JP2020519235A - 抗ilt4抗体および抗原結合性フラグメント - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2017年4月7日付け出願の米国仮特許出願第62/483,019号(その開示の全体を参照により本明細書に組み入れることとする)に基づく利益を主張するものである。
本発明は、免疫グロブリン様転写産物4(ILT4)に結合する抗体およびその抗原結合性フラグメント、ならびにそのような抗体および抗原結合性フラグメントの製造方法、ならびに例えば、がんのような疾患を治療するためのそれらの使用方法に関する。
本発明は、ヒトILT4に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントを提供する。ある実施形態においては、該抗体またはその抗原結合性フラグメントは、LYREKKSASW(配列番号59)、TRIRPEL(配列番号60)、NGQF(配列番号61)およびHTGRYGCQ(配列番号62)からなる群から選択されるヒト1LT4エピトープの、1以上のアミノ酸残基に結合する。ある実施形態においては、該抗体または抗原結合性フラグメントはD2Oのような重水素源との重水素交換からエピトープを保護する。1つの実施形態においては、該抗体またはその抗原結合性フラグメントは、エピトープLYREKKSASW(配列番号59)の、1以上のアミノ酸残基に結合する。もう1つの実施形態においては、該抗体またはその抗原結合性フラグメントは、エピトープTRIRPEL(配列番号60)の、1以上のアミノ酸残基に結合する。更にもう1つの実施形態においては、該抗体またはその抗原結合性フラグメントは、エピトープNGQF(配列番号61)の、1以上のアミノ酸残基に結合する。更にもう1つの実施形態においては、該抗体またはその抗原結合性フラグメントは、エピトープHTGRYGCQ(配列番号62)の、1以上のアミノ酸残基に結合する。更にもう1つの実施形態においては、該抗体またはその抗原結合性フラグメントは、LYREKKSASW(配列番号59)、TRIRPEL(配列番号60)、NGQF(配列番号61)およびHTGRYGCQ(配列番号62)からなる群から選択される2、3または4個のILT4エピトープにおける1以上のアミノ酸残基に結合する。1つの実施形態においては、該抗体またはその抗原結合性フラグメントはエピトープLYREKKSASW(配列番号59)における1以上のアミノ酸残基に結合し、D2Oのような重水素源との重水素交換からエピトープを保護する。もう1つの実施形態においては、該抗体またはその抗原結合性フラグメントはエピトープTRIRPEL(配列番号60)における1以上のアミノ酸残基に結合し、D2Oのような重水素源との重水素交換からエピトープを保護する。更にもう1つの実施形態においては、該抗体またはその抗原結合性フラグメントはエピトープNGQF(配列番号61)における1以上のアミノ酸残基に結合し、D2Oのような重水素源との重水素交換からエピトープを保護する。更にもう1つの実施形態においては、該抗体またはその抗原結合性フラグメントはエピトープHTGRYGCQ(配列番号62)における1以上のアミノ酸残基に結合し、D2Oのような重水素源との重水素交換からエピトープを保護する。更にもう1つの実施形態においては、該抗体またはその抗原結合性フラグメントは、LYREKKSASW(配列番号59)、TRIRPEL(配列番号60)、NGQF(配列番号61)およびHTGRYGCQ(配列番号62)からなる群から選択される2、3または4個のILT4エピトープにおける1以上のアミノ酸残基に結合し、D2Oのような重水素源との重水素交換からエピトープを保護する。
本発明がより容易に理解されうるように、幾つかの科学技術用語を以下に具体的に定義する。本明細書中の他の箇所で特に定義されていない限り、本明細書中で用いる他の全ての科学技術用語は、本発明が属する技術分野の当業者に一般に理解される意味を有する。
QTGTIPKPTLWAEPDSVITQGSPVTLSCQGSLEAQEYRLYREKKSASWITRIRPELVKNGQFHIPSITWEHTGRYGCQYYSRARWSELSDPLVLVMTGAYPKPTLSAQPSPVVTSGGRVTLQCESQVAFGGFILCKEGEEEHPQCLNSQPHARGSSRAIFSVGPVSPNRRWSHRCYGYDLNSPYVWSSPSDLLELLVPGVSKKPSLSVQPGPVVAPGESLTLQCVSDVGYDRFVLYKEGERDLRQLPGRQPQAGLSQANFTLGPVSRSYGGQYRCYGAHNLSSECSAPSDPLDILITGQIRGTPFISVQPGPTVASGENVTLLCQSWRQFHTFLLTKAGAADAPLRLRSIHEYPKYQAEFPMSPVTSAHAGTYRCYGSLNSDPYLLSHPSEPLELVVSGPSMGSSPPPTGPISTPAGPEDQPLTPTGSDPQSGLGRHLGV(配列番号40のアミノ酸22〜461)、またはその免疫グロブリン融合体(例えば、IgG1またはIgG4)、または細胞の表面上で発現される細胞表面膜貫通(TM)形態:
QTGTIPKPTLWAEPDSVITQGSPVTLSCQGSLEAQEYRLYREKKSASWITRIRPELVKNGQFHIPSITWEHTGRYGCQYYSRARWSELSDPLVLVMTGAYPKPTLSAQPSPVVTSGGRVTLQCESQVAFGGFILCKEGEEEHPQCLNSQPHARGSSRAIFSVGPVSPNRRWSHRCYGYDLNSPYVWSSPSDLLELLVPGVSKKPSLSVQPGPVVAPGESLTLQCVSDVGYDRFVLYKEGERDLRQLPGRQPQAGLSQANFTLGPVSRSYGGQYRCYGAHNLSSECSAPSDPLDILITGQIRGTPFISVQPGPTVASGENVTLLCQSWRQFHTFLLTKAGAADAPLRLRSIHEYPKYQAEFPMSPVTSAHAGTYRCYGSLNSDPYLLSHPSEPLELVVSGPSMGSSPPPTGPISTPAGPEDQPLTPTGSDPQSGLGRHLGVVIGILVAVVLLLLLLLLLFLILRHRRQGKH(配列番号40のアミノ酸22〜491)に結合する。
本発明は、ILT4に結合する抗体およびその抗原結合性フラグメント(例えば、完全ヒト抗体)(本明細書においては「抗ILT4」と称される)、ならびに疾患の治療または予防における抗体またはその抗原結合性フラグメントの使用方法を提供する。1つの実施形態においては、本発明は、アンタゴニスト性抗ILT4抗体、および疾患の治療または予防における該抗体またはその抗原結合性フラグメントの使用方法を提供する。
