CN100467600C

CN100467600C - 用于治疗和诊断衣原体感染的化合物和方法

Info

Publication number: CN100467600C
Application number: CNB018148484A
Authority: CN
Inventors: S·P·福莱; Y·A·W·斯凯克; P·普罗伯斯特; A·巴蒂亚
Original assignee: Corixa Corp
Current assignee: Corixa Corp
Priority date: 2000-07-20
Filing date: 2001-07-20
Publication date: 2009-03-11
Anticipated expiration: 2021-07-20
Also published as: HUP0400477A3; MXPA03000564A; EP1307564B1; US20110142872A1; AU2001280702B8; RU2003104976A; IL153904A; EP1307564A2; RU2006120003A; JP2004513622A; DE60130468D1; US20080181918A1; US7462357B2; NO20030252D0; WO2002008267A3; CN1489628A; HK1067381A1; US20080299142A1; PL365951A1; DE60130468T2

Abstract

本发明公开了用于诊断和治疗衣原体感染的化合物和方法。所提供的化合物包括含有衣原体抗原的至少一个抗原性部分的多肽和编码该多肽的DNA序列。本发明还提供包含该多肽或DNA序列的药物组合物和疫苗，以及抗该多肽的抗体。含有该多肽或DNA序列的诊断试剂盒和适宜的检测试剂可以用于检测患者和生物学样品中的衣原体感染。

Description

用于治疗和诊断衣原体感染的化合物和方法

技术领域

本发明一般涉及衣原体感染的检测和治疗。具体地，本发明涉及包含衣原体抗原的多肽和这类多肽在衣原体感染的血清学诊断和治疗中的用途。

发明背景

衣原体(Chlamydiae)是对许多重要的人和动物感染负有责任的细胞内细菌病原体。沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)是性传播疾病最常见的原因之一，能引起盆腔炎(pelvic inflammatorydisease，PID)，导致输卵管阻塞和不育。沙眼衣原体也可能引起男性不育。在1990年，美国治疗PID的费用估计为40亿美元。由于沙眼衣原体感染眼睛引起的沙眼在全世界是可预防的失明的主要原因。肺炎衣原体(Chlamydia pneumonia)是人急性呼吸道感染的主要原因，据信还在动脉粥样硬化(尤其是冠心病)的致病中起某种作用。已证明具有高滴度肺炎衣原体抗体的个体患冠心病的可能性是血清阴性个体的至少2倍。因此，衣原体感染是美国和全世界的重要健康问题。

衣原体感染常常是无症状的。例如，到妇女寻求PID的医学治疗时，可能已经发生了不可逆转的损伤，导致不育。因此本领域需要用于预防和治疗衣原体感染的改良疫苗和药物组合物。本发明满足了这种需要，并进一步提供其它相关优点。

发明概述

本发明提供用于诊断和治疗衣原体感染的组合物和方法。一方面，本发明提供包含衣原体抗原(或这种抗原的变体)的免疫原性部分的多肽。某些部分和其它变体是免疫原性的，以致该变体与抗原特异性抗血清反应的能力基本上没有减少。在某些实施方案中，该多肽包含选自如下序列的多核苷酸序列所编码的氨基酸序列：(a)SEQ ID NO：358-361、366-385、406-430、455-489、516-517、523-559、和582-596的序列；(b)所述序列的互补序列；和(c)在中等严紧至高严紧条件下与(a)或(b)的序列杂交的序列。在具体实施方案中，本发明的多肽含有包括从SEQ ID NO：362-365、386-405、431-454、490-515、518-522、560-581、和597-599所示序列选择的氨基酸序列的衣原体蛋白质或其变体的至少一部分。

本发明进一步提供编码上述多肽的多核苷酸或其部分(如编码衣原体蛋白质的至少15个氨基酸残基的部分)、含有这种多核苷酸的表达载体和转化或转染了这种表达载体的宿主细胞。

在相关方面，还提供编码上述多肽的多核苷酸序列、含有这些多核苷酸序列之一个或多个的重组表达载体和转化或转染了这种表达载体的宿主细胞。

在另一方面，本发明提供含有本发明多肽，或作为替代方案，含有本发明多肽和已知衣原体抗原的融合蛋白，以及编码这种融合蛋白的多核苷酸，与生理可接受载体或免疫刺激剂联合用作其药物组合物和疫苗。

本发明进一步提供药物组合物，其包含：(a)特异结合衣原体蛋白质的多克隆或单克隆抗体，或其抗原结合片断；和(b)生理可接受载体。在其它方面，本发明提供药物组合物，其含有这里公开的一种或多种衣原体多肽，例如SEQ ID NO：362-365、386-405、431-454、490-515、518-522、560-581、和597-599所示的多肽，或编码这种多肽的多核苷酸分子，如SEQ ID NO：358-361、366-385、406-430、455-489、516-517、523-559、和582-596所示的多核苷酸，和生理可接受载体。本发明还提供用于预防或治疗的、包含这里公开的一种或多种多肽和这里所定义的免疫刺激剂的疫苗，以及含有一种或多种编码这种多肽的多核苷酸序列和免疫刺激剂的疫苗。

在另一方面，本发明提供诱导患者保护性免疫的方法，包括给患者施用有效量的一种或多种上述药物组合物或疫苗。

在另一方面，本发明提供治疗患者衣原体感染的方法，该方法包括：从患者获得外周血单个核细胞(PBMC)，将PBMC和本发明的多肽(或编码这种多肽的多核苷酸)孵育以提供孵育过的T细胞，和将该孵育过的T细胞施用给该患者。本发明还提供治疗衣原体感染的方法，包括：将抗原呈递细胞与本发明的多肽(或编码这种多肽的多核苷酸)孵育以提供孵育过的抗原呈递细胞，和将该孵育过的抗原呈递细胞施用给该患者。增殖的细胞可以，但不必须，在施用给患者前克隆化。在某些实施方案中，抗原呈递细胞选自树突细胞、巨噬细胞、单核细胞、B细胞和成纤维细胞。还提供用于治疗衣原体感染的组合物，其包含已与本发明的多肽或多核苷酸孵育过的T细胞或抗原呈递细胞。在相关方面，提供疫苗，其包含：(a)表达上述多肽的抗原呈递细胞和(b)免疫刺激剂。

在其它方面，本发明进一步提供从生物样品中除去衣原体感染的细胞的方法，包括将生物样品和特异地与衣原体蛋白质反应的T细胞接触，其中该接触步骤在足以允许从该样品中除去表达该蛋白质的细胞的条件和时间下实施。

在相关方面，本发明提供抑制患者衣原体感染发展的方法，包括给患者施用如上处理过的生物样品。在另一方面，本发明提供检测患者衣原体感染的方法和诊断试剂盒。在一个实施方案中，该方法包括：(a)将生物样品与这里公开的至少一种多肽或融合蛋白接触；和(b)在该样品中检测与该多肽或融合蛋白结合的结合剂的存在，由此检测该生物样品中的衣原体感染。适当的生物样品包括全血、痰、血清、血浆、唾液、脑脊液和尿液。在一个实施方案中，诊断试剂盒包含这里公开的一种或多种多肽或融合蛋白以及检测试剂。在另一个实施方案中，诊断试剂盒包含结合本发明多肽的单克隆抗体或多克隆抗体。

本发明还提供检测衣原体感染的方法，包括：(a)从患者获得生物学样品；(b)在聚合酶链式反应中将该样品与至少两个寡核苷酸引物接触，该寡核苷酸引物中的至少一个是这里公开的多核苷酸序列所特异的；和(c)检测该样品中在存在所述寡核苷酸引物时扩增的多核苷酸序列。在一个实施方案中，该寡核苷酸引物含有本文公开的多核苷酸序列或与之杂交的序列的至少约10个连续核苷酸。

在其它方面，本发明提供检测患者衣原体感染的方法，包括：(a)从该患者获得生物学样品；(b)将该样品与这里公开的多核苷酸序列特异的寡核苷酸探针接触；和(c)检测该样品中与该寡核苷酸探针杂交的多核苷酸序列。在一个实施方案中，寡核苷酸探针含有这里公开的多核苷酸序列或与之杂交的序列的至少约15个连续核苷酸。

参考以下详细说明，本发明的这些和其它方面将是明显的。这里公开的所有参考文献均完整地引入本文作为参考，就象是每一篇文献单独引入一样。

序列标识

SEQ ID NO：1是沙眼衣原体克隆1-B1-66的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：2是沙眼衣原体克隆4-D7-28的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：3是沙眼衣原体克隆3-G3-10的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：4是沙眼衣原体克隆10-C10-31的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：5是1-B1-66的预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：6是4-D7-28的预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：7是3-G3-10的第一个预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：8是3-G3-10的第二个预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：9是3-G3-10的第三个预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：10是3-G3-10的第四个预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：11是3-G3-10的第五个预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：12是10-C10-31的预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：13是合成肽1-B1-66/48-67的氨基酸序列。

SEQ ID NO：14是合成肽1-B1-66/58-77的氨基酸序列。

SEQ ID NO：15是沙眼衣原体血清变型LGV II克隆2C7-8的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：16是2C7-8作图所在沙眼衣原体血清变型D基因组区域的推测可读框的DNA序列。

SEQ ID NO：17是SEQ ID NO：16DNA序列所编码的预测氨基酸序列。

SEQ ID NO：18是合成肽CtC7.8-12的氨基酸序列。

SEQ ID NO：19是合成肽CtC7.8-13的氨基酸序列。

SEQ ID NO：20是沙眼衣原体血清变型D的第二个推测的可读框编码的预测氨基酸序列。

SEQ ID NO：21是沙眼衣原体LGV II克隆4C9-18的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：22是与沙眼衣原体LGV II硫辛酰胺脱氢酶同源的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：23是与沙眼衣原体LGV II假拟蛋白同源的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：24是与沙眼衣原体LGV II泛醌甲基转移酶同源的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：25是沙眼衣原体LGV II克隆4C9-18#2 BL21 pLysS测定的DNA序列。

SEQ ID NO：26是沙眼衣原体LGV II的4C9-18#2的预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：27是肺炎衣原体TWAR株的Cp-SWIB的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：28是肺炎衣原体TWAR株的Cp-SWIB的预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：29是肺炎衣原体TWAR株的Cp-S13(CT509)的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：30是肺炎衣原体TWAR株的Cp-S13的预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：31是CtC7.8-12和CtC7.8-13的10mer(聚体)共有序列肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：32是沙眼衣原体LGV II的克隆2C7-8的预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：33是与沙眼衣原体血清变型D基因组第597304-597145位核苷酸相应的DNA序列(NCBI，BLASTN search)，其与克隆2C7-8有同源性。

SEQ ID NO：34是SEQ ID NO：33的序列所编码的预测氨基酸序列。

SEQ ID NO：35是肺炎衣原体的C.p.SWIB Nde(5’引物)的DNA序列。

SEQ ID NO：36是肺炎衣原体的C.p.SWIB EcoRI(3’引物)的DNA序列。

SEQ ID NO：37是肺炎衣原体的C.p.S13 Nde(5’引物)的DNA序列。

SEQ ID NO：38是肺炎衣原体的C.p.S13 EcoRI(3’引物)的DNA序列。

SEQ ID NO：39是沙眼衣原体LGV II的CtSwib 52-67肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：40是肺炎衣原体的CpSwib 53-68肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：41是人SWI域的HuSwib 288-302肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：42是沙眼衣原体拓扑异构酶-SWIB融合物的CtSWI-T822-837肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：43是肺炎衣原体拓扑异构酶-SWIB融合物的CpSWI-T828-842肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：44是沙眼衣原体LGV II克隆19783.3，jen.seq(1>509)CTL2#11-3’的第一个测定的DNA序列，代表3’端。

SEQ ID NO：45是沙眼衣原体LGV II克隆19783.4，jen.seq(1>481)CTL2#11-5’的第二个测定的DNA序列，代表5’端。

SEQ ID NO：46是沙眼衣原体LGV II克隆19784CTL2-12consensus.seq(1>427)CTL2#12的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：47是沙眼衣原体LGVII克隆19785.4，jen.seq(1>600)CTL2#16-5’的测定的DNA序列，代表5’端。

SEQ ID NO：48是沙眼衣原体LGV II克隆19786.3，jen.seq(1>600)CTL2#18-3’的第一个测定的DNA序列，代表3’端。

SEQ ID NO：49是沙眼衣原体LGV II克隆19786.4，jen.seq(1>600)CTL2#18-5’的第二个测定的DNA序列，代表5’端。

SEQ ID NO：50是沙眼衣原体LGV II克隆19788CTL2-21consensus.seq(1>406)CTL2#21的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：51是沙眼衣原体LGV II克隆19790CTL2-23consensus.seq(1>602)CTL2#23的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：52是沙眼衣原体LGV II克隆19791CTL2-24consensus.seq(1>145)CTL2#24的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：53是沙眼衣原体LGV II克隆CTL2#4的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：54是沙眼衣原体LGV II克隆CTL2#8b的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：55是沙眼衣原体LGV II克隆15-G1-89的测定的DNA序列，与硫辛酰胺脱氢酶基因CT557有同源性。

SEQ ID NO：56是沙眼衣原体LGV II克隆14-H1-4的测定的DNA序列，与硫醇特异性抗氧化剂基因CT603有同源性。

SEQ ID NO：57是沙眼衣原体LGV II克隆12-G3-83的测定的DNA序列，与假拟蛋白CT622有同源性。

SEQ ID NO：58是沙眼衣原体LGV II克隆12-B3-95的测定的DNA序列，与硫辛酰胺脱氢酶基因CT557有同源性。

SEQ ID NO：59是沙眼衣原体LGV II克隆11-H4-28的测定的DNA序列，与dnaK基因CT396有同源性。

SEQ ID NO：60是沙眼衣原体LGV II克隆11-H3-68的测定的DNA序列，与PGP6-D毒力蛋白和LI核糖体基因CT318有部分同源性。

SEQ ID NO：61是沙眼衣原体LGV II克隆11-G1-34的测定的DNA序列，与苹果酸脱氢酶基因CT376和糖元水解酶基因CT042有部分同源性。

SEQ ID NO：62是沙眼衣原体LGV II克隆11-G10-46的测定的DNA序列，与假拟蛋白CT610有同源性。

SEQ ID NO：63是沙眼衣原体LGV II克隆11-C12-91的测定的DNA序列，与OMP2基因CT443有同源性。

SEQ ID NO：64是沙眼衣原体LGV II克隆11-A3-93的测定的DNA序列，与HAD超家族基因CT103有同源性。

SEQ ID NO：65是沙眼衣原体LGV II克隆14-H1-4的测定的氨基酸序列，与硫醇特异性抗氧化剂基因CT603有同源性。

SEQ ID NO：66是沙眼衣原体LGV II克隆CtL2#9的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：67是沙眼衣原体LGV II克隆CtL2#7的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：68是沙眼衣原体LGV II克隆CtL2#6的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：69是沙眼衣原体LGV II克隆CtL2#5的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：70是沙眼衣原体LGV II克隆CtL2#2的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：71是沙眼衣原体LGV II克隆CtL2#1的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：72是沙眼衣原体LGV II克隆23509.2CtL2#3-5’的第一个测定的DNA序列，代表5’端。

SEQ ID NO：73是沙眼衣原体LGV II克隆23509.1CtL2#3-3’的第二个测定的DNA序列，代表3’端。

SEQ ID NO：74是沙眼衣原体LGV II克隆22121.2CtL2#10-5’的第一个测定的DNA序列，代表5’端。

SEQ ID NO：75是沙眼衣原体LGV II克隆22121.1CtL2#10-3’的第二个测定的DNA序列，代表3’端。

SEQ ID NO：76是沙眼衣原体LGV II克隆19787.6CtL2#19-5’的测定的DNA序列，代表5’端。

SEQ ID NO：77是肺炎衣原体LGV II克隆CpS13-His的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：78是肺炎衣原体LGV II克隆Cp_SWIB-His的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：79是沙眼衣原体LGV II克隆23-G7-68的测定的DNA序列，与L11，L10和L1核糖体蛋白有部分同源性。

SEQ ID NO：80是沙眼衣原体LGV II克隆22-F8-91的测定的DNA序列，与pmpC基因有同源性。

SEQ ID NO：81是沙眼衣原体LGV II克隆21-E8-95的测定的DNA序列，与CT610-CT613基因有同源性。

SEQ ID NO：82是沙眼衣原体LGV II克隆19-F12-57的测定的DNA序列，与CT858和recA基因有同源性。

SEQ ID NO：83是沙眼衣原体LGV II克隆19-F12-53的测定的DNA序列，与编码谷氨酰tRNA合成酶的CT445基因有同源性。

SEQ ID NO：84是沙眼衣原体LGV II克隆19-A5-54的测定的DNA序列，与隐蔽性质粒基因有同源性。

SEQ ID NO：85是沙眼衣原体LGV II克隆17-E11-72的测定的DNA序列，与OppC-2和pmpD基因有部分同源性。

SEQ ID NO：86是沙眼衣原体LGV II克隆17-C1-77的测定的DNA序列，与CT857和CT858可读框有部分同源性。

SEQ ID NO：87是沙眼衣原体LGV II克隆15-H2-76的测定的DNA序列，与pmpD和SycE基因及CT089 ORF(可读框)有部分同源性。

SEQ ID NO：88是沙眼衣原体LGV II克隆15-A3-26的测定的DNA序列，与CT858 ORF有同源性。

SEQ ID NO：89是肺炎衣原体克隆Cp_SWIB-His的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：90是沙眼衣原体LGV II克隆CtL2_LPDA_FL的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：91是肺炎衣原体克隆CpS13-His的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：92是沙眼衣原体LGV II克隆CtL2_TSA_FL的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：93是沙眼衣原体LGV II的Ct-Swib 43-61肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：94是沙眼衣原体LGV II的Ct-Swib 48-67肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：95是沙眼衣原体LGV II的Ct-Swib 52-71肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：96是沙眼衣原体LGV II的Ct-Swib 58-77肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：97是沙眼衣原体LGV II的Ct-Swib 63-82肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：98是沙眼衣原体LGV II的Ct-Swib 51-66肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：99是肺炎衣原体的Cp-Swib 52-67肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：100是肺炎衣原体的Cp-Swib 37-51肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：101是肺炎衣原体的Cp-Swib 32-51肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：102是肺炎衣原体的Cp-Swib 37-56肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：103是沙眼衣原体的Ct-Swib 36-50肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：104是沙眼衣原体的Ct-S13 46-65肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：105是沙眼衣原体的Ct-S13 60-80肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：106是沙眼衣原体的Ct-S13 1-20肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：107是沙眼衣原体的Ct-S13 46-65肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：108是沙眼衣原体的Ct-S13 56-75肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：109是肺炎衣原体的Cp-S13 56-75肽的氨基酸序列。

SEQ ID NO：110是沙眼衣原体LGV II克隆21-G12-60的测定的DNA序列，含有假拟蛋白CT875，CT229和CT228的部分可读框。

SEQ ID NO：111是沙眼衣原体LGV II克隆22-B3-53的测定的DNA序列，与GroEL的CT110 ORF有同源性。

SEQ ID NO：112是沙眼衣原体LGV II克隆22-A1-49的测定的DNA序列，与CT660和CT659 ORFs有部分同源性。

SEQ ID NO：113是沙眼衣原体LGV II克隆17-E2-9的测定的DNA序列，与CT611和CT 610 ORFs有部分同源性。

SEQ ID NO：114是沙眼衣原体LGV II克隆17-C10-31的测定的DNA序列，与CT858 ORF有部分同源性。

SEQ ID NO：115是沙眼衣原体LGV II克隆21-C7-8的测定的DNA序列，与dnaK样基因(dnaK-like gene)有同源性。

SEQ ID NO：116是沙眼衣原体LGV II克隆20-G3-45的测定的DNA序列，含有pmpB基因CT413的一部分。

SEQ ID NO：117是沙眼衣原体LGV II克隆18-C5-2的测定的DNA序列，与S1核糖体蛋白ORF有同源性。

SEQ ID NO：118是沙眼衣原体LGV II克隆17-C5-19的测定的DNA序列，含有CT431和CT430 ORFs的一部分。

SEQ ID NO：119是沙眼衣原体LGV II克隆16-D4-22的测定的DNA序列，含有用于在哺乳动物细胞中生长的质粒的ORF3和ORF4的部分序列。

SEQ ID NO：120是沙眼衣原体血清变型LGV II Cap1基因CT529的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：121是沙眼衣原体血清变型LGV II Cap1基因CT529的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：122是沙眼衣原体血清变型E Cap1基因CT529的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：123是沙眼衣原体血清变型E Cap1基因CT529的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：124是沙眼衣原体血清变型1A Cap1基因CT529的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：125是沙眼衣原体血清变型1A Cap1基因CT529的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：126是沙眼衣原体血清变型G Cap1基因CT529的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：127是沙眼衣原体血清变型G Cap1基因CT529的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：128是沙眼衣原体血清变型F1 NII Cap1基因CT529的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：129是沙眼衣原体血清变型F1 NII Cap1基因CT529的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：130是沙眼衣原体血清变型L1 Cap1基因CT529的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：131是沙眼衣原体血清变型L1 Cap1基因CT529的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：132是沙眼衣原体血清变型L3 Cap1基因CT529的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：133是沙眼衣原体血清变型L3 Cap1基因CT529的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：134是沙眼衣原体血清变型Ba Cap1基因CT529的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：135是沙眼衣原体血清变型Ba Cap1基因CT529的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：136是沙眼衣原体血清变型MOPN Cap1基因CT529的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：137是沙眼衣原体血清变型MOPN Cap1基因CT529的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：138是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽#124-139的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：139是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽#132-147的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：140是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽#138-155的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：141是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽#146-163的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：142是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽#154-171的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：143是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽#162-178的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：144是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽#138-147的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：145是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽#139-147的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：146是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽#140-147的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：147是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽#138-146的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：148是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽#138-145的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：149是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽F140->I的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：150是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽# #S139>Ga的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：151是沙眼衣原体血清变型L2的Cap1 CT529 ORF肽# #S139>Gb的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：152是沙眼衣原体血清变型L2的216aa(氨基酸)ORF的肽#2C7.8-6的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：153是沙眼衣原体血清变型L2的216aa ORF的肽#2C7.8-7的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：154是沙眼衣原体血清变型L2的216aa ORF的肽#2C7.8-8的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：155是沙眼衣原体血清变型L2的216aa ORF的肽#2C7.8-9的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：156是沙眼衣原体血清变型L2的216aa ORF的肽#2C7.8-10的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：157是沙眼衣原体血清变型L2克隆2C7.8内216aaORF的53个氨基酸残基肽的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：158是沙眼衣原体血清变型L2克隆2C7.8内CT529ORF的52个氨基酸残基肽的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：159是用于克隆全长CT529血清变型L2的5’(正向)引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：160是用于克隆全长CT529血清变型L2的5’(反向)引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：161是用于克隆除L2和MOPN以外的全长CT529血清变型的5’(正向)引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：162是用于克隆除L2和MOPN以外的全长CT529血清变型的5’(反向)引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：163是用于克隆全长CT529血清变型MOPN的5’(正向)引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：164是用于克隆全长CT529血清变型MOPN的5’(反向)引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：165是pBIB-KS的5’(正向)引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：166是pBIB-KS的5’(反向)引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：167是血清变型L2的9-mer表位肽Cap1#139-147的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：168是血清变型D的9-mer表位肽Cap1#139-147的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：169是沙眼衣原体pmpI(CT874)基因的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：170是沙眼衣原体pmpG基因的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：171是沙眼衣原体pmpE基因的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：172是沙眼衣原体pmpD基因的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：173是沙眼衣原体pmpC基因的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：174是沙眼衣原体pmpB基因的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：175是沙眼衣原体pmpI基因的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：176是沙眼衣原体pmpG基因的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：177是沙眼衣原体pmpE基因的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：178是沙眼衣原体pmpD基因的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：179是沙眼衣原体pmpC基因的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：180是沙眼衣原体pmpB基因的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：181是沙眼衣原体pmpI基因的测定的DNA序列减去信号序列。

SEQ ID NO：182是沙眼衣原体pmpG基因的后来测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：183是沙眼衣原体pmpE基因的测定的DNA序列减去信号序列。

SEQ ID NO：184是沙眼衣原体pmpD基因第一个测定的DNA序列，代表羧基端。

SEQ ID NO：185是沙眼衣原体pmpD基因第二个测定的DNA序列，代表氨基端减去信号序列。

SEQ ID NO：186是沙眼衣原体pmpC基因第一个测定的DNA序列，代表羧基端。

SEQ ID NO：187是沙眼衣原体pmpC基因第二个测定的DNA序列，代表氨基端减去信号序列。

SEQ ID NO：188是测定的DNA序列，代表肺炎衣原体血清变型MOMPS pmp基因与Ra12处于融合分子中。

SEQ ID NO：189是沙眼衣原体pmpI基因的预测的氨基酸序列减去信号序列。

SEQ ID NO：190是沙眼衣原体pmpG基因的后来预测的氨基酸序列。

SEQ ID NO：191是沙眼衣原体pmpE基因的预测的氨基酸序列减去信号序列。

SEQ ID NO：192是沙眼衣原体pmpD基因第一个预测的氨基酸序列，代表羧基端。

SEQ ID NO：193是沙眼衣原体pmpD基因第二个预测的氨基酸序列，代表氨基端减去信号序列。

SEQ ID NO：194是沙眼衣原体pmpC基因第一个预测的氨基酸序列，代表羧基端。

SEQ ID NO：195是沙眼衣原体pmpC基因第二个预测的氨基酸序列，代表氨基端。

SEQ ID NO：196是预测的氨基酸序列，代表肺炎衣原体血清变型MOMPS pmp基因与Ra12处于融合分子中。

SEQ ID NO：197是用于在SKB疫苗载体中克隆沙眼衣原体pmpC基因的5’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：198是用于在SKB疫苗载体中克隆沙眼衣原体pmpC基因的3’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：199是用于在SKB疫苗载体中克隆沙眼衣原体pmpC基因的插入序列的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：200是用于在SKB疫苗载体中克隆沙眼衣原体pmpD基因的5’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：201是用于在SKB疫苗载体中克隆沙眼衣原体pmpD基因的3’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：202是用于在SKB疫苗载体中克隆沙眼衣原体pmpD基因的插入序列的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：203是用于在SKB疫苗载体中克隆沙眼衣原体pmpE基因的5’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：204是用于在SKB疫苗载体中克隆沙眼衣原体pmpe基因的3’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：205是用于在SKB疫苗载体中克隆沙眼衣原体pmpG基因的5’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：206是用于在SKB疫苗载体中克隆沙眼衣原体pmpG基因的3’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：207是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpC基因的氨基端部分的5’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：208是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpC基因的氨基端部分的3’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：209是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpC基因的羧基端部分的5’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：210是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpC基因的羧基端部分的3’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：211是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpD基因的氨基端部分的5’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：212是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpD基因的氨基端部分的3’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：213是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpD基因的羧基端部分的5’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：214是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpD基因的羧基端部分的3’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：215是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpE基因的5’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：216是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpE基因的3’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：217是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpE基因的插入序列的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：218是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpE基因的插入序列的氨基酸序列。

SEQ ID NO：219是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpG基因的5’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：220是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpG基因的3’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：221是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpG基因的插入序列的氨基酸序列。

SEQ ID NO：222是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpI基因的5’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：223是用于在pET17b载体中克隆沙眼衣原体pmpI基因的3’oligo引物的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：224是肺炎衣原体Swib肽1-20的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：225是肺炎衣原体Swib肽6-25的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：226是肺炎衣原体Swib肽12-31的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：227是肺炎衣原体Swib肽17-36的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：228是肺炎衣原体Swib肽22-41的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：229是肺炎衣原体Swib肽27-46的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：230是肺炎衣原体Swib肽42-61的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：231是肺炎衣原体Swib肽46-65的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：232是肺炎衣原体Swib肽51-70的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：233是肺炎衣原体Swib肽56-75的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：234是肺炎衣原体Swib肽61-80的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：235是肺炎衣原体Swib肽66-87的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：236是沙眼衣原体OMCB肽103-122的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：237是沙眼衣原体OMCB肽108-127的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：238是沙眼衣原体OMCB肽113-132的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：239是沙眼衣原体OMCB肽118-137的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：240是沙眼衣原体OMCB肽123-143的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：241是沙眼衣原体OMCB肽128-147的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：242是沙眼衣原体OMCB肽133-152的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：243是沙眼衣原体OMCB肽137-156的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：244是沙眼衣原体OMCB肽142-161的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：245是沙眼衣原体OMCB肽147-166的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：246是沙眼衣原体OMCB肽152-171的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：247是沙眼衣原体OMCB肽157-176的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：248是沙眼衣原体OMCB肽162-181的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：249是沙眼衣原体OMCB肽167-186的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：250是沙眼衣原体OMCB肽171-190的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：251是沙眼衣原体OMCB肽171-186的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：252是沙眼衣原体OMCB肽175-186的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：253是肺炎衣原体OMCB肽185-198的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：254是沙眼衣原体TSA肽96-115的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：255是沙眼衣原体TSA肽101-120的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：256是沙眼衣原体TSA肽106-125的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：257是沙眼衣原体TSA肽111-130的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：258是沙眼衣原体TSA肽116-135的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：259是沙眼衣原体TSA肽121-140的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：260是沙眼衣原体TSA肽126-145的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：261是沙眼衣原体TSA肽131-150的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：262是沙眼衣原体TSA肽136-155的测定的氨基酸序列。

SEQ ID NO：263是沙眼衣原体CT529/Cap 1基因血清变型I的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：264是沙眼衣原体CT529/Cap 1基因血清变型I的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：265是沙眼衣原体CT529/Cap 1基因血清变型K的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：266是沙眼衣原体CT529/Cap 1基因血清变型K的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：267是沙眼衣原体克隆17-G4-36的测定的DNA序列，与DNA指导的RNA聚合酶β亚基ORF(serD中的CT315)的一部分有同源性。

SEQ ID NO：268是克隆2E10中沙眼衣原体CTO16基因的部分序列的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：269是克隆2E10中沙眼衣原体tRNA合成酶基因的部分序列的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：270是克隆2E10中沙眼衣原体clpX基因的部分序列的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：271是沙眼衣原体克隆CtL2gam-30第一个测定的DNA序列，代表5’端。

