WO2023017768A1 - 情報処理システム及び情報処理方法 - Google Patents

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rna data
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真吾 高橋
雄希 田中
広祐 尾上
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日本電気株式会社
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    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids

Definitions

  • the present invention relates to an information processing system and an information processing method.
  • cancer vaccine therapy cancer immunotherapy
  • a “peptide vaccine” is known as one of cancer vaccine treatments.
  • Peptide vaccines contain antigens that are cancer markers. When this antigen is directly injected into the body, the human immune system detects abnormalities and attacks the antigen, which is a marker of cancer, to kill cancer cells.
  • WO 2005/010001 also discloses methods for identifying fragments of a polypeptide that are immunogenic for a particular human subject and methods for preparing personalized pharmaceutical compositions containing such polypeptide fragments.
  • peptide vaccines Since the type and number of mutated peptides called "neoantigens" differ from patient to patient, it is necessary to produce peptide vaccines from genetic mutations in the patient's cancer tissue individually for each patient. The peptide vaccine must be delivered to the patient before the patient's disease progresses, but since this production is made-to-order, if there is a mistake in one of the multiple processes, it will be necessary to repeat the process. Therefore, there is a problem of delay in provision to patients.
  • fragmented DNA (DeoxyriboNucleic Acid) data is output through pre-analysis and analysis processes before creating a vaccine recipe.
  • the pre-analytical process includes, for example, sample collection, formalin fixation, preparation of histopathological specimens, confirmation of tumor cell ratio, determination of histopathological specimens for genetic testing, and nucleic acid extraction from confirmed specimens.
  • the analysis process includes, for example, library preparation, replication by PCR (Polymerase Chain Reaction), sequencing, and data output.
  • the output data of the sequencer is a collection of data that collects many fragments of DNA/RNA data affected by the fragmentation applied in library preparation.
  • the result of the output data of the sequencer is not constant due to the influence of the pre-analysis process and the analysis process. In particular, it is affected by the quality of the input DNA sample, variations in the PCR process, and accuracy of sequencing. Normally, we ensure the quality of output data by implementing validation, internal accuracy control, and external accuracy control based on the quality control standards established for each process. However, there is a problem that the poor quality may be discovered at the end of the process, and if the vaccine needs to be redone, the production of the vaccine will be delayed and the delivery to the patient will be delayed.
  • autoimmune diseases may also be treated with similar neoantigens, and there are similar problems in personalized medicine for autoimmune diseases.
  • the present invention has been made in view of the above problems, and aims to provide an information processing system and an information processing method that make it possible to suppress delays in manufacturing vaccines for personalized medicine.
  • An information processing system is an information processing system that outputs DNA/RNA data for synthesis used for synthesizing mutant peptides derived from cancer gene mutations, and comprising: using the quality data output from the first sequencer to diagnose the sequence quality of the first fragmented DNA/RNA data output from the first sequencer for the sample extracted from the tissue of the first a first diagnostic unit that determines at least one piece of diagnostic data; A second diagnostic unit that diagnoses using the quality data output from and determines at least one second diagnostic data representing a diagnostic result, and the first diagnostic data based on the first diagnostic data and the second diagnostic data an output unit for outputting the DNA/RNA data for synthesis from the fragmented DNA/RNA data and the second fragmented DNA/RNA data.
  • An information processing system is the information processing system according to the first aspect, wherein the first diagnosis unit includes the quality data output from the first sequencer and the first determining the first diagnostic data by diagnosing the sequence quality of the first fragmented DNA/RNA data using quality information of a pre-analysis process performed before sequencing by a sequencer; and diagnosing the sequence quality of the second fragmented DNA/RNA data using the quality data output from the second sequencer plus the quality information of a pre-analysis process performed prior to sequencing of the second sequencer. to determine the second diagnostic data.
  • An information processing system is the information processing system according to the first or second aspect, wherein the output unit, based on the first diagnostic data and the second diagnostic data, The first fragmented DNA/RNA data and the second fragmented DNA/RNA data may be switched and output as the synthetic DNA/RNA data.
  • An information processing system is the information processing system according to the first or second aspect, wherein the output unit, based on the first diagnostic data and the second diagnostic data, A part of the first fragmented DNA/RNA data and a part of the second fragmented DNA/RNA data may be combined and output as the synthetic DNA/RNA data.
  • An information processing system is an information processing system that outputs DNA/RNA data for synthesis used for synthesizing mutant peptides derived from cancer gene mutations, comprising: The first fragmented DNA/RNA data output by the first sequencer for the sample extracted from the tissue of the target patient and the second fragmented DNA/RNA data output by the second sequencer for the sample extracted from the tissue of the target patient An output unit for combining RNA data and outputting it as DNA/RNA data for synthesis is provided.
  • An information processing system is the information processing system according to the fifth aspect, wherein the output unit, when outputting the DNA/RNA data for synthesis, outputs the DNA/RNA data for synthesis. Along with the RNA data, diagnostic data including the priority of said mutant peptides may be output.
  • An information processing system is an information processing system for outputting DNA/RNA data for synthesis for synthesizing mutant peptides derived from cancer gene mutations, wherein First fragmented DNA/RNA data output by the first sequencer for the extracted sample, Second fragmented DNA/RNA data output by the second sequencer for the sample extracted from the target patient's tissue, and a large number of bases in corresponding order of the third fragmented DNA/RNA data output by the third sequencer for the sample extracted from the tissue of the target patient, and determining each base in order. and an output for determining DNA/RNA data for use.
