JP2020510698A - 個別化された免疫原性ペプチドの同定のプラットフォーム - Google Patents

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Abstract

本開示は、特定のヒト被験者に対して免疫原性であるポリペプチドの断片を同定する方法、かかるポリペプチド断片を含む個別化された医薬組成物の調製方法、かかるポリペプチド断片を含むヒト被験者に特異的な医薬組成物、及びかかる組成物を使用した治療方法に関する。本方法は被験者の複数のＨＬＡに結合するポリペプチドの断片の同定を含む。【選択図】なし

Description

分野
本開示は、ポリペプチドが特定のヒト被験者に対して免疫原性であるかどうかを予測する方法、特定のヒト被験者に対して免疫原性であるポリペプチドの断片を同定する方法、かかるポリペプチド断片を含む個別化された（personalised）又は正確な（precision）医薬組成物又はキットを調製する方法、かかるポリペプチド断片を含むヒト被験者特異的医薬組成物、及びそのような組成物を用いた治療方法に関連する。
背景
何十年もの間科学者は、慢性疾患はヒト個体の自然な防御が届く範囲を超えていると推測してきた。しかしながら近年、免疫抑制分子を阻害する抗体により治療された個体で観察された有意な腫瘍の退縮により、がんの免疫療法の分野が加速された。これらの臨床的な知見から、既存のＴ細胞応答の再活性化は、個体に対して有意義な臨床的な利点をもたらすことが示された。これらの進歩は、腫瘍特異的なＴ細胞応答を誘導するがんワクチンの開発に対する熱意を新たにした。
その見込みにも関わらず、現在の免疫療法は、一部の個体にのみ有効である。加えて、腫瘍の退縮率と個体における抗腫瘍Ｔ細胞応答が低いため、多くのがんワクチンの治験は統計学的に有意な有効性を示すことができなかった。同様の失敗は、ＨＩＶとアレルギーの分野におけるＴ細胞応答を含めるように努めた治療及び予防ワクチンでも報告されている。免疫療法とワクチンの臨床的な失敗を克服する必要がある。
概要
抗原提示細胞（ＡＰＣ）において、タンパク質抗原は処理されてペプチドになる。これらのペプチドは、ヒト白血球抗原分子（ＨＬＡ）に結合し、Ｔ細胞に対するペプチド−ＨＬＡ複合体として細胞表面に提示される。異なる個体は異なるＨＬＡ分子を発現し、異なるＨＬＡ分子は異なるペプチドを提示する。よって本技術分野の先端技術によると、ペプチド、又はより大きなポリペプチドの断片は、特定のヒト被験者により発現されるＨＬＡ分子により提示された場合に、その被験者に対して免疫原性であると同定される。言い換えれば本技術分野の先端技術は、免疫原性ペプチドをＨＬＡ拘束性エピトープとして説明している。しかしながら、ＨＬＡ拘束性エピトープは、そのＨＬＡ分子を発現する個体の一部においてのみＴ細胞応答を誘導する。ある個体でＴ細胞応答を活性化するペプチドは、ＨＬＡ対立遺伝子のマッチングに関わらず、他の個体では非活性である。よって如何にして個体のＨＬＡ分子が、Ｔ細胞応答を積極的に活性化する抗原由来のエピトープを提示するかは知られていなかった。
本明細書中に提供されているように、個体によって発現されている複数のＨＬＡは、Ｔ細胞応答を引き起こすために同じペプチドを提示する必要がある。よって特定の個体に対して免疫原性であるポリペプチド抗原の断片は、その個体により発現される複数のクラスＩ（細胞傷害性Ｔ細胞を活性化する）又はクラスＩＩ（ヘルパーＴ細胞を活性化する）ＨＬＡに結合することができるものである。
従って第１の態様において本開示は、ポリペプチド又はポリペプチドの断片が特定のヒト被験者に対して免疫原性であるかどうか予測する方法を提供し、該方法は、以下の工程、
（ｉ）該ポリペプチドが
（ａ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列；又は、
（ｂ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列、
を含むかどうかを決定する工程；及び、
（ｉｉ）
Ａ．該ポリペプチドが工程（ｉ）の要件を満たす少なくとも１つの配列を含む場合に、該ポリペプチドは該被験者に対して免疫原性である；又は
Ｂ．該ポリペプチドが工程（ｉ）の要件を満たす少なくとも１つの配列を含まない場合に、該ポリペプチドは該被験者に対して免疫原性ではない、
と予測する工程、
を含む。
本開示はまた、ポリペプチドの断片が特定のヒト被験者に対して免疫原性であると同定する方法を提供し、該方法は、以下の工程
（ｉ）該ポリペプチドが
（ａ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列；又は、
（ｂ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列、
を含むことを決定する工程；及び
（ｉｉ）前記配列を、該被験者に対して免疫原性であるポリペプチドの断片として同定する工程、
を含む。
いくつかの実施態様において、本開示の方法は、特定のヒト被験者の、ＨＬＡクラスＩ遺伝子型及び／又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型を決定する又は取得する工程を含む。
特定のポリペプチド抗原は、特定の個体の複数のＨＬＡに結合することができるＴ細胞エピトープである１つ以上の断片を含んでもよい。かかる断片を全て組み合わせたグループは、個体の抗原特異的なＴ細胞応答セットを特徴付け、ここでそれぞれの断片のアミノ酸配列はそれぞれの活性化されたＴ細胞クローンの特異性を特徴付ける。
従って場合によって本方法は、被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ及び／又は少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの全ての断片が同定されるまで繰り返される。この方法は、ポリペプチドに対する被験者の免疫応答を特徴付ける。
本開示はさらに、治療を必要とするヒト被験者の治療方法であって、上記のいずれかの方法により同定又は選択された、又は上記のいずかの方法により同定又は選択されたポリペプチドの断片を含むポリペプチド、医薬組成物、若しくはポリペプチドのキット若しくはポリペプチドのパネルを被験者に投与する工程を含む方法；関連するヒト被験者の治療方法におけるそれらの使用；及び、関連する被験者の治療のための医薬の製造におけるそれらの使用を提供する。
上記の方法によって特定のヒト被験者に対して免疫原性であると決定されたポリペプチドの断片を、ヒト被験者に特異的な免疫原性組成物を調製するのに使用することができる。
従ってさらなる態様において、本開示は、特定のヒト被験者の治療方法において使用するための、ヒト被験者に特異的な医薬組成物又はキット又はポリペプチドのパネルを設計又は調製する方法を提供し、該方法は：
（ｉ）ポリペプチドの断片を選択する工程であって、該断片は上記の方法により該被験者に対して免疫原性であると同定された、工程；
（ｉｉ）工程（ｉ）で選択された断片がＨＬＡクラスＩ結合エピトープである場合に、任意選択で該ポリペプチドのより長い断片を選択する工程であって、より長い断片は、
ａ．工程（ｉ）で選択された断片を含み；及び
ｂ．該被験者のＨＬＡクラスＩＩ分子の少なくとも３つ又は最も可能性の高いＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、工程；
（ｉｉｉ）該ポリペプチドの最大５０個の連続するアミノ酸の第１の配列を選択する工程であって、該連続するアミノ酸は工程（ｉ）において選択された断片のアミノ酸配列又は工程（ｉｉ）で選択されたより長い断片のアミノ酸配列を含む、工程；
（ｉｖ）工程（ｉ）から（ｉｉｉ）を繰り返して、第１のアミノ酸配列と同じ又は異なるポリペプチドの、最大５０個の連続するアミノ酸の第２のアミノ酸配列を選択する工程；
（ｖ）任意選択で工程（ｉ）から（ｉｉｉ）をさらに繰り返し、第１及び第２のアミノ酸配列と同じ又は異なるポリペプチドの、最大５０個の連続するアミノ酸配列の１つ以上の追加のアミノ酸配列を選択する工程；及び、
（ｖｉ）先行する工程において選択されたアミノ酸配列の全てを共に有する、１つ以上のポリペプチドを有効成分として有する、被験者特異的な医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルを設計又は調製する工程であって、任意選択で、１つ以上又はそれぞれの配列が、該ポリペプチドの配列の一部ではない追加のアミノ酸によってＮ末端及び／又はＣ末端に隣接している、工程
を含む。
場合によってそれぞれのペプチドは、選択されたアミノ酸配列の１つからなるか、又は単一のペプチド内で端と端とを並べて配置される若しくは重複して配置される２つ以上の選択されたアミノ酸配列からなるか、のいずれかである。
本開示はさらに、治療を必要とする特定のヒト被験者の治療方法における使用のための、ヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルを提供し、該組成物、キット又はパネルは、有効成分として第１及び第２のペプチド、及び任意選択で１つ以上の追加のペプチドを含み、ここでそれぞれのペプチドは、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、第１、第２、及び任意の追加のペプチドのＴ細胞エピトープのアミノ酸配列は互いに異なり、かつ該医薬組成物又はキットは任意選択で少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む。
本開示はさらに、治療を必要とする特定のヒト被験者の治療方法において使用するための、ヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルを提供し、該組成物又はキットは有効成分として、第１の領域及び第２の領域、並びに任意選択で１つ以上の追加の領域を含むポリペプチドを含み、各領域は、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、第１、第２、及び任意の追加の領域のＴ細胞エピトープのアミノ酸配列は互いに異なり、該医薬組成物又はキットは任意選択で少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む。
本開示はさらに、特定のヒト被験者において免疫応答を誘導するためのポリペプチドを設計又は調製するための方法を提供し、該方法は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を選択する工程、及び、該選択されたアミノ酸配列を含むポリペプチドを設計又は調製する工程を含む。
さらなる態様において本開示は、
−免疫応答を誘導する方法又は治療方法であって、それを必要とするヒト被験者に、上記で述べたような、ヒト被験者に特異的な医薬組成物、又はポリペプチド、キット若しくはパネルを投与する工程を含み、該組成物、キット又はポリペプチドのパネルは該被験者に特異的であり；
−特定のヒト被験者の免疫応答を誘導する方法又は治療方法において使用するための、上記で述べたような、ヒト被験者に特異的な免疫原性組成物、キット又はパネル；及び、
−医薬の製造において、上記で述べたような、ヒト被験者に特異的な医薬組成物、又はキット若しくはパネルのポリペプチドの使用であって、該医薬は、該特定の被験者において免疫応答を誘導するためのものであるか、又は特定の被験者の治療におけるものである使用、
を提供する。
さらなる態様において本開示は、
（ａ）被験者のクラスＩ及び／又はクラスＩＩ ＨＬＡ遺伝子型、及び１つ以上の試験ポリペプチドのアミノ酸配列を含むデータを貯蔵するように構成された貯蔵モジュール（storage module）；及び
（ｂ）該被験者の複数のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができる、及び／又は、該被験者の複数のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができる、１つ以上の試験ポリペプチドの中のアミノ酸配列を同定及び／又は定量するように構成された計算モジュール、
を含むシステムを提供する。
本開示は、治療を必要とするヒト被験者の治療方法を提供し、該方法は該被験者に、上記で述べたポリペプチド、ポリペプチドのパネル、医薬組成物、又はキットの有効成分のポリペプチドを投与する工程を含み、ここで該被験者は、該ポリペプチドに、又は該医薬組成物若しくはキットの１つ以上の有効成分のポリペプチドに結合することができる、少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子を発現していると決定される。
ここで、本開示を、限定ではなく例示として、添付する図面を参照することにより、より詳細に説明する。この開示を与えられたときに、多くの均等な改変と変形は当業者にとって明らかであろう。従って、説明された開示の例示的な態様は例示であって、限定的ではないと見做される。本開示の範囲から逸脱することなく、述べられた態様に種々の変更を行うことができる。本明細書中で引用された全ての文書は、前後に関わらず、参照によりその全体が明示的に組み込まれる。
本開示は、述べられた態様と好適な特徴の組み合わせを、かかる組み合わせは明らかに容認できない場合、又は明示的に回避されると述べられた場合を除き、含む。本明細書及び添付された特許請求の範囲において使用されるように、単数形の“a”、“an”及び“the”は、その内容がそうではないことを明確に規定しない限り、複数形への言及を含む。よって、例えば、「ペプチド(a peptide)」への言及は、２つ以降のかかるペプチドを含む。
本明細書では、セクションの見出しは便宜のためにのみ使用されており、決して限定するものと解釈されるべきではない。
ＨＬＡ拘束性ＰＥＰＩバイオマーカーのＲＯＣ曲線。 診断の正確度を決定するための、１以上のＰＥＰＩ３＋試験のＲＯＣ曲線。 ＣＤ８＋Ｔ細胞応答アッセイで使用したペプチドプールの間で最新技術のアッセイにより測定された、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答と比較したＨＬＡクラスＩ ＰＥＰＩ３＋の分布。Ａ：ＨＬＡクラスＩ拘束性ＰＥＰＩ３＋。Ｔ細胞応答とＰＥＰＩ３＋ペプチドの間の全体的な一致パーセント（Overall Percent of Agreement: ＯＰＡ）９０％は、個体のワクチン誘導Ｔ細胞応答セットの予測のための、開示されたペプチドの有用性を示している。Ｂ：クラスＩ ＨＬＡ拘束性エピトープ（ＰＥＰＩ３＋）。予測されたエピトープとＣＤ８＋Ｔ細胞応答の間のＯＰＡは２８％であった（統計学的有意性なし）。最も暗い灰色：真陽性（ＴＰ）、ペプチドとＴ細胞応答の両者が検出された；明るい灰色：偽陰性（ＦＮ）、Ｔ細胞応答のみが検出された；最も明るい灰色：偽陽性（ＦＰ）、ペプチドのみが検出された；暗い灰色：真陰性（ＴＮ）：ペプチドもＴ細胞応答も検出されなかった。 最新技術のアッセイで使用したペプチドプールの間で該アッセイにより測定された、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答と比較したＨＬＡクラスＩＩ ＰＥＰＩの分布。Ａ：ＨＬＡクラスＩＩ拘束性ＰＥＰＩ４＋。ＰＥＰＩ４＋とＣＤ４＋Ｔ細胞応答の間のＯＰＡ６７％（ｐ＝０．００２）。Ｂ：クラスＩＩ ＨＬＡ拘束性エピトープ。クラスＩＩ ＨＬＡ拘束性エピトープとＣＤ４＋Ｔ細胞応答の間のＯＰＡは６６％であった（統計学的有意性なし）。最も暗い灰色：真陽性（ＴＰ）、ペプチドとＴ細胞応答の両者が検出された；明るい灰色：偽陰性（ＦＮ）、Ｔ細胞応答のみが検出された；最も明るい灰色：偽陽性（ＦＰ）、ペプチドのみが検出された；暗い灰色：真の陰性（ＴＮ）：ペプチドもＴ細胞応答も検出されなかった。 １８人のＶＩＮ−３と５人の子宮頸癌の患者の、ＨＰＶ−１６ＬＰＶワクチン特異的なＴ細胞応答セットを規定する、複数のＨＬＡ結合ペプチド。各患者のＬＰＶ抗原に由来する、ＨＬＡクラスＩ拘束性ＰＥＰＩ３カウント（ＡとＢ）及びＨＬＡクラスＩＩ拘束性ＰＥＰＩ３カウント（ＣとＤ）。明るい灰色：臨床試験の中でワクチン接種後に測定された免疫応答者；暗い灰色；臨床試験でワクチン接種後に測定された免疫非応答者。結果は、３つ以上のＨＬＡクラスＩ結合ペプチドはＣＤ８＋Ｔ細胞応答性を予測し、４つ以上のＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＣＤ４＋Ｔ細胞応答性を予測することを示している。 ２人の患者のＨＰＶワクチン特異的なＴ細胞応答セットを規定する複数のＨＬＡクラスＩ結合ペプチド。Ａ：ＨＰＶワクチン中の４つのＨＰＶ抗原。ボックスはＮ末端からＣ末端までのアミノ酸配列の長さを表わす。Ｂ：２人の患者の複数のＨＬＡ結合ペプチドの同定プロセス：患者のＩＤの右側から４桁のＨＬＡ遺伝子型としてラベルされた患者のＨＬＡ配列。患者１２−１１と患者１４−５のＨＬＡ（ＰＥＰＩ１＋）のそれぞれに結合できる５４つと９１つのエピトープの１番目のアミノ酸の位置を線で示した。ＰＥＰＩ２は、患者の複数のＨＬＡに結合できるＰＥＰＩ１＋から選択されたペプチドを表わす（ＰＥＰＩ２＋）。ＰＥＰＩ３は、患者の３つ以上のＨＬＡに結合できるペプチドを表わす（ＰＥＰＩ３＋）。ＰＥＰＩ４は、患者の４つ以上のＨＬＡに結合できるペプチドを表わす（ＰＥＰＩ４＋）。ＰＥＰＩ５は、患者の５つ以上のＨＬＡに結合できるペプチドを表わす（ＰＥＰＩ５＋）。ＰＥＰＩ６は、患者の６つ以上のＨＬＡに結合できるペプチドを表わす（ＰＥＰＩ６＋）。Ｃ：２人の患者のＤＮＡワクチン特異的なＰＥＰＩ３＋セットは、それらのワクチンに特異的なＴ細胞応答を特徴付ける。 臨床試験で決定されたペプチド標的の、１以上のＰＥＰＩ３＋のスコアとＣＴＬ応答率の間の相関関係。 免疫療法ワクチンの、１以上のＰＥＰＩ３＋のスコアと臨床の免疫応答率（ＩＰＲ）の間の相関関係。破線：９５％信頼区間。 免疫療法ワクチンの、２つ以上のＰＥＰＩ３＋のスコアと疾患制御率（ＤＣＲ）の間の相関関係。点線：９５％信頼区間。 ＩＰＩ応答者のＨＬＡ試験。イピリムマブで治療されたメラノーマ患者の全生存期間（Overall Survival:ＯＳ）。４つの独立した臨床試験のデータ：ＨＬＡ応答者（黒線）とＨＬＡ非応答者（灰色線）。統計学的解析；コックス比例ハザード生存回帰。Ａ：試験１：１８人のＨＬＡ応答者と３０人のＨＬＡ非応答者；Ｂ：試験２：２４人のＨＬＡ応答者と２０人のＨＬＡ非応答者；Ｃ：試験３：６人のＨＬＡ応答者と１１人のＨＬＡ非応答者；Ｄ：試験４：１３人のＨＬＡ応答者と３８人のＨＬＡ非応答者。 変異性ネオアンチゲンにおける複数のＨＬＡ結合ペプチド。Ａ：変異荷重、ネオアンチゲン荷重の相関関係（ネオアンチゲンはvan Allenによるネオエピトープである）及びＢ：ＰＥＰＩ３＋荷重と臨床的利益の間の相関関係（ｍｉｎ-Ｑ１-ｍｅｄｉａｎ-Ｑ３-ｍａｘ）。 モデル集団中の被験者のＨＬＡ対立遺伝子上のリンドペピムットのＨＬＡマップ。 ＸＹＺ患者の腫瘍細胞でのワクチン抗原の発現確率。ワクチン療法において１２個の標的抗原のうち５個がこの患者の腫瘍で発現する確率は９５％超である。その結果として、１２個のペプチドワクチンを一緒に使用すると、９５％の確率で少なくとも５個の卵巣がん抗原に対して免疫応答を誘導できる（ＡＧＰ９５）。各ペプチドが患者ＸＹＺにおける免疫応答を誘導するであろう確率は、８４％である。ＡＧＰ５０は平均（期待値）であり７．９である（これは、ＸＹＺ患者の腫瘍への攻撃におけるワクチンの有効性の尺度である）。 個別化された（ＰＩＴ）ワクチンで治療された患者ＸＹＺのＭＲＩ所見である。この後期の、かなりの程度まで予備治療された子宮癌患者は、ＰＩＴワクチン治療後に予期されない客観的な反応を有した。これらのＭＲＩ所見から、化学療法と組み合わせたＰＩＴワクチンは、該患者の腫瘍負荷を有意に低減したことが示唆される。該患者は現在ＰＩＴワクチン治療を継続している。 ABC患者の腫瘍細胞におけるワクチン抗原発現の確率。ワクチンにおいて、１３つの標的抗原のうち４つが患者の腫瘍で発現する確率は９５％を超える。その結果として、１２つのペプチドワクチンを一緒に用いると、少なくとも４つの乳癌抗原に対して、９５％の確率で免疫応答を誘導することができる（ＡＧＰ９５）。各ペプチドがABC患者における免疫応答を誘導するであろう確率は、８４％である。ＡＧＰ５０は離散確率分布の平均（期待値）であり６．４５である（これは、ＡＢＣ患者の腫瘍への攻撃におけるワクチンの有効性の尺度である）。 ３０ｍｅｒのペプチド中の、ＨＬＡクラスＩ結合エピトープとＨＬＡクラスＩＩ結合エピトープとで重複しているアミノ酸の例示的な位置の概略図。
配列の説明
配列番号１〜１３は、表１７に記載の追加のペプチド配列を示す。
配列番号１４〜２６は、表２６に記載の患者ＸＹＺのために設計された個別化されたワクチンペプチドを示す。
配列番号２７〜３８は、表２９に記載の患者ＡＢＣのために設計された個別化されたワクチンペプチドを示す。
配列番号３９〜８６は、表３３に記載のさらなる９ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
詳細な説明
ＨＬＡ遺伝子型
ＨＬＡはヒトゲノムの最も多型な遺伝子によりコードされている。各人は、３つのＨＬＡクラスＩ分子（ＨＬＡ−Ａ＊、ＨＬＡ−Ｂ＊、ＨＬＡ−Ｃ＊）と４つのＨＬＡクラスＩＩ分子（ＨＬＡ−ＤＰ＊、ＨＬＡ−ＤＱ＊、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊、ＨＬＡ−ＤＲＢ３＊/４＊/５＊）の、母方及び父方の対立遺伝子を有する。実際には、各人は、同じタンパク質抗原由来の異なるエピトープを提示する、６つのＨＬＡクラスＩ分子と８つのＨＬＡクラスＩＩ分子の異なる組み合わせを発現する。ＨＬＡ分子の機能はＴ細胞応答を制御することである。しかしながら、最新の知識でも、如何にしてヒトのＨＬＡがＴ細胞の活性化を制御するかは不明であった。
ＨＬＡ分子のアミノ酸配列を指定するのに使用される命名法は以下のとおりである：遺伝子名＊対立遺伝子：タンパク質番号であり、例えば、ＨＬＡ−Ａ＊０２：２５のようになる。この例において、「０２」は対立遺伝子を指す。ほとんどの場合、対立遺伝子は血清型により定義され、所定の対立遺伝子のタンパク質は他の血清学的アッセイにおいて互いに反応しないであろうことを意味する。タンパク質番号（上記の例では「２５」）は、タンパク質が発見されると連続して割り当てられる。新しいタンパク質番号は、異なるアミノ酸配列を有する全てのタンパク質に割り当てられる（例えば、配列中の１つのアミノ酸の変化でさえ、異なるタンパク質番号であると見做される）。所定の遺伝子座の核酸配列についてのさらなる情報を、ＨＬＡの命名法に付加してもよいが、かかる情報は本明細書に記載の方法には必要とされない。
個体のＨＬＡクラスＩ遺伝子型又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型は、個体の各クラスＩ又はクラスＩＩＨＬＡの実際のアミノ酸配列を指すことがあり、又は上記のように、最小限各ＨＬＡ遺伝子の対立遺伝子及びタンパク質番号を指定する、命名法を指すこともある。いくつかの実施態様において、個体のＨＬＡ遺伝子型は、該個体に由来する生体試料をアッセイすることにより取得、又は決定される。生体試料は典型的には被験者のＤＮＡを含む。生体試料は、例えば、血液、血清、血漿、唾液、尿、呼気、細胞、又は組織試料であり得る。いくつかの実施態様において、生体試料は唾液試料である。態様によってその生体試料は、口腔スワブ（buccal swab）試料である。ＨＬＡ遺伝子型は任意の適した方法を用いて取得又は決定され得る。例えば、配列は、本技術分野で既知の方法及びプロトコールを用いたＨＬＡの遺伝子座のシークエンシングを介して、決定され得る。いくつかの実施態様において、ＨＬＡ遺伝子型は、配列特異的なプライマー（ＳＳＰ）技術を用いて決定される。いくつかの実施態様において、ＨＬＡ遺伝子型は、配列特異的なオリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）技術を用いて決定される。いくつかの実施態様において、ＨＬＡ遺伝子型は、配列に基づくタイピング（ＳＢＴ）技術を用いて決定される。いくつかの実施態様において、ＨＬＡ遺伝子型は、次世代シークエンシングを用いて決定される。あるいは、本技術分野で既知の方法を用いて、個体のＨＬＡセットがデータベース中に貯蔵され、アクセスされ得る。
ＨＬＡ−エピトープ結合
被験者の所定のＨＬＡは、ＡＰＣ内でのタンパク質抗原のプロセシングによって生成される、限られた数の異なるペプチドをＴ細胞に提示するであろう。本明細書で使用される「表示（display）」又は「提示（present）」は、ＨＬＡとの関連で使用されるときには、ペプチド（エピト−プ）とＨＬＡとの間の結合を指す。これに関して、ペプチドを「表示する」又は「提示する」ことは、ペプチドを「結合」することと同義である。
本明細書で使用される「エピトープ」又は「Ｔ細胞エピトープ」との用語は、１つ以上のＨＬＡに対する結合親和性を有する（結合することができる）、タンパク質抗原内に含まれる連続するアミノ酸の配列を指す。エピトープはＨＬＡ及び抗原特異的であるが（既知の方法で予測される、ＨＬＡ−エピト−プの対）、被験者特異的ではない。エピトープ、Ｔ細胞エピトープ、ポリペプチド、ポリペプチドの断片、又はポリペプチド若しくはその断片を含む組成物は、それが特定のヒト被験者においてＴ細胞応答（細胞傷害性Ｔ細胞応答又はヘルパーＴ細胞応答）を誘導することができる場合には、その被験者に対して「免疫原性」である。場合によっては、ヘルパーＴ細胞応答は、Ｔｈ１型ヘルパーＴ細胞応答である。場合によっては、エピトープ、Ｔ細胞エピトープ、ポリペプチド、ポリペプチドの断片、又はポリペプチド若しくはその断片を含む組成物が、特定のヒト被験者のわずか１つのＨＬＡ分子に結合することができる異なるＴ細胞エピトープ（又は場合によっては２つのそれぞれ異なるＴ細胞エピトープ）よりも、該被験者におけるＴ細胞応答又は免疫応答を誘導する可能性が高い場合には、それは該被験者に対して免疫原性である。
「Ｔ細胞応答」及び「免疫応答」との用語は、本明細書中で互換的に使用され、１つ以上のＨＬＡ−エピトープ結合対の認識後のＴ細胞の活性化、及び／又は１つ以上のエフェクター機能の誘導を指す。場合によっては、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、長く続くＣＴＬ応答と抗体応答の両者の誘導に関連するヘルパー応答を刺激するため、「免疫応答」にはは抗体応答が含まれる。エフェクター機能には細胞傷害性、サイトカイン産生、及び増殖が含まれる。本開示によれば、エピトープ、Ｔ細胞エピトープ、又はポリペプチドの断片が、特定の被験者の少なくとも２つ、若しくは場合によっては少なくとも３つのクラスＩ、又は少なくとも２つ、若しくは場合によっては少なくとも３つ若しくは少なくとも４つのクラスＩＩのＨＬＡに結合することができる場合には、それは該被験者に対して免疫原性である。
本開示の目的のために、「個人用エピトープ（personal epitope）」、又は「ＰＥＰＩ」との用語を作り出し、ＨＬＡ特異的なエピト−プと被験者特異的なエピト−プとを区別した。「ＰＥＰＩ」は、特定のヒト被験者の１つ以上のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの連続するアミノ酸の配列からなるポリペプチドの断片である。他の場合では、「ＰＥＰＩ」は、特定のヒト被験者の１つ以上のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの連続するアミノ酸の配列からなるポリペプチドの断片である。言い換えれば、「ＰＥＰＩ」は、特定の個体のＨＬＡセットにより認識されるＴ細胞エピト−プである。「エピトープ」とは対照的に、異なる個体は、それぞれ異なるT細胞エピトープに結合する異なるＨＬＡ分子を有するため、ＰＥＰＩは個体に特異的である。
本明細書で使用される「ＰＥＰＩ１」は、個体の１つのＨＬＡクラスＩ分子（又は、特定の分脈ではＨＬＡクラスＩＩ分子）に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ１＋」は、個体の１つ以上のＨＬＡクラスＩ分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ２」は、個体の２つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ２＋」は、個体の２つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片、すなわち、本明細書中で開示される方法に従って同定される断片を指す。
「ＰＥＰＩ３」は、個体の３つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ３＋」は、個体の３つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ４」は、個体の４つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ４＋」は、個体の４つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ５」は、個体の５つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ５＋」は、個体の５つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ６」は、個体の６つ全てのＨＬＡクラスＩ（又は６つのＨＬＡクラスＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
一般的に言えば、ＨＬＡクラスＩ分子により提示されるエピト−プは約９アミノ酸長であり、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示されるエピト−プは約１５アミノ酸長である。しかしながら、この開示の目的のために、エピトープは、該エピトープがＨＬＡに結合することができる限り、９つよりも多い若しくは少ないアミノ酸長であってもよく（ＨＬＡクラスＩの場合）、又は１５つよりも多い若しくは少ないアミノ酸長であってもよい（ＨＬＡクラスＩＩの場合）。例えば、クラスＩＨＬＡに結合することができるエピト−プは７又は８又は９と、９又は１０又は１１との間のアミノ酸長であってもよい。クラスＩＩＨＬＡに結合することができるエピト−プは、１３又は１４又は１５と、１５又は１６又は１７との間のアミノ酸長であってもよい。
よって本明細書中の開示は、例えば、ポリペプチドが特定のヒト被験者に対して免疫原性であるかどうかを予測する方法、又はポリペプチドの断片を特定のヒト被験者に対して免疫原性であると同定する方法を包含し、該方法は、
（ｉ）該ポリペプチドが
ａ．該被験者の少なくとも２個のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができる、７つから１１個の連続するアミノ酸の配列；又は、
ｂ．該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができる、１３個から１７個の連続するアミノ酸の配列、
を含むかどうかを決定する工程；及び
（ｉｉ）該ポリペプチドが工程（ｉ）の要件を満たす少なくとも１つの配列を含む場合に、該ポリペプチドは該被験者に対して免疫原性であると予測する工程；又は該ポリペプチドが工程（ｉ）の要件を満たす少なくとも１つの配列を含まない場合に、該ポリペプチドは該被験者に対して免疫原性ではないと予測する工程；又は該被験者に対して免疫原性であるポリペプチドの断片の配列として前記アミノ酸の連続する配列を同定する工程、
を含む。
本技術分野で既知の技術を用いて、既知のＨＬＡに結合するであろうエピトープを決定することは可能である。同じ方法が直接比較される複数のＨＬＡ−エピト−プに結合する対を決定するために使用されることを前提として、任意の適切な方法が使用され得る。例えば生化学的な解析が使用され得る。所定のＨＬＡにより結合されることが既知のエピト−プのリストを使用することも可能である。どのエピトープが所定のＨＬＡにより結合され得るかを決定するために、予測ソフトウェア又はモデリングソフトウェアを使用することも可能である。例を表１に示す。場合によっては、５０００ｎＭ未満、２０００ｎＭ未満、１０００ｎＭ未満、又は５００ｎＭ未満のＩＣ５０又は予測されたＩＣ５０を有する場合に、Ｔ細胞エピトープは所定のＨＬＡに結合することができる。
本明細書で提供されるように、個体の複数のＨＬＡによるＴ細胞エピトープの提示は、一般的にＴ細胞応答を引き起こすことに必要とされる。従って、本発明の方法は、ポリペプチドが、特定のヒト被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子、又は少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ（ＰＥＰＩ２＋）分子に結合することができるＴ細胞エピトープである配列を有しているかどうかを決定することを含む。
所定のポリペプチドに対する細胞傷害性Ｔ細胞応答の最も良好な予測因子は、個体の３つ以上のＨＬＡクラスＩ分子により提示される少なくとも１つのＴ細胞エピトープの存在である（≧１ ＰＥＰＩ３＋）。従って、場合によって本方法は、ポリペプチドが、特定のヒト被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プである配列を有するかどうかを決定する工程を含む。場合よって本方法は、ポリペプチドが、特定のヒト被験者のちょうど３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピト−プである配列を有するかどうかを決定する工程を含む。ヘルパーＴ細胞応答は、個体の３つ以上の(≧1 PEPI3+)、又は４つ以上の(≧1 PEPI4+)ＨＬＡクラスＩＩにより提示される少なくとも１つのＴ細胞エピトープの存在により予測され得る。従って、場合によって本方法は、ポリペプチドが、特定のヒト被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピト−プである配列を有するかどうかを決定する工程を含む。他の場合には本方法は、ポリペプチドが、特定のヒト被験者の少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピト−プである配列を有するかどうかを決定する工程を含む。他の場合には本方法は、ポリペプチドが、特定のヒト被験者のちょうど３つ及び／又はちょうど４つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピト−プである配列を有するかどうかを決定する工程を含む。
場合によっては本開示を、ポリペプチド／断片が特定のヒト被験者において、細胞傷害性Ｔ細胞応答及びヘルパーＴ細胞応答の両方を誘導するかどうかを予測するために使用してもよい。該ポリペプチド／断片は、被験者の複数のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プであるアミノ酸配列と、被験者の複数のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プであるアミノ酸配列の両方を含む。ＨＬＡクラスＩ結合エピトープ及びＨＬＡクラスＩＩ結合エピトープは、完全に又は部分的に重複し得る。場合によっては、被験者の複数（例えば、少なくとも２つ又は少なくとも３つ）のＨＬＡクラスＩ分子と結合することができるＴ細胞エピト−プであるアミノ酸配列を選択する工程と、その後の該被験者の１つ以上のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するために、Ｎ−末端及び／又はＣ−末端で伸長しているポリペプチドの1つ以上のより長い断片をスクリーニングする工程により、かかるポリペプチドの断片が同定され得る。
一部の被験者は、同じＨＬＡ分子をコードする２つのＨＬＡ対立遺伝子を有し得る（例えば、同型接合体の場合には、ＨＬＡ−Ａ＊０２：２５の２つのコピー）。これらの対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ分子は、同じＴ細胞エピト−プの全てに結合する。本開示の目的のために、本明細書で使用される「被験者の少なくとも２つのＨＬＡ分子に結合すること」は、１人の被験者における２つの同一のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ分子に結合することを包含する。言い換えれば、「被験者の少なくとも２つのＨＬＡ分子に結合すること」などは、他に「被験者の少なくとも２つのＨＬＡ対立遺伝子によりコードされるＨＬＡ分子に結合すること」と表現され得る。
ポリペプチド抗原
本明細書に記載されるのは、ポリペプチドが特定のヒト被験者に対して免疫原性であるかどうかを予測する方法と、特定のヒト被験者に対して免疫原性であるポリペプチドの断片を同定する方法である。本明細書で使用される「ポリペプチド」との用語は、一続き（string）のアミノ酸として特徴付けられた全長タンパク質、タンパク質の一部、又はペプチドを指す。本明細書で使用される「ペプチド」との用語は、２、又は３、又は４、又は５、又は６、又は７、又は８、又は９、又は１０、又は１１、又は１２、又は１３、又は１４、又は１５と、１０、又は１１、又は１２、又は１３、又は１４、又は１５、又は２０、又は２５、又は３０、又は３５、又は４０、又は４５、又は５０との間のアミノ酸を含む短いポリペプチドを指す。
本明細書で使用される「断片」又は「ポリペプチドの断片」との用語は、参照ポリペプチドと比較して典型的には長さが短く、共通する部分について該参照ポリペプチドと同一のアミノ酸配列を含む一続き（string）のアミノ酸又はアミノ酸配列を指す。本開示によるかかる断片は、適切な場合、構成成分であるより大きなポリペプチドに含まれていてもよい。場合によって該断片は、そのポリペプチドの全長例えば、その全ポリペプチド（９アミノ酸ペプチドなど）が単一のＴ細胞エピトープ、を含んでもよい。
場合によってポリペプチドは、病原生物（例えば細菌又は寄生虫）、ウイルス、若しくはがん細胞により発現されるか、自己免疫疾患若しくは自己免疫応答若しくは疾患関連細胞と関連しているか、若しくはアレルゲンであるか、若しくはワクチン若しくは免疫療法組成物などの医薬若しくは医薬組成物の成分である抗原であるか、又は該抗原の全て若しくは一部からなるポリペプチドである。場合によっては本開示の方法は、適切なポリペプチド、例えば下記にさらに述べるポリペプチド、を同定又は選択する最初の工程を含む。
ポリペプチド又は抗原は細胞で、又は特に被験者の罹患細胞（例えば、腫瘍関連抗原、ウイルス、細胞内細菌若しくは寄生虫により発現されるポリペプチド、又はワクチン若しくは免疫療法組成物のインビボ産物）で発現してもよく、又は環境（例えば食物、アレルゲン、又は薬物）から取得されてしてもよい。ポリペプチド又は抗原は、特定のヒト被験者から採取された試料中に存在してもよい。ポリペプチド抗原とＨＬＡの両方を、アミノ酸配列又はヌクレオチド配列によって正確に定義することができ、本技術分野で既知の方法を用いて配列決定することができる。
ポリペプチド又は抗原は、がん又は腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）であってもよい。ＴＡＡはがん又は腫瘍細胞で発現するタンパク質である。がん又は腫瘍細胞は被験者から得られた試料中に存在してもよい。ＴＡＡの例として、腫瘍形成中に発現する新たな抗原（ネオアンチゲン）、がん遺伝子と腫瘍抑制遺伝子の産物、過剰発現した又は異常発現した細胞内タンパク質（例えば、ＨＥＲ２、ＭＵＣ１）、腫瘍ウイルス（例えば、ＥＢＶ、ＨＰＶ、ＨＣＶ、ＨＢＶ、ＨＴＬＶ）によって産生された抗原、がん精巣抗原（ＣＴＡ）（例えば、ＭＡＧＥファミリー、ＮＹ−ＥＳＯ）、及び細胞型特異的な分化抗原（例えば、ＭＡＲＴ−１）が挙げられる。ＴＡＡ配列は実験的に、又は公開された科学論文、又は公開されたデータベース（例えば、ルートヴィヒがん研究所のデータベース（www.cta.lncc.br/）、がん免疫データベース（cancerimmunity.org/peptide/）、及びＴＡＮＴＩＧＥＮ腫瘍Ｔ細胞抗原データベース（cvc.dfci.harvard.edu/tadb/））を介して見い出すことができる。
場合によっては、ポリペプチド又は抗原は正常で健康な細胞又は組織では発現しないか又は最小限の発現であるが、例えば、特定の細胞型又は組織から得られる、ある種のがん又は腫瘍（例えば、乳癌、卵巣癌、又はメラノーマ）などの特定の疾患又は状態を有する被験者では高い割合（高頻度）で（それらの細胞又は組織で）発現するさらなる例として、結腸直腸癌が挙げられる。他の非限定的な癌の例として、非黒色腫皮膚、肺、前立腺、腎臓、膀胱、胃、肝臓、子宮頚部、食道、非ホジキンリンパ腫、白血病、膵臓、子宮体、口唇、口腔、甲状腺、脳、神経系、胆嚢、喉頭、咽頭、骨髄腫、鼻咽頭、ホジキンリンパ腫、精巣、及びカポジ肉腫などが挙げられる。あるいは、ポリペプチドは、正常で健康な細胞では低いレベルで発現し得るが、病的な（例えば、がん）細胞又は疾患若しくは状態を有する被験者では高いレベル発現（過剰発現）し得る。場合によってポリペプチドは、かかる個体又は被験者と適合するヒト亜集団の少なくとも２％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は以上において、発現又は正常で健康な細胞若しくは被験者と比較して高いレベルで発現される。例えば亜集団は、民族、地理的な位置、性別、年齢、疾患、疾患の種類又は病期、遺伝子型、又は１つ以上のバイオマーカーの発現により被験者と適合していてもよい。
場合によって発現頻度を、公表された数値や科学論文から決定することができる。場合によって本開示の方法は、かかるポリペプチドを同定又は選択する工程を含む。
場合よってポリペプチドは、がん細胞又は固形腫瘍に関連するか、高（過剰）発現される。例示的ながんとしては、癌腫、肉腫、リンパ腫、白血病、胚細胞腫瘍、又は芽細胞腫が挙げられる。がんはホルモンに関連するか、又は依存性のがん（例えば、エストロゲン又はアンドロゲン関連のがん）であってもなくてもよい。腫瘍は悪性であっても、又は良性であってよい。がんは転移性であってもそうでなくてもよい。
場合よってポリペプチドは、がん精巣抗原（ＣＴＡ）である。ＣＴＡは典型的には、健康な細胞の胚発生を過ぎると発現しない。健康な成人では、ＣＴＡの発現は、ＨＬＡを発現せず、Ｔ細胞に抗原を提示できない男性生殖細胞に限定されるよって、ＣＴＡは、がん細胞で発現した場合には、発現性のネオアンチゲンであると考えられる。ＣＴＡの発現は、（ｉ）腫瘍細胞に対して特異的であり、（ｉｉ）原発腫瘍よりも転移腫瘍でより頻度が高く、（ｉｉｉ）同じ患者の転移腫瘍間で保存されている（Gajewski ed. Targeted Therapeutics in Melanoma. Springer New York. 2012）。
ポリペプチドは、個体の細胞（例えばがん細胞）により発現されるが、正常又は健康な細胞における類似タンパク質から変化した変異性のネオアンチゲンであってもよい。場合によって本開示の方法は、変異性のネオアンチゲンであるポリペプチド若しくは特定のヒト被験者における変異性のネオアンチゲンであるポリペプチドを同定する工程、又はネオエピト−プを同定する工程を含む。例えば、ネオアンチゲンは、被験者から得られた試料中に存在し得る。変異性のネオアンチゲン又はネオエピトープを用いて、ネオアンチゲン又はネオエピトープを含むネオアンチゲンを発現する、がん細胞などの疾患関連細胞を標的とすることができる。細胞、例えば被験者から採取された試料中の細胞、によって発現されるポリペプチドの変異は、例えば、配列決定により検出できるが、その大半はネオアンチゲン発現細胞に対する免疫応答を誘導しない。現在、免疫応答を誘導する変異性のネオアンチゲンの同定は、変異性のＨＬＡ拘束性エピトープの予測と、個体の血液検体中の予測されたエピトープの免疫原性のさらなるインビトロ試験に基づいている。この工程は不正確であり、時間が長くかかり、高価である。
本明細書で提供されるように、複数のＨＬＡ分子に結合する変異性のエピトープ（ネオエピトープ）の同定は、変異性のネオアンチゲンを再現性よく定義する。よって、本開示によるいくつかの場合において、ポリペプチドは変異性のネオアンチゲンであり、ポリペプチドの免疫原性の断片は、ネオアンチゲン特異的な変異を含む（又はネオエピトープからなる）。
ポリペプチドは細胞内で発現するウイルスタンパク質でもよい。例として、ＨＰＶ１６ Ｅ６、Ｅ７；ＨＩＶ Ｔａｔ、Ｒｅｖ、Ｇａｇ、Ｐｏｌ、Ｅｎｖ；ＨＴＬＶ−Ｔａｘ、Ｒｅｘ、Ｇａｇ、Ｅｎｖ、ヒトヘルペスウイルスタンパク質、デング熱ウイルスタンパク質が挙げられる。ポリペプチドは細胞内で発現する寄生虫タンパク質、例えばマラリアタンパク質であってもよい。
ポリペプチドはワクチン又は免疫療法組成物などの医薬組成物の有効成分、任意選択で新たな医薬組成物のための有効成分の候補であってもよい。本明細書で使用される「有効成分（active ingredient）」との用語は、免疫応答を誘導することを意図するポリペプチドを指し、被験者への投与後にインビボで産生されるワクチン又は免疫療法組成物のポリペプチド産物を含み得る。ＤＮＡ又はＲＮＡの免疫療法組成物において、ポリペプチドは、組成物が投与された被験者の細胞によりインビボで産生され得る。細胞ベースの組成物において、ポリペプチドは、組成物の細胞、例えば、ポリペプチドでパルスされた（pulsed with）、又はポリペプチドをコードする発現コンストラクトを含む自家の樹状細胞又は抗原提示細胞、によって処理され及び／又は提示され得る。医薬組成物は、１つ以上の有効成分のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド又は細胞を含んでもよい。
他の場合においてポリペプチドは、医薬、ワクチン、又は免疫療法組成物の標的ポリペプチド抗原であってもよい。組成物が、ポリペプチドを標的とする、又はポリペプチドに向けられる免疫応答（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞応答）を誘導することを意図するか又は設計された場合、ポリペプチドは標的ポリペプチド抗原である。標的ポリペプチド抗原は典型的には、病原生物、ウイルス、又はがん細胞などの罹患細胞によって発現されるポリペプチドである。標的ポリペプチド抗原はＴＡＡ又はＣＴＡであってもよい。
現在、２００を超える臨床試験が腫瘍抗原を有するがんワクチンを研究している。
ポリペプチドは、例えば皮膚、肺、又は経口経路を介して個体の体内に入るアレルゲンであってもよい。
適切なポリペプチドの非限定的な例として、表２〜７の１つ以上に列挙されたものが挙げられる。
遺伝子配列は、生物学的材料の配列決定から取得され得る。配列決定は、ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ及び／又はアミノ酸配列を決定する、任意の適した方法により行われ得る。本開示はＨＬＡ遺伝子型とアミノ酸配列の両方を利用する。しかしながら、個体の遺伝子配列からＨＬＡ遺伝子型を同定する方法、及びＤＮＡ又はＲＮＡの配列データに由来するアミノ酸配列を取得する方法は、本開示の主題ではない。


