MXPA04000159A - Compuestos heterociclicos 8/17 y usos de los mismos como inhibidores de ligasa d-alanil-d-alanina. - Google Patents

Abstract

La invencion se basa en el descubrimiento de una nueva clase de compuestos heterociclicos que tienen, por ejemplo, propiedades antibacterianas. La enzima de ligasa D-Ala-D-Ala es una enzima de trayectoria critica en la sintesis de la pared celular bacteriana. Los compuestos pueden unirse a e inhibir la enzima de ligasa D-Ala-D-Ala. La actividad de los nuevos compuestos combinada can su habilidad para cruzar las membranas celulares bacterianas los hace adecuados para su uso como farmacos antibacterianos y otras aplicaciones antibacterianas.

Description

COMPUESTOS HETEROCÍCLICOS 8/17 Y USOS DE LOS MISMOS COMO INHIBIDORES DE LIGASA D-ALA IL-D-AL ANI A REFERENCIA CRUZADA A LA SOLICITUD RELACIONADA Esta solicitud reivindica el beneficio de la Solicitud Provisional de E.U No. 60/301 ,685, presentada el 28 de Junio de 2001 , la cual se incorpora en la presente para referencia en su totalidad.

CAMPO DE LA INVENCIÓN Esta invención se refiere a compuestos heterocíclicos y a su uso, por ejemplo, en la profilaxis y o tratamiento médico de infecciones bacterianas y su uso, por ejemplo, como antisépticos, esterilizantes, o desinfectantes.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Los procesos patogénicos mediante los cuales, los microorganismos producen sus efectos adversos sobre los sujetos, son generalmente complejos y requieren una secuencia definida de casos que impliquen múltiples componentes microbianos. Si se deja de revisar, la proliferación de organismos puede perjudicar al sujeto, dando como resultado una infección crónica, o incluso la muerte. Frecuentemente es necesario reforzar los mecanismos de defensa del huésped con factores exógenos tales como antibióticos para ayudar a la eliminación del organismo de infección del sujeto. A través del tiempo, y debido en parte al uso imprudente de regímenes de tratamiento antibiótico existentes, los organismos llegan a ser de manera creciente resistentes a los diversos factores exógenos disponibles. Por ejemplo, la resistencia de bacteria a fluoroquinolonas y beta-lactams se ha reportado y aumentará más probablemente durante la siguiente década. Los aislados de resistencia a fluoroquinolona de alrededor del mundo en neumonía adquirida en comunidad, también se han descrito en aumento. Además, existe una seria reducción en la susceptibilidad de las cepas E. coli a los beta-lactams (por ejemplo, amoxicilin), debido a la presencia de enzimas R-TEM, para cotrimoxazola y trimetoprim. Estos reportes ejemplifican la necesidad y necesidad continúa del descubrimiento y desarrollo de nuevos terapéuticos antimicrobianos a fin de proporcionar regímenes de tratamiento más poderos y alternativos contra los microorganismos resistentes en aumento.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN La invención se refiere a compuestos heterocíclicos, composiciones que comprenden los compuestos, y métodos para utilizar los compuestos y composiciones de compuesto. Los compuestos y las composiciones que los comprenden son útiles para tratar la enfermedad o síntomas de la enfermedad. La invención también proporciona métodos para elaborar los compuestos y métodos para identificar los compuestos con actividad biológica deseada. La invención se basa en el descubrimiento de que ciertos compuestos heterocíclicos tienen actividad antibacteriana potente, y más específicamente, actividad contra la enzima de ligasa D-alanil-D-alanina ("ligasa D-Ala-D-Ala"; E.C. 6.3.2.4). Según se muestra en el esquema de abajo, la ligasa D-Ala-D-Ala se cree que juega un papel crítico en el crecimiento celular bacteriano al catalizar la instalación de D-alanil-D-alanina ("D-Ala-D-Ala"), uno de los bloques de construcción utilizados para la degradación de peptidoglican esencial para la biosíntesis de pared celular bacteriana. Se considera que la enzima establece un enlace de peptido que proporciona al último el sitio de transacilación en donde la estructura de peptidoglican se degrada (Ellsworth et al., Chemistry & Biology, 3:37-44, 1996). Sin pretender sujetarse a ninguna teoría como para el mecanismo de acción de los nuevos compuestos, se cree que los nuevos compuestos se unen al sitio de un ión de adenosina trifosfato-(ATP-) de ligasa D-Ala-D-Ala, y no al sitio de unión D-Ala-, haciendo los compuestos competitivos contra ATP. Por lo tanto, los compuestos difieren en este aspecto de los otros inhibidores de ligasa D-Ala-D-Ala tales como cicloserina y análogos de dipéptido fosfonato, los cuales son inhibidores competitivos para D-alanina y se cree que se unen al sitio de unión D-alanina de la enzima.

UDP-NAM-tripéptido En general, la invención se caracteriza por los compuestos de las siguientes estructuras generales: I ? y usos de los mismos. En particular, en una modalidad, la invención se caracteriza por los compuestos que tienen la fórmula: en donde A y B pueden ser independientemente ya sea N o CR7, en donde R7 es hidrógeno o un grupo de función que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno (por ejemplo, hidrógeno, o un grupo alquilo, alquenilo, alquinilo, arilo, aralquilo o alcarilo, cíclico, ramificado, lineal, sustituido o no sustituido, o un derivado de uno o más de estos grupos en donde los heteroátomos se sustituyen por uno o más de los átomos de hidrógeno y/o carbono (por ejemplos, grupos amino, grupos alquilamino, grupos alcoxilo e hidróxilo, grupos tiol, halógenos, grupos nitro, grupos fenólicos, u otros grupos alifáticos o aromáticos sustituidos)). R1 y R2 son grupos -NR5R6 diferentes o idénticos, en donde cada R5 y R6 pueden ser independientemente un grupo funcional que contiene carbono o hidrógeno. R3 es hidrógeno o un grupo alquilo, amino, hidroxi, alcoxi, o alquilamino. R4 es grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno, y/u oxígeno, con la condición de que, (i) si A y B son ambos nitrógeno y R5 y R6 son ambos hidrógeno, entonces R4 no es -NH2, -N(H)(metil), -N(H)(butil), N-(H)(hexil), -N(H)(fenil), -N (H)(bencil), -N (H)(N H2), -N(H)(CH2CH2OH), -N(CH2CH2OH)2, fenil, N-piperadinil, o -S(etil); (2) si A es CH, B es nitrógeno, y R5 y R6 son ambos hidrógeno, entonces R4 no es metilo, isobutilo, fenilo, 4-metilfenilo, 4-clorofenilo, 4-bromofenilo, 2-(2,5-dimetoxifenil)-etil, o -CH(OCH3)2; y (3) si A y B son ambos grupos CH, entonces R4 es un grupo amino diferente a -NH2, (3,4-diclorofenil)metilamino, o (3,4-diclorofenil)metilenoimino. En algunos casos, R5 y R6 son ambos hidrógeno. R4 puede ser, por ejemplo, un grupo alquilo, alquenilo, alquinilo, arilo, aralquilo, o alcarilo, cíclico, ramificado, lineal, sustituido o no sustituido. En algunos casos, R4 incluye al menos un grupo arilo. Por ejemplo, R4 puede ser uno de los siguientes grupos: en donde R 2 puede ser independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno (por ejemplo, alquilo ramificado o lineal). En otro ejemplo, en donde R4 incluye un grupo arilo, el compuesto tiene la estructura: en donde R puede ser independientemente hidrógeno o grupos funcionales que contienen un carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. Por ejemplo, R9 puede ser hidrógeno o metilo. En algunos casos, el compuesto tiene la estructura: en donde n es 1 , 2, 3, o 4; y R17 es -NH18R19, en donde R1 3 y R19 puede ser independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. En algunos casos, por ejemplo, R17 puede ser una de las siguientes porciones: R puede ser alternativamente, por ejemplo, -(CH2)„NR R , en donde n es 1 , 2, 3, o 4; y R18 y R 9 pueden ser independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. R4 puede ser, alternativamente, -CH20-arilo, -CH2S-arilo, - CH=CH-arilo, o -NH(CH2-aril), en donde el grupo arilo puede ser cualquier porción aromática, ya sea comprendiendo carbono e hidrógeno solamente (por ejemplo, fenilo, naftilo, toluilo) o incluyendo otros átomos (por ejemplo, pirrolilo, piridiio, oxazolilo, clorofenil, bromonaftilo). R4 puede ser, alternativamente, -N(CH3)R21 , -N(CH2CH3)R21 , - N(CH(CH3)2)R21 , -N(benc¡l)R21 , -CH2NH2, -NHCH2CH2NR22R23, o - CH2NHC(=0)R22, en donde R21"23 puede ser independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. En algunos casos, R22 es hidrógeno y R23 es -C(=0)R24, en donde R24 es hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. Todavía en otros casos, R4 puede ser de tal forma que el compuesto tiene la siguiente estructura: donde R20 es hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. otros casos, R4 puede ser de tal forma que el compuesto tiene la estructura: en donde R y R puede ser independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. Por ejemplo, R25 puede ser hidrógeno, alquilo, hidroxialquilo, o aralquilo, y R26 puede ser haloalquilo, hidróxilo, C(=0)NR27R28, C(=0)OR27, o NR27R28, en donde R27 y R28 puede ser independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. R26 puede ser alternativamente -C(H)(aril)(R29), en donde R29 es hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. En algunos casos, R29 incluye al menos un grupo acilo (por ejemplo, un grupo carboxilato, acetona, aldehido, éster, amida, o tioéster). En estos u otros casos, el grupo arilo puede ser un grupo naftilo o benzotiofenilo. R29 puede incluir un grupo carboxilato alfa-hidroxi (por ejemplo, un grupo -C(R)(OH)(COOR'), en donde R y R' puede ser hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno). En otra modalidad, la invención se caracteriza por un compuesto que tiene la fórmula: en donde R1 y R2 son grupos -NR5R6 diferentes o idénticos, en donde cada R5 y Re puede ser independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono; y R4 es un grupo amino diferente a -NH2 o Todavía en otra modalidad, la invención se caracteriza por un método para inhibir la ligasa D-alanil-D-alanina (D-Ala-D-Ala). El método incluye la etapa de exponer la ligasa D-Ala-D-Ala a un compuesto de la fórmula I o fórmula II: I ? en donde A y B puede ser independientemente N o CR7, en donde R7 es hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno; R1 y R2 son grupos -NR5R6 diferentes o idénticos, en donde cada R5 y R6 puede ser independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono; R3 y R4 pueden ser independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno; con la condición de que R3 y R4 no son ambos hidrógeno. Por ejemplo, R1 y R2 pueden ser ambos En algunos casos, R3 y R4 pueden ser independientemente alquilo de cadena recta o ramificada, -O-alquilo, -O-alquil-COOH, -O-alquil-NR7R8, -O-alquil-OH, -NR7R8, -NR7-alquil-NR8R9, -NR7-alquil-COOH, -NR7-alquil-OH; -CONR7R8, -CONR7-alquil-NR8R9, -CONR7-alquil-COOH, -CONR7-alquil-OH, -S-alquilo, -S-alquil-COOH, -S-alquil-NR7R8, -S-alquil-OH, -O-arilo, -O-aril-COOH, -0-aril-NR7R8, -O-aril-OH, -S-arilo, -S-aril-COOH, -S-aril-NR7R8, -S-aril-OH, -NR7-aril-NR8R9, -NR7-aril-COOH, -NR7-aril-OH; -CONR7-aril-NR8R9, -CONR7-aril-COOH, -CONR7-aril-OH, o -CH2NR5C6H4COOH; con la condición de que R3 y R4 no pueden ser simultáneamente grupos alquilo de cadena recta o ramificada idénticos; R1 y R2 pueden ser independientemente hidrógeno, -NH2, o -NR1 R12, en donde al menos uno de R y R2 es -NH2; R5 puede ser alquilo inferior (es decir, alquilo C1-6), hidrógeno, o -CH2N R10C6H4CONHR6; en donde R6 es -alquilo, -alquil-COOH, -alquil-NH2, o -alquil-OH; R7, R8, R9, R10, R1 , y R12 pueden ser independientemente grupos alquilo de cadena recta, alquilo ramificado, arilo, o acilo, opcionalmente sustituido con uno o más grupos funcionales a base de oxígeno, nitrógeno, azufre o halógeno; y A puede ser N y CH. La ligasa D-Ala-D-Ala inhibida, por ejemplo, puede incluir una secuencia al menos 90% idéntica a la secuencia de la ligasa D-Ala-D-Ala de una especie seleccionada, por ejemplo, del grupo que consiste de Escherichia coli, Chlamydophila pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Yersinia pestis, Haemophilus influenzae, Haemophilus ducreyi, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas putida, Xylella fastidiosa, Bordetella pertussis, Thiobacillus ferrooxidans, Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Buchnera aphidicola, Bacillus halodurans, Geobacter sulfurreducens, Rickettsia prowazekii, Zymomonas mobilis, Aquifex aeolicus thermophile, Thermotoga marítima, Clostridium difficile, Enterococcus faecium, Streptomyces toyocanesis, Amycolatopsis orientalis, Enterococcus gallinarum, Enterococcus hirae, Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Straphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Bacillus stearothermophilus, Deinococcus radiodurans, Synechocystis sp., Salmonella typhimurium, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium, Mycobacterium smegmatis, Legionella pneumophila, Leuconostoc mesenteroides, Borrelia burgdorferi, Treponema pallidum, Vibrio cholerae, y Helicobacer pylori. Todavía en otra modalidad, la invención se caracteriza por un método para tratar un paciente. El método incluye la etapa de administrar al paciente una cantidad eficaz de un compuesto de la fórmula I o fórmula II: en donde A, B, y R "4 se definen como anteriormente. La invención también se caracteriza por una formulación que incluye cualquiera de los compuestos anteriores combinados con un excipiente adecuado para la administración a un sujeto. La invención también se caracteriza por un método para tratar un sujeto que tiene una infección microbiana bacteriana. El método incluye administrar al sujeto una cantidad eficaz de una formulación según se describe anteriormente. El sujeto, por ejemplo, puede ser un animal tal como un mamífero (por ejemplo, un humano, un caballo, un cordero, un perro, un gato, un conejo, un ratón, una rata, una vaca, un toro, un puerco), un pájaro (por ejemplo, una gallina, un ganso, un pavo, un pato, un ave de corral), un pescado (por ejemplo, un salmón, una trucha, un bagre, un salmón), u otro animal de adorno, compañía o de granja. Todavía en otra modalidad , la invención se caracteriza por un método para tratar un paciente. El método incluye la etapa de administrar al paciente una cantidad eficaz de cualquiera de los compuestos anteriores, opcionalmente Con un vehículo adecuado. Todavía en otra modalidad , la invención se caracteriza por un método para inhibir el crecimiento bacteriano en un sistema no viviente (por ejemplo, esterilizando, desinfectando, matando la bacteria in vitro). El método incluye la etapa de contactar el sistema (por ejemplo, un medio, un dispositivo médico, una superficie de baño o cocina, un anfiteatro quirúrgico), con una cantidad eficaz de cualquiera de los compuestos anteriores, para inhibir el crecimiento bacteriano. Pueden utilizarse diversos parámetros en la selección de compuestos para utilizarse en los nuevos métodos. Los parámetros incluyen, pero no se limitan a, potencia antibacteriana in vitro y espectro de actividad; propiedades físico-químicas tales como lipofilicidad y solubilidad. El funcionamiento farmacocinético de los compuestos de la invención, así como también su actividad antibacteriana in vitro, indica que los compuestos de la invención son útiles tanto en la profilaxis como en el tratamiento médico de sujetos que tienen infecciones bacterianas y antisépticos, esterilizantes, o desinfectantes. Los términos "halo" y "halógeno" se refieren a cualquier radical de flúor, cloro, bromo o yodo. Los términos "alquilo", "alquenilo" y "alquinilo" se refieren a cadenas de hidrocarburo que pueden ser cadena ramificada o cadena recta, conteniendo el número indicado de átomos de carbono, si se especifica. Por ejemplo, "C1- 0" o "C1 -C10" indica que el grupo puede tener de 1 a 1 0 (inclusive) átomos de carbono en el mismo, o puede ser cíclico (por ejemplo, incluyendo uno o más anillos). Los términos "anillo" y "sistema anular" se refieren a un anillo que comprende el número delineado de átomos, dichos átomos siendo carbono o, cuando se indica, un heteroátomo tal como nitrógeno, oxígeno o azufre (por ejemplo, incluyendo un grupo heterociclilo). El anillo por sí mismo, así como también cualquiera de los sustituyentes sobre el mismo, puede unirse a cualquier átomo que permita que se forme un compuesto estable. El término "arilo" se refiere a un sistema anular aromático bicíclico de 10 carbonos o monocíclico de 6 carbonos en donde 0, 1 , 2 o 3 átomos de cada anillo pyeden sustituirse por un sustituyente. Los ejemplos de grupos arilo incluyen fenilo, naftilo y lo similar, así como también grupos heteroarilo.

