JP4691033B2 - ジャイレース阻害剤およびその用途 - Google Patents
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Description
本願は、米国仮特許出願第60/443,917号(これは、2003年1月31日に出願された)から優先権を主張しており、その内容は、本明細書中で参考として援用されている。
本発明は、医薬品化学の分野であり、そして細菌ジャイレースおよび/またはTopoIVを阻害する化合物およびそれらの医薬組成物に関する。これらの化合物は、細菌ジャイレースおよび/またはTopoIVの活性の阻害剤として、有用である。本発明はまた、哺乳動物における細菌感染を治療する方法および生体試料における細菌量を減少させる方法に関する。
抗生物質に対する細菌耐性は、長い間認識されており、そして今日では、重篤な世界的な衛生問題であると考えられている。耐性の結果として、いくつかの細菌感染が、抗生物質を用いて処置することが困難であるか、あるいは処置不能でさえある。この問題は、特定の細菌株(例えば、Streptococcus pneumoniae(SP)、Mycobacterium tuberculosis、およびEnterococcus)における複数の薬物耐性の最近の獲得に伴い、特に深刻になっている。バンコマイシン耐性な腸球菌の出現は、特に憂慮されていた。なぜなら、バンコマイシンは、かつて、この感染症を処置するための唯一の有効な抗生物質であり、多くの感染症について「最後の手段」の薬物であると考えられていたからである。多くの他の薬物耐性細菌は生命を脅かすような疾患を引き起こさないが、腸球菌のように、耐性を誘導する遺伝子が、より致死性の生物(例えば、Staphylococcus aureus)を広めるかもしれないという懸念が存在し、メチシリン耐性はすでに一般的である(De Clerqら、Current Opinion in Anti−infective Investigational Drugs、1999、1、1;Levy、「The Challenge of Antibiotic Resistance」、Scientific American、1998年3月)。
現在、本発明の化合物およびそれらの薬学的に受容可能な組成物は、ジャイレースおよび/またはTopoIVの阻害剤として有効であることが発見された。これらの化合物は、一般式Iを有するかそれらの薬学的に受容可能な塩である:
ここで、R1、R2、W、X、Zおよび環Aは、以下で定義したとおりである。
本発明は、式Iの化合物またはそれらの薬学的に受容可能な塩に関する:
ここで:
Wは、窒素、CHまたはCFから選択される;
Xは、CHまたはCFから選択される;
Zは、OまたはNHである;
R1は、フェニルまたは5員〜6員ヘテロアリール環であり、該ヘテロアリール環は、1個〜3個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子は、別個に、酸素、窒素またはイオウから選択され、ここで:
R1は、0個〜3個の基で置換されており、該基は、別個に、−(T)y−Ar、R’、オキソ、C(O)R’、CO2R’、OR’、N(R’)2、SR’、NO2、ハロゲン、CN、C(O)N(R’)2、NR’C(O)R’、SO2R’、SO2N(R’)2またはNR’SO2R’から選択される;
yは、0または1である;
Tは、直鎖または分枝のC1〜4アルキリデン鎖であり、ここで、Tの1個のメチレン単位は、必要に応じて、−O−、−NH−または−S−で置き換えられている;
各R’は、別個に、水素、C1〜4脂肪族、または5員〜6員飽和、不飽和またはアリール環から選択され、該環は、0個〜3個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子は、別個に、酸素、窒素またはイオウから選択され、ここで:
R’は、0個〜3個の基で置換されており、該基は、別個に、ハロゲン、オキソ、R0、N(R0)2、OR0、CO2R0、NR0C(O)R0、C(O)N(R0)2、SO2R0、SO2N(R0)2またはNR0SO2R0から選択され、ここで:
各R0は、別個に、水素、C1〜4脂肪族、または5員〜6員飽和、不飽和またはアリール環から選択され、該環は、0個〜3個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子は、別個に、酸素、窒素またはイオウから選択され、ここで:
R1の隣接位置上の2個の置換基は、一緒になって、5員〜7員飽和、部分不飽和またはアリール環を形成し得、該環は、0個〜3個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子は、別個に、酸素、窒素またはイオウから選択される;
Arは、以下である:3員〜8員飽和、不飽和またはアリール環;3員〜7員複素環であって、該複素環は、1個〜3個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子は、別個に、窒素、酸素またはイオウから選択される;または5員〜6員ヘテロアリール環であって、該ヘテロアリール環は、1個〜3個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子は、別個に、窒素、酸素またはイオウから選択され、ここで:
Arは、0個〜3個の基で置換されており、該基は、別個に、R’、オキソ、CO2R’、OR’、N(R’)2、SR’、NO2、ハロゲン、CN、C(O)N(R’)2、NR’C(O)R’、SO2R’、C(O)R’、SO2N(R’)2またはNR’SO2R’から選択される;
R2は、水素またはC1〜3脂肪族基から選択される;そして
環Aは、5員〜6員ヘテロアリール環であり、該ヘテロアリール環は、1個〜4個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子は、別個に、窒素、酸素またはイオウから選択されるが、但し、該環は、環Bの結合点に隣接した位置で、水素結合アクセプタを有し、ここで:
環Aは、0個〜3個の基で置換されており、該基は、別個に、R’、オキソ、CO2R’、OR’、N(R’)2、SR’、NO2、ハロゲン、CN、C(O)N(R’)2、NR’C(O)R’、SO2R’、SO2N(R’)2またはNR’SO2R’から選択され、ここで;
環Aの隣接位置上の2個の置換基は、一緒になって、5員〜7員飽和、部分不飽和またはアリール環を形成し得、該環は、0個〜3個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子は、別個に、酸素、窒素またはイオウから選択される。
ここで、各環Aは、必要に応じて、上で定義したように置換されている。
ここで、Z、R2および環Aは、上で定義したとおりであり、そして描写したイミダゾール環は、必要に応じて、4位置で、C(O)N(R’)2で置換されているか、および/または2位置で、R’で置換されている。他の実施態様によれば、本発明は、式II−aの化合物またはそれらの薬学的に受容可能な塩に関する:
ここで、Z、R2、R’および環Aは、上で定義したとおりである。
ここで、Z、R2および環Aは、上で定義したとおりであり、そして描写したピリドン環は、0個〜2個の基で置換されており、該基は、別個に、−(CH2)y−Ar、ハロゲン、オキソ、R’、CO2R’、OR’、N(R’)2、SR’、C(O)N(R’)2、NR’C(O)R’、SO2R’、SO2N(R’)2またはNR’SO2R’から選択される。
ここで、Z、R’、R2および環Aは、上で定義したとおりであり、
式III−aのR2基を記述する他の実施態様には、上記式IのR2基について記述したものがある。
ここで、y、Z、T、Ar、R2および環Aは、上で定義したとおりである。
ここで、y、Z、R2およびR1は、上で定義したとおりである。
ここで、y、Z、T、ArおよびR2は、上で定義したとおりである。
本発明の化合物は、一般に、以下で示した一般スキームI、II、IIIおよびIVおよび下記の実施例により示されているように、類似の化合物について当業者に公知の方法により、調製され得る。
上記スキームIは、本発明の化合物の調製で有用なN’−アルキル−N−シアノ尿素(3)を調製する一般方法を示し、ここで、Zは、NHである。工程(a)では、シアナミド(2)は、水酸化ナトリウム水溶液中にて、イソシアン酸アルキルで処理され、酸性化後、化合物3が得られる。当業者は、種々のN’−アルキル−N−シアノ尿素を形成するために、種々のシアン酸アルキルがスキームIの反応条件に従うことを認識している。
試薬および条件:(a)過ホウ酸ナトリウム、HOAc、55℃(b)環A、NaH、THF;(c)NH3、MeOH、EtOH、80℃;(d)R1−B(OH)2、Pd(PPh3)4、NaHCO3、H2O、THF、70℃;(e)H2、Pd/C、EtOAc;(f)3、H2SO4、95℃;(g)2−メチル−2−チオプソイド尿素、R2−クロロホルメート。
試薬および条件:(a)Pd(dppf)Cl2/KOAc、DMSO、80℃;および(b)Cu(OAc)2/ピリジン、DMF。
(スキームIV)
試薬および条件:(a);(b)NH4OH/ジオキサン、還流;(c)Pd(PPh3)4/THF、還流;および(d)Na2CO3/DMF、加熱。
5−ブロモ−1,3−ジフルオロ−2−ニトロ−ベンゼン:
過ホウ酸ナトリウム四水和物(1.04g、5mmol)の酢酸(20mL)懸濁液(これは、55℃で攪拌した)に、1時間にわたって、滴下様式で、4−ブロモ−2,6−ジフルオロアニリンの酢酸(10mL)溶液を加えた。55℃でさらに3時間攪拌した後、その溶液を室温まで冷却し、そして濾過した。その濾液を氷に注ぎ、そして酢酸エチルで2回抽出した。合わせた有機抽出物を、水(5×100mL)、ブラインで連続的に洗浄し、乾燥し(MgSO4)、そして真空中で濃縮した。得られた残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(これは、酢酸エチル:ヘキサン(1:20)で溶出する)で精製して、黄褐色固形物として、780mgの表題化合物を得た。1H NMR(CDCl3)δ7.32(dt,2H).
