtccct 1740 aaagactcat ccatgatttc tactcagtac tcaatgaagc cagtagaaag cgttggcatg 1800 cttaaagtgg attttttggg tctaaaaacc ttaaccggca ttcacatcgc cacacaggcg 1860 atctataaaa aaacaggcat tctactccgg gctgccacga ttcctctaga tgaccagaat 1920 actttctctc ttcttcatca aggtaaaacc atggggatct tccaaatgga atctcgtggc 1980 atgcaagacc ttgctaaaaa cttacgccca gatgcgtttg aagaaattat agcgatcgga 2040 gccctctatc gccctggccc tatggatatg atcccatcat ttatcaatag gaagcatggt 2100 aaagagaata ttgaatacga ccatcctctc atggaaccta ttctaaaaga aacttttgga 2160 attatggttt accaagaaca agtcatgcag attgccggtt cattagcaaa atactctttg 2220 ggagaagggg atgttttacg ccgcgctatg gggaaaaaag accatgaaca gatggtcaag 2280 gaacgagaga aattttgttc aagagccgca gcgaatggca tcgacccttc catagcaacg 2340 actatcttcg ataagatgga aaagtttgct tcctatggat ttaataagtc ccatgccgca 2400
370
PL 209 107 B1 gcttacggtc ttataaccta cacaacagca tatcttaaag ccaactaccc cttgccgccc ttctcacttg cgattatgac gatattgaga aagttgggaa gaagctcaca gtatgaacat tctcgttctg cctcctgata ttaatgagtc tttgaagcca ctcagaaagg gattcgcttt tctctaggag ctgtcaaagg agcattgtgg atagtattgt tgaagagaga gaaaaaaacg gcccctataa gatttcgttc aacgcgcaga ttttaaaaaa gtcactaaga aacagcttga gatgcaggaa cctttgactg cttcgaacct aataaagatc ttgcgctggc gacctttacg acacgttctc tagagaaaaa aaagaagctg ctacaggagt ttttcactag atagcatggc tagagatcct gttaaaatta ctgtctctcc atccaacgct ctcctaagga gttgttgaaa agagaaaaag aattacttgg actgcccatc ctatggatgc tgttgaacąc atgctccctt tcttatctgt cgagattttg aaggactccc tcatggaacc attattcgta cagtctttct gtcactacta aaatttcctc tgcagagcag aaaaaatttg cacttttaca gaagtcgatt catatgaact tccaatctgg gccgatatgt acgccgaata ttggaagaag atcgtcttat ttatgccatt ttggctatag atcgacgtag cgtctatctt gtcggtggat gcgagactta tctaccgtta atgattcagt tgcgacgaag tctatgatcg actgaaaagt cagaaagtat actcttcaac accggagccc agtcctcagc aatgataaag aaagtagaga ctagagagat accatctctt tagatttaaa taaattacgc catagccact tatttattct atacgcaaat attctggatc tcaagcactc tctcttgtat tcacaaaaga ttcgcctcta tctctccaga tgcagatttt ttcgtaacag atgatatctc caagaaattg aagcaaccaa tatccctgct cgcgttctag ccactacagt <210> 555 <211> 1689 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 555 atggtttatt ttagagctca tcaacctagg catacgccta aaacatttcc caccattcgt tctccgataa gcatcctcaa attgctaaag ctatgcggat gccctcgcag ctctatctct gctcgctgta gtcgcctgcg ttattgccgt ggagctgcca ttcctcttgc tgtcattagt ggaattgctg taatgtctgg gctgccacca ttatctgttc tgcaaaaaag gctttggctc aacgaaaaca gaagagtcgc ttccgttaga taatgcgacc gagcatgtga gttacctgac tcttatttta atcaatggga atccttaggt gctctaaata agcagttgtc ttaactattc aagctcccga,aaaaaaacta ttaaaagaag ttcttggttc tccattaatc actccatcga agagatctcc gatcgcttta cgaaaatgct cgattaagag aacattttta tcgaggagaa gagcgttatg ccccctattt ctacttaaca agaatcgttt gctgacccaa atcacatcca atatgattag aaatccggtg gtgttttttc cctcaaagcc aatacactaa gtcatgccag tatacagtat taaaagtcgc tttatcctta ggagttctcg ctggagtcgc atctttcttc cccctagcct gccttttatc gctgttatag gagtatcttc gggatggcat ctttccttat gattcggggc attaagtatt tgctcgaaca aatagaaagc aactagctaa agatattcaa aaaaccattg gcccagatgt atggttcatt accagcatca attactatca catctacatg aaactctatt atcacagcta gatggagcga gcccttcttt attgaacacg ctaatcttaa gaagatttga caaaacaata tgatatattg aacgcagcct ttaataaatc gatgaggcgc tccgttctca attagagaaa cgagcttact tattcccaat gacgaaaatg ctaaaactaa agaatcgcag cttctagact cagaaaatga gaatttcagg agattataaa taaaggacta gaagctgcca ataaacgacg aagtcaaaat tctatacgga agacgaaacc tctgacaaaa tattctctat acaaagaact tggcattaga agatttgtgg agagtgcatg aagcttgcaa caagctctcc tcttagaaga ttatatgagt tataaaacct cagaatgtca caaaaagtga gtcaagaact gaaggcggca caaaaatcat tcgcagtcct gctctagaca gatcttatga atccagtgta gccacgatgg atttagctag gaaacacacc ggcttctgaa catcctctct gaattacaac aactagcaca gataatcac <210? 556 <211> 5253 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar caaagaatgg gctaattcaa tggacaagat cgttggaatg aagtctgcag aaatttggtg aatccttaat cctaaccttt tgaaaatgtt agtatatttg agtcccagct aatcgataaa agtcagcgat ccgtgatcta tgattccttg aattgcggaa gaaaaaatca ctctcccgta caaagggctg taatcagcgg ttctcttctt a
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3060
3120
3180
3240
3300
3360
3420
3480
3540
3600
3660
3711 tttggaagtt tacggggata ctctgcggga cctcttatcc aaaacaacta ctcagacacc tcagattgac cagatacgat ctctcttctt aagccctcct gatgctacca ccgcacacta tgctcttatc cttagcattg ttctcctctg cttggcctct agatgaagcc ggcaaaaatt tttacaacaa tcctaataac ttcaaattct agctgacgct atggaaaccc tgaagagcaa agctgcactc agaaaagcat agcgaatcaa atacctgtta <400> 556 atgaaatggc tgtcagctac tgcggtgttt gctgctgttc tcccctcagt ttcagggttt tgcttcccag aacctaaaga attaaatttc tctcgcgtag gaacttcttc ctctaccact tttactgaaa cagttggaga agctggggca gaatatatcg tctctggtaa cgcatctttc
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1689
120
180
PL 209 107 B1
371 acaaaattta ccaacattcc tactaccgat acaacaactc ccacgaactc aaactcctct 240 agctctaacg gagagactgc ttccgtttct gaggatagtg actctacaac aacgactcct 300 gatcctaaag gtggcggcgc cttttataac gcgcactccg gagttttatc ctttatgaca 360 cgatcaggaa cagaaggttc cttaactctg tctgagataa aaataactgg tgaaggcggt 420 gctatcttct ctcaaggaga gctgctattt acagatctga caggtctaac catccaaaat 480 aacttatccc agctatccgg aggagcgatt tttggagaat ctacaatctc cctatcaggg 540 attactaaag cgactttctc ctccaactct gcagaagttc ctgctcctgt taagaaacct 600 acagaaccta aagctcaaac agcaagcgaa acgtcgggtt ctagtagttc tagcggaaat 660 gattcggtgt cttcccccag ttccagtaga gctgaacccg cagcagctaa tcttcaaagt 720 cactttattt gtgctacagc tactcctgct gctcaaaccg atacagaaac atcaactccc 780 tctcataagc caggatctgg gggagctatc tatgctaaag gcgaccttac tatcgcagac 840 tctcaagagg tactattctc aataaataaa gctactaaag atggaggagc gatctttgct 900 gagaaagatg tttctttcga gaatattaca tcattaaaag tacaaactaa cggtgctgaa 960 gaaaagggag gagctatcta tgctaaaggt gacctctcaa ttcaatcttc taaacagagt 1020 ctttttaatt ctaactacag taaacaaggt ggtggggctc tatatgttga aggagatata 1080 aacttccaag atcttgaaga aattcgcatt aagtacaata aagctggaac gttcgaaaca 1140 aaaaaaatca ctttaccaaa agctcaagca tctgcaggaa atgcagatgc ttgggcctct 1200 tcctctcctc aatctggttc tggagcaact acagtctcca actcaggaga ctctagctct 1260 ggctcagact cggatacctc agaaacagtt ccagccacag ctaaaggcgg tgggctttat 1320 actgataaga atctttcgat tactaacatc acaggaatta tcgaaattgc aaataacaaa 1380 gcgacagatg ttggaggtgg tgcttacgta aaaggaaccc ttacttgtga aaactctcac 1440 cgtctacaat ttttgaaaaa ctcttccgat aaacaaggtg gaggaatcta cggagaagac 1500 aacatcaccc tatctaattt gacagggaag actctattcc aagagaatac tgccaaagaa 1560 gagggcggtg gactcttcat aaaaggtaca gataaagctc ttacaatgac aggactggat 1620 agtttctgtt taattaataa cacatcagaa aaacatggtg gtggagcctt tgttaccaaa 1680 gaaatctctc agacttacac ctctgatgtg gaaacaattc caggaatcac gcctgtacat 1740 ggtgaaacag tcattactgg caataaatct acaggaggta atggtggagg cgtgtgtaca 1800 aaacgtcttg ccttatctaa ccttcaaagc atttctatat ccgggaattc tgcagctgaa 1860 aatggtggtg gagcccacac atgcccagat agcttcccaa cggcggatac tgcagaacag 1920 cccgcagcag cttctgccgc gacgtctact cccgagtctg ccccagtggt ctcaactgct 1980 ctaagcacac cttcatcttc taccgtctct tcattaacct tactagcagc ctcttcacaa 2040 gcctctcctg caacctctaa taaggaaact caagatccta atgctgatac agacttattg 2100 atcgattatg tagttgatac gactatcagc aaaaacactg ctaagaaagg cggtggaatc 2160 tatgctaaaa aagccaagat gtcccgcata gaccaactga atatctctga gaactccgct 2220 acagagatag gtggaggtat ctgctgtaaa gaatctttag aactagatgc cctagtctcc 2280 ttatctgtaa cagagaacct tgttgggaaa gaaggtggag gcttacatgc taaaactgta 2340 aatatttcta atctgaaatc aggcttctct ttctcgaaca acaaagcaaa ctcctcatcc 2400 acaggagtcg caacaacagc ttcagcacct gctgcagctg ctgcttccct acaagcagcc 2460 gcagcagccg taccatcatc tccagcaaca ccaacttatt caggtgtagt aggaggagct 2520 atctatggag aaaaggttac attctctcaa tgtagcggga cttgtcagtt ctctgggaac 2580 caagctatcg ataacaatcc ctcccaatca tcgttgaacg tacaaggagg agccatctat 2640 gccaaaacct ctttgtctat tggatcttcc gatgctggaa cctcctatat tttctcgggg 2700 aacagtgtct ccactgggaa atctcaaaca acagggcaaa tagcgggagg agcgatctac 2760 tcccctactg ttacattgaa ttgtcctgcg acattctcta acaatacagc ctctatggct 2820 acaccaaaga cttcttctga agatggatcc tcaggaaatt ctattaaaga taccattgga 2880 ggagccattg cagggacagc cattacccta tctggagtct ctcgattttc agggaatacg 2940 gctgatttag gagctgcaat aggaactcta gctaatgcaa atacacccag tgcaactagc 3000 ggatctcaaa atagcattac agaaaaaatt actttagaaa acggttcttt tatttttgaa 3060 agaaaccaag ctaataaacg tggagcgatt tactctccta gcgtttccat taaagggaat 3120 aatattacct tcaatcaaaa tacatccact catgatggaa gtgctatcta ctttacaaaa 3180 gatgctacga ttgagtcttt aggatctgtt ctttttacag gaaataacgt tacagctaca 3240 caagctagtt ctgcaacatc tggacaaaat acaaatactg ccaactatgg ggcagccatc 3300 tttggagatc caggaaccac tcaatcgtct caaacagatg ccattttaac ccttcttgct 3360 tcttctggaa acattacttt tagcaacaac agtttacaga ataaccaagg tgatactccc 3420 gctagcaagt tttgtagtat tgcaggatac gtcaaactct ctctacaagc cgctaaaggg 3480 aagactatta gctttttcga ttgtgtgcac acctctacca aaaaaatagg ttcaacacaa 3540 aacgtttatg aaactttaga tattaataaa gaagagaaca gtaatccata tacaggaact 3600 attgtgttct cttctgaatt acatgaaaac aaatcttaca tcccacagaa tgcaatcctt 3660 cacaacggaa ctttagttct taaagagaaa acagaactcc acgtagtctc ttttgagcag 3720 aaagaagggt ctaaattaat tatgaaaccc ggagctgtgt tatctaacca aaacatagct 3780 aacggagctc tagttatcaa tgggttaacg attgatcttt ccagtatggg gactcctcaa 3840 gcaggggaaa tcttctctcc tccagaatta cgtatcgttg ccacgacctc tagtgcatcc 3900 ggaggaagcg gggtcagcag tagtatacca acaaatccta aaaggatttc tgcagcagcg 3960 ccttcaggtt ctgccgcaac tactccaact atgagcgaga acaaagtttt cctaacagga 4020 gaccttactt taatagatcc taatggaaac ttttaccaaa accctatgtt aggaagcgat 4080 ctagatgtac cactaattaa gcttccgact aacacaagtg acgtccaagt ctatgattta 4140 actttatctg gggatctttt ccctcagaaa gggtacatgg gaacctggac attagattct 4200 aatccacaaa cagggaaact tcaagccaga tggacattcg atacctatcg tcgctgggta 4260
372
PL 209 107 B1 tacataccta gggataatca tttttatgcg aactctatct taggctccca aaactcaatg 4320 attgttgtga agcaagggct tatcaacaac atgttgaata atgcccgctt cgatgatatc 4380 gcttacaata acttctgggt ttcaggagta ggaactttct tagctcaaca aggaactcct 4440 ctttccgaag aattcagtta ctacagccgc ggaacttcag ttgccatcga tgccaaacct 4500 agacaagatt ttatcctagg agctgcattt agtaagatgg tggggaaaac caaagccatc 4560 aaaaaaatgc ataattactt ccataagggc tctgagtact cttaccaagc ttctgtctat 4620 ggaggtaaat tcctgtattt cttgctcaat aagcaacatg gttgggcact tcctttccta 4680 atacaaggag tcgtgtccta tggacatatt aaacatgata caacaacact ttacccttct 4740 atccatgaaa gaaataaagg agattgggaa gatttaggat ggttagcgga tcttcgtatc 4800 tctatggatc ttaaagaacc ttctaaagat tcttctaaac ggatcactgt ctatggggaa 4860 cttgagtatt ccagcattcg ccagaaacag ttcacagaaa tcgattacga tccaagacac 4920 ttcgatgatt gtgcttacag aaatctgtcg cttcctgtgg gatgcgctgt cgaaggagct 4980 atcatgaact gtaatattct tatgtataat aagcttgcat tagcctacat gccttctatc 5040 tacagaaata atcctgtctg taaatatcgg gtattgtctt cgaatgaagc tggtcaagtt 5100 atctgcggag tgccaactag aacctctgct agagcagaat acagtactca actatatctt 5160 ggtcccttct ggactctcta cggaaactat actatcgatg taggcatgta tacgctatcg 5220 caaatgacta gctgcggtgc tcgcatgatc ttc 5253 <210> 557 <211> 792 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 557 atgggaaatt ctggttttta tttgtataac actgaaaact gcgtctttgc tgataatatc 60 aaagttgggc aaatgacaga gccgctcaag gaccagcaaa taatccttgg gacaaaatca 120 acacotgtcg cagccaaaat gacagcttct gatggaatat ctttaacagt ctccaataat 180 tcatcaacca atgcttctat tacaattggt ttggatgcgg aaaaagctta ccagcttatt 240 ctagaaaagt tgggaaatca aattcttgat ggaattgctg atactattgt tgatagtaca 300 gtccaagata ttttagacaa aatcacaaca gacccttctc taggtttgtt gaaagctttt 360 aacaactttc caatcactaa taaaattcaa tgcaacgggt tattcactcc cagtaacatt 420 gaaactttat taggaggaac tgaaatagga aaattcacag tcacacccaa aagctctggg 480 agcatgttct tagtctcagc agatattatt gcatcaagaa tggaaggcgg cgttgttcta 540 gctttggtac gagaaggtga ttctaagccc tgcgcgatta gttatggata ctcatcaggc 600 gttcctaatt tatgtagtct aagaaccagc attactaata caggattgac accaacaacg 660 tattcattac gtgtaggcgg tttagaaagc ggtgtggtat gggttaatgc cctttctaat 720 ggcaatgata ttttaggaat aacaaatact tctaatgtat cttttttgga agtaatacct 780 caaacaaacg ct 792 <210> 558 <211> 306 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 558 atgcaaaata aaagaaaagt gagggacgat tttattaaaa ttgttaaaga tgtgaaaaaa 60 gatttccccg aattagacct aaaaatacga gtaaacaagg aaaaagtaac tttcttaaat 120 tctcccttag aactctacca taaaagtgtc tcactaattc taggactgct tcaacaaata 180 gaaaactctt taggattatt cccagactct cctgttcttg aaaaattaga ggataacagt 240 ttaaagctaa aaaaggcttt gattatgctt atcttgtcta gaaaagacat gttttccaag 300 gctgaa 306 <210> 559 <211> 729 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 559 gtgggatgca acttggccca atttttaggg aaaaaagtgt tacttgctga cctagacccg 60 caatccaatt tatcttctgg attgggggct agtgtcagaa ataaccaaaa aggcttgcac 120 gacatagtat acaaatcaaa cgatttaaaa tcaatcattt gcgaaacaaa aaaagatagt 180 gtggacctaa ttcctgcatc atttttatcc gaacagttta gagaattgga tattcataga 240 ggacctagta acaacttaaa gttatttctg aatgagtact gcgctccttt ttatgacatc 300 tgcataatag acactccacc tagcctagga gggttaacga aagaagcttt tgttgcagga 360 gacaaattaa ttgcttgttt aactccagaa cctttttcta ttctagggtt acaaaagata 420 cgtgaattct taagttcggt cggaaaacct gaagaagaac acattcttgg aatagctttg 480
PL 209 107 B1
373 tctttttggg atgatcgtaa ctcgactaac caaatgtata tacaaaaaca agcttttttc aacaaaaatt cgtcgagata cttaaagaag attctgtagc taatgtctat ccaaattcta aagttaacgc atgaaatagc aaatattttg catatcgaat aggacaacg <210> 560 <211> 289 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar tagacattat cgagtctatt tttctctcag ccgttctctt gggccgcaga agatattctg atgaacgaga ttactctcag
540
600
660
720
729 <400> 560
Met Thr His Gin His Lys Lys Ile Ser Glu Glu 15 io
Met Leu Glu Arg Tyr Thr Gly Ser Thr Val Gin 20 25
Leu Leu Leu Thr Asn Phe Ala Tyr Tyr Val Asp 35 40
Tyr Gin Val Pro Val Ser Arg Gly Ser Met Phe
55
Pro Gin Ile His Thr Ser Ile Ile Asp Phe Lys 65 70 75
Ala Ala Leu Thr Val Asp Leu Cys Ser Phe Leu
90
Ala Ile Met Leu Gly Met Cys Gly Gly Leu Arg
100 105 Gly Asp Tyr Phe Val Pro Val Ala Ser Ile Arg
115 120
Asp Ala Tyr Phe Pro Pro Glu Val Pro Ala Leu
130 135
Gin Lys Met Ile Thr Asn Ile Leu Glu Ala Lys 145 150 155
Ile Gly Ile Thr His Thr Thr Asn Ile Arg Phe
165 170
Glu Phe Arg Arg Lys Leu Tyr Glu Asn Lys Ala
180 185
Glu Cys Ala Thr Leu Phe Ala Ala Gly Tyr Arg
195 200
Gly Ala Leu Leu Leu Ile Ser Asp Leu Pro Leu
210 215 Lys Thr Lys Glu Ser Ser Ser Ala Val Leu Asn 225 230 235
His Ile Leu Thr Gly Val Glu Val Phe Ala Ser
245 250
Gly Pro Gly Ile Lys Lys Thr Lys Gly Leu Pro
260 265 Gin Ala Asp Asp Ser Leu Ser Glu Gin Thr Glu
275 280
Phe
Thr Ile
Glu Phe
Val Phe 45
Ser Ala 60
Leu Gly
Pro Asn
Ser His
Lys Asp 125
Ala Asn 140
Asn Leu
Trp Glu
Gin Thr
Ala Cys Asp 15
Gin Pro Tyr 30
Ala Glu Ile
Ala His Ala
Ser Pro Gly 80
Ala Thr Ala 95
Tyr Gin Ile 110
Gly Thr Ser
Phe Val Val
Pro Tyr His 160
Phe Asn Lys 175
Val Glu Met 190
Leu Pro Leu
Arg Asn 205
Arg Lys Asp Gly Ile 220
Ser His
Leu Gin
His Met
Val Ser 285
Thr Lys Glu 240
Glu Lys Ser 255
Glu Phe Gly 270
Gly Gly Asp <210> 561 <211> 394 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 561
Met Ser Lys Glu Thr Phe Gin Arg Asn Lys Pro His Ile Asn Ile Gly 1 5 10 15
Thr Ile Gly His Val Asp His Gly Lys Thr Thr Leu Thr Ala Ala Ile 20 25 30
Thr Arg Ala Leu Ser Gly Asp Gly Leu Ala Asp Phe Arg Asp Tyr Ser 35 40 45
Ser Ile Asp Asn Thr Pro Glu Glu Lys Ala Arg Gly Ile Thr Ile Asn 50 55 60
Ala Ser His Val Glu Tyr Glu Thr Ala Asn Arg His Tyr Ala His Val 65 70 75 80
Asp Cys Pro Gly His Ala Asp Tyr Val Lys Asn Met Ile Thr Gly Ala
374
PL 209 107 B1
85 90 95
Ala Gin Met Asp Gly Ala Ile Leu val Val Ser Ala Thr Asp Gly Ala
100 105 110
Met Pro Gin Thr Lys Glu His Ile Leu Leu Ala Arg Gin Val Gly Val
115 120 125
Pro Tyr Ile val Val Phe Leu Asn Lys Ile Asp Met Ile Ser Glu Glu
130 135 140
Asp Ala Glu Leu Val Asp Leu Val Glu Met Glu Leu Val Glu Leu Leu
145 150 155 160
Glu Glu Lys Gly Tyr Lys Gly Cys Pro Ile Ile Arg Gly Ser Ala Leu
165 170 175
Lys Ala Leu Glu Gly Asp Ala Ala Tyr Ile Glu Lys Val Arg Glu Leu
180 185 190
Met Gin Ala Val Asp Asp Asn Ile Pro Thr Pro Glu Arg Glu Ile Asp
195 200 205
Lys Pro Phe Leu Met Pro Ile Glu Asp Val Phe Ser Ile Ser Gly Arg
210 215 220
Gly Thr Val Val Thr Gly Arg Ile Glu Arg Gly ile Val Lys Val Ser
225 230 235 240
Asp Lys Val Gin Leu Val Gly Leu Arg Asp Thr Lys Glu Thr Ile Val
245 250 255
Thr Gly Val Glu Met Phe Arg Lys Glu Leu Pro Glu Gly Arg Ala Gly
260 265 270
Glu Asn Val Gly Leu Leu Leu Arg Gly Ile Gly Lys Asn Asp Val Glu
275 280 285
Arg Gly Met Val Val Cys Leu Pro Asn Ser Val Lys Pro His Thr Gin
290 2 95 300
Phe Lys Cys Ala Val Tyr Val Leu Gin Lys Glu Glu Gly Gly Arg His
305 310 315 320
Lys Pro Phe Phe Thr Gly Tyr Arg Pro Gin Phe Phe Phe Arg Thr Thr
325 330 335
Asp Val Thr Gly Val Val Thr Leu Pro Glu Gly Ile Glu Met Val Met
340 345 350
Pro Gly Asp Asn Val Glu Phe Glu val Gin Leu Ile Ser Pro Val Ala
355 360 365
Leu Glu Glu Gly Met Arg Phe Ala Ile Arg Glu Gly Gly Arg Thr Ile
370 375 380
Gly Ala Gly Thr Ile Ser Lys Ile Ile Ala
385 390 <210> 562 <211> 550 <212> PRT
<213> C. . Trachomatis D serovar
<400> 562