SEQ ID NO：272是沙眼衣原体克隆CtL2gam-30第二个测定的DNA序列，代表3’端。

SEQ ID NO：273是沙眼衣原体克隆CtL2gam-28的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：274是沙眼衣原体克隆CtL2gam-27的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：275是沙眼衣原体克隆CtL2gam-26的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：276是沙眼衣原体克隆CtL2gam-24的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：277是沙眼衣原体克隆CtL2gam-23的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：278是沙眼衣原体克隆CtL2gam-21的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：279是沙眼衣原体克隆CtL2gam-18的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：280是沙眼衣原体克隆CtL2gam-17的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：281是沙眼衣原体克隆CtL2gam-15第一个测定的DNA序列，代表5’端。

SEQ ID NO：282是沙眼衣原体克隆CtL2gam-15第二个测定的DNA序列，代表3’端。

SEQ ID NO：283是沙眼衣原体克隆CtL2gam-13的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：284是沙眼衣原体克隆CtL2gam-10的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：285是沙眼衣原体克隆CtL2gam-8的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：286是沙眼衣原体克隆CtL2gam-6第一个测定的DNA序列，代表5’端。

SEQ ID NO：287是沙眼衣原体克隆CtL2gam-6第二个测定的DNA序列，代表3’端。

SEQ ID NO：288是沙眼衣原体克隆CtL2gam-5的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：289是沙眼衣原体克隆CtL2gam-2的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：290是沙眼衣原体克隆CtL2gam-1的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：291是CT529基因的肺炎衣原体同系物(homologue)的测定的全长DNA序列。

SEQ ID NO：292是CT529基因的肺炎衣原体同系物的预测的全长氨基酸序列。

SEQ ID NO：293是用于在SKB疫苗载体中克隆沙眼衣原体pmpG基因的插入序列的测定的DNA序列。

SEQ ID NO：294是克隆CT603的可读框的氨基酸序列。

SEQ ID NO：295是克隆CT875的第一可读框的氨基酸序列。

SEQ ID NO：296是克隆CT875的第二可读框的氨基酸序列。

SEQ ID NO：297是克隆CT858的第一可读框的氨基酸序列。

SEQ ID NO：298是克隆CT858的第二可读框的氨基酸序列。

SEQ ID NO：299是克隆CT622的可读框的氨基酸序列。

SEQ ID NO：300是克隆CT610的可读框的氨基酸序列。

SEQ ID NO：301是克隆CT396的可读框的氨基酸序列。

SEQ ID NO：302是克隆CT318的可读框的氨基酸序列。

SEQ ID NO：304是沙眼衣原体血清变型L2 rCt529c1-125的氨基酸序列，具有修饰的N端序列(6-His tag)。

SEQ ID NO：305是沙眼衣原体血清变型L2 rCt529c1-125的氨基酸序列。

SEQ ID NO：306是PmpA(N-term)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：307是PmpA(N-term)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：308是编码PmpA(N-term)融合蛋白的DNA序列。

SEQ ID NO：309是PmpA(N-term)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：310是PmpA(C-term)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：311是PmpA(C-term)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：312是编码PmpA(C-term)融合蛋白的DNA序列。

SEQ ID NO：313是PmpA(C-term)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：314是PmpF(N-term)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：315是PmpF(N-term)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：316是编码PmpF(N-term)融合蛋白的DNA序列。

SEQ ID NO：317是PmpF(N-term)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：318是PmpF(C-term)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：319是PmpF(C-term)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：320是编码PmpF(C-term)融合蛋白的DNA序列。

S EQID NO：321是PmpF(C-term)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：322是PmpH(CT412)(N-term)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：323是PmpH(N-term)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：324是编码PmpH(N-term)融合蛋白的DNA序列。

SEQ ID NO：325是PmpH(N-term)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：326是PmpH(C-term)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：327是PmpH(C-term)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：328是编码PmpH(C-term)融合蛋白的DNA序列。

SEQ ID NO：329是PmpH(C-term)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：330是PmpB(1)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：331是PmpB(1)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：332是编码PmpB(1)融合蛋白的DNA序列。

SEQ ID NO：333是PmpB(1)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：334是PmpB(2)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：335是PmpB(2)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：336是编码PmpB(2)融合蛋白的DNA序列。

SEQ ID NO：337是PmpB(2)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：338是PmpB(3)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：339是PmpB(3)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：340是编码PmpB(3)融合蛋白的DNA序列。

SEQ ID NO：341是PmpB(3)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：342是PmpB(4)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：343是PmpB(4)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：344是编码PmpB(4)融合蛋白的DNA序列。

SEQ ID NO：345是PmpB(4)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：346是PmpC(1)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：347是PmpC(1)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：348是编码PmpC(1)融合蛋白的DNA序列。

SEQ ID NO：349是PmpC(1)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：350是PmpC(2)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：351是PmpC(2)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：352是编码PmpC(2)融合蛋白的DNA序列。

SEQ ID NO：353是PmpC(2)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：354是PmpC(3)融合蛋白的合成中使用的有义引物。

SEQ ID NO：355是PmpC(3)融合蛋白的合成中使用的反义引物。

SEQ ID NO：356是编码PmpC(3)融合蛋白的DNA序列。

SEQ ID NO：357是PmpC(3)融合蛋白的氨基酸序列。

SEQ ID NO：358是oppA1蛋白质的DNA序列，缺少第一跨膜域。

SEQ ID NO：359是CT139的全长DNA序列。

SEQ ID NO：360是ORF-3的全长DNA序列。

SEQ ID NO：361是CT611的全长DNA序列。

SEQ ID NO：362是oppA1的氨基酸序列，从第22位氨基酸开始。

SEQ ID NO：363是CT139的氨基酸序列。

SEQ ID NO：364是ORF-3的氨基酸序列。

SEQ ID NO：365是CT611的氨基酸序列。

SEQ ID NO：366显示了沙眼衣原体基因CT190的肺炎衣原体同系物CPn0275的DNA序列。

SEQ ID NO：367显示了沙眼衣原体基因CT103的肺炎衣原体同系物CPn0407的DNA序列。

SEQ ID NO：368显示了沙眼衣原体基因CT659的肺炎衣原体同系物CPn0720的DNA序列。

SEQ ID NO：369显示了沙眼衣原体基因CT660的肺炎衣原体同系物CPn0716的DNA序列。

SEQ ID NO：370显示了沙眼衣原体基因CT430的肺炎衣原体同系物CPn0519的DNA序列。

SEQ ID NO：371显示了沙眼衣原体基因CT431的肺炎衣原体同系物CPn0520的DNA序列。

SEQ ID NO：372显示了沙眼衣原体基因CT318的肺炎衣原体同系物CPn0078的DNA序列。

SEQ ID NO：373显示了沙眼衣原体基因CT509的肺炎衣原体同系物CPn0628的DNA序列。

SEQ ID NO：374显示了沙眼衣原体基因CT414的肺炎衣原体同系物CPn0540的DNA序列。

SEQ ID NO：375显示了沙眼衣原体基因CT413的肺炎衣原体同系物pmp20的DNA序列。

SEQ ID NO：376显示了沙眼衣原体基因CT315的肺炎衣原体同系物CPn0081的DNA序列。

SEQ ID NO：377显示了沙眼衣原体基因CT610的肺炎衣原体同系物CPn0761的DNA序列。

SEQ ID NO：378显示了沙眼衣原体基因CT443的肺炎衣原体同系物CPn0557的DNA序列。

SEQ ID NO：379显示了沙眼衣原体基因CT557的肺炎衣原体同系物CPn0833的DNA序列。

SEQ ID NO：380显示了沙眼衣原体基因CT604的肺炎衣原体同系物CPn0134的DNA序列。

SEQ ID NO：381显示了沙眼衣原体基因CT042的肺炎衣原体同系物CPn0388的DNA序列。

SEQ ID NO：382显示了沙眼衣原体基因CT376的肺炎衣原体同系物CPn1028的DNA序列。

SEQ ID NO：383显示了沙眼衣原体基因CT734的肺炎衣原体同系物CPn0875的DNA序列。

SEQ ID NO：384显示了沙眼衣原体基因CT764的肺炎衣原体同系物CPn0908的DNA序列。

SEQ ID NO：385显示了沙眼衣原体基因CT622的肺炎衣原体同系物CPn0728的DNA序列。

SEQ ID NO：386显示了沙眼衣原体基因CT190的肺炎衣原体同系物CPn0275的氨基酸序列。

SEQ ID NO：387显示了沙眼衣原体基因CT103的肺炎衣原体同系物CPn0407的氨基酸序列。

SEQ ID NO：388显示了沙眼衣原体基因CT659的肺炎衣原体同系物CPn0720的氨基酸序列。

SEQ ID NO：389显示了沙眼衣原体基因CT660的肺炎衣原体同系物CPn0716的氨基酸序列。

SEQ ID NO：390显示了沙眼衣原体基因CT430的肺炎衣原体同系物CPn0519的氨基酸序列。

SEQ ID NO：391显示了沙眼衣原体基因CT431的肺炎衣原体同系物CPn0520的氨基酸序列。

SEQ ID NO：392显示了沙眼衣原体基因CT318的肺炎衣原体同系物CPn0078的氨基酸序列。

SEQ ID NO：393显示了沙眼衣原体基因CT509的肺炎衣原体同系物CPn0628的氨基酸序列。

SEQ ID NO：394显示了沙眼衣原体基因CT414的肺炎衣原体同系物CPn0540的氨基酸序列。

SEQ ID NO：395显示了沙眼衣原体基因CT413的肺炎衣原体同系物pmp20的氨基酸序列。

SEQ ID NO：396显示了沙眼衣原体基因CT315的肺炎衣原体同系物CPn0081的氨基酸序列。

SEQ ID NO：397显示了沙眼衣原体基因CT610的肺炎衣原体同系物CPn0761的氨基酸序列。

SEQ ID NO：398显示了沙眼衣原体基因CT443的肺炎衣原体同系物CPn0557的氨基酸序列。

SEQ ID NO：399显示了沙眼衣原体基因CT557的肺炎衣原体同系物CPn0833的氨基酸序列。

SEQ ID NO：400显示了沙眼衣原体基因CT604的肺炎衣原体同系物CPn0134的氨基酸序列。

SEQ ID NO：401显示了沙眼衣原体基因CT042的肺炎衣原体同系物CPn0388的氨基酸序列。

SEQ ID NO：402显示了沙眼衣原体基因CT376的肺炎衣原体同系物CPn1028的氨基酸序列。

SEQ ID NO：403显示了沙眼衣原体基因CT734的肺炎衣原体同系物CPn0875的氨基酸序列。

SEQ ID NO：404显示了沙眼衣原体基因CT764的肺炎衣原体同系物CPn0908的氨基酸序列。

SEQ ID NO：405显示了沙眼衣原体基因CT622的肺炎衣原体同系物CPn0728的氨基酸序列。

SEQ ID NO：406显示了沙眼衣原体基因CT287的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：407显示了沙眼衣原体基因CT858的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：408显示了沙眼衣原体基因CT764的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：409显示了沙眼衣原体基因CT734的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：410显示了沙眼衣原体基因CT660的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：411显示了沙眼衣原体基因CT659的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：412显示了沙眼衣原体基因CT622的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：413显示了沙眼衣原体基因CT610的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：414显示了沙眼衣原体基因CT604的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：415显示了沙眼衣原体基因CT557的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：416显示了沙眼衣原体基因CT509的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：417显示了沙眼衣原体基因CT443的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：418显示了沙眼衣原体基因CT431的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：419显示了沙眼衣原体基因CT430的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：420显示了沙眼衣原体基因CT414的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：421显示了沙眼衣原体基因CT413的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：422显示了沙眼衣原体基因CT396的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：423显示了沙眼衣原体基因CT376的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：424显示了沙眼衣原体基因CT318的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：425显示了沙眼衣原体基因CT315的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：426显示了沙眼衣原体基因CT104的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：427显示了沙眼衣原体基因CT103的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：428显示了沙眼衣原体基因CT102的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：429显示了沙眼衣原体基因CT098的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：430显示了沙眼衣原体基因CT042的全长血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：431显示了沙眼衣原体基因CT858的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：432显示了沙眼衣原体基因CT764的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：433显示了沙眼衣原体基因CT734的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：434显示了沙眼衣原体基因CT660的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：435显示了沙眼衣原体基因CT659的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：436显示了沙眼衣原体基因CT622的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：437显示了沙眼衣原体基因CT610的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：438显示了沙眼衣原体基因CT604的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：439显示了沙眼衣原体基因CT557的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：440显示了沙眼衣原体基因CT509的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：441显示了沙眼衣原体基因CT443的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：442显示了沙眼衣原体基因CT431的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：443显示了沙眼衣原体基因CT430的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：444显示了沙眼衣原体基因CT414的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：445显示了沙眼衣原体基因CT413的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：446显示了沙眼衣原体基因CT396的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：447显示了沙眼衣原体基因CT376的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：448显示了沙眼衣原体基因CT318的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：449显示了沙眼衣原体基因CT315的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：450显示了沙眼衣原体基因CT104的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：451显示了沙眼衣原体基因CT103的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：452显示了沙眼衣原体基因CT102的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：453显示了沙眼衣原体基因CT098的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：454显示了沙眼衣原体基因CT042的全长血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：455相应于CPn0894的DNA序列，其是在克隆CTL2-1，和CTL2-5中鉴定到的CT751(amn)的CP同系物。

SEQ ID NO：456相应于CPn0074的DNA序列，其是在克隆CTL2-2中鉴定到的CT322(tuf)的CP同系物。

SEQ ID NO：457相应于CPn0122的DNA序列，其是在克隆CTL2gam2，CTL2-3(5’)和CTL2-4中鉴定到的CT032(metG)的CP同系物。

SEQ ID NO：458相应于CPn0121的DNA序列，其是在克隆CTL2-3(5’)(3’)中鉴定到的CT031的CP同系物。

SEQ ID NO：459相应于CPn0120的DNA序列，其是在克隆CTL2-3(3’)和CTL2-21中鉴定到的CT030(gmK)的CP同系物。

SEQ ID NO：460相应于CPn0359的DNA序列，其是在克隆CTL2gam5中鉴定到的CT064(lepA)的CP同系物。

SEQ ID NO：461相应于CPn0414的DNA序列，其是在克隆CTL2-6中鉴定到的CT265(accA)的CP同系物。

SEQ ID NO：462相应于CPn0413的DNA序列，其是在克隆CTL2-6中鉴定到的CT264(msbA)的CP同系物。

SEQ ID NO：463相应于CPn0394的DNA序列，其是在克隆CTL2gam6(5’)和CTL2-11(5’)中鉴定到的CT256的CP同系物。

SEQ ID NO：464相应于CPn0395的DNA序列，其是在克隆CTL2gam6(5’)和CTL2-11(5’)中鉴定到的CT257的CP同系物。

SEQ ID NO：465相应于CPn0487的DNA序列，其是在克隆CTL2gam6(3’)和CTL2-11(3’)中鉴定到的CT384的CP同系物。

SEQ ID NO：466相应于CPn0592的DNA序列，其是在克隆CTL2-8b中鉴定到的CT473的CP同系物。

SEQ ID NO：467相应于CPn0593的DNA序列，其是在克隆CTL2-8b中鉴定到的CT474的CP同系物。

SEQ ID NO：468相应于CPn0197的DNA序列，其是在克隆CTL2-8b中鉴定到的CT139(oppA1)的CP同系物。

SEQ ID NO：469相应于CPn0363的DNA序列，其是在克隆CTL2-8b中鉴定到的CT060(flhA)的CP同系物。

SEQ ID NO：470相应于CPn0301的DNA序列，其是在克隆CTL2gam8中鉴定得的CT242的CP同系物。

SEQ ID NO：471相应于CPn0302的DNA序列，其是在克隆CTL2gam8中鉴定到的CT243(lpxD)的CP同系物。

SEQ ID NO：472相应于CPn0324的DNA序列，其是在克隆CTL2-9，CTL2gam1，CTL2gam17和CTL2-19(5’)中鉴定到的CT089(lcrE)的CP同系物。

SEQ ID NO：473相应于CPn0761的DNA序列，其是在克隆CTL2-10(5’)(3’)中鉴定到的CT610的CP同系物。

SEQ ID NO：474相应于CPn0760的DNA序列，其是在克隆CTL2-10(5’)中鉴定到的CT611的CP同系物。

SEQ ID NO：475相应于CPn0329的DNA序列，其是在克隆CTL2gam10和CTL2gam21中鉴定到的CT154的CP同系物。

SEQ ID NO：476相应于CPn0990的DNA序列，其是在克隆CTL2-12中鉴定到的CT833(infC)的CP同系物。

SEQ ID NO：477相应于CPn0984的DNA序列，其是在克隆CTL2-16(3’)和CTL2gam15(3’)中鉴定到的CT827(nrdA)的CP同系物。

SEQ ID NO：478相应于CPn0985的DNA序列，其是在克隆CTL2-16(3’)CTL2gam15(3’)中鉴定到的CT828(nrdB)的CP同系物。

SEQ ID NO：479相应于CPn0349的DNA序列，其是在克隆CTL2gam18中鉴定到的CT067(ytgA)的CP同系物。

SEQ ID NO：480相应于CPn0325的DNA序列，其是在克隆CTL2-19(5’)中鉴定到的CT088(sycE)的CP同系物。

SEQ ID NO：481相应于CPn0326的DNA序列，其是在克隆CTL2-19(5’)中鉴定到的CT087(malQ)的CP同系物。

SEQ ID NO：482相应于CPn0793的DNA序列，其是在克隆CTL2gam23中鉴定到的CT588(rbsu)的CP同系物。

SEQ ID NO：483相应于CPn0199的DNA序列，其是在克隆CTL2gam24中鉴定到的CT199(oppB1)的CP同系物。

SEQ ID NO：484相应于CPn0666的DNA序列，其是在克隆CTL2-24中鉴定到的CT545(dnaE)的CP同系物。

SEQ ID NO：485相应于CPn0065的DNA序列，其是在克隆CTL2gam27中鉴定到的CT288的CP同系物。

SEQ ID NO：486相应于CPn0444的DNA序列，其是在克隆CTL2gam30(5’)(3’)中鉴定到的CT413(pmpB)的CP同系物。

SEQ ID NO：487相应于CPn-ORF5的DNA序列，其是在克隆CTL2gam15(5’)，CTL2-16(5’)，CTL2-18(5’)，和CTL2-23中鉴定到的CT-ORF3的CP同系物。

SEQ ID NO：488相应于CPn-ORF6的DNA序列，其是在克隆CTL2-18(3’)中鉴定到的CT-ORF4的CP同系物。

SEQ ID NO：489相应于CP-ORF7的DNA序列，其是在克隆CTL2-18(3’)中鉴定到的CT-ORF5的CP同系物。

SEQ ID NO：490相应于CPn0894的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-1和CTL2-5中鉴定到的CT751(amn)的CP同系物。

SEQ ID NO：491相应于CPn0074的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-2中鉴定到的CT332(tuf)的CP同系物。

SEQ ID NO：492相应于CPn0122的氨基酸序列，其是在克隆CTL2gam2，CTL2-3(5’)和CTL2-4中鉴定到的CT032(metG)的CP同系物。

SEQ ID NO：493相应于CPn0121的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-3(5’)(3’)中鉴定到的CT031的CP同系物。

SEQ ID NO：494相应于CPn0120的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-3(3’)和CTL2-21中鉴定到的CT030(gmK)的CP同系物。

SEQ ID NO：495相应于CPn0359的氨基酸序列，其是在克隆CTL2gam5中鉴定到的的CT064(lepA)CP同系物。

SEQ ID NO：496相应于CPn0414的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-6中鉴定到的CT265(accA)的CP同系物。

SEQ ID NO：497相应于的氨基酸序列CPn0413，其是在克隆CTL2-6中鉴定到的CT264(msbA)的CP同系物。

SEQ ID NO：498相应于CPn0394的氨基酸序列，其是在克隆CTL2gam6(5’)和CTL2-11(5’)中鉴定到的CT256的CP同系物。

SEQ ID NO：499相应于CPn0395的氨基酸序列，其是在克隆CTL2gam6(5’)和CTL2-11(5’)中鉴定到的CT257的CP同系物。

SEQ ID NO：500相应于CPn0487的氨基酸序列，其是克隆CTL2gam6(3’)和CTL2-11(3’)中鉴定到的CT384的CP同系物。

SEQ ID NO：501相应于CPn0592的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-8b中鉴定到的CT473的CP同系物。

SEQ ID NO：502相应于CPn0593的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-8b中鉴定到的CT474的CP同系物。

SEQ ID NO：503相应于CPn0197的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-8b中鉴定到的CT139(oppA1)的CP同系物。

SEQ ID NO：504相应于CPn0363的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-8b中鉴定到的CT060(flhA)的CP同系物。

SEQ ID NO：505相应于CPn0301的氨基酸序列，其是在克隆CTL2gam8中鉴定到的CT242的CP同系物。

SEQ ID NO：506相应于CPn0302的氨基酸序列，其是在克隆CTL2gam8中鉴定到的CT243(lpxD)的CP同系物。

SEQ ID NO：507相应于CPn0324的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-9，CTL2gam1，CTL2gam17和CTL2-19(5’)中鉴定到的CT089(lcrE)的CP同系物。

SEQ ID NO：508相应于CPn0761的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-10(5’)(3’)中鉴定到的CT610的CP同系物。

SEQ ID NO：509相应于的氨基酸序列CPn0760，其是在克隆CTL2-10(5’)中鉴定到的CT611的CP同系物。

SEQ ID NO：510相应于的氨基酸序列CPn0329，其是在克隆CTL2gam10和CTL2gam21中鉴定到的CT154的CP同系物。

SEQ ID NO：511相应于CPn0990的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-12中鉴定到的CT833(infC)的CP同系物。

SEQ ID NO：512相应于CPn-ORF5的氨基酸序列，其是在克隆CTL2gam15(5’)，CTL2-16(5’)，CTL2-18(5’)，和CTL2-23中鉴定到的CT ORF3的CP同系物。

SEQ ID NO：513相应于的氨基酸序列CPn0984，其是在克隆CTL2-16(3’)和CTL2gam15(3’)中鉴定到的CT827(nrdA)的CP同系物。

SEQ ID NO：514相应于CPn0985的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-16(3’)CTL2gam15(3’)中鉴定到的CT828(nrdB)的CP同系物。

SEQ ID NO：515相应于CPn0349的氨基酸序列，其是在克隆CTL2gam18中鉴定到的CT067(ytgA)的CP同系物。

SEQ ID NO：516相应于CPn-ORF6的DNA序列，其是在克隆CTL2-18(3’)中鉴定到的CT-ORF4的CP同系物。

SEQ ID NO：517相应于CP-ORF7的DNA序列，其是在克隆CTL2-18(3’)中鉴定到的CT-ORF5的CP同系物。

SEQ ID NO：518相应于CPn0326的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-19(5’)中鉴定到的CT087(malQ)的CP同系物。

SEQ ID NO：519相应于CPn0325的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-19(5’)中鉴定到的CT088(sycE)的CP同系物。

SEQ ID NO：520相应于CPn0793的氨基酸序列，其是在克隆CTL2gam23中鉴定到的CT588(rbsu)的CP同系物。

SEQ ID NO：521相应于CPn0199的氨基酸序列，其是在克隆CTL2gam24中鉴定到的CT199(oppB1)的CP同系物。

SEQ ID NO：522相应于CPn0666的氨基酸序列，其是在克隆CTL2-24中鉴定到的CT545(dnaE)的CP同系物。

SEQ ID NO：523相应于CPn0065的DNA序列，其是在克隆CTL2gam27中鉴定到的CT288的CP同系物。

SEQ ID NO：524相应于CPn0444的DNA序列，其是在克隆CTL2gam30(5’)(3’)中鉴定到的CT413(pmpB)的CP同系物。

SEQ ID NO：525显示了与从克隆CTL2-1和CTL2-5中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT751(amn)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：526显示了与从克隆CTL2-2中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT322(tuff)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：527显示了与从克隆CTL2gam2，CTL2-3(5’)和CTL2-4中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT032(metG)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：528显示了与从克隆CTL2-3(5’)(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT031同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：529显示了与从克隆CTL2-3(3’)和CTL2-21中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT030(gmK)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：530显示了与从克隆CTL2gam5中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT064(lepA)同源的全长沙眼衣原体血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：531显示了与从克隆CTL2-6中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT265(accA)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：532显示了与从克隆CTL2-6中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT624(msbA)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：533显示了与从克隆CTL2gam6(5’)和CTL2-11(5’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT256同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：534显示了与从克隆CTL2gam6(5’)和CTL2-11(5’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT257同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：535显示了与从克隆CTL2gam6(3’)和CTL2-11(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT384同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：536显示了与从克隆CTL2-8b中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT473同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：537显示了与从克隆CTL2-8b中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT474同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：538显示了与从克隆CTL2-8b中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT139(oppA1)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：539显示了与从克隆CTL2-8b中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT060(flhA)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：540显示了与从克隆CTL2gam8中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT242同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：541显示了与从克隆CTL2gam8中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT243(lpxD)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：542显示了与从克隆CTL2-9，CTL2gam1，CTL2gam17，和CTL2-19(5’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT089同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：543显示了与从克隆CTL2-10(5’)(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT610同源的全长沙眼衣原体血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：544显示了与从克隆CTL2-10(5’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT611同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：545显示了与从克隆CTL2gam10和CTL2gam21中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT154同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：546显示了与从克隆CTL2-12中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT833(infC)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：547显示了与从克隆CTL2-16(3’)和CTL2gam15(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT827(nrdA)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：548显示了与从克隆CTL2-16(3’)和CTL2gam15(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT828(nrdB)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：549显示了与从克隆CTL2gam18中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT067(ytgA)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：550显示了与从克隆CTL2-19(5’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT088(sycE)同源的全长沙眼衣原体血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：551显示了与从克隆CTL2-19(5’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT087同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：552显示了与从克隆CTL2gam23中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT588(rsbu)同源的全长沙眼衣原体血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：553显示了与从克隆CTL2gam24中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT199(oppB1)同源的全长沙眼衣原体血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：554显示了与从克隆CTL2-4中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT545(dnaE)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：555显示了与从克隆CTL2gam27中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT288同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ IDNO：556显示了与从克隆CTL2gam30(5’)(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT413(pmpB)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：557显示了与从克隆CTL2gam15(5’)，CTL2-16(5’)，CTL2-18(5’)和CTL2-23中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT-ORF3同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：558显示了与从克隆CTL2-18(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列pCT-ORF4同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：559显示了与从克隆CTL2-18(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT-ORF5同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：560显示了与从克隆CTL2-1和CTL2-5中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT751(amn)同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：561显示了与从克隆CTL2-2中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT322(tuff)同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：562显示了与从克隆CTL2gam2，CTL2-3(5’)和CTL2-4中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT032(metG)同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：563显示了与从克隆CTL2-3(5’)(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT031同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：564显示了与从克隆CTL2-3(3’)和CTL2-21中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT030(gmK)同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：565显示了与从克隆CTL2gam5中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT064(lepA)同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：566显示了与从克隆CTL2-6中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT265(accA)同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：567显示了与从克隆CTL2-6中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT624(msbA)同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：568显示了与从克隆CTL2gam6(5’)和CTL2-11(5’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT256同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：569显示了与从克隆CTL2gam6(5’)和CTL2-11(5’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT257同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：570显示了与从克隆CTL2gam6(3’)和CTL2-11(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT384同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：571显示了与从克隆CTL2-8b中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT473同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：572显示了与从克隆CTL2-8b中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT474同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：573显示了与从克隆CTL2-8b中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT139(oppA1)同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：574显示了与从克隆CTL2-8b中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT060(flhA)同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：575显示了与从克隆CTL2gam8中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT242同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：576显示了与从克隆CTL2gam8中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT243(lpxD)同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：577显示了与从克隆CTL2-9，CTL2gam1，CTL2gam17，和CTL2-19(5’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT089同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：578显示了与从克隆CTL2-10(5’)(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT610同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：579显示了与从克隆CTL2-10(5’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT611同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：580显示了与从克隆CTL2gam10和CTL2gam21中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT154同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：581显示了与从克隆CTL2-12中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT833(infC)同源的全长沙眼衣原体血清变型D氨基酸序列。

SEQ ID NO：582显示了与从克隆CTL2gam15(5’)，CTL2-16(5’)，CTL2-18(5’)和CTL2-23中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT-ORF3同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：583显示了与从克隆CTL2-16(3’)和CTL2gam15(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT827(nrdA)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：584显示了与从克隆CTL2-16(3’)和CTL2gam15(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT828(nrdB)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：585显示了与从克隆CTL2gam18中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT067(ytgA)同源的全长沙眼衣原体血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：586显示了与从克隆CTL2-18(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列pCT-ORF4同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：587显示了与从克隆CTL2-18(3’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT-ORF5同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：588显示了与从克隆CTL2-19(5’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT087同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：589显示了与从克隆CTL2-19(5’)中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT088(sycE)同源的全长沙眼衣原体血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：590显示了与从克隆CTL2gam23中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT588(rsbu)同源的全长沙眼衣原体血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：591显示了与从克隆CTL2gam24中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT199(oppB1)同源的全长沙眼衣原体血清变型DDNA序列。

SEQ ID NO：592显示了与从克隆CTL2-4中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT545(dnaE)同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：593显示了与从克隆CTL2gam27中鉴定到的沙眼衣原体LGV II序列CT288同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：594显示了与从克隆CTL2gam30(5’)(3’)中鉴定到沙眼衣原体LGV II序列CT413(pmpB)的同源的全长沙眼衣原体血清变型D DNA序列。

