EA045702B1

EA045702B1 - Платформа для идентификации иммуногенных пептидов популяционного уровня

Info

Publication number: EA045702B1
Application number: EA201992059
Authority: EA
Inventors: Юлианна Лисиэиц; Левенте Мольнар; Эникё Р. Тёке; Йожеф ТОТ; Оршойа Лоринц; Жольт Чисовски; Эстер Шомодьи; Каталин Пантья; Моника Медьеши
Original assignee: Треош Био Лимитед
Priority date: 2017-03-03
Filing date: 2018-03-02
Publication date: 2023-12-18

Description

Область техники

Настоящее изобретение относится к способам прогнозирования того, является ли полипептид иммуногенным для конкретного субъекта-человека, способам идентификации фрагментов полипептида, которые являются иммуногенными для конкретного человека, способам получения прецизионных фармацевтических композиций или наборов, содержащих такие полипептидные фрагменты, специфическим для субъекта-человека фармацевтическим композициям, содержащим такие полипептидные фрагменты, и способам лечения с использованием таких композиций.

Уровень техники

На протяжении десятилетий ученые предполагали, что хронические заболевания невозможно излечить посредством естественной защиты человека. Однако в последнее время наблюдались значительные регрессии опухолей у индивидов, получавших антитела, которые блокируют иммуноингибирующие молекулы, что ускорило развитие области иммунотерапии рака. Эти клинические данные демонстрируют, что повторная активация существующих Т-лимфоцитарных ответов приводит к значимой клинической эффективности для индивидов. Эти достижения возродили энтузиазм по поводу разработки противораковых вакцин, которые индуцируют опухолеспецифические Т-лимфоцитарные ответы.

Вопреки обещанию, существующая иммунотерапия эффективна только для части индивидов. Кроме того, большинство испытаний противораковой вакцины не смогло продемонстрировать статистически значимую эффективность из-за низкой степени регрессии опухоли и противоопухолевых Тлимфоцитарных ответов у индивидов. Сообщалось о подобных неудачах с терапевтическими и профилактическими вакцинами, которые пытались включить Т-лимфоцитарные ответы в областях лечения вируса иммунодефицита человека (ВИЧ, HIV, human immunodeficiency virus) и аллергии. Существует необходимость в преодолении клинических неудач иммунотерапии и вакцин.

Сущность изобретения

В антигенпрезентирующих клетках (antigen presenting cells, APC) белковые антигены преобразуются в пептиды. Эти пептиды связываются с молекулами лейкоцитарного антигена человека (human leukocyte antigen, HLA) и презентируются на клеточной поверхности в виде комплексов пептида-HLA с Тлимфоцитами. Разные индивиды экспрессируют разные молекулы HLA, а разные молекулы HLA презентируют разные пептиды. Таким образом, в соответствии с уровнем техники, пептид или фрагмент более крупного полипептида идентифицируется как иммуногенный для конкретного субъекта-человека, если он презентирован молекулой HLA, которая экспрессируется субъектом. Другими словами, на существующем уровне техники описаны иммуногенные пептиды как ограниченные по HLA эпитопы. Однако ограниченные по HLA эпитопы индуцируют Т-лимфоцитарные ответы только у части индивидов, которые экспрессируют молекулу HLA. Пептиды, которые активируют Т-лимфоцитарный ответ у одного индивида, неактивны у других, несмотря на совместимость аллеля HLA. Таким образом, было неизвестно, почему молекулы HLA индивида презентируют производные от антигена эпитопы, которые положительно активируют Т-лимфоцитарные ответы.

Как указано в настоящем документе, множество HLA, экспрессируемых индивидом, должны презентировать один и тот же пептид, чтобы инициировать Т-лимфоцитарный ответ. Таким образом, фрагменты полипептидного антигена, являющиеся иммуногенными для конкретного индивида, представляют собой фрагменты, которые могут связываться с множеством HLA класса I (активировать цитотоксические Т-лимфоциты, Т-киллеры) или класса II (активировать хелперные Т-лимфоциты, Т-хелперы), экспрессируемых этим индивидом. Соответственно, в первом аспекте изобретение раскрывает способ прогнозирования частоты ответа цитотоксических Т-лимфоцитов и/или частоты ответа Т-хелперов конкретной или заданной популяции людей на введение полипептида или на введение фармацевтической композиции, набора или панели полипептидов, содержащих один или более полипептидов в качестве активных ингредиентов, причем способ включает (i) выбор или определение релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса I и/или генотипом HLA класса II;

(ii) определение для каждого субъекта в смоделированной популяции людей того, будет ли полипептид или полипептиды совместно содержать (a) по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, которая представляет собой Тлимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя молекулами HLA класса I субъекта, и/или (b) по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, которая представляет собой Тлимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя молекулами HLA класса II субъекта, и (iii) прогнозирование того

А) что частота ответа цитотоксических Т-лимфоцитов указанной популяции людей, в которой большая доля смоделированной популяции людей соответствует требованиям этапа (ii)(a), прогнозирует большую частоту ответа цитотоксических Т-лимфоцитов в указанной популяции людей; и/или

В) что частота ответов Т-хелперов указанной популяции людей, в которой большая доля смоделированной популяции людей соответствует требованиям этапа (ii)(b), прогнозирует большую частоту от

- 1 045702 ветов Т-хелперов в указанной популяции людей. Настоящее изобретение дополнительно обеспечивает способ прогнозирования частоты клинического ответа конкретной или заданной популяции людей на введение фармацевтической композиции, набора или панели полипептидов, содержащих один или более полипептидов в качестве активных ингредиентов, причем способ включает (i) выбор или определение релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса I;

(ii) определение (a) для каждого субъекта в смоделированной популяции людей, содержит ли один или более полипептидов активного ингредиента совместно по меньшей мере две разные аминокислотные последовательности, каждая из которых представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя молекулами HLA класса I субъекта, при этом необязательно по меньшей мере две разные аминокислотные последовательности содержатся в аминокислотной последовательности двух разных полипептидных антигенов, на которые таргетирован полипептид (полипептиды) активного ингредиента;

(b) в смоделированной популяции среднего количества полипептидных антигенов-мишеней, содержащих по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, которая

A. представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I отдельных субъектов в смоделированной популяции, и

B. содержится в аминокислотной последовательности полипептида (полипептидов) активного ингредиента, и/или (c) в смоделированной популяции среднего количества экспрессируемых полипептидных антигенов-мишеней, содержащих по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, которая

А) представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I отдельных субъектов в смоделированной популяции, и

В) содержится в аминокислотной последовательности полипептида (полипептидов) активного ингредиента, и (iii) прогнозирование частоты клинического ответа указанной популяции людей, при этом большая доля смоделированной популяции людей соответствует требованиям этапа (и)(а), или более высокое среднее количество полипептидов-мишеней на этапе (ii)(b), или более высокое среднее количество экспрессируемых полипептидов-мишеней на этапе (ii)(c) прогнозирует более высокую частоту клинического ответа в указанной популяции людей.

Настоящее изобретение дополнительно обеспечивает способы лечения нуждающегося в этом субъекта-человека, причем способ включает введение субъекту полипептида, фармацевтической композиции или набора полипептидов из панели полипептидов, которая была идентифицирована или выбрана на основании спрогнозированной частоты иммунного или клинического ответа, определенного, как указано выше; их использование в способе лечения соответствующего субъекта-человека; и их использование в производстве лекарственного препарата для лечения соответствующего субъекта.

Настоящее изобретение также обеспечивает способ составления или получения полипептида или полинуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид, для использования в способе индуцирования иммунного ответа у субъекта в конкретной или заданной популяции людей, при этом способ включает в себя (i) выбор или определение (a) релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса I и/или генотипом HLA класса II, и/или (b) релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса I, и одной релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса П;

(ii) идентификацию фрагмента из вплоть до 50 последовательных аминокислот полипептидного антигена-мишени, состоящего из или содержащего

A) Т-лимфоцитарный эпитоп, способный у высокого процента субъектов смоделированной популяции, выбранной или определенной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса I, связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I отдельных субъектов;

B) Т-лимфоцитарный эпитоп, способный у высокого процента субъектов смоделированной популяции, выбранной или определенной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса II, связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II отдельных субъектов, или

C) Т-лимфоцитарный эпитоп, способный, у большого процента субъектов смоделированной популяции, отобранной или определенной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса I, связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I отдельных субъектов, и Т-лимфоцитарный эпитоп, способный у большого процента субъектов смоделированной популяции, отобранной или определенной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса II, связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II отдельных субъектов;

(iii) если полипептидный фрагмент, выбранный на этапе (ii), состоит из аминокислотной последовательности, представляющей собой эпитоп, связывающийся с HLA класса I, при необходимости, выбор

- 2 045702 более длинного фрагмента полипептидного антигена-мишени, причем более длинный фрагмент содержит аминокислотную последовательность или состоит из аминокислотной последовательности, которая

D. содержит фрагмент, выбранный на этапе (ii), и

E. представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с молекулой HLA класса II, у высокого процента субъектов смоделированной популяции, выбранной или определенной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса II, связывающийся с по меньшей мере тремя или с наиболее возможными молекулами HLA класса II отдельных субъектов; и (iv) составление или получение полипептида иди полинуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид, содержащий или состоящий из одного или более фрагментов полипептида, идентифицированных на этапе (ii) или этапе (iii), при этом необязательно фрагмент полипептида фланкирован на N и/или С конце дополнительными аминокислотами, которые не являются частью последовательности полипептидного антигена-мишени.

