JP6571115B2 - 抗ｊａｇｇｅｄ１抗体及び使用方法 - Google Patents

抗ｊａｇｇｅｄ１抗体及び使用方法 Download PDF

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Description

本発明は、抗Ｊａｇｇｅｄ抗体及びその使用方法に関する。
Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路は、多様な一連の細胞機能を調節する（Kopan等、Cell 137、216-233 (2009)）。細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内ドメインを含む基本構造要素を共有する４つのＮｏｔｃｈ受容体、すなわちＮｏｔｃｈ１−４が哺乳動物で同定されている。同様に、Ｎｏｔｃｈの標準リガンドはある特定の構造類似性を共有するが、Ｎｏｔｃｈのいくつかの標準でないリガンドも同定されている（Kopan等、Cell 137、216-233 (2009)）。哺乳動物の５つの標準リガンドは、デルタ様１、デルタ様３、デルタ様４、Ｊａｇｇｅｄ１及びＪａｇｇｅｄ２である。Ｎｏｔｃｈ受容体の細胞外ドメインへのＮｏｔｃｈリガンドの結合は、ＡＤＡＭ（ディスインテグリン及びメタロプロテアーゼ）ファミリーのアルファセクレターゼによる細胞外Ｓ２部位でのタンパク質分解性切断に始まるシグナル伝達カスケードを引き起こす。Ｓ２での切断の後に細胞内Ｓ３部位でのガンマセクレターゼによるタンパク質分解性切断が続き、その結果、細胞内ドメインが放出され、最終的にはＨｅｓ１及びＨｅｙなどのＮｏｔｃｈ依存性転写因子を活性化する下流事象が生じる。
異常なＮｏｔｃｈ発現及びシグナル伝達は、がんを含むいくつかの疾患と結びつけられている（Kochら、Cell. Mol. Life Sci. 64，2746-2762 (2007)）。治療剤としての開発に最適である臨床属性を有する薬剤が依然として必要とされていることは明らかである。本明細書に記載される発明は、この必要性を満たし、他の恩恵を提供する。
本発明は、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体及びその使用方法を提供する。
本発明者らは、熱処理及び／又は凍結融解条件の後に、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−１（図４及びＰＣＴ公開第２０１４／０２８４４６号を参照されたい）が重鎖で切断されることを予想外にも見出した。抗体の安定性が低いと、治療薬としてのその価値が低下する可能性がある。切断部位の分析からは、公知のプロテアーゼ切断モチーフは明らかにならなかった。したがって、抗体配列を変化させれば、観察された切断を低減できるかどうかは不明だった。さらに、切断部位が重鎖ＨＶＲにあるので、アミノ酸変化（複数可）が切断を低減するとしても、Ｊａｇｇｅｄ１への抗体の親和性を有意に低減せずにそのような変化を起こさせることができるかどうかは不明だった。驚くべきことに、発明者らは、ＨＶＲ−Ｈ３の１０１位のアミノ酸の突然変異が、ほんのわずかしか親和性を損なわずに、切断を低減することを見出した。
一部の実施態様では、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する単離抗体が提供され、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５又は５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。一部の実施態様では、抗体は、配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号２８又は３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号１６又は４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ又は５つのＨＶＲを含む。一部の実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び配列番号５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；又は（ｂ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；又は（ｃ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。本明細書に記載される実施態様のいずれでも、抗体は、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３；又は（ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３；又は（ｃ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含むことができる。
一部の実施態様では、Ｊａｇｇｅｄ１に結合する単離抗体は、（ａ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３；又は（ｂ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３；又は（ｃ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−ＨＬ；及び配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
一部の実施態様では、Ｊａｇｇｅｄ１に結合する単離抗体は、配列番号５４、５８又は６２のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施態様では、Ｊａｇｇｅｄ１に結合する単離抗体は、配列番号１０、２６又は３４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＬ配列を含む。一部の実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号５４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＨ配列及び配列番号３４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＬ配列；又は（ｂ）配列番号５８のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＨ配列及び配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＬ配列；又は（ｃ）配列番号６２のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＨ配列及び配列番号２６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＬ配列を含む。
一部の実施態様では、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する単離抗体は、（ａ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５４のＶＨ配列、及び配列番号３４のＶＬ配列；又は（ｂ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５８のＶＨ配列、及び配列番号１０のＶＬ配列；又は（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号６２のＶＨ配列、及び配列番号２６のＶＬ配列を含む。一部の実施態様では、抗体は配列番号５４のＶＨ配列及び配列番号３４のＶＬ配列を含む。一部の実施態様では、重鎖は配列番号５６のアミノ酸配列を含み、軽鎖は配列番号５３のアミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、重鎖は配列番号５７のアミノ酸配列を含み、軽鎖は配列番号５３のアミノ酸配列を含む。
本明細書に記載される実施態様のいずれでも、ＸはＳ又はＨ以外の任意のアミノ酸であってもよい。本明細書に記載される実施態様のいずれでも、ＸはＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ及びＶから選択することができる。本明細書に記載される実施態様のいずれでも、ＸはＴであってもよい。
一部の実施態様では、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する単離抗体であって、（ａ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３；又は（ｂ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３；又は（ｃ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体が提供される。
一部の実施態様では、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する単離抗体であって、（ａ）配列番号３３のＶＨ配列及び配列番号３４のＶＬ配列；又は（ｂ）配列番号６５のＶＨ配列及び配列番号１０のＶＬ配列；又は（ｃ）配列番号６６のＶＨ配列及び配列番号２６のＶＬ配列を含む抗体が提供される。一部の実施態様では、抗体は配列番号３３のＶＨ配列及び配列番号３４のＶＬ配列を含む。
本明細書に記載される上の実施態様のいずれでも、抗体はモノクローナル抗体であってもよい。ある特定の実施態様では、抗体は、ヒトの、ヒト化された又はキメラの抗体である。本明細書に記載される上の実施態様のいずれでも、抗体は抗体断片であってもよい。
上記の実施態様のいずれも、完全長ＩｇＧ１抗体であってもよい。一部の実施態様では、抗体は、エフェクター機能を欠くＩｇＧ１抗体である。一部の実施態様では、抗体は、Ｎ２９７Ｇ又はＮ２９７Ａ突然変異を含むＩｇＧ１抗体である。一部の実施態様では、抗体は、Ｎ２９７Ｇ突然変異を含むＩｇＧ１抗体である。
一部の実施態様では、Ｊａｇｇｅｄ１に結合する単離抗体であって、重鎖は配列番号５１のアミノ酸配列を含み、軽鎖は配列番号５３のアミノ酸配列を含む抗体が提供される。一部の実施態様では、重鎖は配列番号５２のアミノ酸配列を含み、軽鎖は配列番号５３のアミノ酸配列を含む。一部の実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号６９のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号７５のアミノ酸配列を含む軽鎖；又は（ｂ）配列番号７０のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号７６のアミノ酸配列を含む軽鎖；又は（ｃ）配列番号７９のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号７５のアミノ酸配列を含む軽鎖；又は（ｄ）配列番号８０のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号７６のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
本明細書に記載される実施態様のいずれでも、抗体はＪａｇｇｅｄ１介在性シグナル伝達のアンタゴニストであってもよい。一部の実施態様では、抗体は、ヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１に結合する。一部の実施態様では、抗体は、ヒト、マウス、ラット及びカニクイザルのＪａｇｇｅｄ１に結合する。一部の実施態様では、抗体はＪａｇｇｅｄ１に結合するが、Ｊａｇｇｅｄ２に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒトＪａｇｇｅｄ２に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒト、マウスのＪａｇｇｅｄ２に結合しない。一部の実施態様では、抗体は、ヒト、マウス、ラット及びカニクイザルのＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒト、カニクイザル、マウスのＪａｇｇｅｄ２に結合しない。一部の実施態様では、抗体はＪａｇｇｅｄ１に結合するが、Ｊａｇｇｅｄ２、ＤＬＬ１に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒトＪａｇｇｅｄ２、ヒトＤＬＬ１に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒト、マウスのＪａｇｇｅｄ２にも、ヒト、マウスのＤＬＬ１にも結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒト、マウス及びカニクイザルのＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒト、マウス、カニクイザルのＪａｇｇｅｄ２にも、ヒト、マウス、カニクイザルのＤＬＬ１にも結合しない。一部の実施態様では、抗体はＪａｇｇｅｄ１に結合するが、Ｊａｇｇｅｄ２、ＤＬＬ１、ＤＬＬ４に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒトＪａｇｇｅｄ２、ヒトＤＬＬ１、ヒトＤＬＬ４に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒト、マウスのＪａｇｇｅｄ２にも、ヒト、マウスのＤＬＬ１にも、ヒト、マウスのＤＬＬ４にも結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒト、マウス、ラット及びカニクイザルのＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒト、マウス、カニクイザルのＪａｇｇｅｄ２にも、ヒト、マウス、カニクイザルのＤＬＬ１にも、ヒト、マウス、カニクイザルのＤＬＬ４にも結合しない。
一部の実施態様では、抗体はヒトＪａｇｇｅｄ１に２ｎＭ又はより強力な（すなわち、２ｎＭ未満の）親和性（Ｋｄ）で結合する。一部の実施態様では、抗体はヒトＪａｇｇｅｄ１に１．５ｎＭ若しくはより強力な、又は１ｎＭ若しくはより強力な、又は０．９ｎＭ若しくはより強力な、０．８ｎＭ若しくはより強力な、又は０．７ｎＭ若しくはより強力な（すなわち、１．５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、０．９ｎＭ未満、０．８ｎＭ未満又は０．７ｎＭ未満の）親和性（Ｋｄ）で結合する。一部の実施態様では、抗体はマウスＪａｇｇｅｄ１に２ｎＭ又はより強力な（すなわち、２ｎＭ未満の）親和性（Ｋｄ）で結合する。一部の実施態様では、抗体はマウスＪａｇｇｅｄ１に１．５ｎＭ若しくはより強力な、又は１ｎＭ若しくはより強力な、又は０．９ｎＭ若しくはより強力な、０．８ｎＭ若しくはより強力な、０．７ｎＭ若しくはより強力な、又は０．６ｎＭ若しくはより強力な、又は０．５ｎＭ若しくはより強力な（すなわち、１．５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、０．９ｎＭ未満、０．８ｎＭ未満、０．７ｎＭ未満、０．６ｎＭ未満、又は０．５ｎＭ未満の）親和性（Ｋｄ）で結合する。一部の実施態様では、親和性（Ｋｄ）は表面プラズモン共鳴を用いて測定される。
一部の実施態様では、抗体はヒトＪａｇｇｅｄ１に少なくとも１．０Ｅ＋０４／Ｍｓ、又は少なくとも１．５Ｅ＋０４／Ｍｓ、又は少なくとも２．０Ｅ＋０４Ｍｓの結合定数（ｋｏｎ）で結合する。一部の実施態様では、抗体はヒトＪａｇｇｅｄ１に１０．０Ｅ−０４／ｓ未満、又は９．０Ｅ−０４／ｓ未満、又は８．０Ｅ−０４／ｓ未満、又は７．０Ｅ−０４／ｓ未満の解離定数（ｋｏｆｆ）で結合する。一部の実施態様では、抗体はマウスＪａｇｇｅｄ１に少なくとも１．０Ｅ＋０４／Ｍｓ、又は少なくとも１．５Ｅ＋０４／Ｍｓ、又は少なくとも２．０Ｅ＋０４／Ｍｓ、又は少なくとも３．０Ｅ＋０４／Ｍｓ、又は少なくとも４．０Ｅ＋０４／Ｍｓ、又は少なくとも５．０Ｅ＋０４／Ｍｓ、又は少なくとも６．０Ｅ＋０４／Ｍｓ、又は少なくとも７．０Ｅ＋０４／Ｍｓの結合定数（ｋｏｎ）で結合する。一部の実施態様では、抗体はマウスＪａｇｇｅｄ１に１０．０Ｅ−０４／ｓ未満、又は９．０Ｅ−０４／ｓ未満、又は８．０Ｅ−０４／ｓ未満、又は７．０Ｅ−０４／ｓ未満の解離定数（ｋｏｆｆ）で結合する。一部の実施態様では、結合及び解離定数は、表面プラズモン共鳴を用いて測定される。
一部の実施態様では、抗体は天然の折り畳まれたＪａｇｇｅｄ１に結合するが、変性したＪａｇｇｅｄ１に結合しない。一部の実施態様では、抗体は酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）でＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ウェスタンブロットでＪａｇｇｅｄ１に結合しない。一部の実施態様では、抗体は酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）で折り畳まれたＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ウェスタンブロットで変性したＪａｇｇｅｄ１に結合しない。一部の実施態様では、抗体は生理的条件下で折り畳まれたＪａｇｇｅｄ１に結合するが、変性したＪａｇｇｅｄ１に結合しない。
一部の実施態様では、抗体は、体重減少を引き起こすことなく、マウス異種移植モデルで腫瘍増殖を低減する。一部の実施態様では、マウス異種移植モデルは、肝がん異種移植モデルである。一部の実施態様では、腫瘍増殖は、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０又は少なくとも９０ＡＵＣ／日 ＴＧＩ％低減される。
一部の実施態様では、Ｊａｇｇｅｄ１抗体の使用は、気道過敏症のマウスモデルで肺の杯細胞異形成を低減する。一部の実施態様では、抗体の投与は、肺の杯細胞数を少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％又は少なくとも９０％低減する。別の態様では、本発明は、Ｊａｇｇｅｄ１への特異的結合に関して上記の実施態様のいずれかと競合する単離抗体を提供する。一部の実施態様では、抗体は、ヒトＪａｇｇｅｄ１への結合に関して配列番号３３の配列を含む重鎖可変領域及び配列番号３４の配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体と競合する抗体であり、この抗体は、抗体Ａ、Ａ−１抗体、抗体Ａ−２でない。
別の態様では、本発明は、上記の実施態様の単離抗体をコードする単離核酸を提供する。さらなる態様では、本発明は、抗体をコードする単離核酸を含む宿主細胞を提供する。さらなる態様では、本発明は、抗体が生成されるように宿主細胞を培養することを含む、抗体を生成する方法を提供する。
別の態様では、本発明は、上記の実施態様のいずれかの抗体及び細胞傷害性剤を含むイムノコンジュゲートを提供する。
別の態様では、本発明は、上記の実施態様のいずれかの抗体及び薬学的に許容される担体を含む薬学的製剤を提供する。
別の態様では、上記の実施態様のいずれかの抗体は、医薬として用いるために提供される。一部の実施態様では、上記の実施態様のいずれかの抗体は、がんの治療における使用のために提供される。一部の実施態様では、上記の実施態様のいずれかの抗体は、がん細胞増殖の低減における使用のために提供される。
別の態様では、Ｊａｇｇｅｄ１介在性シグナル伝達を阻害する方法が提供される。一実施態様では、Ｊａｇｇｅｄ１介在性シグナル伝達をインビトロで阻害する方法が提供される。一実施態様では、Ｊａｇｇｅｄ１介在性シグナル伝達をインビボで阻害する方法が提供される。
別の態様では、上記の実施態様のいずれかの抗体の有効量を個体に投与することを含む、がんを有する個体を治療する方法。一実施態様では、がんは、乳がん、肺がん、脳がん、子宮頸がん、結腸がん、肝がん、胆管がん、膵がん、皮膚がん、Ｂ細胞悪性腫瘍及びＴ細胞悪性腫瘍からなる群から選択される。
本発明者らは、Ｊａｇｇｅｄ１抗体による治療が、気道での細胞運命を、分泌性細胞（杯細胞を含む）運命ではなく繊毛細胞運命へと偏らせることを発見した。Ｊａｇｇｅｄ１シグナル伝達は分泌性細胞運命の維持にとって重要であり、Ｊａｇｇｅｄ１シグナル伝達の阻害は杯細胞異形成を阻止した。本発明者らは、クラブ細胞から繊毛細胞への変換が直接的であり、細胞分裂を伴わなかったことも示した（データ示さず）。別の細胞型への１つの細胞型のこの分化転換は成人の肺で起こり、傷害後又は発生中などの前駆体細胞分裂を伴う細胞運命選択とは異なる。杯細胞異形成又は過剰な粘液は、いくつかの気道疾患、例えば喘息、嚢胞性線維症、ＣＯＰＤ及びバレット食道の特質である。これらのＪａｇｇｅｄ阻害結果は、気道疾患（例えば、喘息、ＣＯＰＤ、嚢胞性線維症）及びバレット食道の場合のように、杯細胞異形成の予防又は反転のための、及び過剰な粘液で特徴付けられる状態の治療のための、Ｊａｇｇｅｄ１又はＪａｇｇｅｄ２阻害剤の使用を含む治療的適用のための基礎を提供する。
一部の実施態様では、クラブ細胞を繊毛細胞に変換する方法であって、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するアンタゴニスト抗体（限定されずに、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）を個体に投与することを含む方法が提供される。一部の実施態様では、クラブ細胞から繊毛細胞への変換を増加させる方法であって、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するアンタゴニスト抗体（限定されずに、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）を個体に投与することを含む方法が提供される。一部の実施態様では、クラブ細胞は、成人ヒト気道（例えば、肺）に存在する。一部の実施態様では、変換は、クラブ細胞分裂の非存在下で起こる。一部の実施態様では、個体は、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患を有する。一部の実施態様では、疾患は杯細胞異形成と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
一部の実施態様では、杯細胞の数を減少させる方法であって、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するアンタゴニスト抗体（限定されずに、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）を個体に投与することを含む方法が提供される。一部の実施態様では、クラブ細胞から杯細胞への変換を低減する方法であって、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するアンタゴニスト抗体（限定されずに、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）を個体に投与することを含む方法が提供される。一部の実施態様では、杯細胞（複数可）は、成人ヒト気道（例えば、肺）に存在する。一部の実施態様では、個体は、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患を有する。一部の実施態様では、疾患は、杯細胞異形成と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
一部の実施態様では、対象で杯細胞の形成を低減する方法であって、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するアンタゴニスト抗体（限定されずに、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）を個体に投与することを含む方法が提供される。一部の実施態様では、成人ヒト気道（例えば、肺）での杯細胞の形成が低減される。一部の実施態様では、個体は、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患を有する。一部の実施態様では、疾患は、杯細胞異形成と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
一部の実施態様では、粘液を減少させる方法であって、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するアンタゴニスト抗体（限定されずに、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）を個体に投与することを含む方法が提供される。一部の実施態様では、粘液は気道粘液である。一部の実施態様では、粘液は、成人ヒト気道（例えば、肺）に存在する。一部の実施態様では、個体は、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患を有する。一部の実施態様では、疾患は杯細胞異形成と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
一部の実施態様では、繊毛細胞数を増加させる方法であって、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するアンタゴニスト抗体（限定されずに、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）を個体に投与することを含む方法が提供される。一部の実施態様では、繊毛細胞の形成を増加させる方法であって、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するアンタゴニスト抗体（限定されずに、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）を個体に投与することを含む方法が提供される。一部の実施態様では、繊毛細胞は、成人ヒト気道（例えば、肺）に存在する。一部の実施態様では、個体は、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患を有する。一部の実施態様では、疾患は杯細胞異形成と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
一部の実施態様では、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患の治療で用いるための、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体（例えば、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）が提供され、本明細書に記載される実施態様のいずれかの抗体の有効量をがん個体に投与することを含む。一部の実施態様では、疾患は杯細胞異形成と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
一部の実施態様では、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患の治療で用いるための、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体（例えば、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）が提供され、本明細書に記載される実施態様のいずれかの抗体の有効量をがん個体に投与することを含み、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体は、成人ヒト気道（例えば、肺）でのクラブ細胞から繊毛細胞への変換を増加させる。一部の実施態様では、疾患は杯細胞異形成と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
一部の実施態様では、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患の治療で用いるための、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体（例えば、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）が提供され、本明細書に記載される実施態様のいずれかの抗体の有効量をがん個体に投与することを含み、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体は、成人ヒト気道（例えば、肺）での杯細胞数を減少させる。一部の実施態様では、疾患は杯細胞異形成と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
一部の実施態様では、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患の治療で用いるための、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体（例えば、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）が提供され、本明細書に記載される実施態様のいずれかの抗体の有効量をがん個体に投与することを含み、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体は、成人ヒト気道（例えば、肺）での杯細胞の形成を低減する。一部の実施態様では、疾患は杯細胞異形成と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
一部の実施態様では、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患の治療で用いるための、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体（例えば、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）が提供され、本明細書に記載される実施態様のいずれかの抗体の有効量をがん個体に投与することを含み、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体は、成人ヒト気道（例えば、肺）で粘液を減少させる。一部の実施態様では、疾患は杯細胞異形成と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
一部の実施態様では、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患の治療で用いるための、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体（例えば、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）が提供され、本明細書に記載される実施態様のいずれかの抗体の有効量をがん個体に投与することを含み、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体は、成人ヒト気道（例えば、肺）で繊毛細胞数を増加させる。一部の実施態様では、疾患は杯細胞異形成と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
一部の実施態様では、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患の治療で用いるための、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体（例えば、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む）が提供され、本明細書に記載される実施態様のいずれかの抗体の有効量をがん個体に投与することを含み、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体は、成人ヒト気道（例えば、肺）で繊毛細胞の形成を増加させる。一部の実施態様では、疾患は杯細胞異形成と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
別の態様では、（ａ）繊毛細胞をクラブ細胞に変換する方法（例えば、繊毛細胞が成人ヒト気道、例えば、肺で見出される場合）、（ｂ）粘液（例えば、気道粘液）を増加させる方法、（ｃ）個体にＪａｇｇｅｄシグナル伝達のアゴニストを投与することを含む、繊毛細胞数（例えば、ヒト気道繊毛細胞）を減少させる方法が提供される。
一部の実施態様では、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）と関連する疾患及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患を治療する方法であって、ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体（例えば、本明細書に記載されるヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体のいずれかを含む）の有効量をがん個体に投与することを含む方法が提供される。一部の実施態様では、疾患は、杯細胞異形成（例えば、肺での）と関連する。一部の実施態様では、疾患は、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される。
