JPWO2019234220A5 - - Google Patents

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「最適化された抗体」または「最適化された抗原結合ユニットもしくはタンパク質」は、所定の抗原に結合することができ、実質的にヒト免疫グロブリンのアミノ酸配列を有する1つまたは複数のFRおよび実質的に非ヒト免疫グロブリンのアミノ酸配列を有する1つまたは複数のCDRを含む、免疫グロブリンアミノ酸配列バリアントを含む、特定の種類のヒト化抗体またはヒト化抗原結合ユニット/タンパク質、またはそのフラグメントである。多くの場合「移入」配列と称される、この非ヒトアミノ酸配列は、典型的に、「移入」抗体ドメイン、特に、可変ドメインから取られる。一般に、最適化された抗体には、少なくとも、ヒト重鎖または軽鎖可変ドメインのFRの間に挿入された、非ヒト抗体のまたは非ヒト抗体に由来するCDR(またはHVL)が含まれる。ある特定のマウスFR残基が、最適化された抗体の機能に重要であり得、したがって、ヒト生殖細胞系配列の重鎖および軽鎖可変ドメイン残基のうちのある特定のものが、対応するマウス配列のものと同じになるように改変されることが、理解されるであろう。このプロセスの間に、たとえば、脱アミド化、望ましくない電荷もしくは親油性、または非特異的結合を回避するために、望ましくないアミノ酸の除去または変更も行われ得る。「最適化された抗体」、「最適化された抗体フラグメント」、または「最適化された」は、しばしば、「ヒト化抗体」、「ヒト化抗体フラグメント」、または「ヒト化」、または「配列最適化された」と称され得る。
本明細書において使用される「ヒト抗体」、「ヒト抗原結合ユニット」、または「ヒトVH/VLドメイン」という用語は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に由来する可変(および該当する場合には定常)領域を有する抗体、抗原結合ユニット、またはVH/VLドメインを含むことが意図される。本技術のヒト抗体、抗原結合ユニット、タンパク質、またはVH/VLドメインは、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基(たとえば、インビトロでランダムもしくは部位特異的突然変異生成によって、またはインビボで体細胞系突然変異によって導入される、突然変異)を含み得る。しかしながら、本明細書において使用される「ヒト抗体」、「ヒト抗原結合ユニット」、または「ヒトVH/VLドメイン」という用語は、マウス、ラット、またはウサギなどの別のもの(哺乳類種)の生殖細胞系に由来するCDR配列が、ヒトフレームワーク配列にグラフトされている抗体を含むようには意図されない。したがって、本明細書において使用される場合、「ヒト抗体」、「ヒト抗原結合ユニット」、または「ヒトVH/VLドメイン」という用語は、タンパク質の実質的にすべての部分(たとえば、CDR、フレームワーク、CL、CHドメイン(たとえば、CH1、CH2、CH3)、ヒンジ、VL、VH)が、ヒトにおいて実質的に非免疫原性であり、配列変化または変動がわずかしかない、抗体、抗原結合ユニット、またはVH/VLドメインを指す。そのような変化または変動は、任意に、また好ましくは、改変されていない抗体または抗原結合ユニットと比べて、ヒトまたは他の種において免疫原性を保持するかまたは低減させる。
したがって、ヒト抗体、ヒト抗原結合ユニット、またはヒトVH/VLドメインは、たとえば、キメラまたはヒト化抗体とは区別される。ヒト抗体、ヒト抗原結合ユニット、またはヒトVH/VLドメインは、機能的に再配列されたヒト免疫グロブリン(たとえば、重鎖および/または軽鎖)遺伝子を発現することができる非ヒト動物または原核生物細胞もしくは真核生物細胞によって、産生させることができることが、指摘されている。
製造および精製の方法
本発明は、本発明の多重特異性結合タンパク質を製造する方法であって、概して、
- 本発明の結合タンパク質をコードする核酸を含む発現ベクターを含む宿主細胞を、本発明の結合タンパク質の形成を可能にする条件下において培養するステップと、
- 宿主細胞によって発現された結合タンパク質を、培養物から回収するステップとを含み、
- さらに、本発明の結合タンパク質を精製および/または改変および/または製剤化するステップを含んでもよい、方法をさらに提供する。
本発明は、本発明の抗DLL3抗体を製造する方法であって、概して、
- 本発明の抗体分子をコードする核酸を含む発現ベクターを含む宿主細胞を、抗体分子の形成を可能にする条件下において培養するステップと、
- 宿主細胞によって発現された抗体分子を、培養物から回収するステップとを含み、
- さらに、本発明の抗体分子を精製および/または改変および/または製剤化するステップを含んでもよい、方法をさらに提供する。
本発明のタンパク質は、ある特定の発現系(たとえば、特定のベクターもしくは宿主細胞)を使用した発現のため、または封入体としてもしくは可溶性形態で発現させるため、または培地もしくは細胞膜周辺腔へ分泌させるためもしくは細胞内に含めるため、またはより均質な産物を得るために、分子を最適化するように、改変されたN末端配列、たとえば、N末端アミノ酸のうちの1つもしくは複数の欠失、またはたとえば第1のN末端アミノ酸の交換(たとえば、グルタミン酸からアラニンへ)を有してもよい。本発明のポリペプチドは、たとえば、さらに、そのようなポリペプチドの安定性を増強させるかまたは免疫原性を低減させるために、たとえば、国際公開第2012/175741号、同第2011/075861号、または同第2013/024059号において説明されているように、改変されたC末端配列、たとえば、追加のアラニン、および/またはC末端部分もしくはフレームワーク領域のうちのいずれかの内の他の定義される位置におけるさらなるアミノ酸の変化を有してもよい。
