JPH07504085A - バシラス・リヘニフォルミスx−アミラーゼのプロモーターの変異体由来のバシラス属細菌のプロモーター - Google Patents

バシラス・リヘニフォルミスx−アミラーゼのプロモーターの変異体由来のバシラス属細菌のプロモーター

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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 16、ハシラス属の菌株内でタンパク質を産生させる方法であって;請求の範囲 第9〜12項のいずれか一つに記載のDNA構造体または請求の範囲第13項に 記載のベクターで形質転換されたハシラス属菌株の宿主細胞を、前記タンパク質 を産生させる条件下で培養し、得られたタンパク質を培養物から回収することか らなる方法。
明細書 パンラス・リヘニフォルミスX−アミラーゼのプロモーターの変異体由来のハシ ラス属細菌のプロモーター発明の技術分野 本発明は、パンラス・リヘニフォルミス(Bacillus lichenif ormis)のプロモーター、該プロモーターを含有するDNA構造体、該DN A構造体で形質転換された宿主細胞、および該プロモーターによってハシラス属 の菌株中にタンパク質を産生させる方法に関する。
発明の背景 パンラス・リヘニフォルミスα−アミラーゼの遺伝子の各種プロモーターの配列 はすてに報告されている。すなわち、M、 5ibakovおよび1.Pa1v a、 Eur、J、Biochem、、 145巻、567〜572頁、198 4年には、プロモーター配列を含めてパンラス・リヘニフォルミスα−アミラー ゼ遺伝子の5′末端の単離と決定について報告されている。また、T、 Yun k t ら、J、Biochem、、 98巻、1147〜1156頁、198 5年は、プロモーター配列を含めてパンラス・リヘニフォルミスα−アミラーゼ 遺伝子の完全ヌクレオチド配列を示している。そしてB、 M、 Laoide ら、J、Bacteriol、、 171 (5)巻、2435〜2442頁、 1989年では、パンラス・リヘニフォルミスα−アミラーゼ遺伝子の5′末端 付近の領域からの該遺伝子の異化代謝産物抑制(catabolite rep ression)が考察され、この領域の配列が示されている。
発明の要約 驚くべきことには、本発明の発明者らは、すでに発表されているプロモーターの 配列と相同の新規のプロモーターが、あるタンパク質をコードする遺伝子がその プロモーターから転写されるとそのタンパク質の収量が劇的に増大することを見 出したのである。
したがって本発明は、下記のDNA配列またはこの配列の機能相同体に含有され ているバシラス属菌株のプロモーターに関する。
ωびり番号:l) 上記配列中、N”−N@がともにATGTTTCAまたはGTGTTTCAを形 成しない場合を除いて、N’−N’は各々A、 T、CまたはGである。
すでに発表された配列では、N1はT (T、 Yuukiら、の前記文献)も しくはC(B、M、Laoideらの上記文献)であり、一方N”−N’はAT GTTTCA(T、 Yuukiらの上記文献およびB、 M、 Laoide らの上記文献)またはGTGTTTCA(M、 5tbakovの上記文献参照 )である。いくつもの報告書で、B・リヘニフォルミスα−アミラーゼ遺伝子を 含めてバシラス属菌株の異化代謝産物抑制が考察されている。すなわち、B、M 。
Laoideらの上記文献ならびにB、 M、 Laoideおよびり、1.M cConnell、 J。
Bacteriol、 171巻、2443〜2450頁、1989年には、プ ロモーターから下流でシグナル配列の切断部位から上流の108個のbpに対す る、B・ズブチリス(B、5ubtilis)中のamyLの異化代謝産物抑制 の仲介に必須のシス配列の地図が示されている。これら文献の著者らは、この領 域に逆方向反復配列のTGTTTCAC−20bp−ATGAAACAを同定し ているが、この配列の左側の部分が欠失すると異化代謝産物抑制に影響すること なく、発現が消失するか変化することを報告している。またこれらの著者らは、 多数のB・ズブチリス異化代謝産物抑制遺伝子中の転写開始部位付近のamyL 逆方向反復配列(5’ −A/TTGTNA/T−3′)の左側の部分に相同の 配列を同定している。
Y、MiwaおよびY、PuJita、 Nucl、Ac1ds Res、、  18巻、7049〜7053頁では、B・ズブチリスのgntオペロンの異化代 謝産物抑制に関与するシス配列が11個のbpの領域に限定されている。この1 1個のbpの領域内に8個のbpの配列ATTGAAAGがある。上記の著者ら は、このsbpの配列はバシラス属の菌株の異化代謝産物抑制に関与する共通配 列であろうと主張している。というのはこの配列が他の異化代謝産物抑制を示す バシラス属菌株の遺伝子に見出されたからである。興味深いことには、B・リヘ ニフォルミスα−アミラーゼの遺伝子内で、上記の共通配列は、Laoideら が同定した逆方向反復配列の左側部にすぐに続いている。
M、 J、 Wl!1ckertおよびG、H,Chambliss、 Pro c、Natl、Acad、Sci、USA。