Met Glu Ser Ser Arg Ile Leu Ile Thr Ser Ala Leu Pro Tyr Ala Asn
1 5 10 15
Gly Pro Leu His Phe Gly His Ile Thr Gly Ala Tyr Leu Pro Ala Asp
20 25 30
Val Tyr Ala Arg Phe Gin Arg Leu Gin Gly Lys Glu Val Leu Tyr Ile
35 40 45
Cys Gly Ser Asp Glu Tyr Gly Ile Ala Ile Thr Leu Asn Ala Glu Leu
50 55 60
Ala Gly Met Gly Tyr Gin Glu Tyr Val Asp Met Tyr His Lys Leu His
65 70 75 80
Lys Asp Thr Phe Lys Lys Leu Gly Ile Ser val Asp Phe Phe Ser Arg
85 90 95
Thr Thr Asn Thr Tyr His Pro Ala Ile Val Gin Asp Phe Tyr Arg Asn
100 105 110
Leu Gin Glu Arg Gly Leu Val Glu Asn Gin Val Thr Glu Gin Leu Tyr
115 120 125
Ser Glu Glu Glu Gly Lys Phe Leu Ala Asp Arg Tyr Val Val Gly Thr
130 135 140
Cys Pro Lys Cys Gly Phe Asp Arg Ala Arg Gly Asp Glu Cys Gin. Gin
145 150 155 160
Cys Gly Ala Asp Tyr Glu Ala Arg Asp Leu Lys Glu Pro Arg Ser Lys
165 170 175
PL 209 107 B1
375
Leu Thr Gly Ala Ala Leu Ser Leu Arg Asp Thr Glu His Ala Tyr Leu
180 185 190
His Leu Glu Arg Met Lys Glu Asp Leu Leu Ala Phe Val Gin Gly Ile
195 200 205
Tyr Leu Arg Pro His Met Arg Asn Phe Val Thr Asp Tyr Ile Glu His
210 215 220
Leu Arg Pro Arg Ala Val Thr Arg Asp Leu Ser Trp Gly Ile Pro Val
225 230 235 240
Pro Asp Leu Glu Asn Lys Val Phe Tyr Val Trp Phe Asp Ala Pro Ile
245 250 255
Gly Tyr Ile Ser Gly Thr Met Asp Trp Ala Ala Ser Ile Gly Asp Pro
260 265 270
Glu Ala Trp Lys Lys Phe Trp Leu Asp Asp Thr Val Thr Tyr Ala Gin
275 280 285
Phe Ile Gly Lys Asp Asn Thr Ser Phe His Ala Ala Ile Phe Pro Ala
290 295 300
Met Glu Ile Gly Gin Ser Leu Pro Tyr Lys Lys Val Asp Ala Leu Val
305 310 315 320
Thr Ser Glu Phe Leu Leu Leu Glu Gly Phe Gin Phe Ser Lys Ser Asp
325 330 335
Gly Asn Phe Ile Asp Met Asp Ala Phe Leu Glu Thr Tyr Ser Leu Asp
340 345 350
Lys Leu Arg Tyr Val Leu Ala Ala Ile Ala Pro Glu Thr Ser Asp Ser
355 360 365
Glu Phe Ser Phe Gin Glu Phe Lys Thr Arg Cys Asn Ser Glu Leu Val
370 375 380
Gly Lys Tyr Gly Asn Phe Val Asn Arg Val Leu Ala Phe Ala Val Lys
385 390 395 400
Asn Gly Cys Thr Glu Leu Ser Ser Pro Gin Leu Glu Gin Lys Asp Leu
405 410 415
Asp Phe Ile Ser Lys Ser Gin Lys Leu Ala Lys Asp Ala Ala Glu His
420 425 430
Tyr Ala Gin Tyr Ser Leu Arg Lys Ala Cys Ser Thr Ile Met Glu Leu
435 440 445
Ala Ala Leu Gly Asn Gly Tyr Phe Asn Asp Glu Ala Pro Trp Lys Leu
450 455 460
Ala Lys Glu Gly Asn Trp Asn Arg Val Arg Ala Ile Leu Phe Cys Ala
465 470 475 480
Cys Tyr Cys Gin Lys Leu Leu Ala Leu Ile Ser Tyr Pro Ile Met Pro
485 490 495
Glu Thr Ala Leu Lys Ile Leu Glu Met ile Ala Pro His Ser Leu Asp
500 505 510
Leu Gly Ser Gin Asp Pro Asp Arg Leu Gin Ser Leu Trp Thr Asp Ser
515 520 525
Phe Phe Asp Tyr Ser Glu Glu Lys Phe Ser Leu Lys Glu Pro Glu Leu
530 535 540
Leu Phe Thr Met Val Glu
545 550 <210> 563 <211> 100 <212? PRT
<213> C . Trachomatis D i serovar
<400> 563
Met Ala Arg Lys Asp Arg Leu Thr Asn Glu Arg Leu Asn Lys Leu Phe
1 5 10 15
Asp Ser Pro Phe Ser Leu Val Asn Tyr val Ile Lys Gin Ala Lys Asn
20 25 30
Lys Ile Ala Arg Gly Asp Val Arg Ser Ser Asn Val Ala Ile Glu Ala
35 40 45
Leu Asn Phe Leu Asp Leu Tyr Gly Ile Gin Ser Glu Tyr Ala Glu Arg
50 55 60
Asp Asp Arg Glu Arg His Leu Ser Ala Thr Gly Glu Arg Arg Arg Glu
65 70 75 80
Gin Gly Phe Gly Thr Ser Arg Arg Lys Asp Pro Ser Leu Tyr Asn Trp
90 95
Ser Asp Val Lys
376
PL 209 107 B1
100 <210> 564 <211> 205 <212> PRT
<213> C. Trachomatis ; D serovar
<400> 564
Met Ser Val Lys Val Ile Ser Pro Phe Ser Gin Asp Gly Val Gin Cys
1 5 10 15
Phe Pro Lys Leu Phe Ile Ile Ser Ala Pro Ala Gly Ala Gly Lys Thr
20 25 30
Thr Leu Thr His Met Leu Gin Arg Glu Phe Pro Asp Ala Phe Glu Lys
35 40 45
Thr Val Ser Ser Thr Thr Arg Ser Ala Arg Pro Gly Glu Val His Gly
50 55 60
Val Asp Tyr Leu Phe Val Ser Glu Asp Asp Phe Lys Gin Ser Leu Asp
65 70 75 80
Arg Glu Asp Phe Leu Glu Trp Val Phe Leu Phe Gly Thr Tyr Tyr Gly
85 90 95
Thr Ser Lys Ala Glu Ile Ser Arg Val Leu Gin Lys Gly Lys His Cys
100 105 110
Ile Ala Val Ile Asp val Gin Gly Ala Leu Ala Leu Lys Lys Gin Met
115 120 125
Pro Ala val Thr Ile Phe Ile Gin Ala Pro Ser Gin Glu Glu Leu Glu
130 135 140
Arg Arg Leu Asn Ala Arg Asp Ser Glu Lys Asp Phe Gin Lys Lys Glu
145 150 155 160
Arg Leu Glu His Ser Ala Val Glu Ile Ala Ala Ala Ser Glu Phe Asp
165 170 175
Tyr Val Val Val Asn Asp Asp Leu Ile Thr Ala Tyr Gin Val Leu Arg
ISO 185 190
Ser Ile Phe Ile Ala Glu Glu His Arg Met Ser His Gly
195 200 205
<210> 565 <211> 602 <212> PRT
<213> C. , Trachomatis D serovar
<400> 565
Met Lys Pro Tyr Lys Ile Glu Asn Ile Arg Asn Phe Ser Ile Ile Ala
1 5 10 15
His Ile Asp His Gly Lys Ser Thr Ile Ala Asp Arg Leu Leu Glu Ser
20 25 30
Thr Ser Thr Ile Glu Gin Arg Glu Met Arg Glu Gin Leu Leu Asp Ser
35 40 45
Met Asp Leu Glu Arg Glu Arg Gly Ile Thr Ile Lys Ala His Pro Val
50 55 60
Thr Met Thr Tyr Glu Tyr Glu Gly Glu Thr Tyr Glu Leu Asn Leu Ile
65 70 75 80
Asp Thr Pro Gly His Val Asp Phe Ser Tyr Glu Val Ser Arg Ser Leu
85 90 95
Ala Ala Cys Glu Gly Ala Leu Leu Ile Val Asp Ala Ala Gin Gly Val
100 105 110
Gin Ala Gin Ser Leu Ala Asn Val Tyr Leu Ala Leu Glu Arg Asp Leu
115 120 125
Glu Ile Ile Pro Val Leu Asn Lys Ile Asp Leu Pro Ala Ala Gin Pro
130 135 140
Glu Ala Ile Lys Lys Gin Ile Glu Glu Phe ile Gly Leu Asp Thr Ser
145 150 155 160
Asn Thr Ile Ala Cys Ser Ala Lys Thr Gly Gin Gly Ile Pro Glu Ile
165 170 175
Leu Glu Ser Ile Ile Arg Leu Val Pro Pro Pro Lys Pro Pro Gin Glu
180 185 190
Thr Glu Leu Lys Ala Leu Ile Phe Asp Ser His Tyr Asp Pro Tyr Val
195 200 205
Gly Ile Met Val Tyr Val Arg Val Ile Ser Gly Glu Ile Lys Lys Gly
PL 209 107 B1
377
210 215 220
Asp Arg Ile Thr Phe Met Ala Thr Lys Gly Ser Ser Phe Glu Val Leu
225 230 235 240
Gly Ile Gly Ala Phe Leu Pro Glu Ala Thr Leu Met Glu Gly Ser Leu
245 250 255
Arg Ala Gly Gin Val Gly Tyr Phe Ile Ala Asn Leu Lys Lys Val Lys
260 265 270
Asp Val Lys Ile Gly Asp Thr Val Thr Thr Val Lys His Pro Ala Lys
275 280 285
Glu Pro Leu Glu Gly Phe Lys Glu Ile Lys Pro Val Val Phe Ala Gly
290 295 300
Ile Tyr Pro Ile Asp Ser Ser Asp Phe Asp Thr Leu Lys Asp Ala Leu
305 310 315 320
Gly Arg Leu Gin Leu Asn Asp Ser Ala Leu Thr Ile Glu Gin Glu Asn
325 330 335
Ser His Ser Leu Gly Phe Gly Phe Arg Cys Gly Phe Leu Gly Leu Leu
340 345 350
His Leu Glu Ile Ile Phe Glu Arg Ile Ser Arg Glu Phe Asp Leu Asp
355 360 365
Ile Ile Ala Thr Ala Pro Ser Val Ile Tyr Lys Val Val Leu Lys Asn
370 375 380
Gly Lys Thr Leu Phe Ile Asp Asn Pro Thr Ala Tyr Pro Asp Pro Ala
385 390 395 400
Leu Ile Glu His Met Glu Glu Pro Trp Val His Val Asn Ile Ile Thr
405 410 415
Pro Gin Glu Tyr Leu Ser Asn Ile Met Ser Leu Cys Met Asp Lys Arg
420 425 430
Gly Ile Cys Leu Lys Thr Asp Met Leu Asp Gin His Arg Leu Val Leu
435 440 445
Ser Tyr Glu Leu Pro Leu Asn Glu Ile Val Ser Asp Phe Asn Asp Lys
450 455 460
Leu Lys Ser Val Thr Lys Gly Tyr Gly Ser Phe Asp Tyr Arg Leu Gly
465 470 475 480
Asp Tyr Lys Lys Gly Ala Ile Ile Lys Leu Glu Ile Leu Ile Asn Asp
485 490 495
Glu Ala Val Asp Ala Phe Ser Cys Leu Val His Arg Asp Lys Ala Glu
500 505 510
Ser Lys Gly Arg Ser Ile Cys Glu Lys Leu Val Asp Val Ile Pro Pro
515 520 525
Gin Leu Phe Lys Ile Pro Ile Gin Ala Ala Ile Asn Lys Lys Ile Ile
530 535 540
Ala Arg Glu Thr Ile Arg Ala Leu Ala Lys Asn Val Thr Ala Lys Cys
545 550 555 560
Tyr Gly Gly Asp Ile Thr Arg Lys Arg Lys Leu Trp Asp Lys Gin Lys
565 570 575
Lys Gly Lys Lys Arg Met Lys Glu Phe Gly Lys Val Ser Ile Pro Asn
580 585 590
Thr Ala Phe Val Glu Val Leu Lys Met Glu
595 600 <210> 566 <211> 324 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 566
Met 1 Glu Leu Leu Pro 5 His Glu Lys Gin Val Val 10 Glu Tyr Glu Lys 15 Thr
Ile Ala Glu Phe Lys Glu Lys Asn Lys Glu Asn Ser Leu Leu Ser Ser
20 25 30
Ser Glu Ile Gin Lys Leu Asp Lys Arg Leu Asp Arg Leu Lys Glu Lys
35 40 45
Ile Tyr Ser Asp Leu Thr Pro Trp Glu Arg Val Gin Ile Cys Arg His
50 55 60
Pro Ser Arg Pro Arg Thr Val Asn Tyr Ile Glu Gly Met Cys Glu Glu
65 70 75 80
Phe Val Glu Leu Cys Gly Asp Arg Thr Phe Arg Asp Asp Pro Ala Val
85 90 95
378
PL 209 107 B1
Val Gly Gly Phe Ala Lys Ile Gin Gly Gin Arg Phe Met Leu Ile Gly
100 105 110
Gin Glu Lys Gly Cys Asp Thr Lys Ser Arg Met His Arg Asn Phe Gly
115 120 125
Met Leu Cys Pro Glu Gly Phe Arg Lys Ala Leu Arg Leu Ala Lys Met
130 135 140
Ala Glu Lys Phe Gly Leu Pro Ile Ile Phe Leu Val Asp Thr Pro Gly
145 150 155 160
Ala Phe Pro Gly Leu Thr Ala Glu Glu Arg Gly Gin Gly Trp Ala Ile
165 170 175
Ala Thr Asn Leu Phe Glu Leu Ala Arg Leu Ala Thr Pro Ile Ile val
180 185 190
Ile Val Ile Gly Glu Gly Cys Ser Gly Gly Ala Leu Gly Met Ala Ile
195 200 205
Gly Asp Val Val Ala Met Leu Glu His Ser Tyr Tyr Ser Val Ile Ser
210 215 220
Pro Glu Gly Cys Ala Ser Ile Leu Trp Lys Asp Pro Lys Lys Asn Ser
225 230 235 240
Asp Ala Ala Ala Met Leu Lys Met His Gly Glu Asp Leu Lys Gly Phe
245 250 255
Ala Ile Val Asp Ala Val Ile Lys Glu Pro Ile Gly Gly Ala His His
260 265 270
Asn Pro Ala Ala Thr Tyr Arg Ser Val Gin Glu Tyr Val Leu Gin Glu
275 280 285
Trp Leu Lys Leu Lys Asp Leu Pro Val Glu Glu Leu Leu Glu Lys Arg
290 295 300
Tyr Gin Lys Phe Arg Thr Ile Gly Leu Tyr Glu Thr Ser Ser Glu Ser
305 310 315 320
Asp Ser Glu Ala
<210> 567 <211> 646 <212> PRT ί D £ serovar
<211 i> C. . Trachomatis
<400> 567
Met Lys Leu Leu Leu Lys Ala Ile Leu Arg His Lys Lys His Leu Val
1 5 10 15
Leu Phe Gly Phe Ser Leu Leu Ser Ile Leu Gly Leu Thr Ile Thr Ser
20 25 30
Gin Ala Glu Ile Phe Ser Leu Gly Leu Ile Ala Lys Thr Gly Pro Asp
35 40 45
Thr Phe Leu Leu Phe Gly Lys Gin Glu Gly Ala Ser Leu Val Lys Arg
50 55 60
Lys Glu Leu Ser Lys Asp Gin Leu Leu Glu Gin Trp Asp Asn Ile Val
65 70 75 80
Gly Glu Gly Asp Thr Leu Ser Leu Pro Gin Ala Asn Ala Tyr Ile Ala
85 90 95
Lys His Ser Gly Gly Ser Gin Ser Ile Thr Lys Arg Leu Ser Ala Tyr
100 105 110
Leu Ser Gly Cys Phe Asp Phe Ser Arg Leu Gin Cys Leu Ala Leu Phe
115 120 125
Leu Val Val Val Ala Ile Leu Lys Ser Thr Thr Leu Phe Phe Gin Arg
130 135 140
Phe Leu Ala Gin Leu Ile Ala Ile Arg Val Ser Cys Ser Leu Arg Lys
145 150 155 160
Asp Tyr Phe Leu Ala Leu Gin Thr Leu Pro Met Thr Phe Phe His Ala
165 170 175
His Asp Met Gly Asn Leu Ser Ser Arg Val Ile Ala Asp Ser Ser Met
180 185 190
Ile Ala Leu Ala Ile Asn Ala Leu Met Val Asn Tyr Ile Gin Ala Pro
195 200 205
Ile Thr Met Thr Leu Ala Leu Val Val Cys Leu Ser Ile Ser Trp Lys
210 215 220
Phe Cys Ala Cys Val Cys Leu Ala Phe Pro Ile Phe Ile Leu Pro Ile
225 230 235 240
Val Ile Ile Ala Lys Lys Val Lys Ala Leu Ala Lys Arg Ile Gin Lys
PL 209 107 B1
379
245 250 255
Ser Gin Asp His Ser Ala Ala Ala Leu Leu Asp Phe Leu Leu Gly Ile
260 265 270
Leu Thr Val Lys Val Phe Arg Thr Glu Gin Phe Ser Phe Ser Lys Tyr
275 280 285
Cys Gin Lys Asn Asp Glu Ile Ala Arg Leu Glu Glu Arg Ser Ala Ala
290 2 95 300
Tyr Ser Leu Ile Pro Arg Pro Leu Leu His Thr Ile Ala Ser Leu Phe
305 310 315 320
Phe Ala Leu Val Ile Met Ile Gly Leu Tyr His Phe His Ile Pro Pro
325 330 335
Glu Glu Leu Val Val Phe Cys Gly Leu Leu Tyr Leu Ile Tyr Asp Pro
340 345 350
Ile Lys Lys Phe Ala Asp Glu Asn Ala Asn Ile Met Trp Gly Cys Ala
355 360 365
Ala Ala Glu Arg Phe Tyr Glu Val Leu Asp Leu Ala Lys Gin Gin Ser
370 375 380
Asn Val Ser Glu Lys Leu Asn Glu Phe Gin Gly Leu Gin His Ser Ile
385 390 395 400
Gin Phe Cys Asn Val Ser Phe Gly Tyr Val Glu Asp Ser Pro Val Leu
405 410 415
Ser Asp Phe Asn Leu Val Leu Lys Lys Gly Glu Ala Ile Gly Ile Val
420 425 430
Gly Pro Thr Gly Ser Gly Lys Ser Thr Ile Ala Lys Leu Leu Pro Arg
435 440 445
Leu Tyr Glu Val Ser His Gly Glu Leu Leu Ile Asp Ser Leu Pro Ile
450 455 460
Arg Ser Tyr Cys Lys Asn Ser Leu Arg Lys His Ile Gly Cys Val Leu
465 470 475 480
Gin His Pro Phe Leu Phe Tyr Asp Thr Val Trp Asn Asn Leu Thr Cys
485 490 495
Gly Arg Thr Phe Ser Glu Glu Glu Val Phe His Ala Leu Lys Gin Ala
500 505 510
His Ala Tyr Glu Phe Val Ser Lys Met Pro Gin Gly val His Ser Leu
515 520 525
Leu Glu Glu Ser Ser Lys Asn Leu Ser Gly Gly Gin Gin Gin Arg Leu
530 535 540
Thr Ile Ala Arg Ala Leu Leu His Asn Thr Ser Ile Leu Leu Leu Asp
545 550 555 560
Glu Ala Thr Ser Ala Leu Asp Ala Ile Ser Glu Asn Tyr Val Lys Glu
565 570 575
Ile Val Gly Gin Leu Lys Gly Arg Cys Thr Gin Ile Ile Ile Ala His
580 585 590
Lys Leu Ser Thr Leu Glu Tyr Val Asp Arg Ile Val Tyr Leu Glu Gin
595 600 605
Gly Lys Lys Ile Ala Glu Gly Thr Lys Glu Glu Leu Leu Asp Ser Cys
610 615 620
Pro Ala Phe Gin Arg Met Trp Val Leu Ser Gly Ala Lys Asp Trp Glu
625 630 635 640
Leu Asn Ala Val Val Lys
645 <210> 568 <211> 414 <212> PRT
<213> C. . Trachomatis D ! serovar
<400> 568
Met Phe Ser Ser Ala Ile Val Ile Leu Thr Ala Ile Phe Val Leu Cys
1 5 10 15
Ser Gly Phe Val Ser Leu Ser His Ile Ala Leu Phe Ser Leu Pro Ser
20 25 30
Ser Leu Ile Ala His Tyr Ser His Ser Lys Asn Arg Gin Leu Arg Gin
35 40 45
Ile Ala Asn Leu Met Ala Tyr Pro Asn His Leu Leu Met Thr Leu Val
50 55 60
Phe Phe Asp Ile Gly Ile Asn Ile Gly Val Gin Asn Cys Ile Ala Thr
70 75 80
380
PL 209 107 B1
Leu Val Gly Asp Ser 85 Ala Ser Leu
Ala Leu Thr Leu 100 Val Leu Gly Glu
Pro Tyr Asn 115 Ala Arg Ile Ala Lys 120
Ser Thr 130 Lys Ser Phe Arg Pro 135 Ile
Asn 145 Phe Ile Val Gin Lys 150 Met Leu
Gin Pro Gin Glu Leu 165 Lys Glu Val
Val Val Asn His 180 Glu Glu Ser Arg
Glu Glu Gly 195 Ser Ile Lys Glu Arg 200
Phe Tyr 210 Asp Val Leu Thr Pro 215 Ile
Gly 225 Pro Lys Gin Ser Tyr 230 Ser Lys
Gin Asn Leu Leu Gly 245 Val Cys Ser
Glu Lys Leu Gin 260 Ser Ala Glu Glu
His Tyr Ile 275 Pro Glu Thr Val Ser 280
Ala Gly 290 Glu Asp Cys Gly Leu 295 Gly
Ile 305 Glu Gly Leu Ile Thr 310 Gin Asn
Gly Val Ala His Asn 325 Arg Pro Ser
Lys Asn Val Val 340 Ile Ala Ala Gly
Asp Leu Phe 355 Gly Val Asp Leu Pro 360
Gly Gly 370 Trp Leu Thr Glu Gin 375 Leu
Lys 385 Phe Ala Trp Gly Gin 390 Phe Val
Asn Cys Val Lys Arg Val Tyr Ile
Leu Leu 90 Thr Val Gly Val Pro 95 Leu
Ile 105 Val Pro Lys Val Ile 110 Ala Ile
Ile Val Thr Pro Ile 125 Ile Phe Ala
Phe Asp Trp Ala 140 Ile Ser Gly Ile
Ala Arg Gin 155 Glu Ser Asp Phe Ile 160
Leu Arg 170 Ser Cys Lys Asp Phe 175 Gly
Leu 185 Leu Phe Gly Tyr Leu 190 Ser Met
Met Thr Pro Lys Gin 205 Glu Ile Ile
Glu Asn Leu Tyr 220 Lys Leu Phe Ser
Val Leu Val 235 Cys Lys Gly Gly Leu 240
Ala Lys 250 Leu Leu Leu Leu Tyr 255 Lys
Leu 265 Leu Pro Leu Leu Arg 270 Lys Pro
Ala Lys Thr Ala Leu 285 Tyr His Leu
Ile Ile Ile Asp 300 Glu Tyr Gly Ser
Asp Leu Phe 315 Lys Ile Val Ser Asp 320
Phe Lys 330 Gin Phe Ala His Ser 335 Asp
Thr 345 Tyr Glu Leu Ser Asp 350 Phe Tyr
Thr Thr Ala Asn Cys 365 Val Thr Ile
Gly Glu Ile Pro 380 Glu Thr Gly Thr
Phe Arg Gin Lys 410 Ile 395 Thr Leu His Asp Gly Ala Asn Ala Pro 400
405 <210> 569 <211> 404 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 569
Met 1 Glu Thr Asn Ser 5 Pro Phe Phe
Ile Phe Val Gin 20 Gly Phe Phe Ser
Phe Asn Arg 35 Val Arg Leu Gin Tyr 40
Ala Ser 50 Tyr Ile Asn Phe Leu 55 Val
Thr 65 Val Met Leu Gly Val 70 Asn Ile
Ser Arg Thr Cys Tyr 85 Lys Leu Leu
Ala Thr Gin Ile 100 Ile Leu Val Val
Ala Ile Ser 115 Arg Lys Ile Pro Glu 120
Ile Leu 130 Tyr Phe Ala His Tyr 135 Leu
Gly Gly Ile Thr Asn Met Ile Tyr
Trp Leu 10 Gly Val Asn Leu Leu 15 Cys
Met 25 Met Glu Met Ala Cys 30 Ile Ser
Tyr Leu Thr Lys Ser 45 Asn Lys Lys
Arg Arg Pro Tyr 60 Arg Leu Phe Gly
Ala Leu Gin 75 Ile Gly Ser Glu Ser 80
Gly Ile 90 Ser Pro Glu Tyr Ala 95 Pro
Ile 105 Phe Ala Glu Leu Ile 110 Pro Leu
Lys Ile Ala Leu Lys 125 Gly Ala Pro
Phe Tyr Pro Leu 14 0 Ile Gin Cys Val
Phe Ile Leu Asn Ile Lys Glu Glu
PL 209 107 B1
381
145 Thr Leu His Ser Thr 150 Leu Ser Arg
Thr His His Glu 165 Glu His Asp Phe
Ser Leu Ser 180 Ala Thr Ser Val Glu
Ile Pro 195 Ile Leu Ser Ala Thr 200 Ala
Val 210 Arg Arg His Arg Leu 215 Asp Phe
225 Lys Asn Val Val Gly 230 Ile Ala Phe
Pro Ser Asp Pro 245 Val Val Pro Tyr
Ala Lys Ser 260 Lys Leu Ile His Ala
Ser Asn 275 Val Ala Ile Val Leu 280 Asn
Leu 290 Gly Leu His Thr Val 295 Phe Lys
305 Ala Gin Leu Lys Pro 310 Lys Pro Thr
Gly Asn Thr Pro 325 Leu Ser Glu Ile
Met Asp Asn 340 Asp Cys Thr Thr Ile
Asp Thr 355 Pro Pro Glu Val Gly 360 Ala
Leu 370 Glu Val Lys Glu Ile 375 Ser Leu
385 Lys Asp Thr Leu 390
155 160
Asp Glu 170 Leu Gin Lys Thr Leu 175 Glu
Asn 185 Val Ile Ala Thr Asn 190 Ile Phe
Gin Val Cys Gin Tyr 205 Leu Asp Gin
Ser Val Arg Asp 220 Val Cys Gin Leu
Val Pro Val 235 Tyr His Lys Val Lys 240
Pro Lys 250 Asn Leu Ile Asn Arg 255 Asn
Leu 265 Ser Ser Pro Trp Phe 270 Ile Thr
Ile Gin Glu Phe Arg 285 Lys Asn Ser
Asn Asn Gly Glu 300 Pro Met Gly Val
Thr Leu Phe 315 Asn Thr Arg Asn Ile 320
Ser Leu 330 Ile Glu Arg Thr Phe 335 Ser
Glu 345 Asn Glu Leu Asp Ile 350 Ile Phe
Glu Gin Leu Met Leu 365 Lys Leu Leu
Ser Ile Ile Ile 380 Asn Asp Leu Leu
Tyr Gly Ile 395 Lys Thr Yal Ala Ile 400
<210> 570 <211> 539 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar
<400> 570
Met 1 Cys Cys Val Asp 5 Gly Ser Asn
Cys Glu Tyr Arg 20 Thr Ala Ala Gin
Asp Cys Ser 35 Leu Leu Glu Ala Arg 40
His His 50 Glu Tyr Ser Ala Trp 55 Arg
Arg 65 Phe Pro Ser Leu Glu 70 Ala Asp
Ala Ser Leu Leu Gin 85 Lys Asn Ile
Val Ile Thr Ile 100 Leu Ala Val Gly
Pro Ile Val 115 Leu Gin Ala Leu Ser 120
Ile Ala 130 Val Gin Val Ala Val 135 Met
Ala 145 Val Gly Asp Leu Ala 150 Lys Asn
Thr Ala Tyr Arg Ala 165 Ala Ala Val
His Leu Arg Val 180 Val Val Gin Asn
