KR101403494B1

KR101403494B1 - 고구마의 품종판별을 위한 ｓｓｒ 프라이머 및 이를 이용한 고구마의 품종 판별 방법

Info

Publication number: KR101403494B1
Application number: KR1020110144351A
Authority: KR
Inventors: 송연상; 한선경; 이형운; 심형권; 정미남; 이준설; 김재명; 서세정; 박광근
Original assignee: 대한민국
Priority date: 2011-12-28
Filing date: 2011-12-28
Publication date: 2014-06-10
Also published as: KR20130075986A

Abstract

본 발명은 SSR 프라이머쌍을 이용하여 고구마의 DNA 다형성을 효과적으로 검출하여 고구마의 DNA 프로파일을 작성하는데 매우 유용하게 이용될 수 있다.
본 발명의 고구마 DNA 판별 방법을 이용하면, 고구마의 유전자원을 효율적으로 평가함으로써 신규 유전자원 도입시 기존 보유자원과의 중복성 분석 및 신규성 확립을 효과적으로 수행할 수 있으며, 고구마의 품종을 판별할 수 있다.
고구마의 DNA 프로파일을 작성하여 국내 고구마 유통시장의 건정성을 확보하고, 품종 보증으로 소비자 만족도를 증대시키는데 기여할 수 있고, FTA 등의 시장 개방에 대비하여 육종자 및 재배자의 권익을 보호할 수 있다.

Description

고구마의 품종판별을 위한 ＳＳＲ 프라이머 및 이를 이용한 고구마의 품종 판별 방법{SSR Primer for the Identification of Sweet Potatoes and Method for Identifying Sweet Potatoes}

본 발명은 고구마의 품종판별 을 위한 SSR 프라이머 및 이를 이용한 고구마의 품종판별 방법에 관한 것이다.

최근 분자생물학의 급속한 발전으로 핵산(DNA) 수준에서 생물종의 다양성(bio-diversity) 연구를 가능케 하는 유용 형질 탐색, 생물의 종판별, 품종 분류ㆍ동정 및 집단 개체군의 유연관계 분석 등 다양한 목적으로 이용되는 핵산지문분석 기술이 개발되어 외부환경 등에 대하여 거의 영향을 받지 않고 간단하고 신속하게 분석할 수 있게 되었다. 지금까지 개발된 PCR(Polymerase Chain Reaction)을 이용한 핵산지문법에는 RAPD(randomly amplified polymorphic DNAs)법과 AFLP(amplified fragment length polymorphic DNA)법, 그리고 SSR(simple sequence repeat)법 등이 있다. 상기 방법 중 RAPD 방법은 비특이적 PCR 산물이 증폭되므로 재현성이 떨어지는 단점이 있고, AFLP 방법은 높은 DNA 다형성 검출로 각광받고 있지만 재현성이 떨어지는 밴드의 출현과 분석이 복잡하다는 단점이 있다. 이에 반해, SSR 방법은 DNA 반복 배열인 초위성체(Micro-satellite) 영역의 염기 배열 정보를 근거로 PCR 프라이머(primer)를 제작하여 이용하여, 분석이 용이하고 높은 재현성을 가지는 장점으로 인하여 생물종의 동정에 자주 사용된다.

이후 초위성체(Micro-satellite) 분석법은 사용이 용이하고 높은 재현성을 가지는 장점으로 인하여 여러 생물종의 동정(fingerprinting)에 자주 사용되고 있다.

본 발명과 같은 마커에 대한 선행연구들로, 서울대학교 농학과의 지현소 등은 1998년 육종학회지 30권 4호에 초위성체(Micro-satellite) 마커를 이용하여 한국내 자포니카 24품종과 외국 품종 27품종 총 51종의 자포니카 벼 품종을 판별할 수 있는 CT25, CT462, GA275, CT481, CT91, CT522, RM164, GA479의 8개 microsatellite 마커 조합을 발표한 바 있다.