  • An information processing method is an information processing method for outputting DNA/RNA data for synthesis for synthesizing mutant peptides derived from cancer gene mutations, wherein Diagnosing the sequence quality of the first fragmented DNA/RNA data output by the first sequencer for the extracted sample using the quality data output from the first sequencer, and first diagnostic data representing the diagnosis result and determining the sequence quality of the second fragmented DNA/RNA data output by the second sequencer for the sample extracted from the tissue of the target patient. and determining at least one piece of second diagnostic data representing a diagnostic result; and the first fragmented DNA/RNA data and the second and outputting the DNA/RNA data for synthesis from the fragmented DNA/RNA data.
  • An information processing method is an information processing method for outputting DNA/RNA data for synthesis for synthesizing mutant peptides derived from cancer gene mutations, wherein The first fragmented DNA/RNA data output by the first sequencer for the extracted sample and the second fragmented DNA/RNA data output by the second sequencer for the sample extracted from the tissue of the target patient It has a procedure for combining and outputting as DNA/RNA data for synthesis.
  • An information processing method is an information processing method for outputting DNA/RNA data for synthesis used for synthesizing mutant peptides derived from cancer gene mutations, wherein the subject patient
  • the first fragmented DNA/RNA data output by the first sequencer for the sample extracted from the tissue of the target patient, the second fragmented DNA/RNA data output by the second sequencer for the sample extracted from the tissue of the target patient Determining bases in corresponding order of the RNA data and the third fragmented DNA/RNA data output by the third sequencer for the sample extracted from the tissue of the target patient. have procedures for determining DNA/RNA data for synthesis.
  • the possibility of outputting high-quality DNA/RNA data for synthesis is improved in order to synthesize mutant peptides, and rework due to deterioration of the quality of DNA/RNA data for synthesis is suppressed.
  • delays in manufacturing personalized cancer vaccines can be suppressed.
  • FIG. 2 is a schematic diagram showing an example of the manufacturing process of a personalized cancer vaccine.
  • 1 is a schematic block diagram of an information processing system according to a first embodiment
  • FIG. 4A and 4B are schematic diagrams showing processing of an output unit according to the first embodiment
  • FIG. 9 is a schematic diagram showing processing of an output unit according to modification 1 of the first embodiment
  • FIG. 7 is a schematic block diagram of an information processing system according to Modification 2 of the first embodiment
  • FIG. 11 is a schematic block diagram of an information processing system according to a second embodiment
  • FIG. FIG. 11 is a schematic block diagram of an information processing system according to a third embodiment;
  • Fig. 1 is a schematic diagram showing an example of the manufacturing process of a personalized cancer vaccine.
  • Step S10 First, a cancer tissue is excised from a target patient by surgery by a doctor, and a DNA/RNA sample is extracted from this cancer tissue or tissue specimen.
  • Step S20 Next, the DNA/RNA sample is transported and stored, for example, at a vendor.
  • the vendor has a next-generation sequencer.
  • Step S30 Next, the genome of the DNA/RNA sample is read by the next-generation sequencer, and DNA/RNA data for synthesis used to synthesize a mutant peptide (that is, neoantigen) derived from cancer gene mutation is output. be done.
  • Step S40 Next, a personalized cancer vaccine recipe is created from the DNA/RNA data for synthesis.
  • Step S50 Next, a personalized cancer vaccine is manufactured from the created recipe.
  • Step S60 Next, the manufactured personalized cancer vaccine is transported and stored at the hospital.
  • Step S70 A personalized cancer vaccine is injected into the target patient.
  • the present embodiment provides an information processing system and an information processing method for suppressing deterioration of the quality of DNA/RNA data for synthesis.
  • the sequencer is parallelized, and the output data is integrated based on the diagnosis function for diagnosing the operation log and/or the output quality data including the quality information for each process before analysis.
  • quality data includes, for example, depth of coverage (target area), uniformity of coverage (target area), GC bias, Ti/ Tv ratio (Transition/transversion ratio), Base call quality scores, Mapping quality, Duplicate read success rate and removal of duplicate reads, Read single base including at least one of First base read success, Decline in signal intensity, Strand bias.
  • the ⁇ Ct value ( ⁇ Cq), DIN value, Q-value, DV200, etc. may be used as nucleic acid quality (mainly evaluating the degree of fragmentation).
  • FIG. 2 is a schematic block diagram of the information processing system according to the first embodiment.
  • the information processing system 1 outputs synthesis DNA/RNA data used to synthesize mutant peptides derived from cancer gene mutations, and includes a processor 10 .
  • the processor 10 functions as a first diagnosis section 11, a second diagnosis section 12, and an output section 13 by loading a program into a memory (not shown) and executing a series of instructions included in the program.
  • the first sequencer 21 is, for example, a next-generation sequencer, performs genome sequencing on a sample extracted from a cancer tissue of a target patient, and generates first fragmented DNA/RNA data and quality data indicating the quality of the genome sequence. .
  • the first sequencer 21 may have HLA typing capabilities.
  • the second sequencer 22 is, for example, a next-generation sequencer, genome-sequences a sample extracted from a cancer tissue of a target patient, and obtains second fragmented DNA/RNA data and quality data indicating the quality of the genome sequence. to generate
  • the first diagnostic unit 11 acquires first fragmented DNA/RNA data and quality data from the first sequencer 21 .
  • the first diagnosis unit 11 determines the sequence quality of the first fragmented DNA/RNA data output by the first sequencer for the sample extracted from the tissue of the target patient, using the quality data output from the first sequencer. and determine at least one piece of first diagnostic data representing the diagnostic result.
  • the second diagnostic unit 12 acquires second fragmented DNA/RNA data and quality data from the second sequencer 22 .
