JPH0812697A - 新規ポリヌクレオチド - Google Patents

新規ポリヌクレオチド

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JPH0812697A
JPH0812697A JP7059116A JP5911695A JPH0812697A JP H0812697 A JPH0812697 A JP H0812697A JP 7059116 A JP7059116 A JP 7059116A JP 5911695 A JP5911695 A JP 5911695A JP H0812697 A JPH0812697 A JP H0812697A
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    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids

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Abstract

(57)【要約】 【目的】 新規ポリヌクレオチドを提供する。 【構成】 【化1】 (式中、Yは対イオン、nは1またはそれ以上、そしてM
はヌクレオシドを表わす)で示されるポリヌクレオチ
ド。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明はオリゴヌクレオチドのイ
ンビトロ合成に関する。さらに詳しくは、組換え宿主−
ベクター系に用いられるデオキシオリゴヌクレオチド、
あるいは診断分析用の標識化オリゴヌクレオチド調製に
おける中間体として用いられるデオキシオリゴヌクレオ
チドの合成に関するものである。
【0002】
【従来技術】今日、オリゴヌクレオチドは、一般的に普
及している2方法、即ち、ホスホラミダイト法(phospho
ramidite method)[アダムスら(Adams)1983“ジャ
ーナル・オブ・アメリカン・ケミカル・ソサエテイ
(J.Am.Chem.Soc.)"105:661およびフレー
ラーら(Froehler)1983“テトラヘドロンレターズ
(Tetrahedron Letts.)"24:3171等参照]、並
びにホスホトリエステル法[ドイツ特許公開公報264
4432]のいずれかの方法によって製造されている。
両方法共、有効であって広く受け入れられているが、高
価なモノマーを大量に用いる方法である。またこれらの
方法は複雑である。ホスホラミダイト法は各縮合反応の
後に水性の系中での酸化工程を必要とし、他方、トリエ
ステル法は、失敗した(aborted)オリゴヌクレオチド(あ
る反応サイクル内でモノマーが付加されなかったもの)
の亜集団(サブポピューレーション)を、以後のサイクル
において、オリゴヌクレオチドを伸長させないために、
個々の段階で“キャップ(cap)する"必要がある。
【0003】
【発明の目的および構成】本発明は、今日利用し得る方
法よりも経済的であり、かつ信頼性の高いオリゴヌクレ
オチド合成法を提供することを目的とするものである。
ヌクレオシドとりん酸とを、アリール・スルホニル・ク
ロリド[セキネら(Sekine)1979“テトラヘドロンレ
ターズ"20:1145]またはカーボジイミド[ショフィ
ールドら(Schofield)、1961“ジャーナル・オブ・
アメリカン・ケミカル・ソサエテイ"、p2316]を用
いて縮合させ、ヌクレオシドホスホネートを製造する方
法は既知である。ハールら(Hall)[(1975)“ジャー
ナル・オブ・ケミカル・ソサエテイ"ヌクレオチド、パ
ートXLI、p.2316]は、ヌクレオシドH−ホスホ
ネートをジフェニルクロロホスフェートで処理した後、
酸化して対応するジヌクレオチドホスフェートにするこ
とにより、対応するジヌクレオチドホスホネートを得
た。この様に、1957年から、ジヌクレオチドホスフ
ェートの製造に関する知識が当該技術分野に存在してお
り、その間に、複雑で高価につく、オリゴヌクレオチド
の合成法が2種類開発されたにもかかわらず、このハー
ルらの開示内容はオリゴヌクレオチドの製造に利用され
ていない。
【0004】ガレッグら(Garegg)[“ケミカ・スクリプ
タ(Chemica Scripta)"25:280−282(198
5)]は、5'−O−ジメトキシトリチルチミジン3'−ハ
イドロゲンホスホネートと3'−O−ベンゾイルチミジ
ンとは、ジフェニルホスホロクロリデート(ジフェニル
クロロホスフェートとしても知られている)、2,4,6
−トリイソプロピルベンゼンスルホニルクロライドまた
は2,4,6−トリイソプロピルベンゼンスルホニルテト
ラゾライドの如き活性化剤の存在下において迅速に反応
し、ホスホネートジエステル(りん酸ジエステル)結合を
定量的に形成することを見い出した。ガレッグらによる
と、3'−ホスホネートの安定性を対応する3'−ホスホ
ラミダイトのそれと比較したとき、活性化した場合、そ
れらがホスホラミダイトに匹敵する反応性を有すること
も伴わせて考慮し、オリゴヌクレオチド合成の出発物質
としてこれらの化合物は適当であるといえる。本発明の
発明者らは、ガレッグの活性化剤は得られる収率が低
く、実際のオリゴヌクレオチド合成に適さないことを見
出したが、このことが、30年間、オリゴヌクレオチド
合成の対象としてホスホネート化学が利用されなかった
ことを説明する上で役立つと思われる。
【0005】ヌクレオチド間ホスフェート(internuclot
ide phosphate)同族体含有DNAの合成は大きい関心
の寄せられている分野である。ミラー(Miller)および
T'soはDNAのメチルホスホネート同族体が細胞膜を