농촌진흥청 권수진 등은 1999년 작물학회지 44권 2호에 OPA-07, OPC-09, OPE-04, OPF-13, OPP-11, OPP-16, OPT-07 의 7종의 RAPD 마커와 GA12, RM164, CT22, CT522 4종류의 초위성체(Micro-satellite) 마커를 이용한 5~6 종류의 마커조합을 통해 국내 육성 품종 9품종과 외국 품종 22품종을 판별할 수 있다고 발표하였다.

또한 우리나라 재래벼, 1998년 이전 육성 자포니카 품종 및 통일형 품종 148개 판별할 수 있는 마커 6개 RM48, RM249, RM209, RM70, RM257 및 OSR20으로 구성된 마커조합과 품종판별 코드화 방법을 특허를 출원하여 등록한바 있다(대한민국 특허 제0426467호와 제0453568호).

고구마와 유사한 영양번식작물의 경우도 그 예가 많은데, 특히 딸기에서는 딸기 묘 증식이 런너(기는 줄기)에 의한 영양번식에 의하며 돌연변이가 일어나지 않는 한 자묘는 모주와 똑같은 유전자(DNA)를 가지게 되므로, 이러한 점을 이용해 각 품종을 구별 할 수 있게 되었다.

고구마의 경우도 특허권 및 로열티 문제로 고구마 품종에 대한 변별력 요구가 급증되고 있으나 고구마는 동일 품종내에서도 형태적 구분이 어려워 판별에 어려움을 겪고 있다.

실제 농가에서 재배시 유전적으로 혼종이 되어도 육안 구별이 어렵고, 일본에서 고구마 품종판별연구가 수행되어 마커를 사용 중에 있으나('06), 일본의 방법은 프라이머와 제한효소가 조합된 이른바 PCR-RFLP으로 이루어진 것이며 전기영동상으로 구분하기 때문에 변별력이 낮은 문제점이 있었다.

이에 본 발명자들은 고구마의 품종을 정확하면서도 간편하게 판별할 수 있는 마커를 찾아내고자 연구하여 고구마 품종에 대한 반응이 우수한 프라이머쌍 중 6종의 프라이머쌍이 고구마 품종 판별에 사용될 수 있음을 발견하였다.

이에 본 발명의 목적은 고구마의 품종 판별에 사용되는 SSR(Simple Sequence Repeat) 프라이머 쌍을 제공하는데 있다.

또한 본 발명의 목적은 분자마커를 이용하여 국내외 고구마 품종을 판별하는 기술로써 각 품종들에서 게놈 DNA를 분리하고 형광라벨링된 SSR 마커를 이용하여 PCR을 행. 증폭된 PCR 산물을 DNA 염기서열분석기를 이용하여 분석하는 방법을 제공하는데 있다.

본 발명의 다른 목적 및 이점은 하기의 발명의 상세한 설명, 청구범위 및 도면에 의해 보다 명확하게 된다.

본 발명의 일 양태에 따르면, 서열번호 1 및 2로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 5 및 6로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 7 및 8로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 9 및 10로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 11 및 12로 표시되는 프라이머쌍;으로 이루어진 군으로부터 선택되는 고구마 품종 판별용 SSR(simple sequence repeat) 프라이머쌍을 제공한다.

본 발명의 다른 양태에 따르면, (a) 분석하고자 하는 고구마 품종으로부터 SSR 프라이머쌍을 포함하는 DNA를 추출하는 단계;

(b) 상기 추출된 DNA를 주형으로 하고, 상기 SSR 프라이머쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및

(c) 상기 증폭된 PCR 산물을 분석하는 단계를

포함하는 고구마 DNA 다형성 분석 방법을 제공한다.

본 발명의 특징 및 이점을 요약하면 다음과 같다.

(i) 본 발명에서 제공되는 SSR 프라이머쌍은 고구마의 DNA 다형성을 효과적으로 검출하여 고구마의 DNA 프로파일을 작성하는데 매우 유용하게 이용될 수 있다.

