JPH05501348A - あらかじめ選択された特異性を有するレセプターを単離する方法 - Google Patents

あらかじめ選択された特異性を有するレセプターを単離する方法

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JPH05501348A JP50827490A JP50827490A JPH05501348A JP H05501348 A JPH05501348 A JP H05501348A JP 50827490 A JP50827490 A JP 50827490A JP 50827490 A JP50827490 A JP 50827490A JP H05501348 A JPH05501348 A JP H05501348A
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    • C07K2317/56Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 あらかじめ選択された特異性を有するレセプターを単離する方法 起−述 侠歪公団 本発明はあらかじめ選択された活性を有するポリマーを製造する方法に関する。 豊−量 リガントとレセプターの間の結合現象は生物学上の系において多くの非常に重要 な役割を果たす、このような現象の例としては、酸素分子がデオキシヘモグロビ ンに結合してオキシヘモグロビンを形成すること、及び蛋白質とトリプシン等の プロテアーゼの間に起こるような、基質のそれに作用する酵素への結合がある。 生物学上の結合現象のさらに他の例としては、抗原の抗体への結合、及び補体成 分C3のいわゆるCR1レセプターへの結合がある。 多くの薬物及び他の治療用薬剤も結合現象に依存するものと考えられている0例 えば、モルヒネ等のアヘン剤は脳の中の特異的レセプターに結合することが報告 されている。アヘン作用薬及び拮抗薬はモルヒネ等の薬物とその結合部位を競合 することが報告されている。 モルヒネ及びその誘導体のような合成薬品等のリガンド類並びに、エルドルフィ ン及びホルモン等の生物学上の系に天然に存在するリガンド類は生物学上の系に 天然に存在するレセプターに結合するもので、共にここで扱うことになろう、こ のような結合は数多くの生物学上の現象を導くことができ、それらには特にそれ ぞれ、蛋白質がトリプシン若しくはパパイン等の酵素によって構成成分であるポ リペプチドに加水分解されるか、若しくは脂肪がグリセリンと3個のカルボン酸 に開裂されるような、アミド結合及びエステル結合の加水分解が含まれる。さら に、このような結合は、炭素−炭素結合及び炭素−窒素結合の形成と同様に、蛋 白質及び脂肪の形成におけるアミド結合及びエステル結合の形成を導くことがで きる。 を推動物におけるレセプター産生系の例として免疫系がある。 哺乳動物の免疫系は、おそら<1.0X10’以上のレセプター特異性を抗体と いう形で生ぜしめることができるほどに、最も融通性の高い生物学上の系のひと つである。実際に、現在の生物学的及び医学的研究の多くはこのレパートリ−を 開くことをめざしている。この10年間、広大な免疫学的レパートリ−の産生物 を活用するための能力は劇的に増大してきている。ケーラー及びミルシティン( Kohler and Milstein)によるハイブリドーマ法の開発はモ ノクローナル抗体、すなわち単一の特異性を持つ抗体分子組成物を、免疫反応の 間に誘導される抗体のレパートリ−から生産することを可能にしている。 残念ながら、モノクローナル抗体を産生させるための現行の方法では、特定の抗 原により誘導される抗体反応の全体を効率よく把えることはできない、動物−個 体中には、例えばジニトロフェノールのような小さく比較的堅い抗原に対する独 特の抗体を産生ずることができる異なるB細胞クローンが最低5−10,000 個ある。さらに、多様な抗体を産生ずる間の、身体の突然変異過程により、本質 的に無限の数の独特の抗体分子が産生されるであろう、多様な抗体に対するこの 広大な可能性とは対照的に、現在のハイブリドーマ法からは、−融合あたりわず か数百の異なるモノクローナル抗体しか通常得られない。 ハイブリドーマ法によるモノクローナル抗体の製造における他の困難には、ハイ ブリドーマ培養組織の遺伝的不安定性及び低い生産能力が含まれる。当技術分野 がこれらの後者の2問題を克服しようとの試みに用いてきた方法の1つが、興味 をひく特定のハイブリドーマからの免疫グロブリン産生遺伝子を原核生物の表現 系の中にクローニングすることであった0例えば、ロビンソンら(Robins on at al、)+ P CT公開第W○8910 O99号;ウィンター ら(14inter et al、)、欧州特許公開第0239400号;リー ディング(Read ing) + 米国特許第4,714,681号;及びカ ビリイら(Cabilly et al、L欧州特許公開第0125023号を 参照のこと。 を椎動物の免疫学的レパートリ−には最近、触媒活性を有する免疫グロブリンを コーディングする遺伝子が含まれることが見出されている。トラモンターノら( Trasontano et al、)、サイエンス(Sci、)、 234巻 、第1566−1570頁、1986年;ボラックら(Pollack et  al、)+ サイエンス(Sci、)、234巻、第1570−1573頁、1 986年:ジヤツジら(Janda et al、)。 サイエンス(Set、)、241巻、第1188−1191頁、1988年;及 びジヤツジら(Janda et al、)、サイエンス(Sci、)、244 @、第437−440頁、1989年。化学反応を触媒することができる、すな わち酵素のように作用する抗体分子の存在、あるいはそれを生産するレパートリ −を誘導する能力は、はぼ20年も前にW、P、ジェンクス(14,p、 Je ncks)によって化学及び酵素学における触媒、マクグロウヒル社、ニューヨ ーク、1969年、中に既に仮定されていた。 当技術分野が早くに免疫学的レパートリ−から触媒的な抗体を単離できず、また それらを実際に発見した後ですら現在までに多くを単離できずにいる理由の1つ は請求める活性についてのレパートリ−の大部分がスクリーニング不能であるこ とによると考えられる。もう1つの理由は、ハイブリドーマ法のような現在利用 できるスクリーニング法が、本質的に触媒作用に対抗して、その効力を消す過程 に参加するように設計された高親和性抗体を生産することに偏向していることに よると考えられる。 発ayy、(1粒 本発明は、それぞれ第−及び第二遺伝子からの第−及び第二ポリペプチドの発現 を調節する5′末端プロモーターを含む線状二本鎖DNA発現ベクターを製造す る方法において、当該第−及び第二ポリペプチドがあらかじめ決められた特異性 を有するヘテロ二量体レセプターを形成することができる方法を提供する。 該ベクターは当該第一ポリペプチドをコードしている遺伝子を含む第一遺伝子の 多様な第一集団を単離することによって製造され、当該第一集団はエンドヌクレ アーゼによって認識される制限部位を規定する線状二本鎖DNA分子によって構 成されており、当該制限部位は当該遺伝子に対しては5′末端に配置され、当該 遺伝子の発現を調節するプロモーターに対しては3′末端に配置される。当該第 二ポリペプチドをコードする遺伝子を含む第二の遺伝子から成る第二の多様な集 団がその後単離され、当該第二集団は当該制限部位を規定する線状二本鎖DNA 分子によって構成されており、当該制限部位は当該第二遺伝子に対して3′末端 に配置され、当該第二遺伝子は当該第二遺伝子の発現を調節するプロモーターに 対して3′末端に配置されている。二本鎖DNA分子はその後当該集団中に存在 する間に当該エンドヌクレアーゼによって開裂され、粘着末端及び当該第一遺伝 子の1個あるいは当該第二遺伝子の1個のいずれかを有する制限断片を産生ずる 。こうして製造された制限断片はそれぞれの当該粘着末端により互いにランダム に結合し、同一のDNAN玉鎖上に並び単一のプロモーターの調節下にある当該 第一遺伝子を1個と当該第二遺伝子を1個有する二本鎖線状DNA発現ベクター からなる多様な集団を産生ずる。あらかじめ決められた特異性を有する当該異種 二成分性(heterocjimeric)レセプターを発現することができる ベクターがその後、二本鎖DNA発現ベクターの多様な集団から単離される。 盈皿旦亘!呈悦皿 本開示の一部を成す図面において二 X上 主要な構造上の特徴を示す免疫グロブリン分子の概略図を示す。重鎮(H 鎖)上の丸で囲まれた範囲は可変領域(VH)を表わし、その領域の生物学上活 性な(リガンド結合)部分を含むポリペプチド及びそのポリペプチドをコードす る遺伝子が本発明の方法によって製造される。 ILLΔ ヒトIgG(IgG1サブクラス)のH鎖の概略図。番号付けは左方 のN末端から右方のC末端方向になされている。それぞれが約60アミノ酸残基 に及ぶ傾向ジスルフィド結合(S−8)を含有する4個のドメインの存在に注目 されたい。記号CHOは炭化水素を表わす。重(H)鎖のV領域(VH)は3個 の超可変性CDR(表示せず)を有することにおいてVLに類似している。 !旦 ヒトに鎖の概略図(パネルl)。番号付けは左方のN末端から右方のC末 端方向へなされている。VL及びCL ドメインにおいてほぼ同数のアミノ酸残 基に及ぶ傾向ジスルフィド結合(S=S)に注目されたい。パネル2はVL ド メイン中の相補性決定領域(CDR)の位置を示す。CDRより外の部分は骨格 部分(F R)である。 lJ3 ホスホリルコリンに対して特異性を有する19のマウスモノクローナル 抗体のVH領領域アミノ酸配列。アミノ酸配列の各部分は連続番号の数ページに わたって示しである。HPという記号は該蛋白質がハイブリドーマの産物である ことを示す。残りのものは骨髄腫蛋白である(ギアハートら(Gearhert  et al、 )、ネイチャ=(Nature)、291巻、第29頁、19 89年)。 14FITcで免疫したマウスの肺臓から得られたmRNAのPCR増幅より得 られた結果を例示する。レーンR17−R24は独特の5′プライマー(2−9 、表1)及び3′プライマー(12、表1)との増幅反応に対応し、R16はイ ノシンを含有する5′プライマー(10、表1)及び3′プライマー(12、表 1)とのPCR反応を表わす。Z及びR9は増幅対照である:対照Zはプラスミ ド(PLR2)からのVHの増幅を含み、R9はプライマー11及び13(表1 )を用いた肺臓m RN Aの不変領域からの増幅を表わす。 l ヌクレオチド配列をラムダZAP中のPCR増幅化vH領域のcDNAライ ブラリーからクローニングし、連続番号の数ページにわたって示す。N末端の1 10塩基をここでは記載しており、下線のヌクレオチドはCDRI (相補性決 定領域)を表わす。配列L03、L35、L47及びL48はあらかじめ定義さ れたいずれのサブグループにも分類できなかった。 96 ラムダZapIIVH(パネルA)及びラムダZapVL (パネルB) 発現ベクターを産生ずるためにラムダZAP中に挿入された合成りNA挿入基の 配列(各パネルを連続番号の数ページにわたって示した)。このベクターがVH 及びVLココ−ィングDNAホモログ(相同体)を発現するためにめられる種々 の特徴にはシャインーダルガルノリポゾーム結合部位、ムーバら(Mouva  at al、)によってジャーナルオブバイオロジカルケミストリイ(J、 R ial、 Chew、)、255−l、第27頁、1980年、に述べられてい るような発現蛋白質を周辺原形質に振り向けるためのリーダー配列、並びにV、 及び■、ホモログを発現ベクターに機能的に結合させるのに使用される種々の制 限酵素部位が含まれる。 ■8発現ベクター配列は重鎮の可変性領域(V M骨格)に典型的に見られるア ミノ酸をコードする短い核酸配列も含む、このv9骨格はすぐ上流にあり、Xh oI及び5peI中に機能的に結合されているv、DNAホモログとして正確に 読まれる一VLDNAホモログはNcol及び5peI制限酵素部位で■、配列 (パネルB)中に機能的に結合されており、それゆえにv8骨格領域はvLDN Aホモログが機能的に■1ベクター中に結合される場合には抹消される。 [細菌性発現ベクターラムダZapUVイ (V、−発現ベクター)の主な特徴 を示す0図6による合成りNA配列をラムダZapnからのT、ポリメラーゼプ ロモーターとともに上部に示す。 ラムダZapH中の挿入配位(orientation)を示す−VMDNAホ モログXhoI及び5per制限酵素部位中に挿入される。 VM DNAはX hol及び5pe1部位中に挿入され、転写を通じての読取りにより、クローニ ング部位の丁度3′に位置するデカペプチドエピトーブ(tag:標識)を産生 ずる。 計 細菌性発現ベクターラムダZapHVL (VL発現ベクター)の主な特徴 を示す0図6に示した合成配列をラムダZap■からのT、ポリメラーゼプロモ ーターとともに上部に示す、ラムダZap■中の挿入配位を示す。VLDNAホ モログは、ショートら(Short et al、)+ヌクレイ7クアシツヅリ サーチ(Nucleic Ac1dsているインビボの除去プロトコールによっ て製造されるファージミド中に挿入される。iV、DNAホモログは該ファージ ミドのNcol及び5pelクロ一ニング部位中に挿入される。 l 修飾された細菌性発現ベクターラムダZapIIVLn、このベクターは下 記の合成りNA配列: を、制限酵素5acI及びXhoIで消化されたラムダZapII中に挿入する ことによって構成される。この配列はシャインーダルガルノ配列(リポゾーム結 合部位)、発現蛋白質を周辺原形質に振り向けるためのリーダー配列、及びv、 DNAホモログをこのベクターにより供給される5acI及びXbaIi11限 酵素部位中に機能的に結合させるのに過当な核酸配列を含む。 皿工立 ラムダvL■発現ベクターを産生ずるためにラムダZapU中に挿入さ れる合成りNA断片の配列0種々の特徴及び制限エンドヌクレアーゼ認識部位を 示す。 型土上 ■工及び■、を別々に及び両者を合わせて発現するためのベクターを示 す。これらのベクターの種々の必須成分を示す。 軽鎖ベクター若しくは■5発現ベクターを■8発発現ベクターみ合わせて、発現 のために同一のプロモーターに機能的に結合した■。及び■、の両方を含む組み 合わせベクターを製造することができる。この図は連続番号の数ページにわたっ て示しである。 lu v、及びv、DNAホモログを含むイー・コリ (E。 coli)から免疫沈降したラベル化蛋白質を示す。レーン1は、vH若しくは ■LDNAホモログを含まないイー・コリ(E、 coli)から免疫沈降した バックグラウンド蛋白質を示す。レーン2は、V□DNAホモログのみを含むイ ー・コリ (E、 colt)から免疫沈降した■、蛋白質を含む。レーン3及 び4は、■工及びVLDNAホモログの両方を含むイー・コリ(E、 coli )から免疫沈降した■8蛋白及びVL蛋白の共移動(co−migration )を示す。レーン5では、vH及び■LDNAホモログから発現されたvH蛋白 及び■1蛋白の存在が2種の識別可能な蛍白種によって証明されている。レーン 6はマウス腹水中に存在する抗イー・コリ(E、 coli)抗体により免疫沈 降したバンクグラウンド蛋白を含む。 1 カルボキサミド基f(式2)を加水分解するための抗体を誘導する遷移状態 アナログ(式1)、グルタリルスペイサ−及びN−ヒドロキシスクシンイミド− リンカ−付加物を含む式1の化合物はハプテン(式1)を蛋白キャリアーKLH 及びBSAに共役させるのに使用される形態であるが、式3の化合物は阻害側で ある。ホスホンアミデートの機能性は、アミド結合の加水分解における遷移状態 の立体電子特性を模倣していることにある。 皿上土 NPNで免疫されたマウスの肺臓m RN AからのFd及びカフバー 領域のPCR増幅を例示する。増幅は実施例17で述べるように、軽鎖配列(表 2)若しくは重鎖配列(表1)の増幅に特異的なプライマーを持つm RN A の逆転写によって得られたRNA cDNAハイブリッドを用いて行なった。レ ーンFl−F8は8種の5′プライマーのそれぞれ(プライマー2−9、表1) のうちの1個と単一の3′プライマー(プライマー15、表2)による重鎖増幅 反応の産物を表わしている。5′プライマー(それぞれ、プライマー3−6及び 12、表2)と適当な3′プライマー(プライマー13、表2)による軽鎖(k )増幅をレーンF9−F13に示す。全レーンに見られる7 00 bpsのバ ンドは、Fd及びに領域の増幅がうまくいっていることを示している。 1g15− 抗原結合に対するファージライブラリーのスクリーニングを実施例 17Cにより描いている。Fab(フィルターA、B)、重鎮(フィルターE、 F)及び軽鎖(フィルターGSH)発現ライブラリーの2個ずつのプラーク隆起 (lift)のスクリーニングを1プレートあたり約30,000プラークの濃 度でNPNと共役させた+28 I−ラベル化BSAに対して行なった。フィル ターC及びDは、本文中で考察されているように一次フイルターA(矢印)から のコア化陽性物の2個ずつの二次スクリーニングを例示している。 スクリーニングは標準プラク隆起法を使用した。ファージ感染せたXLI青色細 胞を150mmプレート上に、37℃で4時間インキュベートし、10mMイソ プロピルチオガラクトシド(IPTG)に浸したニトロセルロースフィルターを かぶせることにより蛋白発現を誘導し、該プレートを25℃で8時間インキュベ ートした。 フィルターを2個ずつ、同様の条件を用いた二次インキュベーションの間に得た 。フィルターをその後PBS中1%BSA溶液中に1時間ブロックした後、1% B S A/P B S中でNPNに共役させた125I−ラベル化BSA溶液 (2X10’cpmmj7−’;BSA濃度0.1M、B5Al分子あたり約1 5NPN)と25°で1時間、揺らしながらインキュベートした。バックグラウ ンドは放射化 BSAのストック溶液を100,000gで15分間前遠心にか け、挿入物のないファージを感染させた細菌を含むプレートからのプラグ隆起物 と該溶液を前インキュベートすることにより減じた。ラベル化の後、フィルター をPBSlo、05%ツイーン20で繰り返し洗浄し、その後オートラジオブラ イフィーで−晩展開させた。 区土工 拮抗阻害により示されるような抗原結合の特異性を実施例17cによっ て例示する。陽性プラークからのフィルター隆起を存在する阻害剤NPNの濃度 を上げなから12’ 1−BSA −NPNに被曝させた。 この実験では図15のようにNPN結合と相関した幾つかのファージを直接、細 菌ローンの上にスポットした(1スポツトあたり約100粒子)。プレートにそ の後I PTGに浸したフィルターをかぶせ、25°で19時間インキュベート した。該フィルターをその後PBS中の1%BSA中でブロックした後、ラベル 化溶液中にNPNを量を変えて含むことを除いては図15で先に述べたのと同様 に125I−BSA−NPN中でインキュベートした。 他の条件及び手順は図15におけるものと同様であった。中程度の親和性を持つ ファージについての結果を図中に2個ずつ示す。 同様の結果が、有効な阻害剤濃度の範囲に幾つかの違いがある4種の他のファー ジについても得られた。 区エユ 抗原結合蛋白の特性表示を実施例17Dにより例示する。NPN結合ク ローンの濃縮部分精製細菌上清をゲル濾過によって分離し、各分画から部分標本 をBSA−NPNでコーティングしたミクロタイタープレートにのせた。アルカ リホスファターゼと共役させた抗デカペプチド(−−−)若しくは抗カッパー鎖 (−)抗体のいずれかを添加した後、発色させた。矢印は既知のFab断片の溶 出位置を示す。結果から抗原の結合は重鎮及び軽鎖の両方を含む50kD蛋白の 特性であることが示されている。 2個のNPN陽性クローン(図15)から個々のプラークを採取し、重鎮及び軽 鎖挿入物を含むプラスミドを摘出した。L−培地による培養物500m1lに、 摘出した該プラスミドを含む飽和培養菌3mlを接種し、37°で4時間インキ ュベートした。蛋白合成をIPTGの最終濃度が1 mMになるように加えて開 始し、該培養物を25°で10時間インキュベートした。細胞上清200m1を 2mlに濃縮し、TSK−G4000カラムにのせた。溶出分画から50μlの 部分標本をELISAによりアッセイした。 ELl、SA分析用に、微少滴定プレートを1ttg/mlのBSA−NPNで コーティングし、50μlのサンプルに50μlのPBS−ツイーン20(0, 05%)−BSA (0,1%)を加えて混合し、該プレートを25°で2時間 インキュベートした。PBS−トウィーン2O−BSAで洗浄した後、アルカリ ホスファターゼと共役させた適当な濃度のウサギ抗デカペプチド抗体(20)及 びヤギ抗マウスカッパ軽鎖(サザンバイオテク社)抗体を50μl加え、25° で2時間インキュベートした。さらに洗浄した後、501tlのp−ニトロフェ ニルリン酸(50mM MgCl2を含む0.1MトリスpH9,5中1mg/ m1)を加え、プレートを15−30分間インキュベートした後、405nmの ODを読んだ。 複素環式塩基から成る、DNA若しくはRNAの単量体ユニット。 該塩基はグリコシド炭素(該五炭糖の1′炭素)により糖部分に結合しており、 塩基と糖の組み合わせはヌクレオシドである。該ヌクレオシドが該五炭糖の3′ 若しくは5′位に結合するリン酸基を含む場合に、これをヌクレオチドと呼ぶ。 