SEQ ID NO：595显示了沙眼衣原体基因CT102的肺炎衣原体同系物CPn0406的DNA序列。

SEQ ID NO：596显示了沙眼衣原体基因CT098的肺炎衣原体同系物CPn0315的DNA序列。

SEQ ID NO：597显示了沙眼衣原体基因CT102的肺炎衣原体同系物CPn0406的氨基酸序列。

SEQ ID NO：598显示了沙眼衣原体基因CT098的肺炎衣原体同系物CPn0315的氨基酸序列。

SEQ ID NO：599显示了沙眼衣原体血清变型D CT287蛋白质的氨基酸序列。

附图简述

图1图示了从表达克隆4C9-18#2的靶细胞所激活的衣原体特异性T细胞系诱导INF-γ。

图2图示了经修饰含有Kosak翻译起始位点和终止密码子的逆转录病毒载体pBIB-KS1，2，3。

图3显示铬释放试验中经衣原体肽CtC7.8-12(SEQ ID NO：18)和CtC7.8-13(SEQ ID NO：19)脉冲的P815细胞的特异裂解。

图4显示经沙眼衣原体SWIB蛋白质免疫的C57B1/6小鼠中的抗体同种型效价。

图5显示经沙眼衣原体SWIB蛋白质免疫的C3H小鼠的脾细胞中的衣原体特异性T细胞增殖应答。

图6显示根据肺炎衣原体设计的、用于从肺炎衣原体中分离SWIB和S13基因的5’和3’引物序列。

图7A和7B显示，在受到表达衣原体蛋白质的单核细胞来源的树突细胞激活后能与沙眼衣原体和肺炎衣原体发生交叉反应的人抗衣原体T细胞系(TCL-8)的IFN-γ诱导。

图8显示用T细胞系TCL8EB/DC对衣原体核糖体S13蛋白质中的T细胞表位的鉴定。

图9A和B说明，针对肺炎衣原体感染的树突细胞产生的CP-21T细胞对重组肺炎衣原体-SWIB蛋白质，而非沙眼衣原体SWIB蛋白质的增殖应答。

图10显示来自无症状供体的原代T细胞系(TCT-10 EB)的沙眼衣原体特异性SWIB增殖应答。

图11说明用抗原特异性T细胞系(TCL-10 EB)对沙眼衣原体SWIB中的T细胞表位的鉴定。

图12显示由两名患者抗CT特异性抗原CT622、CT875和CT EB产生的原代T细胞系的沙眼衣原体特异性增殖应答。

发明详述

正如以上指出的，本发明一般涉及用于诊断和治疗衣原体感染的组合物和方法。一方面，本发明的组合物包括含有衣原体抗原或其变体的至少一个免疫原性部分的多肽。

在具体的实施方案中，本发明公开了包含衣原体抗原的免疫原性部分的多肽，其中所述衣原体抗原包含本文所公开的多核苷酸分子、所述核苷酸序列的互补分子及这些序列的变体所编码的氨基酸序列。

本文中，术语“多肽”包括任何长度的氨基酸链，包括全长蛋白质(即抗原)，其中氨基酸残基通过共价肽键连接在一起。因此，包含一个本发明抗原的免疫原性部分的多肽可以完全由该免疫原性部分组成，或者可以含有其它序列。所述其它序列可以来源于天然的衣原体抗原或可以是异源的，而且该序列可以(但不必须)具有免疫原性。

术语“多核苷酸”在本文中指脱氧核糖核酸或核糖核酸碱基的单链或双链聚合物，包括DNA和相应的RNA分子(包括HnRNA和mRNA分子)，既包括有义链也包括反义链，且包括cDNA、基因组DNA和重组DNA，以及完全或部分合成的多核苷酸。HnRNA分子含有内含子，并以大体一一对应的方式与DNA分子相应。mRNA分子相应于从中切除了内含子的HnRNA和DNA分子。多核苷酸可以由完整的基因或其任何部分组成。可操作的反义多核苷酸可以含有相应多核苷酸的片断，由此“多核苷酸”定义包括所有这些可操作的反义片断。

抗原的“免疫原性部分”是能够与获自衣原体感染个体的血清反应的部分(即，在本文所描述的代表性ELISA试验中，其与来自感染个体的血清产生的吸光度读数比用未感染个体的血清获得的吸光度读数高至少三个标准差)。该免疫原性部分一般包含至少约5个氨基酸残基，更优选至少约10个，最优选至少约20个氨基酸残基。用于制备和鉴定已知序列的抗原的免疫原性部分的方法是本领域已知的，包括Paul，Fundamental Immunology，第3版，Raven Press，1993，pp243-247和其中所引文献中总结的那些。这些技术包括筛选能够与抗原特异性抗体、抗血清和/或T细胞系或克隆反应的多肽。本文中，抗血清和抗体如果可以特异地与抗原结合(即，在ELISA或其它免疫试验中能与抗原蛋白质反应，但与无关蛋白质没有可检测的反应)，则它们是“抗原特异性的”。该抗血清和抗体可以按本文所述和利用熟知技术制备。天然衣原体蛋白质的免疫原性部分是与该抗血清和/或T细胞的反应水平在实质上不低于全长多肽的反应性(例如，在ELISA和/或T细胞反应性试验中)的部分。该免疫原性部分可以在这些试验中以类似或高于全长多肽的反应性的水平发生反应。该筛选一般可以使用本领域普通技术人员熟知的方法进行，例如Harlow和Lane，抗体：实验室手册(Antibodies：A laboratory Manual)(Cold SpringHarbor Laboratory，1988)中描述的那些方法。例如，可以将多肽固定在固体支持物上，使其与患者血清接触以允许血清中的抗体与固定的多肽结合。然后除去未结合的血清，并用例如¹²⁵I标记的A蛋白检测结合的抗体。

本发明考虑的抗原的免疫原性部分的实例包括，例如，SEQ ID NO9，10，18，19，31，39，93-96，98，100-102，106，108，138-140，158，167，168，246，247和254-256中提供的T细胞刺激表位。至少包含本文所述一个或多个衣原体抗原的免疫原性部分的多肽一般可以单独或联合用于检测患者中的衣原体感染。

本发明组合物和方法还包括上述多肽和多核苷酸分子的变体。该变体包括，但不限于，本发明序列的天然等位变体。具体地，变体包括与本文所述本发明多肽和多核苷酸分子有同源性的其它衣原体血清变型，例如血清变型D，E和F，以及几种LGV血清变型。优选地，该血清变型同系物(homologue)表现出与本文描述的相应多肽序列有95-99％同源性。

多肽“变体”在本文中是指仅因保守替代和/或修饰而不同于所指多肽以致保留了所指多肽的抗原性性质的多肽。在优选实施方案中，变体多肽与指明的序列相差5个或更少个氨基酸替代、缺失或插入。该变体一般可以通过使用例如本文描述的代表性方法修饰上述其中一个多肽序列，然后评价该修饰多肽的抗原性性质，而得以鉴定。换言之，相对于天然蛋白质，可以增强或不改变变体与抗原特异性抗血清的反应能力，或相对于天然蛋白质，可以将此能力减少50％以下，优选20％以下。该变体一般可以通过修饰上述其中一个多肽序列，然后评价该修饰多肽与本文描述的抗原特异性抗体或抗血清的反应性，而得以鉴定。优选的变体包括其中一个或多个部分，如N端前导序列或跨膜域已被除去的那些。其它优选变体包括其中已除去了成熟蛋白质N和/或C端的小部分(例如1-30个氨基酸，优选5-15个氨基酸)的变体。

本文中，“保守替代”是指这样的替代，其中一个氨基酸替代为具有相似性质的另一个氨基酸，以致肽化学领域的技术人员可以预期该多肽的二级结构和亲水性质基本上未发生改变。氨基酸替代一般可以根据残基在极性、电荷、溶解性、疏水性、亲水性和/或两性性质方面的相似性进行。例如，带负电荷的氨基酸包括天冬氨酸和谷氨酸；带正电荷的氨基酸包括赖氨酸和精氨酸；具有不带电荷的极性头基团的具有相似亲水性值的氨基酸包括亮氨酸、异亮氨酸和缬氨酸；甘氨酸和丙氨酸；天冬酰胺和谷氨酰胺；及丝氨酸、苏氨酸、苯丙氨酸和酪氨酸。可以表现保守改变的其它组氨基酸包括：(1)ala，pro，gly，glu，asp，gln，asn，ser，thr；(2)cys，ser，tyr，thr；(3)val，ile，leu，met，ala，phe；(4)lys，arg，his；和(5)phe，tyr，trp，his。变体还可以，或者是作为备选方案，含有非保守改变。在优选实施方案中，变体多肽与天然序列相差5个或更少个氨基酸替代、缺失或添加。变体还可以(或者是作为备选方案)通过例如缺失或添加对多肽的免疫原性、二级结构和亲水性质具有最小影响的氨基酸来修饰。变体还可以，或者是作为备选方案，含有其它修饰，包括对多肽的抗原性质、二级结构和亲水性质具有极小影响的氨基酸的缺失或添加。例如，可以使多肽在蛋白质的N末端缀合(conjugate)信号(或前导)序列，该序列将共翻译或翻译后指导该蛋白质转移。该多肽还可以和利于该多肽合成、纯化或鉴定(例如多聚His)或增强该多肽与固相支持物的结合的接头或其它序列缀合。例如，多肽可以和免疫球蛋白Fc区缀合。

多核苷酸“变体”是与所引述的核苷酸序列相差一个或多个核苷酸缺失、替代或添加以致编码的多肽的免疫原性相对于天然蛋白质而言不发生减弱的序列。对所编码多肽的免疫原性的影响一般可以按本文所述进行评价。这些修饰可以容易地通过使用标准诱变技术，例如Adelman等(DNA，2:183，1983)教导的寡核苷酸指导的位点特异性诱变来引入。核苷酸变体可以是以下讨论的天然等位变体，或非天然变体。本发明提供的多肽包括由基本上与这里具体描述的一个或多个多核苷酸序列同源的多核苷酸序列编码的变体。“基本上同源”在本文中指能够在中等严紧条件下杂交的多核苷酸序列。适宜的中等严紧条件包括在5×SSC、0.5％ SDS、1.0mM EDTA(pH8.0)的溶液中预洗涤；在50℃-65℃，5×SSC中过夜杂交，或在交叉物种同源性的情况下，在45℃使用0.5×SSC进行杂交；然后，使用含有0.1％ SDS的2×、0.5×和0.2×SSC各在65℃进行2次20分钟洗涤。该杂交多核苷酸序列也在本发明的范围内，同样由于密码简并性而编码与本发明多肽相同的多肽的核苷酸序列也在本发明范围内。

如果两个核苷酸或多肽序列中的核苷酸或氨基酸残基序列在按下述为了最大对应进行比对时是相同的，则这两个序列被说成是“一致的”。两个序列进行比较的方式典型地是通过在比较窗内比较序列以鉴定和比较局部区域的序列相似性。“比较窗”在本文中是指具有至少约20个连续位置，通常30至约75个位置、40至约50个位置的区段，在该区段中一个序列与具有相同数目的连续位置的参考序列在两序列最佳比对(alignment)后可以进行比较。

为了进行比较，可以使用生物信息学软件的Lasergene软件包(DNASTAR，Inc.，Madison，WI)以及默认参数，对序列进行最佳比对。该程序体现了如下参考文献中描述的几个比对策略；Day Dayhoff，M.O.(1978)，蛋白质进化改变模型-用于检测远缘关系的矩阵，Dayhoff，M.O.(编)《蛋白质序列和结构的图谱集》(Atlas of Protein Sequenceand Structure)，National Biomedical Resarch Foundaiton，Washington D.C.Vol.5，Suppl.3，pp.345-358；Hein J.(1990)比对和系统发生的统一方法pp.626-645酶学方法(Methods inEnzymology)vol.183，Academic Press，Inc.，San Diego，Calif.；Higgins，D.G.和Sharp，P.M.(1989)在微型计算机上快速灵敏的多序列比对，CABIOS 5:151-153；Myers，E.W.和Muller W.(1988)线性空间中的最佳比对，CABIOS 4:11-17；Robinson，E.D.(1971)Comb.Theor 11:105；Santou，N.Nes，M.(1987)相邻连接方法，一种用于重建系统发生树的新方法，Mol.Biol.Evol.4:406-425；Sneath，P.H.A.和Sokal，R.R.(1973)《数值分类学--数值分类学的原理和实践》(Numerical Taxonomy-the Principles andPractice of Numerical Taxonomy)，Freeman Press，San Francisco，Cal if.；Wi lbur，W.J.和Lipman，D.J.(1983)核酸和蛋白质数据库的快速相似性检索，Proc.Natl.Acad.，Sci.USA 80:726-730。

或者，可以通过Smith和Waterman(1981)Add.APL.Math 2：482的局部一致性算法；Needleman和Wunsch(1970)J.Mol.Biol.48:433的一致性比对算法；Pearson和Lipman(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.(U.S.A.)85:2444的相似性检索方法；这些算法的计算机执行程序(Wisconsin遗传学软件包中的GAP，BESTFIT，BLAST，FASTA和TFASTA，Genetics Computer Group(GCG)，575 Science Dr.，Madison，WI)；或目测对进行比较的序列作最佳比对。

适于确定序列一致性和序列相似性百分数的算法的一个举例说明例子是BLAST和BLAST2.0算法，分别描述在Altschul等(1977)Nuc.Acids Res.25；3389-3402和Altschul等(1990)J.Mol.Biol.215:403-410。例如使用这里描述的参数，可以用BLAST和BLAST 2.0确定本发明多核苷酸和多肽的序列一致性百分数。进行BLAST分析的软件可以通过生物技术信息国家中心(National Center forBiotechnology Information)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)公开获得。在一个举例说明性例子中，对于核苷酸序列，可以使用参数M(成对匹配残基的奖励分数；总>0)和N(错配残基的罚分；总<0)计算累积分数。对于氨基酸序列，可以使用评分矩阵计算累积分数。当：累积比对分数从其最大获得值下降量X时；累积分数因一个或多个负分残基比对而趋近于零或以下时；或达到任一个序列的末端时，终止字符配对(word hit)在各方向的延伸。BLAST算法参数W、T和X确定了比对的灵敏度和速度。BLASTN程序(用于核苷酸序列)使用11的字长(W)、10的期望值(E)和BLOSUM62评分矩阵(见Henikoff和Henikoff(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA89：10915)比对，50的期望值(B)、10的期望值(E)、M＝5、N＝4和双链比较作为默认值。

优选地，“序列一致性百分数”通过在具有至少20个位置的比较窗中比较两个最佳比对的序列来确定，其中，为了两个序列的最佳比对，与参考序列(不含有添加或缺失)相比，比较窗中的多核苷酸或氨基酸序列部分可以包含20％或更少，通常5％至15％，或10％至12％的添加或插入(即缺口)。此百分数通过确定两个序列中出现相同核酸碱基或氨基酸残基的位置数目得到匹配位置数目，然后用该匹配位置数目除以参考序列中的总位置数目(即窗的大小)并将结果乘以100，从而得到序列一致性百分数。

因此，本发明提供与本文公开的序列具有实质上的一致性的多核苷酸和多肽序列，例如使用这里公开的方法(例如，使用标准参数进行的BLAST分析，见下述)，与本发明多核苷酸或多肽序列相比，包含至少50％或更高的序列一致性，优选至少55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％或更高的序列一致性的那些。本领域技术人员明了，可以通过考虑密码子简并性、氨基酸相似性、阅读框位置等，对这些值作适当调整以确定两个多核苷酸序列编码的蛋白质的相应一致性。

在其它实施方案中，本发明提供包含与本文公开的一个或多个序列一致或互补的各种长度的连续序列段的分离多核苷酸或多肽。例如，本发明所包括的多核苷酸和多肽可以包含一个或多个本发明所公开序列的至少约15、20、30、40、50、75、100、150、200、300、400、500或1000或更多个连续核苷酸，以及其间所有中间长度的连续核苷酸。容易理解的是，“中间长度”在此上下文中是指引用值之间的任何长度，例如16、17、18、19等；21、22、23等；30、31、32等；50、51、52、53等；100、101、102、103等；150、151、152、153等；包括从200至500；从500至1,000等的所有整数。

本发明多核苷酸，或其片断，无论本身编码序列的长度如何，均可以和其它DNA序列，如启动子、聚腺苷酸化信号、附加限制性酶位点、多克隆位点、其它编码区段等组合，以致其整个长度可以发生相当大的变化。因此，这里考虑使用具有几乎任何长度的核酸片断，优选根据容易在预期的重组DNA操作中进行制备和使用对总长度作限制。例如，具有总长度约10,000、约5000、约3000、约2000、约1000、约500、约200、约100、约50个碱基对的举例说明性DNA区段可以考虑用于本发明的许多实施方式中。

编码本文所述核苷酸序列的基因的等位序列也包括在本发明范围内。本文中，“等位基因”或“等位序列”是基因的备选形式，该形式可以由核酸序列中的至少一个突变引起。等位基因可以导致改变的mRNA或结构或功能可能发生改变或可能不发生改变的多肽。任何给定的基因均可以没有、有一种、或有许多种等位形式。一般可以将产生等位基因的常见突变归为核苷酸的天然缺失、添加或替代。所有这些类型的改变均可以单独地或组合其它改变在给定序列中发生一或多次。

在具体实施方案中，本发明公开了包含衣原体抗原(或该抗原的变体)的至少免疫原性部分的多肽，所述抗原包含由如下多核苷酸序列编码的一个或多个氨基酸序列：(a)选自SEQ ID NO：358-361、407-430、525-559、582-598的多核苷酸序列；(b)这些DNA序列的互补序列；或(c)与(a)或(b)中的序列实质上同源的DNA序列。如以下实施例中讨论的，几种本文公开的衣原体抗原可以识别如下T细胞系，所述T细胞系识别沙眼衣原体和肺炎衣原体感染的单核细胞来源的树突细胞，这说明这些抗原可能代表沙眼衣原体和肺炎衣原体共有的免疫反应性表位。因此，所述抗原可以在用于沙眼衣原体生殖道感染和肺炎衣原体感染的疫苗中使用。为确定交叉反应程度，对来自沙眼衣原体和肺炎衣原体的这些衣原体抗原的进一步表征描述在实施例6中。此外，实施例4描述了分离自沙眼衣原体、编码能够刺激衣原体特异性小鼠CD8+T细胞系的蛋白质(SEQ ID NO：17-19和32)的cDNA片断(SEQ ID NO：15，16和33)。

一般地，衣原体抗原和编码该抗原的多核苷酸序列可以使用多种方法中的任一种来制备。例如，编码衣原体抗原的多核苷酸分子可以通过按下述用衣原体特异性T细胞系筛选从衣原体基因组或cDNA表达文库中分离出来，并使用本领域技术人员熟知的技术测序。此外，可以按以下更为详细描述的方法通过从cDNA微阵列中筛选衣原体相关表达(即，使用这里提供的代表性试验确定时，所述表达在衣原体感染的细胞中比在对照中高至少两倍)，鉴定多核苷酸。该筛选可以使用Synteni微阵列(Palo Alto，CA)根据厂商说明书(并基本上按Schena等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93：10614-10619，1996和Heller等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94：2150-2155，1997描述的方法)进行。或者，可以从制备自表达本文所述蛋白质的细胞的cDNA扩增多肽。可以通过聚合酶链式反应(PCR)扩增该多核苷酸。对于此方法，序列特异性引物可以根据本文提供的序列设计，也可以购买或合成。

抗原可以按如下所述通过将编码抗原的多核苷酸序列插入表达载体中然后在适当宿主中表达该抗原以重组方式制备。可以按本文所述对抗原的期望性质，如与获自衣原体感染个体的血清反应的能力进行评价，并可以使用例如传统Edman化学对抗原进行测序。见Edman和Berg，Eur.J.Biochem.80:116-132，1967。

编码抗原的多核苷酸序列也可以通过从适当的衣原体cDNA或基因组DNA文库中筛选能与从分离抗原的部分氨基酸序列衍生的简并寡核苷酸杂交的多核苷酸序列而获得。可以按(例如)Sambrook等，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，Cold Spring HarborLaboratori es，Cold Spring Harbor，NY(及其中引用文献)描述的方法设计并合成用于该筛选中的简并核苷酸序列，并进行该筛选。还可以使用聚合酶链式反应(PCR)，用上述寡核苷酸在本领域熟知方法中从cDNA或基因组文库分离核酸探针。然后使用分离的探针筛选文库。

可以使用扩增部分利用熟知技术从适宜的文库(例如衣原体cDNA文库)中分离全长基因。在这些技术中，可以使用一个或多个多核苷酸探针或适于扩增的引物筛选文库(cDNA或基因组)。优选按大小筛选文库以包括较大分子。也可以优选使用随机引发文库(random primedlibrary)鉴定基因的5’和上游区域。优选使用基因组文库获得内含子和延伸的5’序列。

对于杂交技术，可以使用熟知技术标记部分序列(例如通过切口平移或用³²P进行末端标记)。然后通过标记探针与含有变性的细菌菌落(或含有噬菌斑的菌苔)的滤膜杂交，筛选细菌或噬菌体文库(见Sambrook等，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，ColdSpring Harbor Laboratories，Cold Spring Harbor，NY，1989)。选择发生杂交的菌落或噬菌斑，并分离DNA用于进一步分析。可以分析cDNA克隆以确定其它序列的量，例如通过PCR使用来自该部分序列的引物和来自载体的引物进行分析。可以制备限制性图谱和部分序列以鉴定出一个或多个重叠克隆。然后，可以使用标准技术(这可涉及产生一系列缺失克隆)确定完整序列。之后将获得的重叠序列组装成一个连续的序列。全长cDNA分子可以使用熟知技术通过连接适宜片断来产生。

或者，有许多扩增技术可以用于从部分cDNA序列获得全长编码序列。在这些技术中，一般通过PCR进行扩增。可以使用多种商业试剂盒中的任一种实施扩增步骤。引物可以使用本领域熟知技术设计(见，例如Mullis等，Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.51:263，1987；Erlich编，PCR技术(PCR Technology)，Stockton Press，NY，1989)，也可以使用本领域熟知的软件。引物优选长22-30个核苷酸，具有至少50％的GC含量，而且可以在约68℃至72℃的温度下与靶序列退火。扩增的区域可以按上述方式测序，然后可以将重叠序列组装成一个连续序列。

一个这样的扩增技术是反向PCR(见Triglia等，Nucl.Acids Res.16:8186，1988)，该技术使用限制性酶在基因的已知区域中产生一个片段。然后通过分子内连接使该片段环化，将其用作PCR的模板，使用来自该已知区域背驰引物进行扩增。在另一备选方法中，可以通过使用针对接头序列的引物和对已知区域具有特异性的引物进行扩增，获得与部分序列相邻的序列。典型地使用相同接头引物和对该已知区域具有特异性的第二引物对该扩增序列进行第二轮扩增。该方法的变体使用以相反方向从已知序列起始延伸的两个引物，见WO 96/38591。其它技术包括捕获PCR(Lagerstrom等，PCR Methods Applic.1:111-19，1991)和步行PCR(Parker等，Nucl.Acids.Res.19:3055-60，1991)。转录介导的扩增或TMA是可以用于扩增DNA、rRNA或mRNA的另一方法，描述在专利PCT/US91/03184中。此非PCR为基础的自动催化恒温方法利用两个引物和两个酶：RNA聚合酶和逆转录酶。一个引物含有RNA聚合酶的启动子序列。在第一次扩增中，启动子引物与靶rRNA在确定位点杂交。逆转录酶通过从该启动子引物的3’末端进行延伸，产生靶rRNA的DNA拷贝。降解所获复合物中的RNA，并且第二引物和该DNA拷贝结合。逆转录酶从该引物末端合成一条新DNA链，从而产生双链DNA。RNA聚合酶识别该DNA模板中的启动子序列并起始转录。每一个新合成的RNA扩增子都重新进入该TMA程序并充当新一轮复制的模板，从而导致该RNA扩增子的指数扩增。还可以使用其它利用扩增实施的方法来获得全长cDNA序列。

在某些情况下，可以通过分析已表达序列标志(EST)数据库(例如可从GenBank获得)中提供的序列获得全长cDNA序列。一般可以使用熟知程序(例如，NCBI BLAST检索)查找重叠EST，然后可以利用这些EST产生连续的全长序列。还可以通过分析基因组片段获得全长cDNA序列。

多核苷酸变体一般可以通过本领域已知的任何方法制备，这些方法包括化学合成，例如固相亚磷酰胺化学合成。还可以使用标准诱变技术，如寡核苷酸指导的位点特异性诱变(见Adelman等，DNA 2:183，1983)，在多核苷酸序列中引入修饰。或者，可以通过体外或体内转录编码衣原体蛋白质或其部分的DNA序列，制备RNA分子，前提是将该DNA插入具有适宜RNA聚合酶启动子(例如T7或SP6)的载体中。某些部分可以用于制备编码的多肽，如本文所述。此外，或者作为可选择方案，可以给患者施用某部分，以便体内产生编码的多肽(例如用编码衣原体多肽的cDNA构建体转染抗原呈递细胞，如树突细胞，然后给患者施用该转染的细胞)。

与编码序列互补的序列部分(即反义多核苷酸)也可以用作探针或用于调节基因表达。还可以将能够转录为反义RNA的cDNA构建体导入组织细胞中以便于产生反义RNA。如本文所述，可以使用反义多核苷酸抑制衣原体蛋白质表达。可以使用反义技术通过形成三股螺旋破坏双螺旋打开足够大以结合聚合酶、转录因子或调节分子的能力来控制基因表达(见Gee等，Molecular and Immunologic Approaches(Huber和Carr编)，Futura Publishing Co.(Mt.Kisco，N.Y.；1994))。或者，可以设计反义分子以和基因的控制区域(例如启动子、增强子或转录起始位点)杂交，由此阻断基因转录；或通过抑制转录本和核糖体的结合阻断翻译。

还可以将编码序列或互补序列的一部分设计为探针或引物检测基因表达。探针可以用多种报道基团，如放射性核素和酶标记，并优选长至少10个核苷酸、更优选至少20个核苷酸、甚至更优选至少30个核苷酸。如上述，引物优选长22-30个核苷酸。

任何多核苷酸均可以进一步修饰以增加体内稳定性。可能的修饰包括，但不限于，在5’和/或3’末端添加侧翼序列；在主链中使用硫代磷酸或2’O-甲基而非磷酸二酯键；和/或包括非传统碱基，如肌苷、queosine和wybutosine以及腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶和尿嘧啶的乙酰基、甲基、硫代修饰形式及其它修饰形式。

本文所述核苷酸序列可以和多种其它核苷酸序列通过成熟的重组DNA技术连接在一起。例如，可以将多核苷酸克隆在多种克隆载体(包括质粒、噬菌粒、λ噬菌体衍生物和粘粒)之任一种中。尤其有意义的载体包括表达载体、复制载体、探针制备载体和测序载体。一般地，载体含有在至少一种生物中有功能的复制起点、方便的限制性内切酶位点和一个或多个选择标记。其它元件取决于所期望的应用，它们对于本领域普通技术人员是明显的。

具有少于约100个氨基酸、一般少于约50个氨基酸的合成多肽可以使用本领域熟知技术产生。例如，可以使用任何一种商业固相技术，如Merrifield固相合成方法(其中氨基酸被顺序地添加到生长的氨基酸链上)合成此类多肽。见Merrifield，J.Am.Chem.Soc.85:2149-2146，1963。自动合成多肽的仪器可从供应商如PerkinElmer/Applied BioSystems Division(Foster City，Calif)商购获得，并可以根据厂商说明书操作。

如上所述，衣原体抗原的免疫原性部分可以使用熟知技术，如总结在Paul，Fundamental Immunology，第3版，Raven Press，1993，pp.243-247及其中的引用文献中的那些技术进行制备和鉴定。这些技术包括筛选具有免疫原性质的天然抗原的多肽部分。在这些筛选中一般可以使用本文描述的代表性ELISA。多肽的免疫原性部分是在这些代表性试验中能和全长抗原产生基本相似水平的信号的部分。换言之，在本文描述的模式ELISA中，衣原体抗原的免疫原性部分产生的信号是全长抗原诱导的信号的至少约20％，优选约100％。

衣原体抗原的部分和其它变体可以通过合成或重组方式制备。天然抗原的变体一般可以使用标准诱变技术，如寡核苷酸指导的位点特异性诱变来制备。还可以使用允许制备截短多肽的标准技术除去多核苷酸序列的一些节段。

含有天然抗原的部分和/或变体的重组多肽可以容易地从编码该多肽的多核苷酸使用本领域普通技术人员熟知的多种技术制备。例如，可以首先使用商业滤器浓缩来自将重组蛋白分泌至培养基的适当宿主/载体系统的上清液。浓缩后，可以将浓缩液加载至适宜纯化基质如亲和基质或离子交换树脂上。最后，可以使用一个或多个反向HPLC步骤进一步纯化重组蛋白。

本领域普通技术人员已知的多种表达载体均可以用于表达本文所述的重组多肽。表达可以在已转化或转染了含有编码重组多肽的多核苷酸分子的表达载体的适当宿主细胞中实现。适宜的宿主细胞包括原核细胞、酵母或哺乳动物细胞系，例如COS或CHO。以此方式表达的DNA序列可以编码天然抗原、天然抗原的部分、或它的其它变体。

一般地，无论使用何种制备方法，本文公开的多肽均可以以分离的、基本上纯的形式制备得到。优选地，多肽具有至少约80％纯度、更优选至少约90％纯度、最优选至少约99％纯度。

在某些具体实施方案中，多肽可以是包含本文所述多个多肽的融合蛋白质，或是包含至少一个本文所述多肽和无关序列(例如已知的衣原体蛋白质)的融合蛋白。融合伙伴可以例如帮助提供T辅助细胞表位(T helper epitopes)(免疫学融合伙伴)，优选可以被人识别的T辅助细胞表位，或可以帮助该蛋白质以更高的产率(与原来的重组蛋白质相比而言)表达(表达增强子)。某些优选的融合伙伴既是免疫学融合伙伴又是表达增强融合伙伴。可以选择其它融合伙伴以增加蛋白质的溶解度或使该蛋白质能够靶向期望的细胞内区室。再其它融合伙伴包括利于蛋白质纯化的亲和标签。编码本发明融合蛋白的DNA序列可以使用已知的重组DNA技术将编码例如第一和第二多肽的分离DNA序列组装在一个适当的表达载体中而得以构建。使编码第一多肽的DNA序列的3’末端和编码第二多肽的DNA序列的5’末端在有或无肽接头的情况下连接，以便这些序列的阅读框可以同相以允许两个DNA序列翻译为保留了第一和第二多肽的生物学活性的单一融合蛋白质。

可以使用肽接头将第一和第二多肽分开足够大的距离以确保每个多肽都折叠成其二级结构和三级结构。该肽接头序列可以使用本领域熟知的标准技术并入融合蛋白中。可以基于如下因素选择适宜的肽接头序列：(1)其能够采取柔性伸展构象；(2)其不能采取会与第一和第二多肽上的功能性表位相互作用的二级结构；和(3)缺少可以和这些多肽功能性表位反应的疏水或带电荷残基。优选的肽接头序列含有Gly，Asn和Ser残基。其它仅中性氨基酸，如Thr和Ala也可以用于该接头序列中。通常可以用作接头的氨基酸序列包括公开在Maratea等，Gene 40:39-46，1985；Murphy等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA83:8258-8562，1986；U.S.专利4,935,233和4,751,180中的那些。接头序列可以长1至约50个氨基酸。作为使用肽接头序列的替换方法(如果期望的话)，可以利用第一和第二多肽上非必需的N端氨基酸区域(如果存在的话)分离功能域和预防空间位阻。