ポリペプチド抗原に対する個体の免疫学的応答の予測
特定のポリペプチド抗原は、ほんの一部のヒト被験者においてのみ、免疫応答を誘導する。現在、ポリペプチド抗原がある個体において免疫応答を誘導する可能性が高いかどうかを予測できる診断試験はない。特に、あるヒトがワクチン又は免疫療法組成物に対する免疫応答者であるかどうかを予測できる試験についての需要がある。
本開示によると、個体のポリペプチド抗原特異的なＴ細胞応答は、該個体の複数のＨＬＡクラスＩ又は複数のＨＬＡクラスＩＩ分子により提示され得る１つ以上の断片のポリペプチド内での存在により定義される。
場合によって本開示は、被験者がポリペプチドの投与に対して免疫応答を示すかどうかを予測する方法を提供し、ポリペプチドが本明細書に記載の任意の方法に従い免疫原性である場合に免疫応答が予測される。ポリペプチドが、被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プである少なくとも１つのアミノ酸配列を含む場合、細胞傷害性Ｔ細胞応答が予測される。ポリペプチドが、被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プである少なくとも１つのアミノ酸配列を含む場合、ヘルパーＴ細胞応答が予測される。ポリペプチドが、被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プである如何なるアミノ酸配列も含まない場合、細胞傷害性Ｔ細胞応答は予測されない。ポリペプチドが、被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プである如何なるアミノ酸配列も含まない場合、ヘルパーＴ細胞応答は予測されない。
場合よっては、ポリペプチドは医薬組成物の有効成分であり、方法はポリペプチドに対する抗薬物抗体（ＡＤＡ）の発生（development）又は生成を予測することを含む。医薬組成物は、表８に列挙されたものから選択された薬物であってもよい。本開示によれば、有効成分のポリペプチドが被験者の複数のＨＬＡクラスＩＩ分子によって認識され、ヘルパーＴ細胞応答をもたらして有効成分に対する抗体応答を支持するヘルパーＴ細胞応答を生じる場合又はその限りにおいて、ＡＤＡの発生は起こるであろう。かかるエピトープ（ＰＥＰＩ）の存在は、被験者におけるＡＤＡの発生を予測し得る。本方法は、特定のヒト被験者の治療のために、ＡＤＡの誘導が低い又はＡＤＡを誘導しないと予測された医薬組成物の該被験者への投与を選択又は推奨することをさらに含んでいてもよく、任意選択で該組成物を該被験者に投与することをさらに含んでもよい。他の場合には本方法は、医薬組成物が許容できないＡＤＡを誘導することを予測し、該方法は、異なる治療若しくは療法を選択又は推奨することをさらに含む。ポリペプチドはチェックポイント阻害剤であってもよい。本方法は、被験者がチェックポイント阻害剤による治療に応答するかどうかを予測することを含んでもよい。
また現在、あるヒトが、ワクチン又は免疫療法組成物に対して臨床応答を示す、又はそれから臨床的利益を得る可能性（likelihood）を予測できる試験はない。現在、ワクチン又は免疫療法の臨床試験に参加している個体のコーホートで測定されたＴ細胞応答は、臨床応答とほとんど相関しないため、これは重要である。すなわち、臨床応答者の亜集団は、免疫応答者の亜集団よりも実質的に小さい。よって、ワクチンと免疫療法の個別化を可能とするには、特定の被験者における免疫応答の可能性のみならず、薬物によって誘導される免疫応答が臨床的に有効である（例えば、がん細胞又は病原体に感染した細胞若しくは病原体を殺傷することができる）かどうかも予測することは重要である。
本発明者らは、ワクチン又は免疫療法組成物中に、個体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができる少なくとも２つのポリペプチド断片（エピトープ）の存在（２つ以上のＰＥＰＩ３＋）が臨床応答を予測することを見い出した。言い換えれば、２つ以上のＰＥＰＩ３＋がワクチン又は免疫療法組成物の有効成分ポリペプチド内で同定できる場合には、個体は臨床応答者である可能性が高い。本明細書で使用される「臨床応答」又は「臨床的利益(clinical benefit)」とは、疾患若しくは状態の発症の予防若しくは遅延、１つ以上の症状の改善、寛解の誘導若しくは延長、又は再燃（relapse）若しくは再発（recurrence）若しくは悪化の遅延、又は被験者の疾患状態における任意の他の改善若しくは安定化であり得る。適切な場合には「臨床応答」は、固形腫瘍における応答評価基準（Response Evaluation Criteria In Solid Tumors）（ＲＥＣＩＳＴ）ガイドラインで定義された「疾患の制御」又は「客観的応答」と相関関係を有し得る。
よって場合によっては、本開示は、有効成分として１つ以上のポリペプチドを含むワクチン又は免疫療法組成物などの医薬組成物の投与に対して、被験者が臨床応答を示すかどうかを予測する方法を提供する。本方法は１つ以上のポリペプチドが、それぞれが被験者の少なくとも２つ、又は場合によっては少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、少なくとも２つの異なる配列を共に含むかどうかを決定すること；及び該１つ以上のポリペプチドが、それぞれがその被験者の少なくとも２つ、若しくは場合によっては少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、少なくとも２つの異なった配列を共に含む場合には、該被験者は該医薬組成物の投与に対して臨床応答を示すと予測すること；又は該１つ以上のポリペプチドが、該被験者の少なくとも２つ、若しくは場合によっては少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである配列を共に１個以下含む場合には、該被験者は該医薬組成物の投与に対して臨床応答を示さないと予測すること、を含む。
この方法の目的上、２つのＴ細胞エピトープは、異なる配列を有する場合には、又は場合によっては標的ポリペプチド抗原中で繰り返される同じ配列を有する場合も、互いに「異なる」。場合によっては、標的ポリペプチド抗原中の異なるＴ細胞エピトープは互いに重複しない。
場合によっては、特定のヒト被験者に対して免疫原性である１つ以上のポリペプチド又は有効成分のポリペプチドの断片の全てが、本明細書に記載される方法を用いて同定される。被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの、少なくとも１つの断片の同定は、該ポリペプチドが、該被験者において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘発するか又は誘発する可能性が高いことを予測する。被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又は少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの、少なくとも１つの断片の同定は、該ポリペプチドが、該被験者においてヘルパーＴ細胞応答を誘発するか又は誘発する可能性が高いことを予測する。被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの断片がないことの同定は、該ポリペプチドが、該被験者において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘発しないか又は誘発する可能性が低いことを予測する。被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又は少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの断片がないことの同定は、該ポリペプチドが、該被験者においてヘルパーＴ細胞応答を誘発しないか又は誘発する可能性が低いことを予測する。ワクチン又は免疫療法組成物の、１つ以上の有効成分のポリペプチドの少なくとも２つの断片（各断片は、被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである）の同定は、被験者が該組成物に対して臨床応答を示す可能性がより高いこと又は有することを予測する。被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである１つ以上のポリペプチドの２つ未満の断片の同定は、該被験者が、該組成物に対する臨床応答を示す可能性が低いこと、又は示さないことを予測する。
理論に拘束されることを望むものではないが、少なくとも２つの複数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩを含むワクチン／免疫療法から臨床的利益が得られる可能性が増加する１つの理由は、がん若しくは腫瘍細胞又はＨＩＶなどのウイルス若しくは病原体に感染した細胞などの罹患細胞集団は、影響を受けた被験者内及び被験者間の両方でしばしば不均一であることである。例えば、特定のがん患者は、ワクチンの特定のがん関連標的ポリペプチド抗原を発現又は過剰発現し得るし、又は発現し得なく、又はそれらのがんは不均一な細胞集団を含み得るが、その一部は抗原を（過剰）発現し、一部は発現しない。加えて、患者は標的ＰＥＰＩの変異を介して組成物に対する耐性ができる可能性が低くなるため、より多数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩがワクチン／免疫療法に含まれるか又は標的とされる場合には、耐性ができる可能性が低下する。
よって、（ｉ）有効成分のポリペプチド中のより多数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩの存在；（ｉｉ）より多くの標的ポリペプチド抗原中のＰＥＰＩの存在；及び（ｉｉｉ）被験者において又は該被験者の罹患細胞における標的ポリペプチド抗原の（過剰）発現によって、被験者が治療に応答するであろう可能性は増加する。場合によっては、例えば、標的ポリペプチド抗原が被験者から得られた試料中に存在する場合、該被験者における標的ポリペプチド抗原の発現は既知であってもよい。他の場合には、特定の被験者、又は特定の被験者の罹患細胞が、特定の標的ポリペプチド抗原又はその任意の組み合わせを（過剰）発現する確率は、集団発現頻度データ（population expression frequency data）を用いて決定してもよい。集団発現頻度データは、被験者−及び／又は疾患に適合した集団又は治療意図集団（intent-to-treat population）に関連し得る。例えば、特定のがん（例えば乳癌）における、又は特定のがんを有する被験者における、特定のがん関連抗原の発現の頻度又は確率は、腫瘍（例えば乳がんの腫瘍試料）中の抗原を検出することによって決定することができる。場合によってはかかる発現頻度を、公開された数値と科学論文から決定してもよい。場合によっては本発明の方法は、関連する集団における関連する標的ポリペプチド抗原の発現頻度を決定する工程を含む。
個々のヒト被験者及びヒト被験者の集団におけるワクチンの活性／効果を予測する様々な薬力学的バイオマーカーが開示されている。バイオマーカーは、特にがんワクチンのために開発されてきたが、同様のバイオマーカーを他のワクチン又は免疫療法組成物のために使用できる。これらのバイオマーカーは、より効果的なワクチンの開発を促進し、開発費用も削減し、様々な組成物を評価及び比較するために使用できる。バイオマーカーの例は下記の通りである。
・ＡＧ９５−ワクチンの効力：特定の腫瘍型が９５％の確率で発現するがんワクチンにおける抗原の数。ＡＧ９５はワクチンの効力の指標であり、ワクチン抗原の免疫原性には依存しない。ＡＧ９５は腫瘍抗原発現率のデータから計算される。かかるデータは、論文審査がある（peer reviewed）科学雑誌に公表された実験から取得できる。技術的には、ＡＧ９５はワクチン中の抗原の二項分布から決定され、可能性がある全ての変動と発現率を考慮に入れる。
・ＰＥＰＩ３＋カウント−被験者におけるワクチンの免疫原性：ワクチンに由来するＰＥＰＩ３＋は、被験者の少なくとも３つのＨＬＡに結合し、Ｔ細胞応答を誘導する個人用（personal）エピトープである。ＰＥＰＩ３＋は、完全な４桁の（4-digit）ＨＬＡ遺伝子型が知られている被験者においてＰＥＰＩ３＋試験を使用して決定できる。
・ＡＰカウント−被験者におけるワクチンの抗原性：ＰＥＰＩ３＋を有するワクチン抗原の数。ワクチンは罹患細胞により発現される標的ポリペプチド抗原に由来する配列を含む。ＡＰカウントは、ＰＥＰＩ３＋を含むワクチン中の抗原の数であり、ＡＰカウントは、被験者でＴ細胞応答を誘導できるワクチン中の抗原の数を表す。ＡＰカウントは、被験者のＨＬＡ遺伝子型のみに依存し、被験者の疾患、年齢、及び薬物には依存しないため、被験者のワクチン抗原特異的なＴ細胞応答を特徴付ける。正しい値は、０（抗原によりＰＥＰＩが提示されない）と抗原の最大数（すべての抗原がＰＥＰＩを提示する）との間である。
・ＡＰ５０−集団内のワクチンの抗原性：集団内のＰＥＰＩを有するワクチン抗原の平均数。ＡＰ５０は、集団内の被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存するため、所定の集団内のワクチン−抗原特異的なＴ細胞応答を特徴付けに適している。
・ＡＧＰカウント−被験者におけるワクチンの有効性：ＰＥＰＩを用いて腫瘍で発現するワクチン抗原の数である。ＡＧＰカウントは、ワクチンが認識し、それに対するＴ細胞応答を誘導する（標的に命中する）腫瘍抗原の数を示す。ＡＧＰカウントは、被験者の腫瘍におけるワクチン−抗原発現率と、被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存する。正しい値は、０（発現した抗原によりＰＥＰＩ提示されない）と抗原の最大数（すべての抗原が発現してＰＥＰＩを提示する）との間である。
・ＡＧＰ５０−集団におけるがんワクチンの有効性：集団内のＰＥＰＩで示された腫瘍で発現するワクチン抗原（即ち、ＡＧＰ）の平均数。ＡＧＰ５０は、ワクチンにより誘導されたＴ細胞応答が認識できる腫瘍抗原の平均数を示す。ＡＧＰ５０は、示された腫瘍型における抗原の発現率と、標的集団における抗原の免疫原性に依存している。ＡＧＰ５０は、異なる集団におけるワクチンの有効性を評価することができ、同じ集団における異なるワクチンを比較するために使用できる。ＡＧＰ５０の計算は、発現されたワクチン抗原に対して被験者におけるＰＥＰＩ３＋の出現により発現が重み付けられることを除いて、ＡＧ５０に使用されるものと類似している。各被験者が各ワクチン抗原に由来するＰＥＰＩを有する理論上の集団においては、ＡＧＰ５０はＡＧ５０と等しくなる。被験者が如何なるワクチン抗原に由来するＰＥＰＩも有さない他の理論上の集団においては、ＡＧＰ５０は０になる。一般的には下記の記載が有効である：０≦ＡＧＰ５０≦ＡＧ５０。
・ｍＡＧＰ−可能性の高い応答者を選択するためのバイオマーカー候補：がんワクチンが、示された腫瘍で発現した複数の抗原に対するＴ細胞応答を誘導する可能性。ｍＡＧＰは、ワクチン抗原（例えば、腫瘍内のワクチン抗原）の発現率、及び被験者におけるワクチン由来ＰＥＰＩの存在から計算される。技術的にはＡＧＰ分布に基づいて、ｍＡＧＰは複数のＡＧＰ（２つ以上のＡＧＰ）の確率の合計である。
上記で述べた予測の結果を、被験者の治療に関する医師の決定を知らせるために使用してもよい。従って、場合によっては、ポリペプチドは、例えばワクチン又は免疫療法組成物の有効成分であり、本開示の方法は、有効成分のポリペプチドの被験者への投与を含む治療に対する免疫応答及び／又は臨床応答を示すか、示す可能性が高いか、又は免疫応答を示す上記の最小の可能性の閾値（threshold minimum likelihood）を予測し、本方法は、特定のヒト被験者のための治療、又は特定のヒト被験者の治療のためのワクチン若しくは免疫療法組成物を選択することをさらに含む。さらに、１つ以上のポリペプチドを有効成分として含む、被験者特異的な医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルによる治療方法も提供され、該医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルは、被験者において臨床応答を誘導する最小の可能性の閾値を有すると決定されており、ここで応答の可能性は本明細書に記載の方法を用いて決定されている。場合によって最小閾値は、本明細書に記載の１つ以上の薬力学的バイオマーカー、例えば最小のＰＥＰＩ３＋カウント（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１若しくは１２又はそれ以上のＰＥＰＩ３＋）、最小のＡＧＰカウント（例えば、ＡＧＰ＝少なくとも２、又は少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１若しくは１２又はそれ以上）、及び／又は最小のｍＡＧＰ（例えば、ＡＧＰ＝少なくとも２、又は少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１若しくは１２又はそれ以上）、によって規定される。例えば、場合によっては、標的ポリペプチド抗原（任意選択で標的ポリペプチド抗原が発現するか（発現すると推測される））の予め規定された数を標的とされた応答の可能性が、予め決められた閾値（例えば、２、３、４、５、６、７、８，９、１０、１１若しくは１２又はそれ以上）を上回る場合には、被験者が治療のために選択される。あるいは、本方法は、本組成物の１つ以上のポリペプチドがその被験者においてＴ細胞応答及び／又は臨床応答を誘発しないことを予測し、特定のヒト被験者に対して異なる治療を選択することをさらに含んでもよい。
ポリペプチド抗原に対する自己免疫又は有害な免疫応答の予測
ＨＬＡの違いは、自己免疫疾患、状態、又は応答を発生する確率に影響を及ぼし得る。場合によって本開示の方法は、免疫原性である及び／又は自己免疫疾患若しくは自己免疫応答に関連するポリペプチド又はポリペプチドの断片を同定するために使用され得る。場合によって本方法は、ポリペプチドが、被験者の少なくも３つ、若しくは少なくとも４つ、若しくは少なくとも５つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含むかどうか；又は他の場合には、被験者の少なくとも４つ、若しくは少なくとも５つ、若しくは少なくとも６つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである配列を含むかどうかを決定すること：並びに該ポリペプチド若しくは前記配列を免疫原性として、又は該被験者における自己免疫疾患若しくは自己免疫応答に関連する又は関係があるものとして同定することを含む。
ＨＬＡの違いは、被験者が、該被験者に投与された薬物又はポリペプチドからの免疫毒性を経験するであろう確率にも影響し得る。被験者に投与されたポリペプチドが、該被験者の正常で健康な細胞で発現する抗原の断片に相当し、かつ、該被験者の複数のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸を含む断片を含む場合には、有害な免疫応答があり得る。従って、本開示によるいくつかの場合において、本方法は、ポリペプチドの有害な免疫原性の領域若しくは断片を同定するために、又は、１つ以上のポリペプチド若しくはその断片の投与に対する免疫毒性を経験する可能性が高い被験者を同定するために使用される。該ポリペプチドは、ワクチン又は免疫療法組成物の有効成分であり得る。
本方法は、ポリペプチドが、被験者の少なくとも２つ、又は他の場合には少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである配列を含むかどうかを決定することを含んでもよい。場合によって本方法は、ポリペプチドが、被験者の少なくとも４つ、若しくは少なくとも５つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである配列を含むこと；又は被験者の少なくとも４つ、若しくは少なくとも５つ、若しくは少なくとも６つ、若しくは少なくとも７つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含むことを決定することを含む。本方法はさらに、前記配列を被験者に対して有害な免疫原性として同定すること、又は被験者において有害な免疫応答を予測することを含んでもよい。他の場合には、かかるアミノ酸配列は同定されず、本方法は、被験者において有害な免疫応答がないと予測することをさらに含む。本方法はさらに、免疫毒性を誘導しないか又は低い免疫毒性が予測された、１つ以上のポリペプチド又は医薬組成物を投与することを、被験者の治療のために選択又は推奨すること、及び任意選択で該ポリペプチドを投与することにより該被験者をさらに治療することを含んでもよい。本開示は、被験者にかかるポリペプチド又は組成物を投与することにより、治療を必要とする被験者を治療する方法も提供する。
場合によっては、本明細書に記載の方法は、特定のヒト被験者に対して免疫原性であると予測されたポリペプチド、又はヒト集団内の被験者のある割合において免疫原性である予測されたポリペプチドを変異させることをさらに含む。本明細書に記載の方法のいずれか１つを用いて、特定のヒト被験者又はヒト集団のある割合において、免疫原性であると同定されたポリペプチドの免疫原性を低減させる方法も提供される。ポリペプチドを変異させて、該ポリペプチド中のＰＥＰＩの数を減らすか、又は被験者若しくは前記集団のある割合において免疫原性であると同定されたポリペプチドの断片に結合する、該被験者若しくは前記集団のＨＬＡクラスＩ若しくはクラスＩＩ分子の数を減らしてもよい。場合によって変異は、有害な免疫応答を低減し若しくは防ぎ得るし、又は被験者において若しくは前記集団のある割合において、ＡＤＡの発生を防ぐことにより効力を増加させ得る。変異したポリペプチドは、被験者又は前記集団の被験者の治療のために、さらに選択され又は推奨されてもよい。変異したポリペプチドを投与することにより、被験者はさらに治療され得る。本開示は、かかる変異したポリペプチドを投与することにより、治療を必要とする被験者を治療する方法も提供する。
チェックポイント阻害剤による治療に対する個体の応答の予測
典型的には腫瘍により誘導された腫瘍特異的なＴ細胞クローンの一部又は全ては、転移がんの患者では不活性であるか又は機能が不十分である。不活性な腫瘍特異的なＴ細胞は、腫瘍細胞を殺傷することができない。これらの不活性なＴ細胞の一部は、（イピリムマブなどの）チェックポイント阻害剤、例えば、チェックポイント分子を認識するモノクローナル抗体（例えば、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、Ｌａｇ−３、Ｔｉｍ−３、ＴＩＧＩＴ、ＢＴＬＡ）によって再活性され得る。本開示によれば、チェックポイント阻害剤を用いて被験者を治療することは、発現したがん抗原が個体のＨＬＡによって適切に認識される場合又はその限りにおいて、すなわち、被験者の複数の、好ましくは少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子によって認識されるがん又は疾患関連抗原中にエピト−プが存在する場合にのみ有効であろう。従って、場合によっては、本開示の方法は、チェックポイント阻害剤によって再活性化され得るＴ細胞クローンの１以上のサブセットを同定するために、又はチェックポイント阻害剤（免疫）療法に対する可能性の高い応答者を予測するために使用され得る。
従って、場合によって本開示は、被験者がチェックポイント阻害剤でがんに応答するかどうかを予測する方法を提供する。場合によって本方法は、治療される疾患若しくは状態に関連する、又はチェックポイント阻害剤による治療に対する免疫応答又は臨床応答の達成に関連する、１つ以上のポリペプチド又はポリペプチド断片を同定又は選択する工程を含む。場合によってポリペプチドは、腫瘍関連及び／又は変異性の抗原である。ポリペプチドは、被験者から得られた試料中に存在してもよい。ポリペプチドは、被験者及び／又は疾患に適合した集団で頻繁に（過剰に）発現するものであってもよい。ポリペプチドは、チェックポイント阻害剤に陽性応答したことが知られる被験者で同定されたＰＥＰＩ（ＰＥＰＩ３＋）からなるか又はそれを含んでもよい。ポリペプチドは、データベースに貯蔵された若しくは記録された、又はデータベースから取り出したアミノ酸配列を含むか、又はそれからなってもよい。
場合によって本方法は、ポリペプチドが、被験者の複数のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである配列を含むかどうかを決定することを含む。場合によって、少なくとも２つ、若しくは少なくとも３つ若しくは４つ若しくは５つ若しくは６つ若しくは７つ若しくは８つの異なるかかるアミノ酸配列の存在が決定され、及び／又は少なくとも２つの、若しくは少なくとも３つの若しくは４つの若しくは５つの異なる標的ポリペプチド抗原かかるアミノ酸配列の存在が決定される。場合によって本方法は、ポリペプチドが、被験者の少なくとも２つの、又は場合によっては少なくとも３つの、又は少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである配列を含むかどうかを決定することを含む。上記の要件が満たされている場合には、チェックポイント阻害剤による治療に対する応答が予測され得る。上記の要件が満たされない場合には、応答なし又は臨床応答なしと予測され得る。
本開示は、チェックポイント阻害剤による治療後の被験者の免疫応答によって標的化され得る、又はチェックポイント阻害剤による治療によって再活性化されるＴ細胞により標的化されるであろう、ポリペプチドの断片又はポリペプチド中のＴ細胞エピト−プを同定する方法を提供する。
本方法は、応答すると予測された被験者にチェックポイント阻害剤を選択、推奨、及び／又は投与すること、又はチェックポイント阻害剤に応答しないと予測された被験者に異なる治療を選択、推奨、及び／又は投与することをさらに含み得る。他の場合には、本開示は治療を必要とするヒト被験者を治療する方法を提供し、該方法は、該被験者にチェックポイント阻害剤を投与することを含み、該被験者は本明細書に記載の方法によって、チェックポイント阻害剤の投与に応答すると予測されている。
チェックポイント阻害剤としは、例えば、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１阻害剤、Ｌａｇ−３阻害剤、Ｔｉｍ−３阻害剤、ＴＩＧＩＴ阻害剤、ＢＴＬＡ阻害剤、及びＣＴＬＡ−４阻害剤が挙げられるが、これらに限定されるものではない。共刺激抗体は、免疫制御性受容体を介して正のシグナルを送り、その受容体としては、ＩＣＯＳ、ＣＤ１３７、ＣＤ２７、ＯＸ−４０及びＧＩＴＲが挙げられるが、これらに限定されるものではない。一態様において、チェックポイント阻害剤はＣＬＴＡ−４阻害剤である。
個々のヒト被験者のための医薬組成物の設計と調製
いくつかの態様において本開示は、特定のヒト被験者において、免疫応答、細胞傷害性Ｔ細胞応答、又はヘルパーＴ細胞応答を誘導するための、ポリペプチド又はポリペプチドをコードするポリ核酸を設計又は調製する方法を提供する。本開示は、ヒト被験者に特異的な薬物、免疫原性組成物、又は医薬組成物、キット又はペプチドのパネル、それらを設計若しくは調製する方法、それらの方法により得られ得る組成物、及び被験者において免疫応答、細胞傷害性Ｔ細胞応答、若しくはヘルパーＴ細胞応答を誘導する方法、若しくは被験者への治療、ワクチン接種、若しくは免疫療法を提供する方法におけるそれらの使用も提供する。医薬組成物、キット又はペプチドのパネルは、有効成分として１つ以上のポリペプチドを有し、そのポリペプチドは、本明細書に記載されたように該被験者に対して免疫原性である、又は本明細書に記載された方法によって該被験者に対して免疫原性であると同定された、該被験者の複数のＨＬＡクラスＩ又は複数のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができる２つ以上のＴ細胞エピトープ（ＰＥＰＩ）を共に含む。
組成物／キットは、任意選択で少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、若しくは保存剤、及び／又は如何なるＰＥＰＩも含まない追加のポリペプチドをさらに含んでもよい。ポリペプチドは改変されたものでもあっても、又は非自然発生のものであってもよい。キットは、それぞれが１つ以上の有効成分のペプチドを含む１つ以上の別個の容器を含んでもよい。組成物／キットは、がんなどの個体の疾患を予防、診断、緩和、治療、又は治癒するための個別化された医薬であってもよい。
典型的には、各ＰＥＰＩは、標的ポリペプチド抗原の断片であり、１つ以上のＰＥＰＩを含むポリペプチドは、治療、ワクチン接種、又は免疫療法のための標的ポリペプチド抗原である。本方法は、１つ以上の適切な標的ポリペプチド抗原を同定する工程を含んでもよい。典型的には、各標的ポリペプチド抗原は、同じ疾患若しくは状態、病原生物若しくは病原生物の群若しくはウイルス、又はがんの種類と関連するであろう。
各ＰＥＰＩについて、組成物、キット若しくはパネルは、本明細書に記載されたポリペプチドなどの標的ポリペプチド抗原の、最大５０、４５，４０、３５、３０、２５、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、又は９個の連続するアミノ酸の配列を含んでもよく、又は本方法はそのアミノ酸の配列を選択することを含んでもよく、その連続するアミノ酸はＰＥＰＩのアミノ酸配列を含む。
場合によってアミノ酸配列は、標的ポリペプチド抗原の連続する配列の一部ではない追加のアミノ酸が、Ｎ末端及び／又はＣ末端に隣接している。場合によって配列は、最大４１又は３５又は３０又は２５又は２０又は１５又は１０又は９又は８又は７又は６又は５又は４又は３又は２又は１個の追加のアミノ酸が、Ｎ末端及び／又はＣ末端に隣接しているか、又は標的ポリペプチド断片の間に存在する他の場合には、各ポリペプチドは、標的ポリペプチド抗原の断片からなるか、又は単一のペプチド内で端と端とを並べて配置されている（ペプチドの端から端に連続して配置されている）、若しくは重複する（２つ以上の断片は部分的に重複する配列を含み、例えば同じポリペプチド内の２つのＰＥＰＩがお互いに５０アミノ酸以内にある）２つ以上の断片からなるか、のいずれかである。
異なるポリペプチドの断片、又は同じポリペプチドの異なる領域に由来する断片が、改変されたペプチド内で共に接続された場合、該接続部（joint）又は接合部（junction）の周りにネオエピトープが生成される可能性がある。かかるネオエピトープは、接続部又は接合部のいずれかの側の各断片に由来する少なくとも１つのアミノ酸を包含し、本明細書では接合部の（junctional）アミノ酸配列と称する場合がある。ネオエピトープは健康な細胞に対する望ましくないＴ細胞応答（自己免疫）を誘導し得る。正常で健康なヒト細胞で発現するタンパク質の断片に相当するネオエピトープ、及び／又は被験者の少なくとも２つ、場合によっては少なくとも３つ、若しくは少なくとも４つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができる、又は場合によっては被験者の少なくとも２つ、少なくとも３つ、又は４つ、若しくは５つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるネオエピトープを回避又は除去するために、ペプチドを設計してもよく、又はペプチドをスクリーニングしてもよい。本開示の方法は、本明細書に記載されるようなネオエピトープを同定する又はスクリーニングするために使用され得る。アライメントは、ＢＬＡＳＴアルゴリズムなどの既知の方法を用いて決定され得る。ＢＬＡＳＴ解析を行うためのソフトウェアは、国立生物工学情報センター（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）を介して公開されている。
組成物ポリペプチドの少なくとも２つの複数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩは、両方とも単一の抗原（例えば、ワクチン／免疫療法によって標的化される単一の抗原（例：腫瘍関連抗原）に由来する２つの複数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩを含むポリペプチドワクチン）を標的とし得、又は異なる抗原（例えば、両方ともワクチン／免疫療法によって標的化される、１つの抗原（例：腫瘍関連抗原）に由来する第１の複数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩ、及び異なる抗原（例：腫瘍関連抗原））に由来する第２の複数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩを含むペプチドワクチン）を標的とし得る。
場合によっては、有効成分のポリペプチドは、全部の若しくは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０個若しくはそれ以上の異なるＰＥＰＩを共に含み、又は本方法はそのＰＥＰＩを選択することを含む。ＰＥＰＩは１つ以上の異なる標的ポリペプチド抗原の断片であってもよい。特定の被験者に対して免疫原性である各標的ポリペプチド抗原の特定の断片を同定することにより、組み合わせて用いるため、又は特定の長さの１つ以上のポリペプチドにより活性化できるＴ細胞クローンの数を最大化するため、複数のかかる断片、任意選択で複数の異なる標的ポリペプチド抗原に由来する断片、を単一の有効成分のポリペプチド又は複数の有効成分のポリペプチドに組み込むことが可能である。
現在、ほとんどのワクチン及び免疫療法組成物は、単一のポリペプチド抗原のみを標的としている。しかしながら本開示によれば、場合によっては２つ以上の異なるポリペプチド抗原を標的とする医薬組成物又は有効成分のポリペプチドを提供することが有益である。例えば、ほとんどのがんと腫瘍は不均一性であり、これは、被験者の異なるがん又は腫瘍細胞は異なる抗原を（過剰に）発現することを意味する。異なるがん患者の腫瘍細胞はまた、腫瘍関連抗原の様々な組み合わせを発現する。有効である可能性が最も高い抗がん免疫原性組成物は、腫瘍によって発現される複数の抗原（従って個々のヒト被験者において又は集団において、より多くのがん又は腫瘍細胞）によって発現される複数の抗原を標的とするものである。