塩基対(b): 二本鎖DNA分子中のアデニン(A)とチミン(T)、若しく はシトシン(C)とグアニン(G)の共同。 RNA中では、チミンがウラシル(U)に置き換わる。 1叔: ヌクレオチドのポリマーで、一本鎖若しくは二本鎖である。 這倣王: そのヌクレオチド配列がRNA若しくはポリペプチドをコーディング している核酸。遺伝子はRNA若しくはDNAのいずれかでありうる。 m玉: DNA若しくはRNAが二本鎖配置を採る場合に通常、対になるヌクレ オチド。 ヌクレオチド配置: DNA若しくはRNAの一本鎖分子中のヌクレオチド配列 において、別の一本領上の配列に対して十分相補的であり、結果として生じる水 素結合によってそれと特異的にハイブリダイズするもの。 されている(Conserved) : ヌクレオチド配列は、仮にそれがあら かじめ選択された配列の正確な相補物に非ランダムにハイブリダイズするならば 、あらかじめ選択された(照合)配列について保存されている。 ハイブリダイゼーション: 実質的に相補的なヌクレオチド配列(核#鎖)が対 になり、相補的塩基対の間に水素結合ができることにより、二本鎖若しくはヘテ ロ二本鎖を形成すること、これは特異的、すなわち非ランダムの、2個の相補的 ポリヌクレオチド間の相互作用であり、拮抗阻害されうる。 ヌクレオチドアナログ: 構造的にA、T、G、C若しくはUとは異なるが、核 酸分子中で通常のヌクレオチドに置き換えるに十分類似しているプリン若しくは ピリミジンヌクレオチド。 DNAホモログ:はあらかじめ選択され保存されているヌクレオチド配列及びあ らかじめ選択されたりガントに結合することができるレセプターをコードする配 列を有する核酸。 抜止: 種々の文法上の形態による抗体という用語は、ここでは免疫グロブリン 分子及び免疫グロブリン分子の免疫学的活性部分、すなわち抗体結合部位あるい はパラトープを含む分子を言うのに用いられる。抗体分子の例としては、完全な 免疫グロブリン分子、実質的に完全な免疫グロブリン分子並びに、当技術分野に おいてFab、 Fab’ 、F(ab ’ )z及びF (v)として周知の 部分を含む免疫グロブリン分子の一部分がある。 抗体結合部位: 抗体結合部位は抗原に特異的に結合する(免疫反応する)重鎮 及び軽鎖の可変領域及び超可変領域を含む抗体分子の構造部分である。種々の形 態における免疫反応という用語は抗原決定因子含有分子及び、全抗体分子あるい はその一部等の抗体結合部位を含む分子の間の特異的結合を意味する。 モノクローナル抗体: 種々の文法上の形態におけるモノクローナル抗体という 成句は、特定の抗原と免疫反応することができる唯一種の抗体結合部位を含む抗 体分子の集合を言う。従ってモノクローナル抗体は、典型的には、それが免疫反 応を示すいずれの抗原に対しても共通の結合親和性しか示さない。モノクローナ ル抗体はそれゆえに、複数の抗体結合部位を有し、おのおのが異なる抗原に対し て免疫特異的である抗体分子、例えば二重特異性モノクローナル抗体等を含んで もよい。 旦一方法 本発明は保存されている遺伝子のレパートリ−からあらかじめ選択された活性、 好ましくは触媒活性を有するレセプターをコードする遺伝子を単離する方法に関 する。該レセプターはポリペプチドR1転移RNA (tRNA)等のRNA分 子、酵素活性を示すRNAなどでもよい。好ましくは該レセプターは、例えば酵 素、抗体分子あるいはその免疫学上活性な部分、細胞レセプター又は細胞付着蛋 白等のりガントであって保存されている遺伝子群、すなわち長さが最低約10ヌ クレオチドの保存されているヌクレオチド配+1を含む遺伝子群のうちの一員に よりコードされるリガンドに結合可能なポリペプチドでもよい。 保存されている遺伝子群の例としては、免疫グロブリン、クラス1あるいは■の 主要組織適合性複合抗原、リンパ球レセプター、インテグリン等をコードしてい るものがある。 遺伝子はいくつかの方法を用いて、保存されている遺伝子のレパートリ−に属す るものであることを同定することができる。例えば、単離した遺伝子をサザン( Sou thern)、ジャーナルオブモリキュラバイオロジイU、 Mo1.  Biol、) 、98巻、第503頁、1975年に記述されている方法を使 用して、低厳密条件下でハイブリダイゼーションプローブとして用い、ゲノムD NA中に存在する保存されている遺伝子のレパートリ−の他のメンバーを検出す ることができる。ハイブリダイゼーシヨンプローブとして用いた遺伝子が複数の 制限エンドヌクレアーゼ断片にハイブリダイズする場合、その遺伝子は保存され ている遺伝子のレパートリ−のメンバーである。 免炎l旦工悲ヱ 免疫グロブリン、若しくは抗体分子は、IgD、IgG、IgA。 IgM及びIgE等の数種の分子を含む大きな分子族である。抗体分子は各領土 に可変(V)領域及び不変(C)8i域の両方が存在する重(H)鎖及び軽(L )鎖を含む、免疫グロブリンの幾つかの異なる領域は免疫グロブリンのレパート リ−を単離するのに有用な保存されている配列を含む、保存されている配列の例 を表す広範囲のアミノ酸及び核酸配列データがカバットら(Kabat eta l、)によって“免疫学的重要性を持つ蛋白の配列”、米国保健協会、ベテスダ 、メリーランド州、1987年、に免疫グロブリン分子として集められている。 H鎖のC領域は特定の免疫グロブリン型を定義する。それゆえに、H鎖のC領域 からのここで定義されたような保存されている配列の選択から、選択されたC領 域の免疫グロブリン型のメンバーを有する免疫グロブリン遺伝子のレパートリ− が作成されることになる。 H若しくはL鎖のV領域は、保存されている配列範囲を含み、おのおのが比較的 低い変異度を持つ4個の骨格(FR)領域を含む。vH鎖のFRI及びFR4( J領域)骨格領域からの保存されている配列の使用は好ましい態様であり、実施 例中で述べる。 骨格領域は通常、数種若しくは全ての免疫グロブリン型に渡って保存されており 、よって、それに含まれる保存されている配列は幾つかの免疫グロブリン型を持 つレパートリ−の作成に特に適している。 主 織適合 複合体 主要組織適合性複合体(MHC)は、クラスI、クラス■若しくはクラスIII MHC分子と呼ばれる分子クラスを含む広範囲の蛋白族をコードする大きな遺伝 座である。ポールら(Paul et al、)、ファンダメンタルイミュノロ ジイ(Fundamentad Immunology)、レイパン出版、ニュ ーヨーク、第303−378頁、1984年。 クラスI MHC分子は、該抗原が重鎮及び非MHCコード化軽鎖を含む保存さ れている族であることを意味する、移植抗原の多様な形を持つグループである。 該重鎮はN、CI、C2、膜及び細胞質領域と呼ばれる幾つかの領域を含む。本 発明において有用な保存されている配列は主にN、CI及びC2領域に見出され 、上記のカバトら(Kabat et al、 )により“不変残基“の連続的 配列として同定されている。 クラスIIMHC分子は、免疫反応性に関与しアルファ及びベータ鎖を含む、多 様な形を持つ抗原の保存されている一族を含む。 アルファ及びベータ鎖をコードする遺伝子はそれぞれ、MHCクラス■アルファ 若しくはベータ鎖レパートリ−を製造するのに適した保存されている配列を含む 幾つかの領域を含む。保存されているヌクレオチド配列の例としては、全てアル ファ領土の、A1領域のアミノ酸残基26−30、A 2 wI域のアミノ酸残 基161−170及びII 81域のアミノ酸残基195−206をコードする ものがある。保存されている配列は、ベータ鎖の81、B2及び膜領域にも、そ れぞれアミノ酸残基41−45.150−162及び200−209をコードす るヌクレオチド配列に存在している8 レノ連球−kjビヘダニ及で一旬U脚−表j1植J東リンパ球はその細胞表面E に、T細胞レセプター、Thy−を抗原並びに、モノクローナル抗体0KT4  (leu 3) 、0KUT5/8 (leu 2) 、0KUT3.0KUT I (leu 1) 、0KTII(1eu5) 、0KT6及び0KT9によ って規定される抗原を含む多数のT細胞表面抗原を含む幾つかの蛋白族を含む、 ボール(Paul)、上記、第458−479頁。 T細胞レセプターはT細胞の表面上に見られる抗原結合分子族を言うのに用いら れる用語である。T細胞レセプター族はその多様性において免疫グロブリンと同 様の多形的結合特異性を示す。 完成したT細胞レセプターはそれぞれに可変(V)及び不変(C)領域を持つア ルファ及びベータ鎖を含む、T細胞レセプターが遺伝学上の構成及び作用におい て有する免疫グロブリンとの類似性は、T細胞レセプターが保存されている配列 を持つ領域を含むことを示している。レイら(Lai et al、) 、 ネ イチャー(Na tura) +331巻、第543−546頁、1988年。 保存されている配列の例として、アルファ鎖のアミノ酸残基84−90、ベータ 鎖のアミノ酸残基107−115、並びにガンマ鎖のアミノ酸残基91−95及 び111−116をコードしているものがある。カバトら(Kabat et  al、 )、上記、第279頁。 インテグリン及び・ 物 細胞付着に関与する付着性蛋白は、インテグリンと呼ばれる同族の蛋白からなる 大きな一族に属する。インテグリンはベータ及びアルファサブユニットを含むヘ テロニ量体である。インテグリン族のメンバーには、細胞表面糖蛋白血小板レセ プターGp IIb−IIIa、ビトロネクチン、レセプター(VnR)フィブ ロネクチンレセプター(FnR)、並びにリンパ球付着レセプターLFA−1, Mac−1、Mo−1及び60.3が含まれる。ルーシャーティら(Roush ahti 1!t al、 )、サイエンス(Science)、 238巻、 第491−497頁、1987年。核酸及び蛋白配列データは、保存されている 配列領域が、これらの種族のメンバー中に、特にGp IIb−II[a Vn R及びFnRのベータ鎖の間、並びにVnRlMac−1、LFA−1、Fnr 及びGp IIb−nIaのアルファサブユニットの間に存在することを証明し ている。スズキら(Suzukietal、)、プロシーディンゲス オブ ザ  ナショナル ア力デミイ オブ サイエンス オブ ザ ユナイテッド ステ ィンオブ アメリカ(Proc、 Natl、 Acad、 Sci、 USA )、 83巻、第8614−8618頁、1986年;ジンスバーグら(Gin sberg et al、 )+ジャーナルオブバイオロジカルケミストリイ( J、 Biol、 Chem)。 262巻、第54 s 7−544o頁、1987年。 以下の考察は、免疫グロブリン遺伝子レパートリ−から保存されているレセプタ ー−コーディング遺伝子を単離するのに用いられる本発明の詳細な説明するもの である。この考察は限定的なものと考えるべきではなく、むしろ機能上同族のレ セプターをコードするいずれの種類の保存されている遺伝子類からも遺伝子を単 離するために使用できる原理の適用を説明するものと考えるべきである。 一般に、本方法は以下の要素を合わせたものである:1、 免疫レパートリ−の 実質的部分を含む核酸の単離。 2、 免疫グロブリンソイ及びvLjl域遺伝子を含むポリヌクレオチド切片の クローニングのためのポリヌクレオチドブライマーの製造。 3、該レパートリ−からの異なるV8及びVL遺伝子の複数を含む遺伝子ライブ ラリーの製造。 4、 原核生物及び真核生物宿主を含む適当な宿主中において、別々の若しくは 同一の細胞中で、同−若しくは異なる発現ベクターにおけるvM及び■、ポリペ プチドの発現。 5、 発現されたポリペプチドのあらかじめ選択された活性に対するスクリーニ ング、及び該スクリーニング処理により同定されたVイ及び■、ココ−ィング遺 伝子の組み合わせの分離。 本発明による製造される抗体は、それが拮抗阻害されうろことから明らかなよう に、抗原、酵素基質等のあらかじめ選択された、若しくはあらかじめ決められた リガンドに対して特異的な結合部位を有する形態をとる。ある1lbi様におい ては、本発明の抗体はあらかじめ選択された抗原に特異的に結合して、該抗原と 該結合部位の間に該免疫反応産物が単離されるのに十分な強度の結合を有する免 疫反応産物(複合体)を形成する抗原結合部位を形成する。 該抗体は一般に10’M−’より大きく、より通常には106より大きく、好ま しくは10”M−’より大きい親和力若しくはアビディティ(avidity) を持つ。 別のB様においては、本発明の抗体は基質に結合して、該基質からの産物形成を 触媒する。触媒様抗体のリガンド結合部位の位相はおそらく、その基質に対する 親和力(結合定数若しくはpにa)よりもそのあらかじめ選択された活性に対し ては重要であるが、対象である触媒様抗体はあらかじめ選択された基質について 一般に10’ M−’より大きく、より通常には10’M−’若しくは106M  −1よりも大きく、好ましくは10’M−’よりも大きい結合定数を持つ。 好ましくは、本発明により製造される抗体はへテロニ量体であり、それゆえに2 個の異なるポリペプチド鎖を通常含み、それらはどちらの単独のポリペプチド、 すなわちモノマーの親和力若しくは結合定数とも異なる、好ましくはより高い結 合親和力若しくは結合定数をあらかじめ選択された抗体に対して有する形態を合 わせて取る。異なるポリペプチド鎖の一方若しくは両方は免疫グロブリンの軽鎖 及び重鎮の可変領域に由来する0通常、軽(VL)及び重(VN)可変領域を含 むポリペプチドは合わせて、あらかじめ選択された抗体の結合に使用される。 本発明により製造される■8若しくは■、は、ホモ型若しくはヘテロ型のいずれ かで、好ましくはへテロニ量体である多量体形態と同様に、単量体でも活性を示 すことができる0本発明により製造される■イ及びvLリガンド結合ポリペプチ ドはへテロニ量体(抗体分子)にうまく組み合わせてどちらかの活性を調節する か、若しくは該へテロニ量体に独特の活性を作り出してもよい。 個々のりガント結合ポリペプチドをv、l及び■1と呼び、ヘテロ二量体を抗体 分子と呼ぶことにする。 もっとも、■工結合ポリペプチドが、■、に加えて、重鎮の不変領域の実質上全 て若しくは一部を含んでもよいことは理解すべきである。vL結合ポリペプチド は、vLに加えて、軽鎖の不変領域の実質上全て、若しくは一部を含んでもよい 。重鎮の不変領域の一部を含む■イ結合ポリペプチド及び軽鎖の不変領域の実質 上全てを含むVL結合ポリペプチドを含むヘテロ二量体はFab断片と呼ばれる 。Fab中に含まれる付加的不変領域配列はFvと比較するとvH及びVLの相 互作用を安定化できるようなので、Fabの製造は状況によっては有利となりえ る。このような安定化はFabに抗原に対するより高い親和力を持たせることが できるであろう。さらに、Fabは当技術分野においてはより一般的に使用され ており、そのためにFabを特異的に認識するのに有効な市販の抗体がより多く ある。 個々のv、I及びvLポリペプチドは通常60以上のアミノ酸残基、一般には約 95以上のアミノ酸残基、より一般的には約100以上のアミノ酸残基を有する 一方で、通常125より少ないアミノ酸残基、より一般的には約120より少な いアミノ酸残基を有するであろう、好ましくは、■、lは長さが約110ないし 約125アミノ酸残基で、一方■、は長さが約95ないし約115アミノ酸残基 であろう。 アミノ酸残基配列は、関係する特定の遺伝子型によって幅広く変化するであろう 、一般に、約60ないし75のアミノ酸残基によって隔てられ、ジスルフィド結 合によって結合されている最低2個のシスティンがあるであろう。本発明によっ て製造されるポリペプチドは通常、免疫グロブリンの重鎮及び/又は軽鎖の可変 領域の遺伝子型の実質的なコピーになるであろうが、場合によってポリペプチド が請求める活性を有利に改善するためにアミノ酸残基配列にランダムな変異を含 んでもよい。 場合によっては、■イ及び■、ポリペプチドの交叉共有結合を作ることが望まし く、これはカルボキシル末端にシスティン残基を供給することにより果たすこと ができる。該ポリペプチドは通常、免疫グロブリンの不変領域なしに製造される であろうが、J領域の小部分はDNA合成プライマーをうまく選択した結果とし て含んでもよい。Drill域は通常、■4の転写に関与するであろう。 他の場合によっては、vL及びVイを連結するためのペプチドリンカ−を供給し て、■や及びvLを含む単鎖抗原結合蛋白を形成することが望ましい。この単鎖 抗原結合蛋白は一本の蛋白鎖として合成されるであろう。このような単鎖抗原結 合蛋白はバードら(Bird et al、)+サイエンス(Science) 、 242巻、第423−426頁、1988年に記述されている。適当なペプ チドリンカ−領域の設計はロバート・ランドナー(Robert Landne r)による米国特許第4,704,692号に記述されている。 このようなペプチドリンカ−は発現ベクター中に含まれる核酸配列の一部として 設計してもよかろう、該ペプチドリンカ−をコードする核酸配列は、vH及びv LDNAホモログ、並びにvM及びVLDNAホモログを発現ベクターに機能的 に結合するのに使用される制限エンドヌクレアーゼ部位の間にあるらしい。 このようなペプチドリンカ−は、種々の遺伝子ライブラリーを製造するのに用い られるポリヌクレオチドブライマーの一部である核酸配列によってコードされる こともあろう、該ペプチドリンカ−をコードする核酸配列は該プライマーのうち の1個に接続した核酸から作ることができ、あるいは該ペプチドリンカ−をコー ドする核酸配列は該遺伝子ライブラリーを作成するのに用いられる幾つかのポリ ヌクレオチドブライマーに接続した核酸配列に由来してもよい。 典型的には、V、及びVLポリペプチドのC末端領域はN末端よりも配列の多様 性が大きいと思われ、当計画に基づき、通常現われるV、及び■、鎖を変化させ られるような修正をさらに行なうことができる1合成ポリヌクレオチドを超可変 領域中の1個以上のアミノ酸を変化させるのに使用してもよい。 1、レパートリ−の 免疫掌上の遺伝子レパートリ−の実質部分を含む核#組成物を製造するには、■ 8及び/又はV、ポリペプチドをコードする遺伝子源が必要となる。好ましくは 該遺伝子源は抗体産生細胞、すなわちBリンパ球(Bmmフン好ましくはを椎動 物の循環若しくは膵臓中に見られるような転位B細胞の不均買集合であろう。 (転位B細胞は免疫グロブリン遺伝子転置、すなわち転位が起きていることが、 隣接した位置に免疫グロブリン遺伝子V、D及びJ領域の転写を持つmRNAが 細胞中に存在することによって明らかにされている。) 場合により、多様な段階の年齢、健康及び免疫反応のいずれがらあるを椎動物の 細胞を核酸S(原料細胞)として用いる等によって、あらかじめ選択された活性 についてレパートリ−を片寄らせることが望ましい。例えば、転位B細胞を採集 する前に健康な動物に繰り返して免疫化を行なうことにより、高い親和力のりガ ント結合ポリペプチドを産生ずる遺伝材料を豊富に持つレパートリ−が得られる 。逆に、免疫系が過去の近い時点で攻撃されたことのないgllitな動物から の転位B細胞を採集すると、高親和力の■o及び/又は■、ポリペプチドの産生 に片寄らないレパートリ−を産生ずることになる。 核酸を得ようとする細胞集団の遺伝的不均質性が大きくなるほど、本発明の方法 によるスクリーニングに利用できるであろう免疫レパートリ−の多様性が増すこ とに注目すべきである。従って、特に免疫学上有意な年齢差を持つ種々の個体か らの細胞及び種々の系統、類若しくは種の個体からの細胞をうまく合わせてレパ ートリ−の不均質性を増加させることができる。 よって、好ましい−IlK!様において、原料細胞は、それに対する活性がめら れている抗原リガンド(抗原)、すなわちあらかじめ選択された抗原によって免 疫、若しくは部分的に免疫されているを椎動物、好ましくは哺乳動物から得られ る。免疫は通常の方法により行なってよい、動物における抗体力価は請求められ るレパートリ−の増加量若しくは偏向量に対応する段階である請求められる免疫 段階を決定するために追跡することができる0部分的に免疫される動物は通常− 回のみの免疫を受け、反応が検出された後早期にそれらから細胞を採集する。完 全に免疫された動物は最大力価を示し、それは抗原を宿主哺乳動物に1回以上繰 り返して、通常2ないし3週間の間隔で、注射して得られる。一般に、最後の注 射の3ないし5日後に膵臓を除去し、その約90%が転位B細胞である膵臓細胞 の遺伝レパートリ−を標準的方法を用いて単離する。分子生物学における最新プ ロトコール、アウスベルら(Auiubel et al、)、&I、ジ四ンワ イレイアンドサンズ社、ニューヨーク、参照のこと、■、及び■Lポリペプチド をコーディングする遺伝子は、IgA、IgD、IgE、IgG若しくはIgM を産生ずる細胞、最も好ましくはIgM及びIgcを産生ずる細胞に由来しても よい。 免疫グロブリン可変領域遺伝子を多様な集合としてそれからクローニングするこ とができるゲノム遺伝子の断片を製造する方法は当技術分野において周知である 0例えば、ヘルマンら(Herrwannet at−)+メソフ′ゾインエン ザイモロジイ(Methods In Enzymol、)+152巻、第18 0−183頁、1987年;フリシャラフ(Frischauf)、メソッヅ  イン エンザイモロジイ(Methods inEnzymol、 )、 ]  52巻、第183−190頁、1987年:フリシャラフ(Frischauf )、メソッヅ イン エンザイモロジイ(Methodsin Enzymol 、)、 152巻、第190−199頁、1987年;及びディレーラら(Di Lella’et al、 )、メソッヅ イン エンザイモロジイ(Meth ods in Enzymol、 )、 152巻、第199−212頁、19 87年、を参照のこと。