  • the second diagnosis unit 12 determines the sequence quality of the second fragmented DNA/RNA data output from the second sequencer for the sample extracted from the tissue of the target patient, using the quality data output from the second sequencer. and determine at least one piece of second diagnostic data representing the diagnostic result.
  • the output unit 13 acquires the first fragmented DNA/RNA data from the first sequencer 21, acquires the second fragmented DNA/RNA data from the second sequencer 22, and acquires the first diagnostic data from the first diagnostic unit 11. Second diagnostic data is acquired from the second diagnostic unit 12 .
  • the output unit 13 outputs the DNA/RNA data for synthesis from the first fragmented DNA/RNA data and the second fragmented DNA/RNA data based on the first diagnostic data and the second diagnostic data. do.
  • FIG. 3A is a schematic diagram showing processing of the output unit according to the first embodiment.
  • the output unit 13 generates the first fragmented DNA/RNA data and the second fragmented DNA based on the first diagnostic data and the second diagnostic data. /RNA data is switched and output as the DNA/RNA data for synthesis. More specifically, the output unit 13 determines which of the first fragmented DNA/RNA data and the second fragmented DNA/RNA data is appropriate based on the first diagnostic data and the second diagnostic data, Switch output.
  • the output unit 13 may output only the fragmented DNA/RNA data for which the number of excellent indicators among the indicators set in the diagnostic data is greater than the set threshold. According to this configuration, since fragmented DNA/RNA data with many excellent indices are output for synthesizing mutant peptides, rework due to deterioration in the quality of synthetic DNA/RNA data is suppressed. It is possible to suppress delays in the production of cancer vaccines.
  • FIG. 3B is a schematic diagram illustrating processing of an output unit according to Modification 1 of the first embodiment; FIG. As shown in FIG. 3B, the output unit 13 outputs a portion of the first fragmented DNA/RNA data and the second fragmented DNA/RNA data based on the first diagnostic data and the second diagnostic data. A part may be combined and output as the DNA/RNA data for synthesis.
  • the output unit 13c may output a predetermined number of pieces of fragmented DNA/RNA data in descending order of the index.
  • the output unit 13c calculates the frequency of fragmented data included in the output data of both the first sequencer 21 and the second sequencer 22 (that is, the first fragmented DNA/RNA data and the second fragmented DNA/RNA data). It may be analyzed and the cross-sectional data may be output in descending order of frequency.
  • FIG. 4 is a schematic block diagram of an information processing system according to Modification 2 of the first embodiment.
  • the information processing system 1b of FIG. 4 differs from the information processing system 1 of FIG. 2 in the processing of the processor 10b. It is changed to the diagnostic part 12b.
  • the first diagnostic unit 11b acquires an operation log including quality information of the pre-analysis process.
  • the first diagnostic unit uses the quality data output from the first sequencer 21 and the quality information of the pre-analysis process performed before the sequencing of the first sequencer 21 to generate the first fragmented DNA/RNA data. to determine the first diagnostic data by diagnosing and diagnosing the sequence quality of . Specifically, for example, if the quality data satisfies the first criterion and the quality information satisfies the second criterion, the first diagnosis unit 11b diagnoses that the quality is good; otherwise, the quality is judged to be bad. A determination may be made to determine first diagnostic data representing diagnostic results.
  • the second diagnostic unit 12b acquires an operation log including quality information of the pre-analysis process.
  • the second diagnosis unit 12b diagnoses the second fragmented DNA using the quality data output from the second sequencer 22 and the quality information of the pre-analysis process performed before the sequencing of the second sequencer 22. / Diagnosing the sequence quality of the RNA data to determine the second diagnostic data. Specifically, for example, if the quality data satisfies the first criterion and the quality information satisfies the second criterion, the second diagnosis unit 12b diagnoses that the quality is good; otherwise, the quality is judged to be bad. A determination may be made to determine first diagnostic data representing diagnostic results.
  • the output unit 13 filters output data doubled by combining the first fragmented DNA/RNA data and the second fragmented DNA/RNA data based on the first diagnostic data and the second diagnostic data. You may limit the amount of DNA/RNA data for synthesis output by . This filter may use at least one or more of the following statistics: number limit, greater or lesser diagnostic data value per read, read duplication, and the like.
  • FIG. 5 is a schematic block diagram of an information processing system according to the second embodiment.
  • the information processing system 1c includes a processor 10c.
  • the processor 10c functions as an output unit 13c by loading a program into a memory (not shown) and executing a series of instructions included in the program.
  • the output unit 13c outputs the first fragmented DNA/RNA data output by the first sequencer for the sample extracted from the target patient's tissue and the second sequencer for the sample extracted from the target patient's tissue.
  • the resulting second fragmented DNA/RNA data are combined and output as synthetic DNA/RNA data.
  • the output unit 13c may combine both data and output as double data.
  • the output unit 13c may, for example, compare both output data, and if the difference is small, combine both data and output as double data.
  • the output unit 13c may output diagnostic data including the priority of the mutant peptide (neoantigen) together with the DNA/RNA data for synthesis.
  • the priority may be determined based on the quality information and/or the quality data, and the higher the quality, the higher the priority may be set. According to this configuration, high-quality DNA/RNA data for synthesis is preferentially used for synthesizing mutant peptides. It is possible to suppress delays in the production of cancer vaccines.
  • the number of parallels is 2, but the number of parallels may be 3 or more, and the number of parallels may be determined by the amount of samples collected by surgery. good.
  • FIG. 6 is a schematic block diagram of an information processing system according to the third embodiment.
  • the information processing system 1d includes a processor 10d.