単一の治療で複数のＰＥＰＩを組み合わせること（複数のＰＥＰＩを共に含む１つ以上の医薬組成物の投与）の有益な効果は、下記の実施例１７及び１８に記載の個別化されたワクチンポリペプチドによって説明できる。卵巣がんにおける例示的なＣＴＡ発現の確率は下記の通りである：ＢＡＧＥ：３０％；ＭＡＧＥ Ａ９：３７％；ＭＡＧＥ Ａ４：３４％；ＭＡＧＥ Ａ１０：５２％。患者ＸＹＺがＢＡＧＥ及びＭＡＧＥ Ａ９のみにＰＥＰＩを含むワクチンで治療された場合、ｍＡＧＰ（ＰＥＰＩを有する複数の発現した抗原）を有する確率は１１％となる患者ＸＹＺがＭＡＧＥ Ａ４及びＭＡＧＥ Ａ１０についてのＰＥＰＩのみを含むワクチンで治療された場合、ｍｕｌｔｉＡＧＰを有する確率は１９％となる。しかしながら、ワクチンがこれら４つのＣＴＡ（ＢＡＧＥ、ＭＡＧＥ Ａ９、ＭＡＧＥ Ａ４、及びＭＡＧＥ Ａ１０）の全てを含んでいる場合、ｍＡＧＰを有する確率は５０％となる。言い換えれば、効果は、両方の２つのＰＥＰＩ治療のｍＡＧＰの複合確率（ＢＡＧＥ／ＭＡＧＥについてのｍＡＧＰの確率＋ＭＡＧＥ Ａ４とＭＡＧＥ Ａ１０についてのｍＡＧＰの確率）よりも高くなる。実施例１７に記載の患者ＸＹＺのＰＩＴワクチンはさらに９つのＰＥＰＩを含み、よってｍＡＧＰを有する確率は９９．９５％超である。
同様に、乳癌における例示的なＣＴＡ発現の確率は以下の通りである：ＭＡＧＥ Ｃ２：２１％；ＭＡＧＥ Ａ１：３７％；ＳＰＣ１：３８％；ＭＡＧＥ Ａ９：４４％。ＭＡＧＥ Ｃ２：２１％及びＭＡＧＥ Ａ１のみにＰＥＰＩを含むワクチンによる患者ＡＢＣの治療は、７％のｍＡＧＰの確率を示す。ＳＰＣ１：３８％；ＭＡＧＥ Ａ９のみにＰＥＰＩを含むワクチンによる患者ＡＢＣの治療は、１１％のｍＡＧＰの確率を示す。ＭＡＧＥ Ｃ２：２１％；ＭＡＧＥ Ａ１：３７％；ＳＰＣ１：３８％；ＭＡＧＥ Ａ９にＰＥＰＩを含むワクチンでの患者ＡＢＣの治療は、４４％（４４＞７＋１１）のｍＡＧＰの確率を有する。実施例１８に記載の患者ＡＢＣのＰＩＴワクチンは、さらに８つのＰＥＰＩを含み、よってｍＡＧＰを有する確率は９９．９３％超である。
従って、場合によっては有効成分のポリペプチドのＰＥＰＩは、２つ以上の異なる標的ポリペプチド抗原、例えば、特定の疾患又は状態に関連する異なる抗原（例：異なるがん若しくは腫瘍関連抗原又は標的病原体により発現される抗原）、に由来する。場合によっては、ＰＥＰＩは、全部の又は少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０個又はそれ以上の異なる標的ポリペプチド抗原に由来する。異なる標的ポリペプチド抗原は、標的化するために有用であるか、又は異なるＰＥＰＩ３＋で選択的に標的化され得る任意の異なるポリペプチドであってもよい。場合によって異なる標的ポリペプチド抗原は、非相同体若しくは非パラログであるか、又は各ポリペプチドの全長に亘って９５％、若しくは９０％、若しくは８５％、若しくは８０％、若しくは７５％、若しくは７０％、若しくは６０％、若しくは５０％未満の配列同一性を有する。場合によって異なるポリペプチドは、如何なるＰＥＰＩ３＋も共有しないものである。あるいは、場合によっては、ＰＥＰＩ３＋が有効成分のポリペプチドによって標的化される他のポリペプチド抗原と共有されていない場合、ＰＥＰＩ３＋は異なる標的ポリペプチド抗原に由来する。
場合によっては、１つ以上の又はそれぞれの免疫原性ポリペプチド断片は、特定のヒト被験者から採取された試料中に存在するポリペプチドに由来する。これは、ポリペプチドが被験者で発現すること、例えば、該被験者のがん細胞で発現するがん若しくは腫瘍関連抗原又はがん精巣抗原を示す。場合によっては１つ以上の又はそれぞれのポリペプチドは、被験者の変異性のネオアンチゲンであるか又は発現性のネオアンチゲンである。１つ以上の又はそれぞれの断片は、ネオアンチゲン特異的な変異を含んでもよい。変異性のネオアンチゲンは被験者特異的であるため、１つ以上のネオアンチゲン特異的な変異を標的とする組成物は、それら特定の疾患及び特定のＨＬＡセットの両方に関して個別化されている。
他の場合には、１つの以上又はそれぞれの免疫原性ポリペプチド断片は、正常で健康な細胞若しくは組織において通常は発現していないか又は発現は最小限であるが、上記で説明したように、特定の疾患又は状態を有する被験者の高い割合で（高い頻度）で発現するか、又は該被験者の罹患細胞で発現する標的ポリペプチド抗原に由来する。本方法は、かかる標的ポリペプチド抗原を同定又は選択することを含んでもよい。場合によっては、２つ以上の又はそれぞれの免疫原性ポリペプチド断片／ＰＥＰＩは、がんのある型又は特定の細胞型若しくは組織から得られたがんを有する被験者において、それぞれ高頻度で（過剰に）発現される異なるがん又は腫瘍関連抗原に由来する。場合によっては、免疫原性ポリペプチド断片は、全部の又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９若しくは４０個の異なるがん若しくは腫瘍関連ポリペプチドに由来する。場合によっては、１つ以上の、それぞれの又は少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、又は少なくとも６つ、又は少なくとも７つのポリペプチドは、表２〜７のいずれか１つに列挙された抗原から選択される。
場合によっては、１つ以上の又はそれぞれの標的ポリペプチド抗原は、がん精巣抗原（ＣＴＡ）である。場合によっては免疫原性のポリペプチド断片／ＰＥＰＩは、少なくとも１、若しくは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４若しくは２５個のＣＴＡに由来し、又は合計で３つ以上の異なる標的ポリペプチド抗原に由来し、任意選択で１つ、２つ若しくは３つ全て、若しくは少なくとも３つはＣＴＡであり、又は４つ以上の異なるポリペプチド抗原に由来し、任意選択で１つ、２つ、３つ若しくは４つ全て、若しくは少なくとも１つ、２つ、３つ若しくは４つはＣＴＡであり、又は５つ以上の異なるポリペプチド抗原に由来し、任意選択で１つ、２つ、３つ、４つ若しくは５つ全て、若しくは少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、若しくは５つはＣＴＡであり、又は６つ以上の異なるポリペプチド抗原に由来し、任意選択で１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、若しくは６つ全て、若しくは少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、若しくは６つはＣＴＡであり、又は７つ以上の異なるポリペプチド抗原に由来し、任意選択で１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、若しくは７つ全て、若しくは少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、若しくは７つはＣＴＡであり、又は８つ以上の異なるポリペプチド抗原に由来し、任意選択で１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、若しくは８つ全て、若しくは少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、若しくは８つはＣＴＡである。場合によっては、１つ以上の又はそれぞれの標的ポリペプチド抗原は、細菌、ウイルス、又は寄生虫により発現される。
場合によっては、１つ以上のポリペプチド断片は、被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、１つ以上のポリペプチド断片は、被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又は少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、ＨＬＡクラスＩ及びＨＬＡクラスＩＩ結合断片は任意選択で重複していてもよい。かかる方法により調製された組成物は、特定のヒト被験者において細胞傷害性Ｔ細胞応答とヘルパーＴ細胞応答の両方を誘発し得る。
免疫原性及び医薬組成物、治療方法及び投与方法
いくつかの態様において本開示は、有効成分として１つ以上のポリペプチドを有する、上記の医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルに関する。これらは、被験者に対する、免疫応答の誘導、治療、ワクチン接種、又は免疫療法を提供する方法において使用するためのものであってもよく、医薬組成物はワクチン又は免疫療法組成物であってもよい。かかる治療は、１つ以上のポリペプチド又は治療の有効成分のポリペプチドの全てを共に含む医薬組成物を、被験者に投与することを含む。複数のポリペプチド又は医薬組成物を一緒に又は順次投与してもよく、例えば全ての医薬組成物又はポリペプチドを１年、又は６か月、又は３か月、又は６０日、又は５０日、又は４０日、又は３０日の期間内に被験者に投与してもよい。
本明細書に記載の免疫原性若しくは医薬組成物又はキットは、１つ以上の免疫原性ペプチドに加えて、薬学的に許容可能な賦形剤、担体、希釈剤、緩衝剤、安定化剤、保存剤、アジュバント、又は当業者によく知られた他の材料を含んでもよい。かかる材料は、好ましくは非毒性であり、好ましくは有効成分の薬学的活性に干渉しない。薬学的担体又は希釈剤は、例えば、水含有溶液であってもよい。担体又は他の材料の正確な性質は投与経路、例えば、経口、静脈内、皮膚又は皮下、鼻、筋肉内、皮内、及び腹腔内の経路、に依存し得る。
本開示の医薬組成物は１つ以上の「薬学的に許容可能な担体」を含んでもよい。これらは典型的には、タンパク質、糖類、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、高分子アミノ酸、アミノ酸共重合体、スクロース（Paoletti et al., 2001, Vaccine, 19:2118）、トレハロース（WO 00/56365）、ラクト−ス、及び脂質凝集体（油滴又はリポソームなど）などの大きく、ゆっくりと代謝される高分子である。かかる担体は、当業者によく知られている。医薬組成物はまた、水、生理食塩水、グリセロール等の希釈剤も含んでもよい。さらに、湿潤剤又は乳化剤、ｐＨ緩衝物質などの補助物質が存在してよい。無菌の発熱物質を含まないリン酸緩衝生理食塩水は、典型的な担体である（Gennaro, 2000, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20th edition, ISBN:0683306472）。
本開示の医薬組成物は、凍結乾燥されてもよいし、又は水性の形態、即ち溶液又は懸濁液であってもよい。この型の液体製剤は、水性媒体中で再構成する必要なく、組成物をそれらが包装された形態から直接投与することを可能にし、よって注射に理想的である。医薬組成物は、バイアルに入れて提供されてもよく、又は予め充填されたシリンジに入れて提供されてもよい。シリンジは針付きで、又は針なしで供給されてもよい。シリンジは単回投与量を含むが、一方バイアルは単回投与量又は複数回投与量を含み得る。
本開示の液体製剤は、凍結乾燥された形態から他の薬剤を再構成するのにも適している。医薬組成物がそのような即時の再構成のために使用される場合には、本開示は、２つのバイアルを含み得る、又は１つの予め充填されたシリンジ及び１つのバイアルを含み得るキットを提供し、シリンジの内容物は注射の前にバイアルの内容物を再構成するために使用される
本開示の医薬組成物は、特に複数回投与の形式で包装される場合、抗菌剤を含んでもよい。２−フェノキシエタノール又はパラベン（メチル、エチル、プロピルパラベン）等の抗菌剤を使用してもよい。任意の保存剤は、低レベルで存在することが好ましい。保存剤は外から添加されてもよく、及び／又は、混合された組成物を形成するバルク抗原の成分であってもよい（例えば百日咳抗原中に保存剤として存在する）。
本開示の医薬組成物は、洗浄剤、例えば、Ｔｗｅｅｎ（ポリソルベート）、ＤＭＳＯ（ジメチルスルホキシド）、ＤＭＦ（ジメチルホルムアミド）を含んでいてもよい。洗浄剤は一般的には例えば０．０１％未満の低レベルで存在するが、例えば０．０１〜５０％のより高いレベルで使用してもよい。
本開示の医薬組成物は、ナトリウム塩（例えば塩化ナトリウム）、及び（例えばリン酸緩衝液の使用により）遊離のリン酸イオンを溶液中に含んでもよい。
特定の態様において、医薬組成物は、ペプチドを抗原提示細胞に送達するため、又は安定性を増加させるため、のいずれかのために適切な媒体（vehicle）中にカプセル化されてもよい。当業者に理解されるように、本開示の医薬組成物を送達するために様々な媒体が適している。適切に構築された流体送達システムの非限定的な例として、ナノ粒子、リポソーム、マイクロエマルジョン、ミセル、デンドリマー、及び他のリン脂質含有システムが含まれ得る。医薬組成物を送達媒体に組み込む方法は、本技術分野で既知である。
組成物の免疫原性を増加させるために、医薬組成物は１つ以上のアジュバント及び／又はサイトカインを含んでもよい。
適切なアジュバントとして、水酸化アルミニウム又はリン酸アルミニウムなどのアルミニウム塩が挙げられるが、カルシウム、鉄若しくは亜鉛の塩であってもよく、又はアシル化チロシン若しくはアシル化糖の不溶性懸濁液であってもよく、又はカチオン性若しくはアニオン性の誘導体化糖類、ポリホスファゼン、生分解性ミクロスフェア、モノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）、（例えば毒性が低減された）脂質Ａ誘導体、３−Ｏ−デアセチル化ＭＰＬ［３Ｄ−ＭＰＬ］、クイル（quil）Ａ、サポニン、ＱＳ２１、フロイント不完全アジュバント（Ｄｉｆｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、デトロイト、ミシガン州）、メルクアジュバント６５（Ｍｅｒｃｋ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｉｎｃ．，ローウェイ、ニュージャージー州）、ＡＳ−２（Ｓｍｉｔｈ−Ｋｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ、フィラデルフィア、ペンシルバニア州）、ＣｐＧオリゴヌクレオチド、生体接着剤及び粘膜接着剤、微粒子、リポソーム、ポリオキシエチレンエーテル製剤、ポリオキシエチレンエステル製剤、ムラミルペプチド又はイミダゾキノロン化合物（例えば、イミキモド（imiquamod）及びその同族体）であってもよい。本開示においてアジュバントとしての使用に適しているヒトの免疫調節剤としては、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２等）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）などのサイトカインが挙げられる。
いくつかの実施態様において、組成物は、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１（Ｓｅｐｐｉｃ，Ｉｎｃ．、フェアフィールド、ニュージャージー州、アメリカ合衆国）、ＱＳ−２１（Ａｑｕｉｌｉａ Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．、レキシントン、マサシューセッツ州、アメリカ合衆国）、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinizone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全又は不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）からなる群から選択されるアジュバントを含む。
例としてサイトカインは、ＴＧＦ−α及びＴＧＦ−βなど（ただしこれらに限定されない）のトランスフォーミング増殖因子（ＴＧＦ）（；インスリン様成長因子−Ｉ及び／又はインスリン様成長因子−ＩＩ；エリスロポエチン（ＥＰＯ）；骨誘導因子；インターフェロン−α、−β、及び−γなど（ただしこれらに限定されない）のインターフェロン（ＩＦＮ）；マクロファージ−ＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦなど（ただしこれらに限定されない）のコロニー刺激因子（ＣＳＦ）；顆粒球−マクロファージ−ＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）；及び顆粒球−ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）からなる群から選択されてもよい。いつくかの態様において、サイトカインは、ＮＧＦ−βなどの神経成長因子；血小板成長因子；ＴＧＦ−α及びＴＧＦ−βなど（ただしこれらに限定されない）のトランスフォーミング増殖因子（ＴＧＦ）；インスリン様成長因子−Ｉ及びインスリン様成長因子−ＩＩ；エリスロポエチン（ＥＰＯ）；骨誘導因子；（ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−γなど（ただしこれらに限定されない）のインターフェロン；マクロファージ−ＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦ）、顆粒球−マクロファージ−ＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）、及び顆粒球−ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）などのコロニー刺激因子（ＣＳＦ）；ＩＬ−１、ＩＬ−１α、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２；ＩＬ−１３、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８など（ただしこれらに限定されない）のインターロイキン（Ｉl；ＬＩＦ；ｋｉｔリガント又はＦＬＴ−３；アンジオスタチン；トロンボスポンジン；エンドスタチン；腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）；及びＬＴからなる群から選択される。
アジュバント又はサイトカインを、１投与当たり約０．０１ｍｇ〜約１０ｍｇの用量で、好ましくは１投与当たり約０．２ｍｇから約５ｍｇの用量で添加され得ると予想される。あるいは、アジュバント又はサイトカインは、約０．０１〜５０％の濃度、好ましくは約２％〜３０％の濃度であり得る。
特定の態様において、本開示の医薬組成物は、既知の技術に従って適切な滅菌条件下で、アジュバント及び／又はサイトカインをＰＥＰＩと物理的に混合することによって調製され、最終生成物が作製される。
ポリペプチド断片の適切な組成物及び投与方法の例は、Esseku and Adeyeye (2011)及びVan den Mooter G. (2006)で提供されている。ワクチン及び免疫療法組成物の調製は一般的に、Vaccine Designの“The subunit and adjuvant approach” (Powell M. F. & Newman M. J.編集 (1995) Plenum Press New York)に記載されている。同様に想定されるリポソーム内へのカプセル化は、Fullerton、米国特許4,235,877に記載されている。
いくつかの実施態様において、本明細書に開示された組成物は、核酸ワクチンとして調製される。いくつかの実施態様において、核酸ワクチンはＤＮＡワクチンである。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチン又は遺伝子ワクチンは、プロモーター、並びに適切な転写及び翻訳制御要素、並びに１つ以上の本開示のポリペプチドをコードする核酸配列を有するプラスミドを含む。いくつかの実施態様において、プラスミドは、例えば発現レベル、細胞内標的化、又はプロテアソームプロセシングを強化するための配列も含む。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンは、本開示の１つ以上のポリペプチドをコードする核酸配列を含むウイルスベクターを含む。追加の態様において、本明細書で開示された組成物は、生体試料と免疫応答性を有すると決定されたペプチドをコードする１つ以上の核酸を含む。例えば、いくつかの実施態様において、組成物は、患者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又はそれ以上のペプチドをコードする１つ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様において、ペプチドは、がんで発現する抗原に由来する。いくつかの実施態様において、ＤＮＡ又は遺伝子ワクチンは、ワクチンの効果の増強、免疫システムの刺激又は免疫抑制の低減などがもたらされる免疫応答を操作するための免疫調節分子もコードする。ＤＮＡワクチン又は遺伝子ワクチンの免疫原性を増強するための戦略として、異種のバージョンの抗原のコード化、抗原のＴ細胞を活性化又は連合認識（associative recognition）を引き起こす分子への融合、ＤＮＡベクターによるプライミングとそれに続くウイルスベクターによるブースト、及び免疫調節分子の使用が挙げられる。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンは、数ある形態の中で特に、針、遺伝子銃、エアロゾル注入器により、パッチ（patch）で、マイクロニードルを介して、擦過傷（abrasion）によって導入される。いくつかの形態において、ＤＮＡワクチンはリポソーム又は他の形態のナノボディに組み込まれる。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンとして、トランスフェクション剤；プロタミン；プロタミンリポソーム；多糖類粒子；カチオン性ナノエマルジョン；カチオン性ポリマー；カチオン性ポリマーリポソーム；カチオン性ナノ粒子；カチオン性脂質及びコレステロールのナノ粒子；カチオン性脂質、コレステロール及びＰＥＧナノ粒子；デンドリマーナノ粒子からなる群から選択される送達システムが挙げられる。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンは、吸入又は摂取によって投与される。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンは、血液、胸腺、膵臓、皮膚、筋肉、腫瘍、又は他の部位に導入される。
いくつかの実施態様において、本明細書に開示された組成物は、ＲＮＡワクチンとして調製される。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは非複製ｍＲＮＡ、又はウイルス由来の自己増幅ＲＮＡである。いくつかの実施態様において、非複製ｍＲＮＡは、本明細書に開示されたペプチドをコードし、５’及び３’の非翻訳領域（ＵＴＲ）を含む。いくつかの実施態様において、ウイルス由来の自己増幅ＲＮＡは、本明細書に開示されるペプチドのみならず、細胞内ＲＮＡ増幅及び豊富なタンパク質発現を可能とするウイルス複製機構もコードする。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは個体に直接導入される。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは化学的に合成されるか、又はインビトロで転写される。いくつかの実施態様において、ｍＲＮＡは、Ｔ７、Ｔ３、又はＳｐ６ファージＲＮＡポリメラーゼを用いて直鎖状ＤＮＡ鋳型から作製され、得られる生成物は、本明細書に開示されるペプチドをコードするオープンリーディングフレーム、隣接するＵＴＲ、５’キャップ、及びポリ（Ａ）テールを含む。いくつかの実施態様において、ワクシニアウイルスのキャッピング酵素を用いるか、又は合成キャップ若しくは抗リバースキャップアナログ（anti-reverse cap analog）を組み込むことにより、転写反応中又はその後に、種々のバージョンの５’キャップが付加される。いくつかの実施態様において、最適な長さのポリ（Ａ）テールが、コード化ＤＮＡ鋳型から直接又はポリ（Ａ）ポリメラーゼを使用するかのいずれかにより、ｍＲＮＡに付加される。ＲＮＡは、患者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む１つ以上のペプチドをコードする。いくつかの実施態様において、断片は、がんで発現する抗原に由来する。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは、安定性及び翻訳を強化するためのシグナルを含む。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは、半減期を増加するための非天然ヌクレオチド、又は免疫刺激プロファイルを変える修飾ヌクレオシドも含む。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは、数ある形態の中で特に、針、遺伝子銃、エアロゾル注入器により、パッチ（patch）で、マイクロニードルを介して、擦過傷（abrasion）によって導入される。一部の形態において、ＲＮＡワクチンは、ＲＮＡの細胞内取り込みを促進し、それを分解から保護するリポソーム又は他の形態のナノボディに組み込まれる。いくつかの実施態様において、ＲＮＡワクチンとして、トランスフェクション剤；プロタミン；プロタミンリポソーム；多糖類粒子；カチオン性ナノエマルジョン；カチオン性ポリマー；カチオン性ポリマーリポソーム；カチオン性ナノ粒子；カチオン性脂質及びコレステロールナノ粒子；カチオン性脂質、コレステロール及びＰＥＧナノ粒子；デンドリマーナノ粒子；及び／又は裸の（naked）ｍＲＮＡ；インビボのエレクトロポレーションによる裸のｍＲＮＡ；プロタミンと複合体を形成したｍＲＮＡ；正に荷電した水中油型カチオン性ナノエマルジョンに関連したｍＲＮＡ；化学修飾されたデンドリマーに関連し、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）−脂質と複合体を形成したｍＲＮＡ；ＰＥＧ−脂質ナノ粒子の中でプロタミンと複合体を形成したｍＲＮＡ；ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）等のカチオン性ポリマーに関連したｍＲＮＡ；ＰＥＩ及び脂質成分等のカチオン性ポリマーに関連したｍＲＮＡ；多糖類（例えばキトサン）粒子又はゲルに関連したｍＲＮＡ；カチオン性脂質ナノ粒子（例えば、１，２−ジオレオイルオキシ−３−トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＡＰ）又はジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）脂質）中のｍＲＮＡ；カチオン性脂質及びコレステロールと複合体を形成したｍＲＮＡ；又はカチオン性脂質、コレステロール及びＰＥＧ−脂質と複合体を形成したｍＲＮＡからなる群から選択される送達システムが挙げられる。いくつかの実施態様において、ＲＮＡワクチンは、吸入又は摂取によって投与される。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは、血液、胸腺、膵臓、皮膚、筋肉、腫瘍、若しくは他の部位に、及び／又は、皮内、筋肉内、皮下、鼻腔内、節内、静脈内、膵臓内、腫瘍内、若しくは他の送達経路により導入される。
ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド成分は、裸の（naked）ヌクレオチド配列であってもよく、又はカチオン性脂質、ポリマー、若しくは標的化システムと組み合わせてもよい。それらは、任意の利用可能な技術によって送達され得る。例えば、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、針注射によって、好ましくは皮内、皮下、又は筋肉内に導入され得る。あるいは、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、粒子に媒介される遺伝子送達等の送達装置を使用して、皮膚を横切って直接送達してもよい。ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、例えば経鼻、経口、又は直腸内投与によって、皮膚、又は筋肉表面に局所的に投与してもよい。
ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドのコンストラクトの取り込みは、いくつかの既知のトランスフェクション技術、例えばトランスフェクション剤の使用を含むもの、により強化されてもよい。これらの薬剤の例として、カチオン性薬剤、例えば、リン酸カルシウム、及びＤＥＡＥ−デキストラン、並びにリポフェクタント、例えばリポフェクタム及びトランスフェクタムが挙げられる。投与されるポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの投与量は変更することができる。
典型的には、投与は「予防的有効量」又は「治療的有効量」（場合によって、予防が治療と見做され得る）であり、これは個体に臨床応答をもたらすか又は臨床的利益、例えば、疾患若しくは状態の発症を予防若しくは遅延、１つ以上の症状の改善、寛解の誘導若しくは延長、又は再燃（relapse）若しくは再発（recurrence）の遅延、を示すのに十分である。
投与量は様々なパラメーター、特に使用される物質；治療を受ける個体の年齢、体重、並びに状態；投与の経路；及び必要とされる投与療法、によって決定される。各投与量における抗原の量は、免疫応答を誘導する量として選択される。医師は任意の特定の個体に必要とされる投与経路と投与量を決定することができるであろう。投与量は単回投与量として提供されてもよく、複数回投与量として、例えば規則的な間隔を空けて、例えば１時間に２回、３回、又は４回の投与量とし、提供されてもよい。典型的にはペプチド、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、粒子に媒介された送達のため、１ｐｇから１ｍｇ、より典型的には１ｐｇから１０μｇの範囲内で、他の経路のため、１μｇから１ｍｇ、より典型的には１〜１００μｇ、より典型的には５〜５０μｇの範囲内で投与される。一般的には、各投与量は０．０１〜３ｍｇの抗原を含むと予想される。特定のワクチンについての最適量は、被験者の免疫応答の観察に関する研究によって確認することができる。
上記の技術とプロトコールの例は、Remington's Pharmaceutical Sciences, 第20版, 2000年, 出版Lippincott, Williams & Wilkinsに見い出すことができる。
本開示によるいくつかの場合において、複数のペプチド又はペプチドの組成物が投与される。２つ以上の医薬組成物は、一緒に／同時に、及び／又は異る時間に若しくは順次投与され得る。よって本開示は、医薬組成物のセット及びその使用を含む。異なるペプチド、任意選択で異なる抗原を標的とするペプチド、の組み合わせを使用することは、腫瘍の遺伝的異質性と個体のＨＬＡの異質性の課題を克服するために重要である。ある治療方法に使用するために製造されたＰＥＰＩの複数の医薬組成物が製剤を定義し得る。
投与経路として、経鼻内、経口、皮下、皮内、及び筋肉内が挙げられるが、それらに限定される訳ではない。皮下投与は特に好適である。皮下投与は、例えば、腹部、上腕又は太腿の側面及び前面、背中の肩甲骨領域、又は上部腹背両面の臀部領域への注射であってもよい。
当業者は、本開示の組成物は１回又はそれ以上の投与量で、及び他の投与経路によって投与され得ることを認識するであろう。例えば、かかる他の経路として、皮内、静脈内、血管内、動脈内、腹腔内、髄腔内、気管内、心臓内、肺葉内（intralobally）、骨髄内、肺内、及び膣内投与が挙げられる。治療を所望する期間に依って、本開示による組成物は、１回又は数回、断続的に、例えば数か月又は数年間、月１回、異なる投与量で投与され得る。
経口投与のための固体製剤として、カプセル、錠剤、カプレット、丸薬、粉末、ペレット、及び顆粒が挙げられる。かかる固体の剤形において、有効成分は通常、１つ以上の薬学的に許容可能な賦形剤と組み合わされており、その例を上記で詳述した。経口製剤はまた、水性懸濁液、エリキシル剤、又はシロップとして投与され得る。これらについて、有効成分は様々な甘味剤又は香味剤、着色剤、及び必要に応じて乳化剤及び／又は懸濁剤、並びに水、エタノール、グリセリン、及びそれらの組み合わせ等の希釈剤と組み合わされてもよい。
本開示の１つ以上の組成物を投与してもよく、本開示による治療のための方法及び使用を、単独で又は他の医薬組成物又は治療、例えば化学療法及び／又は免疫療法及び／又はワクチンと組み合わせて行ってもよい。他の治療用組成物又は治療は、例えば本明細書中で議論したものの１つ以上であってもよく、本開示の組成物又は治療と同時又は順次（前又は後）のいずれかで投与してもよい。