曖昧さを回避するために、本明細書に記載される多重特異性結合タンパク質のうちのいずれかに関して、本明細書に記載される医薬組成物、キット、処置方法、医療上の使用、組合せ、投与の方法、および投薬量に関する実施形態のすべてが、単独またはさらなる治療剤(以下により詳細に示される)との組合せのいずれかで企図される。

Claims (33)

  1. DLL3に特異的に結合する第1の抗原結合ユニットと、CD3に特異的に結合する第2の抗原結合ユニットとを含むタンパク質であって、DLL3に特異的に結合する前記第1の抗原結合ユニットが、i)~iii):
    i)配列番号1(CDR1)、配列番号2(CDR2)、および配列番号3(CDR3)のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR、ならびに配列番号4(CDR1)、配列番号5(CDR2)、および配列番号6(CDR3)のアミノ酸配列を含む、重鎖CDRを含む、抗原結合ユニット、
    ii)配列番号7(CDR1)、配列番号8(CDR2)、および配列番号9(CDR3)のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR、ならびに配列番号10(CDR1)、配列番号11(CDR2)、および配列番号12(CDR3)のアミノ酸配列を含む、重鎖CDRを含む、抗原結合ユニット、及び
    iii)配列番号13(CDR1)、配列番号14(CDR2)、および配列番号15(CDR3)のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR、ならびに配列番号16(CDR1)、配列番号17(CDR2)、および配列番号18(CDR3)のアミノ酸配列を含む、重鎖CDRを含む、抗原結合ユニット、
    からなる群から選択される、前記タンパク質。
  2. DLL3に特異的に結合する前記第1の抗原結合ユニットが、第1の軽鎖可変ドメインおよび第1の重鎖可変ドメインを含み、且つ、i)~iii):
    i)配列番号37のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および配列番号38のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインを含む、抗原結合ユニット、
    ii)配列番号39のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および配列番号40のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインを含む、抗原結合ユニット、及び
    iii)配列番号41のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および配列番号42のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインを含む、抗原結合ユニット、
    からなる群から選択される、請求項1に記載のタンパク質。
  3. CD3に特異的に結合する前記第2の抗原結合ユニットが、i)~iii):
    i)配列番号55(CDR1)、配列番号56(CDR2)、および配列番号57(CDR3)のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR、ならびに配列番号58(CDR1)、配列番号59(CDR2)、および配列番号60(CDR3)のアミノ酸配列を含む、重鎖CDRを含む、抗原結合ユニット、
    ii)配列番号61(CDR1)、配列番号62(CDR2)、および配列番号63(CDR3)のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR、ならびに配列番号64(CDR1)、配列番号65(CDR2)、および配列番号66(CDR3)のアミノ酸配列を含む、重鎖CDRを含む、抗原結合ユニット、及び
    iii)配列番号96(CDR1)、配列番号97(CDR2)、および配列番号98(CDR3)のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR、ならびに配列番号99(CDR1)、配列番号100(CDR2)、および配列番号101(CDR3)のアミノ酸配列を含む、重鎖CDRを含む、抗原結合ユニット
    からなる群から選択される、請求項1または2に記載のタンパク質。
  4. CD3に特異的に結合する前記第2の抗原結合ユニットが、第2の軽鎖可変ドメインおよび第2の重鎖可変ドメインを含み、且つ、i)~iii):
    i)配列番号67のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および配列番号68のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインを含む、抗原結合ユニット、
