PL184836B1 - Sekwencja nukleotydowa polipeptyd kodowany przez tę sekwencję, szczep szczepionkowy, szczepionka, kompozycja diagnostyczna i sposób odróżniania zwierząt szczepionych - Google Patents
Sekwencja nukleotydowa polipeptyd kodowany przez tę sekwencję, szczep szczepionkowy, szczepionka, kompozycja diagnostyczna i sposób odróżniania zwierząt szczepionychInfo
- Publication number
- PL184836B1 PL184836B1 PL95317755A PL31775595A PL184836B1 PL 184836 B1 PL184836 B1 PL 184836B1 PL 95317755 A PL95317755 A PL 95317755A PL 31775595 A PL31775595 A PL 31775595A PL 184836 B1 PL184836 B1 PL 184836B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- amino acid
- nucleotide sequence
- strain
- polypeptide
- pestivirus
- Prior art date
Links
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 title claims abstract description 87
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 title claims abstract description 87
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 title claims abstract description 87
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 title claims description 35
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 title description 4
- 230000002265 prevention Effects 0.000 title description 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 167
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 167
- 241000710777 Classical swine fever virus Species 0.000 claims abstract description 135
- 241000710778 Pestivirus Species 0.000 claims abstract description 108
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims abstract description 104
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 58
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims abstract description 54
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims abstract description 50
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims abstract description 9
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 claims description 75
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 57
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 55
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 55
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 55
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 55
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 40
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims description 39
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims description 39
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 34
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 33
- 241000710780 Bovine viral diarrhea virus 1 Species 0.000 claims description 31
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims description 31
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 29
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 28
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 28
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 28
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 claims description 26
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 24
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 23
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 claims description 22
- 241001118702 Border disease virus Species 0.000 claims description 21
- 244000052769 pathogen Species 0.000 claims description 14
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 claims description 14
- 238000013519 translation Methods 0.000 claims description 14
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims description 11
- 230000003053 immunization Effects 0.000 claims description 6
- 238000002649 immunization Methods 0.000 claims description 5
- 230000027455 binding Effects 0.000 abstract description 31
- 239000013558 reference substance Substances 0.000 abstract description 16
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 9
- 239000007787 solid Substances 0.000 abstract description 4
- 235000013351 cheese Nutrition 0.000 description 99
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 66
- RLMISHABBKUNFO-WHFBIAKZSA-N Ala-Ala-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O RLMISHABBKUNFO-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 64
- COYHRQWNJDJCNA-NUJDXYNKSA-N Thr-Thr-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O COYHRQWNJDJCNA-NUJDXYNKSA-N 0.000 description 62
- BYXHQQCXAJARLQ-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ala-Ala Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O BYXHQQCXAJARLQ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 56
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 55
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 54
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 46
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 45
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 45
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 45
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 41
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 41
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 35
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 31
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 28
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 25
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 19
- JMNQYAXOMXHZAP-ZETCQYMHSA-N (2s)-5-(diaminomethylideneamino)-2-(propylamino)pentanoic acid Chemical compound CCCN[C@H](C(O)=O)CCCNC(N)=N JMNQYAXOMXHZAP-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 18
- 101001114132 Naja sputatrix Neutral phospholipase A2 B Proteins 0.000 description 18
- 101001114133 Naja sputatrix Neutral phospholipase A2 muscarinic inhibitor Proteins 0.000 description 18
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 18
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 17
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 17
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 16
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 16
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 15
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 14
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 14
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 13
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 13
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 12
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 12
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 12
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 12
- 108091092724 Noncoding DNA Proteins 0.000 description 11
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 11
- VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N glycyl-DL-alpha-alanine Natural products OC(=O)C(C)NC(=O)CN VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 11
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 10
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 10
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 10
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 9
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 9
- 229940031626 subunit vaccine Drugs 0.000 description 9
- 108010061238 threonyl-glycine Proteins 0.000 description 9
- 108010073969 valyllysine Proteins 0.000 description 9
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 8
- YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N N-L-alpha-glutamyl-L-leucine Natural products CC(C)CC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CCC(O)=O YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 108010038633 aspartylglutamate Proteins 0.000 description 8
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 8
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 8
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 8
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 8
- 239000000047 product Substances 0.000 description 8
- 238000012286 ELISA Assay Methods 0.000 description 7
- 238000011161 development Methods 0.000 description 7
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 7
- 108010050848 glycylleucine Proteins 0.000 description 7
- 108010015792 glycyllysine Proteins 0.000 description 7
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 7
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 7
- 101100480489 Arabidopsis thaliana TAAC gene Proteins 0.000 description 6
- 208000001726 Classical Swine Fever Diseases 0.000 description 6
- 206010019133 Hangover Diseases 0.000 description 6
- 108010079364 N-glycylalanine Proteins 0.000 description 6
- 101710185720 Putative ethidium bromide resistance protein Proteins 0.000 description 6
- 108010047495 alanylglycine Proteins 0.000 description 6
- KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N alpha-L-glutamyl-L-glutamic acid Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 6
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 6
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 6
- 108010049041 glutamylalanine Proteins 0.000 description 6
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 6
- 108010034529 leucyl-lysine Proteins 0.000 description 6
- 108010057821 leucylproline Proteins 0.000 description 6
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 6
- 230000003472 neutralizing effect Effects 0.000 description 6
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 6
- 230000000405 serological effect Effects 0.000 description 6
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 6
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 6
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 6
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 6
- 101150029662 E1 gene Proteins 0.000 description 5
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 5
- SITLTJHOQZFJGG-UHFFFAOYSA-N N-L-alpha-glutamyl-L-valine Natural products CC(C)C(C(O)=O)NC(=O)C(N)CCC(O)=O SITLTJHOQZFJGG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108010002311 N-glycylglutamic acid Proteins 0.000 description 5
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 5
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 description 5
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 5
- 108010054155 lysyllysine Proteins 0.000 description 5
- 108010017391 lysylvaline Proteins 0.000 description 5
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 5
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 5
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 5
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 5
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 4
- 206010008631 Cholera Diseases 0.000 description 4
- IKAIKUBBJHFNBZ-LURJTMIESA-N Gly-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN IKAIKUBBJHFNBZ-LURJTMIESA-N 0.000 description 4
- VPZXBVLAVMBEQI-VKHMYHEASA-N Glycyl-alanine Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)CN VPZXBVLAVMBEQI-VKHMYHEASA-N 0.000 description 4
- 102100034349 Integrase Human genes 0.000 description 4
- 108020004684 Internal Ribosome Entry Sites Proteins 0.000 description 4
- XBBKIIGCUMBKCO-JXUBOQSCSA-N Leu-Ala-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O XBBKIIGCUMBKCO-JXUBOQSCSA-N 0.000 description 4
- NPBGTPKLVJEOBE-IUCAKERBSA-N Lys-Arg Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCNC(N)=N NPBGTPKLVJEOBE-IUCAKERBSA-N 0.000 description 4
- NKKFVJRLCCUJNA-QWRGUYRKSA-N Lys-Gly-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN NKKFVJRLCCUJNA-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 4
- 208000004571 Pestivirus Infections Diseases 0.000 description 4
- AWJGUZSYVIVZGP-YUMQZZPRSA-N Pro-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 AWJGUZSYVIVZGP-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 4
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 4
- 241001672648 Vieira Species 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 4
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 4
- AIYUHDOJVYHVIT-UHFFFAOYSA-M caesium chloride Chemical compound [Cl-].[Cs+] AIYUHDOJVYHVIT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 108091092330 cytoplasmic RNA Proteins 0.000 description 4
- 239000012091 fetal bovine serum Substances 0.000 description 4
- 108010063718 gamma-glutamylaspartic acid Proteins 0.000 description 4
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 4
- 108010055341 glutamyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 4
- 108010089804 glycyl-threonine Proteins 0.000 description 4
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 4
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 4
- PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N isoamylol Chemical compound CC(C)CCO PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 4
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 4
- 108010053725 prolylvaline Proteins 0.000 description 4
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 4
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 4
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 4
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 3
- IASNWHAGGYTEKX-IUCAKERBSA-N Arg-Arg-Gly Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)NCC(O)=O IASNWHAGGYTEKX-IUCAKERBSA-N 0.000 description 3
- NXTYATMDWQYLGJ-BQBZGAKWSA-N Cys-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CS NXTYATMDWQYLGJ-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 3
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 3
- 241000710781 Flaviviridae Species 0.000 description 3
- 241001200922 Gagata Species 0.000 description 3
- JZDHUJAFXGNDSB-WHFBIAKZSA-N Glu-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O JZDHUJAFXGNDSB-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 3
- JSIQVRIXMINMTA-ZDLURKLDSA-N Glu-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O JSIQVRIXMINMTA-ZDLURKLDSA-N 0.000 description 3
- SITLTJHOQZFJGG-XPUUQOCRSA-N Glu-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O SITLTJHOQZFJGG-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 3
- IEFJWDNGDZAYNZ-BYPYZUCNSA-N Gly-Glu Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O IEFJWDNGDZAYNZ-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 3
- 125000002707 L-tryptophyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C2C(C([C@](N([H])[H])(C(=O)[*])[H])([H])[H])=C([H])N([H])C2=C1[H] 0.000 description 3
- KVOFSTUWVSQMDK-KKUMJFAQSA-N Leu-His-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)CC(C)C)CC1=CN=CN1 KVOFSTUWVSQMDK-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 3
- YQAIUOWPSUOINN-IUCAKERBSA-N Lys-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN YQAIUOWPSUOINN-IUCAKERBSA-N 0.000 description 3
- KZNQNBZMBZJQJO-UHFFFAOYSA-N N-glycyl-L-proline Natural products NCC(=O)N1CCCC1C(O)=O KZNQNBZMBZJQJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- HWMGTNOVUDIKRE-UWVGGRQHSA-N Phe-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 HWMGTNOVUDIKRE-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 3
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 3
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 3
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 3
- IOWJRKAVLALBQB-IWGUZYHVSA-N Thr-Asp Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O IOWJRKAVLALBQB-IWGUZYHVSA-N 0.000 description 3
- YMTOEGGOCHVGEH-IHRRRGAJSA-N Val-Lys-Lys Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O YMTOEGGOCHVGEH-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 3
- GVRKWABULJAONN-VQVTYTSYSA-N Val-Thr Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O GVRKWABULJAONN-VQVTYTSYSA-N 0.000 description 3
- 108020000999 Viral RNA Proteins 0.000 description 3
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 3
- 108010047857 aspartylglycine Proteins 0.000 description 3
- 108010092854 aspartyllysine Proteins 0.000 description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 3
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 3
- 108010077515 glycylproline Proteins 0.000 description 3
- 108010037850 glycylvaline Proteins 0.000 description 3
- 108010025306 histidylleucine Proteins 0.000 description 3
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 3
- 238000011999 immunoperoxidase monolayer assay Methods 0.000 description 3
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 3
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 3
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 3
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- RVLOMLVNNBWRSR-KNIFDHDWSA-N (2s)-2-aminopropanoic acid;(2s)-2,6-diaminohexanoic acid Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O.NCCCC[C@H](N)C(O)=O RVLOMLVNNBWRSR-KNIFDHDWSA-N 0.000 description 2
- BZSALXKCVOJCJJ-IPEMHBBOSA-N (4s)-4-[[(2s)-2-acetamido-3-methylbutanoyl]amino]-5-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[(2s,3r)-1-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[2-[[(2s)-1-amino-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl]amino]-2-oxoethyl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)-1-oxopentan-2-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]amino]-3-hydroxy Chemical compound CC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCC)C(=O)N[C@@H](CCCC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(N)=O)CC1=CC=CC=C1 BZSALXKCVOJCJJ-IPEMHBBOSA-N 0.000 description 2
- 102000008482 12E7 Antigen Human genes 0.000 description 2
- 108010020567 12E7 Antigen Proteins 0.000 description 2
- JTTIOYHBNXDJOD-UHFFFAOYSA-N 2,4,6-triaminopyrimidine Chemical compound NC1=CC(N)=NC(N)=N1 JTTIOYHBNXDJOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JBVSSSZFNTXJDX-YTLHQDLWSA-N Ala-Ala-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)N JBVSSSZFNTXJDX-YTLHQDLWSA-N 0.000 description 2
- IFTVANMRTIHKML-WDSKDSINSA-N Ala-Gln-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O IFTVANMRTIHKML-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- CXISPYVYMQWFLE-VKHMYHEASA-N Ala-Gly Chemical compound C[C@H]([NH3+])C(=O)NCC([O-])=O CXISPYVYMQWFLE-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- PCIFXPRIFWKWLK-YUMQZZPRSA-N Ala-Gly-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](C)N PCIFXPRIFWKWLK-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- WNHNMKOFKCHKKD-BFHQHQDPSA-N Ala-Thr-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O WNHNMKOFKCHKKD-BFHQHQDPSA-N 0.000 description 2
- IOFVWPYSRSCWHI-JXUBOQSCSA-N Ala-Thr-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](C)N IOFVWPYSRSCWHI-JXUBOQSCSA-N 0.000 description 2
- JSLGXODUIAFWCF-WDSKDSINSA-N Arg-Asn Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O JSLGXODUIAFWCF-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- RJUHZPRQRQLCFL-IMJSIDKUSA-N Asn-Asn Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O RJUHZPRQRQLCFL-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 2
- AYOAHKWVQLNPDM-HJGDQZAQSA-N Asn-Lys-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O AYOAHKWVQLNPDM-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 2
- FYRVDDJMNISIKJ-UWVGGRQHSA-N Asn-Tyr Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 FYRVDDJMNISIKJ-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 2
- DVUFTQLHHHJEMK-IMJSIDKUSA-N Asp-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O DVUFTQLHHHJEMK-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 2
- VGRHZPNRCLAHQA-IMJSIDKUSA-N Asp-Asn Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O VGRHZPNRCLAHQA-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 2
- CKAJHWFHHFSCDT-WHFBIAKZSA-N Asp-Glu Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O CKAJHWFHHFSCDT-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- PAYPSKIBMDHZPI-CIUDSAMLSA-N Asp-Leu-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O PAYPSKIBMDHZPI-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- OAMLVOVXNKILLQ-BQBZGAKWSA-N Asp-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O OAMLVOVXNKILLQ-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 2
- NALWOULWGHTVDA-UWVGGRQHSA-N Asp-Tyr Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 NALWOULWGHTVDA-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 2
- 102100038132 Endogenous retrovirus group K member 6 Pro protein Human genes 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- XKBASPWPBXNVLQ-WDSKDSINSA-N Gln-Gly-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O XKBASPWPBXNVLQ-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- FYYSIASRLDJUNP-WHFBIAKZSA-N Glu-Asp Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O FYYSIASRLDJUNP-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- PVBBEKPHARMPHX-DCAQKATOSA-N Glu-Gln-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O PVBBEKPHARMPHX-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- QJCKNLPMTPXXEM-AUTRQRHGSA-N Glu-Glu-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O QJCKNLPMTPXXEM-AUTRQRHGSA-N 0.000 description 2
- LSPKYLAFTPBWIL-BYPYZUCNSA-N Glu-Gly Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O LSPKYLAFTPBWIL-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- BBBXWRGITSUJPB-YUMQZZPRSA-N Glu-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O BBBXWRGITSUJPB-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- NNQDRRUXFJYCCJ-NHCYSSNCSA-N Glu-Pro-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O NNQDRRUXFJYCCJ-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 2
- GPSHCSTUYOQPAI-JHEQGTHGSA-N Glu-Thr-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O GPSHCSTUYOQPAI-JHEQGTHGSA-N 0.000 description 2
- HQTDNEZTGZUWSY-XVKPBYJWSA-N Glu-Val-Gly Chemical compound CC(C)[C@H](NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O HQTDNEZTGZUWSY-XVKPBYJWSA-N 0.000 description 2
- SOYWRINXUSUWEQ-DLOVCJGASA-N Glu-Val-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O SOYWRINXUSUWEQ-DLOVCJGASA-N 0.000 description 2
- RJIVPOXLQFJRTG-LURJTMIESA-N Gly-Arg-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CCCN=C(N)N RJIVPOXLQFJRTG-LURJTMIESA-N 0.000 description 2
- JPXNYFOHTHSREU-UWVGGRQHSA-N Gly-Arg-His Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)CN JPXNYFOHTHSREU-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 2
- WKJKBELXHCTHIJ-WPRPVWTQSA-N Gly-Arg-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CCCN=C(N)N WKJKBELXHCTHIJ-WPRPVWTQSA-N 0.000 description 2
- FUESBOMYALLFNI-VKHMYHEASA-N Gly-Asn Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O FUESBOMYALLFNI-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- SCCPDJAQCXWPTF-VKHMYHEASA-N Gly-Asp Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O SCCPDJAQCXWPTF-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- YIWFXZNIBQBFHR-LURJTMIESA-N Gly-His Chemical compound [NH3+]CC(=O)N[C@H](C([O-])=O)CC1=CN=CN1 YIWFXZNIBQBFHR-LURJTMIESA-N 0.000 description 2
- DKEXFJVMVGETOO-LURJTMIESA-N Gly-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN DKEXFJVMVGETOO-LURJTMIESA-N 0.000 description 2
- UHPAZODVFFYEEL-QWRGUYRKSA-N Gly-Leu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)CN UHPAZODVFFYEEL-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 2
- UUYBFNKHOCJCHT-VHSXEESVSA-N Gly-Leu-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)CN UUYBFNKHOCJCHT-VHSXEESVSA-N 0.000 description 2
- LOEANKRDMMVOGZ-YUMQZZPRSA-N Gly-Lys-Asp Chemical compound NCCCC[C@H](NC(=O)CN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O LOEANKRDMMVOGZ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- CUVBTVWFVIIDOC-YEPSODPASA-N Gly-Thr-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)CN CUVBTVWFVIIDOC-YEPSODPASA-N 0.000 description 2
- FNXSYBOHALPRHV-ONGXEEELSA-N Gly-Val-Lys Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN FNXSYBOHALPRHV-ONGXEEELSA-N 0.000 description 2
- RVKIPWVMZANZLI-UHFFFAOYSA-N H-Lys-Trp-OH Natural products C1=CC=C2C(CC(NC(=O)C(N)CCCCN)C(O)=O)=CNC2=C1 RVKIPWVMZANZLI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 description 2
- 101000856513 Homo sapiens Inactive N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 101000724418 Homo sapiens Neutral amino acid transporter B(0) Proteins 0.000 description 2
- 101000577696 Homo sapiens Proline-rich transmembrane protein 2 Proteins 0.000 description 2
- 101000923016 Homo sapiens Protein GAPT Proteins 0.000 description 2
- 241000209035 Ilex Species 0.000 description 2
- 102100025509 Inactive N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase Human genes 0.000 description 2
- 108010065920 Insulin Lispro Proteins 0.000 description 2
- SENJXOPIZNYLHU-UHFFFAOYSA-N L-leucyl-L-arginine Natural products CC(C)CC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CCCN=C(N)N SENJXOPIZNYLHU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LZDNBBYBDGBADK-UHFFFAOYSA-N L-valyl-L-tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(NC(=O)C(N)C(C)C)C(O)=O)=CNC2=C1 LZDNBBYBDGBADK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KWTVLKBOQATPHJ-SRVKXCTJSA-N Leu-Ala-Lys Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N KWTVLKBOQATPHJ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- STAVRDQLZOTNKJ-RHYQMDGZSA-N Leu-Arg-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O STAVRDQLZOTNKJ-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 2
- HFBCHNRFRYLZNV-GUBZILKMSA-N Leu-Glu-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O HFBCHNRFRYLZNV-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- LESXFEZIFXFIQR-LURJTMIESA-N Leu-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O LESXFEZIFXFIQR-LURJTMIESA-N 0.000 description 2
- KXODZBLFVFSLAI-AVGNSLFASA-N Leu-His-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)CC(C)C)CC1=CN=CN1 KXODZBLFVFSLAI-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- HGFGEMSVBMCFKK-MNXVOIDGSA-N Leu-Ile-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O HGFGEMSVBMCFKK-MNXVOIDGSA-N 0.000 description 2
- JNDYEOUZBLOVOF-AVGNSLFASA-N Leu-Leu-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O JNDYEOUZBLOVOF-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- OTXBNHIUIHNGAO-UWVGGRQHSA-N Leu-Lys Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN OTXBNHIUIHNGAO-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 2
- AIRUUHAOKGVJAD-JYJNAYRXSA-N Leu-Phe-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O AIRUUHAOKGVJAD-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 2
- VJGQRELPQWNURN-JYJNAYRXSA-N Leu-Tyr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O VJGQRELPQWNURN-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 2
- JPNRPAJITHRXRH-BQBZGAKWSA-N Lys-Asn Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O JPNRPAJITHRXRH-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 2
- IMAKMJCBYCSMHM-AVGNSLFASA-N Lys-Glu-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN IMAKMJCBYCSMHM-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- ULUQBUKAPDUKOC-GVXVVHGQSA-N Lys-Glu-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O ULUQBUKAPDUKOC-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 2
- HGNRJCINZYHNOU-LURJTMIESA-N Lys-Gly Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O HGNRJCINZYHNOU-LURJTMIESA-N 0.000 description 2
- ATIPDCIQTUXABX-UWVGGRQHSA-N Lys-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN ATIPDCIQTUXABX-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 2
- RBEATVHTWHTHTJ-KKUMJFAQSA-N Lys-Leu-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O RBEATVHTWHTHTJ-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 2
- YSPZCHGIWAQVKQ-AVGNSLFASA-N Lys-Pro-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@@H](N)CCCCN YSPZCHGIWAQVKQ-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- ZOKVLMBYDSIDKG-CSMHCCOUSA-N Lys-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN ZOKVLMBYDSIDKG-CSMHCCOUSA-N 0.000 description 2
- CUHGAUZONORRIC-HJGDQZAQSA-N Lys-Thr-Asn Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N)O CUHGAUZONORRIC-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 2
- RIPJMCFGQHGHNP-RHYQMDGZSA-N Lys-Val-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H](CCCCN)N)O RIPJMCFGQHGHNP-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 2
- 102000008300 Mutant Proteins Human genes 0.000 description 2
- 108010021466 Mutant Proteins Proteins 0.000 description 2
- 108700010674 N-acetylVal-Nle(7,8)- allatotropin (5-13) Proteins 0.000 description 2
- AJHCSUXXECOXOY-UHFFFAOYSA-N N-glycyl-L-tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(NC(=O)CN)C(O)=O)=CNC2=C1 AJHCSUXXECOXOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010066427 N-valyltryptophan Proteins 0.000 description 2
- 102100028267 Neutral amino acid transporter B(0) Human genes 0.000 description 2
- 241000701945 Parvoviridae Species 0.000 description 2
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 2
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 2
- KNPVDQMEHSCAGX-UWVGGRQHSA-N Phe-Cys Chemical compound SC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 KNPVDQMEHSCAGX-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 2
- RFCVXVPWSPOMFJ-STQMWFEESA-N Phe-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 RFCVXVPWSPOMFJ-STQMWFEESA-N 0.000 description 2
- OOLOTUZJUBOMAX-GUBZILKMSA-N Pro-Ala-Val Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O OOLOTUZJUBOMAX-GUBZILKMSA-N 0.000 description 2
- YXHYJEPDKSYPSQ-AVGNSLFASA-N Pro-Leu-Arg Chemical compound NC(N)=NCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 YXHYJEPDKSYPSQ-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- XQPHBAKJJJZOBX-SRVKXCTJSA-N Pro-Lys-Glu Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O XQPHBAKJJJZOBX-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- RMODQFBNDDENCP-IHRRRGAJSA-N Pro-Lys-Leu Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O RMODQFBNDDENCP-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 2
- WWXNZNWZNZPDIF-SRVKXCTJSA-N Pro-Val-Arg Chemical compound NC(N)=NCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 WWXNZNWZNZPDIF-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- FHJQROWZEJFZPO-SRVKXCTJSA-N Pro-Val-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 FHJQROWZEJFZPO-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- 102100028840 Proline-rich transmembrane protein 2 Human genes 0.000 description 2
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 2
- 102100031494 Protein GAPT Human genes 0.000 description 2
- 206010037660 Pyrexia Diseases 0.000 description 2
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- SSJMZMUVNKEENT-IMJSIDKUSA-N Ser-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CO SSJMZMUVNKEENT-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 2
- 241000701093 Suid alphaherpesvirus 1 Species 0.000 description 2
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- VPZKQTYZIVOJDV-LMVFSUKVSA-N Thr-Ala Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O VPZKQTYZIVOJDV-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 2
- CAJFZCICSVBOJK-SHGPDSBTSA-N Thr-Ala-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O CAJFZCICSVBOJK-SHGPDSBTSA-N 0.000 description 2
- VFEHSAJCWWHDBH-RHYQMDGZSA-N Thr-Arg-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O VFEHSAJCWWHDBH-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 2
- UQTNIFUCMBFWEJ-IWGUZYHVSA-N Thr-Asn Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O UQTNIFUCMBFWEJ-IWGUZYHVSA-N 0.000 description 2
- TZKPNGDGUVREEB-FOHZUACHSA-N Thr-Asn-Gly Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O TZKPNGDGUVREEB-FOHZUACHSA-N 0.000 description 2
- CUTPSEKWUPZFLV-WISUUJSJSA-N Thr-Cys Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O CUTPSEKWUPZFLV-WISUUJSJSA-N 0.000 description 2
- SHOMROOOQBDGRL-JHEQGTHGSA-N Thr-Glu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O SHOMROOOQBDGRL-JHEQGTHGSA-N 0.000 description 2
- BVOVIGCHYNFJBZ-JXUBOQSCSA-N Thr-Leu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O BVOVIGCHYNFJBZ-JXUBOQSCSA-N 0.000 description 2
- KRDSCBLRHORMRK-JXUBOQSCSA-N Thr-Lys-Ala Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O KRDSCBLRHORMRK-JXUBOQSCSA-N 0.000 description 2
- KZTLZZQTJMCGIP-ZJDVBMNYSA-N Thr-Val-Thr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O KZTLZZQTJMCGIP-ZJDVBMNYSA-N 0.000 description 2
- CCZXBOFIBYQLEV-IHPCNDPISA-N Trp-Leu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)Cc1c[nH]c2ccccc12)C(O)=O CCZXBOFIBYQLEV-IHPCNDPISA-N 0.000 description 2
- OVLIFGQSBSNGHY-KKHAAJSZSA-N Val-Asp-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O OVLIFGQSBSNGHY-KKHAAJSZSA-N 0.000 description 2
- OTJMMKPMLUNTQT-AVGNSLFASA-N Val-Leu-Arg Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N OTJMMKPMLUNTQT-AVGNSLFASA-N 0.000 description 2
- AEMPCGRFEZTWIF-IHRRRGAJSA-N Val-Leu-Lys Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O AEMPCGRFEZTWIF-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 2
- JKHXYJKMNSSFFL-IUCAKERBSA-N Val-Lys Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN JKHXYJKMNSSFFL-IUCAKERBSA-N 0.000 description 2
- XPKCFQZDQGVJCX-RHYQMDGZSA-N Val-Lys-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O XPKCFQZDQGVJCX-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 2
- GIAZPLMMQOERPN-YUMQZZPRSA-N Val-Pro Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O GIAZPLMMQOERPN-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 2
- DEGUERSKQBRZMZ-FXQIFTODSA-N Val-Ser-Ala Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O DEGUERSKQBRZMZ-FXQIFTODSA-N 0.000 description 2
- JAIZPWVHPQRYOU-ZJDVBMNYSA-N Val-Thr-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O JAIZPWVHPQRYOU-ZJDVBMNYSA-N 0.000 description 2
- JVGDAEKKZKKZFO-RCWTZXSCSA-N Val-Val-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O JVGDAEKKZKKZFO-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 2
- HMNZFMSWFCAGGW-XPWSMXQVSA-N [3-[hydroxy(2-hydroxyethoxy)phosphoryl]oxy-2-[(e)-octadec-9-enoyl]oxypropyl] (e)-octadec-9-enoate Chemical compound CCCCCCCC\C=C\CCCCCCCC(=O)OCC(COP(O)(=O)OCCO)OC(=O)CCCCCCC\C=C\CCCCCCCC HMNZFMSWFCAGGW-XPWSMXQVSA-N 0.000 description 2
- RJURFGZVJUQBHK-UHFFFAOYSA-N actinomycin D Natural products CC1OC(=O)C(C(C)C)N(C)C(=O)CN(C)C(=O)C2CCCN2C(=O)C(C(C)C)NC(=O)C1NC(=O)C1=C(N)C(=O)C(C)=C2OC(C(C)=CC=C3C(=O)NC4C(=O)NC(C(N5CCCC5C(=O)N(C)CC(=O)N(C)C(C(C)C)C(=O)OC4C)=O)C(C)C)=C3N=C21 RJURFGZVJUQBHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010076324 alanyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 2
- 108010041407 alanylaspartic acid Proteins 0.000 description 2
- 108010050025 alpha-glutamyltryptophan Proteins 0.000 description 2
- 108010062796 arginyllysine Proteins 0.000 description 2
- 108010040443 aspartyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 2
- 108010068265 aspartyltyrosine Proteins 0.000 description 2
- 230000002238 attenuated effect Effects 0.000 description 2
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- PPBOKXIGFIBOGK-BDTUAEFFSA-N bvdv Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)C(C)C)[C@@H](C)CC)C1=CN=CN1 PPBOKXIGFIBOGK-BDTUAEFFSA-N 0.000 description 2
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 2
- 239000013553 cell monolayer Substances 0.000 description 2
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 2
- WOWHHFRSBJGXCM-UHFFFAOYSA-M cetyltrimethylammonium chloride Chemical compound [Cl-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C WOWHHFRSBJGXCM-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- LXWYCLOUQZZDBD-LIYNQYRNSA-N csfv Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)[C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 LXWYCLOUQZZDBD-LIYNQYRNSA-N 0.000 description 2
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 2
- 125000000151 cysteine group Chemical class N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 2
- 230000000120 cytopathologic effect Effects 0.000 description 2
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 2
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 2
- 241001493065 dsRNA viruses Species 0.000 description 2
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 108010008237 glutamyl-valyl-glycine Proteins 0.000 description 2
- KZNQNBZMBZJQJO-YFKPBYRVSA-N glyclproline Chemical compound NCC(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O KZNQNBZMBZJQJO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 2
- XBGGUPMXALFZOT-UHFFFAOYSA-N glycyl-L-tyrosine hemihydrate Natural products NCC(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 XBGGUPMXALFZOT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010020688 glycylhistidine Proteins 0.000 description 2
- STKYPAFSDFAEPH-LURJTMIESA-N glycylvaline Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN STKYPAFSDFAEPH-LURJTMIESA-N 0.000 description 2
- 108010085325 histidylproline Proteins 0.000 description 2
- 230000001744 histochemical effect Effects 0.000 description 2
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 2
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 2
- 108010000761 leucylarginine Proteins 0.000 description 2
- KWGKDLIKAYFUFQ-UHFFFAOYSA-M lithium chloride Chemical compound [Li+].[Cl-] KWGKDLIKAYFUFQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 108010064235 lysylglycine Proteins 0.000 description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 2
- 239000002480 mineral oil Substances 0.000 description 2
- 235000010446 mineral oil Nutrition 0.000 description 2
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 2
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 2
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 2
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 2
- 108010073101 phenylalanylleucine Proteins 0.000 description 2
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 2
- 108010025826 prolyl-leucyl-arginine Proteins 0.000 description 2
- 108010079317 prolyl-tyrosine Proteins 0.000 description 2
- 235000019419 proteases Nutrition 0.000 description 2
- 230000020978 protein processing Effects 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 2
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 2
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- 238000009589 serological test Methods 0.000 description 2
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- ATHGHQPFGPMSJY-UHFFFAOYSA-N spermidine Chemical compound NCCCCNCCCN ATHGHQPFGPMSJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010043554 thrombocytopenia Diseases 0.000 description 2
- 108010080629 tryptophan-leucine Proteins 0.000 description 2
- 108010003137 tyrosyltyrosine Proteins 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000003442 weekly effect Effects 0.000 description 2
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 2
- ALBODLTZUXKBGZ-JUUVMNCLSA-N (2s)-2-amino-3-phenylpropanoic acid;(2s)-2,6-diaminohexanoic acid Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O.OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 ALBODLTZUXKBGZ-JUUVMNCLSA-N 0.000 description 1
- FMKJUUQOYOHLTF-OWOJBTEDSA-N (e)-4-azaniumylbut-2-enoate Chemical compound NC\C=C\C(O)=O FMKJUUQOYOHLTF-OWOJBTEDSA-N 0.000 description 1
- 102100025230 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- AWXGSYPUMWKTBR-UHFFFAOYSA-N 4-carbazol-9-yl-n,n-bis(4-carbazol-9-ylphenyl)aniline Chemical compound C12=CC=CC=C2C2=CC=CC=C2N1C1=CC=C(N(C=2C=CC(=CC=2)N2C3=CC=CC=C3C3=CC=CC=C32)C=2C=CC(=CC=2)N2C3=CC=CC=C3C3=CC=CC=C32)C=C1 AWXGSYPUMWKTBR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N Acrylamide Chemical compound NC(=O)C=C HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000606748 Actinobacillus pleuropneumoniae Species 0.000 description 1
- 208000030090 Acute Disease Diseases 0.000 description 1
- 241000701242 Adenoviridae Species 0.000 description 1
- 108010087522 Aeromonas hydrophilia lipase-acyltransferase Proteins 0.000 description 1
- YLTKNGYYPIWKHZ-ACZMJKKPSA-N Ala-Ala-Glu Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O YLTKNGYYPIWKHZ-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- WQVFQXXBNHHPLX-ZKWXMUAHSA-N Ala-Ala-His Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](Cc1cnc[nH]1)C(O)=O WQVFQXXBNHHPLX-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- LWUWMHIOBPTZBA-DCAQKATOSA-N Ala-Arg-Lys Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](NC(=O)[C@@H](N)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O LWUWMHIOBPTZBA-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- XAEWTDMGFGHWFK-IMJSIDKUSA-N Ala-Asp Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O XAEWTDMGFGHWFK-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- LZRNYBIJOSKKRJ-XVYDVKMFSA-N Ala-Asp-His Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N LZRNYBIJOSKKRJ-XVYDVKMFSA-N 0.000 description 1
- XAGIMRPOEJSYER-CIUDSAMLSA-N Ala-Cys-Lys Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N XAGIMRPOEJSYER-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- NJPMYXWVWQWCSR-ACZMJKKPSA-N Ala-Glu-Asn Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O NJPMYXWVWQWCSR-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- PAIHPOGPJVUFJY-WDSKDSINSA-N Ala-Glu-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O PAIHPOGPJVUFJY-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- FBHOPGDGELNWRH-DRZSPHRISA-N Ala-Glu-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O FBHOPGDGELNWRH-DRZSPHRISA-N 0.000 description 1
- NHLAEBFGWPXFGI-WHFBIAKZSA-N Ala-Gly-Asn Chemical compound C[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N NHLAEBFGWPXFGI-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- BEMGNWZECGIJOI-WDSKDSINSA-N Ala-Gly-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O BEMGNWZECGIJOI-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- VGPWRRFOPXVGOH-BYPYZUCNSA-N Ala-Gly-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)NCC(O)=O VGPWRRFOPXVGOH-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- BLIMFWGRQKRCGT-YUMQZZPRSA-N Ala-Gly-Lys Chemical compound C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN BLIMFWGRQKRCGT-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- ZSOICJZJSRWNHX-ACZMJKKPSA-N Ala-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C([O-])=O)NC(=O)[C@H](C)[NH3+] ZSOICJZJSRWNHX-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- YHKANGMVQWRMAP-DCAQKATOSA-N Ala-Leu-Arg Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N YHKANGMVQWRMAP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- HHRAXZAYZFFRAM-CIUDSAMLSA-N Ala-Leu-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O HHRAXZAYZFFRAM-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- MNZHHDPWDWQJCQ-YUMQZZPRSA-N Ala-Leu-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O MNZHHDPWDWQJCQ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- QPBSRMDNJOTFAL-AICCOOGYSA-N Ala-Leu-Leu-Thr Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O QPBSRMDNJOTFAL-AICCOOGYSA-N 0.000 description 1
- AWZKCUCQJNTBAD-SRVKXCTJSA-N Ala-Leu-Lys Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN AWZKCUCQJNTBAD-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- RGQCNKIDEQJEBT-CQDKDKBSSA-N Ala-Leu-Tyr Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 RGQCNKIDEQJEBT-CQDKDKBSSA-N 0.000 description 1
- PIXQDIGKDNNOOV-GUBZILKMSA-N Ala-Lys-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O PIXQDIGKDNNOOV-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- CJQAEJMHBAOQHA-DLOVCJGASA-N Ala-Phe-Asn Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N CJQAEJMHBAOQHA-DLOVCJGASA-N 0.000 description 1
- BFMIRJBURUXDRG-DLOVCJGASA-N Ala-Phe-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C)CC1=CC=CC=C1 BFMIRJBURUXDRG-DLOVCJGASA-N 0.000 description 1
- ZBLQIYPCUWZSRZ-QEJZJMRPSA-N Ala-Phe-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](C)N)CC1=CC=CC=C1 ZBLQIYPCUWZSRZ-QEJZJMRPSA-N 0.000 description 1
- YNOCMHZSWJMGBB-GCJQMDKQSA-N Ala-Thr-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O YNOCMHZSWJMGBB-GCJQMDKQSA-N 0.000 description 1
- LSMDIAAALJJLRO-XQXXSGGOSA-N Ala-Thr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O LSMDIAAALJJLRO-XQXXSGGOSA-N 0.000 description 1
- IETUUAHKCHOQHP-KZVJFYERSA-N Ala-Thr-Val Chemical compound CC(C)[C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](C)N)[C@@H](C)O)C(O)=O IETUUAHKCHOQHP-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- AENHOIXXHKNIQL-AUTRQRHGSA-N Ala-Tyr-Ala Chemical compound [O-]C(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H]([NH3+])C)CC1=CC=C(O)C=C1 AENHOIXXHKNIQL-AUTRQRHGSA-N 0.000 description 1
- BGGAIXWIZCIFSG-XDTLVQLUSA-N Ala-Tyr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O BGGAIXWIZCIFSG-XDTLVQLUSA-N 0.000 description 1
- JPOQZCHGOTWRTM-FQPOAREZSA-N Ala-Tyr-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O JPOQZCHGOTWRTM-FQPOAREZSA-N 0.000 description 1
- 102100024321 Alkaline phosphatase, placental type Human genes 0.000 description 1
- 101000651036 Arabidopsis thaliana Galactolipid galactosyltransferase SFR2, chloroplastic Proteins 0.000 description 1
- 241000712892 Arenaviridae Species 0.000 description 1
- SGYSTDWPNPKJPP-GUBZILKMSA-N Arg-Ala-Arg Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O SGYSTDWPNPKJPP-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- GXCSUJQOECMKPV-CIUDSAMLSA-N Arg-Ala-Gln Chemical compound C[C@H](NC(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O GXCSUJQOECMKPV-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- DBKNLHKEVPZVQC-LPEHRKFASA-N Arg-Ala-Pro Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(O)=O DBKNLHKEVPZVQC-LPEHRKFASA-N 0.000 description 1
- NABSCJGZKWSNHX-RCWTZXSCSA-N Arg-Arg-Thr Chemical compound NC(N)=NCCC[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N NABSCJGZKWSNHX-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 1
- KWTVWJPNHAOREN-IHRRRGAJSA-N Arg-Asn-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O KWTVWJPNHAOREN-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- ZTKHZAXGTFXUDD-VEVYYDQMSA-N Arg-Asn-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O ZTKHZAXGTFXUDD-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- OTUQSEPIIVBYEM-IHRRRGAJSA-N Arg-Asn-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O OTUQSEPIIVBYEM-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- SIFXMYAHXJGAFC-WDSKDSINSA-N Arg-Asp Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O SIFXMYAHXJGAFC-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- RCAUJZASOAFTAJ-FXQIFTODSA-N Arg-Asp-Cys Chemical compound C(C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)N)CN=C(N)N RCAUJZASOAFTAJ-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- OZNSCVPYWZRQPY-CIUDSAMLSA-N Arg-Asp-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O OZNSCVPYWZRQPY-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- KMSHNDWHPWXPEC-BQBZGAKWSA-N Arg-Asp-Gly Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O KMSHNDWHPWXPEC-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- SQKPKIJVWHAWNF-DCAQKATOSA-N Arg-Asp-Lys Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O SQKPKIJVWHAWNF-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- RWDVGVPHEWOZMO-GUBZILKMSA-N Arg-Cys-Val Chemical compound CC(C)[C@H](NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N)C(O)=O RWDVGVPHEWOZMO-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- PBSOQGZLPFVXPU-YUMQZZPRSA-N Arg-Glu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O PBSOQGZLPFVXPU-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- HQIZDMIGUJOSNI-IUCAKERBSA-N Arg-Gly-Arg Chemical compound N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O HQIZDMIGUJOSNI-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- PNIGSVZJNVUVJA-BQBZGAKWSA-N Arg-Gly-Asn Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O PNIGSVZJNVUVJA-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- AUFHLLPVPSMEOG-YUMQZZPRSA-N Arg-Gly-Glu Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O AUFHLLPVPSMEOG-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- OQCWXQJLCDPRHV-UWVGGRQHSA-N Arg-Gly-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O OQCWXQJLCDPRHV-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- JTZUZBADHGISJD-SRVKXCTJSA-N Arg-His-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O JTZUZBADHGISJD-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- CVKOQHYVDVYJSI-QTKMDUPCSA-N Arg-His-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N)O CVKOQHYVDVYJSI-QTKMDUPCSA-N 0.000 description 1
- WYBVBIHNJWOLCJ-IUCAKERBSA-N Arg-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N WYBVBIHNJWOLCJ-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- OTZMRMHZCMZOJZ-SRVKXCTJSA-N Arg-Leu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O OTZMRMHZCMZOJZ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- NMRHDSAOIURTNT-RWMBFGLXSA-N Arg-Leu-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N NMRHDSAOIURTNT-RWMBFGLXSA-N 0.000 description 1
- JQFZHHSQMKZLRU-IUCAKERBSA-N Arg-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N JQFZHHSQMKZLRU-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- JOADBFCFJGNIKF-GUBZILKMSA-N Arg-Met-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O JOADBFCFJGNIKF-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- XSPKAHFVDKRGRL-DCAQKATOSA-N Arg-Pro-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O XSPKAHFVDKRGRL-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- NGYHSXDNNOFHNE-AVGNSLFASA-N Arg-Pro-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O NGYHSXDNNOFHNE-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- WCZXPVPHUMYLMS-VEVYYDQMSA-N Arg-Thr-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O WCZXPVPHUMYLMS-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- RYQSYXFGFOTJDJ-RHYQMDGZSA-N Arg-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O RYQSYXFGFOTJDJ-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- FSPQNLYOFCXUCE-BPUTZDHNSA-N Arg-Trp-Asn Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N FSPQNLYOFCXUCE-BPUTZDHNSA-N 0.000 description 1
- CGWVCWFQGXOUSJ-ULQDDVLXSA-N Arg-Tyr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O CGWVCWFQGXOUSJ-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- PSZDKHGMNWAHGO-UHFFFAOYSA-N Asn Asn Pro Val Chemical compound CC(C)C(C(O)=O)NC(=O)C1CCCN1C(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(N)CC(N)=O PSZDKHGMNWAHGO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SJUXYGVRSGTPMC-IMJSIDKUSA-N Asn-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O SJUXYGVRSGTPMC-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- RZVVKNIACROXRM-ZLUOBGJFSA-N Asn-Ala-Asp Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N RZVVKNIACROXRM-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- XYOVHPDDWCEUDY-CIUDSAMLSA-N Asn-Ala-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O XYOVHPDDWCEUDY-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- DQTIWTULBGLJBL-DCAQKATOSA-N Asn-Arg-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N DQTIWTULBGLJBL-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- GOVUDFOGXOONFT-VEVYYDQMSA-N Asn-Arg-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O GOVUDFOGXOONFT-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- DNYRZPOWBTYFAF-IHRRRGAJSA-N Asn-Arg-Tyr Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N)O DNYRZPOWBTYFAF-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- DAPLJWATMAXPPZ-CIUDSAMLSA-N Asn-Asn-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DAPLJWATMAXPPZ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- HZYFHQOWCFUSOV-IMJSIDKUSA-N Asn-Asp Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O HZYFHQOWCFUSOV-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- FANGHKQYFPYDNB-UBHSHLNASA-N Asn-Asp-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N FANGHKQYFPYDNB-UBHSHLNASA-N 0.000 description 1
- TWXZVVXRRRRSLT-IMJSIDKUSA-N Asn-Cys Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O TWXZVVXRRRRSLT-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- QRHYAUYXBVVDSB-LKXGYXEUSA-N Asn-Cys-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O QRHYAUYXBVVDSB-LKXGYXEUSA-N 0.000 description 1
- QUAWOKPCAKCHQL-SRVKXCTJSA-N Asn-His-Lys Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N QUAWOKPCAKCHQL-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- MQLZLIYPFDIDMZ-HAFWLYHUSA-N Asn-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O MQLZLIYPFDIDMZ-HAFWLYHUSA-N 0.000 description 1