本明細書に記載される実施態様のいずれでも、Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、体重減少を引き起こすことなく、マウス異種移植モデルで腫瘍増殖を低減する。
本明細書に記載される実施態様のいずれでも、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は標識にコンジュゲートされてもよい。一部の実施態様では、標識は陽電子放出体である。一部の実施態様では、陽電子放出体は８９Ｚｒである。一部の実施態様では、生物学的試料におけるヒトＪａｇｇｅｄ１を検出する方法であって、天然に存在するヒトＪａｇｇｅｄ１への抗体の結合を許容する条件下で、本明細書に記載される抗体と生物学的試料を接触させること、及び抗体と、生物学的試料中の天然に存在するヒトＪａｇｇｅｄ１との間で複合体が形成されるかどうか検出することを含む方法が提供される。一部の実施態様では、生物学的試料は、乳がん、肺がん、脳がん、子宮頸がん、結腸がん、肝がん、胆管がん、膵がん、皮膚がん、Ｂ細胞悪性腫瘍及びＴ細胞悪性腫瘍から選択される。
ヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１タンパク質の例示的なアミノ酸配列を示す図である。 ヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ２タンパク質の例示的なアミノ酸配列を示す図である。 ファージ抗体ライブラリーのスクリーニング及び選択のために用いられるペプチドのアミノ酸配列を示す図である。全てのタンパク質はＢＥＶＳ細胞中の分泌タンパク質として発現され、それらの配列はＮ末端からＣ末端の方向で掲載されている。（Ａ）発現タンパク質マウスＪａｇｇｅｄ１−ＤＳＬ−ＥＧＦ１−４（Ｑ３４−Ｄ３７７）のアミノ酸配列。Ｎ末端の太字は、短いリンカー配列（ＡＤＬＧＳ）（配列番号８２）を表す。Ｃ末端の太字は、短いリンカー配列（ＥＦＧ）、トロンビン切断部位（ＬＶＰＲＧＳ）（配列番号８３）、Ｇスペーサー及び６−Ｈｉｓタグを表す。（Ｂ）発現タンパク質ヒトＪａｇ１−ＤＳＬ−ＥＧＦ１−４のアミノ酸配列。Ｊａｇ１配列だけを示すが、抗原はＣ末端にＴＥＶプロテアーゼ切断部位及び６−Ｈｉｓタグも含有した。（Ｃ）発現タンパク質マウスＪａｇ２−ＤＳＬ−ＥＧＦ１−４（Ｍ２７−Ｅ３８８）のアミノ酸配列。Ｎ末端の太字は、短いリンカー配列（ＡＤＬＧＳ）（配列番号８２）を表す。Ｃ末端の太字は、短いリンカー配列（ＥＦＧ）、トロンビン切断部位（ＬＶＰＲＧＳ）（配列番号８３）、Ｇスペーサー及び６−Ｈｉｓタグを表す。（Ｄ）発現タンパク質ヒトＪａｇ２−ＤＳＬ−ＥＧＦ１−４（Ｒ２−Ｅ３８８）のアミノ酸配列。Ｃ末端の太字は、短いリンカー配列（ＥＦＧ）、トロンビン切断部位（ＬＶＰＲＧＳ）（配列番号８３）、Ｇスペーサー及び６−Ｈｉｓタグを表す。 抗Ｊａｇｇｅｄ１（Ａ、Ａ−１、Ａ−２）、抗Ｊａｇｇｅｄ２（Ｂ、Ｂ−１、Ｂ−２、Ｂ−３）及び抗Ｊａｇｇｅｄ１／２抗体（Ｃ、Ｃ−１、Ｄ、Ｄ−１、Ｄ−２、Ｄ−３、Ｄ−４、Ｄ−５）の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列のアラインメントを示す図である。相補性決定領域（ＣＤＲ）のアミノ酸位置を示す。 抗Ｊａｇｇｅｄ１（Ａ、Ａ−１、Ａ−２）、抗Ｊａｇｇｅｄ２（Ｂ、Ｂ−１、Ｂ−２、Ｂ−３）及び抗Ｊａｇｇｅｄ１／２抗体（Ｃ、Ｃ−１、Ｄ、Ｄ−１、Ｄ−２、Ｄ−３、Ｄ−４、Ｄ−５）の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列のアラインメントを示す図である。相補性決定領域（ＣＤＲ）のアミノ酸位置を示す。 抗Ｊａｇｇｅｄ１（Ａ、Ａ−１、Ａ−２）、抗Ｊａｇｇｅｄ２（Ｂ、Ｂ−１、Ｂ−２、Ｂ−３）及び抗Ｊａｇｇｅｄ１／２抗体（Ｃ、Ｃ−１、Ｄ、Ｄ−１、Ｄ−２、Ｄ−３、Ｄ−４、Ｄ−５）の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列のアラインメントを示す図である。相補性決定領域（ＣＤＲ）のアミノ酸位置を示す。 抗Ｊａｇｇｅｄ１（Ａ、Ａ−１、Ａ−２）、抗Ｊａｇｇｅｄ２（Ｂ、Ｂ−１、Ｂ−２、Ｂ−３）及び抗Ｊａｇｇｅｄ１／２抗体（Ｃ、Ｃ−１、Ｄ、Ｄ−１、Ｄ−２、Ｄ−３、Ｄ−４、Ｄ−５）の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列のアラインメントを示す図である。相補性決定領域（ＣＤＲ）のアミノ酸位置を示す。 実施例に記載される通り、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のＨ１、Ｈ２及びＨ３重鎖超可変領域（ＨＶＲ）配列を示す図である。本明細書及び他の場所で記載される通り、アミノ酸位置はカバット番号付け系により番号付けをされる。 実施例に記載される通り、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のＨ１、Ｈ２及びＨ３重鎖超可変領域（ＨＶＲ）配列を示す図である。本明細書及び他の場所で記載される通り、アミノ酸位置はカバット番号付け系により番号付けをされる。 実施例に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のＬ１、Ｌ２及びＬ３軽鎖ＨＶＲ配列を示す図である。下記の通り、アミノ酸位置はカバット番号付け系により番号付けをされる。 実施例に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の軽鎖及び重鎖フレームワーク配列を示す図である。上付き文字の数字は、カバットによるアミノ酸位置を示す。 スクリーニングから得られた抗体の結合特異性を示す図である。抗体ＡのためにヒトＪａｇ１−ＤＳＬ−ＥＧＦ１−４（図３Ｂ）を用い、抗体Ｂのためにマウス及びヒトＪａｇ２−ＤＳＬ−ＥＧＦ１−４（図３Ｃ及びＤ）を用いたスクリーニングの間に同定された、抗体Ａ及びＢの結合特異性を測定したＥＬＩＳＡアッセイの結果。黒色のカラム＝ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する；灰色のカラム＝ヒトＪａｇｇｅｄ２に結合する。Ｃ−１は、Ｊａｇｇｅｄ１とＪａｇｇｅｄ２の両方に結合する抗体である。 親和性成熟抗Ｊａｇｇｅｄ抗体によるＮｏｔｃｈシグナル伝達の阻害を示す図である。実施例３に記載されているように、共培養アッセイを実施した。指示された濃度のファージ抗体を、ｘ軸に示す。指示された濃度のＤＡＰＴは、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達の阻害のためのポジティブコントロールの役目を果たした；ＤＭＳＯは、ビヒクルコントロールの役目を果たした。シグナル伝達は、Ｊａｇｇｅｄ１（暗灰色のカラム）によって、又はＪａｇｇｅｄ２（明灰色のカラム）によって誘導された。未処置＝リガンドで刺激されず、抗体で処置されなかった培養；刺激なし＝リガンドで刺激されなかった培養；ａｇＤ＝アイソタイプコントロール抗体；Ｓｔｉｍ／ｎｏ ＡＢ＝リガンドで刺激されたが、抗体で処置されなかった培養；ガンマ−セクレターゼ阻害剤ＤＡＰＴ又はＤＭＳＯのＤＡＰＴビヒクルコントロール。 Ｊａｇｇｅｄ１とＪａｇｇｅｄ２の複合阻害は急速な体重減少を引き起こすことを示す図である。（Ａ）マウスに、抗Ｊａｇｇｅｄ１／２抗体Ｃ−１（抗Ｊ１／２；５−１０ｍｐｋ）、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２（抗Ｊ１；５−２０ｍｐｋ）、抗Ｊａｇｇｅｄ２抗体Ｂ−３（抗Ｊ２；５−２０ｍｐｋ）、抗体Ａ−２及びＢ−３（抗Ｊ１と２；それぞれ５ｍｐｋ）を一緒に、又はアイソタイプコントロール抗体（２０ｍｐｋ）を１週間につき２回投薬した。必要な場合、各投薬の合計の抗体濃度をアイソタイプコントロール抗体で最高２０ｍｐｋにした。平均体重変化（ｙ軸）を、開始時体重の経時的百分率（ｘ軸）でグラフに示す。（Ｂ）Ｂａｌｂ／ｃマウス（１群につき個別に収容した１０匹）に、３０ｍｐｋの抗ｇＤアイソタイプコントロール抗体又は１５ｍｐｋ抗体Ａ−２と１５ｍｐｋ抗体Ｂ−３の組合せのいずれかで１週間につき２回、８日間腹腔内注射した。各ケージで送達された及び残った食物を毎日計量することによって、食物摂取を調べた。エラーバーは、標準偏差（ｎ＝１０）を表す。 インビボでの抗Ｊａｇｇｅｄ１アンタゴニスト抗体によるヒト肺がん細胞増殖の阻害を示す図である。ヒト肺がん異種移植を有するマウスに、２０ｍｐｋ抗ｇＤアイソタイプコントロール抗体（アイソタイプコントロールＡｂ）又は抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２（抗Ｊａｇ１）を１週間につき２回腹腔内に注射し（ＩＰ）、注射は、平均腫瘍体積（ノギスで測定）がおよそ１８０ｍｍ３に到達してから開始した。腫瘍体積（ｙ軸）は、その後１９日間測定した。各群（ｎ＝１０）の平均腫瘍体積を、線形混合効果モデルを用いて経時的にプロットした（ｘ軸）。 インビボでの抗Ｊａｇｇｅｄ１アンタゴニスト抗体によるヒト肺がん細胞増殖の阻害を示す図である。ヒト肺がん異種移植を有するマウスに、２０ｍｐｋ抗ｇＤアイソタイプコントロール抗体（アイソタイプコントロールＡｂ）又は抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２（抗Ｊａｇ１）を１週間につき２回腹腔内に注射し（ＩＰ）、注射は、平均腫瘍体積（ノギスで測定）がおよそ１８０ｍｍ３に到達してから開始した。腫瘍体積（ｙ軸）は、その後１９日間測定した。各群の各マウスの腫瘍体積は、図１１Ａ−２の２つのパネルで表される。 インビボでの抗Ｊａｇｇｅｄ１アンタゴニスト抗体によるヒト肺がん細胞増殖の阻害を示す図である。ヒト肺がん異種移植を有するマウスに、２０ｍｐｋ抗ｇＤアイソタイプコントロール抗体（アイソタイプコントロールＡｂ）又は抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２（抗Ｊａｇ１）を１週間につき２回腹腔内に注射し（ＩＰ）、注射は、平均腫瘍体積（ノギスで測定）がおよそ１８０ｍｍ３に到達してから開始した。腫瘍体積（ｙ軸）は、その後１９日間測定した。各マウスの全体重を測定し、各群について平均した百分率変化としてグラフに示した。 インビボでの抗Ｊａｇｇｅｄ１アンタゴニスト抗体によるヒト肺がん細胞増殖の阻害を示す図である。ヒト肺がん異種移植を有するマウスに、２０ｍｐｋ抗ｇＤアイソタイプコントロール抗体（アイソタイプコントロールＡｂ）又は抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２（抗Ｊａｇ１）を１週間につき２回腹腔内に注射し（ＩＰ）、注射は、平均腫瘍体積（ノギスで測定）がおよそ１８０ｍｍ３に到達してから開始した。腫瘍体積（ｙ軸）は、その後１９日間測定した。各マウスの全体重を測定し、各群の各マウスについて平均した百分率変化としてグラフに示した。 インビボでの抗Ｊａｇｇｅｄ１及び抗Ｊａｇｇｅｄ２アンタゴニスト抗体によるヒト乳がん細胞増殖の阻害を示す図である。０、４、７、１２、１５、１８、２２、２５、２９、３２、３６、４３、５０及び５７日目に、ヒト乳がん異種移植を有するＣ．Ｂ−１７ＳＣＩＤ．ｂｇマウスに、抗ｇＤアイソタイプコントロール抗体（抗ｇＤ）、抗ブタクサアイソタイプコントロール抗体（抗ブタクサ）、ヒトＩｇＧ１骨格の抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２（抗Ｊａｇ１Ａ−２（ｈＩｇＧ１））、マウスＩｇＧ２ａ骨格の抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２（抗Ｊａｇ１Ａ−２（ｍＩｇＧ２ａ））又はヒトＩｇＧ１骨格の抗Ｊａｇｇｅｄ２抗体Ｂ−３（抗Ｊａｇ２Ｂー３（ｈＩｇＧ１））を注射した。処置群（Ａ）の腫瘍体積（ｙ軸）を、線形混合効果モデルを用いて経時的にプロットした（ｘ軸）。 インビボでの抗Ｊａｇｇｅｄ１及び抗Ｊａｇｇｅｄ２アンタゴニスト抗体によるヒト乳がん細胞増殖の阻害を示す図である。０、４、７、１２、１５、１８、２２、２５、２９、３２、３６、４３、５０及び５７日目に、ヒト乳がん異種移植を有するＣ．Ｂ−１７ＳＣＩＤ．ｂｇマウスに、抗ｇＤアイソタイプコントロール抗体（抗ｇＤ）、抗ブタクサアイソタイプコントロール抗体（抗ブタクサ）、ヒトＩｇＧ１骨格の抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２（抗Ｊａｇ１Ａ−２（ｈＩｇＧ１））、マウスＩｇＧ２ａ骨格の抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２（抗Ｊａｇ１Ａ−２（ｍＩｇＧ２ａ））又はヒトＩｇＧ１骨格の抗Ｊａｇｇｅｄ２抗体Ｂ−３（抗Ｊａｇ２Ｂー３（ｈＩｇＧ１））を注射した。個々の動物（Ｂ）の腫瘍体積（ｙ軸）を、線形混合効果モデルを用いて経時的にプロットした（ｘ軸）。 重鎖での抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の切断を示す図である。（Ａ）示すように、還元剤ＤＴＴの非存在下（−）又は存在下（＋）で標準のＳＤＳ−ＰＡＧＥ及びタンパク質染色方法によって抗体Ａ、Ａ−１及びＡ−２を分析した。分子質量標準（ｋＤ）も示されている。パネル（Ｂ）は、Ａ−１の質量分析（ＭＳ）（ＬＣ−ＭＳ／ＴＯＦ、還元条件）の代表的スキャンを提示する。関連する断片（ピーク）の位置には注釈がつけられ、分子質量はピークの上に示される。パネル（Ｃ）のＨＣアミノ酸配列で図解されるように、この分析は、切断部位がＣＤＲ３のＨＣアミノ酸Ｇ１００とＳ１０１の間にあることを示し、矢印は切断位置を表示する。 抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体重鎖切断部位のＮ末端ペプチド配列を示す図である。還元条件下のＳＤＳ−ＰＡＧＥ及びタンパク質染色のための標準の方法に従って、指示された抗体調製物の完全長及び切断された断片を分離し、同定した（Ａ）。切断部位を正確に特定するために、Ｃ末端（Ｂ）及びＮ末端（Ｃ）切断ペプチド断片をゲルから切り取り、ペプチドＮ末端配列決定のための標準方法を用いて配列決定を行った。パネル（Ｂ）及び（Ｃ）の赤色フォントで強調された配列は、配列決定したペプチドの各々のＮ末端配列を記し、パネル（Ｂ）の配列は切断部位を表示し、パネル（Ｃ）の配列はＨＣのＮ末端を表示している。 重鎖切断に及ぼす抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の重鎖Ｓ１０１でのアミノ酸変化の影響を示す図である。 （Ａ）７０℃でインキュベートした抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の切断のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析；及び（Ｂ）７０℃及び９５℃で各抗体調製物において観察されたパーセント重鎖切断の概要を示す図である。 （Ａ）様々な数の結氷融解サイクル後の抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−１の切断のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析、及び（Ｂ）各条件下で観察されたパーセント重鎖切断を示す図である。 （Ａ）様々な濃度の抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−１（左バー）及びＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）（右バー）によるＪａｇｇｅｄ１誘導活性化の阻害を示す図である。パネル（Ｂ）及び（Ｃ）は、平均ホタルルシフェラーゼ値及び平均ウミシイタケ（Ｒｅｎｉｌｌａ）ルシフェラーゼ値をそれぞれ示し、それらは実施例１０に記載されるように（Ａ）のデータを計算するために用いられた。 実施例１１に記載のように、抗Ｊａｇｇｅｄ２抗体を抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−１若しくはＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）と併用して、又はアイソタイプコントロールを投与したマウスの細気管支上皮の繊毛細胞（αチューブリンの免疫蛍光検出によって赤色で表示される）及びクラブ細胞（ＣＣ１０の免疫蛍光検出によって緑色で表示される）の免疫蛍光染色を示す図である。 （Ａ）抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−１又はＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）で処置した肝がん異種移植モデルマウスでの腫瘍体積のＬＭＥ（線形混合効果）グラフ、（Ｂ）（Ａ）に示す処置群及び用量、研究の最終日（４４日目）の腫瘍体積、ＡＵＣ／日 ％ＴＧＩ（コントロールと比較した１日あたりの曲線下面積での百分率腫瘍増殖阻害（ＴＧＩ）。ここで、下限値及び上限値は、それぞれ各群の個々の動物の最も低い及び最も高い％ＴＧＩ値を指す）、日数で表した腫瘍倍加時間（ＴＴＰ ２×）、並びに実験の間に部分寛解（ＰＲ）を示したマウスの数を示す図である。 （Ａ）図２０に示すマウスの経時的マウス体重のＬＭＥ（線形混合効果）グラフ、（Ｂ）（Ａ）に示す処置群及び用量、研究最終日の体重の％変化（最終日の％ＢＷ）、体重の最大％変化（最大％ＢＷ）及び体重の最大変化が起こった日（最大％ＢＷの日）並びに（ＡＵＣ／日（下限値、上限値）を示す図である。 抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−１（Ｓ１０１Ｔ）の（Ａ）重鎖及び（Ｂ）軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列を示す図である。相補性決定領域（ＣＤＲ）のアミノ酸位置が示されている。 （Ａ）コントロール、抗Ｊａｇｇｅｄ１、抗Ｊａｇｇｅｄ２又は抗Ｊａｇｇｅｄ１と抗Ｊａｇｇｅｄ２の組合せで処置したマウスの肺気道の定期的酸−シッフ染色、（Ｂ）異なる処置群の気道での杯細胞数の数量化、（Ｃ）Ｈ＆Ｅ染色で調べた炎症指数を示す図である。 ヒトＪａｇｇｅｄ１、マウスＪａｇｇｅｄ１、ヒトＪａｇｇｅｄ２、マウスＪａｇｇｅｄ２、ヒトＤＬＬ１、マウスＤＬＬ１、ヒトＤＬＬ４及びマウスＤＬＬ４への、（左）抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２及び（右）抗Ｊａｇｇｅｄ１／２抗体Ｃ−１の結合を示す図である。 マウスにおける抗体の３つの異なる用量の単一の静脈内投与の後の、抗Ｊａｇｇｅｄ１ Ａ−１−Ｓ１０１Ｔ抗体のクリアランスを示す図である。
Ｉ．定義
本明細書において、「アクセプターヒトフレームワーク」は、下に規定されるように、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークに由来する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）フレームワーク又は重鎖可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークのアミノ酸配列を含むフレームワークである。ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワーク「に由来する」アクセプターヒトフレームワークは、その同じアミノ酸配列を含むことができるか、又はそれはアミノ酸配列変化を含有することができる。一部の実施態様では、アミノ酸変化の数は、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下又は２以下である。一部の実施態様では、ＶＬアクセプターヒトフレームワークは、ＶＬヒト免疫グロブリンフレームワーク配列又はヒトコンセンサスフレームワーク配列と配列が同一である。
「親和性」は、分子（例えば、抗体）の単一の結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有相互作用の合計の強度を指す。特に明記しない限り、本明細書で用いるように、「結合親和性」は、結合対のメンバー（例えば、抗体と抗原）間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子Ｘの、そのパートナーＹへの親和性は、解離定数（Ｋｄ）によって一般的に表すことができる。親和性は、本明細書に記載されるものを含む当該技術分野で公知の一般方法を用いて測定することができる。結合親和性を測定するための具体的な例証的及び例示的な実施態様は、以下に記載される。
「親和性成熟」抗体は、そのような改変を有さない親抗体と比較して、１つ又は複数の超可変領域（ＨＶＲ）に１つ又は複数の改変を有する抗体を指し、そのような改変は抗原への抗体の親和性の向上をもたらす。
用語「抗Ｊａｇｇｅｄ抗体」及び「Ｊａｇｇｅｄに結合する抗体」は、Ｊａｇｇｅｄを標的にすることにおいて抗体が診断薬及び／又は治療剤として有益であるのに十分な親和性でＪａｇｇｅｄ１、Ｊａｇｇｅｄ２又はＪａｇｇｅｄ１及び２（Ｊａｇｇｅｄ１／２）に結合することが可能な抗体を指す。一実施態様では、例えばラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定したとき、無関係な非Ｊａｇｇｅｄタンパク質への抗Ｊａｇｇｅｄ抗体の結合の程度は、Ｊａｇｇｅｄへの抗体の結合の約１０％未満である。ある特定の実施態様では、Ｊａｇｇｅｄに結合する抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。ある特定の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ抗体は、異なる種からのＪａｇｇｅｄの間で保存されているＪａｇｇｅｄのエピトープに結合する。用語「抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体」及び「Ｊａｇｇｅｄ１に結合する抗体」は、Ｊａｇｇｅｄ１を標的にすることにおいて診断薬及び／又は治療剤として抗体が有益であるのに十分な親和性でＪａｇｇｅｄ１に結合することが可能な抗体を指す。
本明細書において、用語「抗体」は最も広い意味で用いられ、限定されずにモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば二重特異性抗体）、及び、それらが所望の抗原結合活性を示す限り抗体断片を含む、様々な抗体構造物を包含する。
本明細書で用いるように、「喘息」は、基礎をなす炎症と関連しても関連していなくてもよい、不定の及び再発性の症候、可逆的空気流閉塞（例えば、気管支拡張剤による）並びに気管支応答性亢進で特徴付けられる複合障害を指す。喘息の例には、アスピリン感受性／憎悪喘息、アトピー性喘息、重度の喘息、軽度の喘息、中等度ないし重度の喘息、コルチコステロイドナイーブ喘息、慢性喘息、コルチコステロイド抵抗性喘息、コルチコステロイド抗療性喘息、新たに診断された未処置の喘息、喫煙による喘息、コルチコステロイドで制御できない喘息、及びＪ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ（２０１０）１２６（５）：９２６−９３８で指摘される他の喘息が含まれる。
「ブロッキング」抗体又は「アンタゴニスト」抗体は、それが結合する抗原の生物活性を有意に阻害する（部分的又は完全に）ものである。
「抗体断片」は、インタクトな抗体が結合する抗原に結合するインタクトな抗体の一部を含む、インタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例には、限定されずに、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２；ダイアボディ；線状抗体；単鎖抗体分子（例えばｓｃＦｖ）；及び抗体断片から形成される多重特異性抗体が含まれる。
参照抗体と「同じエピトープに結合する抗体」は、競合アッセイにおいてその抗原への参照抗体の結合を５０％以上ブロックする抗体を指し、反対に、参照抗体は競合アッセイにおいてその抗原へのその抗体の結合を５０％以上ブロックする。例示的な競合アッセイが、本明細書で提供される。
用語「キメラ」抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の一部は特定の供給源又は種に由来するが、重鎖及び／又は軽鎖の残部は異なる供給源又は種に由来する抗体を指す。
抗体の「クラス」は、その重鎖が保有する定常ドメイン又は定常領域の種類を指す。抗体の５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭがあり、これらのいくつかはサブクラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２にさらに分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、α、δ、ε、γ及びμとそれぞれ呼ばれている。
本明細書で用いられる用語「細胞傷害性剤」は、細胞の機能を阻害若しくは阻止し、及び／又は細胞の死若しくは破壊を引き起こす物質を指す。細胞傷害性剤には、限定されずに、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体）；化学療法の剤又は薬物（例えば、メトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン又は他の挿入剤）；成長阻害剤；核酸分解酵素などの酵素及びその断片；抗生物質；その断片及び／又は変異体を含む毒素、例えば小分子毒素又は細菌、真菌、植物若しくは動物起源の酵素活性毒素；並びに下で開示される様々な抗腫瘍又は抗がん剤が含まれる。
「エフェクター機能」は、抗体アイソタイプによって異なる、抗体のＦｃ領域に帰せられる生物活性を指す。抗体のエフェクター機能の例には、以下のものが含まれる：Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）；食作用；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）の下方制御；及びＢ細胞活性化。
薬剤、例えば薬学的製剤の「有効量」は、必要な投薬量及び期間で、所望の治療的又は予防的結果を達成するのに有効な量を指す。
本明細書の用語「Ｆｃ領域」は、定常領域の少なくとも一部を含む、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を規定するために用いられる。この用語は、天然配列のＦｃ領域及び変異Ｆｃ領域を含む。一実施態様では、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、Ｃｙｓ２２６から、又はＰｒｏ２３０から重鎖のカルボキシル末端まで伸びている。しかし、Ｆｃ領域のＣ末端のリジン（Ｌｙｓ４４７）は、存在しても存在しなくてもよい。本明細書で特記されない限り、Ｆｃ領域又は定常領域のアミノ酸残基の番号付けは、Ｋａｂａｔ等、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、５版Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤ、１９９１に記載されるように、ＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵ番号付け系による。
「フレームワーク」又は「ＦＲ」は、超可変領域（ＨＶＲ）残基以外の可変ドメイン残基を指す。可変ドメインのＦＲは、４つのＦＲドメイン：ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３及びＦＲ４から一般になる。したがって、ＨＶＲ及びＦＲ配列は、ＶＨ（又はＶＬ）において以下の配列で一般に出現する：ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４。
本明細書において、用語「完全長抗体」、「インタクトな抗体」及び「全抗体」は互換的に使用されて、天然の抗体構造に実質的に類似した構造を有するか、又は本明細書に規定されるＦｃ領域を含有する重鎖を有する抗体を指す。
用語「宿主細胞」、「宿主細胞株」及び「宿主細胞培養」は互換的に使用されて、そのような細胞の子孫を含む、外因性の核酸が導入された細胞を指す。宿主細胞には「形質転換体」及び「形質転換細胞」が含まれ、それらには、一次形質転換細胞及び継代数に関係なくそれに由来する子孫が含まれる。子孫は親細胞と核酸内容が完全に同一でなくてもよく、突然変異を含有することができる。当初形質転換された細胞でスクリーニング又は選択されたのと同じ機能又は生物活性を有する突然変異体子孫が、本明細書に含まれる。
「ヒト抗体」は、ヒト若しくはヒト細胞によって生成される抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列、又はヒト抗体レパートリー、若しくは他のヒト抗体をコードする配列を利用する、ヒト以外の供給源に由来するアミノ酸配列を有する抗体である。ヒト抗体のこの定義は、ヒト以外の抗原結合残基を含むヒト化抗体を特異的に排除する。
「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、一連のヒト免疫グロブリンのＶＬ又はＶＨフレームワーク配列で最も一般的に見られるアミノ酸残基を表すフレームワークである。一般に、ヒト免疫グロブリンのＶＬ又はＶＨ配列の選択は、可変ドメイン配列のサブグループからである。一般に、配列のサブグループは、Ｋａｂａｔ等、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、５版、ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ ９１−３２４２、Ｂｅｔｈｅｓｄａ ＭＤ（１９９１）、１−３巻の中のサブグループである。一実施態様では、ＶＬについては、サブグループは、上記のカバット等におけるサブグループカッパＩである。一実施態様では、ＶＨについては、サブグループは、上記のカバット等におけるサブグループＩＩＩである。
「ヒト化」抗体は、ヒト以外のＨＶＲからのアミノ酸残基及びヒトＦＲからのアミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。ある特定の実施態様では、ヒト化抗体は、少なくとも１つの、及び一般的に２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、そこにおいて、ＨＶＲ（例えばＣＤＲ）の全て又は実質的に全てはヒト以外の抗体のそれらに対応し、ＦＲの全て又は実質的に全てはヒト抗体のそれらに対応する。ヒト化抗体は、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を任意選択的に含むことができる。抗体、例えばヒト以外の抗体の「ヒト化形」は、ヒト化を経た抗体を指す。
本明細書で用いる用語「超可変領域」又は「ＨＶＲ」は、配列が超可変である（「相補性決定領域」又は「ＣＤＲ」）及び／又は構造的に規定されたループを形成する（「超可変ループ」）及び／又は抗原接触残基を含有する（「抗原接触部」）抗体可変ドメインの領域の各々を指す。一般に、抗体は６つのＨＶＲを含む：ＶＨに３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）及びＶＬに３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）。本明細書において、例示的なＨＶＲには、以下のものが含まれる：
（ａ）アミノ酸残基２６−３２（Ｌ１）、５０−５２（Ｌ２）、９１−９６（Ｌ３）、２６−３２（Ｈ１）、５３−５５（Ｈ２）及び９６−１０１（Ｈ３）で見られる超可変ループ（Chothia及びLesk、J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）；
（ｂ）アミノ酸残基２４−３４（Ｌ１）、５０−５６（Ｌ２）、８９−９７（Ｌ３）、３１−３５ｂ（Ｈ１）、５０−６５（Ｈ２）及び９５−１０２（Ｈ３）で見られるＣＤＲ（Kabat等、Sequences of Proteins of Immunological Interest、5版、Public Health Service、National Institutes of Health、Bethesda、MD (1991)）；
（ｃ）アミノ酸残基２７ｃ−３６（Ｌ１）、４６−５５（Ｌ２）、８９−９６（Ｌ３）、３０−３５ｂ（Ｈ１）、４７−５８（Ｈ２）及び９３−１０１（Ｈ３）で見られる抗原接触部（MacCallum等、J. Mol. Biol. 262: 732-745 (1996)）；及び
（ｄ）ＨＶＲアミノ酸残基４６−５６（Ｌ２）、４７−５６（Ｌ２）、４８−５６（Ｌ２）、４９−５６（Ｌ２）、２６−３５（Ｈ１）、２６−３５ｂ（Ｈ１）、４９−６５（Ｈ２）、９３−１０２（Ｈ３）及び９４−１０２（Ｈ３）を含む（ａ）、（ｂ）及び／又は（ｃ）の組合せ。
別途指示がない限り、本明細書において、可変ドメイン中のＨＶＲ残基及び他の残基（例えば、ＦＲ残基）は、上記のカバット等に従って番号付けされる。
「イムノコンジュゲート」は、限定されずに細胞傷害性剤を含む１つ又は複数の異種分子にコンジュゲートされる抗体である。
「個体」又は「対象」は、哺乳動物である。哺乳動物には、限定されずに、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ及びウマ）、霊長類（例えば、ヒト及びサルなどの非ヒト霊長類）、ウサギ及びげっ歯類（例えば、マウス及びラット）が含まれる。ある特定の実施態様では、個体又は対象はヒトである。