87巻、6238〜6242頁には、amyE遺伝子由来のB・ズブチリス中の 異化代謝産物抑制オペレーター配列の部位特異的突然変異誘発について報告され ている。その著者らは、アミラーゼの過剰産生(hyper−producti on)および異化代謝産物抑制がともに同じ領域内の突然変異によって影響を受 け時には同じ突然変異によって影響を受けたことを観察している。またその著者 らは、B・ズブチリスα−アミラーゼの異化代謝産物抑制オペレーターが他のバ シラス属菌株アミラーゼ遺伝子の調節領域の配列および他の異化代謝産物で抑制 される遺伝子とかなりの相同性を共有していることを見出した。これらの著者が 同定した共通配列は、B・リヘニフォルミスα−アミラーゼ転写開始部位に対し て+70位〜+64位に位置している。
少なくとも一つのグループは、配列N” −N’(本願の命名法による)が異化 代謝産物抑制を行うのに必要なシス配列の必須部分を形成していると考えており 、もう一つのグループはすぐ隣接している配列を指摘している。N2〜N9が逆 方向反復配列の一部を形成していることは注目に値する。これらの配列を修飾す ると、amyLプロモーターから得られる転写のレベルにより影響を与えるかも しれない。しかし、プロモーター配列の他の部分例えばN1における置換も、そ のプロモーターから得た転写レベルに影響するかもしれないということは無視で きない。
本願において、2機能的同族体(functional homologue) ″という用語は、上記配列に対して少なくとも70%の配列同一性を有するプロ モーター配列を意味するものとし、このプロモーター配列は、同様の条件下で、 T、Yuukiらの前記文献またはB、 Laoideらの上記文献に開示され たプロモーターより一層効率的に、そのプロモーター配列が先行している遺伝子 の転写を促進する。転写効率は、例えば、プロモーターからのmRNAの転写の 量を、例えばノーサンブロッティング法もしくはプライマー伸長法で直接測定す るか、またはプロモーターから発現された遺伝子産物の量を間接的に測定するこ とによってめられる。上記用語には、上記プロモーター配列の誘導体、例えば該 配列に一つ以上のヌクレオチドを挿入したもの、該配列のどちらかの末端への一 つ以上のヌクレオチドを付加したもの、および該配列のどちらかの末端もしくは 内部の一つ以上のヌクレオチドを欠失させたものを含めることとするが但しこの ような修飾が該配列のプロモーターとしての機能を損わないことが条件である。
上記配列のフラグメントは機能同族体の上記定義に含まれる。
発明の詳細な開示 本発明のプロモーターは、標準的方法(Sambrookら、Molecula rCloning: A Laboratory Manual、米国、ニュー ヨーク州、コールドスプリングハーバ−11989年参照)にしたがって、T、 Yuukiらの前記文献もしくはB、 Laoideらの前記文献から公知のプ ロモーター配列に基づくオリゴヌクレオチドプローブを用いてハイブリッドを形 成することによって、適切なバシラス・リヘニフオルミス菌株のゲノムから誘導 することができる。公知のプロモーター配列は、公知の方法にしたがって部位特 異的突然変異誘発を行わせることによって一つ以上の部位を修飾することができ る。また本発明のプロモーター配列は、確立された標準方法、例えばS、 L、  BeaucageおよびM、 H。
Caruthers、 TeLrahedron Letters、 22巻、 1859〜1869頁、1981年に記載されているホスホアミダイト法(ph osphoamidite method)またはMatthesら、EM口O J、、3巻、801〜805頁、1984年に記載されている方法によって合成 によって製造することもできる。
本発明の好ましいプロモーターの例は、N1がCもしくはT;またN1がA、  GもしくはC;特にN1がCでN′がAのプロモーターである。すなわちN”− N’は配列ATGTTACAを形成するのが好ましく、一方N1はCが好ましい 。
上記プロモーター配列の適切なフラグメントの例は下記のDNA配列を有する。
可番号:2) 配列中、N’−N”は前記の意味を有する。
好ましい実施態様では、本発明のプロモーターはB・リヘニフオルミスの遺伝子 から誘導され、その遺伝子は特にバシラス・リヘニフォルミスα−アミラーゼの プロモーターの変異体である。
他の態様では、本発明は、上記のプロモーター配列によって先行された、注目の タンパク質をコードするDNA配列を含んでなるDNA構造体に関する。注目の タンパク質としては酵素が有利であり、例えばα−アミラーゼ、シクロデキスト リングリコジルトランスフェラーゼたはプロテアーゼがある。DNA構造体とし ては、シグナルペプチドをコードする配列を含有し、このDNA構造体で形質転 換された細胞を培養すると注目のタンパク質を培養培地に確実に分泌するものが 有利である。
本発明によれば、DNA構造体は自己複製発現ベクター上に存在していてもよい 。このベクターはさらにそのベクターを宿主細胞中で複製することができるよう にするDNA配列を含有している。このような配列の例は、プラスミドのpUc 19(C,Yanisch−Perronら、Gene。
33巻、 103〜119頁、1985年)、 pAcYc177 (A、C, Y、ChangおよびS、 N。
