JP2023528215A - 臨床応答に関連する特徴量の特定方法およびその使用 - Google Patents
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Abstract
本開示は、細胞療法に関連する治療用細胞組成物での処置後の対象、例えば患者の臨床応答に関連する特徴量、例えば対象、治療用細胞組成物および治療用細胞組成物を作製するために使用されるインプット組成物の属性を特定するための方法に関する。治療用細胞組成物の細胞は組換え受容体、例えばキメラ受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）または他のトランスジェニック受容体、例えばT細胞受容体（TCR）を発現する。該方法により臨床応答に関連する特徴量の特定がもたらされる。いくつかの態様において、該方法は、治療用細胞組成物での処置に対する対象の応答を判定（例えば、予測）するために使用され得る。TIFF2023528215000025.tif99150
Description
関連出願の相互参照
本出願は、2020年5月13日に出願され、「METHODS OF IDENTIFYING FEATURES ASSOCIATED WITH CLINICAL RESPONSE AND USES THEREOF 」と題された米国仮出願第63/024,494号、および2020年6月10日に出願され、「METHODS OF IDENTIFYING FEATURES ASSOCIATED WITH CLINICAL RESPONSE AND USES THEREOF 」と題された米国仮出願第63/037,592号の優先権を主張し、その内容全体が参照により組み入れられる。
本出願は、2020年5月13日に出願され、「METHODS OF IDENTIFYING FEATURES ASSOCIATED WITH CLINICAL RESPONSE AND USES THEREOF 」と題された米国仮出願第63/024,494号、および2020年6月10日に出願され、「METHODS OF IDENTIFYING FEATURES ASSOCIATED WITH CLINICAL RESPONSE AND USES THEREOF 」と題された米国仮出願第63/037,592号の優先権を主張し、その内容全体が参照により組み入れられる。
配列表の参照による組み入れ
本出願は、電子形式の配列表とともに出願されている。配列表は、2021年5月8日に作成された735042023740SeqList.TXTと題されたファイルとして提供され、そのサイズは51,373バイトである。配列表の電子形式の情報は、その全体が参照により組み入れられる。
本出願は、電子形式の配列表とともに出願されている。配列表は、2021年5月8日に作成された735042023740SeqList.TXTと題されたファイルとして提供され、そのサイズは51,373バイトである。配列表の電子形式の情報は、その全体が参照により組み入れられる。
分野
本開示は、細胞療法に関連する治療用細胞組成物での処置後の対象、例えば患者の臨床応答に関連する特徴量、例えば、対象、治療用細胞組成物および治療用細胞組成物を作製するために使用されるインプット組成物の属性を特定するための方法に関する。治療用細胞組成物の細胞は組換え受容体、例えばキメラ受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）または他のトランスジェニック受容体、例えばT細胞受容体（TCR）を発現する。該方法により臨床応答に関連する特徴量の特定がもたらされる。いくつかの態様において、該方法は、治療用細胞組成物での処置に対する対象の応答を判定（例えば、予測）するために使用され得る。
本開示は、細胞療法に関連する治療用細胞組成物での処置後の対象、例えば患者の臨床応答に関連する特徴量、例えば、対象、治療用細胞組成物および治療用細胞組成物を作製するために使用されるインプット組成物の属性を特定するための方法に関する。治療用細胞組成物の細胞は組換え受容体、例えばキメラ受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）または他のトランスジェニック受容体、例えばT細胞受容体（TCR）を発現する。該方法により臨床応答に関連する特徴量の特定がもたらされる。いくつかの態様において、該方法は、治療用細胞組成物での処置に対する対象の応答を判定（例えば、予測）するために使用され得る。
背景
さまざまな免疫療法および/または細胞療法方法が、疾患および病態を処置するために利用可能である。例えば、養子細胞療法（関心対象の疾患または障害に特異的なキメラ受容体、例えば、キメラ抗原受容体（CAR）および/または他の組換え抗原受容体を発現する細胞の投与を伴うもの、ならびに他の養子免疫細胞療法および養子T細胞療法を含む）は、癌または他の疾患もしくは障害の治療に有益であり得る。処置によって有益な臨床応答がもたらされるかどうかを判定するための改善された手法が必要とされている。そのような必要性に対処する方法が本明細書において提供される。
さまざまな免疫療法および/または細胞療法方法が、疾患および病態を処置するために利用可能である。例えば、養子細胞療法（関心対象の疾患または障害に特異的なキメラ受容体、例えば、キメラ抗原受容体（CAR）および/または他の組換え抗原受容体を発現する細胞の投与を伴うもの、ならびに他の養子免疫細胞療法および養子T細胞療法を含む）は、癌または他の疾患もしくは障害の治療に有益であり得る。処置によって有益な臨床応答がもたらされるかどうかを判定するための改善された手法が必要とされている。そのような必要性に対処する方法が本明細書において提供される。
概要
臨床応答に関連する特徴量を特定する方法であって、（a）（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、CARを含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量、を含む特徴量を受け取る工程;（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、該対象特徴量のうちの1つまたは複数、該インプット組成物特徴量のうちの1つまたは複数、および該治療用細胞組成物特徴量のうちの1つまたは複数を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;（d）教師あり学習を用いてランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの該情報提供性特徴量および得られた臨床応答を適用する工程;ならびに（e）訓練されたランダムフォレストモデルから、該臨床応答に関連する情報提供性特徴量を特定する工程を含む、前記方法が本明細書において提供される。
臨床応答に関連する特徴量を特定する方法であって、（a）（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、CARを含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量、を含む特徴量を受け取る工程;（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、該対象特徴量のうちの1つまたは複数、該インプット組成物特徴量のうちの1つまたは複数、および該治療用細胞組成物特徴量のうちの1つまたは複数を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;（d）教師あり学習を用いてランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの該情報提供性特徴量および得られた臨床応答を適用する工程;ならびに（e）訓練されたランダムフォレストモデルから、該臨床応答に関連する情報提供性特徴量を特定する工程を含む、前記方法が本明細書において提供される。
臨床応答に関連する特徴量を特定する方法であって、（a）（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量、を含む特徴量を受け取る工程;（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、該対象特徴量のうちの1つまたは複数、該インプット組成物特徴量のうちの1つまたは複数、および該治療用細胞組成物特徴量のうちの1つまたは複数を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を経時的に得る工程;（d）教師あり学習を用いてランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの情報提供性特徴量および臨床応答を適用する工程;ならびに（e）訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルから、該臨床応答に関連する情報提供性特徴量を特定する工程を含む、前記方法が本明細書において提供される。
本明細書において提供される方法のいずれかのいくつかの態様において、臨床応答に関連する情報提供性特徴量の特定は、該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度を求めることを含む。いくつかの態様において、重要度尺度は順列重要度尺度、平均最小深度および/またはランダムフォレスト、例えば訓練されたランダムフォレストモデルの木の総数を含み、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される。いくつかの態様において、重要度尺度は順列重要度尺度、平均最小深度および/またはランダムサバイバルフォレスト、例えば訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルの木の総数を含み、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される。いくつかの態様において、重要度尺度は順列重要度尺度である。いくつかの態様において、重要度尺度は平均最小深度である。いくつかの態様において、重要度尺度はランダムフォレスト、例えば訓練されたランダムフォレストモデルの木の総数であり、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される。いくつかの態様において、重要度尺度はランダムサバイバルフォレスト、例えば訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルの木の総数であり、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される。いくつかの態様において、臨床応答に関連する情報提供性特徴量は、順位付け、例えば該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の10、9、8、7、6、5、4、3、2または1つの情報提供性特徴量であり、該重要度尺度は各情報提供性特徴量について同じである。いくつかの態様において、臨床応答に関連する情報提供性特徴量は、該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の5つの情報提供性特徴量であり、該重要度尺度は各情報提供性特徴量について同じである。いくつかの態様において、臨床応答に関連する情報提供性特徴量は、該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の情報提供性特徴量であり、該重要度尺度は各情報提供性特徴量について同じである。
臨床応答を判定、例えば予測する方法であって、（a）（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量、を含む特徴量を受け取る工程;ならびに（b）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物での処置に対する該対象の臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定、例えば予測するように訓練されたランダムフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である該工程を含む前記方法が、本明細書において提供される。
臨床応答を判定、例えば予測する方法であって、（a）（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量、を含む特徴量を受け取る工程;ならびに（b）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物での処置に対する該対象の臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定、例えば予測するように訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である該工程を含む前記方法が、本明細書において提供される。
対象を処置する方法であって、（a）T細胞を含むインプット組成物を作製するために、対象由来の試料からT細胞を選択する工程;（b）（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される該治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量を測定する工程;ならびに（c）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物での処置に対する該対象の臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定、例えば予測するように訓練されたランダムフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程;ならびに対象に治療を施す工程であって、（1）該対象が、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、3ヶ月を超える永続的応答、3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）、全奏効率（ORR）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかまたは目標薬物動態応答より大きい所望の薬物動態応答、ならびに無毒性応答または軽度毒性応答（任意で、毒性はグレード2以下のCRSもしくはグレード2以下の神経毒性である）からなる群より選択される臨床応答を有すると判定、例えば予測される場合、該治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンが投与される;あるいは（2）該対象が、毒性応答（任意で、毒性応答は重度のサイトカイン放出症候群または重度の神経毒性である）、目標薬物動態応答と比較して低い薬物動態応答、病勢進行（PD）、3ヶ月未満の永続的応答、および3ヶ月未満のPFSからなる群より選択される臨床応答を有すると判定、例えば予測される場合、該対象に、治療用細胞組成物を含む該所定の治療レジメンと比較して変更された該治療用細胞組成物を含む治療レジメンを投与する該工程を含む前記方法が、本明細書において提供される。
対象を処置する方法であって、（a）T細胞を含むインプット組成物を作製するために、対象由来の試料からT細胞を選択する工程;（b）（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量を測定する工程;ならびに（c）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物で処置される該対象における臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定、例えば予測するように訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程;ならびに対象に治療を施す工程であって、（1）該対象が、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、3ヶ月を超える永続的応答、3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）、全奏効率（ORR）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかまたは目標薬物動態応答より大きい所望の薬物動態応答、ならびに無毒性応答または軽度毒性応答（任意で、毒性はグレード2以下のCRSもしくはグレード2以下の神経毒性である）からなる群より選択される臨床応答を有すると判定、例えば予測される場合、該治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンが投与される;あるいは（2）該対象が、毒性応答（任意で、毒性応答は重度のサイトカイン放出症候群または重度の神経毒性である）、目標薬物動態応答と比較して低い薬物動態応答、病勢進行（PD）、3ヶ月未満の永続的応答、および3ヶ月未満のPFSからなる群より選択される臨床応答を有すると判定、例えば予測される場合、該対象に、治療用細胞組成物を含む該所定の治療レジメンと比較して変更された該治療用細胞組成物を含む治療レジメンを投与する、該工程を含む前記方法が、本明細書において提供される。
いずれかの態様のいくつかにおいて、該方法は、治療用細胞組成物を生成させる工程をさらに含む。
対象を処置する方法であって、（a）T細胞を含むインプット組成物を作製するために、対象由来の試料からT細胞を選択する工程;（b）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物を作成する工程であって、該治療用細胞組成物は（i）該疾患または病態を処置するためのものである、（ii）該インプット組成物から作製される、かつ（iii）該対象に投与される、該工程;（c）（i）該治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量;（ii）該インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量;および（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量を測定する工程;（c）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物で処置される該対象における臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程;ならびに（d）該対象に治療を施す工程であって、（1）該対象が、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、3ヶ月を超える永続的応答、3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかまたは目標薬物動態応答より大きい所望の薬物動態応答、ならびに無毒性応答または軽度毒性応答（任意で、軽度毒性応答はグレード2以下のサイトカイン放出症候群（CRS）もしくはグレード2以下の神経毒性である）からなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンが投与される;あるいは（2）該対象が、毒性応答（任意で、毒性応答は重度のサイトカイン放出症候群（CRS）または重度の神経毒性である）、目標薬物動態応答と比較して低い薬物動態応答、病勢進行（PD）、3ヶ月未満の永続的応答、および3ヶ月未満のPFSからなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該対象に、治療用細胞組成物を含む該所定の治療レジメンと比較して変更された該治療用細胞組成物を含む治療レジメンを投与する該工程を含む前記方法が、本明細書において、いくつかの態様において提供される。
対象を処置する方法であって、（a）T細胞を含むインプット組成物を作製するために、対象由来の試料からT細胞を選択する工程;（b）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物を作成する工程であって、該治療用細胞組成物は（i）該疾患または病態を処置するためのものである、（ii）該インプット組成物から作製される、かつ（iii）該対象に投与される、該工程;（c）（i）該治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量;（ii）該インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量;および（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量を測定する工程;（c）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて治療用細胞組成物で処置される対象における臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程;ならびに（d）該対象に治療を施す工程であって、（1）該対象が、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、3ヶ月を超える永続的応答、3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかまたは目標薬物動態応答より大きい所望の薬物動態応答、ならびに無毒性応答または軽度毒性応答（任意で、軽度毒性応答はグレード2以下のサイトカイン放出症候群（CRS）もしくはグレード2以下の神経毒性である）からなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンが投与される;あるいは（2）該対象が、毒性応答（任意で、毒性応答は重度のサイトカイン放出症候群（CRS）または重度の神経毒性である）、目標薬物動態応答と比較して低い薬物動態応答、病勢進行（PD）、3ヶ月未満の永続的応答、および3ヶ月未満のPFSからなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該対象に、治療用細胞組成物を含む該所定の治療レジメンと比較して変更された該治療用細胞組成物を含む治療レジメンを投与する該工程を含む前記方法が、本明細書において、いくつかの態様において提供される。
いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは、対象が完全奏効（CR）を有することになるかどうかを判定するように訓練される。いくつかの態様において、（1）対象が完全奏効（CR）を有すると判定される場合、該対象に該所定の治療レジメンが投与されるか、または（2）対象が病勢進行（PD）を有すると判定される場合、該対象に該変更された治療レジメンが投与される。
いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは、対象が部分奏効（PR）を有することになるかどうかを判定するように訓練される。いくつかの態様において、（1）対象が部分奏効（PR）を有すると判定される場合、該対象に該所定の治療レジメンが投与されるか、または（2）対象が病勢進行（PD）を有すると判定される場合、該対象に該変更された治療レジメンが投与される。
いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは、対象が3ヶ月を超える永続的応答を有することになるかどうかを判定するように訓練される。いくつかの態様において、ランダムフォレストサバイバルモデルは対象が3ヶ月を超える永続的応答を有することになるかどうかを判定するように訓練される。いくつかの態様において、（1）対象が3ヶ月を超える永続的応答を有すると判定される場合、該対象に該所定の治療レジメンが投与される;または（2）対象が3ヶ月未満の永続的応答を有すると判定される場合、該対象に該変更された治療レジメンが投与される。
いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは、対象が3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）を有することになるかどうかを判定するように訓練される。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルは、対象が3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）を有することになるかどうかを判定するように訓練される。いくつかの態様において、（1）対象が3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）を有すると判定される場合、該対象に該所定の治療レジメンが投与されるか、または（2）対象が3ヶ月未満の無増悪生存期間（PFS）を有すると判定される場合、該対象に該変更された治療レジメンが投与される。
いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは、対象が客観的奏効（OR）を有することになるかどうかを判定するように訓練される。いくつかの態様において、（1）対象が客観的奏効（OR）を有すると判定される場合、該対象に該所定の治療レジメンが投与されるか、または（2）対象が病勢進行（PD）を有すると判定される場合、該対象に該変更された治療レジメンが投与される。
いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは、対象の薬物動態応答を判定するように訓練される。いくつかの態様において、（1）対象が、目標薬物動態応答であるかもしくは目標薬物動態応答より大きい所望の薬物動態応答を有すると判定される場合、該対象に該所定の治療レジメンが投与されるか、または（2）対象が目標薬物動態応答と比較して低い薬物動態応答を有すると判定される場合、該対象に該変更された治療レジメンが投与される。
いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは、対象が毒性応答を有することになるかどうかを判定するように訓練される。いくつかの態様において、（1）対象が無毒性応答もしくは軽度毒性応答を有すると判定される場合、該対象に該所定の治療レジメンが投与されるか、または（2）対象が毒性応答を有すると判定される場合、該対象に該変更された治療レジメンが投与される。いくつかの態様において、毒性応答は重度のCRSである。いくつかの態様において、毒性応答は重度の神経毒性である。
いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは、教師あり訓練を用いて訓練され、該教師あり訓練は:（a）（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量、を含む特徴量を受け取る工程;（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;（d）ランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして複数の対象からの情報提供性特徴量、および得られた臨床応答を適用する工程を含む。
いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルは、教師あり訓練を用いて訓練され、該教師あり訓練は:（a）（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量、を含む特徴量を受け取る工程;（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を経時的に得る工程;（d）教師あり学習を用いてランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの情報提供性特徴量および臨床応答を適用する工程を含む。
（a）（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量、を含む特徴量を受け取る工程;（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;（d）ランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして複数の対象からの情報提供性特徴量、および得られた臨床応答を適用する工程を含む、ランダムフォレストモデルの開発方法が本明細書において提供される。
（a）（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量、を含む特徴量を受け取る工程;（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を経時的に得る工程;（d）教師あり学習を用いてランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの情報提供性特徴量および臨床応答を適用する工程を含む、ランダムサバイバルフォレストモデルの開発方法が本明細書において提供される。
いくつかの態様において、該複数の対象の各々に該複数の治療用細胞組成物のうちの1つが投与され、対象に投与される該1つの治療用細胞組成物は、該対象由来の試料のインプット組成物から作製される治療用細胞組成物である。
いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、a）50％超、約50％超もしくは50％のデータ欠損を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程;b）ゼロ分散、または95％超、約95％超もしくは95％が単一値と等しいデータ値、および/またはn＝試料数である0.1n個より少ない一意な値、を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程;c）対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量の欠損データを連鎖方程式による多変量補完によって補完する工程;d）0.5超、約0.5または0.5と等しい相関係数を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量ならびにそれらの組合せのセットを含む共変量クラスターを特定し、かつ、対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を該共変量クラスターから反復的に選択する工程であって、選択される該対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量は、残りのすべての対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量との最も小さい平均絶対相関を有する、該工程のうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、50％超、約50％または50％のデータ欠損を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程を含むか、または該工程である。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、ゼロ分散、または95％超、約95％もしくは95％が単一値と等しいデータ値、およびn＝試料数である0.1n個より少ない一意な値、を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程を含むか、または該工程である。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量の欠損データを、連鎖方程式による多変量補完によって補完する工程を含むか、または該工程である。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、0.5超、約0.5もしくは0.5と等しい相関係数を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量ならびにそれらの組合せのセットを含む共変量クラスターを特定し、かつ、対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を該共変量クラスターから反復的に選択する工程を含むか、または該工程であり、ここで、選択される該対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量は、残りのすべての対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量との最も小さい平均絶対相関を有する。
いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは、交差検証を用いて評価される。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルは、交差検証を用いて評価される。いくつかの態様において、交差検証は10分割交差検証であるか、または少なくとも10分割交差検証である。いくつかの態様において、交差検証はネストされた（nested）交差検証である。
いくつかの態様において、該複数の対象は500、400、300、200、150、100、50、25、15もしくは10例の対象であるか、または約500、400、300、200、150、100、50、25、15もしくは10例の対象であるか、あるいは前述の任意の数値間の任意の数である。いくつかの態様において、該複数の対象は10例、約10例、または10例超の対象かつ250例未満の対象である。いくつかの態様において、該複数の対象は20例、約20例、または20例超の対象かつ200例未満の対象である。いくつかの態様において、該複数の対象は20例、約20例、または20例超の対象かつ150例未満の対象である。いくつかの態様において、該複数の対象は20例、約20例、または20例超の対象かつ150例未満の対象である。いくつかの態様において、該複数の対象は20例、約20例、または20例超の対象かつ100例未満の対象である。いくつかの態様において、該複数の対象は臨床試験に参加している。
いくつかの態様において、対象特徴量は対象属性および臨床属性のうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様において、対象属性は年齢、重量、身長、民族性、人種、性別およびボディマス指数のうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様において、臨床属性はバイオマーカー、疾患の診断、疾病負荷、疾病期間、疾患グレードおよび治療歴のうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様において、インプット組成物特徴量は細胞表現型を含む。いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量は細胞表現型、組換え受容体依存性活性および用量のうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様において、臨床応答は完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、永続的応答、無増悪生存期間（PFS）、全奏効率（ORR）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかもしくは目標薬物動態応答より大きい薬物動態応答、無毒性応答もしくは軽度毒性応答、毒性応答、目標応答と比較して低い薬物動態応答、または、CR、PR、永続的応答、ORR、ORもしくはPFSなしのうちの1つまたは複数を含む。
いくつかの態様において、臨床応答は完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、永続的応答、無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかもしくは目標薬物動態応答より大きい薬物動態応答、無毒性応答もしくは軽度毒性応答、毒性応答、目標応答と比較して低い薬物動態応答、または、CR、PR、永続的応答もしくは客観的奏効（OR）なしであるか、あるいはそれらを含む。
いくつかの態様において、臨床応答は完全奏効（CR）である。いくつかの態様において、臨床応答は完全奏効（CR）なしである。いくつかの態様において、臨床応答は部分奏効（PR）である。いくつかの態様において、臨床応答は部分奏効（PR）なしである。いくつかの態様において、臨床応答は客観的奏効（OR）である。いくつかの態様において、臨床応答は客観的奏効（OR）なしである。いくつかの態様において、臨床応答は毒性応答である。いくつかの態様において、臨床応答は毒性応答なしである。いくつかの態様において、毒性応答は軽度毒性応答である。いくつかの態様において、毒性応答は重度の毒性応答である。いくつかの態様において、毒性応答は重度のCRSである。いくつかの態様において、毒性応答は重度の神経毒性である。いくつかの態様において、臨床応答は永続的応答である。いくつかの態様において、臨床応答は永続的応答なしである。いくつかの態様において、臨床応答は奏効期間（DOR）である。いくつかの態様において、臨床応答は少なくとも3ヶ月または少なくとも約3ヶ月の奏効期間（DOR）である。いくつかの態様において、臨床応答は無増悪生存期間（PFS）である。いくつかの態様において、臨床応答は少なくとも3ヶ月または少なくとも約3ヶ月の無増悪生存期間（PFS）である。いくつかの態様において、臨床応答は、目標薬物動態応答であるかまたは目標薬物動態応答より大きい薬物動態応答である。いくつかの態様において、薬物動態応答は治療用細胞組成物での対象の処置後の該治療用細胞組成物のCAR T細胞の拡大の測定値である。いくつかの態様において、薬物動態応答は治療用細胞組成物での対象の処置後の該対象における最大CAR T細胞濃度の測定値である。いくつかの態様において、薬物動態応答は治療用細胞組成物での対象の処置後の該対象においてCAR T細胞濃度が最大になる時点の測定値である。いくつかの態様において、薬物動態応答は治療用細胞組成物での対象の処置後の該治療用細胞組成物のCAR T細胞への該対象の曝露の測定値である。
いくつかの態様において、試料は全血試料、バフィーコート試料、末梢血単核球（PBMC）試料、未分画T細胞試料、リンパ球試料、白血球試料、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物を含む。いくつかの態様において、試料はアフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物である。いくつかの態様において、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物は予め凍結保存されている。いくつかの態様において、T細胞は、対象から得られた初代細胞を含む。いくつかの態様において、T細胞はCD3＋、CD4＋および/またはCD8＋を含む。
いくつかの態様において、インプット組成物はCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞を含み、治療用細胞組成物は、組換え受容体を発現しているCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞を含み、かつ該インプット組成物から作製され、インプット組成物特徴量は、該インプット組成物のCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞組成物由来のインプット組成物特徴量を含み、治療用細胞組成物特徴量は、該治療用組成物のCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞由来の治療用細胞組成物特徴量を含む。
いくつかの態様において、インプット組成物は、CD4＋およびCD8＋T細胞の別々の組成物を含み、治療用細胞組成物は、組換え受容体を発現しているCD4＋およびCD8＋T細胞の別々の組成物を含み、かつ該インプット組成物のそれぞれのCD4＋またはCD8＋T細胞組成物から作製され、インプット組成物特徴量は、該インプット組成物のCD4＋およびCD8＋T細胞組成物由来のインプット組成物特徴量を含み、治療用細胞組成物特徴量は、該治療用組成物の該別々の組成物の各々のCD4＋およびCD8＋T細胞由来の治療用細胞組成物特徴量を含む。
いくつかの態様において、インプット組成物は、CD4＋およびCD8＋T細胞の別々の組成物を含み、治療用細胞組成物は、組換え受容体を発現しているCD4＋およびCD8＋T細胞の混合組成物を含み、かつ該インプット組成物の該別々のCD4＋およびCD8＋T細胞の組成物から作製され、インプット組成物特徴量は、該インプット組成物の該別々のCD4＋およびCD8＋T細胞の組成物由来のインプット組成物特徴量を含み、治療用細胞組成物特徴量は、該治療用組成物のCD4＋およびCD8＋細胞の該混合組成物由来の治療用細胞組成物特徴量を含む。
いくつかの態様において、組換え受容体はキメラ抗原受容体（CAR）である。いくつかの態様において、所定の治療レジメンは、a）25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;b）50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;またはc）75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である。いくつかの態様において、所定の治療レジメンを変更すること、例えば該変更された治療レジメンは、所定の治療レジメンが25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;所定の治療レジメンが50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;または所定の治療レジメンが25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である。いくつかの態様において、所定の治療レジメンを変更すること、例えば該変更された治療レジメンは、所定の治療レジメンが50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;所定の治療レジメンが75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;または所定の治療レジメンが75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である。いくつかの態様において、所定の治療レジメンを変更すること、例えば該変更された治療レジメンは、治療用細胞組成物を第2の治療薬と組み合わせて投与することを含む。
詳細な説明
疾患および病態、例えば種々の癌の処置のための細胞療法、例えば操作されたT細胞療法薬（例えば、治療用細胞組成物）での処置後の対象における臨床応答に関連する特徴量を特定するための方法が本明細書において提供される。いくつかの態様において、該方法により、細胞療法薬（例えば、治療用細胞組成物）での処置に対する対象の臨床応答が、該対象が処置される前に判定、例えば予測される。本明細書において提供される方法の諸局面、例えば、その諸態様は、細胞療法薬、例えば治療用細胞組成物の有効な投薬および投与の判定に関する。
疾患および病態、例えば種々の癌の処置のための細胞療法、例えば操作されたT細胞療法薬（例えば、治療用細胞組成物）での処置後の対象における臨床応答に関連する特徴量を特定するための方法が本明細書において提供される。いくつかの態様において、該方法により、細胞療法薬（例えば、治療用細胞組成物）での処置に対する対象の臨床応答が、該対象が処置される前に判定、例えば予測される。本明細書において提供される方法の諸局面、例えば、その諸態様は、細胞療法薬、例えば治療用細胞組成物の有効な投薬および投与の判定に関する。
数多くの対象（患者）属性、薬物製剤品を作製するための出発材料（例えば、インプット組成物の特徴）の属性および薬物製剤品（例えば、治療用細胞組成物）属性は、細胞療法薬の治験において臨床エンドポイント、例えば応答との名目上有意な一変量の関係が実証されている。しかしながら、細胞療法薬に対する臨床応答は、対象の特徴量、治療用細胞組成物の特徴量および作製される治療用細胞組成物が由来するインプット組成物の特徴量を含むがこれらに限定されない多くの要因に依存し得る。有効性、安全性および薬物動態（PK）応答に対する対象特徴量、出発材料（例えば、インプット組成物）特徴量および薬物製剤品（例えば、治療用細胞組成物）特徴量の多因子性寄与度を定量することは、細胞療法の分野における課題である。
本明細書において提供される方法により、教師あり機械学習の使用による多変量特徴量の評価の課題が対処される。例えば、本明細書において提供される機械学習モデルでは、複数の多様な特徴量がどのようにして臨床応答に寄与（例えば、判定または予測）し得るかを評価することができる。該モデルにクエリーまたはインテロゲーションすると、臨床応答と相関する特徴量、例えば特徴量群が特定され得る。場合によっては、本明細書における方法により、臨床応答の判定における特徴量セットの各特徴量の重要度をランキングすることも可能である。場合によっては、この情報は、不均一な患者集団における臨床経験を最適化するのに有用である。場合によっては、この情報は、薬物製剤品の生産および製造を最適化するのに有用である。
本明細書において提供される方法は、細胞療法薬、例えば治療用組成物に対する対象の臨床応答、例えば完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、永続的応答（例えば、応答永続性、DOR）、毒性応答ならびに/または特徴量、例えば、対象の属性（例えば、対象特徴量）、治療用細胞組成物の属性（例えば、治療用細胞組成物特徴量）および治療用細胞組成物を作製するために使用されるインプット組成物の属性（例えば、インプット組成物特徴量）に基づいた薬物動態応答が判定（例えば、予測）されるように訓練された機械学習モデルを含む。いくつかの態様において、対象特徴量は対象属性、例えば年齢および重量ならびに臨床属性、例えばバイオマーカーおよびバイオマーカーの組合せの発現、疾病負荷（例えば、腫瘍負荷の測定値）、治療歴ならびにそれらの組合せを含む。いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量は細胞表現型、例えば細胞健常性（例えば、生存細胞数、死細胞の数）、表面マーカーの存在および/または発現、表面マーカーの非存在またはその発現の欠如、サイトカインの存在および/または発現、サイトカインの非存在またはその発現の欠如、組換え受容体発現（例えば、CAR＋）、組換え受容体依存性活性（例えば、細胞溶解活性、サイトカイン産生）ならびにそれらの組合せを含むが、これらに限定されない。いくつかの態様において、インプット組成物特徴量は細胞表現型、例えば細胞健常性（例えば、生存細胞濃度、死細胞の数）、表面マーカーの存在および/または発現、表面マーカーの非存在またはその発現の欠如ならびにそれらの組合せを含むが、これらに限定されない。
いくつかの局面において、本明細書において提供される方法は、細胞療法薬、例えば治療用組成物に対する対象の臨床応答が、対象の属性（例えば、対象特徴量）、治療用細胞組成物の属性（例えば、治療用細胞組成物特徴量）および治療用細胞組成物を作製するために使用されるインプット組成物の属性（例えば、インプット組成物特徴量）に基づいて判定（例えば、予測）されるように訓練された機械学習モデルを含む。いくつかの局面において、治療用細胞組成物は、インプット組成物を出発材料として用いて生成させる。いくつかの局面において、対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量を用いて機械学習モデルを訓練することにより、このような特徴量セットのうちの1つのサブセットだけを用いて訓練することと比べて特定の利点がもたらされる。このような利点としては、対象の臨床応答をより正確に予測できること、または情報提供性臨床応答に関連する特徴量をより充分に特定できることが挙げられる。いくつかの局面において、提供される方法は、インプット組成物が治療用細胞組成物を作製するための出発材料として使用された場合であっても、製造前のインプット組成物の特徴量は、製造後の治療用細胞組成物の特徴量に含まれないか、または説明されない治療用細胞組成物に対する臨床応答に関連する情報を含み得るという認識に基づいている。したがって、いくつかの局面において、モデルの訓練にインプット組成物特徴量を含めることにより、モデルパフォーマンスまたは情報提供性特徴量の特定を、単独の対象特徴量および/または治療用細胞組成物特徴量を用いて訓練する場合に得られるものと比べて改善することができる。
いくつかの局面において、本明細書において提供される方法による使用が想定される機械学習モデルは透明性のある機械学習モデルである。透明性のある機械学習モデルの使用は、対象の臨床応答に関連する特徴量が特定されることが可能となるため特に好都合である。いくつかの態様において、臨床応答に関連すると特定された特徴量は、対象において該対象を細胞療法薬で処置する前に、対象が処置に対して望ましい臨床応答または好都合な臨床応答を有することになるかどうかを判定、例えば予測するために評価され得る。
場合によっては、従来の「ブラックボックス」モデルなどのモデルは、モデルがどのようにして特定の決定に到達したかの理解が認識できるような様式でクエリーまたはインテロゲーションできる場合、透明性があるとみなされる場合があり得る。いくつかの態様において、モデルがどのようにして特定の決定に到達したかの理解は、該決定に寄与する特徴量または特徴量群、例えば1つまたは複数の変数を特定することであるか、またはそれを特定することを含む。例えば、本明細書において提供される方法に鑑みると、いくつかの態様において、モデルは、インテロゲーションまたはクエリーして臨床応答に関連する特徴量が特定（例えば、臨床応答の特徴量重要度が測定）され得る場合、透明性があるとみなされる。いくつかの態様において、特定の決定への到達に対する各特徴量の寄与度が定量される。場合によっては、特徴量の特定および/または定量は、モデルを例えば系統的に、または制御された既知の条件下で操作し、該操作における該モデルの正確度（例えば、予測正確度）およびその変化を評価することによって求められる。
いくつかの態様において、機械学習モデルはランダムフォレストモデルである。いくつかの態様において、機械学習モデルはランダムサバイバルフォレストモデルである。上記のように、ランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストを使用することの利点はその透明性である。例えば、ランダムフォレストモデルおよびランダムサバイバルフォレストモデルでは、細胞療法薬、例えば治療用細胞組成物に対する対象の臨床応答を予測するために使用される特徴量が特定され得るようにインテロゲーションすることができる。いくつかの態様において、臨床応答を判定、例えば予測するために使用される特徴量は臨床応答に関連しているとみなされるものである。いくつかの態様において、対象の臨床応答を判定、例えば予測するために使用される特徴量を特定することは、例えば本明細書に記載のような特徴量重要度を評価することを含む（セクションI.B.1aおよびI.B.2a参照）。
いくつかの態様において、本明細書において提供されるランダムフォレストモデルは、臨床応答に関連する特徴量が特定されるようにインテロゲーションされる。いくつかの態様において、本明細書において提供されるランダムフォレストモデルは、細胞療法薬薬（例えば、治療用細胞組成物）でまだ処置されていない対象がどの臨床応答を有するだろうかを判定（例えば、クラス分類または予測）するために使用される。いくつかの態様において、対象がどの臨床応答を有するだろうかを処置前に判定、例えば予測することにより、該対象は所定の治療レジメンに従って処置されることになり得るか、または所定の治療レジメンと異なる（例えば、変更された）治療レジメンに従って処置されることになり得る。いくつかの態様において、判定、例えば予測された臨床応答に鑑みて所定の治療レジメンを変更することにより、改善された臨床応答もしくは好都合な臨床応答がもたらされ得るか、または対象が改善された臨床応答もしくは好都合な臨床応答を有する確率もしくは尤度が高まり得る。
ランダムサバイバルフォレストモデルでは、右側打ち切り生存データに対処することができ、制約的仮定（restrictive assumption）、例えば比例ハザードまたはパラメトリック（parametric）仮定を回避することができる。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルでは、非線形効果および複数の変数同士の交互作用を取り扱うことができる。このような特徴は、リスク予測モデル、例えば臨床応答のリスク予測モデルの構築に好都合である。いくつかの態様において、本明細書において提供されるランダムサバイバルフォレストモデルは、臨床応答に関連する特徴量が特定されるようにインテロゲーションされる。例えば、所与の時間量以内に臨床応答を有する確率に関連する特徴量が特定され得る。いくつかの態様において、本明細書において提供されるランダムサバイバルフォレストモデルは、対象が細胞療法薬、例えば治療用細胞組成物での処置後に臨床応答を有する確率を該対象が処置される前に求めるために使用される。いくつかの態様において、本明細書において提供されるランダムサバイバルフォレストモデルは、対象の臨床応答関数および累積ハザード関数を求めるために使用される。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルにより、対象が臨床応答を有するリスクを推定することができる。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルにより、対象が臨床応答を有しないリスクを推定することができる。いくつかの態様において、対象が処置後に臨床応答を有するか、または有しないかの処置前における判定（例えば、推定または予測）により、該対象は所定の治療レジメンに従って処置されることになり得るか、または所定の治療レジメンと異なる（例えば、変更された）治療レジメンに従って処置されることになり得る。いくつかの態様において、所定の治療レジメンを変更することにより、改善された臨床応答もしくは好都合な臨床応答がもたらされ得るか、または対象が改善された臨床応答もしくは好都合な臨床応答を有する確率もしくは尤度が高まり得る。
本明細書において提供される機械学習モデル、例えばランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストは、処置される対象（例えば、患者）、対象に投与される治療用細胞組成物および治療用細胞組成物の作製のためのインプット組成物（例えば、対象に由来する出発材料）に関連する種々の特徴量に基づいて臨床応答が予測されるように訓練される。いくつかの態様において、本明細書において提供される機械学習モデルは、処置される対象（例えば、対象特徴量、処置前）、対象に投与される治療用細胞組成物（例えば、治療用細胞組成物特徴量）および治療用細胞組成物の作製のためのインプット組成物（例えば、対象に由来する出発材料）（例えば、インプット組成物特徴量）に関連する特徴量を用いて訓練される。
いくつかの態様において、訓練は教師あり学習である。教師あり学習を用いてモデルが訓練される場合、治療用細胞組成物で処置された対象の臨床応答（その特徴量、例えば対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量が得られている）が判定されるか、得られるか、または別の様式で受け取られる。上記のように、いくつかの態様において、臨床応答としては、有効性転帰、例えば全奏効;完全奏効（CR）;部分奏効（PR）;永続的応答（例えば、応答永続性、DOR）、少なくとも3ヶ月、6ヶ月またはそれより長く永続的であるような奏効;安全性転帰、例えば毒性、例えば神経毒性またはCRSの発現;ならびに薬物動態応答、例えば細胞の最大血清濃度（Cmax）および曝露（例えば、曲線下面積（AUC））が挙げられるが、これらに限定されない。
該治療用細胞組成物での処置後の臨床応答に加えて、処置前の特徴量、例えば対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量を測定すること、得ること、または受け取ることにより、モデルは、ラベル付きデータを用いて訓練され得る。該モデルを、訓練されたモデルの予測正確度を測定するために試験データを用いて試験してもよい。ランダムサバイバルフォレストモデルの訓練では、時間および打ち切りのコンポーネント、例えば事象までの時間が臨床応答に付随することは認識されよう。
いくつかの態様において、対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量は前処理される。データの前処理により、いくつかの局面において、誤解を招く結果または不正確な結果を生じるモデルの作成が回避される。いくつかの態様において、前処理することにより、範囲外の値、欠損値、不可能なデータの組合せ、相関性が高い特徴量および他の交絡特徴量がモデルに組み込まれる（例えば、学習される）ことを防ぐ。提供される態様において、提供される前処理工程は、治療薬の臨床試験、例えばT細胞療法薬（例えば、CAR T細胞）を伴うものに関連するデータで存在し得るような小さいデータコホートのデータを訓練するのに特に好都合であることがわかった。
場合によっては、例えば治療薬の臨床試験中、異なる用量レベルが異なる数の対象を処置するために使用され得る。例えば、100例の対象のコホートにはある特定の用量が投与され得、一方、50例の対象の異なるコホートには著明に異なる用量が投与され得る。場合によっては、これによって不均衡なデータセットがもたらされる場合があり得る。場合によっては、サンプルサイズの違いもまた、モデルの訓練に問題となり得る。いくつかの局面において、不均衡は、モデルを訓練する特徴量として用量を含めることによって是正される。
場合によっては、前処理することにより情報提供性特徴量の特定がもたらされる。例えば、前処理は、分散がほとんどもしくは全くない特徴量、相関性が高い特徴量、または欠損値を有する特徴量を削除するため、あるいは残りの特徴量が情報提供性、識別的かつ独立性（例えば、情報提供性特徴量）となるように欠損値を置き換えるために使用され得る。いくつかの態様において、機械学習モデル、例えばランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストは、前処理によって特定された情報提供性特徴量に対して訓練される。いくつかの態様において、機械学習モデル、例えばランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストは、前処理によって特定された情報提供性特徴量に対して教師あり学習を用いて訓練される。いくつかの態様において、臨床応答を判定するためのモデルに対するインプットとして使用される特徴量、例えば対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット特徴量は、該モデルを訓練するために使用されたものと同じ情報提供性特徴量である情報提供性特徴量である。
特許文書、科学論文およびデータベースを含めて、本出願において参照されるすべての刊行物は、あたかもそれぞれの個々の刊行物が個々に参照により組み入れられているかのように、すべての目的のためにその全体が参照により組み入れられる。本明細書において示される定義が、参照により本明細書に組み入れられる特許、特許出願、公開特許出願および他の刊行物において示される定義と相反するかまたは他の形で矛盾する場合は、本明細書において示される定義が、参照により本明細書に組み入れられる定義に優先する。
本明細書において使用するセクション見出しは構成上の目的のためだけであり、記載される主題を限定するものとして解釈してはならない。
I. 臨床転帰に関連する特徴量の特定および臨床転帰の判定のための方法
本明細書において提供される方法により、治療用細胞組成物での処置後の対象における臨床応答に関連する特徴量、例えば対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量の特定が可能になる。いくつかの態様において、該方法により、治療用細胞組成物で処置される対象における臨床応答を、該治療用細胞組成物での処置の前に、該特徴量、例えば対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量に基づいて判定することが可能になる。この型の情報を早期の段階で、例えば処置前に有することにより、対象を処置する前に処置戦略（例えば、併用処置、投薬）を開発することが可能になり、それにより、対象がプラスの臨床応答または好都合な臨床応答（例えば、永続的応答、無増悪生存期間）を有する確率が高まる。
本明細書において提供される方法により、治療用細胞組成物での処置後の対象における臨床応答に関連する特徴量、例えば対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量の特定が可能になる。いくつかの態様において、該方法により、治療用細胞組成物で処置される対象における臨床応答を、該治療用細胞組成物での処置の前に、該特徴量、例えば対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量に基づいて判定することが可能になる。この型の情報を早期の段階で、例えば処置前に有することにより、対象を処置する前に処置戦略（例えば、併用処置、投薬）を開発することが可能になり、それにより、対象がプラスの臨床応答または好都合な臨床応答（例えば、永続的応答、無増悪生存期間）を有する確率が高まる。
本明細書において提供される方法は、操作されたCD3＋、CD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋細胞を含む治療用細胞組成物（例えば、治療用T細胞組成物）であって、CD3＋、CD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞を含むインプット組成物から作製される前記治療用細胞組成物を生成させることを含む。いくつかの態様において、インプット組成物は、2種類の別々の組成物、例えばCD4＋組成物とCD8＋組成物を含む。いくつかの態様において、インプット組成物は、CD4＋およびCD8＋細胞を含む単一の組成物を含む。いくつかの態様において、治療用細胞組成物を生成させるための本明細書において提供される方法は、治療用細胞組成物用のCD4＋およびCD8＋の両方の操作された細胞を生成させることを含む。いくつかの態様において、CD4＋およびCD8＋細胞は、例えば別々の治療用細胞組成物を作製するために別々に操作される。いくつかの態様において、CD4＋およびCD8＋細胞は、別々のCD4＋およびCD8＋インプット組成物から別々の治療用細胞組成物を作製するために別々に操作される。いくつかの態様において、治療用細胞組成物は混合状態のCD4＋およびCD8＋の操作された細胞を含む。いくつかの態様において、別々の治療用細胞組成物の別々のCD4＋およびCD8＋の操作された細胞は合わされ、混合状態のCD4＋およびCD8＋の操作された細胞の治療用細胞組成物が作製される。いくつかの態様において、混合状態のCD4＋およびCD8＋の操作された細胞の治療用細胞組成物は、混合状態のCD4＋およびCD8＋を含む単一のインプット組成物から作製される。インプット組成物および治療用細胞組成物の特徴量は、混合状態の組成物から測定されても、受け取られても、得られてもよく、別々の組成物から測定されても、受け取られても、得られてもよい。
A. 特徴量および臨床応答
治療用細胞組成物での処置に対する対象の臨床応答が、対象の特徴量、治療用細胞組成物の特徴量および作製される治療用細胞組成物が由来するインプット組成物の特徴量を含むがこれらに限定されない多くの要因に依存することが想定される。したがって、本明細書において提供される方法は、治療用細胞組成物で処置される対象に関連する特徴量、治療用細胞組成物に関連する特徴量および作製される治療用細胞組成物が由来するインプット組成物の特徴量と該治療用細胞組成物での処置後の対象における臨床応答間の関係を、機械学習モデルを用いて評価することに関する。
治療用細胞組成物での処置に対する対象の臨床応答が、対象の特徴量、治療用細胞組成物の特徴量および作製される治療用細胞組成物が由来するインプット組成物の特徴量を含むがこれらに限定されない多くの要因に依存することが想定される。したがって、本明細書において提供される方法は、治療用細胞組成物で処置される対象に関連する特徴量、治療用細胞組成物に関連する特徴量および作製される治療用細胞組成物が由来するインプット組成物の特徴量と該治療用細胞組成物での処置後の対象における臨床応答間の関係を、機械学習モデルを用いて評価することに関する。
いくつかの態様において、本明細書において提供される方法に使用される対象に関連する特徴量は、対象属性、例えば年齢および重量、臨床属性、例えばバイオマーカーおよびバイオマーカーの組合せの発現、疾病負荷（例えば、腫瘍負荷の測定値）、治療歴ならびにそれらの組合せを含む。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物およびインプット組成物に関連する特徴量は細胞表現型を含む。いくつかの態様において、細胞表現型は、1つまたは複数の特定の分子、例えば表面分子および/またはインプット組成物もしくは治療用細胞組成物内の細胞もしくは亜集団細胞に蓄積され得るか、あるいは該細胞もしくは亜集団細胞によって産生され得る分子の有無を評価することによって判定される。いくつかの態様において、細胞表現型としては、細胞活動、例えば刺激に応答した因子（例えば、サイトカイン）の産生が挙げられ得る。いくつかの態様において、因子（例えば、サイトカイン）の産生は組換え受容体依存性活性化に対する応答である。いくつかの態様において、治療用細胞組成物の細胞の組換え受容体依存性活性は、治療用細胞組成物内の細胞もしくは亜集団細胞に蓄積され得るか、または該細胞もしくは亜集団細胞によって産生され得る1つまたは複数の特定の分子（例えば、サイトカイン）を評価することによって測定される。いくつかの態様において、組換え受容体依存性活性は、治療用細胞組成物の細胞の細胞溶解活性を測定することによって評価される。
いくつかの態様において、インプット組成物および/または治療用細胞組成物の特徴量は、細胞組成物の表現型（例えば、表面分子、サイトカイン、組換え受容体）の測定、検出、定量または他の評価を含む。特定の態様において、組成物（例えば、インプット組成物、治療用細胞組成物）の特徴量は、特定の分子（例えば、表面分子、サイトカイン、組換え受容体）の存在、非存在、発現の度合いまたはレベルの測定、検出、定量または他の評価を含む。いくつかの態様において、ある属性を有する細胞のパーセンテージ、数、比および/または割合が測定される。いくつかの態様において、ある属性を有する細胞のパーセンテージ、数、比および/または割合は、本明細書において提供される機械学習アルゴリズムにインプットとして使用され得る治療用細胞組成物特徴量またはインプット組成物特徴量である。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量またはインプット組成物特徴量は表現型、例えば細胞表現型である。いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量またはインプット組成物特徴量は、細胞の生存能力を示す表現型である。いくつかの態様において、該表現型はアポトーシスの非存在、初期のアポトーシスの非存在または後期のアポトーシスの非存在を示す。いくつかの態様において、該表現型は、アポトーシス、初期アポトーシスまたは後期のアポトーシスの非存在を示す因子の非存在である。いくつかの態様において、該表現型は、治療用細胞組成物中の亜集団またはサブセットのT細胞、例えば組換え受容体発現T細胞（例えば、CAR＋T細胞）、CD8＋T細胞またはCD4＋T細胞の表現型である。いくつかの態様において、該表現型は、活性化されていない細胞および/または1つもしくは複数の活性化マーカーの発現が欠如しているか、あるいは該発現が低下しているか、あるいは該発現が低い細胞の表現型である。いくつかの態様において、該表現型は、疲弊していない細胞および/または1つもしくは複数の疲弊マーカーの発現が欠如しているか、あるいは該発現が低下しているか、あるいは該発現が低い細胞の表現型である。
いくつかの態様において、表現型は、1種または複数種のサイトカインの産生である。いくつかの態様において、例えば、サイトカインが、細胞によって発現される組換え受容体とその抗原との関与に応答して、治療用細胞組成物の操作された細胞によって産生および/または分泌される場合、この活性は組換え受容体依存性活性と呼ばれる。いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量は組換え受容体依存性活性である。
いくつかの態様において、1種または複数種のサイトカインの産生は、細胞内サイトカイン染色によって、測定され、検出されおよび/または定量される。特定の態様において、表現型は、サイトカインの産生の欠如である。特定の態様において、表現型は、サイトカインの産生について陽性であるか、またはサイトカインの高レベルの産生である。フローサイトメトリーによる細胞内サイトカイン染色（ICS）は、単一細胞レベルでサイトカイン産生を研究するのに極めて適した技術である。これは、細胞刺激後の小胞体内のサイトカインの産生および蓄積を検出し、特定のサイトカインの産生について陽性もしくは陰性である細胞集団の同定、または閾値に基づく高産生細胞と低産生細胞との分離を可能にする。ICSはまた、細胞の特定のサブグループにおけるサイトカイン産生にアクセスする（access）ために、細胞表面マーカーを使用する免疫表現型決定のための他のフローサイトメトリープロトコル、またはMHC多量体と組み合わせて使用され、極めて柔軟で汎用的な方法となり得る。サイトカイン産生を測定または検出するための他の単一細胞技術としては、ELISPOT、限界希釈およびT細胞クローニングが挙げられるが、これらに限定されない。
特定の態様において、例えば、治療用細胞組成物では、特徴量は、組換え受容体依存性活性を含む。いくつかの態様において、活性は、可溶性因子の産生および/もしくは分泌であるかまたはそれを含む、組換え受容体（例えばCAR）依存性活性である。一部の特定の態様において、可溶性因子は、サイトカインまたはケモカインである。
可溶性因子の産生または分泌の測定に適した技術は、当技術分野において公知である。可溶性因子の産生および/または分泌は、因子の細胞外量の濃度もしくは量を決定することによって、または因子をコードする遺伝子の転写活性の量を決定することによって測定され得る。適切な技術としては、イムノアッセイ、アプタマーに基づくアッセイ、組織学的または細胞学的アッセイ、mRNA発現レベルアッセイ、酵素結合免疫吸着検定法（ELISA）、alphalisaアッセイ、イムノブロッティング、免疫沈降、ラジオイムノアッセイ（RIA）、免疫染色、フローサイトメトリーアッセイ、表面プラズモン共鳴（SPR）、化学発光アッセイ、ラテラルフローイムノアッセイ、阻害アッセイまたはアビディティーアッセイ、タンパク質マイクロアレイ、高速液体クロマトグラフィー（HPLC）、Meso Scale Discovery（MSD）電気化学発光、およびビーズに基づく多重イムノアッセイ（MIA）などのアッセイが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、適切な技術は、可溶性因子に特異的に結合する検出可能な結合試薬を使用し得る。
いくつかの態様において、表現型は、1つまたは複数の特定の分子、例えば、該表現型を示す特定の表面マーカー、例えば、表面タンパク質;該表現型を示す細胞内マーカー;もしくは該表現型を示す核酸、または該表現型を示す他の分子もしくは因子の細胞中の発現の有無またはレベルによって示される。いくつかの態様において、表現型は、特定の分子のうちの1つもしくは複数の陽性発現もしくは陰性発現であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、特定の分子としては、表面マーカー、例えば、膜糖タンパク質もしくは受容体;アポトーシスもしくは生存能力に関連するマーカー;または免疫細胞の状態を示す特定の分子、例えば、活性化、疲弊、または成熟もしくはナイーブ表現型に関連するマーカーが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、特定の分子に基づいて細胞を評価もしくは測定、計数および/または定量するための任意の公知の方法を使用して、組成物（例えば、インプット組成物、治療用細胞組成物）中の前記表現型の細胞数を決定することができる。
いくつかの態様において、表現型は、細胞中の1つまたは複数の特定の分子の陽性発現もしくは陰性発現であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、陽性発現は、細胞中の特定の分子の検出可能な量によって示される。一部の特定の態様において、検出可能な量は、細胞中の特定の分子の任意の検出された量である。特定の態様において、検出可能な量は、細胞中のバックグラウンド、例えば、バックグラウンド染色、シグナルなどよりも多い量である。一部の特定の態様において、陽性発現は、閾値、例えば所定の閾値よりも多い、特定の分子の量である。同様に、特定の態様において、特定の分子の陰性発現を有する細胞は、陽性発現を有すると決定されていない任意の細胞であり得るか、または検出可能な量の特定の分子、もしくはバックグラウンドを超える検出可能な量の特定の分子を欠く細胞である。いくつかの態様において、特定の分子の量が閾値未満である場合、細胞は特定の分子の陰性発現を有する。当業者であれば、常用的な技能の問題として、特定の分子の陽性発現および/または陰性発現を定義するための閾値を定義する方法を理解し、かつ閾値は、例えば、限定されることなく、アッセイまたは検出方法、特定の分子の同一性、検出に使用される試薬、および機器の特定のパラメータに従って定義され得ることを理解するであろう。
特定の分子を検出するため、および/または細胞の表現型を分析するために使用され得る方法の例としては、生化学的分析;免疫化学的分析;画像分析;細胞形態学的分析;分子分析、例えば、PCR、シーケンシング、ハイスループットシーケンシング、DNAメチル化の決定;プロテオミクス分析、例えば、タンパク質グリコシル化および/またはリン酸化パターンの決定;ゲノミクス分析;エピゲノミクス分析（例えば、ChIP-seqまたはATAC-seq）;トランスクリプトミクス分析（例えばRNA-seq）;ならびにそれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、前記方法は、免疫受容体レパートリー、例えば、T細胞受容体（TCR）のレパートリーの評価を含み得る。いくつかの局面において、表現型のいずれかの決定は、ハイスループット、自動化で、および/または単一細胞ベースの方法によって評価され得る。いくつかの局面において、大規模な方法またはゲノムワイドな方法を使用して、1つまたは複数の分子シグネチャーを同定することができる。いくつかの局面において、1つまたは複数の分子シグネチャー、例えば、細胞中の特定のRNAまたはタンパク質の発現を決定することができる。いくつかの態様において、表現型の分子的特徴は、画像分析、PCR（PCRの標準およびあらゆる変形を含む）、マイクロアレイ（DNAマイクロアレイ、マイクロRNA用MMチップ、タンパク質マイクロアレイ、細胞マイクロアレイ、抗体マイクロアレイおよび炭水化物アレイを含むがこれらに限定されない）、シーケンシング、バイオマーカー検出、またはDNAメチル化もしくはタンパク質グリコシル化パターンを決定する方法によって分析される。特定の態様において、特定の分子は、ポリペプチド、すなわちタンパク質である。いくつかの態様において、特定の分子はポリヌクレオチドである。
いくつかの態様において、特定の分子の陽性発現または陰性発現は、それぞれ陽性選択または陰性選択された細胞上に発現される（マーカー＋）または比較的高いレベルで発現される（マーカー高）1つまたは複数の表面マーカーに特異的に結合する1つもしくは複数の抗体または他の結合剤とともに細胞をインキュベートすることによって決定される。特定の態様において、陽性発現または陰性発現は、フローサイトメトリー、免疫組織化学、または特定のマーカーを検出するための任意の他の適切な方法によって決定される。
特定の態様において、特定の分子の発現は、フローサイトメトリーを用いて評価される。フローサイトメトリーは、流体の流れの中に細胞を懸濁し、かつ電子的検出装置によって細胞を通過させることによって、細胞計数、細胞選別、バイオマーカー検出およびタンパク質操作に使用される、レーザーまたはインピーダンスベースの生物物理学的技術である。これにより、最大毎秒数千の粒子の物理的特性および化学的特性の同時マルチパラメトリック分析が可能になる。
フローサイトメーターによって生成されたデータは、ヒストグラムを生成するために一次元で、または二次元ドットプロットで、または三次元でもプロットすることができる。これらのプロット上の領域は、「ゲート」と呼ばれる一連のサブセット抽出を作成することによって、蛍光強度に基づいて順次分離することができる。特に免疫学に関連して、診断目的および臨床目的のために特定のゲーティングプロトコルが存在する。プロットは、対数スケールで行われることが多い。様々な蛍光色素の発光スペクトルが重複するため、検出器におけるシグナルは、電子的および計算的に補償されなければならない。フローサイトメーターを使用して蓄積されたデータは、ソフトウェア、例えば、JMP（統計ソフトウェア）、WinMDI、Flowing Software、およびウェブベースのCytobank）、Cellcion、FCS Express、FlowJo、FACSDiva、CytoPaint（別名Paint-A-Gate）、VenturiOne、CellQuest Pro、InfinicytまたはCytospecを使用して分析することができる。
フローサイトメトリーは、当技術分野における標準的な技術であり、かつ当業者であれば、1つまたは複数の特定の分子を検出し、かつデータを分析して、細胞の集団中の1つまたは複数の特定の分子の発現を決定するためのプロトコルを設計または調整する方法を容易に理解するであろう。フローサイトメトリーのための標準的なプロトコルおよび技術は、Loyd“Flow Cytometry in Microbiology;Practical Flow Cytometry by Howard M.Shapiro;Flow Cytometry for Biotechnology by Larry A.Sklar,Handbook of Flow Cytometry Methods by J.Paul Robinson,et al.,Current Protocols in Cytometry,Wiley-Liss Pub,Flow Cytometry in Clinical Diagnosis,v4,（Carey,McCoy,and Keren,eds）,ASCP Press,2007,Ormerod,M.G.（ed.）（2000）Flow Cytometry-A practical approach.3rd edition.Oxford University Press,Oxford,UK,Ormerod,M.G.（1999）Flow Cytometry.2nd edition.BIOS Scientific Publishers,Oxford.、およびFlow Cytometry-A basic introduction.Michael G.Ormerod,2008に見出される。
いくつかの態様において、細胞は、その後の分析のために表現型によって選別される。いくつかの態様において、同じ細胞組成物内の異なる表現型の細胞は、蛍光標識細胞分取（FACS）によって選別される。FACSは、各細胞の特定の光散乱特性および蛍光特性に基づいて、細胞の不均一な混合物を一度に1つの細胞ずつ2つ以上の容器に選別することを可能にする特殊なタイプのフローサイトメトリーである。FACSは、個々の細胞からの蛍光シグナルの迅速で客観的かつ定量的な記録、ならびに特定の関心対象の細胞の物理的分離を提供するため、有用な科学機器である。
いくつかの態様において、インプット組成物特徴量または治療用組成物特徴量は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる国際公開公報第2019/032929号、国際公開公報第2018/223101号、国際公開公報第2019/089848号、国際公開公報第2020/113194号、国際公開公報第2019/090003号、国際公開公報第2020/092848号、国際公開公報第2019/113559号および国際公開公報第2018/157171号に記載の、細胞組成物の特徴量、例えば、それぞれインプット細胞組成物または治療用T細胞組成物（例えば、CAR-T細胞）に関連するパラメータまたは活性のうちのいずれか1つまたは複数を含み得る。いくつかの態様において、対象特徴量は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる国際公開公報第2019/032929号、国際公開公報第2018/223101号、国際公開公報第2019/089848号、国際公開公報第2020/113194号、国際公開公報第2019/090003号、国際公開公報第2020/092848号、国際公開公報第2019/113559号および国際公開公報第2018/157171号に記載の、対象の特徴量もしくは特徴または対象に関連する特徴量もしくは特徴（例えば、対象の属性または治療用T細胞組成物の投与を伴う臨床試験中の対象に関する臨床属性）のうちのいずれか1つまたは複数を含み得る。いくつかの態様において、治療用細胞組成物（例えば、CAR-T細胞）に対する臨床応答としては、その全体が参照により本明細書に組み入れられる国際公開公報第2019/032929号、国際公開公報第2018/223101号、国際公開公報第2019/089848号、国際公開公報第2020/113194号、国際公開公報第2019/090003号、国際公開公報第2020/092848号、国際公開公報第2019/113559号および国際公開公報第2018/157171号に記載の、治療用細胞組成物（例えば、CAR-T細胞）に対する臨床応答のうちのいずれか1つまたは複数が挙げられ得る。かかる特徴量のうちのいずれか1つまたは複数が、いずれか1つまたは複数の臨床応答を、提供される方法に従って判定（例えば、予測）するためのデータとして使用され得る。
1つまたは複数の非限定的な臨床応答を判定（例えば、予測）するための提供される方法においてデータとして使用される対象特徴量、インプット組成物特徴量、治療用細胞組成物特徴量の非限定的な例を以下のサブセクションに記載する。
1. 対象特徴量
治療用細胞組成物で処置される対象に関連する種々の特徴量が、本明細書において提供される方法、例えば機械学習方法による使用が想定される。治療用細胞組成物で処置される対象を本明細書において患者と称する場合もあり得る。
治療用細胞組成物で処置される対象に関連する種々の特徴量が、本明細書において提供される方法、例えば機械学習方法による使用が想定される。治療用細胞組成物で処置される対象を本明細書において患者と称する場合もあり得る。
いくつかの態様において、対象特徴量は対象属性、例えば年齢および重量を含む。いくつかの態様において、対象特徴量は対象の重量、例えば体重である。いくつかの態様において、対象の重量は、治療用細胞組成物が投与される時点の対象の重量である。特定の態様において、重量はlbまたはkgで測定される。いくつかの態様において、対象特徴量は年齢、例えば治療用細胞組成物の投与の開始時の対象の年齢である。他の例示的な対象特徴量は身長、民族性、人種、性別、ジェンダーおよびボディマス指数を含む。
いくつかの態様において、対象に関連する特徴量は臨床属性である。例示的な臨床属性としては、バイオマーカーおよびバイオマーカーの組合せ、疾患の診断、疾病負荷、疾病期間、疾患の重症度（例えば、疾患グレード）ならびに治療歴が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの態様において、対象に関連する臨床属性（例えば、対象特徴量）としては、前の治療薬、例えば治療用T細胞組成物の投与の開始前の1つまたは複数の治療薬の量が挙げられる。いくつかの態様において、前の治療薬は、治療用細胞組成物と同じ疾患および/または病態を処置するために投与されている。
特定の態様において、臨床属性は血小板数である。
いくつかの態様において、臨床属性は最新の疾患診断である。いくつかの態様において、臨床属性は対象が受けた診断である。
特定の態様において、臨床属性は白血病を有することである。いくつかの態様において、対象特徴量はB細胞系の白血病を有することである。特定の態様において、白血病は急性リンパ芽球性白血病（ALL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、慢性リンパ性白血病（CLL）、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）または急性骨髄性白血病（AML）である。特定の態様において、臨床特徴量は急性リンパ性白血病（ALL）を有することである。いくつかの態様において、臨床属性はリンパ腫を有することである。いくつかの態様において、臨床属性は特定のグレードのリンパ腫を有することである。いくつかの態様において、臨床属性はDLBCLを有することである。いくつかの態様において、臨床属性は濾胞性リンパ腫を有することである。いくつかの態様において、臨床属性は濾胞性リンパ腫からの形質転換DLBCLを有することである。いくつかの態様において、臨床属性はDLBCLの細胞起源である。例えば、いくつかの態様において、起源の細胞は、活性化されたB細胞、非胚中心B細胞または胚中心B細胞様細胞である。いくつかの態様において、臨床属性は疾患がde novoであるのか、またはその他であるのかである。例えば、いくつかの態様において、臨床属性はde novo DLBCLまたはde novoでないDLBCLである。
いくつかの態様において、臨床属性は遺伝子表現型、例えば疾患もしくは病態と相関しているか、または疾患もしくは病態に関連していることがわかっている遺伝子内の変異の同定である。いくつかの態様において、臨床属性は、遺伝子、例えば、疾患もしくは病態と相関しているか、または疾患もしくは病態に関連している遺伝子が1つまたは複数の変異、例えば欠失、挿入、置換、再編成、転座を有するかどうかである。いくつかの態様において、臨床属性は変異した遺伝子（例えば、ヒット）の数である。いくつかの態様において、臨床属性は遺伝子ダブルヒットである。例えば、リンパ腫において場合によっては、2つの遺伝子、例えばMYCおよびBCL2が変異型であり得る。いくつかの態様において、臨床属性は遺伝子トリプルヒットである。例えば、リンパ腫において場合によっては、3つの遺伝子、例えばMYC、BCL6およびBCL2が変異型であり得る。いくつかの態様において、臨床属性は遺伝子ダブルヒットまたはトリプルヒットである。いくつかの態様において、臨床属性は遺伝子ダブルエクスプレッサーである。例えば、リンパ腫において場合によっては、デュアルエクスプレッサーまたはダブルエクスプレッサーはMYCおよびBCL2の過剰発現の免疫組織化学的検出を示す。いくつかの態様において、ダブルエクスプレッサーは、例えばベースラインと比べて過剰発現されている遺伝子を示す。
いくつかの局面において、臨床属性は、対象が再発または難治性の疾患を有するかどうかである。いくつかの局面において、臨床属性は、対象が再発しているか、または1つもしくは複数の前の治療薬に難治性になっているかどうかである。いくつかの態様において、臨床属性は対象が化学療法処置後に再発しているか、または不応性であるかどうかである。
治療用細胞組成物で処置される対象は、疾患または病態の処置を試みて前の処置を受けていたかもしれないことが想定される。したがって、いくつかの態様において、臨床属性は対象が治療用細胞組成物での処置の前に受けた前の治療ラインの数である。いくつかの態様において、臨床属性は対象が治療用細胞組成物での処置の前に受けた前の全身性治療ラインの数である。いくつかの態様において、臨床属性は対象が、該治療用細胞組成物での処置の前に同種造血幹細胞移植を受けたかどうかである。いくつかの態様において、臨床属性は対象が、該治療用細胞組成物での処置の前に自己造血幹細胞移植を受けたかどうかである。いくつかの態様において、臨床属性は前の処置に対する最良の全奏効である。
いくつかの態様において、臨床属性は疾患病期である。
いくつかの態様において、臨床属性は疾病負荷である。特定の態様において、臨床属性は高い疾病負荷、例えば治療用T細胞組成物の投与の開始前における高い疾病負荷である。特定の態様において、臨床属性は、治療用細胞組成物の投与の開始の直前、または治療用細胞組成物の投与の開始前1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間、1ヶ月、2ヶ月、3ヶ月、4ヶ月、5ヶ月、6ヶ月もしくは6ヶ月超以内における高い疾病負荷である。いくつかの態様において、疾病負荷は病変計数によって測定される。いくつかの態様において、高い疾病負荷は骨髄芽球のパーセントに基づいて測定される。特定の態様において、対象特徴量は高い疾病負荷、例えば二方向積和（SPD）または乳酸デヒドロゲナーゼ（LDH）のレベルである。
いくつかの態様において、臨床属性は病変計数である。いくつかの態様において、臨床属性はSPDである。いくつかの態様において、臨床属性はLDHレベルである。いくつかの態様において、臨床属性はSPDの変化倍数である。いくつかの態様において、臨床属性はLDHレベルの変化倍数である。いくつかの態様において、変化倍数は、最初のスクリーニングのタイミングと治療用細胞組成物の投与前にリンパ球除去療法が遂行される時点間で求められる。いくつかの態様において、変化倍数は、最初のスクリーニングのタイミングと治療用細胞組成物が投与される時点間で求められる。いくつかの態様において、臨床属性SPD、LDH、病変計数および変化倍数、差またはその他の定量値は疾病負荷を評価するために使用される。
いくつかの態様において、臨床属性は、例えば腫瘍負荷によって示される疾病負荷である。いくつかの態様において、臨床属性は高い腫瘍負荷、例えば治療用細胞組成物の投与の開始前における高い疾病負荷である。いくつかの態様において、腫瘍負荷は、1つまたは複数の腫瘍の体積測定の測定値によって求められる。いくつかの態様において、体積測定の測定値は該1つまたは複数の病変の測定値、例えば腫瘍サイズ、腫瘍径、腫瘍体積、腫瘍質量、腫瘍細胞量もしくは腫瘍造影領域、腫瘍関連浮腫、腫瘍関連壊死および/または転移の数もしくは程度である。また、「巨大病変」は、胸部の大きな腫瘍を示すために使用され得る。いくつかの態様において、腫瘍の体積測定の測定値は二次元測定値である。例えば、いくつかの態様において、1つまたは複数の病変の面積が、測定可能なすべての腫瘍の最大径と最大垂直径の積として計算される。場合によっては、腫瘍の体積測定の測定値は一次元測定値である。場合によっては、測定可能な病変のサイズが最大径として評価される。いくつかの態様において、腫瘍サイズが最大径として評価される。いくつかの態様において、腫瘍サイズが垂直径として評価される。いくつかの態様において、二方向積和（SPD）、腫瘍最大径（LD）、腫瘍最大径の和（SLD）、壊死、腫瘍体積、壊死体積、壊死-腫瘍比（NTR）、腫瘍周辺浮腫（PTE）および浮腫-腫瘍比（ETR）が測定される。腫瘍負荷を測定して評価するための例示的な方法としては、例えばCarceller et al.,Pediatr Blood Cancer.（2016）63（8）:1400-1406およびEisenhauer et al.,Eur J Cancer.（2009）45（2）:228-247に記載されているものが挙げられる。いくつかの態様において、体積測定の測定値は、測定可能なすべての腫瘍の最大垂直径の積和を求めることによって測定される二方向積和（SPD）である。いくつかの局面において、腫瘍または病変は最大径（LD）により一次元で、および/または測定可能なすべての病変の腫瘍最大径の和（SLD）を求めることによって測定される。いくつかの態様において、腫瘍の体積測定の測定値は腫瘍壊死の体積測定定量値、例えば壊死体積および/または壊死-腫瘍比（NTR）であり、Monsky et al.,Anticancer Res.（2012）32（11）:4951-4961を参照のこと。いくつかの局面において、腫瘍の体積測定の測定値は腫瘍関連浮腫の体積測定定量値、例えば腫瘍周辺浮腫（PTE）および/または浮腫-腫瘍比（ETR）である。いくつかの態様において、測定は、対象の画像診断技術、例えばコンピュータ断層撮影法（CT）、陽電子放出断層撮影法（PET）、および/または磁気共鳴画像法（MRI）を用いて行なわれ得る。
いくつかの態様において、腫瘍の体積測定の測定値はスクリーニングセッション時、例えば対象の病態または疾患を確認および/または特定するためのルーチン評価または採血時に求められる。いくつかの態様において、腫瘍負荷の測定値、例えば体積測定の測定値（例えば、SPD）はリンパ球除去化学療法（LDC）の前に測定される。例えば、いくつかの態様において、腫瘍負荷の測定値、例えば体積測定の測定値（例えば、SPD）は、LDC前1ヶ月、2週間または1週間以内、例えばLDC前7日、6日、5日、4日、3日、2日または1日以内に測定または評価される。特定の態様において、腫瘍負荷の測定値、例えば体積測定の測定値（例えば、SPD）は、腫瘍担持対象へのT細胞療法薬の輸注の前に測定される。
いくつかの態様において、対象特徴量は腫瘍負荷の測定値、例えば体積測定の測定値が閾値レベルより上であるか下であるかのカテゴリカルカット値である。例えば、特徴量は、例えばT細胞療法薬の輸注前、例えばLDC前に測定される腫瘍負荷の測定値（例えば、体積測定の測定値）のカテゴリカルカット値であり、このとき、特徴量は、対象が、閾値レベルもしくは閾値レベル未満である腫瘍負荷の測定値を有するのか、または閾値レベルより大きい腫瘍負荷の測定値を有するのかである。特定の態様において、腫瘍負荷の測定値はSPDであり、SPDの閾値レベルは30 cm2、40 cm2、50 cm2、60 cm2、70 cm2、80 cm2もしくは90cm2であるか、または約30 cm2、40 cm2、50 cm2、60 cm2、70 cm2、80 cm2もしくは90cm2である。例えば、特徴量は例えばT細胞療法薬の輸注前、例えばLDC前に測定されるSPDのカテゴリカルカット値であり、このとき、特徴量は、対象が50 cm2もしくは50 cm2未満、または50 cm2超であるSPDを有するのかである。
いくつかの態様において、腫瘍負荷を示す因子が2つの時点で評価され、疾病負荷を示す因子の2つの時点間の変化倍数が求められる。いくつかの態様において、2つの時点は第1の時点と第2の時点を含み、変化倍数は第1の時点での疾病負荷を示す因子と第2の時点での疾病負荷を示す因子の比である。いくつかの態様において、腫瘍の体積測定の測定値は治療、例えば細胞療法の施行前の2つの時点で求められる。いくつかの態様において、腫瘍の体積測定の測定値はスクリーニングセッション時、例えば対象の病態または疾患を確認および/または特定するためのルーチン評価または採血時に求められる。特定の態様において、1つまたは複数の腫瘍の体積測定の測定値は、T細胞療法薬投与の候補となっている対象、該候補であろう対象または該候補である対象において測定または計測される。特定の態様において、測定値は、治療、例えば細胞療法での処置前または治療薬、例えば細胞療法薬の投与前に求められる。いくつかの態様において、2つの時点はどちらも、細胞療法を受ける1ヶ月または2ヶ月前にすぎない。いくつかの態様において、2つの時点は1週間以上、2週間、3週間、4週間または5週間離れている。いくつかの態様において、2つの時点は3週間以上離れている。いくつかの態様において、2つの時点は4週間より長く離れていない、5週間または6週間より長く離れていない。いくつかの態様において、第2の時点は細胞療法薬の投与の1、2、3、4、5、6または7日前より前である。
いくつかの態様において、臨床属性は、節外性疾患クラス分類によって判定される疾病負荷である。例えば、臨床属性は、疾患、例えばリンパ腫がリンパ系外の器官まで広がっているかどうかであり得る。いくつかの態様において、臨床属性は節外部位患部の数である。
いくつかの態様において、臨床属性は、対象が、治療用細胞組成物を投与する時点で中枢神経系（CNS）疾患を有するかどうかである。いくつかの態様において、対象は、治療用細胞組成物を投与する時点でCNS疾患を有していない。いくつかの態様において、CNS疾患はCNS原発リンパ腫（PCNSL）である。いくつかの態様において、PCNSLは、全身性リンパ腫の存在を伴わずに中枢神経系（CNS）に浸潤する。いくつかの態様において、PCNSLは脳、脊椎、脳脊髄液（CSF）および目に限局的である。いくつかの態様において、PCNSLはびまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）である。いくつかの態様において、PCNSLはバーキットリンパ腫、低悪性度リンパ腫またはT細胞リンパ腫である。いくつかの態様において、PCNSLは神経学的徴候を含む。いくつかの態様において、神経学的徴候としては、局所神経障害、精神状態および行動の変化、頭蓋内圧亢進の症状ならびに/または発作が挙げられる。いくつかの態様において、該疾患または病態に関連する例示的な特徴量としては、Grommes et al.（J.Clin Oncol 2017;35（21）:2410-18）に記載のものが挙げられる。
いくつかの態様において、CNS疾患は二次性中枢神経系リンパ腫（SCNSL）である。いくつかの態様において、SCNSLは全身性リンパ腫を有する患者におけるものである。いくつかの態様において、SCNSLは転移性リンパ腫と称される。いくつかの態様において、SCNSLはDLBCLである。いくつかの態様において、SCNSLは、脳、髄膜、脊髄および目に浸潤し得るアグレッシブリンパ腫である。いくつかの態様において、SCNSLは軟髄膜への広がりを含む。いくつかの態様において、SCNSLは脳実質の疾患を含む。いくつかの態様において、該疾患または病態に関連する例示的な特徴量としては、Malikova et al.（Neurophychiatric Disease and Treatment 2018;14:733-40に記載のものが挙げられる。いくつかの態様において、二次性CNSリンパ腫は脳実質および/または軟髄膜に浸潤する。
いくつかの態様において、臨床属性は併存症である。例えば、場合によっては、併存症は、対象が治療用細胞組成物の投与前にリンパ球除去化学療法を受ける前のクレアチニンクリアランス（CrCl）である。いくつかの態様において、併存症は左室駆出率（LVEF）である。
いくつかの態様において、臨床属性は米国東海岸癌臨床試験グループのパフォーマンスステータス（ECOG）である。いくつかの態様において、対象のECOGステータスは:グレード0 - 充分に活動的、疾患前のすべての行動を制限なく引き続き行なうことができる;グレード1 - 肉体的に激しい活動は制限を受けるが歩行可能であり、軽作業や座っての作業は行なうことができる;グレード2 - 歩行可能で、自分の身のまわりのことはすべてできるが、なんらかの作業活動は行なうことができない;起きている時間の50％超は活動している動き回れる状態である;グレード3 - 限られたことしか自分の身のまわりのことができない;起きている時間の50％超はベッドか椅子で過ごす;グレード4 - 全く動けない;引き続き自分の身のまわりのことを行なうことは全くできない;完全にベッドか椅子で過ごす;またはグレード5 - 死亡と規定される。
いくつかの態様において、臨床属性は国際予後指標スコア（IPI）、例えばリンパ腫のIPIスコアである。いくつかの態様において、対象のIPIスコアは:低リスク（0～1ポイント）- 5年生存率73％;低～中リスク（2ポイント）- 5年生存率51％;高～中リスク（3ポイント）- 5年生存率43％;または高リスク（4～5ポイント）- 5年生存率26％と規定される。
いくつかの態様において、臨床属性は対象の体温である。いくつかの態様において、臨床属性は血中酸素レベルである。いくつかの態様において、臨床属性はアルブミンレベルである。いくつかの態様において、臨床属性はアルカリホスファターゼレベルである。いくつかの態様において、臨床属性は好塩基球数である。いくつかの態様において、臨床属性は好塩基球絶対数である。いくつかの態様において、臨床属性は直接ビリルビンである。いくつかの態様において、臨床属性は総ビリルビンである。いくつかの態様において、臨床属性はリンパ球数またはリンパ球絶対数である。いくつかの態様において、リンパ球数は、対象に対して治療用細胞組成物を生成させるための細胞を得るための白血球アフェレーシスを行なう前の数である。いくつかの態様において、臨床属性は血中尿素窒素レベルである。いくつかの態様において、臨床属性はカルシウムレベルである。いくつかの態様において、臨床属性は二酸化炭素レベルである。いくつかの態様において、臨床属性は塩化物レベルである。いくつかの態様において、臨床属性はクレアチニンレベルである。いくつかの態様において、臨床属性は好酸球数または好酸球絶対数である。いくつかの態様において、臨床属性はグルコースレベルである。いくつかの態様において、臨床属性はヘマトクリットレベルである。いくつかの態様において、臨床属性はヘモグロビンレベルである。いくつかの態様において、臨床属性はマグネシウムレベルである。いくつかの態様において、臨床属性は単球数または単球絶対数である。いくつかの態様において、臨床属性は好中球数または好中球絶対数である。いくつかの態様において、臨床属性は血小板数である。いくつかの態様において、臨床属性はカリウムレベルである。いくつかの態様において、臨床属性は総タンパクレベルである。いくつかの態様において、臨床属性は赤血球数である。いくつかの態様において、臨床属性は白血球数である。いくつかの態様において、臨床属性は尿酸レベルである。いくつかの態様において、臨床属性はナトリウムレベルである。いくつかの態様において、臨床属性はトリグリセリドレベルである。いくつかの態様において、臨床属性はアスパレートアミントランスフェラーゼレベルである。場合によっては、アスパレートアミントランスフェラーゼレベルは血清グルタミン酸オキザロ酢酸トランスアミナーゼ試験によって測定され得る。いくつかの態様において、臨床属性はアラニンアミノトランスフェラーゼレベルである。場合によっては、アスパレートアミントランスフェラーゼレベルは血清グルタミン酸ピルビン酸トランスアミナーゼ試験によって測定され得る。記載のレベルまたは数を検出するための任意の適切な方法が想定される。
いくつかの態様において、臨床属性は炎症マーカーのレベル、量および/または濃度である。いくつかの態様において、炎症マーカーはC反応性タンパク質（CRP）のレベルもしくは存在であるか、または該レベルもしくは存在を含み、赤血球沈降速度（ESR）、アルブミン、フェリチン、β2マイクログロブリン（β2-M）または乳酸デヒドロゲナーゼ（LDH）が検出され、評価される。いくつかの態様において、炎症マーカーは免疫アッセイを用いて評価される。例えば、酵素結合イムノソルベントアッセイ（ELISA）、酵素免疫測定法（EIA）、ラジオイムノアッセイ（RIA）、表面プラズモン共鳴（SPR）、ウエスタンブロット、ラテラルフローアッセイ、免疫組織化学、タンパク質アレイまたはイムノPCR（iPCR）が炎症マーカーを検出するために使用され得る。いくつかの態様において、炎症マーカーの存在、レベル、量および/または濃度は腫瘍負荷、例えば高い腫瘍負荷を示す。場合によっては、炎症マーカーのアッセイまたは評価はフローサイトメトリーの使用である。場合によっては、試薬は、炎症マーカーに結合する可溶性タンパク質である。いくつかの例において、試薬は、C反応性タンパク質（CRP）、赤血球沈降速度（ESR）、アルブミン、フェリチン、β2マイクログロブリン（β2-M）または乳酸デヒドロゲナーゼ（LDH）に結合するタンパク質である。
いくつかの態様において、臨床属性はバイオマーカーである。いくつかの態様において、バイオマーカーは炎症マーカー、例えばC反応性タンパク質（CRP）である。いくつかの態様において、CRPは、試料、例えば血清、血漿または血液由来のヒトCRPの定量的測定値を得るためにインビトロ酵素結合イムノソルベントアッセイを用いて評価される。いくつかの例において、CRPは、ヒト酵素結合イムノソルベントアッセイ（ELISA）を用いて検出される。いくつかの態様において、バイオマーカーは炎症マーカー、例えば赤血球沈降速度（ESR）である。いくつかの態様において、ESRは、垂直にしたピペットまたはチューブ内で赤血球が血漿から分離した後に落下した距離（単位:ミリメートル/時）を測定することによって評価される。いくつかの態様において、バイオマーカーはアルブミンであるか、またはアルブミンを含む。いくつかの局面において、アルブミンは、比色分析試験またはインビトロ酵素結合イムノソルベントアッセイを用いて評価される。いくつかの例において、アルブミンは、ヒト酵素結合イムノソルベントアッセイ（ELISA）を用いて検出される。いくつかの態様において、バイオマーカーは炎症マーカー、例えばフェリチンまたはβ2マイクログロブリンである。いくつかの態様において、フェリチンまたはβ2マイクログロブリンは、イムノアッセイを用いて評価されるか、またはELISAを用いて検出される。いくつかの局面において、バイオマーカーは炎症マーカー、例えば乳酸デヒドロゲナーゼ（LDH）であり、LDHは、比色分析試験またはインビトロ酵素結合イムノソルベントアッセイを用いて評価される。いくつかの態様において、臨床属性はLDHのレベル、濃度および/または量である。
いくつかの態様において、LDHのレベル、濃度および/または数は疾病負荷、例えば腫瘍または癌の代理である。
いくつかの態様において、臨床属性は、治療用T細胞組成物の投与の開始前にブリッジング化学療法を受けることである。いくつかの態様において、ブリッジング化学療法は全身性処置である。いくつかの態様において、臨床属性は、治療用T細胞組成物の投与の開始前にブリッジング化学療法および放射線療法を受けることである。処置担当医は、提供される組成物または細胞の製造中に例えば疾患コントロールのためにブリッジング療法が必要かどうかを決定することができる。
特定の態様において、臨床属性は、例えば治療用T細胞組成物の投与の開始前におけるリンパ球除去療法でのプレコンディショニングである。いくつかの態様において、リンパ球除去療法は、化学療法薬の投与であるか、または化学療法薬の投与を含む。特定の態様において、対象特徴量は、治療用細胞組成物の投与の開始前におけるフルダラビンおよび/またはシクロホスファミドでのプレコンディショニングである。特定の態様において、対象特徴量は、治療用T細胞組成物の投与の開始前におけるシクロホスファミドでのプレコンディショニングである。いくつかの態様において、対象特徴量は、治療用細胞組成物の投与の開始前におけるフルダラビンおよびシクロホスファミドでのプレコンディショニングである。
いくつかの態様において、臨床属性は治療用T細胞組成物の投与の開始前における血液試料、血清試料または血漿試料中のサイトカインのレベル、量または濃度である。いくつかの態様において、サイトカインはインターロイキン、例えばインターロイキン-15（IL-15）である。
いくつかの態様において、対象特徴量は、対象が処置される試験の投薬群である。場合によっては、この特徴量は、例えば本明細書において提供される方法に従って臨床応答を評価する場合に投薬における差を説明するために、異なる投薬レベルが使用されるいくつかの臨床試験において特に有用であり得る。
いくつかの態様において、対象特徴量は、本明細書において記載されるいずれか1つまたは複数の対象特徴量、例えば臨床属性および対象属性を含む。
いくつかの態様において、対象特徴量は、投薬群、ブリッジング化学療法、ブリッジング化学療法および放射線療法、ブリッジング化学療法全身性処置、細胞起源（例えば、ABC（活性化B細胞様もしくは非GCB）またはGCB（胚中心B細胞様）、化学療法後の再発または難治性、診断のタイプ、疾患コホート（例えば、DLBCL）、疾病負荷、再発または難治性の疾患、疾患の起源（例えば、de novo DLBCLもしくは他のDLBCL）、ジェンダー、治療用細胞組成物の投与経路（例えば、輸注）、LDHの変化倍数、身長、病変計数、酸素飽和度、体温（℃）、治療用細胞組成物での処置前の腫瘍最大径、SPDの変化倍数、リンパ球除去化学療法前のSPD値（例えば、SPD＜＝50 cm^2もしくは＞50 cm^2を有する群のカテゴリカル閾値で）、BMI、重量、性別、民族性、人種、年齢、IPIスコア、ECOGスコア、疾患病期、リンパ球除去化学療法前のLDHに基づいた疾病負荷、リンパ球除去化学療法前のSPDに基づいた疾病負荷、対象が処置時に活動性のCNS疾患を有すること、節外性疾患クラス分類に基づいた疾病負荷、節外部位の数、巨大病変クラス分類に基づいた疾病負荷、病歴、前の治療ラインの数、前の全身性治療ラインの数、事前の同種造血幹細胞移植（allo-HSCT）、事前の自己造血幹細胞移植（auto-HSCT）、化学療法不応性または化学療法感受性の疾患型、疾患コントロールのためのブリッジング抗癌治療、白血球アフェレーシスの日から初回輸注までの日数、診断から治療用細胞組成物での処置までの月数、併存症（例えば、リンパ球除去前のクレアチニンクリアランス（CrCl）、スクリーニング時の左室駆出率（LVEF））、ベースラインC反応性タンパク質（CRP）、白血球アフェレーシス前のリンパ球数（10^9/L）、遺伝子ダブルエクスプレッサー、遺伝子ダブルヒット、遺伝子トリプルヒット、遺伝子ダブルヒットまたはトリプルヒット、遺伝子ダブルヒットまたはトリプルヒットあるいはダブルエクスプレッサー、アルブミンレベル、アルカリホスファターゼレベル、好塩基球数、好塩基球絶対数、直接ビリルビン、総ビリルビン、血中尿素窒素レベル、カルシウムレベル、二酸化炭素レベル、塩化物レベル、クレアチニンレベル、好酸球数、好酸球絶対数、グルコースレベル、ヘマトクリットレベル、ヘモグロビンレベル、LDHレベル、病変計数、リンパ球数、リンパ球絶対数、マグネシウムレベル、単球絶対数、単球数、好中球絶対数、好中球数、リン酸塩（phosphate）レベル、血小板数、カリウムレベル、総タンパク、赤血球数、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼレベル、アラニンアミノトランスフェラーゼレベル、ナトリウムレベル、二方向積和、トリグリセリド、腫瘍最大径、腫瘍垂直径、尿酸レベル、ならびに白血球数のうちの1つまたは複数または全部である。
いくつかの態様において、対象特徴量は、以下の表E4に示す対象特徴量のうちのいずれか1つまたは複数を含む。
いくつかの態様において、対象特徴量は最初のスクリーニング時に求められる。例えば、治療用細胞組成物を作製するためのインプット組成物を生成させるための白血球アフェレーシスの前に行なわれるスクリーニング。いくつかの態様において、対象特徴量は、治療用細胞組成物を投与する前のリンパ球除去療法薬の投与前に求められる。いくつかの態様において、対象特徴量は治療用細胞組成物が投与される時点で求められる。場合によっては、例えば対象特徴量が対象特徴量の変化であるか、または対象特徴量の変化を含む場合、対象特徴量は、2つ以上の時点で、例えば最初のスクリーニング時、リンパ球除去療法の施行前、治療用細胞組成物の投与前に測定され得、該対象特徴量の差または変化、例えばパーセント変化、変化倍数が求められる。
2. インプット組成物特徴量
いくつかの態様において、インプット組成物は、試料（例えば生物学的試料）から単離された細胞、細胞療法を必要とする対象、または細胞療法が投与される対象などの対象から得られた細胞または対象に由来する細胞を含有する。試料（例えば生物学的試料）から細胞を単離する方法は、例えば、セクションII-Aに記載されている。いくつかの局面において、対象は、細胞が単離、処理および/または操作されている養子細胞療法などの特定の治療的介入を必要とする患者である対象などのヒトである。したがって、いくつかの態様における細胞は、初代細胞、例えば初代ヒト細胞である。いくつかの態様において、インプット組成物は、CD4＋およびCD8＋T細胞を含有する。いくつかの態様において、インプット組成物は、CD4＋またはCD8＋T細胞を含有する。
いくつかの態様において、インプット組成物は、試料（例えば生物学的試料）から単離された細胞、細胞療法を必要とする対象、または細胞療法が投与される対象などの対象から得られた細胞または対象に由来する細胞を含有する。試料（例えば生物学的試料）から細胞を単離する方法は、例えば、セクションII-Aに記載されている。いくつかの局面において、対象は、細胞が単離、処理および/または操作されている養子細胞療法などの特定の治療的介入を必要とする患者である対象などのヒトである。したがって、いくつかの態様における細胞は、初代細胞、例えば初代ヒト細胞である。いくつかの態様において、インプット組成物は、CD4＋およびCD8＋T細胞を含有する。いくつかの態様において、インプット組成物は、CD4＋またはCD8＋T細胞を含有する。
いくつかの態様において、インプット組成物特徴量は、細胞表現型を含む。いくつかの態様において、表現型は、全T細胞の数である。いくつかの態様において、表現型は、全CD3＋T細胞の数である。いくつかの態様において、表現型は、T細胞サブタイプの同一性であるか、またはそれを含む。T細胞の様々な集団またはサブタイプとしては、エフェクターT細胞、ヘルパーT細胞、メモリーT細胞、制御性T細胞、ナイーブT細胞、CD4＋細胞およびCD8＋T細胞が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、T細胞サブタイプは、特定の分子の存在または非存在を検出することによって同定され得る。一部の特定の態様において、特定の分子は、T細胞サブタイプを同定するために使用され得る表面マーカーである。
いくつかの態様において、表現型は、表面マーカーである1つまたは複数の特定の分子、例えば、CD3、CD4、CD8、CD28、CD62L、CCR7、CD27、CD127、CD4、CD8、CD45RAおよび/またはCD45ROの陽性発現または高レベル発現である。一部の特定の態様において、表現型は、例えば、1つまたは複数の表面マーカー、例えば、CD3＋、CD4＋、CD8＋、CD28＋、CD62L＋、CCR7＋、CD27＋、CD127＋、CD4＋、CD8＋、CD45RA＋および/またはCD45RO＋の陽性表面マーカー発現に基づく、T細胞の表面マーカー、またはT細胞の亜集団もしくはサブセットの表面マーカーである。いくつかの態様において、表現型は、表面マーカーである1つまたは複数の特定の分子、例えば、C-Cケモカイン受容体タイプ7（CCR7）、分化クラスター27（CD27）、分化クラスター28（CD28）および分化クラスター45 RA（CD45RA）の陽性発現または高レベル発現である。一部の特定の態様において、表現型マーカーとしては、CCR7、CD27、CD28、CD44、CD45RA、CD62LおよびL-セレクチンが挙げられる。いくつかの態様において、表現型は、表面マーカーである1つまたは複数の特定の分子、例えば、CD3、CD4、CD8、CD28、CD62L、CCR7、CD27、CD127、CD4、CD8、CD45RAおよび/またはCD45ROの陰性発現または発現の非存在である。一部の特定の態様において、表現型は、例えば、1つまたは複数の表面マーカー、例えば、CD3-、CD4-、CD8-、CD28-、CD62L-、CCR7-、CD27-、CD127-、CD4-、CD8-、CD45RA-および/またはCD45RO-の表面マーカー発現の非存在に基づく、T細胞の表面マーカー、またはT細胞の亜集団もしくはサブセットの表面マーカーである。いくつかの態様において、表現型は、表面マーカーである1つまたは複数の特定の分子、例えば、C-Cケモカイン受容体タイプ7（CCR7）、分化クラスター27（CD27）、分化クラスター28（CD28）および分化クラスター45 RA（CD45RA）の陰性発現または発現の非存在である。一部の特定の態様において、表現型マーカーとしては、CCR7、CD27、CD28、CD44、CD45RA、CD62LおよびL-セレクチンが挙げられる。
一部の特定の態様において、表現型は、CD27、CCR7および/もしくはCD45RAの陽性発現もしくは陰性発現であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋である。いくつかの態様において、表現型はCD27＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7-である。いくつかの態様において、表現型はCD27-である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7-/CD27＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27-である。いくつかの態様において、表現型はCCR7-/CD27-である。いくつかの態様において、表現型はCD45RA-である。いくつかの態様において、表現型はCD45RA＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD45RA-である。いくつかの態様において、表現型はCD27＋/CD45RA-である。いくつかの態様において、表現型はCD27＋/CD45RA＋である。いくつかの態様において、表現型はCD27-/CD45RA＋である。いくつかの態様において、表現型はCD27-/CD45RA-である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27＋/CD45RA-である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27＋/CD45RA＋である。
いくつかの態様において、表現型は生存能力である。一部の特定の態様において、表現型は、細胞が正常な機能的な細胞過程を経ていること、および/または壊死もしくはプログラム細胞死を経ていないか、もしくは壊死もしくはプログラム細胞死の進行中でないことを示すマーカーの陽性発現である。いくつかの態様において、生存能力は、細胞の酸化還元電位、細胞膜の完全性、またはミトコンドリアの活性もしくは機能によって評価することができる。いくつかの態様において、生存能力は、細胞死に関連する特定の分子の非存在、またはアッセイでの細胞死の兆候の非存在である。
いくつかの態様において、表現型は、細胞生存率であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、細胞の生存能力は、当技術分野において常用的ないくつかの手段によって検出、測定および/または評価することができる。そのような生存能力アッセイの非限定的な例としては、色素取り込みアッセイ（例えばカルセインAMアッセイ）、XTT細胞生存率アッセイおよび色素排除アッセイ（例えば、トリパンブルー色素排除アッセイ、エオシン色素排除アッセイまたはプロピジウム色素排除アッセイ）が挙げられるが、これらに限定されない。生存能力アッセイは、細胞用量、細胞組成物および/または細胞試料中の生存細胞の数またはパーセンテージ（例えば頻度）を決定するのに有用である。特定の態様において、表現型は、他の特徴、例えば表面マーカー、分子とともに細胞生存率を含む。
一部の特定の態様において、表現型は、細胞生存率、生存CD3＋、生存CD4＋、生存CD8＋、生存CD4＋/CCR7＋、生存CD8＋/CD27＋、生存CD4＋/CD27＋、生存CD8＋/CCR7＋/CD27＋、生存CD4＋/CCR7＋/CD27＋、生存CD8＋/CCR7＋/CD45RA-もしくは生存CD4＋/CCR7＋/CD45RA-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。
特定の態様において、表現型は、アポトーシスの非存在、および/もしくは細胞がアポトーシスプロセスを経ている兆候であるか、またはそれを含む。アポトーシスとは、特徴的な細胞変化および細胞死をもたらす一連の常同的な形態学的事象および生化学的事象を含むプログラム細胞死のプロセスである。これらの変化には、小疱形成、細胞収縮、核断片化、クロマチン凝縮、染色体DNA断片化および全体的なmRNA分解が含まれる。アポトーシスはよく特徴付けられたプロセスであり、かつ様々な段階に関連する特定の分子は当技術分野において周知である。
いくつかの態様において、表現型は、アポトーシスの初期段階の非存在、ならびに/またはアポトーシスの初期段階に関連する指標および/もしくは特定の分子の非存在である。アポトーシスの初期段階では、細胞膜およびミトコンドリア膜の変化が明らかになる。生化学的変化は、細胞の細胞質および核でも明らかである。例えば、アポトーシスの初期段階は、特定のカスパーゼ、例えば、2、8、9および10の活性化によって示され得る。特定の態様において、表現型は、アポトーシスの後期段階の非存在、ならびに/またはアポトーシスの後期段階に関連する指標および/もしくは特定の分子の非存在である。アポトーシスの中期段階から後期段階は、膜の完全性がさらに失われることと、クロマチン凝縮と、DNA断片化とを特徴とし、かつカスパーゼ3、6および7の活性化などの生化学的事象を含む。
一部の特定の態様において、表現型は、アポトーシスを開始することが知られているアポトーシス促進因子、例えば、細胞死受容体経路のメンバー、ミトコンドリア（内因性）経路の活性化メンバー、例えば、Bcl-2ファミリーメンバー、例えば、Bax、BadおよびBid、ならびにカスパーゼを含む、アポトーシスに関連する1つまたは複数の因子の陰性発現である。いくつかの態様において、表現型は、アポトーシスのマーカーの陰性または低量である。一部の特定の態様において、表現型は、アポトーシスのマーカーの陰性発現である。一部の特定の態様において、表現型は、指標、例えば、細胞組成物とともにインキュベートするかまたは細胞組成物と接触した場合にアポトーシスを経る細胞に優先的に結合するアネキシンV分子の非存在である。いくつかの態様において、表現型は、細胞中のアポトーシス状態を示す1つまたは複数のマーカーの発現であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、表現型は、アポトーシスのマーカーである特定の分子の陰性（または低）発現である。様々なアポトーシスマーカーが当業者に公知であり、かつそれらとしては、1つもしくは複数のカスパーゼの活性、すなわち活性化カスパーゼ（活性カスパーゼ、CAS）の増加、PARP切断の増加、Bcl-2ファミリータンパク質、細胞死経路のメンバー、例えば、FasおよびFADDの活性化および/もしくは転位、核収縮の存在（例えば、顕微鏡によって監視される）、および染色体DNA断片化の存在（例えば、染色体DNAラダーの存在）、またはTUNEL染色およびアネキシンV染色を含むアポトーシスアッセイによるものが挙げられるが、これらに限定されない。
カスパーゼは、アスパラギン酸残基の後のタンパク質を切断する酵素であり、この用語は、「システイン-アスパラギン酸プロテアーゼ」に由来する。カスパーゼはアポトーシスに関与するため、カスパーゼ-3などのカスパーゼの活性化は、アポトーシスの増加または復活を示す。いくつかの態様において、活性化カスパーゼ-3は、本明細書において3CASと呼ばれる。一部の特定の態様において、カスパーゼ活性化は、当業者に公知の方法によって検出することができる。いくつかの態様において、活性化カスパーゼに特異的に結合する（すなわち、切断されたポリペプチドに特異的に結合する）抗体を使用して、カスパーゼ活性化を検出することができる。別の例では、カスパーゼ活性の蛍光色素阻害剤（FLICA）アッセイを利用して、カスパーゼ-3によるアセチルAsp-Glu-Val-Asp 7-アミド-4-メチルクマリン（Ac-DEVD-AMC）の加水分解を検出する（すなわち、蛍光7-アミノ-4-メチルクマリン（AMC）の放出を検出する）ことによって、カスパーゼ-3活性化を検出することができる。FLICAアッセイを使用して、複数のカスパーゼによってプロセシングされた基質の生成物を検出することによって、カスパーゼ活性化を決定することができる（例えば、FAM-VAD-FMK FLICA）。他の技術としては、発光原性カスパーゼ-8テトラペプチド基質（Z-LETD-アミノルシフェリン）、カスパーゼ-9テトラペプチド基質（Z-LEHD-アミノルシフェリン）、カスパーゼ-3/7基質（Z-DEVD-アミノルシフェリン）、カスパーゼ-6基質（Z-VEID-アミノルシフェリン）またはカスパーゼ-2基質（Z-VDVAD-アミノルシフェリン）を使用するCASPASE-GLO（登録商標）カスパーゼアッセイ（PROMEGA）が挙げられる。
一部の特定の態様において、表現型は、細胞中の活性化カスパーゼ-1、活性化カスパーゼ-2、活性化カスパーゼ-3、活性化カスパーゼ-7、活性化カスパーゼ-8、活性化カスパーゼ-9、活性化カスパーゼ-10および/もしくは活性化カスパーゼ-13の陰性発現であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、上記のいずれかなどのカスパーゼのプロフォーム（チモーゲン切断）形態もまた、アポトーシスの存在を示すマーカーである。いくつかの態様において、表現型は、カスパーゼのプロフォーム、例えば、カスパーゼ-3のプロフォームの非存在もしくは陰性発現であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、アポトーシスのマーカーは、切断されたポリADPリボースポリメラーゼ1（PARP）である。PARPは、アポトーシスの初期段階中にカスパーゼによって切断される。したがって、切断されたPARPペプチドの検出は、アポトーシスのマーカーである。特定の態様において、表現型は、切断されたPARPの陽性発現もしくは陰性発現であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、アポトーシスのマーカーは、アポトーシスに関連する、細胞中の特徴を検出する試薬である。一部の特定の態様において、試薬はアネキシンV分子である。アポトーシスの初期段階中、脂質ホスファチジルセリン（PS）は、原形質膜の内葉から外葉に移行する。PSは、通常、健常細胞および/または非アポトーシス細胞では、内膜に限定される。アネキシンVは、ホスファチジルセリン（PS）に高い親和性で優先的に結合するタンパク質である。アネキシンVは、蛍光タグまたは他のレポーターにコンジュゲートされる場合、アポトーシスのこの初期細胞表面指標を迅速に検出するために使用され得る。いくつかの態様において、外膜上のPSの存在は、アポトーシスの後期段階まで持続する。したがって、いくつかの態様において、アネキシンV染色は、アポトーシスの初期段階および後期段階の両方の指標である。一部の特定の態様において、アネキシン、例えばアネキシンVを検出可能な標識を用いてタグ付けし、かつ細胞組成物の細胞とともにインキュベートし、細胞組成物の細胞に曝露し、かつ/または細胞組成物の細胞と接触させて、例えば、フローサイトメトリーによって、アポトーシスを経ている細胞を検出する。いくつかの態様において、蛍光タグ付きアネキシン、例えばアネキシンVを使用して、例えば、アネキシン-V/7-AADアッセイを用いたフローサイトメトリー分析のために細胞を染色する。アネキシンによるアポトーシス検出に適した別のプロトコルとしては、放射性標識アネキシンVを利用する技術およびアッセイが挙げられる。一部の特定の態様において、表現型は、アネキシン、例えばアネキシンV-による陰性染色であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、外原形質膜上のPSの非存在であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、アネキシン、例えばアネキシンVによって結合されていない細胞であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、外膜上に検出可能なPSを欠く細胞は、アネキシンV-である。特定の態様において、アッセイ、例えば、標識アネキシンVとのインキュベーション後のフローサイトメトリーにおいてアネキシンV-によって結合されない細胞は、アネキシンV-である。
特定の態様において、表現型は、アネキシンV-、アネキシンV-CD3＋、アネキシンV-CD4＋、アネキシンV-CD8＋、アネキシンV-CD3＋、アネキシンV-CD4＋、アネキシンV-CD8＋、活性化カスパーゼ3-、活性化カスパーゼ3-/CD3＋、活性化カスパーゼ3-/CD4＋、活性化カスパーゼ3-/CD8＋、活性化カスパーゼ3-/CD3＋、活性化カスパーゼ3-/CD4＋、活性化カスパーゼ3-/CD8＋、アネキシンV-/CD4＋/CCR7＋、アネキシンV-/CD8＋/CD27＋、アネキシンV-/CD4＋/CD27＋、アネキシンV-/CD8＋/CCR7＋/CD27＋、アネキシンV-/CD4＋/CCR7＋/CD27＋、アネキシンV-/CD8＋/CCR7＋/CD45RA-もしくはアネキシンV-/CD4＋/CCR7＋/CD45RA-;活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CCR7＋、活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CD27＋、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CD27＋、活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CCR7＋/CD27＋、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CCR7＋/CD27＋、活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CCR7＋/CD45RA-もしくは活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CCR7＋/CD45RA-またはそれらの組み合わせである。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7-/CD27-である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7-/CD27＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7＋/CD27-である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7＋/CD27＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CD27＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CD28-/CD27-である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CD28-/CD27＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CD28＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CD28＋/CD27-であり、いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CD28＋/CD27＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7-/CD45RA-である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7-/CD45RA＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7＋/CD45RA-である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7＋/CD45RA＋である。いくつかの態様において、表現型はさらにCD4＋である。いくつかの態様において、表現型はさらにCD8＋である。
特定の態様において、アポトーシスのマーカーの発現について陽性の細胞は、プログラム細胞死を経ており、低下した免疫機能を示すか、または免疫機能を示さず、かつ活性化、拡大を経て、かつ/または抗原に結合して、免疫応答もしくは活性を開始するか、実施するか、または免疫応答もしくは活性に寄与する能力がある場合、その能力が低下していることが企図される。特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼの陰性発現、および/またはアネキシンVによる陰性染色によって定義される。
一部の特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3（カスパーゼ3、3CAS）および/もしくはアネキシンVであるか、またはそれを含む。
表現型の中には、T細胞の1つもしくは複数のサブタイプもしくは亜集団に一般に関連する1つもしくは複数のマーカーの発現もしくは表面発現、またはそれらの表現型がある。T細胞のサブタイプおよび亜集団としては、CD4＋および/またはCD8＋T細胞ならびにそのサブタイプが挙げられ得、これらとしては、ナイーブT（TN）細胞、ナイーブ様細胞、エフェクターT細胞（TEFF）、メモリーT細胞およびそれらのサブタイプ、例えば、幹細胞メモリーT（TSCM）、セントラルメモリーT（TCM）、エフェクターメモリーT（TEM）、TEMRA細胞または最終分化エフェクターメモリーT細胞、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）、未成熟T細胞、成熟T細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、粘膜関連不変T（MAIT）細胞、天然および適応制御性T（Treg）細胞、ヘルパーT細胞、例えば、TH1細胞、TH2細胞、TH3細胞、TH17細胞、TH9細胞、TH22細胞、濾胞性ヘルパーT細胞、アルファ/ベータT細胞およびデルタ/ガンマT細胞が挙げられ得る。
いくつかの態様において、インプット組成物特徴量はインプット組成物の細胞のクローン性である。いくつかの態様において、T細胞の集団のクローン性の評価はT細胞の集団のクローン多様性の評価である。いくつかの態様において、T細胞は多クローン性またはマルチクローナルである。T細胞の前記インプット組成物のクローン性、例えば多クローン性は該集団の所与の抗原に対する応答の幅の測定値である。いくつかの局面において、インプット組成物は、抗原特異的細胞によって認識される異なるエピトープの数を測定することによって評価され得る。これは、抗原特異的T細胞をインビトロで生成させてクローニングするための標準的な技術を用いて行なわれ得る。いくつかの態様において、T細胞は、ナイーブ様T細胞の集団において優位を占めている単一のクロノタイプ集団がない多クローン性（またはマルチクローナル）である。
T細胞の集団、例えばインプット組成物の文脈において、いくつかの局面において、多クローン性のシグネチャーは、多重の広範な抗原特異性を有するT細胞の集団を示す。いくつかの態様において、多クローン性は、TCRレパートリーにおいて高い多様性を示すT細胞の集団に関する。場合によっては、TCRレパートリーの多様性は、いくつかの点において自己と外来抗原の選択事象によって誘発されるV（D）J組換え事象によるものである。いくつかの態様において、多様または多クローン性であるT細胞の集団は、解析により集団に存在する複数の種々の、または異なるTCR転写物または産物の存在が示されるT細胞の集団である。いくつかの態様において、高い、または比較的高いクローン性を示すT細胞の集団は、TCRレパートリーの多様性が低いT細胞の集団である。いくつかの態様において、T細胞は、解析によりT細胞の集団においていくつかの、例えば2つ、または3つのTCR転写物または産物の存在が示される場合、オリゴクローナルである。いくつかの態様において、単クローン性は、多様性が低いものであるT細胞の集団を示す。いくつかの態様において、T細胞は、解析によりT細胞の集団において単一のTCR転写物または産物の存在が示される場合、単クローン性である。
