JP2020511672A - 集団に基づいた免疫原性ペプチドの同定のプラットフォーム - Google Patents

集団に基づいた免疫原性ペプチドの同定のプラットフォーム Download PDF

Info

Publication number
JP2020511672A
JP2020511672A JP2019568816A JP2019568816A JP2020511672A JP 2020511672 A JP2020511672 A JP 2020511672A JP 2019568816 A JP2019568816 A JP 2019568816A JP 2019568816 A JP2019568816 A JP 2019568816A JP 2020511672 A JP2020511672 A JP 2020511672A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
polypeptide
subject
hla class
polypeptides
population
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP2019568816A
Other languages
English (en)
Other versions
JP7437939B2 (ja
JP2020511672A5 (ja
Inventor
リシエヴィッチ、ジュリアナ
モルナー、レヴェンテ
トゥケ、エニク、アール．
トート、ヨージェフ
ロリンツ、オルショヤ
シゾヴスキー、ゾルト
ソモギー、エステル
パンヤ、カタリン
メジェシ、モニカ
Original Assignee
トレオス バイオ ゼットアールティー
トレオス バイオ ゼットアールティー
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=61386864&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=JP2020511672(A) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Priority claimed from EP17159242.1A external-priority patent/EP3369431A1/en
Priority claimed from EP17159243.9A external-priority patent/EP3370065A1/en
Priority claimed from GBGB1703809.2A external-priority patent/GB201703809D0/en
Application filed by トレオス バイオ ゼットアールティー, トレオス バイオ ゼットアールティー filed Critical トレオス バイオ ゼットアールティー
Publication of JP2020511672A publication Critical patent/JP2020511672A/ja
Publication of JP2020511672A5 publication Critical patent/JP2020511672A5/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP7437939B2 publication Critical patent/JP7437939B2/ja
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A61K39/001184—Cancer testis antigens, e.g. SSX, BAGE, GAGE or SAGE
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/39—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the immunostimulating additives, e.g. chemical adjuvants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
    • A61K39/39558—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against tumor tissues, cells, antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/62—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being a protein, peptide or polyamino acid
    • A61K47/64—Drug-peptide, drug-protein or drug-polyamino acid conjugates, i.e. the modifying agent being a peptide, protein or polyamino acid which is covalently bonded or complexed to a therapeutically active agent
    • A61K47/6415—Toxins or lectins, e.g. clostridial toxins or Pseudomonas exotoxins
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/62—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being a protein, peptide or polyamino acid
    • A61K47/64—Drug-peptide, drug-protein or drug-polyamino acid conjugates, i.e. the modifying agent being a peptide, protein or polyamino acid which is covalently bonded or complexed to a therapeutically active agent
    • A61K47/646—Drug-peptide, drug-protein or drug-polyamino acid conjugates, i.e. the modifying agent being a peptide, protein or polyamino acid which is covalently bonded or complexed to a therapeutically active agent the entire peptide or protein drug conjugate elicits an immune response, e.g. conjugate vaccines
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G01N33/5044—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics involving specific cell types
    • G01N33/5047—Cells of the immune system
    • G01N33/505—Cells of the immune system involving T-cells
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
    • G01N33/56966—Animal cells
    • G01N33/56977—HLA or MHC typing
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B15/00—ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
    • G16B15/30—Drug targeting using structural data; Docking or binding prediction
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/53—DNA (RNA) vaccination
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/555—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by a specific combination antigen/adjuvant
    • A61K2039/55505—Inorganic adjuvants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/555—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by a specific combination antigen/adjuvant
    • A61K2039/55511—Organic adjuvants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/555—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by a specific combination antigen/adjuvant
    • A61K2039/55511—Organic adjuvants
    • A61K2039/55544—Bacterial toxins
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/555—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by a specific combination antigen/adjuvant
    • A61K2039/55511—Organic adjuvants
    • A61K2039/55566—Emulsions, e.g. Freund's adjuvant, MF59
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/555—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by a specific combination antigen/adjuvant
    • A61K2039/55588—Adjuvants of undefined constitution
    • A61K2039/55594—Adjuvants of undefined constitution from bacteria
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/58—Medicinal preparations containing antigens or antibodies raising an immune response against a target which is not the antigen used for immunisation
    • A61K2039/585—Medicinal preparations containing antigens or antibodies raising an immune response against a target which is not the antigen used for immunisation wherein the target is cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/60—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characteristics by the carrier linked to the antigen
    • A61K2039/6031—Proteins
    • A61K2039/605—MHC molecules or ligands thereof
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/60—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characteristics by the carrier linked to the antigen
    • A61K2039/6031—Proteins
    • A61K2039/6075—Viral proteins
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/70—Multivalent vaccine
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0002—Fungal antigens, e.g. Trichophyton, Aspergillus, Candida
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0008—Antigens related to auto-immune diseases; Preparations to induce self-tolerance
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis

Abstract

本開示は、特定のヒト被験者にとって免疫原性であるポリペプチドの断片を同定する方法、そのようなポリペプチド断片を含む医薬組成物の調製方法、そのようなポリペプチド断片を含む医薬組成物、及びそのような組成物を使用した治療方法に関する。本方法は個々の被験者の複数のＨＬＡに結合するポリペプチドの断片の同定を含む。【選択図】 なし

Description

分野
本開示は、ポリペプチドが特定のヒト被験者にとって免疫原性であるかどうかを予測する方法、特定のヒト被験者にとって免疫原性であるポリペプチドの断片を同定する方法、かかるポリペプチド断片を含む正確な（precision）医薬組成物又はキットを調製する方法、かかるポリペプチド断片を含むヒト被験者特異的医薬組成物、及びそのような組成物を用いた治療方法に関連する。
背景
何十年もの間科学者は、慢性疾患はヒト個体の自然な防御が届く範囲を超えていると推測してきた。しかしながら近年、免疫抑制分子を阻害する抗体により治療された個体で観察された有意な腫瘍の退縮により、がんの免疫療法の分野が加速された。これらの臨床的な知見から、既存のＴ細胞応答の再活性化は、個体に対して有意義な臨床的な利点をもたらすことが示された。これらの進歩は、腫瘍特異的なＴ細胞応答を誘導するがんワクチンの開発に対する熱意を新たにした。
その見込みにも関わらず、現在の免疫療法は、一部の個体にのみ有効である。加えて、腫瘍の退縮率と個体における抗腫瘍Ｔ細胞応答が低いため、多くのがんワクチンの治験は統計学的に有意な有効性を示すことができなかった。同様の失敗は、ＨＩＶとアレルギーの分野におけるＴ細胞応答を含めるように努めた治療及び予防ワクチンでも報告されている。免疫療法とワクチンの臨床的な失敗を克服する必要がある。
概要
抗原提示細胞（ＡＰＣ）において、タンパク質抗原は処理されてペプチドになる。これらのペプチドは、ヒト白血球抗原分子（ＨＬＡ）に結合し、Ｔ細胞に対するペプチド−ＨＬＡ複合体として細胞表面に提示される。異なる個体は異なるＨＬＡ分子を発現し、異なるＨＬＡ分子は異なるペプチドを提示する。よって本技術分野の先端技術によると、ペプチド、又はより大きなポリペプチドの断片は、特定のヒト被験者により発現されるＨＬＡ分子により提示された場合に、その被験者に対して免疫原性であると同定される。言い換えれば本技術分野の先端技術は、免疫原性ペプチドをＨＬＡ拘束性エピトープとして説明している。しかしながら、ＨＬＡ拘束性エピトープは、そのＨＬＡ分子を発現する個体の一部においてのみＴ細胞応答を誘導する。ある個体でＴ細胞応答を活性化するペプチドは、ＨＬＡ対立遺伝子のマッチングに関わらず、他の個体では非活性である。よって如何にして個体のＨＬＡ分子が、Ｔ細胞応答を積極的に活性化する抗原由来のエピトープを提示するかは知られていなかった。
本明細書中に提供されているように、個体によって発現されている複数のＨＬＡは、Ｔ細胞応答を引き起こすために同じペプチドを提示する必要がある。よって特定の個体に対して免疫原性であるポリペプチド抗原の断片は、その個体により発現される複数のクラスＩ（細胞傷害性Ｔ細胞を活性化する）又はクラスＩＩ（ヘルパーＴ細胞を活性化する）ＨＬＡに結合することができるものである。
従って第１の態様において本開示は、ポリペプチドの投与、又は有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対する特定の又は標的のヒト集団の細胞傷害性Ｔ細胞応答率及び／又はヘルパーＴ細胞応答率を予測する方法を提供し、該方法は
（ｉ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子型及び／又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型によりそれぞれ定義される複数の被験者を含む関連モデルヒト集団を選択又は定義する工程；
（ｉｉ）該ポリペプチド（単数）が、又はポリペプチド（複数９が共に
（ａ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列；及び／又は
（ｂ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列、
を含むかどうかを、該モデルヒト集団中の各被験者について決定する工程；及び
（ｉｉｉ）Ａ．前記ヒト集団の細胞傷害性Ｔ細胞応答率であって、工程（ｉｉ）（ａ）の要件を満たすモデルヒト集団のより高い割合は前記ヒト集団におけるより高い細胞傷害性Ｔ細胞応答率を予測する、細胞傷害性Ｔ細胞応答率；及び／又は
Ｂ．前記ヒト集団のヘルパーＴ細胞応答率であって、工程（ｉｉ）（ｂ）の要件を満たすモデルヒト集団のより高い割合は前記ヒト集団における；より高いヘルパーＴ細胞応答率を予測する、ヘルパーＴ細胞応答率
を予測する工程、を含む。
本開示はさらに、有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対する、特定の又は標的のヒト集団の臨床応答率を予測する方法をさらに提供し、該方法は
（ｉ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子型によりそれぞれ定義される、複数の被験者を含む関連モデルヒト集団を選択又は定義する工程；
（ｉｉ）（ａ）該モデルヒト集団中の各被験者について、１つ以上の有効成分のポリペプチドが共に、それぞれが該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも２つの異なるアミノ酸配列であって、任意選択で少なくとも２つの異なるアミノ酸配列は、有効成分のポリペプチドにより標的化される２つの異なるポリペプチド抗原のアミノ酸配列の中に含まれる、アミノ酸配列を含むかどうか；
（ｂ）Ａ．モデル集団の個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；及び
Ｂ．有効成分のポリペプチドのアミノ酸配列の中に含まれる
少なくとも１つのアミノ酸配列を含む、該モデル集団における標的のポリペプチド抗原の平均数；及び／又は
（ｃ）Ａ．モデル集団の個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；及び
Ｂ．有効成分のポリペプチドのアミノ酸配列に含まれる、
少なくとも１つのアミノ酸配列を含む該モデル集団における発現した標的のポリペプチド抗原の平均数
を決定する工程；及び
（ｉｉｉ）前記ヒト集団の臨床応答率を予測する工程であって、工程（ｉｉ）（ａ）の要件を満たすモデルヒト集団のより高い割合、又は工程（ｉｉ）（ｂ）の標的ポリペプチドのより高い平均数がより高い、又は工程（ｉｉ）（ｃ）で発現した標的ポリペプチドより高い平均数が前記ヒト集団の中におけるより高い臨床応答率を予測する工程、
を含む。
本開示は、治療を必要とするヒト被験者の治療方法であって、上記のように決定されたそれらの予測された免疫応答率又は臨床応答率を基づき同定又は選択されたポリペプチド、医薬組成物、又はポリペプチドのキット若しくはポリペプチドのパネルを被験者に投与する工程を含む方法み；関連するヒト被験者の治療方法におけるそれらの使用；及び関連する被験者を治療するための医薬の製造におけるそれらの使用をさらに提供する。
本開示は、特定の又は標的のヒト集団中の被験者において免疫応答を誘導する方法で使用するための、ポリペプチド、又はポリペプチドをコードするポリ核酸を設計又は調製する方法をさらに提供し、該方法は
（ｉ）（ａ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子型及び／又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型によりそれぞれ定義される複数の被験者を含む関連モデルヒト集団；及び／又は
（ｂ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子型によりそれぞれ定義される複数の被験者を含む１つの関連モデルヒト集団、及びＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型によりそれぞれ定義される複数の被験者を含む１つの関連モデルヒト集団、
を選択又は定義する工程；
（ｉｉ）Ａ．ＨＬＡクラスＩ遺伝子型により定義される、工程（ｉ）で選択又は定義されたモデル集団の被験者の高いパーセンテージで、個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ；
Ｂ．ＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型により定義される、工程（ｉ）で選択又は定義されたモデル集団の被験者の高いパーセンテージで、個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ；又は
Ｃ．ＨＬＡクラスＩ遺伝子型により定義される、工程（ｉ）で選択又は定義されたモデル集団の被験者の高いパーセンテージで、個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ、及びＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型により定義される、工程（ｉ）で選択又は定義されたモデル集団の被験者の高いパーセンテージで、個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ；
を含む、または該エピトープからなる標的ポリペプチド抗原最大５０個の連続するアミノ酸断片を同定する工程、
（ｉｉｉ）工程（ｉｉ）で選択されたポリペプチド断片がＨＬＡクラスＩ結合エピト−プであるアミノ酸配列からなる場合、任意選択で標的ポリペプチド抗原のより長い断片を選択する工程であって、より長い断片は
Ｄ．工程（ｉｉ）で選択された断片を含む；及び
Ｅ．ＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型により定義された、工程（ｉ）で選択又は定義されたモデル集団の被験者の高いパーセンテージで、個々の被験者の少なくとも３つ又は最も可能性のあるＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＨＬＡクラスＩＩ分子結合Ｔ細胞エピトープである、
アミノ酸配列を含む、又はからなる、工程
（ｉｖ）工程（ｉｉ）又は工程（ｉｉｉ）で同定された１つ以上のポリペプチド断片を含む又はからなるポリペプチド、又はポリペプチドをコードするポリ核酸を設計又は調製する工程であって、任意選択で該ポリペプチド断片は標的ポリペプチド抗原の配列の一部ではない追加のアミノ酸によりＮ末端及び／又はＣ末端で隣接する、工程、
を含む。
本開示は、特定の又は標的のヒト集団の被験者において免疫応答を誘導する方法を提供し、該方法は、上記のような前記特定の又は標的のヒト集団において使用するための、ポリペプチド、ポリペプチドのパネル、ポリペプチドをコードするポリ核酸、又は医薬組成物又はキットを設計又は調製する工程及び、該ポリペプチド、ポリ核酸、医薬組成物又はキットの有効成分のポリペプチドを、該被験者に投与する工程を含む。
本開示は、特定の又は標的のヒト集団の被験者において免疫応答を誘導する方法で使用するためのポリペプチド、ポリペプチドのパネル、ポリ核酸、医薬組成物、又はキットを提供し、該ポリペプチド、ポリペプチドのパネル、ポリ核酸、医薬組成物、又はキットは、上記のような前記特定の又は標的のヒト集団において使用するために設計又は調製され、任意選択で該組成物又はキットは、少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む。
本開示は、ヒト被験者において免疫応答を誘導する方法で使用するための医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットを提供し、該医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットは、有効成分として第１及び第２及び任意選択で１つ以上の追加のペプチドを含み、各ペプチドは、少なくとも１０％のヒト被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、第１、第２及び任意選択で任意の追加領域のＴ細胞エピトープは互いに異なり、任意選択で該医薬組成物又はキットは少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む。
本開示は、ヒト被験者において免疫応答を誘導する方法で使用するための医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットを提供し、医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットは、有効成分として第１の領域及び第２領域、及び任意選択で１つ以上の追加領域を含み、各領域は、少なくとも１０％のヒト被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、第１、第２、及び任意選択の任意の追加領域のＴ細胞エピトープは互いに異なり、任意選択で該医薬組成物又はキットは任意に、少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む。
本開示は、治療を必要とするヒト被験者のがんを治療する方法において使用するための医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットを提供し、該医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットは、有効成分として第１及び第２のペプチド、及び任意選択で１つ以上の追加のペプチドを含み、各ペプチドはＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、前記Ｔ細胞エピトープのそれぞれについて、がんを有する少なくとも１０％のヒト被験者は、
ｉ．前記Ｔ細胞エピトープを含む下記の表２又は表５に列挙された抗原から選択される腫瘍関連抗原を発現する；及び
ｉｉ．前記Ｔ細胞エピトープに結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子を有する；
の両方であるがんを有し、
第１、第２、及び任意選択の任意の追加のペプチドの前記Ｔ細胞エピトープは互いに異なり、該医薬組成物又はキットは任意に、少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む。
本開示は、治療を必要とするあるヒト被験者のがんを治療する方法において使用するための医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットを提供し、該医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットは、第１及び第２の領域、及び任意選択で１つ以上の追加領域を含む有効成分のポリペプチドを含み、各領域は、ＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、それぞれの前記Ｔ細胞エピトープについて、少なくとも１０％のヒト被験者は、
（ａ）前記Ｔ細胞エピトープを含む下記の表２又は表５に列挙された抗原から選択される腫瘍関連抗原を発現する；及び
（ｂ）前記Ｔ細胞エピトープに結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子を有する；
の両方であるがんを有し、
第１、第２、及び任意選択で任意の追加の領域の前記Ｔ細胞エピトープは互いに異なり、任意選択で該医薬組成物又はキットは少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む。
本開示は、治療の必要がある被験者における、結腸直腸、乳房、卵巣、メラノーマ、非メラノーマ皮膚、肺、前立腺、腎臓、膀胱、胃、肝臓、子宮頸部、食道、非ホジキンリンパ腫、白血病、膵臓、子宮体、口唇、口腔、甲状腺、脳、神経系、胆嚢、喉頭、咽頭、骨髄腫、鼻咽頭、ホジキンリンパ腫、精巣及びカポジ肉腫からなる群から選択されるがんを治療する方法において使用するための医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットを提供し、該医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットは、有効成分として第１及び第２のペプチド及び任意選択で１つ以上の追加のポリペプチドを含み、各ペプチドは、ＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、それぞれの前記Ｔ細胞エピトープについて、ヒト被験者の少なくとも１０％は、
（ａ）前記Ｔ細胞エピトープを含む下記の表２又は表５に列挙された抗原から選択される腫瘍関連抗原を発現する；及び
（ｂ）前記Ｔ細胞エピトープに結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子を有すること、
の両方である前記がんを有し；
第１及び第２、及び任意選択で任意の追加のペプチドの前記Ｔ細胞エピト−プは互いに異なり、医薬組成物又はキットは任意に少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む。
本開示は、治療を必要とする被験者における、結腸直腸、乳房、卵巣、メラノーマ、非メラノーマ皮膚、肺、前立腺、腎臓、膀胱、胃、肝臓、子宮頸部、食道、非ホジキンリンパ腫、白血病、膵臓、子宮体、口唇、口腔、甲状腺、脳、神経系、胆嚢、喉頭、咽頭、骨髄腫、鼻咽頭、ホジキンリンパ腫、精巣及びカポジ肉腫からなる群から選択されがんを治療する方法において使用するための医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットを提供し、該医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットは、第１及び第２の領域及び任意選択で１つ以上の追加領域を含む有効成分のポリペプチドを含み、各領域は、ＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、それぞれの前記Ｔ細胞エピトープについて、ヒト被験者の少なくとも１０％は、
（ａ）前記Ｔ細胞エピトープを含む表２又は表５に列挙された抗原から選択される腫瘍関連抗原を発現する；及び
（ｂ）前記Ｔ細胞エピトープに結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子を有する、
の両方である前記がんを有し；
第１及び第２、及び任意選択で任意の追加のポリペプチドの前記Ｔ細胞エピト−プは互いに異なり、任意選択で該医薬組成物又はキットは少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む。
本開示は、治療の必要があるヒト被験者の治療方法を提供し、その方法は、その被験者に、上記で述べたポリペプチド、ポリペプチドのパネル、医薬組成物、又はキットの有効成分ポリペプチドを投与する工程を含み、ここでその被験者は、そのポリペプチドに、又はその医薬組成物若しくはキットの１つ以上の有効成分ポリペプチドに、結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子を発現すると決定されている。
さらなる態様において本発明は、
（ａ）ヒト被験者のモデル集団の各被験者のクラスＩ及び／又はクラスＩＩＨＬＡ遺伝子型；及び１つ以上の試験ポリペプチドのアミノ酸配列を含むデータを保存するように構成された保存モジュールであって、該モデル集団は試験標的ヒト集団の代表である、保存モジュール；及び
（ｂ）該モデル集団中の各被験者の複数のクラスＩＨＬＡ分子に結合することができる１つ以上の試験ポリペプチドのアミノ酸配列、及び／又は該モデル集団の各被験者の複数のクラスＩＩＨＬＡ分子に結合することができる１つ以上の試験ポリペプチドのアミノ酸配列を同定及び／又は定量するように構成された計算モジュール、
を含むシステムを提供する。
ここで、本開示を、限定ではなく例示として、添付する図面を参照することにより、より詳細に説明する。この開示を与えられたときに、多くの均等な改変と変形は当業者にとって明らかであろう。従って、説明された開示の例示的な態様は例示であって、限定的ではないと見做される。本開示の範囲から逸脱することなく、述べられた態様に種々の変更を行うことができる。本明細書中で引用された全ての文書は、前後に関わらず、参照によりその全体が明示的に組み込まれる。
本開示は、述べられた態様と好適な特徴の組み合わせを、かかる組み合わせは明らかに容認できない場合、又は明示的に回避されると述べられた場合を除き、含む。本明細書及び添付された特許請求の範囲において使用されるように、単数形の“a”、“an”及び“the”は、その内容がそうではないことを明確に規定しない限り、複数形への言及を含む。よって、例えば、「ペプチド(a peptide)」への言及は、２つ以降のかかるペプチドを含む。
本明細書では、セクションの見出しは便宜のためにのみ使用されており、決して限定するものと解釈されるべきではない。
ＨＬＡ拘束性ＰＥＰＩバイオマーカーのＲＯＣ曲線。 診断の正確度を決定するための、１以上のＰＥＰＩ３＋試験のＲＯＣ曲線。 ＣＤ８＋Ｔ細胞応答アッセイで使用したペプチドプールの間で最新技術のアッセイにより測定された、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答と比較したＨＬＡクラスＩ ＰＥＰＩ３＋の分布。Ａ：ＨＬＡクラスＩ拘束性ＰＥＰＩ３＋。Ｔ細胞応答とＰＥＰＩ３＋ペプチドの間の全体的な一致パーセント（Overall Percent of Agreement: ＯＰＡ）９０％は、個体のワクチン誘導Ｔ細胞応答セットの予測のための、開示されたペプチドの有用性を示している。Ｂ：クラスＩ ＨＬＡ拘束性エピトープ（ＰＥＰＩ３＋）。予測されたエピトープとＣＤ８＋Ｔ細胞応答の間のＯＰＡは２８％であった（統計学的有意性なし）。最も暗い灰色：真陽性（ＴＰ）、ペプチドとＴ細胞応答の両者が検出された；明るい灰色：偽陰性（ＦＮ）、Ｔ細胞応答のみが検出された；最も明るい灰色：偽陽性（ＦＰ）、ペプチドのみが検出された；暗い灰色：真陰性（ＴＮ）：ペプチドもＴ細胞応答も検出されなかった。 最新技術のアッセイで使用したペプチドプールの間で該アッセイにより測定された、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答と比較したＨＬＡクラスＩＩ ＰＥＰＩの分布。Ａ：ＨＬＡクラスＩＩ拘束性ＰＥＰＩ４＋。ＰＥＰＩ４＋とＣＤ４＋Ｔ細胞応答の間のＯＰＡ６７％（ｐ＝０．００２）。Ｂ：クラスＩＩ ＨＬＡ拘束性エピトープ。クラスＩＩ ＨＬＡ拘束性エピトープとＣＤ４＋Ｔ細胞応答の間のＯＰＡは６６％であった（統計学的有意性なし）。最も暗い灰色：真陽性（ＴＰ）、ペプチドとＴ細胞応答の両者が検出された；明るい灰色：偽陰性（ＦＮ）、Ｔ細胞応答のみが検出された；最も明るい灰色：偽陽性（ＦＰ）、ペプチドのみが検出された；暗い灰色：真の陰性（ＴＮ）：ペプチドもＴ細胞応答も検出されなかった。 １８人のＶＩＮ−３と５人の子宮頸癌の患者の、ＨＰＶ−１６ＬＰＶワクチン特異的なＴ細胞応答セットを規定する、複数のＨＬＡ結合ペプチド。各患者のＬＰＶ抗原に由来する、ＨＬＡクラスＩ拘束性ＰＥＰＩ３カウント（ＡとＢ）及びＨＬＡクラスＩＩ拘束性ＰＥＰＩ３カウント（ＣとＤ）。明るい灰色：臨床試験の中でワクチン接種後に測定された免疫応答者；暗い灰色；臨床試験でワクチン接種後に測定された免疫非応答者。結果は、３つ以上のＨＬＡクラスＩ結合ペプチドはＣＤ８＋Ｔ細胞応答性を予測し、４つ以上のＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＣＤ４＋Ｔ細胞応答性を予測することを示している。 ２人の患者のＨＰＶワクチン特異的なＴ細胞応答セットを規定する複数のＨＬＡクラスＩ結合ペプチド。Ａ：ＨＰＶワクチン中の４つのＨＰＶ抗原。ボックスはＮ末端からＣ末端までのアミノ酸配列の長さを表わす。Ｂ：２人の患者の複数のＨＬＡ結合ペプチドの同定プロセス：患者のＩＤの右側から４桁のＨＬＡ遺伝子型としてラベルされた患者のＨＬＡ配列。患者１２−１１と患者１４−５のＨＬＡ（ＰＥＰＩ１＋）のそれぞれに結合できる５４つと９１つのエピトープの１番目のアミノ酸の位置を線で示した。ＰＥＰＩ２は、患者の複数のＨＬＡに結合できるＰＥＰＩ１＋から選択されたペプチドを表わす（ＰＥＰＩ２＋）。ＰＥＰＩ３は、患者の３つ以上のＨＬＡに結合できるペプチドを表わす（ＰＥＰＩ３＋）。ＰＥＰＩ４は、患者の４つ以上のＨＬＡに結合できるペプチドを表わす（ＰＥＰＩ４＋）。ＰＥＰＩ５は、患者の５つ以上のＨＬＡに結合できるペプチドを表わす（ＰＥＰＩ５＋）。ＰＥＰＩ６は、患者の６つ以上のＨＬＡに結合できるペプチドを表わす（ＰＥＰＩ６＋）。Ｃ：２人の患者のＤＮＡワクチン特異的なＰＥＰＩ３＋セットは、それらのワクチンに特異的なＴ細胞応答を特徴付ける。 臨床試験で決定されたペプチド標的の、１以上のＰＥＰＩ３＋のスコアとＣＴＬ応答率の間の相関関係。 免疫療法ワクチンの、１以上のＰＥＰＩ３＋のスコアと臨床の免疫応答率（ＩＰＲ）の間の相関関係。破線：９５％信頼区間。 免疫療法ワクチンの、２つ以上のＰＥＰＩ３＋のスコアと疾患制御率（ＤＣＲ）の間の相関関係。点線：９５％信頼区間。 モデル集団中の被験者のＨＬＡ対立遺伝子上のリンドペピムットのＨＬＡマップ。 ＸＹＺ患者の腫瘍細胞でのワクチン抗原の発現確率。ワクチン療法において１２個の標的抗原のうち５個がこの患者の腫瘍で発現する確率は９５％超である。その結果として、１２個のペプチドワクチンを一緒に使用すると、９５％の確率で少なくとも５個の卵巣がん抗原に対して免疫応答を誘導できる（ＡＧＰ９５）。各ペプチドが患者ＸＹＺにおける免疫応答を誘導するであろう確率は、８４％である。ＡＧＰ５０は平均（期待値）であり７．９である（これは、ＸＹＺ患者の腫瘍への攻撃におけるワクチンの有効性の尺度である）。 個別化された（ＰＩＴ）ワクチンで治療された患者ＸＹＺのＭＲＩ所見である。この後期の、かなりの程度まで予備治療された子宮癌患者は、ＰＩＴワクチン治療後に予期されない客観的な反応を有した。これらのＭＲＩ所見から、化学療法と組み合わせたＰＩＴワクチンは、該患者の腫瘍負荷を有意に低減したことが示唆される。該患者は現在ＰＩＴワクチン治療を継続している。 ABC患者の腫瘍細胞におけるワクチン抗原発現の確率。ワクチンにおいて、１３つの標的抗原のうち４つが患者の腫瘍で発現する確率は９５％を超える。その結果として、１２つのペプチドワクチンを一緒に用いると、少なくとも４つの乳癌抗原に対して、９５％の確率で免疫応答を誘導することができる（ＡＧＰ９５）。各ペプチドがABC患者における免疫応答を誘導するであろう確率は、８４％である。ＡＧＰ５０は離散確率分布の平均（期待値）であり６．４５である（これは、ＡＢＣ患者の腫瘍への攻撃におけるワクチンの有効性の尺度である）。 ペプチドホットスポット解析例：モデル集団の４３３人の患者に関するＰＲＡＭＥ抗原ホットスポット。ｙ軸上にあるのはモデル集団の４３３人の患者であり、ｘ軸上にあるのはＰＲＡＭＥ抗原（ＣＴＡ）のアミノ酸配列である。各データポイントは、特定されたアミノ酸位置で出発する、１人の患者の３つ以上のＨＬＡクラスＩにより提示されるＰＥＰＩを表す。ＰＲＡＭＥ抗原の２つの最も頻度が高いＰＥＰＩ（最良ＥＰＩと呼ばれる）を、暗い灰色で強調している（ペプチドホットスポット＝ＰＥＰＩホットスポット）。 ヒト乳がん組織中の腫瘍特異的な抗原（ＣＴＡ）の発現頻度データを解析することにより計算されたＣＴＡ発現曲線（細胞株のデータは含まれていない）。 選択された１０の異なるＣＴＡの発現頻度に由来する複数抗原応答の計算に基づいた、乳がんについての抗原発現分布。Ａ：発現した抗原数についての予測値（ＡＧ５０）を計算するための非累積的分布。この値はおそらく６．１４のワクチン抗原が乳がん細胞によって発現されるであろうことを示す。Ｂ：発現した抗原の最小数の累積的分布曲線（ＣＴＡ発現曲線）。これは最小４つのワクチン抗原が、乳がん細胞の中で９５％の確率で発現するであろうことを示している（ＡＧ９５）。 ＰＥＰＩ提示抗原：乳がんワクチンに対する、１つ以上のＰＥＰＩを有する乳がんワクチン特異的なＣＴＡ抗原（「ＡＰ」と呼ばれる）の、モデル集団（ｎ＝４３３）内での分布。Ａ：ＡＰの非累積的分布であって、ここでＡＰの平均数は：ＡＰ５０＝５．３０であり、モデル集団の中で平均してほぼ６つのＣＴＡがＰＥＰＩを有するであろうことを意味している。Ｂ：モデル集団（ｎ＝４３３）における、ＡＰの最小数の累積的分布曲線。これはモデル集団（ｎ＝４３３）の９５％において、少なくとも１つのワクチン抗原がＰＥＰＩを有するであろうことを示している（ＡＰ９５＝１）。 乳がんについてのＣＴＡ発現率によって計算された、モデル集団（ｎ＝４３３）内での、ＰＥＰＩが提示された発現抗原（腫瘍により発現された乳がんワクチン特異的なＣＴＡ抗原であり、それについて１つ以上のＰＥＰＩが予測され、「ＡＧＰ」と呼ばれる）の分布。Ａ：ＡＧＰの非累積的分布であって、ここでＰＥＰＩにより提示された発現したＣＴＡの数についての予測値は、ＡＧＰ５０＝３．３７である。ＡＧＰ５０は、開示された乳がんワクチンが、選択されていない患者集団の中で乳がんを攻撃する有効性の指標である。ＡＧＰ５０＝３．３７は、少なくとも３つのワクチン由来のＣＴＡがおそらく乳がん細胞によって発現され、モデル集団の中でＰＥＰＩを提示するであろうことを意味している。Ｂ：モデル集団（ｎ＝４３３）内でのＡＧＰの最小数の累積的分布曲線は、集団の９２％においてワクチンＣＴＡの少なくとも１つがＰＥＰＩを提示し、集団の残りの８％はＡＧＰを全く有していないであろうことを示している（ＡＧＰ９５＝０、ＡＧＰ９２＝１）。 ヒト結腸直腸がん組織において腫瘍特異的抗原（ＣＴＡ）の発現頻度データを解析することにより計算されたＣＴＡ発現曲線（細胞株のデータは含まれていない）。 選択された７つの異なるＣＴＡの発現頻度に由来する複数抗原応答の計算に基づいた、結腸直腸がんについての抗原発現分布。Ａ：結腸直腸がんの中でのワクチン抗原の発現数（ＡＧ５０）について予測値を計算するための非累積的分布。Ｂ：発現した抗原の最小数の累積的分布曲線（ＣＴＡ発現曲線）。これは最小３つの抗原が結腸直腸がん細胞の中に９５％の確率で発現するであろうことを示す（ＡＧ９５）。 結腸直腸がんについての、モデル集団（ｎ＝４３３）内でＰＥＰＩが提示された抗原（１つ以上のＰＥＰＩが予測される、結腸直腸がんワクチン特異的なＣＴＡ抗原。「ＡＰ」と呼ばれる）の分布。Ａ：ＡＰの非累積的分布であってＡＰの平均数は：ＡＰ５０＝４．７３であり、モデル集団の中でＰＥＰＩにより平均５つのＣＴＡが提示されるであろうことを意味する。Ｂ：モデル集団（ｎ＝４３３）内での、ＡＰの最小数の累積的分布曲線。これはモデル集団（ｎ＝４３３）の９５％においてＰＥＰＩにより２つ以上の抗原が提示されるであろうことを示す（ＡＰＧ９５＝２） 結腸直腸がんについてのＣＴＡ発現率により計算された、モデル集団（ｎ＝４３３）内でのＰＥＰＩが提示された発現抗原（１つ以上のＰＥＰＩが予測される、腫瘍により発現された結腸直腸がんワクチン特異的なＣＴＡ抗原。「ＡＧＰ」と呼ばれる）の分布。Ａ：ＡＧＰの非累積的な分布であり、ＰＥＰＩにより提示された発現ＣＴＡの数についての予測値はＡＧＰ５０＝２．５４である。ＡＧＰ５０は、選択されていない患者集団内で開示された結腸直腸がんワクチンが、結腸直腸がんを攻撃する有効性の指標である。ＡＧＰ５０＝２．５４は、モデル集団内で、少なくとも２〜３つのワクチン由来のＣＴＡを結腸直腸がん細胞は発現しされ、ＰＥＰＩを提示するであろうことを意味している。Ｂ：モデル集団（ｎ＝４３３）内でのＡＧＰの最小数の累積的分布曲線であり、少なくとも１つのワクチンＣＴＡが発現し、集団の９３％においてＰＥＰＩも提示するであろう（ＡＧＰ９３＝１）ことを示している。 ３０ｍｅｒのペプチド内の、ＨＬＡクラスＩとＨＬＡクラスＩＩ結合エピトープの内重複するアミノ酸の例示的な位置の概要を示している。 一般集団内でのポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチンの抗原性。被験者におけるポリＰＥＰＩ１０１８の抗原性はＡＰカウントにより決定され、それは被験者においてＴ細胞応答を誘導するワクチン抗原の数を示唆している。ＰＥＰＩ試験を使用して、モデル集団内の４３３人の各被験者についてポリＰＥＰＩ１０１８のＡＰカウントを決定し、その後モデル集団についてＡＰ５０カウントを計算した。モデル集団内のポリＰＥＰＩ１０１８のＡＰ５０は４．７３である。一般集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８の中の免疫原性抗原（すなわち、１つ以上のＰＥＰＩを有する抗原）の平均数は４．７３である。略語：ＡＰ＝１つ以上のＰＥＰＩを有する抗原。左パネル：累積的分布曲線。右パネル：区別できる分布曲線。 一般集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８ワクチンの有効性。ワクチン内の中のＰＥＰＩが腫瘍細胞により提示されるときには、ワクチンにより誘導されるＴ細胞は腫瘍細胞を認識して殺すことができる。ＡＧＰの数（ＰＥＰＩを有する発現抗原）は個体におけるワクチンの有効性の指標であり、ポリＰＥＰＩ１０１８の有効性と抗原性の両方に依存する。ポリＰＥＰＩ１０１８の中の免疫原性ＣＴＡの平均数（すなわちＡＰ[１つ以上のＰＥＰＩを有する発現抗原]）は、モデル集団内で２．５４である。モデル集団内の被験者において、ポリＰＥＰＩ１０１８が複数の抗原に対するＴ細胞応答を誘導する可能性（すなわちｍＡＧＰ）は７７％である。
配列の説明
配列番号１〜２０は、表３０に記載の９ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号２１〜４０は、表３３に記載の９ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号４１〜７１（８１から１１１）は、表３１に記載の乳がんワクチンペプチドを示す。
配列番号７２〜１０２（１１２から１４２）は、表３４に記載の結腸直腸がんワクチンペプチドを示す。
配列番号１０３〜１１５（１５９から１７１）は、表１７に記載の追加のペプチド配列を示す。
配列番号１１６〜１２８（３６２から３７４）は、表２６に記載の患者ＸＹＺのために設計された個別化されたワクチンペプチドを示す。
配列番号１２９〜１４０（３７５から３８６）は、表２９に記載の患者ＡＢＣのために設計された個別化されたワクチンペプチドを示す。
配列番号１４１〜１８８（３８７から４３４）は、表４１に記載のさらなる９ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
詳細な説明
ＨＬＡ遺伝子型
ＨＬＡはヒトゲノムの最も多型な遺伝子によりコードされている。各人は、３つのＨＬＡクラスＩ分子（ＨＬＡ−Ａ＊、ＨＬＡ−Ｂ＊、ＨＬＡ−Ｃ＊）と４つのＨＬＡクラスＩＩ分子（ＨＬＡ−ＤＰ＊、ＨＬＡ−ＤＱ＊、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊、ＨＬＡ−ＤＲＢ３＊/４＊/５＊）の、母方及び父方の対立遺伝子を有する。実際には、各人は、同じタンパク質抗原由来の異なるエピトープを提示する、６つのＨＬＡクラスＩ分子と８つのＨＬＡクラスＩＩ分子の異なる組み合わせを発現する。ＨＬＡ分子の機能はＴ細胞応答を制御することである。しかしながら、最新の知識でも、如何にしてヒトのＨＬＡがＴ細胞の活性化を制御するかは不明であった。
ＨＬＡ分子のアミノ酸配列を指定するのに使用される命名法は以下のとおりである：遺伝子名＊対立遺伝子：タンパク質番号であり、例えば、ＨＬＡ−Ａ＊０２：２５のようになる。この例において、「０２」は対立遺伝子を指す。ほとんどの場合、対立遺伝子は血清型により定義され、所定の対立遺伝子のタンパク質は他の血清学的アッセイにおいて互いに反応しないであろうことを意味する。タンパク質番号（上記の例では「２５」）は、タンパク質が発見されると連続して割り当てられる。新しいタンパク質番号は、異なるアミノ酸配列を有する全てのタンパク質に割り当てられる（例えば、配列中の１つのアミノ酸の変化でさえ、異なるタンパク質番号であると見做される）。所定の遺伝子座の核酸配列についてのさらなる情報を、ＨＬＡの命名法に付加してもよいが、かかる情報は本明細書に記載の方法には必要とされない。
個体のＨＬＡクラスＩ遺伝子型又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型は、個体の各クラスＩ又はクラスＩＩＨＬＡの実際のアミノ酸配列を指すことがあり、又は上記のように、最小限各ＨＬＡ遺伝子の対立遺伝子及びタンパク質番号を指定する、命名法を指すこともある。ＨＬＡ遺伝子型は任意の適した方法を用いて取得又は決定され得る。例えば、配列は、本技術分野で既知の方法及びプロトコールを用いたＨＬＡの遺伝子座のシークエンシングを介して、決定され得る。あるいは、本技術分野で既知の方法を用いて、個体のＨＬＡセットがデータベース中に貯蔵され、アクセスされ得る。
ＨＬＡ−エピトープ結合
被験者の所定のＨＬＡは、ＡＰＣ内でのタンパク質抗原のプロセシングによって生成される、限られた数の異なるペプチドをＴ細胞に提示するであろう。本明細書で使用される「表示（display）」又は「提示（present）」は、ＨＬＡとの関連で使用されるときには、ペプチド（エピト−プ）とＨＬＡとの間の結合を指す。これに関して、ペプチドを「表示する」又は「提示する」ことは、ペプチドを「結合」することと同義である。
本明細書で使用される「エピトープ」又は「Ｔ細胞エピトープ」との用語は、１つ以上のＨＬＡに対する結合親和性を有する（結合することができる）、タンパク質抗原内に含まれる連続するアミノ酸の配列を指す。エピトープはＨＬＡ及び抗原特異的であるが（既知の方法で予測される、ＨＬＡ−エピト−プの対）、被験者特異的ではない。エピトープ、Ｔ細胞エピトープ、ポリペプチド、ポリペプチドの断片、又はポリペプチド若しくはその断片を含む組成物は、それが特定のヒト被験者においてＴ細胞応答（細胞傷害性Ｔ細胞応答又はヘルパーＴ細胞応答）を誘導することができる場合には、その被験者に対して「免疫原性」である。場合によっては、ヘルパーＴ細胞応答は、Ｔｈ１型ヘルパーＴ細胞応答である。場合によっては、エピトープ、Ｔ細胞エピトープ、ポリペプチド、ポリペプチドの断片、又はポリペプチド若しくはその断片を含む組成物が、特定のヒト被験者のわずか１つのＨＬＡ分子に結合することができる異なるＴ細胞エピトープ（又は場合によっては２つのそれぞれ異なるＴ細胞エピトープ）よりも、該被験者におけるＴ細胞応答又は免疫応答を誘導する可能性が高い場合には、それは該被験者に対して免疫原性である。
「Ｔ細胞応答」及び「免疫応答」との用語は、本明細書中で互換的に使用され、１つ以上のＨＬＡ−エピトープ結合対の認識後のＴ細胞の活性化、及び／又は１つ以上のエフェクター機能の誘導を指す。場合によっては、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、長く続くＣＴＬ応答と抗体応答の両者の誘導に関連するヘルパー応答を刺激するため、「免疫応答」にはは抗体応答が含まれる。エフェクター機能には細胞傷害性、サイトカイン産生、及び増殖が含まれる。本開示によれば、エピトープ、Ｔ細胞エピトープ、又はポリペプチドの断片が、特定の被験者の少なくとも２つ、若しくは場合によっては少なくとも３つのクラスＩ、又は少なくとも２つ、若しくは場合によっては少なくとも３つ若しくは少なくとも４つのクラスＩＩのＨＬＡに結合することができる場合には、それは該被験者に対して免疫原性である。
本開示の目的のために、「個人用エピトープ（personalepitope）」、又は「ＰＥＰＩ」との用語を作り出し、ＨＬＡ特異的なエピト−プと被験者特異的なエピト−プとを区別した。「ＰＥＰＩ」は、特定のヒト被験者の１つ以上のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの連続するアミノ酸の配列からなるポリペプチドの断片である。他の場合では、「ＰＥＰＩ」は、特定のヒト被験者の１つ以上のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの連続するアミノ酸の配列からなるポリペプチドの断片である。言い換えれば、「ＰＥＰＩ」は、特定の個体のＨＬＡセットにより認識されるＴ細胞エピト−プである。「エピトープ」とは対照的に、異なる個体は、それぞれ異なるT細胞エピトープに結合する異なるＨＬＡ分子を有するため、ＰＥＰＩは個体に特異的である。
本明細書で使用される「ＰＥＰＩ１」は、個体の１つのＨＬＡクラスＩ分子（又は、特定の分脈ではＨＬＡクラスＩＩ分子）に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ１＋」は、個体の１つ以上のＨＬＡクラスＩ分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ２」は、個体の２つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ２＋」は、個体の２つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片、すなわち、本開示の方法に従って同定される断片を指す。
「ＰＥＰＩ３」は、個体の３つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ３＋」は、個体の３つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ４」は、個体の４つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ４＋」は、個体の４つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ５」は、個体の５つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ５＋」は、個体の５つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ６」は、個体の６つ全てのＨＬＡクラスＩ（又は６つのＨＬＡクラスＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
一般的に言えば、ＨＬＡクラスＩ分子により提示されるエピト−プは約９アミノ酸長であり、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示されるエピト−プは約１５アミノ酸長である。しかしながら、この開示の目的のために、エピトープは、該エピトープがＨＬＡに結合することができる限り、９つよりも多い若しくは少ないアミノ酸長であってもよく（ＨＬＡクラスＩの場合）、又は１５つよりも多い若しくは少ないアミノ酸長であってもよい（ＨＬＡクラスＩＩの場合）。例えば、クラスＩＨＬＡに結合することができるエピト−プは７又は８又は９と、９又は１０又は１１との間のアミノ酸長であってもよい。クラスＩＩＨＬＡに結合することができるエピト−プは、１３又は１４又は１５と、１５又は１６又は１７との間のアミノ酸長であってもよい。
よって本明細書中の開示は、例えば、ポリペプチドが関連集団又はヒト被験者のコーホート（例えばモデルヒト集団において）に対して免疫原性であるかどうかを予測する方法、又はポリペプチドの断片を関連集団又はヒト被験者のコーホート（例えばモデルヒト集団において）に対して免疫原性であると同定する方法を包含し、該方法は、
（ｉ）該ポリペプチドが
ａ．該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができる、７つから１１個の連続するアミノ酸の配列；又は、
ｂ．該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができる、１３個から１７個の連続するアミノ酸の配列、
を含むかどうかを決定する工程；及び
（ｉｉ）該ポリペプチドが工程（ｉ）の要件を満たす少なくとも１つの配列を含む場合に、該ポリペプチドは該被験者に対して免疫原性であると予測する工程；又は該ポリペプチドが工程（ｉ）の要件を満たす少なくとも１つの配列を含まない場合に、該ポリペプチドは該被験者に対して免疫原性ではないと予測する工程；又は該被験者に対して免疫原性であるポリペプチドの断片の配列として前記アミノ酸の連続する配列を同定する工程、
を含む。
本技術分野で既知の技術を用いて、既知のＨＬＡに結合するであろうエピトープを決定することは可能である。同じ方法が直接比較される複数のＨＬＡ−エピト−プに結合する対を決定するために使用されることを前提として、任意の適切な方法が使用され得る。例えば生化学的な解析が使用され得る。所定のＨＬＡにより結合されることが既知のエピト−プのリストを使用することも可能である。どのエピトープが所定のＨＬＡにより結合され得るかを決定するために、予測ソフトウェア又はモデリングソフトウェアを使用することも可能である。例を表１に示す。場合によっては、５０００ｎＭ未満、２０００ｎＭ未満、１０００ｎＭ未満、又は５００ｎＭ未満のＩＣ５０又は予測されたＩＣ５０を有する場合に、Ｔ細胞エピトープは所定のＨＬＡに結合することができる。
本明細書で提供されるように、個体の複数のＨＬＡによるＴ細胞エピトープの提示は、一般的にＴ細胞応答を引き起こすことに必要とされる。従って、本開示の方法は、ポリペプチドが、ヒト被験者（例えばモデルヒト集団の中の）の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子、又は少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ（ＰＥＰＩ２＋）分子に結合することができるＴ細胞エピトープである配列を有しているかどうかを決定することを含む。
所定のポリペプチドに対する細胞傷害性Ｔ細胞応答の最も良好な予測因子は、個体の３つ以上のＨＬＡクラスＩ分子により提示される少なくとも１つのＴ細胞エピトープの存在である（≧１ ＰＥＰＩ３＋）。従って、場合によって本方法は、ポリペプチドが、特定のヒト被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プである配列を有するかどうかを決定する工程を含む。場合よって本方法は、ポリペプチドが、ヒト被験者（例えばモデルヒト集団の中の）のちょうど３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピト−プである配列を有するかどうかを決定する工程を含む。ヘルパーＴ細胞応答は、個体の３つ以上の(≧１ ＰＥＰＩ３＋)、又は４つ以上の(≧１ ＰＥＰ１４＋)ＨＬＡクラスＩＩにより提示される少なくとも１つのＴ細胞エピトープの存在により予測され得る。従って、場合によって本方法は、ポリペプチドが、ヒト被験者（例えばモデルヒト集団の中の）の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピト−プである配列を有するかどうかを決定する工程を含む。他の場合には本方法は、ポリペプチドが、ヒト被験者の少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピト−プである配列を有するかどうかを決定する工程を含む。他の場合には本方法は、ポリペプチドが、ヒト被験者のちょうど３つ及び／又はちょうど４つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピト−プである配列を有するかどうかを決定する工程を含む。
場合によっては開示された方法と組成物を、ポリペプチド／断片がヒト被験者において、細胞傷害性Ｔ細胞応答及びヘルパーＴ細胞応答の両方を誘導するかどうかを予測するために使用してもよい。該ポリペプチド／断片は、被験者の複数のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プであるアミノ酸配列と、被験者の複数のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プであるアミノ酸配列の両方を含む。ＨＬＡクラスＩ結合エピトープ及びＨＬＡクラスＩＩ結合エピトープは、完全に又は部分的に重複し得る。場合によっては、被験者の複数（例えば、少なくとも２つ又は少なくとも３つ）のＨＬＡクラスＩ分子と結合することができるＴ細胞エピト−プであるアミノ酸配列を選択する工程と、その後の、該被験者の又は集団の中の高いパーセンテージの被験者の、１つ以上の又は最も可能性が高い（すなわち、適切なＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩ３＋が入手できないとき）ＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するために、Ｎ−末端及び／又はＣ−末端で伸長しているポリペプチドの1つ以上のより長い断片をスクリーニングする工程により、かかるポリペプチドの断片が同定され得る。
一部の被験者は、同じＨＬＡ分子をコードする２つのＨＬＡ対立遺伝子を有し得る（例えば、同型接合体の場合には、ＨＬＡ−Ａ＊０２：２５の２つのコピー）。これらの対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ分子は、同じＴ細胞エピト−プの全てに結合する。本開示の目的のために、本明細書で使用される「被験者の少なくとも２つのＨＬＡ分子に結合すること」は、１人の被験者における２つの同一のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ分子に結合することを包含する。言い換えれば、「被験者の少なくとも２つのＨＬＡ分子に結合すること」などは、他に「被験者の少なくとも２つのＨＬＡ対立遺伝子によりコードされるＨＬＡ分子に結合すること」と表現され得る。
ポリペプチド抗原
本明細書で使用される「ポリペプチド」との用語は、一続き（string）のアミノ酸として特徴付けられた全長タンパク質、タンパク質の一部、又はペプチドを指す。本明細書で使用される「ペプチド」との用語は、２、又は３、又は４、又は５、又は６、又は７、又は８、又は９、又は１０、又は１１、又は１２、又は１３、又は１４、又は１５と、１０、又は１１、又は１２、又は１３、又は１４、又は１５、又は２０、又は２５、又は３０、又は３５、又は４０、又は４５、又は５０との間のアミノ酸を含む短いポリペプチドを指す。
本明細書で使用される「断片」又は「ポリペプチドの断片」との用語は、参照ポリペプチドと比較して典型的には長さが短く、共通する部分について該参照ポリペプチドと同一のアミノ酸配列を含む一続き（string）のアミノ酸又はアミノ酸配列を指す。本開示によるかかる断片は、適切な場合、構成成分であるより大きなポリペプチドに含まれていてもよい。場合によって該断片は、そのポリペプチドの全長例えば、その全ポリペプチド（９アミノ酸ペプチドなど）が単一のＴ細胞エピトープ、を含んでもよい。
場合によってポリペプチドは、病原生物（例えば細菌又は寄生虫）、ウイルス、若しくはがん細胞により発現されるか、自己免疫疾患若しくは自己免疫応答若しくは疾患関連細胞と関連しているか、若しくはアレルゲンであるか、若しくはワクチン若しくは免疫療法組成物などの医薬若しくは医薬組成物の成分である抗原であるか、又は該抗原の全て若しくは一部からなるポリペプチドである。場合によっては本開示の方法は、適切なポリペプチド、例えば下記にさらに述べるポリペプチド、を同定又は選択する最初の工程を含む。
ポリペプチド又は抗原は細胞で、又は特に特定の又は標的のヒト集団の罹患細胞（例えば、腫瘍関連抗原、ウイルス、細胞内細菌若しくは寄生虫により発現されるポリペプチド、又はワクチン若しくは免疫療法組成物のインビボ産物）で発現してもよく、又は環境（例えば食物、アレルゲン、又は薬物）から取得されてしてもよい。ポリペプチド又は抗原は、特定の又は標的のヒト集団の被験者から採取された試料中に存在してもよい。ポリペプチド抗原とＨＬＡの両方を、アミノ酸配列又はヌクレオチド配列によって正確に定義することができ、本技術分野で既知の方法を用いて配列決定することができる。
ポリペプチド又は抗原は、がん又は腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）であってもよい。ＴＡＡはがん又は腫瘍細胞で発現するタンパク質である。がん又は腫瘍細胞は、特定の又は標的のヒト集団の被験者から得られた試料中に存在してもよい。ＴＡＡの例として、腫瘍形成中に発現する新たな抗原（ネオアンチゲン）、がん遺伝子と腫瘍抑制遺伝子の産物、過剰発現した又は異常発現した細胞内タンパク質（例えば、ＨＥＲ２、ＭＵＣ１）、腫瘍ウイルス（例えば、ＥＢＶ、ＨＰＶ、ＨＣＶ、ＨＢＶ、ＨＴＬＶ）によって産生された抗原、がん精巣抗原（ＣＴＡ）（例えば、ＭＡＧＥファミリー、ＮＹ−ＥＳＯ）、及び細胞型特異的な分化抗原（例えば、ＭＡＲＴ−１）が挙げられる。ＴＡＡ配列は実験的に、又は公開された科学論文、又は公開されたデータベース（例えば、ルートヴィヒがん研究所のデータベース（www.cta.lncc.br/）、がん免疫データベース（cancerimmunity.org/peptide/）、及びＴＡＮＴＩＧＥＮ腫瘍Ｔ細胞抗原データベース（cvc.dfci.harvard.edu/tadb/））を介して見い出すことができる。
場合によっては、ポリペプチド又は抗原は正常で健康な細胞又は組織では発現しないか又は最小限の発現であるが、例えば、特定の細胞型又は組織から得られる、ある種のがん又は腫瘍（例えば、乳癌、卵巣癌、又はメラノーマ）などの特定の疾患又は状態を有する被験者では高い割合（高頻度）で（それらの細胞又は組織で）発現するさらなる例として、結腸直腸癌が挙げられる。他の非限定的な癌の例として、非黒色腫皮膚、肺、前立腺、腎臓、膀胱、胃、肝臓、子宮頚部、食道、非ホジキンリンパ腫、白血病、膵臓、子宮体、口唇、口腔、甲状腺、脳、神経系、胆嚢、喉頭、咽頭、骨髄腫、鼻咽頭、ホジキンリンパ腫、精巣、及びカポジ肉腫などが挙げられる。あるいは、ポリペプチドは、正常で健康な細胞では低いレベルで発現し得るが、病的な（例えば、がん）細胞又は疾患若しくは状態を有する被験者では高いレベル発現（過剰発現）し得る。場合によってポリペプチドは、かかる個体、又は被験者と適合するヒト亜集団、又はモデル若しくは標的集団の少なくとも２％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は以上において、発現又は正常で健康な細胞若しくは被験者と比較して高いレベルで発現される。例えば集団は、民族、地理的な位置、性別、年齢、疾患、疾患の種類又は病期、遺伝子型、又は１つ以上のバイオマーカーの発現により被験者と適合していてもよい。
場合によって発現頻度を、公表された数値や科学論文から決定することができる。場合によって本開示の方法は、かかるポリペプチドを同定又は選択する工程を含む。
場合よってポリペプチドは、がん細胞又は固形腫瘍に関連するか、高（過剰）発現される。例示的ながんとしては、癌腫、肉腫、リンパ腫、白血病、胚細胞腫瘍、又は芽細胞腫が挙げられる。がんはホルモンに関連するか、又は依存性のがん（例えば、エストロゲン又はアンドロゲン関連のがん）であってもなくてもよい。腫瘍は悪性であっても、又は良性であってよい。がんは転移性であってもそうでなくてもよい。
場合よってポリペプチドは、がん精巣抗原（ＣＴＡ）である。ＣＴＡは典型的には、健康な細胞の胚発生を過ぎると発現しない。健康な成人では、ＣＴＡの発現は、ＨＬＡを発現せず、Ｔ細胞に抗原を提示できない男性生殖細胞に限定されるよって、ＣＴＡは、がん細胞で発現した場合には、発現性のネオアンチゲンであると考えられる。ＣＴＡの発現は、（ｉ）腫瘍細胞に対して特異的であり、（ｉｉ）原発腫瘍よりも転移腫瘍でより頻度が高く、（ｉｉｉ）同じ患者の転移腫瘍間で保存されている（Gajewski ed. Targeted Therapeutics in Melanoma. Springer New York. 2012）。
ポリペプチドは、個体の細胞（例えばがん細胞）により発現されるが、正常又は健康な細胞における類似タンパク質から変化した変異性のネオアンチゲンであってもよい。場合によって本開示の方法は、変異性のネオアンチゲンであるポリペプチド若しくは特定のヒト被験者における変異性のネオアンチゲンであるポリペプチドを同定する工程、又はネオエピト−プを同定する工程を含む。例えば、ネオアンチゲンは、被験者から得られた試料中に存在し得る。変異性のネオアンチゲン又はネオエピトープを用いて、ネオアンチゲン又はネオエピトープを含むネオアンチゲンを発現する、がん細胞などの疾患関連細胞を標的とすることができる。細胞、例えば被験者から採取された試料中の細胞、によって発現されるポリペプチドの変異は、例えば、配列決定により検出できるが、その大半はネオアンチゲン発現細胞に対する免疫応答を誘導しない。現在、免疫応答を誘導する変異性のネオアンチゲンの同定は、変異性のＨＬＡ拘束性エピトープの予測と、個体の血液検体中の予測されたエピトープの免疫原性のさらなるインビトロ試験に基づいている。この工程は不正確であり、時間が長くかかり、高価である。
複数のＨＬＡ分子に結合する変異性のエピトープ（例えば、ネオエピトープ）の同定は、変異性のネオアンチゲンを再現性よく定義する。よって、本開示によるいくつかの場合において、ポリペプチドは変異性のネオアンチゲンであり、ポリペプチドの免疫原性の断片は、ネオアンチゲン特異的な変異を含む（又はネオエピトープからなる）。
ポリペプチドは細胞内で発現するウイルスタンパク質でもよい。例として、ＨＰＶ１６ Ｅ６、Ｅ７；ＨＩＶ Ｔａｔ、Ｒｅｖ、Ｇａｇ、Ｐｏｌ、Ｅｎｖ；ＨＴＬＶ−Ｔａｘ、Ｒｅｘ、Ｇａｇ、Ｅｎｖ、ヒトヘルペスウイルスタンパク質、デング熱ウイルスタンパク質が挙げられる。ポリペプチドは細胞内で発現する寄生虫タンパク質、例えばマラリアタンパク質であってもよい。
ポリペプチドはワクチン又は免疫療法組成物などの医薬組成物の有効成分、任意選択で新たな医薬組成物のための有効成分の候補であってもよい。本明細書で使用される「有効成分（active ingredient）」との用語は、免疫応答を誘導することを意図するポリペプチドを指し、被験者への投与後にインビボで産生されるワクチン又は免疫療法組成物のポリペプチド産物を含み得る。ＤＮＡ又はＲＮＡの免疫療法組成物において、ポリペプチドは、組成物が投与された被験者の細胞によりインビボで産生され得る。細胞ベースの組成物において、ポリペプチドは、組成物の細胞、例えば、ポリペプチドでパルスされた（pulsed with）、又はポリペプチドをコードする発現コンストラクトを含む自家の樹状細胞又は抗原提示細胞、によって処理され及び／又は提示され得る。医薬組成物は、１つ以上の有効成分のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド又は細胞を含んでもよい。
他の場合においてポリペプチドは、医薬、ワクチン、又は免疫療法組成物の標的ポリペプチド抗原であってもよい。組成物が、ポリペプチドを標的とする、又はポリペプチドに向けられる免疫応答（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞応答）を誘導することを意図するか又は設計された場合、ポリペプチドは標的ポリペプチド抗原である。標的ポリペプチド抗原は典型的には、病原生物、ウイルス、又はがん細胞などの罹患細胞によって発現されるポリペプチドである。標的ポリペプチド抗原はＴＡＡ又はＣＴＡであってもよい。
現在、２００を超える臨床試験が腫瘍抗原を有するがんワクチンを研究している。
ポリペプチドは、例えば皮膚、肺、又は経口経路を介して個体の体内に入るアレルゲンであってもよい。
適切なポリペプチドの非限定的な例として、表２〜６の１つ以上に列挙されたものが挙げられる。
遺伝子配列は、生物学的材料の配列決定から取得され得る。配列決定は、ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ及び／又はアミノ酸配列を決定する、任意の適した方法により行われ得る。本開示はＨＬＡ遺伝子型とアミノ酸配列の両方を利用する。しかしながら、個体の遺伝子配列からＨＬＡ遺伝子型を同定する方法、及びＤＮＡ又はＲＮＡの配列データに由来するアミノ酸配列を取得する方法は、本開示の主題ではない。





