PL189374B1 - Izolowana cząsteczka kwasu nukleinowego i jej zastosowanie - Google Patents
Izolowana cząsteczka kwasu nukleinowego i jej zastosowanieInfo
- Publication number
- PL189374B1 PL189374B1 PL97366359A PL36635997A PL189374B1 PL 189374 B1 PL189374 B1 PL 189374B1 PL 97366359 A PL97366359 A PL 97366359A PL 36635997 A PL36635997 A PL 36635997A PL 189374 B1 PL189374 B1 PL 189374B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- omp106
- catarrhalis
- polypeptide
- sequence
- seq
- Prior art date
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims description 34
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims description 30
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims description 30
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 214
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims abstract description 199
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims abstract description 196
- 241000588655 Moraxella catarrhalis Species 0.000 claims abstract description 122
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims abstract description 24
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 9
- 230000003067 hemagglutinative effect Effects 0.000 claims description 25
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 claims description 19
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 claims description 17
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 16
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims description 14
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 11
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 11
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 9
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 6
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 5
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims description 5
- 102000003505 Myosin Human genes 0.000 claims description 4
- 108060008487 Myosin Proteins 0.000 claims description 4
- 102000005936 beta-Galactosidase Human genes 0.000 claims description 4
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 claims description 4
- 210000002027 skeletal muscle Anatomy 0.000 claims description 4
- 238000000034 method Methods 0.000 abstract description 33
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 abstract description 11
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 abstract description 6
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 abstract description 4
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 abstract description 3
- 230000028993 immune response Effects 0.000 abstract description 2
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 abstract description 2
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 abstract description 2
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 abstract 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 64
- 230000035931 haemagglutination Effects 0.000 description 46
- 101710116435 Outer membrane protein Proteins 0.000 description 44
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 43
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 38
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 33
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 30
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 30
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 26
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 25
- HEGSGKPQLMEBJL-RKQHYHRCSA-N octyl beta-D-glucopyranoside Chemical compound CCCCCCCCO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O HEGSGKPQLMEBJL-RKQHYHRCSA-N 0.000 description 24
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 21
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 19
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 18
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 17
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 15
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 14
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 14
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 14
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 13
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 13
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 13
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 12
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 12
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 12
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 12
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 12
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 11
- 229930186217 Glycolipid Natural products 0.000 description 10
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 9
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 9
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 9
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 8
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 8
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 8
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 8
- HVCOBJNICQPDBP-UHFFFAOYSA-N 3-[3-[3,5-dihydroxy-6-methyl-4-(3,4,5-trihydroxy-6-methyloxan-2-yl)oxyoxan-2-yl]oxydecanoyloxy]decanoic acid;hydrate Chemical compound O.OC1C(OC(CC(=O)OC(CCCCCCC)CC(O)=O)CCCCCCC)OC(C)C(O)C1OC1C(O)C(O)C(O)C(C)O1 HVCOBJNICQPDBP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 239000002033 PVDF binder Substances 0.000 description 7
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 7
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 7
- BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N Silver Chemical compound [Ag] BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 7
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 7
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 7
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 7
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 7
- 229920002981 polyvinylidene fluoride Polymers 0.000 description 7
- 235000019419 proteases Nutrition 0.000 description 7
- 229910052709 silver Inorganic materials 0.000 description 7
- 239000004332 silver Substances 0.000 description 7
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 7
- 208000002109 Argyria Diseases 0.000 description 6
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 6
- 101100173636 Rattus norvegicus Fhl2 gene Proteins 0.000 description 6
- 230000004520 agglutination Effects 0.000 description 6
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 6
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 6
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 6
- 239000013599 cloning vector Substances 0.000 description 6
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 6
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 6
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 6
- 238000002264 polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 6
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 6
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 5
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 5
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 5
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 5
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 5
- 235000013351 cheese Nutrition 0.000 description 5
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 5
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 5
- 230000001492 haemagglutinating effect Effects 0.000 description 5
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 5
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 5
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 5
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 5
- 241000894007 species Species 0.000 description 5
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 5
- 241000588650 Neisseria meningitidis Species 0.000 description 4
- 108010065081 Phosphorylase b Proteins 0.000 description 4
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 4
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 4
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 4
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 4
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 4
- 150000002772 monosaccharides Chemical class 0.000 description 4
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 4
- -1 of which 6-8 Proteins 0.000 description 4
- OIPPWFOQEKKFEE-UHFFFAOYSA-N orcinol Chemical compound CC1=CC(O)=CC(O)=C1 OIPPWFOQEKKFEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 4
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 4
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 3
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 3
- 239000012591 Dulbecco’s Phosphate Buffered Saline Substances 0.000 description 3
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 3
- WZZSKAJIHTUUSG-ACZMJKKPSA-N Glu-Ala-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WZZSKAJIHTUUSG-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 101000692259 Homo sapiens Phosphoprotein associated with glycosphingolipid-enriched microdomains 1 Proteins 0.000 description 3
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 3
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000588622 Moraxella bovis Species 0.000 description 3
- 241000588653 Neisseria Species 0.000 description 3
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 3
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 3
- 102100026066 Phosphoprotein associated with glycosphingolipid-enriched microdomains 1 Human genes 0.000 description 3
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 3
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 3
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 3
- 108010072041 arginyl-glycyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 3
- 108010047857 aspartylglycine Proteins 0.000 description 3
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 3
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 3
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 3
- 229920001519 homopolymer Polymers 0.000 description 3
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 3
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 3
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 3
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 3
- 244000000010 microbial pathogen Species 0.000 description 3
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 3
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 3
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 230000004044 response Effects 0.000 description 3
- 239000012723 sample buffer Substances 0.000 description 3
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 3
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 3
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 2
- 102000007698 Alcohol dehydrogenase Human genes 0.000 description 2
- 108010021809 Alcohol dehydrogenase Proteins 0.000 description 2
- PFOYSEIHFVKHNF-FXQIFTODSA-N Asn-Ala-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O PFOYSEIHFVKHNF-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108090000317 Chymotrypsin Proteins 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 241000283073 Equus caballus Species 0.000 description 2
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 2
- 108010051815 Glutamyl endopeptidase Proteins 0.000 description 2
- SCCPDJAQCXWPTF-VKHMYHEASA-N Gly-Asp Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O SCCPDJAQCXWPTF-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- CCQOOWAONKGYKQ-BYPYZUCNSA-N Gly-Gly-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)CNC(=O)CN CCQOOWAONKGYKQ-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- QITBQGJOXQYMOA-ZETCQYMHSA-N Gly-Gly-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)CN QITBQGJOXQYMOA-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 2
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 description 2
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 description 2
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 206010024971 Lower respiratory tract infections Diseases 0.000 description 2
- 241000192041 Micrococcus Species 0.000 description 2
- 241000588621 Moraxella Species 0.000 description 2
- 241000588629 Moraxella lacunata Species 0.000 description 2
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 2
- 101100425739 Mus musculus Tnnc1 gene Proteins 0.000 description 2
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 2
- 102000006601 Thymidine Kinase Human genes 0.000 description 2
- 108020004440 Thymidine kinase Proteins 0.000 description 2
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 2
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 2
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000700618 Vaccinia virus Species 0.000 description 2
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 2
- WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N alpha-D-galactose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N 0.000 description 2
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 2
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 2
- 210000001106 artificial yeast chromosome Anatomy 0.000 description 2
- MSWZFWKMSRAUBD-UHFFFAOYSA-N beta-D-galactosamine Natural products NC1C(O)OC(CO)C(O)C1O MSWZFWKMSRAUBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 239000006161 blood agar Substances 0.000 description 2
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 2
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 2
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 2
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 2
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 2
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 2
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 2
- 239000003638 chemical reducing agent Substances 0.000 description 2
- 229960002376 chymotrypsin Drugs 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 2
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 229930182830 galactose Natural products 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 2
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 2
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 2
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 2
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 2
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 239000000787 lecithin Substances 0.000 description 2
- 235000010445 lecithin Nutrition 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N methanoic acid Natural products OC=O BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 2
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 2
- YFCUZWYIPBUQBD-ZOWNYOTGSA-N n-[(3s)-7-amino-1-chloro-2-oxoheptan-3-yl]-4-methylbenzenesulfonamide;hydron;chloride Chemical compound Cl.CC1=CC=C(S(=O)(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)CCl)C=C1 YFCUZWYIPBUQBD-ZOWNYOTGSA-N 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 2
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 2
- 108010079892 phosphoglycerol kinase Proteins 0.000 description 2
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 230000002797 proteolythic effect Effects 0.000 description 2
- 230000002685 pulmonary effect Effects 0.000 description 2
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 2
- 238000013207 serial dilution Methods 0.000 description 2
- 235000021309 simple sugar Nutrition 0.000 description 2
- 230000003068 static effect Effects 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 150000004044 tetrasaccharides Chemical class 0.000 description 2
- 238000004809 thin layer chromatography Methods 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 2
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 2
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- NHBKXEKEPDILRR-UHFFFAOYSA-N 2,3-bis(butanoylsulfanyl)propyl butanoate Chemical compound CCCC(=O)OCC(SC(=O)CCC)CSC(=O)CCC NHBKXEKEPDILRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MSWZFWKMSRAUBD-GASJEMHNSA-N 2-amino-2-deoxy-D-galactopyranose Chemical compound N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MSWZFWKMSRAUBD-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- KJDSORYAHBAGPP-UHFFFAOYSA-N 4-(3,4-diaminophenyl)benzene-1,2-diamine;hydron;tetrachloride Chemical compound Cl.Cl.Cl.Cl.C1=C(N)C(N)=CC=C1C1=CC=C(N)C(N)=C1 KJDSORYAHBAGPP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 4-(3-methoxyphenyl)aniline Chemical compound COC1=CC=CC(C=2C=CC(N)=CC=2)=C1 OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QCVGEOXPDFCNHA-UHFFFAOYSA-N 5,5-dimethyl-2,4-dioxo-1,3-oxazolidine-3-carboxamide Chemical compound CC1(C)OC(=O)N(C(N)=O)C1=O QCVGEOXPDFCNHA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- JBGSZRYCXBPWGX-BQBZGAKWSA-N Ala-Arg-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C)CCCN=C(N)N JBGSZRYCXBPWGX-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- MNZHHDPWDWQJCQ-YUMQZZPRSA-N Ala-Leu-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O MNZHHDPWDWQJCQ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 1
- 108010037833 Bacterial Adhesins Proteins 0.000 description 1
- 102100021277 Beta-secretase 2 Human genes 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 238000009631 Broth culture Methods 0.000 description 1
- 101100228200 Caenorhabditis elegans gly-5 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000003846 Carbonic anhydrases Human genes 0.000 description 1
- 108090000209 Carbonic anhydrases Proteins 0.000 description 1
- 241000701489 Cauliflower mosaic virus Species 0.000 description 1
- 241000700199 Cavia porcellus Species 0.000 description 1
- 241000761389 Copa Species 0.000 description 1
- 101150036540 Copb1 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000004971 Cross linker Substances 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N D-mannopyranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 108090000204 Dipeptidase 1 Proteins 0.000 description 1
- 108010000912 Egg Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000002322 Egg Proteins Human genes 0.000 description 1
- 101710204837 Envelope small membrane protein Proteins 0.000 description 1
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 108010001515 Galectin 4 Proteins 0.000 description 1
- 102100039556 Galectin-4 Human genes 0.000 description 1
- 108700028146 Genetic Enhancer Elements Proteins 0.000 description 1
- 101000597577 Gluconacetobacter diazotrophicus (strain ATCC 49037 / DSM 5601 / CCUG 37298 / CIP 103539 / LMG 7603 / PAl5) Outer membrane protein Proteins 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BRFJMRSRMOMIMU-WHFBIAKZSA-N Gly-Ala-Asn Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O BRFJMRSRMOMIMU-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- XQHSBNVACKQWAV-WHFBIAKZSA-N Gly-Asp-Asn Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O XQHSBNVACKQWAV-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- XBWMTPAIUQIWKA-BYULHYEWSA-N Gly-Asp-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)CN XBWMTPAIUQIWKA-BYULHYEWSA-N 0.000 description 1
- CUVBTVWFVIIDOC-YEPSODPASA-N Gly-Thr-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)CN CUVBTVWFVIIDOC-YEPSODPASA-N 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 101710154606 Hemagglutinin Proteins 0.000 description 1
- 241000405147 Hermes Species 0.000 description 1
- QICVAHODWHIWIS-HTFCKZLJSA-N Ile-Ala-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)O)N QICVAHODWHIWIS-HTFCKZLJSA-N 0.000 description 1
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- VWHGTYCRDRBSFI-ZETCQYMHSA-N Leu-Gly-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)NCC(O)=O VWHGTYCRDRBSFI-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 208000019693 Lung disease Diseases 0.000 description 1
- HGNRJCINZYHNOU-LURJTMIESA-N Lys-Gly Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O HGNRJCINZYHNOU-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 101710145006 Lysis protein Proteins 0.000 description 1
- 101001018085 Lysobacter enzymogenes Lysyl endopeptidase Proteins 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 108090000157 Metallothionein Proteins 0.000 description 1
- 241001148188 Moraxella ovis Species 0.000 description 1
- 102000016943 Muramidase Human genes 0.000 description 1
- 108010014251 Muramidase Proteins 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N N-Acetyl-D-Galactosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@@H](O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N 0.000 description 1
- 108010062010 N-Acetylmuramoyl-L-alanine Amidase Proteins 0.000 description 1
- MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N N-acetyl-D-galactosamine Natural products CC(=O)NC(C=O)C(O)C(O)C(O)CO MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000588652 Neisseria gonorrhoeae Species 0.000 description 1
- 206010033078 Otitis media Diseases 0.000 description 1
- 101710093908 Outer capsid protein VP4 Proteins 0.000 description 1
- 101710135467 Outer capsid protein sigma-1 Proteins 0.000 description 1
- 108010058846 Ovalbumin Proteins 0.000 description 1
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 1
- 241000009328 Perro Species 0.000 description 1
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 1
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710176177 Protein A56 Proteins 0.000 description 1
- 102000002067 Protein Subunits Human genes 0.000 description 1
- 108010001267 Protein Subunits Proteins 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 206010057190 Respiratory tract infections Diseases 0.000 description 1
- 108010003581 Ribulose-bisphosphate carboxylase Proteins 0.000 description 1
- 241000714474 Rous sarcoma virus Species 0.000 description 1
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- 101710162629 Trypsin inhibitor Proteins 0.000 description 1
- 229940122618 Trypsin inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 206010046306 Upper respiratory tract infection Diseases 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- 230000001464 adherent effect Effects 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000001261 affinity purification Methods 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- 210000005058 airway cell Anatomy 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- 108010044940 alanylglutamine Proteins 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000000844 anti-bacterial effect Effects 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 238000013475 authorization Methods 0.000 description 1
- 230000010065 bacterial adhesion Effects 0.000 description 1
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 1
- 239000013602 bacteriophage vector Substances 0.000 description 1
- MSWZFWKMSRAUBD-QZABAPFNSA-N beta-D-glucosamine Chemical compound N[C@H]1[C@H](O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O MSWZFWKMSRAUBD-QZABAPFNSA-N 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000006635 beta-lactamase Human genes 0.000 description 1
- 230000008275 binding mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 1
- 208000002352 blister Diseases 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 239000005018 casein Substances 0.000 description 1
- BECPQYXYKAMYBN-UHFFFAOYSA-N casein, tech. Chemical compound NCCCCC(C(O)=O)N=C(O)C(CC(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CC(C)C)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(CC(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(C(C)O)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=O)N=C(O)C(COP(O)(O)=O)N=C(O)C(CCC(O)=N)N=C(O)C(N)CC1=CC=CC=C1 BECPQYXYKAMYBN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000021240 caseins Nutrition 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 239000007330 chocolate agar Substances 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000003936 denaturing gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000001085 differential centrifugation Methods 0.000 description 1
- MOTZDAYCYVMXPC-UHFFFAOYSA-N dodecyl hydrogen sulfate Chemical compound CCCCCCCCCCCCOS(O)(=O)=O MOTZDAYCYVMXPC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940043264 dodecyl sulfate Drugs 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 235000014103 egg white Nutrition 0.000 description 1
- 210000000969 egg white Anatomy 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 1
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 235000019253 formic acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 238000010230 functional analysis Methods 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- 108010008385 glycolipid receptor Proteins 0.000 description 1
- 210000003714 granulocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 1
- 239000000185 hemagglutinin Substances 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000009215 host defense mechanism Effects 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 125000001183 hydrocarbyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 230000014726 immortalization of host cell Effects 0.000 description 1
- 238000003125 immunofluorescent labeling Methods 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 238000000099 in vitro assay Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002540 isothiocyanates Chemical class 0.000 description 1
- 108010044311 leucyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 1
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 229960000274 lysozyme Drugs 0.000 description 1
- 235000010335 lysozyme Nutrition 0.000 description 1
- 239000004325 lysozyme Substances 0.000 description 1
- 108010064235 lysylglycine Proteins 0.000 description 1
- 108010054155 lysyllysine Proteins 0.000 description 1
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- WPBNNNQJVZRUHP-UHFFFAOYSA-L manganese(2+);methyl n-[[2-(methoxycarbonylcarbamothioylamino)phenyl]carbamothioyl]carbamate;n-[2-(sulfidocarbothioylamino)ethyl]carbamodithioate Chemical compound [Mn+2].[S-]C(=S)NCCNC([S-])=S.COC(=O)NC(=S)NC1=CC=CC=C1NC(=S)NC(=O)OC WPBNNNQJVZRUHP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- FQXXSQDCDRQNQE-UHFFFAOYSA-N markiertes Thebain Natural products COC1=CC=C2C(N(CC3)C)CC4=CC=C(OC)C5=C4C23C1O5 FQXXSQDCDRQNQE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 1
- 125000002347 octyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 230000007918 pathogenicity Effects 0.000 description 1
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 235000020030 perry Nutrition 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000243 photosynthetic effect Effects 0.000 description 1
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 1
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 1
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 1
- 230000001124 posttranscriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 1
- 230000009145 protein modification Effects 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 1
- 230000007115 recruitment Effects 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 1
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 1
- 230000000241 respiratory effect Effects 0.000 description 1
- 210000002345 respiratory system Anatomy 0.000 description 1
- 208000020029 respiratory tract infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000007790 scraping Methods 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 201000009890 sinusitis Diseases 0.000 description 1
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000000856 sucrose gradient centrifugation Methods 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 229930003945 thebaine Natural products 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 210000005092 tracheal tissue Anatomy 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 230000017105 transposition Effects 0.000 description 1
- 239000002753 trypsin inhibitor Substances 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- AQLJVWUFPCUVLO-UHFFFAOYSA-N urea hydrogen peroxide Chemical compound OO.NC(N)=O AQLJVWUFPCUVLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 1
- 230000001018 virulence Effects 0.000 description 1
- 239000000304 virulence factor Substances 0.000 description 1
- 230000007923 virulence factor Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
- C07K14/21—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Pseudomonadaceae (F)
- C07K14/212—Moraxellaceae, e.g. Acinetobacter, Moraxella, Oligella, Psychrobacter
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/04—Antibacterial agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/12—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria
- C07K16/1203—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria from Gram-negative bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/12—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria
- C07K16/1203—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria from Gram-negative bacteria
- C07K16/1214—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria from Gram-negative bacteria from Pseudomonadaceae (F)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/12—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria
- C07K16/1203—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria from Gram-negative bacteria
- C07K16/1217—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria from Gram-negative bacteria from Neisseriaceae (F)
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
- C07K2317/73—Inducing cell death, e.g. apoptosis, necrosis or inhibition of cell proliferation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
- C07K2317/73—Inducing cell death, e.g. apoptosis, necrosis or inhibition of cell proliferation
- C07K2317/734—Complement-dependent cytotoxicity [CDC]
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Public Health (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Oncology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Izolowana czasteczka kwasu nukleinowego, znamienna tym, ze zawiera sekwen- cje nuleotydowa kodujaca polipeptyd OMP106, który jest polipeptydem blony zewnetrznej Moraxella catarrhalis i ma mase czasteczkowa okolo 180000 do okolo 230000, jak okre- slono przez elektroforeze w zelu poliakryloamidowym z SDS przy uzyciu miozyny miesnia szkieletowego królika i ß-galaktozydazy E. coli jako standardów masy czasteczkowej o od- powiednio 200000 i 116250 i który zawiera sekwencje SEQ ID nr: 1 Iub SEQ ID nr: 1 i SEQ ID nr: 2. 3. Zastosowanie czasteczki kwasu nukleinowego opisanej w zastrz. 1, do wytwarza- nia kompozycji do zastosowania w identyfikacji Iub diagnozowaniu infekcji M. catarrhalis. 4. Izolowana czasteczka kwasu nukleinowego znamienna tym, ze zawiera sekwen- cje nukleotydowa kodujaca peptyd o sekwencji SEQ ID nr: 1. 6. Zastosowanie czasteczki kwasu nukleinowego opisanej w zastrz. 4, do wytwarza- nia kompozycji do zastosowania w identyfikacji Iub diagnozowaniu infekcji M. catarrhalis. 7. Izolowana czasteczka kwasu nukleinowego kodujaca polipeptyd ONIPIO6 , zna- mienna tym, ze zawiera sekwencje nukleotydowa, która hybrydyzuje w bardzo surowych warunkach z sekwencja o SEQ ID nr: 4 Iub sekwencja komplementarna SEQ ID nr: 4. 10. Zastosowanie czasteczki kwasu nukleinowego opisanej w zastrz. 7, do wytwarza- nia kompozycji do zastosowania w identyfikacji Iub diagnozowaniu infekcji M. catarrhalis. PL PL PL
Description
Przedmiotem wynalazku jest izolowana cząsteczka kwasu nukleinowego, która koduje polipeptyd OMP106 błony zewnętrznej Moraxella catarrhalis, jak również jej zastosowanie do wytwarzania leku do leczenia Iub zapobiegania infekcji M. catarrhalis u ssaków.