El término "heteroarilo" se refiere a un sistema anular aromático, monocíclico de 5-8 miembros, bicíclico de 8-12 miembros, o tricíclico de 1 1 -14 miembros comprendiendo 1 -3 heteroátomos si es monocíclico, 1 -6 heteroátomos si es bicíclico, o 1 -9 heteroátomos si es tricíclico, dichos heteroátomos seleccionados de O, N, o S, en donde 0, 1 , 2 o 3 átomos de cada anillo pueden sustituirse por un sustituyente. Los ejemplos de grupos heteroarilo incluyen piridilo, furilo o furanilo, imidazolilo, bencimidazolilo, pirimidinilo, tiofenilo o tienilo, quinolinilo, indolilo, tiazolilo, y lo similar. El término "heterociclilo" se refiere a un sistema anular no aromático, monocíclico de 5-8 miembros, bicíclico de 8-12 miembros, o tricíclico de 1 1 -14 miembros comprendiendo 1 -3 heteroátomos si es monocíclico, 1 -6 heteroátomos si es bicíclico, o 1 -9 heteroátomos si es tricíclico, dichos heteroátomos seleccionados de O, N, o S, en donde 0, 1 , 2 o 3 átomos de cada anillo pueden sustituirse por un sustituyente. Los ejemplos de grupos heterociclilo incluyen piperizinilo, pirrolidinilo, dioxanilo, morfolinilo, tetrahidrofuranilo, y lo similar. Las combinaciones de sustituyentes y variables comprendidas por esta invención solamente son aquellas que se dan como resultado de la formación de compuestos estables. El término "estable", según se utiliza en la presente, se refiere a compuestos que poseen estabilidad suficiente para permitir la elaboración y que mantiene la integridad del compuesto por un suficiente período de tiempo para ser útil para los propósitos detallados en la presente (por ejemplo, administración profiláctico o terapéutico a un sujeto o paciente, o antiséptico, impregnación de aposito para herida, esterilizante, o aplicaciones de desinfectante). Al menos que se defina de otra forma, todos los términos científicos y técnicos utilizados en la presente, tienen el mismo significado según se entiende comúnmente por un experto en la materia a la cual pertenece esta invención. A pesar de que los métodos y materiales similares o equivalentes a aquellos descritos en la presente pueden utilizarse en la práctica o prueba de la presente invención, se describen abajo métodos y materiales adecuados. En caso de conflicto, la presente especificación, incluyendo las definiciones, tendrá control. Además, los materiales, métodos, y ejemplos son solamente ilustrativos y no pretenden ser limitantes. La invención puede proporcionar diversas ventajas sobre los métodos existentes de tratamiento. Por ejemplo, los compuestos de la invención pueden unirse al sitio de unión ATP de la enzima de iigasa D-Ala-D-Ala con especificidad alta y se muestra que son competitivos con ATP en los ensayos bioquímicos. Algunos compuestos descritos en esta invención tienen sus grupos funcionales de interacción por proteína adecuados a fin de ser capaces también de unirse a uno o ambos sitios de unión D-alanina de la Iigasa D-Ala-D-Ala. Estos tipos de nuevos compuestos (análogos de bisustrato) pueden haber mejorado más la selectividad y potencia directamente asociada con la habilidad de puentear el sitio ATP y el sitio D-Ala. Algunos de los compuestos de la invención también pueden ser menos tóxicos que varios antibióticos existentes. Los nuevos compuestos se unen específicamente a la ligasa D-Ala-D-Ala, una enzima encontrada en la bacteria pero no en células de humano u otras eucarióticas, de modo que los nuevos compuestos generalmente no interfieren con los sistemas biológicos en pacientes. Ya que los peptidoglicanos se presentan solamente en bacteria, y se ausentan de las células mamíferas, la inhibición específica de la ligasa D-Ala-D-Ala puede dar como resultado la actividad antibacteriana altamente selectiva. Además, algunos compuestos de la invención pueden tener diversas ventajas farmacológicas y químicas sobre los compuestos existentes utilizados en el tratamiento de infecciones bacterianas. Estas ventajas pueden incluir tanto estabilidad química como estabilidad farmacológica, así como también potencia, diferentes configuraciones de resistencia, diferentes configuraciones de selectividad, y efectos secundarios reducidos. La actividad de los nuevos compuestos y la habilidad de cruzar las membranas celulares bacterianas los hace adecuados para utilizarse como fármacos antibióticos. La invención también prevee los usos veterinarios para el tratamiento de infecciones en pescado, aves de corral, ganadería, otros animales de alimento, animales de deportes, y animales de compañía. Los compuestos de la invención han mostrado actividad de espectro amplio potente contra un panel representativo de microorganismos, incluyendo E. coli, S. aureus, S. pneumoniae, H. influenzae, y otros. La actividad de espectro amplio también se infiere de la homología de secuencia cercana en las ligasas D-Ala-D-Ala de cincuenta y un microorganismos representativos, pero de manera evolutiva diversos, representativos de todas las bacterias. Sin embargo, los compuestos individuales tienen mayor actividad contra la bacteria específica, creando así también oportunidades para el desarrollo de agentes de espectro estrecho específico y selectivo. Otras características y ventajas de la invención serán aparentes de la siguiente descripción detallada, y de las reivindicaciones.

DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN La invención se refiere a los compuestos específicos ejemplificados en la presente. De esta manera, una modalidad de la invención es cualquier compuesto específicamente delineado en la presente, incluyendo los compuestos listados abajo:: I ? en donde A y B de las estructuras I o II es independientemente ya sea -N-, -CH-, o -CR7. R1 , R2, R3, R4, y R7 se seleccionan independientemente. Los compuestos de esta invención pueden sintetizarse utilizando técnicas convencionales. Ventajosamente, estos compuestos se sintetizan convenientemente de las materias primas fácilmente disponibles. En general, los compuestos de las fórmulas descritas en la presente se obtienen convenientemente mediante los métodos ilustrados en los esquemas y los Ejemplos en la presente. De esta manera, una modalidad se refiere a un método para elaborar un compuesto de las fórmulas descritas en la presente, comprendiendo sintetizar cualquiera o más intermedios ilustrados en los esquemas sintéticos en la presente y después convertir ese (esos) intermedio (s) en un compuesto de las fórmulas descritas en la presente. Otra modalidad se refiere a un método para elaborar un compuesto de las fórmulas descritas en la presente, comprendiendo sintetizar cualquiera o más intermedios ilustrados en los ejemplos en la presente y después convertir ese (esos) intermedio (s) en un compuesto de las fórmulas descritas en la presente. Otra modalidad se refiere a un método para elaborar un compuesto de las fórmulas descritas en la presente, comprendiendo sintetizar cualquiera o más intermedios ilustrados en los esquemas sintéticos en la presente y después convertir ese (esos) intermedio (s) en un compuesto de las fórmulas descritas en la presente utilizando una o más de las reacciones químicas descritas en los esquemas sintéticos o ejemplos en la presente. Los agentes nucleofílicos se conocen en la materia y se describen en los textos químicos y tratados referidos en la presente. Los químicos utilizados en los métodos anteriormente mencionados pueden incluir, por ejemplo, solventes, reactivos, catalizadores, reactivos de grupo protector y grupo desprotector, y lo similar. Los métodos anteriormente descritos también pueden comprender adicionalmente etapas, ya sea antes o después de las etapas descritas específicamente en la presente, para ayudar o remover los grupos protectores adecuados para permitir al último la síntesis del compuesto de las fórmulas descritas en la presente. Según puede apreciarse por el experto en la materia, los esquemas sintéticos en la presente no pretenden comprender una lista comprensiva de todos los medios mediante los cuales pueden sintetizarse los compuestos descritos y reivindicados en esta solicitud. Adicionalmente, las diversas etapas sintéticas anteriormente descritas pueden realizarse en una secuencia alternada o en orden para dar los compuestos deseados. Las transformaciones de química sintética y las metodologías de grupo protector (protección y desprotección) útiles en la síntesis de los compuestos descritos en la presente, se conocen en la materia e incluyen, por ejemplo, aquellas descritas en R. Larock, Comprehensive Organic Transformations, VCH Publishers (1989); T.W. Greene and P.G.M. Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 2d. Ed. , John Wiley And Sons (1991 ); L. Fieser and M. Fiese^ Fieser and Fieser's Reagents for Organic Synthesis, John Wiley and Sons (1994); M.B. Smith and J. March, March 's Advanced Organic Chemistry: Reactions, Mechanisms, and Structure, 5th Ed. , Wiley Interscience (2001 ); y L. Paquette, ed. , Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis, John Wiley and Sons (1995); y ediciones subcuentes de los mismos. En un método típico, los compuestos pueden elegirse por actividad antibacteriana contra una pluralidad de diferentes cepas bacterianas. Los compuestos se ensayan para potencia y latitud de la actividad contra diversas cepas a fin de identificar los compuestos de plomo potenciales. Los compuestos pueden elegirse por actividad bacterioestática (es decir, prevención de crecimiento bacteriano) y/o actividad bacteriocidal (es decir, muerte de la bacteria). Los compuestos de plomo pueden optimizarse, por ejemplo, mediante sustituyentes variantes para producir los compuestos derivados. Los derivados pueden producirse uno a la vez o pueden prepararse utilizando métodos sintéticos combinatorios o paralelos. En cualquier caso, los derivados pueden ensayarse para generar los datos de relación de estructura-actividad (SAR), que pueden utilizarse así para optimizar más los plomos. Diseño, síntesis, y evaluación bioquímica de los inhibidores de ligasa Los análogos se diseñaron utilizando una variedad de procedimientos incluyendo, química medicinal tradicional, analogía sistemática (por ejemplo, análogos sistemáticamente en prueba con longitudes de cadena alquilo variantes, grupos funcionales ¡sostéricos, diversos sustituyentes aromáticos), residuo que tiene como objetivo utilizar el análisis de estructura de cristal de rayos X, moldeo molecular y experimentos de atraque de sitio activo por computadora, análisis de diversidad computacional, y retroalimentación repetida utilizando los resultados de los experimentos bioquímicos. Los análogos se sintetizaron utilizando una variedad de metodologías sintéticas previamente descritas en la literatura por expertos en la materia. Los análogos convertidos se analizaron así utilizando los métodos bioquímicos descritos en la presente para generar datos de potencia. Una muestra diversa de algunos de los análogos se describe abajo. Hemos identificado una variedad de sustituyentes sobre las posiciones 6 y 7 de quinazolinas, pteridinas, piridopirimidinas y pirimidinopirimdinas que tienen actividad inhibidora de ligasa potente. La Tabla 1 de abajo muestra la diversidad de sustituyentes sobre las posiciones 6 y 7 capaces de inhibir la enzima de ligasa (átomos de hidrógeno necesarios para completar la valencia de nitrógeno, oxígeno, y los átomos de carbono en los compuestos no se muestran, pero podría entenderse que se presentan por un experto en la materia). TABLA 1 Estructura Ki (ligasa E. coli) 1 µ? 73 31 37 1 55 5 10 15 13 12 5 2 12 92 15 14 0.59 20 0.50 2.9 1.00 0.50 8.7 0.13 Sustitución de N-7 utilizando grupos alquilo inferior Diversos análogos del nitrógeno N7 (R1 en la Tabla 2 de abajo) pueden elaborarse para aumentar la potencia. Metilo, etilo, alilo y metilo ciclopropilo fueron los sustituyentes de cicloalquilo y alquilo inferior más potentes identificados. La sustitución en la posición alfa (R2 en la Tabla 2) se permitió, en algunos casos CH3 y C2H5 mejoraron dramáticamente la actividad. Podría no ser sorprendente si otros sustituyentes en la posición R2 así también podrían aumentar la potencia de la inhibición de Iigasa. La sustitución del anillo naftilo en la posición 4 aumentó la potencia utilizando -H, -CH3, o -halógeno. El reemplazo del anillo naftilo con diversos heterociclos (por ejemplo, benzotiofeno) se encontró que produjo análogos que tienen actividad enzimatica in vitro potente. En esta serie de análogos, los estereoisómeros R-alfa-metilo fueron significativamente más potentes que los racematos. La estereoconfiguración S-alfa-metilo proporcionó análogos con potencia de iigasa de espectro más amplio, al costo de actividad intrínseca alta contra la Iigasa E. col i. TABLA 2 N-R1 R2 Quiralidad R3 Ligasa £. Ligasa Staf R2 coli (µ?) (µ?) -CH3 CH3 R/S H 0.718 9.28 -CH3 CH2H5 R/S H 0.452 4.60 -CH3 CH3 R H 0.326 26.80 -CH3 CH3 R/S CH3 0.277 12.25 -CH3 CH3 R/S 4,5-butileno 0.240 12.00 -CH3 CH3 R/S Cl 0.201 4.90 CH3 CH3 R F 0.104 27.00 -CH2CH3 CH3 R/S F 0.257 19.00 -CH2CH3 CH3 R/S CH3 0.210 38.50 -CH2CH3 CH3 R CH3 0.102 71.00 -CH2CH=CH2 CH3 R/S H 0.258 30.50 -CH2CH(CH2)2 CH3 R/S H 0.345 17.00 -CH2CH(CH2)2 CH3 R/S Br 0.279 25.00 -CH2CH(CH2)2 CH3 R/S CH3 0.21 1 37.00 -CH2CH(CH2)2 CH3 R/S Cl 0.179 29.00 -CH2CH(CH2)2 CH3 R CH3 0.174 62.00 Análogos de amidas beta-alanina Las amidas sintetizadas utilizando el enlazador beta-alanina tuvieron actividad de espectro amplio. El inhibidor de espectro amplio, más potente, identificado de esta serie fue un derivado de amida etilenodiamina (es decir, el primer compuestos en la Tabla 3 de abajo), que tuvo Ki's para ligasas E. coli y H. influenzae de menos de un micromolar; la actividad de ligasa S. aureus y S. pneumoniae fueron micromolar de dígito único (ver Tabla 3). El análogo de meta-aminometilbencilamina (es decir, el tercer compuesto en la Tabla 3) se encontró que tuvo Ki's menos que 1 µ? contra 3 de las 4 ligasas en el panel. En una manera similar, el último compuesto en la Tabla 3 fue potente contra tres especies de ligasa. El cuarto compuesto en la Tabla 3, en donde la amina principal se sustituyó con una amidina, mostró actividad similar a aquella del primer compuesto. TABLA 3 MOLESTRUCTURA Ligasa E. Ligasa H. Ligasa Ligasa coli Ki/ATP influenzae Staph. Strep. (uM) prom. Ki/ATP (uM) Ki/ATP (uM) Ki/ATP (uM) prom. prom. prom. 0.7 1 .0 4.7 1 .9 9.6 0.267 9.5 3.1 5.3 0.4 0.9 0.9 1.0 0.6 6.3 1.4 1.9 1 .3 3.8 4.1 8.7 1 .6 1 .2 1 .6 Ácidos Carboxílicos v ácidos carboxílicos alfa-hidroxi El primer compuesto en la Tabla 4 se sometió como una mezcla purificada por HPLC de al menos dos estereoisómeros. El análisis de la estructura de cristal por ligante de proteína de este compuesto mostró dos estereoisómeros, la estereoquímica de los cuales se determinó por ser (2-R, 1 '-S) y (2-S, 1 '-R). El número 2 se refiere a la posición de alfa-hidroxi, y el número 1 ' se refiere a la posición alfa-metilo. Los dos isómeros observados son enantioméricos, es decir, son imágenes espectrales. La potencia de la ligasa E. coli del último compuesto en la Tabla 4 se encontró que era 143 nM. El compuesto tiene un espectro relativamente amplio de actividad contra H. influenzae (566 nM), Staph (4.1 µ?), y Strep (2.6 µ?). TABLA 4 La máxima potencia in vitro en esta serie se identificó como aquella que tiene una cadena de amina butilo fuera el nitrógeno N7 (es decir, el tercer compuesto en la Tabla 5). El centro quiral de naftilo alfa- metilo puede reemplazarse con el sustituyente 2-etoxinaftilo aquiral (ver el cuarto compuesto en la Tabla 5) y todavía mantener la actividad de ligasa potente. La molécula aquiral tiene un espectro más amplio de la actividad de Iigasa, y se encontró que tenía un Ki de 1 02 nM contra la Iigasa aislada de E. col i. TABLA 5 MOLESTRUCTURA Ligasa E. Ligasa H. Ligasa Ligasa coli Ki/ATP influenzae Staph. Strep. (uM) prom. Ki/ATP (uM) Ki/ATP (uM) Ki/ATP (uM) prom. prom. prom. 2 2.7 58 439 0.457 5.5 46 81 .2 0.135 4.2 32 23.1 0.105 0.52 1 5 4.5 Análogos Adicionales Metodologías Sintéticas Generales utilizadas en la preparación de análogos. Síntesis de Pirimidopirimidinas Los compuestos de pirimidopirimidina de la invención pueden prepararse utilizando una variedad de estrategias sintéticas. El sistema anular de pirimidopirimidina pueden sintetizarse en una secuencia de reacción de múltiples etapas comenzando desde una amidina adecuadamente sustituida (R7-C=NH NH2) y una alcoxilmetilenomalonitrilo sustituido R5. La cianoaminopirimidina resultante puede condensarse con guanidina para formar el sistema anular de pirimidopirimina. En el caso en donde R7 en la cianoaminopirimidina es ya sea -Cl, -Br, -S-alquilo inferior, estos grupos de salida pueden sustituirse con nucleófilos de oxígeno o nitrógeno sustituidos para proporcionar R7-N(u 0)-alquilo sustituido o intermedios arilo. Estos intermedios pueden ciclizarse en sus pirimidopirimidinas correspondientes con lo adecuadamente sustituido en la posición 7.

