JP5914353B2 - 免疫原性を減少させるための方法 - Google Patents

Description

（関連出願への相互参照）
本出願は、２００９年１２月２３日に出願された米国仮特許出願第６１／２８９，４４６号への米国特許法１１９条の下での優先権を主張し、上記米国仮特許出願の全容は、参考として本明細書に援用される。

（発明の分野）
本発明は、抗体可変ドメイン、特にｓｃＦｖの免疫原性を変化させる方法に関連する。

（背景技術）
その必要のある被験体に投与された治療抗体は、多くの場合被験体の免疫系によって外来性であると認識される。例えばマウス成分を最小限にするために、マウスＣＤＲをヒト免疫グロブリンフレームワークに移植することによって、投与する抗体をヒト化したとしても、それらは依然として免疫反応を誘発し得、その治療の有効性および／または安全性を損なう。

文献によれば、患者における抗体反応は、Ｂ細胞エピトープおよびＴ細胞エピトープ両方の存在に依存する。Ｂ細胞受容体が、投与された治療抗体のような抗原を認識および結合すると、その抗原は受容体を媒介したエンドサイトーシスによってＢ細胞へ内部移行し、そしてタンパク質分解処理に供される。その結果生じたペプチドは次に、ＭＨＣクラスＩＩ分子によって提示される。Ｔヘルパー細胞によるＴ細胞エピトープの認識に際し、Ｔヘルパー細胞は対応するＢ細胞を刺激して、増殖および抗体産生形質細胞へ分化させる。

投与された抗体に対する、患者の免疫系の反応を減少させるために、先行技術はいくつかの脱免疫化（ｄｅ−ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ）技術を提供している。現在のアプローチのほとんどは、Ｔ細胞エピトープの除去に焦点をあてており、一方Ｂ細胞免疫原性を低減させる方法は限られた例しかない。

特許文献１は、抗体の部分的な縮小によって抗体を修飾するプロセスを記載する。これは、その免疫原性を変化させて、抗アイソタイプ反応を誘発する能力を選択的に低下させるが、それらは抗イディオタイプ反応を誘発し得るままである。その方法はワクチンのために適当ではあるが、抗イディオタイプ反応は、他の治療的適用のために望ましくない。

非特許文献１は、タンパク質の高分子量ポリエチレングリコールへの結合を記載する。しかし、非特許文献２は、細菌または植物毒素に結合した可変断片からなるハイブリッドタンパク質によるこのアプローチの、限られた成功を報告した。それらのハイブリッドタンパク質は不活性化され；さらに、免疫原性の少しの減少しか見出されなかった。

２番目のアプローチは抗体投与前の化学療法からなり、ここで患者をシクロホスファミドまたはフルダラビンで処置する。この処置は免疫系を損なうので、このアプローチは患者のために望ましくない（非特許文献３；非特許文献４）。

非特許文献５および非特許文献２は、外来性タンパク質表面の「抗原性ホットスポット」における点変異、それによるＢ細胞エピトープの除去を提案する。彼らは大きな露出領域を有するバルク親水性残基（ｂｕｌｋｙ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌｉｃ ｒｅｓｉｄｕｅ）を、小さいアミノ酸（アラニン、グリシン、およびセリン）で置換した。アラニンは、典型的には全ての２次構造の埋没した位置および露出した位置に存在し、そしてまた新しい水素結合を課さないので、置換のために好ましい。アラニンはβ炭素の後に側鎖原子（それは、抗体と反応し得る）を欠き、さらに抗原のコンフォメーションを維持する。しかし、非特許文献５によって記載された該「ホットスポット」は、タンパク質表面の別々のクラスターに位置するコンフォメーションエピトープである。コンピューターシミュレーションで再現できないエピトープの位置を決定するために、広範囲な実験が必要であり、そして従って、その方法は、日常的に適用し得る、抗体の免疫原性を低減するための一般的な解決を示さない。さらに、この方法の原則的な仮定は、主に分子表面の親水性残基が、宿主抗体との接触に関与するということである。ほとんどの外来性タンパク質に関して、これは実際真実であるが、天然に存在するタンパク質の一部のみ（例えば断片、ドメイン）を使用する場合、それ以前は他のドメインとの接触によって隠されていた疎水性アミノ酸も、溶媒に対して露出し、そして免疫系にエピトープとして提示されることも十分あり得る。これは明確にＦｖ抗体断片にあてはまり、ここで可変ドメインの境界領域（ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）の残基は、Ｆａｂ断片においては覆われているが、単離された可変ドメインにおいては露出している。Ｂ細胞エピトープを予測するために現在利用可能なアルゴリズムは、あまり検証されておらず、そして典型的には成功率が低い。

国際公開第９３／１８７９２号

Ｍｏｌｉｎｅｕｘ Ｇ（２００３）Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒａｐｙ ２３：３５−８５ Ｏｎｄａ，Ｍら（２００８）、ＰＮＡＳ 第１０５巻（３２）：１１３１１−１１３１６ Ｋｕｓｈｅｒ，ＢＨら（２００７）、Ｐｅｄｉａｔｒ Ｂｌｏｏｄ Ｃａｎｃｅｒ ４８：４３０−４３４ Ｌｅｏｎａｒｄ ＪＰら（２００５）、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２３：５６９６−５７０４ Ｎａｔａｇａ，Ｓ．およびＰａｓｔａｎ，Ｉ．（２００９）、Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ、９７７−９８５

従って、抗体断片、および特に可変ドメインの免疫原性を有効に低減する、簡単な方法を提供することの必要性が当該分野に存在する。

（発明の概要）
従って、広範な分子モデリング作業を行うことを必要とせずに、任意の抗体可変ドメインの免疫原性を減少させる方法を提供することが、本発明の一般的な目的である。特に、抗体可変ドメインからＢ細胞エピトープを除去する方法を提供することが、本発明の目的である。

よって、本発明は、可変軽鎖および／または可変重鎖を含む抗体可変ドメインの免疫原性を減少させる方法を提供し、ここでその方法は、可変軽鎖および／または可変重鎖の１つまたはそれ以上のアミノ酸残基を置換する工程を含み、該残基は対応する全長抗体またはＦａｂの可変鎖と定常鎖との間の境界領域に存在する。

１つの局面において、その抗体可変ドメインはｓｃＦｖ、Ｆｖ断片または単一ドメイン抗体、特にｓｃＦｖである。

１つの局面において、置換される可変軽鎖および／または可変重鎖の１つまたはそれ以上のアミノ酸残基は、それぞれのサブタイプのコンセンサス残基である。

別の局面において、置換されるその１つまたはそれ以上のアミノ酸残基は、ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、アスパラギン酸（Ｄ）、フェニルアラニン（Ｆ）、アルギニン（Ｒ）、および／またはグルタミン酸（Ｅ）である。

ある局面において、可変軽鎖の１つまたはそれ以上のアミノ酸残基は、９９位、１０１位、および／または１４８位（ＡＨｏナンバリング）にある。他の局面において、可変重鎖の１つまたはそれ以上のアミノ酸残基は、１２位、９７位、９８位、９９位、１０３位、および／または１４４位（ＡＨｏナンバリング）のうちの１つまたはそれ以上にある。

さらに別の局面において、可変重鎖の置換される１つまたはそれ以上のアミノ酸残基は、（ａ）重鎖アミノ酸の１２位のロイシン（Ｌ）；（ｂ）重鎖アミノ酸の１０３位のバリン（Ｖ）；および／または（ｃ）重鎖アミノ酸の１４４位のロイシン（Ｌ）である。