Moraxella catarrhalis, znana także jako Moraxella (Branhamella) catarrhalis Iub Branhamella catarrhalis, a wcześniej znana jako Neisseria catarrhalis Iub Micrococcus catarrhalis, jest gram-ujemną bakterią często występującą w drogach oddechowych ludzi. M. catarrhalis, którą uważano początkowo za nieszkodliwy organizm komensalny, obecnie uznaje się za istotny patogen infekcji górnych i dolnych dróg oddechowych u zwierząt. U ludzi M. catarrhalis powoduje poważne infekcje dolnych dróg oddechowych dorosłych z przewlekłymi chorobami płuc, infekcje układowe u pacjentów z obniżoną odpornością oraz zapalenie ucha środkowego i zapalenie zatok u niemowląt i dzieci. Patrz Helminen i in., 1993, Infect Immun. 61: 2003-2010; B. W. Catlin, 1990, Clin. Microbiol. Pmv. 3:293-320; oraz odnośniki tu cytowane.
Składniki powierzchni zewnętrznej Moraxella catarrhalis studiowano w celu zrozumienia patogenicznego procesu infekcji M. catarrhalis oraz w celu wykorzystania użytecznych działań terapeutycznych i pomiarów profilaktycznych przeciw takim infekcjom. Białka błony zewnętrznej (OMP) w szczególności zwracały uwagę jako możliwe czynniki wirulencji i jako potencjalne antygeny szczepionki. M. catarrhalis posiada około 10-20 różnych OMP, przy czym 6-8 z nich, OMP od A do H są rodzajami najpowszechniejszymi (Murphy i Loeb, 1989, Microbial Pathogen. 6: 159-174). Masy cząsteczkowe OMP A-H wynoszą odpowiednio od 97
189 374 do 20 kDa. Patrz Bartos i Murphy, 1988, J. Infect. Dis. 158: 761-765; Helminen i in., 1993, Infect. Immun. 61: 2003-2010; Murphy i in., 1993, Molecul. Microbiol., 10: 87-97; oraz Sarwar i in., 1992, Infect. Immun. 60: 804-809. Porównanie profili białek za pomocą elektroforezy w żelu poliakrylamidowym z dodecylosiarczanem sodu (SDS-PAGE) preparatów błony zewnętrznej od 50 szczepów M. catarrhalis, wykazały prawie jednorodne wzory OMP A-H (Bartos i Murphy, 1988, J. Infect. Dis. 158: 761-765).
Poza OMP A do H zidentyfikowano także OMP o dużej masie cząsteczkowej, oznaczone HMW-OMP, posiadające znaczną masę, wynoszącą 350-720 kDa w SDS-PAGE, jako inny uwydatniający się składnik powierzchniowy obecny w wielu szczepach M. catarrhalis. HMWOMP poddany denaturacji kwasem mrówkowym wytwarza pojedynczą wstęgę o 120-140 kDa, a więc jak okazuje się, jest białkiem oligomerycznym (Klingman i Murphy, 1994, Infect. Immun. 62: 1150-1155). Okazuje się, że HMW-OMP jest tym samym białkiem, co oznaczone przez Helminena i in. UspA, 1994, J. Infect. Dis. 170: 867-872) i wykazano, że jest obecne w licznych szczepach M. catarrhalis.
W całych bakteriach lub pęcherzykach błony zewnętrznej pochodzącej od bakterii, kilka z powyżej określonych OMP prezentuje epitopy o ekspozycji powierzchniowej, które wywołują wytwarzanie przeciwciał, wiążących OMP. Te antygenne OMP obejmują OMP E i OMP G (Murphy i Bartos, 1989, Infect. Immun. 57: 2938-2941); OMPC/D (Sarwar i in., 1992, Infect. Immun. 60: 804-809); CoB, OMP o 80 kDa, (Helminen i in., 1993, Infect. Immun. 61: 2003-2010); oraz UspA (Helminen i in., 1994, J. Infect. Dis. 170: 867-872).
Możliwości lecznicze przeciwciał wobec epitopów o ekspozycji powierzchniowej CopB i UspA oceniono na modelu zwierzęcym. Model obejmował bezpośrednie zaszczepienie płuca myszy BALB/c VAF/Plus w jednej dużej dawce, kontrolowaną ilością komórek M. catarrhalis i następnie badanie tempa klirensu płucnego bakterii (Unhanand i in., 1992, J. Infect. Dis. 165: 644-650). Różne izolaty kliniczne* M. catarrhalis wykazywały różne tempa klirensu, które korelowały z poziomem rekrutacji granulocytów do miejsca infekcji. Immunizacja bierna przeciwciałem monoklonalnym skierowanym do epitopu o ekspozycji powierzchniowej albo Copa, albo UspA zwiększała tempo klirensu płucnego M catarrhalis (Helminen i in., 1993, Infect. Immun. 61: 2003-2010; Helminen i in., 1994, J. Infect. Dis. 170: 867-872).
Przyleganie patogenów bakteryjnych do powierzchni komórkowej gospodarza pobudza kolonizację i początkuje patogenezę. Patrz. E. H. Beachey, 1981, J. Infect. Dis. 143: 325-345. Gram-ujemne bakterie zwykle wykazują ekspresję lecytyn powierzchniowych, które wiążą się ze specyficznymi oligosacharydami glikoprotein i/lub glikolipidów na powierzchni komórkowej gospodarza. Takie lecytyny są często związane z piliami Iub fimbriami. Przyleganie bakterii może także występować przy nie-specyficznym wiązaniu wynikającym z interakcji hydrofobowych i/lub ładunkowych z powierzchnią komórkową gospodarza.
Mechanizm przylegania M. catarrhalis do komórek dróg oddechowych pozostaje słabo zrozumiany. Organizm przylega do hodowanych komórek nabłonka części ustnej gardła człowieka (Mbaki i in., 1987, Tohuku J. Exp. Med. 153: 111-121). Badania Rikitomi'ego i in., sugerują, że w przyleganiu do takich komórek mogą grać rolę fimbrie, jako że denaturacja fimbrii Iub traktowanie przeciwciałami anty-fimbriom zmniejsza przyleganie u szczepów z fimbriami (Rikitomi i in., 1991, Scand. J. Infect. Dis. 23: 559-587). Jednak wiązanie, w którym pośredniczą fimbrie, nie może być jedyną podstawą tego przylegania, jako że szczepy najbardziej przylegające, wśród kilku badanych, były szczepami bez fimbrii.
W klasyfikacji adhezyn bakteryjnych reakcje hemaglutynacji często zastępują bardziej skomplikowane testy przylegania. Jednakże, Rikitomi i in. odkryli brak korelacji między przyleganiem do ludzkich komórek nabłonka części ustnej gardła i hemaglutynacją u szczepów M. catarrhalis (jak wyżej). To jest trzy szczepy o wysokim stopniu przylegania nie ulegają aglutynacji z erytrocytami człowieka. Tak więc, różne mechanizmy wiązania angażują się w przyleganie i hemaglutynację ludzkich komórek nabłonka ustnej części gardła.
Przeciwnie, 'ostatnie badanie Kellensa i in., sugeruje, że hemaglutynacja M catarrhalis jest skorelowana z przyleganiem do komórek gospodarza (Kellens i in., 1995, Infection 23: 37-41). Jednak badanie to wykorzystywało test przylegania na podstawie wiązania bakterii do skrawków tchawicy świni. Nie jest oczywiste, czy tkankę tchawicy świni można uznać za
189 374 homologiczną z tkanką układu oddechowego człowieka pod względem przylegania patogennych szczepów M. catarrhalis.
Nie zważając na problematyczne oznaczenie przylegania, Kellens i in. przebadali aktywność hamaglutynacji osiemdziesięciu kilku izolatów klinicznych M. catarrhalis (Kellens i in., 1995, Infection 23: 37-41). Prawie trzy czwarte badanych szczepów ulegało aglutynacji z erytrocytami ludzkimi, króliczymi, świnki morskiej, psimi Iub szczurzymi, podczas gdy pozostałe szczepy nie. Aktywność aglutynacji dla niektórych szczepów hemaglutynujących scharakteryzowano dalej i wykazano, że jest ona zależna od jonów wapnia i hamowana przez trawienie trypsyną lub przez traktowanie wysoką temperaturą, albo dodanie D-glukozaminy Iub D-galaktozaminy.
Badanie hemaglutynujących i nie-hemaglutynujących szczepów M catarrhalis przez Tuckera i in. wykazało, że wszystkie szczepy wiążą glikolipid gangliotetraozyloceramid lecz tylko szczepy hemaglutynujące wiążą glikolipid globotetraozyloceramid (Tucker i in., 1994, Annual Meeting of Amer. Soc. Microbiol., skrót nr Dl 24). Ponadto, aktywność hemaglutynująca M. catarrhalis jak się okazało jest hamowana przez różne jednocukry·', które zawierają cząstkę węglowodorową globotetraozyloceramidu. Te obserwacje doprowadziły Tuckera i in. do wniosku, że M. catarrhalis hemaglutynuje przez wiązanie się z globotetraozyloceramidami w błonach komórkowych wrażliwych erytrocytów, także tymi z ludzkich krwinek czerwonych. Do dzisiaj nie zidentyfikowano cząsteczki na powierzchni zewnętrznej M catarrhalis odpowiedzialnej albo za przyleganie do komórki gospodarza, albo hemaglutynację.
Przytaczanie Iub określanie jakiegokolwiek odnośnika w tej części albo w jakiejkolwiek innej części tego zgłoszenia nie powinno być interpretowane jako wskazanie, że taki odnośnik jest dostępny jako wcześniejszy stan techniki dla niniejszego wynalazku.
Przedmiotem wynalazku jest izolowana cząsteczka kwasu nukleinowego, charakteryzująca się tym, że zawiera sekwencję nulkeotydową kodującą polipeptyd OMPIO 6, który jest polipeptydem błony zewnętrznej Moraxella catarrhalis i ma masę cząsteczkową około 180 kDa do około 230 kDa, jak określono przez elektroforezę w żelu poliakryloamidowym z SDS przy użyciu miozyny mięśnia szkieletowego królika i β-galaktozydazy E. coli jako standardów masy cząsteczkowej o odpowiednio 200 kDa i 116,25 kDa i który zawiera sekwencję SEQ ID nr: 1 lub SEQ ID nr: 1i SEQ D) nr: 2.
Korzystnie Moraxella catarrhalis jest odmianą hemaglutynującą.
Przedmiot wynalazku stanowi także izolowana cząsteczka kwasu nukleinowego charakteryzująca się tym, że zawiera sekwencję nukleotydową kodującą peptyd o sekwencji SEQ ID nr: 1.
Korzystnie Moraxella catarrhalis jest odmianą hemaglutynującą.
Przedmiotem wynalazku jest również izolowana cząsteczka kwasu nukleinowego kodująca polipeptyd OMPIO6 charakteryzująca się tym, że zawiera sekwencję nukleotydową, która hybrydyzuje w bardzo surowych warunkach z sekwencją o SEQ ID nr: 4 Iub sekwencją komplementarną SEQ ID nr: 4.
Korzystnie zawiera sekwencję SEQ ID nr: 4 Iub sekwencję komplementarną SEQ ID nr: 4.
Korzystnie Moraxella catarrhalis jest odmianą hemaglutynującą.
Wynalazek dotyczy również zastosowania cząsteczki kwasu nukleinowego do wytwarzania kompozycji do zastosowania w identyfikacji Iub diagnozowaniu infekcji M. catarrhalis.
Niniejszy wynalazek ma wiele zastosowań. Polipeptyd OMP106 i polipeptydy pochodzące od OMPIO6 można także stosować jako immunogeny do indukcji przeciwciał specyficznych wobec M. catarrhalis. Takie przeciwciała są użyteczne w oznaczeniach immunologicznych do wykrywania M. catarrhalis w próbkach biologicznych. Przeciwciała cytotoksy nalazku są pożyteczne w biernej immunizacji przeciw infekcjom M. catarrhalis.
Wynalazek opiera się na zaskakującym odkryciu, że hemaglutynujące szczepy i hodowle M. catarrhalis posiadają białko błony zewnętrznej, polipeptyd OMPIO6, którego masa wynosi około 180 kDa do około 230 kDa oraz że nie-hemaglutynujące szczepy i hodowle M. catarrhalis albo nie posiadają polipeptydu OMPIO6, albo posiadają nieodpowiednio zmodyfikowany polipeptyd OMPlOó, który jest nieaktywny pod względem hemaglutynacji i nie ulega barwieniu srebrem. Wynalazek opiera się dalej na odkryciu, że poliklonalna surowica odpornościowa wzbudzona przez polipeptyd OMP106 wyizolowany , Ί-1 7Λ/4 1~1-| ΌΠ7
VZxLIV WLUlUg Vvj189 374 z hemaglutynującego szczepu M. catarrhalis ma aktywność cytotoksyczną przeciw innemu szczepowi hemaglutymującemu M. catarrhalis lecz nie przeciw nie-hemaglutynującemu szczepowi M catarrhalis.