容易に通り抜け、タンパク合成を阻止することを見い出
したが、これは、おそらくmRNAの翻訳阻害によるも
のと思われている[ブレークら(Blake)、バイオケミス
トリイ(Biochemistry)24 6139(1985)、ス
ミスら(Smith)、プロシーデイングス・オブ・ザ・ナシ
ョナル・アカデミィ・オブ・サイエンスイズ(Proc.N
atl.Acad.Sci.)83 2787(1986)]。ジヌ
クレオチドのホスホラミデート同族体は相補的なポリヌ
クレオチドと結合することから、種々のリガンドをDN
Aに結合させるのに利用できることが知られている[レ
ットシンガーら(Letsinger)、ヌクレイック・アシッズ
・リサーチ(Nucl.Acids Res.)14、3487(1
986)]。アミンの存在下でジヌクレオシドH−ホス
ホネートを酸化することにより、対応するジヌクレオチ
ドホスホラミデートを高収率で得ることができる。[ネ
ーマーら(Nemer)テトラヘドロンレターズ(Tetrahedro
n Lett.)21 4149(1980)]、アサートンら
(Atherton)、ジャーナル・オブ・ケミカル・ソサエテ
イ、660(1945)]。オリゴヌクレオチドのホスホ
ラミデート、トリホスフェートおよびホスフェートトリ
エステル同族体の簡便な製造方法が必要とされている。
【0006】本発明の目的は、(a)担体と結合したヌク
レオシドを調製し、(b)脱水剤の存在下、保護したヌク
レオシドH−ホスホネートと、担体と結合したヌクレオ
シドの5'ヒドロキシル基とを縮合させ、(c)ステップ
(b)のヌクレオシドH−ホスホネートの5'保護基を除去
し、(d)2以上のヌクレオチドを有するポリヌクレオチ
ドH−ホスホネートが得られるまで、選択したヌクレオ
シドHホスホネートを用いてステップ(b)および(c)を連
続的に繰返し、(e)ポリヌクレオチドH−ホスホネート
を酸化して対応するポリヌクレオチドを形成させ、次い
で、(f)ポリヌクレオチドを担体から分離することから
なるポリヌクレオチド合成法により達成された。ポリヌ
クレオシドHホスホネートはホスホラミデート(phospho
ramidate)、チオホスフェートおよびホスフェートトリ
エステルオリゴヌクレオチドの新規な合成における出発
物質として有用である。
【0007】
【詳しい記述】本発明方法を実施するに際しての出発物
質は、担体と結合したヌクレオシドモノマーと保護され
たヌクレオシドHホスホネートモノマーである。担体と
結合しているヌクレオシドの5'ヒドロキシル基は保護
されていない。本発明に用いられるヌクレオシドはRN
AまたはDNAのモノマー、あるいはそれらの誘導体で
ある。リボース含有ヌクレオシドには、例えば、アデノ
シン、グアノシン、イノシン、シチジン、チミンリボヌ
クレオシドおよびウリジンが含まれる。デオキシリボー
ス含有ヌクレオシドにはデオキシアデノシン、デオキシ
シチジン、デオキシグアノシン、およびチミジンが含ま
れる。前者のヌクレオシド群は、mRNAやtRNAの合
成に、後のヌクレオシド群は、DNAの製造に用いられ
る。
【0008】好適に保護したヌクレオシドHホスホネー
トモノマーは、核酸を構成しているヌクレオチドの同族
体である。保護基は、通常、リボース、あるいはデオキ
シリボースのヒドロキシ置換分のトリフェニルメチルエ
ステルである。それらの機能は、縮合反応を、担体と結
合したヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドの5'ヒ
ドロキシル基に限定することである。オリゴデオキシヌ
クレオチドの製造出発物として好ましいホスホネート類
並びに対応するヌクレオシド類(括弧で表示)は、5'ジ
メトキシトリチル−3'−チミジンH−ホスホネート(チ
ミジン)、5'ジメトキシトリチル−3'−[−N6−ベン
ゾイルデオキシアデノシン]Hホスホネート(デオキシア
デノシン)、5'ジメトキシトリチル−3'−[N4−ベン
ゾイルシチジン]H−ホスホネート(デオキシシチジ
ン)、および5'ジメトキシトリチル−3'−[N2−イソ
ブチルデオキシグアノシン]Hホスホネート(デオキシグ
アノシン)である。同様に、オリゴリボヌクレオチドの
製造出発物質は、例えば、アデノシン、5'ジメトキシ
トリチル−2'−ジメチルt−ブチルシリル−[N6−ベン
ゾイルアデノシン]−3'H−ホスホネートである。ホス
ホネート出発物質は自体既知の方法で調製される[例、
セキネら、“テトラヘドロンレターズ(Tetr.Let
t.)"16:1711(1973)参照]。ホスホネート出
発物質の他の製造方法(好ましい方法である)では、トリ
ス(1,2,4−トリアゾイル)ホスファイト(TTP)を用
いる。TTPは三塩化りん(PCl3)、1,2,4−トリア
ゾールおよびN−メチルモルホリンから、無水塩化メチ
レン(CH2Cl2)中で、常法通り系中で生成される。
【0009】担体は、オリゴヌクレオチドの合成に用い
る試薬に不溶性のものを選択し、各縮合サイクル後にお
けるポリヌクレオチドの回収の便宜を図る。また、担体
は、反応体が入り易く、また生産物並びに反応体が溶離
し易い様、充分多孔性のものを用いる。好ましい担体は
調整(コントロールされた)多孔性ガラスであり、シリカ
ゲルおけるポリスチレンも用いることができる。担体−
結合ヌクレオシドはチョウら(Chow)“ヌクレイック・
アシッズ・リサーチ(Nucl.Acids Res.)":28
07(1981)の方法等、既知の方法で調製される。
【0010】ヌクレオシドH−ホスホネートは、正(プ
ラス)に荷電している対イオンを伴なった陰イオンの形
で存在している。対イオンとしては、トリエチルアンモ
ニウム(TEAH+)や1,8−ジアザビシクロ[5.4.