・CD14+ ヒト単球および/またはCD11B+ ヒト顆粒球を染色する。
CDR−L1:TLRSGINVDTYRIH(配列番号25)
CDR−L2:YKSDSDKHQGS(配列番号26)
CDR−L3:AIWYSSTWV(配列番号27)。
CDR−L1:RASQGISSWLA(配列番号31)
CDR−L2:AASSLQS(配列番号32)
CDR−L3:QQYNSYPPT(配列番号33)。
CDR−L1:TGSSSNIGAGYDVH(配列番号37)
CDR−L2:GNSNRPS(配列番号38)
CDR−L3:QSYDSSLSGSGVV(配列番号39)。
本発明は、本明細書に開示されている抗ILT4抗体およびその抗原結合性フラグメントの免疫グロブリン鎖をコードするポリヌクレオチド(例えば、DNAまたはRNA)を含む。例えば、本発明は、本明細書に記載されている抗体1E1、2A6、3G7および2C1(例えば、配列番号1〜15、44および45またはそれらの可変ドメイン)の免疫グロブリン重鎖および/または軽鎖をコードする核酸ならびにそれらにハイブリダイズする核酸を含む。
本明細書に開示されている抗ILT4抗体および抗原結合性フラグメント(例えば、1E1、2A6、3G7および/または2C1)は、組換え的に製造されうる。この実施形態においては、本発明の抗体および抗原結合性フラグメントの免疫グロブリン鎖(例えば、配列番号1〜15、44、45または79〜86のいずれか、あるいは配列番号57、58、63〜77のいずれかに記載されている1E1、2A6、3G7または2C1のVHまたはVLを含むもの)の1以上をコードする核酸をベクターおよび/または宿主細胞染色体内に挿入し、組換え宿主細胞において発現させ得る。組換え抗体を製造するための幾つかの方法が当技術分野で公知である。
本発明の抗ILT4抗体およびその抗原結合性フラグメント(例えば、1E1、2A6、3G7および/または2C1)はまた、Fc領域内の修飾を含むように、典型的には、抗体の機能特性、例えば血清半減期、補体固定、Fc受容体結合および/またはエフェクター機能(例えば、抗原依存性細胞傷害性)の1以上を変化させるために操作されうる。更に、本明細書に開示されている抗体およびフラグメントは化学的に修飾可能であり(例えば、1以上の化学的部分が抗体に結合可能である)、あるいは、再び抗体またはフラグメントの機能特性の1以上を変化させるために、そのグリコシル化を改変するように修飾されうる。これらの実施形態のそれぞれは後記に更に詳細に記載されている。Fc領域内の残基の番号付けはKabatのEUインデックスのものである。
更にもう1つの実施形態においては、抗体は特定のグリコシル化パターンを含む。例えば、グリコシル化を欠く非グリコシル化(aglycosylated)抗ILT4抗体またはその抗原結合性フラグメント(例えば、1E1、2A6、3G7および/または2C1)は本発明の一部である。抗体またはフラグメントのグリコシル化パターンは、例えば、抗原に対する抗体のアフィニティまたはアビディティを増強するために改変されうる。そのような修飾は、例えば、抗体またはフラグメント配列内のグリコシル化部位の1以上を改変することにより達成されうる。例えば、可変領域フレームワークグリコシル化部位の1以上の除去をもたらし、それによりその部位におけるグリコシル化を排除する1以上のアミノ酸置換が施されうる。そのような非グリコシル化は、抗原に対する抗体またはフラグメントのアフィニティまたはアビディティを増強しうる。例えば、米国特許第5,714,350号および第6,350,861号を参照されたい。
本明細書に開示されている抗ILT4抗体および抗原結合性フラグメント(例えば、1E1、2A6、3G7および/または2C1)は、ペプチドまたは化学的部分にコンジュゲート化(結合)されることも可能である。化学的部分は、とりわけ、重合体(ポリマー)、放射性核種または治療用物質または細胞毒性薬剤でありうる。本発明の特定の実施形態においては、化学的部分は、対象の体内の抗体分子の半減期を増加させる重合体である。重合体には、ポリエチレングリコール(PEG)(例えば、2kDa、5kDa、10kDa、12kDa、20kDa、30kDaまたは40kDaの分子量を有するPEG)、デキストランおよびモノメトキシポリエチレングリコール(mPEG)(これらに限定されるものではない)を包含する親水性重合体が含まれるが、これらに限定されるものではない。Leeら(1999)(Bioconj.Chem.10:973−981)は、PEGコンジュゲート化一本鎖抗体を開示している。Wenら,(2001)(Bioconj.Chem.12:545−553)は、放射性金属キレーター(ジエチレントリアミン五酢酸(DTPA))に結合したPEGに対して抗体をコンジュゲート化することを開示している。
抗ILT4抗体(例えば、完全ヒト抗体、例えば、アンタゴニスト完全ヒト抗体)(例えば、1E1、2A6、3G7および/または2C1)およびその抗原結合性フラグメントを含む医薬組成物は、所望の純度を有する抗体またはその抗原結合性フラグメントを、所望により生理的に許容される担体、賦形剤または安定剤と混合することにより、水溶液の形態または凍結乾燥もしくは他の乾燥形態で、貯蔵用に製造されうる(例えば、Remington,Remington’s Pharmaceutical Sciences(第18版,1980)を参照されたい)。
本発明はまた、癌の治療または予防に有効でありうる本明細書に開示されている本発明の抗ILT4抗体またはその抗原結合性フラグメント(例えば、1E1、2A6、3G7および/または2C1)の有効量を投与することによる、癌の治療または予防を要する対象(例えば、ヒト対象)における癌の治療または予防方法を提供する。
本発明は、本発明の抗ILT4抗体またはその抗原結合性フラグメントとILT4またはその断片との複合体を形成させるための任意の方法を含み、該方法は、結合および複合体形成に適した条件下、ILT4ポリペプチドまたは断片を抗ILT4抗体またはフラグメントと接触させることを含む。
(a)抗ILT4抗体(例えば、完全ヒト抗体、例えば、アンタゴニスト完全ヒト抗体)またはその抗原結合性フラグメント(例えば、1E1、2A6、3G7および/または2C1)で基体(例えば、マイクロタイタープレートウェル、例えばプラスチックプレート)をコーティングし;