場合によっては、チェックポイント阻害療法／チェックポイント阻害剤、共刺激抗体、細胞傷害性又は非細胞傷害性化学療法、及び／又は放射線療法、標的療法、又はモノクローナル抗体療法と組み合わせて治療を行ってもよい。化学療法は、ワクチン接種により誘導される腫瘍特異的な細胞傷害性Ｔ細胞によって殺傷される腫瘍を感作することが実証されている（Ramakrishnan et al. J Clin Invest. 2010; 120(4):1111-1124）。化学療法剤の例として、メクロレタミン（ＮＨ２）、シクロホスファミド、イホスファミド、メルファラン（Ｌ−サルコリシン）、及びクロラムブシルなどのナイトロジェンマスタードを含むアルキル化剤；アントラサイクリン；エポチロン；カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、セムスチン（メチル−ＣＣＮＵ）、及びストレプトゾシン（ストレプトゾトシン）などのニトロソウレア；ダカルバジン（decarbazine）（ＤＴＩＣ；ジメチルトリアゼノイミダゾール−カルボキサミド）などのトリアゼン；ヘキサメチルメラニン、チオテパなどのエチレンイミン／メチルメラミン；ブスルファンなどのスルホン酸アルキル；メトトレキサート（アメトプテリン）などの葉酸類似体を含む代謝拮抗剤；アルキル化剤、代謝拮抗剤、フルオロウラシル（５−フルオロウラシル；５−ＦＵ）、フロキシウリジン（フルオロデオキシウリジン；ＦＵｄＲ）及びシタラビン（シトシンアラビノシド）などのピリミジン類似体；メルカプトプリン（６−メルカプトプリン；６−ＭＰ）、チオグアニン（６−チオグアニン；ＴＧ）及びペントスタチン（２’−デオキシコホルマイシン）などのプリン類似体及び関連阻害剤；エピポドフィロトキシン；Ｌ−アスパラギナーゼなどの酵素；ＩＮＦα、ＩＬ−２、Ｇ−ＣＳＦ、及びＧＭ−ＣＳＦなどの生物学的応答調節物質；シスプラチン（ｃｉｃ−ＤＤＰ）、オキサリプラチン及びカルボプラチンなどの白金配位錯体；ミトキサントロン及びアントラサイクリンなどのアントラセンジオン；ヒドロキシ尿素などの置換尿素；プロカルバジン（Ｎ−メチルヒドラジン、ＭＩＨ）及びプロカルバジンを含むメチルヒドラジン誘導体；ミトタン（ｏ，ｐ’−ＤＤＤ）及びアミノグルテチミド等の副腎皮質抑制剤；タキソール及び類似体／誘導体；プレドニゾン及び同等物、デキサメタゾン及びアミノグルテチミドなどのアドレノコルチコステロイド拮抗薬、カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロールなどのプロゲスチン、ジエチルスチルベストロール及びエチニルエストラジオール同等物などのエストロゲン、タモキシフェンなどの抗エステロゲン剤、プロピオン酸テストステロン及びフルオキシメステロン／同等物を含むアンドロゲン、フルタミド、ゴナドトロピン関連ホルモン類似体及びロイプロリドなどの抗アンドロゲン、及びフルタミド等の非ステロイド抗アンドロゲン剤を含むホルモン／ホルモン療法剤並びにアゴニスト／アンタゴニスト；ビンブラスチン（ＶＬＢ）及びビンクリスチンなどのビンカアルカロイド、エトポシド及びテニポシドなどのエピポドフィロトキシン、ダクチノマイシン（アクチノマイシンＣ）、ダウノルビシン（ダウノマイシン；ルビドマイシン）、ドキソルビシン、ブレオマイシン、プリカマイシン（ミトラマイシン）及びマイトマイシン（マイトマイシンＤ）などの抗生物質；Ｌ−アスパラギナーゼなどの酵素、及びインターフェロンアルフェノンなどの生物学的応答調節物質を含む天然物が挙げられる。
場合によって本治療方法は、ワクチン接種の方法又は免疫療法を提供する方法である。本明細書で使用される「免疫療法」は、個体の免疫応答を誘導又は増強することによる、疾患又は状態の治療である。特定の実施態様において、免疫療法は、個体に１つ以上の薬物を投与してＴ細胞応答を誘発することを含む療法を指す。特定の態様において、免疫療法は、１つ以上のＰＥＰＩを含むポリペプチドの個体への投与又は発現により、クラスＩ ＨＬＡと併せてそれらの細胞表面上に１つ以上のＰＥＰＩを提示する細胞を認識して殺傷するＴ細胞応答を誘発することを含む療法を指す。他の特定の実施態様において、免疫療法は、１つ以上のＰＥＰＩを個体に投与して、それらの細胞表面上に１つ以上のＰＥＰＩを含む腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）又はがん精巣抗原（ＣＴＡ）を提示する細胞に対する細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘発することを含む療法を指す。他の実施態様において、免疫療法は、クラスＩＩ ＨＬＡにより提示される１つ以上のＰＥＰＩを含むポリペプチドの個体への投与又は発現により、Ｔヘルパー応答を誘発して、クラスＩ ＨＬＡと併せてそれらの細胞表面上に１つ以上のＰＥＰＩを提示する罹患細胞を認識して殺傷する細胞傷害性Ｔ細胞に共刺激を提供することを含む療法を指す。さらなる他の特定の実施態様において、免疫療法は、１つ以上の薬物の個体への投与により既存のＴ細胞を再活性化して標的細胞を殺傷することを含む療法を指す。理論は、細胞傷害性Ｔ細胞応答が１つ以上のＰＥＰＩを提示する細胞を除去し、それによって個体の臨床的状態を改善するというものである。場合によっては、免疫療法は腫瘍を治療するために用いられ得る。他の例では免疫療法は、細胞内病原体に基づく疾患又は障害を治療するために用いられ得る。
場合によって本開示は、癌の治療又は固形腫瘍の治療に関する。治療は、任意の細胞、組織、又は器官の型のがん又は悪性若しくは良性腫瘍のものであってもよい。がんは転移性であっても、転移性でなくてもよい。例示的ながんとして、がん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、胚細胞腫瘍、又は芽細胞腫が挙げられる。がんはホルモンに関連若しくは依存するがん（例えば、エスロトゲン又はアンドロゲン関連のがん）であってもなくてもよい。
他の場合おいて本開示は、ウイルス、細菌、真菌若しくは寄生虫の感染、又は免疫療法により治療され得る他の任意の疾患若しくは状態に関する。
システム
本開示は、被験者のクラスＩ及び／又はクラスＩＩ ＨＬＡ遺伝子型と、１つ以上の試験ポリペプチドのアミノ酸配列とを含むデータを貯蔵するように構成された貯蔵モジュール；及び該被験者の複数のＨＬＡに結合することができる１つ以上の試験ポリペプチド中のアミノ酸配列を同定及び／又は定量化するように構成された計算モジュールを含むシステムを提供する。システムは、少なくとも１人の被験者からの少なくとも１つの試料からデータを取得するためのものであってもよい。システムは、被験者のクラスＩ及び／又はクラスＩＩ ＨＬＡ遺伝子型を決定するためのＨＬＡ遺伝子型決定モジュールを含んでもよい。貯蔵モジュールは、遺伝子型決定モジュールからのデータ出力を貯蔵するように構成されていてもよい。ＨＬＡ遺伝子型決定モジュールは、被験者から取得さられた生体試料を受け取り、該被験者のクラスＩ及び／又はクラスＩＩ ＨＬＡ遺伝子型を決定し得る。典型的には試料は被験者のＤＮＡを含む。試料は、例えば、血液、血清、血漿、唾液、尿、呼気、細胞、又は組織試料であってもよい。システムは、被験者に対して免疫原性であると予測された１つ以上のポリペプチドの１つ以上の断片の配列、又は本明細書に記載の任意の出力の予測若しくは治療の選択若しくは推奨、又は本明細書に記載の任意の薬力学的バイオマーカーの値を表示するように構成された出力モジュールをさらに含んでもよい。
本開示のさらなる実施態様
１．特定のヒト被験者において疾患又は障害（disorder）を治療するための、ヒト被験者に特異的な医薬組成物であって、
（ａ）少なくとも２つの異なるポリペプチドであり、少なくとも２つの異なるポリペプチドはそれぞれ１０〜５０アミノ酸長であり、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープを含み、少なくとも２つのポリペプチドのそれぞれのＴ細胞エピトープは互いに異なる；及び
（ｂ）薬学的に許容可能なアジュバント、
を含む、ヒト被験者に特異的な医薬組成物。
２．少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１１個、又は少なくとも１２個の異なるポリペプチドを含む、項１のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
３．３〜４０個の異なるポリペプチドを含む、項１のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
４．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合するＴ細胞エピトープは７〜１１個のアミノ酸を含み、及び／又は、少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが１３〜１７個のアミノ酸を含む、項１のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
５．少なくとも２つの異なるポリペプチドのエピトープが単一の抗原に由来する。項１のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
６．少なくとも２つの異なるポリペプチドのエピトープが、２つ以上の抗原に由来する。項１のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
７．該抗原が、がん細胞により発現される抗原、がん細胞より発現されるネオアンチゲン、がん関連抗原、腫瘍関連抗原、若しくは標的の病原生物により発現される抗原、ウイルスにより発現される抗原、細菌により発現される抗原、真菌により発現される抗原、自己免疫疾患に関連している抗原であるか、又はアレルゲンである、項５のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
８．がん細胞がヒト被験者に由来する、項７のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
９．抗原が表２〜７に列挙される抗原から選択される、項５のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
１０．少なくとも２つの異なるポリペプチドが、対応する抗原の中のエピトープに隣接している連続する配列の一部であるＴ細胞エピトープに隣接している、最大１０個のアミノ酸をさらに含む、項１のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
１１．少なくとも２つの異なるポリペプチドが、対応する抗原の中のエピトープに隣接している連続する配列の一部ではないＴ細胞エピトープに隣接している、最大１０個のアミノ酸をさらに含む、項１のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
１２．少なくとも２つのポリペプチドが、接合した（joined）ポリペプチド内で、端と端を並べて配置されているか又は重複して配置されている、項１のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
１３．２つ以上の異なる接合ポリペプチドを含み、該２つ以上の異なる接合ポリペプチドが互いに異なるエピトープを含む、項１２のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
１４．接合したポリペプチドがスクリーニングされ、２つのポリペプチドの間の接合部（junction）にまたがる（span）全てのネオエピトープが実質的に除去され、そのポリペプチドが、
（ｉ）該被験者の健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
（ｉｉ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は、
（ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の両方の要件を満たす、
項１３のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
１５．少なくとも２つのポリペプチドは、
（ｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；又は
（ｉｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当し、かつ、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、
如何なるアミノ酸配列も含まない、項１のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
１６．薬学的に許容可能な希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項１のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
１７．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項１のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
１８．１つ以上の分離した容器を含むキットであって、各容器は、
（ｉ）１０〜５０アミノ酸長である１つ以上のポリペプチドであって、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含むポリペプチド；及び
（ｉｉ）薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせ、
を含む、キット。
１９．少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１１個、又は少なくとも１２個の異なるポリペプチドを含み、異なる各ポリペプチドのＴ細胞エピトープのアミノ酸配列は互いに異なる、項１８のキット。
２０．添付文書をさらに含む項１８のキット。
２１．２つ以上のポリペプチドを発現する核酸分子を含む医薬組成物であって、各ポリペプチドは１０〜５０アミノ酸長であって、被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープを含み、２つ以上の各ポリペプチドは異なるＴ細胞エピトープを含み、該ポリペプチドは対応する抗原の中で互いに隣接しているアミノ酸配列を含まない、医薬組成物。
２２．核酸分子は少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１１個、又は少なくとも１２個の異なるポリペプチドを発現し、各ポリペプチドは１０〜５０アミノ酸長であって、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、それぞれの異なるポリペプチドのＴ細胞エピトープのアミノ酸配列は互いに異なる、項２１の医薬組成物。
２３．特定のヒト被験者における疾患又は障害（disorder）を治療するための、ヒト被験者に特異的な医薬組成物であって、該医薬組成物は少なくとも１つの異なるポリペプチドを含み、少なくとも１つの異なるポリペプチドはそれぞれ第１の領域と第２の領域を含み、
（ｉ）１０〜５０アミノ酸長の第１の領域は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、
（ｉｉ）１０〜５０アミノ酸長の第２の領域は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、
少なくとも３つの異なるポリペプチドのそれぞれの第１と第２の領域のそれぞれのＴ細胞エピトープのアミノ酸配列は、異なる配列を含む、
ヒト被験者に特異的な医薬組成物。
２４．少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１１個、又は少なくとも１２個の異なるポリペプチドを含む、項２３のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
２５．２〜４０個の異なるポリペプチドを含む、項２３のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
２６．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合するＴ細胞エピトープは７〜１１個のアミノ酸を含み、及び／又は、少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープは１３〜１７個のアミノ酸を含む、項２３のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
２７．第１と第２の領域のエピトープが単一の抗原に由来する、項２３のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
２８．第１と第２の領域のエピトープが２つ以上の異なる抗原に由来する、項２３のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
２９．該抗原が、がん細胞により発現される抗原、がん細胞により発現されるネオアンチゲン、がん関連抗原、腫瘍関連抗原、若しくは標的の病原生物により発現される抗原、ウイルスにより発現される抗原、細菌により発現される抗原、真菌により発現される抗原、自己免疫疾患に関連している抗原であるか、又はアレルゲンである、項２７のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
３０．該がん細胞が被験者由来である、項２９のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
３１．該抗原が表２〜７に列挙された抗原から選択される、項２７のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
３２．ポリペプチドがスクリーニングされ、２つの領域の間の接合部にまたがるネオエピトープが実質的に全て除去されており、該２つの領域は、
（ｉ）該被験者の健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
（ｉｉ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は、
（ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の両方の要件を満たす、
項２３のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
３３．少なくとも１つのポリペプチドは、
（ｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；又は
（ｉｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当し、かつ、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、
如何なるアミノ酸配列も含まない、項２３のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
３４．薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項２３のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
３５．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項３４のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
３６．特定のヒト被験者の治療方法において使用するための、ヒト被験者に特異的な医薬組成物を調製する方法であって、その方法は、
（ｉ）ポリペプチドの断片を選択する工程であって、該断片は該被験者に対して免疫原性であると以下により同定されている、
ａ）該断片が以下のアミノ酸配列を含むかどうかを決定する工程；
１）該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列；又は
２）該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列；又は
３）（１）と（２）の両方の要件を満たす；及び
ｂ）該配列が該被験者に対して免疫原性であるポリペプチドの断片であると同定する工程；及び、
（ｉｉ）該ポリペプチドの最大５０個の連続するアミノ酸の第１の配列を選択する工程であって、該連続するアミノ酸は工程（ｉ）で選択された断片のアミノ酸配列を含む；及び、
（ｉｉｉ）先行する工程において選択されたアミノ酸配列の全てと共に有する、有効成分として１つ以上のポリペプチドを有する、ヒト被験者に特異的な医薬組成物を調製する工程、
を含む、ヒト被験者に特異的な医薬組成物を調製する方法。
３７．調製工程の前に工程（ｉ）から（ｉｉ）の繰り返しをさらに含み、第１のアミノ酸配列と同じであるか又は異なるポリペプチドの、最大５０個の連続するアミノ酸の第２のアミノ酸を選択する、項３６の方法。
３８．調製工程の前に工程（ｉ）から（ｉｉ）を１回以上さらに繰り返し、第１と第２のアミノ酸配列と同じであるか又は異なるポリペプチドの、最大５０個の連続するアミノ酸の１つ以上の追加のアミノ酸配列を選択する工程をさらに含む、項３７の方法。
３９．調製工程の前に、工程（ｉ）で選択された断片がＨＬＡクラスＩ結合エピトープである場合には、ポリペプチドのより長い断片を選択する工程を含み、より長い断片は工程（ｉ）で選択された断片をさらに含み；かつ、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができる、項３６の方法。
４０．各ポリペプチドは選択されたアミノ酸配列の１つからなるか、又は、単一の接合したポリペプチド内で端と端とを並べて配置された若しくは重複して配置された、２つ以上の選択されたアミノ酸配列を含むか、若しくは２つ以上の選択されたアミノ酸配列からなる、項３６の方法。
４１．選択されたアミノ酸配列の何れか２つの間の接合部で形成され、単一の接合したポリペプチド内で端と端とを並べて配置された何れのネオエピトープがスクリーニングされ、以下のアミノ酸配列、
（ｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
（ｉｉ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は、
（ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の両方の要件を満たす、
を含むポリペプチドが実質的に全て除去されている、項３６の方法。
４２．１つ以上のポリペプチドがスクリーニングされ、以下のアミノ酸配列、
（ｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；又は
（ｉｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当し、かつ、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、
を含むポリペプチドが除去された、項３６の方法。
４３．工程（ｉ）の前に、該被験者の生体試料に由来するＨＬＡクラスＩ遺伝子型とＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型を決定する工程をさらに含む、項３６の方法。
４４．ＨＬＡクラスＩ遺伝子型とＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型の決定が、配列に基づくタイピング（ＳＢＴ）法により行われる、項４３の方法。
４５．ＨＬＡクラスＩ遺伝子型とＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型の決定が、配列決定、次世代シークエンシング、配列特異的プライマー（ＳＳＰ）法、又は配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）法により行われる、項４３の方法。
４６．生体試料が、血液、血清、血漿、唾液、口腔スワブ（buccal swab）、尿、呼気、細胞、又は組織試料である、項４３の方法。
４７．生体試料が、唾液、又は口腔スワブ（buccal swab）である、項４３の方法。
４８．治療の必要がある特定のヒト被験者においてがんを治療する方法であって、
少なくとも１つのポリペプチドを含む医薬組成物を特定のヒト被験者に投与する工程を含み、
１０〜５０アミノ酸長である少なくとも１つのポリペプチドはそれぞれ、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープである第１のアミノ酸配列を含み、
少なくとも１つのポリペプチドの各Ｔ細胞エピト−プは、がんに特異的である抗原に由来する、方法。
４９．該組成物が、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１１個、又は少なくとも１２個の異なるポリペプチドを含み、異なるポリペプチドの各Ｔ細胞エピトープのアミノ酸配列は互いに異なり、該被験者に由来するがん細胞により発現される１つ以上の抗原に由来する、項４８の方法。
５０．該組成物が２から４０個の異なるポリペプチドを含む、項４８の方法。
５１．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合するＴ細胞エピトープは７〜１１個のアミノ酸を含み、及び／又は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープは１３〜１７個のアミノ酸を含む、項４８の方法。
５２．該組成物が少なくとも２つの異なるポリペプチドを含み、少なくとも２つの異なるポリペプチドのアミノ酸配列のエピトープが単一の抗原に由来する、項４８の方法。
５３．該組成物が少なくとも２つの異なるポリペプチドを含み、少なくとも２つの異なるポリペプチドのエピトープが２つ以上の異なる抗原に由来する、項４８の方法。
５４．１つ以上の抗原が、がん細胞により発現されるネオアンチゲン、がん関連抗原、又は腫瘍関連抗原である、項４８の方法。
５５．１つ以上の抗原が表２に列挙された抗原から選択される、項４８の方法。
５６．少なくとも１つの異なるポリペプチドが、対応する抗原内のエピトープに隣接する連続する配列の一部である、Ｔ細胞エピトープに隣接する最大１０個のアミノ酸をさらに含む、項４８の方法。
５７．少なくとも１つの異なるポリペプチドが、対応する抗原内のエピトープに隣接する連続する配列の一部ではない、Ｔ細胞エピトープに隣接する最大１０個のアミノ酸をさらに含む、項４８の方法。
５８．該組成物が少なくとも２つの異なるポリペプチドを含み、ポリペプチドの２つが接合したポリペプチド内に、端と端とを並べて配置された又は重複して配置された、項４８の方法。
５９．２つ以上の異なる接合したポリペプチドを含み、該２つ以上の異なる接合したポリペプチドが互いに異なるエピトープを含む、項５８の方法。
６０．接合したポリペプチドがスクリーニングされ、２つのポリペプチドの間の接合部にまたがるネオエピトープが実質的に全て除去されており、該ポリペプチドは、
（ｉ）該被験者の健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
（ｉｉ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は、
（ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の両方の要件を満たす、
項５９の方法。
６１．少なくとも１つのポリペプチドは、
（ｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；又は
（ｉｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当し、かつ、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、
如何なるアミノ酸配列も含まない、項４８の方法。
６２．薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項４８の方法。
６３．アジュバントが、ＭｏｎｔａｎｉｄｅＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項６２の方法。
６４．化学療法、標的化療法、放射線療法、チェックポイント阻害剤、他の免疫療法、又はそれらの組み合わせを投与する工程をさらに含む、項４８の方法。
６５．特定のヒト被験者の疾患又は障害を治療するためのヒト被験者に特異的な医薬組成物であって、（ａ）１０〜５０アミノ酸長であって、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープを含むポリペプチド；及び（ｂ）薬学的に許容可能なアジュバントを含む、ヒト被験者に特異的な医薬組成物。
６６．少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１１個、又は少なくとも１２個の異なるポリペプチドを含み、１０〜５０アミノ酸長であるそれぞれの異なるポリペプチドは、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープを含み、それぞれの異なるポリペプチドのＴ細胞エピトープのアミノ酸配列は互いに異なる、項６５のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
６７．２〜４０個の異なるポリペプチドを含む、項６６のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
６８．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが７〜１１個のアミノ酸を含み、及び／又は、少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが１３から１７個のアミノ酸を含む、項６５のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
６９．少なくとも２つの異なるポリペプチドを含み、少なくとも２つの異なるポリペプチドのエピトープが単一の抗原に由来する、項６６のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
７０．少なくとも２つの異なるポリペプチドを含み、少なくとも２つの異なるポリペプチドのエピトープが２つ以上の異なる抗原に由来する、項６６のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
７１．該抗原が、がん細胞により発現される抗原、がん細胞により発現されるネオアンチゲン、がん関連抗原、腫瘍関連抗原、若しくは標的の病原生物により発現される抗原、ウイルスにより発現される抗原、細菌により発現される抗原、真菌により発現される抗原、自己免疫疾患に関連している抗原であるか、又はアレルゲンである、項６９のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
７２．該がん細胞が被験者由来である、項７１のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
７３．該抗原が表２〜７に列挙された抗原から選択される、項６９のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
７４．少なくとも２つの異なるポリペプチドを含み、該ポリペプチドの２つは、接合したポリペプチド内で端と端とを並べて配置された又は重複して配置された、項６９のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
７５．アジュバントが、ＭｏｎｔａｎｉｄｅＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項６５のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
７６．少なくとも２つの異なるポリペプチドを含み、少なくとも２つのポリペプチドの２つが、接合したポリペプチド内で端と端とを並べて配置された又は重複して配置された、項６５のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
７７．２つ以上の異なる接合したポリペプチドを含み、該２つ以上の異なる接合したポリペプチドが互いに異なるエピトープを含む、項７６のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
７８．接合したポリペプチドがスクリーニングされ、２つのポリペプチドの間の接合部にまたがるネオエピトープが実質的に全て除去されており、該ポリペプチドは、
（ｉ）被験者の健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
（ｉｉ）被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は、
（ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の両方の要件を満たす、
項７７のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
７９．少なくとも２つのポリペプチドは、
（ｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；又は
（ｉｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当し、かつ、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合できるＴ細胞エピトープである、
如何なるアミノ酸配列も含まない、項６６のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
８０．（ａ）（ｉ）１０〜５０アミノ酸長であり、かつ、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープを含む第１のポリペプチド；及び（ｉｉ）薬学的に許容可能なアジュバントを含む、第１のヒト被験者に特異的な医薬組成物；
（ｂ）（ｉ）１０〜５０アミノ酸長であり、かつ、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープを含む第２のポリペプチド；及び（ｉｉ）薬学的に許容可能なアジュバントを含む、第２のヒト被験者に特異的な医薬組成物、
を含み、
第１と第２のポリペプチドは異なるＴ細胞エピトープを含むキット。
８１．第１の組成物、及び／又は、第２の組成物は1つ以上の追加のポリペプチドを含み、各追加のポリペプチドは１０〜５０アミノ酸長であり、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は異なるＴ細胞エピトープを含む、項７７のキット。
実施例１ ＨＬＡ−エピトープ結合の予測プロセスと検証
特定のＨＬＡとエピトープ（９ｍｅｒのペプチド）との間の予測された結合は、エピトープ予測のための免疫エピトープデータベースのツール（www.iedb.org）に基づいている。
ＨＬＡ Ｉ−エピト−プの結合の予測プロセスを、実験室での実験により決定されたＨＬＡ Ｉ−エピト−プ対との比較により検証した。データセットは、論文審査がある刊行物又は公共の免疫学的データベースで報告されたＨＬＡ Ｉ−エピト−プ対に従った。
実験的に決定したデータセットとの一致の割合（表９）を決定した。データセットの結合ＨＬＡ Ｉ−エピト−プ対は、９３％の確率で正しく予測された。偶然にも、非結合ＨＬＡ Ｉ−エピト−プ対も９３％の確率で正しく予測された。