「単離」抗体は、その天然の環境の構成要素から分離されたものである。一部の実施態様では、抗体は、例えば電気泳動（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、毛細管電気泳動）又はクロマトグラフィー（例えば、イオン交換又は逆相ＨＰＬＣ）によって判定したときに、９５％又は９９％を超える純度まで精製される。抗体純度の調べるための方法の概説については、例えば、Ｆｌａｔｍａｎ等、Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ ８４８：７９−８７（２００７）を参照されたい。
「単離」核酸は、その天然の環境の構成要素から分離された核酸分子を指す。単離核酸には、その核酸分子を通常含有する細胞に含有される核酸分子が含まれるが、その核酸分子は染色体外に存在するか又はその天然の染色体位置と異なる染色体位置に存在する。
「抗Ｊａｇｇｅｄ抗体をコードする単離核酸」は、単一のベクター又は別個のベクター中のそのような核酸分子（複数可）を含む、抗体重鎖及び軽鎖（又はその断片）をコードする１つ又は複数の核酸分子を指し、そのような核酸分子（複数可）は宿主細胞の１つ又は複数の位置に存在する。
本明細書で用いられる用語「モノクローナル抗体」は、可能な変異体抗体、例えば天然に存在する突然変異を含有するか又はモノクローナル抗体調製物の生成の間に生じる、一般に少量存在する変異体を除いて、実質的に均一な抗体の集団、すなわち集団を構成する個々の抗体が同一であり及び／又は同じエピトープに結合する集団から得られる抗体を指す。異なる決定因子（エピトープ）に対する異なる抗体を一般的に含むポリクローナル抗体調製物と対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定因子に対するものである。したがって、修飾語「モノクローナル」は、実質的に均一な抗体集団から得られるという抗体の性格を示し、いかなる特定の方法による抗体の生成を必要とするものと解釈するべきでない。例えば、本発明に従って用いられるモノクローナル抗体は、限定されずに、ハイブリドーマ方法、組換えＤＮＡ方法、ファージディスプレイ方法及びヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部又は一部を含有するトランスジェニック動物を利用する方法を含む様々な技術によって作製することができ、モノクローナル抗体を作製するためのそのような方法及び他の例示的な方法は本明細書に記載される。
「ネイキッド抗体」は、異種部分（例えば、細胞傷害性部分）とコンジュゲートしていなく、放射標識されてもいない抗体を指す。ネイキッド抗体は、薬学的製剤中に存在していてよい。
「天然の抗体」は、様々な構造を有する天然に存在する免疫グロブリン分子を指す。例えば、天然のＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合している２つの同一の軽鎖及び２つの同一の重鎖で構成される、約１５０，０００ダルトンのヘテロテトラマー糖タンパク質である。Ｎ末端からＣ末端にかけて、各重鎖は、可変重鎖ドメイン又は重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＨ）、続いて３つの定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３）を有する。同様に、Ｎ末端からＣ末端にかけて、各軽鎖は、可変軽鎖ドメイン又は軽鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＬ）、続いて定常軽鎖（ＣＬ）ドメインを有する。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる２つのタイプの１つに割り当てることができる。
用語「添付文書」は、適応症、使用法、投薬量、投与、併用療法、禁忌症及び／又はそのような治療製品の使用に関する警告に関する情報を含む、治療製品の市販パッケージに慣習的に含まれる説明書を指すために用いられる。
参照ポリペプチド配列に関して「アミノ酸配列パーセント（％）同一性」は、いかなる保存的置換も配列同一性の一部とみなさずに、最大のパーセント配列同一性を達成するために配列を整列させ、必要に応じてギャップを導入した後の、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基の百分率と規定される。アミノ酸配列パーセント同一性を判定するためのアラインメントは、当該分野の技術の範囲内である様々な方法で、例えば公開されているコンピュータソフトウェア、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアを用いて達成することができる。当業者は、比較される配列の全長にわたって最大のアラインメントを達成するのに必要な任意のアルゴリズムを含め、配列を整列させるための適切なパラメータを決定することができる。しかし、本明細書において、アミノ酸配列同一性％値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を用いて生成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムはＧｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．によって書かれ、ソースコードはＵ．Ｓ．Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ Ｏｆｆｉｃｅ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｄ．Ｃ．、２０５５９の利用者文書に提出され、そこにおいてそれは米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．、Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａから公開されているか、又はソースコードからコンパイルすることができる。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸ Ｖ４．０Ｄを含む、ＵＮＩＸオペレーティングシステムで用いるためにコンパイルされるべきである。全ての配列比較パラメータはＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され、変更されない。
ＡＬＩＧＮ−２がアミノ酸配列比較のために用いられる状況では、所与のアミノ酸配列Ｂへの、それとの又はそれに対する所与のアミノ酸配列Ａのアミノ酸配列％同一性（それは、代わりに、所与のアミノ酸配列Ｂに、それと又はそれに対してある特定のアミノ酸配列％同一性を有するか含む所与のアミノ酸配列Ａと言い表すことができる）は、以下の通りに計算され：
分数Ｘ／Ｙ×１００
上式で、ＸはＡとＢのそのプログラムのアラインメントにおいて配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２により同一の組合せとして評価されるアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの中のアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さに等しくない場合は、ＡのＢとのアミノ酸配列％同一性は、ＢのＡとのアミノ酸配列％同一性と等しくない。特記されていない限り、本明細書で用いられる全てのアミノ酸配列同一性％値は、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを用いて直前の段落に記載の通りに得られる。
用語「薬学的製剤」は、そこに含まれる有効成分の生物活性を有効にするような形であり、製剤が投与される対象に許容されないほど毒性である追加の成分を含有しない調製物を指す。
「薬学的に許容される担体」は、薬学的製剤中の、有効成分以外の対象に無毒である成分を指す。薬学的に許容される担体には、限定されずに、バッファー、賦形剤、安定剤又は保存剤が含まれる。
別途指示がない限り、本明細書で用いられる用語「Ｊａｇｇｅｄ」又は「Ｊａｇ」は、霊長類などの哺乳動物（例えばヒト）及びげっ歯類（例えば、マウス及びラット）を含む任意の脊椎動物源からの任意の天然のＪａｇｇｅｄを指す。本用語は、「完全長」の未処理のＪａｇｇｅｄに加えて、細胞でのプロセシングからもたらされる任意の形のＪａｇｇｅｄを包含する。本用語は、Ｊａｇｇｅｄの天然に存在する変異体、例えばスプライスバリアント又は対立遺伝子変異体も包含する。例示的なヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１及びＪａｇｇｅｄ２のアミノ酸配列を、図１及び２（配列番号１−４）にそれぞれ示す。
本明細書で用いるように、「治療」（及び「治療する」又は「治療すること」などの文法上のその変異体）は、治療する個体の自然経過を変化させる企てにおける臨床介入を指し、予防のために、又は臨床病理の過程で実施することができる。治療の望ましい効果には、限定されずに、疾患の発生又は再発を予防すること、症候の緩和、疾患の任意の直接的又は間接的な病理学的帰結の減少、転移の予防、疾患進行の速度を低下させること、病態の改善又は緩和、及び寛解又は予後の改善が含まれる。一部の実施態様では、本発明の抗体は、疾患の発達を遅延させるために、又は疾患の進行を遅くするために用いられる。
用語「可変領域」又は「可変ドメイン」は、抗原への抗体の結合に関与する抗体の重鎖又は軽鎖のドメインを指す。天然の抗体の重鎖及び軽鎖の可変ドメイン（それぞれ、ＶＨ及びＶＬ）は類似の構造を一般に有し、各ドメインは４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）及び３つの超可変領域（ＨＶＲ）を含む。（例えば、Kindt等、Kuby Immunology、6版、W.H. Freeman and Co.、p91 (2007)を参照されたい）。抗原結合特異性を付与するのに、単一のＶＨ又はＶＬドメインで十分なことがある。さらに、相補的なＶＬ又はＶＨドメインのライブラリーをそれぞれスクリーニングするために、抗原に結合する抗体からのＶＨ又はＶＬドメインを用いて、特定の抗原に結合する抗体を単離することができる。例えば、Portolano等、J. Immunol. 150:880-887 (1993)；Clarkson等、Nature 352:624-628 (1991)を参照されたい）。
本明細書で用いるように、用語「ベクター」は、それが結合する別の核酸を増殖させることが可能な核酸分子を指す。本用語は、自己複製する核酸構造としてのベクター、並びにそれが導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれるベクターを含む。ある特定のベクターは、それらが作動可能に連結されている核酸の発現を導くことが可能である。そのようなベクターは、本明細書において「発現ベクター」と呼ばれる。
ＩＩ．組成物及び方法
一態様では、本発明は、抗Ｊａｇｇｅｄ抗体及びその断片の同定に一部基づく。ある特定の実施態様では、少なくとも１つのＪａｇｇｅｄに結合する抗体が提供される。本発明の抗体は、例えば、がんの診断又は治療のために有益である。したがって、本発明は、抗Ｊａｇｇｅｄ抗体に関係する方法、組成物、キット及び製造品を提供する。
Ａ．例示的な抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体
一態様では、本発明は、Ｊａｇｇｅｄ１に結合する単離抗体を提供する。
一部の実施態様では、抗体は、Ｊａｇｇｅｄ１介在性シグナル伝達のアンタゴニストである。一部の実施態様では、抗体は、ヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１に結合する。一部の実施態様では、抗体は、ヒト、マウス及びカニクイザルのＪａｇｇｅｄ１に結合する。一部の実施態様では、抗体はＪａｇｇｅｄ１に結合するが、Ｊａｇｇｅｄ２に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒトＪａｇｇｅｄ２に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒト、マウスのＪａｇｇｅｄ２に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒト、マウス及びカニクイザルのＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒト、カニクイザル、マウスのＪａｇｇｅｄ２に結合しない。一部の実施態様では、抗体はＪａｇｇｅｄ１に結合するが、Ｊａｇｇｅｄ２、ＤＬＬ１に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒトＪａｇｇｅｄ２、ヒトＤＬＬ１に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒト、マウスのＪａｇｇｅｄ２にも、ヒト、マウスのＤＬＬ１にも結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒト、マウス及びカニクイザルのＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒト、マウス、カニクイザルのＪａｇｇｅｄ２にも、ヒト、マウス、カニクイザルのＤＬＬ１にも結合しない。一部の実施態様では、抗体はＪａｇｇｅｄ１に結合するが、Ｊａｇｇｅｄ２、ＤＬＬ１、ＤＬＬ４に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒトＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒトＪａｇｇｅｄ２、ヒトＤＬＬ１、ヒトＤＬＬ４に結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒト、マウスのＪａｇｇｅｄ２にも、ヒト、マウスのＤＬＬ１にも、ヒト、マウスのＤＬＬ４にも結合しない。一部の実施態様では、抗体はヒト、マウス及びカニクイザルのＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ヒト、マウス、カニクイザルのＪａｇｇｅｄ２にも、ヒト、マウス、カニクイザルのＤＬＬ１にも、ヒト、マウス、カニクイザルのＤＬＬ４にも結合しない。
一部の実施態様では、抗体はヒトＪａｇｇｅｄ１に２ｎＭ又はより強力な（すなわち、２ｎＭ未満の）親和性（Ｋｄ）で結合する。一部の実施態様では、抗体はヒトＪａｇｇｅｄ１に１．５ｎＭ若しくはより強力な、又は１ｎＭ若しくはより強力な、又は０．９ｎＭ若しくはより強力な、０．８ｎＭ若しくはより強力な、又は０．７ｎＭ若しくはより強力な（すなわち、１．５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、０．９ｎＭ未満、０．８ｎＭ未満又は０．７ｎＭ未満の）親和性（Ｋｄ）で結合する。一部の実施態様では、抗体はマウスＪａｇｇｅｄ１に２ｎＭ又はより強力な（すなわち、２ｎＭ未満の）親和性（Ｋｄ）で結合する。一部の実施態様では、抗体はマウスＪａｇｇｅｄ１に１．５ｎＭ若しくはより強力な、又は１ｎＭ若しくはより強力な、又は０．９ｎＭ若しくはより強力な、０．８ｎＭ若しくはより強力な、０．７ｎＭ若しくはより強力な、又は０．６ｎＭ若しくはより強力な、又は０．５ｎＭ若しくはより強力な（すなわち、１．５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、０．９ｎＭ未満、０．８ｎＭ未満、０．７ｎＭ未満、０．６ｎＭ未満、又は０．５ｎＭ未満の）親和性（Ｋｄ）で結合する。
一部の実施態様では、抗体は天然の折り畳まれたＪａｇｇｅｄ１に結合するが、変性したＪａｇｇｅｄ１に結合しない。一部の実施態様では、抗体は酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）でＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ウェスタンブロットでＪａｇｇｅｄ１に結合しない。一部の実施態様では、抗体は酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）で折り畳まれたＪａｇｇｅｄ１に結合するが、ウェスタンブロットで変性したＪａｇｇｅｄ１に結合しない。一部の実施態様では、抗体は生理的条件の下で折り畳まれたＪａｇｇｅｄ１に結合するが、変性したＪａｇｇｅｄ１に結合しない。「天然の折り畳まれた」Ｊａｇｇｅｄ１は、生理的条件の下でタンパク質折畳みを受け、折り畳まれた状態で維持されているＪａｇｇｅｄ１を指す。一部の実施態様では、Ｊａｇｇｅｄ１は溶液状で折り畳まれた状態で維持されている。
一部の実施態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号２８又は３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５又は５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号１６又は４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１、２、３、４、５又は６つのＨＶＲを含む抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を提供する。一部の実施態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１、２、３、４、５又は６つのＨＶＲを含む抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を提供する。一部の実施態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１、２、３、４、５又は６つのＨＶＲを含む抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を提供する。一部の実施態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１、２、３、４、５又は６つのＨＶＲを含む抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を提供する。一部の実施態様では、ＸはＳ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、ＸはＳ又はＨ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、Ｘは、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ及びＶから選択される。一部の実施態様では、ＸはＴである。
一部の実施態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１、２、３、４、５又は６つのＨＶＲを含む抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を提供する。一部の実施態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１、２、３、４、５又は６つのＨＶＲを含む抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を提供する。一部の実施態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｆ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１、２、３、４、５又は６つのＨＶＲを含む抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を提供する。
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号２８又は３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５又は５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を提供する。一実施態様では、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５又は５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。別の実施態様では、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５又は５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、及び配列番号１６又は４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。さらなる実施態様では、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５又は５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、配列番号１６又は４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、及び配列番号２８又は３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む。さらなる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号２８又は３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５又は５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。一部の実施態様では、ＸはＳ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、ＸはＳ又はＨ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、Ｘは、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ及びＶから選択される。一部の実施態様では、ＸはＴである。
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を提供する。一実施態様では、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。別の実施態様では、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、及び配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。さらなる実施態様では、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、及び配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む。さらなる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。一部の実施態様では、ＸはＳ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、ＸはＳ又はＨ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、Ｘは、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ及びＶから選択される。一部の実施態様では、ＸはＴである。さらなる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を提供する。一実施態様では、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。別の実施態様では、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、及び配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。さらなる実施態様では、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、及び配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む。さらなる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。一部の実施態様では、ＸはＳ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、ＸはＳ又はＨ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、Ｘは、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ及びＶから選択される。一部の実施態様では、ＸはＴである。さらなる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＨ ＨＶＲ配列を含む抗体を提供する。一実施態様では、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。別の実施態様では、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、及び配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。さらなる実施態様では、抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３、配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３、及び配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む。さらなる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。一部の実施態様では、ＸはＳ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、ＸはＳ又はＨ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、Ｘは、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ及びＶから選択される。一部の実施態様では、ＸはＴである。さらなる実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
別の態様では、本発明は、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号１６又は４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＬＨＶＲ配列を含む抗体を提供する。一実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号１６又は４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。一実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。一実施態様では、抗体は、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｉｉ）配列番号２８又は３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｉｉｉ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５又は５９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメイン、並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号１６又は４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｉｉ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｉｉｉ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメイン、並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｉｉ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｉｉｉ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメイン、並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｉｉ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｉｉｉ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメイン、並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。一部の実施態様では、ＸはＳ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、ＸはＳ又はＨ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、Ｘは、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ及びＶから選択される。
別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号２８又は３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５又は５９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含むＶＨドメイン；並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号１６又は４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含むＶＨドメイン；並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含むＶＨドメイン；並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含むＶＨドメイン；並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。一部の実施態様では、ＸはＳ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、ＸはＳ又はＨ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、Ｘは、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ及びＶから選択される。
別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号３７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメイン；並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号６４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメイン；並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号６４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＨ ＨＶＲ配列を含むＶＨドメイン；並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は全３つのＶＬ ＨＶＲ配列を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号３７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含むＶＨドメイン；並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号６４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含むＶＨドメイン；並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。別の態様では、本発明の抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号６４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含むＶＨドメイン；並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、（ａ）（ｉ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｉｉ）配列番号７１のアミノ酸配列であって、式中、Ｘ１はＰ及びＧから選択され、Ｘ２はＤ及びＮから選択され、Ｘ３はＴ及びＳから選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｉｉｉ）配列番号７２から選択されるアミノ酸配列であって、式中、Ｘ１はＳ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＷ又はＬであるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含むＶＨドメイン；並びに（ｂ）（ｉ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１、（ｉｉ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２を含むＶＬドメイン、並びに（ｃ）配列番号７４のアミノ酸配列であって、Ｘ１はＳ又はＹであり、Ｘ２はＰ又はＡであり、Ｘ３はＰ又はＴであるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。一部の実施態様では、配列番号７２のＸ１は、Ｓ又はＨ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、配列番号７２のＸ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ及びＶから選択される。一部の実施態様では、配列番号７２のＸ１はＴである。