Definicje i skróty anty-OMP106 = przeciwciało lub surowica odpornościowa! przeciw’ f^olp^(C{ty/t^twv'i
OMP106
ATCC = pęcherzyki =
Gbą =
Ha = immunoreaktywny = kDa =
M catarrhalis =
NHA =
OG =
OMP106 = polipeptyd
Amerykański Zbiór Hodowłi Typowych naurralnie występujące pęcherzyki błony zewrnętrznej M. ccitarrhalis
GalNacP 1 -3Gala1-4Gaip 1 -4Glc 1 -1 Crnmiid hemaglutynejący zdobiy do wywOływaima komórkowej lc^b Ρκιπιοπύηςί odpowiedzii immunologicznej kioodaltony
Mc i MoraeeUa calart-halisi MoraeeUa (BranhameUa) (^atU^i^i^l^aiisi Branhamella catarrhalis; Neisseria catarrhalis łub Micrococcus catarrhalis ηϊ t-hec^m rg^uty^n nj ący
Ν-οΚ^ήο-β-ϋ-βΜΙίορηίϋΐο^ό łub oktyloguukcz.yd poiipeptyd baalka 106 Mony zew'nętrznei MoraxeUa catarrhaUsi p^rssiadający masę cząsteczkowy około 180 kDa do 230 kDa przez SDS-PAGE; możliwy do ekstrakcji z pęcherzyków łub całych komórek M catarrhalis przez OG łub detergent sarkozylowy fragment {Clluo<^plyvdUi OMP106 i odrrnana Jcolipeptydu OMP106 d^aidia-go typu łub jego fragment, zawierający jedną łub więcej delecji aminokwasowych insercji łub substytucji; albo białko chimeryczne, zawierające polipeptyd heterologiczny połączony z segmentem C-terminalnym łub N-terminalnym albo wewnętrznym całego łub części polipeptydu OMP1O6
OMP = tnałko Mony ζελ^^^/ηο)
OMPs = tihłh^a Mony zewmitrrzncj
PBS = roztwór r soi i Γιζ)ο^Εζμ) bułbcowalnei foffonmem
PAG = żei j^oiakrT/a^md^r^wy^ polipeptyd = pepyyd o każ.det dhgoościi koryssnue J^cssaaikląc^y dziesięć lub więcej reszt aminokwasowych
SDS = sodu
SDS-PAGE = 6Ϊ6Μγ^ογ6Ζ3 w żMu poiiakIyliamidovyπt z dodecyłosiarcz:mem sodu
Sekwencje nukleotydowe łub kwasu nukleinowego tu określone przedstawia się za pomocą symboli jednoliterowych oznaczających zasady, jak następuje:
A (adenina)
C (cytozyną)
G (guanina)
T (tymina)
U (uracyl)
M (AlubC)
R (A lub G)
W (A lub T/U)
S (C lub G)
Y (Club 1/U)
K (G lub T/U)
V (A lub C albo G; nieTiU)
H (A lub C albo T/U; me C)
D (A łub G albo T/U; nte C )
B (C lub G albo T/U; mc g)
N (A 1 ub C albo G iłu T//U afoo ^εζ^η!/)
189 374
Sekwencje peptydowe i polipeptydowe tu określone przedstawia się za pomocą symboli jednoliterowych oznaczających reszty aminokwasowe, jak następuje:
A (alanina)
R (arginina)
N (asparagina)
D (kwas asparaginowy)
C (cysteina)
Q (g^lul^amiina)
E (kwas glutaminowy)
G (glicyna)
H (histydyna)
I (izoleucyna)
L (ieucyna)
K (lizyna)
M (metionina)
F (fenyloalanina)
P (prolina)
S (seiyna)
T (treonina)
W (Ιι^'ρίοίϊιη)
Y (tyrozyna)
V (walina)
X (nieznany)
Niniejszy wynalazek może być pełniej zrozumiały przez odniesienie się do następującego szczegółowego opisu wynalazku, nie ograniczających przykładów konkretnych postaci realizacji wynalazku oraz załączonych rysunków.
Krótki opis rysunków
Figura 1: Porównanie profili w denaturującym PAGE białka błony zewnętrznej pęcherzyków M. catarrhalis lub ekstraktów oktylo-glukozydowych (OG) całych komórek M. catarrhalis. Liczby nad torami odnoszą się do oznaczeń szczepów ATCC. Wstępnie barwionego standardu SDS-PAGE (katalog BioRad # 161-0305) użyto jako markera masy cząsteczkowej. Standard składał się z następujących polipeptydów z ich przybliżonymi masami cząsteczkowymi podanymi w nawiasach: fosforylaza B mięśnia królika (106 kDa); albumina surowicy bydlęcej (80 kDa); owoalbumina białka jaja kurzego (49,5 kDa); anhydraza węglowa bydła (32,5 kDa); .inhibitor trypsyny sojowej (27,5 kDa); lizozym białka jaja kurzego (18,5 kDa). Pozycje markerów masy cząsteczkowej w żelu podano po lewej stronie rysunku za pomocą strzałek z masami cząsteczkowymi (kD) niektórych markerów powyżej strzałek.
Figura 2: Wyniki z nakładania chromatojpamów cienkowarstwowych glikolipidów z pęcherzyków błony zewnętrznej znakowanych T25I. W tablicach A-C tor 1 zawiera standardy glikolipidowe wskazane na lewo; tor 2 zawiera asialo-GMi; tor 3 zawiera Gb3, Gb4 i antygen Forssmana; i tor 4 zawiera ekstrakcje Folcha ludzkich erytrocytów. Chromatogram ukazany w tablicy A barwiono orcynolem, chromatogram ukazany w tablicy B nawarstwiono pęcherzykami znakowanymi 125I szczepu ATCC 49143 (szczep hemaglutynujący). Tylko szczep hemaglutynujący wiązał się z wstęgą glikolipidu Gb4 w trzecim i czwartym torze.
Figura 3: Profile białkowe ekstraktów oktylo-glukozydu z barwieniem srebrem białek błony zewnętrznej, po trawieniu komórek M. catarrhalis proteazami wskazanymi na rysunku. Aktywność hemaglutynacji po trawieniu wskazuje się na dole rysunku w rzędzie oznakowanym HA. Użyte markery masy cząsteczkowej są takie jak dla fig. 1.
Figura 4: Porównanie profili białkowych przez barwienie srebrem białek błony zewnętrznej z różnych szczepów ATCC M. catarrhalis. Oznaczenia szczepów wskazano nad torami. Aktywność hemaglutynacji szczepów wskazuje się w rzędzie oznakowanym HA na dole rysunku. Należy zauważyć, że białko, posiadające widoczną masę cząsteczkową większą niż fosforylaza B mięśnia królika (106 kDa) występuje powszechnie w szczepach hemaglutynujących, lecz nie ma go w szczepach nie-hemaglutynujących. Ten polipeptyd oznakowano OMPIO6. Użyte markery masy cząsteczkowej są takie jak dla fig. 1.
189 374
Figura 5: Porównanie profili białkowych przez barwienie srebrem białek błony zewnętrznej z dwóch hodowli M. catarrhalis ATCC 49143: 49143 (hodowla hemaglutynująca) i 49143-NHA (hodowla nie-hemaglutynująca). Aktywność hemaglutynacji hodowli wskazuje się na dole rysunku w rzędzie oznakowanym HA. Należy zauważyć nieobecność wstęgi polipeptydu OMPlOó (oznaczone przez <) w hodowli nie-hemaglutynującej. Użyte markery masy cząsteczkowej są takie jak dla fig. 1.
Figura 6: Oszacowanie masy cząsteczkowej OMP1O6 w 6% denaturującym żelu poliakrylamidowym przy użyciu ekstraktów OG szczepu ATCC 49143, które inkubowano w buforze do próbek albo w temperaturze 25°C albo 100°C przed nałożeniem do żelu. Białka w żelu uwidoczniono przez redukujące barwienie srebrem. Należy zauważyć, że wstęga polipeptydu OMPlOó (wskazana jako <) widoczna jest tylko w próbce inkubowanej w temperaturze 100°C. Jako markerów masy cząsteczkowej użyto standardu o szerokim zakresie SDS-PAGE (katalog BioRad # 161-0317). Standard składał się z następujących polipeptydów (przybliżoną masę cząsteczkową podano w nawiasach): miozyny mięśnia szkieletowego królika (200 kDa); β-galaktozydazy E. coli (116 kDa); fosforylazy B mięśnia królika (97,5 kDa); albuminy surowicy bydlęcej (66,2 kDa). Pozycje markerów masy cząsteczkowej w żelu podaje się po prawej stronie rysunku za pomocą strzałek z masą cząsteczkową (kDa) markerów ponad strzałkami.
Figura 7: Analiza Southern biot trawienia endonukleazami restrykcyjnymi Dral i Hindlll DNA chromosomowego M catarrhalis sondowanego Mc5-72. DNA szczepu M. catarrhalis 49143 trawiono Dral lub Hindlll. Analizę Southern trawionego DNA przeprowadzono przy użyciu Mc 5-72 (SEQ ID nr: 4) jako sondy. Bardzo surowe przemywanie wynosiło 2 X SSC, 10% SDS w temperaturze 50°C przez około 20 do około 30 minut. Tor 1 zawiera trawienie Hindlll; wstęga hybrydyzacji ma przybliżoną wielkość 8,0 kB. Tor 2 zawiera trawienie Dral: wstęga hybrydyzacji ma przybliżoną wielkość 4,2 kB.
Figury 8A i 8B: Western biot ekstraktów białkowych M. catarrhalis i gatunków pokrewnych, przy użyciu surowicy odpornościowej królika wobec OMPlOó jako sondy (fig. 8A) porównano z reaktywnością surowicy przed immunizacją królika OMPlOó (flg. 8B). Próbki w torach fig. 8A i 8B są następujące: tor A-M. catarrhalis; tor B - Moraxella ovis; tor C - Moraxella lacunata; tor D - Moraxella oslonensis; tor E - Moraxella bovis; tor F - Neisseria meningitidis, tor G - Neisseria gonorrhoeae. Użyte markery masy cząsteczkowej są takie jak dla fig. 1.
Figura 9A: Wstem biot przedstawiający, że surowica odpornościowa królika wobec polipeptydu OMPlOó z M catarrhalis ATCC 49143 reaguje krzyżowo z polipeptydem o podobnej masie cząsteczkowej w licznych szczepach HA i NHA M. catarrhalis (położenie polipeptydu OMP1O6 wskazuje się strzałką). Western przebadał ekstrakty oktylo-glukozydowe różnych szczepów M. catarrhalis. Numery dostępu ATCC szczepów wskazuje się na górze torów. Stosowane procedury transferowe i Western błot były identyczne jak stosowane do otrzymania odcisków ukazanych na fig. 8.
Figura 9B: Western błot takich samych ekstraktów jak na fig. 9A, przy użyciu wstępnej surowicy odpornościowej, odpowiadającej stosowanej w fig. 9A.
Polipeptyd OMPlOó jest jedynym białkiem błony zewnętrznej szczepu lub odmiany M. catarrhalis, które ma widoczną masę cząsteczkową w SDS-PAGE, wynoszącą około 180 kDa do około 230 kDa, korzystnie około 190 kDa. Według wynalazku, białko błony zewnętrznej M. catarrhalis jest polipeptydem obecnym w pęcherzykach M. catarrhalis lub który można ekstrahować z pęcherzyków M. catarrhalis lub całych komórek przez n-oktylo-ji-D-glukopiranozyd (OG) albo detergent sarkozylowy w roztworze buforowym w temperaturze pokojowej. Patrz Murphy i Loeb, 1989, Microbial Pathogenesis 6: 159-174, pod względ_em omówienia pęcherzyków M. catarrhalis, które są naturalnie występującymi pęcherzykami, składającymi się z błony zewnętrznej M. catarrhalis. Szczepy lub odmiany NHA M. catarrhalis albo nie posiadają polipeptydu OMPlOó, albo posiadają polipeptyd OMPlOó w postaci, która wiąże przeciwciała anty-OMPlOó lecz nie reaguje z barwnikiem srebrnym (to jest przy użyciu Silver Stain Plus z BioRad [Richmond, CA] lub procedury opisanej przez Gottlieba i Chauko, 1987, Anal. Biochem. 165: 33). Przeciwnie, polipeptyd OMPlOó ze szczepów lub odmian HAM. catarrhalis wiąże przeciwciała anty-OMPlOó i reaguje z barwnikiem srebrnym.
189 374
Polipeptyd OMP1O6 można zidentyfikować w pęcherzykach Iub całych komórkach HA M. catarrhalis przez jego podatność na degradację przez traktowanie proteazą, która także niszczy Iub osłabia aktywność hemaglutynacji takiego szczepu HA. Innymi słowy, trawienie proteazą, która niszczy Iub zmniejsza aktywność hemaglutynacji szczepu Iub odmiany HA będzie także zmieniać w SDS-PAGE obfitość Iub położenie polipeptydu OMPlOó wyizolowanego ze szczepu Iub odmiany po takim trawieniu w porównaniu z wyizolowanym z takiego samego szczepu Iub odmiany przed trawieniem.
Polipeptyd OMPlOó można także zidentyfikować jako polipeptyd w ekstrakcie OG Iub sarkozylowym pęcherzyków M. catarrhalis Iub całych komórek, które posiadają widoczną masę cząsteczkową większą niż 106 kDa jak określono przez elekroforezę w żelu denaturującym w 12% PAG z SDS, przy użyciu preparatów jakie opisano u Harlow'a i Lane'a (Antibodies: A Laboratory Manuał, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, załącznik I, 1988). Traktowanie gorącem ekstraktu OG Iub sarkozylowego w temperaturze 100°C przez 5 minut może spowodować, że polipeptyd OMPlOó będzie miał widoczną masę cząsteczkową około 180 kDa do około 230 kDa, jak określono przez SDS-PAGE w 6% PaG bez żadnego czynnika redukującego, przy użyciu preparatów jakie opisano u Harlow'a i Lane'a jak wyżej. W szczególnej postaci realizacji, polipeptyd OMPlOó w ekstrakcie OG Iub sarkozylowym szczepu ATCC 49143 M. catarrhalis traktowanym gorącem ma widoczną masę cząsteczkową, wynoszącą około 190 kDa.
W poszczególnych postaciach realizacji, polipeptyd OMPlOó wytwarza się z każdego szczepu M. catarrhalis, włączając lecz bez ograniczenia ATCC 49143, ATCC 25238, ATCC 25240, ATCC 43617, ATCC 43618, ATCC 43627 i ATCC 43628. Zalecanym źródłem polipeptydu OMPlOó jest odmiana HA takich szczepów. Najbardziej zalecanym źródłem jest odmiana HAATCC 49143.
W szczegółowej postaci realizacji, polipeptyd OMPlOó zawiera, korzystnie przy końcu aminowym, sekwencję aminokwasową
IGISEADGGKGGANARGDKSIAIGDIAQALGSQSIAIGDNKIV (SEQ ID nr: 1)
Iub sekwencję zasadniczo do niej homologiczną. Polipeptyd OMPlOó może dodatkowo zawierać w położeniu karboksylo-dystalnym do wyżej wspomnianej sekwencji oktapeptyd, posiadający sekwencję aminokwasowi
GTYLGGKK (SEQ ID nr: 2)
Iub sekwencję zasadniczo do niej homologiczną. Jak się tu stosuje, sekwencja zasadniczo homologiczna jest w co najmniej 80%, korzystnie w 100% identyczna z przytaczaną sekwencją aminokwasową.
Zgodnie z różnymi aspektami wynalazku, polipeptydy charakteryzują się swą widoczną masą cząsteczkową opartą o migrację polipeptydów w SDS-PAGE w stosunku do migracji znanych markerów masy cząsteczkowej. Mimo, że w SDS-PAGE można użyć każdego standardu masy cząsteczkowej znanego w tej dziedzinie, korzystne markery masy cząsteczkowej obejmują co najmniej miozynę mięśnia szkieletowego królika, β-galaktozydazę E. coli i fosforylazę B mięśnia królika. Fachowiec zauważy, że polipeptydy mogą różnie migrować w różnych rodzajach układów żelowych (np. różnych buforach; różnych stężeniach żelu, czynnika sieciującego Iub SDS). Fachowiec zauważy także, że polipeptydy mogą mieć różną widoczną masę cząsteczkową z powodu użycia w SDS-PAGE różnych markerów masy cząsteczkowej. Zatem, charakteryzacja masy cząsteczkowej polipeptydów ukierunkowana jest w zamierzeniu, aby obejmowała takie same polipeptydy w dowolnym układzie SDS-PAGE i z dowolnymi markerami masy cząsteczkowej, które mogłyby wskazać nieco różne widoczne masy cząsteczkowe dla polipeptydów niż te, które tu ujawniono.
Niniejszy wynalazek opisuje kwasy nukleinowe, DNA i RNA, kodujące polipeptyd OMPlOó i polipeptydy pochodne OMPlOó. W jednym aspekcie, kwasy nukleinowe według wynalazku można syntetyzować metodami znanymi w tej dziedzinie. Konkretnie, część całej sekwencji aminokwasowej polipeptydu OMPlOó Iub polipeptydu pochodnego OMPlOó można określić stosując techniki dobrze znane fachowcom w tej dziedzinie, tak jak technika degradacji Edmana (patrz np. Creighton, 1983, Proteins: Structures and Molecular Principles,
189 374
W. H. Freeman & Co., N.Y., strony 34-49). Otrzymaną sekwencję aminokwasową stosuje się jako przewodnią do syntezy DNA, kodującego polipeptyd OMP106 Iub polipeptyd pochodny OMP106 przy użyciu konwencjonalnych metod chemicznych albo powielenia reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) nakładających się oligonukleotydów.