Cohen、 J、BaC1eriO1,、134巻、1141〜1156頁、 1978年)、 pUBllO(Gryczanらの1978年の文献)または plJ702 (E、Katzら、J、 Gen、 Mi c−robtol、 、 129巻、2703〜2714頁、1983年)の複製開始点である。また このベクターは、選択可能なマーカー、例えばアンピシリン、クロラムフェニコ ールもしくはテトラザイクリンに対する耐性のような抗生物質耐性を与える産物 を産生ずる遺伝子、またはB・ズブチリスもしくはB・リヘニフォルミス由来の dal遺伝子(B、 Dideri−chsenの1986年の文献)を含有し ていてもよい。注目のタンパク質をコードするDNA配列、プロモーターおよび 複製開始点を連結するために使用する方法は当該技術分野の当業者にとって公知 である(例えばSambrookら、Mo1ecular Cloning :  A Laboratory Manual。
米国、ニューヨーク州、コールドスプリングハーバ−11989年参照)。
あるいは、DNA構造体は宿主細胞の染色体上に存在していてもよい。このこと は、DNA構造体が宿主細胞内で安定に保持されているような場合に有利なこと が多い。DNA構造体の宿主染色体への組込みは、従来の方法、例えば相同的組 換え法にしたがって実施することができる。プロモーター配列、注目のタンパク 質をコードするDNA配列および任意にシグナル配列は宿主細胞に別個に導入す ることができることには留意しなければならない。
別の態様では、本発明は、バシラス属の菌株内でタンパク質を製造させる方法で あって、本発明のDNA構造体またはベクターで形質転換されたバシラス属菌株 の宿主細胞を、前記タンパク質を産生させる条件下で培養し、得られたタンパク 質を培養物から回収することを含んでなる方法に関する。
上記の細胞を培養するのに使用する培地は、細菌を増殖させるのに適したいずれ の通常の培地でもよい。発現された遺伝子の産物は好ましくは培養物から回収さ れる。産物の回収は通常の方法で行われ、この方法は、細胞を遠心分離または濾 過によって培地から分離し、上澄み液または濾液のタンパク質成分を例えば硫酸 アンモニウムのような塩によって沈澱させ、次いで必要に応じて各種のクロマト グラフィーの方法例えばイオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマ トグラフィーなどに付すことからなる方法である。
本発明を、添付図面を参照して以下の実施例でさらに説明する。
なお図面では下記の略語を使用する。
“pBR322″はpBR322由来のDNAを意味する。
“+ort pUBflO″はpUBlloのプラス複製開始点を意味する;“ rep″はpUBlloのrep遺伝子を意味する;“cat″はpc194の クロラムフェニコール耐性遺伝子を意味する;“cgLA”はテルモアネロバク タ−CGTアーゼの遺伝子を意味する;“PamyM”はB・ステアロサーモフ ィラスのマルトゲニック(malto−genic)アミラーゼ遺伝子(Did erichsenおよびChristiansenの1988年の文献)のプロ モーターを意味する; “bl&″はpBR322のアンピシリン耐性遺伝子を意味する;“pKK23 3−2 ”はpKK233−2由来のDNAを意味する;“PamyL″はB・ リヘニフォルミスα−アミラーゼの遺伝子のプロモーターを意味する; PamyQ″はB・アミロリプファシェンスα−アミラーゼの遺伝子のプロモー ターを意味する; “amyL −cgtA”はB・リヘニフォルミスα−アミラーゼの遺伝子のシ グナルペプチドをコードする部分および成熟酵素をコードするテルモアネロバク タ−(Thermoanaerobacter)属菌株のCGTアーゼ遺伝子の 部分を含有する融合遺伝子を意味する。
“arm”はpH194のエリスロマイシン耐性遺伝子を意味する;“ori  pH194”はpH194のプラス複製開始点とrep遺伝子を含有する領域を 意味する;ならびに “’ amyL”はB・リヘニフォルミスα−アミラーゼの遺伝子の3′末端に またがるDNAフラグメントを意味する。
図1はプラスミドpNv601の制限酵素地図である;図2はプラスミドpPL 187Bの制限酵素地図である;図3はプラスミドpPL1419の制限酵素地 図である;図4はプラスミドpPL1489の制限酵素地図である;図5はプラ スミドpPL1540の制限酵素地図である;図6はプラスミドpDN3000 の制限酵素地図である;図7はプラスミドpPL1759の制限酵素地図である ;図8はプラスミドpPL1892の制限酵素地図である;図9はプラスミドp PL1796の制限酵素地図である;図10はプラスミドpBB37の制限酵素 地図である;図11はプラスミドpPL1385の制限酵素地図である;図12 はプラスミドpPL1893の制限酵素地図である;図13はプラスミドpsJ 1111の制限酵素地図である;図14はプラスミドpDN3060の制限酵素 地図である;図15はプラスミドpsJ1277の制限酵素地図である;図16 はプラスミドpSJ994の制限酵素地図である:図17はプラスミドpsJ1 283の制限酵素地図である;図18はプラスミドpsJ1342の制限酵素地 図である;図19はプラスミドpSJ1359の制限酵素地図である:図20は プラスミドpPL1483の制限酵素地図である;図21はプラスミドpPL1 487の制限酵素地図である;図22はプラスミドpSJ932の制限酵素地図 である;図23はプラスミドpSJ948の制限酵素地図である;図24はプラ スミドpsJ980の制限酵素地図である;図25はプラスミドpsJ1391 の制限酵素地図である;図26はプラスミドpsJ1391に保持されている染 色体α−アミラーゼ遺伝子とamyL −cgtA融合遺伝子の間の相同的組換 えによる交換を示す概略説明図である; 図27は、cgtAの成熟部分の5′末端間の生体内組換えを示す概略図である ;ならびに 図28はプラスミドpsJ1755の制限酵素地図である。