(実施例2)
1−(5−ブロモ−3−フルオロ−2−ニトロ−フェニル)−1H−ピラゾール:
水素化ナトリウム(44mg、1.1mmol、60%オイル分散体)のTHF(4mL)懸濁液(これは、0℃で攪拌した)に、ピラゾール(72mg、1.05mmol)のTHF(1mL)溶液を加えた。得られた混合物を、0℃で、5分間攪拌し、そして5−ブロモ−1,3−ジフルオロ−2−ニトロ−ベンゼン(238mg、1mmol)のTHF(1mL)溶液を加えた。その混合物を、室温で、1時間攪拌し、水(1mL)を加えることによりクエンチし、次いで、水(20mL)と酢酸エチル(50mL)との間で分配した。有機層をブラインで洗浄し、乾燥し(MgSO4)、そして真空中で濃縮した。その残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(これは、酢酸エチル:ヘキサン(1:6)で溶出する)で精製して、240mg(86%)の表題化合物を得た。
(実施例3)
5−ブロモ−2−ニトロ−3−ピラゾール−1−イル−フェニルアミン:
1−(5−ブロモ−3−フルオロ−2−ニトロ−フェニル)−1H−ピラゾール(240mg、0.84mmol)のエタノール(3mL)溶液に、アンモニア(3mL、メタノール中で2N)を加えた。得られた混合物を、封管中にて、80℃で、16時間加熱し、次いで、真空中で濃縮した。その残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(これは、酢酸エチル:ヘキサン(1:3)で溶出する)で精製して、黄色固形物として、205mg(86%)の表題化合物を得た。
(実施例4)
2−ニトロ−3−ピラゾール−1−イル−5−ピリジン−3−イル−フェニルアミン:
5−ブロモ−2−ニトロ−3−ピラゾール−1−イル−フェニルアミン(200mg、0.71mmol)のTHF(8mL)溶液に、3−ピリジル−ジエチルボラン(157mg)、(テトラキストリフェニルホスフィン)パラジウム(0)(84mg)および炭酸ナトリウム(1.1mL、2M水溶液2.2mmol)を連続的に加えた。得られた混合物を、70℃で、一晩攪拌し、次いで、室温まで冷却した。この反応混合物を酢酸エチル(100mL)で希釈し、そして水(50mL)、ブライン(50mL)で洗浄し、乾燥し(MgSO4 )、次いで、真空中で濃縮した。得られた残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(これは、酢酸エチル:ヘキサンの勾配(1:3、1:2、1:0、2:1、4:1、8:1)で溶出する)で精製して、黄色固形物として、120mg(60%)の表題化合物を得た。
(実施例5)
1−エチル−3−(7−ピラゾール−1−イル−5−ピリジン−3−イル−1H−ベンゾイミダゾール−2−イル)−尿素(I−2):
2−ニトロ−3−ピラゾール−1−イル−5−ピリジン−3−イル−フェニルアミン(120mg、0.40mmol)および炭素上10%パラジウム(12mg)の酢酸エチル(10mL)懸濁液を、45psiの水素圧下にて、Parr水素化器に入れた。その混合物を16時間振盪し、濾過し、その濾液を真空中で濃縮した。得られた残留物をH2SO4(1.6mLまたは1N)で希釈し、そしてN’−エチル−N−シアノ尿素(0.8mL、1M)を加えた。この混合物を、95℃で、4時間加熱し、次いで、真空中で濃縮した。その残留物を分取HPLCで精製して、ビス−TFA塩として、75mgの表題化合物を得、これを、遊離塩基に変換して、表題化合物を得た。
(実施例6)
N’−エチル−N−シアノ尿素:
水酸化ナトリウムの20℃溶液(1.5M水溶液、50mL、75.02mmol)に、滴下様式で、10分間にわたって、シアナミド(8.5g、202.25mmol)を加え、次いで、イソシアン酸エチル(4mL、50.56mmol)を加えた。30分間攪拌した後、追加水酸化ナトリウム(3M、25mL.75.02mmol)およびイソシアン酸エチル(4mL、50.56mmol)を加えた。次いで、得られた溶液を最低30分間熟成した後、さらに単離することなく、直接使用した。
4−(ピリジン−3−イル)−2−ニトロアニリン:
4−ブロモ−2−ニトロアニリン(4.8g、22mmol)のDME(100mL)溶液に、ピリジン−3−ボロン酸1,3−プロパンジオール環状エステル(4g、24mmol)、炭酸水素ナトリウム(45mL、1M)およびテトラキス(トリフェニルホスフィン)パラジウム(0.05当量)を加えた。得られた混合物を、90℃で、8時間加熱し、次いで、室温まで冷却した。固形物を集め、水、ヘキサン中の5%EtOAcで洗浄し、そして乾燥して、表題化合物(5g)を得た。
(実施例8)
2−ブロモ−6−ニトロ−4−ピリジン−3−イル−フェニルアミン:
4−(ピリジン−3−イル)−2−ニトロアニリン(1.3g、9mmol)のHOAc(25mL)溶液に、HOAc(5mL)中の臭素(1.58g、9.9mmol)を加えた。得られた混合物を、室温で、1時間攪拌し、次いで、氷水でクエンチした。固形物を集め、水で洗浄し、そして乾燥した。次いで、EtOAc中の固形物をNaOH(2N;20mL)、水、ブラインで洗浄し、そして真空中で濃縮した。この濃縮物をクロマトグラフィー[シリカゲル、酢酸エチル:ヘキサン(1:1)]で精製して、表題化合物(0.8g)を得た。
(実施例9)
2−ニトロ−6−ピリジン−2−イル−4−ピリジン−3−イル−フェニルアミン:
THF(10mL)中の2−ブロモ−6−ニトロ−4−ピリジン−3−イル−フェニルアミン(100mg、1当量)、2−ピリジルジニック(pyridylznic)ブロマイド(6当量)およびテトラキス(トリフェニルホスフィン)パラジウム(0.1当量)の混合物を、100℃で、18時間加熱した。その反応物を水(2mL)でクエンチした。その生成物をEtOAc(20×3)で抽出した。次いで、合わせた有機層を真空中で濃縮し、その残留物をクロマトグラフィー(シリカゲル、EtOAC)で精製して、黄色固形物として、表題化合物(75mg)を得た。(M+1)293。
3−ピリジン−2−イル−5−ピリジン−3−イル−ベンゼン−1,2−ジアミン:
2−ニトロ−6−ピリジン−2−イル−4−ピリジン−3−イル−フェニルアミン(75mg、0.26mmol)の酢酸エチル(20mL)溶液に、炭素上10%パラジウム(50mg)を加えた。得られた懸濁液を、室温で1時間振盪しつつ、40psiの水素ガス下にて、Parr水素化器に入れた。この触媒を濾過により除去し、その濾液を真空中で濃縮して、表題化合物(50mg、0.19mmol)を得た。
1−エチル−3−(7−ピリジン−2−イル−5−ピリジン−3−イル−1H−ベンゾイミダゾール−2−イル)−尿素(I−31):
3−ピリジン−2−イル−5−ピリジン−3−イル−ベンゼン−1,2−ジアミン(50mg、0.19mmol)および硫酸(0.76mL、1N)の水(1mL)溶液に、N’−エチル−N−シアノ尿素(0.76mL、1M)を加えた。pH3に達するのに十分な硫酸を滴下した。得られた混合物を、100℃で、8時間加熱した。次いで、その反応混合物を室温まで冷却した。固形物を集め、水で洗浄し、そして乾燥した。これらの固形物をクロマトグラフィー(シリカゲル、EtOAcに次いで、EtOAc中の10%MeOH)で精製して、化合物5(27mg)を得た。
(実施例12)
2,2−ジメチル−N−(2−ピリミジン−2−イル−フェニル)−プロピオンアミド:
5Lフラスコに、四水和物としての上で描写したボロン酸(281.4グラム、960mmoles)、2−クロロピリミジン(100g、874mmoles)、NaHCO3(146.8グラム、1.746moles)およびPd(PPh3)4(10.0グラム、8.72mmoles)を充填した。水(1L)およびジメチキシエタン(1L)を加え、その混合物を、オーバーヘッド攪拌しつつ、1時間にわたって、83℃(内部温度)までゆっくりと加熱した。約2時間後、全ての固形物が溶解した。その反応物を8時間攪拌した。この混合物を室温まで冷却し、そして一晩攪拌し、その後、濃厚な沈殿物が形成した。その粗混合物を水(2L)で希釈し、さらに2時間攪拌し、その後、この混合物を濾過し、そして固形物を水、0.1N NaOHで洗浄し、そして水で再度洗浄した。次いで、これらの固形物を、高真空下にて、50℃で乾燥して、黄褐色粉末として、表題化合物(約233グラム)を得た。
N−(4−ブロモ−2−ピリミジン−2−イル−フェニル)−2,2−ジメチル−プロピオンアミド:
2,2−ジメチル−N−(2−ピリミジン−2−イル−フェニル)−プロピオンアミド(約117グラム、437mmoles)の酢酸(1L)室温懸濁液に、1時間にわたって、酢酸100mL中の溶液として、臭素(67mL、1.31moles)を加えた。この不均一混合物を、室温で、5時間攪拌し、その間、濃厚沈殿物が形成した。次いで、この混合物を氷に注ぎ、1N Na2S2O3(2L)で希釈し、そして1時間濾過した。固形物を濾過し、水(2L)に再懸濁し、1時間攪拌し、次いで、濾過し、そして水で再度洗浄した。得られた固形物を、50℃で、乾燥状態までポンプ上げし、HOAc(1L)に再懸濁し、そして20分間にわたって、酢酸溶液(20mL)中の臭素(22mL、430mmoles)で処理した。得られた不均一混合物を5時間攪拌し、次いで、クエンチし、そして上記のように処理した。得られた固形物を、50℃で、真空乾燥して、黄褐色粉末として、表題化合物(165グラム)を得た。
N−(4−ブロモ−2−ニトロ−6−ピリミジン−2−イル−フェニル)−2,2−ジメチル−プロピオンアミド:
N−(4−ブロモ−2−ピリミジン−2−イル−フェニル)−2,2−ジメチル−プロピオンアミド(32.6グラム、97.5mmoles)のTFA(400mL)5℃懸濁液に、30分間にわたって、90%硝酸(70mL、1.46mmoles)を加えた。次いで、この混合物を室温まで温め、そして全体で2時間攪拌した。その粗反応物(現在は均一)を氷に注ぐと、ペースト状の塊が生成した。この混合物を水で全体で2Lの容量まで希釈し、メタノール500mLで処理し、そして12時間にわたって、激しく攪拌した。得られた固形物を濾過し、大量の水で洗浄し、次いで、50℃で真空乾燥して、黄褐色粉末として、表題化合物(29.9グラム、収率81%)を得た。