W innych aspekcie, sekwencję aminokwasową można używać jako przewodnią do syntezy mieszanin oligonukleotydów, które można z kolei użyć do przesiewu bibliotek genomowych M. catarrhalis pod względem sekwencji kodujących polipeptyd OMPlOó. Takie biblioteki można wytworzyć przez izolowanie DNA z komórek dowolnego szczepu M. catarrhalis. Korzystnie DNA stosowany jako źródło sekwencji kodującej polipeptyd OMPlOó, zarówno do bibliotek genomowych jak i amplifikacji PCR, wytwarza się z komórek dowolnego szczepu M. catarrhalis, włączając, lecz bez ograniczenia ATCC 49143, ATCC 25238, ATCC 25240, ATCC 43617, ATCC 43618, ATCC 43627 i ATCC 43628.
Przy wytwarzaniu bibliotek genomowych tworzy się fragmenty DNA, z których niektóre będą kodować części Iub całość polipeptydu OMP106 M. catarrhalis. DNA można ciąć w specyficznych miejscach przy użyciu różnych enzymów restrykcyjnych. Alternatywnie do fragmentami DNA można użyć DNA-azy w obecności manganu Iub można rozbić DNA fizycznie, jak np. sonifikację. Następnie fragmenty DNA można rozdzielić według wielkości standardowymi technikami, włączając, lecz bez ograniczenia, elektroforezę w żelu agarozowym i poliakrylamidowym, chromatografię kolumnową i wirowanie w gradiencie sacharozy. Potem fragmenty DNA można wprowadzać do odpowiednich wektorów, włączając, lecz bez ograniczenia, plazmidy, kosmidy, bakteriofagi lambda Iub T4 oraz sztuczne chromosomy drożdżowe (YAC). (Patrz np. Sambrook i in., 1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, wydanie 2-gie, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, Nowy Jork; D. M. Glover (wydawca), 1985, DNA Cloning: A Practical Approach, MRL Press, Ltd., Oksford, U.K. tomm I, II). Bibliotekę genomową można przeszukać przez hybrydyzację kwasu nukleinowego ze znakowaną sondą (Bantor i Davis, 1977, Science 196: 180; Grunstein i Hogness, 1975, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 72: 3961).
Biblioteki genomowe można przeszukiwać za pomocą znakowanego zdagenerowαnego oligonuklaotydu, odpowiadającego sekwencji amiroknacowaj dowolnego peptydu polipeptydu OMPlOó przy użyciu optymalnech podejść dobrze znanych w tej dziedzinie. W szczegółowych postaciach realizacji, sonda ckriningonα jest zdegenarowanym oligonukleotydem, który odpowiadapeptydowiocekwencji
IGISEADGGKGGANARGDKSIAIGDIAQALGSQSIAIGDNKIV (SEQ ID nr: 1)
Iub jej części. W innej postaci realizacji, sonda skaningowa może być zdegenerowanym oligonuklaotydam, który odpowiada peptydowi o sekwencji
GTYLGGKK (SEQ ID nr: 2).
W dodatkowej postaci realizacji każdy z oligonuklaotydów
GGNACNGTNCTNGGNGGNAARAAR (SEQ ID nr: 3) i GGNACNGTNTTRGGNGGNAARAAR (SEQ ID nr: 7) odpowiadających peptydowi
OMPlOó GTYLGGKK (SEQ ID nr: 2) stosuje się jako sondę. W dalszej postaci realizacji, jako sondę można stosować sekwencję
GAAGCGGACGGGGGGAAAGGCGGAGCCAATGCGCGCGGTG TTGGTG ACATTGCGCAA (SEQ ID nr: 4)
L CCAl 1 GC TA
ATA A AT/^/^ ΑΤΤΛ’Γ'ΤΑ
AIAAai c ~........
Iub jej każdy fragment, Iub każdą sekwencję komplementarną do tej sekwencji Iub fragmentów. Każda użyta sonda korzystnie ma długość 15 nukleotydów Iub więcej.
Klony w bibliotekach z insertowym DNA, kodującym polipeptyd OMPlOó Iub jego fragmenty będą hybrydyzować z jedną Iub więcej zdeganarowanynh sond oligonukleotydowych. Hybrydyzację takich sond oligorukleotydowych z bibliotekami genomowymi przeprowadza się przy użyciu metod znanych w tej dziedzinie. Przykładowo, hybrydyzację z dwiema
189 374 wyżej wspomnianymi sondami oligonukleotydowymi można przeprowadzić w 2 X SSC, 1,0% SDS w temperaturze 50°C i przemyć w takich samych warunkach. W szczegółowej postaci realizacji, sekwencja DNA ATCC 49143, kodująca całość Iub część polipeptydu OMPlOó jest fragmentem restrykcyjnym HindllI o długości około 8000 bp Iub fragmentem restrykcyjnym Dral o długości około 4200 bp.
W jeszcze innym aspekcie, klony sekwencji nukleotydowych, kodujących część Iub całość polipeptydu OMP106 Iub polipeptydów pochodnych OMPlOó, można także otrzymać przez przeszukiwanie bibliotek ekspresji M. catarrhalis. Przykładowo, DNA M. catarrhalis izoluje się, wytwarza losowe fragmenty i liguje się do wektora ekspresyjnego (np. bakteriofaga, plazmidu, fagemidu Iub kosmidu) tak, że wstawiona do wektora sekwencja zdolna jest do ekspresji przez komórkę gospodarza, do którego następnie wprowadza się wektor. Można następnie stosować różne metody przeszukiwania do selekcji pod względem ekspresji polipeptydu OMP106 Iub polipeptydów pochodnych OMP1O6. W jednej postaci realizacji można stosować różne przeciwciała anty-OMP106 według wynalazku (patrz wyżej), do identyfikacji żądanych klonów, przy użyciu metod znanych w tej dziedzinie. Patrz np. Sambrook i in., 1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY, załącznik IV. Klony Iub łysinki z biblioteki kontaktuje się z przeciwciałami w celu identyfikacji tych klonów, które się wiążą.
W postaci realizacji kolonie Iub łysinki zawierające DNA, kodujący polipeptyd OMP106 Iub polipeptydy pochodne OMP106 można wykrywać przy użyciu DYNA Beads, zgodnie z Olsvick'iem i in., 29 ICAAC, Houston, Tex. 1989, załączonym tu jako odnośnik. Przeciwciała anty-OMP106 sieciuje się do tosylowanych DYNA Beads M280 i te kulki, które zawierają przeciwciało, będą potem użyte do adsorpcji kolonii Iub łysinek, wykazujących ekspresję polipeptydu OMP106 Iub polipeptydów pochodnych OMP106. Kolonie Iub łysinki, wykazujące ekspresję polipeptydu OMP106 Iub polipeptydów pochodnych OMP106, identyfikuje się jako każdy z tych, które wiążą się z kulkami.
Alternatywnie, przeciwciała anty-OMP106 można niespecyficznie unieruchamiać na odpowiednim podłożu, takim jak krzemionka Iub żywica Celite™. Materiał ten byłby potem stosowany do adsorpcji kolonii bakteryjnych, wykazujących ekspresję polipeptydu OMP106 Iub polipeptydu pochodnego OMP106 jak opisano w poprzednim paragrafie.
W innym aspekcie, do wytwarzania zasadniczo czystego DNA, kodującego część Iub całość polipeptydu OMP106 z genomowego DNA M. catarrhalis, można użyć amplifikacji PCR. Jako starterów używa się starterów oligonukleotydowych, zdegenerowanych Iub nie, odpowiadających znanym sekwencjom polipeptydu OMP106. W szczegółowych postaciach realizacji, jako startera 5' można użyć oligonukleotydu, zdegenerowanego Iub nie, kodującego peptyd
IGISEADGGKGGANARGDKSIAIGDIAQ ALGSQSIAIGDNKIV (SEQ ID nr: 1)
Iub każdą jego część. Przykładowo, starter 5' może być sekwencją nukleotydową
GAAGCGGACGGGGGGAA.AGGCGGAGCCAATGCGCGCGGTGATAAATCCATTGCTA TTGGTG ACATTGCGCAA (SEQ ID nr: 4)
Iub dowolnąjej częścią. Jako starter 3' można stosować sekwencje nukleotydowe, zdegenerowane Iub nie, które są odwrotnymi sekwencjami komplementarnymi do sekwencji kodującej
GTYLGGKK (SEQ ID nr: 2).
X XX-. j’ 1\1UUV VI J£lx\.W UIL4A uvlu który posiada zdegenerowaną sekwencję nukleotydową ΐισνή ΓΤ/ΛτίπΙ/Ίrrlii 'τ/ΊοίΎαηα-ν/'ννηηαητ» lufit
YTTYTTNCCNCCYAANACNGTNCC (SEQ ID nr: 6) Iub YTTYTTNCCNCCYAANACNGTNCC (SEQ ID nr: 8), w połączeniu z odmiennym starterem 5' omawianym powyżej.
PCR można przeprowadzić, np. przy użyciu termocyklera Perkin-Elmer Cetus i polimerazy Taq (Gene Amp™). Do zastosowania w reakcjach PCR, można zdecydować się na syntetyzowanie kilku zdegenerowanych starterów · Jest także możliwe zróżnicowanie surowości
189 374 warunków hybrydyzacji stosowanych w w etapie przyłączania starterów reakcji PCR, aby pozwolić na większy Iub mniejszy stopień podobieństwa sekwencji nukleotydowej między zdegenerowanymi starterami i odpowiadającymi sekwencjami DNA M. catarrhalis. Po przeprowadzeniu amplifikacji segmentu sekwencji kodującej polipeptyd OMPlOó, który to segment można molekularnie klonować i sekwencjonować oraz wykorzystać jako sondę do izolacji pełnego klonu genomowego. To z kolei pozwoli na określenie pełnej sekwencji nukleotydowej genu, analizę jego ekspresji i wytworzenie na jego podstawie białka do analizy funkcjonalnej jaką opisano poniżej. Gdy wyizoluje się sekwencję kodującą polipeptyd OMP1O6 ze szczepu Iub odmiany M. catarrhalis, możliwe jest użycie tego samego podejścia do izolacji sekwencji kodujących polipeptyd OMPlOó z innych szczepów i odmian M. catarrhalis. Fachowiec rozpozna, że sekwencję DNA Iub RNA kodującą polipeptyd OMPlOó (Iub jego fragmenty) można stosować do otrzymywania innych sekwencji DNA Iub RNA, które hybrydyzują z nią w warunkach średnio Iub bardzo surowych, przy użyciu ogólnych technik znanych w tej dziedzinie. Hybrydyzacja z sekwencją OMPlOó z jednego szczepu Iub odmiany M. catarrhalis w warunkach bardzo surowych zidentyfikuje odpowiadającą sekwencję z innych szczepów i odmian. Bardzo surowe warunki zmieniają się z długością sondy i składem zasad. Wzór do określania takich warunków jest dobrze znany w tej dziedzinie. Patrz Sambrook i in., 1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY, rozdział 11. Tak jak i tutaj, bardzo surowe warunki hybrydyzacji, jakie stosuje się dla sond o większej długości niż 300 zasad, obejmują przemycie w 0,1 X SSC/0,1% SDS w temperaturze 68°C przez co najmniej 1 godzinę (Ausubel i in., Wyd. 1989, Current Protocols in Molecular Biology, tom I, Greene Publishing Associates, Inc. i John Wiley & Sons, Inc., Nowy Jork na stronie 2.10.3). W szczegółowych postaciach realizacji, bardzo surowe warunki przemywania w hybrydyzacji, przy użyciu sond mających sekwencję SEQ ID nr: 4 Iub jej dopełnienie, oznaczają 2 X SŚC, 1% SDS w temperaturze 50°C przez około 20 do około 30 minut.
Fachowiec będzie w stanie zidentyfikować pełne klony sekwencji kodującej polipeptydu OMPlOó przy użyciu podejść dobrze znanych w tej dziedzinie. Rozmiar sekwencji kodującej polipeptyd OMPlOó zawartej w wyizolowanym klonie, można sprawdzić przez sekwencjonowanie klonowanego insertu i porównanie wnioskowanej wielkości polipeptydu kodowanego przez otwarte ramki odczytu (ORF) z wielkością polipeptydu OMPlOó i/lub przez porównanie wnisokowanej sekwencji aminokwasowej ze znaną sekwencją aminokwasową oczyszczonego polipeptydu OMPlOó. Jeśli wyizolowano częściowy klon sekwencji kodującej polipeptydu OMPlOó, klony kompletne można wyizolować przez użycie insertu klonu częściowego jako sondy hybrydyzacji. Alternatywnie, pełną sekwencję kodującą polipeptydu OMPlOó można odtworzyć z nakładających się klonów częściowych przez składanie razem ich insertów.
Pełnymi klonami mogą być każde, które posiadają ORF z wnioskowaną sekwencją aminokwasową pasującą do polipeptydu OMPlOó Iub, jeśli pełna sekwencja aminokwasową tego ostatniego nie jest osiągalna, który jest fragmentem peptydowym polipeptydu OMPlOó i ma masę cząsteczkową odpowiadającą polipeptydowi OMPlOó. Dalej, pełne klony można identyfikować przez zdolność ich insertów, po umieszczeniu w wektorze ekspresyjnym, do wytwarzania polipeptydu, wiążącego przeciwciała specyficzne wobec końca karboksylowego polipeptydu OMPlOó.
Sekwencje kwasu nukleinowego, kodujące polipeptydy pochodne OMPlOó można wytworzyć metodami dobrze znanymi w tej dziedzinie. W jednym aspekcie, sekwencje kodujące polipeptydy pochodne OMPlOó można uzyskać z sekwencji kodujących polipeptydu OMPlOó metodami rekombinacji DNA, biorąc pod uwagę odnośniki tu ujawnione. Przykładowo, sekwencję kodującą polipeptydu OMPlOó można zmienić tworząc substytucje aminokwasowe, które nie wpływają na immunogenność polipeptydu OMPlOó Iub które mogą polepszyć jego immunogenność. Można stosować rożne metody, włączając, lecz bez ograniczenia, oligonukleotydowo skierowaną mutagenezę ukierunkowaną. Te i inne techniki znane w tej dziedzinie, można stosować do utworzenia pojedynczych Iub wielokrotnych mutacji, takich jak zastąpienia, insercje, delecje i transpozycje, jak opisano u Botsteina i Shortle'a, 1985, Science, 229: 1193-1210.
189 374
Dalej, DNA sekwencji kodujących polipeptyd OMPlOó można skracać enzymem restrykcyjnym lub trawieniem egzonukleazą. Heterologiczną sekwencję kodującą można dodać do sekwencji kodującej polipeptydu OMP1O6 przez ligację lub amplifikację PCR. Ponadto, DNA kodujący całość Iub część polipeptydu pochodnego OMPlOó można syntetyzować chemicznie lub przez amplifikację PCR na podstawie znanej lub wnioskowanej sekwencji aminokwasowej polipeptydu OMPlOó i dowolnych pożądanych odmian tej sekwencji.
Zidentyfikowany i wyizolowany DNA, zawierający sekwencję kodującą polipeptydu OMPlOó Iub polipeptydu pochodnego OMPlOó, można wstawić do odpowiedniego wektora do klonowania. Można zastosować dużą liczbę układów wektor-gospodarz znanych w tej dziedzinie. Możliwymi wektorami są, lecz bez ograniczenia, plazmidy lub zmodyfikowane wirusy, ale układ wektorowy musi być kompatybilny z użytą komórką gospodarza. Takie wektory obejmują, lecz bez ograniczenia, bakteriofagi, takie jak pochodne lambda lub plazmidy, takie jak pochodne plazmidów pBR322 lub pUC. Insercje do wektora do klonowania można uzyskać np. przez ligację fragmentu DNA do wektora do klonowania, który posiada komplementarny lepki koniec. Jednak jeśli komplementarne miejsca restrykcji użyte dla fragmentu DNA nie są obecne w wektorze do klonowania, końce cząsteczek DnA można modyfikować enzymatycznie. Alternatywnie, można wytworzyć każde pożądane miejsce przez ligację sekwencji nukleotydowych (linkerów) na końcach DNA; te dołączone linkery mogą zawierać specyficzne, chemicznie syntetyzowane oligonukleotydy, kodujące sekwencje rozpoznawania endonukleaz restrykcyjnych. W alternatywnym sposobie, cięty DNA można modyfikować przez ogonowanie homopolimeryczne. Rekombinowane cząsteczki można wprowadzać do komórek gospodarza poprzez transformację, transfekcję, infekcję, elektroporację itd. tak, że wytwarza się wiele kopii sekwencji genu.
W metodzie alternatywnej, pożądany DNA, zawierający sekwencję kodującą polipeptydu OMPlOó lub polipeptydu pochodnego OMPlOó, można identyfikować i izolować po wprowadzeniu do odpowiedniego wektora do klonowania, stosując podejście „strzelby genowej”. Wzbogacenie pod względem pożądanej sekwencji, np. przez frakcjonowanie wielkościowe, można wykonać przed insercją do wektora do klonowania.
W konkretnych postaciach realizacji, transformacja komórek gospodarza za pomocą rekombinowanych cząsteczek DNA, które zawierają sekwencję kodującą polipeptydu OMPlOó lub polipeptydu pochodnego OMPlOó, umożliwia wytworzenie wielokrotnych kopii takiej sekwencji kodującej. W ten sposób, sekwencję kodującą można otrzymać w wielkich ilościach przez hodowlę transformantow, izolowanie rekombinowanych cząsteczek DNA z transformantow i, jeśli trzeba, odzyskanie wprowadzonej sekwencji kodującej z wyizolowanego rekombinowanego DNA.