Otro método para sintetizar las pirimidopirimidinas 7- aminosustituidas es a través del ataque nucleofílico de aminas sobre 6-amino-2-bromopirimidina-5-carbonitrilo (cloro o tiometilo, o tioetilo también pueden utilizares como grupos de salida en la posición 2), y ciclización subsecuente de la cianoaminopirimidina adecuadamente sustituida, resultante, con guanidina. Si al atacar, la amina nucleofílica adecuadamente sustituida no se encuentra comercialmente disponible, entonces puede prepararse utilizando métodos estándares en la química orgánica. Un método estándar utilizado en la preparación de los compuestos en esta solicitud, es por aminación reductiva.

En este procedimiento bien conocido, un aldehido o una acetona se condensa con una amina adecuadamente sustituida en la presencia de un agente reductor medio tal como cianoborohidruro de sodio o cianoborohidruro de zinc. Amidas beta-alanina y amidas alfa-hidroxi-beta-alanina Las amidas pueden sintetizarse por reacción de sus ácidos carboxílicos correspondientes con diversas aminas primarias y secundarias. La adición de numerosos reactivos descritos en la materia son útiles para facilitar el proceso de acoplamiento de amida. Incluidos en estos reactivos se encuentran carbonildiimidazol (CDI), diciclohexilcarbodiimida (DCC), HBTU, dietilfosforocianidato, y BroP. Análogos de Butilamina Los análogos de butilamina se sintetizaron utilizando una trayectoria sintética de múltiples etapas. En general, una butanodiamina mono-boc protegida reaccionó bajo condiciones de aminación reductiva para producir una naftilmetilamina mono-boc-protegida adecuadamente sustituida. La amina secundaria reaccionó con 6-amino-5-ciano-2-halopirimidina y el intermedio resultante ciclizado con quanidina, seguido por boc-división bajo condiciones acídicas para proporcionar los análogos de diamina butano desprotegida. Métodos de sustitución heterocíclica directa Los compuestos de la invención también pueden prepararse por el desplazamiento hucleofílico aromático de los grupos de salida en la posición 7 de 2,4-diaminopirimidopirimidina. Estos grupos de salida [LG] incluyen, pero no se limitan a: -Cl, -Br, -SCH3, -SC2H5) y -N(CH3)3. El nucleófilo utilizado en la reacción de desplazamiento puede ser -N-alquilo , -N-arilo, o alquilo sustituido o aminas arilo, o -O-alquilo, -O-arilo, o alcoholes o fenoles sustituidos. Síntesis de Análogos Pterina En general, ya sea los análogos 6- o 7-sustituidos pueden prepararse por la reacción de un reactivo activado tal como pterina 6- o 7-clorometilo con nucleófilos tales como aminas, y por otros diversos métodos descritos en ia materia otros grupos funcionales en la posición 6-o 7- de pterina tal como bromometilo, yodometilo, hidroximetilo, hidroximetilo activado, carbonilo, carbonilo activado, hidroxi, cloro, bromo, o metilo pueden utilizarse como reactivos sintéticos para la preparación de los análogos 6- o 7-sustituidos.

La trayectoria de reacción general anterior puede utilizarse para sintetizar un amplio rango de análogos de pteridina 7-sustituidos. En un procedimiento general, 7-clorometilo y una amina adecuada reaccionan en un solvente adecuado tal como DMF o 2-metoxietanol por tanto sea necesario según se determina por análisis de la mezcla de reacción por HPLC, TLC o NMR. El solvente se remueve así y el producto se purifica por un método adecuado, usualmente en la forma de precipitación , recristalización, re-precipitación de la sal por base, o a través de cromatografía. Formulaciones, formas de sal, y profármacos Según se utiliza en la presente, los compuestos de esta invención, incluyendo los compuestos de las fórmulas descritas en la presente, se definen por incluir profármacos o derivados farmacéuticamente aceptables de los mismos. Un "profármaco o derivado farmacéuticamente aceptable" significa cualquier sal de un éster, éster, o sal farmacéuticamente aceptable, u otro derivado de un compuesto de esta invención que, en la administración a un recipiente, es capaz de proporcionar (directa o indirectamente) un compuesto de esta invención. Los profármacos y derivados particularmente favorecidos son aquellos que aumentan la biodisponibilidad de los compuestos de esta invención cuando tales compuestos se administran a un mamífero (por ejemplo, al permitir que un compuesto oralmente administrado se absorba más fácilmente en la sangre) o que mejoran el suministro del compuesto principal a un compartimiento biológico (por ejemplo, el sistema linfático o cerebro) en relación a la especie principal. Los profármacos preferidos incluyen derivados en donde un grupo que mejora la solubilidad acuosa o transporte activo a través de la membrana intestino se une a la estructura de las fórmulas descritas en la presente. En particular, pueden prepararse los ejemplos clásicos de profármacos de éster para ayudar en la absorción y la penetración de membrana celular de análogos que contienen grupos funcionales de ácido carboxílico libre. Los compuestos de esta invención pueden modificarse al unir las funcionalidades adecuadas para mejorar las propiedades biológicas selectivas. Tales modificaciones se conocen en la materia e incluyen aquellas que aumentan la penetración biológica en un compartimiento biológico dado (por ejemplo, sangre, sistema linfático, sistema nervioso central), aumentan la biodisponibilidad oral, aumentan la solubilidad para permitir la administración por inyección, alterar el metabolismo y alterar la velocidad de excreción. Las sales farmacéuticamente aceptables de los compuestos de esta invención incluyen aquellas derivadas de bases y ácidos orgánicos e inorgánicos farmacéuticamente aceptables. Los ejemplos de sales ácidas adecuadas incluyen acetato, adipato, alginato, aspartato, benzoato, bencenosulfonato, bisulfato, butirato, citrato, camforato, camforsulfonato, ciclopentanopropionato, digluconato, dodecilsulfato, etanosulfonato, formato, fumarato, glucoheptanoato, glicerofosfato, glicolato, hemisuifato, heptanoato, hexanoato, hidrocloruro, hidrobromuro, hidroyoduro, 2-hidroxietanosulfonato, lactato, maleato, malonato, metanosulfonato, 2-naftalenosulfonato, nicotinato, nitrato, palmoato, pectinato, persulfato, 3-fenilpropionato, fosfato, picrato, pivalato, propionato, salicilato, succinato, sulfato, tartrato, tiocianato, tosilato y undecanoato. Otros ácidos, tales como oxálicos, mientras no son por sí mismos farmacéuticamente aceptables, pueden emplearse en la preparación de sales útiles como intermedios en la obtención de los compuestos de la invención y sus sales de adición ácidas farmacéuticamente aceptables. Las sales derivadas de las bases adecuadas incluyen sales de metal álcali (por ejemplo, sodio), de metal de tierra alcalina (por ejemplo, magnesio), amónicas, y N(alquil)4+. Esta invención también prevee la cuaternización de cualquiera de los grupos que contienen nitrógeno básico de los compuestos descritos en la presente. Los productos dispersables o solubles en aceite o agua pueden obtenerse por tal cuaternización. Ensayos para la Inhibición de Liqasa D-Ala-D-Ala La inhibición de ligasa D-Ala-D-Ala puede ensayarse para utilizar el ensayo de quinasa de piruvato/dehidrogenasa de lactato (PK/LDH) descrito en el Ejemplo 2, y según se describe en ia materia (por ejemplo, en Sarthy, et al., Anal. Biochem. 254:288-290, 1997). En el proceso de síntesis de pared celular bacteriana, la ligasa cataliza la conversión de trifosfato dé adenosina (ATP) a difosfato de adenosina (ADP) concurrente con la ligación de dos residuos de D-alanina para formar D-alanil-D-alanina. PK regenera así ATP de ADP creado de esta manera simultáneamente con la conversión de fosfopiruvato a piruvato. LDH cataliza la reducción de piruvato a lactato al convertir NADH a NAD+. Al monitorear la velocidad de producción de NAD+ (por ejemplo, utilizar la espectroscopia UV/Vis), puede lograrse la actividad de D-Ala-D-Ala. Los compuestos pueden elegirse por % de inhibición según se describe en el ejemplo 3. La constante de inhibición Ki y modo de acción puede obtenerse según se describe en el Ejemplo 4. La secuencia de proteína para la enzima de ligasa D-Ala-D-Ala se ha determinado en una variedad de diferentes especies bacterianas utilizando técnicas estándares en bioquímica (ver Tabla 5). La secuencia de proteína de cualquier especie puede sobreexpresarse en un organismo huésped adecuado tal como E. coli utilizando técnicas de biología molecular estándar. La enzima de ligasa puede colectarse, purificarse, y utilizarse en el ensayo anteriormente descrito para la determinación de la actividad inhibidora. Ensayos In Vitro para Actividad Antibacteriana Los compuestos pueden elegirse por actividad antibacteriana utilizando métodos estándares. En un ejemplo, ¡lustrado en el Ejemplo 5 de abajo, las técnicas de microdilucion de brote se utilizan para medir la actividad in vitro de los compuestos contra un cultivo bacteriano dado, para producir los datos de mínima concentración inhibidora (MIC). Ensayo de Prueba de Susceptibilidad Antimicrobiana de ícrodilución Las soluciones concentradas de los compuestos probados se preparan en /V,/v"-dimetilformamida (DMF) a una concentración de 5 mg/ml. Las soluciones de trabajo de los compuestos probados se prepararon así de las soluciones concentradas, en brote Mueller-Hinton (MHB) con una concentración de inicio de 64 µg/ml. Los inóculos bacterianos se prepararon del cultivo durante la noche (es decir, una colonia fresca de lámina de ágar en 5 mí de MHB; H. influenzae creció en MHB con la adición de extracto de levadura, haematina, y NAD), se centrifugaron 2 x 5 min/3000 rpm (para S. pneumoniae y H. influenzae, 2 x 10 min/3000 rpm), y se distribuyeron en 5 mi de MHB fresco cada vez, de tal forma que la suspensión bacteriana se diluye para obtener 100 unidades formadoras de colonia (cfu) en una cavidad de microlámina ( 00 µ? de volumen total). Las cavidades de microlámina se llenan con diluciones de dos pliegues de compuesto de prueba (50 µ?), comenzando con 64 µ?/???. Las cavidades se llenan así con 50 µ? de inoculo bacteriano (volumen final: 100 µ?/cavidad). Las láminas se incuban a 37°C por 1 8-24 horas (S. pneumoniae creció en una atmósfera enriquecida por C02). La densidad óptica de cada cavidad a 590 nm (OD590) se midió así con un TECAN SpectroFluor Plus®, y la mínima concentración inhibidora (MIC) se definió como la concentración que mostró 90% de inhibición de crecimiento. En un ejemplo, ilustrado en el Ejemplo 5, las técnicas de microdiiución de brote se utilizan para medir la actividad in vitro de los compuestos contra un cultivo bacteriano dado, para producir los datos de mínima concentración inhibidora (M IC). Prueba de Dilución de Ágar Antimicrobiano Esta valoración se realiza esencialmente según se describe en la materia conocida. [Ver, por ejemplo, NCCLS, Methods for Antimicrobial Susceptibility Testing of Anaerobio Bacteria; Approved Standard-Fourth Edition. NCCLS document M 1 1 -A4. NCCLS: Wayne, Pennsylvania; 1 997]. Medio de Ágar: Ágar de sangre de brucella complementado con hemina (5 9/???), 5% de sangre de oveja, y vitamina (1 µg/ml). Agentes Antimicrobianos: Polvos antimicrobianos estándares (por ejemplo, azitromicina, cloramfenicol, nitrofurantoin , piperacilin , clindamicin, penicilina, imipenem) y compuestos de prueba, se preparan como soluciones concentradas [5120 µg/ml en DMF (dimetilformamida)] y se diluyen según se indica en la Tabla 3 de NCCLS Methods for Antimicrobial Susceptibility Testing of Anaerobio bacteria; Approved Standard-Fourth Edition 1997; M1 1 -A4, Vol. 17 No. 22.