  • the processor 10d functions as an output unit 13d by loading a program into a memory (not shown) and executing a series of instructions contained in the program.
  • the output unit 13d acquires the first fragmented DNA/RNA data from the first sequencer 21.
  • the output unit 13 d also acquires the second fragmented DNA/RNA data from the second sequencer 22 .
  • the output unit 13 d also acquires the third fragmented DNA/RNA data from the third sequencer 23 .
  • the output unit 13d outputs the first fragmented DNA/RNA data output by the first sequencer with respect to the sample extracted from the tissue of the target patient, and the second sequencer outputs with respect to the sample extracted from the tissue of the target patient. and the third fragmented DNA/RNA data output by the third sequencer for the sample extracted from the tissue of the subject patient. Determine the DNA/RNA data for synthesis by determining the sequence of bases.
  • autoimmune diseases can also be treated with similar neoantigens, and a similar embodiment can be applied to personalized medicine for autoimmune diseases.
  • At least part of the information processing system 1 described in the above embodiment may be configured by hardware or may be configured by software.
  • a program that implements at least part of the functions of the information processing system 1 may be stored in a computer-readable recording medium and read and executed by a computer.
  • the recording medium is not limited to a detachable one such as a magnetic disk or an optical disk, and may be a fixed recording medium such as a hard disk device or memory.
  • a program that implements at least part of the functions of the information processing system 1 may be distributed via a communication line (including wireless communication) such as the Internet.
  • the program may be encrypted, modulated, or compressed and distributed via a wired line or wireless line such as the Internet, or stored in a recording medium and distributed.
  • the information processing system 1 may be operated by one or more information devices.
  • one of them may be a computer, and the computer may implement a function as at least one means of the information processing system 1 by executing a predetermined program.
  • all processes may be automatically controlled by a computer.
  • progress control between steps may be manually performed.
  • at least a part of all steps may be performed manually.
  • the present invention is not limited to the above-described embodiments as they are, and can be embodied by modifying the constituent elements without departing from the gist of the present invention at the implementation stage. Further, various inventions can be formed by appropriate combinations of the plurality of constituent elements disclosed in the above embodiments. For example, some components may be omitted from all components shown in the embodiments. Furthermore, components across different embodiments may be combined as appropriate.

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Abstract

患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を当該第１シーケンサから出力された品質データを用いて診断し、診断結果を表す第１診断データを少なくとも一つ決定する第１診断部と、当該対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を第２シーケンサから出力された品質データを用いて診断し、診断結果を表す第２診断データを少なくとも一つ決定する第２診断部と、当該第１診断データと当該第２診断データを踏まえて、当該第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと当該第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータから、当該合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する出力部と、を有する。

Description

情報処理システム及び情報処理方法
　本発明は、情報処理システム及び情報処理方法に関する。
　従来、既存の医薬品は予め製造されて薬局に保管されており、医師の処方箋に応じて患者に処方されてきた。近年、患者さんの体質や病気の特徴にあった薬（以下、個別化薬という）が患者に投与されつつある。
　これまでのがん医療では、肺がん、大腸がん、乳がんといったがんの種類別に治療や薬が選ばれていた。しかし、２０００年代に入り、がんの原因となっている分子（タンパク質）やその基となる遺伝子の解明が進み、このような分子や遺伝子などに働く「分子標的薬」を使うことができるようになってきた。分子標的薬からさらに発展して、患者個別の分子や遺伝子を対象にした治療法も発展している。ここでがんの種類だけではなく、遺伝子変異などのがんの特徴に合わせて、一人一人に適した治療を行うことを、「個別化治療」と呼ぶ。従来、がんの遺伝子情報に基づく「個別化治療」は、主に、少数の遺伝子を調べる「がん遺伝子検査」と、多数の遺伝子を同時に調べる「がん遺伝子パネル検査」に基づいて行われてきた。
　近年、更に「人間が本来もつ免疫の力でがん細胞を攻撃、排除する」というがん免疫療法を用いた治療（以下、がんワクチン治療という）が進んでいる。がんワクチン治療の一つとして「ペプチドワクチン」が知られている。ペプチドワクチンは、がんの目印である抗原を含む。この抗原を直接体内に注射すると、人間が本来持っている免疫機能が異常を察知し、がんの目印である抗原をターゲットに攻撃してがん細胞を死滅させるしくみである。