(b)ILT4の存在に関して試験されるべきサンプルを基体に適用し;
(c)基体を洗浄して、サンプル中の未結合物質を除去し;
(d)ILT4抗原に同様に特異的である検出可能な様態で標識された抗体(例えば、酵素結合抗体)を適用し;
(e)基体を洗浄して、未結合標識抗体を除去し;
(f)抗体上の標識を検出する;標識抗体が酵素結合体である場合には、酵素により検出可能な例えば蛍光シグナルに変換される化学物質を適用する。
(1)ILT4またはその断片の存在に関して試験すべきサンプルを含む膜または他の固体基体を準備し[所望により、方法は、当技術分野で公知の方法(例えば、半乾燥ブロッティングまたはタンクブロッティング)を用いて、(例えば、サンプル中のタンパク質のPAGEまたはSDS−PAGE電気泳動分離からの)ILT4の存在に関して試験すべきサンプルから膜または他の固体基体上へタンパク質をトランスファー(転移)する工程を含み]、そして、結合ILT4またはその断片の存在に関して試験すべき膜または他の固体基体を、本発明の抗ILT4抗体またはその抗原結合性フラグメント(例えば、1E1、2A6、3G7および/または2C1)と接触させ;
(2)膜を1回以上洗浄して、未結合抗ILT4抗体またはフラグメントおよび他の未結合物質を除去し;そして
(3)結合した抗ILT4抗体またはフラグメントを検出する、ことを含む。
(1)ILT4タンパク質の存在に関して試験すべき細胞(例えば、骨髄系細胞、例えば、単球、マクロファージまたは樹状細胞)を本発明の抗ILT4抗体またはその抗原結合性フラグメント(例えば、1E1、2A6、3G7および/または2C1)と接触させ、そして
(2)細胞の表面上または内部の抗体またはフラグメントを検出する、ことを含む。
これらの実施例は本発明を例示することを意図したものであり、本発明を限定するものではない。実施例に記載されている組成物および方法は本発明の一部を構成する。
抗体の製造および同定
RETROCYTE DISPLAYプラットフォームを使用して、抗ILT4親ヒトmAb 1E1を同定した(Breous−Nystromaら,Methods 65(1):57−67(2014))。RETROCYTE DISPLAYプラットフォームは、哺乳動物プレB細胞内へのヒト抗体遺伝子のレトロウイルス遺伝子導入を利用して、安定した高多様性抗体ディスプレイライブラリーを作製する。ナイーブB細胞を含有するヒト臍帯血を抗体の重鎖および軽鎖の原料として使用した。細胞性抗体ライブラリーは、典型的には、プレB細胞の細胞表面上に108個を超える異なる完全長(hIgG1〜4アイソタイプ)モノクローナルヒト抗体を発現した。
CHO細胞において一過性に発現されたヒト1E1配列(S228P突然変異を有するヒトIgG4バックボーン)に関して研究を行った。1E1は以下の物理化学的特性を示した:計算された等電点(PI)および実験で決定された等電点(PI)は、それぞれ、約7.29および約7.2であり、凝集レベル(HMW種)は5%未満であり、Tm開始は60℃を超え、Tm1は約65.2℃であり、Tm2は約78.8℃であり、少なくとも5回の凍結/解凍サイクルで安定していた。1E1の配列は元々VH−CDR2においてN−グリコシル化部位を有していたが、これは、BIACOREによる結合および機能アッセイにおいて悪影響を与えることなくS54A突然変異によって成功裏に矯正された。ストレス研究は、VL−CDR3におけるN53残基の脱アミド化を示した(高pH条件下で13%超)。N53は、結合および機能アッセイ(1E1を使用するILT4 3A9 T細胞トランスフェクタントからのIL−2放出のレスキュー)に悪影響を与えることなく、成功裏に矯正された(N53D)。脱アミド化による不均一性のリスクを低減するために、1E1 VHおよびVLにおけるN末端Q残基の両方をEに突然変異させた(VH−Q1EおよびVL−Q1E)。突然変異1E1配列(1E1 VH Q1E、S54A/VL Q1E、N53D)IgG4 S228P/ラムダ)に関して行ったストレス研究は、AAPH(2,2’−アゾビス(2−アミジノプロパン)二塩酸塩)での6時間の強制酸化条件下、結合および機能に対する最小の影響を伴って、VH−CDR3におけるW102残基の約17%の酸化を示した。AAPHは、TrpおよびMet残基の酸化を強制するために使用される。同じ条件下、VHフレームワークにおけるW7の約8%の酸化が検出され、結合および機能に対する影響は認められなかった。ペプチドマッピングにより、約8%のアフコシル化抗体が検出された。この知見は、一過性にトランスフェクトされたCHO細胞において発現された分子に関連している可能性がある。
抗体クローンp1E1(G1)のILT4上のエピトープを、水素−重水素交換質量分析により特定した。抗体p1E1(G1)をILT4の組換えヒスチジンタグ付き細胞外ドメインと予め混合し、ついで複合体を重水素バッファー中でインキュベートした。重水素の取り込み量を質量分析により測定した。ILT4残基LYREKKSASW(シグナル配列を伴わないILT4の39〜48)(配列番号59)およびTRIRPEL(シグナル配列を伴わないILT4の50〜56(配列番号60)、そしてより低い度合であったがNGQF(シグナル配列を伴わないILT4の59〜62(配列番号61)およびHTGRYGCQ(シグナル配列を伴わないILT4の71〜78)(配列番号62)は、抗原のみのサンプルと比較して重水素標識における最大の差異を示すものとして特定され、このことは、それらがp1E1(G1)と相互作用する残基である可能性が高いことを示している(図1)。これらのペプチドは、ILT4のドメイン1上に存在する。より少ない重水素標識差異を示したドメイン1および2上の他のペプチドは、抗体結合の際のコンホメーション安定性により保護されている可能性がある。ドメイン3および4においては標識における有意な差異は見られなかった。
表面プラズモン共鳴(SPR)により決定されたヒトILT4に対する1E1(G4)およびHLA−G1の結合アフィニティ
ILT4−His(可溶性ILT4タンパク質を生成するようにポリヒスチジンタグに融合したヒトILT4の組換え細胞外ドメイン)への1E1(G4)およびHLA−G1 Fc(可溶性HLA−G1タンパク質を生成するようにヒトIgG1 Fcドメインに融合したHLA−Gの組換え細胞外ドメイン(アイソフォーム1))の結合を、Biacoreにより評価した。1E1(G4)またはHLA−G1 Fcのいずれかを、Fc捕捉によりBiacoreチップ上に捕捉した。ついで単量体ILT4−Hisを結合に関して試験し、データは、ILA4−HisがHLA−G1 Fcより600倍高いアフィニティで1E1(G4)に結合することを示した(表3)。