インプット組成物中の細胞、例えばT細胞のクローン性は、いくつかの例において、クローンシーケンシング、例えば次世代シーケンシングまたはスペクトル型解析によって判定される。いくつかの局面において、次世代シーケンシング方法は、T細胞由来のゲノムDNAまたはcDNAを用いて使用され、TCRレパートリー、例えば相補性決定領域3（CDR3）をコードしている配列が評価され得る。いくつかの態様において、RNA-seqによる全トランスクリプトームシーケンシングが使用され得る。いくつかの態様において、シングルセルシーケンシング方法が使用され得る。
いくつかの態様において、クローン性、例えば多クローン性は、スペクトル型解析（TCR Vβ、Vα、VγまたはVδ鎖の超可変領域レパートリーの測定値）によって評価または判定され得る。スペクトル型解析により、特定のサイズの再編成された遺伝子可変部が、そうでない配列と区別される。したがって、単一のピークは、可能性のある4個のヌクレオチドのうちのいずれか1個（アデニン（a）、グアニン（g）、シトシン（c）もしくはチミン（t））またはこの4個のヌクレオチドの組合せを接合領域に含んでいる限定された数の再編成TCR遺伝子可変部（Vβ、Vα、VγまたはVδ）のいずれか1つを発現しているT細胞の集団を表している可能性があることは理解されよう。T細胞の集団は、所与のTCR Vβ、Vα、VγまたはVδファミリーのVβスペクトル型プロファイルが多重ピーク、典型的には5つ以上の主要ピークをほとんどの場合、ガウス分布で有する場合、多クローン性とみなされる。また、多クローン性は、関心対象の抗原に対する抗原特異的クローンの世代および特性評価によっても規定され得る。T細胞の集団、例えばインプット組成物の文脈において、単クローン性は、スペクトル型解析（TCR Vβ、Vα、VγまたはVδ鎖の超可変領域レパートリーの測定値）によって規定されるような単一の特異性を有するT細胞の集団を示す。T細胞の集団は、所与のTCR Vβ、Vα、Vγおよび/またはVδファミリーのVβ、Vα、Vγおよび/またはVδスペクトル型プロファイルが単一の主要ピークを有する場合、単クローン性（または単一特異性）とみなされる。
いくつかの態様において、クローン性を評価するための方法は、各々のその内容全体が参照により組み入れられる国際公開公報第2012/048341号、国際公開公報第2014/144495号、国際公開公報第2017/053902号、国際公開公報第2016044227号、国際公開公報第2016176322号および国際公開公報第2012048340号に記載のような方法の種々の特色を含み得る。いくつかの態様において、かかる方法は、細胞内、例えばTCR内の関心対象の標的ポリヌクレオチドに関する配列情報を得るために使用され得る。標的遺伝子は、細胞試料または細胞集団由来の細胞のゲノムDNAまたはmRNAから得られ得る。細胞試料または細胞集団は免疫細胞を含み得る。例えば、標的TCR分子では、TCRの鎖をコードしている遺伝子が免疫細胞またはT細胞のゲノムDNAまたはmRNAから得られ得る。いくつかの態様において、出発材料は、TCRの鎖をコードする遺伝子で構成されたT細胞由来のRNAである。
いくつかの態様において、シャノン指数がクローン性に対してクローンをフィルタリングするための閾値として適用され（「シャノン調整クローン性」）、Chaara et al.（2018）Front Immunol 9:1038）を参照のこと。いくつかの態様において、インプット組成物特徴量はインプット組成物のCD4＋細胞のクローン性である。いくつかの態様において、インプット組成物特徴量はインプット組成物のCD8＋細胞のクローン性である。
いくつかの局面において、表現型の中には、発現またはマーカーまたは機能、例えば、低分化細胞サブセットまたは高分化サブセットに関連するサイトカイン分泌などの抗原特異的機能が含まれる。いくつかの態様において、表現型は、低分化サブセットに関連する表現型、例えば、CCR7＋、CD27＋およびインターロイキン-2（IL-2）産生のうちの1つまたは複数である。いくつかの局面において、低分化細胞、例えば、セントラルメモリー細胞は、比較的長く生存し、かつあまり急速に疲弊せず、それによって、持続性および耐久性を高める。いくつかの態様において、表現型は、高分化サブセットに関連する表現型、例えば、インターフェロン-ガンマ（IFN-γ）またはIL-13産生のうちの1つまたは複数である。いくつかの局面において、高分化サブセットはまた、老化およびエフェクター機能に関連し得る。
いくつかの態様において、表現型は、それらの同族抗原に曝露されたメモリーT細胞もしくはメモリーT細胞サブセットの表現型であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、メモリーT細胞（またはそれに関連する1つもしくは複数のマーカー）、例えば、TCM細胞、TEM細胞、もしくはTEMRA細胞、TSCM細胞、もしくはそれらの組み合わせの表現型であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、メモリー細胞および/もしくはメモリーT細胞もしくはそのサブタイプのマーカーである1つもしくは複数の特定の分子の発現であるか、またはそれを含む。いくつかの局面において、TCM細胞に関連する例示的な表現型としては、CD45RA-、CD62L＋、CCR7＋、CD27＋、CD28＋およびCD95＋のうちの1つまたは複数が挙げられ得る。いくつかの局面において、TEM細胞に関連する例示的な表現型としては、CD45RA-、CD62L-、CCR7-、CD27-、CD28-およびCD95＋のうちの1つまたは複数が挙げられ得る。
特定の態様において、表現型は、ナイーブT細胞のマーカーである1つもしくは複数の特定の分子の発現であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、表現型は、メモリーT細胞もしくはナイーブT細胞であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、メモリーのマーカーである1つまたは複数の特定の分子の陽性発現または陰性発現である。いくつかの態様において、メモリーマーカーは、メモリーT細胞集団を定義するために使用され得る特定の分子である。
いくつかの態様において、表現型は、非メモリーT細胞もしくはそのサブタイプに関連する1つもしくは複数のマーカーの表現型であるか、またはそれを含む。いくつかの局面において、表現型は、ナイーブ細胞に関連する表現型もしくはマーカーであるか、またはそれを含む。いくつかの局面において、ナイーブT細胞に関連する例示的な表現型としては、CCR7＋、CD45RA＋、CD27＋およびCD28＋のうちの1つまたは複数が挙げられ得る。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27＋/CD28＋/CD45RA＋である。一部の特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD45RA＋であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD27＋であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CD27＋/CD28＋であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、セントラルメモリーT細胞の表現型であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD27＋/CD28＋/CD45RA-であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CCR7-/CD27＋/CD28＋/CD45RA-であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CCR7＋/CD27＋であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CD27＋/CD28＋であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、TEMRA細胞もしくはTSCM細胞の表現型であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CD45RA＋であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CCR7-/CD27-/CD28-/CD45RA＋であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CD27＋/CD28＋、CD27-/CD28＋、CD27＋/CD28-もしくはCD27-/CD28-のうちの1つであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27＋/CD45RA＋である。一部の特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD45RA＋であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CD27-/CD28-であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD27＋/CD45RA-であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CCR7-/CD27＋/CD45RA-であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CD45RA＋であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CCR7-/CD27-/CD45RA＋であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CCR7＋/CD27＋/CD28＋/CD45RA-;CCR7-/CD27＋/CD28＋/CD45RA-;CCR7-/CD27-/CD28-/CD45RA＋;CD27＋/CD28＋;CD27-/CD28＋;CD27＋/CD28-;もしくはCD27-/CD28-であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD27＋/CD45RA-;CCR7-/CD27＋/CD45RA-;CCR7-/CD27-/CD28-/CD45RA＋;CD27＋;CD27-;CD27＋/CD28-;もしくはCD27-/CD28-であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、表現型は、ナイーブ様T細胞に関連する1つもしくは複数のマーカーの表現型であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、ナイーブ様T細胞は、様々な分化状態の細胞を含み得、かつ特定の細胞マーカーの陽性発現もしくは高発現（例えば、表面発現または細胞内発現）、および/または他の細胞マーカーの陰性発現もしくは低発現（例えば、表面発現または細胞内発現）を特徴とし得る。いくつかの局面において、ナイーブ様T細胞は、CCR7、CD45RA、CD28および/またはCD27の陽性発現または高発現を特徴とする。いくつかの局面において、ナイーブ様T細胞は、CD25、CD45RO、CD56、CD62Lおよび/またはKLRG1の陰性発現を特徴とする。いくつかの局面において、ナイーブ様T細胞は、CD95の低発現を特徴とする。一部の特定の態様において、ナイーブ様T細胞、またはナイーブ様T細胞上に発現されるマーカーについて表面陽性であるT細胞はCCR7＋CD45RA＋であり、該細胞は、CD27＋またはCD27-である。一部の特定の態様において、ナイーブ様T細胞、またはナイーブ様T細胞上に発現されるマーカーについて表面陽性であるT細胞はCD27＋/CCR7＋であり、該細胞は、CD45RA＋またはCD45RA-である。一部の特定の態様において、ナイーブ様T細胞、またはナイーブ様T細胞上に発現されるマーカーについて表面陽性であるT細胞は、CD62L-CCR7＋である。
一部の特定の態様において、表現型は、アポトーシスのマーカーについて陰性であるT細胞の表現型であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、アポトーシスのマーカーについて陰性であるナイーブ細胞であるか、または該細胞を含む。いくつかの態様において、アポトーシスのマーカーは、活性化カスパーゼ3（3CAS）である。いくつかの態様において、アポトーシスのマーカーは、アネキシンVによる陽性染色である。特定の態様において、表現型は、CD27＋/CD28＋、CD27-/CD28＋、CD27＋/CD28-、CD27-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。
一部の特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD27＋/CD28＋、活性化カスパーゼ3-/CD27-/CD28＋、活性化カスパーゼ3-/CD27＋/CD28-、活性化カスパーゼ3-/CD27-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、アネキシンV-/CD27＋/CD28＋、アネキシンV-/CD27-/CD28＋、アネキシンV-/CD27＋/CD28-、アネキシンV-/CD27-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CD27＋、CD27-、CD27＋、CD27-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CD27＋、CD27-、CD27＋、CD27-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD27＋、活性化カスパーゼ3-/CD27-、活性化カスパーゼ3-/CD27＋、活性化カスパーゼ3-/CD27-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、アネキシンV-/CD27＋、アネキシンV-/CD27-、アネキシンV-/CD27＋、アネキシンV-/CD27-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。
特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD28＋、CCR7-/CD28＋、CCR7＋/CD28-、CCR7-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CCR7＋/CD28＋、CCR7-/CD28＋、CCR7＋/CD28-、CCR7-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CCR7＋/CD28＋、活性化カスパーゼ3-/CCR7-/CD28＋、活性化カスパーゼ3-/CCR7＋/CD28-、活性化カスパーゼ3-/CCR7-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、アネキシンV-/CCR7＋/CD28＋、アネキシンV-/CCR7-/CD28＋、アネキシンV-/CCR7＋/CD28-、アネキシンV-/CCR7-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CCR7＋、CCR7-、CCR7＋、CCR7-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CCR7＋、CCR7-、CCR7＋、CCR7-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CCR7＋、活性化カスパーゼ3-/CCR7-、活性化カスパーゼ3-/CCR7＋、活性化カスパーゼ3-/CCR7-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、アネキシンV-/CCR7＋、アネキシンV-/CCR7-、アネキシンV-/CCR7＋、アネキシンV-/CCR7-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、インプット組成物特徴量は、本明細書において記載されるいずれか1つまたは複数または全部のインプット組成物特徴量、例えば表現型を含む。いくつかの態様において、インプット組成物特徴量はCAS3-/CCR7-/CD27-、CAS3-/CCR7-/CD27＋、CAS3-/CCR7＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-、CAS3-/CCR7＋/CD27＋、CAS3-/CD27＋、CAS3-/CD28-/CD27-、CAS3-/CD28-/CD27＋、CAS3-/CD28＋、CAS3-/CD28＋/CD27-、CAS3-/CD28＋/CD27＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-、CAS3-/CCR7-、CD45RA＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋、CAS＋、CAS＋/CD3＋およびクローン性のうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様において、インプット組成物特徴量はCAS3-/CCR7-/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD28-/CD27-/CD4＋、CAS3-/CD28-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD4＋、CD45RA＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋/CD4＋、CAS＋/CD4＋、CAS＋/CD3＋/CD4＋およびCD4＋のクローン性のうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様において、インプット組成物特徴量はCAS3-/CCR7-/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD28-/CD27-/CD8＋、CAS3-/CD28-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD85RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD8＋、CD85RA＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD85RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD85RA＋/CD8＋、CAS＋/CD8＋、CAS＋/CD3＋/CD8＋およびCD8＋のクローン性のうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様において、インプット組成物特徴量はCAS3-/CCR7-/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD28-/CD27-/CD4＋、CAS3-/CD28-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD4＋、CD45RA＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋/CD4＋、CAS＋/CD4＋、CAS＋/CD3＋/CD4＋、CD4＋のクローン性、CAS3-/CCR7-/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD28-/CD27-/CD8＋、CAS3-/CD28-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD85RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD8＋、CD85RA＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD85RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD85RA＋/CD8＋、CAS＋/CD8＋、CAS＋/CD3＋/CD8＋およびCD8＋のクローン性のうちの1つまたは複数を含む。
いくつかの態様において、インプット組成物特徴量は、以下の表E4に示すインプット組成物特徴量のうちのいずれか1つまたは複数を含む。上記の態様のいずれかのいくつかにおいて、上記のような表現型を有する細胞のパーセンテージ、数および/または割合が求められる、測定される、得られる、検出される、観察される、および/または特定される。いくつかの態様において、上記のような表現型の細胞の数はインプット組成物の該表現型の細胞の総数である。いくつかの態様において、上記のような表現型の細胞の数は、インプット組成物中に存在する該表現型の細胞の頻度、比および/またはパーセンテージとして表示され得る。いくつかの態様において、インプット組成物特徴量は、本明細書において記載される表現型を有する細胞の頻度、比および/またはパーセンテージである。
3. 治療用細胞組成物特徴量
いくつかの態様において、治療用細胞組成物は、例えば上記のようなインプット組成物から生成させる（例えば、本明細書に記載のようにして）。いくつかの態様において、治療用細胞組成物は治療用T細胞組成物である。いくつかの態様において、治療用細胞組成物は、操作されたCD4＋T細胞を含む。いくつかの態様において、治療用細胞組成物は、操作されたCD8＋T細胞を含む。いくつかの態様において、治療用細胞組成物は、操作されたCD4＋およびCD8＋T細胞を含む。いくつかの態様において、治療用細胞組成物の操作されたT細胞、例えばCD4＋および/またはCD8＋の操作されたT細胞は組換え受容体、例えば組換えT細胞受容体（TCR）またはキメラ抗原受容体（CAR）を発現する。いくつかの態様において、組換え受容体、例えばTCRまたはCARは、疾患または病態に関連する抗原に結合する。例えば、疾患または病態に関連する抗原は、疾患または病態の細胞または組織上に発現される抗原であり得る。いくつかの態様において、組換え受容体は、疾患もしくは病態に関連するか、または疾患もしくは病態に関連する病変の環境の細胞において発現される抗原に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗原は、疾患 病態もしくは障害の病因に関連している、および/または該病因に関与している、例えばかかる疾患、病態もしくは障害を引き起こす、悪化させる、あるいは別の様式で関与している。例示的な疾患および病態としては、細胞の悪性度もしくは形質転換に関連する疾患もしくは病態（例えば、癌）、自己免疫性もしくは炎症性の疾患または例えば細菌性病原体、ウイルス性病原体もしくは他の病原体によって引き起こされる感染性疾患が挙げられ得る。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物は、例えば上記のようなインプット組成物から生成させる（例えば、本明細書に記載のようにして）。いくつかの態様において、治療用細胞組成物は治療用T細胞組成物である。いくつかの態様において、治療用細胞組成物は、操作されたCD4＋T細胞を含む。いくつかの態様において、治療用細胞組成物は、操作されたCD8＋T細胞を含む。いくつかの態様において、治療用細胞組成物は、操作されたCD4＋およびCD8＋T細胞を含む。いくつかの態様において、治療用細胞組成物の操作されたT細胞、例えばCD4＋および/またはCD8＋の操作されたT細胞は組換え受容体、例えば組換えT細胞受容体（TCR）またはキメラ抗原受容体（CAR）を発現する。いくつかの態様において、組換え受容体、例えばTCRまたはCARは、疾患または病態に関連する抗原に結合する。例えば、疾患または病態に関連する抗原は、疾患または病態の細胞または組織上に発現される抗原であり得る。いくつかの態様において、組換え受容体は、疾患もしくは病態に関連するか、または疾患もしくは病態に関連する病変の環境の細胞において発現される抗原に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗原は、疾患 病態もしくは障害の病因に関連している、および/または該病因に関与している、例えばかかる疾患、病態もしくは障害を引き起こす、悪化させる、あるいは別の様式で関与している。例示的な疾患および病態としては、細胞の悪性度もしくは形質転換に関連する疾患もしくは病態（例えば、癌）、自己免疫性もしくは炎症性の疾患または例えば細菌性病原体、ウイルス性病原体もしくは他の病原体によって引き起こされる感染性疾患が挙げられ得る。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物、例えば治療用T細胞組成物は疾患または病態を処置するためのものである。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量は、細胞表現型を含む。いくつかの態様において、表現型は、全T細胞の数である。いくつかの態様において、表現型は、全CD3＋T細胞の数である。特定の態様において、表現型は、組換え受容体またはCARを発現する細胞を含む。いくつかの態様において、組換え受容体またはCARは、疾患または病態に関連する抗原に結合する。いくつかの態様において、表現型は、T細胞の1つまたは複数の異なるサブタイプを含む。いくつかの態様において、1つまたは複数の異なるサブタイプは、組換え受容体またはCARをさらに発現する。いくつかの態様において、表現型は、T細胞サブタイプの同一性であるか、またはそれを含む。T細胞の異なる集団またはサブタイプとしては、エフェクターT細胞、ヘルパーT細胞、メモリーT細胞、エフェクターメモリーT細胞、制御性T細胞、ナイーブT細胞、ナイーブ様T細胞、CD4＋細胞およびCD8＋T細胞が挙げられるが、これらに限定されない。一部の特定の態様において、T細胞サブタイプは、特定の分子の存在または非存在を検出することによって同定され得る。一部の特定の態様において、特定の分子は、T細胞サブタイプを同定するために使用され得る表面マーカーである。
いくつかの態様において、表現型は、表面マーカーである1つまたは複数の特定の分子、例えば、CD3、CD4、CD8、CD28、CD62L、CCR7、CD27、CD127、CD4、CD8、CD45RAおよび/またはCD45ROの陽性発現または高レベル発現である。一部の特定の態様において、表現型は、例えば、1つまたは複数の表面マーカー、例えば、CD3＋、CD4＋、CD8＋、CD28＋、CD62L＋、CCR7＋、CD27＋、CD127＋、CD4＋、CD8＋、CD45RA＋および/またはCD45RO＋の陽性表面マーカー発現に基づく、T細胞の表面マーカー、またはT細胞の亜集団もしくはサブセットの表面マーカーである。いくつかの態様において、表現型は、表面マーカーである1つまたは複数の特定の分子、例えば、C-Cケモカイン受容体タイプ7（CCR7）、分化クラスター27（CD27）、分化クラスター28（CD28）および分化クラスター45 RA（CD45RA）の陽性発現または高レベル発現である。一部の特定の態様において、表現型マーカーとしては、CCR7、CD27、CD28、CD44、CD45RA、CD62LおよびL-セレクチンが挙げられる。いくつかの態様において、表現型は、表面マーカーである1つまたは複数の特定の分子、例えば、CD3、CD4、CD8、CD28、CD62L、CCR7、CD27、CD127、CD45RAおよび/またはCD45ROの陰性発現または発現の非存在である。一部の特定の態様において、表現型は、例えば、1つまたは複数の表面マーカー、例えば、CD3-、CD4-、CD8-、CD28-、CD62L-、CCR7-、CD27-、CD127-、CD4-、CD8-、CD45RA-および/またはCD45RO-の表面マーカー発現の非存在に基づく、T細胞の表面マーカー、またはT細胞の亜集団もしくはサブセットの表面マーカーである。いくつかの態様において、表現型は、表面マーカーである1つまたは複数の特定の分子、例えば、C-Cケモカイン受容体タイプ7（CCR7）、分化クラスター27（CD27）、分化クラスター28（CD28）および分化クラスター45 RA（CD45RA）の陰性発現または発現の非存在である。一部の特定の態様において、表現型マーカーとしては、CCR7、CD27、CD28、CD44、CD45RA、CD62LおよびL-セレクチンが挙げられる。
一部の特定の態様において、表現型は、CD27、CCR7および/もしくはCD45RAの陽性発現もしくは陰性発現であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋である。いくつかの態様において、表現型はCD27＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7-である。いくつかの態様において、表現型はCD27-である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7-/CD27＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27-である。いくつかの態様において、表現型はCCR7-/CD27-である。いくつかの態様において、表現型はCD45RA-である。いくつかの態様において、表現型はCD45RA＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD45RA-である。いくつかの態様において、表現型はCD27＋/CD45RA＋である。いくつかの態様において、表現型はCD27-/CD45RA＋である。いくつかの態様において、表現型はCD27-/CD45RA-である。いくつかの態様において、表現型はCD27＋/CD45RA-である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27＋/CD45RA-である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27＋/CD45RA＋である。
一部の特定の態様において、表面マーカーは、組換え受容体、例えばCARの発現を示す。特定の態様において、表面マーカーは、いくつかの局面において、抗イディオタイプ抗体などの抗体を使用して決定され得る組換え受容体、例えばCARの発現である。いくつかの態様において、組換え受容体の発現を示す表面マーカーは、代理マーカーである。特定の態様において、そのような代理マーカーは、活性がほとんどまたは全くないように改変された表面タンパク質である。一部の特定の態様において、代理マーカーは、組換え受容体をコードする同じポリヌクレオチド上にコードされる。いくつかの態様において、組換え受容体をコードする核酸配列は、任意で内部リボソーム進入部位（IRES）によって分離された、マーカーをコードする核酸配列、または自己切断ペプチド、もしくはリボソームスキッピングを引き起こすペプチドをコードする核酸、例えば、2A配列、例えば、T2A（例えば、SEQ ID NO:1および4）、P2A（例えば、SEQ ID NO:5および6）、E2A（例えば、SEQ ID NO:7）もしくはF2A（例えば、SEQ ID NO:8）に機能的に連結される。外因性マーカー遺伝子は、一部の状況において、細胞の検出または選択を可能にし、かつ一部の状況において、細胞自殺も促進するために、操作された細胞に関連して利用され得る。
例示的な代理マーカーとしては、短縮型細胞表面ポリペプチド、例えば、短縮型ヒト上皮成長因子受容体2（tHER2）、短縮型上皮成長因子受容体（EGFRt、SEQ ID NO:2または3に示される例示的なEGFRt配列）、または前立腺特異的膜抗原（PSMA）もしくはその修飾形態が挙げられ得る。EGFRtは、抗体セツキシマブ（Erbitux（登録商標））または他の治療用抗EGFR抗体もしくは結合分子によって認識されるエピトープを含み得、これを使用して、EGFRt構築物および組換え受容体、例えば、キメラ抗原受容体（CAR）によって操作された細胞を同定もしくは選択すること、ならびに/または該受容体を発現する細胞を排除もしくは分離することができる。米国特許第8,802,374号およびLiu et al.,Nature Biotech.2016 April;34（4）:430-434参照）。いくつかの局面において、マーカー、例えば代理マーカーは、CD34、NGFRまたは上皮成長因子受容体（例えばtEGFR）の全部または一部（例えば短縮型）を含む。いくつかの態様において、マーカーをコードする核酸は、切断可能なリンカー配列、例えばT2Aなどのリンカー配列をコードするポリヌクレオチドに機能的に連結される。例えば、マーカー、および任意でリンカー配列は、国際公開公報第2014031687号に開示されている任意のものであり得る。例えば、マーカーは、任意でリンカー配列、例えばT2A切断可能リンカー配列に連結された短縮型EGFR（tEGFR、EGFRt）であり得る。短縮型EGFR（例えばtEGFR、EGFRt）の例示的なポリペプチドは、SEQ ID NO:2もしくは3に示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:2もしくは3と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、表現型はEGFRt＋である。
いくつかの態様において、マーカーは、蛍光タンパク質、例えば緑色蛍光タンパク質（GFP）、高感度緑色蛍光タンパク質（EGFP）、例えばスーパーフォールドGFP、赤色蛍光タンパク質（RFP）、例えばtdTomato、mCherry、mStrawberry、AsRed2、DsRedもしくはDsRed2、シアン蛍光タンパク質（CFP）、青緑色蛍光タンパク質（BFP）、高感度青色蛍光タンパク質（EBFP）および黄色蛍光タンパク質（YFP）、ならびに蛍光タンパク質の種バリアント、単量体バリアント、およびコドン最適化および/もしくは高感度バリアントを含むそのバリアントであるか、またはこれらを含む。いくつかの態様において、マーカーは、酵素、例えば、ルシフェラーゼ、大腸菌（E.coli）由来のlacZ遺伝子、アルカリホスファターゼ、分泌型胚性アルカリホスファターゼ（SEAP）、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（CAT）であるか、またはこれらを含む。例示的な発光レポーター遺伝子としては、ルシフェラーゼ（luc）、β-ガラクトシダーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（CAT）、β-グルクロニダーゼ（GUS）またはそのバリアントが挙げられる。
一部の特定の態様において、表現型は、表面マーカーCD3、CD4、CD8、および/または組換え受容体（例えばCAR）、もしくは組換え受容体（例えばCAR）の発現を示すもしくはそれと相関するその代理マーカーのうちの1つもしくは複数の発現、例えば表面発現を含む。いくつかの態様において、代理マーカーはEGFRtである。
特定の態様において、表現型は、表面マーカーである1つまたは複数の特定の分子の発現によって同定される。一部の特定の態様において、表現型は、CD3、CD4、CD8および/もしくは組換え受容体、例えばCARの陽性発現もしくは陰性発現であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、組換え受容体はCARである。特定の態様において、表現型は、CD3＋/CAR＋、CD4＋/CAR＋および/またはCD8＋/CAR＋を含む。
一部の特定の態様において、表現型は、CD27、CCR7および/もしくはCD45RA、ならびに/もしくは組換え受容体、例えばCARの陽性発現もしくは陰性発現であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCD27＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCD45RA-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD45RA-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCD27＋/CD45RA-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27＋/CD45RA-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7-/CD27-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7-/CD27＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCD28-/CD27-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCD28-/CD27＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCD28＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCD28＋/CD27-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCD28＋/CD27＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7-/CD45RA-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7-/CD45RA＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD45RA-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD45RA＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はさらにCD4＋である。いくつかの態様において、表現型はさらにCD8＋である。
いくつかの態様において、表現型は生存能力である。一部の特定の態様において、表現型は、細胞が正常な機能的な細胞過程を経ていること、および/または壊死もしくはプログラム細胞死を経ていないか、もしくは壊死もしくはプログラム細胞死の進行中でないことを示すマーカーの陽性発現である。いくつかの態様において、生存能力は、細胞の酸化還元電位、細胞膜の完全性、またはミトコンドリアの活性もしくは機能によって評価することができる。いくつかの態様において、生存能力は、細胞死に関連する特定の分子の非存在、またはアッセイでの細胞死の兆候の非存在である。いくつかの態様において、表現型は生存細胞濃度である。
いくつかの態様において、表現型は、細胞生存率であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、細胞の生存能力は、当技術分野において常用的ないくつかの手段によって検出、測定および/または評価することができる。そのような生存能力アッセイの非限定的な例としては、色素取り込みアッセイ（例えばカルセインAMアッセイ）、XTT細胞生存率アッセイおよび色素排除アッセイ（例えば、トリパンブルー色素排除アッセイ、エオシン色素排除アッセイまたはプロピジウム色素排除アッセイ）が挙げられるが、これらに限定されない。生存能力アッセイは、細胞用量、細胞組成物および/または細胞試料中の生存細胞の数またはパーセンテージ（例えば頻度）を決定するのに有用である。特定の態様において、表現型は、他の特徴、例えば組換え受容体発現とともに細胞生存率を含む。いくつかの態様において、表現型は、可溶性CD137（sCD137、4-IBB）であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、sCD137は、活性化誘導細胞死を示す。いくつかの態様において、sCD137は、上清中に検出される。
一部の特定の態様において、表現型は、細胞生存率、生存CD3＋、生存CD4＋、生存CD8＋、生存CD3＋/CAR＋、生存CD4＋/CAR＋、生存CD8＋/CAR＋、生存CD4＋/CCR7＋/CAR＋、生存CD8＋/CD27＋/CAR＋、生存CD4＋/CD27＋/CAR＋、生存CD8＋/CCR7＋/CD27＋/CAR＋、生存CD4＋/CCR7＋/CD27＋/CAR＋、生存CD8＋/CCR7＋/CD45RA-/CAR＋もしくは生存CD4＋/CCR7＋/CD45RA-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。
特定の態様において、表現型は、アポトーシスの非存在、および/もしくは細胞がアポトーシスプロセスを経ている兆候であるか、またはそれを含む。アポトーシスとは、特徴的な細胞変化および細胞死をもたらす一連の常同的な形態学的事象および生化学的事象を含むプログラム細胞死のプロセスである。これらの変化には、小疱形成、細胞収縮、核断片化、クロマチン凝縮、染色体DNA断片化および全体的なmRNA分解が含まれる。アポトーシスはよく特徴付けられたプロセスであり、かつ様々な段階に関連する特定の分子は当技術分野において周知である。
いくつかの態様において、表現型は、アポトーシスの初期段階の非存在、ならびに/またはアポトーシスの初期段階に関連する指標および/もしくは特定の分子の非存在である。アポトーシスの初期段階では、細胞膜およびミトコンドリア膜の変化が明らかになる。生化学的変化は、細胞の細胞質および核でも明らかである。例えば、アポトーシスの初期段階は、特定のカスパーゼ、例えば、2、8、9および10の活性化によって示され得る。特定の態様において、表現型は、アポトーシスの後期段階の非存在、ならびに/またはアポトーシスの後期段階に関連する指標および/もしくは特定の分子の非存在である。アポトーシスの中期段階から後期段階は、膜の完全性がさらに失われることと、クロマチン凝縮と、DNA断片化とを特徴とし、かつカスパーゼ3、6および7の活性化などの生化学的事象を含む。
一部の特定の態様において、表現型は、アポトーシスを開始することが知られているアポトーシス促進因子、例えば、細胞死受容体経路のメンバー、ミトコンドリア（内因性）経路の活性化メンバー、例えば、Bcl-2ファミリーメンバー、例えば、Bax、BadおよびBid、ならびにカスパーゼを含む、アポトーシスに関連する1つまたは複数の因子の陰性発現である。いくつかの態様において、表現型は、アポトーシスのマーカーの陰性または低量である。一部の特定の態様において、表現型は、アポトーシスのマーカーの陰性発現である。一部の特定の態様において、表現型は、細胞組成物とともにインキュベートするかまたは細胞組成物と接触した場合にアポトーシスを経る細胞に優先的に結合する指標、例えばアネキシンV分子の非存在である。いくつかの態様において、表現型は、細胞中のアポトーシス状態を示す1つまたは複数のマーカーの発現であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、表現型は、アポトーシスのマーカーである特定の分子の陰性（または低）発現である。様々なアポトーシスマーカーが当業者に公知であり、かつそれらとしては、1つもしくは複数のカスパーゼの活性、すなわち活性化カスパーゼ（活性カスパーゼ）の増加、PARP切断の増加、Bcl-2ファミリータンパク質、細胞死経路のメンバー、例えば、FasおよびFADDの活性化および/もしくは転位、核収縮の存在（例えば、顕微鏡によって監視される）、および染色体DNA断片化の存在（例えば、染色体DNAラダーの存在）、またはTUNEL染色およびアネキシンV染色を含むアポトーシスアッセイによるが挙げられるが、これらに限定されない。
カスパーゼは、アスパラギン酸残基の後のタンパク質を切断する酵素であり、この用語は、「システイン-アスパラギン酸プロテアーゼ」に由来する。カスパーゼはアポトーシスに関与するため、カスパーゼ-3などのカスパーゼの活性化は、アポトーシスの増加または復活を示す。一部の特定の態様において、カスパーゼ活性化は、当業者に公知の方法によって検出することができる。いくつかの態様において、活性化カスパーゼに特異的に結合する（すなわち、切断されたポリペプチドに特異的に結合する）抗体を使用して、カスパーゼ活性化を検出することができる。別の例では、カスパーゼ活性の蛍光色素阻害剤（FLICA）アッセイを利用して、カスパーゼ-3によるアセチルAsp-Glu-Val-Asp 7-アミド-4-メチルクマリン（Ac-DEVD-AMC）の加水分解を検出する（すなわち、蛍光7-アミノ-4-メチルクマリン（AMC）の放出を検出する）ことによって、カスパーゼ-3活性化を検出することができる。FLICAアッセイを使用して、複数のカスパーゼによってプロセシングされた基質の生成物を検出することによって、カスパーゼ活性化を決定することができる（例えば、FAM-VAD-FMK FLICA）。他の技術としては、発光原性カスパーゼ-8テトラペプチド基質（Z-LETD-アミノルシフェリン）、カスパーゼ-9テトラペプチド基質（Z-LEHD-アミノルシフェリン）、カスパーゼ-3/7基質（Z-DEVD-アミノルシフェリン）、カスパーゼ-6基質（Z-VEID-アミノルシフェリン）またはカスパーゼ-2基質（Z-VDVAD-アミノルシフェリン）を使用するCASPASE-GLO（登録商標）カスパーゼアッセイ（PROMEGA）が挙げられる。
一部の特定の態様において、表現型は、細胞中の活性化カスパーゼ-1、活性化カスパーゼ-2、活性化カスパーゼ-3、活性化カスパーゼ-7、活性化カスパーゼ-8、活性化カスパーゼ-9、活性化カスパーゼ-10および/もしくは活性化カスパーゼ-13の陰性発現であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、上記のいずれかなどのカスパーゼのプロフォーム（チモーゲン切断）形態もまた、アポトーシスの存在を示すマーカーである。いくつかの態様において、表現型は、カスパーゼのプロフォーム、例えば、カスパーゼ-3のプロフォームの非存在もしくは陰性発現であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、アポトーシスのマーカーは、切断されたポリADPリボースポリメラーゼ1（PARP）である。PARPは、アポトーシスの初期段階中にカスパーゼによって切断される。したがって、切断されたPARPペプチドの検出は、アポトーシスのマーカーである。特定の態様において、表現型は、切断されたPARPの陽性発現もしくは陰性発現であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、アポトーシスのマーカーは、アポトーシスに関連する、細胞中の特徴を検出する試薬である。一部の特定の態様において、試薬はアネキシンV分子である。アポトーシスの初期段階中、脂質ホスファチジルセリン（PS）は、原形質膜の内葉から外葉に移行する。PSは、通常、健常細胞および/または非アポトーシス細胞では、内膜に限定される。アネキシンVは、ホスファチジルセリン（PS）に高い親和性で優先的に結合するタンパク質である。アネキシンVは、蛍光タグまたは他のレポーターにコンジュゲートされる場合、アポトーシスのこの初期細胞表面指標を迅速に検出するために使用され得る。いくつかの態様において、外膜上のPSの存在は、アポトーシスの後期段階まで持続する。したがって、いくつかの態様において、アネキシンV染色は、アポトーシスの初期段階および後期段階の両方の指標である。一部の特定の態様において、アネキシン、例えばアネキシンVを検出可能な標識を用いてタグ付けし、かつ細胞組成物の細胞とともにインキュベートし、細胞組成物の細胞に曝露し、かつ/または細胞組成物の細胞と接触させて、例えば、フローサイトメトリーによって、アポトーシスを経ている細胞を検出する。いくつかの態様において、蛍光タグ付きアネキシン、例えばアネキシンVを使用して、例えば、アネキシン-V/7-AADアッセイを用いたフローサイトメトリー分析のために細胞を染色する。アネキシンによるアポトーシス検出に適した別のプロトコルとしては、放射性標識アネキシンVを利用する技術およびアッセイが挙げられる。一部の特定の態様において、表現型は、アネキシン、例えばアネキシンV-による陰性染色であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、外原形質膜上のPSの非存在であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、アネキシン、例えばアネキシンVによって結合されていない細胞であるか、または該細胞を含む。一部の特定の態様において、外膜上に検出可能なPSを欠く細胞は、アネキシンV-である。特定の態様において、アッセイ、例えば、標識アネキシンVとのインキュベーション後のフローサイトメトリーにおいてアネキシンV-によって結合されない細胞は、アネキシンV-である。
特定の態様において、表現型は、アネキシンV-、アネキシンV-CD3＋、アネキシンV-CD4＋、アネキシンV-CD8＋、アネキシンV-CD3＋/CAR＋、アネキシンV-CD4＋/CAR＋、アネキシンV-CD8＋/CAR＋、活性化カスパーゼ3-、活性化カスパーゼ3-/CD3＋、活性化カスパーゼ3-/CD4＋、活性化カスパーゼ3-/CD8＋、活性化カスパーゼ3-/CD3＋/CAR＋、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CAR＋、活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CAR＋、アネキシンV-/CD4＋/CCR7＋/CAR＋、アネキシンV-/CD8＋/CD27＋/CAR＋、アネキシンV-/CD4＋/CD27＋/CAR＋、アネキシンV-/CD8＋/CCR7＋/CD27＋/CAR＋、アネキシンV-/CD4＋/CCR7＋/CD27＋/CAR＋、アネキシンV-/CD8＋/CCR7＋/CD45RA-/CAR＋もしくはアネキシンV-/CD4＋/CCR7＋/CD45RA-;活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CCR7＋/CAR＋、活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CD27＋/CAR＋、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CD27＋/CAR＋、活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CCR7＋/CD27＋/CAR＋、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CCR7＋/CD27＋/CAR＋、活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CCR7＋/CD45RA-/CAR＋もしくは活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CCR7＋/CD45RA-またはそれらの組み合わせである。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7-/CD27-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7-/CD27＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7＋/CD27-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7＋/CD27＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CD27＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CD28-/CD27-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CD28-/CD27＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CD28＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CD28＋/CD27-/CAR＋であり、いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CD28＋/CD27＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7-/CD45RA-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7-/CD45RA＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7＋/CD45RA-/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型は3CAS-/CCR7＋/CD45RA＋/CAR＋である。いくつかの態様において、表現型はさらにCD4＋である。いくつかの態様において、表現型はさらにCD8＋である。
特定の態様において、アポトーシスのマーカーの発現について陽性の細胞は、プログラム細胞死を経ており、低下した免疫機能を示すか、または免疫機能を示さず、かつ活性化、拡大を経て、かつ/または抗原に結合して、免疫応答もしくは活性を開始するか、実施するか、または免疫応答もしくは活性に寄与する能力がある場合、その能力が低下していることが企図される。特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼの陰性発現、および/またはアネキシンVによる陰性染色によって定義される。
一部の特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-（3CAS-、カスパーゼ3-）および/もしくはアネキシンV-であるか、またはそれを含む。
表現型の中には、T細胞の1つもしくは複数のサブタイプもしくは亜集団に一般に関連する1つもしくは複数のマーカーの発現もしくは表面発現、またはそれらの表現型がある。T細胞のサブタイプおよび亜集団としては、CD4＋および/またはCD8＋T細胞ならびにそのサブタイプが挙げられ得、これらとしては、ナイーブT（TN）細胞、ナイーブ様T細胞、エフェクターT細胞（TEFF）、メモリーT細胞およびそれらのサブタイプ、例えば、幹細胞メモリーT（TSCM）、セントラルメモリーT（TCM）、エフェクターメモリーT（TEM）、TEMRA細胞または最終分化エフェクターメモリーT細胞、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）、未成熟T細胞、成熟T細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、粘膜関連不変T（MAIT）細胞、天然および適応制御性T（Treg）細胞、ヘルパーT細胞、例えば、TH1細胞、TH2細胞、TH3細胞、TH17細胞、TH9細胞、TH22細胞、濾胞性ヘルパーT細胞、アルファ/ベータT細胞およびデルタ/ガンマT細胞が挙げられ得る。
いくつかの局面において、表現型の中には、発現またはマーカーまたは機能、例えば、低分化細胞サブセットまたは高分化サブセットに関連するサイトカイン分泌などの抗原特異的機能が含まれる。いくつかの態様において、表現型は、低分化サブセットに関連する表現型、例えば、CCR7＋、CD27＋およびインターロイキン-2（IL-2）産生のうちの1つまたは複数である。いくつかの局面において、低分化サブセットはまた、治療有効性、自己再生、生存機能または移植片対宿主病に関連し得る。いくつかの態様において、表現型は、高分化サブセットに関連する表現型、例えば、インターフェロン-ガンマ（IFN-γ）またはIL-13産生のうちの1つまたは複数である。いくつかの局面において、高分化サブセットはまた、老化およびエフェクター機能に関連し得る。
いくつかの態様において、表現型は、それらの同族抗原に曝露されたメモリーT細胞もしくはメモリーT細胞サブセットの表現型であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、メモリーT細胞（またはそれに関連する1つもしくは複数のマーカー）、例えば、TCM細胞、TEM細胞、もしくはTEMRA細胞、TSCM細胞、もしくはそれらの組み合わせの表現型であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、メモリー細胞および/もしくはメモリーT細胞もしくはそのサブタイプのマーカーである1つもしくは複数の特定の分子の発現であるか、またはそれを含む。いくつかの局面において、TCM細胞に関連する例示的な表現型としては、CD45RA-、CD62L＋、CCR7＋、CD27＋、CD28＋およびCD95＋のうちの1つまたは複数が挙げられ得る。いくつかの局面において、TEM細胞に関連する例示的な表現型としては、CD45RA-、CD62L-、CCR7-、CD27-、CD28-およびCD95＋のうちの1つまたは複数が挙げられ得る。
特定の態様において、表現型は、ナイーブT細胞のマーカーである1つもしくは複数の特定の分子の発現であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、表現型は、メモリーT細胞もしくはナイーブT細胞であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、メモリーのマーカーである1つまたは複数の特定の分子の陽性発現または陰性発現である。いくつかの態様において、メモリーマーカーは、メモリーT細胞集団を定義するために使用され得る特定の分子である。
いくつかの態様において、表現型は、ナイーブ様T細胞に関連する1つもしくは複数のマーカーの表現型であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、ナイーブ様T細胞は、様々な分化状態の細胞を含み得、かつ特定の細胞マーカーの陽性発現もしくは高発現（例えば、表面発現または細胞内発現）、および/または他の細胞マーカーの陰性発現もしくは低発現（例えば、表面発現または細胞内発現）を特徴とし得る。いくつかの局面において、ナイーブ様T細胞は、CCR7、CD45RA、CD28および/またはCD27の陽性発現または高発現を特徴とする。いくつかの局面において、ナイーブ様T細胞は、CD25、CD45RO、CD56、CD62Lおよび/またはKLRG1の陰性発現を特徴とする。いくつかの局面において、ナイーブ様T細胞は、CD95の低発現を特徴とする。一部の特定の態様において、ナイーブ様T細胞、またはナイーブ様T細胞上に発現されるマーカーについて表面陽性であるT細胞はCCR7＋CD45RA＋であり、該細胞は、CD27＋またはCD27-である。一部の特定の態様において、ナイーブ様T細胞、またはナイーブ様T細胞上に発現されるマーカーについて表面陽性であるT細胞はCD27＋CCR7＋であり、該細胞はCD45RA＋またはCD45RA-である。一部の特定の態様において、ナイーブ様T細胞、またはナイーブ様T細胞上に発現されるマーカーについて表面陽性であるT細胞は、CD62L-/CCR7＋である。
いくつかの態様において、表現型は、非メモリーT細胞もしくはそのサブタイプに関連する1つもしくは複数のマーカーの表現型であるか、またはそれを含む。いくつかの局面において、表現型は、ナイーブ細胞に関連する表現型もしくはマーカーであるか、またはそれを含む。いくつかの局面において、ナイーブT細胞に関連する例示的な表現型としては、CCR7＋、CD45RA＋、CD27＋およびCD28＋のうちの1つまたは複数が挙げられ得る。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27＋/CD28＋/CD45RA＋である。一部の特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD45RA＋であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD27＋であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CD27＋/CD28＋であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、セントラルメモリーT細胞の表現型であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD27＋/CD28＋/CD45RA-であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CCR7-/CD27＋/CD28＋/CD45RA-であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CCR7＋/CD27＋であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CD27＋/CD28＋であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、TEMRA細胞もしくはTSCM細胞の表現型であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CD45RA＋であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CCR7-/CD27-/CD28-/CD45RA＋であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CD27＋/CD28＋、CD27-/CD28＋、CD27＋/CD28-もしくはCD27-/CD28-のうちの1つであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型はCCR7＋/CD27＋/CD45RA＋である。一部の特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD45RA＋であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CD27-/CD28-であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD27＋/CD45RA-であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CCR7-/CD27＋/CD45RA-であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CD45RA＋であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CCR7-/CD27-/CD45RA＋であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、表現型は、前述の表現型特性のいずれかであるか、またはそれを含み、かつ組換え受容体の発現、例えば、メモリーT細胞もしくはメモリーサブタイプに関連し、CARを発現する表現型、またはCARを発現するナイーブ細胞に関連する表現型をさらに含む。一部の特定の態様において、表現型は、CARを発現するセントラルメモリーT細胞もしくはステムセントラルメモリーT細胞の表現型であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CARを発現するエフェクターメモリー細胞の表現型であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CARを発現するTEMRA細胞の表現型であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CAR＋/CCR7＋/CD27＋/CD28＋/CD45RA-;CAR＋/CCR7-/CD27＋/CD28＋/CD45RA-;CAR＋/CCR7-/CD27-/CD28-/CD45RA＋;CAR＋/CD27＋/CD28＋;CAR＋/CD27-/CD28＋;CAR＋/CD27＋/CD28-;もしくはCAR＋/CD27-/CD28-であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CAR＋/CCR7＋/CD27＋/CD45RA-;CAR＋/CCR7-/CD27＋/CD45RA-;CAR＋/CCR7-/CD27-/CD28-/CD45RA＋;CAR＋/CD27＋;CAR＋/CD27-;CAR＋/CD27＋/CD28-;もしくはCAR＋/CD27-/CD28-であるか、またはそれを含む。
一部の特定の態様において、表現型は、アポトーシスのマーカーについて陰性であるT細胞の表現型であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、アポトーシスのマーカーについて陰性であるナイーブ細胞であるか、または該細胞を含む。いくつかの態様において、アポトーシスのマーカーは、活性化カスパーゼ3（3CAS）である。いくつかの態様において、アポトーシスのマーカーは、アネキシンVによる陽性染色である。
特定の態様において、表現型は、CARを発現する、アポトーシスのマーカーについて陰性であるメモリーT細胞もしくはそのサブタイプの表現型であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CARを発現する、アポトーシスのマーカーについて陰性であるメモリーT細胞もしくは特定のサブタイプの表現型であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CARを発現する、アポトーシスのマーカーについて陰性であるナイーブ細胞であるか、または該細胞を含む。一部の特定の態様において、表現型は、CARを発現する、アポトーシスのマーカーについて陰性であるセントラルメモリーT細胞もしくはTSCM細胞もしくはナイーブ細胞の表現型であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CARを発現する、アポトーシスのマーカーについて陰性であるエフェクターメモリー細胞の表現型であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、アネキシンV-/CAR＋/CCR7＋/CD27＋/CD28＋/CD45RA-;アネキシンV-/CAR＋/CCR7-/CD27＋/CD28＋/CD45RA-;アネキシンV-/CAR＋/CCR7-/CD27-/CD28-/CD45RA＋;アネキシンV-/CAR＋/CD27＋/CD28＋;アネキシンV-/CAR＋/CD27-/CD28＋;アネキシンV-/CAR＋/CD27＋/CD28-;もしくはアネキシンV-/CAR＋/CD27-/CD28-であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7＋/CD27＋/CD28＋/CD45RA-;活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7-/CD27＋/CD28＋/CD45RA-;活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7-/CD27-/CD28-/CD45RA＋;活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27＋/CD28＋;活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27-/CD28＋;活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27＋/CD28-;もしくは活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27-/CD28-であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、アネキシンV-/CAR＋/CCR7＋/CD27＋/CD45RA-;アネキシンV-/CAR＋/CCR7-/CD27＋/CD45RA-;アネキシンV-/CAR＋/CCR7-/CD27-/CD45RA＋;アネキシンV-/CAR＋/CD27＋/CD28＋;アネキシンV-/CAR＋/CD27-/CD28＋;アネキシンV-/CAR＋/CD27＋;もしくはアネキシンV-/CAR＋/CD27-であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7＋/CD27＋/CD45RA-;活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7-/CD27＋/CD45RA-;活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7-/CD27-/CD45RA＋;活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27＋/CD28＋;活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27-/CD28＋;活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27＋;もしくは活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27-であるか、またはそれを含む。
特定の態様において、表現型は、CD27＋/CD28＋、CD27-/CD28＋、CD27＋/CD28-、CD27-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CAR＋/CD27＋/CD28＋、CAR＋/CD27-/CD28＋、CAR＋/CD27＋/CD28-、CAR＋/CD27-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27＋/CD28＋、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27-/CD28＋、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27＋/CD28-、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、アネキシンV-/CAR＋/CD27＋/CD28＋、アネキシンV-/CAR＋/CD27-/CD28＋、アネキシンV-/CAR＋/CD27＋/CD28-、アネキシンV-/CAR＋/CD27-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CD27＋、CD27-、CD27＋、CD27-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CAR＋/CD27＋、CAR＋/CD27-、CAR＋/CD27＋、CAR＋/CD27-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27＋、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27-、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27＋、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CD27-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、アネキシンV-/CAR＋/CD27＋、アネキシンV-/CAR＋/CD27-、アネキシンV-/CAR＋/CD27＋、アネキシンV-/CAR＋/CD27-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。
特定の態様において、表現型は、CCR7＋/CD28＋、CCR7-/CD28＋、CCR7＋/CD28-、CCR7-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CAR＋/CCR7＋/CD28＋、CAR＋/CCR7-/CD28＋、CAR＋/CCR7＋/CD28-、CAR＋/CCR7-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7＋/CD28＋、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7-/CD28＋、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7＋/CD28-、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、アネキシンV-/CAR＋/CCR7＋/CD28＋、アネキシンV-/CAR＋/CCR7-/CD28＋、アネキシンV-/CAR＋/CCR7＋/CD28-、アネキシンV-/CAR＋/CCR7-/CD28-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CCR7＋、CCR7-、CCR7＋、CCR7-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CAR＋/CCR7＋、CAR＋/CCR7-、CAR＋/CCR7＋、CAR＋/CCR7-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7＋、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7-、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7＋、活性化カスパーゼ3-/CAR＋/CCR7-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、アネキシンV-/CAR＋/CCR7＋、アネキシンV-/CAR＋/CCR7-、アネキシンV-/CAR＋/CCR7＋、アネキシンV-/CAR＋/CCR7-もしくはそれらの組み合わせであるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、表現型は、刺激、例えば、免疫細胞機能を誘因、誘導、刺激または延長する刺激に対する応答によって評価される。一部の特定の態様において、細胞は、刺激条件または刺激性作用物質の存在下でインキュベートされ、表現型は、刺激に対する応答であるか、または該応答を含む。特定の態様において、表現型は、1つもしくは複数の刺激に応答した可溶性因子の産生もしくは分泌であるか、または該産生もしくは分泌を含む。いくつかの態様において、表現型は、1つもしくは複数の刺激に応答した可溶性因子の欠如もしくは産生もしくは分泌であるか、または該欠如もしくは産生もしくは分泌を含む。一部の特定の態様において、可溶性因子はサイトカインである。いくつかの態様において、サイトカインはIL-2である。いくつかの態様において、サイトカインはTNFaである。いくつかの態様において、サイトカインはIL-17である。いくつかの態様において、サイトカインはIL-10である。いくつかの態様において、サイトカインはIFNGである。いくつかの態様において、サイトカインはIL-13である。いくつかの態様において、サイトカインはIL-5である。いくつかの態様において、サイトカインはGMCSFである。いくつかの態様において、細胞は、サイトカインを産生しない（cyto-）。いくつかの態様において、細胞表現型は、サイトカイン陰性（Cyto-）である。
細胞を刺激するために使用される条件としては、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば、栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオンおよび/または刺激性因子、例えば、サイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、ならびに細胞を活性化するように設計された任意の他の作用物質のうちの1つまたは複数が挙げられ得る。いくつかの態様において、細胞は刺激され、かつ表現型は可溶性因子、例えば、サイトカインまたはケモカインが産生または分泌されるかどうかによって決定される。いくつかの態様において、刺激は、非特異的であり、すなわち、抗原特異的刺激ではない。いくつかの態様において、刺激は、PMAおよびイオノマイシンを含む。いくつかの態様において、細胞は、刺激条件または刺激性作用物質の存在下で、約1時間、約2時間、約3時間、約4時間、約5時間、約6時間、約7時間、約8時間、約9時間、約10時間、約11時間、約12時間、約18時間、約24時間、約48時間にわたって、または1時間～4時間、1時間～12時間、12時間～24時間の期間にわたって、または24時間超にわたってインキュベートされる。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量は、組換え受容体依存性活性を含む。例えば、いくつかの態様において、治療用細胞組成物の細胞は、組換え受容体に特異的な抗原もしくはそのエピトープであるか、もしくは組換え受容体に結合するおよび/もしくは組換え受容体を認識する抗体もしくはその断片である作用物質、またはそれらの組み合わせによって刺激される。特定の態様において、組換え受容体依存性活性、例えばCAR依存性活性は、組換え受容体を発現しない細胞中では起こらないおよび/または起こり得ない、組換え受容体を発現する細胞中で起こる活性であることが企図される。いくつかの態様において、組換え受容体依存性活性は、組換え受容体の活性または存在に依存する活性である。組換え受容体依存性活性は、組換え受容体の発現および/もしくは存在によって、または組換え受容体の受容体刺激などの活性の変化によって直接もしくは間接的に影響を受ける任意の細胞過程であり得る。いくつかの態様において、組換え受容体依存性活性としては、細胞分裂、DNA複製、転写、タンパク質合成、膜輸送、タンパク質移行および/もしくは分泌などの細胞過程が挙げられ得るが、これらに限定されず、または組換え受容体依存性活性は、免疫細胞機能、例えば細胞溶解活性であり得る。一部の特定の態様において、組換え受容体依存性活性は、CAR受容体のコンファメーションの変化、細胞内シグナル伝達分子のリン酸化、タンパク質の分解、タンパク質の転写、翻訳、移行、ならびに/またはタンパク質などの因子、もしくは成長因子、サイトカインの産生および分泌によって測定され得る。
いくつかの態様において、組換え受容体はCARであり、かつ作用物質は、CARに特異的な抗原もしくはそのエピトープであるか、もしくはCARに結合するおよび/もしくはCARを認識する抗体もしくはその断片、またはそれらの組み合わせである。特定の態様において、細胞は、CARによって認識される抗原の表面発現を有する標的細胞の存在下で細胞をインキュベートすることによって刺激される。一部の特定の態様において、組換え受容体はCARであり、かつ作用物質は、CARに結合する抗体またはその活性断片、バリアントもしくは部分である。一部の特定の態様において、CARに結合する抗体またはその活性断片、バリアントもしくは部分は、抗イディオタイプ（抗ID）抗体である。一部の特定の態様において、組換え受容体特異的作用物質は、その表面に抗原を発現する細胞、例えば標的細胞である。いくつかの態様において、組換え受容体依存性活性は、組換え受容体によって結合および/または認識される（例えば、組換え受容体に関与する）抗原またはそのエピトープによって刺激される。
いくつかの態様において、刺激条件または作用物質としては、TCR複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを刺激または活性化することができる1つまたは複数の作用物質、例えばリガンドが挙げられる。いくつかの局面において、作用物質は、T細胞中でTCR/CD3細胞内シグナル伝達カスケードをオンにするか、または開始させる。そのような作用物質としては、TCR成分および/もしくは共刺激受容体に特異的なものなどの抗体、例えば、ビーズなどの固体支持体に例えば結合した抗CD3、抗CD28、および/または1種もしくは複数種のサイトカインが挙げられ得る。いくつかの態様において、1つまたは複数の作用物質は、PMAおよびイオノマイシンである。
一部の特定の態様において、組換え受容体依存性活性、例えばCAR依存性活性は、細胞組成物の刺激後の因子、例えば、量もしくは濃度、または量もしくは濃度の変化の測定値である。一部の特定の態様において、因子は、タンパク質、リン酸化されたタンパク質、切断されたタンパク質、移行したタンパク質、活性コンファメーションにあるタンパク質、ポリヌクレオチド、RNAポリヌクレオチド、mRNAおよび/またはshRNAであり得る。一部の特定の態様において、測定としては、キナーゼ活性、プロテアーゼ活性、ホスファターゼ活性、cAMP産生、ATP代謝、移行、例えば、タンパク質の核局在化の増加または減少、転写活性の増加、翻訳活性、可溶性因子の産生および/または分泌、細胞取り込み、ユビキチン化および/またはタンパク質分解の増加が挙げられ得るが、これらに限定されない。特定の態様において、因子は、分泌される可溶性因子、例えば、ホルモン、成長因子、ケモカインおよび/またはサイトカインである。
いくつかの態様において、組換え受容体依存性活性、例えばCAR依存性活性は、刺激に対する応答である。一部の特定の態様において、細胞は、刺激条件または刺激性作用物質の存在下でインキュベートされ、かつ活性は、刺激に対する応答の少なくとも1つの局面であるか、または該局面を含む。応答としては、細胞内シグナル伝達事象、例えば、受容体分子の活性の増加、1つまたは複数のキナーゼのキナーゼ活性の増加、1つまたは複数の遺伝子の転写の増加、1つまたは複数のタンパク質のタンパク質合成および/または細胞内シグナル伝達分子の増加、例えば、タンパク質のキナーゼ活性の増加が挙げられ得るが、これらに限定されない。いくつかの態様において、応答または活性は、免疫活性に関連し、かつ応答または活性としては、可溶性因子、例えばサイトカインの産生および/もしくは部分、抗体産生の増加、ならびに/または細胞溶解活性の増加が挙げられ得るが、これらに限定されない。
特定の態様において、細胞組成物の刺激に対する応答は、刺激に対する応答、すなわち、刺激によって開始され、誘因され、補助され、延長され、および/または引き起こされる少なくとも1つの活性を測定、検出または定量することによって評価される。一部の特定の態様において、細胞は刺激され、かつ刺激に対する応答は、組換え受容体を発現する細胞に特異的な活性である。一部の特定の態様において、活性は、組換え受容体特異的活性であり、かつ活性は、組換え受容体を発現する細胞中で起こるが、該受容体を発現しない細胞中では起こらないか、または最小限しか起こらない。特定の態様において、組換え受容体はCARである。いくつかの態様において、活性はCAR依存性活性である。
細胞、例えば、免疫細胞またはT細胞を刺激するために使用される条件としては、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば、栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオンおよび/または刺激性因子、例えば、サイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、ならびに細胞を活性化するように設計された任意の他の作用物質のうちの1つまたは複数が挙げられ得る。いくつかの態様において、細胞は刺激され、かつ活性は、可溶性因子、例えば、サイトカインまたはケモカインが産生または分泌されるかどうかによって決定される。
いくつかの態様において、活性は、組換え受容体を発現する細胞に特異的である。いくつかの態様において、組換え受容体を発現する細胞に特異的な活性は、組換え受容体の発現を欠く細胞中では起こらない。一部の特定の態様において、組換え受容体はCARであり、かつ活性はCAR依存性活性である。特定の態様において、活性は、活性が組換え受容体を発現する細胞に存在するのと同じ条件下で、組換え受容体の発現を欠く細胞には存在しない。一部の特定の態様において、CAR依存性活性は、同じ条件下でのCAR細胞中のCAR依存性活性よりも約10％、約20％、約30％、約40％、約50％、約60％ 約70％、約75％、約80％、約85％、約90％、約95％、約97％、約98％、約99％または約99％低い。
いくつかの態様において、活性は、組換え受容体、例えばCARを発現する細胞に特異的であり、かつ活性は、組換え受容体を発現する細胞に特異的な作用物質によるまたは刺激性条件下での刺激によってもたらされる。いくつかの態様において、組換え受容体はCARであり、かつCAR特異的刺激は、CAR＋細胞中の活性を刺激、誘因、開始および/または延長するが、CAR-細胞中の活性を刺激、誘因、開始および/または延長しない。いくつかの態様において、CAR依存性活性は、CAR特異的刺激による刺激後のCAR＋細胞中よりもCAR-細胞中では約10％、約20％、約30％、約40％、約50％、約60％ 約70％、約75％、約80％、約85％、約90％、約95％、約97％、約98％、約99％または約99％低い。
いくつかの態様において、活性は、組換え受容体、例えばCARを発現する細胞を含有する細胞組成物において測定され、かつ測定値は、1つまたは複数の対照と比較される。一部の特定の態様において、対照は、刺激されなかった、細胞の類似または同一の組成物である。例えば、いくつかの態様において、活性は、作用物質とのインキュベーション後またはインキュベーション中に細胞組成物において測定され、かつ得られた測定値は、作用物質とインキュベートされていない類似または同一の細胞組成物からの活性の対照測定値と比較される。いくつかの態様において、活性は組換え受容体依存性活性であり、かつ細胞組成物および対照細胞組成物はともに、組換え受容体を発現する細胞を含有する。いくつかの態様において、活性は組換え受容体依存性活性であり、かつ対照は、組換え受容体を発現する細胞、例えばCAR＋細胞を含有しない類似の細胞組成物から得られる。したがって、いくつかの態様において、組換え受容体発現細胞を含有する細胞組成物および組換え受容体発現細胞を含有しない対照細胞組成物は、組換え受容体発現特異的作用物質と接触させられる。一部の特定の態様において、対照は、任意の刺激の前に得られる、組換え受容体を発現する同じ細胞組成物からの測定値である。一部の特定の態様において、バックグラウンドシグナルを決定するために対照測定値が得られ、かつ活性の測定値から対照測定値が減算される。いくつかの態様において、細胞組成物における活性の測定値を対照測定値で除算して、対照レベルに対する活性の比である値を得る。
特定の態様において、活性は、可溶性因子の産生および/もしくは分泌であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、活性は、可溶性因子の産生および/もしくは分泌であるかまたはそれを含む、組換え受容体（例えばCAR）依存性活性である。一部の特定の態様において、可溶性因子は、サイトカインまたはケモカインである。
特定の態様において、可溶性因子の測定値は、ELISA（酵素結合免疫吸着検定法）によって測定される。ELISAは、ペプチド、サイトカイン、抗体およびホルモンなどの物質を検出および定量するために設計された、プレートベースのアッセイ技術である。ELISAでは、可溶性因子を固体表面に固定化し、次いで、酵素に連結された抗体と複合体化しなければならない。検出は、基質とのインキュベーションを介してコンジュゲート酵素活性を評価して検出可能なシグナルを生成することによって達成される。いくつかの態様において、CAR依存性活性は、ELISAアッセイによって測定される。
いくつかの態様において、組換え受容体依存性活性は、可溶性因子の分泌または産生である。一部の特定の態様において、産生または分泌は、組換え受容体発現細胞、例えばCAR発現細胞を含有する細胞組成物において、組換え受容体特異的作用物質、例えばCAR＋特異的作用物質によって刺激される。いくつかの態様において、組換え受容体に特異的な抗原もしくはそのエピトープである組換え受容体特異的作用物質;抗原を発現する細胞、例えば標的細胞;もしくは組換え受容体に結合するおよび/もしくは組換え受容体を認識する抗体もしくはその部分もしくはバリアント;またはそれらの組み合わせ。一部の特定の態様において、組換え受容体特異的作用物質は、組換え受容体によって結合または認識される抗原またはそのエピトープを含む組換えタンパク質である。
一部の特定の態様において、組換え受容体依存性可溶性因子の産生および/または分泌は、組換え受容体、例えばCARを発現する細胞を含有する細胞組成物を、組換え受容体特異的作用物質、例えばCAR＋特異的作用物質とともにインキュベートすることによって測定される。一部の特定の態様において、可溶性因子は、サイトカインまたはケモカインである。いくつかの態様において、組換え受容体発現細胞を含有する細胞組成物の細胞は、組換え受容体特異的作用物質の存在下で、ある時間量にわたってインキュベートされ、かつ可溶性因子の産生および/または分泌は、インキュベーション中の1つまたは複数の時点で測定される。いくつかの態様において、細胞は、CAR特異的作用物質と最大1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時間、9時間、10時間、11時間、12時間、18時間、19時間、20時間、21時間、22時間、23時間、24時間、48時間、もしくは約1時間、約2時間、約3時間、約4時間、約5時間、約6時間、約7時間、約8時間、約9時間、約10時間、約11時間、約12時間、約18時間、約19時間、約20時間、約21時間、約22時間、約23時間、約24時間、約48時間にわたって、または1時間～4時間、1時間～12時間、12時間～24時間（両端の値を含む）の期間にわたって、または24時間超にわたってインキュベートされ、かつ可溶性因子、例えばサイトカインの量が検出される。
いくつかの態様において、組換え受容体特異的作用物質は、組換え受容体によって認識される抗原を発現する標的細胞である。いくつかの態様において、組換え受容体はCARであり、かつ細胞組成物の細胞は、約10:1、約5:1、約4:1、約3:1、約2:1、約1:1、約1:2、約1:3、約1:4、約1:5、約1:6、約1:7、約1:8、約1:9もしくは約1:10、または前述のいずれかの間の範囲、例えば、10:1～1:1、3:1～1:3、または1:1～1:10（両端の値を含む）の比である、細胞組成物の全細胞、CAR＋細胞、CAR＋/CD8＋細胞またはアネキシン-/CAR＋/CD8＋細胞 対 標的細胞の比で、標的細胞とともにインキュベートされる。
一部の特定の態様において、組換え受容体依存性活性、例えばCAR＋特異的活性の測定値は、インキュベーション中またはインキュベーション終了時の時点でのT細胞組成物中の可溶性因子の量もしくは濃度、または相対量もしくは相対濃度である。特定の態様において、測定値は、対照測定値によって減算されるか、または対照測定値に対して正規化される。いくつかの態様において、対照測定値は、インキュベーションの前に得られた同じ細胞組成物からの測定値である。特定の態様において、対照測定値は、組換え受容体特異的刺激作用物質とインキュベートされなかった同一の対照細胞組成物から得られた測定値である。一部の特定の態様において、対照は、組換え受容体陽性細胞を含有しない細胞組成物から得られた、組換え受容体特異的作用物質とのインキュベーション中の同一の時点で得られた測定値である。
いくつかの態様において、測定値は、対照と比較した量または濃度の正規化された比である。特定の態様において、測定値は、時間量あたり、例えば、1分あたりまたは1時間あたりの可溶性因子の量または濃度である。いくつかの態様において、測定値は、細胞あたり、または細胞のセットもしくは参照数あたり、例えば、細胞100個あたり、細胞103個あたり、細胞104個あたり、細胞105個あたり、細胞106個あたりなどの可溶性因子の量または濃度である。特定のものにおいて、測定値は、時間量あたり、細胞あたり、または細胞の参照数あたりの可溶性因子の量または濃度である。いくつかの態様において、測定値は、細胞組成物の組換え受容体を発現する細胞、CAR＋細胞、CAR＋/CD8＋細胞、アネキシン-/CAR＋/CD8＋細胞、3CAS-/CAR＋/CD8＋細胞、CAR＋/CD4＋細胞、アネキシン-/CAR＋/CD4＋細胞または3CAS-/CAR＋/CD4＋細胞あたりの可溶性因子の量または濃度である。一部の特定の態様において、測定値は、時間量あたり（例えば、1分あたりまたは1時間あたり）、細胞組成物の組換え受容体を発現する細胞、CAR＋細胞、CAR＋/CD8＋細胞、アネキシン-/CAR＋/CD8＋細胞、3CAS-/CAR＋/CD8＋細胞、CAR＋/CD4＋細胞、アネキシン-/CAR＋/CD4＋細胞または3CAS-/CAR＋/CD4＋細胞あたりの可溶性因子の量または濃度である。いくつかの態様において、測定値は、時間量あたり、組換え受容体またはCAR＋特異的作用物質の量または濃度あたりの可溶性因子の量または濃度である。いくつかの態様において、測定値は、細胞あたり、または細胞のセットもしくは参照数あたり、CAR＋特異的作用物質の量もしくは濃度あたりの可溶性因子の量または濃度である。特定のものにおいて、測定値は、時間量あたり、組換え受容体もしくはCAR＋特異的作用物質の量もしくは濃度あたり、細胞あたり、または細胞の参照数あたりの可溶性因子の量または濃度である。いくつかの態様において、測定値は、組換え受容体またはCAR＋特異的作用物質の量または濃度あたり、細胞組成物の組換え受容体を発現する細胞、CAR＋細胞、CAR＋/CD8＋細胞、アネキシン-/CAR＋/CD8＋細胞、3CAS-/CAR＋/CD8＋細胞、CAR＋/CD4＋細胞、アネキシン-/CAR＋/CD4＋細胞または3CAS-/CAR＋/CD4＋細胞あたりの可溶性因子の量または濃度である。一部の特定の態様において、測定値は、時間量あたり、組換え受容体またはCAR＋特異的作用物質の量または濃度あたり、細胞組成物のCAR＋細胞、CAR＋/CD8＋細胞、アネキシン-/CAR＋/CD8＋細胞、3CAS-/CAR＋/CD8＋細胞、CAR＋/CD4＋細胞、アネキシン-/CAR＋/CD4＋細胞または3CAS-/CAR＋/CD4＋細胞の量あたりの可溶性因子の量または濃度である。
特定の態様において、組換え受容体またはCAR依存性活性は、2つ以上の可溶性因子の産生または分泌である。一部の特定の態様において、組換え受容体またはCAR依存性活性は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、または10を超える可溶性因子の産生または分泌である。いくつかの態様において、2、3、4、5、6、7、8、9、10、または10を超える可溶性因子の測定値は、算術平均または幾何平均に組み合わされる。一部の特定の測定値において、組換え受容体活性の測定値は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、または10を超える可溶性因子の複合物の分泌である。
一部の特定の態様において、可溶性因子はサイトカインである。特定の態様において、組換え受容体依存性活性は、1つもしくは複数の刺激に応答したサイトカインの産生もしくは分泌であるか、またはそれを含む。サイトカインは、細胞コミュニケーションでは広範囲に機能する小さなシグナル伝達分子の大きな群である。サイトカインは、ほとんどの場合、インターロイキン、ケモカインおよびインターフェロンを含む様々な免疫調節分子に関連する。あるいは、サイトカインは、4つのファミリー、IL-2サブファミリー、およびIFNサブファミリー;IL-1ファミリー、IL-17ファミリー、IL-10ファミリー、ならびにトランスフォーミング成長因子ベータファミリーのメンバーを含むシステインノットサイトカインを含む4つのアルファヘリックスファミリーに分類されるそれらの構造を特徴とし得る。サイトカインの産生および/または分泌は、免疫応答に寄与し、かつ抗ウイルスタンパク質の誘導と、T細胞増殖の誘導とを含む様々な過程に関与する。サイトカインは、予め形成された因子ではないが、細胞活性化に応答して迅速に産生され、かつ分泌される。サイトカインの産生または分泌は、当技術分野において公知の任意の適切な技術によって測定、検出および/または定量され得る。いくつかの態様において、組換え受容体依存性活性は、インターロイキン、インターフェロンおよびケモカインを含む1つまたは複数の可溶性因子の産生または分泌である。特定の態様において、組換え受容体依存性活性は、IL-2ファミリーメンバー、IFNサブファミリーメンバー、IL-1ファミリーメンバー、IL-10メンバー、IL-17ファミリーメンバー、システインノットサイトカイン、および/またはトランスフォーミング成長因子ベータファミリーのメンバーのうちの1つまたは複数の産生または分泌である。
一部の特定の態様において、表現型は、1種または複数種のサイトカインの産生である。いくつかの態様において、同じ細胞からの2つ以上のサイトカインの産生は、かかる細胞の多機能的特徴を示し得る。特定の態様において、1種または複数種のサイトカインの産生は、細胞内サイトカイン染色によって、測定され、検出されおよび/または定量される。フローサイトメトリーによる細胞内サイトカイン染色（ICS）は、単一細胞レベルでサイトカイン産生を研究するのに極めて適した技術である。これは、細胞刺激後の小胞体内のサイトカインの産生および蓄積を検出し、特定のサイトカインの産生について陽性もしくは陰性である細胞集団の同定、または閾値に基づく高産生細胞と低産生細胞との分離を可能にする。いくつかの態様において、上述のように、刺激は、非特異的刺激を使用して実施され得、例えば、抗原特異的刺激ではない。例えば、PMA/イオノマイシンを非特異的細胞刺激に使用することができる。いくつかの態様において、刺激は、組換え受容体（例えばCAR）に特異的な抗原もしくはそのエピトープであるか、もしくは組換え受容体に結合するおよび/もしくは組換え受容体を認識する抗体もしくはその断片である作用物質、またはそれらの組み合わせによって実施され得る。ICSはまた、細胞の特定のサブグループにおけるサイトカイン産生にアクセスする（access）ために、細胞表面マーカーを使用する免疫表現型決定のための他のフローサイトメトリープロトコル、またはMHC多量体と組み合わせて使用され、極めて柔軟で汎用的な方法となり得る。サイトカイン産生を測定または検出するための他の単一細胞技術としては、ELISPOT、限界希釈およびT細胞クローニングが挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの態様において、表現型は、例えば、組換え受容体に特異的なおよび/または組換え受容体によって認識される抗原によって組換え受容体を刺激した後のサイトカインの産生である。特定の態様において、表現型は、例えば、組換え受容体に特異的なおよび/または組換え受容体によって認識される抗原によって組換え受容体を刺激した後のサイトカインの産生の欠如である。特定の態様において、表現型は、サイトカインの産生について陽性であるか、またはサイトカインの高レベルの産生である。一部の特定の態様において、表現型は、サイトカインの産生について陰性であるか、またはサイトカインの低レベルの産生である。サイトカインとしては、インターロイキン-1（IL-1）、IL-1β、IL-2、sIL-2Ra、IL-3、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-10、IL-12、IL-13、IL-17、IL 27、IL-33、IL-35、TNF、腫瘍壊死因子アルファ（TNFA）、CXCL2、CCL2、CCL3、CCL5、CCL17、CCL24、PGD2、LTB4、インターフェロンガンマ（IFNG）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GMCSF）、マクロファージ炎症性タンパク質MIP1α、MIP1β、Flt-3L、フラクタルカインおよび/またはIL-5が挙げられ得るが、これらに限定されない。いくつかの態様において、表現型は、サイトカイン、例えば、特定の細胞型に関連するサイトカイン、例えば、Th1、Th2、Th17および/またはTregサブタイプに関連するサイトカインの産生を含む。いくつかの態様において、例示的なTh1関連サイトカインとしては、IL-2、IFN-γおよびトランスフォーミング成長因子ベータ（TGF-β）が挙げられ、かつ一部の状況において、例示的なTh1関連サイトカインは、細胞性免疫応答に関与する。いくつかの態様において、例示的なTh2関連サイトカインとしては、IL-4、IL-5、IL-6、IL-10およびIL-13が挙げられ、かつ一部の状況において、例示的なTh2関連サイトカインは、液性免疫および抗炎症特性に関連する。いくつかの態様において、例示的なTh17関連サイトカインとしては、IL-17AおよびIL-17Fが挙げられ、かつ一部の状況において、例示的なTh17関連サイトカインは、例えば、炎症反応中に好中球およびマクロファージを動員することに関与する。
特定の態様において、組換え受容体依存性活性は、IL-1、IL-1β、IL-2、sIL-2Ra、IL-3、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-10、IL-12、IL-13、IL 27、IL-33、IL-35、TNF、TNFアルファ、CXCL2、CCL2、CCL3、CCL5、CCL17、CCL24、PGD2、LTB4、インターフェロンガンマ（IFN-γ）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）、マクロファージ炎症性タンパク質（MIP）-1a、MIP-1b、Flt-3L、フラクタルカインおよび/またはIL-5のうちの1つまたは複数の産生および/または分泌である。一部の特定の態様において、組換え受容体依存性活性Th17サイトカインの産生または分泌。いくつかの態様において、Th17サイトカインはGMCSFである。いくつかの態様において、組換え受容体依存性活性は、Th2サイトカインの産生または分泌を含み、Th2サイトカインは、IL-4、IL-5、IL-10またはIL-13である。
一部の特定の態様において、組換え受容体依存性活性は、炎症性サイトカインの産生または分泌である。炎症性サイトカインは、炎症反応の開始に何らかの役割を果たし、かつ病原体に対する宿主防御を調節し、自然免疫応答を媒介する役割を果たす。炎症性サイトカインとしては、インターロイキン（IL）、インターロイキン-1-ベータ（IL-1）、インターロイキン-3（IL-3）、インターロイキン-5（IL-5）、インターロイキン-6（IL-6）、インターロイキン-13（IL-13）、腫瘍壊死因子（TNF）、CXC-ケモカインリガンド2（CXCL2）、CC-ケモカインリガンド2（CCL2）、CC-ケモカインリガンド3（CCL3）、CC-ケモカインリガンド5（CCL5）、CC-ケモカインリガンド17（CCL17）、CC-ケモカインリガンド24（CCL24）、プロスタグランジンD2（PGD2）およびロイコトリエンB4（LTB4）ならびにIL-33。）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、CAR依存性活性は、インターロイキンおよび/またはTNFファミリーメンバーの産生およびまたは分泌である。特定の態様において、CAR依存性活性は、IL-1、IL-6、IL-8およびIL-18、TNF-アルファまたはそれらの組み合わせの産生およびまたは分泌である。
特定の態様において、組換え受容体依存性活性は、IL-2、IFN-ガンマ、TNF-アルファまたはそれらの組み合わせの分泌である。
いくつかの態様において、表現型（例えば組換え受容体依存性活性）は、サイトカインの産生であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、複数のサイトカイン（例えば多官能性）の産生であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、組換え受容体依存性活性は、1種もしくは複数種のサイトカインの産生の欠如であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、IL-2、IL-5、IL-10、IL-13、IL-17、IFNGもしくはTNFAのうちの1つもしくは複数の産生もしくはその欠如であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、組換え受容体依存性活性は、IL-2、IL-13、IFNGもしくはTNFAのうちの1つもしくは複数の産生もしくはその欠如であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、組換え受容体依存性活性は、サイトカインの産生の存在、および/またはサイトカインの高レベルの産生の存在である。いくつかの態様において、表現型は、サイトカインの低い産生、減少した産生、または存在しない産生である。
いくつかの態様において、表現型は、例えば、刺激性作用物質の存在下で、もしくは分泌が予防もしくは阻害される刺激性条件下で評価される場合、サイトカインの内部（細胞内）産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、刺激性作用物質は、非特異的刺激性作用物質、例えば、抗原結合ドメイン、例えば組換え受容体（例えばCAR）に結合しない刺激性作用物質である。いくつかの態様において、刺激性作用物質は、非特異的刺激性作用物質として作用することができるPMA/イオノマイシンである。いくつかの態様において、刺激性作用物質は、特異的刺激性作用物質であり、例えば、組換え受容体（例えばCAR）に特異的な抗原もしくはそのエピトープである刺激性作用物質であるか、もしくは組換え受容体に結合し、かつ/もしくは組換え受容体を認識する抗体もしくはその断片である刺激性作用物質、またはそれらの組み合わせである。特定の態様において、表現型は、サイトカインの内部産生の欠如もしくは非存在であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、ICSアッセイを用いて評価される複数のサイトカインの産生の場合、1種もしくは複数種のサイトカインの内部量であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、ICSアッセイを用いて評価されるIL-2、IL-5、IL-13、IFNGもしくはTNFAのうちの1つもしくは複数の内部量であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、ICSアッセイを用いて評価される1種もしくは複数種のサイトカインの低い内部量もしくは検出可能な量の欠如であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、ICSアッセイを用いて評価されるIL-2、IL-5、IL-13、IFNGもしくはTNFAの低い内部量もしくは検出可能な量の欠如であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、例えば、多重化アッセイ、または多機能性を評価するためのアッセイによる複数のサイトカインの評価を含む（例えば、Xue et al.,（2017）Journal for ImmunoTherapy of Cancer 5:85参照）。いくつかの態様において、サイトカイン発現の欠如は、細胞の活性および/もしくは機能ならびに/もしくは応答および無増悪生存期間の持続性と逆相関するか、または関連する。いくつかの態様において、任意の公知の方法、または本明細書において記載される方法に従って評価される、サイトカイン産生が減少しているか、最小限であるか、または全くない細胞は、細胞組成物（例えば、アウトプット組成物、治療用細胞組成物）中で減少している。
特定の態様において、表現型は、サイトカインの産生、またはサイトカインの産生の欠如、もしくは低量のサイトカインの産生を含み得ることが企図される。これは、サイトカインの同一性、サイトカインを検出するために実施されるアッセイ、およびアッセイとともに使用される刺激性作用物質または条件が挙げられるが、これらに限定されないいくつかの因子に依存し得る。例えば、いくつかの態様において、表現型は、ICSによって示されるIL-13産生の欠如もしくは低レベルのIL-13産生であるか、またはそれを含むが、いくつかの態様において、表現型は、ICSによって示されるIFN-ガンマの産生であるか、またはそれを含むことが企図される。
いくつかの態様において、表現型は、1種もしくは複数種のサイトカイン、およびCD3＋、CD4＋、CD8＋、CD3＋/CAR＋、CD4＋/CAR＋、CD8＋/CAR＋、アネキシンV-、アネキシンV-CD3＋、アネキシンV-CD4＋、アネキシンV-CD8＋、アネキシンV-CD3＋/CAR＋、アネキシンV-CD4＋/CAR＋、アネキシンV-CD8＋/CAR＋、活性化カスパーゼ3-、活性化カスパーゼ3-/CD3＋、活性化カスパーゼ3-/CD4＋、活性化カスパーゼ3-/CD8＋、活性化カスパーゼ3-/CD3＋/CAR＋、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CAR＋もしくは活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CAR＋のいずれか、もしくはそれらの組み合わせの産生であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、CD4＋/CAR＋および/もしくはCD8＋/CAR＋中の1種もしくは複数種のサイトカインの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、1種または複数種のサイトカインは、IL-2、IFN-ガンマおよび/またはTNF-アルファである。いくつかの態様において、表現型は、CD4＋/CAR＋細胞中のIL-2の産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CD4＋/CAR＋細胞中のTNF-アルファの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CD4＋/CAR＋細胞中のIL-2およびTNF-アルファの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CD4＋/CAR＋細胞中のIL-2およびIFN-ガンマの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CD8＋/CAR＋細胞中のTNF-アルファの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CD8＋/CAR＋細胞中のIFN-ガンマおよびTNF-アルファの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CAR＋細胞中のIL-2の産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CAR＋細胞中のTNF-アルファの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CAR＋細胞中のIL-2およびTNF-アルファの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CAR＋細胞中のIL-2およびIFN-ガンマの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CAR＋細胞中のTNF-アルファの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CAR＋細胞中のIFN-ガンマおよびTNF-アルファの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、アネキシンV-/CD4＋/CAR＋細胞中のTNF-アルファの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、アネキシンV-/CD4＋/CAR＋細胞中のIL-2およびTNF-アルファの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、アネキシンV-/CD4＋/CAR＋細胞中のIL-2およびIFN-ガンマの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、アネキシンV-/CD8＋/CAR＋細胞中のTNF-アルファの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、アネキシンV-/CD8＋/CAR＋細胞中のIFN-ガンマおよびTNF-アルファの産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、この段落に記載される表現型は、持続的奏効および無増悪生存期間と正に相関する。したがって、いくつかの態様において、これらの表現型を含む細胞は、細胞組成物（例えば、アウトプット組成物、治療用細胞組成物）中で最大化または増加する。
いくつかの態様において、表現型は、1種もしくは複数種のサイトカインの産生の欠如であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、1種もしくは複数種のサイトカイン、およびCD3＋、CD4＋、CD8＋、CD3＋/CAR＋、CD4＋/CAR＋、CD8＋/CAR＋、アネキシンV-、アネキシンV-CD3＋、アネキシンV-CD4＋、アネキシンV-CD8＋、アネキシンV-CD3＋/CAR＋、アネキシンV-CD4＋/CAR＋、アネキシンV-CD8＋/CAR＋、活性化カスパーゼ3-、活性化カスパーゼ3-/CD3＋、活性化カスパーゼ3-/CD4＋、活性化カスパーゼ3-/CD8＋、活性化カスパーゼ3-/CD3＋/CAR＋、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CAR＋もしくは活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CAR＋のいずれか、もしくはそれらの組み合わせの産生の欠如であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、1種または複数種のサイトカインは、IL-2、IFN-ガンマおよび/またはTNF-アルファである。いくつかの態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CAR＋細胞中のIL-2の産生の欠如であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CAR＋細胞中のTNF-アルファの産生の欠如であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CAR＋細胞中のIL-2およびTNF-アルファの産生の欠如であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD4＋/CAR＋細胞中のIL-2およびIFN-ガンマの産生の欠如であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CAR＋細胞中のTNF-アルファの産生の欠如であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、活性化カスパーゼ3-/CD8＋/CAR＋細胞中のINF-ガンマおよびTNF-アルファの産生の欠如であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、この段落に記載される表現型は、持続的奏効および無増悪生存期間と負に相関する。
特定の態様において、表現型は、ICSアッセイ、および特定の細胞型の細胞のサブセットもしくは細胞に関する1つもしくは複数の特定のマーカーによって評価される場合、IL-2、IL-13、IFN-ガンマもしくはTNF-アルファのうちの1つもしくは複数の内部量の存在もしくは非存在であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、IL-2、IL-13、IFN-ガンマもしくはTNF-アルファならびにCD4＋/CAR＋および/もしくはCD8＋/CAR＋のうちの1つもしくは複数の産生もしくはその欠如であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、IL-2ならびにCD4＋/CAR＋および/もしくはCD8＋/CAR＋の産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、IL-2ならびにCD4＋/CAR＋および/もしくはCD8＋/CAR＋の産生の欠如もしくは低産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、IL-13ならびにCD4＋/CAR＋および/もしくはCD8＋/CAR＋の産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、IL-13ならびにCD4＋/CAR＋および/もしくはCD8＋/CAR＋の産生であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、IL-13ならびにCD4＋/CAR＋および/もしくはCD8＋/CAR＋の産生の欠如もしくは低産生であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、IFN-ガンマならびにCD4＋/CAR＋および/もしくはCD8＋/CAR＋の産生であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、TNF-アルファならびにCD4＋/CAR＋および/もしくはCD8＋/CAR＋の産生であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、TNF-アルファならびにCD4＋/CAR＋および/もしくはCD8＋/CAR＋の産生の欠如もしくは低産生であるか、またはそれを含む。
表現型のいずれか1つまたは複数は、単独でまたは組み合わせて、提供される方法に従って評価または決定することができる。いくつかの態様において、表現型は、CD3＋、CD3＋/CAR＋、CD4＋/CAR＋、CD8＋/CAR＋またはそれらの組み合わせである。
一部の特定の態様において、表現型は、CD3＋であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CD3＋/CAR＋であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、CD8＋/CAR＋であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、CD4＋/CAR＋であるか、またはそれを含む。
特定の態様において、表現型は、アネキシン-/CD3＋/CAR＋であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、アネキシン-/CD4＋/CAR＋であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、アネキシン-/CD8＋/CARである。
特定の態様において、表現型は、細胞内IL-2およびCD4＋/CAR＋の欠如もしくは低量であるか、またはそれを含む。特定の態様において、表現型は、細胞内IL-13およびCD4＋/CAR＋の欠如または低量である。いくつかの態様において、表現型は、IL-13およびCD8＋/CAR＋細胞の細胞内発現の欠如または低量である。特定の態様において、表現型は、細胞内TNF-アルファCD4＋/CAR＋の欠如または低量である。
一部の特定の態様において、表現型は、CD8＋/CAR＋であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、表現型は、アネキシン-/CD8＋/CAR＋であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、表現型は、任意で、抗原もしくは組換え受容体に対して非特異的であり、かつ/またはポリクローナルに産生されるサイトカインの1つまたは組み合わせの産生の指標を含み、1種または複数種のサイトカインは、IL-2、IL-13、IL-17、IFN-ガンマまたはTNF-アルファである。いくつかの態様において、産生の指標は、T細胞組成物の試料をポリクローナル作用物質、抗原特異的作用物質、または組換え受容体、任意でCARに結合する作用物質とともにインキュベートすることを含むアッセイ、任意で細胞内サイトカイン染色アッセイで測定される。いくつかの態様において、作用物質は、PMAおよびイオノマイシンであるかもしくはそれを含むか、またはT細胞受容体もしくはT細胞受容体複合体アゴニストであるかもしくはそれを含む。いくつかの態様において、表現型は、ナイーブ表現型またはメモリー表現型を含み、任意で、メモリー表現型は、Tエフェクターメモリー表現型、Tセントラルメモリー表現型、またはCD45RAを発現するTエフェクターメモリー表現型（Temra）を含む。
いくつかの態様において、組換え受容体依存性（例えばCAR）活性は、炎症性サイトカイン、任意で、TNF-アルファ、IFN-ガンマおよびIL-2のうちの1つまたは組み合わせの産生または蓄積の尺度である。いくつかの態様において、組換え受容体依存性（例えばCAR）活性は、TNF-アルファ、IFN-ガンマならびにIL-2およびIL-17の組み合わせの産生または蓄積の尺度である。いくつかの態様において、組換え受容体依存性（例えばCAR）活性は、IFN-ガンマおよびIL-2の産生または蓄積の尺度である。いくつかの態様において、組換え受容体依存性（例えばCAR）活性は、IFN-ガンマ、TNFAおよびIL-2の産生または蓄積の尺度である。いくつかの態様において、組換え受容体依存性（例えばCAR）活性は、IFN-ガンマおよびTNFAの産生または蓄積の尺度である。
いくつかの態様において、組換え受容体活性は、組換え受容体特異的死滅（例えば細胞溶解挙動）である。いくつかの態様において、操作されたCD8＋細胞の細胞溶解活性が評価される（例えば、定量される）。いくつかの態様において、組換え受容体依存性細胞溶解活性は、組換え受容体を発現する細胞、または組換え受容体を発現する細胞を含有する細胞組成物を、組換え受容体によって結合および/または認識される抗原および/またはエピトープを発現する標的細胞とともに曝露、インキュベートおよび/または接触させることによって評価される。細胞溶解活性は、経時的に、標的細胞数を直接または間接的に測定することによって測定することができる。例えば、標的細胞は、組換え受容体発現細胞とともにインキュベートされる前に、検出可能なマーカーとともにインキュベートされ得、このようなマーカーは、標的細胞が溶解された後に検出可能であり、または生きた標的細胞中で検出可能な検出可能なマーカーである。これらの読み出し情報は、直接または間接の標的細胞数および/または標的細胞死を提供し、アッセイ中に異なる時点で測定することができる。標的細胞数の低下および/または標的細胞死の増加は、細胞の細胞溶解活性を示す。細胞溶解アッセイを実施するための適切な方法は当技術分野において公知であり、クロム-51放出アッセイ、非放射性クロムアッセイ、カルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステル（CFSE）、PKH-2およびPKH-26などの蛍光性色素を使用するフローサイトメトリーアッセイが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの場合において、細胞溶解活性は本明細書において細胞の溶解としても言及される。
一部の特定の態様において、組換え受容体、例えばCAR依存性細胞溶解活性は、組換え受容体を発現する細胞を含む細胞組成物を、組換え受容体によって結合または認識される抗原またはそのエピトープを発現する標的細胞とともにインキュベートすることによって測定される。一部の特定の態様において、組換え受容体はCARである。
いくつかの態様において、活性の測定値は、対照と比較される。一部の特定の態様において、対照は、細胞組成物とともにインキュベートされない標的細胞の培養物である。いくつかの態様において、対照は、同じ比で標的細胞とともにインキュベートされるCAR＋細胞を含有しない対照細胞組成物からの測定値である。
一部の特定の態様において、細胞溶解活性アッセイの測定値は、インキュベーション中またはインキュベーション終了時の時点で生存可能な標的細胞の数である。一部の特定の態様において、測定値は、インキュベーション中に放出される標的細胞死のマーカー、例えばクロム-51の量である。いくつかの態様において、測定値は、単独でインキュベートされた対照の標的細胞の量から、所与の時点での共インキュベーション時の標的細胞の量を減算することによって決定される、標的細胞死の量である。いくつかの態様において、測定値は、標的細胞の開始量と比較した、ある時点で残存している標的細胞のパーセンテージである。特定の態様において、測定値は、ある時間量にわたって死滅させた細胞の量である。一部の特定の態様において、測定値は、細胞組成物の各細胞あたりの死滅させた細胞の量である。いくつかの態様において、測定値は、細胞あたりの死滅させた細胞の量、または細胞の設定された数もしくは参照あたりの死滅させた細胞の量であり、例えば、限定されることなく、組成物の細胞100個あたり、細胞103個あたり、細胞104個あたり、細胞105個あたり、細胞106個あたり、細胞107個あたり、細胞108個あたり、細胞109個あたり、または細胞1010個あたりの死滅させた標的細胞の量である。特定の態様において、測定値は、細胞組成物の各CAR＋細胞、CAR＋/CD8＋細胞もしくはアネキシン-/CAR＋/CD8＋細胞、またはその参照もしくは設定された数あたりの死滅させた細胞の量である。一部の特定の態様において、測定値は、細胞組成物の細胞あたりのある時間量にわたって死滅させた細胞の量である。特定の態様において、測定値は、細胞組成物のCAR＋細胞、CAR＋/CD8＋細胞またはアネキシン-/CAR＋/CD8＋細胞あたりのある時間量にわたって死滅させた細胞の量である。
いくつかの態様において、細胞表現型は、組換え受容体、例えばCARをコードする導入遺伝子配列などの導入遺伝子配列のゲノム組み込みを評価することを含む。いくつかの態様において、細胞表現型は、細胞の染色体DNAまたはゲノムDNAに組み込まれた導入遺伝子配列のコピー数である、組み込まれたコピー数、例えばベクターコピー数である。いくつかの態様において、ベクターコピー数は、平均（average）または平均（mean）コピー数として表すことができる。いくつかの局面において、特定の組み込まれた導入遺伝子のベクターコピー数は、細胞あたりの（導入遺伝子配列を含む）組み込み体の数を含む。いくつかの態様において、特定の組み込まれた導入遺伝子のベクターコピー数は、二倍体ゲノムあたりの（導入遺伝子配列を含む）組み込み体の数を含む。いくつかの局面において、導入遺伝子配列のベクターコピー数は、細胞あたりの組み込まれた導入遺伝子配列の数として表される。いくつかの局面において、導入遺伝子配列のベクターコピー数は、二倍体ゲノムあたりの組み込まれた導入遺伝子配列の数として表される。いくつかの態様において、コピー数は、細胞の集団中の二倍体ゲノムあたりまたは細胞あたりの平均（average）または平均（mean）コピー数である。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量は治療用細胞組成物の細胞のクローン性である。いくつかの態様において、T細胞の集団のクローン性の評価はT細胞の集団のクローン多様性の評価である。いくつかの態様において、T細胞は多クローン性またはマルチクローナルである。T細胞の前記治療用細胞組成物のクローン性、例えば多クローン性は該集団の所与の抗原に対する応答の幅の測定値である。いくつかの局面において、治療用細胞組成物は、抗原特異的細胞によって認識される異なるエピトープの数を測定することによって評価され得る。これは、抗原特異的T細胞をインビトロで生成させてクローニングするための標準的な技術を用いて行なわれ得る。いくつかの態様において、T細胞は、ナイーブ様T細胞の集団において優位を占めている単一のクロノタイプ集団がない多クローン性（またはマルチクローナル）である。
T細胞の集団、例えば治療用細胞組成物の文脈において、いくつかの局面において、多クローン性のシグネチャーは、多重の広範な抗原特異性を有するT細胞の集団を示す。いくつかの態様において、多クローン性は、TCRレパートリーにおいて高い多様性を示すT細胞の集団に関する。場合によっては、TCRレパートリーの多様性は、いくつかの点において自己と外来抗原の選択事象によって誘発されるV（D）J組換え事象によるものである。いくつかの態様において、多様または多クローン性であるT細胞の集団は、解析により集団に存在する複数の種々の、または異なるTCR転写物または産物の存在が示されるT細胞の集団である。いくつかの態様において、高い、または比較的高いクローン性を示すT細胞の集団は、TCRレパートリーの多様性が低いT細胞の集団である。いくつかの態様において、T細胞は、解析によりT細胞の集団においていくつかの、例えば2つ、または3つのTCR転写物または産物の存在が示される場合、オリゴクローナルである。いくつかの態様において、単クローン性は、多様性が低いものであるT細胞の集団を示す。いくつかの態様において、T細胞は、解析によりT細胞の集団において単一のTCR転写物または産物の存在が示される場合、単クローン性である。
治療用細胞組成物中の細胞、例えばT細胞のクローン性は、いくつかの例において、クローンシーケンシング、例えば次世代シーケンシングまたはスペクトル型解析によって判定される。いくつかの局面において、次世代シーケンシング方法は、T細胞由来のゲノムDNAまたはcDNAを用いて使用され、TCRレパートリー、例えば相補性決定領域3（CDR3）をコードしている配列が評価され得る。いくつかの態様において、RNA-seqによる全トランスクリプトームシーケンシングが使用され得る。いくつかの態様において、シングルセルシーケンシング方法が使用され得る。
いくつかの態様において、クローン性、例えば多クローン性は、スペクトル型解析（TCR Vβ、Vα、VγまたはVδ鎖の超可変領域レパートリーの測定値）によって評価または判定され得る。スペクトル型解析により、特定のサイズの再編成された遺伝子可変部が、そうでない配列と区別される。したがって、単一のピークは、可能性のある4個のヌクレオチドのうちのいずれか1個（アデニン（a）、グアニン（g）、シトシン（c）もしくはチミン（t））またはこの4個のヌクレオチドの組合せを接合領域に含んでいる限定された数の再編成TCR遺伝子可変部（Vβ、Vα、VγまたはVδ）のいずれか1つを発現しているT細胞の集団を表している可能性があることは理解されよう。T細胞の集団は、所与のTCR Vβ、Vα、VγまたはVδファミリーのVβスペクトル型プロファイルが多重ピーク、典型的には5つ以上の主要ピークをほとんどの場合、ガウス分布で有する場合、多クローン性とみなされる。また、多クローン性は、関心対象の抗原に対する抗原特異的クローンの世代および特性評価によっても規定され得る。T細胞の集団、例えば治療用細胞組成物の文脈において、単クローン性は、スペクトル型解析（TCR Vβ、Vα、VγまたはVδ鎖の超可変領域レパートリーの測定値）によって規定されるような単一の特異性を有するT細胞の集団を示す。T細胞の集団は、所与のTCR Vβ、Vα、Vγおよび/またはVδファミリーのVβ、Vα、Vγおよび/またはVδスペクトル型プロファイルが単一の主要ピークを有する場合、単クローン性（または単一特異性）とみなされる。
いくつかの態様において、クローン性を評価するための方法は、各々のその内容全体が参照により組み入れられる国際公開公報第2012/048341号、国際公開公報第2014/144495号、国際公開公報第2017/053902号、国際公開公報第2016044227号、国際公開公報第2016176322号および国際公開公報第2012048340号に記載のような方法の種々の特色を含み得る。いくつかの態様において、かかる方法は、細胞内、例えばTCR内の関心対象の標的ポリヌクレオチドに関する配列情報を得るために使用され得る。標的遺伝子は、細胞試料または細胞集団由来の細胞のゲノムDNAまたはmRNAから得られ得る。細胞試料または細胞集団は免疫細胞を含み得る。例えば、標的TCR分子では、TCRの鎖をコードしている遺伝子が免疫細胞またはT細胞のゲノムDNAまたはmRNAから得られ得る。いくつかの態様において、出発材料は、TCRの鎖をコードする遺伝子で構成されたT細胞由来のRNAである。