　近年、各患者のがんの遺伝子変異のすべてが簡単に分かる時代になり、がんの免疫療法において、その遺伝子変異により新たに生じる「ペプチド」の重要性がクローズアップされている。このペプチドは、「ネオアンチゲン」と呼ばれる変異ペプチドである。それらがヒト白血球抗原（Human Leukocyte Antigen：HLA）に乗ってがん細胞の表面に出ると、それらは正常細胞の表面にはないペプチドであるから、細胞障害性Ｔ細胞（Cytotoxic T lymphocyte：CTL）はそれを敵とみなし、がん細胞を殺せることが明らかとなってきた。
今では、「ネオアンチゲン」を使った個別化のがんワクチン療法が、がんの治療法や再発予防法として有効かどうかを確かめる臨床試験が、欧米で行われている。また特許文献１では、特定のヒト被験者に対して免疫原性であるポリペプチドの断片を同定する方法や当該ポリペプチド断片を含む個別化された医薬組成物の調製方法が開示されている。
特表２０２０－５１０６９８号公報
　「ネオアンチゲン」と呼ばれる変異ペプチドは患者個々によって種類も数も異なるため、患者毎に個別に、患者のがん組織の遺伝子変異からペプチドワクチンを生産する必要がある。患者の病気が進行する前にペプチドワクチンを患者に届けなければならないが、この生産は受注生産になるため、複数の工程のうち一つの工程でミスがあると、もう一度、その工程を繰り返す必要があるので、患者への提供が遅れるという問題がある。
　ペプチドワクチンの生産工程では、ワクチンレシピの作成前に、分析前プロセス及び分析プロセスを経て、断片化されたＤＮＡ（DeoxyriboNucleic Acid）データが出力される。ここで、分析前プロセスは例えば、検体採取、ホルマリン固定、病理組織標本作成、腫瘍細胞比率の確認、遺伝子検査用病理組織標本の確定、確定標本からの核酸抽出を含む。分析プロセスは例えば、ライブラリ調整、ＰＣＲ（Polymerase Chain Reaction）による複製、シーケンシング、データ出力を含む。シーケンサの出力データは、ライブラリ調整において施される断片化の影響を受け、ＤＮＡ／ＲＮＡデータの多数の断片を集めたデータの集合体である。
　シーケンサの出力データは、分析前プロセスと分析プロセスの影響によって結果が一定にならない。特に、入力されるＤＮＡサンプルの品質、ＰＣＲ工程のバラつき、シーケンシングの精度の影響を受ける。通常、プロセスごとに設けられた品質管理基準にもとづき、バリデーション、内部精度管理、外部精度管理を実施することで、出力データの品質を担保する。しかしながら、工程の最後に品質が悪いことが発覚することもあり、再度のやり直しが発生した場合に、ワクチン製造が遅れ、患者への提供が遅れるという問題がある。
　なお、がんワクチンだけでなく、自己免疫疾患も同様なネオアンチゲンでの治療の可能性があり、自己免疫疾患の個別化医療においても同様の問題がある。
　本発明は、上記問題に鑑みてなされたものであり、個別化医療用のワクチンの製造の遅延を抑制することを可能とする情報処理システム及び情報処理方法を提供することを目的とする。
　本発明の第１の態様に係る情報処理システムは、がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するために使用される合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理システムであって、対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を当該第１シーケンサから出力された品質データを用いて診断し、診断結果を表す第１診断データを少なくとも一つ決定する第１診断部と、前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を第２シーケンサから出力された品質データを用いて診断し、診断結果を表す第２診断データを少なくとも一つ決定する第２診断部と、前記第１診断データと前記第２診断データを踏まえて、前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータから、前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する出力部と、を備える。
　この構成によれば、変異ペプチドを合成するために、品質が良い合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータが出力される可能性が向上し、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータの品質悪化に伴うやり直しを抑制するので、個別化がんワクチンの製造の遅延を抑制することができる。
　本発明の第２の態様に係る情報処理システムは、第１の態様に係る情報処理システムであって、前記第１診断部は、前記第１シーケンサから出力された品質データに加えて前記第１シーケンサのシーケンスの前に実施される分析前プロセスの品質情報を用いて前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を診断して前記第１診断データを決定し、前記第２診断部は、前記第２シーケンサから出力された品質データに加えて前記第２シーケンサのシーケンスの前に実施される分析前プロセスの品質情報を用いて前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を診断して前記第２診断データを決定してもよい。
　本発明の第３の態様に係る情報処理システムは、第１または第２の態様に係る情報処理システムであって、前記出力部は、前記第１診断データと前記第２診断データを踏まえて、前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを切り替えて前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力してもよい。
　本発明の第４の態様に係る情報処理システムは、第１または第２の態様に係る情報処理システムであって、前記出力部は、前記第１診断データと前記第２診断データを踏まえて、前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの一部と前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの一部を組み合わせて前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力してもよい。
　本発明の第５の態様に係る情報処理システムは、がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するために使用される合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理システムであって、対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを結合して合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力する出力部を備える。
　本発明の第６の態様に係る情報処理システムは、第５の態様に係る情報処理システムであって、前記出力部は、前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する際に、当該合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとともに、前記変異ペプチドの優先順位を含む診断データを出力してもよい。
　本発明の第７の態様に係る情報処理システムは、がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するための合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理システムであって、対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、及び前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第３シーケンサが出力した第３断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの対応する順番の塩基同士を多数決してそれぞれの順番の塩基を決定することにより、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを決定する出力部を備える。
　本発明の第８の態様に係る情報処理方法は、がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するための合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理方法であって、対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を当該第１シーケンサから出力された品質データを用いて診断し、診断結果を表す第１診断データを少なくとも一つ決定する手順と、対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を第２シーケンサから出力された品質データを用いて診断し、診断結果を表す第２診断データを少なくとも一つ決定する手順と、前記第１診断データと前記第２診断データを踏まえて、前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータから、前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する手順と、を有する。
　本発明の第９の態様に係る情報処理方法は、がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するための合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理方法であって、対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを結合して合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力する手順を有する。