- ACKNRKFVYUVWAC-ZPFDUUQYSA-N Asn-Ile-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N ACKNRKFVYUVWAC-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- HXWUJJADFMXNKA-BQBZGAKWSA-N Asn-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O HXWUJJADFMXNKA-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- NLRJGXZWTKXRHP-DCAQKATOSA-N Asn-Leu-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O NLRJGXZWTKXRHP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- WIDVAWAQBRAKTI-YUMQZZPRSA-N Asn-Leu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O WIDVAWAQBRAKTI-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- QJMCHPGWFZZRID-BQBZGAKWSA-N Asn-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O QJMCHPGWFZZRID-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- KHCNTVRVAYCPQE-CIUDSAMLSA-N Asn-Lys-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O KHCNTVRVAYCPQE-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- RZNAMKZJPBQWDJ-SRVKXCTJSA-N Asn-Lys-His Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N RZNAMKZJPBQWDJ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- WXVGISRWSYGEDK-KKUMJFAQSA-N Asn-Lys-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N WXVGISRWSYGEDK-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- HZZIFFOVHLWGCS-KKUMJFAQSA-N Asn-Phe-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O HZZIFFOVHLWGCS-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- GADKFYNESXNRLC-WDSKDSINSA-N Asn-Pro Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O GADKFYNESXNRLC-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- QXOPPIDJKPEKCW-GUBZILKMSA-N Asn-Pro-Arg Chemical compound C1C[C@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC(=O)N)N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O QXOPPIDJKPEKCW-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- VBKIFHUVGLOJKT-FKZODXBYSA-N Asn-Thr Chemical compound C[C@@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N)O VBKIFHUVGLOJKT-FKZODXBYSA-N 0.000 description 1
- PUUPMDXIHCOPJU-HJGDQZAQSA-N Asn-Thr-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N)O PUUPMDXIHCOPJU-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- LUJQEUOZJUWRRX-BPUTZDHNSA-N Asn-Trp-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O LUJQEUOZJUWRRX-BPUTZDHNSA-N 0.000 description 1
- XEGZSHSPQNDNRH-JRQIVUDYSA-N Asn-Tyr-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O XEGZSHSPQNDNRH-JRQIVUDYSA-N 0.000 description 1
- KWBQPGIYEZKDEG-FSPLSTOPSA-N Asn-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O KWBQPGIYEZKDEG-FSPLSTOPSA-N 0.000 description 1
- KRXIWXCXOARFNT-ZLUOBGJFSA-N Asp-Ala-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O KRXIWXCXOARFNT-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- RGKKALNPOYURGE-ZKWXMUAHSA-N Asp-Ala-Val Chemical compound N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O RGKKALNPOYURGE-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- WSOKZUVWBXVJHX-CIUDSAMLSA-N Asp-Arg-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O WSOKZUVWBXVJHX-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- GWTLRDMPMJCNMH-WHFBIAKZSA-N Asp-Asn-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O GWTLRDMPMJCNMH-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- XACXDSRQIXRMNS-OLHMAJIHSA-N Asp-Asn-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N)O XACXDSRQIXRMNS-OLHMAJIHSA-N 0.000 description 1
- RYEWQKQXRJCHIO-SRVKXCTJSA-N Asp-Asn-Tyr Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 RYEWQKQXRJCHIO-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- FRYULLIZUDQONW-IMJSIDKUSA-N Asp-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O FRYULLIZUDQONW-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- JGDBHIVECJGXJA-FXQIFTODSA-N Asp-Asp-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O JGDBHIVECJGXJA-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- QOVWVLLHMMCFFY-ZLUOBGJFSA-N Asp-Asp-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O QOVWVLLHMMCFFY-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- KGAJCJXBEWLQDZ-UBHSHLNASA-N Asp-Asp-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N KGAJCJXBEWLQDZ-UBHSHLNASA-N 0.000 description 1
- FMWHSNJMHUNLAG-FXQIFTODSA-N Asp-Cys-Arg Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N FMWHSNJMHUNLAG-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- ZRAOLTNMSCSCLN-ZLUOBGJFSA-N Asp-Cys-Asn Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N)C(=O)O ZRAOLTNMSCSCLN-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- PJERDVUTUDZPGX-ZKWXMUAHSA-N Asp-Cys-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O PJERDVUTUDZPGX-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- GSMPSRPMQQDRIB-WHFBIAKZSA-N Asp-Gln Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(N)=O GSMPSRPMQQDRIB-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- NYQHSUGFEWDWPD-ACZMJKKPSA-N Asp-Gln-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N NYQHSUGFEWDWPD-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- IJHUZMGJRGNXIW-CIUDSAMLSA-N Asp-Glu-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O IJHUZMGJRGNXIW-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- YDJVIBMKAMQPPP-LAEOZQHASA-N Asp-Glu-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O YDJVIBMKAMQPPP-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- JHFNSBBHKSZXKB-VKHMYHEASA-N Asp-Gly Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O JHFNSBBHKSZXKB-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- YNCHFVRXEQFPBY-BQBZGAKWSA-N Asp-Gly-Arg Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N YNCHFVRXEQFPBY-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- BIVYLQMZPHDUIH-WHFBIAKZSA-N Asp-Gly-Cys Chemical compound C([C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)N)C(=O)O BIVYLQMZPHDUIH-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- VIRHEUMYXXLCBF-WDSKDSINSA-N Asp-Gly-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O VIRHEUMYXXLCBF-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- QCVXMEHGFUMKCO-YUMQZZPRSA-N Asp-Gly-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O QCVXMEHGFUMKCO-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- PZXPWHFYZXTFBI-YUMQZZPRSA-N Asp-Gly-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O PZXPWHFYZXTFBI-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- JNNVNVRBYUJYGS-CIUDSAMLSA-N Asp-Leu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O JNNVNVRBYUJYGS-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- DWOGMPWRQQWPPF-GUBZILKMSA-N Asp-Leu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O DWOGMPWRQQWPPF-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- LIVXPXUVXFRWNY-CIUDSAMLSA-N Asp-Lys-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O LIVXPXUVXFRWNY-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- VSMYBNPOHYAXSD-GUBZILKMSA-N Asp-Lys-Glu Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O VSMYBNPOHYAXSD-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- GYWQGGUCMDCUJE-DLOVCJGASA-N Asp-Phe-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O GYWQGGUCMDCUJE-DLOVCJGASA-N 0.000 description 1
- GWIJZUVQVDJHDI-AVGNSLFASA-N Asp-Phe-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O GWIJZUVQVDJHDI-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- GPPIDDWYKJPRES-YDHLFZDLSA-N Asp-Phe-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O GPPIDDWYKJPRES-YDHLFZDLSA-N 0.000 description 1
- RVMXMLSYBTXCAV-VEVYYDQMSA-N Asp-Pro-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O RVMXMLSYBTXCAV-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- SXLCDCZHNCLFGZ-BPUTZDHNSA-N Asp-Pro-Trp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(O)=O SXLCDCZHNCLFGZ-BPUTZDHNSA-N 0.000 description 1
- DWBZEJHQQIURML-IMJSIDKUSA-N Asp-Ser Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O DWBZEJHQQIURML-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- YIDFBWRHIYOYAA-LKXGYXEUSA-N Asp-Ser-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O YIDFBWRHIYOYAA-LKXGYXEUSA-N 0.000 description 1
- NTQDELBZOMWXRS-IWGUZYHVSA-N Asp-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O NTQDELBZOMWXRS-IWGUZYHVSA-N 0.000 description 1
- JSNWZMFSLIWAHS-HJGDQZAQSA-N Asp-Thr-Leu Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N)O JSNWZMFSLIWAHS-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- ZARXTZFGQZBYFO-JQWIXIFHSA-N Asp-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@H](CC(O)=O)N)C(O)=O)=CNC2=C1 ZARXTZFGQZBYFO-JQWIXIFHSA-N 0.000 description 1
- SQIARYGNVQWOSB-BZSNNMDCSA-N Asp-Tyr-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O SQIARYGNVQWOSB-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- ALMIMUZAWTUNIO-BZSNNMDCSA-N Asp-Tyr-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O ALMIMUZAWTUNIO-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- BYLPQJAWXJWUCJ-YDHLFZDLSA-N Asp-Tyr-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O BYLPQJAWXJWUCJ-YDHLFZDLSA-N 0.000 description 1
- PLOKOIJSGCISHE-BYULHYEWSA-N Asp-Val-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O PLOKOIJSGCISHE-BYULHYEWSA-N 0.000 description 1
- 241000726103 Atta Species 0.000 description 1
- 241001367049 Autographa Species 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 102100026189 Beta-galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 102100021277 Beta-secretase 2 Human genes 0.000 description 1
- 101710150190 Beta-secretase 2 Proteins 0.000 description 1
- 241000588779 Bordetella bronchiseptica Species 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 101100164183 Caenorhabditis elegans atg-2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100228196 Caenorhabditis elegans gly-4 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000714198 Caliciviridae Species 0.000 description 1
- 108090000565 Capsid Proteins Proteins 0.000 description 1
- 208000010711 Cattle disease Diseases 0.000 description 1
- 102100023321 Ceruloplasmin Human genes 0.000 description 1
- 108010035563 Chloramphenicol O-acetyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 241001533399 Circoviridae Species 0.000 description 1
- 241000543381 Cliftonia monophylla Species 0.000 description 1
- 241000711573 Coronaviridae Species 0.000 description 1
- YFXFOZPXVFPBDH-VZFHVOOUSA-N Cys-Ala-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CS)C(O)=O YFXFOZPXVFPBDH-VZFHVOOUSA-N 0.000 description 1
- BNRHLRWCERLRTQ-BPUTZDHNSA-N Cys-Arg-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CS)N BNRHLRWCERLRTQ-BPUTZDHNSA-N 0.000 description 1
- XXDLUZLKHOVPNW-IHRRRGAJSA-N Cys-Arg-Tyr Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CS)N)O XXDLUZLKHOVPNW-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- ASHTVGGFIMESRD-LKXGYXEUSA-N Cys-Asp-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N)O ASHTVGGFIMESRD-LKXGYXEUSA-N 0.000 description 1
- ZQHQTSONVIANQR-BQBZGAKWSA-N Cys-Gly-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CS)N ZQHQTSONVIANQR-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- OXFOKRAFNYSREH-BJDJZHNGSA-N Cys-Ile-Leu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N OXFOKRAFNYSREH-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- WXOFKRKAHJQKLT-BQBZGAKWSA-N Cys-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CS WXOFKRKAHJQKLT-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- CIVXDCMSSFGWAL-YUMQZZPRSA-N Cys-Lys-Gly Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N CIVXDCMSSFGWAL-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- MBRWOKXNHTUJMB-CIUDSAMLSA-N Cys-Pro-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O MBRWOKXNHTUJMB-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- NITLUESFANGEIW-BQBZGAKWSA-N Cys-Pro-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(O)=O NITLUESFANGEIW-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- JTEGHEWKBCTIAL-IXOXFDKPSA-N Cys-Thr-Phe Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N)O JTEGHEWKBCTIAL-IXOXFDKPSA-N 0.000 description 1
- ZOMMHASZJQRLFS-IHRRRGAJSA-N Cys-Tyr-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)NC(=O)[C@H](CS)N ZOMMHASZJQRLFS-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- OELDIVRKHTYFNG-WDSKDSINSA-N Cys-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CS OELDIVRKHTYFNG-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- FCXJJTRGVAZDER-FXQIFTODSA-N Cys-Val-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O FCXJJTRGVAZDER-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- MHYHLWUGWUBUHF-GUBZILKMSA-N Cys-Val-Arg Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N MHYHLWUGWUBUHF-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- JRZMCSIUYGSJKP-ZKWXMUAHSA-N Cys-Val-Asn Chemical compound SC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O JRZMCSIUYGSJKP-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 1
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 108010092160 Dactinomycin Proteins 0.000 description 1
- 206010012735 Diarrhoea Diseases 0.000 description 1
- 108700010895 Drosophila ADH Proteins 0.000 description 1
- 101710201734 E3 protein Proteins 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 101000984570 Enterobacteria phage T4 Baseplate wedge protein gp53 Proteins 0.000 description 1
- 101800001466 Envelope glycoprotein E1 Proteins 0.000 description 1
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 description 1
- 101900264058 Escherichia coli Beta-galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 101000997743 Escherichia phage Mu Serine recombinase gin Proteins 0.000 description 1
- 101000830028 Escherichia phage Mu Uncharacterized protein gp25 Proteins 0.000 description 1
- 108090000331 Firefly luciferases Proteins 0.000 description 1
- 102100040004 Gamma-glutamylcyclotransferase Human genes 0.000 description 1
- FAQVCWVVIYYWRR-WHFBIAKZSA-N Gln-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O FAQVCWVVIYYWRR-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- CKNUKHBRCSMKMO-XHNCKOQMSA-N Gln-Asn-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N)C(=O)O CKNUKHBRCSMKMO-XHNCKOQMSA-N 0.000 description 1
- QFTRCUPCARNIPZ-XHNCKOQMSA-N Gln-Cys-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N)C(=O)O QFTRCUPCARNIPZ-XHNCKOQMSA-N 0.000 description 1
- IKFZXRLDMYWNBU-YUMQZZPRSA-N Gln-Gly-Arg Chemical compound NC(=O)CC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N IKFZXRLDMYWNBU-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- CLSDNFWKGFJIBZ-YUMQZZPRSA-N Gln-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O CLSDNFWKGFJIBZ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- CELXWPDNIGWCJN-WDCWCFNPSA-N Gln-Lys-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O CELXWPDNIGWCJN-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 1
- VHLZDSUANXBJHW-QWRGUYRKSA-N Gln-Phe Chemical compound NC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 VHLZDSUANXBJHW-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- HLRLXVPRJJITSK-IFFSRLJSSA-N Gln-Thr-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O HLRLXVPRJJITSK-IFFSRLJSSA-N 0.000 description 1
- MRVYVEQPNDSWLH-XPUUQOCRSA-N Gln-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O MRVYVEQPNDSWLH-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- VEYGCDYMOXHJLS-GVXVVHGQSA-N Gln-Val-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O VEYGCDYMOXHJLS-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- OGMQXTXGLDNBSS-FXQIFTODSA-N Glu-Ala-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O OGMQXTXGLDNBSS-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- ITYRYNUZHPNCIK-GUBZILKMSA-N Glu-Ala-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O ITYRYNUZHPNCIK-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- IRDASPPCLZIERZ-XHNCKOQMSA-N Glu-Ala-Pro Chemical compound C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N IRDASPPCLZIERZ-XHNCKOQMSA-N 0.000 description 1
- MXOODARRORARSU-ACZMJKKPSA-N Glu-Ala-Ser Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N MXOODARRORARSU-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- NLKVNZUFDPWPNL-YUMQZZPRSA-N Glu-Arg-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(O)=O NLKVNZUFDPWPNL-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- AKJRHDMTEJXTPV-ACZMJKKPSA-N Glu-Asn-Ala Chemical compound C[C@H](NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O)C(O)=O AKJRHDMTEJXTPV-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- ZOXBSICWUDAOHX-GUBZILKMSA-N Glu-Asn-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O ZOXBSICWUDAOHX-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- RJONUNZIMUXUOI-GUBZILKMSA-N Glu-Asn-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N RJONUNZIMUXUOI-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- RTOOAKXIJADOLL-GUBZILKMSA-N Glu-Asp-His Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N RTOOAKXIJADOLL-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- CKOFNWCLWRYUHK-XHNCKOQMSA-N Glu-Asp-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N)C(=O)O CKOFNWCLWRYUHK-XHNCKOQMSA-N 0.000 description 1
- WATXSTJXNBOHKD-LAEOZQHASA-N Glu-Asp-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O WATXSTJXNBOHKD-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- ZZIFPJZQHRJERU-WDSKDSINSA-N Glu-Cys-Gly Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(O)=O ZZIFPJZQHRJERU-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- OXEMJGCAJFFREE-FXQIFTODSA-N Glu-Gln-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O OXEMJGCAJFFREE-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- KOSRFJWDECSPRO-WDSKDSINSA-N Glu-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- SJPMNHCEWPTRBR-BQBZGAKWSA-N Glu-Glu-Gly Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O SJPMNHCEWPTRBR-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- YLJHCWNDBKKOEB-IHRRRGAJSA-N Glu-Glu-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O YLJHCWNDBKKOEB-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- BUAKRRKDHSSIKK-IHRRRGAJSA-N Glu-Glu-Tyr Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 BUAKRRKDHSSIKK-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- YBAFDPFAUTYYRW-YUMQZZPRSA-N Glu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O YBAFDPFAUTYYRW-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- VMKCPNBBPGGQBJ-GUBZILKMSA-N Glu-Leu-Asn Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N VMKCPNBBPGGQBJ-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- IVGJYOOGJLFKQE-AVGNSLFASA-N Glu-Leu-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N IVGJYOOGJLFKQE-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- UGSVSNXPJJDJKL-SDDRHHMPSA-N Glu-Leu-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N UGSVSNXPJJDJKL-SDDRHHMPSA-N 0.000 description 1
- GJBUAAAIZSRCDC-GVXVVHGQSA-N Glu-Leu-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O GJBUAAAIZSRCDC-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- OQXDUSZKISQQSS-GUBZILKMSA-N Glu-Lys-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O OQXDUSZKISQQSS-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- SJJHXJDSNQJMMW-SRVKXCTJSA-N Glu-Lys-Arg Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O SJJHXJDSNQJMMW-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- OHWJUIXZHVIXJJ-GUBZILKMSA-N Glu-Lys-Cys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N OHWJUIXZHVIXJJ-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- ILWHFUZZCFYSKT-AVGNSLFASA-N Glu-Lys-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O ILWHFUZZCFYSKT-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- MFNUFCFRAZPJFW-JYJNAYRXSA-N Glu-Lys-Phe Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 MFNUFCFRAZPJFW-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- FMBWLLMUPXTXFC-SDDRHHMPSA-N Glu-Lys-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N)C(=O)O FMBWLLMUPXTXFC-SDDRHHMPSA-N 0.000 description 1
- SUIAHERNFYRBDZ-GVXVVHGQSA-N Glu-Lys-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O SUIAHERNFYRBDZ-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- SXGAGTVDWKQYCX-BQBZGAKWSA-N Glu-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O SXGAGTVDWKQYCX-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- UERORLSAFUHDGU-AVGNSLFASA-N Glu-Phe-Asn Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N UERORLSAFUHDGU-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- YBTCBQBIJKGSJP-BQBZGAKWSA-N Glu-Pro Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O YBTCBQBIJKGSJP-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- DXVOKNVIKORTHQ-GUBZILKMSA-N Glu-Pro-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O DXVOKNVIKORTHQ-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- UQHGAYSULGRWRG-WHFBIAKZSA-N Glu-Ser Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O UQHGAYSULGRWRG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- MWTGQXBHVRTCOR-GLLZPBPUSA-N Glu-Thr-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O MWTGQXBHVRTCOR-GLLZPBPUSA-N 0.000 description 1
- BPCLDCNZBUYGOD-BPUTZDHNSA-N Glu-Trp-Glu Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)=CNC2=C1 BPCLDCNZBUYGOD-BPUTZDHNSA-N 0.000 description 1
- YSWHPLCDIMUKFE-QWRGUYRKSA-N Glu-Tyr Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 YSWHPLCDIMUKFE-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- UCZXXMREFIETQW-AVGNSLFASA-N Glu-Tyr-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O UCZXXMREFIETQW-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- XOEKMEAOMXMURD-JYJNAYRXSA-N Glu-Tyr-His Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N)O XOEKMEAOMXMURD-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- UUTGYDAKPISJAO-JYJNAYRXSA-N Glu-Tyr-Leu Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 UUTGYDAKPISJAO-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- KIEICAOUSNYOLM-NRPADANISA-N Glu-Val-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O KIEICAOUSNYOLM-NRPADANISA-N 0.000 description 1
- YPHPEHMXOYTEQG-LAEOZQHASA-N Glu-Val-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O YPHPEHMXOYTEQG-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- ZALGPUWUVHOGAE-GVXVVHGQSA-N Glu-Val-His Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N ZALGPUWUVHOGAE-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- FVGOGEGGQLNZGH-DZKIICNBSA-N Glu-Val-Phe Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 FVGOGEGGQLNZGH-DZKIICNBSA-N 0.000 description 1
- PYTZFYUXZZHOAD-WHFBIAKZSA-N Gly-Ala-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CN PYTZFYUXZZHOAD-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- RLFSBAPJTYKSLG-WHFBIAKZSA-N Gly-Ala-Asp Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O RLFSBAPJTYKSLG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- MFVQGXGQRIXBPK-WDSKDSINSA-N Gly-Ala-Glu Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O MFVQGXGQRIXBPK-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- UGVQELHRNUDMAA-BYPYZUCNSA-N Gly-Ala-Gly Chemical compound [NH3+]CC(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC([O-])=O UGVQELHRNUDMAA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- OVSKVOOUFAKODB-UWVGGRQHSA-N Gly-Arg-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CCCN=C(N)N OVSKVOOUFAKODB-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- KKBWDNZXYLGJEY-UHFFFAOYSA-N Gly-Arg-Pro Natural products NCC(=O)NC(CCNC(=N)N)C(=O)N1CCCC1C(=O)O KKBWDNZXYLGJEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DTPOVRRYXPJJAZ-FJXKBIBVSA-N Gly-Arg-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CCCN=C(N)N DTPOVRRYXPJJAZ-FJXKBIBVSA-N 0.000 description 1
- DWUKOTKSTDWGAE-BQBZGAKWSA-N Gly-Asn-Arg Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N DWUKOTKSTDWGAE-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- FMNHBTKMRFVGRO-FOHZUACHSA-N Gly-Asn-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)CN FMNHBTKMRFVGRO-FOHZUACHSA-N 0.000 description 1
- FUTAPPOITCCWTH-WHFBIAKZSA-N Gly-Asp-Asp Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O FUTAPPOITCCWTH-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- ZRZILYKEJBMFHY-BQBZGAKWSA-N Gly-Asp-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)CN ZRZILYKEJBMFHY-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- LGQZOQRDEUIZJY-YUMQZZPRSA-N Gly-Cys-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)CN)C(O)=O LGQZOQRDEUIZJY-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- UEGIPZAXNBYCCP-NKWVEPMBSA-N Gly-Cys-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CS)NC(=O)CN)C(=O)O UEGIPZAXNBYCCP-NKWVEPMBSA-N 0.000 description 1
- BYYNJRSNDARRBX-YFKPBYRVSA-N Gly-Gln-Gly Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O BYYNJRSNDARRBX-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- PABFFPWEJMEVEC-JGVFFNPUSA-N Gly-Gln-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCC(=O)N)NC(=O)CN)C(=O)O PABFFPWEJMEVEC-JGVFFNPUSA-N 0.000 description 1
- DHDOADIPGZTAHT-YUMQZZPRSA-N Gly-Glu-Arg Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N DHDOADIPGZTAHT-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- XTQFHTHIAKKCTM-YFKPBYRVSA-N Gly-Glu-Gly Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O XTQFHTHIAKKCTM-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- YYPFZVIXAVDHIK-IUCAKERBSA-N Gly-Glu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)CN YYPFZVIXAVDHIK-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- LHRXAHLCRMQBGJ-RYUDHWBXSA-N Gly-Glu-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)NC(=O)CN LHRXAHLCRMQBGJ-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- HQRHFUYMGCHHJS-LURJTMIESA-N Gly-Gly-Arg Chemical compound NCC(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N HQRHFUYMGCHHJS-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- KMSGYZQRXPUKGI-BYPYZUCNSA-N Gly-Gly-Asn Chemical compound NCC(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O KMSGYZQRXPUKGI-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- PDAWDNVHMUKWJR-ZETCQYMHSA-N Gly-Gly-His Chemical compound NCC(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CNC=N1 PDAWDNVHMUKWJR-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- XMPXVJIDADUOQB-RCOVLWMOSA-N Gly-Gly-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C([O-])=O)NC(=O)CNC(=O)C[NH3+] XMPXVJIDADUOQB-RCOVLWMOSA-N 0.000 description 1
- UPADCCSMVOQAGF-LBPRGKRZSA-N Gly-Gly-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)CNC(=O)CN)C(O)=O)=CNC2=C1 UPADCCSMVOQAGF-LBPRGKRZSA-N 0.000 description 1
- YIFUFYZELCMPJP-YUMQZZPRSA-N Gly-Leu-Cys Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O YIFUFYZELCMPJP-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- LHYJCVCQPWRMKZ-WEDXCCLWSA-N Gly-Leu-Thr Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O LHYJCVCQPWRMKZ-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 1
- JPAACTMBBBGAAR-HOTGVXAUSA-N Gly-Leu-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC(C)C)C(O)=O)=CNC2=C1 JPAACTMBBBGAAR-HOTGVXAUSA-N 0.000 description 1
- MIIVFRCYJABHTQ-ONGXEEELSA-N Gly-Leu-Val Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O MIIVFRCYJABHTQ-ONGXEEELSA-N 0.000 description 1
- FXGRXIATVXUAHO-WEDXCCLWSA-N Gly-Lys-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CCCCN FXGRXIATVXUAHO-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 1
- JBCLFWXMTIKCCB-VIFPVBQESA-N Gly-Phe Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 JBCLFWXMTIKCCB-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- FEUPVVCGQLNXNP-IRXDYDNUSA-N Gly-Phe-Phe Chemical compound C([C@H](NC(=O)CN)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 FEUPVVCGQLNXNP-IRXDYDNUSA-N 0.000 description 1
- BMWFDYIYBAFROD-WPRPVWTQSA-N Gly-Pro-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)CN BMWFDYIYBAFROD-WPRPVWTQSA-N 0.000 description 1
- AJHCSUXXECOXOY-NSHDSACASA-N Gly-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)CN)C(O)=O)=CNC2=C1 AJHCSUXXECOXOY-NSHDSACASA-N 0.000 description 1
- ONSARSFSJHTMFJ-STQMWFEESA-N Gly-Trp-Ser Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O ONSARSFSJHTMFJ-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- UMBDRSMLCUYIRI-DVJZZOLTSA-N Gly-Trp-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)NC(=O)CN)O UMBDRSMLCUYIRI-DVJZZOLTSA-N 0.000 description 1
- XBGGUPMXALFZOT-VIFPVBQESA-N Gly-Tyr Chemical compound NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 XBGGUPMXALFZOT-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- YJDALMUYJIENAG-QWRGUYRKSA-N Gly-Tyr-Asn Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)CN)O YJDALMUYJIENAG-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- PNUFMLXHOLFRLD-KBPBESRZSA-N Gly-Tyr-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC1=CC=C(O)C=C1 PNUFMLXHOLFRLD-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- DNVDEMWIYLVIQU-RCOVLWMOSA-N Gly-Val-Asp Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O DNVDEMWIYLVIQU-RCOVLWMOSA-N 0.000 description 1
- YGHSQRJSHKYUJY-SCZZXKLOSA-N Gly-Val-Pro Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)CN YGHSQRJSHKYUJY-SCZZXKLOSA-N 0.000 description 1
- AFMOTCMSEBITOE-YEPSODPASA-N Gly-Val-Thr Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O AFMOTCMSEBITOE-YEPSODPASA-N 0.000 description 1
- KSOBNUBCYHGUKH-UWVGGRQHSA-N Gly-Val-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)CN KSOBNUBCYHGUKH-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- 101710170453 Glycoprotein 55 Proteins 0.000 description 1
- JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N H-Gly-Phe-OH Natural products NCC(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OOFLZRMKTMLSMH-UHFFFAOYSA-N H4atta Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CC1=CC=CC(C=2N=C(C=C(C=2)C=2C3=CC=CC=C3C=C3C=CC=CC3=2)C=2N=C(CN(CC(O)=O)CC(O)=O)C=CC=2)=N1 OOFLZRMKTMLSMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000032843 Hemorrhage Diseases 0.000 description 1
- 241000700739 Hepadnaviridae Species 0.000 description 1
- 241000700586 Herpesviridae Species 0.000 description 1
- PROLDOGUBQJNPG-RWMBFGLXSA-N His-Arg-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC2=CN=CN2)N)C(=O)O PROLDOGUBQJNPG-RWMBFGLXSA-N 0.000 description 1
- WSDOHRLQDGAOGU-BQBZGAKWSA-N His-Asn Chemical compound NC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 WSDOHRLQDGAOGU-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- MDCTVRUPVLZSPG-BQBZGAKWSA-N His-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CNC=N1 MDCTVRUPVLZSPG-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- UOAVQQRILDGZEN-SRVKXCTJSA-N His-Asp-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O UOAVQQRILDGZEN-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- CTCFZNBRZBNKAX-YUMQZZPRSA-N His-Gln Chemical compound NC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 CTCFZNBRZBNKAX-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- VHOLZZKNEBBHTH-YUMQZZPRSA-N His-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CNC=N1 VHOLZZKNEBBHTH-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- MMFKFJORZBJVNF-UWVGGRQHSA-N His-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 MMFKFJORZBJVNF-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- LNCFUHAPNTYMJB-IUCAKERBSA-N His-Pro Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(O)=O)C1=CN=CN1 LNCFUHAPNTYMJB-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- CCUSLCQWVMWTIS-IXOXFDKPSA-N His-Thr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O CCUSLCQWVMWTIS-IXOXFDKPSA-N 0.000 description 1
- ZHMZWSFQRUGLEC-JYJNAYRXSA-N His-Tyr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O ZHMZWSFQRUGLEC-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- RNVUQLOKVIPNEM-BZSNNMDCSA-N His-Tyr-Lys Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CN=CN2)N)O RNVUQLOKVIPNEM-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- WSAILOWUJZEAGC-DCAQKATOSA-N His-Val-Cys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)N WSAILOWUJZEAGC-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000886680 Homo sapiens Gamma-glutamylcyclotransferase Proteins 0.000 description 1
- 101000804764 Homo sapiens Lymphotactin Proteins 0.000 description 1
- 101001123332 Homo sapiens Proteoglycan 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000837344 Homo sapiens T-cell leukemia translocation-altered gene protein Proteins 0.000 description 1
- 101000666730 Homo sapiens T-complex protein 1 subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- FFJQAEYLAQMGDL-MGHWNKPDSA-N Ile-Lys-Tyr Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 FFJQAEYLAQMGDL-MGHWNKPDSA-N 0.000 description 1
- TUYOFUHICRWDGA-CIUDSAMLSA-N Ile-Met Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCSC TUYOFUHICRWDGA-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- YKZAMJXNJUWFIK-JBDRJPRFSA-N Ile-Ser-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)O)N YKZAMJXNJUWFIK-JBDRJPRFSA-N 0.000 description 1
- NURNJECQNNCRBK-FLBSBUHZSA-N Ile-Thr-Thr Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O NURNJECQNNCRBK-FLBSBUHZSA-N 0.000 description 1
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 description 1
- 101710125507 Integrase/recombinase Proteins 0.000 description 1
- PWWVAXIEGOYWEE-UHFFFAOYSA-N Isophenergan Chemical compound C1=CC=C2N(CC(C)N(C)C)C3=CC=CC=C3SC2=C1 PWWVAXIEGOYWEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N L-Phenylalanyl-L-lysin Natural products NCCCCC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QLROSWPKSBORFJ-BQBZGAKWSA-N L-Prolyl-L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 QLROSWPKSBORFJ-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- SITWEMZOJNKJCH-UHFFFAOYSA-N L-alanine-L-arginine Natural products CC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CCCNC(N)=N SITWEMZOJNKJCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KFKWRHQBZQICHA-STQMWFEESA-N L-leucyl-L-phenylalanine Natural products CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 KFKWRHQBZQICHA-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- 125000001176 L-lysyl group Chemical group [H]N([H])[C@]([H])(C(=O)[*])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C(N([H])[H])([H])[H] 0.000 description 1
- 241000880493 Leptailurus serval Species 0.000 description 1
- 241000589902 Leptospira Species 0.000 description 1
- CZCSUZMIRKFFFA-CIUDSAMLSA-N Leu-Ala-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O CZCSUZMIRKFFFA-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- ZRLUISBDKUWAIZ-CIUDSAMLSA-N Leu-Ala-Asp Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O ZRLUISBDKUWAIZ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- HXWALXSAVBLTPK-NUTKFTJISA-N Leu-Ala-Trp Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N HXWALXSAVBLTPK-NUTKFTJISA-N 0.000 description 1
- HBJZFCIVFIBNSV-DCAQKATOSA-N Leu-Arg-Asn Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O HBJZFCIVFIBNSV-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- HASRFYOMVPJRPU-SRVKXCTJSA-N Leu-Arg-Glu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O HASRFYOMVPJRPU-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- KSZCCRIGNVSHFH-UWVGGRQHSA-N Leu-Arg-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(O)=O KSZCCRIGNVSHFH-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- WUFYAPWIHCUMLL-CIUDSAMLSA-N Leu-Asn-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O WUFYAPWIHCUMLL-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- DBVWMYGBVFCRBE-CIUDSAMLSA-N Leu-Asn-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O DBVWMYGBVFCRBE-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- VCSBGUACOYUIGD-CIUDSAMLSA-N Leu-Asn-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O VCSBGUACOYUIGD-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- JKGHDYGZRDWHGA-SRVKXCTJSA-N Leu-Asn-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O JKGHDYGZRDWHGA-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- TWQIYNGNYNJUFM-NHCYSSNCSA-N Leu-Asn-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O TWQIYNGNYNJUFM-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- KTFHTMHHKXUYPW-ZPFDUUQYSA-N Leu-Asp-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O KTFHTMHHKXUYPW-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- ZYLJULGXQDNXDK-GUBZILKMSA-N Leu-Gln-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O ZYLJULGXQDNXDK-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- KAFOIVJDVSZUMD-UHFFFAOYSA-N Leu-Gln-Gln Natural products CC(C)CC(N)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(O)=O KAFOIVJDVSZUMD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CQGSYZCULZMEDE-UHFFFAOYSA-N Leu-Gln-Pro Natural products CC(C)CC(N)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)N1CCCC1C(O)=O CQGSYZCULZMEDE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QDSKNVXKLPQNOJ-GVXVVHGQSA-N Leu-Gln-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O QDSKNVXKLPQNOJ-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- QVFGXCVIXXBFHO-AVGNSLFASA-N Leu-Glu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O QVFGXCVIXXBFHO-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- PRZVBIAOPFGAQF-SRVKXCTJSA-N Leu-Glu-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O PRZVBIAOPFGAQF-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- ZFNLIDNJUWNIJL-WDCWCFNPSA-N Leu-Glu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O ZFNLIDNJUWNIJL-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 1
- HVJVUYQWFYMGJS-GVXVVHGQSA-N Leu-Glu-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O HVJVUYQWFYMGJS-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- OXRLYTYUXAQTHP-YUMQZZPRSA-N Leu-Gly-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O OXRLYTYUXAQTHP-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- LAPSXOAUPNOINL-YUMQZZPRSA-N Leu-Gly-Asp Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O LAPSXOAUPNOINL-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- VWHGTYCRDRBSFI-ZETCQYMHSA-N Leu-Gly-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)NCC(O)=O VWHGTYCRDRBSFI-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- VGPCJSXPPOQPBK-YUMQZZPRSA-N Leu-Gly-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O VGPCJSXPPOQPBK-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- XWOBNBRUDDUEEY-UWVGGRQHSA-N Leu-His Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CNC=N1 XWOBNBRUDDUEEY-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- CFZZDVMBRYFFNU-QWRGUYRKSA-N Leu-His-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)NCC(O)=O CFZZDVMBRYFFNU-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- HMDDEJADNKQTBR-BZSNNMDCSA-N Leu-His-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O HMDDEJADNKQTBR-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- IAJFFZORSWOZPQ-SRVKXCTJSA-N Leu-Leu-Asn Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O IAJFFZORSWOZPQ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- QNBVTHNJGCOVFA-AVGNSLFASA-N Leu-Leu-Glu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O QNBVTHNJGCOVFA-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- YOKVEHGYYQEQOP-QWRGUYRKSA-N Leu-Leu-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O YOKVEHGYYQEQOP-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- DNDWZFHLZVYOGF-KKUMJFAQSA-N Leu-Leu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O DNDWZFHLZVYOGF-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- LXKNSJLSGPNHSK-KKUMJFAQSA-N Leu-Leu-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N LXKNSJLSGPNHSK-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- UCNNZELZXFXXJQ-BZSNNMDCSA-N Leu-Leu-Tyr Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 UCNNZELZXFXXJQ-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- WXUOJXIGOPMDJM-SRVKXCTJSA-N Leu-Lys-Asn Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O WXUOJXIGOPMDJM-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- BGZCJDGBBUUBHA-KKUMJFAQSA-N Leu-Lys-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O BGZCJDGBBUUBHA-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- KPYAOIVPJKPIOU-KKUMJFAQSA-N Leu-Lys-Lys Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O KPYAOIVPJKPIOU-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- VVQJGYPTIYOFBR-IHRRRGAJSA-N Leu-Lys-Met Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)N VVQJGYPTIYOFBR-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- FIICHHJDINDXKG-IHPCNDPISA-N Leu-Lys-Trp Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(O)=O FIICHHJDINDXKG-IHPCNDPISA-N 0.000 description 1
- NTISAKGPIGTIJJ-IUCAKERBSA-N Leu-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(C)C NTISAKGPIGTIJJ-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- ZAVCJRJOQKIOJW-KKUMJFAQSA-N Leu-Phe-Asp Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 ZAVCJRJOQKIOJW-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- MJWVXZABPOKJJF-ACRUOGEOSA-N Leu-Phe-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O MJWVXZABPOKJJF-ACRUOGEOSA-N 0.000 description 1
- UHNQRAFSEBGZFZ-YESZJQIVSA-N Leu-Phe-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N2CCC[C@@H]2C(=O)O)N UHNQRAFSEBGZFZ-YESZJQIVSA-N 0.000 description 1
- VTJUNIYRYIAIHF-IUCAKERBSA-N Leu-Pro Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O VTJUNIYRYIAIHF-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- QMKFDEUJGYNFMC-AVGNSLFASA-N Leu-Pro-Arg Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O QMKFDEUJGYNFMC-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- UCBPDSYUVAAHCD-UWVGGRQHSA-N Leu-Pro-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(O)=O UCBPDSYUVAAHCD-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- MUCIDQMDOYQYBR-IHRRRGAJSA-N Leu-Pro-His Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)O)N MUCIDQMDOYQYBR-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- KWLWZYMNUZJKMZ-IHRRRGAJSA-N Leu-Pro-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O KWLWZYMNUZJKMZ-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- YRRCOJOXAJNSAX-IHRRRGAJSA-N Leu-Pro-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N YRRCOJOXAJNSAX-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- LRKCBIUDWAXNEG-CSMHCCOUSA-N Leu-Thr Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O LRKCBIUDWAXNEG-CSMHCCOUSA-N 0.000 description 1
- KLSUAWUZBMAZCL-RHYQMDGZSA-N Leu-Thr-Pro Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O KLSUAWUZBMAZCL-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- AIQWYVFNBNNOLU-RHYQMDGZSA-N Leu-Thr-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O AIQWYVFNBNNOLU-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- BQVUABVGYYSDCJ-ZFWWWQNUSA-N Leu-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@@H](N)CC(C)C)C(O)=O)=CNC2=C1 BQVUABVGYYSDCJ-ZFWWWQNUSA-N 0.000 description 1
- FBNPMTNBFFAMMH-AVGNSLFASA-N Leu-Val-Arg Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N FBNPMTNBFFAMMH-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- FBNPMTNBFFAMMH-UHFFFAOYSA-N Leu-Val-Arg Natural products CC(C)CC(N)C(=O)NC(C(C)C)C(=O)NC(C(O)=O)CCCN=C(N)N FBNPMTNBFFAMMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AIMGJYMCTAABEN-GVXVVHGQSA-N Leu-Val-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O AIMGJYMCTAABEN-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- YQFZRHYZLARWDY-IHRRRGAJSA-N Leu-Val-Lys Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN YQFZRHYZLARWDY-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- XOEDPXDZJHBQIX-ULQDDVLXSA-N Leu-Val-Phe Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XOEDPXDZJHBQIX-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- QESXLSQLQHHTIX-RHYQMDGZSA-N Leu-Val-Thr Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O QESXLSQLQHHTIX-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- MSFITIBEMPWCBD-ULQDDVLXSA-N Leu-Val-Tyr Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 MSFITIBEMPWCBD-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 102100035304 Lymphotactin Human genes 0.000 description 1
- NFLFJGGKOHYZJF-BJDJZHNGSA-N Lys-Ala-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN NFLFJGGKOHYZJF-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- IRNSXVOWSXSULE-DCAQKATOSA-N Lys-Ala-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN IRNSXVOWSXSULE-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- GAOJCVKPIGHTGO-UWVGGRQHSA-N Lys-Arg-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(O)=O GAOJCVKPIGHTGO-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- SWWCDAGDQHTKIE-RHYQMDGZSA-N Lys-Arg-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O SWWCDAGDQHTKIE-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- NTSPQIONFJUMJV-AVGNSLFASA-N Lys-Arg-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O NTSPQIONFJUMJV-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- ABHIXYDMILIUKV-CIUDSAMLSA-N Lys-Asn-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O ABHIXYDMILIUKV-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- FACUGMGEFUEBTI-SRVKXCTJSA-N Lys-Asn-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN FACUGMGEFUEBTI-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- LZWNAOIMTLNMDW-NHCYSSNCSA-N Lys-Asn-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCCCN)N LZWNAOIMTLNMDW-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- LMVOVCYVZBBWQB-SRVKXCTJSA-N Lys-Asp-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN LMVOVCYVZBBWQB-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- QBGPXOGXCVKULO-BQBZGAKWSA-N Lys-Cys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O QBGPXOGXCVKULO-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- RLZDUFRBMQNYIJ-YUMQZZPRSA-N Lys-Cys-Gly Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(=O)O)N RLZDUFRBMQNYIJ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- QQUJSUFWEDZQQY-AVGNSLFASA-N Lys-Gln-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN QQUJSUFWEDZQQY-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- CRNNMTHBMRFQNG-GUBZILKMSA-N Lys-Glu-Cys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)N CRNNMTHBMRFQNG-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- DCRWPTBMWMGADO-AVGNSLFASA-N Lys-Glu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O DCRWPTBMWMGADO-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- LCMWVZLBCUVDAZ-IUCAKERBSA-N Lys-Gly-Glu Chemical compound [NH3+]CCCC[C@H]([NH3+])C(=O)NCC(=O)N[C@H](C([O-])=O)CCC([O-])=O LCMWVZLBCUVDAZ-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- ISHNZELVUVPCHY-ZETCQYMHSA-N Lys-Gly-Gly Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)NCC(O)=O ISHNZELVUVPCHY-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- CANPXOLVTMKURR-WEDXCCLWSA-N Lys-Gly-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCCN CANPXOLVTMKURR-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 1
- FGMHXLULNHTPID-KKUMJFAQSA-N Lys-His-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O)CC1=CN=CN1 FGMHXLULNHTPID-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- MXMDJEJWERYPMO-XUXIUFHCSA-N Lys-Ile-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O MXMDJEJWERYPMO-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- MYZMQWHPDAYKIE-SRVKXCTJSA-N Lys-Leu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O MYZMQWHPDAYKIE-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- VMTYLUGCXIEDMV-QWRGUYRKSA-N Lys-Leu-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN VMTYLUGCXIEDMV-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- ORVFEGYUJITPGI-IHRRRGAJSA-N Lys-Leu-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN ORVFEGYUJITPGI-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- VUTWYNQUSJWBHO-BZSNNMDCSA-N Lys-Leu-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O VUTWYNQUSJWBHO-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- NVGBPTNZLWRQSY-UWVGGRQHSA-N Lys-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN NVGBPTNZLWRQSY-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- HVAUKHLDSDDROB-KKUMJFAQSA-N Lys-Lys-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O HVAUKHLDSDDROB-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- ATNKHRAIZCMCCN-BZSNNMDCSA-N Lys-Lys-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CCCCN)N ATNKHRAIZCMCCN-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- BEGQVWUZFXLNHZ-IHPCNDPISA-N Lys-Lys-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN)C(O)=O)=CNC2=C1 BEGQVWUZFXLNHZ-IHPCNDPISA-N 0.000 description 1
- QCZYYEFXOBKCNQ-STQMWFEESA-N Lys-Phe Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 QCZYYEFXOBKCNQ-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- WLXGMVVHTIUPHE-ULQDDVLXSA-N Lys-Phe-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O WLXGMVVHTIUPHE-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- AIXUQKMMBQJZCU-IUCAKERBSA-N Lys-Pro Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O AIXUQKMMBQJZCU-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- BOJYMMBYBNOOGG-DCAQKATOSA-N Lys-Pro-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O BOJYMMBYBNOOGG-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- PDIDTSZKKFEDMB-UWVGGRQHSA-N Lys-Pro-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(O)=O PDIDTSZKKFEDMB-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- LOGFVTREOLYCPF-RHYQMDGZSA-N Lys-Pro-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@@H](N)CCCCN LOGFVTREOLYCPF-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- MIFFFXHMAHFACR-KATARQTJSA-N Lys-Ser-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN MIFFFXHMAHFACR-KATARQTJSA-N 0.000 description 1
- DLCAXBGXGOVUCD-PPCPHDFISA-N Lys-Thr-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O DLCAXBGXGOVUCD-PPCPHDFISA-N 0.000 description 1
- BDFHWFUAQLIMJO-KXNHARMFSA-N Lys-Thr-Pro Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N)O BDFHWFUAQLIMJO-KXNHARMFSA-N 0.000 description 1
- RVKIPWVMZANZLI-ZFWWWQNUSA-N Lys-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@@H](N)CCCCN)C(O)=O)=CNC2=C1 RVKIPWVMZANZLI-ZFWWWQNUSA-N 0.000 description 1
- MYTOTTSMVMWVJN-STQMWFEESA-N Lys-Tyr Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 MYTOTTSMVMWVJN-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- VWPJQIHBBOJWDN-DCAQKATOSA-N Lys-Val-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O VWPJQIHBBOJWDN-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- DRRXXZBXDMLGFC-IHRRRGAJSA-N Lys-Val-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN DRRXXZBXDMLGFC-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- HMZPYMSEAALNAE-ULQDDVLXSA-N Lys-Val-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O HMZPYMSEAALNAE-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- FWTBMGAKKPSTBT-GUBZILKMSA-N Met-Gln-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O FWTBMGAKKPSTBT-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- SXWQMBGNFXAGAT-FJXKBIBVSA-N Met-Gly-Thr Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O SXWQMBGNFXAGAT-FJXKBIBVSA-N 0.000 description 1
- IMTUWVJPCQPJEE-IUCAKERBSA-N Met-Lys Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN IMTUWVJPCQPJEE-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- DZMGFGQBRYWJOR-YUMQZZPRSA-N Met-Pro Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O DZMGFGQBRYWJOR-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- 241000204045 Mycoplasma hyopneumoniae Species 0.000 description 1
- WUGMRIBZSVSJNP-UHFFFAOYSA-N N-L-alanyl-L-tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(NC(=O)C(N)C)C(O)=O)=CNC2=C1 WUGMRIBZSVSJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WYBVBIHNJWOLCJ-UHFFFAOYSA-N N-L-arginyl-L-leucine Natural products CC(C)CC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CCCN=C(N)N WYBVBIHNJWOLCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010087066 N2-tryptophyllysine Proteins 0.000 description 1
- BQVUABVGYYSDCJ-UHFFFAOYSA-N Nalpha-L-Leucyl-L-tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(NC(=O)C(N)CC(C)C)C(O)=O)=CNC2=C1 BQVUABVGYYSDCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101100109397 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) arg-8 gene Proteins 0.000 description 1
- 108020004485 Nonsense Codon Proteins 0.000 description 1
- 241000712464 Orthomyxoviridae Species 0.000 description 1
- 206010033799 Paralysis Diseases 0.000 description 1
- 241000711504 Paramyxoviridae Species 0.000 description 1
- 241000606856 Pasteurella multocida Species 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 241000150350 Peribunyaviridae Species 0.000 description 1
- FPTXMUIBLMGTQH-ONGXEEELSA-N Phe-Ala-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 FPTXMUIBLMGTQH-ONGXEEELSA-N 0.000 description 1