複数のＨＬＡ結合エピトープの予測の正確度を測定した。真陽性及び真陰性の両者の予測についての９３％の確率と、偽陽性及び偽陰性の予測についての７％（＝１００％−９３％）の確率を使用した解析の特異度及び感度に基づいて、ヒトにおける複数のＨＬＡ結合エピトープの存在確率を計算することができる。エピトープに複数のＨＬＡが結合する確率は、エピトープに結合するＨＬＡの数と実際の結合の予測された最小数の関係を示す。ＰＥＰＩの定義ごとに、３はエピトープに結合するＨＬＡの予測最小数である（太字）。

検証されたＨＬＡ−エピトープ結合予測プロセスを使用して、以下の実施例で記載の全てのＨＬＡ−エピトープ結合対を決定した。
実施例２ 複数のＨＬＡによるエピトープ提示は、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答を予測する
個体の１つ以上のＨＬＡ Ｉによるポリペプチド抗原の1つ以上のエピトープの提示は、ＣＴＬ応答が予測されることを決定した。
研究を、７１人のがん患者と９人のＨＩＶ感染患者について行われた、６件の臨床試験の遡及的解析により行った（表１１）１−７。これらの研究の患者を、ＨＰＶワクチン、３つの異なるＮＹ−ＥＳＯ−１特異的ながんワクチン、１つのＨＩＶ−１ワクチン、及びメラノーマ患者でＮＹ−ＥＳＯ−１抗原に対するＣＴＬを再活性化することが示されたＣＴＬＡ−４特異的なモノクロ−ナル抗体（イピリムマブ）で治療した。これらの臨床治験の全てにおいて、ワクチン接種後の研究被験者で抗原特異的なＣＤ８＋ＣＴＬ応答（免疫原性）を測定した。場合によっては、ＣＴＬ応答と臨床応答の相関関係が報告された。
データの入手可能性以外の如何なる理由でも、遡及研究から患者を除外しなかった。１５７の患者データセット（表１１）を標準的な乱数発生器で無作為化し、訓練と評価研究のための２つの独立したコーホートを作成した。場合によってコーホートは、同じ患者からの複数のデータセットを含み、４８人の患者からの７６のデータセットの訓練コーホートと、５１人の患者からの８１のデータセットの試験／検証コーホートをもたらした。
訓練データセットの報告されたＣＴＬ応答を、ワクチン抗原のエピトープ（９ｍｅｒ）のＨＬＡ Ｉ拘束プロファイル（HLA I restriction profile）と比較した。各患者の抗原配列及びＨＬＡ Ｉ遺伝子型を、公開されたタンパク質配列のデータベース又は論文審査がある刊行物から取得し、ＨＬＡ Ｉ−エピトープ結合の予測プロセスを、患者の臨床ＣＴＬ応答データに対して盲検とした。各患者の少なくとも１つ（ＰＥＰＩ１＋）、又は少なくとも２つ（ＰＥＰＩ２＋）、又は少なくとも３つ（ＰＥＰＩ３＋）、又は少なくとも４つ（ＰＥＰＩ４＋）、又は少なくとも５つ（ＰＥＰＩ５＋）、又は全６つ（ＰＥＰＩ６）のＨＬＡクラスＩ分子に結合すると予測される各抗原由来のエピトープの数を決定し、結合したＨＬＡの数を報告されたＣＴＬ応答についての分類指標（classifier）として使用した。真の陽性率（感度）と真の陰性率（特異度）を、各分類指標（ＨＬＡ結合の数）についての訓練データセットから個別に決定した。
各分類指標に対してＲＯＣ解析を行った。ＲＯＣ曲線において、真の陽性率（感度）を、種々のカットオフポイントについて、偽陽性率（１−特異度）の関数としてプロットした（図１）。ＲＯＣ曲線の各ポイントは、特定の決定閾値（エピトープ（ＰＥＰＩ）カウント）に対応する感度／特異度の対を表す。ＲＯＣ曲線の下の領域（ＡＵＣ）を、分類指標が２つの診断群（ＣＴＬ応答者又は非応答者）をいかに良く区別できるかの基準である。
分析により、被験者の複数のクラスＩ ＨＬＡによる予測されるエピト−プ提示（ＰＥＰＩ２＋、ＰＥＰＩ３＋、ＰＥＰＩ４＋、ＰＥＰＩ５＋、又はＰＥＰＩ６）は、いずれも場合にも、単に１つのみ又は複数のＨＬＡクラスＩによるエピトープ提示よりも、より良好な予測指標であることが明らかとなった（ＰＥＰＩ１＋、ＡＵＣ＝０．４８、表１２）。