Preparación de Inoculo: Las cepas anaeróbicas de prueba ser seleccionan de ágar dé sangre de Brucella enriquecida. Las partes de cinco colonias se suspenden directamente en medio de brote de Brucella para lograr un equivalente de turbidez a un 0.5 cFarland estándar. Procedimiento: El medio se prepara de acuerdo a las instrucciones del fabricante y se distribuyen en tubos de tapón de rosca. En el día de la prueba, el complemento de sangre y 2 mi de cada concentración del agente antimicrobiano se agregan a los tubos adecuados de ágar enfriado (50°C). La mezcla de los medios y el agente antimicrobiano se vierte en platos petri redondos estándares (15 x 100 mm) y se dejan solidificar. Un cultivo ajustado por turbidez de cada cepa anaeróbica se inocula en cada lámina por un dispositivo de replicación (aproximadamente 2 µ? por mancha). Las láminas inoculadas se incuban a 35°C en una jarra anaeróbica. Los resultados se registran después de 48 horas de incubación y se expresan como valores de mínima concentración inhibidora (MIC). Ensayos In Vivo para la Actividad Antibacteriana Los compuestos también pueden probarse para eficacia antibacteriana en animales de laboratorio. Estos estudios in vivo incluyen, pero no se limitan a, modelos locales y sistémicos de infección, modelos de infección de tracto urinario, sepsis, colitis mediada antibiótica y cuidado de herida. Los compuestos de la invención también pueden evaluarse en anímales para valorar sus configuraciones farmacocinéticas, tales como por ejemplo, la biodisponibilidad oral, absorción oral, duración media química, identificación de metabolitós, niveles de suero a diversos tiempos, y velocidad de excreción. Modelos de animal de infección bacteriana sístémicos Los modelos sístémicos de infección se describen en la materia. Las siguientes condiciones pueden utilizarse para ensayar los compuestos en esta solicitud. Las bacterias crecen en ágar Mueller-Hinton a 37°C durante 24 h. Por cada experimento, una suspensión bacteriana se prepara al inocular 4-5 colonias bacterianas sobre brote Mueller-Hinton (MHB) y al incubarse a 37°C por 24 horas para producir aproximadamente 109 CFU/ml. Los ratones hembra BalbC se suministran por Charles River. Los animales se infectan por una administración única de una dosis LD10o de suspensión de cultivo bacteriano (1x108 CFU/1 00 µ? por animal) en la vena de la cola. Se hace una evaluación clínica cuidadosa varias veces al día, y se registran síntomas clínicos obvios y mortalidad. La supervivencia de los animales se observa por un período de 6 días. La azitromicina se disuelve en 0.5% de metocel en solución salina y se administra oralmente. Los compuestos de prueba se micronizan con mortero y triturador y después se disuelven en solución salina de metocel con 3% de DMF. La primer dosis se administra 30 minutos después de la infección, con dosis siguientes cada 12 horas por 3 días. Ensayos para Propiedades Físico-Químicas y Bioquímicas Los compuestos heterocíclicos de esta invención pueden optimizarse por su actividad "antibacteriana" in vitro de acuerdo a los resultados de dos tipos de métodos, metodología estructural y metodología físico-química. La estructura química puede modificarse utilizando combinaciones de sustituyentes para proporcionar los compuestos que satisfacen algunos o todos de los siguientes criterios: 1 ) un compuesto en el cual la lipofilicidad experimentalmente determinada o calculada (logP) se encuentra en el rango de 0 2 a 2 unidades logP; 2) un compuesto que es un sustrato para cualquier enzima de ligasa D-Ala-D-Ala; 3) un compuesto en donde su solubilidad acuosa es mayor a 1 µ9/???. Estas propiedades bioquímicas y físico-químicas son factores en los efectos antimicrobianos observados los sujetos (por ejemplo, animales). Usos Clínicos de los Compuestos Heterocíclicos Los compuestos reivindicados en esta invención pueden utilizarse terapéuticamente o profilácticamente para el tratamiento o prevención de enfermedades e/o infecciones bacterianas. La invención también se refiere a métodos, por ejemplo, para romper la regulación interna del crecimiento microbiano, en un sujeto, comprendiendo la etapa de administrar a dicho sujeto un compuesto de cualquiera de las fórmulas descritas en la presente o una composición que comprende un compuesto de cualquiera de las fórmulas descritas en la presente. En una modalidad, la invención se refiere a un método para inhibir la actividad bacteriana o microbiana en un sujeto que comprende la etapa de administrar un compuesto al sujeto, o una composición que comprende un compuesto, de cualquiera de las fórmulas descritas en la presente. Preferentemente, el sujeto es un ser humano o animal. En una modalidad alternativa, esta invención se refiere a un método para tratar la enfermedad o síntomas de enfermedad en un sujeto que comprende la etapa de administrar a dicho sujeto un compuesto, o una composición que comprende un compuesto, de cualquiera de las fórmulas descritas en la presente. Preferentemente, el sujeto es un ser humano o animal. Las infecciones y enfermedades infecciones se originan de una variedad de microorganismos. Los compuestos de la invención pueden encontrar uso en el tratamiento médico de enfermedades infecciosas de fuentes bacterianas. Los compuestos que matan o limitan el crecimiento de microorganismos pueden encontrar uso en el tratamiento de infecciones y enfermedades infecciosas. Los microorganismos bacterianos específicos se conocen por asociarse con el tipo de infección o enfermedad infecciosa. Algunos ejemplos de infecciones bacterianas y sus patógenos causativos más comunes se dan abajo. Las infecciones de tracto respiratorio inferior y superior incluyen, pero no se limitan a: bronquitis, sinusitis, neumonía, anginas, infecciones estreptococos crónicas, difteria, epiglotitis aguda, gripe, bronquitis crónica, infecciones del oído medio (otitis media), neumonía, bronconeumonía, enfermedad del legionario, neumonía atípica, tos enorme, y tuberculosis. Los microorganismos bacterianos que originan las infecciones de tracto respiratorio incluyen pero no se limitan a: S. pyogenes, S. pneumoniae, S. aureus, H. influenzae, M. catarrhalis, N. meningitidis, B. pertussis, Enterobacteriaceae, anaerobas, Nocardia, Pseudomona, C. psittaci, y C. diphteriae. Las infecciones de tracto urinario incluyen, pero no se limitan a: uretritis, cistitis, pielonefritis (infección del riñon), bacteruria asintomática, cistitis intersticial, síndrome uretral agudo, e infecciones de tracto urinario recurrente. Los microorganismos bacterianos que originan las infecciones de tracto urinario incluyen pero no se limitan a: E. col/, Proteus, Providentia, Pseudomonas, klebsiella, Enterobacter, Serratia, Coag. Neg. Staphylococci, Enterococci, y C. trachomatis. Las infecciones de herida y piel incluyen, pero no se limitan a: eritrasma, panaritio, impetigo, foliculitis, erisipelas, cleulitis, y fascitis necrotizante. Los microorganismos bacterianos que originan las infecciones de herida y piel incluyen pero no se limitan a: Streptococci, Staphylococci, P. aeruginosa, P. acnés, Clostrídia, anaerobas, y B. fragilis. Los microorganismos bacterianos que originan infecciones sistémicas (bacteremia) incluyen pero no se limitan a: Streptococci, Staphylococci, Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Bacteroides sp., Neisseria, H. influenzae, Brucella, Listeria, y S. typhi. Las enfermedades sexualmente transmitidas de origen bacteriano incluyen, pero no se limitan a: adnexitis, cervicitis, chanchroide, uretritis, balanitis, gonorrea, linfogranuloma venéreo, sífilis, y granuloma inguinale. Los microorganismos bacterianos que originan las infecciones sexualmente transmitidas incluyen pero no se limitan a: Chlamydia, N. gonorrhoeae, U. urealyticum, T. pallidium, G. vaginalis, H. ducreyi, C. granulomatis, Streptococci, Staphylococci, y Enterobacteriae. Las infecciones gastrointestinales de origen bacteriano incluyen pero no se limitan a: infecciones de alimento guardado, colitis, enteritis, úlceras gástricas, úlceras duodenales, pancreatitis, infecciones de vesícula biliar, cólera, y tifo. Los microorganismos bacterianos que originan infecciones gastrointestinales incluyen pero no se limitan a: H. pylori, C. pylorí, C. duodeni, S. typhi, S. paratyphi, V. cholerae, anaerobes, Enterobacteriaceae, Staphylocci, y Streptococci. Métodos para Tratar Pacientes Los compuestos heterocíclicos de las fórmulas delineadas en la presente pueden administrarse a un paciente, por ejemplo, a fin de tratar una infección tal como una infección bacteriana. Los compuestos heterocíclicos, por ejemplo, pueden administrarse en un vehículo farmacéuticamente aceptable tal como salina fisiológica, en combinación con otros fármacos, y/o junto con excipientes adecuados. Los compuestos heterocíclicos de las fórmuias en la presente, por ejemplo, pueden administrarse por inyección, intravenosa, intraarterial, subdermal, intraperitoneal, intramuscular, o subcutáneamente; u oral, bucal, nasal, , transmucosal, localmente, en una preparación ótica u oftálmica, o por inhalación, con una dosis que varía de aproximadamente 0.001 a aproximadamente 100 mg/kg de peso corporal, preferentemente dosis entre 10 mg y 5000 mg/dosis, cada 4 a 120 horas, o de acuerdo a los requisitos del fármaco en particular. Según se apreciará por el experto en la materia, las dosis más altas o más bajas que aquellas señaladas anteriormente, pueden requerirse. La dosis específica y los regímenes de tratamiento para cualquier paciente dependerán de una variedad de factores, incluyendo la actividad del compuesto específico empleado, la edad, el peso corporal, el estado de salud en general, el sexo, la dieta, el tiempo de administración, la velocidad de excreción, la combinación de fármaco, la severidad y curso de la enfermedad, la condición o los síntomas, la disposición del paciente a la enfermedad, la condición o los síntomas, y el juicio del médico de tratamiento. En la mejora de la condición de un paciente, una dosis de mantenimiento de un compuesto, composición o combinación de esta invención puede administrarse, si es necesario. Por consecuencia, la dosis o frecuencia de administración, o ambas, pueden reducirse, a medida que una función de los síntomas, a un nivel en el cual se retiene la condición mejorada cuando los síntomas se han aminorado al nivel deseado, el tratamiento podría cesar. Sin embargo, los pacientes requieren tratamiento intermitente sobre una base a largo plazo en cualquier recurrencia de síntomas de la enfermedad. En una modalidad alternativa, esta invención proporciona métodos para tratar, prevenir, o aminorar los síntomas de la enfermedad en un mamífero comprendiendo la etapa de administrar a dicho mamífero cualquiera de las composiciones farmacéuticas y combinaciones anteriormente descritas. Preferentemente, el mamífero es un humano. Si la composición farmacéutica solamente comprende el compuesto de esta invención como el componente activo, tales métodos pueden comprender adicionalmente la etapa de administrar a dicho mamífero un agente terapéutico adicional tal como, por ejemplo, antibióticos de macrolida (por ejemplo, claritromicin), inhibidores de bomba de protones (por ejemplo, omeprazol), rifamicinas (por ejemplo, rifampin), aminoglicósidos (por ejemplo, streptomicin, gentamicin, trobamicin), penicilinas (por ejemplo, penicilina G, penicilina V, ticarcilina), inhibidores de ß-lactamasa, cefalosporinas (por ejemplo, cefazolin, cefaclor, ceftazidima), y agentes antimicobacterianos (por ejemplo, isoniazid, etambutol). Otros agentes adecuados se delinean en textos y publicaciones de enfermedad infecciosa, incluyendo por ejemplo, Principies and Practice of Infectious Diseases, G.L. Mandell et al. , eds., 3rd ed. , Churchill Livingstone, New York, (1990). Tal (es) agente (s) adicional (es) puede (n) administrarse al mamífero antes de, concurrentemente con, o siguiente a la administración de la composición que tiene un compuesto de cualquiera de las fórmulas en la presente. Las composiciones . farmacéuticas de esta invención comprenden un compuesto de las fórmulas descritas en la presente o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo; un agente adicional seleccionado de un agente anticáncer, un agente antiviral, agente antifúngico, antibiótico, y cualquier vehículo farmacéuticamente aceptable, adyuvante o vehículo. Las composiciones alternativas de esta invención comprenden un compuesto de las fórmulas descritas en la presente o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo; y un vehículo farmacéuticamente aceptable, adyuvante o vehículo. Tales composiciones también pueden opcionalmente comprender agentes terapéuticos adicionales, incluyendo por ejemplo, un agente adicional seleccionado de un agente anticáncer, un agente antimicrobiano, un agente antiviral, agente antifúngico, inhibidor de bomba de protones, o antibiótico. Las composiciones delineadas en la presente incluyen los compuestos de las fórmulas delineadas en la presente, así como también agentes terapéuticos adicionales si se presentan, en cantidades eficaces para lograr una modulación de niveles bacterianos o microbianos. El término "adyuvante o vehículo farmacéuticamente aceptable" se refiere a un vehículo o adyuvante que puede administrarse a un paciente, junto con un compuesto de esta invención, y que no destruye la actividad farmacológica del mismo y no es tóxico cuando se administra en dosis suficientes para suministrar una cantidad terapéutica del compuesto. Los vehículos farmacéuticamente aceptables, adyuvantes y vehículos que pueden utilizarse en las composiciones farmacéuticas de esta invención incluyen, pero no se limitan a, intercambiadores de iones, dióxido de aluminio, estearato de aluminio, lecitina, sistemas de suministro de fármaco emulsificador por sí mismo (SEDDS) tal como d-a-tocoferol polietilenoglicol 1000 sucinato, agentes tensoactivos utilizados en formas de dosificación farmacéutica tal como Tweens u otros aglomerantes de suministro polimérico similares, proteínas de suero, tales como albúmina de suero humano, sustancias reguladoras tales como fosfatos, glicina, ácido sórbico, sorbato de potasio, mezclas de glicérido parcial de ácidos grasos vegetales saturados, agua, sales o electrolitos, tales como sulfato de protamina, fosfato de hidrógeno disodio, fosfato de hidrógeno potasio, cloruro de sodio, sales de zinc, sílice coloidal, trisilicato de magnesio, pirrolidona de polivinilo, sustancias a base de celulosa, glicol de polietileno, carboximetilcelulosa de sodio, poliacrilatos, ceras, polímeros de bloqueo de polietileno-polioxipropileno, glicol de polietilenb y grasa de la lana. Ciclodextrinas tales como -, ß-, y ?-ciclodextrina, o derivados químicamente modificados tales como hidroxialquilciclodextrinas, incluyendo 2- y 3-hidroxipropil-P-ciclodextrinas, u otros derivados solubilizados también pueden utilizarse ventajosamente para mejorar el suministro de compuestos de las fórmulas descritas en la presente. Las composiciones farmacéuticas de esta invención pueden administrar oral, parenteralmente, por inhalación por rociador, local, rectal, nasal, bucal, vaginalmente o por medio de un recipiente implantado, preferentemente por administración oral o administración por inyección. Las composiciones pueden derivarse de formas cristalinas o no cristalinas de los compuestos. Las composiciones farmacéuticas de esta invención pueden contener cualquiera de los vehículos farmacéuticamente aceptables no tóxicos convencionales, adyuvantes o vehículos. En algunos casos, el pH de la formulación puede ajustarse con ácidos farmacéuticamente aceptables, bases o reguladores para mejorar la estabilidad del compuesto formulado o su forma de suministro. El término "parenteral" según se utiliza en la presente incluye técnicas de infusión o inyección subcutánea, intracutánea, intravenosa, intramuscular, intraarticular, intraarterial, ¡ntrasinovial, intrasternal, intratecal, intralesional e intracraneal. Las composiciones farmacéuticas pueden encontrarse en la forma de una preparación inyectable estéril, por ejemplo, como una suspensión oleaginosa o acuosa inyectable estéril. Esta suspensión puede formularse de acuerdo a las técnicas conocidas en la materia utilizando agentes de humectación o dispersión adecuados (tales como, por ejemplo, Tween 80) y agentes de suspensión. La preparación inyectable estéril puede también ser una suspensión o solución inyectable estéril en un solvente o diluyente parenteralmente aceptable no tóxico, por ejemplo, como una solución en 1 ,3-butanodiol. Entre los vehículos y solventes adecuados que pueden emplearse se encuentran manitol, agua, solución Ringer y solución de cloruro dé sodio isotónico. Además, los aceites fijos, estériles, se emplean convencionalmente como un solvente o medio de suspensión. Para este propósito, cualquier aceite fijo blando puede emplearse incluyendo mono- o diglicéridos sintéticos. Los ácidos grasos, tales como ácido oleico y sus derivados de glicérido son útiles en la preparación de inyectables, como son aceites farmacéuticamente aceptables naturales, tales como aceite de oliva o aceite de ricino, especialmente en sus versiones polioxietiladas. Estas suspensiones o soluciones aceitosas también pueden contener un dispersante o diluyente de alcohol de cadena larga, o celulosa de carboximetilo o agentes de dispersión similares que se utilizan comúnmente en la formulación de formas de dosificación farmacéuticamente aceptables tales como emulsiones y o suspensiones. Otros agentes tensoactivos comúnmente utilizados tales como Tweens o Spans y/u otros agentes de emulsificación similares o reforzadores de biodisponibilidad que se utilizan comúnmente en la elaboración de formas de dosificación sólidas, líquidas, u otras farmacéuticamente aceptables, también pueden utilizarse para los propósitos de formulación.