将这些连接的DNA序列可操作地和适宜的转录或翻译调节元件连接。负责DNA表达的调节元件仅位于编码第一多肽的DNA序列的5’。类似地，终止翻译所需的终止密码子和转录终止信号仅存在于编码第二多肽的DNA序列的3’。

本发明还提供包含本发明多肽和无关免疫原性蛋白质的融合蛋白。优选地，该免疫原性蛋白质能够引起回忆应答。这类蛋白质的实例包括破伤风、肺结核和肝炎蛋白质(见例如Stoute等New Engl.J.Med.，336:86-91，1997)。

在优选实施方案中，免疫学融合伙伴来源于D蛋白，一种革兰氏阴性细菌嗜血流感菌B(Haemophilus influenza B)的表面蛋白质(wo91/18926)。优选地，D蛋白衍生物包含该蛋白的大约头三分之一(例如，N端头100-110个氨基酸)，而且D蛋白衍生物可以是脂化的。在某些优选实施方案中，脂蛋白D融合伙伴的头109个残基被包括在N端上以给该多肽提供额外的外源T细胞表位和增强在大肠杆菌(E.coli)中的表达(由此起到表达增强子的作用)。脂质尾部确保抗原向抗原呈递细胞的最佳呈递。其它融合伙伴包括来自流感病毒的非结构蛋白质，NS1(血凝素)。典型地，使用N端81个氨基酸，但也可以使用包括T辅助细胞表位的不同片段。

在另一实施方案中，免疫学融合伙伴是称作LYTA的蛋白质，或其部分(优选C端部分)。LYTA来源于肺炎链球菌，其合成称作酰胺酶LYTA的N-乙酰基-L-丙氨酸酰胺酶(由LytA基因编码；Gene43:265-292，1986)。LYTA是特异降解肽聚糖主链中的某些键的自溶素。LYTA蛋白质的C段域负责和胆碱或一些胆碱类似物如DEAE亲和。该性质已被利用于开发大肠杆菌C-LYTA表达质粒，用于表达融合蛋白。在氨基端含有C-LYTA片段的杂合蛋白的纯化已有描述(见Biotechnology 10:795-798，1992)。在优选实施方案中，可以将LYTA的重复部分并入融合蛋白中。在该C段区域中从第178位残基开始存在一个重复部分。尤其优选的重复部分含有第188-305位残基。

在另一实施方案中，来源于结核分枝杆菌(Mycobacteriumtuberculosis)的Ra12多核苷酸与本发明多核苷酸的至少免疫原性部分连接。Ra12组合物和其用于增强异源多核苷酸序列表达的方法描述在U.S.专利申请60/158,585，该文献的公开文本完整地并入本文作为参考。简而言之，Ra12是指这样一个多核苷酸区域，该区域是结核分枝杆菌MTB32A核酸的亚序列。MTB32A是一个分子量32kD的丝氨酸蛋白酶，由结核分枝杆菌的强毒株和无毒株中的一个基因编码。MTB32A的此核苷酸序列和氨基酸序列已有描述(U.S.专利申请60/158,585；也见，Skeiky等，Infection and Immun.(1999)67:3998-4007，并入本文作为参考)。在一个实施方案中，用于制备融合多肽的Ra12多肽包含该MTB32A编码序列的如下C端片段，该片段可以有效地增强与其融合的异源衣原体抗原多肽的表达和/或免疫原性。在另一实施方案中，Ra12多肽相应于MTB32A的大约14kDC端片段，其中包含MTB32A第192至323位氨基酸残基中的一些或全部。

编码包含Ra12多肽和目的异源衣原体多肽的融合多肽的重组核酸可以容易地使用常规遗传工程技术构建。构建重组核酸，以便优选地Ra12多核苷酸序列位于所选异源衣原体多核苷酸序列的5’。将Ra12多核苷酸序列置于所选异源多核苷酸序列的3’可能也是适当的，或在Ra12多核苷酸序列内部的一个位置上插入异源多核苷酸序列。

此外，编码Ra12或其部分或其它变体的任何适宜多核苷酸均可以用于构建包含Ra12和一个或多个本文所述衣原体多核苷酸的重组融合多核苷酸。优选的Ra12多核苷酸一般包含编码Ra12多肽一部分的至少大约15个连续多核苷酸、至少约30个核苷酸、至少约60个核苷酸、至少约100个核苷酸、至少约200个核苷酸或至少约300个核苷酸。

Ra12多核苷酸可以包含天然序列(即编码Ra12多肽或其部分的内源性序列)或可以包含该序列的变体。Ra12多核苷酸变体可以含有一个或多个替代、添加、缺失和/或插入，以致该编码的融合多肽的生物学活性相对于包含天然Ra12多肽的融合多肽的生物学活性而言基本上没有减弱。变体优选表现出与编码天然Ra12多肽或其部分的多核苷酸序列有至少约70％一致性、更优选至少约80％一致性、最优选至少约90％一致性。

另一方面，本发明提供使用一个或多个以上多肽或融合蛋白(或编码这些多肽或融合蛋白的多核苷酸)在患者体内诱导抗衣原体感染的保护性免疫的方法。本文中，“患者”是指任何恒温动物，优选人。患者可以患有疾病，或可以不存在可检测的疾病和/或感染。换言之，可以诱导保护性免疫以预防或治疗衣原体感染。

在此方面，多肽、融合蛋白或多核苷酸分子一般存在于药物组合物或疫苗中。药物组合物可以包含一个或多个多肽(每个均可以含有一个或多个以上序列(或其变体))以及生理可接受载体。疫苗可以包含一个或多个以上多肽和免疫刺激剂，如佐剂或脂质体(其中包含该多肽)。这些药物组合物和疫苗还可以含有其它衣原体抗原，它们可以并入组合多肽中或可以存在于单独的多肽中。

或者，疫苗可以含有编码上述一个或多个多肽或融合蛋白的多核苷酸，以便可以原位产生该多肽。在此类疫苗中，多核苷酸可以存在于本领域普通技术人员已知的多种递送系统中的任一种中，这些递送系统包括核酸表达系统、细菌和病毒表达系统。适当的核酸表达系统含有在患者中进行表达所必需的多核苷酸(例如适宜的启动子和终止信号)。细菌递送系统涉及施用细胞表面上表达所述多肽的免疫原性部分的细菌(如卡介苗)。在优选实施方案中，可以使用病毒表达系统(例如痘苗病毒或其它痘病毒、逆转录病毒或腺病毒)引入多核苷酸，这可以涉及使用非致病性(缺陷型)病毒。将多核苷酸并入这些表达系统中的技术是本领域普通技术人员熟知的。还可以以“裸”质粒载体的形式施用这些多核苷酸，参见例如Ulmer等，Science259:1745-1749，1993和Cohen，Science 259:1691-1692，1993的综述。用于将DNA并入这些载体中的技术是本领域普通技术人员熟知的。此外，逆转录病毒可以转移或并入编码选择标记(以帮助鉴定或筛选已转导的细胞)和/或靶向部分的基因，例如编码特异靶细胞上的受体的配体的基因以赋予该载体靶向特异性。还可以使用抗体，通过本领域普通技术人员已知的方法实现靶向。

用于治疗目的的其它制剂包括胶体分散系统，例如高分子复合物、纳米囊、微球、小珠和基于脂质的系统(包括水包油型乳剂)、微胶粒、混合的微胶粒和脂质体。体外和体内用作递送载体的优选胶体系统是脂质体(即人工膜小泡)。可以通过将多核苷酸加在可被有效地运输至细胞中的生物可降解小珠之中和/或之上，增加裸多核苷酸的摄取。此类系统的制备和使用是本领域熟知的。

在一个相关方面，上述多核苷酸疫苗可以和本发明多肽或已知的衣原体抗原同时或相继施用。例如，可以施用编码本发明多肽的多核苷酸(“裸露的”或在上述递送系统中)，然后再施用抗原以增强疫苗的保护性免疫效果。

本文公开的多肽和多核苷酸也可以用于过继免疫治疗中以治疗衣原体感染。过继免疫治疗可以泛泛地划分为主动或被动免疫治疗。在主动免疫治疗中，治疗依赖于通过施用免疫应答修饰剂(例如疫苗、细菌佐剂和/或细胞因子)体内刺激内源性宿主免疫系统。

在被动免疫治疗中，治疗涉及递送具有确定的免疫反应性的生物学试剂(例如效应细胞或抗体)，它们可以直接或间接地介导抗衣原体效应而不必依赖完整的宿主免疫系统。效应细胞的实例包括T淋巴细胞(例如，CD8+细胞毒T淋巴细胞、CD4+T辅助细胞)、杀伤细胞(例如天然杀伤细胞、淋巴因子激活的杀伤细胞)、B细胞或表达所公开抗原的抗原呈递细胞(例如树突细胞和巨噬细胞)。本文公开的多肽还可以用于制备抗体或抗独特型抗体(如U.S.专利4,918,164)用于被动免疫治疗。

得到过继免疫治疗所需足够数量的T细胞的主要方法是体外培养免疫T细胞。用于将单个抗原特异性T细胞的数量扩增至几十亿并保持体内抗原识别的培养条件是本领域熟知的。这些体外培养条件典型地采用以抗原进行间歇刺激，且常在存在细胞因子如IL-2和非分裂的饲喂细胞时进行。如上所述，可以使用本文描述的免疫反应性多肽快速扩增抗原特异性T细胞培养物以便产生足够用于免疫治疗的细胞数目。具体地，可以使用多种本领域熟知的标准技术，用免疫反应性多肽脉冲抗原呈递细胞如树突细胞、巨噬细胞、单核细胞、成纤维细胞或B细胞，或者将多核苷酸序列引入抗原呈递细胞中。例如，可以用多核苷酸序列转染或转导抗原呈递细胞，其中所述序列含有适用于增强表达的启动子区域并能够作为重组病毒或其它表达系统的一部分表达。可以使用几种病毒载体转导抗原呈递细胞，包括痘病毒、痘苗病毒和腺病毒；也可以用本文公开的多核苷酸序列转染抗原呈递细胞，其中实施转染的手段有多种，包括基因枪技术、脂质介导的递送、电穿孔、渗透压休克和颗粒递送机制，从而导致按本领域普通技术人员确定的有效和可接受的表达水平。为了使培养的T细胞在治疗中有效，该培养T细胞必须能够在体内生长和广泛分布以及长期存活。研究证明，使用补加了IL-2的抗原进行反复刺激可以诱导培养的T细胞在体内生长并以相当大的数量长期存活(见例如，Cheever，M.等，″用培养的T细胞进行治疗：重访原理，″Immunological Reviews，157:177，1997)。

本文公开的多肽还可以用于制备和/或分离衣原体反应性T细胞，然后可以给患者施用这些T细胞。在一项技术中，可以通过用相应于所公开多肽的免疫原性部分的短肽进行体内免疫，制备抗原特异性T细胞系。可以从患者体内分离出产生的抗原特异性CD8+或CD4+T细胞克隆，使用标准组织培养技术进行扩增，然后将它们返回患者体内。

或者，可以使用相应于这些多肽的免疫原性部分的肽，通过自体T细胞的体外选择性刺激和扩增制备衣原体反应性T细胞亚群，提供随后可以转移至患者体内的抗原特异性T细胞，参见例如Chang等(Crit.Rev.Oncol.Hematol.，22(3)，213，1996)。免疫系统的细胞，例如T细胞，可以使用商业细胞分离系统(例如Isolex(TM)System，可获自Nexell Therapeutics，Inc.Irvine，Calif)从患者的外周血中分离。使用包含在递送载体如微球中的一种或多种免疫反应性多肽刺激分离的细胞，以提供抗原特异性T细胞。然后使用标准技术扩增抗原特异性T细胞群，并将细胞重新施用回患者体内。

在其它实施方案中，可以将对本文多肽具有特异性的T细胞和/或抗体受体进行克隆、扩增，并将其转移至其它载体或效应细胞中用于过继免疫治疗。尤其是，可以用适当基因转染T细胞，以将来自衣原体特异性单克隆抗体的可变区表达为细胞外识别元件并与T细胞受体信号链连接，从而导致T细胞活化、特异裂解和细胞因子释放。这使得T细胞能够以独立于MHC的方式重新指导其特异性。见例如，Eshhar，Z.，Cancer Immunol Immunother，45(3-4)：131-6，1997和Hwu，P.，等，Cancer Res，55(15):3369-73，1995。另一实施方案可以包括将衣原体抗原特异性α和βT细胞受体链转染至别的T细胞中，参见Cole，D J，等，Cancer Res，55(4):748-52，1995。

在再一实施方案中，可以用相应于本文所公开多肽的至少免疫原性部分的肽脉冲同基因的或自体的树突细胞。可以将所获抗原特异性树突细胞转移至患者体内，或用于刺激T细胞以提供抗原特异性T细胞，再可以将这些T细胞施用给患者。在小鼠模型中，肽脉冲的树突细胞在制备抗原特异性T细胞中的用途以及这些抗原特异性T细胞随后在根除疾病中的用途已被Cheever等(Immunological Reviews，157:177，1997)证明。此外，可以将表达所公开多核苷酸的载体引入取自患者的干细胞中，体外克隆增殖后用于自体移植回相同患者体内。

某些方面，可以将本文公开的多肽、多核苷酸、T细胞和/或结合剂并入药物组合物或免疫原性组合物(即疫苗)中。或者，药物组合物可以包含被衣原体多核苷酸转染以致表达衣原体多肽的抗原呈递细胞(例如树突细胞)。药物组合物可以包含一种或多种此类化合物及生理可接受载体。疫苗可以包含一种或多种此类化合物及免疫刺激剂。免疫刺激剂可以是能增强或强化针对外源抗原的免疫应答的任何物质。免疫刺激剂的实例包括佐剂、生物可降解微球(例如乳酸-羟基乙酸共聚物(polylactic galactide))和脂质体(其中含有所述化合物；见例如，Fullerton，U.S.专利4,235,877)。疫苗制剂一般可参见例如M.F.Powell和M.J.Newman，编，″Vaccine Design(thesubunit and adjuvant approach)，″Plenum Press(NY，1995)。本发明范围内的药物组合物和疫苗还可以含有其它化合物，这些化合物可以是生物学活性的或无活性的。例如，该组合物或疫苗中可以以整合在融合多肽中的形式或以单独的化合物形式存在其它衣原体抗原的一个或多个免疫原性部分。

药物组合物或疫苗可以含有编码上述一个或多个多肽的DNA，以便该多肽可以原位产生。如上所述，该DNA可以存在于本领域普通技术人员已知的多种递送系统之任一种中，包括核酸表达系统、细菌和病毒表达系统。许多基因递送技术是本领域熟知的，例如可参见Roll and，Crit.Rev.Therap.Drug Carrier Systems 15:143-198，1998及其中引用的文献。适当的核酸表达系统含有在患者中进行表达所必须的DNA序列(例如适宜的启动子和终止信号)。细菌递送系统涉及施用在其细胞表面表达该多肽的免疫原性部分或分泌该表位的细菌(如卡介苗)。

在优选实施方案中，可以使用病毒表达系统(例如痘苗或其它痘病毒、逆转录病毒、腺病毒、杆状病毒、披膜病毒、噬菌体等)导入DNA，所述表达系统常涉及使用非致病性(缺陷型)具有复制能力的病毒。

例如，许多病毒表达载体来源于逆转录病毒科的病毒。该科包括鼠白血病病毒、鼠乳腺癌病毒、人泡沫病毒、劳斯肉瘤病毒和免疫缺陷病毒，包括人、猿和猫科动物的免疫缺陷病毒。在设计逆转录表达载体时的考虑因素讨论在Comstock等(1997)。

Kim等(1998)开发了优良的以鼠白血病病毒(MLV)为基础的病毒表达载体。在构建MLV载体时，Kim等发现，完整的gag序列加上紧邻上游区域都可以缺失而不会显著影响病毒的包装或基因表达。而且，发现，几乎所有U3区域都可以用人巨细胞病毒的立即早期启动子替代，而不会有有害影响。此外，还可以加入MCR和内部核糖体进入位点(IRES)，而不会有不利影响。基于他们的观察，Kim等设计了一系列包含上述一个或多个特征的以MLV为基础的表达载体。

随着对人泡沫病毒(HFV)的更多认识，发现了HFV中有利于其用作表达载体的特征。这些特征包括pol通过拼接表达以及翻译起始于确定的起始密码子。HIF病毒表达载体的其它方面参见Bodem等(1997)的综述。

Murakami等(1997)描述了劳斯肉瘤病毒(RSV)为基础的可复制禽逆转录病毒载体，IR1和IR2，可以以高水平表达异源基因。在这些载体中，将来源于脑心肌炎病毒(EMCV)的IRES插在env基因和异源基因之间。IR1保留了拼接受体位点，其存在于env基因的下游，而IR2载体缺少该位点。Murakami等证实这些载体可以高水平表达几种不同的异源基因。

近来，开发了许多慢病毒为基础的逆转录病毒表达载体。Kafri等(1997)证实，基于人免疫缺陷病毒(HIV)的表达载体可以持久表达直接递送至肝脏和肌肉中的基因。这种系统的一个优点是HIV固有的转导非分裂细胞的能力。由于Kafri等的病毒是具有水泡性口炎病毒G糖蛋白(VSVG)的假型病毒，因此它们可以转导广谱组织和细胞类型。

巨大数量的基于腺病毒的表达载体已被开发出来，这主要是由这些载体在基因治疗应用中提供的优点导致的。腺病毒表达载体和使用这些载体的方法是大量美国专利(包括美国专利5,698,202，美国专利5,616,326，美国专利5,585,362，和美国专利5,518,913，所有文献均并入本文作为参考)的主题。

其它的腺病毒结构描述在Khatri等(1997)和Tomanin等(1997)。Khatri等描述了新的绵羊腺病毒表达载体和它们感染牛鼻陀螺状胞和兔肾细胞以及一系列人细胞类型(包括肺和包皮成纤维细胞以及肝、前列腺、乳腺、结肠和视网膜细胞系)的能力。Tomanin等描述了含有T7RNA聚合酶基因的腺病毒表达载体。当引入含有可操作地连接T7启动子的异源基因的细胞中后，载体能够从T7启动子驱动基因表达。作者提出，该系统可以用于克隆和表达编码细胞毒性蛋白质的基因。

痘病毒广泛地被用于在哺乳动物细胞中表达异源基因。多年来，该载体经改善能允许高表达异源基因和简化将多个异源基因整合入单个分子中的过程。在消除致细胞病变作用和增加安全性的努力中，痘苗病毒突变体和在哺乳动物细胞中进行流产性感染的其它痘病毒正受到特殊的关注(Oertli等，1997)。痘病毒作为表达载体的用途参见Carroll和Moss(1997)的综述。

披膜病毒表达载体包括甲病毒表达载体，已被用于研究蛋白质的结构和功能和用于蛋白质生产目的。披膜病毒表达载体所具有的吸引人特征是快速而有效的基因表达、宽宿主范围和RNA基因组(Huang，1996)。而且，基于甲病毒表达载体的重组疫苗已被证实可以诱导强体液和细胞免疫应答，并具有良好的免疫记忆和保护性作用(Tubulekas等，1997)。甲病毒表达载体和其用途的讨论见例如Lundstrom(1997)。

在一个研究中，Li和Garoff(1996)使用Semliki Forest病毒(SFV)表达载体在BHK-21细胞中表达逆转录病毒基因和制备逆转录病毒颗粒。通过此方法制备的颗粒具有蛋白酶和逆转录酶活性并具有感染性。而且，在病毒原液中不能检测到辅助病毒。因此，该系统具有有利于其用于基因治疗操作的特征。

杆状病毒表达载体传统上被用于在昆虫细胞中表达异源蛋白质。蛋白质的实例包括哺乳动物趋化因子受体(Wang等，1997)、报道蛋白如绿色荧光蛋白(Wu等，1997)和FLAG融合蛋白(Wu等，1997；Koh等，1997)。近来在杆状病毒表达载体技术方面的进展，包括其在病毒粒展示载体中的应用和在哺乳动物细胞中的表达，可参见Possee(1997)的综述。其它有关杆状病毒表达载体的综述包括Jones和Morikawa(1996)和O’Reilly(1997)。

其它适宜的病毒表达系统公开在，例如，Fisher-Hoch等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:317-321，1989；Flexner等，Ann.N.Y.Acad.Sci.569:86-103，1989；Flexner等，Vaccine 8:17-21，1990；U.S.专利4,603,112，4,769,330，和5,017,487；WO 89/01973；U.S.专利4,777,127；GB 2,200,651；EP 0,345,242；WO 91/02805；Berkner，Biotechniques 6:616-627，1988；Rosenfeld等，Science252:431-434，1991；Kolls等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA91:215-219，1994；Kass-Eisler等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:11498-11502，1993；Guzman等，Circulation 88:2838-2848，1993；和Guzman等，Cir.Res.73:1202-1207，1993。用于将DNA并入这些表达载体中的技术是本领域普通技术人员熟知的。在其它系统中，该DNA可以以“裸”DNA的形式引入，参见例如Ulmer等，Science 259:1745-1749，1993和Cohen，Science 259:1691-1692，1993的综述。可以通过将DNA包被在能有效地被运输至细胞中的生物可降解小珠上，增加对裸DNA的摄取。

明显地，如果期望的话，疫苗可以包括多核苷酸和/或多肽成分。同样明显地，疫苗可含有这里所提供的多核苷酸和/或多肽的可药用盐。这些盐可以从可药用非毒性碱(包括有机碱(如伯、仲、叔胺的盐和碱性氨基酸的盐)和无机碱(例如钠、钾、锂、铵、钙和镁盐))制备。尽管本领域普通技术人员已知的任何适宜载体均可以用于本发明药物组合物中，但载体的类型将随给药方式的改变而改变。可以对本发明组合物进行配制以适应任何适当的给药方式，包括例如局部、口服、鼻、静脉内、颅内、腹膜内、皮下或肌内给药。对于肠胃外给药，例如皮下注射，载体优选包含水、盐水、醇、脂肪、蜡或缓冲液。对于口服给药，可以使用以上任一种载体或固体载体，如甘露糖醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、糖精钠、滑石、纤维素、葡萄糖、蔗糖和碳酸镁。也可以使用生物可降解微球(例如polylactate polyglycolate)作为本发明药物组合物的载体。适宜的生物可降解微球公开在例如美国专利4,897,268和5,075,109。

这些组合物也可以包含缓冲液(例如，中性缓冲盐溶液或磷酸缓冲盐溶液)、糖(例如，葡萄糖、甘露糖、蔗糖或葡聚糖)、甘露醇、蛋白质、多肽或氨基酸如甘氨酸、抗氧化剂、抑菌剂、螯合剂如EDTA或谷胱苷肽、佐剂(例如氢氧化铝)、使制剂和受体血液相比等渗、低渗或微高渗的溶质、悬浮剂、增稠剂和/或防腐剂。或者，可以将本发明组合物配制成冻干物。还可以利用熟知技术将化合物包封在脂质体中。

在本发明疫苗中可以使用多种免疫刺激剂之任一种。例如，可以将佐剂包括在内。大多数佐剂含有设计以保护抗原不被快速代谢的物质，如氢氧化铝或矿物油，和免疫应答的刺激剂，例如脂质A、Bortadella pertussis或结核分枝杆菌衍生的蛋白质。适宜的佐剂可商业购买获得，例如弗氏不完全佐剂和完全佐剂(Difco Laboratories，Detroit，Mich.)；Merck佐剂65(Merck and Company，Inc.，Rahway，N.J.)；AS-2(SmithKline Beecham，Philadelphia，Pa.)；铝盐如氢氧化铝凝胶(明矾)或磷酸铝；钙、铁或锌盐；酰化酪氨酸的不溶性悬浮液；酰化糖；阳离子或阴离子衍生化的多糖；聚磷腈；生物可降解微球；单磷酰脂A和quil A。细胞因子，如GM-CSF或白介素-2、-7或-12，也可以用作佐剂。

在本文提供的疫苗中，在选择条件下，可以对佐剂组合物进行设计以诱导主要是Th1型或Th2型的免疫应答。高水平的Th1型细胞因子(如IFN-γ、TNFα、IL-2和IL-12)倾向于促进诱导细胞介导的针对施用抗原的免疫应答。相反，高水平的Th2型细胞因子(例如，IL-4，IL-5，IL-6和IL-10)倾向于促进诱导体液免疫应答。在应用本文提供的疫苗后，患者将支持包括Th1和Th2型应答在内的免疫应答。在优选实施方案中，当应答主要是Th1型的，则Th1型细胞因子水平增加的程度将比Th2型细胞因子水平增加的程度高。这些细胞因子的水平可以容易地使用标准试验评价。对于细胞因子家族的综述，见Mosmann和Coffman，Ann.Rev.Immunol.7:145-173，1989。

用于引起Th1型为主的应答的优选佐剂包括，例如，单磷酰脂A(优选3-脱-O-酰化的单磷酰脂A(3D-MPL))和铝盐的组合。MPL佐剂可从Corixa公司获得(Seattle，Wash.；见U.S.Pat.Nos.4,436,727；4,877,611；4,866,034和4,912,094)。含有CpG的寡核苷酸(其中CpG二核苷酸是未甲基化的)也诱导Th1型为主的应答。这些寡核苷酸是熟知的，描述在例如WO 96/02555和WO 99/33488。免疫刺激性DNA序列也已有描述，例如可参见Sato等，Science273:352，1996。另一优选佐剂是皂苷，优选QS21(AquilaBiopharmaceuticals Inc.，Framingham，MA)，其可以单独或联合其它佐剂使用。例如，增强系统包括单磷酰脂A和皂苷衍生物的联合，例如QS21和3D-MPL的联合(WO 94/00153)，或其中用胆固醇淬灭QS21的较小反应原性组合物(见WO 96/33739)。其它优选制剂包含水包油型乳剂和生育酚。在水包油型乳剂中包含QS21、3D-MPL和生育酚的尤其有效的佐剂描述在WO 95/17210。

其它优选佐剂包括Montanide ISA 720(Seppic，法国)，SAF(Chiron，Calif.，美国)，ISCOMS(CSL)，MF-59(Chiron)，SBAS系列佐剂(例如，SBAS-2或SBAS-4，可从SmithKline Beecham，Rixensart，比利时获得)，Detox(Corixa公司；Seattle，Wash.)，RC-529(Corixa公司；Seattle，Wash.)和其它氨基葡糖苷4-磷酸氨基烷基酯(AGP)，如描述在待决美国专利申请系列08/853,826和09/074,720(其公开完整地并入本文作为参考)。

本文提供的所有疫苗均可以使用可导致抗原、免疫刺激剂和适宜载体或赋形剂相组合的熟知方法制备。本文描述的组合物可以作为缓释制剂(即，诸如胶囊、海绵或凝胶(例如，由多糖组成)等实现在给药后化合物的缓慢释放的制剂)的一部分给药。该制剂一般可以使用熟知技术(见例如，Coombes等，Vaccine 14:1429-1438，1996)制备，并可以通过例如口服、直肠或皮下埋植、或通过埋植在期望的靶位置处来给药。缓释制剂可以含有分散在载体基质中和/或包含在被控速膜包围的贮库中的多肽、多核苷酸或抗体。

在这些制剂中使用的载体具有生物相容性，还可以是生物可降解的；优选该制剂提供相对恒定水平的活性成分释放。此类载体包括乳酸-羟基乙酸共聚物的微粒，以及聚丙烯酸酯、胶乳、淀粉、纤维素和葡聚糖。其它缓释载体包括超分子生物载体，其包含非液体亲水核心(例如交联多糖或寡糖)和任选的含有两亲性化合物如磷脂的外层(见例如，U.S.专利5,151,254和PCT申请WO 94/20078，WO/94/23701和WO 96/06638)。活性化合物在缓释制剂中的含量取决于埋植位置、释放的速率和预期的持续时间和待治疗或预防的疾病的性质。

多种递送运输载体(vehicle)均可以用于药物组合物和疫苗中以利于靶向衣原体感染细胞的抗原特异性免疫应答的产生。递送运输载体包括抗原呈递细胞(APC)，如树突细胞、巨噬细胞、B细胞、单核细胞和可以通过改造成为有效的APC的其它细胞。这些细胞可以，但不必须，进行遗传修饰以增加呈递抗原的能力、提高对T细胞应答的激活和/或维持、本身具有抗衣原体作用和/或与受体具有免疫相容性(即，匹配的HLA单倍型)。一般APC可以从多种生物学液体和器官之任一种中分离得到，并可以是自体、同种异体、同基因或异基因细胞。

本发明的某些优选实施方案使用树突细胞或其祖先细胞作为抗原呈递细胞。树突细胞是高度有效的APC(Banchereau和Steinman，Nature 392:245-251，1998)，已被证实可以作为生理佐剂有效地引起预防性或治疗性免疫(见Timmerman和Levy，Ann.Rev.Med.50:507-529，1999)。一般，树突细胞可以根据其典型形状(原位时呈星形，体外具有可见的明显细胞质突起(树突))、高效摄取、加工和呈递抗原的能力以及活化幼稚T细胞应答的能力来鉴定。当然，可以对树突细胞进行改造使其表达正常情况下体内或离体均不存在于树突细胞上的特异细胞表面受体或配体，这些的修饰树突细胞是本发明所考虑的。作为树突细胞的替代方案，可以在疫苗中使用加载了抗原的树突细胞的分泌小泡(secreted vesicles antigen-loaded dendriticcells)(称作外吐小泡(exosome))(见Zitvogel等，Nature Med.4:594-600，1998)。

可以从外周血、骨髓、淋巴结、脾脏、皮肤、脐带血或任何其它适宜的组织或体液获得树突细胞和祖先细胞。例如，可以通过向收获自外周血的单核细胞的培养物中添加细胞因子组合如GM-CSF、IL-4、IL-13和/或TNFα，离体分化树突细胞。或者，可以通过向培养基中添加GM-CSF、IL-3、TNFα、CD40配体、LPS、flt3配体和/或其它能诱导树突细胞分化、成熟和增殖的化合物的组合，使收获自外周血、脐带血或骨髓的CD34阳性细胞分化成树突细胞。