別の局面において、本発明は本明細書中で開示された方法によって得ることができる抗体可変ドメイン、および該抗体可変ドメインを含む薬学的組成物を提供する。
本発明は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
可変軽鎖および／または可変重鎖を含む抗体可変ドメインの免疫原性を減少させるための方法であって、該方法は、該可変軽鎖および／または該可変重鎖の１つまたはそれ以上のアミノ酸残基を置換する工程を含み、該残基は、対応する全長抗体の可変鎖と定常鎖との間の境界領域に存在する、方法。
（項目２）
前記抗体可変ドメインが、ｓｃＦｖ、Ｆｖ断片または単一ドメイン抗体、特にｓｃＦｖである、項目１に記載の方法。
（項目３）
置換される前記１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、アスパラギン酸（Ｄ）、フェニルアラニン（Ｆ）、アルギニン（Ｒ）、および／またはグルタミン酸（Ｅ）である、前述の項目のいずれかに記載の方法。
（項目４）
前記１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、免疫反応性がより低いアミノ酸によって置換される、前述の項目のいずれかに記載の方法。
（項目５）
ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、および／またはフェニルアラニン（Ｆ）が、極性がより高いアミノ酸によって置換される、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記極性がより高いアミノ酸が、セリン（Ｓ）、および／またはスレオニン（Ｔ）である、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記可変軽鎖の前記１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、９９位、１０１位、および／または１４８位（ＡＨｏナンバリング）にある、前述の項目のいずれかに記載の方法。
（項目８）
前記可変重鎖の前記１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、１２位、９７位、９８位、９９位、１０３位、および／または１４４位（ＡＨｏナンバリング）の１つまたはそれ以上にある、前述の項目のいずれかに記載の方法。
（項目９）
前記可変重鎖の前記１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、１２、１０３、および／または１４４（ＡＨｏナンバリング）からなる群より選択される、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、
（ａ）重鎖アミノ酸の１２位のロイシン（Ｌ）；
（ｂ）重鎖アミノ酸の１０３位のバリン（Ｖ）；および／または
（ｃ）重鎖アミノ酸の１４４位のロイシン（Ｌ）
である、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記可変重鎖の１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、
（ａ）重鎖アミノ酸の１２位のセリン（Ｓ）；
（ｂ）重鎖アミノ酸の１０３位のセリン（Ｓ）、またはスレオニン（Ｔ）；および／または
（ｃ）重鎖アミノ酸の１４４位のセリン（Ｓ）、またはスレオニン（Ｔ）
によって置換される、項目９および１０のいずれかに記載の方法。
（項目１２）
項目１から１１に記載の方法によって得ることができる抗原結合断片。
（項目１３）
治療的適用または診断的適用のためのものである、項目１２に記載の抗原結合断片。
（項目１４）
局所的、および／または表面に適用されるものである、項目１３に記載の抗原結合断片。
（項目１５）
持続放出処方物、および／またはデバイスにおいて適用されるものである、項目１３または１４に記載の抗原結合断片。
（項目１６）
置換される前記１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、それぞれのサブタイプのコンセンサス残基である、項目１から４のいずれかに記載の方法。

以下の詳細な説明を考慮したときに、本発明はよりよく理解され、そして上記で述べたもの以外の目的が明らかになる。そのような説明は、添付された図に言及する。
図１ａは、既存の抗ｓｃＦｖ抗体を検出するために使用するブリッジングＥＬＩＳＡの概略図を示す。１：プレート表面、２：ｓｃＦｖ９０３；３：抗薬物抗体（ＡＤＡ）；４：ビオチン化ｓｃＦｖ９０３；５：ストレプトアビジンポリ−ＨＲＰ（西洋ワサビペルオキシダーゼ）。図１ｂは、確認評価の原理を示し、ここでＡＤＡの薬物およびビオチン化ｓｃＦｖ９０３への結合が、過剰なｓｃＦｖ９０３、３４ｍａｘ（７９１）、ｓｃＦｖ９０３＿ＤＨＰ（９６１）、およびｓｃＦｖ１０５（１００ｍｃｇ／ｍｌ）と競合した。 図２は、抗ｓｃＦｖ９０３抗体を検出するための比色定量アッセイ（ブリッジングＥＬＩＳＡ）における１４９人の個人の血清のシグナル強度を示す。アッセイカットポイントより上のシグナルは、それぞれの血清サンプルにおける抗ｓｃＦｖ９０３抗体（ＡＤＡ）の存在を示す。そのアッセイにおいて試験した血清サンプルの約３０％が陽性であった。 図３は、４つの異なるｓｃＦｖの、溶媒露出位置の可変軽鎖配列アラインメントを示す。上のパネル：ｓｃＦｖ９０３におけるそれぞれのアミノ酸と型が異なる各ｓｃＦｖにおけるアミノ酸を太字で示す。下のパネルは、個々の位置それぞれが関連するエピトープカテゴリー、およびそれぞれのエピトープカテゴリーへの結合を示したヒト血清のパーセンテージを示す。 図３は、４つの異なるｓｃＦｖの、溶媒露出位置の可変軽鎖配列アラインメントを示す。上のパネル：ｓｃＦｖ９０３におけるそれぞれのアミノ酸と型が異なる各ｓｃＦｖにおけるアミノ酸を太字で示す。下のパネルは、個々の位置それぞれが関連するエピトープカテゴリー、およびそれぞれのエピトープカテゴリーへの結合を示したヒト血清のパーセンテージを示す。 図４は、４つの異なるｓｃＦｖの、溶媒露出位置の可変重鎖配列アラインメントを示す。上のパネル：ｓｃＦｖ９０３におけるそれぞれのアミノ酸と型が異なる各ｓｃＦｖにおけるアミノ酸を太字で示す。下のパネルは、個々の位置それぞれが関連するエピトープカテゴリー、およびそれぞれのエピトープカテゴリーへの結合を示したヒト血清のパーセンテージを示す。 図４は、４つの異なるｓｃＦｖの、溶媒露出位置の可変重鎖配列アラインメントを示す。上のパネル：ｓｃＦｖ９０３におけるそれぞれのアミノ酸と型が異なる各ｓｃＦｖにおけるアミノ酸を太字で示す。下のパネルは、個々の位置それぞれが関連するエピトープカテゴリー、およびそれぞれのエピトープカテゴリーへの結合を示したヒト血清のパーセンテージを示す。 図５は、ｓｃＦｖ９０３の、モデリングした分子構造を示す。５ａ：正面図；５ｂ：１８０°の図。灰色：エピトープカテゴリーβに潜在的に関与する残基；黒：エピトープカテゴリーαに潜在的に関与する残基。

（発明の開示）
本発明をより容易に理解し得るように、まず一定の用語を定義する。他に定義されなければ、本明細書中で使用される全ての技術的および科学的用語は、本発明が属する分野の当業者によって通常理解されるのと同じ意味を有する。本明細書中で記載されたものと同様のまたは等価な方法および材料を、本発明の実施または試験において使用し得るが、適当な方法および材料を下記で記載する。本明細書中で言及された全ての出版物、特許出願、特許、および他の参考文献は、その全体が参考として組み込まれる。対立する場合は、定義を含む本明細書が優先する。それに加えて、その材料、方法、および実施例は、単なる例証であり、制限することを意図しない。

本明細書中で使用される「免疫原性」という表現は、被験体に投与されるタンパク質上のＢ細胞エピトープまたは抗体エピトープの出現を意味し、一方そのようなＢ細胞または抗体（抗薬物抗体；ＡＤＡとも呼ばれる）は、該タンパク質の投与前に存在し得る。

そのような免疫原性の程度を、ＥＬＩＳＡアッセイによって決定し得、そして測定可能な量の既存のＡＤＡを含むヒト血清のパーセンテージとして表し得る。タンパク質とその免疫原性を低減する目標を持って操作したタンパク質との間の免疫原性の低減を、操作した対応するタンパク質に対するＡＤＡを含む血清サンプルのパーセンテージを、もとのタンパク質に対するＡＤＡを含む血清サンプルのパーセンテージと比較することによって測定し得る。操作したタンパク質の陽性血清サンプルのより低い数またはパーセンテージは、操作したタンパク質の免疫原性の低減を示す。単一の血清サンプルに基づいて適用し得る、より感度の高い測定は、競合的ＥＬＩＳＡの設定を使用する。そのような競合的ＥＬＩＳＡにおいて、その操作したタンパク質は、テスト血清中のＡＤＡへの結合に関して、もとのタンパク質と競合する。操作したタンパク質の、もとのタンパク質と競合する能力が低いほど、より良好に免疫原性は低減された。