0]ウンデカン−7エン−オニウム(DBUH+)が好まし
い。ホスホネート類のDBUH塩は、無水溶媒中での安
定性が増加されている。
【0011】担体と結合したヌクレオシドおよびヌクレ
オシド3'H−ホスホネートは、3'ヌクレオシドを担体
に結合させ、予め定められた配列のオリゴヌクレオチド
を合成することができる様、順次(in seriatim)選択さ
れる。この予め定められた配列と一致させて順番に縮合
させ、オリゴマーに他のヌクレオシドを付加することに
より、オリゴヌクレオチド鎖の延長を行う。
【0012】縮合反応の第1回目は、担体結合ヌクレオ
シドと、オリゴヌクレオチド中の第2番目のヌクレオシ
ドとの縮合である。この、並びに以後の反応において重
要な試薬は脱水剤である。適当な脱水剤は、一般に、ホ
スホリル化剤またはアシル化剤のクラスに含まれ、それ
らには、イソブチルクロロホルメート、ジフェニルクロ
ロホスフェート、無水酢酸、無水イソ酪酸および無水ト
リメチル酢酸の如き有機酸無水物、並びにピバロイルク
ロライド、ピバロイルブロマイドおよびベンゾイルクロ
ライドの如き有機酸ハロゲン化物が含まれる。ジフェニ
ルクロロホスフェート、カーボジイミド、アリールスル
ホニルクロライドおよびアリールスルホニルテトラゾラ
イドは、本発明者の行った実験では極めて低い収率しか
与えなかった。オリゴヌクレオチドの製造において最も
重要なアシル化剤ホスホリル化剤の性質は、各サイクル
毎に、実質上、全ての新生(nascent)担体−結合鎖にヌ
クレオシドを付加させる能力である。もしも追加のヌク
レオシドが鎖の亜集団(subpopulation)と結合しなかっ
たならば、即ち、その亜集団について反応サイクルが失
敗したならば、この亜集団に以後の付加がなされた結果
生成するオリゴヌクレオチドは、塩基1個分短かいこと
になる。このことは、該オリゴヌクレオチドの、組換え
培養中で発現されるべきDNA中の成分としての有用性
を失なわせるものである。何故ならば、この様な欠失に
よってDNAがリーデイングフレームから外れることに
なると共に、長いオリゴヌクレオチド生産物中に混在す
る欠失突然変異体を見出すことは困難であるからであ
る。この様に、分子生物学に用いるオリゴヌクレオチド
を製造するには、鎖の延長に高い忠実性を示す、即ち、
各サイクルにおける付加収率の高い脱水剤を選択するこ
とが重要である。本明細書中に特に示したもの以外の、
その様な優れた試薬の選択は、スクリーニングアッセイ
によって行うことができる。
【0013】採用されるスクリーニングアッセイについ
ては、実施例2にさらに詳しく述べられている。担体−
結合ヌクレオシドに、4サイクルでヌクレオシドH−ホ
スホネート(N)を縮合させ(最後のサイクルにおいては
必ずN5を得る)、次いで、担体からポリヌクレオチドH
−ホスホネートを分離してオリゴヌクレオチドに変換
し、HPLCにかけて分離し、N2からN5までのオリゴ
マーの分布を調べる。もしも選択した脱水剤が、オリゴ
マーの吸光係数について修正した分光光度法に基づく吸
収の測定により、約80モル%以上(通常、約90%以
上)のN5を含むオリゴマー混合物を産生しているなら
ば、この試薬は本発明の目的に好ましいものとみなされ
る。あるいはまた、ステップd)を49サイクル行った
後、ステップe)およびf)を行い、得られた組成物中に所
望の50ヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチド組成
物を、他のオリゴヌクレオチド種よりも多量のモル数で
含有するオリゴヌクレオチド組成物が得られる様な脱水
剤を選択する。当該技術分野においてジヌクレオシドの
製造に用いられてきた試薬はホスホリル化剤またはスル
ホニル化剤である。これら当業者に用いられてきた試
薬、とりわけ、ジフェニルクロロホスフェート、2,4,
6−トリイソプロピルベンゼンスルホニルクロライドま
たは2,4,6−トリイソプロピルベンゼンスルホニルテ
トラゾライドの如き試薬は本発明の厳密な標準に合致し
ない。
【0014】好ましい活性化剤はアシル化剤である。特
に好ましいアシル化剤は、式:
【化2】 [式中、Aはアリールまたは、式:
【化3】 (式中、Rは、好ましくは直鎖または分枝鎖状アルキ
ル、アリール、ヘテロアルキルまたはヘテロアリールか
ら選ばれる同一または異なる不活性な置換基を表わす)
で示される基、Xはハロゲンあるいは異項環2級アミン
または活性エステル等の偽似(pseudo)ハロゲンを表わ
す]で示される構造を有するものである。Rはアルキル
であることが好ましく、Xは塩素または臭素であること
が好ましい。式中RがCH3であってXが塩素である塩
化ヒパロイルがアシル化剤として好ましい。
【0015】代表的な異項環アミンのX基はテトラゾー
ルである。この種の代表的な例は式:
【化4】 で示される化合物である。このものは自体既知の方法に
従い、
【化5】 とテトラゾールとを反応させることにより、得られる。
【0016】代表的な活性エステルは、式:
【化6】 で示される化合物であって、
【化7】 とヒドロキシベンズトリアゾールとの反応によって製造
される。その他の適切な脱離基は当業者にとって自明で
ある。
【0017】通常、脱水剤は約25mM〜100mMの濃
度で用いられる。塩化ピバロイルは、約50mMの濃
度、あるいはホスホネートモノマーに対し、塩化ピバロ
イルが5モル当量存在する量で用いることが好ましい。
10当量を用いるとオリゴヌクレオチドの収率が低下す
る。このことは、競合的アシル化によって収率が限定さ
れること、および余分のキャッピング工程を必要としな
いことを示唆している。塩化ピバロイルは反応に失敗し
た鎖の小部分と反応し、以後の縮合に関与し得ないピボ
レート(pivolate)エステルを生成させる。この様に、不
完全な鎖は別の工程、または余分の試薬を加える必要な
しに、キャップ(閉鎖)されるのである。
【0018】縮合に必要なホスホネートの量は、一般
に、約5mM〜20mMの濃度域であり、約10mM[相対
的に5'−OH成分の5eq.(当量)に相当]が普通であ
る。これは、通常、約50mMを要する既知のオリゴヌ
クレオチド合成法で用いられるモノマー量に比べてかな
り少量である。縮合反応の溶媒は無水有機溶媒、好まし
くは無水ピリジン/アセトニトリル(容量比1:1)の混
合物である。
【0019】反応は、一般に、脱水剤と選択したホスホ
ネート溶液とを混合した後、得られた混合物を担体−結
合オリゴヌクレオチド鎖と接触させることにより行われ