ポリペプチド抗原に対する個体の免疫学的応答の予測
特定のポリペプチド抗原は、ほんの一部のヒト被験者においてのみ、免疫応答を誘導する。現在、ポリペプチド抗原がある個体において免疫応答を誘導する可能性が高いかどうかを予測できる診断試験はない。特に、あるヒトがワクチン又は免疫療法組成物に対する免疫応答者であるかどうかを予測できる試験についての需要がある。
本開示によると、個体のポリペプチド抗原特異的なＴ細胞応答は、該個体の複数のＨＬＡクラスＩ又は複数のＨＬＡクラスＩＩ分子により提示され得る１つ以上の断片のポリペプチド内での存在により定義される。
場合によって本開示は、被験者がポリペプチドの投与に対して免疫応答を示すかどうかを予測する方法に関連し、ポリペプチドが本明細書に記載の任意の方法に従い免疫原性である場合に免疫応答が予測される。ポリペプチドが、被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プである少なくとも１つのアミノ酸配列を含む場合、細胞傷害性Ｔ細胞応答が予測される。ポリペプチドが、被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プである少なくとも１つのアミノ酸配列を含む場合、ヘルパーＴ細胞応答が予測される。ポリペプチドが、被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プである如何なるアミノ酸配列も含まない場合、細胞傷害性Ｔ細胞応答は予測されない。ポリペプチドが、被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プである如何なるアミノ酸配列も含まない場合、ヘルパーＴ細胞応答は予測されない。
場合よっては、ポリペプチドは医薬組成物の有効成分であり、方法はポリペプチドに対する抗薬物抗体（ＡＤＡ）の発生（development）又は生成を予測することを含む。医薬組成物は、表８に列挙されたものから選択された薬物であってもよい。本開示によれば、有効成分のポリペプチドが被験者の複数のＨＬＡクラスＩＩ分子によって認識され、ヘルパーＴ細胞応答をもたらして有効成分に対する抗体応答を支持するヘルパーＴ細胞応答を生じる場合又はその限りにおいて、ＡＤＡの発生は起こるであろう。かかるエピトープ（ＰＥＰＩ）の存在は、被験者におけるＡＤＡの発生を予測し得る。本方法は、ヒト被験者の治療のために、ＡＤＡの誘導が低い又はＡＤＡを誘導しないと予測された医薬組成物の該被験者への投与を選択又は推奨することをさらに含んでいてもよく、任意選択で該組成物を該被験者に投与することをさらに含んでもよい。他の場合には本方法は、医薬組成物が許容できないＡＤＡを誘導することを予測し、該方法は、異なる治療若しくは療法を選択又は推奨することをさらに含む。ポリペプチドはチェックポイント阻害剤であってもよい。本方法は、被験者がチェックポイント阻害剤による治療に応答するかどうかを予測することを含んでもよい。
また現在、あるヒトが、ワクチン又は免疫療法組成物に対して臨床応答を示す、又はそれから臨床的利益を得る可能性（likelihood）を予測できる試験はない。現在、ワクチン又は免疫療法の臨床試験に参加している個体のコーホートで測定されたＴ細胞応答は、臨床応答とほとんど相関しないため、これは重要である。すなわち、臨床応答者の亜集団は、免疫応答者の亜集団よりも実質的に小さい。よって、ワクチンと免疫療法の個別化を可能とするには、特定の被験者における免疫応答の可能性のみならず、薬物によって誘導される免疫応答が臨床的に有効である（例えば、がん細胞又は病原体に感染した細胞若しくは病原体を殺傷することができる）かどうかも予測することは重要である。
ワクチン又は免疫療法組成物中に、個体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができる少なくとも２つのポリペプチド断片（エピトープ）の存在（２つ以上のＰＥＰＩ３＋）が臨床応答を予測する。言い換えれば、２つ以上のＰＥＰＩ３＋がワクチン又は免疫療法組成物の有効成分ポリペプチド内で同定できる場合には、個体は臨床応答者である可能性が高い。本明細書で使用される「臨床応答」又は「臨床的利益(clinical benefit)」とは、疾患若しくは状態の発症の予防若しくは遅延、１つ以上の症状の改善、寛解の誘導若しくは延長、又は再燃（relapse）若しくは再発（recurrence）若しくは悪化の遅延、又は被験者の疾患状態における任意の他の改善若しくは安定化であり得る。適切な場合には「臨床応答」は、固形腫瘍における応答評価基準（Response Evaluation Criteria In Solid Tumors）（ＲＥＣＩＳＴ）ガイドラインで定義された「疾患の制御」又は「客観的応答」と相関関係を有し得る。
場合によっては、本開示は、有効成分として１つ以上のポリペプチドを含むワクチン又は免疫療法組成物などの医薬組成物の投与に対して、被験者が臨床応答を示すかどうかを予測する方法に関連する。本方法は１つ以上のポリペプチドが、それぞれが被験者の少なくとも２つ、又は場合によっては少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、少なくとも２つの異なる配列を共に含むかどうかを決定すること；及び該１つ以上のポリペプチドが、それぞれがその被験者の少なくとも２つ、若しくは場合によっては少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、少なくとも２つの異なった配列を共に含む場合には、該被験者は該医薬組成物の投与に対して臨床応答を示すと予測すること；又は該１つ以上のポリペプチドが、該被験者の少なくとも２つ、若しくは場合によっては少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである配列を共に１個以下含む場合には、該被験者は該医薬組成物の投与に対して臨床応答を示さないと予測すること、を含む。
この方法の目的上、２つのＴ細胞エピトープは、異なる配列を有する場合には、又は場合によっては標的ポリペプチド抗原中で繰り返される同じ配列を有する場合も、互いに「異なる」。場合によっては、標的ポリペプチド抗原中の異なるＴ細胞エピトープは互いに重複しない。
場合によっては、ヒト被験者に対して免疫原性である１つ以上のポリペプチド又は有効成分のポリペプチドの断片の全てが、本明細書に記載される方法を用いて同定される。被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの、少なくとも１つの断片の同定は、該ポリペプチドが、該被験者において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘発するか又は誘発する可能性が高いことを予測する。被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又は少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの、少なくとも１つの断片の同定は、該ポリペプチドが、該被験者においてヘルパーＴ細胞応答を誘発するか又は誘発する可能性が高いことを予測する。被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの断片がないことの同定は、該ポリペプチドが、該被験者において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘発しないか又は誘発する可能性が低いことを予測する。被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又は少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの断片がないことの同定は、該ポリペプチドが、該被験者においてヘルパーＴ細胞応答を誘発しないか又は誘発する可能性が低いことを予測する。ワクチン又は免疫療法組成物の、１つ以上の有効成分のポリペプチドの少なくとも２つの断片（各断片は、被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである）の同定は、被験者が該組成物に対して臨床応答を示す可能性がより高いこと又は有することを予測する。被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである１つ以上のポリペプチドの２つ未満の断片の同定は、該被験者が、該組成物に対する臨床応答を示す可能性が低いこと、又は示さないことを予測する。
理論に拘束されることを望むものではないが、少なくとも２つの複数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩを含むワクチン／免疫療法から臨床的利益が得られる可能性が増加する１つの理由は、がん若しくは腫瘍細胞又はＨＩＶなどのウイルス若しくは病原体に感染した細胞などの罹患細胞集団は、罹患した被験者内及び被験者間の両方でしばしば不均一であることである。例えば、特定のがん患者は、ワクチンの特定のがん関連標的ポリペプチド抗原を発現又は過剰発現し得るし、又は発現し得なく、又はそれらのがんは不均一な細胞集団を含み得るが、その一部は抗原を（過剰）発現し、一部は発現しない。加えて、患者は標的ＰＥＰＩの変異を介して組成物に対する耐性ができる可能性が低くなるため、より多数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩがワクチン／免疫療法に含まれるか又は標的とされる場合には、耐性ができる可能性が低下する。
よって、（ｉ）有効成分のポリペプチド中のより多数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩの存在；（ｉｉ）より多くの標的ポリペプチド抗原中のＰＥＰＩの存在；及び（ｉｉｉ）被験者において又は該被験者の罹患細胞における標的ポリペプチド抗原の（過剰）発現によって、被験者が治療に応答するであろう可能性は増加する。場合によっては、例えば、標的ポリペプチド抗原が被験者から得られた試料中に存在する場合、該被験者における標的ポリペプチド抗原の発現は既知であってもよい。他の場合には、特定の被験者、又は特定の被験者の罹患細胞が、特定の標的ポリペプチド抗原又はその任意の組み合わせを（過剰）発現する確率は、集団発現頻度データ（population expression frequency data）を用いて決定してもよい。集団発現頻度データは、被験者−及び／又は疾患に適合した集団又は治療意図集団（intent-to-treat population）に関連し得る。例えば、特定のがん（例えば乳癌）における、又は特定のがんを有する被験者における、特定のがん関連抗原の発現の頻度又は確率は、腫瘍（例えば乳がんの腫瘍試料）中の抗原を検出することによって決定することができる。場合によってはかかる発現頻度を、公開された数値と科学論文から決定してもよい。場合によっては本発明の方法は、関連する集団における関連する標的ポリペプチド抗原の発現頻度を決定する工程を含む。
個々のヒト被験者及びヒト被験者の集団におけるワクチンの活性／効果を予測する様々な薬力学的バイオマーカーが開示されている。バイオマーカーは、特にがんワクチンのために開発されてきたが、同様のバイオマーカーを他のワクチン又は免疫療法組成物のために使用できる。これらのバイオマーカーは、より効果的なワクチンの開発を促進し、開発費用も削減し、様々な組成物を評価及び比較するために使用できる。バイオマーカーの例は下記の通りである。
・ＡＧ９５−ワクチンの効力：特定の腫瘍型が９５％の確率で発現するがんワクチンにおける抗原の数。ＡＧ９５はワクチンの効力の指標であり、ワクチン抗原の免疫原性には依存しない。ＡＧ９５は腫瘍抗原発現率のデータから計算される。かかるデータは、論文審査がある（peer reviewed）科学雑誌に公表された実験から取得できる。技術的には、ＡＧ９５はワクチン中の抗原の二項分布から決定され、可能性がある全ての変動と発現率を考慮に入れる。
・ＰＥＰＩ３＋カウント−被験者におけるワクチンの免疫原性：ワクチンに由来するＰＥＰＩ３＋は、被験者の少なくとも３つのＨＬＡに結合し、Ｔ細胞応答を誘導する個人用（personal）エピトープである。ＰＥＰＩ３＋は、完全な４桁の（4-digit）ＨＬＡ遺伝子型が知られている被験者においてＰＥＰＩ３＋試験を使用して決定できる。
・ＡＰカウント−被験者におけるワクチンの抗原性：ＰＥＰＩ３＋を有するワクチン抗原の数。ワクチンは罹患細胞により発現される標的ポリペプチド抗原に由来する配列を含む。ＡＰカウントは、ＰＥＰＩ３＋を含むワクチン中の抗原の数であり、ＡＰカウントは、被験者でＴ細胞応答を誘導できるワクチン中の抗原の数を表す。ＡＰカウントは、被験者のＨＬＡ遺伝子型のみに依存し、被験者の疾患、年齢、及び薬物には依存しないため、被験者のワクチン抗原特異的なＴ細胞応答を特徴付ける。正しい値は、０（抗原によりＰＥＰＩが提示されない）と抗原の最大数（すべての抗原がＰＥＰＩを提示する）との間である。
・ＡＰ５０−集団内のワクチンの抗原性：集団内のＰＥＰＩを有するワクチン抗原の平均数。ＡＰ５０は、集団内の被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存するため、所定の集団内のワクチン−抗原特異的なＴ細胞応答を特徴付けに適している。
・ＡＧＰカウント−被験者におけるワクチンの有効性：ＰＥＰＩを用いて腫瘍で発現するワクチン抗原の数である。ＡＧＰカウントは、ワクチンが認識し、それに対するＴ細胞応答を誘導する（標的に命中する）腫瘍抗原の数を示す。ＡＧＰカウントは、被験者の腫瘍におけるワクチン−抗原発現率と、被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存する。正しい値は、０（発現した抗原によりＰＥＰＩ提示されない）と抗原の最大数（すべての抗原が発現してＰＥＰＩを提示する）との間である。
・ＡＧＰ５０−集団におけるがんワクチンの有効性：集団内のＰＥＰＩで示された腫瘍で発現するワクチン抗原（即ち、ＡＧＰ）の平均数。ＡＧＰ５０は、ワクチンにより誘導されたＴ細胞応答が認識できる腫瘍抗原の平均数を示す。ＡＧＰ５０は、示された腫瘍型における抗原の発現率と、標的集団における抗原の免疫原性に依存している。ＡＧＰ５０は、異なる集団におけるワクチンの有効性を評価することができ、同じ集団における異なるワクチンを比較するために使用できる。ＡＧＰ５０の計算は、発現されたワクチン抗原に対して被験者におけるＰＥＰＩ３＋の出現により発現が重み付けられることを除いて、ＡＧ５０に使用されるものと類似している。各被験者が各ワクチン抗原に由来するＰＥＰＩを有する理論上の集団においては、ＡＧＰ５０はＡＧ５０と等しくなる。被験者が如何なるワクチン抗原に由来するＰＥＰＩも有さない他の理論上の集団においては、ＡＧＰ５０は０になる。一般的には下記の記載が有効である：０≦ＡＧＰ５０≦ＡＧ５０。
・ｍＡＧＰ−可能性の高い応答者を選択するためのバイオマーカー候補：がんワクチンが、示された腫瘍で発現した複数の抗原に対するＴ細胞応答を誘導する可能性。ｍＡＧＰは、ワクチン抗原（例えば、腫瘍内のワクチン抗原）の発現率、及び被験者におけるワクチン由来ＰＥＰＩの存在から計算される。技術的にはＡＧＰ分布に基づいて、ｍＡＧＰは複数のＡＧＰ（２つ以上のＡＧＰ）の確率の合計である。
上記で述べた予測の結果を、被験者の治療に関する医師の決定を知らせるために使用してもよい。従って、場合によっては、ポリペプチドは、例えばワクチン又は免疫療法組成物の有効成分であり、本開示の方法は、有効成分のポリペプチドの被験者への投与を含む治療に対する免疫応答及び／又は臨床応答を示すか、示す可能性が高いか、又は免疫応答を示す上記の最小の可能性の閾値（threshold minimum likelihood）を予測し、本方法は、特定のヒト被験者のための治療、又は特定のヒト被験者の治療のためのワクチン若しくは免疫療法組成物を選択することをさらに含む。さらに、１つ以上のポリペプチドを有効成分として含む、被験者特異的な医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルによる治療方法も提供され、該医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルは、被験者において臨床応答を誘導する最小の可能性の閾値を有すると決定されており、ここで応答の可能性は本明細書に記載の方法を用いて決定されている。場合によって最小閾値は、本明細書に記載の１つ以上の薬力学的バイオマーカー、例えば最小のＰＥＰＩ３＋カウント（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１若しくは１２又はそれ以上のＰＥＰＩ３＋）、最小のＡＧＰカウント（例えば、ＡＧＰ＝少なくとも２、又は少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１若しくは１２又はそれ以上）、及び／又は最小のｍＡＧＰ（例えば、ＡＧＰ＝少なくとも２、又は少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１若しくは１２又はそれ以上）、によって規定される。例えば、場合によっては、標的ポリペプチド抗原（任意選択で標的ポリペプチド抗原が発現するか（発現すると推測される））の予め規定された数を標的とされた応答の可能性が、予め決められた閾値（例えば、２、３、４、５、６、７、８，９、１０、１１若しくは１２又はそれ以上）を上回る場合には、被験者が治療のために選択される。あるいは、本方法は、本組成物の１つ以上のポリペプチドがその被験者においてＴ細胞応答及び／又は臨床応答を誘発しないことを予測し、被験者に対して異なる治療を選択することをさらに含んでもよい。
ポリペプチド抗原に対する自己免疫又は有害な免疫応答の予測
ＨＬＡの違いは、被験者が、該被験者に投与された薬物又はポリペプチドからの免疫毒性を経験するであろう確率にも影響し得る。被験者に投与されたポリペプチドが、該被験者の正常で健康な細胞で発現する抗原の断片に相当し、かつ、該被験者の複数のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸を含む断片を含む場合には、有害な免疫応答があり得る。従って、本開示によるいくつかの場合は、ポリペプチドの有害な免疫原性の領域若しくは断片を同定すること、又は、１つ以上のポリペプチド若しくはその断片の投与に対する免疫毒性を経験する可能性が高い被験者を同定することに関連する。該ポリペプチドは、本明細書で述べられたワクチン又は免疫療法組成物の有効成分であり得る。
本方法は、ポリペプチドが、被験者の少なくとも２つ、又は他の場合には少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである配列を含むかどうかを決定することを含んでもよい。場合によって本方法は、ポリペプチドが、被験者の少なくとも４つ、若しくは少なくとも５つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである配列を含むこと；又は被験者の少なくとも４つ、若しくは少なくとも５つ、若しくは少なくとも６つ、若しくは少なくとも７つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含むことを決定することを含む。本方法はさらに、前記配列を被験者に対して有害な免疫原性として同定すること、又は被験者において有害な免疫応答を予測することを含んでもよい。他の場合には、かかるアミノ酸配列は同定されず、本方法は、被験者において有害な免疫応答がないと予測することをさらに含む。本方法はさらに、免疫毒性を誘導しないか又は低い免疫毒性が予測された、１つ以上のポリペプチド又は医薬組成物を投与することを、被験者の治療のために選択又は推奨すること、及び任意選択で該ポリペプチドを投与することにより該被験者をさらに治療することを含んでもよい。本開示は、被験者にかかるポリペプチド又は組成物を投与することにより、治療を必要とする被験者を治療する方法も提供する。
場合によっては、本明細書に記載の方法は、被験者に対して免疫原性であると予測されたポリペプチド、又はヒト集団内の被験者のある割合において免疫原性である予測されたポリペプチドを変異させることをさらに含む。本明細書に述べられたように、被験者又はヒト集団のある割合において、免疫原性であると同定されたポリペプチドの免疫原性を低減させる方法も提供される。ポリペプチドを変異させて、該ポリペプチド中のＰＥＰＩの数を減らすか、又は被験者若しくは前記集団のある割合において免疫原性であると同定されたポリペプチドの断片に結合する、該被験者若しくは前記集団のＨＬＡクラスＩ若しくはクラスＩＩ分子の数を減らしてもよい。場合によって変異は、有害な免疫応答を低減し若しくは防ぎ得るし、又は被験者において若しくは前記集団のある割合において、ＡＤＡの発生を防ぐことにより効力を増加させ得る。変異したポリペプチドは、被験者又は前記集団の被験者の治療のために、さらに選択され又は推奨されてもよい。変異したポリペプチドを投与することにより、被験者はさらに治療され得る。本開示は、かかる変異したポリペプチドを投与することにより、治療を必要とする被験者を治療する方法も提供する。
ポリペプチド抗原に対するヒト集団の免疫学的応答の予測
本明細書に記載の方法は、１つ以上のポリペプチド又は１つ以上のポリペプチドを含む組成物の投与に対する、より広いヒト集団の応答又は応答率を予測するために使用してもよい。場合によっては、本開示の方法を複数のヒト被験者について繰り返し、それらの被験者における応答又は応答率を予測してもよい。他の場合には、本開示の方法を被験者の関連サンプル又はモデル集団の各被験者について繰り返して、その結果を、サンプル又はモデル集団によって代表されるより広いヒト集団における応答又は応答率を予測又は定義するために使用してもよい。サンプル／モデル集団は、医薬組成物にとって治療意図集団と関連し得る。関連集団とは、医薬組成物による治療が意図される者又はそのような者の中の集団を代表するか又はそれに類似する集団である。場合によっては、サンプル／モデル集団は全人類を代表する。他の場合には、サンプル／モデル集団は、より広い集団（亜集団）、例えば、民族、地理的な位置、性別、年齢、疾患又はがん、疾患又はがんの種類若しくは段階、遺伝子型、部分的にＨＬＡ遺伝子による１つ以上のバイオマーカーの発現（例えば、被験者は１つ以上の特定のＨＬＡ対立遺伝子を有する）、と一致する疾患又は被験者であり得る。、例えば、サンプル／モデル集団は、世界の集団中で、又は特定の疾患若しくは状態（condition）、若しくは特定の地理的位置からの民族的背景を有する、若しくは特定の疾患関連バイオマーカー（例えば、乳がんワクチンのＢＲＣＡ変異を有する女性）を有する被験者中で見出されるものを代表する、、ＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩゲノムを有し得る。場合によってサンプル／モデル集団は、ＨＬＡの多様性及び／又はＨＬＡ頻度によって、より広い集団の少なくとも７０％、又は７５％、又は８０％、又は８４％、又は８５％、又は８６％、又は９０％、又は９５％を代表している。
本方法は、関連サンプル又はモデル集団を、選択又は定義する工程を含んでもよい。サンプル／モデル集団の各被験者は、それらのＨＬＡクラスＩ又はクラスＩＩ遺伝子型、例えば完全な４桁のＨＬＡクラスＩ遺伝子型、により最小限定義される。サンプル／モデル集団のＨＬＡ遺伝子型に関するデータは、データベースに保存若しくは記録され若しくはデータベ−スから取得され、又はインシリコのモデルヒト集団であってもよい。
場合によって本明細書に記載の方法を、ワクチン又は免疫療法組成物などの所定の薬物に対する、集団内の免疫応答者の割合又は臨床応答者の割合を予測する、インシリコ臨床試験を実施するために使用してもよい。これは、臨床試験を受けるための高い有効率である可能性が高い薬物を事前選択するのに有用である。
個体の集団又は個体の亜集団は、薬物で実施されるインシリコ臨床試験の研究コ−ホートを含むことができる。研究コ−ホートの各個体は、そのＨＬＡ遺伝子型によって特徴付けられる。薬物のポリペプチドに由来する１つ以上のＰＥＰＩ２＋、又は１つ以上のＰＥＰＩ３＋、又は１つ以上のＰＥＰＩ４＋、又は１つ以上のＰＥＰＩ５＋を有する研究コ−ホートにおける個体の割合を計算してもよい。本開示のために、これを「ＰＥＰＩスコア」を名付けた。特に断らない限り、「ＰＥＰＩスコア」は、特に１以上のＰＥＰＩ３＋のスコアをいう。このＰＥＰＩスコアは、関連する被験者コ−ホートで同じ薬物により実施される臨床試験におけるＴ細胞応答を示す被験者の割合を予測する。
本開示は、１つ以上のポリペプチド有効成分を有するワクチン又は免疫療法組成物のためのインシリコ試験を実施する方法を提供する。インシリコ試験は、ヒト集団の細胞傷害性Ｔ細胞応答率を予測し得る。本方法は、（ｉ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子型により定義される複数の被験者を含むインシリコモデルヒト集団を選択又は定義する工程であって、インシリコモデルヒト集団は、細胞傷害性Ｔ細胞応答率が予測されることとなる前記ヒト集団の治療を意図するヒト集団に相当するか、又は代表するか、又は関連し得る、工程、（ｉｉ）有効成分のポリペプチドが、ＰＥＰＩ２＋、ＰＥＰＩ３＋、ＰＥＰＩ４＋、又はＰＥＰＩ５＋（ポリペプチド組成物の大きさ、投与経路及びアジュバントに依る）である少なくとも１つの配列を含むかどうかを、インシリコモデルヒト集団の各被験者について決定する工程；及び（ｉｉｉ）（前記ヒト被験者の）細胞傷害性Ｔ細胞応答率を予測する工程であって、工程（ｉｉ）の要件を満たすインシリコモデルヒト集団のより高い割合が、より高い細胞傷害性Ｔ細胞応答率を予測する、工程を含み得る。工程（ｉｉ）の要件を満たすインシリコモデルヒト集団の割合は、治療意図集団における予測された応答率に相関するか、又は相当し得る。
ＨＬＡ拘束性エピトープと免疫応答率及び／又は臨床応答率の間の相関関係は、先行技術の臨床試験では実証されていない。これは、免疫療法の作用機構に関する疑問を提起する。本明細書で提供された実施例は、複数の標的に対する細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の活性化が、例えば不均一性の腫瘍に対する臨床上意味のある応答に必要とされ得ることを示す。これまでのところ、臨床試験で報告されたＣＴＬ応答は、複数の標的についても、複数のＨＬＡのいずれについても考慮していない。例えば、２つの抗原（チロシナーゼとｇｐ１００）を標的とするメラノーマのペプチドワクチンは、患者の５２％においてＣＴＬ応答を誘発したが、臨床的利益を有したのは１２％のみであった。４３３人の被験者のインシリコモデル集団を使用して、４２％の１以上のＰＥＰＩ３＋スコア（４２％では、被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩにより提示され得る少なくとも１つのワクチンに由来するエピトープを同定できた）、及び６％の２以上のＰＥＰＩ３＋スコア（６％では、被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩにより提示され得る少なくとも２つのワクチンに由来するエピトープを同定できた）を決定した。これは、臨床研究者が、それらの試験において、ＣＴＬ応答率と臨床応答率の間に相関関係を見い出さなかった理由を説明する：２つの異なるワクチンペプチドの両方がＣＴＬ応答を活性化できる患者は僅かしかいなかったため、試ワクチン中のペプチドは、試験での成績は悪かった。それぞれの集団は異なるＨＬＡ遺伝子型を有する被験者を有するため、臨床試験との結果とインシリコ試験の結果との相違は異なる集団に基づいている。しかしながら、モデル集団に関するインシリコ試験により提供された応答率は、臨床試験集団における応答率の結果の良好な予測である。
よって本明細書で開示されるのは、１つ以上の有効成分のポリペプチドを有するワクチン又は免疫療法組成物のためのインシリコ試験を実施する方法である。インシリコ試験は、ヒト集団の臨床応答率を予測し得る。該方法は、（ｉ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子型により定義された複数の被験者を含むインシリコモデルヒト集団を選択又は定義する工程であって、インシリコモデルヒト集団は、臨床応答率を予測すべき前記ヒト集団（治療意図集団に関連している）に相当するか、又は代表し得る、工程；（ｉｉ）インシリコモデルヒト集団の各被験者について、１つ以上の有効成分のポリペプチドが、それぞれが該被験者の少なくとも３つ、又は少なくとも４つ、又は少なくとも５つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも２つの異なる配列を含むかどうかを決定する工程；及び（ｉｉｉ）（前記ヒト集団の）臨床応答率を予測する工程であって、工程（ｉｉ）の要件を満たすインシリコモデルヒト集団のより高い割合が、より高い臨床応答率を予測する、工程を含み得る。工程（ｉｉ）の要件を満たすインシリコモデルヒト集団の割合は、治療意図集団における予測された応答率と相関するか、又は相当し得る。
同等の方法を、例えば、ポリペプチド又は有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物の投与に対する、ヒト集団（又は亜集団）の免疫毒性率、チェックポイント阻害剤応答率、ＡＤＡ発生率、又はヘルパーＴ細胞応答率、を予測するために使用することができる。
場合によって本方法は、１つ以上のさらなるポリペプチド若しくはその断片、又はワクチン、又は医薬若しくは免疫療法組成物について繰り返してもよい。ポリペプチド、断片、又は組成物を、前記ヒト集団におけるそれらの予測された応答率に従ってランク付けしてもよい。この方法は、治療意図集団のための最も効果的な又は最も安全なポリペプチド薬を選択するのに有用である。
医薬組成物の設計と調製
いくつかの態様において本開示は、ヒト被験者（例えば、標的又は治療意図集団）において、免疫応答、細胞傷害性Ｔ細胞応答、又はヘルパーＴ細胞応答を誘導するための、ポリペプチド又はポリペプチドをコードするポリ核酸を設計又は調製する方法を提供する。本開示は、免疫原性組成物、又は医薬組成物、キット又はペプチドのパネル、それらを設計若しくは調製する方法、それらの方法により得られ得る組成物、及び被験者において免疫応答、細胞傷害性Ｔ細胞応答、若しくはヘルパーＴ細胞応答を誘導する方法、若しくは被験者への治療、ワクチン接種、若しくは免疫療法を提供する方法におけるそれらの使用も提供する。
本方法は、複数の、例えば個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に、標的集団内で高い頻度で結合するＴ細胞エピト−プを同定及び／又は選択する工程、並びに１つ以上のかかるエピト−プ（ＰＥＰＩ３＋）を含むポリペプチドを設計及び／又は調製する工程に関連する。かかる高頻度集団のＰＥＰＩ３＋は、本明細書では「最良ＥＰＩ（best EPI）」と呼ばれることがある。本開示によれば、最良ＥＰＩは、特定の又は標的のヒト集団内の高い割合のヒト被験者において免疫応答を誘導する。ポリペプチドは、特定の又は標的のヒト集団の被験者の治療方法において使用するための、医薬組成物、又はキット又はポリペプチドのパネル中の有効成分になり得る。
組成物／キットは、任意選択で少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、若しくは保存剤、及び／又は如何なる最良ＥＰＩも含まない追加のポリペプチドをさらに含んでもよい。ポリペプチドは改変されたものでもあっても、又は非自然発生のものであってもよい。キットは、それぞれが１つ以上の有効成分のペプチドを含む１つ以上の別個の容器を含んでもよい。組成物／キットは、がんなどの個体の疾患を予防、診断、緩和、治療、又は治癒するための個別化された医薬であってもよい。
場合によって最良ＥＰＩは、本明細書で記載したように、サンプル又はモデル集団の被験者の高いパーセンテージの、複数の、例えば少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子、に結合することができる。場合によって「高い」パ−センテージは、ヒト被験者の関連集団又は亜集団の少なくとも、１％、２％、５％、１０％、１２％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、又は５０％以上であってもよい。場合によって「高い」パーセンテージは、他のＰＥＰＩ３＋を有する集団の被験者のパーセンテージと関連する例えば、ＰＥＰＩ３＋は集団における最も高い頻度、又は１つ以上の全てのＰＥＰＩ３＋及び／又はＰＥＰＩ４＋、及び／又は１つ以上の参照標的ポリペプチド抗原中のＰＥＰＩ４＋の、５０％、又は５５％、又は６０％、又は６５％、又は７０％、又は７５％、又は８０％、又は８５％、又は９０％、又は９５％、又は９７％、又は９９％よりも高い頻度であり得る。
場合によっては、標的ポリペプチド抗原が、特定の又は標的の集団の被験者で発現する確率は、最良ＥＰＩが、特定の又は標的のヒト集団の被験者により発現されるポリペプチド抗原を標的とする免疫応答を誘導するであろう全体的な可能性を決定するのに考慮される。場合によって最良ＥＰＩは、ヒト被験者の関連集団の少なくとも１％、２％、５％、１０％、１２％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、若しくは５０％又はそれ以上で最良ＥＰＩに結合することができる、関連する標的ポリペプチド抗原、及び複数の、例えば少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子、の両方を発現すると予測される。
場合によっては、複数のＴ細胞エピトープ／ＰＥＰＩ３＋、任意選択で１つ以上の標的ポリペプチド抗原に由来するＴ細胞エピトープ／ＰＥＰＩ３＋、をそれぞれの断片に結合することができる複数の、例えば少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子を有するモデル又は治療意図集団の被験者のパーセンテージによって；又は断片を含む標的ポリペプチド抗原、及び該断片に結合することができる複数の、例えば少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子の両方を発現すると予測されるモデル又は治療意図集団の中の被験者のパーセンテージによってランク付けしてもよい。ペプチド又は組成物を、それらのランキングに基づいて選択された１つ以上のＰＥＰＩ３＋を含むように設計してもよい。
典型的には、各最良ＥＰＩは、標的ポリペプチド抗原の断片であり、１つ以上の最良ＥＰＩを含むポリペプチドは、治療、ワクチン接種、又は免疫療法のための標的ポリペプチド抗原である。本方法は、１つ以上の適切な標的ポリペプチド抗原を同定する工程を含んでもよい。典型的には、各標的ポリペプチド抗原は、同じ疾患若しくは状態、病原生物若しくは病原生物の群若しくはウイルス、又はがんの種類と関連するであろう。
各最良ＥＰＩについて、組成物、キット若しくはパネルは、本明細書に記載されたポリペプチドなどの標的ポリペプチド抗原の、最大５０、４５，４０、３５、３０、２５、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、又は９個の連続するアミノ酸の配列を含んでもよく、又は本方法はそのアミノ酸の配列を選択することを含んでもよく、その連続するアミノ酸は最良ＥＰＩのアミノ酸配列を含む。
場合によってアミノ酸配列は、標的ポリペプチド抗原の連続する配列の一部ではない追加のアミノ酸が、Ｎ末端及び／又はＣ末端に隣接している。場合によって配列は、最大４１又は３５又は３０又は２５又は２０又は１５又は１０又は９又は８又は７又は６又は５又は４又は３又は２又は１個の追加のアミノ酸が、Ｎ末端及び／又はＣ末端に隣接しているか、又は標的ポリペプチド断片の間に存在する他の場合には、各ポリペプチドは、標的ポリペプチド抗原の断片からなるか、又は単一のペプチド内で端と端とを並べて配置されている（ペプチドの端から端に連続して配置されている）、若しくは重複する（２つ以上の断片は部分的に重複する配列を含み、例えば同じポリペプチド内の２つの最良ＥＰＩがお互いに５０アミノ酸以内にある）２つ以上の断片からなるか、のいずれかである。
異なるポリペプチドの断片、又は同じポリペプチドの異なる領域に由来する断片が、改変されたペプチド内で共に接続された場合、該接続部（joint）又は接合部（junction）の周りにネオエピトープが生成される可能性がある。かかるネオエピトープは、接続部又は接合部のいずれかの側の各断片に由来する少なくとも１つのアミノ酸を包含し、本明細書では接合部の（junctional）アミノ酸配列と称する場合がある。ネオエピトープは健康な細胞に対する望ましくないＴ細胞応答（自己免疫）を誘導し得る。正常で健康なヒト細胞で発現するタンパク質の断片に相当するネオエピトープ、及び／又は被験者の少なくとも２つ、場合によっては少なくとも３つ、若しくは少なくとも４つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができる、又は場合によっては被験者の少なくとも２つ、少なくとも３つ、又は４つ、若しくは５つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるネオエピトープを回避、除去、又は最小化するために、ペプチドを設計してもよく、又はポリペプチドをスクリーニングしてもよい。場合によっては、ペプチドを設計し又はポリペプチドをスクリーニングして、特定の標的又はモデル集団のヒト被験者の閾値を超えるパーセンテージで、集団の個々の被験者により発現される少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することを可能とする、接合部のネオエピトープを有するポリペプチドを除外する。場合によって閾値は、前記集団の３０％、又は２０％、又は１５％、又は１０％、又は５％、又は２％、又は１％、又は０．５％である。本開示の方法は、本明細書に記載されるようなネオエピトープを同定する又はスクリーニングするために使用され得る。アライメントは、ＢＬＡＳＴアルゴリズムなどの既知の方法を用いて決定され得る。ＢＬＡＳＴ解析を行うためのソフトウェアは、国立生物工学情報センター（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）を介して公開されている。
組成物ポリペプチドの少なくとも２つの最良ＥＰＩは、両方とも単一の抗原（例えば、ワクチン／免疫療法によって標的化される単一の抗原（例：腫瘍関連抗原）に由来する２つの複数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩを含むポリペプチドワクチン）を標的とし得、又は異なる抗原（例えば、両方ともワクチン／免疫療法によって標的化される、１つの抗原（例：腫瘍関連抗原）に由来する第１の複数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩ、及び異なる抗原（例：腫瘍関連抗原））に由来する第２の複数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩを含むペプチドワクチン）を標的とし得る。
場合によっては、有効成分のポリペプチドは、全部の若しくは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０個若しくはそれ以上の異なる最良ＥＰＩを共に含み、又は本方法はその最良ＥＰＩを選択することを含む。最良ＥＰＩは１つ以上の異なる標的ポリペプチド抗原の断片であってもよい。標的集団の高い割合の被験者にとって免疫原性である各標的ポリペプチド抗原の特定の断片を同定することにより、組み合わせて用いるため、又は特定の長さの１つ以上のポリペプチドにより活性化できるＴ細胞クローンの数を最大化するため、複数のかかる断片、任意選択で複数の異なる標的ポリペプチド抗原に由来する断片、を単一の有効成分のポリペプチド又は複数の有効成分のポリペプチドに組み込むことが可能である。
現在、ほとんどのワクチン及び免疫療法組成物は、単一のポリペプチド抗原のみを標的としている。しかしながら本開示によれば、場合によっては２つ以上の異なるポリペプチド抗原を標的とする医薬組成物又は有効成分のポリペプチドを提供することが有益である。例えば、ほとんどのがんと腫瘍は不均一性であり、これは、被験者の異なるがん又は腫瘍細胞は異なる抗原を（過剰に）発現することを意味する。異なるがん患者の腫瘍細胞はまた、腫瘍関連抗原の様々な組み合わせを発現する。有効である可能性が最も高い抗がん免疫原性組成物は、腫瘍によって発現される複数の抗原（従って個々のヒト被験者において又は集団において、より多くのがん又は腫瘍細胞）によって発現される複数の抗原を標的とするものである。
単一の治療で複数の最良ＥＰＩを組み合わせること（複数のＥＰＩを共に含む１つ以上の医薬組成物の投与）の有益な効果は、下記の実施例１５及び１６に記載の個別化されたワクチンポリペプチドによって説明できる。卵巣がんにおける例示的なＣＴＡ発現の確率は下記の通りである：ＢＡＧＥ：３０％；ＭＡＧＥ Ａ９：３７％；ＭＡＧＥ Ａ４：３４％；ＭＡＧＥ Ａ１０：５２％。患者ＸＹＺがＢＡＧＥ及びＭＡＧＥ Ａ９のみにＰＥＰＩを含むワクチンで治療された場合、ｍＡＧＰ（ＰＥＰＩを有する複数の発現した抗原）を有する確率は１１％となる患者ＸＹＺがＭＡＧＥ Ａ４及びＭＡＧＥ Ａ１０についてのＰＥＰＩのみを含むワクチンで治療された場合、ｍｕｌｔｉＡＧＰを有する確率は１９％となる。しかしながら、ワクチンがこれら４つのＣＴＡ（ＢＡＧＥ、ＭＡＧＥ Ａ９、ＭＡＧＥ Ａ４、及びＭＡＧＥ Ａ１０）の全てを含んでいる場合、ｍＡＧＰを有する確率は５０％となる。言い換えれば、効果は、両方の２つのＰＥＰＩ治療のｍＡＧＰの複合確率（ＢＡＧＥ／ＭＡＧＥについてのｍＡＧＰの確率＋ＭＡＧＥ Ａ４とＭＡＧＥ Ａ１０についてのｍＡＧＰの確率）よりも高くなる。実施例１５に記載の患者ＸＹＺのＰＩＴワクチンはさらに９つのＰＥＰＩを含み、よってｍＡＧＰを有する確率は９９．９５％超である。
同様に、乳癌における例示的なＣＴＡ発現の確率は以下の通りである：ＭＡＧＥ Ｃ２：２１％；ＭＡＧＥ Ａ１：３７％；ＳＰＣ１：３８％；ＭＡＧＥ Ａ９：４４％。ＭＡＧＥ Ｃ２：２１％及びＭＡＧＥ Ａ１のみにＰＥＰＩを含むワクチンによる患者ＡＢＣの治療は、７％のｍＡＧＰの確率を示す。ＳＰＣ１：３８％；ＭＡＧＥ Ａ９のみにＰＥＰＩを含むワクチンによる患者ＡＢＣの治療は、１１％のｍＡＧＰの確率を示す。ＭＡＧＥ Ｃ２：２１％；ＭＡＧＥ Ａ１：３７％；ＳＰＣ１：３８％；ＭＡＧＥ Ａ９にＰＥＰＩを含むワクチンでの患者ＡＢＣの治療は、４４％（４４＞７＋１１）のｍＡＧＰの確率を有する。実施例１６に記載の患者ＡＢＣのＰＩＴワクチンは、さらに８つのＰＥＰＩを含み、よってｍＡＧＰを有する確率は９９．９３％超である。
従って、場合によっては有効成分のポリペプチドの最良ＥＰＩは、２つ以上の異なる標的ポリペプチド抗原、例えば、特定の疾患又は状態に関連する異なる抗原（例：異なるがん若しくは腫瘍関連抗原又は標的病原体により発現される抗原）、に由来する。場合によっては、ＰＥＰＩは、全部の又は少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０個又はそれ以上の異なる標的ポリペプチド抗原に由来する。異なる標的ポリペプチド抗原は、標的化するために有用であるか、又は異なるＰＥＰＩ３＋で選択的に標的化され得る任意の異なるポリペプチドであってもよい。場合によって異なる標的ポリペプチド抗原は、非相同体若しくは非パラログであるか、又は各ポリペプチドの全長に亘って９５％、若しくは９０％、若しくは８５％、若しくは８０％、若しくは７５％、若しくは７０％、若しくは６０％、若しくは５０％未満の配列同一性を有する。場合によって異なるポリペプチドは、如何なるＰＥＰＩ３＋も共有しないものである。あるいは、場合によっては、ＰＥＰＩ３＋が有効成分のポリペプチドによって標的化される他のポリペプチド抗原と共有されていない場合、ＰＥＰＩ３＋は異なる標的ポリペプチド抗原に由来する。
場合によっては、１つ以上の又はそれぞれの免疫原性ポリペプチド断片は、（例えば標的集団の）ヒト被験者から採取された試料中に存在するポリペプチドに由来する。これは、ポリペプチドが被験者で発現すること、例えば、該被験者のがん細胞で発現するがん若しくは腫瘍関連抗原又はがん精巣抗原を示す。場合によっては１つ以上の又はそれぞれのポリペプチドは、被験者の変異性のネオアンチゲンであるか又は発現性のネオアンチゲンである。１つ以上の又はそれぞれの断片は、ネオアンチゲン特異的な変異を含んでもよい。
他の場合には、１つの以上又はそれぞれの免疫原性ポリペプチド断片は、正常で健康な細胞若しくは組織において通常は発現していないか又は発現は最小限であるが、上記で説明したように、特定の疾患又は状態を有する被験者の高い割合で（高い頻度）で発現するか、又は該被験者の罹患細胞で発現する標的ポリペプチド抗原に由来する。本方法は、かかる標的ポリペプチド抗原を同定又は選択することを含んでもよい。場合によっては、２つ以上の又はそれぞれの免疫原性ポリペプチド断片／最良ＥＰＩは、がんのある型又は特定の細胞型若しくは組織から得られたがんを有する被験者において、それぞれ高頻度で（過剰に）発現される異なるがん又は腫瘍関連抗原に由来する。場合によっては、免疫原性ポリペプチド断片は、全部の又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９若しくは４０個の異なるがん若しくは腫瘍関連ポリペプチドに由来する。場合によっては、１つ以上の、それぞれの又は少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、又は少なくとも６つ、又は少なくとも７つのポリペプチドは、表２〜７のいずれか１つに列挙された抗原から選択される。
場合によっては、１つ以上の又はそれぞれの標的ポリペプチド抗原は、がん精巣抗原（ＣＴＡ）である。場合によっては免疫原性のポリペプチド断片／最良ＥＰＩは、少なくとも１、若しくは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４若しくは２５個のＣＴＡに由来し、又は合計で３つ以上の異なる標的ポリペプチド抗原に由来し、任意選択で１つ、２つ若しくは３つ全て、若しくは少なくとも３つはＣＴＡであり、又は４つ以上の異なるポリペプチド抗原に由来し、任意選択で１つ、２つ、３つ若しくは４つ全て、若しくは少なくとも１つ、２つ、３つ若しくは４つはＣＴＡであり、又は５つ以上の異なるポリペプチド抗原に由来し、任意選択で１つ、２つ、３つ、４つ若しくは５つ全て、若しくは少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、若しくは５つはＣＴＡであり、又は６つ以上の異なるポリペプチド抗原に由来し、任意選択で１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、若しくは６つ全て、若しくは少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、若しくは６つはＣＴＡであり、又は７つ以上の異なるポリペプチド抗原に由来し、任意選択で１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、若しくは７つ全て、若しくは少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、若しくは７つはＣＴＡであり、又は８つ以上の異なるポリペプチド抗原に由来し、任意選択で１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、若しくは８つ全て、若しくは少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、若しくは８つはＣＴＡである。場合によっては、１つ以上の又はそれぞれの標的ポリペプチド抗原は、細菌、ウイルス、又は寄生虫により発現される。
場合によっては、１つ以上のポリペプチド断片は、集団内の被験者の高いパーセンテージの被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、１つ以上のポリペプチド断片は、集団内の被験者の高いパーセンテージの被験者の少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又は少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、ＨＬＡクラスＩ及びＨＬＡクラスＩＩ結合断片は任意選択で重複していてもよい。かかる方法により調製された組成物は、被験者において細胞傷害性Ｔ細胞応答とヘルパーＴ細胞応答の両方を誘発し得る。
免疫原性及び医薬組成物、治療方法及び投与方法
いくつかの態様において本開示は、有効成分として１つ以上のポリペプチドを有する、上記の医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルに関する。これらは、被験者に対する、免疫応答の誘導、治療、ワクチン接種、又は免疫療法を提供する方法において使用するためのものであってもよく、医薬組成物はワクチン又は免疫療法組成物であってもよい。かかる治療は、１つ以上のポリペプチド又は治療の有効成分のポリペプチドの全てを共に含む医薬組成物を、被験者に投与することを含む。複数のポリペプチド又は医薬組成物を一緒に又は順次投与してもよく、例えば全ての医薬組成物又はポリペプチドを１年、又は６か月、又は３か月、又は６０日、又は５０日、又は４０日、又は３０日の期間内に被験者に投与してもよい。
本明細書に記載の免疫原性若しくは医薬組成物又はキットは、１つ以上の免疫原性ペプチドに加えて、薬学的に許容可能な賦形剤、担体、希釈剤、緩衝剤、安定化剤、保存剤、アジュバント、又は当業者によく知られた他の材料を含んでもよい。かかる材料は、好ましくは非毒性であり、好ましくは有効成分の薬学的活性に干渉しない。薬学的担体又は希釈剤は、例えば、水含有溶液であってもよい。担体又は他の材料の正確な性質は投与経路、例えば、経口、静脈内、皮膚又は皮下、鼻、筋肉内、皮内、及び腹腔内の経路、に依存し得る。
本開示の医薬組成物は１つ以上の「薬学的に許容可能な担体」を含んでもよい。これらは典型的には、タンパク質、糖類、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、高分子アミノ酸、アミノ酸共重合体、スクロース（Paoletti et al., 2001, Vaccine, 19:2118）、トレハロース（WO 00/56365）、ラクト−ス、及び脂質凝集体（油滴又はリポソームなど）などの大きく、ゆっくりと代謝される高分子である。かかる担体は、当業者によく知られている。医薬組成物はまた、水、生理食塩水、グリセロール等の希釈剤も含んでもよい。さらに、湿潤剤又は乳化剤、ｐＨ緩衝物質などの補助物質が存在してよい。無菌の発熱物質を含まないリン酸緩衝生理食塩水は、典型的な担体である（Gennaro, 2000, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20th edition, ISBN:0683306472）。
本開示の医薬組成物は、凍結乾燥されてもよいし、又は水性の形態、即ち溶液又は懸濁液であってもよい。この型の液体製剤は、水性媒体中で再構成する必要なく、組成物をそれらが包装された形態から直接投与することを可能にし、よって注射に理想的である。医薬組成物は、バイアルに入れて提供されてもよく、又は予め充填されたシリンジに入れて提供されてもよい。シリンジは針付きで、又は針なしで供給されてもよい。シリンジは単回投与量を含むが、一方バイアルは単回投与量又は複数回投与量を含み得る。
本開示の液体製剤は、凍結乾燥された形態から他の薬剤を再構成するのにも適している。医薬組成物がそのような即時の再構成のために使用される場合には、本開示は、２つのバイアルを含み得る、又は１つの予め充填されたシリンジ及び１つのバイアルを含み得るキットを提供し、シリンジの内容物は注射の前にバイアルの内容物を再構成するために使用される
本開示の医薬組成物は、特に複数回投与の形式で包装される場合、抗菌剤を含んでもよい。２−フェノキシエタノール又はパラベン（メチル、エチル、プロピルパラベン）等の抗菌剤を使用してもよい。任意の保存剤は、低レベルで存在することが好ましい。保存剤は外から添加されてもよく、及び／又は、混合された組成物を形成するバルク抗原の成分であってもよい（例えば百日咳抗原中に保存剤として存在する）。
本開示の医薬組成物は、洗浄剤、例えば、Ｔｗｅｅｎ（ポリソルベート）、ＤＭＳＯ（ジメチルスルホキシド）、ＤＭＦ（ジメチルホルムアミド）を含んでいてもよい。洗浄剤は一般的には例えば０．０１％未満の低レベルで存在するが、例えば０．０１〜５０％のより高いレベルで使用してもよい。
本開示の医薬組成物は、ナトリウム塩（例えば塩化ナトリウム）、及び（例えばリン酸緩衝液の使用により）遊離のリン酸イオンを溶液中に含んでもよい。
特定の態様において、医薬組成物は、ペプチドを抗原提示細胞に送達するため、又は安定性を増加させるため、のいずれかのために適切な媒体（vehicle）中にカプセル化されてもよい。当業者に理解されるように、本開示の医薬組成物を送達するために様々な媒体が適している。適切に構築された流体送達システムの非限定的な例として、ナノ粒子、リポソーム、マイクロエマルジョン、ミセル、デンドリマー、及び他のリン脂質含有システムが含まれ得る。医薬組成物を送達媒体に組み込む方法は、本技術分野で既知である。
組成物の免疫原性を増加させるために、医薬組成物は１つ以上のアジュバント及び／又はサイトカインを含んでもよい。