好ましくは、免疫原性の低減の程度は、操作したタンパク質が、もはやもとのタンパク質と有効に競合できない血清サンプルのパーセンテージとして言及される。有効な競合は、閾値（競合的ＥＬＩＳＡからの相対的シグナル）によって定義され、ここで−１００は、完全な競合物質（免疫原性の低減無し）を示し、そして０は競合が全く無いこと（ＡＤＡエピトープの完全な欠如）を示す。典型的には、有効な競合のためのそのような閾値は、−９０、−８０、−７０、−６０、−５０、−４０、−３０、−２０、−１０、または＞−１０であり得る。

本明細書中で使用される「境界領域」または「境界領域−境界領域」は、全長抗体の可変ドメインと定常領域１（ＣＬ１またはＣＨ１）との間、またはＦａｂ部分とＦｃドメイン（ＣＨ２およびＣＨ３）との間に位置する領域を指す。

本明細書中で使用される「ＡＤＡ」は、抗薬物抗体の略であり、患者の血清（ｓｅｒｕｍ ｏｒ ｓｅｒａ）中の既存の抗体を指す。

「抗体可変ドメイン」（Ｖ−ドメイン）という用語は、抗体の抗原結合部位の全てまたは一部、例えば重鎖および／または軽鎖可変ドメインの全てまたは一部を含む分子を指し、その抗体可変ドメインは標的抗原を特異的に認識する。従ってその用語は、免疫グロブリンのＶ−Ｊ−領域またはＶ−Ｄ−領域に対応する。これらのＶ−ドメインを、ＶＬ（Ｉｇ軽鎖のＶ−ドメイン）またはＶＨ（Ｉｇ重鎖のＶ−ドメイン）と呼ぶ。抗体可変ドメインの制限しない例は、以下を含む：
（ｉ）抗体の単一アームのＶ_ＬおよびＶ_Ｈドメインを含むＦｖ断片
（ｉｉ）１本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）
（ｉｉｉ）ＶＨまたはＶＬドメインからなる、Ｄａｂ断片（Ｗａｒｄら（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３４１：５４４−５４６）、ラクダ抗体（Ｈａｍｅｒｓ−Ｃａｓｔｅｒｍａｎら、Ｎａｔｕｒｅ ３６３：４４６−４４８（１９９３）、およびＤｕｍｏｕｌｉｎら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ １１：５００−５１５（２００２）を参照のこと）、またはサメ抗体（例えばサメＩｇ−ＮＡＲ Ｎａｎｏｂｏｄｉｅｓ（登録商標））のような単一ドメイン抗体。

本明細書中で使用される「抗体フレームワーク」または「フレームワーク」という用語は、可変ドメイン、ＶＬまたはＶＨのいずれかの一部を指し、この可変ドメインの抗原結合ループの骨格として機能する（Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．ら（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｎｔｅｒｅｓｔ．ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ ９１−３２４２）。

本明細書中で使用される「抗体ＣＤＲ」または「ＣＤＲ」という用語は、Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．ら（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｎｔｅｒｅｓｔ．ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ ９１−３２４２によって定義されたような抗原結合ループからなる、抗体の相補性決定領域を指す。抗体Ｆｖ断片の２つの可変ドメインのそれぞれは、例えば３つのＣＤＲを含む。

「１本鎖抗体」または「ｓｃＦｖ」という用語は、リンカーによって連結された抗体重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）および抗体軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）を含む分子を指す。そのようなｓｃＦｖ分子は、一般的な構造：ＮＨ_２−Ｖ_Ｌ−リンカー−Ｖ_Ｈ−ＣＯＯＨまたはＮＨ_２−Ｖ_Ｈ−リンカー−Ｖ_Ｌ−ＣＯＯＨを有し得る。

「サブタイプ」という用語は、所定の種において、同じグループに属するＶ−ドメインのセットを指し、そしてそれは高いパーセンテージの同一性を共有する。「サブタイプ」という用語は、Ｋｎａｐｐｉｋ（２０００）において定義されたような、それぞれのコンセンサス配列によって定義されるサブタイプを指す。「サブファミリー」または「サブクラス」という用語は、「サブタイプ」の同義語として使用される。本明細書中で使用される「サブタイプ」という用語は、そのサブタイプを代表するそれぞれのコンセンサス配列と、最も高い程度の同一性および類似性を共有する配列を指す。ある可変ドメインがどの「サブタイプ」に属するかを、それぞれの配列の、全ての公知のヒト生殖系列セグメントまたはそれぞれのサブタイプの定義されたコンセンサス配列とのアラインメント、および続く最も高い相同性に基づくあるサブタイプへの関連付けによって決定する。ＢＬＯＳＵＭ（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ １９９２）のような検索マトリックスを用いることによる、相同性の決定および配列のグループ分けの方法は、当業者に周知である。

所定の位置における「コンセンサス残基」を、所定のサブタイプのアミノ酸コンセンサス配列を生成することによって決定し得る。本明細書中で使用される「アミノ酸コンセンサス配列」は、少なくとも２つ、および好ましくはそれ以上の、アラインメントしたアミノ酸配列のマトリックスを用い、そしてアラインメントのギャップを許容して、各位置において最も頻度の高いアミノ酸残基を決定することが可能であるようにして生成し得る、アミノ酸配列を指す。そのコンセンサス配列は、各位置において最も高い頻度で示されるアミノ酸を含む配列である。単一の位置で２つまたはそれ以上のアミノ酸が同等に示される場合、そのコンセンサス配列は、それらのアミノ酸の両方または全てを含む。タンパク質のアミノ酸配列を、様々なレベルで分析し得る。例えば、単一の残基のレベル、複数の残基のレベル、ギャップを有する複数の残基等で、保存または可変性を示し得る。残基は、同一残基の保存を示し得、またはクラスレベルで保存され得る。他のクラスは当業者に公知であり、そして構造決定または置換可能性を評価するための他のデータを用いて定義され得る。その意味で、置換可能なアミノ酸は、その位置で置換され得、機能的保存を維持し得るあらゆるアミノ酸を指し得る。本明細書中で使用される場合、１つのアミノ酸配列（例えば最初のＶＨまたはＶＬ配列）を、１つまたはそれ以上のさらなるアミノ酸配列（例えばデータベースの１つまたはそれ以上のＶＨまたはＶＬ配列）とアラインメントする場合、１つの配列（例えば最初のＶＨまたはＶＬ配列）のアミノ酸位置を、１つまたはそれ以上のさらなるアミノ酸配列の「対応する位置」と比較し得る。本明細書中で使用される場合、「対応する位置」は、配列を最適にアラインメントしたとき、すなわち配列を最も高い同一性パーセントまたは類似性パーセントを達成するようにアラインメントしたとき、比較される配列の等しい位置を示す。

説明を通して使用されるＡＨｏナンバリングスキームは、Ａ．ＨｏｎｅｇｇｅｒおよびＡ．Ｐｌｕｅｃｋｔｈｕｎ（２００１）、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３０９：６５７−６７０において記載される。

「患者」という用語は、ヒトまたは非ヒト動物を指す。

「処置する」、「処置すること」または「処置」という用語は、障害または再発した障害の１つまたはそれ以上の症状を予防する、治癒させる、遅延させる、その重症度を低減させる、または改善させるか、またはそのような処置無しで期待されるものを超えて被験体の生存を延長させる目的を有する、治療的および／または予防的手段を指す。

「親水性」アミノ酸は、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、およびＨｉｓのような、極性かつ電気的に荷電したアミノ酸である。

極性かつ無電荷であるアミノ酸は、Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｃｙｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、およびＴｙｒである。

「疎水性」アミノ酸は、典型的にはＡｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ、およびＰｒｏのような、非極性アミノ酸である。

最初の局面において、抗体可変ドメインの免疫原性を減少させる方法が開示される。その抗体可変ドメインは、可変軽鎖および／または可変重鎖を含み、そしてその方法は、可変軽鎖および／または可変重鎖の１つまたはそれ以上のアミノ酸残基を置換する工程を含み、該残基は対応する全長抗体（またはＦａｂ、すなわち定常ドメインまたはその一部を含むあらゆる抗体または抗体断片）の可変鎖と定常鎖との間の境界領域に存在する。

