JP5313204B2 - 核酸増幅方法 - Google Patents
核酸増幅方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP5313204B2 JP5313204B2 JP2010125694A JP2010125694A JP5313204B2 JP 5313204 B2 JP5313204 B2 JP 5313204B2 JP 2010125694 A JP2010125694 A JP 2010125694A JP 2010125694 A JP2010125694 A JP 2010125694A JP 5313204 B2 JP5313204 B2 JP 5313204B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- target nucleic
- rca
- stranded
- sequence
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Lifetime
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6848—Nucleic acid amplification reactions characterised by the means for preventing contamination or increasing the specificity or sensitivity of an amplification reaction
Description
本発明は核酸の作製、増幅、検出及び定量に関するものである。特に、本発明は環状核酸の作製、増幅、検出及び定量に関するものである。
発明の説明
例えばRCAプロセスのような増幅プロセスの感度を改善する一つの方法はこのプロセスの間に生じるシグナルを増加させることである。これは初代のRCA産物を鋳型にした続く増幅過程を行うことにより達成することができる。そのような続く増幅過程の一つは、初代のRCA産物をさらに続く増幅過程において増幅されるモノマーの新規作製に回すことによって行われる。したがって、最初の態様において、本発明は以下の段階を含む核酸産物増幅方法に関係している:
− 典型的にRCAにより、初代増幅産物を提供する、この産物は増幅する配列のコンカテマーを含んでいる;
− 増幅産物をモノマー化する;
− このようにして形成したモノマーをさらに増幅して、第二代増幅産物を形成する。
− 信号プローブを提供する、そのプローブは増幅産物に相補的な配列を含む;
− 信号プローブを増幅産物と反応させる;
− 初代増幅産物にハイブリッド形成した信号プローブは選択的に分解する、その分解プローブは初代増幅産物から解離し、さらに別の信号プローブが産物とハイブリッド形成できるようになり、プローブのハイブリッド形成及び分解はプローブから発信される検出信号の変化として現れる。
本発明の態様をこれから付属した図を参照して、例示に過ぎないが、詳細に記述する:
例1(改良分子ビーコンを使用する第3世代RCAのリアルタイムモニタリング)
2nM南京錠プローブ(P−
(P=5’リン酸)を10mM TrisAc(pH7.5),10mM MgAc2,50mM KAc,0.1% BSA,1mM ATP,200mM NaCl,及び20mU/μl T4 DNAリガーゼの中で、0,10,40または160zmolの標的オリゴヌクレオチド
の存在下に環化した。反応を15分間37℃でインキュベートし、次いで5分間65℃でリガーゼを不活化した。第一世代RCAは0.1μg/μl BSA,250μM dNTP,10mM DTT,1 pmolプライマー
、及び1ng/μlφ29 DNAポリメラーゼの中で45分間37℃で行った。重合成分を15μlのφ29 DNAポリメラーゼ緩衝液(10mM Tris−HCl(pH7.5),10mM MgCl2,及び20mM(NH4)2SO4)中で10μl連結反応に加えた。DNAポリメラーゼを10分間65℃で不活化した。5μl 0.1μg/μl BSA,3pmol RSAI
、及びφ29 DNAポリメラーゼ緩衝液中の10U RsaIを加えて第一世代RCA産物をモノマー化した。反応を60分37℃でインキュベートし、次いで10分間65℃で酵素を不活化した。5μl 0.1μg/μl BSA,1mM ATP,及び1U T4 DNAリガーゼをφ29ポリメラーゼ緩衝液中で加えてモノマー化RCA産物を環化した。15分間37℃でインキュベートして連結を行い、ついで5分間65℃で酵素を不活化した。第二世代RCAは15μl重合試薬を35μlの環化RCA産物に加えて、第一世代RCAと同じ条件を使用して行った。重合反応は45分間37℃で継続した。第二世代のRCA産物の半分に、0.1μg/μl BSAを含むφ29DNAポリメラーゼ緩衝液5μl中で6pmol RSAIcomp
及び10U RsaIを加えてモノマー化した。反応を60分間37℃でインキュベートし、次いで10分間65℃で酵素を不活化した。モノマー化した第二世代のRCA産物の環化は、モノマー化した第一世代のRCA産物の環化と同じ方法を使用して行った。第三世代のRCAは、0.1μM分子ビーコン
の存在下60分間行った以外は第二世代RCAと同様に行った。ABI 7700を使用して反応をリアルタイムに追跡した。
2nM南京錠プローブ(WD 1216G)を種々の量の標的オリゴヌクレオチド(T 1216G;0,25,250,または2500zmol)の存在下に上記のように環化した。第一世代RCAは1pmolのプライマーWDP−Fの存在下に上記と同様に100分間37℃で行った。15μlのφ29 DNAポリメラーゼ緩衝液中で10μl連結反応に重合成分を加えた。DNAポリメラーゼを10分間65℃で不活化した。φ29 DNAポリメラーゼ緩衝液中の5μl 0.1μg/μl BSA,3pmol Comp WDP−F,及び5U Fnu4H 1を加えることにより第一世代RCA産物をモノマー化した。反応を60分間37℃でインキュベートし、次いで10分間65℃で酵素を不活化した。5μl 0.1μg/μl BSA,1mM ATP,及び1U T4 DNAリガーゼをφ29DNAポリメラーゼ緩衝液中で加えてモノマー化RCA産物を環化した。15分間37℃でインキュベートして連結を行い、ついで5分間65℃で酵素を不活化した。第二世代RCAは15μl重合試薬を35μlの環化RCA産物に加えて、第一世代RCAと同じ条件を使用して行った。重合反応は100分間37℃で継続した。0.1μg/μl BSAを含むφ29 DNAポリメラーゼ緩衝液5μl中で4.5pmol D−RCRcut及び5U Fnu4HIを加えることにより第二世代のRCA産物の半分をモノマー化した。反応を60分間37℃でインキュベートし、次いで10分間65℃で酵素を不活化した。30μlモノマー化第二世代RCA産物を、4*SSC,0.525μM Comp WD Cy5,10μM EDTA中45℃で2時間DNAマイクロアレイとハイブリッド形成させ、0.1xSSC中45℃で洗い、水ですすぎ、そして最後に乾燥した。Cy5蛍光信号を蛍光レーザースキャナーで記録した。
図10は、例1に記述されている第三世代のRCAのリアルタイムモニタリングを示している。A)発生したときにRCA産物にハイブリッド形成した分子ビーコンから放射されたHEX蛍光のリアルタイムの測定。B)グラフは最初のプローブ環化反応に加えられた標的オリゴヌクレオチドの量との関係を示している、4回繰り返し、そしてこの連結反応の第三世代リアルタイムRCAの最大勾配。エラーバーは標準偏差を示す。
図11は、例2に従って得られた第二世代RCA産物に相補的なオリゴヌクレオチドを含むマイクロアレイ地区で記録された蛍光を示す。
オリゴヌクレオチド:使用した南京錠プローブはp90:
及びp93:
(P=5’リン酸)であった。南京錠プローブに対する連結鋳型はt40:
であった。DNA分子ビーコンはFAM−cgcctcAATGCTGCTGCTGTACTACgaggcg−DABCYL(ステム部分は小文字)であり、そして2’O−Me−RNA分子ビーコンはHEX−ccucAAUGCUGCUGCUGUACUACgagg−DABCYLであった。2’O−Me−RNA塩基対の高いハイブリッド安定性の故に2’O−Me−RNA分子ビーコンにおいてステムは2塩基対短い。制限消化に使用したオリゴヌクレオチドは Tsp451:
であった。
南京錠プローブの環化:10mM Tris−酢酸 pH7.5,10mM 酢酸Mg,50mM NaCl,1mM ATP,1μg/μl BSA,及び0.2単位/μl T4 DNAリガーゼ(Amersham Pharmacia Biotech)中で600nM 連結鋳型の存在下に200nM南京錠プローブを37℃で30分間連結した。
ローリングサークル増幅:重合反応を50mM Tris−HCl(pH7.5),10mM MgCl2,20mM(NH4)2SO4,10mMジチオトレイトール及び0.2μg/μl BSA,0.25mM dNTP,及び2ng/μl Φ29DNAポリメラーゼ(Dr.M.Salasから供与された)の中において37℃で行った。リアルタイムモニタリングのために、100nM分子ビーコン及び300nM ROX色素の存在下にRCAを行った。蛍光の値は分子ビーコン(FAMまたはHEX)及びROX対照色素から放射される蛍光の比から得た。温度依存性は温度を1℃上昇させ30秒間保った後蛍光を測定して得た。
制限消化:20μlの10mM Bis Trisプロパン−HCl(pH7.0),10mM MgCl2,1mMジチオトレイトール,0.1μg/μl BSA,1.5μM Tsp451,及び0.1U/μl Tsp 451(New England Biolabs)を40μl RCA産物に加え、そして65℃で4時間インキュベートした。
100ngのPstI切断ゲノムDNAを95℃で12分間変性し、そしてサーマルサイクラー中で12℃に急速に冷却した。予めアニ―ルしたオリゴヌクレオチド
及び“gDNAadapter1°”
を最終濃度2nMになるように変性切断ゲノムDNAに加えた。一つの反応にはリガーゼを加え、もう一つの反応にはリガーゼを加えなかった。連結を1時間室温で、次いで30分間37℃で進行させ、次いで65℃で20分間リガーゼを熱不活化した。連結反応の5μlを50mM Tris−HCl,pH7.5,10mM MgCl2,20mM(NH4)2SO4,0.2μg/μl BSA,0.25mM dNTP,及び10ng Φ29ポリメラーゼ中37℃で3時間ローリングサークル増幅にかけた。RCA産物の量を定量するために、リアルタイムPCR反応を容量25μl中1xPCR GOLD緩衝液(ABI),1.6mM MgCl2,0.25mM dNTP,200nM
及び200nM
プライマー,0.625U Taq GOLDポリメラーゼ(ABI),300nM ROX色素及び0.15xSYBR Green(Molecular Probes)にRCA反応の2.5μlを加えて行った。プライマーはゲノムフラグメント及びRCA産物の両者をPCR増幅するように設計した。PCRプログラムは95℃で10分間、45サイクルの95℃ 15分間及び60℃ 60秒であった。PCR終了後、PCR増幅単位を解離曲線分析にかけた。Ct値として示された結果はカッコ内の標準偏差とともに表1に見ることができる。増幅単位の融解温度は82.6℃であり、これは増幅単位の推定Tm83℃によく近似した。Φ29 DNAポリメラーゼは一本鎖DNA(変性)に対して強いエキソヌクレアーゼ活性を示す;したがって4倍希釈を考慮した場合に、Φ29 DNAポリメラーゼ処理をしない検体に比較して非連結DNAは4分の1の少ない産物を示す。増幅されるDNAは545ntの長さであり、そして1500nt/minの速さであるから500倍の増幅が予想された。4倍希釈を考慮すると、非増幅検体に比較して120倍の結果になることが予想されるであろう。デルタCt値6.75は110倍の増幅に相当する。
表1
環化南京錠プローブp93のRCA産物の2pM及び産物に相補的な標的プローブRC1R(5’−ローダミン−
の5nMの1xPBS溶液を幅50マイクロメーター及びチャンネル間空間40マイクロメーターの二本の微量流体チャンネルに注入した。南京錠プローブの環化及びRCAは例4及び5に従って行った。RCAを1時間行ったので、RCA産物は環化プローブの平均1500コピーを含む。チャンネル中の結合及び非結合蛍光標識プローブからの蛍光を、40xドライレンズを装着した表在蛍光顕微鏡を使用して画像化した。図12において、チャンネル中に数個の輝くDNAのボール、並びにやや弱く輝く焦点外の物体が非結合プローブの拡散した蛍光の背景上に認められる。
Claims (8)
- 環化核酸を作成する方法であって、
標的核酸フラグメントを得るために標的核酸をフラグメント化し;
該標的核酸フラグメントが二本鎖の場合は、該標的核酸フラグメントを変性し、一本鎖標的核酸フラグメントとし;
該標的フラグメントに、第一鎖と第二鎖を含む環化アダプターをハイブリダイズし、DNAライゲースを用いて、標的フラグメントを環化し、
ここで、該第一鎖は一本鎖の標的に相補的な配列を両末端に有し(該一本鎖の配列は標的核酸のそれぞれの末端と相補的である)、
該第二鎖は上記2つの一本鎖末端配列の間に、二本鎖となった標的に相補的でない部分を形成し(該二本鎖となった部分は制限オリゴヌクレオチド配列を含む)、
標的核酸フラグメントは該一本鎖の両末端とハイブリダイズして、
標的核酸フラグメントの末端が二本鎖となった部位の第二鎖のそれぞれの末端と連結するように隣接し、該末端の連結が標的フラグメントを環化する;
ことを含む上記方法。 - 制限オリゴヌクレオチド配列が、1つの共通の制限オリゴヌクレオチド配列である、請求項1に記載の方法。
- 更に、環化標的核酸フラグメントを増幅することを含む、請求項1または2に記載の方法。
- 前記増幅がローリングサークル増幅である請求項3に記載の方法。
- 同じ共通の制限ヌクレオチド配列を二本鎖となった部位に有する異なる環化アダプターを用いて多くの異なる標的核酸フラグメントを環化し、次いで、複数の異なる標的核酸フラグメントが平行して増幅されるように、標的核酸フラグメントを、同じ共通の制限ヌクレオチドと同じ制限酵素を用いて、増幅することを含み、
ここで該増幅ステップがそれぞれの環化した標的核酸フラグメントをローリングサークル増幅(RCA)してRCA産物を形成し;
RCA産物内のモノマーあたり1つの割合で、それぞれのアダプター配列に存在する共通の制限オリゴヌクレオチド配列に同じ共通のアダプターオリグヌクレオチドをハイブリダイズさせ;
同じ共通の制限酵素を用いてモノマー化し;
環化の連結鋳型として、同じ共通のアダプターオリグヌクレオチドを用いて該モノマーを環化し;そして
RCAの鋳型として該環化されたモノマーを用いてローリングサークル増幅の更なるサイクルが実行される;
請求項2から4のいずれか一項に記載の方法。 - 標的核酸を、一つもしくはそれ以上の制限酵素またはFLAPエンドヌクレアーゼでフラグメント化する、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。
- 環化核酸がcDNAまたはゲノムDNAを含む、請求項1から6のいずれかに記載の方法。
- 標的核酸フラグメントを増幅する方法であって、
(i)標的核酸フラグメントを得るために標的核酸をフラグメント化し;
(ii)該標的核酸フラグメントが二本鎖の場合は、該標的核酸フラグメントを変性し、一本鎖標的核酸フラグメントとし;
(iii)該一本鎖標的核酸フラグメントを、第一鎖と第二鎖を含む環化アダプターにハイブリダイズさせ、DNAライゲースを用いて、該標的核酸フラグメントを環化し、
ここで、該第一鎖は一本鎖の標的に相補的な配列を両末端に有し(該一本鎖の配列は標的核酸のそれぞれの末端と相補的である)、
該第二鎖は上記2つの一本鎖末端配列の間に、二本鎖となった標的に相補的でない部分を形成し(該二本鎖となった部分は制限オリゴヌクレオチド配列を含む)、
標的核酸フラグメントは該一本鎖の両末端とハイブリダイズして、
標的核酸フラグメントの末端が二本鎖となった部位の第二鎖のそれぞれの末端と連結するように隣接し、該末端の連結が標的フラグメントを環化する;そして
(iv)該環化した標的核酸フラグメントを増幅する;
ことを含む上記方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
GB0118959.6 | 2001-08-03 | ||