本発明を下記の実施例でさらに説明するが、本発明の適用範囲はこれらの実施例 によって限定されず請求の範囲によって限定されるものである。
実施例 一般的方法 上記プラスミド類を構築するのに使用した実験方法は、組換えDNA法の技術分 野の標準方法である(ToManiatisら、MOleCLIIar Clo ning:A Laboratory Manual、米国、ニューヨーク州、 コールドスプリングハーバ−11982年参照)。
制限エンドヌクレアーゼはNew England Biolabs社およびB oehri−nger Mannheim社から購入しメーカーが推奨するよう にして使用した。T4 DNAリガーゼはNew England Biola bs社から購入しメーカーが推奨するようにして使用した。
菌株からのベクターDNAの調製はすべてKieserの1984年の文献に記 載されている方法によって実施した。
大腸菌(L 並U)の形質転換: 大腸菌の細胞をコンピテント状態にし、Mandelおよび旧gaの1970年 の文献に記載されているようにして形質転換した。
B・ズブチリスの形質転換: コンビテント細胞を調製し、Yasbinらの1975年の文献に記載されてい るようにして形質転換した。
B・リヘニフォルミスの形質転換: AkamatSuの1984年の文献に記載されているようにして、ポリエチレ ングリコールによる原形質体形質転換法によって、プラスミドをB・リヘニフォ ルミスに導入した。
大腸菌、B・ズブチリスまたはB・リヘニフォルミスのCGTアーゼ産生コロニ ーを、1%可溶性デンプンを補充したLB寒天プレート上に形質転換体をプレー トすることによって同定した。37℃もしくは30℃で一夜インキユベートした 後、プレートをヨウ素の蒸気で染色して、デンプン上にCGTアーゼの作用で生 成した加水分解領域を示した。
培地 BPX:シャカイモデンブ:/ 100g/j’大麦粉 50g/I BAN 5000 SKB 0.1 g / /カゼイン酸ナトリウム 10g /l 大豆かす 20g/f Na2HPO,、12J(,09g/IPluronic O,1g / I LB寒天: Bacto−トリプトン 10g/IBacto酵母エキス 5g /I! NaC110g/12 BaCtO−寒天 15g/I! NaOHでpH7,5に調節した。
テルモアネロバクタ−属の種の菌株ATCC53627のCGTアーゼの遺伝子 (以後cgtAと呼ぶ)を保有する大腸菌プラスミドpNV601 (図1)の 構築は国際特許願公開第WO39103421号に開示されている。このcgt A遺伝子を含有するビー・サチリスのプラスミドpPL1878(図2)は国際 特許願公開第W091109129号に記載されている。このプラスミドは以下 のようにして構築した。
pNV601を5au3Aで部分的に消化し次いで再連結し、得られたプラスミ ドで大腸菌5C3I (Stratagene社、米国、カリフォルニア州、  JaJollaから購入した凍結コンピテント細胞)を形質転換し、アンピシリ ン耐性(200μg/ml)で選択した。一つのCGTアーゼ陽性コロニーは、 pPL1419(図3)を含有するPL1419であった。プラスミドpPL1 419を5au3Aで部分的に消化し、次いでフラグメントをBgl IIで消 化したpPL1489(図4)に連結した。一つのCGTアーゼ陽性でアンピシ リン耐性(200u g / ml)の大腸菌5C3I形質転換体はpPL15 40(図5)を含有していた。pKK233−2のPstI部位と旧ndn[の 部位の間に合成りNAクリンカを挿入することによって、プラスミドpKK23 3−2 (Pharma+ja LKB Biotechnologyから購入 した)からpPL1489を誘導した。このリンカ−はpDN3000(図6; 国際特許願公開第91109129号、[)iderichsenらの1990 年の文献)由来のPstI −HlndI[rフラグメントであった。pPL1 540をHae IIとsph Iて消化し、得られたcgtA遺伝子を含有す る2、 4kbのフラグメントを、HaeIr+Sph rで消化したプラスミ ドpDN1380 (DiderichsenおよびChristia−nse nの1988年の文献)に挿入した。ビー・サチリスDN1885 (Dide ri−chsenらの1990年の文献)のCGTアーゼ陽性でクロラムフェニ コール耐性(6μg/ml)の形質転換体はpPL1878を含有していた。
2、α−アミラーゼ/ CGTアーゼの融合遺伝子の構築バシラス・リヘニフォ ルミスα−アミラーゼ遺伝子のamyLをクローン化してプラスミドpDN19 81を得る方法はJprgensenらの1990年の文献に記載されている。
プラスミドpPL1759(図7)において、pDN1981のPst I − HlndI[[フラグメントを、I]DN3000(図6)由来のPst l− HlndInのマルチリンカ−フラグメントで置換した。それはamyLプロモ ーターおよび大部分のシグナルペプチドをコードする配列を保持していた。
2.4kbのSal I −Not Iフラグメント上にある、pPL1817 から切取ったcgtA遺伝子を、Sal I + Not Iで消化したpPL 1759に挿入し、得られたプラスミドでDN1885を形質転換しカナマイシ ン耐性(10Jg/ml)で選択して、プラスミドpPL1892(図8)を構 築した。