置換のために選択された該１つまたはそれ以上のアミノ酸残基は、好ましくは対応する全長抗体（またはＦａｂ、すなわち定常ドメインまたはその一部を含むあらゆる抗体または抗体断片）の可変鎖と定常鎖との間の境界領域に存在し、そしてｓｃＦｖのような、抗体可変ドメインにおいて溶媒に露出するものである。該境界領域はまた、Ｖ／Ｃドメイン境界領域とも呼ばれる。

その抗体可変ドメインは、例えばｓｃＦｖ、Ｆｖ断片、または単一ドメイン抗体であり、好ましくはｓｃＦｖである。

特に関心があるのは、不連続な、すなわちコンフォメーションＢ細胞エピトープを形成する位置のアミノ酸残基である。そのような残基は、以下の位置（ＡＨｏナンバリング）で見出されるものを含む：
可変軽鎖の９９位、１０１位、および／または１４８位；および
可変重鎖の１２位、９７位、９８位、９９位、１０３位、および／または１４４位。

軽鎖の残基９９位、１０１位、および１４８位（ＡＨｏナンバリング）、および重鎖の残基１２位、９８位、１０３位、および１４４位（ＡＨｏナンバリング）は、タンパク質工学による抗体のフォールディング挙動の改善に関して、Ｎｉｅｂａら（１９９７）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．４月；１０（４）：４３５−４４（ＵＳ６，８１５，５４０においても開示されている）から公知である。Ｎｉｅｂａは、示した位置で、疎水性アミノ酸を親水性アミノ酸で置換することを提案したが、その文献は、これらの置換がその分子の免疫原性に影響を有し得るとは記載していない。さらに、著者らは、これらの疎水性残基が全て等しく置換のよい候補であるわけではないことを強調する。疎水性パッチの存在は全ての抗体で保存されるが、その正確な位置および程度は異なる。

当該分野で公知であるように、特に
（ｉ）２次構造のターン領域に存在する、
（ｉｉ）大きく柔軟な側鎖またはバルク側鎖を有する、または
（ｉｉｉ）疎水性である
アミノ酸は、Ｂ細胞エピトープの一部である傾向があり、そして従って免疫原性反応を誘発する。免疫原性アミノ酸を除去することによって、Ｂ細胞エピトープは中断され、そして抗体可変ドメインに対する患者の耐性は増強され得る。

好ましくは、選択した１つまたはそれ以上のアミノ酸残基を、選択したアミノ酸よりも免疫原性が低い、すなわち免疫反応を誘発しないか、または弱い免疫反応を誘発するアミノ酸で置換する。そのような免疫原性が低いアミノ酸は、もとの（すなわち置換なし）アミノ酸を含む抗体可変ドメインに対するＡＤＡ反応性と比較して、ＡＤＡ反応性を低減するものである。

免疫原性、すなわち患者の体内で抗体反応を誘発する性質を、例えばその抗原性、すなわち既存の抗体との反応性によって予測し得る。抗原性を、例えば潜在的に既存の抗体を含むドナー由来の血清を用いて、ブリッジング（ｂｒｉｄｇｉｎｇ）ＥＬＩＳＡ（実施例１および図１を参照のこと）によるＡＤＡ反応性によって決定し得る。従って、免疫原性が低いアミノ酸の評価のために、抗体可変ドメインを、示した位置で変異させ得る。免疫原性に対するそのような変異の影響を、本明細書中で記載するように、ブリッジングＥＬＩＳＡにおいて、親抗体のシグナルを、おそらく免疫原性が低い、操作したその誘導体と競合させることによって評価し得る。抗体に対するＡＤＡの結合はまた、表面プラズモン共鳴法、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）、熱量測定アッセイなどのような非標識結合アッセイの使用によって評価され得る。

１つの実施態様において、置換するために選択されるアミノ酸は、可変軽鎖残基９９、１０１、および１４８および可変重鎖残基１２、９７、９８、９９、１０３、および１４４からなる群より選択される、１つまたはそれ以上の位置にある。

置換するために選択される好ましいアミノ酸は、表面に露出しているが、対応する全長抗体またはＦａｂにおいては、定常ドメインによって隠れている。

１つの実施態様において、可変軽鎖および／または可変重鎖の置換する１つまたはそれ以上のアミノ酸残基は、それぞれのサブタイプのコンセンサス残基である。例えば、置換のために選択される好ましいアミノ酸は、ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、アスパラギン酸（Ｄ）、フェニルアラニン（Ｆ）、アルギニン（Ｒ）、および／またはグルタミン酸（Ｅ）である。

より好ましくは、置換するために選択される１つまたはそれ以上のアミノ酸残基は、可変軽鎖残基Ｄ９９、Ｆ１０１、およびＬ１４８および可変重鎖残基Ｌ１２、Ｒ９７、Ａ９８、Ｅ９９、Ｖ１０３、およびＬ１４４からなる群より選択される。

さらにより好ましくは、ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、フェニルアラニン（Ｆ）、および／またはアラニン（Ａ）を、極性アミノ酸によって、好ましくはセリン（Ｓ）、および／またはスレオニン（Ｔ）によって置換する。

特に、ＰＣＴ／ＣＨ２００９／０００２２において記載されたようなＤＨＰモチーフは、予想外に、抗体可変ドメインの熱安定性、リフォールディング、発現率、凝集および／または結合活性に対して有害な影響を有さずに、抗体可変ドメインの免疫原性を減少させることが見出された。該ＤＨＰモチーフは、可変重鎖１２、１０３および１４４（ＡＨｏナンバリング）のアミノ酸残基を含み、ここでは以下のアミノ酸が存在する：
（ａ）重鎖アミノ酸の１２位のセリン（Ｓ）；
（ｂ）重鎖アミノ酸の１０３位のセリン（Ｓ）またはスレオニン（Ｔ）；および／または
（ｃ）重鎖アミノ酸の１４４位のセリン（Ｓ）またはスレオニン（Ｔ）。

ＰＣＴ／ＣＨ２００９／０００２２は、教示された修飾が、抗体可変ドメインの免疫原性を減少させるために適当であるということのヒントはなんら提供しない。

ＤＨＰモチーフは、Ｆａｂ断片のＶ／Ｃ境界領域に位置し、そして定常ドメインを除去した際に溶媒に露出する。従って、本発明の好ましい実施態様において、１つまたはそれ以上のアミノ酸残基を、置換のために可変重鎖１２、１０３、および１４４（ＡＨｏナンバリング）からなる群より選択する。好ましくは、
（ａ）ロイシン（Ｌ）が重鎖アミノ酸の１２位に存在する；
（ｂ）バリン（Ｖ）が重鎖アミノ酸の１０３位に存在する；および／または
（ｃ）ロイシン（Ｌ）が重鎖アミノ酸の１４４位に存在する。

これらの残基は、ヒトフレームワークにおいて高度に保存されている。従って、１つまたはそれ以上の該残基を置換することは、その分子の生物物理学的性質に影響を与えずに、抗体可変ドメインを脱免疫化するための一般的な解決を提供し、そして本明細書中で開示された方法は、抗体可変ドメインのあらゆるフレームワークに適用可能である。好ましくは、示した位置に存在する残基を、
（ａ）重鎖アミノ酸の１２位のセリン（Ｓ）；
（ｂ）重鎖アミノ酸の１０３位のセリン（Ｓ）またはスレオニン（Ｔ）；および／または
（ｃ）重鎖アミノ酸の１４４位のセリン（Ｓ）またはスレオニン（Ｔ）
で置換する。