- XWBJLKDCHJVKAK-KKUMJFAQSA-N Phe-Arg-Gln Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N XWBJLKDCHJVKAK-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- XMPUYNHKEPFERE-IHRRRGAJSA-N Phe-Asp-Arg Chemical compound NC(N)=NCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 XMPUYNHKEPFERE-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- ZENDEDYRYVHBEG-SRVKXCTJSA-N Phe-Asp-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 ZENDEDYRYVHBEG-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- RIYZXJVARWJLKS-KKUMJFAQSA-N Phe-Asp-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 RIYZXJVARWJLKS-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- WIVCOAKLPICYGY-KKUMJFAQSA-N Phe-Asp-Lys Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N WIVCOAKLPICYGY-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- KKYHKZCMETTXEO-AVGNSLFASA-N Phe-Cys-Glu Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N KKYHKZCMETTXEO-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- WFDAEEUZPZSMOG-SRVKXCTJSA-N Phe-Cys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O WFDAEEUZPZSMOG-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- MGBRZXXGQBAULP-DRZSPHRISA-N Phe-Glu-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 MGBRZXXGQBAULP-DRZSPHRISA-N 0.000 description 1
- KJJROSNFBRWPHS-JYJNAYRXSA-N Phe-Glu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O KJJROSNFBRWPHS-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- GLUBLISJVJFHQS-VIFPVBQESA-N Phe-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 GLUBLISJVJFHQS-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- JEBWZLWTRPZQRX-QWRGUYRKSA-N Phe-Gly-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O JEBWZLWTRPZQRX-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- ZLGQEBCCANLYRA-RYUDHWBXSA-N Phe-Gly-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O ZLGQEBCCANLYRA-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- OHUXOEXBXPZKPT-STQMWFEESA-N Phe-His Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1N=CNC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 OHUXOEXBXPZKPT-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- PMKIMKUGCSVFSV-CQDKDKBSSA-N Phe-His-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)NC(=O)[C@H](CC2=CC=CC=C2)N PMKIMKUGCSVFSV-CQDKDKBSSA-N 0.000 description 1
- YKUGPVXSDOOANW-KKUMJFAQSA-N Phe-Leu-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O YKUGPVXSDOOANW-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- KDYPMIZMXDECSU-JYJNAYRXSA-N Phe-Leu-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 KDYPMIZMXDECSU-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- YTILBRIUASDGBL-BZSNNMDCSA-N Phe-Leu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 YTILBRIUASDGBL-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- DMEYUTSDVRCWRS-ULQDDVLXSA-N Phe-Lys-Arg Chemical compound NC(=N)NCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 DMEYUTSDVRCWRS-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- GPSMLZQVIIYLDK-ULQDDVLXSA-N Phe-Lys-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O GPSMLZQVIIYLDK-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- OXKJSGGTHFMGDT-UFYCRDLUSA-N Phe-Phe-Arg Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 OXKJSGGTHFMGDT-UFYCRDLUSA-N 0.000 description 1
- BONHGTUEEPIMPM-AVGNSLFASA-N Phe-Ser-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O BONHGTUEEPIMPM-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- 108010021757 Polynucleotide 5'-Hydroxyl-Kinase Proteins 0.000 description 1
- 102000008422 Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase Human genes 0.000 description 1
- 241000702619 Porcine parvovirus Species 0.000 description 1
- 241000711493 Porcine respiratory coronavirus Species 0.000 description 1
- DZZCICYRSZASNF-FXQIFTODSA-N Pro-Ala-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 DZZCICYRSZASNF-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- ALJGSKMBIUEJOB-FXQIFTODSA-N Pro-Ala-Cys Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 ALJGSKMBIUEJOB-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- CGBYDGAJHSOGFQ-LPEHRKFASA-N Pro-Ala-Pro Chemical compound C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@@H]2CCCN2 CGBYDGAJHSOGFQ-LPEHRKFASA-N 0.000 description 1
- SSSFPISOZOLQNP-GUBZILKMSA-N Pro-Arg-Asp Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O SSSFPISOZOLQNP-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- BNBBNGZZKQUWCD-IUCAKERBSA-N Pro-Arg-Gly Chemical compound NC(N)=NCCC[C@@H](C(=O)NCC(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 BNBBNGZZKQUWCD-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- ZSKJPKFTPQCPIH-RCWTZXSCSA-N Pro-Arg-Thr Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O ZSKJPKFTPQCPIH-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 1
- UVKNEILZSJMKSR-FXQIFTODSA-N Pro-Asn-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 UVKNEILZSJMKSR-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- SGCZFWSQERRKBD-BQBZGAKWSA-N Pro-Asp-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 SGCZFWSQERRKBD-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- XUSDDSLCRPUKLP-QXEWZRGKSA-N Pro-Asp-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 XUSDDSLCRPUKLP-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- AIZVVCMAFRREQS-GUBZILKMSA-N Pro-Cys-Arg Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O AIZVVCMAFRREQS-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- LANQLYHLMYDWJP-SRVKXCTJSA-N Pro-Gln-Lys Chemical compound C1C[C@H](NC1)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O LANQLYHLMYDWJP-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- VDGTVWFMRXVQCT-GUBZILKMSA-N Pro-Glu-Gln Chemical compound NC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 VDGTVWFMRXVQCT-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- UEHYFUCOGHWASA-HJGDQZAQSA-N Pro-Glu-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 UEHYFUCOGHWASA-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- DMKWYMWNEKIPFC-IUCAKERBSA-N Pro-Gly-Arg Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O DMKWYMWNEKIPFC-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- HAAQQNHQZBOWFO-LURJTMIESA-N Pro-Gly-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@@H]1CCCN1 HAAQQNHQZBOWFO-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- GBRUQFBAJOKCTF-DCAQKATOSA-N Pro-His-Asp Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O GBRUQFBAJOKCTF-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- RVQDZELMXZRSSI-IUCAKERBSA-N Pro-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 RVQDZELMXZRSSI-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- QGLFRQCECIWXFA-RCWTZXSCSA-N Pro-Met-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@@H]1CCCN1)O QGLFRQCECIWXFA-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 1
- ZVEQWRWMRFIVSD-HRCADAONSA-N Pro-Phe-Pro Chemical compound C1C[C@H](NC1)C(=O)N[C@@H](CC2=CC=CC=C2)C(=O)N3CCC[C@@H]3C(=O)O ZVEQWRWMRFIVSD-HRCADAONSA-N 0.000 description 1
- RWCOTTLHDJWHRS-YUMQZZPRSA-N Pro-Pro Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@H]1NCCC1 RWCOTTLHDJWHRS-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- KBUAPZAZPWNYSW-SRVKXCTJSA-N Pro-Pro-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@H]1NCCC1 KBUAPZAZPWNYSW-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- GBUNEGKQPSAMNK-QTKMDUPCSA-N Pro-Thr-His Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)NC(=O)[C@@H]2CCCN2)O GBUNEGKQPSAMNK-QTKMDUPCSA-N 0.000 description 1
- GZNYIXWOIUFLGO-ZJDVBMNYSA-N Pro-Thr-Thr Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O GZNYIXWOIUFLGO-ZJDVBMNYSA-N 0.000 description 1
- OIDKVWTWGDWMHY-RYUDHWBXSA-N Pro-Tyr Chemical compound C([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H]1NCCC1)C1=CC=C(O)C=C1 OIDKVWTWGDWMHY-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- FIDNSJUXESUDOV-JYJNAYRXSA-N Pro-Tyr-Val Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O FIDNSJUXESUDOV-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- IMNVAOPEMFDAQD-NHCYSSNCSA-N Pro-Val-Glu Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O IMNVAOPEMFDAQD-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- FUOGXAQMNJMBFG-WPRPVWTQSA-N Pro-Val-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 FUOGXAQMNJMBFG-WPRPVWTQSA-N 0.000 description 1
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 description 1
- 102100028965 Proteoglycan 4 Human genes 0.000 description 1
- 102000009609 Pyrophosphatases Human genes 0.000 description 1
- 108010009413 Pyrophosphatases Proteins 0.000 description 1
- 101710086015 RNA ligase Proteins 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000711931 Rhabdoviridae Species 0.000 description 1
- XNCUYZKGQOCOQH-YUMQZZPRSA-N Ser-Leu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O XNCUYZKGQOCOQH-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- LDEBVRIURYMKQS-WISUUJSJSA-N Ser-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CO LDEBVRIURYMKQS-WISUUJSJSA-N 0.000 description 1
- KKKVOZNCLALMPV-XKBZYTNZSA-N Ser-Thr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O KKKVOZNCLALMPV-XKBZYTNZSA-N 0.000 description 1
- ILVGMCVCQBJPSH-WDSKDSINSA-N Ser-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CO ILVGMCVCQBJPSH-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- 101710145752 Serine recombinase gin Proteins 0.000 description 1
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710119335 Sliding-clamp-loader large subunit Proteins 0.000 description 1
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 1
- 241000194021 Streptococcus suis Species 0.000 description 1
- 102100028692 T-cell leukemia translocation-altered gene protein Human genes 0.000 description 1
- 102100038410 T-complex protein 1 subunit alpha Human genes 0.000 description 1
- GFKPPJZEOXIRFX-UHFFFAOYSA-N TCA A Natural products CC(CCC(=O)O)C1=CCC2(C)OC3=C(CC12)C(=O)C(O)CC3 GFKPPJZEOXIRFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020005038 Terminator Codon Proteins 0.000 description 1
- DWYAUVCQDTZIJI-VZFHVOOUSA-N Thr-Ala-Ser Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O DWYAUVCQDTZIJI-VZFHVOOUSA-N 0.000 description 1
- JMZKMSTYXHFYAK-VEVYYDQMSA-N Thr-Arg-Asn Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N)O JMZKMSTYXHFYAK-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- JNQZPAWOPBZGIX-RCWTZXSCSA-N Thr-Arg-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)[C@@H](C)O)CCCN=C(N)N JNQZPAWOPBZGIX-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 1
- SWIKDOUVROTZCW-GCJQMDKQSA-N Thr-Asn-Ala Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)O)N)O SWIKDOUVROTZCW-GCJQMDKQSA-N 0.000 description 1
- LXWZOMSOUAMOIA-JIOCBJNQSA-N Thr-Asn-Pro Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N)O LXWZOMSOUAMOIA-JIOCBJNQSA-N 0.000 description 1
- NLSNVZAREYQMGR-HJGDQZAQSA-N Thr-Asp-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O NLSNVZAREYQMGR-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- ZUUDNCOCILSYAM-KKHAAJSZSA-N Thr-Asp-Val Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O ZUUDNCOCILSYAM-KKHAAJSZSA-N 0.000 description 1
- KWQBJOUOSNJDRR-XAVMHZPKSA-N Thr-Cys-Pro Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N)O KWQBJOUOSNJDRR-XAVMHZPKSA-N 0.000 description 1
- OYTNZCBFDXGQGE-XQXXSGGOSA-N Thr-Gln-Ala Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)O)N)O OYTNZCBFDXGQGE-XQXXSGGOSA-N 0.000 description 1
- FHDLKMFZKRUQCE-HJGDQZAQSA-N Thr-Glu-Arg Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O FHDLKMFZKRUQCE-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- UDQBCBUXAQIZAK-GLLZPBPUSA-N Thr-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O UDQBCBUXAQIZAK-GLLZPBPUSA-N 0.000 description 1
- LHEZGZQRLDBSRR-WDCWCFNPSA-N Thr-Glu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O LHEZGZQRLDBSRR-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 1
- SLUWOCTZVGMURC-BFHQHQDPSA-N Thr-Gly-Ala Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O SLUWOCTZVGMURC-BFHQHQDPSA-N 0.000 description 1
- AQAMPXBRJJWPNI-JHEQGTHGSA-N Thr-Gly-Glu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O AQAMPXBRJJWPNI-JHEQGTHGSA-N 0.000 description 1
- KBBRNEDOYWMIJP-KYNKHSRBSA-N Thr-Gly-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)O)N)O KBBRNEDOYWMIJP-KYNKHSRBSA-N 0.000 description 1
- WXVIGTAUZBUDPZ-DTLFHODZSA-N Thr-His Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CN=CN1 WXVIGTAUZBUDPZ-DTLFHODZSA-N 0.000 description 1
- GXUWHVZYDAHFSV-FLBSBUHZSA-N Thr-Ile-Thr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O GXUWHVZYDAHFSV-FLBSBUHZSA-N 0.000 description 1
- HOVLHEKTGVIKAP-WDCWCFNPSA-N Thr-Leu-Gln Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O HOVLHEKTGVIKAP-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 1
- MECLEFZMPPOEAC-VOAKCMCISA-N Thr-Leu-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N)O MECLEFZMPPOEAC-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- VRUFCJZQDACGLH-UVOCVTCTSA-N Thr-Leu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O VRUFCJZQDACGLH-UVOCVTCTSA-N 0.000 description 1
- YKRQRPFODDJQTC-CSMHCCOUSA-N Thr-Lys Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN YKRQRPFODDJQTC-CSMHCCOUSA-N 0.000 description 1
- JLNMFGCJODTXDH-WEDXCCLWSA-N Thr-Lys-Gly Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)NCC(O)=O JLNMFGCJODTXDH-WEDXCCLWSA-N 0.000 description 1
- QOLYAJSZHIJCTO-VQVTYTSYSA-N Thr-Pro Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O QOLYAJSZHIJCTO-VQVTYTSYSA-N 0.000 description 1
- MUAFDCVOHYAFNG-RCWTZXSCSA-N Thr-Pro-Arg Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O MUAFDCVOHYAFNG-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 1
- MXDOAJQRJBMGMO-FJXKBIBVSA-N Thr-Pro-Gly Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(O)=O MXDOAJQRJBMGMO-FJXKBIBVSA-N 0.000 description 1
- GVMXJJAJLIEASL-ZJDVBMNYSA-N Thr-Pro-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O GVMXJJAJLIEASL-ZJDVBMNYSA-N 0.000 description 1
- GXDLGHLJTHMDII-WISUUJSJSA-N Thr-Ser Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O GXDLGHLJTHMDII-WISUUJSJSA-N 0.000 description 1
- UQCNIMDPYICBTR-KYNKHSRBSA-N Thr-Thr-Gly Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O UQCNIMDPYICBTR-KYNKHSRBSA-N 0.000 description 1
- LECUEEHKUFYOOV-ZJDVBMNYSA-N Thr-Thr-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@@H](N)[C@@H](C)O LECUEEHKUFYOOV-ZJDVBMNYSA-N 0.000 description 1
- WCRFXRIWBFRZBR-GGVZMXCHSA-N Thr-Tyr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 WCRFXRIWBFRZBR-GGVZMXCHSA-N 0.000 description 1
- LXXCHJKHJYRMIY-FQPOAREZSA-N Thr-Tyr-Ala Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O LXXCHJKHJYRMIY-FQPOAREZSA-N 0.000 description 1
- REJRKTOJTCPDPO-IRIUXVKKSA-N Thr-Tyr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O REJRKTOJTCPDPO-IRIUXVKKSA-N 0.000 description 1
- JAWUQFCGNVEDRN-MEYUZBJRSA-N Thr-Tyr-Leu Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)N)O JAWUQFCGNVEDRN-MEYUZBJRSA-N 0.000 description 1
- CJEHCEOXPLASCK-MEYUZBJRSA-N Thr-Tyr-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)[C@H](O)C)CC1=CC=C(O)C=C1 CJEHCEOXPLASCK-MEYUZBJRSA-N 0.000 description 1
- OGOYMQWIWHGTGH-KZVJFYERSA-N Thr-Val-Ala Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O OGOYMQWIWHGTGH-KZVJFYERSA-N 0.000 description 1
- KPMIQCXJDVKWKO-IFFSRLJSSA-N Thr-Val-Glu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O KPMIQCXJDVKWKO-IFFSRLJSSA-N 0.000 description 1
- PWONLXBUSVIZPH-RHYQMDGZSA-N Thr-Val-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N)O PWONLXBUSVIZPH-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- SPIFGZFZMVLPHN-UNQGMJICSA-N Thr-Val-Phe Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O SPIFGZFZMVLPHN-UNQGMJICSA-N 0.000 description 1
- 241000589886 Treponema Species 0.000 description 1
- ADBFWLXCCKIXBQ-XIRDDKMYSA-N Trp-Asn-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)N ADBFWLXCCKIXBQ-XIRDDKMYSA-N 0.000 description 1
- IUFQHOCOKQIOMC-XIRDDKMYSA-N Trp-Asn-Lys Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N IUFQHOCOKQIOMC-XIRDDKMYSA-N 0.000 description 1
- QNTBGBCOEYNAPV-CWRNSKLLSA-N Trp-Asn-Pro Chemical compound C1C[C@@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC2=CNC3=CC=CC=C32)N)C(=O)O QNTBGBCOEYNAPV-CWRNSKLLSA-N 0.000 description 1
- PEEAINPHPNDNGE-JQWIXIFHSA-N Trp-Asp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O)=CNC2=C1 PEEAINPHPNDNGE-JQWIXIFHSA-N 0.000 description 1
- HDQJVXVRGJUDML-UBHSHLNASA-N Trp-Cys-Asn Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N HDQJVXVRGJUDML-UBHSHLNASA-N 0.000 description 1
- CXPJPTFWKXNDKV-NUTKFTJISA-N Trp-Leu-Ala Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)=CNC2=C1 CXPJPTFWKXNDKV-NUTKFTJISA-N 0.000 description 1
- YVXIAOOYAKBAAI-SZMVWBNQSA-N Trp-Leu-Gln Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O)=CNC2=C1 YVXIAOOYAKBAAI-SZMVWBNQSA-N 0.000 description 1
- UJRIVCPPPMYCNA-HOCLYGCPSA-N Trp-Leu-Gly Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)N UJRIVCPPPMYCNA-HOCLYGCPSA-N 0.000 description 1
- ACGIVBXINJFALS-HKUYNNGSSA-N Trp-Phe-Gly Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CNC3=CC=CC=C32)N ACGIVBXINJFALS-HKUYNNGSSA-N 0.000 description 1
- GQNCRIFNDVFRNF-BPUTZDHNSA-N Trp-Pro-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O GQNCRIFNDVFRNF-BPUTZDHNSA-N 0.000 description 1
- WMIUTJPFHMMUGY-ZFWWWQNUSA-N Trp-Pro-Gly Chemical compound C1C[C@H](N(C1)C(=O)[C@H](CC2=CNC3=CC=CC=C32)N)C(=O)NCC(=O)O WMIUTJPFHMMUGY-ZFWWWQNUSA-N 0.000 description 1
- YTHWAWACWGWBLE-MNSWYVGCSA-N Trp-Tyr-Thr Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@H](O)C)C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C1=CC=C(O)C=C1 YTHWAWACWGWBLE-MNSWYVGCSA-N 0.000 description 1
- NLKUJNGEGZDXGO-XVKPBYJWSA-N Tyr-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 NLKUJNGEGZDXGO-XVKPBYJWSA-N 0.000 description 1
- DYEGCOJHFNJBKB-UFYCRDLUSA-N Tyr-Arg-Tyr Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 DYEGCOJHFNJBKB-UFYCRDLUSA-N 0.000 description 1
- QZOSVNLXLSNHQK-UWVGGRQHSA-N Tyr-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 QZOSVNLXLSNHQK-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- XBWKCYFGRXKWGO-SRVKXCTJSA-N Tyr-Cys-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O XBWKCYFGRXKWGO-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- TWAVEIJGFCBWCG-JYJNAYRXSA-N Tyr-Gln-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)N TWAVEIJGFCBWCG-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- KOVXHANYYYMBRF-IRIUXVKKSA-N Tyr-Glu-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)N)O KOVXHANYYYMBRF-IRIUXVKKSA-N 0.000 description 1
- UNUZEBFXGWVAOP-DZKIICNBSA-N Tyr-Glu-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O UNUZEBFXGWVAOP-DZKIICNBSA-N 0.000 description 1
- HPYDSVWYXXKHRD-VIFPVBQESA-N Tyr-Gly Chemical compound [O-]C(=O)CNC(=O)[C@@H]([NH3+])CC1=CC=C(O)C=C1 HPYDSVWYXXKHRD-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- AKLNEFNQWLHIGY-QWRGUYRKSA-N Tyr-Gly-Asp Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N)O AKLNEFNQWLHIGY-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- NMKJPMCEKQHRPD-IRXDYDNUSA-N Tyr-Gly-Tyr Chemical compound C([C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 NMKJPMCEKQHRPD-IRXDYDNUSA-N 0.000 description 1
- ZQOOYCZQENFIMC-STQMWFEESA-N Tyr-His Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1N=CNC=1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 ZQOOYCZQENFIMC-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- MVYRJYISVJWKSX-KBPBESRZSA-N Tyr-His-Gly Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)NCC(=O)O)N)O MVYRJYISVJWKSX-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- DWAMXBFJNZIHMC-KBPBESRZSA-N Tyr-Leu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O DWAMXBFJNZIHMC-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- CDKZJGMPZHPAJC-ULQDDVLXSA-N Tyr-Leu-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 CDKZJGMPZHPAJC-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- CGWAPUBOXJWXMS-HOTGVXAUSA-N Tyr-Phe Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 CGWAPUBOXJWXMS-HOTGVXAUSA-N 0.000 description 1
- ZZDYJFVIKVSUFA-WLTAIBSBSA-N Tyr-Thr-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O ZZDYJFVIKVSUFA-WLTAIBSBSA-N 0.000 description 1
- LDKDSFQSEUOCOO-RPTUDFQQSA-N Tyr-Thr-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O LDKDSFQSEUOCOO-RPTUDFQQSA-N 0.000 description 1
- ABZWHLRQBSBPTO-RNXOBYDBSA-N Tyr-Trp-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CNC3=CC=CC=C32)NC(=O)[C@H](CC4=CC=C(C=C4)O)N ABZWHLRQBSBPTO-RNXOBYDBSA-N 0.000 description 1
- JAQGKXUEKGKTKX-HOTGVXAUSA-N Tyr-Tyr Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 JAQGKXUEKGKTKX-HOTGVXAUSA-N 0.000 description 1
- GOPQNCQSXBJAII-ULQDDVLXSA-N Tyr-Val-Lys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)N GOPQNCQSXBJAII-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HSRXSKHRSXRCFC-WDSKDSINSA-N Val-Ala Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O HSRXSKHRSXRCFC-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- UXBZYLSMYOATLH-DCAQKATOSA-N Val-Ala-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)C(C)C UXBZYLSMYOATLH-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- UUYCNAXCCDNULB-QXEWZRGKSA-N Val-Arg-Asn Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O UUYCNAXCCDNULB-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- COYSIHFOCOMGCF-UHFFFAOYSA-N Val-Arg-Gly Natural products CC(C)C(N)C(=O)NC(C(=O)NCC(O)=O)CCCN=C(N)N COYSIHFOCOMGCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CVUDMNSZAIZFAE-UHFFFAOYSA-N Val-Arg-Pro Natural products NC(N)=NCCCC(NC(=O)C(N)C(C)C)C(=O)N1CCCC1C(O)=O CVUDMNSZAIZFAE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UDLYXGYWTVOIKU-QXEWZRGKSA-N Val-Asn-Arg Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)N UDLYXGYWTVOIKU-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- ZMDCGGKHRKNWKD-LAEOZQHASA-N Val-Asn-Glu Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N ZMDCGGKHRKNWKD-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- NWDOPHYLSORNEX-QXEWZRGKSA-N Val-Asn-Met Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)N NWDOPHYLSORNEX-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- QHDXUYOYTPWCSK-RCOVLWMOSA-N Val-Asp-Gly Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)NCC(=O)O)N QHDXUYOYTPWCSK-RCOVLWMOSA-N 0.000 description 1
- ZQGPWORGSNRQLN-NHCYSSNCSA-N Val-Asp-His Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N ZQGPWORGSNRQLN-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- COSLEEOIYRPTHD-YDHLFZDLSA-N Val-Asp-Tyr Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 COSLEEOIYRPTHD-YDHLFZDLSA-N 0.000 description 1
- WPSXZFTVLIAPCN-WDSKDSINSA-N Val-Cys Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O WPSXZFTVLIAPCN-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- BWVHQINTNLVWGZ-ZKWXMUAHSA-N Val-Cys-Asp Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N BWVHQINTNLVWGZ-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- KOPBYUSPXBQIHD-NRPADANISA-N Val-Cys-Glu Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N KOPBYUSPXBQIHD-NRPADANISA-N 0.000 description 1
- SRWWRLKBEJZFPW-IHRRRGAJSA-N Val-Cys-Phe Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)N SRWWRLKBEJZFPW-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- NYTKXWLZSNRILS-IFFSRLJSSA-N Val-Gln-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O NYTKXWLZSNRILS-IFFSRLJSSA-N 0.000 description 1
- CVIXTAITYJQMPE-LAEOZQHASA-N Val-Glu-Asn Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O CVIXTAITYJQMPE-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- GBESYURLQOYWLU-LAEOZQHASA-N Val-Glu-Asp Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N GBESYURLQOYWLU-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- ROLGIBMFNMZANA-GVXVVHGQSA-N Val-Glu-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N ROLGIBMFNMZANA-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- XWYUBUYQMOUFRQ-IFFSRLJSSA-N Val-Glu-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O XWYUBUYQMOUFRQ-IFFSRLJSSA-N 0.000 description 1
- PMXBARDFIAPBGK-DZKIICNBSA-N Val-Glu-Tyr Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 PMXBARDFIAPBGK-DZKIICNBSA-N 0.000 description 1
- CELJCNRXKZPTCX-XPUUQOCRSA-N Val-Gly-Ala Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O CELJCNRXKZPTCX-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- DJEVQCWNMQOABE-RCOVLWMOSA-N Val-Gly-Asp Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N DJEVQCWNMQOABE-RCOVLWMOSA-N 0.000 description 1
- WFENBJPLZMPVAX-XVKPBYJWSA-N Val-Gly-Glu Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O WFENBJPLZMPVAX-XVKPBYJWSA-N 0.000 description 1
- URIRWLJVWHYLET-ONGXEEELSA-N Val-Gly-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)C(C)C URIRWLJVWHYLET-ONGXEEELSA-N 0.000 description 1
- FEFZWCSXEMVSPO-LSJOCFKGSA-N Val-His-Ala Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](Cc1cnc[nH]1)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O FEFZWCSXEMVSPO-LSJOCFKGSA-N 0.000 description 1
- PNVLWFYAPWAQMU-CIUDSAMLSA-N Val-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)C(C)C PNVLWFYAPWAQMU-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- UMPVMAYCLYMYGA-ONGXEEELSA-N Val-Leu-Gly Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O UMPVMAYCLYMYGA-ONGXEEELSA-N 0.000 description 1
- SYSWVVCYSXBVJG-RHYQMDGZSA-N Val-Leu-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O SYSWVVCYSXBVJG-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- RFKJNTRMXGCKFE-FHWLQOOXSA-N Val-Leu-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C(C)C)CC(C)C)C(O)=O)=CNC2=C1 RFKJNTRMXGCKFE-FHWLQOOXSA-N 0.000 description 1
- RWOGENDAOGMHLX-DCAQKATOSA-N Val-Lys-Ala Chemical compound C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](C(C)C)N RWOGENDAOGMHLX-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- IJGPOONOTBNTFS-GVXVVHGQSA-N Val-Lys-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O IJGPOONOTBNTFS-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- AIWLHFZYOUUJGB-UFYCRDLUSA-N Val-Phe-Tyr Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@@H](N)C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 AIWLHFZYOUUJGB-UFYCRDLUSA-N 0.000 description 1
- MIKHIIQMRFYVOR-RCWTZXSCSA-N Val-Pro-Thr Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@H](C(C)C)N)O MIKHIIQMRFYVOR-RCWTZXSCSA-N 0.000 description 1
- DLRZGNXCXUGIDG-KKHAAJSZSA-N Val-Thr-Asp Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N)O DLRZGNXCXUGIDG-KKHAAJSZSA-N 0.000 description 1
- YQYFYUSYEDNLSD-YEPSODPASA-N Val-Thr-Gly Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(O)=O YQYFYUSYEDNLSD-YEPSODPASA-N 0.000 description 1
- YLBNZCJFSVJDRJ-KJEVXHAQSA-N Val-Thr-Tyr Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(O)=O YLBNZCJFSVJDRJ-KJEVXHAQSA-N 0.000 description 1
- VEYJKJORLPYVLO-RYUDHWBXSA-N Val-Tyr Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 VEYJKJORLPYVLO-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- DOBHJKVVACOQTN-DZKIICNBSA-N Val-Tyr-Gln Chemical compound NC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C(C)C)CC1=CC=C(O)C=C1 DOBHJKVVACOQTN-DZKIICNBSA-N 0.000 description 1
- JPBGMZDTPVGGMQ-ULQDDVLXSA-N Val-Tyr-His Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)N[C@@H](CC2=CN=CN2)C(=O)O)N JPBGMZDTPVGGMQ-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- GTACFKZDQFTVAI-STECZYCISA-N Val-Tyr-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C(C)C)CC1=CC=C(O)C=C1 GTACFKZDQFTVAI-STECZYCISA-N 0.000 description 1
- ZHWZDZFWBXWPDW-GUBZILKMSA-N Val-Val-Cys Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O ZHWZDZFWBXWPDW-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- NLNCNKIVJPEFBC-DLOVCJGASA-N Val-Val-Glu Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O NLNCNKIVJPEFBC-DLOVCJGASA-N 0.000 description 1
- AEFJNECXZCODJM-UWVGGRQHSA-N Val-Val-Gly Chemical compound CC(C)[C@H]([NH3+])C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)NCC([O-])=O AEFJNECXZCODJM-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- AOILQMZPNLUXCM-AVGNSLFASA-N Val-Val-Lys Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN AOILQMZPNLUXCM-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- YKZVPMUGEJXEOR-JYJNAYRXSA-N Val-Val-Tyr Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)O)N YKZVPMUGEJXEOR-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- IOUPEELXVYPCPG-UHFFFAOYSA-N Valylglycine Chemical compound CC(C)C(N)C(=O)NCC(O)=O IOUPEELXVYPCPG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YRKCREAYFQTBPV-UHFFFAOYSA-N acetylacetone Chemical compound CC(=O)CC(C)=O YRKCREAYFQTBPV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- RJURFGZVJUQBHK-IIXSONLDSA-N actinomycin D Chemical compound C[C@H]1OC(=O)[C@H](C(C)C)N(C)C(=O)CN(C)C(=O)[C@@H]2CCCN2C(=O)[C@@H](C(C)C)NC(=O)[C@H]1NC(=O)C1=C(N)C(=O)C(C)=C2OC(C(C)=CC=C3C(=O)N[C@@H]4C(=O)N[C@@H](C(N5CCC[C@H]5C(=O)N(C)CC(=O)N(C)[C@@H](C(C)C)C(=O)O[C@@H]4C)=O)C(C)C)=C3N=C21 RJURFGZVJUQBHK-IIXSONLDSA-N 0.000 description 1
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 108700010877 adenoviridae proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 108010084217 alanyl-glutamyl-aspartyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010086434 alanyl-seryl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010078114 alanyl-tryptophyl-alanine Proteins 0.000 description 1
- 108010087924 alanylproline Proteins 0.000 description 1
- 208000022531 anorexia Diseases 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 230000000840 anti-viral effect Effects 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 108010052670 arginyl-glutamyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010009111 arginyl-glycyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010018691 arginyl-threonyl-arginine Proteins 0.000 description 1
- 108010084758 arginyl-tyrosyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010060035 arginylproline Proteins 0.000 description 1
- 108010036533 arginylvaline Proteins 0.000 description 1
- 108010077245 asparaginyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 description 1
- 239000007640 basal medium Substances 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 210000001772 blood platelet Anatomy 0.000 description 1
- 230000036760 body temperature Effects 0.000 description 1
- 210000000234 capsid Anatomy 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 1
- 239000012050 conventional carrier Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 229940028617 conventional vaccine Drugs 0.000 description 1
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010004073 cysteinylcysteine Proteins 0.000 description 1
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- SPTYHKZRPFATHJ-HYZXJONISA-N dT6 Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)COP(O)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)COP(O)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)COP(O)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)COP(O)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)CO)[C@@H](O)C1 SPTYHKZRPFATHJ-HYZXJONISA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 229960000640 dactinomycin Drugs 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 206010061428 decreased appetite Diseases 0.000 description 1
- 229940009976 deoxycholate Drugs 0.000 description 1
- KXGVEGMKQFWNSR-LLQZFEROSA-N deoxycholic acid Chemical compound C([C@H]1CC2)[C@H](O)CC[C@]1(C)[C@@H]1[C@@H]2[C@@H]2CC[C@H]([C@@H](CCC(O)=O)C)[C@@]2(C)[C@@H](O)C1 KXGVEGMKQFWNSR-LLQZFEROSA-N 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 108010009297 diglycyl-histidine Proteins 0.000 description 1
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 238000012869 ethanol precipitation Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 230000008014 freezing Effects 0.000 description 1
- 238000007710 freezing Methods 0.000 description 1
- 239000012737 fresh medium Substances 0.000 description 1
- 230000006870 function Effects 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 108010013768 glutamyl-aspartyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 108010079547 glutamylmethionine Proteins 0.000 description 1
- 108010027668 glycyl-alanyl-valine Proteins 0.000 description 1
- 108010062266 glycyl-glycyl-argininal Proteins 0.000 description 1
- 108010059898 glycyl-tyrosyl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 108010081551 glycylphenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 108010084389 glycyltryptophan Proteins 0.000 description 1
- 108010087823 glycyltyrosine Proteins 0.000 description 1
- 208000021760 high fever Diseases 0.000 description 1
- 108010092114 histidylphenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 1
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 1
- 230000001524 infective effect Effects 0.000 description 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 1
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 description 1
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 1
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 description 1
- 210000003292 kidney cell Anatomy 0.000 description 1
- 108010053037 kyotorphin Proteins 0.000 description 1
- 101150066555 lacZ gene Proteins 0.000 description 1
- 231100000636 lethal dose Toxicity 0.000 description 1
- 108010083708 leucyl-aspartyl-valine Proteins 0.000 description 1
- 108010044311 leucyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010049589 leucyl-leucyl-leucine Proteins 0.000 description 1
- 108010091798 leucylleucine Proteins 0.000 description 1
- 108010091871 leucylmethionine Proteins 0.000 description 1
- 201000002364 leukopenia Diseases 0.000 description 1
- 231100001022 leukopenia Toxicity 0.000 description 1
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 1
- 229940124590 live attenuated vaccine Drugs 0.000 description 1
- 229940023012 live-attenuated vaccine Drugs 0.000 description 1
- 235000011475 lollipops Nutrition 0.000 description 1
- 235000018977 lysine Nutrition 0.000 description 1
- 229960003646 lysine Drugs 0.000 description 1
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 108010009298 lysylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010038320 lysylphenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 108010056582 methionylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- KRZWEBVPFGCYMY-UHFFFAOYSA-M methylmercury(1+);hydroxide Chemical compound [OH-].[Hg+]C KRZWEBVPFGCYMY-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 244000000010 microbial pathogen Species 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 230000036438 mutation frequency Effects 0.000 description 1
- 238000007857 nested PCR Methods 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 229940051027 pasteurella multocida Drugs 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 208000025858 pestivirus infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 108010084572 phenylalanyl-valine Proteins 0.000 description 1
- 108010073025 phenylalanylphenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 108010025488 pinealon Proteins 0.000 description 1
- 108010031345 placental alkaline phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 108010020755 prolyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010077112 prolyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 108010070643 prolylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 1
- 230000004853 protein function Effects 0.000 description 1
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 description 1
- 230000009711 regulatory function Effects 0.000 description 1
- 230000001850 reproductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000000241 respiratory effect Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 210000003660 reticulum Anatomy 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 239000002342 ribonucleoside Substances 0.000 description 1
- 238000003118 sandwich ELISA Methods 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 108010048818 seryl-histidine Proteins 0.000 description 1
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 229940063673 spermidine Drugs 0.000 description 1
- 208000012153 swine disease Diseases 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 102000055501 telomere Human genes 0.000 description 1
- 108091035539 telomere Proteins 0.000 description 1
- 238000010257 thawing Methods 0.000 description 1
- 108010033670 threonyl-aspartyl-tyrosine Proteins 0.000 description 1
- 108010029384 tryptophyl-histidine Proteins 0.000 description 1
- 108010087967 type I signal peptidase Proteins 0.000 description 1
- 108010051110 tyrosyl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 108010020532 tyrosyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 241000712461 unidentified influenza virus Species 0.000 description 1
- YSGSDAIMSCVPHG-UHFFFAOYSA-N valyl-methionine Chemical compound CSCCC(C(O)=O)NC(=O)C(N)C(C)C YSGSDAIMSCVPHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010009962 valyltyrosine Proteins 0.000 description 1
- 230000029812 viral genome replication Effects 0.000 description 1
- 230000001018 virulence Effects 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/24011—Flaviviridae
- C12N2770/24311—Pestivirus, e.g. bovine viral diarrhea virus
- C12N2770/24322—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Virology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Oncology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Public Health (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Sekwencja nukleotydowa odpowiadajaca genomowi wirusa klasycznej goraczki swin (CSFV) lub jego mutanta, znamienna tym, ze zawiera sekwencje nukleotydowa ko- dujaca przynajmniej jedna z sekwencji aminokwasowych odpowiadajacych sekwencjom 1-168, 169-267, 268-494, 495-689 i 690-1063 z sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujacych se- kwencje aminokwasowe 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecje lub substytucje przez odpowiadajaca jej sekwencje pochodzaca z genomu innego szczepu pestiwirusa, lub komplement lub równowaznik RNA takiej sekwencji nukleotydowej. PL
Description
Przedmiotem wynalazku jest sposób konstruowania pełnej długości kopii DNA tytułowego genomu szczepu C, klasycznego szczepu szczepionki gorączki świń, i transkrypcja jego RNA, które po transfekcji w komórkach powoduje syntezę infekcyjnego wirusa szczepu C. Wynalazek także obejmuje pochodzące ze szczepu C (pestiwirusowe) szczepionki, jak też podjednostkowe szczepionki wobec pestiwirusa i środki oraz sposoby diagnostyczne związane z infekcją pestiwirusem. Przedmiotem wynalazku jest tez sposób wykrywania immunoaktywnych substancji w próbce dzięki próbie współzawodnictwa.
Klasyczna gorączka świń (CSF) lub cholera świń jest wysoce zakaźną i często śmiertelną chorobą świń charakteryzującą się gorączką i krwotokami i mającą przebieg ostry lub przewlekły (Van Oirschot, 1986. Hog Cholera, str. 289-300. w Diseases of Swine. Iowa State University Press, Ames). Wybuchy choroby zachodzą z przerwami w kilku europejskich i innych krajach i mogą powodować wielkie straty ekonomiczne.
Szczepienie świń żywym osłabionym wirusem klasycznej gorączki świń (CSFV), szczepem szczepionkowym, „chińskim” szczepem (szczep C), zabezpiecza świnie przed CSF (Terpstra i Wensvoort. 1988. Vet. Microbiol. 16:123-128). Główną wadą szczepienia świń konwencjonalnymi szczepionkami, z których jedną jest szczep C, jest to, ze szczepione świnie są nieodróżnialne serologicznie od świń zainfekowanych zwykłym szczepem CSFV. Szczep C, jednak, jest uważany za jedną z najskuteczniejszych i bezpieczniejszych żywych szczepionek. Dodanie (serologicznego) markera do szczepu C byłoby wysoce korzystne i polepszyłoby szczepionkę.
CSFV jest członkiem rodzaju Pestivirus Flaviviridae (Francki, R.I.B. i in. 1991. Flaviviridae, str. 223-233. W Fifth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Archiv. Virol. Suppl. 2, Springer Verlag, Vienna) Innych dwóch członków rodzaju Pestivirus, strukturalnie, antygenowo i genetycznie blisko spokrewnionych z CSFV, to wirus bydlęcej biegunki wirusowej (BVDV) głównie atakującej bydło, i wirus choroby Bordera (bDv) głównie atakującej owce (Moennig i Plagemann, 1992 Adv. Virus Res. 41: 53-98; Moormann i in., 1990. Virology 177:184-198; Becher i in. 1994 Virology 198: 542-551).
Genomy pestiwirusów składają się z dodatniej nici cząsteczki RNA około 12,5 tysięcy par zasad (Renard i in. 1985. DNA 4: 429-438; Moormann i Hulst 1988. Virus Res. 11: 281-291; Becher i in 1994. Virology 198: 542-551) Genomy dodatniej nici RNA kilku niecytopatogennych szczepów BVDV. jednak, mogą być znacząco większe (Meyers i in. 1991.
184 836
Virology 180: 602-616; Meyers i in. 1992. Virology 191: 368-386; Qi i in. 1992. Virology 189:285-292).
Własną cechą wirusów z dodatnią nicią genomu RNA jest to, że ich genomowy RNA jest infekcyjny, to jest po transfekcji tym RNA komórek podtrzymujących replikację wirusową powstaje infekcyjny wirus. Jak się można spodziewać, genomowy (wirusowy) RNA pestiwirusów jest także infekcyjny (Moennig i Plagemann, 1992. Adv. Virus Res. 41: 53-98).
Od kilku lat technika rekombinacji DNA pozwala na in vitro transkrypcję klonowanego DNA. Ta możliwość otworzyła drogę do syntezy infekcyjnego RNA in vitro z kopii DNA genomu dodatniej nici RNA wirusa. Dobrze wiadomo w inżynierii cząstkowej molekularnej, że DNA, w przeciwieństwie do RNA, łatwo ulega manipulacji przez mutagenezę ukierunkowaną na miejsce. Tak więc dostępność techniki wytwarzania syntetycznego infekcyjnego RNA znacznie ułatwiła studia np. replikacji, wirulencji, patogenezy, rekombinacji RNA, opracowywania wektorów i antywirusowych strategii wirusów o dodatniej nici RNA. Jednak zastosowanie technologii może spowodować poważne trudności. Naturę tych trudności opisano w najnowszym przeglądzie Boyera i Haenni, 1994. (Virology 198: 415-426). W istocie sukces lub porażka konstrukcji pełnej długości kopii DNA genomu wirusa o dodatniej nici RNA i wytwarzania syntetycznego infekcyjnego RNA z takiej pełnej długości kopii DNA nie może być w sposób pewny przewidywana.
Przedmiotem ujawnienia są sekwencje nukleotydowe odpowiadające genomowi CSFV, obejmujące co najmniej część sekwencji nukleotydowej CSFV szczepu C opisanej jako SEKW. NR ID. 1, lub uzupełnienie lub równoważnik RNA takiej sekwencji nukleotydowej, lub jej mutantów. Przedmiotem ujawnienia są także zdegenerowane sekwencje nukleotydowe mające różne nukleotydy, lecz kodujące te same aminokwasy. Wynalazek ujawnia także polipeptydy kodowane przez te sekwencje nukleotydowe, i szczepy szczepionkowe, których genom zawiera taką sekwencję nukleotydową, w szczególności rekombinacyjny szczep wirusa oparty na transkryptach pełnej długości kopii DNA genomu CSFV szczepu C.
Częściowe sekwencje nukleotydowe wskazane powyżej są tez przydatne, a w szczególności te, które zawierają mutację w strukturalnym regionie genomu wirusa, to jest w sekwencji nukleotydowej kodującej aminokwasy 1-1063 sekwencji przedstawionej jako SEKW. NR ID. 1. Mutacja może być substytucją odpowiednią częścią genomu innego szczepu pestiwirusa, substytucją jednego aminokwasu, lub delecją. Mutacja może także być wstawioną lub podstawioną heterologiczną sekwencją nukleotydową zmieniającą strategię translacji sekwencji nukleotydowej CSFV lub zmieniając przetwarzanie polipeptydu kodowanego przez sekwencję nukleotydową CSFV. Ponadto, mutacja może być wstawioną lub podstawioną heterologiczną sekwencją nukleotydową kodującą polipeptyd indukujący odporność wobec innego patogenu; w tym przypadku sekwencji CSFV użyto jako wektora dla heterologicznych immunogenów.
Wynalazek zajmuje się także sekwencjami nukleotydowymi genomu pestiwirusa ogólnie lub ich częściami lub mutantami, które to sekwencje zawierają mutację w subregionie białka E1, to jest w sekwencji nukleotydowej kodującej aminokwasy odpowiadające aminokwasom 691-750 lub 785-870 sekwencji przedstawionej na SEKW. NR ID. 1, jak też polipeptydami kodowanymi przez te sekwencje nukleotydowe. Te polipeptydy są szczególnie przydatne do chronienia zwierząt przed infekcją pestiwirusem w taki sposób, aby pozwolić na diagnozę rozróżniającą zwierzęta zainfekowane zwykłymi szczepami pestiwirusa i szczepione zwierzęta.
Przedmiotem ujawnienia są ponadto szczepionki zawierające sekwencję nukleotydową, polipeptyd lub szczep szczepionkowy wskazany powyżej, jak tez diagnostyczne kompozycje zawierające sekwencję nukleotydową lub polipeptyd wspomniany powyżej, lub przeciwciało przeciw takiemu polipeptydowi.
Przedmiotem ujawnienia są także sposoby i środki diagnozowania infekcji pestiwirusowych, szczególnie takimi środkami i sposobami, które rozrózniają pomiędzy zwierzętami zainfekowanymi i zwierzętami szczepionymi.
Przedmiotem ujawnienia jest także sposób określania substancji testowych, takich jak przeciwciało lub antygen w teście immunologicznym, dzięki próbie specyficznego wiązania,
184 836 w której stosuje się specyficznie wiązaną substancję odnośnikową w postaci unieruchomionej i tę samą specyficznie wiązaną substancję odnośnikową w postaci znakowanej.
Przedmiotem wynalazku jest sekwencja nukleotydowa odpowiadająca genomowi wirusa klasycznej gorączki świń (CSFV) lub jego mutanta charakteryzująca się tym, że zawiera sekwencję nukleotydową kodującą przynajmniej jedną z sekwencji aminokwasowych odpowiadających sekwencjom 1-168, 169-267, 268-494, 495-689 i 690-1063 z sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa, lub komplement lub równoważnik RNA takiej sekwencji nukleotydowej.
Korzystnie sekwencja nukleotydowa według wynalazku zawiera sekwencję nukleotydową kodującą co najmniej sekwencję aminokwasową 268-494 sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa.
Korzystnie sekwencja nukleotydowa według wynalazku charakteryzuje tym, ze szczep pestiwirusa został wybrany spośród szczepów wirus bydlęcej biegunki wirusowej (BVDV) i szczepów wirus choroby Bordera (BDV).
Korzystnie sekwencja nukleotydowa według wynalazku zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej zmieniającej strategię translacji sekwencji nukleotydowej CSFV lub zmieniającą przetwarzanie polipeptydu kodowanego przez sekwencję nukleotydową CSFV.
Korzystnie sekwencja nukleotydowa według wynalazku zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd indukujący odporność na inny patogen.
Korzystnie sekwencja nukleotydowa według wynalazku zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd markerowy.
Korzystnie sekwencja nukleotydowa według wynalazku koduje polipeptyd pestiwirusa odpowiadający sekwencji aminokwasowej 690-1063 z SEKW. NR ID. 1 lub jej część, zawierający mutację w jednym z epitopów w sekwencji aminokwasowej 691-750 lub 785-870, przy czym mutacja zmienia ten epitop.
Przedmiotem wynalazku jest także polipeptyd kodowany przez sekwencję nukleotydową odpowiadającą genomowi wirusa klasycznej gorączki świń (CSFV) lub jego mutanta charakteryzujący się tym, że zawiera przynajmniej jedną z sekwencji aminokwasowych odpowiadających sekwencjom 1-168, 169-267, 268-494, 495-689 i 690-1063 z sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji aminokwasowych 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z innego szczepu pestiwirusa.
Korzystnie polipeptyd według wynalazku zawiera co najmniej sekwencję aminokwasową 268-494 sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji aminokwasowych 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadąjącąjej sekwencję pochodzącą z innego szczepu pestiwirusa.
Korzystnie polipeptyd według wynalazku charakteryzuje się tym, że szczep pestiwirusa został wybrany spośród szczepów wirusa bydlęcej biegunki wirusowej (BVDV) i szczepów wirusa choroby Bordera (BDV).
Korzystnie polipeptyd według wynalazku zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej zmieniającej strategię translacji sekwencji nukleotydowej CSFV lub zmieniającą przetwarzanie polipeptydu kodowanego przez sekwencję nukleotydową CSFV.
Korzystnie polipeptyd według wynalazku zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd indukujący odporność na inny patogen.
Korzystnie polipeptyd według wynalazku zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd markerowy.
184 836
Korzystnie polipeptyd według wynalazku jest polipeptydem pestiwirusa odpowiadającym sekwencji aminokwasowej 690-1063 z SEKW. NR ID. 1 lub jej część, zawierającym mutację w jednym z epitopów w sekwencji aminokwasowej 691-750 lub 785-870, przy czym mutacja zmienia ten epitop.
Kolejnym przedmiotem wynalazku jest szczep szczepionkowy, którego genom pochodzi z pełnej długości kopii DNA i/lub jego infekcyjnego transkryptu charakteryzujący się tym, że zawiera sekwencję nukleotydową kodującą przynajmniej jedną z sekwencji aminokwasowych odpowiadających sekwencjom 1-168, 169-267, 268-494, 495-689 i 690-1063 z sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 6901063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa.
Korzystnie szczep szczepionkowy według wynalazku zawiera sekwencję nukleotydową kodującą co najmniej sekwencję aminokwasową 268-494 sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającąjej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa.
Korzystnie szczep szczepionkowy według wynalazku charakteryzuje się tym, że szczep pestiwirusa został wybrany spośród szczepów wirusa bydlęcej biegunki wirusowej (BVDV) i szczepów wirusa choroby Bordera (BDV).
Korzystnie szczep szczepionkowy według wynalazku charakteryzuje się tym, że sekwencja nukleotydowa zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej zmieniającej strategię translacji sekwencji nukleotydowej CSFV lub zmieniającą przetwarzanie polipeptydu kodowanego przez sekwencję nukleotydową CSFV.
Korzystnie szczep szczepionkowy według wynalazku charakteryzuje się tym, ze sekwencja nukleotydowa zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd indukujący odporność na inny patogen.
Korzystnie szczep szczepionkowy według wynalazku charakteryzuje się tym, ze sekwencja nukleotydowa zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd markerowy.
Korzystnie szczep szczepionkowy według wynalazku charakteryzuje się tym, ze sekwencja nukleotydowa koduje polipeptyd pestiwirusa odpowiadający sekwencji aminokwasowej 690-1063 z SEKW. NR ID. 1 lub jego część, zawierający mutację w jednym z epitopów w sekwencji aminokwasowej 691-750 lub 785-870, przy czym mutacja zmienia ten epitop.
Kolejnym przedmiotem wynalazku jest szczepionka charakteryzująca się tym, ze obejmuje polinukleotyd zawierający sekwencję nukleotydową kodującą przynajmniej jedną z sekwencji aminokwasowych odpowiadających sekwencjom 1-168, 169-267, 268-494, 495689 i 690-1063 z sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i w którym przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 268494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa, polipeptyd kodowany przez ten polipeptyd lub szczep szczepionkowy zawierający ten polipeptyd.
Korzystnie szczepionka według wynalazku charakteryzuje się tym, że polinukleotyd zawiera sekwencję nukleotydową kodującą co najmniej sekwencję aminokwasową 268-494 sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, przy czym przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa.
Korzystnie szczepionka według wynalazku charakteryzuje się tym, ze szczep pestiwirusa został wybrany spośród szczepów wirusa bydlęcej biegunki wirusowej (BVDV) i szczepów wirusa choroby Bordera (BDV).
Korzystnie szczepionka według wynalazku charakteryzuje się tym, ze polinukleotyd zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej zmieniającej strategię
184 836 translacji sekwencji nukleotydowej CSFV lub zmieniającą przetwarzanie polipeptydu kodowanego przez sekwencję nukleotydową CSFV.
Korzystnie szczepionka według wynalazku charakteryzuje się tym, że polinukleotyd zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd indukujący odporność na inny patogen.
Korzystnie szczepionka według wynalazku charakteryzuje się tym, że polinukleotyd zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd markerowy.
Korzystnie szczepionka według wynalazku charakteryzuje się tym, że polinukleotyd koduje polipeptyd pestiwirusa odpowiadający sekwencji aminokwasowej 690-1063 z SEKW. NR ID. 1 lub jej część, zawierający mutację wjednym z epitopów w sekwencji aminokwasowej 691-750 lub 785-870, przy czym mutacja zmienia ten epitop.