る。通常、担体は粒状であり、これをカラムに詰めた
後、その上から、モノマーと脱水剤の溶液を通す。接触
時間は通常約0.5〜5分間であり、約1.5分間が好
ましい。反応温度は約10℃〜30℃、好ましくは20
℃である。
【0020】各サイクルの後に、アセトニトリルの如き
有機溶媒で洗浄することにより担体から残存する脱水剤
およびヌクレオシドH−ホスホネート含有溶液を除去す
る。その後、好ましくは、2.5v/v%のジクロロ酢酸
/CH2Cl2溶液で処理することにより付加されたヌク
レオシドを脱保護する(但し、1w/v%トリクロル酢酸
/CH2Cl2またはZnBr飽和ニトロメタンも有用であ
る)。その他の既知の保護基に関する適当な脱保護法は
当業者にとって自明であろう。次いで、好ましくは担体
を無水ピリジン/アセトニトリル(1/1v/v)で洗浄
し、この縮合反応を、予め定められたオリゴヌクレオチ
ドの製造に必要な回数、繰返して行う。
【0021】必要な数の合成サイクルを行った後、ポリ
ヌクレオチドH−ホスホネートを酸化して核酸にする。
ホスホラミデート・ヌクレオチド間結合を有するオリゴ
ヌクレオチドを調製するために、1級または2級アミ
ン、並びに、好ましくは四塩化炭素の存在下で酸化を行
う。ヌクレオチド結合内にホスフェートジエステルを生
成させる上で好ましい酸化剤はヨウ素水である。その
他、代表的な酸化剤には、N−クロロスクシンイミド、
N−ブロモスクシンイミド、または過ヨウ素酸の塩類が
含まれる。次いで、オリゴヌクレオチドを担体から分離
するが、濃水酸化アンモニウムとインキュベーションし
た後、残存するシリカゲルを濾去し、オリゴヌクレオチ
ド−含有溶液を蒸発させる方法によることが好ましい。
所望により、このオリゴヌクレオチドをHPLC、ポリ
アクリルアミドゲル電気泳動、あるいはその他の通常の
方法で精製し、核酸配列決定法によって生産物の忠実度
を確認する。
【0022】上記の議論はモノヌクレオシドホスホネー
トの逐次付加についてなされているが、特定のサイクル
においては、ポリ(ヌクレオシドホスホネート)、通常ジ
−またはトリ−ヌクレオシドホスホネートを用い、1以
上のヌクレオシドを付加することもできることは理解さ
れるであろう。これらの反応物は、可溶性のヌクレオシ
ド(担体と結合していても、いなくても良い)を、上記の
鎖の開始におけるヌクレオシドホスホネート以外のヌク
レオシドホスホネートに縮合させることにより、容易に
調製される。次いで、その様なジヌクレオシドジホスホ
ネートをモノヌクレオシドホスホネートの代りに用いる
か、あるいは、他のポリ(ヌクレオシドホスホネート)の
製造に用いる。これらの新規な中間体は、式:
【化8】 (式中、YはDBUH+の如き対イオン、nは1またはそ
れ以上であって、通常2、Mはヌクレオシドを表わす)
で示される構造式を有する。通常、ヌクレオシドは保護
される。その様な化合物の例として5'ジメトキシトリ
チル−3'−チミジル−5'−H−ホスホネート−3'−
チミジン−H−ホスホネートがある。これらの反応物
は、精製し、無水固形物として保存すべきである。
【0023】以下に実施例を挙げ、本発明を説明する
が、これらの実施例は本出願の発明の範囲を制限するも
のと解釈されるべきでない。
【0024】実施例1 エイコサチミジル酸(T20)お
よびテトラコンタチミジル酸(T40)の製造 5'−ジメトキシトリチル−3'−チミジン−H−ホスホ
ネート(1)の合成上の有用性は、シリカゲル上でのT2
0およびT40の合成により示された。5'−ジメトキ
シトリチル−3'−チミジン−H−ホスホネートを既述
の如く製造し、31P NMR(δ−0.27ppm、J(P−
H)=605Hz)[31P NMRスペクトルは無水Pyr(ピ
リジン)/CH3CN(1/1)溶液中、で得られ、化学シ
フトは、5%りん酸/D2O(外部基準)との相対関係に
基づいて示されている]により特性化された。反応は下
記の反応式(1)で示される。式中、DMTはジメトキシ
トリチル、Pyrはピリジン、DCAはジクロロ酢酸、そ
してRはスクシニル・シリカを表わす。
【0025】
【化9】
【0026】既述の如く(チョウら、前掲)、シリカゲル
1g当り3'−スクシニルチミジン25μモルを用いてポ
リマー支持体(シリカゲル)を誘導体化した。この合成サ
イクルは、、10mMの(の5'−OH成分の5当
量に相当)および50mM塩化ピバロイルを無水ピリジン
/アセトニトリル(1/1)中、20℃で5分間縮合反応
させた後、2.5%DCA/CH2Cl2を用いて(2分
間)のジメトキシトリチルを脱保護することからな
る。必要な回数、合成サイクルを行った後、ポリチミジ
ンHホスホネート産物をテトラヒドロフラン/Pyr/
2O(90/5/5)中0.2MI2で酸化し(2分間)、
ポリチミジル酸を得た。固体支持体からを除去し
(濃NH4OH/5時間/55℃)、蒸発させた。粗生成
物T20をHPLC分析にかけたところ、この生成物の
ピークは、ホスホラミダイト法で調製したT20標準品
と同時に溶離することが分った。T20およびT40粗
生成物を、ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけ、
U.V.照射下に観察して評価した。分析データーか
ら、T20およびT40の両者が高収率で合成されるこ
とが明らかにされた。T40を、さらに、ポリヌクレオ
チドT4キナーゼを用い、r−32P−ATPによる5'末
端の標識化を行った後、ヘビ毒ホスホジエステラーゼに
より完全に分解することによって評価した。あらゆる判
断基準において、合成T40はT40標準品と同じであ
った。
【0027】実施例2 好ましい脱水剤の同定 ジフェニルクロロホスフェート(DPCP)を脱水剤とす
る並行(パラレル)サイクルを行うと共に、ペンタチミジ
ル酸(T5)を得るまで、4サイクルまで反応を行うこと
を除き、実施例1の方法を繰返して行った。カラムから
の粗溶出液をHPLC分析に付し、未成熟な鎖で終って
いるオリゴヌクレオチドの割合(%)を調べた。HPLC
樹脂はゾルバックス(Zorbax)−NH2(商標)を用いた。
流速は2.5ml/分であり、15v/v%CH3CN中、
25mM〜250mMKH2PO4(pH5.5)のリニアー
グラデイエントを用いた。15分間、フラクションを集
め、254nmにおける吸収を測定した。HPLCチャー
トから、T2、T3、T4およびT5各々の1個の実質
上対称的なピークの高さを測り、各オリゴマーについて
の吸光度係数を補正し(各ピークの値に、それぞれ2.