個体のＣＴＬ応答は、個体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩにより提示され得る抗原のエピトープを考慮することによって、最も良く予測された（ＰＥＰＩ３＋、ＡＵＣ＝０．６５、表１２）。陽性のＣＴＬ応答を最も良く予測したＰＥＰＩ３＋の閾値カウント（個体の３つ以上のＨＬＡにより提示される抗原特異的なエピトープの数）は１であった（表１３）。言い換えれば、少なくとも１つの抗原由来のエピトープが、被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩにより提示され（≧１ ＰＥＰＩ３＋）、次いで該抗原は少なくとも１つのＣＴＬクローンを引き起こし、そして該被験者はＣＴＬ応答者である可能性が高い。１以上のＰＥＰＩ３＋の閾値を使用して、可能性の高いＣＴＬ応答者を予測することにより（（「≧１ ＰＥＰＩ３＋ 試験」）、７６％の診断感度が提供された（表１３）。

実施例３ １以上のＰＥＰＩ３＋試験の検証
５１人の患者からの８１のデータセットの試験コーホートを使用して、抗原特異的なＣＴＬ応答を予測するための１以上のＰＥＰＩ３＋の閾値を検証した。試験コーホートの各データセットについて、１以上のＰＥＰＩ３＋閾値が満たされるかどうかを決定した（個体の少なくとも３つのクラスＩ ＨＬＡにより提示される、少なくとも１つの抗原由来エピトープ）。これを、臨床試験から報告された実験的に決定したＣＴＬ応答と比較した（表１４）。
臨床的検証により、ＰＥＰＩ３＋ペプチドは、個体においてＣＴＬ応答を８４％の確率で誘導することが実証された。８４％は、ＰＥＰＩ３＋予測の解析検証で決定されたのと同じ値であり、個体の少なくとも３つのＨＬＡに結合するエピトープである（表１０）。これらのデータは、個体においてＰＥＰＩにより免疫応答が誘導されるという強力な証拠を提供する。

ＰＥＰＩ３＋カウントをカットオフ値として使用して、ＲＯＣ解析は診断の正確度を決定した（図２）。ＡＵＣ値は０．７３であった。ＲＯＣ解析では、０．７〜０．８のＡＵＣが一般的に公正な診断であると考えられる。
少なくとも１のＰＥＰＩ３＋のカウント（≧１ ＰＥＰＩ３＋）は、試験データセットにおいてＣＴＬ応答を最もよく予測した（表１５）。この結果により、訓練中に決定された閾値が確認された（表１２）。

実施例４ １以上のＰＥＰＩ３＋試験はＣＤ８＋ＣＴＬ応答性を予測する
１以上のＰＥＰＩ３＋試験を、ペプチド抗原に対する特定のヒト被験者のＣＴＬ応答を予測するために以前報告された方法と比較した。
２つの異なる臨床試験でＨＰＶ−１６合成ロングペプチドワクチン（ＬＰＶ）を投与された２８人の子宮頸がん及びＶＩＮ−３の患者のＨＬＡ遺伝子型を、ＤＮＡ試料から決定した８ ８ ９ １０。ＬＶＰは、ＨＰＶ−１６ウイルスの腫瘍性タンパク質Ｅ６とＥ７を覆うロングペプチドからなる。これらの刊行物からＬＰＶのアミノ酸配列を取得した。刊行物は、ワクチンの重複ペプチドのプールに対する各ワクチン接種した患者のＴ細胞応答も報告している。
各患者について、少なくとも３つの患者のクラスＩ ＨＬＡ（ＰＥＰＩ３＋）により提示されたＬＶＰのエピトープ（９ｍｅｒ）を同定し、ペプチドプール間のそれらの分布を決定した。少なくとも１つのＰＥＰＩ３＋（≧１ ＰＥＰＩ３＋）を含むペプチドは、ＣＴＬ応答を誘導すると予測された。ＰＥＰＩ３＋を含まないペプチドは、ＣＴＬ応答を誘導しないと予測された。
１以上のＰＥＰＩ３＋試験は、ワクチン接種後に測定された５１２の陰性ＣＴＬ応答のうち４８９を正しく予測し、４０の陽性ＣＴＬ応答のうち８を正しく予測した（図３Ａ）。全体として、１以上のＰＥＰＩ３＋試験と実験的に決定されたＣＤ８＋Ｔ細胞応答の応答性との一致は９０％であった（ｐ＜０．００１）。
各患者について、少なくとも１つの患者のクラスＩ ＨＬＡ（≧１ ＰＥＰＩ１＋、ＨＬＡ拘束性エピト−プの予測、先行技術の方法）により提示されたエピトープのペプチドプール間の分布も決定した。≧１ ＰＥＰＩ１＋は、ワクチン接種後に測定された５１２の陰性ＣＴＬ応答のうち１１６を正しく予測し、４０の陽性ＣＴＬ応答のうち３７を正しく予測した（図３Ｂ）。全体として、ＨＬＡ拘束性エピト−プの予測（≧１ ＰＥＰＩ１＋）及びＣＤ８＋Ｔ細胞応答性との一致は２８％であった（有意差なし）。
実施例５ ＨＬＡクラスＩＩ拘束性ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞エピトープの予測
２つの異なる臨床試験（実施例４で詳しく述べた）でＨＰＶ−１６合成ロングペプチドワクチン（ＬＰＶ）を投与された、２８人の子宮頸がんとＶＩＮ−３患者のＬＶＰワクチン接種後のＣＤ４＋Ｔヘルパー応答について調査した。最新のツールは１０７のうち８４の陽性応答（ヒトのＤＰ対立遺伝子についてのペプチドプールに対する陽性ＣＤ４＋Ｔ細胞応答性）を予測したため（感度＝７８％）、ＨＬＡクラスＩＩ拘束性エピトープの予測の感度は７８％であった。３１のうち７の陰性応答を除外できるため、特異度は２２％であった。全体として、ＨＬＡ拘束性クラスＩＩエピト−プ予測とＣＤ４＋Ｔ細胞応答性との一致は６６％であり、統計学的に有意ではなかった。
実施例６
１以上のＰＥＰＩ３＋試験は全長ＬＰＶポリペプチドに対すＴ細胞応答を予測する
実施例４及び５で報告したのと同じ試験を使用して、１以上のＰＥＰＩ３＋試験を用いて、ＬＰＶワクチンの全長Ｅ６及びＥ７ポリペプチド抗原に対する患者のＣＤ８＋及びＣＤ４＋のＴ細胞応答を予測した。結果を、実験的に決定された応答と比較し、報告した。試験は、陽性のＣＤ８＋Ｔ細胞応答性の試験結果を示す１５人のＶＩＮ−３患者のうち、１１人のＣＤ８＋Ｔ細胞応答性（ＰＥＰＩ３＋）（感度７３％、ＰＰＶ８５％）と、５人の子宮頸がん患者のうち２人のＣＤ８＋Ｔ細胞応答性を正しく予測した（感度４０％、ＰＰＶ１００％）。ＣＤ４＋Ｔ細胞の応答性は（ＰＥＰＩ４＋）、ＶＩＮ−３及び子宮頸がんの患者の両方で１００％正しく予測された（図５）。
クラスＩ及びクラスＩＩのＨＬＡ拘束性ＰＥＰＩ３＋カウントが、ＬＶＰのワクチン接種された患者に対する報告された臨床的利益と相関することも観察された。より高いＰＥＰＩ３＋カウントを示す患者は、３か月には既に完全な又は部分的な応答の何れかを示した。
実施例７ 事例研究
ｐＧＸ３００１は、リンカーを間に挟んだ全長Ｅ６及びＥ７抗原を含むＨＰＶ１６ベースのＤＮＡワクチンである。ｐＧＸ３００２は、リンカーを間に挟んだ全長Ｅ６及びＥ７抗原を含むＨＰＶ１８ベースのＤＮＡワクチンである。フェーズＩＩの臨床試験では、ｐＧＸ３００１とｐＧＸ３００２の両方のワクチンを接種した（ＶＧＸ−３１００ワクチン接種）１子宮頸がんを有する１７人のＨＰＶ感染患者のＴ細胞応答を調査した。
図５〜図６は、２人の例示的な患者（患者１２−１１及び患者１４−５）について、２つのＨＰＶ−１６及び２つのＨＰＶ−１８抗原の全長配列内に、これらの患者の少なくとも１つ（ＰＥＰＩ１＋）、少なくとも２つ（ＰＥＰＩ２＋）、少なくとも３つ（ＰＥＰＩ３＋）、少なくとも４つ（ＰＥＰＩ４＋）、少なくとも５つ（ＰＥＰＩ５＋）、又は全６つ（ＰＥＰＩ６）のクラスＩ ＨＬＡによって提示された各エピトープ（９ｍｅｒ）の位置を示す。
患者１２−１１は混合ワクチンについて、全体で５４のＰＥＰＩ１＋カウントを示した（１つ以上のクラスＩ ＨＬＡにより提示された５４つのエピトープ）。患者１４−５は９１のＰＥＰＩ１＋カウントを示した。よって患者１４−５は４つのＨＰＶ抗原に関して、患者１２−１１よりも高いＰＥＰＩ１＋カウント示す。ＰＥＰＩ１＋は、患者１２−１１及び１４−５の異なるワクチン抗原特異的なＨＬＡ拘束性エピトープセットを表す。これら２人の患者の間で２７つのＰＥＰＩ１＋のみが共通していた。
ＰＥＰＩ３＋カウント（３つ以上の患者のクラスＩ ＨＬＡによって提示されたエピトープの数）の場合、患者１２−１１及び１４−５の結果は逆転した。患者１２−１１が示すＰＥＰＩ３＋カウントは８であり、４つのＨＰＶ１６／１８抗原のそれぞれに少なくとも１つのＰＥＰＩ３＋が含まれていた。患者１４−５が示すＰＥＰＩ３＋カウントは０であった。
これら２人の患者の報告された免疫応答は、ＰＥＰＩ１＋カウントではなく、ＰＥＰＩ３＋カウントと一致した。患者１２−１１は、ＥＬＩＳｐｏｔにより測定されたように、ワクチン接種後に４つの抗原のそれぞれに対する免疫応答を発生させ、一方、患者１４−５はワクチンの４つの抗原の何れに対しても免疫応答を発生させなかった。試験における１７人の患者全てのＰＥＰＩ１＋及びＰＥＰＩ３＋のセットを比較した場合、類似したパターンが観察された。ＰＥＰＩ１＋カウントと、臨床試験から報告された実験的に決定されたＴ細胞応答の間に相関関係は無かった。しかし、1以上のＰＥＰＩ３＋試験により予測されたＴ細胞免疫と、報告されたＴ細胞免疫との間には相関関係が観察された。1以上のＰＥＰＩ３＋試験は、ＨＰＶ ＤＮＡワクチンに対する免疫応答者を予測した。
さらに、患者のＰＥＰＩ３＋セットの多様性は、がんワクチンの試験で通常見られるＴ細胞応答の多様性に類似していた。患者１２−３及び１２−６は、患者１４−５と類似し、ＨＰＶワクチンがＴ細胞免疫を引き起すことができないと予測するＰＥＰＩ３＋を有していなかった。、他の全ての患者は、ＨＰＶワクチンがＴ細胞免疫を引き起すことができる可能性を予測する少なくとも１つのＰＥＰＩ３＋を有していた。１１人の患者は、ＨＰＶワクチンがポリクローン性のＴ細胞応答を引き起こす可能性が高いと予測する複数のＰＥＰＩ３＋を有していた。患者１５−２及び１５−３は、両方のＨＰＶのＥ６に対するより高いＴ細胞免疫を開始することができたが、Ｅ７に対する免疫は低かった。他の患者である１５−１及び１２−１１は、それぞれＨＰＶ１８及びＨＰＶ１６のＥ７に対して同じ大きさの応答を示した。
実施例８ インシリコ試験を実施して大規模集団の正確なワクチン標的の候補を同定するためのモデル集団の設計
完全な４桁（digit）のＨＬＡクラスＩ遺伝子型（２ｘＨＬＡ−Ａ＊ｘｘ：ｘｘ；２ｘＨＬＡ−Ｂ＊ｘｘ：ｘｘ；２ｘＨＬＡ−Ｃ＊ｘｘ：ｘｘ）及び人口統計情報（demographic information）を有する４３３人の被験者のインシリコヒト試験コーホート。このモデル集団は、現在知られている対立遺伝子Ｇ群の８５％超を代表する合計１５２の異なるＨＬＡ対立遺伝子を有する、民族が混合した被験者を有する。
４桁のＨＬＡ遺伝子型と人口統計情報で特徴付けられる７１８９人の被験者を含む「大集団（Big Population）」のデータベースも確立した。大集団は３２８の異なるＨＬＡクラスＩ対立遺伝子を有する。モデル集団のＨＬＡ対立遺伝子の分布は、大集団と有意に相関していた（表１６）（ピアソンｐ＜０．００１）。よって、４３３人の患者モデル集団は、１６倍大きな集団を代表している。
モデル集団は、ＨＬＡの多様性及びＨＬＡの頻度により与えられる人類の８５％を代表している。

実施例９ 複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、報告された臨床試験のＴ細胞応答率を予測する
この研究の目的は、実施例８に記載したようなモデル集団を、ワクチンのＣＴＬ応答率を予測するのに使用（例えば、インシリコ有効性試験で使用）できるかどうかを決定することであった。
被験者の亜集団でＴ細胞応答を誘導したがん抗原に由来する１２のペプチドワクチンを、論文審査がある刊行物から同定した。これらのペプチドは、合計で１７２人の患者（４つの民族）を登録した臨床試験で調査されている。ワクチンペプチドによって誘導されたＴ細胞応答は、血液検体から決定され、報告されている。臨床試験で測定された陽性のＴ細胞応答を示す研究対象のパーセントとしての免疫応答率を決定した（図７）。

実施例８に記載のモデル集団の４３３人の各被験者において、１以上のＰＥＰＩ３＋試験で１２のペプチドを調査した。各ペプチドの「１以上のＰＥＰＩ３＋スコア」は、被験者に特異的な少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ（１以上のＰＥＰＩ３＋）に結合できる少なくとも１つのワクチン由来のエピトープを有するモデル集団の被験者割合として計算された。対応する臨床試験が患者をＨＬＡ対立遺伝子で選択した集団について階層化した場合、モデル集団もまた、それぞれの対立遺伝子を有する被験者についてフィルタリングされた（filtered）（例えば：ＷＴ１、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１）。
試験から報告された実験的に決定された応答率を、１以上のＰＥＰＩ３＋スコアと比較した。対となるデータに基づき全体一致率（ＯＰＡ）を計算した（表１８）。１以上のＰＥＰＩ３＋スコアと応答率の間に線形相関関係も見い出した（Ｒ２＝０．７７）（図７）。この結果は、個体の複数のＨＬＡに結合すると予測されたペプチドの同定は、臨床試験の結果をインシリコで予測するのに有用であることを示している。

実施例１０ 複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、臨床試験ＩＩの報告されたＴ細胞応答率を予測する
ペプチド又はＤＮＡベースのワクチンで実施された、公表された免疫応答率（ＩＲＲ）を使用した１９の臨床試験を同定した（表１９）。これらの試験には、６０４人の患者（９つの民族）が関与し、腫瘍及びウイルス抗原に由来する３８のワクチンをカバーしている。ワクチン抗原特異的なＣＴＬ応答を各試験患者で測定し、臨床試験集団の応答率を計算して報告した。
１９の臨床試験の各ワクチンペプチドを、モデル集団の各被験者において、１以上のＰＥＰＩ３＋試験で調査した。各ペプチドについての１以上のＰＥＰＩ３＋スコアを、少なくとも１つのワクチン由来のＰＥＰＩ３＋を有するモデル集団の被験者の割合として計算した。試験から報告された実験的に決定した応答率を、実施例９のようにＰＥＰＩスコアと比較した（表２０）。応答率と１以上のＰＥＰＩ３＋スコアの間に、線形相関関係（Ｒ２＝０．７０）が観察された（図８）。この結果により、個体の複数のＨＬＡに結合すると予測されたペプチドの同定により、被験者のＴ細胞応答を予測することができ、インシリコ試験で臨床試験の結果を予測できることが確認された。


実施例１１ 複数のペプチドワクチン中の複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、報告された臨床試験の免疫応答率を予測する
ＩＭＡ９０１は、ヒトがん組織内に自然に存在する腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）に由来する９つのペプチドを含む腎細胞がん（ＲＣＣ）用の治療ワクチンである。進行したＲＣＣを有する合計９６人のＨＬＡ−Ａ＊０２＋被験者を、２つの独立した臨床試験（フェーズＩとフェーズＩＩ）においてＩＭＡ９０１で治療した。ＩＭＡ９０１の９つのペプチドのそれぞれは、ＨＬＡ−Ａ２拘束性エピトープとして先行技術において同定した。現在受け入れられている標準に基づくと、それらの存在は腎臓がん患者で検出されており、試験患者はペプチドのそれぞれを提示することができる少なくとも１つのＨＬＡ分子を有するように特別に選択されているため、それらは全て、試験被験者の腎臓がんに対するＴ細胞応答をブーストする強力な候補ペプチドである。
モデル集団の中の各被験者について、ＩＭＡ９０１ワクチンの９つのペプチドのうち３つ以上のＨＬＡに結合することができるペプチドの数を決定した。ＩＭＡ９０１ワクチンの各ペプチドは９ｍｅｒであるため、これはＰＥＰＩ３＋カウントに対応する。結果を、フェーズＩ及びフェーズＩＩの臨床試験にで報告された免疫応答率と比較した（表２１）。

フェーズＩ及びフェーズＩＩの研究結果は、異なる試験コーホートにおける同じワクチンに対する免疫応答の変動性を示している。しかしながら、全体として、２以上のＰＥＰＩ３＋試験により予測された応答率と、報告された臨床応答率の間には良好な一致があった。
遡及的解析において、上記の試験の臨床研究者は、ＩＭＡ９０１ワクチンの複数のペプチドに応答した被験者は、１つのペプチドのみに応答した、又は応答しなかった被験者よりも、疾患の制御（安定疾患（stable disease）、部分奏効（partial response））を経験する可能性が有意に高い（ｐ＝０．０１９）ことを見い出した。複数のペプチドに応答した８人の被験者のうち６人（７５％）は、０個及び１個のペプチドの応答者のそれぞれ１４％及び３３％とは対照的に、試験で臨床的利益を経験した。無作為化フェーズＩＩ試験では、複数のＴＵＭＡＰに対する免疫応答がより長い全生存期間と関連することが確かめられた。
ＰＥＰＩの存在はＴＵＭＡＰに対する応答者を正確に予測したため、ＩＭＡ９０１に対する臨床応答者はＴＵＭＡＰ由来の２つ以上のＰＥＰＩを提示できる可能性が高い患者である。この亜集団はＨＬＡ−Ａ＊０２で選択された患者の２７％のみにすぎず、臨床試験の結果によれば、この亜集団の７５％が臨床的利益を経験すると予測される。同じ臨床試験の結果は、患者の選択がＴＵＭＡＰ由来の３つ以上のＰＥＰＩに基づいた場合、この集団はＨＬＡ−Ａ＊０２で選択された患者集団の３％のみを代表するに過ぎないとしても、１００％の患者が臨床的利益を経験することを示唆している。これらの結果は、疾患制御率（安定疾患又は部分奏効）は、ＩＭＡ９０１臨床試験で研究された患者集団において３％と２７％の間であることを示唆している。完全奏効が存在しない場合、これらの患者の一部のみが生存の利益を経験できる。
これらの結果は、ＩＭＡ９０１のフェーズＩＩＩ臨床試験において生存率の改善が無いことを説明する。また、これらの結果は、研究集団のＨＬＡ−Ａ＊０２の富化は、ＩＭＡ９０１のフェーズＩＩＩ試験における主要な全生存期間のエンドポイント（endpoint）に到達するには十分ではないことも実証した。ＩＭＡ９０１の試験研究者が指摘したように、ペプチドワクチンに対する可能性が高い応答者を選択するためのコンパニオン診断（ＣＤｘ）の開発の必要性がある。これらの結果は、２つ以上のＴＵＭＡＰ特異的なＰＥＰＩを有する患者の選択は、ＩＭＡ９０１の有意な臨床的利益を示すのに十分な富化（enrichment）を提供し得ることも示唆している。
実施例１２ ワクチン由来の複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、報告された実験的臨床応答率を予測する
実施例８に記載のモデル集団で決定された免疫療法ワクチンの２以上のＰＥＰＩ３＋スコアと、臨床試験で決定された報告された疾患制御率（ＤＣＲ、完全奏効（complete response）及び部分奏効及び安定疾患を有する患者の比率）との間の相関関係を決定した。
公表された疾患制御率（ＤＣＲ）又は奏効率（objective response rate）（ＯＲＲ）を有する、ペプチド−及びＤＮＡ−ベースの免疫療法ワクチンを用いて実施された１７の臨床試験を、論文審査がある科学雑誌から同定した（表２２）。これらの試験には５９４人の患者（５つの民族）が関与し、２９の腫瘍及びウイルスの抗原をカバーした。臨床試験のための現在の標準である、固形腫瘍における応答評価基準（ＲＥＣＩＳＴ）に従ってＤＣＲを決定したが、臨床応答は最大の断面寸法の変化に基づいている４２、４３、４４。ＤＣＲのデータを入手できない場合には、RECISガイドラインに従って定義された、奏効率（ＯＲＲ）のデータを使用した。
表２３は、モデル集団の各ワクチンについて２以上のＰＥＰＩ３＋スコアを、公表されたＤＣＲ又はＯＲＲと比較している。予測されたＤＣＲと測定されたＤＣＲの間の相関関係が観察され、癌ワクチンの免疫原性のみならず効力も、個体の複数のＨＬＡ配列に依存する（Ｒ２＝０．７６）というさらなる証拠を提供している（図９）。