Polipeptyd OMPlOó i polipeptydy pochodne OMPlOó można wytwarzać poprzez techniki inżynierii genetycznej. W tym wypadku są one wytwarzane przez odpowiednią komórkę gospodarza, którą transformowano DNA kodującym polipeptyd. Sekwencję nukleotydową. kodującą polipeptyd OMPlOó i polipeptydy pochodne OMPlOó) można wprowadzać do odpowiedniego wektora ekspresyjnego, to jest wektora, który zawiera elementy niezbędne do transkrypcji i translacji wstawionej sekwencji kodującej polipeptyd. Sekwencje nukleotydowe, kodujące polipeptyd OMPlOó lub polipeptydy pochodne OMPlOó wstawia się do wektorów w taki sposób, że będą one podlegać ekspresji w odpowiednich warunkach (np. w odpowiedniej orientacji i prawidłowej ramce odczytu oraz z odpowiednimi sekwencjami ekspresji, włączając sekwencję wiążącą polimerazę RNA i rybosomalną sekwencję wiążącą).
Do ekspresji sekwencji kodującej polipeptydu można wykorzystać różne układy gospodarz-wektor. Obejmują one, lecz bez ograniczenia, układy komórkowe ssaków zakażone wirusem (np. wirusem krowianki, adenowirusem itd.); owadzie układy komórkowe zakażone wirusem (np. bakulowirusem); drobnoustroje, takie jak drożdże, zawierające wektory drożdżowe lub bakterie transformowane DNA bakteriofaga, DNA plazmidowym lub DNA kosmidowym. Korzystnie, komórką gospodarza jest bakteria, a najkorzystniej bakterią jest E. coli, B. subtilis lub Salmonella.
Elementy ekspresji wektorów zmieniają się pod względem swej długości i specyficzności. W zależności od wykorzystanego układu gospodarz-wektor, można stosować każdy z wielu odpowiednich elementów transkrypcji i translacji. W konkretnej postaci realizacji, powodu189 374 je się ekspresję białka chimerycznego, zawierającego sekwencję polipeptydu OMP106 Iub polipeptydu pochodnego OMP106 oraz pre- i/lub prosekwencję komórki gospodarza. W innych konkretnych postaciach realizacji, powoduje się ekspresję białka chimerycznego, zawierającego sekwencję polipeptydu OMP106 lub polipeptydu pochodnego OMP106 i peptydu do oczyszczania przez powinowactwo. W dalszej konkretnej postaci realizacji, powoduje się ekspresję białka chimerycznego, zawierającego sekwencję polipeptydu OMPlOó Iub polipeptydu pochodnego OMPlOó oraz użytecznego immunogennego peptydu Iub polipeptydu. W korzystnych postaciach realizacji, polipeptyd pochodny OMP106, który uległ ekspresji, zawiera sekwencję, tworzącą albo epitop powierzchni zewnętrznej, albo domenę wiążącą receptor natywnego polipeptydu OMP1O6.
Do konstrukcji wektorów ekspresyjnych zawierających gen chimeryczny składający się z odpowiednich transkrypcyjnych/translacyjnych sygnałów kontrolnych i sekwencji kodującej polipeptyd można użyć dowolnego sposobu, znanego w dziedzinie, do wprowadzenia fragmentów DNA do wektora. Sposoby te obejmują techniki rekombinacyjne DNA in vitro oraz techniki syntetyczne i rekombinantów in vivo (rekombinacji genetycznej). Ekspresję sekwencji kwasu nukleinowego, kodującej polipeptyd OMP106 lub polipeptyd pochodny OMP106, można regulować drugą sekwencją kwasu nukleinowego tak, że wstawiona sekwencja ulega ekspresji w gospodarzu transformowanym rekombinowaną cząsteczką DNA. Przykładowo, ekspresję wstawionej sekwencji można kontrolować każdym elementem promotora/wzmacniacza znanym w tej dziedzinie. Promotory, które można stosować do kontroli ekspresji wstawionych sekwencji, obejmują, lecz bez ograniczenia, wczesny region promotora SV40 (Bemoist i Chambón, 1981, Naturę 290: 304-310), promotor zawarty w długim końcowym powtórzeniu 3' wirusa mięsaka Rousa (Yamamoto i in., 1980, Cell 22: 787-797), promotor kinazy tymidynowej Hermes (Wagner i in., 1981, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78: 1441 -1445), sekwencje regulatorowe genu metalotioneiny (Brinster i in., 1982, Naturę 296: 39-42) dla ekspresji w komórkach zwierzęcych; promotory β-laktamazy (Villa-Kamarotf i in., 1978, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75: 3727-3731), tac (DeBoer i in., 1983, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80: 21-25), λΡι Iub trc dla ekspresji w komórkach bakteryjnych (patrz „Useful proteins from recombinant bacteria” w Scentific American, 1980, 242: 74-94); region promotorowy syntetazy nopaliny Iub promotor RNA wirusa 35S mozaiki kalafiora (Gardner i in., 1981, Nuci. Acids Res. 9: 2871) oraz promotor fotosyntetycznego enzymu karboksylazy rybulozobifosforanowej (Herrera-Estrella i in., 1984, Naturę 310: 115-120) dla ekspresji w komórkach wszczepionych; elementy promotorowe z drożdży Iub innych grzybów, takie jak promotor Gal4, promotor ADC (dehydrogenazy alkoholowej), promotor PGK (kinazy fosfoglicerolowej), promotor fosfatazy alkalicznej.
Wektory ekspresyjne, zawierające sekwencje kodujące polipeptydu OMPlOó Iub peptydu pochodnego OMPlOó, można identyfikować trzema ogólnymi sposobami:
(a) hybrydyzacji kwasu nukleinowego, (b) obecności Iub braku działania genu „markerowego” oraz (c) ekspresji wstawionych sekwencji.
W sposobie pierwszym, obecność obcego genu wstawionego do wektora ekspresyjnego można wykryć przez hybrydyzację kwasu nukleinowego, przy użyciu sond, zawierających sekwencje homologiczne do wprowadzanej sekwencji kodującej polipeptydu OMPlOó Iub polipeptydu pochodnego OMPlOó.
W sposobie drugim, rekombinacyjny układ wektor/gospodarz można wykryć i zidentyfikować na podstawie obecności Iub braku pewnych funkcji genu „markerowego” (np. aktywności kinazy tymidynowej, oporności na antybiotyki, fenotypu transformacyjnego, tworzeniu ciała okluzyjnego w bakulowirusie, itd.) powodowanych przez insercję obcych genów w wektorze. Przykładowo, jeśli sekwencję kodującą polipeptydu OMPlOó Iub polipeptydu pochodnego OMPlOó wstawia się do sekwencji genu markerowego wektora, rekombinanty, zawierające insert można identyfikować przez nieobecność funkcji genu markerowego.
W sposobie trzecim, rekombinowane wektory ekspresyjne można identyfikować przez oznaczanie produktu obcego białka podlegającego ekspresji w rekombinancie. Takie oznaczenia można oprzeć np. o fizyczne Iub funkcjonalne właściwości polipeptydu OMPlOó Iub polipeptydu pochodnego OMPlOó w układach oznaczania in vitro, np. wiązania z ligandem
189 374
OMPlOó lub receptorem albo wiązania z przeciwciałami anty-OMPlOó lub też zdolności komórki gospodarza do hemaglutynacji albo zdolności ekstraktu komórkowego do zakłócania hemaglutynacji przez M. catarrhalis.
Gdy poszczególną rekombinowaną cząsteczkę DNA zidentyfikuje się i wyizoluje, można użyć kilku sposobów znanych w tej dziedzinie w celu jej powielenia. Gdy ustali się odpowiedni układ gospodarza i warunki wzrostu, rekombinowane wektory ekspresyjne można wielokrotnie powielać i wytwarzać. Jak objaśniono powyżej, wektory ekspresyjne, które można stosować obejmują, lecz bez ograniczenia, następujące wektory lub ich pochodne: ludzkie lub zwierzęce wirusy, takie jak wirus krowianki albo adenowirus; wirusy owadzie, takie jak bakulowirus; wektory drożdżowe; wektory bakteriofagowe (np. lambda) oraz wektory DNA plazmidów lub kosmidów, żeby nazwać choć kilka.
Poza tym, można wybrać szczep komórek gospodarza, który moduluje ekspresję wprowadzonych sekwencji lub modyfikuje i obrabia produkt genowy w żądany konkretny sposób. Ekspresję z pewnych promotorów można podnosić w obecności pewnych induktorów; w ten sposób ekspresję genetycznie przetworzonego polipeptydu OMPlOó lub polipeptydu pochodnego OMPlOó można kontrolować. Ponadto, różne komórki gospodarza mają charakterystyczne i specyficzne mechanizmy obróbki traskrypcyjnej i potraslacyjnej i modyfikacji białek. Można wybrać odpowiednie linie komórkowe lub układy gospodarza, aby zapewnić pożądaną modyfikację i obróbkę obcego podlegającego ekspresji białka.
Polipeptydy, peptydy, kwasy nukleinowe oraz przeciwciała według wynalazku są użyteczne jako odczynniki do diagnozowania klinicznego lub medycznego infekcji M. catarrhalis i do badań naukowych, dotyczących właściwości patogenności, wirulencji i zakaźności M. catarrhalis, jak również mechanizmów obrony gospodarza. Przykładowo, DNA i RNA można stosować jako sondy do identyfikacji obecności M. catarrhalis w próbkach biologicznych, przez hybrydyzację lub amplifikację PCR. DNA i RNA można także stosować do identyfikacji innych bakterii, które mogły kodować polipeptyd pokrewny z OMPlOó M. catarrhalis.
Polipeptydy i peptydy można stosować do wytwarzania przeciwciał poliklonalnych i monoklonalnych, które można wykorzystać do dalszego oczyszczania kompozycji, zawierających polipeptydy przez chromatografię powinowactwa. Polipeptydy i peptydy można także stosować w standardowych testach immunologicznych do przesiewu pod względem obecności przeciwciał wobec M. catarrhalis w próbce.
Należy rozumieć, że wykorzystanie pouczeń według niniejszego wynalazku w konkretnym problemie lub środowisku znajdzie się w zakresie zdolności specjalisty, w świetle pouczeń tu zawartych. Przykłady produktów według niniejszego wynalazku i sposoby ich wytwarzania oraz zastosowanie uwidocznią się w następującym przykładzie.
Przykład 1. lzolacja i charakteryzacja polipeptydu OMPlOó oraz genu go kodującego ze szczepu ATCC 49143 lub innych szczepów
Materiały i metody
Test hemaglutynacji
Hemaglutynację przez M. catarrhalis testowano zgodnie z opisem Soto-Hemandcza i in., (J. Clin. Microbiol. 27: 903-908) z wyjątkiem 5% zamiast 3% objętościowych erytrocytów stosowanych w teście aglutynacji szkiełkowej. Pierwsze testy aglutynacji przeprowadzono przy użyciu 20 pg komórek bakteryjnych (masa wilgotna). Ponieważ szczep M. catarrhalis ATCC 49143 hodowany na płytkach z agarem z krwią w temperaturze 35°C dawał silną reakcję hemaglutynacji, wybrano go jako szczep referencyjny. Seryjnie rozcieńczony szczep ATCC 49143 w rozcieńczeniach 1:2 dał w wyniku zmniejszenie reakcji hemaglutynacji. Punktację +-H-T do + uparto o hemaglutynację obserwowaną u szczepu ATCC 49143 po seryjnych rozcieńczeniach 1:2 tak, że uzyskano reakcję +, stosując 1/4 liczby komórek wymaganych do uzyskania reakcji + + +.
lnhibicja hemaglutynacji
Zawiesinę komórkową ATCC 49143 M. catarrhalis rozcieńczono seryjnie 1:2, a rozcieńczenie, które dało reakcję hemaglutynacji + przy 7 |il roztworu soli fizjologicznej Dulbecco buforowanej fosforanem i 7 (il 5% (objętościowo) ludzkich erytrocytów 0+, użyto do testu inhibicji hemaglutynacji przez cukry proste i pochodne cukrów Aby określić, czy cukry proste
189 374
Iub pochodne cukrów mogą hamować hemaglutynację przez M. catarrhalis, zmieszano 7 (il danego cukru przy 500 mM z 7 |xl komórek M catarrhalis i inkubowano przez 5 minut, pozwalając na interakcję między cukrem i komórkami. Następnie dodano 7 pl 5% (objętościowo) ludzkich erytrocytów 0+ i po 1 minucie oceniono wynik hemaglutynacji. Każdy cukier i pochodną cukru testowano pod względem zdolności do hamowania hemaglutynacji. Potem roztwór podstawowy cukru i pochodnej cukru rozcieńczono seryjnie 1:2 i te rozcieńczenia testowano pod względem zdolności do hamowania hemaglutynacji, przy użyciu procedury opisanej powyżej. W ten sposób określono minimalne stężenie węglowodanu wymagane do inhibicji hameglutynacji.
Wiązanie liganda i receptora
Wiązanie M. catarrhalis z receptorami glilkolipidowymi komórek zwierzęcych zbadano przy użyciu frakcjonowania w chromatografii cienkowarstwowej (TLC) glikolipidów komórek gospodarza i nadkładu znakowanych komórek chromatogramu, postępując zgodnie z procedurami opisanymi przez Magnani'ego i in., 1982, J. Biol. Chem. 257: 14365-14369). Krótko, glikolipidy otrzymane od Matreya Inc. (Pleasant Gap, PA) rozpuszczono na płytkach wy^^sprawnego chromatografu cienkowarstwowego (HPTLC) w chloroformie, metanolu, wodzie (5:4:1). Płytki albo barwiono orcynolem w temperaturze 100°C, albo nadlano za pomocą pęcherzyków M. catarrhalis znakowanych 125I wytworzonych jak opisano poprzednio (Murphy i Loeb, 1989, Microbial Pathogen. 6: 159-174) przy 2 x IO6 cpm/ml przez 2 godziny. Płytki następnie przemyto 5 razy, wysuszono i poddano ekspozycji wobec błony rentgenowskiej.
Ekstrakcja OG OMP
Szczepy M. catarrhalis hodowano w temperaturze 35°C przy 200 obrotach na minutę w 1 litrze bulionu Muellera Hintona w 4 litrowej kolbie. Wyizolowano białko błony zewnętrznej (OMP) przez traktowanie 50 mg komórek (masa wilgotna) 0,67 ml 1,25% n-oktylo-3-D-glukopiranozydu (to jest oktylo-glukozydu; OG) w roztworze soli fizjologicznej buforowanej fosforanem (PBS) przez 30 minut w temperaturze pokojowej. Komórki osadzano w mikrowirówce przez 5 minut i nadsącz użyto jako ekstrakt oktylo-glukozydowy. Porównanie profili białkowych tych ekstraktów z licznych szczepów M. catarrhalis z pęcherzykami (to jest pęcherzykami błony zewnętrznej) wyizolowanymi przez wirowanie różnicujące, które są bardzo bogate w białka błony zewnętrznej (OMP) z M catarrhalis (Murphy i Loeb, Microbial Pathogen. 6: 159-174) wskazuje, że ekstrakty oktylo-glukozydowe zawierają przede wszystkim białka błony zewnętrznej M. catarrhalis (fig. 1). Pokazuje to, że ekstrakcja oktylo-glukozydowa zapewnia szybszą procedurę z wyższą wydajnością białek błony zewnętrznej, w porównaniu z białkami błony zewnętrznej otrzymanymi z pęcherzyków.
Trawienie proteolityczne OMP 106 mg komórek ze szczepu ATCC 49143 w 1 ml roztworu soli fizjologicznej Dulbecco buforowanego fosforanem trawiono przez 1 godzinę w temperaturze pokojowej następującymi proteazami: chymotrypsyną traktowaną TLCK (5 mg), proteinazą K (5 mg), trypsyną traktowaną TLCK (5 mg) Iub proteazą V8 (100 jednostek). Wszystkie proteazy otrzymano z Sigma Chemicαlc (St. Louis, MO). Zaraz po traktowaniu proteazami, komórki przemyto raz w PBS, ponownie zawieszono w 1ml PBS i testowano aktywność hemaglutynacja. Dodatkowo ekstrahowano komórki bakteryjne traktowane proteazami, za pomocą oktylo-glukozydu, aby białka błony zewnątrznej można było rozpuścić w celu identyfikacji konkretnych białek, które mogły być trawione przez proteazy.
Odmiany nie hamaglutynujące
Normalnie, hemaglutynujące hodowle M. catarrhalis rosną w wytrząsanych kolbach, zawierających bulion Muellera Hintona w temperaturze 35-37°C przy 200 obrotach na minutę przez 24-48 godzin. Komórki pobrane bezpośrednio z płytki z agarem z krwią lub płytki agarowej z pożywką Muellera Hintona także wykazują ekspresję fenotypu hemaglutynującago. W celu selekcji do odmiany nie hemaglutynujące] (NHA), szczep ATCC 49143 pasażowa^ seryjnie co 5 dni w statycznych hodowlach rosnących w bulionie Muellera Hintona w temperaturze 35°C. Przy każdym pasażu szczep pobierano tylko z powierzchni hodowli bulionowej. Do drugiego pasażu rozwinął się pływający kożuch komórek i tego kożucha komórek użyto
189 374 jako posiewu do kolejnej hodowli. Przez seryjne hodowanie w ten sposób wytwarzano odmiany NHA ATCC 49143 zwykle po trzech pasażach.