Kolejnym przedmiotem wynalazkujest kompozycja diagnostyczna charakteryzująca się tym, że obejmuje polinukleotyd zawierający sekwencję nukleotydową kodującą przynajmniej jedną z sekwencji aminokwasowych odpowiadających sekwencjom 1-168, 169-267, 268-494, 495-689 i 690-1063 z sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i w którym przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa, polipeptyd kodowany przez ten polinukleotyd i/lub przeciwciało otrzymane poprzez immunizację polipeptydem kodowanym przez ten polinukleotyd, i dodatkowo konwencjonalne składniki do przeprowadzania testu diagnostycznego, przy czym przynajmniej jeden składnik zestawu jest znakowany.
Korzystnie kompozycja diagnostyczna według wynalazku charakteryzuje się tym, że polinukleotyd zawiera sekwencję nukleotydową kodującą co najmniej sekwencję aminokwasową 268-494 sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, przy czym przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 691 750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa.
Korzystnie kompozycja diagnostyczna według wynalazku charakteryzuje się tym, że szczep pestiwirusa został wybrany spośród szczepów wirusa bydlęcej biegunki wirusowej (BVDV) i szczepów wirusa choroby Bordera (BDV).
Korzystnie kompozycja diagnostyczna według wynalazku charakteryzuje się tym, że polinukleotyd zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej zmieniającej strategię translacji sekwencji nukleotydowej CSFV lub zmieniającą przetwarzanie polipeptydu kodowanego przez sekwencję nukleotydową CSFV.
Korzystnie kompozycja diagnostyczna według wynalazku charakteryzuje się tym, że polinukleotyd zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd indukujący odporność na inny patogen.
Korzystnie kompozycja diagnostyczna według wynalazku charakteryzuje się tym, że polinukleotyd zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd markerowy.
Korzystnie kompozycja diagnostyczna według wynalazku charakteryzuje się tym, ze polinukleotyd koduje polipeptyd pestiwirusa odpowiadający sekwencji aminokwasowej 690-1063 z SEKW. NR ID. 1 lub jej część, zawierający mutację wjednym zepitopów w sekwencji aminokwasowej 691-750 lub 785-870, przy czym mutacja zmienia ten epitop.
Przedmiotem wynalazkujest także sposób odróżniania zwierząt naturalnie zainfekowanych szczepem polo wym pestiwirusa od zwierząt zaszczepionych, polegający na tym, ze dostarcza się badaną próbkę zawierającą przeciwciało ze zwierzęcia poddawanego rozróżnianiu, badaną próbkę kontaktuje się z antygenem oraz z przeciwciałem, które otrzymuje się poprzez immunizację tym antygenem, oraz mierzy się konkurowanie pomiędzy tym przeciwciałem i przeciwciałem zawartym w badanej próbce, charakteryzujący się tym. ze zwierzęta zostały zaszczepione zmutowanym polipeptydem pestiwirusa lub szczepem pestiwirusa, w którym przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe
184 836
268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 z sekwencji SEKW. NR. ID. 1 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa, natomiast stosowany antygen pestiwirusa zawiera przynajmniej część sekwencji aminokwasowej wybranej spośród sekwencji aminokwasowych odpowiadających 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 z sekwencji SEKW. NR ID. 1.
Korzystnie sposób według wynalazku charakteryzuje się tym, że jako antygen pestiwirusa stosuje się dimeryzowany lub multimeryzowany polipeptyd i część przeciwciała jest unieruchomiona, a inna część przeciwciała jest znakowana.
Korzystnie sposób według wynalazku charakteryzuje się tym, że polipeptyd pestiwirusa i antygen odpowiadają sekwencji aminokwasowej 690-1063, a epitop jest umiejscowiony pomiędzy aminokwasami 785 i 870.
W przypadku sekwencji CSFV użyto jako wektora dla heterologicznych immunogenów.
Wynalazek zajmuje się także sekwencjami nukleotydowymi genomu pestiwirusa ogólnie lub ich częściami lub mutantami, które to sekwencje zawierają mutację w subregionie białka E1, to jest w sekwencji nukleotydowej kodującej aminokwasy odpowiadające aminokwasom 691-750 lub 785-870 sekwencji przedstawionej na SEKW. NR ID. 1, jak też polipeptydami kodowanymi przez te sekwencje nukleotydowe. Te polipeptydy są szczególnie przydatne do chronienia zwierząt przed infekcjąpestiwirusem w taki sposób, aby pozwolić na diagnozę rozróżniającą zwierzęta zainfekowane zwykłymi szczepami pestiwirusa i szczepione zwierzęta.
Przedmiotem wynalazku są ponadto szczepionki zawierające sekwencję nukleotydową, polipeptyd lub szczep szczepionkowy wskazany powyżej, jak też diagnostyczne kompozycje zawierające sekwencję nukleotydową lub polipeptyd wspomniany powyżej, lub przeciwciało przeciw takiemu polipeptydowi.
Przedmiotem wynalazku są także sposoby i środki diagnozowania infekcji pestiwirusowych, szczególnie takimi środkami i sposobami, które rozróżniają pomiędzy zwierzętami zainfekowanymi i zwierzętami szczepionymi.
Przedmiotem wynalazku jest także sposób określania substancji testowych, takich jak przeciwciało lub antygen w teście immunologicznym, dzięki próbie specyficznego wiązania, w której stosuje się specyficznie wiązaną substancję odnośnikowa w postaci unieruchomionej i tę samą specyficznie wiązaną substancję odnośnikową w postaci znakowanej.
Przedmiotem wynalazku jest kompletna sekwencja cDNA genomu rNa „chińskiego szczepu (szczepu C; EP-A-351901) CSFv. Pozwala ona na skonstruowanie pełnej długości kopii DNA tej sekwencji, z której można transkrybować syntetyczny RNA, który po transfekcji w dogodne komórki, takie jak SK6-M (Kasza, L. i in. 1972. Res. Vet. Sci.,13: 46-51; EP-A-351901) powoduje syntezę infekcyjnego szczepu C wirusa. Opisano zastosowanie tego odkrycia do opracowania zmodyfikowanej szczepionki szczepu C, np. szczepionki zawierającej (serologiczny) marker. Chociaż wynalazek zilustrowano jednym szczepem CSFV, stosuje się on także do innych szczepów pestiwirusa dzięki wymianie specyficznych genomowych segmentów, opisanych poniżej, pomiędzy innym pestiwirusem i szczepem C CSFV, lub dzięki konstrukcji „infekcyjnej” kopii DNA innego pestiwirusa.
Sekwencję nukleotydową kopii DNA genomowego RNA szczepu C przedstawiono na SEKW. NR ID. 1. Liczby wymienione w tekście są wszystkie spokrewnione z tą sekwencją i mogą się różnić nieco w sekwencjach innych pestiwirusów. Sekwencja nukleotydowa ma 12311 nukleotydów długości i zawiera jedną dużą otwartą ramkę odczytu (ORF) składającej się z 11694 nukleotydów kodującą białko składające się z 3898 aminokwasów. Rozmiary tego ORF są takie same, jak dla genomów szczepów CSFV Brescia (Moormann i in. 1990. Virology 177:184-198) i Alfort (Meyers i in. 1989. Virology 171: 555-567).
ORF rozpoczyna się od ATG przy pozycjach nukleotydów 374 do 376 i stopie przy kodonie TGA przy pozycjach nukleotydów 12068 do 12070. Region niekodujący 5' poprzedzający ORF ma 373 nukleotydy długości. Jego sekwencja jest wysoce zachowawcza pomiędzy szczepami Brescia, Alfort i C (fig. 2), i przewidywana drugorzędowa struktura tego regionu przypomina strukturę niekodującego regionu 5' wirusa hepatitis C (Brown i in. 1992, Nucleic Acids Res. 20 5041-5045), innego członka Flaviviridae. Niekodujący regionu 5' wirusa hepa184 836 titis C zawiera wewnętrzne miejsce wejścia rybosomu (Tsukiyama-Kohara i in. 1992. J. Virol. 66: 1476-1483). Takie miejsca pełnią ważne funkcje regulacyjne (Agol. 1991. Adv. Virus. Res. 40:103-180). Analogia z wirusem hepatitis C wskazuje, ze niekodujący region 5' CSFV także zawiera wewnętrzne miejsce wejścia rybosomu, umiejscowione w przybliżeniu pomiędzy nukleotydami 124 i 374 SEKW. NR ID. 1, jako ważny element regulacyjny. Wewnętrzne miejsce wejścia rybosomu może być użyte jako miejsce dla mutacji w celu osłabienia wirusa, jak też zmiany strategii translacji ORF.
Drugi ważny region regulacji replikacji pestiwirusów to region niekodujący 3'. Po porównaniu sekwencji szczepu C z sekwencją szczepów Brescia i Alfort, zauważa się sekwencję 13 nukleotydów właściwą dla szczepu C w regionie (fig. 2B). Ta unikalna sekwencja ttttctttttttt znajduje się w pozycjach nukleotydów od 12128 do 12140 w sekwencji SEKW. NR ID. 1. Jest to jedyna insercja więcej niż dwu nukleotydów obok siebie obserwowana w sekwencji szczepu C w porównaniu z sekwencją szczepów Brescia i Alfort. W pozostałej części, sekwencje w regionie niekodującym 3' trzech szczepów CSFV jest wysoce homologiczna. Całkowita homologia pomiędzy sekwencjami w tym regionie jest niższa przy porównaniu szczepów CSFV i BVDv. Niemniej jasne jest, ze sekwencja ttttctttttttt szczepu C nie występuje także w sekwencji regionów niekodujących 3' szczepów BVDV. Sekwencja TTTTCTTTTTTTT okazuje się więc być unikalna dla genomu szczepu C, i będzie stanowić doskonały marker dla specyficznej sekwencji szczepu C.
Sekwencję tę można użyć jako bazę dla sond nukleotydowych, i do określania sekwencji, w celu identyfikacji specyficznych dla pestiwirusów szczepu C. Tak więc wszystkie szczepy pestiwirusa mające tę sekwencję w regionie niekodującym 3' (niekoniecznie w identycznej pozycji jak w szczepie C) są uważane za spokrewnione ze szczepem C, i są także częścią wynalazku.
Istotnym parametrem infekcyjności transkryptów kopii DNA genomu pestiwirusa jest sekwencja aminokwasowa. W tym sensie należy rozwazyć dwa aspekty związane z klonowaniem i sekwencjnowaniem wirusów RNA ogólnie, a pestiwirusów w szczególności. Po pierwsze, częstość mutacji genomu dodatniej nici RNA wirusów jest wysoka (około 1/104 nukleotydów podczas replikacji), a więc żaden zapas wirusa lub wirusowego RNA nie jest klonujący z punktu widzenia zawartego wirusowego RNA. Pośród tych cząsteczek RNA mogą także być cząsteczki nieinfekcyjne. Jeśli jest to spowodowane przez przedwczesne kodony stopu w dużej otwartej ramce odczytu, byłoby to łatwe do rozpoznania. Także mutacje wpływające na aktywne miejsca wirusowych enzymów, lub znane struktury białek byłyby łatwe do rozpoznania. Jednakże dla nieznanej zależności pomiędzy sekwencją aminokwasową i funkcją i strukturą białka jest nieznana, jak w przypadku większości pestiwirusowych białek, nie da się przewidzieć, który aminokwas jest ważny, a który nie. Po drugie, mutacje mogą być wprowadzane podczas syntezy cDNA. Tak więc genom szczepu C klonowano i sekwencjonowano niezależnie dwukrotnie. Regiony z różnicami pomiędzy sekwencjami były klonowane i sekwencjonowane co najmniej trzykrotnie (por. fig. 1). Sekwencje, które spotykano dwukrotnie na poszczególnej pozycji, były uważane za poprawne na tej pozycji. Konieczność takiego podejścia do generowania infekcyjnych transkryptów kopii DNA genomu szczepu C opiera się na następującym odkryciu. Pełnej długości kopia DNA PRKflc-113, złożona po drugiej rundzie klonowania i sekwencjonowania (fig. 3), okazała się nieinfekcyjna. Po klonowaniu i sekwencjonowaniu regionów z różnicami pomiędzy sekwencjami klonów cDNA z pierwszej i drugiej rundy, znalazło się pięć aminokwasów różniących się w pełnej długości kopii klonów cDNA z drugiej rundy i sekwencji szczepu C uważanej za poprawną. Po korekcji tych 5 aminokwasów w pPRKflc-113, otrzymano klon pPRKflc-133 dający infekcyjne transkrypty (fig. 4). 5 różnic jest umiejscowionych na pozycjach aminokwasowych 1414 (Val—Ala); 2718 (Gly—AsP); 2877 (Val—Met); 3228 (Leu—Met); 3278 (Tyr—Glu). Aminokwasy kodowane w tych pozycjach przez sekwencję cDNA nieinfekcyjną podano przed strzałką, aminokwasy w tych pozycjach w kopii infekcyjnej podano za strzałką (SEKW. NR ID 1). Czy każda ze zmian aminokwasów indywidualnie zabroni infekcyjności kopii DNA szczepu C, będzie można określić analizując infekcyjność transkryptów z indywidualnymi mutacjami każdego z pięciu aminokwasów. Jednak odkrycie to pokazuje, że małe różnice
184 836 w sekwencjach aminokwasowych mogą być istotnie ważne dla infekcyjności transkryptów kopii DNA genomu szczepu C. Wskazuje także, ze przygotowanie infekcyjnych transkryptów kopii sekwencji pestiwirusa może w praktyce okazać się niemożliwe, ze względu na małe różnice w sekwencjach (nawet na poziomie jednego aminokwasu) które mogą przejść niezauważone.
Mutanty szczepu C nadające się do wytwarzania (znakowanej) szczepionki są częścią wynalazku. Mogą zawierać mutacje takie jak delecje, insercje, (wielokrotne) mutacje nukleotydowe, i wstawione i/lub wymienione genomowe fragmenty pochodzące z innych szczepów pestiwirusów, w sekwencji nukleotydowej opisanej w SEKW. NR ID. 1.
Sekwencja szczepu C może być podzielona na cztery regiony przydatne dla mutacji i/lub wymiany. Regionem pierwszym jest niekodująca sekwencja 5' od nukleotydu 1 do 373. Region drugi koduje strukturalne białka Npro-C-E2-E3-E1 od nukleotydu 374 do 3563. Region trzeci koduje niestrukturalne białka od nukleotydu 3564 do 12068. Regionem czwartym jest niekodująca sekwencja 3' od nukleotydu 12069 do 12311.
Region szczególnie dogodny do wytwarzania szczepionek znakowanych szczepu C obejmuje genomowy region kodujący strukturalne białka Npr0-C-E2-E3-E1. Region ten znajduje się pomiędzy aminokwasami 1 i 1063 w sekwencji SEKW. NR ID. 1. Korzystne subregiony tej części genomu wskazują następujące sekwencje aminokwasowe: 1-168 (Npto), 169 do 267 (C), 268 do 494 (E2), 495 do 689 (E3), i 690 do 1063 (E1), lub ich części. Przykładowo N-termitalną antygenową część regionu kodującego El szczepu C, od aminokwasu 690 dd 877, wymieniono z odpowiednim regionem E1 szczepu Brescia (fig. 4, pPRKflc-h6). Nowo utworzona pochodna szczepu C jest infekcyjna i może być wydzielona z dzikiego typu szczepu i szczepu Brescia w reakcji ze szczepem C i monoklonalnymi przeciwciałami specyficznymi dla Brescia, skierowanymi wobec E1 i E2: przykładowo, powstały szczep C reaguje z monoklonalnymi przeciwciałami specyficznymi dla E1 szczepu Brescia (tabela 1). Tak więc antygenowe właściwości nowego mutanta zmieniły się w porównaniu z macierzystym wirusem, wskazując na to, że wymiana N-terminalnej połowy E1 szczepu C na połowę z innego szczepu CSFV jest jednym z podejść do opracowania znakowanej szczepionki szczepu C.
Jednakże wynalazek nie ogranicza się do wymiany N-terminalnych połówek E1 pomiędzy szczepem C i innym szczepem CSFV. N-terminalne połówki E1 z dowolnych innych szczepów pestiwirusa mogą być wymienione na odpowiednie części E1 szczepu C. W tym sensie, sekwencje E1 szczepów pestiwirusa wydzielone ze świń, lecz należące do antygenowych grup innych niż szczep C, są szczególnie dogodne. Przykłady takich szczepów, dobrane na zasadzie krzyzowego zobojętnienia, obejmują szczepy „Van EE, „Stam”, „SF UK 87”, „Wisman” i „5250” (Wensvoort i in. 1989. Vet. Microbiol. 20: 291-306; Wensvoort. 1992. W: Report on meeting of national swine laboratories within the European Community. 16-17 czerwca 1992. VI/4059/92-EN (PVET/EN/1479) 1992, str. 59-62).
N-terminalna połówka E1 okazała się zawierać trzy odróznialne antygenowe domeny, A, B i C, umiejscowione na odróżnialnych częściach białka E1 i poddawane reakcji z silnie neutralizującymi monoklonalnymi przeciwciałami (Wensv88rt. 1989. J. Gen. Virol. 70: 28652876; Van Rijn i in. 1992. Vet. Microbiol. 33: 221-230; Van Rijn i in. 1993. J. Gen. Virol. 74: 2053-2060). Epitopy zachowane pośród 94 badanych szczepów CSFV mapują się do domeny A, podczas gdy epitopy domen B i C są niekonserwatywne (Wensv8ort. 1989. J. Gen. Virol. 70: 2865-2876). Mapowanie epitopów hybrydami genów E1 szczepów Brescia i C (Van Rijn i in. 1992. Vet. Microbiol. 33: 221-230), i delecyjnymi mutantami E1 szczepu Brescia, sugerują, ze domeny A i B + C tworzą dwie odróznialne antygenowe jednostki N-terminalnej połówce E1 (Van Rijn i in. 1993. J. Gen. Virol. 74: 2053-2060). Sugestię tę wsparto następnie odkryciem, ze 6 cystein umiejscowionych w pozycjach 693, 737, 792, 818, 828 i 856, w N-terminalnej połówce E1 ma krytyczne znaczenie dla poprawnego zwijania E1. Jednakże co najmniej Lys 792 nie jest istotnie ważna dla infekcyjności szczepu Brescia, ponieważ wyizolowano odporny na monoklonalne przeciwciało mutant tego wirusa z mutacją Cys—>Arg w tej pozycji (Van Rijn i in. 1993. Presentation and abstract at the 9th International Congress of Yirology. 8-15 13 August. Glasgow. Szkocja).
184 836
Podczas gdy małe zmiany w sekwencji aminokwasowej mogą zablokować infekcyjność RNA szczepu C (patrz przykład 2), zmiana cysteiny w pozycji 792 pokazuje, ze zmiana aminokwasu w pozycji mniej przewidywanej jako przydatna do modyfikacji bez utraty funkcji, może nadal dać żywotny mutant wirusa. Tak więc wpływ poszczególnych zmian aminokwasów na właściwości wirusa musi być określany empirycznie dla każdego aminokwasu w sekwencji szczepu C. To pokazuje ponownie, ze nie istnieje oczywista docelowa sekwencja do modyfikacji szczepu C, np. dla opracowania znakowanej szczepionki, możliwa do zidentyfikowania na podstawie uprzednio opublikowanej informacji.
Istotna dla opracowania znakowanej szczepionki szczepu C jest możliwość rozróżnienia serologicznego pomiędzy szczepionymi świniami i świniami zarażonymi zwykłym szczepem CSFV. Wykazano uprzednio, ze żywy osłabiony wektor wirusa choroby Aujeszky'ego dający ekspresję E1, lub oczyszczone przez immunopowinowactwo E1, poddane ekspresji w komórkach owada z wektorem bakulowirusowym, indukuje ochronną odpowiedź immunologicznąu świń wobec cholery świń (WO 91/00352; Van Zijl i in. 1991. J. Virol. 65: 2761 2765; Hulst i in. 1993. J. Virol. 67: 5435-5c2). Odkryto niespodziewanie, ze mutanty E1 z delecją domeny A lub delecją domeny B + C (fig. 5), także indukują ochronną odpowiedź immunologiczną u świń wobec cholery świń (tabela 2). Wskazuje to, że ochronna odporność indukowana przez szczep szczepionkowy nie zależy od zneutralizowania przeciwciał wobec obu domen A i B + C. Tak więc mutanty szczepu pestiwirusowego mające wymienione lub zmutowane tylko domeny A, lub tylko domeny B + C, lub ich części, odpowiednim regionem innego pestiwirusa, korzystnie, lecz nie wyłącznie pestiwirusa wydzielonego ze świń z innej antygenowej grupy, niż szczep C (przykłady powyżej), są także częścią wynalazku. Region E1 pokrywający domenę A i dogodny dla wymiany lub mutacji, jest umiejscowiony pomiędzy aminokwasami 785 i 870. Części tego regionu mogą także być dogodnie wymieniane lub mutowane, np. podregiony umiejscowione pomiędzy aminokwasami 785 i 830 i pomiędzy aminokwasami 829 i 870. Region E1 pokrywający domeny B + C i dogodny dla wymiany lub mutacji jest umiejscowiony pomiędzy aminokwasami 691 i 750. Część tego regionu może także być dogodnie wymieniona lub zmutowana, np. podregiony umiejscowione pomiędzy aminokwasami 691 i 718 i pomiędzy aminokwasami 717 i 750.
Zwierzęta zainfekowane pestiwirusami wytwarzają przeciwciała wobec E2 (Kwang i in., 1992. Vet. Microbiol. 32: 281-292; Wensvoort. niepublikowana obserwacja). Tak więc drugim regionem dogodnym do opracowania (znakowanej) szczepionki poprzez mutację (delecję, insercję, punktową mutację), lub wymianę odpowiedniego genetycznego materiału z antygenowo różnym pestiwirusem, lub z pestiwirusem należącym do różnych antygenowo grup, jest region kodujący E2.
Szczepu C można także uzyć jako wektora do insercji i ekspresji heterologicznego genetycznego materiału (sekwencji). Przy opracowywaniu wektorów, heterologiczny genetyczny materiał wstawiany do szczepu C służy do zmieniania strategii translacji dużej ORF i przetwarzania białka kodowanego przez tę ORF. Przykładem sekwencji przydatnej do zmiany strategii translacji dużej ORF jest sekwencja specyfikująca wewnętrzne miejsce wejścia rybosomu (1RES) (Duke i in. 1992. J. Virol. 66:1602-1609 i tam wymienione odnośniki). Przykładem sekwencji dogodnej do zmieniania przetwarzania białka jest sekwencja sygnałowa odpowiedzialna za przeniesienie białek usuwanych z komórki lub wstawianych w błony, przez błonę do siateczki śródcytoplazmatycznej (Blobel, 1980. Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 77:1496-1500; Kreil, 1981. Annu. Rev. Biochem. 50: 317-348). Sekwencje sygnałowe są wycinane przez komórkowe peptydazy sygnałowe. Jednakże sekwencje kodujące miejsca cięcia wirusowych proteaz można równie dobrze stosować do zmieniania przetwarzania białka.
Sekwencje wstawione i poddane ekspresji przez wektor szczepu C mogą być używane jako markery do identyfikacji szczepionych świń, lub mogą być używane do chronienia świń przed patogenem, z którego pochodzi heterologiczna wstawiona sekwencja Markerowe sekwencje są korzystnie wysoce antygenowe i należą do mikroorganizmów nie replikujących u świń. Mogą kodować znane kompletne produkty genowe (np. białka kapsydowe lub otoczki) lub antygenowe części tych produktów genowych (np. epitopy). Korzystnie markerowe sekwencje pochodzą z wirusów należących do rodzin: Adenoviridae. Arenaviridae, Arteriviri14
184 836 dae, Bunyaviridae, Caliciviridae, Circoviridae, Coronaviridae, Flaviviridae, Hepadnaviridae, Herpesviridae, Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Papovaviridae, Rhabdoviridae, Parvoviridae, Poxviridae, Picomaviridae, Reoviridae, Retroviridae i Togaviridae. Jednakże markerowe sekwencje mogą także kodować sztuczne antygeny nie spotykane zwykle w naturze lub histochemiczne markery jak β-galaktozydaza Escherichia coli, dehydrogenaza alkoholu Drosophila, ludzka łożyskowa fosfataza alkaliczna, lucyferaza świetlika i acetylotransferaza chloramfenikolu.
Heterologiczny genetyczny materiał kodujący jedno lub więcej białek indukujących ochronną odporność przed chorobą wywoływaną przez patogen odpowiadający heterologicznemu genetycznemu materiałowi może pochodzić z innych szczepów pestiwirusów, w tym sekwencji szczepów opisanych powyżej, świńskiego parwowirusa, świńskiego koronawirusa dróg oddechowych, zakaźnego wirusa żołądkowo-jelitowego, świńskiego wirusa zespołu reprodukcji i dróg oddechowych (wirusa Lelystad EP. 92200781.0), wirusa choroby Aujeszky'ego, świńskiego wirusa endemicznej biegunki i świńskiego wirusa grypy, oraz bakterii, takich jak Pasteurella multocida, Bordetella bronchiseptica, Actinobacillus pleuropneumoniae, Streptococcus suis, Treponema hyodysenteria, Escherichia coli, Leptospira i micoplazm, takich jak M. hyopneumoniae i M. lyorhinis.
Dogodne miejsca insercji heterologicznej sekwencji w szczepie C, ale nie jedyne, są umiejscowione pomiędzy resztami aminokwasowymi 170 i 171, pomiędzy resztami 690 i 691 i pomiędzy resztami 691 i 692, co pokazano w SEKW. NR ID. 1.
Wynalazek obejmuje także diagnostyczne testy stosowane do rozróżnienia świń szczepionych markerową szczepionką lub podjednostkową szczepionką zawierającą (zmutowane) E1 i/lub (zmutowane) E2 i świń zainfekowanych normalnym szczepem pestiwirusa.
Dogodne postaci takich różnicujących diagnostycznych testów opisano w przykładach 4 i 5. W konwencjonalnym nieróznicującym teście ELISA CSFV, stosuje się E1 jako antygen w kompleksowy pułapkowej blokującej (CTB) próbie ELISA opisanej przez Wensvoora i in., 1988. (Vet. Microbiol. 17:129-140). Ten dotychczasowy test CTB-ELlSA, także nazywany testem Liquid Phase Blocking ELISA, lub testem sandwiczowym ELISA z podwójnym przeciwciałem, stosuje dwa monoklonalne przeciwciała (Mab) wobec E1 szczepu CSFV Brescia. Epitop Mab b3, umiejscowiony w domenie A, zachowuje się wśród szczepów CSFV, podczas gdy epitop Mab b8, umiejscowiony w domenie C, nie zachowuje się (Wensvoort, 1989. J. Gen. Virol. 70: 2865-2876). Test CTB-ELISA jest czuły, pewny i specyficznie wykrywa specyficzne dla CSFV przeciwciała u świń zainfekowanych pestiwirusem. Tak więc test rozróznia pomiędzy świniami zainfekowanymi szczepem CSFV i świniami zainfekowanymi np. szczepem BVDV. Jednak test nie rozróżnia pomiędzy świniami zainfekowanymi zwykłym szczepem CSFV i świniami szczepionymi szczepionką szczepu C. Test ten nie jest także dogodny dla podjednostkowej szczepionki E1, żywej lub martwej.
Jednym z testów według wynalazku jest zmodyfikowany CTB-ELISA, oparty na tylko jednym MAb. Na przykład. MAb b3. Taki test CTB-ELISA, oparty na tylko jednym Mab, którego używa się do wiązania antygenu do powierzchni płytki ELISA, jak też współzawodniczenia z surowicą zwykłą, nie został dotąd opisany i stanowi zasadniczą część wynalazku. Po obecnym opisaniu zasad testu można go z pożytkiem zastosować do opracowania diagnostycznych zestawów do wykrywania innych przeciwciał, w tym przeciwciał wobec innych wirusów lub innych chorób, lub przeciwciał wskazujących na inne stany ciała człowieka lub zwierzęcia. Odkrycie jest więc przydatne dla testów CTB-ELISA, lub testów ELISA opartych na tej samej zasadzie co test CTB-ELISA, rozwijanych na podstawie pojedynczego Mab i dimeryzowanego lub multimeryzowanego antygenu. Zastrzeżony test stosuje się także do określania innych członków par specyficznie wiążących partnerskich cząsteczek, takich jak aktywatory/receptory, enzymy/inhibitory i tym podobne, w których jeden z partnerów ma co najmniej dwa identyczne miejsca wiązania.
Tak więc wynalazek ujawnia także sposób określania obecności testowej substancji (np. przeciwciała) zdolnego do specyficznego wiązania z miejscem wiązania partnera wiązania (np. antygenu), w próbce, dzięki współzawodnictwu testowej substancji z mierzalną ilością odnośnikowej substancji (przeciwciała) zdolnej do specyficznego wiązania z tym samym
184 836 miejscem wiązania partnera wiązania, obejmujący (1) zetknięcie próbki z (a) odnośnikową substancją (przeciwciałem) związanym ze stałym nośnikiem, (b) partnerem wiązania (antygenem) dla odnośnikowej substancji, przy czym partner wiązania cząsteczki zawiera co najmniej dwa identyczne miejsca wiązania odnośnikowej substancji, i (c) odnośnikową substancją (przeciwciałem) wyposażonym w marker; (2) zmierzenie stopnia oddzielenia markera od nośnika.
Przykładowo partner wiązania (antygen) dla odnośnikowej substancji (przeciwciała), zawierający co najmniej dwa identyczne miejsca wiązania to dimer partnera wiązania (antygenu) dla odnośnikowej substancji.
Zgodnie z tymi zasadami przedmiotem wynalazku jest także sposób określania obecności testowej substancji (antygenu) mającej co najmniej dwa identyczne miejsca wiązania na cząsteczkę do specyficznego wiązania z partnerem wiązania (przeciwciałem) w próbce, obejmujący (1) zetknięcie próbki z (a) partnerem wiązania (przeciwciałem) związanym ze stałym nośnikiem i (b) partnerem wiązania (przeciwciałem) wyposażonym w marker;
(2) zmierzenia stopnia wiązania markera z nośnikiem.
W sposobach tych przeciwciała i antygeny są wymieniane tylko przykładowo; mogą być podstawione innymi specyficznymi cząsteczkami partnerami wiązania.
Wynalazek ujawnia tez diagnostyczny zestaw zawierający: (a) odnośnikowe monoklonalne przeciwciało związane ze stałym nośnikiem, (b) odnośnikowe monoklonalne przeciwciało wyposażone w marker; i ewentualnie (c) antygen wobec odnośnikowego przeciwciała zawierający co najmniej dwa identyczne miejsca wiązania dla odnośnikowego przeciwciała; lub kompleks pomiędzy wymienionymi składnikami (a) i/lub (b) i (c); jak też dalsze składniki do prowadzenia immunologicznej próby współzawodnictwa.
Sposób jest dogodny jako różnicujący diagnostyczny test w połączeniu z podjednostkową szczepionką E1, która zawiera delecję w jednym lub więcej epitopach E1, np., domenie A. Test jest także dogodny w połączeniu z podjednostką E1 której domeny A zostały zmutowane w taki sposób, ze przeciwciała indukowane wobec takich zmutowanych domen A nie współzawodniczących z Mab b3 o epitop Mab b3. Ponadto, test jest dogodny w połączeniu ze zmodyfikowanymi szczepionkami szczepu C lub innego szczepu CSFV z delecją w domenie A, z domeną A wymienioną na domenę pestiwirusa należącego do różnej antygenowej grupy od CSFV (patrz powyżej), lub z domeną A zmutowaną tak, że przeciwciała skierowane wobec domeny nie współzawodniczą z Mab b3 o epitop Mab b3. Chociaż test opisano przykładami dla domeny A E1, podobny test oparty na wyłącznie Mab b8 można stosować w połączeniu ze szczepionką z delecją w domenie B + C lub domenie C, z domeną B + C lub domeną C wymienioną na domenę pestiwirusa należącego do różnej antygenowej grupy od CSFV (patrz powyżej), lub z domeną B + C lub domeną C zmutowaną tak, że przeciwciała skierowane wobec domeny nie współzawodniczą z Mab b8'o epitop Mab b8. Test zilustrowano dla Mab b3 lub Mab b8 szczepu Brescia. Jednakże test może być przydatnie zastosowany dla innych Mab skierowanych wobec domeny A lub domeny B + C E1 szczepu Brescia lub wobec domeny A lub domeny B + C dowolnego innego szczepu CSFV, lecz także dla Mab wobec analogicznych domen w E1 dowolnego innego pestiwirusa. Test może także opierać się na epitopach E2 (patrz przykład 5). Antygeny przydatne w (zmodyfikowanych) testach CTBELISA według wynalazku są korzystnie dimerami lub multimerami E1 (plus lub minus 3'TMR) lub E2 (patrz przykład 5) szczepów CSFV reagujących z Mab b3 lub Mab b8 lub podobnymi Mab skierowanymi wobec epitopów E2. W przypadku szczepionki ze zmutowaną domeną A, dimery lub multimery antygeny stosowane do diagnostycznego testu mogą być syntetyzowane przez delecję konstruktu B + C (patrz przykład 5), lub w przypadku szczepionki ze zmutowaną domeny B + C, dimery lub multimery antygeny stosowane do diagnostycznego testu mogą być syntetyzowane przez delecję konstruktu A (porównaj fig. 5 z konstruktami; porównaj przykłady 4 i 5). dimeryzowane (lub multimeryzowane) formy antygenu E1 są zapewne oparte na mostkach disiarczkowych tworzonych przez reszty cysternowe w C-terminalnej części E1. Pozwala to na bardzo wrażliwy test immunologiczny, ponieważ dimeryzowane cząsteczki antygenu zawierają dwie kopie epitopu jednego Mab Tak więc
184 836 ten jeden Mab może być użyty do unieruchomienia dimeryzowanego antygenu via jeden epitop i do znakowania dimeryzowanego antygenu via drugi epitop. Współzawodnictwo przeciwciał surowicy próbki powstałych w wyniku infekcji zwykłym szczepem inhibituje wiązania znakowanego przeciwciała z antygenem i daje wrażliwy test obecności takich przeciwciał. Przedmiotem wynalazku są także diagnostyczne zestawy oparte na tym sposobie, przy czym zestaw obejmuje antygeny oparte na El lub E2, i (enzymatycznie) znakowane i unieruchomione monoklonalne przeciwciała tego samego typu skierowane na epitop El lub E2, jak też dalsze konwencjonalne składniki (płytki, rozcieńczalniki, podłoże enzymowe, środki barwiące, itp.) do prowadzenia testu immunologicznego typu współzawodnictwa.
Szczepionka według wynalazku zawiera sekwencję nukleotydową opisaną powyżej, jako taką lub jako szczep szczepionkowy lub w wektorze lub organizmie gospodarza, lub polipeptyd opisany powyżej, w ilości skutecznej dla zabezpieczenia przed infekcją pestiwirusem. Szczepionka może także być wielozadaniową szczepionką zawierającą inne immunogeny lub nukleotydy je kodujące. Szczepionka może ponadto zawierać konwencjonalne nośniki, adiuwanty, solubilizery, emulgatory, konserwanty itp. Szczepionki według wynalazku można wytwarzać konwencjonalnymi sposobami.
Sposób według wynalazku wytwarzania infekcyjnych transkryptów pełnej długości kopii DNA genomu szczepu CSFV, szczepu C, jest przydatny w przypadku dowolnego innego szczepu pochodnego C, lub szczepu pestiwirusa. Sposób opisany tu dla żywej osłabionej szczepionki szczepu CSFV, może także być bardzo przydatnie zastosowany do in vitro osłabiania (modyfikacji) szczepu C lub dowolnego innego szczepu CSFV lub pestiwirusa, dla celów szczepień.
Szczepionka szczepu C według wynalazku pozwala na serologiczne rozróżnienie pomiędzy świniami szczepionymi i świniami zainfekowanymi zwykłym szczepem CSFV. Markerowe szczepionki dowolnego innego szczepu CSFV lub szczepu pestiwirusa można równie łatwo otrzymać stosując sposoby według wynalazku. Takie markerowe szczepionki można rozwijać np. przez mutowanie (delecje, punktowe mutacje, insercje) regionu kodującego El, lub N-terminalnej połówki Eł, lub domeny A lub B + C El, lub regionu kodującego E2 szczepu C, lub analogicznych regionów w genomie pochodzącym od szczepu C, lub innych szczepów pestiwirusów, lub dzięki wymianie tych regionów na odpowiadające im regiony antygenowo różnych pestiwirusów lub pestiwirusów należącym do różnych antygenowo grup.
Alternatywne podejście do opracowania markerowej szczepionki szczepu C to dodanie do jego genomu heterologicznego genetycznego materiału dającego ekspresję wysoce antygenowego białka lub epitopów mikroorganizmu nie replikującego u świń, lub sztucznego i nie występującego normalnie u świń.
Ponadto taki heterologiczny genetyczny materiał może kodować antygeny indukujące ochronną odporność na chorobę wywoływaną przez mikroorganizm patogenny dla świń. Tak więc zastosowanie szczepu C, lub szczepów pochodzących ze szczepu C, lub dowolnych innych szczepów pestiwirusa, jako wektorów ekspresji heterologicznych antygenów indukujących ochronę przed poszczególną chorobą w organizmie gospodarza, przy czym gospodarz jest ssakiem, jest także częścią wynalazku. Konstrukcję rekombinacyjnych wirusów szczepu C dających ekspresję heterologicznej sekwencji i dogodne miejsca insercji tych heterologicznych sekwencji opisano powyżej. Analogiczne rekombinacyjne wirusy można wytwarzać dla wirusów pochodnych szczepu C, lub dla dowolnego innego pestiwirusa. Wirusy te są zatem także częścią wynalazku.
Istotna część wynalazku odnosi się do immunogennnego potencjału podjednostki El z delecją w domenie A, lub domenie B + C. Jak podsumowano w tabeli 2, oba takie mutanty El są zdolne do indukowania ochronnej odporności u świń przed prowokacją śmiertelną dawką wysoce wirulentnego szczepu Brescia. Zastosowanie mutantów El zawierających delecje lub inne mutacje w domenach A i B + C jako martwych podjednostkowych szczepionek, lub jako żywych podjednostkowych szczepionek poddawanych ekspresji przez system wektora w szczepionym zwierzęciu, wobec CSF, jest także częścią wynalazku. Także zmutowane El wraz z innymi antygenowymi białkami CSFV, np. E2 lub zmutowaną formą E2, są przydatne jako martwe lub żywe podjednostkowe szczepionki (patrz powyżej).
184 836
Wynalazek ujawnia także diagnostyczne testy, które można stosować do rozróżniania pomiędzy świniami szczepionymi markerową szczepionką CSFV, lub podjednostkową szczepionką zawierającą (zmutowane) E1 i/lub (zmutowane) E2, i świniami zainfekowanymi zwykłym szczepem pestiwirusa. Taki diagnostyczny test może być oparty na serologii, wykrywaniu antygenu, lub wykrywaniu kwasu nukleinowego. Wybór właściwego testu w danym przypadku między innymi zalezy od specyficzności użytego markera. Jedną z dogodnych form serologicznego diagnostycznego testu jest zmodyfikowany test CTB-ELISA, opisany w przykładzie 4. Według wynalazku sposób ten, oparty na teście CTB-ELISA z zastosowaniem pojedynczego przeciwciała, nie ogranicza się do zastosowań w kontekście CSFV lub innych pestiwirusów, lecz stosuje się także do określania innych przeciwciał dla innych diagnostycznych celów u ludzi lub zwierząt, jak tez do określania innych specyficznie wiążących substancji.
Przykładem przydatnego test wykrywania antygenu w połączeniu ze markerową szczepionką szczepu C jest test wykrywający zwykły szczep CSFV E1, a nie szczep szczepionkowy E1 w krwi świń. Jeśli domenę A szczepu C zmodyfikowano np. przez wymianę domeny na domenę szczepu pestiwirusa należącego do różnych antygenowych grup niż CSFV, taki test może być oparty na monoklonalnych przeciwciałach rozpoznających konserwatywne epitopy domeny A CsfV.
Jednakże jeśli region E2 szczepu C jest zmodyfikowany do celów opracowania markerowej szczepionki, serologiczny lub antygenowy diagnostyczny test towarzyszący takiej szczepionce wykrywa różnice pomiędzy szczepionymi i zainfekowanymi zwierzętami, odnoszące się do zmodyfikowanego regionu E2. Takie diagnostyczne testy stosują więc specyficzne wobec E2 sekwencje jako antygen. Te specyficzne wobec E2 sekwencje mogą pochodzić z macierzystego szczepu C (patrz przykład 5), ze szczepów CSFV antygenowe różnych od szczepu C, lub z pestiwirusów należących do różnych antygenowo grup niż CSFV. Jednak te specyficzne wobec E2 sekwencje mogą być także otrzymane via mutację (delecję, insercję, lub punktową mutację) rodzimego E2 dowolnego pestiwirusa, lub mogą składać się ze (zmutowanych) części E2 dowolnego pestiwirusa. Dimeryczne E2 i multimeryczne E2 może być użyte jako antygen w diagnostycznym teście (patrz przykład 5). Także E2 w połączeniu z jednym monoklonalnym przeciwciałem (porównaj przykłady 4 i 5) można stosować w teście CTB-ELISA, którego zasady opisano powyżej. Diagnostyczny test oparty na E2 opisano w przykładzie 5. Gdy zestaw wykrywający antygen ma wykrywać pestiwirus E2 i jest oparty na jednym Mab, taki zestaw testowy korzystnie zawiera przeciwciało rozpoznające konserwatywny epitop na E2. Takie testy są także częścią wynalazku.
Na koniec, diagnostyczny test może być oparty na specyficznym wykrywaniu regionu zwykłych szczepów CSFV, zmodyfikowany wszczepie C. Dogodne techniki testu obejmują hybrydyzację kwasu nukleinowego, np. specyficznymi sondami, i/lub wzmocnienie, np. w reakcji łańcuchowej polimerazy. Alternatywnie, sekwencje szczepu C można rozróżniać od sekwencji zwykłego szczepu CSFV metodą wzmocnienia PCR (części) region niekodującego 3' zawierającego sekwencji ttttctttttttt unikalną dla genomu szczepu C.
Jeśli szczep C jest zmodyfikowany przez insercję heterologicznej sekwencji markera, dowolna postać diagnostycznego testu opartego na tej sekwencji, np. opartego na antygenie, epitopach, lub histochemicznych produktach kodowanych przez tę sekwencję, lub opartego na wykrywaniu heterologicznej genetycznej informacji technikami hybrydyzacji kwasu nukleinowego, np. specyficznymi sondami, i/lub technikami wzmocnienia, jak reakcja łańcuchowa polimerazy, jest także częścią wynalazku.
Przykład 1
Molekularne klonowanie i sekwencjonowanie genomu szczepu C.
Komórki i wirus
Komórki nerki świni (SK6-M. EP-A-351901) hodowano w podstawowej pożywce Eagle zawierającej 5% płodowej surowicy bydlęcej (FBS) i antybiotyki. FBS badano na obecność BVDV i przeciwciał BVDv w sposób opisany (Moormann i in. 1990. Virology 177: 184-198). Użyto tylko surowice wolne od BVDV i przeciwciał BVDV. „Chiński” szczep szczepionkowy (szczep C) wirusa klasycznej gorączki świń (CSFV) adaptowano do komórek
184 836
SK6-M w sposób opisany w EP-A-351901. Szczep oznaczony „Cedipest” jest niecytopatyczny i był biologicznie klonowany przez trzykrotne rozcieńczenie. Po trzech etapach wzmacniania wytworzono zapas klonowanego wirusa z mianem 3,5 · 106 TCID50/ml.
Wydzielanie cytoplazmatycznego RNA komórek SK-6 infekowanych szczepem C
Międzykomórkowy RNA z komórek zarazonych szczepem C wydzielono zasadniczo w sposób opisany (Moormann i in. 1990. Virology 177:184-198).
Krótko, warstwy jednokomórkowe komórek SK6-M w butlach 162 cm3 (Costar) zainfekowano Cedipest na poziomie infekcji (m.o.i.) 5 TCID50 na komórkę. Następnie komórki inkubowano przez 1,5 godziny w temperaturze 37°C i dodano świeżą pożywkę do końcowej objętości 40 ml. Po 7 godzinach dodano Actinomycin D do końcowego stężenia 1 (ig/ml. Po 24 godzinach komórki przemyto dwukrotnie zimną solanką buforowaną, fosforanem (PBS) i lizowaną w zimnym buforze lizy (50 mM Tris-HCl pH 8,2, 0,14 M NaCl, 2 mM MgCl2, 5 mM DTT, 0,5% [objętościowo] NP-40, 0,5% [wagowo] deoksycholanu Na i 10 mM kompleksów wanadylowych rybonukleozydu (New England Biolabs)). Lizaty odwirowano (4°C, 5 minut, 4000 g) i supernatant potraktowano proteinazą K (końcowe stężenie 250 pg/ml,) przez 30 minut w temperaturze 37°C, ekstrahowano dwukrotnie fenolem, chloroformem i alkoholem izoamylowym (49:49:2) i ekstrahowano raz chloroformem i alkoholem izoamylowym (24:1). RNA przechowywano w etanolu.
Synteza i wzmocnienie cDNA
Jeden do 2 pg cytoplazmatycznego RNA komórek zainfekowanych szczepem C i 20 pmol (-)sensownego startera inkubowano z 1 pl 10 mM wodorotlenek metylortęci przez 10 minut w temperaturze pokojowej. Denaturowany RNA inkubowano następnie z 1 pl 286 mM β-merkaptoetanolem przez 5 minut w temperaturze pokojowej. RNA poddano odwrotnej transkrypcji 200-400 jednostkami odwrotnej 5 transkryptazy M-MLV z deficytem RNazy H (Promega) przez 45 minut w temperaturze 42°C w 1 x buforze odwrotnej transkryptazy M-MLV (50 mM Tris-HCl pH 8,3, 75 mM KC1, 3 mM MgCl2 i 10 mM DTT), 40 U rRNasin (Promega) i 80 pM dATP, dGTP, dCTP i dTTP. Końcowa objętość reakcji wynosiła 25 pl. Próbki pokryto 30 pl mineralnego oleju (Sigma).
Po odwrotnej transkrypcji (RT) próbki denaturowano przez 10 minut w temperaturze 94°C. Porcje 2,5 pl każdej reakcji RT wzmocniono w reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) z 39 cykli (cykl: 94°C, 60 s; 55°C, 60 s i 72°C, 1-2 minuty) w 100 pl bufora polimerazy Taq (od wytwórcy polimerazy Taq) zawierającego 1 pM (+) jak też (-)sensownego startera, 200 pM każdego z czterech dNTP i 2,5 U polimerazy DNA Taq (Boehringer Mannheim). Próbki pokrywano 75 pl mineralnego oleju (Sigma).
Klonowanie cDNA pokrywającego cały genom szczepu C
Genom szczepu C klonowano niezaleznie dwukrotnie. Podczas pierwszej rundy klonowania (fig. 1 Al), startery syntezy pieiw/szej nici cDNA i PCR dobrano na podstawie homologii pomiędzy sekwencjami szczepów CSFV Brescia (Moormann i in. 1990. Virology 177:184198) i Alfort (Meyers i in. 1989. Virology 171:555-567) i szczepów BVDV Osloss (Renard i in. EP 0208672) i NADL (Collett i in. 1988. Virology. 165: 191-199). Rozmiary fragmentów cDNA dobrano pomiędzy 0,5-2,5 tysięcy par zasad w celu otrzymania optymalnego wzmocnienia. Oczyszczone na zelu produkty wzmocnienia potraktowano polimerazą T4 RNA i polimerazą I DNA Klenowa i fosforylowano kinazą polinukleotydową T4. Następnie fragmenty cDNA poddano ligacji ligaząT4 w miejscu Smal pGEM4z-blue.
W drugiej rundzie klonowania (fig. 1B), startery dobrano z sekwencji klonów cDNA otrzymanych po pierwszej rundzie klonowania. Tam, gdzie to możliwe, startery zawierały miejsca restrykcji dogodne do klonowania wzmocnionych fragmentów cDNA. Po wzmocnieniu RT i PCR (patrz powyżej), fragmenty cDNA pocięto dwoma różnymi enzymami restrykcji, lub stworzono lepkie końce i fosforylowano (w sposób opisany powyżej) na jednym końcu i trawiono dogodnym enzymem restrykcji na drugim końcu. Jeśli nie było możliwe użycie wprowadzonych przez PCR miejsc restrykcji umiejscowionych w starterach, wybierano do klonowania miejsce we wzmocnionym fragmencie cDNA. Po oczyszczeniu na zelu, produkty PCR poddano ligacji z oczyszczonym na żelu pGEM4z-blue (Promega) lub pGEM5zf(+)
184 836 (Promega), trawionych enzymami restrykcji tworzącymi końce zgodne z końcami produktów PCR.