    ii)配列番号69のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および配列番号70のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインを含む、抗原結合ユニット、及び
    iii)配列番号102のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および配列番号103のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインを含む、抗原結合ユニット
    からなる群から選択される、請求項1~3のいずれか1項に記載のタンパク質。
  5. i)DLL3に特異的に結合する前記第1の抗原結合ユニットが、そのNからC末端へ、第1の軽鎖可変ドメイン、第1の軽鎖定常ドメイン、第1のペプチドリンカー、第1の重鎖可変ドメイン、および第1の重鎖定常CH1ドメインを含み、且つ
    ii)CD3に特異的に結合する前記第2の抗原結合ユニットが、そのNからC末端へ、第2の軽鎖可変ドメイン、第2の軽鎖定常ドメイン、第2のペプチドリンカー、第2の重鎖可変ドメイン、および第2の重鎖定常CH1ドメインを含む、請求項1~4のいずれか1項に記載のタンパク質。
  6. 前記第1および/または第2のペプチドリンカーが、26~42個のアミノ酸、好ましくは30~40個のアミノ酸、34~40個のアミノ酸、または36~39個のアミノ酸のうちのいずれか1つ、より好ましくは38個のアミノ酸を含む、請求項5に記載のタンパク質。
  7. 前記第1のリンカーおよび/または第2のリンカーが、Gly-Serリンカーであり、好ましくは、配列番号89のアミノ酸配列を含み、より好ましくは、前記第1および第2のペプチドリンカーが、同じ配列を含む、請求項5または6に記載のタンパク質。
  8. 第1および第2のFcドメインをさらに含み、前記第1のFcドメインが、前記第1の抗原結合ユニットに共有結合により連結されており、前記第2のFcドメインが、前記第2の抗原結合ユニットに共有結合により連結されている、請求項5~7のいずれか1項に記載のタンパク質。
  9. i)前記第1のFcドメインが、366位にチロシン(Y)[T366Y]を含み、且つ前記第2のFcドメインが、407位にスレオニン(T)[Y407T]を含むか、または
    ii)前記第1のFcドメインが、366位にトリプトファン(W)[T366W]を含み、且つ前記第2のFcドメインが、366位にセリン(S)[T366S]、368位にアラニン(A)[L368A]、および407位にバリン(V)[Y407V]を含むか、または
    iii)前記第2のFcドメインが、366位にチロシン(Y)[T366Y]を含み、且つ前記第1のFcドメインが、407位にスレオニン(T)[Y407T]を含むか、または
    iv)前記第2のFcドメインが、366位にトリプトファン(W)[T366W]を含み、且つ前記第1のFcドメインが、366位にセリン(S)[T366S]、368位にアラニン(A)[L368A]、および407位にバリン(V)[Y407V]を含み、
    好ましくは、前記第1または前記第2のFcドメインが、435位にアルギニン[H435R]および436位にフェニルアラニン[Y436F]をさらに含む、請求項8に記載のタンパク質。
  10. 前記第1および/または前記第2のFcドメインが、234位にアラニン[L234A]および235位にアラニン[L235A]をさらに含む、請求項9に記載のタンパク質。
  11. 前記第1の軽鎖定常ドメインおよび前記第2の軽鎖定常ドメインが、ヒトカッパまたはラムダドメインを含む、請求項5~10のいずれか1項に記載のタンパク質。
  12. (i)配列番号73のアミノ酸配列を含むDLL3に特異的に結合する第1のポリペプチド鎖及び配列番号79のアミノ酸配列を含むCD3に特異的に結合する第2のポリペプチド鎖、又は
    (ii)配列番号74のアミノ酸配列を含むDLL3に特異的に結合する第1のポリペプチド鎖及び配列番号79のアミノ酸配列を含むCD3に特異的に結合する第2のポリペプチド鎖、又は
    (iii)配列番号75のアミノ酸配列を含むDLL3に特異的に結合する第1のポリペプチド鎖及び配列番号79のアミノ酸配列を含むCD3に特異的に結合する第2のポリペプチド鎖、又は
    (iv)配列番号73のアミノ酸配列を含むDLL3に特異的に結合する第1のポリペプチド鎖及び配列番号80のアミノ酸配列を含むCD3に特異的に結合する第2のポリペプチド鎖、又は
    (v)配列番号74のアミノ酸配列を含むDLL3に特異的に結合する第1のポリペプチド鎖及び配列番号80のアミノ酸配列を含むCD3に特異的に結合する第2のポリペプチド鎖、又は
    (vi)配列番号75のアミノ酸配列を含むDLL3に特異的に結合する第1のポリペプチド鎖及び配列番号80のアミノ酸配列を含むCD3に特異的に結合する第2のポリペプチド鎖、又は
    (vii)配列番号73のアミノ酸配列を含むDLL3に特異的に結合する第1のポリペプチド鎖及び配列番号105のアミノ酸配列を含むCD3に特異的に結合する第2のポリペプチド鎖、又は