Las composiciones farmacéuticas de esta invención pueden administrarse oralmente en cualquier forma de dosificación oralmente aceptable incluyendo, pero no limitándose a, cápsulas, tabletas, emulsiones y suspensiones acuosas, dispersiones y soluciones. En el caso de tabletas para uso oral, los vehículos que se utilizan comúnmente incluyen lactosa y almidón de maíz. Los agentes lubricantes, tales como estearato de magnesio, también se agregan típicamente. Para la administración oral en una forma de cápsula, los diluyentes útiles incluyen lactosa y almidón de maíz seco. Cuando las emulsiones y/o suspensiones acuosas se administran oralmente, el ingrediente activo puede suspenderse o disolverse en una fase aceitosa, se combina con agentes de suspensión y/o emulsificación. Si se desea, ciertos edulcorantes y/o agentes de coloración y/o saborizantes, pueden agregarse. Las composiciones farmacéuticas de esta invención también pueden administrarse en la forma de supositorios para la administración rectal. Estas composiciones pueden prepararse al mezclar un compuesto de esta invención con un excipiente no irritante adecuado que es sólido a temperatura ambiente pero líquido a la temperatura rectal y por lo tanto se fusionará en el recto para liberar los componentes activos. Tales materiales incluyen , pero no se limitan a, mantequilla de coco, cera de abeja y glicoles de polietileno. La administración local de las composiciones farmacéuticas de esta invención es especialmente útil cuando el tratamiento deseado incluye áreas u órganos fácilmente accesibles por aplicación local. Para la aplicación de manera local a la piel, la composición farmacéutica deberá formularse con un ungüento adecuado que contenga los componentes activos suspendidos o disueltos en un vehículo. Los vehículos para la administración local de los compuestos de esta invención incluyen, pero no se limitan a, aceite mineral, petróleo líquido, petróleo blanco, glicol de propileno, compuesto de polioxipropileno polioxietileno, cera emusilficadora y agua. Alternativamente, la composición farmacéutica puede formularse con una loción o crema adecuada que contiene el compuesto activo suspendido o disuelto en un vehículo con agentes de emulsificación adecuados. Los vehículos adecuados incluyen, pero no se limitan a, aceite mineral, monoestearato de sorbitan, polísorbato 60, cera de ésteres de cetilo, alcohol dé cetéarilo, 2-octildodecanol, alcohol bencílico y agua. Las composiciones farmacéuticas de esta invención también pueden aplicarse localmente al tracto intestinal inferior por formulación de supositorio rectal o en una formulación de enema adecuada. Los parches localmente transdérmicos también se incluyen en esta invención. Las composiciones farmacéuticas de esta invención pueden administrarse por aerosol nasal o inhalación. Tales composiciones se preparan de acuerdo a las técnicas bien conocidas en la materia de formulación farmacéutica y pueden prepararse como soluciones en salina, empleando alcohol bencílico u otros conservadores adecuados, promotores de absorción para mejorar la biodisponibilidad, fluorocarburos, y/u otros agentes de dispersión o solubilización conocidos en la materia. Los compuestos y las composiciones de esta invención son útiles como esterilizantes, antisépticos, adyuvantes en apositos para herida (por ejemplo, vendas), y adyuvantes en métodos de limpieza de herida (por ejemplo, palancas de bomba, alimentación por sonda, etc.). Los niveles de dosificación de entre aproximadamente 0.01 y aproximadamente 100 mg/kg de peso corporal por día, alternativamente entre aproximadamente 0.5 y aproximadamente 75 mg/kg de peso corporal por día (por ejemplo, entre aproximadamente 10 mg y 5000 mg/dosis) de los compuestos antimicrobianos descritos en la presente son útiles en una monoterapia y/o en terapia de combinación para la prevención y tratamiento de la enfermedad mediada microbiana. Típicamente, las composiciones farmacéuticas de esta invención se administrarán de aproximadamente 1 a aproximadamente 6 veces por día o alternativamente, como una infusión continua. Tal administración puede utilizarse como una terapia aguda o crónica. La cantidad de ingrediente activo que puede combinarse con los materiales de vehículo para producir un forma de dosificación única variará dependiendo del sujeto tratado y el modo particular de administración. Una preparación típica contendrá de aproximadamente 5% a aproximadamente 95% del compuesto activo (p/p). Alternativamente, tales preparaciones contendrán de aproximadamente 20% a aproximadamente 80% del compuesto activo. Cuando las composiciones de esta invención comprenden una combinación de un compuesto de las fórmulas descritas en la presente y uno o más agentes profilácticos o terapéuticos adicionales, tanto el compuesto como el agente adicional deberán presentarse, típicamente, en los niveles de dosificación de entre aproximadamente 10 a 100%, y más preferentemente entre aproximadamente 10 a 80% de la dosis normalmente administrada en un régimen de monoterapia. Los agentes adicionales pueden administrarse por separado, como parte de un régimen de dosis múltiple, de los compuestos de esta invención. Alternativamente, aquellos agentes pueden ser parte de una forma de dosificación única, mezclados junto con los compuestos de esta invención en una composición única. Otros Usos En una modalidad alternativa, los compuestos inhibidores descritos en la presente pueden utilizarse como plataformas o andamios que pueden utilizarse en las técnicas de química combinatoria para la preparación de derivados y/o bibliotecas químicas de los compuestos. Tales derivados y bibliotecas de compuestas tienen actividad antimicrobiana y son útiles para identificar y designar compuestos que poseen actividad antimicrobiana. Las técnicas combinatorias adecuadas para utilizar los compuestos descritos en la presente se conocen en la materia según se ejemplifica por Obrecht, D. and Villalgrodo, J.M., Solid-Supported Combinatorial and Parallel Synthesis of Small-Molecular-Weight Compound Librarles, Pergamon-Elsevier Science Limited (1998), e incluyen aquellos tales como las técnicas de síntesis "paralela" o "de división y grupo", técnicas de fase de solución y fase sólida, y técnicas de codificación (ver, por ejemplo, Czarnik, A.W., Curr. Opin. Chem. Bio. , (1997) 1 ,60). De esta manera, una modalidad se refiere a un método para utilizar los compuestos descritos en las fórmulas en la presente para generar derivados o bibliotecas químicas que comprenden: 1 ) proporcionar un cuerpo que comprende una pluralidad de cavidades: 2) proporcionar uno o más compuestos de las fórmulas descritas en la presente en cada cavidad; 3) proporcionar un adicional o más químicos en cada cavidad; 4) aislar el resultante o más productos de cada cavidad. Una modalidad alternativa se refiere a un método para utilizar los compuestos descritos en las fórmulas en la presente para generar derivados o bibliotecas químicas que comprenden: 1 ) proporcionar uno o más compuestos de las fórmulas descritas en la presente unidas a un soporte sólido; 2) tratar al o más compuestos de las fórmulas descritas en la presente unidas a un soporte sólido con uno o más químicos adicionales; 3) aislar el resultante o más productos del soporte sólido. En los métodos anteriormente descritos, las "etiquetas" o identificador o porciones de marcado pueden unirse a y/o desnunirse de los compuestos de las fórmulas en la presente o sus derivados, para facilitar el sondeo, identificación o aislamiento de los productos deseados o sus intermedios. Tales porciones se conocen en la materia. Los químicos utilizados en los métodos anteriormente mencionados pueden incluir, por ejemplo, solventes, reactivos, catalizadores, reactivos de grupo protector y grupo desprotector y lo similar. Los ejemplos de tales químicos son aquellos que aparecen en los diversos tratados y textos de química del grupo protector y sintético referidos en la presente. Los compuestos de esta invención pueden contener uno o más centros asimétricos y de esta manera originarse como racematos y mezclas racémicas, enantiómeros únicos, diastererómeros individuales y mezclas diastereoméricas. Tales formas isoméricas de estos compuestos se incluyen expresamente en la presente invención. Los compuestos de esta invención también pueden representarse en múltiples formas tautoméricas; en tales casos, la invención incluye expresamente todas las formas tautoméricas de los compuestos descritos en la presente (por ejemplo, alquilación de un sistema anular puede dar como resultado la alquilación en múltiples sitios, la invención expresamente incluye tales productos de reacción). Los compuestos también pueden originarse en formas isoméricas de enlace doble Z- o E- cis- o trans-. Todas las formas isoméricas de tales compuestos se incluyen expresamente en la presente invención. Todas las formas de cristal de los compuestos descritos en la presente se incluyen expresamente en la presente invención. La invención se describirá además en los siguientes ejemplos. Deberá entenderse que estos ejemplos son solamente para propósitos ilustrativos y no se pretenden interpretar como limitantes de esta invención en ninguna manera.

EJEMPLOS La información cromatográfica líquida se obtiene utilizando una Cromatografía Líquida Hewlett-Packard (HP) Serie 1090 acoplada a un Detector De Grupo de Diodos [Restek Allure Columna C18; tamaño de partícula, 5 µ?; longitud de columna, 150 mm; diámetro de columna, 4.6 mm; velocidad de flujo, 1 ml/min; programa del Solvente, de 95% H20 (p/0.1 % TFA)/5% CH3CN (p/0.1 % TFA) a 100% CH3CN (p/0.1 % TFA) en 8 minutos, después se mantiene constante por 3 minutos; longitud de onda de detección, 254 nm]. Los datos de Masa Espectral se obtuvieron ya sea sobre un sistema Thermofinigan AQA/Wilson LC/MS o Agilent 1 100 LC/MS.

Los espectros 1 H- y 13C-NMR se obtuvieron sobre un instrumento Bruker AC-300 Hz. La cromatografía de flash de presión media se realizó sobre un Isco Inc., sistema Combiflash Sg 100c. La cromatografía de capa delgada se realizó utilizando gél de sílice EM láminas TLC de plástico Science 60 F254. Los puntos de fusión se determinaron en tubos capilares de aire abierto en un aparato Meltemp II. Se utilizó luz UV para detectar los compuestos sobre las láminas TLC. Los reactivos utilizados en las reacciones se adquirieron de Aldrich Chemical Co. (Milwaukee, Wl), Sigma Chemical Co. (Saint Louis, MO), Fluka Chemical Corp. (Milwaukee, Wl), Fisher Scientific (Pittsburgh, PA), TCI America (Pórtland, OR), Transworid Chemicals, Inc. , (Rockville, MD), Maybridge Chemical Ltd. , (Londres, Inglaterra), o Lancaster Synthesis (Windham, NH). Ejemplo 1 - Síntesis de Inhibidores de Ligasa N7-Metil-N7-(1 -naftalen-1 -il-propil)-pirimidof4,5-o'lpirimid¡na-2,4,7-triamina Compuesto 1 : A una solución de 4.25 g (27.2 mmol) de naftaldehído en 30 mi de éter seco en baño de agua fría se agregó lentamente 13 mi de bromuro de etilmagnesio, 3 M en éter. La mezcla se agitó por otros 30 min. a temperatura ambiente y después se enfrió rápidamente al agregar 40 mi de solución 1 N HCI. La capa orgánica se lavó con agua (20 mi), bicarbonato de sodio sat. (20 mi x 2), agua salada (20 mi) y después se secó sobre sulfato de sodio anhidro. La evaporación del solvente orgánico dio un producto crudo 1 que se utilizó directamente para la siguiente etapa de la reacción sin mayor purificación. Compuesto 2: El producto crudo 1 se disolvió en 30 mi de acetona y a la mezcla resultante, bañada en un baño de agua fría, se agregó lentamente reactivo Jone hasta que persistió el color café. La solución se agitó además por 15 min. a temperatura ambiente y después 5 mi de isopropanol se agregó. Después de que se agregó 50 mi de acetato de etilo, la mezcla resultante se lavó con agua (30 mi), bicarbonato de sodio sat. (30 mi x 2), NaCI sat. y después sobre sulfato de sodio anhidro. La evaporación de los solventes orgánicos dio un residuo aceitoso que se purificó así por cromatografía de columna de gel de sílice. Se obtiene 4.01 g de acetona 2. Compuesto 3: A la mezcla de 4.01 g de acetona 2 y 16.3 mi de metilamina en metanol, 2 , se agregó 1 .61 g de cianoborohidruro de sodio y 160 mg de cloruro de zinc. La mezcla resultante se agitó durante la noche a 50°C. Agregando 1 N HCI se enfrió rápidamente la reacción. Después de que la mayoría de metanol se removió in vacuo, la solución se extrajo con diclorometano (15 mi x 2). El pH de la capa acuosa se ajustó a aproximadamente 9 con 2 N NaOH. El producto se extrajo así con diclorometano (15 mi x 3). La capa orgánica combinada se lavó con NaCI sat. y después se secó sobre sulfato de sodio anhidro. La evaporación del solvente dio 3.54 g del compuesto 3. Compuesto 4: Una mezcla de 2.89 g (14.5 mmol) de pirimidina 1J_, 3.54 g (1 5 mmol) de compuesto 3 y 2.5 mi (18 mmol) de trietilamina en 25 mi de 2-metoxietanol se agitó a 80°C por 2 h. La mezcla resultante se enfrió abajo a temperatura ambiente y el solvente se evaporó para dar un residuo aceitoso. 30 mi de acetato de etilo se agregó para disolver el residuo y la solución resultante se lavó tres veces con agua después se secó sobre sulfato de sodio anhidro. La evaporación dio un residuo aceitoso, que se purificó así por cromatografía de columna de gel de sílice. 3.95 g de producto 4 se obtuvo como polvo blanco. N7-Met¡l-N7-(1 -naftalen-1 -il-prop¡l)-pirimidor4.5-d1pirimidina-2,4,7-triamina: A una solución de 3.60 g de compuesto 4_en 40 mi de 2-metoxietanol se agregó 24 mi de 1 M de guanidina en metanol y 16 mi de 1 .5 M de CH3Ona en CH3OH. La mezcla se agitó a 140°C por 12 h con un Colector Dean-Stark para remover la solución de metanol. La mezcla de reacción se enfrió abajo y se evaporó in vacuo para dar solamente un residuo aceitoso, que se disolvió así en 30 mi de metanol. 50 mi de agua se agregó para precipitar el producto. El producto se purificó así por recristalización de metanol, y el producto recristalizado se agitó así en metanol tres veces. 1.95 g del producto se obtuvo como polvo blanco. La pureza del mismo fue mayor que 99% en base al análisis HPLC.

N7-(1 -Benzoraitiofen-3-il-etil)-N7-metil-pirimidor4.5-cflpirimidina-2,4,7-triamina Una mezcla de 2.89 g (14.5 mmol) de pirimidina ü, 2.87 g (15 mmol) de metilamina 1_a y 2.5 mi (18 mmol) de trietilamina en 25 mi de 2-metoxietanol se agitó a 80°C por 2 h. La mezcla de reacción se enfrió abajo a temperatura ambiente y el solvente se evaporó para dar un residuo aceitoso. 30 mi de acetato de etilo se agregó para disolver el residuo y la solución resultante se lavó tres veces con agua, después se secó sobre sulfato de sodio. La evaporación dio un residuo aceitoso, que se purificó así por medio de la recristalización de éter/hexano. 3.95 g de producto I b. se obtuvo como polvo blanco. A una solución de 3.71 g l a en 40 mi de 2-metoxietanol se agregó 24 mi de 1 M de guanidina en metanol y 16 mi de 1 .5 M de CH3Ona en CH3OH. La mezcla se agitó a 140°C por 12 h con un colector Dean-Stark equipado para remover la solución de metanol. La mezcla de reacción se enfrió abajo y se evaporó in vacuo para dar un residuo aceitoso, que se disolvió así en 30 mi de metanol. 50 mi de agua se agregó para precipitar el producto. El producto se purificó así por la recristalización de metanol, después se agitó en metanol tres veces. 920 mg de producto se obtuvo como polvo blanco. La pureza de este fue 98.52% en base al análisis HPLC.

N7-Met¡l-N7-f1-(4-metil-naftalen-1-in-et¡n-pirimidor4.5-dlpirimidina-2,4,7-triamina Un procedimiento similar como para la preparación del compuesto N7-(1 -Benzo[b]tiofen-3-M-etil)-N7-metil-pirimido[4,5-d]pirimidina-2,4,7-triamina se utilizó para la preparación del compuesto N7- etil-N7-[1 -(4-metil-naftalen-1 -il)-etil]-pirimido[4,5-d]pirimidina-2,4,7-triamina. 860 mg de producto final se obtuvo como polvo blanco, que tuvo 98.80% de pureza de HPLC. Síntesis de pirimidopirimidinas 7-amino sustituidas (estructura "VI Las aminas (estructura II) se prepararon por aminación reductiva de 1 -acetonaftona con aminas correspondientes (esquema 2) estructura II. Esquema 2 (II A) 7erí-butil N-(2-(n-naftil)etinamino}et¡Dcarbamato A una solución de 1 -acetonaftona (152 µ?, 1 mmol) en acetonitrilo (2 mi) se agregó íerí-butil N-(2-aminoetil)-carbamato (189 µ?, 1 .2 mmol), NaBH3CN (126 mg, 2 mmol) y ZnCI2 anhidro (136 mg, 1 mmol). La reacción se calentó durante la noche a 80°C en un frasco de tapón de rosca con agitación magnética. El precipitado se filtró y la solución se evaporó. El residuo se disolvió en 3 mi de 0.1 N HCI y se extrajo con metilencloruro (2x5 mi). Las capas orgánicas combinadas se secaron (na2so4) y se evaporaron. El producto crudo se purificó por cromatografía de gel de sílice (sp) utilizando 1 .CH2CI2 y 2. CH2CI2/MeOH (1 0/0.1 ) como un eluyente para dar un 77% de producto encerado blanco. La caracterización de estructura de los productos se hizo con HNMR; 13CNMR; MS (m/z): 315 (MH+). (II B) rerf-butil-N-(2-(H-naftil)etillamino>propil)carbamato A una solución de 1-acetonaftona (152 µ?, 1 mmol) en acetonitrilo (2 mi) se agregó ferf-butil N-(3-aminopropil)-carbamato (209 µ?, 1.2 mmol), NaBH3CN (126 mg, 2 mmol) y ZnCÍ2 anhidro (136 mg, 1 mmol). La reacción se calentó por 70 horas a 80°C en un frasco de tapón de rosca con agitación magnética. El precipitado se filtró y la solución se evaporó. El residuo se disolvió en 3 mi de 0.1 N HCI y se extrajo con metilencloruro (1x5 mi). La capa orgánica se secó (Na2S04) y se evaporó. El producto crudo se purificó por cromatografía de flash de gel de sílice (sp) utilizando 1.CH2CI2/MeOH (10/0.1) y 2. CH2CI2/ eOH (10/1) como un eluyente para dar un 70% de producto aceitoso. La caracterización de estructura de los productos se hizo con 1HNMR; 13CNMR; MS (m/z): 329 (MH+). (II C) Terf-butil-N-(2-{f1-naft¡netinamino butincarbamato A una solución de 1-acetonaftona (152 µ?, 1 mmol) en acetonitrilo (2 mi) se agregó A/-Boc-1 ,4-diaminobutano (229 µ?, 1.2 mmol), NaBH3CN (126 mg, 2 mmol) y ZnCI2 anhidro (136 mg, 1 mmol). La reacción se calentó por 55 horas a 80°C en un frasco de tapón de rosca con agitación magnética. El precipitado se filtró y la solución se evaporó. El residuo se disolvió en 3 mi de 0.1 N HCI y se extrajo con metilencloruro (1x5 mi). La capa orgánica se secó (Na2S04) y se evaporó. El producto crudo se purificó por cromatografía de flash gel dé sílice (sp) utilizando 1.CH2CI2/MeOH (10/0.1) y 2. CH2CI2/ eOH (10/1) como un eluyente para dar un 80% de producto aceitoso. La caracterización de estructura de los productos se hizo con HNMR; 13CNMR; MS (m/z): 343 (MH+).