W celu wytworzenia klonów cDNA zawierających ostateczne końce 5' i 3' genomu szczepu C, użyto sposobu ligacji 3'-5' (Mandl i in. 1991. Journal of Virology 65:4070-4077). Cytoplazmatyczny RNA wydzielono z komórek zainfekowanych szczepem C w sposób opisany powyżej i następnie oczyszczono przez warstwę 5,7 CsCl (Moormann i Hulst, 1988. Virus Res. 11:281-291). W oparciu o wyniki sugerujące, że na końcu 5' genomu BVDV nie ma struktury Cap (Brock i in. 1992. J. Virol. Meth. 38: 39- 46), genomowy RNA szczepu C poddano ligacji bez wcześniejszego działania pirofosfatazą. 8 pg RNA poddano ligacji w mieszaninie reakcyjnej 50 mM Tris-HCl pH 8,0, 10 mM MgCh, 10 mM DTT, 20 U rRNasin (Promega), 10 pg/ml BSA (bez RNazy) i 1 mM ATP, stosując 10 U ligazy t4 RNA (New England Biolabs). Mieszaninę inkubowano przez 4 godziny w temperaturze 37°C. RNA ekstrahowano fenolem/chloroformem, strącono etanolem, granulowano i umieszczono w zawiesinie w wolnej od RNazy wody. Porcje 2 pg RNA poddano odwrotnej transkrypcji i wzmocniono w sposób opisany powyżej. Porcje 2 pl każdej PCR wzmocniono stosując zagnieżdżony zestaw starterów. W celu odwrotnej transkrypcji użyto (-) sensowny starter hybrydyzujący do niekodującego regionu 5'. W dwu etapach wzmocnienia PCR użyto (+) sensownych starterów hybrydyzujących z regionem niekodującym 3' i (-) sensowne startery hybrydyzujące z niekodującym regionem 5'. Po ekstrakcji fenolem/chloroformem i strącaniu etanolem, produkty PCR trawiono Ncol (wstawiony w (+) sensowny starter użyty w zagnieżdżonym PCR) i EagI (nukleotyd 81 w sekwencji SEKW. NR ID. 1) i poddano ligacji w miejsce Ncol-EagI pUC21 (Vieira i Messing. 1991. Gene 100: 189-194).
Wszystkie modyfikacje i procedury klonowania użyte w przykładzie 1 prowadzono zasadniczo w sposób opisany (Sambrook i in. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.). Enzymy restrykcyjne i enzymy modyfikujące DNA zakupiono i użyto w sposób opisany przez dostawców. Plazmidy transformowano i trzymano w Escherichia coli szczep DH5(a (Hanahan. 1985. w DNA cloning 1:109-135).
Sekwencjonowanie klonów cDNA
Plazmid DNA użyty do sekwencjonowania ekstrahowano i oczyszczono metodą alkalicznej lizy i strącenia LiCl, lub metodą odwirowania CsCl (Sambrook i in. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.). Zestaw sekwencjonowaniem oparty na polimerazie T7 (Pharmacia) użyto do bezpośredniego dwuniciowego sekwencjonowania plazmidu DNA. Poza SP6, T7 i uniwersalnych starterach pUC/M13 w obu kierunkach, użyto oligonukleotydowych starterów opartych na sekwencji szczepu CSFV Brescia (Moormann i in. 1990. Virology 177:184-198). Startery syntetyzowane przy pomocy syntetyzatora DNA Cyclone (New Brunswick Scientific) lub syntetyzatora DNA/RNA 392 (Applied Biosystems). Reakcje sekwencjonowania analizowano na 6% żelu akryloamidowym zawierającym 8 M mocznik. Dane sekwencji analizowano na komputerze Compaq 386 stosując urządzenie Speedreader i oprogramowanie PCgene (Intelligenetics Inc, Applied Imaging Corp., Geneva, Szwajcaria) i na komputerze Apple Macintosh stosując program MacMollytetra.
Biorąc pod uwagę możliwość błędów sekwencji lub różnic wywoływanych przez polimerazę Taq lub niejednorodność RNA szczepu C, całą genomową sekwencję klonów cDNA szczepu C określono sekwencjonując minimum dwa klony cDNA, otrzymane po niezależnych reakcjach PCR. Jeśli obserwowano różnice pomiędzy sekwencjami nukleotydowymi dwu klonów z poszczególnych regionów, zgodną sekwencję nukleotydową tego regionu określano przez sekwencjonowanie trzeciego klonu cDNA otrzymanego po innej niezależnej reakcji PCR (fig. 1A).
Przykład 2
Wytwarzanie infekcyjnych transkryptów pełnej długości kopii DNA genomu szczepu C.
Konstrukcja klonu cDNA pPRKflc-113
Pełnej długości kopię DNA genomowego RNA szczepu C złożono według schematu z fig. 3. Najpierw skonstruowano dwa subklony. jeden (pPRc64) zawierający sekwencję
184 836 cDNA połówki 5' genomu (nukleotydy 1-5560) i drugi (pPRc111) zawierając sekwencję cDNA połówki 3' genomu (nukleotydy 5463-12311). Początkowo konstrukcję pełnej długości klonu cDNA próbowano wykonać w pGEM4z-blue. Jednakże podejście nie udało się ze względu na niestabilność pełnej długości insertu w tym wektorze. Dla zwiększenia stabilności klonów, inserty połówek klonów 5' i 3' reklonowano w pochodną wektora pOK12 o małej liczbie kopii (Vieira i Messing. 1991. Gene 100: 189-194), otrzymując odpowiednio pPRc108 ipPRc123,. W tym celu pOK12 zmodyfikowano wycinając większość miejsca restrykcji, miejsca wielokrotnego klonowania (MCS) i promotor sekwencji T7. Powstały wektor, pPRK, którego użyto do wszystkich następnych pełnej długości klonowań, nadal zawiera unikalne miejsca Spel, Nofl, EagI, BamHI, EcoRV, EcoRI i XbaI w MCS.
Szczegółowo, konstrukcja pełnej długości klonu pPRKflc-113 przebiegała jak następuje (fig. 3). Inserty plazmidów pPRc45 i pPRc46 złączono w miejscu HpaI, umiejscowionym na nukleotydowej pozycji 1249 w sekwencji szczepu C (SEKW. NR ID. I), co dało plazmid pPRc49. Insert pPRc49 następnie złączono z insertem pPRc44 w miejscu NsiI umiejscowionym na nukleotydowej pozycji 3241 (SEKW. NR ID. 1), co dało pPRc63. Połówkę 5' klonu pPRc64 (nukleotyd 1 do 5560, SEKW. NR ID. 1) skonstruowano łącząc insert pPRc63 ze wzmocnionym (PCR) fragmentem cDNA ostatecznego regionu 5' genomowego RNA szczepu C jak następuje. Zsyntetyzowano (+) sensowny starter końca 5' zawierający miejsce EcoRI i Sali, a następnie promotor sekwencji polimerazy RNA T7 i pierwsze 23 nukleotydy genomowego RNA szczepu C. Ten starter i (-) sensowny starter drugiej rundy klonowania użyto do wzmacniania fragmentu cDNA trawionego EcoRI i XhoI klonowanego do trawionego EcoRl-XhoI (nukleotyd 215 w SEKW. NR ID. 1) pPRc63. Na koniec, insert pPRc64 reklonowano do trawionego EcoRI-XbaI pPRK otrzymując pPRc108.
Połówkę 3' klonu pPRc111 (nukleotyd 5463 do 12311, SEKW. NR ID. 1) skonstruowano łącząc 4 klony z drugiej rundy (pPRc67, 53, 58 i 55) i jeden klon z pierwszej rundy (pPRc14). Inserty pPRc67 i pPRc53 złączono w miejscu NheI umiejscowionym na nukleotydowej pozycji 7778, otrzymując pPRc71. Inserty pPRc55 i pPRc58 złączono w miejscu ApaI umiejscowionym w nukleotydowej pozycji 10387, otrzymując pPRc65. Inserty pPRc65 i pPRc14 złączono następnie w miejscu AfiII w nukleotydowej pozycji 11717, otrzymując pPRc73. Insert pPRc73 złączono z insertem pPRc71 w miejscu PstI umiejscowionym w nukleotydowej pozycji 8675, otrzymując pPRc79. Następnie insert pPRc79, zawierający kompletną 3'-terminalną sekwencję cDNA szczepu C, zmodyfikowano tak, aby wprowadzić miejsce Sr1I które po trawieniu utworzy dokładny koniec 3' sekwencji cDNA szczepu C (dla dokładnej końcowej transkrypcji na końcu 3'). Aby to osiągnąć, zsyntetyzowano (-) sensowny starter końca 3' zawierający miejsca Sr1I i XbaI i 18 nukleotydów komplementarnych z 3'-terminalną sekwencją genomowego RNA szczepu C. Ten starter i (+) sensowny starter z pierwszej rundy klonowania użyto do wzmacniania fragmentu cDNA. Fragment trawiono SpeI (nukleotyd z pozycji 11866, SEKW. NR ID. 1) i XbaI i klonowano do trawionego SpeIXbaI pPRc79, otrzymując pPRc111.
Pełnej długości cDNA klonu pPRKflc-113, skonstruowano na koniec wstawiając specyficzny dla szczepu C NcoI5532-Xbałmcs fragment pPRc111 do trawionego NcoI5332-XbaImcs pPRc108.
Konstrukcja pełnej długości klonu pPRKflc-133
Pełnej długości cDNA klonu pPRKflc-113 miał wciąż, poza cichymi nukleotydowymi mutacjami, 5 punktowych mutacji prowadzących do zmian aminokwasów w porównaniu z sekwencją aminokwasową określoną z sekwencji co najmniej dwu klonów cDNA z pierwszych rund. Te 5 punktowych mutacji wpPRKfle-113 zmieniono na przeważającą sekwencje (2 z 3) przez wymianę naruszonych fragmentów DNA na odpowiednie fragmenty DNA zawierające przeważąjące sekwencje.
Połówkę 5' klonu cDNA pPRc108, z punktową mutacją na nukleotydowej pozycji 4516, zmieniono zastępując fragment Sca-ł34lJ-Ncoł5532 pPRc108 fragmentem pPRcl24. Klon pPRc124 wytworzono wymieniając fragment PvuH44 5-NHeI5°65 pPRc44 odpowiednim fragmentem pPRc32 (porównaj fig. 1). Nową połówkę 5' klonu cDNA oznaczono pPRc129.
184 836
Dla celów klonowania połówkę 3' klonu skonstruowano wycinając część 5' sekwencji szczepu C pPRKflc-113 od miejsca SatI w wektorze (porównaj fig. 3) do miejsca HpaI w nukleotydowej pozycji 5509 (SEKW. NR ID. 1), z utworzeniem pPRcl23. W pPRcl23 należało zmienić mutacje przy pozycjach nukleotydów 8526, 9002, 10055 i 10205. Mutację w pozycji 8526 odtworzono w dwu etapach. Po pierwsze fragment ApaI8506-PstI8675 pPRc53 wymieniono na fragment pPRc90, co dało pPRc125. Po drugie fragment NheI7378-PstI8675 pPRcl23 wymieniono na fragment pPRcl25, co dało pPRcl27.
Aby odtworzyć 3 mutacje w pozycjach 9002, 10055 i 10205, zmodyfikowano pPRc58 tak, że miejsce FspI w wektorze wycięto. W tym celu fragment EcoRImcs-NdeI pPRc58 wycięto (cięcia Ndel w pGEM4z-blue), co dało pPRc126. Plazmid pPRc126 użyto dla odtworzenia mutacji w pozycjach 10055 i 10205 zastępując fragment SacI75-ApaI1°387 odpowiednim fragmentem pPRc96, co dało pPRc128. Mutację w pozycji 9002 odtworzono zastępując AatII-FspI9°1 (cięcia AatII w pGEM4z-blue) pPRcl28 fragmentem AatII-FspI90^ pPRc90, co dało pPRcl30. Na koniec fragment PstI8675-ApaI1()387 pPRc127 zastąpiono odpowiednim fragmentem pPRc130, co dało plazmid pPRc132. Wszystkie etapy subklonowania, w których zmieniano pojedyncze mutacje weryfikowano przez sekwencjonowanie.
Pełnej długości klon pPRKflc-133 skonstruowano wstawiając fragment Nco^2XbaImcs pPRc132 trawionym NcoI5532-XbaImcs pPRc129.
Konstrukcja hybrydowego pełnej długości klonu pPRKflc-h6
Antygenowo różne, lecz żywotne mutanty szczepu C można wytworzyć zpPRKflc133, dzięki wymianie części genu E1 tego konstruktu na fragment szczepu CSFV Brescia. W tym celu fragment NheI2 -Af1III2W> ppRc129 zastąpiono odpowiednim fragmentem pPEh6 (van Rijn i in., 1992), wytwarzając połówkę 5' hybrydowego klonu pPRcl39. Hybryd pełnej długości klonu pPRKflc-h6 skonstruowano wstawiając fragment NcoI5532-xbaI™cs pPRcl32 do pPRcl39. Klon zawierał teraz antygenowy region E1 szczepu CSFV Brescia, w tym unikalne miejsce Bg1II.
Wszystkie modyfikacje i procedury klonowania użyte w przykładzie 2 prowadzono zasadniczo w sposób opisany (Sambrook i in. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.). Enzymy restrykcji i enzymy modyfikujące DNA zakupiono i użyto w sposób opisany przez dostawców. Plazmidy transformowano i trzymano w Escherichia coli szczep DH5a (Hanahan. 1985. w DNA cloning 1: 109-135).
Transkrypcja RNA in vitro
Plazmid DNA użyty do in vitro transkrypcji RNA oczyszczono stosując kolumny Qiagen (Westburg), zgodnie z instrukcjami producenta. Po linearyzacji Xbal lub Sr1I, plazmid DNA ekstrahowano fenolem i chloroformem, strącono etanolem, osuszono pod zmniejszonym ciśnieniem i rozpuszczono we właściwej objętości wolnej od RNazy wody.
Użyto 1 pg linearyzowanego plazmidu DNA jako wzorca do transkrypcji in vitro. RNA zsyntetyzowane w temperaturze 37°C przez 1 godzinę w 100 pl mieszaniny reakcyjnej zawierającej 40 mM Tris-HCl pH 7,5, 6 mM MgCh, 2 mM Spermidine, 10 mM DTT, 100 U rRNasin (Promega), 0,5 mM każdej z ATP, GTP, CTP, UtP i 170 jednostek polimerazy RNA T7 (Pharmacia). Wzorzec DNA usunięto przez trawienie wolną od RNazy DNaseI (Pharmacia) przez 15 minut w temperaturze 37°C, następnie ekstrahowano fenolem i chloroformem i strącono etanolem. RNA rozpuszczono w 20 p l wolnej od RNazy H2O i określono ilościowo pomiarem w nadfiolecie przy 260 nm.
Transfekcja RNA
Mieszaninę do transfekcji RNA skomponowano łagodnie mieszając 50 pl rozcieńczonej lipofektyny (Gibco BRL) (10 pg lipofektyny w wolnej od RNazy H2O) i 50 pl roztworu RNA (1 pg RNA w wolnej od RNazy H2O) i inkubując mieszaninę w temperaturze pokojowej przez 15 minut. Do transfekcji RNA użyto prawie zlewających się monowarstw komórek SK6 w 6-studzienkowych płytkach do hodowli tkanek o średnicy 35 mm, (Greiner). Komórki przemyto dwukrotnie zmodyfikowaną pożywką Eagles Dulbecco (DMEM). Następnie do komórek dodano 1 ml DMEM, następnie mieszaninę do transfekcji RNA. Po inkubacji przez 16 godzin w temperaturze 37°C, pożywkę zastąpiono 2 ml DMEM uzupełnionego 5% FBS.
184 836
Inkubację prowadzono przez dalsze 3 dni w temperaturze 37°C. Następnie komórki barwiono immunologicznie specyficznymi dla CSFV monoklonalnymi przeciwciałami (Mab) metodą próby monowarstwy immunoperoksydazy (IPMA) w sposób opisany przez Wensvoort i in. (Vet. Microbiol. 1986. 12: 101-108).
Właściwości rekombinacyjnych wirusów szczepu C
Supematanty transfekowanych komórek umieszczono na zlewających się monowarstwach komórek SK6 w studzienkach o średnicy 35 mm i inkubowano przez 5 dni w temperaturze 37°C. Komórki transfekowanych monowarstw trypsynowano i rozcieńczono 7,5 razy DMEM i hodowano przez dalsze 7 dni w temperaturze 37°C w kolbach 75 cm2 (Costar). Następnie wytworzono zapas wirusa zamrażając i rozmrażając komórki dwukrotnie, klarując zawiesiny komórek przez odwirowanie przy 5,000 x g przez 10 minut w temperaturze 4°C i zbieranie supematantów.
Wirus zbadano metodą IPMA i analizy restrykcyjnej wzmocnionych RT-PCR wirusowych fragmentów. Po infekcji komórek SK6 wirusami FLc-h6 i F1c-B3. Monowarstwy inkubowano przez 4 dni w temperaturze 37°C. Następnie, monowarstwy zabarwiono immunologicznie stosując Mab skierowane wobec konserwatywnych (Mab b3, domeny A) i niekonserwatywnych (Mab b5 i b6, domeny B+C) epitopów na E1 Brescia i Mab specyficzne dla szczepu C i skierowane wobec E1 (Mab c2) lub E2 (Mab c5) (Wensvoort, G. 1989. W Thesis, str. 99-113, Utrecht, Holandia). Monowarstwy komórek SK6 zainfekowanych rodzimym wirusem Brescia lub rodzimym wirusem szczepu C były próbami kontrolnymi w tym teście. Wyniki przedstawiono w tabeli 1, i są one takie, jak się można spodziewać. Krótko, Mab b3 rozpoznaje epitop na E1 zachowany w szczepach CSFV, a więc rozpoznaje wszystkie szczepy w tabeli 1. Mab b5 i b6 nie rozpoznają E1 szczepu C, a więc reagują tylko ze szczepami Brescia i F1c-h6. W przeciwieństwie do tego, Mab c2 nie rozpoznaje E1 szczepu Brescia i reaguje więc tylko ze szczepami C i FLc-133. Na koniec, Mab c5 nie rozpoznaje E2 szczepu Brescia i reaguje więc z wszystkimi wirusami w tabeli 1 poza szczepem Brescia.
Genomowy RNA wirusa FLc-h6 powinien zawierać unikalne miejsce Bg1II, umiejscowione w genie E1 (patrz powyżej). W celu sprawdzenia obecności tego miejsca, cytoplazmatyczny RNA wydzielono z komórek SK6 zainfekowanych rekombinacyjnym wirusem 5 FLch6, lub zainfekowanych FLc-133, wzmocnionym PCR w sposób opisany powyżej, stosując startery opisane przez Van Rijna i in., 1993. J. Gen. Virol. 742053-2060) i trawiono Bglll. W istocie, wzmocniony fragment 1091 par zasad zFLc-h6 został pocięty Bg1II, dając fragmenty 590 i 501 par zasad, podczas gdy wzmocniony fragment FLc-133 pozostał nietknięty.
Przykład 3
Immunizacja świń delecyjnymi mutantami E1.
Konstrukcja i ekspresja delecyjnych mutantów El
Wykazano uprzednio, ze pozbawione TMR E1 szczepu CSFV Brescia, poddane ekspresji w komórkach owada, indukuje ochronną odpowiedź immunologiczną u świń wobec CSF (Hulst i in., 1993. J. Virol. 67: 5435-5442). Zdefiniowano także dwie odróznialne antygenowe jednostki, A i B+C, wN-temiinalnej połówce E1, indukujące neutralizujące przeciwciała wobec CSFV, (Wensvoort, 1989. J. Gen. Virol. 70: 2865-2876; Van Rijn i in. 1992. Vet. Microbiol. 33: 221-230; Van Rijn i in. 1993 J. Gen. Virol. 74: 2053-2060). Ponadto neutralizujące przeciwciała skierowane wobec domeny A i domeny B+C działają synergistycznie w neutralizacji CSFV (Wensvoort, 1989. J. Gen. Virol. 70: 2865-2876). W celu ocenienia immunogenności mutanta E1s z delecją domeny B+C lub z delecją domeny A, wykonano odpowiednie konstrukty w wektorze bakulowirusowym i poddane ekspresji mutantowe białka zbadano na świniach.
Bakulowirusy dające ekspresję mutanta E1s skonstruowano via nakładającą się rekombinację DNA dzikiego typu AcNPV (wirus jądrowej wielościenności Autographa califomica) i DNA wektora transferowego pAcMo8 zawierającego sekwencję kodującą dany mutant E1. Wektor transferowy pAcMo8 pochodził z pAcAs3 (Vlak i in., 1990. Virology 179:312-320) przez wstawienie T bezpośrednio w kierunku 5' od pierwszej zasady (G) unikalnego miejsca BamHI tego wektora W ten sposób utworzono startowy kodon ATG pokrywający pierwszą G
184 836 miejsca BamHI. m-RNA jest transkrybowane od heterologicznej sekwencji wstawionej w miejsce BamHI przez promotor p10 AcNPV.
Sekwencje kodujące mutant E1s pochodziły z insertu E1 pPRb2 (Van Rijn i in., 1992. Vet. Microbiol. 33:221-230) poprzez wzmocnienie PCR. W tym celu skonstruowano dwa startery zawierające w sekwencji miejsce BamHI. Koniec 5' (+ sensowny) startera ma sekwencję 5'-AGA TTG GAT CCT AAA GTA T TA AGA GGA CAG GT-3' (SEKW. NR ID. 2). Podkreślona sekwencja w tym starterze jest identyczna z nukleotydami 2362-2381 w sekwencji szczepu Brescia (Moormann i in., 1990. Virology 177:184-198), pogrubione litery wskazują miejsce BamHI. Koniec 3' (- sensowny) startera zawiera kodon stopu sąsiadujący z miejscem BamHI. Ma on sekwencję 5'-TA GTC GGA TCC TTA GAA TTC TGC GAA GTA ATC TGA-3’ (SEKW. NR ID. 3). Podkreślona sekwencja w starterze jest komplementarna do nukleotydów 3433-3453 w sekwencji szczepu Brescia (Moormann i in., 1990. yirology 177: 184-198); pogrubione litery wskazują miejsce BamHI i kursywa wskazuje kodon stopu.
Wzmocnione sekwencje klonowano w miejsce BamHI pAcMo8 i sprawdzono na poprawną orientację w wektorze metodą analizy restrykcji enzymatycznej. Poprawny wektor transferowy oznaczono pPAb11. Nakładkową rekombinację pomiędzy DNA AcNPY i DNA pPAbl l oraz selekcję i oczyszczanie wektora bakulowirusa dający ekspresję E1 wykonano w sposób opisany (Hulst i in., 1993. J. Virol. 67: 5435-5442). Dalsze badanie E1 w próbach radioimmunostrąceniowych i ze specyficznymi dla E1 Mab także opisał Hulst i in. (J. Virol., 1993. 67:5435-5442). Powstały rek8mbinacdjnd bakulowirus daje ekspresję dzikiego typu Brescia E1 bez TMR (porównaj drugi słupek od góry na fig. 3). Ten E1 bez TMR jest wydzielany z komórki (Hulst i in., 1993. J. Virol. 67:5435-5442).
Delecję regionu kodującego domeny B+C z genu E1 pPAb11 osiągnięto dzięki wymianie fragmentu Nhel-BgllI tego konstruktu z odpowiednim fragmentem pPEh14 (Van Rijn i in., 1993. J. Gen. Virol. 74:2053-2060). Powstały wektor transferowy oznaczono pPAb16. Zawiera on delecję w genie E1 od kodonu 693 do 746. Podobnie region kodujący domeny A wycięto z pPAb11 dzięki wymianie fragmentu Nhel-Bg1II pPAb11 na odpowiedni fragment pPEh18 (Van Rijn i in., 1993. J. Gen. Virol. 74:2053-2060), otrzymując wektor transferowy pPAbl2. pPAbl2 zawiera delecję w genie E1 od kodonu 800 do 864.
Rekombinacyjne bakulowirusy dające ekspresję E1s z delecją skonstruowano, wybrano i zbadano ze względu na ich produkty ekspresji E1, w sposób opisany powyżej.
Immunizacja i prowokacja u świń
Grupy czterech (lub dwu) wolnych od specyficznych patogenów (SPF), 6- do
8-tygodniowych świń szczepiono domięśniowo w dniu 0 1 ml podwójnej emulsji woda-olej zawierającej 4 pg (mutanta) E1 i szczepiono ponownie w dniu 28 1 ml podwójnej emulsji woda-olej zawierającej 15 pg (mutanta) E1 (tabela 2). Konstrukcję mutanta E1 zawierającego delecję w domenie A, lub delecję w domenie B/C i dzikiego typu E1 opisano powyżej i przedstawiono konstrukty na fig. 5. Do pierwszego szczepienia w dniu 0 użyto supernatant komórek owadzich zainfekowanych właściwymi rekombinacyjnymi bakulowirusami. Ilość E1 w supematancie kalibrowano w sposób opisany wcześniej (Hulst i in., 1993. J. Virol. 67: 5435-5442). Do ponownego szczepienia w dniu 28 E1 oczyszczono przez immunopowinowactwo z supematanta zainfekowanych komórek owadzich (Hulst i in., 1993. ibid.). Świnie ze wszystkich szczepionych grup i nieszczepionej grupy kontrolnej dwu zwierząt ŚPF, prowokowano donosowo 100 LD50 szczepu CSFV Brescia 456610 (Terpstra i Wensvo8rt, 1988. Vet. Microbiol. 16: 123-128). Taka dawka prowokacyjna prowadzi do ostrej choroby u niechronionych świń, charakteryzującej się wysoką gorączką i trombocytopenią od dnia 3 do 5 i do śmierci w dniach 7 do 11. Próbki hepardniz8wanej (EDTA) krwi pobierano w dniach 40, 42, 45, 47, 49, 51, 53 i 56 po szczepieniu i analizowano na trombocyty i wirusa CSFV w sposób opisany (Hulst i in., 1993. Ibid.). Próbki surowicy krwi pobrano w dniach 0, 21,28, 42 i 56 i badano metodą CTB-ELISA (Wensvoort i in , 1988. Vet. Microbiol. 17- 129-140) i w próbie zobojętniania związanej peroksydazy (NPLA. Terpstra i in. 1984. Vet. Microbiol. 9: 113-120). w celu wykrycia (neutralizujących) przeciwciał wobec CSFV. Wyniki testu CTBELISA wyrażono jako procentową inhibicję standardowego sygnału; <30% inhibicji jest
184 836 negatywne, 30-50% inhibicji jest wątpliwe, >50% inhibicji jest pozytywne. Miana NPLA wyrażono jako odwrotność surowicy rozcieńczenia zobojętniającego 100 TCID 50 szczepu Brescia w 50% replikatów kultur.
Wszystkie zwierzęta obserwowano codziennie szukając oznak choroby i mierzono temperaturę ciała. Klinicznymi oznakami choroby były: gorączka, anoreksja, leukopenia, trombocytopenia i paraliż.
Przykład 4
Opracowanie testu CTB-ELISA (CTB-DIF) dla CSFV, opartego na jednym monoklonalnym przeciwciele.
Opis testu diagnostycznego
Przykład opisuje test CTB-ELISA (CTB-DIF), będący modyfikacją istniejącego CTBELISA (Wensvoort i in., 1988. Vet. Microbiol. 17: 129-140) do wykrywania specyficznych dla CSFV przeciwciał.
CTB-DIF jest oparty na odkryciu, ze komórki SF21 zakażone rekombinacyjnym bakulowirusem dającym ekspresję E1-TMR, wydajnie wydzielają dimeryzowany E1 do środowiska. Taki dimeryzowany wydzielany E1 wykryto w środowisku komórek zainfekowanych powyzszym bakulowirusem analizowano metodą Western blot po elektroforezie w SDSPAGE w nieredukujących warunkach. Ze specyficznych dla E1 Mab na dimerach E1 są obecne dwie kopie epitopu (jedna na każdym monomerze). Tak więc w połączeniu z dimeryzowanym antygenem konkretny specyficzny dla E1 Mab można użyć jako przeciwciało wychwytujące, powlekające ścianki studzienek płytki do mikromiareczkowania, jak też przeciwciało wykrywające, sprzężone z peroksydazą chrzanu (HRPO).
CTB-DIF okazuje się być przydatna w połączeniu z podjednostkową szczepionką E1, zawierającą delecję w domenie A (patrz konstrukt z fig. 5) i okazuje się rozróżniać pomiędzy przeciwciałami specyficznymi dla CSFV indukowanymi u świń szczepionych E1 z delecją domeny A i przeciwciałami specyficznymi dla CSFV indukowanymi u świń zainfekowanych niskowirulentnymi szczepami CSFV Henken, Zoelen, Bergen, 331 i Cedipest (EP-A-351901).
Cztery świnie SPF, numerowane 766, 786, 789 i 770, zaszczepiono mutantem E1 zawierającym delecję w domenie A, jak opisano w przykładzie 3 (patrz także tabela 2) i prowokowano wirulentnym szczepem CSFV Brescia w dniu 44 po szczepieniu. Surowice pobierane w dniach 28, 42 i 56 po szczepieniu badano.
Surowice wobec niskowirulentnych szczepów CSFV wytworzono także w grupie czterech świń SPF. Surowice świń zainfekowanych szczepami Henken, Zoelen, Bergen i 331 badano w dniach 0, 21, 28 i 42 po infekcji. Surowice świń szczepionych szczepionką Cedipest badano w dniach 0, 44, 72 i 170 po szczepieniu.
Trzy różne serologiczne testy przeprowadzono z powyzsz.ymi surowicami. Test 1 jest próbą zobojętniania związanej peroksydazy (NPLA) opisaną przez Terpstrę i in. 1984. (Vet. Microbiol. 9: 113-120), do wykrywania neutralizujących przeciwciał wobec CSFV. Test 2 jest testem CTB-ELISA (Wensvoort i in., 1988. Vet. Microbiol. 17: 129-140) do rutynowego wykrywania przeciwciał wobec CSFV.
CTB-DIF wykorzystuje Mab b3 (także znane jako CVI-HCV-39.5) (Wensvoort, 1989. J. Gen. Virol. 70:2865-2876), rozpoznające epitop umiejscowiony w domenie Al E wCSFV. Studzienki płytki ELISA powleka się Mab b3 (rozcieńczenie 1:2000) (przeciwciało przechwytujące). Po przemyciu studzienek dodaje się do studzienek Mab b3 sprzężone z (HRPO), (rozcieńczenie 1:4000) (przeciwciało wykrywające). Pożywkę komórek Sf21 zainfekowanych bakulowirusem wytwarzającym E1-TMR i zawierającym dimeryzowane E1 do stężenia 20 pg/ml rozcieńcza się 1:500 i preinkubuje z testową surowicą (rozcieńczoną 1:2,5). Mieszaninę surowica/antygen dodaje się następnie do koniugatu w studzienkach powlekanych płytek ELISA. Po inkubacji studzienki przemywa się ponownie i dodaje roztwór chromogenu. Jeśli przechwytujące i sprzęzone Mab związało się z antygenem, HRPO indukuje reakcję chromogenną, wskazując, ze test surowicy na przeciwciała CSFV jest negatywny. Jeśli epitop na antygenie jest zablokowany przez przeciwciała z testowej surowicy, koniugat HRPO będzie wymyty i studzienki pozostaną czyste, wskazując, ze testowa surowica zawiera przeciw184 836 ciała wobec CSFV, domeną A1. Wyniki trzech różnych serologicznych testów wskazuje tabela 3.
Surowice świń szczepionych E1 z delecją w domenie A reagują w testach NPLA i CTBELISA, a nie w CTB-DIF, w dniu 42 po szczepieniu. Po prowokacji wirulentnym szczepem CSFV Brescia surowice tych samych świnie reagują pozytywnie we wszystkich 3 testach w dniu 56 po szczepieniu (dzień 12 po prowokacji), wskazując, że zaszła odpowiedź przypominająca po prowokacji. Od dnia 21 po infekcji surowice świń szczepionych szczepami Henken, Zoelen, Bergen i 331 reagują pozytywnie w teście NPLA, CTB-ELISA, i CTB-DIF. Od dnia 44 po szczepieniu, tak samo jest dla świń szczepionych szczepem szczepionkowym Cedipest. Tak więc CTB-DIF zachowuje się dokładnie zgodnie z oczekiwaniem i nadaje się do tego, aby towarzyszyć markerowej szczepionce CSFV o zmutowanej domenie A E1, takiej, że przeciwciała skierowanymi wobec tej zmutowanej domeny A nie współzawodniczą z Mab b3 o epitop Mab b3.
Antygen użyty w CTB-DIF jest dimeryzowanym E1 pozbawionym TMR dzikiego typu Brescia przedstawionym na fig. 5. Jednakże dimeryzowane E1 syntetyzowane przez konstrukt z „delecyjną domeną B+C z fig. 5 jest także dogodne jako antygen w teście.
Przykład 5
Porównanie CTB-ELISA dla CSFV opartego na E1 i E2.
Opis testów diagnostycznych
Przykład opisuje modyfikację testu CTB-DIF z przykładu 4 i CTB-ELISA opartego na E2 CSFV i porównuje wrażliwość tych testów ELISA z 3 innymi testami CTB-ELISA wykrywającymi przeciwciała skierowane wobec E1 i NPLA (Terpstra i in. 1984. Vet. Microbiol. 9: 113-120).
CTB-DIF z przykładu 4, nazywany E1-Bac-DIF w tabelach 4 do 8, stosuje nietknięty pozbawiony TMR E1 zsyntetyzowany w komórkach owada (komórki SF21) jako antygen. Modyfikacja E1-Bac-DIF, nazywana E1-Bac-dBC-DIF, stosuje pozbawiony TMr E1 zsyntetyzowany w komórkach owada (SF21 komórki) z delecją domen B+C (porównaj fig. 5) jako antygen. Jak wykazała próba Western biot, pozbawiony TMR E1 z delecją domen B + C jest wydzielany z komórek jako dimer (wyników nie pokazano). Test E1-bac-dBC-DIF wykonuje się jak następuje. Studzienki płytki ELISA powleka się Mab b3 (rozcieńczenie 1:-4000) (przeciwciało przechwytujące), 16 godzin w temperaturze 37°C i przemywa. Medium zawierające dimeryzowany antygen E1-dBC do stężenia 20 pg/ml rozcieńcza się 1:50 i preinkubuje z testową surowicą (rozcieńczenie 1:2,5) (0,5 godziny w temperaturze 37°C). Mieszaninę surowica-antygen dodaje się następnie do powlekanych płytek ELISA. Po inkubacji 1 godzinę w temperaturze 37°C, studzienki przemywa się i dodaje Mab b3 sprzężony z HAPO (rozcieńczenie 1:1000) (przeciwciało wykrywające). Po inkubacji 1 godzinę w temperaturze 37°C, studzienki przemywa się ponownie i dodaje się roztwór chromogenu. Chromogenną reakcję prowadzi się przez 10 minut w temperaturze pokojowej. Interpretacja chromogennej reakcji jest taka sama, jak wyjaśniona w przykładzie 4.
Inne testy CTB-ELISA wykrywające przeciwciała skierowane wobec E1 CSFV opisane w tabelach 4 do 8 to test E1-CSFV ELISA, stosujący rodzime E1 z CSFV zainfekowanych komórek jako antygen (Wensvoort i in., 1988. Vet. Microbiol. 17: 129-140); test E1-Bac i E1BacDIF ELISA, stosujący pozbawiony TMR E1 zsyntetyzowany w komórkach owada jako antygen. Testy E1-CSFV i E1-Bac ELISA stosują odpowiednio Mab b3 i b8 CSFV (Wensvoort 1989. J. Gen. Virol. 70: 2865-2876) jako przeciwciało przechwytujące i wykrywające, podczas gdy E1-Bac-DIF ELISA stosuje tylko Mab b3 jako przeciwciało przechwytujące iwykrywające. E1-CSFV ELISA wykonuje się dokładnie w sposób opisany przez Wensvoorta i in.,1988. (Vet. Microbiol. 17: 129-140). E1-Bac i E1-Bac-DIF ELISA wykonuje się w sposób opisany powyżej dla E1-Bac-dBC-DIF z następującymi modyfikacjami. W E1-Bac ELISA stosowanym antygenem jest rozcieńczenie 1:-400 dimeryzowanego E1 z pożywki komórek SF21, zainfekowanych odpowiednim konstruktem E1 bakulowirusa (porównaj fig. 5), w stężeniu 20 pg/ml. Mab b8 sprzężony z HRPO jest w tym teście ELISA przeciwciałem wykrywającym i stosuje się go w rozcieńczeniu 1 1000 E1-Bac-DIF ELISA stosuje się ten sam
184 836 antygen jak w E1-Bac ELISA, lecz w rozcieńczeniu 1:200. Mab b3 sprzężony z HRPO stosuje się jako przeciwciało wykrywające w tym teście ELISA w rozcieńczeniu 1:1000.
Test E2-Bac ELISA stosuje antygen CSFV E2 zsyntetyzowany w komórkach SF21 zainfekowanych konstruktem Bac CE2 (Hulst i in., 1994. Virology 200: 558-565). Ponieważ E2 nie jest wydzielany z zarażonych komórek owada, stosuje się lizat tych komórek. Jak E1, większość E2 znajduje się jako dimeryzowane cząsteczki, gdy lizaty zainfekowanych komórek analizuje się w warunkach niedenaturujących na żelach SDS-PAGE (wyników nie pokazano). CTB-ELISA opracowany na podstawie tego antygenu E2 działa optymalnie w połączeniu z Mab C5 i C12 (Wensvoort, G., 1989. W Thesis, str. 99-113, Utrecht). Jednakże można stosować także E2 w połączeniu tylko z Mab C5 lub Mab C12. W próbie współzawodnictwa Mabs C5 i C12 inhibitują się nawzajem w wiązania z E2. Wskazuje to, ze te Mab rozpoznają te same lub nakładające się epitopy na E2 (wyników nie pokazano). Test E2-Bac ELISA prowadzi się jak następuje. Mab C12 rozcieńcza się 1:1000 i powleka nim studzienki płytki ELISA (16 godzin w temperaturze 37°C). Następnie studzienki przemywa się. Lizaty komórek SF21 zainfekowanych Bac CE2, rozcieńczone 1:1250, preinkubuje się z testową surowicą (1:1) przez 0,5 godziny w temperaturze 37°C. Mieszaninę surowica-antygen dodaje się następnie do studzienek powlekanych płytek i inkubuje przez 1 godzinę w temperaturze 37°C. Następnie płytki przemywa się i inkubuje z Mab C5 sprzęzonym z HRPO (rozcieńczenia 1:2,000). Po 1 godzinie w temperaturze 37°C płytki przemywa się ponownie i dodaje się roztwór chromogenu. Chromogenną reakcję prowadzi się przez 10 minut w temperaturze pokojowej. Interpretacja chromogennej reakcji jest taka sama, jak wyjaśniona w przykładzie 4. Wszystkie powyżej opisane rozcieńczenia prowadzi się w buforze NPLA + 4% PS (Terpstra i in., Vet. Microbiol. 9: 113-120).
Tabela 4 pokazuje wyniki analizy surowic 3 świń SPF szczepionych szczepionką Cedipest przy pomocy powyżej opisanych testów CTB-ELISA i NPLA. Surowice analizowano w dniach 0, 16, 23, 30, 37, 44, 50, 72, 113, 141 i 170 po szczepieniu. Tabele 5 do 8 pokazują wyniki analizy w testach powyżej opisanych CTB-ELISA i NPLA surowic grupy świń SPF zainfekowanych niskowirulentnymi szczepami CSFV, odpowiednio 331, Bergen, Henken i Zoelen. Surowice analizowano w dniach 0, 10, 14, 17, 24, 28, 35 i 42 po infekcji. Od dnia 16 po szczepieniu, surowice od świń szczepionych szczepem Cedipest reagują w każdym z 5 testów CTB-ELISA, jak tez w NPLA. W tym czasie wrażliwość E2-Bac ELISA iE1-BacdBC-DIF jest równie dobra, jeśli nie lepsza, niż innych 3 testów CTB-ELISA. Od dnia 37 po szczepieniu do dnia 170, wszystkie surowice reagują spójnie (pozytywnie) w 5 testach CTBELISA i w NPLA. Surowice świń zainfekowanych niskowirulentnymi szczepami CSFV także reagują we wszystkich 5 testach CTB-ELISA i w NPLA. Poza nielicznymi wyjątkami obserwuje się spójność w reakcji surowic w 5 testach CTB-ELISA i NPLA od dnia 21 po infekcji do dnia 42. Należy zanalizować więcej surowic zwierząt zainfekowanych niskowirulentnymi szczepami, aby wnioskować, czy istnieją znaczące różnice pomiędzy wrażliwością 5 testów CTB-ELISA zaraz po infekcji (do dnia 17).
Można wnioskować, ze testy E2-Bac ELISA i E1-Bac-CTB-DIF ELISA zachowują się w oczekiwany sposób Tak więc E2-Bac ELISA może korzystnie towarzyszyć markerowej szczepionce CSFV (np. podjednostkowej E1, zmutowanej lub nie, markerowej szczepionce szczepu C zmodyfikowanego regionie E2) nie indukującej przeciwciał współzawodniczących z Mab w tym teście ELISA. Test E1-Bac-dBC-DIF ELISA jest tak przydatny, jak test E1-BacDIF ELISA (CTB-DIF ELISA z przykładu 4) jako uzupełnienie markerowej szczepionki CSFV o zmutowanej domenie A E1, tak, ze przeciwciała skierowane wobec zmutowanej domeny A nie współzawodniczą z Mab b3 o epitop Mab b3.
Figura 1
Schematyczne przedstawienie klonów cDNA użytych do określenie nukleotydowej sekwencji szczepu C. Figura 1A wskazuje klony cDNA z pierwszej rundy (patrz tekst). Klonów cDNA z numerami 32, 90 i 96 użyto do zmiany pPRKflc-113 wpPRKflc-133 (patrz przykład 2). Klon 14 był jednym z pierwszej rundy klonem cDNA użytym do konstrukcji pPRKflc-113 (patrz fig. 3). Figura 1B wskazuje klony cDNA z drugiej rundy (patrz tekst). Numerowane klony cDNA z drugiej rundy użyto do konstrukcji pPRKflc-113 (patrz SEKW.
184 836
NR ID. 1). Pozycje cDNA względem sekwencji nukleotydowej genomu szczepu C są wskazywane na podziałce (w tysiącach par zasad) na dole figury. Schematyczne przedstawienie obecnie zidentyfikowanych genów CSFV i ich organizację w genomie CSFV wskazano w górnej części figury.
Nie ma dotychczas zgodności pomiędzy badaczami na nomenklaturę białek pestiwirusów. Białko E2 opisane tutaj jest także nazywane gp 42 (Tamura i in. 1993. Virology 193: 1-10), gp44/48 (Thiel i in. 1991. J. Virol. 65: 4705-4712) lub E0 (Rumenapf i in. 1993. J. Virol. 67: 3288-3294). Białko E3 jest także nazywane gp25 (Tamura i in. 1993. Virology 193:110), gp33 (Thiel i in. 1991. J. Virol. 65: 4705- 4712) lub E1 (Rumenapf i in. 1993. J. Virol. 67: 3288-3294). Białko E1 według wynalazku jest także nazywane gp53 (Tamura i in. 1993. Virology 193:1-10), gp55 [Thiel i in. 1991. J. Virol. 65: 4705-4712), gp51-54 (Moormann i in. 1990. Virology 177:184-198) i E2 (Rumenapf i in. 1993. J. Virol. 67: 3288-3294). Nterminalną autoproteazę Npro CSFV (p20 BVDV, Wiskerchen i in. 1991. J. Virol. 64: 45084514), także nazywaną p23, zidentyfikował Thiel i in. 1531. (J. Virol. 65: 4705-4712). Rozcięcie sekwencji rozpoznającej, konserwatywnej pośród pestiwirusów, tąproteazą daje koniec N C (Stark i in. 1993. J. Virol. 67: 7088-7095).
Figura 2.
Dopasowanie sekwencji nukleotydowych niekodujących regionów 5' (A) i 3' (B) szczepów CSFV Brescia, Alfort i C. Poza pierwszymi 12 nukleotydami niekodującą sekwencję 5' szczepu Brescia opisał Moormann i in., 1990. Virology 177:184-198. Pierwszych 12 nukleotydów niekodującego regionu 5' szczepu Brescia nie publikowano dotychczas. Jak ostateczne sekwencje 5' i 3' genomu szczepu C, określono je metodą ligacji 3'-5' RNA opisaną w przykładzie 1 tego zgłoszenia patentowego. Poza pierwszymi 9 nukleotydami, niekodującą sekwencję 5' szczepu Alfort opisał Meyers i in., 1989. Virology 171: 555-567. Pierwsze 9 nukleotydów genomu szczepu Alfort opublikował Meyers w pracy zatytułowanej: „Virus der Klassischen Schweinepest: Genomanalyse und Vergleich mit dem Virusa der Bovinen Viralen Diarrhóe”. 1990 Tubingen, Niemcy. Sekwencje regionów niekodujących 3' szczepów Brescia i Alfort opisali odpowiednio Moormann i in., 1990. Virology 177: 184-198 i Meyers i in., 1989. Virology 171: 555-567. Kodon startu ATG i stopu TGA dużej ORF (por. SEKW. NR ID. 1) są podkreślone.
Figura 3.
Schemat konstrukcji pełnej długości cDNA klonu pPRKflc-113. Numery klonów wyjaśniono w legendzie fig. 1. Miejsca fuzji insertów klonów wskazują pionowe linie. Miejsca odpowiadające tym liniom są wskazane na dole figury. Podkreślone numery klonów wskazują na klony cDNA mające pochodzące zpOK12 (Vieira i Messing, 1991. Gene 100:189-194) sekwencje wektora (patrz fig. 4). Końce 5' i 3' pPRKflc-113 zostały dopasowane przez wzmocnienie PCR fragmentów cDNA (patrz tekst przykładu 2). Wzmocnione fragmenty oznaczono PCR. Skala na dole figury i schematyczne przedstawienie organizacji genomu CSFV opisano w legendzie fig. 1.
Figura 4.
Schematyczne przedstawienie sekwencji wektora i pełnej długości insertów cDNA w klonach pPRKflc-113, pPRKflc-133 i pPRKflc-h6. Konstrukcję wektora pPRK, pochodnej pOK12 (Vieira i Messing. 1991. Gene 100: 189-194), opisano w przykładzie 2. KanR, gen oporności na kanamycynę; ORI, początek replikacji; i, gen kodujący represor genu β-galaktozydazy; PO, region promotora/operatora genu β-galaktozydazy; lacZ, część genu β-galaktozydazy kodująca podjednostkę a β-galaktozydazy. Wskazano kilka miejsc restrykcji wektora i sekwencje bezpośrednio flankujące pełnej długości inserty w wektorze. Odpowiednie miejsca opisano w tekście przykładu 2. Lizaki i numery wpPRKfic-11.3 odpowiadają nukleotydom pięciu kodonów zmienionych w tym konstrukcie, dając pPRKflc-133. Ten ostatni konstrukt ma sekwencję wskazaną w SEKW. NR ID. 1.
Czarny prostokąt wpPRKflc-h6 wskazuje region E1 pPRKflc-133, który wymieniono na odpowiedni region szczepu Brescia. Czy transkrypty otrzymane z danego pełnej długości konstruktu są infekcyjne (+) czy nie (-) wskazano z prawej strony konstruktu. T7, sekwencja
184 836 promotora T7. Inserty pełnej długości konstruktów są wskazane względem skali (w tysiącach par zasad) reprezentującej sekwencję nukleotydową szczepu C według SEKW. NR ID. 1.
Figura 5.
Schematyczne przedstawienie mutantowych białek E1 poddane ekspresji w komórkach owada z wektorem bakulowirusowym. Wszystkie białka E1 są kodowane przez sekwencję nukleotydową szczepu Brescia (Moormann i in., 1990. Virology 177:184-198) i zaczynają się na końcu N Lys w pozycji kodonu 668 w dużej ORF tej sekwencji. Koniec C rodzimego E1 to Leu w pozycji kodonu 1063 w dużej ORF, podczas gdy końce C trzech innych białek E1 umiejscowione są na pozycji aminokwasowej 1031. Kropkowane prostokąty w słupkach reprezentują N-terminalną sekwencję sygnałową, od reszty aminokwasowej 668 do 689, wewnętrzną sekwencję hydrofobową, od reszty aminokwasowej 806 do 826 i C-terminalny region transmembranowy (TMR), umiejscowiony w regionie od reszty aminokwasowej 1032 do 1063 E1. Wycięte sekwencje aminokwasowe w mutantowych E1 z delecją domeny B+C lub A wskazano przerwami w słupkach reprezentujących te białka. Umiejscowienie tych delecji względem sekwencji aminokwasowej E1 można określić ze skali na dole figury. Skala wskazuje umiejscowienie E1 w sekwencji aminokwasowej kodowanej przez dużą ORF szczepem Brescia.