さらにより好ましくは、以下の置換を行う：Ｌ１２Ｓ、Ｖ１０３Ｔ、および／またはＬ１４４Ｔ。

抗体可変ドメインは、あらゆる標的に向けられ得、そして該標的に特異的に結合する。標的の代表的な例は、膜貫通分子、受容体、リガンド、増殖因子、成長ホルモン、凝固因子、抗凝固因子、プラスミノーゲン活性化因子、血清アルブミン、ホルモンまたは増殖因子の受容体、神経栄養因子、神経増殖因子、線維芽細胞増殖因子、形質転換増殖因子（ＴＧＦ）、ＣＤタンパク質、インターフェロン、コロニー刺激因子（ＣＳＦ）、インターロイキン（ＩＬ）、Ｔ細胞受容体、表面膜タンパク質、ウイルスタンパク質、腫瘍関連抗原、インテグリンまたはインターロイキン、ＶＥＧＦ；レニン；ヒト成長ホルモン；ウシ成長ホルモン；成長ホルモン放出因子；副甲状腺ホルモン；甲状腺刺激ホルモン；リポタンパク質；アルファ−１−アンチトリプシン；インスリンＡ鎖；インスリンＢ鎖；プロインスリン；卵胞刺激ホルモン；カルシトニン；黄体化ホルモン；グルカゴン；凝固因子ＶＩＩＩＣ；凝固因子ＩＸ；組織因子（ＴＰ）；フォンヴィレブランド因子、プロテインＣ；心房性ナトリウム利尿因子；肺サーファクタント；ウロキナーゼ；ヒト尿；組織型プラスミノーゲン活性化因子（ｔ−ＰＡ）；ボンベシン；トロンビン；造血性増殖因子；腫瘍壊死因子アルファまたはベータ；エンケファリナーゼ；ＲＡＮＴＥＳ（Ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｏｎ Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ Ｎｏｒｍａｌｌｙ Ｔ−ｃｅｌｌ Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ａｎｄ Ｓｅｃｒｅｔｅｄ）；ヒトマクロファージ炎症性タンパク質（ＭＩＰ−１）−アルファ；ヒト血清アルブミン；ミュラー管抑制因子（Ｍｕｅｌｌｅｒｉａｎ−ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ ｓｕｂｓｔａｎｃｅ）；リラキシンＡ鎖；リラキシンＢ鎖；プロリラキシン；マウスゴナドトロピン関連ペプチド、微生物タンパク質、ベータラクタマーゼ；ＤＮアーゼ；ＩｇＥ；細胞毒性Ｔリンパ球関連抗原（ＣＴＬＡ）；ＣＴＬＡ−４；インヒビン；アクチビン；血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）；プロテインＡまたはＤ；リウマチ因子；骨由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）；ニューロトロフィン３、４、５、または６（ＮＴ−３、ＮＴ−４、ＮＴ−５、またはＮＴ−６）；ＮＧＦ−ベータ；血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）；ａＦＧＦ；ｂＦＧＦ；上皮増殖因子（ＥＧＦ）；ＴＧＦ−アルファ；ＴＧＦ−ベータ１、ＴＧＦ−ベータ２、ＴＧＦ−ベータ３、ＴＧＦ−ベータ１４、またはＴＧＦ−ベータ５を含むＴＧＦ−ベータ；インスリン様増殖因子ＩまたはＩＩ（ＩＧＦ−ＩまたはＩＧＦ−ＩＩ）；ｄｅｓ（１−３）−ＩＧＦ−Ｉ（脳ＩＧＦ−Ｉ）、インスリン様増殖因子結合タンパク質、エリスロポエチン；骨誘導因子；免疫毒素；骨形成タンパク質（ＢＭＰ）；インターフェロンアルファ、ベータ、またはガンマ；Ｍ−ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、またはＧ−ＣＳＦ；ＩＬ−１からＩＬ−１０；スーパーオキシドジムスターゼ；崩壊促進因子；ＡＩＤＳエンベロープタンパク質；輸送タンパク質；ホーミング受容体；アドレシン；調節性タンパク質；ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ１１ａ、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１８、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ３４、ＣＤ４０、またはＣＤ４６、ＩＣＡＭ、ＶＬＡ−４、またはＶＣＡＭ；またはＨＥＲ２、ＨＥＲ３またはＨＥＲ４受容体；ＥｒｂＢ受容体ファミリーのメンバー；ＥＧＦ受容体；ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、またはＨＥＲ４受容体；細胞接着分子；ＬＦＡ−１、Ｍａｃ１、ｐ１５０．９５、ＶＬＡ−４、ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ、アルファ４／ベータ７インテグリンまたはアルファｖ／ベータ３インテグリン；細胞接着分子のアルファまたはベータサブユニット；抗体；増殖因子、ＶＥＧＦ；組織因子（ＴＦ）；ＴＧＦ−ベータ；アルファインターフェロン（アルファＩＦＮ）；ＩＬ−８；ＩｇＥ；血液型抗原Ａｐｏ２、デスレセプター；ｆｌｋ２／ｆｌｔ３受容体；肥満（ＯＢ）受容体；ｍｐｌ受容体；ＣＴＬＡ４またはプロテインＣを含むがこれに限らない。

別の実施態様において、本発明は、本明細書中で開示される方法によって得られる、抗原結合断片を提供する。該抗原結合断片を、例えば治療的または診断的適用のために使用し得る。

本明細書中の実施例で使用される配列は、以下のものを含む。

（実施例１）
（抗薬物抗体ブリッジングＥＬＩＳＡ（ＡＤＡ−ＥＬＩＳＡ））
（１．１ 背景）
モノクローナル抗体に対する既存の抗体は、定常領域、可変ドメインフレームワーク位置、または抗原結合ループ、ＣＤＲのいずれかに向けられ得る。Ｆｖ断片には特異的に結合するがＩｇＧには結合しない既存の抗体は、おそらくＩｇＧにおいて以前には隠されていた領域を認識する。そのような領域は、主に可変ドメインと定常領域１（ＣＬ１またはＣＨ１）との間、またはＦａｂ部分とＦｃドメイン（ＣＨ２およびＣＨ３）との間に位置するドメイン境界領域である。そのような境界領域を認識する抗体は、おそらく形式特異的である。ｓｃＦｖ９０３のフレームワーク配列はヒトにおいて高度に保存されているので、おそらくヒト血清中のｓｃＦｖ９０３に対する既存の抗体は、ＣＤＲまたはＶ／Ｃ境界領域残基のいずれかに結合する。そのような既存の抗ｓｃＦｖ９０３抗体についてのエピトープを、様々なｓｃＦｖの、抗薬物抗体（ＡＤＡ）へのＥＳＢＡ９０３の結合と競合する能力を評価することによって、サンドイッチＥＬＩＳＡで特徴付けした。試験したｓｃＦｖは：
−ｓｃＦｖ９０３と同じフレームワークであるが異なるＣＤＲを含むｓｃＦｖ（３４＿ｍａｘ（７９１））、
−ｓｃＦｖ９０３と異なるフレームワークおよび異なるＣＤＲを有するｓｃＦｖ（ｓｃＦｖ１０５）、および
−ｓｃＦｖ９０３のＶ／Ｃ境界領域に置換を含むｓｃＦｖ９０３改変体（ｓｃＦｖ９０３ ＤＨＰ（９６１））
であった。

抗ｓｃＦｖ９０３抗体のスクリーニングのために開発されたＥＬＩＳＡは、準定量的アッセイであり、そして異なる種由来の全ての抗体アイソタイプの反応の検出を可能にする、ブリッジング形式（図１を参照のこと）で開発された。

簡単には、そして図１を参照して、マイクロタイタープレートを、ｓｃＦｖ９０３でコーティングし（１、２）、そこに抗ｓｃＦｖ９０３抗体を含むサンプルを結合させた（３、６）。最初の検出物質として、ビオチン化ｓｃＦｖ９０３（４）を使用して、あらゆる結合したｓｃＦｖ９０３／抗ｓｃＦｖ９０３複合体を検出し、それを次に２番目の検出物質（４）、ストレプトアビジンポリＨＲＰ（５）によって検出した。クオリティーコントロールおよびサンプルに存在する抗ｓｃＦｖ９０３抗体の量を、ペルオキシダーゼ（ＰＯＤ）基質（３，３’−５，５’テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ））を用いて決定した。