5、1.75、1.25および1を掛ける)、各粗溶出
液中の全ポリチミジンに対する割合(%)に変換した。結
果を下記の表に示す。
【0028】
【表1】 オリゴマー(%) オリゴマー DPDC 塩化ピバロイル T2 25 2.5 T3 23 3.5 T4 44 5 T5 8 89 これらの結果は、塩化ピバロイルが、4サイクル反応に
おいて約11%の未成熟に終結したオリゴマーを与える
にすぎず、従って、好ましい脱水剤であることを証明す
るものである。
【0029】DPDCを用いたT5の収率は塩化ピバロ
イルを用いた場合の約10%にすぎない。アリールスル
ホニルクロライドおよびカーボジイミド類ではT5の生
成を検出できなかった。この様に、好ましいアシル化剤
を用いる本発明の方法は、予想外の高い収率をもたらす
と共に、未成熟な鎖の終結を減少させる結果を与えた。
【0030】実施例3 ヌクレオシドHホスホネートの
製造 本発明に用いるデオキシヌクレオシドの製造は下記の反
応式2に従って行われた。
【化10】 B=a) チミン b) N6−ベンゾイルアデニン c) N4−ベンゾイルシトシン d) N2−イソブチリルグアニン e) N6−ジイソブチルホルムアミジンアデニン
【0031】無水CH2Cl2750ml中のPCl3(75ミ
リモル)およびN−メチルモルホリン(750ミリモル)
の撹拌溶液に1,2,4−トリアゾール(250ミリモル)
を室温で加えた。30分後、反応混合物を0℃に冷却
し、5'−ジメトキシトリチルチミジン(Ia、15ミリ
モル、CH3CNから共沸蒸留して乾燥)を無水CH2Cl
2200ml中に入れ、これを20分間で滴下し、10分
間撹拌した後、1.0Mトリエチルアンモニウムビカー
ボネート水溶液(TEAB、pH8.5)600ml中に注
ぎ入れ、振盪した後、分離させた。水層をCH2Cl2
00mlで抽出し、有機層を一緒にしてNa2SO4で乾燥
し、蒸発させて泡状体とした。シリカゲルカラムクロマ
トグラフィー(2%Et3N/CH2Cl2−>2% Et3
/10%MeOH/CH2Cl2)にかけた後、TEABで
抽出し、蒸留することにより、5'−ジメトキシトリチ
ル−3'−チミジンH−ホスホネート(1a)を収率90%
で得た。その他のデオキシヌクレオシドH−ホスホネー
ト類は全て同様の方法で得られた。個々の収率と31
NMRデーターを表2に示す。
【0032】
【表2】 31P NMR1) ヌクレオシド ケミカル H−ホスホネート シフト J(P−H) 収率2) (%) チミジン(1a) −0.3ppm 605Hz 90 デオキシアデノシン(1b) −0.3ppm 600Hz 85 デオキシシチジン(1c) −0.3ppm 603Hz 86 デオキシグアノシン(1d) −0.6ppm 605Hz 77 1) 31P NMRスペクトルは無水Pyr/CH3CN(1/1)溶液中で得られ 、ケミカルシフトは、5%りん酸/D2O(外部基準)との相対値として示されて いる。 2) 各々の収率は保護されたデオキシヌクレオシド(Ia−Id)に基づいてい る。
【0033】実施例4 デオキシオリゴヌクレオチドの
合成 ここに示す方法は、本発明の実施における最も優れた方
法である。合成はバイオサーチモデル(Biosearch Mo
del)8600DNA合成装置を用いて行われた。トリメ
チルアセチルクロライド(塩化ピバロイル)を大気圧下で
蒸留し、アルゴン(Ar)下に保存した。ピリジン(Pyr)
をP−トルエンスルホニルクロライドから蒸留した後、
水素化カルシウムから新らたに蒸留した。アセトニトリ
ル(CH3CN)を、活性化した3オングストロームのモ
レキュラーシーブで乾燥した。デオキシ−ヌクレオシド
H−ホスホネート(1a−1d)を無水CH3CNから共沸
蒸留して乾燥し、無水Pyr/CH3CN(1:1)中で再構
成した。合成は、調整(コントロール)多孔性ガラス
(0.1μモルのスケール)上で、以下のプロトコールに
従って行った。
【0034】合成サイクル(実施例1の反応式1) 1) 洗浄:無水CH3CN(45秒間)。 2) 脱保護:2.5%ジクロロ酢酸(DCA)/CH2Cl
2(1分間)。 3) 洗浄:無水Pyr/CH3CN(45秒間)。 4) 結合(カップリング):10mMデオキシヌクレオシ
ドH−ホスホネート(1a−1d)、無水Pyr/CH3CN
(1/1v/v)中50mM塩化ピバロイル(1.5分間)。 5) ヌクレオチド配列が完成するまでステップ1−4
を繰返す。 6) 脱保護:2.5%DCA/CH2Cl2(1分間)。 7) H−ホスホネートDNAの酸化:Pyr/NMI/
2O/THF(容量比5/1/5/90)中0.1MI2
(2.5分間)、Et3N/H2O/THF(容量比5/5
/90)中0.1MI2(2.5分間)による。ポリマーか
らDNAを除き、脱保護(濃NH4OH、55℃、5時
間)し、蒸留する。
【0035】デオキシヌクレオシドHホスホネート(1a
−1d)を、長さ107塩基までのデオキシオリゴヌクレ
オチド(DNA)の合成に用いたが、これが合成の許容範
囲の上限ではない。上記の合成プロトコールでは、簡便
かつ迅速な方法(4分/サイクル)に於いて、最少量のデ
オキシヌクレオシドHホスホネート(2.5mg/結合)を