Izolacja polipeptydu OMP106
Polipeptyd OMP106 z ekstraktu błony zewnętrznej ATCC 49143 M. catarrhalis wykrywa się (np. przez barwienie srebrem Iub przeciwciała anty-OMP106) w denaturujących żelach jedynie po inkubowaniu ekstraktu w temperaturze 100°C przez pięć minut. W celu określenia czy pojawienie się wstęgi OMP1O6 po inkubacji w temperaturze 100°C jest wynikiem agregeacji białek o niższej masie cząsteczkowej podczas wrzenia Iub czy wrzenie pozwala normalnie zagregowanym białkom na wejście do żelu, nie gotowany ekstrakt oktylo-glukozydowy błony zewnętrznej ATCC 49143 analizowano na natywnym żelu poliakrylamidowym. Specyficzne regiony żelu, włączając te tuż poniżej próbki, odcięto i zagotowano. Otrzymane próbki rozpuszczono następnie na denaturującym żelu poliakrylamidowym i zabarwiono barwnikiem srebrnym (Silver Stain Plus, numer katalogowy 161-0449, BioRad Laboratories, Richmond, CA). W celu sekwencjonowania N-terminalnego wymieszano ekstrakt oktylo-glukozydowy ATCC 49143 z buforem do próbek PAGE, zawierającym SDS i inkubowano przez 5 minut we wrzącej łaźni wodnej. Potem rozdzielono białka w 12% PAG z SDS i przeniesiono na błonę PVDF przez elektroblotting. Region błon, zawierający wstęgę OMP106 odcięto następnie w celu sekwencjonowania amino-końcowego. W żadnej z procedur PAGE stosowanych do izolacji polipeptydu OMPlOó nie użyto czynników redukujących w buforach do próbek Iub żelowych.
Surowica odpornościowa anty-OMPlOó
Wytworzono surowicę odpornościową wobec OMPlOó przez rozdzielenie polipeptydu OMPlOó z odmiany HA ATCC 49143 w denaturującym żelu poliakrylamidowym z dodecylosiarczanem sodu, jak opisano poprzednio (Laemmli, 1970, Nature 227: 680-685) i odcięcie wstęgi, zawierającej OMPlOó od żelu. Odciętą wstęgę macerowano i wstrzyknięto królikowi, w celu wytworzenia surowicy odpornościowej wobec polipeptydu OMPlOó. Surowicę odpornościową użyto do inhibicji hemaglutynacji jak opisano powyżej, lecz stosując surowicę odpornościową w miejsce węglowodanu. Surowicę odpornościową zbadano także pod względem aktywności cytotoksycznej, w której pośredniczy dopełniacz, przeciw M. catarrhalis, jak opisano w części 7.
Western biot z surowicą odpornościową anty-OMP 106
M. catarrhalis ATCC 49143, ATCC 43628, ATCC 43627, ATCC 43618, ATCC 43617, ATCC 25240, ATCC 25238 i ATCC 8176; M. bovis ATCC 33078; M. lacunata ATCC 17967; M. bovis ATCC 10900; M. oslonensis ATCC 10973; Neisseria gonorhoeae (izolat kliniczny); oraz N. meningitidis ATCC 13077, hodowano na płytkach agarowych z czekoladą przez 48 godzin w temperaturze 35°C przy 5% CO2. Komórki usunięto przez zdrapanie kolonii z powierzchni agaru przy użyciu polistyrenowej pętli do posiewania. Następnie komórki rozpuszczono przez zawieszenie 30 pg komórek w 150 μ1 buforu do próbek PAGE (360 mM bufor Tris [pH 8,8], zawierającym 4% dodecylosiarczan sodu i 20% glicerol) i inkubowano zawiesinę w temperaturze 100°C przez 5 minut. Roztworzone komórki rozpuszczono na 12% żelu poliakrylamidowym jak dla Laemmli'ego i oddzielone białka przeniesiono przez elektroforezę na błony PVDF (Thebaine i in., 1979, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 76: 4350-4354) z wyjątkiem tego, że do buforu do przenoszenia dodano 0,05% dodecylosiarczan sodu w celu ułatwienia ruchu białek z żelu. Potem błony PVDF wstępnie traktowano 25 ml roztworu soli fizjologicznej Dulbecco buforowanej fosforanem, zawierającej 0,5% kazeinę sodową, 0,5% albuminę surowicy bydlęcej i 1% surowicę kozią. Wszystkie następne inkubacje przeprowadzono przy użyciu tego buforu wstępnego traktowania.
Błony PVDF inkubowano z 25 ml rozcieńczoną 1:500 wstępną surowicą odpornościową królika Iub surowicą królika immunizowanego polipeptydem OMPlOó (jak opisano powyżej) przez 1 godzinę w temperaturze pokojowej. Następnie błony PVDF przemyto dwukrotnie buforem do przemywania (20 mM bufor Tris [pH 7,5], zawierającym 150 mM chlorku sodu i 0,05% Tween-20). Błony PVDF inkubowano z 25 ml rozcieńczonej 1:5000 koziej antykróliczej IgG znakowanej peroksydazą (Jackson ImmunoResearch Laboratories, West Grove Penn., numer katalogowy 111-035-003) przez 30 minut w temepraturze pokojowej. Potem
189 374 błony PVDF przemyto 4 razy buforem do przemywania i wywołano za pomocą tetrahydrochlorku 3,3'-diaminobenzydyny i nadtlenku mocznika, jakie dostarczono z Sigma Chemicals Co. (St. Louis, MO, numer katalogowy D-4418) przez 4 minuty każda.
M. catarrhalis ATCC 49143 hodowano przez noc w temperaturze 35°C w łaźni wodnej z wytrząsaniem w bulionie Muellera Hintona. Komórki osadzono przez wirowanie i następnie zawieszono ponownie w równej objętości roztworu soli fizjologicznej buforowanej fosforanem z modyfikacją Dulbecco, bez wapnia ani magnezu (PBS/MC). 20 μΐ zawiesiny komórkowej nałożono na każde z 5 czystych szkiełek mikroskopowych. Po ustawieniu przez 10 sekund, nadmiar płynu usunięto pipetą i pozostawiono szkiełka do wyschnięcia na powietrzu przez 1 godzinę. Następnie szkiełka utrwalono gorącem nad otwartym płomieniem aż do uzyskania szkła ciepłego w dotyku. Szkiełka traktowano początkowo 40 μΐ rozcieńczoną 1:40 surowicą odpornościową anly-OMP 106 lub wstępną surowicą odpornościową od tego samego zwierzęcia, rozcieńczoną w PBS/MC lub PBS/MC przez 10 minut, potem przemyto 5 razy w PBS/MC. Szkiełka traktowano 40 |il z 5 μg/ml PBS/MC przeciwciałem kozim znakowanym izotiocyjanianem wobec IgG królika (Kirkegaard i Perry Laboratories, Inc., Gaithesburg, MD, numer katalogowy 02-15-06). Szkiełka inkubowano w ciemności przez 10 minut i przemyto 5 razy w PBS/MC. Każde szkiełko przechowywano przykryte PBS/MC pod szkiełkiem nakrywkowym i oglądano w mikroskopie fluorescencyjnym zaopatrzonym w filtr 489 nm. Dla każdej próbki zbadano wzrokowo pięć obrazów mikroskopowych, w celu oceny obszaru zabarwienia.
Wyniki
Aktywność hemaglutynacji
Aktywność aglutynacji M. catarrhalis w odniesieniu do erytrocytów jest specyficzna gatunkowo, przy czym najsilniejsza aktywność obserwowana jest w odniesieniu do erytrocytów człowieka. Erytrocyty królika także aglutynowały z M. catarrhalis lecz mniej dramatycznie niż komórki ludzkie. Erytrocyty myszy, konia lub owcy nie aglutynowały (patrz tabela 1).
Tabela 1
Siła hemaglutynacji erytrocytów różnych gatunków przy użyciu M. catarrhalis ATCC 49143
| Źródło erytrocytów | Wynik hemaglutynacji3 |
| Człowiek | ++++ |
| Królik | -H- |
| Mysz | - |
| Koń | - |
| Owca | - |
++++ = najsilniejsza aglutynacja; - wskazuje brak aglutynacji
Receptory i ligandy OMP 106
Aktywność hemaglutynacji M. catarrhalis powoduje wiązanie z globotetrozą (Gb©. Pęcherzyki ze szczepów hemaglutynujących wiążą się z glikolipidem posiadającym Gb4, podczas gdy szczepy nie hemaglutynujące nie wiążą się z takim samym glikolipidem (patrz fig. 2). Aktywność hemaglutynacji M. catarrhalis hamują składniki jednocukrowe Gb4 lub pochodne takich jednocukrowcow, przy czym najsilniejszymi inhibitorami są N-acetylogalaktozamina i galaktoza (zwłaszcza alfa anomer galaktozy) (patrz tabela 2).
189 374
Tabela 2
Minimalne stężenie cukrów wymagane do inhibicji hemaglutynacji (MIC) przez M. catarrhalis
| Cukier | MIC (mM)’ |
| D-Glukoza | > 167 |
| D-Mannoza | 83 |
| D-Galaktoza | 41 |
| L-Fukoza | 83 |
| N-acetylo-D-glukozamina | > 167 |
| N-acetylo-D-galaktozamina | 41 |
| Metylo-a-glukoza | > 167 |
| Metylo-a-mannoza | 167 |
| Metylo-a-galaktoza | 10 |
| Metylo-P-galaktoza | 83 |
Minimalne stężenie cukru wymagane do inhibicji reakcji hemaglutynacji 1+ przez M. catarrhalis ATCC 49143 za pomocą przemycia 5% erytrocytami 0+ człowieka
Zarówno N-acetylogalaktozamina jak i alfa-galaktoza są częścią czterocukru Gbą. Korelacja między hamaglutynacją i wiązaniem z Gbą oraz obserwacja, że hemaglutynację hamują jednocukry zawierające receptor Gbą sugeruje, że komórki M. catarrhalis wiążą się z czterocukrem Gbą. Ten czterocukier jest obecny na ludzkich erytrocytach i tkankach i może pośredniczyć w przyczepianiu się M. catarrhalis do błon eukariotycznych.
Identyfikacja polipeptydu OMPlOó
Trawienie proteolityczne komórek M. catarrhalis i następnie analiza hemaglutynacji przez strawione komórki pokazały, że traktowanie proteazowe chymotrypsyną i proteinazą K zniszczyło aktywność hemaglutynacji wskazując, że w aktywności hemaglutynacji pośredniczy białko. Analiza profili białkowych OMP komórek M. catarrhalis trawionych proteazą wykazała, że w każdej próbce rozłożyło się wiele białek, tak, że profile nie dostarczają wskazówki, według której białko jest bezpośrednio odpowiedzialne lub pośrednio związane z aktywnością hemaglutynacji (patrz fig. 3).
Ponieważ traktowanie proteazą wskazuje, że polipeptyd jest bezpośrednio lub pośrednio odpowiedzialny za aktywność hemaglutynacji, Zgłaszający użył SDS-PAGE do porównania profili OMP ze szczepów hemaglutynujących ze szczepami nie hemaglutynującymi (fig. 4). Analiza różnic między tymi profilami wskazała, że szczepy hemaglutynujące mają dwa unikalne polipeptydy, przy czym jeden o widocznej masie cząsteczkowej 27 kDa (oznaczony OMP27) i drugi, który był jedynym białkiem o widocznej masie cząsteczkowej większej niż 106 kDa (oznaczony OMPlOó). W szczególności wstęga polipeptydu OMPlOó była nieobecna w preparatach OMP różnych komórek traktowanych proteazą, które posiadały zmniejszoną lub brak aktywności hemaglutynacji, podczas gdy wstęga OMP27 była obecna w preparacie OMP komórek traktowanych proteinazą K, które nie posiadały aktywności hemaglutynacji. Dodatkowo, wstęga polipeptydu OMPlOó nie została zdegradowana przez trawienie proteinazą V8, która nie miała wpływu na aktywność hemaglutynacji traktowanych komórek.
Profil OMP odmian NHA
Seryjne hodowle odmiany NHA ATCC 49143 w statycznej hodowli w temperaturze 35°C wytworzyły odmianę NHA (oznaczoną 49143-NHA) po trzecim pasażu hodowli. Ta utrata aktywności hemaglutynacji była powtarzalna. Analiza profili OMP ekstraktów OG błony zewnętrznej odmian HA i NHA wykazała, że wstęga polipeptydu OMPlOó zniknęła z ekstraktu 49143-NHA (fig. 5). Sugerowało to, że polipeptyd OMPlOó jest hemaglutyniną M. catarrhalis (to jest polipeptyd OMPlOó wiąże receptor Gbą lub jest podjednostką homopolimerycznego białka, które wiąże receptor Gbą) lub tworzy część hemaglutyniny M. catarrha189 374 lis (to jest polipeptyd OMP106 jest podjednostką homopolimerycznego białka, które wiąże receptor Gb4).
OMPlOó i hemaglutynacja
Poliklonalna surowica odpornościowa wzbudzona wobec polipeptydu OMPlOó ATCC 49143 neutralizowała hemaglutynację przez ATCC 49143. Podtrzymuje to dodatkowo konkluzję, że aktywność hemaglutynacji M. catarrhalis obejmuje polipeptyd OMPlOó i że polipeptyd OMPlOó jest antygenowo chroniony wśród szczepów. Patrz także fig. 9A1, która ukazuje polipeptyd OMPlOó heterologicznych szczepów M. catarrhalis.
Położenie OMP 106 na powierzchni zewnętrznej
Króliczej surowicy odpornościowej anty-OMPlOó użyto do pośredniego barwienio immunoflurescencyjnego, aby określić, czy polipeptyd OMPlOó podlega ekspozycji na powierzchni zewnętrznej komórek M. catarrhalis. Komórki M. catarrhalis traktowane surowicą odpornościową anty-OMP 106 zabarwiły się intensywniej i odmiennie niż komórki traktowane wstępną surowicą odpornościową Iub PBS/MC. Wskazało to, że polipeptyd OMPlOó nieuszkodzonych komórek M. catarrhalis był reaktywny wobec przeciwciał anty-OMP 106. Wynik ten dowodzi, że polipeptyd OMPlOó podlega ekspozycji na powierzchni zewnętrznej M. catarrhalis. Odkrycie to jest zgodne z tym, że polipeptyd OMPlOó pełni rolę w hemaglutynacji, a ponadto wskazuje, że polipeptyd OMPlOó byłby użyteczny jako szczepionka.
Właściwości polipeptydu OMPlOó
Polipeptyd OMPlOó istnieje w postaci wielkiego kompleksu białkowego w swym natywnym stanie Iub agreguje przy estrakcji oktylo-glukozydem. Wniosek ten poparty jest odkryciem, że wyekstrahowane oktylo-glukozydem komórki M. catarrhalis rozpuszczą polipeptyd OMPlOó, lecz wyekstrahowany polipeptyd OMPlOó nie wchodzi do denaturujących PAG chyba, że najpierw inkubuje się ekstrakt w temperaturze 100°C (fig. 6). Dalej, nie widać, żeby wstęga polipeptydu OMPlOó tworzyła się z polipeptydów o niższej masie cząsteczkowej, które polimeryzują Iub ulegają agregegacji po ogrzaniu, ponieważ polipeptyd OMPlOó w nie ogrzanej próbce denaturującej jest uwięziony w studzience z próbką i wchodzi do rozpuszczającego żelu tylko wtedy gdy próbkę inkubuje się najpierw w temperaturze 100°C. Ta właściwość biochemiczna jest bardzo użyteczna przy identyfikacji polipeptydu OMPlOó w różnych żelach.
Stosując ekstrakty oktylo-glukozydu M. catarrhalis, potem inkubując ekstrakty z dodecylosiarczanem sodu w temperaturze 100°C i rozpuszczając białka na denaturującym żelu poliakrylamidowym, Zgłaszający oszacował widoczną masę cząsteczkową polipeptydu OMPlOó z różnych szczepów M. catarrhalis, konkretnie ATCC 25238, ATCC 25240, ATCC 43617, ATCC 43618, ATCC 43627 i ATCC 43628, aby uszeregować je od około 180 kDa do około 230 kDa (fig 9A), podczas gdy polipeptyd ze szczepu ATCC 49143 jak się okazuje, posiada masę cząsteczkową około 190 kDa (fig. 6).
Polipeptyd OMPlOó ze szczepu ATCC 49143 ekstrahowano z szkiełka z żelem i sekwencjonowano jego koniec N. Sekwencjonowanie pokazało, że koniec N polipeptydu OMPlOó z błony zewnętrznej ATCC 49143 jest
IGISEADGGKGGANARGDKSIAIGDIAQALGSQSIAIGDNKIV (SEQ ID nr. 1).
Oprócz tego, wyizolowano wewnętrzny peptyd OMPlOó wytworzony przez trawienie Lys-C (Fernandez i in., 1994, Anal. Biochem. 218: 112-117) i jego sekwencję określono jako
GTYLGGKK (SEQ ID nr: 2).
Zgłaszający utworzył trzy sondy oligonukleotydowe. Dwie sondy odpowiadają wewnętrznemu peptydowi GTYLGGKK, jedna posiada następującą sekwencję
GGNACNGTNCTNGGNGGNAARAAR (SEQ ID nr: 3), inna ma następującą sekwencję
GGNACNGTNTTRGGNGGNAARAAR (SEQ ID nr: 7).
189 374 lnna sonda Mc 5-72, kodująca wewnętrzny fragment (SEQ lD nr: 5) sekwencji aminoterminalnej OMP106 (SEQ lD nr: 1) posiada następującą sekwencję
GAAGCGGACGGGGGGAAAGGCGGAGCCAATGCGCGCGGTGATAAATCCATTGCTA TTGGTGACATTGCGCAA (SEQ lD nr: 4).