(ii) 이를 통해 고구마의 유전자원을 효율적으로 평가함으로써 신규 유전자원 도입시 기존 보유자원과의 중복성 분석 및 신규성 확립을 효과적으로 수행할 수 있으며, 고구마의 품종을 판별할 수 있다.

(iii) 고구마의 DNA 프로파일을 작성하여 국내 고구마 유통시장의 건정성을 확보하고, 품종 보증으로 소비자 만족도를 증대시키는데 기여할 수 있고, FTA 등의 시장 개방에 대비하여 육종자 및 재배자의 권익을 보호할 수 있다.

본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 12로 이루어진 군에서 선택되는 2개의 염기서열을 갖는 SSR(simple sequence repeat) 프라이머쌍을 제공한다.

본 발명은, 서열번호 1 및 2로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 5 및 6로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 7 및 8로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 9 및 10로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 11 및 12로 표시되는 프라이머쌍;으로 이루어진 군으로부터 선택되는 고구마 품종 판별용 SSR(simple sequence repeat) 프라이머쌍을 제공한다.

또한 본 발명은 상기 SSR 프라이머쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 것을 포함하는 고구마의 DNA 다형성 검출 방법 및 고구마의 품종 동정 방법을 제공한다.

이하 본 발명을 상세히 설명한다.

본 발명은 고구마의 유전적 다형성을 특이적으로 분석할 수 있는 SSR 마커를 제공하는 것을 특징으로 한다.

고구마로부터 추출한 게놈 DNA를 제한효소로 처리하여 DNA 단편을 제작하였고, PCR을 수행하여 증폭한 후 서열을 분석하여 고구마의 초위성체를 포함하는 DNA 단편을 얻었다.

상기 수득한 DNA 단편을 분석하여, 5개 이상의 반복 유닛을 포함하는 단편을 선별하였고, 반복 유닛을 포함하는 부분을 기준으로 초위성체를 증폭할 수 있는 양방향 프리아머 200쌍을 디자인하였다. 상기 프라이머쌍을 사용하여 다양한 고구마 품종들의 PCR을 통한 DNA 프로파일링을 수행하여 다형성 변이를 많이 나타내는 6쌍의 SSR 프라이머쌍을 선별하였다.

본 발명에서 제공하는 SSR 마커는 PCR 프라이머쌍을 말하며, 정방향 프라이머와 역방향 프라이머를 포함한다. 본 발명에서 제공되는 SSR 프라이머쌍은 서열번호 1 내지 서열번호 12로 이루어진 군에서 선택되는 2개의 염기서열을 가진다. 바람직하게는 ITSSR07(서열번호 1과 2로 표시되는 프라이머쌍), ITSSR08(서열번호 3과 4로 표시되는 프라이머쌍), IBSSR01(서열번호 5와 6으로 표시되는 프라이머쌍), IBSSR15(서열번호 7과 8로 표시되는 프라이머쌍), BU691949(서열번호 9와 10으로 표시되는 프라이머쌍), BM878757(서열번호 11과 12로 표시되는 프라이머쌍)로 이루어진 군에서 선택된다. 본 발명에서 제공되는 프라이머쌍 및 이들에 의해 증폭되는 초위성체의 크기의 범위, Tm(℃) 및 초위성체가 존재하는 염색체 대립인자에 대한 정보를 하기 표 1에 기재하였다.

프라이머	염기서열	서열번호	반복모티브	초위성체 크기	Tm (℃)
ITSSR07	F: CACCATACCCAATTTTTACAGATGC	1			53
	R: GATTGAATGAATGATGGGG	2
ITSSR08	F: CAATCTGGGAGGAATGACATC	3			53
	R: AAGTGTTTGAAGATCCTGCAAC	4
IBSSR01	F: CGTCACCCATTAACAGCTCTGAGTG	5	(GA)₁₄	188	55
	R: CCATTCGCTGAGCATCTGGAAC	6
IBSSR15	F: TGGAGCAGATGTTCCTGGAC	7		178	55
	R: GATTTGAAGCAGCAGTTCATCC	8
BU696949	F: CGTTCACCGCCATTTTTGTTTC	9	(CAC)₇	262	55
	R: ATCTTGAAGAGGTACTCCTCCCCC	10
BM878757	F: AGAGAAAATGGCGCACCGT	11	(TC)₈TA(TC)₅	137	58
	R: CAGATCAGAGATGACCGAAG	12