いくつかの態様において、シャノン指数がクローン性に対してクローンをフィルタリングするための閾値として適用され（「シャノン調整クローン性」）、Chaara et al.（2018）Front Immunol 9:1038）を参照のこと。いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量は治療用細胞組成物のCD4＋細胞のクローン性である。いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量は治療用細胞組成物のCD8＋細胞のクローン性である。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量は用量である。いくつかの態様において、用量はCD4＋およびCD8＋の操作された細胞の単回用量である。いくつかの態様において、単回用量は、CD4＋の操作された細胞およびCD8＋の操作された細胞を対象に別々に投与することを含む。いくつかの態様において、単回用量は、25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む。いくつかの態様において、単回用量は、50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む。いくつかの態様において、単回用量は、75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量は、本明細書において記載されるいずれか1つまたは複数または全部の治療用細胞組成物特徴量、例えば表現型および組換え受容体依存性活性を含む。いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量はCAS3-/CCR7-/CD27-、CAS3-/CCR7-/CD27＋、CAS3-/CCR7＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-、CAS3-/CCR7＋/CD27＋、CAS3-/CD27＋、CAS3-/CD28＋、CAS3-/CD28＋/CD27-、CAS3-/CD28＋/CD27＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-、CAS3-/CCR7-/CD45RA＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋、CAS＋/CD3＋/CAR＋、CD3＋/CAR＋、CD3＋、CAR＋、クローン性、EGFRt＋、サイトカイン-、IFNG＋、IFNg＋/IL2、IFNg＋/IL17＋/TNFa＋、IFNg＋/IL2＋/IL17＋/TNFa＋、IFNg＋/IL2＋/TNFa＋、CAR＋/IFNg＋、IFNg＋/TNFa＋、CAR＋/IL2＋、IL2＋/TNFa＋、細胞溶解、CAR＋/TNFa＋、生存細胞濃度、ベクターコピー数（VCN）、EGFRt＋ベクターコピー数、生存能力、GMCSF＋/CD19＋、IFNG＋/CD19＋、IL10＋/CD19＋、IL13＋/CD19＋、IL2＋/CD19＋、IL4＋/CD19＋、IL5＋/CD19＋、IL6＋/CD19＋、MIP1A＋/CD19＋、MIP1B＋/CD19＋、sCD137＋/CD19＋、TNFa＋/CD19＋、用量、用量レベル、生存投与細胞パーセント、合計の非生存投与細胞、合計の生存投与細胞、総用量のうちの1つまたは複数を含む。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量はCAS3-/CCR7-/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋/CD4＋、CAS＋/CD3＋/CAR＋/CD4＋、CD3＋/CAR＋/CD4＋、CD3＋/CD4＋、CAR＋/CD4＋、CD4＋細胞のクローン性、EGFRt＋/CD4＋、サイトカイン-/CD4＋、IFNG＋/CD4＋、IFNg＋/IL2/CD4＋、IFNg＋/IL17＋/TNFa＋/CD4＋、IFNg＋/IL2＋/IL17＋/TNFa＋/CD4＋、IFNg＋/IL2＋/TNFa＋/CD4＋、CAR＋/IFNg＋/CD4＋、IFNg＋/TNFa＋/CD4＋、CAR＋/IL2＋/CD4＋、IL2＋/TNFa＋/CD4＋、CD4＋による細胞溶解、CAR＋/TNFa＋/CD4＋、CD4＋細胞の生存細胞濃度、CD4＋のベクターコピー数、CD4＋細胞のEGFRt＋ベクターコピー数、CD4＋細胞の生存能力、GMCSF＋/CD19＋/CD4＋、IFNG＋/CD19＋/CD4＋、IL10＋/CD19＋/CD4＋、IL13＋/CD19＋/CD4＋、IL2＋/CD19＋/CD4＋、IL4＋/CD19＋/CD4＋、IL5＋/CD19＋/CD4＋、IL6＋/CD19＋/CD4＋、MIP1A＋/CD19＋/CD4＋、MIP1B＋/CD19＋/CD4＋、sCD137＋/CD19＋/CD4＋、TNFa＋/CD19＋/CD4＋、CD4＋細胞の用量、CD4＋細胞の用量レベル、CD4＋細胞の生存投与細胞パーセント、CD4＋細胞の合計の非生存投与細胞、CD4＋細胞の合計の生存投与細胞、CD4＋細胞の総用量のうちの1つまたは複数を含む。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量はCAS3-/CCR7-/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋/CD8＋、CAS＋/CD3＋/CAR＋/CD8＋、CD3＋/CAR＋/CD8＋、CD3＋/CD8＋、CAR＋/CD8＋、CD8＋のクローン性、EGFRt＋/CD8＋、サイトカイン-/CD8＋、IFNG＋/CD8＋、IFNg＋/IL2/CD8＋、IFNg＋/IL17＋/TNFa＋/CD8＋、IFNg＋/IL2＋/IL17＋/TNFa＋/CD8＋、IFNg＋/IL2＋/TNFa＋/CD8＋、CAR＋/IFNg＋/CD8＋、IFNg＋/TNFa＋/CD8＋、CAR＋/IL2＋/CD8＋、IL2＋/TNFa＋/CD8＋、CD8＋細胞による細胞溶解、CAR＋/TNFa＋/CD8＋、CD8＋細胞の生存細胞濃度、CD8＋細胞のベクターコピー数、CD8＋細胞のEGFRt＋ベクターコピー数、CD8＋細胞の生存能力、GMCSF＋/CD19＋/CD8＋、IFNG＋/CD19＋/CD8＋、IL10＋/CD19＋/CD8＋、IL13＋/CD19＋/CD8＋、IL2＋/CD19＋/CD8＋、IL4＋/CD19＋/CD8＋、IL5＋/CD19＋/CD8＋、IL6＋/CD19＋/CD8＋、MIP1A＋/CD19＋/CD8＋、MIP1B＋/CD19＋/CD8＋、sCD137＋/CD19＋/CD8＋、TNFa＋/CD19＋/CD8＋、CD8＋細胞の用量、CD8＋の用量レベル、CD8＋細胞の生存投与細胞パーセント、CD8＋細胞の合計の非生存投与細胞、CD8＋細胞の合計の生存投与細胞、CD8＋細胞の総用量のうちの1つまたは複数を含む。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量はCAS3-/CCR7-/CD27-、CAS3-/CCR7-/CD27＋、CAS3-/CCR7＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-、CAS3-/CCR7＋/CD27＋、CAS3-/CD27＋、CAS3-/CD28＋、CAS3-/CD28＋/CD27-、CAS3-/CD28＋/CD27＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-、CAS3-/CCR7-/CD45RA＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋、CAS＋/CD3＋/CAR＋、CD3＋/CAR＋、CD3＋、CAR＋、クローン性、EGFRt＋、サイトカイン-、IFNG＋、IFNg＋/IL2、IFNg＋/IL17＋/TNFa＋、IFNg＋/IL2＋/IL17＋/TNFa＋、IFNg＋/IL2＋/TNFa＋、CAR＋/IFNg＋、IFNg＋/TNFa＋、CAR＋/IL2＋、IL2＋/TNFa＋、細胞溶解、CAR＋/TNFa＋、生存細胞濃度、ベクターコピー数、EGFRt＋ベクターコピー数、生存能力、GMCSF＋/、IFNG＋/、IL10＋/、IL13＋/、IL2＋/、IL4＋/、IL5＋/、IL6＋/、MIP1A＋/、MIP1B＋/、sCD137＋/、TNFa＋/、用量、用量レベル、生存投与細胞パーセント、合計の非生存投与細胞、合計の生存投与細胞、総用量のうちの1つまたは複数を含む。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量はCAS3-/CCR7-/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋/CD4＋、CAS＋/CD3＋/CAR＋/CD4＋、CD3＋/CAR＋/CD4＋、CD3＋/CD4＋、CAR＋/CD4＋、CD4＋細胞のクローン性、EGFRt＋/CD4＋、サイトカイン-/CD4＋、IFNG＋/CD4＋、IFNg＋/IL2/CD4＋、IFNg＋/IL17＋/TNFa＋/CD4＋、IFNg＋/IL2＋/IL17＋/TNFa＋/CD4＋、IFNg＋/IL2＋/TNFa＋/CD4＋、CAR＋/IFNg＋/CD4＋、IFNg＋/TNFa＋/CD4＋、CAR＋/IL2＋/CD4＋、IL2＋/TNFa＋/CD4＋、CD4＋による細胞溶解、CAR＋/TNFa＋/CD4＋、CD4＋細胞の生存細胞濃度、CD4＋細胞のベクターコピー数、CD4＋のEGFRt＋ベクターコピー数、CD4＋の生存能力、GMCSF＋/CD4＋、IFNG＋/CD4＋、IL10＋/CD4＋、IL13＋/CD4＋、IL2＋/CD4＋、IL4＋/CD4＋、IL5＋/CD4＋、IL6＋/CD4＋、MIP1A＋/CD4＋、MIP1B＋/CD4＋、sCD137＋/CD4＋、TNFa＋/CD4＋、CD4＋細胞の用量、CD4＋細胞の用量レベル、CD4＋細胞の生存投与細胞パーセント、CD4＋細胞の合計の非生存投与細胞、CD4＋細胞の合計の生存投与細胞、およびCD4＋細胞の総用量のうちの1つまたは複数を含む。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量はCAS3-/CCR7-/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋/CD8＋、CAS＋/CD3＋/CAR＋/CD8＋、CD3＋/CAR＋/CD8＋、CD3＋/CD8＋、CAR＋/CD8＋、CD8＋細胞のクローン性、EGFRt＋/CD8＋、サイトカイン-/CD8＋、IFNG＋/CD8＋、IFNg＋/IL2/CD8＋、IFNg＋/IL17＋/TNFa＋/CD8＋、IFNg＋/IL2＋/IL17＋/TNFa＋/CD8＋、IFNg＋/IL2＋/TNFa＋/CD8＋、CAR＋/IFNg＋/CD8＋、IFNg＋/TNFa＋/CD8＋、CAR＋/IL2＋/CD8＋、IL2＋/TNFa＋/CD8＋、CD8＋による細胞溶解、CAR＋/TNFa＋/CD8＋、CD8＋細胞の生存細胞濃度、CD8＋細胞のベクターコピー数、CD8＋のEGFRt＋ベクターコピー数、CD8＋の生存能力、GMCSF＋/CD8＋、IFNG＋/CD8＋、IL10＋/CD8＋、IL13＋/CD8＋、IL2＋/CD8＋、IL4＋/CD8＋、IL5＋/CD8＋、IL6＋/CD8＋、MIP1A＋/CD8＋、MIP1B＋/CD8＋、sCD137＋/CD8＋、TNFa＋/CD8＋、CD8＋細胞の用量、CD8＋細胞の用量レベル、CD8＋細胞の生存投与細胞パーセント、CD8＋細胞の合計の非生存投与細胞、CD8＋細胞の合計の生存投与細胞およびCD8＋細胞の総用量のうちの1つまたは複数を含む。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量はCAS3-/CCR7-/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋/CD8＋、CAS＋/CD3＋/CAR＋/CD8＋、CD3＋/CAR＋/CD8＋、CD3＋/CD8＋、CAR＋/CD8＋、CD8＋細胞のクローン性、EGFRt＋/CD8＋、サイトカイン-/CD8＋、IFNG＋/CD8＋、IFNg＋/IL2/CD8＋、IFNg＋/IL17＋/TNFa＋/CD8＋、IFNg＋/IL2＋/IL17＋/TNFa＋/CD8＋、IFNg＋/IL2＋/TNFa＋/CD8＋、CAR＋/IFNg＋/CD8＋、IFNg＋/TNFa＋/CD8＋、CAR＋/IL2＋/CD8＋、IL2＋/TNFa＋/CD8＋、CD8＋による細胞溶解、CAR＋/TNFa＋/CD8＋、CD8＋細胞の生存細胞濃度、CD8＋細胞のベクターコピー数、CD8＋のEGFRt＋ベクターコピー数、CD8＋の生存能力、GMCSF＋/CD8＋、IFNG＋/CD8＋、IL10＋/CD8＋、IL13＋/CD8＋、IL2＋/CD8＋、IL4＋/CD8＋、IL5＋/CD8＋、IL6＋/CD8＋、MIP1A＋/CD8＋、MIP1B＋/CD8＋、sCD137＋/CD8＋、TNFa＋/CD8＋、CD8＋細胞の用量、CD8＋細胞の用量レベル、CD8＋細胞の生存投与細胞パーセント、CD8＋細胞の合計の非生存投与細胞、CD8＋細胞の合計の生存投与細胞、CD8＋細胞の総用量、CAS3-/CCR7-/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋/CD4＋、CAS＋/CD3＋/CAR＋/CD4＋、CD3＋/CAR＋/CD4＋、CD3＋/CD4＋、CAR＋/CD4＋、CD4＋細胞のクローン性、EGFRt＋/CD4＋、サイトカイン-/CD4＋、IFNG＋/CD4＋、IFNg＋/IL2/CD4＋、IFNg＋/IL17＋/TNFa＋/CD4＋、IFNg＋/IL2＋/IL17＋/TNFa＋/CD4＋、IFNg＋/IL2＋/TNFa＋/CD4＋、CAR＋/IFNg＋/CD4＋、IFNg＋/TNFa＋/CD4＋、CAR＋/IL2＋/CD4＋、IL2＋/TNFa＋/CD4＋、CD4＋による細胞溶解、CAR＋/TNFa＋/CD4＋、CD4＋細胞の生存細胞濃度、CD4＋細胞のベクターコピー数、CD4＋のEGFRt＋ベクターコピー数、CD4＋の生存能力、GMCSF＋/CD4＋、IFNG＋/CD4＋、IL10＋/CD4＋、IL13＋/CD4＋、IL2＋/CD4＋、IL4＋/CD4＋、IL5＋/CD4＋、IL6＋/CD4＋、MIP1A＋/CD4＋、MIP1B＋/CD4＋、sCD137＋/CD4＋、TNFa＋/CD4＋、CD4＋細胞の用量、CD4＋細胞の用量レベル、CD4＋細胞の生存投与細胞パーセント、CD4＋細胞の合計の非生存投与細胞、CD4＋細胞の合計の生存投与細胞、およびCD4＋細胞の総用量のうちの1つまたは複数を含む。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量は以下の表E4に示す治療用細胞組成物特徴量のうちのいずれか1つまたは複数を含む。上記の態様のいずれかのいくつかにおいて、上記のような表現型を有する細胞のパーセンテージ、数および/または割合が求められる、測定される、得られる、検出される、観察される、および/または特定される。特定の態様において、上記のような表現型の細胞の数は、細胞組成物の該表現型細胞の総数である。いくつかの態様において、上記のような表現型の細胞の数は、治療用細胞組成物中に存在する該表現型の細胞の頻度、比および/またはパーセンテージとして表示され得る。いくつかの態様において、治療用細胞組成物特徴量は、本明細書において記載される表現型または組換え受容体依存性活性を有する細胞の頻度、比および/またはパーセンテージである。
4. 臨床応答
本明細書において提供される方法は、治療用細胞組成物での処置後の対象における臨床応答に関連する、本明細書に記載のような特徴量、例えば対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を測定するのに有用である。完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、全奏効率（ORR）、客観的奏効（OR）、無増悪生存期間（PFS）、永続的応答（例えば、応答永続性DOR）、毒性応答および/または薬物動態応答を含むがこれらに限定されない種々の型の臨床応答が本明細書において想定される。
本明細書において提供される方法は、治療用細胞組成物での処置後の対象における臨床応答に関連する、本明細書に記載のような特徴量、例えば対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を測定するのに有用である。完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、全奏効率（ORR）、客観的奏効（OR）、無増悪生存期間（PFS）、永続的応答（例えば、応答永続性DOR）、毒性応答および/または薬物動態応答を含むがこれらに限定されない種々の型の臨床応答が本明細書において想定される。
いくつかの態様において、臨床応答は完全奏効（CR）である。本明細書において使用する場合、CRは、対象の疾患または病態のあらゆる徴候が該疾患または病態に対する処置薬に応答して消失することを示す。したがって、いくつかの態様において、提供される方法は、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が、該治療レジメンでの処置後にCRを示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用され得る。
いくつかの態様において、臨床応答は、例えば種々の測定可能な部位における完全代謝奏効および完全放射線学的奏効を伴うLugano基準を用いて示される完全奏効（CR）である。いくつかの局面において、このような部位としてはリンパ節およびリンパ節外部位が挙げられ、ここで、CRは、PET-CTが使用された場合、5ポイントスケールで残存腫瘤あり、またはなしの1、2または3のスコアで示される。
いくつかの態様において、臨床応答は部分奏効（PR）である。本明細書において使用する場合、PRは、対象の疾患または病態の程度が該疾患または病態に対する処置薬に応答して縮小されることを示す。したがって、いくつかの態様において、提供される方法は、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が、該治療レジメンでの処置後にPRを示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用され得る。
いくつかの局面において、臨床応答は、Lugano基準を用いて示されるような部分奏効（PR;場合によっては部分寛解としても公知）であり、種々の測定可能な部位における部分代謝奏効および/または部分放射線学的奏効を伴う。いくつかの局面において、このような部位としてはリンパ節およびリンパ節外部位が挙げられ、ここで、PRは、PET-CTが使用された場合、ベースラインと比べて取り込みの低下および任意のサイズの1つまたは複数の残存腫瘤を伴う4または5のスコアで示される。
いくつかの態様において、臨床応答は無増悪生存期間（PFS）である。本明細書において使用する場合、PFSは、患者が疾患を有する状態で生存しているが疾患または病態は悪化していない該疾患または病態の処置中および処置後の時間の長さを示す。したがって、いくつかの態様において、提供される方法は、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象の該治療レジメンでの処置後のPFSを処置前に判定または予測するために使用され得る。いくつかの態様において、提供される方法は、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が、該治療レジメンでの処置後に特定の期間のPFSを示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用され得る。いくつかの態様において、該特定の期間は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18もしくは24ヶ月であるか、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18もしくは24ヶ月であるか、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18もしくは24ヶ月超であるか、または約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18もしくは24ヶ月超である。いくつかの態様において、該特定の期間は3ヶ月超である。
いくつかの態様において、臨床応答は客観的奏効（OR）である。いくつかの態様において、ORは、部分奏効率と完全奏効率によって2値化される最良客観的奏効である。したがって、いくつかの態様において、提供される方法は、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が、該治療レジメンでの処置後にORを示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用され得る。
いくつかの態様において、臨床応答は無増悪生存期間（PFS）であり、これは、患者が疾患を有する状態で生存しているが疾患は悪化していない、癌などの疾患の処置中および処置後の時間の長さとして示される。いくつかの態様において、臨床応答は客観的奏効（OR）である。いくつかの態様において、ORは、部分奏効率と完全奏効率によって2値化される最良客観的奏効である。いくつかの態様において、臨床応答は客観的奏効率（ORR;場合によっては全奏効率としても公知）であり、これは、CRまたはPRに到達した患者の割合として示される。いくつかの局面において、臨床応答は、診断日または癌などの疾患の処置の開始のいずれかからの、該疾患と診断された対象が依然として生存している時間の長さとして示される全生存期間（OS）である。いくつかの態様において、臨床応答は、癌の処置が終了した後の、対象が特定の合併症または予防もしくは遅延を意図する処置がなされた事象がないままの状態である時間の長さとして示される無イベント生存率（EFS）である。このような事象としては、癌のぶり返しまたは特定の症状、例えば骨まで広がった癌による骨痛の発生または死亡が挙げられ得る。
いくつかの態様において、臨床応答は奏効期間（DOR）の測定値である。本明細書において使用する場合、DORは、処置に対する応答のドキュメンテーションから疾患進行までの時間量を示す。したがって、いくつかの態様において、提供される方法は、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象の該治療レジメンでの処置後のDORを処置前に判定または予測するために使用され得る。いくつかの態様において、提供される方法は、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が、該治療レジメンでの処置後に永続的応答を示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用され得る。いくつかの態様において、永続的応答は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18もしくは24ヶ月、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18もしくは24ヶ月、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18もしくは24ヶ月超、または約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18もしくは24ヶ月超のDORである。いくつかの態様において、永続的応答は3ヶ月超のDORである。
いくつかの態様において、提供される方法は、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が、該治療レジメンでの処置後に特定の期間のDORを示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用され得る。いくつかの態様において、該特定の期間は1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18もしくは24ヶ月であるか、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18もしくは24ヶ月であるか、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18もしくは24ヶ月超であるか、または約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18もしくは24ヶ月超である。いくつかの態様において、該特定の期間は3ヶ月超である。
いくつかの態様において、臨床応答は奏効期間（DOR）の測定値であり、これは、腫瘍縮小効果のドキュメンテーションから疾患進行までの時間を含む。いくつかの態様において、臨床応答は永続的応答、例えば治療の開始から一定期間後も持続している応答を含み得る。いくつかの態様において、永続的応答は治療の開始後およそ1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18または24ヶ月目の奏効率によって示される。いくつかの態様において、奏効は3ヶ月超または6ヶ月超永続的である。
いくつかの局面において、臨床応答は、いくつかの局面では充実性腫瘍における、客観的腫瘍縮小効果（objective tumor response）を判定するために使用されるRECIST基準に基づく。（Eisenhauer et al.,European Journal of Cancer 45（2009）228-247）。いくつかの態様において、RECIST基準は、標的病変に対する客観的腫瘍縮小効果を判定するために使用される。いくつかの点において、RECIST基準を用いて判定される完全奏効は、あらゆる標的病変の消失として示され、病的リンパ節（標的であれ非標的であれ）はいずれも、＜10 mmまでの短軸の縮小を有していなければならない。他の局面において、RECIST基準を用いて判定される部分奏効は、ベースライン径和を基準として標的病変の径和の少なくとも30％の減少として示される。他の局面において、病勢進行（PD）は、試験時の最小和（これは、試験時において最小であればベースライン和を含む）を基準として標的病変の径和の少なくとも20％の増大として示される。20％という相対的増大に加えて、この和はまた、少なくとも5 mmという絶対的増大を示すものでなければならない（いくつかの局面において、1つまたは複数の新たな病変の出現もまた、進行とみなされる）。他の局面において、病勢安定（SD）は、試験中の最小径和を基準としてPRとみなすのに充分な縮小がなく、PDとみなすのに充分な増大もない状態として示される。
いくつかの態様において、臨床応答は、投与された細胞の薬物動態を含む。例えば、養子移入された細胞の薬物動態は、投与された細胞の利用能、例えば生物学的利用能を評価するために求められる。養子移入された細胞の薬物動態を測定するための方法は、操作された細胞が投与されている対象から末梢血を採取すること、および該末梢血中の該操作された細胞の数または比を求めることを含み得る。細胞を選択および/または単離するための手法は、キメラ抗原受容体（CAR）特異的抗体（例えば、Brentjens et al.,Sci.Transl.Med.2013 Mar;5（177）:177ra38）プロテインL（Zheng et al.,J.Transl.Med.2012 Feb;10:29）、CARの特異的部位内に直接導入されるエピトープタグ、例えばStrep-Tag配列、それによりStrep-Tagの結合試薬が、該CARを直接評価するために使用される（Liu et al.（2016）Nature Biotechnology,34:430;国際公開公報第2015095895号）およびCARポリペプチドに特異的に結合するモノクローナル抗体（国際公開公報第2014190273号参照）の使用を含み得る。場合によっては、外因性マーカー遺伝子が、細胞の検出または選択を可能にするため、また、場合によっては細胞の自殺を促進するために、操作された細胞療法薬との関連において利用され得る。短縮型上皮成長因子受容体（EGFRt）は、場合によっては関心対象（CARまたはTCR）の導入遺伝子とともに、形質導入された細胞内で共発現され得る（例えば米国特許第8,802,374号参照）。EGFRtは、抗体セツキシマブ（Erbitux（登録商標））もしくは他の治療用抗EGFR抗体またはEGFRt構築物および別の組換え受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）を用いて操作されている細胞を特定もしくは選択するため、および/または該受容体を発現している細胞を排除もしくは分離するために使用され得る結合分子によって認識されるエピトープを含み得る。米国特許第8,802,374号およびLiu et al.,Nature Biotech.2016 April;34（4）:430-434）を参照のこと。
いくつかの態様において、臨床応答は薬物動態応答である。いくつかの態様において、薬物動態応答は、細胞療法薬の投与から一定期間後に測定された、対象から得られた試料、例えば血液中のCAR＋T細胞の数である。いくつかの態様において、臨床応答は、事前に治療用細胞組成物で処置された対象から得られた試料、例えば血液中において確認されたCAR＋T細胞の最大濃度である。いくつかの態様において、薬物動態応答は、事前に治療用細胞組成物で処置された対象から得られた試料、例えば血液試料中において確認されたCAR＋T細胞の曲線下面積（AUC）によって求められる曝露である。いくつかの態様において、薬物動態応答はCAR＋T細胞拡大である。いくつかの態様において、薬物動態応答はCAR＋T細胞の持続的存在である。いくつかの態様において、薬物動態応答はCAR＋T細胞の疲弊である。いくつかの態様において、薬物動態応答は目標薬物動態応答である。例えば、目標薬物動態応答は、細胞療法薬の投与から一定期間後に対象から得られた血液試料中の最大CAR＋T細胞の目標測定値（Cmax）、AUCによって求められる曝露の目標測定値および/またはCAR＋T細胞のピーク濃度までの目標時間（Tmax）であり得る。いくつかの態様において、AUCは、治療用細胞組成物の投与時点から0～28日間の期間にわたって求められる、例えばAUC0-28である。いくつかの態様において、本明細書において提供される方法により、本明細書において提供される治療用細胞組成物で処置された対象で目標薬物動態応答が得られるかどうかが判定され得る。
いくつかの態様において、臨床応答は毒性応答である。いくつかの態様において、臨床応答はサイトカイン放出症候群（CRS）または重度のCRS（sCRS）である。CRS、例えばsCRS。CRSまたはsCRSは、場合によっては、養子T細胞療法および対象への他の生物製剤の投与の後に起こり得る。Davila et al.,Sci Transl Med 6,224ra25（2014）;Brentjens et al.,Sci.Transl.Med.5,177ra38（2013）;Grupp et al.,N.Engl.J.Med.368,1509-1518（2013）;およびKochenderfer et al.,Blood 119,2709-2720（2012）;Xu et al.,Cancer Letters 343（2014）172-78を参照のこと。
典型的には、CRSは、例えばT細胞、B細胞、NK細胞、単球および/またはマクロファージによって媒介される過度な全身性免疫応答によって引き起こされる。かかる細胞は、大量の炎症性メディエータ、例えばサイトカインおよびケモカインを放出し得る。サイトカインは、急性炎症性応答を誘発し得る、および/または微小血管漏出、心不全もしくは死をもたらし得る内皮器官損傷を誘導し得る。命にかかわる重度のCRSは、肺浸潤および肺傷害、腎不全または播種性血管内凝固症候群に至る場合があり得る。他の命にかかわる重度の毒性としては、心毒性、呼吸困難、神経毒性および/または肝不全が挙げられ得る。いくつかの局面において、熱、特に高熱（≧38.5℃または≧101.3°F）はCRSまたはそのリスクと関連している。場合によっては、CRSの特質または症状は感染とよく似ている。いくつかの態様において、CRS症状を呈する対象では感染もまた考慮され、培養によるモニタリングおよび経験的抗生物質治療が施行され得る。CRSに関連する他の症状としては、心機能障害、成人呼吸窮迫症候群、腎不全および/または肝不全、凝固障害、播種性血管内凝固症候群ならびに毛細血管漏出症候群が挙げられ得る。
いくつかの態様において、臨床応答はCRSのグレードである。いくつかの態様において、臨床応答は重度のCRSである。いくつかの態様において、臨床応答は重度のCRSの非存在（例えば、中等度または軽度のCRS）である。以下の表1および2は、CRSグレードを反映する基準を示す。
（表１）CRSの例示的なグレード分類基準
（表２）CRSの例示的なグレード分類基準
いくつかの態様において、臨床応答は神経毒性であるか、または神経毒性に関連している。いくつかの態様において、神経毒性の臨床的リスクに関連する症状としては、錯乱、せん妄、失語、表出性失語、鈍麻、ミオクローヌス、無気力、精神状態の変化、痙攣、発作様活動、発作（任意で脳波図（EEG）による確認時）、ベータアミロイド（Aβ）レベルの上昇、グルタミン酸類のレベルの上昇および酸素ラジカルレベルの上昇が挙げられる。いくつかの態様において、神経毒性は重症度に基づいてグレード分類される（例えば、グレード1～5のスケールを用いて（例えば、Guido Cavaletti & Paola Marmiroli Nature Reviews Neurology 6,657-666（December 2010）;National Cancer Institute-Common Toxicity Criteria version 4.03（NCI-CTCAE v4.03参照）。
いくつかの態様において、臨床応答は軽度または中等度の神経毒性、例えば以下の表3に示すようなグレード1または2である。いくつかの態様において、臨床応答は、例えば表3に示すグレード3以上を有する神経毒性を含む重度の神経毒性である。
（表３）神経毒性の例示的なグレード分類基準
したがって、いくつかの態様において、提供される方法は、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が、該治療レジメンでの処置後に毒性応答を示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用され得る。いくつかの態様において、毒性応答はCRS（例えば、グレード1以上のCRS）である。いくつかの態様において、毒性応答は軽度のCRS（例えば、グレード2以下のCRS）である。いくつかの態様において、毒性応答は重度のCRS（例えば、グレード3以上のCRS）である。
いくつかの態様において、毒性応答は神経毒性（例えば、グレード1以上の神経毒性）である。いくつかの態様において、毒性応答は軽度の神経毒性（例えば、グレード2以下の神経毒性）である。いくつかの態様において、毒性応答は重度の神経毒性（例えば、グレード3以上の神経毒性）である。
いくつかの態様において、臨床応答は、CD3＋細胞のlog10AUC、CD3＋細胞のlog10最大濃度（Cmax）、CD3＋細胞のピーク濃度の時間（Tmax）、CD4＋細胞のlog10AUC、CD4＋細胞のlog10最大濃度（Cmax）、CD4＋細胞のピーク濃度の時間（Tmax）、CD8＋細胞のlog10AUC、CD8＋細胞のlog10最大濃度（Cmax）、CD8＋細胞のピーク濃度の時間（Tmax）、全log10AUC、全log10最大濃度（Cmax）、全細胞のピーク濃度の時間（Tmax）、客観的奏効、完全奏効、無増悪生存期間、応答永続性、グレード3以上の神経毒性、任意の神経毒性応答、グレード3以上のサイトカイン放出症候群および任意のサイトカイン放出症候群のうちの1つまたは複数または全部である。いくつかの態様において、Cmax、TmaxおよびAUCはフローサイトメトリーおよび/またはポリメラーゼ連鎖反応によって求められる。いくつかの態様において、AUCは、治療用細胞組成物の投与から0～28日間で求められる。場合によっては、例えばランダムサバイバルフォレストモデルにより求められる場合、無増悪（progress free）生存期間および応答永続性は時間の測定値、例えばイベントまでの時間（PFSまたはDOR）を含む。
B. 教師あり機械学習方法
治療用細胞組成物（例えば、操作されたT細胞組成物）での処置に対する対象の臨床応答は、場合によっては、処置される対象の特徴量、対象に投与される治療用細胞組成物の特徴量および作製される治療用細胞組成物が由来するインプット組成物の特徴量を含むがこれらに限定されない多くの要因に依存し得ることが想定される（例えばセクションI.A参照）。したがって、いくつかの態様において、対象の臨床応答に関連する特徴量を特定するため、特徴量は、臨床応答を判定するための重要度の特徴量を特定することができる機械学習モデルに対するインプットとして使用され得る。
治療用細胞組成物（例えば、操作されたT細胞組成物）での処置に対する対象の臨床応答は、場合によっては、処置される対象の特徴量、対象に投与される治療用細胞組成物の特徴量および作製される治療用細胞組成物が由来するインプット組成物の特徴量を含むがこれらに限定されない多くの要因に依存し得ることが想定される（例えばセクションI.A参照）。したがって、いくつかの態様において、対象の臨床応答に関連する特徴量を特定するため、特徴量は、臨床応答を判定するための重要度の特徴量を特定することができる機械学習モデルに対するインプットとして使用され得る。
さらに臨床応答に関連する特徴量の特定について、いくつかの態様において、機械学習モデルは、治療用細胞組成物での処置後の対象の臨床応答を該対象を処置する前に判定するために使用され得、この場合、臨床転帰の判定は対象特徴量、治療用細胞特徴量、およびインプット組成物特徴量に基づく。以下のセクションI.B.4に記載のように、治療用細胞組成物での処置に対する対象の臨床応答が該細胞組成物を投与する前に判定されることにより、該対象を処置するための戦略の情報が得られ得る。例えば、対象が負の臨床応答（例えば、毒性応答）を有すると判定（例えば、予測）される場合、治療レジメン（例えば、所定の治療レジメン）は、正の臨床応答（例えば、完全奏効、永続的応答、毒性応答の非存在）がもたらされるように変更され得る。
本明細書において記載される方法による使用に想定される機械学習モデルとしては、透明性のあるモデルが挙げられる。例えば、機械学習モデルは、どのようにしてモデルが特定の決定（例えば、予測）を行なったかを調べるためにインテロゲーションまたはクエリーされ得る。いくつかの態様において、機械学習モデルはランダムフォレストモデルである。いくつかの態様において、機械学習モデルはランダムサバイバルフォレストモデルである。ランダムフォレストモデルおよびランダムサバイバルフォレストモデルを使用する利点としては、どのようにして、例えばどの特徴量によって、使用されたモデルが、細胞療法薬、例えば治療用細胞組成物に対する対象の臨床応答を判定するかを特定するためにモデルにインテロゲーションまたはクエリーできることが挙げられる。いくつかの態様において、臨床応答を判定するために使用される特徴量は、臨床応答に関連する特徴量をみなされる。いくつかの態様において、対象の臨床応答を判定するために使用される特徴量を特定することは、例えば本明細書に記載のような特徴量重要度を評価することを含む。
1. ランダムフォレスト
いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量を特定するために使用される機械学習モデルはランダムフォレストモデルである。いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルはまた、治療用細胞組成物で処置された対象の臨床応答を判定するためにも使用される。ランダムフォレストはアンサンブル学習方法の一例である。ランダムフォレストは、1つまたは複数のインプット、例えば特徴量、例えば対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量が適用され、1つまたは複数の対応するアウトプット、例えばクラス分類、例えば臨床応答をもたらす複数の決定木を含み得る。いくつかの態様において、ランダムフォレストは分類器である。いくつかの態様において、ランダムフォレストにより回帰が行なわれる。
いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量を特定するために使用される機械学習モデルはランダムフォレストモデルである。いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルはまた、治療用細胞組成物で処置された対象の臨床応答を判定するためにも使用される。ランダムフォレストはアンサンブル学習方法の一例である。ランダムフォレストは、1つまたは複数のインプット、例えば特徴量、例えば対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量が適用され、1つまたは複数の対応するアウトプット、例えばクラス分類、例えば臨床応答をもたらす複数の決定木を含み得る。いくつかの態様において、ランダムフォレストは分類器である。いくつかの態様において、ランダムフォレストにより回帰が行なわれる。
いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルの決定木は、インプットとして対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量を受け取り、アウトプットとして臨床応答のクラス分類をもたらす。（好ましくは、個々の決定木は、該複数の決定木に適用される共通のインプットにより多様なアウトプットがもたらされるように充分に無相関である）。いくつかの態様において、対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量は該複数の個々の決定木に適用され、対応するアウトプットがリコンサイル（reconcile）されてランダムフォレストモデルのアウトプットがもたらされる。例えば、いくつかの態様において、ランダムフォレストのアウトプットは、大多数の個々の決定木によるクラス分類アウトプットに対応し得る。
ランダムフォレストを訓練する種々の方法が当業者に熟知されており、本開示の範囲内である。例えば、いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは、対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量を含むデータセットにおいて、ランダムにサンプリングされたインプットデータ（例えば、対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量）をランダムフォレストの個々の決定木に適用することによって訓練され得る。この訓練方法によって個々の決定木間の多様性が促され、それによりランダムフォレストの正確度が改善され得る。当業者には、多くの適切な構成のランダムフォレストが必要に応じて利用され得;本開示は、上記のいずれかのいずれの型もしくは構成のランダムフォレスト、その構成決定木、いずれの決定木訓練方法またはいずれの訓練方法にも限定されないことが認識されよう。
いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは、臨床応答を対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量に基づいて判定（例えば、クラス分類または予測）するために、教師あり学習を用いて訓練される。場合によっては、ランダムフォレストモデルは、対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量、および対応する臨床応答と、対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量を含み、臨床応答が既知である、該モデルの訓練に使用されていない異なるデータセットにおいて試験されたモデルの正確度とを含むデータセットに対して訓練され得る。
いくつかの態様において、例えばモデルを訓練および試験するためのデータセットのサイズが、例えば後述するように限定的である場合、モデルは、ブートストラップアグリゲーションを用いて訓練され得る。いくつかの態様において、例えばモデルを訓練および試験するためのデータセットのサイズが、例えば後述するように限定的である場合、モデルは交差検証を用いて評価され得る。いくつかの態様では、ランダムフォレストモデルが交差検証を用いて評価される。いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルはk分割交差検証を用いて評価される。いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは10分割交差検証を用いて評価される。いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルは、ネストされた交差検証を用いて評価される。
いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは500、400、300、200、150、100、50、25、15もしくは10例の対象から、または約500、400、300、200、150、100、50、25、15もしくは10例の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは100～500、100～400、100～300、100～200もしくは100～150例の対象から、または約100～500、100～400、100～300、100～200もしくは100～150例の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは500、400、300、200、150、100例の対象から、約500、400、300、200、150、100例の対象から、または500、400、300、200、150、100例未満の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは300、200、150、100例の対象から、約300、200、150、100例の対象から、または300、200、150、100例未満の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは200例、約200例または200例未満の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは150例、約150例または150例未満の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは100例、約100例または100例未満の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、モデルを評価するために使用されるデータセットは、この段落に記載された任意の数の対象から、この段落に記載された任意の数くらいの対象で、またはこの段落に記載された任意の数未満の対象から得られる。いくつかの態様において、対象は、臨床試験に参加している対象である。
a. 特徴量重要度
いくつかの態様において、本明細書において記載されるランダムフォレストモデル（例えば、訓練され、試験され、評価されるランダムフォレストモデル）は、臨床応答に関連する特徴量を特定するためにクエリーされ得る。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量を特定することは、モデルに使用される特徴量の各々の重要度尺度を求めることを含む。重要度尺度は、個々の特徴量（例えば、一度に1つの特徴量）の値を並べ換え、予測正確度の低下を計算する順列重要度尺度、個々の特徴量において分割によるノードの不純度のジニ指標の平均減少を調べること、平均最小深度（例えば、特徴量が分割に使用される平均深度）を調べること、特徴量において分割が行なわれる木の総数を調べること、特徴量を分割に使用するノードの総数を調べること、特徴量がルートノードの分割に使用される木の総数を調べること、および片側二項検定のp値を求めることを含むがこれらに限定されないさまざまな技術を用いて評価され得る。いくつかの態様において、重要度尺度は前述のいずれかの重要度尺度であるか、または前述のいずれかの重要度尺度を含む。いくつかの態様において、重要度尺度は順列重要度尺度である。いくつかの態様において、重要度尺度は平均最小深度である。いくつかの態様において、重要度尺度は、特徴量がルートノードを分割する木の総数である。
いくつかの態様において、本明細書において記載されるランダムフォレストモデル（例えば、訓練され、試験され、評価されるランダムフォレストモデル）は、臨床応答に関連する特徴量を特定するためにクエリーされ得る。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量を特定することは、モデルに使用される特徴量の各々の重要度尺度を求めることを含む。重要度尺度は、個々の特徴量（例えば、一度に1つの特徴量）の値を並べ換え、予測正確度の低下を計算する順列重要度尺度、個々の特徴量において分割によるノードの不純度のジニ指標の平均減少を調べること、平均最小深度（例えば、特徴量が分割に使用される平均深度）を調べること、特徴量において分割が行なわれる木の総数を調べること、特徴量を分割に使用するノードの総数を調べること、特徴量がルートノードの分割に使用される木の総数を調べること、および片側二項検定のp値を求めることを含むがこれらに限定されないさまざまな技術を用いて評価され得る。いくつかの態様において、重要度尺度は前述のいずれかの重要度尺度であるか、または前述のいずれかの重要度尺度を含む。いくつかの態様において、重要度尺度は順列重要度尺度である。いくつかの態様において、重要度尺度は平均最小深度である。いくつかの態様において、重要度尺度は、特徴量がルートノードを分割する木の総数である。
いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は重要度尺度の大きさによって特定される特徴量である。いくつかの態様において、特徴量は、重要度尺度の値（例えば、大きさ）によって順位付けされ得る。例えば、場合によっては、特徴量は重要度尺度の最大値から最小値に順位付けされ得、この場合、評価される重要度尺度は各特徴量について同じである（例えば、順列重要度尺度、平均最小深度、特徴量がルートノードを分割する木の数）。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、特徴量を重要度尺度の値によって順位付けすることによって特定され、この場合、評価される重要度尺度は各特徴量について同じである（例えば、順列重要度尺度、平均最小深度、特徴量がルートノードを分割する木の数）。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、順位付けすることによって特定される最初の10、9、8、7、6、5、4、3、2または1個の特徴量である。いくつかの態様において、順位付けすることによって特定される最初の10、9、8、7、6、5、4、3、2または1個の特徴量は、細大の重要度尺度を有する特徴量を含む。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、重要度尺度の順位付けによって特定される最初の10個の特徴量である。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の5個の特徴量である。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の3個の特徴量である。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の2個の特徴量である。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の特徴量である。
いくつかの態様において、1個より多くの重要度尺度または重要度尺度の組合せが、臨床転帰に関連する特徴量を特定するために使用され得る。いくつかの態様において、重要度尺度の組合せは順列重要度尺度、平均最小深度、特徴量がルートノードを分割する木の数およびp値またはそれらの任意の組合せであるか、あるいはそれを含む。いくつかの態様において、重要度尺度の組合せは順列重要度尺度、平均最小深度および特徴量がルートノードを分割する木の数であるか、あるいはそれを含む。
b. 臨床転帰の予測
本明細書において記載されるランダムフォレストモデルはまた、治療用細胞組成物での処置に対する対象の臨床応答を、該対象を該治療用細胞組成物で処置する前に判定するためにも使用され得る。いくつかの態様において、判定された対象の臨床応答の評価は、該対象の処置の情報を得るために使用され得る。例えば、対象が負の臨床応答、例えば毒性、目標応答と比較して不充分な、または低い薬物動態、CR、PRまたはDORなしを有すると判定（例えば、予測）される場合、例えば以下のセクションI.B.4に記載のような、所定の治療レジメンに対する変更が行なわれ得る。他方で、対象が正の臨床応答、例えばCR、PR、DOR、目標より高い薬物動態応答を反映しているか、または目標より高い薬物動態応答である薬物動態応答、毒性なし、または軽度の毒性を有すると判定（例えば、予測）される場合、所定の治療レジメンが施行され得る。
本明細書において記載されるランダムフォレストモデルはまた、治療用細胞組成物での処置に対する対象の臨床応答を、該対象を該治療用細胞組成物で処置する前に判定するためにも使用され得る。いくつかの態様において、判定された対象の臨床応答の評価は、該対象の処置の情報を得るために使用され得る。例えば、対象が負の臨床応答、例えば毒性、目標応答と比較して不充分な、または低い薬物動態、CR、PRまたはDORなしを有すると判定（例えば、予測）される場合、例えば以下のセクションI.B.4に記載のような、所定の治療レジメンに対する変更が行なわれ得る。他方で、対象が正の臨床応答、例えばCR、PR、DOR、目標より高い薬物動態応答を反映しているか、または目標より高い薬物動態応答である薬物動態応答、毒性なし、または軽度の毒性を有すると判定（例えば、予測）される場合、所定の治療レジメンが施行され得る。
いくつかの態様において、訓練されたランダムフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が該治療レジメンでの処置後にCRを示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用される。
いくつかの態様において、訓練されたランダムフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が該治療レジメンでの処置後にPRを示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用される。
いくつかの態様において、訓練されたランダムフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が該治療レジメンでの処置後にORを示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用される。
いくつかの態様において、訓練されたランダムフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象の該治療レジメンでの処置後のDORを処置前に判定または予測するために使用される。いくつかの態様において、訓練されたランダムフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が該治療レジメンでの処置後に永続的応答、例えば3ヶ月超のDORを示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用される。
いくつかの態様において、訓練されたランダムフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象の該治療レジメンでの処置後のPFSを処置前に判定または予測するために使用される。いくつかの態様において、訓練されたランダムフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が該治療レジメンでの処置後に特定の期間のPFS、例えば3ヶ月超のPFSを示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用される。
いくつかの態様において、訓練されたランダムフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象の該治療レジメンでの処置後の薬物動態応答を処置前に判定または予測するために使用される。いくつかの態様において、訓練されたランダムフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が該治療レジメンでの処置後に目標薬物動態応答より高い薬物動態応答を示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用される。いくつかの態様において、薬物動態応答は、治療レジメンの施行から一定期間後の対象から得られた血液試料における最大CAR＋T細胞濃度（Cmax）の測定値である。いくつかの態様において、薬物動態応答は、CAR＋T細胞に対する曝露、例えば治療レジメンの施行後28日間もしくは約28日間にわたる曝露および/または治療レジメンの施行後のCAR＋T細胞濃度-時間曲線のAUCによって求められる曝露の測定値である。いくつかの態様において、薬物動態応答はCAR＋T細胞のピーク濃度までの時間（Tmax）である。
いくつかの態様において、訓練されたランダムフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が該治療レジメンでの処置後に毒性応答を示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用される。いくつかの態様において、毒性応答はCRSである。いくつかの態様において、毒性応答は重度のCRS、例えばグレード3以上のCRSである。いくつかにおいて、諸態様は神経毒性である。いくつかの態様において、毒性応答は重度の神経毒性、例えばグレード3以上の神経毒性である。
2. ランダムサバイバルフォレスト
いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量を特定するため、および治療用細胞組成物で処置された対象の臨床応答を判定するために使用される機械学習モデルはランダムサバイバルフォレストモデルである。ランダムサバイバルフォレストは、右側打ち切り生存データを解析するのに有用なアンサンブル学習方法の一例である。上記のランダムフォレストと同様、ランダムサバイバルフォレストは、各々が1つまたは複数のインプット、例えば特徴量に適用され、1つまたは複数の対応するアウトプット、例えばクラス分類をもたらす複数の決定木を含み得る。ランダムサバイバルフォレストモデルの作成は一般的にはランダムフォレストのものに従うが、ランダムサバイバルフォレストモデルは時間および打ち切りインジケータを含み、ここで、打ち切りインジケータは所与の時点tにおける事象の存在（例えば、1）または非存在（例えば、0）を表す。したがって、ランダムサバイバルフォレストの木を成長させるための分割ルールには打ち切り特徴量が考慮される。本明細書において提供されるランダムサバイバルフォレストモデルは経時的な臨床応答の発生に基づいて作成される。
いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量を特定するため、および治療用細胞組成物で処置された対象の臨床応答を判定するために使用される機械学習モデルはランダムサバイバルフォレストモデルである。ランダムサバイバルフォレストは、右側打ち切り生存データを解析するのに有用なアンサンブル学習方法の一例である。上記のランダムフォレストと同様、ランダムサバイバルフォレストは、各々が1つまたは複数のインプット、例えば特徴量に適用され、1つまたは複数の対応するアウトプット、例えばクラス分類をもたらす複数の決定木を含み得る。ランダムサバイバルフォレストモデルの作成は一般的にはランダムフォレストのものに従うが、ランダムサバイバルフォレストモデルは時間および打ち切りインジケータを含み、ここで、打ち切りインジケータは所与の時点tにおける事象の存在（例えば、1）または非存在（例えば、0）を表す。したがって、ランダムサバイバルフォレストの木を成長させるための分割ルールには打ち切り特徴量が考慮される。本明細書において提供されるランダムサバイバルフォレストモデルは経時的な臨床応答の発生に基づいて作成される。
いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルは、例えば所与の臨床応答についての臨床応答関数および累積ハザード関数を、対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量に基づいて推定するために教師あり学習を用いて訓練される。場合によっては、ランダムサバイバルフォレストモデルは、対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量、および対応する臨床応答と、対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量を含み、臨床応答が既知である、該モデルの訓練に使用されていない異なるデータセットにおいて試験されたモデルの正確度とを含むデータセットに対して訓練され得る。
いくつかの態様において、例えばモデルを訓練および試験するためのデータセットのサイズが、例えば後述するように限定的である場合、モデルは交差検証を用いて評価され得る。いくつかの態様では、ランダムサバイバルフォレストモデルが交差検証を用いて評価される。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルはk分割交差検証を用いて評価される。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルは10分割交差検証を用いて評価される。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルは、ネストされた交差検証を用いて評価される。
いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは500、400、300、200、150、100、50、25、15もしくは10例の対象から、または約500、400、300、200、150、100、50、25、15もしくは10例の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは100～500、100～400、100～300、100～200もしくは100～150例の対象から、または約100～500、100～400、100～300、100～200もしくは100～150例の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは500、400、300、200、150、100例の対象から、約500、400、300、200、150、100例の対象から、または500、400、300、200、150、100例未満の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは300、200、150、100例の対象から、約300、200、150、100例の対象から、または300、200、150、100例未満の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは200例、約200例または200例未満の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは150例、約150例または150例未満の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるデータセットは100例、約100例または100例未満の対象から得られる特徴量（対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、インプット組成物特徴量）を含む。いくつかの態様において、モデルを評価するために使用されるデータセットは、この段落に記載された任意の数の対象から、この段落に記載された任意の数くらいの対象で、またはこの段落に記載された任意の数未満の対象から得られる。いくつかの態様において、対象は、臨床試験に参加している対象である。
a. 特徴量重要度
いくつかの態様において、本明細書において記載されるランダムサバイバルフォレストモデル（例えば、訓練され、試験され、評価されるランダムサバイバルフォレストモデル）は、臨床応答に関連する特徴量を特定するためにクエリーされ得る。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量（例えば、臨床応答および累積ハザード関数）を特定することは、モデルに使用される特徴量の各々の重要度尺度を求めることを含む。ランダムフォレストと同様に、重要度尺度は、個々の特徴量（例えば、一度に1つの特徴量）の値を並べ換え、予測正確度の低下を計算する順列重要度尺度、個々の特徴量において分割によるノードの不純度のジニ指標の平均減少を調べること、平均最小深度（例えば、特徴量が分割に使用される平均深度）を調べること、特徴量において分割が行なわれる木の総数を調べること、特徴量を分割に使用するノードの総数を調べること、特徴量がルートノードの分割に使用される木の総数を調べること、および片側二項検定のp値を求めることを含むがこれらに限定されないさまざまな技術を用いて評価され得る。いくつかの態様において、例えば順列を用いた場合の予測正確度の低下はコンコーダンス指標に対するものである。いくつかの態様において、重要度尺度は前述のいずれかの重要度尺度であるか、または前述のいずれかの重要度尺度を含む。いくつかの態様において、重要度尺度は順列重要度尺度である。いくつかの態様において、重要度尺度は平均最小深度である。いくつかの態様において、重要度尺度は、特徴量がルートノードを分割する木の総数である。
いくつかの態様において、本明細書において記載されるランダムサバイバルフォレストモデル（例えば、訓練され、試験され、評価されるランダムサバイバルフォレストモデル）は、臨床応答に関連する特徴量を特定するためにクエリーされ得る。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量（例えば、臨床応答および累積ハザード関数）を特定することは、モデルに使用される特徴量の各々の重要度尺度を求めることを含む。ランダムフォレストと同様に、重要度尺度は、個々の特徴量（例えば、一度に1つの特徴量）の値を並べ換え、予測正確度の低下を計算する順列重要度尺度、個々の特徴量において分割によるノードの不純度のジニ指標の平均減少を調べること、平均最小深度（例えば、特徴量が分割に使用される平均深度）を調べること、特徴量において分割が行なわれる木の総数を調べること、特徴量を分割に使用するノードの総数を調べること、特徴量がルートノードの分割に使用される木の総数を調べること、および片側二項検定のp値を求めることを含むがこれらに限定されないさまざまな技術を用いて評価され得る。いくつかの態様において、例えば順列を用いた場合の予測正確度の低下はコンコーダンス指標に対するものである。いくつかの態様において、重要度尺度は前述のいずれかの重要度尺度であるか、または前述のいずれかの重要度尺度を含む。いくつかの態様において、重要度尺度は順列重要度尺度である。いくつかの態様において、重要度尺度は平均最小深度である。いくつかの態様において、重要度尺度は、特徴量がルートノードを分割する木の総数である。
いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は重要度尺度の大きさによって特定される特徴量である。いくつかの態様において、特徴量は、重要度尺度の値（例えば、大きさ）によって順位付けされ得る。例えば、場合によっては、特徴量は重要度尺度の最大値から最小値に順位付けされ得、この場合、評価される重要度尺度は各特徴量について同じである（例えば、順列重要度尺度、平均最小深度、特徴量がルートノードを分割する木の数）。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、特徴量を重要度尺度の値によって順位付けすることによって特定され、この場合、評価される重要度尺度は各特徴量について同じである（例えば、順列重要度尺度、平均最小深度、特徴量がルートノードを分割する木の数）。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、順位付けすることによって特定される最初の10、9、8、7、6、5、4、3、2または1個の特徴量である。いくつかの態様において、順位付けすることによって特定される最初の10、9、8、7、6、5、4、3、2または1個の特徴量は、細大の重要度尺度を有する特徴量を含む。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、重要度尺度の順位付けによって特定される最初の10個の特徴量である。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の5個の特徴量である。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の3個の特徴量である。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の2個の特徴量である。いくつかの態様において、臨床応答に関連する特徴量は、重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の特徴量である。
いくつかの態様において、1個より多くの重要度尺度または重要度尺度の組合せが、臨床転帰に関連する特徴量を特定するために使用され得る。いくつかの態様において、重要度尺度の組合せは順列重要度尺度、平均最小深度、特徴量がルートノードを分割する木の数およびp値またはそれらの任意の組合せであるか、あるいはそれを含む。いくつかの態様において、重要度尺度の組合せは順列重要度尺度、平均最小深度および特徴量がルートノードを分割する木の数であるか、あるいはそれを含む。
b. 臨床転帰の予測
本明細書において記載されるランダムサバイバルフォレストモデルはまた、治療用細胞組成物での処置に対する対象の臨床応答を、該対象を該治療用細胞組成物で処置する前に判定する、例えば推定するためにも使用され得る。いくつかの態様において、判定された対象の臨床応答の評価は、該対象の処置の情報を得るために使用され得る。例えば、対象が負の臨床応答、例えば毒性、目標応答と比較して不充分な、または低い薬物動態、CR、PRまたはDORなしを有すると判定（例えば、予測）される場合、例えば以下のセクションI.B.4に記載のような、所定の治療レジメンに対する変更が行なわれ得る。他方で、対象が正の臨床応答、例えばCR、PR、DOR、目標より高い薬物動態応答を反映しているか、または目標より高い薬物動態応答である薬物動態応答、毒性なし、または軽度の毒性を有すると判定（例えば、予測）される場合、所定の治療レジメンが施行され得る。
本明細書において記載されるランダムサバイバルフォレストモデルはまた、治療用細胞組成物での処置に対する対象の臨床応答を、該対象を該治療用細胞組成物で処置する前に判定する、例えば推定するためにも使用され得る。いくつかの態様において、判定された対象の臨床応答の評価は、該対象の処置の情報を得るために使用され得る。例えば、対象が負の臨床応答、例えば毒性、目標応答と比較して不充分な、または低い薬物動態、CR、PRまたはDORなしを有すると判定（例えば、予測）される場合、例えば以下のセクションI.B.4に記載のような、所定の治療レジメンに対する変更が行なわれ得る。他方で、対象が正の臨床応答、例えばCR、PR、DOR、目標より高い薬物動態応答を反映しているか、または目標より高い薬物動態応答である薬物動態応答、毒性なし、または軽度の毒性を有すると判定（例えば、予測）される場合、所定の治療レジメンが施行され得る。
いくつかの態様において、訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象の該治療レジメンでの処置後のDORを処置前に判定または予測するために使用される。いくつかの態様において、訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が該治療レジメンでの処置後に永続的応答、例えば3ヶ月超のDORを示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用される。
いくつかの態様において、訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象の該治療レジメンでの処置後のPFSを処置前に判定または予測するために使用される。いくつかの態様において、訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルは、治療レジメンで処置される対象、例えば、治療用細胞組成物、例えば対象から選択されるT細胞を含むインプット組成物から作製される治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンで処置される該対象が該治療レジメンでの処置後に特定の期間のPFS、例えば3ヶ月超のPFSを示すかどうかを処置前に判定または予測するために使用される。
3. 前処理
いくつかの態様において、対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量は前処理される。データの前処理はモデル作成において、誤解を招く結果または不正確な結果を生じるモデルの作成を回避するために重要な工程である。いくつかの態様において、前処理することにより、範囲外の値、欠損値、不可能なデータの組合せ、相関性が高い変数などがモデルに組み込まれることを防ぐ。場合によっては、前処理することにより情報提供性特徴量の特定がもたらされる。例えば、前処理は、分散がほとんど、もしくは全くない特徴量、ダイナミックレンジが小さい特徴量（例えば、分布において＜5％）、相関性が高い特徴量または欠損値を有する特徴量を削除するため、あるいは残りの特徴量が情報提供性、識別的かつ独立性（例えば、情報提供性特徴量）となるように欠損値を置き換えるために使用され得る。いくつかの態様において、科学的関連性がほとんど、または全くない特徴量が削除される。例えば、治療用細胞組成物の製造に関連するが科学的関連性が低い特定の特徴量が削除され得る。いくつかの態様において、前処理することによって特定される特徴量は情報提供性特徴量である。
いくつかの態様において、対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量は前処理される。データの前処理はモデル作成において、誤解を招く結果または不正確な結果を生じるモデルの作成を回避するために重要な工程である。いくつかの態様において、前処理することにより、範囲外の値、欠損値、不可能なデータの組合せ、相関性が高い変数などがモデルに組み込まれることを防ぐ。場合によっては、前処理することにより情報提供性特徴量の特定がもたらされる。例えば、前処理は、分散がほとんど、もしくは全くない特徴量、ダイナミックレンジが小さい特徴量（例えば、分布において＜5％）、相関性が高い特徴量または欠損値を有する特徴量を削除するため、あるいは残りの特徴量が情報提供性、識別的かつ独立性（例えば、情報提供性特徴量）となるように欠損値を置き換えるために使用され得る。いくつかの態様において、科学的関連性がほとんど、または全くない特徴量が削除される。例えば、治療用細胞組成物の製造に関連するが科学的関連性が低い特定の特徴量が削除され得る。いくつかの態様において、前処理することによって特定される特徴量は情報提供性特徴量である。
いくつかの態様において、機械学習モデル、例えばランダムフォレスト、ランダムサバイバルフォレストは、前処理によって特定された情報提供性特徴量に対して訓練される。いくつかの態様において、機械学習モデル、例えばランダムフォレスト、ランダムサバイバルフォレストは、前処理によって特定された情報提供性特徴量に対して教師あり学習を用いて訓練される。それぞれセクションI.B.1a-bおよびI.B.2a-bに記載のランダムフォレストモデルおよびランダムサバイバルフォレストモデルの作成、訓練、試験および検証は、前処理することによって特定された情報提供性特徴量を用いて行なわれ得る。さらに、ランダムフォレストまたはランダムサバイバルフォレストが治療用細胞組成物で処置される対象の臨床応答を、該対象を処置する前に判定（例えば予測、推定）するために使用される場合、該モデに対するインプットとして使用される特徴量は、前処理することで特定された情報提供性特徴量である。いくつかの態様において、モデルを訓練するために使用される情報提供性特徴量と、治療用細胞組成物での処置前に対象における臨床応答を判定するための情報提供性特徴量は同じ情報提供性特徴量である。
いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、ゼロ分散またはほぼゼロ分散を有する特徴量、例えば対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除すること、70％を超える値が欠損している特徴量を削除すること、相関性が高い（例えば、|ρ|＞0.7）特徴量をデータセットから削除し、欠損している値が70％未満の特徴量にするために、欠損値を平均値または最頻値のいずれかで置き換える値の補完を行なうことのうちの1つまたは複数または全部を含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理はゼロ分散またはほぼゼロ分散を有する特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は70％を超える値が欠損している特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は相関性が高い（|ρ|＞0.7）特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は欠損している値が70％未満の特徴量にするために、欠損値を平均値または最頻値のいずれかで置き換える値の補完を行なうことであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、本明細書において記載される該1つまたは複数の前処理工程により、情報提供性特徴量を含むデータセットがもたらされる。
いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、50％超、約50％超または50％のデータ欠損を有する特徴量、例えば対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除すること;ゼロ分散、または95％超、約95％超もしくは95％が単一値と等しいデータ値、およびn＝試料数である0.1n個より少ない一意な値、を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除すること;連鎖方程式による多変量補完によって対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量の欠損データを補完すること;0.5超、約0.5または0.5と等しい（例えば、|ρ|≧0.5）相関係数を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量ならびにそれらの組合せのセットを含む共変量クラスターを特定し、かつ、選択される対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量は残りのすべての対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量との最も小さい平均絶対相関を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を該共変量クラスターから反復的に選択することのうちの1つまたは複数または全部を含む。
いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、60％超、約60％超または60％のデータ欠損を有する特徴量、例えば対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除すること;ゼロ分散、または95％超、約95％超もしくは95％が単一値と等しいデータ値、およびn＝試料数である0.1n個より少ない一意な値、を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除すること;連鎖方程式による多変量補完によって対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量の欠損データを補完すること;0.5超、約0.5または0.5と等しい（例えば、|ρ|≧0.5）相関係数を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量ならびにそれらの組合せのセットを含む共変量クラスターを特定し、かつ、選択される対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量は残りのすべての対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量との最も小さい平均絶対相関を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を該共変量クラスターから反復的に選択することのうちの1つまたは複数または全部を含む。
いくつかの態様において、共変量クラスターを特定することは、数値特徴量間のピアソンの積率相関、数値特徴量と順序特徴量間のポリシリアル相関および順序特徴量間のポリコリック相関を含む異種データ間（heterogeneous）相関行列をコンピュータ計算することを含む。相関は、特徴量の各ペア間で、該特徴量に関する実測値のすべての完全ペアを用いてコンピュータ計算される。共変量クラスターは、＞0.5の相関係数を有する特徴量セットと定義され、代表的な特徴量は、各クラスターにおいてデータセット内の残りの他のすべての特徴量との最も小さい平均絶対相関を示すものとして反復的に選択される。いずれかの態様のいくつかにおいて、相関係数はローの絶対値（例えば、|ρ|）である。
いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、50％超、約50％超または50％のデータ欠損を有する特徴量、例えば対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除することを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、60％超、約60％超または60％のデータ欠損を有する特徴量、例えば対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除することを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、ゼロ分散、または95％超、約95％超もしくは95％が単一値と等しいデータ値、およびn＝試料数である0.1n個より少ない一意な値、を有する特徴量、例えば対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除することを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、連鎖方程式による多変量補完によって対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量の欠損データを補完することを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、0.5超、約0.5または0.5と等しい（例えば、|ρ|≧0.5）相関係数を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量ならびにそれらの組合せのセットを含む共変量クラスターを特定し、かつ、選択される対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量は残りのすべての対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量との最も小さい平均絶対相関を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を該共変量クラスターから反復的に選択することを含む。
いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は、40、50、60、70または80％を超える値が欠損している特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は40～80％もしくは約40～80％の値が欠損している特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は40～70％もしくは約40～70％の値が欠損している特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は40～60％もしくは約40～60％の値が欠損している特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は40～50％もしくは約40～50％の値が欠損している特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は40％を超える値が欠損している特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は50％を超える値が欠損している特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は60％を超える値が欠損している特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は70％を超える値が欠損している特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は80％を超える値が欠損している特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量を特定するための前処理は相関性が高い特徴量を削除することであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、相関性が高い特徴量は0.4、0.5、0.6、0.7、0.8もしくは0.9超、または0.4、0.5、0.6、0.7、0.8もしくは0.9、または約0.4、0.5、0.6、0.7、0.8もしくは0.9のローの絶対値を有する特徴量である。いくつかの態様において、相関性が高い特徴量は0.4超または0.4または約0.4のローの絶対値を有する特徴量である。いくつかの態様において、相関性が高い特徴量は0.5超または0.5または約0.5のローの絶対値を有する特徴量である。いくつかの態様において、相関性が高い特徴量は0.6超または0.6または約0.6のローの絶対値を有する特徴量である。いくつかの態様において、相関性が高い特徴量は0.7超または0.7または約0.7のローの絶対値を有する特徴量である。いくつかの態様において、相関性が高い特徴量は0.8超または0.8または約0.8のローの絶対値を有する特徴量である。いくつかの態様において、相関性が高い特徴量は0.9超または0.9または約0.9のローの絶対値を有する特徴量である。
いくつかの態様において、本明細書（例えば、セクションI.B.3）において記載される前処理工程のうちの1つまたは複数（例えば、任意の組合せ）が情報提供性特徴量を特定するために使用される。いくつかの態様において、本明細書において記載される該1つまたは複数の前処理工程により、情報提供性特徴量を含むデータセットがもたらされる。いくつかの態様において、情報提供性特徴量は1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量および1つまたは複数のインプット組成物特徴量を含む。いくつかの態様において、情報提供性特徴量は1つもしくは複数の対象特徴量、1つもしくは複数の治療用細胞組成物特徴量または1つもしくは複数のインプット組成物特徴量を含む。
4. 処置方法
いくつかの態様において、特徴量、例えば対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量と対象における臨床応答との関係（例えば、関連）を理解すること、ならびに治療用細胞組成物での処置に対する対象における臨床応答を処置前に判定または予測するできることにより処置戦略の情報が得られ得る。例えば治療レジメン、例えば所定の治療レジメンは、予想される臨床応答に応じて変更または維持され得る。いくつかの態様において、所定の治療レジメンの維持または治療レジメンの変更は正の臨床応答、例えばCR、PR、DOR、毒性なしをもたらすのに有用であり得る。
いくつかの態様において、特徴量、例えば対象特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびインプット組成物特徴量と対象における臨床応答との関係（例えば、関連）を理解すること、ならびに治療用細胞組成物での処置に対する対象における臨床応答を処置前に判定または予測するできることにより処置戦略の情報が得られ得る。例えば治療レジメン、例えば所定の治療レジメンは、予想される臨床応答に応じて変更または維持され得る。いくつかの態様において、所定の治療レジメンの維持または治療レジメンの変更は正の臨床応答、例えばCR、PR、DOR、毒性なしをもたらすのに有用であり得る。
a. 併用治療
いくつかの態様において、処置される対象が、特定の長さのCR、PR、DORも、特定の長さの無増悪生存期間も、目標薬物動態も含まない臨床応答を有すると判定される（例えば、予測される）場合、追加の治療を含む治療戦略が考慮され得る。いくつかの態様において、治療用細胞組成物（例えば、CD4＋、CD8＋治療用T細胞組成物）は、併用治療の一部として、例えば別の治療的介入、例えば抗体または操作された細胞または受容体または剤、例えば細胞傷害性薬剤もしくは治療薬と同時にまたは任意の順序で連続的に投与される。いくつかの態様における細胞は、1つまたは複数の追加の治療薬とともに、または別の治療的介入と組み合わせて、同時にまたは任意の順序で連続的に共投与される。いくつかの状況において、治療用細胞組成物（例えば、CD4＋、CD8＋治療用T細胞組成物）は、治療用細胞組成物集団が1つまたは複数の追加の治療薬の効果を増強するように、またはその逆も同様であるように、時間的に十分に近い別の療法と共投与される。いくつかの態様において、治療用細胞組成物（例えば、CD4＋、CD8＋治療用T細胞組成物）は、1つまたは複数の追加の治療薬の前に投与される。いくつかの態様において、細胞は、1つまたは複数の追加の治療薬の後に投与される。いくつかの態様において、1つまたは複数の追加の剤は、例えば持続性を高めるための、IL-2などのサイトカインを含む。いくつかの態様において、前記方法は、化学療法剤の投与を含む。
いくつかの態様において、処置される対象が、特定の長さのCR、PR、DORも、特定の長さの無増悪生存期間も、目標薬物動態も含まない臨床応答を有すると判定される（例えば、予測される）場合、追加の治療を含む治療戦略が考慮され得る。いくつかの態様において、治療用細胞組成物（例えば、CD4＋、CD8＋治療用T細胞組成物）は、併用治療の一部として、例えば別の治療的介入、例えば抗体または操作された細胞または受容体または剤、例えば細胞傷害性薬剤もしくは治療薬と同時にまたは任意の順序で連続的に投与される。いくつかの態様における細胞は、1つまたは複数の追加の治療薬とともに、または別の治療的介入と組み合わせて、同時にまたは任意の順序で連続的に共投与される。いくつかの状況において、治療用細胞組成物（例えば、CD4＋、CD8＋治療用T細胞組成物）は、治療用細胞組成物集団が1つまたは複数の追加の治療薬の効果を増強するように、またはその逆も同様であるように、時間的に十分に近い別の療法と共投与される。いくつかの態様において、治療用細胞組成物（例えば、CD4＋、CD8＋治療用T細胞組成物）は、1つまたは複数の追加の治療薬の前に投与される。いくつかの態様において、細胞は、1つまたは複数の追加の治療薬の後に投与される。いくつかの態様において、1つまたは複数の追加の剤は、例えば持続性を高めるための、IL-2などのサイトカインを含む。いくつかの態様において、前記方法は、化学療法剤の投与を含む。
いくつかの態様において、前記方法は、例えば、投与前に腫瘍負荷を低減させるための化学療法剤、例えば前処置化学療法剤の投与を含む。
いくつかの態様において、併用療法は、BTK阻害剤などのキナーゼ阻害剤（例えば、イブルチニブまたはアカリブルチニブ（acalibrutinib））;阻害剤もしくはトリプトファン代謝および/もしくはキヌレニン経路、例えば、インドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ-1（IDO1）の阻害剤（例えばエパカドスタット）;サリドマイドもしくはサリドマイド誘導体（例えば、レナリドミド、ポマリドミド、またはポムナリドミド（pomnalidomide））を含む免疫調節剤、例えば免疫調節イミド薬（IMiD）;またはチェックポイント阻害剤、例えば抗PD-L1抗体（例えばデュルバルムマブ（durvalumumab））の投与を含む。
例示的な併用療法および方法は、公開された国際出願である国際公開公報第2018/085731号、国際公開公報第2018/102785号、国際公開公報第2019/213184号、国際公開公報第2018/071873号、国際公開公報第2018/102786号、国際公開公報第2018/204427号、国際公開公報第2019/152743号に記載されており、これらは参照によりその全体が組み入れられる。
b. 投薬および投与の決定
いくつかの態様において、処置される対象が、特定の長さのCR、PR、DORも、特定の長さの無増悪生存期間も、目標薬物動態も含まない臨床応答を有すると判定される（例えば、予測される）場合、用量を最適化する治療戦略が考慮され得る。いくつかの態様における治療用組成物またはその用量は、治療上有効な量または予防上有効な量などの、疾患または病態を処置または予防するために有効な量の細胞を含有する。いくつかの態様において、組成物は、疾患または病態の負荷を低減するのに有効な量の細胞を含む。いくつかの態様において、組成物は、組成物を投与された対象の群のうち、さらに一定した転帰、例えば、応答および/または安全性転帰、および/またはさらに一定した薬物動態パラメータをもたらす量の細胞を含む。いくつかの態様において、組成物は、持続的奏効および/または無増悪生存期間を促進するのに有効な量の細胞を含む。いくつかの局面において、提供される方法は、細胞表現型についてT細胞を含有する治療用組成物を評価する工程、およびそのような結果に基づいて用量を決定する工程を伴う。
いくつかの態様において、処置される対象が、特定の長さのCR、PR、DORも、特定の長さの無増悪生存期間も、目標薬物動態も含まない臨床応答を有すると判定される（例えば、予測される）場合、用量を最適化する治療戦略が考慮され得る。いくつかの態様における治療用組成物またはその用量は、治療上有効な量または予防上有効な量などの、疾患または病態を処置または予防するために有効な量の細胞を含有する。いくつかの態様において、組成物は、疾患または病態の負荷を低減するのに有効な量の細胞を含む。いくつかの態様において、組成物は、組成物を投与された対象の群のうち、さらに一定した転帰、例えば、応答および/または安全性転帰、および/またはさらに一定した薬物動態パラメータをもたらす量の細胞を含む。いくつかの態様において、組成物は、持続的奏効および/または無増悪生存期間を促進するのに有効な量の細胞を含む。いくつかの局面において、提供される方法は、細胞表現型についてT細胞を含有する治療用組成物を評価する工程、およびそのような結果に基づいて用量を決定する工程を伴う。
いくつかの態様において、用量は、1つまたは複数の特定の組成物中に特定の表現型を有する操作された細胞の比較的一定した数、割合、比および/またはパーセンテージを包含するように決定される。いくつかの局面において、一定性は、比較的一定した活性、機能、薬物動態パラメータ、毒性結果および/または応答結果と関連しているか、またはそれらに関連付けられている。いくつかの局面において、複数の対象、組成物および/または用量では、数、割合、比および/またはパーセンテージは比較的一定しており、例えば、組成物または単位用量中に特定の表現型を有する、例えば、CCR7（CCR7＋）を発現するか、またはサイトカインを産生する、例えば、IL-2、TNF-アルファまたはIFN-ガンマを産生する細胞の数または比は、40％以下、30％以下、20％以下、10％以下、または5％以下変動する。いくつかの局面において、組成物または単位用量では、特定の表現型を有する、例えば、CCR7（CCR7＋）を発現する細胞の数または比は、前記プロセスによって作製された複数のT細胞組成物における該数もしくは比の平均から20％以下もしくは10％以下もしくは5％以下変動し、かつ/または決定された複数のT細胞組成物もしくは用量のうち、そのような平均から1標準偏差以下変動するか、もしくは20％以下もしくは10％以下もしくは5％以下変動する。いくつかの態様において、複数の対象は、少なくとも10例の対象、例えば、少なくとも15例、少なくとも20例、少なくとも25例、少なくとも30例、少なくとも40例、少なくとも50例、少なくとも60例、少なくとも70例、少なくとも80例、少なくとも90例、少なくとも100例またはそれ以上の対象を含む。
いくつかの局面において、用量、例えば、1つまたは複数の単位用量は、操作されたT細胞、例えば、特定の表面マーカー表現型などの特定の表現型を有する細胞の特定のサブセットの数、パーセンテージ、比、頻度および/または割合に基づいて決定される。いくつかの局面において、細胞表現型は、特定の細胞マーカー、例えば表面マーカーの発現および/または発現の非存在に基づいて決定される。いくつかの局面において、細胞マーカーは、細胞の生存能力および/またはアポトーシス状態を示すマーカーを含む。いくつかの局面において、例示的なマーカーとしては、CD3、CD4、CD8、CCR7、CD27、CD45RA、アネキシンVまたは活性化カスパーゼ3が挙げられる。いくつかの局面において、例示的なマーカーはCCR7である。いくつかの局面において、例示的なマーカーはCD27である。いくつかの局面において、例示的なマーカーとしては、CCR7および/またはCD27が挙げられる。いくつかの局面において、例示的なマーカーとしては、CCR7、CD27および/またはCD45RAが挙げられる。
いくつかの態様において、治療用T細胞組成物の1つまたは複数の単位用量、例えば、本明細書において記載されるいずれか、および/または本明細書において提供される方法によって決定される任意の単位用量を対象に投与する工程を伴う方法が提供される。
いくつかの態様において、疾患または病態を有する対象に、該疾患または病態に関連する抗原に特異的に結合するキメラ抗原受容体（CAR）などの組換え受容体を含む細胞を含むT細胞組成物の単位用量を投与する工程を伴う方法が提供され、治療用組成物の規定された数の全組換え受容体発現細胞（受容体＋）、全CD8＋組換え受容体発現細胞（受容体＋/CD8＋）が投与され、および/またはかかる細胞の単位用量が投与され、単位用量は、特定の表現型、例えば、CCR7＋/CD4＋、CCR7＋/CD8＋、CD27＋/CD4＋、CD27＋/CD8＋、CD45RA＋/CD4＋、CD45RA＋/CD8＋、CCR7-/CD4＋、CCR7-/CD8＋、CD27-/CD4＋、CD27-/CD8＋、CD45RA-/CD4＋、CD45RA-/CD8＋、CCR7＋/CD27＋/CD4＋、CCR7＋/CD27＋/CD8＋、CCR7＋/CD45RA-/CD4＋、CCR7＋/CD45RA-/CD8＋、CCR7-/CD45RA-/CD4＋、CCR7-/CD45RA-/CD8＋、CCR7-/CD27-/CD4＋、CCR7-/CD27-/CD8＋を有する規定された数、パーセンテージ、比、頻度および/または割合の細胞を含有する。
いくつかの態様において、細胞の単位用量は、C-Cケモカイン受容体タイプ7（CCR7）を発現する規定された数の組換え受容体発現CD8＋T細胞（受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞）、ならびに/またはCCR7を発現する規定された数の組換え受容体発現CD4＋T細胞（受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞）、ならびに/または規定された比の受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞対受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞、ならびに/または規定された比の受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞および/もしくは受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞対組成物中の細胞の別のサブセットを含む。いくつかの態様において、細胞の単位用量は、規定された数のCD8＋/CCR7＋細胞を含む。いくつかの態様において、細胞の単位用量は、規定された数のCD4＋/CCR7＋細胞を含む。いくつかの態様において、規定された数または比は、細胞上のCD27および/またはCD45RAの発現または発現の非存在にさらに基づく。
いくつかの態様において、細胞の単位用量は、分化クラスター27（CD27）を発現する規定された数の組換え受容体発現CD8＋T細胞（受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞）、ならびに/またはCD27を発現する規定された数の組換え受容体発現CD4＋T細胞（受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞）、ならびに/または規定された比の受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞対受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞、ならびに/または規定された比の受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞および/もしくは受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞対組成物中の細胞の別のサブセットを含む。いくつかの態様において、細胞の単位用量は、規定された数のCD8＋/CD27＋細胞を含む。いくつかの態様において、細胞の単位用量は、規定された数のCD4＋/CD27＋細胞を含む。いくつかの態様において、規定された数または比は、細胞上のCCR7および/またはCD45RAの発現または発現の非存在にさらに基づく。
いくつかの態様において、細胞の単位用量は、CCR7およびCD27を発現する規定された数の組換え受容体発現CD8＋T細胞（受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞）、ならびに/またはCCR7およびCD27を発現する規定された数の組換え受容体発現CD4＋T細胞（受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞）、ならびに/または規定された比の受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞対受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞、ならびに/または規定された比の受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞および/もしくは受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞対組成物中の細胞の別のサブセットを含む。いくつかの態様において、細胞の単位用量は、規定された数のCD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞を含む。いくつかの態様において、細胞の単位用量は、規定された数のCD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞を含む。いくつかの態様において、規定された数または比は、細胞上のCD45RAの発現または発現の非存在にさらに基づく。
いくつかの態様において、単位用量中の細胞の数は、細胞の数、もしくは組換え受容体発現細胞もしくはCAR発現細胞の数、または特定の表現型の前記細胞、例えば、特定の対象、例えば、細胞が由来する対象にある用量で投与することが望ましい、CD3 CD4、CD8、CCR7、CD27、CD45RA、アネキシンVもしくは活性化カスパーゼ3から選択される1つもしくは複数のマーカーを発現するかもしくは発現しない細胞の数、パーセンテージ、比、頻度および/もしくは割合である。いくつかの態様において、単位用量中の細胞の数は、細胞の数、もしくは組換え受容体発現細胞もしくはCAR発現細胞の数、または特定の表現型の前記細胞、例えば、CCR7＋、CD27＋、CD45RA＋、CD45RA-、CD4＋、CD8＋、CD3＋、アポトーシスマーカー陰性（例えば、アネキシンV-またはカスパーゼ3-）細胞、もしくは前述のいずれかのうちの1つもしくは複数について陽性もしくは陰性である細胞の数、パーセンテージ、比、頻度および/もしくは割合である。
いくつかの態様において、単位用量中の細胞の数は、細胞の数、もしくは組換え受容体発現細胞もしくはCAR発現細胞の数、または特定の対象、例えば、細胞が由来する対象にある用量で投与することが望ましい、特定の表現型、例えば、CCR7＋/CD4＋、CCR7＋/CD8＋、CD27＋/CD4＋、CD27＋/CD8＋、CD45RA＋/CD4＋、CD45RA＋/CD8＋、CCR7-/CD4＋、CCR7-/CD8＋、CD27-/CD4＋、CD27-/CD8＋、CD45RA-/CD4＋、CD45RA-/CD8＋、CCR7＋/CD27＋/CD4＋、CCR7＋/CD27＋/CD8＋、CCR7＋/CD45RA-/CD4＋、CCR7＋/CD45RA-/CD8＋、CCR7-/CD45RA-/CD4＋、CCR7-/CD45RA-/CD8＋、CCR7-/CD27-/CD4＋、CCR7-/CD27-/CD8＋のかかる細胞;およびアポトーシスマーカー陰性（例えば、アネキシンV-またはカスパーゼ3-）細胞の数、パーセンテージ、比および/もしくは割合である。いくつかの態様において、単位用量は、規定された数の細胞、もしくは組換え受容体発現細胞もしくはCAR発現細胞の数、または特定の表現型、例えば、CCR7＋/CD4＋、CCR7＋/CD8＋、CD27＋/CD4＋、CD27＋/CD8＋、CD45RA＋/CD4＋、CD45RA＋/CD8＋、CCR7-/CD4＋、CCR7-/CD8＋、CD27-/CD4＋、CD27-/CD8＋、CD45RA-/CD4＋、CD45RA-/CD8＋、CCR7＋/CD27＋/CD4＋、CCR7＋/CD27＋/CD8＋、CCR7＋/CD45RA-/CD4＋、CCR7＋/CD45RA-/CD8＋、CCR7-/CD45RA-/CD4＋、CCR7-/CD45RA-/CD8＋、CCR7-/CD27-/CD4＋、CCR7-/CD27-/CD8＋のかかる細胞;およびアポトーシスマーカー陰性（例えば、アネキシンV-またはカスパーゼ3-）細胞、および/もしくはその任意のサブセットの数、パーセンテージ、比および/もしくは割合を含む。
いくつかの態様において、単位用量は、細胞もしくは細胞型の数、ならびに/または細胞組成物中の細胞もしくは細胞型、例えば、個々の集団、表現型もしくはサブタイプ、例えば、アネキシンV-/CCR7＋/CAR＋;アネキシンV-/CCR7＋/CAR＋/CD4＋;アネキシンV-/CCR7＋/CAR＋/CD8＋;アネキシンV-/CD27＋/CAR＋;アネキシンV-/CD27＋/CAR＋/CD4＋;アネキシンV-/CD27＋/CAR＋/CD8＋;アネキシンV-/CCR7＋/CD27＋/CAR＋;アネキシンV-/CCR7＋/CD27＋/CAR＋/CD4＋;アネキシンV-/CCR7＋/CD27＋/CAR＋/CD8＋;アネキシンV-/CCR7＋/CD45RA-/CAR＋;アネキシンV-/CCR7＋/CD45RA-/CAR＋/CD4＋;アネキシンV-/CCR7＋/CD45RA-/CAR＋/CD8＋;アネキシンV-/CCR7-/CD45RA-/CAR＋;アネキシンV-/CCR7-/CD45RA-/CAR＋/CD4＋;アネキシンV-/CCR7-/CD45RA-/CAR＋/CD8＋;アネキシンV-/CCR7-/CD27-/CAR＋、アネキシンV-/CCR7-/CD27-/CAR＋/CD4＋;アネキシンV-/CCR7-/CD27-/CAR＋/CD8＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7＋/CAR＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7＋/CAR＋/CD4＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7＋/CAR＋/CD8＋;活性化カスパーゼ3-/CD27＋/CAR＋;活性化カスパーゼ3-/CD27＋/CAR＋/CD4＋;活性化カスパーゼ3-/CD27＋/CAR＋/CD8＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7＋/CD27＋/CAR＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7＋/CD27＋/CAR＋/CD4＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7＋/CD27＋/CAR＋/CD8＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7＋/CD45RA-/CAR＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7＋/CD45RA-/CAR＋/CD4＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7＋/CD45RA-/CAR＋/CD8＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7-/CD45RA-/CAR＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7-/CD45RA-/CAR＋/CD4＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7-/CD45RA-/CAR＋/CD8＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7-/CD27-/CAR＋;活性化カスパーゼ3-/CCR7-/CD27-/CAR＋/CD4＋;および/もしくは活性化カスパーゼ3-/CCR7-/CD27-/CAR＋/CD8＋;もしくはそれらの組み合わせの表現型を有するものなどの頻度、比および/もしくはパーセンテージに基づいて決定される。
いくつかの態様において、単位用量は、1×105個もしくは約1×105個から、1×108個もしくは約1×108個、5×105個もしくは約5×105個から、1×107個もしくは約1×107個、または1×106個もしくは約1×106個から、1×107個もしくは約1×107個の、組換え受容体を発現する全CD8＋細胞（受容体＋/CD8＋細胞）、もしくは組換え受容体を発現する全CD4＋細胞（受容体＋/CD4＋細胞）、全受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞、全受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞、全受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞、または全受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞（両端の値を含む）を含む。いくつかの態様において、単位用量は、約1×108個以下、約5×107個以下、約1×107個以下、約5×106個以下、約1×106個以下、または約5×105個以下の全受容体＋/CD8＋細胞、もしくは全受容体＋/CD4＋細胞、全受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞、全受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞、全受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞、または全受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞を含む。
いくつかの態様において、単位用量は、5×105個もしくは約5×105個から、5×107個もしくは約5×107個、1×106個もしくは約1×106個から、1×107個もしくは約1×107個、または5×106個もしくは約5×106個から、1×107個もしくは約1×107個の全受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞または受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞（両端の値を含む）を含む。いくつかの態様において、単位用量は、少なくとも5×107、1×107、5×106、1×106、もしくは少なくとも約5×107、1×107、5×106、1×106、または少なくとも約5×105個の全受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞または受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞を含む。
いくつかの態様において、単位用量は、5×105個もしくは約5×105個から、5×107個もしくは約5×107個、1×106個もしくは約1×106個から、1×107個もしくは約1×107個、または5×106個もしくは約5×106個から、1×107個もしくは約1×107個の全受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞または受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞（両端の値を含む）を含む。いくつかの態様において、単位用量は、少なくとも5×107、1×107、5×106、1×106、もしくは少なくとも約5×107、1×107、5×106、1×106、または少なくとも約5×105個の全受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞または受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞を含む。
いくつかの態様において、単位用量は、少なくとも1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106もしくは1×107個、もしくは少なくとも約1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106もしくは1×107個の全受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞、および/または少なくとも1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106もしくは1×107個、もしくは少なくとも約1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106もしくは1×107個の全受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞（両端の値を含む）を含む。いくつかの態様において、単位用量は、3×106個もしくは約3×106個から、2.5×107個もしくは約2.5×107個、4×106個もしくは約4×106個から、2×107個もしくは約2×107個、もしくは5×106個もしくは約5×106個から、1×107個もしくは約1×107個の全受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞、および/または3×106個もしくは約3×106個から、2.5×107個もしくは約2.5×107個、4×106個もしくは約4×106個から、2×107個もしくは約2×107個、もしくは5×106個もしくは約5×106個から、1×107個もしくは約1×107個の全受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞（両端の値を含む）を含む。
いくつかの態様において、単位用量は、少なくとも1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106もしくは1×107個、もしくは少なくとも約1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106もしくは1×107個の全受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞、および/または少なくとも1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106もしくは1×107個、もしくは少なくとも約1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106もしくは1×107個の全受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞（両端の値を含む）を含む。いくつかの態様において、単位用量は、3×106個もしくは約3×106個から、2.5×107個もしくは約2.5×107個、4×106個もしくは約4×106個から、2×107個もしくは約2×107個、もしくは5×106個もしくは約5×106個から、1×107個もしくは約1×107個の全受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞、および/または3×106個もしくは約3×106個から、2.5×107個もしくは約2.5×107個、4×106個もしくは約4×106個から、2×107個もしくは約2×107個、もしくは5×106個もしくは約5×106個から、1×107個もしくは約1×107個の全受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞（両端の値を含む）を含む。
いくつかの態様において、単位用量は、5×105個もしくは約5×105個から、5×107個もしくは約5×107個、1×106個もしくは約1×106個から、1×107個もしくは約1×107個、または5×106個もしくは約5×106個から、1×107個もしくは約1×107個の全受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞または受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞（両端の値を含む）を含む。いくつかの態様において、単位用量は、少なくとも5×107、1×107、5×106、1×106、もしくは少なくとも約5×107、1×107、5×106、1×106、または少なくとも5×105もしくは少なくとも約5×105個の全受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞または受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞を含む。
いくつかの態様において、単位用量は、少なくとも1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106もしくは1×107個、もしくは少なくとも約1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106もしくは1×107個の全受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞、および/または少なくとも1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106もしくは1×107個、もしくは少なくとも約1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106もしくは1×107個の全受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞（両端の値を含む）を含む。いくつかの態様において、単位用量は、3×106個もしくは約3×106個から、2.5×107個もしくは約2.5×107個、4×106個もしくは約4×106個から、2×107個もしくは約2×107個、もしくは5×106個もしくは約5×106個から、1×107個もしくは約1×107個の全受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞、および/または3×106個もしくは約3×106個から、2.5×107個もしくは約2.5×107個、4×106個もしくは約4×106個から、2×107個もしくは約2×107個、もしくは5×106個もしくは約5×106個から、1×107個もしくは約1×107個の全受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞（両端の値を含む）を含む。
いくつかの態様において、細胞の単位用量は、規定された比の受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞対受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞を含み、この比は、任意で、1:1もしくは約1:1であるか、または約1:3～約3:1である。
いくつかの態様において、細胞の単位用量は、規定された比の受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞対受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞を含み、この比は、任意で、1:1もしくは約1:1であるか、または約1:3～約3:1である。
いくつかの態様において、単位用量は、1×105個もしくは約1×105個から、1×108個もしくは約1×108個、5×105個もしくは約5×105個から、1×107個もしくは約1×107個、または1×106個もしくは約1×106個から、1×107個もしくは約1×107個の、組換え受容体を発現する全CD8＋細胞（受容体＋/CD8＋細胞）、もしくは組換え受容体を発現する全CD4＋細胞（受容体＋/CD4＋細胞）、全受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞、または全受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞（両端の値を含む）を含む。いくつかの態様において、単位用量は、1×108もしくは約1×108個以下、5×107もしくは約5×107個以下、1×107もしくは約1×107個以下、5×106もしくは約5×106個以下、1×106もしくは約1×106個以下、または5×105もしくは約5×105個以下の全受容体＋/CD8＋細胞、もしくは全受容体＋/CD4＋細胞、全受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞、または全受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞を含む。
いくつかの態様において、細胞の単位用量は、規定された比の受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞対受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞を含み、この比は、任意で、1:1もしくは約1:1であるか、または約1:3～約3:1である。
いくつかの態様において、単位用量は、1×105個もしくは約1×105個から、5×108個もしくは約5×108個、1×105個もしくは約1×105個から、1×108個もしくは約1×108個、5×105個もしくは約5×105個から、1×107個もしくは約1×107個、または1×106個もしくは約1×106個から、1×107個もしくは約1×107個の、組換え受容体を発現する全CD3＋細胞（受容体＋/CD3＋細胞）、または全CD3＋細胞（両端の値を含む）を含む。いくつかの態様において、単位用量は、5×108もしくは約5×108個以下、1×108もしくは約1×108個以下、5×107もしくは約5×107個以下、1×107もしくは約1×107個以下、5×106もしくは約5×106個以下、1×106もしくは約1×106個以下、または5×105もしくは約5×105個以下の全受容体＋/CD3＋細胞または全CD3＋細胞を含む。
いくつかの態様において、CD3＋細胞の総数、受容体＋/CD3＋細胞の総数、受容体＋/CD8＋細胞の総数、受容体＋/CD4＋細胞の総数、受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞の総数、受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞の総数、受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞の総数、受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞の総数、受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞の総数、受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞の総数、受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD45RA-細胞および/または受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD45RA-細胞の総数は、生きているまたは生存可能なかかる細胞の総数である。いくつかの態様において、CD3＋細胞の総数、受容体＋/CD3＋細胞の総数、受容体＋/CD8＋細胞の総数、受容体＋/CD4＋細胞の総数、受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞の総数、受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞の総数、受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞の総数、受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞の総数、受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞の総数、受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞の総数、受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD45RA-細胞および/または受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD45RA-細胞の総数は、アポトーシスマーカーを発現しないかかる細胞の総数であり、および/またはアポトーシスマーカー陰性（-）であるかかる細胞の総数であり、アポトーシスマーカーは、アネキシンVまたは活性化カスパーゼ3である。
いくつかの態様において、本明細書において提供される組換え受容体を発現するT細胞を含む組成物のいずれかでは、組成物中のT細胞の総数（または組換え受容体を発現する、組成物中のT細胞の総数）の少なくとも15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくは100％、または少なくとも約15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくは100％、または15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくは100％、または約15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくは100％が、CCR7および/またはCD27について表面陽性である。
いくつかの態様において、本明細書において提供される組換え受容体を発現するT細胞を含む組成物のいずれかでは、組成物中のT細胞の総数（または組換え受容体を発現する、組成物中のT細胞の総数）の少なくとも70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくは100％、または少なくとも約70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくは100％、または70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくは100％、または約70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくは100％が、インターロイキン2（IL-2）および/またはTNF-アルファから選択されるサイトカインを産生することができる。いくつかの態様において、IL-2および/またはTNF-アルファを産生することができるT細胞は、CD4＋T細胞である。
いくつかの態様において、本明細書において提供される組換え受容体を発現するT細胞を含む組成物のいずれかでは、単位用量中の全受容体＋細胞の少なくとも15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％もしくは90％、もしくは少なくとも約15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％もしくは90％、もしくは15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％もしくは90％、もしくは約15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％もしくは90％、または単位用量中の全受容体＋細胞の15％もしくは約15％から、90％もしくは約90％、20％もしくは約20％から、80％もしくは約80％、30％もしくは約30％から、70％もしくは約70％、もしくは40％もしくは約40％から、60％もしくは約60％（両端の値を含む）が、受容体＋/CD8＋/CCR7＋または受容体＋/CD8＋/CD27＋である。いくつかの態様において、本明細書において提供される組換え受容体を発現するT細胞を含む組成物のいずれかでは、単位用量中の全受容体＋細胞の少なくとも15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％もしくは90％、もしくは少なくとも約15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％もしくは90％、または単位用量中の全受容体＋細胞の15％もしくは約15％から、90％もしくは約90％、20％もしくは約20％から、80％もしくは約80％、30％もしくは約30％から、70％もしくは約70％、もしくは40％もしくは約40％から、60％もしくは約60％（両端の値を含む）が、受容体＋/CD4＋/CCR7＋または受容体＋/CD4＋/CD27＋である。いくつかの態様において、単位用量中の全受容体＋細胞の少なくとも15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％もしくは90％、もしくは少なくとも約15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％もしくは90％、または単位用量中の全受容体＋細胞の15％もしくは約15％から、90％もしくは約90％、20％もしくは約20％から、80％もしくは約80％、30％もしくは約30％から、70％もしくは約70％、もしくは40％もしくは約40％から、60％もしくは約60％（両端の値を含む）が、受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋、受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD45RA-、受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋または受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD45RA-である。
いくつかの態様において、本明細書において提供される組換え受容体を発現するT細胞を含む組成物のいずれかでは、組成物もしくは単位用量中の全受容体＋/CD8＋細胞の少なくとも50％、60％、70％、80％もしくは90％、もしくは少なくとも約50％、60％、70％、80％もしくは90％、または組成物もしくは単位用量中の全受容体＋/CD8＋細胞の50％もしくは約50％から、90％もしくは約90％、60％もしくは約60％から、90％もしくは約90％、70％もしくは約70％から、80％もしくは約80％（両端の値を含む）が、受容体＋/CD8＋/CCR7＋または受容体＋/CD8＋/CD27＋または受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋である。いくつかの態様において、本明細書において提供される組換え受容体を発現するT細胞を含む組成物のいずれかでは、組成物もしくは単位用量中の全受容体＋/CD4＋細胞の少なくとも50％、60％、70％、80％もしくは90％、もしくは少なくとも約50％、60％、70％、80％もしくは90％、または組成物もしくは単位用量中の全受容体＋/CD4＋細胞の50％もしくは約50％から、90％もしくは約90％、60％もしくは約60％から、90％もしくは約90％、70％もしくは約70％から、80％もしくは約80％（両端の値を含む）が、受容体＋/CD4＋/CCR7＋または受容体＋/CD4＋/CD27＋または受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋である。受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋、受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD45RA-、受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋または受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD45RA-。いくつかの態様において、組成物中の全受容体＋/CD8＋細胞の少なくとも50％、60％、70％、80％もしくは90％、もしくは少なくとも約50％、60％、70％、80％もしくは90％が、受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋であるか、または組成物中の全受容体＋/CD4＋細胞の少なくとも15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％もしくは90％、もしくは少なくとも約15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％もしくは90％が、受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋である。
いくつかの態様において、単位用量は、1×105個もしくは約1×105個から、1×108個もしくは約1×108個、5×105個もしくは約5×105個から、1×107個もしくは約1×107個、または1×106個もしくは約1×106個から、1×107個もしくは約1×107個の、組換え受容体を発現する全CD8＋細胞（受容体＋/CD8＋細胞）、もしくは組換え受容体を発現する全CD4＋細胞（受容体＋/CD4＋細胞）、全受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞、全受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞、全受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞、または全受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞（両端の値を含む）を含む。いくつかの態様において、単位用量は、1×108もしくは約1×108個以下、5×107もしくは約5×107個以下、1×107もしくは約1×107個以下、5×106もしくは約5×106個以下、1×106もしくは約1×106個以下、または5×105もしくは約5×105個以下の全受容体＋/CD8＋細胞、もしくは全受容体＋/CD4＋細胞、全受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞、全受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞、全受容体＋/CD8＋/CD27＋細胞、または全受容体＋/CD4＋/CD27＋細胞を含む。
いくつかの態様において、細胞の単位用量は、規定された比の受容体＋/CD8＋/CCR7＋細胞対受容体＋/CD4＋/CCR7＋細胞を含み、この比は、任意で、1:1もしくは約1:1であるか、または約1:3～約3:1である。
いくつかの態様において、単位用量は、1×105個もしくは約1×105個から、1×108個もしくは約1×108個、5×105個もしくは約5×105個から、1×107個もしくは約1×107個、または1×106個もしくは約1×106個から、1×107個もしくは約1×107個の、組換え受容体を発現する全CD8＋細胞（受容体＋/CD8＋細胞）、もしくは組換え受容体を発現する全CD4＋細胞（受容体＋/CD4＋細胞）、全受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞、または全受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞（両端の値を含む）を含む。いくつかの態様において、単位用量は、1×108もしくは約1×108個以下、5×107もしくは約5×107個以下、1×107もしくは約1×107個以下、5×106もしくは約5×106個以下、1×106もしくは約1×106個以下、または5×105もしくは約5×105個以下の全受容体＋/CD8＋細胞、もしくは全受容体＋/CD4＋細胞、全受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞、または全受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞を含む。