ILT4 3A9 T細胞トランスフェクタントを1E1(G4)またはアイソタイプ対照で種々の用量で前処理し、ついで1E1(G4)の二次検出を行い(図3A)、または一定濃度のビオチン化HLA−G1 Fcキメラで処理して、同族(コグネイト)リガンドを1E1(G4)が遮断する能力を評価した(図3B)。1E1(G4)およびHLA−G Fcをフローサイトメトリーにより検出した。データは、1E1(G4)がHLA−G1 Fc結合を用量依存的に遮断したことを示している。
抗体1E1、2A6、2C1および3G7を、CHO/ILT4+ 細胞により発現された又はビーズに結合したILT4抗原との組換え二量体HLA−Gの相互作用を阻害するそれらの可能性に関して、Luminexおよび細胞に基づくリガンド遮断アッセイおよびリガンド競合アッセイにおいて試験した。
ILT4 3A9 T細胞トランスフェクタントを種々の用量のp1E1(G1)またはhIgG1アイソタイプ対照と共に前処理し、ついで一定濃度の蛍光色素標識HLA−FもしくはCD1d四量体またはHLA−A02:01もしくはHLA*B7:02デキサマーで処理して、非HLA−G MHCクラスIリガンドをp1E1(G1)が遮断する能力を評価した。ILT4へのHLA−A、HLA−BおよびHLA−Fの結合は、用量滴定可能な様態で、p1E1(G1)により阻害され(図4)、このことは、p1E1(G1)が他の報告されているMHCクラスIリガンドを遮断しうることを示している。
アンジオポエチン様(ANGPTL)タンパク質は、ヒト造血幹細胞により発現されたILT4に結合することが最近報告された(Zhengら,Nature.2012年5月30日;485(7400):656−60およびDengら,Blood.2014年8月7日;124(6):924−35)。ILT4へのANGPTLファミリーメンバーの結合をp1E1(G1)が遮断しうるかどうかを試験するために、商業的に入手可能なANGPTLタンパク質またはタンパク質断片を購入し、p1E1(G1)で前処理されたILT4 3A9 T細胞トランスフェクタントへの結合に関して試験した。結合データが示すところによると、試験したタンパク質濃度において、ANGPTL1、4および潜在的に7は、ILT4には結合可能であり、ベクター対照細胞には結合できなかった。p1E1(G1)は飽和用量でANGPTLタンパク質の結合を完全に遮断することが可能であった(図5)。
ヒトILT4、ILT2、ILT3(2つの変異体)、ILT5、LILRB5、LIRLA1、LIRLA2、ILT7、ILT8またはILT11を発現するようにトランスフェクトされた3A9 T細胞系を使用する細胞に基づくフローサイトメトリーにより、ヒトILTファミリーメンバーへの1E1(G4)のILTファミリー特異的結合を評価した。1E1(G4)はヒトILT4に特異的に結合し、試験された他のいずれのILTファミリーメンバーとの交差反応性をも示さなかった(図6Aおよび6B)。
操作されたILT4 3A9細胞に基づくアッセイにおいてインターロイキン2抑制を1E1(G4)、2A6、2C1および3G7が逆転させる能力
抗CD3抗体を使用して、対照マウス3A9 T細胞を刺激して、IL−2放出を増加させた。これとは対照的に、ILT4 3A9 T細胞トランスフェクタントは、CD3刺激の存在下、IL 2を発現させることができず、これはおそらく、マウスMHCクラスI分子とILT4との交差反応性または未知の異種リガンドによるものであろう。この相互作用はILT4受容体の自発的な多量体化/活性化をもたらして、抗CD3媒介IL−2放出の抑制をもたらすようであった。したがって、ILT4に機能的に結合し、異種リガンドとのILT4の相互作用を遮断し、および/または受容体多量体化を阻害する抗体は、IL放出を回復させるはずである。
p1E1(G4)および1E1(G4)を、ILT4:HLA−G依存的マスト細胞脱顆粒のレスキューに関して試験した。マウスWTMCマスト細胞にヒトILT4でトランスフェクトし、CD200RLaに対して産生されたプレート結合抗体で刺激した。CD200RLaの抗体媒介性架橋は、CD220RLaの細胞内ドメイン内で見出されるITAMモチーフの活性化によるマスト細胞脱顆粒を引き起こした。脱顆粒は、アッセイ上清における顆粒含量放出をアッセイすることにより比色法で測定されうる。プレート結合HLA−G四量体の存在下、CD200RLa媒介性マスト細胞脱顆粒はILT4トランスフェクタントにおいて阻害された。プレート結合抗CD200RLaおよびHLA−G四量体での刺激の前のp1E1(G4)または1E1(G4)でのILT4 WTMCトランスフェクタントの前処理は、用量滴定可能な様態で脱顆粒阻害を逆転させた(図8)。
ヒト初代PBMC LPS刺激アッセイにおける1E1(G4)の評価
原型骨髄由来炎症性サイトカインであるTNFαの発現は、LPSで刺激された場合、低レベルのILT4を発現する単球により発現されることが報告された。高いILT4発現を示す単球はそれほど多量のTNFαを発現せず、ILT4の発現の欠如は、乾癬性関節炎患者から単離された単球の特徴であることが判明した(Bergaminiら,PLoS One.2014年3月27日;9(3):e92018)。単球上のILT4発現は、炎症性刺激(例えば、LPS)の存在下、骨髄細胞エフェクター活性を阻害し、炎症性サイトカイン誘導(例えば、TNFα)に拮抗しうる。したがって、健康なヒトドナーから単離された全PBMCをLPSで処理し、炎症性骨髄性サイトカイン発現をILT4拮抗作用が増強する能力を1E1(G4)で評価した。図9Aおよび9Bは、それぞれ3人のドナーによる3つの実験の1つからのデータを示し、1E1(G4)が、用量滴定可能な様態でGM−CSFおよびTNFαの両方(共に骨髄由来サイトカイン)のLPS依存的発現を増強したことを示している。
最適以下のT細胞刺激の存在下で1E1(G4)処理がT細胞または骨髄性エフェクターサイトカイン発現を増強しうるかどうかを評価するために、健康なヒトドナーから単離された全PBMCを抗CD3で処理してT細胞増殖を誘導し、サイトカイン発現をILT4拮抗作用が修飾する能力を1E1(G4)で評価した。図10Aおよび10Bは、それぞれ3人のドナーによる3つの実験の1つからのデータを示し、1E1(G4)が、用量滴定可能な様態でGM−CSFおよびTNFαの抗CD3依存的発現を増強したことを示している。