　本発明の第１０の態様に係る情報処理方法は、がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するために使用される合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理方法であって、対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、及び前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第３シーケンサが出力した第３断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの対応する順番の塩基同士を多数決してそれぞれの順番の塩基を決定することにより、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを決定する手順を有する。
　本発明の一態様によれば、変異ペプチドを合成するために、品質が良い合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータが出力される可能性が向上し、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータの品質悪化に伴うやり直しを抑制するので、個別化がんワクチンの製造の遅延を抑制することができる。
個別化がんワクチンの製造工程の一例を示す模式図である。 第１の実施形態に係る情報処理システムの概略ブロック図である。 第１の実施形態に係る出力部の処理を示す模式図である。 第１の実施形態の変形例１に係る出力部の処理を示す模式図である。 第１の実施形態の変形例２に係る情報処理システムの概略ブロック図である。 第２の実施形態に係る情報処理システムの概略ブロック図である。 第３の実施形態に係る情報処理システムの概略ブロック図である。
　以下、各実施形態について、図面を参照しながら説明する。但し、必要以上に詳細な説明は省略する場合がある。例えば、既によく知られた事項の詳細説明や実質的に同一の構成に対する重複説明を省略する場合がある。これは、以下の説明が不必要に冗長になるのを避け、当業者の理解を容易にするためである。
　図１は、個別化がんワクチンの製造工程の一例を示す模式図である。
　（ステップＳ１０）まず医師による手術によって対象患者からがん組織が切除され、このがん組織または組織標本からＤＮＡ／ＲＮＡサンプルを抽出する。
　（ステップＳ２０）次にＤＮＡ／ＲＮＡサンプルが輸送され、例えばベンダーで保管される。ここでベンダーは次世代シーケンサを保有している。
　（ステップＳ３０）次に次世代シーケンサによってＤＮＡ／ＲＮＡサンプルのゲノムが読み込まれ、がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチド（すなわちネオアンチゲン）を合成するために使用される合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータが出力される。
　（ステップＳ４０）次に、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータから、個別化がんワクチンのレシピが作成される。
　（ステップＳ５０）次に、作成されたレシピから、個別化がんワクチンが製造される。
　（ステップＳ６０）次に、製造された個別化がんワクチンが輸送され病院で保管される。
　（ステップＳ７０）対象患者に個別化がんワクチンが注射される。
　ここで合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータの品質が悪化すると、再度、ステップＳ２０のサンプルの輸送からやり直す必要があり、個別化がんワクチンの製造が遅れるという問題がある。この問題に対して、本実施形態では、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータの品質の悪化を抑制するための情報処理システム及び情報処理方法を提供する。
　＜第１の実施形態：出力切替＞
　本実施形態では、シーケンサを並列化し、分析前のプロセスごとの品質情報を含む動作ロ及び／または出力の品質データを診断する診断機能を踏まえて、出力データを統合する。ここで品質データは例えば、カバレッジ（標的領域）のデプス（読み取り深度）（Depth of coverage）、カバレッジ（標的領域）の均一性・網羅性（Uniformity of coverage）、GCバイアス（GC bia）、Ti/Tv比（Transition/transversion ratio）、ベースコール品質スコア（Base call quality scores）、マッピングの品質（Mapping quality）、重複リードの割合と除去（Duplicate read success rate and removal of duplicate reads）、リードの１塩基目の成功率（First base read success）、シグナルインテンシティの減衰（Decline in signal intensity）、DNA鎖間のバイアス（Strand bias）を少なくとも一つを含む。
　検体採取においては、FFPE検体を使用することが望ましく、温虚血時間（血流停止から摘出まで）、冷虚血時間 （摘出から固定まで）が重要である。
　抽出核酸の品質基準については、核酸の品質（主に断片化の程度を評価）として、ΔCt値（ΔΔCq）、DIN 値、Q-value、DV200などを用いてもよい。
　ライブラリの品質基準については、ライブラリ調製後、適切な品質チェックを行い、シークエンス解析に進んで良いかどうかを判断するために予め指標を設定してもよい。この指標として、DNA量、フラグメントサイズを用いてもよい。
　図２は、第１の実施形態に係る情報処理システムの概略ブロック図である。図２に示すように、情報処理システム１は、がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するために使用される合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力するものであり、プロセッサ１０を備える。プロセッサ１０は、プログラムをメモリ（図示せず）にロードし、当該プログラムに含まれる一連の命令を実行することによって、第１診断部１１、第２診断部１２、出力部１３として機能する。
　第１シーケンサ２１は例えば次世代シーケンサであり、対象患者のがん組織から抽出されたサンプルをゲノムシーケンスして、第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと当該ゲノムシーケンスの品質を示す品質データを生成する。第１シーケンサ２１はＨＬＡタイピング機能を有してもよい。
　同様に、第２シーケンサ２２は例えば次世代シーケンサであり、対象患者のがん組織から抽出されたサンプルをゲノムシーケンスして、第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと当該ゲノムシーケンスの品質を示す品質データを生成する。
　第１診断部１１は、第１シーケンサ２１から第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと品質データを取得する。第１診断部１１は、対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を当該第１シーケンサから出力された品質データを用いて診断し、診断結果を表す第１診断データを少なくとも一つ決定する。
　第２診断部１２は、第２シーケンサ２２から第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと品質データを取得する。第２診断部１２は、前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を第２シーケンサから出力された品質データを用いて診断し、診断結果を表す第２診断データを少なくとも一つ決定する。
　出力部１３は、第１シーケンサ２１から第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを取得し、第２シーケンサ２２から第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを取得し、第１診断部１１から第１診断データを取得し、第２診断部１２から第２診断データを取得する。出力部１３は、前記第１診断データと前記第２診断データを踏まえて、前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータから、前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する。
　この構成によれば、変異ペプチドを合成するために、品質が良い合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータが出力される可能性が向上し、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータの品質悪化に伴うやり直しを抑制するので、個別化がんワクチンの製造の遅延を抑制することができる。