一実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は上記の実施態様のいずれかの場合のようにＨＶＲを含み、アクセプターヒトフレームワーク、例えばヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークをさらに含む。別の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は上記の実施態様のいずれかの場合のようにＨＶＲを含み、配列番号４７のアミノ酸配列を含むＦＲ１；配列番号４８のアミノ酸配列を含むＦＲ２；配列番号４９のアミノ酸配列を含むＦＲ３；及び配列番号５０のアミノ酸配列を含むＦＲ４から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ又は４つのＦＲを含むＶＨをさらに含む。別の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は上記の実施態様のいずれかの場合のようにＨＶＲを含み、配列番号４３のアミノ酸配列を含むＦＲ１；配列番号４４のアミノ酸配列を含むＦＲ２；配列番号４５のアミノ酸配列を含むＦＲ３；及び配列番号４６のアミノ酸配列を含むＦＲ４から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ又は４つのＦＲを含むＶＬをさらに含む。
別の態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５４、５８又は６２のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。一部のそのような実施態様では、ＶＨ配列は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５又は５９のＨＶＲ−Ｈ３を含む。一部の実施態様では、ＶＨは：（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５５又は５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号３７又は６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つ又は３つのＨＶＲを含む。一部の実施態様では、ＸはＳ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、ＸはＳ又はＨ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、Ｘは、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ及びＶから選択される。一部の実施態様では、ＸはＴである。別の態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、配列番号３３、６５又は６６のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。一部のそのような実施態様では、ＶＨ配列は、配列番号３７又は６４のＨＶＲ−Ｈ３を含む。一部の実施態様では、ＶＨは：（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号２８又は３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号３７又は６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つ又は３つのＨＶＲを含む。ある特定の実施態様では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列と比較して置換（例えば、保存的置換）、挿入又は欠失を含むが、その配列を含む抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、少なくとも１つのＪａｇｇｅｄ１に結合する能力を保持する。ある特定の実施態様では、置換、挿入又は欠失は、ＨＶＲの外の領域（すなわち、ＦＲ）で起こる。ある特定の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、配列番号３３のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。一部のそのような実施態様では、ＶＨ配列は、配列番号３７のＨＶＲ−Ｈ３を含む。一部の実施態様では、ＶＨは：（ａ）配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２、及び（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つ又は３つのＨＶＲを含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号３３、６５又は６６のＶＨ配列を含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号３３のＶＨ配列を含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号６５のＶＨ配列を含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号６６のＶＨ配列を含む。
別の態様では、配列番号１０、２６又は３４のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体が提供される。ある特定の実施態様では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列と比較して置換（例えば、保存的置換）、挿入又は欠失を含むが、その配列を含む抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、Ｊａｇｇｅｄ１に結合する能力を保持する。ある特定の実施態様では、配列番号１０、２６又は３４において、合計１から１０個のアミノ酸が置換、挿入及び／又は削除されている。ある特定の実施態様では、置換、挿入又は欠失は、ＨＶＲの外の領域（すなわち、ＦＲ）で起こる。一部の実施態様では、ＶＬは、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）配列番号１６又は４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つ又は３つのＨＶＲを含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１０、２６又は３４のＶＬ配列を含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号３４のＶＬ配列を含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１０のＶＬ配列を含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号２６のＶＬ配列を含む。
別の態様では、上で提供される実施態様のいずれかの場合のようにＶＨを含み、及び上で提供される実施態様のいずれかの場合のようにＶＬを含む、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体が提供される。一実施態様では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５４、及び配列番号３４それぞれのＶＨ及びＶＬ配列を含む。一実施態様では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５８、及び配列番号１０それぞれのＶＨ及びＶＬ配列を含む。一実施態様では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号６２、及び配列番号２６それぞれのＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施態様では、ＸはＳ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、ＸはＳ又はＨ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、Ｘは、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ及びＶから選択される。一部の実施態様では、ＸはＴである。
別の態様では、上で提供される実施態様のいずれかの場合のようにＶＨを含み、及び上で提供される実施態様のいずれかの場合のようにＶＬを含む、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体が提供される。一実施態様では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号３３及び配列番号３４それぞれのＶＨ及びＶＬ配列を含む。一実施態様では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号６５及び配列番号１０それぞれのＶＨ及びＶＬ配列を含む。一実施態様では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号６６及び配列番号２６それぞれのＶＨ及びＶＬ配列を含む。
一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号５７の配列を含む重鎖、及び配列番号５３の配列を含む軽鎖を含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号６７の配列を含む重鎖、及び配列番号７５の配列を含む軽鎖を含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、ＸがＳ以外の任意のアミノ酸である配列番号６８の配列を含む重鎖、及び配列番号７６の配列を含む軽鎖を含む。一部の実施態様では、ＸはＳ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、ＸはＳ又はＨ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施態様では、Ｘは、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ及びＶから選択される。一部の実施態様では、ＸはＴである。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、配列番号５１の配列を含む重鎖、及び配列番号５３の配列を含む軽鎖を含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、配列番号５２の配列を含む重鎖、及び配列番号５３の配列を含む軽鎖を含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、配列番号６９の配列を含む重鎖、及び配列番号７５の配列を含む軽鎖を含む。一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、配列番号７０の配列を含む重鎖、及び配列番号７６の配列を含む軽鎖を含む。
さらなる態様では、本発明は、本明細書で提供される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体と同じエピトープに結合する抗体を提供する。例えば、ある特定の実施態様では、配列番号３３のＶＨ配列及び配列番号３４のＶＬ配列を含む抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体と同じエピトープに結合する抗体が提供される。
さらなる態様では、本発明は、本明細書で提供される抗体のいずれかとの結合に関して競合する抗体を提供する。
本発明のさらなる態様では、上記の実施態様のいずれかによる抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、キメラ、ヒト化又はヒト抗体を含む、モノクローナル抗体である。一実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ又はＦ（ａｂ’）２断片である。別の実施態様では、抗体は、完全長抗体、例えば、インタクトなヒトＩｇＧ１抗体、又は本明細書に規定される他の抗体クラス若しくはアイソタイプである。
さらなる態様では、上記の実施態様のいずれかによる抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、下のセクション１−７に記載されるように、特徴のいずれかを単独に又は組合せで組み込むことができる。
１．抗体親和性
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。
一実施態様では、Ｋｄは、放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって測定される。一実施態様では、ＲＩＡは目的の抗体のＦａｂバージョン及びその抗原で実施される。例えば、抗原へのＦａｂの溶液結合親和性は、非標識抗原の滴定系列の存在下で（１２５Ｉ）標識抗原の最小限の濃度でＦａｂを平衡させ、次に、抗Ｆａｂ抗体でコートされたプレートで結合抗原を捕捉することによって測定される（例えば、Chen等、J. Mol. Biol. 293:865-881(1999)を参照されたい）。アッセイの条件を確立するために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を５０ｍＭ炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中の５μｇ／ｍｌの捕捉抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ Ｌａｂｓ）で一晩コートし、その後室温（およそ２３℃）で２−５時間、ＰＢＳ中の２（ｗ／ｖ）％ウシ血清アルブミンでブロックする。非吸着プレート（Ｎｕｎｃ＃２６９６２０）において、１００ｐＭ又は２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を目的のＦａｂの段階希釈と混合する（例えば、Presta等、Cancer Res. 57:4593-4599 (1997)での抗ＶＥＧＦ抗体、Ｆａｂ−１２の評価と一貫する）。次に、目的のＦａｂを、一晩インキュベートする；しかし、平衡に確実に到達するように、インキュベーションはより長い期間（例えば、約６５時間）続いてもよい。その後、室温でのインキュベーション（例えば、１時間）のために、混合液を捕捉プレートに移す。溶液を次に除去し、ＰＢＳ中の０．１％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ２０（登録商標））でプレートを８回洗浄する。プレートが乾燥したとき、１５０μｌ／ウェルの閃光物質（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ−２０（商標）；Ｐａｃｋａｒｄ）を加え、１０分間、プレートをＴＯＰＣＯＵＮＴ（商標）ガンマ計数器（Ｐａｃｋａｒｄ）で計数する。競合結合アッセイで用いるために、最大結合の２０％以下を与える各Ｆａｂの濃度が選択される。
別の実施態様により、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）表面プラズモン共鳴アッセイを用いてＫｄが測定される。例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）を用いるアッセイを、〜１０反応単位（ＲＵ）の固定化抗原ＣＭ５チップにより２５℃で実行する。一実施態様では、供給業者の指示書に従って、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．）を、Ｎ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化する。結合タンパク質のおよそ１０反応単位（ＲＵ）を達成するために、５μｌ／分の流速で注入する前に、抗原を１０ｍＭ酢酸ナトリウム、ｐＨ４．８で５μｇ／ｍｌ（〜０．２μＭ）に希釈する。抗原の注入の後、１Ｍのエタノールアミンを注入して未反応基をブロックする。反応速度論的測定のために、Ｆａｂの二倍段階希釈（０．７８ｎＭ−５００ｎＭ）を、２５℃の０．０５％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０（商標））界面活性剤を有するＰＢＳ（ＰＢＳＴ）におよそ２５μｌ／分の流速で注入する。会合及び解離センサーグラムを同時に取り付け、簡単な１対１のＬａｎｇｍｕｉｒ結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアバージョン３．２）を用いることによって、会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）を計算する。平衡解離定数（Ｋｄ）は、比ｋｏｆｆ／ｋｏｎとして計算する。例えば、Chen等、J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999)を参照されたい。上記の表面プラズモン共鳴アッセイによって会合速度が１０６Ｍ−１ｓ−１を超えるならば、会合速度は、流動停止を備えた分光光度計（Ａｖｉｖ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）又は撹拌キュベットを備えた８０００シリーズＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯ（商標）分光光度計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）などの分光計で測定されるような漸増濃度の抗原の存在下で、ＰＢＳ中の２０ｎＭ抗抗原抗体（Ｆａｂ形）、ｐＨ７．２の蛍光放出強度（励起＝２９５ｎｍ、放出＝３４０ｎｍ、１６ｎｍ帯域通過）の増加又は低下を２５℃で測定する蛍光消光技術を用いて判定することができる。
２．抗体断片
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、抗体断片である。抗体断片には、限定されずに、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ及びｓｃＦｖ断片、並びに下記の他の断片が含まれる。ある特定の抗体断片の概説については、Ｈｕｄｓｏｎ等、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）を参照されたい。ｓｃＦｖ断片の概説については、例えば、Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、ｖｏｌ．１１３、Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ及びＭｏｏｒｅ編、(Springer-Verlag、New York)、ｐ２６９−３１５（１９９４）中のＰｌｕｃｋｔｈｕｎを参照；国際公開第９３／１６１８５号；並びに米国特許第５５７１８９４号及び５５８７４５８号も参照する。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、増加したインビボ半減期を有するＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の考察については、米国特許第５８６９０４６号を参照されたい。
ダイアボディは、二価又は二重特異性であってもよい、２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許第４０４０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号；Ｈｕｄｓｏｎ等、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）；及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４−６４４８（１９９３）を参照されたい。トリアボディ及びテトラボディも、Ｈｕｄｓｏｎ等、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）に記載されている。
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全体若しくは一部又は軽鎖可変ドメインの全体若しくは一部を含む抗体断片である。ある特定の実施態様では、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｉｎｃ．、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ；例えば、米国特許第６２４８５１６Ｂ１号を参照されたい）。
本明細書に記載されるように、抗体断片は、限定されずに、インタクトな抗体のタンパク質分解並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）又はファージ）による生成を含む、様々な技術によって作製することができる。
３．キメラ及びヒト化抗体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、キメラ抗体である。ある特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４８１６５６７号；及びＭｏｒｒｉｓｏｎ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８１：６８５１−６８５５（１９８４）に記載されている。一例では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサルなどの非ヒト霊長類に由来する可変領域）及びヒト定常領域を含む。さらなる例では、キメラ抗体は、クラス又はサブクラスが親抗体のものから変化している「クラススイッチ」された抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合性断片を含む。
ある特定の実施態様では、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。一般的に、非ヒト抗体はヒトへの免疫原性を低減するためにヒト化されるが、親の非ヒト抗体の特異性及び親和性は保持される。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えばＣＤＲ（又はその一部）が非ヒト抗体に由来し、ＦＲ（又はその一部）がヒト抗体配列に由来する、１つ又は複数の可変ドメインを含む。ヒト化抗体は、ヒト定常領域の少なくとも一部も任意選択的に含む。一部の実施態様では、例えば抗体の特異性又は親和性を回復又は改善するために、ヒト化抗体の一部のＦＲ残基は、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）からの対応する残基で置換される。
ヒト化抗体及びそれらを作製する方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ及びＦｒａｎｓｓｏｎ、Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３（２００８）で概説され、さらに、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ等、Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３−３２９（１９８８）；Ｑｕｅｅｎ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１００２９−１００３３（１９８９）；米国特許第５８２１３３７号、７５２７７９１号、６９８２３２１号及び７０８７４０９号；Ｋａｓｈｍｉｒｉ等、Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：２５−３４（２００５）（特異性決定領域（ＳＤＲ）移植を記載する）；Ｐａｄｌａｎ、Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９−４９８（１９９１）（「リサーフェイシング」を記載する）；Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ等、Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：４３−６０（２００５）（「ＦＲシャフリング」を記載する）；Ｏｓｂｏｕｒｎ等、Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：６１−６８（２００５）及びＫｌｉｍｋａ等、Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８３：２５２−２６０（２０００）（ＦＲシャフリングの「誘導選択」手法を記載する）に記載されている。
ヒト化のために用いることができるヒトフレームワーク領域には、限定されずに以下のものが含まれる：「最良適合」方法を用いて選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims等、J. Immunol. 151:2296 (1993)を参照されたい）；軽鎖又は重鎖の可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Carter等、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、89:4285 (1992)；及びPresta等、J. Immunol.、151:2623 (1993)を参照されたい）；ヒト成熟（体細胞突然変異した）フレームワーク領域又はヒト生殖細胞系列フレームワーク領域（例えば、Almagro及びFransson、Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照されたい）；及びＦＲライブラリーのスクリーニングに由来するフレームワーク領域（例えば、Baca等、J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997)及びRosok等、J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)を参照されたい）。
４．ヒト抗体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術分野で公知である様々な技術を用いて生成することができる。ヒト抗体は、ｖａｎ Ｄｉｊｋ及びｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８−７４（２００１）及びＬｏｎｂｅｒｇ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０−４５９（２００８）に一般に記載されている。
ヒト抗体は、抗原投与に応答してインタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を有するインタクトな抗体を生成するように改変されているトランスジェニック動物に、免疫原を投与することによって調製することができる。そのような動物はヒト免疫グロブリン遺伝子座の全体又は一部を一般に含有し、それらは内因性免疫グロブリン遺伝子座を置き換えるか、又はそれらは染色体外に存在するか若しくは動物の染色体にランダムに組み込まれる。そのようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般に不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の概説については、Ｌｏｎｂｅｒｇ、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７−１１２５（２００５）を参照されたい。例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術を記載する米国特許第６０７５１８１号及び６１５０５８４号；ＨＵＭＡＢ（登録商標）技術を記載する米国特許第５７７０４２９号；Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載する米国特許第７０４１８７０号、及びＶＥＬＯＣＩＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載する米国特許出願公開第２００７／００６１９００号も参照する。そのような動物によって生成されるインタクトな抗体からのヒト可変領域は、例えば異なるヒト定常領域と組み合わせることによってさらに改変することができる。
ヒト抗体は、ハイブリドーマをベースとした方法によって作製することもできる。ヒトモノクローナル抗体の生成のための、ヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞株が記載されている（例えば、Kozbor J. Immunol.、133: 3001 (1984)；Brodeur等、Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications、p51-63 (Marcel Dekker, Inc.、New York、1987)；及びBoerner等、J. Immunol.、147: 86 (1991)を参照されたい）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を通して生成されるヒト抗体も、Ｌｉ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、１０３：３５５７−３５６２（２００６）に記載されている。追加の方法には、例えば、米国特許第７１８９８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の生成を記載する）及びＮｉ、Ｘｉａｎｄａｉ Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ、２６（４）：２６５−２６８（２００６）（ヒト−ヒトハイブリドーマを記載する）に記載されるものが含まれる。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）も、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ及びＢｒａｎｄｌｅｉｎ、Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ、２０（３）：９２７−９３７（２００５）及びＶｏｌｌｍｅｒｓ及びＢｒａｎｄｌｅｉｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ、２７（３）：１８５−９１（２００５）に記載されている。
ヒト抗体は、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成することもできる。そのような可変ドメイン配列は、所望のヒト定常ドメインと次に組み合わせることができる。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択する技術は、下に記載される。
５．ライブラリー由来の抗体
本発明の抗体は、所望の活性（複数可）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離することができる。例えば、ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてそのようなライブラリーをスクリーニングするために、様々な方法が当該技術分野で公知である。そのような方法は、例えば、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７８：１−３７(O'Brien等編、Human Press、Totowa、NJ、2001)中のＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍ等で概説され、さらに、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ等、Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２−５５４；Ｃｌａｃｋｓｏｎ等、Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４−６２８（１９９１）；Ｍａｒｋｓ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７（１９９２）；Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１６１−１７５(Lo編、Human Press、Totowa、NJ、2003)中のＭａｒｋｓ及びＢｒａｄｂｕｒｙ；Ｓｉｄｈｕ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９−３１０（２００４）；Ｌｅｅ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３−１０９３（２００４）；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０１（３４）：１２４６７−１２４７２（２００４）；及びＬｅｅ等、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１−２）：１１９−１３２（２００４）に記載されている。