ＡＤＡ ＥＬＩＳＡの開発を、ＡＢ９０３−３と呼ばれるポジティブコントロール抗体を用いて行った。抗ｓｃＦｖ９０３抗体ストック（ＡＢ９０３−３と呼ばれるウサギポリクローナル抗ｓｃＦｖ９０３ＩｇＧ）を、ウサギのｓｃＦｖ９０３による免疫、および続く血清のアフィニティー精製（Ｓｑｕａｒｉｘ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）によって得た（ｄｅｖｅｌｏｐ）。図１ｂに示すように、ｓｃＦｖ９０３上の既存の抗体のエピトープを、ｓｃＦｖ９０３のＡＤＡ結合への、上記で記載したｓｃＦｖの競合によって特徴付けした。

（１．２ アッセイ手順）
マイクロタイタープレート（Ｎｕｎｃ Ｍａｘｉｓｏｒｐ）を、ＰＢＳ（Ｄａｌｂｅｃｃｏ、Ｓｉｇｍａ）中０．１ｍｃｌ／ｍｌのｓｃＦｖ９０３でコーティングした。シールしたプレートを４℃で一晩インキュベートした。

そのプレートを、Ａｔｌａｎｔｉｓ Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ Ｗａｓｈｅｒ（ＡＳＹＳ）において、３００ｍｃｌ／ウェルの洗浄緩衝液（ＴＢＳＴ ０．００５％Ｔｗｅｅｎ２０）で３回洗浄した。非特異的部位を、２８０ｍｃｌ／ウェルのブロッキング緩衝液（ＰＢＳ、１０ｍｇ／ｍｌのＢＳＡ１％（ｗ／ｖ）、０．１ｍｌ／５０ｍｌのＴｗｅｅｎ２０（０．２％、ｖ／ｖ））でブロックした。シールしたプレートを、振とうしながら室温（２５℃）で１．５時間インキュベートした。続いて、そのプレートを再び上記で示したように３回洗浄した。

分析物コントロール（ＡＢ９０３−３と呼ばれるアフィニティー精製したウサギポリクローナル抗ｓｃＦｖ９０３ＩｇＧまたはヒト血清のいずれか）を、３つの異なる濃度：
ＨｉＱＣ：２５００ｎｇ／ｍｌのＡＢ９０３
ＭｅＱＣ：５００ｎｇ／ｍｌのＡＢ９０３
ＬｏＱＣ：２５０ｎｇ／ｍｌのＡＢ９０３
で加えた。

ＱＣをそれぞれのＮＳＢ血清プール（アッセイカットポイントの決定のために使用した全ての血清のプール、＞３０）に加えた。測定するサンプルを、１から１０の希釈で適用した。ウェルあたり５０ｍｃｌのサンプルを適用した；シールしたプレートを、室温（２５℃）で２．０時間インキュベートした。

上記で示したように、そのプレートを洗浄緩衝液で３回洗浄した。最初の検出物質として、ビオチン化ｓｃＦｖ９０３（Ｌｉｇｈｔｎｉｎｇ−Ｌｉｎｋキット（プロトコール：Ｌｉｇｈｔｎｉｎｇ−Ｌｉｎｋ^ＴＭ Ｂｉｏｔｉｎ Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ Ｋｉｔ、ＴｙｐｅＡ、♯７０４−００１５、Ｉｎｎｏｖａ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）でビオチン化した５００ｍｃｇのタンパク質）を加えた。該目的のために、ビオチン化ｓｃＦｖ９０３を、２５０ｎｇ／ｍｌの濃度で、希釈緩衝液中で希釈した（ＰＢＳ、１０ｍｇ／ｍＬのＢＳＡ１％（ｗ／ｖ）、０．１ｍｌ／５０ｍｌのＴｗｅｅｎ２０（０．２％ｖ／ｖ））。５０ｍｃｌ／ウェルを加えた。シールしたプレートを、振とうしながら室温（名目上２５℃）で１．０時間インキュベートした。

そのプレートを、再び上記で示したように３回洗浄した。２番目の検出物質、ストレプトアビジン−ポリ−ＨＲＰ（Ｓｔｅｒｅｏｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、１ｍｇ／ｍｌ）を、希釈緩衝液中で１：５’０００に希釈し、そしてウェルあたり５０ｍｃｌを加えた。シールしたプレートを、振とうしながら室温（名目上２５℃）で１．０時間インキュベートした。

検出のために、そのプレートを、上記で示したように３００ｍｃｌ／ウェルの洗浄緩衝液で３回洗浄した。続いて、そのプレートを３００ｍｃＬ／ウェルのｄｄＨ２Ｏで２回洗浄した。次いで、室温で５０ｍｃｌ／ウェルのＰＯＤ（ＴＭＢ）基質を加えた。３−６分間インキュベーションした後（３０分の最長インキュベーション時間を超えないものとする）、その反応を、５０ｍｃｌ／ウェルの１Ｍ ＨＣＬを加えることによって停止させた。その色反応が非常に強い場合は、その反応を５０ｍｃｌ／ウェルの１Ｍ ＨＣＬによってより早く停止させた。

Ｔｅｃａｎ Ｓｕｎｒｉｓｅのマイクロタイタープレートリーダーを用いて、そのプレートを４５０ｎｍで読み取った。典型的には、その反応を、クオリティーコントロール、ＮＳＢ、および個々の血清サンプルのそれぞれに関して３連で行った。その読み取りを平均化した。

（１．３ アッセイカットポイント（ＡＣＰ）の決定）
陽性を決定するために、アッセイの開発の間にアッセイカットポイントを確立した。アッセイのカットポイントは、そのレベルまたはそれより上だとサンプルは陽性であると定義され、そしてそれより下は陰性であると定義される、アッセイの反応レベルである。リスクベースアプローチを用いて、任意の偽陰性ではなく、５％の偽陽性を有することが適当である。これを、平均吸光度プラス１．６４５標準偏差を用いたパラメトリックなアプローチで行い、ここで１．６４５は、正規分布の９５パーセンタイルである。ＯＤ≧３^＊標準偏差を有する全ての個人を除外し、そして新しいアッセイカットポイントを計算した。最大５％の個人のＯＤがＡＣＰより上なら、計算した値をＡＣＰとして使用し得る。反対の場合、残りの個人へ除外基準を再び適用し、そして最大５％の個人がＡＣＰより上のＯＤを有するまで、この過程を繰り返した。

１４９個の個々の血清のうち３４個を除外した後、そのアッセイカットポイントは、０．１１０に修正された。４０個の血清（２６．８％）が、アッセイカットポイントより高いＯＤを示した（図２を参照のこと）。アッセイのパフォーマンスをモニタリングするために、ＬｏＱＣ、ＭｅＱＣ、およびＨｉＱＣサンプルを含めた。ＮＳＢの調製のために、アッセイカットポイントの統計学的評価に関して除去した３４個の血清を、血清プールから除外した。平均ＮＳＢの結果は０．０７３であり、１．５０の正規化係数を生じた。

（１．４ 正規化係数およびプレート特異的カットポイントの決定）
ＡＣＰをＮＳＢで決定したら、正規化係数を適用して、同じＮＳＢによって、続く測定のために、プレート特異的カットポイントを計算した。正規化係数を決定するために、ＮＳＢのＯＤ値を評価した。３つの複製（３連）のＮＳＢを、各プレートで分析した。正規化係数を、ＮＳＢの平均吸光度で割ったアッセイカットポイントとして定義した。各プレートのプレート特異的カットポイントを、以下：
プレート特異的カットポイント＝ＮＳＢ吸光度^＊正規化係数
のように計算した。