Настоящее изобретение обеспечивает способ индуцирования иммунного ответа у субъекта конкретной или заданной популяции людей, включающий составление или получение полипептида, панели полипептидов, полинуклеиновой кислоты, кодирующей полипептид, или фармацевтической композиции или набора для применения в указанной конкретной или заданной популяции людей, как описано выше, и введение полипептида (полипептидов), полинуклеиновой кислоты, фармацевтической композиции или полипептидов активного ингредиента из набора субъекту.

Настоящее изобретение обеспечивает полипептид, панель полипептидов, полинуклеиновую кислоту, фармацевтическую композицию или набор для использования в способе индуцирования иммунного ответа у субъекта конкретной или заданной популяции людей, причем полипептид, панель полипептидов, полинуклеиновая кислота, фармацевтическая композиция или набор составлены или получены, как описано выше, для использования в указанной конкретной или заданной популяции людей, и при этом композиция или набор необязательно содержит по меньшей мере один фармацевтически приемлемый разбавитель, носитель или консервант.

Настоящее изобретение обеспечивает фармацевтическую композицию, панель полипептидов или набор для использования в способе индуцирования иммунного ответа у субъекта-человека, причем фармацевтическая композиция, панель полипептидов или набор содержит в качестве активных ингредиентов первый и второй и, необязательно, один или более дополнительных пептидов, при этом каждый пептид содержит аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов-людей, причем Т-лимфоцитарный эпитоп первого, второго и необязательно каких-либо дополнительных участков отличаются один от другого, и при этом фармацевтическая композиция или набор необязательно содержит по меньшей мере один фармацевтически приемлемый разбавитель, носитель или консервант.

Настоящее изобретение обеспечивает фармацевтическую композицию, панель полипептидов или набор для использования в способе индуцирования иммунного ответа у субъекта-человека, причем фармацевтическая композиция, панель полипептидов или набор содержит полипептид активного ингредиента, содержащий первый участок и второй участок и, необязательно, один или более дополнительных участков, при этом каждый участок содержит аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов-людей, причем Т-лимфоцитарный эпитоп первого, второго и необязательно каких-либо дополнительных участков отличаются один от другого, и при этом фармацевтическая композиция или набор необязательно содержит по меньшей мере один фармацевтически приемлемый разбавитель, носитель или консервант.

Настоящее изобретение обеспечивает фармацевтическую композицию, панель полипептидов или набор для использования в способе лечения рака у субъекта, нуждающегося в этом, при этом фармацевтическая композиция, панель полипептидов или набор содержит в качестве активных ингредиентов первый и второй пептид и, необязательно, один или более дополнительных пептидов, причем каждый пептид содержит аминокислотную последовательность, представляющую собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с HLA класса I, и в при этом для каждого указанного Т-лимфоцитарного эпитопа по меньшей мере 10% субъектов-людей, страдающих раком, одновременно (i) экспрессируют ассоциированный с опухолью антиген, выбранный из антигенов, перечисленных ниже в табл. 2 или табл. 5, который содержит указанный Т-лимфоцитарный эпитоп, и (ii) имеют по меньшей мере три молекулы HLA класса I, способные связываться с указанным Тлимфоцитарным эпитопом; причем указанный Т-лимфоцитарный эпитоп первого, второго и необязательно каких-либо дополнительных пептидов отличаются один от другого, и при этом фармацевтическая композиция или набор необязательно содержит по меньшей мере один фармацевтически приемлемый разбавитель, носитель или консервант.

Настоящее изобретение обеспечивает фармацевтическую композицию, панель полипептидов или набор для использования в способе лечения рака у субъекта, нуждающегося в этом, при этом фармацевтическая композиция, панель полипептидов или набор содержит полипептид активного ингредиента,

- 3 045702 содержащий первый и второй участок и, необязательно, один или более дополнительных участков, причем каждый участок содержит аминокислотную последовательность, представляющую собой Тлимфоцитарный эпитоп, связывающийся с HLA класса I, и в при этом для каждого указанного Тлимфоцитарного эпитопа по меньшей мере 10% субъектов-людей, страдающих раком, одновременно (a) экспрессируют ассоциированный с опухолью антиген, выбранный из антигенов, перечисленных ниже в табл. 2 или табл. 5, который содержит указанный Т-лимфоцитарный эпитоп, и (b) имеют по меньшей мере три молекулы HLA класса I, способные связываться с указанным Тлимфоцитарным эпитопом;

причем указанный Т-лимфоцитарный эпитоп первого, второго и необязательно каких-либо дополнительных участков отличаются один от другого, и при этом фармацевтическая композиция или набор необязательно содержит по меньшей мере один фармацевтически приемлемый разбавитель, носитель или консервант.

Настоящее изобретение обеспечивает фармацевтическую композицию, панель полипептидов или набор для применения в способе лечения рака, выбранного из колоректального рака, рака молочной железы, яичника, меланомы, немеланомного рака кожи, рака легких, предстательной железы, почки, мочевого пузыря, желудка, печени, шейки матки, пищевода, неходжкинской лимфомы, лейкемии, рака поджелудочной железы, тела матки, губы, полости рта, щитовидной железы, мозга, нервной системы, желчного пузыря, гортани, глотки, миеломы, рака носоглотки, лимфомы Ходжкина, рака тестикул и саркомы Капоши у субъекта, нуждающегося в лечении, при этом фармацевтическая композиция, панель полипептидов или набор содержит в качестве активных ингредиентов первый и второй пептид и, необязательно, один или более дополнительных полипептидов, причем каждый пептид содержит аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с HLA класса I, и при этом для каждого указанного Т-лимфоцитарного эпитопа по меньшей мере 10% субъектовлюдей, страдающих указанным раком, одновременно (a) экспрессируют ассоциированный с опухолью антиген, выбранный из антигенов, перечисленных ниже в табл. 2 или табл. 5, который содержит указанный Т-лимфоцитарный эпитоп, и (b) имеют по меньшей мере три молекулы HLA класса I, способные связываться с указанным Тлимфоцитарным эпитопом; причем указанный Т-лимфоцитарный эпитоп первого, второго и необязательно каких-либо дополнительных пептидов отличаются один от другого, и при этом фармацевтическая композиция или набор необязательно содержит по меньшей мере один фармацевтически приемлемый разбавитель, носитель или консервант.

Настоящее изобретение обеспечивает фармацевтическую композицию, панель полипептидов или набор для применения в способе лечения рака, выбранного из колоректального рака, рака молочной железы, яичника, меланомы, немеланомного рака кожи, рака легких, предстательной железы, почки, мочевого пузыря, желудка, печени, шейки матки, пищевода, неходжкинской лимфомы, лейкемии, рака поджелудочной железы, тела матки, губы, полости рта, щитовидной железы, мозга, нервной системы, желчного пузыря, гортани, глотки, миеломы, рака носоглотки, лимфомы Ходжкина, рака тестикул и саркомы Капоши у субъекта, нуждающегося в лечении, при этом фармацевтическая композиция, панель полипептидов или набор содержит полипептид активного ингредиента, содержащий первый и второй участок и, необязательно, один или более дополнительных участков, причем каждый участок содержит аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с HLA класса I, и при этом для каждого указанного Т-лимфоцитарного эпитопа по меньшей мере 10% субъектов-людей, страдающих указанным раком, одновременно (а) экспрессируют ассоциированный с опухолью антиген, выбранный из антигенов, перечисленных ниже в табл. 2 или табл. 5, который содержит указанный Т-лимфоцитарный эпитоп, и (b) имеют по меньшей мере три молекулы HLA класса I, способные связываться с указанным Тлимфоцитарным эпитопом; причем указанный Т-лимфоцитарный эпитоп первого, второго и необязательно каких-либо дополнительных полипептидов отличаются один от другого, и при этом фармацевтическая композиция или набор необязательно содержит по меньшей мере один фармацевтически приемлемый разбавитель, носитель или консервант.

Настоящее изобретение обеспечивает способ лечения нуждающегося в этом субъекта-человека, причем способ включает введение субъекту полипептида, панели полипептидов, фармацевтической композиции или полипептидов активного ингредиента из набора, описанного выше, причем определено, что субъект экспрессирует по меньшей мере три молекулы HLA класса I и/или по меньшей мере три молекулы HLA класса II, способные связываться с полипептидом или с одним или более из полипептидов активного ингредиента фармацевтической композиции или набора.

В дополнительном аспекте изобретение обеспечивает систему, содержащую (a) модуль памяти, выполненный с возможностью хранения данных, включающих генотипы HLA класса I и/или класса II каждого субъекта из смоделированной популяции субъектов-людей; и аминокислотную последовательность одного или более тестируемых полипептидов; при этом смоделированная популяция является репрезентативной для тестируемой заданной популяции людей, и (b) вычислительный модуль, выполненный с возможностью идентификации и/или количественного

- 4 045702 определения аминокислотных последовательностей в одном или более тестируемых полипептидов, которые способны связываться с множеством молекул HLA класса I каждого субъекта в смоделированной популяции, и/или аминокислотными последовательностями в одном или более тестируемых полипептидов, которые способны связываться с множеством молекул HLA класса II каждого субъекта в смоделированной популяции.