適切なアジュバントとして、水酸化アルミニウム又はリン酸アルミニウムなどのアルミニウム塩が挙げられるが、カルシウム、鉄若しくは亜鉛の塩であってもよく、又はアシル化チロシン若しくはアシル化糖の不溶性懸濁液であってもよく、又はカチオン性若しくはアニオン性の誘導体化糖類、ポリホスファゼン、生分解性ミクロスフェア、モノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）、（例えば毒性が低減された）脂質Ａ誘導体、３−Ｏ−デアセチル化ＭＰＬ［３Ｄ−ＭＰＬ］、クイル（quil）Ａ、サポニン、ＱＳ２１、フロイント不完全アジュバント（Ｄｉｆｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、デトロイト、ミシガン州）、メルクアジュバント６５（Ｍｅｒｃｋ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｉｎｃ．，ローウェイ、ニュージャージー州）、ＡＳ−２（Ｓｍｉｔｈ−Ｋｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ、フィラデルフィア、ペンシルバニア州）、ＣｐＧオリゴヌクレオチド、生体接着剤及び粘膜接着剤、微粒子、リポソーム、ポリオキシエチレンエーテル製剤、ポリオキシエチレンエステル製剤、ムラミルペプチド又はイミダゾキノロン化合物（例えば、イミキモド（imiquamod）及びその同族体）であってもよい。本開示においてアジュバントとしての使用に適しているヒトの免疫調節剤としては、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２等）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）などのサイトカインが挙げられる。
いくつかの実施態様において、組成物は、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１（Ｓｅｐｐｉｃ，Ｉｎｃ．、フェアフィールド、ニュージャージー州、アメリカ合衆国）、ＱＳ−２１（Ａｑｕｉｌｉａ Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．、レキシントン、マサシューセッツ州、アメリカ合衆国）、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinizone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全又は不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）からなる群から選択されるアジュバントを含む。
例としてサイトカインは、ＴＧＦ−α及びＴＧＦ−βなど（ただしこれらに限定されない）のトランスフォーミング増殖因子（ＴＧＦ）（；インスリン様成長因子−Ｉ及び／又はインスリン様成長因子−ＩＩ；エリスロポエチン（ＥＰＯ）；骨誘導因子；インターフェロン−α、−β、及び−γなど（ただしこれらに限定されない）のインターフェロン（ＩＦＮ）；マクロファージ−ＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦなど（ただしこれらに限定されない）のコロニー刺激因子（ＣＳＦ）；顆粒球−マクロファージ−ＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）；及び顆粒球−ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）からなる群から選択されてもよい。いつくかの態様において、サイトカインは、ＮＧＦ−βなどの神経成長因子；血小板成長因子；ＴＧＦ−α及びＴＧＦ−βなど（ただしこれらに限定されない）のトランスフォーミング増殖因子（ＴＧＦ）；インスリン様成長因子−Ｉ及びインスリン様成長因子−ＩＩ；エリスロポエチン（ＥＰＯ）；骨誘導因子；（ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−γなど（ただしこれらに限定されない）のインターフェロン；マクロファージ−ＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦ）、顆粒球−マクロファージ−ＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）、及び顆粒球−ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）などのコロニー刺激因子（ＣＳＦ）；ＩＬ−１、ＩＬ−１α、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２；ＩＬ−１３、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８など（ただしこれらに限定されない）のインターロイキン（Ｉl；ＬＩＦ；ｋｉｔリガント又はＦＬＴ−３；アンジオスタチン；トロンボスポンジン；エンドスタチン；腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）；及びＬＴからなる群から選択される。
アジュバント又はサイトカインを、１投与当たり約０．０１ｍｇ〜約１０ｍｇの用量で、好ましくは１投与当たり約０．２ｍｇから約５ｍｇの用量で添加され得ると予想される。あるいは、アジュバント又はサイトカインは、約０．０１〜５０％の濃度、好ましくは約２％〜３０％の濃度であり得る。
特定の態様において、本開示の医薬組成物は、既知の技術に従って適切な滅菌条件下で、アジュバント及び／又はサイトカインをＰＥＰＩと物理的に混合することによって調製され、最終生成物が作製される。
ポリペプチド断片の適切な組成物及び投与方法の例は、Esseku and Adeyeye (2011)及びVan den Mooter G. (2006)で提供されている。ワクチン及び免疫療法組成物の調製は一般的に、Vaccine Designの“The subunit and adjuvant approach” (Powell M. F. & Newman M. J.編集 (1995) Plenum Press New York)に記載されている。同様に想定されるリポソーム内へのカプセル化は、Fullerton、米国特許4,235,877に記載されている。
いくつかの実施態様において、本明細書に開示された組成物は、核酸ワクチンとして調製される。いくつかの実施態様において、核酸ワクチンはＤＮＡワクチンである。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチン又は遺伝子ワクチンは、プロモーター、並びに適切な転写及び翻訳制御要素、並びに１つ以上の本開示のポリペプチドをコードする核酸配列を有するプラスミドを含む。いくつかの実施態様において、プラスミドは、例えば発現レベル、細胞内標的化、又はプロテアソームプロセシングを強化するための配列も含む。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンは、本開示の１つ以上のポリペプチドをコードする核酸配列を含むウイルスベクターを含む。追加の態様において、本明細書で開示された組成物は、生体試料と免疫応答性を有すると決定されたペプチドをコードする１つ以上の核酸を含む。例えば、いくつかの実施態様において、組成物は、患者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又はそれ以上のペプチドをコードする１つ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様において、ペプチドは、がんで発現する抗原に由来する。いくつかの実施態様において、ＤＮＡ又は遺伝子ワクチンは、ワクチンの効果の増強、免疫システムの刺激又は免疫抑制の低減などがもたらされる免疫応答を操作するための免疫調節分子もコードする。ＤＮＡワクチン又は遺伝子ワクチンの免疫原性を増強するための戦略として、異種のバージョンの抗原のコード化、抗原のＴ細胞を活性化又は連合認識（associative recognition）を引き起こす分子への融合、ＤＮＡベクターによるプライミングとそれに続くウイルスベクターによるブースト、及び免疫調節分子の使用が挙げられる。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンは、数ある形態の中で特に、針、遺伝子銃、エアロゾル注入器により、パッチ（patch）で、マイクロニードルを介して、擦過傷（abrasion）によって導入される。いくつかの形態において、ＤＮＡワクチンはリポソーム又は他の形態のナノボディに組み込まれる。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンとして、トランスフェクション剤；プロタミン；プロタミンリポソーム；多糖類粒子；カチオン性ナノエマルジョン；カチオン性ポリマー；カチオン性ポリマーリポソーム；カチオン性ナノ粒子；カチオン性脂質及びコレステロールのナノ粒子；カチオン性脂質、コレステロール及びＰＥＧナノ粒子；デンドリマーナノ粒子からなる群から選択される送達システムが挙げられる。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンは、吸入又は摂取によって投与される。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンは、血液、胸腺、膵臓、皮膚、筋肉、腫瘍、又は他の部位に導入される。
いくつかの実施態様において、本明細書に開示された組成物は、ＲＮＡワクチンとして調製される。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは非複製ｍＲＮＡ、又はウイルス由来の自己増幅ＲＮＡである。いくつかの実施態様において、非複製ｍＲＮＡは、本明細書に開示されたペプチドをコードし、５’及び３’の非翻訳領域（ＵＴＲ）を含む。いくつかの実施態様において、ウイルス由来の自己増幅ＲＮＡは、本明細書に開示されるペプチドのみならず、細胞内ＲＮＡ増幅及び豊富なタンパク質発現を可能とするウイルス複製機構もコードする。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは個体に直接導入される。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは化学的に合成されるか、又はインビトロで転写される。いくつかの実施態様において、ｍＲＮＡは、Ｔ７、Ｔ３、又はＳｐ６ファージＲＮＡポリメラーゼを用いて直鎖状ＤＮＡ鋳型から作製され、得られる生成物は、本明細書に開示されるペプチドをコードするオープンリーディングフレーム、隣接するＵＴＲ、５’キャップ、及びポリ（Ａ）テールを含む。いくつかの実施態様において、ワクシニアウイルスのキャッピング酵素を用いるか、又は合成キャップ若しくは抗リバースキャップアナログ（anti-reverse cap analog）を組み込むことにより、転写反応中又はその後に、種々のバージョンの５’キャップが付加される。いくつかの実施態様において、最適な長さのポリ（Ａ）テールが、コード化ＤＮＡ鋳型から直接又はポリ（Ａ）ポリメラーゼを使用するかのいずれかにより、ｍＲＮＡに付加される。ＲＮＡは、患者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む１つ以上のペプチドをコードする。いくつかの実施態様において、断片は、がんで発現する抗原に由来する。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは、安定性及び翻訳を強化するためのシグナルを含む。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは、半減期を増加するための非天然ヌクレオチド、又は免疫刺激プロファイルを変える修飾ヌクレオシドも含む。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは、数ある形態の中で特に、針、遺伝子銃、エアロゾル注入器により、パッチ（patch）で、マイクロニードルを介して、擦過傷（abrasion）によって導入される。一部の形態において、ＲＮＡワクチンは、ＲＮＡの細胞内取り込みを促進し、それを分解から保護するリポソーム又は他の形態のナノボディに組み込まれる。いくつかの実施態様において、ＲＮＡワクチンとして、トランスフェクション剤；プロタミン；プロタミンリポソーム；多糖類粒子；カチオン性ナノエマルジョン；カチオン性ポリマー；カチオン性ポリマーリポソーム；カチオン性ナノ粒子；カチオン性脂質及びコレステロールナノ粒子；カチオン性脂質、コレステロール及びＰＥＧナノ粒子；デンドリマーナノ粒子；及び／又は裸の（naked）ｍＲＮＡ；インビボのエレクトロポレーションによる裸のｍＲＮＡ；プロタミンと複合体を形成したｍＲＮＡ；正に荷電した水中油型カチオン性ナノエマルジョンに関連したｍＲＮＡ；化学修飾されたデンドリマーに関連し、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）−脂質と複合体を形成したｍＲＮＡ；ＰＥＧ−脂質ナノ粒子の中でプロタミンと複合体を形成したｍＲＮＡ；ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）等のカチオン性ポリマーに関連したｍＲＮＡ；ＰＥＩ及び脂質成分等のカチオン性ポリマーに関連したｍＲＮＡ；多糖類（例えばキトサン）粒子又はゲルに関連したｍＲＮＡ；カチオン性脂質ナノ粒子（例えば、１，２−ジオレオイルオキシ−３−トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＡＰ）又はジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）脂質）中のｍＲＮＡ；カチオン性脂質及びコレステロールと複合体を形成したｍＲＮＡ；又はカチオン性脂質、コレステロール及びＰＥＧ−脂質と複合体を形成したｍＲＮＡからなる群から選択される送達システムが挙げられる。いくつかの実施態様において、ＲＮＡワクチンは、吸入又は摂取によって投与される。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは、血液、胸腺、膵臓、皮膚、筋肉、腫瘍、若しくは他の部位に、及び／又は、皮内、筋肉内、皮下、鼻腔内、節内、静脈内、膵臓内、腫瘍内、若しくは他の送達経路により導入される。
ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド成分は、裸の（naked）ヌクレオチド配列であってもよく、又はカチオン性脂質、ポリマー、若しくは標的化システムと組み合わせてもよい。それらは、任意の利用可能な技術によって送達され得る。例えば、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、針注射によって、好ましくは皮内、皮下、又は筋肉内に導入され得る。あるいは、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、粒子に媒介される遺伝子送達等の送達装置を使用して、皮膚を横切って直接送達してもよい。ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、例えば経鼻、経口、又は直腸内投与によって、皮膚、又は筋肉表面に局所的に投与してもよい。
ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドのコンストラクトの取り込みは、いくつかの既知のトランスフェクション技術、例えばトランスフェクション剤の使用を含むもの、により強化されてもよい。これらの薬剤の例として、カチオン性薬剤、例えば、リン酸カルシウム、及びＤＥＡＥ−デキストラン、並びにリポフェクタント、例えばリポフェクタム及びトランスフェクタムが挙げられる。投与されるポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの投与量は変更することができる。
典型的には、投与は「予防的有効量」又は「治療的有効量」（場合によって、予防が治療と見做され得る）であり、これは個体に臨床応答をもたらすか又は臨床的利益、例えば、疾患若しくは状態の発症を予防若しくは遅延、１つ以上の症状の改善、寛解の誘導若しくは延長、又は再燃（relapse）若しくは再発（recurrence）の遅延、を示すのに十分である。
投与量は様々なパラメーター、特に使用される物質；治療を受ける個体の年齢、体重、並びに状態；投与の経路；及び必要とされる投与療法、によって決定される。各投与量における抗原の量は、免疫応答を誘導する量として選択される。医師は任意の特定の個体に必要とされる投与経路と投与量を決定することができるであろう。投与量は単回投与量として提供されてもよく、複数回投与量として、例えば規則的な間隔を空けて、例えば１時間に２回、３回、又は４回の投与量とし、提供されてもよい。典型的にはペプチド、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、粒子に媒介された送達のため、１ｐｇから１ｍｇ、より典型的には１ｐｇから１０μｇの範囲内で、他の経路のため、１μｇから１ｍｇ、より典型的には１〜１００μｇ、より典型的には５〜５０μｇの範囲内で投与される。一般的には、各投与量は０．０１〜３ｍｇの抗原を含むと予想される。特定のワクチンについての最適量は、被験者の免疫応答の観察に関する研究によって確認することができる。
上記の技術とプロトコールの例は、Remington's Pharmaceutical Sciences, 第20版, 2000年, 出版Lippincott, Williams & Wilkinsに見い出すことができる。
本開示によるいくつかの場合において、複数のペプチド又はペプチドの組成物が投与される。２つ以上の医薬組成物は、一緒に／同時に、及び／又は異る時間に若しくは順次投与され得る。よって本開示は、医薬組成物のセット及びその使用を含む。異なるペプチド、任意選択で異なる抗原を標的とするペプチド、の組み合わせを使用することは、腫瘍の遺伝的異質性と個体のＨＬＡの異質性の課題を克服するために重要である。本開示のペプチドを組み合わせて使用することは、ワクチン接種から臨床的利益を受ける個体の群を拡大する。ある治療方法に使用するために製造されたＰＥＰＩの複数の医薬組成物が製剤を定義し得る。
投与経路として、経鼻内、経口、皮下、皮内、及び筋肉内が挙げられるが、それらに限定される訳ではない。皮下投与は特に好適である。皮下投与は、例えば、腹部、上腕又は太腿の側面及び前面、背中の肩甲骨領域、又は上部腹背両面の臀部領域への注射であってもよい。
本開示の組成物は１回又はそれ以上の投与量で、及び他の投与経路によって投与され得る。例えば、かかる他の経路として、皮内、静脈内、血管内、動脈内、腹腔内、髄腔内、気管内、心臓内、肺葉内（intralobally）、骨髄内、肺内、及び膣内投与が挙げられる。治療を所望する期間に依って、本開示による組成物は、１回又は数回、断続的に、例えば数か月又は数年間、月１回、異なる投与量で投与され得る。
経口投与のための固体製剤として、カプセル、錠剤、カプレット、丸薬、粉末、ペレット、及び顆粒が挙げられる。かかる固体の剤形において、有効成分は通常、１つ以上の薬学的に許容可能な賦形剤と組み合わされており、その例を上記で詳述した。経口製剤はまた、水性懸濁液、エリキシル剤、又はシロップとして投与され得る。これらについて、有効成分は様々な甘味剤又は香味剤、着色剤、及び必要に応じて乳化剤及び／又は懸濁剤、並びに水、エタノール、グリセリン、及びそれらの組み合わせ等の希釈剤と組み合わされてもよい。
本開示の１つ以上の組成物を投与してもよく、本開示による治療のための方法及び使用を、単独で又は他の医薬組成物又は治療、例えば化学療法及び／又は免疫療法及び／又はワクチンと組み合わせて行ってもよい。他の治療用組成物又は治療は、例えば本明細書中で議論したものの１つ以上であってもよく、本開示の組成物又は治療と同時又は順次（前又は後）のいずれかで投与してもよい。
場合によっては、チェックポイント阻害療法／チェックポイント阻害剤、共刺激抗体、細胞傷害性又は非細胞傷害性化学療法、及び／又は放射線療法、標的療法、又はモノクローナル抗体療法と組み合わせて治療を行ってもよい。化学療法は、ワクチン接種により誘導される腫瘍特異的な細胞傷害性Ｔ細胞によって殺傷される腫瘍を感作することが実証されている（Ramakrishnan et al. J Clin Invest. 2010; 120(4):1111-1124）。化学療法剤の例として、メクロレタミン（ＮＨ２）、シクロホスファミド、イホスファミド、メルファラン（Ｌ−サルコリシン）、及びクロラムブシルなどのナイトロジェンマスタードを含むアルキル化剤；アントラサイクリン；エポチロン；カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、セムスチン（メチル−ＣＣＮＵ）、及びストレプトゾシン（ストレプトゾトシン）などのニトロソウレア；ダカルバジン（decarbazine）（ＤＴＩＣ；ジメチルトリアゼノイミダゾール−カルボキサミド）などのトリアゼン；ヘキサメチルメラニン、チオテパなどのエチレンイミン／メチルメラミン；ブスルファンなどのスルホン酸アルキル；メトトレキサート（アメトプテリン）などの葉酸類似体を含む代謝拮抗剤；アルキル化剤、代謝拮抗剤、フルオロウラシル（５−フルオロウラシル；５−ＦＵ）、フロキシウリジン（フルオロデオキシウリジン；ＦＵｄＲ）及びシタラビン（シトシンアラビノシド）などのピリミジン類似体；メルカプトプリン（６−メルカプトプリン；６−ＭＰ）、チオグアニン（６−チオグアニン；ＴＧ）及びペントスタチン（２’−デオキシコホルマイシン）などのプリン類似体及び関連阻害剤；エピポドフィロトキシン；Ｌ−アスパラギナーゼなどの酵素；ＩＮＦα、ＩＬ−２、Ｇ−ＣＳＦ、及びＧＭ−ＣＳＦなどの生物学的応答調節物質；シスプラチン（ｃｉｃ−ＤＤＰ）、オキサリプラチン及びカルボプラチンなどの白金配位錯体；ミトキサントロン及びアントラサイクリンなどのアントラセンジオン；ヒドロキシ尿素などの置換尿素；プロカルバジン（Ｎ−メチルヒドラジン、ＭＩＨ）及びプロカルバジンを含むメチルヒドラジン誘導体；ミトタン（ｏ，ｐ’−ＤＤＤ）及びアミノグルテチミド等の副腎皮質抑制剤；タキソール及び類似体／誘導体；プレドニゾン及び同等物、デキサメタゾン及びアミノグルテチミドなどのアドレノコルチコステロイド拮抗薬、カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロールなどのプロゲスチン、ジエチルスチルベストロール及びエチニルエストラジオール同等物などのエストロゲン、タモキシフェンなどの抗エステロゲン剤、プロピオン酸テストステロン及びフルオキシメステロン／同等物を含むアンドロゲン、フルタミド、ゴナドトロピン関連ホルモン類似体及びロイプロリドなどの抗アンドロゲン、及びフルタミド等の非ステロイド抗アンドロゲン剤を含むホルモン／ホルモン療法剤並びにアゴニスト／アンタゴニスト；ビンブラスチン（ＶＬＢ）及びビンクリスチンなどのビンカアルカロイド、エトポシド及びテニポシドなどのエピポドフィロトキシン、ダクチノマイシン（アクチノマイシンＣ）、ダウノルビシン（ダウノマイシン；ルビドマイシン）、ドキソルビシン、ブレオマイシン、プリカマイシン（ミトラマイシン）及びマイトマイシン（マイトマイシンＤ）などの抗生物質；Ｌ−アスパラギナーゼなどの酵素、及びインターフェロンアルフェノンなどの生物学的応答調節物質を含む天然物が挙げられる。
場合によって本治療方法は、ワクチン接種の方法又は免疫療法を提供する方法である。本明細書で使用される「免疫療法」は、個体の免疫応答を誘導又は増強することによる、疾患又は状態の治療である。特定の実施態様において、免疫療法は、個体に１つ以上の薬物を投与してＴ細胞応答を誘発することを含む療法を指す。特定の態様において、免疫療法は、１つ以上のＰＥＰＩを含むポリペプチドの個体への投与又は発現により、クラスＩ ＨＬＡと併せてそれらの細胞表面上に１つ以上のＰＥＰＩを提示する細胞を認識して殺傷するＴ細胞応答を誘発することを含む療法を指す。他の特定の実施態様において、免疫療法は、１つ以上のＰＥＰＩを個体に投与して、それらの細胞表面上に１つ以上のＰＥＰＩを含む腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）又はがん精巣抗原（ＣＴＡ）を提示する細胞に対する細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘発することを含む療法を指す。他の実施態様において、免疫療法は、クラスＩＩ ＨＬＡにより提示される１つ以上のＰＥＰＩを含むポリペプチドの個体への投与又は発現により、Ｔヘルパー応答を誘発して、クラスＩ ＨＬＡと併せてそれらの細胞表面上に１つ以上のＰＥＰＩを提示する罹患細胞を認識して殺傷する細胞傷害性Ｔ細胞に共刺激を提供することを含む療法を指す。さらなる他の特定の実施態様において、免疫療法は、１つ以上の薬物の個体への投与により既存のＴ細胞を再活性化して標的細胞を殺傷することを含む療法を指す。理論は、細胞傷害性Ｔ細胞応答が１つ以上のＰＥＰＩを提示する細胞を除去し、それによって個体の臨床的状態を改善するというものである。場合によっては、免疫療法は腫瘍を治療するために用いられ得る。他の例では免疫療法は、細胞内病原体に基づく疾患又は障害を治療するために用いられ得る。
場合によって本開示は、癌の治療又は固形腫瘍の治療に関する。治療は、任意の細胞、組織、又は器官の型のがん又は悪性若しくは良性腫瘍のものであってもよい。がんは転移性であっても、転移性でなくてもよい。例示的ながんとして、がん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、胚細胞腫瘍、又は芽細胞腫が挙げられる。がんはホルモンに関連若しくは依存するがん（例えば、エスロトゲン又はアンドロゲン関連のがん）であってもなくてもよい。
他の場合おいて本開示は、ウイルス、細菌、真菌若しくは寄生虫の感染、又は免疫療法により治療され得る他の任意の疾患若しくは状態に関する。
システム
本開示は、ヒト被験者のモデル集団の各被験者のクラスＩ及び／又はクラスＩＩ ＨＬＡ遺伝子型；及び１つ以上の試験ポリペプチドのアミノ酸配列を含むデータを保存するように構成された保存モジュールであって、モデル集団は試験標的ヒト集団の代表する、モジュール、及び該モデル集団の各被験者の複数のクラスＩＨＬＡ分子に結合することができる１つ以上の試験ポリペプチド中のアミノ酸配列、及び／又は該モデル集団の各被験者の複数のクラスＩＩＨＬＡ分子に結合することができる１つ以上の試験ポリペプチド中のアミノ酸配列、を同定及び／又は定量するように構成された計算モジュールを含む。システムは、本明細書に記載の予測又は治療の選択若しくは推奨の任意の出力、又は本明細書に記載の任意の薬力学的バイオマーカーの値を表示する様に構成された出力モジュールをさらに含んでもよい。
本開示のさらなる態様
１．標的ヒト集団の被験者において疾患又は障害（disorder）を治療するための医薬組成物であって、該組成物は１つ以上のポリペプチドを含み、各ポリペプチドは少なくとも第１の領域と第２の領域を含み、
（ａ）第１の領域は１０〜５０アミノ酸長であって、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープである第１のアミノ酸配列を含む；及び、
（ｂ）第２の領域は１０〜５０アミノ酸長であって、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープである第２のアミノ酸配列を含む、
第１と第２の領域のそれぞれのＴ細胞エピト−プのアミノ酸配列は異なる配列を含む、医薬組成物。
２．少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１１個、又は少なくとも１２個の異なるポリペプチドを含む、項１の医薬組成物。
３．２〜４０個の異なるポリペプチドを含む、項１の医薬組成物。
４．標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが７〜１１個のアミノ酸を含み、標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが１３〜１７個のアミノ酸を含む、項１の医薬組成物。
５．１０〜５０アミノ酸長の第１の領域は抗原に由来し、１０〜５０アミノ酸長の第２の領域は同じ又は異なる抗原に由来する、項１の医薬組成物。
６．第１と第２の領域のエピト−プが単一の抗原に由来する、項１の医薬組成物。
７．第１と第２の領域のエピト−プが２つ以上の異なる抗原に由来する、項１の医薬組成物。
８．該抗原が、がん関連抗原、腫瘍関連抗原、若しくは標的の病原生物により発現される抗原、ウイルスにより発現される抗原、細菌により発現される抗原、真菌により発現される抗原、自己免疫疾患に関連している抗原であるか、又はアレルゲンである、項５の医薬組成物。
９．抗原が表２〜７に列挙された抗原から選択される、項５の医薬組成物。
１０．２つ以上の異なる抗原が、表２から７に列挙された抗原から選択される、及び／又は、異なるがん関連抗原である、項６の医薬組成物。
１１．１つ以上の抗原が、がん精巣抗原（ＣＴＡ）である、項９の医薬組成物。
１２．１つ以上のポリペプチドが、対応する抗原内のエピトープに隣接している連続する配列の一部ではない、Ｔ細胞エピトープに隣接している最大１０個のアミノ酸をさらに含む、項１の医薬組成物。
１３．１つ以上のポリペプチドがスクリーニングされ、第１の領域と第２の領域の間の接合部（junction）にまたがるネオエピトープが実質的に全て除去されており、該第１の領域と第２の領域は、
（ｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
（ｉｉ）標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は、
（ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の両方の要件を満たす、
項１の医薬組成物。
１４．標的集団はがん患者であり、第１の領域と第２の領域はそれぞれＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、
各Ｔ細胞エピトープについて、
（ｉ）標的集団内の少なくとも１０％の被験者が、Ｔ細胞エピトープを含む表２に列挙された抗原から選択される腫瘍関連抗原を発現する；及び
（ｉｉ）標的集団内の少なくとも１０％の被験者が、Ｔ細胞エピトープに結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子を有する、
ここで第１と第２の領域のＴ細胞エピトープは互いに異なる、項１の医薬組成物。
１５．薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項１の医薬組成物。
１６．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項１５の医薬組成物。
１７．１つ以上の別個の容器を含むキットであって、各容器は、
（ｉ）少なくとも第１の領域と第２の領域を含む１つ以上のポリペプチド、
（ａ）１０〜５０アミノ酸長の第１の領域であって、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピト−プである第１のアミノ酸配列を含む；及び
（ｂ）１０〜５０アミノ酸長の第２の領域であって、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピト−プである第２のアミノ酸配列を含む、及び
（ｉｉ）薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせ
を含むキット。
１８．添付文書をさらに含む、項１９のキット。
１９．少なくとも第１の領域と第２の領域を含む１つ以上のポリペプチドを発現する１つ以上の核酸分子を含む医薬組成物であり、
（ａ）１０〜５０アミノ酸長の第１の領域であり、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピト−プである第１のアミノ酸配列を含む；及び
（ｂ）１０〜５０アミノ酸長の第２の領域であり、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピト−プである第２のアミノ酸配列を含む、
ここで第１と第２の領域の各Ｔ細胞エピト−プのアミノ酸配列は異なる配列を含む、医薬組成物。
２０．標的ヒト集団内の被験者において免疫応答を誘導する方法において使用するためのポリペプチド、又はポリペプチドをコードするポリ核酸を調製する方法であって、該方法は：
（ｉ）（ａ）それぞれがＨＬＡクラスＩ遺伝子型及び／又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型により規定される複数の被験者を含む関連モデルヒト集団；又は
（ｂ）それぞれがＨＬＡクラスＩ遺伝子型により規定される複数の被験者を含む関連する１つの関連モデルヒト集団、及びそれぞれがＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型により規定される複数の被験者を含む関連する１つの関連モデルヒト集団、
を選択する工程；
（ｉｉ）（ａ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子型により規定され工程（ｉ）で選択された、モデル集団の被験者の高いパーセンテージで、該モデル集団の個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ；
（ｂ）ＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型により規定され工程（ｉ）で選択された、モデル集団の被験者の高いパーセンテージで、該モデル集団の個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ；又は、
（ｃ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子型により規定され工程（ｉ）で選択された、モデル集団の被験者の高いパーセンテージで、該モデル集団の個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ、及び、ＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型により規定され工程（ｉ）で選択された、該モデル集団の被験者の高いパーセンテージで、該モデル集団の個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ、
を含む抗原の最大５０個の連続するアミノ酸の断片を同定する工程；及び
（ｉｉｉ）工程（ｉｉ）で同定された１つ以上の断片を含むポリペプチド、又はポリペプチドをコードするポリ核酸を調製する工程、
を含む方法。
２１．工程（ｉｉ）で選択された断片がＨＬＡクラスＩ結合エピトープであるならば、工程（ｉｉｉ）の前に、抗原の断片のより長い断片を選択する工程をさらに含み、そのより長い断片は以下のアミノ酸配列
（ａ）工程（ｉｉ）で選択された断片を含むアミノ酸配列、及び
（ｂ）ＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型により規定され工程（ｉ）で選択された、モデル集団の被験者の高いパーセンテージで、そのモデル集団の個々の被験者の少なくとも３つ、又は最も可能性のあるＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができる、ＨＬＡクラスＩＩ分子結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列、
を含む、項２０の方法。
２２．工程（ｉｉｉ）の前に、工程（ｉ）から（ｉｉ）の工程の繰り返しをさらに含み、第１のアミノ酸配列と同じ又は異なるポリペプチドの最大５０個の連続するアミノ酸の１つ以上の追加のアミノ酸配列を同定する、項２０の方法。
２３．標的ヒト集団の被験者において免疫応答を誘導する方法であって、該方法は、少なくとも第１の領域と第２の領域
（ａ）１０〜５０アミノ酸長の第１の領域であり、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープである第１のアミノ酸配列を含む；及び、
（ｂ）１０〜５０アミノ酸長の第２の領域であり、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープである第２のアミノ酸配列を含む、
を含む１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物を該被験者に投与する工程を含み、
ここで第１と第２の領域の各Ｔ細胞エピト−プのアミノ酸配列は異なる配列を含む、方法。
２４．投与工程の前に、医薬組成物の投与に対して被験者が臨床応答を示す可能性が高いかを、
（ｉ）該被験者の生体試料をアッセイして該被験者のＨＬＡ遺伝子型を決定すること；
（ｉｉ）該医薬組成物が、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである配列を２つ以上含むと決定すること；及び
（ｉｉｉ）各抗原について集団発現データを使用して、該被験者の腫瘍が、工程（ｉｉ）で同定されたＴ細胞エピトープに対応する１つ以上の抗原を発現する確率を決定し、該被験者が該医薬組成物の投与に対して臨床応答を示す可能性を同定すること、
により決定することをさらに含む、項２３の方法。
２５．１０〜５０アミノ酸長の第１の領域は抗原に由来し、１０〜５０アミノ酸長の第２の領域は同じ又は異なる抗原に由来する、項２３の方法。
２６．第１と第２の領域のエピト−プが２つ以上の異なる抗原に由来する。項２３の方法。
２７．該抗原が、がん関連抗原、腫瘍関連抗原、若しくは標的の病原生物により発現される抗原、ウイルスにより発現される抗原、細菌により発現される抗原、真菌により発現される抗原、自己免疫疾患に関連している抗原であるか、又はアレルゲンである、項２５の方法。
２８．該標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが７〜１１個のアミノ酸を含み、及び／又は、該標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが１３〜１７個のアミノ酸を含む、項２３の方法。
２９．標的ヒト集団の被験者において疾患または障害（disorder）を治療するための医薬組成物であって、
（ａ）少なくとも２つのポリペプチドであって、少なくとも２つのポリペプチドはそれぞれ１０〜５０アミノ酸長であり、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、少なくとも２つのポリペプチドのそれぞれのＴ細胞エピト−プのアミノ酸配列は互いに異なる；及び、
（ｂ）薬学的に許容可能なアジュバント、
を含む医薬組成物。
３０．少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１１個、又は少なくとも１２個の異なるポリペプチドを含む、項２９の医薬組成物。
３１．３〜４０個の異なるポリペプチドを含む、項２９の医薬組成物。
３２．標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが７〜１１個のアミノ酸を含み、及び／又は、標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが１３〜１７個のアミノ酸を含む、項２９の医薬組成物。
３３．少なくとも２つのポリペプチドのアミノ酸配列のエピト−プが単一の抗原に由来する。項２９の医薬組成物。
３４．少なくとも２つのポリペプチドのアミノ酸配列のエピトープが異なる抗原に由来する、項２９の医薬組成物。
３５．該抗原が、がん関連抗原、腫瘍関連抗原、若しくは標的の病原生物により発現される抗原、ウイルスにより発現される抗原、細菌により発現される抗原、真菌により発現される抗原、自己免疫疾患に関連している抗原であるか、又はアレルゲンである、項３３の医薬組成物。
３６．抗原が表２〜７に列挙された抗原から選択される、項３３の医薬組成物。
３７．２つ以上の異なる抗原が表２〜７に列挙された抗原、及び／又は、異なるがん関連抗原から選択される、項３４の医薬組成物。
３８．１つ以上の抗原が、がん精巣抗原（ＣＴＡ）である、項３７の医薬組成物。
３９．１０〜５０アミノ酸長である少なくとも２つのポリペプチドはそれぞれ、同じ又は異なる抗原に由来する、項２９の医薬組成物。
４０．少なくとも２つの異なるポリペプチドが、対応する抗原内のエピトープに隣接する連続する配列の一部ではない、Ｔ細胞エピトープに隣接する最大１０個のアミノ酸をさらに含む、項２９の医薬組成物。
４１．少なくとも２つのポリペプチドの２つが、接合した（joint）ポリペプチド内で、端と端とを並べて配置されるか又は重複して配置される、項２９の医薬組成物。
４２．２つ以上の異なる接合したポリペプチドを含み、その２つ以上の異なる接合したポリペプチドが互いに異なるエピトープを含む、項４１の医薬組成物。
４３．接合した（joined）ポリペプチドがスクリーニングされ、２つのポリペプチドの間の接合部（junction）にまたがるネオエピトープが実質的に全て除去されており、その２つのポリペプチドは、
（ｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
（ｉｉ）標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は、
（ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の両方の要件を満たす、
項４２の医薬組成物。
４４．標的集団はがん患者であり、各ポリペプチドはＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、
各Ｔ細胞エピトープについて、
（ｉ）標的集団内の少なくとも１０％の被験者は、Ｔ細胞エピトープを含む表２に列挙された抗原から選択される腫瘍関連抗原を発現する；及び
（ｉｉ）標的集団内の少なくとも１０％の被験者は、Ｔ細胞エピトープに結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子を有する、
ここで少なくとも２つのポリペプチドのＴ細胞エピトープは互いに異なる、項２９の医薬組成物。
４５．薬学的に許容可能な希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項２９の医薬組成物。
４６．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項２９の医薬組成物。
４７．標的ヒト集団の被験者において疾患または障害（disorder）を治療するための医薬組成物であって、
（ａ）１０〜５０アミノ酸長のポリペプチドであり、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピト−プを含むポリペプチド；及び、
（ｂ）薬学的に許容可能なアジュバント、
を含む医薬組成物。
４８．少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１１個、又は少なくとも１２個の異なるポリペプチドを含み、それぞれの異なるポリペプチドは１０〜５０アミノ酸長であって、該標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、該標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープを含み、それぞれの異なるポリペプチドのＴ細胞エピトープのアミノ酸配列は互いに異なる、項４７の医薬組成物。
４９．２〜４０個の異なるポリペプチドを含む、項４８の医薬組成物。
５０．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが７〜１１個のアミノ酸を含み、及び／又は、少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが１３〜１７個のアミノ酸を含む、項４７の医薬組成物。
５１．少なくとも２つの異なるポリペプチドを含み、少なくとも２つの異なるポリペプチドのエピトープが単一の抗原に由来する、項４８の医薬組成物。
５２．少なくとも２つの異なるポリペプチドを含み、少なくとも２つの異なるポリペプチドのエピトープが２つ以上の異なる抗原に由来する、項４８の医薬組成物。
５３．該抗原が、がん細胞により発現される抗原、がん細胞により発現される新生抗原、がん関連抗原、腫瘍関連抗原、若しくは標的の病原生物により発現される抗原、ウイルスにより発現される抗原、細菌により発現される抗原、真菌により発現される抗原、自己免疫疾患に関連している抗原であるか、又はアレルゲンである、項５１の医薬組成物。
５４．該抗原が表２〜７に列挙された抗原から選択される、項５１のヒト被験者特異的な医薬組成物。
５５．少なくとも２つの異なるポリペプチドを含み、ポリペプチドの２つは、接合した（joint）ポリペプチド内で、端と端とを並べて配置されるか又は重複して配置される、項５１のヒト被験者特異的な医薬組成物。
５６．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項４７のヒト被験者特異的な医薬組成物。
５７．少なくとも２つの異なるポリペプチドを含み、少なくとも２つのポリペプチドの２つは、接合した（joined）ポリペプチド内で、端と端とを並べて配置されるか又は重複して配置される、項４７のヒト被験者特異的な医薬組成物。
５８．２つ以上の異なる接合したポリペプチドを含み、その２つ以上の異なる接合ポリペプチドは互いに異なるエピトープを含む、項５７のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
５９．接合したポリペプチドがスクリーニングされ、２つのポリペプチドの間の接合部（junction）にまたがるネオエピトープが実質的に全て除去されており、該ポリペプチドは、
（ｉ）被験者の健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
（ｉｉ）被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は、
（ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の両方の要件を満たす、
項５８のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
６０．少なくとも２つのポリペプチドは、
（ｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；又は
（ｉｉ）健康な細胞の中で発現するヒトポリペプチドの断片に相当し、かつ、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、
如何なるアミノ酸配列も含まない、項４８のヒト被験者に特異的な医薬組成物。
６１．項１の医薬組成物の投与に対して臨床応答を示す可能性が高いであろう、がん患者の標的集団の被験者を同定及び治療する方法であって、該方法は、
（ｉ）被験者の生体試料をアッセイして該被験者のＨＬＡ遺伝子型を決定する工程；
（ｉｉ）該医薬組成物が、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである２つ以上の配列を含むと決定する工程；
（ｉｉｉ）各抗原について集団発現データを使用して、該被験者の腫瘍が、工程（ｉｉ）で同定されたＴ細胞エピトープに対応する１つ以上の抗原を発現する確率を決定し、該被験者が該医薬組成物の投与に対して臨床応答を示す可能性を同定する工程；及び
（ｉｖ）同定された被験者に項１の医薬組成物を投与する工程、
を含む方法。
６２．投与工程の前に、
該被験者に由来する腫瘍試料をアッセイして、該医薬組成物の３つ以上のペプチドが２つ以上の異なるアミノ酸配列を含み、各アミノ酸配列は、
ａ．工程（ｉ）において決定されたとおりの、該被験者のがん細胞により発現されるがん関連抗原の断片である；及び
ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；
と決定する工程、及び、
該被験者は該治療方法に対して臨床応答を示す可能性が高いと確認する工程、
をさらに含む項６１の方法。
６３．該組成物が、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１１個、又は少なくとも１２個の異なるポリペプチドを含む、項６１の方法。
６４．２〜４０個の異なるポリペプチドを含む、項６１の方法。
６５．該標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが７〜１１個のアミノ酸を含み、及び／又は、該標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープが１３〜１７個のアミノ酸を含む、項６１の方法。
６６．１０〜５０アミノ酸長の第１の領域は抗原に由来し、１０〜５０アミノ酸長の第２の領域は同じ又は異なる抗原に由来する、項６１の方法。
６７．第１と第２の領域のエピトープが単一の抗原に由来する、項６１の方法。
６８．第１と第２の領域のエピトープが２つ以上の異なる抗原に由来する、項６１の方法。
６９．該抗原が、がん関連抗原又は腫瘍関連抗原である、項６７の方法。
７０．該抗原が表２に列挙された抗原から選択される、項６７の方法。
７１．２つ以上の異なる抗原が、表２に列挙された抗原、及び／又は、異なるがん関連抗原から選択される、項６７の方法。
７２．１つ以上の抗原が、がん精巣抗原（ＣＴＡ）である、項７１の方法。
７３．１つ以上のポリペプチドが、対応する抗原内のエピトープに隣接している連続する配列の一部ではない、Ｔ細胞エピトープに隣接している最大１０個のアミノ酸をさらに含む、項６１の方法。
７４．１つ以上のポリペプチドがスクリーニングされ、第１の領域と第２の領域の間の接合部（junction）にまたがるネオエピトープが実質的に全て除去されており、その第１の領域と第２の領域は、
（ｉ）健康な細胞内で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
（ｉｉ）標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は、
（ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の両方の要件を満たす、
項６１の方法。
７５．標的集団はがん患者であり、第１の領域と第２の領域はそれぞれＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、
各Ｔ細胞エピトープについて、
（ｉｉｉ）標的集団内の少なくとも１０％の被験者は、Ｔ細胞エピトープを含む表２に列挙される抗原から選択される腫瘍関連抗原を発現する；及び
（ｉｖ）標的集団内の少なくとも１０％の被験者は、Ｔ細胞エピトープに結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子を有する、
ここで第１と第２の領域のＴ細胞エピトープは互いに異なる、項６１の方法。
７６．薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項６１の方法。
７７．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項６１の方法。
７８．キットであって：
（ａ）（ｉ）１０〜５０アミノ酸長であり、かつ、標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープを含む、第１のポリペプチド；及び（ｉｉ）薬学的に許容可能なアジュバント、を含む第１の医薬組成物；
（ｂ）（ｉ）１０〜５０アミノ酸長であり、かつ、標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープを含む、第２のポリペプチド；及び（ｉｉ）薬学的に許容可能なアジュバントを含む、第２の特異的な医薬組成物、
を含み、第１と第２のポリペプチドは異なるＴ細胞エピトープを含む、キット。
７９．第１の組成物、及び／又は、第２の組成物は1つ以上の追加のポリペプチドを含み、各追加のポリペプチドは１０〜５０アミノ酸長であり、標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は異なるＴ細胞エピトープを含む、項７８のキット。
８０．項１の医薬組成物の投与に対して免疫応答を示す可能性が高いであろう、がん患者の標的集団の被験者を同定及び治療する方法であって、該方法は、
（ｉ）該被験者の生体試料をアッセイして該被験者のＨＬＡ遺伝子型を決定する工程；
（ｉｉ）該医薬組成物が、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである２つ以上の配列を含むと決定する工程；
（ｉｉｉ）同定された被験者に項１の医薬組成物を投与する工程、
を含む方法。
８１．２つ以上のポリペプチドを発現する核酸分子を含む医薬組成物であって、各ポリペプチドは１０〜５０アミノ酸長であって、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、及び／又は、標的ヒト集団内の少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合するＴ細胞エピトープを含み、２つ以上のポリペプチドはそれぞれ異なるＴ細胞エピト−プを含み、該ポリペプチドは対応する抗原の中で互いに隣接するアミノ酸配列を含まない、医薬組成物。
実施例１ ＨＬＡ−エピトープ結合の予測プロセスと検証
特定のＨＬＡとエピトープ（９ｍｅｒのペプチド）との間の予測された結合は、エピトープ予測のための免疫エピトープデータベースのツール（www.iedb.org）に基づいている。
ＨＬＡ Ｉ−エピト−プの結合の予測プロセスを、実験室での実験により決定されたＨＬＡ Ｉ−エピト−プ対との比較により検証した。データセットは、論文審査がある刊行物又は公共の免疫学的データベースで報告されたＨＬＡ Ｉ−エピト−プ対に従った。
実験的に決定したデータセットとの一致の割合（表９）を決定した。データセットの結合ＨＬＡ Ｉ−エピト−プ対は、９３％の確率で正しく予測された。偶然にも、非結合ＨＬＡ Ｉ−エピト−プ対も９３％の確率で正しく予測された。