Hybrydyzacja sondy Mc 5-72 uzupełniająca trawienie Hindlll i Dral DNA M. catarrhalis w każdym przypadku wytwarzała pojedynczą wstęgę w analizie Southern biot (fig. 7). Wstęga hybrydyzacji w miejscu trawienia Hindlll ma wielkość w przybliżeniu 8,0 kb; wstęga hybrydyzacji miejsca trawienia Dral posiada wielkość w przybliżeniu 4,2 kb (fig. 7).
Ochrona polipeptydu OMP 106
Analiza Western biot ekstraktów białek błony zewnętrznej wielu szczepów M catarrhalis i gatunków pokrewnych wykazała, że przeciwciała anty-OMPlOó wiążą się z polipeptydem o około 180k D do około 230 kDa w wielu szczepach M catarrhalis, zarówno szczepach i odmianach HA jak i NHA (fig. 9A). Przeciwciała anty-OMPlOó nie wiążą się z żadnym polipeptydem w ekstrakcie białkowym bakterii pokrewnych (fig. 8A). Wyniki te pokazują, co następuje:
1) przeciwciała anty-OMPlOó można stosować do specyficznej identyfikacji i odróżniania M. catarrhalis od pokrewnych gatunków bakterii;
2) Polipeptyd OMPlOó można stosować do wytwarzania przeciwciał, które mają zastosowanie diagnostyczne przy identyfikacji M. catarrhalis;
3) Przeciwciała wobec polipeptydu OMPlOó jednego szczepu (np. OMPlOó ATCC 49143) można stosować do identyfikacji i izolacji odpowiadającego polipeptydu OMPlOó innych szczepów M. catarrhalis.
Co ciekawe, wyniki Western biot pokazują, że wiele szczepów NHA M. catarrhalis posiada polipeptyd OMPlOó w ekstraktach OG ich błon zewnętrznych. Odkrycie to i fakt, że barwienie srebrem OMP z ekstraktów błon zewnętrznych szczepów NHA M. catarrhalis po PAGE nie ujawnia wstęgi w zakresie 180 kDa do 230 kDa wskazuje, że polipeptyd OMPlOó podlega ekspresji w większości szczepów lub odmian M. catarrhalis lecz aby być aktywnym pod względem hemaglutynacji (to jest wiązać receptor na powierzchni komórki ssaka) lub barwić się srebrem, polipeptyd OMPlOó musi być odpowiednio modyfikowany w pewien sposób. Najwyraźniej tylko szczepy i odmiany HA są zdolne do odpowiedniej modyfikacji polipeptydu OMPlOó tak, że może on pośredniczyć w wiązaniu bakterii z receptorem hemaglutyniny na powierzchni komórki ssaka.
Przykład 2
Skuteczność szczepionki OMPlOó
Aktywność cytotoksyczna surowicy odpornościowej anty-OMPlOó
Zbadano aktywność cytotoksycznąprzeciwciał anty-OMPlOó, w której pośredniczy dopełniacz, aby określić siłę szczepionki polipeptydu OMPlOó. Wytworzono surowicę odpornościową polipeptydu OMPlOó odmiany HA ATCC 49143 jak opisano w powyższej części 6.1.8. Zbadano aktywność wstępnej surowicy odpornościowej i surowicę odpornościową anty-OMP106 w pośredniczeniu wiązania dopełniacza M. catarrhalis, przy użyciu (Serum Bactericidal Test” opisanego przez Zollingera i in., (lmmune Responses to Neisseria meningitidis, w Manual of Clinical Laboratory lmmunology, wyd. 3-cie, strony 347-349), z wyjątkiem tego, że stosowano komórki HA i NHA szczepów lub odmian M. catarrhalis zamiast komórek Neisseria meningitidis.
Wyniki ukazują, że surowica odpornościowa anty-OMPlOó pośredniczyła w wiązaniu dopełniacza odmiany HA heterologicznego M catarrhalis 43627, lecz nie odmiany NHA M. catarrhalis ATCC 43627 lub M catarrhalis NHA ATCC 8176. Tabela 3 omawia aktywność cytotoksyczną wstępnej surowicy odpornościowej i surowicy odpornościowej anty-OMP106, w której pośredniczy dopełniacz, przeciw odmianie HA ATCC 43627.
189 374
Tabela 3
Aktywność cytotoksyczna wstępnej surowicy odpornościowej i surowicy odpornościowej anty-OMP 106, w której pośredniczy dopełniacz
| Miano nytotokcynznel | ||
| Surowica wstępna | Anty-OMP 106 | |
| Doświadczenie 1 | 16 | 128 |
| Doświadczenie 2 | 8 | 64 |
Miano znajduje się w najwyższym rozcieńczeniu, przy którym surowica może pośredniczyć w wiązaniu dopełniacza odmiany HA ATCC 43627 (np. 16 oznacza bS-k^otne rozcieńczenie surowicy), wyższe liczby, wyzsza aktywność cytotoksyczna lub miano
Jak pokazano w tabeli 3, surowica odpornościowa anty-OMP 106 ma 8-krotnie większą aktywność nytotoksynzrą niż wstępna surowica odpornościowa. Odkrycie to wskazuje, że polipeptyd OMPlOó jest użyteczny jako szczepionka przeciw szczepom i odmianom HA M catarrhalis.
WYKAZ SEKWENCJI
1) INFORMACJE OGÓLNE:
i) ZG1ASZAJĄCY: TUCKER, KENNETH
PLOSILA, LAURA ii) TYTUŁ WYNALAZKU: POLIPEPTYD BIAŁKA 106 BŁONY ZEWNĘTRZNEJ
MORAXELLA CATARRHALIS, JEGO SEKWENCJA GENOWA I ZASTOSOWANIA iii) LICZBA SEKWENCJI: 8 iv) ADRES KORESPONDENCYJNY:
A) ADRES : PENNIE & EDMONDS
B) ULICA: 1155 Ayenue of the Amerinac
C) MIASTO: Nowy Jork
D) STAN: Nowy Jork
E) KRAJ: USA
F) KOD: 10036-2711
v) POSTAĆ ODCZYTYWALNA PRZEZ KOMPUTER:
A) TYP STEROWANIA: Stacja dysków
B) KOMPUTER: Zgodny z IBM PC
C) SYSTEM OPERACYJNY: PC-DOS/MS-DOS
D) OPROGRAMOWANIE: Patentln Realase #1,0, Wersja #1,30 vi) AKTUALNE DANE ZGŁOSZENIOWE:
A) NUMER ZGŁOSZENIA: US
B) DATA WYPEŁNIENIA:
C) KLASYFIKACJA:
viii) INFORMACJE COD UU^CO^OC^^^I^UU/P^^F^FLT^T^
A) NAZWISKO: Baldwin, Geraldine F.
189 374
B) NUMER REJESTRACYJNY: 31,232
C) NUMER ŚWIADECTWA/POZWOLENIA: 7969-045 ix) INFORMACJE TELEKOMUNIKACYJNE:
A) TELEFON: (212) 790-9090
B) TELEFAKS: (212) 869-8864
C) TELEKS: 66141 PEENIE 2) INFORMACJE O SEQ ID nr 1:
i) CECHY SEKWENCJI:
A) DŁUGOŚĆ: 43 aminokwasy
B) TYP: aminokwas
C) ILOŚĆ ŁAŃCUCHÓW:
D) TOPOLOGIA: nieznana ii) TYP CZĄSTECZKI: peptyd xi) OPIS SEKWENCJI: SEQ ID nr 1:
| Ile | Gly Ile | Ser | Glu Ala Asp Gly Gly 5 | Lys Gly 10 | Gly | Ala | Asn | ||||||
| Ala | Arg | Gly | Asp | Lys | Ser | Ile | Ala | Ile | Gly | Asp | Ile | Ala | Gln |
| 15 | 20 | 25 | |||||||||||
| Ala | Leu | Gly | Ser | Ile | Ala | Ile | Ala | Ile | Gly | Asp | Asn | Lys | Ile |
35 40
Val
2) INFORMACJE O SEQ ID nr 2:
i) CECHY SEKWENCJI:
A) DŁUGOŚĆ: 8 aminokwasów
B) TYP: aminokwas
C) ILOŚĆ ŁAŃCUCHÓW:
D) TOPOLOGIA: nieznana ii) TYP CZĄSTECZKI: peptyd
v) TYP FRAGMENTU: wewnętrzny xi) OPIS SEKWENCJI: SEQ ID nr 2:
Gly Thr Val Leu Gly Gly Lys Lys 1 5
2) INFORMACJE O SEQ ID nr 3: i) CECHY SEKWENCJI:
A) DŁUGOŚĆ: 24 pary zasad
B) TYP: kwas nukleinowy
189 374
C) ILOŚĆ ŁAŃCUCHÓW: nieznana
D) TOPOLOGIA: niezanana ii) TYP CZĄSTECZKI: inny kwas nukleinowy
A) OPIS: /opis = „sonda” xi) OPIS SEKWENCJI: SEQ ID nr 3:
GGNACNGTNC TNGGNGGNAA RAAR
2) INFORMACJE O SEQ ID nr 4: i) CECHY SEKWENCJI:
| A) | DŁUGOŚĆ: 72 pary zasad |
| B) | TYP: kwas nukleinowy |
| C) | ILOŚĆ ŁAŃCUCHÓW: pojedyncza |
| D) | TOPOLOGIA: niezanana |
| ii) TYP CZĄSTECZKI: genomowy kwas nukleinowy | |
| ix) WŁAŚCIWOŚĆ: | |
| A) | NAZWA/KLUCZ: CDS |
| B) | POŁOŻENIE: 1..72 |
xi) OPIS SEKWENCJI: SEQ ID nr 4:
| GAA | GCG | GAC | GGG | GGG | AAA | GGC | GGA | GCC | AAT | GCG | CGC | GGT | GAT |
| Glu | Ala | Asp | Gly | Gly | Lys | Gly | Gly | Ala | Asn | Ala | Arg | Gly | Asp |
| 1 | 5 | 10 | |||||||||||
| AAA | TCC | ATT | GCT | ATT | GGT | GAC | ATT | GCG | CAA | ||||
| Lys | Ser | Ile | Ala | Ile | Gly | Asp | Ile | Ala | Gln |
20
2) INFORMACJE O SEQ ID nr 5:
i) CECHY SEKWENCJI:
A) DŁUGOŚĆ: 24 aminokwasy
B) TYP: aminokwas
D) TOPOLOGIA: liniowa ii) TYP CZĄSTECZKI: białko xi) OPIS SEKWENCJI: SEQ ID nr 5:
Glu Ala Asp Gly Gly Lys Gly Gly Ala Asn Ala Arg Gly Asp 15 10
Lys Ser Ile Ala Ile Gly Asp Ile Ala Gln
189 374
2) INFORMACJE O SEQ ID nr 6:
i) CECHY SEKWENCJI:
A) DŁUGOŚĆ: 24 pary zasad
B) TYP: kwas nukleinowy
C) ILOŚĆ ŁAŃCUCHÓW: nieznana
D) TOPOLOGIA: niezanana ii) TYP CZĄSTECZKI: inny kwas nukleinowy A) OPIS: /opis = „sonda” xi) OPIS SEKWENCJI: SEQ ID nr 6: YTTYTTNCCN CCYAANACNG TNCC
2) INFORMACJE O SEQ ID nr 7:
i) CECHY SEKWENCJI:
A) DŁUGOŚĆ: 24 pary zasad
B) TYP: kwas nukleinowy
C) ILOŚĆ ŁAŃCUCHÓW: nieznana
D) TOPOLOGIA: niezanana ii) TYP CZĄSTECZKI: inny kwas nukleinowy A) OPIS: /opis = „sonda” xi) OPIS SEKWENCJI: SEQ ID nr 7:
GGNACNGTNT TRGGNGGNAA RAAR
2) INFORMACJE O SEQ ID nr 8:
i) CECHY SEKWENCJI:
A) DŁUGOŚĆ: 24 pary zasad
B) TYP: kwas nukleinowy
C) ILOŚĆ ŁAŃCUCHÓW: nieznana
D) TOPOLOGIA: niezanana ii) TYP CZĄSTECZKI: inny kwas nukleinowy A) OPIS: /opis - „sonda” xi) OPIS SEKWENCJI: SEQ ID nr 8: YTTYTTNCCN CCYAANACNG TNCC
Departament Wydawnictw UP RP. Nakład 50 egz.
Cena 4,00 zł.
Claims (10)
- Zastrzeżenia patentowe1. Izolowana cząsteczka kwasu nukleinowego, znamienna tym, że zawiera sekwencję nuleotydową kodującą polipeptyd OMP106, który jest polipeptydem błony zewnętrznej Moraxella catarrhalis i ma masę cząsteczkową około 180000 do około 230000, jak określono przez elektroforezę w żelu poliakryloamidowym z SDS przy użyciu miozyny mięśnia szkieletowego królika i β-galaktozydazy E. coli jako standardów masy cząsteczkowej o odpowiednio 200000 i 116250 i który zawiera sekwencję SEQ ID nr: 1 lub SEQ ID nr: 1 i SEQ ID nr: 2.
- 2. Cząsteczka kwasu nukleinowego według zastrz. 1, znamienna tym, że Moraxella catarrhalis jest odmianą hemaglutynującą.
- 3. Zastosowanie cząsteczki kwasu nukleinowego opisanej w zastrz. 1, do wytwarzania kompozycji do zastosowania w identyfikacji Iub diagnozowaniu infekcji M. catarrhalis.
- 4. Izolowana cząsteczka kwasu nukleinowego znamienna tym, że zawiera sekwencję nukleotydową kodującą peptyd o sekwencji SEQ ID nr: 1.
- 5. Cząsteczka kwasu nukleinowego według zastrz. 4, znamienna tym, że Moraxella catarrhalis jest odmianą hemaglutynującą.
- 6. Zastosowanie cząsteczki kwasu nukleinowego opisanej w zastrz. 4, do wytwarzania kompozycji do zastosowania w identyfikacji Iub diagnozowaniu infekcji M. catarrhalis.
- 7. Izolowana cząsteczka kwasu nukleinowego kodująca polipeptyd OMPlOó, znamienna tym, że zawiera sekwencję nukleotydową, która hybrydyzuje w bardzo surowych warunkach z sekwencją o SEQ ID nr: 4 Iub sekwencją komplementarną SEQ ID nr: 4.
- 8. Cząsteczka kwasu nukleinowego według zastrz. 7, znamienna tym, że zawiera sekwencję SEQ ID nr: 4 Iub sekwencję komplementarną SEQ ID nr: 4.
- 9. Cząsteczka kwasu nukleinowego według zastrz. 7 albo 8, znamienna tym, że Moraxella catarrhalis jest odmianą hemaglutynującą.