いくつかの態様において、細胞の単位用量は、規定された比の受容体＋/CD8＋/CCR7＋/CD27＋細胞対受容体＋/CD4＋/CCR7＋/CD27＋細胞を含み、この比は、任意で、1:1もしくは約1:1であるか、または約1:3～約3:1である。
いくつかの態様において、提供される方法は、規定された数の細胞を含有する用量を投与する工程を伴う。いくつかの態様において、用量、例えば、規定された数の細胞、例えば、CCR7＋/CD4＋、CCR7＋/CD8＋、CD27＋/CD4＋、CD27＋/CD8＋、CD45RA＋/CD4＋、CD45RA＋/CD8＋、CCR7-/CD4＋、CCR7-/CD8＋、CD27-/CD4＋、CD27-/CD8＋、CD45RA-/CD4＋、CD45RA-/CD8＋、CCR7＋/CD27＋/CD4＋、CCR7＋/CD27＋/CD8＋、CCR7＋/CD45RA-/CD4＋、CCR7＋/CD45RA-/CD8＋、CCR7-/CD45RA-/CD4＋、CCR7-/CD45RA-/CD8＋、CCR7-/CD27-/CD4＋またはCCR7-/CD27-/CD8＋である規定された数のCAR＋細胞は、5.0×106～2.25×107個、5.0×106～2.0×107個、5.0×106～1.5×107個、5.0×106～1.0×107個、5.0×106～7.5×106個、7.5×106～2.25×107個、7.5×106～2.0×107個、7.5×106～1.5×107個、7.5×106～1.0×107個、1.0×107～2.25×107個、1.0×107～2.0×107個、1.0×107～1.5×107個、1.5×107～2.25×107個、1.5×107～2.0×107個、2.0×107～2.25×107個、または約5.0×106～2.25×107個、約5.0×106～2.0×107個、約5.0×106～1.5×107個、約5.0×106～1.0×107個、約5.0×106～7.5×106個、約7.5×106～2.25×107個、約7.5×106～2.0×107個、約7.5×106～1.5×107個、約7.5×106～1.0×107個、約1.0×107～2.25×107個、約1.0×107～2.0×107個、約1.0×107～1.5×107個、約1.5×107～2.25×107個、約1.5×107～2.0×107個、約2.0×107～2.25×107個である。いくつかの態様において、そのような用量、例えば、そのような規定された数の細胞は、投与される組成物中の全組換え受容体発現細胞を指す。いくつかの局面において、投与される規定された数の組換え受容体発現細胞は、アポトーシスマーカー陰性（-）である細胞であり、任意で、アポトーシスマーカーは、アネキシンVまたは活性化カスパーゼ3である。
いくつかの態様において、単位用量の細胞の用量は、いくつかの細胞、例えば、規定された数の細胞、少なくとも5×106、6×106、7×106、8×106、9×106、10×106個または少なくとも約5×106、6×106、7×106、8×106、9×106、10×106個から、約15×106個の組換え受容体発現細胞、例えば、CCR7＋/CD4＋、CCR7＋/CD8＋、CD27＋/CD4＋、CD27＋/CD8＋、CD45RA＋/CD4＋、CD45RA＋/CD8＋、CCR7-/CD4＋、CCR7-/CD8＋、CD27-/CD4＋、CD27-/CD8＋、CD45RA-/CD4＋、CD45RA-/CD8＋、CCR7＋/CD27＋/CD4＋、CCR7＋/CD27＋/CD8＋、CCR7＋/CD45RA-/CD4＋、CCR7＋/CD45RA-/CD8＋、CCR7-/CD45RA-/CD4＋、CCR7-/CD45RA-/CD8＋、CCR7-/CD27-/CD4＋もしくはCCR7-/CD27-/CD8＋であり、ならびに/またはアポトーシスマーカー陰性（-）およびCD8＋である組換え受容体発現細胞を含有し、任意で、アポトーシスマーカーは、アネキシンVまたは活性化カスパーゼ3である。
いくつかの態様において、ある用量の細胞が、提供される方法に従って、および/または提供される製造物品もしくは組成物によって、対象に投与される。いくつかの態様において、用量のサイズまたはタイミングは、対象の具体的な疾患または病態の関数として決定される。一部の状況において、提供される説明に鑑みた具体的な疾患のための用量のサイズまたはタイミングは、経験的に決定され得る。
いくつかの態様において、細胞の用量は、2×105または約2×105個/kg～2×106または約2×106個/kg、例えば4×105もしくは約4×105個/kg～1×106もしくは約1×106個/kg、または6×105もしくは約6×105個/kg～8×105もしくは約8×105個/kgの細胞を含む。いくつかの態様において、細胞の用量は、対象の体重1キログラムあたり2×105個（個/kg）以下の細胞（例えば、抗原提示細胞、例えばCAR発現細胞）、例えば3×105もしくは約3×105個/kg以下の細胞、4×105もしくは約4×105個/kg以下の細胞、5×105もしくは約5×105個/kg以下の細胞、6×105もしくは約6×105個/kg以下の細胞、7×105もしくは約7×105個/kg以下の細胞、8×105もしくは約8×105個/kg以下の細胞、9×105もしくは約9×105個/kg以下の細胞、1×106もしくは約1×106個/kg以下の細胞、または2×106もしくは約2×106個/kg以下の細胞を含む。いくつかの態様において、細胞の用量は、対象の体重1キログラムあたり少なくとも2×105または少なくとも約2×105または2×105または約2×105個（個/kg）の細胞（例えば、抗原提示細胞、例えばCAR発現細胞）、例えば少なくとも3×105もしくは少なくとも約3×105もしくは3×105もしくは約3×105個/kgの細胞、少なくとも4×105もしくは少なくとも約4×105もしくは4×105もしくは約4×105個/kgの細胞、少なくとも5×105もしくは少なくとも約5×105もしくは5×105もしくは約5×105個/kgの細胞、少なくとも6×105もしくは少なくとも約6×105もしくは6×105もしくは約6×105個/kgの細胞、少なくとも7×105もしくは少なくとも約7×105もしくは7×105もしくは約7×105個/kgの細胞、少なくとも8×105もしくは少なくとも約8×105もしくは8×105もしくは約8×105個/kgの細胞、少なくとも9×105もしくは少なくとも約9×105もしくは9×105もしくは約9×105個/kgの細胞、少なくとも1×106もしくは少なくとも約1×106もしくは1×106もしくは約1×106個/kgの細胞、または少なくとも2×106もしくは少なくとも約2×106もしくは2×106もしくは約2×106個/kgの細胞を含む。
一部の特定の態様において、細胞、または細胞のサブタイプの個々の集団は、10万個もしくは約10万個から、1000億個もしくは約1000億個の細胞の範囲、および/または対象の体重1キログラムあたりその量の細胞、例えば、10万個もしくは約10万個から、500億個もしくは約500億個の細胞（例えば、500万個もしくは約500万個の細胞、2500万個もしくは約2500万個の細胞、5億個もしくは約5億個の細胞、10億個もしくは約10億個の細胞、50億個もしくは約50億個の細胞、200億個もしくは約200億個の細胞、300億個もしくは約300億個の細胞、400億個もしくは約400億個の細胞、または前記値のいずれか2つによって規定される範囲）、100万個もしくは約100万個から、500億個もしくは約500億個の細胞（例えば、500万個もしくは約500万個の細胞、2500万個もしくは約2500万個の細胞、5億個もしくは約5億個の細胞、10億個もしくは約10億個の細胞、50億個もしくは約50億個の細胞、200億個もしくは約200億個の細胞、300億個もしくは約300億個の細胞、400億個もしくは約400億個の細胞、または前記値のいずれか2つによって規定される範囲）、例えば、1000万個もしくは約1000万個から、1000億個もしくは約1000億個の細胞（例えば、2000万個もしくは約2000万個の細胞、3000万個もしくは約3000万個の細胞、4000万個もしくは約4000万個の細胞、6000万個もしくは約6000万個の細胞、7000万個もしくは約7000万個の細胞、8000万個もしくは約8000万個の細胞、9000万個もしくは約9000万個の細胞、100億個もしくは約100億個の細胞、250億個もしくは約250億個の細胞、500億個もしくは約500億個の細胞、750億個もしくは約750億個の細胞、900億個もしくは約900億個の細胞、または前記値のいずれか2つによって規定される範囲）、かつ一部の状況において、1億個もしくは約1億個から、500億個もしくは約500億個の細胞（例えば、1億2000万個または約1億2000万個の細胞、2億5000万個または約2億5000万個の細胞、3億5000万個または約3億5000万個の細胞、4億5000万個または約4億5000万個の細胞、6億5000万個または約6億5000万個の細胞、8億個または約8億個の細胞、9億個または約9億個の細胞、30億個または約30億個の細胞、300億個または約300億個の細胞、450億個または約450億個の細胞）、またはこれらの範囲の間のいずれかの値および/もしくは対象の体重1キログラムあたりいずれかの値で、対象に投与される。投与量は、疾患もしくは障害および/または患者および/または他の治療に特定の属性に応じて異なり得る。いくつかの態様において、細胞の用量は、細胞の用量が対象の体表面積もしくは体重に関係しない、または対象の体表面積もしくは体重を基準にしないような、一律用量の細胞または固定用量の細胞である。
いくつかの態様において、例えば、対象がヒトである場合、用量は、約5×108個未満の全組換え受容体（例えばCAR）発現細胞、T細胞または末梢血単核球（PBMC）、例えば、1×106個または約1×106個から、5×108個または約5×108個の範囲のかかる細胞、例えば、2×106、5×106、1×107、5×107、1×108、1.5×108もしくは5×108個、もしくは約2×106、5×106、1×107、5×107、1×108、1.5×108もしくは5×108個のそのような全細胞、または前記値のいずれか2つの間の範囲を含む。いくつかの態様において、例えば、対象がヒトである場合、用量は、1×106個超または約1×106個超の全組換え受容体（例えばCAR）発現細胞、T細胞または末梢血単核球（PBMC）、および2×109個未満または約2×109個未満の全組換え受容体（例えばCAR）発現細胞、T細胞または末梢血単核球（PBMC）、例えば、2.5×107個または約2.5×107個から、1.2×109個または約1.2×109個のかかる細胞、例えば、2.5×107、5×107、1×108、1.5×108個、もしくは約2.5×107、5×107、1×108、1.5×108個のそのような全細胞、または前記値のいずれか2つの間の範囲を含む。
いくつかの態様において、遺伝子操作された細胞の用量は、1×105個または約1×105個から、5×108個または約5×108個の全CAR発現（CAR発現）T細胞、1×105個または約1×105個から、2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から、1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から、5×107個または約5×107個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から、2.5×107個または約2.5×107個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から、1×107個または約1×107個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から、5×106個または約5×106個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から、2.5×106個または約2.5×106個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から、1×106個または約1×106個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から、5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から、2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から、1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から、5×107個または約5×107個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から、2.5×107個または約2.5×107個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から、1×107個または約1×107個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から、5×106個または約5×106個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から、2.5×106個または約2.5×106個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から、5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から、2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から、1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から、5×107個または約5×107個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から、2.5×107個または約2.5×107個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から、1×107個または約1×107個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から、5×106個または約5×106個の全CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から、5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から、2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から、1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から、5×107個または約5×107個の全CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から、2.5×107個または約2.5×107個の全CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から、1×107個または約1×107個の全CAR発現T細胞、1×107個または約1×107個から、5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、1×107個または約1×107個から、2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、1×107個または約1×107個から、1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、1×107個または約1×107個から、5×107個または約5×107個の全CAR発現T細胞、1×107個または約1×107個から、2.5×107個または約2.5×107個の全CAR発現T細胞、2.5×107個または約2.5×107個から、5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、2.5×107個または約2.5×107個から、2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、2.5×107個または約2.5×107個から、1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、2.5×107個または約2.5×107個から、5×107個または約5×107個の全CAR発現T細胞、5×107個または約5×107個から、5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、5×107個または約5×107個から、2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、5×107個または約5×107個から、1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、1×108個または約1×108個から、5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、1×108個または約1×108個から、2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、2.5×108個または約2.5×108個から、5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞を含む。いくつかの態様において、遺伝子操作された細胞の用量は、2.5×107個または約2.5×107個から、1.5×108個または約1.5×108個の全CAR発現T細胞、例えば、5×107個または約5×107個から、1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞を含む。
いくつかの態様において、遺伝子操作された細胞の用量は、少なくとも1×105個もしくは少なくとも約1×105個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×105個もしくは少なくとも約2.5×105個のCAR発現細胞、少なくとも5×105個もしくは少なくとも約5×105個のCAR発現細胞、少なくとも1×106個もしくは少なくとも約1×106個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×106個もしくは少なくとも約2.5×106個のCAR発現細胞、少なくとも5×106個もしくは少なくとも約5×106個のCAR発現細胞、少なくとも1×107個もしくは少なくとも約1×107個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×107個もしくは少なくとも約2.5×107個のCAR発現細胞、少なくとも5×107個もしくは少なくとも約5×107個のCAR発現細胞、少なくとも1×108個もしくは少なくとも約1×108個のCAR発現細胞、少なくとも1.5×108個もしくは少なくとも約1.5×108個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×108個もしくは少なくとも約2.5×108個のCAR発現細胞、または少なくとも5×108個もしくは少なくとも約5×108個のCAR発現細胞を含む。
いくつかの態様において、細胞療法は、1×105個もしくは約1×105個から、5×108個もしくは約5×108個の全組換え受容体発現細胞、全T細胞もしくは全末梢血単核球（PBMC）、5×105個もしくは約5×105個から、1×107個もしくは約1×107個の全組換え受容体発現細胞、全T細胞もしくは全末梢血単核球（PBMC）、または1×106個もしくは約1×106個から、1×107個もしくは約1×107個の全組換え受容体発現細胞、全T細胞もしくは全末梢血単核球（PBMC）（両端の値を含む）の複数の細胞を含む用量の投与を含む。いくつかの態様において、細胞療法は、いくつかの細胞、少なくとも1×105個または少なくとも約1×105個の全組換え受容体発現細胞、全T細胞または全末梢血単核球（PBMC）、例えば、少なくとも1×106個または少なくとも1×106個、少なくとも1×107個または少なくとも約1×107個、少なくとも1×108個または少なくとも約1×108個のかかる細胞を含む、細胞の用量の投与を含む。いくつかの態様において、数は、CD3＋またはCD8＋、一部の状況において、組換え受容体発現（例えばCAR＋）CD3＋またはCD8＋細胞の総数を基準とする。いくつかの態様において、数は、CD4＋およびCD8＋、一部の状況において、組換え受容体発現（例えばCAR＋）CD4＋およびCD8＋細胞の総数を基準とする。
いくつかの態様において、細胞療法は、1×105個もしくは約1×105個から5×108個もしくは約5×108個のCD3＋もしくはCD8＋全T細胞もしくはCD3＋もしくはCD8＋組換え受容体発現細胞、5×105個もしくは約5×105個から1×107個もしくは約1×107個のCD3＋もしくはCD8＋全T細胞もしくはCD3＋もしくはCD8＋組換え受容体発現細胞、または1×106個もしくは約1×106個から1×107個もしくは約1×107個のCD3＋もしくはCD8＋全T細胞もしくはCD3＋もしくはCD8＋組換え受容体発現細胞（各々、両端の値を含む）の数の細胞を含む用量の投与を含む。いくつかの態様において、細胞療法は、1×105個もしくは約1×105個から5×108個もしくは約5×108個のCD4＋およびCD8＋全T細胞もしくはCD4＋およびCD8＋組換え受容体発現細胞、5×105個もしくは約5×105個から1×107個もしくは約1×107個のCD4＋およびCD8＋全T細胞もしくはCD4＋およびCD8＋組換え受容体発現細胞、または1×106個もしくは約1×106個から1×107個もしくは約1×107個のCD4＋およびCD8＋全T細胞もしくはCD4＋およびCD8＋組換え受容体発現細胞（各々、両端の値を含む）の数の細胞を含む用量の投与を含む。
いくつかの態様において、細胞療法は、1×105個もしくは約1×105個から5×108個もしくは約5×108個の全CD3＋/CAR＋もしくはCD8＋/CAR＋細胞、5×105個もしくは約5×105個から1×107個もしくは約1×107個の全CD3＋/CAR＋もしくはCD8＋/CAR＋細胞、または1×106個もしくは約1×106個から1×107個もしくは約1×107個の全CD3＋/CAR＋もしくはCD8＋/CAR＋細胞（各々、両端の値を含む）の数の細胞を含む用量の投与を含む。いくつかの態様において、細胞療法は、1×105個もしくは約1×105個から5×108個もしくは約5×108個の全CD4＋/CAR＋およびCD8＋/CAR＋細胞、5×105個もしくは約5×105個から1×107個もしくは約1×107個の全CD4＋/CAR＋およびCD8＋/CAR＋細胞、または1×106個もしくは約1×106個から1×107個もしくは約1×107個の全CD4＋/CAR＋およびCD8＋/CAR＋細胞（各々、両端の値を含む）の数の細胞を含む用量の投与を含む。
いくつかの態様において、該用量のT細胞はCD4＋T細胞、CD8＋T細胞またはCD4＋およびCD8＋T細胞を含む。
いくつかの態様において、例えば対象がヒトである場合、該用量の、例えばCD4＋およびCD8＋T細胞を含む用量中のCD8＋T細胞は1×106個もしくは約1×106個から5×108個もしくは約5×108個の全組換え受容体（例えば、CAR）発現CD8＋細胞、例えば5×106個もしくは約5×106個から1×108個もしくは約1×108個の範囲のかかる細胞、例えば1×107、2.5×107、5×107、7.5×107、1×108、1.5×108もしくは5×108個のそのような全細胞、または前記値のいずれか2つの間の範囲を含む。いくつかの態様において、患者に反復用量が投与され、それぞれの用量または総用量は前記値のいずれかの範囲内であり得る。いくつかの態様において、細胞の該用量は、1×107個または約1×107個から0.75×108個または約0.75×108個の全組換え受容体発現CD8＋T細胞、1×107個または約1×107個から5×107個または約5×107個の全組換え受容体発現CD8＋T細胞、1×107個または約1×107個から0.25×108個または約0.25×108個の全組換え受容体発現CD8＋T細胞（各々、両端の値を含む）の投与を含む。いくつかの態様において、細胞の該用量は、1×107、2.5×107、5×107、7.5×107、1×108、1.5×108、2.5×108もしくは5×108個または約1×107、2.5×107、5×107、7.5×107、1×108、1.5×108、2.5×108もしくは5×108個の全組換え受容体発現CD8＋T細胞の投与を含む。
いくつかの態様において、例えば対象がヒトである場合、該用量の、例えばCD4＋およびCD8＋T細胞を含む用量中のCD4＋T細胞は1×106個もしくは約1×106個から5×108個もしくは約5×108個の全組換え受容体（例えば、CAR）発現CD4＋細胞、例えば5×106個もしくは約5×106個から1×108個もしくは約1×108個の範囲のかかる細胞、例えば1×107、2.5×107、5×107、7.5×107、1×108、1.5×108もしくは5×108個のそのような全細胞、または前記値のいずれか2つの間の範囲を含む。いくつかの態様において、患者に反復用量が投与され、それぞれの用量または総用量は前記値のいずれかの範囲内であり得る。いくつかの態様において、細胞の該用量は、1×107個または約1×107個から0.75×108個または約0.75×108個の全組換え受容体発現CD4＋T細胞、1×107個または約1×107個から5×107個または約5×107個の全組換え受容体発現CD4＋T細胞、1×107個または約1×107個から0.25×108個または約0.25×108個の全組換え受容体発現CD4＋T細胞（各々、両端の値を含む）の投与を含む。いくつかの態様において、細胞の該用量は、1×107、2.5×107、5×107、7.5×107、1×108、1.5×108、2.5×108もしくは5×108個または約1×107、2.5×107、5×107、7.5×107、1×108、1.5×108、2.5×108もしくは5×108個の全組換え受容体発現CD4＋T細胞の投与を含む。
いくつかの態様において、細胞、例えば組換え受容体発現T細胞の用量は、対象に単回用量として投与されるか、または2週間、1ヶ月、3ヶ月、6ヶ月、1年、もしくはそれより長い期間内に1回だけ投与される。
養子細胞療法の文脈において、所与の「用量」の投与は、所与の量もしくは数の細胞の単一の組成物としての投与および/または単一の中断されない投与、例えば単回の注射もしくは連続輸注を包含し、また、複数の個々の組成物または輸注で提供される所与の量または数の細胞の分割用量としての、または複数の組成物としての指定された期間、例えば3日以下にわたる投与も包含する。したがって、いくつかの状況において、用量は、単一の時間点に施行または開始される指定された数の細胞の単回投与または連続投与である。しかしながら、いくつかの状況において、用量は、3日間もしくは2日間にわたって1日1回など、3日以下の期間にわたる複数回注射もしくは複数回輸注で、または1日の期間にわたる複数回輸注によって投与される。
したがって、いくつかの局面において、用量の細胞は、単一の薬学的組成物で投与される。いくつかの態様において、用量の細胞は、合わせて用量の細胞を含有する複数の組成物で投与される。
いくつかの態様において、用語「分割用量」は、1日より長くにわたって投与されるように分割された用量を指す。この型の投与は本方法に包含され、単回用量であるとみなす。
したがって、細胞の用量は、分割用量、例えば、経時的に投与される分割用量として投与され得る。例えば、いくつかの態様において、用量は、対象に2日間にわたって、または3日間にわたって投与され得る。分割投与のための例示的な方法は、用量の25％を初日に投与し、用量の残りの75％を2日目に投与することを含む。他の態様において、用量の33％が初日に投与され得、残りの67％が2日目に投与され得る。いくつかの局面において、用量の10％が初日に投与され、用量の30％が2日目に投与され、用量の60％が3日目に投与される。いくつかの態様において、分割用量は、3日より長くにわたって延長されない。
いくつかの態様において、用量の細胞は、各々が用量のうちのいくらかの細胞を含む複数の、例えば第1および第2、任意でそれより多くの組成物または溶液の投与によって投与され得る。いくつかの局面において、各々が細胞の異なる集団および/またはサブタイプを含有する複数の組成物は、別々に、または独立して、任意で一定期間内に投与される。例えば、細胞の集団またはサブタイプは、それぞれCD8＋およびCD4＋T細胞、および/またはそれぞれCD8＋濃縮集団およびCD4＋濃縮集団を含み得、例えば、CD4＋および/またはCD8＋T細胞は、各々が個々に、組換え受容体を発現するように遺伝子操作された細胞を含み得る。いくつかの態様において、用量の投与は、ある用量のCD8＋T細胞またはある用量のCD4＋T細胞を含む第1の組成物の投与と、該用量のCD4＋T細胞およびCD8＋T細胞の他方を含む第2の組成物の投与とを含む。
いくつかの態様において、組成物または用量の投与、例えば、複数の細胞組成物の投与は、細胞組成物の別々の投与を伴う。いくつかの局面において、別々の投与は、同時に、または任意の順序で逐次的に行われる。いくつかの態様において、用量は、第1の組成物と第2の組成物とを含み、第1の組成物と第2の組成物とは、0～12時間あけて、0～6時間あけて、または0～2時間あけて投与される。いくつかの態様において、第1の組成物の投与の開始と第2の組成物の投与の開始とは、2時間以下、1時間以下、もしくは30分以下あけて、15分以下、10分以下、または5分以下あけて行われる。いくつかの態様において、第1の組成物の投与の開始および/または終了と第2の組成物の投与の終了および/または開始とは、2時間以下、1時間以下、もしくは30分以下あけて、15分以下、10分以下、または5分以下あけて行われる。
いくつかの態様において、第1の組成物、例えば、用量の第1の組成物は、CD4＋T細胞を含む。いくつかの態様において、第1の組成物、例えば、用量の第1の組成物は、CD8＋T細胞を含む。いくつかの態様において、第1の組成物は、第2の組成物の前に投与される。いくつかの態様において、第2の組成物、例えば、用量の第2の組成物は、CD4＋T細胞を含む。いくつかの態様において、第2の組成物、例えば、用量の第2の組成物は、CD8＋T細胞を含む。
いくつかの態様において、細胞の用量または組成物は、規定された比もしくは目標の比の、組換え受容体を発現するCD4＋細胞対組換え受容体を発現するCD8＋細胞、および/または規定された比もしくは目標の比のCD4＋細胞対CD8＋細胞を含み、この比は、任意で約1:1であるか、または約1:3～約3:1であり、例えば約1:1である。いくつかの局面において、目標の比または所望の比（例えば、CD4＋:CD8＋比またはCAR＋CD4＋:CAR＋CD8＋比、例えば1:1）の異なる細胞集団を有する組成物または用量の投与は、集団の一方を含有する細胞組成物の投与、次いで、集団の他方を含む別個の細胞組成物の投与を伴い、ここで、投与は、目標の比もしくは所望の比または概ね目標の比もしくは所望の比での投与である。いくつかの局面において、規定された比での細胞の用量または組成物の投与により、T細胞療法の拡大、持続性および/または抗腫瘍活性の改善がもたらされる。
いくつかの態様において、対象は、細胞の複数回用量、例えば、2回以上の用量、または複数回の後続用量を投与される。いくつかの態様において、2回用量が対象に投与される。いくつかの態様において、対象は、後続用量を投与され、例えば、2回目の用量が初回用量の約4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20または21日後に投与される。いくつかの態様において、初回用量後、後続用量の投与後に追加の用量が投与されるような複数の後続用量が投与される。いくつかの局面において、追加の用量で対象に投与される細胞の数は、初回用量および/または後続用量と同じか、または同様である。いくつかの態様において、追加の用量は前回用量より多い。
いくつかの局面において、第1の用量サイズおよび/または後続用量サイズは、1つまたは複数の基準、例えば以前の治療、例えば化学療法に対する対象の奏効、対象の疾病負荷、例えば腫瘍細胞量、腫瘍の大きさ、腫瘍サイズ、または転移の度合、程度もしくは型、病期、および/または対象が中毒性転帰、例えば、CRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍崩壊症候群、神経毒性を発現する可能性もしくは発生率および/または投与される細胞および/または組換え受容体に対する宿主の免疫応答に基づいて決定される。
いくつかの局面において、初回用量の投与と後続用量の投与との間の時間は、約9～約35日、約14～約28日または15～27日である。いくつかの態様において、後続用量の投与は、初回用量の投与から約14日後より後でありかつ約28日後より前の時点である。いくつかの局面において、初回用量と後続用量との間の時間は約21日である。いくつかの態様において、追加の用量、例えば後続用量は、後続用量の投与後に投与される。いくつかの局面において、追加の後続用量は、前回用量の投与から少なくとも約14日後でありかつ約28日後より前に投与される。いくつかの態様において、追加の用量は、前回用量から約14日後より前、例えば、前回用量の4、5、6、7、8、9、10、11、12または13日後に投与される。いくつかの態様において、前回用量から約14日後より前に用量の投与は行われず、かつ/または前回用量から約28日後より後に用量の投与は行われない。
いくつかの態様において、細胞、例えば、組換え受容体発現細胞の用量は、T細胞の初回用量およびT細胞の後続用量を含む2回用量（例えば二重用量）を含み、ここで、初回用量および2回目の用量の一方または両方は、T細胞の分割用量の投与を構成する。
いくつかの態様において、細胞の用量は一般的に、疾病負荷の低減に有効であるのに十分に大きい。
いくつかの態様において、細胞は、いくつかの局面において所望の用量もしくは数の細胞もしくは細胞型および/または所望の比の細胞型を含む所望の投与量で投与される。したがって、いくつかの態様における細胞の投与量は、細胞の総数（または体重1kgあたりの数）および個々の集団またはサブタイプの所望の比、例えば、CD8＋に対するCD4＋の比に基づく。いくつかの態様において、細胞の投与量は、個々の集団中または個々の細胞型の細胞の所望の総数（または体重1kgあたりの数）に基づく。いくつかの態様において、投与量は、個々の集団における全細胞の所望の数、所望の比および所望の細胞総数などのそのような特徴の組み合わせに基づく。
いくつかの態様において、集団またはサブタイプの細胞、例えばCD8＋およびCD4＋T細胞は、全細胞の所望の用量、例えばT細胞の所望の用量で、またはその許容差の範囲内で投与される。いくつかの局面において、所望の用量は、所望の細胞数または細胞が投与される対象の単位体重あたりの所望の細胞数、例えば細胞/kgである。いくつかの局面において、所望の用量は、最小細胞数もしくは単位体重あたりの最小細胞数または最小細胞数もしくは単位体重あたりの最小細胞数より上である。いくつかの局面において、全細胞のうち、所望の用量で投与される個々の集団または個々のサブタイプは、所望のアウトプット比（例えば、CD8＋に対するCD4＋の比）またはその近く、例えば、そのような比の特定の許容差または許容誤差の範囲内で存在させる。
いくつかの態様において、細胞は、個々の集団もしくはサブタイプの細胞の1つもしくは複数の所望の用量、例えばCD4＋細胞の所望の用量および/もしくはCD8＋細胞の所望の用量で、またはその許容差の範囲内で投与される。いくつかの局面において、所望の用量は、サブタイプもしくは集団の所望の細胞数、または細胞が投与される対象の単位体重あたりのかかる細胞の所望数、例えば細胞/kgである。いくつかの局面において、所望の用量は、集団もしくはサブタイプの最小細胞数、もしくは単位体重あたりの集団もしくはサブタイプの最小細胞数であるか、または集団もしくはサブタイプの最小細胞数、もしくは単位体重あたりの集団もしくはサブタイプの最小細胞数より上である。
したがって、いくつかの態様において、投与量は、全細胞の所望の固定用量および所望の比に基づく、および/または個々のサブタイプもしくは亜集団の1つもしくは複数、例えば各々の所望の固定用量に基づく。したがって、いくつかの態様において、投与量は、T細胞の所望の固定用量もしくは所望の最小用量およびCD8＋細胞に対するCD4＋細胞の所望の比に基づく、および/またはCD4＋および/またはCD8＋細胞の所望の固定用量もしくは所望の最小用量に基づく。
いくつかの態様において、細胞は、複数の細胞集団もしくはサブタイプ、例えばCD4＋およびCD8＋細胞もしくはサブタイプの所望のアウトプット比で、またはその許容範囲内で投与される。いくつかの局面において、所望の比は、特定の比であってよいか、または比の範囲であってよい。例えば、いくつかの態様において、所望の比（例えば、CD8＋細胞に対するCD4＋細胞の比）は、1:5もしくは約1:5から、5:1もしくは約5:1（または約1:5超かつ約5:1未満）、または1:3もしくは約1:3から、3:1もしくは約3:1（または約1:3超かつ約3:1未満）、例えば、2:1または約2:1から、1:5または約1:5（または約1:5超かつ約2:1未満）、例えば、5:1、4.5:1、4:1、3.5:1、3:1、2.5:1、2:1、1.9:1、1.8:1、1.7:1、1.6:1、1.5:1、1.4:1、1.3:1、1.2:1、1.1:1、1:1、1:1.1、1:1.2、1:1.3、1:1.4、1:1.5、1:1.6、1:1.7、1:1.8、1:1.9:1:2、1:2.5、1:3、1:3.5、1:4、1:4.5もしくは1:5、または約5:1、4.5:1、4:1、3.5:1、3:1、2.5:1、2:1、1.9:1、1.8:1、1.7:1、1.6:1、1.5:1、1.4:1、1.3:1、1.2:1、1.1:1、1:1、1:1.1、1:1.2、1:1.3、1:1.4、1:1.5、1:1.6、1:1.7、1:1.8、1:1.9:1:2、1:2.5、1:3、1:3.5、1:4、1:4.5もしくは1:5である。いくつかの局面において、許容差は、所望の比の約1％、約2％、約3％、約4％、約5％、約10％、約15％、約20％、約25％、約30％、約35％、約40％、約45％、約50％の範囲内であり、これらの範囲間のいずれかの値を含む。
特定の態様において、細胞の数および/または濃度は、組換え受容体（例えばCAR）発現細胞の数を指す。他の態様において、細胞の数および/または濃度は、投与されるすべての細胞、T細胞または末梢血単核球（PBMC）の数または濃度を指す。
いくつかの局面において、用量サイズは、1つまたは複数の基準、例えば以前の治療、例えば化学療法に対する対象の奏効、対象の疾病負荷、例えば腫瘍細胞量、腫瘍の大きさ、腫瘍サイズ、または転移の度合、程度もしくは型、病期、および/または対象が中毒性転帰、例えば、CRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍崩壊症候群、神経毒性を発現する可能性もしくは発生率および/または投与される細胞および/または組換え受容体に対する宿主の免疫応答に基づいて決定される。いくつかの態様において、用量サイズは、予測されるアウトプット細胞組成物属性に基づいて決定される。上記の態様のいずれかのいくつかにおいて、用量は、所定の用量および/または所定のレジメンであり得る。いくつかの態様において、用量サイズ、用量の濃度、および/または用量を投与する頻度は、肯定的な臨床転帰（例えば応答）を達成するために改変されてもよい。いくつかの態様において、投与の用量サイズ、濃度および/または頻度を変更すると、所定の用量および/または治療計画が変更される。
いくつかの態様において、前記方法は、キメラ抗原受容体（CAR）を発現する細胞および/もしくはリンパ球除去療法を1つもしくは複数の追加の用量で適用する工程も含み、かつ/または該方法の1つもしくは複数のステップが繰り返される。いくつかの態様において、1つまたは複数の追加の用量は、初期用量と同じである。いくつかの態様において、1つまたは複数の追加の用量は、初期用量と異なり、例えば、初期用量より例えば2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、もしくは10倍、もしくはそれよりさらに多いか、または例えば、初期用量より例えば2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、もしくは10倍、もしくはそれよりさらに少ない。いくつかの態様において、1つまたは複数の追加の用量の投与は、初期の治療もしくはいずれかの以前の治療に対する対象の奏効、対象の疾病負荷、例えば腫瘍細胞量、腫瘍の大きさ、腫瘍サイズ、または転移の度合、程度、もしくは型、病期、および/または対象が中毒性転帰、例えば、CRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍崩壊症候群、神経毒性を発現する可能性もしくは発生率および/または投与される細胞および/または組換え受容体に対する宿主の免疫応答に基づいて決定される。
II. 操作されたT細胞を生成するための方法
いくつかの態様において、治療用細胞組成物に対する臨床応答に関連する特徴量を特定する方法または治療用細胞組成物を用いた処置に対する応答を処置前に特定するための方法は、組換えタンパク質、例えば、T細胞受容体（TCR）またはキメラ抗原受容体（CAR）などの組換え受容体を発現する操作された細胞（例えばアウトプット組成物）、例えば、操作されたCD4＋T細胞および/または操作されたCD8＋T細胞の治療用組成物の生成に関連して使用することができる。いくつかの態様において、本明細書において提供される方法は、細胞療法の製造、生成または作製に関連して使用され、細胞の単離、分離、選択、活性化または刺激、形質導入、洗浄、懸濁、希釈、濃縮および/または製剤化のためのステップなどの追加の処理ステップに関連して使用され得る。いくつかの態様において、操作された細胞、例えば操作されたCD4＋T細胞および/または操作されたCD8＋T細胞を生成または作製する方法は、対象から細胞を単離すること、細胞を調製すること、加工すること、刺激条件下でインキュベートすること、および/または操作すること（例えば、形質導入すること）のうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様において、前記方法は、まず、インプット細胞、例えば初代細胞が生物学的試料から単離され、例えば選択されもしくは分離され;例えば、形質導入もしくはトランスフェクションによって、組換えポリヌクレオチドを細胞中に導入するために、インプット細胞が、刺激条件下でインキュベートされ、ベクター粒子、例えばウイルスベクター粒子によって操作され;例えば細胞を拡大するために、操作された細胞、例えば形質導入された細胞を培養すること;ならびにアウトプット組成物中の細胞を製剤化するために、細胞の全部もしくは一部を収集し、採集し、および/または容器を細胞の全部もしくは一部で満たすことが順番に実施される処理工程を含む。いくつかの態様において、CD4＋およびCD8＋T細胞は、互いに独立して、例えば、別個のインプット組成物中で製造されるが、製造プロセスは同じ処理ステップを含む。いくつかの態様において、CD4＋およびCD8＋T細胞は、例えば、同じインプット組成物中で一緒に製造される。いくつかの態様において、選択された細胞（例えばインプット組成物）の特徴量が測定され、かつ本明細書において提供される機械学習モデル、例えばランダムフォレストモデル、ランダムサバイバルフォレストモデルへのインプットとして使用される。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物に対する臨床応答に関連する特徴量を特定する方法または治療用細胞組成物を用いた処置に対する応答を処置前に特定するための方法は、組換えタンパク質、例えば、T細胞受容体（TCR）またはキメラ抗原受容体（CAR）などの組換え受容体を発現する操作された細胞（例えばアウトプット組成物）、例えば、操作されたCD4＋T細胞および/または操作されたCD8＋T細胞の治療用組成物の生成に関連して使用することができる。いくつかの態様において、本明細書において提供される方法は、細胞療法の製造、生成または作製に関連して使用され、細胞の単離、分離、選択、活性化または刺激、形質導入、洗浄、懸濁、希釈、濃縮および/または製剤化のためのステップなどの追加の処理ステップに関連して使用され得る。いくつかの態様において、操作された細胞、例えば操作されたCD4＋T細胞および/または操作されたCD8＋T細胞を生成または作製する方法は、対象から細胞を単離すること、細胞を調製すること、加工すること、刺激条件下でインキュベートすること、および/または操作すること（例えば、形質導入すること）のうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様において、前記方法は、まず、インプット細胞、例えば初代細胞が生物学的試料から単離され、例えば選択されもしくは分離され;例えば、形質導入もしくはトランスフェクションによって、組換えポリヌクレオチドを細胞中に導入するために、インプット細胞が、刺激条件下でインキュベートされ、ベクター粒子、例えばウイルスベクター粒子によって操作され;例えば細胞を拡大するために、操作された細胞、例えば形質導入された細胞を培養すること;ならびにアウトプット組成物中の細胞を製剤化するために、細胞の全部もしくは一部を収集し、採集し、および/または容器を細胞の全部もしくは一部で満たすことが順番に実施される処理工程を含む。いくつかの態様において、CD4＋およびCD8＋T細胞は、互いに独立して、例えば、別個のインプット組成物中で製造されるが、製造プロセスは同じ処理ステップを含む。いくつかの態様において、CD4＋およびCD8＋T細胞は、例えば、同じインプット組成物中で一緒に製造される。いくつかの態様において、選択された細胞（例えばインプット組成物）の特徴量が測定され、かつ本明細書において提供される機械学習モデル、例えばランダムフォレストモデル、ランダムサバイバルフォレストモデルへのインプットとして使用される。
いくつかの態様において、生成されたアウトプット組成物（例えば治療用細胞組成物）の細胞は、凍結保存前または後に、同じ対象中に再導入される。いくつかの態様において、治療用細胞組成物の操作された細胞の特徴量が測定され、かつ本明細書において提供される機械学習モデル、例えばランダムフォレストモデル、ランダムサバイバルフォレストモデルへのインプットとして使用される。いくつかの態様において、操作された細胞のアウトプット組成物（例えば治療用細胞組成物）は、治療、例えば、自己細胞療法において使用するのに適している。例示的な製造方法は、その内容全体が参照によりその本明細書に組み入れられる、公開された国際特許出願である国際公開公報第2019/089855号に記載されている。
A.試料および細胞の調製
特定の態様において、提供される方法は、濃縮された細胞、例えばT細胞の1つまたは複数のインプット組成物を生成するために生物学的試料から細胞を単離、選択、および/または濃縮することに関連して使用される。いくつかの態様において、提供される方法は、特定の疾患もしくは病態を有する対象、または細胞療法を必要とするもしくは細胞療法が投与される対象などの対象から得られるまたは由来するものなどの、生物学的試料からの細胞またはその組成物の単離を含む。いくつかの態様において、例えば上記セクションI-AおよびI-A.1において説明される、処置される対象の特徴量が測定または入手され、かつ本明細書において提供される機械学習モデルへのインプットとして使用される。いくつかの局面において、対象は、細胞が単離、処理、および/または操作されている養子細胞療法などの特定の治療的介入を必要とする患者である対象などのヒトである。したがって、いくつかの態様における細胞は初代細胞、例えば初代ヒト細胞である。試料は、対象から直接採取された組織、体液、および他の試料を含む。生物学的試料は、生物学的供給源から直接得られた試料または処理される試料であり得る。生物学的試料は、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿および汗などの体液、組織および器官試料に由来する処理された試料を含む組織および器官試料を含むが、これらに限定されるわけではない。
特定の態様において、提供される方法は、濃縮された細胞、例えばT細胞の1つまたは複数のインプット組成物を生成するために生物学的試料から細胞を単離、選択、および/または濃縮することに関連して使用される。いくつかの態様において、提供される方法は、特定の疾患もしくは病態を有する対象、または細胞療法を必要とするもしくは細胞療法が投与される対象などの対象から得られるまたは由来するものなどの、生物学的試料からの細胞またはその組成物の単離を含む。いくつかの態様において、例えば上記セクションI-AおよびI-A.1において説明される、処置される対象の特徴量が測定または入手され、かつ本明細書において提供される機械学習モデルへのインプットとして使用される。いくつかの局面において、対象は、細胞が単離、処理、および/または操作されている養子細胞療法などの特定の治療的介入を必要とする患者である対象などのヒトである。したがって、いくつかの態様における細胞は初代細胞、例えば初代ヒト細胞である。試料は、対象から直接採取された組織、体液、および他の試料を含む。生物学的試料は、生物学的供給源から直接得られた試料または処理される試料であり得る。生物学的試料は、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿および汗などの体液、組織および器官試料に由来する処理された試料を含む組織および器官試料を含むが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの局面において、試料は、血液もしくは血液由来の試料であるか、またはアフェレーシスもしくは白血球アフェレーシス産物であるかもしくはそれに由来する。例示的な試料としては、全血、末梢血単核細胞（PBMC）、白血球、骨髄、胸腺、組織生検、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、腸管関連リンパ組織、粘膜関連リンパ組織、脾臓、他のリンパ組織、肝臓、肺、胃、腸、結腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸、精巣、卵巣、扁桃腺、もしくは他の器官、および/またはそれに由来する細胞が挙げられる。試料は、細胞療法、例えば養子細胞療法の状況において、自己由来および同種異系供給源由来の試料を含む。
いくつかの例では、対象の循環血液由来の細胞は、例えばアフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによって得られる。試料は、いくつかの局面において、T細胞を含むリンパ球、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球、赤血球、および/または血小板を含み、いくつかの局面において、赤血球および血小板以外の細胞を含む。
いくつかの態様において、対象から収集された血球は、例えば血漿画分を除去し、その後の処理ステップのために細胞を適切な緩衝液または培地に入れるために洗浄される。いくつかの態様において、細胞はリン酸緩衝生理食塩水（PBS）で洗浄される。いくつかの態様において、洗浄溶液は、カルシウムおよび/またはマグネシウムおよび/または多くのもしくはすべての二価カチオンを含まない。いくつかの局面において、洗浄ステップは、製造者の指示に従って半自動「フロースルー」遠心分離機（例えばCobe 2991細胞プロセッサー、Baxter）によって達成される。いくつかの局面において、洗浄ステップは、製造者の指示に従って接線流濾過（TFF）によって達成される。いくつかの態様において、細胞は、洗浄後に、例えばCa＋＋/Mg＋＋を含まないPBSなどの様々な生体適合性緩衝液に再懸濁される。一部の特定の態様において、血球試料の成分は除去され、細胞は直接培養培地に再懸濁される。
いくつかの態様において、調製方法は、形質導入および操作のための単離、選択および/もしくは濃縮および/もしくはインキュベーションの前もしくは後に、ならびに/または操作された細胞の培養および/もしくは採取後に、細胞を凍結する、例えば凍結保存するためのステップを含む。いくつかの態様において、凍結およびその後の解凍ステップは、細胞集団中の顆粒球および、ある程度まで、単球を除去する。いくつかの態様において、細胞は、例えば血漿および血小板を除去するための洗浄ステップの後に、凍結溶液中に懸濁される。いくつかの局面では様々な公知の凍結溶液およびパラメータのいずれかを使用し得る。いくつかの態様において、細胞は、例えば、最終濃度が12.5％もしくは約12.5％、12.0％もしくは約12.0％、11.5％もしくは約11.5％、11.0％もしくは約11.0％、10.5％もしくは約10.5％、10.0％もしくは約10.0％、9.5％もしくは約9.5％、9.0％もしくは約9.0％、8.5％もしくは約8.5％、8.0％もしくは約8.0％、7.5％もしくは約7.5％、7.0％もしくは約7.0％、6.5％もしくは約6.5％、6.0％もしくは約6.0％、5.5％もしくは約5.5％、または5.0％もしくは約5.0％DMSO、あるいは1％～15％、6％～12％、5％～10％、または6％～8％DMSOである培地および/または溶液中で凍結、例えばクライオ凍結または凍結保存される。特定の態様において、細胞は、例えば、最終濃度が5.0％もしくは約5.0％、4.5％もしくは約4.5％、4.0％もしくは約4.0％、3.5％もしくは約3.5％、3.0％もしくは約3.0％、2.5％もしくは約2.5％、2.0％もしくは約2.0％、1.5％もしくは約1.5％、1.25％もしくは約1.25％、1.0％もしくは約1.0％、0.75％もしくは約0.75％、0.5％もしくは約0.5％、または0.25％もしくは約0.25％HSA、あるいは0.1％～-5％、0.25％～4％、0.5％～2％、または1％～2％HSAである培地および/または溶液中で凍結、例えばクライオ凍結または凍結保存される。一例は、20％DMSOおよび8％ヒト血清アルブミン（HSA）を含有するPBS、または他の適切な細胞凍結培地を使用することを含む。次にこれを培地で1:1に希釈して、DMSOおよびHSAの最終濃度がそれぞれ10％および4％になるようにする。次いで細胞を一般に毎分1°または約1°の速度で-80℃または約-80℃に凍結し、液体窒素貯蔵タンクの蒸気相で保存する。
いくつかの態様において、細胞または集団の単離は、1つまたは複数の調製および/または非親和性ベースの細胞分離ステップを含む。いくつかの例では、細胞は、例えば不要な成分を除去する、所望の成分を濃縮する、特定の試薬に感受性の細胞を溶解または除去するために、洗浄、遠心分離、および/または1つもしくは複数の試薬の存在下でインキュベートされる。いくつかの例では、細胞は、密度、付着特性、サイズ、感受性、および/または特定の成分に対する耐性などの1つまたは複数の特性に基づいて分離される。いくつかの態様において、方法は、密度に基づく細胞分離方法、例えば赤血球を溶解することによる末梢血からの白血球の調製、およびパーコールまたはフィコール勾配による遠心分離を含む。
いくつかの態様において、選択ステップの少なくとも一部は、細胞と選択試薬とのインキュベーションを含む。例えば、表面マーカー、例えば表面タンパク質、細胞内マーカー、または核酸などの1つまたは複数の特定の分子の細胞内または細胞上の発現または存在に基づいて1つまたは複数の異なる細胞型を選択するために、1つまたは複数の選択試薬を使用して行われ得る選択方法の一部としての、1つまたは複数の選択試薬とのインキュベーション。いくつかの態様において、かかるマーカーに基づく分離のための1つまたは複数の選択試薬を使用する任意の公知の方法を使用し得る。いくつかの態様において、1つまたは複数の選択試薬は、親和性または免疫親和性に基づく分離である分離をもたらす。例えば、いくつかの局面における選択は、細胞の発現または1つもしくは複数のマーカー、典型的には細胞表面マーカーの発現レベルに基づく細胞および細胞集団の分離のための1つまたは複数の試薬とのインキュベーション、例えばかかるマーカーに特異的に結合する抗体または結合パートナーとのインキュベーション、続いて一般に、洗浄ステップおよび抗体または結合パートナーに結合していない細胞からの抗体または結合パートナーに結合した細胞の分離によるものを含む。
かかるプロセスのいくつかの局面において、一定の体積の細胞が一定の量の所望の親和性に基づく選択試薬と混合される。免疫親和性に基づく選択は、分離される細胞と細胞上のマーカーに特異的に結合する分子、例えば固体表面、例えば粒子上の抗体または他の結合パートナーとの間に有利なエネルギー相互作用をもたらす任意のシステムまたは方法を使用して実施することができる。いくつかの態様において、方法は、細胞のマーカーに特異的な選択剤（例えば抗体）で被覆されたビーズ、例えば磁気ビーズなどの粒子を使用して行われる。粒子（例えばビーズ）は、エネルギー的に有利な相互作用を促進するのに役立つ一定な細胞密度対粒子（例えばビーズ）比で、振とうまたは混合しながら、チューブまたはバッグなどの容器内で細胞とインキュベートまたは混合され得る。他の場合には、方法は、選択のすべてまたは一部が遠心チャンバーの内部キャビティで、例えば遠心回転下で行われる細胞の選択を含む。いくつかの態様において、免疫親和性に基づく選択試薬などの選択試薬との細胞のインキュベーションは、遠心チャンバー内で行われる。一部の特定の態様において、単離または分離は、国際公開公報第2009/072003号、または米国特許出願第20110003380A1号に記載されているシステム、デバイス、または装置を使用して実施される。一例では、システムは、国際公開公報第2016/073602号に記載されているシステムである。
いくつかの態様において、遠心チャンバーのキャビティでかかる選択ステップまたはその一部（例えば抗体被覆粒子、例えば磁気ビーズとのインキュベーション）を行うことにより、ユーザは、様々な溶液の容量、処理中の溶液の添加およびそのタイミングなどの特定のパラメータを制御することができ、これは他の利用可能な方法と比較して利点を提供し得る。例えば、インキュベーション中にキャビティ内の液体容量を減少させる能力は、選択に使用される粒子（例えばビーズ試薬）の濃度を高めることができ、したがってキャビティ内の総細胞数に影響を及ぼすことなく溶液の化学的潜在能を高めることができる。これは次に、処理されている細胞と選択に使用される粒子間の対相互作用を増強することができる。いくつかの態様において、例えば本明細書に記載のシステム、回路、および制御に関連する場合、チャンバー内でインキュベーションステップを実施することは、インキュベーション中にユーザが所望の時間（1つまたは複数）に溶液の撹拌を実施することを可能にし、これも相互作用を改善することができる。
いくつかの態様において、細胞を選択試薬とともにインキュベートすることを含む、選択ステップの少なくとも一部は、遠心チャンバー内で行われる。かかるプロセスのいくつかの局面において、一定の体積の細胞は、製造者の指示に従って同じ数の細胞および/または同じ体積の細胞の選択のためにチューブまたは容器において同様の選択を行う場合に通常使用されるよりもはるかに少ない量の、所望の親和性に基づく選択試薬と混合される。いくつかの態様において、製造者の指示に従った同じ数の細胞および/または同じ体積の細胞のチューブまたは容器ベースのインキュベーションにおいて細胞の選択に使用される同じ選択試薬（1つまたは複数）の量の5％以下、10％以下、15％以下、20％以下、25％以下、50％以下、60％以下、70％以下、または80％以下の1つまたは複数の選択試薬の量が使用される。
いくつかの態様において、細胞の選択、例えば免疫親和性に基づく選択のために、細胞は、抗体などの、任意でポリマーまたは表面などの足場、例えばビーズ、例えば磁気ビーズ、例えばCD4およびCD8に特異的なモノクローナル抗体に結合した磁気ビーズに結合した、濃縮するおよび/または枯渇させることを所望する細胞上の表面マーカーに特異的に結合するが、組成物中の他の細胞上の表面マーカーには特異的に結合しない分子などの、選択試薬とともに選択緩衝液も含む組成物中で、チャンバーのキャビティ内でインキュベートされる。いくつかの態様において、記載されているように、選択試薬は、振とうまたは回転しながらチューブ内で選択を行う場合に、同じ数の細胞または同じ体積の細胞の選択についてほぼ同じまたは同様の効率を達成するために典型的に使用されるまたは必要となる選択試薬の量と比較して、実質的により少ない量（例えば5％以下、10％以下、20％以下、30％以下、40％以下、50％以下、60％以下、70％以下または80％以下の量）でチャンバーのキャビティ内の細胞に添加される。いくつかの態様において、インキュベーションは、細胞および選択試薬への選択緩衝液の添加を用いて行われ、例えば10mL～200mL、例えば少なくとも10mLもしくは少なくとも約10mLもしくは約10mL、少なくとも20mLもしくは少なくとも約20mLもしくは約20mL、少なくとも30mLもしくは少なくとも約30mLもしくは約30mL、少なくとも40mLもしくは少なくとも約40mLもしくは約40mL、少なくとも50mLもしくは少なくとも約50mLもしくは約50mL、少なくとも60mLもしくは少なくとも約60mLもしくは約60mL、少なくとも70mLもしくは少なくとも約70mLもしくは約70mL、少なくとも80mLもしくは少なくとも約80mLもしくは約80mL、少なくとも90mLもしくは少なくとも約90mLもしくは約90mL、少なくとも100mLもしくは少なくとも約100mLもしくは約100mL、少なくとも150mLもしくは少なくとも約150mLもしくは約150mL、または少なくとも200mLもしくは少なくとも約200mLもしくは約200mLの試薬のインキュベーションで標的体積を達成する。いくつかの態様において、選択緩衝液および選択試薬は、細胞に添加する前にあらかじめ混合される。いくつかの態様において、選択緩衝液および選択試薬は、細胞に別々に添加される。いくつかの態様において、選択インキュベーションは、周期的な穏やかな混合条件で行われ、これは、エネルギー的に有利な相互作用を促進するのに役立ち、それにより、高い選択効率を達成しながらより少ない全体的な選択試薬の使用を可能にすることができる。
いくつかの態様において、選択試薬とのインキュベーションの総持続時間は、5分～6時間または約5分～約6時間、例えば30分～3時間、例えば少なくとも30分もしくは少なくとも約30分、少なくとも60分もしくは少なくとも約60分、少なくとも120分もしくは少なくとも約120分、または少なくとも180分もしくは少なくとも約180分である。
いくつかの態様において、インキュベーションは一般に、混合条件下で、例えば一般に比較的低い力または速度、例えば細胞をペレット化するために使用される速度よりも低い速度、例えば600rpm～1700rpmまたは約600rpm～約1700rpm（例えば600rpmもしくは約600rpmもしくは少なくとも600rpm、1000rpmもしくは約1000rpmもしくは少なくとも1000rpm、または1500rpmもしくは約1500rpmもしくは少なくとも1500rpm、または1700rpmもしくは約1700rpmもしくは少なくとも1700rpm）、例えば80g～100gまたは約80g～約100g（例えば80gもしくは約80gもしくは少なくとも80g、85gもしくは約85gもしくは少なくとも85g、90gもしくは約90gもしくは少なくとも90g、95gもしくは約95gもしくは少なくとも95g、または100gもしくは約100gもしくは少なくとも100g）のチャンバーまたは他の容器の試料または壁におけるRCFでのスピンの存在下で行われる。いくつかの態様において、スピンは、かかる低い速度でのスピンとそれに続く休止期間、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10秒間のスピンおよび/または休止、例えば約1または2秒間のスピンとそれに続く約5、約6、約7、または約8秒間の休止という間隔の繰り返しを用いて行われる。
いくつかの態様において、かかるプロセスは、チャンバーが一体化されている完全に閉鎖されたシステム内で実施される。いくつかの態様において、このプロセス（およびいくつかの局面では、アフェレーシス試料などの細胞を含有する試料を洗浄する先の洗浄ステップなどの1つまたは複数の追加のステップも）は、自動化されたプログラムを使用して単一の閉鎖系内で洗浄および結合ステップを完了するために、細胞、試薬、および他の構成要素が適切な時間にチャンバーに引き込まれ、チャンバーから押し出され、遠心分離が行われるように、自動化された方式で実施される。
いくつかの態様において、細胞と1つおよび/または複数の選択試薬のインキュベーションおよび/または混合の後、インキュベートされた細胞は、特定の1つまたは複数の試薬の存在の有無に基づいて細胞を選択するために分離に供される。いくつかの態様において、分離は、選択試薬との細胞のインキュベーションが行われたのと同じ閉鎖系内で行われる。いくつかの態様において、選択試薬とのインキュベーション後、選択試薬が結合した細胞を含むインキュベートされた細胞は、細胞の免疫親和性に基づく分離のためのシステムに移される。いくつかの態様において、免疫親和性に基づく分離のためのシステムは、磁気分離カラムであるか、または磁気分離カラムを含む。
かかる分離ステップは、試薬、例えば抗体もしくは結合パートナーに結合した細胞がさらなる使用のために保持される陽性選択、および/または試薬、例えば抗体もしくは結合パートナーに結合していない細胞が保持される陰性選択に基づき得る。いくつかの例では、両方の画分がさらなる使用のために保持される。いくつかの局面において、陰性選択は、不均一集団において細胞型を特異的に同定する抗体が利用可能でない場合に特に有用であり得、そのため分離は、所望の集団以外の細胞によって発現されるマーカーに基づいて最も良好に行われる。
いくつかの態様において、プロセスステップは、親和性に基づく選択を実施することができるシステムまたは装置を使用することなどの、インキュベートされた細胞の陰性および/または陽性選択をさらに含む。いくつかの態様において、単離は、陽性選択による特定の細胞集団の濃縮、または陰性選択による特定の細胞集団の枯渇によって行われる。いくつかの態様において、陽性または陰性選択は、それぞれ陽性または陰性選択された細胞上に発現される（マーカー＋）または比較的高いレベルで発現される（マーカー高）1つまたは複数の表面マーカーに特異的に結合する1つまたは複数の抗体または他の結合剤とともに細胞をインキュベートすることによって達成される。複数回の同じ選択ステップ、例えば、陽性または陰性選択ステップを実施することができる。一部の特定の態様において、陽性または陰性選択された画分は、陽性または陰性選択ステップを繰り返すことなどによる選択のためのプロセスに供される。いくつかの態様において、選択は、2回、3回、4回、5回、6回、7回、8回、9回または9回超繰り返される。一部の特定の態様において、同じ選択が最大5回実施される。一部の特定の態様において、同じ選択ステップが3回実施される。
分離は、特定の細胞集団または特定のマーカーを発現する細胞の100％の濃縮または除去をもたらす必要はない。例えば、マーカーを発現する細胞などの特定の種類の細胞の陽性選択または濃縮は、かかる細胞の数またはパーセンテージを増加させることを指すが、マーカーを発現しない細胞の完全な非存在をもたらす必要はない。同様に、マーカーを発現する細胞などの特定の種類の細胞の陰性選択、除去、または枯渇は、かかる細胞の数またはパーセンテージを減少させることを指すが、かかる細胞すべての完全な除去をもたらす必要はない。
いくつかの例では、1回のステップから陽性または陰性選択された画分が、その後の陽性または陰性選択などの別の分離ステップに供される場合、複数回の分離ステップが行われる。いくつかの例では、それぞれが陰性選択の標的となるマーカーに特異的な複数の抗体または結合パートナーとともに細胞をインキュベートすることなどによって、複数のマーカーを同時に発現する細胞を単一の分離ステップで枯渇させることができる。同様に、様々な細胞型上に発現された複数の抗体または結合パートナーとともに細胞をインキュベートすることによって、複数の細胞型が同時に陽性選択され得る。一部の特定の態様において、1つまたは複数の分離ステップが、複数回繰り返され、および/または実施される。いくつかの態様において、分離ステップから得られた陽性または陰性選択された画分は、陽性または陰性選択ステップを繰り返すことなどによって、同じ分離ステップに供される。いくつかの態様において、例えば、陽性もしくは陰性細胞の収率を増加させるため、陰性選択された細胞の純度を増加させるため、および/または陰性選択された画分から陽性選択された細胞をさらに除去するために、単一の分離ステップが複数回繰り返され、および/または実施される。一部の特定の態様において、1つまたは複数の分離ステップは、2回、3回、4回、5回、6回、7回、8回、9回、10回または10回超実施され、および/または繰り返される。一部の特定の態様において、1つまたは複数の選択ステップは、1回～10回、1回～5回または3回～5回実施され、および/または繰り返される。一部の特定の態様において、1つまたは複数の選択ステップは、3回繰り返される。
例えば、いくつかの局面において、T細胞の特定の亜集団、例えば1つまたは複数の表面マーカーに陽性であるかまたはそれを高レベルに発現する細胞、例えばCD28＋、CD62L＋、CCR7＋、CD27＋、CD127＋、CD4＋、CD8＋、CD45RA＋、および/またはCD45RO＋T細胞は、陽性または陰性選択技術によって単離される。いくつかの態様において、かかる細胞は、かかるマーカーに特異的に結合する1つまたは複数の抗体または結合パートナーとのインキュベーションによって選択される。いくつかの態様において、抗体または結合パートナーを、選択を実施するための固体支持体またはマトリックス、例えば磁気ビーズまたは常磁性ビーズに、例えば直接的または間接的にコンジュゲートさせることができる。例えば、CD3＋、CD28＋T細胞は、CD3/CD28結合磁気ビーズ（例えばDYNABEADS（登録商標）M-450 CD3/CD28 T Cell Expander、および/またはExpACT（登録商標）ビーズ）を使用して陽性選択することができる。
いくつかの態様において、T細胞は、B細胞、単球、または他の白血球などの非T細胞上に発現されるマーカー、例えばCD14の陰性選択によってPBMC試料から分離される。いくつかの局面において、CD4＋またはCD8＋選択ステップを使用してCD4＋ヘルパーT細胞およびCD8＋細胞傷害性T細胞を分離する。かかるCD4＋およびCD8＋集団は、1つまたは複数のナイーブT細胞、メモリーT細胞、および/またはエフェクターT細胞亜集団上に発現されるまたは比較的高い程度に発現されるマーカーについての陽性または陰性選択によって、亜集団にさらに分類することができる。
いくつかの態様において、CD8＋T細胞は、それぞれの亜集団に関連する表面抗原に基づく陽性または陰性選択などによって、ナイーブ、セントラルメモリー、エフェクターメモリー、および/またはセントラルメモリー幹細胞がさらに濃縮または枯渇される。いくつかの態様において、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、有効性を高めるため、例えば長期生存、拡大、および/または投与後の生着を改善するために行われ、これは、いくつかの局面ではかかる亜集団において特に堅固である。Terakura et al.,（2012）Blood.1:72-82;Wang et al.（2012）J Immunother.35（9）:689-701参照。いくつかの態様において、TCMが濃縮されたCD8＋T細胞とCD4＋T細胞を組み合わせることは、有効性をさらに増強する。
態様において、メモリーT細胞は、CD8＋末梢血リンパ球のCD62L＋およびCD62L-サブセットの両方に存在する。PBMCは、抗CD8抗体および抗CD62L抗体などを使用して、CD62L-CD8＋および/またはCD62L＋CD8＋画分を濃縮または枯渇させることができる。
いくつかの態様において、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3、および/またはCD127の陽性または高い表面発現に基づく;いくつかの局面では、CD45RAおよび/またはグランザイムBを発現または高発現する細胞の陰性選択に基づく。いくつかの局面において、TCM細胞が濃縮されたCD8＋集団の単離は、CD4、CD14、CD45RAを発現する細胞の枯渇、およびCD62Lを発現する細胞の陽性選択または濃縮によって行われる。一局面において、セントラルメモリーT（TCM）細胞の濃縮は、CD4発現に基づいて選択された細胞の陰性画分から出発して、これをCD14およびCD45RAの発現に基づく陰性選択、ならびにCD62Lに基づく陽性選択に供して行われる。
いくつかの局面ではかかる選択は同時に行われ、他の局面ではいずれかの順序で連続的に行われる。いくつかの局面において、CD8＋T細胞集団または亜集団を調製するのに使用されるのと同じCD4発現に基づく選択ステップが、CD4＋T細胞集団または亜集団を生成するためにも使用され、そのためCD4に基づく分離からの陽性および陰性画分の両方が保持され、方法のその後のステップで使用され、任意で1つまたは複数のさらなる陽性または陰性選択ステップが続く。いくつかの態様において、CD4＋T細胞集団の選択およびCD8＋T細胞集団の選択は同時に行われる。いくつかの態様において、CD4＋T細胞集団およびCD8＋T細胞集団の選択は、いずれかの順序で連続的に行われる。いくつかの態様において、細胞を選択するための方法は、米国特許出願公開第20170037369号に記載されているものを含み得る。いくつかの態様において、選択後に、選択されたCD4＋T細胞集団および選択されたCD8＋T細胞集団を組み合わせてもよい。いくつかの局面において、選択されたCD4＋T細胞集団および選択されたCD8＋T細胞集団は、本明細書に記載されるようにバイオリアクターバッグ内で組み合わされてもよい。いくつかの態様において、選択されたCD4＋T細胞集団および選択されたCD8＋T細胞集団は別々に処理され、それによって、選択されたCD4＋T細胞集団については、CD4＋T細胞が濃縮され、刺激試薬（例えば抗CD3/抗CD28磁気ビーズ）とともにインキュベートされ、組換えタンパク質（例えばCAR）をコードするウイルスベクターによって形質導入され、かつT細胞を拡大させる条件下で培養され、かつ選択されたCD8＋T細胞集団については、CD8＋T細胞が濃縮され、かつ刺激試薬（例えば抗CD3/抗CD28磁気ビーズ）とともにインキュベートされ、同じドナー由来のCD4＋T細胞を操作するのと同じ組換えタンパク質などの組換えタンパク質（例えばCAR）をコードするウイルスベクターによって形質導入され、かつ提供される方法などに従ってT細胞を拡大させる条件下で培養される。
特定の態様において、生物学的試料、例えばPBMCまたは他の白血球の試料は、陰性画分および陽性画分の両方が保持されるCD4＋T細胞の選択に供される。一部の特定の態様において、CD8＋T細胞は陰性画分から選択される。いくつかの態様において、生物学的試料は、陰性画分および陽性画分の両方が保持されるCD8＋T細胞の選択に供される。一部の特定の態様において、CD4＋T細胞は陰性画分から選択される。
特定の例では、PBMCの試料または他の白血球試料は、陰性画分および陽性画分の両方が保持されるCD4＋T細胞の選択に供される。次いで、陰性画分は、CD14およびCD45RAまたはCD19の発現に基づく陰性選択、ならびにCD62LまたはCCR7などのセントラルメモリーT細胞に特徴的なマーカーに基づく陽性選択に供され、ここで陽性選択と陰性選択はいずれの順序でも行われる。
CD4＋Tヘルパー細胞は、細胞表面抗原を有する細胞集団を同定することによって、ナイーブ細胞、セントラルメモリー細胞、およびエフェクター細胞に分類され得る。CD4＋リンパ球は標準的な方法によって得ることができる。いくつかの態様において、ナイーブCD4＋Tリンパ球は、CD45RO-、CD45RA＋、CD62L＋、またはCD4＋T細胞である。いくつかの態様において、セントラルメモリーCD4＋T細胞は、CD62L＋およびCD45RO＋である。いくつかの態様において、エフェクターCD4＋T細胞は、CD62L-およびCD45RO-である。
一例では、陰性選択によってCD4＋T細胞を濃縮するために、モノクローナル抗体カクテルは、典型的にはCD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR、およびCD8に対する抗体を含む。いくつかの態様において、抗体または結合パートナーは、陽性および/または陰性選択のための細胞の分離を可能にする、磁気ビーズまたは常磁性ビーズなどの固体支持体またはマトリックスに結合される。例えば、いくつかの態様において、細胞および細胞集団は、免疫磁気（または親和性磁気）分離技術（Methods in Molecular Medicine,vol.58:Metastasis Research Protocols,Vol.2:Cell Behavior In Vitro and In Vivo,p 17-25 Edited by:S.A.Brooks and U.Schumacher（著作権）Humana Press Inc.,Totowa,NJに総説されている）を用いて分離または単離される。
いくつかの局面において、分離される細胞のインキュベートされた試料または組成物は、小型の磁化可能または磁気応答性材料、例えば磁気応答性粒子または微粒子、例えば常磁性ビーズ（例えばDynalbeadsまたはMACS（登録商標）ビーズなど）を含有する選択試薬とともにインキュベートされる。磁気応答性材料、例えば粒子は、一般に、分離することを所望する、例えば陰性または陽性選択することを所望する1つまたは複数の細胞、または細胞集団上に存在する分子、例えば表面マーカーに特異的に結合する結合パートナー、例えば抗体に直接的または間接的に結合される。
いくつかの態様において、磁性粒子またはビーズは、抗体または他の結合パートナーなどの特異的結合メンバーに結合した磁気応答性材料を含む。磁気分離法で使用するための多くの周知の磁気応答性材料、例えば参照により本明細書に組み入れられる、Moldayの米国特許第4,452,773号、および欧州特許第452342B号に記載されているものが知られている。Owenの米国特許第4,795,698号およびLibertiらの米国特許第5,200,084号に記載されているものなどのコロイドサイズの粒子も使用され得る。
インキュベーションは、一般に、抗体もしくは結合パートナー、または磁性粒子もしくはビーズに付着している、かかる抗体もしくは結合パートナーに特異的に結合する分子、例えば二次抗体もしくは他の試薬が、試料中の細胞上に存在する場合は細胞表面分子に特異的に結合する条件下で行われる。
一部の特定の態様において、磁気応答性粒子は、一次抗体もしくは他の結合パートナー、二次抗体、レクチン、酵素、またはストレプトアビジンで被覆される。一部の特定の態様において、磁性粒子は、1つまたは複数のマーカーに特異的な一次抗体のコーティングを介して細胞に付着される。一部の特定の態様において、ビーズではなく細胞が一次抗体または結合パートナーで標識され、次いで細胞型特異的二次抗体または他の結合パートナー（例えばストレプトアビジン）で被覆された磁性粒子が添加される。一部の特定の態様において、ストレプトアビジン被覆磁性粒子が、ビオチン化一次抗体または二次抗体と組み合わせて使用される。
いくつかの局面において、分離は、試料を磁場に置き、磁気応答性または磁化可能粒子が付着している細胞を磁石に引き付け、非標識細胞から分離する手順で達成される。陽性選択の場合は、磁石に引き付けられる細胞が保持され、陰性選択の場合は、引き付けられない細胞（非標識細胞）が保持される。いくつかの局面において、陽性選択と陰性選択の組合せは同じ選択ステップ中に行われ、その場合は陽性画分と陰性画分が保持され、さらに処理されるかまたはさらなる分離ステップに供される。
いくつかの態様において、親和性に基づく選択は、磁気活性化細胞選別（MACS）（Miltenyi Biotech,Auburn,CA）による。磁気活性化細胞選別（MACS）、例えばCliniMACSシステムは、磁化された粒子が付着した細胞の高純度の選択が可能である。一部の特定の態様において、MACSは、外部磁場の印加後に非標的種と標的種が連続的に溶出されるモードで動作する。すなわち、磁化粒子に付着した細胞は、付着していない種が溶出される間、適所に保持される。次に、この最初の溶出ステップが完了した後、磁場に捕捉されて溶出が妨げられていた種は、それらが溶出され、回収され得るように何らかの方法で遊離される。一部の特定の態様において、非標的細胞は標識され、細胞の不均一な集団から除去される。
いくつかの態様において、磁気応答性粒子は、その後インキュベート、培養および/または操作されることになる細胞に付着したままであり、いくつかの局面において、粒子は、患者に投与するための細胞に付着したままである。いくつかの態様において、磁化可能粒子または磁気応答性粒子は細胞から除去される。細胞から磁化可能粒子を除去する方法は公知であり、例えば競合する非標識抗体、磁化可能粒子または切断可能なリンカーにコンジュゲートされた抗体などの使用を含む。いくつかの態様において、磁化可能粒子は生分解性である。
いくつかの態様において、単離および/または選択は、濃縮されたT細胞、例えばCD3＋T細胞、CD4＋T細胞、および/またはCD8＋T細胞の1つまたは複数のインプット組成物をもたらす。いくつかの態様において、2つまたはそれより多くの別個のインプット組成物が、単一の生物学的試料から単離、選択、濃縮、または取得される。いくつかの態様において、別々のインプット組成物は、同じ対象から収集、採取、および/または取得された別々の生物学的試料から単離、選択、濃縮、および/または取得される。
いくつかの態様において、1つまたは複数のインプット組成物の特徴量は、例えば、セクションI-AおよびI-A-2に記載されているように評価される。いくつかの態様において、特徴は細胞表現型である。いくつかの態様において、細胞表現型は、インプット組成物中の属性を有する細胞の数、パーセンテージ、割合および/または比を提供するために定量される。いくつかの態様において、特徴量は、本明細書において提供される機械学習モデルへのインプットとして使用される。
一部の特定の態様において、1つまたは複数のインプット組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、もしくは100％もしくは約100％のCD3＋T細胞を含む濃縮T細胞の組成物であるか、またはそれを含む。特定の態様において、濃縮T細胞のインプット組成物は、本質的にCD3＋T細胞からなる。
一部の特定の態様において、1つまたは複数のインプット組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、もしくは100％もしくは約100％のCD4＋T細胞を含む濃縮CD4＋T細胞の組成物であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、CD4＋T細胞のインプット組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、もしくは0.01％未満のCD8＋T細胞を含む、および/またはCD8＋T細胞を含まない、および/またはCD8＋T細胞不含であるかもしくは実質的に不含である。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、本質的にCD4＋T細胞からなる。
一部の特定の態様において、1つまたは複数の組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、もしくは100％もしくは約100％のCD8＋T細胞であるかまたは該細胞を含むCD8＋T細胞の組成物であるかまたは該組成物を含む。一部の特定の態様において、CD8＋T細胞の組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のCD4＋T細胞を含む、および/またはCD4＋T細胞を含まない、および/またはCD4＋T細胞不含であるかもしくは実質的に不含である。いくつかの態様において、濃縮されたT細胞の組成物は、本質的にCD8＋T細胞からなる。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の1つまたは複数のインプット組成物は、単離、選択、および/または濃縮後に、凍結、例えば凍結保存および/またはクライオ凍結される。いくつかの態様において、1つまたは複数のインプット組成物は、細胞の組成物のインキュベーション、活性化、刺激、操作、形質導入、トランスフェクション、培養、拡大、採取、および/または製剤化のいずれかのステップの前に、凍結、例えば凍結保存および/またはクライオ凍結される。特定の態様において、1つまたは複数のクライオ凍結されたインプット組成物は、例えば-80℃または約-80℃で12時間～7日、24時間～120時間、または2日～5日間保存される。特定の態様において、1つまたは複数のクライオ凍結されたインプット組成物は、-80℃または約-80℃で10日、9日、8日、7日、6日または5日、4日、3日、2日、または1日未満の時間保存される。いくつかの態様において、1つまたは複数のクライオ凍結されたインプット組成物は、-80℃または約-80℃で1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、または6日間または約1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、または6日間保存される。
B.細胞の活性化および刺激
いくつかの態様において、提供される方法は、刺激条件下で細胞をインキュベートすることに関連して使用される。いくつかの態様において、刺激条件は、細胞、例えばCD4＋T細胞またはCD8＋T細胞におけるシグナル、例えばTCRおよび/または共受容体から生成されるシグナルを活性化もしくは刺激する、および/または活性化もしくは刺激することができる条件を含む。いくつかの態様において、刺激条件は、刺激試薬、例えば細胞におけるシグナルを活性化もしくは刺激する、および/または活性化もしくは刺激することができる試薬とともにおよび/またはその存在下で細胞を培養（culturing）、培養（cultivating）、インキュベート、活性化、増殖する1つまたは複数のステップを含む。いくつかの態様において、刺激試薬は、TCRおよび/または共受容体を刺激および/または活性化する。特定の態様において、刺激試薬は、セクションII-B-1に記載されている試薬である。
いくつかの態様において、提供される方法は、刺激条件下で細胞をインキュベートすることに関連して使用される。いくつかの態様において、刺激条件は、細胞、例えばCD4＋T細胞またはCD8＋T細胞におけるシグナル、例えばTCRおよび/または共受容体から生成されるシグナルを活性化もしくは刺激する、および/または活性化もしくは刺激することができる条件を含む。いくつかの態様において、刺激条件は、刺激試薬、例えば細胞におけるシグナルを活性化もしくは刺激する、および/または活性化もしくは刺激することができる試薬とともにおよび/またはその存在下で細胞を培養（culturing）、培養（cultivating）、インキュベート、活性化、増殖する1つまたは複数のステップを含む。いくつかの態様において、刺激試薬は、TCRおよび/または共受容体を刺激および/または活性化する。特定の態様において、刺激試薬は、セクションII-B-1に記載されている試薬である。
一部の特定の態様において、濃縮されたT細胞の1つまたは複数の組成物は、例えばセクションII-Cに提供されている技術によって、細胞を遺伝子操作する前に、例えば、細胞をトランスフェクトしおよび/または形質導入する前に、刺激条件下でインキュベートされる。特定の態様において、濃縮されたT細胞の1つまたは複数の組成物は、1つまたは複数の組成物が、生物学的試料から単離され、選択され、濃縮され、または取得された後に、刺激条件下でインキュベートされる。特定の態様において、1つまたは複数の組成物はインプット組成物である。特定の態様において、1つまたは複数のインプット組成物は、以前に凍結冷凍および保存されており、インキュベーションの前に融解される。
一部の特定の態様において、濃縮T細胞の1つまたは複数の組成物は、濃縮T細胞の2つの別個の組成物、例えば別個のインプット組成物であるか、またはそれを含む。特定の態様において、濃縮T細胞の2つの別個の組成物、例えば同じ生物学的試料から選択、単離、および/または濃縮された濃縮T細胞の2つの別個の組成物は、刺激条件下で別々にインキュベートされる。一部の特定の態様において、2つの別個の組成物は、濃縮CD4＋T細胞の組成物を含む。特定の態様において、2つの別個の組成物は、濃縮CD8＋T細胞の組成物を含む。いくつかの態様において、濃縮CD4＋T細胞および濃縮CD8＋T細胞の2つの別個の組成物は、刺激条件下で別々にインキュベートされる。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の単一の組成物が刺激条件下でインキュベートされる。一部の特定の態様において、単一の組成物は、濃縮CD4＋T細胞の組成物である。いくつかの態様において、単一の組成物は、インキュベーションの前に別個の組成物から組み合わされた濃縮CD4＋およびCD8＋T細胞の組成物である。
いくつかの態様において、刺激条件下でインキュベートされる濃縮CD4＋T細胞の組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD4＋T細胞を含む。一部の特定の態様において、刺激条件下でインキュベートされる濃縮CD4＋T細胞の組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のCD8＋T細胞を含む、および/またはCD8＋T細胞を含まない、および/またはCD8＋T細胞不含であるかもしくは実質的に不含である。
いくつかの態様において、刺激条件下でインキュベートされる濃縮CD8＋T細胞の組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD8＋T細胞を含む。一部の特定の態様において、刺激条件下でインキュベートされる濃縮CD8＋T細胞の組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のCD4＋T細胞を含む、および/またはCD4＋T細胞を含まない、および/またはCD4＋T細胞不含であるかもしくは実質的に不含である。
いくつかの態様において、濃縮CD4＋およびCD8＋T細胞の別個の組成物は、単一の組成物に組み合わされ、刺激条件下でインキュベートされる。一部の特定の態様において、濃縮CD4＋および濃縮CD8＋T細胞の別個の刺激された組成物は、インキュベーションが行われたおよび/または完了した後に単一の組成物に組み合わされる。いくつかの態様において、刺激されたCD4＋および刺激されたCD8＋T細胞の別個の刺激された組成物は、インキュベーションが実施されたおよび/または完了した後に別々に処理され、それによって、刺激されたCD4＋T細胞集団（例えば、刺激性抗CD3/抗CD28磁気ビーズ刺激試薬とともにインキュベートされた）は、組換えタンパク質（例えばCAR）をコードするウイルスベクターによって形質導入され、かつT細胞を拡大させる条件下で培養され、かつ刺激されたCD8＋T細胞集団（例えば、刺激性抗CD3/抗CD28磁気ビーズ刺激試薬とともにインキュベートされた）は、同じドナー由来のCD4＋T細胞を操作するのと同じ組換えタンパク質などの組換えタンパク質（例えばCAR）をコードするウイルスベクターによって形質導入され、かつ提供される方法などに従ってT細胞を拡大させる条件下で培養される。
いくつかの態様において、刺激条件下でのインキュベーションは、刺激条件、例えば集団における細胞の増殖、拡大、活性化、および/もしくは生存を誘導する、抗原曝露を模倣する、ならびに/または組換え抗原受容体の導入などの遺伝子操作のために細胞をプライミングするように設計された条件の存在下でのインキュベーションによるものを含む、培養(culture)、培養(cultivation)、刺激、活性化、増殖を含み得る。特定の態様において、刺激条件は、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオン、および/または刺激因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、および細胞を活性化するように設計された他の任意の剤の1つまたは複数を含み得る。
いくつかの局面において、刺激条件下での刺激および/またはインキュベーションは、Riddellらの米国特許第6,040,177号、Klebanoff et al.（2012）J Immunother.35（9）:651-660、Terakura et al.（2012）Blood.1:72-82、および/またはWang et al.（2012）J Immunother.35（9）:689-701に記載されているような技術に従って行われる。
いくつかの態様において、細胞、例えばT細胞、細胞の組成物、ならびに/あるいはCD4＋およびCD8＋T細胞またはその組成物、集団、もしくは亜集団などの細胞集団は、培養開始組成物に非分裂末梢血単核細胞（PBMC）などのフィーダ細胞を添加すること（例えば、得られる細胞の集団が、拡大される初期集団中の各Tリンパ球につき少なくとも約5、少なくとも約10、少なくとも約20、または少なくとも約40またはそれより多くのPBMCフィーダ細胞を含むように）、および培養物をインキュベートすること（例えばT細胞の数を拡大するのに十分な時間）によって拡大される。いくつかの局面において、非分裂フィーダ細胞は、γ線照射PBMCフィーダ細胞を含み得る。いくつかの態様において、PBMCは、細胞分裂を防ぐために約3000～3600ラドの範囲のγ線を照射される。いくつかの局面において、フィーダ細胞は、T細胞集団の添加の前に培地に添加される。
いくつかの態様において、刺激条件は、ヒトTリンパ球の増殖に適した温度、例えば少なくとも約25℃、一般に少なくとも約30℃、一般に37℃または約37℃を含む。いくつかの態様において、培養中に、温度シフト、例えば37℃から35℃への温度シフトが行われる。任意で、インキュベーションは、非分裂EBV形質転換リンパ芽球様細胞（LCL）をフィーダ細胞として添加することをさらに含み得る。LCLは、約6000～10,000ラドの範囲のγ線で照射することができる。いくつかの局面におけるLCLフィーダ細胞は、少なくとも約10:1のLCLフィーダ細胞対初期Tリンパ球比などの、任意の適切な量で提供される。
態様において、抗原特異的であるCD4＋およびCD8＋の集団は、ナイーブまたは抗原特異的Tリンパ球を抗原で刺激することによって得ることができる。例えば、サイトメガロウイルス抗原に対する抗原特異的T細胞株またはクローンは、感染した対象からT細胞を単離し、同じ抗原で細胞をインビトロで刺激することによって生成することができる。ナイーブT細胞も使用し得る。
特定の態様において、刺激条件は、細胞を刺激試薬とともにインキュベート、培養(culturing)、および/または培養(cultivating)することを含む。特定の態様において、刺激試薬は、セクションI-B-1に記載されている試薬である。一部の特定の態様において、刺激試薬はビーズを含むかまたは含有する。例示的な刺激試薬抗CD3/抗CD28磁気ビーズであるかまたは該ビーズを含む。一部の特定の態様において、刺激条件下での細胞のインキュベーション、培養(culturing)、および/または培養(cultivating)の出発および/または開始は、細胞が刺激試薬と接触するときおよび/または刺激試薬とともにインキュベートされるときに起こる。特定の態様において、細胞は、細胞を遺伝子操作する、例えば形質導入またはトランスフェクションなどによって組換えポリヌクレオチドを細胞に導入する前、その間、および/またはその後にインキュベートされる。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、刺激試薬および/またはビーズ（例えば抗CD3/抗CD28磁気ビーズ）対細胞の、3:1、2.5:1、2:1、1.5:1、1.25:1、1.2:1、1.1:1、1:1、0.9:1、0.8:1、0.75:1、0.67:1、0.5:1、0.3:1もしくは0.2:1、または約3:1、2.5:1、2:1、1.5:1、1.25:1、1.2:1、1.1:1、1:1、0.9:1、0.8:1、0.75:1、0.67:1、0.5:1、0.3:1もしくは0.2:1の比でインキュベートされる。特定の態様において、刺激試薬および/またはビーズ対細胞の比は、2.5:1～0.2:1、2:1～0.5:1、1.5:1～0.75:1、1.25:1～0.8:1、1.1:1～0.9:1である。特定の態様において、刺激試薬対細胞の比は、約1:1または1:1である。
特定の態様において、3:1未満、または3未満の刺激試薬（例えば抗CD3/抗CD28磁気ビーズ）/細胞の比、例えば、1:1の比で細胞をインキュベートすると、例えば、活性化誘導細胞死などによって、インキュベーション中に生じる細胞死の量が減少する。いくつかの態様において、細胞は、3未満のビーズ対細胞の比（または3:1、もしくは3未満のビーズ/細胞）で、刺激試薬、例えば抗CD3/抗CD28磁気ビーズとともにインキュベートされる。特定の態様において、3:1未満、または3未満のビーズ/細胞の比、例えば、1:1の比で細胞をインキュベートすると、例えば、活性化誘導細胞死などによって、インキュベーション中に生じる細胞死の量が減少する。
特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、刺激試薬、例えば抗CD3/抗CD28磁気ビーズとともに、3:1未満の刺激試薬および/またはビーズ/細胞の比、例えば、1:1の比でインキュベートされ、かつT細胞の少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも99％または少なくとも99.9％は、インキュベーションが完了した後、1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間もしくは7日間超、または少なくとも1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間もしくは7日間超、生存する、例えば、生存可能であり、および/または壊死、プログラム細胞死もしくはアポトーシスを経ない。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、刺激試薬とともに、3:1未満の刺激試薬および/またはビーズ/細胞の比、例えば、1:1の比でインキュベートされ、かつ細胞の50％未満、40％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満が、インキュベーション中に活性化誘導細胞死を経る。
一部の特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、刺激試薬、例えば抗CD3/抗CD28磁気ビーズとともに、3:1未満のビーズ/細胞の比、例えば1:1の比でインキュベートされ、かつ組成物の細胞は、濃縮T細胞の組成物が刺激試薬とともに3:1以上の比でインキュベートされる例示的および/または代替的なプロセスを経る細胞と比較して、少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも25倍、少なくとも50倍または少なくとも100倍大きい生存率を有する。
いくつかの態様において、刺激試薬とともにインキュベートされた濃縮T細胞の組成物は、1.0×105細胞/mL～1.0×108細胞/mLまたは約1.0×105細胞/mL～約1.0×108細胞/mL、例えば、少なくとも1.0×105細胞/mL、5×105細胞/mL、1×106細胞/mL、5×106細胞/mL、1×107細胞/mL、5×107細胞/mLもしくは1×108細胞/mL、または少なくとも約1.0×105細胞/mL、5×105細胞/mL、1×106細胞/mL、5×106細胞/mL、1×107細胞/mL、5×107細胞/mLもしくは1×108細胞/mL、または約1.0×105細胞/mL、5×105細胞/mL、1×106細胞/mL、5×106細胞/mL、1×107細胞/mL、5×107細胞/mLもしくは1×108細胞/mLを含む。いくつかの態様において、刺激試薬とともにインキュベートされた濃縮T細胞の組成物は、約0.5×106細胞/mL、1×106細胞/mL、1.5×106細胞/mL、2×106細胞/mL、2.5×106細胞/mL、3×106細胞/mL、3.5×106細胞/mL、4×106細胞/mL、4.5×106細胞/mL、5×106細胞/mL、5.5×106細胞/mL、6×106細胞/mL、6.5×106細胞/mL、7×106細胞/mL、7.5×106細胞/mL、8×106細胞/mL、8.5×106細胞/mL、9×106細胞/mL、9.5×106細胞/mLまたは10×106細胞/mL、例えば、約2.4×106細胞/mLを含む。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、刺激試薬とともに、約25～約38℃、例えば、約30～約37℃、例えば、37℃±2℃または約37℃±2℃の温度でインキュベートされる。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、刺激試薬とともに、約2.5％～約7.5％、例えば、約4％～約6％、例えば、5％±0.5％または約5％±0.5％のCO2レベルでインキュベートされる。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、刺激試薬とともに、37℃もしくは約37℃の温度および/または5％もしくは約5％のCO2レベルでインキュベートされる。
特定の態様において、刺激条件としては、1種もしくは複数種のサイトカインとともに、および/または1種もしくは複数種のサイトカインの存在下で、濃縮T細胞の組成物をインキュベートすること、培養すること（culturing）および/または培養すること（cultivating）が挙げられる。特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは組換えサイトカインである。いくつかの態様において、1種または複数種のサイトカインは、ヒト組換えサイトカインである。一部の特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは、T細胞によって発現される、および/またはT細胞に対して内因性である受容体に結合する、および/または結合することができる。特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは、サイトカインの4-α-ヘリックスバンドルファミリーのメンバーであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、サイトカインの4-α-ヘリックスバンドルファミリーのメンバーとしては、インターロイキン-2（IL-2）、インターロイキン-4（IL-4）、インターロイキン-7（IL-7）、インターロイキン-9（IL-9）、インターロイキン12（IL-12）、インターロイキン15（IL-15）、顆粒球コロニー刺激因子（G-CSF）および顆粒球-マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、1種または複数種のサイトカインは、IL-15であるか、またはそれを含む。特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは、IL-7であるか、またはそれを含む。特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは、IL-2であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、刺激条件は、刺激試薬、例えば、記載されるような抗CD3/抗CD28磁気ビーズの存在下、かつ1種または複数種の組換えサイトカインの存在下で、濃縮CD4＋T細胞または濃縮CD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物をインキュベートすることを含む。
特定の態様において、濃縮CD4＋T細胞の組成物は、IL-2、例えば組換えIL-2とともにインキュベートされる。理論に拘束されることを望むものではないが、特定の態様において、一部の対象から得られるCD4＋T細胞が、アウトプット細胞、例えば、細胞療法に使用するのに適した操作された細胞の組成物を生成するためのプロセス全体を通して、成長、分裂および拡大を可能にする量のIL-2を産生しないか、または十分に産生しないことが企図される。いくつかの態様において、濃縮CD4＋T細胞の組成物を刺激条件下で組換えIL-2の存在下でインキュベートすることにより、組成物のCD4＋T細胞がインキュベーションステップ中およびプロセス全体にわたって生存、成長、拡大および/または活性化し続ける確率または可能性が増加する。いくつかの態様において、濃縮CD4＋T細胞の組成物を組換えIL-2の存在下でインキュベートすることにより、組換えIL-2の存在下で濃縮CD4＋T細胞の組成物をインキュベートしない代替的および/または例示的な方法と比較して、濃縮CD4＋T細胞、例えば、細胞療法に適した操作されたCD4＋T細胞のアウトプット組成物が濃縮CD4＋T細胞の組成物から作製される確率および/または可能性が、少なくとも0.5％、少なくとも1％、少なくとも2％、少なくとも3％、少なくとも4％、少なくとも5％、少なくとも6％、少なくとも7％、少なくとも8％、少なくとも9％、少なくとも10％、少なくとも11％、少なくとも12％、少なくとも13％、少なくとも14％、少なくとも15％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも25倍、少なくとも50倍または少なくとも100倍増加する。
一部の特定の態様において、1種または複数種のサイトカインの量または濃度は、国際単位（IU）を用いて測定および/または定量される。国際単位を使用して、ビタミン、ホルモン、サイトカイン、ワクチン、血液製剤および類似の生物活性物質を定量してもよい。いくつかの態様において、IUは、特定の重量および強度の国際参照標準、例えば、ヒトIL-2のためのWHO第1国際標準、86/504と比較することによる生物学的調製物の効力の測定単位であるか、またはそれを含む。国際単位は、公開され、かつ国際的な共同研究活動から得られた生物活性単位を報告するための唯一の認められ、かつ標準化された方法である。特定の態様において、サイトカインの組成物、試料または供給源のIUは、類似のWHO標準製品を用いた製品比較試験によって得ることができる。例えば、いくつかの態様において、ヒト組換えIL-2、IL-7またはIL-15の組成物、試料または供給源のIU/mgは、WHO標準IL-2製品（NIBSCコード:86/500）、WHO標準IL-17製品（NIBSCコード:90/530）およびWHO標準IL-15製品（NIBSCコード:95/554）とそれぞれ比較される。
いくつかの態様において、IU/mg単位の生物活性は、（ng/ml単位のED50）-1x106に等しい。特定の態様において、組換えヒトIL-2またはIL-15のED50は、CTLL-2細胞による細胞増殖の半最大刺激（XTT切断）に必要な濃度に等しい。一部の特定の態様において、組換えヒトIL-7のED50は、PHA活性化ヒト末梢血リンパ球の増殖のための半最大刺激に必要な濃度に等しい。IL-2のIUのアッセイおよび計算に関する詳細は、Wadhwa et al.,Journal of Immunological Methods（2013）,379（1-2）:1-7;およびGearing and Thorpe,Journal of Immunological Methods（1988）,114（1-2）:3-9で説明されており、IL-15のIUのアッセイおよび計算に関する詳細は、その全体が参照により本明細書に組み入れられるSoman et al.Journal of Immunological Methods（2009）348（1-2）:83-94で説明されている。
特定の態様において、濃縮CD8＋T細胞の組成物は、刺激条件下でIL-2および/またはIL-15の存在下でインキュベートされる。一部の特定の態様において、濃縮CD4＋T細胞の組成物は、刺激条件下でIL-2、IL-7および/またはIL-15の存在下でインキュベートされる。いくつかの態様において、IL-2、IL-7および/またはIL-15は組換え型である。一部の特定の態様において、IL-2、IL-7および/またはIL-15はヒトである。特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは、ヒト組換えIL-2、IL-7および/もしくはIL-15であるか、またはそれを含む。いくつかの局面において、濃縮T細胞組成物のインキュベーションは、刺激試薬、例えば抗CD3/抗CD28磁気ビーズの存在も含む。
いくつかの態様において、細胞は、1IU/ml～1,000IU/ml、10IU/ml～50IU/ml、50IU/ml～100IU/ml、100IU/ml～200IU/ml、100IU/ml～500IU/ml、250IU/ml～500IU/ml、または500IU/ml～1,000IU/mlの濃度のサイトカイン、例えば組換えヒトサイトカインとともにインキュベートされる。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、1IU/ml～200IU/ml、10IU/ml～200IU/ml、10IU/ml～100IU/ml、50IU/ml～150IU/ml、80IU/ml～120IU/ml、60IU/ml～90IU/ml、または70IU/ml～90IU/mlの濃度のIL-2、例えばヒト組換えIL-2とともにインキュベートされる。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、50IU/ml、55IU/ml、60IU/ml、65IU/ml、70IU/ml、75IU/ml、80IU/ml、85IU/ml、90IU/ml、95IU/ml、100IU/ml、110IU/ml、120IU/ml、130IU/ml、140IU/mlもしくは150IU/ml、または約50IU/ml、55IU/ml、60IU/ml、65IU/ml、70IU/ml、75IU/ml、80IU/ml、85IU/ml、90IU/ml、95IU/ml、100IU/ml、110IU/ml、120IU/ml、130IU/ml、140IU/mlもしくは150IU/mlの濃度の組換えIL-2とともにインキュベートされる。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、85IU/mlまたは約85IU/mlの組換えIL-2の存在下でインキュベートされる。いくつかの態様において、組換えIL-2とともにインキュベートされた組成物は、T細胞、例えば、CD4＋T細胞および/またはCD8＋T細胞の集団について濃縮される。いくつかの態様において、T細胞の集団は、CD4＋T細胞の集団である。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、濃縮CD8＋T細胞の組成物である。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物はCD8＋T細胞について濃縮され、CD4＋T細胞は濃縮されず、および/またはCD4＋T細胞は組成物について陰性選択されているか、もしくは組成物から枯渇されている。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、濃縮CD4＋T細胞の組成物である。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物はCD4＋T細胞について濃縮され、CD8＋T細胞は濃縮されず、および/またはCD8＋T細胞は組成物について陰性選択されているか、もしくは組成物から枯渇されている。いくつかの態様において、組換えIL-2とともにインキュベートされた濃縮CD4＋T細胞組成物はまた、記載された量などで、組換えIL-7および/または組換えIL-15とともにインキュベートされ得る。いくつかの態様において、組換えIL-2とともにインキュベートされた濃縮CD8＋T細胞組成物は、記載された量などで、組換えIL-15とともにインキュベートされ得る。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、100IU/ml～2,000IU/ml、500IU/ml～1,000IU/ml、100IU/ml～500IU/ml、500IU/ml～750IU/ml、750IU/ml～1,000IU/ml、または550IU/ml～650IU/mlの濃度の組換えIL-7、例えばヒト組換えIL-7とともにインキュベートされる。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、50IU/ml、100IU/ml、150IU/ml、200IU/ml、250IU/ml、300IU/ml、350IU/ml、400IU/ml、450IU/ml、500IU/ml、550IU/ml、600IU/ml、650IU/ml、700IU/ml、750IU/ml、800IU/ml、750IU/ml、750IU/ml、750IU/mlもしくは1,000IU/ml、または約50IU/ml、100IU/ml、150IU/ml、200IU/ml、250IU/ml、300IU/ml、350IU/ml、400IU/ml、450IU/ml、500IU/ml、550IU/ml、600IU/ml、650IU/ml、700IU/ml、750IU/ml、800IU/ml、750IU/ml、750IU/ml、750IU/mlもしくは1,000IU/mlの濃度の組換えIL-7とともにインキュベートされる。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、600IU/mlまたは約600IU/mlの組換えIL-7の存在下でインキュベートされる。いくつかの態様において、組換えIL-7とともにインキュベートされた組成物は、T細胞、例えばCD4＋T細胞の集団について濃縮される。いくつかの態様において、組換えIL-7とともにインキュベートされた濃縮CD4＋T細胞組成物はまた、記載された量などで、組換えIL-2および/または組換えIL-15とともにインキュベートされ得る。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物はCD4＋T細胞について濃縮され、CD8＋T細胞は濃縮されず、および/またはCD8＋T細胞は組成物について陰性選択されているか、もしくは組成物から枯渇されている。いくつかの態様において、濃縮CD8＋T細胞組成物は、組換えIL-7とともにインキュベートされない。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、0.1IU/ml～100IU/ml、1IU/ml～100IU/ml、1IU/ml～50IU/ml、5IU/ml～25IU/ml、25IU/ml～50IU/ml、5IU/ml～15IU/ml、または10IU/ml～100IU/mlの濃度の組換えIL-15、例えばヒト組換えIL-15とともにインキュベートされる。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、1IU/ml、2IU/ml、3IU/ml、4IU/ml、5IU/ml、6IU/ml、7IU/ml、8IU/ml、9IU/ml、10IU/ml、11IU/ml、12IU/ml、13IU/ml、14IU/ml、15IU/ml、20IU/ml、25IU/ml、30IU/ml、40IU/mlもしくは50IU/ml、または約1IU/ml、2IU/ml、3IU/ml、4IU/ml、5IU/ml、6IU/ml、7IU/ml、8IU/ml、9IU/ml、10IU/ml、11IU/ml、12IU/ml、13IU/ml、14IU/ml、15IU/ml、20IU/ml、25IU/ml、30IU/ml、40IU/mlもしくは50IU/mlの濃度の組換えIL-15とともにインキュベートされる。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、10IU/mlまたは約10IU/mlの組換えIL-15中でインキュベートされる。いくつかの態様において、組換えIL-15とともにインキュベートされた組成物は、T細胞、例えば、CD4＋T細胞および/またはCD8＋T細胞の集団について濃縮される。いくつかの態様において、T細胞の集団は、CD4＋T細胞の集団である。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、濃縮CD8＋T細胞の組成物である。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物はCD8＋T細胞について濃縮され、CD4＋T細胞は濃縮されず、および/またはCD4＋T細胞は組成物について陰性選択されているか、もしくは組成物から枯渇されている。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、濃縮CD4＋T細胞の組成物である。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物はCD4＋T細胞について濃縮され、CD8＋T細胞は濃縮されず、および/またはCD8＋T細胞は組成物について陰性選択されているか、もしくは組成物から枯渇されている。いくつかの態様において、組換えIL-15とともにインキュベートされた濃縮CD4＋T細胞組成物はまた、記載された量などで、組換えIL-7および/または組換えIL-2とともにインキュベートされ得る。いくつかの態様において、組換えIL-15とともにインキュベートされた濃縮CD8＋T細胞組成物は、記載された量などで、組換えIL-2とともにインキュベートされ得る。
特定の態様において、濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞などの細胞は、1種または複数種の抗酸化剤の存在下で刺激試薬とともにインキュベートされる。いくつかの態様において、抗酸化剤としては、トコフェロール、トコトリエノール、アルファ-トコフェロール、ベータ-トコフェロール、ガンマ-トコフェロール、デルタ-トコフェロール、アルファ-トコトリエノール、ベータ-トコトリエノール、アルファ-トコフェロールキノン、トロロクス（6-ヒドロキシ-2,5,7,8-テトラメチルクロマン-2-カルボン酸）、ブチル化ヒドロキシアニソール（BHA）、ブチル化ヒドロキシトルエン（BHT）、フラボノイド、イソフラボン、リコペン、ベータ-カロテン、セレン、ユビキノン、ルエチン、S-アデノシルメチオニン、グルタチオン、タウリン、N-アセチルシステイン（NAC）、クエン酸、L-カルニチン、BHT、モノチオグリセロール、アスコルビン酸、没食子酸プロピル、メチオニン、システイン、ホモシステイン、グルタチオン、シスタミンおよびシスタチオニン、ならびに/またはグリシン-グリシン-ヒスチジンを含む1種または複数種の抗酸化剤が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの局面において、抗酸化剤との濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞などの濃縮T細胞組成物のインキュベーションはまた、刺激試薬、例えば抗CD3/抗CD28磁気ビーズ、および記載されているような1種または複数種の組換えサイトカインの存在を含む。
いくつかの態様において、1種または複数種の抗酸化剤は、硫黄含有酸化剤であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、硫黄含有抗酸化剤は、チオール含有抗酸化剤、および/または例えば環構造内に1つまたは複数の硫黄部分を示す抗酸化剤を含み得る。いくつかの態様において、硫黄含有抗酸化剤は、例えば、N-アセチルシステイン（NAC）および2,3-ジメルカプトプロパノール（DMP）、L-2-オキソ-4-チアゾリジンカルボキシレート（OTC）およびリポ酸を含み得る。特定の態様において、硫黄含有抗酸化剤はグルタチオン前駆体である。いくつかの態様において、グルタチオン前駆体は、1つまたは複数のステップで細胞内で誘導グルタチオンに修飾され得る分子である。特定の態様において、グルタチオン前駆体としては、N-アセチルシステイン（NAC）、L-2-オキソチアゾリジン-4-カルボン酸（プロシステイン）、リポ酸、S-アリルシステインまたはメチルメチオニンスルホニウムクロリドが挙げられ得るが、これらに限定されない。
いくつかの態様において、細胞、例えば濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞を刺激条件下でインキュベートすることは、1種または複数種の抗酸化剤の存在下で細胞をインキュベートすることを含む。特定の態様において、細胞は、1種または複数種の抗酸化剤の存在下で刺激試薬によって刺激される。いくつかの態様において、細胞は、1ng/ml～100ng/ml、10ng/ml～1μg/ml、100ng/ml～10μg/ml、1μg/ml～100μg/ml、10μg/ml～1mg/ml、100μg/ml～1mg/ml、1500μg/ml～2mg/ml、500μg/ml～5mg/ml、1mg/ml～10mg/ml、または1mg/ml～100mg/mlの1種または複数種の抗酸化剤の存在下でインキュベートされる。いくつかの態様において、細胞は、1ng/ml、10ng/ml、100ng/ml、1μg/ml、10μg/ml、100μg/ml、0.2mg/ml、0.4mg/ml、0.6mg/ml、0.8mg/ml、1mg/ml、2mg/ml、3mg/ml、4mg/ml、5mg/ml、10mg/ml、20mg/ml、25mg/ml、50mg/ml、100mg/ml、200mg/ml、300mg/ml、400mg/ml、500mg/ml、または約1ng/ml、10ng/ml、100ng/ml、1μg/ml、10μg/ml、100μg/ml、0.2mg/ml、0.4mg/ml、0.6mg/ml、0.8mg/ml、1mg/ml、2mg/ml、3mg/ml、4mg/ml、5mg/ml、10mg/ml、20mg/ml、25mg/ml、50mg/ml、100mg/ml、200mg/ml、300mg/ml、400mg/ml、500mg/mlの1種または複数種の抗酸化剤の存在下でインキュベートされる。いくつかの態様において、1種または複数種の抗酸化剤は、硫黄含有抗酸化剤であるか、またはそれを含む。特定の態様において、1種または複数種の抗酸化剤は、グルタチオン前駆体であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、1種または複数種の抗酸化剤は、N-アセチルシステイン（NAC）であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、細胞、例えば濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞を刺激条件下でインキュベートすることは、NACの存在下で細胞をインキュベートすることを含む。特定の態様において、細胞は、NACの存在下で刺激試薬によって刺激される。いくつかの態様において、細胞は、1ng/ml～100ng/ml、10ng/ml～1μg/ml、100ng/ml～10μg/ml、1μg/ml～100μg/ml、10μg/ml～1mg/ml、100μg/ml～1mg/ml、1～500μg/ml～2mg/ml、500μg/ml～5mg/ml、1mg/ml～10mg/ml、または1mg/ml～100mg/mlのNACの存在下でインキュベートされる。いくつかの態様において、細胞は、1ng/ml、10ng/ml、100ng/ml、1μg/ml、10μg/ml、100μg/ml、0.2mg/ml、0.4mg/ml、0.6mg/ml、0.8mg/ml、1mg/ml、2mg/ml、3mg/ml、4mg/ml、5mg/ml、10mg/ml、20mg/ml、25mg/ml、50mg/ml、100mg/ml、200mg/ml、300mg/ml、400mg/ml、500mg/ml、または約1ng/ml、10ng/ml、100ng/ml、1μg/ml、10μg/ml、100μg/ml、0.2mg/ml、0.4mg/ml、0.6mg/ml、0.8mg/ml、1mg/ml、2mg/ml、3mg/ml、4mg/ml、5mg/ml、10mg/ml、20mg/ml、25mg/ml、50mg/ml、100mg/ml、200mg/ml、300mg/ml、400mg/ml、500mg/mlのNACの存在下でインキュベートされる。いくつかの態様において、細胞は、0.8mg/mlまたは約0.8mg/mlとともにインキュベートされる。
特定の態様において、濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物を1種または複数種の抗酸化剤、例えばNACの存在下でインキュベートすると、抗酸化剤が存在しない代替的および/または例示的なプロセスでインキュベートされる細胞と比較して、細胞の活性化が低下する。一部の特定の態様において、低下した活性化は、細胞中の1つまたは複数の活性化マーカーの発現によって測定される。一部の特定の態様において、活性化のマーカーとしては、細胞内複雑性の増加（例えば、側方散乱（SSC）を測定することによって決定される）、細胞サイズの増加（例えば、細胞直径および/または前方散乱（FSC）を測定することによって決定される）、CD27の発現の増加、および/またはCD25の発現の減少が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、組成物の細胞では、インキュベーション、操作、形質導入、トランスフェクション、拡大もしくは製剤化の間もしくは後、またはインキュベーション後に起こるプロセスの任意の段階の間もしくは後に調査した場合、活性化のマーカーの発現および/または程度が陰性であるか、減少しているか、または低い。いくつかの態様において、組成物の細胞では、プロセスが完了した後、活性化のマーカーの発現および/または程度が陰性であるか、減少しているか、または低い。特定の態様において、アウトプット組成物の細胞では、活性化のマーカーの発現および/または程度が陰性であるか、減少しているか、または低い。
いくつかの態様において、細胞の相対サイズを決定するために、フローサイトメトリーが使用される。特定の態様において、FSCおよびSSCパラメータは、細胞を分析し、かつサイズおよび内部の複雑性に基づいて細胞を互いに区別するために使用される。特定の態様において、公知のサイズの粒子またはビーズが、細胞の実際のサイズを決定するための標準として測定され得る。いくつかの態様において、活性化のマーカー、例えば、CD25またはCD27などの表面タンパク質の発現を測定または定量するために、フローサイトメトリーが染色剤、例えば標識抗体と組み合わせて使用される。
いくつかの態様において、濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、1種または複数種の抗酸化剤、例えばNACの存在下でインキュベートされ、かつ細胞直径は、インキュベーションが抗酸化剤の存在下で実施されない代替的および/または例示的なプロセスでインキュベートされた細胞と比較して、少なくとも0.25μm、0.5μm、0.75μm、1.0μm、1.5μm、2μm、2.5μm、3μm、3.5μm、4μm、4.5μm、5μmもしくは5μm超減少する。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、1種または複数種の抗酸化剤、例えばNACの存在下でインキュベートされ、かつFSCによって測定される細胞サイズは、インキュベーションが抗酸化剤の存在下で実施されない代替的および/または例示的なプロセスでインキュベートされた細胞と比較して、少なくとも1％、少なくとも5％、少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％または少なくとも90％減少する。
いくつかの態様において、濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、1種または複数種の抗酸化剤、例えばNACの存在下でインキュベートされ、かつSSCによって測定される細胞内複雑性は、インキュベーションが抗酸化剤の存在下で実施されない代替的および/または例示的なプロセスでインキュベートされた細胞と比較して、少なくとも1％、少なくとも5％、少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％または少なくとも90％低下する。
特定の態様において、濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、1種または複数種の抗酸化剤、例えばNACの存在下でインキュベートされ、かつ例えば、フローサイトメトリーによって測定されるCD27の発現は、インキュベーションが抗酸化剤の存在下で実施されない代替的および/または例示的なプロセスでインキュベートされた細胞と比較して、少なくとも1％、少なくとも5％、少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％または少なくとも99％減少する。
一部の特定の態様において、濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、1種または複数種の抗酸化剤、例えばNACの存在下でインキュベートされ、かつ例えば、フローサイトメトリーによって測定されるCD25の発現は、インキュベーションが抗酸化剤の存在下で実施されない代替的および/または例示的なプロセスでインキュベートされた細胞と比較して、少なくとも1％、少なくとも5％、少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも25倍、少なくとも50倍または少なくとも100倍増加する。
特定の態様において、濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物を、1種または複数種の抗酸化剤、例えばNACの存在下でインキュベートすると、例えば、セクションI-Dに記載されているように、インキュベーションまたは培養ステップもしくは段階中に拡大が増加する。いくつかの態様において、濃縮細胞の組成物は、培養開始の14日、12日、10日、9日、8日、7日、6日、5日、4日または3日以内に、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍 5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍または10倍超の拡大を達成する。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、1種または複数種の抗酸化剤の存在下でインキュベートされ、かつ組成物の細胞は、インキュベーションが抗酸化剤の存在下で実施されない代替的および/または例示的なプロセスでインキュベートされた培養細胞と比較して、培養中に少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍速い拡大速度を経る。
特定の態様において、濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞などの濃縮細胞の組成物を、1種または複数種の抗酸化剤、例えばNACの存在下でインキュベートすると、例えばアポトーシスによる細胞死の量が減少する。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、1種または複数種の抗酸化剤、例えばNACの存在下でインキュベートされ、かつインキュベーションが完了した後、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも99％または少なくとも99.9％の細胞が、1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間もしくは7日間超、または少なくとも1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間もしくは7日間超、生存する、例えば、アポトーシスを経ない。いくつかの態様において、組成物は、1種または複数種の抗酸化剤、例えばNACの存在下でインキュベートされ、かつ組成物の細胞は、細胞が1種または複数種の抗酸化剤の存在下でインキュベートされない例示的および/または代替的なプロセスを経る細胞と比較して、少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも25倍、少なくとも50倍または少なくとも100倍大きい生存率を有する。
特定の態様において、濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、1種または複数種の抗酸化剤、例えばNACの存在下でインキュベートされ、かつカスパーゼ発現、例えばカスパーゼ3発現は、インキュベーションが抗酸化剤の存在下で実施されない代替的および/または例示的なプロセスでインキュベートされた細胞と比較して、少なくとも1％、少なくとも5％、少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％または少なくとも99％減少する。
いくつかの態様において、組成物または細胞、例えば、濃縮CD4＋T細胞および/または濃縮CD8＋T細胞は、記載されているような刺激条件または刺激性作用物質の存在下でインキュベートされる。そのような条件としては、集団中の細胞の増殖、拡大、活性化および/または生存を誘導し、抗原曝露を模倣し、かつ/または組換え抗原受容体の導入などの遺伝子操作のために細胞をプライミングするように設計された条件が挙げられる。例示的な刺激試薬、例えば抗CD3/抗CD28磁気ビーズを以下に記載する。刺激試薬とのインキュベーションはまた、例えば上記のように、1つまたは複数の刺激性サイトカインの存在下、例えば、組換えIL-2、組換えIL-7および/もしくは組換えIL-15のうちの1つもしくは複数の存在下、ならびに/または少なくとも1つの抗酸化剤、例えばNACの存在下で行われ得る。いくつかの態様において、濃縮CD4＋T細胞の組成物は、例えば、記載される量の刺激性作用物質、組換えIL-2、組換えIL-7、組換えIL-15およびNACとともに、刺激性条件下でインキュベートされる。いくつかの態様において、濃縮CD8＋T細胞の組成物は、例えば、記載される量の刺激性作用物質、組換えIL-2、組換えIL-15およびNACとともに、刺激性条件下でインキュベートされる。
いくつかの態様において、刺激および/または活性化のための条件は、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオン、および/または刺激因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、および細胞を活性化するように設計された他の任意の剤の1つまたは複数を含み得る。
いくつかの局面において、インキュベーションは、Riddellらの米国特許第6,040,177号、Klebanoff et al.（2012）J Immunother.35（9）:651-660、Terakura et al.（2012）Blood.1:72-82、および/またはWang et al.（2012）J Immunother.35（9）:689-701に記載されているような技術に従って行われる。