GB0118959A GB2378245A (en) | 2001-08-03 | 2001-08-03 | Nucleic acid amplification method |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2009230088A Division JP4675424B2 (ja) | 2001-08-03 | 2009-10-02 | 核酸増幅方法 |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2010183916A JP2010183916A (ja) | 2010-08-26 |
JP2010183916A5 JP2010183916A5 (ja) | 2011-08-18 |
JP5313204B2 true JP5313204B2 (ja) | 2013-10-09 |
Family
ID=9919749
Family Applications (4)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2003517293A Pending JP2004536617A (ja) | 2001-08-03 | 2002-07-12 | 核酸増幅方法 |
JP2008316989A Expired - Lifetime JP4559517B2 (ja) | 2001-08-03 | 2008-12-12 | 核酸増幅方法 |
JP2009230088A Expired - Lifetime JP4675424B2 (ja) | 2001-08-03 | 2009-10-02 | 核酸増幅方法 |
JP2010125694A Expired - Lifetime JP5313204B2 (ja) | 2001-08-03 | 2010-06-01 | 核酸増幅方法 |
Family Applications Before (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2003517293A Pending JP2004536617A (ja) | 2001-08-03 | 2002-07-12 | 核酸増幅方法 |
JP2008316989A Expired - Lifetime JP4559517B2 (ja) | 2001-08-03 | 2008-12-12 | 核酸増幅方法 |
JP2009230088A Expired - Lifetime JP4675424B2 (ja) | 2001-08-03 | 2009-10-02 | 核酸増幅方法 |
Country Status (7)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US7320860B2 (ja) |
EP (4) | EP2236622B1 (ja) |
JP (4) | JP2004536617A (ja) |
AU (1) | AU2002314693A1 (ja) |
CA (1) | CA2455803A1 (ja) |
GB (1) | GB2378245A (ja) |
WO (1) | WO2003012119A2 (ja) |
Families Citing this family (106)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
GB2378245A (en) * | 2001-08-03 | 2003-02-05 | Mats Nilsson | Nucleic acid amplification method |
GB0304371D0 (en) * | 2003-02-26 | 2003-04-02 | Solexa Ltd | DNA Sequence analysis |
US7385043B1 (en) * | 2003-04-30 | 2008-06-10 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Homogeneous multiplex screening assays and kits |
SE0401270D0 (sv) | 2004-05-18 | 2004-05-18 | Fredrik Dahl | Method for amplifying specific nucleic acids in parallel |
US7618780B2 (en) * | 2004-05-20 | 2009-11-17 | Trillion Genomics Limited | Use of mass labelled probes to detect target nucleic acids using mass spectrometry |
US7972858B2 (en) * | 2004-08-13 | 2011-07-05 | President And Fellows Of Harvard College | Ultra high-throughput opti-nanopore DNA readout platform |
AU2005314431B2 (en) * | 2004-12-11 | 2011-02-17 | Cytogenix, Inc. | Cell free biosynthesis of high-quality nucleic acid and uses thereof |
WO2007145612A1 (en) * | 2005-06-06 | 2007-12-21 | 454 Life Sciences Corporation | Paired end sequencing |
JP5103398B2 (ja) * | 2005-06-06 | 2012-12-19 | 454 ライフ サイエンシーズ コーポレイション | 両末端配列決定(pairedendsequencing) |
AU2006259565B2 (en) | 2005-06-15 | 2011-01-06 | Complete Genomics, Inc. | Single molecule arrays for genetic and chemical analysis |
US8137936B2 (en) * | 2005-11-29 | 2012-03-20 | Macevicz Stephen C | Selected amplification of polynucleotides |
US8460878B2 (en) | 2006-02-21 | 2013-06-11 | The Trustees Of Tufts College | Methods and arrays for detecting cells and cellular components in small defined volumes |
SG170028A1 (en) | 2006-02-24 | 2011-04-29 | Callida Genomics Inc | High throughput genome sequencing on dna arrays |
US7910302B2 (en) | 2006-10-27 | 2011-03-22 | Complete Genomics, Inc. | Efficient arrays of amplified polynucleotides |
WO2008070375A2 (en) | 2006-11-09 | 2008-06-12 | Complete Genomics, Inc. | Selection of dna adaptor orientation |
US7862999B2 (en) * | 2007-01-17 | 2011-01-04 | Affymetrix, Inc. | Multiplex targeted amplification using flap nuclease |
WO2008122960A2 (en) * | 2007-04-10 | 2008-10-16 | Microvacuum Ltd. | Label-free optical detection method |