Arg Glu Ala 195 Trp Arg Ser Leu Cys 200
Yal Leu 210 Thr Gly Ile Asp Gin 215 Ala
Ser Ile 10 Gin Gin Arg Met Arg 15 Phe
Glu 25 Ala Lys Thr Ser Leu 30 Ser Ser
Leu Ala Leu Arg Ala 45 Leu Ala Lys
Glu Ala Phe Leu 60 Arg Ser Gin Glu
Arg Asp Ile 75 His Glu Asp Leu Ala 80
Arg His 90 Ser Ser Leu Thr Val 95 Arg
Met 105 Ala Arg Asp Tyr Arg 110 Leu Val
Asp Asp Ser Asp Thr 125 Val Arg Glu
Tyr Gly Ser Ser 140 Cys Leu Leu Arg
Asp Ser Ser 155 Ile Gin Val Arg Ile 160
Leu Glu 170 Ile Gin Asp Leu Val 175 Pro
Thr 185 Gin Leu Asp Gly Thr 190 Glu Arg
Val Leu Thr Arg Pro 205 His Ser Gly
Leu Met Thr Cys 220 Glu Met Leu Lys
382
PL 209 107 B1
Glu Tyr Pro Glu Lys Cys Thr Glu Glu Gin Ile Arg Thr Leu Leu Ala
225 230 235 240
Ala Asp His Pro Glu Val Gin Val Ala Thr Leu Gin Ile Ile Leu Arg
245 250 255
Gly Gly Arg Val Phe Arg Ser Ser Ser Ile Met Glu Ser Val Gin Lys
260 265 270
Leu Ala Cys Asn Ser Leu Ser Ala Arg Val Gin Met Gin Ala Ala Ala
275 280 285
Ile Leu Tyr Leu Glu Gly Asp Pro Phe Gly Glu Asp Lys Leu Thr Glu
290 295 300
Gly Leu Ser Ala Thr Ser Ser Ile Leu Cys Glu Ala Ala Ser Glu Ala
305 310 315 320
Val Cys Ser Leu Gly Ile His Gly Val His Leu Ala Gly Arg Phe Leu
325 330 335
Ser Lys Val Gin Gly Met Arg Ser Arg Val Asn Leu Ala Phe Ala Leu
340 345 350
Leu Val Ser Arg Glu Lys Val Glu Glu Ala Gly Asp Val Val Ala Ser
355 360 365
Phe Ile His Arg Ile Glu Pro Cys Arg Ala Ile Glu Gin Phe Leu Cys
370 375 380
Glu Asp Gin Lys Ile Phe Val Ala Ser Ser Pro Leu Gin Val Glu Ile
385 390 395 400
Met Lys Arg Asp Leu Ala Lys Lys Ile Ile Arg Leu Leu Val Ala Ala
405 410 415
Gin Tyr Ser Lys Ala Lys Met Val Val Ala Gin Tyr Leu Ala Gly Gin
420 425 430
Gin Val Gly Trp Ser Phe Cys Ser Glu Val Phe Trp Glu Glu Gly Asp
435 440 445
Ser Glu Asp Phe Val Glu Pro Leu Gin Glu Glu Ser Phe Ala Phe Ala
450 455 460
Leu Glu Lys Ala Leu Ser Phe Leu Gin Arg Glu Gly Gly Glu Ala Gly
465 470 475 480
Leu Hi s Ala Val Ile Ser Leu Tyr Pro His Ser Arg Trp Gin Asp Lys
485 490 495
Leu Thr Ile Leu Glu Ala Ile Ala Tyr Ser Glu Asn Arg Ile Ala Thr
500 505 510
Cys Phe Leu Arg Glu Arg Cys Leu Gin Glu Ala Ala Ser Leu Gin Ser
515 520 525
Ala Ala Ala Gly Ala Val Phe Ala Leu Phe Lys
530 535 <210> 571 <211> 104 <212? PRT
<212 l> c. . Trachomatis i D serovar
<400> 571
Met Gin Thr Ser Arg Ile Ser Ser Phe Phe Arg Gly Leu Val His Leu
1 5 10 15
Tyr Arg Trp Ala Ile Ser Pro Phe Leu Gly Ala Pro Cys Arg Phe Phe
20 25 30
Pro Thr Cys Ser Glu Tyr Ala Leu Val Ala Leu Lys Lys His Pro Leu
35 40 45
Arg Lys Ser Leu Phe Leu Ile Ala Lys Arg Leu Leu Lys Cys Gly Pro
50 55 60
Trp Cys Ile Gly Gly Ile Asp Leu Val Pro Arg Thr Ser Val Glu Glu
65 70 75 80
Tyr Leu Ser Ser Pro Thr Pro Leu Ala Glu Ser Pro Asp Asp Arg Thr
85 90 95
Val Pro His Thr Gin Glu Thr Ser 100 <210> 572 <211> 336 <212> PRT <213? C. Trachomatis D serovar <400> 572
PL 209 107 B1
383
Met Gin Leu Phe Phe Gly Arg Phe Tyr Glu Val Ala Cys Ile Val Ala
1 5 10 15
Ser Ile Leu Arg Glu Arg Asp Val Gly Val Phe Met Gly Ile Glu Gly
20 25 30
Arg Gly Ser Gly Ala Met Gin Ser Lys Lys Thr Ile Lys Trp Leu Lys
35 40 45
Gin Ala Leu val Leu Ser Ser Ile Val Asn Ile Leu Leu Leu Leu Leu
50 55 60
Ile Tyr Ser Thr Val Phe Arg Lys Asp Ile Tyr Lys Leu Arg Val Phe
65 70 75 80
Pro Gly Asn Leu Ile Ala Lys Ser Ser Arg Ile Gly Lys Ile Pro Glu
85 90 95
Asp Ile Leu Glu Arg Leu Glu Asn Ala Ser Phe Ala Asp Leu Leu Ala
100 105 110
Leu Leu Gin Glu Glu Arg Met Yal Phe Gly His Pro Leu Lys Ser Trp
115 120 125
Ala Leu Gly Val Ser Ile Gin Lys Tyr Phe Val Asp Ile Ala Pro Met
130 135 140
Leu Thr His Pro Leu Thr Phe Ile Arg Leu Lys Ser Pro Glu Arg Thr
145 150 155 160
Trp Leu Leu Pro Asp Ile Asn Asp Gin Glu Phe Thr Arg Ile Cys Gin
165 170 175
Tyr Leu Leu Thr Glu Arg Phe Pro Phe Ser Ser Arg Gly Phe Phe Arg
180 185 190
Ile Met Val Arg Asp Cys Glu Ala Gly Met Yal Asp Glu Asp Val Leu
195 200 205
Tyr Arg Phe Cys His Leu Pro Glu Phe Leu Tyr Val Arg Ser Leu Leu
210 215 220
Phe Gly Ala Glu Ile Glu Ala Ala Ser Val Ala Ser Leu Ala Arg Met
225 230 235 240
Ile Ile Gin Gly Gly Glu Asp Leu Phe Phe Ser Leu Cys Cys Leu Glu
245 250 255
Asn Arg Gin Thr Ala Ile Ser Asp His Gin Arg Arg Cys Phe Leu Lys
260 265 270
Ala Tyr Val Asp Arg Gin Glu Pro Leu Ala Ala Leu Leu Leu Leu Val
275 280 285
His Asp Ala Asp Trp val Leu His Glu Phe Ser Asp Ser Asp Leu Gin
290 295 300
Ser Phe Ile Gin Leu Leu Pro Arg Glu Ala His Tyr Thr Lys Lys Phe
305 310 315 320
Leu Gly Cys Yal Ala Gin Ser Cys Arg Leu Gly Ile Leu Leu Glu Gly
325 330 335 <210> 573 <211> 426 <212> PRT
<213> C . Trachomatis D serovar
<400> 573
Met Tyr Yal Arg Ser Ile Phe Phe Ser Ile Ile Ala Phe Leu Thr Val
1 5 10 15
Gly Cys Ser Phe Ser Pro Pro Glu Ser Gly Leu Ile Ile Ala Ile His
20 25 30
Asp Asp Pro Arg Ser Leu Ser Pro Glu Lys Gly Glu Asn Ala Phe His
35 40 45
Phe Ser Leu Ser Lys Ala Leu Phe Ala Thr Leu Phe Arg Glu Glu Leu
50 55 60
Ser Gly Leu Thr Pro Ala Leu val Ser Ser Tyr Gin Val Ser Glu Asp
65 70 75 80
Gly Arg Phe Tyr Arg Phe Cys Ile Arg Lys Asp Ala Lys Trp Ser Asp
85 90 95
Gly Ser Leu Leu Leu Ala Glu Asp Val Ile Ala Ala Trp Glu His Thr
100 105 110
Lys Gin Ala Gly Arg Tyr Ser Leu Leu Phe Glu Lys Leu Ser Phe Arg
115 120 125
Ala Ser Ser Ser Ser Glu Ile Leu Ile Glu Leu Lys Glu Pro Glu Pro
130 135 140
Gin Leu Leu Ala Ile Leu Ala Ser Pro Phe Phe Ala Yal Tyr Arg Pro
384
PL 209 107 B1
14 5 150 155 160
Glu Asn Pro Phe Leu Ser Ser Gly Pro Phe Met Pro Lys Thr Tyr Val
165 170 175
Gin Gly Gin Thr Leu Val Leu Gin Lys Asn Pro Tyr Tyr Tyr Asp His
180 185 190
Ala His Val Glu Leu His Ser Ile Asp Phe Arg Ile Ile Pro Asn Ile
195 200 205
Tyr Thr Ala Leu His Leu Leu Arg Arg Gly Asp Val Asp Trp Val Gly
210 215 220
Gin Pro Trp His Gin Gly Ile Pro Phe Glu Leu Arg Thr Thr Ser Ala
225 230 235 240
Leu Tyr Thr His Tyr Ser Val Asp Gly Thr Phe Trp Leu Ile Leu Asn
245 250 255
Pro Lys Asp Pro Val Leu Ser Ser Leu Ser Asn Arg Gin Arg Leu Ile
260 265 270
Ala Ala Val Gin Lys Glu Lys Leu Val Lys Gin Ala Leu Gly Thr Gin
275 280 285
Tyr Arg Val Ala Glu Ser Ser Pro Ser Pro Glu Gly Ile Ile Ala His
290 295 300
Gin Glu Ala Ser Thr Pro Phe Pro Gly Lys Ile Thr Leu Ile Tyr Pro
305 310 315 320
Asn Asn Ile Thr Arg Cys Gin Arg Leu Ala Glu Val Leu Gin Glu Gin
325 330 335
Cys Arg Asp Ala Gly Ile Gin Leu Thr Leu Glu Gly Leu Glu Tyr His
340 345 350
Val Phe Val Gin Lys Arg Ala Thr Gin Asp Phe Ser Val Ser Thr Ala
355 360 365
Thr Ser Ile Ala Phe His Pro Leu Ala Lys Ser Lys Phe Asp Gin Thr
370 375 380
Ala Leu Asp Asn Phe Thr Cys Leu Pro Leu Tyr His Ile Glu Tyr Asp
385 390 395 400
Tyr Ile Leu Ser Arg Pro Leu Asp Gin Ile Val His Tyr Pro Ser Gly
405 410 415
Ser Val Asp Leu Thr Tyr Ala His Phe His
420 425 <210> 574 <211> 605 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 574
Met Gin Asn Ile Leu Arg Thr Ser Ser Cys Arg Tyr Met Phe Leu Leu
1 5 10 15
Gly Ile Arg Ser Val Trp Asn Arg Val Ala Val Val Asn Asn Phe Arg
20 25 30
Gly Ser Ser Trp Lys Ile Val Ala Ile Pro Ser Cys Ile Leu Phe Thr
35 40 45
Leu Ile Phe His Leu Pro Arg Trp Leu Ile Asp Phe Gly Val Cys Thr
50 55 60
Asn Leu Ala Cys Ser Leu Ser Ile Ile Phe Trp Val Phe Ser Leu Arg
65 70 75 80
Ser Ser Ala Ser Ala Arg Ile Phe Pro Ser Leu Leu Leu Tyr Leu Cys
85 90 95
Leu Leu Arg Leu Gly Leu Asn Leu Ala Ser Thr Arg Trp Ile Leu Ser
100 105 110
Ser Gly Trp Ala Ser Pro Leu Ile Phe Ala Leu Gly Asn Phe Phe Ser
115 120 125
Leu Gly Ser Ile Pro Val Ala Leu Thr Val Cys Leu Leu Leu Phe Leu
130 135 140
Val Asn Phe Leu Val Ile Thr Lys Gly Ala Glu Arg Ile Ala Glu Val
145 150 155 160
Arg Ala Arg Phe Ser Leu Glu Ala Leu Pro Gly Lys Gin Met Ser Leu
165 170 175
Asp Ala Asp Ile Ala Ala Gly Arg Ile Gly Tyr Ser Arg Ala Ser Val
180 185 190
Lys Lys Ser Ser Leu Leu Glu Glu Ser Asp Tyr Phe Ser Ala Met Glu
195 200 205
PL 209 107 B1
385
Gly Val 210 Phe Arg Phe Val Lys 215 Gly Asp Ala Ile Met 220 Ser Trp Val Leu
Leu Gly Val Asn Ile Leu Ala Ala Leu Phe Leu Gly Arg Ala Thr His
225 230 235 240
Val Gly Asp Leu Trp Leu Thr Val Leu Gly Asp Ala Leu Val Ser Gin
245 250 255
Ile Pro Ala Leu Leu Thr Ser Cys Ala Ala Ala Thr Leu Ile Ala Lys
260 265 270
Val Gly Glu Lys Glu Ser Leu Ala Gin His Leu Leu Asp Tyr Tyr Glu
275 280 285
Gin Ser Arg Gin Ser Phe Leu Phe Ile Ala Leu Ile Leu Cys Gly Met
290 295 300
Ala Cys Ile Pro Gly Ala Pro Lys Ala Leu Ile Leu Gly Phe Ser val
305 310 315 320
Leu Leu Phe Leu Gly Tyr Lys Asn Pro Ser Ser Gly Glu Thr Leu Leu
325 330 335
Phe Gin Lys Glu Arg Val Glu Phe Val Leu Pro Asp Glu Gly Val Gly
340 345 350
Asn Pro Ala Asn Leu Tyr Lys Asp Ala Arg Asn Gin Ile Tyr Gin Glu
355 360 365
Leu Gly Val Val Phe Pro Glu Ala Ile Val Val Arg His Val Thr Gly
370 375 380
Ser Ser Pro Arg Leu Ile Phe Ser Gly Gin Glu Val Ala Leu Arg Glu
385 390 395 400
Leu Ser Cys Pro Ala Ile Leu Glu Ser Ile Arg Gin Leu Ala Pro Glu
405 410 415
Thr Ile Ser Glu Arg Phe Val Thr Arg Leu Val Asp Glu Phe Arg Glu
420 425 430
His Ala Phe Leu Ser Ile Glu Glu Ile Leu Pro Leu Lys Ile Ser Glu
435 440 445
Asn Ser Leu Ile Phe Leu Leu Arg Ala Leu Val Arg Glu Arg Val Ser
450 455 460
Leu His Leu Phe Pro Lys Ile Leu Glu Ala Ile Asp Val Tyr Gly Ser
465 470 475 480
Gin Pro Lys Asn Ser Gin Glu Leu Val Glu Cys Val Arg Lys Tyr Leu
485 490 495
Gly Lys Gin Ile Gly Leu Ser Leu Trp Asn Arg Gin Asp Val Leu Glu
500 505 510
Val Ile Thr Ile Asp Ser Leu Val Glu Gin Phe Val Arg Asp Ser Gin
515 520 525
Glu Lys Val Val Leu Asp Leu Asn Glu Lys Val Val Ala Gin Val Lys
530 535 540
His Leu Leu Arg Val Gly Glu Gly Asn Phe Arg Ala Ile Val Thr Gly
545 550 555 560
Ser Glu Thr Arg Lys Glu Leu Lys Arg Ile Val Asp Pro Tyr Phe Pro
565 570 575
Asp Leu Leu Val Leu Ala His Ser Glu Leu Pro Glu Glu Ile Pro He
580 585 590
Thr Leu Leu Gly Ala Val Ser Asp Glu Val Leu Leu Ser
595 600 605 <210> 575 <211> 173 <212> PRT
<213> C . Trachomatis D serovar
<400> 575
Met Lys Lys Phe Leu Leu Leu Ser Leu Met Ser Leu Ser Ser Leu Pro
1 5 10 15
Thr Phe Ala Ala Asn Ser Thr Gly Thr Ile Gly Ile Val Asn Leu Arg
20 25 30
Arg Cys Leu Glu Glu Ser Ala Leu Gly Lys Lys Glu Ser Ala Glu Phe
3 5 40 45
Glu Lys Met Lys Asn Gin Phe Ser Asn Ser Met Gly Lys Met Glu Glu
50 55 60
Glu Leu Ser Ser Ile Tyr Ser Lys Leu Gin Asp Asp Asp Tyr Met Glu
65 70 75 80
Gly Leu Ser Glu Thr Ala Ala Ala Glu Leu Arg Lys Lys Phe Glu Asp
386
PL 209 107 B1
85 90 95
Leu Ser Ala Glu Tyr Asn Thr Ala Gin Gly Gin Tyr Tyr Gin Ile Leu
100 105 110
Asn Gin Ser Asn Leu Lys Arg Met Gin Lys Ile Met Glu Glu Val Lys
115 12 0 125
Lys Ala Ser Glu Thr Val Arg Ile Gin Glu Gly Leu Ser Val Leu Leu
130 135 140
Asn Glu Asp Ile Val Leu Ser Ile Asp Ser Ser Ala Asp Lys Thr Asp
145 150 155 160
Ala Val Ile Lys Val Leu Asp Asp Ser Phe Gin Asn Asn
165 170 <210> 576 <211> 354 <212» PRT
<213» C. Trachomatis . D serovar
<400» 576
Met Ser Gin Ser Thr Tyr Ser Leu Glu Gin Leu Ala Asp Phe Leu Lys
1 5 10 15
Val Glu Phe Gin Gly Asn Gly Ala Thr Leu Leu Ser Gly Val Glu Glu
20 25 30
Ile Glu Glu Ala Lys Thr Ala His Ile Thr Phe Leu Asp Asn Glu Lys
35 40 45
Tyr Ala Lys His Leu Lys Ser Ser Glu Ala Gly Ala Ile Ile Ile Ser
50 55 60
Arg Thr Gin Phe Gin Lys Tyr Arg Asp Leu Asn Lys Asn Phe Leu Ile
65 70 75 80
Thr Ser Glu Ser Pro Ser Leu Val Phe Gin Lys Cys Leu Glu Leu Phe
85 90 95
Ile Thr Pro Val Asp Ser Gly Phe Pro Gly Ile His Pro Thr Ala Val
100 105 110
Ile His Pro Thr Ala ile Ile Glu Asp His Val Cys Ile Glu Pro Tyr
115 120 125
Ala Val Val Cys Gin His Ala His val Gly Ser Ala Cys His Ile Gly
130 135 140
Ser Gly Ser Val Ile Gly Ala Tyr Ser Thr Val Gly Glu His Ser Tyr
145 150 155 160
Ile His Pro Arg Val Val Ile Arg Glu Arg Val Ser Ile Gly Lys Arg
165 170 175
Val Ile Ile Gin Pro Gly Ala Val Ile Gly Ser Cys Gly Phe Gly Tyr
180 185 190
Val Thr Ser Ala Phe Gly Gin His Lys His Leu Lys His Leu Gly Lys
195 200 205
Val Ile Ile Glu Asp Asp Val Glu Ile Gly Ala Asn Thr Thr Ile Asp
210 215 220
Arg Gly Arg Phe Lys His Ser Val Val Arg Glu Gly Ser Lys Ile Asp
225 230 235 240
Asn Leu Val Gin Ile Ala His Gin Val Glu Val Gly Gin His Ser Met
245 250 255
Ile Val Ala Gin Ala Gly Ile Ala Gly Ser Thr Lys Ile Gly Asn His
260 265 270
Val Ile Ile Gly Gly Gin Ala Gly Ile Thr Gly His Ile Cys Ile Ala
275 280 285
Asp His Val Ile Met Met Ala Gin Thr Gly Val Thr Lys Ser Ile Thr
290 295 300
Ser Pro Gly Ile Tyr Gly Gly Ala Pro Ala Arg Pro Tyr Gin Glu ile
305 310 315 320
His Arg Gin Val Ala Lys Val Arg Asn Leu Pro Arg Leu Glu Glu Arg
325 330 335
Ile Ala Ala Leu Glu Lys Leu Val Gin Lys Leu Glu Ala Leu Ser Glu
340 345 350
Gin His <210» 577 <211> 421 <212» PRT
PL 209 107 B1
387 <213> C. Trachomatis D serovar <400> 577
Met Thr Ala Ser Gly Gly Ala Gly Gly Leu Gly Ser Thr Gin Thr Val
1 5 10 15
Asp Val Ala Arg Ala Gin Ala Ala Ala Ala Thr Gin Asp Ala Gin Glu
20 25 30
Val Ile Gly Ser Gin Glu Ala Ser Glu Ala Ser Met Leu Lys Gly Cys
35 40 45
Glu Asp Leu Ile Asn Pro Ala Ala Ala Thr Arg Ile Lys Lys Lys Gly
50 55 60
Glu Lys Phe Glu Ser Leu Glu Ala Arg Arg Lys Pro Thr Ala Asp Lys
65 70 75 80
Ala Glu Lys Lys Ser Glu Ser Thr Glu Glu Lys Gly Asp Thr Pro Leu
85 90 95
Glu Asp Arg Phe Thr Glu Asp Leu Ser Glu Val Ser Gly Glu Asp Phe
100 105 110
Arg Gly Leu Lys Asn Ser Phe Asp Asp Asp Ser Ser Pro Asp Glu Ile
115 120 12 5
Leu Asp Ala Leu Thr Ser Lys Phe Ser Asp Pro Thr Ile Lys Asp Leu
130 135 140
Ala Leu Asp Tyr Leu Ile Gin Thr Ala Pro Ser Asp Gly Lys Leu Lys
145 150 155 160
Ser Thr Leu Ile Gin Ala Lys His Gin Leu Met Ser Gin Asn Pro Gin
165 170 175
Ala Ile Val Gly Gly Arg Asn Val Leu Leu Ala Ser Glu Thr Phe Ala
180 185 190
Ser Arg Ala Asn Thr Ser Pro Ser Ser Leu Arg Ser Leu Tyr Phe Gin
195 200 205
Val Thr Ser Ser Pro Ser Asn Cys Ala Asn Leu His Gin Met Leu Ala
210 215 220
Ser Tyr Leu Pro Ser Glu Lys Thr Ala Val Met Glu Phe Leu Val Asn
225 230 235 240
Gly Met Val Ala Asp Leu Lys Ser Glu Gly Pro Ser Ile Pro Pro Ala
245 250 255
Lys Leu Gin Val Tyr Met Thr Glu Leu Ser Asn Leu Gin Ala Leu His
260 265 270
Ser Val Asn Ser Phe Phe Asp Arg Asn Ile Gly Asn Leu Glu Asn Ser
275 280 285
Leu Lys His Glu Gly His Ala Pro Ile Pro Ser Leu Thr Thr Gly Asn
290 295 300
Leu Thr Lys Thr Phe Leu Gin Leu Val Glu Asp Lys Phe Pro Ser Ser
305 310 315 320
Ser Lys Ala Gin Lys Ala Leu Asn Glu Leu Val Gly Pro Asp Thr Gly
325 330 335
Pro Gin Thr Glu Val Leu Asn Leu Phe Phe Arg Ala Leu Asn Gly Cys
340 345 350
Ser Pro Arg Ile Phe Ser Gly Ala Glu Lys Lys Gin Gin Leu Ala Ser
355 360 365
Val Ile Thr Asn Thr Leu Asp Ala Ile Asn Ala Asp Asn Glu Asp Tyr
370 375 380
Pro Lys Pro Gly Asp Phe Pro Arg Ser Ser Phe Ser Ser Thr Pro Pro
385 390 395 400
His Ala Pro Val Pro Gin Ser Glu Ile Pro Thr Ser Pro Thr Ser Thr
405 410 415
Gin Pro Pro Ser Pro
420
<210> 578 <211? 231 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 578
Met 1 Met Glu Val Phe 5 Met Asn Phe Leu Asp 10 Gin Leu Asp Leu Ile 15 Ile
Gin Asn Lys His 20 Met Leu Glu His Thr 25 Phe Tyr Val Lys Trp 30 Ser Lys
388
PL 209 107 B1
Gly Glu Leu Thr 35 Lys Glu Gin Leu Gin Ala Tyr Ala Lys Asp Tyr Tyr
40 45
Leu His Ile Lys Ala Phe Pro Lys Tyr Leu Ser Ala Ile His Ser Arg
50 55 60
Cys Asp Asp Leu Glu Ala Arg Lys Leu Leu Leu Asp Asn Leu Met Asp
65 70 75 80
Glu Glu Asn Gly Tyr Pro Asn His Ile Asp Leu Trp Lys Gin Phe Val
85 90 95
Phe Ala Leu Gly Val Thr Pro Glu Glu Leu Glu Ala His Glu Pro Ser
100 105 110
Glu Ala Ala Lys Ala Lys Val Ala Thr Phe Met Arg Trp Cys Thr Gly
115 120 125
Asp Ser Leu Ala Ala Gly Val Ala Ala Leu Tyr Ser Tyr Glu Ser Gin
130 135 14 0
Ile Pro Arg Ile Ala Arg Glu Lys Ile Arg Gly Leu Thr Glu Tyr Phe
145 150 155 160
Gly Phe Ser Asn Pro Glu Asp Tyr Ala Tyr Phe Thr Glu His Glu Glu
165 170 175
Ala Asp Val Arg His Ala Arg Glu Glu Lys Ala Leu Ile Glu Met Leu
180 185 190
Leu Lys Asp Asp Ala Asp Lys Val Leu Glu Ala Ser Gin Glu Val Thr
195 200 205
Gin Ser Leu Tyr Gly Phe Leu Asp Ser Phe Leu Asp Pro Gly Thr Cys
210 215 220
Cys Ser Cys His Gin Ser Tyr
225 230 <210> 579 <211> 243 <212> PRT
<213> C. . Trachomatis ! D serovar
<400> 579
Met Lys Ile Thr Pro Ile Lys Thr Arg Lys Val Phe Ala His Asp Ser
1 5 10 15
Leu Gin Glu Ile Leu Gin Glu Ala Leu Pro Pro Leu Gin Glu Arg Ser
20 25 30
Val Val val Val Ser Ser Lys Ile Val Ser Leu Cys Glu Gly Ala Val
35 40 45
Ala Asp Ala Arg Met Cys Lys Ala Glu Leu Ile Lys Lys Glu Ala Asp
50 55 60
Ala Tyr Leu Phe Cys Glu Lys Ser Gly Ile Tyr Leu Thr Lys Lys Glu
65 70 75 80
Gly Ile Leu Ile Pro Ser Ala Gly Ile Asp Glu Ser Asn Thr Asp Gin
85 90 95
Pro Phe Val Leu Tyr Pro Lys Asp Ile Leu Gly Ser Cys Asn Arg Ile
100 105 110
Gly Glu Trp Leu Arg Asn Tyr Phe Arg Val Lys Glu Leu Gly Val Ile
115 120 125
Ile Thr Asp Ser His Thr Thr Pro Met Arg Arg Gly Val Leu Gly Ile
130 135 14 0
Gly Leu Cys Trp Tyr Gly Phe Ser Pro Leu His Asn Tyr Ile Gly Ser
145 150 155 160
Leu Asp Cys Phe Gly Arg Pro Leu Gin Met Thr Gin Ser Asn Leu Val
165 170 175
Asp Ala Leu Ala Val Ala Ala Val val Cys Met Gly Glu Gly Asn Glu
180 185 190
Gin Thr Pro Leu Ala Val Ile Glu Gin Ala Pro Asn Met Val Tyr His
195 200 205
Ser His Pro Thr Ser Arg Glu Glu Tyr Cys Ser Leu Arg Ile Asp Glu
210 215 220
Thr Glu Asp Leu Tyr Gly Pro Phe Leu Gin Ala Yal Thr Trp Ser Gin