用いている。ヌクレオシド間のりん原子は、それが酸化
状態にあることで望ましくない副反応から保護されてお
り、固有のホスフェートジエステルはヨウ素水による酸
化合成反応の後に生成する。
【0036】ポリマーと結合したポリヌクレオシドHホ
スホネート()のPyr/H2O/THF(5/5/90)
中0.1MI2溶液による酸化は、首尾一貫した結果を
得るには不適当であった。ジアルキルホスホネートのヨ
ウ素水による酸化には一般的な塩基性触媒に委ねられて
おり[ルイス(Lewis,E.S.)およびスペアーズ(Spea
rs,L.G.)ジャーナル・オブ・アメリカン・ケミカル
・ソサエテイ(J.Amer.Chem.Soc.)107,39
18(1985)]、このことから、本発明者らは、N−
メチルイミダゾール(NMI)またはより強力な塩基[即
ち、N−メチルモルホリンまたはトリエチルアミン(Et
3N)]を加えると酸化速度が増大し、従って長いデオキ
シオリゴヌクレオシドHホスホネート(、>40塩基)
の酸化にそれが必須であると断定した。ジアルキルH−
ホスホネートはアルカリ加水分解を受け易いとされてお
り[クメ(Kume,A)、フジイ(Fujii,M)、(Sekine,
M.)およびハタ(Hata,T)、ジャーナル・オブ・オー
ガニック・ケミストリイ(J.Org.Chem)49、21
39(1984)]、本発明者らはEt3Nを用いたポリヌ
クレオシドHホスホネート()の水中での酸化は競合的
加水分解により複雑化していることを見い出した。長い
デオキシオリゴヌクレオシドHホスホネート()(>4
0塩基)のヨウ素酸化においては、まず弱塩基性溶液(P
yr/NMI)、次いで強塩基性溶液(Et3N)で酸化する
と、生成物デオキシオリゴヌクレオチド()を最も高い
収率で得ることができることが分った。さらに、本発明
者らは、ヨウ素(I2)水溶液はIO3 -とI-とに不均衡化
されていることを見出したが(ルイス、前掲)、このアル
カリ性IO3 -溶液はジヌクレオシドH−ホスホネート
()を酸化しないであろうと思われる[ブラウン(Brow
n,D.M.)およびハモンド(Hammond,P.R.)、ジ
ャーナル・オブ・ケミカル・ソサエテイ(J.Chem.S
oc.)4229(1960)]。従って、別々の溶液を調製
し[A=0.2MI2/THF、B=塩基/H2O/TH
F(1/1/8)]、デオキシオリゴヌクレオシドH−ホ
スホネート()の首尾一貫して迅速な酸化を行う直前に
これらを混合する必要がある。
【0037】デオキシオリゴヌクレオシドH−ホスホネ
ート結合()の、デオキシオリゴヌクレオチド合成に用
いた試薬に対する安定性を評価するための実験を行っ
た。24量体を製造し、デオキシヌクレオシドH−ホス
ホネート()の酸化に先立ち、固体支持体の一部を、
1)無水Pyr/CH3CN(1/1)、2)無水CH3CN、
3)無水Pyr/CH3CN(1/1)中100mM塩化ピバ
ロイル、および4)2.5%DCA/CH2Cl2で4時間
処理し、次いで、CH3CN洗浄、酸化、洗浄、脱保護
(濃NH4OH/5時間/55℃)、および蒸留を行っ
た。ポリヌクレオチドT4キナーゼを用い、γ−32P−
ATPで5'末端を標識した後、試料をゲル電気泳動と
オートラジオグラフィー(データーは示されていない)に
よって分析した。これらの条件下ではポリヌクレオシド
H−ホスホネート()の検出し得る程度の分解は認めら
れなかったが、CH3CNまたはPyr/CH3CN溶液に
水を加えて1%とすると4時間の間に、検出し得る分解
が起きた。これらの結果は、H−ホスホネート結合が、
合成の間中、りん保護基として作用することを示唆して
いる。
【0038】3'または5'−ホスフェートリンエステル
がデオキシアデノシンのグリコシド結合を、酸によって
触媒される脱プリン化から安定化することが示された
[タナカ(Tanaka,T.)およびレツツインガー(Letsing
er,R.L.)ヌクレイック・アシッズ・リサーチ(Nuc
l.Acids Res.)10 3249(1982)]。ヌク
レオシド間H−ホスホネート結合()が脱プリン化速度
に及ぼす影響を評価した。N6−ベンゾイルアミド(
b、a)またはN6−ジイソブチルホルムアミジン(e、a)
で保護された、ポリマーと結合している3'−チミジン
−5'−デオキシアデノシンジヌクレオシドH−ホスホ
ネートを2.5%DCA/CH2Cl2で24時間処理
し、分析した。H−ホスホネートジエステル()とメチ
ルホスフェートトリエステルの間には脱プリン化速度に
おいて検出可能な差異を認めなかった(データーは記載
されていない。また、この実験では、N6−ベンゾイル
アミドで保護されたデオキシアデノシンと比較して、N
6−アミジンで保護されたデオキシアデノシンの方がよ
り安定であることが確認された。記載のプロトコールを
用いてDNAの特定の配列を合成し、粗生成物の特性を
調べた。
【0039】合成されたデオキシオリゴヌクレオチド
【化11】
【0040】デオキシオリゴヌクレオチド78a、78b
および99をメトキシジイソプロピルアミノホスホラミ
ダイトを用いて合成し、比較のために表に示した。アミ