(ここに引用した参考文献の教示はここに参照文として 組み入れる。請 求める遺伝子レパートリ−は、可変領域を発現する遺伝子を含むゲノム材料若し くは可変領域の転写に相当するメツセンジャーRNA (mRNA)のいずれか から単離することができる。非転位Bリンパ球以外からのゲノムDNAを用いる 難しさは、該可変領域をコードする配列がイントロンによって隔てられている場 合に、それを並列させることにある。適当なエクソンを含むDNA断片を単離し 、イントロンを削除し、その後エクソンを適当な順序及び適当な位置にスプライ シングしなければならない。大部分においてこれは困難と思われるので、結果と して可変領域全体について配列が連続的になる(イントロンがない)ように、C 1,D及びJ免疫グロブリン遺伝子領域が隣接するように転位される転位B細胞 を使用する代わりの技術を方法として選択するであろう。 mRNAを利用する場合、細胞はRNase阻害条件下で溶解させるであろう。 −態様において、最初の段階は全細胞mRNAをオリゴ−dTセルロースカラム へのハイブリダイゼーションによって単離することである。重鎮及び/又は軽鎖 ポリペプチドをコードするmRNAの存在をその後適当な遺伝子のDNA一本領 とのハイブリダイゼーションによりアッセイすることができる。都合のよいこと に、■8及び■、の不変部分をコードする配列をポリヌクレオチドプローブとし て使用してもよく、該配列は入手可能な材料から得ることができる0例えば、ア ーリイ及びフッド(Early and Hood)、遺伝子工学、セットロウ 及びホレンダー(Setlow and Ho1laender) Mi、第3 巻、ブレナム出版社、ニューヨーク、1981年、第157−188頁;及びカ バトら(Kabatet al、L免疫学的重要性を持つ配列、米国保健協会、 ベテスタ、メリーランド州、1987年を参照のこと。好ましい態様においては 、全細胞m RN Aを含む調製物において最初にvH及び/又はvLココ−ィ ングmRNAの存在を増加させる。この増加は、典型的には全−RNA調製物若 しくはその部分精製mRNA製品を、本発明のポリヌクレオチド合成プライマー を用いてプライマー伸張反応にかけることにより成される。 2、ポリヌクレオチドプローブ−〇 ゛プライマーに関してここで用いる6ボリ ヌクレオチド“という用語、プローブ、及びプライマー伸張により合成されるべ き核酸断片若しくは切片は、2個以上、好ましくは3個より多いデオキシリボヌ クレオチド若しくはリボヌクレオチドを含む分子と定義される。その正確なサイ ズは多くの要因に依存するであろうし、その多くの要因もまた最終的な使用条件 に依存する。 ここで用いる“プライマー°という用語は、核酸の制限断片から精製されたもの であるか合成されたものであるかにかかわらず、ar#I¥に相補的なプライマ ー伸張産物の合成が誘導される条件下、すなわち、ヌクレオチド並びにDNAポ リメラーゼ、逆転写酵素等の重合剤が存在し、適当な温度及びpHにある時に、 合成開始点として作用することができるポリヌクレオチドを意味する。プライマ ーは最大効率を得るには好ましくは一本鎖であるが、あるいは二本鎖でもよい、 二本鎖の場合、プライマーを伸張産物の製造に使用する前に最初にプライマーの 鎖を分離する処理を施す。 好ましくは、プライマーはポリデオキシリボヌクレオチドである。 該プライマーは重合剤の存在下で伸張産物の合成を開始させるに十分の長さでな ければならない。該プライマーの正確な長さは、温度及びプライマー源を含む多 くの要因に依存するであろう。例えば、標的となる配列の複雑さによって、ポリ ヌクレオチドプライマーは通常15ないし25、若しくはそれ以上のヌクレオチ ドを含むが、より少ないヌクレオチドでもよい、短いプライマー分子は一般に、 鋳型と十分安定なハイブリッド複合体を形成するのにより低温であることがめら れる。 ここで用いるプライマーは合成若しくは増幅しようとする各特異配列の種々の鎖 に対して“実質的に”相補的であるように選択される。このことは、該プライマ ーがそのおのおのの鋳型鎖と非ランダムハイブリダイズするのに十分なだけ相補 的でなければならないことを意味する。それゆえに、該プライマー配列は鋳型の 正確な配列を反映してはならない。例えば、非相補的ヌクレオチド断片は、該プ ライマー配列の残りが該鎖に対して実質的に相補的であるプライマーの5′末端 に結合することができる。このような非相補的断片は通常、エンドヌクレアーゼ 制限部位をコードする。あるいは、該プライマー配列が、合成若しくは増幅され るべき鎖の配列に対して、それに非ランダムにハイブリダイズし、それによって ポリヌクレオチド合成条件下で伸張産物を形成するのに十分な相補性を持つ場合 に、非相補的塩基若しくはより長い配列を該プライマー中に散在させてもよい。 該ポリヌクレオチドブライマーは、例えばホスホトリエステル法若しくはホスホ ジエステル法等のいずれの適当な方法を用いて製造してもよい。ナラングら(N arang et al、 )、メソッヅインエンザイモロジイ(Meth、  Enzymol、)、68巻、第90頁、1979年;米国特許第4.356. 270号、及びブラウンら(Brown et al、 )。 メソッヅインエンザイモロジイ(Meth、 Enzymol、)、68巻、第 109頁、1979年、を参照のこと。 プライマーのヌクレオチド配列の選択は、該核酸のめるレセプターをコードする 領域からの距離、使用するいずれかの第2のプライマーに関係する核酸上のその ハイブリダイゼーション部位、それがハイブリダイズすべきレパートリ−中の遺 伝子の数等の要因に依存する。 例えば、プライマー伸張によってVl、lコーディングDNAホモログを産生ず るために、プライマーのヌクレオチド配列は、機能的(結合可能な)ポリペプチ ドが得られるように該vHココ−ィング領域に実質的に隣接する部位で複数の免 疫グロブリン重鎮遺伝子にハイブリダイズするように選択される。複数の異なる V□ココ−ィング核酸鎖にハイブリダイズするには、該プライマーは種々の鎖間 に保存されているヌクレオチド配列の実質的な相補物でなければならない。その ような部位には、不変領域、可変領域骨格領域のいずれか、好ましくは第三骨格 領域、リーダー領域、プロモーター領域、J領域等のヌクレオチド配列が含まれ る。 本発明のプライマーはDNA依存性RNAポリメラーゼプロモーター配列若しく はその相補物を含んでもよい。例えば、クリーブら(Krieg et al、  )、ヌクレイックアシッヅリサーチ(NucleicAcids Re5ea rch)、 12巻、第7057−70頁、1984年;スチューブイアら(S tuclier et al、)、189巻、第113−130頁、1986年 :及び分子クローニング;実験マニュアル、第2版、マニアチスら(Mania tis et al、 )編、コールドスプリングハーバ−、ニューヨーク、1 989年、を参照のこと。 DNA依存性RNAポリメラーゼプロモーターを含むプライマーを使用する場合 、該プライマーは増幅すべきポリヌクレオチド鎖にハイブリダイズし、該DNA 依存性RNAポリメラーラゼプロモーターの第2のポリヌクレオチド鎖はイー・ コリ(E、 coli)DNAポリメラーゼr若しくはイー・コリ(E、 co lt) D N Aポリメラーゼ■のクレノー断片等の誘導剤を用いて完成され る。その後RNA依存性RNAポリメラーゼを加えることにより相補的RNAポ リヌクレオチドが製造される。RNAポリヌクレオチドの原料ポリヌクレオチド は、RNAポリヌクレオチドとDNAポリヌクレオチドの産生の間を交替するこ とにより増幅される。 vつコーディング及び■、ココ−ィングDNAホモログをポリメラーゼ鎖反応( PCR)増幅により製造しようとする場合、増幅すべき核酸のコーディング鎖の それぞれに対して2個のプライマーを使用しなければならない、第一プライマー はナンセンス(マイナス若しくは相補)鎖の一部となり、該レパートリ−中のV N (プラス)鎖の間に存在されているヌクレオチド配列にハイブリダイズする 5VIIコーデイングDNAホモログを製造するには、それゆえに第一プライマ ーを免疫グロブリン遺伝子のJsI域、CHISI域、ヒンジWiMA、cH2 領!、若L<はCH31[域等の中の保存されている領域にハイブリダイズする (すなわち、相補的である)ように選択するsVLコーディングDNAホモログ を製造するには、第一プライマーを免疫グロブリン軽鎖遺伝子のJ領域若しくは 不変領域等の中の保存されている領域にハイブリダズする(すなわち、相補的で ある)ように選択する。第ニプライマーはコーディング(プラス)鎖の一部とな り、マイナス鎖の間に保存されているヌクレオチド配列にハイブリダイズする。 VにコーディングDNAホモログを製造するには、第ニプライマーは、それゆえ にリーダー若しくは第1骨格領域をコードするその範囲内にあるようなVHココ −ィング免疫グロブリン遺伝子の5′末端の保存されているヌクレオチド配列に ハイブリダイズするように選択する。Vo及びV、コーディングDNAホモログ の両方を増幅する場合、第ニプライマーの保存されている5′ヌクレオチド配列 は、ローら(Loh et al、 )、サイエンス(Sci、 )、243巻 、第217−220頁、1989年に述べられているように末端デオキシヌクレ オチドトランスフェラーゼを用いて外から加えた配列に対して相補的であっても よい。第−及び第ニプライマーの一方若しくは両方がエンドヌクレアーゼ認識部 位を規定するヌクレオチド配列を含んでもよい。該部位は増幅される免疫グロブ リン遺伝子に対して非対応でもよく、通常該プライマーの5′末端若しくはその 近辺に見られる。 3、遺伝 ライブラリーの製造 単離されたレパートリ−中に含まれるVH及び/又はvL遺伝子のクローニング 、すなわち実質的な複製のために使用するストラテジーは、当技術分野において 周知であるように、該レパートリ−を形成する核酸の型、複雑度及び純度に依存 するであろう。 他の因子には該遺伝子が増幅されかつ/又は突然変異をうけることになるかどう かが含まれる。 あるストラテジーにおいて、目的はmRNA及び/又はゲノムDNAのセンス( sense)鎖等のポリヌクレオチドコーディング鎖を含むレパートリ−からV H及び/又はVLココ−ィング遺伝子をクローニングすることにある。該レパー トリ−が二本鎖ゲノムDNAの形態をとる場合、一般的にはそれをまず、通常は 溶解により、一本領に変性させる。該レパートリ−を、あらかじめ選択されたヌ クレオチド配列を持つ第一ポリヌクレオチド合成プライマーで該レパートリーを 処理(接触)することにより最初の一次伸張反応にかける。該第−プライマーは 該レパートリ−中に保存されているヌクレオチド配列、好ましくは長さが最低約 10ヌクレオチド、より好ましくは長さが最低約20ヌクレオチドのものにハイ ブリダイズすることにより、第一プライマー伸張反応を開始することができる。 第一プライマーは核酸のコーディング鎖若しくはセンス鎖にハイブリダイズする ため本明細書で“センスプライマー”と時折呼ぶことがある。第ニプライマーは 核酸の非コーディング鎖若しくは非センス鎖、すなわちコーディング鎖に相補的 な鎖に対合するため、“非センスプライマー゛と時折呼ぶことがある。 第一プライマー伸張は、好ましくはあらかじめ決められた量の、第一プライマー を、好ましくはあらかじめ決められた量の、該レパートリ−の核酸と混ぜて第一 プライマー伸張反応混合物を作ることにより行なわれる。該混合物をポリヌクレ オチド合成条件下に、一般にはあらかじめ決められた、第一プライマー伸張反応 産物の形成に十分であり、それゆえに複数の異なる■やコーディングDNAホモ ログ相補物を産生ずるだけの期間中維持する。該相補物をその後、あらかじめ選 択されたヌクレオチド配列を持つ第二ポリヌクレオチド合成プライマーでそれら を処理することにより第ニプライマー伸張反応にかける。該第ニプライマーは、 例えば第一プライマー伸張反応により産生されたもののような複数の異なるV、 コーディング遺伝子相補物の間に保存されているヌクレオチド配列、好ましくは 長さが最低約10ヌクレオチドのもの、より好ましくは長さが最低約20ヌクレ オチドのものにハイブリダイズすることにより、第2の反応を開始することがで きる。これは、好ましくはあらかじめ決められた量の、第ニプライマーを、好ま しくはあらかじめ決められた量の、相補核酸と混ぜて第ニプライマー伸張反応混 合物を作ることにより成される。該混合物をポリヌクレオチド合成条件下に、一 般にはあらかじめ決められた、第ニプライマー伸張反応産物の形成に十分であり 、それゆえに複数の異なるV。及び/又は■、ココ−ィングDNAホモログを含 む遺伝子ライブラリーを産生ずるだけの期間中維持する。 各増幅において、複数の第一プライマー及び/又は複数の第ニプライマーを使用 してもよく、あるいは第−及び第ニプライマーの固有のペアを使用してもよい。 いずれの場合でも、同じ若しくは異なる組み合わせの第−及び第ニプライマーを 用いた増幅の増幅産物を合わせて遺伝子ライブラリーの多様性を増すことができ る。 別のストラテジーにおいては、目的は、ゲノムdsDNAの非センス鎖、若しく は■RNAを逆転写酵素反応にかけることにより産生されたポリヌクレオチド等 の該レパートリ−のポリヌクレオチド相補物を供給することにより、該レパート リ−からv、I及び/又はvLココ−ィング遺伝子をクローニングすることにあ る。 このような相補物を製造する方法は当技術分野において周知である。該相補物を 、上述の第ニプライマー伸張反応と同様のプライマー伸張反応、すなわち複数の 異なる■9コーディング遺伝子相補物の間に保存されているヌクレオチド配列に ハイブリダイズすることができるポリヌクレオチド合成プライマーを用いるプラ イマー伸張反応にかける。 該プライマー伸張反応は何らかの適当な方法を用いて行なわれる。一般的には、 それは好ましくはpHが7−9、最も好ましくは約8の水性溶液バッファー中で 行なわれる。好ましくは、過剰モル量(ゲノム核酸に対して;通常約10’lプ ライマー:鋳型)のプライマーを鋳型鎖を含むバッファー中に混合する。該工程 の効率を改善にするには大過剰モルが好ましい。 デオキシリボヌクレオチド3リン酸dATP、dCTP、dGTP及びdTTP も適当な量を該プライマー伸張(ポリヌクレオチド合成)反応混合物に加え、で きた溶液を約90℃−100℃に約1ないし10分間、好ましくは1ないし4分 間加熱した。この加熱期間の後、ブライマーハイブリダイゼーションに好ましい 室温まで冷却させる。この冷却された混合液にプライマー伸張反応を誘導若しく は触媒するのに適当な試薬を加え、当技術分野において周知の条件下で反応を行 なわせる。@合成反応は室温から、それ以上では誘導剤がもはや有効に作用しな くなる温度までの間で行なうことができる。従って、例えばDNAポリメラーゼ を誘導剤として使用する場合、温度は通常約40℃以下である。 誘導剤は、プライマー伸張産物の合成をなし遂げるように作用するであろう、酵 素を含むいずれの化合物若しくは系でもよい。 この目的に対して適当な酵素には、例えばイー・コリ(E、 coli)DNA ポリメラーゼ■、イー・コリ(E、 colt) DNAポリメラーゼIのクレ ノー断片、T4DNAポリメラーゼ、他の入手可能なりNAポリメラーゼ、逆転 写酵素、及びヌクレオチドが適正な様式に結合して各核酸鎖に相補的なプライマ ー伸張産物を形成するのを促進するであろう熱安定性酵素を含む他の酵素がある 。一般に、該合成は各プライマーの3′末端で開始され、合成が終了するまで鋳 型鎖に沿って5′方向へ進み、種々の長さの分子を産生ずることになる。もっと も、5′末端で合成を開始して、上記と同じ方法を用いて上の方向へ進める誘導 剤があってもよい。 tfm導剤は、RNAプライマー伸張産物の合成を遂行するように作用するであ ろう、酵素を含む化合物若しくは系でもよい、好ましい態様においては、該誘導 剤はT7RNAポリメラーゼ、T3RNAポリメラーゼ若しくはS P 6 R NAポリメラーゼ等のDNA依存性RNAポリメラーゼでもよい。これらのRN Aポリメラーゼは本発明のプライマー中に含まれるプロモーターから合成を開始 する。これらのポリメラーゼは相補的RNAポリヌクレオチドを産生ずる。チャ ンバーリンら(Chasberlin et al、)+酵素、P、ボイヤーC P、 Boyer)1m、第87−108頁、アカデミツクプレス、ニューヨー ク、1982年に述べられているように、RNAポリメラーゼの高いターンオー バー速度が原料ポリヌクレオチドを増幅する。T7RNAポリメラーゼの別の利 点は、ジツイスら(Joyce et al、)、ヌクレイフクアシッヅリサー チ(Nucleic Ac1dsResearch)、 17巻、第711−7 22頁、1989年によって先に述べられているように、cDNAの一部を1個 以上の突然変異誘発性オリゴデオキシヌクレオチド(ポリヌクレオチド)で置換 し、部分的に誤ハイプリダイゼーシッンのある鋳型を直接に転写することにより 、ポリヌクレオチド合成中に突然変異を導入することができることにある。 誘導剤がDNA依存性RNAポリメラーラゼでありそれゆえにリボヌクレオチド 3リン酸を組み込んでいる場合、十分量のATP 。 CTP、GTP及びUTPがプライマー伸張反応混合物に混合され、できた溶液 が上述のように処理される。 新しく合成された鎖及びその相補的核酸鎖は該製法の次の段階で使用することが できる二本鎖分子を形成する。 上で考察した第−及び/又は第ニプライマー伸張反応は、免疫学的検出及び/又 はレセプターの単離に有用なあらかじめ選択されたエピトープをレセプター中に 組み込むのにうまく使用することができる。これは、該レセプターのアミノ酸残 基配列中にあらかじめ決めたアミノ酸残基配列を組み込むために、第−及び/又 は第二ポリヌクレオチド合成プライマー若しくは発現ベクターを利用することに よってなし遂げられる。 レパートリ−中の複数の異なる■。及び/又はvLココ−ィング遺伝子に対する v8及び/又はvLココ−ィングDNAホモログを製造した後、該ホモログを典 型的に増幅する。Vや及び/又は■、ココ−ィングDNAホモログは自律的復製 (autono履ouslyreplicating)ベクター中に組み込む等 の古典的技法によって増幅してもよいが、DNAホモログをベクター中に挿入す る前にそれらをポリメラーゼ鎖反応(PCR)にかけることによって、DNAホ モログを最初に増幅することが好ましい、実際に、好ましい方法においては、遺 伝子ライブラリーを製造するために使用される第−及び/又は第ニプライマー伸 張反応は、ポリメラーゼ鎖反応における第−及び第ニプライマー伸張反応である 。 PCRは通常、上述の第−及び第ニプライマー伸張反応を循環させること、すな わち、1混合物中で同時に行なわせることにより実行され、各サイクルはポリヌ クレオチド合成とそれに続ぐできた二本鎖ポリヌクレオチドの変性を含む、DN Aホモログの増幅における方法と系はいずれもマリスら(Mullis et  al、)による米国特許第4,683.195号及び第4,683,202号に 述べられている。 好ましい態様においては、一対のみの第−及び第ニプライマーを増幅反応1回に つき使用する。それぞれ複数の異なるプライマー対を使用した複数回の異なる増 幅から得られた増幅反応産物をその後金わせる。 もっとも、本発明は共増幅(2対のプライマーを使用)及び複合増幅(最大約8 .9若しくは10プライマ一対を使用)にょるDNAホモログ製造にも関する。 PCR増幅により製造されたVl、I及びVLココ−ィングDNAホモログは通 常2本鎖形態をとり、それぞれの末端に連続若しくは隣接してエンドヌクレアー ゼ制限部位を規定するヌクレオチド配列を持つ、末端若しくはその近辺に制限部 位を存するv7及びvLココ−ィングDNAホモログを1個以上の適当なエンド ヌクレアーゼで切断することにより、あらかじめ決められた特異性の粘着末端を 持つホモログが製造される。好ましい態様においては、PCR法は該ライブラリ ーの■イ及び/又は■Lココ−ィングDNAホモログを増幅するだけでなく、該 ライブラリー中に突然変異を誘発し、それによってより大きな不均質性を持つラ イブラリーを提供する。第一に、PCR法はそれ自身、当技術分野において周知 の種々の要因によって本質的に突然変異誘発性であることに注意すべきである。 第二に、上に参照した米国特許第4.683.195号に述べられている突然変 異誘発性変異に加えて、他の突然変異誘発性PCR変異も使用できる0例えばP CR反応混合物、すなわち第−及び第ニプライマー伸張反応混合物を合わせたも のは、該伸張産物中に組み込まれるべき種々の量の1個以上のヌクレオチドを伴 なって作られてもよい、このような条件下で、該PCR反応は特定の塩基の欠乏 の結果として伸張産物中にヌクレオチド代用物を製造しながら進行する。同様に 、初期PCR反応混合物中に、X回のサイクルを有効に行なえる量のほぼ等モル 量のヌクレオチド類を組み込み、その後に該混合物を、例えば2X回等のXより 過剰のサイクル数を循環させてもよい、あるいは、該反応混合物中に、増幅され るレパートリ−の核酸中に通常見られない、イノシン等のヌクレオチド誘導体を 組み込むことによってPCR反応期間中に突然変異を誘発してもよい、しかる後 のインビボ増幅期間中に、ヌクレオチド誘導体が代用ヌクレオチドと置き換えら れ、それによりポイント突然変異が誘発されるである上述の方法によって製造さ れたライブラリー中に含まれるV。 