pB837(図10; Jprgensen、 P、らの1991年の文献)由 来の0.5kbのSac I −EcoRV 7ラグメントを、Sac I +  Sma Iで消化した1)PL1385(図11 HDiderichsen らの1990年の文献)に挿入し、得られたプラスミドでDN1885を形質転 換しクロラムフェニコール耐性(6μg/ml)で選択してプラスミドpPL1 796(図9)を構築した。
2、4kbのBamHI −Not Iフラグメント上にある、 pPL187 8から切取ったCGTアーゼ遺伝子を、BamHI + Not Iで消化した pPL1796に挿入し、得られたプラスミドでDN1885を形質転換しクロ ラムフェニコール耐性(6μg/ml)で選択することによって、プラスミドp PL1893(図12)を構築した。
同じプラスミドに含有され、かつ相同領域を共有する二つのDNA配列を、生体 内で相同領域間の組換えによってともに融合することができる(図27参照)生 体内での遺伝子工学的方法(Jprgensenらの1990年の文献)を、a myL遺伝子とcgtA遺伝子の融合体を構築するのに用いた。この場合、Cg tAシグナルペプチドをコードする配列はamyL遺伝子のシグナルペプチドを コードする配列で正確に置換されていた。
この目的のために、下記のオリゴヌクレオチドリンカーを合成して、5allで 消化したpUc19 (Yanish−Perronらの1985年の文献)に 連結し、得られたプラスミドで大腸菌SJ 2 (Didericbsenらの 1990年の文献)を形質転換し、アンピシリン耐性(200μg/ml)で選 択しpsJllll(図13)を得た。
amyLシグナルペプチドのコーディング領域の3′末端5all Bcl工  Pst工 CgtA成熟タンパク質のコーディング領域の5′末端Xba工 Sal工 GCACCC;GATACTTCAGTTTCTCTAGAG −3’CGTG GCCTATGAAGTCAAAGAGATCTCAGCT −5’ ωび1洛 号:3)pc194(HorinouchiおよびWeisblumの1982 年の文献)由来のクロラムフェニコール耐性の遺伝子catを、1. lkbの BamHI −Bgl Inフラグメントとして、pDN3060(図I4;国 際特許出願公開第WO91109129号)から切取り、Bcl Iで消化した psJllllに挿入し、得られたプラスミドで大腸菌SJ 6 (Dider ichsenらの1990年の文献)を形質転換し、アンピシリン(200μg /ml)とクロラムフェニコール(6μg/ml)の耐性で選択してpSJ12 77(図15)を得た。
pPLl、893由来の0.6kbのNot I −Neo nフラグメントを pPL1892由来の5.4kbのNOt I −Nco nフラグメントに連 結し、得られたプラスミドでDNI885を形質転換し、カナマイシン耐性(1 0μg/ml)で選択することによってpSJ994 (図16)を構築した。
psJI277由来の1. lkbの5allフラグメントをSal Iで消化 したpSJ994に連結し、得られたプラスミドでDN1885を形質転換し、 カナマイシン耐性(10μg/ml)とクロラムフェニコール耐性(6μg/m 1)で選択することによってpsJ1283(図17)を構築した。
psJ 1283から1. IkbのPstIフラグメントを欠失させ、得られ たプラスミドでDN1885を形質転換させ、カナマイシン耐性(10μg/m l)で選択してpsJ1342(図18)を構築した。
psJ1342からの実際の生体内組換えによって、psJ1359(図19) を構築した。CGTアーゼ遺伝子の成熟部分の出発部と、psJ1342上のP stlとSa、II間に延びる合成オリゴヌクレオチドの部分との間には相同性 がある。このプラスミドがこれらの2つの相同領域間の組換えを受けるとXba I 、Sal IおよびBamHIに対するユニーク部位が欠失する。
宿主菌株DN1885から製造したpsJ1342の1バツチをBam)II、  XbaIおよび5alIで完全消化し、その消化したプラスミドで、DN18 85のコンピテント細胞を直接(すなわち連結を行わずに)形質転換し、カナマ イシン耐性(10μg/mりで選択した。この方法によって組換プラスミドは強 く強化される。というのは線形化されたプラスミドモノマーは、ビー・サチリス のコンピテント細胞を形質転換できるからである(Mottesらの1979年 の文献)。組換えられたプラスミドは制限酵素によって開裂されることなく、し たがってビー・サチリスのコンピテント細胞を充分形質転換することができるモ ノマーおよびオリゴマーの形態の混合物として存在する。このようにして得られ た一つの形質転換体はpsJ1359を含有していた。このプラスミドは、pU Bllo(LaceyとChopraの1974年の文献、Gryczanらの 1978年の文献、MCKenZieらの1986年の文献)の複製開始点、p UBlloのRepタンパク質の遺伝子、カナマイシン耐性遺伝子、ならびにテ ルモアネロバクタ−属の種の菌株ATCC53627由来のCGTアーゼの成熟 部分をコードするDNAに完全に融合された、B・リヘニフォルミスのアミラー ゼ(amyL)プロモーターおよびシグナルペプチドのコーディング領域を含有 している。