    (viii)配列番号74のアミノ酸配列を含むDLL3に特異的に結合する第1のポリペプチド鎖及び配列番号105のアミノ酸配列を含むCD3に特異的に結合する第2のポリペプチド鎖、又は
    (ix)配列番号75のアミノ酸配列を含むDLL3に特異的に結合する第1のポリペプチド鎖及び配列番号105のアミノ酸配列を含むCD3に特異的に結合する第2のポリペプチド鎖、
    を含む、タンパク質。
  13. 請求項1~5のいずれか1項に記載のタンパク質の前記第1の抗原結合ユニットおよび/または前記第2の抗原結合ユニットをコードする、単離された核酸分子であって、第1および/または第2のFcドメインをさらにコードしていてもよい、前記単離された核酸分子。
  14. 請求項12に記載の第1および/または第2のポリペプチド鎖をコードする、単離された核酸分子。
  15. 請求項13または14に記載の核酸分子を含む、発現ベクター。
  16. 請求項15に記載の発現ベクターがトランスフェクトされている、宿主細胞。
  17. 請求項1~12のいずれか1項に記載のタンパク質を製造する方法であって、
    i)請求項16に記載の宿主細胞を、請求項1~12のいずれか1項に記載のタンパク質の発現を可能にする条件下において培養するステップと、
    ii)前記タンパク質を回収するステップと
    を含み、
    iii)さらに、前記タンパク質を精製および/または修飾および/または製剤化するステップを含んでいてもよい、
    前記方法。
  18. DLL3に特異的に結合する第1のポリペプチド鎖と、CD3に特異的に結合する第2のポリペプチド鎖とを含む、タンパク質であって、
    前記第1のポリペプチド鎖が、第1の軽鎖、第1のリンカー、および第1の重鎖を含み、前記第2のポリペプチド鎖が、第2の軽鎖、第2のリンカー、および第2の重鎖を含み、好ましくは、前記第1の軽鎖のC末端が、前記第1のペプチドリンカーを介して、前記第1の重鎖のN末端に共有結合により連結されており、前記第2の軽鎖のC末端が、前記第2のペプチドリンカーを介して、前記第2の重鎖のN末端に共有結合により連結されており、且つ
    DLL3に特異的に結合する前記第1のポリペプチド鎖が、i)~iii):
    i)配列番号1(CDR1)、配列番号2(CDR2)、および配列番号3(CDR3)のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR、ならびに配列番号4(CDR1)、配列番号5(CDR2)、および配列番号6(CDR3)のアミノ酸配列を含む、重鎖CDR、
    ii)配列番号7(CDR1)、配列番号8(CDR2)、および配列番号9(CDR3)のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR、ならびに配列番号10(CDR1)、配列番号11(CDR2)、および配列番号12(CDR3)のアミノ酸配列を含む、重鎖CDR、及び
    iii)配列番号13(CDR1)、配列番号14(CDR2)、および配列番号15(CDR3)のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR、ならびに配列番号16(CDR1)、配列番号17(CDR2)、および配列番号18(CDR3)のアミノ酸配列を含む、重鎖CDR
    からなる群から選択されるCDR配列を含む、軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含む、前記タンパク質。
  19. CD3に特異的に結合する前記第2のポリペプチド鎖が、i)~iii):
    i)配列番号55(CDR1)、配列番号56(CDR2)、および配列番号57(CDR3)のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR、ならびに配列番号58(CDR1)、配列番号59(CDR2)、および配列番号60(CDR3)のアミノ酸配列を含む、重鎖CDR、
    ii)配列番号61(CDR1)、配列番号62(CDR2)、および配列番号63(CDR3)のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR、ならびに配列番号64(CDR1)、配列番号65(CDR2)、および配列番号66(CDR3)のアミノ酸配列を含む、重鎖CDR、及び
    iii)配列番号96(CDR1)、配列番号97(CDR2)、および配列番号98(CDR3)のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR、ならびに配列番号99(CDR1)、配列番号100(CDR2)、および配列番号101(CDR3)のアミノ酸配列を含む、重鎖CDR
    からなる群から選択されるCDR配列を含む、軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含む、請求項18に記載のタンパク質。
  20. DLL3に特異的に結合する前記第1のポリペプチド鎖が、i)~iii):
    i)配列番号37のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および配列番号38のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、