ヒト化マウス腫瘍モデルにおける1E1、2A6、2C1および2D5の抗腫瘍効果
抗体1E1、2A6、2C1および2D5をインビボ腫瘍退縮アッセイにおいて試験した。ヒト化マウス(ヒト免疫細胞構成を確立するためにヒト造血幹細胞で再構成されたNSGマウス)に1×106個のSKMEL5メラノーマ細胞(HLAクラスA*02:01)を接種し、約35日後に150mm3の平均サイズが観察されるまで、腫瘍成長をモニターした。それぞれ6匹の動物を含む7つの無作為群のマウスに、アイソタイプ対照抗体(hIgG1+hIgG4、それぞれ20mg/kg)または20mg/kgの以下の抗ILT4抗体のいずれかを皮下投与した:1E1−IgG1、1E1−IgG1(N297Q)(Fcヌル突然変異体)、1E1−IgG4、2A6−IgG4、2C1−IgG4および2D5−IgG4。マウスに7日ごと(第35日、第42日、第49日、合計3回投与)に投与し、腫瘍サイズを第63日まで測定した。結果は、アイソタイプ対照が投与された動物と比較して、1E1(IgG1、IgG1−(N297Q)、IgG4)、2A6−IgG4および2D5−IgG4で処理されたマウスにおいて腫瘍成長障害を示した(図17)。これとは対照的に、アイソタイプ対照または抗ILT4候補2C1のいずれかで処理されたマウスは、腫瘍成長障害を示さなかった。
腫瘍成長阻害に関するp1E1(G4)のインビボ効果を試験するために、ヒト化マウス腫瘍モデルを開発した。免疫不全NSGマウスをヒト造血幹細胞で再構成させた。末梢ヒトCD45+ 免疫細胞(PBMCの25%以上)をマウスが有することを確認した後、ヒト皮膚メラノーマ由来腫瘍系であるSK−MEL−5腫瘍細胞をそれらに接種した。これらの細胞をHLA−Gのそれらの遺伝的発現に関して選択した。接種後、腫瘍を約150mm3のサイズまで成長させた。マウスを無作為に幾つかの群に分け、hIgG4アイソタイプ対照またはp1E1(G4)でチャレンジした。
1E1(G4)の抗腫瘍活性をヒト化マウスSK−MEL−5腫瘍モデルにおいて試験した。このモデルにおいて、免疫不全NSG(NOD.Cg−Prkdcscid Il2rgtm1Wjl/SzJ)マウスに照射し、臍帯血から単離されたヒトCD34+ 造血幹細胞を注射した。数か月間の生着の後、マウスの血液中にヒト免疫細胞が検出されうる。ついでヒトメラノーマ由来SK−MEL−5細胞系をマウスに皮下(SC)移植した。
公的に入手可能なデータ源(1Kゲノム・プロジェクト・フェーズ3(Genome Project Phase 3))からの一塩基多型データを用いて、アフリカ、欧州、アジアおよび南アジア集団に関するILT4対立遺伝子頻度を決定した。いずれかの集団における5%以上の保有率で発現されたハプロタイプの配列(表7におけるハプロタイプ1、2、5、7、9および10)を決定し、3A9 T細胞において発現させた。1E1(G4)は、抗体の飽和用量を使用して試験した全てのハプロタイプに結合した(図13)。ハプロタイプ2は、Uniprotにおいて報告されているコンセンサス配列に対応した。ハプロタイプ5を機能的アッセイおよびリガンドに基づくアッセイにおいて使用した。ハプロタイプ結合データは、1E1(G4)が、試験した全ての対立遺伝子変異体に結合することを示している。
Omicsoft(Qiagen,Cary,NC)により、公的に入手可能なRNAseqデータセットを使用して、腫瘍型および細胞集団にわたるILT4の発現を決定した。TCGAデータセット(TCGA B38 20171002 v4,https://gdc−portal.nci.nih.gov/)は、RNA−Seqデータを含む11,292個のサンプルから構成される。Blueprintデータセット(Blueprint B38 20170216 v2,http://www.blueprint−epigenome.eu/)は、RNA−Seqデータを含む55個の細胞型からの258個の正常血液サンプルから構成される。RNAレベルでILT4の最高発現を示す腫瘍型はLAML(すなわち、AML)、DLBC(すなわち、DLBCL)、TGCT、MESO、KIRCを含む(図14A)。RNAレベルでILT4の最高発現を示す細胞型は好中球、単球、破骨細胞、好酸球、マクロファージおよび樹状細胞を含む(図14B)。このデータセットにおいては、リンパ球は、低いILT4発現を示し、またはILT4発現を全く示さなかった。1のFPKM(または0のLOG2(FPKM+0.1))は最も広く受け入れられている発見的(ヒューリスティック)固定閾値であるが、より低いFPKM値はサンプルにおける「低発現」遺伝子を報告しうる。
組織培養を新鮮なヒト腫瘍サンプル(外科切除物)から調製し、20μg/mLの抗RSV IgG4(アイソタイプ対照)または1E1(G4)で37℃で18〜24時間処理した。処理後、腫瘍薄片を単細胞浮遊液へと消化し、FACSのために染色した。ドットプロットおよび等高線プロットはRCC(図15A)またはCRC(図15B)腫瘍組織培養単細胞浮遊液からのFACSデータを表す。骨髄細胞全体は、CD66bおよび/またはCD14の発現に基づいて4つのサブセットに細分されうる。これらの4つの骨髄系サブセットを、非競合的な市販の抗ILT4−PE(BioLegend,カタログ番号338706,San Diego,CA)を使用してILT4発現に関して、そして抗IgG4二次抗体を使用して細胞表面結合1E1(G4)に関して同時に分析した。1E1(G4)処理組織培養においては、ILT4+ 細胞と1E1(G4)+ 細胞との間に良好な相関関係が認められた。これらのサンプルにおいては、腫瘍浸潤リンパ球はILT4−かつ1E1(G4)−であることが観察された。
本明細書は配列表のコンピューター可読形態(CRF)コピーと共に出願されている。2018年3月22日付けで作成され128,042バイトのサイズを有する24443 PCT SEQLIST.txtなる名称のCRFの全体を参照により本明細書に組み入れることとする。
Claims (42)