Esquema 3 II I A 4-Amino-2-(f4-aminoetil)[1 -naftil)etil1amino}-5-pirimidinacarbonitrilo 4-am¡no-2-bromopirimidina-5-carbonitrilo (1 mmol), 199 mg), te/t-butil n-(2-{[1 -(1 -naftil)etil]amino}etil)carbamato (IIA) (1.2 mmol, 377 mg), ?,?-diisopropiletilamina (DIEA) (2 mmol, 342 µ?) y 2-metoxietanol (2 mi) se colocaron en frasco de tapón de rosca y se calentaron a 150°C por 4 horas. 2-metoxietanol se evaporó. El residuo se disolvió en 3 mi de 0.1 N HCI y se extrajo con metilencloruro (2x5 mi). Las capas orgánicas combinadas se secaron (Na2S0 ) y se evaporaron. E1 producto crudo se purificó por cromatografía de gel de sílice (sp) utilizando CH2CI2/MeOH (10/0.1 ), como un eluyente, para dar un producto amorfo blanco. Al producto amorfo se agregó una solución fría de 50% de ácido trifluoroacético en diclorometano (1 mi) y la mezcla se agitó por 1 hora a temperatura ambiente. La solución se evaporó. Al producto crudo se agregó solución saturada de Na2C03 y se extrajo con metilencloruro (2x5 mi). Las capas orgánicas se secaron (Na2S04) y se evaporaron. Produjeron : 36% de sólido blanco. La caracterización de estructura de los productos se hizo con H NMR; 13CNMR; MS (m/z): 333 ( H)+. I I I B 4-Amino-2-{í4-aminopropil)ri -naftil)etiHamino>-5-pirimidinacarbonitrilo 4-amino-2-bromopirimidina-5-carbonitrilo (1 mmol, 1 99 mg), íerf-butil /V-(2-{[1 -(1 -naftM)etil]amino}propil)carbamato (I IB) (1 .2 mmol, 394 mg), /V. /V-diisopropiletilamina (diea) (2 mmol, 342 µ?) y 2-metoxietanol (2 mi) se colocó en frasco de tapón de rosca y se calentó a 150°C por 5 horas, 2-metoxietanol se evaporó. El residuo se disolvió en 3 mi de 0.1 N HCI y se extrajo con metilencloruro (2x5 mi). Las capas orgánicas combinadas se secaron (Na2S04) y se evaporaron. El producto crudo se purificó por cromatografía de gel de sílice (sp) utilizando CH2CI2/MeOH (10/0.1 ) como un eluyente para dar un producto amorfo blanco. Al producto amorfo se agregó una solución fría de 50% de ácido trifluoroacético en diclorometano (2 mi) y la mezcla se agitó por 1 hora a temperatura ambiente. La solución se evaporó. Al producto crudo se agregó solución saturada de Na2CC>3 y se extrajo con metilencloruro (2x5 mi). Las capas orgánicas se secaron (Na2S04) y se evaporaron. Produjeron: 66% de sólido blanco. La caracterización de estructura de los productos se hizo con 1 H NMR; 13CNMR; MS (m/z): 347 (MH+). II I C 4-Amino-2-íf4-aminobutil)f 1 -naftil')etil1amino>-5-pirimidinacarbonitrilo 4-amino-2-bromopirimidina-5-carbonitnlo (1 mmol, 1 99 mg), ferí-butil N-(2-{[1 -(1 -naftil)etil]amino}butil)carbamato (IIC) (1 .2 mmol, 41 0 mg), W,N-diisopropiletilamina (DIEA) (2 mmol, 342 µ?) y 2-metoxietanol (2 mi) se colocó en frasco de tapón de rosca y se calentó a 150°C por 4 horas. 2-metoxietanol se evaporó. El residuo se disolvió en 3 mi de 0.1 N HCI y se extrajo con metilencloruro (2x5 mi). Las capas orgánicas combinadas se secaron ( a2S04) y se evaporaron. El producto crudo se purificó por cromatografía de gel de sílice (sp) utilizando CH2CI2/MeOH (10/0.1 ) como un eluyente para dar un producto amorfo blanco. Al producto amorfo se agregó una solución fría de 50% de ácido trifluoroacético en diclorometano (1 .5 mi) y la mezcla se agitó por 1 hora a temperatura ambiente. La solución se evaporó. Al producto crudo se agregó solución saturada de Na2C03 y se extrajo con metilencloruro (3x5 mi). Las capas orgánicas se secaron (Na2S04) y se evaporaron. Produjeron: 54% de sólido blanco. La caracterización de estructura de los productos se hizo con 1 H NMR; 13CNMR; S (m/z): 361 (MH+). La formación de pirimido pirimidinas 7-sustituidas (estructura IV) se llevó a cabo por la condensación de 2,4-diamino-5-pirimidinacarbonitrilos 2-sustituidos (estructura III) con guanidina (esquema 4).

Esquema 4 Compuesto IVC 4-Amino-2-{[4-aminobutil)[1 -naftil)etil]amirto}-5-pirimidinacarbonitrilo (IIIC) (0.26 mmol, 95 mg) se disolvió en 1 .2 mi de base libre de guanidina (ver la preparación abajo) en 2-metoxietanol. La mezcla de reacción se agitó en un frasco de tapón de rosca a 150°C por 1 .5 horas. 2-metoxietahol se evaporó. Se agregó agua y el precipitado se filtró y el producto crudo se purificó por cromatografía de gel de sílice (sp) utilizando CH2Cl2/MeOH/NH3 (2/1 /0.1 ) como un eluyente para dar un 42% de sólido blanco. La caracterización de estructura de los productos se hizo con HNMR; 13CNMR; MS (m/z): 403 (MH+ ). Compuesto IVB 4-Amino-2-{[4-aminopropil)[1 -naftil)etil]amino}-5-pirimidinacarbonitrilo (IIIB) (0.26 mmol, 93 mg) se disolvió en 1 .3 mi de base libre de guanidina (ver la preparación abajo) en 2-metoxietanol. La mezcla de reacción se agitó en un frasco de tapón de rosca a 150°C por 1 .5 horas. 2-metoxietanol se evaporó. Se agregó agua y el precipitado se filtró y el producto crudo se purificó por cromatografía de gel de sílice (sp) utilizando CH2CI2/ eOH/NH3 (2/1/0.1 ) como un eluyente para dar un 38% de sólido blanco. La caracterización de estructura de los productos se hizo con 1HNMR; 13CN R; MS (m/z): 389 (MH+). Compuesto IVA 4-Amino-2-{[4-aminoetil)[1 -naftil)etil]amino}-5-pirimidinacarbonitrilo (II1A) (0.3 mmol, 100 mg) se disolvió en 1 .4 mi de base libre de guanidina (ver la preparación abajo) en 2-metoxietanol. La mezcla de reacción se agitó en un frasco de tapón de rosca a 150°C por 1 .5 horas. 2-metoxietanol se evaporó. Se agregó agua y el precipitado se filtró y el producto crudo se purificó por cromatografía de gel de sílice (sp) utilizando CH2CI2/ eOH/NH3 (10/2/0.2) como un eluyente para dar un 46% de sólido blanco. La caracterización de estructura de los productos se hizo con ^HNMR; , 3CNMR; MS (m/z): 375 (MH+). La preparación de la base libre de guanidina en 2-metoxietanol En un contenedor separado se agregó metal de sodio (1 g, 44 mmol) a 30 mi de 2-metoxietanol, se agitó bajo una atmósfera inerte hasta que no se observó metal de sodio en solución. En un contenedor separado se elaboró una solución de hidrocloruro de guanidina (4.2 g, 44 mol) en 2-metoxietanol (30 mi). A esta solución se agregó la solución de metoxietóxido de sodio. En la adición, se formó un precipitado blanco (NaCI). La reacción se agitó a 25°C por 30 minutos. El precipitado se filtró y la solución se almacenó en el refrigerador y se utilizó como una solución de base libre de guanidina. Ácido 3-r(5,7-Diamino-pirimidof415-dlpirimidin-2-il)-(2-etoxi-naftalen-1 -ilmetin-aminol-2-hidroxi-propión¡co El ácido carboxílico alfa-hidroxi se sintetizó en un procedimiento de múltiples etapas comenzando de isoserina, utilizando métodos experimentales y condiciones similares a aquellas descritas a detalle en cualquier parte de esta solución. Los alcoholes enantioméricos pueden sintetizarse estereoselectivamente utilizando la reacción de 2-etoxinaftilmetilamina sobre esteres de ácido glicínico (epóxido). N-(2-Amino-etil)-3-f(5.7-diamino-pirimido[4,5-dlpirimidin-2-il)-(2-etoxi-naftalen-1 -Mmetil)-aminoí-2-hidroxi-propionamida Al ácido 3-[(5,7-díamino-pirimido[4 ,5-d]pirimidin-2-il)-(2-etoxi-naftalen-1 -ilmetil)-amino]-2-hidroxi-propiónico (200 mg, 0.445 mmol) en DMF seco (2 mi) se agregó BroP (249 mg, 0.534 mmol). Después de que 'a mezcla se agitó por 30 min, DIEA (126 mg , 0.979 mmol) se agregó. Después de agitarse por otros 20 min, la diamina de etiieno (53.5 mg, 0.89 mmol) se agregó. La mezcla se agitó así a temperatura ambiente por 16 horas y se purificó directamente por HPLC prep. para producir 35 mg (1 6%) del compuesto principal: MS m/z (M+H) 492. Procedimiento General utilizado para reaccionar diversas aminas con acetonas aromáticas bajo condiciones reductores El siguiente procedimiento se basa en un método de la materia (J. Org. Chem. 1 985, 50, 1927-1932). A temperatura ambiente, a una solución de -acetilnaftileno (1 equiv, 1 mmol, 170 mg, 151 µ?) en solución de metilamina metanólica (4 equiv, 4 mmol, 2 mi de 2 M en metanol) se agregó cianoborohidruro de sodio sólido (2 equiv, 2 mmol, 126 mg) y cloruro de zinc anhidro (1 equiv, 1 mmol, 136 mg). Las reacciones se calentaron a 65°C en un tubo abierto con agitación magnética. El curso de la reacción puede monitorearse ya sea por TLC o HPLC. A los 30 min., se observaron varios valores máximos. Una muestra auténtica de N-metil-1 -naftiletilamina se utilizó para comparación. A 1 hora, la reacción fue >50% completa. A 4 horas, la acetona había desaparecido completamente y el producto fue 95+% puro, se contaminó con solamente <5% de intermedio de ¡mina. El calentamiento de la reacción más largo puede dar como resultado un producto más claro. Recomendamos el tiempo de reacción de al menos 6 horas para esta acetona específica, a pesar de que el tiempo de reacción puede variar dependiendo de la naturaleza de la acetona. Estas reacciones se trabajaron en una manera usual y los productos crudos se purificaron utilizando técnicas de laboratorio estándar. Ácido 3-f(5 ,7-Diamino-pirimidor4.5-d1pirimidin-2-in-(2-etox¡-naftalen-1 -ilmetiO-aminol-propiónico Ester tert-butilo de ácido {4-f(5,7-Diamino-pirim¡dor4,5-dlpirimidin-2-il)-(2-etoxi-naftalen-1 -¡lmetil)-amino1-butil)-carbámico Una suspensión de cianoaminopirimidina sustituida (12.37 g, 0.025 mol), hidrocloruro de guanidina (7.16 g, 0.075 mol), metóxido de sodio sólido (5.40 g, 0. 1 mol) en metoxietanol (1 50 mi) se calentó para reflujo por 48 horas. La reacción se determinó que estaba completa al monitorearse por HPLC. La mezcla de reacción se enfrió a temperatura ambiente y se vertió en exceso de agua. El material sólido se colectó en un filtro, se secó bajo vacío, para proporcionar 1 3.05 gramos de material crudo que se utilizó en la siguiente etapa sin mayor purificación. N77f4-Amino-butil)-N7-(2-etoxinaftalen-1 -ilmetil)-pirimidor4T5-dlpirimid¡na-2,4, 7-triamina El intermedio mono-boc-protegido (1 3 g) se agregó lentamente durante un período de 1 0 min. al ácido trifluoroacético congelado (75 mi) con agitación rápida. La reacción se completó según se observa por el análisis HPLC/MS de una alícuota. La mezcla de reacción se vertió en una solución congelada de etóxido de sodio (5%) para precipitar el producto. El producto HPLC se colectó en un filtró y se secó para proporcionar 8.0 gramos de sólido: HPLC Rt=2.882 min, 99% puro, MS m/z 433 (pos). 20.0 g (0.12 moles) de la acetona, se disolvió en 1 00 mi (~2 eq.) de 2 de una solución metanólica de metilamina. En un matraz separado enfriado a 0°C se agregó 8.3 g (0.5 eq.) de ZnCI2 y 7.7 g (1 .0 eq.) de NaCNBH3 en aproximadamente 1 0 mi de MeOH. El Zn(CNBH3)2 se dejó mezclar a 0 grados por aproximadamente 5 minutos y después se agregó como una mezcla a la mezcla de acetona/amina. La reacción se trajo a un reflujo suave durante la noche. La reacción se dejó enfriar a temperatura ambiente y se rotovaporizó para resequedad. El material se dejó asentar bajo alto vacío a fin de remover cualquier metilamina residual. El sólido blanco se trituró con Et20, sin embargo, se dio como resultado un aceite viscoso. Se observaron mejores resultados por trituración con Et20 al agregar suficiente MeOH para mantener el material fuera de lo aceitoso. El material se filtró y se lavó con éter y se dejo secar por aire. TLC del sólido contra una muestra auténtica proporcionada por ET mostró movilidad idéntica. Sin embargo, en base al peso, la recuperación fue >100% y se asumió que las sales inorgánicas todavía estaban presentes. Debido a las sales de contaminación presentes, una pequeña cantidad del material se utilizó en la siguiente etapa. No se observaron problemas obvios. Por lo tanto, el aminoácido se utilizó sin mayor purificación. Etapa 2: Reacción con Cl-pirimidina 25 g (producción teórica 21.8 g) del aminoácido se disolvió en aproximadamente 50 mi de etoxietanol. A esto se agregó 17.0 g (0.9 eq. en base a acetona) de 4-amino-2-cloropirimidina-5-carbonitrilo y 42 mi (2.0 eq.) de DIEA y la reacción se dejo mezclar por aproximadamente 2 hrs. a 80 grados (temp. de baño de aceite). TLC no mostró nada del cloruro restante. La reacción se dejó enfriar a temperatura ambiente y se concentró a aproximadamente 10 mi sobre un evaporador giratorio. La mezcla resultante se diluyó con aproximadamente 400 mi de agua y el pH se ajustó a 5-6 (papel pH) utilizando HOAc conc, en cuyo punto se formó un sólido amarillo ligero. El material se dejó asentarse a 0 grados durante la noche, se filtró y se lavó con apróximadamente 1 L de agua y se secó por aire. La recristalización de H20/MeOH proporcionó -25 g del intermedio (69%). TLC (CH2CI2 10% de MeOH) Rf -0.1 . Parecía que estaba un material de movimiento rápido, sin embargo, fue muy bajo y el producto se utilizó sin mayor purificación. Etapa 3: Reacción de Ciclización Para la extrapolación, se utilizó etoxietanol como solvente a fin de aumentar la temperatura de la reacción a aproximadamente 135°C. A 16.0 g (54 mmol) del intermedio se disolvió en ~75 mi de etoxietanol. A esto se agregó 10.2 g (2.0 eq.) de hidrocloruro de guanidina y 1 1 .6 g (4.0 eq.) de NaO e y la reacción se trajo a un reflujo suave bajo argón. TLC se utilizó para monitorear la desaparición de materia prima. Después de aproximadamente 30 horas, la reacción se enfrió y un adicional de 5.1 g (1 .0 eq.) de hidrocloruro de guanidina y 2.9 g (1 .0 eq.) NaOMe se agregó y la mezcla se trajo de regreso para reflujo. Por TLC, la reacción apareció completa después de 72 horas. La reacción se dejó enfriar y se concentró a aproximadamente 20 mi sobre un evaporador giratorio. La mezcla resultante se diluyó con aproximadamente 600 mi de agua y el pH se ajustó a 5-6 con HOAc. El producto se precipitó fuera de la solución y se dejó asentarse durante la noche a 0 grados. El producto se filtró y se lavó con cantidades copiosas de agua, seguido por cantidades copiosas de MeOH (remover cualquier materia prima sin reaccionar) y se secó por aire. Aislar -13.5 g (-75%) del material. El análisis HPLC mostró que hubo una impureza polar menor, lo mismo se observó en la reacción a menor escala. El material puede utilizarse sin mayor purificación.