- 10. Zastosowanie cząsteczki kwasu nukleinowego opisanej w zastrz. 7, do wytwarzania kompozycji do zastosowania w identyfikacji Iub diagnozowaniu infekcji M catarrhalis.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US08/642,712 US7341727B1 (en) | 1996-05-03 | 1996-05-03 | M. catarrhalis outer membrane protein-106 polypeptide, methods of eliciting an immune response comprising same |
| PCT/US1997/007679 WO1997041731A1 (en) | 1996-05-03 | 1997-04-28 | Moraxella catarrhalis outer membrane protein-106 polypeptide, gene sequence and uses thereof |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL189374B1 true PL189374B1 (pl) | 2005-07-29 |
Family
ID=24577687
Family Applications (3)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL97330935A PL189995B1 (pl) | 1996-05-03 | 1997-04-28 | Izolowany polipeptyd OMP106, fragment polipeptydowy, szczepionka, kompozycja antygenowa oraz zastosowanie polipeptydu OMP106 i jego fragmentu |
| PL97366360A PL189375B1 (pl) | 1996-05-03 | 1997-04-28 | Izolowane przeciwciało i jego zastosowanie |
| PL97366359A PL189374B1 (pl) | 1996-05-03 | 1997-04-28 | Izolowana cząsteczka kwasu nukleinowego i jej zastosowanie |
Family Applications Before (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL97330935A PL189995B1 (pl) | 1996-05-03 | 1997-04-28 | Izolowany polipeptyd OMP106, fragment polipeptydowy, szczepionka, kompozycja antygenowa oraz zastosowanie polipeptydu OMP106 i jego fragmentu |
| PL97366360A PL189375B1 (pl) | 1996-05-03 | 1997-04-28 | Izolowane przeciwciało i jego zastosowanie |
Country Status (26)
| Country | Link |
|---|---|
| US (6) | US7341727B1 (pl) |
| EP (1) | EP0900025B1 (pl) |
| JP (2) | JP4401437B2 (pl) |
| CN (2) | CN100415871C (pl) |
| AR (1) | AR006999A1 (pl) |
| AT (1) | ATE244016T1 (pl) |
| AU (1) | AU723528B2 (pl) |
| BG (1) | BG64832B1 (pl) |
| BR (1) | BR9711090A (pl) |
| CA (1) | CA2253636C (pl) |
| CZ (1) | CZ298034B6 (pl) |
| DE (1) | DE69723254T2 (pl) |
| EA (1) | EA002743B1 (pl) |
| EE (1) | EE04684B1 (pl) |
| ES (1) | ES2202624T3 (pl) |
| GE (1) | GEP20022695B (pl) |
| HK (2) | HK1021299A1 (pl) |
| HU (1) | HU223004B1 (pl) |
| NO (2) | NO324816B1 (pl) |
| NZ (1) | NZ332896A (pl) |
| PL (3) | PL189995B1 (pl) |
| SK (1) | SK284812B6 (pl) |
| TW (1) | TW541314B (pl) |
| UA (1) | UA68332C2 (pl) |
| WO (1) | WO1997041731A1 (pl) |
| ZA (1) | ZA973809B (pl) |
Families Citing this family (71)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6440425B1 (en) * | 1995-05-01 | 2002-08-27 | Aventis Pasteur Limited | High molecular weight major outer membrane protein of moraxella |
| US6335018B1 (en) * | 1995-05-01 | 2002-01-01 | Aventis Pasteur Limited | High molecular weight major outer membrane protein of moraxella |
| US7341727B1 (en) * | 1996-05-03 | 2008-03-11 | Emergent Product Development Gaithersburg Inc. | M. catarrhalis outer membrane protein-106 polypeptide, methods of eliciting an immune response comprising same |
| AUPO652897A0 (en) | 1997-04-30 | 1997-05-29 | University Of Melbourne, The | Synthetic peptide constructs for the diagnosis and treatment of periodontitis |
| GB9714276D0 (en) | 1997-07-08 | 1997-09-10 | Univ Dundee | Peptides and related compounds |
| US8129500B2 (en) * | 1997-12-10 | 2012-03-06 | Csl Limited | Porphyromonas gingivalis polypeptides and nucleotides |
| GB9808720D0 (en) | 1998-04-23 | 1998-06-24 | Smithkline Beecham Biolog | Novel compounds |
| GB9810084D0 (en) | 1998-05-11 | 1998-07-08 | Cortecs Uk Ltd | Proteins |
| US6627728B1 (en) | 1998-05-12 | 2003-09-30 | Smithkline Beecham Biologicals S.A. | Compounds from moraxella catarrhalis |
| GB9810193D0 (en) * | 1998-05-12 | 1998-07-08 | Smithkline Beecham Biolog | Novel compounds |
| GB9810285D0 (en) | 1998-05-13 | 1998-07-15 | Smithkline Beecham Biolog | Novel compounds |
| US6541616B1 (en) | 1998-10-01 | 2003-04-01 | Antex Biologics Inc. | Moraxella catarrhalis protein, gene sequence and uses thereof |
| HU228499B1 (en) | 1999-03-19 | 2013-03-28 | Smithkline Beecham Biolog | Streptococcus vaccine |
| US6673910B1 (en) | 1999-04-08 | 2004-01-06 | Genome Therapeutics Corporation | Nucleic acid and amino acid sequences relating to M. catarrhalis for diagnostics and therapeutics |
| WO2000071724A2 (en) * | 1999-05-24 | 2000-11-30 | Smithkline Beecham Biologicals S.A. | Novel compounds from moraxella catarrhalis |
| GB9915031D0 (en) * | 1999-06-25 | 1999-08-25 | Smithkline Beecham Biolog | Novel compounds |
| AU1383901A (en) * | 1999-09-14 | 2001-04-17 | Smithkline Beecham Biologicals (Sa) | Novel compounds |
| GB9921691D0 (en) * | 1999-09-14 | 1999-11-17 | Smithkline Beecham Sa | Novel compounds |
| GB0022742D0 (en) | 2000-09-15 | 2000-11-01 | Smithkline Beecham Biolog | Vaccine |
| GB0103171D0 (en) | 2001-02-08 | 2001-03-28 | Smithkline Beecham Biolog | Vaccine composition |
| SE0102410D0 (sv) | 2001-07-04 | 2001-07-04 | Arne Forsgren | Novel surface exposed immunoglobulin D-binding protein from moraxella catarrhalis |
| WO2004015099A2 (en) | 2002-08-02 | 2004-02-19 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Vaccine composition comprising lipooligosaccharide with reduced phase variability |
| EP2425855A1 (en) | 2005-04-08 | 2012-03-07 | Wyeth LLC | Multivalent pneumococcal polysaccharide-protein conjugate composition |
| CN100357318C (zh) * | 2005-10-11 | 2007-12-26 | 中山大学 | 美人鱼发光杆菌外膜蛋白w和编码序列及其制备方法和应用 |
| TWI457133B (zh) | 2005-12-13 | 2014-10-21 | Glaxosmithkline Biolog Sa | 新穎組合物 |
| LT3017827T (lt) | 2005-12-22 | 2019-01-10 | Glaxosmithkline Biologicals S.A. | Pneumokokinė polisacharidinė konjuguota vakcina |
| GB0607088D0 (en) | 2006-04-07 | 2006-05-17 | Glaxosmithkline Biolog Sa | Vaccine |
| ZA200805602B (en) | 2006-01-17 | 2009-12-30 | Arne Forsgren | A novel surface exposed haemophilus influenzae protein (protein E; pE) |
| CA2652957A1 (en) | 2006-06-27 | 2008-01-03 | Oral Health Australia Pty Ltd. | Porphyromonas gingivalis polypeptides useful in the prevention of periodontal disease |
| KR20100045445A (ko) | 2007-06-26 | 2010-05-03 | 글락소스미스클라인 바이오로지칼즈 에스.에이. | 스트렙토코쿠스 뉴모니애 캡슐 다당류 컨쥬게이트를 포함하는 백신 |
| EP2176413A4 (en) | 2007-07-12 | 2012-08-01 | Oral Health Australia Pty Ltd | IMMUNOLOGY TREATMENT FOR BIOFILMS |
| WO2009006699A1 (en) * | 2007-07-12 | 2009-01-15 | Oral Health Australia Pty Ltd | Biofilm treatment |
| US8642046B2 (en) * | 2007-10-09 | 2014-02-04 | Tufts University | Cholera vaccines |
| CN107266582B (zh) | 2008-08-29 | 2021-09-10 | 口腔健康澳洲私人有限公司 | 牙龈卟啉单胞菌感染的预防、治疗和诊断 |
| US8140041B2 (en) * | 2009-08-27 | 2012-03-20 | Mediatek Inc. | Tunable capacitive device with linearization technique employed therein |
| ES2366735B1 (es) * | 2009-10-08 | 2012-09-13 | Fundación Pública Andaluza Para La Gestión De La Investigación En Salud De Sevilla | Vacuna frente a acinetobacter baumannii. |
| US9700889B2 (en) | 2009-11-23 | 2017-07-11 | Cyvek, Inc. | Methods and systems for manufacture of microarray assay systems, conducting microfluidic assays, and monitoring and scanning to obtain microfluidic assay results |
| US10065403B2 (en) | 2009-11-23 | 2018-09-04 | Cyvek, Inc. | Microfluidic assay assemblies and methods of manufacture |
| US9855735B2 (en) | 2009-11-23 | 2018-01-02 | Cyvek, Inc. | Portable microfluidic assay devices and methods of manufacture and use |
| US9759718B2 (en) | 2009-11-23 | 2017-09-12 | Cyvek, Inc. | PDMS membrane-confined nucleic acid and antibody/antigen-functionalized microlength tube capture elements, and systems employing them, and methods of their use |
| CN102713621B (zh) | 2009-11-23 | 2016-10-19 | 西维克公司 | 用于施行化验的方法和设备 |
| US10022696B2 (en) | 2009-11-23 | 2018-07-17 | Cyvek, Inc. | Microfluidic assay systems employing micro-particles and methods of manufacture |
| WO2013134742A2 (en) | 2012-03-08 | 2013-09-12 | Cyvek, Inc | Micro-tube particles for microfluidic assays and methods of manufacture |
| US9500645B2 (en) | 2009-11-23 | 2016-11-22 | Cyvek, Inc. | Micro-tube particles for microfluidic assays and methods of manufacture |
| GB201003924D0 (en) | 2010-03-09 | 2010-04-21 | Glaxosmithkline Biolog Sa | Immunogenic composition |
| GB201003922D0 (en) | 2010-03-09 | 2010-04-21 | Glaxosmithkline Biolog Sa | Conjugation process |
| JP2013521770A (ja) | 2010-03-10 | 2013-06-13 | グラクソスミスクライン バイオロジカルズ ソシエテ アノニム | ワクチン組成物 |
| WO2011130434A2 (en) | 2010-04-13 | 2011-10-20 | Celldex Therapeutics Inc. | Antibodies that bind human cd27 and uses thereof |
| US8501197B2 (en) | 2010-04-30 | 2013-08-06 | The Research Foundation for The State of New York | Compositions and methods for stimulating immune response against Moraxella catarrhalis |
| GB201103836D0 (en) | 2011-03-07 | 2011-04-20 | Glaxosmithkline Biolog Sa | Conjugation process |
| WO2012129455A2 (en) | 2011-03-22 | 2012-09-27 | Cyvek, Inc | Microfluidic devices and methods of manufacture and use |
| RU2481401C2 (ru) * | 2011-07-15 | 2013-05-10 | Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Уральская государственная медицинская академия Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации" (ГОУ ВПО УГМА Минздравсоцразвития России) | СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ β-ЛАКТАМАЗОПРОДУЦИРУЮЩИХ ОКСИДАЗОПОЗИТИВНЫХ ГРАМОТРИЦАТЕЛЬНЫХ ДИПЛОКОККОВ, ПОДОЗРИТЕЛЬНЫХ НА ПРИНАДЛЕЖНОСТЬ К MORAХELLA (BRANCHAMELLA) CATARRHALIS |
| US11210432B2 (en) * | 2013-08-20 | 2021-12-28 | Janus Technologies, Inc. | Method and apparatus for selectively snooping and capturing data for secure computer interfaces |
| EP3268037B1 (en) | 2015-03-09 | 2022-08-31 | Celldex Therapeutics, Inc. | Cd27 agonists |
| GB201518684D0 (en) | 2015-10-21 | 2015-12-02 | Glaxosmithkline Biolog Sa | Vaccine |
| US10228367B2 (en) | 2015-12-01 | 2019-03-12 | ProteinSimple | Segmented multi-use automated assay cartridge |
| EP3445783A2 (en) | 2016-04-18 | 2019-02-27 | Celldex Therapeutics, Inc. | Agonistic antibodies that bind human cd40 and uses thereof |
| GB201621686D0 (en) | 2016-12-20 | 2017-02-01 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Novel methods for inducing an immune response |
| JP7291633B2 (ja) | 2017-05-30 | 2023-06-15 | グラクソスミスクライン バイオロジカルズ ソシエテ アノニム | アジュバントを製造する方法 |
| CA3083078A1 (en) | 2017-12-01 | 2019-06-06 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Saponin purification |
| BR112020021271A2 (pt) | 2018-04-17 | 2021-01-26 | Celldex Therapeutics, Inc. | construtos bispecíficos e anticorpos anti- cd27 e anti-pd-l1 |
| MX2021001479A (es) | 2018-08-07 | 2021-04-28 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Novedosos procesos y vacunas. |
| CN111157735B (zh) * | 2018-11-07 | 2023-02-07 | 广州万孚生物技术股份有限公司 | 凝集性卡他莫拉菌单克隆抗体及其制备方法和应用 |
| US20220339282A1 (en) | 2018-11-29 | 2022-10-27 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Methods for manufacturing an adjuvant |
| WO2020123444A1 (en) | 2018-12-11 | 2020-06-18 | Celldex Therapeutics, Inc. | Methods of using cd27 antibodies as conditioning treatment for adoptive cell therapy |
| US20220235095A1 (en) | 2019-06-05 | 2022-07-28 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Saponin purification |
| CN111778226B (zh) * | 2020-07-21 | 2022-04-05 | 东北师范大学 | 一种水稻耐碱胁迫相关的质膜H+-ATPase蛋白及其应用 |
| AU2022253269A1 (en) | 2021-04-09 | 2023-11-23 | Celldex Therapeutics, Inc. | Antibodies against ilt4, bispecific anti-ilt4/pd-l1 antibody and uses thereof |
| WO2023077521A1 (en) | 2021-11-08 | 2023-05-11 | Celldex Therapeutics, Inc | Anti-ilt4 and anti-pd-1 bispecific constructs |
| GB202205833D0 (en) | 2022-04-21 | 2022-06-08 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Bacteriophage |
| WO2024017827A1 (en) | 2022-07-19 | 2024-01-25 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Continuous process for vaccine production |
Family Cites Families (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4675176A (en) * | 1983-12-12 | 1987-06-23 | Norden Laboratories | Moraxella bovis protease vaccine |
| US4879213A (en) * | 1986-12-05 | 1989-11-07 | Scripps Clinic And Research Foundation | Synthetic polypeptides and antibodies related to Epstein-Barr virus early antigen-diffuse |
| US5552146A (en) * | 1991-08-15 | 1996-09-03 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Methods and compositions relating to useful antigens of Moraxella catarrhalis |
| US5607846A (en) | 1994-05-17 | 1997-03-04 | Research Foundation Of State University Of New York | Vaccine for moraxella catarrhalis |
| US6440425B1 (en) | 1995-05-01 | 2002-08-27 | Aventis Pasteur Limited | High molecular weight major outer membrane protein of moraxella |
| US6335018B1 (en) * | 1995-05-01 | 2002-01-01 | Aventis Pasteur Limited | High molecular weight major outer membrane protein of moraxella |
| US7341727B1 (en) * | 1996-05-03 | 2008-03-11 | Emergent Product Development Gaithersburg Inc. | M. catarrhalis outer membrane protein-106 polypeptide, methods of eliciting an immune response comprising same |
| GB9809683D0 (en) * | 1998-05-06 | 1998-07-01 | Smithkline Beecham Biolog | Novel compounds |
| GB9812163D0 (en) * | 1998-06-05 | 1998-08-05 | Smithkline Beecham Biolog | Novel compounds |
-
1996
- 1996-05-03 US US08/642,712 patent/US7341727B1/en not_active Expired - Fee Related
-
1997
- 1997-04-28 CA CA002253636A patent/CA2253636C/en not_active Expired - Fee Related
- 1997-04-28 WO PCT/US1997/007679 patent/WO1997041731A1/en active IP Right Grant
- 1997-04-28 GE GEAP19974595A patent/GEP20022695B/en unknown
- 1997-04-28 CN CNB2005100924509A patent/CN100415871C/zh not_active Expired - Fee Related
- 1997-04-28 NZ NZ332896A patent/NZ332896A/en not_active IP Right Cessation
- 1997-04-28 UA UA98126370A patent/UA68332C2/uk unknown
- 1997-04-28 DE DE69723254T patent/DE69723254T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1997-04-28 CZ CZ0352498A patent/CZ298034B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1997-04-28 PL PL97330935A patent/PL189995B1/pl not_active IP Right Cessation
- 1997-04-28 EA EA199800973A patent/EA002743B1/ru not_active IP Right Cessation
- 1997-04-28 BR BR9711090A patent/BR9711090A/pt not_active Application Discontinuation
- 1997-04-28 PL PL97366360A patent/PL189375B1/pl not_active IP Right Cessation
- 1997-04-28 PL PL97366359A patent/PL189374B1/pl not_active IP Right Cessation
- 1997-04-28 AU AU31180/97A patent/AU723528B2/en not_active Ceased
- 1997-04-28 ES ES97926409T patent/ES2202624T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1997-04-28 EP EP97926409A patent/EP0900025B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1997-04-28 JP JP54015697A patent/JP4401437B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 1997-04-28 CN CNB971959900A patent/CN1222618C/zh not_active Expired - Fee Related
- 1997-04-28 AT AT97926409T patent/ATE244016T1/de not_active IP Right Cessation
- 1997-04-28 SK SK1509-98A patent/SK284812B6/sk not_active IP Right Cessation
- 1997-04-28 EE EE9800373A patent/EE04684B1/xx not_active IP Right Cessation
- 1997-04-28 HU HU9902695A patent/HU223004B1/hu not_active IP Right Cessation
- 1997-05-01 TW TW086105809A patent/TW541314B/zh not_active IP Right Cessation
- 1997-05-02 ZA ZA9703809A patent/ZA973809B/xx unknown
- 1997-05-05 AR ARP970101850A patent/AR006999A1/es active IP Right Grant
- 1997-11-12 US US08/968,685 patent/US6214981B1/en not_active Expired - Fee Related
-
1998
- 1998-11-02 NO NO19985113A patent/NO324816B1/no not_active IP Right Cessation
- 1998-12-02 BG BG102983A patent/BG64832B1/bg unknown
-
2000
- 2000-01-18 HK HK00100316A patent/HK1021299A1/xx not_active IP Right Cessation
-
2001
- 2001-03-20 US US09/813,214 patent/US7128910B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2006
- 2006-08-18 NO NO20063711A patent/NO20063711L/no not_active Application Discontinuation
- 2006-10-16 US US11/580,854 patent/US7576179B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2007
- 2007-01-12 HK HK07100467.7A patent/HK1095358A1/xx not_active IP Right Cessation
- 2007-10-26 US US11/925,586 patent/US20080145916A1/en not_active Abandoned
-
2008
- 2008-01-10 JP JP2008003407A patent/JP2008161194A/ja active Pending
-
2009
- 2009-08-14 US US12/541,701 patent/US7914795B2/en not_active Expired - Fee Related
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| PL189374B1 (pl) | Izolowana cząsteczka kwasu nukleinowego i jej zastosowanie | |
| US7846451B2 (en) | Moraxella catarrhalis protein, nucleic acid sequence and uses thereof | |
| ZA200101755B (en) | Neisseria SPP. Polypeptide, nucleic acid sequence and uses thereof. | |
| KR100500000B1 (ko) | 모락셀라카타르할리스외측막단백질-16폴리펩티드,이의유전자서열및이의용도 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| LAPS | Decisions on the lapse of the protection rights |
Effective date: 20100428 |