いくつかの態様において、1つまたは複数の刺激条件または刺激剤の存在下でのインキュベーションの少なくとも一部は、例えば国際公開公報第2016/073602号に記載されているような遠心回転下で、遠心チャンバーの内部キャビティで行われる。いくつかの態様において、遠心チャンバーで行われるインキュベーションの少なくとも一部は、刺激および/または活性化を誘導するための1つまたは複数の試薬と混合することを含む。いくつかの態様において、選択された細胞などの細胞は、遠心チャンバー内で刺激条件または刺激剤と混合される。かかるプロセスのいくつかの局面において、一定の体積の細胞は、細胞培養プレートまたは他のシステムで同様の刺激を行う場合に通常使用されるよりもはるかに少ない量の1つまたは複数の刺激条件または刺激剤と混合される。
いくつかの態様において、刺激剤は、選択が、周期的に振とうまたは回転しながら遠心チャンバー内、例えばチューブまたはバッグ内で混合することなく行われる場合に、同じ数の細胞または同じ体積の細胞の選択についてほぼ同じまたは同様の効率を達成するために典型的に使用されるまたは必要となる刺激剤の量と比較して、実質的により少ない量（例えば5％以下、10％以下、20％以下、30％以下、40％以下、50％以下、60％以下、70％以下または80％以下の量）でチャンバーのキャビティ内の細胞に添加される。いくつかの態様において、インキュベーションは、細胞および刺激剤へのインキュベーション緩衝液の添加を用いて行われ、例えば約10mL～約200mL、または約20mL～約125mL、例えば少なくとも10mLもしくは少なくとも約10mLもしくは約10mL、少なくとも20mLもしくは少なくとも約20mLもしくは約20mL、少なくとも30mLもしくは少なくとも約30mLもしくは約30mL、少なくとも40mLもしくは少なくとも約40mLもしくは約40mL、少なくとも50mLもしくは少なくとも約50mLもしくは約50mL、少なくとも60mLもしくは少なくとも約60mLもしくは約60mL、少なくとも70mLもしくは少なくとも約70mLもしくは約70mL、少なくとも80mLもしくは少なくとも約80mLもしくは約80mL、少なくとも90mLもしくは少なくとも約90mLもしくは約90mL、少なくとも100mLもしくは少なくとも約100mLもしくは約100mL、少なくとも105mLもしくは少なくとも約105mLもしくは約105mL、少なくとも110mLもしくは少なくとも約110mLもしくは約110mL、少なくとも115mLもしくは少なくとも約115mLもしくは約115mL、少なくとも120mLもしくは少なくとも約120mLもしくは約120mL、少なくとも125mLもしくは少なくとも約125mLもしくは約125mL、少なくとも130mLもしくは少なくとも約130mLもしくは約130mL、少なくとも135mLもしくは少なくとも約135mLもしくは約135mL、少なくとも140mLもしくは少なくとも約140mLもしくは約140mL、少なくとも145mLもしくは少なくとも約145mLもしくは約145mL、少なくとも150mLもしくは少なくとも約150mLもしくは約150mL、少なくとも160mLもしくは少なくとも約160mLもしくは約160mL、少なくとも170mLもしくは少なくとも約170mLもしくは約170mL、少なくとも180mLもしくは少なくとも約180mLもしくは約180mL、少なくとも190mLもしくは少なくとも約190mLもしくは約190mL、または少なくとも200mLもしくは少なくとも約200mLもしくは約200mLの試薬のインキュベーションで標的体積を達成する。いくつかの態様において、インキュベーション緩衝液および刺激剤は、細胞に添加する前にあらかじめ混合される。いくつかの態様において、インキュベーション緩衝液および刺激剤は、細胞に別々に添加される。いくつかの態様において、刺激インキュベーションは、周期的な穏やかな混合条件で行われ、これはエネルギー的に有利な相互作用を促進するのに役立ち、それにより、細胞の刺激および活性化を達成しながら、より少ない全体的な刺激剤の使用を可能にすることができる。
いくつかの態様において、インキュベーションは一般に、混合条件下で、例えば一般に比較的低い力または速度、例えば細胞をペレット化するために使用される速度よりも低い速度、例えば600rpm～1700rpmまたは約600rpm～約1700rpm（例えば600rpmもしくは約600rpmもしくは少なくとも600rpm、1000rpmもしくは約1000rpmもしくは少なくとも1000rpm、または1500rpmもしくは約1500rpmもしくは少なくとも1500rpm、または1700rpmもしくは約1700rpmもしくは少なくとも1700rpm）、例えば80g～100gまたは約80g～約100g（例えば80gもしくは約80gもしくは少なくとも80g、85gもしくは約85gもしくは少なくとも85g、90gもしくは約90gもしくは少なくとも90g、95gもしくは約95gもしくは少なくとも95g、または100gもしくは約100gもしくは少なくとも100g）のチャンバーまたは他の容器の試料または壁におけるRCFでのスピンの存在下で行われる。いくつかの態様において、スピンは、かかる低い速度でのスピンとそれに続く休止期間、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10秒間のスピンおよび/または休止、例えば約1または2秒間のスピンとそれに続く約5、6、7、または8秒間の休止という間隔の繰り返しを用いて行われる。
いくつかの態様において、例えば刺激剤とのインキュベーションの総持続時間は、1時間～96時間もしくは約1時間～約96時間、1時間～72時間もしくは約1時間～約72時間、1時間～48時間もしくは約1時間～約48時間、4時間～36時間もしくは約4時間～約36時間、8時間～30時間もしくは約8時間～約30時間、18時間～30時間もしくは約18時間～約30時間、または12時間～24時間もしくは約12時間～約24時間、例えば少なくとも6時間もしくは少なくとも約6時間もしくは約6時間、少なくとも12時間もしくは少なくとも約12時間もしくは約12時間、少なくとも18時間もしくは少なくとも約18時間もしくは約18時間、少なくとも24時間もしくは少なくとも約24時間もしくは約24時間、少なくとも36時間もしくは少なくとも約36時間もしくは約36時間、または少なくとも72時間もしくは少なくとも約72時間もしくは約72時間である。いくつかの態様において、さらなるインキュベーションは、両端の値を含む、1時間～48時間もしくは約1時間～約48時間、4時間～36時間もしくは約4時間～約36時間、8時間～30時間もしくは約8時間～約30時間、または12時間～24時間もしくは約12時間～約24時間である。
いくつかの態様において、細胞は、例えば、セクションI-Cによって説明されているような形質導入および/またはトランスフェクションによって、組換え受容体をコードするポリヌクレオチドなどのポリヌクレオチドを細胞に導入するステップの前および/または間に、刺激条件下で培養（cultured）、培養（cultivated）および/またはインキュベートされる。一部の特定の態様において、細胞は、遺伝子操作の前に、刺激条件下で、30分～2時間、1時間～8時間、1時間～6時間、6時間～12時間、12時間～18時間、16時間～24時間、12時間～36時間、24時間～48時間、24時間～72時間、42時間～54時間、60時間～120時間 96時間～120時間、90時間の間、および1日～7日、3日～8日、1日～3日、4日～6日、または4日～5日の時間量にわたって、培養（cultured）、培養（cultivated）および/またはインキュベートされる。いくつかの態様において、細胞は、操作の前に2日間または約2日間インキュベートされる。
一部の特定の態様において、細胞は、細胞を遺伝子操作する前および/または間に、刺激試薬とともにおよび/または刺激試薬の存在下でインキュベートされる。一部の特定の態様において、細胞は、刺激試薬とともにおよび/または刺激試薬の存在下で、12時間～36時間、24時間～48時間、24時間～72時間、42時間～54時間、60時間～120時間96時間～120時間、90時間の間、および2日～7日、3日～8日、1日～8日、4日～6日、または4日～5日の時間量にわたってインキュベートされる。特定の態様において、細胞は、細胞を遺伝子操作する前および/または間に、刺激条件下で、10日間、9日間、8日間、7日間、6日間もしくは5日間、4日間よりも少ない時間量にわたって、または168時間、162時間、156時間、144時間、138時間、132時間、120時間、114時間、108時間、102時間もしくは96時間よりも少ない時間量にわたって培養（cultured）、培養（cultivated）および/またはインキュベートされる。特定の態様において、細胞は、刺激試薬とともにおよび/または刺激試薬の存在下で、4日間、5日間、6日間もしくは7日間、または約4日間、5日間、6日間もしくは7日間インキュベートされる。いくつかの態様において、細胞は、刺激試薬とともにおよび/または刺激試薬の存在下で、4日間または約4日間インキュベートされる。特定の態様において、細胞は、刺激試薬とともにおよび/または刺激試薬の存在下で、5日間または約5日間インキュベートされる。一部の特定の態様において、細胞は、刺激試薬とともにおよび/または刺激試薬の存在下で、7日間未満インキュベートされる。
いくつかの態様において、刺激条件下で細胞をインキュベートすることは、セクションI-B-1に記載されている刺激試薬とともに細胞をインキュベートすることを含む。いくつかの態様において、刺激試薬は、常磁性ビーズなどのビーズを含有するか、または含み、かつ細胞は、1:1の比などの3:1未満（ビーズ:細胞）の比で刺激試薬とともにインキュベートされる。特定の態様において、細胞は、1種もしくは複数種のサイトカインおよび/または1種もしくは複数種の抗酸化剤の存在下で刺激試薬とともにインキュベートされる。いくつかの態様において、濃縮CD4＋T細胞の組成物は、組換えIL-2、IL-7、IL-15、およびNACの存在下で、1:1（ビーズ:細胞）の比で刺激試薬とともにインキュベートされる。一部の特定の態様において、濃縮CD8＋T細胞の組成物は、組換えIL-2、IL-15、およびNACの存在下で、1:1（ビーズ:細胞）の比で刺激試薬とともにインキュベートされる。いくつかの態様において、刺激試薬は、インキュベーションの着手または開始から、例えば、刺激試薬が細胞に添加されるかまたは細胞と接触した時点から、6日、5日もしくは4日の時点で、または6日、5日もしくは4日以内に、または約6日、5日もしくは4日以内に、細胞から除去および/または分離される。
1.刺激試薬
いくつかの態様において、刺激条件下で細胞、例えばインプット細胞の組成物をインキュベートすることは、濃縮細胞の組成物を、T細胞を活性化および/または拡大することができる刺激試薬とインキュベートするおよび/もしくは接触させることであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、刺激試薬は、細胞内の1つまたは複数のシグナルを刺激および/または活性化することができる。いくつかの態様において、1つまたは複数のシグナルは、受容体によって媒介される。特定の態様において、1つまたは複数のシグナルは、シグナル伝達ならびに/または二次メッセンジャー、例えばcAMPおよび/もしくは細胞内カルシウムのレベルもしくは量の変化、1つもしくは複数の細胞タンパク質の量、細胞局在、確認、リン酸化、ユビキチン化、および/もしくはトランケーションの変化、ならびに/または細胞活性、例えば転写、翻訳、タンパク質分解、細胞形態、活性化状態、および/もしくは細胞分裂の変化であるか、またはそれに関連する。特定の態様において、刺激試薬は、TCR複合体の1つもしくは複数の成分の1つもしくは複数の細胞内シグナル伝達ドメインおよび/または1つもしくは複数の共刺激分子の1つもしくは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化するおよび/または活性化することができる。
いくつかの態様において、刺激条件下で細胞、例えばインプット細胞の組成物をインキュベートすることは、濃縮細胞の組成物を、T細胞を活性化および/または拡大することができる刺激試薬とインキュベートするおよび/もしくは接触させることであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、刺激試薬は、細胞内の1つまたは複数のシグナルを刺激および/または活性化することができる。いくつかの態様において、1つまたは複数のシグナルは、受容体によって媒介される。特定の態様において、1つまたは複数のシグナルは、シグナル伝達ならびに/または二次メッセンジャー、例えばcAMPおよび/もしくは細胞内カルシウムのレベルもしくは量の変化、1つもしくは複数の細胞タンパク質の量、細胞局在、確認、リン酸化、ユビキチン化、および/もしくはトランケーションの変化、ならびに/または細胞活性、例えば転写、翻訳、タンパク質分解、細胞形態、活性化状態、および/もしくは細胞分裂の変化であるか、またはそれに関連する。特定の態様において、刺激試薬は、TCR複合体の1つもしくは複数の成分の1つもしくは複数の細胞内シグナル伝達ドメインおよび/または1つもしくは複数の共刺激分子の1つもしくは複数の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化するおよび/または活性化することができる。
一部の特定の態様において、刺激試薬は、細胞、例えばT細胞を活性化および/または拡大することができる1つまたは複数の剤、例えば生体分子にコンジュゲートまたは連結される粒子、例えばビーズを含む。いくつかの態様において、1つまたは複数の剤はビーズに結合される。いくつかの態様において、ビーズは生体適合性である、すなわち生物学的使用に適した材料で構成される。いくつかの態様において、ビーズは、培養細胞、例えば培養T細胞に対して非毒性である。いくつかの態様において、ビーズは、剤と細胞との間の相互作用を可能にする方法で剤を付着させることができる任意の粒子であり得る。
いくつかの態様において、刺激試薬は、ビーズ、例えばビーズの表面に結合しているまたはさもなければ付着している細胞、例えばT細胞を活性化および/または拡大することができる1つまたは複数の剤を含む。一部の特定の態様において、ビーズは非細胞粒子である。特定の態様において、ビーズは、コロイド粒子、ミクロスフェア、ナノ粒子、磁性ビーズなどを含み得る。いくつかの態様において、ビーズはアガロースビーズである。一部の特定の態様において、ビーズはセファロースビーズである。
特定の態様において、刺激試薬は、単分散であるビーズを含む。一部の特定の態様において、単分散であるビーズは、互いから5％未満の直径標準偏差を有するサイズ分散を含む。
いくつかの態様において、ビーズは、ビーズの表面に（直接的または間接的に）共役、コンジュゲート、または連結された剤などの1つまたは複数の剤を含む。いくつかの態様において、本明細書で企図される剤は、RNA、DNA、タンパク質（例えば酵素）、抗原、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、抗体断片、炭水化物、脂質、レクチン、または所望の標的に親和性を有する他の任意の生体分子を含み得るが、これらに限定されるわけではない。いくつかの態様において、所望の標的は、T細胞受容体および/またはT細胞受容体の成分である。一部の特定の態様において、所望の標的はCD3である。一部の特定の態様において、所望の標的は、T細胞共刺激分子、例えばCD28、CD137（4-1-BB）、OX40、またはICOSである。1つまたは複数の剤は、当技術分野で公知であり、利用可能な様々な方法によって、ビーズに直接的または間接的に付着させ得る。付着は、共有結合、非共有結合、静電的、または疎水性であり得、例えば化学的手段、機械的手段、または酵素的手段を含む様々な付着手段によって達成され得る。いくつかの態様において、生体分子（例えばビオチン化抗CD3抗体）は、ビーズに直接付着している別の生体分子（例えば抗ビオチン抗体）を介して間接的にビーズに付着させ得る。
いくつかの態様において、刺激試薬は、ビーズおよび細胞の表面上の高分子と直接相互作用する1つまたは複数の剤を含む。一部の特定の態様において、ビーズ（例えば常磁性ビーズ）は、細胞上の1つまたは複数の高分子（例えば1つまたは複数の細胞表面タンパク質）に特異的な1つまたは複数の剤（例えば抗体）を介して細胞と相互作用する。一部の特定の態様において、ビーズ（例えば常磁性ビーズ）は、一次抗体（例えば抗ビオチン抗体）または他の生体分子などの本明細書に記載の第1の剤で標識され、次に、二次抗体（例えばビオチン化抗CD3抗体）または他の二次生体分子（例えばストレプトアビジン）などの第2の剤が添加され、それにより二次抗体または他の二次生体分子が粒子上のかかる一次抗体または他の生体分子に特異的に結合する。
いくつかの態様において、刺激試薬は、ビーズ（例えば常磁性ビーズ）に付着し、細胞（例えばT細胞）上の以下の高分子:CD2、CD3、CD4、CD5、CD8、CD25、CD27、CD28、CD29、CD31、CD44、CD45RA、CD45RO、CD54（ICAM-1）、CD127、MHCI、MHCII、CTLA-4、ICOS、PD-1、OX40、CD27L（CD70）、4-1BB（CD137）、4-1BBL、CD30L、LIGHT、IL-2R、IL-12R、IL-1R、IL-15R;IFN-γR、TNF-αR、IL-4R、IL-10R、CD18/CDl la（LFA-1）、CD62L（L-セレクチン）、CD29/CD49d（VLA-4）、Notchリガンド（例えばデルタ様1/4、Jagged 1/2など）、CCR1、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR7、およびCXCR3、またはこれらの高分子もしくはその断片に対応するリガンドを含むその断片の1つまたは複数に特異的に結合する1つまたは複数の剤（例えば抗体）を含む。いくつかの態様において、ビーズに付着した剤（例えば抗体）は、細胞（例えばT細胞）上の以下の高分子:CD28、CD62L、CCR7、CD27、CD127、CD3、CD4、CD8、CD45RA、および/またはCD45ROの1つまたは複数に特異的に結合する。
いくつかの態様において、ビーズに付着した剤の1つまたは複数は抗体である。抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体（免疫グロブリンFc領域を有する完全長抗体を含む）、ポリエピトープ特異性を有する抗体組成物、多重特異性抗体（例えば二重特異性抗体、ダイアボディ、および単鎖分子、ならびに抗体断片（例えばFab、F（ab’）2、およびFv）を含み得る。いくつかの態様において、刺激試薬は、抗体断片（抗原結合断片を含む）、例えばFab、Fab’-SH、Fv、scFv、または（Fab’）2断片である。IgG、IgM、IgA、IgD、およびIgE定常領域を含む、任意のアイソタイプの定常領域が本明細書で企図される抗体に使用でき、かかる定常領域は任意のヒトまたは動物種（例えばマウス種）から入手できることが理解されるであろう。いくつかの態様において、剤は、T細胞受容体の1つまたは複数の成分に結合するおよび/またはそれを認識する抗体である。特定の態様において、剤は抗CD3抗体である。一部の特定の態様において、剤は、共受容体に結合するおよび/または共受容体を認識する抗体である。いくつかの態様において、刺激試薬は抗CD28抗体を含む。いくつかの態様において、ビーズは、約0.001μm超、約0.01μm超、約0.1μm超、約1.0μm超、約10μm超、約50μm超、約100μm超、または約1000μm超、および約1500μm以下の直径を有する。いくつかの態様において、ビーズは、約1.0μm～約500μm、約1.0μm～約150μm、約1.0μm～約30μm、約1.0μm～約10μm、約1.0μm～約5.0μm、約2.0μm～約5.0μm、または約3.0μm～約5.0μmの直径を有する。いくつかの態様において、ビーズは、約3μm～約5μmの直径を有する。いくつかの態様において、ビーズは、少なくとも0.001μmもしくは少なくとも約0.001μmもしくは約0.001μm、少なくとも0.01μmもしくは少なくとも約0.01μmもしくは約0.01μm、少なくとも0.1μmもしくは少なくとも約0.1μmもしくは約0.1μm、少なくとも0.5μmもしくは少なくとも約0.5μmもしくは約0.5μm、少なくとも1.0μmもしくは少なくとも約1.0μmもしくは約1.0μm、少なくとも1.5μmもしくは少なくとも約1.5μmもしくは約1.5μm、少なくとも2.0μmもしくは少なくとも約2.0μmもしくは約2.0μm、少なくとも2.5μmもしくは少なくとも約2.5μmもしくは約2.5μm、少なくとも3.0μmもしくは少なくとも約3.0μmもしくは約3.0μm、少なくとも3.5μmもしくは少なくとも約3.5μmもしくは約3.5μm、少なくとも4.0μmもしくは少なくとも約4.0μmもしくは約4.0μm、少なくとも4.5μmもしくは少なくとも約4.5μmもしくは約4.5μm、少なくとも5.0μmもしくは少なくとも約5.0μmもしくは約5.0μm、少なくとも5.5μmもしくは少なくとも約5.5μmもしくは約5.5μm、少なくとも6.0μmもしくは少なくとも約6.0μmもしくは約6.0μm、少なくとも6.5μmもしくは少なくとも約6.5μmもしくは約6.5μm、少なくとも7.0μmもしくは少なくとも約7.0μmもしくは約7.0μm、少なくとも7.5μmもしくは少なくとも約7.5μmもしくは約7.5μm、少なくとも8.0μmもしくは少なくとも約8.0μmもしくは約8.0μm、少なくとも8.5μmもしくは少なくとも約8.5μmもしくは約8.5μm、少なくとも9.0μmもしくは少なくとも約9.0μmもしくは約9.0μm、少なくとも9.5μmもしくは少なくとも約9.5μmもしくは約9.5μm、少なくとも10μmもしくは少なくとも約10μmもしくは約10μm、少なくとも12μmもしくは少なくとも約12μmもしくは約12μm、少なくとも14μmもしくは少なくとも約14μmもしくは約14μm、少なくとも16μmもしくは少なくとも約16μmもしくは約16μm、少なくとも18μmもしくは少なくとも約18μmもしくは約18μmまたは少なくとも20μmもしくは少なくとも約20μmもしくは約20μmの直径を有する。一部の特定の態様において、ビーズは、4.5μmまたは約4.5μmの直径を有する。一部の特定の態様において、ビーズは、2.8μmまたは約2.8μmの直径を有する。
いくつかの態様において、ビーズは、0.001g/cm3超、0.01g/cm3超、0.05g/cm3超、0.1g/cm3超、0.5g/cm3超、0.6g/cm3超、0.7g/cm3超、0.8g/cm3超、0.9g/cm3超、1g/cm3超、1.1g/cm3超、1.2g/cm3超、1.3g/cm3超、1.4g/cm3超、1.5g/cm3超、2g/cm3超、3g/cm3超、4g/cm3超、または5g/cm3超の密度を有する。いくつかの態様において、ビーズは、約0.001g/cm3～約100g/cm3、約0.01g/cm3～約50g/cm3、約0.1g/cm3～約10g/cm3、約0.1g/cm3～約.5g/cm3、約0.5g/cm3～約1g/cm3、約0.5g/cm3～約1.5g/cm3、約1g/cm3～約1.5g/cm3、約1g/cm3～約2g/cm3、または約1g/cm3～約5g/cm3の密度を有する。いくつかの態様において、ビーズは、約0.5g/cm3、約0.5g/cm3、約0.6g/cm3、約0.7g/cm3、約0.8g/cm3、約0.9g/cm3、約1.0g/cm3、約1.1g/cm3、約1.2g/cm3、約1.3g/cm3、約1.4g/cm3、約1.5g/cm3、約1.6g/cm3、約1.7g/cm3、約1.8g/cm3、約1.9g/cm3、または約2.0g/cm3の密度を有する。一部の特定の態様において、ビーズは、約1.6g/cm3の密度を有する。特定の態様において、ビーズまたは粒子は、約1.5g/cm3の密度を有する。一部の特定の態様において、粒子は、約1.3g/cm3の密度を有する。
一部の特定の態様において、複数のビーズは均一な密度を有する。一部の特定の態様において、均一な密度は、平均ビーズ密度の10％未満、5％未満、または1％未満の密度標準偏差を含む。
いくつかの態様において、ビーズは、粒子の各グラムあたり（m2/g）約0.001m2～約1,000m2/g、約.010m2/g～約100m2/g、約0.1m2/g～約10m2/g、約0.1m2/g～約1m2/g、約1m2/g～約10m2/g、約10m2/g～約100m2/g、約0.5m2/g～約20m2/g、約0.5m2/g～約5m2/g、または約1m2/g～約4m2/gの表面積を有する。いくつかの態様において、粒子またはビーズは、約1m2/g～約4m2/gの表面積を有する。
いくつかの態様において、ビーズは、剤に共役、連結、またはコンジュゲートすることができる少なくとも1つの材料をビーズ表面またはその近くに含む。いくつかの態様において、ビーズは表面官能化されている、すなわち結合分子、例えばポリヌクレオチドまたはポリペプチドと共有結合を形成することができる官能基を含む。特定の態様において、ビーズは、表面に露出されたカルボキシル、アミノ、ヒドロキシル、トシル、エポキシ、および/またはクロロメチル基を含む。特定の態様において、ビーズは、表面に露出されたアガロースおよび/またはセファロースを含む。一部の特定の態様において、ビーズ表面は、結合分子に結合または付着することができる付着刺激試薬を含む。特定の態様において、生体分子はポリペプチドである。いくつかの態様において、ビーズは、表面に露出されたプロテインA、プロテインG、またはビオチンを含む。
いくつかの態様において、ビーズは磁場中で反応する。いくつかの態様において、ビーズは磁気ビーズである。いくつかの態様において、磁気ビーズは常磁性である。特定の態様において、磁気ビーズは超常磁性である。一部の特定の態様において、ビーズは、磁場に曝露されない限り、いかなる磁気特性も示さない。
特定の態様において、ビーズは、磁気コア、常磁性コア、または超常磁性コアを含む。いくつかの態様において、磁気コアは金属を含む。いくつかの態様において、金属は、鉄、ニッケル、銅、コバルト、ガドリニウム、マンガン、タンタル、亜鉛、ジルコニウム、またはそれらの任意の組合せであり得るが、これらに限定されるわけではない。一部の特定の態様において、磁気コアは、金属酸化物（例えば酸化鉄）、フェライト（例えばマンガンフェライト、コバルトフェライト、ニッケルフェライトなど）、ヘマタイトおよび金属合金（例えばCoTaZn）を含む。いくつかの態様において、磁気コアは、フェライト、金属、金属合金、酸化鉄、または二酸化クロムのうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様において、磁気コアは元素鉄またはその化合物を含む。いくつかの態様において、磁気コアは、マグネタイト（Fe3O4）、マグヘマイト（γFe2O3）、またはグレイジャイト（Fe3S4）のうちの1つまたは複数を含む。いくつかの態様において、内部コアは酸化鉄（例えばFe3O4）を含む。
一部の特定の態様において、ビーズは、表面官能化コートまたはコーティングで覆われた磁性、常磁性、および/または超常磁性コアを含む。いくつかの態様において、コートは、ポリマー、多糖、シリカ、脂肪酸、タンパク質、炭素、アガロース、セファロース、またはそれらの組合せを含み得るが、これらに限定されるわけではない材料を含むことができる。いくつかの態様において、ポリマーは、ポリエチレングリコール、ポリ（乳酸-コ-グリコール酸）、ポリグルタルアルデヒド、ポリウレタン、ポリスチレン、またはポリビニルアルコールであり得る。一部の特定の態様において、外側コートまたはコーティングはポリスチレンを含む。特定の態様において、外側コーティングは表面官能化されている。
いくつかの態様において、刺激試薬は、金属酸化物コア（例えば酸化鉄コア）およびコートを含有するビーズを含み、金属酸化物コアは、少なくとも1つの多糖（例えばデキストラン）を含み、コートは、少なくとも1つの多糖（例えばアミノデキストラン）、少なくとも1つのポリマー（例えばポリウレタン）およびシリカを含む。いくつかの態様において、金属酸化物コアはコロイド状酸化鉄コアである。一部の特定の態様において、1つまたは複数の剤は、抗体またはその抗原結合断片を含む。特定の態様において、1つまたは複数の剤は、抗CD3抗体および抗CD28抗体またはその抗原結合断片を含む。いくつかの態様において、刺激試薬は、抗CD3抗体、抗CD28抗体、および抗ビオチン抗体を含む。いくつかの態様において、刺激試薬は抗ビオチン抗体を含む。いくつかの態様において、ビーズは、約3μm～約10μmの直径を有する。いくつかの態様において、ビーズは、約3μm～約5μmの直径を有する。一部の特定の態様において、ビーズは約3.5μmの直径を有する。
いくつかの態様において、刺激試薬は、金属酸化物コア（例えば酸化鉄内部コア）およびコート（例えば保護コート）を含有するビーズに付着する1つまたは複数の剤を含み、コートはポリスチレンを含む。一部の特定の態様において、ビーズは、常磁性（例えば超常磁性）鉄コア、例えばマグネタイト（Fe3O4）および/またはマグヘマイト（γFe2O3）cおよびポリスチレンコートまたはコーティングを含有するコアを含む単分散常磁性（例えば超常磁性）ビーズである。いくつかの態様において、ビーズは非多孔性である。いくつかの態様において、ビーズは、1つまたは複数の剤が付着する官能化表面を含む。一部の特定の態様において、1つまたは複数の剤は、表面でビーズに共有結合される。いくつかの態様において、1つまたは複数の剤は、抗体またはその抗原結合断片を含む。いくつかの態様において、1つまたは複数の剤は、抗CD3抗体および抗CD28抗体を含む。いくつかの態様において、刺激試薬は、抗CD3/抗CD28磁気ビーズであるか該ビーズを含む。いくつかの態様において、1つまたは複数の剤は、抗CD3抗体および/または抗CD28抗体、ならびに標識抗CD3または抗CD28抗体などの標識抗体（例えばビオチン化抗体）に結合することができる抗体またはその抗原断片を含む。一部の特定の態様において、ビーズは、約1.5g/cm3の密度および約1m2/g～約4m2/gの表面積を有する。特定の態様において、ビーズは、約4.5μmの直径および約1.5g/cm3の密度を有する単分散超常磁性ビーズである。いくつかの態様において、ビーズは、約2.8μmの平均直径および約1.3g/cm3の密度を有する単分散超常磁性ビーズである。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、ビーズ対細胞の3:1、2.5:1、2:1、1.5:1、1.25:1、1.2:1、1.1:1、1:1、0.9:1、0.8:1、0.75:1、0.67:1、0.5:1、0.3:1もしくは0.2:1、または約3:1、2.5:1、2:1、1.5:1、1.25:1、1.2:1、1.1:1、1:1、0.9:1、0.8:1、0.75:1、0.67:1、0.5:1、0.3:1もしくは0.2:1の比で刺激試薬とともにインキュベートされる。特定の態様において、ビーズ対細胞の比は、2.5:1～0.2:1、2:1～0.5:1、1.5:1～0.75:1、1.25:1～0.8:1、1.1:1～0.9:1である。特定の態様において、刺激試薬対細胞の比は、約1:1または1:1である。
2. 細胞からの刺激試薬の除去
一部の特定の態様において、刺激試薬、例えば抗CD3/抗CD28磁気ビーズは、細胞から除去および/または分離される。理論に拘束されることを望むものではないが、特定の態様において、刺激試薬と細胞との間の結合および/または会合は、状況によっては、インキュベーション中に経時的に減少し得ることが企図される。一部の特定の態様において、1つまたは複数の作用物質を添加して、刺激試薬と細胞との間の結合および/または会合を減少させてもよい。特定の態様において、細胞培養条件、例えば、pHの培地温度の変化は、刺激試薬と細胞との間の結合および/または会合を減少させ得る。したがって、いくつかの態様において、例えば、細胞をインキュベーション、細胞培養系および/または溶液から細胞を除去することなく、細胞とは別々に、インキュベーション、細胞培養系および/または溶液から刺激試薬が除去されてもよい。
一部の特定の態様において、刺激試薬、例えば抗CD3/抗CD28磁気ビーズは、細胞から除去および/または分離される。理論に拘束されることを望むものではないが、特定の態様において、刺激試薬と細胞との間の結合および/または会合は、状況によっては、インキュベーション中に経時的に減少し得ることが企図される。一部の特定の態様において、1つまたは複数の作用物質を添加して、刺激試薬と細胞との間の結合および/または会合を減少させてもよい。特定の態様において、細胞培養条件、例えば、pHの培地温度の変化は、刺激試薬と細胞との間の結合および/または会合を減少させ得る。したがって、いくつかの態様において、例えば、細胞をインキュベーション、細胞培養系および/または溶液から細胞を除去することなく、細胞とは別々に、インキュベーション、細胞培養系および/または溶液から刺激試薬が除去されてもよい。
細胞から刺激試薬（例えば、ビーズ粒子または磁化可能粒子などの粒子であるかまたはそれを含有する刺激試薬）を除去する方法は公知である。いくつかの態様において、例えば、刺激試薬の一次抗体に結合し、細胞上のその抗原に対するその親和性を変化させる非標識抗体などの競合する抗体の使用を使用することができ、それにより、穏やかな分離が可能になる。一部の状況において、分離後、競合する抗体は、粒子（例えばビーズ粒子）と会合したままであり得るが、未反応抗体は洗い流されるか、洗い流され得、細胞は、抗体を単離、選択、濃縮および/または活性化しない。そのような試薬の例は、DETACaBEAD（Friedl et al.1995;Entschladen et al.1997）である。いくつかの態様において、切断可能なリンカー（例えばDNAリンカー）の存在下で粒子（例えばビーズ粒子）が除去され得、それにより、粒子結合抗体がリンカー（例えばCELLection,Dynal）にコンジュゲートされる。一部の状況において、リンカー領域は、例えば、DNaseまたは他の放出緩衝液を添加することにより、単離後に細胞から粒子（例えばビーズ粒子）を除去するための切断可能な部位を提供する。いくつかの態様において、細胞からの粒子（例えばビーズ粒子）の放出のために、他の酵素的方法も使用することができる。いくつかの態様において、粒子（例えば、ビーズ粒子または磁化可能粒子）は生分解性である。
いくつかの態様において、刺激試薬は、磁性、常磁性および/または超常磁性であり、および/または磁性、常磁性および/または超常磁性であるビーズを含有し、かつ刺激試薬は、磁場に細胞を曝露することによって細胞から除去され得る。磁場を生成するための磁石を含む好適な機器の例としては、DynaMag CTS（Thermo Fisher）、Magnetic Separator（Takara）およびEasySep Magnet（Stem Cell Technologies）が挙げられる。
特定の態様において、刺激試薬は、提供される方法の完了前、例えば、本明細書において提供される方法によって作製された操作された細胞を採取、収集および/または製剤化する前に、細胞から除去または分離される。いくつかの態様において、刺激試薬は、細胞を操作、例えば、形質導入またはトランスフェクトする前に、細胞から除去および/または分離される。特定の態様において、刺激試薬は、細胞を操作するステップの後に、細胞から除去および/または分離される。一部の特定の態様において、刺激試薬は、細胞の培養前、例えば、増殖および/または拡大を促進する条件下で、操作された、例えばトランスフェクトまたは形質導入された細胞の培養前に除去される。
一部の特定の態様において、刺激試薬は、ある時間量後に細胞から分離および/または除去される。特定の態様において、時間量とは、刺激条件下でのインキュベーションの着手および/または開始からの時間量である。特定の態様において、インキュベーションの着手は、細胞が刺激試薬および/または刺激試薬を含有する培地または溶液と接触した時点またはほぼその時点であると考えられる。特定の態様において、刺激試薬は、インキュベーションの着手または開始後10日、9日、8日、7日、6日、5日、4日、3日もしくは2日以内に、または約10日、9日、8日、7日、6日、5日、4日、3日もしくは2日以内に、細胞から除去または分離される。特定の態様において、刺激試薬は、インキュベーションの着手または開始から9日、8日、7日、6日、5日、4日、3日もしくは2日後の時点で、または約9日、8日、7日、6日、5日、4日、3日もしくは2日後の時点で、細胞から除去および/または分離される。一部の特定の態様において、刺激試薬は、インキュベーションの着手または開始から168時間、162時間、156時間、144時間、138時間、132時間、120時間、114時間、108時間、102時間もしくは96時間後の時点で、または約168時間、162時間、156時間、144時間、138時間、132時間、120時間、114時間、108時間、102時間もしくは96時間後の時点で、細胞から除去および/または分離される。特定の態様において、刺激試薬は、インキュベーションの着手および/または開始後5日の時点で、または約5日の時点で、細胞から除去および/または分離される。いくつかの態様において、刺激試薬は、インキュベーションの着手および/または開始後4日の時点で、または約4日の時点で、細胞から除去および/または分離される。
C. 細胞の操作
いくつかの態様において、提供される方法は、組換え抗原受容体を発現する細胞を疾患または病態を有する対象に投与する工程を伴う。遺伝子操作された成分、例えば組換え受容体、例えばCARまたはTCRを導入するための様々な方法が周知であり、かつ提供される方法および組成物とともに使用され得る。例示的な方法は、ウイルス、例えばレトロウイルスまたはレンチウイルス、形質導入、トランスポゾン、およびエレクトロポレーションを介することを含む、受容体をコードする核酸の移入のための方法を含む。
いくつかの態様において、提供される方法は、組換え抗原受容体を発現する細胞を疾患または病態を有する対象に投与する工程を伴う。遺伝子操作された成分、例えば組換え受容体、例えばCARまたはTCRを導入するための様々な方法が周知であり、かつ提供される方法および組成物とともに使用され得る。例示的な方法は、ウイルス、例えばレトロウイルスまたはレンチウイルス、形質導入、トランスポゾン、およびエレクトロポレーションを介することを含む、受容体をコードする核酸の移入のための方法を含む。
受容体を発現し、かつ提供される方法によって投与される細胞の中には、操作された細胞がある。遺伝子操作は、一般に、例えば、レトロウイルス形質導入、トランスフェクションまたは形質転換によって、細胞を含有する組成物に、組換え成分または操作された成分をコードする核酸を導入することを伴う。
いくつかの態様において、本明細書において提供される方法は、濃縮T細胞の1つまたは複数の組成物を操作することに関連して使用される。一部の特定の態様において、操作は、ポリヌクレオチド、例えば組換えタンパク質をコードする組換えポリヌクレオチドの導入であるか、またはそれを含む。特定の態様において、組換えタンパク質は、セクションIIに記載されているものなどの組換え受容体である。組換え受容体などの組換えタンパク質をコードする核酸分子の細胞への導入は、いくつかの公知のベクターのいずれかを使用して実施され得る。かかるベクターは、レンチウイルスおよびガンマレトロウイルス系を含むウイルスおよび非ウイルス系、ならびにPiggyBacまたはSleeping Beautyベースの遺伝子導入システムなどのトランスポゾンベースのシステムを含む。例示的な方法は、ウイルス、例えばレトロウイルスまたはレンチウイルス、形質導入、トランスポゾン、およびエレクトロポレーションを介することを含む、受容体をコードする核酸の移入のための方法を含む。いくつかの態様において、操作は、濃縮T細胞の1つまたは複数の操作された組成物を作製する。
一部の特定の態様において、濃縮T細胞の1つまたは複数の組成物は、例えば、セクションII-Dで提供される方法などによって、増殖および/または拡大を促進する条件下で細胞を培養する前に、操作、例えば形質導入またはトランスフェクトされる。特定の態様において、濃縮T細胞の1つまたは複数の組成物は、セクションII-Bに提供される方法に記載されているような刺激条件下で1つまたは複数の組成物が刺激、活性化および/またはインキュベートされた後に操作される。特定の態様において、1つまたは複数の組成物は刺激された組成物である。特定の態様において、1つまたは複数の刺激された組成物は、予めクライオ凍結され、保存されており、操作の前に解凍される。
一部の特定の態様において、刺激されたT細胞の1つまたは複数の組成物は、濃縮T細胞の2つの別個の刺激された組成物であるか、またはそれを含む。特定の態様において、濃縮T細胞の2つの別個の組成物、例えば同じ生物学的試料から選択、単離および/または濃縮された濃縮T細胞の2つの別個の組成物は、別々に操作される。一部の特定の態様において、2つの別個の組成物は、濃縮CD4＋T細胞の組成物を含む。特定の態様において、2つの別個の組成物は、濃縮CD8＋T細胞の組成物を含む。いくつかの態様において、濃縮CD4＋T細胞および濃縮CD8＋T細胞の2つの別個の組成物は、例えば、上記の刺激条件下でのインキュベーション後に、別々に遺伝子操作される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の単一の組成物が遺伝子操作される。一部の特定の態様において、単一の組成物は、濃縮CD4＋T細胞の組成物である。いくつかの態様において、単一の組成物は、操作の前に別個の組成物から組み合わされた濃縮CD4＋およびCD8＋T細胞の組成物である。
いくつかの態様において、操作される、例えば形質導入またはトランスフェクトされる、濃縮CD4＋T細胞、例えば、刺激されたCD4＋T細胞の組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD4＋T細胞を含む。一部の特定の態様において、操作される、濃縮CD4＋T細胞、例えば、刺激されたCD4＋T細胞の組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満もしくは0.01％未満のCD8＋T細胞を含む、および/またはCD8＋T細胞を含まない、および/またはCD8＋T細胞不含であるかもしくは実質的に不含である。
いくつかの態様において、操作される、例えば形質導入またはトランスフェクトされる、濃縮CD8＋T細胞、例えば、刺激されたCD8＋T細胞の組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD8＋T細胞を含む。一部の特定の態様において、操作される、濃縮CD8＋T細胞、例えば、刺激されたCD8＋T細胞の組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満もしくは0.01％未満のCD4＋T細胞を含む、および/またはCD4＋T細胞を含まない、および/またはCD4＋T細胞不含であるかもしくは実質的に不含である。
いくつかの態様において、濃縮CD4＋およびCD8＋T細胞の別個の組成物は、単一の組成物に組み合わされ、遺伝子操作、例えば形質導入またはトランスフェクトされる。一部の特定の態様において、濃縮CD4＋および濃縮CD8＋T細胞の別個の操作された組成物は、遺伝子操作が行われたおよび/または完了した後に単一の組成物に組み合わされる。特定の態様において、濃縮CD4＋およびCD8＋T細胞の別個の組成物、例えば、刺激されたCD4＋およびCD8＋T細胞の別個の組成物は、遺伝子操作が行われたおよび/または完了した後に別々に操作され、かつT細胞の培養および/または拡大のために別々に処理される。
いくつかの態様において、ポリヌクレオチド、例えば、組換えタンパク質をコードする組換えポリヌクレオチドの導入は、刺激されたCD4＋またはCD8＋T細胞などの濃縮CD4＋またはCD8＋T細胞と、ポリヌクレオチドを含有するウイルス粒子とを接触させることによって行われる。いくつかの態様において、接触させることは、スピノキュレーション（例えば遠心的播種）などの遠心分離を用いて達成することができる。いくつかの態様において、細胞、ウイルス粒子および試薬を含有する組成物は、一般的には相対的に低い力または速度で、例えば、細胞をペレット化するために使用される速度より低い速度で、例えば600rpm～1700rpmまたは約600rpm～約1700rpm（例えば、600rpm、1000rpm、または1500rpmもしくは1700rpm、または約600rpm、1000rpm、または1500rpmもしくは1700rpm、または少なくとも600rpm、1000rpm、または1500rpmもしくは1700rpmで）で回転させることができる。いくつかの態様において、回転は、例えば、チャンバーまたは空洞の内壁または外壁で測定された場合に、100g～3200gまたは約100g～約3200g（例えば、100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3200g、または約100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3200g、または少なくとも100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3200g、または少なくとも約100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3200g）、例えば、693gまたは約693gの力、例えば、相対遠心力で運ばれる。用語「相対遠心力」すなわちRCFは、一般に、地球の重力に対して、回転軸と比較して空間の特定の点で、物体または物質（例えば、細胞、試料またはペレットおよび/または回転しているチャンバーまたは他の容器中の点）に与えられる有効な力であると理解される。この値は、重力、回転速度および回転半径（回転軸と、RCFが測定されている物体、物質、または粒子からの距離）を考慮に入れて、周知の式を使用して決定され得る。いくつかの態様において、ウイルスとの細胞、例えば、濃縮CD4＋T細胞または濃縮CD8＋T細胞の刺激された組成物からの細胞の接触、インキュベートおよび/または操作の少なくとも一部は、約100g～3200g、1000g～2000g、1000g～3200g、500g～1000g、400g～1200g、600g～800g、600～700g、または500g～700gの回転によって実施される。いくつかの態様において、回転は、600g～700g、例えば、693gまたは約693gである。
一部の特定の態様において、操作、形質導入および/またはトランスフェクションの少なくとも一部は、回転、例えば、スピノキュレーションおよび/または遠心分離によって実施される。いくつかの態様において、回転は、5分間、10分間、15分間、30分間、60分間、90分間、1時間、2時間、3時間、4時間、6時間、8時間、12時間、24時間、48時間、72時間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、約5分間、10分間、15分間、30分間、60分間、90分間、1時間、2時間、3時間、4時間、6時間、8時間、12時間、24時間、48時間、72時間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、または少なくとも5分間、10分間、15分間、30分間、60分間、90分間、1時間、2時間、3時間、4時間、6時間、8時間、12時間、24時間、48時間、72時間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、または少なくとも約5分間、10分間、15分間、30分間、60分間、90分間、1時間、2時間、3時間、4時間、6時間、8時間、12時間、24時間、48時間、72時間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、または少なくとも7日間実施される。いくつかの態様において、回転は、60分間または約60分間実施される。一部の特定の態様において、回転は、約30分間実施される。いくつかの態様において、回転は600g～700g、例えば、693gまたは約693gで約30分間実施される。
一部の特定の態様において、操作、形質導入および/またはトランスフェクトされる生存細胞の数は、約5×106個～約100×107個、例えば、約10×106個～約100×106個、約100×106個～約200×106個、約200×106個～約300×106個、約300×106個～約400×106個、約400×106個～約500×106個、または約500×106個～約100×107個の範囲である。特定の例において、操作、形質導入および/またはトランスフェクトされる生存細胞の数は、約300×106個または約300×106個未満である。
一部の特定の態様において、操作、形質導入および/またはトランスフェクションの少なくとも一部は、約5mL～約100mL、例えば、約10mL～約50mL、約15mL～約45mL、約20mL～約40mL、約25mL～約35mL、または30mLもしくは約30mLの体積（例えばスピノキュレーション体積）で行われる。一部の特定の態様において、スピノキュレーション後の細胞ペレット体積は、約1mL～約25mL、例えば、約5mL～約20mL、約5mL～約15mL、約5mL～約10mL、または10mLもしくは約10mLの範囲である。
いくつかの態様において、遺伝子導入は、例えばサイトカインまたは活性化マーカーの発現によって測定されるように、細胞を増殖、生存、および/または活性化などの応答を誘導する刺激と組み合わせることなどによって最初に細胞を刺激すること、続いて活性化した細胞に形質導入すること、ならびに培養下で臨床適用に十分な数まで拡大させることによって達成される。一部の特定の態様において、遺伝子導入は、セクションI-Bに記載されている方法のいずれかなどにより、最初に刺激条件下で細胞をインキュベートすることによって達成される。
いくつかの態様において、遺伝子操作のための方法は、組成物の1つまたは複数の細胞を、組換えタンパク質、例えば組換え受容体をコードする核酸分子と接触させることによって行われる。いくつかの態様において、接触は、スピノキュレーション（例えば遠心接種）などの遠心分離を用いて行うことができる。かかる方法は、国際公開公報第2016/073602号に記載されている方法のいずれかを含む。例示的な遠心チャンバーとしては、A-200/FおよびA-200遠心チャンバーを含むSepax（登録商標）およびSepax（登録商標）2システムで使用するためのもの、およびかかるシステムで使用するための様々なキットを含む、Biosafe SAによって製造および販売されたものが挙げられる。例示的なチャンバー、システム、および処理機器およびキャビネットは、例えば米国特許第6,123,655号、米国特許第6,733,433号および米国特許出願公開第2008/0171951号、ならびに国際公開公報第00/38762号に記載されており、これらのそれぞれの内容は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる。かかるシステムで使用するための例示的なキットとしては、BioSafe SAからCS-430.1、CS-490.1、CS-600.1またはCS-900.2の製品名で販売されている単回使用キットが挙げられるが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの態様において、システムは、形質導入ステップならびにシステムで実施される1つまたは複数の様々な他の処理ステップ、例えば本明細書または国際公開公報第2016/073602号に記載されている遠心チャンバーシステムとともにまたはそれと関連して実施され得る1つまたは複数の処理ステップの局面を操作、自動化、制御および/またはモニターする機器を含む他の機器とともに含まれるおよび/または他の機器に関連して配置される。いくつかの態様におけるこの機器は、キャビネット内に含まれている。いくつかの態様において、機器は、制御回路を含有するハウジング、遠心分離機、カバー、モーター、ポンプ、センサー、ディスプレイ、およびユーザインターフェースを含むキャビネットを含む。例示的なデバイスは、米国特許第6,123,655号、米国特許第6,733,433号および米国特許出願第2008/0171951号に記載されている。
いくつかの態様において、システムは、一連の容器、例えばバッグ、チューブ類、停止コック、クランプ、コネクタ、および遠心チャンバーを含む。いくつかの態様において、バッグなどの容器は、同じ容器または別個の容器中に、例えば同じバッグまたは別個のバッグ中に、形質導入される細胞およびウイルスベクター粒子を含む1つまたは複数の容器、例えばバッグを含む。いくつかの態様において、システムは、1つまたは複数の容器、例えばチャンバーに引き込まれる希釈剤および/もしくは洗浄溶液などの媒体、ならびに/または方法の間に構成要素および/もしくは組成物を希釈、再懸濁、および/もしくは洗浄するための他の構成要素を含有するバッグをさらに含む。容器は、システム内の1つまたは複数の位置、例えばインプットライン、希釈剤ライン、洗浄ライン、廃棄物ラインおよび/またはアウトプットラインに対応する位置に接続することができる。
いくつかの態様において、チャンバーは、その回転軸の周りなどの、チャンバーの回転をもたらすことができる遠心分離機と結合される。回転は、細胞の形質導入に関連するインキュベーションの前、インキュベーション中、および/もしくはインキュベーション後に、ならびに/または他の処理ステップの1つもしくは複数において行われ得る。したがって、いくつかの態様において、様々な処理ステップの1つまたは複数は、回転下で、例えば特定の力で実施される。チャンバーは、遠心分離中チャンバーが垂直に位置し、側壁と軸が垂直または概ね垂直であり、端壁（1つまたは複数）が水平または概ね水平であるように、典型的には垂直または概ね垂直の回転が可能である。
いくつかの態様において、組成物を空洞に提供する前に、細胞を含有する組成物と、ウイルスベクター粒子および任意で空気を含有する組成物とを組み合わせるか、または混合することができる。いくつかの態様において、細胞を含有する組成物と、ウイルスベクター粒子および任意で空気を含有する組成物とを別々に提供し、かつ空洞内で組み合わせ、かつ混合する。いくつかの態様において、細胞を含有する組成物、ウイルスベクター粒子および任意で空気を含有する組成物を任意の順序で内部空洞に提供することができる。そのようないくつかの態様のいずれかにおいて、細胞およびウイルスベクター粒子を含有する組成物は、遠心チャンバーの内部もしくは外部で組み合わされているもしくは混合されているかどうか、ならびに/または細胞およびウイルスベクター粒子が、同時もしくは順次のように、一緒にもしくは別々に遠心チャンバーに提供されるかどうかにかかわらず、一度一緒に組み合わされるかまたは混合されたインプット組成物である。
いくつかの態様において、空気などの一定体積の気体の取り込みは、形質導入法での回転など、細胞およびウイルスベクター粒子をインキュベートする前に行われる。いくつかの態様において、空気などの気体の体積の取り込みは、形質導入法での回転など、細胞およびウイルスベクター粒子のインキュベーション中に行われる。
いくつかの態様において、形質導入組成物を構成する細胞またはウイルスベクター粒子の液体体積、および任意で空気の体積は、所定の体積であり得る。体積は、システムに関連する回路にプログラムされた体積および/またはその回路によって制御された体積であり得る。
いくつかの態様において、形質導入組成物、および任意で空気などの気体の取り込みは、所望または所定の体積がチャンバーの内部空洞に取り込まれるまで、手動、半自動および/または自動で制御される。いくつかの態様において、システムに関連付けられたセンサーは、遠心分離チャンバーに出入りする液体および/または気体を、その色、流量および/または密度などを介して検出することができ、かつ関連する回路と通信して、そのような所望または所定の体積の取り込みが達成されるまで、必要に応じて取り込みを停止または続行させることができる。いくつかの局面において、プログラムされているか、またはシステム内の液体のみを検出することができるが、気体（例えば空気）は検出することができないセンサーは、取り込みを停止することなく、空気などの気体をシステムに通過させることができる。いくつかのそのような態様において、空気などの気体の取り込みが望まれている間、非透明なチューブ片をセンサー近くのラインに配置することができる。いくつかの態様において、空気などの気体の取り込みは手動で制御することができる。
提供される方法の局面において、遠心分離チャンバーの内部空洞は高速回転に供される。いくつかの態様において、回転は、液体インプット組成物および任意で空気の取り込みの前に、それと同時に、その後に、またはそれを用いて間欠的に行われる。いくつかの態様において、回転は、液体インプット組成物および任意で空気の取り込みの後に行われる。いくつかの態様において、回転は、内部空洞の側壁の内面での、および/または細胞の表面層での800g、1000g、1100g、1500、1600g、1800g、2000g、2200g、2500g、3000g、3500gもしくは4000g、または約800g、1000g、1100g、1500、1600g、1800g、2000g、2200g、2500g、3000g、3500gもしくは4000g、または少なくとも800g、1000g、1100g、1500、1600g、1800g、2000g、2200g、2500g、3000g、3500gもしくは4000g、または少なくとも約800g、1000g、1100g、1500、1600g、1800g、2000g、2200g、2500g、3000g、3500gもしくは4000gの相対遠心力での遠心チャンバーの遠心分離によるものである。いくつかの態様において、回転は、1100g超または約1100gである力での遠心分離による、例えば、1200g超もしくは約1200g、1400g超もしくは約1400g、1600g超もしくは約1600g、1800g超もしくは約1800g、2000g超もしくは約2000g、2400g超もしくは約2400g、2800g超もしくは約2800g、3000g超もしくは約3000g超、または3200g超もしくは約3200gなどによるものである。いくつかの態様において、回転は、1600gまたは約1600gである力での遠心分離によるものである。
いくつかの態様において、形質導入の方法は、5分超または約5分、例えば、10分超もしくは約10分、15分超もしくは約15分、20分超もしくは約20分、30分超もしくは約30分、45分超もしくは約45分、60分超もしくは約60分、90分超もしくは約90分、または120分超もしくは約120分にわたり遠心チャンバー内で、形質導入組成物および任意で空気を回転させるかまたは遠心分離することを含む。いくつかの態様において、形質導入組成物および任意で空気は、5分を超えるが60分以下、45分以下、30分以下または15分以下にわたり遠心チャンバー内で回転または遠心分離される。特定の態様において、形質導入は、60分または約60分にわたる回転または遠心分離を含む。
いくつかの態様において、形質導入の方法は、10分～60分、15分～60分、15分～45分、30分～60分、もしくは45分～60分、または約10分～60分、約15分～60分、約15分～45分、約30分～60分、もしくは約45分～60分（両端の値を含む）にわたり、かつ内部空洞の側壁の内面での、および/または細胞の表面層での少なくとも1000g、1100g、1200g、1400g、1500g、1600g、1800g、2000g、2200g、2400g、2800g、3200gもしくは3600g、または1000g、1100g、1200g、1400g、1500g、1600g、1800g、2000g、2200g、2400g、2800g、3200gもしくは3600g超、または約1000g、1100g、1200g、1400g、1500g、1600g、1800g、2000g、2200g、2400g、2800g、3200gもしくは3600gの力で、遠心チャンバー内で形質導入組成物および任意で空気を回転させるかまたは遠心分離することを含む。特定の態様において、形質導入の方法は、1600gまたは約1600gで60分または約60分にわたり、形質導入組成物、例えば、細胞およびウイルスベクター粒子を回転させるかまたは遠心分離することを含む。
いくつかの態様において、チャンバーの空洞内の空気などの気体は、チャンバーから排出される。いくつかの態様において、空気などの気体は、閉鎖系の一部として遠心チャンバーと機能的に連結された容器に排出される。いくつかの態様において、容器は、空いている、または空の容器である。いくつかの態様において、チャンバーの空洞内の気体などの空気は、無菌の管路を介してチャンバーの内部空洞に機能的に接続されたフィルターを通して排出される。いくつかの態様において、空気は、手動、半自動または自動プロセスを使用して排出される。いくつかの態様において、インキュベートされた細胞およびウイルスベクター粒子、例えば、形質導入が開始された細胞、または細胞がウイルスベクターにより形質導入された細胞を含有するアウトプット組成物の発現の前に、それと同時に、それを用いて間欠的に、またはその後に、チャンバーの空洞から、チャンバーから空気が排出される。
いくつかの態様において、形質導入および/または他のインキュベーションは、連続的または半連続的なプロセスとして、またはその一部として実施される。いくつかの態様において、連続的なプロセスは、インキュベーションの少なくとも一部の間、例えば遠心分離中に、細胞およびウイルスベクター粒子、例えば形質導入組成物の連続的な取り込み（単一の既存の組成物として、または同じ容器、例えば空洞に連続的に引き込み、それによってその部分を混合することによって）、および/または液体の連続的な発現または排出、および任意で容器からの気体（例えば空気）の排出を含む。いくつかの態様において、連続的な取り込みおよび連続的な発現は、少なくとも部分的に同時に行われる。いくつかの態様において、連続的な取り込みは、インキュベーションの一部の間に、例えば、遠心分離の一部の間に行われ、連続的な発現は、インキュベーションの別個の部分の間に行われる。2つは交互に行われ得る。したがって、連続的な取り込みおよび発現により、インキュベーションを行いながら、試料のさらに大きな全体積を処理する、例えば形質導入することができる。
いくつかの態様において、インキュベーションは、連続的なプロセスの一部であり、前記方法は、インキュベーションの少なくとも一部の間に、チャンバーの回転の間およびインキュベーションの一部の間に、空洞への前記形質導入組成物の連続的な取り込みを実施する工程、液体の連続的な発現を実施する工程、および任意で、チャンバーの回転の間に、少なくとも1つの開口部を通して空洞から気体（例えば空気）を排出する工程を含む。
いくつかの態様において、半連続的なインキュベーションは、空洞への組成物の取り込み、インキュベーション、空洞からの液体の発現、および任意で、アウトプット容器などに対する空洞からの気体（例えば空気）の排出、次いで、さらに多くの細胞、および処理のための他の試薬、例えばウイルスベクター粒子を含有する後続の（例えば、第2、第3などの）組成物の取り込み、ならびにプロセスの反復を交互に行うことによって行われる。例えば、いくつかの態様において、インキュベーションは半連続的なプロセスの一部であり、前記方法は、インキュベーションの前に、前記少なくとも1つの開口部を通して形質導入組成物の空洞への取り込みを実施する工程、インキュベーションに続いて、空洞からの流体の発現を実施する工程;細胞およびウイルスベクター粒子を含む別の形質導入組成物の該内部空洞への取り込みを実施する工程;ならびに該別の形質導入組成物中の該細胞が該ベクターによって形質導入される条件下で、該内部空洞内で別の形質導入組成物をインキュベートする工程を含む。前記プロセスは、いくつかの追加ラウンドにわたって反復的に継続され得る。この点で、半連続的または連続的な方法は、さらに大きな体積および/または数の細胞の作製を可能にし得る。
いくつかの態様において、形質導入インキュベーションの一部は、遠心チャンバー内で行われ、回転または遠心分離を含む条件下で実施される。
いくつかの態様において、前記方法は、回転および遠心分離を用いず細胞およびウイルスベクター粒子のインキュベーションの追加の部分が行われるインキュベーションを含み、これは一般に、チャンバーの回転または遠心分離を含むインキュベーションの少なくとも一部の後に行われる。一部の特定の態様において、細胞およびウイルスベクター粒子のインキュベーションは、回転または遠心分離を用いず、少なくとも1時間、6時間、12時間、24時間、32時間、48時間、60時間、72時間、90時間、96時間、3日間、4日間、5日間、もしくは5日間超にわたって行われる。一部の特定の態様において、インキュベーションは、72時間または約72時間行われる。
いくつかのそのような態様において、さらなるインキュベーションは、細胞のうちの1つまたは複数の宿主ゲノムへのウイルスベクターの組み込みをもたらす条件下で行われる。インキュベーションが宿主ゲノムへのウイルスベクター粒子の組み込みをもたらしたかどうかを評価または決定し、ひいてはさらなるインキュベーションの条件を経験的に決定することは、当業者のレベルの範囲内である。いくつかの態様において、宿主ゲノムへのウイルスベクターの組み込みは、インキュベーション後にウイルスベクター粒子のゲノムに含まれる核酸によってコードされる異種タンパク質などの組換えタンパク質の発現レベルを測定することによって評価することができる。例えば、フローサイトメトリーなどによる細胞表面タンパク質の観点から、組換え分子の発現レベルを評価するためのいくつかの周知の方法、例えば、親和性ベースの方法、例えば、免疫親和性ベースの方法による検出が使用されてもよい。いくつかの例において、発現は、形質導入マーカーおよび/またはレポーター構築物の検出によって測定される。いくつかの態様において、切断された表面タンパク質をコードする核酸がベクター内に含まれ、かつ発現および/またはその増強のマーカーとして使用される。
いくつかの態様において、細胞、ベクター、例えばウイルス粒子、および試薬を含有する組成物は、一般に比較的低い力または速度で、例えば、細胞をペレット化するために使用される速度よりも低い速度、例えば、600rpm～1700rpmまたは約600rpm～約1700rpm（例えば、600rpm、1000rpm、または1500rpmもしくは1700rpm、または約600rpm、1000rpm、または1500rpmもしくは1700rpm、または少なくとも600rpm、1000rpm、または1500rpmもしくは1700rpm）で回転させることができる。いくつかの態様において、回転は、例えば、チャンバーまたは空洞の内壁または外壁で測定された場合に、100g～3200gまたは約100g～約3200g（例えば、100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3200g、または約100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3200g、または少なくとも100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3200g、または少なくとも約100g、200g、300g、400g、500g、1000g、1500g、2000g、2500g、3000gもしくは3200g）の力、例えば、相対遠心力で運ばれる。用語「相対遠心力」すなわちRCFは、一般に、地球の重力に対して、回転軸と比較して空間の特定の点で、物体または物質（例えば、細胞、試料またはペレットおよび/または回転しているチャンバーまたは他の容器中の点）に与えられる有効な力であると理解される。この値は、重力、回転速度および回転半径（回転軸と、RCFが測定されている物体、物質、または粒子からの距離）を考慮に入れて、周知の式を使用して決定され得る。
いくつかの態様において、遺伝子操作の少なくとも一部、例えば形質導入の間、および/または遺伝子操作に続いて、細胞は、上記のように細胞の培養または拡大などの遺伝子操作された細胞の培養のためにバイオリアクターバッグアセンブリに移される。
一部の特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、形質導入アジュバントの存在下で、操作、例えば、形質導入またはトランスフェクトされる。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、1つまたは複数のポリカチオンの存在下で操作される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、1つまたは複数の形質導入アジュバントの存在下で、形質導入される、例えば、ウイルスベクター粒子とともにインキュベートされる。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、1つまたは複数の形質導入アジュバントの存在下で、トランスフェクトされる、例えば、非ウイルスベクターとともにインキュベートされる。一部の特定の態様において、1つまたは複数の形質導入アジュバントの存在は、例えば、操作される（例えば、形質導入またはトランスフェクトされる）組成物の細胞の量、部分および/またはパーセンテージを増加させることによって、遺伝子送達の効率を増加させる。一部の特定の態様において、1つまたは複数の形質導入アジュバントの存在は、トランスフェクションの効率を増加させる。一部の特定の態様において、1つまたは複数の形質導入アジュバントの存在は、形質導入の効率を増加させる。特定の態様において、ポリカチオンの存在下で操作される細胞の少なくとも25％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％ 少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％または少なくとも99％が組換えポリヌクレオチドを含有または発現する。いくつかの態様において、形質導入アジュバントの非存在下で細胞を操作する代替的および/または例示的な方法と比較して、組成物の少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも25倍、少なくとも50倍または少なくとも100倍多くの細胞が、ポリカチオンの存在下で組換え形質導入アジュバントを含有または発現するように操作される。
いくつかの態様において、濃縮細胞の組成物は、100μg/ml未満、90μg/ml未満、80μg/ml未満、75μg/ml未満、70μg/ml未満、60μg/ml未満、50μg/ml未満、40μg/ml未満、30μg/ml未満、25μg/ml未満、20μg/ml未満、またはμg/ml未満、10μg/ml未満の形質導入アジュバントの存在下で操作される。一部の特定の態様において、提供される方法とともに使用するのに適した形質導入アジュバントとしては、ポリカチオン、フィブロネクチンまたはフィブロネクチン由来の断片もしくはバリアント、RetroNectin、およびそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの態様において、細胞は、1IU/ml～1,000IU/ml、10IU/ml～50IU/ml、50IU/ml～100IU/ml、100IU/ml～200IU/ml、100IU/ml～500IU/ml、250IU/ml～500IU/ml、または500IU/ml～1,000IU/mlの濃度のサイトカイン、例えば組換えヒトサイトカインの存在下で操作される。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、1IU/ml～200IU/ml、10IU/ml～100IU/ml、50IU/ml～150IU/ml、80IU/ml～120IU/ml、60IU/ml～90IU/ml、または70IU/ml～90IU/mlの濃度のIL-2、例えばヒト組換えIL-2の存在下で操作される。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、50IU/ml、55IU/ml、60IU/ml、65IU/ml、70IU/ml、75IU/ml、80IU/ml、85IU/ml、90IU/ml、95IU/ml、100IU/ml、110IU/ml、120IU/ml、130IU/ml、140IU/mlもしくは150IU/ml、または約50IU/ml、55IU/ml、60IU/ml、65IU/ml、70IU/ml、75IU/ml、80IU/ml、85IU/ml、90IU/ml、95IU/ml、100IU/ml、110IU/ml、120IU/ml、130IU/ml、140IU/mlもしくは150IU/mlの濃度の組換えIL-2の存在下で操作される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、85IU/mlまたは約85IU/mlの存在下で操作される。いくつかの態様において、T細胞の集団は、CD4＋T細胞の集団である。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物はCD4＋T細胞について濃縮され、CD8＋T細胞は濃縮されず、および/またはCD8＋T細胞は組成物について陰性選択されているか、もしくは組成物から枯渇されている。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、濃縮CD8＋T細胞の組成物である。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物はCD8＋T細胞について濃縮され、CD4＋T細胞は濃縮されず、および/またはCD4＋T細胞は組成物について陰性選択されているか、もしくは組成物から枯渇されている。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、100IU/ml～2,000IU/ml、500IU/ml～1,000IU/ml、100IU/ml～500IU/ml、500IU/ml～750IU/ml、750IU/ml～1,000IU/ml、または550IU/ml～650IU/mlの濃度の組換えIL-7、例えばヒト組換えIL-7の存在下で操作される。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、50IU/ml、100IU/ml、150IU/ml、200IU/ml、250IU/ml、300IU/ml、350IU/ml、400IU/ml、450IU/ml、500IU/ml、550IU/ml、600IU/ml、650IU/ml、700IU/ml、750IU/ml、800IU/ml、750IU/ml、750IU/ml、750IU/mlもしくは1,000IU/ml、または約50IU/ml、100IU/ml、150IU/ml、200IU/ml、250IU/ml、300IU/ml、350IU/ml、400IU/ml、450IU/ml、500IU/ml、550IU/ml、600IU/ml、650IU/ml、700IU/ml、750IU/ml、800IU/ml、750IU/ml、750IU/ml、750IU/mlもしくは1,000IU/mlの濃度のIL-7の存在下で操作される。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、600IU/mlまたは約600IU/mlのIL-7の存在下で操作される。いくつかの態様において、組換えIL-7の存在下で操作された組成物は、T細胞、例えばCD4＋T細胞の集団について濃縮される。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物はCD4＋T細胞について濃縮され、CD8＋T細胞は濃縮されず、および/またはCD8＋T細胞は組成物について陰性選択されているか、もしくは組成物から枯渇されている。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、0.1IU/ml～100IU/ml、1IU/ml～50IU/ml、5IU/ml～25IU/ml、25IU/ml～50IU/ml、5IU/ml～15IU/ml、または10IU/ml～100IU/mlの濃度の組換えIL-15、例えばヒト組換えIL-15の存在下で操作される。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、1IU/ml、2IU/ml、3IU/ml、4IU/ml、5IU/ml、6IU/ml、7IU/ml、8IU/ml、9IU/ml、10IU/ml、11IU/ml、12IU/ml、13IU/ml、14IU/ml、15IU/ml、20IU/ml、25IU/ml、30IU/ml、40IU/mlもしくは50IU/ml、または約1IU/ml、2IU/ml、3IU/ml、4IU/ml、5IU/ml、6IU/ml、7IU/ml、8IU/ml、9IU/ml、10IU/ml、11IU/ml、12IU/ml、13IU/ml、14IU/ml、15IU/ml、20IU/ml、25IU/ml、30IU/ml、40IU/mlもしくは50IU/mlの濃度のIL-15の存在下で操作される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、10IU/mlまたは約10IU/mlのIL-15中で操作される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、10IU/mlまたは約10IU/mlの組換えIL-15中でインキュベートされる。いくつかの態様において、組換えIL-15の存在下で操作された組成物は、T細胞、例えば、CD4＋T細胞および/またはCD8＋T細胞の集団について濃縮される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、濃縮CD8＋T細胞の組成物である。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物はCD8＋T細胞について濃縮され、CD4＋T細胞は濃縮されず、および/またはCD4＋T細胞は組成物について陰性選択されているか、もしくは組成物から枯渇されている。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、濃縮CD4＋T細胞の組成物である。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物はCD4＋T細胞について濃縮され、CD8＋T細胞は濃縮されず、および/またはCD8＋T細胞は組成物について陰性選択されているか、もしくは組成物から枯渇されている。
特定の態様において、濃縮CD8＋T細胞の組成物は、IL-2および/またはIL-15の存在下で操作される。一部の特定の態様において、濃縮CD4＋T細胞の組成物は、IL-2、IL-7および/またはIL-15の存在下で操作される。いくつかの態様において、IL-2、IL-7および/またはIL-15は組換え型である。一部の特定の態様において、IL-2、IL-7および/またはIL-15はヒトである。特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは、ヒト組換えIL-2、IL-7および/もしくはIL-15であるか、またはそれを含む。
特定の態様において、細胞は、1種または複数種の抗酸化剤の存在下で操作される。いくつかの態様において、抗酸化剤としては、トコフェロール、トコトリエノール、アルファ-トコフェロール、ベータ-トコフェロール、ガンマ-トコフェロール、デルタ-トコフェロール、アルファ-トコトリエノール、ベータ-トコトリエノール、アルファ-トコフェロールキノン、トロロクス（6-ヒドロキシ-2,5,7,8-テトラメチルクロマン-2-カルボン酸）、ブチル化ヒドロキシアニソール（BHA）、ブチル化ヒドロキシトルエン（BHT）、フラボノイド、イソフラボン、リコペン、ベータ-カロテン、セレン、ユビキノン、ルエチン、S-アデノシルメチオニン、グルタチオン、タウリン、N-アセチルシステイン（NAC）、クエン酸、L-カルニチン、BHT、モノチオグリセロール、アスコルビン酸、没食子酸プロピル、メチオニン、システイン、ホモシステイン、グルタチオン、シスタミンおよびシスタチオニン、ならびに/またはグリシン-グリシン-ヒスチジンを含む1種または複数種の抗酸化剤が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの態様において、1種または複数種の抗酸化剤は、硫黄含有酸化剤であるか、またはそれを含む。一部の特定の態様において、硫黄含有抗酸化剤は、チオール含有抗酸化剤、および/または例えば環構造内に1つまたは複数の硫黄部分を示す抗酸化剤を含み得る。いくつかの態様において、硫黄含有抗酸化剤は、例えば、N-アセチルシステイン（NAC）および2,3-ジメルカプトプロパノール（DMP）、L-2-オキソ-4-チアゾリジンカルボキシレート（OTC）およびリポ酸を含み得る。特定の態様において、硫黄含有抗酸化剤はグルタチオン前駆体である。いくつかの態様において、グルタチオン前駆体は、1つまたは複数のステップで細胞内で誘導グルタチオンに修飾され得る分子である。特定の態様において、グルタチオン前駆体としては、N-アセチルシステイン（NAC）、L-2-オキソチアゾリジン-4-カルボン酸（プロシステイン）、リポ酸、S-アリルシステインまたはメチルメチオニンスルホニウムクロリドが挙げられ得るが、これらに限定されない。
いくつかの態様において、細胞は、1種または複数種の抗酸化剤の存在下で操作される。いくつかの態様において、細胞は、1ng/ml～100ng/ml、10ng/ml～1μg/ml、100ng/ml～10μg/ml、1μg/ml～100μg/ml、10μg/ml～1mg/ml、100μg/ml～1mg/ml、1500μg/ml～2mg/ml、500μg/ml～5mg/ml、1mg/ml～10mg/ml、または1mg/ml～100mg/mlの1種または複数種の抗酸化剤の存在下で操作される。いくつかの態様において、細胞は、1ng/ml、10ng/ml、100ng/ml、1μg/ml、10μg/ml、100μg/ml、0.2mg/ml、0.4mg/ml、0.6mg/ml、0.8mg/ml、1mg/ml、2mg/ml、3mg/ml、4mg/ml、5mg/ml、10mg/ml、20mg/ml、25mg/ml、50mg/ml、100mg/ml、200mg/ml、300mg/ml、400mg/ml、500mg/ml、または約1ng/ml、10ng/ml、100ng/ml、1μg/ml、10μg/ml、100μg/ml、0.2mg/ml、0.4mg/ml、0.6mg/ml、0.8mg/ml、1mg/ml、2mg/ml、3mg/ml、4mg/ml、5mg/ml、10mg/ml、20mg/ml、25mg/ml、50mg/ml、100mg/ml、200mg/ml、300mg/ml、400mg/ml、500mg/mlの1種または複数種の抗酸化剤の存在下で操作される。いくつかの態様において、1種または複数種の抗酸化剤は、硫黄含有抗酸化剤であるか、またはそれを含む。特定の態様において、1種または複数種の抗酸化剤は、グルタチオン前駆体であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、細胞は、NACの存在下で操作される。いくつかの態様において、細胞は、1ng/ml～100ng/ml、10ng/ml～1μg/ml、100ng/ml～10μg/ml、1μg/ml～100μg/ml、10μg/ml～1mg/ml、100μg/ml～1mg/ml、1,500μg/ml～2mg/ml、500μg/ml～5mg/ml、1mg/ml～10mg/ml、または1mg/ml～100mg/mlのNACの存在下で操作される。いくつかの態様において、細胞は、1ng/ml、10ng/ml、100ng/ml、1μg/ml、10μg/ml、100μg/ml、0.2mg/ml、0.4mg/ml、0.6mg/ml、0.8mg/ml、1mg/ml、2mg/ml、3mg/ml、4mg/ml、5mg/ml、10mg/ml、20mg/ml、25mg/ml、50mg/ml、100mg/ml、200mg/ml、300mg/ml、400mg/ml、500mg/ml、または約1ng/ml、10ng/ml、100ng/ml、1μg/ml、10μg/ml、100μg/ml、0.2mg/ml、0.4mg/ml、0.6mg/ml、0.8mg/ml、1mg/ml、2mg/ml、3mg/ml、4mg/ml、5mg/ml、10mg/ml、20mg/ml、25mg/ml、50mg/ml、100mg/ml、200mg/ml、300mg/ml、400mg/ml、500mg/mlのNACの存在下で操作される。いくつかの態様において、細胞は、0.8mg/mlまたは約0.8mg/mlによって操作される。
いくつかの態様において、刺激されたT細胞、例えば、刺激されたCD4＋T細胞または刺激されたCD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、1つまたは複数のポリカチオンの存在下で操作される。いくつかの態様において、刺激されたT細胞、例えば、刺激されたCD4＋T細胞または刺激されたCD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、1つまたは複数のポリカチオンの存在下で、形質導入される、例えば、ウイルスベクター粒子とともにインキュベートされる。特定の態様において、刺激されたT細胞、例えば、刺激されたCD4＋T細胞または刺激されたCD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、1つまたは複数のポリカチオンの存在下で、トランスフェクトされる、例えば、非ウイルスベクターとともにインキュベートされる。一部の特定の態様において、1つまたは複数のポリカチオンの存在は、例えば、操作される（例えば、形質導入またはトランスフェクトされる）組成物の細胞の量、部分および/またはパーセンテージを増加させることによって、遺伝子送達の効率を増加させる。一部の特定の態様において、1つまたは複数のポリカチオンの存在は、トランスフェクションの効率を増加させる。一部の特定の態様において、1つまたは複数のポリカチオンの存在は、形質導入の効率を増加させる。特定の態様において、ポリカチオンの存在下で操作される細胞の少なくとも25％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％ 少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％または少なくとも99％が組換えポリヌクレオチドを含有または発現する。いくつかの態様において、ポリカチオンの非存在下で細胞を操作する代替的および/または例示的な方法と比較して、組成物の少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも25倍、少なくとも50倍または少なくとも100倍多くの細胞が、ポリカチオンの存在下で組換えポリヌクレオチドを含有または発現するように操作される。
一部の特定の態様において、濃縮細胞の組成物、例えば、その刺激されたT細胞などの濃縮CD4＋T細胞または濃縮CD8＋T細胞の組成物は、例えば、ポリカチオンの存在下で細胞を操作する例示的および/または代替的な方法と比較して、低い濃度または量のポリカチオンの存在下で操作される。一部の特定の態様において、刺激されたT細胞、例えば、刺激されたCD4＋T細胞または刺激されたCD8＋T細胞などの濃縮細胞の組成物は、細胞を操作するための例示的および/または代替的なプロセスのポリカチオンの量および/または濃度の90％未満、80％未満、75％未満、70％未満、60％未満、50％未満、40％未満、30％未満、25％未満、20％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満の存在下で操作される。いくつかの態様において、刺激されたT細胞、例えば、刺激されたCD4＋T細胞または刺激されたCD8＋T細胞などの濃縮細胞の組成物は、100μg/ml未満、90μg/ml未満、80μg/ml未満、75μg/ml未満、70μg/ml未満、60μg/ml未満、50μg/ml未満、40μg/ml未満、30μg/ml未満、25μg/ml未満、20μg/ml未満、またはμg/ml未満、10μg/ml未満のポリカチオンの存在下で操作される。特定の態様において、刺激されたT細胞、例えば、刺激されたCD4＋T細胞または刺激されたCD8＋T細胞などの濃縮細胞の組成物は、1μg/ml、5μg/ml、10μg/ml、15μg/ml、20μg/ml、25μg/ml、30μg/ml、35μg/ml、40μg/ml、45μg/mlもしくは50μg/ml、または約1μg/ml、5μg/ml、10μg/ml、15μg/ml、20μg/ml、25μg/ml、30μg/ml、35μg/ml、40μg/ml、45μg/mlもしくは50μg/mlのポリカチオンの存在下で操作される。
特定の態様において、ポリカチオンの存在下で、刺激されたT細胞、例えば、刺激されたCD4＋T細胞または刺激されたCD8＋T細胞などの濃縮細胞の組成物を操作すると、例えば、壊死、プログラム細胞死またはアポトーシスによる細胞死の量が減少する。いくつかの態様において、刺激されたT細胞、例えば、刺激されたCD4＋T細胞または刺激されたCD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、少量のポリカチオン、例えば、100μg/ml未満、50μg/ml未満または10μg/ml未満の存在下で操作され、かつ細胞の少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも99％または少なくとも99.9％は、操作ステップが完了した後、1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間もしくは7日間超、または少なくとも1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間もしくは7日間超、生存する、例えば、壊死、プログラム細胞死またはアポトーシスを経ない。いくつかの態様において、組成物は、比較的高い量または濃度、例えば、50μg/ml超、100μg/ml超、500μg/ml超または1,000μg/ml超のポリカチオンの存在下で細胞を操作する代替的および/または例示的な方法と比較して、低い濃度または量のポリカチオンの存在下で操作され、かつ組成物の細胞は、例示的および/または代替的なプロセスを経る細胞と比較して、少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも10倍、少なくとも25倍、少なくとも50倍または少なくとも100倍大きい生存率を有する。
いくつかの態様において、ポリカチオンは正に帯電している。一部の特定の態様において、ポリカチオンは、細胞とベクター、例えば、ウイルスベクターまたは非ウイルスベクターとの間の反発力を低下させ、かつ細胞表面へのベクターの接触および/または結合を媒介する。いくつかの態様において、ポリカチオンは、ポリブレン、DEAE-デキストラン、硫酸プロタミン、ポリ-L-リジンまたはカチオン性リポソームである。
特定の態様において、ポリカチオンは硫酸プロタミンである。いくつかの態様において、刺激されたT細胞、例えば、刺激されたCD4＋T細胞または刺激されたCD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、500μg/ml未満もしくは約500μg/ml、400μg/ml未満もしくは約400μg/ml、300μg/ml未満もしくは約300μg/ml、200μg/ml未満もしくは約200μg/ml、150μg/ml未満もしくは約150μg/ml、100μg/ml未満もしくは約100μg/ml、90μg/ml未満もしくは約90μg/ml、80μg/ml未満もしくは約80μg/ml、75μg/ml未満もしくは約75μg/ml、70μg/ml未満もしくは約70μg/ml、60μg/ml未満もしくは約60μg/ml、50μg/ml未満もしくは約50μg/ml、40μg/ml未満もしくは約40μg/ml、30μg/ml未満もしくは約30μg/ml、25μg/ml未満もしくは約25μg/ml、20μg/ml未満もしくは約20μg/ml、または15μg/ml未満もしくは約15μg/ml、または10μg/ml未満もしくは約10μg/mlの硫酸プロタミンの存在下で操作される。特定の態様において、刺激されたT細胞、例えば、刺激されたCD4＋T細胞または刺激されたCD8＋T細胞などの濃縮細胞の組成物は、1μg/ml、5μg/ml、10μg/ml、15μg/ml、20μg/ml、25μg/ml、30μg/ml、35μg/ml、40μg/ml、45μg/ml、50μg/ml、55μg/ml、60μg/ml、75μg/ml、80μg/ml、85μg/ml、90μg/ml、95μg/ml、100μg/ml、105μg/ml、110μg/ml、115μg/ml、120μg/ml、125μg/ml、130μg/ml、135μg/ml、140μg/ml、145μg/mlもしくは150μg/ml、または約1μg/ml、5μg/ml、10μg/ml、15μg/ml、20μg/ml、25μg/ml、30μg/ml、35μg/ml、40μg/ml、45μg/ml、50μg/ml、55μg/ml、60μg/ml、75μg/ml、80μg/ml、85μg/ml、90μg/ml、95μg/ml、100μg/ml、105μg/ml、110μg/ml、115μg/ml、120μg/ml、125μg/ml、130μg/ml、135μg/ml、140μg/ml、145μg/mlもしくは150μg/mlの硫酸プロタミンの存在下で操作される。
いくつかの態様において、刺激されたT細胞、例えば刺激されたCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の操作された組成物は、少なくとも40、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD4＋T細胞を含む。一部の特定の態様において、操作される、刺激されたT細胞、例えば刺激されたCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満もしくは0.01％未満のCD8＋T細胞を含む、および/またはCD8＋T細胞を含まない、および/またはCD8＋T細胞不含であるかもしくは実質的に不含である。
いくつかの態様において、操作される、刺激されたT細胞、例えば刺激されたCD8＋T細胞などの濃縮CD8＋T細胞の組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD8＋T細胞を含む。一部の特定の態様において、操作される、刺激されたT細胞、例えば刺激されたCD8＋T細胞などの濃縮CD8＋T細胞の組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満もしくは0.01％未満のCD4＋T細胞を含む、および/またはCD4＋T細胞を含まない、および/またはCD4＋T細胞不含であるかもしくは実質的に不含である。
いくつかの態様において、細胞の操作は、ベクター、例えば、非ウイルスベクターのウイルスベクターとの培養、接触またはインキュベーションを含む。一部の特定の態様において、操作は、細胞とベクターとの培養、接触および/またはインキュベーションが、4時間、6時間、8時間、12時間、16時間、18時間、24時間、30時間、36時間、40時間、48時間、54時間、60時間、72時間、84時間、1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間もしくは7日間、もしくは7日間超にわたって、または約4時間、6時間、8時間、12時間、16時間、18時間、24時間、30時間、36時間、40時間、48時間、54時間、60時間、72時間、84時間、1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間もしくは7日間、もしくは7日間超にわたって、または少なくとも4時間、6時間、8時間、12時間、16時間、18時間、24時間、30時間、36時間、40時間、48時間、54時間、60時間、72時間、84時間、1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間もしくは7日間、もしくは7日間超にわたって実施されることを含む。特定の態様において、操作は、細胞をベクターと、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間もしくは84時間にわたって、もしくは約24時間、36時間、48時間、60時間、72時間もしくは84時間にわたって、または2日間、3日間、4日間もしくは5日間にわたって、もしくは約2日間、3日間、4日間もしくは5日間にわたって、培養、接触および/またはインキュベートすることを含む。いくつかの態様において、操作ステップは、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間もしくは84時間にわたって、または約24時間、36時間、48時間、60時間、72時間もしくは84時間にわたって実施される。一部の特定の態様において、操作は、約60時間もしくは約84時間にわたって、72時間もしくは約72時間にわたって、または2日もしくは約2日にわたって実施される。
いくつかの態様において、操作は、約25～約38℃、例えば、約30～約37℃、約36～約38℃、または37℃±2℃もしくは約37℃±2℃の温度で実施される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、約2.5％～約7.5％、例えば、約4％～約6％、例えば、5％±0.5％または約5％±0.5％のCO2レベルで操作される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、37℃もしくは約37℃の温度および/または5％もしくは約5％のCO2レベルで操作される。
いくつかの態様において、細胞、例えば、CD4＋および/またはCD8＋T細胞は、遺伝子操作するために、例えば、組換え受容体をコードするポリヌクレオチドを含むように細胞を形質導入またはトランスフェクションするために、1つまたは複数のステップが実施された後に培養される。いくつかの態様において、培養（cultivation）は、培養（culture）、インキュベーション、刺激、活性化、拡大および/または増殖を含み得る。いくつかのそのような態様において、追加の培養は、細胞のうちの1つまたは複数の宿主ゲノムへのウイルスベクターの組み込みをもたらす条件下で行われる。インキュベーションおよび/または操作は、ユニット、チャンバー、ウェル、カラム、チューブ、チューブセット、バルブ、バイアル、培養皿、バッグ、または細胞を培養（culture）もしくは培養（cultivating）するための他の容器などの培養容器中で行われ得る。いくつかの態様において、組成物または細胞は、刺激条件または刺激性作用物質の存在下でインキュベートされる。そのような条件としては、集団中の細胞の増殖、拡大、活性化および/または生存を誘導し、抗原曝露を模倣し、かつ/または組換え抗原受容体の導入などの遺伝子操作のために細胞をプライミングするように設計された条件が挙げられる。
いくつかの態様において、さらなるインキュベーションは、室温より高い温度、例えば、25℃超または約25℃超の温度、例えば、一般に、32℃、35℃もしくは37℃超、または約32℃、35℃もしくは37℃超の温度で行われる。いくつかの態様において、さらなるインキュベーションは、37℃±2℃または約37℃±2℃の温度で、例えば、37℃または約37℃の温度で行われる。
いくつかの態様において、さらなるインキュベーションは、細胞の刺激および/または活性化のための条件下で行われ、この条件は、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば、栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオンおよび/または刺激性因子、例えば、サイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、および細胞を活性化するように設計された任意の他の作用物質のうちの1つまたは複数を含み得る。
いくつかの態様において、刺激条件または作用物質は、TCR複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化することができる1つまたは複数の作用物質（例えば、刺激性作用物質および/または補助作用物質）、例えばリガンドを含む。いくつかの局面において、一次シグナルを送達するのに適した、例えば、ITAM誘導シグナルの活性化を開始するのに適した作用物質、例えば、TCR成分に特異的な作用物質、および/または共刺激シグナルを促進する作用物質、例えば、T細胞共刺激受容体に特異的な作用物質、例えば、ビーズなどの固体支持体に任意で結合している抗CD3、抗CD28または抗41-BBなど、および/または1種または複数種のサイトカインなどの作用物質は、T細胞中でTCR/CD3細胞内シグナル伝達カスケードをオンにするか、または開始する。刺激作用物質の中には、抗CD3/抗CD28ビーズ（例えば、DYNABEADS（登録商標）M-450 CD3/CD28 T Cell Expanderおよび/またはExpACT（登録商標）ビーズ）がある。任意で、拡大方法は、抗CD3および/または抗CD28抗体を培養培地に添加するステップをさらに含み得る。いくつかの態様において、刺激作用物質は、IL-2および/またはIL-15、例えば、少なくとも約10単位/mLのIL-2濃度を含む。
いくつかの態様において、刺激条件または作用物質は、TCR複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化することができる1つまたは複数の作用物質、例えばリガンドを含む。いくつかの局面において、作用物質は、T細胞中でTCR/CD3細胞内シグナル伝達カスケードをオンにするか、または開始させる。そのような作用物質としては、TCR成分および/もしくは共刺激受容体に特異的なものなどの抗体、例えば、ビーズなどの固体支持体に例えば結合した抗CD3、抗CD28、および/または1種もしくは複数種のサイトカインが挙げられ得る。任意で、拡大方法は、抗CD3および/または抗CD28抗体を培養培地に添加するステップ（例えば、少なくとも約0.5ng/mlの濃度で）をさらに含み得る。いくつかの態様において、刺激作用物質は、IL-2および/またはIL-15、例えば、少なくとも約10単位/mL、少なくとも約50単位/mL、少なくとも約100単位/mLまたは少なくとも約200単位/mLのIL-2濃度を含む。
条件としては、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば、栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオンおよび/または刺激性因子、例えば、サイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、および細胞を活性化するように設計された任意の他の作用物質のうちの1つまたは複数が挙げられ得る。
いくつかの局面において、インキュベーションは、Riddellらの米国特許第6,040,177号、Klebanoff et al.（2012）J Immunother.35（9）:651-660、Terakura et al.（2012）Blood.1:72-82、および/またはWang et al.（2012）J Immunother.35（9）:689-701に記載されているような技術に従って行われる。
いくつかの態様において、さらなるインキュベーションは、接触が行われたのと同じ容器または装置内で行われる。いくつかの態様において、さらなるインキュベーションは、回転または遠心分離を用いず行われ、これは一般に、例えば、遠心分離またはスピノキュレーションに関連して、回転下で行われるインキュベーションの少なくとも一部の後に行われる。いくつかの態様において、さらなるインキュベーションは、例えば溶液中で、固定相の外側、例えば、クロマトグラフィーマトリックスの外側で行われる。
いくつかの態様において、さらなるインキュベーションは、ウイルス粒子および試薬との接触後の異なる容器または装置への細胞組成物の移送、例えば自動移送などによって、接触が行われた容器または装置とは異なる容器または装置内で行われる。
いくつかの態様において、例えば、エクスビボ拡大を促進するためのさらなる培養またはインキュベーションは、24時間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間、8日間、9日間、10日間、11日間、12日間、13日間もしくは14日間超、または約24時間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間、8日間、9日間、10日間、11日間、12日間、13日間もしくは14日間超にわたって行われる。いくつかの態様において、さらなる培養またはインキュベーションは、6日間以下、5日間以下、4日間以下、3日間以下、2日間以下または24時間以下にわたって行われる。
いくつかの態様において、例えば刺激作用物質とのインキュベーションの総持続時間は、1時間～96時間、1時間～72時間、1時間～48時間、4時間～36時間、8時間～30時間、もしくは12時間～24時間、または約1時間～96時間、1時間～72時間、1時間～48時間、4時間～36時間、8時間～30時間、もしくは12時間～24時間、例えば、少なくとも6時間、12時間、18時間、24時間、36時間もしくは72時間、または少なくとも約6時間、12時間、18時間、24時間、36時間もしくは72時間、または約6時間、12時間、18時間、24時間、36時間もしくは72時間である。いくつかの態様において、さらなるインキュベーションは、1時間～48時間、4時間～36時間、8時間～30時間、もしくは12時間～24時間、または約1時間～48時間、4時間～36時間、8時間～30時間、もしくは12時間～24時間（両端の値を含む）である。
いくつかの態様において、本明細書において提供される方法は、さらなる培養またはインキュベーションを含まない、例えば、エクスビボ拡大ステップを含まないか、または実質的にさらに短いエクスビボ拡大ステップを含む。
いくつかの態様において、刺激試薬は、操作前に細胞から除去および/または分離される。特定の態様において、刺激試薬は、操作後に細胞から除去および/または分離される。一部の特定の態様において、刺激性作用物質は、操作後および操作された細胞を培養する前に、例えば、増殖および/または拡大を促進する条件下で、細胞から除去および/または分離される。一部の特定の態様において、刺激試薬は、セクションI-B-1に記載されている刺激試薬である。特定の態様において、刺激試薬は、セクションI-B-2に記載されているように、細胞から除去および/または分離される。
1. ベクターおよび方法
組換え受容体をコードする1つまたは複数のポリヌクレオチド（例えば核酸分子）、操作された細胞を作製するための提供される方法に従って、かかる受容体を発現するように細胞を遺伝子操作するためのベクターも提供される。いくつかの態様において、ベクターは、組換え受容体をコードする核酸を含む。特定の態様において、ベクターは、ウイルスベクターまたは非ウイルスベクターである。一部の状況において、ベクターは、レトロウイルスベクターなどのウイルスベクター、例えばレンチウイルスベクターまたはガンマレトロウイルスベクターである。
組換え受容体をコードする1つまたは複数のポリヌクレオチド（例えば核酸分子）、操作された細胞を作製するための提供される方法に従って、かかる受容体を発現するように細胞を遺伝子操作するためのベクターも提供される。いくつかの態様において、ベクターは、組換え受容体をコードする核酸を含む。特定の態様において、ベクターは、ウイルスベクターまたは非ウイルスベクターである。一部の状況において、ベクターは、レトロウイルスベクターなどのウイルスベクター、例えばレンチウイルスベクターまたはガンマレトロウイルスベクターである。
一部の状況において、組換え受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）をコードする核酸配列は、シグナルペプチドをコードするシグナル配列を含有する。シグナルペプチドの非限定的な例示的な例としては、例えば、SEQ ID NO:10に記載されており、およびSEQ ID NO:9に記載されているヌクレオチド配列によってコードされるGMCSFRα鎖シグナルペプチド、SEQ ID NO:11に記載されているCD8αシグナルペプチド、またはSEQ ID NO:12に記載されているCD33シグナルペプチドが挙げられる。
いくつかの態様において、ベクターは、ウイルスベクター、例えばレトロウイルスまたはレンチウイルスベクター、非ウイルスベクターまたはトランスポゾン、例えばSleeping Beautyトランスポゾンシステム、シミアンウイルス40（SV40）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（AAV）に由来するベクター、レンチウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター、例えばガンマレトロウイルスベクター、モロニーマウス白血病ウイルス（MoMLV）、骨髄増殖性肉腫ウイルス（MPSV）、マウス胚性幹細胞ウイルス（MESV）、マウス幹細胞ウイルス（MSCV）、脾臓フォーカス形成ウイルス（SFFV）またはアデノ随伴ウイルス（AAV）に由来するレトロウイルスベクターを含む。
いくつかの態様において、ウイルスベクターまたは非ウイルスDNAは、異種組換えタンパク質をコードする核酸を含む。いくつかの態様において、異種組換え分子は、組換え受容体、例えば抗原受容体、例えば遺伝子サイレンシングのためのSBトランスポゾン、キャプシド封入トランスポゾン、例えばゲノム組換えもしくはレポーター遺伝子（例えばGFP）もしくはルシフェラーゼなどの蛍光タンパク質）のための相同二本鎖核酸であるか、またはそれを含む。
a.ウイルスベクター粒子
いくつかの態様において、組換え核酸は、例えばシミアンウイルス40（SV40）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（AAV）に由来するベクターなどの組換え感染性ウイルス粒子を使用して細胞に移入される。いくつかの態様において、組換え核酸は、組換えレンチウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター、例えばガンマレトロウイルスベクターを使用してT細胞に移入される（例えば、Koste et al.（2014）Gene Therapy 2014 Apr 3.doi:10.1038/gt.2014.25;Carlens et al.（2000）Exp Hematol 28（10）:1137-46;Alonso-Camino et al.（2013）Mol Ther Nucl Acids 2,e93;Park et al., Trends Biotechnol.2011 November 29（11）:550-557参照。
いくつかの態様において、組換え核酸は、例えばシミアンウイルス40（SV40）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（AAV）に由来するベクターなどの組換え感染性ウイルス粒子を使用して細胞に移入される。いくつかの態様において、組換え核酸は、組換えレンチウイルスベクターまたはレトロウイルスベクター、例えばガンマレトロウイルスベクターを使用してT細胞に移入される（例えば、Koste et al.（2014）Gene Therapy 2014 Apr 3.doi:10.1038/gt.2014.25;Carlens et al.（2000）Exp Hematol 28（10）:1137-46;Alonso-Camino et al.（2013）Mol Ther Nucl Acids 2,e93;Park et al., Trends Biotechnol.2011 November 29（11）:550-557参照。
いくつかの態様において、レトロウイルスベクター、例えばモロニーマウス白血病ウイルス（MoMLV）、骨髄増殖性肉腫ウイルス（MPSV）、マウス胚性幹細胞ウイルス（MESV）、マウス幹細胞ウイルス（MSCV）、脾臓フォーカス形成ウイルス（SFFV）、またはアデノ随伴ウイルス（AAV）に由来するレトロウイルスベクターは、長い末端反復配列（LTR）を有する。ほとんどのレトロウイルスベクターはマウスレトロウイルスに由来する。いくつかの態様において、レトロウイルスは、任意の鳥類または哺乳動物細胞供給源に由来するものを含む。レトロウイルスは、典型的には両向性であり、ヒトを含むいくつかの種の宿主細胞に感染できることを意味する。一態様において、発現される遺伝子は、レトロウイルスのgag、polおよび/またはenv配列を置き換える。多くの例示的なレトロウイルス系が記載されている（例えば米国特許第5,219,740号、同第6,207,453号、同第5,219,740号;Miller and Rosman（1989）BioTechniques 7:980-990;Miller,A.D.（1990）Human Gene Therapy 1:5-14;Scarpa et al.（1991）Virology 180:849-852;Burns et al.（1993）Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:8033-8037;およびBoris-Lawrie and Temin（1993）Cur.Opin.Genet.Develop.3:102-109参照。
レンチウイルス形質導入の方法は公知である。例示的な方法は、例えばWang et al.（2012）J.Immunother.35（9）:689-701;Cooper et al.（2003）Blood.101:1637-1644;Verhoeyen et al.（2009）Methods Mol Biol.506:97-114;およびCavalieri et al.（2003）Blood.102（2）:497-505に記載されている。
いくつかの態様において、ウイルスベクター粒子は、レトロウイルスゲノムに基づくベクターに由来する、例えばレンチウイルスゲノムに基づくベクターに由来するゲノムを含む。提供されるウイルスベクターのいくつかの局面において、CARなどの抗原受容体などの組換え受容体をコードする異種核酸は、ベクターゲノムの5’LTR配列と3’LTR配列の間に含まれるおよび/または位置する。
いくつかの態様において、ウイルスベクターゲノムは、HIV-1ゲノムまたはSIVゲノムなどのレンチウイルスゲノムである。例えば、レンチウイルスベクターは、ビルレンス遺伝子を多重弱毒化することによって生成されており、例えば遺伝子env、vif、vpu、およびnefを欠失させて、ベクターを治療目的のためにより安全にすることができる。レンチウイルスベクターは公知である。Naldini et al.,（1996 and 1998）;Zufferey et al.,（1997）;Dull et al.,1998、米国特許第6,013,516号;および同第5,994,136号参照）。いくつかの態様において、これらのウイルスベクターは、プラスミドベースまたはウイルスベースであり、外来核酸の組み込みのため、選択のため、および宿主細胞への核酸の移入のために必須の配列を運ぶように構成される。公知のレンチウイルスは、American Type Culture Collection（「ATCC」;10801 University Blvd.,Manassas,Va.20110-2209）などの寄託機関またはコレクションから容易に入手できるか、または一般に利用可能な技術を使用して公知の供給源から単離することができる。
レンチウイルスベクターの非限定的な例としては、ヒト免疫不全ウイルス1（HIV-1）、HIV-2、サル免疫不全ウイルス（SIV）、ヒトTリンパ球向性ウイルス1（HTLV-1）、HTLV-2またはウマ感染性貧血ウイルス（E1AV）などのレンチウイルスに由来するものが挙げられる。例えば、レンチウイルスベクターは、HIVビルレンス遺伝子を多重弱毒化することによって生成されており、例えば遺伝子env、vif、vpr、vpu、およびnefを欠失させて、ベクターを治療目的のためにより安全にすることができる。レンチウイルスベクターは当技術分野で公知であり、Naldini et al.,（1996 and 1998）;Zufferey et al.,（1997）;Dull et al.,1998、米国特許第6,013,516号;および同第5,994,136号参照）。いくつかの態様において、これらのウイルスベクターは、プラスミドベースまたはウイルスベースであり、外来核酸の組み込みのため、選択のため、および宿主細胞への核酸の移入のために必須の配列を運ぶように構成される。公知のレンチウイルスは、American Type Culture Collection（「ATCC」;10801 University Blvd.,Manassas,Va.20110-2209）などの寄託機関またはコレクションから容易に入手できるか、または一般に利用可能な技術を使用して公知の供給源から単離することができる。
いくつかの態様において、ウイルスゲノムベクターは、レンチウイルスなどのレトロウイルスの5’LTRおよび3’LTRの配列を含み得る。いくつかの局面において、ウイルスゲノム構築物は、レンチウイルスの5’LTRおよび3’LTRからの配列を含み得、特に、レンチウイルスの5’LTRからのRおよびU5配列ならびにレンチウイルスからの不活性化または自己不活性化3’LTRを含み得る。LTR配列は、任意の種由来の任意のレンチウイルスからのLTR配列であり得る。例えば、それらはHIV、SIV、FIVまたはBIVからのLTR配列であり得る。典型的には、LTR配列はHIV LTR配列である。
いくつかの態様において、HIVウイルスベクターなどのウイルスベクターの核酸は、追加の転写単位を欠く。ベクターゲノムは、不活性化または自己不活性化3’LTRを含み得る（Zufferey et al.J Virol 72:9873,1998;Miyoshi et al.,J Virol 72:8150,1998）。例えば、ウイルスベクターRNAを作製するために使用される核酸の3’LTRのU3領域における欠失は、自己不活性化（SIN）ベクターを生成するために使用することができる。次に、この欠失を逆転写中にプロウイルスDNAの5’LTRに移入することができる。自己不活性化ベクターは一般に、3’側の長い末端反復配列（LTR）からのエンハンサーおよびプロモーター配列の欠失を有し、これはベクターの組み込み中に5’LTRにコピーされる。いくつかの態様において、LTRの転写活性を無効にするために、TATAボックスの除去を含む十分な配列を排除することができる。これは、形質導入された細胞における完全長ベクターRNAの産生を防止することができる。いくつかの局面において、3’LTRのU3エレメントは、そのエンハンサー配列、TATAボックス、Sp1、およびNF-κ B部位の欠失を含む。自己不活性化3’LTRの結果として、進入および逆転写の後に生成されるプロウイルスは、不活性化5’LTRを含むこれは、ベクターゲノムの動員のリスク、および近傍の細胞プロモーターへのLTRの影響を低減することによって安全性を改善することができる。自己不活性化3’LTRは、当技術分野で公知の任意の方法によって構築することができる。一部の態様において、これは、ベクター力価またはベクターのインビトロもしくはインビボ特性に影響を及ぼさない。
任意で、レンチウイルス5’LTRからのU3配列は、異種プロモーター配列などのウイルス構築物中のプロモーター配列で置き換えることができる。これは、パッケージング細胞株から回収されたウイルスの力価を高めることができる。エンハンサー配列も含めることができる。パッケージング細胞株におけるウイルスRNAゲノムの発現を増加させる任意のエンハンサー/プロモーターの組合せを使用し得る。一例では、CMVエンハンサー/プロモーター配列が使用される（米国特許第5,385,839号および米国特許第5,168,062号）。
一部の特定の態様において、レンチウイルスベクターゲノムなどのレトロウイルスベクターゲノムを組み込み欠損になるように構築することによって、挿入変異誘発のリスクを最小限に抑えることができる。非組み込みベクターゲノムを作製するために、様々なアプローチを追求することができる。いくつかの態様において、変異（1つまたは複数）は、それが不活性なインテグラーゼを有するタンパク質をコードするように、pol遺伝子のインテグラーゼ酵素成分に操作することができる。いくつかの態様において、ベクターゲノム自体を修飾して、例えば一方もしくは両方の付着部位を変異もしくは欠失させることによって、または欠失もしくは修飾を介して3’LTR近位ポリプリントラクト（PPT）を非機能性にすることによって、組み込みを防止することができる。いくつかの態様において、非遺伝的アプローチが利用可能であり、これらは、インテグラーゼの1つまたは複数の機能を阻害する薬理学的剤を含む。これらのアプローチは相互排他的ではなく、すなわちそれらの複数を一度に使用することができる。例えば、インテグラーゼと付着部位の両方が非機能性であり得るか、またはインテグラーゼとPPT部位が非機能性であり得るか、または付着部位とPPT部位が非機能性であり得るか、またはそれらのすべてが非機能性であり得る。かかる方法およびウイルスベクターゲノムは公知であり、利用可能である（Philpott and Thrasher, Human Gene Therapy 18:483,2007;Engelman et al.J Virol 69:2729,1995;Brown et al.J Virol 73:9011（1999）;国際公開公報第2009/076524号;McWilliams et al., J Virol 77:11150,2003;Powell and Levin J Virol 70:5288,1996参照）。
いくつかの態様において、ベクターは、原核生物宿主細胞などの宿主細胞における増殖のための配列を含む。いくつかの態様において、ウイルスベクターの核酸は、細菌細胞などの原核細胞における増殖のための1つまたは複数の複製起点を含む。いくつかの態様において、原核生物の複製起点を含むベクターはまた、その発現が薬剤耐性などの検出可能または選択可能なマーカーを与える遺伝子を含み得る。
ウイルスベクターゲノムは、典型的にはパッケージングまたはプロデューサー細胞株にトランスフェクトすることができるプラスミドの形態で構築される。ゲノムがウイルスベクターゲノムのRNAコピーを含むレトロウイルス粒子を作製するために、様々な公知の方法のいずれかを使用することができる。いくつかの態様において、少なくとも2つの成分がウイルスベースの遺伝子送達システムの作製に関与する:第1に、構造タンパク質およびウイルスベクター粒子を生成するために必要な酵素を包含するパッケージングプラスミド、ならびに、第2に、ウイルスベクター自体、すなわち移入される遺伝物質。バイオセーフティセーフガードが、これらの成分の一方または両方の設計に導入できる。
いくつかの態様において、パッケージングプラスミドは、エンベロープタンパク質以外のすべてのレトロウイルスタンパク質、例えばHIV-1タンパク質を含むことができる（Naldini et al.,1998）。他の態様において、ウイルスベクターは、ビルレンスに関連するもの、例えばvpr、vif、vpuおよびnef、ならびに/またはHIVの主要なトランス活性化因子であるTatなどの追加のウイルス遺伝子を欠いていてもよい。いくつかの態様において、HIVベースのレンチウイルスベクターなどのレンチウイルスベクターは、親ウイルスの3つの遺伝子:gag、polおよびrevのみを含み、これは、組換えによる野生型ウイルスの再構成の可能性を低減または排除する。
いくつかの態様において、ウイルスベクターゲノムは、ウイルスベクターゲノムから転写されたウイルスゲノムRNAをウイルス粒子にパッケージングするために必要なすべての成分を含むパッケージング細胞株に導入される。あるいは、ウイルスベクターゲノムは、関心対象の1つまたは複数の配列、例えば組換え核酸に加えて、ウイルス成分をコードする1つまたは複数の遺伝子を含み得る。いくつかの局面において、しかしながら、標的細胞におけるゲノムの複製を防ぐために、複製に必要な内因性ウイルス遺伝子が除去され、パッケージング細胞株中で別途に提供される。
いくつかの態様において、パッケージング細胞株は、粒子を生成するために必要な成分を含む1つまたは複数のプラスミドベクターでトランスフェクトされる。いくつかの態様において、パッケージング細胞株は、LTR、シス作用性パッケージング配列および関心対象の配列、すなわちCARなどの抗原受容体をコードする核酸を含むウイルスベクターゲノムを含有するプラスミド、ならびにGag、polおよび/またはrevなどのウイルスの酵素成分および/または構造成分をコードする1つまたは複数のヘルパープラスミドでトランスフェクトされる。いくつかの態様において、レトロウイルスベクター粒子を生成する様々な遺伝的成分を分離するために複数のベクターが利用される。いくつかのかかる態様において、パッケージング細胞に別個のベクターを提供することは、さもなければ複製能を有するウイルスを生成し得る組換え事象の可能性を低減する。いくつかの態様において、レトロウイルス成分のすべてを有する単一のプラスミドベクターを使用することができる。
いくつかの態様において、レンチウイルスベクター粒子などのレトロウイルスベクター粒子は、宿主細胞の形質導入効率を高めるために偽型化される。例えば、レンチウイルスベクター粒子などのレトロウイルスベクター粒子は、いくつかの態様において、VSV-G糖タンパク質で偽型化され、これは、形質導入され得る細胞型を拡大する幅広い細胞宿主範囲を提供する。いくつかの態様において、パッケージング細胞株は、例えばシンドビスウイルスエンベロープ、GALVまたはVSV-Gなどの異栄養性、多栄養性または両栄養性エンベロープを含むように、非天然エンベロープ糖タンパク質をコードするプラスミドまたはポリヌクレオチドでトランスフェクトされる。
いくつかの態様において、パッケージング細胞株は、ウイルスゲノムRNAをレンチウイルスベクター粒子にパッケージングするためにトランスで必要とされるウイルス調節タンパク質および構造タンパク質を含む成分を提供する。いくつかの態様において、パッケージング細胞株は、レンチウイルスタンパク質を発現し、機能性レンチウイルスベクター粒子を産生することができる任意の細胞株であり得る。いくつかの態様において、適切なパッケージング細胞株としては、293（ATCC CCL X）、293T、HeLA（ATCC CCL 2）、D17（ATCC CCL 183）、MDCK（ATCC CCL 34）、BHK（ATCC CCL-10）およびCf2Th（ATCC CRL 1430）細胞が挙げられる。
いくつかの態様において、パッケージング細胞株は、ウイルスタンパク質（1つまたは複数）を安定して発現する。例えば、いくつかの局面において、gag、pol、rev、および/または他の構造遺伝子を含むが、LTRおよびパッケージング成分を含まないパッケージング細胞株を構築することができる。いくつかの態様において、パッケージング細胞株は、異種タンパク質をコードする核酸分子、および/またはエンベロープ糖タンパク質をコードする核酸を含むウイルスベクターゲノムとともに、1つまたは複数のウイルスタンパク質をコードする核酸分子で一過性にトランスフェクトされ得る。
いくつかの態様において、ウイルスベクターならびにパッケージングおよび/またはヘルパープラスミドは、トランスフェクションまたは感染を介してパッケージング細胞株に導入される。パッケージング細胞株は、ウイルスベクターゲノムを含むウイルスベクター粒子を産生する。トランスフェクションまたは感染の方法は周知である。非限定的な例としては、リン酸カルシウム、DEAE-デキストランおよびリポフェクション法、エレクトロポレーションおよびマイクロインジェクションが挙げられる。
組換えプラスミドとレトロウイルスLTRおよびパッケージング配列が特別な細胞株に導入された場合（例えばリン酸カルシウム沈殿などによって）、パッケージング配列は、組換えプラスミドのRNA転写物がウイルス粒子にパッケージングされることを可能にし、ウイルス粒子はその後培養培地に分泌され得る。次に、いくつかの態様では組換えレトロウイルスを含む培地を収集し、任意で濃縮し、遺伝子導入に使用する。例えば、いくつかの局面において、パッケージングプラスミドと導入ベクターのパッケージング細胞株への同時トランスフェクション後、ウイルスベクター粒子は培養培地から回収され、当業者によって使用される標準的な方法によって力価測定される。
いくつかの態様において、レンチウイルスベクターなどのレトロウイルスベクターは、レンチウイルス粒子の生成を可能にするプラスミドの導入により、例示的なHEK 293T細胞株などのパッケージング細胞株において作製することができる。いくつかの態様において、パッケージング細胞は、gagおよびpolをコードするポリヌクレオチド、ならびに抗原受容体、例えばCARなどの組換え受容体をコードするポリヌクレオチドでトランスフェクトされるおよび/または該ポリヌクレオチドを含む。いくつかの態様において、パッケージング細胞株は、任意でおよび/またはさらに、revタンパク質をコードするポリヌクレオチドでトランスフェクトされるおよび/または該ポリヌクレオチドを含む。いくつかの態様において、パッケージング細胞株は、任意でおよび/またはさらに、VSV-Gなどの非天然エンベロープ糖タンパク質をコードするポリヌクレオチドでトランスフェクトされるおよび/または該ポリヌクレオチドを含む。いくつかのかかる態様において、細胞、例えばHEK 293T細胞のトランスフェクションの約2日後、細胞上清は組換えレンチウイルスベクターを含み、これを回収し、力価測定することができる。
回収および/または作製されたレトロウイルスベクター粒子は、記載されている方法を使用して標的細胞に形質導入するために使用することができる。標的細胞に入ると、ウイルスRNAは逆転写され、核内に輸送され、宿主ゲノムに安定に組み込まれる。ウイルスRNAの組み込みの1日または2日後、組換えタンパク質、例えばCARなどの抗原受容体の発現を検出することができる。
いくつかの態様において、提供される方法は、複数の細胞を含む細胞組成物をウイルス粒子と接触させる、例えばインキュベートすることによって細胞に形質導入する方法を含む。いくつかの態様において、トランスフェクトまたは形質導入される細胞は、対象から濃縮および/または選択された細胞などの、対象から得られた初代細胞であるか、または該細胞を含む。
いくつかの態様において、組成物の形質導入される細胞の濃度は、1.0×105細胞/mL～1.0×108細胞/mLまたは約1.0×105細胞/mL～約1.0×108細胞/mL、例えば少なくとも1.0×105細胞/mLもしくは少なくとも約1.0×105細胞/mLもしくは約1.0×105細胞/mL、少なくとも5×105細胞/mLもしくは少なくとも約5×105細胞/mLもしくは約5×105細胞/mL、少なくとも1×106細胞/mLもしくは少なくとも約1×106細胞/mLもしくは約1×106細胞/mL、少なくとも5×106細胞/mLもしくは少なくとも約5×106細胞/mLもしくは約5×106細胞/mL、少なくとも1×107細胞/mLもしくは少なくとも約1×107細胞/mLもしくは約1×107細胞/mL、少なくとも5×107細胞/mLもしくは少なくとも約5×107細胞/mLもしくは約5×107細胞/mL、または少なくとも1×108細胞/mLもしくは少なくとも約1×108細胞/mLもしくは約1×108細胞/mLである。
いくつかの態様において、ウイルス粒子は、形質導入される細胞の総数あたり、ウイルスベクター粒子のコピーまたはその感染単位（IU）の特定の比率（IU/細胞）で提供される。例えば、いくつかの態様において、ウイルス粒子は、接触中、細胞1個あたり0.5IUもしくは約0.5IUもしくは少なくとも0.5IUもしくは少なくとも約0.5IU、1IUもしくは約1IUもしくは少なくとも1IUもしくは少なくとも約1IU、2IUもしくは約2IUもしくは少なくとも2IUもしくは少なくとも約2IU、3IUもしくは約3IUもしくは少なくとも3IUもしくは少なくとも約3IU、4IUもしくは約4IUもしくは少なくとも4IUもしくは少なくとも約4IU、5IUもしくは約5IUもしくは少なくとも5IUもしくは少なくとも約5IU、10IUもしくは約10IUもしくは少なくとも10IUもしくは少なくとも約10IU、15IUもしくは約15IUもしくは少なくとも15IUもしくは少なくとも約15IU、20IUもしくは約20IUもしくは少なくとも20IUもしくは少なくとも約20IU、30IUもしくは約30IUもしくは少なくとも30IUもしくは少なくとも約30IU、40IUもしくは約40IUもしくは少なくとも40IUもしくは少なくとも約40IU、50IUもしくは約50IUもしくは少なくとも50IUもしくは少なくとも約50IU、または60IUもしくは約60IUもしくは少なくとも60IUもしくは少なくとも約60IUのウイルスベクター粒子で存在する。
いくつかの態様において、ウイルスベクター粒子の力価は、1×106IU/mL～1×108IU/mLまたは約1×106IU/mL～約1×108IU/mL、例えば5×106IU/mL～5×107IU/mLまたは約5×106IU/mL～約5×107IU/mL、例えば少なくとも6×106IU/mL、7×106IU/mL、8×106IU/mL、9×106IU/mL、1×107IU/mL、2×107IU/mL、3×107IU/mL、4×107IU/mL、または少なくとも5×107IU/mLである。
いくつかの態様において、形質導入は、100未満、例えば一般に60、50、40、30、20、10、5またはそれ未満よりも低い感染多重度（MOI）で達成することができる。
いくつかの態様において、方法は、細胞をウイルス粒子と接触させるまたはインキュベートすることを含む。いくつかの態様において、接触は、30分間～72時間、例えば30分間～48時間、30分間～24時間、または1時間～24時間、例えば少なくとも30分間もしくは少なくとも約30分間もしくは約30分間、少なくとも1時間もしくは少なくとも約1時間もしくは約1時間、少なくとも2時間もしくは少なくとも約2時間もしくは約2時間、少なくとも6時間もしくは少なくとも約6時間もしくは約6時間、少なくとも12時間もしくは少なくとも約12時間もしくは約12時間、少なくとも24時間もしくは少なくとも約24時間もしくは約24時間、または少なくとも36時間もしくは少なくとも約36時間もしくは約36時間またはそれより長い間である。
いくつかの態様において、接触は溶液中で行われる。いくつかの態様において、細胞とウイルス粒子は、0.5mL～500mLまたは約0.5mL～約500mL、例えば0.5mL～200mLもしくは約0.5mL～約200mL、0.5mL～100mLもしくは約0.5mL～約100mL、0.5mL～50mLもしくは約0.5mL～約50mL、0.5mL～10mLもしくは約0.5mL～約10mL、0.5mL～5mLもしくは約0.5mL～約5mL、5mL～500mLもしくは約5mL～約500mL、5mL～200mLもしくは約5mL～約200mL、5mL～100mLもしくは約5mL～約100mL、5mL～50mLもしくは約5mL～約50mL、5mL～10mLもしくは約5mL～約10mL、10mL～500mLもしくは約10mL～約500mL、10mL～200mLもしくは約10mL～約200mL、10mL～100mLもしくは約10mL～約100mL、10mL～50mLもしくは約10mL～約50mL、50mL～500mLもしくは約50mL～約500mL、50mL～200mLもしくは約50mL～約200mL、50mL～100mLもしくは約50mL～約100mL、100mL～500mLもしくは約100mL～約500mL、100mL～200mLもしくは約100mL～約200mL、または200mL～500mLもしくは約200mL～約500mLの体積で接触される。
一部の特定の態様において、インプット細胞は、ウイルスDNAによってコードされる組換え受容体に結合するまたはそれを認識する結合分子を含む粒子で処理されるか、該粒子とインキュベートまたは接触される。
いくつかの態様において、ウイルスベクター粒子との細胞のインキュベーションは、ウイルスベクター粒子で形質導入された細胞を含むアウトプット組成物をもたらすかまたは作製する。
b.非ウイルスベクター