複数のＨＬＡ結合エピトープの予測の正確度を測定した。真陽性及び真陰性の両者の予測についての９３％の確率と、偽陽性及び偽陰性の予測についての７％（＝１００％−９３％）の確率を使用した解析の特異度及び感度に基づいて、ヒトにおける複数のＨＬＡ結合エピトープの存在確率を計算することができる。エピトープに複数のＨＬＡが結合する確率は、エピトープに結合するＨＬＡの数と実際の結合の予測された最小数の関係を示す。ＰＥＰＩの定義ごとに、３はエピトープに結合するＨＬＡの予測最小数である（太字）。

検証されたＨＬＡ−エピトープ結合予測プロセスを使用して、以下の実施例で記載の全てのＨＬＡ−エピトープ結合対を決定した。
実施例２ 複数のＨＬＡによるエピトープ提示は、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答を予測する
個体の１つ以上のＨＬＡ Ｉによるポリペプチド抗原の1つ以上のエピトープの提示は、ＣＴＬ応答が予測されることを決定した。
研究を、７１人のがん患者と９人のＨＩＶ感染患者について行われた、６件の臨床試験の遡及的解析により行った（表１１）１−７。これらの研究の患者を、ＨＰＶワクチン、３つの異なるＮＹ−ＥＳＯ−１特異的ながんワクチン、１つのＨＩＶ−１ワクチン、及びメラノーマ患者でＮＹ−ＥＳＯ−１抗原に対するＣＴＬを再活性化することが示されたＣＴＬＡ−４特異的なモノクロ−ナル抗体（イピリムマブ）で治療した。これらの臨床治験の全てにおいて、ワクチン接種後の研究被験者で抗原特異的なＣＤ８＋ＣＴＬ応答（免疫原性）を測定した。場合によっては、ＣＴＬ応答と臨床応答の相関関係が報告された。
データの入手可能性以外の如何なる理由でも、遡及研究から患者を除外しなかった。１５７の患者データセット（表１１）を標準的な乱数発生器で無作為化し、訓練と評価研究のための２つの独立したコーホートを作成した。場合によってコーホートは、同じ患者からの複数のデータセットを含み、４８人の患者からの７６のデータセットの訓練コーホートと、５１人の患者からの８１のデータセットの試験／検証コーホートをもたらした。
訓練データセットの報告されたＣＴＬ応答を、ワクチン抗原のエピトープ（９ｍｅｒ）のＨＬＡ Ｉ拘束プロファイル（HLA I restriction profile）と比較した。各患者の抗原配列及びＨＬＡ Ｉ遺伝子型を、公開されたタンパク質配列のデータベース又は論文審査がある刊行物から取得し、ＨＬＡ Ｉ−エピトープ結合の予測プロセスを、患者の臨床ＣＴＬ応答データに対して盲検とした。各患者の少なくとも１つ（ＰＥＰＩ１＋）、又は少なくとも２つ（ＰＥＰＩ２＋）、又は少なくとも３つ（ＰＥＰＩ３＋）、又は少なくとも４つ（ＰＥＰＩ４＋）、又は少なくとも５つ（ＰＥＰＩ５＋）、又は全６つ（ＰＥＰＩ６）のＨＬＡクラスＩ分子に結合すると予測される各抗原由来のエピトープの数を決定し、結合したＨＬＡの数を報告されたＣＴＬ応答についての分類指標（classifier）として使用した。真の陽性率（感度）と真の陰性率（特異度）を、各分類指標（ＨＬＡ結合の数）についての訓練データセットから個別に決定した。
各分類指標に対してＲＯＣ解析を行った。ＲＯＣ曲線において、真の陽性率（感度）を、種々のカットオフポイントについて、偽陽性率（１−特異度）の関数としてプロットした（図１）。ＲＯＣ曲線の各ポイントは、特定の決定閾値（エピトープ（ＰＥＰＩ）カウント）に対応する感度／特異度の対を表す。ＲＯＣ曲線の下の領域（ＡＵＣ）を、分類指標が２つの診断群（ＣＴＬ応答者又は非応答者）をいかに良く区別できるかの基準である。
分析により、被験者の複数のクラスＩ ＨＬＡによる予測されるエピト−プ提示（ＰＥＰＩ２＋、ＰＥＰＩ３＋、ＰＥＰＩ４＋、ＰＥＰＩ５＋、又はＰＥＰＩ６）は、いずれも場合にも、単に１つのみ又は複数のＨＬＡクラスＩによるエピトープ提示よりも、より良好な予測指標であることが明らかとなった（ＰＥＰＩ１＋、ＡＵＣ＝０．４８、表１２）。
個体のＣＴＬ応答は、個体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩにより提示され得る抗原のエピトープを考慮することによって、最も良く予測された（ＰＥＰＩ３＋、ＡＵＣ＝０．６５、表１２）。陽性のＣＴＬ応答を最も良く予測したＰＥＰＩ３＋の閾値カウント（個体の３つ以上のＨＬＡにより提示される抗原特異的なエピトープの数）は１であった（表１３）。言い換えれば、少なくとも１つの抗原由来のエピトープが、被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩにより提示され（≧１ ＰＥＰＩ３＋）、次いで該抗原は少なくとも１つのＣＴＬクローンを引き起こし、そして該被験者はＣＴＬ応答者である可能性が高い。１以上のＰＥＰＩ３＋の閾値を使用して、可能性の高いＣＴＬ応答者を予測することにより（（「≧１ ＰＥＰＩ３＋ 試験」）、７６％の診断感度が提供された（表１３）。
実施例３ １以上のＰＥＰＩ３＋試験の検証
５１人の患者からの８１のデータセットの試験コーホートを使用して、抗原特異的なＣＴＬ応答を予測するための１以上のＰＥＰＩ３＋の閾値を検証した。試験コーホートの各データセットについて、１以上のＰＥＰＩ３＋閾値が満たされるかどうかを決定した（個体の少なくとも３つのクラスＩ ＨＬＡにより提示される、少なくとも１つの抗原由来エピトープ）。これを、臨床試験から報告された実験的に決定したＣＴＬ応答と比較した（表１４）。
臨床的検証により、ＰＥＰＩ３＋ペプチドは、個体においてＣＴＬ応答を８４％の確率で誘導することが実証された。８４％は、ＰＥＰＩ３＋予測の解析検証で決定されたのと同じ値であり、個体の少なくとも３つのＨＬＡに結合するエピトープである（表１０）。これらのデータは、個体においてＰＥＰＩにより免疫応答が誘導されるという強力な証拠を提供する。
ＰＥＰＩ３＋カウントをカットオフ値として使用して、ＲＯＣ解析は診断の正確度を決定した（図２）。ＡＵＣ値は０．７３であった。ＲＯＣ解析では、０．７〜０．８のＡＵＣが一般的に公正な診断であると考えられる。
少なくとも１のＰＥＰＩ３＋のカウント（≧１ ＰＥＰＩ３＋）は、試験データセットにおいてＣＴＬ応答を最もよく予測した（表１５）。この結果により、訓練中に決定された閾値が確認された（表１２）。
実施例４ １以上のＰＥＰＩ３＋試験はＣＤ８＋ＣＴＬ応答性を予測する
１以上のＰＥＰＩ３＋試験を、ペプチド抗原に対する特定のヒト被験者のＣＴＬ応答を予測するために以前報告された方法と比較した。
２つの異なる臨床試験でＨＰＶ−１６合成ロングペプチドワクチン（ＬＰＶ）を投与された２８人の子宮頸がん及びＶＩＮ−３の患者のＨＬＡ遺伝子型を、ＤＮＡ試料から決定した８ ９ １０。ＬＶＰは、ＨＰＶ−１６ウイルスの腫瘍性タンパク質Ｅ６とＥ７を覆うロングペプチドからなる。これらの刊行物からＬＰＶのアミノ酸配列を取得した。刊行物は、ワクチンの重複ペプチドのプールに対する各ワクチン接種した患者のＴ細胞応答も報告している。
各患者について、少なくとも３つの患者のクラスＩ ＨＬＡ（ＰＥＰＩ３＋）により提示されたＬＶＰのエピトープ（９ｍｅｒ）を同定し、ペプチドプール間のそれらの分布を決定した。少なくとも１つのＰＥＰＩ３＋（≧１ ＰＥＰＩ３＋）を含むペプチドは、ＣＴＬ応答を誘導すると予測された。ＰＥＰＩ３＋を含まないペプチドは、ＣＴＬ応答を誘導しないと予測された。
１以上のＰＥＰＩ３＋試験は、ワクチン接種後に測定された５１２の陰性ＣＴＬ応答のうち４８９を正しく予測し、４０の陽性ＣＴＬ応答のうち８を正しく予測した（図３Ａ）。全体として、１以上のＰＥＰＩ３＋試験と実験的に決定されたＣＤ８＋Ｔ細胞応答の応答性との一致は９０％であった（ｐ＜０．００１）。
各患者について、少なくとも１つの患者のクラスＩ ＨＬＡ（≧１ ＰＥＰＩ１＋、ＨＬＡ拘束性エピト−プの予測、先行技術の方法）により提示されたエピトープのペプチドプール間の分布も決定した。≧１ ＰＥＰＩ１＋は、ワクチン接種後に測定された５１２の陰性ＣＴＬ応答のうち１１６を正しく予測し、４０の陽性ＣＴＬ応答のうち３７を正しく予測した（図３Ｂ）。全体として、ＨＬＡ拘束性エピト−プの予測（≧１ ＰＥＰＩ１＋）及びＣＤ８＋Ｔ細胞応答性との一致は２８％であった（有意差なし）。
実施例５ ＨＬＡクラスＩＩ拘束性ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞エピトープの予測
２つの異なる臨床試験（実施例４で詳しく述べた）でＨＰＶ−１６合成ロングペプチドワクチン（ＬＰＶ）を投与された、２８人の子宮頸がんとＶＩＮ−３患者のＬＶＰワクチン接種後のＣＤ４＋Ｔヘルパー応答について調査した。最新のツールは１０７のうち８４の陽性応答（ヒトのＤＰ対立遺伝子についてのペプチドプールに対する陽性ＣＤ４＋Ｔ細胞応答性）を予測したため（感度＝７８％）、ＨＬＡクラスＩＩ拘束性エピトープの予測の感度は７８％であった。３１のうち７の陰性応答を除外できるため、特異度は２２％であった。全体として、ＨＬＡ拘束性クラスＩＩエピト−プ予測とＣＤ４＋Ｔ細胞応答性との一致は６６％であり、統計学的に有意ではなかった。
実施例６
１以上のＰＥＰＩ３＋試験は全長ＬＰＶポリペプチドに対すＴ細胞応答を予測する
実施例４及び５で報告したのと同じ試験を使用して、１以上のＰＥＰＩ３＋試験を用いて、ＬＰＶワクチンの全長Ｅ６及びＥ７ポリペプチド抗原に対する患者のＣＤ８＋及びＣＤ４＋のＴ細胞応答を予測した。結果を、実験的に決定された応答と比較し、報告した。試験は、陽性のＣＤ８＋Ｔ細胞応答性の試験結果を示す１５人のＶＩＮ−３患者のうち、１１人のＣＤ８＋Ｔ細胞応答性（ＰＥＰＩ３＋）（感度７３％、ＰＰＶ８５％）と、５人の子宮頸がん患者のうち２人のＣＤ８＋Ｔ細胞応答性を正しく予測した（感度４０％、ＰＰＶ１００％）。ＣＤ４＋Ｔ細胞の応答性は（ＰＥＰＩ４＋）、ＶＩＮ−３及び子宮頸がんの患者の両方で１００％正しく予測された（図５）。
クラスＩ及びクラスＩＩのＨＬＡ拘束性ＰＥＰＩ３＋カウントが、ＬＶＰのワクチン接種された患者に対する報告された臨床的利益と相関することも観察された。より高いＰＥＰＩ３＋カウントを示す患者は、３か月には既に完全な又は部分的な応答の何れかを示した。
実施例７ 事例研究
ｐＧＸ３００１は、リンカーを間に挟んだ全長Ｅ６及びＥ７抗原を含むＨＰＶ１６ベースのＤＮＡワクチンである。ｐＧＸ３００２は、リンカーを間に挟んだ全長Ｅ６及びＥ７抗原を含むＨＰＶ１８ベースのＤＮＡワクチンである。フェーズＩＩの臨床試験では、ｐＧＸ３００１とｐＧＸ３００２の両方のワクチンを接種した（ＶＧＸ−３１００ワクチン接種）１子宮頸がんを有する１７人のＨＰＶ感染患者のＴ細胞応答を調査した。
図５〜図６は、２人の例示的な患者（患者１２−１１及び患者１４−５）について、２つのＨＰＶ−１６及び２つのＨＰＶ−１８抗原の全長配列内に、これらの患者の少なくとも１つ（ＰＥＰＩ１＋）、少なくとも２つ（ＰＥＰＩ２＋）、少なくとも３つ（ＰＥＰＩ３＋）、少なくとも４つ（ＰＥＰＩ４＋）、少なくとも５つ（ＰＥＰＩ５＋）、又は全６つ（ＰＥＰＩ６）のクラスＩ ＨＬＡによって提示された各エピトープ（９ｍｅｒ）の位置を示す。
患者１２−１１は混合ワクチンについて、全体で５４のＰＥＰＩ１＋カウントを示した（１つ以上のクラスＩ ＨＬＡにより提示された５４つのエピトープ）。患者１４−５は９１のＰＥＰＩ１＋カウントを示した。よって患者１４−５は４つのＨＰＶ抗原に関して、患者１２−１１よりも高いＰＥＰＩ１＋カウント示す。ＰＥＰＩ１＋は、患者１２−１１及び１４−５の異なるワクチン抗原特異的なＨＬＡ拘束性エピトープセットを表す。これら２人の患者の間で２７つのＰＥＰＩ１＋のみが共通していた。
ＰＥＰＩ３＋カウント（３つ以上の患者のクラスＩ ＨＬＡによって提示されたエピトープの数）の場合、患者１２−１１及び１４−５の結果は逆転した。患者１２−１１が示すＰＥＰＩ３＋カウントは８であり、４つのＨＰＶ１６／１８抗原のそれぞれに少なくとも１つのＰＥＰＩ３＋が含まれていた。患者１４−５が示すＰＥＰＩ３＋カウントは０であった。
これら２人の患者の報告された免疫応答は、ＰＥＰＩ１＋カウントではなく、ＰＥＰＩ３＋カウントと一致した。患者１２−１１は、ＥＬＩＳｐｏｔにより測定されたように、ワクチン接種後に４つの抗原のそれぞれに対する免疫応答を発生させ、一方、患者１４−５はワクチンの４つの抗原の何れに対しても免疫応答を発生させなかった。試験における１７人の患者全てのＰＥＰＩ１＋及びＰＥＰＩ３＋のセットを比較した場合、類似したパターンが観察された。ＰＥＰＩ１＋カウントと、臨床試験から報告された実験的に決定されたＴ細胞応答の間に相関関係は無かった。しかし、1以上のＰＥＰＩ３＋試験により予測されたＴ細胞免疫と、報告されたＴ細胞免疫との間には相関関係が観察された。1以上のＰＥＰＩ３＋試験は、ＨＰＶ ＤＮＡワクチンに対する免疫応答者を予測した。
さらに、患者のＰＥＰＩ３＋セットの多様性は、がんワクチンの試験で通常見られるＴ細胞応答の多様性に類似していた。患者１２−３及び１２−６は、患者１４−５と類似し、ＨＰＶワクチンがＴ細胞免疫を引き起すことができないと予測するＰＥＰＩ３＋を有していなかった。、他の全ての患者は、ＨＰＶワクチンがＴ細胞免疫を引き起すことができる可能性を予測する少なくとも１つのＰＥＰＩ３＋を有していた。１１人の患者は、ＨＰＶワクチンがポリクローン性のＴ細胞応答を引き起こす可能性が高いと予測する複数のＰＥＰＩ３＋を有していた。患者１５−２及び１５−３は、両方のＨＰＶのＥ６に対するより高いＴ細胞免疫を開始することができたが、Ｅ７に対する免疫は低かった。他の患者である１５−１及び１２−１１は、それぞれＨＰＶ１８及びＨＰＶ１６のＥ７に対して同じ大きさの応答を示した。
実施例８ インシリコ試験を実施して大規模集団の正確なワクチン標的の候補を同定するためのモデル集団の設計
完全な４桁（digit）のＨＬＡクラスＩ遺伝子型（２ｘＨＬＡ−Ａ＊ｘｘ：ｘｘ；２ｘＨＬＡ−Ｂ＊ｘｘ：ｘｘ；２ｘＨＬＡ−Ｃ＊ｘｘ：ｘｘ）及び人口統計情報（demographic information）を有する４３３人の被験者のインシリコヒト試験コーホートが実施された。このモデル集団は、現在知られている対立遺伝子Ｇ群の８５％超を代表する合計１５２の異なるＨＬＡ対立遺伝子を有する、民族が混合した被験者を有する。
４桁のＨＬＡ遺伝子型と人口統計情報で特徴付けられる７１８９人の被験者を含む「大集団（Big Population）」のデータベースも確立した。大集団は３２８の異なるＨＬＡクラスＩ対立遺伝子を有する。モデル集団のＨＬＡ対立遺伝子の分布は、大集団と有意に相関していた（表１６）（ピアソンｐ＜０．００１）。よって、４３３人の患者モデル集団は、１６倍大きな集団を代表している。
モデル集団は、ＨＬＡの多様性及びＨＬＡの頻度により与えられる人類の８５％を代表している。
実施例９ 複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、報告された臨床試験のＴ細胞応答率を予測する
この研究の目的は、実施例８に記載したようなモデル集団を、ワクチンのＣＴＬ応答率を予測するのに使用（例えば、インシリコ有効性試験で使用）できるかどうかを決定することであった。
被験者の亜集団でＴ細胞応答を誘導したがん抗原に由来する１２のペプチドワクチンを、論文審査がある刊行物から同定した。これらのペプチドは、合計で１７２人の患者（４つの民族）を登録した臨床試験で調査されている。ワクチンペプチドによって誘導されたＴ細胞応答は、血液検体から決定され、報告されている。臨床試験で測定された陽性のＴ細胞応答を示す研究対象のパーセントとしての免疫応答率を決定した（図７）。
実施例８に記載のモデル集団の４３３人の各被験者において、１以上のＰＥＰＩ３＋試験で、１２のペプチドを調査した。各ペプチドの「１以上のＰＥＰＩ３＋スコア」は、被験者に特異的な少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ（１以上のＰＥＰＩ３＋）に結合できる少なくとも１つのワクチン由来のエピトープを有するモデル集団の被験者割合として計算された。対応する臨床試験が患者をＨＬＡ対立遺伝子で選択した集団について階層化した場合、モデル集団もまた、それぞれの対立遺伝子を有する被験者についてフィルタリングされた（filtered）（例えば：ＷＴ１、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１）。
試験から報告された実験的に決定された応答率を、１以上のＰＥＰＩ３＋スコアと比較した。対となるデータに基づき全体一致率（ＯＰＡ）を計算した（表１８）。１以上のＰＥＰＩ３＋スコアと応答率の間に線形相関関係が観察された（Ｒ２＝０．７７）（図７）。この結果は、個体の複数のＨＬＡに結合すると予測されたペプチドの同定は、臨床試験の結果をインシリコで予測するのに有用であることを示している。
実施例１０ 複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、臨床試験ＩＩの報告されたＴ細胞応答率を予測する
ペプチド又はＤＮＡベースのワクチンで実施された、公表された免疫応答率（ＩＲＲ）を使用した１９の臨床試験を同定した（表１９）。これらの試験には、６０４人の患者（９つの民族）が関与し、腫瘍及びウイルス抗原に由来する３８のワクチンをカバーしている。ワクチン抗原特異的なＣＴＬ応答を各試験患者で測定し、臨床試験集団の応答率を計算して報告した。
１９の臨床試験の各ワクチンペプチドを、モデル集団の各被験者において、１以上のＰＥＰＩ３＋試験で調査した。各ペプチドについての１以上のＰＥＰＩ３＋スコアを、少なくとも１つのワクチン由来のＰＥＰＩ３＋を有するモデル集団の被験者の割合として計算した。試験から報告された実験的に決定した応答率を、実施例９のようにＰＥＰＩスコアと比較した（表２０）。応答率と１以上のＰＥＰＩ３＋スコアの間に、線形相関関係（Ｒ２＝０．７０）が観察された（図８）。この結果により、個体の複数のＨＬＡに結合すると予測されたペプチドの同定により、被験者のＴ細胞応答を予測することができ、インシリコ試験で臨床試験の結果を予測できることが確認された。
実施例１１ 複数のペプチドワクチン中の複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、報告された臨床試験の免疫応答率を予測する
ＩＭＡ９０１は、ヒトがん組織内に自然に存在する腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）に由来する９つのペプチドを含む腎細胞がん（ＲＣＣ）用の治療ワクチンである。進行したＲＣＣを有する合計９６人のＨＬＡ−Ａ＊０２＋被験者を、２つの独立した臨床試験（フェーズＩとフェーズＩＩ）においてＩＭＡ９０１で治療した。ＩＭＡ９０１の９つのペプチドのそれぞれは、ＨＬＡ−Ａ２拘束性エピトープとして先行技術において同定した。現在受け入れられている標準に基づくと、それらの存在は腎臓がん患者で検出されており、試験患者はペプチドのそれぞれを提示することができる少なくとも１つのＨＬＡ分子を有するように特別に選択されているため、それらは全て、試験被験者の腎臓がんに対するＴ細胞応答をブーストする強力な候補ペプチドである。
モデル集団の中の各被験者について、ＩＭＡ９０１ワクチンの９つのペプチドのうち３つ以上のＨＬＡに結合することができるペプチドの数を決定した。ＩＭＡ９０１ワクチンの各ペプチドは９ｍｅｒであるため、これはＰＥＰＩ３＋カウントに対応する。結果を、フェーズＩ及びフェーズＩＩの臨床試験で報告された免疫応答率と比較した（表２１）。
フェーズＩ及びフェーズＩＩの研究結果は、異なる試験コーホートにおける同じワクチンに対する免疫応答の変動性を示している。しかしながら、全体として、２以上のＰＥＰＩ３＋試験により予測された応答率と、報告された臨床応答率の間には良好な一致があった。
遡及的解析において、上記の試験の臨床研究者は、ＩＭＡ９０１ワクチンの複数のペプチドに応答した被験者は、１つのペプチドのみに応答した、又は応答しなかった被験者よりも、疾患の制御（安定疾患（stable disease）、部分奏効（partial response））を経験する可能性が有意に高い（ｐ＝０．０１９）ことを見い出した。複数のペプチドに応答した８人の被験者のうち６人（７５％）は、０個及び１個のペプチドの応答者のそれぞれ１４％及び３３％とは対照的に、試験で臨床的利益を経験した。無作為化フェーズＩＩ試験では、複数のＴＵＭＡＰに対する免疫応答がより長い全生存期間と関連することが確かめられた。
ＰＥＰＩの存在はＴＵＭＡＰに対する応答者を正確に予測したため、ＩＭＡ９０１に対する臨床応答者はＴＵＭＡＰ由来の２つ以上のＰＥＰＩを提示できる可能性が高い患者である。この亜集団はＨＬＡ−Ａ＊０２で選択された患者の２７％のみにすぎず、臨床試験の結果によれば、この亜集団の７５％が臨床的利益を経験すると予測される。同じ臨床試験の結果は、患者の選択がＴＵＭＡＰ由来の３つ以上のＰＥＰＩに基づいた場合、この集団はＨＬＡ−Ａ＊０２で選択された患者集団の３％のみを代表するに過ぎないとしても、１００％の患者が臨床的利益を経験することを示唆している。これらの結果は、疾患制御率（安定疾患又は部分奏効）は、ＩＭＡ９０１臨床試験で研究された患者集団において３％と２７％の間であることを示唆している。完全奏効が存在しない場合、これらの患者の一部のみが生存の利益を経験できる。
これらの結果は、ＩＭＡ９０１のフェーズＩＩＩ臨床試験において生存率の改善が無いことを説明する。また、これらの結果は、研究集団のＨＬＡ−Ａ＊０２の富化は、ＩＭＡ９０１のフェーズＩＩＩ試験における主要な全生存期間のエンドポイント（endpoint）に到達するには十分ではないことも実証した。ＩＭＡ９０１の試験研究者が指摘したように、ペプチドワクチンに対する可能性が高い応答者を選択するためのコンパニオン診断（ＣＤｘ）の開発の必要性がある。これらの結果は、２つ以上のＴＵＭＡＰ特異的なＰＥＰＩを有する患者の選択は、ＩＭＡ９０１の有意な臨床的利益を示すのに十分な富化（enrichment）を提供し得ることも示唆している。
実施例１２ ワクチン由来の複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、報告された実験的臨床応答率を予測する
実施例８に記載のモデル集団で決定された免疫療法ワクチンの２以上のＰＥＰＩ３＋スコアと、臨床試験で決定された報告された疾患制御率（ＤＣＲ、完全奏効（complete response）及び部分奏効及び安定疾患を有する患者の比率）との間の相関関係を決定した。
公表された疾患制御率（ＤＣＲ）又は奏効率（objective response rate）（ＯＲＲ）を有する、ペプチド−及びＤＮＡ−ベースの免疫療法ワクチンを用いて実施された１７の臨床試験を、論文審査がある科学雑誌から同定した（表２３）。これらの試験には５９４人の患者（５つの民族）が関与し、２９の腫瘍及びウイルスの抗原をカバーした。臨床試験のための現在の標準である、固形腫瘍における応答評価基準（ＲＥＣＩＳＴ）に従ってＤＣＲを決定したが、臨床応答は最大の断面寸法の変化に基づいている４２、４３、４４。ＤＣＲのデータを入手できない場合には、RECISガイドラインに従って定義された、奏効率（ＯＲＲ）のデータを使用した。
表２４は、モデル集団の各ワクチンについて２以上のＰＥＰＩ３＋スコアを、公表されたＤＣＲ又はＯＲＲと比較している。予測されたＤＣＲと測定されたＤＣＲの間の相関関係が観察され、がんワクチンの免疫原性のみならず効力も、個体の複数のＨＬＡ配列に依存する（Ｒ２＝０．７６）というさらなる証拠を提供している（図９）。
実施例１３ 複数ＨＬＡ結合エピトープの同定に基づいたインシリコ試験は、変異性の抗原を標的とするワクチンに対する、報告された細胞内免疫応答率を予測する
上皮成長因子変異体ＩＩＩ（ＥＧＦＲｖＩＩＩ）は、多形膠芽細胞腫（ＧＢＭ）と他の新生物の中に広く発現している腫瘍特異的な変異体である。その変異体は、コドンを分ける（split）ＥＧＦＲの細胞外ドメインから８０１ｂｐのインフレーム欠失を含み、融合接合部に新規なグリシンをもたらす１、２。この変異体は構成的に活性なチロシンキナーゼをコードし、腫瘍形成と腫瘍細胞の移動を増加させ、放射療法と化学療法に対する耐性を促進させる３、４、５、６、７、８、９。この挿入は正常な成人組織の中には見出されない腫瘍特異的なエピトープをもたらし、ＥＧＦＲｖＩＩＩを抗腫瘍免疫療法のための適切な候補とする１０。リンドペピムット（Rindopepimut）は、追加のＣ末端システイン残基を有するＥＧＦＲｖＩＩＩ変異体を貫通している、１３アミノ酸のペプチドワクチン(ＬＥＥＫＫＧＮＹＶＶＴＤＨＣ)である１１。
フェーズＩＩの臨床試験において、そのペプチドをキーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）とコンジュゲートし、新たに診断されたＥＧＦＲｖＩＩＩ発現ＧＢＭ患者に投与した。最初の３回のワクチン接種は、放射線照射が終了して４週間後から開始して、２週間に１回与えられた。腫瘍が進行したこと又は死んだことのレントゲン写真上の証拠を得るまで、引き続いてワクチンを毎月与えた。全てのワクチンは、鼠径部での経皮投与で与えられた。免疫学的な評価は、１８人の患者のうち３人のみが、ＤＴＨ反応試験により評価された細胞内免疫応答を生じていることを示した。
モデル集団の４３３人の被験者のインシリコ試験を、リンドペピムット配列により実施した。４３３人の被験者のうち４人がＰＥＰＩ３＋を有し、フェーズＩＩ研究で見い出された低い免疫原性が裏付けられた（表２５）。