及び/又はV、コーディングDNAホモログは、増幅及び/又は発現用ベクター に機能的に結合させることができる。 ここで使用する“ベクター”という用語は、種々の遺伝環境間で、それが機能的 に結合している他の核酸を運ぶことができる核酸分子を意味する。好ましいベク ターの1つの型はエピソーム、すなわち染色体外複製ができる核酸分子である。 好ましいベクターはそれらが結合している核酸の自律的複製及び/又は発現が可 能なものである。それらが機能的に結合している遺伝子の発現を指示することが できるベクターをここでは“発現ベクター”と呼ぶ。 vH及び/又はVLココ−ィングDNAホモログが機能的に結合するベクターの 選択は、当技術分野において周知のように請求められる機能的性質、例えば複製 若しくは蛋白発現、及び形質転換を受ける宿主細胞に直接依存し、これらは組み 換えDNA分子構築の技術分野において固有の制限である。 好ましい態様において、使用されるベクターには原生生物レプリコン、すなわち それにより形質転換される原生生物宿主細胞、例えば細菌性宿主細胞中の染色体 外の組み換えDNA分子の自律的複製及び維持を指示することができるDNA配 列を含む。このようなレプリコンは当技術分野において周知である。さらに、原 生生物レプリコンを含む態様は、それにより形質転換された細菌性宿主に、薬物 耐性等の選択的長所がその発現によって与えられるような遺伝子も含む。一般的 な細菌性薬物耐性遺伝子はアンピシリン若しくはテトラサイクリンに対する耐性 を与えるものである。 原生生物レプリコンを含むそれらのベクターは、それにより形質転換されたイー ・コ’J(E、 coli)等の細菌性宿主細胞中にVH及び/又はV、コーデ ィングホモログの発現(転写及び翻訳)を指示することができる原生生物プロモ ーターを含んでもよい。プロモーターは、RNAポリメラーゼを結合させて転写 を起こさせるDNA配列によって形成される発現調節要素である。細菌性宿主に 適合性のあるプロモーター配列は通常、本発明のDNA切片の挿入に都合のよい 制限部位を含むプラスミドベクター中に提供される。このようなベクタープラス ミドの代表例としては、バイオラッドラボラトリーズ社(リッチモンド、カリフ ォルニア州)から入手できるpUC8、pUC9、pBR322及びpBR32 9、及びファルマシア社(ビス力タウエイ、ニューシャーシー州)から入手でき るpPL及びpKK223がある。 真核生物細胞に適合性のある発現ベクター、好ましくはを椎動物細胞に適合性の ある発現ベクターも使用することができる。真核生物細胞発現ベクターは当技術 分野において周知であり、いくつかの発売元から入手できる。一般に、そのよう なベクターはめるDNAホモログの挿入に都合のよい制限部位を含んで供給され る。このようなベクターの代表例には、pSvL及びpKSV=IO(ファルマ シア社) 、pBPV−1/PML2d (インターナショナルバイオテクノロ ジイ社)及びpTDTl (ATCC。 第31255号)がある。 好ましい態様において、使用される真核生物細胞発現ベクターには、真核細胞に おいて有用な選択マーカー、好ましくは薬物耐性選択マーカーが含まれる。好ま しい薬物耐性マーカーはその発現がネオマイシン耐性をもたらす遺伝子、すなわ ちネオマイシンホスホトランスフェラーセ(neo)遺伝子である。サザンら( Southernetal、)、ジャーナルオブモリキュラーアンドアプライド ジエネティクス(J、 Mo1. Appl、 Genet、)、1巻、第32 7−341頁、1982年。 VW及び/又はVLココ−ィングDNAホモログの遺伝子を発現させるためのレ トロウィルス発現ベクターの使用も企図されている。ここで用いる“レトロウィ ルス発現ベクター”という用語はレトロウィルスゲノムの長い末端反復(LTR )領域に由来するプロモーター配列を含むDNA分子を意味する。 好ましい態様においては、該発現ベクターは通常、好ましくは真核生物細胞中で は複製不能のレトロウィルス発現ベクターである。レトロウィルスベクターの構 造及びその使用に関してはリーダら(Sorge et al、 )、モリキュ ラーアンドセルラーバイオロジイ(Mo1. Ce1. Biol、 )、 4 巻、第1730−1737頁、1984年に述べられている。 DNAを相補的粘着末端によりベクターに機能的に結合させるために種々の方法 が開発されている。例えば、相補的粘着末端を、先に考察したように適当に設計 されたポリヌクレオチド合成プライマーを使用することにより、プライマー伸張 反応期間中にVH及び/又はVLココ−ディングDNAホモログ中工作すること ができる。該ベクター、及び必要ならばDNAホモログは、制限エンドヌクレア ーゼに開裂されて、DNAホモログの末端に相補的な末端を作り出す。該ベクタ ー及びDNAホモログの相補的粘性末端がその後機能的に結合(連結)されて、 二本鎖DNA分子単位を作成する。 好ましい態様においては、多様なライブラリーの■エコーディング及びvLココ −ィングDNAホモログを個々のベクターからの多シストロン性発現のためにイ ンビトロでランダムに組み合わせる。すなわち、二本鎖DNA発現ベクターの多 様な集合が作り出され、そこでは単一プロモーターの調節下で各ベクターが1個 のv8コーディングDNAホモログ及び1個のvLココ−ィングDNAホモログ を発現し、該集合の多様性は種々の■8及び■。 コーディングDNAホモログの組み合わせの結果として起こる。 インビトロでのランダムな組み合わせは、それぞれにおける両者に共通の制限部 位の位置により互いに識別される2個の発現ベクターを用いて成し遂げることが できる。好ましくは、該ベクターはここで述べられるラムダZap誘導ベクター 等の線状二本鎖DNAである。第一ベクターにおいて、制限部位はプロモーター とポリリンカーの間、すなわちポリリンカーに対して3′末端(発現方向に対し て下流)ではなく5′末端(発現方向に対して上流)に位置する。第二ベクター においては、ポリリンカーがプロモーターと制限部位の間に位置し、すなわち、 制限部位がポリリンカーに対して3′末端に位置し、ポリリンカーはプロモータ ーに対して3′末端に位置する。 好ましい態様において、各ベクターはりボゾーム結合及びリーダーをコードする ヌクレオチド配列を規定し、該配列はプロモーター及びポリリンカーの間に位置 するが、共有制限部位がプロモーター及びポリリンカーの間にある場合はそれよ りも下流(3′末端)に位置する。同時に、停止コドンを、ポリリンカーよりも 下流であるが、共を制限部位がポリリンカーよりも下流にある場合にはいずれの 共有制限部位よりも上流に含むベクターも好ましい、第−及び/又は第二ベクタ ーはペプチド標識をコーディングするヌクレオチド配列を規定してもよい、該標 識配列は通常ポリリンカーよりも下流であるが停止コドンが存在する場合はいず れの停止コドンよりも上流に位置する。好ましい態様においては該ベクター類は 、そのベクターの一部、すなわち特定のラムダアームの存在がそれにより、若し くはそれに対して選択できるような、選択可能なマーカーを含む。通常の選択可 能なマーカーは当業者に周知である。このようなマーカーの例としては、抗生剤 耐性遺伝子、遺伝的選択可能マーカー、アンバーサプレッサー等の突然変異サプ レッサーなどがある。選択可能なマーカーは通常、プロモーターの上流かつ/又 は第2制限部位の下流に位置する。好ましい!S様においては、■、コーディン グDNAホモログを含む第一ベクター上のプロモーターの上方に1個の選択可能 マーカーが位置する。第2の選択可能マーカーは、VLココ−ィングDNAホモ ログを含むベクター上の第2制限部位の下流に位置する。 ■、コーディングベクター及びvLココ−ィングベクターが第1制限部位によっ てランダムに結合されている際に、その結果できた■。及びvLの両方並びに両 方の選択可能マーカーを含むベクターが選択できさえすれば、この第2の選択可 能マーカーは第1のものと同−若しくは異なっていてもよい。 通常、該ポリリンカーは1個以上、好ましくは最低2個の、それぞれがベクター に固有であって好ましくは他のベクターと共有されない、すなわちそれが第一ベ クター上にあるならば、第二ベクター上にはそれがないような、制限部位を規定 するヌクレオチド配列である。該ポリリンカー制限部位は■4若しくは■Lココ −ィングDNAホモログを、該ベクター中の存在するいずれのリーダー、標識若 しくは停止コドン配列とも同じ読取りフレーム内に連結させるように位置付けら れる。 ランダムな組み合わせはVHココ−ィングDNAホモログを第一ベクター中の、 通常ポリリンカー中の制限部位(類)にVHココ−ィングDNAホモログを連結 することによって成される。同様に、vLココ−ィングDNAホモログは第二ベ クター中に連結され、それにより2個の異なる発現ベクター集団を作る。DNA ホモログのどちらのタイプ、すなわちVH若しくはvLがどちらのベクターに連 結されるかは重要ではないが、例えばVHココ−ィングDNAホモログの全てが 第−若しくは第二ベクターのいずれかに連結され、■、ココ−ィングDNAホモ ログの全てが該第−若しくは第二ベクターのうちのもう一方のほうに連結される ことが好ましい。両集団のメンバーはその後エンドヌクレアーゼによって共有制 限部位で開裂されるが、これは通常同じ酵素によって両方の集団を切断すること による。できた産物は2つの異なる制限断片の集合となるが、一方のメンバーは 他方のメンバーの粘着末端に相補的な粘着末端を有する。2集合の制限断片は互 いにランダムに連結され、すなわちランダムな異集団間連結が行なわれて、同じ 読取りフレーム内に位置し、第二ベクターのプロモーターの調節下にあるV。コ ーディング及びVLココ−ィングDNAホモログをそれぞれに持つ異なる集団の ベクターが産生される。 もちろん、その後の組み換えは、2集団からのメンバーの連結の際に通常修正さ れる共有制限部位における開裂及びそれに続く再連結を通じてもたらすことがで きる。 できた構造物をその後適当な宿主中に導入して、別々若しくは組み合わせてのい ずれかの形で、VH及び/又はvLココ−ィングDNAホモログの増幅及び/又 は発現を行なわせる。同−若しくは異なるベクター上のいずれかで同じ生物中で 共発現させた場合、機能的に活性なFvが産生される。V)l及びvLポリペプ チドを異なる生物中に発現させた場合、それぞれのポリペプチドを単離した後、 適当な培地中で合わせてFvを形成させる。■、及び/又は■Lココ−ィングD NAホモログを含む構造物がその中に導入されている細胞性宿主のことをここで は“形質転換されている″若しくは“形質転換体”と呼ぶ。 宿主細胞は原生生物若しくは真核生物のいずれでもよい、細菌細胞は好ましい原 生生物宿主細胞であり、通常例えばベセスダリサーチラボラトリーズ、ベセスダ 、メリーランド州から入手できるイー・コリ(E、 coli) D H5株等 のイー・コリ(E、 colt)株である。好ましい真核生物宿主細胞には酵母 及び哺乳動物細胞、好ましくはマウス、ラット、サル若しくはヒト細胞系からの もの等のを椎動物細胞が含まれる。 本発明の組み換えDNA分子による適当な細胞宿主の形質転換は、使用するベク ターの型に通常依存する方法により成し遂げられる。原生生物宿主細胞の形質転 換に関しては、例えばコーエンら(Cohen et al、)+ ブロシーデ ィングスオブナシヲナルアヵデミイオプサイエンスUSA (Pro、 Mat 、^cad、 Sci、 USA)+ 69巻、第2110頁、1972年及び マニアチスら(Maniatis et al、)。 分子クローニング、実験マニュアル、コールドスプリングハーバ−研、コールド スプリングハーバ−、ニューヨーク州(1982)を参照のこと。rDNAを含 むレトロウィルスベクターによるを椎動物細胞の形質転換に関しては、例えばリ ーダら(Sorge at al、)。 モリキュラーアンドセルラーバイオロジイ(門o1. Ce11. Biol、 )。 4巻、第1730−1737頁、1984年;グラハムら(Graha+mat  al、)+パイラロジイ(Virol、)、521’、第456頁、1973 年;及びウィグラーら(14igler et al、)+プロシーディングス オブナシッナルアカデミイオプサイエンス、U S A (Pro、 Nat、  Acad。 Sci、 USA)、 76 %、第1373−1376頁、1979年を参照 うまく形質転換された細胞、すなわちベクターに機能的に結合されたVH及び/ 又は■1コーディングDNAホモログを含む細胞は、レセプターのりガントへの 結合、若しくはレセプターを、好ましくはその活性部位を、コーディングするポ リヌクレオチドの存在を検出するためにいずれの適当な周知の技法によって同定 してもよい。好ましいスクリーニングアッセイは、レセプターによるリガンド結 合が直接的若しくは間接的のいずれかで検出可能な信号を出すようなものである 。このような信号としては、例えば複合体の産生、触媒反応産物の形成、エネル ギー発生若しくは摂取等がある。例えば、被験rDNAによる形質転換をうけた 集団からの細胞をクローニングしてモノクローナルコロニーを産生させてもよい 。それらのコロニーがらの細胞を収集し、溶解して、そのDNA含量を、サザン (Sou thern) + ジャーナルオブモリキュラーバイオロジイ(J、  Mo1. Biol、)、 98巻、第503頁、1975年、若しくはベレ フトら(Berent et al−)+バイオチクノロシイ(Bio−tec h、)、3S1第208頁、1985年に述べられているような方法を用いて、 rDNAの存在について検査してもよい。 ■、及び/又はvLココ−ィングDNAホモログの存在に対する直接的アッセイ に加えて、形質転換がうまくいっていることは周知の免疫学的方法によって、特 に産生される■イ及び/又はVLポリペプチドがあらかじめ選択されたエピトー プを含む場合に、確認することができる。例えば、形質転換されていることが推 測される細胞サンプルをあらかじめ選択されたエピトープの存在について該エピ トープに対する抗体を用いてアッセイする。 6、VP及び/又はV tコーディング遺伝子ライブラリ一本発明は、ここで述 べたプライマー伸張反応若しくはプライマー伸張反応の組み合わせによって好ま しくは製造され、最低約103、好ましくは最低約104及びより好ましくは最 低約105の異なるVU及び/又はVLココ−ィングDNAホモログを含む遺伝 子ライブラリーに関する。該ホモログは好ましくは単離された形態、すなわち、 例えばプライマー伸張反応剤及び/又は基質、ゲノムDNA切片等の材料を実質 的に含まないものである。 好ましい態様においては、該ライブラリー中に存在するホモログの実質的部分は 、ベクターに機能的に結合しており、好ましくは発現のために発現ベクターに機 能的に結合している。 好ましくは、該ホモログは水、バッファー塩を含む水等の、インビトロ操作に適 した培地中に存在する。該培地はホモログの生物学的活性の維持に影響を及ぼし てはならない。さらに、該ホモログはそれらと適合する宿主細胞を妥当な頻度で 形質転換させるのに十分な濃度で存在すべきである。 該ホモログがそれらによって形質転換された適合性のある宿主細胞中に存在する ことがさらに好ましい。 D一旦里さLヱ二 本発明はまた、とりわけ本発明の方法を実施する際に有用な種々の発現ベクター に関する。それぞれの該発現ベクターはラムダZapの新規誘導体である。 l−之ムl二亜且 ラムダZapIIは、ベクターラムダZapのラムダS遺伝子を、実施例6に述 べるように、ラムダgtlOベクターからのラムダS遺伝子で置き換えることに より製造される。 2、ラムダZaIIV□ ラムダZaρ■V、は図6Aに図解されている合成りNA配列を上記のラムダZ apnヘクター中に挿入することにより製造される。 挿入されたヌクレオチド配列は、mRNAの蛋白中への翻訳を適正に模倣させる リボゾーム結合部位(シャイン−ダルガル/配列)及び翻訳された蛋白を周辺原 形質へ効率よく導くリーダー配列をうまく供給する。ラムダZapnVイの製造 は実施例9により詳しく述べてあり、その特徴は図6A及び7に図解されている 。 3・iム11■↓呈L ラムダZapIIVLは実施例12に述べるように、図6Bに図解されている合 成りNA配列をラムダZapII中に挿入することにより製造される。ラムダZ apI[V、の重要な特徴は図8に図解されラムダZapUvL■は実施例11 に述べられるように、IMIOに図解されている合成りNA配列をラムダZap lr中に挿入することにより製造される。 上記のベクター類はイー・コリ([+、 coli)宿主に適合しており、すな わち発現のためにそれらが機能的に結合している遺伝子によってコーディングさ れている蛋白をそれらは発現して周辺原形質中に分泌することができる。 実施■ 以下の実施例は本発明の範囲を制限するものではなく、これを説明するためのも のである。 1、ボ盲ヌクレオチドの′ 免疫グロブリンたんばく質CDRIIをコードするヌクレオチド配列は非常に変 化に冨む、しかし、vN ドメインに隣接して非常に保存性の高い領域がいくつ かある。すなわち実質的に保存性の高い配列、つまり同じプライマー配列にハイ ブリダイズする配列がある。それゆえ、これらの保存的配列にハイブリダイズし 、かつベクターに合成したDNAフラグメントを機能的に結合させるのに適した 制限部位を生成したDNAホモログに組込むポリヌクレオチド合成(増巾)プラ イマーを構築した。特に、このDNAホモログはラムダZAPnベクター(スト ラタジーンクローニングシステム、サンディエゴ、CA)のXhoI及びEco R1部位に挿入する。VHドメインを増巾するためJ□領領域mRNAに相補的 となるように3′プライマー(第1表のプライマー12)を設計した。全ての場 合5′プライマー(第1表、プライマー1〜10)は保存的N−末端領域の第1 鎖cDNA (アンチセンス鎖)に相補的となるように選択した。最初の増巾は 5個の部位で縮退する32個のプライマー混合物(第1表、プライマーl)を用 いて行った。ハイブリドーマmRNAは混合プライマーで増巾し得るが膵臓から mRNAを増巾する最初の試みはいろいろな結果を与えた。それゆえ、混合5′ プライマーを用いた何度かの増巾を比較した。 最初の増巾は混合プライマープールの各メンバーに対応する多重ユニークプライ マーを構築するもので、そのうちの8個を第1表に示した。第1表の各プライマ ー2〜9は5個の縮退部位の3ケ所に2つの可能なヌクレオチドを組込むことに より構築した。 第2の増巾はタカハシ(Takahashi)等、Proc、 Natl、 A cad、 Sci、。 (U、S、A、)82 :1931−1935 (1985)およびオーツカ( Ohtsuka)等、J、 Biol、 Chem、、260 : 2605− 2608(1985)の報告に基づき、種々の部位の4つにイノシンを含むプラ イマー(第1表、プライマー10)を構築するものである。 このプライマーは縮退しておらず、かつ同時にマーチン(Martin)等、N uc、Ac1dsRes、、13 :8927 (1985)で議論されている ように非保存的部位のミスマツチのネガティブな効果を最少にするという利点が ある。しかし、イノシンヌクレオチドの存在がクローン化したv14領域に望ま しくない配列を組込んでしまうかどうかは分らない。それゆえ、制限部位の切断 後増巾したフラグメントに残る1つの部位にイノシンは含まれなかった。結果と してイノシンはクローン化した挿入物には存在しなかった。 さらに、ユニークな3′プライマーを含むV□増巾プライマーはガンマ1重鎖m RNAの第1定常部ドメインの一部に相補的となるように設計した(第1表、プ ライマー15および16)。これらのプライマーはVHおよび重鎮の第1定常部 ドメイン由来のアミノ酸をコードするポリヌクレオチドを含むDNAホモログを 生成する。それゆえ、これらのDNAホモログを使用してFvよりむしろFab フラグメントを生成し得る。膵臓またはハイブリドーマmRNAからの増巾のコ ントロールとして、定常部1gG。 重鎮遺伝子内の非常に保存性の高い領域にハイブリダイズする一組のプライマー を構築した。5′プライマー(第1表、プライマー11)はC,2領域内のcD NAに相補的であり、一方3′プライマー(第1表、プライマー13)は0.3 領域内のmRNAに相補的である。これらのプライマーとそれらのテンプレート 間にはミスマツチはないと考えられている。 vLCDRをコードするヌクレオチド配列は非常に変化に富んでいる。しかしJ L、VLフレームワーク領域およびvLリーダー/プロモーターを含むVL C DRドメインに隣接する保存性の高い領域かい(つかある。それゆえ、この保存 的配列にハイブリダイズし、かつNoClおよび5pelで切断したpBlue script S K−ベクターに増巾したフラグメントをクローニングするの を可能にする制限部位を組込む増巾プライマーを構築した。V、CDRドメイン を増巾するため、JLeN域内のmRNAに相補的となるよう3′プライマー( 第1表、プライマー14)を設計した。5′プライマー(第1表、プライマー1 5)は保存的N−末端領域内の第1鎖cDNA (アンチャンスtIi)と相補 的となるよう選択した。 ■LCDRドメインの増巾用の第2組の増巾プライマー、5′プライマー(第2 表、プライマー1〜8)は保存的N−末端領域内の第11[cDNAに相補的と なるように設計した。また、これらのプライマーはVLDNAホモログをV、U 発現ベクターにクローン化するのに使用する5acl制限工ンドヌクレアーゼ部 位を導入した。3’Vt増巾プライマー(第2表、プライマー9)はJL領域内 のs+RNAに相補的であり、かつvL■−発現ベクターにvLDNAホモログ を挿入するのに必要なXbaI制限エンドヌクレアーゼ部位を導入するよう設計 した(第3図)。 別の3′vL増巾プライマーは各カッパーまたはラムダ■RN^の定常部にハイ ブリダイズするよう設計した(第2表、プライマー10および11)、これらの プライマーは各力ンパまたはラムダ鎖の定常部アミノ酸をコードするポリペプチ ド配列を含むDNAホモログを生成させる。これらのプライマーはF、よりむし ろFabフラグメントの生成を可能する。 Fabを構築するためのカッパ軽鎖配列の増巾に使用するプライマーを少な(と も第2表に示す、これらのプライマーを用いた増巾は各々5′プライマー(プラ イマー3〜6および12)1つおよび3′プライマー(プライマー13)1つを 含む5回の反応で行った。残りの3′プライマー(プライマー9)を用いてF、 フラグメントを構築した。5′プライマーには5acl制限部位が含まれ、また 3′プライマーにはXbal制限部位が含まれる。 Fab構築用の重鎖Fdフラグメント増巾に使用するプライマーを少なくとも第 1表に示す。増巾は各々5′プライマー(プライマー2〜9)1つおよび3′プ ライマー(プライマー15)1つを含む8回の反応で行った。単一反応の増巾で 使用した残りの5′プライマーは縮退プライマー(プライマー1)または4個の 縮退部位にイノシンを組込むプライマー(第1表、プライマー10、および第2 表、プライマー17および18)である。残りの3′プライマー(第2表、プラ イマー14)を使用してF、フラグメントを構築した。多くの5′プライマーは Xho1部位を含み、また3′プライマーは5pel制限部位を含んでいる。 またラムダおよびカッパー両アイソタイプのヒト軽鎖可変領域を増巾するよう設 計したvL増巾プライマーを第2表に示す、ここで使用する第1〜4表に示した 全てのプライマーおよび合成ポリヌクレオチドはアラバマ、ハンツビルのリサー チ・ジェネティクス社から購入するか、もしくはアブライドバイオシステムズ社 DNA合成機で合成した。 譬 く ト 伽 l!Ilv 2、FITCPAたんばく の なV。コーディングレパートレセプター結合の りガントとしてフルオレセインイソチオシアネート(FITC)を選んだ。さら に抗FITCレセプターをコードする遺伝子に対する免疫学的遺伝子レパートリ −1すなわちVH−およびVL−コード遺伝子レパートリ−を免疫により増加さ せることを決定した。これは“抗体ラボラトリ−マニュアル”、バーロー(Ha rlow)およびロー(Lowe)編、コールドスプリングハーバ−、ニューヨ ーク、(1988)で述べられている方法を用いFITCをキーホールリンペッ トヘモシアニン(K L H)に結合させることで行った。簡単に云うと、lO ミリグラム(mg)のキーホールリンペットヘモシアニンと0.5mgF I  TCCOOL M炭酸ナトリウムルミ(9,6を含むバッファ1mlに添加し、 4℃で18〜24時間攪拌した。未結合のFITCをセファデックスG−25を 用いたゲル濾過で除去した。マウスへの注射用のKLH−F I TC結合体は 100μgの結合体を250μlのリン酸緩衝液に加えて調製した。等容量の完 全フロインドアジュバントを加え、この溶液を5分間かけてエマルジョンとした 。129G+x+マウスにこのエマルジエン300μlを注射した。これは、2 1ゲージ針を用いた数ケ所の皮下注射で行った。KLH−FITCによる二次免 疫は2週間後に行った。この注射液は以下のように調製した。50μgのKLH −FITCを250μlのPBSで希釈し、この溶液に等容量のミョウバンを混 合した。23ゲージ針を用いこの溶液500μlをマウスに腹腔的注射した。1 力月後、50μg KLH−FITC結合体の200μIPBs希釈物による最 後の注射を行った。これは30ゲージ針を用いた尾側部への静脈注射で行った。 最後の注射の5日後マウスを殺し、その肺臓から全細胞性RNAを単離した。 ホスホネートエステルに免疫特異的な抗体を生産するハイブリドーマPCP8D 11をペニシリンおよびストレプトマイシンを補った10パーセントのウシ胎児 血清を含むDMEM培地(ギブコラボラトリーズ、グランドアイランド、ニュー ヨーク)で培養した。約5X10”個のハイブリドーマを収穫し、リン酸緩衝液 で2回洗浄した。これらの単離したハイブリドーマ細胞から全細胞性RNAを調 製した。 3、vトコード゛ 云 レパートリ−の量チョムクヂンスキー(Chomczy nski )等、Anal、 Biocbes。 土立主:156−159 (1987)に報告されているRNA調製法およびス トラタジーンクローニングシステム(ラジッラ、CA)社のRNA単離キットを 用い、実施例2で述べたようにKLH−F ITCで免疫化した単一マウスの肺 臓から全細胞性RNAを調製した。81単に云うと、免疫化マウスから肺臓を採 取したら直ちにその組織をガラスホモジナイザーを用い、4.0 Mグアニンイ ソチオシアネート、0.25Mクエン酸ナトリウムpH7,0および0.1 M  2−メルカプトエタノールを含む変性溶液10m1中でホモジナイズした。  2 M、 pH4,0の酢酸ナトリウムl m lをこのホモジナイズした膵臓 に混合する。ついで予め水で飽和したフェノール1 m lをホモジナイズした 肺臓を含む変性溶液に混合した。クロロホルム:イソアミルアルコール(24:  1’/v)混合液2mAをこのホモジネートに加えた。このホモジネートを1 0秒間激しく撹拌し、15分間氷上に放置した。ついで、このホモジネートを肉 厚の50mlポリプロピレン遠心チューブ(フィッシャーサイエンティフィック カンパニー、ピッツバーグ、PA)に移し、4℃、20分間10.OOOxgで 遠心した。 RNAを含む上水層を新しい50m1ポリプロピレン遠心管に移し 、等容量のイソプロピルアルコールを混合した。この溶液を一20℃で少なくと も1時間冷却しRNAを沈殿させた。沈殿RNAを含む液を4℃、20分間、1 0,000Xgで遠心した。ベレット化した全細胞性RNAのベレットを回収し 、上述の変性溶液3mlにt容かした。このン容液に3 m ’1のイソプロピ ルアルコールを加え、激しく混合してから、−20℃に少なくとも1時間維持し RNAを沈殿させた。この沈殿化RNAを含む溶液を4℃、10分間10、OO OXgで遠心した。ベレット化したRNAを75%エタノールを含む溶液で1度 洗浄し、減圧下で15分間乾燥してからジメチルピロカーボネート(DEPC) 処理した水(DEPC−HzO)に懸濁した。 長いポリAトラクトを含む配列に冨むメツセンジャーRNA(mRNA)を“モ レキュラークローニング、ラボラトリ−マニュアル、マニアチス(Maniat is)等線、コールドスプリングハーバ−ラボラトリ−1NY、(1982)に 述べられている方法をもちいて全細胞性RNAから調製した。簡単に云うと上述 のように調製した単一の免疫化マウス肺臓から単離した全RNAの半分を1ml のDBPC−H,Oに溶解し65℃に5分間保った。このRNA溶液に100w M)リス−HCff1.1M塩化ナトリウム、2.0mMエチレンジアミン四酢 酸二ナトリウム(EDTA)pH7,5および0.2%ドデシル硫酸ナトリウム (SDS)を含む2×高塩ローデイングバツフア1 m lを加え、この混合液 を室温まで冷却した。ついでこの混合液を予め0.1M水酸化ナトリウムおよび 5mMEDTAを含む溶液でオリゴdTを洗浄し、DEPC−HlOで平衡化す ることにより調製したオリゴdT(コラポラティプリサーチ社、2型または3型 )カラムにかけた。溶出物を滅菌したポリプロピレンチューブに回収し65℃で 5分間加熱した後再び同じカラムにかけた。ついでこのオリゴdTカラムを50 +wMトリス−HCJ 、 pH1,5,580閘M塩化ナトリウム、1難ME DTAおよび0.1%SDSを含む高塩ローディングバlファ2mlで洗浄した 。ついで10mMトリス−IC1pH7,5,1+gMEDTAおよび0.05 %SDSを含むバッファ1mlをもちいてこのカラムがらメツセンジャーRNA を溶出した。この溶液をフェノール/クロロホルムで抽出し、ついで100%ク ロロホルムで抽出し、メツセンジャーRNAを精製した。このメツセンジャーR NAをエタノール沈殿でillmL、D E p c −*zo c溶gt、り 。 上述の方法で単離したメンセンジャーRNAには多くの異なるvHコードポリヌ クレオチド、すなわち約104種以上のV、コード遺伝子が含まれる。 4、−の■9コードポリヌクレオチドの發全細胞性RNAを実施例2で調製した モノクローナルハイブリドーマ細胞から抽出すること以外は実施例3に従って単 一のV。 をコードするポリヌクレオチドを単離した。このように単離したポリヌクレオチ ドは単一のVNをコードする。 5、 D N Aホモログの− PCR増巾用の調製物を作るため上記実施例に従って調製したmRNAをプライ マー伸長反応によるcDNA合成用のテンプレートとして使用した。典型的な5 0μ!転写反応においては、まず5〜10μ5lllliiまたはハイブリドー マ5RNA水溶液に、65℃、5分間かけて500ng (50,0psol) の3 ’ VNプライマー(第1表、プライマー12)をハイブリダイズ(アニ ールさせた。つづいて、この混合物を1.5mMdATP、dCTP。 dGTPおよびdTTP、40mM)リス−〇CA pH8,0,8sMMgC 1g、50mM NaCJおよび2mMスペルミジンとなるように調整した。モ ロニー・ムライン白血病ウィルス逆転写酵素(ストラタジーンクローニングシス テム社)26ユニツトを加え、この溶液を37℃に1時間保った。 PCR増巾は逆転写反応産物(約5μgのcDNA/RNAハイブリッド) 、 300部g3’ VHプライマー(第1表、プライマー12)、各300部g5  ’ VHプライマー(第1表、プライマー2〜I O) 、200mM dN TP混合物、50mMKCj7.10mMトリス−HCl pH8,3,15m M MgC12,0,1%ゼラチンおよび2ユニツトTaqDNAポリメラーゼ を含む100μ1反応液で行った。この反応混合液にミネラルオイルを重層し、 40サイクルで増巾した。各サイクルは92℃、1分の変性、52℃、2分のア ニーリングおよび72℃、1.5分のプライマー伸長によるポリヌクレオチド合 成で構成される。増巾したvHコードDNAホモログを含む試料を、フェノール /クロロホルムで2回、クロロホルムで1回抽出し、エタノール沈殿した後10 rnM)リス−HCl!(pH7,5) 、1mMEDTA溶液中−70℃で保 存した。ユニークな5′プライマー(第1表2〜9)を用い、第3図、レーンR 17〜R−24に示したように有効なV□コードDNAホモログ合成および肺臓 mRNAからの増巾を行った。増巾したcDNA(VHコードDNAホモログ) は期待されるサイズ(360bp)の主要バンドとして出現した。各反応物中の 増巾されたVH−コードポリヌクレオチドフラグメントの濃度は同じで、このこ とはこれら全てのプライマーが増巾の開始に関してほぼ同じ効率で働いたことを 示している。これらのプライマーを用いた増巾の収率および特性には再現性があ った。またイノシンを含むプライマーによって、他の増巾cDNAと同じ濃度で 期待されるサイズの肺臓mRNA由来のVHコードDNAを再現性よく増巾され た(第4図レーンR16参照)。この結果はイノシンが存在しても十分効率よ< DNAホモログの合成と増巾が進行することを示している。多種類の■。コード DNAホモログを生成する上でこれらのプライマーがいかに有用であるかを明瞭 に示している。定常部プライマー(第1表、プライマー11および13)から得 た増巾産物は、おそらくテンプレートとプライマーとの高いホモロジーのために 増巾がより効率的に起ったことを強く示している(第4図、レーンR9)。これ らの結果に基づき、各々別の5′プライマーで行った8回の増巾産物からvHコ ード遺伝子ライブラリーを構築した。各プライマー伸長反応からの産物の一部を 混合し、これを用いてvl(コードDNAホモログ含有ベクターライブラリーを 作製した。 先に述べたように精製したmRNAからVL DNAホモログを調製した。PC R増巾用の調製物を作るため、上記実施例に従って調製したmRNAをcDNA 合成用のテンプレートとして用いた。典型的な50μ!転写反応では、まず5〜 IOμg牌臓またはハイブリドーマmRNA水溶液に65℃、5分間かけて30 0部g (50,0pmol)の3’VLプライマー(第1表、プライマー14 )をアニールさせた。つづいて、この混合物を1.5 mM dATP。 dCTP、dGTPおよびdTTP、40mMトリス−HCf pH8,o。 8 mM MgCj’ ! 、50 mM NaCj’、および2mMスペルミ ジンとなるように調整した。モロニー・ムライン白血病ウィルス逆転写酵素(ス トラタジーンクローニングシステムズ社)26ユニツトを添加し、この溶液を3 7℃に1時間保った。PCR増巾は約5μgの上記のように調製したcDNA/ RNAハイブリッド、300部g3’V、プライマー(第1表、プライ7−14 ) 、300部g5′v、プライマー(第1表、プライ7−15) 、200m MdNTP混合物、50mMKCj7.10mMトリス−HC47pH8,3, 15mM MgCl2.0.1%ゼラチンおよび2ユニツトTaqポリメラーゼ を含む100μ1反応液で行った。この溶液にミネラルオイルを重層し、40サ イクルの増巾を行った。各サイクルは92℃、1分間の変性、52℃、2分間の アニーリングおよび72°C11,5分間の伸長で構成される。増巾したサンプ ルをフェノール/クロロホルムで2回、クロロホルムで1回抽出し、エタノール 沈殿後10mMトリス−1(CJ pH7,5および1mMEDTA中−70° Cで保存した。 6、DNAホモログのベクターへの挿入■H配列に富むライブラリーをクローニ ングするため、PCR産物(150mM NaCA、 8mMトリス−HCj7  (pH7,5) 、6mMMgSO4,1mMDTT、200mg/mAウシ 血清アルブミン(BSA)30ul中2.5 mg)を37℃で制限酵素Xho I (125ユニツト)およびEcoRI (10U)で消化し、1%アガロー スゲルで精製した。増巾反応産物の混合物を必要とするクローニング実験におい ては、増巾後で、かつ制限消化前に等容量(50μ!、1〜IOμg濃度)の反 応液を合せた。消化したPCR増巾牌臓肺臓NAのゲル電気泳動後、約350b pのDNAフラグメントを含むゲル領域を切り出し、透析膜に電気溶出した後エ タノール沈殿させてlong/μiとなるよう10mM)リス−HCj7pH7 ,5,1mMEDTAに溶解した。ついでこの等モル量の挿入物を5℃、1晩か けて、予めEcoRIおよびXhoIで切断したラムダZAPTMnベクター( ストラタジーンクローニングシステムズ社、ラジョラ、CA)1ggにライゲー ションした。このライゲーション混合物の1部(lμl)をギカパックゴールド パッキングエクストラクト(ストラタジーンクローニングシステムズ、ラジョラ 、CA)を用い室温2時間かけてパッケージし、この物質をXLI−ブルー宿主 細胞上にブレーティングした。このライブラリーは弁組換えバックグランド30 %以下で2X107VHホモログからなると測定された。 先に用いたベクター、ラムダZapIIは、SAM100変異を有するが6個の ユニークな制限部位、融合たんばく質発現、ファージミド(ブルースクリプト5 K−)の型で迅速に挿入物を切り出す能力を含む元のラムダZapの全ての特性 を有し、XLI−ブルーを含む多くのNon−3upF株上で生育できるラムダ Zap (ATCC#40,298)の誘導体である。ショート(Short  )等、NucleicAcids Res、 16 : 7583−7600. 1988で報告されている方法を用い制限酵素NcoIでラムダZapを消化す ることにより生成する4254塩基対(bp)DNAフラグメント中に含まれる ラムダS遺伝子を置換することによりラムダZapI[を構築した。 この4254bpDNAフラグメントを制限酵素NcoIで消化したラムダgt l O(ATCC#40,179)から単離したラムダS遺伝子を含む4254 bpDNAフラグメントで置換した。このラムダgtlOから単離した4 25 4bpDNAフラグメントをT 4 DNAリガーゼおよびカレントプロトコー ルインモレキュラーバイオロジー、オースベル(Ausubel)等線、ジョン ウィリーアンドサンズ、ニューヨーク、1987に説明されている標準的方法を 用い元のラムダZapベクターにライゲーションした。 VL配列に富むライブラリーをクローニングするために、2μgのPCR増巾産 物(150mM NaC1,8mM)リス−H1(pH7,5) 6 mM M g5O,,1mM DTT、 200mg/mj7BSA30μi中2.5mg 、 37℃)を制限酵素NcoI (30ユニフト)および5peI(45ユニ ツト)で消化した。消化したPCII増中産物中産物キュラークローニング、ラ ボラトリ−マニュアル、?=7チス(Maniatis)等!、コールドスプリ ングハーバ−、ニューヨーク、(1982)に説明されている標準的エレクトロ ポレーション法を用い、1%アガロースゲルから精製した。簡単にいうと、消化 したPCR増中量中産物ルエレクトロポレーション後、適当なサイズの■1コー ドDNAフラグメントを含むゲルの一部を切り出し、透析膜への電気溶出、エタ ノール沈殿の後、10mMトリス−HC1pH7,5,1sMEDTAを含む溶 液1++J当りLongとなるように溶解した。 多種のVLコードDNAホモログを有する等モル量のDNAを予めNcoTおよ び5peTで切断したpBIuescript S K−ファージミドベクター にライゲーションした。ライゲーション反応物の一部をエピクイアンコリXLI −ブルーコンピテント細胞(ストラタジーンクローニングシステムズ、ラジ5う 、CA)にトランスホームした。このトランスホーマントライブラリーはvLホ モログμg当り1.2X103コロニ一形成単位を含むと測定された。 弁組換え体のバックグランドは3%以下であった。 ラムタZapIIファージクローンを分析するため、このクローンを業者の指示 に従かい(ストラタジーンクローニングシステム、ラジョラ、CA)ラムダZa pからプラスミドに切り出した。簡単にいうと、ファージプラークを寒天プレー トを採取し、50mMトリス−MCI (pH7,5) 、100 mM Na C1,10mM Mg5O+および0.01%ゼラチンを含むバッファ500μ lおよびクロロホルム20μiを入れた滅菌マイクロフユージチューブに移した 。 切断するためファージストック200μ!、XLI−ブルー細胞(Azi。=1 .0O)200μ2およびR408へルバーファージ(I X 10” pfu /mf) 1μlを37℃で15分間インキュベートした。切断したプラスミド をXLI−ブルー細胞に感染させ、アンピシリンを含むLBプレートにブレーテ ィングした。ホルメス(Holses)等、Anal、 Biochem、、  114 : 194 (1981)に報告されている方法に従がい、ファージミ ド含量細胞から二本鎖DNAを調製した。最初にPvuI[またはBgllによ る制限消化によりDNA挿入したクローンをスクリーニングし、ついでv、I挿 入物を含むクローンをサンガー(Sanger)等、Proc、 Natl、  Acad。 Sci、、USA、74:5463 5467(1977)の−触法およびスト ラタジーンクローニングシステムズ、ラジョラ、CAのAMV逆転写酵素3SS −dATPシーケンシングキットを用いたその方法の修正法に従い、逆転写酵素 を用いてシーケンシングした。 8、クローンヒしたv6レパートリーのXholおよびEcoRIで消化し、ラ ムダZapにクローニングした項中産物で9.OX 10’ pfuのcDNA ライブラリーを生成した。このライブラリーが多種類のvHコードDNAホモロ グを含むことを確かめるため、ライブラリーからランダムに選んだ18個のクロ ーンのN末端の120塩基を切り出しシーケンシングした(第5図)。このクロ ーンがV。遺伝子由来のものかどうかを決めるため、クローン化した配列を既知 のV、配列およびvL配列と比較した。このクローンは、カボット(Kabot )等第4W、米国デパートメントオブヘルスアンドヒューマンサイエンス(19 87)、“免疫学的に重要なたんばく質の配列”の配列と比較したとき既知重鎮 配列と80〜90%のホモロジーを示したが、軽鎖配列とのホモロジーはなかっ た。このことはこのライブラリーは軽鎖配列などの他の配列よりも所望するVイ 配列に富んでいることを示している。 シーケンスしたクローンを所定のサブグループに分類して集団の多様性を検定し た(第5図)。マウスVH配列は、“免疫学的に重要なたんばく質の配列”、カ ボフ) (Kabot)等、第4編、米国、デパートメントオブヘルスアンドヒ ューマンサイエンス(1987);ディルドロップ(Dildrop)、 I讃 munology Today。 5.84 (19B4);およびブロダー(Brodeur)等、Eur、 J 。 l5nuno1.