4−ブロモ−2−ニトロ−6−ピリミジン−2−イル−フェニルアミン:
N−(4−ブロモ−2−ニトロ−6−ピリミジン−2−イル−フェニル)−2,2−ジメチル−プロピオンアミド(29.9グラム、78.8mmoles)の濃HCl(200mL)懸濁液を8時間還流した。次いで、部分的に均一な粗反応物を室温まで冷却し、水(500mL)で希釈し、得られた沈殿物を1時間攪拌した。次いで、固形物を濾過し、水で洗浄し、そして50℃で真空乾燥して、橙色粉末として、表題化合物(21.1グラム、収率91%)を得た。
2−ニトロ−6−ピリミジン−2−イル−4−(4,4,5,5−テトラメチル−[1,3,2]ジオキサボロラン−2−イル)フェニルアミン:
ジオキサン(60mL)中の4−ブロモ−2−ニトロ−6−ピリミジン−2−イル−フェニルアミン(1.82g、6.2mmol)、ビス(ピナコラナト)ジボロン(3.144g、12.4mmol)、PdCl2dppf2(453mg、0.6mmol)およびKOAc(3.03g、31mmol)の混合物を、105℃で、2.5時間加熱した。その反応物を濾過し、そしてジクロロメタンで洗浄した。合わせた濾液を真空下にて濃縮し、その残留物に水(100mL)を加えた。ジクロロメタン(3×50ml)で抽出し、乾燥し、そして濃縮すると、残留物が得られ、これを、エーテル−ヘキサンで洗浄して、表題化合物(2.07g、98%)を得た。
N−[2−(3−フルオロ−ピリジン−2−イル)−フェニル]−2,2−ジメチル−プロピオンアミド:
3Lフラスコに、四水和物としての上で描写したボロン酸(92.1グラム、314mmoles)、クロロフルオロピリジン(37.6g、286mmoles)、NaHCO3(48.0グラム、572mmoles)およびPd(PPh3)4(3.3グラム、2.86mmoles)を充填した。水(300mL)およびジメチキシエタン(300mL)を加え、その混合物を、オーバーヘッド攪拌しつつ、1時間にわたって、83℃(内部温度)までゆっくりと加熱した。約2時間後、全ての固形物が溶解した。その反応物を10時間攪拌した。この混合物を室温まで冷却し、そして一晩攪拌し、その後、濃厚な粘性物質が形成した。その粗混合物を水(2L)で希釈し、さらに2時間攪拌した。その後、この粘性物質がフラスコの底部に沈降するまで、この混合物を攪拌することなく静置した。その液相を真空により濾過し、次いで、0.1N NaOHで置き換え、そして15分間攪拌した。この粘性物質を沈降させ、そして真空により液体を除去した。次いで、この粘性物質を同様に水で3回洗浄し、次いで、アセトン溶液として、一ッ口フラスコに移した。この混合物を真空中で濃縮し、そして酢酸エチルと共に5回共沸した。
N−[4−ブロモ−2−(3−フルオロ−ピリジン−2−イル)−フェニル]−2,2−ジメチル−プロピオンアミド:
N−[2−(3−フルオロ−ピリジン−2−イル)−フェニル]−2,2−ジメチルプロピオンアミド(約77mmoles)の酢酸(300mL)室温懸濁液に、1時間にわたって、酢酸50mL中の溶液として、臭素(12mL、228mmoles)を加えた。この不均一混合物を、室温で、5時間攪拌し、その間、濃厚沈殿物が形成した。次いで、この混合物を氷に注ぎ、1N Na2S2O3(500mL)で希釈し、そして1時間濾過した。固形物を濾過し、水(2L)に再懸濁し、1時間攪拌し、次いで、濾過し、そして水で再度洗浄した。得られた固形物を、50℃で、乾燥状態までポンプ上げし、HOAc(400mL)に再懸濁し、そして20分間にわたって、酢酸溶液(20mL)中の臭素(4mL、76mmoles)で処理した。得られた不均一混合物を5時間攪拌し、次いで、クエンチし、そして上記のように処理した。得られた固形物を、50℃で、真空乾燥して、黄褐色粉末として、表題化合物(19.1グラム、72%)を得た。
N−[4−ブロモ−2−(3−フルオロ−ピリジン−2−イル)−6−ニトロ−フェニル]−2,2−ジメチル−プロピオンアミド:
N−[4−ブロモ−2−(3−フルオロ−ピリジン−2−イル)−フェニル]−2,2−ジメチル−プロピオンアミド(6.45グラム、18.4mmoles)のTFA(100mL)およびTFAA(25.5mL、183.6mmole)懸濁液に、0℃で、45分間にわたって、90%発煙硝酸(2.46mL、55.1mmoles)のTFA溶液(30mL)を加えた。次いで、この混合物を、0℃で、全体で4時間攪拌した。その粗反応物(現在は均一)を氷に注ぐと、ペースト状の塊が生成した。この混合物を水で全体で500mLの容量まで希釈し、メタノール50mLで処理し、そして12時間にわたって、激しく攪拌した。得られた固形物を濾過し、大量の水で洗浄し、次いで、50℃で真空乾燥して、黄褐色粉末として、表題化合物(6.1グラム、収率82%)を得た。
2−(3,5−ジフルオロ−フェニル)−ピリミジン:
ジフルオロボロン酸(5.4g、34.1mmoles)および2−クロロピリミジン(3.0g、26.2mmoles)のエタノール(50mL)溶液をNa2CO3(3.6g、34.1mmoles)およびPd(PPh3)4(1.5g、1.31mmoles)で処理し、次いで、還流状態で、3日間希釈した。次いで、得られた混合物をEtOAcで希釈し、シリカゲルを加え、得られたスラリーを、室温で、3時間攪拌した。次いで、その粗混合物をEtOAcと共にシリカゲルパッドで濾過し、真空中で濃縮し、そしてフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、19/1−14/1−9/1−7/1のヘキサン/EtOAc勾配)にかけて、白色固形物として、表題化合物(1.38g、27%)を得た。
(実施例21)
2−(3,5−ジフルオロ−2−ニトロ−フェニル)−ピリミジン:
2−(3,5−ジフルオロ−フェニル)−ピリミジン(1.2g、6.24mmole)のH2SO4(3mL)室温溶液に、注射器を経由して、10秒間にわたって、90%HNO3(0.375mL、9.37mmoles)を加えた。得られた混合物を、室温で、1時間攪拌し、次いで、氷に注いだ。次いで、得られた不均一混合物を水で希釈し、室温まで温め、そして濾過した。固形物を水で洗浄し、そして真空中で乾燥して、黄褐色固形物として、表題化合物(1.53g、100%)を得た。
(実施例22)
5−フルオロ−2−ニトロ−3−ピリミジン−2−イル−フェニルアミン:
2−(3,5−ジフルオロ−2−ニトロ−フェニル)−ピリミジン(1.5g、6.32mmoles)のジオキサン(10mL)溶液に、室温で、tBuNH2(6.6mL、63.24mmoles)を加えた。その混合物を、封管中にて、10時間にわたって、100℃まで加熱した。次いで、この混合物を室温まで冷却し、水に注ぎ、そして固形物を1時間攪拌した。この混合物を濾過し、そして濾液が透明になるまで、固形物を水で洗浄した。次いで、その粗生成物をMeOHで希釈し、6N HClを加え、得られた混合物を、還流状態で、3時間加熱した。その反応物を室温まで冷却し、そして氷に注いだ。得られた不均一混合物を室温まで温め、濾過し、濾液が透明になるまで固形物を水で洗浄し、そして真空中で乾燥して、橙色粉末として、表題化合物(1.33g、90%)を得た。
(実施例23)
1−(3−アミノ−4−ニトロ−5−ピリミジン−2−イル−フェニル)−IH−イミダゾール−4−カルボン酸シクロプロピルアミド:
DMF(5mL)中の5−フルオロ−2−ニトロ−3−ピリミジン−2−イル−フェニルアミン(650mg、2.77mmole)の混合物に、室温で、17(545mg、3.6mmoles)およびNa2CO3(381mg、3.60mmoles)を加えた。得られた混合物を、6時間にわたって、125℃まで加熱し、次いで、室温まで冷却した。得られた混合物を水で希釈し、そして黄色沈殿物を1時間攪拌した。その粗反応物を濾過し、そして濾液が透明になるまで、固形物を水で洗浄した。次いで、洗浄した固形物を真空中で乾燥して、黄色粉末として、表題化合物(960mg、95%)を得た。
(実施例24)
N,N−ジエチルカルボキシ−2−メチル−2−チオプソイド尿素:
塩化メチレン(200mL)中の2−メチル−2−チオプソイド尿素硫酸塩(22.8g、81.9mmol)の混合物に、トリエチルアミン(34.5mL、245.7mmol)およびクロロギ酸エチル(20.65g、245mmol)を加えた。一晩攪拌した後、この混合物を水、ブラインで洗浄し、次いで、硫酸ナトリウムで乾燥し、濾過し、そして真空中で濃縮して、刺激オイルを得、これを、フラッシュクロマトグラフィー(10%酢酸エチル/ヘキサン)にかけて、無色オイルとして、表題化合物(16.68g、収率86.9%)を得、これは、放置すると、固化した。
(実施例25)
N,N−ジエチルウレアミド−2−メチル−2−チオプソイド尿素:
水(3mL)中の2−メチル−2−チオプソイド尿素硫酸塩(2.0g、7.18mmol)の混合物に、イソシアン酸エチル(1.137mL、14.37mmol)を加え、続いて、安定なpH8になるまで、6N NaOHを滴下した。pH8で1時間後、その二相溶液を炭酸水素ナトリウム飽和水溶液で希釈し、そして酢酸エチル(3×100mL)で抽出した。合わせた有機層をブラインで洗浄し、そして硫酸ナトリウムで乾燥し、濾過し、次いで、真空中で濃縮して、刺激オイル(1.54g、92.7%)として、表題化合物を得た。TLC(50%酢酸エチル/塩化メチレン)および1H NMRは、この物質がモノおよびジアシルプソイド尿素の混合物であることを示唆している。
(実施例26)
[5−(4−シクロプロピルカルバモイル−イミダゾール−1−イル)−7−ピリミジン−2−イル−1H−ベンゾイミダゾール−2−イル]−カルバミン酸エチルエステル:
1−(3−アミノ−4−ニトロ−5−ピリミジン−2−イル−フェニル)−1H−イミダゾール−4−カルボン酸シクロプロピルアミド(65mg、0.178mmoles)のMeOH(10mL)溶液に、Ra−Ni(2滴の水スラリー、触媒)を加え、得られた懸濁液を、2時間にわたって、45psiのH2(Parr振盪機)に入れた。次いで、得られた混合物を濾過し、濃縮し、3mLのpH=3.5緩衝液(これは、pHを3.5に上げるのに十分なNaOAcと共に、1M H2SO4で製造した)で希釈し、そして室温で、N,N−ジエチルカルボキシ−2−メチル−2−チオプソイド尿素(N,N−ジエチルカルボキシ−2−メチル−2−チオプソイド尿素の1Mジオキサン溶液0.267mL)で処理した。得られた混合物を5時間還流すると、不均一懸濁液が生じた。この反応物を室温まで冷却し、水で希釈し、そしてpHを約6.0に上げるのに十分なNH4OHを加えた。次いで、固形物を濾過し、そして水、2/1の水/エタノール、EtOAcで洗浄し、次いで、ヘキサンで洗浄した。得られた固形物をMeOHに懸濁し、2当量のメタンスルホン酸を加え、そして真空中で濃縮して、灰白色固形物として、表題化合物(75、70%)を得た。
(実施例27)
本発明者は、スキームI〜IV、実施例1〜26で記述した方法と実質的に類似の方法により、また、当該技術分野で公知の方法により、式Iの他の化合物を調製した。これらの化合物の特性データは、以下のの表3で要約し、これには、LC/MS(観察された)および1H NMRデータを含む。
(実施例27)
(ジャイレースATPase活性)
DNAジャイレースのATP加水分解活性を、ピルビン酸キナーゼ/乳酸ジヒドロゲナーゼを介するADPの産生とNADHの酸化に関連付けることによって測定した。この方法は、以前に記載されている(TamuraおよびGellert、1990、J.Biol.Chem.265、21342)。
(TopoIV ATPaseアッセイ)
Topo4酵素によるATPからADPへの変換を、NADHからNAD+への変換に関連付けし、そして340nmでの吸光度の変化によって測定する。Topo4を、30℃にて10分間緩衝液中のインヒビター(最終4% DMSO)と共にインキュベートする。反応を、ATPを用いて開始し、そしてMolecular Devices SpectraMAXプレートリーダーで、30℃にて20分間連続的に速度をモニターする。阻害定数Kiを、強固に結合したインヒビターについてのモリソン式に当てはめた速度対[インヒビター]のプロットから決定する。
100mM Tris 7.5、2mM MgCl2、200mM K・−グルタミン酸塩、2.5mM ホスホエノールピルビン酸、0.2mM NADH、1mM DTT、4.25μg/mL直線化DNA、50μg/mL BSA、30μg/mLピルビン酸キナーゼおよび10μg/mL 乳酸デヒドロゲナーゼ(LDH)。
100mM Tris 7.5、6mM MgCl2、20mM KCl、2.5mMホスホエノールピルビン酸、0.2mM NADH、10mM DTT、5.25μg/mL直線化DNA、50μg/mL BSA、30μg/mLピルビン酸キナーゼおよび10μg/mL 乳酸デヒドロゲナーゼ(LDH)。
(液体培地における感受性試験)
本発明の化合物をまた、液体培地における感受性試験によって抗菌活性を試験した。このようなアッセイを、このような手順を管理する、最新のNCCLS書類:「M7−A5 Methods for dilution Antimicrobial Susceptibility Tests for Bacteria that Grow Aerobically;Approved Standard − 第5版(2000)」のガイドラインによって実施した。「Antibiotics in Laboratory Medicine」(V.Lorian編、Publishers Williams and Wilkins、1996)のような他の刊行物は、実験室における抗菌試験の基本的な手順を提供する。基本的に、新しく画線培養されたプレート由来のStaphylococcus aureusのいくつかの分離した細菌のコロニー(3〜7個)を、MHBのような適切な富化ブロス培地に移し、より選好性な生物に適切に補充した。これを一晩高密度に増殖させ、続いて1000または2000倍に希釈して5×105CFU/mLと5×106CFU/mLとの間の接種密度を得た。あるいは、新しく選択されたコロニーを37℃で4〜8時間、この培養物が0.5McFarland標準の混濁度(およそ1.5×108細胞/mL)と同じになるか、または越えるまでインキュベートし得、そして希釈して上記と同じCFU/mLを得た。より簡便な方法において、この接種物を、直接5つのコロニーをワンド(wand)と接触させ、その底でクロスハッチの溝を含み、続いて適切な量の生理食塩水中に細菌を懸濁する市販の機械的デバイス(BBL PROMPT System)を使用して調製され得た。適切な接種細胞密度への希釈を、この細胞懸濁液から行った。試験のために使用されたブロスは、Ca2+が50mg/LおよびMg2+が25mg/Lを補充されたMHBからなる。