F: 정방향 프라이머, R: 역방향 프라이머

본 발명에서 제공되는 SSR 프라이머쌍은 고구마에서 DNA 다형성을 검출하고 유전적 다양성을 분석하는데 유용하게 사용될 수 있다. 본 발명에 따른 SSR 프라이머를 이용하여 고구마의 유전자원과 품종을 효율적으로 평가 또는 보존할 수 있다. 따라서 본 발명은 상기 SSR 프라이머쌍을 이용하여 PCR을 수행 하는 것을 포함하는 고구마의 DNA 다형성 검출 방법을 제공한다.

구체적으로 고구마의 DNA 다형성 검출 방법은

(a) 분석하고자 하는 고구마 품종으로부터 SSR 프라이머쌍을 포함하는 DNA를 추출하는 단계;

(c) 상기 증폭된 PCR 산물을 분석하는 단계를 포함한다.

상기 (a)단계에서 게놈 DNA의 추출은 당업계에서 통상적으로 사용되는 페놀/클로로포름 추출법, SDS 추출법(Tai et al., Pla nt Mol. Biol. Reporter, 8: 297-303), CTAB 분리법(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide; Murray et al., N uc. Res., 4321-4325, 1980) 또는 상업적으로 판매되는 DNA 추출 키트를 이용하여 수행할 수 있다.

또한 상기 (b)단계에서 PCR은 PCR 반응에 필요한 당업계에 공지된 여러 성분을 포함하는 PCR 반응 혼합 액을 이용하여 수행될 수 있다.

본 명세서에 기술된 용어“PCR”은 핵산 분자를 증폭하는 반응을 의미한다. 다양한 증폭 반응들이 당업계에 보고 되어 있으며, 이는 중합효소 연쇄반응(이하 PCR이라 한다)(미국 특허 제4,683,195, 4,683,202, 및 4,800,159호), 역전사-중합효소 연쇄반응(이하 RT-PCR로 표기한다)(Sambrook 등, Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001)), Miller, H. I.(WO 89/06700) 및 Davey, C. 등(EP 329,822)의 방법, 리가아제 연쇄 반응(ligase chain reaction; LCR)(17, 18), Gap-LCR(WO 90/01069), 복구 연쇄 반응(repair chain reaction; EP 439,182), 전사-중재 증폭(transcription-mediated amplification; TMA)(19) (WO 88/10315), 자가 유지 염기서열 복제(self sustained sequence replication)(20)(WO 90/06995), 타깃 폴리뉴클레오티드 염기서열의 선택적 증폭(selective amplification of target polynucleotide sequences)(미국 특허 제6,410,276호), 컨센서스 서열 프라이밍 중합효소 연쇄 반응(consensus sequence primed polymerase chain reaction; CP-PCR)(미국 특허 제4,437,975호), 임의적 프라이밍 중합효소 연쇄 반응(arbitrarily primed polymerase chain reaction; AP-PCR)(미국 특허 제5,413,909호 및 제5,861,245호), 핵산 염기서열 기반 증폭(nucleic acid sequence based amplification; NASBA)(미국 특허 제5,130,238호, 제5,409,818호, 제5,554,517호, 및 제6,063,603호), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification)(21, 22) 및 고리-중재 항온성 증폭(loop-mediated isothermal amplification; LAMP)(23)를 포함하나, 이에 한정되지는 않는다. 사용 가능한 다른 증폭 방법들은 미국특허 제5,242,794, 5,494,810, 4,988,617호 및 미국 특허 제09/854,317호에 기술되어 있다.