実施例１３ 腫瘍抗原由来の複数のＨＬＡ結合ペプチドのセットは、チェックポイント阻害剤免疫療法イピリムマブに対する応答者を予測する
チェックポイント阻害剤のイピリムマブで治療されたメラノーマ患者の延命効果が、該患者の腫瘍で潜在的に発現するメラノーマ特異的なＰＥＰＩ３＋の数により予測できるかどうかを決定した。
８０のメラノーマ関連抗原（ＴＡＡ）をＰＥＰＩ３＋（ＩＰＩ−ＰＥＰＩパネル：６２７つのＰＥＰＩ）から同定し、ＰＥＰＩ３＋は長期的な臨床利益を有するイピリムマブで治療されたメラノーマの患者により共有され、長期的な臨床利益を有さない患者には存在しないＰＥＰＩ３＋のパネルを、選択した。これらのＰＥＰＩ３＋は、イピリムマブにより再活性化され、患者の腫瘍細胞を攻撃する特定のＴ細胞を規定する。より多くのメラノーマ特異的なＰＥＰＩを提示できる、特定のＨＬＡ配列を有する患者は、イピリムマブにより再活性化されるより多くのＴ細胞を有し、イピリムマブ免疫療法から利益を受ける見込みがより高い。
４つの独立した臨床試験コーホートからの１６０人の患者について、イピリムマブ治療からの臨床的利益を決定した。２つのコーホートはＣＡ１８４−００７（１０ｍｇ／ｋｇイピリムマブ）及びＣＡ１８４−００２（３ｍｇ／ｋｇイピリムマブ）の試験から、２つのコーホートは１０ｍｇ／ｋｇ及び３ｍｇ／ｋｇのイピリムマブのデータセットの公開された臨床試験から得られた５、３８、３９。
各患者の６つのＨＬＡクラスＩの全てに拘束された８０のメラノーマ抗原由来のエピトープを予測し、次いで各患者の少なくとも３つのクラスＩ ＨＬＡに拘束性メラノーマ特異的なＰＥＰＩ３＋の数（４，６６８ＰＥＰＩ）を計算した。６２７のＰＥＰＩのうち少なくとも１つを有する各患者が応答者としての資格を得た。ＩＰＩ−ＰＥＰＩパネルは、１０ｍｇ／ｋｇ及び３ｍｇ／ｋｇイピリムマブの両方の全生存期間を予測した。４つの独立したコーホートにおいて、結果は高い有意性があり一貫していた（図１０）。
実施例１４ 複数のＨＬＡ結合エピトープは患者の変異性ネオアンチゲンを定義する
変異からネオアンチゲンを同定するＰＥＰＩ３＋の能力を決定した。イピリムマブで治療された１１０人のメラノーマ患者のＰＥＰＩ３＋を、公開されたエキソーム変異データ３９を使用して決定した。エキソーム変異データから、１１０人の患者からの９，５０２の抗原における変異（図１１Ａ）。試料当たりの非同義変異による荷重の中央値には大きなばらつきがあり、臨床的利益コーホートコートでは３０９（２９−４，７３８）であり、臨床的利益が最小又は無いコーホートコートでは１４７（７−５，８５４）であった。それらのエピトープ予測結果により、これらの変異は、臨床的利益コーホート及び臨床的利益が最小又は無いコ−ホートにおいて、それぞれ２１１（８−１，９５０）及び５６（２−３，４４４）のネオエピトープを有していた。
公開された変異からの変異性ＰＥＰＩ３＋ネオエピトープを決定した（図１１Ｂ及び表２４）。これらの変異により、臨床的利益コーホート及び臨床的利益が最小又は無いコーホートにおいて、それぞれ中央値で１６つのＰＥＰＩと６つのＰＥＰＩのネオエピトープが生じた。
結果から、ＰＥＰＩが、個体の中で発現した遺伝的に改変されたタンパク質に由来する変異性ネオアンチゲンを定義することが示される。かかるネオアンチゲンは、患者の体内でＴ細胞を活性化することができるＰＥＰＩ３＋ペプチドである。ＰＥＰＩ３＋を作成する個体の腫瘍細胞内で、遺伝的な改変が生じた場合、このＰＥＰＩ３＋はＴ細胞応答を誘導できる。これらのＰＥＰＩ３＋含有ペプチドは、個体の腫瘍に対する免疫応答を誘導するため、薬物（例えばワクチン、Ｔ細胞療法）に含めることができる。

実施例１５ 複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、変異性抗原を標的とするワクチンに対する報告された細胞性免疫応答率を予測する
上皮成長因子受容体変異体ＩＩＩ（ＥＧＦＲｖＩＩＩ）は、多形性膠芽腫（ＧＢＭ）及びその他の新生物で広く発現する腫瘍特異的な変異である。変異は、コドンを分割して融合接合部で新規グリシンを生成する１、２、ＥＧＦＲの細胞外ドメインから８０１ｂｐのインフレーム欠失を含む。この変異は、腫瘍形成と腫瘍細胞の移動を増加させ、放射線及び化学療法に対する耐性を強化する、構成的に活性なチロシンキナーゼをコードする３、４、５、６、７、８、９。この挿入により、正常な成人組織には見出されない腫瘍特異的なエピトープが生じ、ＥＧＦＲｖＩＩＩは抗腫瘍免疫療法のための適切な標的候補となる１０。リンドペピムット（Rindopepimut）は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ変異に追加のＣ末端システイン残基がつながった１３アミノ酸のペプチドワクチン(ＬＥＥＫＫＧＮＹＶＶＴＤＨＣ)である１１。
フェーズＩＩの臨床試験において、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）とコンジュゲートしたペプチドを、新たに診断されたＥＧＦＲｖＩＩＩを発現するＧＢＭ患者に投与した。最初の３回のワクチン接種を、放射線照射の完了から４週間後に開始して、隔週で行った。その後のワクチンを、腫瘍の進行又は死のレントゲン写真上の証拠を得るまで、毎月与えた。全てのワクチンは、鼠径部での皮内投与で与えた。免疫学的な評価では、１８人の患者のうち３人のみが、ＤＴＨ応答試験により評価された細胞性免疫応答が発生していることが示された。
リンドペピムット配列を有するモデル集団の４３３人の被験者のインシリコ試験を実施した。４３３人の被験者のうち４人がＰＥＰＩ３＋を有し、フェーズＩＩ研究で見い出された低い免疫原性を裏付けた（表２５）。

モデル集団中の被験者のＨＬＡ対立遺伝子上でのリンドペピムットのＨＬＡマップ（図１２）は、ＨＬＡ−Ａ及びＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子のごくわずかしかワクチンエピト−プに結合できないことを示し、インシリココーホートではＰＥＰＩ３＋の欠如を説明する。
最近のフェーズＩＩＩ臨床試験において、７４５人の患者が登録され、リンドペピムットとテモゾロミド（ｎ＝３７１）又はコントロールとテモゾロミド（ｎ＝３７４）の治療群（arm）に無作為に割り当てられた場合に、無効性がさらに実証された１２。中間解析の後、無効性のために試験を終了した。解析では、全生存期間に有意差が示されず：全生存期間の中央値は、リンドペピムット群では２０．１か月（９５％ＣＩ １８．５−２２．１）であったのに対して、コントロール群では２０．０か月（１８．１−２１．９）であった（ＨＲ １．０１、９５％ＣＩ ０．７９−１．３０；ｐ＝０．９３）。
実施例１５の参考文献
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実施例１６ 個体の複数のＨＬＡ結合ペプチドは免疫毒性を予測できる
トロンボポエチン（ＴＰＯ）は、多くの患者において毒性を引き起こす免疫原性の高いタンパク質薬物である。ＥｐｉＶａｘ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈは、最先端技術を使用してクラスＩＩ ＨＬＡ拘束性エピトープを同定し、ＴＰＯの最も免疫原性が高い領域はＴＰＯのＣ末端に位置していることを見い出した（米国特許出願公開番号２００４０２０９３２４Ａ１）。
本開示によれば、４００個のＨＬＡクラスＩＩの遺伝子型が同定された米国の被験者におけるＴＰＯに由来する複数のクラスＩＩ ＨＬＡ結合エピト−プ（ＰＥＰＩ３＋）が決定されたことを明らかにした。これらの個体のＰＥＰＩ３＋ペプチドのほとんどは、ＴＰＯのＮ末端領域内の１−１６５アミノ酸の間に位置していた。ＰＥＰＩ３＋は、一部の被験者ではＣ末端は散発的に同定された。しかしながら、これらの結果は最先端技術とは異なっていた。
公開された文献は開示された結果を裏付け、ＴＰＯのＮ末端に位置する免疫毒性領域の実験的証拠を示している４０、４１。ＴＰＯ薬物で治療された多くの個体において、薬物のこの領域に対する抗薬物抗体（ＡＤＡ）を作成した。これらの抗体は、薬物の治療効果を無効とするだけでなく、全身的な有害事象、すなわち抗体依存的細胞毒性（ＡＤＣＣ）及び血小板減少症、好中球減少症及び貧血に関連する補体依存的細胞毒性のような免疫毒性も引き起こした。これらのデータから、個体の複数のＨＬＡ結合ペプチドの同定が、ＴＰＯの免疫毒性を予測することを実証する。よって本開示は、薬物の毒性免疫原性領域を同定し、薬物から免疫毒性を経験する可能性が高い被験者を同定し、ＡＤＡの標的となり得るポリペプチド薬物の領域を同定し、及びＡＤＡを経験する可能性が高い被験者を同定するのに有用である。
実施例１７ 卵巣がんの治療のための個別化された免疫療法組成物
この実施例は、個別化された免疫療法組成物による卵巣がん患者の治療を説明するが、組成物は、本明細書に記載の開示に基づく患者のＨＬＡ遺伝子型に基づいて、患者のために特別に設計された。この実施例及び以下の実施例１９は、本開示が基づく細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導するための被験者の複数のＨＬＡによるエピトープの結合に関する原理を支持する臨床データを提供する。
転移性卵巣腺がん患者ＸＹＺのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ遺伝子型を唾液試料から決定した。
患者ＸＹＺのために個別化された医薬組成物を作製するために、次の２つの基準をそれぞれ満たす１３個のペプチドを選択した：（ｉ）論文審査がある科学刊行物で報告されているように、卵巣がんで発現する抗原に由来する；及び（ｉｉ）患者ＸＹＺの少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む、（表２６）。加えて各ペプチドは、患者のＨＬＡクラスＩＩの最大数に結合するように最適化される。
表１０に示すＰＥＰＩ試験の検証によれば、この免疫療法組成物中の１１個のＰＥＰＩ３ペプチドは８４％の確率で、２個のＰＥＰＩ４ペプチド（ＰＯＣ０１−Ｐ２及びＰＯＣ０１−Ｐ５）は９８％の確率でＸＹＺにおいてＴ細胞応答を誘導することができる。Ｔ細胞応答は、卵巣がんで発現する１３個の抗原を標的とした。患者ＸＹＺにおけるこれらのがん抗原の発現は試験しなかった。代わりに、がん細胞を成功裡に殺傷する確率を、患者のがん細胞での抗原発現の確率及び、１ ＰＥＰＩ３＋試験(AGPカウント)の陽性的中率に基づいて決定した。ＡＧＰカウントは、被験者におけるワクチンの有効性を予測する：ＰＥＰＩを有する患者の腫瘍（卵巣腺がん）で発現するワクチン抗原の数。ＡＧＰカウントは、ワクチンが認識し、患者の腫瘍に対するＴ細胞応答を誘導する（標的に的中する）腫瘍抗原の数を示す。ＡＧＰカウントは、被験者の腫瘍におけるワクチン抗原の発現率と、被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存する。正しい値は、０（発現した抗原によりＰＥＰＩが提示されていない）と、抗原の最大数（全ての抗原が発現しＰＥＰＩを提示する）の間でなければならない。
患者ＸＹＺが１２個の抗原の１個以上を発現するであろう確率を、図１３に示す。ＡＧＰ９５＝５、ＡＧＰ５０＝７．９、ｍＡＧＰ＝１００％、ＡＰ＝１３。
個体の少なくとも３つのＨＬＡに結合できる少なくとも２つのポリペプチド断片（エピト−プ）のワクチン又は免疫療法組成物中の存在(２ ＰＥＰＩ３＋)は、臨床応答を予測すると決定されたため、患者ＸＹＺのための医薬組成物は、１３個のペプチド（表２６）のうち少なくとも２個からなってもよい。ペプチドは合成され、薬学的に許容可能な溶媒に溶解され、注射の前にアジュバントと混合される。少なくとも２つのペプチドワクチンによる個別化された免疫療法を受けることが患者には望ましいが、がん細胞を殺傷する確率を高めて再発の可能性を減らすことがより好ましい。
患者ＸＹＺの治療のために、１２個のペプチドを、４×３／４ペプチド（ＰＯＣ０１／１、ＰＯＣ０１／２、ＰＯＣ０１／３、ＰＯＣ０１／４）として製剤化した。１回の治療サイクルは、１３個全てのペプチドを３０日以内に投与するものと規定された。
患者の病歴：
診断：転移性卵巣腺がん
年齢：５１
家族の既往歴：結腸がんと卵巣がん（母親）、乳がん（祖母）
腫瘍の病理
ＢＲＣＡＩ−１８５ｄｅｌＡＧ、ＢＲＡＦ−Ｄ５９４Ｙ、ＭＡＰ２Ｋ１−Ｐ２９３Ｓ、ＮＯＴＣＨＩ−Ｓ２４５０Ｎ
・２０１１：卵巣腺がんの最初の診断；ウェルトへイム（Wertheim）手術と化学療法；リンパ節除去
・２０１５：心膜脂肪組織における転移、切除
・２０１６：肝臓転移
・２０１７：後腹膜及び腸間膜のリンパ節が進行した；少量の腹水を伴う初期腹膜癌
過去の治療
・２０１２：パクリタキセル−カルボプラチン（６×）
・２０１４：カエリクス（caelyx）−カルボプラチン（１×）
・２０１６−２０１７（９か月）：リムパーザ（Lymparza）（オラパリブ）２×４００ｍｇ／日、経口
・２０１７：ハイカムチン注入 ５×２．５ｍｇ（３×１シリーズ／月）
２０１７年４月２１日にＰＩＴワクチン治療の開始

患者の腫瘍ＭＲＩ所見（基準日 ２０１６年４月１５日）
・疾患は主として肝臓とリンパ節に限られていた。ＭＲＩの使用は肺(pulmonary)転移の検出を制限する。
・２０１６年５月−２０１７年１月：オラパリブ治療
・２０１６年１２月２５日（ＰＩＴワクチン治療前）：ＦＵ２で得られた応答の確認により腫瘍量が劇的に減少した
・２０１７年１月−３月：ＴＯＰＯプロトコール（トポイソメラーゼ）
・２０１７年４月６日：ＦＵ３は、既存の病変の再成長と疾患の進行に至る新たな病変の出現を示した
・２０１７年４月２１日：ＰＩＴ開始
・２０１７年７月２１日（ＰＩＴの２回目のサイクル後）：ＦＵ４は病変の継続的な成長、脾臓の全般的な拡大、及び腹水の増加を伴う異常な膵傍シグナル（para pancreatic signal）を示した
・２０１７年７月２６日：ＣＢＰ＋Ｇｅｍ＋アバスチン
・２０１７年９月２０日（ＰＩＴの３回目のサイクル後）：ＦＵ５は病変成長の反転及び膵臓／膵傍シグナルの改善を示した。この所見は偽進行（pseudo progression）を示唆する
・２０１７年１１月２８日（ＰＩＴの４回目のサイクルの後）：ＦＵ６は、非標的病変の解決と共に最良の応答を示した
患者ＸＹＺのＭＲＩのデータを表２８及び図１４に示す。

実施例１８ 乳がんの治療のための個別化された免疫療法組成物の設計
転移性乳がん患者ＡＢＣのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩの遺伝子型を唾液試料から決定した。患者ＡＢＣのための個別化された医薬組成物を作製するために、それぞれ次の２つの基準を満たす１２個のペプチドを選択した：（ｉ）論文審査がある科学刊行物で報告されているような乳がんで発現する抗原に由来；及び（ｉｉ）患者ＡＢＣの少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む（表２９）。さらに、各ペプチドは、患者のＨＬＡクラスＩＩの最大数に結合するように最適化する１２個のペプチドは１２個の乳がん抗原を標的とする。患者ＡＢＣが１２個の抗原の１個以上を発現するであろう確率を図１５に示す。

予測される効力：ＡＧＰ９５＝４；ＰＩＴワクチンがＢＲＣ０９の乳がん細胞で発現する４つのＣＴＡに対するＣＴＬ応答を誘導する９５％の可能性。追加の効力パラメーター：ＡＧＰ５０＝６．３、ｍＡＧＰ＝１００％、ＡＰ＝１２。
１２個全てのペプチドの初回ワクチン接種後に検出された効力：腫瘍代謝活性の８３％の低下（ＰＥＴ ＣＴデータ）
患者ＡＢＣの治療のために、１２個のペプチドを、４×３ペプチド（ＰＢＲ０１／１、ＰＢＲ０１／２、ＰＢＲ０１／３、ＰＢＲ０１／４）として製剤化した。１回の治療サイクルを、３０日以内に１２個の異なるペプチドワクチンを全て投与することと定義した。
患者の病歴
診断：両側性転移性乳がん：右乳房はＥＲ陽性、ＰＲ陰性、Ｈｅｒ２陰性であり；左乳房はＥＲ、ＰＲ、及びＨｅｒ２陰性である。
最初の診断：２０１３年（ＰＩＴワクチン治療の４年前）
２０１６年：横隔膜の上下両方にリンパ節転移を伴う広範な転移性疾患。複数の肝臓及び肺転移。
２０１６年−２０１７年治療：エトロゾール、イブランス（パルボシクリブ）及びゾラデックス
結果
２０１７年３月７日：ＰＩＴワクチン治療の前
総胆管の起点の真の外因性圧迫及び肝内胆管全体の大規模な拡張を伴う、肝臓の多発性転移疾患。腹腔、肝門、及び後腹膜の腺症。
２０１７年５月２６日：ＰＩＴの１サイクルの後
検出された効力：肝臓、肺リンパ節、及びその他の転移での腫瘍代謝活性（ＰＥＴ ＣＴ）の８３％減少。
検出された安全性：皮膚応答
ワクチン投与後４８時間以内の注射部位での局所的な炎症
追跡調査：
ＲＢＣ−０９を５サイクルのＰＩＴワクチンで治療した。彼女は非常に気分がよく、２０１７年９月にＰＥＴ ＣＴ検査を拒否した。１１月に彼女は症状を示し、ＰＥＴ ＣＴスキャンにより進行性疾患が示されたが、彼女は全ての治療を拒否した。加えて彼女の腫瘍医は、彼女がパルボシクリブを春／夏以降服用していなかったことを見い出した。患者ＡＢＣは２０１８年１月に死亡した。
パルボシクリブ（pablocyclib）と個別化されたワクチンの組み合わせは、ワクチンの投与後に観察された顕著な初期応答の原因である可能性が高かった。パルボシクリブは、ＨＬＡによるＣＴＡ提示を増加させ、Ｔｒｅｇの増殖を減少させることにより、免疫療法の活性を改善することが示されている（Goel et al. Nature. 2017:471-475）。最大の効果を得るための最新の療法へのアドオンとしてＰＩＴワクチンを使用してもよい。
実施例１９ 末期の転移性乳がん患者の治療のための個別化された免疫療法組成物
患者ＢＲＣ０５は、右乳房に広範囲のがん性リンパ管炎（lymphangiosis carcinomatose）を有する炎症性乳がんと診断された。炎症性乳がん（ＩＢＣ）は稀であるが、局所的に進行した乳がんの攻撃的な形態である。その主症状は腫れと発赤であるため、炎症性乳がんと呼ばれる（乳房はしばしば炎症を起こしているように見える）。ほとんどの炎症性乳がんは、侵襲性の腺管がんである（乳管で発生）。この型の乳がんは、危険性が高いヒトパピローマウイルスのがんタンパク質の発現と関連している１。実際、この患者の腫瘍でＨＰＶ１６のＤＮＡが診断された。
２０１１年の患者のステージ（ＰＩＴワクチン治療の６年前）
Ｔ４：胸壁及び／又は皮膚への直接的な拡張を有する任意の大きさの腫瘍（潰瘍又は皮膚結節）
ｐＮ３ａ：１０以上の腋窩リンパ節への転移（少なくとも１つの２．０ｍｍ超の腫瘍沈着；又は鎖骨下リンパ（レベルＩＩＩの腋窩リンパ）節への転移
１４つのワクチンペプチドを患者ＲＢＣ０５のために設計して調製した（表３０）。集団発現データに基づいて、ペプチドＲＢＲＣ０５−Ｐ０１−Ｐ１０をこの患者のために作製した。表２９の最後の３つのペプチド（ＳＳＸ−２、ＭＯＲＣ、ＭＡＧＥ−ＢＩ）は、この患者の腫瘍で発現が直接測定された抗原から設計した。

Ｔ細胞応答は、ペプチドＰＢＲＣ０５＿Ｐ１、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ２、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ３、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ４、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ５、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ６、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ７の混合物による初回ワクチン接種の２週間後に末梢単核細胞の細胞を測定した。

結果から、７つのペプチドによる単回の免疫接種は、７つのペプチドのうち３つに対して強力なＴ細胞応答を誘導することが示され、強力なＭＡＧＥ−Ａ１１、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＦＳＩＰＩ及びＭＡＧＥ−Ａ９に特異的なＴ細胞応答を示す。ＡＫＡＰ４とＮＹ−ＢＲ−１に対する弱い応答があり、ＳＰＡＧ９に対する応答はなかった。
実施例２０ 早期転移性乳がん患者の治療のための個別化された免疫療法組成物
病歴：２０１１年に新生物のために左胸部を切除。治療：アロマターゼ阻害剤及び腰椎放射線照射（骨メット（osseal mets））
２０１７年、ＰＩＴワクチン治療が施される前に、転移性病変が右側の第５肋骨の腹側弓（ventral bow）及び右側の第３肋骨で観察された。左乳房では再発性悪性腫瘍を除外する必要がある。右乳房には転移性の右腋窩リンパ節伴う悪性腫瘍が存在し得る。

患者は２サイクルのＰＩＴワクチンを受けた。
実施例２１ 毒性の特性解析−ｉｍｍｕｎｏＢＬＡＳＴ
自己免疫などの有害な免疫応答を誘発する可能性を決定するために、任意の抗原に対して行う方法を開発した。該方法を本明細書ではｉｍｍｕｎｏＢＬＡＳＴと言う。
ポリＰＥＰＩ１０１８は、６つの３０ｍｅｒのポリペプチドを含む。各ポリペプチドはＣＲＣで発現する抗原に由来する２つの１５ｍｅｒペプチド断片からなる。ネオエピトープは、２つの１５ｍｅｒペプチドの接続領域で生成される可能性があり、健康な細胞に対する望ましくないＴ細胞応答（自己免疫）を誘導し得る。ｉｍｍｕｎｏＢＬＡＳＴの方法論を使用してこれを評価した。
ポリＰＥＰＩ１０１８の３０ｍｅｒの各成分に関する１６ｍｅｒのペプチドを設計した。各１６ｍｅｒは、３０ｍｅｒの最初の１５残基の末端から８つのアミノ酸と、３０ｍｅｒの第２の１５残基の始点から８つのアミノ酸を含み、よって２つの１５ｍｅｒの接続領域に正確に広がる。次いで、これらの１６ｍｅｒを解析し、タンパク質配列を配列データベースと比較して一致の統計学的な有意性を計算するＢＬＡＳＴ（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）を用いて、ヒト配列と部分的に類似する交差反応領域を同定した。８ｍｅｒはペプチドがエピトープを形成するために必要とされる最小の長さを表し、ＨＬＡ結合中のアンカーポイント間の距離であるため、１６ｍｅｒの中の８ｍｅｒを試験長として選択した。
図１６に示すように、ポリペプチド内のアミノ酸の位置に番号付けをした。ＨＬＡに結合しネオエピトープを形成できる潜在的な９ｍｅｒペプチドの開始位置は、８位〜１５位の８アミノ酸である。薬学的に活性なエピトープを形成できる１５ｍｅｒに含まれる腫瘍抗原由来のペプチドの開始位置は、１位〜７位と１６位−２２位での７＋７＝１４アミノ酸である。可能性のあるネオエピトープ生成ペプチドの比率は３６．４％（８／２２）である。
ＰＥＰＩ３＋試験を使用して、接続領域の９ｍｅｒエピトープ中でネオエピトープとネオＰＥＰＩを同定した。ポリＰＥＰＩ１０１８が望まれないＴ細胞応答を誘導する危険性を、接続領域の９ｍｅｒ中のＰＥＰＩ３＋を有する被験者の割合を決定することにより、モデル集団の４３３人の被験者で評価した。ネオエピト−プ／ネオＰＥＰＩ解析の結果を表３３に要約する。モデル集団の４３３人の被験者の中で、細胞内プロセシングにより生成され得ると平均予想エピトープの数は、４０．１２であった。ネオエピトープは頻繁に生成された；４０．１２のうちの１１．６１（２８．９％）のエピトープはネオエピトープである。ほとんどのペプチドをネオエピトープとして同定することができたが、ネオエピトープを提示する被験者の数は様々であった。
ポリＰＥＰＩ１０１８が有するエピト−プは、平均で５．２１のＰＥＰＩ３＋を作成する。これらのＰＥＰＩは、被験者のＴ細胞を活性化できる。潜在的なネオＰＥＰＩの量は、ネオエピトープよりもはるかに少なかった（３．７％）。一部の被験者では、これらのネオＰＥＰＩがＴ細胞活性化に関してＰＥＰＩと競合する可能性が僅かにある。重要なことに、活性化されたネオＰＥＰＩ特異的なＴ細胞は、健康な組織に標的を有さなかった。



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Claims (64)