- LYREKKSASW(配列番号59)、TRIRPEL(配列番号60)、NGQF(配列番号61)およびHTGRYGCQ(配列番号62)からなる群から選択されるヒト免疫グロブリン様転写産物4(ILT4)エピトープにおける1以上のアミノ酸残基に結合し、重水素源の存在下の重水素交換から該エピトープを保護する抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- ILT4エピトープがLYREKKSASW(配列番号59)である、請求項1記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- ILT4エピトープがTRIRPEL(配列番号60)である、請求項1記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- ILT4エピトープがNGQF(配列番号61)である、請求項1記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- ILT4エピトープがHTGRYGCQ(配列番号62)である、請求項1記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- LYREKKSASW(配列番号59)、TRIRPEL(配列番号60)、NGQF(配列番号61)およびHTGRYGCQ(配列番号62)からなる群から選択されるヒトILT4エピトープへの結合に関して基準抗体と競合する抗体またはその抗原結合性フラグメントであって、基準抗体が、配列番号2に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリンおよび配列番号7に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリンを含む、抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- ILT4エピトープがLYREKKSASW(配列番号59)である、請求項6記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- ILT4エピトープがTRIRPEL(配列番号60)である、請求項6記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- ILT4エピトープがNGQF(配列番号61)である、請求項6記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- ILT4エピトープがHTGRYGCQ(配列番号62)である、請求項6記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- (1)CDR−H1:GYYWS(配列番号16)、
CDR−H2:EINHXGSTNYNPSLKS(ここで、XはSまたはAである)(配列番号17)、および
CDR−H3:LPTRWVTTRYFDL(配列番号18)
を含む重鎖可変ドメイン、ならびに
CDR−L1:TGSSSNIGAGYDVH(配列番号19)、
CDR−L2:GX1X2NRPS(ここで、X1はN、Q、EまたはDであり、X2はSまたはAである)(配列番号20)、および
CDR−L3:QSFDNSLSAYV(配列番号21)
を含む軽鎖可変ドメイン;
(2)CDR−H1:SYAIS(配列番号22)、
CDR−H2:GIIPIFGTANYAQKFQG(配列番号23)、および
CDR−H3:YFX1X2SGWYKGGAFDI(ここで、X1はDまたはSであり、X2はSまたはAである)(配列番号24)
を含む重鎖可変ドメイン、ならびに
CDR−L1:TLRSGINVDTYRIH(配列番号25)、
CDR−L2:YKSDSDKHQGS(配列番号26)、および
CDR−L3:AIWYSSTWV(配列番号27)
を含む軽鎖可変ドメイン;
(3)CDR−H1:SYAMH(配列番号28)、
CDR−H2:VISYDGSNKYYADSVKG(配列番号29)、および
CDR−H3:VGEWIQLWSPFDY(配列番号30)
を含む重鎖可変ドメイン、ならびに
CDR−L1:RASQGISSWLA(配列番号31)、
CDR−L2:AASSLQS(配列番号32)、および
CDR−L3:QQYNSYPPT(配列番号33)
を含む軽鎖可変ドメイン、または
(4)CDR−H1:ELSMH(配列番号34)、
CDR−H2:GFDPEDGETIYAQKFQG(配列番号35)、および
CDR−H3:AGPLYTIFGVVIIPDNWFDP(配列番号36)
を含む重鎖可変ドメイン、ならびに
CDR−L1:TGSSSNIGAGYDVH(配列番号37)、
CDR−L2:GNSNRPS(配列番号38)、および
CDR−L3:QSYDSSLSGSGVV(配列番号39)
を含む軽鎖可変ドメイン
を含む、ヒトILT4に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメント。 - CDR−H1:GYYWS(配列番号16)、
CDR−H2:EINHAGSTNYNPSLKS(配列番号48)、および
CDR−H3:LPTRWVTTRYFDL(配列番号18)
を含む重鎖可変ドメイン、ならびに
CDR−L1:TGSSSNIGAGYDVH(配列番号19)、
CDR−L2:GDSNRPS(配列番号52)、および
CDR−L3:QSFDNSLSAYV(配列番号21)
を含む軽鎖可変ドメイン
を含む、請求項11記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。 - 配列番号3、4、5、6、7、11、13、15もしくは45に記載されているアミノ酸配列に対して少なくとも90%のアミノ酸配列同一性を有する軽鎖免疫グロブリン、および/または、配列番号1、2、8、9、10、12、14、44、79、80、81、82、83、84、85もしくは86に記載されているアミノ酸配列に対して少なくとも90%のアミノ酸配列同一性を有する重鎖免疫グロブリンを含む、請求項11記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- 配列番号70、71、72、73、58、74、75、76もしくは77に記載されているアミノ酸配列に対して少なくとも90%のアミノ酸配列同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む軽鎖免疫グロブリン、および/または、配列番号63、57、64、65、66、67、68もしくは69に記載されているアミノ酸配列に対して少なくとも90%のアミノ酸配列同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む重鎖免疫グロブリンを含む、請求項11記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- 