PCR은 가장 잘 알려진 핵산 증폭 방법으로, 그의 많은 변형과 응용들이 개발되어 있다. 예를 들어, PCR의 특이성 또는 민감성을 증진시키기 위해 전통적인 PCR 절차를 변형시켜 터치다운(touchdown) PCR(24), 핫 스타트(hot start) PCR(25, 26), 네스티드(nested) PCR(2) 및 부스터(booster) PCR(27)이 개발되었다. 또한, 실시간(real-time) PCR, 분별 디스플레이 PCR(differential display PCR: DD-PCR), cDNA 말단의 신속 증폭(rapid amplification of cDNA ends: RACE), 멀티플렉스 PCR, 인버스 중합효소 연쇄반응(inverse polymerase chain reaction: IPCR), 벡토레트(vectorette) PCR, TAIL-PCR(thermal asymmetric interlaced PCR)및 멀티플렉스 PCR이 특정한 응용을 위해 개발되었다. PCR에 대한 자세한 내용은 McPherson, M.J., 및 Moller, S.G. PCR. BIOS Scientific Publishers, Springer-Verlag New York Berlin Heidelberg, N.Y. (2000)에 기재되어 있으며, 그의 교시사항은 본 명세서에 참조로 삽입된다.

상기 PCR 반응 혼합액에는 분석하고자 하는 고구마에서 추출된 게놈 DNA와 본 발명에서 제공되는 SSR 프라이머쌍 이외에 적당량의 DNA 중합효소, dNTP, PCR 완충용액 및 물(dH₂O)을 포함한다. 상기 PCR 완충용액은 트리스-HCl(Tris-HCl), MgCl₂, KCl 등을 포함 한다. 이 때 MgCl₂ 농도는 증폭의 특이성과 수량에 크게 영향을 주며, 바람직하게는 1.5 ~ 2. 5mM의 범위로 사용될 수 있다. 일반적으로 Mg² ⁺가 과량인 경우는 비 특이적인 PCR 증폭 산물이 증가하고, Mg² ⁺가 부족한 경우 PCR산물의 산출율이 감소한다. 상기 PCR 완충 용액에는 적당량의 트리톤 X-100(Triton X-100)이 추가로 포함될 수도 있다. 또한 PCR은 94 ~ 95℃에서 주형 DNA를 전변성시킨후, 변성(denaturation); 결합(annealing); 및 증폭(extension)의 사이클을 거친 후, 최종적으로 72℃에서 연장(elongation)시키는 일반적인 PCR 반응 조건에서 수행될 수 있다. 상기에서 변 성 및 증폭은 94 ~ 95℃ 및 72℃에서 각각 수행될 수 있다. 결합시의 온도는 프라이머의 종류에 따라 달라질 수 있다. 바람직하게는 55 ~ 60℃이다. 각 단계의 시간과 싸이클 수는 당업계에 일반적으로 행해지는 조건에 따라 정해질 수 있다. 본 발명에 따른 SSR 프라이머쌍을 이용한 PCR 수행시의 최적의 반응조건은 다음과 같다. 94℃에서 5분간 주형 DNA를 전변성시킨 후, 94℃에서 30초; 55℃에서 30초; 및 72℃에서 60초를 35 싸이클 반복 수행한 후, 최종적으로 72℃에서 5분간 반응시킨다.

상기 (c) 단 계에서는 당업계에서 널리 공지된 방법에 따라 PCR 산물의 DNA를 크기별로 분리할 수 있다. 바람직하게 는 아가로스 겔(agarose gel) 또는 폴리아크릴아마이드 겔(polyacrylamide gel) 전기영동 또는 형광분석장치 (ABI prism 3100 genetic analyzer-electropherogram)에 의해 확인할 수 있다. PCR 증폭 결과는 바람직 하게는 폴리아크릴아마이드 겔 전기영동, 보다 바람직하게는 변성 폴리아크릴아마이드 겔 전기영동에 의해 확인할 수 있다. 전기영동 후 실버 염색(silver staining)과 형광염색으로 전기영동 결과를 분석할 수 있다. 일반적인 PCR 수행 및 그 결과 분석 방법에 대해서는 당업계에 잘 알려져 있다.