モデル集団に中の被験者のＨＬＡ対立遺伝子上でのリンドペピムットのＨＬＡマップ（図１０）は、非常に僅かなＨＬＡ−ＡとＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子がワクチンエピト−プに結合できること描き、それによりインシリコ集団の中にＰＥＰＩ３＋が欠けていることが説明される。
最近のフェーズＩＩＩ臨床試験において、７４５人の患者が登録され、無作為にリンドペピムットとテモゾロミド（ｎ＝３７１）又はコントロールとテモゾロミド（ｎ＝３７１）の治療群（arm）に割り当てられたときに、無効性がさらに示された１２。その試験は中間解析の後に無効性のために終了した。その解析は全生存期間に有意差を示さず：全生存期間の中央値は、リンドペピムット群では２０．１か月（９５％ＣＩ １８．５−２２．１）であるのに対して、コントロール群では２０．０か月（１８．１−２１．９）であった（ＨＲ １．０１、９５％ＣＩ ０．７９−１．３０；ｐ＝０．９３）。
実施例１３の参照文献
1 Bigner et al. Characterization of the epidermal growth factor receptor in human glioma cell lines and xenografts. Cancer Res 1990;50: 8017-22.
2 Libermann et al. Amplification, enhanced expression and possible rearrangement of EGF receptor gene in primary human brain tumours of glial origin. Nature 1985;313: 144-7.
3 Chu et al. Receptor dimerization is not a factor in the signallingactivity of a transforming variant epidermal growth factor receptor (EGFRvIII). Biochem J 1997; 324: 855-61.
4 Batra et al. Epidermal growth factor ligand-independent, unregulated, cell-transforming potential of a naturally occurring human mutant EGFRvIIIgene. Cell Growth Differ 1995;6: 1251-9.
5 Nishikawa et al. A mutant epidermal growth factor receptor common in human glioma confers enhanced tumorigenicity. PNAS 1994; 91: 7727-31.
6 Lammering et al. Inhibition of the type III epidermal growth factor receptor variant mutant receptor by dominant-negative EGFR-CD533 enhances malignant glioma cell radiosensitivity. Clin Cancer Res 2004; 10: 6732-43.
7 Nagane et al. A common mutant epidermal growth factor receptor confers enhanced tumorigenicity on human glioblastoma cells by increasing proliferation and reducing apoptosis. Cancer Res 1996; 56: 5079-86.
8 Lammering et al. Radiation-induced activation of a common variant of EGFR confers enhanced radioresistance. Radiother Oncol 2004; 72: 267-73.
9 Montgomery et al. Expression of oncogenic epidermal growth factor receptor family kinases induces paclitaxel resistance and alters β-tubulin isotype expression. J Biol Chem 2000; 275: 17358-63.
10 Humphrey et al. Anti-synthetic peptide antibody reacting at the fusion junction of deletion-mutant epidermal growth factor receptors in human glioblastoma. PNAS 1990; 87: 4207-11.
11 Sampson et al. Immunologic Escape After Prolonged Progression-Free Survival With Epidermal Growth Factor Receptor Variant III Peptide Vaccination in Patients With Newly Diagnosed Glioblastoma. J Clin Oncol 28:4722-4729.
12 Weller at al. Rindopepimut with temozolomide for patients with newly diagnosed, EGFRvIII-expressing glioblastoma (ACT IV): a randomised, double-blind, international phase 3 trial. Lancet Oncol 2017; 18(10): 1373-1385.
実施例１４ 個体の複数のＨＬＡ結合ペプチドは免疫毒性を予測できる
トロンボポエチン（ＴＰＯ）は、多くの患者において毒性を引き起こす免疫原性の高いタンパク質薬物である。ＥｐｉＶａｘ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈは、最先端技術を使用してクラスＩＩ ＨＬＡ拘束性エピトープを同定し、ＴＰＯの最も免疫原性が高い領域はＴＰＯのＣ末端に位置していることを見い出した（米国特許出願公開番号２００４０２０９３２４Ａ１）。
本開示によれば、４００個のＨＬＡクラスＩＩの遺伝子型が同定された米国の被験者におけるＴＰＯに由来する複数のクラスＩＩ ＨＬＡ結合エピト−プ（ＰＥＰＩ３＋）が決定されたことを明らかにした。これらの個体のＰＥＰＩ３＋ペプチドのほとんどは、ＴＰＯのＮ末端領域内の１−１６５アミノ酸の間に位置していた。ＰＥＰＩ３＋は、一部の被験者ではＣ末端は散発的に同定された。しかしながら、我々の結果は最先端技術とは異なっていた。
公開された文献は開示された結果を裏付け、ＴＰＯのＮ末端に位置する免疫毒性領域の実験的証拠を示している４０、４１。ＴＰＯ薬物で治療された多くの個体において、薬物のこの領域に対する抗薬物抗体（ＡＤＡ）を作成した。これらの抗体は、薬物の治療効果を無効とするだけでなく、全身的な有害事象、すなわち抗体依存的細胞毒性（ＡＤＣＣ）及び血小板減少症、好中球減少症及び貧血に関連する補体依存的細胞毒性のような免疫毒性も引き起こした。これらのデータから、個体の複数のＨＬＡ結合ペプチドの同定が、ＴＰＯの免疫毒性を予測することを実証する。よって本開示は、薬物の毒性免疫原性領域を同定し、、薬物から免疫毒性を経験する可能性が高い被験者を同定し、ＡＤＡの標的となり得るポリペプチド薬物の領域を同定し、及びＡＤＡを経験する可能性が高い被験者を同定するのに有用である。
実施例１５ 卵巣がんの治療のための個別化された免疫療法組成物
この実施例は、個別化された免疫療法組成物による卵巣がん患者の治療を説明するが、組成物は、本明細書に記載の開示に基づく患者のＨＬＡ遺伝子型に基づいて、患者のために特別に設計された。この実施例及び以下の実施例１６は、本開示が基づく細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導するための被験者の複数のＨＬＡによるエピトープの結合に関する原理を支持する臨床データを提供する。
転移性卵巣腺がん患者ＸＹＺのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ遺伝子型を唾液試料から決定した。
患者ＸＹＺのために個別化された医薬組成物を作製するために、次の２つの基準をそれぞれ満たす１３個のペプチドを選択した：（ｉ）論文審査がある科学刊行物で報告されているように、卵巣がんで発現する抗原に由来する；及び（ｉｉ）患者ＸＹＺの少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む、（表２６）。加えて各ペプチドは、患者のＨＬＡクラスＩＩの最大数に結合するように最適化される。
表１０に示すＰＥＰＩ試験の検証によれば、この免疫療法組成物中の１１個のＰＥＰＩ３ペプチドは８４％の確率で、２つのＰＥＰＩ４ペプチド（ＰＯＣ０１−Ｐ２及びＰＯＣ０１−Ｐ５）は９８％の確率でＸＹＺにおいてＴ細胞応答を誘導することができる。Ｔ細胞応答は、卵巣がんで発現する１３個の抗原を標的とした。患者ＸＹＺにおけるこれらのがん抗原の発現は試験しなかった。代わりに、がん細胞を成功裡に殺傷する確率を、患者のがん細胞での抗原発現の確率及び、≧１ ＰＥＰＩ３＋試験(AGPカウント)の陽性的中率に基づいて決定した。ＡＧＰカウントは、被験者におけるワクチンの有効性を予測する：ＰＥＰＩを有する患者の腫瘍（卵巣腺がん）で発現するワクチン抗原の数。ＡＧＰカウントは、ワクチンが認識し、患者の腫瘍に対するＴ細胞応答を誘導する（標的に的中する）腫瘍抗原の数を示す。ＡＧＰカウントは、被験者の腫瘍におけるワクチン抗原の発現率と、被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存する。正しい値は、０（発現した抗原によりＰＥＰＩが提示されていない）と、抗原の最大数（全ての抗原が発現しＰＥＰＩを提示する）の間でなければならない。
患者ＸＹＺが１２個の抗原の１つ以上を発現するであろう確率を、図１１に示す。ＡＧＰ９５＝５、ＡＧＰ５０＝７．９、ｍＡＧＰ＝１００％、ＡＰ＝１３。
個体の少なくとも３つのＨＬＡに結合できる少なくとも２つのポリペプチド断片（エピト−プ）のワクチン又は免疫療法組成物中の存在(≧２ ＰＥＰＩ３＋)は、臨床応答を予測すると決定されたため、患者ＸＹＺのための医薬組成物は、１３個のペプチド（表２６）のうち少なくとも２個からなってもよい。ペプチドは合成され、薬学的に許容可能な溶媒に溶解され、注射の前にアジュバントと混合される。少なくとも２つのペプチドワクチンによる個別化された免疫療法を受けることが患者には望ましいが、がん細胞を殺傷する確率を高めて再発の可能性を減らすことがより好ましい。
患者ＸＹＺの治療のために、１２個のペプチドを、４×３／４ペプチド（ＰＯＣ０１／１、ＰＯＣ０１／２、ＰＯＣ０１／３、ＰＯＣ０１／４）として製剤化した。１回の治療サイクルは、１３個全てのペプチドを３０日以内に投与するものと規定された。
患者の病歴：
診断：転移性卵巣腺がん
年齢：５１
家族の既往歴：結腸がんと卵巣がん（母親）、乳がん（祖母）
腫瘍の病理
ＢＲＣＡＩ−１８５ｄｅｌＡＧ、ＢＲＡＦ−Ｄ５９４Ｙ、ＭＡＰ２Ｋ１−Ｐ２９３Ｓ、ＮＯＴＣＨＩ−Ｓ２４５０Ｎ
・２０１１：卵巣腺がんの最初の診断；ウェルトへイム（Wertheim）手術と化学療法；リンパ節除去
・２０１５：心膜脂肪組織における転移、切除
・２０１６：肝臓転移
・２０１７：後腹膜及び腸間膜のリンパ節が進行した；少量の腹水を伴う初期腹膜癌
過去の治療
・２０１２：パクリタキセル−カルボプラチン（６×）
・２０１４：カエリクス（caelyx）−カルボプラチン（１×）
・２０１６−２０１７（９か月）：リムパーザ（Lymparza）（オラパリブ）２×４００ｍｇ／日、経口
・２０１７：ハイカムチン注入 ５×２．５ｍｇ（３×１シリーズ／月）
２０１７年４月２１日にＰＩＴワクチン治療の開始
患者の腫瘍ＭＲＩ所見（基準日 ２０１６年４月１５日）
・疾患は主として肝臓とリンパ節に限られていた。ＭＲＩの使用は肺(pulmonary)転移の検出を制限する。
・２０１６年５月−２０１７年１月：オラパリブ治療
・２０１６年１２月２５日（ＰＩＴワクチン治療前）：ＦＵ２で得られた応答の確認により腫瘍量が劇的に減少した
・２０１７年１月−３月：ＴＯＰＯプロトコール（トポイソメラーゼ）
・２０１７年４月６日：ＦＵ３は、既存の病変の再成長と疾患の進行に至る新たな病変の出現を示した
・２０１７年４月２１日：ＰＩＴ開始
・２０１７年７月２１日（ＰＩＴの２回目のサイクル後）：ＦＵ４は病変の継続的な成長、脾臓の全般的な拡大、及び腹水の増加を伴う異常な膵傍シグナル（para pancreatic signal）を示した
・２０１７年７月２６日：ＣＢＰ＋Ｇｅｍ＋アバスチン
・２０１７年９月２０日（ＰＩＴの３回目のサイクル後）：ＦＵ５は病変成長の反転及び膵臓／膵傍シグナルの改善を示した。この所見は偽進行（pseudo progression）を示唆する
・２０１７年１１月２８日（ＰＩＴの４回目のサイクルの後）：ＦＵ６は、非標的病変の解決と共に最良の応答を示した
患者ＸＹＺのＭＲＩのデータを表２８及び図１２に示す。
実施例１６ 乳がんの治療のための個別化された免疫療法組成物の設計
転移性乳がん患者ＡＢＣのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩの遺伝子型を唾液試料から決定した。患者ＡＢＣのための個別化された医薬組成物を作製するために、それぞれ次の２つの基準を満たす１２個のペプチドを選択した：（ｉ）論文審査がある科学刊行物で報告されているような乳がんで発現する抗原に由来；及び（ｉｉ）患者ＡＢＣの少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む（表２９）。さらに、各ペプチドは、患者のＨＬＡクラスＩＩの最大数に結合するように最適化する１２個のペプチドは１２個の乳がん抗原を標的とする。患者ＡＢＣが１２個の抗原の１個以上を発現するであろう確率を図１３に示す。
予測される効力：ＡＧＰ９５＝４；ＰＩＴワクチンがＢＲＣ０９の乳がん細胞で発現する４つのＣＴＡに対するＣＴＬ応答を誘導する９５％の可能性。追加の効力パラメーター：ＡＧＰ５０＝６．３、ｍＡＧＰ＝１００％、ＡＰ＝１２。
１２個全てのペプチドの初回ワクチン接種後に検出された効力：腫瘍代謝活性の８３％の低下（ＰＥＴ ＣＴデータ）
患者ＡＢＣの治療のために、１２個のペプチドを、４×３ペプチド（ＰＢＲ０１／１、ＰＢＲ０１／２、ＰＢＲ０１／３、ＰＢＲ０１／４）として製剤化した。１回の治療サイクルを、３０日以内に１２個の異なるペプチドワクチンを全て投与することと定義した。
患者の病歴
診断：両側性転移性乳がん：右乳房はＥＲ陽性、ＰＲ陰性、Ｈｅｒ２陰性であり；左乳房はＥＲ、ＰＲ、及びＨｅｒ２陰性である。
最初の診断：２０１３年（ＰＩＴワクチン治療の４年前）
２０１６年：横隔膜の上下両方にリンパ節転移を伴う広範な転移性疾患。複数の肝臓及び肺転移。
２０１６年−２０１７年治療：エトロゾール、イブランス（パルボシクリブ）及びゾラデックス
結果
２０１７年３月７日：ＰＩＴワクチン治療の前
総胆管の起点の真の外因性圧迫及び肝内胆管全体の大規模な拡張を伴う、肝臓の多発性転移疾患。腹腔、肝門、及び後腹膜の腺症。
２０１７年５月２６日：ＰＩＴの１サイクルの後
検出された効力：肝臓、肺リンパ節、及びその他の転移での腫瘍代謝活性（ＰＥＴ ＣＴ）の８３％減少。
検出された安全性：皮膚応答
ワクチン投与後４８時間以内の注射部位での局所的な炎症
追跡調査：
ＲＢＣ−０９を５サイクルのＰＩＴワクチンで治療した。彼女は非常に気分がよく、２０１７年９月にＰＥＴ ＣＴ検査を拒否した。１１月に彼女は症状を示し、ＰＥＴ ＣＴスキャンにより進行性疾患が示されたが、彼女は全ての治療を拒否した。加えて彼女の腫瘍医は、彼女がパルボシクリブを春／夏以降服用していなかったことを見い出した。患者ＡＢＣは２０１８年１月に死亡した。
パルボシクリブ（pablocyclib）と個別化されたワクチンの組み合わせは、ワクチンの投与後に観察された顕著な初期応答の原因である可能性が高かった。パルボシクリブは、ＨＬＡによるＣＴＡ提示を増加させ、Ｔｒｅｇの増殖を減少させることにより、免疫療法の活性を改善することが示されている（Goel et al. Nature. 2017:471-475）。最大の効果を得るための最新の療法へのアドオンとしてＰＩＴワクチンを使用してもよい。
実施例１７ 大集団のための乳がんワクチンの設計と組成物
我々は上記で述べたＰＥＰＩ３＋試験を用いて、患者の大きなパーセンテージに有効な乳がんワクチンにおいて使用するためのペプチドを、腫瘍の抗原と患者のＨＬＡの両者の不均一性を考慮して設計した。
乳がんのＣＴＡを同定し、論文審査がある刊行物の中で報告されたように、乳がん腫瘍試料内に見い出される抗原の全般的な発現頻度に基づいてランク付けした(Chen et al. Multiple Cancer/Testis Antigens Are Preferentially Expressed in Hormone-Receptor Negative and High-Grade Breast Cancers. Plos One 2011; 6(3): e17876.; Kanojia et al. Sperm-Associated Antigen 9, a Novel Biomarker for Early Detection of Breast Cancer. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2009; 18(2):630 -639.; Saini et al. A Novel Cancer Testis Antigen, A-Kinase Anchor Protein 4 (AKAP4) Is a Potential Biomarker for Breast Cancer. Plos One 2013; 8(2): e57095)。
ＣＴＡを選択するために我々はＰＥＰＩ３＋試験と実施例８の中で述べたモデル集団を使用して、モデル集団内の個体の少なくとも３つのＨＬＡにより最も高い頻度で提示される９ｍｅｒのエピト−プ（ＰＥＰＩ３＋）を同定した。我々は本明細書でそれらのエピトープを「最良ＥＰＩ」と称する。ＰＲＡＭＥ抗原についての「ＰＥＰＩ３＋ホットスポット」の解析と最良ＥＰＩの同定の実例を、図１４に示す。
我々は、各ＣＴＡについて報告された発現頻度（Ｎ％）を、モデル集団内のＰＥＰＩ３＋ホットスポットの頻度（Ｂ％）により乗じ、個体の最も高い割合において乳がん抗原に対する免疫応答を誘導するであろうＴ細胞エピトープ（９ｍｅｒ）を同定した（表３０）。我々はその後選択された９ｍｅｒをそれぞれ含んでいる１５ｍｅｒを選択した（表３０）。下記の実施例２２の中で述べるプロセスを使用して、最も多い被験者の最も多いＨＬＡクラスＩＩに結合するように１５ｍｅｒを選択した。それらの１５ｍｅｒは、最も高い割合の被験者において、ＣＴＬとＴヘルパー応答の両方を誘導することができた。
その後我々は３１ ３０ｍｅｒのペプチドを設計した。それぞれは２つの最適化された１５ｍｅｒ断片からなり、それらは一般的に異なる頻度が高いＣＴＡに由来し、端と端とを並べて配置され、各断片は表３０からの９ｍｅｒ（最良ＥＰＩ）の１つを含んでいる。これらの３０ｍｅｒペプチドの９つを、ペプチドのパネルのために選択し、ポリＰＥＰＩ９１５と称する（表３１）。ポリＰＥＰＩ９１５により標的化された１０個のＣＴＡの発現頻度を、単独で又は組み合わせて図１５に示す。
ポリＰＥＰＩ９１５の特性解析
ワクチン又は免疫療法の治療方法の中で複数のＣＴＡを標的とするペプチド配列を含むことにより、腫瘍の不均一性に対処することができる。ポリＰＥＰＩ９１５組成物は１０個の異なるＣＴＡを標的とする。これら１０個のＣＴＡについての抗原発現率に基づいて、がん細胞の中で発現する抗原の予測される平均数（ＡＧ５０）及び９５％の可能性で発現する抗原の最小数（ＡＧ９５）をモデル化した。図１６の抗原発現曲線によって示されるように、９５％の個体が、１０個の標的抗原の最小４つ（ＡＧ９５＝４）を発現した。
上記で述べたＡＧ値は標的患者集団からは独立に、ワクチンを特徴付ける。それらは、特定のがん（例えば乳がん）が、特定のワクチン又は免疫療法組成物により標的化される抗原を発現する可能性を予測するのに使用できる。ＡＧ値は既知の腫瘍不均一性に基づくが、ＨＬＡの不均一性は考慮に入れていない。
ある集団のＨＬＡ不均一性は、免疫療法又はワクチン組成物の観点から、ＰＥＰＩ３＋を提示している抗原の数により特徴付けることができる。これらはワクチン特異的なＣＴＡ抗原であって、これらについて１つ以上のＰＥＰＩ３＋が予測され、本明細書では「ＡＰ」と称する。ＰＥＰＩ３＋を有する抗原の平均数（ＡＰ５０）は、如何にしてワクチンがその組成物により標的化される抗原に対する免疫応答を誘導できるかを示す（乳がんワクチン特異的な免疫応答）。ポリＰＥＰＩ９１５組成物は平均５．３個のワクチン抗原に対して免疫応答を誘導することができ（ＡＰ５０＝５．３０）、９５％のモデル集団は少なくとも１つのワクチン抗原に対して免疫応答を誘導することができる（ＡＰ９５＝１）（図１７）。
さらにワクチンを、「ＰＥＰＩ」を有する抗原を示すＡＧＰ値によって特徴付けることもできる。このパラメーターは先の２つのパラメーターの組み合わせであり：（１）ＡＧは特定の腫瘍型における抗原発現頻度に依存するが、集団の中の個体のＨＬＡ遺伝子型には依存せず、（２）ＡＰは抗原の発現頻度を考慮することなく、集団の中の個体のＨＬＡ遺伝子型に依存する。ＡＧＰは疾患内のワクチン抗原の発現頻度と集団内の個体のＨＬＡ遺伝子型の両者に依存する。
乳がんのＡＧとモデル集団内のＡＰのデータを組み合わせることにより、我々はポリＰＥＰＩ９１５のＡＧＰ値を決定し、その値は乳がんの中で発現している抗原に対する免疫応答を誘導するワクチン抗原の確率分布を表わす。ポリＰＥＰＩ９１５について、モデル集団内のＡＧＰ５０値は３．３７である。ＡＧＰ９２＝１は、少なくとも１つの発現したワクチン抗原に対して、モデル集団内の９２％の被験者が免疫応答を誘導することを意味する（図１８）。
実施例１８ ワクチンのためのコンパニオン診断試験を用いた可能性が高い反応患者の選択
特定の患者が１つ以上のがんワクチンペプチドによる治療に対して、免疫応答又は臨床応答を示すであろう可能性を、例えば上記で述べたように、（ｉ）ワクチンペプチド内のＰＥＰＩ３＋の同定（患者の少なくとも３つのＨＬＡに結合することができる９ｍｅｒエピトープ）；及び／又は（ｉｉ）例えば腫瘍生検により測定されるような、患者のがん細胞内に発現する標的抗原の決定、に基づいて決定することができる。場合によって、理想的には両方のパラメーターが決定され、その患者の治療において使用するために、最適なワクチンペプチドの組み合わせが選択される。しかしながら、例えば生検による発現した腫瘍抗原の決定が、不可能であったり、勧められなかったり、生検の誤りによって信頼できないならば（例えば、腫瘍の少ない部分又は転移した腫瘍から採取された生検の組織試料は、患者内で発現するＣＴＡの完全なレパートリーを表わさない）、ＰＥＰＩ３＋解析を単独で使用してもよい。
実施例１９ ポリＰＥＰＩ９１５と競合的乳がんワクチンとの比較
我々は上記で述べたインシリコ臨床試験を使用して、臨床試験で研究されてきた競合的乳がんワクチンの免疫応答率を予測した（表３２）。これらの製品の免疫応答率は３％と９１％の間であった。
単一のペプチドワクチンは３％〜２３％の個体において免疫原性であった。比較して上記の実施例１８の中で述べられた３０ｍｅｒペプチド（表２９）はそれぞれ、同じコーホートの４４％〜７３％の個体で免疫原性であった。この結果は、ポリＰＥＰＩ９１５内の各ペプチドの免疫原性が実質的に改善していることを表わしている。
競合的な混合ペプチド製品の免疫応答率は１０〜６２％の間であった。本発明のポリＰＥＰＩ９１５の組み合わせ製品では、モデル集団内で９６％、乳がん患者内で９３％であり、免疫原性の改善を表わしている。
ポリＰＥＰＩ９１５ワクチンを使用することによる他の改善は、腫瘍回避の機会がより少ないことである。ポリＰＥＰＩ９１５ワクチン内の各３０ｍｅｒペプチドは２つの腫瘍抗原を標的とする。より多くの腫瘍抗原に対するＣＴＬは、単一の腫瘍抗原に対するＣＴＬよりも、不均一性の腫瘍細胞に対してより効果的である。
他の改善は、ポリＰＥＰＩ９１５ワクチンは、ワクチン接種に対して反応する可能性が高い個体を、それらのＨＬＡ遺伝子型（配列）、及び任意選択で本明細書に述べられた方法を使用したそれらの腫瘍内の抗原発現に基づいて同定できるというものである。ポリＰＥＰＩワクチンを有する医薬組成物は、そのＨＬＡがそのワクチンに由来する如何なるＰＥＰＩ３も提示できない個体に対しては投与されないであろう。臨床試験の間に、ポリＰＥＰＩ９１５治療方法におけるｍＡＧＰ又はＡＧＰの数と、個体の応答の持続時間の間の相関関係が作成されるであろう。１を超えるＡＧＰを有するワクチンの組み合わせは、不均一ながん細胞を破壊するのに必要とされる可能性が最も高い。
実施例２０ 結腸直腸がんワクチンの設計と組成物
我々は、上記で述べたのと同じ設計方法を使用した、結腸直腸がんワクチン組成物に関する他の実施例を示す。我々は上記で述べたＰＥＰＩ３＋試験を使用し、腫瘍抗原と患者のＨＬＡの両方の不均一性を考慮して、患者の大きなパーセンテージで有効な、結腸直腸がんワクチンにおいて使用するためのペプチドを設計した。
結腸直腸がんのＣＴＡを同定し、論文審査がある刊行物の中で報告されたような結腸直腸がん腫瘍試料内に見出される全体的な抗原の発現頻度に基づいてランク付けした（図１９）(Choi J, Chang H. The expression of MAGE and SSX, and correlation of COX2, VEGF, and survivin in colorectal cancer. Anticancer Res 2012. 32(2):559-564.; Goossens-BeumerIJ, Zeestraten EC, BenardA, Christen T, Reimers MS, Keijzer R, Sier CF, Liefers GJ, Morreau H, Putter H, VahrmeijerAL, van de Velde CJ, Kuppen PJ. Clinical prognostic value of combined analysis of Aldh1, Survivin, and EpCAM expression in colorectal cancer. Br J Cancer 2014. 110(12):2935-2944.; Li M, Yuan YH, Han Y, Liu YX, Yan L, Wang Y, Gu J. Expression profile of cancer-testis genes in 121 human colorectal cancer tissue and adjacent normal tissue. Clinical Cancer Res 2005. 11(5):1809-1814)。
最も高い頻度で発現した結腸直腸がんのＣＴＡを選択するために、我々はＰＥＰＩ３＋試験と実施例８の中で述べたモデル集団を使用して「最良ＥＰＩ」を同定した。
各ＣＴＡ（Ｎ％）について報告された発現頻度を、モデル集団内のＰＥＰＩ３＋のホットスポット（Ｂ％）の頻度により乗じ、個体の最も高い比率で結腸直腸がん抗原に対する免疫応答を誘導するであろうＴ細胞エピトープ（９ｍｅｒ）を同定した（表３３）。我々はその後、選択された９ｍｅｒをそれぞれ含んでいる１５ｍｅｒを選択した（表３３）。下記の実施例２２の中で述べられるプロセスを使用して、最も多くの被験者の最も多くのＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合する１５ｍｅｒを選択した。これらの１５ｍｅｒは、被験者の最も高い割合でＣＴＬとＴヘルパー応答の両方を誘導することができた。
その後我々は３１ ３０ｍｅｒのペプチドを設計した。それぞれは２つの最適化された１５ｍｅｒ断片からなり、それらは全般的に異なる頻度が高いＣＴＡに由来し、１５ｍｅｒ断片は端と端とが配置され、各断片は上記で述べた９ｍｅｒ（最良ＥＰＩ）の１つを含んでいる。これらの３０ｍｅｒペプチドの９つをペプチドワクチンのパネルのために選択し、ポリＰＥＰＩ１０１５と称する（表３４）。ポリＰＥＰＩ１０１５により標的化される８つのＣＴＡの発現頻度を、単独で又は組み合わせて図１９に示す。
ポリＰＥＰＩ１０１５結腸直腸がんワクチンの特性解析
腫瘍の不均一性：ポリＰＥＰＩ１０１５組成物は８つの異なるＣＴＡを標的とする（図１９）。これら８つのＣＴＡの抗原発現率に基づき、ＡＧ５０＝５．２２とＡＧ９５＝３（図２０）である。患者の不均一性：ＡＰ５０＝４．７３とＡＰ９５＝２（ＡＰ９５＝２）（図２１）。腫瘍と患者の両方の不均一性：ＡＧＰ５０＝３．１６とＡＧＰ９５＝１（モデル集団）（図２２）。
実施例２１ 結腸直腸がんワクチンペプチドと競合性結腸直腸がんワクチンの比較
我々は上記で述べたインシリコ臨床試験を使用して、最新技術であり最近開発されたＣＲＣペプチドワクチンのＴ細胞応答者の比率を決定し、ポリＰＥＰＩ１０１５のその値と比較した（表３４）。我々のＰＥＰＩ３＋試験は、競合性のワクチンは一部の被験者（２％〜７７％）において、１つの腫瘍抗原に対する免疫応答を誘導できることを示した。しかしながら２競合性複数抗原ワクチンについての複数抗原（複数ＰＥＰＩ）応答の決定は、応答者が無いか又は２％であるという結果となった。ワクチン組成物の１つの抗原の場合、又は２、３、４若しくは５つの抗原について、応答者の＊％は、ＨＬＡＩ（ＣＤ８＋Ｔ細胞応答）について１つ以上のＰＥＰＩ３＋を有するモデル集団由来の被験者の比率である。複数ＰＥＰＩ応答は腫瘍ワクチンにより誘導される臨床応答と相関し、競合性ワクチンのいずれも９８％の患者において臨床的利益を示すことはありそうにない。対照的に、我々は９５％の被験者において複数ＰＥＰＩ応答を予測し、患者の大多数における臨床的利益の可能性を示している。
実施例２２ ポリＰＥＰＩ１０１８結腸直腸がんのために例示された設計手順による有効性
ポリＰＥＰＩ１０１８結腸直腸がん（ＣＲＣ）ワクチン（ポリＰＥＰＩ１０１８）組成物は、インビトロのコンパニオン診断試験（ＣＤｘ）を使用して可能性が高い応答者と同定された患者において、標準治療のＣＲＣ治療の選択肢に対する追加免疫治療として使用されることを意図するペプチドワクチンである。転移性結腸直腸がん患者においてポリＰＥＰＩ１０１８を評価するために、臨床試験が米国とイタリアで進行中である。その製品は６つのペプチド（実施例１８〜２０の中で述べられたポリＰＥＰＩ１０１５の３０ｍｅｒペプチドの６つ）を含み、モンタナイドアジュバントと混合されている。その６つのペプチドは、ＣＲＣで最も頻度が高く発現している７つのがん精巣抗原（ＣＴＡ）に由来する１２個のエピトープに対するＴ細胞応答を誘導するように選択された。その６つのペプチドは、長期間続くＣＲＣ特異的なＴ細胞応答を誘導するのに最適化されている。その腫瘍内に発現した複数ＣＴＡに対するＴ細胞応答を有する可能性が高い患者を、コンパニオン診断（ＣＤｘ）で選択することができる。この実施例は、ポリＰＥＰＩ１０１８を設計するのに使用される正確なプロセスを述べている。このプロセスは、他のがんと疾患に対するワクチンを設計するのに適用することができる。
Ａ．複数抗原標的の選択
腫瘍抗原の選択は、がんワクチンの安全性と有効性のために必須である。良い抗原の特徴として、正常な組織内で発現が制限されており、それによって自己免疫が防がれる。幾つかのカテゴリーの抗原がこの要件を満たし、それには、独特に変異した抗原（例えばｐ５３）、ウイルス抗原（例えば子宮頸がんにおけるヒトパピローマウイルス抗原）、及び分化抗原（例えばＢ細胞リンパ腫におけるＣＤ２０）が含まれる。
がん精巣抗原（ＣＴＡ）は種々の型の腫瘍細胞と精巣細胞において発現しているが、如何なる他の正常体細胞組織又は細胞においては発現していないからために、本発明者らは標的抗原として複数のがん精巣抗原（ＣＴＡ）を選択した。ＣＴＡは少なくとも下記の理由のために、ワクチンのための望ましい標的である。
・組織学的により高い等級であり、臨床的により後期の段階の腫瘍は、より頻度が高いＣＴＡの発現を示す。
・腫瘍細胞の亜集団のみがあるＣＴＡを発現する。
・異なる型のがんは、それらのＣＴＡ発現の頻度において顕著に異なっている。
・ＣＴＡについて陽性である腫瘍はしばしば、１つ以上のＣＴＡの同時発現を示す。
・細胞表面抗原であると思われるＣＴＡは無く、よって、それらはがんワクチンのための独特の標的である（それらは抗体に基づいた免疫療法のために適した標的ではない）。
ポリＰＥＰＩ１０１８のための標的ＣＴＡを同定するために、本発明者らはＣＴＡ発現の知識基盤を構築した。この知識基盤は、発現率の順序でランク付けされた、ＣＲＣの中に発現したＣＴＡを含む。本発明者らによって実施された相関関係の研究（実施例１１を見よ）は、腫瘍細胞内に発現する複数の抗原に対してＣＴＬ応答を誘導するワクチンは、患者に利益をもたらすことができると示している。よってＣＲＣの中で高い発現率を有する７つのＣＴＡが選択され、ポリＰＥＰＩ１０１８の開発において包含された。詳細を表３６に述べる。
Ｂ．ＰＥＰＩ３＋バイオマーカーに基づいたワクチン設計により正確な標的化が達成される
上記で述べたようにＰＥＰＩ３＋バイオマーカーは、被験者のワクチンに誘導されたＴ細胞応答を予測する。本発明者らは抗原配列とＨＬＡ遺伝子型（実施例１、２、３）からＰＥＰＩを正確に同定するために、試験を開発して検証した。ＰＥＰＩ試験アルゴリズムを使用して、ポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチンの中に含まれるべき７つの標的ＣＴＡから、優勢な（dominant）ＰＥＰＩ（最良ＥＰＩ）を同定した。
ここに述べられたプロセスにより同定された優勢なＰＥＰＩは、最大の割合の被験者においてＣＴＬ応答を誘導することができる：
ｉ．モデル集団内の４３３人のそれぞれの被験者について、７つのＣＴＡ標的から、全てのＨＬＡクラスＩ結合ＰＥＰＩを同定し、
ｉｉ．最も大きな亜集団内に存在するＰＥＰＩである優勢なＰＥＰＩ（最良ＥＰＩ）を同定する。
ポリＰＥＰＩ１０１８内の７つのＣＴＡに由来する１２個の優勢なＰＥＰＩを下記の表に示す。モデル集団内のＰＥＰＩ％は、示されたＰＥＰＩを有する４３３人の被験者の割合、すなわち示されたＰＥＰＩがＣＴＬ応答を誘導できる被験者の割合を示す。同定のプロセスの中で最適化の工程を使用したのに関わらず、優勢なＰＥＰＩのＣＴＬ応答の誘導には非常に高い変動性があった（１８％〜７８％）。
本発明者らは、最も多い患者の最も多くのＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合するように、それぞれの優勢なＰＥＰＩを最適化した。それはＣＤ８＋ＣＴＬ応答を増強できるＣＤ４＋ヘルパー細胞を誘導し、長く続くＴ細胞応答に寄与すると考えられるので、これは効率を促進するべきである。図４に示された実施例は、３つ以上のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合するＰＥＰＩはＴヘルパー細胞を活性化する可能性が最も高いことを表わしているからである。
ここで述べられたプロセスにより選ばれた１５ｍｅｒペプチドは、ＨＬＡクラスＩとクラスＩＩの両方に結合する優勢なＰＥＰＩを含む。よってこれらのペプチドは、最も高い割合の被験者においてＣＴＬとＴヘルパー応答の両方を誘導することができる。
プロセス：
１．４００人の正常なドナーのＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型の同定＊
２．起源抗原とマッチするアミノ酸による、各９ｍｅｒの優勢なペプチド（表３３）の両側における伸長
３．ＩＥＤＢアルゴリズムを使用した、４００人の正常ドナーのＨＬＡクラスＩＩのＰＥＰＩの予測
４．最も高い割合の被験者がＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩを有する、１５ｍｅｒペプチドの選択
５．２つの１５ｍｅｒペプチドを接合する（joining）ときに、各ワクチンペプチド内に１つの優勢なＨＬＡクラスＩＩのＰＥＰＩが存在することの保証
ポリＰＥＰＩ１０１８内の７つのＣＴＡから得られた、１２個の最適化された１５ｍｅｒペプチドを表３８に表す。これらのペプチドは、異なるＨＬＡクラスＩＩ結合特性を有している。そのように最適化され、個別化されたワクチンを設計したにも関わらず、これらのペプチドの間にはＰＥＰＩ生成能（３つ以上のＨＬＡ結合）において高い変動性（０％〜１００％）があった。
３０ｍｅｒのワクチンペプチドは、より短いペプチドと比較して下記の利点を有する：
（ｉ）複数の正確に選択された腫瘍特異的な免疫原：各３０ｍｅｒは、関連集団（モデル集団に類似している）の大多数において、ＣＴＬとＴヘルパー応答を誘導することができる、２つの正確に選択されたがん特異的な免疫原性ペプチドを含んでいる。
（ｉｉ）天然の抗原提示を保証する。３０ｍｅｒ長のポリペプチドをプロドラッグと見ることも可能であり：それらはそれら自体では生物学的に活性ではないが、処理されて（processed）より小さなペプチド（９から１５アミノ酸長）になり、プロフェッショナル抗原提示細胞のＨＬＡ分子内に搭載（loaded）される。長いペプチドのワクチン接種からもたらされる抗原提示は、ＨＬＡクラスＩとクラスＩＩ分子の両方において提示されるための生理学的な経路を反映している。加えて細胞内での長いペプチドのプロセシングは、大きな無傷タンパク質のプロセシングよりもずっと効率が良い。
（ｉｉｉ）Ｔ細胞応答の寛容化の誘導を除外する。９ｍｅｒペプチドは、プロフェッショナル抗原提示細胞によるプロセシングを必要とせず、よってＨＬＡクラスＩ分子の外側に結合する。よって注入された短いペプチドは、表層ＨＬＡクラスＩを有する全ての有核細胞のＨＬＡクラスＩ分子に数多く結合するであろう。それに対して、２０ｍｅｒ未満の長さのペプチドは、ＨＬＡクラスＩに結合する前に、抗原提示細胞によって処理される。よって長いペプチドをワクチン接種することは寛容をもたらす可能性が低く、望みの抗腫瘍活性を促進するであろう。