配列番号3、4、5、6、7、11、13、15もしくは45に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン、および/または、配列番号1、2、8、9、10、12、14、44、79、80、81、82、83、84、85もしくは86に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリンを含む、請求項11記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- 配列番号70、71、72、73、58、74、75、76もしくは77に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、および/または、配列番号63、57、64、65、66、67、68もしくは69に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインを含む、請求項11記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- (1)配列番号1または79に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号3に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン、
(2)配列番号2または80に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号4に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン、
(3)配列番号2または80に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号5に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン、
(4)配列番号2または80に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号6に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン、
(5)配列番号2または80に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号7に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン、
(6)配列番号2または80に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号3に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン、
(7)配列番号8または82に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号11に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン、
(8)配列番号9または83に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号11に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン、
(9)配列番号10または84に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号11に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン、
(10)配列番号12または85に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号13に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン、または
(11)配列番号14または86に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号15に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン
を含む、請求項11記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。 - (1)配列番号63に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、および
配列番号70に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(2)配列番号57に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、および
配列番号71に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(3)配列番号57に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、および
配列番号72に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(4)配列番号57に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、および
配列番号73に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(5)配列番号57に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、および
配列番号58に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(6)配列番号57に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、および
配列番号70に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(7)配列番号64に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、および
配列番号74に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(8)配列番号65に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、および