　図３Ａは、第１の実施形態に係る出力部の処理を示す模式図である。第１の実施形態では、図３Ａに示すように、出力部１３は、前記第１診断データと前記第２診断データを踏まえて、前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを切り替えて前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力する。より詳細には、出力部１３は、第１診断データと第２診断データに基づき、第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータのどちらが適切なデータなのかを判断し、出力を切り替える。
　具体的には例えば、出力部１３は、診断データの複数の指標に設定された指標の内、優れている指標が設定閾値より多い断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータのみを出力してもよい。この構成によれば、変異ペプチドを合成するために、優れている指標が多い断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータが出力されるので、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータの品質悪化に伴うやり直しを抑制するので、個別化がんワクチンの製造の遅延を抑制することができる。
　＜第１の実施形態の変形例１：出力混合＞
　図３Ｂは、第１の実施形態の変形例１に係る出力部の処理を示す模式図である。図３Ｂに示すように、出力部１３は、前記第１診断データと前記第２診断データを踏まえて、前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの一部と前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの一部を組み合わせて前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力してもよい。
　具体的には例えば、出力部１３ｃは、断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータごとに指標がある場合、その指標が優れている順にあらかじめ決められた数の断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力してもよい。
　もしくは、出力部１３ｃは例えば、第１シーケンサ２１、第２シーケンサ２２双方の出力データ（すなわち第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ）に含まれる断片化データの頻度を分析し、その頻度が多い順に断面化データを出力してもよい。
　＜第１の実施形態の変形例２＞
　図４は、第１の実施形態の変形例２に係る情報処理システムの概略ブロック図である。図４の情報処理システム１ｂは、図２の情報処理システム１に比べて、プロセッサ１０ｂの処理が異なり、第１診断部１１が第１診断部１１ｂに変更され、第２診断部１２が第２診断部１２ｂに変更されたものになっている。
　第１診断部１１ｂは、分析前プロセスの品質情報を含む動作ログを取得する。第１診断部は、第１シーケンサ２１から出力された品質データに加えて前記第１シーケンサ２１のシーケンスの前に実施される分析前プロセスの品質情報を用いて前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を診断して診断して第１診断データを決定する。具体的には例えば、第１診断部１１ｂは、この品質データが第１基準を満たし且つこの品質情報が第２基準を満たす場合、品質が良いと診断し、それ以外の場合、品質が悪いと判断して、診断結果を表す第１診断データを決定してもよい。
　同様に、第２診断部１２ｂは、分析前プロセスの品質情報を含む動作ログを取得する。第２診断部１２ｂは、第２シーケンサ２２から出力された品質データに加えて第２シーケンサ２２のシーケンスの前に実施される分析前プロセスの品質情報を用いて診断して前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を診断して前記第２診断データを決定する。具体的には例えば、第２診断部１２ｂは、この品質データが第１基準を満たし且つこの品質情報が第２基準を満たす場合、品質が良いと診断し、それ以外の場合、品質が悪いと判断して、診断結果を表す第１診断データを決定してもよい。
　＜第１の実施形態の変形例３＞
　なお、出力部１３は、第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを合わせた２倍の出力データに対して、第１診断データ及び第２診断データに基づいてフィルタして出力される合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータ量を制限してもよい。このフィルタは、個数制限、リードごとの診断データ値の大小、リードの重複などの統計値の少なく一つ以上を用いてもよい。
　この構成によれば、変異ペプチドを合成するために、品質が良い合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータが出力される可能性が向上し、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータの品質悪化に伴うやり直しを抑制するので、個別化がんワクチンの製造の遅延を抑制することができる。
　＜第２の実施形態：出力結合＞
　図５は、第２の実施形態に係る情報処理システムの概略ブロック図である。図５に示すように、情報処理システム１ｃは、プロセッサ１０ｃは備える。プロセッサ１０ｃは、プログラムをメモリ（図示せず）にロードし、当該プログラムに含まれる一連の命令を実行することによって、出力部１３ｃとして機能する。出力部１３ｃは、対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを結合して合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力する。
　具体的には例えば出力部１３ｃは、診断データの複数の指標がともに閾値を超えている場合、双方のデータを結合し２倍のデータとして出力してもよい。
　もしくは出力部１３ｃは例えば、双方の出力データを比較し、その差異が小さい場合は、双方のデータを結合し２倍のデータとして出力してもよい。
　また出力部１３ｃは、前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する際に、当該合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとともに、前記変異ペプチド（ネオアンチゲン）の優先順位を含む診断データを出力してもよい。優先順位は、上記品質情報及び／または上記品質データに基づいて決定されてもよく、品質が高いほど優先順位が高く設定されてもよい。この構成によれば、変異ペプチドを合成するために、品質が高い合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータが優先して使用されるので、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータの品質悪化に伴うやり直しを抑制するので、個別化がんワクチンの製造の遅延を抑制することができる。
　なお、第１及び第２の実施形態では並列数が２であるものとして説明したが、並列数が３以上であってもよく、並列数が手術で採取されるサンプルの量で決定されてもよい。
　＜第３の実施形態：多数決＞
　図６は、第３の実施形態に係る情報処理システムの概略ブロック図である。図６に示すように、情報処理システム１ｄは、プロセッサ１０ｄは備える。プロセッサ１０ｄは、プログラムをメモリ（図示せず）にロードし、当該プログラムに含まれる一連の命令を実行することによって、出力部１３ｄとして機能する。
　出力部１３ｄは、第１シーケンサ２１から第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを取得する。また出力部１３ｄは、第２シーケンサ２２から第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを取得する。また出力部１３ｄは、第３シーケンサ２３から第３断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを取得する。
　出力部１３ｄは、対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、及び前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第３シーケンサが出力した第３断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの対応する順番の塩基同士を多数決してそれぞれの順番の塩基を決定することにより、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを決定する。
　この構成により、変異ペプチドを合成するために使用される合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータの精度が向上するので、個別化がんワクチンの製造の遅延を抑制することができる。
　なお、がんワクチンだけでなく、自己免疫疾患も同様なネオアンチゲンでの治療の可能性があり、自己免疫疾患の個別化医療においても同様の実施形態をとることができる。
　なお、上述した実施形態で説明した情報処理システム１の少なくとも一部は、ハードウェアで構成してもよいし、ソフトウェアで構成してもよい。ソフトウェアで構成する場合には、情報処理システム１の少なくとも一部の機能を実現するプログラムをコンピュータ読み取り可能な記録媒体に収納し、コンピュータに読み込ませて実行させてもよい。記録媒体は、磁気ディスクや光ディスク等の着脱可能なものに限定されず、ハードディスク装置やメモリなどの固定型の記録媒体でもよい。