ダイト合成は、存在し得るホスファイト−異項環塩基生
成物を酸化して加水分解する前に30秒間の水洗を行う
ことを除き、標準的なプロトコールを用いて行った。表
に示したデーターは、デオキシヌクレオシドH−ホスホ
ネート中間体を用いて生産物デオキシオリゴヌクレオチ
ドが高収率で合成されることを明白に示している。この
時点では、H−ホスホネートDNAの配列における忠実
度は、ホスホラミダイト法により生産されたものよりも
低いが、この短所は、合成サイクルがより単純であり、
合成に必要なデオキシヌクレオシドH−ホスホネート濃
度が低いということによって十分相殺される。
【0041】実施例5 まず、ジヌクレオチドホスホラミデート2eおよび2f
(反応式3参照)を製造するため、ポリマーと結合したジ
ヌクレオシドH−ホスホネートを、対応するアミン
(10%)とテトラヒドロフラン(THF)との溶液中、
0.05MI2で5分間酸化した。
【0042】
【化12】 生成したアミダイトを固体支持体から除去し(50%濃
水酸化アンモニウム(NH4OH)/ジオキサン、8時
間、r.t.)、蒸留した。両生成物の31P NMRスペク
トルは、略同量のジアステリオマー(diasteriormer)が
存在することを示していた[31P NMRスペクトルはC
DCl3中で得られ、ケミカルシフトは5%りん酸/D2
O(外部基準)との相対値で示されている;2e δ−9.
1、−8.8ppm;2f δ−7.9、−7.6ppm]。H
−ホスホネートジエステルのホスホラミデートへの酸化
は、競合的加水分解によりジエステル2aが生成し複雑
であった。H−ホスホネートジエステルを四塩化炭素で
酸化してホスホラミデートを得る方法[アサートンら(A
therton)、ジャーナル・オブ・ケミカルソサエテイ
(J.Chem.Soc.)660(1945)、ツヴイアーザ
ック(Zwierzak,A.)シンセシス(Synthesis)507
(1975)]は、CCl4への水の溶解度が低いという利
点がある。全てのジヌクレオチドホスホラミデート(2b
−g)は、対応するアミンのCCl4中10%溶液を用いて
(5分間)調製した(対応するホスホラミデートを調製す
るには、ジオキサン/CCl4(1/4)中、アンモニアま
たはメチルアミン飽和溶液を用いた)。試料の高速液体
クロマトグラフィー(HPLC)は、競合的加水分解は極
く少量で、生産物ホスホラミデートが高収率で得られて
いることを示していた(ジチミジンホスフェートジエス
テル2a<3%)。
【0043】ホスホラミデート結合の濃NH4OHに対
する安定性をそれぞれについて調べ、その結果、ホスホ
ラミデート2c−2gは、通常の異項環N−アシル保護基
の除去に必要な条件(55℃、5時間)下に安定であるこ
とが示された。この様な条件下、ホスホラミデート2b
は迅速に分解(t1/2=15分)し、3'ホスホラミン酸
モノエステルと5'ホスホラミン酸モノエステルの混合
物となった[トマス(Tomasz,J.)、ヌクレオシドとヌ
クレオチド(Nucleosides and Nucleotides)
1(1983)]。ジヌクレオチドホスホラミデート(2b
−g)の、エキソヌクレアーゼによる酸素分解に対する安
定性を、膵臓のホスホジエステラーゼとヘビ毒のホスホ
ジエステラーゼを用いて調べた。ジヌクレオチド(2a−
g)と対応する酵素/バッファー溶液とを37℃で1時間
インキュベーションすると、ホスフェートジエステル
(2a)は完全に分解されたが、ホスホラミデート(2b−
g)の分解は検出されなかった(逆相HPLCによる評
価)。観察されたジヌクレオチドホスホラミデート2b
酵素学的安定性は、オギルビー(Ogilvie)[ネーマーら
(Nener)、テトラヘドロン・レター(Tetrahedron Le
tt.)21 4149(1980)]の説に反するが、レッ
シンガー(Letzinger)[レッシンガーら、ヌクレイック
・アシッズ・リサーチ(Nucl.Acids Res.)14
3487(1986)]の報告とは一致する。
【0044】この酸化工程の範囲をさらに追求するため
に、1〜9個のホスホモルホリデート(phosphormorphol
idate)結合を含有するウンデカチミジル酸(T11)を調
製した。上記のプロトコールを用い、調整多孔ガラス上
でポリチミジンH−ホスホネート合成を行った。反応式
4によってその概略が示されている方法は、1個のホス
フェート・ジエステル結合に付随し、9個のホスホモル
ホリデート結合を含有するT11の合成に関するもので
ある。この方法は、3'ホスホラミデート結合を含有す
るT11産物の全てについて用いられた。
【0045】反応式4 1個のホスフェートジエステル
結合(5'末端)に付随する9個のホスホモルホリデート
結合(3'末端)を含有するT11の合成(*はホスホモル
ホリデート結合を示す)
【化13】
【0046】濃NH4OH(2時間/r.t.)によって生
成物を固体支持体から除去し、蒸留した。ポリアクリル
アミドゲル電気泳動(PAGE)およびU.V.像(シャ
ドウイング)は、各々の主生成物バンドを示唆してい
た。バンドを切り取り、粉砕してH2O抽出し、逆相H
PLC(C18)によって単離した。これらの生成物をT4