US20080293589A1 (en) * | 2007-05-24 | 2008-11-27 | Affymetrix, Inc. | Multiplex locus specific amplification |
KR20100089060A (ko) * | 2007-10-04 | 2010-08-11 | 할싸이언 몰레큘러 | 전자 현미경으로 핵산 중합체를 시퀀싱하는 방법 |
US8617811B2 (en) | 2008-01-28 | 2013-12-31 | Complete Genomics, Inc. | Methods and compositions for efficient base calling in sequencing reactions |
US8298768B2 (en) | 2007-11-29 | 2012-10-30 | Complete Genomics, Inc. | Efficient shotgun sequencing methods |
US8415099B2 (en) | 2007-11-05 | 2013-04-09 | Complete Genomics, Inc. | Efficient base determination in sequencing reactions |
FR2924440B1 (fr) * | 2007-12-04 | 2015-01-09 | Pf Medicament | Nouveau procede de generation et de criblage d'une banque d'anticorps |
US8592150B2 (en) | 2007-12-05 | 2013-11-26 | Complete Genomics, Inc. | Methods and compositions for long fragment read sequencing |
US20090233809A1 (en) * | 2008-03-04 | 2009-09-17 | Affymetrix, Inc. | Resequencing methods for identification of sequence variants |
ES2637411T3 (es) | 2008-12-01 | 2017-10-13 | Laboratory Corporation Of America Holdings | Métodos y ensayos para medir p95 Y/O p95 en una muestra y anticuerpos específicos para p95 |
BRPI1007048A2 (pt) * | 2009-01-15 | 2016-02-10 | Lab Corp America Holdings | método e kit para correlacionar os níveis relativos da quantidade de pelo menos um de her-2 ou homodímeros de her-2 em uma amostra biológica de um indivíduo, e , método para prognosticar se um indivíduo com câncer e que é tratado com um agente que atua em her-2 é provável ter um evento significante. |
ES2535723T3 (es) | 2009-01-15 | 2015-05-14 | Laboratory Corporation Of America Holdings | Métodos de determinación de la respuesta del paciente mediante la medición de Her-3 |
JP2012525147A (ja) | 2009-04-30 | 2012-10-22 | グッド スタート ジェネティクス, インコーポレイテッド | 遺伝マーカーを評価するための方法および組成物 |
US9524369B2 (en) | 2009-06-15 | 2016-12-20 | Complete Genomics, Inc. | Processing and analysis of complex nucleic acid sequence data |
WO2011066476A1 (en) * | 2009-11-25 | 2011-06-03 | Quantalife, Inc. | Methods and compositions for detecting genetic material |
EP2585593B1 (en) | 2010-06-24 | 2017-03-01 | Population Genetics Technologies Ltd. | Methods for polynucleotide library production, immortalization and region of interest extraction |
US10669569B2 (en) | 2010-10-15 | 2020-06-02 | Navinci Diagnostics Ab | Dynamic range methods |
CN101974638B (zh) * | 2010-11-10 | 2012-10-03 | 华东医学生物技术研究所 | 连接反应偶联核酸侵入反应与切刻内切酶反应的核酸信号扩增检测方法 |
US9163281B2 (en) | 2010-12-23 | 2015-10-20 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for maintaining the integrity and identification of a nucleic acid template in a multiplex sequencing reaction |
EP2673380B1 (en) | 2011-02-09 | 2018-12-12 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Analysis of nucleic acids |
AU2012219132B2 (en) | 2011-02-15 | 2016-05-12 | Mats Nilsson Bernitz | Method for localized in situ detection of mRNA |
US9556473B2 (en) | 2011-02-15 | 2017-01-31 | Leica Biosystems Newcastle Ltd | Methods for identifying nucleic acid sequences |
US8759036B2 (en) | 2011-03-21 | 2014-06-24 | Affymetrix, Inc. | Methods for synthesizing pools of probes |
US10597701B2 (en) | 2011-05-11 | 2020-03-24 | Navinci Diagnostics Ab | Unfolding proximity probes and methods for the use thereof |
GB201107863D0 (en) | 2011-05-11 | 2011-06-22 | Olink Ab | Method and product |
CA2852665A1 (en) | 2011-10-17 | 2013-04-25 | Good Start Genetics, Inc. | Analysis methods |
WO2013128281A1 (en) | 2012-02-28 | 2013-09-06 | Population Genetics Technologies Ltd | Method for attaching a counter sequence to a nucleic acid sample |
US8209130B1 (en) | 2012-04-04 | 2012-06-26 | Good Start Genetics, Inc. | Sequence assembly |