树突细胞可方便地划分为“未成熟”和“成熟”细胞，这使得可以以一种简单的方式区分两个特征明显的表型。然而，这种命名法不应被理解为是对所有可能的中间分化阶段的排除。未成熟树突细胞可以表征为这样的APC，其具有与Fcγ受体和甘露糖受体高表达相关的高抗原摄取和加工能力。成熟表型典型的特征在于这些标记较低表达，但负责T细胞活化的细胞表面分子如I类和II类MHC、粘着分子(例如CD54和CD11)及共刺激分子(例如CD40，CD80，CD86和4-1BB)出现高表达。

APC一般可以用编码衣原体蛋白(或其部分或其它变体)的多核苷酸转染，以便该衣原体多肽或其免疫原性部分可以表达在细胞表面上。该转染可以离体进行，然后可以将包含该转染细胞的组合物或疫苗用于治疗目的，如本文所述。或者，可以给患者施用靶向树突细胞或其它抗原呈递细胞的基因递送运输载体，从而导致转染体内发生。例如，可以使用本领域熟知的任何方法体内和离体转染树突细胞，例如WO97/24447中所述的方法、或Mahvi等，Immunology and cell Biology75:456-460，1997中描述的基因枪方法。可以通过用衣原体多肽、DNA(裸露的或在质粒载体中的)或RNA；或用表达抗原的重组细菌或病毒(例如痘苗病毒、禽痘病毒、腺病毒或慢病毒载体)孵育树突细胞或祖先细胞，使树突细胞负载抗原。在负载之前，可以使多肽共价缀合可以提供T细胞帮助的免疫学伙伴(例如载体分子)。或者，可以用非缀合的免疫学伙伴单独地或在多肽存在时脉冲树突细胞。

药物组合物和疫苗的给药途径和频率，以及剂量随个体不同而不同。一般，药物组合物和疫苗可以通过注射(如皮内、肌内、静脉内或皮下)、鼻内(例如通过吸入)或口服给药。可以在1-36周的时间内1-3次给药。优选地，进行3次给药，以3-4个月为间隔，之后可以周期性给予加强接种。不同给药方案可能适于不同患者。适宜的给药量是这样的多肽或DNA量，当按上述给药时，该量能够在接受免疫的患者体内引起足以保护该患者在至少1-2年内免受衣原体感染的免疫应答。一般地，剂量中存在的多肽量(或由剂量中DNA原位产生的多肽量)为约1pg至约100mg/kg宿主，典型地约10pg至约1mg，优选约100pg至约1μg。适宜的给药量随患者的体积大小而变化，但典型地在约0.1mL至约5mL的范围内。

尽管可以在本发明药物组合物中使用本领域普通技术人员已知的任何适宜载体，但载体的类型取决于给药方式。对于肠胃外给药，如皮下注射，载体优选包含水、盐水、醇、脂肪、蜡或缓冲液。对于口服给药，可以使用以上任何一种载体或固体载体，如甘露醇、乳糖、硬脂酸镁、糖精钠、滑石、纤维素、葡萄糖、蔗糖和碳酸镁。还可以使用生物可降解微球(例如乳酸-羟基乙酸共聚物)作为本发明药物组合物的载体。使用的生物可降解微球公开在例如美国专利4,897,268和5,075,109中。

一般地，适当的剂量和治疗方案将提供足以造成治疗和/或预防益处的活性化合物量。该反应可以通过确定治疗患者与未治疗患者相比表现出的改善临床结果来监测。针对衣原体蛋白质的预先存在的免疫应答的增加一般与改善的临床结果相关。通常，可以使用标准增殖、细胞毒性或细胞因子试验评价这些免疫应答，所述试验可以使用治疗前后获自患者的样品来进行。

另一方面，本发明提供使用上述多肽诊断衣原体感染的方法。在此方面，本发明提供使用一种或多种上述多肽(单独地或相联合地)在生物学样品中检测衣原体感染的方法。为了清楚起见，在描述本发明诊断方法的具体实施方案时，使用术语“多肽”。然而，本领域技术人员明了，本发明的融合蛋白也可以用于这些方法中。

本文中“生物学样品”是指从患者获得的含有抗体的样品。优选地，该样品是全血、痰、血清、血浆、唾液、脑脊液或尿。更优选地，样品是获自患者的血液、血清或血浆样品。按下述，在试验中使用多肽，通过比较预先确定的截断值确定样品中是否存在针对该多肽的抗体。该抗体的存在表明早先被衣原体抗原致敏，而这可能指示衣原体感染。

在使用一种以上多肽的实施方案中，所用多肽优选具有互补性(即，一个多肽成分倾向于检测样品中的感染，而该感染却不能被另一多肽成分检测到)。一般可以通过单独地使用每一种多肽评价从一系列已知感染了衣原体的患者获得的血清样品，以鉴定出互补性多肽。确定出使用每一种多肽可以检测出哪些样品为阳性的(见下述)之后，可以配制将能够在大多数或全部测试样品中检测出感染的两种或多种多肽的组合。

对于使用一种或多种多肽检测样品中的抗体，本领域普通技术人员已知有多种形式的试验。见例如，Harlow和Lane，Antibodies：ALaboratory Manual，Cold Spring Harbor Laboratory，1988(并入本文作为参考)。在一个优选实施方案中，该试验涉及利用固定在固相支持物上的多肽结合并分离样品中的抗体。然后可以使用含有报道基团的检测试剂检测结合的抗体。适宜的检测试剂包括可与抗体/多肽复合物结合的抗体和用报道基团标记的游离多肽(例如在半竞争试验中)。或者，可以利用竞争试验，其中用报道基团标记可和多肽结合的抗体，并在使抗原和样品一起孵育之后允许该抗体与固定的抗原结合。样品中成分对标记的抗体和多肽结合的抑制程度指示样品与固定的多肽的反应性。

固相支持物可以是本领域普通技术人员已知的可以附着抗原的任何固体物质。例如，该固相支持物可以是微量滴定板中的测试孔，或硝酸纤维素或其它适宜的膜。或者，该支持物可以是小珠或盘，如玻璃、玻璃纤维、胶乳或塑料材料如聚苯乙烯或聚乙烯氯。支持物还可以是磁性颗粒或纤维光传感器，例如美国专利5,359,681中描述的那些。

可以使用本领域普通技术人员已知的多种技术使多肽与固相支持物结合。在本发明上下文中，术语“结合”是指非共价连接如吸附和共价附着(可以是抗原和支持物上的官能团之间的直接键合，或可以是通过交联剂的键合)。优选通过吸附与微量滴定板孔或膜结合。在这些情况下，吸附可以通过在适宜缓冲液中使多肽和固相支持物接触适当长的时间来实现。接触时间随温度改变，但典型地在约1小时至1天之间。一般地，用约10ng至约1mg，优选约100ng的多肽量接触塑料微量滴定板的一个孔就足以结合足够量的抗原。

多肽和固相支持物的共价附着一般可以通过首先使支持物和双功能试剂(即，可以和支持物和多肽上的官能团如羟基或氨基反应的试剂)反应来实现。例如，可以使用苯醌或通过支持物上的醛基基团和多肽上的胺和活性氢缩合，从而使多肽和具有适当聚合物包被的支持物结合(见例如Pierce Immunotechnology Catalog and Handbook，1991，A12-A13)。

在某些实施方案中，该试验是酶联免疫吸附测定(ELISA)。该试验可以通过首先使已固定在固相支持物(通常是微量滴定板)上的多肽抗原和样品接触，以便样品中的抗多肽的抗体可以和固定的多肽结合。然后从固定的多肽上除去未结合的样品，然后加入能够与固定的抗体-多肽复合物结合的检测试剂。之后使用适用于具体检测试剂的方法，测定保留与固相支持物结合的检测试剂的量。

更具体地，一旦如上述将多肽固定在支持物上之后，典型地封闭支持物上剩余的蛋白质结合位点。本领域普通技术人员已知的任何适宜的封闭剂，如牛血清白蛋白(BSA)或Tween 20^TM(Sigma Chemical Co.，St.Louis，MO)均可以采用。然后将固定的多肽和样品一起孵育，并允许抗体和抗原结合。可以在孵育之前用适宜的稀释剂如磷酸缓冲液溶液(PBS)稀释样品。一般地，适当的接触时间(即，孵育时间)是指足以检测到HGE感染样品中抗体的存在的时间段。优选地，接触时间足够长以能实现结合抗体和未结合抗体达平衡时达到的结合水平的至少95％的结合水平。本领域普通技术人员明了，达平衡所必需的时间可以容易地通过测试一段时间内的结合水平予以确定。室温下，一般大约30分钟的孵育时间是足够的。

然后可以通过用适当缓冲液，如含有0.1％ Tween 20^TM的PBS洗涤固相支持物，除去未结合的样品。然后可以向固相支持物加上检测试剂。适当的检测试剂是可结合固定的抗体-多肽复合物并能被本领域已知的任何各种方法检测的任何化合物。优选地，检测试剂含有与报道基团缀合(conjugated)的结合试剂(如，A蛋白、G蛋白、免疫球蛋白、凝集素或游离抗原)。优选的报道基团包括酶(例如辣根过氧化物酶)、底物、辅因子、抑制剂、染料、放射性核素、化学发光基团、荧光基团和生物素。结合剂和报道基团的缀合可以使用本领域普通技术人员已知的标准方法实现。与多种报道基团缀合的通常结合剂还可以从许多商业来源(例如Zymed Laboratories，San Francisco，Calif.，和Pierce，Rockford，IL)购买。

然后，将检测试剂和固定的抗体-多肽复合物一起孵育足够长以检测结合的抗体的时间量。适当的时间长度一般可以从厂商说明书，或通过测试一段时间内的结合水平来确定。然后除去未结合的检测试剂并使用报道基团检测结合的检测试剂。用于检测报道基团的方法取决于报道基团的性质。对于放射性基团，一般闪烁计数或放射自显影是适当的。光谱法可以用于检测染料、化学发光基团和荧光基团。生物素可以使用偶联有不同的报道基团(通常是放射性或荧光基团或酶)的亲和素进行检测。酶报道基团一般可以通过加入底物(一般经过特定的时间段)，之后通过光谱法或其它方法分析反应产物进行检测。

为了确定样品中是否存在抗衣原体抗体，一般将从保持与固相支持物结合的报道基团检测到的信号和相应于预先确定的截断值的信号进行比较。在一个优选实施方案中，该截断值是固定的抗体和来自未感染患者的样品一起孵育时获得的平均信号。一般地，产生高于预先确定的截断值3个标准差的信号的样品被认为是衣原体感染阳性的。在另一优选实施方案中，截断值通过使用Receiver Operator曲线根据Sackett等的方法(临床流行病学：临床医学的基础科学(ClinicalEpidemiology：A Basic Science for Clinical Medicine)，LittleBrown and Co.，1985，pp.106-107)确定。简而言之，在该实施方案中，将该诊断测试结果的每一个可能截断值所对应的成对真阳性率(即灵敏度)和假阳性率(100％特异性)作图，然后可以从该图确定该截断值。图上最接近左上角的截断值(即包括了最大面积的值)是最准确的截断值，而产生的信号高于该方法所确定的截断值的样品可以被认为是阳性的。或者，可以沿着该图向左移动该截断值，以最小化假阳性率，或向右移动以最小化假阴性率。一般地，产生的信号高于该方法所确定的截断值的样品被认为是衣原体感染阳性。

在一个相关的实施方案中，该测定在快速流过或长条测试形式上进行，其中抗原被固定在硝酸纤维素等膜上。在该流过测试中，当样品经过该膜时，样品中的抗体与固定的多肽结合。然后当含有检测试剂的溶液流经该膜时，该检测试剂(例如，A蛋白-胶体金)将与该抗体-多肽复合物结合。接着可以按以上所述方法检测结合的检测试剂。在长条测试形式中，将结合了多肽的膜的一端浸入含有样品的溶液中。该样品沿该膜迁移通过含有检测试剂的区域并到达含有固定的多肽的区域。在多肽位置处检测试剂的浓缩指示了样品中存在抗衣原体抗体。典型地，检测试剂在该位置的浓缩产生能够通过肉眼观察的图形，例如线。无该图形，则指示阴性结果。一般地，对固定在该膜上的多肽的量进行选择，以便当生物样品含有的多肽水平足以在以上讨论的ELISA中产生阳性信号时，多肽位置处可以产生肉眼可识别的图形。优选地，固定在该膜上的多肽量在约25ng-约1μg之间，更优选在约50ng-约500ng之间。典型地用极少量(例如，一滴)的患者血清或血液就能够进行这些测试。

当然，有许多其它测试方法都适于和本发明多肽一起使用。以上的描述仅旨在作为范例。在这些方法中可以使用的可选择试验方案的一个例子是Western印迹，其中在凝胶上分离生物学样品中存在的蛋白质，然后使其暴露于结合剂。这些技术是本领域技术人员熟知的。

本发明还提供特异地与衣原体蛋白质结合的药剂，例如抗体和其抗原结合片段。在本文中，如果抗体或其抗原结合片段以可检测到的水平与衣原体蛋白质反应(在例如ELISA中)，而在相似条件下与无关蛋白质的反应不能被检测到时，则被认为其与衣原体蛋白质“特异结合”。这里所用“结合”是指两个独立分子之间的非共价连接，以致形成复合物。结合能力可以通过例如测定形成该复合物的结合常数来评价。结合常数是当用各成分的浓度乘积除该复合物的浓度时获得的值。一般地，在本发明的上下文中，当复合物形成的结合常数大于约10³L/mol时，两个化合物被认为是“相结合的”。该结合常数可以采用本领域熟知的方法测定。

采用本文提供的代表性试验，结合剂还能够区分患者是否存在衣原体感染。换言之，与衣原体蛋白质结合的抗体或其它结合剂将在至少约20％患有该病的患者中产生指示存在衣原体感染的信号，而将在至少约90％未发生感染的个体中产生指示该疾病不存在的信号。为了确定结合剂是否满足此要求，可以按本文所述方法测定在来自(用标准临床检验确定的)衣原体感染或未感染患者的生物学样品(例如血液、血清、痰、尿和/或活检组织)中是否存在与该结合剂结合的多肽。很明显，进行分析的患病和未患病样品的数量应当具有统计学意义。每个结合剂都应满足以上标准；然而，本领域普通技术人员将知道，可以联合使用多个结合剂以提高灵敏度。

满足以上要求的任何药剂都可以是结合剂。例如，结合剂可以是含有或不含有肽成分的核糖体、RNA分子或多肽。在一个优选实施方案中，结合剂是抗体或其抗原结合片段。抗体的制备可以采用本领域普通技术人员已知的多种技术中的任意一种。见例如Harlow和Lane，抗体：实验室手册，Cold Spring Harbor Laboratory，1988。一般地，可以通过细胞培养技术制备抗体，这些技术包括按本文所述制备单克隆抗体，或通过用抗体基因转染适宜的细菌或哺乳动物细胞宿主，以便使得可以产生重组抗体。在一项技术中，首先给多种哺乳动物(例如小鼠、大鼠、家兔、绵羊或山羊)中的任一种注射含有本发明多肽的免疫原。在该步骤中，可以将本发明的多肽不经修饰用作免疫原。或者，尤其是对于相对短的多肽，如果将该多肽与载体蛋白质，例如牛血清白蛋白或匙孔血蓝蛋白连接在一起，则可以引起极佳的免疫应答。给动物宿主注射免疫原，并优选地根据预先确定的时间表加入一次或多次加强免疫，然后定期采取该动物的血液。然后可以从抗血清中，通过例如采用与适宜固相支持物偶联的多肽进行亲和层析，纯化对该多肽具有特异性的多克隆抗体。

对目的抗原多肽具有特异性的单克隆抗体可以采用例如Kohler和Milstein的技术(Eur.J.Immunol.6:511-519，1976)，及其改良方法来制备。简而言之，这些方法涉及制备能够产生具有期望特异性(即与目的多肽的反应性)的抗体的永生化细胞系。这些细胞系可以从例如获自按上述方法免疫的动物的脾细胞制备。然后通过例如和骨髓瘤细胞融合伙伴，优选与该免疫动物同基因的骨髓瘤细胞融合，使该脾细胞永生化。多种融合技术均可以采用。例如，可以将脾细胞和骨髓瘤细胞与非离子去污剂混合几分钟，然后以低密度铺在支持杂种细胞而不支持骨髓瘤细胞生长的选择培养基上。优选的筛选技术采用了HAT(次黄嘌呤、氨基喋呤、胸苷)筛选。在足够长的时间之后，通常为约1-2周，可观察到杂种集落。选择单集落，并测试其培养物上清液与本发明多肽的结合活性。优选具有高反应性和特异性的杂交瘤。

可以从培养的杂交瘤集落的上清液中分离单克隆抗体。此外，还可以采用各种技术增加产量，例如将该杂交瘤细胞系注射入适宜的脊椎动物宿主例如小鼠的腹腔内。然后可以从腹水或血液中收获单克隆抗体。可以通过常规技术例如层析、凝胶过滤、沉淀和抽提从这些抗体中除去杂质。本发明多肽可以用于纯化方法例如亲和层析步骤中。

在某些实施方案中，可能优选采用抗体的抗原结合片段。这些片段包括Fab片段，它们可以采用标准技术制备。简而言之，可以通过在A蛋白珠柱上通过亲和层析从兔血清中纯化免疫球蛋白(Harlow和Lane，抗体：实验室手册，Cold Spring Harbor Laboratory，1988)，然后通过木瓜蛋白酶消化产生Fab和Fc片段。该Fab和Fc片段可以在A蛋白珠柱上通过亲和层析分离。

可以将本发明的单克隆抗体与一或多种治疗剂偶联在一起。在此方面适宜的治疗剂包括放射性核素、分化诱导剂、药物、毒素和它们的衍生物。优选的放射性核素包括⁹⁰Y、¹²³I、¹²⁵I、¹³¹I、¹⁸⁶Re、¹⁸⁸Re、²¹¹At和²¹²Bi。优选的药物包括氨甲蝶呤、及嘧啶和嘌呤的类似物。优选的分化诱导剂包括佛波酯和丁酸。优选的毒素包括篦麻毒素、相思豆毒素、白喉毒素、霍乱毒素、gelonin、假单孢菌外毒素、志贺氏菌毒素和美洲商陆抗病毒蛋白。

治疗剂可以与适宜的单克隆抗体直接或间接地(即通过接头基团)偶联(例如共价键合)。当药剂和抗体各具有能够和对方反应的取代基时，它们之间的直接反应是可能的。例如，其中一个上的亲核基团，例如氨基或巯基，可以和另一个上的含有羰基的基团例如酐或酰卤，或含有良好的离去基团(例如卤素)的烷基基团反应。

或者，可能期望将治疗剂和抗体通过接头基团偶联。接头基团能够作为间隔物起作用，使抗体和药剂分开以避免对结合性能的干扰。接头基团还可以用于增强药剂或抗体上取代基的化学反应性，由此增加偶联效率。化学反应性的增强还可以促进药剂、或药剂上官能团的原本是不可能实现的应用。

本领域技术人员将明了，有多种同功能和异功能性双功能或多功能试剂(例如描述于Pierce化学制品公司(Rockford，IL)产品目录中的那些)可以用作接头基团。偶联可以通过例如氨基、羧基、巯基或氧化的糖残基实现。有许多文献描述过该方法学，例如Rodwell等的美国专利4,671,958。

当治疗剂与本发明免疫缀合物的抗体部分分离而更为有效时，可能期望采用在内化进入细胞过程中或之后可断裂的接头基团。已有许多不同的可断裂接头基团的描述。在细胞内从这些接头基团处释放治疗剂的机制包括由二硫键的还原(例如Spitler的美国专利4,489,710)、光不稳定键的辐射(例如Senter等的美国专利4,625,014)、衍生的氨基酸侧链的水解(例如Kohn等的美国专利4,638,045)、血清补体介导的水解(例如Rodwell等的美国专利4,671,958)、和酸催化的水解(例如Blattler等的美国专利4,569,789)造成的断裂。

可能期望将一个以上的药剂与抗体偶联。在一个实施方案中，一个药剂的多个分子与一个抗体分子偶联。在另一个实施方案中，一种以上类型的药剂可以和一个抗体偶联。无论具体的实施方案如何，可以有多种方法制备带有一个以上药剂的免疫缀合物。例如，可以将一个以上的药剂直接与一个抗体分子偶联，或可以采用提供多个连接位点的接头。或者，可以采用载体。

载体可以以多种方式携带药剂，包括直接或通过接头基团的共价键合。适宜的载体包括蛋白质例如白蛋白(例如Kato等的美国专利4,507,234)、肽和多糖例如氨基葡聚糖(例如Shih等的美国专利4,699,784)。载体还可以通过非共价结合或通过包入例如脂质体小泡中(例如美国专利4,429,008和4,873,088)携带药剂。特异用于放射性核素药剂的载体包括放射性卤化小分子和螯合化合物。例如美国专利4,735,792公开了代表性的放射性卤化小分子和它们的合成。可以从螯合化合物形成放射性核素螯合物，这些螯合化合物包括含有氮和硫原子作为结合金属或金属氧化物放射性核素的供体原子的那些螯合化合物。例如，Davison等的美国专利4,673,562公开了代表性的螯合化合物和它们的合成。

对于这些抗体和免疫缀合物，可以采用多种给药途径。典型地，可以静脉内、肌内、皮下或在位点特异的区域中通过适当方法给药。很明显，抗体/免疫缀合物的精确剂量将随所用抗体、抗原密度、和抗体的清除速率而改变。

使用与上述测试方法相类似的测试方法和本领域技术人员熟知的其它技术，可以在诊断试验中使用抗体检测衣原体抗原的存在，由此提供在患者中检测衣原体感染的方法。

本发明诊断试剂还包含编码一个或多个上述多肽、或其一个或多个部分的DNA序列。例如，可以在基于聚合酶链式反应(PCR)的试验中使用至少两个寡核苷酸引物，以扩增来源于生物学样品的衣原体特异性cDNA，其中所述寡核苷酸引物中的至少一个对编码本发明多肽的DNA分子具有特异性。然后可以使用本领域熟知技术，例如凝胶电泳检测扩增的cDNA的存在。类似地，对编码本发明多肽的DNA具有特异性的寡核苷酸探针可以用于杂交试验中以检测生物学样品中本发明多肽的存在。

本文中，术语“对DNA分子具有特异性的寡核苷酸引物/探针”是指与所讨论的DNA分子具有至少约80％、优选至少约90％、更优选至少约95％一致性的寡核苷酸序列。可以用于本发明诊断方法中的寡核苷酸引物和/或探针优选具有至少约10-40个核苷酸。在一个优选实施方案中，寡核苷酸引物含有编码本文公开的多肽之一的DNA分子的至少约10个连续核苷酸。优选地，用于本发明诊断方法中的寡核苷酸探针包含编码本文公开的多肽之一的DNA分子的至少约15个连续核苷酸。用于基于PCR的试验和杂交试验的技术是本领域熟知的(见例如，Mullis等同上；Ehrlich，同上)。由此，可以利用引物或探针检测生物学样品中的衣原体特异性序列。包含上述寡核苷酸序列的DNA探针或引物可以单独地或相互联合使用。

提供以下实施例作为举例说明，而非进行限制。

实施例1

分离编码衣原体抗原的DNA序列

基本上按Sanderson等(J.Exp.Med.1995，182:1751-1757)描述的方法通过沙眼衣原体LGVII的基因组DNA文库的表达克隆分离本发明衣原体抗原，该抗原表现出可以诱导PBMC增殖和免疫反应性T细胞系中的IFN-γ。

通过用沙眼衣原体LGVII的原生小体(elementary bodies)刺激来自无衣原体生殖道感染史的正常供体的PBMC，制备衣原体特异性T细胞系。此T细胞系称作TCL-8，被发现可以识别沙眼衣原体和肺炎衣原体感染的单核细胞来源的树突细胞。

在λzAP(Stratagene，La Jolla，CA)中构建经随机剪切的沙眼衣原体LGV II的基因组文库，并以30个克隆/孔的密度将扩增的文库铺在96孔微量滴度板中。在2mM IPTG存在下诱导细菌表达重组蛋白质3小时，然后将其沉淀并重悬在200μl RPMI 10％FBS中。将10μl诱导的细菌悬浮液转移至含有自体单核细胞来源的树突细胞的96孔板中。2小时诱导后，洗涤树突细胞以除去游离的大肠杆菌，然后加入衣原体特异性T细胞。通过测定响应大肠杆菌库出现的IFN-γ产生和T细胞增殖，鉴定阳性大肠杆菌库(pools)。

鉴定到4个阳性库，将其分解产生插入片断大小分别为481bp，183bp，110bp和1400bp的4个纯克隆(称作1-B1-66，4-D7-28，3-G3-10和10-C10-31)。1-B1-66，4-D7-28，3-G3-10和10-C10-31的测定的DNA序列分别提供在SEQ ID NO:1-4。克隆1-B1-66大约位于沙眼衣原体基因组(NCBI沙眼衣原体数据库)的536690区域中。在克隆1-B1-66中，鉴定到一个编码早先鉴定的9kDa蛋白质(Stephens等，Genbank登录号AE001320)的开放阅读框(ORF)(核苷酸第115-375位)，该蛋白的序列提供在SEQ ID NO：5中。克隆4-D7-28是相同ORF中的较小区域(1-B1-66的第22至82位氨基酸)。克隆3-G3-10大约位于沙眼衣原体基因组的74559区域中。该插入片断相对于其在基因组中的取向是以反义方向克隆的。克隆10-C10-31含有相应于早先公开的沙眼衣原体S13核糖体蛋白质的序列(Gu，L.等，J.Bacteriology，177:2594-2601，1995)的开放阅读框。4-D7-28和10-C10-31的预测蛋白质序列分别提供在SEQ ID NO：6和12中。3-G3-10的预测蛋白质序列提供在SEQ ID NO：7-11中。

在相关一系列筛选研究中，使用另一种T细胞系筛选上述沙眼衣原体LGV II的基因组DNA文库。通过用经沙眼衣原体LGV II原生小体感染的自体单核细胞来源的树突细胞刺激患者的PBMC，从衣原体生殖道感染患者获得衣原体特异性T细胞系(TCT-1)。一个克隆4C9-18(SEQ ID NO：21)含有1256bp插入片断，在标准增殖试验中测量时，其从衣原体特异性T细胞系TCT-1引起特异性免疫应答。随后的分析显示该克隆含有3个已知序列：硫辛酰胺脱氢酶(Genbank登录号AE001326)，公开在SEQ ID NO：22中；假定的蛋白质CT429(Genbank登录号AE001316)，公开在SEQ ID NO：23中；泛醌甲基转移酶CT428(Genbank登录号AE001316)开放阅读框的一部分，公开在SEQ ID NO：24中。

在涉及克隆4C9-18(SEQ ID NO：21)的进一步研究中，在克隆CtL2-LPDA-FL中表达沙眼衣原体(LGV II)的硫辛酰胺脱氢酶(SEQ IDND：22)的全长氨基酸序列，所述克隆公开在SEQ ID NO：90中。

为了进一步表征含有T细胞刺激表位的此开放阅读框，将氨基端带有一段编码6×组氨酸标签的cDNA序列并含有克隆4C9-18第1-695位核苷酸的cDNA片断亚克隆在pET17b载体(Novagen，Madison，WI)的NdeI/EcoRI位点中，称作克隆4C9-18#2 BL21 pLys S(SEQ ID NO：25，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：26)，并将其转化至大肠杆菌中。用2mM IPTG选择性诱导转化的大肠杆菌3小时，导致从克隆4C9-18#2 BL21 pLysS表达产生一个26kDa蛋白质，这得到标准考马斯亮兰染色的SDS-PAGE的证实。为了确定克隆4C9-18#2 BL21pLysS编码的蛋白质的免疫原性，将表达该26kDa蛋白质的大肠杆菌在1×10⁴单核细胞来源的树突细胞上滴定，并孵育2小时。洗涤树突细胞培养物，加入2.5×10⁴T细胞(TCT-1)并允许再孵育72个小时，此时通过ELISA测定培养物上清液中IFN-γ的水平。如图1所示，发现T细胞系TCT-1可响应诱导的培养物(如IFN-g测量的)，从而指示了抗硫辛酰胺脱氢酶序列的衣原体特异性T细胞应答。类似地，通过标准增殖试验，证实克隆4C9-18#2 BL21 pLysS编码的蛋白质可以刺激TCT-1T细胞系。

使用上述CD4+T细胞表达克隆技术鉴定其它沙眼衣原体抗原的随后研究产生了其它克隆。利用TCT-1和TCL-8衣原体特异性T细胞系以及TCP-21 T细胞系筛选沙眼衣原体LGVII基因组文库。TCP-21 T细胞系来源于对肺炎衣原体具有体液免疫应答的患者。TCT-1细胞系鉴定到37个阳性库(pools)，TCT-3细胞系鉴定到41个阳性库，而TCP-21细胞系鉴定到2个阳性库。下列克隆来源于其中的10个阳性库。通过TCP-21细胞系鉴定到的克隆11-A3-93(SEQ ID NO：64)，是与HAD超家族(CT103)具有同源性的1339bp基因组片断。相同克隆中的第二个插入片断与互补链上存在的fab I基因(CT104)具有同源性。使用TCP-21细胞系鉴定到的克隆11-C12-91(SEQ ID NO：63)，具有一个269bp插入片断，该片断是OMP2基因(CT443)的一部分并与肺炎衣原体60kDa富含半胱氨酸的外膜蛋白质具有同源性。

使用TCT-3细胞系鉴定到的克隆11-G10-46(SEQ ID NO：62)含有一个与假拟蛋白CT610具有同源性的688bp插入片断。使用TCT-3细胞系鉴定到的克隆11-G1-34(SEQ ID NO：61)具有两个部分开放阅读框(ORF)，插入片断的大小为1215bp.一个ORF与苹果酸脱氢酶基因(CT376)具有同源性，而另一个ORF与糖元水解酶基因(CT042)具有同源性。使用TCT-3细胞系鉴定到的克隆11-H3-68(SEQ ID NO：60)具有两个ORF，总插入片断大小为1180bp。一个部分ORF编码质粒编码的PGP6-D毒力蛋白质，而另一ORF是L1核糖体基因(CT318)的完整ORF。使用TCT-3鉴定到的克隆11-H4-28(SEQ ID NO：59)具有552bp的插入片断大小，是dnaK基因(CT396)ORF的一部分。使用TCT-1鉴定到的克隆12-B3-95(SEQ ID NO：58)具有463bp插入片断，是硫辛酰胺脱氢酶基因(CT557)ORF的一部分。克隆15-G1-89和12-B3-95相同(分别是SEQ ID NO：55和58)，它们是使用TCT-1细胞系鉴定到的，具有463bp的插入片断大小，是硫辛酰胺脱氢酶基因(CT557)ORF的一部分。使用TCT-1细胞系鉴定到的克隆12-G3-83(SEQ ID NO：57)具有1537bp插入片断，并具有假定蛋白质CT622的部分ORF。