ポリヌクレオチドキナーゼとγ−32P ATPで処理し
て5'末端を標識した後、PAGE(17%ポリアクリル
アミド/7M尿素)に付してオートラジオグラムを得
た。種々のT11生成物の電気泳動的易動度は極めて顕
著であり、モルホリデートが付加される毎に質量が増大
し、電荷が減少した。様々なT11生成物の電気泳動的
易動度は厳密には質量/電荷比に依存していないという
点は興味深い。多くのホスホラミデート結合を含有して
いる生産物(高質量/電荷比)は、ホスホラミデート結合
のより少ないT11生産物の易動度に基づく予想よりも
大きい易動度を有する。これらのポリチミジンホスホモ
ルホリデート類の各々を85%ギ酸で処理すると(95
℃、15分間)、全てのジエステル結合を含有するT1
1が生成した。
【0047】チオホスフェート同族体の前駆物質として
ヌクレオシドH−ホスホネートジエステルが用いられて
いる[フジイら(Fujii)、テトラヘドロン・レター(Tet
rahedron Lett.)26、935(1986)]。この変
換は、ポリマーと結合したオリゴヌクレオシドH−ホス
ホネート・ジエステル()をトリエチルアミン(TEA)
/二硫化炭素(1/9)中0.1MS8溶液で処理する(5
分間)ことにより、直接、高収率で達成された(>98
%)。ハイブリダイゼーション用のプローブとして用い
る上で極めて高い比活性を有する放射性同位体で標識し
たオリゴヌクレオチドを調製するために、35S放射性同
位体を一部含むS8を用いる。
【0048】酸素のトリエステルは、オリゴヌクレオシ
ドH−ホスホネート()と対応するアルカノール[RO
H(ここに、Rは通常、炭素原子数10以下のアリー
ル、アルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロアリールを
表わす)で示され、好ましくはMeOHまたは、n−BuO
Hである]のN−メチルイミダゾール/TEA/CCl
4(5/5/90)中10%溶液とを反応させることによ
り得られる。この反応は競合的加水分解を極めて受け易
いので、無水条件下で行う様、注意する必要がある。
【0049】b) −g)の1級および2級アミン類は単な
る例示である。一般式
【化14】 (式中、XおよびYは水素、アルキル、ヘテロアルキ
ル、ヘテロアリールまたはアリールからなる群から選ば
れる同一または異なる基であるか、あるいは一緒になっ
てシクロアルケン、シクロアルカンまたは異項環を形成
していてもよい)で示される置換基を用いてもよく、こ
れもまた本発明の範囲内に含まれる。XまたはY、ある
いはこれらが一緒になってヘテロアルキルおよびヘテロ
アリール置換基を形成している種は、インビトロでのハ
イブリダイゼーションプローブとして用いるのに好まし
く、XまたはYがアルキルまたはアリール置換基である
種は、インビボでのハイブリダイゼーションに好まし
い。
【0050】ヘテロアリールROH、XまたはY中のヘ
テロ(異種)原子はS、NまたはOからなる群から選ば
れ、ヘテロアリール基中に約1〜5個存在している。イ
ンビトロでの診断に特に有用なヘテロアリール種は蛍光
性であって、例えば、パルス蛍光に用いられる希土類金
属のキレート類や、偏光蛍光ハイブリダイゼーションア
ッセイに用い得ることが分っている他の置換基である、
ヘテロアリール基を有する種であるる。その様な蛍光標
識オリゴヌクレオチドは、標的DNAとのハイブリダイ
ゼーションに際し、例えば、偏光の変化、発光の波長に
おける変化、発光強度の変化等の蛍光の変化を検出する
ことにより、相の分離を行わずにハイブリダイゼーショ
ンアッセイを行うことができるので、このアッセイにお
いて、特に有用である。本明細書に示した方法によれ
ば、その様な蛍光種でかなりの程度に置換されており、
従って高い比活性を示すオリゴヌクレオチドを容易に得
ることができる。
【0051】以上に示した結果は、ポリヌクレオシドH
−ホスホネートが種々のヌクレオチド間ホスフェート同
族体の価値ある前駆体であることを証明するものであ
る。アミンの存在下、ポリヌクレオシドH−ホスフェー
トを酸化すると、対応するポリヌクレオチドホスホラミ
デートが高収率で得られる。DNA合成におけるH−ホ
スホネート法は、簡便かつ迅速で試薬効率的な方法であ
り、ヌクレオチド間ホスフェート同族体を含有するDN
Aの迅速な合成に適用することができる。この方法は、
天然に存在するヌクレオチドを含有するDNAの、種々
のヌクレオチド間ホスフェート同族体のための容易かつ
有効な合成ルートを与えるものである。

Claims (3)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 【化1】 (式中、Yは対イオン、nは1またはそれ以上、そしてM
    はヌクレオシドを表わす)で示されるポリヌクレオチ
    ド。
  2. 【請求項2】 Mが保護されたヌクレオシドである請求
    項1記載のポリヌクレオチド。
  3. 【請求項3】 保護基がジアルキルホルムアミジンであ
    る請求項2記載のポリヌクレオチド。
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