、 14 ; 922 (1984)に報告されている枠組み アミノ酸配列に基づく11個のサブグループ(I (A、 B) 、]l(A、 B、’c> 、m (A、B、C,D) 、V (A、B)) に分類される。 シーケンスしたクローンの分類で、cDNAライブラリーが少なくとも7種のサ ブグループのv9配列を含んでいるが示された。さらに、シーケンスしたクロー ン間のホモロジーの比較で全ての部位で等しい2つの配列はないことが示され、 このことはこの集団が配列分析で特徴付けることができる程度の多様性をもつこ とを示している。 このクローンのうちの6個(L36−50、第5図)はサブクラスII[Bに属 しており、非常に似たヌクレオチド配列を存していた。このことは刺激した肺臓 中の1つまたはいくつかの関連する可変性遺伝子から誘導されるmRNAが圧倒 的に多いことを反映しているが、このデータは増巾過程におけるバイアスの可能 性を除外するものではない。 9、V ベタ −の ベクターシステムを選択する主たる基準は直接スクリーニングし得る最も多いF abフラグメントを生成する必要性である。3つの理由から発現ベクターとして バクテリオファージラムダを選んだ。第1に、ファージDNAのインビトロでの パフキングは宿主細胞にDNAを再導入する最も有効な方法である。第2に、単 一ファージプラークレベルでたんばく質発現が検出可能である。最後に、一般的 にファージライブラリーのスクリーニングは非特異的結合に伴う困難がない。代 替物としてのプラスミドクローニングベクターは同定後のクローンの解析にのみ 有効である。この利点はラムダZapを使用することにより切り出せる重鎮、軽 鎖またはFab発現挿入物を含むプラスミドを使用する本システムでは消失する 。 大腸菌宿主細胞において7MコードDNAホモログの多様性を示すため、適当な リーディングフレームに7MコードDNAホモログを置き、シャイン(Shin e)等、Nature+ 254 : 34.1975によって報告されている リボゾーム結合部位、発現たんばく賞を細胞周辺腔に送るリーダー配列、既知エ ピトープをコードするポリヌクレオチド配列(エピトープタッグ)およびvHコ ードDNAホモログおよびエピトープタッグをコードするポリヌクレオチドの間 のスペーサーたんばく質をコードするポリヌクレオチドを提供するベクターを構 築した。上述のポリヌクレオチドおよび特性の全てを含む合成りNA配列は、互 いにハイブリダイズし第6図に示した二本鎖合成りNA配列を形成する20〜4 0塩基の一本領ポリヌクレオチドセグメントを設計することにより構築した。 各−末鎖ポリヌクレオチド(NI N+□)を第3表を示す。 各ポリヌクレオチド1μj(0,1μg/μm)および20ユニツトのT4ポリ ヌクレオチドキナーゼを70謹MトリスーHCj、pH7,6,10mM Mg Cjlg 、5sM DTT、 10 mM2ME。 500μg1mlBsAを含む溶液に添加することによりポリスクレオチド2. 3.9−4′、11、t o−s ’、6.7および8を5′リン酸化した。こ の溶液を37℃に30分間維持し、ついで65℃に10分間維持することにより 反応を停止した。2つの末端ポリヌクレオチド、N1およびN12.20ngを 20.0mMトリス−HCl、pH7,4,2,0■MMgC18および50. OmMNaC1を含む10分の1容量の溶液とともに上述のキナーゼ反応溶液に 加えた。この溶液を70℃に5分間加熱した後、500mlのビーカーの水中、 1.5時間かけて室温、約25℃に冷却した。 この時間内に10個全てのポリヌクレオチドがアニールし、第6A図に示した二 本鎖合成りNA挿入物が形成される。この反応物40μlを50mM)リス−M CI、 pH7,5,7mM MgCj!、、1 +mM DTT、1 mMア デノシン三リン酸(ATP)および10ユニツトのT4DNAリガーゼを含む溶 液に加えることにより各ポリヌクレオチドを互いに共有結合させ、合成りNA挿 入物を安定化した。この溶液を37℃に30分間維持し、ついで65℃に10分 間維持してT4DNAリガーゼを失活した。この反応液52μl、10mMAT Pを含む溶液4μlおよび5ユニツトのT4ポリヌクレオチドキナーゼを混合す ることにより末端ポリヌクレオチドを5′リン酸化した。この溶液を37℃に3 0分間維持した後、65℃で10分間加熱してT4ポリヌクレオチドキナーゼを 失活した。完成した合成りNA挿入物を予め制限酵素Not IおよびXhol で消化したラムダZapnベクターに直接ライゲーションした。このライゲーシ ョン混合物をストラタジーンクローニングシステムズ、ラジョラ、CAから市販 されているギガパック■ゴールドバッキングエクストラクトを用い業者の指示に 従ってパフキングした。パフキングしたライゲージタン混合物をXL1ブルー細 胞(ストラタジーンクローニングシステムズ、サンディエゴ、CA)にブレーテ ィングした。各ラムダZapUプラークを採取し、その挿入物を業者、ストラタ ジーンクローニングシステムズ、ラジョラ、CAによって提供されるインビボ切 り出し法に従って切り出した。このインビボ切り出し法はクローン化した挿入物 をラムダZapUベクターからプラスミドベクターに移して操作やシーケンシン グを容易にする。上述のクローニングステップの正確性はサンガー(Sange r)等、Proc、 Natl、 Acad。 Sci、 LISA、74:5463−5467 (1977)に報告されてい るサンガー(Sanger)のダイデオキシ法およびストラタジーンクローニン グシステムズ、ラジョラ、CAのAMV逆転写酵素3SS−ATPシーケンスキ フトを用いて挿入物をシーケンシングで確認した。このV、1発現ベクターの配 列を第6A図および第7図に示す。 玉1表 N5) 51 TCGACTATTAACTAGTCTAG入入TTCTCGA G コー 。 Ni1) 5雷 GACGTTCCGにACTACGGTTCTTAAT、コ− ,GAA’ITCに 3自N10−5) 51 CGにAACGTCGTACG GGTAACTAGTCTAG入入入TCTCGAG 3’10、 V、 ベク ターの 大腸菌宿主細胞で多様な■、コードポリヌクレオチドを発現させるため、適正な リーディングフレームに■、コードポリヌクレオチドを置き、シャイン(Shi ne)等、Nature、254 : 34、(1975)に報告されているリ ボゾーム結合部位、発現たんばく質を細胞周辺校に送るリーダー配列、およびV Lポポリクレオチドおよびエピトープタフグをコードするポリヌクレオチドの間 のスペーサーたんばく譬をコードするポリヌクレオチドを提供するベクターを横 築した。上述の全のポリヌクレオチドおよび特性を含む合成りNA配列は、互い にハイブリダイズし、かつ第6B図に示した二本鎖合成りNA配列を形成する2 0〜40塩基の一本領ポリヌクレオチドセグメントを設計することにより構築し た。 各−重鎖ポリヌクレオチド(N、−N、”)を第3表に示す。 各ポリヌクレオチド1μlおよびT4ポリヌクレオチドキナーゼ20ユニットを 70mM)リス−HCl pH7,6,105M1′IgC1,、5mM DT T% I Q +wM2ME、5 0 0 μg/m1BSAを含む溶液に添加 することによりポリヌクレオチドN2、N3、N4、N6、N7およびN8を5 ′リン酸化した。この溶液を37℃に30分間維持し、ついで65℃で10分間 加熱することにより、反応を停止した。2つの末端ポリヌクレオチド、N1およ びN5、各20ngを、20.0BMトリスーHCl、PH7、4,2,0mM  MgCl1 tおよび50. OmM NaCJを含む10分の1培容の溶液 とともに上述のリン酸化溶液に加えた。この溶液を70℃で5分間加熱し、50 0層!ビーカー中、1.5時間かけて室温、約25℃に冷却した。この際に全て のポリヌクレオチドがアニールし、二本鎖合成りNA挿入物が形成する。上述溶 液40μlを50mM)リス−HCβ、pH7,5,7mM Mgcz、 、1 erM DTTSl mM ATP、および10ユニツトT 4 DNAリガー ゼを含む溶液50μlに加えることにより各ポリヌクレオチドを互いに共有結合 することで合成りNA挿入物を安定化した。 この溶液を37℃に30分間維持し、ついで65℃で10分間加熱することによ りT4DNAリガーゼを失活させる。この溶液52μlと、10a+MATPお よび5ユニツトT4ポリヌクレオチドキナーゼを含む4μeの溶液を混合するこ とにより末端ポリヌクレオチドをリン酸化した。この溶液を37℃に30分間維 持し、ついで65℃で10分間加熱することによりこのT4ポリヌクレオチドキ ナーゼを失活させた。この完成した合成りNA挿入物を予め制限酵素Not T およびXholで消化したラムダZapHヘクターに直接ライゲーションした。 このライゲーション混合物をストラタジーンクローニングシステムズ、ラジョラ 、CAから市販されているギカバック■ゴールドバッキングエクストラクトを用 いてバッキングした。このバンキングしたライゲーション混合物をXLI−ブル ー細胞(ストラタジーンクローニングシステムズ、ラジョラ、CA)にブレーテ ィングした0個々のラムダZapHプラークを採取し、その挿入物を製造業者、 ストラタジーンクローニングシステムズ、ラジョラ、CAによって提供され、か つシv −) (Short)等、Nucleic Ac1ds Res、 1 6 : 7583−7600.1988に報告されているインビボ切り出し操作 に従って切り出した。このインビボ切り出し操作によりクローン化挿入物をラム ダZapHベクターからファージミドベクターに移し操作やシーケンシングが容 易となり、かつvL発現ベクターのファージミドバージョンができる。上述のク ローニングステップの正確性はサンガー(Sanger)のダイデオキシ法(サ ンガー(Sanger)等Proc、 Natl、 Acad、 Sci、 U SA74 : 5463 5467、(1977) ”)およびストラタジーン クローニングシステムズ、ラジッラ、CA市販のAMV逆転写酵素3SS−dA TPシーケンシングキ7)の説明書を用いてこの挿入物をシーケンシングするこ とにより確認した、生成した■5発発現ベクター配列を第6図および第8図に示 す。 ■Lライブラリーの構築に用いた■5発現ベクターは■1発現ベクターのDNA の測定を可能となるように作ったファージミドである。先に詳細に説明したよう にこのファージミドはラムダZapVL発現ヘクターからインビボ切り出し操作 を用いて作った(第8図)、このベクターのファージミドバージョンはユニーク な制限部位を含むことからこれを用いてVLDNAホモログを発現ベクターに機 能的に結合させることができる。 11、VII ベクターの 大1lli&@宿主細胞中で多様なりLコードDNAホモログを発現するため、 VLコードDNAホモログを適正なリーディングフレームに置き、シャイン(S hine)等、Nature、254 : 34.1975に報告されているリ ボゾーム結合部位、レイ(Lei)等、J、 Bac、169:4379 (1 98T)およびペター(Better)等、5cience+ 240 :10 41 (1988)に報告されている大腸菌中でFabフラグメントをうまく分 泌させるのに用いられたPe1B遺伝子リーダー配列およびクローニング用の制 限エンドヌクレアーゼ部位を含むポリヌクレオチドを提供するベクターを構築し た。上述の全てのポリヌクレオチドおよび特性を含む合成りNA配列を互いにハ イブリダイズし、かつ第10図に示した二本鎖合成りNA配列を形成する20〜 60塩基の一重鎖ポリヌクレオチドセグメントを設計することにより構築した。 二本鎖合成りNA配列内の各−末鎖ポリヌクレオチド(01−08)の配列を第 4表に示す。 各ポリヌクレオチド02.03.04.05.06および07.1μff1(0 ,1μg/μi)と20ユニツトのT4ポリヌクレオチドキナーゼを70mM) リス−HCl (pH7,6) 、10 mM塩化マグネシウム(MgCf2)  、5 mMジチオスレイトール(DTT)、10+nM2−メルカプトエタノ ール(2ME) 、500μg/m1のウシ血清アルブミンを含む溶液に添加す ることによりこれらのポリヌクレオチドの5′側をリン酸化した。この溶液を3 7℃に30分間維持し、ついで65℃で10分間加熱することで反応を停止した 。2つの末端ポリヌクレオチド、01および08を各20ng、20.0 mM  トリス−H(lpH7,4,2,0mM MgCn 2および15.0mM塩 化ナトリウム(NaC1)を含む10分の1容の溶液とともに上述のリン酸化反 応溶液に添加した。この溶液を70°Cで5分間加熱した後、500mAのビー カー中の水で室温、約25℃まで1.5時間かけて冷却した。この際に8個すべ てのポリヌクレオチドがアニールし第9図に示した二本鎖合成りNA挿入物が生 成する。この反応液40μlを50mM)リス−HCJ。 pH7,5,7mM MgCjL 、L mM DTT、 1 mM ATPお よび10ユニツトのT4DNAリガーゼを含む溶液に加えることにより各ポリヌ クレオチドを互いに共有結合させて合成りNA挿入物を安定化させた。この溶液 を37℃に30分間維持した後、65℃で10分間加熱してT4DNAリガーゼ を失活させた。上述の溶液52μI!、10 mM ATPおよび5ユニツトの T4ポリヌクレオチドキナーゼを含む溶液4μlを混合することにより末端ポリ ヌクレオチドを5′リン酸化した。この溶液を37℃に30分間維持した後、6 5℃で10分間加熱することによりT4ポリヌクレオチドキナーゼを失活させた 。この完全した合成りNA挿入物を、予め制限酵素Not IおよびXhoIで 消化したラムダZapIIベクターに直接ライゲーションした。このライゲーシ ョン混合物をストラタジーンクローニングシステムズ、ラジョラ、CA市販のギ ガパック■ゴールドバッキングエクストラクトを業者の指示に従って用いてバッ キングした。このバッキングしたライゲーション混合物をXLI・ブルー細胞( ストラタジーンクローニングシステムズ、サンディエゴ、CA)上にブレーティ ングした。各ラムダZapIIプラークを採取し、挿入物をストラタジーンクロ ーニングシステムズ、ラジョラ、CAによって提供されているインビボ切り出し 操作法に従って切り出した。このインビボ切り出し操作でクローン化した挿入物 がラムダZapIIベクターからプラスミドベクターに移り、取り扱いやシーケ ンシングが容易になった。上述のクローニングステップの正確性はストラタジー ンクローニングシステムズ、ラジョラ、CA市販のAMV逆転写酵素”5−dA TPシーケンシングキットを説明書に従がい用いてこの挿入物をシーケンシング することにより確認した。生成したVL■−発現ベクターの配列を第9図および 第11図に示す。 03 ) 5 ’ GTTATTACTCGCTGCCCAACCAGCCAT GGCC31、’ 04) 5’ GAGCTCGTCAG’ITCTAGAご 川GCGGCCG 3107) 5’ TGACGAGCTCGGCCATGC CTGGTTGGG 3108) 5’ TCGACGGCCGCTTAACT CTAGAAC3’12、 VH+VLライブラリーの構築VH配列に富む発現 ライブラリーを調製するため、VH配列に富むDNAホモログを3′プライマー としてプライマー12A(第1表)を用いること以外は同じ5′プライマーを用 い実施例6に従って調製した。ついでこれらのホモログを制限酵素XhoIおよ び5peIで消イζし、“モレキュラークローニング、ラボラトリ−マニュアル ”、マニアチス(Man iat is )編、コールドスプリングハーバ−1 NY、(1982)に説明されている標準的電気溶出技術を用い、1%アガロー スゲルで精製した。ついでこれらの調製したDNAホモログを予めXhoIおよ び5peIで消化したVH発現ベクターに直接挿入した。 このV、DNAホモログを含むライゲーション混合物をギガパックゴールド■バ ッキングエクストラクト(ストラタジーンクローニングシステムズ、ラジョラ、 CA)を説明書に従って用いバッキングした。これらをXL−1ブルー細胞にブ レーティングして発現ライブラリーとした。 VL配列に富むライブラリーを調製するため、実施例6に従ってVL配列に富む PCR増巾産物を調製した。これらのVLDNAホモログを制限酵素NcoIお よび5peIで消化した。消化したDNAホモログを“モレキュラークローニン グラボラトリ−マニュアル1、マニアチス(Man iat is )等線、コ ールトスプリングツ1−バー、NY(1982)に述べられている標準的電気溶 出技術を用い1%アガロースゲルで精製した。この調製したVL DNAホモロ グを予め制限酵素NcoIおよび5peIで消化したVt、発現ベクターに直接 挿入した。VLDNAホモログを含むライゲーション混合物を業者の説明書に従 がいXL−1ブルーコンピテント細胞にトランスホームした(ストラタジーンク ローニングシステムズ、ラジョラ、CA)。 13、 V、コードDNAホモログの70発 ベクターへの挿入VL配列に富む ライブラリーをクローニングするために、PCR増巾産物(150mM NaC C8mMトリス−HCi7 (pH7,5)。 6 mM Mg5Os、1 mM DTT、200ug/m1BsA溶液30μ β中2.5μg)を37℃で制限酵素5acI (1251ニツト)およびXb al(125ユニツト)を用いて消化し、1%アガロースゲルで精製した。増巾 反応産物の混合物を必要とするクロー二゛/グ実験では等容量(50με中1〜 10μgの濃度)の各反応混合物を増巾後で制限処理前に合せた。消化したPC R増巾l1II臓mRNAのゲル電気泳動後、約350塩基対のDNAフラグメ ントを含むゲル断片を切り出し遇折膜に電気溶出した後にエタノール沈殿し、5 0ng/μlの濃度となるように10mMトリス−HCl(pH7,5)および 1mMEDTAを含むTE溶液に溶解した。 クローニングに用いるVL■発現D N Aベクターは、このDNA100μg を各250ユニツトの制限エンドヌクレアーゼ5aclおよびXba[(いずれ もベーリンガーマンハイム製、インディアナポリス、IN)および業者が推薦す るバッファを含む溶液に加えることにより調製した。この溶液を37℃に1.5 時間維持した。 ついでこの溶液を65℃で15分間加熱し、制限エンドヌクレアーゼを失活させ た。この溶液を30℃に冷やし、25ユニツトの25受性(HK)ホスファター ゼ(エビセンター、マジソン、W+)および(:aCI! zを業者の説明書に 従って混合した。この溶液を30℃に1時間維持した。この溶液をフェノールお よびクロロホルムの混合液で抽出し、ついでエタノール沈殿を行ってDNAを精 製した。これで先の実施例で調製したVLDNAホモログにライゲーションする Vtn発現ベクターが得られた。 ■L配列に冨むDNAホモログを第2表に示した5′軽鎖プライマーおよび3′ 軽鎖プライマーを用いること以外は実施例5に従って調製した。この3′軽鎖プ ライマーと各5′軽鎖プライマーを用いて個々の増巾反応を行った。各V、ホモ ログを含む反応物を合わせ、実施例6に従って制限エンドヌクレアーゼ5acl およびXbalで消化した。“モレキュラークローニングラボラトリ−マニュア ル3マニアチス(Maniatis)等線、コールドスプリングハーバ−1NY (1982)に説明されている標準的電気溶出技術を用いて■、ホモログを1% アガロースゲルで精製した。ついでこれらの■LDNAホモログは、5℃で1晩 かけて3モルのVLDNAホモログ挿入物を各モル数の■、■発現発現ダクター イゲーションすることにより先に調製したvL■発現ベクターのSac I − Xba I切断物に直接挿入した。このDNAをギガパンク■ゴールド(ストラ タジーンクローニングシステムズ、ラジララ、CA)でパフキングして3.0X 10’プラ一ク形成単位が得られ、その50%が組換え体であった。 実施例13で調製した■、■、■ライブラリーを増巾し、この増巾ファージスト ックから“モレキュラークローニング、ラボラトリ−マニュアル“マニアチス( Maniatis)等線、コールドスプリングハーバ−ラボラトリ−、コールド スプリングハーバ−1NY(1982)に述べられている方法を用いて500μ gのVLII発現ライブラリーファージDNAを調製した。この■、■、■ライ ブラリーファージDNA50μgをMLur用バフファ200μi中制限酵素M Lu+(ベーリンガーマンハイム、インディアナポリス、IN)100ユニツト を含む溶液中、37℃で1.5時間処理した。ついでこの溶液をフェノールおよ びクロロホルム混合液で抽出した。DNAをエタノール沈殿し、100μlの水 に溶解した。この溶液を業者によって指定されている成分を含む最終容積200 μl中100ユニツトの制限酵素EcoRI(ベーリンガーマンハイム、インデ ィアナポリス、IN)と混合した。この溶液を37℃に1.5時間維持してから フェノールとクロロホルムの混合液で抽出し、DNAをエタノール沈殿した後T Eに溶解した。実施例12で調製した■8発現ライブラリーを増巾し、先に詳細 に説明した方法を用い500μgの■。発現ライブラリーファージDNAを調製 した。業者指定の200ttlバツフア中100ユニツトの制限酵素H4ndI [l (ヘーリンガーマンハイム、インディアナポリス、IN)を含む溶液中5 0μgのV、発現ライブラリーファージDNAを37℃で1.5時間処理した。 ついでこの溶液を0.1 M )リス−HCl (pH7,5)で飽和したフェ ノールおよびクロロホルム混合液で抽出した。