  1. ポリペプチド又はポリペプチドの断片が特定のヒト被験者に対して免疫原性であるかどうかを予測する方法であって、
    （ｉ）該ポリペプチドが
    （ａ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列；又は
    （ｂ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列、
    を含むかどうかを決定する工程；及び
    （ｉｉ）Ａ．該ポリペプチドが工程（ｉ）の要件を満たす少なくとも１つの配列を含む場合には、該ポリペプチドは該被験者に対して免疫原性であること；又は
    Ｂ．該ポリペプチチドが工程（ｉ）の要件を満たす少なくとも１つの配列を含まない場合には、該ポリペプチチドは該被験者に対して免疫原性ではないことを予測する工程、
    を含む方法。
  2. ポリペプチドの断片が特定のヒト被験者に対して免疫原性であると同定する方法であって、
    （ｉ）該ポリペプチドが
    （ａ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列；又は
    （ｂ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列、
    を含むことを決定する工程；及び
    （ｉｉ）前記配列を、該被験者に対して免疫原性であるポリペプチドの断片として同定する工程、
    を含む方法。
  3. Ｔ細胞エピトープが該被験者の少なくとも２個のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができ、該ポリペプチドの９個の連続するアミノ酸からなる、又はＴ細胞エピトープが該被験者の少なくとも２個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができ、該ポリペプチドの１５個の連続するアミノ酸からなる、請求項１又は請求項２に記載の方法。
  4. 工程（ｉ）が、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列をポリペプチドが含むことを決定する工程を含む、先行する請求項のいずれか１項に記載の方法。
  5. 工程（ｉ）が、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を該ポリペプチドが含むことを決定する工程を含む、先行する請求項のいずれか１項に記載の方法。
  6. 工程（ｉ）が、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を該ポリペプチドが含むことを決定することを含む、請求項１から３のいずれか１項に記載の方法。
  7. 該被験者の少なくとも１つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの断片を同定する工程をさらに含み、該ＨＬＡクラスＩＩ結合エピトープがＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープのアミノ酸配列を含む、請求項４又は請求項５に記載の方法。
  8. 該ポリペプチドが病原生物、ウイルス、若しくはがん細胞により発現されるか、自己免疫疾患に関連するか、又はアレルゲンであるか、又は医薬組成物の成分である、先行する請求項のいずれか１項に記載の方法。
  9. 該ポリペプチドが表２から６に列挙された抗原から選択される、先行する請求項のいずれか１項に記載の方法。
  10. 該ポリペプチドががん細胞により発現される抗原又はネオアンチゲンであり、任意選択で該がん細胞、抗原又はネオアンチゲンは該被験者から採取された試料中に存在する、先行する請求項のいずれか１項に記載の方法。
  11. 該ポリペプチドは変異性のネオアンチゲンであり、任意選択で
    （ａ）該ネオアンチゲンは該被験者から得られた試料中に存在し；及び／又は
    （ｂ）該免疫原性の断片がネオアンチゲンに特異的な変異を含む、
    先行する請求項のいずれか１項に記載の方法。
  12. 該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの全ての断片、及び／又は少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの全ての断片が同定される、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法であって、任意選択で該方法が、特定の医薬組成物の有効成分である各ポリペプチドに対して繰り返される、方法。
  13. １つ以上のポリペプチド、又は有効成分として1つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物若しくはキットの投与に対して、該被験者が細胞傷害性Ｔ細胞応答又はヘルパーＴ細胞応答を示すかどうかを予測する工程をさらに含み、
    Ａ．該ポリペプチドが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列を含む場合には、細胞傷害性Ｔ細胞応答が予測され；
    Ｂ．該ポリペプチドが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列を含む場合には、ヘルパーＴ細胞応答が予測され；
    Ｃ．該ポリペプチドが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである如何なるアミノ酸配列も含まない場合には、細胞傷害性Ｔ細胞応答が予測されない；又は、
    Ｄ．該ポリペプチドが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである如何なるアミノ酸配列も含まない場合には、ヘルパーＴ細胞応答が予測されない、
    先行する請求項のいずれか１項に記載の方法。
  14. 該被験者は細胞傷害性Ｔ細胞応答及び／又はヘルパーＴ細胞応答を示すと予測される、請求項１３に記載の方法であって、該被験者で発現するポリペプチド抗原を標的とする、細胞傷害性Ｔ細胞応答及び／又はヘルパーＴ細胞応答を該被験者が示すであろう可能性を決定する工程をさらに含み、
    （ｉ）（ａ）該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；かつ
    （ｂ）該ポリペプチドのアミノ酸配列に含まれる
    アミノ酸配列を含む１つ以上のポリペプチド抗原を同定する工程、及び
    （ｉｉ）工程（ｉ）で同定された1つ以上のポリペプチド抗原についての集団発現頻度のデータを用いて、該被験者で発現するポリペプチド抗原を標的とする細胞傷害性Ｔ細胞応答及び／又はヘルパーＴ細胞応答を、該被験者が示すであろう可能性を決定する工程、
    を含む、請求項１３に記載の方法。
  15. 該ポリペプチドが医薬組成物の成分であり、該ポリペプチドの投与後に該被験者が抗薬物抗体（ＡＤＡ）を発生させるであろう可能性を決定する工程であって、予測されたヘルパーＴ細胞応答はＡＤＡのより高い可能性に相当し、予測されないヘルパーＴ細胞応答はＡＤＡのより低い可能性に対応する、工程を含む、請求項１３に記載の方法。
  16. 該ポリペプチドがチェックポイント阻害剤である、請求項１５に記載の方法。
  17. 有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して、該被験者が臨床応答を示すかどうかを予測する工程をさらに含み、１つ以上の有効成分のポリペプチドが、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、少なくとも２つの異なるアミノ酸配列を共に含むかどうかを決定する工程；及び
    Ａ．１個以上の有効成分のポリペプチドが、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、少なくとも２つの異なる配列を共に含む場合には、該被験者は、該医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して臨床応答を示すこと；又は
    Ｂ．１つ以上の有効成分のポリペプチドが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである１個以下の配列を共に含む場合には、該被験者は、該医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して臨床応答を示さないこと
    を予測する工程を含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  18. 少なくとも２つの異なるアミノ酸配列が、有効成分のポリペプチドにより標的化される２つの異なるポリペプチド抗原のアミノ酸配列に含まれる、請求項１７に記載の方法。
  19. 特定のヒト被験者が、有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して臨床応答を示すであろう可能性を決定する工程をさらに含み、１つ以上の下記の因子；
    （ａ）有効成分のポリペプチドにおける、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、より多数のアミノ酸配列及び／又は異なるアミノ酸配列の存在；
    （ｂ）Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び、
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含む、より多数の標的ポリペプチド抗原であって、任意選択で該標的ポリペプチド抗原は該被験者で発現され、さらに任意選択で該標的ポリペプチド抗原が該被験者から得られた1つ以上の試料中に存在する、標的ポリペプチド抗原、
    （ｃ）該被験者が標的ポリペプチド抗原を発現するより高い確率であって、任意選択で該標的ポリペプチド抗原の閾値の数であり、及び／又は任意選択で
    Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された標的ポリペプチド抗原である、確率；及び／又は、
    （ｄ）該被験者が発現すると予測されるより多数の標的ポリペプチド抗原、任意選択で該患者が閾値確率で発現するより多数の標的ポリペプチド抗原、及び／又は、任意選択で
    Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された標的ポリペプチド抗原、
    が臨床応答のより高い可能性に対応する、請求項1〜１４、１７及び１８のいずれか１項に記載の方法。
  20. 特定のヒト被験者が、有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して臨床応答を示すであろう可能性を決定する工程を含み、
    （ｉ）有効成分のポリペプチドによって標的化されるどのポリペプチド抗原が、
    Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者であるアミノ酸配列を含むかを同定する工程、
    （ｉｉ）工程（ｉ）において同定された各抗原についての集団発現頻度のデータを用いて、該被験者が、工程（ｉ）の少なくとも２つの異なるアミノ酸配列を共に含む、工程（ｉ）で同定された１つ以上の抗原を発現する確率を決定する工程；及び
    （ｉｉｉ）該被験者が、該医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して臨床応答を示すであろう可能性を決定する工程であって、工程（ｉｉ）で決定されたより高い確率が臨床応答の可能性がより高いことに対応する、工程、
    を含む、請求項1〜１４、及び１７〜１９のいずれか１項に記載の方法。
  21. 工程（ｉｉ）が、工程（ｉ）で同定された各抗原についての集団発現データを用いて、該被験者が、工程（ｉ）の少なくとも２つの異なるアミノ酸配列を共に含む、工程（ｉ）で同定された２つ以上の抗原を発現する確率を決定する工程を含む、請求項２０に記載の方法。
  22. 少なくとも２つの異なるアミノ酸配列が、有効成分のポリペプチドにより標的化される２つの異なるポリペプチド抗原のアミノ酸配列に含まれる、請求項２１に記載の方法。
  23. １つ以上の下記の因子つ；
    （ａ）有効成分のポリペプチドにおける、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、より多数のアミノ酸配列及び／又は異なるアミノ酸配列の存在；
    （ｂ）Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含む、より多数の標的ポリペプチド抗原であって、任意選択で該標的ポリペプチド抗原は該被験者で発現され、任意選択で該標的ポリペプチド抗原は該被験者から得られた1つ以上の試料中に存在する、標的ポリペプチド抗原；
    （ｃ）ｉ．Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列、及び
    ｉｉ．Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列、
    を含む、より多数の標的ポリペプチド抗原；
    （ｄ）該被験者が
    Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び、
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列をつ含むと決定された標的ポリペプチド抗原を発現するより高い確率、任意選択で該標的ポリペプチド抗原の閾値の数；
    （ｅ）該被験者が
    ｉ．Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列、及び
    ｉｉ．Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された標的ポリヌクレオチド抗原を発現するより高い確率、任意選択で該標的ポリペプチド抗原の閾値の数；
    （ｆ）該被験者が発現すると予測されるより多数の標的ポリペプチド抗原、任意選択で該被験者が閾値確率で発現し、かつ
    Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された、より多数の標的ポリペプチド抗原；及び／又は、
    （ｇ）該被験者が発現すると予測されるより多数の標的ポリペプチド抗原、任意選択で該被験者が閾値確率で発現し、かつ
    ｉ．Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列、及び
    ｉｉ．Ａ．有効成分ポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された、より多数の標的ポリヌクレオチド抗原；
    が、臨床応答のより高い可能性にさらに対応する、請求項１９〜２２のいずれか１項に記載の方法。
  24. １つ以上のさらなる医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルに対して前記方法を繰り返す工程、及び、該組成物、キット又はポリペプチドのパネルを、該被験者において臨床応答を誘導する可能性によりランク付けする工程をさらに含む、請求項１９〜２３のいずれか１項に記載の方法。
  25. 該ポリペプチド、医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与が該被験者において有害な免疫応答を誘導するかどうかを予測する工程をさらに含み、
    （ａ）該ポリペプチドが、
    ｉ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができる；及び
    ｉｉ．健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する、
    少なくとも１つのアミノ酸配列をつ含み、
    かつ有害な免疫応答が予測される；又は
    （ｂ）該ポリペプチドが、
    Ａ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができる；及び
    Ｂ．健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する、
    如何なるアミノ酸配列も含まず、
    かつ有害な免疫応答が予測されない、
    請求項１〜２４のいずれか１項に記載の方法。
  26. 特定のヒト被験者の治療のために、該被験者に対して免疫原性であると同定されたポリペプチド断片を含むポリペプチド、又は免疫原性であるか若しくは細胞傷害性Ｔ細胞応答若しくはヘルパーＴ細胞応答を誘導すると予測されたポリペプチド、又は臨床応答を誘導すると予測された医薬組成物、キット若しくはポリペプチドのパネル、又は該被験者において有害な免疫応答を誘導しない若しくはＡＤＡを誘導しないと予測されたポリペプチド若しくは医薬組成物の、該被験者への投与療法を選択又は推奨する工程をさらに含む、先行する請求項のいずれか１項に記載の方法。
  27. １つ以上の選択若しくは推奨されたポリペプチド、又は医薬組成物、又は１つ以上のキットのポリペプチド若しくはポリペプチドのパネルのポリペプチドを該被験者に投与する工程をさらに含む、請求項２６に記載の方法。
  28. 治療を必要とするヒト被験者の治療方法であって、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法を用いて、該被験者において、免疫原性であると同定されたポリペプチド断片を含むポリペプチド、若しくは免疫原性であると予測されたポリペプチド、若しくは細胞傷害性Ｔ細胞応答若しくはヘルパーＴ細胞応答を誘導すると予測されたポリペプチド若しくは医薬組成物、若しくは臨床応答を誘導すると予測された医薬組成物、キット若しくはポリペプチドのパネル、若しくは臨床応答を誘導する最小の可能性の閾値を示すと決定された医薬組成物、キット若しくはポリペプチドのパネル、若しくは有害な免疫応答若しくはＡＤＡの発生を誘導しないと予測されたポリペプチド若しくは医薬組成物、又は請求項２６に記載の方法を用いて該被験者の治療のために選択若しくは推奨された１つ以上のポリペプチド若しくは医薬組成物、を該被験者に投与する工程を含む、方法。
  29. 該ポリペプチドは該被験者における自己免疫疾患又は自己免疫応答と関連するか若しくは関連すると疑われ、該ポリペプチドが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含むと決定することにより、該ポリペプチド及び／又は断片が該被験者において、免疫原性であるか又は自己免疫疾患若しくは自己免疫応答に関連していると同定する、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
  30. 該被験者が、がんを治療するためにチェックポイント阻害剤の投与に対して臨床応答を示すかどうかを予測する工程をさらに含み、１つ以上のがん関連抗原が、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも２つの異なるアミノ酸配列を共に含むかどうかを決定する工程、及び
    Ａ．１つ以上のがん関連抗原が、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、少なくとも２つの異なる配列を共に含む場合には、該被験者はチェックポイント阻害剤の投与に対して臨床応答を示すこと；又は、
    Ｂ．１つ以上のがん関連抗原が、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、１つ以下の配列を共に含む場合には、該被験者はチェックポイント阻害剤の投与に対して臨床応答を有さないこと、
    を予測する工程を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
  31. 該被験者ががんを治療するためのチェックポイント阻害剤の投与に対して臨床応答を示すであろう可能性を決定する工程をさらに含み、
    （ｉ）該被験者のがんの種類に関連する複数のポリペプチド抗原を選択する工程；
    （ｉｉ）前記がん関連抗原のどれが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含むかを同定する工程；及び
    （ｉｉｉ）工程で同定された各がん関連抗原についての集団発現データを用いて、がんを治療するためのチェックポイント阻害剤の投与に対して該被験者が臨床応答を示すであろう可能性を決定する工程であって、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも２つのアミノ酸配列を共に含む、工程（ｉｉ）で同定された１つ以上のがん関連抗原を該被験者が発現する高い確率が、該被験者が臨床応答の可能性がより高いこと対応する、工程、
    を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
  32. 該被験者の治療のためにチェックポイント阻害剤の投与を選択又は推奨する工程をさらに含む、請求項３０又は請求項３１に記載の方法。
  33. 該被験者へチェックポイント阻害剤を投与する工程をさらに含む、請求項３２に記載の方法。
  34. 治療を必要とするヒト被験者の治療方法であって、該被験者にチェックポイント阻害剤を投与する工程を含み、該被験者が、請求項３０又は請求項３１に記載の方法によるチェックポイント阻害剤の投与に対して応答するか又は応答する可能性が高いと予測されている、方法。
  35. 該被験者は有害な免疫応答若しくはＡＤＡの発生を示す、又は細胞傷害性Ｔ細胞応答若しくはヘルパーＴ細胞応答若しくは臨床応答を有さない、又はチェックポイント阻害剤による治療に応答しない、と予測されており、該被験者のために異なる治療を選択する工程又は推奨する工程をさらに含む、請求項１３、１５〜１８、及び３０のいずれか１項に記載の方法。
  36. 特定のヒト被験者の治療方法における使用のための、該ヒト被験者に特異的な医薬組成物又はキット又はポリペプチドのパネルを設計又は調製する方法であって、
    （ｉ）ポリペプチドの断片を選択する工程であって、断片は請求項２〜１１のいずれか１項の方法により該被験者に対して免疫原性であると同定された、工程；
    （ｉｉ）工程（ｉ）で選択された断片がＨＬＡクラスＩ結合エピトープである場合、任意選択で該ポリペプチドのより長い断片を選択する工程であって、より長い断片は、
    ａ．工程（ｉ）で選択された断片を含み；及び
    ｂ．該被験者のＨＬＡクラスＩＩ分子の少なくとも３つ又は最も可能性の高いＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、工程；
    （ｉｉｉ）該ポリペプチドの最大５０個の連続するアミノ酸の第１の配列を選択する工程であって、連続するアミノ酸は工程（ｉ）において選択された断片又は工程（ｉｉ）で選択されたより長い断片のアミノ酸配列を含む、工程；
    （ｉｖ）工程（ｉ）から（ｉｉｉ）を繰り返し、第１のアミノ酸配列と同一又は異なるポリペプチドの、最大５０個の連続するアミノ酸の第２のアミノ酸配列を選択する工程；
    （ｖ）任意選択で工程（ｉ）から（ｉｉｉ）をさらに繰り返し、第１と第２のアミノ酸配列と同一又は異なるポリペプチドの、最大５０個の連続するアミノ酸配列の１つ以上の追加のアミノ酸配列を選択する工程；及び
    （ｖｉ）先行する工程で選択された全てのアミノ酸配列を共に有する、１つ以上のポリペプチドを有効成分として有する、被験者に特異的な医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルを設計又は調製する工程であって、任意選択で１つ以上又は各配列が、該ポリペプチドの配列の一部ではない追加のアミノ酸によりＮ末端及び／又はＣ末端に隣接している、工程
    を含む方法。
  37. 各ポリペプチドが、選択されたアミノ酸配列の１つからなるか、又は単一のペプチド内で端と端とを並べて配置された若しくは重複して配置された２つ以上の選択されたアミノ酸配列を含むか若しくは２つ以上の選択されたアミノ酸配列からなるかのいずれかである、請求項３６に記載の方法。
  38. 単一のポリペプチド内で端と端とを並べて配置された、選択されたアミノ酸配列の任意の２つの間の接合部で形成された全てのネオエピト−プが、
    （ｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
    （ｉｉ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は
    （ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の両方の要件を満たす、
    ネオエピト−プのアミノ酸配列を含むポリペプチドを除去するためにスクリーニングされる、請求項３７に記載の方法。
  39. （ｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；又は
    （ｉｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当し、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、
    アミノ酸配列を含むポリペプチドを除去するために１つ以上のポリペプチドがスクリーニングされる、請求項３６〜３８のいずれか１項に記載の方法。
  40. 特定のヒト被験者において免疫応答を誘導する方法における使用のための、請求項３６〜３９のいずれか１項に記載の方法により該被験者のために設計又は調製されたヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルであって、該組成物又はキットは、任意選択で少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネル。
  41. 治療を必要とする特定のヒト被験者の治療方法における使用のための、ヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルであって、該組成物、キット又はパネルは第１及び第２のペプチド、並びに任意選択で1つ以上の追加のペプチドを有効成分として含み、各ペプチドは、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、第１、第２及び任意の追加のペプチドのＴ細胞エピトープのアミノ酸配列は互いに異なり、かつ該医薬組成物又はキットは任意選択で少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネル。
  42. 治療を必要とする特定のヒト被験者の治療方法における使用のための、ヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルであって、該組成物又はキットは第１の領域及び第２の領域、並びに任意選択で１つ以上の追加の領域を含むポリペプチドを有効成分として含み、各領域は、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、第１、第２及び任意の追加の領域のＴ細胞エピトープのアミノ酸配列は互いに異なり、かつ該医薬組成物又はキットは任意選択で少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネル。
  43. １つ以上の又はそれぞれのペプチド又は領域は、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む、請求項４１又は請求項４２に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  44. １つ以上の又はそれぞれのペプチド又は領域は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む、請求項４１〜４３のいずれか１項に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  45. １つ以上の又はそれぞれのペプチド又は領域は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む、請求項４１〜４４のいずれか１項に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  46. １つ以上の又はそれぞれのペプチド又は領域は、該被験者の少なくとも１つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、該ＨＬＡクラスＩＩ結合Ｔ細胞エピトープは、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む、請求項４４又は請求項４５に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  47. １つ以上の又はそれぞれのペプチド又は領域が、ポリペプチドの最大５０個の連続するアミノ酸の配列を含み、該ポリペプチドが病原生物、ウイルス又はがん細胞によって発現され、自己免疫疾患に関連するか又はアレルゲンであり、該配列は、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ又はクラスＩＩ分子に結合することができるペプチド又は領域のＴ細胞エピトープを含み、任意選択で１つ以上の又はそれぞれのポリペプチドの配列は、該ポリペプチドのアミノ酸配列の一部ではない追加のアミノ酸によりＮ末端及び／又はＣ末端に隣接している、請求項４１〜４６のいずれか１項に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  48. １つ以上のポリペプチドが表２〜６に列挙された抗原から選択される、請求項４１〜４７のいずれか１項に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  49. ポリペプチドががん細胞により発現される抗原又はネオアンチゲンであり、任意選択で該がん細胞が該被験者から採取された試料中に存在する、請求項４１〜４８のいずれか１項に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  50. 該ポリペプチドが変異性のネオアンチゲンであり、任意選択で該ネオアンチゲンは該被験者から採取された試料中に存在し；及び／又は該Ｔ細胞エピトープはネオアンチゲン特異的な変異をそれぞれ含む、請求項４１〜４９のいずれか１項に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  51. 最大５０個の連続するアミノ酸の２つ以上の又はそれぞれのポリペプチド配列が、異なるポリペプチドに由来する、請求項４７〜５０のいずれか１項に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  52. 最大５０個の連続アミノ酸の１つ以上の又はそれぞれの配列が、
    （ａ）該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み；及び
    （ｂ）該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子、又は（ａ）のＨＬＡクラスＩ結合エピトープを含む配列に対して最も可能性の高い該被験者のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである
    アミノ酸配列を含む、請求項４７〜５１のいずれか１項に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  53. １つ以上の又はそれぞれのポリペプチドが、
    （ａ）ポリペプチドに由来する最大５０個の連続するアミノ酸の１つの配列のからなり、該ポリペプチドは病原生物、ウイルス又はがん細胞により発現され、自己免疫疾患に関連するか又はアレルゲンであるか；又は、
    （ｂ）単一のペプチド内で端と端とを並べて配置された若しくは重複して配置された最大５０個の連続するアミノ酸の２つ以上の配列を含むか若しくは２つ以上の配列からなるか
    のいずれかである、請求項４７〜５２に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  54. １つ以上のペプチドが、単一のペプチド内で端と端とを並べて配置された前記アミノ酸配列の任意の２つの間の結合部にまたがり、かつ
    （ｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
    （ｉｉ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は
    （ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の両方の要件を満たす
    如何なるネオエピトープも含まない、請求項５３に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  55. １つ以上のポリペプチドが、
    （ｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；又は
    （ｉｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当し、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、
    如何なるアミノ酸配列も含まない、請求項４１〜５４のいずれか１項に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット又はパネル。
  56. 請求項４１〜５５のいずれか１項に記載の、ヒト被験者に特異的な医薬組成物又はキットのポリペプチド又はポリペプチドのパネルを治療を必要とするヒト被験者に投与する工程を含む治療方法であって、該医薬組成物、キット又はパネルは該被験者に特異的であり、任意選択で該方法はがんの治療のためのものである、方法。
  57. 治療が、化学療法、標的療法又はチェックポイント阻害剤と組み合わせて施される、請求項２８、３４及び５６のいずれか１項に記載の治療方法。
  58. 特定のヒト被験者において免疫応答を誘導するためのポリペプチドを設計又は調製するための方法であって、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を選択する工程、及び該選択されたアミノ酸配列を含むポリペプチドを設計又は調製する工程を含む、方法。
  59. （ａ）特定のヒト被験者において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導するためのポリペプチドを設計又は調製する方法であって、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を選択する工程、及び該選択されたアミノ酸配列を含むポリペプチドを設計又は調製する工程を含む、方法；又は
    （ｂ）ヘルパーＴ細胞応答を誘導するためのポリペプチドを設計又は調製する方法であって、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を選択する工程、及び該選択されたアミノ酸配列を含むポリペプチドを設計又は調製する工程を含む、方法
    である、請求項５８に記載の方法。
  60. 該ポリペプチドを該被験者に投与する工程をさらに含む、請求項５８又は請求項５９に記載の方法。
  61. 被験者において免疫応答を誘導する方法であって、請求項５８又は請求項５９に記載の方法によって設計されたポリペプチドを被験者に投与する工程を含む、方法。
  62. 特定のヒト被験者において免疫応答を誘導する方法であって、請求項５８又は請求項５９に記載の方法によってペプチドを設計又は調製する工程、及び該ペプチドを該被験者に投与する工程を含む、方法。
  63. （ａ）被験者のクラスＩ及び／又はクラスＩＩ ＨＬＡ遺伝子型、及び１つ以上の試験ポリペプチドのアミノ酸配列を含むデータを貯蔵するように構成された貯蔵モジュール；及び
    （ｂ）該被験者の複数のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができる、及び／又は該被験者の複数のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができる、１つ以上の試験ポリペプチドのアミノ酸配列を同定及び／又は定量するように構成された計算モジュール
    を含むシステム。
  64. （ｃ）（ｉ）１つ以上のポリペプチドが被験者に対して免疫原性であるかどうかの予測；又は該被験者に対して免疫原性であると予測された１つ以上のポリペプチドの１つ以上の断片の配列；
    （ｉｉ）１つ以上のポリペプチド又は１つ以上のポリペプチドを有効成分として含む１つ以上の医薬組成物の投与に対して、個体が免疫応答を示すかどうかの予測；
    （ｉｉｉ）１つ以上のポリペプチドを有効成分として含む１つ以上の医薬組成物を被験者へ投与することを含む治療方法に対して、該被験者が臨床応答を示すかどうかの予測；
    （ｉｖ）１つ以上のポリペプチドを有効成分として含む１つ以上の医薬組成物の投与に対して被験者が臨床応答を示すであろう可能性；
    （ｖ）１つ以上のポリペプチド又は１つ以上のポリペプチドを含む１つ以上の医薬組成物の投与が、被験者において有害な免疫応答を誘導するかどうかの予測；
    （ｖｉ）１つ以上のポリペプチドが被験者における自己免疫疾患に関連していることの予測；
    （ｖｉｉ）チェックポイント阻害剤の投与に対して被験者が臨床応答を示すかどうかの予測；
    （ｖｉｉｉ）1つ以上のポリペプチド及び／又は１つ以上の医薬組成物の投与により被験者が治療されるべきか否かの推奨、
    を表示するように構成された出力モジュール
    をさらに含む、請求項６３に記載の貯蔵システム。
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