    ii)配列番号39のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および配列番号40のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、及び
    iii)配列番号41のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および配列番号42のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、
    からなる群から選択される軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含む、請求項18または19に記載のタンパク質。
  21. CD3に特異的に結合する前記第2のポリペプチド鎖が、i)~iii):
    i)配列番号67のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および配列番号68のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、
    ii)配列番号69のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および配列番号70のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、ならびに
    iii)配列番号102のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および配列番号103のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン
    からなる群から選択される軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含む、請求項18~20のいずれか1項に記載のタンパク質。
  22. 前記第1および/または第2のペプチドリンカーが、26~42個のアミノ酸、好ましくは30~40個のアミノ酸、34~40個のアミノ酸、または36~39個のアミノ酸のうちのいずれか1つ、より好ましくは38個のアミノ酸を含む、請求項18~21のいずれか1項に記載のタンパク質。
  23. 前記第1のリンカーおよび/または第2のリンカーが、Gly-Serリンカーであり、好ましくは、配列番号89のアミノ酸配列を含み、より好ましくは、前記第1および第2のペプチドリンカーが、同じ配列を含む、請求項22に記載のタンパク質。
  24. i)前記第1の重鎖が、366位にチロシン(Y)[T366Y]を含み、且つ前記第2の重鎖が、407位にスレオニン(T)[Y407T]を含むか、または
    ii)前記第1の重鎖が、366位にトリプトファン(W)[T366W]を含み、且つ前記第2の重鎖が、366位にセリン(S)[T366S]、368位にアラニン(A)[L368A]、および407位にバリン(V)[Y407V]を含むか、または
    iii)前記第2の重鎖が、366位にチロシン(Y)[T366Y]を含み、且つ前記第1の重鎖が、407位にスレオニン(T)[Y407T]を含むか、または
    iv)前記第2の重鎖が、366位にトリプトファン(W)[T366W]を含み、且つ前記第1の重鎖が、366位にセリン(S)[T366S]、368位にアラニン(A)[L368A]、および407位にバリン(V)[Y407V]を含み、
    好ましくは、前記第1または前記第2の重鎖が、435位にアルギニン[H435R]および436位にフェニルアラニン[Y436F]をさらに含む、請求項18~23のいずれか1項に記載のタンパク質。
  25. 前記第1および/または前記第2の重鎖が、234位にアラニン[L234A]および235位にアラニン[L235A]をさらに含む、請求項24に記載のタンパク質。
  26. 前記第1の軽鎖および前記第2の軽鎖が、ヒトカッパまたはラムダドメインを含む、請求項18~25のいずれか1項に記載のタンパク質。
  27. 請求項1~12または18~26のいずれか1項に記載のタンパク質を含む、医薬組成物
  28. 薬学的に許容される担体を更に含む、請求項27に記載の医薬組成物。
  29. がん処置に用いるための請求項27または28に記載の医薬組成物
  30. 前記がんが、DLL3を発現する腫瘍であり、好ましくは、前記がんが、SCLC、神経膠芽腫、またはDLL3を発現する神経内分泌腫瘍である、請求項29に記載の医薬組成物
  31. 前記タンパク質が、化学療法剤、血管新生を阻害する治療的に活性な化合物、シグナル伝達経路阻害剤、EGFR阻害剤、免疫調節剤、免疫チェックポイント阻害剤、またはホルモン療法剤と組み合わせて使用される、請求項27~30のいずれか1項に記載の医薬組成物
  32. 前記タンパク質が、免疫チェックポイント阻害剤、好ましくは、抗PD-1抗体または抗PD-L1抗体と組み合わせて使用される、請求項31に記載の医薬組成物
  33. 前記抗PD-1抗体が、PD1-1、PD1-2、PD1-3、PD1-4、およびPD1-5からなる群から選択される、請求項32に記載の医薬組成物
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