225 230 235 240
Glu Lys Lys <210> 580 <211> 383
PL 209 107 B1
389 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 580
Met Leu Pro His Gin Gin Asn Ser Ser Ser Glu Arg Ala Arg His His
1 5 10 15
Glu Ser Arg Ser His Arg His Ser Ser Ser Ser Arg His His Val Thr
20 25 30
Arg Ser Gin Ser Ser Ala Leu Pro Gin Leu Gin Glu Arg Pro Val Pro
35 40 45
His Pro Leu Ala Glu Arg Glu Leu Ile Ile Phe His Ser Val His Gin
50 55 60
Gin Gin Asn Asn Asn Pro Leu Arg Met Ile Cys Asp Thr Ile Arg Gin
65 70 75 80
Ala Gin Arg Gly Ile Phe Met Arg Ile Tyr Thr Ile Ser Ser Asp Asp
85 90 95
Ile Ile Gin Ser Leu Ile Gin Thr Ser His His Val Pro Val Glu Val
100 105 110
Lys Tyr His Cys Gly Glu Ser Leu Pro Val Ala Cys Gin Asn Ser Arg
115 120 125
Val Val Leu Arg Leu Thr Asn Gly Arg Thr Leu Gin His Lys Lys Thr
130 135 140
Met Leu Ala Asp Phe Gin Thr Val Val Thr Gly Ser Ala Asn Tyr Thr
145 150 155 160
Asp Leu Ser Leu Asn His Asp Ala Asn Val Thr Ala Cys Ile Glu Ser
165 170 175
Ser Glu Leu His Asp Ala Val Phe Ser Glu Arg Pro Gin Leu Val His
180 185 190
Val Gly Pro Gin Leu Leu Asn Tyr Ile Pro Ile Gin Arg Leu Ile Pro
195 200 205
Asn Ala Ala Ser Lys Met Ile Leu Asn Ala Ile Asn Gin Ala Thr Asp
210 215 220
Ser Ile Phe Val Leu Met Tyr Ile Phe Leu Ser Pro Glu Phe Phe Leu
225 230 235 240
Ala Leu Ala Gin Ala Met Arg Arg Gly Val Arg Val Lys Val Ile Ile
245 250 255
Asp Asn His Ser Lys Gin Asp Thr Cys Lys Leu Leu Ser Lys Leu Gly
260 265 270
Ile Gin Leu Pro Ile Tyr Glu Arg Lys Thr Glu Gly Val Leu His Thr
275 280 285
Lys Ile Cys Cys Ile Asp Asn Lys Thr Leu Ile Phe Gly Ser Ala Asn
290 295 300
Trp Ser Gly Ala Gly Met Ile Lys Asn Phe Glu Asp Leu Phe Ile Leu
305 310 315 320
Arg Pro Ile Thr Glu Thr Gin Leu Gin Ala Phe Met Asp Val Trp Ser
325 330 335
Leu Leu Glu Thr Asn Ser Ser Tyr Leu Ser Pro Glu Ser Val Leu Thr
340 345 350
Ala Pro Thr Pro Ser Ser Arg Pro Thr Gin Gin Asp Thr Asp Ser Asp
3S5 360 365
Asp Glu Gin Pro Ser Thr Ser Gin Gin Asp Ile Arg Met Arg Lys
370 375 380
<210> 581 <211? 193 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400? 581
Met 1 Trp Phe Phe Leu Gly Ser Pro Ser Ala Ile Thr Asn Phe Ser 15 Arg
5 10
Val Asp Val Ala Leu Asn Leu Arg Ile Asn Arg Gin Ile Arg Ala Pro
20 25 30
Arg Val Arg Val Ile Gly Ser Ala Gly Glu Gin Leu Gly Ile Leu Ser
35 40 45
Ile Lys Glu Ala Leu Asp Leu Ala Lys Glu Ala Asn Leu Asp Leu Val
50 55 60
Glu Val Al a Ser Asn Ser Glu Pro Pro Val Cys Lys Ile Met Asp Tyr
390
PL 209 107 B1
65 70
Gly Lys Tyr Arg Tyr 85 Asp Val Thr
Ala Gin His Gin 100 Val Arg Ile Lys
Asp Asp Asn 115 Asp Phe Leu Thr Lys 120
Glu Lys 130 Gly Asn Lys Val Lys 135 Val
Leu 145 Ala Tyr Pro Glu His 150 Gly Tyr
Gly Leu Glu Asp Ile 165 Gly Phe Val
Arg Ser Leu Ile Cys Val Ile Ala
180
Lys
75 80
Lys Lys 90 Glu Lys Asp Ser Lys 95 Lys
Glu 105 Val Lys Leu Lys Pro 110 Asn Ile
Ala Lys Gin Ala Arg 125 Ala Phe Ile
Ser Cys Met Phe 140 Arg Gly Arg Glu
Lys Val Ile 155 Gin Arg Met Cys Gin 160
Glu Ser 170 Glu Pro Lys Leu Asn 175 Gly
Pro 185 Gly Thr Leu Lys Thr 190 Lys Lys
<210> 582 <211> 264 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 582
Met 1 Gly Asn Ser Gly 5 Phe Tyr Leu
Ala Asp Asn Ile 20 Lys Val Gly Gin
Gin Ile Ile 35 Leu Gly Thr Lys Ser 40
Ala Ser 50 Asp Gly Ile Ser Leu 55 Thr
Ala 65 Ser Ile Thr Ile Gly 70 Leu Asp
Leu Glu Lys Leu Gly 85 Asn Gin Ile
Val Asp Ser Thr 100 Val Gin Asp Ile
Ser Leu Gly 115 Leu Leu Lys Ala Phe 120
Ile Gin 130 Cys Asn Gly Leu Phe 135 Thr
Gly 145 Gly Thr Glu Ile Gly 150 Lys Phe
Ser Met Phe Leu Val 165 Ser Ala Asp
Gly Val Val Leu 180 Ala Leu Val Arg
Ile Ser Tyr 195 Gly Tyr Ser Ser Gly 200
Thr Ser 210 Ile Thr Asn Thr Gly 215 Leu
Val 225 Gly Gly Leu Glu Ser 230 Gly Val
Gly Asn Asp Ile Leu 245 Gly Ile Thr
Glu Val Ile Pro 260 Gin Thr Asn Ala
Tyr Asn 10 Thr Glu Asn Cys Val 15 Phe
Met 25 Thr Glu Pro Leu Lys 30 Asp Gin
Thr Pro Val Ala Ala 45 Lys Met Thr
Val Ser Asn Asn 60 Ser Ser Thr Asn
Ala Glu Lys 75 Ala Tyr Gin Leu Ile 80
Leu Asp 90 Gly Ile Ala Asp Thr 95 Ile
Leu 105 Asp Lys Ile Thr Thr 110 Asp Pro
Asn Asn Phe Pro Ile 125 Thr Asn Lys
Pro Ser Asn Ile 140 Glu Thr Leu Leu
Thr Val Thr 155 Pro Lys Ser Ser Gly 160
Ile Ile 170 Ala Ser Arg Met Glu 175 Gly
Glu 185 Gly Asp Ser Lys Pro 190 Cys Ala
Val Pro Asn Leu Cys 205 Ser Leu Arg
Thr Pro Thr Thr 220 Tyr Ser Leu Arg
Val Trp Val 235 Asn Ala Leu Ser Asn 240
Asn Thr 250 Ser Asn Val Ser Phe 255 Leu
<210> 583 <211> 1053 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 583
Met Phe Thr Arg Ile Val Met Val 1 5
Ile Val Lys Arg Asn Gly Met Phe
Asp Leu 10 Gin Glu Lys Gin Cys 15 Thr
Val Pro Phe Asp Arg Asn Arg Ile
PL 209 107 B1
391
20 25 30
Phe Gin Ala Leu Glu Ala Ala Phe Arg Asp Thr Arg Arg Ile Asp Asp
35 40 45
His Met Pro Leu Pro Glu Asp Leu Glu Ser Ser Ile Arg Ser Ile Thr
50 55 60
His Gin Val Val Lys Glu Val Val Gin Lys Ile Thr Asp Gly Gin Val
65 70 75 80
Val Thr Val Glu Arg Ile Gin Asp Met Val Glu Ser Gin Leu Tyr Val
85 90 95
Asn Gly Leu Gin Asp Val Ala Arg Asp Tyr Ile Val Tyr Arg Asp Asp
100 105 110
Arg Lys Ala His Arg Lys Lys Ser Trp Gin Ser Leu Ser Val Val Arg
115 120 125
Arg Cys Gly Thr Val Val His Phe Asn Pro Met Lys Ile Ser Ala Ala
130 135 14 0
Leu Glu Lys Ala Phe Arg Ala Thr Asp Lys Thr Glu Gly Met Thr Pro
145 150 155 160
Ser Ser Val Arg Glu Glu Ile Asn Ala Leu Thr Gin Asn Ile Yal Ala
165 170 175
Glu Ile Glu Glu Cys Cys Pro Gin Gin Asp Arg Arg Ile Asp Ile Glu
180 185 190
Lys Ile Gin Asp Ile Val Glu Gin Gin Leu Met Val Val Gly His Tyr
195 200 205
Ala Val Ala Lys Asn Tyr Ile Leu Tyr Arg Glu Ala Arg Ala Arg Val
210 215 220
Arg Asp Asn Arg Glu Glu Asp Gly Ser Thr Glu Lys Thr Ile Ala Glu
225 230 235 240
Glu Ala Val Glu Val Leu Ser Lys Asp Gly Ser Thr Tyr Thr Met Thr
His 245 250 255
Ser Gin Leu Leu Ala His Leu Ala Arg Ala Cys Ser Arg Phe Pro
260 265 270
Glu Thr Thr Asp Ala Ala Leu Leu Thr Asp Met Ala Phe Ala Asn Phe
275 280 285
Tyr Ser Gly Ile Lys Glu Ser Glu Val Val Leu Ala Cys Ile Met Ala
290 295 300
Ala Arg Ala Asn Ile Glu Lys Glu Pro Asp Tyr Ala Phe Val Ala Ala
305 310 315 320
Glu Leu Leu Leu Asp Val Val Tyr Lys Glu Ala Leu Gly Lys Ser Lys
325 330 335
Tyr Ala Glu Asp Leu Glu Gin Ala His Arg Asp His Phe Lys Arg Tyr
340 345 350
Ile Ala Glu Gly Asp Thr Tyr Arg Leu Asn Ala Glu Leu Lys His Leu
355 360 365
Phe Asp Leu Asp Ala Leu Ala Asp Ala Met Asp Leu Ser Arg Asp Leu
370 375 380
Gin Phe Ser Tyr Met Gly Ile Gin Asn Leu Tyr Asp Arg Tyr Phe Asn
385 390 395 400
His His Glu Gly Cys Arg Leu Glu Thr Pro Gin Ile Phe Trp Met Arg
405 410 415
Val Ala Met Gly Leu Ala Leu Asn Glu Gin Asp Lys Thr Ser Trp Ala
420 425 430
Ile Thr Phe Tyr Asn Leu Leu Ser Thr Phe Arg Tyr Thr Pro Ala Thr
435 440 445
Pro Thr Leu Phe Asn Ser Gly Met Arg His Ser Gin Leu Ser Ser Cys
450 455 460
Tyr Leu Ser Thr Val Gin Asp Asn Leu Val Asn Ile Tyr Lys Val Ile
465 470 475 480
Ala Asp Asn Ala Met Leu Ser Lys Trp Ala Gly Gly Ile Gly Asn Asp
485 490 495
Trp Thr Ala Ile Arg Ala Thr Gly Ala Leu Ile Lys Gly Thr Asn Gly
500 505 510
Arg Ser Gin Gly Val Ile Pro Phe Ile Lys Val Thr Asn Asp Thr Ala
515 520 525
Val Ala Val Asn Gin Gly Gly Lys Arg Lys Gly Ala Val Cys Val Tyr
530 535 540
Leu Glu Val Trp His Leu Asp Tyr Glu Asp Phe Leu Glu Leu Arg Lys
545 550 555 560
Asn Thr Gly Asp Glu Arg Arg Arg Ala His Asp Yal Asn Ile Ala Ser
392
PL 209 107 B1
565 570 575
Trp Ile Pro Asp Leu Phe Phe Lys Arg Leu Gin Gin Lys Gly Thr Trp
580 585 590
Thr Leu Phe Ser Pro Asp Asp Val Pro Gly Leu His Asp Ala Tyr Gly
595 600 605
Glu Glu Phe Glu Arg Leu Tyr Glu Glu Tyr Glu Arg Lys Val Asp Thr
610 615 620
Gly Glu Ile Arg Leu Phe Lys Lys Val Glu Ala Glu Asp Leu Trp Arg
625 630 635 64 0
Lys Met Leu Ser Met Leu Phe Glu Thr Gly His Pro Trp Met Thr Phe
645 650 655
Lys Asp Pro Ser Asn Ile Arg Ser Ala Gin Asp His Lys Gly Val Val
660 665 670
Arg Cys Ser Asn Leu Cys Thr Glu Ile Leu Leu Asn Cys Ser Glu Thr
675 680 685
Glu Thr Ala Val Cys Asn Leu Gly Ser Ile Asn Leu Val Gin His Ile
690 695 700
Val Gly Asp Gly Leu Asp Glu Glu Lys Leu Ser Glu Thr Ile Ser Ile
705 710 715 720
Ala Val Arg Met Leu Asp Asn Val Ile Asp Ile Asn Phe Tyr Pro Thr
725 730 735
Lys Glu Ala Lys Glu Ala Asn Phe Ala His Arg Ala Ile Gly Leu Gly
740 745 750
Val Met Gly Phe Gin Asp Ala Leu Tyr Lys Leu Asp Ile Ser Tyr Ala
755 760 765
Ser Gin Glu Ala Val Glu Phe Ala Asp Tyr Ser Ser Glu Leu Ile Ser
770 775 780
Tyr Tyr Ala Ile Gin Ala Ser Cys Leu Leu Ala Lys Glu Arg Gly Thr
785 790 795 800
Tyr Ser Ser Tyr Lys Gly Ser Lys Trp Asp Arg Gly Leu Leu Pro Ile
805 810 815
Asp Thr Ile Gin Leu Leu Ala Asn Tyr Arg Gly Glu Ala Asn Leu Gin
820 825 830
Met Asp Thr Ser Ser Arg Lys Asp Trp Glu Pro Ile Arg Ser Leu Val
835 840 845
Lys Glu His Gly Met Arg His Cys Gin Leu Met Ala Ile Ala Pro Thr
850 855 860
Ala Thr Ile Ser Asn Ile Ile Gly Val Thr Gin Ser Ile Glu Pro Thr
865 870 875 880
Tyr Lys His Leu Phe Val Lys Ser Asn Leu Ser Gly Glu Phe Thr Ile
885 890 895
Pro Asn Val Tyr Leu Ile Glu Lys Leu Lys Lys Leu Gly Ile Trp Asp
900 905 910
Ala Asp Met Leu Asp Asp Leu Lys Tyr Phe Asp Gly Ser Leu Leu Glu
915 920 925
Ile Glu Arg Ile Pro Asp His Leu Lys His Ile Phe Leu Thr Ala Phe
930 935 940
Glu Ile Glu Pro Glu Trp Ile Ile Glu Cys Ala Ser Arg Arg Gin Lys
945 950 955 960
Trp Ile Asp Met Gly Gin Ser Leu Asn Leu Tyr Leu Ala Gin Pro Asp
965 970 975
Gly Lys Lys Leu Ser Asn Met Tyr Leu Thr Ala Trp Lys Lys Gly Leu
980 985 990
Lys Thr Thr Tyr Tyr Leu Arg Ser Ser Ser Ala Thr Thr Val Glu Lys
995 1000 1005
Ser Phe Val Asp Ile Asn Lys Arg Gly Ile Gin Pro Arg Trp Met Lys
1010 1015 1020
Asn Lys Ser Ala Ser Ala Gly Ile Ile Val Glu Arg Ala Lys Lys Ala
1025 1030 1035 1040
Pro Val Cys Ser Leu Glu Glu Gly Cys Glu Ala Cys Gin
1045 1050
<210> 584 <211> 346 <212? PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 584
PL 209 107 B1
393
Met Gin Ala Asp Ile Leu Asp Gly Lys Gin Lys Arg Val Asn Leu Asn
1 5 10 15
Ser Lys Arg Leu val Asn Cys Asn Gin Val Asp Val Asn Gin Leu Val
20 25 30
Pro Ile Lys Tyr Lys Trp Ala Trp Glu His Tyr Leu Asn Gly Cys Ala
35 40 45
Asn Asn Trp Leu Pro Thr Glu Ile Pro Met Gly Lys Asp Ile Glu Leu
50 55 60
Trp Lys Ser Asp Arg Leu Ser Glu Asp Glu Arg Arg Val Ile Leu Leu
65 70 75 80
Asn Leu Gly Phe Phe Ser Thr Ala Glu Ser Leu Val Gly Asn Asn Ile
85 90 95
val Leu Ala Ile Phe Lys His Val Thr Asn Pro Glu Ala Arg Gin Tyr
100 105 110
Leu Leu Arg Gin Ala Phe Glu Glu Ala Val His Thr His Thr Phe Leu
115 120 125
Tyr Ile Cys Glu Ser Leu Gly Leu Asp Glu Lys Glu Ile Phe Asn Ala
130 135 140
Tyr Asn Glu Arg Ala Ala Ile Lys Ala Lys Asp Asp Phe Gin Met Glu
14 5 150 155 160
Ile Thr Gly Lys Val Leu Asp Pro Asn Phe Arg Thr Asp Ser Val Glu
165 170 175
Gly Leu Gin Glu Phe Val Lys Asn Leu Val Gly Tyr Tyr Ile ile Met
180 185 190
Glu Gly Ile Phe Phe Tyr Ser Gly Phe Val Met Ile Leu Ser Phe His
195 200 205
Arg Gin Asn Lys Met Ile Gly Ile Gly Glu Gin Tyr Gin Tyr Ile Leu
210 215 220
Arg Asp Glu Thr Ile His Leu Asn Phe Gly Ile Asp Leu Ile Asn Gly
225 230 235 240
Ile Lys Glu Glu Asn Pro Glu Ile Trp Thr Pro Glu Leu Gin Gin Glu
245 250 255
Ile Val Glu Leu Ile Lys Arg Ala Val Asp Leu Glu Ile Glu Tyr Ala
260 265 270
Gin Asp Cys Leu Pro Arg Gly Ile Leu Gly Leu Arg Ala Ser Met Phe
275 280 285
Ile Asp Tyr Val Gin His Ile Ala Asp Arg Arg Leu Glu Arg Ile Gly
290 295 300
Leu Lys Pro Ile Tyr His Thr Lys Asn Pro Phe Pro Trp Met Ser Glu
305 310 315 320
Thr Ile Asp Leu Asn Lys Glu Lys Asn Phe Phe Glu Thr Arg Val Ile
325 330 335
Glu Tyr Gin His Ala Ala Ser Leu Thr Trp
340 345 <21Q> 585 <211> 326 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 585
Met Ser Phe Phe His Thr Arg Lys Tyr Lys Leu Ile Leu Arg Gly Leu
1 5 10 15
Leu Cys Leu Ala Gly Cys Phe Leu Met Asn Ser Cys Ser Ser Ser Arg
20 25 30
Gly Asn Gin Pro Ala Asp Glu Ser Ile Tyr Val Leu Ser Met Asn Arg
35 40 45
Met Ile Cys Asp Cys Val Ser Arg Ile Thr Gly Asp Arg Val Lys Asn
50 55 60
Ile Val Leu Ile Asp Gly Ala Ile Asp Pro His Ser Tyr Glu Met Val
65 70 75 80
Lys Gly Asp Glu Asp Arg Met Ala Met Ser Gin Leu Ile Phe Cys Asn
85 90 95
Gly Leu Gly Leu Glu His Ser Ala Ser Leu Arg Lys His Leu Glu Gly
100 105 110
Asn Pro Lys Val Val Asp Leu Gly Gin Arg Leu Leu Asn Lys Asn Cys
115 120 125
Phe Asp Leu Leu Ser Glu Glu Gly Phe Pro Asp Pro His Ile Trp Thr
394
PL 209 107 B1
130 135 140
Asp Met Arg Val Trp Gly Ala Ala Val Lys Glu Met Ala Ala Ala Leu
145 150 155 160
Ile Gin Gin Phe Pro Gin Tyr Glu Glu Asp Phe Gin Lys Asn Ala Asp
165 170 175
Gin Ile Leu Ser Glu Met Glu Glu Leu Asp Arg Trp Ala Ala Arg Ser
180 185 190
Leu Ser Thr Ile Pro Glu Lys Asn Arg Tyr Leu Val Thr Gly His Asn
195 200 205
Ala Phe Ser Tyr Phe Thr Arg Arg Tyr Leu Ser Ser Asp Ala Glu Arg
210 215 220
Val Ser Gly Glu Trp Arg Ser Arg Cys Ile Ser Pro Glu Gly Leu Ser
225 230 235 240
Pro Glu Ala Gin Ile Ser Ile Arg Asp Ile Met Arg Val Val Glu Tyr
245 250 255
Ile Ser Ala Asn Asp Val Glu Val Val Phe Leu Glu Asp Thr Leu Asn
260 265 270
Gin Asp Ala Leu Arg Lys Ile Val Ser Cys Ser Lys Ser Gly Gin Lys
275 280 285
Ile Arg Leu Ala Lys Ser Pro Leu Tyr Ser Asp Asn Val Cys Asp Asn
290 295 300
Tyr Phe Ser Thr Phe Gin His Asn Val Arg Thr Ile Thr Glu Glu Leu
305 310 315 320
Gly Gly Thr Val Leu Glu
325 <210> 586 <211> 102 <212> PRT
<213> C. . Trachomatis D i serovar
<400> 586
Met Gin Asn Lys Arg Lys val Arg Asp Asp Phe Ile Lys Ile Val Lys
1 5 10 15
Asp Val Lys Lys Asp Phe Pro Glu Leu Asp Leu Lys Ile Arg Val Asn
20 25 30
Lys Glu Lys Val Thr Phe Leu Asn Ser Pro Leu Glu Leu Tyr His Lys
35 40 45
Ser Val Ser Leu Ile Leu Gly Leu Leu Gin Gin Ile Glu Asn Ser Leu
50 55 60
Gly Leu Phe Pro Asp Ser Pro val Leu Glu Lys Leu Glu Asp Asn Ser
65 70 75 80
Leu Lys Leu Lys Lys Ala Leu Ile Met Leu Ile Leu Ser Arg Lys Asp
90 95
Met Phe Ser Lys Ala Glu
100 <210> 587 <211> 243 <212> PRT
<213> C . Trachomatis D serovar
<400> 587
Val Gly Cys Asn Leu Ala Gin Phe Leu Gly Lys Lys Val Leu Leu Ala
1 5 10 15
Asp Leu Asp Pro Gin Ser Asn Leu Ser Ser Gly Leu Gly Ala Ser Val
20 25 30
Arg Asn Asn Gin Lys Gly Leu His Asp Ile Val Tyr Lys Ser Asn Asp
35 40 45
Leu Lys Ser Ile Ile Cys Glu Thr Lys Lys Asp Ser Val Asp Leu Ile
50 55 60
Pro Ala Ser Phe Leu Ser Glu Gin Phe Arg Glu Leu Asp Ile His Arg
65 70 75 80
Gly Pro Ser Asn Asn Leu Lys Leu Phe Leu Asn Glu Tyr Cys Ala Pro
85 90 95
Phe Tyr Asp Ile Cys Ile Ile Asp Thr Pro Pro Ser Leu Gly Gly Leu
100 105 110
Thr Lys Glu Ala Phe Val Ala Gly Asp Lys Leu Ile Ala Cys Leu Thr
PL 209 107 B1
395
115 120 125
Pro Glu 130 Pro Phe Ser Ile Leu 135 Gly Leu Gin Lys Ile 140 Arg Glu Phe Leu
Ser Ser Val Gly Lys Pro Glu Glu Glu His Ile Leu Gly Ile Ala Leu
145 150 155 160
Ser Phe Trp Asp Asp Arg Asn Ser Thr Asn Gin Met Tyr Ile Asp Ile
165 170 175
Ile Glu Ser Ile Tyr Lys Asn Lys Leu Phe Ser Thr Lys Ile Arg Arg
180 185 190
Asp Ile Ser Leu Ser Arg Ser Leu Leu Lys Glu Asp Ser Val Ala Asn
195 200 205
Val Tyr Pro Asn Ser Arg Ala Ala Glu Asp Ile Leu Lys Leu Thr His
210 215 220
Glu Ile Ala Asn Ile Leu His Ile Glu Tyr Glu Arg Asp Tyr Ser Gin
225 230 235 240
Arg Thr Thr
<210> 588 <211> 527 <212> PRT
<213> C. . Trachomatis s D serovar
<400> 588
Met Pro Ser Leu Ser Gin Ser Arg Arg Ile Ile Gin Gin Ser Ser Ile
1 5 10 15
Arg Lys Ile Trp Asn Gin Ile Asp Thr Ser Pro Lys His Gly Val Cys
20 25 30
Val Pro Leu Phe Ser Leu Tyr Thr Gin Glu Ser Cys Gly Ile Gly Glu
35 40 45
Phe Leu Asp Leu Ile Pro Met Ile Asp Trp Cys Ile Ser Cys Gly Phe
50 55 60
Gin Ile Leu Gin Ile Leu Pro Ile Asn Asp Thr Gly Ser Cys Ser Ser
65 70 75 80
Pro Tyr Asn Ser Ile Ser Ser Ile Ala Leu Asn Pro Leu His Leu Ser
85 90 95
Ile Ser Ala Leu Pro Tyr Lys Glu Glu Val Pro Ala Ala Glu Thr Arg
100 105 110
Ile Arg Glu Met Gin Gin Leu Ser Gin Leu Pro Gin Val His Tyr Glu
115 120 125
Lys Val Arg Ser Met Lys Arg Asp Phe Phe Gin Glu Tyr Tyr Arg Val
130 135 140
Cys Lys Gin Lys Lys Leu Thr Asp His Pro Asp Phe Tyr Ala Phe Cys
145 150 155 160
Glu Gin Glu Lys Tyr Trp Leu His Pro Tyr Ala Leu Phe Arg Ser Ile
165 170 175
Arg Glu His Leu Asp Asn Leu Pro Ile Asn His Trp Pro Thr Thr Tyr
180 185 190
Thr Asp Leu Ser Gin Ile Thr Glu His Glu Arg Thr Phe Ala Glu Asp
195 200 205
Ile Gin Phe His Ser Tyr Leu Gin Tyr Leu Cys Phe Gin Gin Met Thr
210 215 220
Gin Val Arg Glu His Ala Asn Cys Lys Ser Cys Leu Ile Lys Gly Asp
225 230 235 240
Ile Pro Ile Leu Ile Ser Lys Asp Ser Cys Asp Val Trp Phe Tyr Arg
245 250 255
His Tyr Phe Ser Ser Ser Glu Ser val Gly Ala Pro Pro Asp Leu Tyr
260 265 270
Asn Ala Glu Gly Gin Asn Trp His Leu Pro Ile Cys Asn Met Lys Thr
275 28Ó 285
Leu Gin Gin Asp Asn Tyr Leu Trp Trp Lys Glu Arg Leu Arg Tyr Ala
290 295 300
Glu Asn Phe Tyr Ser Leu Tyr Arg Leu Asp His Val Val Gly Leu Phe
305 310 315 320
Arg Phe Trp Val Trp Asp Glu Ser Gly Cys Gly Arg Phe Glu Pro His
325 330 335
Asp Pro Lys Asn Tyr Leu Ala Gin Gly Gin Asp Ile Leu Ser His Leu
340 345 350
396
PL 209 107 B1
Leu Thr Ser Ser Ser Met Leu Pro 360 Ile Gly Glu Asp Leu 365 Gly Thr Ile
355
Pro Ser Asp Val Lys Arg Met Leu Glu Ser Phe Ala Val Cys Gly Thr
370 375 380
Arg Ile Pro Arg Trp Glu Arg Asn Trp Glu Gly Asn Gly Ala Tyr Thr