（ｉｖ）複数のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することによりＴヘルパー応答を刺激できるから、長く続くＴ細胞応答を誘導する。
（ｖ）有用性。少数のペプチドのＧＭＰ製造、製剤、品質管理、及び投与（それぞれが上記の全ての特徴を有している）は、様々な特性を供給する複数のペプチドよりも実現可能性が高い。
ポリＰＥＰＩ１０１８内の各３０ｍｅｒペプチドは、２つのＨＬＡクラスＩ結合優勢ＰＥＰＩと、少なくとも１つの強力なＨＬＡクラスＩI結合ＰＥＰＩからなる。強力に結合するＰＥＰＩは、５０％超の個体において４つのＨＬＡクラスＩI対立遺伝子に結合する。よってワクチンペプチドは、（ＣＲＣワクチン設計のための関連集団である）一般集団内の個々の被験者のＨＬＡクラスＩとクラスＩＩ対立遺伝子の両方に適合（tailored）している。
上記で述べたように、被験者の中でＨＬＡ遺伝子型の変動性が高いことは、ポリＰＥＰＩ１０１８により誘導されるＴ細胞応答における高い変動性をもたらす。これにより、可能性が高い応答者を決定するＣＤｘの共開発が正当化される。実施例１１と１２の中で詳細に述べたように、ＰＥＰＩ３＋と２つ超のＰＥＰＩ３＋のバイオマーカーにより、ポリＰＥＰＩ１０１８によりワクチン接種された被験者の免疫応答と臨床応答をそれぞれ予測することができた。これらのバイオマーカーは、ポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチンに対する可能性が高い応答者を予測する、ＣＤｘを共開発するのに使用されるであろう。
実施例２３ ポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチンの組成物と免疫原性の解析
ポリＰＥＰＩ１０１８組成物のために選択されたペプチドを表３９に示す。
免疫原性の特性解析
本発明者らはＰＥＰＩ３＋試験を使用して、完全なＨＬＡ遺伝子型データを有する３７人のＣＲＣ患者のコーホートにおいて、ポリＰＥＰＩ１０１８の免疫原性を特性解析した。臨床試験において使用されるであろうものと同じ９ｍｅｒのペプチドに対する、各患者におけるＴ細胞応答を予測した。これらのペプチドは、ポリＰＥＰＩ１０１８内の１２個の優勢なＰＥＰＩ３＋を表している。９ｍｅｒを表３９に示す。
ＰＥＰＩ３＋予測の特異度と感度は、特定のエピトープに結合すると予測されるＨＬＡの実際の数に依存する。特に本発明者らは、１つのＨＬＡに拘束性エピトープが、被験者においてＴ細胞応答を誘導する確率は典型的には４％であると決定し、それにより、ＨＬＡ拘束性エピトープ予測に基づく最先端の予測方法の感受性の乏しさが説明される。ＰＥＰＩ３＋の方法論を適用し本発明者らは、３７人のＣＲＣ患者において、ポリＰＥＰＩ１０１８により、それぞれの優勢なＰＥＰＩ３＋に対する特異的なＴ細胞応答が誘導されるであろう確率を決定した。この解析からの結果を表４０に要約する。
全体としてこれらの結果は、ポリＰＥＰＩ１０１８内で最も免疫原性が高いペプチドはＣＲＣ−Ｐ８であることを示し、それは最も多くの患者において３つ超のＨＬＡに結合すると予測される。最も免疫原性が小さいペプチドであるＣＲＣ−Ｐ３は、多くの患者において１つ超のＨＬＡに結合し、Ｔ細胞応答を誘導する機会を２２％有していた。Ｔ細胞応答を検出するのに使用されたバイオアッセイはＰＥＰＩ３＋よりも正確性が低いので、この計算はＣＲＣ患者におけるＴ細胞応答の最も正確な特性解析かもしれない。ＭＡＧＥ−Ａ８とＳＰＡＧ９はワクチンの設計のために使用されたモデル集団内で免疫原性であったが、ＭＡＧＥ−Ａ８特異的なＰＥＰＩ３＋は３７人のＣＲＣ患者の中に存在せず、１人の患者（３％）のみがＳＰＡＧ９特異的なＰＥＰＩ３＋を有していた。
毒性の特性解析−ｉｍｍｕｎｏＢＬＡＳＴ
自己免疫などの有害な免疫応答を誘発する可能性を決定するために、任意の抗原を決定することができる方法を開発した。該方法を本明細書ではｉｍｍｕｎｏＢＬＡＳＴと言う。ポリＰＥＰＩ１０１８は、６つの３０ｍｅｒのポリペプチドを含む。各ポリペプチドはＣＲＣで発現する抗原に由来する２つの１５ｍｅｒペプチド断片からなる。ネオエピトープは、２つの１５ｍｅｒペプチドの接続領域で生成される可能性があり、健康な細胞に対する望ましくないＴ細胞応答（自己免疫）を誘導し得る。本発明者らが適用したｉｍｍｕｎｏＢＬＡＳＴの方法論を使用してこれを評価した。
ポリＰＥＰＩ１０１８の３０ｍｅｒの各成分に関する１６ｍｅｒのペプチドを設計した。各１６ｍｅｒは、３０ｍｅｒの最初の１５残基の末端から８つのアミノ酸と、３０ｍｅｒの第２の１５残基の始点から８つのアミノ酸を含み、よって２つの１５ｍｅｒの接続領域に正確に広がる。次いで、これらの１６ｍｅｒを解析し、タンパク質配列を配列データベースと比較して一致の統計学的な有意性を計算するＢＬＡＳＴ（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）を用いて、ヒト配列と部分的に類似する交差反応領域を同定した。８ｍｅｒはペプチドがエピトープを形成するために必要とされる最小の長さを表し、ＨＬＡ結合中のアンカーポイント間の距離であるため、１６ｍｅｒの中の８ｍｅｒを試験長として選択した。
図２３に示すように、ポリペプチド内のアミノ酸の位置に番号付けをした。ＨＬＡに結合しネオエピトープを形成できる潜在的な９ｍｅｒペプチドの開始位置は、８位〜１５位の８アミノ酸である。薬学的に活性なエピトープを形成できる１５ｍｅｒに含まれる腫瘍抗原由来のペプチドの開始位置は、１位〜７位と１６位−２２位での７＋７＝１４アミノ酸である。可能性のあるネオエピトープ生成ペプチドの比率は３６．４％（８／２２）である。
ＰＥＰＩ３＋試験を使用して、接続領域の９ｍｅｒエピトープ中でネオエピトープとネオＰＥＰＩを同定した。ポリＰＥＰＩ１０１８が望まれないＴ細胞応答を誘導する危険性を、接続領域の９ｍｅｒ中のＰＥＰＩ３＋を有する被験者の割合を決定することにより、モデル集団の４３３人の被験者で評価した。ネオエピト−プ／ネオＰＥＰＩ解析の結果を表４１に要約する。モデル集団の４３３人の被験者の中で、細胞内プロセシングにより生成され得ると平均予想エピトープの数は、４０．１２であった。ネオエピトープは頻繁に生成された；４０．１２のうちの１１．６１（２８．９％）のエピトープはネオエピトープである。ほとんどのペプチドをネオエピトープとして同定することができたが、ネオエピトープを提示する被験者の数は様々であった。
ポリＰＥＰＩ１０１８が有するエピト−プは、平均で５．２１のＰＥＰＩ３＋を作成する。これらのＰＥＰＩは、被験者のＴ細胞を活性化できる。潜在的なネオＰＥＰＩの量は、ネオエピトープよりもはるかに少なかった（３．７％）。一部の被験者では、これらのネオＰＥＰＩがＴ細胞活性化に関してＰＥＰＩと競合する可能性が僅かにある。重要なことに、活性化されたネオＰＥＰＩ特異的なＴ細胞は、健康な組織に標的を有さなかった。
標的ＣＴＡを除き、接合領域における８ｍｅｒはいずれのヒトタンパク質ともマッチしなかったために、ポリＰＥＰＩ１０１８内の各３０ｍｅｒペプチドを臨床試験のために放出した。
活性／効果の特性解析
本発明者らは個々のヒト被験者内のみならず、ヒト被験者の集団内においてワクチンの活性／効果を予測する薬力学バイオマーカーを開発した。これらのバイオマーカーは、より効果的なワクチンの開発を促進し、開発費用も低減させる。本発明らは下記のツールを有している：
抗原発現の知識基盤：本発明者らは論文審査がある（peer reviewed）科学専門誌に公表された実験から、腫瘍細胞により発現される腫瘍抗原に関するデータを収集し、腫瘍型により体系化してＣＴＡ発現レベルのデータベース（ＣＴＡデータベース、ＣＴＡＤＢ）を作成した。２０１７年４月現在で、ＣＴＡＤＢは４１，１３２の腫瘍標本に由来する１４５のＣＴＡに由来するデータを含んでおり、異なる型のがんの中のＣＴＡ発現頻度により体系化された。
インシリコ治験集団；本発明者らは幾つかの異なるモデル集団のＨＬＡ遺伝子型に関するデータも採取した。その集団内のそれぞれの個体は、完全な４桁のＨＬＡ遺伝子型と民族性のデータを有している。その集団を表４２に要約する。
これらのツール（又は潜在的に同等のデータベース若しくはモデル集団）を使用して、下記のマーカーを評価することができる：
・ＡＧ９５−ワクチンの効力：特定の腫瘍型が９５％の確率で発現するがんワクチンにおける抗原の数。ＡＧ９５はワクチンの効力の指標であり、ワクチン抗原の免疫原性には依存しない。ＡＧ９５はＣＴＡＤＢの中に収集されている腫瘍抗原発現率のデータから計算される。技術的には、ＡＧ９５はＣＴＡの二項分布から決定され、可能性がある全ての変動と発現率を考慮に入れる。本研究においては、ＡＧ９５は発現した抗原のある数の確率を、抗原の最も広い範囲で積算することにより計算され、ここで確率の合計は９５％以下である。正しい値は０（９５％の確率で発現しないと予測される）と抗原の最大数（９５％の確率で全ての抗原が発現している）の間である。
・ＰＥＰＩ３＋カウント−被験者におけるワクチンの免疫原性：ワクチンに由来するＰＥＰＩ３＋は、被験者においてＴ細胞応答を誘導する個人用（personal）エピトープである。ＰＥＰＩ３＋は、完全な４桁（4-digit）のＨＬＡ遺伝子型が知られている被験者においてＰＥＰＩ３＋試験を使用して決定できる。
・ＡＰカウント−被験者におけるワクチンの抗原性：ＰＥＰＩ３＋を有するワクチン抗原の数。ポリＰＥＰＩ１０１８の様なワクチンは、腫瘍細胞により発現される抗原に由来する配列を含む。ＡＰカウントはＰＥＰＩ３＋を含むワクチン中の抗原の数であり、ＡＰカウントは、被験者の中でＴ細胞応答を誘導できるワクチンの中の抗原の数を表す。ＡＰカウントは、被験者のＨＬＡ遺伝子型のみに依存し、被験者の疾患、年齢、及び薬剤には依存しないため、被験者のワクチン抗原特異的なＴ細胞応答を特徴付ける。正しい値は０、（抗原によりＰＥＰＩが提示されない）と抗原の最大数（すべての抗原がＰＥＰＩを提示する）との間である。
・ＡＰ５０−集団内でのワクチンの抗原性：集団内のＰＥＰＩを有するワクチン抗原の平均数。ＡＰ５０は、集団の被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存するため、所定の集団内のワクチン−抗原特異的なＴ細胞応答を特徴付けに適している。技術的にはＡＰカウントはモデル集団の中で計算され、その結果の二項分布を使用してＡＰ５０を計算する。
・ＡＧＰカウント−被験者におけるワクチンの有効性：ＰＥＰＩを用いて腫瘍で発現するワクチン抗原の数である。ＡＧＰカウントは、ワクチンが認識し、それに対するＴ細胞応答を誘導する（標的に命中する）腫瘍抗原の数を示す。ＡＧＰカウントは、被験者の腫瘍におけるワクチン−抗原発現率と、被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存する。正しい値は０、（発現した抗原によりＰＥＰＩ提示されない）と抗原の最大数（すべての抗原が発現してＰＥＰＩを提示する）との間である。
・ＡＧＰ５０−集団におけるがんワクチンの有効性：集団内のＰＥＰＩで示された腫瘍で発現するワクチン抗原（即ち、ＡＧＰ）の平均数。ＡＧＰ５０は、ワクチンにより誘導されたＴ細胞応答が認識できる腫瘍抗原の平均数を示す。ＡＧＰ５０は示された腫瘍型における抗原の発現率と、標的集団における抗原の免疫原性に依存している。ＡＧＰ５０は、異なる集団におけるワクチンの有効性を評価することができ、同じ集団における異なるワクチンを比較するために使用できる。ＡＧＰ５０の計算は、発現したワクチン抗原に関する被験者におけるＰＥＰＩ３＋の発生により発現が重み付けられることを除いて、ＡＧ５０に使用されるものと類似している。各被験者が各ワクチン抗原に由来するＰＥＰＩを有する理論上の集団においては、ＡＧＰ５０はＡＧ５０と等しくなる。被験者が如何なるワクチン抗原に由来するＰＥＰＩも有さない他の理論上の集団においては、ＡＧＰ５０は０になる。一般的には下記の記載が有効である：０≦ＡＧＰ５０≦ＡＧ５０。
・ｍＡＧＰ−可能性が高い応答者を選択するためのバイオマーカー候補：がんワクチンが、示された腫瘍で発現した複数の抗原に対するＴ細胞応答を誘導する可能性。ｍＡＧＰは、ＣＲＣの中のワクチン抗原の発現率、及び被験者におけるワクチン由来のＰＥＰＩの存在から計算される。技術的にはＡＧＰ分布に基づいて、ｍＡＧＰは複数のＡＧＰ（２つ以上のＡＧＰ）の確率の合計である。
ＣＲＣを有する個々の患者においてポリＰＥＰＩ１０１８の抗原性と有効性を評価するための、これらのバイオマーカーの適用
表４３は、３７人のＣＲＣ患者において、ＡＰとＡＧＰ５０をそれぞれ使用した、ポリＰＥＰＩ１０１８の抗原性と有効性を示す。ポリＰＥＰＩ１０１８特異的なＴ細胞応答の高い変動性（表４１を見よ）から予測されたように、ＡＰとＡＧＰ５０は高い変動性を有する。ポリＰＥＰＩ１０１８の中で最も抗原性が高い抗原はＦＯＸＯ３９であり；各患者はＰＥＰＩ３＋を有していた。しかしながら、ＦＯＸＯ３９はＣＲＣ腫瘍の３９％のみに発現し、６１％の患者はその腫瘍を認識しないＦＯＸＯ３９特異的な応答を示すであろうことを示唆している。最も免疫原性が低い抗原はＭＡＧＥ−Ａ８であり；ＣＲＣ腫瘍の４４％においてその抗原は発現しているにも関わらず、３７人のＣＲＣ患者の何れもＰＥＰＩ３＋を有さなかった。これらの結果は、がんワクチンの有効性を決定するときに、抗原の発現と免疫原性の両方を考慮に入れ得ることを示している。
ＡＧＰ５０は、ＰＥＰＩを有するＣＲＣ腫瘍内に発現している抗原の平均数を示す。より高いＡＧＰ５０値は、ＣＲＣ細胞の中で発現しているより多くの抗原に対してワクチンがＴ細胞応答を誘導できることを示唆しているので、より高い値のＡＧＰ５０を有する患者はポリＰＥＰＩ１０１８に反応する可能性がより高い。
表４３の最後のカラムは、３７人の各ＣＲＣ患者におけるｍＡＧＰの確率（複数ＡＧＰ；すなわち、少なくとも２つのＡＧＰ）を示している。ＣＲＣを有する患者における平均ｍＡＧＰは６６％であり、ＣＲＣ患者が腫瘍の中に発現した複数の抗原に対してＴ細胞応答を誘導するであろう可能性は６６％であることを示唆している。
これらのバイオマーカーは、侵襲的な生検を必要としないので、ワクチン開発と日常的な臨床業務において即時の有用性を有する。抗原発現のデータは達成された腫瘍標本から得られ、データベース内で体系化することができる。４桁のＨＬＡ遺伝子型は唾液標本から決定することができる。これは移植と父親確定試験のために、全世界の認定された研究所によって行われている検証された試験である。これらの評価は薬物の開発者と医師が、免疫原性と腫瘍応答の活性、及びあり得る耐性の出現についてより深い洞察をすることを可能とするであろう。
集団内のポリＰＥＰＩ１０１８の抗原性と有効性を評価するための、これらのバイオマーカーの適用
一般集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチンの抗原性
被験者におけるポリＰＥＰＩ１０１８の抗原性をＡＰカウントにより決定し、それは被験者においてＴ細胞応答を誘導するワクチン抗原の数を示唆している。ポリＰＥＰＩ１０１８のＡＰカウントを、ＰＥＰＩ試験を使用して、モデル集団内の４３３人の各被験者について決定し、その後そのモデル集団についてＡＰ５０カウントを計算した。図２４に見られるように、モデル集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８のＡＰ５０は３．６２である。よって一般集団における、ポリＰＥＰＩ１０１８内の免疫原性抗原（すなわち1つ以上のＰＥＰＩを有する抗原）の平均数は３．６２である。
一般集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチンの有効性
ワクチン内のＰＥＰＩが腫瘍細胞により提示される場合には、ワクチンにより誘導されたＴ細胞は腫瘍細胞を認識して殺すことができる。ＡＧＰ（ＰＥＰＩを有する発現抗原）の数は個体におけるワクチンの有効性の指標であり、ポリＰＥＰＩ１０１８の効力と免疫原性の両方に依存している。図２５に見られるように、ポリＰＥＰＩ１０１８内の免疫原性ＣＴＡの平均数（即ち、ＡＰ［1つ以上のＰＥＰＩを有する発現抗原］）は、モデル集団では２．５４である。モデル集団内の被験者において、ポリＰＥＰＩ１０１８が複数抗原に対するＴ細胞応答を誘導する可能性（即ちｍＡＧＰ）は７７％である。
異なる集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチン活性の比較
表４４は、異なる集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８の免疫原性、抗原性、及び有効性の比較を示す。
ＰＥＰＩ３＋とＡＰの平均数の結果は、全ての集団においてポリＰＥＰＩ１０１８は免疫原性と抗原性が高いことを示した；ポリＰＥＰＩ１０１８は、２．９〜３．７個のＣＲＣ抗原に対して、平均で３．７〜６．０個のＣＲＣ特異的なＴ細胞クローンを誘導することができる。ポリＰＥＰＩ１０１８の免疫原性はＣＲＣを有する患者と平均集団において類似しており（ｐ＞０．０５）、この類似性はＣＲＣ集団の規模が小さいことに依るのかもしれない。追加の解析は、ポリＰＥＰＩ１０１８は、アイルランド人又は一般集団と比較して、中国人の集団では免疫原性が顕著に高い（ｐ＜０．０００１）ことを示唆する。免疫原性におけるこの差は、ＡＧＰ５０により特徴付けられるワクチンの有効性にも反映され；ポリＰＥＰＩ１０１８は中国人の集団において最も有効であり、アイルランド人の集団では有効性が低い。ＣＤｘはポリＰＥＰＩ１０１８に対する可能性が高い反応者を選択するのに使用されるであろうから、民族性による差は、アイルランド人の個体と比べて治療に適しているかもしれない、中国人の個体のより高いパーセンテージにおいてのみ反映されるであろう。
実施例２４ 末期の転移性乳がん患者の治療のための個別化された免疫療法組成物
患者ＢＲＣ０５は、右乳房に広範囲のがん性リンパ管炎（lymphangiosis carcinomatose）を有する炎症性乳がんと診断された。炎症性乳がん（ＩＢＣ）は稀であるが、局所的に進行した乳がんの攻撃的な形態である。その主症状は腫れと発赤であるため、炎症性乳がんと呼ばれる（乳房はしばしば炎症を起こしているように見える）。ほとんどの炎症性乳がんは、侵襲性の腺管がんである（乳管で発生）。この型の乳がんは、危険性が高いヒトパピローマウイルスのがんタンパク質の発現と関連している１。実際、この患者の腫瘍でＨＰＶ１６のＤＮＡが診断された。
２０１１年の患者のステージ（ＰＩＴワクチン治療の６年前）
Ｔ４：胸壁及び／又は皮膚への直接的な拡張を有する任意の大きさの腫瘍（潰瘍又は皮膚結節）
ｐＮ３ａ：１０以上の腋窩リンパ節への転移（少なくとも１つの２．０ｍｍ超の腫瘍沈着；又は鎖骨下リンパ（レベルＩＩＩの腋窩リンパ）節への転移
１４つのワクチンペプチドを患者ＲＢＣ０５のために設計して調製した（表４５）。集団発現データに基づいて、ペプチドＲＢＲＣ０５−Ｐ０１−Ｐ１０をこの患者のために作製した。表４５の最後の３つのペプチド（ＳＳＸ−２、ＭＯＲＣ、ＭＡＧＥ−ＢＩ）は、この患者の腫瘍で発現が直接測定された抗原から設計した。
Ｔ細胞応答は、ペプチドＰＢＲＣ０５＿Ｐ１、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ２、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ３、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ４、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ５、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ６、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ７の混合物による初回ワクチン接種の２週間後に末梢単核細胞の細胞を測定した。
結果から、７つのペプチドによる単回の免疫接種は、７つのペプチドのうち３つに対して強力なＴ細胞応答を誘導することが示され、強力なＭＡＧＥ−Ａ１１、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＦＳＩＰＩ及びＭＡＧＥ−Ａ９に特異的なＴ細胞応答を示す。ＡＫＡＰ４とＮＹ−ＢＲ−１に対する弱い応答があり、ＳＰＡＧ９に対する応答はなかった。
参照文献
1 Bagarazziet al. Immunotherapy against HPV16/18 generates potent TH1 and cytotoxic cellular immune responses. Science Translational Medicine. 2012; 4(155):155ra138.
2 Gudmundsdotteret al. Amplified antigen-specific immune responses in HIV-1 infected individuals in a double blind DNA immunization and therapy interruption trial. Vaccine. 2011; 29(33):5558-66.
3 Bioley et al. HLA class I - associated immunodominance affects CTL responsiveness to an ESO recombinant protein tumor antigen vaccine. Clin Cancer Res. 2009; 15(1):299-306.
4 Valmori et al. Vaccination with NY-ESO-1 protein and CpG in Montanideinduces integrated antibody/Th1 responses and CD8 T cells through cross-priming. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2007; 104(21):8947-52.
5 Yuan et al. Integrated NY-ESO-1 antibody and CD8+ T-cell responses correlate with clinical benefit in advanced melanoma patients treated with ipilimumab.Proc Natl Acad Sci U S A. 2011;108(40):16723-16728.
6 Kakimi et al. A phase I study of vaccination with NY-ESO-1f peptide mixed with Picibanil OK-432 and MontanideISA-51 in patients with cancers expressing the NY-ESO-1 antigen.IntJ Cancer. 2011;129(12):2836-46.
7 Wada et al. Vaccination with NY-ESO-1 overlapping peptides mixed with Picibanil OK-432 and montanide ISA-51 in patients with cancers expressing the NY-ESO-1 antigen. J Immunother. 2014;37(2):84-92.
8 Welters et al. Induction of tumor-specific CD4+ and CD8+ T-cell immunity in cervical cancer patients by a human papillomavirus type 16 E6 and E7 long peptides vaccine. Clin. Cancer Res. 2008; 14(1):178-87.
9 Kenter et al. Vaccination against HPV-16 oncoproteins for vulvar intraepithelial neoplasia. N Engl J Med. 2009; 361(19):1838-47.
10 Welters et al. Success or failure of vaccination for HPV16-positive vulvar lesions correlates with kinetics and phenotype of induced T-cell responses. PNAS. 2010; 107(26):11895-9.
11 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gv/mhc/main.fcgi?cmd=initThe MHC database, NCBI (Accessed Mar 7, 2016).
12 Karkada et al. Therapeutic vaccines and cancer: focus on DPX-0907. Biologics. 2014;8:27-38.
13 Butts et al. Randomized phase IIB trial of BLP25 liposome vaccine in stage IIIB and IV non-small-cell lung cancer. J Clin Oncol. 2005;23(27):6674-81.
14 Yuan et al.Safety and immunogenicity of a human and mouse gp100 DNA vaccine in a phase I trial of patients with melanoma.CancerImmun. 2009;9:5.
15 Kovjazin et al. ImMucin: a novel therapeutic vaccine with promiscuous MHC binding for the treatment of MUC1-expressing tumors. Vaccine. 2011;29(29-30):4676-86.
16 Cathcart et al. Amultivalentbcr-abl fusion peptide vaccination trial in patients with chronic myeloid leukemia.Blood. 2004;103:1037-1042.
17 Chapuis et al. Transferred WT1-reactive CD8+ T cells can mediate antileukemic activity and persist in post-transplant patients. Sci Transl Med. 2013;5(174):174ra27.
18 Keilholzet al. A clinical and immunologic phase 2 trial of Wilms tumor gene product 1 (WT1) peptide vaccination in patients with AML and MDS. Blood; 2009; 113(26):6541-8.
19 Walter et al. Multipeptide immune response to cancer vaccine IMA901 after single-dose cyclophosphamide associates with longer patient survival. Nat Med. 2012;18(8):1254-61.
20 Phuphanich et al. Phase I trial of a multi-epitope-pulsed dendritic cell vaccine for patients with newly diagnosed glioblastoma. Cancer Immunol Immunother. 2013;62(1):125-35.
21 Kantoff et al. Overall survival analysis of a phase II randomized controlled trial of a Poxviral-based PSA-targeted immunotherapy in metastatic castration-resistant prostate cancer. J Clin Oncol. 2010;28(7):1099-105.
22 Tagawa et al. Phase I study of intranodal delivery of a plasmid DNA vaccine for patients with Stage IV melanoma. Cancer. 2003;98(1):144-54.
23 Slingluff et al. Randomized multicenter trial of the effects of melanoma-associated helper peptides and cyclophosphamide on the immunogenicity of a multipeptide melanoma vaccine.J Clin Oncol. 2011;29(21):2924-32.
24 Kaida et al. Phase 1 trial of Wilms tumor 1 (WT1) peptide vaccine and gemcitabine combination therapy in patients with advanced pancreatic or biliary tract cancer. J Immunother. 2011;34(1):92-9.
25 Fenoglio et al. A multi-peptide, dual-adjuvant telomerase vaccine (GX301) is highly immunogenic in patients with prostate and renal cancer. Cancer Immunol Immunother; 2013; 62:1041-1052.
26 Krug et al. WT1 peptide vaccinations induce CD4 and CD8 T cell immune responses in patients with mesothelioma and non-small cell lung cancer. Cancer Immunol Immunother; 2010; 59(10):1467-79.
27 Slingluff et al. Clinical and immunologic results of a randomized phase II trial of vaccination using four melanoma peptides either administered in granulocyte-macrophage colony-stimulating factor in adjuvant or pulsed on dendritic cells. J Clin Oncol; 2003; 21(21):4016-26.
28 Hodi et al. Improved survival with ipilimumab in patients with metastatic melanoma. N Engl J Med; 2010;363(8):711-23.
29 Carmon et al. Phase I/II study exploring ImMucin, a pan-major histocompatibility complex, anti-MUC1 signal peptide vaccine, in multiple myeloma patients. Br J Hematol. 2014; 169(1):44-56.
30 http://www.merckgroup.com/en/media/extNewsDetail.html?newsId=EB4A46A2AC4A52E7C1257AD9001F3186&newsType=1(Accessed Mar 28, 2016)
31 Trimble et al. Safety, efficacy, and immunogenicity of VGX-3100, a therapeutic synthetic DNA vaccine targeting human papillomavirus 16 and 18 E6 and E7 proteins for cervical intraepithelial neoplasia 2/3: a randomised, double-blind, placebo-controlled phase 2b trial. Lancet. 2015;386(10008):2078-88.
32 Cusi et al. Phase I trial of thymidylate synthase poly epitope peptide (TSPP) vaccine in advanced cancer patients. Cancer Immunol Immunother; 2015; 64:1159-1173.
33 Asahara et al. Phase I/II clinical trial using HLA-A24-restricted peptide vaccine derived from KIF20A for patients with advanced pancreatic cancer. J Transl Med; 2013;11:291.
34 Yoshitake et al. Phase II clinical trial of multiple peptide vaccination for advanced head and neck cancer patients revealed induction of immune responses and improved OS. Clin Cancer Res; 2014;21(2):312-21.
35 Okuno et al. Clinical Trial of a 7-Peptide Cocktail Vaccine with Oral Chemotherapy for Patients with Metastatic Colorectal Cancer. Anticancer Res; 2014; 34: 3045-305.
36 Rapoport et al. Combination Immunotherapy after ASCT for Multiple Myeloma Using MAGE-A3/Poly-ICLC Immunizations Followed by Adoptive Transfer of Vaccine-Primed and CostimulatedAutologous T Cells. Clin Cancer Res; 2014; 20(5): 1355-1365.
37 Greenfield et al. A phase I dose-escalation clinical trial of a peptidebasedhuman papillomavirus therapeutic vaccine with Candida skin test reagent as a novel vaccine adjuvant for treating women with biopsy-proven cervical intraepithelial neoplasia 2/3. Oncoimmunol; 2015; 4:10, e1031439.
38 Snyder et al. Genetic basis for clinical response to CTLA-4 blockade in melanoma. N Engl J Med. 2014; 371(23):2189-99.
39 Van Allen et al. Genomic correlates of response to CTLA-4 blockade in metastatic melanoma. Science; 2015; 350:6257.
40 Li et al. Thromcytopenia caused by the development of antibodies to thrombopoietin, Blood; 2001; 98:3241-3248
41 Takedatsu et al. Determination of Thrombopoietin-Derived Peptides Recognized by Both Cellular and Humoral Immunities in Healthy Donors and Patients with Thrombocytopenia. 2005; 23(7): 975-982
42 Eisenhauer et al. New response evaluation criteria in solid tumors: revised RECIST guideline (version 1.1). Eur J Cancer; 2009; 45(2):228-47.
43 Therasse et al. New guidelines to evaluate the response to treatment in solid tumors: European Organization for Research and Treatment of Cancer, National Cancer Institute of the United States, National Cancer Institute of Canada. J Natl Cancer Inst; 2000; 92:205-216.
44 Tsuchida & Therasse. Response evaluation criteria in solid tumors (RECIST): New guidelines. Med Pediatr Oncol. 2001; 37:1-3.
45 Durie et al. International uniform response criteria for multiple myeloma. Leukemia; 2006;20:1467-1473.