Ester tert-butilo de ácido [2-(4-Amino-5-ciano-pirimidin-2- ilamino)-etil]-carbámico (5 g , 18 mmol) se disolvió en 60 ml de una solución de ácido trifluoroacético de diclorometano de 50/50 v/v. Se observa efervescencia vigorosa en la adición del líquido al sólido. La solución se agita así bajo una atmósfera inerte por 30 minutos y después la muestra se toma para análisis de HPLC para determinar que la desprotección se completa. Cuando la desprotección se completa, la solución se concentra para resequedad aparente in vacuo. En un contenedor separado, se agrega metal de sodio (0.675 g) lentamente a 30 ml de 2-metoxietanol bajo una atmósfera inerte hasta que no se observa el metal de sodio en la solución . El hidrocloruro de guanidina (2.645 g) en 2-metoxietanol (30 ml) se hizo en un contenedor separado. A esta solución se agregó la solución de metoxietóxido de sodio. En la adición, un precipitado blanco de cloruro de sodio se formó, y la solución resultante se agitó 30 minutos. Esta solución se filtró en una atmósfera inerte, se agregó al residuo crudo de la etapa uno, y se agitó vigorosamente. Dentro de 15 minutos, se observó un precipitado amarillo, el precipitado se filtró para producir N7-(2-Amino-etil)-pirimido[4,5-c/]-pirimidina-2,4,7-triamina (2.1 g, 52% de producción).

Amida 4-aminobutilo de ácido (4-N-í2,4-diamino-6-pteridinil-met¡n-N-metilamino)-benzoico A una suspensión de hemihidrocloruro de ácido 4-[N-(2,4-diamino-6-pteridinilmetil)~N-metilamino]benzoico (250 mg, 0.73 mmol) en DMF seco (20 mi) se agregaron N,N-diisopropiletilam¡na (250 µ?, 1.46 mmol, 2 equiv) y cianofosfonato de dietilo (225 µ?, 1 .46 mmol, 2 equiv). La disolución ocurrió rápidamente y la reacción se agitó por 4 horas a temperatura ambiente. 1 ,4-Diaminobutano (367 µ?, 3.65 mmol, 5 equiv) y ?, ?-diisopropiletilamina (250 µ?, 1.46 mmol, 2 equiv) se agregaron así y la solución se agitó 45 minutos a temperatura ambiente. El consumo de la reacción se verificó por HPLC, y se agregó NaHC03 sólido. El solvente se evaporó así bajo presión reducida y el residuo se suspendió en una pequeña cantidad de metanol. La adición de NH4OH acuoso diluido se siguió así por filtración y un enjuague con agua dio el producto en el secado para producir 153 mg (53%): MS m/z (M+H) 396, HPLC Rt=3.80 min.

Amida 4-hidroxifenilo de ácido 4-(N-f2,4-diamino-6-pteridinil-metill-N-metilamino)-benzoico A una suspensión de hemihidrocloruro de ácido 4-[N-(2,4-diamino-6-pteridin¡lmetil)-N-metilamino]benzoico (100 mg, 0.29 mmol) en D F seco (~6 mi) se agregaron 2 equivalentes de N,N-diisopropiietilamina (100 ul, 0.58 mmol) y 2 equivalentes de cianofosfonato de dietilo (90 ul, 0.58 mmol). La disolución ocurrió rápidamente y la reacción se agitó por 3-4 horas a temperatura ambiente. Para la amida 4-hidroxifenilo, 1 .05 equivalentes de p-aminofenol (33 mg, 0.30 mmol) y 2 equivalentes de N,N-diisopropiletilamina (100 ul, 0.58 mmol) se agregaron así y la solución se agitó durante la noche a temperatura ambiente. El consumo de la reacción se verificó por HPLC, y se agregó NaHC03 sólido. El solvente se evaporó así bajo presión reducida y el residuo se suspendió en una pequeña cantidad de metanol. La adición de NH4OH acuoso diluido se siguió así por filtración y un enjuague con cualquier ácido acuoso diluido dio el producto en el secado. Producción 77 mg (0.19 mmol, 64%), MS m/z (M-H) 415, HPLC tiempo de retención 4.66 minutos. fN-bencilf2.4-d¡amino-6-pteridinil-met¡n-N-metilamina) El exceso de cinco pliegues de N-metilbencilamina (245.4 mg, 261 µ?, 2.02 mmol) se disolvió en DMF (4 mi) en un frasco de tapón de rosca de 15 mi con un agitador magnético. Se agregó 2,4-Diamino-6-clorometilpterin (100 mg, 0.405 mmol) y se mezcló bien. La mezcla de reacción se agitó a 60°C por 4 h. El análisis HPLC analítico de una alícuota confirmó la ausencia de materia prima de pterina. El solvente se removió bajo presión reducida a 60°C. La mezcla resultante se lavó con EtOH (2 x 15 mi), después el solvente se removió bajo una corriente de nitrógeno y el producto resultante se secó en alto vacío 18 h. Se obtuvieron NMR y MS y se confirmó la pureza y estructura del producto.

(N-(alfa-met¡l-4-metilbencil)f2.4-d¡amino-6-pteridinil-metin-N-metilamina) El exceso de cinco pliegues de (S)-(+)-aifa-4-dimetilbencilamina (272 mg, 298 ul, 2.02 mmol) se disolvió en DMF (4 mí) en un frasco de tapón de rosca de 1 5 mi con un agitador magnético. Se agregó 2,4-Diamino-6-clorometilpterin (1 00 mg, 0.405 mmol) y se mezcló bien. La mezcla de reacción se agitó a 60°C por 4 h. El análisis HPLC analítico de una alícuota confirmó la ausencia de materia prima de pterin. El solvente se removió bajo presión reducida a 60°C. La mezcla resultante se lavó con EtOH (2 x 15 mi), después el solvente se removió bajo una corriente de nitrógeno y el producto resultante se secó en alto vacío 18 h. HPLC Analítico, 1 H-NMR, y MS fueron consistentes con la estructura del producto y el producto fue de alta pureza. Ejemplo 2 - Determinación de Ki de Ligasa D-Ala-D-Ala Los análogos sintéticos del Ejemplo 1 se disolvieron en dimetilsulfóxido (DMSO) a una concentración de 1 00 mM en el día de la selección, utilizando un mezclador de remolino y sonicación si es necesario para la disolución . Las soluciones se mantuvieron a temperatura ambiente hasta que se completo la selección. Una solución concentrada de 10 mM de NADH (Sigma) se preparó frescamente en el día de la selección al disolver 32 µp??? de NADH en 3.2 mi de agua destilada doble. La solución NADH se mantuvo en hielo.

Las soluciones concentradas que contienen 50 mM de fosfoenolpiruvato (PEP; Sigma), 500 µ? HERMES, 30 mM de trifosfato de adenosina (ATP; Sigma), 200 mM de D-alanina (Sigma), y 4x de regulador de núcleo (es decir, 400 mM de Hepes, 40 mM de cloruro de magnesio, y 40 mM de cloruro de potasio), también se almacenaron en hielo. Una solución concentrada de dehidrogenasa de quinasa piruvato/lactato (PK/LDH) también se obtuvo de Sigma. Tabla de concentraciones finales que son dependientes del tipo de selección: Tipo de Ki DE ANALOGOS % DE Ki DE ANALOGOS selección de Concentración INHIBICIÓN DE Y MODO DE Final en mezcla de ANÁLOGOS de INHIBICIÓN de enzima concentración Concentración Final Final en mezcla en mezcla de de enzima enzima Regulador de 1 x 1 x 1 x Núcleo 4x 1 0 mM de 500 µ? 500 µ? 500 µ? NADH 50 mM de 2 mM 2 mM 2 mM PEP Mezcla de 0.02 ml/ml de 0.02 ml/ml de 0.02 ml/ml de PK/LDH solución solución solución concentrada de concentrada de concentrada de enzima enzima enzima 500 µ? de 200 nM 400-600 nM 200 nM Hermes Ejemplo 3 - Determinación de Ki de Análogos Para cada grupo de compuestos de prueba, dos láminas de 96 cavidades se utilizaron: una lámina de inhibidor y una lámina de enzima. Los compuestos de prueba corresponden a filas A-G de las láminas.

Adenosina (Sigma) disuelta en DMSO, utilizada como un control, corresponde a la fila H dé cada lámina. La solución de enzima se dejó equilibrar a 25°C. Las diluciones se prepararon en la lámina de inhibidor como sigue: 50 µ? de DMSO se agregó a cada cavidad de las columnas 1 -1 1 , filas A-G, de la lámina de inhibidor. 50 µ? de DMSO se agregaron a cada cavidad de las columnas 1 -1 1 , fila H. 100 µ? de las soluciones de prueba de 100 mM se agregaron a la columna 12, filas A-G (es decir, el primer compuesto en la fila A; el segundo compuesto en la fila B, y así sucesivamente). 100 µ? de una solución de Adenosina de 100 mM se agregó a la columna 12, fila H. 50 µ? de la solución de prueba se transfirió de la columna 12 en cada fila a la columna 1 1 de la misma fila, mezclando la solución con DMSO. 50 µ? de la solución se transfirió así de la columna 1 1 en cada fila a la columna 10 en la misma fila, 50 µ? de la columna 10 se transfirió a la columna 9, y así sucesivamente, abajo a la columna 2. No se transfirió ninguna solución a la columna 1 . Las pipetas de múltiples canales se utilizaron en la elaboración de la dilución serial. 120 µ? de la solución de enzima se agregó a cada cavidad de la lámina de enzima. Las soluciones de sustrato se trajeron a 25°C. Los análogos y las enzimas se incubaron así a 25°C. Ya que las reacciones se iniciaron en las columnas, la adición de análogo también se encuentra en las columnas. A los t=0 minutos, 5 µ? de análogo se transfirió de cada cavidad de las columnas 1 -4 de la lámina de inhibidor a la cavidad correspondiente de la lámina de enzima. A los t=4 minutos, 5 µ? de análogo se transfirió de cada cavidad de las columnas 5-8 de la lámina de inhibidor a la cavidad correspondiente de la lámina de enzima. A los t=8 minutos, 5 µ? de análogo se transfirió de cada cavidad de las columnas 9-12 de la lámina de inhibidor a la cavidad correspondiente de la lámina de enzima. La lámina de inhibidor se congelo así. A los t=18-19 minutos, la solución de sustrato se tomó de 25°C a un espectrofotómetro Spectromax® UV-vis. A los t=20 minutos, dentro de una estructura de tiempo de 30 segundos, 125 µ? de solución de sustrato se agregó a cada cavidad de las columnas 1 -4, y la absorción a 340 nm se leyó. A los t=24 minutos y t=28 minutos, respectivamente, el proceso se repitió para las columnas 5-8 y 9-12. De esta manera, las concentraciones de los compuestos en las columnas 1 -12 en cada fila fueron 0, 1 .9 µ?, 3.9 µ , 7.8 µ?, 15.6 µ , 31 .2 µ?, 62.5 µ?, 125 µ?, 250 u , 500 µ?, 1 mM, y 2 m , respectivamente. Los valores de reducción se multiplicaron por -4.06 para convertir mOD/min unidades a nM/ség (??=???; ?=6220 /Mcm; L=0.66 cm; mOD/seg=6220 x 0.65 x (mM/seg) x 60; (mOD/seg) x 4.06 = nM/seg); multiplicado por -1 ya que la absorción de NADH se reduce a medida que el producto se genera). Los diagramas de las velocidades de reacción vs. la concentración de inhibidor se generaron utilizando aleidograph®, y los valores de K¡ se determinaron después de que la información se fijó en la ecuación adecuada.

La mayoría de las etapas se hacen alternativamente utilizando la máquina de manejo de líquidos automática SciClone. Estas etapas son: agregar la mezcla de enzima a la lámina de enzima, distribuir 50 ul de DMSO en cada cavidad de las columnas 1 -1 1 filas A-H de la lámina de inhibidor, diluciones seriales del control de análogos+adenosina en la lámina de inhibidor, agregar los inhibidores análogos de la lámina de inhibidor a la lámina de enzima, agregar el sustrato a la lámina de enzima. Ejemplo 4 - % de inhibición de análogos El procedimiento de ensayo anteriormente descrito se repitió, excepto que las láminas de inhibidor se prepararon con 5 mM de soluciones de los inhibidores en las láminas (en lugar de que por diluciones seriales) para dar como resultado una concentración final de 1 00 µ? de inhibidor en la mezcla de reacción final. La actividad de enzima en la presencia de DMSO se utilizó como un 100% de referencia de actividad. Referirse a la tabla anterior para concentraciones exactas. Ejemplo 5 - Ki de Análogos y Modo de Inhibición El procedimiento de ensayo anteriormente descrito se repitió, utilizando tres diferentes soluciones de sustrato, cada una en una lámina de enzima diferente. Las concentraciones finales en las mezclas de reacción fueron: (A) 2 mM de ATP y 1 mM de D-alanina; (B) 2 mM de ATP y 32 mM de D-alanina; y (C) 50 µ? de ATP y 32 mM de D-alanina. La misma lámina de inhibidor se utilizó con todas las tres láminas de enzima. La adenosina (Sigma) y cicloserina (Sigma) se utilizaron como controles. Referirse a la tabla anterior para concentraciones exactas.