Теперь изобретение будет описано более подробно в качестве примера, а не ограничения, и со ссылкой на прилагаемые чертежи. При рассмотрении настоящего изобретения для специалистов в данной области будут очевидны многие эквивалентные модификации и варианты. Соответственно, примеры вариантов осуществления изложенного изобретения рассматриваются как иллюстративные, а не ограничивающие. Различные изменения в описанных вариантах осуществления могут быть сделаны без отступления от объема изобретения. Все цитируемые документы, будь то выше или ниже, в полном объеме включены в настоящий документ посредством ссылок.

Настоящее изобретение включает комбинацию описанных аспектов и предпочтительных признаков, за исключением случаев, когда такая комбинация явно недопустима или явно указано, что ее следует избегать. Используемые в данном описании и прилагаемой формуле изобретения формы единственного числа включают в себя множественное число, если содержание явно не указывает иное. Так, например, ссылка на «пептид» включает два или более таких пептидов.

Заголовки разделов используются в данном документе только для удобства, и никоим образом не должны рассматриваться как ограничивающие.

Описание графических материалов

Фиг. 1. ROC-кривая ограниченных по HLA биомаркеров PEPI (personal epitope, персональный эпитоп).

Фиг. 2. ROC-кривая для теста > 1 PEPI3+ для определения диагностической точности.

Фиг. 3. Распределение PEPI3+ HLA класса I по сравнению с ответами CD8+ Т-лимфоцитов, измеренное с помощью современного анализа, среди пептидных пулов, используемых в анализах ответа CD8+ Т-лимфоцитов. А: Ограниченные по HLA класса I PEPI3+. Общий процент согласования (ОРА, Overall Percent of Agreement) 90% среди Т-лимфоцитарных ответов и пептидов PEPI3+ демонстрирует полезность раскрытых пептидов для прогнозирования поствакцинального набора Т-лимфоцитарных ответов для индивидов. В: Ограниченные по HLA класса I эпитопы (PEPI1+). ОРА между прогнозируемыми эпитопами и ответами CD8+ Т-лимфоцитов составил 28% (статистически не значимо). Самый темный серый: Истинно положительный (результат) (ТР, True positive), были обнаружены как пептиды, так и Тлимфоцитарные ответы; Светло-серый: Истинно отрицательный (результат) (FN, False negative), были обнаружены только Т-лимфоцитарные ответы; Самый светлый серый: Ложноположительный (результат) (FP, False positive), были обнаружен только пептиды; Темно-серый: Истинно отрицательный (результат) (TN, True negative): не были обнаружены ни пептиды, ни Т-лимфоцитарные ответы.

Фиг. 4. Распределение PEPI HLA класса II по сравнению с ответами CD4+ Т-лимфоцитов, измеренное с помощью современного анализа, среди пептидных пулов, используемых в анализах. А: Ограниченные по HLA класса II PEPI4+. 67% ОРА между PEPI4+ и ответами CD4+ Т-лимфоцитов (р=0,002). В: Ограниченные по HLA класса II эпитопы. ОРА между эпитопами, ограниченными по HLA класса II, и ответами CD4+ Т-лимфоцитов составил 66% (статистически не значимо). Самый темный серый: Истинно положительный (результат) (ТР, True positive), были обнаружены как пептиды, так и Т-лимфоцитарные ответы; Светло-серый: Истинно отрицательный (результат) (FN, False negative), были обнаружены только Т-лимфоцитарные ответы; Самый светлый серый: Ложноположительный (результат) (FP, False positive), были обнаружен только пептиды; Темно-серый: Истинно отрицательный (результат) (TN, True negative): не были обнаружены ни пептиды, ни Т-лимфоцитарные ответы.

Фиг. 5. Связывающиеся с множеством HLA пептиды, которые определяют специфический для вакцины HPV-16 LPV набор Т-лимфоцитарных ответов у 18 пациентов с VIN-3 (Vulvar Intraepithelial Neoplasia, интраэпителиальная неоплазия вульвы) и 5 пациентов с раком шейки матки. Количество ограниченных по HLA класса I (А и В) PEPI3 и количество ограниченных по HLA класса II (С и D) PEPI3, полученных из антигенов LPV (Live Attenuated Poliovaccine, живая ослабленная полиовакцина) каждого пациента. Светло-серый: пациенты с иммунным ответом, измеренным после вакцинации в клиническом испытании; Темно-серый: Пациенты без иммунного ответа, измеренного после вакцинации в клиническом испытании. Результаты показывают, что пептиды, связывающиеся с>3 HLA класса I, прогнозируют реакционную способность CD8+ Т-лимфоцитов, а пептиды, связывающиеся с > 4 HLA класса II, прогнозируют реакционную способность CD4+ Т-лимфоцитов.

Фиг. 6. Связывающиеся с множеством HLA класса I пептиды, которые определяют специфический для вакцины против HPV (Human Papilloma Virus, вирус папилломы человека) набор Т-лимфоцитарных ответов у 2 пациентов. А: Четыре антигена HPV в вакцине против HPV. Прямоугольники представляют длину аминокислотных последовательностей от N-конца до С-конца. В: Процесс идентификации связывающихся с множеством HLA пептидов для двух пациентов: HLA-последовательности пациентов, помеченные как 4-значный генотип HLA, справа от идентификатора пациента. Локализация 1-й аминокисло

- 5 045702 ты 54 и 91 эпитопов, которые могут связываться с HLA (PEPI1+) пациента 12-11 и пациента 14-5, соответственно, изображена линиями. PEPI2 представляет пептиды, выбранные из PEPI1+, которые могут связываться с множеством HLA пациента (PEPI2+). PEPI3 представляет пептиды, которые могут связываться с>3 HLA пациента (PEPI3+). PEPI4 представляет пептиды, которые могут связываться с>4 HLA пациента (PEPI4+). PEPI5 представляет пептиды, которые могут связываться с>5 HLA пациента (PEPI5+). PEPI6 представляет пептиды, которые могут связываться с 6 HLA пациента (PEPI6). С: Набор специфических PEPI3+ ДНК-вакцины (DNA, deoxyribonucleic acid, дезоксирибонуклеиновая кислота) двух пациентов характеризует их специфические Т-лимфоцитарные ответы на введение вакцины.

Фиг. 7. Корреляция между показателем > 1 PEPI3+ и частотой ответов цитотоксического Тлимфоцита (CTL, cytolytic T lymphocyte) пептидных мишеней, определенная в клинических испытаниях.

Фиг. 8. Корреляция между показателем > 1 PEPI3+ и частотой клинического иммунного ответа (IRR, Immune Response Rate) иммунотерапевтических вакцин. Пунктирные линии: доверительный интервал 95%.

Фиг. 9. Корреляция между показателем > 2 PEPI3+ и частотой контроля заболевания (DCR, Disease Control Rate) иммунотерапевтических вакцин. Пунктирные линии: доверительный интервал 95%.

Фиг. 10. Карта HLA для вакцины Rindopepimut на аллелях HLA субъектов в смоделированной популяции.

Фиг. 11. Вероятность экспрессии антигена, используемого при приготовлении вакцины, в опухолевых клетках пациента XYZ. Существует более чем 95% вероятность того, что 5 из 12 антигенов-мишеней в схеме вакцинации экспрессируются в опухоли пациента. Следовательно, 12 пептидных вакцин совместно могут индуцировать иммунные ответы против по меньшей мере 5 антигенов рака яичника с вероятностью 95% (AGP95). Вероятность того, что каждый пептид будет индуцировать иммунные ответы у пациента XYZ, составляет 84%. AGP50 - это среднее значение (ожидаемое значение)=7,9 (это показатель эффективности вакцины при воздействии на опухоль у пациента XYZ).

Фиг. 12. Результаты компьютерной томографии (MRI, Magnetic Renonance Imaging) пациента XYZ, получавшего персонализированную (PIT) вакцину. На этой поздней стадии у пациентки с раком яичника, получавшей тяжелую предварительную терапию, после лечения вакциной PIT был неожиданный объективный ответ. Указанные результаты компьютерной томографии позволяют предположить, что вакцина PIT в сочетании с химиотерапией значительно снижает опухолевую нагрузку пациентки. Пациентка теперь продолжает лечение вакциной PIT.

Фиг. 13. Вероятность экспрессии антигена, используемого при приготовлении вакцины, в опухолевых клетках пациента ABC. Существует более чем 95% вероятность того, что 4 из 13 антигенов-мишеней при вакцинации экспрессируются в опухоли пациента. Следовательно, 12 пептидных вакцин совместно могут индуцировать иммунные ответы по меньшей мере на 4 антигена рака молочной железы с вероятностью 95% (AGP95). Вероятность того, что каждый пептид будет индуцировать иммунные ответы у пациента ABC, составляет 84%. AGP50 - это среднее (ожидаемое значение) дискретного распределения вероятности=6,45 (это показатель эффективности вакцины при воздействии на опухоль у пациента ABC).

Фиг. 14. Пример анализа вариабельных участков пептида: вариабельный участок антигена PRAME в смоделированной популяции из 433 пациентов. На оси у находятся 433 пациента из смоделированной популяции, на оси х находится аминокислотная последовательность антигена PRAME (СТА, cancer testis antigen, раково-тестикулярный антиген). Каждая точка данных представляет PEPI, презентируемый > 3 HLA класса I пациента, начиная с указанного положения аминокислоты. Два наиболее часто встречающихся PEPI (называемых bestEPI) антигена PRAME выделены темно-серым (вариабельные участки пептида=вариабельные участки PEPI).