ある特定のファージディスプレイ方法では、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーをポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって別々にクローニングし、ファージライブラリーでランダムに組み換え、次に、それらをＷｉｎｔｅｒ等、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１２：４３３−４５５（１９９４）に記載されている通り、抗原結合性ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、抗体断片を一般的に単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片として又はＦａｂ断片として提示する。免疫化された供給源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要なしに、免疫原へ高親和性抗体を提供する。あるいは、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ等、ＥＭＢＯ Ｊ，１２：７２５−７３４（１９９３）に記載される通り、いかなる免疫化なしに広範囲の非自己及び自己抗原へ抗体の単一供給源を提供するために、ナイーブレパートリーをクローニングする（例えば、ヒトから）ことができる。最後に、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ及びＷｉｎｔｅｒ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２２７：３８１−３８８（１９９２）に記載されている通り、幹細胞から、組換えを起こしていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含有するＰＣＲプライマーを用いて、高度可変ＣＤＲ３領域がコードされ、且つインビトロで組換えが起きるようにすることによって、ナイーブライブラリーを合成により作製することもできる。ヒト抗体ファージライブラリーを記載する特許公報には、例えば：米国特許第５７５０３７３号並びに米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、第２００５／０１１９４５５号、第２００５／０２６６０００号、第２００７／０１１７１２６号、第２００７／０１６０５９８号、第２００７／０２３７７６４号、第２００７／０２９２９３６号及び第２００９／０００２３６０号が含まれる。
ヒト抗体ライブラリーから単離される抗体又は抗体断片は、本明細書においてヒト抗体又はヒト抗体断片とみなされる。
６．多重特異性抗体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位に結合特異性を有するモノクローナル抗体である。ある特定の実施態様では、結合特異性の１つはＪａｇｇｅｄ１に対してであり、他は任意の他の抗原に対してである。ある特定の実施態様では、二重特異性抗体は、Ｊａｇｇｅｄ１の２つの異なるエピトープに結合することができる。Ｊａｇｇｅｄ１を発現する細胞に細胞傷害剤を局在化するために、二重特異性抗体を用いることもできる。二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
多重特異性抗体の作製技術には、限定されずに、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え共発現（Milstein及びCuello、Nature 305: 537 (1983)、国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker等、EMBO J. 10: 3655 (1991)を参照されたい）、及び「ノブ−イン−ホール」操作（例えば、米国特許第５７３１１６８号を参照されたい）が含まれる。多重特異的抗体は、抗体Ｆｃヘテロダイマー分子を作製するための静電ステアリング効果を操作すること（国際公開第２００９／０８９００４Ａ１号）；２つ以上の抗体又は断片を架橋させること（例えば、米国特許第４６７６９８０号及びBrennan等、Science、229: 81 (1985)を参照されたい）；二重特異性抗体を生成するためにロイシンジッパーを用いること（例えば、Kostelny等、J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)を参照されたい）；二重特異性抗体断片を作製するための「ダイアボディ」技術を用いること（例えば、Hollinger等、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、90:6444-6448 (1993)を参照されたい）；及び単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーを用いること（例えば、Gruber等、J. Immunol., 152:5368 (1994)を参照されたい）；及び、例えばＴｕｔｔ等、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）に記載されるような三重特異性抗体を調製することによって作製することもできる。
「タコ抗体」を含む、３つ以上の機能的抗原結合部位を有する操作された抗体も、本明細書に含まれる（例えば、ＵＳ２００６／００２５５７６Ａ１を参照されたい）。
本明細書において、抗体又は断片は、Ｊａｇｇｅｄ１並びに別の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含む「二重作用ＦＡｂ」又は「ＤＡＦ」も含む。（例えば、ＵＳ２００８／００６９８２０を参照されたい）。
７．抗体変異体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体のアミノ酸配列変異体が企図される。例えば、抗体の結合親和性及び／又は他の生物学的特性を向上させることが望ましいことがある。抗体のアミノ酸配列変異体は、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な改変を導入することによって、又はペプチド合成によって調製することができる。そのような改変には、例えば、抗体のアミノ酸配列中の残基からの欠失、及び／又はそれへの挿入及び／又はその置換が含まれる。その最終コンストラクトが所望の特徴、例えば抗原結合性を有する限り、最終コンストラクトに到達するために欠失、挿入及び置換の任意の組合せを作成することができる。
ａ）置換、挿入及び欠失変異体
ある特定の実施態様では、１つ又は複数のアミノ酸置換を有する抗体変異体が提供される。置換型突然変異誘発のための目的の部位には、ＨＶＲ及びＦＲが含まれる。表１に「好ましい置換」の項目名の下に、保存的置換を示す。表１に「例示的な置換」の項目名の下に、及びアミノ酸側鎖クラスに関して下でさらに記載されるように、より実質的な変化が提供される。アミノ酸置換を目的の抗体に導入することができ、生成物を所望の活性、例えば、保持／改善された抗原結合性、低下した免疫原性又は改善されたＡＤＣＣ若しくはＣＤＣについてスクリーニングすることができる。
アミノ酸は、共通する側鎖特性によって分類することができる：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
非保存的置換は、これらのクラスの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴う。
置換型変異体の１つのタイプは、親抗体（例えばヒト化又はヒト抗体）の１つ又は複数の超可変領域の残基を置換することを含む。一般に、さらなる研究のために選択される生じた変異体（複数可）は、親抗体と比較してある特定の生物学的特性（例えば、増加した親和性、低減した免疫原性）の改変（例えば、改善）を有し、及び／又は実質的に保持された親抗体のある特定の生物学的特性を有する。例示的な置換型変異体は親和性成熟抗体であり、それは、例えば、本明細書に記載されるものなどのファージディスプレイをベースとした親和性成熟技術を用いて都合よく生成することができる。簡潔には、１つ又は複数のＨＶＲ残基を突然変異させ、変異体抗体をファージの上で提示し、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングする。
例えば、抗体親和性を改善するために、ＨＶＲに変更（例えば、置換）を加えることができる。そのような変更はＨＶＲの「ホットスポット」で、すなわち、体細胞成熟過程において高頻度で突然変異を受けるコドンによってコードされる残基（例えば、Chowdhury、Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)を参照されたい）、及び／又は抗原と接触する残基で加えることができ、生じる変異体ＶＨ又はＶＬは結合親和性について試験される。二次ライブラリーから構築及び再選択することによる親和性成熟が、例えば、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７８：１−３７（O'Brien等編、Human Press、Totowa、NJ、(2001)）中のＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍ等に記載されている。親和性成熟の一部の実施態様では、様々な方法（例えば、変異性ＰＣＲ、鎖シャッフリング又はオリゴヌクレオチド指定突然変異誘発）のいずれかによる成熟のために選択される可変遺伝子に、多様性が導入される。二次ライブラリーを次に作製する。所望の親和性を有する抗体変異体を特定するために、次にライブラリーをスクリーニングする。多様性を導入する別の方法は、ＨＶＲ指定手法を含み、この手法ではいくつかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４−６残基）がランダム化される。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えば、アラニンスキャニング突然変異誘発又はモデル化を用いて、特異的に特定することができる。特に、ＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３がしばしば標的にされる。
ある特定の実施態様では、置換、挿入又は欠失は、そのような変更が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低減しない限り、１つ又は複数のＨＶＲの中で起こることができる。例えば、結合親和性を実質的に低減しない保存的変更（例えば、本明細書で規定される保存的置換）を、ＨＶＲに加えることができる。そのような変更は、例えば、ＨＶＲの抗原接触残基の外にあってもよい。上で提供される変異体ＶＨ及びＶＬ配列のある特定の実施態様では、各ＨＶＲは不変であるか、１つ以下、２つ又は３つのアミノ酸置換を含有する。
突然変異誘発のために標的にすることができる抗体の特定の残基又は領域の特定のための有益な方法は、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ及びＷｅｌｌｓ（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ、２４４：１０８１−１０８５に記載のように「アラニンスキャニング突然変異誘発」と呼ばれる。この方法では、残基又は標的残基の群（例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ及びｇｌｕなどの荷電残基）が特定され、抗体と抗原の相互作用が影響を受けるかどうか判定するために中性又は負に荷電したアミノ酸（例えば、アラニン又はポリアラニン）によって置き換えられる。初期置換への機能的感受性を示しているアミノ酸位置に、さらなる置換を導入することができる。あるいは、又はさらに、抗体と抗原の間の接触点を特定するための、抗原抗体複合体の結晶構造。そのような接触残基及び隣接残基は、置換のための候補として標的にするか又は排除することができる。それらが所望の特性を有するかどうか判定するために、変異体をスクリーニングすることができる。
アミノ酸配列の挿入には、１残基から１００以上の残基を含有するポリペプチドまでの長さのアミノ及び／又はカルボキシル末端融合、並びに単一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入が含まれる。末端挿入の例には、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入型変異体には、抗体の血清中半減期を増加させる酵素（例えばＡＤＥＰＴ）又はポリペプチドに対する抗体のＮ又はＣ末端への融合が含まれる。
ｂ）グリコシル化変異体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増加又は減少させるように変更される。抗体に対するグリコシル化部位の付加又は欠失は、１つ又は複数のグリコシル化部位が形成又は除去されるように、アミノ酸配列を変更することによって簡便に達成することができる。
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに結合する炭水化物を変更することができる。哺乳動物細胞によって生成される天然抗体は、Ｎ結合によってＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に一般に結合する、分枝状の二分岐オリゴ糖を一般に含む。例えば、Ｗｒｉｇｈｔ等、ＴＩＢＴＥＣＨ １５：２６−３２（１９９７）を参照されたい。オリゴ糖には、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧＩｃＮＡｃ）、ガラクトース及びシアル酸、並びに二分岐オリゴ糖構造の「ステム」のＧＩｃＮＡｃに結合したフコースを含めることができる。一部の実施態様では、ある特定の改善された特性を有する抗体変異体を作製するために、本発明の抗体のオリゴ糖の改変を加えることができる。
一実施態様では、Ｆｃ領域に結合する（直接的又は間接的に）フコースを欠く炭水化物構造を有する抗体変異体が提供される。例えば、そのような抗体中のフコースの量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％又は２０％から４０％であってもよい。例えば国際公開第２００８／０７７５４６号に記載される通り、フコースの量は、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析によって測定したときの、Ａｓｎ２９７に結合した全ての糖構造（例えば、複合体、ハイブリッド及び高マンノース構造）の合計と比較した、Ａｓｎ２９７の糖鎖中のフコースの平均量を計算することによって判定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域の２９７位（Ｆｃ領域残基のＥｕ番号付け）あたりに位置するアスパラギン残基を指す。しかし、抗体中の軽微な配列差異のために、Ａｓｎ２９７は、２９７位から約±３アミノ酸上流又は下流に、すなわち２９４位から３００位の間に位置することもできる。そのようなフコシル化変異体は、向上したＡＤＣＣ機能を有することができる。例えば、米国特許出願公開番号ＵＳ２００３／０１５７１０８（Ｐｒｅｓｔａ、Ｌ．）；ＵＳ２００４／００９３６２１（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ．，Ｌｔｄ）を参照されたい。一部の実施態様では、Ｎ２９７Ｇ又はＮ２９７Ａ突然変異を含むＩｇＧ１定常領域は、エフェクター機能を実質的に欠く。「脱フコシル化」又は「フコース欠損」抗体変異体に関する刊行物の例には、以下のものが含まれる：ＵＳ２００３／０１５７１０８；国際公開第２０００／６１７３９号；国際公開第２００１／２９２４６号；ＵＳ２００３／０１１５６１４；ＵＳ２００２／０１６４３２８；ＵＳ２００４／００９３６２１；ＵＳ２００４／０１３２１４０；ＵＳ２００４／０１１０７０４；ＵＳ２００４／０１１０２８２；ＵＳ２００４／０１０９８６５；国際公開第２００３／０８５１１９号；国際公開第２００３／０８４５７０号；国際公開第２００５／０３５５８６号；国際公開第２００５／０３５７７８号；国際公開第２００５／０５３７４２号；国際公開第２００２／０３１１４０号；Ｏｋａｚａｋｉ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９−１２４９（２００４）；Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ等、Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）。脱フコシル化抗体の生成が可能な細胞株の例には、タンパク質フコシル化が欠損しているＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ripka等、Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986)；米国特許出願番号ＵＳ２００３／０１５７１０８Ａ１、Ｐｒｅｓｔａ、Ｌ；及び国際公開第２００４／０５６３１２Ａ１号、Ａｄａｍｓ等、特に実施例１１）、及びノックアウト細胞株、例えばアルファ−１，６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Yamane-Ohnuki等、Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)；Kanda, Y.等、Biotechnol. Bioeng.、94(4):680-688 (2006)；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照されたい）が含まれる。
二分されたオリゴ糖を有する、例えば抗体のＦｃ領域に結合する二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分される抗体変異体がさらに提供される。そのような抗体変異体は、低減したフコシル化及び／又は向上したＡＤＣＣ機能を有することができる。そのような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号（Ｊｅａｎ−Ｍａｉｒｅｔ等）；米国特許第６６０２６８４号（Ｕｍａｎａ等）；及びＵＳ２００５／０１２３５４６（Ｕｍａｎａ等）に記載されている。Ｆｃ領域に結合するオリゴ糖に少なくとも１つのガラクトース残基を有する抗体変異体も、提供される。そのような抗体変異体は、向上したＣＤＣ機能を有することができる。そのような抗体変異体は、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号（Ｐａｔｅｌ等）；国際公開第１９９８／５８９６４号（Ｒａｊｕ、Ｓ．）；及び国際公開第１９９９／２２７６４号（Ｒａｊｕ、Ｓ．）に記載されている。
ｃ）Ｆｃ領域変異体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体のＦｃ領域に１つ又は複数のアミノ酸改変を導入し、それによってＦｃ領域変異体を生成することができる。Ｆｃ領域変異体は、１つ又は複数のアミノ酸位置にアミノ酸改変（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４のＦｃ領域）を含むことができる。
ある特定の実施態様では、本発明は、エフェクター機能の全てではなく一部を有する抗体変異体を企図し、このような抗体変異体であれば、抗体のインビボ半減期は重要であるが、ある特定のエフェクター機能（例えば、補体及びＡＤＣＣ）が不要又は有害である適用のための望ましい候補となる。ＣＤＣ及び／又はＡＤＣＣ活性の低減／消失を確認するために、インビトロ及び／又はインビボ細胞傷害性アッセイを実行することができる。例えば、抗体がＦｃγＲ結合を欠いている（したがって、ＡＤＣＣ活性を欠いている可能性がある）がＦｃＲｎ結合能力を保持することを確実にするために、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを実行することができる。ＡＤＣＣを介在する一次細胞であるＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩだけを発現するが、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞でのＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ及びＫｉｎｅｔ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−４９２（１９９１）の４６４ページの表３で要約されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を調べるインビトロアッセイの非限定例は、米国特許第５５００３６２号（例えば、Hellstrom, I.等、Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986)を参照されたい）及びHellstrom, I等、Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985)；第５８２１３３７号（Bruggemann, M.等、J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)を参照されたい）に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ方法を採用することができる（例えば、フローサイトメトリーのためのＡＣＴＩ（商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ、ＣＡ；及びＣｙｔｏＴｏｘ ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）を参照されたい）。そのようなアッセイのための有益なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいは、又はさらに、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、例えばＣｌｙｎｅｓ等、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９５：６５２−６５６（１９９８）に開示されているものなどの動物モデルにおいてインビボで評価してもよい。抗体がＣ１ｑに結合することができず、したがってＣＤＣ活性を欠くことを確認するために、Ｃ１ｑ結合アッセイを実行することもできる。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び国際公開第２００５／１００４０２号のＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照されたい。補体活性化を調べるために、ＣＤＣアッセイを実行することができる（例えば、Gazzano-Santoro等、J. Immunol. Methods 202:163 (1996)；Cragg, M.S.等、Blood 101:1045-1052 (2003)；及びCragg, M.S.及びM.J. Glennie, Blood 103:2738-2743 (2004)を参照されたい）。当該技術分野で公知の方法を用いて、ＦｃＲｎ結合及びインビボでのクリアランス／半減期判定を実施することもできる（例えば、Petkova, S.B.等、Int'l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006)を参照されたい）。
エフェクター機能の低減した抗体には、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７及び３２９の１つ又は複数の置換を有するものが含まれる（米国特許第６７３７０５６号）。そのようなＦｃ突然変異体には、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有するいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ突然変異体を含む、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７の２つ以上の置換を有するＦｃ突然変異体が含まれる（米国特許第７３３２５８１号）。
ＦｃＲへの結合が向上又は減少したある特定の抗体変異体が記載される。（例えば、米国特許第６７３７０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号及びShields等、J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)を参照されたい）。
ある特定の実施態様では、抗体変異体は、ＡＤＣＣを向上させる１つ又は複数のアミノ酸置換、例えばＦｃ領域の２９８位、３３３位及び／又は３３４位（残基のＥＵ番号付け）の置換を有するＦｃ領域を含む。
一部の実施態様では、例えば米国特許第６１９４５５１号、国際公開第９９／５１６４２号及びＩｄｕｓｏｇｉｅ等、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８−４１８４（２０００）に記載されているように、変更された（すなわち、向上又は減少した）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）をもたらす変更がＦｃ領域に加えられる。
半減期が増加した、及び胎児への母体ＩｇＧの移動を担う（Guyer等、J. Immunol. 117:587 (1976)及びKim等、J. Immunol. 24:249 (1994)）新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が向上した抗体が、ＵＳ２００５／００１４９３４Ａ１号（Ｈｉｎｔｏｎ等）に記載されている。それらの抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を向上させる１つ又は複数の置換をその中に有するＦｃ領域を含む。そのようなＦｃ変異体には、Ｆｃ領域残基２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４又は４３４の１つ又は複数の置換、例えばＦｃ領域残基４３４の置換を有するものが含まれる（米国特許第７３７１８２６号）。
Ｆｃ領域変異体の他の例に関する、Ｄｕｎｃａｎ＆Ｗｉｎｔｅｒ、Ｎａｔｕｒｅ ３２２：７３８−４０（１９８８）；米国特許第５６４８２６０号；米国特許第５６２４８２１号；及び国際公開第９４／２９３５１号も参照する。
ｄ）システイン操作抗体変異体
ある特定の実施態様では、抗体の１つ又は複数の残基がシステイン残基で置換されるシステイン操作抗体、例えば「ｔｈｉｏＭＡｂ」を作製することが望ましいことがある。特定の実施態様では、置換される残基は、抗体のアクセス可能な部位に存在する。本明細書にさらに記載されるように、それらの残基をシステインで置換することによって、反応性チオール基が抗体のアクセス可能な部位に置かれ、抗体を他の部分、例えば薬物部分又はリンカー−薬物部分にコンジュゲートさせてイムノコンジュゲートを作製するために用いることができる。ある特定の実施態様では、以下の残基の任意の１つ又は複数をシステインで置換することができる：軽鎖のＶ２０５（カバット番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。例えば米国特許第７５２１５４１号に記載されるように、システイン操作抗体を生成することができる。
ｅ）抗体誘導体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、当該技術分野で公知であって直ちに利用できるさらなる非タンパク質部分を含有するように、さらに改変することができる。抗体の誘導体化のために適する部分には、限定されずに水溶性ポリマーが含まれる。
水溶性ポリマーの非限定例には、限定されずに、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸（ホモポリマー又はランダム共重合体）、及びデキストラン又はポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド／エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール及びそれらの混合物が含まれる。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中でのその安定性のために製造上の利点を有することができる。ポリマーは任意の分子量であってもよく、分枝状であっても非分枝状であってもよい。抗体に付着するポリマーの数は異なってもよく、１を超える数のポリマーが付着する場合は、それらは同じか又は異なる分子であってもよい。一般に、誘導体化のために用いられるポリマーの数及び／又はタイプは、限定されずに、改善する抗体の特定の特性又は機能、抗体誘導体が規定条件下の療法で用いられるかどうか、などを含む考慮事項に基づいて決定することができる。
別の実施態様では、抗体と、照射への曝露によって選択的に加熱することができる非タンパク質部分のコンジュゲートが提供される。一実施態様では、非タンパク質部分は、カーボンナノチューブである（Kam等、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005)）。照射は任意の波長であってもよく、限定されずに、通常の細胞を害しないが、抗体−非タンパク質部分に隣接する細胞が死滅する温度まで非タンパク質部分を加熱する波長を含む。
Ｂ．組換え方法及び組成物
抗体は、例えば米国特許第４８１６５６７号に記載されているように、組換え方法及び組成物を用いて生成することができる。一実施態様では、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体をコードする単離核酸が提供される。そのような核酸は、抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び／又はＶＨを含むアミノ酸配列（例えば、抗体の軽鎖及び／又は重鎖）をコードすることができる。さらなる実施態様では、そのような核酸を含む１つ又は複数のベクター（例えば、発現ベクター）が提供される。さらなる実施態様では、そのような核酸を含む宿主細胞が提供される。そのような実施態様では、宿主細胞は、以下のものを含む（例えば、以下のもので形質転換されている）：（１）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、又は（２）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第１のベクター及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第２のベクター。一実施態様では、宿主細胞は真核生物、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞又はリンパ系細胞（例えば、Ｙ０、ＮＳ０、Ｓｐ２０細胞）である。一実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を作製する方法であって、上で提供されるような抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を抗体の発現に適する条件下で培養すること、及び任意選択的に宿主細胞（又は宿主細胞培地）から抗体を回収することを含む方法が提供される。
抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の組換え生成のために、例えば上記のような抗体をコードする核酸を単離して、さらなるクローニング及び／又は宿主細胞での発現のために１つ又は複数のベクターに挿入する。そのような核酸は、従来の手法を用いて（例えば、抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することが可能であるオリゴヌクレオチドプローブを用いて）、容易に単離し、配列決定を行うことができる。
抗体をコードするベクターのクローニング又は発現のために適する宿主細胞には、本明細書に記載される原核生物又は真核生物の細胞が含まれる。例えば、特にグリコシル化及びＦｃエフェクター機能が不要なときは、抗体を細菌で生成することができる。細菌での抗体断片及びポリペプチドの発現については、例えば米国特許第５６４８２３７号、第５７８９１９９号及び第５８４０５２３号を参照されたい。（大腸菌での抗体断片の発現を記載する、Charlton、Methods in Molecular Biology、248巻（B.K.C. Lo編、Humana Press、Totowa、NJ、2003）、p245-254も参照する）。発現の後、抗体を可溶性分画中の細菌細胞ペーストから単離することができ、さらに精製することができる。