3、染色体組込みベクターの構築 pUB1]、0のカナマイシン耐性遺伝子(Kan)を含有する1、 4kbの BamHnフラグメントをプラスミドpDN2904 (国際特許出願公開第W 09]、109129号)から切取り、Bgl IIで消化したpDN3000 (図6)に連結し、得られたプラスミドで大腸菌5C3Iを形質転換してアンピ シリン耐性(100μg/ml)で選択して、かような一つの形質転換体からp PLl、483(図20)を回収した。
次にこのプラスミドを、復製に対して温度感受性のノくシラス属細菌のベクター であるプラスミドpE194(HorinouchiおよびWeisblumの 1982年の文献b)と結合させた。pPL1483をAcc Iで消化し、p E194をC1a Iで消化し、得られた二つの線状化プラスミドを混合して連 結し、生成したプラスミドでB・ズブチリスDN1885を形質転換し30℃に てカナマイシン耐性(10μg/ml)で選択した。得られた形質転換体の一つ はpPL1487(図21)を含有していた。
amyL遺伝子の3′末端のフラグメントを、プラスミドpDN1528Jpr gensen、 S、らの1991年の文献)から、0.7kbのSal I  −HlndI[フラグメントとして切取り、Sal I +HindIIIで消 化したpUc19に連結し、生成したプラスミドでイー・コリSJ2を形質転換 し、アンピシリン耐性(200μg/ml)で選択した。このようにして得た形 質転換体の一つはpSJ932 (図22)を含有していた。
Bgl mリンカ−を旧ndIIで消化したI)SJ932に挿入し、得られた プラスミドでSJ2を形質転換し、もう一度アンピシリン耐性(200μg/m 1)で選択することによってプラスミドpSJ948 (図23)を得た。
pPL1487の5. lkbの旧ndIIIフラグメントを、Hindlnで 消化したpSJ948に連結し、得られたプラスミドでB・ズブチリスDN18 85を形質転換し、30℃にてカナマイシン耐性(10μg/ml)で選択する ことによって、psJ980 (図24)を構築した。
最後に、psJ1359の4. OkbのBgII[フラグメントを、psJ9 80の5.6kbのBgl nフラグメントに連結し、得られたプラスミドでD N1885を形質転換し、30℃にてカナマイシン耐性(10μg/ml)で選 択することによってpsJ1391(図25)を構築した。このプラスミドは、 複製に対して温度感受性でカナマイシンとエリスロマイシンに対する耐性を与え るベクター上に、B・リヘニフオルミスα−アミラーゼ遺伝子(amyL)由来 のプロモーターと上流領域(約0.4kb) 、α−アミラーゼ/ CGTアー ゼ融合遺伝子(amyL−cgtA) 、およびα−アミラーゼ遺伝子の3′領 域(’ amyL)由来の約0.7kbを含有している。
B・リヘニフォルミスのα−アミラーゼ産生菌株を、原形質体形質転換法(Ak amatsuの1984年の文献)によって、psJ1391で形質転換した。
−回再生させたところカナマイシン耐性のコロニーが単離し、α−アミラーゼと CGTアーゼの両方を産生ずることが見出された。これら二つの酵素が産生じて いることは次のようにして容易に認めることができる。すなわち振盪フラスコ中 のBPX培地(国際特許出願公開第W091109129号)による培養物から 得た培養上澄み液中のタンパク質を等電点電気泳動ゲル法(たとえばPharm acia phastsystemを用いる)で分離し、次いで1%の可溶性デ ンプンを含有するアガロースゲルを上にのせ次にヨウ素蒸気で染色することによ って認めることができる。CGTアーゼの活性はPI4.5において検出し、α −アミラーゼの活性はPI3において検出した。
この形質転換体をそのプラスミドの内容について分析したところ、入ってくるプ ラスミドと染色体との間の組換えが起こったことが分かった。すなわち、二重組 換えによって、染色体のα−アミラーゼ(amyL)遺伝子とプラスミドがもっ ているamyL −cgtA融合遺伝子との交換がなされた結果、単離されたプ ラスミドはamyL遺伝子を保有しくこのプラスミドで形質転換されたB・ズブ チリスDN1885はα−アミラーゼを産生じた)、一方amyL −cgtA 融合遺伝子は染色体上に存在していた(図26)。
TY培地(国際特許出願公開節W091109129号)中カナマイシンなしで 菌株を増殖させることによって、自発的にそのプラスミドを失った菌株を単離し た(SJ1599. SJ]、603〜1607)。
B・リヘニフォルミスの元の形質転換体について、組換えを促進するため、染色 体への組込みと続いてプラスミドの切取りを確実に行う実験を実施した。元の形 質転換体を、IOμg/mlのカナマイシンを含有するLB寒天(国際特許出願 公開節W091109129号)上に50℃でプレートし、個々のコロニーを5 0℃で数回、再画線を行い、次いで各々をカナマイシンなしで30℃にて一夜連 続してTY培養物中で増殖させて、プラスミドを切除させた。元の50℃での各 コロニー由来のKanas単離物をBPX振盪フラスコ中でインキュベートし、 次いでα−アミラーゼまたはCGTアーゼの産生を上記の等電点電気泳動ゲル法 で分析して測定した。分析されたこれらのプラスミドなしの菌株はすべてCGT アーゼまたはα−アミラーゼを産生じた。CGTアーゼを産生する単離物は例え ば5J1561〜1562.1580〜1583.1586〜1591および1 595である。
5J1608と命名した一つの菌株は他の菌株よりも大量のCGTアーゼを産生 するようであった。
菌株5J1561.1562.1599.1606および1608をサザンプロ ット分析に付して、これらの菌株は染色体のamyL遺伝子がamyL −Cg tA遺伝子で置換されていることを確認した。