Фиг. 15. Кривая экспрессии СТА, вычисленная путем анализа данных о частоте экспрессии опухолеспецифических антигенов (СТА, tumor specific antigens) в тканях рака молочной железы человека. (Данные о линии клеток не включены).

Фиг. 16. Распределение экспрессии антигена при раке молочной железы основано на вычислении мультиантигенных ответов от частот экспрессии выбранных 10 разных СТА. А: некумулятивное распределение для вычисления ожидаемого значения количества экспрессируемых антигенов (AG50). Это значение показывает, что, вероятно, 6,14 используемых для приготовления вакцины антигенов будут экспрессироваться клетками опухоли молочной железы. В: кривая кумулятивного распределения минимального количества экспрессируемых антигенов (кривая экспрессии СТА). Показывает, что минимум 4 используемых для приготовления вакцины антигена будут экспрессироваться с вероятностью 95% в клетке рака молочной железы (AG95).

Фиг. 17. PEPI, репрезентирующие антигены: распределение специфических для вакцины против рака молочной железы СТА-антигенов с > 1 PEPI, называемое АР, в смоделированной популяции (n=433) для вакцины против рака молочной железы. А: некумулятивное распределение АР, при котором среднее количество АР составляет: АР50=5,30, а это означает, что в среднем почти 6 СТА будут репрезентированы PEPI в смоделированной популяции. В: кривая кумулятивного распределения минимального количества АР в смоделированной популяции (n=433). Показывает, что по меньшей мере один используемый

- 6 045702 для приготовления вакцины антиген будет иметь PEPI в 95% смоделированной популяции (n=433) (АР95=1).

Фиг. 18. PEPI репрезентирует экспрессированный антиген (специфические для вакцины против рака молочной железы СТА-антигены, экспрессируемые опухолью, для которых прогнозируется > 1 PEPI, называемое AGP) в смоделированной популяции (n=433), вычисленное с помощью уровней экспрессии СТА для рака молочной железы. А: некумулятивное распределение AGP, в котором ожидаемое значение количества экспрессируемых СТА, репрезентированных PEPI, составляет AGP50=3,37. AGP50 является критерием эффективности раскрытой вакцины против рака молочной железы при воздействии на опухоль молочной железы в неселективной популяции пациентов. AGP50=3,37 означает, что по меньшей мере 3 СТА из вакцины, вероятно, будут экспрессироваться клетками опухоли молочной железы и презентировать PEPI в смоделированной популяции. В: кривая кумулятивного распределения минимального количества AGP в смоделированной популяции (n=433) показывает, что по меньшей мере 1 из СТА вакцины будет презентировать PEPI у 92% популяции, а у оставшихся 8% популяции, вероятно, вообще не будет AGP (AGP95=0, AGP92=1).

Фиг. 19. Кривая экспрессии СТА, вычисленная путем анализа данных о частоте экспрессии опухолеспецифических антигенов (СТА, tumor specific antigens) в тканях колоректального рака человека. (Данные о линии клеток не включены).

Фиг. 20. Распределение экспрессии антигена при колоректальном раке основано на вычислении мультиантигенных ответов от частот экспрессии выбранных 7 разных СТА. А: некумулятивное распределение для вычисления ожидаемого значения количества экспрессируемых антигенов (AG50) вакцины против колоректального рака. Это значение показывает, что, вероятно, 4,96 используемых для приготовления вакцины антигенов будут экспрессироваться клетками колоректального рака. В: кривая кумулятивного распределения минимального количества экспрессируемых антигенов (кривая экспрессии СТА). Показывает, что минимум 3 антигена будут экспрессироваться с вероятностью 95% в клетке колоректального рака (AG95).

Фиг. 21. PEPI репрезентированный антиген (специфические для вакцины против колоректального рака СТА-антигены, для которых прогнозируется > 1 PEPI. Называемое АР) распределение в смоделированной популяции (n=433) для колоректального рака. А: некумулятивное распределение АР, при котором среднее количество АР составляет: АР50=4,73, а это означает, что в среднем почти 5 СТА будут репрезентированы PEPI в смоделированной популяции. В: кривая кумулятивного распределения минимального количества АР в смоделированной популяции (n=433). Показывает, что 2 или более антигенов будут репрезентированы PEPI в 95% смоделированной популяции (n=433) (АР95=2).

Фиг. 22. PEPI репрезентированный антиген (специфические для вакцины против колоректального рака СТА-антигены, экспрессируемые опухолью, для которых прогнозируется > 1 PEPI. Называемое AGP) распределение в смоделированной популяции (n=433), вычисленное с помощью частот экспрессии СТА, для колоректального рака. А: некумулятивное распределение AGP, в котором ожидаемое значение для количества экспрессируемых СТА, репрезентированных PEPI, равно AGP50=2,54. AGP50 является критерием эффективности раскрытой вакцины против колоректального рака при воздействии на колоректальные опухоли в неселективной популяции пациентов. AGP50=2,54 означает, что по меньшей мере 2-3 СТА из вакцины, вероятно, будут экспрессироваться клетками опухоли колоректального рака и презентировать PEPI в смоделированной популяции. В: кривая кумулятивного распределения минимального количества AGP в смоделированной популяции (n=433) показывает, что по меньшей мере 1 из СТА вакцины будет экспрессироваться, а также презентировать PEPI в 93% популяции (AGP93=1)

Фиг. 23. Схематическое изображение примеров положений аминокислот в перекрывающихся эпитопах, связывающихся с HLA класса I и HLA класса II, в 30-mer пептиде (пептиде, имеющем 30 аминокислот).

Фиг. 24. Антигенность вакцины PolyPEPI1018 против CRC в общей популяции. Антигенность PolyPEPI1018 у субъекта определяется количеством АР, которое указывает количество используемых для приготовления вакцины антигенов, индуцирующих Т-лимфоцитарные ответы у субъекта. Количество АР для PolyPEPI1018 было определено у каждого из 433 субъектов в смоделированной популяции с использованием теста PEPI, а количество АР50 затем было вычислено для смоделированной популяции. АР50 PolyPEPI1018 в смоделированной популяции составляет 4,73. Среднее количество иммуногенных антигенов (т. е. антигенов с > 1 PEPI) в PolyPEPI1018 в общей популяции составляет 4,73. Сокращения: АР=антигены с > 1 PEPI. Левая панель: Кривая кумулятивного распределения. Правая панель: Кривая дискретного распределения.

Фиг. 25. Эффективность вакцины PolyPEPI1018 против CRC в общей популяции. Индуцированные вакциной Т-лимфоциты могут распознавать и уничтожать опухолевые клетки, если PEPI в вакцине презентирован опухолевой клеткой. Количество AGP (экспрессируемых антигенов с PEPI) является показателем эффективности вакцины у индивида и зависит как от активности, так и от антигенности PolyPEPI1018. Среднее количество иммуногенных СТА (т.е. АР [экспрессированных антигенов с > 1 PEPI]) в PolyPEPI1018 составляет 2,54 в смоделированной популяции. Вероятность того, что

- 7 045702

PolyPEPI1018 индуцирует Т-лимфоцитарные ответы против множества антигенов у субъекта (т.е. mAGP) в смоделированной популяции, составляет 77%.

Описание последовательностей.

В последовательности с идентификационными номерами (ИД №): 1-20 приведены 9 mer Tлимфоцитарные эпитопы, описанные в табл. 30.

Последовательности с ИД №: 21-40 приведены 9 mer Т-лимфоцитарные эпитопы, описанные в табл. 33.

Последовательности с ИД №: 41-71 (81-111) приведены пептиды вакцины против рака молочной железы, указанные в табл. 31.

Последовательности с ИД № 72-102 (112-142) приведены пептиды вакцины против колоректального рака, указанные в табл. 34.

Последовательности с ИД № 103-115 (159-171) приведены дополнительные пептидные последовательности, описанные в табл. 17.

Последовательности с ИД №: 116-128 (362-374) приведены персонализированные пептиды вакцины, составленные для пациента XYZ, описанные в табл. 26.

Последовательности с ИД №: 129-140 (375-386) приведены персонализированные пептиды вакцины, составленные для пациента ABC, описанные в табл. 29.

Последовательности с ИД №: 141-188 (387-434) приведены дополнительные 9 mer Tлимфоцитарные эпитопы, описанные в табл. 41.

Подробное описание сущности изобретения

Генотипы HLA.

HLA кодируются большинством полиморфных генов человеческого генома. У каждого человека есть материнский и отцовский аллели для трех молекул HLA класса I (HLA-A*, HLA-В*, HLA-C*) и четырех молекул HLA класса II (HLA-DP*, HLA-DQ*, HLA -DRB1*, HLA-DRB3*/4*/5*). Практически каждый человек экспрессирует отличающуюся комбинацию из 6 молекул HLA класса I и 8 молекул HLA класса II, которые представляют разные эпитопы из того же белкового антигена. Функция молекул HLA заключается в регуляции Т-лимфоцитарных ответов. Однако до настоящего времени было неизвестно, как HLA человека регулируют активацию Т-лимфоцитов.