コントロール抗生物質の標準希釈パネルを生成し、そしてNCCLS標準M7−A5として貯蔵し、その希釈範囲は代表的には(2倍段階希釈によって)128μg/mL〜0.015μg/mLであった。この試験化合物を、同じ日の実験のために新たに溶解し、希釈する;上記と同じまたは同様の範囲の濃度を使用した。この試験化合物およびコントロールをマルチウェルプレートに分配し、そして試験細菌を最終接種がおよそ5×104CFU/ウェルおよび最終容量が100μLになるように添加した。このプレートを35℃で一晩(16〜20時間)インキュベートし、そして混濁度を目でチェックするか、またはマルチウェルプレート読み取り装置を用いて測定した。この終点最小阻害濃度(MIC)は、試験される微生物(Staphylococcus aureus)が生育しない薬物のもっとも低い濃度であった。このような決定をまた、上記の2つの刊行物中に含まれる適切な表と比較して、抗菌活性の範囲がこの標準化アッセイに適した範囲に入っていることを保証した。
Claims (7)
- 式Iの化合物またはそれらの薬学的に受容可能な塩:
Wは、窒素、CHまたはCFから選択される;
Xは、CHまたはCFから選択される;
Zは、OまたはNHである;
R1は、ピリド−2−イル、ピリド−3−イル、ピリド−4−イル、ピリミジン−2−イル、ピリミジン−4−イル、ピリミジン−5−イル、ピリミジン−6−イル、イミダゾール−1−イル、イミダゾール−2−イル、イミダゾール−4−イルまたはイミダゾール−5−イルから選択されるヘテロアリール環であり、ここで:
R1は、0個〜3個の基で置換されており、該基は、別個に、−(T)y−Ar、R’、オキソ、C(O)R’、CO2R’、OR’、SR’、NO2、ハロゲン、CN、C(O)N(R’)2 、SO2R’、SO2N(R’)2またはNR’SO2R’から選択される;
yは、0である;
Tは、直鎖または分枝のC1〜4アルキリデン鎖であり、ここで、Tの1個のメチレン単位は、必要に応じて、−O−、−NH−または−S−で置き換えられている;
各R’は、別個に、水素、C1〜4脂肪族、または5員〜6員不飽和またはアリール環から選択され、該環は、0個〜3個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子は、別個に、酸素、窒素またはイオウから選択され、ここで:
R’は、0個〜3個の基で置換されており、該基は、別個に、ハロゲン、オキソ、R0、N(R0)2、OR0、CO2R0、NR0C(O)R0、C(O)N(R0)2、SO2R0、SO2N(R0)2またはNR0SO2R0から選択され、ここで:
各R0は、別個に、水素、C1〜4脂肪族、または5員〜6員不飽和またはアリール環から選択され、該環は、0個〜3個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子は、別個に、酸素、窒素またはイオウから選択される;
Arは、以下である:3員〜8員不飽和またはアリール環;3員〜7員複素環であって、該複素環は、1個〜3個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子は、別個に、窒素、酸素またはイオウから選択される;または5員〜6員ヘテロアリール環であって、該ヘテロアリール環は、1個〜3個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子は、別個に、窒素、酸素またはイオウから選択され、ここで:
Arは、0個〜3個の基で置換されており、該基は、別個に、R’、オキソ、CO2R’、OR’、N(R’)2、SR’、NO2、ハロゲン、CN、C(O)N(R’)2、NR’C(O)R’、SO2R’、C(O)R’、SO2N(R’)2またはNR’SO2R’から選択される;
R2は、エチルである;そして
環Aは、
環Aは、0個〜3個の基で置換されており、該基は、別個に、R’、オキソ、OR’、SR’、NO2、ハロゲン、CN、SO2R’、またはSO2N(R’) 2 から選択され、
ここで、該水素結合アクセプタは、窒素、酸素あるいは硫黄からなる群から選択される、
化合物。 - R1が、0個〜2個の基で置換されており、該基が、別個に、ハロゲン、オキソ、R’、CO2R’、OR’、SR’、C(O)N(R’)2 、SO2R’、SO2N(R’)2またはNR’SO2R’から選択される、請求項1に記載の化合物。
- Arが、必要に応じて置換した5員ヘテロアリール環であり、該ヘテロアリール環が、1個〜3個のヘテロ原子を有し、該ヘテロ原子が、別個に、窒素、酸素またはイオウから選択される、請求項1に記載の化合物。
- Arが、必要に応じて置換した6員ヘテロアリール環であり、該ヘテロアリール環が、1個〜3個の窒素を有する、請求項1に記載の化合物。
- Arが、必要に応じて置換したフェニルである、請求項1に記載の化合物。
- 前記化合物が、式Vの化合物またはそれらの薬学的に受容可能な塩である、請求項1に記載の化合物:
- 以下からなる群から選択される、化合物:
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