原核生物に加えて、そのグリコシル化経路が「ヒト化され」、部分的又は完全にヒトのグリコシル化パターンを有する抗体の生成をもたらす真菌類及び酵母株を含む、糸状菌又は酵母などの真核生物の微生物が、抗体をコードするベクターのために適するクローニング又は発現宿主である。Ｇｅｒｎｇｒｏｓｓ、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２２：１４０９−１４１４（２００４）及びＬｉ等、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２４：２１０−２１５（２００６）を参照されたい。
グリコシル化抗体の発現のために適する宿主細胞は、多細胞生物（無脊椎動物及び脊椎動物）にも由来する。無脊椎動物細胞の例には、植物及び昆虫細胞が含まれる。特にヨトウガ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）細胞のトランスフェクションのために昆虫細胞と共に用いることができる、多数のバキュロウイルス株が同定された。
植物細胞培養物を、宿主として利用することもできる。例えば、米国特許第５９５９１７７号、第６０４０４９８号、第６４２０５４８号、第７１２５９７８号及び第６４１７４２９号を参照されたい（トランスジェニック植物で抗体を生成するためのＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ（商標）技術を記載する）。
脊椎動物細胞を、宿主として用いることもできる。例えば、懸濁液で成長するように適合させた哺乳動物細胞株が利用可能である。有益な哺乳動物宿主細胞株の他の例は、ＳＶ４０によって形質転換したサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ−７）；ヒト胚性腎臓株（例えば、Graham等、J. Gen Virol. 36:59 (1977)に記載される、２９３又は２９３細胞）；ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）；マウスセルトリ細胞（例えば、Mather、Biol. Reprod. 23:243-251 (1980)に記載されるＴＭ４細胞）；サル腎臓細胞（ＣＶ１）；アフリカミドリザル腎臓細胞（ＶＥＲＯ−７６）；ヒト子宮頸癌細胞（ＨＥＬＡ）；イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ３Ａ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（ＨｅｐＧ２）；マウス乳房腫瘍（ＭＭＴ０６０５６２）；例えば、Mather等、Annals N. Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982)に記載されるＴＲＩ細胞；ＭＲＣ ５細胞；及びＦＳ４細胞である。他の有益な哺乳動物の宿主細胞株には、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞を含むチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞（Urlaub等、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980)）；並びにＹ０、ＮＳ０及びＳｐ２／０などの骨髄腫細胞株が含まれる。抗体産生のために適するある特定の哺乳動物宿主細胞株の概説については、例えば、Ｙａｚａｋｉ及びＷｕ、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、２４８巻（B.K.C. Lo編、Humana Press、Totowa、NJ）、ｐ２５５−２６８（２００３）を参照されたい。
Ｃ．アッセイ
本明細書で提供される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、当該技術分野で公知の様々なアッセイによってそれらの物理的／化学的特性及び／又は生物学的活性について特定するか、スクリーニングするか又は特徴付けることができる。
１．結合アッセイ及び他のアッセイ
一態様では、本発明の抗体は、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロットなどの公知の方法によって、その抗原結合活性について試験される。
別の態様では、ヒト又はマウスのＪａｇｇｅｄ１への結合に関して、抗体Ａ、Ａ−１、Ａ−２又はＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）と競合する抗体を特定するために、競合アッセイを用いることができる。ある特定の実施態様では、そのような競合抗体は、Ａ、Ａ−１、Ａ−２又はＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）が結合するのと同じエピトープ（例えば、線状又は立体配置的エピトープ）に結合する。
抗体が結合するエピトープをマッピングするための詳細な例示的方法は、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、６６巻（Humana Press、Totowa、NJ）中のＭｏｒｒｉｓ（１９９６）“Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ”で提供される。
例示的な競合アッセイでは、固定化されたＪａｇｇｅｄ１を、Ｊａｇｇｅｄ１に結合する第１の標識化抗体（例えば、Ａ、Ａ−１、Ａ−２又はＡ−１（Ｓ１０１Ｔ））及びＪａｇｇｅｄ１への結合に関して第１の抗体と競合するその能力について試験される第２の非標識化抗体を含む溶液中でインキュベートする。第２の抗体は、ハイブリドーマ上清中に存在してもよい。コントロールとして、固定化されたＪａｇｇｅｄ１を、第１の標識化抗体を含んでいるが第２の非標識化抗体を含まない溶液中でインキュベートする。Ｊａｇｇｅｄ１への第１の抗体の結合を許容する条件下でのインキュベーションの後、過剰な未結合の抗体を除去し、固定化されたＪａｇｇｅｄ１に結合している標識の量を測定する。固定化されたＪａｇｇｅｄ１に結合している標識の量がコントロール試料に対して試験試料で実質的に低減されている場合は、そのことは、Ｊａｇｇｅｄ１への結合に関して第２の抗体が第１の抗体と競合していることを示す。Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ（１９８８）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ｃｈ．１４（Cold Spring Harbor Laboratory、Cold Spring Harbor、NY）を参照されたい。
２．活性アッセイ
一態様では、生物活性を有する、その抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を特定するためのアッセイが提供される。生物活性には、例えば、Ｎｏｔｃｈ１を通したＪａｇｇｅｄ１誘導シグナル伝達の阻害を含めることができる。ある特定の他の実施態様では、本発明の抗体は、Ｊａｇｇｅｄ１誘導Ｎｏｔｃｈシグナル伝達に応答性であるリポーター遺伝子の発現を阻害するその能力について試験される。非限定的な例示的アッセイは、実施例で提供される。ある特定の実施態様では、本発明の抗体は、そのような生物活性について試験される。インビボ及び／又はインビトロでそのような生物活性を有する抗体も、提供される。
Ｄ．イムノコンジュゲート
本発明は、１つ又は複数の細胞傷害剤、例えば化学療法剤若しくは薬物、増殖阻害剤、毒素（例えば、細菌、真菌、植物又は動物起源のタンパク質毒素、酵素活性毒素、又はその断片）、又は放射性同位体にコンジュゲートされる本明細書の抗Ｊａｇｇｅｄ抗体を含むイムノコンジュゲートも提供する。
一実施態様では、イムノコンジュゲートは、抗体が１つ又は複数の薬物、例えば、限定されずに、メイタンシノイド（米国特許第５２０８０２０号、第５４１６０６４号及び欧州特許ＥＰ０４２５２３５Ｂ１を参照されたい）；モノメチルアウリスタチン薬物部分ＤＥ及びＤＦ（ＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ）などのアウリスタチン（米国特許第５６３５４８３号及び第５７８０５８８号及び第７４９８２９８号を参照されたい）；ドラスタチン；カリケアマイシン又はその誘導体（米国特許第５７１２３７４号、第５７１４５８６号、第５７３９１１６号、第５７６７２８５号、第５７７０７０１号、第５７７０７１０号、第５７７３００１号及び第５８７７２９６号；Hinman等、Cancer Res. 53:3336-3342 (1993)及びLode等、Cancer Res. 58:2925-2928 (1998)を参照されたい）；ダウノマイシン又はドキソルビシンなどのアントラサイクリン（Kratz等、Current Med. Chem. 13:477-523 (2006)；Jeffrey等、Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362 (2006)；Torgov等、Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005)；Nagy等、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000)；Dubowchik等、Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532 (2002)；King等、J. Med. Chem. 45:4336-4343 (2002)；及び米国特許第６６３０５７９号を参照されたい）；メトトレキサート；ビンデシン；ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル及びオルタタキセルなどのタキサン；トリコテセン；並びにＣＣ１０６５にコンジュゲートされる抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。
別の実施態様では、イムノコンジュゲートは、限定されずに、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合性活性断片、外毒素Ａ鎖（緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）から）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデッシンＡ鎖、アルファ−サルシン、シナアブラギリ（Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉ）タンパク質、ダイアンシンタンパク質、ヨウシュヤマゴボウ（Ｐｈｙｔｏｌａｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａ）タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ及びＰＡＰ−Ｓ）、ツルレイシ（ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａ）阻害剤、クルシン、クロチン、サポンソウ（ｓａｐａｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ）阻害剤、ゲロニン、マイトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン及びトリコテセンを含む、酵素活性毒素又はその断片にコンジュゲートされた本明細書に記載の抗体を含む。
別の実施態様では、イムノコンジュゲートは、放射性原子にコンジュゲートされて放射性コンジュゲートを形成する、本明細書に記載の抗体を含む。放射性コンジュゲートの生成のために、様々な放射性同位体が利用できる。例には、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体が含まれる。放射性コンジュゲートを検出のために用いる場合は、それは、シンチグラフィー研究のための放射性原子、例えばＴｃ９９若しくはＩ１２３、又は核磁気共鳴（ＮＭＲ）画像化（磁気共鳴画像化、ｍｒｉとしても知られる）のためのスピン標識、例えば、再度ヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、ガドリニウム、マンガン若しくは鉄を含むことができる。
抗体と細胞傷害性剤のコンジュゲートは、様々な二官能基タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオナート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能基誘導体（ジメチルアジピミダートＨＣｌなど）、活性エステル（スベリン酸ジスクシンイミジルなど）、アルデヒド（グルタルアルデヒドなど）、ビス−アジド化合物（ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミンなど）、ビス−ジアゾニウム誘導体（ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミンなど）、ジイソシアネート（トルエン２，６−ジイソシアネートなど）及びビス活性フッ素化合物（１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼンなど）を用いて作製することができる。例えば、リシンイムノトキシンは、Ｖｉｔｅｔｔａ等、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３８：１０９８（１９８７）に記載のように調製することができる。炭素１４標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、抗体への放射性ヌクレオチドのコンジュゲーションのための例示的なキレート剤である。国際公開第９４／１１０２６号を参照されたい。リンカーは、細胞内で細胞傷害薬の放出を促進する「開裂可能なリンカー」であってもよい。例えば、酸に対して不安定なリンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、感光性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー（Chari等、Cancer Res. 52:127-131 (1992)；米国特許第５２０８０２０号）を用いることができる。
本明細書のイムノコンジュゲート又はＡＤＣは、限定されずに、市販されている（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ．、Ｕ．Ｓ．Ａから）架橋試薬、例えば、限定されずに、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ、ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＣＣ及びスルホ−ＳＭＰＢ及びＳＶＳＢ（スクシンイミジル−（４−ビニルスルホン）ベンゾエート）によって調製されるコンジュゲートを明示的に企図する。
Ｅ．診断及び検出のための方法及び組成物
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれも、生物学的試料中のＪａｇｇｅｄ１の存在を検出するのに有益である。本明細書で用いる用語「検出する」は、定量的又は定性的検出を包含する。ある特定の実施態様では、生物学的試料は、がん性組織などの細胞又は組織を含む。
一実施態様では、診断又は検出の方法で用いるための抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体が提供される。さらなる態様では、生物学的試料中のＪａｇｇｅｄ１の存在を検出する方法が提供される。ある特定の実施態様では、この方法は、Ｊａｇｇｅｄ１への抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の結合を許容する条件下で、本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体と生物学的試料を接触させること、及び抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体とＪａｇｇｅｄ１との間で複合体が形成されるかどうか検出することを含む。そのような方法は、インビトロ又はインビボの方法であってもよい。一実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、例えばＪａｇｇｅｄ１が患者の選択のためのバイオマーカーである場合に、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体による療法に適格な対象を選択するために用いられる。
本発明の抗体を用いて診断することができる例示的な障害には、がん、例えば、乳がん、肺がん、脳がん、子宮頸がん、結腸がん、肝がん、胆管がん、膵がん、皮膚がん、Ｂ細胞悪性腫瘍及びＴ細胞悪性腫瘍が含まれる。
ある特定の実施態様では、標識化抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体が提供される。標識には、限定されずに、直接的に検出される標識又は部分（例えば、蛍光性、発色性、高電子密度、化学発光及び放射性の標識）、並びに、例えば酵素反応又は分子相互作用を通して間接的に検出される酵素又はリガンドなどの部分が含まれる。例示的な標識には、限定されずに、放射性同位体３２Ｐ、１４Ｃ、１２５Ｉ、３Ｈ及び１３１Ｉ、フルオロフォア、例えば希土類キレート又はフルオレセイン及びその誘導体、ローダミン及びその誘導体、ダンシル、ウンベリフェロン、ルシフェラーゼ、例えばホタルルシフェラーゼ及び細菌ルシフェラーゼ（米国特許第４７３７４５６号）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタラジンジオン、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、糖類オキシダーゼ、例えばグルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、及びグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ、ＨＲＰなどの色素前駆体を酸化するために過酸化水素を採用する酵素に結合した複素環式オキシダーゼ、例えばウリカーゼ及びキサンチンオキシダーゼ、ラクトペルオキシダーゼ又はミクロペルオキシダーゼ、ビオチン／アビジン、スピン標識、バクテリオファージ標識、安定したフリーラジカルなどが含まれる。
Ｆ．薬学的製剤
本明細書に記載される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の薬学的製剤は、所望の純度を有するそのような抗体を、１つ又は複数の任意選択の薬学的に許容される担体（Remington's Pharmaceutical Sciences 16版、Osol, A.編(1980)）と、凍結乾燥製剤又は水溶液の形で混合することによって調製される。薬学的に許容される担体は、採用される投薬量及び濃度でレシピエントに一般に無毒であり、限定されずに以下のものが含まれる：バッファー、例えばリン酸、クエン酸及び他の有機酸；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；保存剤（例えば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；ヘキサメトニウムクロライド；ベンザルコニウムクロライド；ベンゼトニウムクロライド；フェノール、ブチル又はベンジルアルコール；メチル又はプロピルパラベンなどのアルキルパラベン；カテコール；レソルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチン又は免疫グロブリン；ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー；アミノ酸、例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン又はリジン；単糖類、二糖類及びグルコース、マンノース又はデキストリンを含む他の炭水化物；ＥＤＴＡなどのキレート化剤；スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトールなどの糖類；ナトリウムなどの塩形成対イオン；金属錯体（例えばＺｎ−タンパク質錯体）；及び／又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの非イオン性界面活性剤。本明細書の例示的な薬学的に許容される担体には、間質性の薬物分散剤、例えば可溶型中性活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）、例えばヒト可溶型ＰＨ−２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質、例えばｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）、Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．）がさらに含まれる。ｒＨｕＰＨ２０を含む有用なある特定の例示的なｓＨＡＳＥＧＰ及び方法は、米国特許出願公開第２００５／０２６０１８６号及び第２００６／０１０４９６８号に記載されている。一態様では、ｓＨＡＳＥＧＰはコンドロイチン分解酵素などの１つ又は複数の追加のグリコサミノグリカナーゼと組み合わされる。
例示的な凍結乾燥された抗体製剤は、米国特許第６２６７９５８号に記載されている。水性抗体製剤には、米国特許第６１７１５８６号及び国際公開第２００６／０４４９０８号に記載されるものが含まれ、後者製剤にはヒスチジン−酢酸バッファーが含まれる。
本明細書の製剤は、治療中の特定の適応症のために必要に応じて１を超える有効成分、好ましくは互いに悪影響を与えない相補的な活性を有するものを含有することもできる。例えば、細胞傷害性剤、例えば化学療法剤をさらに提供することが望ましいことがある。そのような有効成分は、好適には、意図した目的のために有効な量で組み合わされて存在する。
有効成分は、例えばコアセルベーション技術又は界面重合、例えばそれぞれヒドロキシメチルセルロース又はゼラチン−マイクロカプセル及びポリ（メチルメタクリレート）マイクロカプセルによって調製されるマイクロカプセルに、コロイド状薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル）又はマクロエマルジョンの形で取り込むことができる。そのような技術は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６版、Ｏｓｏｌ，Ａ．編（１９８０）に開示されている。
徐放性調製物を調製することができる。徐放性調製物の適する例には、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが含まれ、そのマトリックスは造形品、例えばフィルム又はマイクロカプセルの形である。
インビボ投与のために用いられる製剤は、一般に無菌である。無菌状態は、例えば滅菌濾過膜を通す濾過によって容易に達成することができる。
Ｇ．治療方法及び組成物
本明細書で提供される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれも、治療方法で用いることができる。
一態様では、医薬としての使用のための抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体が提供される。さらなる態様では、異常なＮｏｔｃｈシグナル伝達と関連する疾患又は障害、例えばがんの治療における使用のための抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体が提供される。ある特定の実施態様では、治療方法で用いるための抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体が提供される。ある特定の実施態様では、本発明は、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の有効量を個体に投与することを含むがんを有する個体を治療する方法で用いるための、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を提供する。そのような一実施態様では、この方法は、例えば下記のように、少なくとも１つの追加の治療剤の有効量を個体に投与することをさらに含む。そのような一実施態様では、この方法は、例えば下記のように、少なくとも１つの追加の治療剤の有効量を個体に投与することをさらに含む。
さらなる実施態様では、本発明は、肺がん増殖の阻害で用いるための抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を提供する。ある特定の実施態様では、本発明は、肺がん増殖の低減に有効な抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を個体に投与することを含む個体での肺がん増殖の低減方法で用いるための、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を提供する。ある特定の実施態様では、本発明は、乳がん増殖の低減に有効な抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を個体に投与することを含む個体での乳がん増殖の低減方法で用いるための、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を提供する。上記の実施態様のいずれかによる「個体」は、好ましくはヒトである。
一部の実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺での）及び／又は過剰な粘液と関連する疾患の治療のために提供される。本明細書で提供される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体で治療することができる他のアレルギー性疾患には、限定されずに、アレルギー性鼻炎、アトピー皮膚炎、食物過敏性及びじんま疹；水疱性皮膚疾患、多形性紅斑及び接触性皮膚炎を含む免疫介在性皮膚疾患；乾癬、慢性関節リウマチ、若年性慢性関節炎を含む自己免疫性疾患；炎症性腸疾患（すなわち、潰瘍性大腸炎、クローン病）；特発性間質性肺炎、杯細胞異形成と関連する疾患（例えば、喘息、ＣＯＰＤ、嚢胞性線維症及びバレット食道）、嚢胞性線維症などの肺疾患、グルテン過敏性腸症及びホイップル病；好酸球性肺炎、特発性肺線維症及び過敏性肺炎などの肺の免疫学的疾患；慢性閉塞性肺疾患、ＲＳＶ感染症、ブドウ膜炎、強皮症、骨粗しょう症及びホジキンリンパ腫が含まれる。
さらなる態様では、本発明は、医薬の製造又は調製における抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の使用を可能にする。一実施態様では、医薬は、異常なＮｏｔｃｈシグナル伝達と関連する疾患又は障害の治療のためのものである。一実施態様では、医薬は、がんの治療のためのものである。さらなる実施態様では、医薬は、がんを有する個体に医薬の有効量を投与することを含むがんを治療する方法で用いるためのものである。そのような一実施態様では、この方法は、例えば下記のように、少なくとも１つの追加の治療剤の有効量を個体に投与することをさらに含む。上記実施態様のいずれによる「個体」も、ヒトであってもよい。
さらなる態様では、本発明は、異常なＮｏｔｃｈシグナル伝達と関連する疾患又は障害を治療する方法を提供する。一実施態様では、この方法は、そのような疾患又は障害を有する個体に抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の有効量を投与することを含む。一実施態様では、この方法は、がんを有する個体に抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の有効量を投与することを含む。そのような一実施態様では、この方法は、下記のように、少なくとも１つの追加の治療剤の有効量を個体に投与することをさらに含む。そのような一実施態様では、この方法は、下記のように、少なくとも１つの追加の治療剤の有効量を個体に投与することをさらに含む。上記の実施態様のいずれかによる「個体」は、ヒトであってもよい。
さらなる態様では、本発明は、個体でがん細胞増殖を阻害する方法を提供する。一実施態様では、この方法は、がん細胞増殖を阻害するために抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の有効量を個体に投与することを含む。一実施態様では、「個体」はヒトである。
一部の実施態様では、本発明は、個体においてアレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺での）及び／又は過剰な粘液と関連する疾患を治療する方法を提供する。一部の実施態様では、本発明は、アレルギー性鼻炎、アトピー皮膚炎、食物過敏性及びじんま疹；水疱性皮膚疾患、多形性紅斑及び接触性皮膚炎を含む免疫介在性皮膚疾患；乾癬、慢性関節リウマチ、若年性慢性関節炎を含む自己免疫性疾患；炎症性腸疾患（すなわち、潰瘍性大腸炎、クローン病）；特発性間質性肺炎、杯細胞異形成と関連する疾患（例えば、喘息、ＣＯＰＤ、嚢胞性線維症及びバレット食道）、嚢胞性線維症などの肺疾患、グルテン過敏性腸症及びホイップル病；好酸球性肺炎、特発性肺線維症及び過敏性肺炎などの肺の免疫学的疾患；慢性閉塞性肺疾患、ＲＳＶ感染症、ブドウ膜炎、強皮症、骨粗しょう症及び／又はホジキンリンパ腫を個体で治療する方法を提供する。一部の実施態様では、この方法は、本明細書で提供される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の有効量を個体に投与することを含む。一部の実施態様では、「個体」はヒトである。
さらなる態様では、本発明は、例えば上記の治療方法のいずれかで用いるための、本明細書で提供される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれかを含む薬学的製剤を提供する。一実施態様では、薬学的製剤は、本明細書で提供される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれか及び薬学的に許容される担体を含む。別の実施態様では、薬学的製剤は、本明細書で提供される抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のいずれか及び例えば下記の少なくとも１つの追加の治療剤を含む。
本発明の抗体は、療法において単独で、又は他の薬剤と組み合わせて用いることができる。例えば、本発明の抗体は、少なくとも１つの追加の治療剤と共投与することができる。ある特定の実施態様では、追加の治療剤は、細胞傷害性剤である。ある特定の実施態様では、追加の治療剤は、抗体である。
上述のそのような併用療法は、併用投与（２つ以上の治療剤が同じか又は別々の製剤に含まれる）及び別個の投与を包含し、この場合には、本発明の抗体の投与は、追加の治療剤（複数可）の投与の前、同時及び／又は後に起こることができる。一実施態様では、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の投与及び追加の治療剤の投与は、互いから約１カ月以内、又は約１、２若しくは３週以内、又は約１、２、３、４、５若しくは６日以内に起こる。本発明の抗体は、放射線療法と併用することもできる。
本発明の抗体（及び任意の追加の治療剤）は、非経口、肺内及び鼻腔内、及び、局所治療のために所望の場合は病巣内投与を含む、任意の適する手段によって投与することができる。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内又は皮下の投与が含まれる。投与は、一部、投与が短期であるか又は長期であるかによって、任意の適する経路、例えば注射、例えば静脈内又は皮下注射によることができる。限定されずに様々な時点での単一又は複数の投与、ボーラス投与及びパルス注入を含む、様々な投与スケジュールが本明細書で企図される。
本発明の抗体は、医学行動規範と一致した様式で製剤化、投薬及び投与されるだろう。この関係において考慮すべき因子には、治療される特定の障害、治療される特定の哺乳動物、個々の患者の臨床状態、障害の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与計画及び医療施術者に公知である他の因子が含まれる。抗体は、その必要はないが、問題の障害を予防又は治療するために現在用いられている１つ又は複数の薬剤と一緒に任意選択的に製剤化される。そのような他の薬剤の有効量は、製剤中に存在する抗体の量、障害又は治療のタイプ及び上述の他の因子に依存する。これらは本明細書に記載されるのと同じ投薬量及び投与経路で、又は本明細書に記載される投薬量の約１から９９％で、又は適切であると経験的／臨床的に判定される任意の投薬量及び任意の経路によって一般に用いられる。