Номенклатура, используемая для обозначения аминокислотной последовательности молекулы HLA, выглядит следующим образом: имя гена*аллель: номер белка, который, например, может выглядеть следующим образом: HLA-A*02:25. В этом примере 02 относится к аллелю. В большинстве случаев аллели определяются серотипами - это означает, что белки данного аллеля не будут реагировать друг с другом в серологических анализах. Номера белков (25 в приведенном выше примере) присваиваются последовательно по мере обнаружения белка. Новый номер белка назначается для какого-либо белка с другой аминокислотной последовательностью (например, даже изменение одной аминокислотной последовательности считается другим номером белка). Дополнительная информация о последовательности нуклеиновой кислоты данного локуса может быть применена к номенклатуре HLA, но такая информация не требуется для описанных в настоящем документе способов.

Генотип HLA класса I или генотип HLA класса II индивида может относиться к фактической аминокислотной последовательности каждого HLA класса I или класса II индивида, или может относиться к номенклатуре, описанной выше, которая обозначает, как минимум, номер аллеля и белка каждого гена HLA. Генотип HLA может быть получен или определен с использованием любого подходящего способа. Например, последовательность может быть определена путем секвенирования локусов гена HLA с использованием способов и протоколов, известных в данной области. В качестве альтернативы, набор HLA индивида может быть сохранен в базе данных и доступен с использованием способов, известных в данной области техники.

Связывание HLA-эпитопа.

Данный HLA субъекта будет презентировать Т-лимфоцитам только ограниченное количество разных пептидов, продуцируемых при процессинге белковых антигенов в АРС. Используемый в настоящем документе термин представлять или презентировать при использовании в отношении HLA относится к связыванию между пептидом (эпитопом) и HLA. В этом отношении термин представлять или презентировать пептид является синонимом связывания пептида.

Используемый в настоящем документе термин эпитоп или Т-лимфоцитарный эпитоп относится к последовательности смежных аминокислот, содержащихся в белковом антигене, которые обладают аффинностью связывания (способны связываться) с одним или более HLA. Эпитоп является HLA- и антиген-специфическим (пары HLA-эпитоп, прогнозируемые известными методами), но не является специфическим для субъекта. Эпитоп, Т-лимфоцитарный эпитоп, полипептид, фрагмент полипептида или композиция, содержащая полипептид или его фрагмент, является иммуногенным для конкретного субъекта-человека, если он способен индуцировать Т-лимфоцитарный ответ (ответ цитотоксического Тлимфоцита или ответ Т-хелпера) у этого субъекта. В некоторых случаях ответ Т-хелпера представляет собой ответ Т-хелпера Th1-типа. В некоторых случаях эпитоп, Т-лимфоцитарный эпитоп, полипептид, фрагмент полипептида или композиция, содержащая полипептид или его фрагмент, является иммуно

- 8 045702 генным для конкретного субъекта-человека, если он с большей вероятностью индуцирует Тлимфоцитарный ответ или иммунный ответ у субъекта, чем другой Т-лимфоцитарный эпитоп (или в некоторых случаях каждый из двух разных Т-лимфоцитарных эпитопов), способный связываться только с одной молекулой HLA субъекта.

Термины Т-лимфоцитарный ответ и иммунный ответ используются в настоящем документе взаимозаменяемо и относятся к активации Т-лимфоцитов и/или индуцированию одной или более эффекторных функций после распознавания одной или более связывающихся пар HLA-эпитоп. В некоторых случаях иммунный ответ включает в себя ответ на антитела, поскольку молекулы HLA класса II стимулируют ответы хелперов, которые участвуют в индуцировании как пролонгированных ответов CTL, так и ответов на антитела. Эффекторные функции включают цитотоксичность, продуцирование цитокинов и пролиферацию. Согласно настоящему изобретению эпитоп, Т-лимфоцитарный эпитоп или фрагмент полипептида является иммуногенным для конкретного субъекта, если он способен связываться с по меньшей мере двумя, или в некоторых случаях по меньшей мере тремя HLA класса I или по меньшей мере двумя, или в некоторых случаях по меньшей мере тремя, или по меньшей мере четырьмя HLA класса II субъекта.

Для целей настоящего изобретения введен термин персональный эпитоп, или PEPI, чтобы отличать специфические для субъекта эпитопы от HLA-специфических эпитопов. PEPI представляет собой фрагмент полипептида, состоящий из последовательности смежных аминокислот полипептида, который представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с одной или более молекул HLA класса I конкретного субъекта-человека. В других случаях PEPI представляет собой фрагмент полипептида, составленный из последовательности смежных аминокислот полипептида, который представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с одной или более молекул HLA класса II конкретного субъекта-человека. Иначе говоря, PEPI представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, который распознается набором HLA конкретного индивида. В отличие от эпитопа, PEPI являются специфическими для индивида, поскольку разные индивиды имеют разные молекулы HLA, каждая из которых связывается с разными Т-лимфоцитарными эпитопами.

Термин PEPI1 в контексте настоящего документа относится к пептиду или фрагменту полипептида, который может связываться с одной молекулой HLA класса I (или, в определенных случаях, с молекулой HLA класса II) индивида. Термин PEPI1+ относится к пептиду или фрагменту полипептида, который может связываться с одной или более молекул HLA класса I индивида.

Термин PEPI2 относится к пептиду или фрагменту полипептида, который может связываться с двумя молекулами HLA класса I (или II) индивида. Термин PEPI2+ относится к пептиду или фрагменту полипептида, который может связываться с двумя или более молекулами HLA класса I (или II) индивида, т. е. фрагменту, идентифицированному в соответствии со способом согласно настоящему изобретению.

Термин PEPI3 относится к пептиду или фрагменту полипептида, который может связываться с тремя молекулами HLA класса I (или II) индивида. Термин PEPI3+ относится к пептиду или фрагменту полипептида, который может связываться с тремя или более молекулами HLA класса I (или II) индивида.

Термин PEPI4 относится к пептиду или фрагменту полипептида, который может связываться с четырьмя молекулами HLA класса I (или II) индивида. Термин PEPI4+ относится к пептиду или фрагменту полипептида, который может связываться с четырьмя или более молекулами HLA класса I (или II) индивида.

Термин PEPI5 относится к пептиду или фрагменту полипептида, который может связываться с пятью молекулами HLA класса I (или II) индивида. Термин PEPI5+ относится к пептиду или фрагменту полипептида, который может связываться с пятью или более молекулами HLA класса I (или II) индивида.

Термин PEPI6 относится к пептиду или фрагменту полипептида, который может связываться с шестью молекулами HLA класса I (или шестью молекулами HLA класса II) индивида.

Вообще говоря, эпитопы, презентируемые молекулами HLA класса I, имеют длину около девяти аминокислот, а эпитопы, презентируемые молекулами HLA класса II, имеют длину около пятнадцати аминокислот. Однако для целей настоящего изобретения эпитоп может иметь длину более или менее девяти (для HLA класса I) или более или менее пятнадцати (для HLA класса II) аминокислот в пределах того, что эпитоп способен связываться с HLA. Например, эпитоп, который способен связываться с HLA класса I, может иметь длину между 7, или 8, или 9, и 9 или 10, или 11 аминокислот. Эпитоп, который способен связываться с HLA класса II, может иметь длину между 13, или 14, или 15, и 15 или 16, или 17 аминокислот.

Таким образом, изобретение, описанное в настоящем документе, включает, например, способ прогнозирования того, является ли полипептид иммуногенным для соответствующей популяции или группы субъектов-людей (например, в смоделированной популяции людей) или идентификации фрагмента полипептида в качестве иммуногенного для соответствующей популяции или группы субъектов-людей (например, в смоделированной популяции людей), при этом способ включает этапы (i) определение того, содержит ли полипептид:

a. последовательность из 7-11 последовательных аминокислот, которая способна связываться с по меньшей мере двумя HLA класса I субъекта, или

- 9 045702

b. последовательность из 13-17 последовательных аминокислот, которая способна связываться с по меньшей мере двумя HLA класса II субъекта, и (ii) прогнозирование того, что полипептид является иммуногенным для субъекта, если полипептид содержит по меньшей мере одну последовательность, которая соответствует требованиям этапа (i); или прогнозирование того, что полипептид не является иммуногенным для субъекта, если полипептид не содержит по меньшей мере одну последовательность, которая соответствует требованиям этапа (i); или идентификацию указанной жесткой последовательности аминокислот в качестве последовательности фрагмента полипептида, который является иммуногенным для субъекта.

Используя способы, известные в данной области, можно определять эпитопы, которые будут связываться с известным HLA. Может быть использован любой подходящий способ, при условии, что один и тот же способ используется для определения множества связывающихся пар HLA-эпитоп, которые сравниваются напрямую. Например, может быть использован биохимический анализ. Также можно использовать списки эпитопов, о которых известно, что они связаны с данным HLA. Также можно использовать прогностическое или моделирующее программное обеспечение, чтобы определить, какие эпитопы могут быть связаны с данным HLA. Примеры приведены в табл. 1. В некоторых случаях Тлимфоцитарный эпитоп способен связываться с данным HLA, если он имеет концентрацию полумаксимального ингибирования IC₅₀ (half-maximal inhibitory concentration) или прогнозируемую IC₅₀ менее 5000 нМ, менее 2000 нМ, менее 1000 нМ или менее 500 нМ.