いくつかの態様において、組換え核酸はエレクトロポレーションを介してT細胞に移入される（例えばChicaybam et al,（2013）PLoS ONE 8（3）:e60298およびVan Tedeloo et al.（2000）Gene Therapy 7（16）:1431-1437参照）。いくつかの態様において、組換え核酸は転位を介してT細胞に移入される（例えばManuri et al.（2010）Hum Gene Ther 21（4）:427-437;Sharma et al.（2013）Molec Ther Nucl Acids 2,e74;およびHuang et al.（2009）Methods Mol Biol 506:115-126参照）。免疫細胞において遺伝物質を導入および発現させる他の方法としては、リン酸カルシウムトランスフェクション（例えばCurrent Protocols in Molecular Biology,John Wiley＆Sons,New York.N.Y.に記載されている）、プロトプラスト融合、カチオン性リポソーム媒介トランスフェクション、タングステン粒子促進微粒子銃（Johnston,Nature,346:776-777（1990））;およびリン酸ストロンチウムDNA共沈（Brash et al.,Mol.Cell Biol.,7:2031-2034（1987））が挙げられる。
いくつかの態様において、組換え核酸はエレクトロポレーションを介してT細胞に移入される（例えばChicaybam et al,（2013）PLoS ONE 8（3）:e60298およびVan Tedeloo et al.（2000）Gene Therapy 7（16）:1431-1437参照）。いくつかの態様において、組換え核酸は転位を介してT細胞に移入される（例えばManuri et al.（2010）Hum Gene Ther 21（4）:427-437;Sharma et al.（2013）Molec Ther Nucl Acids 2,e74;およびHuang et al.（2009）Methods Mol Biol 506:115-126参照）。免疫細胞において遺伝物質を導入および発現させる他の方法としては、リン酸カルシウムトランスフェクション（例えばCurrent Protocols in Molecular Biology,John Wiley＆Sons,New York.N.Y.に記載されている）、プロトプラスト融合、カチオン性リポソーム媒介トランスフェクション、タングステン粒子促進微粒子銃（Johnston,Nature,346:776-777（1990））;およびリン酸ストロンチウムDNA共沈（Brash et al.,Mol.Cell Biol.,7:2031-2034（1987））が挙げられる。
組換え産物をコードする核酸の移入のための他のアプローチおよびベクターは、例えば国際公開公報第2014055668号、および米国特許第7,446,190号に記載されているものである。
いくつかの態様において、組換え核酸はトランスポゾンを介してT細胞に移入される。トランスポゾン（転位可能なエレメント）は、ゲノム内のある遺伝子座から別の遺伝子座に移動することができるDNAの可動セグメントである。これらのエレメントは、保存的な「カットアンドペースト」機構を介して移動する:トランスポザーゼは、トランスポゾンの元の場所からの切り出しを触媒し、ゲノムの他の場所での再組み込みを促進する。トランスポザーゼ欠損エレメントは、トランスポザーゼが別のトランスポザーゼ遺伝子によって提供される場合、動員され得る。したがって、トランスポゾンを利用して、ウイルス形質導入系を使用せずに外来DNAを宿主ゲノムに組み込むことができる。哺乳動物細胞、例えばヒト初代白血球での使用に適したトランスポゾンの例としては、Sleeping BeautyおよびPiggyBacが挙げられるが、これらに限定されるわけではない。
トランスポゾンベースのトランスフェクションは、トランスポザーゼとトランスポゾンからなる2成分系である。いくつかの態様において、系は、外来DNA（本明細書ではカーゴDNAとも称される）、例えば付随するトランスポザーゼによって認識される逆方向反復/直列反復（IR/DR）配列が隣接する組換え受容体をコードする遺伝子を含むように操作されたトランスポゾンを含む。いくつかの態様において、非ウイルスプラスミドは、プロモーターの制御下でトランスポザーゼをコードする。プラスミドの宿主細胞へのトランスフェクションは、トランスポザーゼの一過性の発現をもたらし、したがって、トランスフェクション後の初期には、トランスポザーゼはトランスポゾンをゲノムDNAに組み込むのに十分なレベルで発現される。いくつかの態様において、トランスポザーゼ自体はゲノムDNAに組み込まれないため、トランスポザーゼの発現は経時的に減少する。いくつかの態様において、トランスポザーゼ発現は、対応するトランスポゾンを約4時間未満、約8時間未満、約12時間未満、約24時間未満、約2日間未満、約3日間未満、約4日間未満、約5日間未満、約6日間未満、約7日間未満、約2週間未満、約3週間未満、約4週間未満、約数週間未満、または約8週間未満の間、対応するトランスポゾンを組み込むのに十分なレベルで宿主細胞によって発現される。いくつかの態様において、宿主ゲノムに導入されたカーゴDNAは、少なくとも宿主がカーゴDNAを切り出すことができる内因性トランスポザーゼを発現しないため、その後宿主のゲノムから除去されない。
Sleeping Beauty（SB）は、サケ科魚類ゲノムに保有される休眠エレメントから再構築された、トランスポゾンのTc/1-マリナースーパーファミリーの合成メンバーである。SBトランスポゾンベースのトランスフェクションは、トランスポザーゼと、TAジヌクレオチドへの正確な組み込みをもたらす逆方向反復/直列反復（IR/DR）配列を含むトランスポゾンからなる2成分系である。トランスポゾンは、IR/DRが隣接する関心対象の発現カセットを用いて設計される。SBトランスポザーゼは、Sleeping beautyトランスポゾンのIRに位置する特異的結合部位に結合する。SBトランスポザーゼは、触媒酵素（SB）の結合部位を保有する逆方向末端反復配列で両側を挟まれたカーゴ配列をコードする可動性エレメントである、トランスポゾンの組み込みを媒介する。SBがカットアンドペースト機構を介してTA標的ジヌクレオチドで脊椎動物染色体に遺伝子配列を挿入すると、安定な発現が生じる。このシステムは、初代ヒト末梢血白血球を含む、様々な脊椎動物の細胞型を操作するために使用されてきた。いくつかの態様において、細胞は、カーゴ遺伝子、例えばSB IR配列が隣接する組換え受容体またはCARをコードする遺伝子を含むSBトランスポゾンと接触され、インキュベートされ、および/または該SBトランスポゾンで処理される。特定の態様において、トランスフェクトされる細胞は、SB IR配列が隣接するカーゴ遺伝子、例えばCARをコードする遺伝子を含むSBトランスポゾンを含むプラスミドと接触され、インキュベートされ、および/または該プラスミドで処理される。一部の特定の態様において、プラスミドは、SB IR配列が隣接していないSBトランスポザーゼをコードする遺伝子をさらに含む。
PiggyBac（PB）は、カーゴDNAを宿主の、例えばヒトのゲノムDNAに組み込むために使用できる別のトランスポゾンシステムである。PBトランスポザーゼは、トランスポゾンの両端に位置するPBトランスポゾン特異的逆方向末端反復配列（ITR）を認識し、内容物を元の部位から効率的に移動させ、それらをTTAA染色体部位に効率的に組み込む。PBトランスポゾンシステムは、PBベクター内の2つのITRの間の関心対象の遺伝子が標的ゲノムに動員されることを可能にする。PBシステムは、初代ヒト細胞を含む様々な脊椎動物の細胞型を操作するために使用されてきた。いくつかの態様において、トランスフェクトされる細胞は、PB IR配列が隣接するカーゴ遺伝子、例えばCARをコードする遺伝子を含むPBトランスポゾンと接触され、インキュベートされ、および/または該PBトランスポゾンで処理される。特定の態様において、トランスフェクトされる細胞は、PB IR配列が隣接するカーゴ遺伝子、例えばCARをコードする遺伝子を含むPBトランスポゾンを含むプラスミドと接触、インキュベートされ、および/または該プラスミドで処理される。一部の特定の態様において、プラスミドは、PB IR配列が隣接していないSBトランスポザーゼをコードする遺伝子をさらに含む。
いくつかの態様において、本発明の方法で使用されるトランスポゾン/トランスポザーゼの様々なエレメント、例えばSBまたはPBベクター（1つまたは複数）は、制限酵素切断、ライゲーションおよび分子クローニングの標準的な方法によって作製され得る。本発明のベクターを構築するための1つのプロトコルは、以下のステップを含む。第1に、所望の成分のヌクレオチド配列および外来配列を含む精製された核酸断片は、最初の供給源、例えばトランスポザーゼ遺伝子を含むベクターからの制限エンドヌクレアーゼで切断される。次に、所望のヌクレオチド配列を含む断片は、従来の分離方法を使用して、例えばアガロースゲル電気泳動によって、異なるサイズの不要な断片から分離される。所望の断片をゲルから切り出し、適切な立体配置で一緒に連結して、所望の配列、例えば上記のような本発明のベクターの様々なエレメントに対応する配列を含む環状核酸またはプラスミドを作製する。所望する場合は、そのように構築された環状分子を、その後、原核生物宿主、例えば大腸菌（E.coli）において増幅する。これらのステップに含まれる切断、プラスミド構築、細胞形質転換およびプラスミド作製の手順は当業者に周知であり、制限およびライゲーションに必要な酵素は市販されている。（例えば、R.Wu,Ed.,Methods in Enzymology,Vol.68,Academic Press,N.Y.（1979）;T.Maniatis,E.F.Fritsch and J.Sambrook,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.（1982）;Catalog 1982-83,New England Biolabs,Inc.;Catalog 1982-83,Bethesda Research Laboratories,Inc.参照。本発明の方法で使用されるベクターを構築する方法の一例が以下の実験のセクションで提供される。代表的なSleeping Beautyトランスポゾンシステムの調製は、国際公開公報第98/40510号および国際公開公報第99/25817にも開示されている）。
いくつかの態様において、トランスポゾンによる形質導入は、トランスポザーゼ遺伝子を含むプラスミド、およびトランスポザーゼによって認識される逆方向反復/直列反復（IR/DR）配列が隣接するカーゴDNA配列を含むトランスポゾンを含むプラスミドを用いて行われる。一部の特定の態様において、カーゴDNA配列は、異種タンパク質、例えば組換えT細胞受容体またはCARをコードする。いくつかの態様では、プラスミドは、トランスポザーゼおよびトランスポゾンを含む。いくつかの態様において、トランスポザーゼは、ユビキタスプロモーター、または標的細胞におけるトランスポザーゼの発現を駆動するのに適した任意のプロモーターの制御下にある。ユビキタスプロモーターとしては、EF1a、CMB、SV40、PGK1、Ubc、ヒトβ-アクチン、CAG、TRE、UAS、Ac5、CaMKIIa、およびU6が挙げられるが、これらに限定されるわけではない。いくつかの態様において、カーゴDNAは、カーゴDNAのゲノムDNAへの安定な組み込みを伴う細胞の選択を可能にする選択カセットを含む。適切な選択カセットとしては、カナマイシン耐性遺伝子、スペクチノマイシン耐性遺伝子、ストレプトマイシン耐性遺伝子、アンピシリン耐性遺伝子、カルベニシリン耐性遺伝子、ハイグロマイシン耐性遺伝子、ブレオマイシン耐性遺伝子、エリスロマイシン耐性遺伝子、およびポリミキシンB耐性遺伝子をコードする選択カセットが挙げられるが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの態様において、トランスポゾンによる形質導入のための成分、例えば、SBトランスポザーゼおよびSBトランスポゾンを含むプラスミドが、標的細胞に導入される。標的細胞の位置に応じて、標的細胞へのシステム成分のインビトロまたはインビボ導入を提供し得る、任意の好都合なプロトコルを使用し得る。例えば、標的細胞が単離された細胞である場合、システムは、例えば標準的な形質転換技術を使用することによって、標的細胞の生存能力を許容する細胞培養条件下で細胞に直接導入され得る。かかる技術としては、ウイルス感染、形質転換、接合、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、パーティクルガン技術、リン酸カルシウム沈殿、直接マイクロインジェクション、ウイルスベクター送達などが挙げられるが、必ずしもこれらに限定されるわけではない。方法の選択は、一般に、形質転換される細胞の種類および形質転換が行われている状況（つまりインビトロ、エクスビボ、またはインビボ）に依存する。これらの方法の一般的な考察は、Ausubel,et al,Short Protocols in Molecular Biology,3rd ed.,Wiley＆Sons,1995に記載されている。
いくつかの態様において、SBトランスポゾンおよびSBトランスポザーゼ供給源は、トランスポゾンを運ぶベクターからの逆方向反復隣接核酸の切り出し、および切り出された核酸の標的細胞のゲノムへのその後の組み込みに十分な条件下で、多細胞生物、例えば哺乳動物またはヒトの標的細胞に導入される。いくつかの態様は、必要なトランスポザーゼ活性が導入されたトランスポゾンとともに標的細胞中に存在することを確実にするステップをさらに含む。トランスポゾンベクター自体の構造、すなわちベクターがトランスポザーゼ活性を有する産物をコードする領域を含むかどうかに依存して、方法は、必要なトランスポザーゼ活性をコードする第2のベクターを標的細胞に導入することをさらに含み得る。
いくつかの態様において、トランスポゾンを含むベクター核酸の量および細胞に導入されるトランスポザーゼをコードするベクター核酸の量は、トランスポゾン核酸の所望の切り出しおよび標的細胞ゲノムへの挿入を提供するのに十分である。そのため、導入されるベクター核酸の量は、十分な量のトランスポザーゼ活性および標的細胞に挿入されることを所望する核酸の十分なコピー数を提供するべきである。標的細胞に導入されるベクター核酸の量は、使用される特定の導入プロトコル、例えば使用される特定のエクスビボ投与プロトコルの効率に依存して異なる。
ベクターDNAが必要なトランスポザーゼとともにターゲット細胞に入れば、逆方向反復配列が隣接するベクターの核酸領域、すなわちSleeping Beautyトランスポザーゼと認識される逆方向反復配列の間に位置するベクター核酸が、提供されたトランスポザーゼを介してベクターから切り出され、標的細胞のゲノムに挿入される。そのため、標的細胞へのベクターDNAの導入の後に、ベクターによって運ばれる外因性核酸の、トランスポザーゼを介した切り出しおよび標的細胞のゲノムへの挿入が続く。特定の態様において、ベクターは、SBトランスポゾンおよび/またはSBトランスポザーゼでトランスフェクトされた細胞の少なくとも1％、少なくとも2％、少なくとも3％、少なくとも4％、少なくとも5％、少なくとも6％、少なくとも7％、少なくとも8％、少なくとも9％、少なくとも10％、少なくとも15％、または少なくとも20％のゲノムに組み込まれる。いくつかの態様において、標的細胞ゲノムへの核酸の組み込みは安定である、すなわちベクター核酸は、一過性の期間を超えて標的細胞ゲノムに存在し続け、染色体遺伝物質の一部として標的細胞の子孫に伝えられる。
一部の特定の態様において、トランスポゾンは、様々なサイズの核酸、すなわちポリヌクレオチドを標的細胞ゲノムに組み込むために使用される。いくつかの態様において、本発明の方法を使用して標的細胞ゲノムに挿入されるDNAのサイズは、約0.1kb～200kb、約0.5kb～100kb、約1.0kb～約8.0kb、約1.0～約200kb、約1.0～約10kb、約10kb～約50kb、約50kb～約100kb、または約100kb～約200kbの範囲である。いくつかの態様において、本発明の方法を使用して標的細胞ゲノムに挿入されるDNAのサイズは、約1.0kb～約8.0kbの範囲である。いくつかの態様において、本発明の方法を使用して標的細胞ゲノムに挿入されるDNAのサイズは、約1.0～約200kbの範囲である。特定の態様において、本発明の方法を使用して標的細胞ゲノムに挿入されるDNAのサイズは、約1.0kb～約8.0kbの範囲である。
D.細胞の培養および/または拡大
いくつかの態様において、提供される方法は、細胞を培養する、例えば増殖および/または拡大を促進する条件下で細胞を培養するための1つまたは複数のステップを含む。いくつかの態様において、細胞は、遺伝子操作、例えば形質導入またはトランスフェクションによって組換えポリペプチドを細胞に導入するステップの後に、増殖および/または拡大を促進する条件下で培養される。特定の態様において、細胞は、刺激条件下でインキュベートされ、組換えポリヌクレオチド、例えば組換え受容体をコードするポリヌクレオチドで形質導入またはトランスフェクトされた後に培養される。いくつかの態様において、培養は濃縮T細胞の1つまたは複数の培養組成物を産生する。
いくつかの態様において、提供される方法は、細胞を培養する、例えば増殖および/または拡大を促進する条件下で細胞を培養するための1つまたは複数のステップを含む。いくつかの態様において、細胞は、遺伝子操作、例えば形質導入またはトランスフェクションによって組換えポリペプチドを細胞に導入するステップの後に、増殖および/または拡大を促進する条件下で培養される。特定の態様において、細胞は、刺激条件下でインキュベートされ、組換えポリヌクレオチド、例えば組換え受容体をコードするポリヌクレオチドで形質導入またはトランスフェクトされた後に培養される。いくつかの態様において、培養は濃縮T細胞の1つまたは複数の培養組成物を産生する。
一部の特定の態様において、刺激および形質導入されたT細胞を含む濃縮T細胞の1つまたは複数の組成物、例えば、そのようなCD4＋およびCD8＋T細胞の別個の組成物は、細胞を製剤化する前に、例えば、増殖および/または拡大を促進する条件下で培養される。いくつかの局面において、増殖および/または拡大を促進するためなどの培養方法は、セクションI-Fなどの本明細書において提供される方法を含む。特定の態様において、濃縮T細胞の1つまたは複数の組成物は、1つまたは複数の組成物が操作、例えば、形質導入またはトランスフェクトされた後に培養される。特定の態様において、1つまたは複数の組成物は、操作された組成物である。特定の態様において、1つまたは複数の操作された組成物は、予めクライオ凍結され、保存されており、培養前に解凍される。
一部の特定の態様において、操作されたT細胞の1つまたは複数の組成物は、濃縮T細胞の2つの別個の組成物であるか、またはそれを含む。特定の態様において、濃縮T細胞の2つの別個の組成物、例えば、組換え受容体（例えばCAR）が導入された、同じ生物学的試料から選択、単離および/または濃縮された濃縮T細胞の2つの別個の組成物は、細胞の増殖および/または拡大を促進する条件下で別々に培養される。いくつかの態様において、条件は刺激条件である。一部の特定の態様において、2つの別個の組成物は、濃縮CD4＋T細胞、例えば、組換え受容体をコードする核酸が導入されたおよび/または組換え受容体を発現する操作されたCD4＋T細胞の組成物を含む。特定の態様において、2つの別個の組成物は、濃縮CD8＋T細胞、例えば、組換え受容体をコードする核酸が導入されたおよび/または組換え受容体を発現する操作されたCD8＋T細胞の組成物を含む。いくつかの態様において、濃縮CD4＋T細胞および濃縮CD8＋T細胞、例えば、操作されたCD4＋T細胞および操作されたCD8＋T細胞の2つの別個の組成物は、例えば、増殖および/または拡大を促進する条件下で別々に培養される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の単一の組成物が培養される。一部の特定の態様において、単一の組成物は、濃縮CD4＋T細胞の組成物である。いくつかの態様において、単一の組成物は、培養の前に別個の組成物から組み合わされた濃縮CD4＋およびCD8＋T細胞の組成物である。
いくつかの態様において、例えば、増殖および/または拡大を促進する条件下で培養される、操作されたCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD4＋T細胞を含む。いくつかの態様において、組成物は、組換え受容体を発現する、および/または組換え受容体をコードする組換えポリヌクレオチドによって形質導入もしくはトランスフェクトされた、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD4＋T細胞を含む。一部の特定の態様において、培養される濃縮CD4＋T細胞の組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満のCD8＋T細胞を含む、および/またはCD8＋T細胞を含まない、および/またはCD8＋T細胞不含であるかもしくは実質的に不含である。
いくつかの態様において、例えば、増殖および/または拡大を促進する条件下で培養される、操作されたCD8＋t細胞などの濃縮CD8＋T細胞の組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD8＋T細胞を含む。特定の態様において、組成物は、組換え受容体を発現する、および/または組換え受容体をコードする組換えポリヌクレオチドによって形質導入もしくはトランスフェクトされた、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD8＋T細胞を含む。一部の特定の態様において、刺激条件下でインキュベートされる濃縮CD8＋T細胞の組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のCD4＋T細胞を含む、および/またはCD4＋T細胞を含まない、および/またはCD4＋T細胞不含であるかもしくは実質的に不含である。
いくつかの態様において、濃縮CD4＋およびCD8＋T細胞の別個の組成物、例えば、操作されたCD4＋および操作されたCD8＋T細胞の別個の組成物は、単一の組成物に組み合わされ、例えば、増殖および/または拡大を促進する条件下で培養される。一部の特定の態様において、濃縮CD4＋および濃縮CD8＋T細胞の別個の培養された組成物は、培養が行われたおよび/または完了した後に単一の組成物に組み合わされる。特定の態様において、濃縮CD4＋およびCD8＋T細胞の別個の組成物、例えば、操作されたCD4＋および操作されたCD8＋T細胞の別個の組成物は、例えば、増殖および/または拡大を促進する条件下で別々に培養される。
いくつかの態様において、細胞、例えば、操作された細胞は、100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mL、1,000mL、1,200mL、1,400mL、1,600mL、1,800mL、2,000mL、2,200mLもしくは2,400mL、または約100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mL、1,000mL、1,200mL、1,400mL、1,600mL、1,800mL、2,000mL、2,200mLもしくは2,400mL、または少なくとも100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mL、1,000mL、1,200mL、1,400mL、1,600mL、1,800mL、2,000mL、2,200mLもしくは2,400mLである一定体積の培地中で培養される。いくつかの態様において、細胞は、後に異なる体積に調整される初期体積で培養される。特定の態様において、体積は、培養中に後に調整される。特定の態様において、体積は、培養中に初期体積から増加する。一部の特定の態様において、体積は、細胞が培養中にある密度を達成すると増加する。一部の特定の態様において、初期体積は、500mLまたは約500mLである。
特定の態様において、体積は、細胞が培養中にある密度または濃度を達成すると、初期体積から増加する。特定の態様において、体積は、細胞が、0.1×106細胞/ml、0.2×106細胞/ml、0.4×106細胞/ml、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、約0.1×106細胞/ml、0.2×106細胞/ml、0.4×106細胞/ml、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、または少なくとも0.1×106細胞/ml、0.2×106細胞/ml、0.4×106細胞/ml、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/mlの密度および/または濃度を達成すると、増加する。いくつかの態様において、体積は、細胞が0.6×106細胞/ml、少なくとも0.6×106細胞/mlまたは約0.6×106細胞/mlの密度および/または濃度を達成すると、初期体積から増加する。いくつかの態様において、密度および/または濃度は、培養物中の生存細胞の密度および/または濃度である。特定の態様において、体積は、細胞が、0.1×106生存細胞/ml、0.2×106生存細胞/ml、0.4×106生存細胞/ml、0.6×106生存細胞/ml、0.8×106生存細胞/ml、1×106生存細胞/ml、1.2×106生存細胞/ml、1.4×106生存細胞/ml、1.6×106生存細胞/ml、1.8×106生存細胞/ml、2.0×106生存細胞/ml、2.5×106生存細胞/ml、3.0×106生存細胞/ml、3.5×106生存細胞/ml、4.0×106生存細胞/ml、4.5×106生存細胞/ml、5.0×106生存細胞/ml、6×106生存細胞/ml、8×106生存細胞/mlもしくは10×106生存細胞/ml、約0.1×106生存細胞/ml、0.2×106生存細胞/ml、0.4×106生存細胞/ml、0.6×106生存細胞/ml、0.8×106生存細胞/ml、1×106生存細胞/ml、1.2×106生存細胞/ml、1.4×106生存細胞/ml、1.6×106生存細胞/ml、1.8×106生存細胞/ml、2.0×106生存細胞/ml、2.5×106生存細胞/ml、3.0×106生存細胞/ml、3.5×106生存細胞/ml、4.0×106生存細胞/ml、4.5×106生存細胞/ml、5.0×106生存細胞/ml、6×106生存細胞/ml、8×106生存細胞/mlもしくは10×106生存細胞/ml、または少なくとも0.1×106生存細胞/ml、0.2×106生存細胞/ml、0.4×106生存細胞/ml、0.6×106生存細胞/ml、0.8×106生存細胞/ml、1×106生存細胞/ml、1.2×106生存細胞/ml、1.4×106生存細胞/ml、1.6×106生存細胞/ml、1.8×106生存細胞/ml、2.0×106生存細胞/ml、2.5×106生存細胞/ml、3.0×106生存細胞/ml、3.5×106生存細胞/ml、4.0×106生存細胞/ml、4.5×106生存細胞/ml、5.0×106生存細胞/ml、6×106生存細胞/ml、8×106生存細胞/mlもしくは10×106生存細胞/mlの密度および/または濃度を達成すると、増加する。いくつかの態様において、体積は、生存細胞が0.6×106生存細胞/ml、少なくとも0.6×106生存細胞/ml、または約0.6×106生存細胞/mlの密度および/または濃度を達成すると、初期体積から増加する。いくつかの態様において、細胞または生存細胞の密度および/または濃度は、デジタルホログラフィー顕微鏡観察（DHM）または微分デジタルホログラフィー顕微鏡観察（differential digital holography microscopy）（DDHM）を含む光学的方法を含む記載の方法を使用することなどによって、培養中に決定またはモニタリングすることができる。
いくつかの態様において、細胞は、ある密度および/または濃度を達成し、かつ体積は、100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mL、1,000mL、1,200mL、1,400mL、1,600mL、1,800mL、2,000mL、2,200mLもしくは2,400mL、約100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mL、1,000mL、1,200mL、1,400mL、1,600mL、1,800mL、2,000mL、2,200mLもしくは2,400mL、または少なくとも100mL、200mL、300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mL、1,000mL、1,200mL、1,400mL、1,600mL、1,800mL、2,000mL、2,200mLもしくは2,400mL増加する。いくつかの態様において、体積は、500mL増加する。特定の態様において、体積は、500mL、600mL、700mL、800mL、900mL、1,000mL、1,200mL、1,400mL、1,600mL、1,800mL、2,000mL、2,200mLもしくは2,400mL、約500mL、600mL、700mL、800mL、900mL、1,000mL、1,200mL、1,400mL、1,600mL、1,800mL、2,000mL、2,200mLもしくは2,400mL、または少なくとも500mL、600mL、700mL、800mL、900mL、1,000mL、1,200mL、1,400mL、1,600mL、1,800mL、2,000mL、2,200mLもしくは2,400mLの体積に増加する。一部の特定の態様において、体積は、1,000mLの体積に増加する。一部の特定の態様において、体積は、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10分ごとに、5mL、10mL、20mL、25mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、75mL、80mL、90mLもしくは100mL、少なくとも5mL、10mL、20mL、25mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、75mL、80mL、90mLもしくは100mL、または約5mL、10mL、20mL、25mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、75mL、80mL、90mLもしくは100mLの速度で増加する。一部の特定の態様において、速度は、8分ごとに50mLまたは約50mLである。
いくつかの態様において、操作されたT細胞などの濃縮T細胞の組成物は、増殖および/または拡大を促進する条件下で培養される。いくつかの態様において、かかる条件は、集団中の細胞の増殖、拡大、活性化、および/または生存を誘導するように設計され得る。特定の態様において、刺激条件は、特定の培地、温度、酸素含量、二酸化炭素含量、時間、作用物質、例えば栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオン、および/または刺激性因子、例えばサイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、および細胞の成長、分裂、および/または拡大を促進するように設計された他の任意の剤の1つまたは複数を含み得る。
いくつかの態様において、培養は、ヒトTリンパ球などの初代免疫細胞の成長に適した温度、例えば、少なくとも約25℃、一般に少なくとも約30℃、および一般に37℃または約37℃を一般に含む条件下で実施される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、25～38℃、例えば30～37℃、例えば37℃±2℃または約37℃±2℃の温度でインキュベートされる。いくつかの態様において、インキュベーションは、培養（culture）、例えば、培養（cultivation）または拡大が細胞の所望のまたは閾値密度、濃度、数または用量をもたらすまでの期間行われる。いくつかの態様において、インキュベーションは、培養（culture）、例えば、培養（cultivation）または拡大が生存細胞の所望のまたは閾値密度、濃度、数または用量をもたらすまでの期間行われる。いくつかの態様において、インキュベーションは、24時間、48時間、72時間、96時間、5日間、6日間、7日間、8日間、9日間もしくはそれ以上を超えるか、または約24時間、48時間、72時間、96時間、5日間、6日間、7日間、8日間、9日間もしくはそれ以上を超えるか、または約24時間、48時間、72時間、96時間、5日間、6日間、7日間、8日間、9日間もしくはそれ以上であるか、または24時間、48時間、72時間、96時間、5日間、6日間、7日間、8日間、9日間もしくはそれ以上である。いくつかの態様において、細胞の密度、濃度および/または数もしくは用量は、デジタルホログラフィー顕微鏡観察（DHM）または微分デジタルホログラフィー顕微鏡観察（DDHM）を含む光学的方法を含む記載の方法を使用することなどによって、培養中に決定またはモニタリングすることができる。
いくつかの態様において、刺激試薬は、培養前に細胞から除去および/または分離される。一部の特定の態様において、刺激性作用物質は、操作後および操作された細胞を培養する前に、例えば、増殖および/または拡大を促進する条件下で、細胞から除去および/または分離される。いくつかの態様において、刺激試薬は、セクションI-B-1など、本明細書において記載されている刺激試薬である。特定の態様において、刺激試薬は、セクションI-B-2など、本明細書において記載されている細胞から除去および/または分離される。
特定の態様において、操作されたT細胞などの濃縮T細胞の組成物、例えば、操作されたCD4＋T細胞および操作されたCD8＋T細胞の別個の組成物は、1種または複数種のサイトカインの存在下で培養される。一部の特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは組換えサイトカインである。特定の態様において、1種または複数種のサイトカインはヒト組換えサイトカインである。一部の特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは、T細胞によって発現される、および/またはT細胞に対して内因性である受容体に結合する、および/または結合することができる。特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは、サイトカインの4-α-ヘリックスバンドルファミリーのメンバーであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、サイトカインの4-α-ヘリックスバンドルファミリーのメンバーとしては、インターロイキン-2（IL-2）、インターロイキン-4（IL-4）、インターロイキン-7（IL-7）、インターロイキン-9（IL-9）、インターロイキン12（IL-12）、インターロイキン15（IL-15）、顆粒球コロニー刺激因子（G-CSF）および顆粒球-マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、1種または複数種のサイトカインは、IL-15であるか、またはそれを含む。特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは、IL-7であるか、またはそれを含む。特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは、組換えIL-2であるか、またはそれを含む。
特定の態様において、操作されたCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の組成物は、組換えIL-2とともに培養される。いくつかの態様において、組換えIL-2の存在下で、操作されたCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の組成物を培養することにより、組成物のCD4＋T細胞が培養ステップ中およびプロセス全体にわたって生存、成長、拡大および/または活性化し続ける確率または可能性が増加する。いくつかの態様において、操作されたCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の組成物を組換えIL-2の存在下で培養することにより、組換えIL-2の存在下で濃縮CD4＋T細胞の組成物を培養しない代替的および/または例示的な方法と比較して、濃縮CD4＋T細胞、例えば、細胞療法に適した操作されたCD4＋T細胞のアウトプット組成物が濃縮CD4＋T細胞の組成物から作製される確率および/または可能性が、少なくとも0.5％、少なくとも1％、少なくとも2％、少なくとも3％、少なくとも4％、少なくとも5％、少なくとも6％、少なくとも7％、少なくとも8％、少なくとも9％、少なくとも10％、少なくとも11％、少なくとも12％、少なくとも13％、少なくとも14％、少なくとも15％、少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも100％または少なくとも200％のCD4＋だけ増加する。
いくつかの態様において、操作されたCD4＋T細胞および操作されたCD8＋T細胞の別個の組成物などの細胞は、1IU/ml～2,000IU/ml、10IU/ml～100IU/ml、50IU/ml～500IU/ml、100IU/ml～200IU/ml、500IU/ml～1400IU/ml、250IU/ml～500IU/ml、または500IU/ml～2,500IU/mlの濃度のサイトカイン、例えば組換えヒトサイトカインとともに培養される。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物、例えば、操作されたCD4＋T細胞およびCD8＋T細胞の別個の組成物は、2IU/ml～500IU/ml、10IU/ml～250IU/ml、100IU/ml～500IU/ml、または100IU/ml～400IU/mlの濃度の組換えIL-2、例えばヒト組換えIL-2とともに培養される。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、50IU/ml、75IU/ml、100IU/ml、125IU/ml、150IU/ml、175IU/ml、200IU/ml、225IU/ml、250IU/ml、300IU/mlもしくは400IU/ml、または約50IU/ml、75IU/ml、100IU/ml、125IU/ml、150IU/ml、175IU/ml、200IU/ml、225IU/ml、250IU/ml、300IU/mlもしくは400IU/mlの濃度のIL-2とともに培養される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、200IU/mlの濃度の組換えIL-2とともに培養される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、濃縮CD4＋T細胞の組成物、例えば、操作されたCD4＋T細胞の組成物である。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、濃縮CD8＋T細胞の組成物、例えば、操作されたCD8＋T細胞の組成物である。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物、例えば、操作されたCD4＋T細胞およびCD8＋T細胞の別個の組成物は、10IU/ml～5,000IU/ml、500IU/ml～2,000IU/ml、600IU/ml～1,500IU/ml、500IU/ml～2,500IU/ml、750IU/ml～1,500IU/ml、または1,000IU/ml～2,000IU/mlの濃度のIL-7、例えばヒト組換えIL-7とともに培養される。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、100IU/ml、200IU/ml、300IU/ml、400IU/ml、500IU/ml、600IU/ml、700IU/ml、800IU/ml、900IU/ml、1,000IU/ml、1,200IU/ml、1,400IU/mlもしくは1,600IU/ml、または約100IU/ml、200IU/ml、300IU/ml、400IU/ml、500IU/ml、600IU/ml、700IU/ml、800IU/ml、900IU/ml、1,000IU/ml、1,200IU/ml、1,400IU/mlもしくは1,600IU/mlの濃度のIL-7とともに培養される。いくつかの態様において、細胞は、1,200IU/mlまたは約1,200IU/mlの濃度の組換えIL-7の存在下で培養される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、操作されたCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の組成物である。
いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物、例えば、操作されたCD4＋T細胞およびCD8＋T細胞の別個の組成物は、0.1IU/ml～200IU/ml、1IU/ml～50IU/ml、5IU/ml～25IU/ml、25IU/ml～50IU/ml、5IU/ml～15IU/ml、または10IU/ml～00IU/mlの濃度のIL-15、例えばヒト組換えIL-15とともに培養される。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、1IU/ml、2IU/ml、3IU/ml、4IU/ml、5IU/ml、6IU/ml、7IU/ml、8IU/ml、9IU/ml、10IU/ml、11IU/ml、12IU/ml、13IU/ml、14IU/ml、15IU/ml、20IU/ml、25IU/ml、30IU/ml、40IU/ml、50IU/ml、100IU/mlもしくは200IU/ml、または約1IU/ml、2IU/ml、3IU/ml、4IU/ml、5IU/ml、6IU/ml、7IU/ml、8IU/ml、9IU/ml、10IU/ml、11IU/ml、12IU/ml、13IU/ml、14IU/ml、15IU/ml、20IU/ml、25IU/ml、30IU/ml、40IU/ml、50IU/ml、100IU/mlもしくは200IU/mlの濃度のIL-15とともに培養される。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、20IU/mlの濃度の組換えIL-15とともに培養される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、操作されたCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の組成物である。特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、操作されたCD8＋T細胞などの濃縮CD8＋T細胞の組成物である。
特定の態様において、操作されたCD8＋T細胞などの濃縮CD8＋T細胞の組成物は、例えば、記載される量のIL-2および/またはIL-15の存在下で培養される。一部の特定の態様において、操作されたCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の組成物は、例えば、記載される量のIL-2、IL-7および/またはIL-15の存在下で培養される。いくつかの態様において、IL-2、IL-7および/またはIL-15は組換え型である。一部の特定の態様において、IL-2、IL-7および/またはIL-15はヒトである。特定の態様において、1種または複数種のサイトカインは、ヒト組換えIL-2、IL-7および/もしくはIL-15であるか、またはそれを含む。
特定の態様において、培養は閉鎖系で行われる。一部の特定の態様において、培養は、無菌条件下で、閉鎖系で行われる。特定の態様において、培養は、提供される系の1つまたは複数のステップと同じ閉鎖系で行われる。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、閉鎖系から取り出され、培養のためにバイオリアクターに配置および/または接続される。培養に適したバイオリアクターの例としては、GE Xuri W25、GE Xuri W5、Sartorius BioSTAT RM 20｜50、Finesse SmartRocker Bioreactor Systems、およびPall XRS Bioreactor Systemsが挙げられるが、これらに限定されるわけではない。いくつかの態様において、バイオリアクターは、培養ステップの少なくとも一部の間に細胞を灌流および/または混合するために使用される。
いくつかの態様において、バイオリアクターへの封入、接続の間、および/またはバイオリアクターの制御下で、培養された細胞は、バイオリアクターを用いず培養された細胞、例えば、混合、揺動、運動および/または灌流を用いないなどの静的条件下で培養された細胞よりも迅速に培養中に拡大を経る。いくつかの態様において、バイオリアクターへの封入、接続の間、および/またはバイオリアクターの制御下で培養された細胞は、14日、10日、9日、8日、7日、6日、5日、4日、3日、2日、60時間、48時間、36時間、24時間または12時間以内に閾値の拡大、細胞数および/または密度に達するかまたはこれらを達成する。いくつかの態様において、バイオリアクターへの封入、接続の間、および/またはバイオリアクターの制御下で培養された細胞は、細胞がバイオリアクターへの封入、接続の間、および/またはバイオリアクターの制御下で培養されない例示的および/または代替的なプロセスで培養された細胞と比べて少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも100％、少なくとも150％、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍の、閾値の拡大、細胞数および/または密度に達するかまたはこれらを達成する。
いくつかの態様において、混合は、揺動および/もしくは運動であるか、または揺動および/もしくは運動を含む。一部の状況において、バイオリアクターは、運動または揺動に供することができ、これは、いくつかの局面において、酸素移動を増加させ得る。バイオリアクターを動かすことは、水平軸に沿って回転すること、垂直軸に沿って回転すること、バイオリアクターの傾いたまたは傾斜した水平軸に沿った揺動運動、またはそれらの任意の組み合わせを含み得るが、これらに限定されるわけではない。いくつかの態様において、インキュベーションの少なくとも一部は、揺動しながら行われる。揺動速度および揺動角度は、所望の撹拌を達成するように調整され得る。いくつかの態様において、揺動角度は、20°、19°、18°、17°、16°、15°、14°、13°、12°、11°、10°、9°、8°、7°、6°、5°、4°、3°、2°、または1°である。一部の特定の態様において、揺動角度は6～16°である。他の態様において、揺動角度は7～16°である。他の態様において、揺動角度は8～12°である。いくつかの態様において、揺動速度は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、1 12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40rpmである。いくつかの態様において、揺動速度は、4～12rpm、例えば4～6rpm（両端の値を含む）である。
いくつかの態様において、バイオリアクターは、0.01L/分、0.05L/分、0.1L/分、0.2L/分、0.3L/分、0.4L/分、0.5L/分、1.0L/分、1.5L/分、または2.0L/分もしくは2.0L/分超、約0.01L/分、0.05L/分、0.1L/分、0.2L/分、0.3L/分、0.4L/分、0.5L/分、1.0L/分、1.5L/分、または2.0L/分もしくは2.0L/分超、あるいは少なくとも0.01L/分、0.05L/分、0.1L/分、0.2L/分、0.3L/分、0.4L/分、0.5L/分、1.0L/分、1.5L/分、または2.0L/分もしくは2.0L/分超の一定の空気流を用いて、温度を37℃、またはほぼ37℃に維持し、CO2レベルを5％、またはほぼ5％に維持する。一部の特定の態様において、培養の少なくとも一部は、例えば、培養細胞の培養および/または密度の開始に関連するタイミングに応じて、例えば、290ml/日、580ml/日および/または1160ml/日の速度によって、灌流を用いて実施される。いくつかの態様において、細胞培養物拡大の少なくとも一部は、例えば5°～10°、例えば6°の角度、例えば5～15RPM、例えば6RMPまたは10RPMの速度などの一定な揺動速度で揺動運動しながら行われる。
いくつかの態様において、培養ステップの少なくとも一部は、一定の灌流、例えば、遅い定常速度での灌流下で実施される。いくつかの態様において、灌流は、液体、例えば使用済み培地の流出、および新鮮な培地の流入であるか、またはそれらを含む。一部の特定の態様において、灌流は、使用済み培地を新鮮な培地と置き換える。いくつかの態様において、培養の少なくとも一部は、100ml/日、200ml/日、250ml/日、275ml/日、290ml/日、300ml/日、350ml/日、400ml/日、450ml/日、500ml/日、550ml/日、575ml/日、580ml/日、600ml/日、650ml/日、700ml/日、750ml/日、800ml/日、850ml/日、900ml/日、950ml/日、1000ml/日、1100ml/日、1160ml/日、1200ml/日、1400ml/日、1600ml/日、1800ml/日、2000ml/日、2200ml/日もしくは2400ml/日、または約100ml/日、200ml/日、250ml/日、275ml/日、290ml/日、300ml/日、350ml/日、400ml/日、450ml/日、500ml/日、550ml/日、575ml/日、580ml/日、600ml/日、650ml/日、700ml/日、750ml/日、800ml/日、850ml/日、900ml/日、950ml/日、1000ml/日、1100ml/日、1160ml/日、1200ml/日、1400ml/日、1600ml/日、1800ml/日、2000ml/日、2200ml/日もしくは2400ml/日、または少なくとも100ml/日、200ml/日、250ml/日、275ml/日、290ml/日、300ml/日、350ml/日、400ml/日、450ml/日、500ml/日、550ml/日、575ml/日、580ml/日、600ml/日、650ml/日、700ml/日、750ml/日、800ml/日、850ml/日、900ml/日、950ml/日、1000ml/日、1100ml/日、1160ml/日、1200ml/日、1400ml/日、1600ml/日、1800ml/日、2000ml/日、2200ml/日もしくは2400ml/日の定常速度で灌流下で実施される。
特定の態様において、培養は、灌流のない条件下で開始され、かつ灌流は、培養の着手または開始後、12時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間もしくは72時間超、または約12時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間もしくは72時間超、または少なくとも12時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間もしくは72時間超などの設定されたおよび/または所定の時間量の後に開始される。特定の態様において、灌流は、細胞の密度または濃度が設定されたまたは所定の密度または濃度に達した際に開始される。いくつかの態様において、灌流は、培養細胞が、0.1×106細胞/ml、0.2×106細胞/ml、0.4×106細胞/ml、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、約0.1×106細胞/ml、0.2×106細胞/ml、0.4×106細胞/ml、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、または少なくとも0.1×106細胞/ml、0.2×106細胞/ml、0.4×106細胞/ml、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/mlの密度または濃度に達した際に開始される。特定の態様において、灌流は、生存細胞の密度または濃度が設定されたまたは所定の密度または濃度に達した際に開始される。いくつかの態様において、灌流は、培養された生存細胞が、0.1×106生存細胞/ml、0.2×106生存細胞/ml、0.4×106生存細胞/ml、0.6×106生存細胞/ml、0.8×106生存細胞/ml、1×106生存細胞/ml、1.2×106生存細胞/ml、1.4×106生存細胞/ml、1.6×106生存細胞/ml、1.8×106生存細胞/ml、2.0×106生存細胞/ml、2.5×106生存細胞/ml、3.0×106生存細胞/ml、3.5×106生存細胞/ml、4.0×106生存細胞/ml、4.5×106生存細胞/ml、5.0×106生存細胞/ml、6×106生存細胞/ml、8×106生存細胞/mlもしくは10×106生存細胞/ml、約0.1×106生存細胞/ml、0.2×106生存細胞/ml、0.4×106生存細胞/ml、0.6×106生存細胞/ml、0.8×106生存細胞/ml、1×106生存細胞/ml、1.2×106生存細胞/ml、1.4×106生存細胞/ml、1.6×106生存細胞/ml、1.8×106生存細胞/ml、2.0×106生存細胞/ml、2.5×106生存細胞/ml、3.0×106生存細胞/ml、3.5×106生存細胞/ml、4.0×106生存細胞/ml、4.5×106生存細胞/ml、5.0×106生存細胞/ml、6×106生存細胞/ml、8×106生存細胞/mlもしくは10×106生存細胞/ml、または少なくとも0.1×106生存細胞/ml、0.2×106生存細胞/ml、0.4×106生存細胞/ml、0.6×106生存細胞/ml、0.8×106生存細胞/ml、1×106生存細胞/ml、1.2×106生存細胞/ml、1.4×106生存細胞/ml、1.6×106生存細胞/ml、1.8×106生存細胞/ml、2.0×106生存細胞/ml、2.5×106生存細胞/ml、3.0×106生存細胞/ml、3.5×106生存細胞/ml、4.0×106生存細胞/ml、4.5×106生存細胞/ml、5.0×106生存細胞/ml、6×106生存細胞/ml、8×106生存細胞/mlもしくは10×106生存細胞/mlの密度または濃度に達した際に開始される。
特定の態様において、灌流は、培養中に様々な速度で実施される。例えば、いくつかの態様において、灌流の速度は、培養細胞の密度および/または濃度に依存する。一部の特定の態様において、灌流の速度は、細胞が設定されたまたは所定の密度または濃度に達した際に増加する。灌流速度は、変化し得、例えば、培養中に、1回、2回、3回、4回、5回、5回超、10回超、15回超、20回超、25回超、50回超または100回超、ある定常的な灌流速度から増加した定常的な灌流速度に変化し得る。いくつかの態様において、定常的な灌流速度は、細胞が、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、約0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、または少なくとも0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/mlの設定されたまたは所定の細胞密度または濃度に達した際に増加する。いくつかの態様において、定常的な灌流速度は、細胞が、0.6×106生存細胞/ml、0.8×106生存細胞/ml、1×106生存細胞/ml、1.2×106生存細胞/ml、1.4×106生存細胞/ml、1.6×106生存細胞/ml、1.8×106生存細胞/ml、2.0×106生存細胞/ml、2.5×106生存細胞/ml、3.0×106生存細胞/ml、3.5×106生存細胞/ml、4.0×106生存細胞/ml、4.5×106生存細胞/ml、5.0×106生存細胞/ml、6×106生存細胞/ml、8×106生存細胞/mlもしくは10×106生存細胞/ml、約0.6×106生存細胞/ml、0.8×106生存細胞/ml、1×106生存細胞/ml、1.2×106生存細胞/ml、1.4×106生存細胞/ml、1.6×106生存細胞/ml、1.8×106生存細胞/ml、2.0×106生存細胞/ml、2.5×106生存細胞/ml、3.0×106生存細胞/ml、3.5×106生存細胞/ml、4.0×106生存細胞/ml、4.5×106生存細胞/ml、5.0×106生存細胞/ml、6×106生存細胞/ml、8×106生存細胞/mlもしくは10×106生存細胞/ml、または少なくとも0.6×106生存細胞/ml、0.8×106生存細胞/ml、1×106生存細胞/ml、1.2×106生存細胞/ml、1.4×106生存細胞/ml、1.6×106生存細胞/ml、1.8×106生存細胞/ml、2.0×106生存細胞/ml、2.5×106生存細胞/ml、3.0×106生存細胞/ml、3.5×106生存細胞/ml、4.0×106生存細胞/ml、4.5×106生存細胞/ml、5.0×106生存細胞/ml、6×106生存細胞/ml、8×106生存細胞/mlもしくは10×106生存細胞/mlの設定されたまたは所定の生存細胞密度または濃度に達した際に増加する。いくつかの態様において、灌流下などの培養中の細胞または生存細胞の密度および/または濃度は、デジタルホログラフィー顕微鏡観察（DHM）または微分デジタルホログラフィー顕微鏡観察（DDHM）を含む光学的方法を含む記載の方法を使用することなどによって、決定またはモニタリングすることができる。
いくつかの態様において、培養は、灌流のない条件下で開始され、かつ灌流は、細胞の密度または濃度が設定されたまたは所定の密度または濃度に達した際に開始される。いくつかの態様において、灌流は、細胞の密度または濃度が設定されたまたは所定の密度または濃度に達した際に、100ml/日、200ml/日、250ml/日、275ml/日、290ml/日、300ml/日、350ml/日、400ml/日、450ml/日、500ml/日、550ml/日、575ml/日、580ml/日、600ml/日、650ml/日、700ml/日、750ml/日、800ml/日、850ml/日、900ml/日、950ml/日、1000ml/日、1100ml/日、1160ml/日、1200ml/日、1400ml/日、1600ml/日、1800ml/日、2000ml/日、2200ml/日もしくは2400ml/日、約100ml/日、200ml/日、250ml/日、275ml/日、290ml/日、300ml/日、350ml/日、400ml/日、450ml/日、500ml/日、550ml/日、575ml/日、580ml/日、600ml/日、650ml/日、700ml/日、750ml/日、800ml/日、850ml/日、900ml/日、950ml/日、1000ml/日、1100ml/日、1160ml/日、1200ml/日、1400ml/日、1600ml/日、1800ml/日、2000ml/日、2200ml/日もしくは2400ml/日、または少なくとも100ml/日、200ml/日、250ml/日、275ml/日、290ml/日、300ml/日、350ml/日、400ml/日、450ml/日、500ml/日、550ml/日、575ml/日、580ml/日、600ml/日、650ml/日、700ml/日、750ml/日、800ml/日、850ml/日、900ml/日、950ml/日、1000ml/日、1100ml/日、1160ml/日、1200ml/日、1400ml/日、1600ml/日、1800ml/日、2000ml/日、2200ml/日もしくは2400ml/日の速度で開始される。いくつかの態様において、灌流は、培養細胞または培養された生存細胞が、0.1×106細胞/ml、0.2×106細胞/ml、0.4×106細胞/ml、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、約0.1×106細胞/ml、0.2×106細胞/ml、0.4×106細胞/ml、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、または少なくとも0.1×106細胞/ml、0.2×106細胞/ml、0.4×106細胞/ml、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/mlの密度または濃度に達した際に開始される。
一部の特定の態様において、培養の少なくとも一部は、特定の速度の灌流を用いて実施され、かつ灌流速度は、細胞の密度または濃度が設定されたまたは所定の密度または濃度に達した際に、100ml/日、200ml/日、250ml/日、275ml/日、290ml/日、300ml/日、350ml/日、400ml/日、450ml/日、500ml/日、550ml/日、575ml/日、580ml/日、600ml/日、650ml/日、700ml/日、750ml/日、800ml/日、850ml/日、900ml/日、950ml/日、1000ml/日、1100ml/日、1160ml/日、1200ml/日、1400ml/日、1600ml/日、1800ml/日、2000ml/日、2200ml/日もしくは2400ml/日、約100ml/日、200ml/日、250ml/日、275ml/日、290ml/日、300ml/日、350ml/日、400ml/日、450ml/日、500ml/日、550ml/日、575ml/日、580ml/日、600ml/日、650ml/日、700ml/日、750ml/日、800ml/日、850ml/日、900ml/日、950ml/日、1000ml/日、1100ml/日、1160ml/日、1200ml/日、1400ml/日、1600ml/日、1800ml/日、2000ml/日、2200ml/日もしくは2400ml/日、または少なくとも100ml/日、200ml/日、250ml/日、275ml/日、290ml/日、300ml/日、350ml/日、400ml/日、450ml/日、500ml/日、550ml/日、575ml/日、580ml/日、600ml/日、650ml/日、700ml/日、750ml/日、800ml/日、850ml/日、900ml/日、950ml/日、1000ml/日、1100ml/日、1160ml/日、1200ml/日、1400ml/日、1600ml/日、1800ml/日、2000ml/日、2200ml/日もしくは2400ml/日に増加する。いくつかの態様において、灌流は、培養細胞または培養された生存細胞が、0.1×106細胞/ml、0.2×106細胞/ml、0.4×106細胞/ml、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、約0.1×106細胞/ml、0.2×106細胞/ml、0.4×106細胞/ml、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、または少なくとも0.1×106細胞/ml、0.2×106細胞/ml、0.4×106細胞/ml、0.6×106細胞/ml、0.8×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.4×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/mlの密度または濃度に達した際に開始される。いくつかの態様において、灌流は、細胞が300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mLもしくは1000mL、約300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mLもしくは1000mL、または少なくとも300mL、400mL、500mL、600mL、700mL、800mL、900mLもしくは1000mLの体積で培養された際に実施される。いくつかの態様において、体積は1000mLである。
一部の特定の態様において、培養は、灌流、または特定の速度の灌流がない条件下で開始され、かつ灌流速度は、細胞の密度または濃度が、0.61×106細胞/ml、約0.61×106細胞/mlまたは少なくとも0.61×106細胞/mlの濃度に達した際に、290ml/日、約290ml/日または290ml/日に増加する。一部の特定の態様において、細胞は、細胞が1000mL、約1000mLまたは少なくとも1000mLの体積で培養された際に、細胞の密度または濃度が0.61×106細胞/mL、約0.61×106細胞/mLまたは少なくとも0.61×106細胞/mLの濃度に達すると、290ml/日、約290ml/日または少なくとも290ml/日の速度で灌流される。いくつかの態様において、灌流速度は、細胞の密度または濃度が0.81×106細胞/ml、約0.81×106細胞/mlまたは少なくとも0.81×106細胞/mlの濃度に達した際に、580ml/日、約580ml/日または580ml/日に増加する。一部の特定の態様において、灌流速度は、細胞の密度または濃度が1.01×106細胞/ml、約1.01×106細胞/mlまたは少なくとも1.01×106細胞/mlの濃度に達した際に、1160ml/日、約1160ml/日または1160ml/日に増加する。いくつかの態様において、灌流速度は、細胞の密度または濃度が1.2×106細胞/ml、約1.2×106細胞/mlまたは少なくとも1.2×106細胞/mlの濃度に達した際に、1160ml/日、約1160ml/日または1160ml/日に増加する。
提供される態様の局面において、本明細書において記載されるように、および上記のように灌流が開始または増加されるタイミングを含む、灌流の速度は、細胞の密度および/もしくは濃度を評価すること、または培養中の生存細胞の密度および/もしくは濃度を評価することから決定される。いくつかの態様において、細胞の密度および/または濃度は、デジタルホログラフィー顕微鏡観察（DHM）または微分デジタルホログラフィー顕微鏡観察（DDHM）を含む光学的方法を含む記載の方法を使用して決定することができる。
いくつかの態様において、操作されたT細胞、例えば、操作されたCD4＋T細胞または操作されたCD8＋T細胞などの濃縮細胞の組成物は、界面活性剤の存在下で培養される。特定の態様において、組成物の細胞を培養すると、例えば、混合、揺動、運動および/または灌流に起因して、培養中に起こり得る剪断応力の量が減少する。特定の態様において、操作されたT細胞、例えば、操作されたCD4＋T細胞または操作されたCD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、界面活性剤とともに培養され、かつT細胞の少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも99％または少なくとも99.9％は、培養が完了した後、1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間もしくは7日間超、または少なくとも1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間もしくは7日間超、生存する、例えば、生存可能であり、および/または壊死、プログラム細胞死もしくはアポトーシスを経ない。特定の態様において、操作されたT細胞、例えば、操作されたCD4＋T細胞または操作されたCD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、界面活性剤の存在下で培養され、かつ細胞の50％未満、40％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満は、例えば、剪断または剪断誘導応力に起因して、細胞死、例えば、プログラム細胞死、アポトーシスおよび/または壊死を経る。
特定の態様において、操作されたT細胞、例えば、操作されたCD4＋T細胞または操作されたCD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、0.1μl/ml～10.0μl/ml、0.2μl/ml～2.5μl/ml、0.5μl/ml～5μl/ml、1μl/ml～3μl/ml、または2μl/ml～4μl/mlの界面活性剤の存在下で培養される。いくつかの態様において、操作されたT細胞、例えば、操作されたCD4＋T細胞または操作されたCD8＋T細胞などの濃縮T細胞の組成物は、0.1μl/ml、0.2μl/ml、0.4μl/ml、0.6μl/ml、0.8μl/ml、1μl/ml、1.5μl/ml、2.0μl/ml、2.5μl/ml、5.0μl/ml、10μl/ml、25μl/mlもしくは50μl/ml、約0.1μl/ml、0.2μl/ml、0.4μl/ml、0.6μl/ml、0.8μl/ml、1μl/ml、1.5μl/ml、2.0μl/ml、2.5μl/ml、5.0μl/ml、10μl/ml、25μl/mlもしくは50μl/ml、または少なくとも0.1μl/ml、0.2μl/ml、0.4μl/ml、0.6μl/ml、0.8μl/ml、1μl/ml、1.5μl/ml、2.0μl/ml、2.5μl/ml、5.0μl/ml、10μl/ml、25μl/mlもしくは50μl/mlの界面活性剤の存在下で培養される。一部の特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、2μl/mlまたは約2μl/mlの界面活性剤の存在下で培養される。
いくつかの態様において、界面活性剤は、液体および/もしくは固体の表面張力を低下させる作用物質であるか、またはそれを含む。例えば、界面活性剤としては、脂肪アルコール（例えばステリルアルコール）、ポリオキシエチレングリコールオクチルフェノールエーテル（例えばTriton X-100）またはポリオキシエチレングリコールソルビタンアルキルエステル（例えばポリソルベート20、40、60）が挙げられる。一部の特定の態様において、界面活性剤は、ポリソルベート80（PS80）、ポリソルベート20（PS20）、ポロキサマー188（P188）からなる群より選択される。例示的な態様において、化学的に規定された供給媒体中の界面活性剤の濃度は、約0.0025％～約0.25％（v/v）のPS80;約0.0025％～約0.25％（v/v）のPS20;または約0.1％～約5.0％（w/v）のP188である。
いくつかの態様において、界面活性剤は、アニオン性界面活性剤、カチオン性界面活性剤、双性イオン性界面活性剤、もしくはそれに添加される非イオン性界面活性剤であるか、またはそれを含む。適切なアニオン性界面活性剤としては、アルキルスルホネート、アルキルホスフェート、アルキルホスホネート、ラウリン酸カリウム、トリエタノールアミンステアレート、ラウリル硫酸ナトリウム、ドデシル硫酸ナトリウム、アルキルポリオキシエチレンサルフェート、アルギン酸ナトリウム、ジオクチルナトリウムスルホスクシネート、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルイノシン、ホスファチジルイノシトール、ジホスファチジルグリセロール、ホスファチジルセリン、ホスファチジン酸およびそれらの塩、カルボキシメチルセルロースナトリウム、コール酸ならびに他の胆汁酸（例えば、コール酸、デオキシコール酸、グリココール酸、タウロコール酸、グリコデオキシコール酸）およびそれらの塩（例えばデオキシコール酸ナトリウム）が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの態様において、適切な非イオン性界面活性剤としては、グリセリルエステル、ポリオキシエチレン脂肪アルコールエーテル、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル（ポリソルベート）、ポリオキシエチレン脂肪酸エステル、ソルビタンエステル、モノステアリン酸グリセロール、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、セチルアルコール、セトステアリルアルコール、ステアリルアルコール、アリールアルキルポリエーテルアルコール、ポリオキシエチレン-ポリオキシプロピレンコポリマー（ポロキサマー）、ポロキサミン、メチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、非晶質セルロース、デンプンおよびデンプン誘導体を含む多糖類、例えばヒドロキシエチルデンプン（HES）、ポリビニルアルコールならびにポリビニルピロリドンが挙げられる。一部の特定の態様において、非イオン性界面活性剤は、ポリオキシエチレンおよびポリオキシプロピレンコポリマー、好ましくはプロピレングリコールおよびエチレングリコールのブロックコポリマーである。そのようなポリマーは、時にPLURONIC（登録商標）F68またはKolliphor（登録商標）P188とも呼ばれる商品名POLOXAMERの下に販売されている。ポリオキシエチレン脂肪酸エステルには、短いアルキル鎖を有するものが含まれる。そのような界面活性剤の一例は、SOLUTOL（登録商標）HS 15、ポリエチレン-660-ヒドロキシステアレートである。
いくつかの態様において、適切なカチオン性界面活性剤としては、天然リン脂質、合成リン脂質、第四級アンモニウム化合物、塩化ベンザルコニウム、臭化セチルトリメチルアンモニウム、キトサン、ラウリルジメチルベンジルアンモニウムクロリド、アシルカルニチン塩酸塩、ジメチルジオクタデシルアンモニウムブロミド（DDAB）、ジオレイオールトリメチルアンモニウムプロパン（DOTAP）、ジミリストイルトリメチルアンモニウムプロパン（DMTAP）、ジメチルアミノエタンカルバモイルコレステロール（DC-Chol）、1,2-ジアシルグリセロ-3-（O-アルキル）ホスホコリン、O-アルキルホスファチジルコリン、アルキルピリジニウムハライド、または例えば、n-オクチルアミンおよびオレイルアミンなどの長鎖アルキルアミンが挙げられ得るが、これらに限定されない。
双性イオン性界面活性剤は、電気的に中性であるが、同じ分子内に局所的な正電荷および負電荷を有する。適切な双性イオン性界面活性剤としては、双性イオン性リン脂質が挙げられるが、これらに限定されない。適切なリン脂質としては、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ジアシル-グリセロ-ホスホエタノールアミン（ジミリストイル-グリセロ-ホスホエタノールアミン（DMPE）、ジパルミトイル-グリセロ-ホスホエタノールアミン（DPPE）、ジステアロイル-グリセロ-ホスホエタノールアミン（DSPE）およびジオレオリル-グリセロ-ホスホエタノールアミン（DOPE））が挙げられる。本発明では、アニオン性リン脂質および双性イオン性リン脂質を含むリン脂質の混合物を使用してもよい。そのような混合物には、リゾリン脂質、卵もしくは大豆リン脂質またはそれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。リン脂質は、アニオン性、双性イオン性、またはリン脂質の混合物にかかわらず、塩化（salted）もしくは脱塩、水素化もしくは部分水素化され得るか、または天然半合成もしくは合成であり得る。
一部の特定の態様において、界面活性剤は、ポロキサマー、例えばポロキサマー188である。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、0.1μl/ml～10.0μl/ml、0.2μl/ml～2.5μl/ml、0.5μl/ml～5μl/ml、1μl/ml～3μl/ml、または2μl/ml～4μl/mlのポロキサマーの存在下で培養される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の組成物は、0.1μl/ml、0.2μl/ml、0.4μl/ml、0.6μl/ml、0.8μl/ml、1μl/ml、1.5μl/ml、2.0μl/ml、2.5μl/ml、5.0μl/ml、10μl/ml、25μl/mlもしくは50μl/ml、約0.1μl/ml、0.2μl/ml、0.4μl/ml、0.6μl/ml、0.8μl/ml、1μl/ml、1.5μl/ml、2.0μl/ml、2.5μl/ml、5.0μl/ml、10μl/ml、25μl/mlもしくは50μl/ml、または少なくとも0.1μl/ml、0.2μl/ml、0.4μl/ml、0.6μl/ml、0.8μl/ml、1μl/ml、1.5μl/ml、2.0μl/ml、2.5μl/ml、5.0μl/ml、10μl/ml、25μl/mlもしくは50μl/mlの界面活性剤の存在下で培養される。一部の特定の態様において、濃縮T細胞の組成物は、2μl/mlまたは約2μl/mlのポロキサマーの存在下で培養される。
特定の態様において、培養は、細胞が閾値量、濃度および/または拡大を達成した際に、例えば、細胞を採取することによって終了する。特定の態様において、培養は、細胞が、例えば、培養の着手時または開始時の細胞の密度の量に関しておよび/またはそれに関連して、1.5倍の拡大、2倍の拡大、2.5倍の拡大、3倍の拡大、3.5倍の拡大、4倍の拡大、4.5倍の拡大、5倍の拡大、6倍の拡大、7倍の拡大、8倍の拡大、9倍の拡大、10倍の拡大もしくは10倍超の拡大を達成するか、または約1.5倍の拡大、2倍の拡大、2.5倍の拡大、3倍の拡大、3.5倍の拡大、4倍の拡大、4.5倍の拡大、5倍の拡大、6倍の拡大、7倍の拡大、8倍の拡大、9倍の拡大、10倍の拡大もしくは10倍超の拡大、もしくは少なくとも1.5倍の拡大、2倍の拡大、2.5倍の拡大、3倍の拡大、3.5倍の拡大、4倍の拡大、4.5倍の拡大、5倍の拡大、6倍の拡大、7倍の拡大、8倍の拡大、9倍の拡大、10倍の拡大もしくは10倍超の拡大を達成した際に終了する。いくつかの態様において、閾値拡大は、例えば、培養の着手時または開始時の細胞の密度の量に関しておよび/またはそれに関連して4倍の拡大である。
いくつかの態様において、培養は、細胞が閾値細胞総数、例えば閾値細胞数を達成した際に、例えば、細胞を採取することによって終了する。いくつかの態様において、培養は、細胞が閾値総有核細胞（TNC）数を達成した際に終了する。いくつかの態様において、培養は、細胞が閾値生存細胞量、例えば閾値生存細胞数を達成した際に終了する。いくつかの態様において、閾値細胞数は、50×106個、100×106個、200×106個、300×106個、400×106個、600×106個、800×106個、1000×106個、1200×106個、1400×106個、1600×106個、1800×106個、2000×106個、2500×106個、3000×106個、4000×106個、5000×106個、10,000×106個、12,000×106個、15,000×106個もしくは20,000×106個、もしくは約50×106個、100×106個、200×106個、300×106個、400×106個、600×106個、800×106個、1000×106個、1200×106個、1400×106個、1600×106個、1800×106個、2000×106個、2500×106個、3000×106個、4000×106個、5000×106個、10,000×106個、12,000×106個、15,000×106個もしくは20,000×106個、もしくは少なくとも50×106個、100×106個、200×106個、300×106個、400×106個、600×106個、800×106個、1000×106個、1200×106個、1400×106個、1600×106個、1800×106個、2000×106個、2500×106個、3000×106個、4000×106個、5000×106個、10,000×106個、12,000×106個、15,000×106個もしくは20,000×106個、または生存細胞の前述の閾値のいずれかである。特定の態様において、培養は、細胞が閾値細胞数を達成した際に終了する。いくつかの態様において、培養は、閾値細胞数が達成された後、6時間、12時間、24時間、36時間、1日、2日、3日、4日、5日、6日もしくは7日もしくはそれ以上の日数の時点で、約6時間、12時間、24時間、36時間、1日、2日、3日、4日、5日、6日もしくは7日もしくはそれ以上の日数の時点で、または6時間、12時間、24時間、36時間、1日、2日、3日、4日、5日、6日もしくは7日もしくはそれ以上の日数以内に終了する。特定の態様において、培養は、閾値細胞数が達成された後、1日または約1日の時点で終了する。一部の特定の態様において、閾値密度は、0.1×106細胞/ml、0.5×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.5×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、約0.1×106細胞/ml、0.5×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.5×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、もしくは少なくとも0.1×106細胞/ml、0.5×106細胞/ml、1×106細胞/ml、1.2×106細胞/ml、1.5×106細胞/ml、1.6×106細胞/ml、1.8×106細胞/ml、2.0×106細胞/ml、2.5×106細胞/ml、3.0×106細胞/ml、3.5×106細胞/ml、4.0×106細胞/ml、4.5×106細胞/ml、5.0×106細胞/ml、6×106細胞/ml、8×106細胞/mlもしくは10×106細胞/ml、または生存細胞の前述の閾値のいずれかである。特定の態様において、培養は、細胞が閾値密度を達成した際に終了する。いくつかの態様において、培養は、閾値密度が達成された後、閾値細胞数が達成された後、6時間、12時間、24時間、36時間、1日、2日、3日、4日、5日、6日もしくは7日もしくはそれ以上の日数の時点で、約6時間、12時間、24時間、36時間、1日、2日、3日、4日、5日、6日もしくは7日もしくはそれ以上の日数の時点で、または6時間、12時間、24時間、36時間、1日、2日、3日、4日、5日、6日もしくは7日もしくはそれ以上の日数以内に終了する。特定の態様において、培養は、閾値密度が達成された後、1日または約1日の時点で終了する。
いくつかの態様において、培養ステップは、細胞が閾値量、密度および/または拡大を達成するのに必要な時間量にわたって実施される。いくつかの態様において、培養は、6時間、12時間、18時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、2日間、3日間 4日間、5日間、6日間、7日間、7日間、8日間、9日間、10日間、1週間、2週間、3週間もしくは4週間、または約6時間、12時間、18時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、2日間、3日間 4日間、5日間、6日間、7日間、7日間、8日間、9日間、10日間、1週間、2週間、3週間もしくは4週間、または6時間、12時間、18時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、2日間、3日間 4日間、5日間、6日間、7日間、7日間、8日間、9日間、10日間、1週間、2週間、3週間もしくは4週間未満にわたって実施される。特定の態様において、閾値密度を達成するために、異なる生物学的試料から単離され、濃縮され、かつ/または選択された濃縮T細胞の複数の別個の組成物の細胞に必要な平均時間量は、6時間、12時間、18時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、2日間、3日間 4日間、5日間、6日間、7日間、7日間、8日間、9日間、10日間、1週間、2週間、3週間もしくは4週間、約6時間、12時間、18時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、2日間、3日間 4日間、5日間、6日間、7日間、7日間、8日間、9日間、10日間、1週間、2週間、3週間もしくは4週間、または6時間、12時間、18時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、2日間、3日間 4日間、5日間、6日間、7日間、7日間、8日間、9日間、10日間、1週間、2週間、3週間もしくは4週間未満である。一部の特定の態様において、閾値密度を達成するために、異なる生物学的試料から単離され、濃縮され、かつ/または選択された濃縮T細胞の複数の別個の組成物の細胞に必要な平均時間量は、6時間、12時間、18時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、2日間、3日間 4日間、5日間、6日間、7日間、7日間、8日間、9日間、10日間、1週間、2週間、3週間もしくは4週間、約6時間、12時間、18時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、2日間、3日間 4日間、5日間、6日間、7日間、7日間、8日間、9日間、10日間、1週間、2週間、3週間もしくは4週間、または6時間、12時間、18時間、24時間、36時間、48時間、60時間、72時間、2日間、3日間 4日間、5日間、6日間、7日間、7日間、8日間、9日間、10日間、1週間、2週間、3週間もしくは4週間未満である。
一部の特定の態様において、培養ステップは、細胞が、1000×106個、1200×106個、1400×106個、1600×106個、1800×106個、2000×106個、2500×106個、3000×106個、4000×106個もしくは5000×106個、または約1000×106個、1200×106個、1400×106個、1600×106個、1800×106個、2000×106個、2500×106個、3000×106個、4000×106個もしくは5000×106個の閾値細胞数（threshold cell count）（または数（number））または閾値生存細胞数（threshold viable cell count）（または数（number））を達成した後、最低4日間、最低5日間、最低6日間、最低7日間、最低7日間、最低8日間、最低9日間もしくは最低10日間にわたって、および/または12時間、24時間、36時間、1日間、2日間もしくは3日間まで実施される。いくつかの態様において、培養ステップは、細胞が、1200×106個または約1200×106個の閾値細胞数を達成し、かつ細胞が5000×106個もしくは約5000×106個の閾値細胞数を達成した後、最低10日間にわたって、および/または1日間まで培養された1日後まで実施される。いくつかの態様において、培養ステップは、細胞が、1200×106個または約1200×106個の閾値細胞数を達成し、かつ細胞が5000×106個もしくは約5000×106個の閾値細胞数を達成した後、最低9日間にわたって、および/または1日間まで培養された1日後まで実施される。いくつかの態様において、培養ステップは、細胞が、1000×106個または約1000×106個の閾値細胞数を達成し、かつ細胞が4000×106個もしくは約4000×106個の閾値細胞数を達成した後、最低8日間にわたって、および/または1日間まで培養された1日後まで実施される。一部の特定の態様において、培養は、拡大ステップであり、かつ細胞が、1000×106個、1200×106個、1400×106個、1600×106個、1800×106個、2000×106個、2500×106個、3000×106個、4000×106個もしくは5000×106個、または約1000×106個、1200×106個、1400×106個、1600×106個、1800×106個、2000×106個、2500×106個、3000×106個、4000×106個もしくは5000×106個の閾値細胞数（threshold cell count）（または数（number））または閾値生存細胞数（threshold viable cell count）（または数（number））を達成した後、最低4日間、最低5日間、最低6日間、最低7日間、最低7日間、最低8日間、最低9日間もしくは最低10日間にわたって、および/または12時間、24時間、36時間、1日間、2日間もしくは3日間まで実施される。いくつかの態様において、拡大ステップは、細胞が、1200×106個または約1200×106個の閾値細胞数を達成し、かつ細胞が5000×106個もしくは約5000×106個の閾値細胞数を達成した後、最低10日間にわたって、および/または1日間まで拡大された1日後まで実施される。いくつかの態様において、拡大ステップは、細胞が、1200×106個または約1200×106個の閾値細胞数を達成し、かつ細胞が5000×106個もしくは約5000×106個の閾値細胞数を達成した後、最低9日間にわたって、および/または1日間まで拡大された1日後まで実施される。いくつかの態様において、拡大ステップは、細胞が、1000×106個または約1000×106個の閾値細胞数を達成し、かつ細胞が4000×106個もしくは約4000×106個の閾値細胞数を達成した後、最低8日間にわたって、および/または1日間まで拡大された1日後まで実施される。いくつかの態様において、拡大ステップは、細胞が、1400×106個または約1400×106個の閾値細胞数を達成し、かつ細胞が4000×106個もしくは約4000×106個の閾値細胞数を達成した後、最低5日間にわたって、および/または1日間まで拡大された1日後まで実施される。
いくつかの態様において、培養は、少なくとも最小時間量にわたって実施される。いくつかの態様において、閾値が最小時間量の前に達成される場合であっても、培養は、少なくとも14日間、少なくとも12日間、少なくとも10日間、少なくとも7日間、少なくとも6日間、少なくとも5日間、少なくとも4日間、少なくとも3日間、少なくとも2日間、少なくとも36時間、少なくとも24時間、少なくとも12時間または少なくとも6時間実施される。いくつかの態様において、培養が実施される最小時間量を増加させると、一部の状況において、培養細胞、製剤化された細胞、および/またはアウトプット組成物の細胞における活性化が低減し、かつ/またはレベルもしくは1つもしくは複数の活性化マーカーが減少し得る。いくつかの態様において、例示的なプロセス（例えば、選択ステップ;解凍ステップ;および/または活性化ステップ）の決定された時点から、細胞が採取される日までの最小培養時間が数えられる。
提供される態様の局面において、培養中の細胞または生存細胞の密度および/または濃度は、例えば、記載されるように閾値量、密度および/または拡大が達成されるまで、培養中にモニタリングまたは実施される。いくつかの態様において、そのような方法としては、デジタルホログラフィー顕微鏡観察（DHM）または微分デジタルホログラフィー顕微鏡観察（DDHM）を含む光学的方法を含む、記載される方法が挙げられる。
一部の特定の態様において、培養細胞はアウトプット細胞である。いくつかの態様において、培養された操作されたT細胞などの濃縮T細胞の組成物は、濃縮T細胞のアウトプット組成物である。特定の態様において、培養されたCD4＋T細胞および/またはCD8＋T細胞は、アウトプットCD4＋および/またはCD8＋T細胞である。特定の態様において、培養された操作されたCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の組成物は、濃縮CD4＋T細胞のアウトプット組成物である。いくつかの態様において、培養された操作されたCD8＋T細胞などの濃縮CD8＋T細胞の組成物は、濃縮CD8＋T細胞のアウトプット組成物である。
いくつかの態様において、細胞は、1種または複数種のサイトカインの存在下で増殖および/または拡大を促進する条件下で培養される。特定の態様において、培養の少なくとも一部は、バイオリアクターによって制御される混合または灌流などの一定の混合および/または灌流を用いて実施される。いくつかの態様において、細胞は、一定の混合および/または灌流から剪断および/または剪断応力を減少させるために、1種または複数種のサイトカインの存在下で、かつ界面活性剤、例えばポロキサマー188などのポロキサマーとともに培養される。いくつかの態様において、操作されたCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の組成物は、組換えIL-2、IL-7、IL-15、およびポロキサマーの存在下で培養され、培養の少なくとも一部は、一定の混合および/または灌流を用いて実施される。一部の特定の態様において、操作されたCD8＋T細胞などの濃縮CD8＋T細胞の組成物は、組換えIL-2、IL-15、およびポロキサマーの存在下で培養され、培養の少なくとも一部は、一定の混合および/または灌流を用いて実施される。いくつかの態様において、培養は、細胞が、例えば、培養の開始と比較して、少なくとも4倍の閾値拡大に達するまで実施される。
1.培養中の細胞のモニタリング
いくつかの態様において、細胞は、培養ステップ中にモニタリングされる。モニタリングは、例えば、細胞形態、細胞生存率、細胞死および/または細胞濃度（例えば生存細胞濃度）を確認する（例えば、測定、定量する）ために実施され得る。いくつかの態様において、モニタリングは、人間のオペレーターなどによって手動で実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、自動化システムによって実施される。自動化システムは、培養細胞をモニタリングするための手動入力を最小限に抑えるか、または全く必要としない場合がある。いくつかの態様において、モニタリングは、手動で、および自動化システムによって実施される。
いくつかの態様において、細胞は、培養ステップ中にモニタリングされる。モニタリングは、例えば、細胞形態、細胞生存率、細胞死および/または細胞濃度（例えば生存細胞濃度）を確認する（例えば、測定、定量する）ために実施され得る。いくつかの態様において、モニタリングは、人間のオペレーターなどによって手動で実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、自動化システムによって実施される。自動化システムは、培養細胞をモニタリングするための手動入力を最小限に抑えるか、または全く必要としない場合がある。いくつかの態様において、モニタリングは、手動で、および自動化システムによって実施される。
一部の特定の態様において、細胞は、手動入力を必要としない自動化システムによってモニタリングされる。いくつかの態様において、自動化システムは、培養中の細胞をバイオリアクターから取り出し、モニタリングし、その後バイオリアクターに戻すことができるように、バイオリアクター、例えば、本明細書において記載されるバイオリアクターと互換性がある。いくつかの態様において、モニタリングおよび培養は、閉ループ構成で行われる。いくつかの局面において、閉ループ構成では、自動化システムおよびバイオリアクターは無菌のままである。態様において、自動化システムは無菌である。いくつかの態様において、自動化システムはインラインシステムである。
いくつかの態様において、自動化システムは、細胞形態、細胞生存率、細胞死および/または細胞濃度（例えば生存細胞濃度）を検出するための光学技術（例えば顕微鏡観察）の使用を含む。例えば、細胞の特徴、生存能力および濃度を決定するのに適した任意の光学技術が本明細書において企図される。有用な光学技術の非限定的な例としては、明視野顕微鏡観察、蛍光顕微鏡観察、微分干渉（DIC）顕微鏡観察、位相差顕微鏡観察、デジタルホログラフィー顕微鏡観察（DHM）、微分デジタルホログラフィー顕微鏡観察（DDHM）またはそれらの組み合わせが挙げられる。微分デジタルホログラフィー顕微鏡観察、DDHMと、微分DHMとは、本明細書において互換的に使用され得る。一部の特定の態様において、自動化システムは、微分デジタルホログラフィー顕微鏡を含む。一部の特定の態様において、自動化システムは、照明手段（例えば、レーザー、LED）を含む微分デジタルホログラフィー顕微鏡を含む。DDHMの方法および使用の説明は、例えば、その全体が参照により本明細書に組み入れられる米国特許第7,362,449号、EP1,631,788、米国特許第9,904,248号および米国特許第9,684,281号に見出され得る。
DDHMは、細胞の標識を伴わない非破壊的撮像を可能にし、高コントラストのホログラフィック画像をもたらす。画像は、撮像された物体（例えば、培養細胞、細胞片）を定量的に表す複数の形態学的特徴を得るために、物体セグメント化および追加の分析を経てもよい。したがって、例えば、画像取得、画像処理、画像セグメント化および特徴抽出のステップを使用して、DDHMから、様々な特徴（例えば、細胞形態、細胞生存率、細胞濃度）を直接評価または計算してもよい。いくつかの態様において、自動化システムは、ホログラフィック画像を記録するためのデジタル記録装置を含む。いくつかの態様において、自動化システムは、ホログラフィック画像を分析するためのアルゴリズムを含むコンピュータを含む。いくつかの態様において、自動化システムは、ホログラフィック画像分析の結果を表示するためのモニタおよび/またはコンピュータを含む。いくつかの態様において、分析は自動化される（すなわち、ユーザ入力の非存在下で実施することができる）。培養ステップ中に細胞をモニタリングするための適切な自動化システムの例としては、Ovizio iLine F（Ovizio Imaging Systems NV/SA、Brussels,Belgium）が挙げられるが、これに限定されない。
一部の特定の態様において、モニタリングは、培養ステップ中に連続的に実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップ中にリアルタイムで実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップ中の離散的な時点で実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも15分ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも30分ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも45分ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも1時間ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも2時間ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも4時間ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも6時間ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも8時間ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも10時間ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも12時間ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも14時間ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも16時間ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも18時間ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも20時間ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも22時間ごとに実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも1日1回実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも2日に1回実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも3日に1回実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも4日に1回実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも5日に1回実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも6日に1回実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも7日に1回実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも8日に1回実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも9日に1回実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップの期間にわたって、少なくとも10日に1回実施される。いくつかの態様において、モニタリングは、培養ステップ中に少なくとも1回実施される。
いくつかの態様において、DHMまたはDDHMなどの光学技術を使用することを含む、モニタリングによって決定され得る細胞の特徴としては、細胞生存率、細胞濃度、細胞数および/または細胞密度が挙げられる。いくつかの態様において、細胞生存率が、特性評価または決定される。いくつかの態様において、細胞の濃度、密度および/または数が、特性評価または決定される。いくつかの態様において、生存細胞濃度、生存細胞数および/または生存細胞密度が、特性評価または決定される。いくつかの態様において、培養細胞は、上記のように、拡大の閾値に達するまで自動化システムによってモニタリングされる。いくつかの態様において、拡大の閾値に達すると、培養細胞は、例えば、自動または手動の方法によって、例えば、人間のオペレーターによって採取される。拡大の閾値は、自動化システムによって決定された培養細胞の総濃度、密度および/または数に依存し得る。あるいは、拡大の閾値は、生存細胞の濃度、密度および/または数に依存し得る。
いくつかの態様において、採取された細胞は、記載されるように、例えば、薬学的に許容される担体の存在下で製剤化される。いくつかの態様において、採取された細胞は、凍結保護物質の存在下で製剤化される。
E. 細胞の製剤化
いくつかの態様において、細胞療法および/または操作された細胞を製造、生成または作製するための提供される方法は、インキュベーション、操作、および培養、ならびに/または記載されるような1つもしくは複数の他の処理ステップの前または後に、提供される処理ステップから生じる遺伝子操作された細胞の製剤化などの細胞の製剤化を含み得る。いくつかの態様において、細胞の製剤化に関連する提供される方法は、閉鎖系で、上記の処理ステップを使用して形質導入および/または拡大された細胞などの形質導入細胞を処理することを含む。いくつかの態様において、組換え抗原受容体、例えばCARまたはTCRで操作された細胞を含む細胞の用量は、薬学的組成物または製剤などの組成物または製剤として提供される。かかる組成物は、提供される方法に従って、例えば疾患、病態、および障害の予防もしくは処置において、または検出、診断、および予後判定方法において使用することができる。
いくつかの態様において、細胞療法および/または操作された細胞を製造、生成または作製するための提供される方法は、インキュベーション、操作、および培養、ならびに/または記載されるような1つもしくは複数の他の処理ステップの前または後に、提供される処理ステップから生じる遺伝子操作された細胞の製剤化などの細胞の製剤化を含み得る。いくつかの態様において、細胞の製剤化に関連する提供される方法は、閉鎖系で、上記の処理ステップを使用して形質導入および/または拡大された細胞などの形質導入細胞を処理することを含む。いくつかの態様において、組換え抗原受容体、例えばCARまたはTCRで操作された細胞を含む細胞の用量は、薬学的組成物または製剤などの組成物または製剤として提供される。かかる組成物は、提供される方法に従って、例えば疾患、病態、および障害の予防もしくは処置において、または検出、診断、および予後判定方法において使用することができる。
一部の状況において、細胞は、細胞療法を製造、生成または作製するための1つもしくは複数のステップ（例えば遠心チャンバーおよび/もしくは閉鎖系で行われる）で処理され、ならびに/または操作された細胞は、培養（culturing）、例えば培養（cultivation）および拡大、および/または記載されるような1つもしくは複数の他の処理ステップの前または後に、提供される形質導入処理ステップから生じる遺伝子操作された細胞の製剤化などの細胞の製剤化を含み得る。一部の状況において、細胞は、単回単位用量投与または複数回用量投与などの投薬のための量で製剤化され得る。いくつかの態様において、細胞の製剤化に関連する提供される方法は、閉鎖系で、上記の処理ステップを使用して形質導入および/または拡大された細胞などの形質導入細胞を処理することを含む。
一部の特定の態様において、操作および培養されたT細胞、例えばアウトプットT細胞などの濃縮T細胞の1つまたは複数の組成物、治療用細胞組成物が製剤化される。特定の態様において、操作および培養されたT細胞、例えばアウトプットT細胞などの濃縮T細胞の1つまたは複数の組成物、治療用細胞組成物は、1つまたは複数の組成物が操作および/または培養された後に製剤化される。特定の態様において、1つまたは複数の組成物はインプット組成物である。いくつかの態様において、1つまたは複数のインプット組成物は、予めクライオ凍結され、保存されており、インキュベーションの前に解凍される。
一部の特定の態様において、濃縮T細胞、例えば操作および培養されたT細胞、例えばアウトプットT細胞の1つまたは複数の治療用組成物は、濃縮T細胞の2つの別個の組成物、例えば、別個の操作および/もしくは培養された組成物であるか、または該組成物を含む。特定の態様において、濃縮T細胞の2つの別個の治療用組成物、例えば、別々に操作され、かつ別々に培養された同じ生物学的試料から選択、単離および/または濃縮された濃縮CD4＋T細胞およびCD8＋T細胞の2つの別個の組成物は、別々に製剤化される。一部の特定の態様において、2つの別個の治療用細胞組成物は、濃縮CD4＋T細胞の組成物、例えば、操作および/または培養されたCD4＋T細胞の組成物を含む。特定の態様において、2つの別個の治療用細胞組成物は、濃縮CD8＋T細胞の組成物、例えば、操作および/または培養されたCD8＋T細胞の組成物を含む。いくつかの態様において、濃縮CD4＋T細胞および濃縮CD8＋T細胞の2つの別個の治療用組成物、例えば、操作および培養されたCD4＋T細胞ならびに操作および培養されたCD8＋T細胞の別個の組成物が別々に製剤化される。いくつかの態様において、濃縮T細胞の単一の治療用組成物が製剤化される。一部の特定の態様において、単一の治療用組成物は、濃縮CD4＋T細胞の組成物、例えば、操作および/または培養されたCD4＋T細胞の組成物である。いくつかの態様において、単一の治療用組成物は、製剤化の前に別個の組成物から組み合わされた濃縮CD4＋およびCD8＋T細胞の組成物である。
いくつかの態様において、濃縮CD4＋およびCD8＋T細胞の別個の治療用組成物、例えば、操作および培養されたCD4＋およびCD8＋T細胞の別個の組成物は、単一の治療用組成物に組み合わされ、かつ製剤化される。一部の特定の態様において、濃縮CD4＋および濃縮CD8＋T細胞の別々に製剤化された治療用組成物は、製剤化が実施され、かつ/または完了した後、単一の治療用組成物に組み合わされる。特定の態様において、濃縮CD4＋およびCD8＋T細胞の別個の治療用組成物、例えば、操作および培養されたCD4＋およびCD8＋T細胞の別個の組成物は、別個の組成物として別々に製剤化される。
いくつかの態様において、製剤化される、操作および培養されたCD4＋T細胞、例えばアウトプットCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の治療用組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD4＋T細胞を含む。いくつかの態様において、組成物は、組換え受容体を発現し、および/または組換えポリヌクレオチドによって形質導入もしくはトランスフェクトされた、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD4＋T細胞を含む。一部の特定の態様において、製剤化される、操作および培養されたCD4＋T細胞、例えばアウトプットCD4＋T細胞などの濃縮CD4＋T細胞の治療用組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満のCD8＋T細胞を含む、および/またはCD8＋T細胞を含まない、および/またはCD8＋T細胞不含であるかもしくは実質的に不含である。
いくつかの態様において、製剤化される、操作および培養されたCD8＋T細胞、例えばアウトプットCD8＋T細胞などの濃縮CD8＋T細胞の治療用組成物は、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD8＋T細胞を含む。一部の特定の態様において、治療用組成物は、組換え受容体を発現する、および/または組換えポリヌクレオチドによって形質導入もしくはトランスフェクトされた、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも98％、少なくとも99％、少なくとも99.5％、少なくとも99.9％、または100％もしくは約100％のCD8＋T細胞を含む。一部の特定の態様において、刺激条件下でインキュベートされる、操作および培養されたCD8＋T細胞、例えばアウトプットCD8＋T細胞などの濃縮CD8＋T細胞の治療用組成物は、40％未満、35％未満、30％未満、25％未満、20％未満、15％未満、10％未満、5％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満のCD4＋T細胞を含む、および/またはCD4＋T細胞を含まない、および/またはCD4＋T細胞不含であるかもしくは実質的に不含である。
いくつかの態様において、1つまたは複数の治療用組成物の特徴量は、例えば、セクションI-AおよびI-A-3に記載されているように、製剤化の前に評価される。いくつかの態様において、特徴量は、細胞表現型および組換え受容体依存性活性である。いくつかの態様において、細胞表現型および組換え受容体依存性活性は、治療用細胞組成物中の属性を有する細胞の数、パーセンテージ、割合および/または比を提供するために定量される。いくつかの態様において、特徴量は、本明細書において提供される機械学習へのインプットとして使用される。
一部の特定の態様において、製剤化された細胞はアウトプット細胞である。いくつかの態様において、濃縮T細胞の製剤化された治療用組成物、例えば、操作および培養されたT細胞の製剤化された組成物は、濃縮T細胞のアウトプット組成物である。特定の態様において、製剤化されたCD4＋T細胞および/または製剤化されたCD8＋T細胞は、アウトプットCD4＋および/またはアウトプットCD8＋T細胞である。特定の態様において、濃縮CD4＋T細胞の製剤化された組成物は、濃縮CD4＋T細胞のアウトプット組成物である。いくつかの態様において、濃縮CD8＋T細胞の製剤化された組成物は、濃縮CD8＋T細胞のアウトプット組成物である。
いくつかの態様において、細胞は、バッグまたはバイアルなどの容器中に、製剤化することができる。いくつかの態様において、細胞は、細胞後、培養中に閾値細胞数、密度および/または拡大が達成されてから、0日間～10日間、0日間～5日間、2日間～7日間、0.5日間～4日間、または1日間～3日間後に製剤化される。一部の特定の態様において、細胞は、培養中に閾値細胞数、密度および/または拡大が達成された後12時間、18時間、24時間、1日、2日もしくは3日、もしくは約12時間、18時間、24時間、1日、2日もしくは3日の時点で、または12時間、18時間、24時間、1日、2日もしくは3日以内に製剤化される。いくつかの態様において、細胞は、培養中に閾値細胞数、密度および/または拡大が達成された後1日以内または約1日以内に製剤化される。
特定の態様において、培養中の後期段階よりも培養中の初期段階の方が、細胞が活性化された状態にあることが企図される。さらに、いくつかの態様において、培養中に起こるまたは起こり得るピーク活性化よりも活性化が低い状態にある細胞を製剤化することが望ましい場合がある。一部の特定の態様において、細胞は、例えば、閾値がいつ達成されるかにかかわらず、細胞が培養中の比較的早い時点で製剤化された場合よりも活性化が低い状態で採取されるように、最小期間または最小時間量にわたって培養される。いくつかの態様において、細胞は、培養中に閾値細胞数、密度および/または拡大が達成されてから1日～3日後に培養される。一部の特定の態様において、細胞は、閾値細胞数、密度および/または拡大を達成し、かつ製剤化前の最小時間または最小期間にわたって培養されたままである。いくつかの態様において、閾値を達成した細胞は、最小期間および/または最小時間量、例えば、1日間～14日間、2日間～7日間、もしくは3日間～6日間の最小時間もしくは最小期間、または2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間もしくは7日間超、もしくは約2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間もしくは7日間超の培養の最小時間もしくは最小期間にわたって培養されるまで製剤化されない。いくつかの態様において、培養の最小時間または最小期間は、3日間～6日間である。
いくつかの態様において、いくつかの局面では薬学的に許容される担体または賦形剤を含有し得る、薬学的に許容される緩衝液中で、細胞は製剤化される。いくつかの態様において、処理は、対象への投与のために薬学的に許容されるまたは所望の培地または製剤化緩衝液への培地の交換を含む。いくつかの態様において、処理ステップは、形質導入および/または拡大された細胞を洗浄して、1つまたは複数の任意の薬学的に許容される担体または賦形剤を含有し得る薬学的に許容される緩衝液中の細胞を置き換えることを含み得る。薬学的に許容される担体または賦形剤を含むかかる薬学的形態の例は、細胞および組成物を対象に投与するために許容される形態と併せて、以下に記載される任意のものであり得る。いくつかの態様における薬学的組成物は、治療上有効な量または予防上有効な量などの、疾患または病態を処置または予防するために有効な量の細胞を含有する。
「薬学的に許容される担体」は、対象に対して非毒性である、活性成分以外の薬学的製剤における成分を指す。薬学的に許容される担体としては、緩衝剤、賦形剤、安定剤、または防腐剤が挙げられるが、これらに限定されるわけではない。
いくつかの局面において、担体の選択は、一部には特定の細胞によっておよび/または投与方法によって決定される。したがって、種々の適切な製剤が存在する。例えば、薬学的組成物は防腐剤を含み得る。適切な防腐剤には、例えばメチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、および塩化ベンザルコニウムが含まれ得る。いくつかの局面において、2つまたはそれより多くの防腐剤の混合物が使用される。防腐剤またはその混合物は、典型的には全組成物の約0.0001重量％～約2重量％の量で存在する。担体は、例えばRemington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.（1980）に記載されている。薬学的に許容される担体は一般に、用いられる投与量および濃度でレシピエントに非毒性であり、以下のものを含むが、これらに限定されるわけではない:リン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸などの緩衝剤;アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤;防腐剤（塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルもしくはベンジルアルコール、メチルもしくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、3-ペンタノールおよびm-クレゾールなど）;低分子量（約10残基未満）ポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチンもしくは免疫グロブリンなどのタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンもしくはリジンなどのアミノ酸;単糖類、二糖類、およびグルコース、マンノースもしくはデキストリンを含む他の炭水化物;EDTAなどのキレート剤;スクロース、マンニトール、トレハロースもしくはソルビトールなどの糖類;ナトリウムなどの塩形成対イオン;金属錯体（例えばZn-タンパク質錯体）;ならびに/またはポリエチレングリコール（PEG）などの非イオン界面活性剤。
いくつかの局面では、緩衝剤が組成物に含まれる。適切な緩衝剤は、例えばクエン酸、クエン酸ナトリウム、リン酸、リン酸カリウム、ならびに他の様々な酸および塩を含む。いくつかの局面では、2つまたはそれより多くの緩衝剤の混合物が使用される。緩衝剤またはその混合物は、典型的には全組成物の約0.001重量％～約4重量％の量で存在する。投与可能な薬学的組成物を調製するための方法は公知である。例示的な方法は、例えばRemington:The Science and Practice of Pharmacy,Lippincott Williams＆Wilkins;21st ed.（May 1,2005）により詳細に記載されている。
製剤は水溶液を含み得る。製剤または組成物はまた、それぞれの活性が互いに悪影響を及ぼさない場合、細胞で処置される特定の適応症、疾患、または病態に有用な複数の活性成分、好ましくは細胞に相補的な活性を有するものを含み得る。かかる活性成分は、意図される目的のために有効な量で組み合わせて適切に存在する。したがって、いくつかの態様において、薬学的組成物は、他の薬学的に活性な剤または薬物、例えば化学療法剤、例えばアスパラギナーゼ、ブスルファン、カルボプラチン、シスプラチン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシ尿素、メトトレキサート、パクリタキセル、リツキシマブ、ビンブラスチン、および/またはビンクリスチンをさらに含む。
いくつかの態様における組成物は、いくつかの局面では選択されたpHに緩衝され得る、滅菌液体調製物、例えば等張水溶液、懸濁液、エマルジョン、分散液、または粘性組成物として提供される。液体組成物は担体を含むことができ、担体は、例えば水、食塩水、リン酸緩衝食塩水、ポリオール（例えばグリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール）およびそれらの適切な混合物を含む溶媒または分散媒であり得る。滅菌注射溶液は、適切な担体、希釈剤、または賦形剤、例えば滅菌水、生理食塩水、グルコース、デキストロースなどと混合して溶媒中に細胞を組み込むことによって調製することができる。組成物は、所望される投与経路および調製物に応じて、湿潤剤、分散剤または乳化剤（例えばメチルセルロース）、pH緩衝剤、ゲル化または増粘添加剤、防腐剤、香味剤、および/または着色剤などの補助物質を含有し得る。いくつかの局面において、標準的なテキストを参考にして適切な調製物が調製され得る。
抗菌防腐剤、抗酸化剤、キレート剤、および緩衝剤を含む、組成物の安定性および無菌性を高める様々な添加剤を添加することができる。微生物の作用の防止は、様々な抗菌剤および抗真菌剤、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸によって確実にすることができる。注射用薬学的形態の持続的吸収は、吸収を遅延させる剤、例えばモノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンの使用によってもたらされ得る。
一部の態様において、製剤化緩衝液は凍結保存剤を含む。いくつかの態様において、細胞は、1.0％～30％のDMSO溶液、例えば5％～20％のDMSO溶液または5％～10％のDMSO溶液を含む凍結保存溶液で製剤化される。いくつかの態様において、凍結保存溶液は、例えば、20％のDMSOおよび8％のヒト血清アルブミン（HSA）を含有するPBS、もしくは他の適切な細胞凍結培地であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、凍結保存溶液は、例えば少なくとも7.5％もしくは約7.5％のDMSOであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、処理ステップは、形質導入および/または拡大された細胞を洗浄して、凍結保存溶液中の細胞を置き換えることを含み得る。いくつかの態様において、細胞は、例えば、最終濃度が12.5％もしくは約12.5％、12.0％もしくは約12.0％、11.5％もしくは約11.5％、11.0％もしくは約11.0％、10.5％もしくは約10.5％、10.0％もしくは約10.0％、9.5％もしくは約9.5％、9.0％もしくは約9.0％、8.5％もしくは約8.5％、8.0％もしくは約8.0％、7.5％もしくは約7.5％、7.0％もしくは約7.0％、6.5％もしくは約6.5％、6.0％もしくは約6.0％、5.5％もしくは約5.5％、または5.0％もしくは約5.0％DMSO、あるいは1％～15％、6％～12％、5％～10％、または6％～8％DMSOである培地および/または溶液中で凍結、例えばクライオ凍結または凍結保存される。特定の態様において、細胞は、例えば、最終濃度が5.0％もしくは約5.0％、4.5％もしくは約4.5％、4.0％もしくは約4.0％、3.5％もしくは約3.5％、3.0％もしくは約3.0％、2.5％もしくは約2.5％、2.0％もしくは約2.0％、1.5％もしくは約1.5％、1.25％もしくは約1.25％、1.0％もしくは約1.0％、0.75％もしくは約0.75％、0.5％もしくは約0.5％、または0.25％もしくは約0.25％HSA、あるいは0.1％～-5％、0.25％～4％、0.5％～2％、または1％～2％HSAである培地および/または溶液中で凍結、例えばクライオ凍結または凍結保存される。
特定の態様において、濃縮T細胞、例えば、刺激、操作および/または培養されたT細胞の治療用組成物は、製剤化され、クライオ凍結され、次いで、ある時間量にわたって保存される。一部の特定の態様において、製剤化されたクライオ凍結細胞は、注入のために細胞が放出されるまで保存される。特定の態様において、製剤化されたクライオ凍結細胞は、1日間～6ヶ月間、1ヶ月間～3ヶ月間、1日間～14日間、1日間～7日間、3日間～6日間、6ヶ月間～12ヶ月間、または12ヶ月超にわたって保存される。いくつかの態様において、細胞は、クライオ凍結され、かつ1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間もしくは7日間、約1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間もしくは7日間、または1日間、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間もしくは7日間未満にわたって保存される。一部の特定の態様において、細胞は、保存後に解凍され、かつ対象に投与される。一部の特定の態様において、細胞は、5日間または約5日間保存される。
いくつかの態様において、製剤化は、培養または拡大された細胞などの細胞の洗浄、希釈または濃縮を含む1つまたは複数の処理ステップを使用して行われる。いくつかの態様において、処理は、所与の用量またはその分画での投与のための細胞の数を含む単位用量形態組成物などの、所望の濃度または数への細胞の希釈または濃縮を含み得る。いくつかの態様において、処理ステップは容量減少を含み、それにより所望に応じて細胞の濃度を増加させることができる。いくつかの態様において、処理ステップは容量追加を含み、それにより所望に応じて細胞の濃度を減少させることができる。いくつかの態様において、処理は、形質導入および/または拡大された細胞に一定量の製剤化緩衝液を添加することを含む。いくつかの態様において、製剤化緩衝液の容量は、10mL～1000mLまたは約10mL～約1000mL、例えば少なくとも50mLもしくは少なくとも約50mLもしくは約50mL、少なくとも100mLもしくは少なくとも約100mLもしくは約100mL、少なくとも200mLもしくは少なくとも約200mLもしくは約200mL、少なくとも300mLもしくは少なくとも約300mLもしくは約300mL、少なくとも400mLもしくは少なくとも約400mLもしくは約400mL、少なくとも500mLもしくは少なくとも約500mLもしくは約500mL、少なくとも600mLもしくは少なくとも約600mLもしくは約600mL、少なくとも700mLもしくは少なくとも約700mLもしくは約700mL、少なくとも800mLもしくは少なくとも約800mLもしくは約800mL、少なくとも900mLもしくは少なくとも約900mLもしくは約900mL、または少なくとも1000mLもしくは少なくとも約1000mLもしくは約1000mLである。
いくつかの態様において、細胞組成物を製剤化するためのかかる処理ステップは、閉鎖系で行われる。かかる処理ステップの例は、Sepax（登録商標）またはSepax 2（登録商標）細胞処理システムで使用するためのものを含む、Biosafe SAによって生産および販売されている遠心チャンバーなどの細胞処理システムに関連する1つまたは複数のシステムまたはキットとともに遠心チャンバーを使用して実施され得る。例示的なシステムおよびプロセスは、国際公開公報第2016/073602号に記載されている。いくつかの態様において、方法は、遠心チャンバーの内部キャビティから製剤化された組成物を圧出させることを含み、これは、記載されている上記の態様のいずれかにおいて、薬学的に許容される緩衝液などの製剤化緩衝液中で製剤化された、得られる細胞の組成物である。いくつかの態様において、製剤化された組成物の圧出は、閉鎖系の一部として遠心チャンバーと機能的に連結された、本明細書に記載の生物医学材料容器のバイアルなどの容器に対してである。いくつかの態様において、生物医学材料容器は、1つもしくは複数の処理ステップを実施する閉鎖系もしくはデバイスへの組み込みおよび/もしくは機能的な接続用に構成されており、ならびに/または前記閉鎖系もしくはデバイスに組み込まれるかもしくは機能的に接続されている。いくつかの態様において、生物医学材料容器は、アウトプットラインまたはアウトプット位置でシステムに接続されている。いくつかの場合において、閉鎖系は、入口管で生物医学材料容器のバイアルに接続されている。本明細書に記載される生物医学材料の容器とともに使用するための例示的な閉鎖系は、Sepax（登録商標）およびSepax（登録商標）2システムを含む。
いくつかの態様において、遠心チャンバーまたは細胞処理システムに連結されたものなどの閉鎖系は、製剤化された組成物の圧出のために1つまたは複数の容器が接続され得るポートとチューブラインの各端部で連結された多方向チューブマニホールドを含むマルチポートアウトプットキットを含む。いくつかの局面において、所望の数または複数のバイアルを、マルチポートアウトプットのポートの1つまたは複数、一般に2つまたはそれより多く、例えば少なくとも3、4、5、6、7、8またはそれより多くに無菌的に接続することができる。例えば、いくつかの態様では、1つまたは複数の容器、例えば生物医学材料の容器をポートに、またはすべてよりは少ない数のポートに取り付けることができる。したがって、いくつかの態様において、系は、生物医学材料容器の複数のバイアルへのアウトプット組成物の圧出をもたらすことができる。
いくつかの局面において、細胞は、複数のアウトプット容器の1つまたは複数、例えば生物医学材料の容器のバイアルに、単回単位用量投与または複数回用量投与などの投与のための量で圧出され得る。例えば、いくつかの態様において、生物医学材料の容器のバイアルはそれぞれ、所与の用量またはその分画で投与するための細胞の数を含み得る。したがって、各バイアルは、いくつかの局面では、投与のための単回単位用量を含み得るか、または複数のバイアルのうちの1つより多く、例えばバイアルのうちの2つまたは3つが一緒になって投与量を構成するように、所望の用量の分画を含んでもよい。
したがって、本明細書に記載されるバイアルは、一般に、投与される細胞、例えばその1つまたは複数の単位用量を含む。単位用量は、対象に投与される細胞の量または数、または投与される細胞の数の2倍（またはそれより多く）であり得る。それは、対象に投与される細胞の最低用量または最低可能用量であり得る。
いくつかの態様において、容器のそれぞれ、例えばバイアルのバッグは、単位用量の細胞を個別に含む。したがって、いくつかの態様において、各容器は、同じまたはほぼまたは実質的に同じ数の細胞を含む。いくつかの態様において、各単位用量は、少なくとも1×106もしくは少なくとも約1×106、少なくとも2×106もしくは少なくとも約2×106、少なくとも5×106もしくは少なくとも約5×106、少なくとも1×107もしくは少なくとも約1×107、少なくとも5×107もしくは少なくとも約5×107、または少なくとも1×108もしくは少なくとも約1×108個の操作された細胞、全細胞、T細胞、またはPBMCを含む。いくつかの態様において、各容器、例えばバッグまたはバイアル中の製剤化された細胞組成物の容量は、10mL～100mL、例えば少なくとも20mLもしくは少なくとも約20mLもしくは約20mL、少なくとも30mLもしくは少なくとも約30mLもしくは約30mL、少なくとも40mLもしくは少なくとも約40mLもしくは約40mL、少なくとも50mLもしくは少なくとも約50mLもしくは約50mL、少なくとも60mLもしくは少なくとも約60mLもしくは約60mL、少なくとも70mLもしくは少なくとも約70mLもしくは約70mL、少なくとも80mLもしくは少なくとも約80mLもしくは約80mL、少なくとも90mLもしくは少なくとも約90mLもしくは約90mL、または少なくとも100mLもしくは少なくとも約100mLもしくは約100mLである。いくつかの態様において、容器、例えばバッグまたはバイアル中の細胞は凍結保存することができる。いくつかの態様において、容器、例えばバイアルは、さらに使用するまで液体窒素中で保存することができる。
いくつかの態様において、方法によって作製されるかかる細胞、またはかかる細胞を含む組成物は、疾患または病態を処置するために対象に投与される。
III. 遺伝子操作のための組換え受容体
いくつかの態様において、治療用細胞組成物の細胞、例えばCD4＋細胞、CD8＋細胞は、組換えタンパク質をコードする操作された細胞である。いくつかの態様において、治療用細胞組成物の操作された細胞は組換えタンパク質、例えば組換え受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）またはT細胞受容体（TCR）を含むか、またはそれを発現する。特定の態様において、記載の製造または操作のための方法により、組換えタンパク質、例えば組換え受容体を発現するか、またはそれを含むように操作された細胞または該細胞を含む、および/または該細胞が濃縮された集団もしくは組成物が作製される、および/またはそれを作製することができる。
いくつかの態様において、治療用細胞組成物の細胞、例えばCD4＋細胞、CD8＋細胞は、組換えタンパク質をコードする操作された細胞である。いくつかの態様において、治療用細胞組成物の操作された細胞は組換えタンパク質、例えば組換え受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）またはT細胞受容体（TCR）を含むか、またはそれを発現する。特定の態様において、記載の製造または操作のための方法により、組換えタンパク質、例えば組換え受容体を発現するか、またはそれを含むように操作された細胞または該細胞を含む、および/または該細胞が濃縮された集団もしくは組成物が作製される、および/またはそれを作製することができる。
いくつかの局面において、コードされた組換え受容体はキメラ抗原受容体（CAR）または組換えT細胞受容体（TCR）である。中でも、組換え受容体は、キメラ受容体、抗原受容体およびキメラ受容体または抗原受容体の1つまたは複数の成分を含む受容体である。組換え受容体は、リガンド結合ドメインまたはその結合断片および細胞内シグナル伝達ドメインまたは細胞内シグナル伝達領域を含むものを含み得る。いくつかの態様において、操作された細胞にコードされた組換え受容体は機能性の非TCR抗原受容体、キメラ抗原受容体（CAR）、キメラ自己抗体受容体（CAAR）、組換えT細胞受容体（TCR）および前述のいずれかの領域、ドメインまたは成分、例えば多鎖組換え受容体の1つまたは複数のポリペプチド鎖を含む。組換え受容体、例えばCARは一般的に、いくつかの局面においてリンカーおよび/または1つもしくは複数の膜貫通ドメインを介して1つまたは複数の細胞内シグナル伝達成分に連結された細胞外抗原（またはリガンド）結合ドメインを含む。いくつかの態様において、操作された細胞により発現される例示的な組換え受容体としては、場合によっては異なる成分、ドメインまたは領域を含む2つ以上の受容体ポリペプチドを含む多鎖受容体が挙げられる。いくつかの局面において、組換え受容体は、一体となって機能性の組換え受容体を構成する2つ以上のポリペプチドを含む。いくつかの局面において、多鎖受容体は、一体となって機能性の組換え受容体を構成する2つのポリペプチドを含む二本鎖受容体である。いくつかの態様において、組換え受容体は、2つの異なる受容体ポリペプチド、例えばTCRアルファ（TCRα）とTCRベータ（TCRβ）鎖;またはTCRガンマ（TCRγ）とTCRデルタ（TCRδ）鎖を含むTCRである。いくつかの態様において、組換え受容体は、1つまたは複数のポリペプチドが別の受容体ポリペプチドの発現、活性または機能を調節、修飾または制御する多鎖受容体である。いくつかの局面において、多鎖受容体は、該受容体の特異性、活性、抗原（またはリガンド）結合、機能および/または発現の空間的または時間的調節または制御を可能にする。
A. キメラ抗原受容体（CAR）
いくつかの態様において、コードされた組換え受容体は、特定の抗原（またはマーカーもしくはリガンド）、例えば特定の細胞型の表面上に発現される抗原に対する特異性を有するキメラ抗原受容体（CAR）である。いくつかの態様において、抗原はポリペプチドである。いくつかの態様において、抗原は糖鎖または他の分子である。いくつかの態様において、抗原は、正常な細胞もしくは組織または非標的細胞もしくは組織と比較して疾患または病態の細胞、例えば腫瘍細胞または病原体細胞上に選択的に発現されるか、または過剰発現される。他の態様において、抗原は正常細胞上に発現される、および/または操作された細胞上に発現される。
いくつかの態様において、コードされた組換え受容体は、特定の抗原（またはマーカーもしくはリガンド）、例えば特定の細胞型の表面上に発現される抗原に対する特異性を有するキメラ抗原受容体（CAR）である。いくつかの態様において、抗原はポリペプチドである。いくつかの態様において、抗原は糖鎖または他の分子である。いくつかの態様において、抗原は、正常な細胞もしくは組織または非標的細胞もしくは組織と比較して疾患または病態の細胞、例えば腫瘍細胞または病原体細胞上に選択的に発現されるか、または過剰発現される。他の態様において、抗原は正常細胞上に発現される、および/または操作された細胞上に発現される。
特定の態様において、組換え受容体、例えばキメラ受容体は、細胞質シグナル伝達ドメインまたは細胞質シグナル伝達領域（また、互換的に、細胞内シグナル伝達ドメインまたは細胞内シグナル伝達領域とも称する）、例えばT細胞において一次活性化シグナルを誘導することができる細胞質（細胞内）領域、例えばT細胞受容体（TCR）成分の細胞質シグナル伝達ドメインまたは細胞質シグナル伝達領域（例えば、CD3-ゼータ（CD3ζ）鎖のゼータ鎖の細胞質シグナル伝達ドメインもしくは細胞質シグナル伝達領域またはその機能性のバリアントもしくはシグナル伝達部分）を含む、および/または免疫受容体活性化チロシンモチーフ（ITAM）を含む細胞内シグナル伝達領域を含む。