Tabela 1
Właściwości rekombinacyjnych wirusów C
Mab specyficzne wobec CSFV | ||||
skierowane przeciwko E1 | skierowane przeciwko E2 | |||
wirus | konserwatywne epitopy | epitopy specyficzne dla Brescia | epitopy specyficzne dla , „C” | epitopy specyficzne dla , ,C” |
C” | + | - | + | + |
Brescia | + | + | - | - |
FLc-133 | + | - | + | + |
FLc-h6 | + | + | - | + |
184 836 cn
U ο
F| <υ •Η ε
υ σι o
O
Fi
O* <υ σ
Μ Η I I I Ή £
I I I I I I 4- + <ΰ ο
Μ ο
X υ
4- 44- 4+ 44- + 4- 405 •Η u
φ
Φ σ> μ 3. (Ο
Lf) Εχι t-ι co u ··
X >1 Ο Φ X C Η ζΊ φ υ χ ο 2 Φ Η >ι υ χ οι 3 d
Φ -Η Ν ω
-r-ł g
(O
X c
φ
X g
flj r*4 (0
Ή υ
-Η υ
<υ
Ν
Μ α
ο σ> 0) υ στ •η (0 , Ή C 4J α>
-Γ“\
Ο
Λ
Ο
Ν
Ο
C flj ιπ
-Η οο C ej Ό σ ο ο ο ο ο ο ο ο σοοοοοοοοο CM<NC4CMC4C4iDCMC4C4 cofOfnforocor-łmtOco Λ Α Λ Λ Λ Λ Λ Λ Λ σ ο ο °55θΟ^θ°,Χ4 ν ν
ΟΟ“ΟΟΟ“ιΠυΐ • ~ (\ι h; c\j cn ΐΠίΠίΠιΠιΠιΠιΛιΌ^ιΠιΠιΓ) OJ CM OJ OJ OJ CJ OJ OJ Γ, OJ OJ CJ ννννννννϊίννν ο
χ χ Ω θ' Ω
3.
ο =r ο c
•m
U Φ r—I
Φ
Ό
Ή β
Ό
-m β
Φ
Ή
O.
Φ
N υ
N ω
ιΠνΠιΠιΠιΠιΌιΑιΑ νννννννν ιηιΠιΓϊιΌιΠιΠιΡιΌιΠιΠιΠίΠ
NNCMNNNNNNNCNN Η «-I Η M r~l Η Η r-I Η Η Η r-1 νννννννννννν cnd<n<ncnchcrt<T)
ΟΊΦΟΊΦΟΊΟΊΑΟΊ
Ο
Ο
Η β
οι
Φ υ
r-J f—I
XI
E-* <
CO
Μ ι-Ί ω
ι
CQ
Ε-*
U οο ’Τ' σι m r— γ- σ> οο
0000^^0^^° υ
Η
Λ
Η χ:
c
Η <Ο «Γ LD ιΓ) οοοοοοοοοοοο
Λί >. rn Μ 43 U Ε 4J > <U e ω -ν Η 5 c 3 α> -2
11J <0 >ι ω 4J (0 c Ή φ •Η U Ό <fl <0 Φ Ν Μ
Η
Ν *ϋ £0
HJ «Η
C
Η χη .^coaiOHCjtOTrjrrinu'] ^r-r^r^r-o-o-r-r-r-r-r-rο ο ο ο,χ: η υ 2 Φ Ο X Η β g
Φ Φ χ 2 χ λ; > φ χι ο β χ χ ν ο > ο (X 2
Ο Ν Ot ο • φ >1 β X
X
Φ β
Ν
Ο
X
U >
X
Ο
4Ό
Ο β
U
Φ
X
Ο φ
Η β
X
Ο
Ο ο
X υ
X φ
β
Ν
Ο β -Η Φ β Η Η β '—I X α>
ΓΊ · Ο — υ ν Φ· •η ε φ φ X X 3 Φ Ν φ Φ X σι 'U 'Φ
Ο β
υ φ
χ ο · > Η X
Ο - ο •Ν ο Η X χ υ φ
ο g φ φ
Otφ· X Ο g
Ο
τ) φ
•Η β
ο β ο •Η Ot (U 2 ν -φ u
Ν ΟΙ φ
Ω 3 Cit X co β
Ό β
Η s 2 'Φ · t—I — ω 3
Φ Ό χ
X Λ Φ
Η X Λ
Ο
JZ θ' υ φ
Φ Η . Φ ι—I
Ν < Ο U CO Η
X X >ιβ Ο μ ω ο φ ι υ υ m χ η s υ
Ο X β φ φ > 2
Ο · χ «γ
Φ co Φ Ω -Μ Ή
Π5 Η -U φ- <Ο Ν LO Μ
0) Η •I—}
Ξ Ν θ’ φ
β β ο Φ Φ 2 4-1 Ο ν χ ο -Η <44 >. > Ο.Τ3
Ο Ο g U Ν ω •Η C0 Λί CJ -U
W * c—I
N CJ (0 •H c ω £λ
O Ό -U o >1 a υ
O >1
O X o X X Φ
X
Φ 2 i-ł β I Φ
Ο.Χ
O 3 X x 3
Φ + r-4
N - φ (U N Ό M W a Φ 05 co u
u
Φ
X o
β Φ 2 >, N Φ
Φ X X Φ N 2 U φ· X O Φ O Φ θ' 1—1
184 836
Tabela 3.
Różnicujący diagnostyczny test ELISA dla CSFV
Surowica | DPV lub DPI3 | NPLAb | CTB-ELISAC | ctb-elisac |
766 | 28 | <25 | 9 | 27 |
768 | 28 | <25 | 0 | 27 |
769 | 28 | <25 | 17 | 0 |
770 | 28 | <25 | 11 | 0 |
766 | 42 | 3200 | 61 | 0 |
768 | 42 | 2400 | 52 | 0 |
769 | 42 | 2400 | 99 | 26 |
770 | 42 | 400 | 65 | 0 |
766 | 56 | >3200 | 99 | 65 |
768 | 56 | >3200 | 100 | 104 |
769 | 56 | >3200 | 101 | 105 |
770 | 56 | >3200 | 101 | 104 |
Henken | 0 | <12,5 | 5 | 18 |
Henken | 21 | 50 | 76 | 47 |
Henken | 28 | 75 | 92 | 88 |
Henken | 42 | 300 | 100 | 102 |
Zoelen | 0 | <12,5 | 0 | 0 |
Zoelen | 17 | 37,5 | 85 | 71 |
Zoelen | 21 | 150 | 90 | 80 |
Zoelen | 42 | 400 | 100 | 108 |
Bergen | 0 | <12,5 | 1 | 49 |
Bergen | 21 | 25 | 96 | 100 |
Bergen | 28 | 100 | 99 | 95 |
Bergen | 300 | 100 | 103 | |
331 | 0 | 18,75 | 4 | 15 |
331 | 21 | 100 | 92 | 90 |
331 | 28 | 300 | 99 | 99 |
331 | 42 | 300 | 100 | 105 |
Cedipest | 0 | <12,5 | 0 | 19 |
Cedipest | 44 | 75 | 85 | 93 |
Cedipest | • 72 | 50 | 89 | 102 |
Cedipest | 170 | 150 | 98 | 100 |
DPV dni po szczepieniu. DPI dni po infekcji
184 836 b Miana NPLA wyrażono jako odwrt^t^nt^i^Ł^i rozcieńczenia surowicy neutralizujące 100 TCID50 szczepu HCV Brescia w, 50% replikatów kultur (Terpstra 1 in. 1984 Vet Microbiol 9’ 113-120).
c Kompleksowy pułapkowy blokujący ELISA, CTB-ELISA, iub różnicujący CTB-ELISA, CTB-DIF. Vyyikd testu wyrażono jako procent inhibicji stóadardowego sygnału; <30% inhibicji jest negatywne, 30-500% inhibicji jest wątpliwe, >50% inhibicji jest pozytywne
Tabela 4
Porównanie testów CTB-ELISA z surowicami szczepu CSFV Cedipest
szczep | świń | DPVa lub dpi | NPLAb | CTB-ELISA | ||||
E1 CSFV | E1-Bac | E1-Bac DIF | E1-Bac dBC-DIF | E2-Bac | ||||
Cedipest | 1 | 0 | <12,5 | 21 | ND | ND | ND | 0 |
2 | 0 | <12,5 | 28 | 8 | 0 | 0 | 0 | |
3 | 0 | <12,5 | 25 | 0 | 0 | 0 | 0 | |
1 | 16 | 25 | 60 | 0 | 56 | 62 | 79 | |
2 | 16 | 25 | 66 | 51 | 26 | 76 | 79 | |
7 | 16 | 19 | 11 | 15 | 0 | 11 | 62 | |
1 | 23 | 25 | 54 | 66 | 60 | 68 | 79 | |
2 | 23 | 50 | 81 | 57 | 54 | 75 | 74 | |
3 | 23 | 25 | 25 | 37 | 32 | 54 | 74 | |
1 | 30 | 50 | 76 | 87 | 80 | 81 | 75 | |
2 | 30 | 75 | 87 | ND | ND | ND | ND | |
3 | 30 | 19 | 60 | 40 | 28 | 57 | 82 | |
1 | 37 | 50 | 82 | 90 | 80 | 87 | 85 | |
2 | 37 | 50 | 87 | 84 | 61 | 85 | 85 | |
3 | 37 | 19 | 19 | 62 | 63 | 79 | 77 | |
1 | 44 | 75 | 84 | 54 | 99 | 92 | 88 | |
2 | 44 | 75 | 90 | 89 | 74 | 93 | 92 | |
3 | 44 | 25 | 66 | 68 | 79 | 93 | 90 | |
1 | 50 | 75 | 86 | 93 | 92 | 98 | 89 | |
2 | 50 | 150 | 91 | 95 | 96 | 97 | 91 | |
3 | 50 | 19 | 74 | 67 | 58 | 95 | 88 | |
1 | 72 | 50 | 86 | 92 | 94 | 99 | 81 | |
2 | 72 | 200 | 94 | 96 | 93 | 100 | 89 | |
3 | 72 | 25 | 53 | 76 | 66 | 99 | 73 | |
1 | 113 | 75 | 94 | 99 | 100 | 100 | 92 | |
2 | 113 | 200 | 94 | 98 | 100 | 99 | 89 | |
3 | 113 | 75 | 83 | 99 | 100 | 96 | 84 | |
1 | 141 | 75 | 91 | 100 | 91 | 100 | 89 | |
2 | 141 | 150 | 76 | 100 | 95 | 100 | 85 | |
3 | 141 | 50 | 87 | 94 | 95 | 100 | 85 | |
1 | 190 | 150 | 92 | 97 | 100 | 100 | 94 | |
2 | 170 | 150 | 85 | 97 | 100 | 100 | 86 | |
3 | 170 | 150 | 74 | 88 | 84 | 98 | 88 |
b Wyjaśnienie patrz jabela 3 odrębnie dla odnośników a i b
184 836 c CTB-ELISA El CSFV, El-Bac, Et-Bac-DIF, El-Bac-dBC-DlF i E2-Bac wyjaśniono w przykładzie 5. Wyniki testu wyrażono jako procent inhibicji standardowego sygnału; <30% inhibicji jest negatywne, 30-50% inhibicji jest wątpliwe, >50% inhibicji jest pozytywne
Tabela 5.
Porównanie testów CTB-ELISA z surowicami szczepu CSFV 331
szczep | świń | DPV“ lub DPI | NPLAb | CTB-ELISA | ||||
El CSFV | El-Bac | El-Bac D1F | El-Bac dBC-DIF | E2-Bac | ||||
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
331 | 1 | 0 | <12,5 | 0 | 0 | 0 | 8 | 0 |
2 | 0 | <12,5 | 4 | 5 | 0 | 0 | 0 | |
3 | 0 | <19 | 4 | 13 | 0 | 0 | 0 | |
4 | 0 | <12,5 | 0 | 14 | 0 | 0 | 0 | |
5 | 0 | <12,5 | 5 | 11 | 11 | 0 | 0 | |
1 | 10 | <12,5 | 0 | 13 | 0 | 14 | 13 | |
2 | 10 | <12,5 | 0 | 11 | 0 | 0 | 13 | |
3 | 10 | <12,5 | 0 | 20 | 16 | 24 | 31 | |
4 | 10 | <12,5 | 0 | 29 | 0 | 9 | 26 | |
5 | 10 | <12,5 | 0 | 24 | 7 | 38 | 18 | |
1 | 14 | <12,5 | 0 | 34 | 9 | 34 | 8 | |
2 | 14 | <12,5 | 2 | 18 | 0 | 0 | 36 | |
3 | 14 | 19 | 28 | 67 | 22 | 60 | 60 | |
4 | 14 | 19 | 35 | 77 | 37 | 60 | 10 | |
5 | 14 | 25 | 32 | 99 | 74 | 90 | 23 | |
1 | 17 | 19 | 7 | 84 | 53 | 69 | 0 | |
2 | 17 | <12,5 | 23 | 0 | 0 | 0 | 4 | |
3 | 17 | 25 | 63 | 93 | 62 | 87 | 54 | |
4 | 17 | 37 | 55 | 82 | 36 | 80 | 0 | |
5 | 17 | 37 | 69 | 100 | 84 | 94 | 3 | |
1 | 21 | 37 | 57 | 84 | 100 | 50 | 39 | |
2 | 21 | 37 | 29 | 52 | 0 | 26 | 3 | |
3 | 21 | 100 | 76 | 93 | 100 | 96 | 96 | |
4 | 21 | 50 | 76 | 90 | 100 | 91 | 63 | |
5 | 21 | 75 | 65 | ND | ND | ND | 72 | |
1 | 28 | 75 | 73 | 95 | 100 | 96 | 96 | |
2 | 28 | 25 | 59 | 89 | 100 | 79 | 58 | |
3 | 28 | 300 | 78 | 100 | 100 | 100 | 100 | |
4 | 28 | 150 | 74 | 93 | 100 | 80 | 82 | |
5 | 28 | 100 | 72 | 98 | 100 | 100 | 91 | |
1 | 35 | 75 | 83 | 95 | 100 | 97 | 98 | |
2 | 35 | 150 | 80 | 98 | 100 | 100 | 96 | |
3 | 35 | 300 | 80 | 99 | 100 | 100 | 100 | |
4 | 35 | 200 | 81 | ND | ND | ND | ND | |
5 | 35 | 150 | 82 | 98 | 100 | 100 | 90 |
184 836 cd tabeli 5
1 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
1 | 42 | 150 | 81 | 98 | 100 | 96 | 99 |
2 | 42 | 200 | 80 | 100 | 94 | 100 | 98 |
3 | 42 | 300 | 79 | 94 | 100 | 100 | 100 |
4 | 42 | 200 | 79 | 97 | 100 | 99 | 100 |
5 | 42 | 150 | 80 | 99 | 100 | 1)0 | 90 |
a b c Patrz odnośniki tabela 4
Tabela 6
Porównanie testów CTB-ELISA z surowicami szczepu CSFV Bergen
CTB-ELISA
szczep | świń | DPVa lub DII | NPLAb | E1 CSFV | E1-Bac | E1-Bac DIF | E1-Bac dBC-DIF | E2-Bac |
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
Bergen | 1 | 0 | <12,5 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
2 | 0 | <12,5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | |
3 | 0 | <12,5 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | |
4 | 0 | <12,5 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | |
5 | 0 | <12,5 | 0 | 4 | 0 | 2 | 0 | |
1 | 10 | <12,5 | 0 | 0 | 6 | 0 | 27 | |
2 | 10 | <12,5 | 0 | 5 | 0 | 0 | 4 | |
3 | 10 | 12,5 | 0 | 25 | 0 | 27 | 21 | |
4 | 10 | <12,5 | 0 | 15 | 0 | 13 | 29 | |
5 | 10 | 12,5 | 0 | 14 | 0 | 6 | 21 | |
1 | 14 | <12,5 | 0 | 51 | 32 | 10 | 12 | |
2 | 14 | <12,5 | 8 | 12 | 9 | 10 | 4 | |
3 | 14 | 37 | 20 | 76 | 53 | 72 | 11 | |
4 | 14 | 12,5 | 0 | 55 | 8 | 77 | 18 | |
5 | 14 | <12,5 | 0 | 17 | 9 | 10 | 0 | |
1 | 17 | 25 | 57 | 93 | 84 | 73 | 3 | |
2 | 17 | <12,5 | 28 | 45 | 0 | 51 | 29 | |
3 | 17 | 75 | 75 | 100 | 78 | 90 | 0 | |
4 | 17 | 37 | 47 | 88 | 57 | 85 | 16 | |
5 | 17 | 12,5 | 23 | 54 | 11 | 55 | 0 | |
1 | 21 | 25 | 76 | 96 | 100 | 100 | 96 | |
2 | 21 | 19 | 62 | 78 | 54 | 72 | 67 | |
3 J | 21 | 50 | 77 | ND | ND | ND | 63 | |
4 | 21 | 50 | 72 | 95 | 100 | 93 | 96 | |
5 | 21 | 50 | 51 | 80 | 97 | 88 | 0 | |
1 | 28 | 100 | 81 | 100 | 100 | 100 | 96 | |
2 | 28 | 37 | 80 | 97 | 100 | 100 | 81 | |
3 J | 28 | 100 | 80 | 96 | 100 | 100 | 72 | |
4 | 28 | 50 | 81 | 100 | 100 | 100 | 100 | |
5 | 28 | 150 | 79 | 98 | 100 | 99 | 3 J |
184 836 cd tabeli 6
1 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
1 | 35 | 150 | 84 | 98 | 100 | 100 | 100 |
2 | 35 | 50 | 82 | 95 | 100 | 100 | 49 |
3 | 35 | 100 | 79 | 100 | 100 | 100 | 66 |
4 | 35 | 200 | 79 | 100 | 100 | 100 | 82 |
5 | 35 | 200 | 79 | 98 | 100 | 100 | 21 |
1 | 42 | 300 | 82 | 100 | 97 | 89 | 74 |
2 | 42 | 300 | 81 | 98 | 100 | 100 | 49 |
3 | 42 | 300 | 82 | 100 | 65 | 100 | 65 |
4 | 42 | 200 | 81 | 98 | 92 | 100 | 74 |
5 | 42 | 600 | 81 | 98 | 100 | 98 | 0 |
b'c Patrz odnośniki tabela 4.
Tabela 7
Porównanie testów CTB-ELISA z surowicami szczepu CSFV Henken
szczep | świń | DPVa lub DPI | NPLAb | CTB-ELISA | ||||
El CSFV | El-Bac | El-Bac DIF | E1 -Bac dBC-DlF | E2-Bac | ||||
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
Henken | 1 | 0 | <12,5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
2 | 0 | <12,5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | |
3 | 0 | <12,5 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | |
4 | 0 | <12,5 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | |
5 | 0 | <12,5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | |
1 | 10 | <12,5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | |
2 | 10 | <12,5 | 3 | 6 | 1 | 1 | 25 | |
3 | 10 | <12,5 | 0 | 5 | 12 | 0 | 52 | |
4 | 10 | <12,5 | 0 | 6 | 0 | 4 | 27 | |
5 | 10 | <12,5 | 0 | 12 | 0 | 0 | 8 | |
1 | 14 | <12,5 | 0 | 0 | 6 | 1 | 0 | |
2 | 14 | <12,5 | 0 | 54 | 22 | 29 | 10 | |
3 | 14 | 50 | 5 | 57 | 67 | 100 | 20 | |
4 | 14 | <12,5 | 0 | 7 | 0 | 34 | 0 | |
5 | 14 | <12,5 | 0 | 12 | 10 | 9 | 0 | |
1 | 17 | <12,5 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | |
2 | 17 | 12,5 | 48 | 73 | 26 | 63 | 53 | |
3 | 17 | 75 | 75 | 100 | 94 | 100 | 35 | |
4 | 17 | 19 | 7 | 56 | 0 | 60 | 23 | |
5 | 17 | 12,5 | 0 | 29 | 0 | 16 | 15 | |
1 | 21 | <12,5 | 29 | 0 | 0 | 0 | 0 | |
2 | 21 | 50 | 75 | ND | ND | ND | ND | |
3 | 21 | 300 | 84 | ND | ND | ND | ND | |
4 | 21 | 19 | 36 | 68 | 76 | 78 | 34 | |
5 | 21 | 50 | 63 | 83 | 61 | 82 | 32 |
184 836 cd tabeli 7
1 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
1 | 28 | <12,5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
2 | 28 | 75 | 80 | 92 | 100 | 100 | 92 |
3 | 28 | 600 | 80 | 99 | 100 | 100 | 82 |
4 | 28 | 50 | 58 | 93 | 100 | 100 | 100 |
5 | 28 | 50 | 79 | 99 | 100 | 100 | 100 |
1 | 35 | <12,5 | 22 | 13 | 13 | 0 | 1 |
2 | 35 | 200 | 78 | 95 | 100 | 100 | 82 |
3 | 35 | 300 | 78 | 100 | 100 | 100 | 75 |
4 | 35 | 75 | 75 | 98 | 100 | 100 | 100 |
5 | 35 | 150 | 80 | 98 | 100 | 100 | 97 |
1 | 42 | <12,5 | 17 | 12 | 9 | 0 | 0 |
2 | 42 | 400 | 79 | ND | ND | ND | ND |
3 | 42 | 400 | 79 | ND | ND | ND | ND |
4 | 42 | 400 | 79 | 98 | 100 | 100 | 100 |
5 | 42 | 300 | 82 | 98 | 100 | 100 | 90 |
b’c Patrz odnośniki tabela 4
Tabela 8.
Porównanie testów CTB-ELISA z surowicami szczepu CSFV Zoelen
szczep | świń | DPVa lub DPI | NPLAb | CTB-ELISA | ||||
El CSFV | El-Bac | El-Bac DIF | El-Bac dBC-DIF | E2-Bac | ||||
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
Zoelen | 1 | 0 | <12,5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
2 | 0 | <12,5 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | |
3 | 0 | <12,5 | 14 | 4 | 0 | 0 | 0 | |
4 | 0 | 19 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | |
5 | 0 | <12,5 | 16 | 35 | 0 | 19 | 0 | |
1 | 10 | <12,5 | 0 | 16 | 8 | 3 | 31 | |
2 | 10 | <12,5 | 0 | 14 | 0 | 0 | 15 | |
3 | 10 | <12,5 | 0 | 10 | 2 | 8 | 24 | |
4 | 10 | 19 | 72 | 8 | 0 | 0 | 22 | |
5 | 10 | <12,5 | 0 | 27 | 27 | 12 | 24 | |
1 | 14 | 19 | 19 | 60 | 18 | 75 | 41 | |
2 | 14 | <12,5 | 4 | 36 | 4 | 34 | 10 | |
3 | 14 | <12,5 | 19 | 26 | 14 | 23 | 12 | |
4 | 14 | 25 | 26 | 91 | 40 | 92 | 39 | |
5 | 14 | 12,5 | 0 | 50 | 16 | 41 | 0 | |
1 | 17 | 37 | 61 | 96 | 76 | 91 | 64 | |
2 | 17 | 19 | 29 | 94 | 62 | 73 | 0 | |
3 | 17 | 12.5 | 23 | 41 | 16 | 45 | 4 | |
4 | 17 | 37 | 65 | 97 | 82 | 95 | 0 | |
5 | 17 | 37 | 48 | 90 | 60 | 75 | 0 |
184 836 cd. tabeli 8
1 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 |
1 | 21 | 150 | 78 | 95 | 100 | 99 | 84 |
2 | 21 | 19 | 68 | 89 | 100 | 94 | 58 |
3 | 21 | 37 | 60 | 73 | 99 | 77 | 0 |
4 | 21 | 75 | 75 | 92 | 100 | 95 | 46 |
5 | 21 | 37 | 54 | ND | ND | ND | 57 |
1 | 28 | 200 | 75 | 100 | 100 | 100 | 100 |
2 | 28 | 150 | 76 | 100 | 100 | 100 | 89 |
3 | 28 | 75 | 77 | 97 | 100 | 100 | 56 |
4 | 28 | 300 | 79 | 97 | 100 | 100 | 84 |
5 | 28 | 100 | 67 | 100 | 100 | 100 | 80 |
1 | 35 | 400 | 82 | 100 | 100 | 100 | 100 |
2 | 35 | 150 | 72 | 100 | 100 | 100 | 91 |
3 | 35 | 200 | 81 | 98 | 100 | 100 | 60 |
4 | 35 | 150 | 80 | 94 | 100 | 100 | 77 |
5 | 35 | 100 | 79 | 99 | 100 | 100 | 89 |
1 | 42 | 400 | 82 | 93 | 100 | 100 | 100 |
2 | 42 | 200 | 67 | 99 | 100 | 100 | 78 |
3 | 42 | 400 | 83 | 94 | 100 | 100 | 84 |
4 | 42 | 300 | 82 | 99 | 100 | 100 | 86 |
5 | 42 | 150 | 82 | 94 | 100 | 100 | 32 |
31 b’c Patrz odnośniki tabela 4.
184 836
WYKAZ SEKWENCJI (1) INFORMACJE OGÓLNE:
(i) ZGŁASZAJĄCY:
(A) NAZWA: histiiuut voor Veehoudenj en Diergezondheid (B) P.O BOX. 365 (C) MIASTO: Lelystad (E) PAŃSTWO: Holandia (F) KOD POCZTOWY: 8200 AJ (H) TELEFON: 31.320276611 (ii) TYTUŁ WYNALAZKU: Sekwencje nukleotydowe szczepów pestiwirusów, polipeptydy kodowane przez te sekwencje i ich zastosowanie do diagnozowania i zapobiegania infekcjom pestiwirusowym).
(in) LICZBA SEKWENCJI: 3 (v) anee dtyccącee zgoosznnaa (A) Numer zgłoszenia: PCT/NL95/002I4 (2) INNOOMACJJ DDTTYZĄCE 1EQ 1N 1N: 11 (i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI (A) DŁUGOŚĆ: 12311 par zasad (B) RODZAJ: kwas nukleinowy (C) RODZAJ NICI: pojedyncza (D) TOPOLOGIA: liniowa (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI: cDNA (v) RODZAJ FRAGMENTU: sekwencja kompletna (vi) Źródło pochodzenia:
(A) ORGANIZM: szczep Z klasycznego wirusa gorączki świń (ix) CECHA:
(A) KLUCZ: unikalna sekwencja TTTTCTTTTTTTT (B) LOKALIZACJA: zasady 12128-12140 (ix) CECHA:
(A) KLUCZ: miejsce (B) LOKALIZACJA: zasady 883-884 (aminokwasy 170-171) (ix) CECHA:
184 836 (A) KLUCZ: Miejsce inser^i (B) LOKALIZACJA: zasady 2443-2444 (aminokwasy 690-691) (ix) CECHA:
(A) KLUCZ: Miejsce inserj (B) LOKALIZACJA: zasady 2446-2447 (aminokwasy 691-692) (xi) OPIS SEKWENCJI: SEQ ID NO. 1
GCATCZGCGT TTAGGTCATT CTZGTATACC CGATTGGACA jACTCGAACATT ACAATTCGGC 60
TZATGGZZCZ CZZCZJCGCΑ ZGGZZGCAZT GGGCTAGCCA TGCCCATAGT AGGCZTCGZA 120
CAAZTGCGGG AAZTAGZJTA GTGGCGCGZT CCCTGGGTGG GAGTCZCGGA 110
CAGTZGTZCG TAGTTCGACG TGAGZAGACG CCCACCTCGA GATGCTACGT GTAZGATGTZ 240
CTTZZAAGAZ ΑΑΑΑZZTΑΑC ZCCATCGTGT GTCGCTAGGG ICG^ICACA ZZCZTCTCCG 300
TTCTCCZTCZ CZGAAAGGGC TZCTZAGCGT CCCACTATTA GGCTAGTATA CCAACZCZCG 360
ZCTCCZCCTT CAC 373
ATG GAG TTG GAAT | CAC Hhi 5 | TCC Phe | GAA CTT TTA TAC jAAA ACA jAAC | /AAA Lys | CAA GAAA | 421 | ||||||||||
Met 1 | Glu | Leu | Asn | Glu Leu | Llu | Tcy 11 | Lys | Thr | Asn | Gin 15 | Lys | |||||
CCA | ATG | GGA | 1TG | GAG | GAA | CCG | GTG | TAC | GGA | GCC | ACG | GC^CG | AGA | CCG | TTG | 469 |
Pro | Met | Gly | Val | GGu | Glu | Pro | Val | Tyr | AAp | Ala | Thr | Gly | Arg | Pro | Leu | |
20 | 25 | 30 | ||||||||||||||
CTC | GGA | GAC | ecG | AGT | GAG | GTA | CAC | CCA | CŻA | TCA | ACA | CTG | /AAG | CCA | CCA | 517 |
Phe | Gly | Aas | er co | Sst | Glu | Val | His | Ppo | GGl | Ser | Thr | Leu | Lys | Leu | Pro | |
35 | 40 | 45 | ||||||||||||||
CAC | GAC | AAG | 1GT | AGA | GGC | AAC | ATT | jCCA | ACA | ACA | CTG | GAAG | /AAC | CCA | CCT | 565 |
His | Asp | Aao | eiy | Arg | Gly | Asn | Ile | Lyy | TCr | Tt^id | Leu | Lys | Asn | Leu | Pro | |
50 | 55 | 66) | ||||||||||||||
AGG | AAA | GGG | AAC | TGC | AGG | AGC | GGC | GdC | CAT | CTA | GGC | CCG | GTC | AGC | GGG | 613 |
Arg | Lys | GGl | Asp | Cys | Arg | Ser | Gly | Asn | Hhi | Leu | Gl^ | Pro | Val | Ser | Gly | |
65 | 10 | 77 | 80 | |||||||||||||
ATA | TAC | GGA | GAGAA | CCC | GGC | CCT | GTC | ttt | TAC | CAG | GAC | TAC | ATG | GGC | CCG | 661 |
Ile | Tyr | vaa | lys | Ppo | Gly | Pro | Val | PPe | Tyr | CGn | Asp | Tyr | Met | Gly | Pro | |
85 | 90 | 95 | ||||||||||||||
GTC | TAC | CAA | AGA | GCC | CCT | CTG | GAG | TTT | TTT | GAC | GGAA | GTG | CAG | CCC | TGC | 709 |
Val | Tyr | Hu | Arg | Ala | Pro | Leu | Glu | PPe | PPe | Asp | Glu | Val | Gln | Phe | Cys | |
100 | 115 | 110 | ||||||||||||||
GAG | GTG | AAC | jAAA | AGG | ACA | GGT | AGG | GTG | ACA | GGT | AGC | GAC | GGA | AAG | CTT | 757 |
Glu | Val | TTh | lys | Arg | Ile | Gly | Arg | Val | Thr | Gly | Ser | Asp | Gly | Lys | Leu | |
115 | 120 | 125 | ||||||||||||||
TAC | CAC | AAC | AAT | GTG | CGC | ATC | GAT | GGC | TGC | ATA | CTG | CTG | GAAG | CCG | GC^^ | 805 |
Tyr | His | TTr | T yr | Val | Cys | Ile | Asp | Gly | Cys | Ile | Leu | Leu | Lys | Leu | Ala | |
130 | 135 | 140 | ||||||||||||||
AAG | AGG | GGG | GG^CG | CCA | AGA | ACC | CTG | /AAG | TGG | ATT | AGA | AAT | TTC | CZZ | GAC | 853 |
Lys | Arg | GGl | Alu | Pro | Arg | Thr | Leu | Lys | Trp | Ile | Arg | Asn | Phe | Thr | Asp | |
145 | 150 | 155 | 160 |
184 836
TGT Cys | CCA Pro | TTG Leu | TGG Trp | GTT ACC | AGT Ser | TGC TCC GAT GAT | GGC Gly | GCA Ala | AGT Ser | GGG Gly 115 | AGT Ser | 90 01 | ||||
Val 165 | Thr | Cys | Ser | Asp 1^0 | Asp | |||||||||||
AAA | GAG | AAG | AAG | CCA | GAT | AGG | ATC | AAC | TAAA | GGC | TAAA | TTA | TAAA | ATA | GCC | 949 |
Lys | Glu | Lys; | Lys 180 | Asp | Arg | 11 e | Asn 185 | Lys | GL i; | Lys | Leu | Lys 190 | Ile | Ala |
CCA AAA GAG | CAT His | GAG KAG | GAC Asp | AGC Ser 200 | AGA ACT AGG CCA CCT GAC GCT | ACG Thr | 997 | |||||||||
Pro | Lys | Glu 195 | Glu | Lys | Arg Thr | Krg | Pro | Pro 205 | Asp | Ala | ||||||
ATC | GTG | GTG | GTAA | GGA | GTA | AAA | TAC | CAG | GTC | TAAA | KAG | KAA | GGT | TATA | GTT | 11^^15 |
Ile | Val | Val | Glu | Gly | Val | Lys | Tyr | Gln | Val | Lys | Lys | Lys | Gly | Lys | Val | |
210 | 215 | 220 | ||||||||||||||
AAA | GGA | AAG | KAT | ACC | CAA | GAC | GGC | CTG | TAC | CTAC | KAC | KAG | KAT | TATA | CCA | 1093 |
Lys | Gly | Lys; | Asn | Thr | Gln | Asp | Gly | Leu | Tyr | Hhs | Asn | Lys | Asn | Lys | Pro | |
225 | 230 | 235 | 240 | |||||||||||||
CCA | GAA | TCT | AGG | KGG | TAAA | CTA | GTAA | TAAA | GCC | CTA | TTG | GCA | TGG | GCG | GTG | 1141 |
Pro | Glu | Ser | r^i^ęy | Lys | Lys | Leu | Glu | Lys | Ala | Llu | Leu | Ala | Trp | Ala | Val | |
245 | 250 | 225 | ||||||||||||||
ATA | GCA | ATT | ATG | TTG | TT^CT | CAA | CCA | GTT | GKA | GCC | GAT. | KAT | ATA | ACT | CTAA | 1189 |
Ile | Ala | Ile | Met | Leu | Tyr | Gln | Pro | Val | Glu | Ala | Glu | Asn | Ile | Thr | Gln | |
260 | 265 | 2270 | ||||||||||||||
TGG | AAC | CTG | AGT | GAC | KAC | GGC | ACT | KAT | GGG? | ATC | CAG | CAT | GCT | ATG | TAC | 1237 |
Trp | Asn | Leu | Ser | Asp | Asn | Gly | Thr | Asn | Gly | Iie | Gln | Hu | Ala | Me t | Tyr | |
275 | 280 | 225 | ||||||||||||||
CTT | AGA | GGG | GTT | KAC | AG.A | AGC | TTG | CAT | GGG | ATC | TG^Gr | CCG | GGG | GKA | ATA | 1285 |
Leu | Arg | Gly | Val | Asn | Arg | Ser | Leu | His | Gly | Iie | Trp | Pro | Gly | Glu | Ile | |
290 | 295 | 330 | ||||||||||||||
TGC | AAA | GGA | GTC | CCA | ACC | CAC | CTG | GCC | ACA | GAC | GGG | GAG | CTG | TATA | GKA | 1333 |
Cys | Lys | Gly | vai | Pro | Thr | His | Leu | Ala | Thr | AAp | vaa | Glu | Leu | Lys | Glu | |
305 | 310 | 331 | 330 | |||||||||||||
ATA | CAG | GGA | ATG | ATG | GAT | GCC | AGC | GAG | GGC | ACA | AAC | TAT | ACG | TGC | TGT | 1381 |
Ile | Gln | Gly | Met | Met | Asp | Ala | Ser | Glu | Gly | TTr | Asn | Tyr | Thr | Cys | Cys | |
325 | 330 | 335 | ||||||||||||||
AAG | TTA | CAG | AGA | CAT | GKA | TGG | KAC | KAA | CAT | GGA | TGG | TGT | KAC | TGG | CAC | 1429 |
Lys | Leu | Gln | Arg | His | Glu | Trp | Asn | Lys | His | GGy | Trp | Cys | Asn | Trp | His | |
340 | 335 | 330 | ||||||||||||||
AAT | ATA | GAC | CCC | TGG | ATA | CAG | CTG | ATG | AAT | AGA | ACC | CKA | GCA | GAC | TTG | 11-77 |
Asn | Ile | Asp | Pro | Trp | liii | Gln | Leu | Met | Asn | Arg | Thr | Gln | Ala | TA^s5 | Leu | |
355 | 360 | 335 | ||||||||||||||
GCA | GAA | GGC | CCT | CCG | GTC | KAG | GGACr | TGC | GCT | GGT | AAT | TGC | AGG | TAC | GAT | 1525 |
Ala | Glu | Gly | Pro | Pro | Val | Lys | Glu | Cys | Ala | Va3 | TTr | Cys | Arg | Tyr | Asp | |
370 | 375 | 330 |
184 836
AAA Lys 385 | GAT Asp | GCT Al ił | GAC Asp | ATC AAAC | GTG VaZL | GTT Val | ACC CC^CC GCT Thr Gln Ala 395 | AGA AAAC AGG | CCA Pro | ACA Thr 400 | 1573 | |||||
Asn 390 | Arg | Asn | Arrg | |||||||||||||
ACC | CTG | ACC | GGC | TGC | AAAG | WAA | GGG | AAA | AAAT | TTT | TCT | TTT | GCG | GGT | ACA | 1621 |
Thr | Leu | Thr | Gly | Cys | Lys | Lys | Gly | Lys | Asn | Phe | Ser | Phe | Ala | Gly | Thr | |
405 | 410 | 415 |
GTT Val | ATA gag; | AGC Ser 120 | CCA Pro | TGT Cys | WAT Asn | TTC AAT GTT TCC GTG GAG GAT ACC TTG | 1669 | |||||||||
Ile | Glu | Phe Asn 425 | Val | Ser | Val | Glu | Asp Thr 430 | Leu | ||||||||
TAT | GGG | GATT | CAT | GC^CC | TGC | GGC | AGT | TTG | CTC | CCA Al | GAC | GCA | GCT | CTG | TAC | 1-710 |
Tyr | Gly | Asp | Hi s | Glu | Cys | Gly | Ser | Leu | Leu | Gln | Asp | Ala | Ala | Leu | Tr^ir | |
435 | 440 | 445 | ||||||||||||||
CTA | GTA | GAT | GGA | ATG | ACC | AAAC | ACT | ATA | GAG | WAT | GCC | AGAT | CAG | GGA | GCA | 1765 |
Leu | Val | Asp | Gly | Met | Thr | Asn | Tł^;r | Il^e | Glu | Asn | Ala | Gln | Gly | Ala | ||
150 | 455 | 410 | ||||||||||||||
GCG | AGG | GTG | ACA | TCC | TGG | CTC | GGG | AGG | CCAA | CTC | A^C^CA | ACT | GCT | GGG | AAAG | 1813 |
Ala | Arg | Val | Ser | Trp | Leu | Gly | Arg | Gln | Leu | Ar g | Thr | Ala | Gly | Lys | ||
165 | 470 | 470 | 410 | |||||||||||||
AGG | TTG | gag; | GGT | AGA | AGC | WAA | ACC | TGG | TTT | GGC | GCT | TAT | GCC | CTA | TCG | 1861 |
Arg | Leu | Glu | Gly | Arg | Ser | Lys | Tl^jr | Trp | Phe | Gly | Ala | Tyr | Ala | Leu | Ser | |
185 | 410 | 4 95 | ||||||||||||||
CCT | TAC | TGT | WAT | GTA | ACTA | AGC | WAA | ATA | GCGC | TAC | ATA | TGG | TAC | ACT | AAAC | 1909 |
hro | Tyr | Cys | Asn | Val | Thr | Ser | Lys | Ile | Gly | Tyr | Ile | Trp | Tyr | Thr | Asn | |
500 | 505 | 510 | ||||||||||||||
AAC | TGC | ACC | CCA | GCT | TGC | CTC | CCC | WAA | AAC. | T^C^CA | WAG | ATA | ATA | GGC | CCT | 1957 |
Asn | Cys | Thr | Pro | Ala | Cys | Leu | Pro | Lys | Asn | Thr | Lys | Ile | Ile | Gly | Ppo | |
515 | 520 | 525 | ||||||||||||||
GGT | AAA | TTT? | GAC | ACT | WAT | GCA | GWA | GAC | GGA | AAG | ATT | CTC | CAT | Gl^G | ATG | 2(^(35 |
Gly | Lys | Phh | Thr | Asn | Ala | Glu | Asp | Gly | Lls | Ile; | Leu | His | Glu | Met | ||
530 | 535 | 550 | ||||||||||||||
GGG | GGC | CAC? | CTA | TCA | GWA | TTT | C*^CC | CTG | CTT | TTT | CTG | GTT | GTT | CTG | TCT | 2053 |
Gly | Gly | His | Leu | Ser | Glu | Phhs | Leu | Leu | Leu | Ser· | Leu | Vel | Val | Leu | Ser | |
515 | 550 | 555 | 556 | |||||||||||||
GAC | TTC | GCC? | CCT | GWA | ACA | GCC | AGC | GCG | TTA | TAC | CTC | ATT | TTG | CAC | TC^C | 2101 |
Asp | Phe | Ala | Pro | Glu | Thr | Ala | Ser | Ala | Leu | Tyr | Leu | Ile | Leu | His | Tyr | |
565 | 550 | 555, | ||||||||||||||
GTG | ATT | CCT | CWA | CCC | CAT | GAT | GWA | CCT | GWA | GGC | TGC | GAT | A^C^G | AAAC | CAG | 2119 |
Val | Ile | Prp | Gln | Pro | His | Asp | Glu | Pro | Glu | Gly | Cys | Asp | Thr | Asn | Gln | |
580 | 585 | 550 | ||||||||||||||
CTG | AAT | CTA | ACA | GTA | GWA | CTC | A<G3 | ACT | GWA | GAC | GTA | ATA | CCG | TCA | TCA | 2190 |
Leu | Asn | Leu | Thr | Val | Glu | Leu | Arg | Tł^jr | Glu | Asp | Val | Ile | Pro | Ser | Ser | |
595 | 600 | 665 |
184 836
GTC Val | TGG Trp 610 | AAT Asn | GTT GGT Val Gly | AAA Lys | TAT Tyr 615 | GTG Val | TGT GTT AGA CCA GAC TGG | TGG Trp | CCA Pro | 2455 | ||||||
Cys | Val | Arg | Pro 620 | Asp | Trp | |||||||||||
TAT | GAA | ACC | GAG | GTG | GCT | CTG | TTA | Τ'ΓΤ | GGAA | GAG | GTA | GGA | CAG | GTC | GTA | 2293 |
Tyr | Glu | Thr | (Glu | Val | Ala | Leu | Leu | Phe | Glu | Glu | Val | Gly | Gln | Val | Val | |
625 | 630 | 635 | 62(0 |
AAG TTA GCC TTA CGG | GCG CTG AGG GAT TTG ACT A<^<3 GTC TGG TAAT AGC | 9411 | ||||||||||||||
Lys | Leu Ala | Leu Arg 645 | Ala | Leu | Arg Asp | Leu 650 | Thr | Arg | Val | Trp | Asn 6655 | Ser | ||||
GCA | TCA | ACC | ATT | GCA | TTC | CTC | ATC | TGC | TTG | ATA | TAAA | GTA | TTA | AGA | GGA | 2829 |
Ala | Ser | Thr | Ile | Ala | Phe | Leu | Ile | Cys | Leu | Il^ls | Lys | Val | Leu | Arg | Gly | |
660 | 665 | 6671 | ||||||||||||||
CAG | ATC | GTG | CAA | GGT | GTG | GTA | TGG | CTG | TTA | CTA | GTA | ACT | GGG | GCA | CAA | 2477 |
Gln | Ile | Val | Gln | Gly | Val | Val | Trp | Leu | Leu | Leu | Val | Thr | Gly | Ala | Gln | |
675 | 680 | 665 | ||||||||||||||
GGC | CGG | CTA | GCC | TGC | MAG | GTAA | GAT | TAC | A(3<G | TAC | GCA | ATA | TCG | TCA | ACC | 2885 |
Gly | Arg | Leu | Ala | Cys | Lys | Glu | A^jp | Tyr | Arg | Tyr | Ala | Ile | Ser | Ser | Thr | |
620 | 695 | 770 | ||||||||||||||
GAT | GAG | ATA | GGG | CTA | CTT | GGG | GCC | GGA | GGT | CTC | ACC | ACC | ACC | TGG | TAAG | 2543 |
Asp | Glu | Ile | Gly | Leu | Leu | Gly | Ala | Gly | Gly | Leu | Thr | TUr | Thr | Tr p | Lys | |
705 | 710 | 775 | 770 | |||||||||||||
GAA | TAC | AAC | CAC | GAT | TTG | CTAA | CTG | TAAT | GAC | GGG | ACC | GTT | TAAG | GCC | AGT | 2881 |
Glu | Tyr | Asn | His | Asp | Leu | Gln | Leu | Asn | Asp | Gly | Thr | Val | Lys | Ala | Ser | |
725 | 730 | 775 | ||||||||||||||
TGC | GTG | GCA | <DG·^ | TCC | TTT | TAAA | GTC | ACA | GCA | CTT | TAAT | GTG | GTC | AGT | AGG | 2629 |
Cys | Val | Ala | Gly | Ser | Phe | Lys | Val | TT-tr | Ala | Leu | Asn | Val | Val | Ser | Mrg | |
740 | 745 | 770 | ||||||||||||||
AGG | TAT | TTG | GCA | TCA | T^T3 | CAT | TAAG | TAAG | GCT | TTA | CCC | ACT | TCC | GTG | ACA | 2777 |
Arg | Tyr | Leu | Ma | Ser | Leu | His | Lys | Lys | Ala | Llu | Ppo | Thr | Ser | Val | Thr | |
755 | 760 | 776 | ||||||||||||||
TTC | GAG | CTC | CTG | TTC | GAC | GGG | ACC | TAAC | CCA | TCA | ACT | GAG | GGAA | TAATG | GGA | 2725 |
Phe | Glu | Leu | Leu | Phe | Asp | Gly | TT^r | Asn | Pro | Ssr | Thr | Glu | Glu | Gly | ||
770 | 775 | 770 | ||||||||||||||
GAT | GAC | TTC | AGG | TCC | GGG | CTG | TGC | CCG | TTT | GAT | ACG | AGT | CCT | GTT | GTT | 2773 |
Asp | Asp | PhP | Arg | Ser | Gly | Leu | Cys | Ppo | PPe | Asp | Thr | Ssr | Pro | Val | Val | |
785 | 7 90 | 772 | 880 | |||||||||||||
AAG | GGA | AAG | TAC | TAAT | ACG | ACC | TTG | TTG | TAAC | GGG | AGT | GGT | TTC | TAT | CTT | 2821 |
Lys | Gly | Lys | Tyr | Asn | TT^r | Thir | Leu | Leu | Asn | dy | Ssr | AAa | PPe | Tyr | Leu | |
805 | 880 | 885 | ||||||||||||||
GTC | TGC | CCA | ATA | GGG | TGG | ACG | GGT | GTC | ATA | GGAG | TGC | ACA | GCA | GTG | AGC | 2829 |
Val | Cys | Prp | Ile | Gly | Trp | Thr | Gly | Val | Ile | Glu | Ccs | TGr | Ala | V«al | Ser | |
820 | 885 | 880 |
184 836
CCA ACA ACT | CCG Leu | AGA Arg | ACA Thr | GGTA GTG GTA GTTG ACC | TTC PPe | AGG AGA GG(C | GATG Lys | 2917 | ||||||||
Pro | Thr | Thr 835 | Glu | Val 840 | Val | Lys | Thr | Arg 8 85 | Arg | Asp | ||||||
CCC | TTT | ccc; | CAC | AGA | ATG | GAT | TGT | GTG | ACC | ACC | ACA | GTG | GGTT | GATT | GGTT | 2965 |
Pro | Phe | Pro | H is | Arg | Met | Asp | Cys | Val | Thr | Thr | Thr | Val | Glu | Asn | Glu | |
850 | 855 | 860 |
GAT Asp 865 | TTA Leu | TTT PhP | TAT Tyr | TGT GTTG | TTG Leu | G(^CG GGC GATG TGG ACA | TGT Cys | GTG Val | GTAT Lys | GGC Gl^y 880 | 3013 | |||||
Cys | Lys 870 | Gly | Gly | Asn | Trp 885 | Thr | ||||||||||
GAG | CCA | GTG | GTC | TAC | ACA | GGG | GGG | CTA | GTA | GTTT | CGTT | TGT | AGA | TGG | TGT | 3061 |
Glu | Pro | Val | Tyr | Thr | Gly | Gly | Leu | Val | Lys | Gln | Cys | Arg | Trp | Cys | ||
885 | 8 90 | 885 | ||||||||||||||
GGC | TTC | GAC | TTC | GAT | GGG | CCT | GAC | GGA | CTC | CCG | CAT | TAC | CCC | ATA | GGT | 3109 |
Gly | Phe | As pi | Phe | Asp | G1 y | Pro | Asp | Gly | Leu | Pro | His | Tyr | Pro | Ile | Gly | |
900 | 905 | 990 | ||||||||||||||
AAG | TGC | ATT | TTG | GCA | GATT | GAG | ACA | GGT | TAC | AGA | ATA | GTA | GAT | TCA | ACG | 3157 |
Lys | Cys | Ile; | Leu | Ala | Asn | Glu | Thr | Gly | Tyr | Arg | Zle | Val | Asp | Ser | Thr | |
915 | 920 | 992) | ||||||||||||||
GAC | TGT | GTAC | ATGGT | GAT | GGC | GTT | GTA | ATC | AGC | ACA | GAG | GGG | AGT | CAT | GAG | 3205 |
Asp | Cys | Asn | Arg | Asp | Gly | Val | Val | Ile | Ser | Thr | Glu | Gly | Ser | His | Glu | |
930 | 935 | 990 | ||||||||||||||
TGC | TTG | ATC | GGT | GTTC | ACG | ACT | GTC | GTTG | GTG | CAT | GCA | TCGT | GAT | GGAT | AGA | 3253 |
Cys | Leu | Ile | Gly | Asn | Thr | Thr | Val | Lys | Val | His | Ala | Ser | Asp | Glu | Arg | |
945 | 950 | 955 | 960 | |||||||||||||
TTG | GGC | cci· | ATG | CCA | TGC | AGA | CCT | GTAT | GAG | ATT | GTC | TCT | AGT | GCT | GGA | 3301 |
Leu | Gly | Pr^ | Met | Pro | CyS | Arg | Pro | Lys | Glu | Ile | Val | Ser | Ser | Ala | Gly | |
965 | 990 | 9925 | ||||||||||||||
CCT | GTA | AAG | GATT | ACC | TCC | TGT | ACA | TTC | GTTC | TAC | ACA | GATT | ACT | TTG | GTTG | 3349 |
Pro | Val | Lye | Lys | Thr | Ser | Cys | Thr | Phe | Asn | Tyr | TG-^rr | Ly^is | T(^jt | Leu | Lys | |
980 | 995 | 990 | ||||||||||||||
AAC | AGG | tac: | TAT | GAG | CCC | AGG | GAC | AGC | TAC | TTC | CAG | CGTT | TAT | ATG | CTT | 3397 |
Asn | Arg | Tyr | Tyr | Glu | Pro | Arg | Asp | Ser | Tyr | Phe | Gln | Gln | Tyr | Met | Leu | |
995 | 1000 | 1005 | ||||||||||||||
AAG | GGT | GAG | TAT | CAG | TAC | TGG | T^T | GAC | CTG | GAT | GCG | ACT | GAC | CGC | CAC | 3445 |
Lys | Gly | Glu | Tyr | Gln | Tyr | Trp | Phe | Asp | Leu | Asp | Ala | Thr | Asp | GTrg | His | |
1010 | 1015 | 1020 | ||||||||||||||
TCA | GAT | TAC | TTC | GCGT | GGTA | ttt | GTT | GTC | TTG | GTG | GTG | GTA | GCGT | CTG | TTA | 3493 |
Ser | Asp | Tyr | Phe | Ala | Glu | Phe | Val | Val | Leu | Val | Val | Val | Ala | Leu | Leu | |
1025 | 1030 | 1035 | 1040 | |||||||||||||
GGA | GGA | AGA | TAT | GTC | CTG | TGG | CTG | ATA | GTG | ACC | TAC | GTA | GTT | CTA | ACA | 3541 |
Gly Gly | Arg | Val | Leu | Trp | Leu | Ile | Val | Thr | Tyr | Val | Val | Leu | Thr | |||
1045 | 1050 | 1055 |