配列番号74に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(9)配列番号66に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、および
配列番号74に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(10)配列番号67に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、および
配列番号75に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、または
(11)配列番号68に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン、および
配列番号76に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン
を含む、請求項11記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。 - 配列番号57に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号58に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン
を含む、請求項11記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。 - 配列番号2に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号7に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン
を含む、請求項11記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。 - 配列番号80に記載されているアミノ酸配列を含む重鎖免疫グロブリン、および
配列番号7に記載されているアミノ酸配列を含む軽鎖免疫グロブリン
を含む、請求項11記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。 - 抗体またはその抗原結合性フラグメントが、操作された酵母N−結合グリカンまたはCHO N−結合グリカンでグリコシル化されている、請求項1〜21のいずれか1項記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- 請求項1〜22のいずれか1項記載の抗体またはその抗原結合性フラグメントを含む医薬組成物。
- 治療用物質を更に含む、請求項23記載の医薬組成物。
- 薬学的に許容される担体を更に含む、請求項23または24記載の医薬組成物。
- 請求項1〜21のいずれか1項記載の抗体または抗原結合性フラグメントのVH、VL、VHとVLとの両方、重鎖免疫グロブリン、軽鎖免疫グロブリン、または重鎖免疫グロブリンと軽鎖免疫グロブリンとの両方をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド。
- 請求項26記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
- 請求項26記載のポリヌクレオチドまたは請求項27記載のベクターを含む宿主細胞。
- 請求項1〜22のいずれか1項記載の抗体またはその抗原結合性フラグメントの有効量をヒト対象に投与することを含む、それを要するヒト対象における、HLA−G、HLA−A、HLA−Bおよび/またはHLA−FへのILT4の結合を遮断するための方法。
- 請求項1〜22のいずれか1項記載の抗体またはその抗原結合性フラグメントの有効量をヒト対象に投与することを含む、それを要するヒト対象における癌の治療方法。
- ヒト対象に対して治療手技を行い、および/または治療用物質を投与することを更に含む、請求項29または30記載の方法。
- 請求項28記載の宿主細胞を培養して、抗体またはその抗原結合性フラグメントを発現させることを含む、請求項1〜22のいずれか1項記載の抗体またはその抗原結合性フラグメントの製造方法。
- 請求項26記載のポリヌクレオチドを発現させることを含む、請求項1〜22のいずれか1項記載の抗体またはその抗原結合性フラグメントの製造方法。
- 請求項32または33記載の製造方法の産物である、ヒトILT4に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- 請求項1〜22のいずれか1項記載の抗体またはその抗原結合性フラグメントとサンプルを接触させ、抗体またはその抗原結合性フラグメントとILT4ペプチドまたはその断片との複合体の存在を検出することを含む、サンプルにおけるILT4ペプチドまたはその断片を検出するための方法であって、ここで、複合体の検出がILT4ペプチドまたはその断片の存在を示す、方法。
- 癌の治療のための、請求項1〜22のいずれか1項記載の抗体またはその抗原結合性フラグメントの使用。
- 癌の治療における使用のための、請求項1〜22のいずれか1項記載の抗体またはその抗原結合性フラグメント。
- 2つの重鎖および2つの軽鎖からなる抗体であって、各軽鎖が、配列番号58に記載されているアミノ酸配列を含み、各重鎖が、配列番号57に記載されているアミノ酸配列を含む、抗体。
- 軽鎖が、配列番号90に記載されているアミノ酸配列を更に含み、および/または、重鎖が、配列番号89に記載されているアミノ酸配列を更に含む、請求項38記載の抗体。
- 2つの重鎖および2つの軽鎖からなる抗体であって、各軽鎖が、配列番号7に記載されているアミノ酸配列を含み、各重鎖が、配列番号2に記載されているアミノ酸配列を含む、抗体。
- 2つの重鎖および2つの軽鎖からなる抗体であって、ここで、各軽鎖が配列番号7に記載されているアミノ酸配列からなり、そして、各重鎖が配列番号2に記載されているアミノ酸配列からなる、抗体。
- (i)2つの重鎖および2つの軽鎖からなる抗体であって、ここで、各軽鎖が配列番号7に記載されているアミノ酸配列からなり、そして、各重鎖が配列番号2に記載されているアミノ酸配列からなる、抗体、および、(ii)ペンブロリズマブ、
を含む医薬組成物。
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