使用TCT-3细胞系鉴定到的克隆23-G7-68(SEQ ID NO：79)含有950bp插入片断并含有L11核糖体ORF的一小部分、L1核糖体蛋白质的整个ORF和L10核糖体蛋白质的部分ORF。此外，该克隆还鉴定到患者细胞系CT4，CT5，CT11，CT12和CHHO37。使用TCT-1细胞系鉴定到的克隆22-F8-91(SEQ ID NO：80)含有395bp插入片断，该片断在该克隆的互补链上含有部分pmpC ORF。使用TCT-3细胞系鉴定到的克隆21-E8-95(SEQ ID NO：81)含有2,085bp插入片断，其含有部分CT613 ORF、CT612的完整ORF、CT611的完整ORF和CT610的部分ORF。使用TCT-3细胞系鉴定到的克隆19-F12-57(SEQ ID NO：82)含有405bp插入片断，该片断含有部分CT 858 ORF和小部分recAORF。使用TCT-3细胞系鉴定到的克隆19-F12-53(SEQ ID NO：83)含有379bp插入片断，该片断是编码谷氨酰tRNA合成酶的CT455的部分ORF。使用TCT-3细胞系鉴定到的克隆19-A5-54(SEQ ID NO：84)含有715bp插入片断，其是隐蔽性质粒的ORF3的部分(该克隆的互补链)。使用TCT-1细胞系鉴定到的克隆17-E1-72(SEQ ID NO：85)含有476bp插入片断，该片断是Opp_2和pmpD的ORF的一部分。该克隆的pmpD区域被克隆15-H2-76的pmpD区域涵盖。使用患者细胞系CT3，CT1，CT4，和CT12鉴定到的克隆17-C1-77(SEQ ID NO：86)含有1551bp插入片断，其是CT857 ORF的一部分和CT858 ORF的一部分。使用TCT-1细胞系鉴定到的克隆15-H2-76(SEQ ID NO：87)含有3,031bp插入片断，该片断中含有pmpD ORF的大部分、CT089 ORF的一部分以及SycE的ORF的一部分。克隆15-A3-26(SEQ ID NO：88)含有976bp插入片断，该片断中含有CT858的部分ORF。使用患者细胞系CL8，TCT-10，CT1，CT5，CT13和CHHO37鉴定到的克隆17-G4-36，(SEQ ID NO：267)含有680bp插入片断，其与该质粒中的β-gal的阅读框相符，并与DNA指导的RNA聚合酶β亚基(SerD中的CT315)的部分ORF同源。

上述其中几个克隆与多种多态性膜蛋白质具有同源性。沙眼衣原体基因组序列含有9个多态性膜蛋白基因组成的家族(称作pmp)。这些基因称作pmpA、pmpB、pmpC、pmpD、pmpE、pmpF、pmpG、pmpH和pmp I。这些基因表达的蛋白质被认为在产生针对衣原体感染的保护性免疫应答方面具有生物学重要意义。尤其是，pmpC、pmpD、pmpE和pmpI含有可预测的信号肽，提示它们是外膜蛋白，因此是潜在的免疫靶标。

基于沙眼衣原体LGVII血清变型序列，设计了引物对以PCR扩增pmpC、pmpD、pmpE、pmpG、pmpH和pmpI的全长片断。将得到的片断亚克隆至DNA痘苗载体JA4304或JAL(其是具有修饰的接头的JA4304)(SmithKine Beecham，伦敦，英国)中。具体地，使用5’寡核苷酸GAT AGG CGC GCC GCA ATC ATG AAA TTT ATG TCA GCT ACT GCT G和3’寡核苷酸CAG AAC GCG TTT AGA ATG TCA TAC GAG CAC CGC A(分别提供在SEQ ID NO：197和198)，将pmpC亚克隆至JAL载体中。将短核苷酸序列GCAATC(SEQ ID NO：199)插在ATG上游以产生Kozak样序列后，在本领域熟知的条件下PCR扩增该基因，并将其连接至JAL载体的5’ASCI/3’MluI位点。所获表达载体含有包含5325个核苷酸具有推测的信号序列的全长pmpC基因(SEQ ID NO：173)，其编码187kD蛋白质(SEQ ID NO：179)。使用如下寡核苷酸PCR扩增pmpD基因：5’寡核苷酸TGC AAT CAT GAG TTC GCA GAA AGA TAT AAA AAG C(SEQ IDNO：200)和3’寡核苷酸CAG AGC TAG CTT AAA AGA TCA ATC GCA ATCCAG TAT TC(SEQ ID NO：201)，然后将该基因亚克隆至JA4303痘苗载体中。使用本领域熟知的标准技术将该基因连接至JA4304痘苗载体的5’平端HII I/3’MluI位点中。将CAATC(SEQ ID NO：202)插在ATG的上游以产生Kozak样序列。由于平端连接造成HindIII位点的最后一个苏氨酸和Kozak样序列的最后一个甘氨酸丢失，故该克隆是唯一的。该插入片断，4593bp核苷酸片断(SEQ ID NO：172)，是含有假定的信号序列的pmpD全长基因，编码161kD蛋白质(SEQ ID NO：178)。使用5’寡核苷酸TGC AAT CAT GAA AAA AGC GTT TTT CTT TTT C(SEQID NO：203)，和3’寡核苷酸CAG AAC GCG TCT AGA ATC GCA GAG CAATTT C(SEQ ID NO：204)将pmpE亚克隆至JA4304载体。PCR扩增后，将该基因连接至JA4303的5’平端HIII/3’MluI位点中。为了有利于此，将短核苷酸序列TGCAATC(SEQ ID NO：293)加在起始密码子的上游以构建Kozak样序列并重建HindIII位点。该插入片断是含有假定的信号序列的全长pmpE基因(SEQ ID NO：171)。pmpE基因编码105kD蛋白质(SEQ ID NO：177)。使用5’寡核苷酸GTG CAA TCA TGA TTC CTCAAG GAA TTT ACG(SEQ ID NO：205)，和3’寡核苷酸CAG AAC GCG TTTAGA ACC GGA CTT TAC TTC C(SEQ ID NO：206)PCR扩增pmpG基因，并将其亚克隆至JA4303载体中。相似的克隆策略被用于pmpI和pmpK基因。此外，设计引物对以PCR扩增pmp基因的全长或重叠片断，然后为进行蛋白质表达将它们亚克隆在pET17b载体(Novagen，Madison，WI)中，然后将其转染至大肠杆菌BL21 pLysS中进行表达，并随后利用Novagen提供的组氨酸-镍亲和层析方法学纯化。为了促进蛋白质表达，编码重组蛋白质的如下所述几个基因缺少天然信号序列。pmpC的全长蛋白质表达是通过表达代表氨基和羧基端的两个重叠片断来实现的。缺少信号序列的pmpC氨基端部分(SEQ ID NO：187，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：195中)使用5’寡核苷酸CAG ACA TAT GCATCA CCA TCA CCA TCA CGA GGC GAG CTC GAT CCA AGA TC(SEQ ID NO：207)，和3’寡核苷酸CAG AGG TAC CTC AGA TAG CAC TCT CTC CTA TTAAAG TAG G(SEQ ID NO：208)亚克隆至载体的5’NdeI/3’KPN克隆位点中。使用如下引物：5’寡核苷酸CAG AGC TAG CAT GCA TCA CCA TCACCA TCA CGT TAA GAT TGA GAA CTT CTC TGG C(SEQ ID NO：209)，和3’寡核苷酸CAG AGG TAC CTT AGA ATG TCA TAC GAG CAC CGC AG(SEQ ID NO：210)，将pmpC的羧基端部分，即该基因的羧基端片断(SEQ ID NO：186，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：194中)亚克隆至该表达载体的5’NheI/3’KPN克隆位点。pmpD也以两个重叠蛋白质的形式表达。缺少信号序列的pmpD氨基端部分(SEQ ID NO：185，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：193中)含有pET17b的起始密码子并表达为80kD蛋白质。为了蛋白质表达和纯化目的，在起始密码子之后接6组氨酸标签，并将其融合在该基因的第28个氨基酸(第84个核苷酸)的位置处。使用如下引物，5’寡核苷酸CAG ACA TAT GCA TCACCA TCA CCA TCA CGG GTT AGC(SEQ ID NO：211)，和3’寡核苷酸CAG AGG TAC CTC AGC TCC TCC AGC ACA CTC TCT TC(SEQID NO：212)，以便拼接至载体的5’NdeI/3’KPN克隆位点中。pmpD-羧基端部分(SEQID NO：184)表达为92kD蛋白(SEQ ID NO：192)。为了表达和随后的纯化，包括额外的甲硫氨酸、丙氨酸和丝氨酸，这些氨基酸代表pET17b载体的起始密码子和头两个氨基酸。将甲硫氨酸、丙氨酸和丝氨酸下游的6组氨酸标签融合在该基因的第691个氨基酸(第2073个核苷酸)的位置。使用5’寡核苷酸CAG AGC TAG CCA TCA CCA TCA CCA TCA CGGTGC TAT TTC TTG CTT ACG TGG(SEQ ID NO：213)和3’寡核苷酸CAGAGG TAC TTn AAA AGA TCA ATC GCA ATC CAG TAT TCG(SEQ ID NO：214)将插入片断亚克隆至该表达载体的5’NheI/3’KPN克隆位点。pmpE表达为106kD蛋白质(SEQ ID NO：183，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：191中)。此pmpE插入片断也缺少天然信号序列。在本领域熟知的条件下，使用如下寡核苷酸引物PCR扩增该基因：5’寡核苷酸CAG AGGATC CAC ATC ACC ATC ACC ATC ACG GAC TAG CTA GAG AGG TTC(SEQID NO：215)，和3’寡核苷酸CAG AGA ATT CCT AGA ATC GCA GAG CAATTT C(SEQ ID NO：216)，并将扩增的插入片断连接至JA4303的5’BamHI/3’EcoRI位点。SEQ ID NO：217中提供的短核苷酸序列被插在起始密码子的上游，以构建Kozak样序列和重建HindIII位点。该表达蛋白含有来自pET17b表达载体的起始密码子和下游21个氨基酸，即MASMTGGQQMGRDSSLVPSSDP(SEQ ID NO：218)。此外，在上述序列的上游包括6组氨酸标签，该标签融合在基因的第28位氨基酸(第84位核苷酸)处，这就消除了假定的信号肽。SEQ ID NO：183提供的序列和SEQ ID NO：191提供的相应氨基酸序列都不包括这些额外序列。pmpG基因(SEQ ID NO：182，相应氨基酸序列提供在SEQ ID NO：190中)在本领域熟知的条件下使用如下寡核苷酸引物进行PCR扩增：5’寡核苷酸CAG AGG TAC CGC ATC ACC ATC ACC ATC ACA TGA TTC CTC AAGGAA TTT ACG(SEQ ID NO：219)，和3’寡核苷酸CAG AGC GGC CGC TTAGAA CCG GAC TTT ACT TCC(SEQ ID NO：220)，然后将其连接至表达载体的5’KPN/3’NotI克隆位点。表达的蛋白质在氨基端含有额外的氨基酸序列，即，MASMTGGQQNGRDSSLVPHHHHHH(SEQ ID NO：221)，其包含来自pET17b表达载体的起始密码子和其它序列。在本领域熟知的条件下使用如下寡核苷酸引物PCR扩增pmpI基因(SEQ ID NO：181，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：189中)：5’寡核苷酸CAG AGCTAG CCA TCA CCA TCA CCA TCA CCT CTT TGG CCA GGA TCC C(SEQIDNO：222)，和3’寡核苷酸CAG AAC TAG TCT AGA ACC TGT AAG TGG TCC(SEQ ID NO：223)，将其连接至表达载体的5’NheI/3’SpeI克隆位点。该95kD表达蛋白在蛋白质的氨基末端含有来自pET17b载体的起始密码子和额外的丙氨酸和丝氨酸。此外，将6组氨酸标签融合在该基因的第21位氨基酸位置，这就消除了假定的信号肽。

使用TCT-3细胞系鉴定到的克隆14-H1-4(SEQ ID NO：56)含有TSA基因，巯基特异性抗氧化剂-CT603的完整ORF(CT603的ORF是肺炎衣原体的CPn0778的同系物)。扩增克隆14-H1-4中的TSA开放阅读框，以便该表达蛋白具有额外的甲硫氨酸和6×组氨酸标签(氨基末端)。将该扩增的插入片断亚克隆至pET17b载体的Nde/EcoRI位点中。用IPTG诱导该克隆后，通过Ni-NTA琼脂糖亲和层析纯化22.6kDa蛋白质。对于编码TSA基因的克隆14-H1-4的195个氨基酸ORF的测定氨基酸序列提供在SEQ ID NO：65中。进一步的分析得到TSA基因的全长克隆，称作CTL2-TSA-FL，该全长氨基酸序列提供在SEQ ID NO：92中。

在其它研究中，按上述通过TCT-1和TCT-3 T细胞系鉴定到10个其它克隆。TCT-1细胞系鉴定到的克隆是：16-D4-22、17-C5-19、18-C5-2、20-G3-45和21-C7-66；TCT-3细胞系鉴定到的克隆是：17-C10-31、17-E2-9、22-A1-49和22-B3-53。克隆21-G12-60被TCT-1和TCT-3T细胞系识别。此外，克隆20-G3-45含有对pmpB具有特异性的序列，是针对患者系CT1和CT4鉴定到的。使用TCT-1细胞系鉴定到的克隆16-D4-22(SEQ ID NO：119)含有953bp插入片断，其含有两个基因，沙眼衣原体质粒开放阅读框3(ORF3)和ORF4的部分，用于哺乳动物细胞中生长。克隆17-C5-19(SEQ ID NO：118)含有951bp插入片断，其含有编码clpP_1蛋白酶的DT431的部分ORF和CT430(二氨基庚二酸差向异构酶)的部分ORF。使用TCT-1细胞系鉴定到的克隆18-C5-2(SEQ ID NO：117)具有446bp插入片断，其是S1核糖体蛋白的部分ORF。使用TCT-1细胞系鉴定到的克隆20-G3-45(SEQ ID NO：116)含有437bp插入片断，其是pmpB基因(CT413)的一部分。使用TCT-1细胞系鉴定到的克隆21-C7-8(SEQ IDNO：115)含有995bp插入片断，其编码dnaK样蛋白质的一部分。该克隆的插入片断与被证明是dnaK基因CT396的一部分的TCT-3克隆11-H4-28(SEQ ID NO：59)的插入片段并不重叠。使用TCT-3细胞系鉴定到的克隆17-C10-31(SEQ ID NO：114)含有976bp插入片断。该克隆含有CT858(含有IRBP和DHR域的蛋白酶)的部分ORF。克隆17-E2-9(SEQ ID NO：113)两个基因CT611和CT610的部分ORF，其横跨1142bp的插入片断。使用TCT-3细胞系鉴定到的克隆22-A1-49(SEQ ID NO：112)在698bp插入片断中也含有两个基因。CT660(DNA旋转酶{gyrA_2})的部分ORF存在于上方链上，而假拟蛋白CT659的完整ORF存在于互补链上。使用TCT-1细胞系鉴定到的克隆22-B3-53(SEQ ID NO：111)具有267bp插入片断，其编码GroEL(CT110)的部分ORF。由TCT-1和TCT-3细胞系鉴定到的克隆21-G12-60(SEQ IDNO：110)含有1461bp插入片断，其含有假拟蛋白CT875、CT229和CT228的部分ORF。

通过用几个衣原体感染患者的汇合血清根据本领域熟知技术筛选λScreen-1载体(Novagen，Madison，WI)中的沙眼衣原体(LGV II血清变型)基因组表达文库，获得其它的衣原体抗原。鉴定到如下免疫反应性克隆，并对含有衣原体基因的插入片断测序：CTL2#1(SEQ ID NO：71)；CTL2#2(SEQ ID NO：70)；CTL2#3-5’(SEQ ID NO：72，代表5’末端的第一个测定的基因组序列)；CTL2#3-3’(SEQ ID NO：73，代表3’末端的第二个测定的基因组序列)；CTL2#4(SEQ ID NO：53)；CTL2#5(SEQ ID NO：69)；CTL2#6(SEQ ID NO：68)；CTL2#7(SEQ IDNO：67)；CTL2#8b(SEQ ID NO：54)；CTL2#9(SEQ ID NO：66)；CTL2#10-5’(SEQ ID NO：74，代表5’末端的第一个测定的基因组序列)；CTL2#10-3’(SEQ ID NO：75，代表3’末端的第二个测定的基因组序列)；CTL2#11-5’(SEQ ID NO：45，代表5’末端的第一个测定的基因组序列)；CTL2#11-3’(SEQ ID NO：44，代表3’末端的第二个测定的基因组序列)；CTL2#12(SEQ ID NO：46)；CTL2#16-5’(SEQ IDNO：47)；CTL2#18-5’(SEQ ID NO：49，代表5’末端的第一个测定的基因组序列)；CTL2#18-3’(SEQ ID NO：48，代表3’末端的第二个测定的基因组序列)；CTL2#19-5’(SEQ ID NO：76，代表5’末端的测定的基因组序列)；CTL2#21(SEQ ID NO：50)；CTL2#23(SEQ ID NO：51；和CTL2#24(SEQ ID NO：52)。

通过血清学表达克隆，鉴定到其它的沙眼衣原体抗原。这些研究使用几个衣原体感染个体的汇合血清，如上所述，但除了IgG外还使用IgA和IgM抗体作为二抗。通过此方法筛选到的克隆增加了对衣原体感染的早期免疫应答(即，粘膜体液免疫应答)所识别抗原的鉴定。我们对如下免疫反应性克隆进行了表征并对含有衣原体基因的插入片断进行了测序：CTL2gam-1(SEQ ID NO：290)，CTL2gam-2(SEQ ID NO：289)，CTL2gam-5(SEQ ID NO：288)，CTL2gam-6-3’(SEQ ID NO：287，代表3’末端的第二个测定的基因组序列)，CTL2gam-6-5’(SEQ ID NO：286，代表5’末端的第一个测定的基因组序列)，CTL2gam-8(SEQ IDNO：285)，CTL2gam-10(SEQ ID NO：284)，CTL2gam-13(SEQ ID NO：283)，CTL2gam-15-3’(SEQ ID NO：282，代表3’末端的第二个测定的基因组序列)，CTL2gam-15-5’(SEQ ID NO：281，代表5’末端的第一个测定的基因组序列)，CTL2gam-17(SEQ ID NO：280)，CTL2gam-18(SEQ ID NO：279)，CTL2gam-21(SEQ ID NO：278)，CTL2gam-23(SEQID NO：277)，CTL2gam-24(SEQ ID NO：276)，CTL2gam-26(SEQ IDNO：275)，CTL2gam-27(SEQ ID NO：274)，CTL2gam-28(SEQ ID NO：273)，CTL2gam-30-3’(SEQ ID NO：272，代表3’末端的第二个测定的基因组序列)和CTL2gam-30-5’(SEQ ID NO：271，代表5’末端的第一个测定的基因组序列)。

实施例2

沙眼衣原体抗原诱导T细胞增殖和干扰素-γ产生

按如下确定重组沙眼衣原体抗原诱导T细胞增殖和干扰素γ产生的能力。

通过IPTG诱导蛋白质，并利用Ni-NTA琼脂糖亲和层析纯化(Webb等，J.Immunology 157:5034-5041，1996)。然后根据诱导PBMC制品中T细胞增殖的能力，筛选纯化的多肽。将来自沙眼衣原体患者的PBMC以及来自其T细胞已知可以响应衣原体抗原而增殖的正常供体的PBMC培养在含有补加10％汇合的人血清和50μg/ml庆大霉素的RPMI1640的培养基中。一式两份地以0.5至10μg/ml的浓度加入纯化的多肽。在96孔圆底平板中以200μl体积培养6天后，从每个孔中取出50μl培养基用于确定IFN-γ的水平，如下述。然后用1μCi/孔氚化胸苷脉冲平板再18个小时，收获细胞然后使用气体(gas)闪烁计数器测定氚的摄取。在重复试验中导致细胞增殖比在单纯培养基培养的细胞中观察到的增殖大3倍的组分被认为是阳性的。

使用酶联免疫吸附测定方法(ELISA)测定IFN-γ。室温用抗人IFN-γ的小鼠单克隆抗体(PharMingen，San Diego，CA)在PBS中包被ELISA平板4小时。然后用含有5％(w/v)脱脂干奶粉的PBS室温封闭孔1小时。在PBS/0.2％ Tween-20中洗涤平板6次，然后在ELISA平板中室温过夜孵育于培养基中1:2稀释的样品。再次洗涤平板，并在每孔中加入PBS/10％正常山羊血清中1:3000稀释的多克隆兔抗人IFN-γ血清。然后，室温孵育平板2小时，洗涤平板后加入PBS/5％脱脂干奶粉中1:2000稀释的辣根过氧化物酶偶联的抗兔IgG(Sigma ChemicalSo.，St.Louis，MO)。室温再孵育两小时后，洗涤平板并加入TMB底物。20分钟后用1N硫酸终止反应。使用570nm作为参考波长在450nm测定光密度。在两次重复试验中均导致产生的OD比单纯培养基中培养的细胞的平均OD加3个标准差大两倍的组分被认为是阳性的。

使用上述方法学，发现重组1B1-66蛋白质(SEQ ID NO：5)以及分别相应于SEQ ID NO：5氨基酸残基第48-67位(SEQ ID NO：13；称作1-B1-66/48-67)和第58-77位(SEQ ID NO：14，称作1B1-66/58-77)的两个合成肽可以在用于筛选沙眼衣原体LGV II基因组文库的衣原体特异性T细胞系中诱导增殖反应和IFN-γ产生。

进一步的研究鉴定了核糖体S13蛋白质中沙眼衣原体特异性T细胞表位。使用本领域熟知的标准表位作图技术，用来自供体CL-8的衣原体特异性T细胞系(T细胞系TCL-8EB/DC)在核糖体S13蛋白质(rS13)中鉴定到两个T细胞表位。图8显示，第一肽rS131-20(SEQID NO：106)与相应肺炎衣原体序列100％相同，解释了该T细胞系和重组沙眼衣原体和肺炎衣原体的rS13的交叉反应性。对第二肽rS1356-75(SEQ ID NO：108)的应答是沙眼衣原体特异的，说明在此健康无症状供体中的rS13应答是由暴露于沙眼衣原体而非肺炎衣原体或任何其它微生物感染引起的。

如实施例1所述，使用TCP-21细胞系鉴定的克隆11-C12-91(SEQID NO：63)具有269bp插入片断，其是OMP2基因(CT443)的一部分并与肺炎衣原体60kDa富含半胱氨酸的外膜蛋白(称作OMCB)具有同源性。为了进一步定义反应性表位，使用一系列重叠肽和先前描述的免疫测定方法进行表位作图。简而言之，在存在1×10⁴个单核细胞来源的树突细胞时用来源于沙眼衣原体和肺炎衣原体的非感染性原生小体或用来源于沙眼衣原体或肺炎衣原体OMCB蛋白质序列的肽(0.1μg/ml)刺激2.5×10⁴ TCP-21 T细胞，以确定增殖应答。该TCP-21 T细胞应答表位CT-OMCB #167-186、CT-OMCB #171-190、CT-OMCB #171-186，并以较小程度应答CT-OMCB #175-186(分别是SEQ ID NO：249-252)。值得注意的是，该TCP-21 T细胞系还产生针对同源性肺炎衣原体肽CP-OMCB #171-186(SEQ ID NO：253)的增殖应答，该应答与对沙眼衣原体肽的应答相比是相同的或更高。在2位(即，Asp替代Glu)和4位(即，Cys替代Ser)上的氨基酸替代不改变T细胞的增殖应答，由此说明该表位是沙眼衣原体和肺炎衣原体间的交叉反应性表位。

为了进一步阐明上述表位，在表位作图实验中使用另一种T细胞系，TCT-3。除了仅测试来自沙眼衣原体的肽外，按上述进行免疫测定。该T细胞响应两种肽CT-OMCB #152-171和CT-OMCB #157-176(分别是SEQ ID NO：246和247)产生增殖应答，由此确定出沙眼衣原体此富含半胱氨酸外膜蛋白中的另一免疫原性表位。

克隆14H1-4(SEQ ID NO：56，相应全长氨基酸序列提供在SEQ IDNO：92中)是使用TCT-3细胞系在早先描述的CD4T细胞表达克隆系统中鉴定到的，其被证明含有巯基特异性抗氧化剂基因(CT603)(称作TSA)的完整ORF。按上述进行表位作图免疫测定试验以进一步定义该表位。该TCT-3 T细胞对重叠肽CT-TSA #96-115，CT-TSA #101-120和CT-TSA #106-125(分别是SEQ ID NO：254-256)表现出强增殖应答，由此证明了沙眼衣原体血清变型LGV II的巯基特异性抗氧化剂基因中的免疫反应性表位。

实施例3

制备合成多肽

可以在Millipore 9050肽合成仪上使用FMOC化学和HPTU(O-苯并三唑-N，N，N’，N’-四甲基脲鎓六氟磷酸盐)活化，合成肽。可以使Gly-Cys-Gly序列与肽的氨基端连接以提供缀合(conjugating)或标记该肽的方法。从固相支持物上切下肽可以使用如下切割混合物进行：三氟乙酸:乙二硫醇:苯甲硫醚:水:酚(40:1:2:2:3)。切割2小时后，可以在冰甲基-叔丁基醚中沉淀肽。然后可以将肽沉淀溶解在含有0.1％三氟乙酸(TFA)的水中，然后将其冻干，再用C18反向HPLC纯化。可以使用水中的0-60％乙腈梯度(含有0.1％ TFA)洗涤肽。将纯化的组分冻干后，可以使用电喷射质谱和氨基酸分析对肽进行表征。

实施例4

使用逆转录病毒表达载体系统及随后的免疫学分析分离和表征编码衣原体抗原的DNA

使用BamHI、BglII、BstYi和MboI限制性酶，通过有限消化构建沙眼衣原体LGV II的基因组文库。随后将限制性消化的片断连接在逆转录病毒pBIB-KS1，2，3的BamHI位点中。该组载体经修饰含有Kosak翻译起始位点和终止位点，以致可允许从短DNA基因组片断表达蛋白质，见图2所示。制备80个克隆的DNA库，用其转染逆转录病毒包装细胞系Phoenix-Ampho，参见Pear，W.S.，Scott，M.L.和Nolan，G.P.，通过瞬时转染制备高滴度无辅助病毒的逆转录病毒，《分子医学方法:基因治疗方案》(Methods in Molecular Medicine：Gene TherapyProtocols)，Humana Press，Totowa，N.J.，pp.41-57。然后以逆转录病毒形式将衣原体文库转导至表达H2-Ld的P815细胞中，然后将此细胞用作靶细胞以刺激抗原特异性T细胞系。

按Starnbach，M.，J.Immunol.153:5183，1994描述的方法，用辐射过的沙眼衣原体感染的J774细胞和辐射过的同基因脾细胞重复多次刺激衣原体特异性小鼠H2^d限制性CD8+T细胞系，以培养扩增该细胞系。使用该衣原体特异性T细胞系筛选由逆转录病毒转导的P815细胞表达的上述衣原体基因组文库。通过使用Elispot分析(见Lalvani等，J.Experimental Medicine 186:859-865，1997)检测IFN-γ的产生，鉴定阳性DNA库。

IFN-γ Elispot分析中鉴定到两个阳性库，称作2C7和2E10。通过有限稀释克隆来自2C7库的P815细胞的稳定转导体，基于从衣原体特异性CTL细胞系引起IFN-γ产生的能力筛选各个克隆。由此筛选方法选择到4个阳性克隆，称作2C7-8，2C7-9，2C7-19和2C7-21。类似地，还筛选了阳性库2E10，导致获得含有3个插入片断的另一阳性克隆。这3个插入片断是CT016，tRNA合成酶和clpX基因的片断(分别是SEQ ID NO：268-270)。

使用pBIB-KS特异性引物PCR扩增来自这4个阳性2C7克隆的转基因DNA，以选择性地扩增衣原体DNA插入片断。凝胶纯化并测序扩增的插入片断。一个免疫反应性克隆2C7-8(SEQ ID NO：15，相应的预测氨基酸序列提供在SEQ ID NO：32中)是与沙眼衣原体血清变型D第597304-597145位核苷酸(NCBI，BLASTN检索；SEQ ID NO：33，预测的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：34中)同源的一段160bp片断。克隆2C7-8的序列作图位于上面刚描述的高度同源区域中两个推测的开放阅读框之中，具体地，其中一个推测的开放阅读框由298个氨基酸的片断组成(SEQ ID NO：16，预测的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：17中)，被证实表现出免疫活性。

使用5’-ttttgaagcaggtaggtgaatatg(正向)(SEQ ID NO：159)和5’-ttaagaaattaaaaaatccctta(反向)(SEQ ID NO：160)引物并使用纯化的沙眼衣原体L2基因组DNA作为模板，通过PCR扩增从血清变型L2获得该298个氨基酸片断的全长克隆(称作CT529和/或Cap1基因)。凝胶纯化该PCR产物，将其克隆至pCRBlunt(Invitrogen，Carlsbad，CA)进行测序，然后将其亚克隆至pBIB-KMS(pBIB-KS的衍生物)的EcoRI位点中进行表达。CT529的肺炎衣原体同系物提供在SEQID NO：291中，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：292中。