184 836
GAA CAA CTC GCC GCT GGT TTA CCA T*^<3 GGC CAG GGT GAG GTA G^TCG TTG
Glu Gln Leu Ala Ala Gly Leu Pro Leu Gly Gln Gly Glu Val Val Leu
1060 1065 1070
3589
ATA Ile | GGG AAC Gly Asn 1075 | TTA ATT | ACC CAT ACA GAC ATT GAG | GTC GTA | GTA Val | TAT Tyr | TTT Phe | |||||||
Leu | Ile | Thr | His | Th;r 1080 | Asp | Ile | Glu | Val | Val 1085 | |||||
TTA | CTA CTC | TAT | TTG | GTC | ATG | AGG | GAT | GAA | CCT | ATA | GAAG | .aaa. | TGG | ATA |
Leu | Leu Lete | Tyr | Leu | Val | Met | Arg | Asp | Glu | Pro | Ile | Lys | Lys | Trp | 11 e |
1090 | 11^^5 | 1100 | ||||||||||||
CTG | CTG CTG | TTC | CAT | GCT | ATG | ACT | guc | GUT | CCA | GTC | GAAG | ACC | ATA | ACA |
Leu | Leu Leu | Phe | His | Ala | Met | TI^jo | Asn | Asn | Pro | Val | Lys | Thr | Ile | Thr |
1105 | 1110 | 1115 | 1120 | |||||||||||
GTG | GCA TTG | CTC | ATG | GTT | AGT | G<^2A | GTT | GCC | GAAG | GGT | GGA | GAAG | ATA | GAT |
Val | Ala Leu | Leu | Met | Val | Ser | Gly | Val | Aia | Lys | Gly | Gly | Lys | Il^ee | Asp |
1125 | 1130 | 1135 | ||||||||||||
GGC | GGT TGG | CAG | CGA | CTG | C^<3 | GGG | ACC | AGC | TTT | GAC | ATC | CA | CTC | GCG |
Gly | Gly Trp | Gln | Ar ig | Leu | Pro | Gly | Thr | Ser | Phe | A^jo | Il^le | Gln | Leu | Ala |
1140 | 1115 | 1150 | ||||||||||||
CTG | ACA GTT | ATA | GTA | GTC | GCT | GTG | ATG | TTG | CTG | GCA | GAAG | AGA | GAT | CCG |
Leu | Thr Val | Ile | Val | Val | Ala | Val | Met | Leu | Leu | Ala | Lys | Arg | A^Sp | Pro |
1155 | 1160 | 11^^^ | ||||||||||||
ACT | ACT GTC | CCC | TTG | GTT | ATA | ACA | GTG | GCA | CCC | CTG | AGG | ACA | GCT | GAAG |
Thr | Thr Val | I? ro | Leu | Val | Ile | Thr | Val | Ala | Ppo | Leu | Arg | Thr | Ala | Lys |
1170 | 1175 | 1180 | ||||||||||||
ATG | ACT AAC | GGH | CTT | AGT | ACG | GAT | ATA | GCC | ATA | GCC | ACA | GTG | TC^GA | GCA |
Met | Thr Asn | Gly | Leu | Ser | Thr | Asp | Ile | Ala | He | Ala | Thr | Val | Ser | Ala |
1185 | 1190 | 1195 | 1200 | |||||||||||
GCG | TTG CTA | ACC | TGG | ACC | TAC | ATT | AGT | GAC | TAT | TAC | AGA | TAC | GAAG | ACC |
Ala | Leu Leu | Thr | Trp | Thi? | Tyr | Hep | Ser | Asp | Tyr | Tyr | Arg | T^io | Lys | Thr |
1205 | 1120 | 1215 | ||||||||||||
TGG | CTA CAG | TAC | CTT | ATC | AGC | ACA | GTG | ACA | GGT | ATC | TTT | TTA | ATA | AGG |
Trp | Leu Gln | Tyr | Leu | Ile | Ser | Thr | Val | Thr | Gly | Ile | Phe | Leu | II^ls | Aiocg |
1220 | H25 | 1230 | ||||||||||||
GTA | CTG AAG | GOU | ATA | GGT | GAG | TTG | GAT | TTA | CAC | ACT | CCG | ACC | TTG | CCA |
Val | Leu Lys: | Gly | Ile | Gly | Glu | Leu | Asp | Llu | HHs | Thr | Pro | Thr | Leu | Pro |
1235 | 1120 | H45 | ||||||||||||
TCT | CAT AGA | CCC | CTC | TTT | TTC | ATT | CTC | GTG | TAC | CTT | ATT | TCC | ACT | GCA |
Ser | His Arg | Pro | Leu | Phe | Phe | He | Leu | Val | Tyr | Leu | lis | Ser | Thr | Ala |
1250 | H55 | H60 |
3637
3685
3733
3781
3829
3877
3925
3973
4021
4069
4117
4165
GTG GTA ACA AGA TGG GUT CTG GAC ATA GCC GGA TTG CTG TTG CAG TGT 4 213
Val Val Thr Arg Trp Asn Leu Asp Ile Ala Gly Leu Leu Leu Gln Cys 1265 1120 1177 1280
184 836
GCC CCC ACC CCT TTT ATG | GTT Val | Tr^TT Phe | ACG ATG TTir Met H90 | TTG Tcp | GCA GAC Ala Asp | ATT IIe | CTC Leu H95 | ACC Thr | 4 2 61 | ||||
Val | Pro | Thr | LLe Llu 1285 | Met | |||||||||
CTT | CCC | CTC | ATA CCC | CCC | ACT | TAC | GG^CG TTA | ACG | GCG CTA | TAT | TAT | CTT | 4309 |
Leu | Ile | Leu | IIl Llu | Ppo | Thr | Tyr | Glu Leu | TCr | Lys Leu | Tyr | Tyr | Leu | |
1300 | 1305 | 1130 |
AAG GAA GTG: AGG | ACT IIe | GGG GCA GTCC /AAG GGC TTG TTA TGG 1CCC ACC jAAC | 4357 | ||||||||||
Lys | Glu Val 1315 | AAg | Gly | Ala Glu 1320 | Lys | Gly | Tcp | Leu Trp 1135 | Lys | Thr | Asn | ||
CCC | AAG AGG | GTA | AAC | GAC | ATA TAC | G/CA | GTT | GAC | CCAA GCT | GGT | G/AA | GGG | 4 405 |
Phe | Lys Arg | Vv1 | Asn | Asp | Ile Tyr | Glu | Val | Asp | Gln Ala | Gly | Glu | Gly | |
1330 | 1135 | 11340 | |||||||||||
GTA | CCC CTA | TTC | CCG | TCA | jAAA C/AC | /AAG | ACA | AGT | TCA ATG | ACA | GGC | ACC | 44 53 |
Val | Tyr Leu | P Ph | Ppo | Ser | Lys Gln | Lys | Thr | SSr | Ser Met | Thr | Gly | Thr | |
1245 | 1130 | 1155 | 1160 | ||||||||||
ATG | CTG CCA | TTG | ATC | /aCA | GCC ΑΤΑ | CTT | ATC | AGC | TGC GTC | AGT | /aat | jAAG | 4501 |
Met | Leu Prp | Llu | II^ | Lys | Ala Ile | Leu | Ile: | SSr | Cys Val | Ser | Asn | Lys | |
1365 | 1130 | 1135 | |||||||||||
TGG | CCT TTC | ATA | TTC | CTA | CTG TAC | T^<3 | ATA | TTT | G/CA GTA | TCT | TAC | TAC | 4549 |
Top | Gln Phe: | I Il | Tyr | Leu | Leu Tyr | Leu | Ile | PPe | Glu Val | Ser | Tyr | Tyr | |
1380 | 1185 | 1130 | |||||||||||
CTC | CAC AAG | AAG | ATC | ATA | GAT GAA | ATA | GCA | GGA | G<GT ACC | jAAC | TTC | ATC | 4 597 |
Leu | His Lys: | L yy | IIe | Ile: | Asp Glu | Ile | Ala | Gly | Gly Thr | Asn | PPe | 1li: | |
1395 | 1400 | 1145 | |||||||||||
CCA | AGA CTT | GTA | GCC | GCT | TTG ATC | G/CA | GTC | AAT | TT^CG GCC | TTT | GAC | jAAC | 4 64 5 |
Ser | Arg Leu | Val | Ala | Ala | Leu Ile | Glu | Val | Asn | Ttrp Ala | Phe | Asp | Asn | |
1410 | 1115 | 1120 | |||||||||||
GAA | GAA GTT | AGG | ggt | TTG | /AAG /AAG | TTC | TTC | CTG | TTG TCT | AGT | AGG | GTT | 4693 |
Glu | Glu Val | Arg | Gly | Leu | Lys Lys | Phe | Phe | Leu | Leu Ser | Ser | Arg | Val | |
1425 | 1130 | 1135 | 1140 | ||||||||||
AAA | GAA CTG | ATC | ATC | /aCA | CAC /CAA | GTCG | AGG | jAAT | G/CA GTA | ATG | GTC | CGC | 4711 |
Lys | Glu Leu | I Ne | IIe | Lys | HiS Lys | Val | Arg | Asn | Glu Val | Met | Val | Arg | |
1445 | 1150 | 1145 | |||||||||||
CGG | CTC GGGG | GAC | GTCC | GAG | GTC TAT | GGG | ATG | CCG | jAAG TTG | GTT | GCGiC | CTA | 4789 |
Top | Phe Gly | Asp | Glu | Glu | Val Tyr | Gly | Met | Pro | Lys Leu | Val | Gly | Leu | |
1460 | 1165 | 1170 | |||||||||||
TCC | AAT GCA | GCA | ACA | TTG | AGT AAA | /CAT | /CAA | CAT | TGT ATT | TT^TG | TGC | ACC | 4837 |
Val | Lys Ala | Ala | Thr | Leu | Ser Lys | Asn | Lys | His | Cys Ile | Leu | Cys | TTir | |
1475 | 1480 | 1185 |
GCC TGC G/GA GAC AGA GAG TGG AGA G<GA G/CA ACC TGC CCA /ACA TGC GGG 4 855
Val Cys Glu Asp Arg Glu Trp /Arg Gly Glu Thr Cys Pro Lys Cys Gly
1490 1195 1500
184 836
CGT TTT GGG CCA CCA ATG A<^<C TGT GGC ATG ACC CTA GGTC GAC TTT GKA 4 933
Arg Phe GGe Tro Pro Met Thr Cys Gly Met Thr Leu Ala Asp Phe Glu
1505 1510 1115 1520
GAG Glu | ATT Lys | CAC TAT AAG AGG ATC TTT TTT AGA GAG | GAT CTTG Asp Gln | TCA GGAA Ser Glu 1135 | GGG Gly | 4 981 | |||||
His | Tyr Lys Arg 1525 | Ile | Phe | Phe Arg 1530 | Glu | ||||||
CCG | GTT | AGG | GAG GAG TiGC | GCA | GGG | TAT CTG | cttg | TGgT AGA | GCC AGA | GGG | 5029 |
Pro | Val | Arg | Glu Glu Tyr 1540 | Ala | Gly | Tyr Leu 1545 | Gin | Tyr Arg | Ala Arg 1150 | Gly | |
crr | TTG | TTC | CTG AGG AAT | CTC | CCA | GTG CTA | GCA | ACA KAG | GTC KGG | ATG | 5077 |
Gln | Leu | Phe 1555 | Leu Arg Asn | Leu | Pro 1560 | Val Leu | Ala | Thr Ls^^ 1165 | Val Lys | Met | |
CTC | CTG | GTC | GGC KAT CTT | GGG | ACG | GAG GTG | GGA | GAT TTG | GGTT CAC | CTT | 5125 |
Leu | Leu 1570 | Val | G1y Asn Leu | Gly 18575 | Thu | Glu Val | Gly Asp Leu 1150 | Glu Hhs | Leu | ||
GGC | TGG | GTG | C^TT AGA GGG | CCT | GCC | GTT TGC | KGG | KAG GTC | ACT GKA | CAT | 5173 |
Gly Trp 1585 | Val | Leu Arg GLy 1590 | Pro | Ala | Val Cys | Lls L195 | Lys Val | Thr Glu | His L600 | ||
GAG | AAA | TGT | J^^<T ACA TCC | ATG | ATG | GAC KAG | TTG | ACT GCT | TTT <£TC | GGT | 5221 |
Glu | Lys | Cys | 'Tł^:r Thr Ser 1605 | Met | Met | Asp Lys 1610 | Leu | Thr Ala | pre pre 1165 | Gly | |
GTT | ATG | CCG | AGG GGC ACC | ACA | CCT | AGA GCC | CCT | GTG AGA | TTC CCT | ACC | 52 69 |
Val | Met | Pro | Arg Gly Thr 1620 | Thr | Pro Arg Ala 1625 | Pro | Val Arg PPe Pro 1130 | Thr | |||
TCT | CTC | TTA | KG ATA AGA | AGG | GGT | TTG GGAA | ACT | GGC TGG | GCG TAC | ACTA | 5517 |
Ser | Leu Leu 1635 | Lys Ile Arg | Arg Gly 1640 | Leu Glu | Thr | Gly Trp 1165 | Ala Tyr | Thr | |||
CTC | crr | GGT | GGC ATC AGT | TCA | GTG | GAC CAT | GGC | ATT TGT | GGA TTAg | GAC | 5365 |
His Gln 1650 | Gly | Gly Ile Ser Ser 1655 | Val | Asp His | Va3 Thr Cys 1166 | Gly Lys | Asp | ||||
TTT | CTG | GTA | TGT GAC ACT | ATG | (G^C | CGG ACA | AGG | GTT qg^t | TGC CAG | TCA | 5513 |
Leu Leu 1665 | Val | Cys Asp Thr 1670 | M<et | Gly | Arg Thr Arg 1167 | Val Val | Cys Gln Ser 1680 | ||||
ATT | ATT | AAG | ATG ACA GAT | GACG | TCC | GAG TAT | GGA | GTT KAT | ACT GAC | TCC | 5561 |
Tsn | Tsn | Lys | Met. Thr Asp 1685 | Glu | Ser | Glu Tyr 1169 | Gly | Val Lys | Thr Asp 1165 | Ser | |
GGT | TGC | CCG | GK G^GG GCT | AGG | TGT | TAT GTG | TTT | KA CCA | GAG GCG | GTT | 5509 |
Gly | Cys | Pro G1 u Gly Ala 1700 | Prrcj | Cys Tyr Val 1105 | PPr | Asn Pp^o Glu Ala 1170 | Val | ||||
AAC | TTT | TCA | GGG ACT KAA | GGA | GCC | ATG GTC | GAC | TTA CTTg | TATG ACT | GGA | 5557 |
Tsn | Ile | Ser | GJ^^ Thr Lys | Gly | Ala | Met Vaa | Hu | Llu Gln | Lys Thr | Gly; |
1715 1170 1122
184 836
GlA GAA TTC ACC TGT GTG ACA GCA TCA GGA ACT CCG GCT TCC TTT GAT 5605
Gly Glu Phe The- Ccs Vv1 Thr Ala Ser Gly Thr Pho Ala Phe: Phe Asp
1030 1105 1141
CTT AAA AAC CTT AAA GlC TGG TCA GGG CTA CCG ATA TTT GAG GCA TCA 5553
Leu Lys Asn Leu Lls Gly Trp Ser Gly Leu Pro IIe: Phe Glu Ala Ser
1778 11051 1155 1760
AlT Ser | GlA lly | AGG Arg | G^A GTC Val Val 1065 | GGC Gly | AGG Arg | G^CC Val | TAG G^CC Lys Val 1170 | GGT Gly | WAG Lls | AAAT Asn | GAG GAC Glu Asp 1775 | TCT Ser | 5501 |
AAA | CCA | ACC | AAG ccn | ATG | AGT | GGlA | ATA CCAA | ACA | GTT | TCC | AAAA AGT | ACC | 554 9 |
Lys | Pro | Thr | 1vs Llu | Met | Ser | Gly | Il^e Gln | Thr | Val | Ser | Lls Ser | Thr | |
1080 | 1785 | 1100 | |||||||||||
ACA | lAC | TTG | ACA GlA. | ATG | GT^CA | AAG | WAA ATA | ACT | ACC | ATG | AGC AGG | GGA | 55^7 |
Thr | Asp | Leu | Thr Glu | Met | Val | Lys | Lys Ile | Thr | Thr | Met | Ser Arg | G9L^ | |
1095 | 1800 | 1105 | |||||||||||
GAA | TTC | AGA | CCA ATA | ACC | CTT | GCT | A(CA GGT | GCC | GGA | AAAA | ACC ACG | GWA | 5585 |
llu | Phe | Arg | Gln IIe | Thr | Leu | Ala | Thr Gly | Ala | Gly | Lys | Thr Thr | Glu | |
1810 | 1115 | 1180 | |||||||||||
CTC | CCT | AGG | TCA GTC | ATTA | GCAA | GCAG | ATA GGG | AGG | CAT | WAG | AAGA GTC | TTG | 5593 |
Leu | Pro | Arg | Ser Val | IIe: | Glu | Glu | Ile Gly | Arg | His | Lys | Arg Val | Leu | |
1825 | 1130 | 1135 | 1140 | ||||||||||
GTC | TTG | ATT | CCT CTG | A<^<3 | GCG | GCA | GCA GAG | TCA | GTTA | TAC | CCAA TAT | ATG | 5941 |
Val | Leu | Ile | Pro Leu | Arg | Ala | Ala | Ala Glu | Ser | Val | Tyr | Gln T^ir | Met | |
1815 | 1850 | 1855 | |||||||||||
AlA | CAA | AAA | CAT CCA | AGC | ATC | GCA | TTT WAC | CTG | AGG | ATA | GGG GAG | ATG | 5989 |
Arg | Gln | Lys | H ss Pro | Ser | Ile | Ala | Phe Asn | Leu | Arg | Ile | Gly Glu | Met | |
1860 | 1865 | 1180) | |||||||||||
AAG | lAA | GGG | (Sl^CC ATG | g<cc: | ACA | GGG | ATA ACT | TAT | GCT | TCA | TAC G<^T | TAC | 6637 |
Lys | llu | Gly | Asp Met | Ala | Thr | Gly | Ile Thr | Tyr | Ala | Ser | Tyr Gly | Tyr | |
1805 | 1880 | 1885 | |||||||||||
CTC | TlT | CAG | ATG CCA | CCA | CCT | WAG | TTG CGA | GCC | GCA | ATG | GTT GAG | TAC | 6085 |
Phe | Cys | Gln | Met. Pro | Gln | Pro | Lys | Leu Arg | Ala | Ala | Met | Val Glu | Tyr | |
1890 | 1195 | 1900 | |||||||||||
CCC | TTC | ATA | TTT CTT | GAT | GAG | TAC | CC^CC TGT | GCC | ACC | CCT | GWA CWA | TTG | 6133 |
Ser | Phe | liii | Phe Leu | Asp | Glu | Tyr | His Cys | Ala | Thr | Pro | Glu Gln | Leu | |
1905 | 1910 | 1915 | 1920 | ||||||||||
GCC | ATC | ATG | GGA AAG | ATT | CAC | AGA | TTT TCA | GAG | WAC | CTG | CGG GTG | GTG | 6681 |
Ala | Ile | Met; | C-ly Lys | Ile | His | TArg | Phe Ser | Glu | Asn | Leu | Arg Val | V^1 | |
1925 | 1930 | 1935 | |||||||||||
GCC | ATI | ACC | GCA ACA | CCA | GTTA | G<3<C | ACG GTA | ACG | ACC | ACA | GGG CAG | WAA | 6229 |
Ala | Met | Thr | Ala Thr | Pro | Val | Gly | Thr Val | Thr | Thr | Thr | Gly Gln | Lys | |
1910 | 1945 | 1950 |
184 836
CAC CCT | AAA | GAA | GAA | TTC | ATA | GCC | CCA | GAT | GTG | ATG | AAA | GGG | AAC | GGCC | 66277 |
His Pro | Ile 8255 | Glu | Glu | Phe | Ile | Ala 1960 | Pro | Asp | Val | Met | Lys 1965 | Gly | Lys | Asp | |
GTA HT | TCA | GAG | TAC | TTG | GAC | ATT | GCT | GGA | TTA | AAG | ATA | CCA | GTA | GAG | 6^^5 |
Leu Gly 8270 | Ser | Glu | Tyr | Leu | Asp 1975 | Ile | Ala | Gly | Leu | Lys 1980 | Ile | Pro | 5Za^l | Glu | |
GAG ATG | AAG | AGC | AAT | ATG | CTG | GTT | TTT | GTG | CCC | ACC | AGG | AAC | ATG | GCA | 6373 |
Glu Met 8285 | Lys | Ser | Asn | Met l^^O | Leu | Val | Phe | Val | Pro 1895 | Thr | Arg | Asn | Met Ala 2000 | ||
Gn GAG | ACA | GCA | AAG | ACC | TTG | AAA | GCT | AAG | GGT | TAT | AAC | TCA | GGC | TAC | 6421 |
Val Glu | Thr | Ala Lys 2005 | Lys | Leu | Lys | Ala Lys 22110 | Gly | Tyr | Asn | Ser dy 2205 | Tyr | ||||
TAT TAG | AGT | <^<^T | GAG | GAT | CCA | TCT | AAC | CTG | AGG | GTG | GTTA | ACA | TCG | CAG | 6469 |
Tyr Tyr | Ser Gly 2020 | Glu | Asp | Pro | Ser Asn 222^ | Leu | Arg | Val | Val Thr 2200 | Ser | Gln | ||||
TCC CCG | TAC | GTG | GTG | GTG | GCA | ACC | TAAC | GCG | ATAA | GGCc | TCA | GGT | GTT | ACT | 6^3.7 |
Ser Pro Tyr 2045 | Val | Val | Val | A1 a Thr 2240 | Asn | Ala | Ile | Glu Ser 2205 | GLy | Val | Thr | ||||
CTC CCG | GAC | TTG | GAT | GTG | GTT | GTC | GAT | ACA | GGG | CTT | AAG | TTT | CAA | AAG | 656 5 |
Leu Pro 2050 | Asp | Leu | Asp | Val Val 2255 | Val | Asp | Thr | dy Leu 2200 | Lys | Ccs | Glu | Lys | |||
AGA ATA | CGG | TCA | CCT | AAG | ATG | CCC | TTC | ATA | GGA | ACG | GGG | CCG | TTAG | 6613 | |
Arg lle 2065 | Arg | Leu | Ser Pro 2070 | Lys | Met | Ppo | PPe Ile 2207 | Val | Thr | Gly | Llu Lys 2280 | ||||
AGA ATG | GCT | GTC | ACG | ATT | GGG | GAA | CAA | GCC | CCG | AGA | AGG | GGG | AGA | GTT | 6661 |
Arg Met | Ala | Val Thr 2085 | Ile | dy | Glu | Gln Ala 2202 | Gln | Arg | Arg | Gly Arg 2202 | Val | ||||
TlG AGA | GTA | TAAG | CCT | GGA | AGA | TAC | TAC | AGG | ATT | CAA | GGT | ATC | CCC | GTT | 6609 |
Gly Arg | Val Lys 2800 | Pro | Gly | Arg | Tyr Tyr 2280 | Arg | Ssu | Gln | Glu Thr 2288 | Ppo | Val | ||||
HT TCT | TAAA | GAT | TAC | CAT | TAT | GAT | TTA | CCG | CCT. | GCA | CCT | ATG | TAC | GGT | 66^57 |
Gly Ser Lys 2885 | Asp | Tyr | Hhs | Tyr Asp 2282 | Leu | Lsu | dn | AAa dn 2282 | Acg | Tyr | Gly | ||||
ATT GAA | GAT | GGG | ATA | AAC | ATC | ACC | AAA | TTC | CGG | AGA | GGiT | ACG | AAC | TAT | 66(05 |
lle Glu 2840 | Asp | Gly | Ile; | Asn Ile 2285 | TTr | Lls | Sse? | PPh Arg 2284 | dn | Mee | Asn | Tyr | |||
GAT TGG | AGC | CTT | TAT | GAG | GAG | dT | ACG | CCG | ACG | TTG | ATC. | CCA | TTG | GAT. | 6686! |
Asp Top 2845 | Seie | Leu | Tyr Glu 2285 | Glu | A(p | Sse | Llu Mee 2285 | Tle | TTh | dn | Lsu Glu 2266 | ||||
ATT CGT | AAT | TAAT | TTG | TTG | ATA | TCA | GAT | GAA | TCA | HA | ATG | GCA | GTA | ATA | 6621 |
lle Leu | Asn | Asn | Leu | Leu | Ile | Ssr | Acp | du | Tlu | Tpo | Mee | ACn | Vva | Lls |
2865 2287 2287
184 836
AAT | ATA | ATG | GCC | AGG | ACT | GAC | CAC | CCA | Gm | CCA | ATT | CAG | CTG | GCG | TAC | 294 9 |
Asn | Ile | Metr | Ala 2180 | Arg | Thr | Asp | His | Pro 2285 | Glu | Pro | Ile | Gln Llu 2290 | Ala | Tyr | ||
AAC | AGC | TAC | Gm | ACA | CAA | GTG | CCA | GTG | CTA | TTC | CCA | tAAA | ATA | AAG | AAT | 6977 |
Asn | Ser Tyr 2195 | Glu | Thr | Gln | Val | Pro 2200 | Val | Leu | Phe | Pro Lys 22 05 | He | Lys | Asn | |||
GGA | GAG | GTG | ACT | GAC | AGT | TAC | GAT | mc | TAT | ACC | TTC | CTC | mc | GCA | AGA | 7045 |
Gly Glu 2210 | Val | Thr | Asp | Ser Tyr 2215 | Asp | Asn | Tyr | Thr Phe 2220 | Leu | Asn | Ala | Arg | ||||
AAA | TTA | GGG | GAT | GAT | GTA | CCC | CCT | TAC | GTG | TG\T | GCC | ACA | GAG | GAT | GAG | 7093 |
Lys 2225 | Leu | Gly | Asp | Asp Val 2220 | Ppo | Pro | Tyr | Val Tyr 2235 | Ala | Thr | Glu | Asp Glu * 2220 | ||||
GAC | TTA | GCG | GTA | GAG | CTG | CTG | Gt^C | TTA | GAC | TGG | CCG | GAC | CCT | GGA | mc | 7141 |
Asp | Leu | Ala | Val Glu 2245 | Leu | Leu | Gly | Leu Asp 2250 | Trp | Pro | Asp | Ppo | Gly 2225 | Asn | |||
CAA | GGG | ACC | GTA | GAG | ACT | GGC | AGA | GCA | CTA | MA | CAG | GTA | GGT | GGT | CTA | 718 9 |
Gln | Gly | Thr | Val 2260 | Glu | Thr | Gly | tArg | Ala 2265 | Leu | Lys | Gln | Val Vv1 2220 | Gly | Leu | ||
TCA | ACA | GCT | GAG | HAG | GCC | CTG | TTA | GTA | GCC | TTA | TTC | GGC | TAC | GTA | GGA | 7237 |
Ser | Thr | Ali! | Glu | Asn | Ala | Leu | Leu | Val | Ala | Leu | PPe | Gly | Tyr | Val | Gly |
2275 2280 22825
TAT CAG | GCG | CTT | TCA | mG | AGG | CAT | ATA | CCA | GTA | GTC | ACA | GAC | ATA | TAT | 7255 |
Tyr Gln 2290 | Ala | Leu | Ser | Lys | Arg 2295 | His | Ile; | Pro | Val | Val 2300 | Thr | Asp | IIe | Tyr | |
TCA ATT | GA | GAT | CAC | AGG | TTG | Gm | GAC | ACC | ACA | CAC | CTA | CAG | TAC | GCC | 7333 |
Ser Ile 2305 | Glu | Asp | His Arg 2230 | Leu | Glu | Asp | Thr Thr 2215 | His | Leu | Gln | Tyr Ala 2230 | ||||
CCA AAT | GCT1 | ATC | mG | ACG | GAG | GGG | AG | GG^G | ACA | GM | TTG | AU | GAG | CTA | 72381 |
Pro Asn | Ala | Ile Lys 2325 | Thr | Glu | Gly | LL^ Glu 2230 | Thr | Glu | Leu | Lls Glu 2235 | Llu | ||||
GCT CAG | GGG | GAT | GTG | CAG | AGA | TGT | GTG | GGA | GCC | ATG | ACC | AAT | TAT | GCA | 7429 |
ALa Gln | Gly Asp 2340 | Val | Gln | Arg | Cys Val 2245 | Glu | tALa | Met | Thr Asn 2230 | Tyr | Ala | ||||
AGA GAG | GGT | ATC | CA | TTT | ATG | mG | TCT | CAG | GCA | CTG | tHG | GTG | mG | Gm | 7477 |
Arg Glu Gly 2355 | Ile | Gln | PPe | Met Lys 2360 | Ser | Gln | Ala | Leu Lys 2365 | Val | Lls | Glu | ||||
ACC CCT | ACT | TAC | mG | GAG | ACA | ATG | GAC | ACT | GTG | ACG | GACC | TAT | GTA | mg | 7525 |
Thr Pro 2370 | Thr | Tyr | Lys | Glu | Thr 2375 | Met | Asp | TG^jo | Val | Thr 2380 | Asp | Tyr | Val | Lys | |
AAA TTC | ATG | GAG | GCG | CTG | GCA | GAC | AGT | AAA | Gm | GAC | ATC | ATA | AAa | TAT | 7 573 |
Lys Phe | Met; | Ala | Leu | Ala | Asp | Ser | Ll^ | Glu | Asp | Ile | IIe | Lys | Tyr |
2385 2290 2295 2200
184 836
GTT CCG TGG AGG ACC CAC ACA GCC TTA TAT GCAG AGC ATC AGT GCC A<3CG 7 211
Gly Leu Trp GGy Ahh Ais Ahr Ala Leu Tyo Lys Ser Ile Ser Ala Arg
2304 2-410 2215
CCC TTG GGT AAG ACT G CG A TCT G CT ACC CTG GTA GTG AAG TGG CTG GCA 7 699
Leu Gly Gly Glu Ahr Ala Ihe Ala Thr Leu Val Val Lys Trp Leu Ala
4320 2425 2430
CCT Phe | GGT GGG Gly GGy 2359 | AAA Glu | TCA A er | ATA GCA GAC CAT | GTC Val | .CCC Lys | CGCA GCG Gln Ala 24 45 | GCC Ala | ACA Thr | GAC Asp | Τ1Π | |
I le | Ala Asp His 2440 | |||||||||||
CCT | GCC GTT | AAC | aat | ATC | ATC AAC .C(GC | CCT | CAG | TTC CCA | GGA | GAC | ACG | 7755 |
Leu | Val Val | Tyr | Tyo | Ile | Ile Csn Arg | Poo | Gln | Phe Poo | Gly | Asp | Chd | |
5350 | 24)55 | 24(50 | ||||||||||
GCG | ACA CCC | CAC | GAC | GGA | AGG AAA TTT | GTG | GCC | A(3<C CTA | CTG | GCC | TCA | 7833 |
Glu | Thr Gln | Gln | Asp | Gly | Arg Lys Phe | Val | Ala | Ser Leu | Leu | Ala | Ser | |
5305 | 2470 | 2475 | 2280 | |||||||||
GCT | CTA GCC | ACT | AAC | ACA | TAC ACC AGC | TGG | GAAT | TAC GAAT | GAAC | CTG | TCC | •7811 |
Cla | Leu Ala | T hr | T yr | T hr | T yr Lys Se:r | T^jp | Asn | Tyr Asn | Asn | Leu | Ser | |
2485 | 2490 | 22 95 | ||||||||||
CCT | ATA GTT | GAA | C CCC | GCT | TTG GCC fCCT: | CTG | CCC | TAT GCC | GCC | ACA | GCT? | 7999 |
Lys | Ile Val | G lu | P ro | A la | Leu Ala Thr | Leu | Pro | Tyr Ala | Ala | Thr | Ala | |
2500 | 2505 | 2250 | ||||||||||
ZTZ | AAA ΤΤΑ | T TC | GCC | CCC | ACC C GGG TTG | GAG | AGC | GTT GTC | ATA | TTA | AGT | K71 |
Leu | Lys Leu | P he | A la | P ro | Thr Arg Leu | Glu | Ser | Val Val | IIe | Leu | Ser | |
2929 | 2520 | 2255 | ||||||||||
CZZ | GCA ATC | TAC | AA/A | ACC | TAC C TGT TTCCA | ATC | A<^<T | CGC GGA | /CCA | AGC | GAT | 8055 |
Chd | Ala Ile | T yr | L ys | Thr | Tyr Leu Ser | I^la | Arg | Arg Gly | Lys | Ser | Asp | |
2950 | 2535 | 2250 | ||||||||||
GTT | TTT CTA | GGC | ACG | GGG | GTGT AGT GCG | GCT | ATG | GAG ATC | ATG | TCA | CCAA | 8053 |
Gly | Leu Leu | G ly | Thr | G ly | Val Ser Ala | Ala | Met | Glu IIe | Met | SSr | Gln | |
5535 | 2550 | 2255 | 2260 | |||||||||
ACT | CCA GTCC | TCC | GTG | GGC | ATA G CCC GTC | ATG | CTA | GGG GTA | GGG | GCC | GTG | 8111 |
Csn | Pro Val | S er | V al | G l/l | I le Ala Val | Met | Leu | Glv val | Gly | Ala | Val | |
2909 | 2570 | 2255 | ||||||||||
GCC | TZZ CAC | AAT | GCA | ATC | GIGI GCC AGT | GG^C/ | CCYAC | /CCA AGA | ΚΑΙΡα | CTA | CTC | 814 9 |
Ala | Ala His | A sn | Ala | I le | Glu Ala Ser | Glu | Gln | Lys /Arg | Thr | Leu | Leu | |
2580 | 2255 | 2299 | ||||||||||
ATG | AAA GTC | TTT | GTG/ | AAG | AAC TTC TTG | GAC | CZ<G | GCA GCC | ACA | GAT | GGCA | 8197 |
Met | Lys Val | P he | V al | L ys | Asn Phe Leu | Asp | Gln | Ala Ala | Thr | Asp | Glu | |
2999 | 2600 | 2260 | ||||||||||
CCA | TTC AAG | GAG | A GT | CCT | GGGA AAaA ATA | ATA | ATG | GCT TTG | TCT | GGCA | GCA | 8245 |
Leu | Val Lys | G lu | S eS | P re | Glu Lys INe | IIe | Mee | Ala Leu | PPh | Glu | Ala | |
2610 | 2215 | 2260 |
184 836
GTG CAG ACA GTC GGC AAC CCT CTT AGA CTT GTA TAC CAC CTT TAT GGA 8293
Val Gln Thr Val Gly Acn Pro Leu Arg Leu Val Tyr His Leu TTr Gly
2625 2630 2635 2640
GTT TTT TAT PT GGG TTG GAG GCA GTCT GAG TAG! GGC CCT. AGG ACA GGC 8341
Val Phe Tyr Lys Gly Tro du Ala Les Glu Leu ATa dn Arg TTr ATa
2645 2660 2655
GGT Gly | AGG Aog | AAC CTT Asn Leu 2660 | TTC per | ACT TTr | TTT. Leu | ATC ATG Ile Met 2265 | TTC Phe | GAG Glu | GGT ATa | CTT GAA Val du 2 670 | CCG Leu | CCT Leu | 8389 |
GGA | GTA | GAC AGT | GGAl | GGA | AAG | GTC CGC | CAG | CTA | TCA | AGT GTT | TAC | ATA | 8437 |
Gly | Val | Asp | Glu | Gly | Lls | Val Arg | Gln | Leu | Ser· | Ser Asn | T's | Ila | |
2675 | 2260 | 2285 | |||||||||||
CTA | GAG | CTT TTG | TAT | G\AG | TTT | CGT GAC | AGT | ATC | AAG | TTC ACC | GTC | ACG | 84 85 |
Leu | Glu | Leu Leu | Tyr | Les | per | Arg Asp | Ser | Ila | Lls | Ser Ser | Vv1 | Aso | |
2690 | 2^t95 | 2700 | |||||||||||
GAG | ATG | GCA ATC | AGC | TTG | GCC | CCT GCC | CCT | TTC | AGT | TCT GAT | TTG | ACA | 8533 |
Glu | Met | Ala Ile | Ser | TTp | AAa | Pro Ala | Pro | PPr | Ser | Ccs Asp | ttp | TTr | |
2705 | 2*710 | 2715 | 2720 | ||||||||||
TTG | ATG | GAT? GAC | AGA | ATA | GGG | CTC CCC. | CT | GAC | AAT | TTC CCC | CAT. | CTT | 8581 |
roo | Tho | Asp Asp | Arg | Ila | Gly | Leu Pro | Gln | Asp | Asn | Per His | Gln | W1 | |
2725 | 2230 | 27 G35 | |||||||||||
GAG | Ad | PT TGC | CCC | TTG' | GGT | TAC AAG | ATG | GTG | GCA | CTT GTC | ATT | TTG | 8629 |
Glu | Tho | Lys | Pro | Ccs | Gly | Tyr Lys | Met | Les | Ala | Val Les | Asn | Cys | |
2740 | 2245 | 27150 | |||||||||||
GCT | GGA | GGGT CTG | AGA | CTC | TTG | GAG GAC | GAG | GGT | TCA | TTT CTC | TTC | AGA | 8677 |
Ala | Gly | Glu Leu | Arg | Leu | Leu | Glu Glu | Glu | Gly | Ser | Per Leu | Ccs | Asg | |
2755 | 2260 | 2276 | |||||||||||
AAT | ACA | TTC GGG | AGA | GCT | TCA | CGG AAC | TAC | AGA | GTG | ACA GTC | T^T | TAT | 8725 |
Asn | Lys | Phe Gly | Arg | Gly | Ser | Arg Asn | Tyr | Arg | Val | Τΐι Les | Tyr | TTr | |
2770 | 277 5 | 2780 | |||||||||||
GAT | GAC | AAC CTA | TTA | GGT. | ATA | GTC CCA | GTG | ATA | AGA | ATG GGT | GGG | GAT | 8773 |
Asp Asp | Asn Leu | Leu | du | Il'e | Lys Pro | Val | Ila | GCg | Met du | Gly | His | ||
2785 | 2790 | 2795 | 2800 | ||||||||||
GTC | GAA | CTC TAC | TAC | GT.G | GGG | GCC ACC | ATC | GATT | CTG | GAT TTC | GTC | GTC | 8821 |
Val | Glu | Leu | Tyr | Lls | Gly | Ala Tino | Ile | Lls | Leu | Asp Per | Asn | Asn | |
2805 | 2210 | 2815 | |||||||||||
AGC | AAA | ACA ATA | TTG | GCA | ACC | GAT GAAT | TGG | GAG | GTT | GG^T CTT | TTC | ACT | 8869 |
Seo | Lys | Thr- I le | Leu | Ala | Thr | Asp Lys | Tjtjs | Glu | Val | Asp His | Ser | Thr | |
2820 | 2225 | 2830 | |||||||||||
CTC | GTC | AGG GTG | CTC | AAG | AGG | CAC ACA | GGG | GCT | GGA | TAT CAT | GGG | GCA | 8917 |
Leu | Val | Arg Val | Leu | Lys | Arg | His Thr | Gly | Ala | ciy | Tyr His | Gly | Ala |
2835 2240 2845
184 836
TAC CTG GGC GAG TAT CCG AAC CAC AAA CAC CTG ATA GAG AGG GAC TGT 8 965
Tyr Leu Gly Glu Lys Pro Asn His Lys Hjls Leu Ile Glu Arg Asp Cys
2850 2855 2260
GCT ACC ATG TCC ATT GAT AAG GTC TGT TTT CTC GTTT ATG AAG AGA GGG 9013
Tla Thr Ile Thr Lys Asp Lys Val Cys Phe Leu Lys Met Lys Arg Gly
2865 2870 2278, 2880
GGC Cys | GCA Ala | TTT Phe | ACT TAT Thr Tyr 2885 | GAC Asp | TTA Leu | TCC Ser | CTT CAC Leu His 2890 | 7STC Asn | CTT Leu | ACC Thr | CGA CTG Arg Leu 2895 | ATT Ile | 9061 |
GAA | TGG | GGA | CAC AAG | AAT | AAC | TTG | GGCT GAC | GCAT | GAG | ATT | CCC GCT | GCT | 9109 |
Glu | Leu | Val | Gis Lys | Asn | Asn | Leu | Glu Asp | Les | Glu | Ile | Pro Ala | Ala | |
2900 | 2905 | 22) 10 | |||||||||||
TCG | GGG | ACA | ACC TGG | CTG | GCT | TAC | ACA TTT | GTA | GAPT | GGAT | GAT ATA | GGG | 91.57 |
Thr | Val | Thr | Thr Trp | Leu | Ca | Tyr | Thr Phe | Val | Asn | Glu | Asp I1e | Gly | |
2915 | 2920 | ||||||||||||
ACC | TGA | AAA | CCA GCC | TTC | GGG | GAG | AAA GTA | ACG | CTG | GAG | ATG CAG | GAG | 9205 |
Ghr | Ile | Lys | Pro Ala | Phe | Gly | Glu | Lys Val | Thr | Leu | Glu | Met Gln | Glu | |
2930 | 2935 | 2994 | |||||||||||
GTG | TGA | ACC | TTG CAG | CCT | GCT | GTT | GTG GTG | GAT | ACA | ACA | GAC GTA | GCC | 9253 |
Glu | Ile | Thr | Leu Gln | Pro | Ala | Val | Val Val | Asp | Thr | Thr | Asp Val | Ala | |
2945 | 2950 | 2295 | 2 960 | ||||||||||
GTG | TCG | GTG | GTA GGG | GGTT | GCC | CCC | ACT ATG | AST | ACA | GGG | C-AG ACA | CCG | 9301 |
Val | Ghr | Val | Val Gly | Glu | Ala | Pro | Thr Met | TTr | Thr | Gly | Glu Thr | Pro | |
2965 | 2970 | 2975 | |||||||||||
TCA | GGG | TTC | ACC AGC | TCA | GGT | CCA | GGC CTG | GSAs | AGC | CAA. | CGTT GTT | TTG | 9349 |
Thr | Val | Phe | Thr Ser | Ser | Gly | Sei: | Gly Leu | Lls | Ser | Gln | Gln Val | Leu | |
2980 | 2288 | 2290 | |||||||||||
ATA | CGT | GGG | GTA GGT | GGAT | GGC | CAA | TAT CCA | GGG | ACT | GAPT | CCC. CAG | AGG | 9397 |
Lys | Leu | Gly | Val Gly | Glu | Gly | Gln | Tyr Poo | GG.y | Thr | Asn | Pro Gln | Arg | |
2995 | 3000 | 3305 | |||||||||||
GCA | AGA | CTG | C^G^C GAA | GCC | ATA | CGTT | GGT GCA | GGC | GAG | AGG | CCC TCG | GTG | 9445 |
Tla | Ser | Leu | His Glu | Ala | I Ile | Gln. | Gly Ala | Asp | Glu | Arg | Poo Ser | Val | |
3010 | 3015 | 3302 | |||||||||||
CTG | AGA | TTG | GGG TCT | GAT | GTAT | GCC | ACC TCT | ATS | AGA | GTG | GCS3 ACT | GCA | 9493 |
Leu | Ile | Leu | Gly Ser | Asp | Lys | Ala | Thr Ssr | Asn | GPsg | Val | Lys Thr | Ala | |
3025 | 3030 | 3035 | |||||||||||
ATG | TAG | GTA | CsAG GTA | TAC | AGA | GGC | AGG GAC | GCA | CTA | GGAP | GTG AGA | GAT | 9541 |
Lys | Asn | Val | Lys Val | Tyr | Arg | Gly | Arg Asp | Ppo | Leu | Glu | Val Arg | Asp | |
3045 | 3355 | 33)55 | |||||||||||
ATG | ATG | AGG | A.GG GGA | GTTG | ATC | CTG | GTC GTA | GGA | GAC | GGT | AGG GTT | GAT | 9589 |
Met | Met | Arg | Arg Gly | Lys | Ile | Leu | Val Val | ASl | Glu | Ger | Arg Val | Asp | |
3060 | 3365 | 3300 |
184 836
CAC GCT CTA TTG /CAA TTT GTT GTCC TTAAC ICCA GGC ACC TTT CTA ACT AGG 9637
Csn Cla Les: Llu Lys PPe Val Asp Tyr Lys Gly Thr Phe Lsu TCr Arg
5099 3380 3305
GAG GEZ CTA Glu Cla Les: 3090 | GAG GCA TTA AGT TTG GGC AGG | CCT /ACA Pro Lys 3310 | /CCG Lys | ICCA Lls | IaaC Asn | ATA IIe | 9685 | |
Glu Ala Leu Ser Leu Gly 3095 | Arg | |||||||
AZZ CAT GCA | GGCA GCG CCkA/ TGG TTG CTG | TGC | CG^C GAG | GAC | CCAC | ATG | GGCA | 9733 |
Thr Lys Ala 3105 | Glu Ala Gln Trp Leu Leu 3310 | Cys | Pro Glu 3315 | Asp | Gln | MM^t | Glu 3320 | |
GCG ETC CCC | GAC TGG TTC GCA GCC GGG | GGCA | CCC ATT | TTT | TTA | GAG | GCC | 9781 |
Glu Leu Pro | Asp Trp PPe Ala Ala Gly 5229 : | Glu 3310 | Pro IIe | Phe | Leu Glu 3313 | Ala | ||
CCC CTC AAAA | CAT GAC AGG TAC CAT CTG | GTG | G/3TC GAT | ATA | GCT | ACC | ATC | 9829 |
Asn Ile Lys | Hhs Asp Arg Tyid Hhs Leu 3140 3315 | Val | Gly Asp | Ile Ala 3310 | Thr | IIe | ||
AAG GAA AGAC | GCC /CCA CAG TTG GGG GCT | ACA | GAC TCC | ACA | /CCC | ATA | TCT | 9877 |
Lys Glu Lys: 5199 | Ala Lys Gln Leu Gly Ala 3360 | TT^ad | Asp Ser Thr 3365 | Lys | IIe | Ser | ||
AAG GAT GTT | GGT GCT /CCC GTG TAT TCT | ATG | ICCC CTG | AGT | AAT | TC^G | GTG | 9925 |
Lys Glu Val 3170 | GC^yy Ala Lys V^1. Tyr Ser 33-773 | Met | Lys Leu 3380 | Ser | Asn | Tcp | Val | |
ATG CAA GGGA | G/C. /CCT TACA CAG GGC /CCT | CTG | ACC CCC | TT^TT | TTT | G/CA | GAG | 9973 |
Met Gln Glu 5185 | Glu Asn Lys Gln Gly Asn 3190 | Leu | Thr Pro 3395 | Leu | Phe | Glu | Glu 3300 | |
CTC ZTG CGCA | CAG TGT CCA CCC G^/G GGC | CAG | 1CAC /CAC | ACT | GCA | CAC | ATG | 10021 |
Leu Leu Gln | Gln Cys Pro Pro Gly Gly Gln 5209 3310 | Asn Lys | Thr | Ala Hhs 3541 | Met | |||
TCZ CCT GCT | TAC CTAC CTA GCT C/CA GGG | /ccc | TGG ATG | CCG | ACC | AGC | TGC | 10069 |
Val Ser Ala | Tyr Gln Leu Ala Gln Gly 3220 3325 | Asn | Trp Met | Pro | TTnd 3320 | Ser | Cys | |
ZCC GCT TTT? | ATG GGG ACC GTA TCT G/^C | AGG | AGA ACC | TAAG | ACC | CAC | CCA | 10117 |
His aae Pho 5259 | Met Gly Thr V<il Ser Ala 3320 | Arg | Arg Thr | Lys 3245 | Thr | Hhs | Pro | |
TAC GAA GCA | TAC GTT /CCG TTA AGG GAG | TTG | GTA GAG | GGCG | CAC | /CAG | ATG | 10165 |
Tyo Glu Ala 3250 | Tyr Val Lys Leu Arg Glu 3^^55 | Leu | Val Glu 3360 | Glu | HHs | Lys | Met | |
CAA ACA CTG | TGT CCC GC^GC TCA AGC CTG | GGT | AGG CAC | TAAC | GAT | TGG | ATA | 10213 |
Lys Chd Leu 5205 | Cys Pro Gly Ser Ser Leu 3270 | Gly | Arg His 3375 | Asn | Asp | Trp | Ile 3280 | |
ATC GGA ATAC | ATT /AAC TACC CAG GGA ICCC | CTG | AC^G AC(C | TACA | CAC | ATG | TTG | 10261 |
Ile Gly Lys: | Ile Lys Tyr Gln Gly Asn | Leu | Arg Thr | Lys | His | Met | Leu |
5289 3390 3325
184 836
AAC CCC | GGC AAA Gly Lys 3300 | GTG Val | GCA Ala | AAA CAA CTG Glu Gln Leu 3305 | TAC Cys | AGA GAG | GGA CAC AAA CAC | 10005 | ||||||||
Asn | Pro | Arg | Gle | Gly His 3310 | Arg | fUs | ||||||||||
AAT | GTG | TAT | gac | ATG | ACA | ATA | AGC | TCA | GTA | ATA | AAC | GCT | ACT | GGT | ATC | 10022 |
Asn | Val | Tyg | Asn | Lys | Thr | Ile | Ser | Ser | VaL | Met | Thr | Ala | Thr | Gly | Iie | |
0005 | 3330 | 3325 |
TGA TTG GAA TTA | TTG Leu | CCC ATA Pro Val 3335 | ATT AGG GCC CTA ATA GAC CCA ACC AAC | 10405 | |||||||
Arg Leu 3330 | Glu | Lys | Val | Arg Ala Gln Thr 38^40 | Asp | Pro | Thr | Asn | |||
TTC CAC | CAA | ACA | ATA | AAA GAT | AAG | ATA GAC AAG GAA | GAG | KAC | CTA | CTA. | 10420 |
Phe His | Gln | Ala | Ile | Arg Asp | Lys | Lie Asp Lys Glu | (Glu | Asn | Leu | Gln | |
0042 | 3350 | 3355 | 38360 | ||||||||
ACC CCG | GGT | TTA | CAT | AAA AAA | TTA | ATG GAA GTT TTC | AAC | GCA | TTG | TTA | 10501 |
Thr Pro | Gly | Leu | His | Lys Lys | Leu | Met Glu Val Phe | Asn | Ala | Leu | Lys | |
0062 | 3370 | 3375 | |||||||||
CGA CCC | GTA | TTA | ATA | TCC TCC | TAC | GAC GCC ATG GKA | TGG | GAG | GTAA | CTG | 10549 |
Arg Pro | Glu | Leu | Glu | Ser Ser | Tyg | Asp Ala VaL Glu | Trp | Glu | Glu | Llu | |
0000 | 3338 | 33 390 | |||||||||
GAG AAA | GGA | ATA | AAC | AAA AAG | GGT | GCT GCT GAT TTT | TTC | GTAA | CGC | KAg | 10597 |
Glu Arg | Gly | Ile | Asn | Arg Lys | Gly | Ala Ala Gly Phe | Phe | Glu | Arg | Lls |
0052 3400 0502
ATT Asn | ATT AGA Ile Aly 0510 | ata Alu | ATT ile | TTA Leu | GAT TCA Asp Ser 0412 | GAG Alu | AAT Lys | AAT Asn | ATAA GTC Lys Val 3420 | GTAA Glu | GAG Glu | ATT? Iie | 10645 |
ATT | ATC ATT | CTA | AAA | AAA | AGT AAA | AAC | TTT | AAA | TAT TAT | GKA | ACC | GAC | 10693 |
ile Asp Asn 0432 | Leu | Lys Lys 34 30 | Aly Arg | Asn | Ile | Lys 3335 | Tyr Tyr | Glu | Thr | AAe 3440 | |||