以下の試験結果は、BPX入り振盪フラスコ中で6日間37℃でインキュベート して生成したCGTアーゼの活性を定量することによって得た(いくつもの実験 で得た結果である。菌株の各グループ内の変動の主原因は異なるバッチの振盪フ ラスコを使用したことである)。
5J1608 200〜275 5、プロモーターの分析 我々は、amyL −cgtA遺伝子を含有する菌株5J1608およびその外 の菌株のCGTアーゼの産生量の大きな差が、CGTアーゼの発現に関与してい るamyLプロモーターの差が原因であるのか否かを試験した。
B・リヘニフォルミスの宿主菌株のamyLプロモーターの配列を配列番号=4 に示す。
CGTアーゼを産生する多数のB・リヘニフォルミス菌株由来のプロモーター領 域をPCR法(Saikiらの1988年の文献)によって染色体DNAから増 幅した。この場合、204〜233位の読取り下流(readingdowns tream)からamyLプロモーターまでに相当する一つのオリゴヌクレオチ ドおよび成熟CGTアーゼをコードするDNAの5′末端と読取り上流(rea ding upstream)に相当するもう一つのオリゴヌクレオチドをプラ イマーとして用いた。この第二のオリゴヌクレオチドの配列は5 ’ −CCT GTTGGATTATTACTGGG−3’ (配列番号:5)であった。
各菌株由来の増幅DNAフラグメントをアガロースゲルから切取り、次いでジデ オキシ法(Sangerらの1977年の文献)の配列決定プライマーとして、 PCR増幅に使ったのと同じオリゴヌクレオチドを用いて配列を直接決定した。
配列分析の結果から、プロモーター領域内の二つの点変異の一方もしくは両方が 、観察されたCGTアーゼの産生量の大きな差の原因であることが分かる。
菌株5J1599と1603〜1606はすべて低収量であるが配列番号=4に 示すプロモーター配列をもっている。しかし、高収量菌株の5J160Bは配列 番号二6に示すプロモーター配列を含有している。
上記の差は、553位において5J1608がTの代わりにCを含有している場 合、および593位において5J1608がTの代わりにAを含有している場合 に起こる。
psJ1359とpsJ1391上に存在するamyLプロモーターの配列は、 上記のPCR増幅法と配列決定法を用いて決定した。その結果、両方のプラスミ ドが配列番号:lに示すプロモーター配列すなわち5J1608のプロモーター 配列と同一の配列を含有していることが分かった。
6、B・リヘニフォルミスα−アミラーゼの遺伝子amyLの発現に対するプロ モーターの作用の分析 pDN1981 (実施例2参照)由来の3.3kbのロglII−旧ndI[ rフラグメントを、psJ1391(図25)由来の4.9kbのBgl II −旧ndI[[フラグメントに連結し、得られたプラスミドでN1885を形質 転換し、30℃でカナマイシン耐性(10μg/ml)で選択することによって psJ1755(図28)を構築した。このプラスミドは、SEQ ID6に示 すプロモーター配列(このプロモーターは高収率CGTアーゼ菌株5JI608 に見出される)を有する前amyL遺伝子と、複製について温度感受性でかつカ ナマイシンとエリスロマイシンに対する耐性を与えるベクター上に含有している 。
5J1608が誘導されたα−アミラーゼ産生B・リヘニフオルミス菌株は、ア ルカリ性プロテアーゼ遺伝子中に挿入されその結果この遺伝子を中断してこの菌 株をアルカリプロテアーゼ陰性にするクロラムフェニコール耐性遺伝子を含有し ていた。誘導体の菌株5J1707は、クロラムフェニコール耐性遺伝子が約1 50bp欠失しその菌株がアルカリプロテアーゼ陰性になっていることを除いて 5J1608と同一である。
プラスミドpsJ1755を、原形質体形質転換法で菌株5J1707中に導入 し、次いで実施例4に記載されているようにして組込み/切取りを行うことによ って、amyL−cgtA融合遺伝子のamyL遺伝子による置換が達成された 。
配列番号=6で示すプロモーター配列のamyL遺伝子より先行している形質転 換菌株5J1707からのα−アミラーゼの収量を、5J1608が誘導された 菌株で配列番号=4で示すプロモーター配列がamyL遺伝子より先行している 菌株からの収量と比較した。
BPX入り振盪フラスコ培養物を6日間37℃でインキュベートして下記の試験 結果を得た。
プロモーターの配列 アミラーゼ、任意単位配列番号;41 配列番号:6 105 これらの試験結果から、α−アミラーゼの収量は配列番号=6に示すプロモータ ー配列を用いると大きく増大することは明らかである。
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121、 296−304゜ 配列表 (1,)一般情報: (i)出願人: (A)名称+ Nova Nordisk A/5(B)ストリート: Nov o A11e(C)市: Bagsvaerd (E)国:デンマーク (F)郵便番号(ZIP) : 2880(G)電話: +454444888 8(H)テレファックス: +4544493256(1)テレックス: 37 304 (ii)発明の名称:バシラス属菌株のプロモーター(迅)配列の数二〇 (iv )コンピューターが読取り可能な形態:(A)媒体の種類:フロッピー ディスク(B)コンピューター: IBM PCコンパチブルCC)オペレーテ ィングシステム: PC−DO3/MS−DO3(D)ソフトウェア: Pat ent In Re1ease #1.0゜Version 81.25 (E PO)(2)配列番号:1の情報: (i)配列の特徴: (A)長さ二616個の塩基対 (B)種類:核酸 (C)鎖の数ニー水路 (D)トポロジー、線状 (ii)分子の種類: DNA(ゲノム)(vi )起源: (A)生物:パンラス・リヘニフォルミス(xi)配列の表示:配列番号:工 (2)配列番号:2の情報: (j)配列の特徴: (A)長さ2186個の塩基対 (B)種類:核酸 (C)鎖の数ニー水路 (D)トポロジー:線状 (ii)分子の種類: I)NA(ゲノム)(vi )起源。