- 10 045702

Таблица 1

Пример программного обеспечения для определения связывания эпитопа-HLA

ИНСТРУМЕНТЫ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ ЭПИТОПА	ВЕБ-АДРЕС
BIMAS, NIH (National Institutes of Health, Национальные институты здравоохранения США) PPAPROC, Тюбингенский университет. Прогнозирование МНС (major histocompatibility complex, главный комплекс гистосовместимости), Институт исследования вакцины им. Эдварда Дженнера.	www-bimas.cit.nih, gov/molbio/hla_bind/
EpiJen, Институт исследований вакцины им. Эдварда Дженнера.	http://www.ddg-pharmfac.net/epijen/EpiJen/EpiJen.htm

NetMHC, Центр биологического анализа последовательностей	http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/
SVMHC, Tubingen Univ.	http: //abi .inf.uni-tuebingen. de/Services/S VMHC/
SYFPEITHI, Биомедицинская информатика, Гейдельберг	http: //www. svfpeithi.de/bin/MHCServer.dll/EpitopePrediction .htm

ЕТК EPITOOLKIT, Тюбингенский университет.	http://etk.informatik.uni-tuebingen.de/epipred/

PREDEP, Еврейский университет, Иерусалим	http://margalit.huii.ac.il/Teppred/mhc-bind/index.html

RANKPEP, MIF Биоинформатика	http://bio.dfci.harvard.edu/RANKPEP/
IEDB, База данных по иммунным эпитопам	http://tools.immuneepitope.org/main/html/tcell tools .html

БАЗА ДАННЫХ ПО ЭПИТОПАМ	ВЕБ-АДРЕС
MHCBN, Институт микробных технологий, Чандигарх, ИНДИЯ	http://www.imtech.res.in/raghava/mhcbn/

SYFPEITHI, Биомедицинская информатика, Гейдельберг	http://www.syfpeithi.de/
AntiJen, Институт исследований вакцины	http://www.ddg-pharmfac.net/antiien/AntiJen/antiienhomepage.htm

им. Эдварда Дженнера. EPIMHC база данных МНС-лигандов,
EPIMHC база данных МНС-лигандов, MIF Биоинформатика	http://immunax.dfci.harvard.edu/epimhc/
IEDB, База данных по иммунным эпитопам	http://www.iedb.org/

- 11 045702

Как указано в настоящем документе, презентирование Т-лимфоцитарного эпитопа множеством HLA индивида обычно необходимо для инициирования Т-лимфоцитарного ответа. Соответственно, способы согласно изобретению включают определение того, имеет ли полипептид последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя молекулами HLA класса I или с по меньшей мере двумя молекулами HLA класса II (PEPI2+) конкретного субъекта-человека (например, в смоделированной популяции людей).

Наилучшим прогностическим фактором ответа цитотоксического Т-лимфоцита на данный полипептид является наличие по меньшей мере одного Т-лимфоцитарного эпитопа, который презентирован тремя или более молекулами HLA класса I индивида (> 1 PEPI3+). Соответственно, в некоторых случаях способ включает определение того, имеет ли полипептид последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I конкретного субъекта-человека. В некоторых случаях способ включает определение того, имеет ли полипептид последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться только с тремя молекулами HLA класса I субъекта-человека (например, в смоделированной популяции людей). Ответ Т-хелперов может прогнозироваться по презентированию по меньшей мере одного Т-лимфоцитарного эпитопа, который презентирован тремя или более (> 1 PEPI3+) или 4 или более (> 1 PEPI4+) HLA класса II индивида. Таким образом, в некоторых случаях способ включает определение того, имеет ли полипептид последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II субъекта-человека (например, в смоделированной популяции людей). В других случаях способ включает определение того, содержит ли полипептид последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере четырьмя молекулами HLA класса II субъекта-человека. В других случаях способ включает определение того, содержит ли полипептид последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться только с тремя и/или только с четырьмя молекулами HLA класса II субъекта-человека.

В некоторых случаях раскрытые способы и композиции могут быть использованы для прогнозирования того, будет ли полипептид/фрагмент индуцировать как ответ цитотоксического Т-лимфоцита, так и ответ Т-хелпера у субъекта-человека. Полипептид/фрагмент содержит как аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с множеством молекул HLA класса I субъекта, так и аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с множеством молекул HLA класса II субъекта. Эпитопы, связывающиеся с HLA класса I и HLA класса II, могут полностью или частично перекрываться. В некоторых случаях такие фрагменты полипептида могут быть идентифицированы путем выбора аминокислотной последовательности, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с множеством (например, по меньшей мере двумя или по меньшей мере тремя) молекулами HLA класса I субъекта, и затем проводить скрининг одного или больше более длинных фрагментов полипептида, которые удлинены на N-и/или С-конце для связывания с одной или более, или наиболее возможными (т. е., когда имеются в наличии подходящие PEPI3+, связывающие HLA класса II) молекулами HLA класса II субъекта, или высоким процентом субъектов в популяции.

У некоторых субъектов могут иметься два аллеля HLA, которые кодируют одну и ту же молекулу HLA (например, две копии для HLA-A*02:25 в случае гомозиготности). Молекулы HLA, кодируемые этими аллелями, связывают все одинаковые Т-лимфоцитарные эпитопы. Для целей настоящего изобретения термин связывание с по меньшей мере двумя молекулами HLA субъекта, используемый в настоящем документе, включает связывание с молекулами HLA, кодируемыми двумя идентичными аллелями HLA у одного субъекта. Иначе говоря, термин связывание с по меньшей мере двумя молекулами HLA субъекта и т. п. мог бы быть выражен как связывание с молекулами HLA, кодируемыми по меньшей мере двумя аллелями HLA субъекта.

Полипептидные антигены.

Используемый в настоящем документе термин полипептид относится к непроцессированному белку, части белка или пептиду, характеризуемому как цепочка аминокислот. Используемый в настоящем документе термин пептид относится к короткому полипептиду, содержащему между 2, или 3, или 4, или 5, или 6, или 7, или 8, или 9, или 10, или 1, или 12, или 13, или 14, или 15 и 10, или 11, или 12, или 13, или 14, или 15, или 20, или 25, или 30, или 35, или 40, или 45, или 50 аминокислот.

Используемые в настоящем документе термины фрагмент или фрагмент полипептида относятся к цепочке аминокислот или аминокислотной последовательности, как правило, уменьшенной длины относительно эталонного полипептида, и содержащей, на общей части, аминокислотную последовательность, идентичную эталонному полипептиду. Такой фрагмент согласно настоящему изобретению может быть при необходимости включен в более крупный полипептид, в состав которого он входит. В некоторых случаях фрагмент может содержать полную длину полипептида, например, когда весь полипептид, такой как пептид из 9 аминокислот, представляет собой одиночный Т-лимфоцитарный эпитоп.

В некоторых случаях полипептид представляет собой, или полипептид состоит из всего или части

- 12 045702 антигена, экспрессируемого патогенным организмом (например, бактерией или паразитом), вирусом или раковой клеткой, который ассоциирован с аутоиммунным нарушением или ответом, или патогенной клеткой, или представляет собой аллерген, или ингредиент лекарственного препарата или фармацевтической композиции, такой как вакцина или иммунотерапевтическая композиция. В некоторых случаях способ согласно изобретению включает начальный этап идентификации или выбора подходящего полипептида, например полипептида, как дополнительно описано ниже.

Полипептид или антиген может быть экспрессирован в клетках или, в частности, в пораженных клетках конкретной или заданной популяции людей (например, антиген, ассоциированный с опухолью, полипептид, экспрессируемый вирусом, внутриклеточными бактериями или паразитом, или продукт in vivo вакцины или композиции для иммунотерапии), или получен из окружающей среды (например, пища, аллерген или лекарство). Полипептид или антиген может присутствовать в образце, взятом у субъекта конкретной или заданной популяции людей. Как полипептидные антигены, так и HLA могут быть точно определены аминокислотными или нуклеотидными последовательностями и секвенированы с использованием способов, известных в данной области.

Полипептид или антиген может быть антигеном, ассоциированным с раком или опухолью (ТАА, tumor-associated antigen). TAA представляют собой белки, экспрессируемые в раковых или опухолевых клетках. Раковая или опухолевая клетка может присутствовать в образце, взятом у субъекта конкретной или заданной популяции людей. Примеры ТАА включают новые антигены (неоантигены), экспрессируемые во время онкогенеза, продукты онкогенов и генов-супрессоров опухолей, сверхэкспрессируемые или аберрантно экспрессируемые клеточные белки (например, HER2, MUC1), антигены, продуцируемые онкогенными вирусами (например, EBV, HPV, HCV, HBV, HTLV), раково-тестикулярные антигены (СТА, cancer testis antigens) (например, семейство MAGE, NY-ESO) и дифференцировочные антигены по типу клеток (например, MART-1). Последовательности ТАА можно найти экспериментально, или в опубликованных научных работах, или в общедоступных базах данных, таких как база данных Института исследования рака им.

Людвига (www.cta.lncc.br/), база данных по иммунитету к раку (cancerimmunity.org/peptide/) и база данных опухолевых Т-лимфоцитарных антигенов TANTIGEN (cvc. dfci.harvard. edu/tadb/).