疾患の予防又は治療のために、本発明の抗体の適切な投薬量（単独で用いられるか又は１つ若しくは複数の他の追加の治療剤と併用されるとき）は、治療する疾患のタイプ、抗体のタイプ、疾患の重症度及び経過、抗体が予防又は治療目的で投与されるのか、以前の療法、患者の病歴及び抗体への応答、並びに主治医の裁量に依存する。抗体は、好適には、単回で又は一連の治療にわたって患者に投与される。例えば、１回を超える別個の投与によるものであれ又は連続的注入によるものであれ、疾患のタイプ及び重症度によって、約１μｇ／ｋｇから１５ｍｇ／ｋｇ（例えば０．１ｍｇ／ｋｇ−１０ｍｇ／ｋｇ）の抗体が患者への投与のための初期候補投薬量であってもよい。１つの一般的な日投薬量は、上で指摘した因子によって、約１μｇ／ｋｇから１００ｍｇ／ｋｇ以上の範囲内であってもよい。数日以上にわたる反復投与のためには、状態により、治療は病徴の所望の抑制が起こるまで一般に維持される。抗体の１つの例示的な投薬量は、約０．０５ｍｇ／ｋｇから約１０ｍｇ／ｋｇの範囲内であろう。したがって、約０．５ｍｇ／ｋｇ、２．０ｍｇ／ｋｇ、４．０ｍｇ／ｋｇ又は１０ｍｇ／ｋｇ（又はその任意の組合せ）の単回又は複数回の用量を患者に投与することができる。そのような用量は、断続的に、例えば毎週又は３週毎に投与することができる（例えば、患者が約２から約２０用量、又は例えば約６用量の抗体を受けるように）。より高い初回負荷用量と、続く１回又は複数回のより低い用量を投与することができる。例示的な投薬レジメンは、約４ｍｇ／ｋｇの初回負荷用量の投与、続いて抗体の約２ｍｇ／ｋｇの毎週の維持量の投与を含む。しかし、他の投薬レジメンが利用可能なことがある。この療法の進行は、従来の技術及びアッセイにより容易に監視される。
抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の代わりに又はそれに加えて本発明のイムノコンジュゲートを用いて、上記の製剤又は治療方法のいずれかを実行することができることが理解される。
Ｈ．製造品
本発明の別の態様では、上記の障害の治療、予防及び／又は診断のために有益な材料を含有する製造品が提供される。製造品は、容器、及び容器の上に又はそれに関連して表示又は添付文書を含む。適する容器には、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、ＩＶ溶液バッグなどが含まれる。容器はガラス又はプラスチックなどの様々な材料で形成することができる。容器は、それ自体が有効であるか、又は状態を治療、予防及び／若しくは診断するために有効な別の組成物と組み合わされた組成物を保持し、滅菌アクセスポートを有することができる（例えば、容器は、静脈内溶液バッグ又は皮下注射針で穿刺可能なストッパを有するバイアルであってもよい）。組成物中の少なくとも１つの活性剤は、本発明の抗体である。表示又は添付文書は、組成物が選択された状態を治療するために用いられることを示す。さらに、製造品は、（ａ）本発明の抗体を含む組成物を含有する第１の容器；及び（ｂ）さらなる細胞傷害性の、さもなければ治療用の薬剤を含む組成物を含有する第２の容器を含むことができる。本発明のこの実施態様で、製造品は、特定の状態を治療するために組成物を用いることができることを示す添付文書をさらに含むことができる。あるいは、又はさらに、製造品は、薬学的に許容されるバッファー、例えば静菌性注射用水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝食塩水、リンガー液及びデキストローズ溶液を含む第２の（又は第３の）容器をさらに含むことができる。それは、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針及びシリンジを含む、商業的及びユーザーの見地から望ましい他の材料をさらに含むことができる。
上記の製造品のいずれかは、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の代わりに又はそれに加えて、本発明のイムノコンジュゲートを含むことができることが理解される。
以下は、本発明の方法及び組成物の例である。上に提供される概説を考慮して、様々な他の実施態様を実施できることが理解される。
実施例１ 抗Ｊａｇｇｅｄ抗体の生成
ａ．抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を特定するライブラリー選別及びスクリーニング
Ｍ１３バクテリオファージ粒子の表面に提示されるＦａｂ断片を選別するために、ヒトＩｇＧレパートリーの天然の多様性を模倣する、選択された相補性決定領域に合成による多様性を有するヒトファージ抗体ライブラリーを用いた。ライブラリー選別のための抗原として、ヒトＪａｇ１−ＤＳＬ−ＥＧＦ１−４（配列番号６）又はヒトＪａｇ２−ＤＳＬ−ＥＧＦ１−４（配列番号８）を用いた。Ｎｕｎｃ９６穴Ｍａｘｉｓｏｒｐイムノプレートを標的抗原（１０μｇ／ｍｌ）により４℃で一晩コーティングし、ファージブロッキングバッファーＰＢＳＴ（リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）及び１％（ｗ／ｖ）ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）及び０．０５％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ−２０）により室温で１時間ブロックした。抗体ファージライブラリーＶＨ（例えば、Lee等、J. Immunol. Meth. 284:119-132 (2004)を参照されたい）及びＶＨ／ＶＬ（Liang等、JMB. 366: 815-829 (2007) を参照されたい）を抗原プレートに別々に加え、室温で一晩インキュベートした。翌日、抗原でコーティングしたプレートをＰＢＴ（０．０５％ Ｔｗｅｅｎ−２０を含むＰＢＳ）で１０回洗浄し、結合したファージを５０ｍＭ ＨＣｌ及び５００ｍＭ ＮａＣｌで３０分間溶出し、等量の１Ｍトリス塩基（ｐＨ７．５）で中和した。回収したファージを、大腸菌ＸＬ−１ブルー細胞で増幅した。以降の選択ラウンドの間に、抗原でコーティングしたプレートとの抗体ファージのインキュベーションを２−３時間に短縮し、プレート洗浄のストリンジェンシーは徐々に増加させた。
４ラウンドのパニングの後、有意な濃縮が観察された。それらがヒトＪａｇｇｅｄ１に、又はＪａｇｇｅｄ２に特異的に結合したかどうか判定するために、ＶＨ及びＶＨ／ＶＬライブラリー選別から９６個のクローンを各々選び出した。これらのクローンの可変領域をＰＣＲで配列決定を行って、ユニーク配列クローンを特定した。スポット競合ＥＬＩＳＡを用いて、ファージ抗体の親和性をランク付けした。競合的ファージ結合ＥＬＩＳＡを用いて、ファージ抗体ＩＣ５０値をさらに判定した。ヒトＪａｇｇｅｄ１（Ｊａｇｇｅｄ２でなく）、Ｊａｇｇｅｄ２（Ｊａｇｇｅｄ１でなく）又はＪａｇｇｅｄ１とＪａｇｇｅｄ２の両方に特異的に結合する特異ファージ抗体を選択して、インビトロ細胞アッセイでの評価のために再び完全長ＩｇＧの形式にした。
個々のクローンのＶＬ及びＶＨ領域をヒトカッパ定常ドメインを含有するｐＲＫ哺乳動物細胞発現ベクター（ｐＲＫ．ＬＰＧ３．ＨｕｍａｎＫａｐｐａ）及び完全長ヒトＩｇＧ１定常ドメインをコードする発現ベクター（ｐＲＫ．ＬＰＧ４．ＨｕｍａｎＨＣ）にそれぞれクローニングすることによって、目的のクローンを再びＩｇＧの形式にした（Shields等、J Biol Chem 2000; 276: 6591-6604）。次に抗体を哺乳動物のＣＨＯ細胞で一時的に発現させ、プロテインＡカラムで精製した。
ｂ．ＶＨ又はＶＨＶＬライブラリーに由来するクローンの親和性向上のためのライブラリーの構築
ファージミドｐＶ０３５０−２ｂに由来するファージミドｐＷ０７０３（Lee等、J. Mol. Biol 340、1073-1093 (2004)、全てのＣＤＲ−Ｌ３位置に終止コドン（ＴＡＡ）を含有し、Ｍ１３バクテリオファージの表面に一価のＦａｂを提示する）が、親和性成熟のためのＶＨライブラリーからの目的のクローンの重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を移植するためのライブラリー鋳型としての役目を果たした。親和性成熟のために、ハード及びソフトの両方のランダム化戦略を用いた。ハードなランダム化のために、天然のヒト抗体を模倣するように設計されたアミノ酸を用いて、３つの軽鎖ＣＤＲの選択された位置を有する１つの軽鎖ライブラリーをランダム化し、設計されたＤＮＡ縮重はＬｅｅ等（J. Mol. Biol 340、1073-1093 (2004)）に記載された通りであった。選択された位置でおよそ５０％の突然変異率を導入したソフトなランダム化状態を達成するために、野生型ヌクレオチドを好む塩基の７０−１０−１０−１０混合物で変異原性ＤＮＡを合成した（Gallop等、Journal of Medicinal Chemistry 37:1233-1251 (1994)）。ソフトなランダム化のために、ＣＤＲ−Ｌ３の９１−９６位、ＣＤＲ−Ｈ１の３０−３３、３５位、ＣＤＲ−Ｈ２の５０、５２、５３−５４及び５６位、ＣＤＲ−Ｈ３の９５−９８位の残基を標的にし；ＣＤＲループの３つの異なる組合せ、Ｈ１／Ｌ３、Ｈ２／Ｌ３及びＨ３／Ｌ３をランダム化のために選択した。
ＶＨＶＬライブラリーに由来したクローンについては、各ＣＤＲに４つの終止コドン（ＴＡＡ）を含有し、Ｍ１３バクテリオファージの表面に一価のＦａｂを提示するファージミドが個々に生成され、親和性成熟ライブラリーの構築のためのクンケル突然変異誘発のための鋳型としての役目を果たした。ＣＤＲ−Ｌ３の多様性が未処置ライブラリーに構築されたので、ＶＨＶＬライブラリーに由来するクローンのためにソフトなランダム化戦略だけを用いた。ソフトなランダム化状態を達成するために、ＣＤＲ−Ｌ１の２８−３１位、ＣＤＲ−Ｌ２の５０、５３−５５位、ＣＤＲ−Ｌ３の９１−９６位、ＣＤＲ−Ｈ１の３０−３５位、ＣＤＲ−Ｈ２の５０−５６位、ＣＤＲ−Ｈ３の９５−１００位の残基を標的にし；ＣＤＲループの４つの異なる組合せ、Ｈ１／Ｌ３＊、Ｈ２／Ｌ３＊及びＨ３／Ｌ３＊、及びＬ１／Ｌ２／Ｌ３＊（ここで、＊は鋳型上の終止コドンの位置を表す）をランダム化のために選択した。
ｃ．親和性向上を起こすファージ選別戦略
親和性向上選択のために、限界試薬条件下でＪａｇ１又はＪａｇ２抗原を先ずビオチン化した。ファージライブラリーを、１ラウンドのプレート選別と、ストリンジェンシーを増加させた５ラウンドの溶液選別にかけた。プレート選別の最初のラウンドのために、１０μｇ／ｍｌの抗原を先ずＭａｘｉｓｏｒｐプレートの上にコーティングし、ブロッキングバッファー（ＰＢＳ中に１％ＢＳＡ及び０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０）で前ブロックした。ブロッキングバッファー中の３Ｏ．Ｄ．／ｍｌのファージ投入量を、抗原プレートにインキュベートした。ウェルを、ＰＢＳ−０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０で１０回洗浄した。結合したファージを１５０μｌ／ウェルの５０ｍＭ ＨＣｌ、５００ｍＭ ＫＣｌで３０分間溶出し、その後５０μｌ／ウェルの１ＭトリスｐＨ８によって中和し、滴定して、次のラウンドために増殖させた。以降のラウンドのために、溶液相でファージライブラリーのパニングを実行したが、ここでは、ファージライブラリーを、１％Ｓｕｐｅｒｂｌｏｃｋ（Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）及び０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０を含有する１００μｌのバッファー中の１００ｎＭのビオチン化標的タンパク質（濃度は親のクローンファージのＩＣ５０値に基づく）と室温で２時間インキュベートした。混合液を１％Ｓｕｐｅｒｂｌｏｃｋでさらに１０倍に希釈し、弱く振盪させながら室温で３０分間、１００μｌ／ウェルをニュートラアビジンでコーティングしたウェル（１０μｇ／ｍｌ）に加えた。バックグラウンド結合を判定するために、ファージを含有するコントロールウェルをニュートラアビジンでコーティングしたプレートの上で捕捉した。最初のラウンドのために記載したように、結合したファージを次に洗浄し、溶出し、増殖させた。さらなる５ラウンドの溶液選別を、選択ストリンジェンシーを増加させながら実行した。その最初の数ラウンドは、ビオチン化標的タンパク質濃度を１００ｎＭから０．１ｎＭに低下させることによる会合速度選択のためであり、最後の２ラウンドは、室温でより弱い結合体を競合から外すために過剰量の非ビオチン化標的タンパク質（３００−１０００倍より多い）を加えることによる解離速度選択のためである。
ｄ．ハイスループット親和性スクリーニングＥＬＩＳＡ（単一スポット競合）
コロニーを、第６ラウンドのスクリーニングから選び出した。９６ウェルプレート（Ｆａｌｃｏｎ）において、５０μｇ／ｍｌカルベニシリン及び１×１０１０／ｍｌのＭ１３ＫＯ７を含む１５０μｌ／ウェルの２ＹＴ培地で、コロニーを３７℃で一晩増殖させた。同じプレートから、ＸＬ−１感染親ファージのコロニーを、コントロールとして選び出した。９６ウェルＮｕｎｃ Ｍａｘｉｓｏｒｐプレートを、１００μｌ／ウェルのＰＢＳ中のＪａｇ１又はＪａｇ２（０．５μｇ／ｍｌ）により４℃で一晩コーティングした。１５０μｌのＰＢＳ２０中の１％ＢＳＡ及び０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０で、プレートを１時間ブロックした。
ファージ上清の３５μｌを、５ｎＭＪａｇ１又はＪａｇ２の有り無しのＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着検定法）バッファー（０．５％ＢＳＡ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０を含むＰＢＳ）で７５μｌに希釈し、Ｆプレート（ＮＵＮＣ）に室温で１時間インキュベートさせた。混合液の９５μｌを、抗原でコーティングしたプレートに並べて移した。プレートを１５分間静かに振盪させ、ＰＢＳ−０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０で１０回洗浄した。ＥＬＩＳＡバッファー（１：２５００）中のホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）にコンジュゲートした抗Ｍ１３抗体を加え、室温で３０分間インキュベートすることによって、結合を数量化した。プレートを、ＰＢＳ−０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０で１０回洗浄した。次に、１００μｌ／ウェルのペルオキシダーゼ基質をウェルに加え、室温で５分間インキュベートした。各ウェルに１００μｌの０．１Ｍリン酸（Ｈ３ＰＯ４）を加えることによって反応を停止し、室温で５分間インキュベートさせた。各ウェルで黄色のＯ．Ｄ．（光学濃度）を標準のＥＬＩＳＡプレートリーダーを用いて４５０ｎｍで判定した。親のファージのウェル（１００％）のＯＤ４５０ｎｍの低減（％）との比較では、ＯＤ４５０ｎｍの低減（％）が５０％未満のクローンを配列分析のために選び出した。それぞれの親のクローンと比較したＪａｇ１又はＪａｇ２に対する結合親和性（ファージＩＣ５０）を判定するために、ファージ調製のために特異なクローンを選択した。次に、抗体産生及びさらなるＢＩＡｃｏｒｅ結合動態学的分析及び他のインビトロ又はインビボアッセイのために、最も親和性が向上したクローンを再びヒトＩｇＧ１の形式にした。
さらなるスクリーニングラウンドは、ＥＬＩＳＡで判定したときに、Ｊａｇｇｅｄファミリーメンバーの１つだけに特異的な抗体を特定した。抗体Ａは、ヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１に結合したが、Ｊａｇｇｅｄ２に結合しなかった（図８；配列番号９に示す重鎖可変領域配列、配列番号１０に示す軽鎖可変領域配列）。反対に、抗体Ｂ（抗体Ｂ−３の親抗体）はヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ２に結合したが、Ｊａｇｇｅｄ１に結合しなかった（図８）。Ｃ−１は、Ｊａｇｇｅｄ１とＪａｇｇｅｄ２の両方に結合し、コントロールとしての役目を果たした。抗体Ｃ−１の重鎖及び軽鎖可変領域配列は、図４に示す。
実施例２ 抗体結合親和性及びエピトープマッピング
ＢＩＡｃｏｒｅ（商標）−３０００機器を用いる表面プラズモン共鳴（ＳＲＰ）によって、抗Ｊａｇｇｅｄ１ファージ抗体の結合親和性を測定した。およそ１５０反応単位（ＲＵ）を達成するために、ＣＭ５センサーチップにコーティングされたマウス抗ヒトＩｇＧによって、抗Ｊａｇｇｅｄ１／２ファージヒトＩｇＧを捕捉した。反応速度論的測定のために、ヒト又はマウスＪａｇ１／２ＤＳＬ＿ＥＧＦ１−４の二倍段階希釈（１．９５ｎＭ−２５０ｎＭ）を、３０ｍｌ／分の流量で２５℃のＰＢＴバッファー（０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０を含むＰＢＳ）に注入した。簡単な１対１のＬａｎｇｍｕｉｒ結合モデル（ＢＩＡｃｏｒｅ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアバージョン３．２）を用いることによって、会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）を計算した。平衡解離定数（ｋｄ）は、比ｋｏｆｆ／ｋｏｎとして計算した。
表２は、精製されたヒトＪａｇｇｅｄ１、ヒトＪａｇｇｅｄ２及びマウスＪａｇｇｅｄ２への、抗体Ａ、Ａ−１、Ａ−２、Ｂ及びＢ−３の結合の結合定数を要約する。親抗体Ａは、ヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１に特異的に結合した。親和性成熟抗体Ａ−１及びＡ−２は、ヒト及びマウス両方のＪａｇｇｅｄ１に高い親和性で結合した。抗体Ａ、Ａ−１及びＡ−２は、ヒト、マウスのＪａｇｇｅｄ２に結合しなかった。反対に、抗体Ｂ及びＢ−３は、ヒト、マウスのＪａｇｇｅｄ１に結合しなかった。Ｂ−３は、ヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ２に特異的に結合した。
抗体Ａの重鎖及び軽鎖可変領域配列は、配列番号９及び１０にそれぞれ示す。抗体Ａ−１の重鎖及び軽鎖可変領域配列は、配列番号１７及び１８にそれぞれ示す。抗体Ａ−２の重鎖及び軽鎖可変領域配列は、配列番号２５及び２６にそれぞれ示す。抗体Ｂ−３の重鎖及び軽鎖可変領域配列は、配列番号４１及び４２にそれぞれ示す。抗体Ｂの重鎖及び軽鎖可変領域配列は、図４に示す。
実施例３ 抗Ｊａｇｇｅｄアンタゴニスト抗体は、インビトロでＪａｇｇｅｄ１誘導シグナル伝達を阻害する
抗Ｊａｇｇｅｄ抗体がＪａｇｇｅｄ誘導Ｎｏｔｃｈシグナル伝達のアンタゴニストとして作用することができるかどうか判定するために、基本的にWu等、Nature 464、1052-1057（2010年4月15日）に記載される通りに、共培養実験を実施した。ＮｏｔｃｈリガンドとしてＪａｇｇｅｄ１を発現するように操作されたＮＩＨ−３Ｔ３細胞を、Ｎｏｔｃｈ１を安定して発現し、Ｎｏｔｃｈ応答性ＴＰ−１（１２ＸＣＳＬ）ホタルルシフェラーゼリポーター、及び構成的に発現されるウミシイタケルシフェラーゼリポーター（ｐＲＬ−ＣＭＶ、Ｐｒｏｍｅｇａ）を発現するように一時的にトランスフェクトされたＮＩＨ ３Ｔ３細胞と共培養した。共培養で、強力なＮｏｔｃｈリポーターシグナル（ホタルルシフェラーゼ）が観察された（図１２、Ｊ１誘導ポジティブコントロール）。γ−セクレターゼ阻害剤を共培養に加えたら、リポーター発現がバックグラウンドレベルにまで低減され、これから、リポーター構築物のＮｏｔｃｈ依存的発現が実証された。データ示さず。
漸増量（０．０１６−５０μｇ／ｍｌ）の抗Ｊａｇｇｅｄ抗体Ａ−２（それぞれ配列番号２５及び２６の重鎖及び軽鎖可変領域配列）又はＢ−３（それぞれ配列番号４１及び４２の重鎖及び軽鎖可変領域配列）の添加は、リポーター発現の用量依存的阻害をもたらした（図９）。シグナル伝達はＪａｇｇｅｄ１（図９Ａ、暗灰色のカラム）又はＪａｇｇｅｄ２（図９Ｂ、明灰色のカラム）によって誘導され、阻害は上記のように判定した。コントロールには、リガンドで刺激せず、抗体で処置しなかった培養（図９Ａ及びＢ、無処置）、リガンドで刺激しなかったもの（図９Ａ及びＢ、刺激なし）、５−１０μｇ／ｍｌアイソタイプコントロール抗体で処置したもの（図９Ａ及びＢ、ａｇＤ）、リガンドで刺激したが抗体で処置しなかったもの（図９Ａ及びＢ、Ｓｔｉｍ／ＡＢなし）、５μＭのガンマ−セクレターゼ阻害剤ＤＡＰＴ又はＤＭＳＯのＤＡＰＴビヒクルコントロールが含まれた。
抗体Ａ−２は、Ｊａｇｇｅｄ１誘導シグナル伝達を用量依存的に阻害したが、Ｊａｇｇｅｄ２誘導シグナル伝達は阻害しなかった（図９Ａ）。Ｊａｇｇｅｄ１阻害に関してのＡ−２のＩＣ５０は２−１０μｇ／ｍｌであったが、Ｊａｇｇｅｄ２阻害は、５０μｇ／ｍｌの最高濃度でさえほとんど又は全く観察されなかった。これらの結果は、抗体Ａ−２がＪａｇｇｅｄ１選択的アンタゴニストであること、すなわち、抗体Ａ−２はＪａｇｇｅｄ１介在性シグナル伝達を阻害するがＪａｇｇｅｄ２介在性シグナル伝達を阻害しないことを実証する。対照的に、抗体Ｂ−３は試験した最低濃度でＪａｇｇｅｄ２誘導シグナル伝達を強力に阻害したが、試験した最高濃度でＪａｇｇｅｄ１誘導シグナル伝達を阻害せず、これによって、Ｂ−３がＪａｇｇｅｄ１選択的アンタゴニストであることが立証された（図９Ｂ）。
実施例４ 体重に及ぼす抗Ｊａｇｇｅｄ抗体治療の影響
上記のように、ガンマ−セクレターゼ阻害剤、及び複数のＮｏｔｃｈ受容体の他の阻害剤は体重減少及び腸管杯細胞異形成を引き起こし、それは臨床投与のために望ましくない。本明細書に記載される抗体が体重及び腸の健康にどのように影響するかを判定するために、マウスに、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２（５−２０ｍｐｋ；それぞれ配列番号２５及び２６の重鎖及び軽鎖可変領域配列）、抗Ｊａｇｇｅｄ２抗体Ｂ−３（５−２０ｍｐｋ；それぞれ配列番号４１及び４２の重鎖及び軽鎖可変領域配列）、抗体Ａ−２及びＢ−３を一緒に（それぞれ５ｍｐｋ）、Ｊａｇｇｅｄ１とＪａｇｇｅｄ２の両方に結合する抗Ｊａｇｇｅｄ１／２抗体（Ｃ−１；１ｋｇマウス体重につき５−１０ｍｇの抗体（ｍｐｋ）；図４に示す重鎖及び軽鎖可変領域配列）、又はアイソタイプコントロール抗ｇＤ抗体（２０ｍｐｋ）を１週間につき２回投薬した。各投薬の総抗体濃度を２０ｍｐｋにするために、アイソタイプコントロール抗体も用いた。抗体の最初の投与の前に各マウスの全体重を判定し、試験の１２日目まで監視した。平均体重変化を図１０に、開始時体重の百分率でグラフに示す。抗Ｊａｇｇｅｄ１／２抗体Ｃ−１又はＪａｇｇｅｄ１特異的抗体Ａ−２とＪａｇｇｅｄ２特異的抗体Ｂ−３の組合せを用いる、Ｊａｇｇｅｄ１及びＪａｇｇｅｄ２の二重阻害は、急速で実質的な体重減少を引き起こした（図１０Ａ）。４日目までに、抗Ｊａｇｇｅｄ１／２抗体Ｃ−１を投与された一部のマウスはそれらの体重の５％を超えて体重を失っており、それは７日目までに体重のほぼ８−１０％の減少にまで進行した（図１０Ａ）。Ａ−２とＢー３の両方を投与されたマウスも速やかに体重が減り、一部の場合には１１日目までに最高１７％減った（図１０Ａ）。対照的に、５又は２０ｍｐｋのいずれにおいても、試験期間にわたってＪａｇｇｅｄ１特異的抗体又はＪａｇｇｅｄ２特異的抗体のいずれも単独では体重減少を引き起こさなかった（図１０Ａ）。抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体と抗Ｊａｇｇｅｄ２抗体の組合せによる治療は、食物摂取の減少（図１０Ｂ）をもたらし、それは体重の観察された低下（図１０Ａ）と相関し、食物摂取の減少が相関した体重低下を部分的又は全体的に説明し得ることを示唆した。
実施例５ 抗Ｊａｇｇｅｄ１アンタゴニスト抗体は、ヒト肺がん細胞増殖をインビボで阻害する
Ｈａｒｌａｎ無胸腺ヌードマウスに、Ｃａｌｕ−６細胞、ヒト非小細胞肺がん株を皮下接種した。腫瘍体積がおよそ２００立方ｍｍに到達した後、マウスに、２０ｍｐｋの抗ｇＤアイソタイプコントロール抗体（ｎ＝１０）又は抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２（ｎ＝１０；それぞれ配列番号２５及び２６の重鎖及び軽鎖可変領域配列）のいずれかを１週間につき２回（０、４、７、１１、１４及び１８日目）、腹腔内（ＩＰ）に注射した。さらに１９日間、各マウスでの腫瘍体積をノギスで測定した。試験期間中、各マウスの全体重を監視した。
抗Ｊａｇｇｅｄ１で治療したマウスの腫瘍は、コントロール群での腫瘍と比較して腫瘍体積の有意な低下を示した（図１１Ａ）。抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体による治療の効果は、治療から７日目の早い時期に検出することができた（図１１Ａ）。１８日目に、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体を投与されたマウスの平均腫瘍体積は、およそ５００ｍｍ３に到達したが、コントロール動物の平均腫瘍体積は１８日目におよそ７５０ｍｍ３に到達した。治療群とコントロール群の間で、体重の有意な変化は観察されなかった（図１１Ｂ）。
実施例６ 抗Ｊａｇｇｅｄ１及び抗Ｊａｇｇｅｄ２抗体は、ヒト乳がん細胞増殖をインビボで阻害する
Ｃ．Ｂ−１７ ＳＣＩＤ．ｂｇマウスに対して、ＭＤＡ−ＭＤ−４６８細胞、ヒト基底乳がん系を乳房の脂肪パッドに接種した。腫瘍体積がおよそ２００立方ｍｍに到達した後、マウスに、ＩＰによる３０ｍｐｋの抗ｇＤアイソタイプコントロール抗体（ヒトＩｇＧ１アイソタイプ）、抗ブタクサアイソタイプコントロール抗体（マウスＩｇＧ２ａアイソタイプ）、ヒトＩｇＧ１骨格の抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２（それぞれ配列番号２５及び２６の重鎖及び軽鎖可変領域配列）、マウスＩｇＧ２ａ骨格の抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−２、又はヒトＩｇＧ１骨格の抗Ｊａｇｇｅｄ２抗体Ｂ−３（それぞれ配列番号４１及び４２の重鎖及び軽鎖可変領域配列）のいずれかを、０、４、７、１２、１５、１８、２２、２５、２９、３２、３６、４３、５０及び５７日目に投薬した。腫瘍体積（ｙ軸）は、最初の注射から６０日間ノギスで測定した。各群（１群につきｎ＝９）の腫瘍体積を、線形混合効果モデルを用いてプロットした（図１２Ａ）。各群の各マウスの腫瘍体積は、図１２Ｂに表す。
実施例７： 抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体は、重鎖で切断される
重鎖及び軽鎖の完全性について、抗体Ａ（それぞれ配列番号９及び１０の重鎖及び軽鎖可変領域配列）、Ａ−１（それぞれ配列番号１７及び１８の重鎖及び軽鎖可変領域配列）及びＡ−２（それぞれ配列番号２５及び２６の重鎖及び軽鎖可変領域配列）をＳＤＳ−ＰＡＧＥ及び質量分析によって分析した。ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析のために、１０ｍＭ ＤＴＴの非存在及び存在下で、各抗体試料を２×トリス−グリシンＳＤＳ試料バッファー（Ｎｏｖｅｘ ＬＣ２６７６）と１：１のｖ／ｖ比で混合した。試料は９５℃で５分間加熱し、各試料の２μｇをＮｏｖｅｘ ４−２０％ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、１．０ｍｍゲル（Ｎｏｖｅｘ ＥＣ６０２５）に加えた。１０μＬのＭａｒｋ１２分子量標準（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ １００００６６３７）も、ゲルに加えた。追跡色素がゲルの底に到達するまで、一定の２５０Ｖにおいて１×トリス−グリシンＳＤＳランニングバッファー（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ ＬＣ２６７５−５）で電気泳動を実行した。Ｃｏｏｍｍａｓｓｉｅをベースとした染色法（Ｅｘｐｅｄｅｏｎ ＩｎｓｔａｎｔＢｌｕｅ ＃ＩＳＢ１Ｌ）で、ゲルを次に染色した。
質量分析のために、ＰＢＳで各抗体を１ｍｇ／ｍＬの最終濃度に希釈した。１：１０のｖ／ｖの１．０Ｍトリス、ｐＨ８．０の添加により、抗体のｐＨを８．０に高くした。抗体を還元するために、溶液に１０ｍＭの最終濃度までのＤＴＴを加えた。次に、試料を３７℃で１５分間加熱した。次に、Ａｇｉｌｅｎｔ １２００ ＨＰＬＣシステムを用いて、８０℃に加熱したＰＬＲＰ−Ｓ １０００Å、８μｍ、２．１×５０ｍｍカラム（Ａｇｉｌｅｎｔ、ＰＬ１９１２−１８０２）に試料を注入し、続いてＡｇｉｌｅｎｔ ６２１０ ＴＯＦ ＬＣ／ＭＳシステムでのエレクトロスプレーイオン化にかけた。
それらの分析の結果を、図１３に示す。ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析（図１３Ａ）は、各々の抗体で、重鎖（ＨＣ）の一部が切断されることを明らかにした。インタクトなＨＣ及び軽鎖（ＬＣ）並びにＨＣのカルボキシ（Ｃ）末端及びアミノ（Ｎ）末端切断断片に対応するバンドを、ゲルの右側にマークする。抗体Ａ−１の代表的質量分析を、図１３Ｂに示す。図１３ＣのＨＣアミノ酸配列に図示するように、この分析は、切断部位がＣＤＲ３のＨＣアミノ酸Ｇ１００とＳ１０１（カバット番号付けによるＧ９６及びＳ９７に対応する連続番号付け）の間にあることを示し、矢印は切断位置を表わす。同様の分析は、これらの抗体の全ての試験調製物でＨＣ切断が起こったこと（２つの異なる細胞型ＣＨＯ及び２９３での発現の後を含む）、及び切断が抗体Ｆｃ領域のタイプ（ヒトＩｇＧ１又はマウスＩｇＧ２ａ）とは無関係に起こったことを明らかにした。
抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルは、実質的に上記の通りに実行した。クマシーに基づく染色法で染色するのではなく、ＸＣｅｌｌブロットモジュール（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ ＥＩ９０５１）を定常の０．３５Ａで用いてＰＶＤＦ膜（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ ＬＣ２００２）に抗体を移した。膜を、クマシーブルーＲ−２５０で染色した。Ｎｉａｌｌ、１９７３、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２７：９４２−１０１０に記載される配列決定原理によってＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｐｒｏｃｉｓｅシーケンサー４９４を用いて、膜の上の試料をＮ末端配列分析にかけた。
配列決定分析の結果を、図１４に示す。この方法によって、切断部位が、ＨＣ配列のＧ１００とＳ１０１（カバット番号付けによるＧ９６及びＳ９７に対応する連続番号付け）の間の、質量分析結果から予測された切断部位と同じであることが確認された。
抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ、Ａ−１及びＡ−２の重鎖切断は、予想外だった。切断部位を囲むアミノ酸配列の分析では、公知のプロテアーゼ切断部位が特定されなかった。切断機構は不明であり、抗体の配列から容易に判別できない。
実施例８： 重鎖Ｓ１０１の突然変異は、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体重鎖の切断を低減する
抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の観察された切断が予想外であり、その機構が不明であったので、抗体配列への変更が、抗体の親和性及び有効性を保持しながら切断を阻止できるかどうかわからなかった。さらに、切断を阻止するために抗体配列のどの位置（複数可）を変更すべきであるかわからなかった。重鎖配列を変更することによって抗体切断を阻止できるかどうか判定するために、重鎖のＳ１０１位（カバット番号付けによるＳ９７に対応する、配列番号１７の重鎖可変領域配列の連続番号付け）に一連のアミノ酸変更を加えた。抗体は哺乳動物細胞で発現させ、標準手順によって精製した。実施例７に記載の通り、切断はＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析した。結果を、図１５に示す。Ｓ１０１位のアミノ酸変化はＨＣ切断を有意に低減又は消失させたが、Ｓ１０１Ｈ突然変異で多少の切断が検出された（図１５、レーン５）。これらの結果は、実施例７に記載されている通りに実施した質量分析によって確認された。
精製されたＪａｇ１細胞外ドメインタンパク質断片への結合に及ぼす変化の効果を判定するために、突然変異体Ａ−１抗体結合親和性を、ＢＩＡｃｏｒｅを用いて測定した。表３は、突然変異体Ａ−１抗体の各々の断片化及びＪａｇｇｅｄ１結合親和性の要約を示す。
表３に示すように、Ｓ１０１Ｈを除いて、１０１位のアミノ酸残基の変更は、検出不可能なレベルにまで切断を低減した。さらに、切断機構が未知であったので、１００位の変更、Ｇ１００Ａも試験した。Ｇ１００Ａ突然変異体は、なお切断された。表３を参照されたい。驚くべきことに、突然変異がＨＶＲ−Ｈ３に加えられた場合にも、Ｓ１０１突然変異体抗体はＪａｇｇｅｄ１に結合する能力を保持した。
実施例９： 抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体重鎖の切断に及ぼす温度及び凍結融解循環の影響
抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体切断が温度上昇下でのインキュベーションによって増加するかどうか調べるために、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−１（それぞれ配列番号１７及び１８の重鎖及び軽鎖可変領域配列）及びＡ−２（それぞれ配列番号２５及び２６の重鎖及び軽鎖可変領域配列）並びにアイソタイプコントロール抗体（抗Ｊａｇｇｅｄ１でない）の様々な独立した調製物を、７０℃又は９５℃で１０分間インキュベートした。切断の程度は、標準のＳＤＳ−ＰＡＧＥ及びタンパク質染色を用いて調べた。結果を、図１６に示す。抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体調製物の各々は７０℃で切断されたが、コントロール抗体は切断されなかった（図１６Ａ）。表（図１６Ｂ）に要約されているように、抗Ｊａｇｇｅｄ１切断の程度は、７０℃に対し９５℃でのインキュベーションによって有意に又は一貫して変化することはなかった。