Claims (32)

  1. ポリペプチドの投与、又は有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物、キット若しくはポリペプチドのパネルの投与に対する特定の又は標的のヒト集団の細胞傷害性Ｔ細胞応答率及び／又はヘルパーＴ細胞応答率を予測する方法であって、
    （ｉ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子型及び／又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型によりそれぞれ定義される複数の被験者を含む関連モデルヒト集団を選択又は定義する工程；
    （ｉｉ）ポリペプチド（単数）が、又はポリペプチド（複数）が共に
    （ａ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列；及び／又は
    （ｂ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列、
    を含むかどうかを、該モデルヒト集団における各被験者について決定する工程；並びに
    （ｉｉｉ）Ａ．工程（ｉｉ）（ａ）の要件を満たすモデルヒト集団のより高い割合が、前記ヒト集団におけるより高い細胞傷害性Ｔ細胞応答率を予測する、前記ヒト集団の細胞傷害性Ｔ細胞応答率；及び／又は
    Ｂ．工程（ｉｉ）（ｂ）の要件を満たす該モデルヒト集団のより高い割合が、前記ヒト集団におけるより高いヘルパーＴ細胞応答率を予測する、前記ヒト集団のヘルパーＴ細胞応答率、
    を予測する工程、
    を含む方法。
  2. 有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対する、特定の又は標的のヒト集団の臨床応答率を予測する方法であって、
    （ｉ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子型によりそれぞれ定義される複数の被験者を含む関連モデルのヒト集団を選択又は定義する工程；
    （ｉｉ）（ａ）１つ以上の有効成分のポリペプチドが共に、それぞれが該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも２つの異なるアミノ酸配列を含むかどうかを、モデルヒト集団における各被験者について決定する工程であって、任意選択で該少なくとも２つの異なるアミノ酸配列が該有効成分のポリペプチドにより標的化される２つの異なるポリペプチド抗原のアミノ酸配列に含まれる、工程；
    （ｂ）Ａ．モデル集団の個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；及び
    Ｂ．有効成分のポリペプチドのアミノ酸配列に含まれる
    少なくとも１つのアミノ酸配列を含む、モデル集団における標的のポリペプチド抗原の平均数；及び／又は
    （ｃ）Ａ．モデル集団の個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；及び
    Ｂ．有効成分のポリペプチドのアミノ酸配列に含まれる
    少なくとも１つのアミノ酸配列を含む、モデル集団における発現された標的ポリペプチド抗原の平均数、
    を決定する工程、並びに
    （ｉｉｉ）前記ヒト集団の臨床応答率を予測する工程であって、工程（ｉｉ）（ａ）の要件を満たすモデルヒト集団のより高い割合、又は工程（ｉｉ）（ｂ）の標的ポリペプチドのより高い平均数、又は工程（ｉｉ）（ｃ）における発現した標的ポリペプチドのより高い平均数が、前記ヒト集団におけるより高い臨床応答率を予測する、工程
    を含む、方法。
  3. １つ以上のさらなるポリペプチド、医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルについて方法を繰り返す工程、並びに前記特定の又は標的のヒト集団における予測された細胞傷害性Ｔ細胞応答率、ヘルパーＴ細胞応答率、及び／又は臨床応答率によりポリペプチド、医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルをランク付けする工程をさらに含む、請求項１又は請求項２に記載の方法。
  4. 予測された応答率又は応答率のランキングに基づき、１つ以上のポリペプチド、又は医薬組成物、又は１つ以上のキット若しくはポリペプチドのパネルのポリペプチドの投与により、治療を必要とする被験者の治療を選択又は推奨する工程をさらに含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
  5. （ａ）予測された高い応答率又は応答率ランキングを有するポリペプチド、医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルが、被験者における治療上の免疫応答を誘導するために選択又は推奨される；又は
    （ｂ）低い予測された応答率又は応答率ランキングを有するポリペプチド、医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルが、有害な免疫応答を回避するために選択又は推奨される、
    請求項４に記載の方法。
  6. 選択又は推奨されたポリペプチド又は医薬組成物又は１つ以上のキット若しくはポリペプチドのパネルのポリペプチドの１つ以上を被験者に投与することをさらに含む、請求項４又は請求項５に記載の方法。
  7. 請求項４又は請求項５に記載の方法を使用して被験者の治療のために選択又は推奨された１つ以上のポリペプチド又は医薬組成物を該被験者に投与する工程を含む、治療を必要とするヒト被験者の治療方法。
  8. 特定の又は標的のヒト集団の被験者における免疫応答を誘導する方法で使用するための、ポリペプチド又はポリペプチドをコードするポリ核酸を設計又は調製する方法であって、
    （ｉ）（ａ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子型及び／又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型によりそれぞれ定義された複数の被験者を含む関連モデルヒト集団；又は
    （ｂ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子型によりそれぞれ定義された複数の被験者を含む１つの関連モデルヒト集団、及びＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型によりそれぞれ定義された複数の被験者を含む１つの関連モデルヒト集団
    を選択又は定義する工程、
    （ｉｉ）Ａ．ＨＬＡクラスＩ遺伝子型により定義された、工程（ｉ）で選択又は定義されたモデル集団の被験者の高いパーセンテージで、個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ；
    Ｂ．ＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型により定義された、工程（ｉ）で選択又は定義されたモデル集団の被験者の高いパーセンテージで、個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ；又は
    Ｃ．ＨＬＡクラスＩ遺伝子型により定義された、工程（ｉ）で選択又は定義されたモデル集団の被験者の高いパーセンテージで、個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ、及びＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型により定義された、工程（ｉ）で選択又は定義されたモデル集団の被験者の高いパーセンテージで、個々の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ；
    を含む、又はからなる標的ポリペプチド抗原の最大５０個の連続するアミノ酸の断片を同定する工程；
    （ｉｉｉ）工程（ｉｉ）で選択されたポリペプチド断片がＨＬＡクラスＩ結合エピト−プである場合、任意選択で標的ポリペプチド抗原のより長い断片を選択する工程であって、該より長い断片は、
    Ｆ．工程（ｉｉ）で選択された断片を含むアミノ酸配列；及び
    Ｇ．ＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型により定義された、工程（ｉ）で選択又は定義されたモデル集団の被験者の高いパーセンテージで、個々の被験者の少なくとも３つ又は最も可能性の高いＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＨＬＡクラスＩＩ分子結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列、
    を含む、又はからなる、工程
    （ｉｖ）ポリペプチド、又は工程（ｉｉ）若しくは工程（ｉｉｉ）で同定された１つ以上のポリペプチド断片を含むポリペプチドコードするポリ核酸を設計又は調製する工程であって、任意選択で該ポリペプチド断片が標的ポリペプチド抗原の配列の一部ではない追加のアミノ酸によりＮ末端及び／又はＣ末端に隣接している、工程
    を含む方法。
  9. 同じ又は１つ以上の異なる標的ポリペプチド抗原の１つ以上のさらなる断片を同定する工程であって、各ポリペプチド断片は、モデル集団における少なくとも一人の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、工程
    を含み；及び
    （ｉ）該断片に結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子を発現するモデル集団における被験者のパーセンテージ；
    （ｉｉ）該断片を含む標的ポリペプチド抗原及び該断片に結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子の両方を発現すると予測されるモデル集団における被験者のパーセンテージ；
    （ｉｉｉ）該断片に結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子を発現するモデル集団における被験者のパーセンテージ；
    （ｉｖ）該断片を含む標的ポリペプチド抗原及び該断片に結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子の両方を発現すると予測されるモデル集団における被験者のパーセンテージ；
    （ｖ）該断片に結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子及び少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子を発現するモデル集団における被験者のパーセンテージ；
    （ｉｖ）該断片を含む標的ポリペプチド抗原並びに該断片に結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子及び少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子の両方を発現すると予測されるモデル集団における被験者のパーセンテージ
    により該断片をランク付けする工程
    を含む、請求項８に記載の方法。
  10. ランキングに基づき１つ以上のポリペプチド断片を選択する工程、及びポリペプチドが１つ以上の選択されたポリペプチド断片を含むように、又はポリ核酸が該断片をコードするように設計又は調製する工程を含む、請求項９に記載の方法。
  11. 特定の又は標的のヒト集団の被験者における免疫応答を誘導する方法で使用するための、ポリペプチド、ポリペプチドのパネル、又は有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物若しくはキットを設計又は調製する工程をさらに含み、該ポリペプチド又は有効成分のポリペプチドが請求項８又は請求項１０に記載の方法により選択された少なくとも２つのポリペプチド断片、任意選択で２つから１５個の間のポリペプチド断片、を含む、請求項８〜１０のいずれか１項に記載の方法。
  12. ２つ以上の又はそれぞれの断片が異なる標的ポリペプチド抗原、任意選択で表２〜６に列挙された抗原から選択される異なる標的ポリペプチド抗原、及び／又は異なるがん関連抗原であって、任意選択で１つ以上の又はそれぞれのがん関連抗原がＣＴＡである、抗原、に由来する、請求項１１に記載の方法。
  13. ２つ以上の又はそれぞれの断片が、ポリペプチド内で端と端とを並べて配置された、請求項１１又は請求項１２に記載の方法。
  14. 単一のポリペプチド内で端と端とを並べて配置された任意の２つの選択されたポリペプチド断片間の接続部で形成された全てのネオエピト−プをスクリーニングして、
    （ｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
    （ｉｉ）個々の被験者により発現される少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に、ヒト被験者の閾値を超えるパーセンテージで結合することができるＴ細胞エピトープである；又は
    （ｉｉｉ）（ｉ）及び（ｉｉ）の両方の要件を満たす、
    ネオエピト−プのアミノ酸配列を含むペプチドを除去する工程をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
  15. （ｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；又は
    （ｉｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当し、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、
    アミノ酸配列を含むポリペプチドを除去するために１つ以上のポリペプチドがスクリーニングされる、請求項８〜１４のいずれか1項に記載の方法。
  16. 特定の又は標的のヒト集団の被験者において免疫応答を誘導する方法であって、ポリペプチド、ポリペプチドのパネル、ポリペプチドをコードするポリ核酸、又は医薬組成物又はキットを、請求項８〜１５のいずれか１項の方法により前記特定の又は標的のヒト集団において使用するために設計又は調製する工程、及び該ポリペプチド、ポリ核酸、医薬組成物又はキットの有効成分のポリペプチドを該被験者に投与する工程を含む、方法。
  17. 特定の又は標的のヒト集団の被験者において免疫応答を誘導する方法で使用するためのポリペプチド、ポリペプチドのパネル、ポリ核酸、医薬組成物、又はキットであって、該ポリペプチド、ポリペプチドのパネル、ポリ核酸、医薬組成物、又はキットが、前記特定の又は標的のヒト集団において使用するための、請求項８〜１６のいずれか１項に記載の方法により設計又は調製され、該組成物又はキットが、任意選択で少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、ポリペプチド、ポリペプチドのパネル、ポリ核酸、医薬組成物、又はキット。
  18. 特定の又は標的のヒト集団の被験者において免疫応答を誘導する方法で使用するための医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットであって、該医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットは、有効成分として第１及び第２及び任意選択で１つ以上の追加のポリペプチドを含み、それぞれのポリペプチドは、特定の又は標的の集団における少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、第１、第２、及び任意選択で任意の追加領域のＴ細胞エピトープは互いに異なり、任意選択で該医薬組成物又はキットは少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキット。
  19. ヒト被験者において免疫応答を誘導するための方法で使用するための医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットであって、該医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットは、第１の領域及び第２の領域及び任意選択で１つ以上の追加領域を含む有効成分のポリペプチドを含み、各領域は、特定の又は標的の集団における少なくとも１０％の被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、第１、第２、及び任意選択で任意の追加領域のＴ細胞エピトープは互いに異なり、任意選択で該医薬組成物又はキットは少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキット。
  20. １つ以上の又はそれぞれのＴ細胞エピトープのアミノ酸配列が、表２〜６に列挙された抗原から選択されるポリペプチド、又はがん関連抗原であって、任意選択で１つ以上の又はそれぞれのがん関連抗原はＣＴＡである、抗原、に由来する、請求項１８又は１９に記載の使用のための医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキット。
  21. ２つ以上の又はそれぞれのＴ細胞エピトープのアミノ酸配列が、表２〜６に列挙された抗原から選択される異なるポリペプチド、及び／又は異なるがん関連抗原、任意選択で１つ以上の又はそれぞれのがん関連抗原はＣＴＡである、抗原、に由来する、請求項１８〜２０に記載の使用のための医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキット。
  22. 治療を必要とする被験者のがんを治療する方法において使用するための、医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットであって、該医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットが、有効成分として第１及び第２のペプチド、及び任意選択で１つ以上の追加のペプチドを含み、各ペプチドはＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、ヒト被験者の少なくとも１０％は、
    ｉｉｉ．前記Ｔ細胞エピトープを含む表２に列挙された抗原から選択される腫瘍関連抗原を発現する；及び
    ｉｖ．前記Ｔ細胞エピトープに結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子を有する、
    の両方であるがんを有し；
    第１、第２、及び任意選択で任意の追加のペプチドの前記Ｔ細胞エピト−プは互いに異なり、任意選択で医薬組成物又はキットは少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキット。
  23. 治療を必要とする被験者のがんを治療する方法において使用するための、医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットであって、該医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットが、第１及び第２の領域、及び任意選択で１つ以上の追加領域を含む有効成分のポリペプチドを含み、各領域はＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、ヒト被験者の少なくとも１０％は、
    （ａ）前記Ｔ細胞エピトープを含む表２に列挙された抗原から選択される腫瘍関連抗原を発現する；及び
    （ｂ）前記Ｔ細胞エピトープに結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子を有する、
    の両方であるがんを有し；
    第１、第２、及び任意選択で任意の追加領域の前記Ｔ細胞エピト−プは互いに異なり、任意選択で医薬組成物又はキットは少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキット。
  24. 治療を必要とする被験者において、結腸直腸、乳房、卵巣、メラノーマ、非メラノーマ皮膚、肺、前立腺、腎臓、膀胱、胃、肝臓、子宮頸部、食道、非ホジキンリンパ腫、白血病、膵臓、子宮体、口唇、口腔、甲状腺、脳、神経系、胆嚢、喉頭、咽頭、骨髄腫、鼻咽頭、ホジキンリンパ腫、精巣及びカポジ肉腫からなる群から選択されるがんを治療する方法において使用するための、医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットであって、該医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットは有効成分として、第１及び第２のポリペプチド及び任意選択で１つ以上の追加のポリペプチドを含み、各ポリペプチドは、ＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、ヒト被験者の少なくとも１０％は、
    （ａ）前記Ｔ細胞エピトープを含む、表２に列挙された抗原から選択される腫瘍関連抗原を発現する；及び
    （ｂ）前記Ｔ細胞エピトープに結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子を有する、
    の両方である前記がんを有し；
    第１と第２、及び任意選択で任意の追加のペプチドの前記Ｔ細胞エピト−プは互いに異なり、任意選択で医薬組成物又はキットは少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキット。
  25. 治療の必要がある被験者において、結腸直腸、乳房、卵巣、メラノーマ、非メラノーマ皮膚、肺、前立腺、腎臓、膀胱、胃、肝臓、子宮頸部、食道、非ホジキンリンパ腫、白血病、膵臓癌、子宮体、口唇、口腔、甲状腺、脳、神経系、胆嚢、喉頭、咽頭、骨髄腫、鼻咽頭、ホジキンリンパ腫、精巣及びカポジ肉腫からなる群から選択されるがんを治療する方法において使用するための、医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットであって、該医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキットは、第１及び第２の領域及び任意選択で１つ以上の追加領域を含む有効成分のポリペプチドを含み、各領域は、ＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、ヒト被験者の少なくとも１０％は、
    （ａ）前記Ｔ細胞エピトープを含む表２に列挙された抗原から選択される腫瘍関連抗原を発現する；及び
    （ｂ）前記Ｔ細胞エピトープに結合することができる少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子を有する、
    の両方である前記がんを有し；
    第１、及び第２及び任意選択で任意の追加のポリペプチドの前記Ｔ細胞エピト−プは互いに異なり、任意選択で医薬組成物又はキットは少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、医薬組成物、ポリペプチドのパネル又はキット。
  26. 治療を必要とするヒト被験者の治療方法であって、請求項１７〜２５のいずれか１項に記載のポリペプチド、ポリペプチドのパネル、医薬組成物、又はキットの有効成分のポリペプチドを該被験者に投与する工程を含み、該被験者は、該ポリペプチド、又は該医薬組成物若しくはキットの１つ以上の有効成分のポリペプチドに結合することができる、少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子を発現すると決定された、方法。
  27. 該被験者が、ポリペプチド又は医薬組成物若しくはキットの有効成分のポリペプチドの異なるＴ細胞エピトープの閾値最小数に結合することができる、少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子を発現することが決定された、請求項２６に記載の方法。
  28. 医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの有効成分のポリペプチドが、それぞれが被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも２つの異なる配列を共に含むことが決定され、任意選択で該少なくとも２つの異なったアミノ酸配列が、有効成分のポリペプチドにより標的化される２つの異なるポリペプチド抗原のアミノ酸配列に含まれる、請求項２６又は請求項２７に記載の方法。
  29. 医薬組成物が、被験者において臨床応答を誘導する最小の可能性の閾値よりも高いと決定された、請求項２６〜２８のいずれか１項に記載の方法であって、
    下記の因子の１つ以上が臨床応答のより高い可能性に対応する、方法。
    （ａ）それぞれが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、より多数のアミノ酸配列及び／又は異なるアミノ酸配列の有効成分のポリペプチド中の存在；
    （ｂ）Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び、
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである
    ことの両方である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むより多数の標的ポリペプチド抗原であって、任意選択で該標的ポリペプチド抗原は該被験者で発現し、さらに任意選択で該標的ポリペプチド抗原は該被験者から得られた1つ以上の試料中に存在する、抗原
    （ｃ）該被験者が標的ポリペプチド抗原、任意選択で該標的ポリペプチド抗原の閾値の数の標的ポリペプチド抗原、及び／又は任意選択で
    Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両方である少なくとも１つのアミノ酸配列を含む、と決定された標的ポリペプチド抗原、を発現するより高い確率；及び／又は、
    （ｄ）該被験者が発現すると予測されるより多数の標的ポリペプチド抗原、任意選択で閾値確率で該被験者が発現するより多数の標的ポリペプチド抗原、及び／又は任意選択で
    Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された標的ポリペプチド抗原。
  30. 臨床応答の可能性が、
    （ｉ）有効成分のポリペプチドによりにより標的化されるどのポリペプチド抗原が、
    Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    の両方であるアミノ酸配列を含むかを同定する工程；及び
    （ｉｉ）工程（ｉ）で同定された各抗原についての集団発現データを用いて、工程（ｉ）の少なくとも２つの異なるアミノ酸配列を共に含む工程（ｉ）で同定された１つ以上の抗原を該被験者が発現する確率を決定する工程；及び
    （ｉｉｉ）医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して、該被験者が臨床応答を示すであろう可能性を決定する工程であって、工程（ｉｉ）で決定されたより高い確率はより高い臨床応答の可能性に対応する、工程
    を含む方法により臨床応答の可能性が決定された、請求項２９に記載の方法。
  31. （ａ）ヒト被験者のモデル集団の各被験者のクラスＩ及び／又はクラスＩＩ ＨＬＡ遺伝子型；及び１つ以上の試験ポリペプチドのアミノ酸配列を含むデータを保存するように構成された保存モジュールであって、モデル集団は試験標的ヒト集団の代表である、モジュール；及び
    （ｂ）該モデル集団の各被験者の複数のクラスＩＨＬＡ分子に結合することができる１つ以上の試験ポリペプチドのアミノ酸配列、及び／又は該モデル集団の各被験者の複数のクラスＩＩ ＨＬＡ分子に結合することができる１つ以上の試験ポリペプチド中のアミノ酸配列を同定及び／又は定量するように構成された計算モジュール、
    を含むシステム。
  32. （ｃ）（ｉ）１つ以上のポリペプチド、又は有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む１つ以上の医薬組成物の投与に対する、試験標的ヒト集団の細胞傷害性Ｔ細胞応答率及び／又はヘルパーＴ細胞応答率の予測；又は
    （ｉｉ）有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む１つ以上の医薬組成物の投与を含む治療方法に対する、試験標的ヒト集団の臨床応答率の予測、
    を表示するように構成された出力モジュールをさらに含む、請求項３１に記載のシステム。
JP2019568816A 2017-03-03 2018-03-02 集団に基づいた免疫原性ペプチドの同定のプラットフォーム Active JP7437939B2 (ja)