编码各种CT529血清变型的全长DNA基本上按Denamur，E.，C.Sayada，A.Souriau，J.Orfila，A.Rodolakis和J.Elion.1991.J.Gen.Microbiol.137：2525中所述通过PCR从含有10⁵ IFU的细菌裂解物中扩增得到。按所述扩增了如下血清变型：Ba(SEQ ID NO：134，相应的预测氨基酸序列见SEQ ID NO：135)；E(BOUR)和E(MTW447)(SEQ ID NO：122，相应的预测氨基酸序列见SEQ ID NO：123)；F(NI1)(SEQ ID NO：128，相应的预测氨基酸序列见SEQ ID NO：129)；G；(SEQID NO：126，相应的预测氨基酸序列见SEQ ID NO：127)；Ia(SEQ IDNO：124，相应的预测氨基酸序列见SEQ ID NO：125)；L1(SEQ ID NO：130，相应的预测氨基酸序列见SEQ ID NO：131)；L3(SEQ ID NO：132，相应的预测氨基酸序列见SEQ ID NO：133)；I(SEQ ID NO：263，相应的预测氨基酸序列见SEQ ID NO：264)；K(SEQ ID NO：265，相应的预测氨基酸序列见SEQ ID NO：266)；和MoPn(SEQ ID NO：136，相应的预测氨基酸序列见SEQ ID NO：137)。用Advantage Genomic PCR试剂盒(Clontech，Palo Alto，CA)和特异针对血清变型L2 DNA(ORF外部)的引物进行PCR反应。除了MoPn需要5’-ttttgaagcaggtaggtgaatatg(正向-SEQ ID NO：163)和5’-tttacaataagaaaagctaagcactttgt(反向-SEQ ID NO：164)外，其余引物序列是5’-ggtataatatctctctaaattttg(正向-SEQ ID NO：161)和5’-agataaaaaaggctgtttc’(反向-SEQ ID NO：162)。用QIAquickPCR纯化试剂盒(Qiagen，Valencia，Calif.)纯化PCR扩增的DNA，将其克隆在pCR2.1(Invitrogen，Carlsbad，Calif.)中用于测序。

在自动测序仪(ABI 377)上使用pBIB-KS特异性正向引物5’-ccttacacagtcctgctgac(SEQ ID NO：165)和反向引物3’-gtttccgggccctcacattg(SEQ ID NO：166)两者测序来源于PCR扩增的免疫反应性克隆的插入片断。编码CT529血清变型L2的PCRBlunt克隆的DNA和编码CT529血清变型Ba，E(BOUR)，E(MTW447)，F(NI1)，G，Ia，K，L1，L3和MoPn的pCR2.1克隆DNA使用T7启动子引物和通用M13正向和M13反向引物测序。

为了确定这两个推测的开放阅读框(SEQ ID NO：16和20)是否编码具有相关的免疫学功能的蛋白质，按实施例3所述合成横跨这两段开放阅读框的重叠肽(17-20个氨基酸长度)。利用标准铬释放试验确定肽脉冲的H2^d限制性靶细胞的特异性裂解百分数。在此试验中，用100μCi ⁵¹Cr在有或无1μg/ml指定肽时37℃标记P815细胞(H2^d)等分试样1小时。孵育后，洗涤标记的P815细胞以除去多余的⁵¹Cr和肽，随后将细胞一式两份地铺在微量培养板中，浓度为1,000个细胞/孔。按指定的效应细胞:靶细胞比率加入效应CTL(衣原体特异性CD8 T细胞)。4小时孵育后，收获上清液并通过对释放至上清液中的⁵¹Cr的γ计数进行测量。来自298氨基酸开放阅读框的两个重叠肽特异地刺激CTL系。合成SEQ ID NO：138-156代表的肽，其是血清变型D的CT529开放阅读框(Cap1基因)和216个氨基酸开放阅读框的L2同系物的翻译物。如图3所示，在效应细胞与靶细胞比例为10:1时，肽CtC7.8-12(SEQ ID NO：18，又称作Cap1#132-147，SEQ ID NO：139)和CtC7.8-13(SEQ ID NO：19，又称作Cap1#138-155，SEQ ID NO：140)能够分别引起38至52％的特异性裂解。值得注意的是，这两个肽的重叠部分含有一个预测的H2^d(K^d和L^d)结合肽。合成对应于此重叠序列(SEQ IDNO：31)的10个氨基酸的肽，在elispot试验中发现此肽可造成抗衣原体CTL细胞系的强免疫应答。有意义的是，对最近Genbank数据库的检索显示先前没有该基因的蛋白质的描述。因此，编码该推测的开放阅读框的克隆2C7-8(SEQ ID NO：15)定义了一个包含能够以MHC-I限制性方式刺激抗原特异性CD8+T细胞的衣原体抗原的基因，这说明该抗原能够用于开发抗衣原体的疫苗。

为了验证这些结果和进一步对该表位进行作图，制备截短的肽(SEQ ID NO：138-156)并在IFN-g ELISPOT试验中测试T细胞对它的识别。Ser139(Cap1#140-147，SEQ ID NO：146)或Leu147(Cap1#138-146，SEQ ID NO：147)的截短将废除T细胞识别。这些结果指示，9残基肽Cap1#139-147(SFIGGITYL，SEQ ID NO：145)是衣原体特异性T细胞识别的最小表位。

对所选沙眼衣原体血清变型(SEQ ID NO：121，123，125，127，129，131，133，135，137和139)的Cap1(CT529)的序列比对显示，其中一个氨基酸差异出现在所建议表位的2位。同源血清变型D肽是SIIGGITYL(SEQ ID NO：168)。比较SFIGGITYL和SIIGGITYL使细胞成为衣原体特异性T细胞识别目标的能力。每个肽的系列稀释物和P815细胞一起孵育，并在上述⁵¹Cr释放试验中测试T细胞对它们的识别。衣原体特异性T细胞可以识别最低浓度1nM的血清变型L2肽和最低浓度10nM的血清变型D肽。

进一步的研究显示，Cap1#139-147特异性T细胞克隆识别沙眼衣原体感染的细胞。为了验证Cap1_139-147是否被呈递在衣原体感染细胞表面上，用沙眼衣原体血清变型L2感染Balb-3T3(H-2^d)细胞并对其进行测试以确定这些细胞是否可以被Cap1#139-147表位(SEQ ID NO：145)特异性CD8+T细胞克隆识别。Cap1#139-147表位特异性T细胞克隆是通过有限稀释69T细胞系获得的。该T细胞克隆特异识别衣原体感染细胞。在这些实验中，靶细胞是沙眼衣原体感染的(阳性对照)或未感染的Balb/3T3细胞，在30:1、10:1和3:1效应细胞与靶细胞比例下它们分别显示出45％，36％和30％的特异裂解；或是Cap1#139-147表位(SEQ ID NO：145)包被的或未处理的P815细胞，在30:1、10:1和3:1效应细胞与靶细胞比例下它们分别显示出83％，75％和58％的特异裂解(在所有的情况下阴性对照具有小于5％的裂解)。该数据提示，该表位在感染期间被呈递。

体内研究显示Cap1#139-147表位特异性T细胞在小鼠感染沙眼衣原体期间被致敏。为了确定沙眼衣原体感染是否引发Cap1#139-147表位特异性T细胞应答，用10⁸IFU沙眼衣原体血清变型L2腹膜内注射小鼠。注射后两周，处死小鼠，脾细胞在辐射过的经Cap1#139-147表位肽脉冲的同基因脾细胞上进行刺激。刺激5天后，在标准⁵¹Cr释放试验中使用培养物确定培养物中是否存在Cap1#139-147表位特异性T细胞。具体地，来自沙眼衣原体血清变型L2免疫过的小鼠或注射PBS的对照小鼠的脾细胞在与Cap1#139-147肽包被的同基因脾细胞一起培养5天后和能够特异识别Cap1#139-147表位的CD8+T细胞在30:1、10:1和3:1效应细胞和靶细胞比例下分别给出73％、60％和32％特异裂解。对照小鼠在30:1效应细胞和靶细胞比例下给出大约10％的裂解百分数，并随着效应细胞:靶细胞比例的降低稳定地下降。靶细胞是Cap1#139-147肽包被的或未处理的P815细胞。这些数据提示，Cap1#139-147肽特异性T细胞在小鼠感染沙眼衣原体期间被致敏。

Ct529定位

经研究证明Ct529(这里称作Cap-1)定位在沙眼衣原体感染细胞的包含体膜(inclusion membrane)上，与原生小体或网状体(reticulate body)无关。如上述，Cap-1被鉴定为可以刺激CD8+CTL的来自衣原体的产物。这些CTL在小鼠感染模型中具有保护性，由此使得Cap-1成为良好的疫苗候选者。而且，由于这些CTL是MHC-1限制性的，该Cap-1基因必定可以达到感染细胞的细胞质，这可能是特定衣原体基因产物的独特特征。因此，确定该基因产物的细胞定位对于表征Cap-1作为疫苗候选者是有用的。为了检测Cap-1的细胞内定位，使用抗包括Cap-1N端125个氨基酸(SEQ ID NO：305，包括N端6-His标签的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：304中)的重组多肽的兔多克隆抗体染色衣原体感染的McCoy细胞。

用重组多肽rCt529c1-125(SEQ ID NO：305)(包括Cap-1的N端部分)超免疫兔，获得兔抗Cap-1多克隆抗体。从pET表达质粒(见上述)转化的大肠杆菌获得重组rCt529c1-125蛋白质，其中所述质粒含有编码Cap-1N端第1-125位氨基酸的第1-375位核苷酸。使用本领域熟知技术通过Ni-NTA纯化重组蛋白。对于阳性对照抗血清，通过用纯化的沙眼衣原体原生小体(Biodesign，Sacco，Maine)免疫兔制备抗原生小体的多克隆抗血清。来源于Cap-1多肽免疫前的兔子的免疫前血清被用作阴性对照。

在生长在盖玻片上、并以10⁶IFU(Inclusion Forming Units，包含体形成单位)/ml的浓度接种了沙眼衣原体血清变型L2或鹦鹉热衣原体(C.psitacci)株6BC的McCoy细胞单层上进行免疫细胞化学试验。2小时后，吸去培养基，更换为新鲜补加了放线菌酮(1.0μg/ml)的RP-10培养基。在7％ CO₂中孵育感染细胞24小时，然后通过吸去培养基、用PBS洗涤细胞一次然后甲醇固定5分钟实现对感染细胞的固定。为了进行抗原染色，用PBS洗涤固定的细胞单层，然后和1:100稀释的特异或对照抗血清37℃孵育2小时。用PBS洗涤细胞，并与荧光素异硫氰酸酯(FITC)标记的抗兔IgG(KPL，Gaithersburg)孵育1小时，然后用PBS中的伊文思蓝(Evans blue)(0.05％)染色。用100×物镜(Zeiss落射荧光显微镜)观察荧光并照相(Nikon UFX-11A照相机)。

该研究的结果显示，Cap-1位于沙眼衣原体感染细胞的包含体膜上。Cap-1特异性抗体标记沙眼衣原体感染细胞的包含体膜，但不标记包含在这些包含体中的或固定过程中释放的衣原体原生小体。相反地，抗原生小体的抗体清楚地标记该细菌体，这不仅包括包含体中的原生小体还有固定过程中释放的原生小体。抗Cap-1抗体的特异性可由如下事实证明，即该抗体不染色鹦鹉热衣原体感染的细胞。该Cap-1标记的特异性也可以通过免疫前血清中缺少反应性来证实。这些结果提示，Cap-1从细菌中释放出来，并与衣原体包含体膜结合。因此，在开发抗衣原体感染的疫苗时Cap-1是可以用于刺激CD8+T细胞的基因产物。

另两个系列研究进一步说明在抗衣原体感染的疫苗中Cap-1基因作为潜在的CTL抗原的重要意义。首先，对沙眼衣原体Cap-1 CT529#138-147肽的MHC-I表位(SEQ ID NO：144)具有特异性的CTL被证实可以在自然感染过程中被高频率致敏。具体地，用10⁶ I.F.U.沙眼衣原体血清变型L2接种Balb/C小鼠。2周后，收获脾脏，并通过Elispot分析定量响应Cap-1#138-147肽脉冲的抗原呈递细胞而分泌IFN-γ的细胞的数量。在两个实验中，10⁵个脾细胞中的IFN-γ分泌细胞的数量为全部CD8+T细胞的大约1％。使CD8+CTL响应MHC-1表位(Cap-1CT529 #138-147肽)的这种高频率提示Cap-1在感染中具有高免疫原性。

第二个系列研究的结果显示，Cap-1蛋白在感染后几乎立即可以达到宿主细胞的细胞质。这可以由Cap-1 CT529#138-147肽呈递的时程来证实。简而言之，用沙眼衣原体血清变型L2感染3T3细胞不同的时间长度，然后测试Cap-1 CT529#138-147肽特异性CTL的识别。结果显示，沙眼衣原体感染的3T3细胞在仅2小时感染后就可以被抗原特异性CTL靶向识别。这些结果提示，Cap-1是在沙眼衣原体原生小体向网状体发育的过程中合成的早期蛋白。在抗衣原体感染的疫苗中，针对感染早期表达的基因产物的CD8+CTL免疫应答可能是尤其有效的。

实施例5

在衣原体抗原免疫的小鼠中抗体和T细胞应答的产生

我们进行了免疫原性研究，以确定使用Montanide佐剂配制的纯化的SWIB或S13蛋白质、或用含有SWIB或S13的DNA序列的pcDNA-3表达载体(基于DNA的免疫)免疫的小鼠的抗体和CD4+T细胞应答。SWIB也称作克隆1-B1-66(SEQ ID NO：1，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：5中)，而S13核糖体蛋白又称作克隆10-C10-31(SEQ IDNO：4，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：12中)。在第一个实验中，对3只C57BL/6小鼠组成的若干组免疫两次并监测其抗体和CD4+T细胞应答。DNA免疫在尾的基部皮内进行，肽免疫通过皮下途径给药。来自免疫小鼠的脾细胞的标准³H-掺入试验的结果显示用纯化的重组SWIB多肽(SEQ ID NO：5)免疫的组产生强增殖应答。按前述，用细胞因子诱导试验进行的进一步分析证明，SWIB多肽免疫的组产生可检测的IFN-γ和IL-4应答。随后进行了基于ELISA的试验，以确定用SWIB多肽免疫的实验组中的主要抗体同种型应答。图4说明，SWIB免疫组给出了以IgG1为主的体液应答。

在第二个实验中，用配制在PBS或Montanide中的10μg纯化的SWIB蛋白质(又称作克隆1-B1-66，SEQ ID NO：5)以3周为间隔免疫C3H小鼠3次，第三次免疫后两周收获细胞。通过本领域熟知的基于ELISA的标准技术测定抗SWIB蛋白质的抗体效价，证明配制在Montanide中的SWIB蛋白诱导强的体液免疫应答。通过基于XTT的试验(Scudiero等，Cancer Research，1988，48:4827)测定T细胞增殖应答。如图5所示，来自SWIB多肽加Montanide免疫的小鼠的脾细胞引起抗原特异性增殖应答。此外，使用先前描述的细胞因子诱导试验确定来自免疫动物的脾细胞响应可溶性重组SWIB多肽分泌IFN-γ的能力。来自用Montanide佐剂配制的SWIB多肽免疫的动物组的所有动物的脾细胞均响应SWIB衣原体抗原接触而分泌IFN-γ，说明此是衣原体特异性免疫应答。

在另一实验中，C3H小鼠在三个不同的时间点上在尾的基部接受配制在SBAS2佐剂(SmithKline Beecham，伦敦，英国)中的10μg纯化的SWIB或S13蛋白质(沙眼衣原体，SWIB蛋白，克隆1-B1-66，SEQ IDNO：5，和S13蛋白质，克隆10-C10-31，SEQ ID NO：4)的免疫。通过ELISA测定抗原特异性抗体效价，显示两种多肽均诱导强的IgG应答，效价从1×10^-4至1×10^-5。该应答的IgG1和IgG2a成分以相当等同的量存在。针对SWIB的抗原特异性T细胞增殖应答(通过在分离自免疫小鼠的脾细胞上进行的标准³H掺入试验确定的)十分强(比阴性对照高50,000cpm)，而针对S13的应答甚至更强(比阴性对照高100,000cpm)。通过标准ELISA技术从来自增殖培养物的上清液分析IFNγ的产生。用S13体外重复刺激该培养物诱导了高水平的IFNγ产生，大约是25ng/ml对阴性对照的2ng/ml。用SWIB蛋白进行重复刺激也诱导了IFNγ，但程度较小。

在相关实验中，C3H小鼠在三个不同的时间点上接受与10μg霍乱毒素混合的10μg纯化的SWIB或S13蛋白质(沙眼衣原体，SWIB蛋白，克隆1-B1-66，SEQ ID NO：5，和S13蛋白质，克隆10-C10-31，SEQID NO：4)的免疫。通过鼻内接种进行粘膜免疫。利用标准ELISA技术测定抗原特异性抗体应答。SWIB免疫小鼠的血液中存在抗原特异性IgG抗体，效价为1×10^-3至1×10^-4，但在S13免疫的动物中不能检测到。按IFNγ的产生测量，分离的脾细胞的抗原特异性T细胞应答给出与上文刚描述的全身免疫得到的结果相似的结果。

为了确定CT529血清变型LGVIICTL表位的免疫原性，进行了动物研究，其中所述表位由确定为H2-Kd限制性CTL表位的CT529 10mer共有序列肽(CSFIGGITYL-SEQ ID NO：31)定义。用25μg肽联合不同的佐剂免疫BALB/c小鼠(每组3只小鼠)3次。在尾的基部系统施用SKB佐剂系统SBAS-2’’、SBAS-7(SmithKline Beecham，伦敦，英国)或Montanide中的肽。还鼻内施用与10μg霍乱毒素(CT)混合的肽。使用自然小鼠(naive mice)作为对照。第3次免疫后4周，用10μg/mlCT529 10残基共有序列肽脉冲的LPS母细胞(LPS-blasts)以3个不同的效应细胞比LPS母细胞比例(6、1.5和0.4)按1×10⁶个细胞/ml重复刺激脾细胞。2次重复刺激后，使用标准铬释放试验，检测效应细胞裂解肽脉冲的P815细胞的能力。使用来自鸡卵卵清蛋白的无关肽作为阴性对照。结果证明，引起了针对该CT529 10残基共有序列肽的显著免疫应答，而且响应用该肽进行的免疫引起了能够裂解肽脉冲的靶标的抗原特异性T细胞。具体地，发现在SBAS-7和CT佐剂组中存在抗原特异性裂解活性，而Montanide和SBAS-2’’不能辅助此CTL表位免疫。

实施例6

肺炎衣原体基因的表达和表征

实施例1描述的人T细胞系TCL-8识别沙眼衣原体和肺炎衣原体感染的单核细胞来源的树突细胞，提示沙眼衣原体和肺炎衣原体可能编码交叉反应性T细胞表位。为了分离与沙眼衣原体LGVII克隆1B1-66(又称作SWIB，SEQ ID NO：1)和克隆10C10-31(又称作S13核糖体蛋白，SEQ ID NO：4)同源的肺炎衣原体基因，用肺炎衣原体TWAR株(CDC/CWL-029)感染HeLa229细胞。孵育3天后，收获肺炎衣原体感染的HeLa细胞，洗涤并重悬在200μl水中，然后在沸水浴中加热20分钟。使用破裂的细胞悬浮液10μl作为PCR模板。

设计针对克隆1B1-66和10C10-31的肺炎衣原体特异性引物，以便5’末端具有一个6×组氨酸标签和插入的一个NdeI位点，而3’末端具有一个终止密码子并包括一个BamHI位点(图6)。通过本领域熟知的标准技术，扩增并测序PCR产物。将肺炎衣原体特异性PCR产物克隆至表达载体pET17B(Novagen，Madison，WI)中，并转染大肠杆菌BL21 pLysS以便实现表达和随后利用组氨酸-镍亲和层析方法学(Novagen提供)进行的纯化。由此产生肺炎衣原体两个蛋白质，一个10-11kDa蛋白质，称作CpSWIB(分别是SEQ ID NO：27，和具有6×His标签的SEQ ID NO：78，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：28中)，一个15kDa蛋白质，称作CpS13(SEQ ID NO：29，和具有6×His标签的SEQ ID NO：77，相应的氨基酸序列分别提供在SEQ ID NO：30和91中)。

实施例7

肺炎衣原体抗原对T细胞增殖和干扰素-γ产生的诱导

重组肺炎衣原体抗原诱导T细胞增殖和干扰素-γ产生的能力按如下进行确定。

通过IPTG诱导蛋白质，并通过Ni-NTA琼脂糖亲和层析(Webb等，J.Immuno logy 157：5034-5041，1996)进行纯化。然后根据诱导PBMC制品中T细胞增殖的能力筛选纯化的多肽。将来自肺炎衣原体患者以及来自其T细胞已知可以响应衣原体抗原发生增殖的正常供体的PBMC培养在含有补加了10％汇合的人血清和50μg/ml庆大霉素的RPMI1640的培养基中。一式两份地以0.5至10μg/ml的浓度加入纯化的多肽。在96孔圆底平板中以200μl体积培养6天后，从每个孔中取出50μl培养基用于确定IFN-γ的水平，如下述。然后用1μCi/孔氚化胸苷脉冲平板再18个小时，收获细胞然后使用气体闪烁计数器测定氚的摄取。在重复试验中导致细胞增殖达到在单纯培养基培养的细胞中观察到的增殖的3倍以上的组分被认为是阳性的。

使用酶联免疫吸附测定方法(ELISA)测定IFN-γ。室温用抗人IFN-γ的小鼠单克隆抗体(PharMingen，San Diego，CA)在PBS中包被ELISA平板4小时。然后用含有5％(w/v)脱脂干奶粉的PBS室温封闭孔1小时。在PBS/0.2％ Tween-20中洗涤平板6次，然后在ELISA平板中室温过夜孵育培养基中1:2稀释的样品。再次洗涤平板，并在每孔中加入PBS/10％正常山羊血清中1:3000稀释的多克隆兔抗人IFN-γ血清。然后，室温孵育平板2小时，洗涤平板后加入PBS/5％脱脂干奶粉中1:2000稀释的辣根过氧化物酶偶联的抗兔IgG(Sigma Chemical So.，St.Louis，MO)。室温再孵育两小时后，洗涤平板并加入TMB底物。20分钟后用1N硫酸终止反应。使用570nm作为参考波长在450nm测定光密度。在两次重复试验中均导致产生的OD比单纯培养基中培养的细胞的平均OD加上3个标准差大两倍的组分被认为是阳性的。

能够和沙眼衣原体和肺炎衣原体交叉反应的人抗衣原体T细胞系(TCL-8)被用于确定上述实施例中描述的表达蛋白(即，CpSWIB，SEQ IDNO：27，和具有6×His标签的SEQ ID NO：78，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：28中；和称作CpS13的15kDa蛋白质，SEQ ID NO：29，和具有6×His标签的SEQ ID NO：77，相应的氨基酸序列分别提供在SEQ ID NO：30和91中)是否具有沙眼衣原体和肺炎衣原体共有的T细胞表位。简而言之，在1×10⁴个单核细胞来源的树突细胞上滴定表达衣原体抗原的大肠杆菌。2小时后，洗涤树突细胞培养物，并加入2.5×10⁴个T细胞(TCL-8)，再孵育72小时。然后通过ELISA确定培养物上清液中的IFN-γ量。如图7A和7B所示，TCL-8T细胞系特异地识别沙眼衣原体和肺炎衣原体两者的S13核糖体蛋白质，正如通过IFN-γ的抗原特异性诱导所证明的那样，而该T细胞系仅识别来自沙眼衣原体的SWIB蛋白。为了验证这些结果，使用经一系列重叠肽脉冲的靶细胞和T细胞系TCL-8，通过表位作图鉴定沙眼衣原体SWIB的T细胞表位。3H-胸苷掺入试验显示，称作C.t.SWIB52-67的肽(SEQID NO：39)造成了TCL-8细胞系的最强增殖。合成相应于肺炎衣原体的SWIB序列(SEQ ID NO：40)、肺炎衣原体(SEQ ID NO：43)和沙眼衣原体(SEQ ID NO：42)的拓扑异构酶-SWIB融合物、以及人SWI域(SEQID NO：41)的同源肽，并在上述试验中对它们进行测试。T细胞系TCL-8仅识别SEQ ID NO：39的沙眼衣原体肽而不识别相应的肺炎衣原体肽(SEQ ID NO：40)或上述其它相应肽(SEQ ID NO：41-43)。

通过用沙眼衣原体或肺炎衣原体感染的单核细胞来源的树突细胞分别刺激供体PBMC，从具有抗肺炎衣原体的阳性血清效价的供体CP-21产生衣原体特异性T细胞系。抗肺炎衣原体产生的T细胞应答重组肺炎衣原体SWIB但不应答沙眼衣原体SWIB，而抗沙眼衣原体产生的T细胞对沙眼衣原体或肺炎衣原体的SWIB均不产生应答(见图9)。供体CP-21的肺炎衣原体SWIB特异性免疫应答证实了存在肺炎衣原体感染，并指示在体内肺炎衣原体感染期间引起了肺炎衣原体SWIB特异性T细胞。

对肺炎衣原体SWIB的T细胞应答的表位作图显示，Cp-SWIB特异性T细胞应答重叠肽Cp-SWIB32-51(SEQ ID NO：101)和Cp-SWIB37-56(SEQ ID NO：102)，从而指示了肺炎衣原体SWIB特异性T细胞表位Cp-SWIB37-51(SEQ ID NO：100)。

在其它实验中，通过用来自沙眼衣原体和肺炎衣原体的非感染性原生小体分别刺激PBMC，从供体CP1(也是肺炎衣原体血清阳性供体)制备T细胞系。具体地，在存在1×10⁴个单核细胞来源的树突细胞和来源于沙眼衣原体和肺炎衣原体的非感染性原生小体，或存在重组沙眼衣原体或肺炎衣原体SWIB蛋白的情况下刺激2.5×10⁴个T细胞，以测定增殖应答。抗SWIB的T细胞应答与使用来自CP-21的T细胞系获得的数据在以下方面相似：引起肺炎衣原体T细胞系应答的是肺炎衣原体SWIB而非沙眼衣原体SWIB。此外，该沙眼衣原体T细胞系不能应答沙眼衣原体或肺炎衣原体SWIB产生增殖，但其确实应答CT和CP原生小体发生增殖。如实施例1所述，使用TCP-21细胞系鉴定的克隆11-C12-91(SEQ ID NO：63)具有269bp插入片断，其是OMP2基因(CT443)的一部分并与肺炎衣原体60kDa富含半胱氨酸的外膜蛋白质(称作OMCB)具有同源性。为了进一步确定该反应性表位，使用一系列重叠肽和前述免疫测定方法进行表位作图。简而言之，在1×10⁴个单核细胞来源的树突细胞存在时用来源于沙眼衣原体和肺炎衣原体的非感染性原生小体或来源于沙眼衣原体或肺炎衣原体OMCB蛋白的蛋白质序列的肽(0.1μg/ml)刺激2.5×10⁴个TCP-21T细胞，以测定增殖应答。TCP-21T细胞应答表位CT-OMCB #167-186、CT-OMCB #171-190、CT-OMCB #171-186，并以较小的程度应答表位CT-OMCB #175-186(分别是SEQ ID NO：249-252)。值得注意的是，TCP-21 T细胞系还响应同源肺炎衣原体肽CP-OMCB #171-186(SEQ ID NO：253)产生增殖应答，该应答的程度与响应沙眼衣原体肽的应答程度相比是相同的或更大。在2位(即，Asp替换为Glu)和4位(即，Cys替换为Ser)的氨基酸替换均不改变T细胞的增殖应答，由此说明该表位是沙眼衣原体和肺炎衣原体之间的交叉反应性表位。

实施例8

人PBMC和T细胞系对衣原体抗原的免疫应答

这里提供的实施例提示，在已经感染沙眼衣原体并产生了控制该沙眼衣原体感染的保护性免疫应答的一般群体中存在一个健康供体群。这些供体在临床上是无症状的，并是沙眼衣原体血清阴性的。为了表征正常供体对通过CD4表达克隆鉴定的衣原体抗原产生的免疫应答，检测从12名健康供体获得的PBMC对一组重组衣原体抗原(包括沙眼衣原体SWIB、肺炎衣原体SWIB及沙眼衣原体S13、肺炎衣原体S13)的反应。数据总结在下表I中。所有供体均是沙眼衣原体血清阴性的，而6/12具有阳性肺炎衣原体效价。使用>4的刺激指数作为阳性应答，11/12受试者对沙眼衣原体原生小体产生应答而12/12对肺炎衣原体原生小体产生应答。一个供体，AD104，应答重组肺炎衣原体S13蛋白，但不应答重组沙眼衣原体S13蛋白，这说明此是肺炎衣原体特异性应答。12个供体中有3个具有沙眼衣原体SWIB而非肺炎衣原体SWIB特异性应答，从而证实为沙眼衣原体感染。沙眼衣原体和肺炎衣原体S13在8/12供体中引起应答，提示为衣原体感染。这些说明阐明了SWIB和S13在正常研究对象的PBMC中引起T细胞应答的能力。

表I

正常研究对象对衣原体的免疫应答

供体	性别	衣原体IgG效价	CTEB	CPEB	CTSwib	CPSwib	CTS13	CPS13	CTIpdA	CTTSA
供体	性别	衣原体IgG效价	CTEB	CPEB	CTSwib	CPSwib	CTS13	CPS13	CTIpdA	CTTSA	AD100	男	阴性	++	+++	+	-	++	++	-	n.t.
AD104	女	阴性	+++	++	-	-	-	++	-	n.t.	AD100	男	阴性	++	+++	+	-	++	++	-	n.t.
AD104	女	阴性	+++	++	-	-	-	++	-	n.t.	AD108	男	CP1:256	++	++	+	+/-	+	+	+	n.t.
AD112	女	阴性	++	++	+	-	+	-	+/-	n.t.	AD108	男	CP1:256	++	++	+	+/-	+	+	+	n.t.
AD112	女	阴性	++	++	+	-	+	-	+/-	n.t.	AD120	男	阴性	-	+	-	-	-	-	-	n.t.
AD124	女	CP1:128	++	++	-	-	-	-	-	n.t.	AD120	男	阴性	-	+	-	-	-	-	-	n.t.
AD124	女	CP1:128	++	++	-	-	-	-	-	n.t.	AD128	男	CP1:512	+	++	-	-	++	+	++	-
AD132	女	阴性	++	++	-	-	+	+	-	-	AD128	男	CP1:512	+	++	-	-	++	+	++	-
AD132	女	阴性	++	++	-	-	+	+	-	-	AD136	女	CP1:128	+	++	-	-	+/-	-	-	-
AD140	男	CP1:256	++	++	-	-	+	+	-	-	AD136	女	CP1:128	+	++	-	-	+/-	-	-	-
AD140	男	CP1:256	++	++	-	-	+	+	-	-	AD142	女	CP1:512	++	++	-	-	+	+	+	-
AD146	女	阴性	++	++	-	-	++	+	+	-	AD142	女	CP1:512	++	++	-	-	+	+	+	-