В некоторых случаях полипептид или антиген не экспрессируется или экспрессируется в минимальной степени в нормальных здоровых клетках или тканях, но экспрессируется (в этих клетках или тканях) с высокой долей (с высокой частотой) субъектами, имеющими конкретное заболевание или состояние, такое как тип рака или рак, происходящий из определенного типа клеток или ткани, например, рак молочной железы, рак яичника или меланома. Еще одним примером является колоректальный рак. Другие, не имеющие ограничительного характера, примеры рака включают немеланомный рак кожи, легких, простаты, почки, мочевого пузыря, желудка, печени, шейки матки, пищевода, неходжкинскую лимфому, лейкоз, поджелудочной железы, тела матки, губы, полости рта, щитовидной железы, мозга, нервной системы, желчного пузыря, гортани, глотки, миелому, носоглотки, лимфому Ходжкина, тестикул и саркому Капоши. В качестве альтернативы, полипептид может экспрессироваться на низких уровнях в нормальных здоровых клетках, но на высоких уровнях (сверхэкспрессироваться) в больных (например, раковых) клетках или у субъектов, имеющих заболевание или состояние. В некоторых случаях полипептид экспрессируется или экспрессируется на высоком уровне по сравнению с нормальными здоровыми клетками или субъектами по меньшей мере у 2, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95% или более таких индивидов или соответствующей субпопуляции людей, или смоделированной или заданной популяции. Например, популяция может быть сопоставлена с субъектом по этнической принадлежности, географическому положению, полу, возрасту, заболеванию, типу или стадии заболевания, генотипу или экспрессии одного или более биомаркеров.

В некоторых случаях частоты экспрессии могут быть определены из опубликованных графических материалов и научных публикаций. В некоторых случаях способ согласно изобретению включает в себя этап идентификации или выбора такого полипептида.

В некоторых случаях полипептид ассоциирован с раковыми клетками или солидными опухолями, или сильно (сверх-)экспрессирован в них. Типичные виды раковых образований включают карциномы, саркомы, лимфомы, лейкемии, опухоли половых клеток или бластомы. Рак может быть или не быть гормонально связанным или зависимым раком (например, эстроген-или андроген-связанный рак). Опухоль может быть злокачественной или доброкачественной. Рак может быть или не быть метастатическим.

В некоторых случаях полипептид представляет собой раково-тестикулярные антигены (СТА, cancer testis antigens). СТА обычно не экспрессируются после эмбрионального развития в здоровых клетках. У здоровых взрослых экспрессия СТА ограничена мужскими зародышевыми клетками, которые не экспрессируют HLA и не могут презентировать антигены Т-лимфоцитам. Следовательно, СТА считаются экспрессионными неоантигенами при экспрессии в раковых клетках. Экспрессия СТА является (i) специфической для опухолевых клеток, (ii) более частой в метастазах, чем в первичных опухолях и (iii) консервативной среди метастазов одного и того же пациента (Gajewski ed. Targeted Therapeutics в Melanoma. Springer New York. 2012).

Полипептид может представлять собой мутационный неоантиген, который экспрессируется клет

- 13 045702 кой, например раковой клеткой индивида, но изменен относительно аналогичного белка в нормальной или здоровой клетке. В некоторых случаях способы согласно настоящему изобретению включают этап идентификации полипептида, который представляет собой мутационный неоантиген или мутационный неоантиген у конкретного субъекта-человека, или идентификации неоэпитопа. Например, неоантиген может присутствовать в образце, полученном от субъекта. Мутационные неоантигены или неоэпитопы могут быть использованы для направленного воздействия на ассоциированные с заболеванием клетки, такие как раковые клетки, которые экспрессируют неоантиген или неоантигены, содержащие неоэпитоп. Мутации в полипептиде, экспрессируемом клеткой, например клеткой в образце, взятом у субъекта, могут быть обнаружены, например, путем секвенирования, но большая их часть не индуцирует иммунный ответ против неоантиген-экспрессирующих клеток. В настоящее время идентификация мутационных неоантигенов, которые индуцируют иммунный ответ, основана на прогнозировании ограниченных по мутации HLA эпитопов и дальнейших испытаний in vitro на иммуногенность прогнозируемых эпитопов в образце крови индивида. Этот процесс неточный, долгий и дорогой.

Идентификация мутационных эпитопов (например, неоэпитопов), которые связываются с множеством молекул HLA, воспроизводимо определяет иммуногенность мутационных неоантигенов. Таким образом, в некоторых случаях в соответствии с настоящим изобретением полипептид представляет собой мутационный неоантиген, а иммуногенный фрагмент полипептида содержит неоантиген-специфическую мутацию (или состоит из неоэпитопа).

Полипептид может представлять собой вирусный белок, который экспрессируется внутриклеточно. Примеры включают HPV16 Е6, Е7; HIV Tat, Rev, Gag, Pol, Env; HTLV-Tax, Rex, Gag, Env, белки вируса герпеса человека, белки вируса Денге. Полипептид может представлять собой белок паразита, который экспрессируется внутриклеточно, например белки малярии.

Полипептид может представлять собой активный ингредиент фармацевтической композиции, такой как вакцина или иммунотерапевтическая композиция, необязательно, потенциальный активный ингредиент для новой фармацевтической композиции. Используемый в настоящем документе термин активный ингредиент относится к полипептиду, который предназначен для индуцирования иммунного ответа, и может содержать полипептидныи продукт вакцины или иммунотерапевтической композиции, который продуцируется in vivo после введения субъекту. Для ДНК- или РНК- (рибонуклеиновая кислота, RNA, ribonucleic acid) иммунотерапевтической композиции полипептид может продуцироваться in vivo клетками субъекта, которому вводят композицию. Для композиции на основе клеток полипептид может быть процессирован и/или презентирован клетками композиции, например, аутологичными дендритными клетками или антигенпрезентирующими клетками, активированными полипептидом или содержащими экспрессирующую конструкцию, кодирующую полипептид. Фармацевтическая композиция может содержать полинуклеоид или клетку, кодирующую один или более полипептидов активного ингредиента.

В других случаях полипептид может представлять собой полипептидный антиген-мишень фармацевтической, вакцинной или иммунотерапевтической композиции. Полипептид представляет собой полипептидный антиген-мишень, если композиция предназначена или составлена для индуцирования иммунного ответа (например, ответа цитотоксического Т-лимфоцита), который таргетирован или направлен на полипептид. Полипептидный антиген-мишень обычно представляет собой полипептид, который экспрессируется патогенным организмом, вирусом или пораженной клеткой, такой как раковая клетка. Полипептидные антигены-мишени могут представлять собой ТАА или СТА. В настоящее время более чем в 200 клинических испытаниях исследуются раковые вакцины с опухолевыми антигенами.

Полипептид может представлять собой аллерген, который поступает в организм индивида, например, через кожу, легкие или оральные пути.

Не имеющие ограничительного характера примеры подходящих полипептидов включают те, которые перечислены в одной или более табл. 2-6.

Генетические последовательности могут быть получены путем секвенирования биологических материалов. Секвенирование может быть выполнено любым подходящим способом, который определяет последовательности ДНК, и/или РНК, и/или аминокислот. В изобретении используются как генотипы HLA, так и аминокислотные последовательности. Однако способы идентификации генотипа HLA по генетическим последовательностям индивида и способы получения аминокислотных последовательностей, полученных из данных последовательностей ДНК или РНК, не являются предметом изобретения.

- 14 045702

Таблица 2

Список названных опухолевых антигенов с соответственными числами доступа. CTAs=жирный и *