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP17159243.9 2017-03-03
EP17159242.1A EP3369431A1 (en) 2017-03-03 2017-03-03 Vaccine
EP17159243.9A EP3370065A1 (en) 2017-03-03 2017-03-03 Immunogenic peptides
EP17159242.1 2017-03-03
GB1703809.2 2017-03-09
GBGB1703809.2A GB201703809D0 (en) 2017-03-09 2017-03-09 Vaccine
PCT/EP2018/055232 WO2018158457A1 (en) 2017-03-03 2018-03-02 Population-based immunogenic peptide identification platform

Publications (3)

Publication Number Publication Date
JP2020511672A true JP2020511672A (ja) 2020-04-16
JP2020511672A5 JP2020511672A5 (ja) 2021-04-15
JP7437939B2 JP7437939B2 (ja) 2024-02-26

Family

ID=61386864

Family Applications (4)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2019568815A Pending JP2020510698A (ja) 2017-03-03 2018-03-02 個別化された免疫原性ペプチドの同定のプラットフォーム
JP2019568814A Pending JP2020514413A (ja) 2017-03-03 2018-03-02 ペプチドワクチン
JP2019568816A Active JP7437939B2 (ja) 2017-03-03 2018-03-02 集団に基づいた免疫原性ペプチドの同定のプラットフォーム
JP2022197534A Pending JP2023051941A (ja) 2017-03-03 2022-12-09 ペプチドワクチン

Family Applications Before (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2019568815A Pending JP2020510698A (ja) 2017-03-03 2018-03-02 個別化された免疫原性ペプチドの同定のプラットフォーム
JP2019568814A Pending JP2020514413A (ja) 2017-03-03 2018-03-02 ペプチドワクチン

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2022197534A Pending JP2023051941A (ja) 2017-03-03 2022-12-09 ペプチドワクチン

Country Status (16)

Country Link
US (9) US20180264095A1 (ja)
EP (3) EP3589310A1 (ja)
JP (4) JP2020510698A (ja)
KR (3) KR102549625B1 (ja)
CN (3) CN110651188B (ja)
AU (3) AU2018228785A1 (ja)
BR (3) BR112019018312A2 (ja)
CA (3) CA3054861A1 (ja)
CL (4) CL2019002534A1 (ja)
CO (3) CO2019010524A2 (ja)
IL (3) IL268919B2 (ja)
MA (3) MA47683A (ja)
MX (3) MX2019010460A (ja)
SG (3) SG11201907402SA (ja)
WO (3) WO2018158455A1 (ja)
ZA (2) ZA201904723B (ja)

Families Citing this family (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
IL254565B (en) * 2015-03-20 2022-07-01 Childrens Nat Medical Ct Production of t-cells specific for a virus antigen or other antigen from a population of naïve t-cells
US20180264095A1 (en) 2017-03-03 2018-09-20 Treos Bio Zrt Population-based immunogenic peptide identification platform
GB201814361D0 (en) * 2018-09-04 2018-10-17 Treos Bio Zrt Immunogenetic cancer screening test
MA53543A (fr) 2018-09-04 2021-07-14 Treos Bio Ltd Vaccins peptidiques
GB201814362D0 (en) 2018-09-04 2018-10-17 Treos Bio Zrt Composition and process for preparing vaccine
TW202039535A (zh) * 2018-12-18 2020-11-01 德商英麥提克生物技術股份有限公司 B*08限制肽和肽組合物抗癌免疫治療和相關方法
KR102159921B1 (ko) * 2020-03-24 2020-09-25 주식회사 테라젠바이오 펩타이드 서열 및 hla 대립유전자 서열을 이용하여 신생항원을 예측하는 방법 및 컴퓨터 프로그램
CA3174505A1 (en) 2020-04-03 2021-10-07 Zsolt CSISZOVSZKI Coronavirus vaccine
GB202004974D0 (en) 2020-04-03 2020-05-20 Treos Bio Ltd Coronavirus vaccine
BR112022012316A2 (pt) * 2020-04-20 2022-11-16 NEC Laboratories Europe GmbH Método implementado por computador de selecionar uma ou mais sequências de aminoácidos para inclusão em uma vacina a partir de um conjunto de sequências de aminoácidos candidatas imunogênicas previstas; método de criação de uma vacina; sistema para selecionar uma ou mais sequências de aminoácidos para inclusão em uma vacina a partir de um conjunto de sequências de aminoácidos candidatas imunogênicas previstas; e; meio legível por computador
CN112048001B (zh) * 2020-09-08 2022-04-05 南方科技大学 一种肿瘤新生抗原多肽及其应用
KR102278727B1 (ko) * 2020-09-16 2021-07-19 주식회사 테라젠바이오 대상 암 조직 및 세포 유리형 dna 유래 펩타이드 서열 및 hla 클래스 ii 대립유전자 서열을 이용하여 신생항원을 예측하는 방법 및 컴퓨터 프로그램
JPWO2023017768A1 (ja) 2021-08-10 2023-02-16
TW202322137A (zh) 2021-10-04 2023-06-01 日商日本電氣股份有限公司 管理方法、管理系統及電子健康紀錄系統
WO2023059606A1 (en) * 2021-10-06 2023-04-13 Cancervax, Inc. Methods and compositions for cancer treatment
WO2023211024A1 (ko) * 2022-04-27 2023-11-02 포항공과대학교 산학협력단 시험관 진화 기반 핫스팟 유래 펩타이드-핵산 하이브리드 분자 제조방법
CN115785203B (zh) * 2022-06-10 2024-03-12 河北博海生物工程开发有限公司 肺癌特异性分子靶标10及其用途

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20060127408A1 (en) * 2002-12-11 2006-06-15 Young Lawrence S Cancer immunotherapy
US20100074925A1 (en) * 2006-09-21 2010-03-25 Vaxil Biotherapeutics Ltd Antigen specific multi epitope vaccines
WO2014180490A1 (en) * 2013-05-10 2014-11-13 Biontech Ag Predicting immunogenicity of t cell epitopes

Family Cites Families (56)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4235877A (en) 1979-06-27 1980-11-25 Merck & Co., Inc. Liposome particle containing viral or bacterial antigenic subunit
AU2203797A (en) 1996-03-11 1997-10-01 Epimmune, Inc. Peptides with increased binding affinity for hla molecules
US6617434B1 (en) * 1996-05-31 2003-09-09 North Shore Long Island Jewish Research Institute Identificiaton of differentially methylated and mutated nucleic acids
CN100387621C (zh) * 1997-04-14 2008-05-14 麦可麦脱股份公司 抗人抗原受体的新的生产方法及其用途
US20030148463A1 (en) 1997-04-14 2003-08-07 Micromet Ag Novel method for the production of anti-human antigen receptors and uses thereof
FR2791895B1 (fr) 1999-03-23 2001-06-15 Pasteur Merieux Serums Vacc Utilisation de trehalose pour stabiliser un vaccin liquide
AUPQ776100A0 (en) 2000-05-26 2000-06-15 Australian National University, The Synthetic molecules and uses therefor
US6673580B2 (en) 2000-10-27 2004-01-06 Genentech, Inc. Identification and modification of immunodominant epitopes in polypeptides
US7892559B2 (en) 2002-01-30 2011-02-22 Survac Aps Survivin-derived peptides and use thereof
US20040180354A1 (en) 2002-09-06 2004-09-16 Simard John J.L. Epitope sequences
US20060257852A1 (en) 2003-04-10 2006-11-16 Chiron Corporation Severe acute respiratory syndrome coronavirus
US20050100883A1 (en) 2003-11-12 2005-05-12 Wang Chang Y. Peptide-based diagnostic reagents for SARS
JP4779067B2 (ja) 2004-01-20 2011-09-21 愛知県 ＨＬＡ−Ａ２４０２拘束性Ｅｐ−ＣＡＭ特異的ＣＴＬが認識するエピトープ・ペプチド及びその用途
EP1756147A2 (en) 2004-06-01 2007-02-28 Innogenetics N.V. Peptides for inducing a ctl and/or htl response to hepatitis c virus
US8487076B1 (en) 2005-01-25 2013-07-16 Nec Corporation HLA-binding peptide, and DNA fragment and recombinant vector coding for said HLA-binding peptide
DK1853305T3 (en) 2005-02-04 2014-12-01 Survac Aps Survivin-peptide vaccine
CN100402554C (zh) * 2005-02-25 2008-07-16 李玉新 睾丸特异性蛋白50人源抗体的制备及用途
FR2891462B1 (fr) 2005-09-30 2009-10-16 Commissariat Energie Atomique Epitopes t cd4+ de la survivine et leurs applications
GB0520067D0 (en) 2005-10-01 2005-11-09 Cancer Rec Tech Ltd Treatment of cancer
EP2084267B1 (en) 2006-09-26 2018-04-11 Cedars-Sinai Medical Center Cancer stem cell antigen vaccines and methods
EP2361930A3 (en) 2007-03-26 2011-10-26 Dako Denmark A/S Multimers of MHC-peptide complexes and uses thereof in Borrelia infectious diseases
EP2042600A1 (en) 2007-09-28 2009-04-01 Commissariat A L'energie Atomique A public and immunogenic CD4+ T Cell epitope of the hiv tat protein and its applications
AU2009232774B2 (en) 2008-03-31 2014-05-29 Tella Inc. Partial peptide of Survivin presented on MHC class II molecule and use thereof
HUE024541T2 (hu) 2008-05-14 2016-01-28 Immatics Biotechnologies Gmbh Szurvivinbõl és neurocanból származó új és hatásos II-es osztályú MHC peptidek
TW201008574A (en) 2008-08-19 2010-03-01 Oncotherapy Science Inc INHBB epitope peptides and vaccines containing the same
US20110318380A1 (en) 2008-10-01 2011-12-29 Dako Denmark A/S MHC Multimers in Cancer Vaccines and Immune Monitoring
GB0818065D0 (en) * 2008-10-02 2008-11-05 Cancer Rec Tech Ltd Immunogenic peptides and uses thereof
US20120244145A1 (en) * 2009-11-16 2012-09-27 Duke University Enhanced immunological responses
GB201004575D0 (en) * 2010-03-19 2010-05-05 Immatics Biotechnologies Gmbh Composition of tumor associated peptides and related anti cancer vaccine for the treatment of gastric cancer and other cancers
US20170039314A1 (en) * 2010-03-23 2017-02-09 Iogenetics, Llc Bioinformatic processes for determination of peptide binding
WO2012051282A2 (en) * 2010-10-14 2012-04-19 The Ohio State University Research Foundation Piwil2-like (pl2l) proteins-targeted cancer diagnosis and therapy
EP2745845A1 (en) * 2012-12-19 2014-06-25 Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux A method for preventing or treating an HIV infection
GB201315946D0 (en) 2013-09-06 2013-10-23 Immune Targeting Systems Its Ltd Oncology vaccine
KR20160093012A (ko) * 2013-11-05 2016-08-05 코그네이트 바이오서비시즈, 인코포레이티드 암 치료를 위한 체크포인트 억제제 및 치료제의 배합물
WO2015143335A1 (en) 2014-03-20 2015-09-24 The University Of North Carolina At Chapel Hill Methods and compositions for chimeric coronavirus spike proteins
WO2015164798A1 (en) 2014-04-25 2015-10-29 Tria Bioscience Corp. Synthetic hapten carrier compositions and methods
WO2016040900A1 (en) * 2014-09-14 2016-03-17 Washington University Personalized cancer vaccines and methods therefor
US10317402B2 (en) * 2014-12-03 2019-06-11 Verik Bio, Inc. Identification, selection and use of high curative potential T cell epitopes
WO2016172722A1 (en) * 2015-04-23 2016-10-27 Nantomics, Llc Cancer neoepitopes
US11090332B2 (en) 2015-05-21 2021-08-17 Regen BioPharma, Inc. Antigen specific mRNA cellular cancer vaccines
EP3362930A4 (en) * 2015-10-12 2019-06-19 Nantomics, LLC SYSTEMS, COMPOSITIONS, AND METHODS FOR DISCOVERING MSI AND NEOEPPITOPES THAT PROVIDE SENSITIVITY TO IMMUNE CONTROL POINTS
GB201604755D0 (en) 2016-03-21 2016-05-04 Vaxeal Res Sas Immunogenic compositions
IL265834B2 (en) 2016-10-07 2023-03-01 Univ Texas hla-restricted vgll1 peptides and their use
MA47367B1 (fr) 2017-01-27 2023-06-28 Immatics Biotechnologies Gmbh Nouveaux peptides et combinaison de peptides à utiliser en immunothérapie contre le cancer de l'ovaire et d'autres cancers
EP3370065A1 (en) 2017-03-03 2018-09-05 Treos Bio Kft Immunogenic peptides
EP3369431A1 (en) 2017-03-03 2018-09-05 Treos Bio Kft Vaccine
US20180264095A1 (en) 2017-03-03 2018-09-20 Treos Bio Zrt Population-based immunogenic peptide identification platform
US20210061914A1 (en) 2017-12-28 2021-03-04 Gritstone Oncology, Inc. Antigen-Binding Proteins Targeting Shared Antigens
WO2019222760A1 (en) 2018-05-18 2019-11-21 Children's National Medical Center Improved targeted t-cell therapy
US20210213066A1 (en) 2018-05-18 2021-07-15 Children's National Medical Center Improved cell therapy compositions for hematopoietic stem cell transplant patients
GB201814361D0 (en) 2018-09-04 2018-10-17 Treos Bio Zrt Immunogenetic cancer screening test
GB201814362D0 (en) 2018-09-04 2018-10-17 Treos Bio Zrt Composition and process for preparing vaccine
MA53543A (fr) 2018-09-04 2021-07-14 Treos Bio Ltd Vaccins peptidiques
WO2020146434A2 (en) 2019-01-07 2020-07-16 Children's National Medical Center Ex vivo activated t-lymphocytic compositions and methods of using the same
CA3126064A1 (en) 2019-01-07 2020-07-16 Children's National Medical Center Improved targeted t-cell therapy for treatment of multiple myeloma
GB202004974D0 (en) 2020-04-03 2020-05-20 Treos Bio Ltd Coronavirus vaccine

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20060127408A1 (en) * 2002-12-11 2006-06-15 Young Lawrence S Cancer immunotherapy
US20100074925A1 (en) * 2006-09-21 2010-03-25 Vaxil Biotherapeutics Ltd Antigen specific multi epitope vaccines
WO2014180490A1 (en) * 2013-05-10 2014-11-13 Biontech Ag Predicting immunogenicity of t cell epitopes
JP2016521128A (ja) * 2013-05-10 2016-07-21 バイオエヌテック アーゲーＢｉｏＮＴｅｃｈ ＡＧ Ｔ細胞エピトープの免疫原性の予測

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
RAJASAGI, M. ET AL.: "Systematic identification of personal tumor-specific neoantigens in chronic lymphocytic leukemia", BLOOD, vol. 124, no. 3, JPN6022008509, 17 July 2017 (2017-07-17), pages 453 - 462, XP002779455, ISSN: 0004947497 *
SINGH, S. P. ET AL.: "Major histocompatibility complex linked databases and prediction tools for designing vaccines", HUMAN IMMUNOLOGY, vol. 77, JPN6022008506, 14 November 2015 (2015-11-14), pages 295 - 306, XP029497258, ISSN: 0004947495, DOI: 10.1016/j.humimm.2015.11.012 *
SOMOGYI, E. ET AL.: "HIV vaccine to induce cytotoxic T cells recognizing conserved HIV-1/2-epitopes derived from the most", IMMUNOTHERAPY, vol. 5, no. 8, JPN6022008507, 1 August 2013 (2013-08-01), pages 825 - 828, ISSN: 0004947496 *
YAMADA, A. ET AL.: "Phase I clinical study of a personalized peptide vaccination available for six different human leuko", EXPERIMENTAL AND THERAPEUTIC MEDICINE, vol. 2, JPN6022008505, 2 December 2010 (2010-12-02), pages 109 - 117, XP002779456, ISSN: 0004947494 *

Also Published As

Publication number Publication date
JP2023051941A (ja) 2023-04-11
BR112019018312A2 (pt) 2020-03-31
CL2019002534A1 (es) 2020-02-07
CL2022002836A1 (es) 2023-06-16
KR20190134636A (ko) 2019-12-04
KR20190133177A (ko) 2019-12-02
EP3589951A1 (en) 2020-01-08
ZA201904723B (en) 2024-01-31
US10213497B2 (en) 2019-02-26
MA47678A (fr) 2021-05-26
CN110651188A (zh) 2020-01-03
JP2020510698A (ja) 2020-04-09
IL268917A (en) 2019-10-31
IL268917B (en) 2022-12-01
US20180264095A1 (en) 2018-09-20
US20230405100A1 (en) 2023-12-21
WO2018158455A1 (en) 2018-09-07
EP3589954A1 (en) 2020-01-08
JP7437939B2 (ja) 2024-02-26
CN110621334A (zh) 2019-12-27
SG11201906765UA (en) 2019-08-27
US20220111024A1 (en) 2022-04-14
KR102549625B1 (ko) 2023-06-28
IL268917B2 (en) 2023-04-01
CL2019002533A1 (es) 2020-02-07
SG11201907524UA (en) 2019-09-27
US20220031823A1 (en) 2022-02-03
CA3054871A1 (en) 2018-09-07
BR112019018307A2 (pt) 2020-03-31
CN110651189A (zh) 2020-01-03
IL268919A (en) 2019-10-31
IL268920A (en) 2019-10-31
WO2018158456A1 (en) 2018-09-07
US20180250399A1 (en) 2018-09-06
US20220111025A1 (en) 2022-04-14
CN110651188B (zh) 2024-02-02
ZA201904725B (en) 2024-01-31
AU2018226566A1 (en) 2019-08-01
CA3054861A1 (en) 2018-09-07
CO2019010698A2 (es) 2020-01-17
CO2019010503A2 (es) 2020-01-17
MA47683A (fr) 2020-01-08
US11628211B2 (en) 2023-04-18
MA47677A (fr) 2020-01-08
US11213578B2 (en) 2022-01-04
IL268919B1 (en) 2023-06-01
CO2019010524A2 (es) 2020-01-17
MX2019010459A (es) 2020-01-09
KR102591136B1 (ko) 2023-10-17
US20190240302A1 (en) 2019-08-08
AU2018228786A1 (en) 2019-08-01
US20180264094A1 (en) 2018-09-20
US11426452B2 (en) 2022-08-30
IL268919B2 (en) 2023-10-01
BR112019018313A2 (pt) 2020-05-19
SG11201907402SA (en) 2019-09-27
CA3054866A1 (en) 2018-09-07
KR20190133010A (ko) 2019-11-29
MX2019010460A (es) 2020-01-09
CL2019002532A1 (es) 2020-02-07
WO2018158457A1 (en) 2018-09-07
EP3589310A1 (en) 2020-01-08
US20220072114A1 (en) 2022-03-10
JP2020514413A (ja) 2020-05-21
MX2019010461A (es) 2020-01-09
AU2018228785A1 (en) 2019-08-01

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7437939B2 (ja) 集団に基づいた免疫原性ペプチドの同定のプラットフォーム
KR20210086610A (ko) 백신 조성물의 제조 방법
US20240000911A1 (en) Peptide vaccines
EA045699B1 (ru) Персонализированная платформа для идентификации иммуногенного пептида
EA045702B1 (ru) Платформа для идентификации иммуногенных пептидов популяционного уровня

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20210301

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20210301

A711 Notification of change in applicant

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A711

Effective date: 20210326

A977 Report on retrieval

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007

Effective date: 20220131

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20220308

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20220606

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20220804

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20220908

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20221220

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20230316

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20230619

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20231003

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20231213

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20240116

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20240213

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Ref document number: 7437939

Country of ref document: JP

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150