US8812422B2 (en) | 2012-04-09 | 2014-08-19 | Good Start Genetics, Inc. | Variant database |
US10227635B2 (en) | 2012-04-16 | 2019-03-12 | Molecular Loop Biosolutions, Llc | Capture reactions |
KR101922124B1 (ko) | 2012-08-27 | 2018-11-26 | 삼성전자주식회사 | 시료 중 rna로부터 dna를 증폭하는 방법 |
CN104955963A (zh) | 2012-11-14 | 2015-09-30 | 欧凌科公司 | Rca报告探针及其用于检测核酸分子的用途 |
EP2920324B1 (en) | 2012-11-14 | 2017-12-27 | Olink Bioscience AB | Localised rca-based amplification method |
JP6112652B2 (ja) * | 2012-11-29 | 2017-04-12 | 国立大学法人広島大学 | 標的dnaの特異的増幅方法 |
KR102282863B1 (ko) * | 2013-02-20 | 2021-07-27 | 에모리 유니버시티 | 혼합물 중 핵산의 서열분석 방법 및 그와 관련된 조성물 |
EP2971183A4 (en) | 2013-03-13 | 2016-10-26 | Meso Scale Technologies Llc | IMPROVED TEST PROCEDURES |
US10114015B2 (en) | 2013-03-13 | 2018-10-30 | Meso Scale Technologies, Llc. | Assay methods |
US8778609B1 (en) | 2013-03-14 | 2014-07-15 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for analyzing nucleic acids |
KR102134168B1 (ko) | 2013-03-15 | 2020-07-15 | 루브리졸 어드밴스드 머티어리얼스, 인코포레이티드 | 중금속이 없는 씨피브이씨 조성물 |
WO2014197377A2 (en) | 2013-06-03 | 2014-12-11 | Good Start Genetics, Inc. | Methods and systems for storing sequence read data |
US9944998B2 (en) | 2013-07-25 | 2018-04-17 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Genetic assays |
US9644232B2 (en) | 2013-07-26 | 2017-05-09 | General Electric Company | Method and device for collection and amplification of circulating nucleic acids |
US9217167B2 (en) | 2013-07-26 | 2015-12-22 | General Electric Company | Ligase-assisted nucleic acid circularization and amplification |
US10851414B2 (en) | 2013-10-18 | 2020-12-01 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for determining carrier status |
US11041203B2 (en) | 2013-10-18 | 2021-06-22 | Molecular Loop Biosolutions, Inc. | Methods for assessing a genomic region of a subject |
GB201320145D0 (en) | 2013-11-14 | 2014-01-01 | Olink Ab | Localised RCA-based amplification method using a padlock-probe |
GB201321123D0 (en) * | 2013-11-29 | 2014-01-15 | Linea Ab Q | Amplification of circular molecules |
GB2520765A (en) | 2013-12-02 | 2015-06-03 | Vanadis Diagnostics Ab | Multiplex detection of nucleic acids |
US10112194B2 (en) | 2014-04-14 | 2018-10-30 | Q-Linea Ab | Detection of microscopic objects |
WO2015175530A1 (en) | 2014-05-12 | 2015-11-19 | Gore Athurva | Methods for detecting aneuploidy |
KR20230022268A (ko) | 2014-05-15 | 2023-02-14 | 메소 스케일 테크놀러지즈, 엘엘시 | 개선된 분석 방법 |
WO2015189390A1 (en) | 2014-06-13 | 2015-12-17 | Q-Linea Ab | Method for detecting and characterising a microorganism |
GB201413717D0 (en) | 2014-08-01 | 2014-09-17 | Olink Ab | Method for selecting a target nucleic acid sequence |
GB201413718D0 (en) | 2014-08-01 | 2014-09-17 | Olink Ab | Method for selecting a target nucleic acid sequence |
WO2016040446A1 (en) | 2014-09-10 | 2016-03-17 | Good Start Genetics, Inc. | Methods for selectively suppressing non-target sequences |
JP2017536087A (ja) | 2014-09-24 | 2017-12-07 | グッド スタート ジェネティクス, インコーポレイテッド | 遺伝子アッセイのロバストネスを増大させるためのプロセス制御 |
CA2965661C (en) | 2014-10-23 | 2023-09-26 | Ricardo Mancebo | Reagents and methods for isothermal chain reaction |
WO2016112073A1 (en) | 2015-01-06 | 2016-07-14 | Good Start Genetics, Inc. | Screening for structural variants |
GB201507026D0 (en) | 2015-04-24 | 2015-06-10 | Linea Ab Q | Medical sample transportation container |
AU2016271519B2 (en) | 2015-06-05 | 2021-09-02 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions and methods for transient gene therapy with enhanced stability |
JP6698708B2 (ja) | 2015-06-09 | 2020-05-27 | ライフ テクノロジーズ コーポレーション | 分子タグ付けのための方法、システム、組成物、キット、装置、及びコンピュータ可読媒体 |