DNAをエタノール沈殿した後1 00μlの水に溶解した。この溶液を業者指定の成分を含む最終容積200μl のバッファ中100ユニットの制限エンドヌクレアーゼEcoRI(ベーリンガ ーマンハイム、インディアナポリス、IN)と混合した。この溶液を37℃に1 .5時間維持し、その後フェノールおよびフェノール混合液で抽出した。 DNAをエタノール沈殿し、THに溶解した。 これらの制限処理した■9及びVL■発現ライブラリーをライゲーションした。 このライゲーション反応物にはストラタジーンクローニングシステムズ(ラジツ ラ、カリホルニア)市販のライゲーションキットに含まれる試薬を用いた10μ 1反応液中1μgのV、Iおよび1.c+gのVL■ファージライブラリーDN Aが含まれている。4℃、16時間のライゲージラン反応の後、1μPのライゲ ーションしたファージDNAをキガパフクゴールド■バッキングエクストラクト でバンキングし、業者の指示に従って調製したXLI−ブルー細胞にブレーティ ングした。得られた3×106個のクローンの一部を用いて組合せの効率を測定 した。生成した■8およびvL発現ベクターを第11図に示す。 VHおよびVL両方を含むクローンをショート(Short)等、Nuclei cAcidsRes、 16 : 7583−7600 (1988)に述べら れているインビトロ切り出し法を用いてファージからpBluesriptに切 り出した。切り出し用に選んだクローンはデカペプチドタグ−を発現し、かつ2 mMIPTGの存在下でX−galを切断せず白色のままであった。これらの特 性を有するクローンはライブラリーの30%を占めていた。切り出し用に選んだ クローンの50%は制限分析でV□とV、が含んでいることが分った。 このV、、ライブラリーの30%のクローンがデカペプチドタグを発現しかつ、 ■、■、■ブラリーのクローンの50%がvL配列を含んでいることから組合せ たライブラリーのせいぜい15%がVHとVLクローンの両方を含んでいると考 えられる。実際の数がライブラリーの15%であったことから組合せのプロセス は非常に効率の良いものであることが示された。 15、 VH抗原結合たんばく に対するDNAホモログの 離VH抗原結合た んばく質をコードするDNAホモログを含む各クローンを分離するため、実施例 11で調製したVH発現ライブラリーのタイターを測定した。このライブラリー のタイター測定は当分野でよく知られている方法で行った。簡単にいうと、ライ ブラリーの連続的希釈物を100 mM NaCj!、 50 mMトリス−H ClpHl、5および10 mM Mg5O+を含むバッファーを用いて調製し た。各希釈物10μlを対数増殖期の大腸菌細胞懸濁液200μlに添加し、3 7℃に15分間維持してファージを大腸菌に吸着させた。5 g/l NaC1 ,2g/l Mg5O<、5g/IIイーストエクストラクト、10g/ANZ アミン(カゼイン加水分解物)および0.7%融解50Cアガロースとなるよう トップアガー3rnlを調製した。ファージ、大腸菌およびトップアガーを混ぜ 、予め温めておいたバクテリアアガープレート(5g/lNaC1,2g/Ig s01.5 g/iイーストエクストラクト、10 g/INZアミン(カセイ ン加水分解物)および15g/lディフコアガー)の表面に均等に拡げた。この プレートを37℃に12〜24時間維持し、この間にバクテリアの下地にラムダ プラークが出現する。このラムダプラークを計数して元のライブラリーのm1当 りのプラーク形成単位数を測定した。 タイター測定した発現ライブラリーをブレーティングし、このライブラリーのレ プリカフィルターを作製した。このレプリカフィルターを用いて目的の抗原結合 たんばく質を発現するライブラリー中の個々のクローンを単離することができる 。簡単にいうと、150ミリリットルプレート当り20000個のプラークを生 ずるタイター測定したライブラリー溶液を600μlの対数増殖期大腸菌に添加 し、37℃に15分間維持してファージを大腸菌に吸着させた。さらに、7.5 mlのトップアガーを大腸菌と吸着したファージを含む溶液に混ぜ、この溶液全 体を予め温めておいた大腸菌アガープレートの表面に均等に拡げた。この過程を 全プラーク数が少なくともライブラリーサイズと等しくなるように十分な数のプ レートについて繰り返す。これらのプレートを37℃に5時間維持する。これら のプレートに予め10mMイソプロピル−ベーターD−チオガラクトピラノシド (IPTG)を含む溶液で処理したニトロセルロースフィルターを乗せ、37℃ で4時間インキュベートする。プレートに対するニトロセルロースフィルターの 方向は親油性インクに浸した針をフィルターを通して大腸菌アガープレートまで つきとおし数カ所に穴をあけることで印を付ケた。ピンセットでニトロセルロー スフィルターを取り、20mMトリス−HCl (pH7,5) 、150 m M NaCj!および0.05%ポリオキシエチレンソリパンモノラウレート( Tween −20)を含むTBST溶液で1回洗浄した。lowM rPTG 溶液に浸した別のニトロセルロースフィルターをこの大腸菌プレートに乗せ複製 フィルターを作製した。さらにこのフィルターをTBST溶液で15分間洗浄し た。ついでこのフィルターを20mM)リス−HC2,pH7,5、l 50  aM Naclおよび1%BSAを含むブロッキング液に浸し、室温で1時間振 とうした。このニトロセルロースフィルターを1〜500倍に希釈した一次抗体 を含む新鮮なブロッキング液に移し、室温で少なくとも1時間緩やかに振とうし た。−次抗体を含む溶液中でのフィルターの振とう後、このフィルターをTBS T液中5分間の洗浄を3〜5回繰り返し、残存する未結合の一次抗体を除去した 。ついで、このフィルターを新鮮なブロッキング液および500分の1からto oo分の1に希釈したアルカリホスファターゼ結合二次抗体を含む溶液に移し、 室温で少なくとも1時間緩やかに振とうした。少なくとも5分間のTBST液に よる洗浄を3〜5回行ないフィルターから残存する未結合の二次抗体を除いた。 さらにこのフィルターを20mM)リス−HC1pH7,5および150 sM  NaC1を含む溶液で1度洗浄した。フィルターを濾紙ではさんでこの溶液お よび湿気を除去した。このフィルターを100mM)リス−HC1(pH9,5 ) 、 1 0 0 mM NaC1、5mM MgCj! t 、0.3B/ ml = トロフ゛ル−テトラソ゛リウム(N B T)および0.15B/m j! 5−フ゛ロモー4−クロロー3−インドリル−ホスフェート(BCIP) を含む溶液中に室温で少なくとも1時間浸して発色させた。フィルターに残する 発色液は20mM)リス−1cj+ pH7,5および150 wM NaC1 を含む溶液ですすいで除いた。強い紫色の発色はポジティブな結果を示している 。このフィルターを用いて所望するたんばく質を産するファージのプラークを特 定する。このファージプラークを単離し、さらに分析するため増殖した。 い(つかの異なる組合せの一次抗体および二次抗体を用いた。 最初の組合せでは、VH抗原結合たんばく質が適正なリーディングフレームで発 現し、VH抗原結合たんばく質に共有結合で結合するデカペプチドエピトープを 含むように翻訳される場合にのみ発現するデカペプチドに免疫特異的な一次抗体 を使用した。このデカペプチドエピトープおよびこのエピトープに免疫特異的な 抗体は、グリーン(Green)等、Ce1128 :477 (1982)お よびナイマン(Niman)等、Proc、 Nat、 Acad、 Sci、  USA、 80 : 4949(1983)に報告されている。確認されたデ カペプチドの配列を第11図、に示す。このデカペプチドに免疫特異的である等 価な機能を示すモノクローナル抗体は、グリーン(Green )等およびナイ マン(Niman)等の方法を用いて調製することができる。この−次抗体とと もに使用した二次抗体はヤギの抗マウスIgGである(フィッシャーサイエンテ ィフィック社)。この抗体はマウスIgGの定常部に免疫特異的であるが、重鎮 の可変部のいずれの部分も認識しなかった。上述の方法でこの特定の一次および 二次抗体を用いることでクローンの25%〜30%がデカペプチドを発現し、従 って、それらのクローンはVH抗原結合たんばく質も発現していることが分った 。 別の組合せでは一次抗体として抗デカペプチドマウスモノクローナル抗体、およ び二次抗体としてストラタジーンクローニングシステムズ、ラジョラ、CA市販 のアフィニティ精製ヤギ抗マウスIgを用いた。二次抗体も重鎮のVHと免疫反 応するためこの組合せでは誤ったポジティブクローンが多数出現した。それゆえ この抗体はいずれかのVHたんぼ(質を発現する全てのクローンと反応し、した がってこの組合せの一次抗体および二次抗体では適正なリーディングフレームの 7Mポリヌクレオチドを有し、デカペプチドを発現するクローンを特異的に検出 できなかった。 −次抗体をフルオレセインイソチオシアネート(FITC)と結合した場合に一 次抗体と二次抗体のいくつかの組合せを使用したが、この場合は、その抗体が所 定の抗原(FITC)と結合し、かつ発現ライブラリー中のクローンによって生 産されるVM抗原結合たんばく質によって結合されるのはその抗原であることか ら、この抗原の免疫特異性は重要ではなかった。結合した後の一次抗体はFIT C結合マウスモノクローナル抗体p2 5764(ATCC#HB−9505) と呼ばれる。この−次抗体とともに用いた二次抗体はアルカリホスファターゼと 結合したヤギ抗マウス1g&(フィッシャーサイエンティフィック、ピフツバー ク、PA)。“抗体ラボラトリ−マニュアル”、バーロー(Harlow)およ びロー(Lone)klA、コールドスプリングハーバ−1NY (1988) に示しである方法を用いた。もしV、発現ライブラリー中の特定のクローンが一 次抗体に共有結合したFITCを結合するvM結合たんばく質を発現するなら二 次抗体が特異的に結合し、またアルカリホスファターゼを発色させると明瞭な紫 色を呈する。 このタイプの抗体を用いる第2の組合せではFITCを結合したウサギ抗ヒトI gG (フィッシャーサイエンティフィック、ピッツバーグ、PA)を−次抗体 に使用する。この−次抗体とともに使用した二次抗体は“抗体ラボラトリ−マニ ュアル”バーロー(Harlow)およびレーン(Line)編、コールドスプ リングハーバ−2NY(198B)に示されている方法を用いてアルカリホスフ ァターゼに結合したヤギ抗ウサギIgGである。もし、vM発現ライブラリー中 の特定のクローンが一次抗体に結合したFITCと結合する■、結合たんばく賞 を発現するなら、二次抗体は特異的に結合し、またアルカリホスファターゼを発 色させると明瞭な紫色を呈する。 別の一次抗体としてはFITCおよびIZJの両方に結合したマウスモノクロー ナル抗体p 2 5764 (ATCC#HB−9505)を用いた。この抗体 は発現するいずれのVH抗原結合たんばく質とも結合する。この抗体は+25( でも標識されているので、アルカリホスファターゼに結合する二次抗体を使用す る代りにフィルターのオートラジオグラムをとる。このようにオートラジオグラ ムを直接とることで目的の■8抗原結合たんばく賞を発現するライブラリー中の クローンの単離が可能となる。 16、五凰猪査ヱユSま羞するv8およびvLに関するDNAホモ三久見車屋 抗原結合Fvを形成するV、およびvLをコードするDNAホモログを含む個々 のクローンを単離するために、V、lおよびVL発現ライブラリーを実施例15 に従ってタイターを測定した。このライブラリーを実施例15に示した方法を用 い■8を発現するデカペプチドタッグの存在に関してスクリーニングした。つい でデカペプチドタッグを発現するクローンからDNAを調製した。 このDNAを制限酵素PvuIIで消化し、これらのクローンが■1DNAホモ ログを含むかどうかを測定した。PvuI[制限エンドヌクレアーゼフラグメン トのより小さい移動度はそのクローンが■8および71両DNAホモログを含ん でいることを示している。 V工および■L両DNAホモログを含むクローンを分析してこれらのクローンが ■イおよびVLDNAホモログ由来の集合的F、たんばく質分子を生産している かどうかを決定した。■Hおよび■1両方を含むクローン中で生産されるFvた んばく賞フラグメントをクローン中で発現される放射能標識したたんば(質の免 疫沈殿で観察した。100μg/μlアンピシリンを含むLB培地(5g/fイ ーストエクストラクト、10g/lトリプトンおよび10 g/ I NaCA ’ pH7,0) 50+++4+にVOおよび■、を含むプラスミドを有する 大腸菌をイノキュレートした。550nmの光学密度が0.5になるまでこの培 養物を37℃で振とうし、ついで3000gで10分間遠心した後、メチオニン またはシスティンを除くアミノ酸を補ったM9培地(6g/ l NazHPO + 、3 g/ l KHzPO+、 0.5 g/ l NaCj2.1g/ 1NH4cl、2g/lグルコース、2 mM Mg5O+および0. l m M CaC12) 50mf!に懸濁した。この溶液を37℃に5分間維持した 後、ISO,−とじて0.5mC1の358にューイングランドニュークリア; ボストン、MA)を添加し、この溶液をさらに2時間37℃に維持した。この溶 液を3000Xgで遠心し、その上清を除去した。この細菌ペレットを凍結およ び融解した後40mMhリスpH8,0,100mMスクロースおよび1 mM  EDTAを含む溶液に懸濁した。この溶液を110000Xで10分間遠心し た後上清を採取した。この上清に抗デカペプチドモノクローナル抗体10μlを 混合し、氷水中に30〜90分間維持した。セファロースビーズに結合したプロ ティンG(ファルマシア、ピスカタウエイ、NJ)40μlをこの溶液に混合し 、氷水中に30分間放置して免疫沈殿を形成させた。この溶液を110000X で10分間遠心し、生成したペレットを100mMトリス−HCj7 (pH7 ,5)溶液1mI!に懸濁した後、再び110000Xで10分間遠心した。こ の操作を2回繰り返す。生じた免疫沈殿ペレットを説明書に従かいファストゲル ホモジニアス20ゲル(ファルマシア、ピスカタウエイ、NJ)にかけた。乾燥 後、このゲルでX線フィルムを感光させた。 このオートラジオグラムを第12図に示す。沈殿する抗体によって認識される■ 、−デカペプチドタッグに結合していることから免疫沈殿するVLの存在により 集合化したFv分子の存在を知ることができる。 17、ファージにおける免疫グロブリンレパートリ−の な ムせライブラリー の Vイ、VL、FVおよびFab配列の発現に適したベクターを第7図および第9 図に示した。先に議論したように、このベクターは合成オリゴヌクレオチドを多 重クローニング部位に挿入することによりラムダZapを修正して構築した。ま たこのベクターはクローニングおよび発現配列に隣接するNotlおよびEco R1部位に関して非対称となるように設計した。以下に述べるようにバクテリオ ファージのような線状ベクターにおける制限部位の位置の非対称性は軽鎖発現ラ イブラリーを重鎮発現ライブラリーと組合せて組合せFab発現ライブラリーを 構築するシステムには基本的性質である。ラムダZapHVt 11 (第9図 )は、ライブラリー構築の最初のステップで軽鎖フラグメント用のクローニング ベクターとして働くよう設計され、ラムダZaρI[VN(第7図)は重鎮フラ グメント用のクローニングベクターとして働くよう設計されている。これらのベ クターは各末端に組込んである特異的制限部位にPCR増中座中産物率よ(クロ ーン化するように作製されている。 ^、フラグメントのPCR 増巾産物の両端に制限部位を組込むオリゴヌクレオチドによる肺細胞から単離し たmRNAのPCR増巾を用いてFdおよびカッパ鎖配列を含む重鎮配列をクロ ーン化および発現させることができる。これらの増巾に用いるオリゴヌクレオチ ドを第1表および第2表に示す。これらのプライマーは実施例5で■イ配列の増 巾に用いたものに類似している。重鎮増巾用の5′プライマーは先にV、lの増 巾に用いたものと同じであり、また、軽鎖増巾用のプライマーは同様の原則(サ ストリー(Sastry)等、Proc、 Natl。 Acad、 Sci、 USA、8 G : 5728 (1989)およびオ ーランド(Orland)等、Proc、 Natl、 Acad、 Sci、  USA、 8 G、 3833(1989)を用いて選択した。重鎮(IgG 1)および軽鎖(K)tXのユニークな3′プライマーは重軽鎖ジスルフィド結 合形成に関するシスティンを含めるように選択した。この段階ではマウス抗体の ほんの一部しか構成していないのでラムダ軽鎖を増巾するプライマーは構築され ていない、さらに、J(結合)領域に当るmRNAに相補的な3′プライマーと プロセシングを受けたたんばく質の保存的N末端領域中の第1鎖cDNAに相補 的な1組のユニークな5′プライマーを用いてFvフラグメントを構築した。制 限エンドヌクレアーゼ認識配列をプライマーに組込んで発現用の所定のリーディ ングフレームでラムダファージベクターに増巾したフラグメントをクローニング することを可能にしている。 B、ライプーリーの 組合せライブラリーの構築は2段階で行った。第1段階では重鎮および軽鎖ライ ブラリーを別々に各々ラムダZapUVHおよびラムダZapnVtに構築した 。第2段階で、これらのライブラリーを各ベクターに存在する非対称EcoR1 部位で結合した。これで潜在的に重鎖と軽鎖の両方を発現するクローンのライブ ラリーができる。実際の組合せはランダムであり、必ずしも親動物中のB細胞集 団中にある組合せを反映していない、ラムダZap■V。 発現ベクターを用いて、予めキーホールリンペソトヘモシアニン(K L H) を結合した第1式(第13図)に従うp−ニトロフェニルホスホアミデー1−  (NPN)抗原1で免疫化したl 29 Gix+マウスの肺臓から単離したm RNAのPCR増中により得られるDNAから重鎮配列ライブラリーを作製した 。NPN−KLH結合体はジメチルホルムアミド中第1式(第13図)に従うN PN2.5mgを含む溶液250μlと0.01Mリン酸ナトリウムバッフy  (pH7,2)中2mgのK L Hを含む溶液750!11を混合することに より調製した。KLH溶液をスターラーチップで攪拌しながら、これにNPN溶 液をゆっ(りと添加してい(ことによりこれらの溶液を混合した。その後、この 混合物を同様に攪拌しながら4℃で1時間維持し、結合を促進させた。結合した NPN−KLHをセファデックスG25を用いたゲル濾過で未結合のNPNおよ びKLHから単離した。このNPN−KLH結合体を実施例2で述べたマウスの 免疫化に用いた。上述の免疫化で生じた肺臓mRNAを単離し、これを用いてラ ムダZapIIL+発現ベクターでVH遺伝子配列−次ライブラリーを構築した 。この−次ライブラリーには1.3X10’pfuが含まれており、デカペプチ ドタッグの発現に関するスクリーニングによりFd配列を発現するクローンの割 合を測定した。このペプチドの配列はFd (またはV、)フラグメントのベク ターへのクローニング後の発現にとって読み枠の適正なもののみである。このラ イブラリー中の少なくとも80%のクローンはデカペプチドタッグの免疫的検出 に基づくFdフラグメントを発現する。 軽鎖ライブラリーを重鎮と同様の方法で構築し、2.5XIO’個のメンバーが 含まれていることが示された。抗カッパ鎖抗体を用いたプラークスクリーニング は、このライブラリーの60%が軽鎖挿入物を含んでいることを示した。この比 較的少ない挿入物の割合はおそら<5acIおよびXbaIの切断後のベクター の不完全な脱リン酸化によるものである。 一度これらのライブラリーが出来れば、これらを用いてEcoR1部位での交叉 により組合せライブラリーを構築できる。交叉を行うにはまずDNAを各ライブ ラリーから精製する。ついで軽鎖ライブラリーを制限エンドヌクレアーゼMlu Iで切断し、生成する5′末端を脱リン酸化し、その生成物をEcoRIで消化 した。この過程でベクターの左アームがいくつかに分断されるが、軽鎖配列を含 む右アームは元のままである。平行して、重鎮ライブラリーのDNAをHind IIIで切断し、脱リン酸化後EcoRIで切断した。これにより重鎮配列を含 む左アームを元のまま残し右アームを破壊した。このように調製したDNAを合 わせライゲーションした。その後軽鎖含有クローンの右アームと重鎮含有クロー ンの左アームの組合せで生じるクローンのみが生育するファージを再構成する。 ライゲーションおよびバッキング後2.5X10’クローンが得られた。これは NPNに対するアフィニティーを有するクローンであると同定される組合せFa b発現ライブラリーである。 軽鎖および重鎖フラグメントを共発現するファージの頻度を測定するため軽鎖、 重鎮および組合せライブラリーの複製物を軽鎖および重鎮発現に関して述べた方 法を用いてスクリーニングした。 約500個の組換えファージを用いた実験で、その約60%が軽鎖および重鎮た んばく質を共発現した。 C−仄厘旦殖金 3つのライブラリー、軽鎖、重鎖およびFabをスクリーニングして、それらが NPNを結合する抗体フラグメントを発現するかどうかを調べた。典型的には3 0000個のファージをブレーティングし、ニトロセルロースの複製物を125 ■ラベルしたBSAに結合したNPNへの結合に関してスクリーニングした(第 15図)。