　また、情報処理システム１の少なくとも一部の機能を実現するプログラムを、インターネット等の通信回線（無線通信も含む）を介して頒布してもよい。さらに、同プログラムを暗号化したり、変調をかけたり、圧縮した状態で、インターネット等の有線回線や無線回線を介して、あるいは記録媒体に収納して頒布してもよい。
　さらに、一つまたは複数の情報機器によって情報処理システム１を機能させてもよい。複数の情報機器を用いる場合、そのうちの１つをコンピュータとし、当該コンピュータが所定のプログラムを実行することにより情報処理システム１の少なくとも１つの手段として機能が実現されてもよい。
　また、方法の発明においては、全ての工程（ステップ）をコンピュータによって自動制御で実現するようにしてもよい。また、各工程をコンピュータに実施させながら、工程間の進行制御を人の手によって実施するようにしてもよい。また、さらには、全工程のうちの少なくとも一部を人の手によって実施するようにしてもよい。
　以上、本発明は上記実施形態そのままに限定されるものではなく、実施段階ではその要旨を逸脱しない範囲で構成要素を変形して具体化できる。また、上記実施形態に開示されている複数の構成要素の適宜な組み合わせにより、種々の発明を形成できる。例えば、実施形態に示される全構成要素から幾つかの構成要素を削除してもよい。更に、異なる実施形態にわたる構成要素を適宜組み合わせてもよい。
１、１ｂ、１ｃ、１ｄ　情報処理システム
１０、１０ｂ、１０ｃ、１０ｄ　プロセッサ
１１、１１ｂ　第１診断部
１２、１２ｂ　第２診断部
１３、１３ｃ、１３ｄ　出力部
２１　第１シーケンサ
２２　第２シーケンサ
２３　第３シーケンサ

Claims (10)

  1. 　がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するために使用される合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理システムであって、
    　対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を当該第１シーケンサから出力された品質データを用いて診断し、診断結果を表す第１診断データを少なくとも一つ決定する第１診断部と、
    　前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を第２シーケンサから出力された品質データを用いて診断し、診断結果を表す第２診断データを少なくとも一つ決定する第２診断部と、
    　前記第１診断データと前記第２診断データを踏まえて、前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータから、前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する出力部と、
    　を備える情報処理システム。
  2. 　前記第１診断部は、前記第１シーケンサから出力された品質データに加えて前記第１シーケンサのシーケンスの前に実施される分析前プロセスの品質情報を用いて前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を診断して前記第１診断データを決定し、
    　前記第２診断部は、前記第２シーケンサから出力された品質データに加えて前記第２シーケンサのシーケンスの前に実施される分析前プロセスの品質情報を用いて前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を診断して前記第２診断データを決定する
    　請求項１に記載の情報処理システム。
  3. 　前記出力部は、前記第１診断データと前記第２診断データを踏まえて、前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを切り替えて前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力する
    　請求項１または２に記載の情報処理システム。
  4. 　前記出力部は、前記第１診断データと前記第２診断データを踏まえて、前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの一部と前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの一部を組み合わせて前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力する
    　請求項１または２に記載の情報処理システム。
  5. 　がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するために使用される合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理システムであって、
    　対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを結合して合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力する出力部
    　を備える情報処理システム。
  6. 　前記出力部は、前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する際に、当該合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとともに、前記変異ペプチドの優先順位を含む診断データを出力する
    　請求項５に記載の情報処理システム。
  7. 　がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するための合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理システムであって、
    　対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、及び前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第３シーケンサが出力した第３断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの対応する順番の塩基同士を多数決してそれぞれの順番の塩基を決定することにより、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを決定する出力部
    を備える情報処理システム。
  8. 　がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するための合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理方法であって、
    　対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を当該第１シーケンサから出力された品質データを用いて診断し、診断結果を表す第１診断データを少なくとも一つ決定する手順と、
    　対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの配列の品質を第２シーケンサから出力された品質データを用いて診断し、診断結果を表す第２診断データを少なくとも一つ決定する手順と、
    　前記第１診断データと前記第２診断データを踏まえて、前記第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータから、前記合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する手順と、
    　を有する情報処理方法。
  9. 　がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するための合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理方法であって、
    　対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータと前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータを結合して合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータとして出力する手順
    　を有する情報処理方法。
  10. 　がんの遺伝子変異に由来する変異ペプチドを合成するために使用される合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを出力する情報処理方法であって、
    　対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第１シーケンサが出力した第１断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第２シーケンサが出力した第２断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータ、及び前記対象患者の組織から抽出されたサンプルに対して第３シーケンサが出力した第３断片化ＤＮＡ／ＲＮＡデータの対応する順番の塩基同士を多数決してそれぞれの順番の塩基を決定することにより、合成用ＤＮＡ／ＲＮＡデータを決定する手順
    　を有する情報処理方法。
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