GB201511129D0 (en) | 2015-06-24 | 2015-08-05 | Linea Ab Q | Method of determining antimicrobial susceptibility of a microorganism |
CA2993347A1 (en) | 2015-07-29 | 2017-02-02 | Progenity, Inc. | Nucleic acids and methods for detecting chromosomal abnormalities |
GB201518655D0 (en) | 2015-10-21 | 2015-12-02 | Olink Ab | Method for generating proximity probes |
CN108779487A (zh) | 2015-11-16 | 2018-11-09 | 普罗格尼迪公司 | 用于检测甲基化状态的核酸和方法 |
GB2554767A (en) | 2016-04-21 | 2018-04-11 | Q Linea Ab | Detecting and characterising a microorganism |
US10655170B2 (en) | 2016-07-06 | 2020-05-19 | Takara Bio Usa, Inc. | Coupling adaptors to a target nucleic acid |
GB201614023D0 (en) | 2016-08-16 | 2016-09-28 | Olink Bioscience Ab | Double-stranded circle probes |
GB201621514D0 (en) | 2016-12-16 | 2017-02-01 | Q-Linea Ab | Padlock probe detection method |
US11661624B2 (en) | 2017-03-30 | 2023-05-30 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | Methods of identifying and characterizing gene editing variations in nucleic acids |
WO2018191722A1 (en) * | 2017-04-14 | 2018-10-18 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions and methods for transient gene therapy with enhanced stability |
CA3062708A1 (en) * | 2017-05-23 | 2018-11-29 | Rutgers, The State University Of New Jersey | Target mediated in situ signal amplification with dual interacting hairpin probes |
CN111315895A (zh) | 2017-09-14 | 2020-06-19 | 豪夫迈·罗氏有限公司 | 用于产生环状单链dna文库的新型方法 |
EP3682027A1 (en) | 2017-09-15 | 2020-07-22 | H. Hoffnabb-La Roche Ag | Hybridization-extension-ligation strategy for generating circular single-stranded dna libraries |
CN111263819A (zh) * | 2017-10-06 | 2020-06-09 | 卡特阿纳公司 | Rna模板化连接 |
JP7083393B2 (ja) | 2017-10-06 | 2022-06-10 | エフ.ホフマン-ラ ロシュ アーゲー | 単一分子配列決定の試料調製のための環化方法 |
WO2019086531A1 (en) | 2017-11-03 | 2019-05-09 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Linear consensus sequencing |
JP7096893B2 (ja) | 2018-02-05 | 2022-07-06 | エフ.ホフマン-ラ ロシュ アーゲー | 単一分子のための一本鎖環状dna鋳型の作製 |
US11898204B2 (en) | 2018-03-02 | 2024-02-13 | Roche Sequencing Solutions, Inc. | Generation of single-stranded circular DNA templates for single molecule sequencing |
CN112166199A (zh) | 2018-04-02 | 2021-01-01 | 普罗格尼迪公司 | 用于对核酸分子进行计数的方法、系统和组合物 |
CN109444102B (zh) * | 2018-12-18 | 2021-03-23 | 济南大学 | 一种检测赭曲霉毒素a的荧光生物传感器及其制备方法和应用 |
JP2022522480A (ja) | 2019-03-01 | 2022-04-19 | メソ スケール テクノロジーズ エルエルシー | 免疫測定法で使用するための電気化学発光標識プローブ、当該プローブを使用する方法および該プローブを含むキット |
EP3947718A4 (en) | 2019-04-02 | 2022-12-21 | Enumera Molecular, Inc. | METHODS, SYSTEMS AND COMPOSITIONS FOR COUNTING NUCLEIC ACID MOLECULES |
GB201919029D0 (en) | 2019-12-20 | 2020-02-05 | Cartana Ab | Method of detecting an analyte |
GB201919032D0 (en) | 2019-12-20 | 2020-02-05 | Cartana Ab | Method of detecting an analyte |
EP4121557A4 (en) | 2020-08-06 | 2024-05-01 | Singular Genomics Systems Inc | SPATIAL SEQUENCING |
EP4121561A4 (en) | 2020-08-06 | 2024-04-17 | Singular Genomics Systems Inc | METHODS FOR IN SITU TRANSCRIPTOMICS AND PROTEOMICS |
WO2022056078A1 (en) * | 2020-09-11 | 2022-03-17 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Rnase h-assisted detection assay for rna (radar) |
CN116438454A (zh) | 2020-09-21 | 2023-07-14 | 普罗根尼蒂公司 | 用于分离细胞游离dna的组合物和方法 |
GB202203185D0 (en) | 2022-03-08 | 2022-04-20 | Rarity Bioscience Ab | Method for detecting nucleic acid amplification products |
Family Cites Families (28)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5011769A (en) | 1985-12-05 | 1991-04-30 | Meiogenics U.S. Limited Partnership | Methods for detecting nucleic acid sequences |