いくつかの態様において、キメラ受容体は、リガンド（例えば、抗原）抗原に特異的に結合する細胞外リガンド結合ドメインをさらに含む。いくつかの態様において、キメラ受容体は、抗原に特異的に結合する細胞外抗原認識ドメインを含むCARである。いくつかの態様において、リガンド、例えば抗原は、細胞の表面上に発現されるタンパク質である。いくつかの態様において、CARはTCR様CARであり、抗原はプロセッシングされたペプチド抗原、例えば、TCRと同様、主要組織適合性複合体（MHC）分子との関連において細胞表面上において認識される細胞内タンパク質のペプチド抗原である。
例示的な抗原受容体、例えばCARならびにかかる受容体を操作して細胞内に導入するための方法としては、例えば国際公開公報第200014257号、国際公開公報第2013126726号、国際公開公報第2012/129514号、国際公開公報第2014031687号、国際公開公報第2013/166321号、国際公開公報第2013/071154号、国際公開公報第2013/123061号、米国特許出願公開第2002131960号、米国特許出願公開第2013287748号、米国特許出願公開第20130149337号、米国特許第:6,451,995号、同第7,446,190号、同第8,252,592号、同第8,339,645号、同第8,398,282号、同第7,446,179号、同第6,410,319号、同第7,070,995号、同第7,265,209号、同第7,354,762号、同第7,446,191号、同第8,324,353号および同第8,479,118号ならびに欧州特許出願公開第2537416号に記載のものならびに/またはSadelain et al.,Cancer Discov.2013 April;3（4）:388-398;Davila et al.（2013）PLoS ONE 8（4）:e61338;Turtle et al.,Curr.Opin.Immunol.,2012 October;24（5）:633-39;Wu et al.,Cancer、2012 March 18（2）:160-75に記載のものが挙げられる。いくつかの局面において、抗原受容体は、米国特許第:7,446,190号に記載のようなCARおよび国際公開公報第:2014055668 A1号に記載のものを含む。CARの例としては、前述の刊行物のいずれか、例えば国際公開公報第2014031687号、米国特許第8,339,645号、米国特許第7,446,179号、米国特許出願公開第2013/0149337号、米国特許第:7,446,190号、米国特許第:8,389,282号、Kochenderfer et al.,2013,Nature Reviews Clinical Oncology,10,267-276（2013）;Wang et al.（2012）J.Immunother.35（9）:689-701;およびBrentjens et al.,Sci Transl Med.2013 5（177）に開示されているようなCARが挙げられる。また、国際公開公報第2014031687号、米国特許第8,339,645号、米国特許第7,446,179号、米国特許出願公開第2013/0149337号、米国特許第:7,446,190号および米国特許第:8,389,282号も参照のこと。
いくつかの態様において、特定の抗原（またはマーカーもしくはリガンド）、例えば養子療法によって標的化される特定の細胞型に発現される抗原、例えば癌マーカーおよび/または応答鈍化を誘導することが意図される抗原、例えば正常細胞型もしくは非疾患細胞型において発現される抗原に対する特異性を有するCARが構築される。したがって、CARは典型的には、その細胞外部分内に、1つまたは複数の抗原結合分子、例えば1つもしくは複数の抗原結合断片、抗原結合ドメインもしくは抗原結合部分または1つもしくは複数の抗体可変ドメインおよび/あるいは抗体分子を含む。いくつかの態様において、CARは、抗体分子の1つまたは複数の抗原結合部分、例えばモノクローナル抗体（mAb）の重鎖可変部（VH）および軽鎖可変部（VL）の鎖に由来する単鎖抗体断片（scFv）を含む。
いくつかの態様において、抗体またはその抗原結合部分は、細胞上に組換え受容体、例えば抗原受容体の一部として発現される。中でも、抗原受容体は機能性の非TCR抗原受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）である。一般的に、ペプチド-MHC複合体に対するTCR様特異性を示す抗体または抗原結合断片を含むCARはまた、TCR様CARと称される場合もあり得る。いくつかの態様において、TCR様CARのMHC-ペプチド複合体に特異的な細胞外抗原結合ドメインは、いくつかの局面においてリンカーおよび/または1つもしくは複数の膜貫通ドメインを介して1つまたは複数の細胞内シグナル伝達成分に連結される。いくつかの態様において、かかる分子は典型的には、天然の抗原受容体、例えばTCRを介するシグナルおよび任意で、共刺激受容体との組合せでかかる受容体を介するシグナルを模倣または近似し得る。
いくつかの態様において、組換え受容体、例えばキメラ受容体（例えば、CAR）は、抗原（またはリガンド）に結合する、例えば特異的に結合するリガンド結合ドメインを含む。中でも、キメラ受容体によって標的化される抗原は、疾患、病態または養子細胞療法によって標的化される細胞型との関連において発現されるものである。中でも、疾患および病態は、増殖性、新生物性および悪性の疾患および障害、例えば癌および腫瘍、例えば血液の癌、免疫系の癌、例えばリンパ腫、白血病および/または骨髄腫、例えばB細胞性、T細胞性および骨髄性白血病、リンパ腫ならびに多発性骨髄腫である。
いくつかの態様において、抗原（またはリガンド）はポリペプチドである。いくつかの態様において、抗原（またはリガンド）は糖鎖または他の分子である。いくつかの態様において、抗原（またはリガンド）は、正常な細胞もしくは組織または非標的細胞もしくは組織と比較して疾患または病態の細胞、例えば腫瘍細胞または病原体細胞上に選択的に発現されるか、または過剰発現される。他の態様において、抗原は正常細胞上に発現される、および/または操作された細胞上に発現される。
いくつかの態様において、CARは、細胞の表面上に発現される抗原、例えばインタクトな抗原を特異的に認識する抗体または抗原結合断片（例えば、scFv）を含む。
いくつかの態様において、抗原（またはリガンド）は腫瘍抗原または癌マーカーである。いくつかの態様において、抗原（またはリガンド）抗原はαvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水酵素9（CA9、CAIXあるいはG250としても公知）、癌-精巣抗原、癌/精巣抗原1B（CTAG、NY-ESO-1およびLAGE-2としても公知）、癌胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフ型ケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（CSPG4）、上皮成長因子タンパク質（EGFR）、III型上皮成長因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5;Fc受容体ホモログ5あるいはFCRH5としても公知）、胎児型アセチルコリン受容体（胎児型AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、ルイスY、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、メランA（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、腫瘍胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、トロホブラスト糖タンパク質（5T4としても公知のTPBG）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1、TYRP1あるいはgp75としても公知）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2、ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタ-イソメラーゼあるいはDCTとしても公知）、血管内皮増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、病原体特異的抗原あるいは病原体発現抗原、もしくはユニバーサルタグに関連する抗原、および/もしくはビオチン化分子、および/もしくはHIV、HCV、HBVあるいは他の病原体によって発現される分子であるか、またはそれを含む。いくつかの態様における該受容体によって標的化される抗原としては、B細胞性悪性腫瘍に関連する抗原、例えばいくつかの公知の任意のB細胞マーカーが挙げられる。いくつかの態様において、抗原はCD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igカッパ、Igラムダ、CD79a、CD79bもしくはCD30であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、CARは、BCMA、例えばヒトBCMAに特異的な抗BCMA CARである。抗BCMA抗体、例えばマウス抗ヒトBCMA抗体およびヒト抗ヒト抗体を含むキメラ抗原受容体ならびにかかるキメラ受容体を発現している細胞がこれまでに報告されている。Carpenter et al.,Clin Cancer Res.,2013,19（8）:2048-2060、国際公開公報第2016/090320号、国際公開公報第2016090327号、国際公開公報第2010104949A2号および国際公開公報第2017173256号を参照のこと。いくつかの態様において、抗BCMA CARは、国際公開公報第2016/090320号または国際公開公報第2016090327号に記載の抗体に由来する重鎖可変（VH）領域および/または軽鎖可変（VL）領域を含む抗原結合ドメイン、例えばscFvを含む。いくつかの態様において、抗原結合ドメイン、例えばscFvは、SEQ ID NO:13に示されるVHおよびSEQ ID NO:14に示されるVLを含む。いくつかの態様において、抗原結合ドメイン、例えばscFvは、SEQ ID NO:15に示されるVHおよびSEQ ID NO:16に示されるVLを含む。いくつかの態様において、抗原結合ドメイン、例えばscFvは、SEQ ID NO:17に示されるVHおよびSEQ ID NO:18に示されるVLを含む。いくつかの態様において、抗原結合ドメイン、例えばscFvは、SEQ ID NO:19に示されるVHおよびSEQ ID NO:20に示されるVLを含む。いくつかの態様において、抗原結合ドメイン、例えばscFvは、SEQ ID NO:21に示されるVHおよびSEQ ID NO:22に示されるVLを含む。いくつかの態様において、抗原結合ドメイン、例えばscFvは、SEQ ID NO:23に示されるVHおよびSEQ ID NO:24に示されるVLを含む。いくつかの態様において、抗原結合ドメイン、例えばscFvは、SEQ ID NO:25に示されるVHおよびSEQ ID NO:26に示されるVLを含む。いくつかの態様において、VHまたはVLは、前述のVHまたはVLの配列のいずれかと少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を有し、BCMAに対する結合性を保持している。いくつかの態様において、VH領域はVL領域のアミノ側である。いくつかの態様において、VH領域はVL領域のカルボキシ末端側である。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合断片（例えば、scFvまたはVHドメイン）は、抗原、例えばCD19を特異的に認識する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合断片はCD19に特異的に結合する抗体もしくは抗原結合断片に由来するか、またはそのバリアントである。いくつかの態様において、抗原はCD19である。いくつかの態様において、scFvは、CD19に特異的な抗体または抗体断片に由来するVHおよびVLを含む。いくつかの態様において、CD19に結合する抗体または抗体断片はマウス由来抗体、例えばFMC63およびSJ25C1である。いくつかの態様において、抗体または抗体断片は、例えば米国特許出願公開第2016/0152723号に記載のようなヒト抗体である。
いくつかの態様において、CARは、CD19、例えばヒトCD19に特異的な抗CD19 CARである。いくつかの態様において、scFvおよび/またはVHドメインはFMC63に由来する。FMC63は一般的に、ヒト起源のCD19を発現しているNalm-1および-16細胞に対して生成するマウスモノクローナルIgG1抗体を示す（Ling,N.R.,et al.（1987）.Leucocyte typing III.302）。いくつかの態様において、FMC63抗体は、それぞれSEQ ID NO:30および31に示されるCDR-H1およびCDR-H2とSEQ ID NO:32または33に示されるCDR-H3ならびにSEQ ID NO:27に示されるCDR-L1およびSEQ ID NO:28または34に示されるCDR-L2およびSEQ ID NO:29または35に示されるCDR-L3配列を含む。いくつかの態様において、FMC63抗体は、SEQ ID NO:36のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（VH）およびSEQ ID NO:37のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（VL）を含む。
いくつかの態様において、scFvは、SEQ ID NO:27のCDR-L1配列、SEQ ID NO:28のCDR-L2配列およびSEQ ID NO:29のCDR-L3配列を含む軽鎖可変部ならびに/またはSEQ ID NO:30のCDR-H1配列、SEQ ID NO:31のCDR-H2配列およびSEQ ID NO:32のCDR-H3配列を含む重鎖可変部を含む。いくつかの態様において、scFvは、SEQ ID NO:36に示される重鎖可変領域およびSEQ ID NO:37に示される軽鎖可変領域を含む。いくつかの態様において、重鎖可変部と軽鎖可変部はリンカーによって連結される。いくつかの態様において、リンカーはSEQ ID NO:38に示される。いくつかの態様において、scFvは、順にVH、リンカーおよびVLを含む。いくつかの態様において、scFvは、順にVL、リンカーおよびVHを含む。いくつかの態様において、scFvは、SEQ ID NO:39に示されるヌクレオチドの配列またはSEQ ID NO:39と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％もしくは99％の配列同一性を示す配列にコードされている。いくつかの態様において、scFvは、SEQ ID NO:40に示されるアミノ酸の配列またはSEQ ID NO:40と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％もしくは99％の配列同一性を示す配列を含む。
いくつかの態様において、scFvはSJ25C1に由来する。SJ25C1は、ヒト起源のCD19を発現しているNalm-1および-16細胞に対して生成するマウスモノクローナルIgG1抗体である（Ling,N.R.,et al.（1987）.Leucocyte typing III.302）。いくつかの態様において、SJ25C1抗体は、それぞれSEQ ID NO:41～43に示される CDR-H1、CDR-H2およびCDR-H3の配列ならびにそれぞれSEQ ID NO:44～46に示される CDR-L1、CDR-L2およびCDR-L3の配列を含む。いくつかの態様において、SJ25C1抗体は、SEQ ID NO:47のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（VH）およびSEQ ID NO:48のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（VL）を含む。いくつかの態様において、scFvは、SEQ ID NO:44のCDR-L1配列、SEQ ID NO:45のCDR-L2配列およびSEQ ID NO:46のCDR-L3配列を含む軽鎖可変部ならびに/またはSEQ ID NO:41 CDR-H1配列、SEQ ID NO:42 CDR-H2配列およびSEQ ID NO:43のCDR-H3配列を含む重鎖可変部を含む。いくつかの態様において、scFvは、SEQ ID NO:47に示される重鎖可変領域およびSEQ ID NO:48に示される軽鎖可変領域を含む。いくつかの態様において、重鎖可変部と軽鎖可変部はリンカーによって連結される。いくつかの態様において、リンカーはSEQ ID NO:49に示される。いくつかの態様において、scFvは、順にVH、リンカーおよびVLを含む。いくつかの態様において、scFvは、順にVL、リンカーおよびVHを含む。いくつかの態様において、scFvは、SEQ ID NO:50に示されるアミノ酸の配列またはSEQ ID NO:50と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％もしくは99％の配列同一性を示す配列を含む。
いくつかの態様において、CARはCD20に特異的な抗CD20 CARである。いくつかの態様において、scFvは、CD20に特異的な抗体または抗体断片に由来するVHおよびVLを含む。いくつかの態様において、CD20に結合する抗体または抗体断片は、リツキシマブであるか、またはリツキシマブに由来する抗体であり、例えばリツキシマブscFvである。
いくつかの態様において、CARは、CD22に特異的な抗CD22 CARである。いくつかの態様において、scFvは、CD22に特異的な抗体または抗体断片に由来するVHおよびVLを含む。いくつかの態様において、CD22に結合する抗体または抗体断片は、m971であるか、またはm971に由来する抗体であり、例えばm971 scFvである。
いくつかの態様において、CARは、GPRC5Dに特異的な抗GPRC5D CARである。いくつかの態様において、scFvは、GPRC5Dに特異的な抗体または抗体断片に由来するVHおよびVLを含む。いくつかの態様において、GPRC5Dに結合する抗体または抗体断片は、国際公開公報第2016/090329号および国際公開公報第2016/090312号に示される抗体または抗体断片由来のVHおよびVLであるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、抗体は、2つの抗体ドメインまたは抗体領域、例えば重鎖可変（VH）領域と軽鎖可変（VL）領域を連結する1つまたは複数のリンカーを含む抗原結合断片、例えばscFvである。リンカーは典型的には、ペプチドリンカー、例えばフレキシブルおよび/または可溶性ペプチドリンカーである。中でも、リンカーは、グリシンならびにセリンおよび/または場合によってはトレオニンリッチのものである。いくつかの態様において、リンカーは荷電残基、例えばリシンおよび/またはグルタメートをさらに含み、これにより可溶性が改善され得る。いくつかの態様において、リンカーは1個または複数のプロリンをさらに含む。いくつかの局面において、グリシンとセリン（および/またはトレオニン）リッチのリンカーは、少なくとも80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％または99％の1種または複数種のかかるアミノ酸を含む。いくつかの態様において、これは、少なくとも50％、55％、60％、70％もしくは75％または少なくとも約50％、55％、60％、70％もしくは75％のグリシン、セリンおよび/またはトレオニンを含む。いくつかの態様において、リンカーは、実質的に完全にグリシン、セリンおよび/またはトレオニンで構成される。例示的なリンカーとしては、種々の反復回数の配列GGGGS（4GS;SEQ ID NO:51）またはGGGS（3GS;SEQ ID NO:52）、例えば2～5、3～5、4～5回反復のかかる配列を有するリンカーが挙げられる。例示的なリンカーとしては、
に示される配列を有するか、またはそれからなるものが挙げられる。
いくつかの態様において、抗原は病原体特異的抗原あるいは病原体発現抗原であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、抗原はウイルス抗原（例えば、HIV、HCV、HBVなどに由来するウイルス抗原）、細菌抗原、および/または寄生生物抗原である。いくつかの態様において、CARは、TCR様抗体、例えば細胞表面上にMHC-ペプチド複合体として提示される細胞内抗原、例えば腫瘍関連抗原を特異的に認識する抗体または抗原結合断片（例えば、scFv）を含む。いくつかの態様において、MHC-ペプチド複合体を認識する抗体またはその抗原結合部分は、細胞上に組換え受容体、例えば抗原受容体の一部として発現され得る。中でも、抗原受容体は機能性の非TCR抗原受容体、例えばキメラ抗原受容体（CAR）である。一般的に、ペプチド-MHC複合体に対するTCR様特異性を示す抗体または抗原結合断片を含むCARはまた、TCR様CARと称される場合もあり得る。
「主要組織適合性複合体」（MHC）に対する言及は、場合によっては、ポリペプチドのペプチド抗原、例えば細胞機構によってプロセッシングされたペプチド抗原と複合体形成し得る多型性ペプチド結合部位または結合溝を含むタンパク質、一般的には糖タンパク質を示す。場合によっては、MHC分子は細胞表面上に、例えばペプチドとの複合体、すなわちMHC-ペプチド複合体として、T細胞、例えばTCRまたはTCR様抗体上の抗原受容体によって認識可能なコンフォメーションでの抗原の提示のためにディスプレイされ得るか、または発現され得る。一般的に、MHCクラスI分子は、場合によっては3つαドメインを有する膜貫通α鎖と非共有結合的に会合したβ2マイクログロブリンとを有するヘテロ二量体である。一般的に、MHCクラスII分子は、どちらも典型的には膜を貫通している2つの膜貫通糖タンパク質αおよびβで構成されている。MHC分子は、ペプチドと結合するための1つまたは複数の抗原結合部位および適切な抗原受容体による認識のために必要な配列を含むMHCの有効な一部分を包含し得る。いくつかの態様において、MHCクラスI分子は、サイトゾル内で生じたペプチドを細胞表面に運び、そこでMHC-ペプチド複合体がT細胞、例えば一般的にはCD8＋T細胞によって認識されるが、場合によってはCD4＋T細胞によって認識される。いくつかの態様において、MHCクラスII分子は、小胞体系内で生じたペプチドを細胞表面に運び、そこでこれが典型的にはCD4＋T細胞によって認識される。一般的に、MHC分子は、集合的にマウスではH-2およびヒトではヒト白血球抗原（HLA）と称される関連している一群の遺伝子座にコードされている。したがって、典型的にはヒトMHCはヒト白血球 抗原（HLA）と称される場合もあり得る。
用語「MHC-ペプチド複合体」もしくは「ペプチド-MHC複合体」またはその変化形は、ペプチド抗原とMHC分子の複合体または会合体であって、例えば一般的にはMHC分子の結合溝または割れ目内での該ペプチドの非共有結合性の相互作用による複合体または会合体を示す。いくつかの態様において、MHC-ペプチド複合体は細胞の表面上に存在するか、またはディスプレイされる。いくつかの態様において、MHC-ペプチド複合体は、抗原受容体、例えばTCR、TCR様CARまたはその抗原結合部分によって特異的に認識され得る。
いくつかの態様において、ポリペプチドのペプチド、例えばペプチド抗原またはエピトープは、例えば抗原受容体による認識のためにMHC分子と会合し得る。一般的に、該ペプチドは、より長鎖の生体分子、例えばポリペプチドまたはタンパク質の断片に由来するか、またはそれが主体である。いくつかの態様において、該ペプチドは典型的には約8～約24個のアミノ酸の長さである。いくつかの態様において、ペプチドは、MHCクラスII複合体での認識のために9～22個または約9～22個のアミノ酸の長さを有する。いくつかの態様において、ペプチドは、MHCクラスI複合体での認識のために8～13個または約8～13個のアミノ酸の長さを有する。いくつかの態様において、MHC分子、例えばMHC-ペプチド複合体との関連におけるペプチドが認識されたら、抗原受容体、例えばTCRまたはTCR様CARは該T細胞に対して、T細胞応答、例えばT細胞増殖、サイトカイン産生、細胞傷害性T細胞応答または他の応答を誘導する活性化シグナルをもたらすか、またはそれを誘発する。
いくつかの態様において、TCR様抗体または抗原結合部分は公知であるか、または公知の方法によって作製することができる（例えば米国特許出願公開第2002/0150914号;米国特許出願公開第2003/0223994号;米国特許出願公開第2004/0191260号;米国特許出願公開第2006/0034850号;米国特許出願公開第2007/00992530号;米国特許出願公開第20090226474号;米国特許出願公開第20090304679号;および国際公開公報第03/068201号参照）。
いくつかの態様において、MHC-ペプチド複合体に特異的に結合する抗体またはその抗原結合部分は、宿主を、特異的MHC-ペプチド複合体を含む有効な量の免疫原を用いて免疫処置することによって作製され得る。場合によっては、MHC-ペプチド複合体のペプチドは、MHCに結合することができる抗原、例えば腫瘍抗原、例えばユニバーサル腫瘍抗原、骨髄腫抗原または後述するような他の抗原のエピトープである。いくつかの態様において、次いで有効な量の免疫原が宿主に免疫応答を惹起するために投与され、このとき、免疫原は、その3次元形態を、MHC分子の結合溝内のペプチドの3次元提示に対する免疫応答が惹起されるのに充分な一定期間、保持している。次いで、宿主から採集された血清が、MHC分子の結合溝内のペプチドの3次元提示を認識する所望の抗体が作製されているかどうかを調べるためにアッセイされる。いくつかの態様において、作製された抗体は、抗体が、MHC-ペプチド複合体をMHC分子単独、関心対象のペプチド単独およびMHCと無関連のペプチドの複合体から区別できることを確認するために評価され得る。次いで所望の抗体が単離され得る。
いくつかの態様において、MHC-ペプチド複合体に特異的に結合する抗体またはその抗原結合部分は、抗体ライブラリーディスプレイ法、例えばファージ抗体ライブラリーを使用することによって作製され得る。いくつかの態様において、例えばライブラリーのメンバーの1つまたは複数のCDRの1つまたは複数の残基が変異された、変異型のFab、scFvまたは他の抗体形態のファージディスプレイライブラリーが作成され得る。例えば米国特許出願公開第20020150914号、米国特許出願公開第2014/0294841号;およびCohen CJ.et al.（2003）J Mol.Recogn.16:324-332を参照のこと。
本明細書における用語「抗体」は、最も広い意味で使用しており、ポリクローナル抗体ならびにモノクローナル抗体、例えばインタクトな抗体および機能性（抗原結合）抗体断片、例えば抗原結合フラグメント（fragment antigen binding）（Fab）断片、F（ab'）2断片、Fab'断片、Fv断片、組換えIgG（rIgG）断片、抗原に特異的に結合することができる重鎖可変（VH）領域、単鎖抗体断片、例えば単鎖可変断片（scFv）およびシングルドメイン抗体（例えば、sdAb、sdFv、ナノボディ）断片を含む。この用語は、遺伝子操作された、および/または他の方法で修飾された形態の免疫グロブリン、例えばイントラボディ、ペプチボディ、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体ならびにヘテロコンジュゲート抗体、多重特異性、例えば二重特異抗体、ダイアボディ、トリアボディおよびテトラボディ、タンデムジ-scFv、タンデムトリ-scFvを包含している。特に記載のない限り、用語「抗体」は、その機能性の抗体断片を包含していると理解されたい。この用語はまた、インタクトな、または完全長の抗体、例えば、いずれかのクラスまたはサブクラスの抗体、例えばIgGおよびそのサブクラス、IgM、IgE、IgAならびにIgDも包含している。
「超可変領域」または「HVR」と同義の用語「相補性決定領域」および「CDR」は、場合によっては、抗原特異性および/または結合親和性を付与する、抗体可変領域内のアミノ酸の非連続配列を示すことが公知である。一般に、各重鎖可変領域に3つのCDR（CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3）および各軽鎖可変領域に3つのCDR（CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3）が存在する。「フレームワーク領域」および「FR」は、場合によっては、重鎖および軽鎖の可変領域の非CDR部分を示すことが公知である。一般に、各完全長重鎖可変領域に4つのFR（FR-H1、FR-H2、FR-H3およびFR-H4）ならびに各完全長軽鎖可変領域に4つのFR（FR-L1、FR-L2、FR-L3およびFR-L4）が存在する。
所与のCDRまたはFRの厳密なアミノ酸配列の境界は、いくつかの周知のスキームのいずれか、例えば、Kabat et al.（1991）,“Sequences of Proteins of Immunological Interest,”5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD（“Kabat”ナンバリングスキーム）;Al-Lazikani et al.,（1997）JMB 273,927-948（“Chothia”ナンバリングスキーム）;MacCallum et al.,J.Mol.Biol.262:732-745（1996）,“Antibody-antigen interactions:Contact analysis and binding site topography,”J.Mol.Biol.262,732-745.”（“Contact”ナンバリングスキーム）;Lefranc MP et al.,“IMGT unique numbering for immunoglobulin and T cell receptor variable domains and Ig superfamily V-like domains,”Dev Comp Immunol,2003 Jan;27（1）:55-77（“IMGT”ナンバリングスキーム）;Honegger A and Plueckthun A,“Yet another numbering scheme for immunoglobulin variable domains:an automatic modeling and analysis tool,”J Mol Biol,2001 Jun 8;309（3）:657-70,（“Aho”ナンバリングスキーム）;およびMartin et al.,“Modeling antibody hypervariable loops:a combined algorithm,”PNAS,1989,86（23）:9268-9272,（“AbM”ナンバリングスキーム）に記載のものを用いて容易に決定され得る。
所与のCDRまたはFRの境界は、特定に使用されるスキームに応じて異なり得る。例えば、Kabatスキームは構造アラインメントに基づき、一方、Chothiaスキームは構造情報に基づく。KabatスキームおよびChothiaスキームはどちらのナンバリングも最も一般的な抗体領域配列長さをベースにしており、いくつかの抗体では挿入文字、例えば“30a”によって対応される挿入および欠失がみられる。この2つのスキームでは特定の挿入および欠失（「インデル」）が異なる位置に配置され、ナンバリングの違いが生じる。Contactスキームは複雑な結晶構造の解析に基づいており、多くの点でChothiaナンバリングスキームと類似している。AbMスキームは、Oxford MolecularのAbM抗体モデリングソフトウェアによって使用されるものに基づいたKabatの定義とChothiaの定義の折衷法である。
以下の表4に、それぞれKabat、Chothia、AbMおよびContactスキームによって特定されるCDR-L1、CDR-L2、CDR-L3およびCDR-H1、CDR-H2、CDR-H3の例示的な境界の位置を列記する。CDR-H1については、残基ナンバリングをKabatおよびChothiaの両方のナンバリングスキームを用いて列記する。FRはCDR間に位置する、例えばFR-L1はCDR-L1の前に位置し、FR-L2はCDR-L1とCDR-L2との間に位置し、FR-L3はCDR-L2とCDR-L3との間に位置する、などである。示したKabatナンバリングスキームではH35AおよびH35Bに挿入が配置されるため、示したKabatナンバリング表示法を用いてナンバリングしたときのChothia CDR-H1ループの終点はこのループの長さに応じてH32とH34との間で異なることに注意されたい。
（表４）種々のナンバリングスキームによるCDRの境界
1 - Kabat et al.（1991）,“Sequences of Proteins of Immunological Interest,”5th Ed. Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD
2 - Al-Lazikani et al.,（1997）JMB 273,927-948
2 - Al-Lazikani et al.,（1997）JMB 273,927-948
したがって、特に指定のない限り、所与の抗体またはその領域、例えばその可変領域の「CDR」もしくは「相補性決定領域」または明示された個々のCDR（例えば、CDR-H1、CDR-H2、CDR-H3）は、前述の任意のスキームまたは他の公知のスキームによって規定される相補性決定領域（または具体的な相補性決定領域）を包含していると理解されたい。例えば、特定のCDR（例えば、CDR-H3）が所与のVH領域またはVL領域のアミノ酸配列内の対応するCDRのアミノ酸配列を含むと記載されている場合、かかるCDRは、前述の任意のスキームまたは他の公知のスキームによって規定される可変領域内の対応する該CDR（例えば、CDR-H3）の配列を有すると理解されたい。いくつかの態様では、具体的なCDR配列を明示している。提供される抗体の例示的なCDR配列を種々のナンバリングスキームを用いて記載しているが、提供される抗体は、前述のその他の任意のナンバリングスキームまたは当業者に公知の他のナンバリングスキームに従って記載されるCDRを含むものであってもよいことは理解されよう。
同様に、特に指定のない限り、所与の抗体またはその領域、例えばその可変領域の1つまたは複数のFRまたは明示された個々のFR（例えば、FR-H1、FR-H2、FR-H3、FR-H4）は、公知の任意のスキームによって規定されるフレームワーク領域（または具体的なフレームワーク領域）を包含していると理解されたい。場合によっては、Kabat、Chothia、AbMもしくはContact法または他の公知のスキームによって規定されるCDRなど、具体的な1つのCDR、FRまたは複数のFRもしくはCDRを特定するためのスキームが明示される。他の場合では、CDRまたはFRの具体的なアミノ酸配列が示される。
いくつかの態様において、抗原結合タンパク質、抗体およびその抗原結合断片は完全長抗体の抗原を特異的に認識する。いくつかの態様において、抗体の重鎖および軽鎖は完全長であってもよく、抗原結合部分（Fab、F（ab'）2、Fvまたは単鎖Fv断片（scFv））であってもよい。他の態様において、抗体の重鎖定常領域は、例えばIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgDおよびIgEから選択され、特に、例えばIgG1、IgG2、IgG3およびIgG4、より特別にはIgG1（例えば、ヒトIgG1）から選択される。別の態様において、抗体の軽鎖定常領域は、例えばカッパまたはラムダ、特にカッパから選択される。
中でも、提供される抗体は抗体断片である。「抗体断片」は、インタクトな抗体が結合する抗原に結合する該インタクトな抗体の一部分を含むインタクトな抗体ではない分子を示す。抗体断片の例としては、Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F（ab'）2;ダイアボディ;線状抗体;重鎖可変（VH）領域、一本鎖抗体分子、例えばscFvおよびシングルドメインVH単独抗体;ならびに抗体断片から形成された多重特異性抗体が挙げられるが、これらに限定されない。特定の態様において、抗体は、重鎖可変領域および/または軽鎖可変領域を含む単鎖抗体断片、例えばscFvである。
用語「可変領域」または「可変ドメイン」は、抗体の抗原への結合に関与する抗体重鎖または抗体軽鎖のドメインを示す。天然状態の抗体の重鎖および軽鎖の可変ドメイン（それぞれ、VHおよびVL）は一般的に、類似した構造を有し、各ドメインは4つの保存されたフレームワーク領域（FR）と3つのCDRを含む。（例えばKindt et al.Kuby Immunology,6th ed.,W.H.Freeman and Co.,page 91（2007）を参照のこと。単一のVHドメインまたはVLドメインは抗原結合特異性を付与するのに充分であり得る。さらに、特定の抗原に結合する抗体は、それぞれ相補的なVLドメインまたはVHドメインのライブラリーをスクリーニングするために該抗原に結合する抗体由来のVHドメインまたはVLドメインを用いて単離され得る。例えばPortolano et al.,J.Immunol.150:880-887（1993）;Clarkson et al.,Nature 352:624-628（1991）を参照のこと。
中でも、提供されるCARに含められる抗体は抗体断片である。「抗体断片」または「抗原結合断片」は、インタクトな抗体が結合する抗原に結合する該インタクトな抗体の一部分を含むインタクトな抗体ではない分子を示す。抗体断片の例としては、Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F（ab'）2;ダイアボディ;線状抗体;重鎖可変（VH）領域、一本鎖抗体分子、例えばscFvおよびVH領域のみを含むシングルドメイン抗体;ならびに抗体断片から形成された多重特異性抗体が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、提供されるCAR内の抗原結合ドメインは、重鎖可変（VH）領域および軽鎖可変（VL）領域を含む抗体断片であるか、あるいはそれを含む。特定の態様において、抗体は、重鎖可変（VH）領域および/または軽鎖可変（VL）領域を含む単鎖抗体断片、例えばscFvである。
用語「可変領域」または「可変ドメイン」は、抗体の抗原への結合に関与する抗体重鎖または抗体軽鎖のドメインを示す。天然状態の抗体の重鎖および軽鎖の可変ドメイン（それぞれ、VHおよびVL）は一般的に、類似した構造を有し、各ドメインは4つの保存されたフレームワーク領域（FR）と3つのCDRを含む。（例えばKindt et al.Kuby Immunology,6th ed.,W.H.Freeman and Co.,page 91（2007）を参照のこと。単一のVHドメインまたはVLドメインは抗原結合特異性を付与するのに充分であり得る。さらに、特定の抗原に結合する抗体は、それぞれ相補的なVLドメインまたはVHドメインのライブラリーをスクリーニングするために該抗原に結合する抗体由来のVHドメインまたはVLドメインを用いて単離され得る。例えばPortolano et al.,J.Immunol.150:880-887（1993）;Clarkson et al.,Nature 352:624-628（1991）を参照のこと。
シングルドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全部もしくは一部分または軽鎖可変ドメインの全部もしくは一部分を含む抗体断片である。特定の態様において、シングルドメイン抗体はヒトシングルドメイン抗体である。いくつかの態様において、CARは、標的化される細胞または疾患、例えば腫瘍細胞または癌細胞の抗原、例えば癌マーカーまたは細胞表面抗原、例えば本明細書において記載されるか、または公知の任意の標的抗原に特異的に結合する抗体重鎖ドメインを含む。
抗体断片は、インタクトな抗体のタンパク質分解性消化ならびに組換え宿主細胞による産生を含むがこれらに限定されない種々の技術によって作製され得る。いくつかの態様において、抗体は組換え産生断片、例えば天然に存在しない構成を含む断片、例えば、合成のリンカー、例えばペプチドリンカーによって連結された2つ以上の抗体領域または抗体鎖を有するもの、および/または天然に存在しているインタクトな抗体の酵素消化では生成し得ない構成を含む断片である。いくつかの態様において、抗体断片はscFvである。
「ヒト化」抗体は、全部もしくは実質的に全部のCDRアミノ酸残基が非ヒトCDRに由来し、全部もしくは実質的に全部のFRアミノ酸残基がヒトFRに由来する抗体である。ヒト化抗体は任意で、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部分を含み得る。非ヒト抗体の「ヒト化形態」は、典型的にはヒトに対する免疫原性を低減するためにヒト化が行なわれているが非ヒト親抗体の特異性および親和性を保持している非ヒト抗体のバリアントを示す。いくつかの態様において、ヒト化抗体内のいくつかのFR残基は、例えば抗体の特異性または親和性を回復または改善するために、非ヒト抗体（例えば、CDR残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換される。
したがって、いくつかの態様において、キメラ抗原受容体、例えばTCR様CARは、抗体または抗体断片を含む細胞外部分を含む。いくつかの態様において、抗体または断片はscFvを含む。いくつかの局面において、キメラ抗原受容体は、抗体または断片を含む細胞外部分と細胞内シグナル伝達領域とを含む。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達領域は細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは主シグナル伝達ドメイン、T細胞において一次活性化シグナルを誘導することができるシグナル伝達ドメイン、T細胞受容体（TCR）成分のシグナル伝達ドメインおよび/または免疫受容体活性化チロシンモチーフ（ITAM）を含むシグナル伝達ドメインであるか、あるいはそれを含む。
いくつかの態様において、組換え受容体、例えばCAR、例えばその抗体部分はスペーサーをさらに含み、スペーサーは、免疫グロブリン定常領域またはそのバリアントもしくは修飾型の少なくとも一部分、例えばヒンジ領域、例えばIgG4ヒンジ領域および/またはCH1/CLおよび/またはFc領域であり得るか、あるいはそれを含み得る。いくつかの態様において、組換え受容体はスペーサーおよび/またはヒンジ領域をさらに含む。いくつかの態様において、定常領域または該一部分はヒトIgG、例えばIgG4またはIgG1のものである。いくつかの局面において、定常領域の該一部分は、抗原認識成分、例えばscFvと膜貫通ドメインとの間のスペーサー領域としての機能を果たす。スペーサーは、スペーサーがない場合と比較して抗原結合後の細胞の応答性の増大をもたらす長さのものであり得る。
いくつかの例において、スペーサーは12個もしくは約12個のアミノ酸の長さであるか、または12個以下のアミノ酸の長さである。例示的なスペーサーとしては、少なくとも約10～229個のアミノ酸、約10～200個のアミノ酸、約10～175個のアミノ酸、約10～150個のアミノ酸、約10～125個のアミノ酸、約10～100個のアミノ酸、約10～75個のアミノ酸、約10～50個のアミノ酸、約10～40個のアミノ酸、約10～30個のアミノ酸、約10～20個のアミノ酸または約10～15個のアミノ酸を有するものが挙げられ、列記した範囲のいずれかの端点間の任意の整数の個数が包含される。いくつかの態様において、スペーサー領域は約12個もしくはそれより少ないアミノ酸、約119個もしくはそれより少ないアミノ酸または約229個もしくはそれより少ないアミノ酸を有する。例示的なスペーサーとしては、IgG4ヒンジ単独、CH2およびCH3ドメインに連結されたIgG4ヒンジまたはCH3ドメインに連結されたIgG4ヒンジが挙げられる。例示的なスペーサーとしては、Hudecek et al.（2013）Clin.Cancer Res.,19:3153,Hudecek et al.（2015）Cancer Immunol Res.3（2）:125-135または国際公開公報第2014031687号、米国特許第8,822,647号または米国特許出願公開第2014/0271635号に記載のものが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、スペーサーは、免疫グロブリンヒンジ領域、CH2およびCH3領域の配列を含む。いくつかの態様において、ヒンジ、CH2およびCH3のうちの1つまたは複数（one of more）は、全部または一部がIgG4またはIgG2に由来する。場合によっては、ヒンジ、CH2およびCH3はIgG4に由来する。いくつかの局面において、ヒンジ、CH2およびCH3のうちの1つまたは複数はキメラであり、IgG4およびIgG2に由来する配列を含む。いくつかの例において、スペーサーはIgG4/2キメラヒンジ、IgG2/4 CH2およびIgG4 CH3領域を含む。
いくつかの態様において、スペーサーは、全部または一部がIgG4および/またはIgG2に由来し得る。いくつかの態様において、スペーサーは、IgG4、IgG2および/またはIgG2とIgG4に由来する1つまたは複数のヒンジ、CH2および/またはCH3の配列のうちの1つまたは複数を含むキメラポリペプチドであり得る。いくつかの態様において、スペーサーは、1つまたは複数のドメイン内に変異、例えば1つまたは複数の単一アミノ酸変異を含み得る。いくつかの例において、アミノ酸修飾は、IgG4のヒンジ領域内のセリン（S）のプロリン（P）での置換である。いくつかの態様において、アミノ酸修飾はグリコシル化の不均一性を低減するためのアスパラギン（N）のグルタミン（Q）での置換、例えばSEQ ID NO:70に示されるIgG4重鎖定常領域配列のCH2領域内の177位に対応する位置（Uniprotアクセッション番号P01861;EUナンバリングによる297位に対応する位置およびSEQ ID NO:56に示されるヒンジ-CH2-CH3スペーサー配列の79位におけるNからQへの置換またはSEQ ID NO:57に示されるIgG2重鎖定常領域配列のCH2領域内の176位に対応する位置（Uniprotアクセッション番号P01859;EUナンバリングによる297位に対応する位置）におけるNからQへの置換である。
いくつかの局面において、スペーサーは、IgGのヒンジ領域のみ、例えばIgG4またはIgG1のヒンジのみ、例えばSEQ ID NO:58に示され、SEQ ID NO:60に示される配列にコードされているヒンジのみのスペーサーを含む。他の態様において、スペーサーは、CH2および/またはCH3ドメインに連結されたIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様において、スペーサーは、CH2およびCH3ドメインに連結された、例えばSEQ ID NO:59に示されるIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様において、スペーサーは、CH3ドメインのみに連結された、例えばSEQ ID NO:56に示されるIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様において、スペーサーはグリシン-セリンリッチ配列もしくは他のフレキシブルリンカー、例えば公知のフレキシブルリンカーであるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、定常領域または該一部分はIgDのものである。いくつかの態様において、スペーサーはSEQ ID NO:61に示される配列を有する。いくつかの態様において、スペーサーは、SEQ ID NO:56～61のいずれかと少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上または少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を有する。
抗原認識ドメインは一般的に、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達成分に、例えば、CARの場合は抗原受容体複合体、例えばTCR複合体による、および/または別の細胞表面受容体によるシグナルによる刺激または活性化を模倣するシグナル伝達成分に連結される。したがって、いくつかの態様において、抗原結合成分（例えば、抗体）は、1つまたは複数の膜貫通領域および細胞内シグナル伝達領域に連結される。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは細胞外ドメインに融合される。一態様において、該受容体、例えばCAR内のドメインのうちの1つと天然状態で会合している膜貫通ドメインが使用される。場合によっては、膜貫通ドメインは、かかるドメインが同じかまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインに結合することが回避され、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用が最小限となるように選択されるか、またはアミノ酸置換によって修飾される。
いくつかの態様における膜貫通ドメインは天然供給源または合成供給源のいずれかに由来する。供給源が天然である場合、いくつかの局面におけるドメインは任意の膜結合型タンパク質または膜貫通タンパク質に由来する。膜貫通領域としては、T細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、CD28、CD3 epsilon、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154に由来する（すなわち、少なくともその1つまたは複数の膜貫通領域を含む）ものが挙げられる。あるいはまた、いくつかの態様における膜貫通ドメインは合成である。いくつかの局面において、合成の膜貫通ドメインは、主として疎水性残基、例えばロイシンおよびバリンを含む。いくつかの局面において、フェニルアラニン、トリプトファンおよびバリンのトリプレットが合成の膜貫通ドメインの各末端にみられる。いくつかの態様において、連結はリンカー、スペーサーおよび/または1つもしくは複数の膜貫通ドメインによるものである。
中でも、細胞内シグナル伝達領域は、天然の抗原受容体を介するシグナル、共刺激受容体との組合せでかかる受容体を介するシグナルおよび/または共刺激受容体単独を介するシグナルを模倣または近似するものである。いくつかの態様において、短鎖のオリゴペプチドリンカーまたはポリペプチドリンカー、例えば2～10個のアミノ酸の長さのリンカー、例えばグリシンとセリンを含むもの、例えばグリシン-セリンダブレットを、CARの膜貫通ドメインと細胞質シグナル伝達ドメイン間に存在させて連結を形成する。
該受容体、例えばCARは一般的に、少なくとも1つまたは複数の細胞内シグナル伝達成分を含む。いくつかの態様において、該受容体は、T細胞の活性化および細胞傷害性を媒介する、TCR複合体の細胞内成分、例えばTCR CD3鎖、例えばCD3ゼータ鎖を含む。したがって、いくつかの局面において、ROR1結合抗体は1つまたは複数の細胞シグナル伝達モジュールに連結される。いくつかの態様において、細胞シグナル伝達モジュールはCD3膜貫通ドメイン、CD3細胞内シグナル伝達ドメインおよび/または他のCDの膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様において、該受容体、例えばCARは、1つまたは複数の追加の分子、例えばFc受容体γ、CD8、CD4、CD25またはCD16の一部分をさらに含む。例えば、いくつかの局面において、CARはCD3-ゼータ（CD3-ζ）またはFc受容体γとCD8、CD4、CD25またはCD16とのキメラ分子を含む。
いくつかの態様において、CARのライゲーション時、該CARの細胞質ドメインまたは細胞内シグナル伝達領域は、該CARを発現するように操作された免疫細胞、例えばT細胞の通常のエフェクター機能または応答のうちの少なくとも1つを活性化させる。例えば、いくつかの状況において、CARは、T細胞の機能、例えば細胞溶解活性またはT-ヘルパー活性、例えばサイトカインまたは他の因子の分泌を誘導する。いくつかの態様において、抗原受容体成分または共刺激分子の細胞内シグナル伝達領域の短縮型部分が、例えばエフェクター機能シグナルが伝達される場合、インタクトな免疫賦活性の鎖の代わりに使用される。いくつかの態様において、例えば1つまたは複数の細胞内ドメインを含む細胞内シグナル伝達領域はT細胞受容体（TCR）の細胞質配列を含み、いくつかの局面において、天然の状況で、抗原受容体の結合後のシグナル伝達を開始させるためにかかる受容体と協調して作用する共受容体および/またはかかる分子の任意の誘導体もしくはバリアントのもの、ならびに/あるいは同じ機能的能力を有する任意の合成配列も含む。
天然のTCRの状況では、完全な活性化には一般的に、TCRを介するシグナル伝達だけでなく共刺激シグナルも必要とされる。したがって、いくつかの態様において、完全な活性化を促進させるために、副刺激シグナルまたは共刺激シグナルを生成させるための成分もまたCARに含める。他の態様において、CARは、共刺激シグナルを生成させるための成分を含まない。いくつかの局面において、追加のCARを同じ細胞において発現させ、副刺激シグナルまたは共刺激シグナルを生成させるための成分をもたらす。
T細胞の活性化は、いくつかの局面において、2つの類型の細胞質シグナル伝達配列:TCRを介する抗原依存性の一次活性化を開始させるもの（主細胞質シグナル伝達配列）と、副刺激シグナルまたは共刺激シグナルをもたらすように抗原非依存的様式で作用するもの（副細胞質シグナル伝達配列）によって媒介されると説明される。いくつかの局面において、CARは、かかるシグナル伝達成分の一方または両方を含む。
いくつかの局面において、CARは、TCR複合体の一次活性化を調節する主細胞質シグナル伝達配列を含む。刺激性の様式で作用する主細胞質シグナル伝達配列は、免疫受容体活性化チロシンモチーフまたはITAMとして公知であるシグナル伝達モチーフを含み得る。ITAM含有主細胞質シグナル伝達配列の例としては、TCRまたはCD3ゼータ、FcRガンマまたはFcRベータに由来するものが挙げられる。いくつかの態様において、CAR内の1つまたは複数の細胞質シグナル伝達分子は、細胞質シグナル伝達ドメイン、その一部分またはCD3ゼータに由来する配列を含む。
いくつかの態様において、CARは、共刺激受容体、例えばCD28、4-1BB、OX40、DAP10およびICOSのシグナル伝達領域および/または膜貫通部分を含む。いくつかの局面において、同CARはシグナル伝達領域と共刺激成分の両方を含む。
いくつかの態様において、シグナル伝達領域をあるCAR内に含め、一方、共刺激成分は、別の抗原を認識する別のCARによって提供する。いくつかの態様において、CARは、ともに同じ細胞上に発現される活性化性または刺激性のCARと共刺激性CARを含む（国際公開公報第2014/055668号参照）。
特定の態様において、細胞内シグナル伝達領域は、CD3（例えば、CD3-ゼータ）細胞内ドメインに連結されたCD28の膜貫通シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達領域は、CD3ゼータ細胞内ドメインに連結されたCD28とCD137（4-1BB、TNFRSF9）のキメラ共刺激ドメインを含む。
いくつかの態様において、CARは、1つまたは複数、例えば2つ以上の共刺激ドメインおよび活性化ドメイン、例えば一次活性化ドメインを細胞質部分内に含む。例示的なCARは、CD3-ゼータ、CD28および4-1BBの細胞内成分を含む。
場合によっては、CARは第1、第2および/または第3世代CARと称される。いくつかの局面において、第1世代CARは、抗原結合するとCD3鎖誘導性シグナルをもたらすだけのものである;いくつかの局面において、第2世代CARは、かかるシグナルと共刺激シグナルをもたらすもの、例えば共刺激受容体、例えばCD28またはCD137由来の細胞内シグナル伝達ドメインを含むものである;いくつかの局面において、いくつかの局面における第3世代CARは、異なる共刺激受容体の複数の共刺激ドメインを含むものである。
いくつかの態様において、キメラ抗原受容体は、本明細書において記載される抗体または断片を含む細胞外部分を含む。いくつかの局面において、キメラ抗原受容体は、本明細書において記載される抗体または断片を含む細胞外部分および細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、抗体または断片はscFvまたはシングルドメインVH抗体を含み、細胞内ドメインはITAMを含む。いくつかの局面において、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3-ゼータ（CD3ζ）鎖のゼータ鎖のシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、キメラ抗原受容体は、細胞外ドメインと細胞内シグナル伝達領域との間に配置される膜貫通ドメインを含む。
いくつかの局面において、膜貫通ドメインはCD28の膜貫通部分を含む。細胞外ドメインと膜貫通部は直接または間接的に連結され得る。いくつかの態様において、細胞外ドメインと膜貫通部は、スペーサー、例えば本明細書において記載される任意のものによって連結される。いくつかの態様において、キメラ抗原受容体はT細胞共刺激分子の細胞内ドメインを、例えば膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとの間に含む。いくつかの局面において、T細胞共刺激分子はCD28または4-1BBである。
いくつかの態様において、CARは、抗体、例えば抗体断片、CD28もしくはその機能性のバリアントの膜貫通部分であるか、またはそれを含む膜貫通ドメインおよびCD28もしくはその機能性のバリアントのシグナル伝達部分とCD3ゼータもしくはその機能性のバリアントのシグナル伝達部分を含む細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、CARは、抗体、例えば抗体断片、CD28もしくはその機能性のバリアントの膜貫通部分であるか、またはそれを含む膜貫通ドメインおよび4-1BBもしくはその機能性のバリアントのシグナル伝達部分とCD3ゼータもしくはその機能性のバリアントのシグナル伝達部分を含む細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかのかかる態様において、該受容体は、Ig分子の一部分、例えばヒトIg分子の一部分、例えばIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジを含むスペーサー、例えばヒンジのみのスペーサーをさらに含む。
いくつかの態様において、該受容体、例えばCARの膜貫通ドメインは、ヒトCD28またはそのバリアントの膜貫通ドメイン、例えばヒトCD28（アクセッション番号:P10747.1）の27個のアミノ酸の膜貫通ドメインであるか、またはSEQ ID NO:62に示されるアミノ酸の配列あるいはSEQ ID NO:62と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上または少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む膜貫通ドメインである;いくつかの態様において、組換え受容体の膜貫通ドメイン含有部分は、SEQ ID NO:63に示されるアミノ酸の配列あるいはこれと少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上または少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸の配列を含む。
いくつかの態様において、キメラ抗原受容体はT細胞共刺激分子の細胞内ドメインを含む。いくつかの局面において、T細胞共刺激分子はCD28または4-1BBである。
いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達領域は、ヒトCD28またはその機能性のバリアントもしくは一部分の細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン、例えばその41個のアミノ酸のドメインおよび/または天然状態のCD28タンパク質の186～187位にLLからGGへの置換を有するかかるドメインを含む。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、SEQ ID NO:64または65に示されるアミノ酸の配列あるいはSEQ ID NO:64または65と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上または少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含み得る。いくつかの態様において、細胞内領域は、4-1BBまたはその機能性のバリアントもしくは一部分の細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン、例えばヒト4-1BB（アクセッション番号Q07011.1）またはその機能性のバリアントもしくは一部分の42個のアミノ酸の細胞質ドメイン、例えばSEQ ID NO:66に示されるアミノ酸の配列あるいはSEQ ID NO:66と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上または少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達領域は、ヒトCD3鎖、任意でCD3ゼータの刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能性のバリアント、例えばヒトCD3ζのアイソフォーム3（アクセッション番号:P20963.2）の112個のAAの細胞質ドメインまたは米国特許第:7,446,190号もしくは米国特許第8,911,993号に記載のようなCD3ゼータのシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達領域は、SEQ ID NO:67、68または69に示されるアミノ酸の配列あるいはSEQ ID NO:67、68または69と少なくとも85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上または少なくとも約85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％もしくはそれ以上の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む。
いくつかの局面において、スペーサーは、IgGのヒンジ領域のみ、例えばIgG4またはIgG1のヒンジのみ、例えばSEQ ID NO:58に示されるヒンジのみのスペーサーを含む。他の態様において、スペーサーは、CH2および/またはCH3ドメインに連結された Igヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様において、スペーサーは、CH2およびCH3ドメインに連結された、例えばSEQ ID NO:59に示されるIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様において、スペーサーは、CH3ドメインのみに連結された、例えばSEQ ID NO:56に示されるIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの態様において、スペーサーは、グリシン-セリンリッチ配列もしくは他のフレキシブルリンカー、例えば公知のフレキシブルリンカーであるか、またはそれを含む。
B. T細胞受容体（TCR）
いくつかの態様において、コードされた組換え受容体は、標的ポリペプチド、例えば、腫瘍タンパク質、ウイルス性タンパク質または自己免疫性タンパク質の抗原のペプチドエピトープまたはT細胞エピトープを認識するT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合部分である。
いくつかの態様において、コードされた組換え受容体は、標的ポリペプチド、例えば、腫瘍タンパク質、ウイルス性タンパク質または自己免疫性タンパク質の抗原のペプチドエピトープまたはT細胞エピトープを認識するT細胞受容体（TCR）またはその抗原結合部分である。
いくつかの態様において、「T細胞受容体」または「TCR」は、可変αおよびβ鎖（それぞれ、TCRαおよびTCRβとしても公知）もしくは可変γおよびδ鎖（それぞれ、TCRαおよびTCRβとしても公知）、またはその抗原結合部分を含み、MHC分子に結合しているペプチドに特異的に結合することができる分子である。いくつかの態様において、TCRはαβ型である。典型的には、αβ型およびγδ型で存在するTCRは一般的に構造が類似しているが、これらを発現しているT細胞は、相違する解剖学的存在箇所または機能を有し得る。TCRは細胞の表面上または可溶性形態でみられ得る。一般的に、TCRはT細胞（またはTリンパ球）の表面上にみられ、そこで一般的には、主要組織適合性複合体（MHC）分子に結合している抗原認識を担う。
特に記載のない限り、用語「TCR」は、完全なTCRとともにその抗原結合部分または抗原結合断片も包含していると理解されたい。いくつかの態様において、TCRはインタクトな、または完全長のTCR、例えばαβ型またはγδ型のTCRである。いくつかの態様において、TCRは、完全長より短いTCRだがMHC分子に結合している特異的ペプチドに結合する、例えばMHC-ペプチド複合体に結合する抗原結合部分である。場合によっては、TCRの抗原結合部分または抗原結合断片は、完全長またはインタクトなTCRの構造的ドメインの一部分のみを含み得るが、それでもまだ、完全なTCRが結合するペプチドエピトープ、例えばMHC-ペプチド複合体に結合することができる。場合によっては、抗原結合部分は、特異的MHC-ペプチド複合体に結合するための結合部位を形成するのに充分なTCRの可変ドメイン、例えばTCRの可変α鎖および可変β鎖を含む。一般的に、TCRの可変鎖は、ペプチド、MHCおよび/またはMHC-ペプチド複合体の認識に関与する相補性決定領域を含む。
いくつかの態様において、TCRの可変ドメインは、一般的には抗原認識および結合能および特異性に対する主要な寄与因子である超可変ループまたは相補性決定領域（CDR）を含む。いくつかの態様において、TCRのCDRまたはその組合せは、所与のTCR分子のすべて、または実質的にすべての抗原結合部位を形成する。TCR鎖の可変領域内の種々のCDRは一般的に、CDRと比べるとTCR分子において一般的に低い多様性を示すフレームワーク領域（FR）によって分離されている（例えばJores et al.,Proc.Nat'l Acad.Sci.U.S.A.87:9138,1990;Chothia et al.,EMBO J.7:3745,1988参照;また、Lefranc et al.,Dev.Comp.Immunol.27:55,2003も参照のこと）。いくつかの態様において、CDR3は、抗原結合もしくは特異性を担う主要CDRであるか、または所与のTCR可変領域上の3つのCDRの中で抗原認識のため、および/もしくはペプチド-MHC複合体のプロセッシングされたペプチド部分との相互作用のために最も重要である。いくつかの状況において、アルファ鎖のCDR1が特定の抗原性ペプチドのN末端部分と相互作用し得る。いくつかの状況では、ベータ鎖のCDR1が該ペプチドのC末端部分と相互作用し得る。いくつかの状況において、CDR2がMHC-ペプチド複合体のMHC部分との相互作用もしくはその認識に最も強く寄与するか、または該相互作用もしくはその認識を担う主要CDRである。いくつかの態様において、β-鎖の可変領域は、一般的にスーパー抗原結合に関与し、抗原認識に関与しないさらなる超可変領域（CDR4またはHVR4）を含み得る。（Kotb（1995）Clinical Microbiology Reviews,8:411-426）。
いくつかの態様において、TCRはまた、定常ドメイン、膜貫通ドメインおよび/または短い細胞質テールを含み得る（例えばJaneway et al.,Immunobiology:The Immune System in Health and Disease,3rd Ed.,Current Biology Publications,p.4:33,1997参照）。いくつかの局面において、TCRの各鎖は1つのN末端側免疫グロブリン可変ドメイン、1つの免疫グロブリン定常ドメイン、膜貫通領域およびC末端に短い細胞質テールを有し得る。いくつかの態様において、TCRは、シグナル伝達の媒介に関与するCD3複合体のインバリアントタンパク質と会合する。
いくつかの態様において、TCR鎖は1つまたは複数の定常ドメインを含む。例えば、所与のTCR鎖（例えば、α-鎖またはβ-鎖）の細胞外部分は2つの免疫グロブリン様ドメイン、例えば可変ドメイン（例えば、VαまたはVβ;典型的には、Kabatナンバリング Kabat et al.,“Sequences of Proteins of Immunological Interest,US Dept.Health and Human Services,Public Health Service National Institutes of Health,1991,5th ed.に基づくアミノ酸1～116）および細胞膜に隣接する定常ドメイン（例えば、α-鎖定常ドメインまたはCα、典型的にはKabatナンバリングに基づく該鎖の117～259位またはβ鎖定常ドメインまたはCβ、典型的には該鎖のKabatに基づく117～295位）を含み得る。例えば、場合によっては、この2つの鎖によって形成されるTCRの細胞外部分は2つの膜近位定常ドメインと2つの膜遠位可変ドメインを含み、可変ドメインは各々、CDRを含む。TCRの定常ドメインは、システイン残基がジスルフィド結合を形成する短い連結配列を含み得、それによりTCRの2つの鎖が連結されている。いくつかの態様において、TCRは、TCRが定常ドメイン内に2つのジスルフィド結合を含むような、α鎖およびβ鎖の各々に追加のシステイン残基を有し得る。
いくつかの態様において、TCR鎖は膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは正帯電である。場合によっては、TCR鎖は細胞質テールを含む。場合によっては、その構造により、TCRがCD3およびそのサブユニットなどの他の分子と会合することが可能である。例えば、膜貫通領域を有する定常ドメインを含むTCRは、タンパク質を細胞膜にアンカリングし、CD3シグナル伝達装置またはCD3シグナル伝達複合体のインバリアントサブユニットと会合し得る。CD3シグナル伝達サブユニット（例えば、CD3γ、CD3δ、CD3εおよびCD3ζ鎖）の細胞内テールは、TCR複合体のシグナル伝達能に関与する1つまたは複数の免疫受容体活性化チロシンモチーフまたはITAMを含む。
いくつかの態様において、TCRは2つの鎖αとβ（もしくは任意でγとδ）のヘテロ二量体であり得るか、または単鎖TCR構築物であり得る。いくつかの態様において、TCRは、例えば1つまたは複数のジスルフィド結合によって連結された2つの離れた鎖（αとβ鎖もしくはγとδ鎖）を含むヘテロ二量体である。
いくつかの態様において、TCRは、公知の1つまたは複数のTCR配列、例えばVα,β鎖の配列から作成され得、それにより実質的に完全長のコード配列が容易に入手可能である。細胞供給源からV鎖配列を含む完全長TCR配列を得るための方法は周知である。いくつかの態様において、TCRをコードする核酸はさまざまな供給源から、例えば所与の1つもしくは複数の細胞内の、またはそれから単離されたTCRコード核酸のポリメラーゼ連鎖反応（PCR）増幅によって、あるいは公的に入手可能なTCR DNA配列の合成によって得ることができる。
いくつかの態様において、TCRは生物学的供給源から、例えば細胞、例えばT細胞（例えば、細胞傷害性T細胞）、T細胞ハイブリドーマまたは他の公的に入手可能な供給源から得られる。いくつかの態様において、T細胞はインビボ単離細胞から得られ得る。いくつかの態様において、TCRは胸腺から選択されたTCRである。いくつかの態様において、TCRはネオエピトープ拘束性TCRである。いくつかの態様において、T細胞は、培養T細胞のハイブリドーマまたはクローンであり得る。いくつかの態様において、TCRまたはその抗原結合部分またはその抗原結合断片はTCRの配列の知識から合成によって作成することができる。
いくつかの態様において、TCRは、標的ポリペプチド抗原またはその標的T細胞エピトープに対する候補TCRのライブラリーのスクリーニングによって同定または選択されたTCRから作成される。TCRライブラリーは、対象から単離されたT細胞、例えばPBMC、脾臓または他のリンパ系器官に存在する細胞由来のVαおよびVβのレパートリーの増幅によって作成され得る。場合によっては、T細胞は腫瘍浸潤リンパ球（TIL）から増幅され得る。いくつかの態様において、TCRライブラリーは、CD4＋もしくはCD8＋細胞から作成され得る。いくつかの態様において、TCRは、正常な健常対象のT細胞供給源、すなわち正常TCRライブラリーから増幅され得る。いくつかの態様において、TCRは、罹病対象のT細胞供給源、すなわち罹病TCRライブラリーから増幅され得る。いくつかの態様において、縮重プライマーが、VαおよびVβの遺伝子レパートリーを例えばRT-PCRにより、ヒトから採取された試料、例えばT細胞において増幅するために使用される。いくつかの態様において、scTvライブラリーが、増幅産物がリンカーによって隔離されるようにクローニングまたはアセンブルされるナイーブVαおよびVβライブラリーからアセンブルされ得る。対象および細胞の供給源にもよるが、ライブラリーはHLA対立遺伝子特異的であり得る。あるいはまた、いくつかの態様において、TCRライブラリーは、親または骨格TCR分子の変異誘発または多様化によって作成され得る。いくつかの局面において、TCRは、例えばα鎖またはβ鎖の例えば変異誘発による指向性進化に供される。いくつかの局面において、TCRのCDR内の特定の残基が変更される。いくつかの態様において、選択されたTCRが、親和性成熟によって修飾され得る。いくつかの態様において、抗原特異的T細胞が、例えばペプチドに対するCTL活性を評価するためのスクリーニングによって選択され得る。いくつかの局面において、例えば抗原特異的T細胞上に存在するTCRが、例えば抗原に対する結合活性、例えば特定の親和性またはアビディティによって選択され得る。
いくつかの態様において、遺伝子操作された抗原受容体は、組換えT細胞受容体（TCR）および/または天然に存在するT細胞からクローニングされたTCRを含む。いくつかの態様において、標的抗原（例えば、癌抗原）に対する高親和性T細胞クローンが同定され、患者から単離され、細胞内に導入される。いくつかの態様において、標的抗原に対するTCRクローンは、ヒト免疫系遺伝子（例えば、ヒト白血球抗原系またはHLA）を有するように操作されたトランスジェニックマウス内で生成されている。例えば腫瘍抗原（例えばParkhurst et al.（2009）Clin Cancer Res.15:169-180およびCohen et al.（2005）J Immunol.175:5799-5808参照を参照のこと。いくつかの態様において、ファージディスプレイが、標的抗原に対するTCRを単離するために使用される（例えばVarela-Rohena et al.（2008）Nat Med.14:1390-1395およびLi（2005）Nat Biotechnol.23:349-354参照。
いくつかの態様において、TCRまたはその抗原結合部分は修飾または操作されているものである。いくつかの態様において、指向性進化法が、変更された特性、例えば特異的MHC-ペプチド複合体に対する高親和性を有するTCRを作成するために使用される。いくつかの態様において、指向性進化は、酵母ディスプレイ（Holler et al.（2003）Nat Immunol,4,55-62;Holler et al.（2000）Proc Natl Acad Sci U S A,97,5387-92）、ファージディスプレイ（Li et al.（2005）Nat Biotechnol,23,349-54）またはT細胞ディスプレイ（Chervin et al.（2008）J Immunol Methods,339,175-84）を含むがこれらに限定されないディスプレイ法によって行なわれる。いくつかの態様において、ディスプレイ手法は、公知の親TCRまたは参照TCRを操作または修飾することを伴う。例えば、場合によっては、野生型TCRが、CDRの1つまたは複数の残基が変異される変異誘発されたTCRを作製するための鋳型として使用され得、所望の変更された特性、例えば所望の標的抗原に対する高親和性を有する変異型が選択される。
いくつかの態様において、関心対象のTCRの作製または生成における使用のための標的ポリペプチドのペプチドは公知であるか、または当業者によって容易に特定され得る。いくつかの態様において、TCRまたは抗原結合部分の作成における使用に適したペプチドは、関心対象の標的ポリペプチド内、例えば後述する標的ポリペプチド内におけるHLA拘束性モチーフの存在に基づいて決定され得る。いくつかの態様において、ペプチドは、利用可能なコンピュータ予測モデルを用いて特定される。いくつかの態様において、MHCクラスI結合部位の予測の場合、かかるモデルとしては、ProPred1（Singh and Raghava（2001）Bioinformatics 17（12）:1236-1237およびSYFPEITHI（Schuler et al.（2007）Immunoinformatics Methods in Molecular Biology,409（1）:75-93 2007参照）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、MHC拘束性エピトープはHLA-A0201であり、これは全白色人種のおよそ39～46％で発現されており、したがって、TCRまたは他のMHC-ペプチド結合分子の調製に使用するためのMHC抗原の適切な選択肢を表す。
コンピュータ予測モデルを用いたプロテアソームおよび免疫-プロテアソームのためのHLA-A0201結合モチーフおよび切断部位は公知である。MHCクラスI結合部位の予測の場合、かかるモデルとしては、ProPred1（Singh and Raghava,ProPred:prediction of HLA-DR binding sites.BIOINFORMATICS 17（12）:1236-1237 2001により詳細に記載）およびSYFPEITHI（Schuler et al.SYFPEITHI,Database for Searching and T-Cell Epitope Prediction.in Immunoinformatics Methods in Molecular Biology,vol 409（1）:75-93 2007参照）が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの態様において、TCRまたはその抗原結合部分は組換え産生された天然のタンパク質、または1つもしくは複数の特性、例えば結合特性が変更されているその変異型形態であり得る。いくつかの態様において、TCRは、種々の動物種、例えばヒト、マウス、ラットまたは他の哺乳動物のうちの1つに由来し得る。TCRは細胞結合型または可溶性形態であり得る。いくつかの態様において、提供される方法の目的のため、TCRは、細胞の表面上に発現される細胞結合型形態である。
いくつかの態様において、TCRは完全長TCRである。いくつかの態様において、TCRは抗原結合部分である。いくつかの態様において、TCRは二量体型TCR（dTCR）である。いくつかの態様において、TCRは単鎖TCR（sc-TCR）である。いくつかの態様において、dTCRまたはscTCRは、国際公開公報第03/020763号、国際公開公報第04/033685号、国際公開公報第2011/044186号に記載のような構造を有する。
いくつかの態様において、TCRは、膜貫通配列に対応する配列を含む。いくつかの態様において、TCRは、細胞質配列に対応する配列を含む。いくつかの態様において、TCRは、CD3によりTCR複合体を形成することができる。いくつかの態様において、いずれかのTCR、例えばdTCRまたはscTCRは、T細胞の表面上に活性なTCRをもたらすシグナル伝達ドメインに連結され得る。いくつかの態様において、TCRは細胞の表面上に発現される。
いくつかの態様において、dTCRは、TCRα鎖可変領域の配列に対応する配列がTCRα鎖定常領域の細胞外配列に対応する配列のN末端に融合されている第1のポリペプチドと、TCRβ鎖可変領域の配列に対応する配列がTCRβ鎖定常領域の細胞外配列に対応する配列のN末端に融合されている第2のポリペプチドを含み、第1および第2のポリペプチドはジスルフィド結合によって連結されている。いくつかの態様において、該結合は、天然状態の二量体型αβTCRに存在する天然状態の鎖間ジスルフィド結合に相当し得る。いくつかの態様において、天然状態のTCRの鎖間ジスルフィド結合は存在しない。例えば、いくつかの態様において、1個または複数のシステインがdTCRポリペプチドペアの定常領域の細胞外配列内に組み込まれ得る。場合によっては、天然状態のジスルフィド結合と非天然状態のジスルフィド結合の両方が望ましい場合があり得る。いくつかの態様において、TCRは、膜にアンカリングするための膜貫通配列を含む。
いくつかの態様において、dTCRは、可変αドメイン、定常αドメインおよび該定常αドメインのC末端に結合している第1の二量体化モチーフを含むTCRα鎖と、可変βドメイン、定常βドメインおよび該定常βドメインのC末端に結合している第1の二量体化モチーフを含むTCRβ鎖を含み、第1の二量体化モチーフと第2の二量体化モチーフは容易に相互作用し、第1の二量体化モチーフ内のアミノ酸と第2の二量体化モチーフ内のアミノ酸間に共有結合を形成してTCRα鎖とTCRβ鎖を一体に連結する。
いくつかの態様において、TCRはscTCRである。典型的には、scTCRは公知の方法を用いて作成され得、例えばSoo Hoo,W.F.et al.PNAS（USA）89,4759（1992）;Wuelfing,C.and Plueckthun,A.,J.Mol.Biol.242,655（1994）;Kurucz,I.et al.PNAS（USA）90 3830（1993）;国際公開公報第96/13593号、国際公開公報第96/18105号、国際公開公報第99/60120号、国際公開公報第99/18129号、国際公開公報第03/020763号、国際公開公報第2011/044186号;およびSchlueter,C.J.et al.J.Mol.Biol.256,859（1996）を参照のこと。いくつかの態様において、scTCRは、TCR鎖の会合を助長するために導入された非天然状態のジスルフィド鎖間結合を含む（例えば国際公開公報第03/020763号参照）。いくつかの態様において、scTCRは、そのC末端に融合させた異種ロイシンジッパーによって鎖間会合が助長される非ジスルフィド結合による短縮型TCRである（例えば国際公開公報第99/60120号参照）。いくつかの態様において、scTCRは、TCRβ可変ドメインにペプチドリンカーによって共有結合により連結されたTCRα可変ドメインを含む（例えば国際公開公報第99/18129号参照）。
いくつかの態様において、scTCRは、TCRα鎖可変領域に対応するアミノ酸配列によって構成された第1のセグメント、TCRβ鎖定常ドメインの細胞外配列に対応するアミノ酸配列のN末端に融合させたTCRβ鎖可変領域の配列に対応するアミノ酸配列によって構成された第2のセグメント、および第1のセグメントのC末端を第2のセグメントのN末端に連結しているリンカー配列を含む。
いくつかの態様において、scTCRは、α鎖の細胞外定常ドメイン配列のN末端に融合させたα鎖可変領域の配列によって構成された第1のセグメント、およびβ鎖細胞外定常配列のN末端に融合させたβ鎖可変領域の配列と膜貫通配列によって構成された第2のセグメント、ならびに任意で、第1のセグメントのC末端を第2のセグメントのN末端に連結しているリンカー配列を含む。
いくつかの態様において、scTCRは、β鎖の細胞外定常ドメイン配列のN末端に融合させたTCRβ鎖可変領域の配列によって構成された第1のセグメント、およびα鎖細胞外定常配列のN末端に融合させたα鎖可変領域の配列および膜貫通配列によって構成された第2のセグメント、ならびに任意で、第1のセグメントのC末端を第2のセグメントのN末端に連結しているリンカー配列を含む。
いくつかの態様において、第1のTCRセグメントと第2のTCRセグメントを連結するscTCRのリンカーは、TCRの結合特異性を保持したまま単一ポリペプチド鎖を形成することができる任意のリンカーであり得る。いくつかの態様において、リンカー配列は、例えば、式中のPはプロリンであり、AAはグリシンおよびセリンであるアミノ酸配列を表す式-P-AA-P-を有し得る。いくつかの態様において、第1のセグメントと第2のセグメントは、その可変領域の配列がかかる結合のために配向されるようなペアとなっている。したがって、場合によっては、リンカーは、第1のセグメントのC末端と第2のセグメントのN末端またはその逆の間の間隔を埋めるのに充分な長さを有するが、標的リガンドに対するscTCRの結合をブロックまたは低下させるほど長すぎない。いくつかの態様において、リンカーは、10～45個もしくは約10～45個のアミノ酸、例えば10～30個のアミノ酸または26～41個のアミノ酸残基、例えば29、30、31または32個のアミノ酸を含み得る。いくつかの態様において、リンカーは、式中のPはプロリンであり、Gはグリシンであり、Sはセリンである式-PGGG-（SGGGG）5-P-を有する（SEQ ID NO:22）。いくつかの態様において、リンカーは、配列
を有する。
いくつかの態様において、scTCRは、α鎖の定常ドメインの免疫グロブリン領域の残基をβ鎖の定常ドメインの免疫グロブリン領域の残基に連結している共有結合性ジスルフィド結合を含む。いくつかの態様において、天然状態のTCRの鎖間ジスルフィド結合は存在しない。例えば、いくつかの態様において、1個または複数のシステインがscTCRポリペプチドの第1のセグメントおよび第2のセグメントの定常領域の細胞外配列内に組み込まれ得る。場合によっては、天然状態のジスルフィド結合と非天然状態のジスルフィド結合の両方が望ましい場合があり得る。
導入された鎖間ジスルフィド結合を含むdTCRまたはscTCRのいくつかの態様において、天然状態のジスルフィド結合は存在しない。いくつかの態様において、天然状態の鎖間ジスルフィド結合を形成している天然状態のシステインのうちの1個または複数が別の残基に、例えばセリンまたはアラニンに置換される。いくつかの態様において、導入されるジスルフィド結合は、第1のセグメントおよび第2のセグメント上の非システイン残基をシステインに変異させることによって形成され得る。TCRの例示的な非天然状態のジスルフィド結合は国際公開公報第2006/000830号に記載されている。
いくつかの態様において、TCRまたはその抗原結合断片は、標的抗原に対して、10-5～10-12 Mまたは約10-5～10-12 Mならびにそれに含まれるすべての個々の値および範囲の平衡結合定数を有する親和性を示す。いくつかの態様において、標的抗原はMHC-ペプチド複合体またはリガンドである。
いくつかの態様において、TCR、例えばα鎖およびβ鎖をコードする1つまたは複数の核酸はPCR、クローニングまたは他の適切な手段によって増幅され、適切な1つまたは複数の発現ベクター内にクローニングされ得る。発現ベクターは任意の適切な組換え発現ベクターであり得、任意の適切な宿主を形質転換またはトランスフェクトするために使用され得る。好適なベクターとしては、増殖と拡大または発現または両方のため設計されたもの、例えばプラスミドおよびウイルスが挙げられる。
いくつかの態様において、組換え発現ベクターが標準的な組換えDNA技術を用いて調製され得る。いくつかの態様において、ベクターには、ベクターが導入される宿主の型（例えば、細菌、真菌、植物または動物）に特異的な必要に応じた調節配列、例えば転写開始コドンおよび翻訳開始コドンならびに終止コドンを、ベクターがDNAベースかRNAベースかを考慮して含め得る。いくつかの態様において、ベクターは、TCRもしくは抗原結合部分（または他のMHC-ペプチド結合分子）をコードするヌクレオチド配列に機能的に連結された非天然状態のプロモーターを含み得る。いくつかの態様において、プロモーターは、非ウイルスプロモーターまたはウイルスプロモーター、例えばサイトメガロウイルス（CMV）プロモーター、SV40プロモーター、RSVプロモーターおよびマウス幹細胞ウイルスの長い末端反復にみられるプロモーターであり得る。他の公知のプロモーターもまた想定される。
いくつかの態様において、T細胞クローンが得られた後、TCRアルファ鎖およびベータ鎖は単離され、遺伝子発現ベクター内にクローニングされる。いくつかの態様において、TCRアルファ遺伝子およびTCRベータ遺伝子は、両鎖が共発現されるようにピコルナウイルス2Aリボソームスキップペプチドを介して連結される。いくつかの態様において、TCRの遺伝子導入は、レトロウイルスベクターもしくはレンチウイルスベクターまたはトランスポゾンによって行なわれる（例えばBaum et al.（2006）Molecular Therapy:The Journal of the American Society of Gene Therapy.13:1050-1063;Frecha et al.（2010）Molecular Therapy:The Journal of the American Society of Gene Therapy.18:1748-1757;and Hackett et al.（2010）Molecular Therapy:The Journal of the American Society of Gene Therapy.18:674-683参照。
いくつかの態様において、TCRをコードするベクターを作成するため、α鎖およびβ鎖は、関心対象のTCRを発現しているT細胞クローンから単離された全cDNAからPCR増幅され、発現ベクター内にクローニングされる。いくつかの態様において、α鎖およびβ鎖は同じベクター内にクローニングされる。いくつかの態様において、α鎖およびβ鎖は異なるベクター内にクローニングされる。いくつかの態様において、作成されたα鎖およびβ鎖は、レトロウイルスベクター、例えばレンチウイルスベクター内に組み込まれる。
IV. 投与方法
いくつかの局面において、操作された細胞、例えば操作されたCD4＋およびCD8＋細胞を含む治療用細胞組成物は、例えば、本明細書において提供される方法を用いて評価された任意の操作された細胞または該操作された細胞を含む組成物を投与することを含む処置方法との関連において使用され得る。
いくつかの局面において、操作された細胞、例えば操作されたCD4＋およびCD8＋細胞を含む治療用細胞組成物は、例えば、本明細書において提供される方法を用いて評価された任意の操作された細胞または該操作された細胞を含む組成物を投与することを含む処置方法との関連において使用され得る。
いくつかの態様において、組換え受容体を発現している操作された細胞またはそれを含む組成物は、さまざまな治療、診断および予防の適応症に有用である。例えば、操作された細胞または操作された細胞を含む組成物、例えば治療用細胞組成物は、対象のさまざまな疾患および障害を処置するのに有用である。方法および使用としては、例えば、操作された細胞またはそれを含む組成物を疾患、病態または障害、例えば腫瘍または癌を有する対象に投与することを伴う治療的方法および使用が挙げられる。いくつかの態様において、本明細書において提供される態様を用いてアセスメントまたは評価される操作された細胞または組成物は疾患または障害の処置がもたらされるのに有効な量で投与される。使用としては、かかる方法および処置における、ならびにかかる治療方法を行なうための医薬の調製における操作された細胞または組成物の使用が挙げられる。いくつかの態様において、該方法、例えば治療方法は、アセスメントまたは評価された操作された細胞またはそれを含む組成物を、疾患もしくは病態を有するか、または疾患もしくは病態を有することが疑われる対象に投与することにより行なわれる。いくつかの態様において、このような方法により対象の疾患または病態または障害が処置される。
いくつかの局面において、操作された細胞または操作された細胞組成物は対象、例えば疾患または障害を有する対象に投与され得る。養子細胞療法のための細胞の投与のための方法は公知であり、提供される方法および組成物との関連において使用され得る。例えば、養子T細胞療法の方法は、例えばGruenberg et alに対する米国特許出願公開第2003/0170238号;Rosenbergに対する米国特許第4,690,915号;Rosenberg（2011）Nat Rev Clin Oncol.8（10）:577-85）に記載されている。例えばThemeli et al.（2013）Nat Biotechnol.31（10）:928-933;Tsukahara et al.（2013）Biochem Biophys Res Commun 438（1）:84-9;Davila et al.（2013）PLoS ONE 8（4）:e61338を参照のこと。
処置される疾患または病態は、抗原の発現が疾患 病態もしくは障害の病因に関連している、および/またはそれに関与している、例えばかかる疾患、病態もしくは障害を引き起こす、悪化させる、あるいは別の様式で関与している任意のものであり得る。例示的な疾患および病態としては、細胞の悪性度もしくは形質転換に関連する疾患もしくは病態（例えば、癌）、自己免疫性もしくは炎症性の疾患または例えば細菌性病原体、ウイルス性病原体もしくは他の病原体によって引き起こされる感染性疾患が挙げられ得る。処置され得る種々の疾患および病態に関連する抗原が挙げられる例示的な抗原は上記に記載している。特定の態様において、キメラ抗原受容体またはトランスジェニックTCRは疾患または病態に関連する抗原に特異的に結合する。
中でも、疾患、病態および障害は腫瘍、例えば充実性腫瘍、造血器悪性腫瘍および黒色腫であり、限局性および転移性の腫瘍、感染性疾患、例えばウイルスまたは他の病原体、例えばHIV、HCV、HBV、CMV、HPVによる感染および寄生生物による疾患ならびに自己免疫性および炎症性の疾患が挙げられる。いくつかの態様において、疾患、障害または病態は腫瘍、癌、悪性、新生物または他の増殖性の疾患もしくは障害である。かかる疾患としては、白血病、リンパ腫、例えば、急性骨髄性（myeloid）（または骨髄性（myelogenous））白血病（AML）、慢性骨髄性（myeloid）（または骨髄性（myelogenous））白血病（CML）、急性リンパ球性（またはリンパ芽球性）白血病（ALL）、慢性リンパ球性白血病（CLL）、ヘアリー細胞白血病（HCL）、小リンパ球性リンパ腫（SLL）、マントル細胞リンパ腫（MCL）、辺縁帯リンパ腫、バーキットリンパ腫、ホジキンリンパ腫（HL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、未分化大細胞型リンパ腫（ALCL）、濾胞性リンパ腫、不応性濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）および多発性骨髄腫（MM）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様において、疾患または病態は、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、成人ALL、慢性リンパ芽球性白血病（CLL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）およびびまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）の中から選択されるB細胞性悪性腫瘍である。いくつかの態様において、該疾患または病態はNHLであり、NHLは、アグレッシブNHL、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）、NOS（de novoおよびインドレントの形質転換型）、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫（PMBCL）、T細胞/組織球豊富型大細胞型B細胞リンパ腫（TCHRBCL）、バーキットリンパ腫、マントル細胞リンパ腫（MCL）および/または濾胞性リンパ腫（FL）、任意で濾胞性リンパ腫グレード3B（FL3B）からなる群より選択される。
いくつかの態様において、疾患または病態は、例えばウイルス感染、レトロウイルス感染、細菌感染および原生動物感染、免疫不全、サイトメガロウイルス（CMV）、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、アデノウイルス、BKポリオーマウイルスであるが、これらに限定されない感染性疾患または病態である。いくつかの態様において、疾患または病態は自己免疫性もしくは炎症性の疾患または病態、例えば関節炎、例えば関節リウマチ（RA）、I型糖尿病、全身性エリテマトーデス（SLE）、炎症性腸疾患、乾癬、強皮症、自己免疫性甲状腺疾患、グレーブス病、クローン病、多発性硬化症、喘息および/または移植に関連する疾患もしくは病態である。
いくつかの態様において、疾患または障害に関連する抗原はαvβ6インテグリン（avb6インテグリン）、B細胞成熟抗原（BCMA）、B7-H3、B7-H6、炭酸脱水酵素9（CA9、CAIXあるいはG250としても公知）、癌-精巣抗原、癌/精巣抗原1B（CTAG、NY-ESO-1およびLAGE-2としても公知）、癌胎児性抗原（CEA）、サイクリン、サイクリンA2、C-Cモチーフ型ケモカインリガンド1（CCL-1）、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、上皮成長因子タンパク質（EGFR）、短縮型上皮成長因子タンパク質（tEGFR）、III型上皮成長因子受容体変異（EGFR vIII）、上皮糖タンパク質2（EPG-2）、上皮糖タンパク質40（EPG-40）、エフリンB2、エフリン受容体A2（EPHa2）、エストロゲン受容体、Fc受容体様5（FCRL5;Fc受容体ホモログ5あるいはFCRH5としても公知）、胎児型アセチルコリン受容体（胎児型AchR）、葉酸結合タンパク質（FBP）、葉酸受容体アルファ、ガングリオシドGD2、O-アセチル化GD2（OGD2）、ガングリオシドGD3、糖タンパク質100（gp100）、グリピカン-3（GPC3）、Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD（GPRC5D）、Her2/neu（受容体型チロシンキナーゼerb-B2）、Her3（erb-B3）、Her4（erb-B4）、erbB二量体、ヒト高分子量メラノーマ関連抗原（HMW-MAA）、B型肝炎表面抗原、ヒト白血球抗原A1（HLA-A1）、ヒト白血球抗原A2（HLA-A2）、IL-22受容体アルファ（IL-22Rα）、IL-13受容体アルファ2（IL-13Rα2）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（kdr）、カッパ軽鎖、L1細胞接着分子（L1-CAM）、L1-CAMのCE7エピトープ、ロイシンリッチリピート含有8ファミリーメンバーA（LRRC8A）、ルイスY、メラノーマ関連抗原（MAGE）-A1、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-A10、メソテリン（MSLN）、c-Met、マウスサイトメガロウイルス（CMV）、ムチン1（MUC1）、MUC16、ナチュラルキラーグループ2メンバーD（NKG2D）リガンド、メランA（MART-1）、神経細胞接着分子（NCAM）、腫瘍胎児抗原、メラノーマ優先発現抗原（PRAME）、プロゲステロン受容体、前立腺特異抗原、前立腺幹細胞抗原（PSCA）、前立腺特異的膜抗原（PSMA）、受容体型チロシンキナーゼ様オーファン受容体1（ROR1）、サバイビン、トロホブラスト糖タンパク質（5T4としても公知のTPBG）、腫瘍関連糖タンパク質72（TAG72）、チロシナーゼ関連タンパク質1（TRP1、TYRP1あるいはgp75としても公知）、チロシナーゼ関連タンパク質2（TRP2、ドパクロムトートメラーゼ、ドパクロムデルタ-イソメラーゼあるいはDCTとしても公知）血管内皮増殖因子受容体（VEGFR）、血管内皮増殖因子受容体2（VEGFR2）、ウィルムス腫瘍1（WT-1）、病原体特異的抗原あるいは病原体発現抗原、もしくはユニバーサルタグに関連する抗原、および/もしくはビオチン化分子、および/もしくはHIV、HCV、HBVあるいは他の病原体によって発現される分子であるか、またはそれを含む。いくつかの態様における該受容体によって標的化される抗原としては、B細胞性悪性腫瘍に関連する抗原、例えばいくつかの公知の任意のB細胞マーカーが挙げられる。いくつかの態様において、抗原はCD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igカッパ、Igラムダ、CD79a、CD79bもしくはCD30であるか、またはそれを含む。いくつかの態様において、抗原は病原体特異的抗原あるいは病原体発現抗原、例えばウイルス抗原（例えば、HIV、HCV、HBV由来のウイルス抗原）、細菌抗原および/もしくは寄生生物抗原であるか、またはそれを含む。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合断片（例えば、scFvまたはVHドメイン）は、抗原、例えばCD19を特異的に認識する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合断片はCD19に特異的に結合する抗体もしくは抗原結合断片に由来するか、またはそのバリアントである。いくつかの態様において、細胞療法、例えば養子T細胞療法は、細胞が細胞療法を受ける対象から、またはかかる対象に由来する試料から単離および/または別の様式で調製される自家移入によって行なわれる。したがって、いくつかの局面において、細胞は処置を必要とする対象、例えば患者に由来し、該細胞は単離および処理後、同じ対象に投与される。
いくつかの態様において、疾患または病態はB細胞性悪性腫瘍である。いくつかの態様において、B細胞性悪性腫瘍は白血病またはリンパ腫である。いくつかの局面において、疾患または病態は急性リンパ芽球性白血病（ALL）、成人ALL、慢性リンパ芽球性白血病（CLL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）またはびまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）である。場合によっては、疾患または病態は例えばアグレッシブNHLであるNHLであるか、もしくはそれを含むNHL、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）、NOS（de novoおよびインドレントからの形質転換型）、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫（PMBCL）、T細胞/組織球豊富型大細胞型B細胞リンパ腫（TCHRBCL）、バーキットリンパ腫、マントル細胞リンパ腫（MCL）および/または濾胞性リンパ腫（FL）、任意で、濾胞性リンパ腫グレード3B（FL3B）である。いくつかの局面において、組換え受容体、例えばCARは、疾患もしくは病態に関連する抗原またはB細胞性悪性腫瘍に関連する病変の環境の細胞に発現される抗原に特異的に結合する。いくつかの態様における該受容体によって標的化される抗原としては、B細胞性悪性腫瘍に関連する抗原、例えばいくつかの公知の任意のB細胞マーカーが挙げられる。いくつかの態様において、該受容体によって標的化される抗原はCD20、CD19、CD22、ROR1、CD45、CD21、CD5、CD33、Igカッパ、Igラムダ、CD79a、CD79bもしくはCD30またはそれらの組合せである。
いくつかの態様において、疾患または病態は骨髄腫、例えば多発性骨髄腫である。いくつかの局面において、組換え受容体、例えばCARは、疾患もしくは病態に関連する抗原または多発性骨髄腫に関連する病変の環境の細胞に発現される抗原に特異的に結合する。いくつかの態様における該受容体によって標的化される抗原としては、多発性骨髄腫に関連する抗原が挙げられる。いくつかの局面において、抗原、例えば第2の抗原または追加の抗原、例えば疾患特異的抗原および/または疾患関連抗原、例えばB細胞成熟抗原（BCMA）、Gタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD（GPRC5D）、CD38（サイクリックADPリボースヒドロラーゼ）、CD138（シンデカン-1、シンデカン、SYN-1）、CS-1（CS1、CD2サブセット1、CRACC、SLAMF7、CD319および19A24）、BAFF-R、TACIならびに/またはFcRH5が多発性骨髄腫において発現される。他の例示的な多発性骨髄腫抗原としては、CD56、TIM-3、CD33、CD123、CD44、CD20、CD40、CD74、CD200、EGFR、β2-マイクログロブリン、HM1.24、IGF-1R、IL-6R、TRAIL-R1およびアクチビン受容体IIA型（ActRIIA）が挙げられる。Benson and Byrd,J.Clin.Oncol.（2012）30（16）:2013-15;Tao and Anderson,Bone Marrow Research（2011）:924058;Chu et al.,Leukemia（2013）28（4）:917-27;Garfall et al.,Discov Med.（2014）17（91）:37-46を参照のこと。いくつかの態様において、抗原としては、リンパ系腫瘍、骨髄腫、AIDS関連リンパ腫および/または移植後リンパ増殖において存在するもの、例えばCD38が挙げられる。かかる抗原に対して指向される抗体または抗原結合断片は公知であり、例えば米国特許第8,153,765号;同第8,603477号、同第8,008,450号;米国特許出願公開第20120189622号または米国特許出願公開第20100260748号;ならびに/または国際公開公報第2006099875号、国際公開公報第2009080829号または国際公開公報第2012092612号もしくは国際公開公報第2014210064号に記載のものが挙げられる。いくつかの態様において、かかる抗体またはその抗原結合断片（例えば、scFv）が多重特異性抗体、多重特異性キメラ受容体、例えば多重特異性CARおよび/または多重特異性細胞に含められる。
いくつかの態様において、疾患または障害はGタンパク質共役受容体クラスCグループ5メンバーD（GPRC5D）の発現および/またはB細胞成熟抗原（BCMA）の発現に関連している。
いくつかの態様において、疾患または障害はB細胞関連障害である。提供される方法の提供される態様のいずれかのいくつかにおいて、BCMAに関連する疾患または障害は自己免疫性の疾患または障害である。提供される方法の提供される態様のいずれかのいくつかにおいて、自己免疫性の疾患または障害は全身性エリテマトーデス（SLE）、ループス腎炎、炎症性腸疾患、関節リウマチ、ANCA関連血管炎、特発性血小板減少性紫斑病（ITP）、血栓性血小板減少性紫斑病（TTP）、自己免疫性血小板減少症、シャーガス病、グレーブス病、ヴェグナー肉芽腫症、結節性多発性動脈炎、シェーグレン症候群、尋常性天疱瘡、強皮症、多発性硬化症、乾癬、IgA腎症、IgM多発ニューロパチー、血管炎、真性糖尿病、レイノー症候群、抗リン脂質抗体症候群、グッドパスチャー病、川崎病、自己免疫性溶血性貧血、重症筋無力症または進行性糸球体腎炎である。
いくつかの態様において、疾患または障害は癌である。いくつかの態様において、癌はGPRC5D発現癌である。いくつかの態様において、癌は形質細胞性悪性腫瘍であり、形質細胞性悪性腫瘍は多発性骨髄腫（MM）または形質細胞腫である。いくつかの態様において、癌は多発性骨髄腫（MM）である。いくつかの態様において、癌は再発/難治性の多発性骨髄腫である。
いくつかの態様において、細胞療法、例えば養子T細胞療法は、細胞が、細胞療法を受ける対象以外の対象もしくは最終的に細胞療法を受ける対象以外の対象、例えば第1の対象から単離および/または別の様式で調製される同種移入によって行なわれる。かかる態様において、次いで細胞は同じ種の異なる対象、例えば第2の対象に投与される。いくつかの態様において、第1および第2の対象は遺伝学的に同一である。いくつかの態様において、第1および第2の対象は遺伝学的に類似している。いくつかの態様において、第2の対象は第1の対象と同じHLAクラスまたはスーパータイプを発現している。
細胞は、任意の適切な手段、例えばボーラス輸注、注射、例えば静脈内もしくは皮下注射、眼内注射、眼球周囲注射、網膜下注射、硝子体内注射、経中隔注射、強膜下注射、脈絡膜内注射、前房内注射、サブコンジェクトバル注射、サブコンジャンティバル注射、テノン嚢下注射、眼球後注射、球周囲注射または後強膜近傍（posterior juxtascleral）送達によって投与され得る。いくつかの態様において、これらは非経口、肺内および鼻腔内ならびに、局所処置が所望される場合は病巣内投与によって投与される。非経口輸注としては、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内または皮下投与が挙げられる。いくつかの態様において、所与の用量は該細胞の単回ボーラス投与によって投与される。いくつかの態様において、これは、例えば3日以内の期間にわたる該細胞の反復ボーラス投与によって、または該細胞の連続輸注投与によって投与される。いくつかの態様において、細胞用量の投与または任意の追加の治療、例えばリンパ球除去療法、治療介入および/または併用療法は通院患者の遂行によって行なわれる。
疾患の予防または処置では、適切な投薬量は、処置される疾患の型、細胞または組換え受容体の型、疾患の重症度および経過、該細胞が予防目的で投与されるのか治療目的で投与されるのか、治療歴、対象の病歴および該細胞に対する応答性ならびに担当医の裁量に依存し得る。該組成物および細胞はいくつかの態様において、対象に1回で、または一連の処置で適切に投与される。
いくつかの態様において、該細胞は併用処置の一部として、例えば別の治療介入、例えば抗体または操作された細胞または受容体または薬剤、例えば細胞傷害薬または治療薬と同時に、または任意の順序で逐次投与される。いくつかの態様における細胞は、1つもしくは複数の追加の治療薬とともに、または別の治療介入との関連において同時または任意の順序で逐次のいずれかで共投与される。いくつかの状況において、該細胞は、該細胞集団が1つまたは複数の追加の治療薬の効果を増強するような、またはその逆となるような充分に近接した時間で別の治療薬と共投与される。いくつかの態様において、該細胞は、該1つまたは複数の追加の治療薬の前に投与される。いくつかの態様において、該細胞は、該1つまたは複数の追加の治療薬の後に投与される。いくつかの態様において、該1つまたは複数の追加の薬剤としては、例えば持続的存在を増強するためのサイトカイン、例えばIL-2が挙げられる。いくつかの態様において、該方法は化学療法薬剤の投与を含む。
いくつかの態様において、対象に、例えば投与前の腫瘍負荷を低減させるための化学療法薬剤、例えばコンディショニング化学療法剤が投与される。
対象を、免疫枯渇（例えば、リンパ球除去）療法を用いてプレコンディショニングすることにより、いくつかの局面において、養子細胞療法（ACT）の効果が改善され得る。
したがって、いくつかの態様において、対象にプレコンディショニング剤、例えばリンパ球除去剤または化学療法剤、例えばシクロホスファミド、フルダラビンまたはそれらの組合せが対象に、細胞療法の開始前に投与される。例えば、対象にプレコンディショニング剤が細胞療法の開始の少なくとも2日前、例えば少なくとも3、4、5、6または7日前に投与され得る。いくつかの態様において、対象にプレコンディショニング剤が細胞療法の開始前7日以内、例えば6、5、4、3または2日以内に投与される。
いくつかの態様において、対象は20 mg/kg～100 mg/kgまたは約20 mg/kg～100 mg/kg、例えば40 mg/kg～80 mg/kgまたは約40 mg/kg～80 mg/kgの用量のシクロホスファミドを用いてプレコンディショニングされる。いくつかの局面において、対象は、60 mg/kgまたは約60 mg/kgのシクロホスファミドを用いてプレコンディショニングされる。いくつかの態様において、シクロホスファミドは単回用量で投与され得るか、または例えば毎日、隔日もしくは3日毎に投与される反復用量で投与され得る。いくつかの態様において、シクロホスファミドは1日1回で1日または2日間投与される。いくつかの態様において、リンパ球除去剤がシクロホスファミドを含む場合、対象にシクロホスファミドが100 mg/m2～500 mg/m2または約100 mg/m2～500 mg/m2、例えば200 mg/m2～400 mg/m2もしくは約200 mg/m2～400 mg/m2、または250 mg/m2～350 mg/m2もしくは約250 mg/m2～350 mg/m2（両端の値を含む）の用量で投与される。場合によっては、対象に約300 mg/m2のシクロホスファミドが投与される。いくつかの態様において、シクロホスファミドは、単回用量で投与され得るか、または例えば毎日、隔日もしくは3日毎に投与される反復用量で投与され得る。いくつかの態様において、シクロホスファミドは毎日、例えば1～5日間、例えば3～5日間投与される。場合によっては、対象に約300 mg/m2のシクロホスファミドが細胞療法の開始の前に毎日3日間、投与される。
いくつかの態様において、リンパ球除去剤がフルダラビンを含む場合、対象にフルダラビンが1 mg/m2～100 mg/m2または約1 mg/m2～100 mg/m2、例えば10 mg/m2～75 mg/m2もしくは約10 mg/m2～75 mg/m2、15 mg/m2～50 mg/m2もしくは約15 mg/m2～50 mg/m2、20 mg/m2～40 mg/m2もしくは約20 mg/m2～40 mg/m2、または24 mg/m2～35 mg/m2もしくは約24 mg/m2～35 mg/m2（両端の値を含む）の用量で投与される。場合によっては、対象に約30 mg/m2のフルダラビンが投与される。いくつかの態様において、フルダラビンは、単回用量で投与され得るか、または例えば毎日、隔日もしくは3日毎に投与される反復用量で投与され得る。いくつかの態様において、フルダラビンは毎日、例えば1～5日間、例えば3～5日間投与される。場合によっては、対象に約30 mg/m2のフルダラビンが細胞療法の開始の前に毎日3日間、投与される。
いくつかの態様において、リンパ球除去剤は薬剤の組合せ、例えばシクロホスファミドとフルダラビンの組合せを含む。したがって、薬剤の組合せは、任意の用量または投与スケジュール、例えば上記のもののシクロホスファミドと任意の用量または投与スケジュール、例えば上記のもののフルダラビンを含み得る。例えば、いくつかの局面において、対象に60 mg/kg（約2 g/m2）のシクロホスファミドおよび3～5回用量の25 mg/m2のフルダラビンが初回または後続用量の前に投与される。
該細胞の投与後、いくつかの態様における操作された細胞集団の生物学的活性は、例えばいくつかの公知のいずれかの方法によって測定される。インビボで例えばイメージングにより、またはエクスビボで例えばELISAもしくはフローサイトメトリーにより評価するパラメータとしては、抗原に対する操作されたT細胞もしくは天然T細胞または他の免疫細胞の特異的結合が挙げられる。特定の態様において、操作された細胞が標的細胞を破壊する能力は、任意の適切な公知の方法、例えばKochenderfer et al.,J.Immunotherapy,32（7）:689-702（2009）およびHerman et al.J.Immunological Methods,285（1）:25-40（2004）に記載の細胞傷害アッセイなどを用いて測定され得る。特定の態様において、細胞の生物学的活性は、1つまたは複数のサイトカイン、例えばCD107a、IFNγ、IL-2およびTNFの発現および/または分泌をアッセイすることによって測定される。いくつかの局面において、生物学的活性は、臨床転帰、例えば腫瘍負荷または腫瘍細胞量の低減を評価することによって測定される。
特定の態様において、操作された細胞は、任意の数の方法で、その治療有効性または予防有効性が高まるようにさらに修飾される。例えば、該集団によって発現される操作されたCARまたはTCRは、直接的にまたはリンカーを介して間接的に、のいずれかで標的部分にコンジュゲートされ得る。化合物、例えばCARまたはTCRを標的部分にコンジュゲートさせる実務は公知である。例えば、Wadwa et al.,J.Drug Targeting 3:1 1 1（1995）および米国特許第5,087,616号を参照のこと。
いくつかの態様において、該細胞は併用処置の一部として、例えば別の治療介入、例えば抗体または操作された細胞または受容体または薬剤、例えば細胞傷害薬または治療薬と同時に、または任意の順序で逐次投与される。いくつかの態様における細胞は、1つもしくは複数の追加の治療薬とともに、または別の治療介入との関連において同時または任意の順序で逐次のいずれかで共投与される。いくつかの状況において、該細胞は、該細胞集団が1つまたは複数の追加の治療薬の効果を増強するような、またはその逆となるような充分に近接した時間で別の治療薬と共投与される。いくつかの態様において、該細胞は、該1つまたは複数の追加の治療薬の前に投与される。いくつかの態様において、該細胞は、該1つまたは複数の追加の治療薬の後に投与される。いくつかの態様において、該1つまたは複数の追加の薬剤としては、例えば持続的存在を増強するためのサイトカイン、例えばIL-2が挙げられる。
A. 投薬
いくつかの態様において、用量分の細胞は対象に、提供される方法に従って、および/または提供される製造物品もしくは組成物で投与される。いくつかの態様において、用量のサイズまたはタイミングは、対象の具体的な疾患または病態の関数として決定される。場合によっては、提供される説明に鑑みた特定の疾患に対する用量のサイズまたはタイミングは経験的に決定され得る。
いくつかの態様において、用量分の細胞は対象に、提供される方法に従って、および/または提供される製造物品もしくは組成物で投与される。いくつかの態様において、用量のサイズまたはタイミングは、対象の具体的な疾患または病態の関数として決定される。場合によっては、提供される説明に鑑みた特定の疾患に対する用量のサイズまたはタイミングは経験的に決定され得る。
いくつかの態様において、細胞の該用量は、2×105個もしくは約2×105個の細胞/kgから2×106個もしくは約2×106個の細胞/kg、例えば4×105個もしくは約4×105個の細胞/kgから1×106個もしくは約1×106個の細胞/kg、または6×105個もしくは約6×105個の細胞/kgから8×105個もしくは約8×105個の細胞/kgを含む。いくつかの態様において、細胞の該用量は、2×105個以下の細胞（例えば、抗原発現、例えばCAR発現細胞）/キログラム対象体重（細胞/kg）、例えば3×105個以下もしくは約3×105個以下の細胞/kg、4×105個以下もしくは約4×105個以下の細胞/kg、5×105個以下もしくは約5×105個以下の細胞/kg、6×105個以下もしくは約6×105個以下の細胞/kg、7×105個以下もしくは約7×105個以下の細胞/kg、8×105個以下もしくは約8×105個以下の細胞/kg、9×105個以下もしくは約9×105個以下の細胞/kg、1×106個以下もしくは約1×106個以下の細胞/kg、または2×106個以下もしくは約2×106個以下の細胞/kgを含む。いくつかの態様において、細胞の該用量は、少なくとも2×105もしくは少なくとも約2×105もしくは2×105もしくは約2×105個の細胞（例えば、抗原発現、例えばCAR発現細胞）/キログラム対象体重（細胞/kg）、例えば少なくとも3×105もしくは少なくとも約3×105もしくは3×105もしくは約3×105個の細胞/kg、少なくとも4×105もしくは少なくとも約4×105もしくは4×105もしくは約4×105個の細胞/kg、少なくとも5×105もしくは少なくとも約5×105もしくは5×105もしくは約5×105個の細胞/kg、少なくとも6×105もしくは少なくとも約6×105もしくは6×105もしくは約6×105個の細胞/kg、少なくとも7×105もしくは少なくとも約7×105もしくは7×105もしくは約7×105個の細胞/kg、少なくとも8×105もしくは少なくとも約8×105もしくは8×105もしくは約8×105個の細胞/kg、少なくとも9×105もしくは少なくとも約9×105もしくは9×105もしくは約9×105個の細胞/kg、少なくとも1×106もしくは少なくとも約1×106もしくは1×106もしくは約1×106個の細胞/kgまたは少なくとも2×106もしくは少なくとも約2×106もしくは2×106もしくは約2×106個の細胞/kgを含む。
特定の態様において、細胞、または細胞のサブタイプの個々の集団は、10万個もしくは約10万個から1000億個もしくは約1000億個の細胞の範囲および/または対象の体重1キログラムあたりその量の細胞、例えば10万個もしくは約10万個から500億個もしくは約500億個の細胞（例えば、500万個もしくは約500万個の細胞、2500万個もしくは約2500万個の細胞、5億個もしくは約5億個の細胞、10億個もしくは約10億個の細胞、50億個もしくは約50億個の細胞、200億個もしくは約200億個の細胞、300億個もしくは約300億個の細胞、400億個もしくは約400億個の細胞または前記値のいずれか2つによって規定される範囲）、100万個もしくは約100万個から500億個もしくは約500億個の細胞（例えば、500万個もしくは約500万個の細胞、2500万個もしくは約2500万個の細胞、5億個もしくは約5億個の細胞、10億個もしくは約10億個の細胞、50億個もしくは約50億個の細胞、200億個もしくは約200億個の細胞、300億個もしくは約300億個の細胞、400億個もしくは約400億個の細胞または前記値のいずれか2つによって規定される範囲）、例えば1000万個もしくは約1000万個から、1000億個もしくは約1000億個の細胞（例えば、2000万個もしくは約2000万個の細胞、3000万個もしくは約3000万個の細胞、4000万個もしくは約4000万個の細胞、6000万個もしくは約6000万個の細胞、7000万個もしくは約7000万個の細胞、8000万個もしくは約8000万個の細胞、9000万個もしくは約9000万個の細胞、100億個もしくは約100億個の細胞、250億個もしくは約250億個の細胞、500億個もしくは約500億個の細胞、750億個もしくは約750億個の細胞、900億個もしくは約900億個の細胞または前記値のいずれか2つによって規定される範囲）、場合によっては、1億個もしくは約1億個から500億個もしくは約500億個の細胞（例えば、1億2000万個または約1億2000万個の細胞、2億5000万個または約2億5000万個の細胞、3億5000万個または約3億5000万個の細胞、4億5000万個または約4億5000万個の細胞、6億5000万個または約6億5000万個の細胞、8億個または約8億個の細胞、9億個または約9億個の細胞、30億個または約30億個の細胞、300億個または約300億個の細胞、450億個または約450億個の細胞）またはこれらの範囲の間のいずれかの値および/もしくは対象の体重1キログラムあたりいずれかの値で、対象に投与される。投与量は、疾患もしくは障害および/または患者および/または他の治療に特定の属性に応じて異なり得る。
いくつかの態様において、細胞の用量は、細胞の用量が対象の体表面積もしくは体重に関係しない、または対象の体表面積もしくは体重を基準にしないような一律用量の細胞または固定用量の細胞である。いくつかの態様において、かかる値は、組換え受容体発現細胞の数を示し;他の態様では、投与されるT細胞またはPBMCまたは全細胞の数を示す。
いくつかの態様において、例えば対象がヒトである場合、該用量は、約5×108個未満の全組換え受容体（例えば、CAR）発現細胞、T細胞または末梢血単核球（PBMC）、例えば約1×106～5×108個の範囲のかかる細胞、例えば2×106、5×106、1×107、5×107、1×108もしくは5×108、1×106もしくは約1×106個から5×108もしくは約5×108個のかかる細胞、例えば2×106、5×106、1×107、5×107、1×108、1.5×108もしくは5×108個または約2×106、5×106、1×107、5×107、1×108、1.5×108もしくは5×108個のそのような全細胞、または前記値のいずれか2つの間の範囲を含む。いくつかの態様において、例えば対象がヒトである場合、該用量は、1×106個超または約1×106個超の全組換え受容体（例えば、CAR）発現細胞、T細胞または末梢血単核球（PBMC）かつ2×109個未満または約2×109個未満の全組換え受容体（例えば、CAR）発現細胞、T細胞または末梢血単核球（PBMC）、例えば2.5×107または約2.5×107個から1.2×109または約1.2×109個の範囲のかかる細胞、例えば2.5×107、5×107、1×108、1.5×108、8×108もしくは1.2×109個または約2.5×107、5×107、1×108、1.5×108、8×108もしくは1.2×109個のそのような全細胞、または前記値のいずれか2つの間の範囲を含む。
いくつかの態様において、遺伝子操作された細胞の用量は、1×105個または約1×105個から5×108個または約5×108個の全CAR発現（CAR＋）T細胞、1×105個または約1×105個から2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から5×107個または約5×107個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から2.5×107個または約2.5×107個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から1×107個または約1×107個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から5×106個または約5×106個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から2.5×106個または約2.5×106個の全CAR発現T細胞、1×105個または約1×105個から1×106個または約1×106個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から5×107個または約5×107個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から2.5×107個または約2.5×107個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から1×107個または約1×107個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から5×106個または約5×106個の全CAR発現T細胞、1×106個または約1×106個から2.5×106個または約2.5×106個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から5×107個または約5×107個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から2.5×107個または約2.5×107個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から1×107個または約1×107個の全CAR発現T細胞、2.5×106個または約2.5×106個から5×106個または約5×106個の全CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から5×107個または約5×107個の全CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から2.5×107個または約2.5×107個の全CAR発現T細胞、5×106個または約5×106個から1×107個または約1×107個の全CAR発現T細胞、1×107個または約1×107個から5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、1×107個または約1×107個から2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、1×107個または約1×107個から1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、1×107個または約1×107個から5×107個または約5×107個の全CAR発現T細胞、1×107個または約1×107個から2.5×107個または約2.5×107個の全CAR発現T細胞、2.5×107個または約2.5×107個から5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、2.5×107個または約2.5×107個から2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、2.5×107個または約2.5×107個から1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、2.5×107個または約2.5×107個から5×107個または約5×107個の全CAR発現T細胞、5×107個または約5×107個から5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、5×107個または約5×107個から2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、5×107個または約5×107個から1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞、1×108個または約1×108個から5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞、1×108個または約1×108個から2.5×108個または約2.5×108個の全CAR発現T細胞、2.5×108個または約2.5×108個から5×108個または約5×108個の全CAR発現T細胞を含む。いくつかの態様において、遺伝子操作された細胞の用量は、2.5×107個または約2.5×107個から1.5×108個または約1.5×108個の全CAR発現T細胞、例えば5×107個または約5×107個から1×108個または約1×108個の全CAR発現T細胞を含む。
いくつかの態様において、遺伝子操作された細胞の用量は、少なくとも1×105個もしくは少なくとも約1×105個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×105個もしくは少なくとも約2.5×105個のCAR発現細胞、少なくとも5×105個もしくは少なくとも約5×105個のCAR発現細胞、少なくとも1×106個もしくは少なくとも約1×106個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×106個もしくは少なくとも約2.5×106個のCAR発現細胞、少なくとも5×106個もしくは少なくとも約5×106個のCAR発現細胞、少なくとも1×107個もしくは少なくとも約1×107個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×107個もしくは少なくとも約2.5×107個のCAR発現細胞、少なくとも5×107個もしくは少なくとも約5×107個のCAR発現細胞、少なくとも1×108個もしくは少なくとも約1×108個のCAR発現細胞、少なくとも1.5×108個もしくは少なくとも約1.5×108個のCAR発現細胞、少なくとも約5×106個のCAR発現細胞、少なくとも1×107個もしくは少なくとも約1×107個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×107個もしくは少なくとも約2.5×107個のCAR発現細胞、少なくとも5×107個もしくは少なくとも約5×107個のCAR発現細胞、少なくとも1×108個もしくは少なくとも約1×108個のCAR発現細胞、少なくとも2.5×108個もしくは少なくとも約2.5×108個のCAR発現細胞または少なくとも5×108個もしくは少なくとも約5×108個のCAR発現細胞を含む。
いくつかの態様において、細胞療法は、1×105個もしくは約1×105個から5×108個もしくは約5×108個の全組換え受容体発現細胞、全T細胞もしくは全末梢血単核球（PBMC）、5×105個もしくは約5×105個から1×107個もしくは約1×107個の全組換え受容体発現細胞、全T細胞もしくは全末梢血単核球（PBMC）または1×106個もしくは約1×106個から1×107個もしくは約1×107個の全組換え受容体発現細胞、全T細胞もしくは全末梢血単核球（PBMC）（各々、両端の値を含む）の数の細胞を含む用量の投与を含む。いくつかの態様において、細胞療法は、少なくとも1×105個または少なくとも約1×105個の全組換え受容体発現細胞、全T細胞もしくは全末梢血単核球（PBMC）、かかる少なくとも1×106個または少なくとも1×106個、少なくとも1×107個または少なくとも約1×107個、少なくとも1×108個または少なくとも約1×108個のかかる細胞の数の細胞を含む用量分の細胞の投与を含む。いくつかの態様において、この数は、CD3発現もしくはCD8発現、また、場合によっては組換え受容体発現（例えば、CAR発現）細胞の総数を基準とする。いくつかの態様において、細胞療法は、1×105個もしくは約1×105個から5×108個もしくは約5×108個のCD3発現もしくはCD8発現全T細胞もしくはCD3発現もしくはCD8発現組換え受容体発現細胞、5×105個もしくは約5×105個から1×107個もしくは約1×107個のCD3発現もしくはCD8発現全T細胞もしくはCD3発現もしくはCD8発現組換え受容体発現細胞、または1×106個もしくは約1×106個から1×107個もしくは約1×107個のCD3発現もしくはCD8発現全T細胞もしくはCD3発現もしくはCD8発現組換え受容体発現細胞（各々、両端の値を含む）の数の細胞を含む用量の投与を含む。いくつかの態様において、細胞療法は、1×105個もしくは約1×105個から5×108個もしくは約5×108個の全CD3発現/CAR発現もしくはCD8発現/CAR発現細胞、5×105個もしくは約5×105個から1×107個もしくは約1×107個の全CD3発現/CAR発現もしくはCD8発現/CAR発現細胞、または1×106個もしくは約1×106個から1×107個もしくは約1×107個の全CD3発現/CAR発現もしくはCD8発現/CAR発現細胞（各々、両端の値を含む）の数の細胞を含む用量の投与を含む。
いくつかの態様において、該用量のT細胞はCD4＋T細胞、CD8＋T細胞またはCD4＋およびCD8＋T細胞を含む。