(A)生物・パンラス・リヘニフォルミス(xi)配列の表示、配列番号、2 A;υσ℃ 186 (2)配列番号:3の情報: (i)配列の特徴: (A)長さ:66個の塩基対 (B)種類、核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:線状 (i)分子の種類: cDNA (νI)起源; (A)生物:合成 (xi)配列の表示 配列番号:3: TCCAr AC口xTりα丁wccw工石α石CAαr−QンスCTnフ5て T 60CDrhKJ 66 (2)配列番号 4の情報。
(i)配列の特徴 (A)長さ、616個の塩基対 (B)種類:核酸 (C)鎖の数・−水路 (D)トポロジー:線状 (1i)分子の種類・DNA (ゲノム)(vi )起源: (A)生物 パンラス・リヘニフォルミス(xi)配列の表示:配列番号=4: (2)配列番号:5の情報: (i)配列の特徴・ (A)長さ720個の塩基対 (B)種類:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:線状 (ii)分子の種類: cDNA (vi)起源: (A)生物二合成 (xi)配列の表示、配列番号、5: ご頭1品Tfflnα剪 20 (2)配列番号:6の情報。
(i)配列の特徴: (A)長さ=616個の塩基対 (B)種類:核酸 (C)鎖の数、−水路 (D)トポロジー、線状 (ii)分子の種類: DNA(ゲノム)(vi ) 起1M ’パンラス・リ ヘニフォルミス(xi)配列の表示:配列番号:6: ! AGAATC616 Fig、 4 Fig、 5 沫 Fig、 6 Fig、 7 Fig、 8 o8 Fig、 10 Fig、11 Fig、 12 Fig、 20 Fig、 21 Fig、 24 Fig、 25 Fig、 28 補正書の翻訳文提出書 (特許法第184条の8) 平成6年5月13日

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.下記DNAの配列: 【配列があります (配列番号:1) (配列中、N2−N9が一緒になって配列【配列があります】または【配列があ ります】を形成しない場合を除いて、N1−N9は各々A,T,CまたはGであ る)または上記配列の機能的同族体に含有されているバシラス属菌株のプロモー ター。 2.N1がCまたはTである請求の範囲第1項記載のプロモータ3.N7がA, GまたはCである請求の範囲第1項記載のプロモーター。 4.N1がCでN7がAである請求の範囲第1項記載のプロモーター。 5.N2−N9が一緒になって配列【配列があります】を形成する請求の範囲第 1項記載のプロモーター。 G.N1がCである請求の範囲第5項記載のプロモーター。 7.下記配列: 【配列があります】 (配列番号:2) (配列中、N1−N9は上記の意味を有する)に含有されている請求の範囲第1 項記載のプロモーター。 8.バシラス・リヘニフォルミスの遺伝子から誘導され、特にバシラス・リヘニ フォルミスα−アミラーゼのプロモーターの変異体である請求の範囲第1〜7項 のいずれか一つに記載のプロモーター。 9.請求の範囲第1〜8項のいずれか一つに記載のプロモーター配列が先行して いる注目のタンパク質をコードするDNA配列を含んでなるDNA構造体。 10.注目のタンパク質が、α−アミラーゼ、シクロデキストリングリニユシル トランスフェラーゼまたはプロテアーゼのような酵素である請求の範囲第9項記 載のDNA構造体。 11.さらに、シグナルペプチドをコードするDNA配列を含有する請求の範囲 第9項または10項に記載のDNA構造体。 12.シグナルペプチドが、B・リヘニフォルミスα−アミラーゼのシグナルペ プチドである請求の範囲第11項記載のDNA構造体。 13.請求の範囲第9〜12項のいずれか一つに記載のDNA構造体を含有する 組換え発現ベクター。 14.請求の範囲第9〜12項のいずれか一つに記載のDNA構造体、または請 求の範囲第13項に記載のベクターで形質転換された宿主細胞。 15.バシラス属の菌株、特にバシラス・リヘニフォルミス、バシラス・レンタ ス、バシラス・ブレビス、バシラス・ステアロサーモフィラス、バシラス・アル カロフィラス、バシラス・アミロリケファシエンス、バシラス・コアギュランス 、バシラス・スリンジエンシスまたはバシラス・サチリスの菌株である請求の範 囲第14項記載の宿主細胞。 16.バシラス属の菌株内でタンパク質を産生させる方法であって;請求の範囲 第9〜12項のいずれか一つに記載のDNA構造体または請求の範囲第13項に 記載のベクターで形質転換されたバシラス属菌株の宿主細胞を、前記タンパク質 を産生させる条件下で培養し、得られたタンパク質を培養物から回収することか らなる方法。
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