385 390 395 400
Pro Phe Asp Gin Tyr Asp Pro Leu Ser Val Thr Ser Leu Ser Thr His
405 410 415
Asp Ser Ser Thr Leu Ala Ser Trp Trp Lys Glu Ser Pro Gin Glu Ser
420 425 430
Lys Leu Phe Ala Gin Phe Leu Gly Leu Pro Tyr Ser Ser Thr Leu Ser
435 440 445
Leu His Asn His Thr Glu Ile Leu Lys Leu Ser His Lys Thr Ser Ser
450 455 460
ile Phe Arg Ile Asn Leu Ile Asn Asp Tyr Leu Ala Leu Phe Pro Asp
465 470 475 480
Leu Ile Ser Lys Thr Pro Arg Tyr Glu Arg Ile Asn Leu Pro Gly Thr
485 490 495
Ile Ser Lys Asn Asn Trp Val Tyr Arg Val Lys Pro Ser Ile Glu Asp
500 505 510
Leu Ser Ser His Ser Lys Leu Asn Ser Leu Leu Glu Ala Leu Phe
515 520 525 <210> 589 <211> 146 <212> PRT
<213> C. . Trachomatis D serovar
<400> 589
Met Gin Asn Gin Phe Glu Gin Leu Leu Thr Glu Leu Gly Thr Gin Ile
1 5 10 15
Asn Ser Pro Leu Thr Pro Asp Ser Asn Asn Ala Cys Ile Val Arg Phe
20 25 30
Gly Tyr Asn Asn Val Ala Val Gin Ile Glu Glu Asp Gly Asn Ser Gly
35 40 45
Phe Leu Val Ala Gly Val Met Leu Gly Lys Leu Pro Glu Asn Thr Phe
50 55 60
Arg Gin Lys Ile Phe Lys Ala Ala Leu Ser Ile Asn Gly Ser Pro Gin
65 70 75 80
Ser Asn Ile Lys Gly Thr Leu Gly Tyr Gly Glu Ile Ser Asn Gin Leu
85 90 95
Tyr Leu Cys Asp Arg Leu Asn Met Thr Tyr Leu Asn Gly Glu Lys Leu
100 105 110
Ala Arg Tyr Leu Val Leu Phe Ser Gin His Ala Asn Ile Trp Met Gin
115 120 125
Ser Ile Ser Lys Gly Ala Leu Pro Asp Leu His Ala Leu Gly Met Tyr
130 135 140
His Leu 145 <210> 590 <211> 650 <212> PRT
<213> C . Trachomatis D serovar
<400> 590
Met Thr Ile Pro Ile His Glu Asn Lys Tyr Ser Met Ile Ser Phe Thr
1 5 10 15
Arg Thr Ile Gly Phe Arg Leu Trp Leu Ile Cys Val Ala Ala Ile Met
20 25 30
Phe Pro Leu Gly Ile Asn Ile Leu Gin Leu Asn Leu Gin Gin Tyr Lys
35 40 45
Lys Thr Leu Ser Ser Ile Thr Ser Asp Leu Arg Glu Asn Ala Leu Phe
50 55 60
Lys Ala His Thr Leu Gin Gin Thr Ile Pro Leu Asn Ile Asp Ile Leu
65 70 75 80
Ala Leu Phe Ser Glu Ile Phe Asp Leu Asp Arg Gly Val Pro Ala Glu
90 95
PL 209 107 B1
397
Pro Asp Leu Ala 100 Leu Ser Lys Glu Met 105 Glu Lys Ile Phe His 110 Ser Thr
Tyr Lys Glu 115 Ile Ser Leu Val Lys 120 Lys Glu Ala Asp Gly 125 Asn Phe Arg
Val Val 130 Ala Ser Ser Arg Ile 135 Glu Gin Leu Gly Lys 140 Asn Tyr Asn Gin
Glu 145 Ile Phe Leu Ser Asp 150 Ser Gin Pro Phe Leu 155 Ala Thr Leu Arg His 160
Ser Gly Ser Asp Ser 165 Gin Val Leu Ala Val 170 Leu Gin Thr Asn Ile 175 Phe
Asp Ile Ser Ser 180 Gin Glu Val Leu Gly 185 val Leu Tyr Thr Leu 190 Ser Asp
Thr Asn Tyr 195 Leu Leu Asn Gly Leu 200 Leu Ala Ala Lys Asp 205 Pro Leu Ser
Val Lys 210 Thr Ala Ile Leu Ser 215 Lys Asn Gly Ile Ile 220 Leu Gin Ala Thr
Asp 225 Ser Ser Leu Asp Leu 230 Val Ser Ile His Lys 235 Thr Val Ser Lys Glu 240
Gin Phe Cys Asp Val 245 Phe Leu Arg Asp Asp 250 Ile Cys Pro Pro His 255 Leu
Leu Leu Arg Pro 260 Pro Leu Asn Leu Asp 265 Pro Leu Pro Tyr Gly 270 Glu Asn
Phe Val Ser 275 Phe Cys Ile Gly Asn 280 Thr Glu Met Trp Gly 285 Tyr Ile His
Ser Leu 290 Pro Glu Met Asp Phe 295 Arg Ile Leu Thr Tyr 300 Glu Glu Lys Ser
Ile 305 Ile Phe Ala Ser Leu 310 Trp Arg Arg Thr Leu 315 Leu Tyr Phe Ala Tyr 320
Phe Cys Cys Val Leu 325 Leu Gly Ser Ile Thr 330 Ala Phe Leu Val Ala 335 Lys
Arg Leu Ser Lys 340 Pro Ile Arg Lys Leu 345 Ala Thr Ala Met Met 350 Glu Thr
Arg Arg Asn 355 Gin His His Pro Tyr 360 Glu Pro Asp Ser Leu 365 Gly Phe Glu
Ile Asn 370 His Leu Gly Glu Ile 375 Phe Asn Ser Met Val 380 Gin Ser Leu Leu
Gin 385 Gin Gin Ser Leu Ala 390 Glu Lys Asn Phe Glu 395 Ile Lys Gin His Ala 400
Gin Asn Ala Leu Arg 405 Leu Gly Glu Glu Ala 410 Gin Gin Cys Leu Leu 415 Pro
Asn Gin Leu Pro 420 Asp Ser Pro Thr Thr 425 Glu Ile Ala Lys Ala 430 Tyr Ile
Pro Ala Ile 435 Thr Val Gly Gly Asp 440 Phe Phe Asp Ile Phe 445 Val Ile Gly
Glu Gly 450 Pro Gin Ala Lys Leu 455 Phe Leu Ile Val Ala 460 Asp Ala Ser Gly
Lys 465 Gly Val Asn Ala Cys 470 Ala Tyr Ser Leu Phe 475 Leu Lys Asn Met Leu 480
His Thr Phe Leu Ser 485 Glu Leu Ser Ser Ile 490 Gin Glu Ala Val Gin 495 Gin
Thr Ala Ala Leu 500 Phe Tyr Gin Gin Thr 505 Ala Glu Ser Gly Met 510 Phe Val
Thr Leu Cys 515 Ile Tyr Cys Tyr His 520 Tyr Ala Thr Arg Glu 525 Leu Glu Tyr
Tyr Ser 530 Cys Gly His Asn Pro 535 Ala Cys Leu Arg Ala 540 Pro Asn Gly Asp
Ile 545 Ser Phe Leu Ser His 550 Pro Gly Met Ala Leu 555 Gly Phe Leu Pro Glu 560
Val Pro Pro His Pro 565 Ala Tyr Thr Leu Val 570 Leu Glu Glu Glu Ser 575 Leu
Leu Val Leu Tyr 580 Thr Asp Gly Val Thr 585 Glu Ala Ser Asn Lys 590 His Gly
Glu Met Phe 595 Gly Glu Glu Arg Leu 600 Lys Ala Leu Val Ala 605 Ser Leu Thr
Lys Gin 610 Ser Ala Glu Glu Ala 615 Ile Gin Ser Ile Met 620 Phe Ser Ile Lys
Ser 625 Phe Val Lys Asp Cys 630 Pro Gin His Asp Asp 635 Ile Thr Leu Leu Val 640
398
PL 209 107 B1
Leu Lys Ile Pro Lys Glu Pro Ser Ala Tyr 645 650 <210> 591 <211> 313 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 591
Met Leu Ser Tyr Ile Lys Arg Arg Leu Leu Phe Asn Leu Leu Ser Leu
1 5 10 15
Trp Val Val Val Thr Leu Thr Phe Phe Ile Ile Lys Thr Ile Pro Gly
20 25 30
Asp Pro Phe Asn Asp Glu Asn Gly Asn Ile Leu Ser Ser Glu Thr Leu
35 40 45
Ala Leu Leu Lys Asn Arg Tyr Gly Leu Asp Lys Pro Leu Phe Thr Gin
50 55 60
Tyr Leu Ile Tyr Leu Lys Cys Leu Leu Thr Leu Asp Phe Gly Glu Ser
65 70 75 80
Leu Ile Tyr Lys Asp Arg Thr Val Ile Ser Ile Ile Ala Ala Ala Leu
85 90 95
Pro Ser Ser Ala Ile Leu Gly Leu Glu Ser Leu Cys Leu Ser Leu Phe
100 105 110
Gly Gly Ile Thr Leu Gly Ile Leu Ala Ala Phe Tyr Lys Lys Ser Cys
115 120 125
Gly Arg Thr Ile Phe Phe Ser Ser Val Ile Gin Ile Ser val Pro Ala
130 135 140
Phe Val Ile Gly Ala Phe Leu Gin Tyr Val Phe Ala Ile Lys Tyr Ser
14 5 150 155 160
Cys Leu Pro Ile Ala Cys Trp Gly Asn Phe Ser His Thr Leu Leu Pro
165 170 175
Ser Ile Ala Leu Ala Ile Thr Pro Met Ala Phe Ile Thr Gin Leu Thr
180 185 190
Cys Ala Ser Val Ser Ala Asn Leu Lys Lys Asp Tyr Val Leu Leu Ala
195 200 205
Tyr Ala Lys Gly Leu Ser Pro Phe Lys Val Leu Ile Lys His Ile Leu
210 215 220
Pro Tyr Ala Leu Phe Pro Val Ile Ser Tyr Ser Ala Phe Leu Ile Thr
225 230 235 240
Thr Leu Met Thr Gly Thr Phe Ser Ile Glu Asn Leu Phe Cys Ile Pro
245 250 255
Gly Leu Gly Lys Trp Phe Ile Cys Ser Ile Lys Gin Arg Asp Tyr Pro
260 265 270
Ile Thr Leu Gly Leu Ser Val Phe Tyr Gly Ala Phe Phe Met Leu Thr
275 290 285
Ser Leu Cys Cys Asp Leu Leu Gin Ala Trp Ile Asp Pro Gin Ile Arg
290 2 95 300
Tyr Ser Tyr Gly Lys Glu Arg Ser Lys
305 310 <210> 592 <211> 1237 <212> PRT
<213> C . Trachomatis D serovar
<400> 592
Met Thr Trp Ile Pro Leu His Cys His Ser Gin Tyr Ser Ile Leu Asp
1 5 10 15
Ala Thr Cys Ser Ile Lys Lys Phe Val Ala Lys Ala Val Glu Tyr Gin
20 25 30
Ile Pro Ala Leu Ala Leu Thr Asp His Gly Asn Leu Phe Gly Ala Val
35 40 45
Glu Phe Tyr Lys Thr Cys Lys Gin Asn Ala Ile Lys Pro Ile Ile Gly
50 55 50
Cys Glu Leu Tyr Val Ala Pro Ser Ser Arg Phe Asp Lys Lys Lys Glu
65 70 75 80
Arg Lys Ser Arg Val Ala Asn His Leu Ile Leu Leu Cys Lys Asp Glu
85 90 95
PL 209 107 B1
399
Glu Gly Tyr Arg Asn Leu Cys Leu Leu Ser 105 Ser Leu Ala Tyr 110 Thr Glu
100
Gly Phe Tyr Tyr Val Pro Arg Ile Asp Arg Asp Leu Leu Ser Gin His
115 120 125
Ser Lys Gly Leu Ile Cys Leu Ser Ala Cys Leu Ser Gly Ser Val Ala
130 135 140
Gin Ala Ala Leu Glu Ser Glu Glu Asp Leu Glu Lys Asp Leu Leu Trp
145 150 155 160
Tyr Gin Asp Leu Phe Gin Glu Asp Phe Phe Ser Glu Val Gin Leu His
165 170 175
Lys Ser Ser Glu Glu Lys Val Ala Leu Phe Glu Glu Thr Trp Leu Lys
180 185 190
Gin Asn Tyr Tyr Gin Phe Ile Glu Lys Gin Leu Lys Val Asn Glu Ala
195 200 205
val Leu Ala Thr Ser Lys Arg Leu Gly Ile Pro Ser Val Ala Thr Asn
210 215 220
Asp Ile His Tyr Leu Asn Pro Asp Asp Trp Leu Ala His Glu Ile Leu
225 230 235 240
Leu Asn Val Gin Ser Arg Glu Pro Ile Arg Thr Ala Lys Gin Asn Thr
245 250 255
Tyr Ile Pro Asn Pro Lys Arg Lys Thr Tyr Pro Ser Arg Glu Phe Tyr
260 265 270
Phe Lys Ser Pro Gin Glu Ile Ala Glu Leu Phe Ala Ala His Pro Glu
275 280 285
Thr Ile Thr Asn Thr Cys Ile Val Ala Glu Arg Cys His Leu Glu Leu
290 295 300
Asp Phe Glu Thr Lys His Tyr Pro Ile Tyr Val Pro Glu Ala Leu Gin
305 310 315 320
Lys Lys Gly Ser Tyr Thr Glu Glu Glu Arg Tyr Lys Ala Ser Ser Ala
325 330 335
Phe Leu Glu Glu Leu Cys Glu Gin Gly Leu Thr Ser Lys Tyr Thr Pro
340 345 350
Glu Leu Leu Gly His Ile Ala Lys Lys Phe Pro Gly Glu Asp Pro Leu
355 360 365
Thr Leu Val Lys Glu Arg Leu Lys Leu Glu Ser Ser Ile Ile Ile Ser
370 375 380
Lys Gly Met Cys Asp Tyr Leu Leu Ile Val Trp Asp Ile Ile Asn Trp
385 390 395 400
Ala Lys Asp His Gly Ile Pro val Gly Pro Gly Arg Gly Ser Gly Ala
405 410 415
Gly Ser Val Met Leu Phe Leu Leu Gly Ile Thr Glu Ile Glu Pro Ile
420 425 430
Arg Phe Asp Leu Phe Phe Glu Arg Phe Ile Asn Pro Glu Arg Ile Ser
435 440 445
Tyr Pro Asp Ile Asp Ile Asp Ile Cys Met Ile Gly Arg Glu Arg Val
450 455 460
Ile Asn Tyr Ala Ile Glu Arg His Gly Lys Asp Asn Val Ala Gin Ile
465 470 475 480
Ile Thr Phe Gly Thr Met Lys Ala Lys Met Ala Ile Lys Asp Val Gly
485 490 495
Arg Thr Leu Asp Thr Pro Leu Ala Lys Val Asn Phe Ile Ala Lys His
500 505 510
Ile Pro Asp Leu Asn Ala Thr Ile Thr Ser Ala Leu Glu Ala Asp Pro
515 520 525
Glu Leu Arg Gin Leu Tyr Val Asp Asp Ala Glu Ala Ala Glu Val Ile
530 535 540
Asp Met Ala Lys Lys Leu Glu Gly Ser Ile Arg Asn Thr Gly Val His
545 550 555 560
Ala Ala Gly Val Ile Ile Cys Gly Asp Pro Leu Thr Asn His Ile Pro
565 570 575
Ile Cys Val Pro Lys Asp Ser Ser Met Ile Ser Thr Gin Tyr Ser Met
580 585 590
Lys Pro Val Glu Ser Val Gly Met Leu Lys Val Asp Phe Leu Gly Leu
595 600 605
Lys Thr Leu Thr Gly Ile His Ile Ala Thr Gin Ala Ile Tyr Lys Lys
610 615 620
Thr Gly Ile Leu Leu Arg Ala Ala Thr Ile Pro Leu Asp Asp Gin Asn
625 630 635 640
400
PL 209 107 B1
Thr Phe Ser Leu Leu 645 His Gin Gly Lys Thr Met 650 Gly Ile Phe Gin 655 Met
Glu Ser Arg Gly 660 Met Gin Asp Leu Ala 665 Lys Asn Leu Arg Pro 670 Asp Ala
Phe Glu Glu Ile 675 Ile Ala Ile Gly 680 Ala Leu Tyr Arg Pro 685 Gly Pro Met
Asp Met 690 Ile Pro Ser Phe Ile 695 Asn Arg Lys His Gly 700 Lys Glu Asn Ile
Glu 705 Tyr Asp His Pro Leu 710 Met Glu Pro Ile Leu 715 Lys Glu Thr Phe Gly 720
Ile Met Val Tyr Gin 725 Glu Gin Val Met Gin Ile 730 Ala Gly Ser Leu 735 Ala
Lys Tyr Ser Leu 740 Gly Glu Gly Asp Val 745 Leu Arg Arg Ala Met 750 Gly Lys
Lys Asp His Glu 755 Gin Met Val Lys 760 Glu Arg Glu Lys Phe 765 Cys Ser Arg
Ala Ala 770 Ala Asn Gly Ile Asp 775 Pro Ser Ile Ala Thr 780 Thr Ile Phe Asp
Lys 785 Met Glu Lys Phe Ala 790 Ser Tyr Gly Phe Asn 795 Lys Ser His Ala Ala 800
Ala Tyr Gly Leu Ile 805 Thr Tyr Thr Thr Ala Tyr 810 Leu Lys Ala Asn 815 Tyr
Pro Lys Glu Trp 820 Leu Ala Ala Leu Leu 825 Thr Cys Asp Tyr Asp 830 Asp Ile
Glu Lys Val Gly 835 Lys Leu Ile Gin 340 Glu Ala His Ser Met 845 Asn Ile Leu
Val Leu 850 Pro Pro Asp Ile Asn 855 Glu Ser Gly Gin Asp 860 Phe Glu Ala Thr
Gin 865 Lys Gly Ile Arg Phe 870 Ser Leu Gly Ala Val 875 Lys Gly Val Gly Met 880
Ser Ile Val Asp Ser 885 Ile Val Glu Glu Arg Glu 890 Lys Asn Gly Pro 895 Tyr
Lys Ser Leu Gin 900 Asp Phe val Gin Arg 905 Ala Asp Phe Lys Lys 910 Val Thr
Lys Lys Gin Leu 915 Glu Asn Leu Val 920 Asp Ala Gly Thr Phe 925 Asp Cys Phe
Glu Pro 930 Asn Lys Asp Leu Ala 935 Leu Ala Ile Leu Asn 94 0 Asp Leu Tyr Asp
Thr 945 Phe Ser Arg Glu Lys 950 Lys Glu Ala Ala Thr 955 Gly Val Leu Thr Phe 960
Phe Ser Leu Asp Ser 965 Met Ala Arg Asp Pro val 970 Lys Ile Thr Val 975 Ser
Pro Glu Asn Val 980 Ile Gin Arg Ser Pro 985 Lys Glu Leu Leu Lys 990 Arg Glu
Lys Glu Leu Leu 995 Gly Val Tyr Leu Thr 1000 Ala His Pro Met Asp 1005 Ala Val
Glu His Met Leu 1010 Pro Phe Leu Ser 1015 Val Val Pro Ala Arg 1020 Asp Phe Glu
Gly Leu 1025 Pro His Gly Thr Ile 1030 Ile Arg Thr Val Phe 1035 Leu Ile Asp Lys 1040
Val Thr Thr Lys Ile Ser 1045 Ser Ala Glu Gin Lys 1050 Lys Phe Ala Leu Leu 1055
Gin Val Ser Asp Glu 1060 Val Asp Ser Tyr Glu Leu 1065 Pro Ile Trp Ala 1070 Asp
Met Tyr Ala Glu 1075 Tyr Arg Asp Leu Leu 1080 Glu Glu Asp Arg Leu 1085 Ile Tyr
Ala Ile Leu Ala 1090 Ile Asp Arg Arg 1095 Ser Asp Ser Leu Arg 1100 Leu Ser Cys
Arg Trp 1105 Met Arg Asp Leu Ser 1110 Thr Val Asn Asp Ser 1115 Val Ile Ala Glu 1120
Cys Asp Glu Val Tyr Asp 1125 Arg Leu Lys Ser Gin 1130 Lys Val Tyr Ser Ser 1135
Thr Lys Lys Ser Thr 1140 Gly Ala Gin Ser Ser Ala 1145 Met Ile Lys Lys 1150 Val
Glu Thr Arg Glu 1155 Ile Ser Pro Val Thr 1160 Ile Ser Leu Asp Leu 1165 Asn Lys
Leu Arg His Ser 1170 His Leu Phe Ile 1175 Leu Lys Gly Leu Ile 1180 Arg Lys Tyr
PL 209 107 B1
401
Ser Gly Ser Gin Ala Leu Ser Leu Val Phe Thr Lys Asp Asn Gin Arg
1185 1190 1195 1200
Phe Ala Ser Ile Ser Pro Asp Ala Asp Phe Phe Val Thr Asp Asp Ile
1205 1210 1215
Ser Ser Leu Leu Gin Glu Ile Glu Ala Thr Asn Ile Pro Ala Arg Val
1220 1225 1230
Leu Ala Thr Thr Val
1235 <210> 593 <211> 563 <212> PRT <213 > C. Trachomatis D serovar <400> 593
Met Val Tyr Phe Arg Ala His Gin Pro Arg His Thr Pro Lys Thr Phe
1 5 10 15
Pro Leu Glu Val His His Ser Phe Ser Asp Lys His Pro Gin Ile Ala
20 25 30
Lys Ala Met Arg Ile Thr Gly Ile Ala Leu Ala Ala Leu Ser Leu Leu
35 40 45
Ala val Val Ala Cys val Ile Ala Val Ser Ala Gly Gly Ala Ala Ile
50 55 60
Pro Leu Ala Val Ile Ser Gly Ile Ala Val Met Ser Gly Leu Leu Ser
65 70 75 80
Ala Ala Thr Ile Ile Cys Ser Ala Lys Lys Ala Leu Ala Gin Arg Lys
85 90 95
Gin Lys Gin Leu Glu Glu Ser Leu Pro Leu Asp Asn Ala Thr Glu His
100 105 110
Val Ser Tyr Leu Thr Ser Asp Thr Ser Tyr Phe Asn Gin Trp Glu Ser
115 120 125
Leu Gly Ala Leu Asn Lys Gin Leu Ser Gin Ile Asp Leu Thr Ile Gin
130 135 140
Ala Pro Glu Lys Lys Leu Leu Lys Glu Val Leu Gly Ser Arg Tyr Asp
145 150 155 160
Ser Ile Asn His Ser Ile Glu Glu Ile Ser Asp Arg Phe Thr Lys Met
165 170 175
Leu Ser Leu Leu Arg Leu Arg Glu His Phe Tyr Arg Gly Glu Glu Arg
180 185 190
Tyr Ala Pro Tyr Leu Ser Pro Pro Leu Leu Asn Lys Asn Arg Leu Leu
195 200 205
Thr Gin Ile Thr Ser Asn Met Ile Arg Met Leu Pro Lys Ser Gly Gly
210 215 220
Val Phe Ser Leu Lys Ala Asn Thr Leu Ser His Ala Ser Arg Thr Leu
225 230 235 240
Tyr Thr Val Leu Lys Val Ala Leu Ser Leu Gly Val Leu Ala Gly Val
245 250 255
Ala Ala Leu Ile Ile Phe Leu Pro Pro Ser Leu Pro Phe Ile Ala Val
260 265 270
Ile Gly Val Ser Ser Leu Ala Leu Gly Met Ala Ser Phe Leu Met Ile
275 280 285
Arg Gly Ile Lys Tyr Leu Leu Glu His Ser Pro Leu Asn Arg Lys Gin
290 295 300
Leu Ala Lys Asp Ile Gin Lys Thr Ile Gly Pro Asp Val Leu Ala Ser
305 310 315 320
Met Val His Tyr Gin His Gin Leu Leu Ser His Leu His Glu Thr Leu
325 330 335
Leu Asp Glu Ala Ile Thr Ala Arg Trp Ser Glu Pro Phe Phe Ile Glu
340 345 350
His Ala Asn Leu Lys Ala Lys Ile Glu Asp Leu Thr Lys Gin Tyr Asp
355 360 365
Ile Leu Asn Ala Ala Phe Asn Lys Ser Leu Gin Gin Asp Glu Ala Leu
370 375 380
Arg Ser Gin Leu Glu Lys Arg Ala Tyr Leu Phe Pro Ile Pro Asn Asn
385 390 395 400
Asp Glu Asn Ala Lys Thr Lys Glu Ser Gin Leu Leu Asp Ser Glu Asn
405 410 415
Asp Ser Asn Ser Glu Phe Gin Glu Ile Ile Asn Lys Gly Leu Glu Ala
402
PL 209 107 B1
420 425 430
Ala Asn Lys Arg Arg Ala Asp Ala Lys Ser Lys Phe Tyr Thr Glu Asp
435 440 445
Glu Thr Ser Asp Lys Ile Phe Ser Ile Trp Lys Pro Thr Lys Asn Leu
450 455 460
Ala Leu Glu Asp Leu Trp Arg Val His Glu Ala Cys Asn Glu Glu Gin
465 470 475 480
Gin Ala Leu Leu Leu Glu Asp Tyr Met Ser Tyr Lys Thr Ser Glu Cys
485 490 495
Gin Ala Ala Leu Gin Lys Val Ser Gin Glu Leu Lys Ala Ala Gin Lys
500 505 510
Ser Phe Ala val Leu Glu Lys His Ala Leu Asp Arg Ser Tyr Glu Ser
515 520 525
Ser Val Ala Thr Met Asp Leu Ala Arg Ala Asn Gin Glu Thr His Arg
530 535 540
Leu Leu Asn Ile Leu Ser Glu Leu Gin Gin Leu Ala Gin Tyr Leu Leu
545 550 555 560
Asp Asn His
<210> 594 <211> 1751 <212> PRT s D serovar
<213> C. Trachomatis
<400> 594
Met Lys Trp Leu Ser Ala Thr Ala Val Phe Ala Ala Val Leu Pro Ser
1 5 10 15
Val Ser Gly Phe Cys Phe Pro Glu Pro Lys Glu Leu Asn Phe Ser Arg
20 25 30
Val Gly Thr Ser Ser Ser Thr Thr Phe Thr Glu Thr val Gly Glu Ala
35 40 45
Gly Ala Glu Tyr Ile Val Ser Gly Asn Ala Ser Phe Thr Lys Phe Thr
50 55 60
Asn Ile Pro Thr Thr Asp Thr Thr Thr Pro Thr Asn Ser Asn Ser Ser
65 70 75 80
Ser Ser Asn Gly Glu Thr Ala Ser Val Ser Glu Asp Ser Asp Ser Thr
85 90 95
Thr Thr Thr Pro Asp Pro Lys Gly Gly Gly Ala Phe Tyr Asn Ala His
100 105 110
Ser Gly Val Leu Ser Phe Met Thr Arg Ser Gly Thr Glu Gly Ser Leu
115 120 125
Thr Leu Ser Glu Ile Lys Ile Thr Gly Glu Gly Gly Ala Ile Phe Ser
130 135 140
Gin Gly Glu Leu Leu Phe Thr Asp Leu Thr Gly Leu Thr Ile Gin Asn
145 150 155 160
Asn Leu Ser Gin Leu Ser Gly Gly Ala Ile Phe Gly Glu Ser Thr Ile
165 170 175
Ser Leu Ser Gly Ile Thr Lys Ala Thr Phe Ser Ser Asn Ser Ala Glu
180 185 190
Val Pro Ala Pro Val Lys Lys Pro Thr Glu Pro Lys Ala Gin Thr Ala
195 200 205
Ser Glu Thr Ser Gly Ser Ser Ser Ser Ser Gly Asn Asp Ser Val Ser
210 215 220
Ser Pro Ser Ser Ser Arg Ala Glu Pro Ala Ala Ala Asn Leu Gin Ser
225 230 235 240
His Phe Ile Cys Ala Thr Ala Thr Pro Ala Ala Gin Thr Asp Thr Glu
245 250 255
Thr Ser Thr Pro Ser His Lys Pro Gly Ser Gly Gly Ala Ile Tyr Ala
260 265 270
Lys Gly Asp Leu Thr Ile Ala Asp Ser Gin Glu Val Leu Phe Ser Ile
275 280 285
Asn Lys Ala Thr Lys Asp Gly Gly Ala Ile Phe Ala Glu Lys Asp Val
290 295 300
Ser Phe Glu Asn Ile Thr Ser Leu Lys Val Gin Thr Asn Gly Ala Glu