切断が抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体調製物の凍結融解循環からもたらされたかどうか調べるために、抗体Ａ−１（それぞれ配列番号１７及び１８の重鎖及び軽鎖可変領域配列）を−８０℃での複数回の凍結と続く解凍に供した。示した通り非還元（−ＤＴＴ）又は還元（＋ＤＴＴ）条件下で、各試料の２μｇをＳＤＳ−ＰＡＧＥ及びタンパク質染色によって次に分析した。染色したゲルはＢｉｏｒａｄ ＧｅｌＤｏｃ Ｅａｓｙ Ｉｍａｇｅｒ機器を用いて画像化し、Ｂｉｏｒａｄ Ｉｍａｇｅ Ｌａｂソフトウェアを用いて濃度測定分析を実施した。その実験の結果を、図１７に示す。Ｆ／Ｔ１は元の試料を指し、増加する数字は凍結融解サイクルの追加ラウンド数を示す。各サイクルについて、Ａ−１抗体を−８０℃で凍結させ、次に室温で解凍した。ＳＤＳ−ＰＡＧＥのために分取した。凍結融解をさらに２回、合計３凍結融解サイクル繰り返し、各融解工程の後に分取した。表（図１７Ｂ）は、各条件下の切断の百分率を要約する。凍結融解のラウンドを追加しても、切断の百分率にほとんど影響しないことを、この実験は明らかにした。
実施例１０： インビトロでのＡ−１及びＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）のＪａｇｇｅｄ１ブロッキング活性
Ａ−１（それぞれ配列番号１７及び１８の重鎖及び軽鎖可変領域配列）及びＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）（それぞれ配列番号３３及び３４の重鎖及び軽鎖可変領域配列）のＪａｇ１ブロッキング活性を測定するために、Ｊａｇ１誘導Ｎｏｔｃｈリポーター活性のインビトロ共培養アッセイを実施した。トランスフェクション効率の調整のために、高レベルのＮｏｔｃｈ２を発現するＵ８７ＭＧ細胞に、Ｎｏｔｃｈ応答性ＴＰ−１（１２ＸＣＳＬ）ホタル（ＦＦ）ルシフェラーゼリポーター、及び構成的に発現されるウミシイタケルシフェラーゼリポーター（ｐＲＬ−ＣＭＶ、Ｐｒｏｍｅｇａ）をコトランスフェクトした。Ｗｕ等、２０１０、Ｎａｔｕｒｅ ４６４：１０５２−１０５７を参照されたい。トランスフェクションの６時間後に、抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−１若しくはＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）、アイソタイプコントロール抗体、５μＭＤＡＰＴ（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ）又はＤＭＳＯビヒクルコントロールを、リガンド発現細胞（ヒトＪａｇ１又は無リガンドコントロールを安定してトランスフェクトしたＮＩＨ−３Ｔ３細胞）と共に加えた。２０時間の共培養（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｄｕａｌ Ｇｌｏ Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ）の後に、ルシフェラーゼ活性を測定した。一般的に、各条件について４反復を分析し、値を相対的ルシフェラーゼ単位（ウミシイタケシグナルで割ったホタルシグナル）として表し、抗ブタクサコントロールあたりのＪａｇ１誘導活性の百分率としてグラフ表示した。
その実験の結果を、図１８に示す。標準の方法によりＦＦ及びウミシイタケのルシフェラーゼを測定し（それぞれ、図１８Ｂ及びＣ）、ＦＦ対ウミシイタケのルシフェラーゼ比をＪａｇ１誘導Ｎｏｔｃｈ活性の正規化測定値としてグラフ表示した（図１８Ａ）。結果は、Ａ−１及びＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）のいずれも、Ｊａｇ１誘導Ｎｏｔｃｈシグナル伝達を用量依存的に阻害することを示す。図１８Ａ及びＢを参照されたい。したがって、Ａ−１（Ｓ１０１Ｔ）は、親抗体Ａ−１の抗Ｊａｇｇｅｄ１ブロッキング活性を保持する。
実施例１１： インビボでのＡ−１及びＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）のＪａｇｇｅｄ１ブロッキング活性
インビボでの抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体のＪａｇｇｅｄ１ブロッキング活性を調べるために、コントロール又は抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体をマウスに投薬した後に、マウス肺細気管支上皮のクラブ及び繊毛細胞の組成を測定した。０日目に、野生型の８週齢ＢＡＬＢ／ｃ雌マウス（１群につき３匹のマウス）に以下の通り投薬した（細気管支上皮を感作して、抗Ｊａｇｇｅｄ１活性のはっきりと測定可能な効果を明らかにするために、全ての群は抗Ｊａｇｇｅｄ２抗体（Ｂ−３）を含有していた）：
１．コントロール１×−アイソタイプコントロール（１ｋｇマウス体重につき１５ｍｇの抗体）＋抗Ｊａｇ２Ｂ−３（１５ｍｇ／ｋｇ；それぞれ配列番号４１及び４２の重鎖及び軽鎖可変領域配列）
２．Ａ−１ １×−抗Ｊａｇ１ Ａ−１（１５ｍｇ／ｋｇ；それぞれ配列番号１７及び１８の重鎖及び軽鎖可変領域配列）＋抗Ｊａｇ２ Ｂ−３（１５ｍｇ／ｋｇ）
３．Ａ−１ ．５×−抗Ｊａｇ１ Ａ−１（７．５ｍｇ／ｋｇ）＋抗Ｊａｇ２ Ｂ−３（１５ｍｇ／ｋｇ）
４．Ａ−１ ．２５×−抗Ｊａｇ１ Ａ−１（３．７５ｍｇ／ｋｇ）＋抗Ｊａｇ２ Ｂ−３（１５ｍｇ／ｋｇ）
５．Ａ−１−Ｓ１０１Ｔ ２×−抗Ｊａｇ１ Ａ−１（Ｓ１０１Ｔ）（３０ｍｇ／ｋｇ；それぞれ配列番号３３及び３４の重鎖及び軽鎖可変領域配列）＋抗Ｊａｇ２ Ｂ−３（１５ｍｇ／ｋｇ）
６．Ａ−１−Ｓ１０１Ｔ １×−抗Ｊａｇ１ Ａ−１（Ｓ１０１Ｔ）（１５ｍｇ／ｋｇ）＋抗Ｊａｇ２ Ｂ−３（１５ｍｇ／ｋｇ）
７．Ａ−１−Ｓ１０１Ｔ ．５×−抗Ｊａｇ１ Ａ−１（Ｓ１０１Ｔ）（７．５ｍｇ／ｋｇ）＋抗Ｊａｇ２ Ｂ−３（１５ｍｇ／ｋｇ）
８．Ａ−１−Ｓ１０１Ｔ ．２５×−抗Ｊａｇ１ Ａ−１（Ｓ１０１Ｔ）（３．７５ｍｇ／ｋｇ）＋抗Ｊａｇ２ Ｂ−３（１５ｍｇ／ｋｇ）
５日目に、以下の通りに肺を収集し、膨張させ、固定して、免疫蛍光法（ＩＦ）のために染色した。肺は、ＰＢＳ中の４％ＰＦＡで膨張させた。全体の肺を１０％中性緩衝ホルマリン（ＮＢＦ）に移し、室温で一晩固定した。固定した肺を、少なくとも２４時間、７０％エタノールに移した。肺は、パラフィンに包埋し、５μｍで切片にした。繊毛性及びＣｌａｒａ細胞のための免疫蛍光染色は、以下の通りだった。１２５℃で１５分の間、圧力調理器具内のクエン酸バッファー（Ｄａｋｏ Ｓ１７００）中でスライドを沸騰させることによって、スライドを脱パラフィンし、抗原を回収した。スライドを２×ＰＢＳ中で簡単に水洗し、４５分間又は３×１５分間、ＰＢＳ中の０．２％Ｔｒｉｔｏｎ−Ｘ１００で次に透過化した。５％ＦＢＳ／２％ＢＳＡで１時間、切片をブロックした。スライドは、２から３時間、又は一晩、ブロッキングバッファー中のヤギ抗ＣＣ１０（１：１０００）及びマウス抗アセチル化アルファチューブリン（１：２００）と次にインキュベートした。スライドを、ＰＢＳで１５分間、３回洗浄した。スライドを二次抗体と１時間インキュベートし（１：１０００希釈のＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ二次抗体）、次にＰＢＳで１５分間、２回水洗した。核は、ＤＡＰＩ（０．５μｇ／ｍｌ）で１５分間染色した。スライドを次にＰＢＳで１５分間、２回水洗し、カバーガラスを載せた。
その実験の結果を、図１９に示す。Ｊａｇｇｅｄ１及びＪａｇｇｅｄ２シグナル伝達のブロッキングは、マウス細気管支上皮において繊毛細胞数の増加（赤色のαチューブリンの免疫蛍光検出によってマークされる）、及びクラブ細胞数の減少（緑色のＣＣ１０の免疫蛍光検出によってマークされる）を引き起こす。Ｊａｇｇｅｄ１とＪａｇｇｅｄ２の両方のブロッキングはクラブ細胞のほぼ完全な消失をもたらす結果、生じる上皮は主に繊毛細胞からなる（赤色；図１９の「Ａ−１、１×」及び「Ａ−１−Ｓ１０１Ｔ、２×」を参照されたい）。Ａ−１及びＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）は、インビボでＪａｇｇｅｄ１誘導Ｎｏｔｃｈシグナル伝達を両方とも用量依存的に阻害した。したがって、Ａ−１（Ｓ１０１Ｔ）は、親抗体Ａ−１の抗Ｊａｇｇｅｄ１ブロッキング活性をインビボで保持する。
実施例１２： 抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−１及びＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）は、肝がん腫瘍の増殖をインビボで阻害する
ヒト患者由来の肝がん腫瘍、ＬＩＶ＃７８（Ｇｅｎｅｎｄｅｓｉｇｎ、Ｃｈｉｎａ）を、ＢＡＬＢ−ｃ免疫不全ヌードマウスで皮下異種移植として増殖させた。腫瘍が１５０から２００ｍｍ３の間まで成長したとき、１群につき１０匹のマウスで７つの処置群にマウスを分け、指示抗体の指示用量（マウス体重１ｋｇあたりの抗体のｍｇ数）で１週間につき１回（３週おきに１回投薬された第５群を除いて）投薬した（Ａ−１（Ｓ１０１Ｔ）抗体はそれぞれ配列番号５１及び５３の重鎖及び軽鎖配列を有し；「Ａ−１−ＤＡＮＧ（エフェクターのない）」はそれぞれ配列番号５２及び５３の重鎖及び軽鎖配列を有し；Ａ−１抗体はそれぞれ配列番号８１及び５３の重鎖及び軽鎖配列を有する）。図２０Ｂを参照されたい。腫瘍体積は、ノギス測定によって調べた（長さ×幅×高さ／２）。
図２０Ａは、試験期間中の各処置群での腫瘍体積のＬＭＥ（線形混合効果）グラフを示す。図２０Ｂは、増殖統計、群同一性及び投薬レジメンを要約する。抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体Ａ−１及びＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）は、肝がん増殖をインビボで有意に阻害した。抗Ｊａｇｇｅｄ１抗体の各々で、複数のＰＲ（部分寛解）が観察された。同様に、抗Ｊａｇｇｅｄ１処置群のいずれも４４日間の試験中に腫瘍体積の倍増を示さなかったが、コントロール群は１８．５日の、腫瘍倍増への進行までの時間（ＴＴＰ ２×）を示した。図２０Ｂを参照されたい。コントロール群と比較した１日あたりの曲線下面積の関数（ＡＵＣ／日）としての腫瘍増殖阻害の百分率（％ＴＧＩ、「下限値」及び「上限値」は、それぞれ各群の個々の動物の最低及び最高の％ＴＧＩ測定値を指す）は、抗Ｊａｇｇｅｄ１ Ａ−１−Ｓ１０１Ｔの用量に依存し、Ｊａｇｇｅｄ１阻害の程度を反映する腫瘍増殖阻害と整合していた。同様に、腫瘍増殖の阻害は、Ａ−１又はＡ−１（Ｓ１０１Ｔ）を用いても類似していた。例えば、図２０Ｂの第３群及び第７群を比較されたい。エフェクター機能を欠くＡ−１の重鎖Ｎ２９７Ｇ突然変異形がＡ−１と同じくらい効果的に腫瘍増殖を阻害したので、腫瘍増殖阻害は抗体エフェクター機能に依存しなかった。図２０Ｂの第６群及び第７群を比較されたい。
図２１Ａは、図２０に示すマウスの経時的マウス体重のＬＭＥ（線形混合効果）グラフを示す。図２０Ｂは、試験最終日の体重の％変化（最終日の％ＢＷ）、体重の最大％変化（最大％ＢＷ）及び体重の最大変化が起こった日（最大％ＢＷの日）並びに（ＡＵＣ／日（下限値、上限値））を含む、処置群の様々な体重パラメータを示す。コントロール群を含む処置群の体重グラフは統計学的に区別できず、抗Ｊａｇｇｅｄ１治療が十分な耐容性を示したことを示す。
実施例１３： Ｊａｇｇｅｄ１のブロッキングは、杯細胞異形成をインビボで阻害する
腹腔内に注射されたオボアルブミンへの３５日間の感作の後、７日連続でマウスをエアゾール化オボアルブミンで抗原投与し、その後それらを屠殺して杯細胞数について分析した。最初のエアゾール抗原投与の２４時間及び９６時間後に、コントロール、抗Ｊａｇｇｅｄ１ Ａ−２抗体（マウスＩｇＧ２ａ Ｆｃと）、抗Ｊａｇｇｅｄ２ Ｂ−３抗体（マウスＩｇＧ２ａ Ｆｃと）又は抗Ｊａｇｇｅｄ１＋抗Ｊａｇｇｅｄ２抗体の組合せでマウスを処置した。
図２３Ａは、抗Ｊａｇｇｅｄ１、抗Ｊａｇｇｅｄ２、抗Ｊａｇｇｅｄ１＋抗Ｊａｇｇｅｄ２又はコントロール抗体で処置したマウスでの、肺気道の定期的な酸−シッフ染色を示す。図２３Ｂは、異なる処置群の気道での、杯細胞の数量化を示す。コントロール及び抗Ｊａｇｇｅｄ２群で、豊富な杯細胞が明白である。抗Ｊａｇｇｅｄ１群ではわずかな杯細胞しか存在せず、抗Ｊａｇｇｅｄ１＋抗Ｊａｇｇｅｄ２群では杯細胞は事実上検出されなかった。図２３Ｃは、ヘマトキシリンエオシン（Ｈ＆Ｅ）染色によって評価した炎症指数を示す。Ｊａｇｇｅｄ１又は２のブロッキング抗体のいずれによる治療も、肺の炎症に影響しない。
Ｊａｇｇｅｄ１誘導Ｎｏｔｃｈシグナル伝達は、気道での細胞運命を、繊毛細胞運命ではなく分泌性細胞（杯細胞を含む）運命へと偏らせる。Ｊａｇｇｅｄ１シグナル伝達は分泌性細胞運命の維持にとって重要であり、Ｊａｇｇｅｄ１シグナル伝達の阻害は杯細胞異形成を阻止した。我々は、クラブ細胞から繊毛細胞への変換が直接的であり、細胞分裂を伴わなかったことも示した（データ示さず）。クラブ細胞は、肺で杯細胞を生成する。別の細胞型への１つの細胞型のこの分化転換は成人の肺で起こり、傷害後又は発生中などの前駆体細胞分裂を伴う細胞運命選択とは異なる。杯細胞異形成又は過剰な粘液は、いくつかの気道疾患、例えば喘息、嚢胞性線維症、ＣＯＰＤ及びバレット食道の特質である。これらのＪａｇｇｅｄ阻害結果は、気道疾患（例えば、喘息、ＣＯＰＤ、嚢胞性線維症）及びバレット食道の場合のように、杯細胞異形成の予防又は反転のための、及び過剰な粘液で特徴付けられる状態の治療のための、Ｊａｇｇｅｄ１又はＪａｇｇｅｄ２阻害剤の使用を含む治療的適用のための基礎を提供する。
実施例１４： 抗Ｊａｇｇｅｄ１及び抗Ｊａｇｇｅｄ２抗体の特異的結合
標準の酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）を用いて、組換え体の精製されたＮｏｔｃｈリガンドヒトＪａｇｇｅｄ１（ｈＪａｇ−１）、ヒトＪａｇｇｅｄ２（ｈＪａｇ−２）、マウスＪａｇｇｅｄ２（ｍＪａｇ−２）、ヒトデルタ様１（ｈＤＬＬ１）、マウスデルタ様１（ｍＤＬＬ１）及びヒトデルタ様４（ｈＤＬＬ４）への結合について、抗体Ａ−２（図２４、左パネル）及びＣ−１（図２４、右パネル）を試験した。ＰＢＳ ｐＨ７．４中の１μｇ／ｍｌのＮｏｔｃｈリガンドタンパク質（示す通り）を、一晩４０℃でＥＬＩＳＡプレート（Ｎｕｎｃ Ｍａｘｉｓｏｒｐ）にコーティングした。ＰＢＳ中のカゼインブロッカー（Ｐｉｅｒｃｅ）で、プレートを室温で１時間ブロックした。ＰＢＳＴバッファー（０．５（ｗ／ｖ）％ＢＳＡを含むＰＢＴバッファー（ＰＢＳ＋０．０５（ｖ／ｖ）％Ｔｗｅｅｎ２０））中の抗体ＩｇＧ（示す通り）の段階３倍希釈溶液をプレートに加え、室温で１時間インキュベートした。次にプレートをＰＢＳＴで洗浄し、結合した抗体をペルオキシダーゼコンジュゲートヤギ抗ヒトＦａｂ特異的ＩｇＧ（Ｓｉｇｍａ）で検出した。ＴＭＢ基質（３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン）を用い、標準のＥＬＩＳＡプレートリーダーを用いて６３０ｎＭの吸光度を読み取った。ＫａｌｅｉｄａＧｒａｐｈ（Ｓｙｎｅｒｇｙ Ｓｏｆｔｗａｒｅ）を用いて、ＩｇＧの濃度に対して吸光度をプロットした。図２４は結果を示し、ｙ軸上のＡ６３０は結合程度を表す。
抗体Ａ２はヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１に結合したが、ヒトのＪａｇｇｅｄ２、マウスのＪａｇｇｅｄ２、ヒトのＤＬＬ１、マウスのＤＬＬ１、ヒトのＤＬＬ４、マウスのＤＬＬ４に結合しなかった（図２４、左パネル）。抗体Ｃ１はヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１、ヒト及びマウスのＤＬＬ１、ヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ２に結合したが、ヒト、マウスのＤＬＬ４に結合しなかった（図２４、右パネル）。
ＢＩＡｃｏｒｅ（商標）−Ｔ２００機器を用いる表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって、抗体結合親和性及び速度定数を測定した。およそ１５０反応単位（ＲＵ）を達成するために、ＣＭ５センサーチップにコーティングされたマウス抗ヒトＩｇＧによって、ヒトＩｇＧ１抗体を捕捉した。動態学的又は親和性測定のために、ヒトＪａｇｇｅｄ１、マウスＪａｇｇｅｄ１、ヒトＪａｇｇｅｄ２、マウスＪａｇｇｅｄ２、ヒトＤＬＬ１、マウスＤＬＬ１、ヒトＤＬＬ４、マウスＤＬＬ４及びラットＪａｇｇｅｄ１の４倍段階希釈溶液を、２５℃において３０ｍｌ／分の流量でＨＢＳ−Ｔバッファー（０．０１Ｍ ＨＥＰＥＳ ｐＨ７．４、０．１５Ｍ ＮａＣｌ、０．０５ｖ／ｖ％界面活性剤Ｐ２０、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）に注入した。リガンド断片は、ラットＪａｇｇｅｄ１を除いて、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓから購入したＤＳＬ−ＥＧＦ１−４断片であった。簡単な１対１のＬａｎｇｍｕｉｒ結合モデル（ＢＩＡｃｏｒｅ Ｔ２００ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアバージョン２．０）を用いることによって、会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）を計算した。平衡解離定数（ｋｄ）は、比ｋｏｆｆ／ｋｏｎとして計算した。親和性分析のために、定常状態親和性モデルを用いてＫｄを計算した（ＢＩＡｃｏｒｅ Ｔ２００ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアバージョン２．０）。
表３は、精製されたヒトＪａｇｇｅｄ１、マウスＪａｇｇｅｄ１、ヒトＪａｇｇｅｄ２、マウスＪａｇｇｅｄ２、ヒトＤＬＬ１、マウスＤＬＬ１、ヒトＤＬＬ４、マウスＤＬＬ４及び／又はラットＪａｇｇｅｄ１に結合する抗体Ａ−２、Ｂ−３、Ｃ−１、Ａ−１及びＡ−１ Ｓ１０１Ｔの結合定数を要約する。ｎ．ｄ．＝検出せず、ｎ．ｔ．＝試験せず。抗体Ａ−２、Ａ−１及びＡ−１−Ｓ１０１Ｔ．ＮＧ（Ｎ２９７Ｇ突然変異を有する抗体Ａ−１Ｓ１０１Ｔ）は、ヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１に高い親和性で特異的に結合した。抗体Ａ−１及びＡ−１−Ｓ１０１Ｔ．ＮＧは、ラットＪａｇｇｅｄ１にも高い親和性で結合した。抗体Ｂ−３は、ヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ２に高い親和性で特異的に結合した。抗体Ｃ−１は、ヒト及びマウスのＪａｇｇｅｄ１及びＪａｇｇｅｄ２に特異的に結合した。抗体Ｂ−３及びＣ−１は、ヒト及びマウスのＤＬＬ１への多少の結合を示したが、抗体Ａ−２は示さなかった。試験した抗体のいずれも、ヒト、マウスのＤＬＬ４に結合しなかった。
実施例１５：抗Ｊａｇｇｅｄ１ Ａ−１−Ｓ１０１Ｔ抗体の薬物動態
１、１０及び１００ｍｇ／ｋｇの単一の静脈内注射の後の抗Ｊａｇｇｅｄ１ Ａ−１−Ｓ１０１Ｔ抗体の薬物動態学的プロファイルを、雌Ｂａｌｂ／ｃヌードマウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｈｏｌｌｉｓｔｅｒ、ＣＡ）で評価した。マウスは５−８週齢であって、およそ１７．３−２１．８ｇの重量であった。血清試料を収集し、抗体濃度を特異的酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）によって分析した。特異的ＥＬＩＳＡはＪＡＧ１細胞外ドメイン−ヒスチジンでコーティングし、ヤギ抗ヒトＦｃで検出した。アッセイ感度は、６．２５ｎｇ／ｍＬの標準値未満である。薬物動態学的パラメータは、非コンパートメントモデルをＰｈｏｅｎｉｘ（商標）ＷｉｎＮｏｎｌｉｎ（登録商標）（ｖ．６．３；Ｐｈａｒｓｉｇｈｔ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ；Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ、ＣＡ）と用いて推定した。全てのＰＫ分析は、個々の動物データの未処置プールに基づいた。
１及び１００ｍｇ／ｋｇの用量範囲内の抗Ｊａｇｇｅｄ１ Ａ−１−Ｓ１０１Ｔ抗体のＩＶ投与の後に、用量比例増加を超える曝露の増加が観察され、抗体の標的介在性クリアランス機構を示唆した（図２５及び表４）。クリアランス値は、およそ１３から７５ｍＬ／日／ｋｇの範囲内だった。
理解の明瞭さのために上の発明を図示及び例により多少詳細に説明したが、説明及び例は本発明の範囲を限定するものと解釈するべきでない。本明細書に引用される全ての特許及び科学文献の開示は、参照により完全に明示的に組み込まれる。

Claims (55)

  1. ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する単離抗体であって、配列番号３５又は７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号２８又は３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ＸがＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ又はＶから選択される任意のアミノ酸である配列番号５５又は５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号１６又は４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む、抗体。
  2. ａ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３；又は
    ｂ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３；又は
    ｃ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３
    を含む、請求項１に記載の単離抗体。
  3. 配列番号５４、５８又は６２のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＨ配列を含む、請求項１又は２に記載の単離抗体。
  4. 配列番号１０、２６又は３４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＬ配列を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の単離抗体。
  5. ａ）配列番号５４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＨ配列及び配列番号３４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＬ配列；又は
    ｂ）配列番号５８のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＨ配列及び配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＬ配列；又は
    ｃ）配列番号６２のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＨ配列及び配列番号２６のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有するＶＬ配列
    を含む、請求項１から４のいずれか一項に記載の単離抗体。
  6. ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する単離抗体であって、
    ａ）ＸがＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ又はＶから選択される任意のアミノ酸である配列番号５４のＶＨ配列、及び配列番号３４のＶＬ配列；又は
    ｂ）ＸがＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ又はＶから選択される任意のアミノ酸である配列番号５８のＶＨ配列、及び配列番号１０のＶＬ配列；又は
    ｃ）ＸがＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｔ又はＶから選択される任意のアミノ酸である配列番号６２のＶＨ配列、及び配列番号２６のＶＬ配列
    を含む単離抗体。
  7. 配列番号５４のＶＨ配列及び配列番号３４のＶＬ配列を含む、請求項６に記載の単離抗体。
  8. 重鎖が配列番号５６のアミノ酸配列を含み、軽鎖が配列番号５３のアミノ酸配列を含む、請求項７に記載の単離抗体。
  9. 重鎖が配列番号５７のアミノ酸配列を含み、軽鎖が配列番号５３のアミノ酸配列を含む、請求項７に記載の単離抗体。
  10. ＸがＴである、請求項１から９のいずれか一項に記載の単離抗体。
  11. ヒトＪａｇｇｅｄ１に結合する単離抗体であって、
    ａ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３；又は
    ｂ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号３６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３；又は
    ｃ）配列番号７８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１；配列番号２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１；配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び配列番号１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３
    を含む単離抗体。
  12. ａ）配列番号３３のＶＨ配列及び配列番号３４のＶＬ配列；又は
    ｂ）配列番号６５のＶＨ配列及び配列番号１０のＶＬ配列；又は
    ｃ）配列番号６６のＶＨ配列及び配列番号２６のＶＬ配列
    を含む、請求項１１に記載の単離抗体。
  13. 配列番号３３のＶＨ配列及び配列番号３４のＶＬ配列を含む、請求項１２に記載の単離抗体。
  14. 完全長ＩｇＧ１抗体である、請求項１から１３のいずれか一項に記載の抗体。
  15. エフェクター機能を欠く、請求項１４に記載の抗体。
  16. 重鎖がＮ２９７Ｇ又はＮ２９７Ａ変異を含む、請求項１４に記載の抗体。
  17. 重鎖が配列番号５１のアミノ酸配列を含み、軽鎖が配列番号５３のアミノ酸配列を含む、請求項１３に記載の単離抗体。
  18. 重鎖が配列番号５２のアミノ酸配列を含み、軽鎖が配列番号５３のアミノ酸配列を含む、請求項１３に記載の単離抗体。
  19. ａ）配列番号６９のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号７５のアミノ酸配列を含む軽鎖；又は
    ｂ）配列番号７０のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号７６のアミノ酸配列を含む軽鎖；又は
    ｃ）配列番号７９のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号７５のアミノ酸配列を含む軽鎖；又は
    ｄ）配列番号８０のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号７６のアミノ酸配列を含む軽鎖
    を含む、請求項１２に記載の抗体。
  20. Ｊａｇｇｅｄ１介在性シグナル伝達のアンタゴニストである、請求項１から１９のいずれか一項に記載の抗体。
  21. ヒトＪａｇｇｅｄ２に結合しない、請求項１から２０のいずれか一項に記載の抗体。
  22. ヒトＤＬＬ４に結合しない、請求項１から２１のいずれか一項に記載の抗体。
  23. ヒトＤＬＬ１に結合しない、請求項１から２２のいずれか一項に記載の抗体。
  24. マウスＪａｇｇｅｄ２、マウスＤＬＬ４及び／又はマウスＤＬＬ１に結合しない、請求項１から２３のいずれか一項に記載の抗体。
  25. 体重減少を引き起こすことなく、マウス異種移植モデルで腫瘍増殖を低減する、請求項１から２４のいずれか一項に記載の抗体。
  26. マウス異種移植モデルが肝がん異種移植モデルである、請求項２５に記載の抗体。
  27. 腫瘍増殖が、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０又は少なくとも９０ＡＵＣ／日 ＴＧＩ％低減される、請求項２５又は請求項２６に記載の抗体。
  28. 請求項１から２７のいずれか一項に記載の抗体をコードする単離核酸。
  29. 請求項２８に記載の単離核酸を含む宿主細胞。
  30. 抗体を生成する方法であって、抗体が生成されるように請求項２９に記載の宿主細胞を培養することを含む、方法。
  31. 請求項１から２７のいずれか一項に記載の抗体及び細胞傷害剤を含む、イムノコンジュゲート。
  32. 請求項１から２７のいずれか一項に記載の抗体及び薬学的に許容される担体を含む、薬学的製剤。
  33. 請求項３１に記載のイムノコンジュゲート及び薬学的に許容される担体を含む、薬学的製剤。
  34. 医薬としての使用のための、請求項１から２７のいずれか一項に記載の抗体又は請求項３１に記載のイムノコンジュゲート。
  35. がんの治療における使用のための、請求項１から２７のいずれか一項に記載の抗体又は請求項３１に記載のイムノコンジュゲート。
  36. がん細胞増殖を低減するための、請求項１から２７のいずれか一項に記載の抗体又は請求項３１に記載のイムノコンジュゲート。
  37. アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺での）及び／又は過剰な粘液と関連する疾患の治療における使用のための、請求項１から２７のいずれか一項に記載の抗体又は請求項３１に記載のイムノコンジュゲート。
  38. 杯細胞異形成と関連する疾患の治療における使用のための、請求項３７に記載の抗体又はイムノコンジュゲート。
  39. 喘息、嚢胞性線維症、慢性閉塞性肺疾患又はバレット食道の治療における使用のための、請求項１から２７のいずれか一項に記載の抗体又は請求項３１に記載のイムノコンジュゲート。
  40. 医薬の製造における、請求項１から２７のいずれか一項に記載の抗体又は請求項３１に記載のイムノコンジュゲートの使用。
  41. 医薬ががん治療のためのものである、請求項４０に記載の使用。
  42. 医薬ががん細胞増殖低減のためのものである、請求項４０に記載の使用。
  43. 医薬が、アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺での）及び／又は過剰な粘液と関連する疾患の治療のためのものである、請求項４０に記載の使用。
  44. 医薬が杯細胞異形成と関連する疾患の治療のためのものである、請求項４３に記載の使用。
  45. 医薬が、喘息、嚢胞性線維症、慢性閉塞性肺疾患又はバレット食道の治療のためのものである、請求項４４に記載の使用。
  46. がんを有する個体においてがんを治療するための医薬であって、請求項１から２７のいずれか一項に記載の抗体又は請求項３１に記載のイムノコンジュゲートの有効量を含む、医薬。
  47. がんが、乳がん、肺がん、脳がん、子宮頸がん、結腸がん、肝がん、胆管がん、膵がん、皮膚がん、Ｂ細胞悪性腫瘍及びＴ細胞悪性腫瘍から選択される、請求項４６に記載の医薬。
  48. アレルギー、喘息、自己免疫性疾患、杯細胞異形成（例えば、肺の）及び過剰な粘液と関連する疾患から選択される疾患をがんを有する個体において治療するための医薬であって、請求項１から２７のいずれか一項に記載の抗体又は請求項３１に記載のイムノコンジュゲートの有効量を含む、医薬。
  49. 疾患が杯細胞異形成と関連する、請求項４８に記載の医薬。
  50. 疾患が、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、嚢胞性線維症及びバレット食道から選択される、請求項４８に記載の医薬。
  51. 標識にコンジュゲートされた、請求項１から２７のいずれか一項に記載の単離抗体。
  52. 標識が陽電子放出体である、請求項５１に記載の単離抗体。
  53. 陽電子放出体が８９Ｚｒである、請求項５２に記載の単離抗体。
  54. 生物学的試料におけるヒトＪａｇｇｅｄ１を検出する方法であって、天然に存在するヒトＪａｇｇｅｄ１への抗体の結合を許容する条件下で、請求項１から２７及び５１から５３のいずれか一項に記載の抗体と生物学的試料を接触させること、並びに抗体と、生物学的試料中の天然に存在するヒトＪａｇｇｅｄ１との間で複合体が形成されるかどうかを検出することを含む方法。
  55. 生物学的試料が、乳がん、肺がん、脳がん、子宮頸がん、結腸がん、肝がん、胆管がん、膵がん、皮膚がん、Ｂ細胞悪性腫瘍及びＴ細胞悪性腫瘍から選択される、請求項５４に記載の方法。
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