（１．５ 確認アッセイ）
血清において検出されるＡＤＡの場合、確認アッセイは、ＡＤＡブリッジングＥＬＩＳＡにおいて陽性であることが見出された抗体が、ｓｃＦｖ９０３に特異的であることを証明する。その確認アッセイは、陽性のサンプルを分析の前にｓｃＦｖ９０３を含むアッセイ緩衝液またはアッセイ緩衝液のみと混合し、そしてプレインキュベーションする以外は、スクリーニングアッセイと同様であった。この目的のために、参照物質を、ＬｏＱＣ、ＭｅＱＣ、およびＨｉＱＣレベルの濃度まで、希釈緩衝液またはヒト血清に加えた。次いでこれらのサンプルを、緩衝液または１０ｍｃｇ／ｍｌ、１００ｍｃｇ／ｍｌまたは１ｍｃｇ／ｍｌ（ヒト血清に関して）のｓｃＦｖ９０３を含む緩衝液のいずれかで、１対２希釈した。サンプルをＲＴで約６０分間インキュベートして、ｓｃＦｖ９０３をサンプル中に存在するＡＤＡに結合させた。マトリックス全体の希釈が最少であるように、プレートに添加する前に、サンプルをさらに緩衝液中で希釈した。ｓｃＦｖ９０３は、ＡＤＡのプレートにコーティングされたｓｃＦｖ９０３への結合を妨げる（図１も参照のこと）。従って、緩衝液で１対２希釈した血清とｓｃＦｖ９０３を含む緩衝液で１対２希釈した血清との間の、＞３０％のＯＤ値の変化を、特異的抗ｓｃＦｖ９０３抗体の存在を確認するための最低の阻害として定義した。１０ｍｃｇ／ｍｌ、１００ｍｃｇ／ｍｌ、および１ｍｃｇ／ｍｌにおけるｓｃＦｖ９０３とのプレインキュベーションは、試験した３つのＱＣレベル全てに関して、６０％〜９５％のＯＤ変化を生じた。１００ｍｃｇ／ｍｌの濃度を、確認アッセイのために選択した。

（１．６ 競合的アッセイの結果）
抗ｓｃＦｖ９０３抗体の結合部位をマッピングするために、上記で記載した確認アッセイの構成において、公知のアミノ酸配列を有する様々なｓｃＦｖおよびＩｇＧ形式のｓｃＦｖ９０３のセットを、過剰なｓｃＦｖ９０３の代わりに使用した。この実験的構成において、所定のテスト抗体は、抗ｓｃＦｖ９０３抗体（ＡＤＡ）がテストｓｃＦｖ上にもある同様のエピトープを認識する場合のみ、ＡＤＡに対するｓｃＦｖ９０３の結合と競合し得る。従って、アッセイにおけるシグナルの低減は、ｓｃＦｖ９０３とテストｓｃＦｖとの間で共有される、少なくとも１つのエピトープの存在を示す。以下のテスト抗体を、この実験で使用した：ｓｃＦｖ１０５、タイプＶｋ１−ＶＨ１ｂのヒトｓｃＦｖの骨格に移植したマウスＣＤＲを含む、ヒト化ＴＮＦ阻害ｓｃＦｖ抗体断片；ｓｃＦｖ７９１、ｓｃＦｖ９０３（Ｖｋ１−ＶＨ３）で使用したのと同じｓｃＦｖ骨格に移植したウサギＣＤＲを含む、ヒト化ＴＮＦ阻害抗体断片；ｓｃＦｖ９６１、可変ドメインと定常ドメインとの間の境界領域に関与する領域に３つの点変異（ＤＨＰモチーフ）を含むｓｃＦｖ９０３の誘導体、およびｓｃＦｖ９０３−ＩｇＧ、ＩｇＧ形式のｓｃＦｖ９０３。

ＡＤＡ結合特性が異なる４つの試験した分子間の配列バリエーションの相互関係を使用して、ｓｃＦｖの骨格全体における、およびより特異的にＶ−Ｃ境界領域におけるＡＤＡエピトープを同定した。それに加えて、フルサイズバージョンのｓｃＦｖ９０３（ＩｇＧ）との競合を使用して、既存のＡＤＡの形式特異性をさらに確認した。

競合実験のデータのまとめを表１に示す。２つの個々のヒト血清以外、全ての結合が、過剰なｓｃＦｖ９０３と競合し、これらのＡＤＡがＥＳＢＡ９０３に特異的であることを確認した。ｓｃＦｖ９０３に特異的な３２個のヒト血清のうち、２つのみがｓｃＦｖ７９１と競合せず、これらのヒト血清（Ｈ５３およびＨ７６）に存在する抗体は、ｓｃＦｖ９０３ ＣＤＲに結合するが、他の血清は全て明らかにＣＤＲ特異的でないことを示した。さらに、約４８％のＡＤＡがｓｃＦｖ１０５のエピトープを認識し、これらの反応はわずかに低かった。これは、ほとんどの抗体は、明確に骨格特異的というわけではなく、むしろ異なるｓｃＦｖの骨格において保存されているアミノ酸に結合することを示唆した。興味深いことに、ＩｇＧ形式のｓｃＦｖ９０３は、試験した血清のいずれとの結合に関しても、ｓｃＦｖ９０３と有意に競合しなかった。これは、大部分の血清が、ｓｃＦｖ９０３においてはＡＤＡが接近可能であるが、そのＩｇＧ形式では接近可能でない、可変領域と定常領域との間の境界領域に結合することを強く示唆する。さらに、ｓｃＦｖ９０３と３つのアミノ酸でしか違わないｓｃＦｖ９６１は、ＡＤＡの６４％のみと結合で競合した。これらの反応は一般的に、ｓｃＦｖ９０３よりも低く、このことは、既存のＡＤＡの主な画分は、ｓｃＦｖ９０３のＶ−Ｃ境界領域において疎水性表面パッチを構成する、これらの３つのアミノ酸を含むエピトープに結合することを意味する。ｓｃＦｖ９０３と比較して、ｓｃＦｖ１０５で得られた結果の違いは、これらの２つの分子における、異なるパターンの疎水性表面パッチの存在によって説明し得る。まとめると、これらの結果は、ヒト血清中の既存のＡＤＡの５０％までは、ｓｃＦｖ形式特異的抗体であることを示す。

表１：
ヒト血清中の既存の抗体のエピトープの特徴付け。１００ｍｃｇ／ｍｌのｓｃＦｖ９０３、７９１（３２＿ｍａｘ）、ｓｃＦｖ１０５および９６１（ｓｃＦｖ９０３＿ＤＨＰ）ならびにＩｇＧ形式のｓｃＦｖ９０３の競合に際してのＯＤの低減％を、既存の抗ｓｃＦｖ９０３抗体を有する３４個の異なるヒト血清に関して与える。

ＡＤＡとｓｃＦｖ９０３との間の相互作用部位を同定するために、ｓｃＦｖ９０３と他のｓｃＦｖ（７９１、１０５および９６１）との間の配列バリエーションを、様々なヒト血清におけるＡＤＡの特異性と関連付けた。最初の工程において、異なるｓｃＦｖの配列をアラインメントし、そしてｓｃＦｖ９０３と他のｓｃＦｖとの間の配列の違いによって、溶媒露出位置をグループ分けした（図３および４）。本明細書中で、「α」はｓｃＦｖ９６１と全ての他のｓｃＦｖとの間で異なる位置のグループを示し、「β」はｓｃＦｖ１０５のみが、他の分子の配列と異なる位置を表し、そして「γ」はｓｃＦｖ７９１が全ての他のものと異なる位置を示す。さらに、αβおよびαγは、それぞれ、ｓｃＦｖ９６１およびｓｃＦｖ１０５またはｓｃＦｖ９６１およびｓｃＦｖ７９１を除いて、全てのｓｃＦｖで保存されている位置を説明する。同様に、抗ｓｃＦｖ９０３抗体を含むヒト血清を、上記でアミノ酸位置に関して使用したのと同じ分類コードを用いて、競合アッセイにおいて決定された他のｓｃＦｖに対する特異性によって分類した（表２を参照のこと）。所定のテストｓｃＦｖに対して結合していると血清をみなすために、競合アッセイにおける５０％の最低シグナル低減を、閾値として設定した。この研究において、「α」はｓｃＦｖ９６１に対して結合活性を示さなかったヒト抗ｓｃＦｖ９０３血清を示す。「β」−血清は、ｓｃＦｖ１０５に結合せず、そして「γ」−血清はｓｃＦｖ７９１に結合しなかった。配列分析およびインビトロ結合研究の相互関係から、例えばタイプ「α」ヒト血清中の抗ｓｃＦｖ９０３抗体は、アミノ酸グループ「α」由来の少なくとも１つのアミノ酸と相互作用すると結論し得る。同様に、あらゆる他のタイプの血清は、それぞれのアミノ酸グループの少なくとも１つのアミノ酸と相互作用する。