305 310 315 320
Glu Lys Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Lys Gly Asp Leu Ser Ile Gin Ser
325 330 335
PL 209 107 B1
403
Ser Lys Gin Ser Leu Phe Asn Ser Asn Tyr Ser Lys Gin Gly Gly Gly
340 345 350
Ala Leu Tyr Val Glu Gly Asp Ile Asn Phe Gin Asp Leu Glu Glu Ile
355 360 365
Arg Ile Lys Tyr Asn Lys Ala Gly Thr Phe Glu Thr Lys Lys Ile Thr
370 375 380
Leu Pro Lys Ala Gin Ala Ser Ala Gly Asn Ala Asp Ala Trp Ala Ser
385 390 395 400
Ser Ser Pro Gin Ser Gly Ser Gly Ala Thr Thr Val Ser Asn Ser Gly
405 410 415
Asp Ser Ser Ser Gly Ser Asp Ser Asp Thr Ser Glu Thr val Pro Ala
420 425 430
Thr Ala Lys Gly Gly Gly Leu Tyr Thr Asp Lys Asn Leu Ser Ile Thr
435 440 445
Asn Ile Thr Gly Ile Ile Glu Ile Ala Asn Asn Lys Ala Thr Asp Val
450 455 460
Gly Gly Gly Ala Tyr Val Lys Gly Thr Leu Thr Cys Glu Asn Ser His
465 470 475 480
Arg Leu Gin Phe Leu Lys Asn Ser Ser Asp Lys Gin Gly Gly Gly Ile
485 490 495
Tyr Gly Glu Asp Asn Ile Thr Leu Ser Asn Leu Thr Gly Lys Thr Leu
500 505 510
Phe Gin Glu Asn Thr Ala Lys Glu Glu Gly Gly Gly Leu Phe Ile Lys
515 520 525
Gly Thr Asp Lys Ala Leu Thr Met Thr Gly Leu Asp Ser Phe Cys Leu
530 535 540
Ile Asn Asn Thr Ser Glu Lys His Gly Gly Gly Ala Phe Val Thr Lys
545 550 555 560
Glu Ile Ser Gin Thr Tyr Thr Ser Asp Val Glu Thr Ile Pro Gly Ile
565 570 575
Thr Pro Val His Gly Glu Thr Val Ile Thr Gly Asn Lys Ser Thr Gly
580 585 590
Gly Asn Gly Gly Gly Val Cys Thr Lys Arg Leu Ala Leu Ser Asn Leu
595 600 605
Gin Ser Ile Ser Ile Ser Gly Asn Ser Ala Ala Glu Asn Gly Gly Gly
610 615 620
Ala His Thr Cys Pro Asp Ser Phe Pro Thr Ala Asp Thr Ala Glu Gin
625 630 635 640
Pro Ala Ala Ala Ser Ala Ala Thr Ser Thr Pro Glu Ser Ala Pro Val
645 650 655
Val Ser Thr Ala Leu Ser Thr Pro Ser Ser Ser Thr Val Ser Ser Leu
660 665 670
Thr Leu Leu Ala Ala Ser Ser Gin Ala Ser Pro Ala Thr Ser Asn Lys
675 680 685
Glu Thr Gin Asp Pro Asn Ala Asp Thr Asp Leu Leu Ile Asp Tyr Val
690 695 700
Val Asp Thr Thr Ile Ser Lys Asn Thr Ala Lys Lys Gly Gly Gly Ile
705 710 715 720
Tyr Ala Lys Lys Ala Lys Met Ser Arg Ile Asp Gin Leu Asn Ile Ser
725 730 735
Glu Asn Ser Ala Thr Glu Ile Gly Gly Gly Ile Cys Cys Lys Glu Ser
740 745 750
Leu Glu Leu Asp Ala Leu Val Ser Leu Ser Val Thr Glu Asn Leu Val
755 760 765
Gly Lys Glu Gly Gly Gly Leu His Ala Lys Thr Val Asn Ile Ser Asn
770 775 780
Leu Lys Ser Gly Phe Ser Phe Ser Asn Asn Lys Ala Asn Ser Ser Ser
785 790 795 800
Thr Gly Val Ala Thr Thr Ala Ser Ala Pro Ala Ala Ala Ala Ala Ser
805 810 815
Leu Gin Ala Ala Ala Ala Ala Val Pro Ser Ser Pro Ala Thr Pro Thr
820 825 830
Tyr Ser dy Val Val Gly Gly Ala Ile Tyr Gly Glu Lys Val Thr Phe
835 840 845
Ser Gin Cys Ser Gly Thr Cys Gin Phe Ser Gly Asn Gin Ala Ile Asp
850 855 860
Asn Asn Pro Ser Gin Ser Ser Leu Asn Val Gin Gly Gly Ala Ile Tyr
365 870 875 880
404
PL 209 107 B1
Ala Lys Thr Ser Leu 885 Ser Ile Gly Ser Ser Asp 890 Ala Gly Thr Ser 895 Tyr
Ile Phe Ser Gly Asn Ser Val Ser Thr Gly Lys Ser Gin Thr Thr Gly
900 905 910
Gin Ile Ala Gly Gly Ala Ile Tyr Ser Pro Thr Val Thr Leu Asn Cys
915 92 0 925
Pro Ala Thr Phe Ser Asn Asn Thr Ala Ser Met Ala Thr Pro Lys Thr
930 935 940
Ser Ser Glu Asp Gly Ser Ser Gly Asn Ser Ile Lys Asp Thr Ile Gly
945 950 955 960
Gly Ala Ile Ala Gly Thr Ala Ile Thr Leu Ser Gly Val Ser Arg Phe
965 970 975
Ser Gly Asn Thr Ala Asp Leu Gly Ala Ala Ile Gly Thr Leu Ala Asn
980 985 990
Ala Asn Thr Pro Ser Ala Thr Ser Gly Ser Gin Asn Ser Ile Thr Glu
995 1000 1005
Lys Ile Thr Leu Glu Asn Gly Ser Phe Ile Phe Glu Arg Asn Gin Ala
1010 1015 1020
Asn Lys Arg Gly Ala Ile Tyr Ser Pro Ser Val Ser Ile Lys Gly Asn
1025 1030 1035 1040
Asn Ile Thr Phe Asn Gin Asn Thr Ser Thr His Asp Gly Ser Ala Ile
1045 1050 1055
Tyr Phe Thr Lys Asp Ala Thr Ile Glu Ser Leu Gly Ser val Leu Phe
1060 1065 1070
Thr Gly Asn Asn Val Thr Ala Thr Gin Ala Ser Ser Ala Thr Ser Gly
1075 1080 1085
Gin Asn Thr Asn Thr Ala Asn Tyr Gly Ala Ala Ile Phe Gly Asp Pro
1090 1095 1100
Gly Thr Thr Gin Ser Ser Gin Thr Asp Ala Ile Leu Thr Leu Leu Ala
1105 1110 1115 1120
Ser Ser Gly Asn ile Thr Phe Ser Asn Asn Ser Leu Gin Asn Asn Gin
1125 1130 1135
Gly Asp Thr Pro Ala Ser Lys Phe Cys Ser Ile Ala Gly Tyr Val Lys
1140 1145 1150
Leu Ser Leu Gin Ala Ala Lys Gly Lys Thr Ile Ser Phe Phe Asp Cys
1155 1160 1165
Val His Thr Ser Thr Lys Lys Ile Gly Ser Thr Gin Asn Val Tyr Glu
1170 1175 1180
Thr Leu Asp Ile Asn Lys Glu Glu Asn Ser Asn Pro Tyr Thr Gly Thr
1185 1190 1195 1200
Ile Val Phe Ser Ser Glu Leu His Glu Asn Lys Ser Tyr Ile Pro Gin
1205 1210 1215
Asn Ala Ile Leu His Asn Gly Thr Leu Val Leu Lys Glu Lys Thr Glu
1220 1225 1230
Leu His Val Val Ser Phe Glu Gin Lys Glu Gly Ser Lys Leu Ile Met
1235 1240 1245
Lys Pro Gly Ala Val Leu Ser Asn Gin Asn Ile Ala Asn Gly Ala Leu
1250 1255 1260
Val Ile Asn Gly Leu Thr Ile Asp Leu Ser Ser Met Gly Thr Pro Gin
1265 1270 1275 1280
Ala Gly Glu Ile Phe Ser Pro Pro Glu Leu Arg Ile Val Ala Thr Thr
1285 1290 1295
Ser Ser Ala Ser Gly Gly Ser Gly Val Ser Ser Ser Ile Pro Thr Asn
1300 1305 1310
Pro Lys Arg ile Ser Ala Ala Ala Pro Ser Gly Ser Ala Ala Thr Thr
1315 1320 1325
Pro Thr Met Ser Glu Asn Lys Val Phe Leu Thr Gly Asp Leu Thr Leu
1330 1335 1340
Ile Asp Pro Asn Gly Asn Phe Tyr Gin Asn Pro Met Leu Gly Ser Asp
1345 1350 1355 1360
Leu Asp Val Pro Leu Ile Lys Leu Pro Thr Asn Thr Ser Asp Val Gin
1365 1370 1375
Val Tyr Asp Leu Thr Leu Ser Gly Asp Leu Phe Pro Gin Lys Gly Tyr
1380 1385 1390
Met Gly Thr Trp Thr Leu Asp Ser Asn Pro Gin Thr Gly Lys Leu Gin
1395 1400 1405
Ala Arg Trp Thr Phe Asp Thr Tyr Arg Arg Trp Val Tyr Ile Pro Arg
1410 1415 1420
PL 209 107 B1
405
Asp Asn His Phe Tyr Ala Asn Ser Ile Leu Gly Ser Gin Asn Ser Met
1425 1430 1435 1440
Ile Val Val Lys Gin Gly Leu Ile Asn Asn Met Leu Asn Asn Ala Arg
1445 1450 1455
Phe Asp Asp Ile Ala Tyr Asn Asn Phe Trp Val Ser Gly Yal Gly Thr
1460 1465 1470
Phe Leu Ala Gin Gin Gly Thr Pro Leu Ser Glu Glu Phe Ser Tyr Tyr
1475 1480 1485
Ser Arg Gly Thr Ser Val Ala Ile Asp Ala Lys Pro Arg Gin Asp Phe
1490 1495 1500
Ile Leu Gly Ala Ala Phe Ser Lys Met Val Gly Lys Thr Lys Ala Ile
1505 1510 1515 1520
Lys Lys Met His Asn Tyr Phe His Lys Gly Ser Glu Tyr Ser Tyr Gin
1525 1530 1535
Ala Ser Val Tyr Gly Gly Lys Phe Leu Tyr Phe Leu Leu Asn Lys Gin
1540 1545 1550
His Gly Trp Ala Leu Pro Phe Leu Ile Gin Gly Val Yal Ser Tyr Gly
1555 1560 1565
His Ile Lys His Asp Thr Thr Thr Leu Tyr Pro Ser Ile His Glu Arg
1570 1575 15Β0
Asn Lys Gly Asp Trp Glu Asp Leu Gly Trp Leu Ala Asp Leu Arg Ile 1585 1590 1595 1600
Ser Met Asp Leu Lys Glu Pro Ser Lys Asp Ser Ser Lys Arg Ile Thr
1605 1610 1615
Val Tyr Gly Glu Leu Glu Tyr Ser Ser Ile Arg Gin Lys Gin Phe Thr
1620 1625 1630
Glu Ile Asp Tyr Asp Pro Arg His Phe Asp Asp Cys Ala Tyr Arg Asn
1635 1640 1645
Leu Ser Leu Pro Val Gly Cys Ala Val Glu Gly Ala ile Met Asn Cys
1650 1655 1660
Asn Ile Leu Met Tyr Asn Lys Leu Ala Leu Ala Tyr Met Pro Ser Ile
1665 1670 1675 1680
Tyr Arg Asn Asn Pro Yal Cys Lys Tyr Arg Yal Leu Ser Ser Asn Glu
1685 1690 1695
Ala Gly Gin Yal Ile Cys Gly Yal Pro Thr Arg Thr Ser Ala Arg Ala
1700 1705 1710
Glu Tyr Ser Thr Gin Leu Tyr Leu Gly Pro Phe Trp Thr Leu Tyr Gly 1715 1720 1725
1730 Cys Gly l 1745
Val Gly Met Tyr Thr Leu Ser Gin Met Thr Ser
1735 1740
Ile Phe
1750
<210» 595 <211> 900 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400» 595 atgctaaaga ttgatctaac aggaaaggta gcatttgttg cgggcattgg tgatgaccaa ggatatggct ggggtattgc taaacttctt gcagaagcag gagctacgat tattgtagga acatgggtac cgatttacaa aattttctct cagtcttggg aattaggaaa attcaatgaa tctagaaaat tatcgaatgg cactctctta gagattgcta agatctatcc oatggacgca agttttgata gccctgaaga tgttcctgaa gatattgctg aaaataaacg ttacaagggc attacgggat tcacgatatc agaagtcgca gaacaggtaa aaaaagattt tggtcatatt gacattcttg tccactcgct ggcaaatagt cctgaaattt otaagtctct attagaaaca tcaagaaaag gttacttagc ggctctcagt gcctctagtt attcttttgt tagccttctc tctcactttg gaagtatcat gaaccgtggt ggatcgacaa tatcgctcac ctatttggct tctatgcgcg ctgttcctgg atacggaggg ggcatgagtt cggcaaaagc agctttggaa agtgacacca aaactcttgc ttgggaagcg ggacgccgtt ggggcatacg tgtcaatacc atctctgcag gacctttagc aagccgagct ggaaaagcaa ttggttttat tgaaagaatg gtagactatt accaagagtg ggcgcctatt cccgaggcta tgaatgccga gcaggtgggt gccgttgcag ctttcttagc atcacctcta gcttcagcaa ttactggtga gaccttatac gtagatcacg gagccaatgt gatgggaatt ggtcctgaga tgttccctaa agactcataa <210» 596 <211» 1743 <212» DNA
120
130
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
406
PL 209 107 B1 <213 > Chlamydia pneumoniae <400> 596 atgccaaaac aagctgaata tacttgggga tctaaaaaaa ttctggacaa tatagaatgc 60 ctcacagaag acgttgccga atttaaagat ttgctttata cggcacacag aattacttcg 120 agcgaagaag aatctgataa cgaaatacag cctggcgcca tcctaaaagg taccgtagtt 180 gatattaata aagactttgt cgtagttgat gttggtctga agtctgaggg agtgatccct 240 atgtcagagt tcatagactc ttcagaaggt ttagtgcttg gagctgaagt agaagtctat 300 ctcgaccaag ccgaagacga agagggcaaa gttgtccttt ctagagaaaa agccacacga 360 caacgtcaat gggaatacat cttagctcat tgtgaagaag gttctattgt taaaggtcaa 420 attacacgta aagtcaaagg cggccttatt gtagatattg gaatggaagc cttcctacct 480 ggatcacaaa ttgacaacaa gaaaatcaaa aatttagatg attatgtcgg aaaagtttgt 540 gaattcaaaa ttttaaaaat taacgttgaa cgtcgcaata ttgttgtctc aagaagagaa 600 ctcttagaag ctgagagaat ctctaagaaa gccgaactta ttgaacaaat ttctatcgga 660 gaataccgca aaggagttgt taaaaacatt actgactttg gtgtattctt agatctcgat 720 ggtattgacg gtcttctcca cattaccgat atgacctgga agcgcatacg acatccttcc 780 gaaatggtcg aattgaatca agagttggaa gtaattattt taagcgtaga taaagaaaaa 840 ggacgagttg ctctaggtct caaacaaaaa gagcataatc cttgggaaga tattgagaag 900 aaataccctc ctggaaaacg agttcttggt aaaattgtga agcttctccc ctacggagct 960 ttcattgaaa ttgaagaggg cattgaaggt ctaattcaca tttctgaaat gtcttgggtg 1020 aaaaatattg tagatcctag tgaagtcgta aataaaggcg atgaagttga agccattgtt 1080 ctatctattc agaaggacga aggaaaaatt tctctaggat taaagcaaac agaacgtaat 1140 ccttgggaca atatcgaaga aaaatatcct ataggtctcc atgtcaatgc tgaaatcaag 1200 aacttaacca attacggtgc tttcgttgaa ttagaaccag gaattgaggg tctgattcat 1260 atttctgaca tgagttggat taaaaaagtc tctcaccctt cagaactatt caaaaaagga 1320 aattctgtag.aggctgttat tttatcagta gacaaagaaa gtaaaaaaat tactttagga 1380 gttaagcaat taagttctaa tccttggaat gaaattgaag ctatgttccc tgctggcaca 1440 gtaatttcag gagttgtgac taaaatcact gcatttggag cctttgttga gctacaaaac 1500 gggattgaag gattgattca cgtttcagaa ctttctgaca agccctttgc aaaaattgaa 1560 gatattatct ccattggaga aaatgtttęt gcaaaagtaa ttaagctaga tccagatcat 1620 aaaaaagttt ctctttctgt aaaagaatac ttagctgaca atgcttatga tcaagactct 1680 aggactgaat tagatttcaa ggattctcaa ggccctaaag agagaaagaa aaaaggaaaa 1740 tag 1743 <21O> 597 <211> 299 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 597
Met Leu Lys Ile Asp 5 Leu Thr Gly Lys Val 10 Ala Phe Val Ala Gly 15 Ile
Gly Asp Asp Gin 20 Gly Tyr Gly Trp Gly 25 Ile Ala Lys Leu Leu 30 Ala Glu
Ala Gly Ala 35 Thr Ile Ile Val Gly 40 Thr Trp Val Pro Ile 45 Tyr Lys Ile
Phe Ser 50 Gin Ser Trp Glu Leu 55 Gly Lys Phe Asn Glu 60 Ser Arg Lys Leu
Ser 65 Asn Gly Thr Leu Leu 70 Glu Ile Ala Lys Ile 75 Tyr Pro Met Asp Ala 80
Ser Phe Asp Ser Pro 85 Glu Asp val Pro Glu 90 Asp Ile Ala Glu Asn 95 Lys
Arg Tyr Lys Gly 100 Ile Thr Gly Phe Thr 105 Ile Ser Glu Val Ala 110 Glu Gin
Val Lys Lys 115 Asp Phe Gly His Ile 120 Asp Ile Leu Val His 125 Ser Leu Ala
Asn Ser 130 Pro Glu Ile Ser Lys 135 Ser Leu Leu Glu Thr 140 Ser Arg Lys Gly
PL 209 107 B1
407
Tyr 145 Leu Ala Ala Leu Ser 150 Ala Ser Ser Tyr Ser 155 Phe Val Ser Leu Leu 160
Ser His Phe Gly Ser Ile Met Asn Arg Gly Gly Ser Thr Ile Ser Leu
165 170 175
Thr Tyr Leu Ala Ser Met Arg Ala Val Pro Gly Tyr Gly Gly Gly Met
180 185 190
Ser Ser Ala Lys Ala Ala Leu Glu Ser Asp Thr Lys Thr Leu Ala Trp
195 200 205
Glu Ala Gly Arg Arg Trp Gly Ile Arg Val Asn Thr Ile Ser Ala Gly
210 215 220
Pro Leu Ala Ser Arg Ala Gly Lys Ala Ile Gly Phe Ile Glu Arg Met
225 230 235 240
Val Asp Tyr Tyr Gin Glu Trp Ala Pro Ile Pro Glu Ala Met Asn Ala
245 250 255
Glu Gin Val Gly Ala Val Ala Ala Phe Leu Ala Ser Pro Leu Ala Ser
260 265 270
Ala Ile Thr Gly Glu Thr Leu Tyr Val Asp His Gly Ala Asn Val Met
275 280 285
Gly Ile Gly Pro Glu Met Phe Pro Lys Asp Ser
290 295 <210> 598 <211> 580 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 598 Met Pro Lys Gin Ala 5 Glu Tyr Thr Trp Gly 10 Ser Lys Lys Ile Leu 15 Asp
Asn Ile Glu Cys 20 Leu Thr Glu Asp Val 25 Ala Glu Phe Lys Asp 30 Leu Leu
Tyr Thr Ala 35 His Arg Ile Thr Ser 40 Ser Glu Glu Glu Ser 45 Asp Asn Glu
Ile Gin 50 Pro Gly Ala Ile Leu 55 Lys Gly Thr Val Val 60 Asp Ile Asn Lys
Asp 65 Phe Val Val Val Asp 70 Val Gly Leu Lys Ser 75 Glu Gly Val Ile Pro 80
Met Ser Glu Phe Ile 85 Asp Ser Ser Glu Gly 90 Leu Val Leu Gly Ala 95 Glu
Val Glu Val Tyr 100 Leu Asp Gin Ala Glu 105 Asp Glu Glu Gly Lys 110 Val Val
Leu Ser Arg 115 Glu Lys Ala Thr Arg 120 Gin Arg Gin Trp Glu 125 Tyr Ile Leu
Ala His 130 Cys Glu Glu Gly Ser 135 Ile Val Lys Gly Gin 140 Ile Thr Arg Lys
Val 145 Lys Gly Gly Leu Ile 150 Val Asp Ile Gly Met 155 Glu Ala Phe Leu Pro 160
Gly Ser Gin Ile Asp Asn Lys Lys Ile Lys Asn Leu Asp Asp Tyr Val
165 170 175
408
PL 209 107 B1
Gly Lys Val Cys 180 Glu Phe Lys Ile Leu 185 Lys Ile Asn Val Glu 190 Arg Arg
Asn Ile Val 195 Val Ser Arg Arg Glu 200 Leu Leu Glu Ala Glu 205 Arg Ile Ser
Lys Lys 210 Ala Glu Leu Ile Glu 215 Gin Ile Ser Ile Gly 220 Glu Tyr Arg Lys
Gly 225 Val Val Lys Asn Ile 230 Thr Asp Phe Gly Val 235 Phe Leu Asp Leu Asp 240
Gly Ile Asp Gly Leu 245 Leu His Ile Thr Asp 250 Met Thr Trp Lys Arg 255 Ile
Arg His Pro Ser 260 Glu Met Val Glu Leu 265 Asn Gin Glu Leu Glu 270 Val Ile
Ile Leu Ser 275 Val Asp Lys Glu Lys 280 Gly Arg Val Ala Leu 285 Gly Leu Lys
Gin Lys 290 Glu His Asn Pro Trp 295 Glu Asp Ile Glu Lys 300 Lys Tyr Pro Pro
Gly 305 Lys Arg Val Leu Gly 310 Lys Ile Val Lys Leu 315 Leu Pro Tyr Gly Ala 320
Phe Ile Glu Ile Glu 325 Glu Gly Ile Glu Gly 330 Leu Ile His Ile Ser 335 Glu
Met Ser Trp Val 340 Lys Asn Ile Val Asp 345 Pro Ser Glu Val Val 350 Asn Lys
Gly Asp Glu 355 Val Glu Ala Ile Val 360 Leu Ser Ile Gin Lys 365 Asp Glu Gly
Lys Ile 370 Ser Leu Gly Leu Lys 375 Gin Thr Glu Arg Asn 380 Pro Trp Asp Asn
Ile 385 Glu Glu Lys Tyr Pro 390 Ile Gly Leu His Val 395 Asn Ala Glu Ile Lys 400
Asn Leu Thr Asn Tyr 405 Gly Ala Phe Val Glu 410 Leu Glu Pro Gly Ile 415 Glu
Gly Leu Ile His Ile Ser Asp Met 420
Pro Ser Glu 435 Leu Phe Lys Lys Gly 440
Ser Val 450 Asp Lys Glu Ser Lys 455 Lys
Ser Ser Asn Pro Trp Asn Glu Ile
465 470
Ser 425 Trp Ile Lys Lys Val 430 Ser His
Asn Ser Val Glu Ala 445 Val Ile Leu
Ile Thr Leu Gly Val Lys Gin Leu
460
Glu Ala Met Phe Pro Ala Gly Thr 475 480
Val Ile Ser Gly Val 485 Val Thr Lys Ile Thr 490 Ala Phe Gly Ala Phe 495 Val
Glu Leu Gin Asn 500 Gly Ile Glu Gly Leu 505 Ile His Val Ser Glu 510 Leu Ser
Asp Lys Pro 515 Phe Ala Lys Ile Glu 520 Asp Ile Ile Ser Ile 525 Gly Glu Asn
Val Ser Ala Lys Val Ile Lys Leu Asp Pro Asp His Lys Lys Val Ser
PL 209 107 B1
409
530
Leu Ser
545
Arg Thr
Lys Lys
Val Lys
Glu Leu
Gly Lys 580
Glu Tyr 550
Asp Phe 565
535
Leu Ala
Lys Asp
Asp Asn
Ser Gin 570
540
Ala Tyr 555
Gly Pro
Asp Gin
Lys Glu
Asp Ser 560
Arg Lys 575 <210> 599 <211> 358 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 599
Met Arg Lys Thr Val Ile Val Ala Met Ser Gly Gly Val Asp Ser Ser 5 10 15
Val Val Ala Tyr Leu Leu Lys Lys Gin Gly Glu Tyr Asn Val Val Gly 20 25 30
Leu Phe Met Lys Asn Trp Gly Glu Gin Asp Glu Asn Gly Glu Cys Thr 35 40 45
Ala Thr Lys Asp Phe Arg Asp Val Glu Arg Ile Ala Glu Gin Leu Ser 50 55 60
Ile Pro Tyr Tyr Thr Val Ser Phe Ser Lys Glu Tyr Lys Glu Arg Val
70 75 80
Phe Ser Arg Phe Leu Arg Glu Tyr Ala Asn Gly Tyr Thr Pro Asn Pro
90 95
Asp Val Leu Cys Asn Arg Glu Ile Lys Phe Asp Leu Leu Gin Lys Lys 100 105 HO
Val Arg Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Ala Thr Gly His Tyr Cys Arg 115 120 125
Gly Gly Ala Asp Gly Thr Gly Leu Ser Arg Gly Ile Asp Pro Asn Lys 130 135 140
Asp Gin Ser Tyr Phe Leu Cys Gly Thr Pro Lys Asp Ala Leu Ser Asn 143 150 155 160
Val Leu Phe Pro Leu Gly Gly Met Tyr Lys Thr Glu Val Arg Arg Ile
165 170 175
Ala Gin Glu Ala Gly Leu Ala Thr Ala Thr Lys Lys Asp Ser Thr Gly 180 185 190
Ile Cys Phe 195 Ile Gly Lys Arg Pro 200
Val Ala 210 Asp Ser Pro Gly Asp 215 Ile
Val 225 Gly Arg His Glu Gly 230 Ala His
Gly Leu Asn Ile Gly 245 Gly Met Glu
Asn Met Glu Lys Asn Ile Val Tyr
260
Phe Lys Ser Phe Leu 205 Glu Gin Phe
Ile Asp Phe Asp 220 Thr Gin Gin Val
Tyr Tyr Thr 235 Ile Gly Gin Arg Arg 240
Lys Pro 250 Cys Tyr Val Leu Ser 255 Lys
Ile 265 Val Arg Gly Glu Asp 270 His Pro
410
PL 209 107 B1
Leu Leu Tyr 275 Arg Gin Glu Leu Leu 280 Ala Lys Glu Leu Asn 285 Trp Phe Val
Pro Leu 290 Gin Glu Pro Met Ile 295 Cys Ser Ala Lys Val 300 Arg Tyr Arg Ser
Pro 305 Asp Glu Lys Cys Ser 310 Val Tyr Pro Leu Glu 315 Asp Gly Thr Val Lys 320
Val Ile Phe Asp Val 325 Pro Val Lys Ala Val 330 Thr Pro Gly Gin Thr 335 Val
Ala Phe Tyr Gin 340 Gly Asp Ile Cys Leu 345 Gly Gly Gly Val Ile 350 Glu Val
Pro Met Ile 355 His Gin Leu
Zastrzeżenia patentowe