아울러, 본 발명은 상기 SSR 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 것을 포함하는 고구마의 품종 동정 방법을 제공한다.

구체적으로 고구마의 품종 동정 방법은

(a) 분석하고자 하는 고구마 및 대조군 고구마 품종으로부터 게놈 DNA를 추출하는 단계;

(b) 추출된 게놈 DNA를 주형으로 하고 상기 SSR 프라이머쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계;

(c) PCR 산물을 전기영동하는 단계; 및

(d) 상기 고구마 및 대조군 고구마의 전기영동 결과를 비교하는 단계를 포함한다.

(a) 내지 (c) 단계의 게놈 DNA 추출, PCR 수행 및 PCR 산물의 크기별 분리는 상기에서 기재한 바와 같으며, 상기 (d) 단계에서 고구마 및 대조군 고구마 품종에 대한 비교는 동일한 조합의 SSR 프라이머쌍에 대한 시료가 되는 고구마와 대조군 고구마 품종의 각각의 PCR 산물의 크기를 서로 비교하는 방법으로 수행된다. 각 SSR 프라이머쌍에 대한 크기 비교 결과를 종합하여 시료가 되는 고구마와 대조군 고구마 품종의 결 과와 모두 일치하면 시료가 되는 고구마는 대조군 고구마 품종과 동일한 품종으로 동정할 수 있다. 이와 같은 품종의 동정 방법은 신규 유전자원 도입시 중복여부 판단 및 원산지 확인을 통한 원산지 표시 위반 여부의 판정 등 품종의 동정이 필요한 경우에 유용하게 이용될 수 있다.

대조군 고구마 품종에 대한 게놈 DNA 추출, PCR 수행 및 PCR 산물의 크기별 분리는 시료가 되는 고구마와 동시에 수행될 수도 있으나, 시료가 되는 고구마 보다 이전에 수행되어 동정의 기준표(reference)로 작성될 수도 있다. 이러한 기준표를 이용하면 시료가 되는 고구마에 대한 게놈 DNA 추출, PCR 수행 및 PCR 산물의 크기별 분리만을 수행하여 기준표와 비교할 수 있어 유용하게 이용할 수 있다.

또한 본 발명은 본 발명에 따른 SSR 프라이머쌍을 포함하 는 고구마의 DNA 다형성 검출용 키트를 제공한다. 이외에 PCR 반응을 용이하게 수행할 수 있기 위해 DNA 중 합효소 및 상기에서 기재한 조성의 PCR 반응 완충용액이 추가로 포함될 수 있으며, PCR 산물의 증폭 여부를 확인할 수 있는 전기영동 수행에 필요한 구성성분들이 본 발명의 키트에 추가로 포함될 수 있다.

또한, 본 발명은 본 발명에 따른 SSR 프라이머쌍을 포함하는 고구마의 품종 동정용 키트를 제공한다. 품종 동정 방법은 상기에서 기재한 바와 같다. 이외에 PCR 반응을 용이하게 수행할 수 있기 위해 DNA 중합 효소 및 상기에서 기재한 조성의 PCR 반응 완충용액이 추가로 포함될 수 있으며, PCR 산물의 증폭 여부를 확 인할 수 있는 전기영동 수행에 필요한 구성성분 또는 공지된 품종에 대한 동정 기준표들이 본 발명의 키트에 추가로 포함될 수 있다.

이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 그러나, 하기 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 것이며, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.

(1) ISSR01 분석결과

본 발명의 결과를 최종적으로 분석하는 것은 DNA Sequencer 이며, 표 2~3, 6은 기기에 의해 분석된 3개의 프라이머에 대한 결과를 나타낸 것이다. 나타난 그래프의 위치와 모양으로 품종의 동일 혹은 다름을 판별할 수 있었. 어느 한 품종의 분석결과가 다른것과 같다면 두 품종은 같은 품종일 가능성이 높다. 그렇다면 다른 프라이머를 이용하여 동일 분석을 실시하여 정말 다른지 혹은 같은지를 확인해야 하며, 프라이머 2~3가지의 분석결과가 같거나 다르다면 그 결과는 100% 확실성을 보장할 수 있다.