いくつかの態様において、例えば対象がヒトである場合、該用量の、例えばCD4＋およびCD8＋T細胞を含む用量中のCD8＋T細胞は1×106個もしくは約1×106個から5×108個もしくは約5×108個の全組換え受容体（例えば、CAR）発現CD8＋細胞、例えば5×106個もしくは約5×106個から1×108個もしくは約1×108個の範囲のかかる細胞、例えば1×107、2.5×107、5×107、7.5×107、1×108、1.5×108もしくは5×108個のそのような全細胞、または前記値のいずれか2つの間の範囲を含む。いくつかの態様において、患者に反復用量が投与され、それぞれの用量または総用量は前記値のいずれかの範囲内であり得る。いくつかの態様において、細胞の該用量は、1×107個または約1×107個から0.75×108個または約0.75×108個の全組換え受容体発現CD8＋T細胞、1×107個または約1×107個から5×107個または約5×107個の全組換え受容体発現CD8＋T細胞、1×107個または約1×107個から0.25×108個または約0.25×108個の全組換え受容体発現CD8＋T細胞（各々、両端の値を含む）の投与を含む。いくつかの態様において、細胞の該用量は、1×107、2.5×107、5×107、7.5×107、1×108、1.5×108、2.5×108もしくは5×108個または約1×107、2.5×107、5×107、7.5×107、1×108、1.5×108、2.5×108もしくは5×108個の全組換え受容体発現CD8＋T細胞の投与を含む。
いくつかの態様において、該用量の細胞、例えば組換え受容体発現T細胞は対象に単回用量として投与されるか、または2週間、1ヶ月、3ヶ月、6ヶ月、1年、もしくはそれより長い期間内に1回だけ投与される。
養子細胞療法との関連において、所与の「用量」の投与は、所与の量もしくは数の細胞の単一の組成物としての投与および/または単回の中断されない投与、例えば単回の注射もしくは連続輸注を包含し、また、複数の個々の組成物または輸注で提供される所与の量または数の細胞の分割用量としての、または複数の組成物としての指定された期間、例えば3日以下にわたる投与も包含する。したがって、いくつかの状況において、用量は、単一の時間点に施行または開始される指定された数の細胞の単回投与または連続投与である。しかしながら、いくつかの状況において、該用量は、3日以下の期間にわたって、例えば1日1回を3日間もしくは2日間、複数回注射もしくは複数回輸注で、または1日で複数回輸注によって投与される。
したがって、いくつかの局面において、該用量の細胞は、単一の薬学的組成物で投与される。いくつかの態様において、該用量の細胞は、合わせて該用量の細胞を含有する複数の組成物で投与される。
いくつかの態様において、用語「分割用量」は、1日より長くにわたって投与されるように分割された用量を示す。この型の投薬投与は本方法に包含され、単回用量であるとみなす。
したがって、該用量分の細胞は分割用量、例えば経時的に投与される分割用量として投与され得る。例えば、いくつかの態様において、該用量は対象に2日間にわたって、または3日間にわたって投与され得る。分割投薬のための例示的な方法は、用量の25％を初日に投与し、用量の残りの75％を2日目に投与することを含む。他の態様において、用量の33％が初日に投与され得、残りの67％が2日目に投与され得る。いくつかの局面において、用量の10％が初日に投与され、用量の30％が2日目に投与され、用量の60％が3日目に投与される。いくつかの態様において、分割用量は3日より長くにわたって延長されない。
いくつかの態様において、該用量の細胞は、各々が該用量のいくらかの細胞を含む複数の、例えば第1および第2の、任意でそれより多くの組成物または溶液の投与によって投与され得る。いくつかの局面において、各々が異なる細胞集団および/またはサブタイプ細胞を含む複数の組成物が別々に、または独立して、任意で一定期間内に投与される。例えば、該細胞集団またはサブタイプ細胞は、それぞれCD8＋およびCD4＋T細胞ならびに/またはそれぞれCD8＋濃縮集団およびCD4＋濃縮集団を含み得、例えば、CD4＋および/またはCD8＋T細胞は各々が個々に、組換え受容体を発現するように遺伝子操作された細胞を含み得る。いくつかの態様において、該用量の投与は、用量分のCD8＋T細胞または用量分のCD4＋T細胞を含む第1の組成物の投与ならびに用量分のCD4＋T細胞および用量分のCD8＋T細胞のうちの他方を含む第2の組成物の投与を含む。
いくつかの態様において、該組成物または用量の投与、例えば、複数の細胞組成物の投与は細胞組成物の別々の投与を伴う。いくつかの局面において、別々の投与は同時に、または任意の順序で逐次的に行なわれる。いくつかの態様において、該用量は第1の組成物と第2の組成物とを含み、第1の組成物と第2の組成物は、0時間もしくは約0時間から12時間もしくは約12時間あけて、0時間もしくは約0時間から6時間もしくは約6時間あけて、または0時間もしくは約0時間から2時間もしくは約2時間あけて投与される。いくつかの態様において、第1の組成物の投与の開始と第2の組成物の投与の開始は、2時間以下もしくは約2時間以下、1時間以下もしくは約1時間以下または30分以下もしくは約30分以下あけて、15分以下もしくは約15分以下、10分以下もしくは約10分以下または5分以下もしくは約5分以下あけて行なわれる。いくつかの態様において、第1の組成物の投与の開始および/または終了と第2の組成物の投与の終了および/または開始は、2時間以下もしくは約2時間以下、1時間以下もしくは約1時間以下または30分以下もしくは約30分以下あけて、15分以下もしくは約15分以下、10分以下もしくは約10分以下または5分以下もしくは約5分以下あけて行なわれる。
いくつかの組成物において、第1の組成物、例えば該用量の第1の組成物はCD4＋T細胞を含む。いくつかの組成物において、第1の組成物、例えば該用量の第1の組成物はCD8＋T細胞を含む。いくつかの態様において、第1の組成物は第2の組成物の前に投与される。
いくつかの態様において、細胞の用量または組成物は、規定された比もしくは目標の比の組換え受容体発現CD4＋細胞対組換え受容体発現CD8＋細胞および/または規定された比もしくは目標の比のCD4＋細胞対CD8＋細胞を含み、この比は任意でおよそ1:1であるか、またはおよそ1:3～およそ3:1であり、例えばおよそ1:1である。いくつかの局面において、目標の比または所望の比の異なる細胞集団（例えば、CD4＋:CD8＋比またはCAR＋CD4＋:CAR＋CD8＋比、例えば1:1）を有する組成物または用量の投与は、一方の集団を含む細胞組成物の投与、次いで他方の集団を含む別個の細胞組成物の投与を伴い、ここで、投与は目標の比もしくは所望の比またはおよそ目標の比もしくはおよそ所望の比での投与である。いくつかの局面において、規定された比での細胞の用量または組成物の投与により、T細胞療法の拡大、持続性および/または抗腫瘍活性の改善がもたらされる。
いくつかの態様において、対象には反復用量、例えば2回以上の用量または複数回の後続用量の細胞が投与される。いくつかの態様において、2回用量が対象に投与される。いくつかの態様において、対象には後続用量が投与され、例えば2回目の用量が初回用量のおよそ4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20または21日後に投与される。いくつかの態様において、初回用量後、複数回の後続用量が投与され、そのため後続用量の投与後に1回または複数回の追加の用量が投与される。いくつかの局面において、追加の用量で対象に投与される細胞の数は初回用量および/または後続用量と同じか、または同様である。いくつかの態様において、1回または複数回の追加の用量は前回用量より多い。
いくつかの局面において、初回用量および/または後続用量のサイズは、1つまたは複数の基準、例えば前の処置、例えば化学療法に対する対象の奏効、対象の疾病負荷、例えば腫瘍細胞量、腫瘍造影領域、腫瘍サイズ、または転移の度合い、程度もしくは型、病期および/または対象が毒性転帰、例えばCRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍崩壊症候群、神経毒性を発現する尤度もしくは発生率および/または投与される細胞および/または組換え受容体に対する宿主の免疫応答に基づいて決定される。
いくつかの局面において、初回用量の投与と後続用量の投与との間の時間は約9～約35日、約14～約28日または15～27日である。いくつかの態様において、後続用量の投与は、初回用量の投与から約14日後より後でありかつ約28日後より前の時点である。いくつかの局面において、初回用量と後続用量との間の時間は約21日である。いくつかの態様において、1回または複数回の追加の用量、例えば後続用量は、後続用量の投与後に投与される。いくつかの局面において、1回または複数回の追加の後続用量は、前回用量の投与から少なくとも約14日後でありかつ約28日後より前に投与される。いくつかの態様において、追加の用量は前回用量から約14日後より前、例えば前回用量の4、5、6、7、8、9、10、11、12または13日後に投与される。いくつかの態様において、前回用量から約14日後より前に用量の投与は行なわれない、および/または前回用量から約28日後より後に用量の投与は行なわれない。
いくつかの態様において、細胞、例えば組換え受容体発現細胞の用量は、T細胞の初回用量およびT細胞の後続用量を含む2回用量（例えば二重用量）を含み、ここで、初回用量および2回目の用量の一方または両方がT細胞の分割用量の投与を構成する。
いくつかの態様において、細胞の用量は一般的に、疾病負荷の低減に有効であるのに充分に大きい。
いくつかの態様において、細胞は、いくつかの局面において所望の用量もしくは数の細胞もしくは細胞型および/または所望の比の細胞型を含む所望の投与量で投与される。したがって、いくつかの態様における細胞の投与量は、細胞の総数（または体重1kgあたりの数）および個々の集団またはサブタイプの所望の比、例えばCD8＋に対するCD4＋の比に基づく。いくつかの態様において、細胞の投与量は個々の集団中または個々の細胞型の細胞の所望の総数（または体重1kgあたりの数）に基づく。いくつかの態様において、投与量は、個々の集団における所望の数の全細胞、所望の比および所望の総数の細胞などのかかる特徴量の組合せに基づく。
いくつかの態様において、集団またはサブタイプの細胞、例えばCD8＋およびCD4＋T細胞は、所望の全細胞用量、例えば所望のT細胞用量の許容差で、または所望の全細胞用量、例えば所望のT細胞用量の許容差の範囲内で投与される。いくつかの局面において、所望の用量は、所望の数の細胞または細胞が投与される対象の単位体重あたりの所望の数の細胞、例えば細胞/kgである。いくつかの局面において、所望の用量は、最低限の細胞数もしくは単位体重あたりの最低限の細胞数または最低限の細胞数より上もしくは単位体重あたりの最低限の細胞数より上である。いくつかの局面において、所望の用量で投与される全細胞には、個々の集団または個々のサブタイプを所望のアウトプット比（例えば、CD8＋に対するCD4＋の比）またはほぼ所望のアウトプット比（例えば、CD8＋に対するCD4＋の比）で、例えばかかる比の特定の許容差または許容誤差の範囲内で存在させる。
いくつかの態様において、細胞は、個々の細胞集団またはサブタイプ細胞の1つまたは複数の所望の用量、例えばCD4＋細胞の所望の用量および/またはCD8＋細胞の所望の用量で、あるいは個々の細胞集団またはサブタイプ細胞の1つまたは複数の所望の用量の許容差の範囲内、例えばCD4＋細胞の所望の用量および/またはCD8＋細胞の所望の用量の許容差の範囲内で投与される。いくつかの局面において、所望の用量は、サブタイプもしくは集団の所望の数の細胞または細胞が投与される対象の単位体重あたりの所望の数の細胞、例えば細胞/kgである。いくつかの局面において、所望の用量は、集団もしくはサブタイプの最低限の細胞数または単位体重あたりの集団もしくはサブタイプの最低限の細胞数であるか、あるいは集団もしくはサブタイプの最低限の細胞数より上または単位体重あたりの集団もしくはサブタイプの最低限の細胞数より上である。
したがって、いくつかの態様において、投与量は全細胞の所望の固定用量および所望の比に基づく、ならびに/または1つもしくは複数の個々のサブタイプもしくは亜集団、例えばその各々の所望の固定用量に基づく。したがって、いくつかの態様において、投与量はT細胞の所望の固定用量もしくは最小限の用量およびCD8＋細胞に対するCD4＋細胞の所望の比に基づく、ならびに/またはCD4＋および/もしくはCD8＋細胞の所望の固定用量もしくは最小限の用量に基づく。
いくつかの態様において、該細胞は、多種類の細胞集団またはサブタイプ、例えばCD4＋およびCD8＋細胞またはサブタイプの所望のアウトプット比の許容範囲で、または該許容範囲内で投与される。いくつかの局面において、所望の比は特定の比率であり得るか、またはある範囲の比率であり得る。例えば、いくつかの態様において、所望の比（例えば、CD8＋細胞に対するCD4＋細胞の比）は5:1もしくは約5:1から5:1もしくは約5:1（または約1:5超かつ約5:1未満）または1:3もしくは約1:3から3:1もしくは約3:1（または約1:3超かつ約3:1未満）、例えば2:1もしくは約2:1から1:5もしくは約1:5（または約1:5超かつ約2:1未満、例えば5:1、4.5:1、4:1、3.5:1、3:1、2.5:1、2:1、1.9:1、1.8:1、1.7:1、1.6:1、1.5:1、1.4:1、1.3:1、1.2:1、1.1:1、1:1、1:1.1、1:1.2、1:1.3、1:1.4、1:1.5、1:1.6、1:1.7、1:1.8、1:1.9:1:2、1:2.5、1:3、1:3.5、1:4、1:4.5もしくは1:5または約5:1、4.5:1、4:1、3.5:1、3:1、2.5:1、2:1、1.9:1、1.8:1、1.7:1、1.6:1、1.5:1、1.4:1、1.3:1、1.2:1、1.1:1、1:1、1:1.1、1:1.2、1:1.3、1:1.4、1:1.5、1:1.6、1:1.7、1:1.8、1:1.9:1:2、1:2.5、1:3、1:3.5、1:4、1:4.5もしくは1:5である。いくつかの局面において、許容差は所望の比の約1％、約2％、約3％、約4％ 約5％、約10％、約15％、約20％、約25％、約30％、約35％、約40％、約45％、約50％以内であり、これらの範囲間の任意の値を含む。
特定の態様において、細胞の数および/または濃度は組換え受容体（例えば、CAR）発現細胞の数を示す。他の態様において、細胞の数および/または濃度は、投与される全細胞、T細胞または末梢血単核球（PBMC）の数または濃度を示す。
いくつかの局面において、用量サイズは、1つまたは複数の基準、例えば前の処置、例えば化学療法に対する対象の奏効、対象の疾病負荷、例えば腫瘍細胞量、腫瘍造影領域、腫瘍サイズまたは転移の度合い、程度もしくは型、病期および/または対象が毒性転帰、例えばCRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍溶解症候群、神経毒性を発現する尤度もしくは発生率ならびに/または投与される細胞および/もしくは組換え受容体に対する宿主の免疫応答に基づいて決定される。
いくつかの態様において、該方法はまた、1つもしくは複数の追加の用量のキメラ抗原受容体（CAR）発現細胞および/もしくはリンパ球除去療法薬を投与することを含む、ならびに/または該方法の1つもしくは複数の工程を反復する。いくつかの態様において、該1つまたは複数の追加の用量は最初の用量と同じである。いくつかの態様において、該1つまたは複数の追加の用量は最初の用量と異なる、例えば最初の用量より多い、例えば2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍もしくは10倍またはそれ以上多いか、あるいは最初の用量より少ない、例えば多い、例えば2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍もしくは10倍またはそれ以上少ないなどである。いくつかの態様において、1つまたは複数の追加の用量の投与は、最初の処置もしくは任意の前の処置に対する対象の奏効、対象の疾病負荷、例えば腫瘍細胞量、腫瘍造影領域、腫瘍サイズまたは転移の度合い、程度もしくは型、病期および/または対象が毒性転帰、例えばCRS、マクロファージ活性化症候群、腫瘍溶解症候群、神経毒性を発現する尤度もしくは発生率ならびに/または投与される細胞および/もしくは組換え受容体に対する宿主の免疫応答に基づいて決定される。いくつかの態様において、1つまたは複数の追加の用量の投与は、本明細書において提供される方法に従って判定された臨床応答に基づいて決定される。
V. 定義
別段の定義がない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語、表記法ならびに他の技術および科学用語または専門用語は、特許請求される主題が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有することが意図されている。一部の状況において、一般的に理解される意味を有する用語は、明確化および/または参照を容易にするために本明細書において定義され、本明細書においてかかる定義を含むことは、必ずしも当技術分野において一般的に理解されているものに対する実質的な相違を表すと解釈されるべきではない。
別段の定義がない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語、表記法ならびに他の技術および科学用語または専門用語は、特許請求される主題が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有することが意図されている。一部の状況において、一般的に理解される意味を有する用語は、明確化および/または参照を容易にするために本明細書において定義され、本明細書においてかかる定義を含むことは、必ずしも当技術分野において一般的に理解されているものに対する実質的な相違を表すと解釈されるべきではない。
別段の定義がない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語、表記法ならびに他の技術および科学用語または専門用語は、特許請求される主題が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有することが意図されている。一部の状況において、一般的に理解される意味を有する用語は、明確化および/または参照を容易にするために本明細書において定義され、本明細書においてかかる定義を含むことは、必ずしも当技術分野において一般的に理解されているものに対する実質的な相違を表すと解釈されるべきではない。
本明細書において使用する場合、単数形「a」、「an」および「the」は、文脈が明らかに他のことを指示しない限り、複数の言及を含む。例えば、「a」または「an」は、「少なくとも1つ」または「1つまたは複数」を意味する。本明細書において記載される局面および変形例は、局面および変形例「からなる」および/または「から本質的になる」ことを含むことが理解される。
本開示の全体を通して、特許請求される主題の様々な局面が範囲形式で示される。範囲形式での説明は、単に便宜および簡潔さのためのものであり、特許請求される主題の範囲に対する柔軟性のない限定として解釈されるべきではないことを理解されたい。したがって、範囲の説明は、すべての可能な部分範囲、およびその範囲内の個々の数値を具体的に開示していると考えられるべきである。例えば、値の範囲が提供される場合、その範囲の上限と下限との間の各介在値、およびその記載された範囲内の任意の他の記載値または介在値は、特許請求される主題内に包含されることが理解される。これらのさらに小さい範囲の上限および下限は、そのさらに小さい範囲に独立して含まれてもよく、また、記載された範囲内の任意の具体的に除外された限界を条件として、特許請求される主題内に包含される。記載された範囲が限界値の一方または両方を含む場合、それらの含まれる限界値の一方または両方を除外した範囲も、特許請求される主題に含まれる。このことは、範囲の広さにかかわらず、当てはまる。
本明細書において使用される用語「約」は、この技術分野の当業者に容易に知られているそれぞれの値の通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」何らかの値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータ自体を対象とする態様を含む（および説明する）。例えば、「約X」を参照する記載は、「X」という記載を含む。
本明細書において使用する場合、ヌクレオチドまたはアミノ酸位置が、配列表に記載されるような開示された配列中のヌクレオチドまたはアミノ酸位置に「対応する」という記載は、GAPアルゴリズムなどの標準的なアライメントアルゴリズムを使用して同一性を最大化するために開示された配列とアライメントした際に同定されるヌクレオチドまたはアミノ酸位置を指す。配列をアライメントすることによって、当業者であれば、例えば、保存された同一のアミノ酸残基をガイドとして使用して、対応する残基を同定することができる。一般に、対応する位置を同定するために、アミノ酸の配列は、最も高い順序の一致が得られるようにアライメントされる（例えば、Computational Molecular Biology,Lesk,A.M.,ed.,Oxford University Press,New York,1988;Biocomputing:Informatics and Genome Projects,Smith,D.W.,ed.,Academic Press,New York,1993;Computer Analysis of Sequence Data,Part I,Griffin,A.M.,and Griffin,H.G.,eds.,Humana Press,New Jersey,1994;Sequence Analysis in Molecular Biology,von Heinje,G.,Academic Press,1987;およびSequence Analysis Primer,Gribskov,M.and Devereux,J.,eds.,M Stockton Press,New York,1991;Carrillo et al.（1988）SIAM J Applied Math 48:1073参照）。
用語「ベクター」は、本明細書において使用する場合、連結される別の核酸を増やすことができる核酸分子を示す。この用語には、自己複製する核酸構造物としてのベクター、同様にまた、導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれるベクターが含まれる。ある種のベクターは、機能的に連結される核酸の発現を導くことができる。そのようなベクターは本明細書において「発現ベクター」として示される。ベクターの中には、ウイルスベクター、例えば、レトロウイルスベクター、例えば、ガンマレトロウイルスベクターおよびレンチウイルスベクターがある。
「宿主細胞」、「宿主細胞株」および「宿主細胞培養物」という用語は、互換的に使用され、かつ外因性核酸が導入された細胞を指し、かかる細胞の子孫を含む。宿主細胞としては、「形質転換体」および「形質転換細胞」が挙げられ、これらには、初代形質転換細胞、および継代数を問わずそれに由来する子孫が含まれる。子孫は、親細胞と核酸含量が完全に同一でない場合があるが、突然変異を含む場合がある。最初に形質転換された細胞においてスクリーニングまたは選択されたものと同じ機能または生物活性を有する変異子孫が本明細書において含まれる。
本明細書において使用する場合、細胞または細胞集団が特定のマーカーについて「陽性」であるという記述は、特定のマーカー、典型的には表面マーカーが細胞上または細胞中に検出可能に存在することを指す。表面マーカーに言及する場合、この用語は、フローサイトメトリーによって、例えば、マーカーに特異的に結合する抗体によって染色し、該抗体を検出することによって検出される表面発現の存在を指し、染色は、他の点では同一の条件下でアイソタイプを適合させた対照を用いて同じ手順を実施する検出された染色を実質的に上回るレベルで、および/またはマーカーについて陽性であると知られている細胞のレベルと実質的に同様のレベルで、および/またはマーカーについて陰性であると知られている細胞のレベルよりも実質的に高いレベルで、フローサイトメトリーによって検出可能である。
本明細書において使用する場合、細胞または細胞集団が特定のマーカーについて「陰性」であるという記述は、特定のマーカー、典型的には表面マーカーが細胞上または細胞中に実質的に検出可能に存在しないことを指す。表面マーカーに言及する場合、この用語は、フローサイトメトリーによって、例えば、マーカーに特異的に結合する抗体によって染色し、該抗体を検出することによって検出される表面発現の非存在を指し、染色は、他の点では同一の条件下でアイソタイプを適合させた対照を用いて同じ手順を実施する検出された染色を実質的に上回るレベルで、および/またはマーカーについて陽性であると知られている細胞のレベルよりも実質的に低いレベルで、および/またはマーカーについて陰性であると知られている細胞のレベルと比較して実質的に同様のレベルで、フローサイトメトリーによって検出可能である。
本明細書において使用する場合、アミノ酸配列（参照ポリペプチド配列）に関して使用される場合の「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」および「パーセント同一性」は、最大パーセント配列同一性を達成するために配列をアライメントし、かつ必要に応じてギャップを導入した後、いかなる保存的置換も配列同一性の一部として考慮せずに、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列（例えば、対象の抗体または断片）中のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定するためのアライメントは、例えば、BLAST、BLAST-2、ALIGNまたはMegalign（DNASTAR）ソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用して、当技術分野の技能の範囲内である様々な方法で達成することができる。当業者であれば、比較される配列の全長にわたって最大アライメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列をアライメントするための適切なパラメータを決定することができる。
アミノ酸置換は、ポリペプチド中の1つのアミノ酸を別のアミノ酸によって置換することを含み得る。置換は、保存的アミノ酸置換または非保存的アミノ酸置換であり得る。アミノ酸置換を関心対象の結合分子、例えば抗体に導入してもよく、かつ所望の活性、例えば、保持/改善された抗原結合、免疫原性の低下、または改善されたADCCもしくはCDCについて生成物をスクリーニングしてもよい。
アミノ酸は、一般に、以下の一般的な側鎖特性に従って分類することができる:
（1）疎水性:ノルロイシン、Met、Ala、Val、Leu、Ile;
（2）中性親水性:Cys、Ser、Thr、Asn、Gln;
（3）酸性:Asp、Glu;
（4）塩基性:His、Lys、Arg;
（5）鎖配向に影響を及ぼす残基:Gly、Pro;
（6）芳香族:Trp、Tyr、Phe。
（1）疎水性:ノルロイシン、Met、Ala、Val、Leu、Ile;
（2）中性親水性:Cys、Ser、Thr、Asn、Gln;
（3）酸性:Asp、Glu;
（4）塩基性:His、Lys、Arg;
（5）鎖配向に影響を及ぼす残基:Gly、Pro;
（6）芳香族:Trp、Tyr、Phe。
いくつかの態様において、保存的置換は、これらのクラスの1つのメンバーを同じクラスの別のメンバーと交換することを伴い得る。いくつかの態様において、非保存的アミノ酸置換は、これらのクラスの1つのメンバーを別のクラスと交換することを伴い得る。
本明細書において使用する場合、組成物は、細胞を含めて、2つ以上の製造物、物質または化合物の混合物をどのようなものであっても示す。組成物は、溶液、懸濁物、液体、粉末、ペースト、水性、非水性、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
本明細書において使用する場合、「対象」は、ヒトまたは他の動物などの哺乳類であり、典型的にはヒトである。
別段の定義がない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語、表記法ならびに他の技術および科学用語または専門用語は、特許請求される主題が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有することが意図されている。一部の状況において、一般的に理解される意味を有する用語は、明確化および/または参照を容易にするために本明細書において定義され、本明細書においてかかる定義を含むことは、必ずしも当技術分野において一般的に理解されているものに対する実質的な相違を表すと解釈されるべきではない。
VI. 例示的な態様
以下の態様が提供される:
1. 臨床応答に関連する特徴量を特定する方法であって、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、CARを含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、該対象特徴量のうちの1つまたは複数、該インプット組成物特徴量のうちの1つまたは複数、および該治療用細胞組成物特徴量のうちの1つまたは複数を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;
（d）教師あり学習を用いてランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの該情報提供性特徴量および得られた臨床応答を適用する工程;ならびに
（e）訓練されたランダムフォレストモデルから、該臨床応答に関連する情報提供性特徴量を特定する工程
を含む、前記方法。
2. 臨床応答に関連する特徴量を特定する方法であって、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、該対象特徴量のうちの1つまたは複数、該インプット組成物特徴量のうちの1つまたは複数、および該治療用細胞組成物特徴量のうちの1つまたは複数を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を経時的に得る工程;
（d）教師あり学習を用いてランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの情報提供性特徴量および臨床応答を適用する工程;ならびに
（e）訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルから、該臨床応答に関連する情報提供性特徴量を特定する工程
を含む、前記方法。
3. 臨床応答に関連する情報提供性特徴量を特定することが該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度を求めることを含む、態様1または態様2の方法。
4. 重要度尺度が順列重要度尺度、平均最小深度および/またはランダムフォレストの木の総数を含み、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される、態様3の方法。
5. 重要度尺度が順列重要度尺度、平均最小深度および/またはランダムサバイバルフォレストの木の総数を含み、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される、態様3の方法。
6. 重要度尺度が順列重要度尺度である、態様3～5のいずれかの方法。
7. 重要度尺度が平均最小深度である、態様3～5のいずれかの方法。
8. 重要度尺度がランダムフォレストの木の総数であり、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される、態様3または態様4の方法。
9. 重要度尺度がランダムサバイバルフォレストの木の総数であり、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される、態様3または態様5の方法。
10. 臨床応答に関連する情報提供性特徴量が、該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度の順位付けによって特定される最初の10、9、8、7、6、5、4、3、2または1つの情報提供性特徴量であり、該重要度尺度は各情報提供性特徴量について同じである、態様3～10のいずれかの方法。
11. 臨床応答に関連する情報提供性特徴量が、該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の5つの情報提供性特徴量であり、該重要度尺度は各情報提供性特徴量について同じである、態様3～10のいずれかの方法。
12. 臨床応答に関連する情報提供性特徴量が、該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の情報提供性特徴量であり、該重要度尺度は各情報提供性特徴量について同じである、態様3～11のいずれかの方法。
13. 臨床応答を判定する方法であって、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;ならびに
（b）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物での処置に対する対象の臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程
を含む、前記方法。
14. 臨床応答を判定する方法であって、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;ならびに
（b）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物での処置に対する該対象の臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程
を含む、前記方法。
15.（a）T細胞を含むインプット組成物を作製するために、対象由来の試料からT細胞を選択する工程;
（b）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を測定する工程;ならびに
（c）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物での処置に対する該対象の臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程;ならびに
対象に治療を施す工程であって、
（1）該対象が、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、3ヶ月を超える永続的応答、3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかまたは目標薬物動態応答より大きい所望の薬物動態応答、ならびに無毒性応答または軽度毒性応答（任意で、毒性はグレード2以下のCRSもしくはグレード2以下の神経毒性である）からなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンが投与される;あるいは
（2）該対象が、毒性応答（任意で、毒性応答は重度のサイトカイン放出症候群または重度の神経毒性である）、目標薬物動態応答と比較して低い薬物動態応答、病勢進行（PD）、3ヶ月未満の永続的応答、および3ヶ月未満のPFSからなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該対象に、治療用細胞組成物を含む該所定の治療レジメンと比較して変更された該治療用細胞組成物を含む治療レジメンを投与する、
該工程
を含む、対象を処置する方法。
16.（a）T細胞を含むインプット組成物を作製するために、対象由来の試料からT細胞を選択する工程;
（b）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を測定する工程;ならびに
（c）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物で処置される該対象における臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程;ならびに
対象に治療を施す工程であって、
（1）該対象が、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、3ヶ月を超える永続的応答、3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかまたは目標薬物動態応答より大きい所望の薬物動態応答、ならびに無毒性応答または軽度毒性応答（任意で、毒性はグレード2以下のCRSもしくはグレード2以下の神経毒性である）からなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンが投与される;あるいは
（2）該対象が、毒性応答（任意で、毒性応答は重度のサイトカイン放出症候群または重度の神経毒性である）、目標薬物動態応答と比較して低い薬物動態応答、病勢進行（PD）、3ヶ月未満の永続的応答、および3ヶ月未満のPFSからなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該対象に、治療用細胞組成物を含む該所定の治療レジメンと比較して変更された該治療用細胞組成物を含む治療レジメンを投与する、
該工程
を含む、対象を処置する方法。
17. ランダムフォレストモデルが教師あり訓練を用いて訓練され、該教師あり訓練が、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;
（d）ランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして複数の対象からの情報提供性特徴量、および得られた臨床応答を適用する工程
を含む、態様13または態様15の方法。
18. ランダムサバイバルフォレストモデルが教師あり訓練を用いて訓練され、該教師あり訓練が、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を経時的に得る工程;
（d）教師あり学習を用いてランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの情報提供性特徴量および臨床応答を適用する工程
を含む、態様14または態様16の方法。
19.（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;
（d）ランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして複数の対象からの情報提供性特徴量、および得られた臨床応答を適用する工程
を含む、ランダムフォレストモデルの開発方法。
20.（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を経時的に得る工程;
（d）教師あり学習を用いてランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの情報提供性特徴量および臨床応答を適用する工程
を含む、ランダムサバイバルフォレストモデルの開発方法。
21. 該複数の対象の各々に該複数の治療用細胞組成物のうちの1つが投与され、対象に投与される該1つの治療用細胞組成物が、該対象由来の試料のインプット組成物から作製される治療用細胞組成物である、態様1～12および17～20のいずれかの方法。
22. 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、
a）50％超、約50％超もしくは50％のデータ欠損を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程;
b）ゼロ分散、または95％超、約95％超もしくは95％が単一値と等しいデータ値、および/またはn＝試料数である0.1n個より少ない一意な値、を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程;
c）対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量の欠損データを連鎖方程式による多変量補完によって補完する工程;
d）0.5超、約0.5または0.5と等しい相関係数を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量ならびにそれらの組合せのセットを含む共変量クラスターを特定し、かつ、対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を該共変量クラスターから反復的に選択する工程であって、選択される該対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量は、残りのすべての対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量との最も小さい平均絶対相関を有する、該工程
のうちの1つまたは複数を含む、態様1～21のいずれかの方法。
23. 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、50％超、約50％または50％のデータ欠損を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程を含むか、または該工程である、態様1～22のいずれかの方法。
24. 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、ゼロ分散、または95％超、約95％もしくは95％が単一値と等しいデータ値、およびn＝試料数である0.1n個より少ない一意な値、を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程を含むか、または該工程である、態様1～23のいずれかの方法。
25. 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量の欠損データを、連鎖方程式による多変量補完によって補完する工程を含むか、または該工程である、態様1～24のいずれかの方法。
26. 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、0.5超、約0.5または0.5と等しい相関係数を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量ならびにそれらの組合せのセットを含む共変量クラスターを特定し、かつ、対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を該共変量クラスターから反復的に選択する工程を含むか、または該工程であり、ここで、選択される該対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量は、残りのすべての対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量との最も小さい平均絶対相関を有する、態様1～25のいずれかの方法。
27. ランダムフォレストモデルが交差検証を用いて評価される、態様1、3、4、6～8、10～13、15、17、19および21～26のいずれかの態様の方法。
28. ランダムサバイバルフォレストモデルが交差検証を用いて評価される、態様2、3、5～7、9～12、14、16、18および20～26のいずれかの態様の方法。
29. 交差検証が10分割交差検証であるか、または少なくとも10分割交差検証である、態様27または態様28の方法。
30. 交差検証がネストされた交差検証である、態様27または28のいずれかの方法。
31. 該複数の対象が500、400、300、200、150、100、50、25、15もしくは10例の対象であるか、または約500、400、300、200、150、100、50、25、15もしくは10例の対象であるか、あるいは前述の任意の数値間の任意の数である、態様1～12および17～30のいずれかの方法。
32. 該複数の対象が10例、約10例、または10例超の対象かつ250例未満の対象である、態様1～12および17～31のいずれかの方法。
33. 該複数の対象が20例、約20例、または20例超の対象かつ200例未満の対象である、態様1～12および17～33のいずれかの方法。
34. 該複数の対象が20例、約20例、または20例超の対象かつ150例未満の対象である、態様1～12および17～33のいずれかの方法。
35. 該複数の対象が20例、約20例、または20例超の対象かつ150例未満の対象である、態様1～12および17～34のいずれかの方法。
36. 該複数の対象が20例、約20例、または20例超の対象、100例未満の対象である、態様1～12および17～35のいずれかの方法。
37. 該複数の対象が臨床試験に参加している、態様1～12および17～36のいずれかの方法。
38. 対象特徴量が対象属性および臨床属性のうちの1つまたは複数を含む、態様1～37のいずれかの方法。
39. 対象属性が年齢、重量、身長、民族性、人種、性別およびボディマス指数のうちの1つまたは複数を含む、態様38の方法。
40. 臨床属性がバイオマーカー、疾患の診断、疾病負荷、疾病期間、疾患グレードおよび治療歴のうちの1つまたは複数を含む、態様38または態様39の方法。
41. 該インプット組成物特徴量が細胞表現型を含む、態様1～40のいずれかの方法。
42. 治療用細胞組成物特徴量が細胞表現型、組換え受容体依存性活性および用量のうちの1つまたは複数を含む、態様1～41のいずれかの方法。
43. 臨床応答が完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、永続的応答、無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）目標薬物動態応答であるかもしくは目標薬物動態応答より大きい薬物動態応答、無毒性応答もしくは軽度毒性応答、毒性応答、目標応答と比較して低い薬物動態応答、または、CR、PR、永続的応答、ORもしくはPFSなしのうちの1つまたは複数を含む、態様1～42のいずれかの方法。
44. 試料が全血試料、バフィーコート試料、末梢血単核球（PBMC）試料、未分画T細胞試料、リンパ球試料、白血球試料、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物を含む、態様1～43のいずれかの方法。
45. 試料がアフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物である、態様1～44のいずれかの方法。
46. アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物が予め凍結保存されている、態様45の方法。
47.T細胞が、対象から得られた初代細胞を含む、態様1～46のいずれかの方法。
48.T細胞がCD3＋、CD4＋および/またはCD8＋を含む、態様1～47のいずれかの方法。
49. インプット組成物がCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞を含み、治療用細胞組成物が、組換え受容体を発現しているCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞を含み、かつ該インプット組成物から作製され、インプット組成物特徴量が、該インプット組成物のCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞組成物由来のインプット組成物特徴量を含み、治療用細胞組成物特徴量が、該治療用組成物のCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞由来の治療用細胞組成物特徴量を含む、態様1～48のいずれかの方法。
50. インプット組成物がCD4＋およびCD8＋T細胞の別々の組成物を含み、治療用細胞組成物が、組換え受容体を発現しているCD4＋およびCD8＋T細胞の別々の組成物を含み、かつ該インプット組成物のそれぞれのCD4＋またはCD8＋T細胞組成物から作製され、インプット組成物特徴量が、該インプット組成物のCD4＋およびCD8＋T細胞組成物由来のインプット組成物特徴量を含み、治療用細胞組成物特徴量が、該治療用組成物の該別々の組成物の各々のCD4＋およびCD8＋T細胞由来の治療用細胞組成物特徴量を含む、態様1～48のいずれかの方法。
51. インプット組成物がCD4＋およびCD8＋T細胞の別々の組成物を含み、治療用細胞組成物が、組換え受容体を発現しているCD4＋およびCD8＋T細胞の混合組成物を含み、かつ該インプット組成物の該別々のCD4＋およびCD8＋T細胞の組成物から作製され、インプット組成物特徴量が、該インプット組成物の該別々のCD4＋およびCD8＋T細胞の組成物由来のインプット組成物特徴量を含み、治療用細胞組成物特徴量が、該治療用組成物のCD4＋およびCD8＋細胞の該混合組成物由来の治療用細胞組成物特徴量を含む、態様1～48のいずれかの方法。
52. 組換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、態様1～51のいずれかの方法。
53. 所定の治療レジメンが、
a）25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;
b）50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;または
c）75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である、
態様15～18および21～52のいずれかの方法。
54. 所定の治療レジメンを変更することが、
所定の治療レジメンが25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;
所定の治療レジメンが50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;または
所定の治療レジメンが25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である、
態様15～18および21～52のいずれかの方法。
55. 所定の治療レジメンを変更することが、
所定の治療レジメンが50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;
所定の治療レジメンが75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;または
所定の治療レジメンが75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である、
態様15～18および21～52のいずれかの方法。
56. 所定の治療レジメンを変更することが、治療用細胞組成物を第2の治療薬と組み合わせて投与することを含む、態様15～18および21～52のいずれかの方法。
以下の態様が提供される:
1. 臨床応答に関連する特徴量を特定する方法であって、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、CARを含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、該対象特徴量のうちの1つまたは複数、該インプット組成物特徴量のうちの1つまたは複数、および該治療用細胞組成物特徴量のうちの1つまたは複数を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;
（d）教師あり学習を用いてランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの該情報提供性特徴量および得られた臨床応答を適用する工程;ならびに
（e）訓練されたランダムフォレストモデルから、該臨床応答に関連する情報提供性特徴量を特定する工程
を含む、前記方法。
2. 臨床応答に関連する特徴量を特定する方法であって、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、該対象特徴量のうちの1つまたは複数、該インプット組成物特徴量のうちの1つまたは複数、および該治療用細胞組成物特徴量のうちの1つまたは複数を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を経時的に得る工程;
（d）教師あり学習を用いてランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの情報提供性特徴量および臨床応答を適用する工程;ならびに
（e）訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルから、該臨床応答に関連する情報提供性特徴量を特定する工程
を含む、前記方法。
3. 臨床応答に関連する情報提供性特徴量を特定することが該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度を求めることを含む、態様1または態様2の方法。
4. 重要度尺度が順列重要度尺度、平均最小深度および/またはランダムフォレストの木の総数を含み、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される、態様3の方法。
5. 重要度尺度が順列重要度尺度、平均最小深度および/またはランダムサバイバルフォレストの木の総数を含み、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される、態様3の方法。
6. 重要度尺度が順列重要度尺度である、態様3～5のいずれかの方法。
7. 重要度尺度が平均最小深度である、態様3～5のいずれかの方法。
8. 重要度尺度がランダムフォレストの木の総数であり、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される、態様3または態様4の方法。
9. 重要度尺度がランダムサバイバルフォレストの木の総数であり、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される、態様3または態様5の方法。
10. 臨床応答に関連する情報提供性特徴量が、該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度の順位付けによって特定される最初の10、9、8、7、6、5、4、3、2または1つの情報提供性特徴量であり、該重要度尺度は各情報提供性特徴量について同じである、態様3～10のいずれかの方法。
11. 臨床応答に関連する情報提供性特徴量が、該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の5つの情報提供性特徴量であり、該重要度尺度は各情報提供性特徴量について同じである、態様3～10のいずれかの方法。
12. 臨床応答に関連する情報提供性特徴量が、該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の情報提供性特徴量であり、該重要度尺度は各情報提供性特徴量について同じである、態様3～11のいずれかの方法。
13. 臨床応答を判定する方法であって、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;ならびに
（b）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物での処置に対する対象の臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程
を含む、前記方法。
14. 臨床応答を判定する方法であって、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;ならびに
（b）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物での処置に対する該対象の臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程
を含む、前記方法。
15.（a）T細胞を含むインプット組成物を作製するために、対象由来の試料からT細胞を選択する工程;
（b）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を測定する工程;ならびに
（c）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物での処置に対する該対象の臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程;ならびに
対象に治療を施す工程であって、
（1）該対象が、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、3ヶ月を超える永続的応答、3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかまたは目標薬物動態応答より大きい所望の薬物動態応答、ならびに無毒性応答または軽度毒性応答（任意で、毒性はグレード2以下のCRSもしくはグレード2以下の神経毒性である）からなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンが投与される;あるいは
（2）該対象が、毒性応答（任意で、毒性応答は重度のサイトカイン放出症候群または重度の神経毒性である）、目標薬物動態応答と比較して低い薬物動態応答、病勢進行（PD）、3ヶ月未満の永続的応答、および3ヶ月未満のPFSからなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該対象に、治療用細胞組成物を含む該所定の治療レジメンと比較して変更された該治療用細胞組成物を含む治療レジメンを投与する、
該工程
を含む、対象を処置する方法。
16.（a）T細胞を含むインプット組成物を作製するために、対象由来の試料からT細胞を選択する工程;
（b）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を測定する工程;ならびに
（c）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物で処置される該対象における臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程;ならびに
対象に治療を施す工程であって、
（1）該対象が、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、3ヶ月を超える永続的応答、3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかまたは目標薬物動態応答より大きい所望の薬物動態応答、ならびに無毒性応答または軽度毒性応答（任意で、毒性はグレード2以下のCRSもしくはグレード2以下の神経毒性である）からなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンが投与される;あるいは
（2）該対象が、毒性応答（任意で、毒性応答は重度のサイトカイン放出症候群または重度の神経毒性である）、目標薬物動態応答と比較して低い薬物動態応答、病勢進行（PD）、3ヶ月未満の永続的応答、および3ヶ月未満のPFSからなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該対象に、治療用細胞組成物を含む該所定の治療レジメンと比較して変更された該治療用細胞組成物を含む治療レジメンを投与する、
該工程
を含む、対象を処置する方法。
17. ランダムフォレストモデルが教師あり訓練を用いて訓練され、該教師あり訓練が、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;
（d）ランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして複数の対象からの情報提供性特徴量、および得られた臨床応答を適用する工程
を含む、態様13または態様15の方法。
18. ランダムサバイバルフォレストモデルが教師あり訓練を用いて訓練され、該教師あり訓練が、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を経時的に得る工程;
（d）教師あり学習を用いてランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの情報提供性特徴量および臨床応答を適用する工程
を含む、態様14または態様16の方法。
19.（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;
（d）ランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして複数の対象からの情報提供性特徴量、および得られた臨床応答を適用する工程
を含む、ランダムフォレストモデルの開発方法。
20.（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を経時的に得る工程;
（d）教師あり学習を用いてランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの情報提供性特徴量および臨床応答を適用する工程
を含む、ランダムサバイバルフォレストモデルの開発方法。
21. 該複数の対象の各々に該複数の治療用細胞組成物のうちの1つが投与され、対象に投与される該1つの治療用細胞組成物が、該対象由来の試料のインプット組成物から作製される治療用細胞組成物である、態様1～12および17～20のいずれかの方法。
22. 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、
a）50％超、約50％超もしくは50％のデータ欠損を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程;
b）ゼロ分散、または95％超、約95％超もしくは95％が単一値と等しいデータ値、および/またはn＝試料数である0.1n個より少ない一意な値、を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程;
c）対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量の欠損データを連鎖方程式による多変量補完によって補完する工程;
d）0.5超、約0.5または0.5と等しい相関係数を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量ならびにそれらの組合せのセットを含む共変量クラスターを特定し、かつ、対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を該共変量クラスターから反復的に選択する工程であって、選択される該対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量は、残りのすべての対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量との最も小さい平均絶対相関を有する、該工程
のうちの1つまたは複数を含む、態様1～21のいずれかの方法。
23. 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、50％超、約50％または50％のデータ欠損を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程を含むか、または該工程である、態様1～22のいずれかの方法。
24. 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、ゼロ分散、または95％超、約95％もしくは95％が単一値と等しいデータ値、およびn＝試料数である0.1n個より少ない一意な値、を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程を含むか、または該工程である、態様1～23のいずれかの方法。
25. 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量の欠損データを、連鎖方程式による多変量補完によって補完する工程を含むか、または該工程である、態様1～24のいずれかの方法。
26. 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、0.5超、約0.5または0.5と等しい相関係数を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量ならびにそれらの組合せのセットを含む共変量クラスターを特定し、かつ、対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を該共変量クラスターから反復的に選択する工程を含むか、または該工程であり、ここで、選択される該対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量は、残りのすべての対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量との最も小さい平均絶対相関を有する、態様1～25のいずれかの方法。
27. ランダムフォレストモデルが交差検証を用いて評価される、態様1、3、4、6～8、10～13、15、17、19および21～26のいずれかの態様の方法。
28. ランダムサバイバルフォレストモデルが交差検証を用いて評価される、態様2、3、5～7、9～12、14、16、18および20～26のいずれかの態様の方法。
29. 交差検証が10分割交差検証であるか、または少なくとも10分割交差検証である、態様27または態様28の方法。
30. 交差検証がネストされた交差検証である、態様27または28のいずれかの方法。
31. 該複数の対象が500、400、300、200、150、100、50、25、15もしくは10例の対象であるか、または約500、400、300、200、150、100、50、25、15もしくは10例の対象であるか、あるいは前述の任意の数値間の任意の数である、態様1～12および17～30のいずれかの方法。
32. 該複数の対象が10例、約10例、または10例超の対象かつ250例未満の対象である、態様1～12および17～31のいずれかの方法。
33. 該複数の対象が20例、約20例、または20例超の対象かつ200例未満の対象である、態様1～12および17～33のいずれかの方法。
34. 該複数の対象が20例、約20例、または20例超の対象かつ150例未満の対象である、態様1～12および17～33のいずれかの方法。
35. 該複数の対象が20例、約20例、または20例超の対象かつ150例未満の対象である、態様1～12および17～34のいずれかの方法。
36. 該複数の対象が20例、約20例、または20例超の対象、100例未満の対象である、態様1～12および17～35のいずれかの方法。
37. 該複数の対象が臨床試験に参加している、態様1～12および17～36のいずれかの方法。
38. 対象特徴量が対象属性および臨床属性のうちの1つまたは複数を含む、態様1～37のいずれかの方法。
39. 対象属性が年齢、重量、身長、民族性、人種、性別およびボディマス指数のうちの1つまたは複数を含む、態様38の方法。
40. 臨床属性がバイオマーカー、疾患の診断、疾病負荷、疾病期間、疾患グレードおよび治療歴のうちの1つまたは複数を含む、態様38または態様39の方法。
41. 該インプット組成物特徴量が細胞表現型を含む、態様1～40のいずれかの方法。
42. 治療用細胞組成物特徴量が細胞表現型、組換え受容体依存性活性および用量のうちの1つまたは複数を含む、態様1～41のいずれかの方法。
43. 臨床応答が完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、永続的応答、無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）目標薬物動態応答であるかもしくは目標薬物動態応答より大きい薬物動態応答、無毒性応答もしくは軽度毒性応答、毒性応答、目標応答と比較して低い薬物動態応答、または、CR、PR、永続的応答、ORもしくはPFSなしのうちの1つまたは複数を含む、態様1～42のいずれかの方法。
44. 試料が全血試料、バフィーコート試料、末梢血単核球（PBMC）試料、未分画T細胞試料、リンパ球試料、白血球試料、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物を含む、態様1～43のいずれかの方法。
45. 試料がアフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物である、態様1～44のいずれかの方法。
46. アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物が予め凍結保存されている、態様45の方法。
47.T細胞が、対象から得られた初代細胞を含む、態様1～46のいずれかの方法。
48.T細胞がCD3＋、CD4＋および/またはCD8＋を含む、態様1～47のいずれかの方法。
49. インプット組成物がCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞を含み、治療用細胞組成物が、組換え受容体を発現しているCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞を含み、かつ該インプット組成物から作製され、インプット組成物特徴量が、該インプット組成物のCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞組成物由来のインプット組成物特徴量を含み、治療用細胞組成物特徴量が、該治療用組成物のCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞由来の治療用細胞組成物特徴量を含む、態様1～48のいずれかの方法。
50. インプット組成物がCD4＋およびCD8＋T細胞の別々の組成物を含み、治療用細胞組成物が、組換え受容体を発現しているCD4＋およびCD8＋T細胞の別々の組成物を含み、かつ該インプット組成物のそれぞれのCD4＋またはCD8＋T細胞組成物から作製され、インプット組成物特徴量が、該インプット組成物のCD4＋およびCD8＋T細胞組成物由来のインプット組成物特徴量を含み、治療用細胞組成物特徴量が、該治療用組成物の該別々の組成物の各々のCD4＋およびCD8＋T細胞由来の治療用細胞組成物特徴量を含む、態様1～48のいずれかの方法。
51. インプット組成物がCD4＋およびCD8＋T細胞の別々の組成物を含み、治療用細胞組成物が、組換え受容体を発現しているCD4＋およびCD8＋T細胞の混合組成物を含み、かつ該インプット組成物の該別々のCD4＋およびCD8＋T細胞の組成物から作製され、インプット組成物特徴量が、該インプット組成物の該別々のCD4＋およびCD8＋T細胞の組成物由来のインプット組成物特徴量を含み、治療用細胞組成物特徴量が、該治療用組成物のCD4＋およびCD8＋細胞の該混合組成物由来の治療用細胞組成物特徴量を含む、態様1～48のいずれかの方法。
52. 組換え受容体がキメラ抗原受容体（CAR）である、態様1～51のいずれかの方法。
53. 所定の治療レジメンが、
a）25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;
b）50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;または
c）75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である、
態様15～18および21～52のいずれかの方法。
54. 所定の治療レジメンを変更することが、
所定の治療レジメンが25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;
所定の治療レジメンが50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;または
所定の治療レジメンが25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である、
態様15～18および21～52のいずれかの方法。
55. 所定の治療レジメンを変更することが、
所定の治療レジメンが50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;
所定の治療レジメンが75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;または
所定の治療レジメンが75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である、
態様15～18および21～52のいずれかの方法。
56. 所定の治療レジメンを変更することが、治療用細胞組成物を第2の治療薬と組み合わせて投与することを含む、態様15～18および21～52のいずれかの方法。
VII. 実施例
以下の実施例は、例示を目的として含まれるにすぎず、本発明の範囲を限定することは意図されていない。
以下の実施例は、例示を目的として含まれるにすぎず、本発明の範囲を限定することは意図されていない。
実施例1:治療用細胞組成物での処置に対する臨床応答を評価するためのランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレスト
ランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストを、キメラ抗原受容体（CAR）を有するように操作されたT細胞を含む治療用細胞組成物での処置に対する、再発または難治性の大細胞型B細胞リンパ腫を有する対象の臨床応答を予測するために訓練した。モデルは、対象属性、治療用細胞組成物属性、および治療用細胞組成物を作製するために使用した出発材料の属性を含む、臨床応答に関連する特徴量を特定するために使用した。
ランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストを、キメラ抗原受容体（CAR）を有するように操作されたT細胞を含む治療用細胞組成物での処置に対する、再発または難治性の大細胞型B細胞リンパ腫を有する対象の臨床応答を予測するために訓練した。モデルは、対象属性、治療用細胞組成物属性、および治療用細胞組成物を作製するために使用した出発材料の属性を含む、臨床応答に関連する特徴量を特定するために使用した。
A. 対象および処置
再発または難治性の大細胞型B細胞リンパ腫（LBCL）を有する対象（n＝172）に、各々、同じ抗CD19 キメラ抗原受容体（CAR）を発現している操作されたCD4＋T細胞および操作されたCD8＋T細胞の治療用細胞組成物を投与した。
再発または難治性の大細胞型B細胞リンパ腫（LBCL）を有する対象（n＝172）に、各々、同じ抗CD19 キメラ抗原受容体（CAR）を発現している操作されたCD4＋T細胞および操作されたCD8＋T細胞の治療用細胞組成物を投与した。
治療用細胞組成物を作製するため、CD4＋およびCD8＋細胞を免疫親和性ベースの選択により、白血球アフェレーシスによって得、別々の濃縮CD4＋および濃縮CD8＋細胞組成物（例えば、インプット組成物）を作成しておいたヒト末梢血単核球（PBMC）から別々に選択し、次いでこれを凍結保存した。続いて、CD4＋およびCD8＋組成物を解凍し、刺激、形質導入および拡大のための工程を別々に行なった。
解凍されたCD4＋およびCD8＋細胞を、抗CD3抗体および抗CD28抗体に1:1のビーズ対細胞比でカップリングさせた常磁性ポリスチレンコートビーズの存在下で別々に刺激した。刺激は、ヒト組換えIL-2、ヒト組換えIL-15およびN-アセチルシステイン（NAC）を含む培地中で行なった。CD4＋細胞培地にはヒト組換えIL-7も含めた。
ビーズの導入後、CD4＋およびCD8＋細胞を、同じ抗CD19 CARをコードするレンチウイルスベクターを用いて別々に形質導入した。CARにはマウス抗体に由来する抗CD19 scFv、免疫グロブリンスペーサー、CD28に由来する膜貫通ドメイン、4-1BBに由来する共刺激領域およびCD3-ゼータの細胞内シグナル伝達ドメインを含めた。また、ベクターには、CAR発現の代理マーカーとしての機能を果たす短縮型EGFR（EGFRt）もコードさせ、T2A配列によってCAR構築物に連結した。細胞は、10μg/mlの硫酸プロタミンの存在下で形質導入した。
形質導入後、ビーズを細胞組成物から、磁場に曝露することによって除去した。次いで、CD4＋およびCD8＋細胞組成物を拡大のためにバイオリアクター（Xuri W25 Bioreactor）により、連続混合および酸素導入下で別々に培養した。ポロキサマーを培地に添加した。どちらの細胞組成物もIL-2およびIL-15の存在下で培養した。CD4＋細胞培地にはIL-7も含めた。CD4＋およびCD8＋細胞を各々、収集前に4倍拡大するまで培養した。閾値に達してから1日後、各組成物の細胞を別々に収集し、製剤化し、凍結保存した。例示的なプロセスを表E1に要約する。
（表Ｅ１）CD4＋およびCD8＋CAR-T細胞を作成するための例示的なプロセスの要約
*およそ
対象は、治療用細胞組成物での処置の前にリンパ球除去化学療法を受けた。場合によっては、対象に、疾患をコントロールするために白血球アフェレーシス後かつリンパ球除去化学療法前にブリッジング療法を施行した。
凍結保存された治療用細胞組成物を解凍した後、静脈内投与を行なった。治療用細胞組成物は、目標比およそ1:1の製剤化CD4＋ CAR＋細胞と製剤化CD8＋ CAR＋細胞の規定量として投与した。対象には単回用量のCAR発現T細胞（各単回用量は、それぞれ、CD4＋ CAR発現T細胞およびCD8＋ CAR発現T細胞の別々の輸注による）を以下のとおり投与した:50×106個の全CAR発現T細胞を含む単回用量の用量レベル1（DL1）（n＝5例の対象）、100×106個の全CAR発現T細胞を含む単回用量の用量レベル2（DL2）（n＝126例の対象）または150×106 個の全CAR発現T細胞を含む単回用量の用量レベル3（DL3）（n＝41例の対象）。目標用量レベルおよび投与するT細胞サブセットの数を表E2に示す。
（表Ｅ２）用量スケジュール
DL1、用量レベル 1（単回用量）;DL2、用量レベル 2（単回用量）;DL3、用量レベル 3（単回用量）。
B. 特徴量の評価および前処理
患者属性、インプット組成物属性および治療用細胞組成物属性を含む321個の特徴量の多変量解析を、上記のようにして治療用細胞組成物で処置した172例の個体において評価した。
患者属性、インプット組成物属性および治療用細胞組成物属性を含む321個の特徴量の多変量解析を、上記のようにして治療用細胞組成物で処置した172例の個体において評価した。
321個の特徴量に、ランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストの教師あり訓練のための特徴量を特定するための前処理を行なった。ほぼゼロ分散を有する特徴量、70％を超える値が欠損している特徴量、および相関性が高い（|ρ|＞0.7）特徴量をデータセットから削除した。欠損している値が70％未満の特徴量にするため、欠損値を平均値または最頻値のいずれかで置き換えた。
訓練データには、前処理した特徴量（例えば、予測因子）および20個の応答（例えば、従属変数）を含めた。応答には、無増悪生存期間（PFS）;全奏効率（ORR）;客観的奏効（OR）;完全奏効（CR）;安全性:神経学的事象（NE）グレード≧1およびグレード≧3ならびにサイトカイン放出症候群（CRS）グレード≧1およびグレード≧3;ならびに薬物動態エンドポイント:log10曲線下面積（AUC）、log10最大濃度（Cmax）ならびにピーク濃度（Tmax）までの時間を含めた。
C. 多変量教師あり学習
ランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストを訓練し、10分割交差検証を用いて検定した。特徴量重要度および関連する順列ベースのp値を使用し、特徴量の効果の有意性を評価した。ウィルコクソンの順位和検定、スピアマンの相関およびCox比例ハザードモデルを一変量解析の補助のために使用した。
ランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストを訓練し、10分割交差検証を用いて検定した。特徴量重要度および関連する順列ベースのp値を使用し、特徴量の効果の有意性を評価した。ウィルコクソンの順位和検定、スピアマンの相関およびCox比例ハザードモデルを一変量解析の補助のために使用した。
対象属性および治療用細胞組成物属性を含む複数の特徴量が、検査された臨床応答（例えば、従属変数）と相関していることがわかった。患者の腫瘍負荷および全身性炎症はCAR T細胞拡大、有効性および安全性に関連していた。一般に、より高い腫瘍負荷は、より高いインビボCAR T細胞拡大に関連していたが、より低い有効性およびより高い有害事象リスクに関連していた。ベースライン時のより高い全身性炎症はより高い有害事象リスクに関連していた。薬物製剤品において、抗原特異的サイトカインレベルの上昇は拡大および有効性に正に関連しており、より高い頻度の低分化セントラルメモリーCAR T細胞はより高い拡大および有効性に関連していた。表E3に特徴量サブセットの関連性を要約する。
（表Ｅ３）例示的な臨床応答に関連する例示的な特徴量
1ランダム（サバイバル）フォレスト（Altmann et al.2010）における変数重要度における順列ベースのp値。
DLBCL、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫;LDH、乳酸デヒドロゲナーゼ;NOS、非特定型。
DLBCL、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫;LDH、乳酸デヒドロゲナーゼ;NOS、非特定型。
このようなデータは、治療用細胞組成物での処置に応答した患者の臨床転帰に関連する特徴量を特定するためのランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストの使用をサポートする。
実施例2:前処理方法
実施例1に記載のようにして治療用細胞組成物で処置した172例の個体において評価した、患者属性、インプット組成物属性および治療用細胞組成物属性を含む321個の特徴量を、ランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストの教師あり訓練のための特徴量を特定するために前処理した。
前処理は、4つの逐次工程:
1. ＞50％の欠損データを有する特徴量を削除すること;
2. ゼロ分散またはほぼゼロ分散（ここで、ほぼゼロ分散は、単一値が＞95％を占めるデータを有する特徴量と定義する）、および0.1n個より少ない一意な値（n＝試料数）を有する特徴量を削除すること;
3. 欠損データを連鎖方程式による多変量補完（mice）を用いて補完すること;ならびに
4. 共変量クラスターを特定し、かつ、代表的な特徴量を選択すること
からなった。
実施例1に記載のようにして治療用細胞組成物で処置した172例の個体において評価した、患者属性、インプット組成物属性および治療用細胞組成物属性を含む321個の特徴量を、ランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストの教師あり訓練のための特徴量を特定するために前処理した。
前処理は、4つの逐次工程:
1. ＞50％の欠損データを有する特徴量を削除すること;
2. ゼロ分散またはほぼゼロ分散（ここで、ほぼゼロ分散は、単一値が＞95％を占めるデータを有する特徴量と定義する）、および0.1n個より少ない一意な値（n＝試料数）を有する特徴量を削除すること;
3. 欠損データを連鎖方程式による多変量補完（mice）を用いて補完すること;ならびに
4. 共変量クラスターを特定し、かつ、代表的な特徴量を選択すること
からなった。
ステップ4の前処理は、まず、数値特徴量間のピアソンの積率相関、数値特徴量と順序特徴量間のポリシリアル相関および順序特徴量間のポリコリック相関からなる異種データ間相関行列をコンピュータ計算することによって行なった。該変数に関する実測値のすべての完全ペアを用いて各変数ペア間の相関をコンピュータ計算した。共変量クラスターは、相関係数＞0.5、例えば|ρ|＞0.5を有する変数のセットと定義し、代表的な特徴量を、各クラスターにおいてデータセット内の残りの他のすべての特徴量との最も小さい平均絶対相関を示すものとして反復的に選択した。
前処理することにより、ランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストを訓練する情報提供性特徴量が特定された。
訓練データには、特定された情報提供性特徴量（例えば、予測因子）および20個の臨床応答（例えば、従属変数）を含めた。応答には、無増悪生存期間（PFS）;客観的奏効（OR）;完全奏効（CR）;安全性:神経学的事象（NE）グレード≧1およびグレード≧3ならびにサイトカイン放出症候群（CRS）グレード≧1およびグレード≧3;ならびに薬物動態エンドポイント:log10曲線下面積（AUC）、log10最大濃度（Cmax）ならびにピーク濃度（Tmax）までの時間を含めた。
特徴量重要度および関連する順列ベースのp値を使用し、特徴量と臨床応答との関連性を評価した。
実施例3:大細胞型B細胞リンパ腫の治療用細胞組成物における臨床応答に関連する特徴量を特定するための多変量教師あり学習
キメラ抗原受容体（CAR）を有するように操作されたT細胞を含む治療用細胞組成物で、上記の実施例1に記載のようにして処置された、再発または難治性の大細胞型B細胞リンパ腫を有する対象において臨床転帰に集合的に影響する特徴量を特定するために多変量教師あり学習を行なった。ランダムフォレストクラス分類、回帰およびランダムサバイバルフォレストを使用し、臨床応答に関連する、対象属性、治療用細胞組成物属性、および治療用細胞組成物を作製するために使用した出発材料（例えば、インプット組成物）の属性を含む特徴量を特定した。
キメラ抗原受容体（CAR）を有するように操作されたT細胞を含む治療用細胞組成物で、上記の実施例1に記載のようにして処置された、再発または難治性の大細胞型B細胞リンパ腫を有する対象において臨床転帰に集合的に影響する特徴量を特定するために多変量教師あり学習を行なった。ランダムフォレストクラス分類、回帰およびランダムサバイバルフォレストを使用し、臨床応答に関連する、対象属性、治療用細胞組成物属性、および治療用細胞組成物を作製するために使用した出発材料（例えば、インプット組成物）の属性を含む特徴量を特定した。
A. 特徴量の評価および前処理
対象属性、治療用細胞組成物属性、および治療用細胞組成物を作製するために使用した出発材料（例えば、インプット組成物）の属性を含む合計321個の特徴量を、実施例1に記載のようにして治療用細胞組成物で処置した172例の個体において評価した。
対象属性、治療用細胞組成物属性、および治療用細胞組成物を作製するために使用した出発材料（例えば、インプット組成物）の属性を含む合計321個の特徴量を、実施例1に記載のようにして治療用細胞組成物で処置した172例の個体において評価した。
データの最初のスクリーニングで、科学的関連性が低い特徴量、例えば製造に特異な特徴量およびダイナミックレンジが小さい特徴量（例えば、全分布が5％未満であった場合）を削除した。最初のスクリーニングにより、治療用細胞組成物属性および治療用細胞組成物を作製するために使用した出発材料の属性に関する136個の特徴量ならびに対象属性に関する102個の特徴量を含む238個の特徴量が特定された。表E4は例示的な特徴量を示す。
（表Ｅ４）例示的な特徴量
この238個の特徴量を、ランダムフォレストモデルおよびランダムサバイバルフォレストモデルの教師あり訓練のための特徴量を特定するために前処理した。前処理4つの工程:
1. ゼロ分散またはほぼゼロ分散（ここで、ほぼゼロ分散は、単一値が＞95％を占めるデータを有する特徴量と定義する）、および0.1n個より少ない一意な値（n＝試料数）を有する特徴量を削除すること;
2. ＞60％の値が欠損している（例えば、入手可能でない）特徴量を削除すること;
3. 相関性が高い（|ρ|＞0.5）特徴量を特定し、1つの代表的な特徴量を選択すること;ならびに
4. 欠損値を、連鎖方程式による多変量補完を用いて補完すること（mice;vanBuuren et al.,Journal of Statistical Software.2011;45（3））
からなった。
1. ゼロ分散またはほぼゼロ分散（ここで、ほぼゼロ分散は、単一値が＞95％を占めるデータを有する特徴量と定義する）、および0.1n個より少ない一意な値（n＝試料数）を有する特徴量を削除すること;
2. ＞60％の値が欠損している（例えば、入手可能でない）特徴量を削除すること;
3. 相関性が高い（|ρ|＞0.5）特徴量を特定し、1つの代表的な特徴量を選択すること;ならびに
4. 欠損値を、連鎖方程式による多変量補完を用いて補完すること（mice;vanBuuren et al.,Journal of Statistical Software.2011;45（3））
からなった。
ステップ3の前処理は、まず、数値特徴量間のピアソンの積率相関、数値特徴量と順序特徴量間のポリシリアル相関および順序特徴量間のポリコリック相関からなる異種データ間相関行列をコンピュータ計算することによって行なった。該変数に関する実測値のすべての完全ペアを用いて各変数ペア間の相関をコンピュータ計算した。共変量クラスターは、相関係数＞0.5を有する変数のセットと定義し、代表的な特徴量を、各クラスターにおいてデータセット内の残りの他のすべての特徴量との最も小さい平均絶対相関を示すものとして反復的に選択した。
前処理することにより、合同的とみなされる76個の代表的な独立した特徴量が特定された。この76個の特徴量のうち、33個の特徴量は治療用細胞組成物属性および治療用細胞組成物を作製するために使用した出発材料の属性に関係し、47個の特徴量は対象属性に関するものであった。
モデルの訓練データには前処理した特徴量（例えば、予測因子）および20個の応答（例えば、従属変数）を含めた。応答には:AUCおよびCmaxを含む薬物動態転帰;有効性エンドポイント、例えば無増悪生存期間（PFS）、奏効期間（DOR）、完全奏効（CR）および客観的奏効（OR）;ならびに任意のグレードおよび重度のサイトカイン放出症候群（CRS）および神経学的事象（NE）を含む安全性エンドポイントを含めた。表E5に、考慮した例示的な転帰の一覧を示す。
（表Ｅ５）応答変数としての臨床転帰
a ORは部分奏効率と完全奏効率によって2値化される最良客観的奏効であった。PFS、CRおよびORは独立した審査委員会によって評価された。b CRSは、Lee基準（Lee DW,et al.Blood.2014;124:188-195）に従ってグレード分類した。c NEは治験担当医の評価に基づき、National Cancer Institute Common Terminology Criteria for Adverse Eventsv4.03のとおりにグレード分類した。AUC0-28、輸注後28日間にわたる濃度-時間曲線下面積;Cmax、最大血清濃度;CRS、サイトカイン放出症候群;NE、神経学的事象;qPCR、定量ポリメラーゼ連鎖反応。
B. 多変量教師あり学習
ランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストを、10分割交差検証を用いて訓練し、各特徴量のその臨床応答に対する寄与度における重要度を評価した。
ランダムフォレストおよびランダムサバイバルフォレストを、10分割交差検証を用いて訓練し、各特徴量のその臨床応答に対する寄与度における重要度を評価した。
ランダムフォレストは決定木で構成される。オーバーフィッティングを防ぐため、各木を、患者サブセットおよび特徴量サブセットを用いて訓練した（図1A～1B）。関心対象の応答を最良に分離するための特徴量スペースのサブセットが選択され、クラス分類のジニ不純度、回帰の平均平方二乗誤差または生存率のコンコーダンス指標が最小限となる数百の決定木を構築した。
臨床応答を判定するのに重要な特徴量を特定するためにモデルを評価した。特徴量重要度の有意性のP値は順列検定によって評価した（Altmann A,et al.Bioinformatics.2010;26（10）:1340-1347）。
1. 薬物動態応答
5つの例示的な有意な特徴量クラスターを、該治療用細胞組成物での処置後のlog10AUC0-28との相関に重要であるとして特定した。例示的な特徴量には、年齢、治療用細胞組成物中のCD8＋T細胞のエフェクターサイトカイン分泌、スクリーニング中の好塩基球、病歴（PBMCL:原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫）および患者が受けた前の処置の数を含めた（図2A）。
5つの例示的な有意な特徴量クラスターを、該治療用細胞組成物での処置後のlog10AUC0-28との相関に重要であるとして特定した。例示的な特徴量には、年齢、治療用細胞組成物中のCD8＋T細胞のエフェクターサイトカイン分泌、スクリーニング中の好塩基球、病歴（PBMCL:原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫）および患者が受けた前の処置の数を含めた（図2A）。
治療用細胞組成物で処置された若年患者はより高いCAR T細胞拡大が起こる傾向にあった。CAR T拡大は、定量ポリメラーゼ連鎖反応によって測定し、フローサイトメトリーによって検証した。一変量では、これもまた真であり（図2B）、多因子モデルでのその他のすべての因子で示された年齢の寄与度を、累積局所効果推定と称される技術を用いて定量した。この技術により、例えば年齢が1歳ずつ上がることが、他のすべての対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量と独立してlog10AUC0-28にどのように関連しているかを定量することができる。図2Cは、log10AUC0-28に対する患者の年齢の累積局所効果を示す。
また、Log10AUC0-28は、治療用細胞組成物での処置の前に患者が受けた処置の数と相関していることもわかった。前治療が少ないほどより高いCAR T細胞拡大に関連していた（図2D～2E）。
また、ナイーブ表現型がより多いことを反映する治療用細胞組成物のCD8＋細胞の低エフェクターサイトカイン分泌は、AUC0-28によって測定される細胞拡大の増大と相関していた（図2F～2G）。
2. 有効性:PFSおよびCR
図3A～3Cは、PFSに関連する例示的な特徴量を示す。より長いPFSは治療用細胞組成物中のCD4＋細胞の機能性のサイトカインのより高い産生に関連していた（図3A～3B）。
図3A～3Cは、PFSに関連する例示的な特徴量を示す。より長いPFSは治療用細胞組成物中のCD4＋細胞の機能性のサイトカインのより高い産生に関連していた（図3A～3B）。
また、低腫瘍負荷（リンパ球除去化学療法前の低LDHレベルによって反映）を有する患者および濾胞性リンパ腫（tFL）からの形質転換型のLBCLまたは原発性縦隔B細胞リンパ腫（PMBCL）を有する患者でより長いPFSが得られた（図3Aおよび3C）。ビリルビンとPFS間に弱い関連性がみられた;しかしながら、効果は、正常より低いビリルビンレベルを有する対象によってもたらされるようであった。
図4A～4Eは、完全奏効（CR）に関連する例示的な特徴量を示す。治療用細胞組成物による機能性のサイトカインのより高い産生は完全奏効到達のより高い確率に関連していた（CR;図4A～4C）。また、低腫瘍負荷を有する患者は、より完全奏効に到達しやすかった（図4Aおよび4D～4E）。
3. 安全性:NEおよびCRS
図5A～5Eは、安全性応答に関連する例示的な特徴量を示す。リンパ球除去化学療法を受ける前のLDHレベルによって測定される腫瘍負荷がより大きな患者は、治療用細胞組成物を受けた後、任意のグレードの神経学的事象（NE）またはサイトカイン放出症候群（CRS）が起こりやすいようであった（図5A～5D）。
図5A～5Eは、安全性応答に関連する例示的な特徴量を示す。リンパ球除去化学療法を受ける前のLDHレベルによって測定される腫瘍負荷がより大きな患者は、治療用細胞組成物を受けた後、任意のグレードの神経学的事象（NE）またはサイトカイン放出症候群（CRS）が起こりやすいようであった（図5A～5D）。
また、アフェレーシスと治療用細胞組成物の輸注との間にブリッジング療法が必要とされる患者は、おそらく、ブリッジング療法が必要である病態の重症度のため、CRSが起こる、より高いリスクを有した（図5A、5Bおよび5E）。
表E6に例示的な臨床応答に関連する特徴量を要約する。
（表Ｅ６）例示的な臨床転帰と相関している例示的な特徴量
腫瘍負荷、および治療用細胞組成物の細胞の抗原特異的機能は、PK（細胞拡大;AUC0-28）、有効性（PFS、CR）および該治療用細胞組成物での処置に対する安全性（CRS、NE）応答に関連する最も重要な特徴量であった。
より高い腫瘍負荷はCART細胞拡大（AUC0-28）の増大、CRSおよび神経学的事象のリスクならびに有効性の低下に関連していた。腫瘍負荷に関係なく、抗原特異的サイトカイン発現レベルの増大および治療用細胞組成物中の低分化CART細胞は拡大および有効性の増大に関連していた。
このような結果は、対象および製造データ（例えば、インプット組成物特徴量および治療用細胞組成物特徴量）に基づいた細胞療法に対する教師あり学習手法は、患者の臨床転帰に対する多因子的効果への見識がもたらされることを示す。
本発明は、例えば、本発明の種々の局面を例示するために提供される特定の開示された態様に範囲が限定されることは意図されない。記載される組成物および方法に対するさまざまな改変は、本明細書における記載および教示から明らかになるであろう。かかる変形は、本開示の真の範囲および精神から逸脱することなく実施されてよく、本開示の範囲内に含まれることが意図される。
配列
Claims (72)
- 臨床応答を判定する方法であって、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、該キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;ならびに
（b）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物での処置に対する該対象の臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程
を含む、前記方法。 - 臨床応答を判定する方法であって、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は該対象由来の試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、該キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;ならびに
（b）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物での処置に対する該対象の臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程
を含む、前記方法。 - 臨床応答が、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、永続的応答、無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかもしくは目標薬物動態応答より大きい薬物動態応答、無毒性応答もしくは軽度毒性応答、毒性応答、目標応答と比較して低い薬物動態応答、または、CR、PR、永続的応答もしくは客観的奏効（OR）なしであるか、あるいはそれらを含む、請求項1または請求項2記載の方法。
- 臨床応答が完全奏効（CR）または完全奏効（CR）なしである、請求項1記載の方法。
- 臨床応答が部分奏効（PR）または部分奏効（PR）なしである、請求項1記載の方法。
- 臨床応答が客観的奏効（OR）または客観的奏効（OR）なしである、請求項1記載の方法。
- 臨床応答が毒性応答または毒性応答なしである、請求項1記載の方法。
- 毒性応答が重度のサイトカイン放出症候群（CRS）または重度の神経毒性である、請求項3または請求項7記載の方法。
- 臨床応答が永続的応答または永続的応答なしである、請求項1または請求項2記載の方法。
- 臨床応答が奏効期間（DOR）である、請求項1または請求項2記載の方法。
- 臨床応答が、少なくとも3ヶ月または少なくとも約3ヶ月の奏効期間（DOR）である、請求項1または請求項2記載の方法。
- 臨床応答が無増悪生存期間（PFS）である、請求項1または請求項2記載の方法。
- 臨床応答が、少なくとも3ヶ月または少なくとも約3ヶ月の無増悪生存期間（PFS）である、請求項1または請求項2記載の方法。
- 臨床応答が、目標薬物動態応答であるかまたは目標薬物動態応答より大きい薬物動態応答である、請求項1記載の方法。
- 薬物動態応答が、
（i）治療用細胞組成物での対象の処置後の、該治療用細胞組成物のCAR T細胞の拡大;
（ii）治療用細胞組成物での対象の処置後の、該対象における最大CAR T細胞濃度;
（iii）治療用細胞組成物での対象の処置後の、該対象においてCAR T細胞濃度が最大になる時点;または
（iv）治療用細胞組成物での対象の処置後の、該治療用細胞組成物のCAR T細胞への該対象の曝露
の測定値である、請求項3または請求項14記載の方法。 - （a）T細胞を含むインプット組成物を作製するために、対象由来の試料からT細胞を選択する工程;
（b）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）該インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は、該対象由来の該試料から選択されたT細胞を含み、該T細胞は、該キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を測定する工程;
（c）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物での処置に対する該対象の臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程;ならびに
（d）該対象に治療を施す工程であって、
（1）該対象が、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、3ヶ月を超える永続的応答、3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかまたは目標薬物動態応答より大きい所望の薬物動態応答、ならびに無毒性応答または軽度毒性応答（任意で、軽度毒性応答はグレード2以下のサイトカイン放出症候群（CRS）もしくはグレード2以下の神経毒性である）からなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンが投与される;あるいは
（2）該対象が、毒性応答（任意で、毒性応答は重度のサイトカイン放出症候群（CRS）または重度の神経毒性である）、目標薬物動態応答と比較して低い薬物動態応答、病勢進行（PD）、3ヶ月未満の永続的応答、および3ヶ月未満のPFSからなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該対象に、治療用細胞組成物を含む該所定の治療レジメンと比較して変更された該治療用細胞組成物を含む治療レジメンを投与する、
該工程
を含む、対象を処置する方法。 - （a）T細胞を含むインプット組成物を作製するために、対象由来の試料からT細胞を選択する工程;
（b）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に対象から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）該インプット組成物から求められるインプット組成物特徴量であって、該インプット組成物は、該対象由来の該試料から選択されたT細胞を含み、該T細胞は、該キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）該治療用細胞組成物から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該治療用細胞組成物は該インプット組成物から作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該対象に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を測定する工程;
（c）該特徴量を、前処理によって特定された情報提供性特徴量に基づいて該治療用細胞組成物で処置される該対象における臨床応答を該治療用細胞組成物での該対象の処置前に判定するように訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルにインプットとして適用する工程であって、インプットとして適用される該特徴量は、該ランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために使用されるものと同じ情報提供性特徴量である、該工程;ならびに
（d）該対象に治療を施す工程であって、
（1）該対象が、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、3ヶ月を超える永続的応答、3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかまたは目標薬物動態応答より大きい所望の薬物動態応答、ならびに無毒性応答または軽度毒性応答（任意で、軽度毒性応答はグレード2以下のサイトカイン放出症候群（CRS）もしくはグレード2以下の神経毒性である）からなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該治療用細胞組成物を含む所定の治療レジメンが投与される;あるいは
（2）該対象が、毒性応答（任意で、毒性応答は重度のサイトカイン放出症候群（CRS）または重度の神経毒性である）、目標薬物動態応答と比較して低い薬物動態応答、病勢進行（PD）、3ヶ月未満の永続的応答、および3ヶ月未満のPFSからなる群より選択される臨床応答を有すると判定される場合、該対象に、治療用細胞組成物を含む該所定の治療レジメンと比較して変更された該治療用細胞組成物を含む治療レジメンを投与する、
該工程
を含む、対象を処置する方法。 - ランダムフォレストモデルが、対象が完全奏効（CR）を有することになるかどうかを判定するように訓練され、ここで、
（1）対象が完全奏効（CR）を有すると判定される場合、該対象に該所定の治療レジメンが投与される;または
（2）対象が病勢進行（PD）を有すると判定される場合、該対象に該変更された治療レジメンが投与される、
請求項16記載の方法。 - ランダムフォレストモデルが、対象が部分奏効（PR）を有することになるかどうかを判定するように訓練され、ここで、
（1）対象が部分奏効（PR）を有すると判定される場合、該対象に前記所定の治療レジメンが投与される;または
（2）対象が病勢進行（PD）を有すると判定される場合、該対象に前記変更された治療レジメンが投与される、
請求項16記載の方法。 - ランダムフォレストモデルが、対象が3ヶ月を超える永続的応答を有することになるかどうかを判定するように訓練され、ここで、
（1）対象が3ヶ月を超える永続的応答を有すると判定される場合、該対象に前記所定の治療レジメンが投与される;または
（2）対象が3ヶ月未満の永続的応答を有すると判定される場合、該対象に前記変更された治療レジメンが投与される、
請求項16記載の方法。 - ランダムサバイバルフォレストモデルが、対象が3ヶ月を超える永続的応答を有することになるかどうかを判定するように訓練され、ここで、
（1）対象が3ヶ月を超える永続的応答を有すると判定される場合、該対象に前記所定の治療レジメンが投与される;または
（2）対象が3ヶ月未満の永続的応答を有すると判定される場合、該対象に前記変更された治療レジメンが投与される、
請求項17記載の方法。 - ランダムフォレストモデルが、対象が3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）を有することになるかどうかを判定するように訓練され、ここで、
（1）対象が3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）を有すると判定される場合、該対象に前記所定の治療レジメンが投与される;または
（2）対象が3ヶ月未満の無増悪生存期間（PFS）を有すると判定される場合、該対象に前記変更された治療レジメンが投与される、
請求項16記載の方法。 - ランダムサバイバルフォレストモデルが、対象が3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）を有することになるかどうかを判定するように訓練され、ここで、
（1）対象が3ヶ月を超える無増悪生存期間（PFS）を有すると判定される場合、該対象に前記所定の治療レジメンが投与される;または
（2）対象が3ヶ月未満の無増悪生存期間（PFS）を有すると判定される場合、該対象に前記変更された治療レジメンが投与される、
請求項17記載の方法。 - ランダムフォレストモデルが、対象が客観的奏効（OR）を有することになるかどうかを判定するように訓練され、ここで、
（1）対象が客観的奏効（OR）を有すると判定される場合、該対象に前記所定の治療レジメンが投与される;または
（2）対象が病勢進行（PD）を有すると判定される場合、該対象に前記変更された治療レジメンが投与される、
請求項16記載の方法。 - ランダムフォレストモデルが、対象の薬物動態応答を判定するように訓練され、ここで、
（1）対象が、目標薬物動態応答であるかもしくは目標薬物動態応答より大きい所望の薬物動態応答を有すると判定される場合、該対象に前記所定の治療レジメンが投与される;または
（2）対象が目標薬物動態応答と比較して低い薬物動態応答を有すると判定される場合、該対象に前記変更された治療レジメンが投与される、
請求項16記載の方法。 - 薬物動態応答が、
（i）治療用細胞組成物での対象の処置後の、該治療用細胞組成物のCAR T細胞の拡大;
（ii）治療用細胞組成物での対象の処置後の、該対象における最大CAR T細胞濃度;
（iii）治療用細胞組成物での対象の処置後の、該対象においてCAR T細胞濃度が最大になる時点;または
（iv）治療用細胞組成物での対象の処置後の、該治療用細胞組成物のCAR T細胞への該対象の曝露
の測定値である、請求項25記載の方法。 - ランダムフォレストモデルが、対象が毒性応答を有することになるかどうかを判定するように訓練され、ここで、
（1）対象が無毒性応答もしくは軽度毒性応答を有すると判定される場合、該対象に前記所定の治療レジメンが投与される;または
（2）対象が毒性応答を有すると判定される場合、該対象に前記変更された治療レジメンが投与される、
請求項16記載の方法。 - 毒性応答が重度のCRSまたは重度の神経毒性である、請求項27記載の方法。
- 治療用細胞組成物を生成させる工程をさらに含む、請求項16～28のいずれか一項記載の方法。
- ランダムフォレストモデルが教師あり訓練を用いて訓練され、該教師あり訓練が、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、該キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;ならびに
（d）ランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして複数の対象からの情報提供性特徴量、および得られた臨床応答を適用する工程
を含む、請求項1、3～16、18～20、22および24～29のいずれか一項記載の方法。 - ランダムサバイバルフォレストモデルが教師あり訓練を用いて訓練され、該教師あり訓練が、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を経時的に得る工程;ならびに
（d）教師あり学習を用いてランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの情報提供性特徴量および臨床応答を適用する工程
を含む、請求項2、3、8～13、15、17、21、23および29のいずれか一項記載の方法。 - （a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、該キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;ならびに
（d）ランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして複数の対象からの情報提供性特徴量、および得られた臨床応答を適用する工程
を含む、ランダムフォレストモデルを開発する方法。 - （a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、該キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、1つまたは複数の対象特徴量、1つまたは複数のインプット組成物特徴量、および1つまたは複数の治療用細胞組成物特徴量を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を経時的に得る工程;ならびに
（d）教師あり学習を用いてランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの情報提供性特徴量および臨床応答を適用する工程
を含む、ランダムサバイバルフォレストモデルを開発する方法。 - 臨床応答に関連する特徴量を特定する方法であって、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、該CARを含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、該対象特徴量のうちの1つまたは複数、該インプット組成物特徴量のうちの1つまたは複数、および該治療用細胞組成物特徴量のうちの1つまたは複数を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を得る工程;
（d）教師あり学習を用いてランダムフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの該情報提供性特徴量および得られた臨床応答を適用する工程;ならびに
（e）訓練されたランダムフォレストモデルから、該臨床応答に関連する情報提供性特徴量を特定する工程
を含む、前記方法。 - 臨床応答に関連する特徴量を特定する方法であって、
（a）以下：
（i）疾患または病態に関連する抗原に結合するキメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む治療用細胞組成物で対象が処置される前に複数の対象の各々から求められる対象特徴量であって、該治療用細胞組成物は該疾患または病態を処置するためのものである、該対象特徴量;
（ii）複数のインプット組成物の各々から求められるインプット組成物特徴量であって、該複数のインプット組成物の各々は、該複数の対象の各々に由来する試料から選択されるT細胞を含み、該T細胞は、該キメラ抗原受容体（CAR）を含むT細胞を含む該治療用細胞組成物を作製するために使用される、該インプット組成物特徴量;および
（iii）複数の治療用細胞組成物の各々から求められる治療用細胞組成物特徴量であって、該複数の治療用細胞組成物の各々は、該複数のインプット組成物のうちの1つから作製され、かつ該CARを発現し、該治療用組成物は該複数の対象のうちの1例に投与される、該治療用細胞組成物特徴量
を含む特徴量を受け取る工程;
（b）該特徴量を、情報提供性特徴量を特定するために前処理する工程であって、該情報提供性特徴量は、該対象特徴量のうちの1つまたは複数、該インプット組成物特徴量のうちの1つまたは複数、および該治療用細胞組成物特徴量のうちの1つまたは複数を含む特徴量のサブセットを含む、該工程;
（c）該複数の治療用組成物のうちの1つでの処置後の該複数の対象の各々からの臨床応答を経時的に得る工程;
（d）教師あり学習を用いてランダムサバイバルフォレストモデルを訓練するために、インプットとして該複数の対象からの情報提供性特徴量および臨床応答を適用する工程;ならびに
（e）訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルから、該臨床応答に関連する情報提供性特徴量を特定する工程
を含む、前記方法。 - 臨床応答が、完全奏効（CR）、部分奏効（PR）、永続的応答、無増悪生存期間（PFS）、客観的奏効（OR）、目標薬物動態応答であるかもしくは目標薬物動態応答より大きい薬物動態応答、無毒性応答もしくは軽度毒性応答、毒性応答、目標応答と比較して低い薬物動態応答、または、CR、PR、永続的応答もしくは客観的奏効（OR）なしであるか、あるいはそれらを含む、請求項32～35のいずれか一項記載の方法。
- 臨床応答に関連する情報提供性特徴量の特定が、該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度を求めることを含む、請求項34～36のいずれか一項記載の方法。
- 重要度尺度が、順列重要度尺度、平均最小深度および/または訓練されたランダムフォレストモデルの木の総数を含み、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される、請求項37記載の方法。
- 重要度尺度が、順列重要度尺度、平均最小深度および/または訓練されたランダムサバイバルフォレストモデルの木の総数を含み、このとき、情報提供性特徴量によりルートノードが分割される、請求項37記載の方法。
- 臨床応答に関連する情報提供性特徴量が、該情報提供性特徴量の各々の重要度尺度の値を順位付けすることによって特定される最初の10、9、8、7、6、5、4、3、2または1つの情報提供性特徴量であり、該重要度尺度は各情報提供性特徴量について同じである、請求項37～39のいずれか一項記載の方法。
- 該複数の対象の各々に該複数の治療用細胞組成物のうちの1つが投与され、対象に投与される該1つの治療用細胞組成物は、該対象由来の試料のインプット組成物から作製される治療用細胞組成物である、請求項30～40のいずれか一項記載の方法。
- 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、
a）50％超、約50％超もしくは50％のデータ欠損を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程;
b）（i）ゼロ分散、（ii）95％超、約95％超もしくは95％が単一値と等しいデータ値、（iii）および/またはn＝試料数である0.1n個より少ない一意な値、を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程;
c）対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量の欠損データを連鎖方程式による多変量補完によって補完する工程;ならびに
d）0.5超、約0.5または0.5と等しい絶対値を有する相関係数を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびそれらの組合せのセットを含む共変量クラスターを特定し、かつ、対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を該共変量クラスターから反復的に選択する工程であって、選択される該対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量は、残りのすべての対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量との最も小さい平均絶対相関を有する、該工程
のうちの1つまたは複数を含む、請求項30～41のいずれか一項記載の方法。 - 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、50％超、約50％または50％のデータ欠損を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程を含むか、または該工程である、請求項30～42のいずれか一項記載の方法。
- 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、60％超、約60％または60％のデータ欠損を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程を含むか、または該工程である、請求項30～43のいずれか一項記載の方法。
- 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、（i）ゼロ分散、または（ii）95％超、約95％もしくは95％が単一値と等しいデータ値、およびn＝試料数である0.1n個より少ない一意な値、を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を削除する工程を含むか、または該工程である、請求項30～44のいずれか一項記載の方法。
- 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量の欠損データを、連鎖方程式による多変量補完によって補完する工程を含むか、または該工程である、請求項30～45のいずれか一項記載の方法。
- 情報提供性特徴量を特定するための前処理が、0.5超、約0.5または0.5と等しい絶対値を有する相関係数を有する対象特徴量、インプット組成物特徴量、治療用細胞組成物特徴量、およびそれらの組合せのセットを含む共変量クラスターを特定し、かつ、対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量を該共変量クラスターから反復的に選択する工程を含むか、または該工程であり、ここで、選択される該対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量は、残りのすべての対象特徴量、インプット組成物特徴量、および治療用細胞組成物特徴量との最も小さい平均絶対相関を有する、請求項30～46のいずれか一項記載の方法。
- 前記複数の対象が500、400、300、200、150、100、50、25、15もしくは10例の対象であるか、または約500、400、300、200、150、100、50、25、15もしくは10例の対象であるか、あるいは前述の任意の数値間の任意の数である、請求項30～47のいずれか一項記載の方法。
- 前記複数の対象が10例、約10例、または10例超の対象かつ250例未満の対象である、請求項30～48のいずれか一項記載の方法。
- 前記複数の対象が20例、約20例、または20例超の対象かつ200例未満の対象である、請求項30～49のいずれか一項記載の方法。
- 前記複数の対象が20例、約20例、または20例超かつ150例未満の対象である、請求項30～50のいずれか一項記載の方法。
- 前記複数の対象が20例、約20例、または20例超の対象かつ100例未満の対象である、請求項30～51のいずれか一項記載の方法。
- 対象特徴量が対象属性および臨床属性のうちの1つまたは複数を含む、請求項1～52のいずれか一項記載の方法。
- 対象属性が年齢、重量、身長、民族性、人種、性別およびボディマス指数のうちの1つまたは複数を含む、請求項53記載の方法。
- 臨床属性がバイオマーカー、疾患の診断、疾病負荷、疾病期間、疾患グレードおよび治療歴のうちの1つまたは複数を含む、請求項53または請求項54記載の方法。
- 対象特徴量が投薬群、ブリッジング化学療法、ブリッジング化学療法および放射線療法、ブリッジング化学療法全身性処置、細胞起源、化学療法後の再発または難治性、診断のタイプ、疾患コホート、疾病負荷、再発または難治性の疾患、疾患の起源、ジェンダー、治療用細胞組成物の投与経路、LDHの変化倍数、身長、病変計数、酸素飽和度、体温（℃）、治療用細胞組成物での処置前の腫瘍最大径、SPDの変化倍数、リンパ球除去化学療法前のSPD値、BMI、重量、性別、民族性、人種、年齢、IPIスコア、ECOGスコア、疾患病期、リンパ球除去化学療法前のLDHに基づいた疾病負荷、リンパ球除去化学療法前のSPDに基づいた疾病負荷、対象が処置時に活動性のCNS疾患を有すること、節外性疾患クラス分類に基づいた疾病負荷、節外部位の数、巨大病変クラス分類に基づいた疾病負荷、病歴、前の治療ラインの数、前の全身性治療ラインの数、事前の同種造血幹細胞移植（allo-HSCT）、事前の自己造血幹細胞移植（auto-HSCT）、化学療法不応性または化学療法感受性の疾患型、疾患コントロールのためのブリッジング抗癌治療、白血球アフェレーシスの日から初回輸注までの日数、診断から治療用細胞組成物での処置までの月数、ベースラインC反応性タンパク質（CRP）、白血球アフェレーシス前のリンパ球数（10^9/L）、遺伝子ダブルエクスプレッサー、遺伝子ダブルヒット、遺伝子トリプルヒット、遺伝子ダブルヒットまたはトリプルヒット、遺伝子ダブルヒットまたはトリプルヒットあるいはダブルエクスプレッサー、アルブミンレベル、アルカリホスファターゼレベル、好塩基球数、好塩基球絶対数、直接ビリルビン、総ビリルビン、血中尿素窒素レベル、カルシウムレベル、二酸化炭素レベル、塩化物レベル、クレアチニンレベル、好酸球数、好酸球絶対数、グルコースレベル、ヘマトクリットレベル、ヘモグロビンレベル、LDHレベル、病変計数、リンパ球数、リンパ球絶対数、マグネシウムレベル、単球絶対数、単球数、好中球絶対数、好中球数、リン酸塩レベル、血小板数、カリウムレベル、総タンパク、赤血球数、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼレベル、アラニンアミノトランスフェラーゼレベル、ナトリウムレベル、二方向積和、トリグリセリド、腫瘍最大径、腫瘍垂直径、尿酸レベル、ならびに白血球数のうちの1つまたは複数を含む、請求項1～55のいずれか一項記載の方法。
- インプット組成物特徴量が細胞表現型を含む、請求項1～56のいずれか一項記載の方法。
- インプット組成物特徴量がCAS3-/CCR7-/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD28-/CD27-/CD4＋、CAS3-/CD28-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD4＋、CD45RA＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋/CD4＋、CAS＋/CD4＋、CAS＋/CD3＋/CD4＋、CD4＋のクローン性、CAS3-/CCR7-/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD28-/CD27-/CD8＋、CAS3-/CD28-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD85RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD8＋、CD85RA＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD85RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD85RA＋/CD8＋、CAS＋/CD8＋、CAS＋/CD3＋/CD8＋およびCD8＋のクローン性のうちの1つまたは複数を含む、請求項1～57のいずれか一項記載の方法。
- 治療用細胞組成物特徴量が細胞表現型、組換え受容体依存性活性および用量のうちの1つまたは複数を含む、請求項1～58のいずれか一項記載の方法。
- 治療用細胞組成物特徴量がCAS3-/CCR7-/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD8＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA＋/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-/CD8＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋/CD8＋、CAS＋/CD3＋/CAR＋/CD8＋、CD3＋/CAR＋/CD8＋、CD3＋/CD8＋、CAR＋/CD8＋、CD8＋細胞のクローン性、EGFRt＋/CD8＋、サイトカイン-/CD8＋、IFNG＋/CD8＋、IFNg＋/IL2/CD8＋、IFNg＋/IL17＋/TNFa＋/CD8＋、IFNg＋/IL2＋/IL17＋/TNFa＋/CD8＋、IFNg＋/IL2＋/TNFa＋/CD8＋、CAR＋/IFNg＋/CD8＋、IFNg＋/TNFa＋/CD8＋、CAR＋/IL2＋/CD8＋、IL2＋/TNFa＋/CD8＋、CD8＋による細胞溶解、CAR＋/TNFa＋/CD8＋、CD8＋細胞の生存細胞濃度、CD8＋細胞のベクターコピー数、CD8＋のEGFRt＋ベクターコピー数、CD8＋の生存能力、GMCSF＋/CD8＋、IFNG＋/CD8＋、IL10＋/CD8＋、IL13＋/CD8＋、IL2＋/CD8＋、IL4＋/CD8＋、IL5＋/CD8＋、IL6＋/CD8＋、MIP1A＋/CD8＋、MIP1B＋/CD8＋、sCD137＋/CD8＋、TNFa＋/CD8＋、CD8＋細胞の用量、CD8＋細胞の用量レベル、CD8＋細胞の生存投与細胞パーセント、CD8＋細胞の合計の非生存投与細胞、CD8＋細胞の合計の生存投与細胞、CD8＋細胞の総用量、CAS3-/CCR7-/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27-/CD4＋、CAS3-/CD28＋/CD27＋/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7-/CD45RA＋/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA-/CD4＋、CAS3-/CCR7＋/CD45RA＋/CD4＋、CAS＋/CD3＋/CAR＋/CD4＋、CD3＋/CAR＋/CD4＋、CD3＋/CD4＋、CAR＋/CD4＋、CD4＋細胞のクローン性、EGFRt＋/CD4＋、サイトカイン-/CD4＋、IFNG＋/CD4＋、IFNg＋/IL2/CD4＋、IFNg＋/IL17＋/TNFa＋/CD4＋、IFNg＋/IL2＋/IL17＋/TNFa＋/CD4＋、IFNg＋/IL2＋/TNFa＋/CD4＋、CAR＋/IFNg＋/CD4＋、IFNg＋/TNFa＋/CD4＋、CAR＋/IL2＋/CD4＋、IL2＋/TNFa＋/CD4＋、CD4＋による細胞溶解、CAR＋/TNFa＋/CD4＋、CD4＋細胞の生存細胞濃度、CD4＋細胞のベクターコピー数、CD4＋のEGFRt＋ベクターコピー数、CD4＋の生存能力、GMCSF＋/CD4＋、IFNG＋/CD4＋、IL10＋/CD4＋、IL13＋/CD4＋、IL2＋/CD4＋、IL4＋/CD4＋、IL5＋/CD4＋、IL6＋/CD4＋、MIP1A＋/CD4＋、MIP1B＋/CD4＋、sCD137＋/CD4＋、TNFa＋/CD4＋、CD4＋細胞の用量、CD4＋細胞の用量レベル、CD4＋細胞の生存投与細胞パーセント、CD4＋細胞の合計の非生存投与細胞、CD4＋細胞の合計の生存投与細胞、およびCD4＋細胞の総用量のうちの1つまたは複数を含む、請求項1～59のいずれか一項記載の方法。
- 前記試料が全血試料、バフィーコート試料、末梢血単核球（PBMC）試料、未分画T細胞試料、リンパ球試料、白血球試料、アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物を含む、請求項1～60のいずれか一項記載の方法。
- 前記試料がアフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物である、請求項1～61のいずれか一項記載の方法。
- アフェレーシス産物または白血球アフェレーシス産物が予め凍結保存されている、請求項62記載の方法。
- T細胞が、対象から得られた初代細胞を含む、請求項1～63のいずれか一項記載の方法。
- T細胞がCD3＋、CD4＋および/またはCD8＋T細胞を含む、請求項1～64のいずれか一項記載の方法。
- インプット組成物がCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞を含み、治療用細胞組成物が、前記CARを発現しているCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞を含み、かつ該インプット組成物から作製され、インプット組成物特徴量が、該インプット組成物のCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞組成物由来のインプット組成物特徴量を含み、治療用細胞組成物特徴量が、該治療用組成物のCD4＋、CD8＋、またはCD4＋およびCD8＋T細胞由来の治療用細胞組成物特徴量を含む、請求項1～65のいずれか一項記載の方法。
- インプット組成物がCD4＋およびCD8＋T細胞の別々の組成物を含み、治療用細胞組成物が、前記CARを発現しているCD4＋およびCD8＋T細胞の別々の組成物を含み、かつ該インプット組成物のそれぞれのCD4＋またはCD8＋T細胞組成物から作製され、インプット組成物特徴量が、該インプット組成物のCD4＋およびCD8＋T細胞組成物由来のインプット組成物特徴量を含み、治療用細胞組成物特徴量が、該治療用組成物の該別々の組成物の各々のCD4＋およびCD8＋T細胞由来の治療用細胞組成物特徴量を含む、請求項1～65のいずれか一項記載の方法。
- インプット組成物がCD4＋およびCD8＋T細胞の別々の組成物を含み、治療用細胞組成物が、前記CARを発現しているCD4＋およびCD8＋T細胞の混合組成物を含み、かつ該インプット組成物の該別々のCD4＋およびCD8＋T細胞の組成物から作製され、インプット組成物特徴量が、該インプット組成物の該別々のCD4＋およびCD8＋T細胞の組成物由来のインプット組成物特徴量を含み、治療用細胞組成物特徴量が、該治療用組成物のCD4＋およびCD8＋細胞の該混合組成物由来の治療用細胞組成物特徴量を含む、請求項1～65のいずれか一項記載の方法。
- 所定の治療レジメンが、
a）25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;
b）50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;または
c）75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である、
請求項16～31および41～68のいずれか一項記載の方法。 - 前記変更された治療レジメンが、
a）前記所定の治療レジメンが25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;
b）前記所定の治療レジメンが50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;または
c）前記所定の治療レジメンが25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である、
請求項16～31および41～68のいずれか一項記載の方法。 - 前記変更された治療レジメンが、
a）前記所定の治療レジメンが50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;
b）前記所定の治療レジメンが75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、50×106個のCD8＋CAR＋T細胞および50×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である;または
c）前記所定の治療レジメンが75×106個のCD8＋CAR＋T細胞および75×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、もしくは該単回処置である場合、25×106個のCD8＋CAR＋T細胞および25×106個のCD4＋CAR＋T細胞を別々に対象に投与することを含む単回処置を含むか、または該単回処置である、
請求項16～31および41～68のいずれか一項記載の方法。 - 前記変更された治療レジメンが、治療用細胞組成物を第2の治療薬と組み合わせて投与することを含む、請求項16～31および41～68のいずれか一項記載の方法。
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