CT＝沙眼衣原体；CP＝肺炎衣原体；EB＝衣原体原生小体；Swib＝重组衣原体Swib蛋白；S13＝重组衣原体S13蛋白；lpdA＝重组衣原体lpdA蛋白；TSA＝重组衣原体TSA蛋白。数值表示从标准增殖试验得到的结果。通过用预先和各个重组抗原或原生小体(EB)一起孵育过的1×10⁴个单核细胞来源的树突细胞刺激3×10⁵PBMC，测定增殖应答。6天后用³H-胸苷脉冲最后的18小时，收获试验结果。

SI：刺激指数

+/-： SI～4

+： SI>4

++： SI10-30

+++： SI>30

在第一个系列的实验中，按前述通过用沙眼衣原体LGV II原生小体刺激T细胞从生殖道曾经接触过沙眼衣原体的健康女性个体(CT-10)制备T细胞系。尽管研究对象曾接触过沙眼衣原体，但她没有发生血清转化，也没有出现临床症状，这提示供体CT-10可能已经发展了抗沙眼衣原体的保护性免疫应答。如图10所示，来源于供体CT-10的原代衣原体特异性T细胞系可对沙眼衣原体SWIB而非肺炎衣原体SWIB重组蛋白产生应答，这证实了CT-10接触过沙眼衣原体。对沙眼衣原体SWIB的T细胞应答的表位作图显示，该供体与T细胞系TCL-8一样对相同表位Ct-SWIB 52-67(SEQ ID NO：39)产生应答，见图11所示。

按上述产生针对不同沙眼衣原体患者的其它T细胞系。患者的临床概况和对多种沙眼衣原体和肺炎衣原体原生小体及重组蛋白的增殖应答总结在下表II中：

NGU＝非淋球菌性尿道炎；BV＝细菌性阴道病；CT＝沙眼衣原体；CP＝肺炎衣原体；EB＝衣原体原生小体；Swib＝重组衣原体Swib蛋白；S13＝重组衣原体S13蛋白；lpdA＝重组衣原体lpdA蛋白；TSA＝重组衣原体TSA蛋白。数值表示从标准增殖试验得到的结果。通过用各个重组抗原或原生小体(EB)刺激3×10⁵PBMC，测定增殖应答。6天后用³H-胸苷脉冲最后的18小时，收获试验结果。

SI：刺激指数

+/-： SI～4

+： SI>4

++： SI10-30

+++： SI>30

使用这些无症状(如上定义)研究对象和沙眼衣原体患者(总结在表I和II中)，全面研究了来源于两个组的PBMC的免疫应答。简而言之，将来自肺炎衣原体患者以及来自正常供体的PBMC培养在含有补加了10％汇合的人血清和50μg/ml庆大霉素的RPMI 1640的培养基中。一式两份地以0.5至10μg/ml的浓度加入纯化的多肽，即一组重组衣原体抗原，包括沙眼衣原体的和肺炎衣原体的SWIB和S13、以及沙眼衣原体lpdA和TSA。在96孔圆底平板中以200μl体积培养6天后，从每个孔中取出50μl培养基用于确定IFN-γ的水平，如下述。然后用1μCi/孔氚化胸苷脉冲平板再18个小时，收获细胞然后使用气体闪烁计数器测定氚的摄取。在重复试验中导致细胞增殖比在单纯培养基培养的细胞中观察到的增殖高3倍的组分被认为是阳性的。

对重组衣原体抗原的增殖应答证实，大多数无症状供体和沙眼衣原体患者识别沙眼衣原体S13抗原(8/12)，大多数沙眼衣原体患者识别肺炎衣原体S13抗原(8/12)，4/12的无症状也识别肺炎衣原体S13抗原。而且，12名沙眼衣原体患者中的6名以及12名无症状供体中的4名给出对沙眼衣原体lpdA抗原的增殖应答。这些结果说明，沙眼衣原体和肺炎衣原体S13抗原、沙眼衣原体Swib抗原和沙眼衣原体lpdA抗原均可被无症状供体识别，这表明在暴露于衣原体的过程这些抗原被识别并引起了对抗它们的免疫应答。这提示，这些抗原可能在赋予人类宿主保护性免疫方面有作用。此外，在沙眼衣原体患者中沙眼衣原体和肺炎衣原体S13抗原可以同样良好地被识别，由此说明沙眼衣原体和肺炎衣原体可能在S13蛋白中具有共同的表位。表III总结了这些研究的结果。

表III

抗原	正常供体	C.t.患者
抗原	正常供体	C.t.患者	C.t.-Swib	3/12	0/12
C.p.-Swib	0/12	0/12	C.t.-Swib	3/12	0/12
C.p.-Swib	0/12	0/12	C.t.-S13	8/12	8/12
C.p.-S13	4/12	8/12	C.t.-S13	8/12	8/12
C.p.-S13	4/12	8/12	lpdA	4/12	6/12
TSA	0/12	2/12	lpdA	4/12	6/12

我们开始了一系列研究以确定产生自无症状供体和沙眼衣原体患者的短期T细胞系的细胞免疫应答。通过标准增殖试验和IFN-γ(见实施例7所述)测量细胞免疫应答。具体地，大多数抗原采取表达衣原体抗原的单大肠杆菌克隆的形式，但在这些试验中还使用了一些重组蛋白质。在1×10⁴个单核细胞来源的树突细胞上滴定(titer)这些单大肠杆菌克隆，2小时后，洗涤培养物并加入2.5×10⁴个T细胞。使用重组蛋白进行的试验按前述方法进行。4天后用标准3H-胸苷脉冲最后的18小时，确定增殖情况。按上述，使用标准ELISA分析测定4天后收获的培养物上清液中的IFN-γ诱导情况。结果显示，测试的所有沙眼衣原体抗原除了C.T.Swib外均引起来源于沙眼衣原体患者的一个或多个不同T细胞系产生增殖应答。此外，如下衣原体基因也从沙眼衣原体患者和无症状供体引起了增殖应答：CT622、groEL、pmpD、CT610和rS13。

12G3-83克隆除了含有CT622外还含有CT734和CT764的序列，因此，这些基因序列可能也有免疫反应性表位。类似地，克隆21G12-60除了含有CT875外还含有假拟蛋白基因CT229和CT228的序列；而15H2-76还含有来自CT812和CT088以及与sycE基因具有同源性的序列。克隆11H3-61还含有与PGP6-D毒力蛋白质具有同源性的序列。

表IV

克隆	C.t.抗原(推测的<sup>*</sup>)	来自无症状供体的TCL	来自C.t.患者的TCL	SEQ ID NO：
克隆	C.t.抗原(推测的<sup>*</sup>)	来自无症状供体的TCL	来自C.t.患者的TCL	SEQ ID NO：	1B1-66(大肠杆菌)	Swib	2/2	0/4	5
1B1-66(蛋白质)	Swib	2/2	0/4	5	1B1-66(大肠杆菌)	Swib	2/2	0/4	5
1B1-66(蛋白质)	Swib	2/2	0/4	5	12G3-83(大肠杆菌)	CT622<sup>*</sup>	2/2	4/4	57
22B3-53(大肠杆菌)	groEL	1/2	4/4	111	12G3-83(大肠杆菌)	CT622<sup>*</sup>	2/2	4/4	57
22B3-53(大肠杆菌)	groEL	1/2	4/4	111	22B3-53(蛋白质)	groEL	1/2	4/4	111
15H2-76(大肠杆菌)	PmpD<sup>*</sup>	1/2	3/4	87	22B3-53(蛋白质)	groEL	1/2	4/4	111
15H2-76(大肠杆菌)	PmpD<sup>*</sup>	1/2	3/4	87	11H3-61(大肠杆菌)	rL1<sup>*</sup>	0/2	3/4	60
14H1-4(大肠杆菌)	TSA	0/2	3/4	56	11H3-61(大肠杆菌)	rL1<sup>*</sup>	0/2	3/4	60
14H1-4(大肠杆菌)	TSA	0/2	3/4	56	14H1-4(蛋白质)	TSA	0/2	3/4	56
11G10-46(大肠杆菌)	CT610	1/2	1/4	62	14H1-4(蛋白质)	TSA	0/2	3/4	56
11G10-46(大肠杆菌)	CT610	1/2	1/4	62	10C10-17(大肠杆菌)	rS13	1/2	1/4	62
10C10-17(蛋白质)	rS13	1/2	1/4	62	10C10-17(大肠杆菌)	rS13	1/2	1/4	62
10C10-17(蛋白质)	rS13	1/2	1/4	62	21G12-60(大肠杆菌)	CT875<sup>*</sup>	0/2	2/4	110
11H4-32(大肠杆菌)	dnaK	0/2	2/4	59	21G12-60(大肠杆菌)	CT875<sup>*</sup>	0/2	2/4	110
11H4-32(大肠杆菌)	dnaK	0/2	2/4	59	21C7-8(大肠杆菌)	dnaK	0/2	2/4	115
17C10-31(大肠杆菌)	CT858	0/2	2/4	114	21C7-8(大肠杆菌)	dnaK	0/2	2/4	115

实施例9

使用衣原体抗原进行的保护研究

1.SWIB

在小鼠中进行保护研究以确定用衣原体抗原免疫是否能够影响衣原体接种导致的生殖道疾病。利用两种模型：一种阴道内接种模型，使用含有鹦鹉热衣原体菌株(MTW447)的人分离菌；一种子宫内接种模型，涉及鉴定为沙眼衣原体血清变型F(NI1菌株)的人分离菌。两种菌株均引起上生殖道炎症，这类似沙眼衣原体在女性中引起的子宫内膜炎和输卵管炎。在第一个实验中，用100μg含有沙眼衣原体SWIBDNA(SEQ ID NO：1，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：5)的pcDNA-3表达载体3次免疫C3H小鼠(每组4只小鼠)。对于系统免疫，在尾的基部进行接种。最后一次免疫后2周，孕酮处理动物，并经过阴道或通过在子宫中注射接种物进行感染。感染后2周，处死小鼠，对生殖道进行切片、染色和组织病理学检查。对炎症水平进行评分(从+(十分轻微)至+++++(十分严重))。将各个输卵管/卵巢的得分加合起来然后除以检查的器官数目以得到该组的炎症平均得分。在子宫接种模型中，接受空载体阴性对照免疫的动物表现出一致的炎症情况，卵巢/输卵管平均炎症得分6.12，与此不同，DNA免疫组的分数是2.62。在阴道接种和上行感染模型中，阴性对照免疫的小鼠具有8.37的卵巢/输卵管平均炎症得分，相对地DNA免疫组为5.00。而且，在后一模型中，接种过的小鼠没有表现出输卵管闭塞的迹象，而阴性对照接种的组在输卵管内腔中有炎性细胞。

在第二个实验中，用包封在乳酸-羟基乙酸共聚物微球(PolyLactide co-Glycolide，PLG)中的50μg含有沙眼衣原体SWIB DNA(SEQID NO：1，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：5)的pcDNA-3表达载体3次免疫C3H小鼠(每组4只小鼠)；腹膜内方式进行免疫。最后一次免疫后2周，孕酮处理动物，并通过在阴道中接种鹦鹉热衣原体进行感染。感染后2周，处死小鼠，对生殖道进行切片、染色和组织病理学检查。按前述进行炎症水平的评分。将各个输卵管/卵巢的得分加合起来然后除以检查的器官数目以得到该组的炎症平均得分。接受PLG包封的空载体的阴性对照免疫小鼠表现出一致的炎症情况，卵巢/输卵管平均炎症得分7.28，相对地用PLG包封的DNA免疫的组为5.71。腹膜中炎症对于接受接种的组而言为1.75，而对于对照而言为3.75。

在第三个实验中，用与霍乱毒素(CT)混合的10μg纯化重组蛋白质SWIB(SEQ ID NO：1，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：5)或S13(SEQ ID NO：4，相应的氨基酸序列提供在SEQ ID NO：12)3次免疫C3H小鼠(每组4只小鼠)；麻醉后在20μl体积中通过鼻内方式施用该制剂。最后一次免疫后2周，用孕酮处理动物，并通过在阴道中接种鹦鹉热衣原体或在子宫中注射沙眼衣原体血清变型F进行感染。感染后2周，处死小鼠，对生殖道进行切片、染色和组织病理学检查。按上述对炎症程度评分。将各个输卵管/卵巢的得分加合起来然后除以检查的器官数目以得到该组的炎症平均得分。子宫接种模型中，接受单纯霍乱毒素的阴性对照免疫小鼠表现出4.25的卵巢/输卵管平均炎症得分(仅分析了2只小鼠；另2只小鼠死亡)，相对地用S13加霍乱毒素免疫的组得分5.00，用SWIB加霍乱毒素免疫的组得分1.00。未处理的感染动物具有7的卵巢/输卵管平均炎症得分。在阴道接种和上行感染模型中，阴性对照免疫小鼠表现出7.37的卵巢/输卵管平均炎症得分，相对地用S13加霍乱毒素免疫的组得分6.75，用SWIB加霍乱毒素免疫的组得分5.37。未处理的感染动物具有8的卵巢/输卵管平均炎症得分。

上述3个实验提示，可以获得SWIB特异性保护。该保护作用在同种感染模型中更为明显，但在用鹦鹉热衣原体进行的异种攻击感染中也存在此保护作用。

2.CT529/Cap1

CT529/Cap1前面被鉴定为可以刺激CD8+CTL的衣原体产物。在该实施例中，我们设法证实在衣原体感染动物模型中用Cap1进行免疫将具有保护性。

为了制备重组痘苗病毒用于递送Cap1免疫原性片断，使用PCR^TM从沙眼衣原体L2基因组DNA扩增含有修饰的Kozak序列和cap1基因(CT529)第319-530位碱基对的DNA片断，并将该片断连入pSC11ss(Earl PL，Koenig S，Moss B(1991)人类免疫缺陷病毒1型被膜糖蛋白的生物学和免疫学性质：通过重组痘苗病毒表达截短蛋白和具有缺失的蛋白进行的分析，J.Virol.65：31-41)。用SalI和StuI消化DNA。连接至pSC11ss中的cap1基因部分编码Cap1蛋白的第107-176位氨基酸，其中含有早先鉴定的第139-147位氨基酸的CTL表位。所获质粒用于转染CV-1细胞(ATCC# CCL-70；Jensen FC等(1964)用劳斯肉瘤病毒感染人和猿的组织培养物，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 52:53-59)，随后用野生型痘苗病毒再感染该细胞。野生型病毒和质粒DNA的同源重组产生重组痘苗病毒，基于β-半乳糖苷酶表达和胸苷激酶的失活按早先的描述(Chakrabarti等，Mol.Cell.Biol.1985，5(12)：3403-9)选择重组病毒。噬斑纯化重组病毒3次，并在人TK-143B细胞上生长后进行滴定。用等体积的0.25mg/ml胰蛋白酶37℃处理病毒制品30分钟。然后将其稀释在PBS中，随后用于免疫小鼠。使用5只小鼠组成的组作为所有的实验和对照组。以下给出的数据是三个独立实验的代表。

用10⁶重组痘苗病毒腹膜内(i.p.)免疫一组小鼠，然后允许其恢复3周。用单纯缓冲液或野生型痘苗病毒免疫阴性对照组。作为阳性对照组，用10⁶i.f.u.沙眼衣原体静脉内(i.v.)感染小鼠组。先前已经证实了给予阳性对照组的生物数目可以在2周内被清除。3周后，用10⁶i.f.u.沙眼衣原体静脉内攻击各组的动物。攻击后3天，处死动物并确定每个脾脏的i.f.u.数。

用表达Cap1的痘苗病毒免疫的动物(7.1×10⁴)与用缓冲液(1.8×10⁵)或野生型痘苗(1.9×10⁵)免疫的对照组动物比较，脾脏中发现的生物平均数目少了2.6倍(p<0.01；Wilcoxon氏秩和检验)。阳性组中的动物每个脾脏所含生物(2.4×10³)比阴性对照组动物低77倍(P<0.01；Wilcoxon’s秩和检验)。这些数据表明，用Cap1的免疫原性片断进行免疫可以提供统计学显著水平的抗沙眼衣原体感染保护。

实施例10

Pmp/Ra12融合蛋白

通过首先使用含有NotI限制性位点的引物合成Pmp基因的PCR片断，制备多种Pmp/Ra12融合构建体。然后将各PCR片断连接至pCRX1的NotI限制性位点中。pCRX1载体含有该融合物的6HisRa12部分。该融合构建体的Ra12部分编码相应于结核分枝杆菌MTB32A(描述在美国专利申请60/158,585中，其公开文本并入本文作为参考)第192-323位氨基酸残基的多肽。每个插入片断的正确取向均通过其限制性酶谱确定，并对其序列进行验证。对于PmpA、PmpB、PmpC、PmpF和PmpH，制备了多个融合构建体，见如下进一步描述：

PmpA融合蛋白

PmpA是含有982个氨基酸的107kD蛋白质，克隆自血清变型E。将PmpA蛋白质分成2个重叠片断，PmpA(N-端)和(C端)部分。

PmpA(N端)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCATGTTTATAACAAAGGAACTTATG(SEQ ID NO：306)GAGAGCGGCCGCTTACTTAGGTGAGAAGAAGGGAGTTTC(SEQ ID NO：307)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：308所示DNA序列，编码表达PmpA的第1-473位氨基酸区段的66kD蛋白(619个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：309。

PmpA(C端)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCCATTCTATTCATTTCTTTGATCCTG(SEQ ID NO：310)GAGAGCGGCCGCTTAGAAGCCAACATAGCCTCC(SEQ ID NO：311)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：312所示DNA序列，其编码表达PmpA的第438-982位氨基酸区段的74kD蛋白(691个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：313.

PmpF融合蛋白

PmpF是含有1034个氨基酸的112kD蛋白质，克隆自血清变型E。将PmpF蛋白质分成2个重叠片断，PmpF(N-端)和(C端)部分。

PmpF(N端)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCATGATTAAAAGAACTTCTCTATCC(SEQ ID NO：314)GAGAGCGGCCGCTTATAATTCTGCATCATCTTCTATGGC(SEQ ID NO：315)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：316所示DNA序列，编码表达PmpF的第1-499位氨基酸区段的69kD蛋白(646个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：317.

PmpF(C端)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCGACATACGAACTCTGATGGG(SEQ ID NO：318)GAGAGCGGCCGCTTAAAAGACCAGAGCTCCTCC(SEQ ID NO：319)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：320所示DNA序列，其编码表达PmpF的第466-1034位氨基酸区段的77kD蛋白(715个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：321.

PmDH融合蛋白

PmpH是含有1016个氨基酸的108kD蛋白质，克隆自血清变型E。将PmpH蛋白质分成2个重叠片断，PmpH(N-端)和(C端)部分。

PmpH(N端)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCATGCCTTTTTCTTTGAGATCTAC(SEQ ID NO：322)GAGAGCGGCCGCTTACACAGATCCATTACCGGACTG(SEQ ID NO：323)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：324所示DNA序列，编码表达PmpH的第1-484位氨基酸区段的64kD蛋白(631个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：325。供体系CHH037被发现对该蛋白质有反应性。

PmpH(C端)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCGATCCTGTAGTACAAAATAATTCAGC(SEQ ID NO：326)GAGAGCGGCCGCTTAAAAGATTCTATTCAAGCC(SEQ ID NO：327)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：328所示DNA序列，其编码表达PmpH的第449-1016位氨基酸区段的77kD蛋白(715个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：329。患者系CT12被发现具有响应该蛋白的反应性。

PmpB融合蛋白

PmpB是含有1750个氨基酸的183kD蛋白质，克隆自血清变型E。将PmpB蛋白质分成4个重叠片断，PmpB(1)，(2)，(3)和(4)。

PmpB(1)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCATGAAATGGCTGTCAGCTACTGCG(SEQ ID NO：330)GAGAGCGGCCGCTTACTTAATGCGAATTTCTTCAAG(SEQ ID NO：331)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：332所示DNA序列，编码表达PmpB的第1-372位氨基酸区段的53kD蛋白(518个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：333。

PmpB(2)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCGGTGACCTCTCAATTCAATCTTC(SEQ ID NO：334)GAGAGCGGCCGCTTAGTTCTCTGTTACAGATAAGGAGAC(SEQ ID NO：335)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：336所示DNA序列，编码表达PmpB的第330-767位氨基酸区段的60kD蛋白(585个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：337。来源于患者系CT1、CT3、CT4的细胞系对该重组pmpB蛋白质产生应答。

PmpB(3)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCGACCAACTGAATATCTCTGAGAAC(SEQ ID NO：338)GAGCGGCCGCTTAAGAGACTACGTGGAGTTCTG(SEQ ID NO：339)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：340所示DNA序列，编码表达PmpB的第732-1236位氨基酸区段的67kD蛋白(654个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：341。

PmpB(4)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCGGAACTATTGTGTTCTCTTCTG(SEQ ID NO：342)GAGAGCGGCCGCTTAGAAGATCATGCGAGCACCGC(SEQ ID NO：343)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：344所示DNA序列，编码表达PmpB的第1160-1750位氨基酸区段的76kD蛋白(700个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：345。

PmpC融合蛋白

PmpC是含有1774个氨基酸的187kD蛋白质，克隆自血清变型E/L2。将PmpC蛋白质分成3个重叠片断，PmpC(1)，(2)和(3)。

PmpC(1)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCATGAAATTTATGTCAGCTACTGC(SEQ ID NO：346)GAGAGCGGCCGCTTACCCTGTAATTCCAGTGATGGTC(SEQ ID NO：347)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：348所示DNA序列，编码表达PmpC的第1-340位氨基酸区段的51kD蛋白(487个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：349。

PmpC(2)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCGATACACAAGTATCAGAATCACC(SEQ ID NO：350)GAGAGCGGCCGCTTAAGAGGACGATGAGACACTCTCG(SEQ ID NO：351)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：352所示DNA序列，编码表达PmpC的第305-741位氨基酸区段的60kD蛋白(583个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：353。

PmpC(3)用如下有义和反义引物扩增：所述引物分别是GAGAGCGGCCGCTCGATCAATCTAACGAAAACACAGACG(SEQ ID NO：354)GAGAGCGGCCGCTTAGACCAAAGCTCCATCAGCAAC(SEQ ID NO：355)。所获融合构建体具有SEQ ID NO：356所示DNA序列，编码表达PmpC的第714-1250位氨基酸区段的70kD蛋白(683个氨基酸)。该融合蛋白的氨基酸序列显示在SEQ ID NO：357。

实施例11

CT622的免疫原性

从两名衣原体感染患者制备得到衣原体特异性T细胞系，这些细胞系命名为CT1和CT13。这些T细胞系或者是针对感染了沙眼衣原体血清变型E72小时的单核细胞来源的树突细胞制备的(CT1-ERB)或是针对杀死的血清变型E原生小体(EB)制备的(CT13-EEB)。一旦制备后，在增殖试验中针对重组衣原体特异性蛋白质CT622测试这些细胞系。通过如下方式进行增殖试验：在1×10⁴个单核细胞来源的树突细胞存在时用重组CT抗原(2μg/ml)或衣原体EB(1μg/ml)刺激2.5×10⁴个T细胞。在该试验中，孵育4天，用³H-胸苷脉冲最后18小时。

当用CT622、CT875和CT EB进行刺激时，细胞系CT1-ERB表现出显著高于培养基对照的增殖应答。当用CT622、CT875和CT EB刺激时，细胞系CT13-EEB表现出显著高于培养基对照的增殖应答(见图12)。

实施例12

克隆和表达全长沙眼衣原体基因CT611、ORF3和OppA1

对含有基因CT611、ORF-3和OppA1的克隆进行全长开发阅读框的重组蛋白质表达。含有目的基因的克隆是编码4个ORF(CT474，CT473，CT060和CT139)的CtL2-8(SEQ ID NO：285)、编码CT610和CT611的ORF的CtL2-10(SEQ ID NO：284)，以及均含有与ORF-3相关的序列的克隆16CtL2-16(SEQ ID NO：47)、16-D4-22(SEQ ID NO：119)和19-A5-54(SEQ ID NO：84)。通过T细胞表达克隆方法还独立地鉴定了CtL2-10(Ct-610)和CtL2-16(ORF-3)中的序列。由于克隆CtL2-8刺激针对血清变型E制备的两个T细胞系产生增殖应答和IFN-γ生产，故对该克隆进行了进一步研究。

克隆序列的克隆和表达：

CtL2-10被发现编码2个开放阅读框(ORF)，CT610和CT611，这些ORF被发现在基因组克隆中彼此相邻排列。CT610的全长ORF(含有PQQ合成域)先前已得以表达，并且被证实可以刺激抗衣原体产生的T细胞系的增殖应答。为了确定第二个ORF(CT611)是否也能被T细胞识别，PCR扩增CT611的全长序列并对其进行工程化用于蛋白表达。其核苷酸序列公开在SEQ ID NO：361中，相应氨基酸序列公开在SEQ ID NO：365中。

第二个血清学克隆CtL2-8被发现含有4个ORF(CT474，CT473，CT060和CT139)。三个最小预测ORF(CT474、CT473和CT060)的重叠肽不刺激T细胞系的增殖应答。这提示，免疫刺激性抗原位于第4个ORF(CT139)中。CT139的ORF为大约450个核苷酸。全长核苷酸序列公开在SEQ ID NO：359中，而全长氨基酸序列公开在SEQ ID NO：363中。与GenBank的氨基酸比较揭示，其是寡肽结合蛋白(oppA1)并且其属于肽ABC转运体家族。该蛋白长462个氨基酸，具有预测的48.3kDa大小，并似乎含有2个跨膜区域。

为了表达oppA1的全长序列，设计引物特异地扩增从第22位氨基酸起始的序列(缺少第一个跨膜域)，其核苷酸序列公开在SEQ ID NO：358中，其氨基酸序列公开SEQ ID NO：362中。已经证实在大肠杆菌中该序列表达此蛋白质。

此外还获得ORF-3的全长克隆和重组蛋白质表达。核苷酸和氨基酸序列分别公开在SEQ ID NO：360和364中。

实施例13

T细胞系所识别的重组衣原体抗原

从如下供体产生患者T细胞系：CT1、CT2、CT3、CT4、CT5、CT6、CT7、CT8、CT9、CT10、CT11、CT12、CT13、CT14、CT15和CT16，其中一些见上述讨论。它们的详情总结在表V中。

NGU＝非淋球菌性尿道炎；BV＝细菌性阴道病；CT＝沙眼衣原体；Cp＝肺炎衣原体；Eb＝衣原体原生小体；HPV＝人乳头瘤病毒；Dx＝诊断；PID＝盆腔炎；LCR＝连接酶链式反应。

收集一系列供体的PBMC，并从其中的亚群制备T细胞系。下表中总结了3个这种T细胞系的详细情况。

供体CHH011是沙眼衣原体血清阴性的49岁健康女性供体。PBMC应答沙眼衣原体原生小体比应答肺炎衣原体原生小体产生更大量的IFN-γ，表明是沙眼衣原体特异性应答。供体CHHO37是沙眼衣原体血清阴性的22岁健康女性供体。PBMC应答沙眼衣原体原生小体比应答肺炎衣原体原生小体产生更大量的IFN-γ，说明此是沙眼衣原体特异性应答。CHHO42是对肺炎衣原体具有1:16的IgG效价的25岁健康女性供体。PBMC应答沙眼衣原体原生小体比应答肺炎衣原体原生小体产生更大量的IFN-γ，说明此是沙眼衣原体特异性应答。

按上述制备几个沙眼衣原体基因的重组蛋白。MOMP的序列来源于血清变型F。基因CT875、CT622、pmp-B-2、pmpA和CT529来源于血清变型E，而gro-EL、Swib、pmpD、pmpG、TSA、CT610、pmpC、pmpE、S13、lpdA、pmpI和pmpH-C基因的序列来源于LII。

针对这些重组衣原体蛋白质，测试上述几个患者和供体系。表IV总结了T细胞对这些重组衣原体蛋白质的应答结果。

尽管为了清楚理解的目的本发明通过举例说明和实施例的方式进行了相当详细的描述，但可以进行修改和改变而不偏离本发明的范围，本发明的范围旨在仅受所附权利要求范围的限制。

序列表

<110>Corixa Corporation

Fling，Steven P.

Skeiky，Yasir A.W.

Probst，Peter

Bhatia，Ajay

<120>用于治疗和诊断衣原体感染的化合物和方法

<130>210121.46902PC

<140>PCT

<141>2001-07-20

<160>599

<170>FastSEQ for Windows Version 3.0/4.0

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉沙眼衣原体D血清变型

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〈213〉肺炎衣原体

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〈213〉肺炎衣原体

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〈213〉肺炎衣原体

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〈213〉肺炎衣原体

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〈213〉沙眼衣原体血清变型D

<400>599

Claims

1.用于在动物中引起免疫应答的组合物，包含编码免疫原性衣原体抗原蛋白质的分离的多核苷酸序列，所述蛋白质包含SEQ IDNO:431的序列或者其变体，该变体与SEQ ID NO:431的序列具有至少90％的序列一致性，该序列一致性是通过在SEQ ID NO:431序列全长的比较窗内比较这两个最佳比对的序列来确定的。

2.根据权利要求1的组合物，其中所述多核苷酸包含SEQ IDNO:407的序列。

3.用于在动物中引起免疫应答的组合物，包含分离的免疫原性衣原体抗原蛋白质，所述蛋白质包含SEQ ID NO:431的序列或者其变体，该变体与SEQ ID NO:431的序列具有至少90％的序列一致性，该序列一致性是通过在SEQ ID NO:431序列全长的比较窗内比较这两个最佳比对的序列来确定的。

4.权利要求3的组合物，其中所述蛋白质包含与SEQ ID NO:431有至少99％一致性的序列，该一致性是通过在SEQ ID NO:431序列全长的比较窗内比较这两个最佳比对的序列来确定的。

5.权利要求4的组合物，其中所述蛋白质包含SEQ ID NO:431的序列。

6.权利要求5的组合物，其中所述蛋白质由SEQ ID NO:431的序列构成。

7.权利要求1-6任一项的组合物，其是进一步包含免疫刺激剂的疫苗组合物。

8.权利要求1-6任一项的组合物，其是进一步包含生理可接受载体的药物组合物。

9.权利要求1-6任一项的组合物用于制备疫苗的用途，其中所述疫苗用于在患者中刺激对抗衣原体感染的保护性免疫。

10.权利要求1-6任一项的组合物用于制备药物的用途，其中所述药物用于治疗患者衣原体感染。