(2) IBSSR15의 분석 결과

(3) ITSSR07 분석 결과

번호	품종명	판별 유전자좌(bp)
번호	품종명	156	158	161	163	163.6	164	166	166.7	167	170	172	173	175	176
1	율미				1		1	1					1
2	진홍미				1		1	1						1
3	주황미						1			1			1		1
4	자미				1	1	1	1		1					1
5	신천미						1
6	건미				1			1		1		1
7	연미				1							1
8	헬씨미				1	1	1	1	1	1		1	1
9	연황미				1		1	1	1	1		1	1
10	신자미			1	1	1	1	1		1					1
11	하얀미						1	1	1	1			1		1
12	맛나미
13	신율미	1		1	1		1	1		1	1
14	신건미	1			1	1	1	1			1	1
15	해피미		1	1	1	1	1						1
16	고건미				1		1	1		1		1	1		1
17	보라미			1	1	1	1	1	1	1			1		1
18	바이오미
19	신황미				1	1	1			1
20	증미				1		1			1

표 4 및 5는 표 2 및 3의 품종별 그래프에서 나타난 피크의 위치를 읽어 도표로 나타낸 것이다. 표 4 및 5를 통해 용이하게 판별 유전자좌를 읽을 수 있다.

(4) 국내 육성품종의 품종판별 결과 SSR15 분석 결과

번호	품종명	판별 유전자좌(bp)
번호	품종명	172	173	174	175	176	177	178	179	180	181	182	183	184	185
1	율미			1	1	1						1	1
2	진홍미	1		1	1	1						1
3	주황미	1		1	1	1		1
4	자미					1				1	1	1	1	1
5	신천미			1
6	건미	1		1						1	1	1
7	연미			1	1	1						1
8	헬씨미			1	1	1		1					1
9	연황미		1	1	1							1
10	신자미			1	1		1		1		1				1
11	하얀미					1	1					1	1
12	맛나미			1		1							1
13	신율미
14	신건미		1		1		1				1		1
15	해피미		1	1	1						1
16	고건미			1	1		1					1	1
17	보라미			1	1				1		1
18	바이오미				1	1	1		1		1		1
19	신황미	1		1	1	1	1					1
20	증미	1		1	1	1	1				1
21	건풍미				1		1
22	대유미					1	1	1	1				1
23	홍미		1	1	1		1					1
24	호박			1	1		1				1	1
25	전미				1	1	1						1		1

(5) BM878757 분석 결과

서열목록 전자파일 첨부

Claims

서열번호 11 및 12로 표시되는 프라이머쌍을 포함하는 고구마 DNA 다형성 판별용 SSR(simple sequence repeat) 프라이머쌍.
청구항 1에 있어서, 상기 고구마 DNA 다형성 판별용 SSR 프라이머쌍은 서열번호 1 및 2로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 5 및 6로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 7 및 8로 표시되는 프라이머쌍 및 서열번호 9 및 10로 표시되는 프라이머쌍;을 추가적으로 모두 포함하는 고구마 DNA 다형성 판별용 SSR(simple sequence repeat) 프라이머쌍.
(a) 분석하고자 하는 고구마 품종으로부터 서열번호 11 및 12로 표시되는 SSR 프라이머쌍을 포함하는 DNA를 추출하는 단계;
(b) 상기 추출된 DNA를 주형으로 하고, 상기 SSR 프라이머쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및
(c) 상기 증폭된 PCR 산물을 분석하는 단계;
를 포함하는 고구마 DNA 다형성 검출 방법.
청구항 1의 프라이머쌍을 포함하는 것을 특징으로 하는 고구마 DNA 다형성 판별용 키트.
청구항 4에 있어서, 상기 키트에 DNA 중합효소 및 PCR 반응용 완충용액을 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는 고구마 DNA 다형성 판별용 키트.