US5403711A (en) | 1987-11-30 | 1995-04-04 | University Of Iowa Research Foundation | Nucleic acid hybridization and amplification method for detection of specific sequences in which a complementary labeled nucleic acid probe is cleaved |
WO1992001813A1 (en) * | 1990-07-25 | 1992-02-06 | Syngene, Inc. | Circular extension for generating multiple nucleic acid complements |
JP3085409B2 (ja) | 1991-03-29 | 2000-09-11 | 東洋紡績株式会社 | 標的核酸配列の検出方法およびそのための試薬キット |
US6077668A (en) * | 1993-04-15 | 2000-06-20 | University Of Rochester | Highly sensitive multimeric nucleic acid probes |
US5714320A (en) | 1993-04-15 | 1998-02-03 | University Of Rochester | Rolling circle synthesis of oligonucleotides and amplification of select randomized circular oligonucleotides |
AU8102694A (en) | 1993-11-17 | 1995-06-06 | Id Biomedical Corporation | Cycling probe cleavage detection of nucleic acid sequences |
EP1260593A3 (en) | 1994-12-23 | 2003-12-03 | Dade Behring Inc. | Detection of nucleic acids by nuclease-catalyzed product formation |
SE504798C2 (sv) | 1995-06-16 | 1997-04-28 | Ulf Landegren | Immunanalys och testkit med två reagens som kan tvärbindas om de adsorberats till analyten |
AU714486B2 (en) | 1995-11-21 | 2000-01-06 | Yale University | Unimolecular segment amplification and detection |
US5854033A (en) | 1995-11-21 | 1998-12-29 | Yale University | Rolling circle replication reporter systems |
ATE238434T1 (de) | 1995-12-05 | 2003-05-15 | Jorn Erland Koch | Eine in kaskaden verlaufende vervielfältigungsreaktion von nukleinsäuren |
US6124120A (en) | 1997-10-08 | 2000-09-26 | Yale University | Multiple displacement amplification |
JP4493844B2 (ja) | 1998-03-25 | 2010-06-30 | ランデグレン、ウルフ | 錠型(padlock)プローブのローリングサークル複製 |
US6037130A (en) | 1998-07-28 | 2000-03-14 | The Public Health Institute Of The City Of New York, Inc. | Wavelength-shifting probes and primers and their use in assays and kits |
US6150112A (en) | 1998-09-18 | 2000-11-21 | Yale University | Methods for identifying DNA sequences for use in comparison of DNA samples by their lack of polymorphism using Y shape adaptors |
US6235502B1 (en) * | 1998-09-18 | 2001-05-22 | Molecular Staging Inc. | Methods for selectively isolating DNA using rolling circle amplification |
EP1141417A4 (en) | 1998-12-15 | 2003-04-09 | Diatech Pty Ltd | METHOD FOR AMPLIFYING A CIRCULARIZED NUCLEIC ACID PROBE |
US6830884B1 (en) * | 1998-12-15 | 2004-12-14 | Molecular Staging Inc. | Method of amplification |
US6274320B1 (en) * | 1999-09-16 | 2001-08-14 | Curagen Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
WO2001038580A2 (en) * | 1999-11-26 | 2001-05-31 | Curagen Corporation | Nucleic acid probe arrays |
CA2360342A1 (en) | 1999-12-02 | 2001-06-07 | Molecular Staging Inc. | Generation of single-strand circular dna from linear self-annealing segments |
US6221603B1 (en) * | 2000-02-04 | 2001-04-24 | Molecular Dynamics, Inc. | Rolling circle amplification assay for nucleic acid analysis |
US6291187B1 (en) | 2000-05-12 | 2001-09-18 | Molecular Staging, Inc. | Poly-primed amplification of nucleic acid sequences |
US6350580B1 (en) * | 2000-10-11 | 2002-02-26 | Stratagene | Methods for detection of a target nucleic acid using a probe comprising secondary structure |
US6573051B2 (en) * | 2001-03-09 | 2003-06-03 | Molecular Staging, Inc. | Open circle probes with intramolecular stem structures |
GB2378245A (en) * | 2001-08-03 | 2003-02-05 | Mats Nilsson | Nucleic acid amplification method |
SE0401270D0 (sv) | 2004-05-18 | 2004-05-18 | Fredrik Dahl | Method for amplifying specific nucleic acids in parallel |
-
2001
- 2001-08-03 GB GB0118959A patent/GB2378245A/en not_active Withdrawn
-