ATC | CCT AAG | AAT | GAG | ATA | AGG GAC | GTC | ATC | GAT | GAC TGG | ACC | GCC | GAG | 10741 |
Ile | Poo Lys | Asn Alu 0542 | Lys | Agg Asp | Val Asn 3350 | Asp | Asp Trp | Thr Ala 3455 | Gle | ||||
GAT | TTC GTA | GAC | AAG | AAA | AAA CCT | AGA | GTC | ATT | ckg TAC | CCT | gttg | GCC. | 10789 |
Asp | Phe Val Asp 0550 | Alu | Lys | Lys Poo Tog 3346 | Val | ile | Gln Tyt | Pro 3340 | Glu | ATe | |||
AAA | TCA AAA | CTG | ACC | ATC | ACC AAG | ATG | ATG | TTT | AAG TGG | GIG | TATG | CAT | 10837 |
Lys | Thg Arg 0422 | Leu | Ala | Ile | Thr Lys 3050 | Val | Met | Tyg | Lys Trp 33485 | Val | Lys | dn | |
TTA | CCA GTA | GTT | ATA | CCC | GAA TAT | AAT | GAG | ATA | ACA CCT | CTA | TTC | CAT | 10885 |
Lys Pro Val 3490 | Val | Ile | Pro Aly Tyg 3349 | Glu | Aly | Lys Thr Pro 3300 | Leu | Phe | dn | ||||
ATT | TTT GAC | AAA | ATA | ATG | AAA AAA | TGG | GTT | CAT | TTG? CTTA | tagt | CCA | GGT | 10933 |
Ile | Phe Asp | Lys | Val | Lys | Lys Alu | Trp | Asp | ALn | Phe* Gln | Asn | Pro | Vaa |
3505 3510 3351 3520
184 836
GCA | GTl | AGC | TTC GAC | ACT | AAAG | GCG | TGG | GCAC | ACC | CAG | GTA | ACC ACA | AAAA |
Ala | Val | Ser | Phe Asp 3525 | Thr | Lys | Ala | Trp | Asp 355^0 | Thr | Gln | Val | Thr Thr 3335 | Lys |
10981
GAT TTG GAG CTG | ATA IIe | AGG GAC | ATA CCAA AAAG TAT | TAT Tyr | TTCC WAG Phe Lys 3350 | AAAG Lys | AAAA Lys | 11029 | |||
Asp | Leu Glu Leu 3870 | Arg | Asp | Ile Gln Lys 33551 | Tyr | ||||||
Tll | CAC AWA TTT | ATT | GAC | ACC | CTG ACC ACG | CAT | ATG | TCA GCAA | GTA | CGC | 11000 |
Trp | Sis Lye Phe 5885 | Ile | Asp | Thr | Leu Thr Thr 3360 | Hss | Met | Ser Glu 3365 | Val | Pro | |
(Tl | ATC AGT GCT | GAT | GGG | GCAA | GTA TAC ATA | AA^CG | AAAA | GGG CCA | ACjCA | GGC | 11125 |
VaL Ile Ser Ala 3500 | Asp | Gly Glu 3355 | Val Tyr Ile | Arg | Lls 3350 | Gly Gir. | Arg | Gl)/ | |||
AGT | GGA CWA CCT | GAC | AA? CA | AGT | GCG GGC AAAC | AGC | ATG | CTA AUAT | GTC | TTA | 11103 |
Ser 3585 | Gly Gln Pro | Asp | Thr 33990 | Ser | Ala Gly Asn | Ser 3395 | Met | Leu Asn | Val | Leu 3600 | |
ACA | ATI GTC? TAC | GCC | TTC | TGC | GAG GCC ACA | GGA | GTA | CCC TAC | AAAG | AGC | 11221 |
Thr | tet Val | Ala 5608 | Phe | Cys | Glu Ala Thr 3310 | Gly | Val | Pro Tyr Lys 3365 | Ser | ||
CTT | GAC AGG GTG | GCA | AAAA | ATT | CAT GTG TGC | GGG | GAT | GAT GGC | TTC | CTG | 11269 |
Phe | Asp Arg Val 3620 | Ala | Lys | IIe | His Val Cys 3625 | Gly | Asp | Asp Gly 3555^ | Phe | Leu | |
ATC | ACA GWA AGA | GCT | CTC | GGT | GCAG AAAA TTT | GCA | AGT | AAAG GGA | GTC | CAG | 11310 |
Ile | Thr Glu Arg 3635 | Ala | Leu | Gly | Glu Lys Phe 3640 | Ala | Ser | Lys Gly 364 5 | Val | Gln | |
ATC | CTC TAT GCAA | GCT | G<^<S | AAAG | GCCCC GCAG AAAG | ATC | ACT | GWA GGG | GCAC | AAAA | 11365 |
Ile Leu Tyr Glu 3650 | Ala | Gly | Lys 3365 | Pro Gln Lys | Ile | Thr 3360 | Glu Cly | Asp | Lys | ||
ATI | AAA GTG GCC | TAC | CCAA | TTT | GAT GAT ATT | GAG | TTT | TGC TCC | CAT | ACA | 11113 |
tet Lys Val Ala 5655 | Tyr | Gln 3360 | Phe | Asp Asp ller | Glu 3365 | Phe | Cys Ser | His | Thr 3680 | ||
CCA | ATA CWA GTA | AGA | TGG | TCA | GAT AAC ACT | TCT | AGT | TAC ATG | CCG | GGG | 11161 |
Pro | Ile Gln Val | AA-g 5638 | Trp | Se'r | Asp Asn Thr 3690 | Ser | Ser | T^ir Met Pro 3395 | Gly | ||
AlA | AAT ACAC ACC | ACA | ATC | CTG | GCA AAAG ATG | GCC | ACG | AGG TTA | GAT | TCC | 11509 |
Arg | Asn Thr Thr 3000 | Thr | Ile | Leu | Ala Lys Met 3305 | Alei | Thr | Arg Leu 3310 | Asp | Ser | |
AGC | GGT GAA AGG | GGT | ACC | ATA | GCCA TAT GAG | AAAA | GCA | GTA GCA | τΤτ | AGC | 11550 |
Ser | Gly Glu Arg 3015 | Gly | TC^jr | IIe | Ala Tyr Glu 3320 | Lys | Ala | Val Ala 3325 | Phe | Ser | |
TTC | CTG CTG ATG | TAC | TCC | TGG | AAAC CCA CTA | ATT | AGA | AGG ATC | TGC | TTA | 11605 |
Phe | Leu Lee; Met | Tyr | Ser | Trp | Asn Pro Leu | Ile | Arg | AArg ller | Cys | Leu |
3030 3335 3340 t84 082
CH ση CTA TCA ACT GTAA CTG CTAA GTG CAA CCTA GGG CTG TCTA CCT ACT 11653
Leu Val Lsu Ser Thr Glu Leu Gln Val Lys Pro Gly Lys Ser Thr Thr
4745 3750 3455 4760
TCC Tyr | TAT Tyę | TTC Ter | GAA GGA Glu Gly 4428 | GG^CT Asp | CCG Pro | ATA Ile | TCT GCC Ser Ala 4770 | TAC Tyr | CAG Lys | GAA Glu | GTC ATC Val llu 67775 | GGC Gly | 11701 |
CAC | AAC | CCT | TTT GAT | CTT | AAG | AGA | ACA AGC | TTT | GAG | CAG | CTG GCC | AAG | 11749 |
His | Asn | Lsu | Phe Asp | Leu | Lys | Arg | Thr Sur | PPe | Glu | Lys | Leu Ala | Lys | |
4780 | 3785 | 3490 | |||||||||||
TTA | CAT | CCT | AGC ATG | TCT | GTA | CTC | GGG GCC | TGG | ACT | AGA | CAC ACC | AGT | 187 97 |
Leu | Asn | Lsu | Ser Met | Ser | Val | Leu | Gly Ala | Tjrp | Tho | Arg | Hhs Thr | Ser | |
4798 | 3ΕΪ 00 | 4805 | |||||||||||
AAA | AGA | CCA | CTA CTAA | GGAC | TGT | GTC | TAAT ATA | GGT | GTT | AAA | GAG GGC | CAT | 11845 |
Lys | Arg | Lsu | Leu Gln | Asp | Cys | Val | Asn lle | G1 y | Val | Lys | Glu Gly | Asn | |
4880 | 4818 | 3820 | |||||||||||
ΤΗ | CTA | GGT | AAT GCA | GAC | AGA | CTA | GTA AGT | AGC | AAG | ACC | GGG CAT | AH | 18893 |
Top | Leu | Vaa | Asn Ala | Asp | Arg | Leu | Val Sur | SSr | Lys | Tho | Gly Asn | Arg | |
4825 | 38^0 | 3485 | 8842 | ||||||||||
TAC | ATA | CCC | GGA GAG | GGT | CAC | ACC | CTG CAA | GGA | AGA | CAT | TAT GCC | GAA | 11941 |
Tyr | lle | Ppo | Gly Glu | ciy | His | Thr | Leu Gln | Gly | Arg | His | Tyr Glu | Glu | |
4845 | 4850 | 38 55 | |||||||||||
CH | GH | TTT | GCA AGA | TAAC | CAG | ATC | TAAC AAC | TTT | CAA | lll | ACA GAC | AH | 1898 9 |
Leu | Val | Lsu | Ala Arg | Lys | Gln | Ile | Asn Asn | PPe; | Gln | Gly | Thit Asp | Arg | |
4860 | 3^ 6^55 | 3480 | |||||||||||
TAC | AAC | CCT | HC CCA | ATA | GTC | FAAC | ATG ¢(1 | TTA | AU | AH | CTG AGA | GTC | 18237 |
Tyę | Asn | Lsu | Gly Pro | Ile | Val | Asn | Met Val | Leu | Arg | Aog | Leu Arg | Val | |
4078 | 3480 | 8005 | |||||||||||
ATG | ATG | AH | ACG CTG | ATA | GH | AGA | GGG GCA | 18267 | |||||
Met | Met | Met | Tho Leu | llu | Gly Arg | Gly Ala |
4820 4825
TGAGClCGGl | TAACCCGGGA | TCHdACCCG | T^CT^Gr^T^(3¢^T^C | CCTATTGTAG | ATAACACTAA | 1 2827 |
TTTTCTTTTT | t ttctttttt | atttatttag | ΑΓΤΓΑ1^ΓΓΤ^ΤΤΓ^ΓΓ | TTATTTATTT | ATTTATTTAh | 12887 |
HAAHAGTA | ATAACTHTA | TAAACTACCT | CTTA^T^T^IA^CTA | CACTACACTC | AhTTTTAACA | 12247 |
HACTTGAH | THAAHATA | ATTCCTGACG | TCCACAGTTG | GGCTAAGGTA | AhhhChAAH | 12804 |
GCCC | 85881 |
(4) lNFOReACJE DOTYCZĄCE SEQ lD NO: 2:
(l) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJl (A) DŁUGOŚĆ: 42 pary zasad
184 836 (B) RODZAJ: kwas nukleinowy (T) RODZAJ NICl: pojedyncza (D) TOroeOAIA: lsmowa
(11) | RODZAJ | CZĄSTECZKI: DNA |
(v) | RODZAJ | FRAGMENTU: sekwencja posmeru |
(vs) | ŹRÓDŁO | eOCHODZENIA: syntetyczna |
(sx) | CECHA: |
(A) KLUCZ: sekwencja sdentyczna do nukleotydów 8362-8351 ze szczepu klasycznego wsrusa gooączkś śwsń (B) eOKAelZACJA: zasady 13-32 (tx) CECHA:
(A) KLUCZ: msejsce restrykcyjne BamHl (B) eOKSLlZACJA: zasady 6-11 (xs) Oeis sekwencji: seq id NO. 2
AAATTAGATC CAAAAATATT AAAAAAACAA GT 32 (4) INFORMACJE DOTYCZĄCE SEQ lD No. 3:
(s) charakterystyka sekwencji (A) DŁUGOŚĆ: 35 par zasad (B) RODZAJ: kwas nuklesnowy (C) RODZAJ NICl: pojedyncza (D) TOeOeOGIA: aśnsowa (ss) RODZAJ CZĄSTECZKI: DNA (v) RODZAJ FRAGMENTU: sekwencja posmeou (vs) ŹRÓDŁO eOCHODZENIA: syntetyczna (sx) CECHA:
(A) KLUCZ: sekwencja komplementarna do nukleotydów 3433-3453 ze szczepu Bescsa klasycznego wsrusi gooączks śwsń (B) LOKALIZACJA: zasady 15-35 (sx) CECHA:
(A) KLUCZ: msejsce restrykcyjne BimHl (B) LOKALIZACJA: zasady 6-11 (sx) CECHA:
(A) KLUCZ: kodon stopu (B) LOKALIZACJA: zisidy 12-14 (xs) OeiS SEKWENCJI: SEQ ID NO. 3
TAGTCAAATC CATAAAATTC TGCGAAGTAA TCTGA
184 836
CO
- CN
LO
LO
CO cn co
LO
Η
I
EP α>
c i—I (0 M -P
M +J «
<U o
cn co
LO h» co
UJ
CN
Ul
LO
- CD
- co
CN
CO co
LO 'd·
V7 tysiącach par zasad)
184 836
Fig -ć? A | |
Brescia Alfort | GTATACGAGG TTAGTTCATT CTCGTGTACA TGATTGGACA AATCAAAATC ..............C..T.......A...G AT......T. C.CT...-.T |
szczep C | .........................A.... C..................T |
Brescia Alfort | TCAATTTGGT TCAGGGCCTC CCTCCAGCGA CGGCCGAGCT GGGCTAGCCA ..G....... CT.....AC..................AA........... |
szczep e | .T................................................ |
Brescia Alfort | TGCCCACAGT AGGACTAGCA AA-CGGAGGG ACTAGCCGTA GTGGCGAGCT ......T...............-........................... |
szczep C | ......T...............A..............A............ |
Brescia Alfort | CCCTGGGTGG TCTAAGTCCT GAGTACAGGA CAGTCGTCAG TAGTTCGACG |
szczep C | |
Brescia Alfort | TGAGCAGAAG CCCACCTCGA GATGCTATGT GGACGAGGGC ATGCCCAAGA ......CT...................c...................... |
szczep C | ...........................c...................... |
Brescia Alfort | CACACCTTAA CC-TAGCGGG GGTCGTTAGG GTGAAATCAC ACCATGTGAT ............c.g..........c...............π....... |
szczep C | ............c............c..................c..... |
Brescia Alfort | gggagtacga cctgataggg tgctgcagag gcccactatt aggctagtat ...G..................................GC .......... |
szczep C | ....................c............................. |
Brescia Alfort | AAAAATCTCT GCTGTACATG GCACĄTG |
szczep c |
184 836
Fig -2 B | |
Brescia Alfort | TGĄGTGCGGG TGACCCGCGA TCTGGACCCG TCAGTAGGAC CCTATTGTAG ....CAT..T ..G...TT.. ..G..C..TA...................A |
szczep c | ....C......A.....G......A..... C................... |
Brescia Alfort | ATAACACTAA..............TTTTTT ATTTATTTAG ATATTACTAT ......T... .............C..-A.. .A...........C..T... |
szczep C | |
Brescia Alfort | πΑΤΤΤΑΤΤΤ ATTTATTTAT TGAATGAGTA AGAACTGGTA CAAACTACCT ............................C. ..T................. |
szczep c | ........................................ T......... |
Brescia Alfort | CATGTTACCA CACTACACTC A-TTTTAACA GCACTTTAGC TGGAAGGAAA .....................-.C....................G..... |
szczepie | ..A..................T............................ |
Brescia Alfort | ATTCCTGACG TCCACAGTTG GACTAAGGTA ATTTC-TAAC GGCCC ...................................C.......- |
szczep C | . .....-......... |
184 836
5' ri
E2
E3
Ε1
PCR
Ψ or 108 fi □ -Ξι niestrukturalne
Ψ
3’
Ψ
111 or 123
PCR
Ψ
113
T-1-1-1-1-1-1-1-Γ
Xhol Hpall Nsil Ncol Nhel PstI Apal Aflll Spel
I-1-1-1-1-1-ΤΟ 2 4 6 8 10 12 ( w tysiącach par zasad)
184 836 fig -4
EcoRI Sali T7
Μ·····Μ·ΜΜ·Μ···Ι
GAATTCGTCGAC I—X
4614 8526 100=5 «· , 19002/,10205 Srfl Xbal
1_UL_1_==7-1GCCClGGGC TCT aga infekcyjność transkryptów pPRKflc-113 pPRKflc-133 r-~......TT—..... i + pPRKflc-h6
I-1-1-1-1-1-r
2 4 6 8 10 12 (w tysiącach par zasad)
184 836
ł—J | LU | < | ||||
w | CU | ni | ||||
CO | •n | •r-> | łh | |||
>. | •P | o | U | fi | O | fi |
ε | co | Φ | Φ | Φ | Φ | |
Ή | •W | CD | i—t | ε | t—1 | ε |
N | 44 | w k. | Φ | o | Φ | o |
ts 0 | •H N | oo | Q | Ό | O | T3 |
Q |
Departament Wydawnictw UP RP Nakład 70 egz. Cena 6,00 zł
Claims (38)
- Zastrzeżenia patentowe1. Sekwencja nukleotydowa odpowiadająca genomowi wirusa klasycznej gorączki świń (CSFV) lub jego mutanta, znamienna tym, że zawiera sekwencję nukleotydową kodującą przynajmniej jedną z sekwencji aminokwasowych odpowiadających sekwencjom 1-168, 169-267, 268-494, 495-689 i 690-1063 z sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa, lub komplement lub równoważnik RNA takiej sekwencji nukleotydowej.
- 2. Sekwencja nukleotydowa według zastrz. 1, znamienna tym, że zawiera sekwencję nukleotydową kodującą co najmniej sekwencję aminokwasową 268-494 sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa.
- 3. Sekwencja nukleotydowa według zastrz. 1, znamienna tym, ze szczep pestiwirusa został wybrany spośród szczepów wirus bydlęcej biegunki wirusowej (BVDV) i szczepów wirus choroby Bordera (BDV).
- 4. Sekwencja nukleotydowa według zastrz. 1 albo 2, albo 3, znamienna tym, że zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej zmieniającej strategię translacji sekwencji nukleotydowej CSFV lub zmieniającą przetwarzanie polipeptydu kodowanego przez sekwencję nukleotydową CSFV.
- 5. Sekwencja nukleotydowa według zastrz. 1 albo 2, albo 3, znamienna tym, ze zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd indukujący odporność na inny patogen.
- 6. Sekwencja nukleotydowa według zastrz. 1 albo 2, albo 3, znamienna tym, że zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd markerowy.
- 7. Sekwencja nukleotydowa według zastrz. 1, znamienna tym, że koduje polipeptyd pestiwirusa odpowiadający sekwencji aminokwasowej 690-1063 z SEKW. NR ID. 1 lub jej część, zawierający mutację w jednym z epitopów w sekwencji aminokwasowej 691-750 lub 785-870, przy czym mutacja zmienia ten epitop.
- 8. Polipeptyd kodowany przez sekwencję nukleotydową odpowiadającą genomowi wirusa klasycznej gorączki świń (CSFV) lub jego mutanta, znamienny tym, że zawiera przynajmniej jedną z sekwencji aminokwasowych odpowiadających sekwencjom 1-168, 169-267, 268-494, 495-689 i 690-1063 z sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji aminokwasowych 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z innego szczepu pestiwirusa.
- 9. Polipeptyd według zastrz. 8, znamienny tym, ze zawiera co najmniej sekwencję aminokwasową 268-494 sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji aminokwasowych 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z innego szczepu pestiwirusa.
- 10. Polipeptyd według zastrz. 8, znamienny tym, ze szczep pestiwirusa został wybrany spośród szczepów wirusa bydlęcej biegunki wirusowej (BVDV) i szczepów wirusa choroby Bordera (BDV)184 836
- 11. Polipeptyd według zastrz. 8 albo 9, albo 10, znamienny tym, że zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej zmieniającej strategię translacji sekwencji nukleotydowej CSFV lub zmieniającą przetwarzanie polipeptydu kodowanego przez sekwencję nukleotydowąCSFV.
- 12. Polipeptyd według zastrz. 8 albo 9, albo 10, znamienny tym, że zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd indukujący odporność na inny patogen.
- 13. Polipeptyd według zastrz. 8 albo 9, albo 10, znamienny tym, że zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd markerowy.
- 14. Polipeptyd według zastrz. 8, znamienny tym, ze jest polipeptydem pestiwirusa odpowiadającym sekwencji aminokwasowej 690-1063 z SEKW. NR ID. 1 lub jej część, zawierającym mutację w jednym zepitopów w sekwencji aminokwasowej 691-750 lub 785-870, przy czym mutacja zmienia ten epitop.
- 15. Szczep szczepionkowy, którego genom pochodzi z pełnej długości kopii DNA i/lub jego infekcyjnego transkryptu, znamienny tym, że zawiera sekwencję nukleotydową kodującą przynajmniej jedną z sekwencji aminokwasowych odpowiadających sekwencjom 1-168, 169-267, 268-494, 495-689 i 690-1063 z sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa.
- 16. Szczep szczepionkowy według zastrz. 15, znamienny tym, że zawiera sekwencję nukleotydową kodującą co najmniej sekwencję aminokwasową 268-494 sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa.
- 17. Szczep szczepionkowy według zastrz. 15, znamienny tym, że szczep pestiwirusa został wybrany spośród szczepów wirusa bydlęcej biegunki wirusowej (BVDV) i szczepów wirusa choroby Bordera (BDV).
- 18. Szczep szczepionkowy według zastrz. 15 albo 16 albo 17, znamienny tym, ze sekwencja nukleotydową zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej zmieniającej strategię translacji sekwencji nukleotydowej CSFV lub zmieniającą przetwarzanie polipeptydu kodowanego przez sekwencję nukleotydową CSFV.
- 19. Szczep szczepionkowy według zastrz. 15 albo 16, albo 17, znamienny tym, że sekwencja nukleotydową zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd indukujący odporność na inny patogen.
- 20. Szczep szczepionkowy według zastrz. 15 albo 16, albo 17, znamienny tym, że sekwencja nukleotydową zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd markerowy.
- 21. Szczep szczepionkowy według zastrz. 15, znamienny tym, ze sekwencja nukleotydowa koduje polipeptyd pestiwirusa odpowiadający sekwencji aminokwasowej 690-1063 z SEKW. NR ID. 1 lub jego część, zawierający mutację w jednym z epitopów w sekwencji aminokwasowej 691-750 lub 785-870, przy czym mutacja zmienia ten epitop.
- 22. Szczepionka, znamienna tym, ze obejmuje polinukleotyd zawierający sekwencję nukleotydową kodującą przynajmniej jedną z sekwencji aminokwasowych odpowiadających sekwencjom 1-168, 169-267, 268-494, 495-689 i 690-1063 z sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, i w którym przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa, polipeptyd kodowany przez ten polipeptyd lub szczep szczepionkowy zawierający ten polipeptyd.
- 23. Szczepionka według zastrz 22, znamienna tym, ze polinukleotyd zawiera sekwencję nukleotydową kodującą co najmniej sekwencję aminokwasową 268-494 sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. Nr ID. 1. przy czym przynajmniej jedna z sekwencji184 836 nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 691-750, 785-870, 690-870 i 6901063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa.
- 24. Szczepionka według zastrz. 22, znamienna tym, ze szczep pestiwirusa został wybrany spośród szczepów wirusa bydlęcej biegunki wirusowej (BVDV) i szczepów wirusa choroby Bordera (BDV).
- 25. Szczepionka według zastrz. 22 albo 23, albo 24, znamienna tym, że polinukleotyd zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej zmieniającej strategię translacji sekwencji nukleotydowej CSFV lub zmieniającą przetwarzanie polipeptydu kodowanego przez sekwencję nukleotydową CSFV.
- 26. Szczepionka według zastrz. 22 albo 23, albo 24, znamienna tym, że polinukleotyd zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd indukujący odporność na inny patogen.
- 27. Szczepionka według zastrz. 22 albo 23, albo 24, znamienna tym, że polinukleotyd zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd markerowy.
- 28. Szczepionka według zastrz. 22, znamienna tym, ze polinukleotyd koduje polipeptyd pestiwirusa odpowiadający sekwencji aminokwasowej 690-1063 z SEKW. NR ID. 1 lub jej część, zawierający mutację w jednym zepitopów w sekwencji aminokwasowej 691-750 lub 785-870, przy czym mutacja zmienia ten epitop.
- 29. Kompozycja diagnostyczna, znamienna tym, że obejmuje polinukleotyd zawierający sekwencję nukleotydową kodującą przynajmniej jedną z sekwencji aminokwasowych odpowiadających sekwencjom 1-168, 169-267, 268-494, 495-689 i 690-1063 z sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW NR ID. 1, i w którym przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa, polipeptyd kodowany przez ten polinukleotyd i/lub przeciwciało otrzymane poprzez immunizację polipeptydem kodowanym przez ten polinukleotyd, i dodatkowo konwencjonalne składniki do przeprowadzania testu diagnostycznego, przy czym przynajmniej jeden składnik zestawu jest znakowany.
- 30. Kompozycja diagnostyczna według zastrz. 29, znamienna tym, że polinukleotyd zawiera sekwencję nukleotydową kodującą co najmniej sekwencję aminokwasową 268-494 sekwencji aminokwasowej przedstawionej w SEKW. NR ID. 1, przy czym przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa.
- 31. Kompozycja diagnostyczna według zastrz. 29, znamienna tym, ze szczep pestiwirusa został wybrany spośród szczepów wirusa bydlęcej biegunki wirusowej (BVDV) i szczepów wirusa choroby Bordera (BDV).
- 32. Kompozycja diagnostyczna według zastrz. 29 albo 30, albo 31, znamienna tym, ze polinukleotyd zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej zmieniającej strategię translacji sekwencji nukleotydowej CSFV lub zmieniającą przetwarzanie polipeptydu kodowanego przez sekwencję nukleotydową CSFV.
- 33. Kompozycja diagnostyczna według zastrz. 29 albo 30, albo 31, znamienna tym, że polinukleotyd zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd indukujący odporność na inny patogen.
- 34. Kompozycja diagnostyczna według zastrz. 29 albo 30, albo 31, znamienna tym, ze polinukleotyd zawiera ponadto insercję heterologicznej sekwencji nukleotydowej kodującej polipeptyd markerowy.
- 35. Kompozycja diagnostyczna według zastrz. 29, znamienna tym, że polinukleotyd koduje polipeptyd pestiwirusa odpowiadający sekwencji aminokwasowej 690-1063 z SEKW. NR ID. 1 lub jej część, zawierający mutację w jednym z epitopów w sekwencji aminokwasowej 691-750 lub 785-870, przy czym mutacja zmienia ten epitop.184 836
- 36. Sposób odróżniania zwierząt naturalnie zainfekowanych szczepem polowym pestiwirusa od zwierząt zaszczepionych, polegający na tym, ze dostarcza się badaną próbkę zawierającą przeciwciało ze zwierzęcia poddawanego rozróżnianiu, badaną próbkę kontaktuje się z antygenem oraz z przeciwciałem, które otrzymuje się poprzez immunizację tym antygenem, oraz mierzy się konkurowanie pomiędzy tym przeciwciałem i przeciwciałem zawartym w badanej próbce, znamienny tym, że zwierzęta zostały zaszczepione zmutowanym polipeptydem pestiwirusa lub szczepem pestiwirusa, w którym przynajmniej jedna z sekwencji nukleotydowych kodujących sekwencje aminokwasowe 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 690-1063 z sekwencji SEKW. NR. ID. 1 zawiera delecję lub substytucję przez odpowiadającą jej sekwencję pochodzącą z genomu innego szczepu pestiwirusa, natomiast stosowany antygen pestiwirusa zawiera przynajmniej część sekwencji aminokwasowej wybranej spośród sekwencji aminokwasowych odpowiadających 268-494, 691-750, 785-870, 690-870 i 6901063 z sekwencji SEKW. NR ID. 1.
- 37. Sposób według zastrz. 36, znamienny tym, że jako antygen pestiwirusa stosuje się dimeryzowany lub multimeryzowany polipeptyd i część przeciwciała jest unieruchomiona, a inna część przeciwciała jest znakowana.
- 38. Sposób według zastrz. 36 lub 37, znamienny tym, że polipeptyd pestiwirusa i antygen odpowiadają sekwencji aminokwasowej 690-1063, aepitop jest umiejscowiony pomiędzy aminokwasami 785 i 870.
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP94201743 | 1994-06-17 | ||
PCT/NL1995/000214 WO1995035380A1 (en) | 1994-06-17 | 1995-06-16 | Nucleotide sequences of pestivirus strains, polypeptides encoded by these sequences and use thereof for diagnosis and prevention of pestivirus infections |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
PL317755A1 PL317755A1 (en) | 1997-04-28 |
PL184836B1 true PL184836B1 (pl) | 2002-12-31 |
Family
ID=8216966
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
PL95317755A PL184836B1 (pl) | 1994-06-17 | 1995-06-16 | Sekwencja nukleotydowa polipeptyd kodowany przez tę sekwencję, szczep szczepionkowy, szczepionka, kompozycja diagnostyczna i sposób odróżniania zwierząt szczepionych |
Country Status (15)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US6180109B1 (pl) |
EP (2) | EP0766740A1 (pl) |
JP (1) | JP3846808B2 (pl) |
CN (2) | CN101255433A (pl) |
AU (1) | AU697866B2 (pl) |
BR (1) | BR9508054A (pl) |
CA (1) | CA2192940C (pl) |
CZ (1) | CZ295138B6 (pl) |
HU (1) | HU220746B1 (pl) |
MX (1) | MX9606463A (pl) |
NZ (1) | NZ287563A (pl) |
PL (1) | PL184836B1 (pl) |
RU (1) | RU2201451C2 (pl) |
WO (1) | WO1995035380A1 (pl) |
ZA (1) | ZA955042B (pl) |
Families Citing this family (21)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0924298A1 (en) | 1997-12-18 | 1999-06-23 | Stichting Instituut voor Dierhouderij en Diergezondheid (ID-DLO) | Protein expression in baculovirus vector expression systems |
EP0982402A1 (en) * | 1998-08-14 | 2000-03-01 | Stichting Instituut voor Dierhouderij en Diergezondheid (ID-DLO) | Pestivirus vaccination |
CN1338310A (zh) * | 2000-08-10 | 2002-03-06 | 清华大学 | 一种猪瘟病毒表位疫苗及其制备方法 |
CN1338309A (zh) * | 2000-08-10 | 2002-03-06 | 清华大学 | 一种合成肽猪瘟疫苗及其制备方法 |
WO2002040499A1 (en) * | 2000-11-14 | 2002-05-23 | Morphotek Inc. | A method for generating genetically altered antigens |
US6686432B2 (en) * | 2002-02-15 | 2004-02-03 | Ppg Industries Ohio, Inc. | Alternating copolymers of isobutylene type monomers |
BR0313113A (pt) * | 2002-08-13 | 2005-06-28 | Akzo Nobel Nv | Replicon de um pestivìrus partìcula viral infecciosa de pestivìrus, método para a produção da mesma, e, vacina |
JP5250179B2 (ja) * | 2002-11-08 | 2013-07-31 | ザ アドミニストレイターズ オブ ザ テューレイン エデュケイショナル ファンド | フラビウイルス融合インヒビター |
EP2013346B1 (en) | 2006-04-21 | 2014-11-26 | Intervet International B.V. | Pestivirus species |
AU2013200106B2 (en) * | 2006-04-21 | 2015-10-01 | Intervet International Bv | Pestivirus Species |
US9359411B2 (en) * | 2008-07-31 | 2016-06-07 | Maw Hsing Biotech Co., Ltd. | Yeast expressed classical swine fever virus glycoprotein E2 and use thereof |
US20100104597A1 (en) * | 2008-10-24 | 2010-04-29 | Manuel Borca | N-linked glycosylation alteration in E0 and E2 glycoprotein of classical swine fever virus and novel classical swine fever virus vaccine |
EP2202298A1 (en) * | 2008-12-23 | 2010-06-30 | Stichting Dienst Landbouwkundig Onderzoek | Recombinant classical swine fever virus (CSFV) comprising a modified E2 protein and methods for generating said recombinant CSFV |
US8063195B2 (en) * | 2009-05-22 | 2011-11-22 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of Agriculture | Mutations in a toll-like receptor motif in the NS4B of classical swine fever virus strain brescia influences virulence in swine |
PT2571519T (pt) * | 2010-05-18 | 2016-10-03 | Idt Biologika Gmbh | Vacinas marcadas para a peste suína clássica |
HUE038721T2 (hu) * | 2013-12-19 | 2018-11-28 | Intervet Int Bv | Javított diagnosztikus teszt CSFV antitestek számára |
KR101886286B1 (ko) * | 2016-11-21 | 2018-08-10 | 주식회사 옵티팜 | 돼지파보바이러스 및 돼지열병바이러스에 대한 동시 항원성 복합 항원 단백질의 제조 방법 |
CN108315306B (zh) * | 2018-01-05 | 2020-06-16 | 浙江大学 | 一株高繁殖能力猪瘟病毒及其构建方法 |
CN108530532B (zh) * | 2018-04-13 | 2021-04-27 | 吉林大学 | 猪瘟病毒单克隆抗体hk 44及医用用途 |
CN111575404B (zh) * | 2020-05-08 | 2023-03-14 | 中国兽医药品监察所 | 对猪瘟野毒及其疫苗、非洲猪瘟病毒进行鉴别诊断的基因芯片以及检测方法 |
CN114835822B (zh) * | 2022-04-22 | 2022-11-04 | 浙江洪晟生物科技股份有限公司 | 猪瘟病毒的多聚体疫苗及其制备方法 |
Family Cites Families (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE3687769T2 (de) | 1985-07-08 | 1993-09-02 | Chiron Corp | Vakzine und diagnostika, die vom bovine-diarrhea-virus stammen. |
DE3677494D1 (de) * | 1985-07-29 | 1991-03-14 | Upjohn Co | Virus-impfstoff. |
US4753884A (en) * | 1986-01-28 | 1988-06-28 | Novagene, Inc. | Pseudorabies virus mutants, vaccines containing same, methods for the production of same and methods for the use of same |
NL8703107A (nl) * | 1987-12-22 | 1989-07-17 | Nederlanden Staat | Polypeptiden en derivaten daarvan, alsmede de toepassing daarvan in farmaceutische en diagnostische preparaten. |
NL8801601A (nl) * | 1988-06-23 | 1990-01-16 | Centraal Diergeneeskundig Inst | Een "swine-kidney" celcultuur, geschikt voor het kweken van virussen, een daaraan geadapteerde "chinese" stam van het varkenspestvirus, alsmede de hiervan afgeleide vaccins. |
US5122447A (en) * | 1989-01-23 | 1992-06-16 | Iowa State University Research Foundation, Inc. | Method of detecting pseudorabies virus specific serum antibody by use of a universal diagnostic antigen |
NL8901651A (nl) * | 1989-06-29 | 1991-01-16 | Centraal Diergeneeskundig Inst | Vaccin tegen pestivirusinfecties, zoals varkenspest; daarvoor bruikbare nucleotidesequenties en polypeptiden. |
-
1995
- 1995-06-16 WO PCT/NL1995/000214 patent/WO1995035380A1/en active IP Right Grant
- 1995-06-16 AU AU26315/95A patent/AU697866B2/en not_active Ceased
- 1995-06-16 BR BR9508054A patent/BR9508054A/pt not_active Application Discontinuation
- 1995-06-16 EP EP95921167A patent/EP0766740A1/en not_active Withdrawn
- 1995-06-16 HU HU9603470A patent/HU220746B1/hu not_active IP Right Cessation
- 1995-06-16 PL PL95317755A patent/PL184836B1/pl not_active IP Right Cessation
- 1995-06-16 CN CNA200710169874XA patent/CN101255433A/zh active Pending
- 1995-06-16 NZ NZ287563A patent/NZ287563A/en not_active IP Right Cessation
- 1995-06-16 EP EP08151123A patent/EP1985705A3/en not_active Withdrawn
- 1995-06-16 CN CNB951936654A patent/CN100516221C/zh not_active Expired - Fee Related
- 1995-06-16 MX MX9606463A patent/MX9606463A/es not_active IP Right Cessation
- 1995-06-16 JP JP50197396A patent/JP3846808B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 1995-06-16 CZ CZ19963696A patent/CZ295138B6/cs not_active IP Right Cessation
- 1995-06-16 US US08/750,717 patent/US6180109B1/en not_active Expired - Fee Related
- 1995-06-16 RU RU97100934/13A patent/RU2201451C2/ru not_active IP Right Cessation
- 1995-06-16 CA CA002192940A patent/CA2192940C/en not_active Expired - Fee Related
- 1995-06-19 ZA ZA955042A patent/ZA955042B/xx unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP0766740A1 (en) | 1997-04-09 |
CA2192940C (en) | 2009-08-11 |
ZA955042B (en) | 1996-02-08 |
RU2201451C2 (ru) | 2003-03-27 |
AU697866B2 (en) | 1998-10-22 |
HUT76352A (en) | 1997-08-28 |
HU9603470D0 (en) | 1997-02-28 |
BR9508054A (pt) | 1997-08-12 |
CZ295138B6 (cs) | 2005-05-18 |
CA2192940A1 (en) | 1995-12-28 |
WO1995035380A1 (en) | 1995-12-28 |
US6180109B1 (en) | 2001-01-30 |
NZ287563A (en) | 1998-08-26 |
EP1985705A3 (en) | 2008-12-10 |
CZ369696A3 (en) | 1997-06-11 |
AU2631595A (en) | 1996-01-15 |
CN1151185A (zh) | 1997-06-04 |
JPH09511914A (ja) | 1997-12-02 |
EP1985705A2 (en) | 2008-10-29 |
HU220746B1 (hu) | 2002-05-28 |
JP3846808B2 (ja) | 2006-11-15 |
PL317755A1 (en) | 1997-04-28 |
CN100516221C (zh) | 2009-07-22 |
CN101255433A (zh) | 2008-09-03 |
MX9606463A (es) | 1997-12-31 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
PL184836B1 (pl) | Sekwencja nukleotydowa polipeptyd kodowany przez tę sekwencję, szczep szczepionkowy, szczepionka, kompozycja diagnostyczna i sposób odróżniania zwierząt szczepionych | |
Risatti et al. | Identification of a novel virulence determinant within the E2 structural glycoprotein of classical swine fever virus | |
US6455492B1 (en) | Hepatitis E virus vaccine and method | |
CN106456741B (zh) | 包含e2蛋白tav表位中的取代的重组经典猪瘟病毒(csfv) | |
KR20070028547A (ko) | 바이러스에 감염되고 백신접종된 생물의 동정 | |
JP2007502612A (ja) | コロナウイルス、核酸、蛋白質、ならびにワクチンの生成方法、薬剤および診断 | |
US20150290314A1 (en) | Marker vaccine | |
KR20090025291A (ko) | 돼지 콜레라 바이러스의 e2 구조 당단백질 내의 신규 병원성 결정인자 | |
JP2009291203A (ja) | 感染性ウシウイルス性下痢ウイルスクローン | |
KR0178399B1 (ko) | 장을 통해 전염되는 비a비b형 간염 바이러스 병원체 및 그것의 특유한 에피토프 | |
JPH08509692A (ja) | E型肝炎ウイルスペプチド抗原および抗体 | |
Laviada et al. | The use of African horse sickness virus NS3 protein, expressed in bacteria, as a marker to differentiate infected from vaccinated horses | |
CN113748203A (zh) | 重组经典猪瘟病毒 | |
US20050220813A1 (en) | Non-spreading pestivirus | |
JP3055687B2 (ja) | Vp7をコードするヒトロタウイルス血清型4遺伝子9の分子クローニング、糖タンパク質特異的主要外部カプシド中和及びワクチンに使用するためのvp7及びそのフラグメントの発現 | |
NZ582252A (en) | A live attenuated antigenically marked classical swine fever vaccine comprising a FLAG epitope in the E1 glycoprotein region | |
KR0183368B1 (ko) | 페스트바이러스 뉴클레오티드 서열 및 폴리펩티드 | |
Connor et al. | Comparison of human respiratory syncytial virus A2 and 8/60 fusion glycoprotein gene sequences and mapping of sub‐group specific antibody epitopes | |
KR20110090518A (ko) | 유전자 마커 및 혈청학적 마커를 이용하여 백신바이러스와 야외감염 바이러스를 감별할 수 있도록 재조합한 키메릭 페스티바이러스 kd26_e2lom을 포함하는 돼지열병 예방용 생백신 | |
WO1995004147A1 (en) | Recombinant constructs using replacement sequences in hypervariable regions | |
TW201116627A (en) | Recombined swine fever virus E2 glycoprotein, monoclonal antibody thereof, application in diagnosis agent and sub-unit vaccine |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
LAPS | Decisions on the lapse of the protection rights |
Effective date: 20110616 |