軽鎖ライブラリーからの5oooo個の組換え体ファージおよび重鎮 ライブラリーからの同数の組換え体ファージの複製物はいずれもその抗原を結合 しなかった。これに対し、Fab発現ライブラリー由来の同数のクローンのスク リーニングではNPNを結合するファージが多数同定された(第15図)。この ことは軽鎖と組合せた多くの重鎮が抗原に結合する条件下では、同重鎖または軽 鎖のみではその抗原に結合しないことを示している。それゆえ、NPNの場合、 各々特定の軽鎖および重鎮と組合わされた場合のみ抗原と結合する重鎮および軽 鎖が多数存在すると考えられる。 組合せライブラリー中の多数のクローンをスクリーニングし、かつ抗原結合クロ ーンの頻度をより定量的に見積るため、100万個のファージプラークをスクリ ーニングし、その約100個のクローンが抗原と結合することが同定された。N PNと結合すると考えられる6個のクローンに関し、そのポジティブプラークと その周囲の約20個のプラークを含むプレートの領域を採取し、再ブレーティン グした後、複製物でスクリーニングを行った(第15図)。期待されるように、 ファージの約20分の1が抗原と特異的に結合子る。ネガティブと考えられるブ レーティングファージの採取領域は再ブレーティングでもポジティブな結果を示 さなかった。抗原−抗体相互作用の特異性を測定するため、第16図に示すよう に抗原結合を遊離の非標識抗原と競合させた。この競争実験で各クローンはその 抗原アフィニティーに基づいて区別し得ることが示された。結合の完全な阻害に 必要な遊離ハプテンの濃度はlO〜100XlO’Mの範囲にあり、このことは 発現したFabフラグメントはナノモルレンジの結合定数を有していることを示 している。 D、クローンの と 実施例18Cで述べたようにNPNを結合し得るたんばく質産物の特性を調べる ため、重鎮および軽鎖遺伝子を含むプラスミドをM13Ilp8へルバーファー ジを用い適当なバクテリオファージ採取物から切り出した。切り出したプラスミ ドのマツピングで重鎖および軽鎖配列の組込みと一致する制限パターンが示され た。 1つのクローンのたんばく質産物をELISAおよびウェスタンプロットで分析 しNPN結合たんばく質の存在を確認した。IPTG誘導後誘導菌上清を濃縮し ゲル濾過した。分子量40〜60KDレンジの百分を採集し、濃縮後さらにゲル 濾過した。第17図に示したように、溶出フラクションのEL I SA分析は 、NPN結合が免疫学的検出で重鎮および軽鎖両方を含んでいることが示された 約50KDの分子量を有するたんばく賞に関連していることが示された。非還元 条件下での濃縮細菌上清調製物のウェスタンプロット(データ示さず)を抗デカ ペプチド抗体で検出した。これで分子量50KDのたんばく質バンドが検出され た。これらの結果は、重鎮および軽鎖が共有結合したFabフラグメントの機能 であるNPN結合と一致している。 本実施例ではFd配列のPCR増中に限定した数のプライマーを用いたことで比 較的に制限されたライブラリーが構築された。 このライブラリーにはカッパ/ガンマ配列を発現するクローンのみが含まれると 期待される。しかし、さらにプライマーを添加してどのクラスまたはサブクラス の抗体も増巾し得ることから本方法を本質的に制限するものではない、この制限 にもかがねらず我々は多数の抗原結合クローンを単離できた。 本研究から生じる中心的問題はこれまで述べてきたように調製したファージライ ブラリーがサイズ、多様性および取板い易さの点でどのようにインビボ抗体レパ ートリ−と比較できるかという事である。哺乳類抗体レパートリ−の大きさは評 価し難くいが、10”〜10”種の抗原特異性があると云われている。以下に述 べる条件で現行の方法を修正することによりこのサイズあるいはそれ以上のファ ージライブラリーを容易に構築できる。事実、一度最初の組合せライブラリーを 構築すれば、重鎮および軽鎖をシャツフルして非常に大きいサイズのライブラリ ーを得ることができる。 原則として、本来のく免疫化していない)インビボレパートリ−および対応する ファージライブラリーの多様性はいずれも重鎮と軽鎖のランダムな組合せによる ものである点で同じであることが期待される。しかし、インビボレパートリ−と ファージライブラリーによって発現される多様性は種々の因子で制限されている であろう、たとえば、耐性等の生理的変化はインビボレパートリ−由来の特定の 抗原特異性の発現を制限するであろうが、ファージライブラリーにおいてはこれ らの特異性は出現するであろう。 一方、クローニング過程のバイアスはファージライブラリーの多様性を制限する であろう。たとえば、刺激されたB細胞によって発現される配列の−RNAの出 現は、発現レベルが高いことから非刺激細胞由来のものよりも多いことが期待さ れる。種々の組織(たとえば、末梢血液、骨髄またはリンパ節)および種々のP CRプライマー(たとえば種々のクラスの抗体を増巾することが期待されるもの )で種々の多様性を有するライブラリーができる。 インビボレパートリ−とファージライブラリーの別の差異は前者から単離された 抗体は重鎮および軽鎖の組合せ後の体細胞変異によるアフィニティーの成熟によ る恩恵を授かるが後者では成熟した重鎮および軽鎖がランダムに結合しているこ とである。特定のインビボレパートリ−に由来する十分大きいライブラリーが与 えられれば、本来の成熟した重鎮および軽鎖が組合せられるであろう。しかし、 この新しい方法の潜在的利点の1つは単一の非常に多様性に富む“包括的“ファ ージライブラリーの生成により免疫化を省けることであるので体細胞変異やクロ ーン選択の欠除を補償するため配列を至適化する方法は有用である。第1に、C I)Hについて飽和突然変異誘発を行ない、生じたFabを機能の増加について 検定した。第2に、抗原を結合するクローンの重鎮または軽鎖を組合せライブラ リーの構築に用いたものと同様の操作で全軽鎖または重鎮ライブラリーと組合せ る。第3に、2つの上記操作を免疫グロブリンのアフィニティーまたは触媒特性 が至適化するまで繰り返す。後者の2つの操作はB細胞クローン選択では許るさ れない。このことはここで述べている方法が実際に至適配列を同定しつる能力を 増加していることを示していることに注目すべきである。 アクセスするのはインビボレパートリ−とファージライブラリーを比較すること が興味深い第3の領域である。実際にはファージライブラリーの方が非常にアク セスしやすい。スクリーニング法ではプレート当り少なくとも5oooo個のク ローンを調べることができ、その結果1日に10’種の抗体を容易に試験できる 。 この因子だけでもハイブリドーマ法を本方法に置き換えるに十分である。最も強 力なスクリーニング法は従属栄養細菌株の複製に必要な放出基や触媒作用の不活 性化を引き起こす毒性置換体などの選択可能マーカーを抗原に組込むことにより 行ない得る選択を利用する。またインビボ抗体レパートリ−は結合アフィニティ ーに基つく選択である免疫化を介してアクセスし得るという事実に関する利点が ある。ファージライブラリーに同様の制限はない。 たとえば、触媒活性を有する抗体を同定する唯一の一般的方法は遷移状態アナロ グに対する抗体のアフィニティーに基づく予備選択によるものである。原則とし て触媒を直接検定し得るインビトロライブラリーにそのような制限は適用されな い。機能に関して多量の抗体を直接検定し得る能力により、そのメカニズムがよ く分っていないか、または遷移状態アナログの合成が困難な反応中の触媒の選択 が可能となる。触媒活性検定は合成アナログにそぐわない反応メカニズムに関す るスクリーニング操作のバイアスを直接除外する。それゆえ所定の化学的転換に 対する多くの反応経路を同時に検索することが可能である。 ここで公開している方法は本来の抗体とは多くの重要な点に関して明らかに異な るFabフラグメントの生成について述べられている。1価Fab抗原バインダ ーを有することにおいて明らかにアフィニティーのロスがあるが、これは適当な バインダーを選択により補償される。診断やバイオセンサーなど多数の応用を目 的として】価Fabフラグメントを得ることは好ましい。Fcエフェクター機能 を必要とする応用のため、哺乳類細胞中重鎖遺伝子を拡張しグリコジル化した抗 体を発現するため方法がすでにある。 ここで示された考え方は抗体の同定および評価における困難に立ち向っている。 従来に比べ少な(とも3桁も多い一特異的クローンを構築およびスクリーニング することが可能である。本方法、の応用は基本的研究および応用科学に及ぶ。 先に示した事項は本発明の説明を目的としたものでこれを制限するものではない 。本発明の精神や範囲を逸脱することなしに本発明を変化および修正することが 可能である。 浄書(内容に変更なし) 浄V(内容に変更なし) #L:39 TGGATCCGGCAGTT #LO:3 #L32 GTGAAGCAGAAGCC サブクラス エエ (B) #L:37 /LO6 浄書(内容に変更なし) LO2 L34 #L50 浄書(内容に変更なし) J”LO8 その他 /L:I5 /L48 浄書(内i;二変更4し) シャインーダルガルノ MΣT CGTTTAAGATAAAGTTCCTCTGTCAGTATTACTTTA TGGATMCGGATGCCGTCGGCGACCTAACAATAATGA GCGACGGGTTGGTC浄書(内容に変更な− FIG、 6B−1 とET リーダー配列 FIG、 6B−2 特表平5−501348 (31) FIG、 12 浄書(内容に変更なし) ・ ・ 0 ・ ・ 6.7×10°12 ・ ・ 6.7×10°10 ・ ・ 6.7 ×10”9 6.7×10°8 6.7 ×10’ 6.7×10°6 6.7×10°5 吸収 f405 nml 吸収 [405nml 平成 年 月 日

Claims (10)

    【特許請求の範囲】
  1. 1.それぞれ第一及び第二遺伝子からの第1及び第二ポリペプチドの発現を調節 する5′末端プロモーターを含む線状二本鎖DNA発現ベクターを製造する方法 において、当該第一及び第二ポリペプチドがあらかじめ決められた特異性を有す るヘテロ二重体レセプターを形成することができる方法であり、(a)当該第一 ポリペプチドをコードしている遺伝子を含む第一遺伝子の多様な第一集団の単離 (但し、当該第一集団はエンドヌクレアーゼによって認識される制限部位を規定 する線状二本鎖DNA分子によって構成されており、当該制限部位は当該遺伝子 に対しては5′末端に配置され、当該遺伝子の発現を調節するプロモーターに対 しては3′末端に配置されている。); (b)当該第二ポリペプチドをコードする遺伝子を含む第二の遺伝子の多様な第 二集団の単離(但し、当該第二集団は当該制限部位を規定する線状二本鎖DNA 分子によって構成されており、当該制限部位は当該第二の遺伝子に対して3′末 端に配置され、当該第二の遺伝子は当該第二の遺伝子の発現を調節するプロモー ターに対して3′末端に配置されている。);(c)粘着末端及び当該第一遺伝 子の1個あるいは当該第二遺伝子の1個のいずれかを有する制限断片を産生する ための、当該二本鎖DNA分子の当該集団中に存在する間の当該エンドヌクレア ーゼによる開裂;及び (d)同一のDNA鎖上に縦に並び単一のプロモーターの調節下にある当該第一 遺伝子を1個と当該第二遺伝子を1個有する二本鎖線状DNA発現ベクターの多 様な集団を産生するための、当該制限断片のそれぞれの当該粘着末端による互い のランダムな結合; (e)二本鎖DNA発現ベクターの当該多様な集団からの、あらかじめ決められ た特異性を有する当該異種二成分性レセプターを発現することができるベクター の単離;を含む方法。
  2. 2.請求の範囲第1項記載の方法において、当該第一遺伝子が第一ポリペプチド コーディングDNAホモログであり、当該単離湾、 (a)第一ポリペプチドコーディング遺伝子のレパートリーの鎖の分離(但し、 当該レパートリーはそれぞれが、相補的鎖にアニールされた第一ポリペプチドコ ーディング鎖を含む二本鎖核酸を含む); (b)ポリメラーゼ連鎖反応増幅に適した条件下での、第一及び第二ポリヌクレ オチド合成プライマーによる当該分離鎖の処理(但し、当該第一プライマーはそ れぞれ、当該第一ポリペプチドコーディング鎖の間に保存されている配列にハイ ブリダイズすることができるヌクレオチド配列を有し、当該第二プライマーはそ れぞれ、当該相補的鎖の間に保存されている配列にハイブリダイズすることがで きるヌクレオチド配列を有し、当該第一及び第二プライマーは第一ポリペプチド コーディング遺伝子の当該レパートリーからの複数の異なる第一ポリペプチドコ ーディングDNAホモログの増幅を開始させることができ、当該処理により複数 の異なる第一ポリペプチドコーディングDNAホモログが産生される);及び( c)複数の異なる当該第一ポリペプチドコーディングDNAホモログのそれぞれ の、プロモーター調節下における発現のための発現ベクターへの機能的結合;を 含む方法。
  3. 3.請求の範囲第1項記載の方法において、当該第二遺伝子が第二ポリペフチド コーディングDNAホモログであり、当該単離が、 (a)第二ポリペプチドコーディング遺伝子のレパートリーにある鎖の分離(但 し、当該レパートリーはそれぞれが、相補的鎖にアニールされた第二ポリペプチ ドコーディング鎖を含む二本領核酸を含む); (b)ポリメラーゼ連鎖反応増幅に適した条件下での、第一及び第二ポリヌクレ オチド合成プライマーによる当該分離鎖の処理(但し、当該第一プライマーはそ れぞれ、当該第二ポリペプチドコーディング鎖の間に保存されている配列にハイ ブリダイズすることができるヌクレオチド配列を有し、当該第二プライマーはそ れぞれ、当該相補的鎖の間に保存されている配列にハイブリダイズすることがで きるヌクレオチド配列を有し、当該第一及び第二プライマーは第二ポリペプチド コーディング遺伝子の当該レパートリーからの複数の異なる第二ポリペプチドコ ーディングDNAホモログの増幅を開始させることができ、当該処理により複数 の異なる第二ポリペプチドコーディングDNAホモログが産生される);及び( c)複数の異なる当該第二ポリペプチドコーディングDNAホモログのそれぞれ の、プロモーター調節下における発現のための発現ベクターへの機能的結合;を 含む方法。
  4. 4.請求の範囲第1項記載の方法において、当該第一ポリペプチドがVHであり 、当該第一遺伝子がVHコーディングDNAホモログであり、当該単離が、 (a)VHコーディング遺伝子のレパートリーにある鎖の分離(但し、当該レパ ートリーはそれぞれが、相補的鎖にアニールされたVHコーディング鎖を含む二 本鎖核酸を含む);及び、 (b)ポリメラーゼ連鎖反応増幅に適した条件下での、第一及び第二ポリヌクレ オチド合成プライマーによる当該分離鎖の処理(但し、当該第一プライマーはそ れぞれ、当該VHコーディング鎖の間に保存されている配列にハイブリダイズす ることができるヌクレオチド配列を有し、当該第二プライマーはそれぞれ、当該 相補的鎖の間に保存されている配列にハイブリダイズすることができるヌクレオ チド配列を有し、当該第一及び第二プライマーはVHコーディング遺伝子の当該 レパートリーからの複数の異なるVHコーディングDNAホモログの増幅を開始 させることができ、当該処理により複数の異なるVHコーディングDNAホモロ グが産生される);を含む方法。
  5. 5.請求の範囲第1項記載の方法において、当該第二ポリペプチドがVLであり 、当該第二遺伝子がVLコーディングDNAホモログであり、当該単離が、 (a)VLコーディング遺伝子のレパートリーにある鎖の分離(但し、当該レパ ートリーはそれぞれが、相補的鎖にアニールされたVLコーディング鎖を含む二 本鎖核酸を含む);及び (b)ポリメラーゼ連鎖反応増幅に適した条件下での、第一及び第二ポリヌクレ オチド合成プライマーによる当該分離鎖の処理(但し、当該第一プライマーはそ れぞれ当該VLコーディング鎖の間に保存されている配列にハイプリダイズする ことができるヌクレオチド配列を有し、当該第二プライマーはそれぞれ、当該相 補的鎖の間に保存されている配列にハイブリダイズすることができるヌクレオチ ド配列を有し、当該第一及び第二プライマーはVLコーディング遺伝子の当該レ パートリーからの複数の異なるVLコーディングDNA水モログの増幅を開始さ せることができ、当該処理により複数の異なる第一ポリペプチドコーディングD NAホモログが産生される);を含む方法。
  6. 6.請求の範囲第1項記載の方法において、当該第一ポリペプチドがVLであり 、当該第一の遺伝子がVLコーディングDNAホモログであり、当該単離が、 (a)VLコーディング遺伝子のレパートリーにある鎖の分離(但し、当該レパ ートリーはそれぞれが、相補的鎖にアニールされたVLコーディング鎖を含む二 本鎖核酸を含む);及び (b)ポリメラーゼ連鎖反応増幅に適した条件下での、第一及び第二ポリヌクレ オチド合成プライマーによる当該分離鎖の処理(但し、当該第一プライマーはそ れぞれ、当該VLコーディング鎖の間に保存されている配列にハイブリダイズす ることができるヌクレオチド配列を有し、当該第二プライマーはそれぞれ、当該 相補的鎖の間に保存されている配列にハイブリダイズすることができるヌクレオ チド配列を有し、当該第一及び第二プライマーはVLコーディング遺伝子の当該 レパートリーからの複数の異なるVLコーディングDNAホモログの増幅を開始 させることができ、当該処理により複数の異なる第一ポリペプチドコーディング DNAホモログが産生される);を含む方法。
  7. 7.請求の範囲第1項記載の方法において、当該第二ポリペプチドがVHであり 、当該第二の遺伝子がVHコーディングDNAホモログであり、当該単離が、 (a)VHコーディング遺伝子のレパートリーにある鎖の分離(但し、当該レパ ートリーはそれぞれが、相補的鎖にアニールされたVHコーディング鎖を含む二 木鎖核酸を含む);及び、 (b)ポリメラーゼ連鎖反応増幅に適した条件下での、第一及び第二ポリヌクレ オチド合成プライマーによる当該分離鎖の処理(但し、当該第一プライマーはそ れぞれ、当該VHコーディング鎖の間に保存されている配列にハイブリダイズす ることができるヌクレオチド配列を有し、当該第2プライマーはそれぞれ、当該 相補的鎖の間に保存されている配列にハイブリダイズすることができるヌクレオ チド配列を有し、当該第一及び第二プライマーはVHコーディング遺伝子の当該 レパートリーからの複数の異なるVHコーディングDNAホモログの増幅を開始 させることができ、当該処理により複数の異なるVHコーディングDNAホモロ グが産生される);を含む方法。
  8. 8.請求の範囲第4項記載の方法において、当該第二ポリペプチドがVLであり 、当該第二の遺伝子がVLコーディングDNAホモログであり、当該単離が、 (a)VLコード化遺伝子のレパートリーにある鎖の分離(但し、当該レパート リーはそれぞれが、相補的鎖にアニールされたVLコーディング鎖を含む二本鎖 核酸を含む);及び(b)ポリメラーゼ連鎖反応増幅に適した条件下での、第一 及び第二ポリヌクレオチド合成プライマーによる当該分離鎖の処理(但し、当該 第一プライマーはそれぞれ、当該VLコーディング鎖の間に保存されている配列 にハイブリダイズすることができるヌクレオチド配列を有し、当該第二プライマ ーはそれぞれ、当該相補的鎖の間に保存されている配列にハイブリダイズするこ とができるヌクレオチド配列を有し、当該第一及び第二プライマーはVLコーデ ィング遺伝子の当該レパートリーからの複数の異なるVLコーディングDNAホ モログの増幅を開始させることができ、当該処理により複数の異なる第一ポリペ プチドコーディングDNAホモログが産生される);を含む方法。
  9. 9.請求の範囲第6項記載の方法において、当該第二ポリペプチドがVHであり 、当該第二の遺伝子がVHコーディングDNAホモログであり、当該単離が、 (a)VHコーディング遺伝子のレパートリーにある鎖の分離(但し、当該レパ ートリーはそれぞれが、相補的鎖にアニールされたVHコーディング鎖を含む二 本鎖核酸を含む);及び、 (b)ポリメラーゼ連鎖反応増幅に適した条件下での、第一及び第二ポリヌクレ オチド合成プライマーによる当該分離鎖の処理(但し、当該第一プライマーはそ れぞれ、当該VHコーディング鎖の間に保存されている配列にハイプリダイズす ることができるヌクレオチド配列を有し、当該第二プライマーはそれぞれ、当該 相補的鎖の間に保存されている配列にハイブリダイズすることができるヌクレオ チド配列を有し、当該第一及び第二プライマーはVHコーディング遺伝子の当該 レパートリーからの複数の異なるVHコーディングDNAホモログの増幅を開始 させることができ、当該処理により複数の異なるVHコーディングDNAホモロ グが産生される);を含む方法。
  10. 10.水性溶媒中にエンドヌクレアーゼとともに混合された第一及び第二線状二 本鎖DNAベクターを含むクローニング系において、当該ベクターがそれぞれ、 プロモーター、当該エンドヌクレアーゼによって開裂される制限部位及びポリリ ンカーを規定し、当該制限部位が当該第一ベクター上では当該プロモーター及び 当該ポリリンカーの間に位置し、当該ポリリンカーが当該第二ベクター上では当 該プロモーター及び当該制限部位の間に位置し、当該制限部位が開裂して当該ベ クターのそれぞれから互いに相補的な末端を有する第一及び第二ポリリンカー含 有性制限断片をそれぞれ産生することができるクローニング系。
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