Ejemplo 6 - Ensayo de Prueba de Susceptibilidad Antimicrobiana de Microdilución Las soluciones concentradas de los compuestos de prueba se prepararon en DMF a una concentración de 5 mg/ml. Las soluciones de trabajo de los compuestos de prueba se prepararon así de las soluciones concentradas, en brote Mueller-Hinton (MHB) con concentración de inicio de 64 µ?/?t?? (es decir, 25.6 µ? de solución concentrada en 974.5 µ? de MHB = 128 µ9/??1, que se diluyó con un volumen igual de inoculo bacteriano en el procedimiento que sigue). Los inóculos bacterianos se prepararon del cultivo durante la noche Los inóculos bacterianos se prepararon del cultivo durante la noche (es decir, una colonia fresca de lámina de ágar en 5 mi de MHB; H. influenzae creció en MHB con la adición de extracto de levadura, haematina, y NAD), se centrifugaron 2 x 5 min/3000 rpm (para S. pneumoniae y H. influenzae, 2 x 10 min/3000 rpm), y se distribuyeron en 5 mi de MHB fresco cada vez, de tal forma que la suspensión bacteriana se diluye para obtener 100 unidades formadoras de colonia (cfu) en una cavidad de microlámina (100 µ? de volumen total). Las cavidades de microlámina se llenaron así con diluciones de dos pliegues del compuesto de prueba (50 µ?), comenzando con 64 µg/ml. Las columnas 2-12 se llenaron con 50 µ? de inoculo bacteriano (volumen final: 100 µ?/cavidad). Las láminas se incubaron a 37°C por 18-24 horas (S. pneumoniae creció en una atmósfera enriquecida por C02). La densidad óptica de cada cavidad a 590 nm (OD590) se midió así con un TECAN SpectroFluor Plus®, y la mínima concentración inhibidora (MIC) se definió como la concentración que mostró 90% de inhibición de crecimiento. Ejemplo 7 - Determinación de MIC utilizando la sobreexpresión de E. col i El procedimiento del Ejemplo 5 se repitió, con las siguientes modificaciones: El medio utilizado para que crezca la bacteria fue brote de luria (LB) con antibióticos agregados (20 mg/l de cloramfenicol para vectores pBAD, 100 mg/l de ampicilina para vectores pTAC para selección de plásmido) o M9 de medio m ínimo con D-manitol como una fuente de carbono. Las bacterias utilizadas para inoculo en LB se prepararon como sigue: el cultivo durante la noche se diluyó 1 :50 en un medio de LB fresco y se incubó a 37°C en un agitador a 250 rpm. Después de que se alcanzó la etapa de logaritmo medio (OD6oo = 0.5-1 .0, aproximadamente 3 horas), se agregó regulador operon (glucosa, arablnosa, o IPTG), y las bacterias se incubaron más por 3 horas. Después de 3 horas, OD6oo se midió nuevamente para estimar el número del conteo bacteriano, y el cultivo se diluyó en medio de LB (antibióticos-cloramfenicol o ampicilina y los reguladores se agregaron en concentraciones dobles). El inoculo bacteriano final fue alrededor de 10,000 cfu/cavidad. Las bacterias utilizados para inoculo en medio mínimo M9 se prepararon como sigue: el cultivo durante la noche en LB se centrífugo 2 x 5 min/3000 rpm, se lavó con medio M9, se diluyó 1 :50 en medio mínimo M9, se dejó a 37°C por 14 horas (OD60o -0.5), se agregó regulador operon, y las bacterias se incubaron además por 3 horas. Después de 3 horas, ODeoo se midió nuevamente para estimar el número del conteo bacteriano, y el cultivo se diluyó en medio mínimo M9 (antibióticos-cloramfenicol o ampicilina y los reguladores se agregaron en concentraciones dobles). El inoculo bacteriano final fue alrededor de 10,000 cfu/cavidad. La densidad óptica se leyó después de 24 y 48 horas debido al crecimiento bacteriano más lento en medio mínimo. Ejemplo 8 - Protocolo de Modelo de Computadora utilizado para pronosticar la actividad inhibidora de ligasa de los análogos representativos Una biblioteca virtual de pteridinas 7-sustituidas se generó al combinar el núcleo de clorometilpteridina mostrado abajo a la izquierda con un grupo de aminas comercialmente disponibles, de acuerdo al siguiente esquema: Un grupo de 1500 aminas comercialmente disponibles se seleccionó del Directorio de Químicos Disponibles (ACD, MDL) en base al siguiente criterio: MW <300; No grupos funcionales tóxicos o reactivos; Propiedades similares al fármaco en general; Disponibles de suministradores confiables y conocidos. Los derivados de pteridina correspondiente se generaron con el módulo constructor de análogo implementado en Cerius2 (MSI). La búsqueda conforme se realizó sobre los análogos generados con Catalizador (MSI), y un total de 32,000 conformadores (-20 por molécula) se rescindieron en el sitio activo de ligasa D-Ala-D-Ala con el programa EUDOC (Mayo Clinic). La conformación del sitio activo utilizado para la rescisión se derivó de la estructura cristalográfica de rayos X del complejo entre la enzima, ADP y un inhibidor de fosfinato (obtenido del banco de datos de proteína, código pdb: 2dln), con reajuste y minimización de la conformación de cadena lateral de lisina 21 5. El "mejor" conformador de unión de cada molécula se extrajo así de los resultados de rescisión. Las orientaciones correspondientes en el sitio activo se volvieron a registrar con un grupo de funciones de registro implementado en el programa CSCORE (Tripos). Las soluciones se volvieron a clasificar sobre la base del registro de consenso, utilizando la función Chemoscore como criterio secundario. Un grupo de 76 compuestos de alta clasificación se seleccionaron y se volvieron a rescindir con el programa FlexX (Tripos), utilizando la misma conformación del sitio activo de enzima. Las soluciones de rescisión se volvieron a registrar con CSCORE. La selección final de 50 compuestos se basó en el consenso entre los resultados obtenidos con los programas de rescisión. Las Ki's pronosticadas, calculadas con Chemscore en las soluciones generadas por FlexX, se encontraron en el rango de 0.1 -10 µ?. Los cálculos se realizaron en un Octano SGI (2x250 MHz CPU, 512 MB RAM), y SGI 02 (270 MHz CPU, 128 MB RAM) y un grupo de diez computadoras SGI Indigo 2 (195 MHz CPU, 512 MB RAM).

Otras Modalidades Se entenderá que mientras se ha descrito la invención junto con la descripción detallada de la misma, la descripción precedente se pretende que ilustre y no limite el alcance de la invención, el cual se define por el alcance de las reivindicaciones anexas. Otros aspectos, ventajas, y modificaciones se encuentran dentro del alcance de las siguientes reivindicaciones.

Claims (1)

1. REIVINDICACIONES 1 . Un compuesto que comprende la fórmula: en donde A y B se seleccionan independientemente del grupo que consiste de N y CR7, en donde R7 es hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno; R1 y R2 son grupos -NR5R6 diferentes o idénticos, en donde cada R5 y R6 es independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono; R3 se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno, alquilo, amino, hidróxi, alcoxi y alquilamino; R4 es un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno, con la condición de que, si A y B son ambos nitrógeno y R5 y R6 son ambos hidrógeno, entonces R4 no es -NH2, -N(H)(metil), -N(H)(butil), N-(H)(hexil), -N(H)(fenil), -N(H)(bencil), -N(H)(NH2), -N(H)(CH2CH2OH), -N(CH2CH2OH)2, fenil, N-piperadinil, o -S(etil); si A es CH, B es nitrógeno, y R5 y R6 son ambos hidrógeno, entonces R4 no es metilo, isobutilo, fenilo, 4-metilfenilo, 4-clorofenilo, 4- bromofenilo, 2-(2,5-dimetoxifenil)-etil, o -CH(OCH3)2; y si A y B son ambos grupos CH, entonces R4 es un grupo amino diferente a -NH2, (3,4-diclorofenil)metilamino, o (3,4-diclorofenil)metilenoimino. 2. El compuesto según la reivindicación 1 , caracterizado porque R4 es un grupo alquilo, alquenilo, alquinilo, arilo, aralquilo, o alcarilo, sustituido o no sustituido, lineal, ramificado o cíclico. 3. El compuesto según la reivindicación 1 , caracterizado porque R5 y R6 son ambos hidrógeno. 4. El compuesto según la reivindicación 1 , caracterizado porque R4 incluye al menos un grupo arilo. 5. El compuesto según la reivindicación 4, caracterizado porque R4 se selecciona del grupo que consiste de: en donde R8" 2 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno y grupos funcionales que contienen carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. en donde R8"16 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno o grupos funcionales que contienen un carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. 8. El compuesto según la reivindicación 7, caracterizado porque R9 es hidrógeno o metilo. 9. El compuesto según la reivindicación 8, caracterizado porque el compuesto tiene la estructura: en donde n es 1 , 2, 3, o 4; y R17 es -NH 8R19, en donde R 8 y R19 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno o grupos funcionales que contienen carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. 10. El compuesto según la reivindicación 9, caracterizado porque R 7 se selecciona del grupo que consiste de: 1 1. El compuesto según la reivindicación 7, caracterizado porque R8 es -(CH2)nNR 8R19, en donde n es 1 , 2, 3, o 4; y R 8 y R19 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno y grupos funcionales que contienen carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. 12. El compuesto según la reivindicación 4, caracterizado porque R4 se selecciona del grupo que consiste de -CH20-arilo, -CH2S-arilo, -CH=CH-arilo, y -NH(CH2-aril). 13. El compuesto según la reivindicación 1 , caracterizado porque el compuesto tiene la estructura: en donde R20 es hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. 14. El compuesto según la reivindicación 1 , caracterizado porque R4 se selecciona del grupo que consiste de -N(CH3)R21, -N(CH2CH3)R21 , -N(CH(CH3)2)R21, y -N(bencil)R21 , en donde R21 es un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. 15. El compuesto según la reivindicación 1 , caracterizado porque R4 se selecciona del grupo que consiste de -CH2NH2, -NHCH2CH2NR22R23, y -CH2NHC(=0)R22, en donde R22 y R23 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno y grupos funcionales que contienen carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. 16. El compuesto según la reivindicación 15, caracterizado porque R22 es hidrógeno y R23 es -C(=0)R24, en donde R24 es hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. 17. El compuesto según la reivindicación 1 , caracterizado porque el compuesto tiene la estructura: en donde R y R se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno y grupos funcionales que contienen carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. 18. El compuesto según la reivindicación 17, caracterizado porque R25 es hidrógeno, alquilo, hidroxialquilo, o aralquilo; y R26 es haloalquilo, hidróxilo, C(=0)NR27R28, C(=0)OR27, o NR27R28, en donde R27 y R28 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno y grupos funcionales que contienen carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. 19. El compuesto según la reivindicación 17, caracterizado porque R26 es -C(H)(aril)(R29), en donde R29 es hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno. 20. El compuesto según la reivindicación 19, caracterizado porque R29 incluye al menos un grupo acilo. 21 . El compuesto según la reivindicación 19, caracterizado porque el grupo arilo es un grupo benzotiofenilo o naftilo. 22. El compuesto según la reivindicación 19, caracterizado porque R29 incluye un grupo carboxilato alfa-hidróxi. 23. Un compuesto que comprende la fórmula: en donde R1 y R2 son grupos -NR5R6 diferentes o idénticos, en donde cada R5 y R6 es independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono; y R4 es un grupo amino diferente a -NH2 o 24. Un método para inhibir la ligasa D-Ala-D-Ala, el método comprendiendo exponer la ligasa D-Ala-D-Ala a un compuesto de la Fórmula I o Fórmula I I: en donde A y B se seleccionan independientemente del grupo que consiste de N o CR7, en donde R7 es hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno; R1 y R2 son grupos -NR5R6 diferentes o idénticos, en donde cada R5 y R6 es independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono; R3 y R4 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno y grupos funcionales que contienen carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno; con la condición de que R3 y R4 no son ambos hidrógeno. 25. El método según la reivindicación 24, caracterizado porque R1 y R2 son ambos -NH2. 26. El método según la reivindicación 24, caracterizado porque R23 es hidrógeno. 27. El método según la reivindicación 24, caracterizado porque R3 y R4 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de alquilo de cadena recta y ramificada, -O-alquilo, -O-alquil-COOH, -0-alquil-NR7R8, -O-alquil-OH, -NR7R8, -NR7-alquil-NR8R9, -NR7-alquil-COOH, -NR7-alquil-OH; -CONR7R8, -CONR7-alquil-NR8R9, -CONR7-alquil-COOH, -CONR7-alquil-OH, -S-alquilo, -S-alquil-COOH, -S-alquil-NR7R8, -S-alquil-OH, -O-arilo, -O-aril-COOH, -0-aril-NR7R8, -O-aril-OH, -S-arilo, -S-aril-COOH, -S-aril-NR7R8, -S-aril-OH, -NR7-aril-NR8R9, -NR7-aril-COOH, -NR7-aril-OH; -CONR7-aril-NR8R9, -CONR7-aril-COOH, -CONR7-aril-OH,-CH2 R5C6H4COOH; con la condición de que R3 y R4 no pueden ser simultáneamente grupos alquilo de cadena recta o ramificada idénticos; R y R2 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno, -NH2, o -NR1 1 R12, en donde al menos uno de R y R2 es -NH2; R5 puede ser alquilo inferior, -H, o -CH2NR10C6H4CONHR6; en donde R6 se selecciona del grupo que consiste de -alquilo, -alquil-COOH, -alquil-NH2, y -alquil-OH; R7, R8, R9, R10, R1 1 , y R12 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de grupos alquilo de cadena recta, alquilo ramificado, arilo, o acilo, opcionalmente sustituidos con uno o más grupos funcionales a base de oxígeno, nitrógeno, azufre o halógeno; y A se selecciona del grupo que consiste de N y CH. 28. Un método para tratar un paciente, el método comprendiendo administrar al paciente una cantidad eficaz de un compuesto de la Fórmula I o Fórmula I I: en donde A y B se seleccionan independientemente del grupo que consiste de N o CR7, en donde R7 es hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno; R1 y R2 son grupos -NR5R6 diferentes o idénticos, en donde cada R5 y R6 es independientemente hidrógeno o un grupo funcional que contiene carbono; R3 y R4 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno y grupos funcionales que contienen carbono, nitrógeno, azufre, halógeno y/u oxígeno; con la condición de que R3 y R4 no son ambos hidrógeno. 29. El método según la reivindicación 28, caracterizado porque R y R2 son ambos -NH2. 30. El método según la reivindicación 28, caracterizado porque R3 es hidrógeno. 31. El método según la reivindicación 28, caracterizado porque R3 y R4 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de alquilo de cadena recta y ramificada, -O-alquilo, -O-alquil-COOH, -0-alquil-NR7R8, -O-alquil-OH, -NR7R8, -NR7-alquil-NR8R9, -NR7-alquil-COOH, -NR7-alquil-OH; -CONR7R8, -CONR7-alquil-NR8R9, -CONR7-alquil-COOH, -CONR7-alquil-OH, -S-alquilo, -S-alquil-COOH, -S-alquil-NR7R8, -S-alquil-OH, -O-arilo, -O-aril-COOH, -0-aril-NR7R8, -O-aril-OH, -S-arilo, -S-aril-COOH, -S-aril-NR7R8, -S-aril-OH, -NR7-aril-NR8R9, -NR7-aril-COOH, -NR7-aril-OH; -CONR7-aril-NR8R9, -CONR7-aril-COOH, -CONR7-aril-OH,-CH2NR5C6H4COOH; con la condición de que R3 y R4 no pueden ser simultáneamente grupos alquilo de cadena recta o ramificada idénticos; R y R2 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno, -NH2, o -NR 1 R12, en donde al menos uno de R y R2 es -NH2; R5 puede ser alquilo inferior, -H, o -CH2NR10C6H4CONHR6; en donde R6 se selecciona del grupo que consiste de -alquilo, -alquil-COOH, -alquil-NH2, y -alquil-OH ; en donde R7, R8, R9, R1 0, R1 , y R12 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de grupos alquilo de cadena recta, alquilo ramificado, arilo, o acilo, opcionalmente sustituidos con uno o más grupos funcionales a base de oxígeno, nitrógeno, azufre o halógeno; y A se selecciona del grupo que consiste de N y CH. 32. Una formulación que comprende el compuesto de la reivindicación 1 combinado con un excipiente adecuado para la administración a un sujeto. 33. Un método para tratar a un sujeto que tiene una infección microbiana, el método comprendiendo administrar al sujeto una cantidad eficaz de la formulación de la reivindicación 32. 34. El método según la reivindicación 33, caracterizado porque el sujeto es un animal. 35. Un método para inhibir el crecimiento bacteriano en un sistema no viviente, el método comprendiendo contactar el sistema con una cantidad eficaz del compuesto de la reivindicación 1 para inhibir el crecimiento bacteriano. 36. El método según la reivindicación 24, caracterizado porque la ligasa D-Ala-D-Ala comprende una secuencia de ai menos 90% idéntico a la secuencia de una ligasa D-Ala-D-Ala de una especie seleccionada del grupo que consiste de Escherichia coli, Chlamydophila pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Yersinia pestis, Haemophilus influenzae, Haemophilus ducreyi, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas putida, Xylella fastidiosa, Bordetella pertussis, Thiobacillus ferrooxidans, Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Buchnera aphidicola, Bacillus halodurans, Geobacter sulfurreducens, Rickettsia prowazekii, Zymomonas mobilis, Aquifex aeolicus thermophile, - Thermotoga marítima, Clostridium difficile, Enterococcus faecium, Streptomyces toyocanesis, Amycolatopsis orientalis, Enterococcus gallinarum, Enterococcus hirae, Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Straphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Bacillus stearothermophilus, Deinococcus radiodurans, Synechocystis sp., Salmonella typhimurium, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium, Mycobacterium smegmatis, Legionella pneumophila, Leuconostoc mesenteroides, Borrelia burgdorferi, Treponema pallidum, Vibrio cholerae, y Helicobacer pylori. 37. Un método para elaborar un compuesto según la reivindicación 1 , comprendiendo tomar cualquiera de los compuestos intermedios descritos en la presente y reaccionarlo con uno o reactivos químicos en una o más etapas para producir un compuesto de la reivindicación 1. 38. Un producto elaborado por el método de la reivindicación 37.