2002
- 2002-07-12 AU AU2002314693A patent/AU2002314693A1/en not_active Abandoned
- 2002-07-12 EP EP10003679.7A patent/EP2236622B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2002-07-12 CA CA002455803A patent/CA2455803A1/en not_active Abandoned
- 2002-07-12 EP EP10003678A patent/EP2224016A1/en not_active Withdrawn
- 2002-07-12 JP JP2003517293A patent/JP2004536617A/ja active Pending
- 2002-07-12 WO PCT/SE2002/001378 patent/WO2003012119A2/en active Application Filing
- 2002-07-12 EP EP10003586.4A patent/EP2251439B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2002-07-12 EP EP02741612.2A patent/EP1423532B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2002-07-12 US US10/483,900 patent/US7320860B2/en not_active Expired - Lifetime
-
2007
- 2007-11-28 US US11/946,706 patent/US7790388B2/en not_active Ceased
-
2008
- 2008-12-12 JP JP2008316989A patent/JP4559517B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2009
- 2009-10-02 JP JP2009230088A patent/JP4675424B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2010
- 2010-06-01 JP JP2010125694A patent/JP5313204B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2011
- 2011-12-19 US US13/329,998 patent/USRE44265E1/en not_active Expired - Lifetime
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP2236622B1 (en) | 2017-09-06 |
EP2251439B1 (en) | 2013-09-11 |
US7790388B2 (en) | 2010-09-07 |
EP1423532B1 (en) | 2013-05-22 |
EP2224016A1 (en) | 2010-09-01 |
JP2004536617A (ja) | 2004-12-09 |
JP2009297045A (ja) | 2009-12-24 |
JP4559517B2 (ja) | 2010-10-06 |
US20050287526A1 (en) | 2005-12-29 |
GB2378245A (en) | 2003-02-05 |
EP1423532A2 (en) | 2004-06-02 |
AU2002314693A1 (en) | 2003-02-17 |
EP2251439A1 (en) | 2010-11-17 |
JP2009077735A (ja) | 2009-04-16 |
EP2236622A3 (en) | 2010-11-03 |
WO2003012119A3 (en) | 2003-11-13 |
JP4675424B2 (ja) | 2011-04-20 |
WO2003012119A2 (en) | 2003-02-13 |
CA2455803A1 (en) | 2003-02-13 |
EP2236622A2 (en) | 2010-10-06 |
US20080131899A1 (en) | 2008-06-05 |
US7320860B2 (en) | 2008-01-22 |
USRE44265E1 (en) | 2013-06-04 |
JP2010183916A (ja) | 2010-08-26 |
GB0118959D0 (en) | 2001-09-26 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5313204B2 (ja) | 核酸増幅方法 | |
US20220213535A1 (en) | Detection of target nucleic acid sequences by pto cleavage and extension assay | |
JP6571895B1 (ja) | 核酸プローブ及びゲノム断片検出方法 | |
KR102307230B1 (ko) | 핵산의 다중 검출 | |
JP5653437B2 (ja) | Tdプローブ及びその用途 | |
JP4972541B2 (ja) | 標識されたプローブおよび3’→5’エキソヌクレアーゼ活性を用いた定量的増幅方法 | |
JP5203381B2 (ja) | Dnaの増幅のための二重機能プライマーおよび使用法 | |
CA2790153A1 (en) | Thd primer target detection | |
JP3909010B2 (ja) | 高度ダイナミックレンジを有する定量的多重pcr |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20100701 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20100701 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20110704 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20120508 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20120718 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20120723 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20121204 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20130301 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20130304 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20130306 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20130307 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130603 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20130621 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20130703 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5313204 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
EXPY | Cancellation because of completion of term |