Claims (20)

1. Kompozycja obejmująca:
a) polipeptyd zawierający sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431; lub
b) polinukleotyd kodujący polipeptyd z (a);
do zastosowania do wywoływania odpowiedzi immunologicznej u pacjenta.
2. Kompozycja według zastrz. 1, znamienna tym, że zawiera polipeptyd obejmujący sekwencję
SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431.
3. Kompozycja według zastrz. 2, znamienna tym, że obejmuje polipeptyd zawierający sekwencję SEK NR ID: 431.
4. Kompozycja według zastrz. 1, znamienna tym, że obejmuje polipeptyd, który jest polipeptydem fuzyjnym.
5. Kompozycja według zastrz. 1, znamienna tym, że obejmuje polipeptyd składający się z sekwencji SEK NR ID: 431 lub jej wariantu wykazującego do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431.
6. Kompozycja według zastrz. 1, znamienna tym, że obejmuje sekwencję polinukleotydową zawierającą sekwencję SEK NR ID: 407.
7. Kompozycja według zastrz. 6, znamienna tym, że obejmuje sekwencję polinukleotydową składającą się z sekwencji SEK NR ID: 407.
8. Kompozycja obejmująca:
a) polipeptyd zawierający sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431; lub
b) polinukleotyd kodujący polipeptyd z (a);
do zastosowania do leczenia lub zapobiegania zakażeniu chlamydiami.
9. Kompozycja według zastrz. 8, znamienna tym, że zawiera polipeptyd obejmujący sekwencję
SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak okrePL 209 107 B1
411 ślono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431.
10. Kompozycja według zastrz. 9, znamienna tym, że obejmuje polipeptyd zawierający sekwencję SEK NR ID: 431.
11. Kompozycja według zastrz. 8, znamienna tym, że obejmuje polipeptyd, który jest polipeptydem fuzyjnym.
12. Kompozycja według zastrz. 8, znamienna tym, że obejmuje polipeptyd składający się z sekwencji SEK NR ID: 431 lub jej wariantu wykazującego do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431.
13. Kompozycja według zastrz. 8, znamienna tym, że obejmuje sekwencję polinukleotydową zawierającą sekwencję SEK NR ID: 407.
14. Kompozycja według zastrz. 13, znamienna tym, że obejmuje sekwencję polinukleotydową składającą się z sekwencji SEK NR ID: 407.
15. Kompozycja farmaceutyczna, znamienna tym, że zawiera kompozycję określoną w jednym z zastrz. 1 do 14 oraz fizjologicznie dopuszczalny noś nik.
16. Szczepionka, znamienna tym, że zawiera kompozycję określoną w jednym z zastrz. 1 do 14 oraz czynnik immunostymulujący.
17. Szczepionka według zastrz. 16, znamienna tym, że jako czynnik immunostymulujący obejmuje kombinację QS21 i 3D-MPL.
18. Zastosowanie (a) polipeptydu zawierającego sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431, lub (b) polinukleotydu kodującego polipeptyd z (a), do wytwarzania leku do leczenia lub zapobiegania zakażeniom chlamydiami.
19. Polipeptyd zawierający sekwencję SEK NR ID: 431 lub jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431, lub polinukleotyd kodujący ten polipeptyd lub wariant do zastosowania do wykrywania zakażeń chlamydiami u pacjenta.
20. Zastosowanie (a) polipeptydu zawierającego sekwencję SEK NR ID: 431 jej wariant wykazujący do niej co najmniej 90% identyczność sekwencji jak określono przez porównanie dwóch optymalnie dopasowanych sekwencji w oknie porównania na całej długości sekwencji SEK NR ID: 431, lub (b) polinukleotydu kodującego polipeptyd z (a) do wytwarzania zestawu diagnostycznego do wykrywania zakażeń chlamydiami u pacjenta.
PL365951A 2000-07-20 2001-07-20 Kompozycje do zastosowania w leczeniu i diagnozowaniu infekcji Chlamydia PL209107B1 (pl)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US09/620,412 US6448234B1 (en) 1998-12-08 2000-07-20 Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US09/841,132 US20020061848A1 (en) 2000-07-20 2001-04-23 Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection

Publications (2)

Publication Number Publication Date
PL365951A1 PL365951A1 (pl) 2005-01-24
PL209107B1 true PL209107B1 (pl) 2011-07-29

Family

ID=27088713

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PL365951A PL209107B1 (pl) 2000-07-20 2001-07-20 Kompozycje do zastosowania w leczeniu i diagnozowaniu infekcji Chlamydia

Country Status (25)

Country Link
US (9) US20020061848A1 (pl)
EP (1) EP1307564B1 (pl)
JP (1) JP2004513622A (pl)
KR (1) KR20030016423A (pl)
CN (1) CN100467600C (pl)
AT (1) ATE373092T1 (pl)
AU (2) AU8070201A (pl)
BR (1) BR0112602A (pl)
CA (1) CA2418282A1 (pl)
CY (1) CY1107796T1 (pl)
CZ (1) CZ2003480A3 (pl)
DE (1) DE60130468T2 (pl)
DK (1) DK1307564T3 (pl)
ES (1) ES2294018T3 (pl)
HK (1) HK1067381A1 (pl)
HU (1) HUP0400477A3 (pl)
IL (2) IL153904A0 (pl)
MX (1) MXPA03000564A (pl)
NO (1) NO20030252L (pl)
NZ (3) NZ549873A (pl)
PL (1) PL209107B1 (pl)
PT (1) PT1307564E (pl)
RU (2) RU2410394C2 (pl)
WO (1) WO2002008267A2 (pl)
ZA (1) ZA200300719B (pl)

Families Citing this family (49)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5629167A (en) * 1994-04-19 1997-05-13 Biocine S.P.A. Detection of antibodies against Chlamydia trachomatis pgp3 antigen in patient sera by enzyme-linked immunosorbent assay
US7459524B1 (en) 1997-10-02 2008-12-02 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Chlamydia protein, sequence and uses thereof
US6686339B1 (en) 1998-08-20 2004-02-03 Aventis Pasteur Limited Nucleic acid molecules encoding inclusion membrane protein C of Chlamydia
WO2000011180A1 (en) 1998-08-20 2000-03-02 Connaught Laboratories Limited NUCLEIC ACID MOLECULES ENCODING POMP91A PROTEIN OF $i(CHLAMYDIA)
CA2340330A1 (en) 1998-08-20 2000-03-02 Aventis Pasteur Limited Nucleic acid molecules encoding inclusion membrane protein c of chlamydia
US6649370B1 (en) 1998-10-28 2003-11-18 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
US6607730B1 (en) 1998-11-02 2003-08-19 Aventis Pasteur Limited/Aventis Pasteur Limitee Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
JP2002531093A (ja) 1998-12-01 2002-09-24 アベンティス、パストゥール、リミテッド クラミジア抗原および対応するｄｎａ断片ならびにその使用
US20020061848A1 (en) * 2000-07-20 2002-05-23 Ajay Bhatia Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US20080213264A1 (en) * 1998-12-08 2008-09-04 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
EP1144642B1 (en) 1998-12-08 2010-05-26 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6555115B1 (en) * 1998-12-08 2003-04-29 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
GB9828000D0 (en) 1998-12-18 1999-02-10 Chiron Spa Antigens
US7297341B1 (en) 1998-12-23 2007-11-20 Sanofi Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
US6808713B1 (en) 1998-12-28 2004-10-26 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
DE69938059T2 (de) 1998-12-28 2009-01-08 Sanofi Pasteur Ltd., Toronto Chlamydia antigene, entsprechende dna-fragmente und ihre verwendungen
GB9902555D0 (en) 1999-02-05 1999-03-24 Neutec Pharma Plc Medicament
EP1163342B1 (en) 1999-03-12 2008-12-10 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
WO2000066739A2 (en) 1999-05-03 2000-11-09 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
NZ517952A (en) 1999-09-20 2004-01-30 Aventis Pasteur Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
US6632663B1 (en) 1999-09-22 2003-10-14 Aventis Pasteur Limited DNA immunization against chlamydia infection
NZ520200A (en) 1999-12-22 2004-04-30 Aventis Pasteur Polynucleotides encoding the Clamydia pneumoniae polypeptides omp P6 precursor gene product
US6919187B2 (en) * 2000-04-21 2005-07-19 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
EP1278855B1 (en) 2000-04-21 2008-03-12 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
EP1282718B1 (en) 2000-05-08 2006-12-20 Sanofi Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
ATE440861T1 (de) 2000-07-03 2009-09-15 Novartis Vaccines & Diagnostic Immunisierung gegen chlamydia pneumoniae
US7731980B2 (en) * 2000-10-02 2010-06-08 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Chlamydia PMP proteins, gene sequences and uses thereof
US7537772B1 (en) 2000-10-02 2009-05-26 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Chlamydia protein, gene sequence and the uses thereof
US20030059896A1 (en) * 2000-12-21 2003-03-27 Shire Biochem Inc. Novel chlamydia antigens and corresponding DNA fragments
GB2370838A (en) * 2001-01-06 2002-07-10 Benedikt Timmerman Immunogenic complex
NZ562929A (en) 2001-12-12 2009-07-31 Novartis Vaccines & Diagnostic Immunisation against chlamydia trachomatis
GB0203403D0 (en) 2002-02-13 2002-04-03 Chiron Spa Chlamydia cytotoxic-T cell epitopes
US20100255002A1 (en) * 2003-06-26 2010-10-07 Chiron Corporation Immunogenic compositions for chlamydia trachomatis
WO2005049837A1 (en) * 2003-11-20 2005-06-02 Aventis Pasteur Limited Immunization against chlamydia infection
US8541007B2 (en) 2005-03-31 2013-09-24 Glaxosmithkline Biologicals S.A. Vaccines against chlamydial infection
CN101184504A (zh) * 2005-03-31 2008-05-21 葛兰素史密丝克莱恩生物有限公司 针对衣原体感染的疫苗
WO2006138004A2 (en) * 2005-05-12 2006-12-28 Novartis Vaccines And Diagnostics, Inc. Immunogenic compositions for chlamydia trachomatis
WO2007030879A1 (en) * 2005-09-13 2007-03-22 Diatech Pty Ltd Diagnostic markers and uses therefor
EP1981905B1 (en) * 2006-01-16 2016-08-31 THE GOVERNMENT OF THE UNITED STATES OF AMERICA as represented by THE SECRETARY OF THE DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES Chlamydia vaccine
EP1970708A1 (de) * 2007-03-07 2008-09-17 Mikrogen Molekularbiologische Entwicklungs-GmbH Biochip und Verfahren zum selektiven Nachweis von Chlamydia trachomatis-Infektionen
US20100310593A1 (en) * 2007-06-14 2010-12-09 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Vaccines Against Chlamydia Infection
CN102027003A (zh) 2007-08-03 2011-04-20 哈佛大学校长及研究员协会 衣原体抗原
EP2227250A4 (en) * 2007-12-03 2011-07-06 Harvard College ANTIGENS OF CHLAMYDIA
US8568732B2 (en) 2009-03-06 2013-10-29 Novartis Ag Chlamydia antigens
EP2557156B1 (en) 2010-03-23 2015-02-11 Wako Pure Chemical Industries, Ltd. Primer and probe for detecting chlamydia trachomatis, and method for detecting chlamydia trachomatis using same
US20120135025A1 (en) * 2010-10-20 2012-05-31 Genocea Biosciences, Inc. Chlamydia antigens and uses thereof
US20130095487A1 (en) * 2011-10-18 2013-04-18 University Of South Florida Interferon-Gamma Response as a Diagnostic Test for Persistent Chlamydial Infections
CN109553688A (zh) * 2012-12-05 2019-04-02 生控基因疫苗股份有限公司 用作诱发抗原特异性t细胞反应的免疫原性增强剂的融合蛋白
CN113801191B (zh) * 2021-08-18 2022-05-17 南京大学 一种检测衣原体的多肽探针及其应用

Family Cites Families (85)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4118469A (en) * 1976-04-27 1978-10-03 Research Corporation Antigen for trachoma lymphogranuloma venereum (LGV) and non-gonococcal urethritis (NGU)
US4497899A (en) * 1982-04-12 1985-02-05 Abbott Laboratories Immunoassay for Chlamydia trachomatis antigens
US4497900A (en) 1982-04-12 1985-02-05 Abbott Laboratories Immunoassay for Neisseria gonorrhoeae antigens
US4497863A (en) * 1984-03-07 1985-02-05 Milliken Research Corporation Laminated weft insertion fabric
DE3650571T2 (de) 1985-01-14 1997-02-27 Chiron Corp Hauptprotein der Aussenmembran von Chlamydia
US5785973A (en) * 1988-02-01 1998-07-28 Praxis Biologics, Inc. Synthetic peptides representing a T-cell epitope as a carrier molecule for conjugate vaccines
EP0348725A3 (en) 1988-06-29 1990-10-24 Miles Inc. Species-specific epitode of chlamydia trachomatis and antibodies that recognize the same
CA2047191A1 (en) * 1989-02-17 1990-08-18 Hendrik M. Geysen Method for the use and synthesis of peptides
US5869608A (en) * 1989-03-17 1999-02-09 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Nucleotide and amino acid sequences of the four variable domains of the major outer membrane proteins of Chlamydia trachomatis
US5166053A (en) * 1990-02-23 1992-11-24 Miles Inc. Specimen adequacy control for chlamydia assays
JP3018553B2 (ja) * 1990-05-08 2000-03-13 日立化成工業株式会社 クラミジア・トラコマティス抗体測定方法及びクラミジア・トラコマティス感染症診断用製剤
US5725863A (en) 1991-09-06 1998-03-10 The United States Of America As Represented By The Secretary Of Agriculture Polypeptides useful in prevention of chlamydia infection
KR100278157B1 (ko) * 1992-06-25 2001-01-15 장 스테판느 보조약을 함유하는 백신 조성물
CA2144882A1 (en) 1992-09-18 1994-03-31 Harlan D. Caldwell Synthetic peptide vaccine for chlamydia trachomatis
US5549978A (en) * 1992-10-30 1996-08-27 Kabushiki Kaisha Toshiba Magnetoresistance effect element
US5629167A (en) * 1994-04-19 1997-05-13 Biocine S.P.A. Detection of antibodies against Chlamydia trachomatis pgp3 antigen in patient sera by enzyme-linked immunosorbent assay
ES2321346T3 (es) 1994-09-20 2009-06-04 Hitachi Chemical Co., Ltd. Polinucleotidos que codifican un polipeptido antigenico de chlamydia pneumoniae.
GB9506863D0 (en) 1995-04-03 1995-05-24 Smithkline Beecham Biolog Vaccines
GB9626864D0 (en) 1996-12-24 1997-02-12 Smithkline Beecham Biolog Vaccine
GB9516293D0 (en) 1995-08-09 1995-10-11 Immunova Ltee Novel peptides and their use as vaccines
CN1223589A (zh) * 1996-05-06 1999-07-21 美国拜尔公司 包含鹦鹉热衣原体的猫疫苗及其制备方法
DE69734882T2 (de) 1996-07-12 2006-08-17 University Of Manitoba, Winnipeg Dna immunisierung gegen chlamydia infektion
US6464979B1 (en) 1996-09-12 2002-10-15 Aventis Pasteur Limited Chlamydial vaccines and methods of preparation thereof
US7459524B1 (en) * 1997-10-02 2008-12-02 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Chlamydia protein, sequence and uses thereof
JP4249279B2 (ja) 1997-10-22 2009-04-02 デンカ生研株式会社 クラミジア・トラコマティス主要外膜蛋白質及びその製造方法、並びにクラミジア・トラコマティスの抗体測定方法及び抗体測定試薬
ES2352082T3 (es) * 1997-11-21 2011-02-15 Merck Serono Biodevelopment Polipéptido de la membrana externa de chlamydia pneumoniae, fragmentos del mismo y sus usos, en particular para el diagnóstico, la prevención y el tratamiento de una infección polipéptido de la membrana externa de chlamydia pneumoniae, fragmentos del mismo y sus usos, en particular para el diagnóstico, la prevención y el tratamiento de una infección.
CA2307846A1 (en) 1997-11-21 1999-06-03 Genset S.A. Chlamydia pneumoniae genomic sequence and polypeptides, fragments thereof and uses thereof, in particular for the diagnosis, prevention and treatment of infection
US7041490B1 (en) * 1997-11-28 2006-05-09 Serono Genetics Institute, S.A. Chlamydia trachomatis polynucleotides and vectors, recombinant host cells, DNA chips or kits containing the same
EP2218731A1 (en) * 1997-11-28 2010-08-18 Merck Serono Biodevelopment Chlamydia trachomatis genomic sequence and polypeptides, fragments thereof and uses thereof, in particular for the diagnosis, prevention and treatment of infection
BR9909472A (pt) 1998-04-07 2001-09-11 Corixa Corp Polipeptìdeo purificado, processo para prevenir tuberculose, e, composição farmacêutica
ATE357252T1 (de) * 1998-10-16 2007-04-15 Glaxosmithkline Biolog Sa Adjuvanzsysteme und impfstoffe
US6607730B1 (en) 1998-11-02 2003-08-19 Aventis Pasteur Limited/Aventis Pasteur Limitee Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
JP2002529069A (ja) 1998-11-12 2002-09-10 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア クラミジア・ニューモニエのゲノム配列
US6432916B1 (en) * 1998-12-08 2002-08-13 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6447779B1 (en) * 1998-12-08 2002-09-10 Corixa Corporation Compounds for the diagnosis of Chlamydial infection
US20080213264A1 (en) * 1998-12-08 2008-09-04 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
EP1144642B1 (en) * 1998-12-08 2010-05-26 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6448234B1 (en) * 1998-12-08 2002-09-10 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6565856B1 (en) * 1998-12-08 2003-05-20 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US20020061848A1 (en) 2000-07-20 2002-05-23 Ajay Bhatia Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6166177A (en) * 1998-12-08 2000-12-26 Corixa Corporation Compounds and methods for the treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6555115B1 (en) * 1998-12-08 2003-04-29 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
GB9828000D0 (en) 1998-12-18 1999-02-10 Chiron Spa Antigens
GB9902555D0 (en) 1999-02-05 1999-03-24 Neutec Pharma Plc Medicament
EP1163342B1 (en) 1999-03-12 2008-12-10 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
WO2000066739A2 (en) 1999-05-03 2000-11-09 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
US6811783B1 (en) * 1999-09-07 2004-11-02 Aventis Pasteur Limited Immunogenic compositions for protection against chlamydial infection
NZ517952A (en) 1999-09-20 2004-01-30 Aventis Pasteur Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
US6632663B1 (en) 1999-09-22 2003-10-14 Aventis Pasteur Limited DNA immunization against chlamydia infection
EP1246935B1 (en) 1999-09-28 2013-08-14 Geneohm Sciences Canada Inc. Highly conserved genes and their use to generate probes and primers for detection of microorganisms
CA2384977A1 (en) * 1999-10-14 2001-06-07 University Of Utah Research Foundation Resonant optical cavities for high-sensitivity, high-throughput biological sensors and methods
WO2001035992A1 (en) 1999-11-19 2001-05-25 Michigan State University Recombinant chlamydia vaccine
NZ520200A (en) 1999-12-22 2004-04-30 Aventis Pasteur Polynucleotides encoding the Clamydia pneumoniae polypeptides omp P6 precursor gene product
US20010048927A1 (en) * 2000-02-01 2001-12-06 Richard Stephens Porin B (PorB) as a therapeutic target for prevention and treatment of infection by chlamydia
US20020146776A1 (en) * 2000-04-21 2002-10-10 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6919187B2 (en) * 2000-04-21 2005-07-19 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
EP1278855B1 (en) 2000-04-21 2008-03-12 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
EP1282718B1 (en) 2000-05-08 2006-12-20 Sanofi Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
WO2001099156A1 (en) * 2000-06-16 2001-12-27 Applied Materials, Inc. Configurable single substrate wet-dry integrated cluster cleaner
ATE440861T1 (de) 2000-07-03 2009-09-15 Novartis Vaccines & Diagnostic Immunisierung gegen chlamydia pneumoniae
WO2002008627A1 (de) * 2000-07-20 2002-01-31 Zf Friedrichshafen Ag Elektromagnetisch betätigbare, schleifringlose einflächen-reibungskupplung
US7731980B2 (en) * 2000-10-02 2010-06-08 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Chlamydia PMP proteins, gene sequences and uses thereof
US7537772B1 (en) * 2000-10-02 2009-05-26 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Chlamydia protein, gene sequence and the uses thereof
GB0103169D0 (en) * 2001-02-08 2001-03-28 Smithkline Beecham Biolog Vaccine composition
WO2002077183A2 (en) * 2001-03-21 2002-10-03 Elitra Pharmaceuticals, Inc. Identification of essential genes in microorganisms
WO2002079244A2 (en) 2001-03-30 2002-10-10 University Of Manitoba Chlamydial protease-like activity factor responsible for degradation of host transcription factor
US20030199438A1 (en) * 2001-04-09 2003-10-23 Shaw Allan Christian Method for identification of proteins from intracellular bacteria
US20040029129A1 (en) * 2001-10-25 2004-02-12 Liangsu Wang Identification of essential genes in microorganisms
NZ562929A (en) * 2001-12-12 2009-07-31 Novartis Vaccines & Diagnostic Immunisation against chlamydia trachomatis
US7105171B2 (en) * 2002-03-07 2006-09-12 The Regents Of The University Of California Porin B (PorB) as a therapeutic target for prevention and treatment of infection by Chlamydia
US20100255002A1 (en) * 2003-06-26 2010-10-07 Chiron Corporation Immunogenic compositions for chlamydia trachomatis
FR2869057B1 (fr) * 2004-04-16 2006-06-02 Piscines Desjoyaux Sa Sa Dispositif pour la realisation d'un haut de chainage d'un escalier
ES2389562T3 (es) 2004-10-25 2012-10-29 Statens Seruminstitut Antígenos de Chlamydia trachomatis para uso en vacuna y diagnóstico
CN101184504A (zh) 2005-03-31 2008-05-21 葛兰素史密丝克莱恩生物有限公司 针对衣原体感染的疫苗
US8541007B2 (en) * 2005-03-31 2013-09-24 Glaxosmithkline Biologicals S.A. Vaccines against chlamydial infection
WO2006138004A2 (en) * 2005-05-12 2006-12-28 Novartis Vaccines And Diagnostics, Inc. Immunogenic compositions for chlamydia trachomatis
US8481057B2 (en) * 2005-12-22 2013-07-09 Novartis Vaccines & Diagnostics Srl Chlamydial antigens
EP1981905B1 (en) * 2006-01-16 2016-08-31 THE GOVERNMENT OF THE UNITED STATES OF AMERICA as represented by THE SECRETARY OF THE DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES Chlamydia vaccine
US20080124338A1 (en) * 2006-09-22 2008-05-29 The Scripps Research Institute Methods for treatment of inflammatory disease and chlamydia infectious disease
EP2068916A1 (en) * 2006-10-04 2009-06-17 GlaxoSmithKline Biologicals S.A. Vaccines against chlamydial infection
US7892567B2 (en) * 2007-10-01 2011-02-22 Board Of Regents, The University Of Texas System Methods and compositions for immunization against chlamydial infection and disease
CA2739111A1 (en) * 2008-10-09 2010-04-15 Board Of Regents, University Of Texas System Methods and compositions for chlamydial antigens for diagnosis and treatment of chlamydial infection and disease
CA2781805A1 (en) * 2008-12-17 2010-07-08 Genocea Biosciences, Inc. Chlamydia antigens and uses thereof
US8568732B2 (en) * 2009-03-06 2013-10-29 Novartis Ag Chlamydia antigens
US20130045181A1 (en) * 2010-03-09 2013-02-21 Guangming Zhong Methods and Compositions for Chlamydial Antigens for Diagnosis and Treatment of Chlamydial Infection and Disease

Also Published As

Publication number Publication date
IL153904A (en) 2010-04-29
ES2294018T3 (es) 2008-04-01
US20080317772A1 (en) 2008-12-25
NZ541013A (en) 2007-05-31
PL365951A1 (pl) 2005-01-24
DK1307564T3 (da) 2007-12-27
HUP0400477A3 (en) 2010-01-28
DE60130468T2 (de) 2008-04-03
WO2002008267A2 (en) 2002-01-31
US20120114684A1 (en) 2012-05-10
CN100467600C (zh) 2009-03-11
AU2001280702B9 (en) 2002-02-05
ZA200300719B (en) 2004-10-27
CZ2003480A3 (cs) 2003-09-17
HUP0400477A2 (hu) 2004-05-28
MXPA03000564A (es) 2004-12-13
US20110142872A1 (en) 2011-06-16
WO2002008267A9 (en) 2006-09-28
KR20030016423A (ko) 2003-02-26
RU2006120003A (ru) 2007-12-27
RU2410394C2 (ru) 2011-01-27
AU8070201A (en) 2002-02-05
EP1307564B1 (en) 2007-09-12
DE60130468D1 (de) 2007-10-25
NZ523628A (en) 2005-08-26
WO2002008267A3 (en) 2003-02-27
JP2004513622A (ja) 2004-05-13
IL153904A0 (en) 2003-07-31
US20040234536A1 (en) 2004-11-25
US8263089B2 (en) 2012-09-11
US20080181918A1 (en) 2008-07-31
AU2001280702B8 (en) 2008-02-28
US20080299142A1 (en) 2008-12-04
NO20030252L (no) 2003-03-14
US7462357B2 (en) 2008-12-09
CY1107796T1 (el) 2013-06-19
RU2003104976A (ru) 2004-07-10
CA2418282A1 (en) 2002-01-31
EP1307564A2 (en) 2003-05-07
US8052975B2 (en) 2011-11-08
PT1307564E (pt) 2007-11-21
CN1489628A (zh) 2004-04-14
NO20030252D0 (no) 2003-01-17
US20090028887A1 (en) 2009-01-29
NZ549873A (en) 2008-06-30
US20020061848A1 (en) 2002-05-23
BR0112602A (pt) 2004-02-17
AU2001280702B2 (en) 2008-01-24
HK1067381A1 (en) 2005-04-08
US20090035296A1 (en) 2009-02-05
ATE373092T1 (de) 2007-09-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US6565856B1 (en) Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
PL209107B1 (pl) Kompozycje do zastosowania w leczeniu i diagnozowaniu infekcji Chlamydia
KR100829407B1 (ko) 클라미디아 감염을 치료 및 진단하기 위한 조성물 및 이를 포함하는 약제학적 조성물 및 진단 키트
US6448234B1 (en) Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
CZ2001200A3 (en) Herbicidal agents containing substituted phenylsulfonyl ureas compounds for controlling weed in rice, process of their preparation and use
US6432916B1 (en) Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
CN101219215A (zh) 用于治疗及诊断衣原体感染的化合物和方法
US6555115B1 (en) Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US20080213264A1 (en) Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
ZA200204359B (en) Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection.

Legal Events

Date Code Title Description
LAPS Decisions on the lapse of the protection rights

Effective date: 20120720