ｓｃＦｖ９０３の構造分析および相同性モデリングを、Ｄｉｓｃｏｖｅｒ Ｓｔｕｄｉｏバージョン２．５．５を用いて行った。モデリングした構造を分析して、どのアミノ酸残基が溶媒に露出しているか、およびどのアミノ酸残基が埋没しているかを決定した。最大可能な溶媒接近可能表面領域に関して、各残基の相対的Ｓｏｌｖｅｎｔ Ａｃｃｅｓｓｉｂｌｅ Ｓｕｒｆａｃｅ（ＳＡＳ）を決定することによって、その計算を行った。カットオフを２５％と規定し、従って２５％かまたはそれ以上の相対的ＳＡＳを有する残基を、溶媒に露出していると考えた。

表２：
ｓｃＦｖ９０３、７９１、ｓｃＦｖ１０５、および９６１が、３４個の血清サンプル中の抗体に対する結合に関して、ｓｃＦｖ９０３と競合するＥＬＩＳＡの結果

９４％の血清が、ｓｃＦｖ９０３またはｓｃＦｖ７９１に特異的に結合する抗体を有しており、ほとんどの既存の抗体は、ＣＤＲ領域に結合しなかったことを示す。ヒト血清の半分（５０％）は、ｓｃＦｖ９６１に結合する抗体を示さなかったか、またはそのような抗体が少なかった。配列分析は、ｓｃＦｖ９６１およびｓｃＦｖ９０３は、可変重鎖の１２位、１０３位、および１４４位でのみ異なることを明らかにした。従って、ｓｃＦｖ９０３の可変重鎖のＬ１２、Ｖ１０３、およびＬ１４４が、ＡＤＡ結合に関与する（表２および図４および５）。この発見はさらに、ＩｇＧ形式のｓｃＦｖ９０３（それぞれの境界領域残基が、隣接する定常領域との接触のために溶媒接近可能でない）が、ｓｃＦｖ９０３の抗ｓｃＦｖ９０３血清との結合と競合しなかったという事実によって確認される。

試験したヒト血清の１２％が、全ての抗原性領域に対する抗体を有していた（α、β、γ）。

６４％の血清は、ｓｃＦｖ９６１（α）に結合する抗体を含まなかったか、またはそのような抗体が有意に少なかった。上記で記載したように、このｓｃＦｖは、ｓｃＦｖ９０３と、ｓｃＦｖ９０３の可変−定常ドメイン境界領域に位置する３つの残基位置でのみ異なる（Ｌ１２Ｓ、Ｖ１０３Ｔ、Ｌ１０３Ｔ）。Ｖ／Ｃ境界領域におけるこれらの残基位置は高度に保存されているので、これらの位置を変異させることは、既に、生物物理学的性質に影響を与えずにｓｃＦｖを脱免疫化するための一般的な解決を示す。

５１％の血清は、ｓｃＦｖ１０５（β）、Ｖｋ１−ＶＨ１ｂサブタイプのｓｃＦｖ（異なるフレームワーク）に対する抗体を含まなかったか、またはそのような抗体が少なかった。可能性のある抗原性領域を、配列のアラインメントによって同定した（図３、４、および５）。

２３％の血清は、ｓｃＦｖ９０３に特異的であったが、ｓｃＦｖ１０５とｓｃＦｖ９６１のいずれにも結合しなかった（αβ）。ｓｃＦｖ９０３と比較した場合に、両方のｓｃＦｖにおいて異なるのは１つの残基位置のみである。従って、ｓｃＦｖ９０３の可変重鎖ドメインのそれぞれのアミノ酸（Ｌ１２）が、ＡＤＡとｓｃＦｖ９０３との間の相互作用において決定的な役割を果たしている。

まとめると、ａ）約５０％のＡＤＡが、可変重鎖ドメインの１２位、１０３位、および１４４位の残基を含む、可変領域と定常領域との間の境界領域のエピトープに結合する（α）、およびｂ）これらの３つの高度に保存された残基を変異させることは、一般的に既存の抗体のｓｃＦｖに対する結合強度および頻度を有意に低下させると結論し得る。ｓｃＦｖの免疫原性を低減させるための、ＤＨＰモチーフのこの一般的な適用性は、ヒト起源の可変重鎖における１２位のロイシン、１０３位のバリン、および１４４位のロイシンの高い頻度によってさらに支持される（図６）。抗ｓｃＦｖ９０３血清のｓｃＦｖ１０５に対する結合は、ｓｃＦｖ９０３と比較した場合に一般的に弱いので、ｓｃＦｖ９０３のいずれかの溶媒露出残基の、ｓｃＦｖ１０５のそれぞれのアミノ酸への置換は、潜在的にＢ細胞エピトープを除去し得るか、または弱め得る。特に興味があるのは、可変軽鎖の残基番号１０１および１４８である。それはこれらのバルク残基が、ｓｃＦｖ９０３の定常−可変ドメイン境界領域に関与するからである（表４）。

表３：
異なる抗原性領域に対する抗体を有する試験したヒト血清のまとめの表

表４：
選択した位置におけるヒト可変ドメインのアミノ酸の頻度

目下、本発明の好ましい実施態様が示され、そして説明されたが、本発明はそれに限らず、他に様々に具体化し得、そして以下の特許請求の範囲内で実施され得ることが明確に理解される。

Claims (10)

1. 可変軽鎖および／または可変重鎖を含む抗体可変ドメインのＢ細胞免疫原性を減少させるための方法であって、該方法は、該可変軽鎖および／または該可変重鎖の１つまたはそれ以上のアミノ酸残基を置換する工程を含み、該可変軽鎖の該１つまたはそれ以上のアミノ酸残基は、９９位、１０１位、および／または１４８位（ＡＨｏナンバリング）にあり、該可変重鎖の該１つまたはそれ以上のアミノ酸残基は、１２位、９７位、９８位、９９位、１０３位、および／または１４４位（ＡＨｏナンバリング）の１つまたはそれ以上にあり、該可変軽鎖および／または該可変重鎖の該１つまたはそれ以上のアミノ酸残基は、免疫反応性がより低いアミノ酸によって置換される、方法。
2. 前記抗体可変ドメインが、ｓｃＦｖ、Ｆｖ断片または単一ドメイン抗体である、請求項１に記載の方法。
3. 前記抗体可変ドメインが、ｓｃＦｖである、請求項２に記載の方法。
4. 置換される前記１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、アスパラギン酸（Ｄ）、フェニルアラニン（Ｆ）、アルギニン（Ｒ）、および／またはグルタミン酸（Ｅ）である、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
5. ロイシン（Ｌ）、バリン（Ｖ）、および／またはフェニルアラニン（Ｆ）が、極性がより高いアミノ酸によって置換される、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
6. 前記極性がより高いアミノ酸が、セリン（Ｓ）、および／またはスレオニン（Ｔ）である、請求項５に記載の方法。
7. 前記可変重鎖の前記１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、１２、１０３、および／または１４４（ＡＨｏナンバリング）からなる群より選択される、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
8. 前記１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、
   （ａ）重鎖アミノ酸の１２位のロイシン（Ｌ）；
   （ｂ）重鎖アミノ酸の１０３位のバリン（Ｖ）；および／または
   （ｃ）重鎖アミノ酸の１４４位のロイシン（Ｌ）
   である、請求項７に記載の方法。
9. 前記可変重鎖の１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、
   （ａ）重鎖アミノ酸の１２位のセリン（Ｓ）；
   （ｂ）重鎖アミノ酸の１０３位のセリン（Ｓ）、またはスレオニン（Ｔ）；および／または
   （ｃ）重鎖アミノ酸の１４４位のセリン（Ｓ）、またはスレオニン（Ｔ）
   によって置換される、請求項７および８のいずれかに記載の方法。
10. 置換される前記１つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、それぞれのサブタイプのコンセンサス残基である、請求項１から４のいずれかに記載の方法。

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