	5Т4	Q13641.1	A1BG	Р04217.1	АЗЗ	Q99795.1
A4GALT	Q9NPC4.1	ААСТ	Р01011.1	AAG	Q9M6E9.1	АВ 11	Q8IZP0.1
ABI2	Q9NYB9.1	ABL1	Р00519.1	ABL-BCR Q8WUG5.1	ABLIM3	094929.1
ABLL	Р42684.1	АВТВ1	Q969K4.1	АСАСА	Q13085.1	ACBD4	Q8NC06.1
АС01	Р21399.1	ACRBP	Q8NEB7.1*	ACTL6A	096019.1	ACTL8	Q9H568.1*
ACTN4	043707.1	ACVR1	Q04771.1	ACVR1B	Р36896.1	ACVR2B	Q13705.1
ACVRL1	Р37023.1	ACS2B	Q68CK6.1	ACSL5	Q9ULC5.1	ADAM-15 Q13444.1
ADAM17	Р78536.1	ADAM2	Q99965.1*	ADAM29	Q9UKF5.1*	ADAM7	Q9H2U9.1
ADAP1	075689.1	ADFP	Q99541.1	ADGRA3	Q8IWK6.1	ADGRF1	Q5T601.1
ADGRF2	Q8IZF7.1	ADGRL2	095490.1	ADHFE1	Q8IWW8.1	AEN	Q8WTP8.1
AFF1	Р51825.1	AFF4	Q9UHB7.1	AFP	Р02771.1	AGAP2	Q99490.1
AGO1	Q9UL18.1	AGO3	Q9H9G7.1	AGO4	Q9HCK5.1	AGR2	095994.1
AIFM2	Q9BRQ8.1	AIM2	014862.1	АКАР-13 Q12802.1	АКАР-3	075969.1*
АКАР-4	Q5JQC9.1*	AKIP1	Q9NQ31.1	АКТ1	Р31749.1	AKT2	P31751.1
АКТЗ	Q9Y243.1	ALDH1A1	Р00352.1	ALK	Q9UM73.1	ALKBH1	Q13686.1
ALPK1	Q96QP1.1	AMIG02	Q86SJ2.1	ANG2	015123.1	ANKRD45 Q5TZF3.1*
ANO1	Q5XXA6.1	ANP32A	Р39687.1	ANXA2	Р07355.1	APC	P25054.1
АРЕН	Р13798.1	АРОА2	Р02652.1	APOD	Р05090.1	APOL1	014791.1
AR	Р10275.1	ARAF	Р10398.1	ARF4L	Р49703.1	ARHGEF5 Q12774.1
ARID3A	Q9 9 8 5 6.1	ARID4A	Р29374.1	ARL6IP5 075915.1	ARMC3	B4DXS3.1*
ARMC8	Q8IUR7.1	ARTC1	Р52961.1	ARX	Q96QS3.1*	ATAD2	Q6PL18.1
ATIC	Р31939.1	AURKC	Q9UQB9.1	АХ INI	015169.1	AXL	P30530.1
ВААТ	Q14032.1	BAFF	Q9Y275.1	BAGE-1	Q13072.1*	BAGE-2	Q86Y30.1*
BAGE-3	Q86Y29.1*	BAGE-4	Q86Y28.1	BAGE-5	Q86Y27.1*	BAI1	014514.1
BAL	Р19835.1	BALF2	Р03227.1	BALF4	Р03188.1	BALF5	P03198.1
BARF1	Р03228.1	BBRF1	Р03213.1	В CAN	Q96GW7.1	BCAP31	P51572.1
BCL-2	Р10415.1	BCL2L1	Q07817.1	BCL6	Р41182.1	BCL9	000512.1
BCR	Р11274.1	BCRF1	Р03180.1	BDLF3	Р03224.1	BGLF4	P13288.1
BHLF1	Р03181.1	BHRF1	Р03182.1	BILF1	Р03208.1	BILF2	P03218.1
BIN1	000499.1	BING-4	015213.1	BIRC7	Q96CA5.1	BLLF1	P03200.1
BLLF2	Р03199.1	BMI1	Р35226.1	BMLF1	Q04360.1	BMPR1B	000238.1
BMRF1	Р03191.1	BNLF2a	Р0С739.1	BNLF2b	Q8AZJ3.1	BNRF1	P03179.1
BRAF1	Р15056.1	BRD4	060885.1	BRDT	Q58F21.1*	BRI3BP	Q8WY22.1

- 15 045702

BRINP1	060477.1	BRLF1	P03209.1	BTBD2	Q9BX70.1	BUB1B	06 0566.1
BVRF2	P03234.1	BXLF1	P03177.1	BZLF1	P03206.1	C15orf60 Q7Z4M0.1*
CA 12-5	Q8WXI7.1	CA 19-	9 Q969X2.1	CA195	Q5TG92.1	CA9	Q16790 . 1
CAB YR	075952.1*	CADM4	Q8NFZ8.1	CAGEl	Q8CT20.1*	CALCA	P01258.1
CALR3	Q96L12.1	CAN	P35658.1	CASC3	015234.1	CASC5	Q8NG31.1*
CASP5	P51878.1	CASP8	Q14790 . 1	CBFA2T2 043439.1	CBFA2T3 075081.1
CBL	P22681.1	CBLB	Q13191.1	CC3	Q9BUP3.1	CCDC110 Q8TBZ0.1*
CCDC33	Q8N5R6.1*	CCDC36	Q8IYA8.1*	CCDC6	Q16204.1	CCDC62	Q6P9F0.1*
CCDC68	Q9H2F9.1	CCDC83	Q8IWF9.1*	CCL13	Q9 9 616.1	CCL2	P13500.1
CCL7	P80098.1	CCNA1	P78396.1*	CCNA2	P20248.1	CCNB1	P14635.1
CCND1	P24385.1	CCNE2	096020.1	CCNI	Q14094 . 1	CCNL1	Q9UK58.1
CCR2	P41597.1	CD105	P17813.1	CD123	P26951.1	CD13	P15144.1
CD133	043490.1	CD137	Q07011.1	CD138	P18827.1	CD157	Q10588.1
CD16A	P08637.1	CD178	P48023.1	CD19	P15391.1	CD194	P51679.1
CD2	P06729.1	CD20	P11836.1	CD21	P20023.1	CD22	P20273.1
CD229	Q9HBG7.1	CD23	P06734.1	CD27	P26842.1	CD28	P10747 . 1
CD30	P28908.1	CD317	Q10589.1	CD33	P20138.1	CD350	Q9ULW2.1
CD36	P16671.1	CD37	P11049.1	CD4	P01730.1	CD40	P25942.1
CD40L	P29965.1	CD45	P08575.1	CD47	Q08722.1	CD51	P06756.1
CD52	P31358.1	CD55	P08174.1	CD61	P05106.1	CD70	P32970.1
CD74	P08922.1	CD75	P15907.1	CD79B	P40259.1	CD80	P33681.1
CD86	P42081.1	CD8a	P01732.1	CD8b	P10966. 1	CD95	P25445.1
CD98	P08195.1	CDC123	075794.1	CDC2	P06493.1	CDC27	P30260.1
CDC73	Q6P1J9.1	CD CAI	Q9BZD4.1*	CDCP1	Q9H5V8.1	CDH3	P22223.1
CDK2AP1	014519.1	CDK4	P11802.1	CDK7	P50613.1	CDKN1A	P38936.1
CDKN2A	P42771.1	CEA	P06731.1	CEACAM1Q86UE4.1	CENPK	Q9BS16.1
CEP162	Q5TB80.1	CEP290	015078.1*	CEP55	Q53EZ4.1*	CFL1	P23528.1
CH3L2	Q15782.1	CHEK1	014757.1	CK2	P19784.1	CLCA2	Q9UQC9.1
CLOCK	015516.1	CLPP	Q16740.1	CMC 4	P56277.1	CML6 6	Q96RS6.1
CO-029	P19075.1	C0TL1	Q14019.1	COX2	P35354.1	COX6B2	Q6YFQ2.1*
CPSF1	Q10570.1	CPXCRl	Q8N123.1*	CREBL2	060519.1	CREG1	075629.1
Cripto	P13385.1	CRISP2	P16562.1*	* CRK	P46108.1	CRKL	P46109.1
CRLF2	Q9HC73.1	CSAGE	Q6PB30.1	CT45	Q5HYN5.1*	CT45A2	Q5DJT8.1*
CT 4 5 A3	Q8NHU0.1*	CT45A4	Q8N7B7.1*	CT45A5	Q6NSH3.1*	CT45A6	P0DMU7.1*
CT46	Q86X24.1*	CT47	Q5JQC4.1*	CT47B1	P0C2P7.1*	CTAGE2	Q96RT6.1*
CTAGE5	015320.1*	CTCFL	Q8NI51.1*	CTDSP2	014595.1	CTGF	P29279.1
CTLA4	P16410.1	CTNNA2	P26232.1*	CTNNB1	P35222.1	CTNND1	060716.1
CTSH	PO9668.1	CTSPl	A0RZH4.1*	CTTN	Q14247.1	CXCR4	P61073.1
CXorf48	Q8WUE5.1*	CXorf61 Q5H943.1*	Cyclin-	-E P24864.1	CYP1B1	Q16678. 1
CypB	P23284.1	CYR61	000622.1	CSl	P28290.1	CSAGl	Q6PB30.1*
CSDE1	075534.1	CSFl	P09603.1	CSF1R	P07333.1	CSF3R	Q99062.1
CSK	P41240.1	CSK23	Q8NEV1.1	DAPK3	043293.1	DAZ1	Q9NQZ3.1
DBPC	Q9Y2T7.1	DCAF12	Q5T6F0.1*	DOT	P40126.1	DCUN1D1Q96GG9.1
DCUN1D3	Q8IWE4.1	DDR1	Q08345.1	DDX3X	000571.1	DDX6	P26196.1
DEDD	075618.1	DEK	P35659.1	DENR	043583.1	DEPDC1	Q5TB30.1
DFNA5	060443.1	DGAT2	Q96PD7.1	DHFR	P00374.1	DKK1	094907.1
DKK3	Q9UBP4.1	DKKLl	Q9UK85.1*	DLEU1	043261.1	DMBT1	Q9UGM3.1
DMRT1	Q9Y5R6.1*	DNAJB8	Q8NHS0.1*	DNAJC8	075937.1	DNMT3A	Q9Y6K1.1
DPPA2	Q7Z7J5.1*	DR4	000220.1	DR5	014763.1	DRGl	Q9Y295.1*
DSCR8	Q96T75.1	E2F3	000716.1	E2F6	075461.1	E2F8	A0AVK6.1
EBNA1	P03211.1	EBNA2	P12978.1	EBNA3	P12977.1	EBNA4	P03203.1
EBNA6	P03204.1	EBNA-LP Q8AZK7.1	E-cadherin P12830.1	ECT2	Q9H8V3.1
ECTL2	Q008S8.1	EDAG	Q9BXL5.1*	EEF2	P13639.1	EFNA1	P20827.1
EES	043281.1	EFTUD2	Q15029.1	EGFL7	Q9UHF1.1	EGER	p00533.1
EI24	014681.1	EIF4EBP1 Q13541.1	ELF3	P78545.1	ELF4	Q99 6 07 . 1
ELOVL4	Q9GZR5.1*	EMP1	P54849.1	ENAH	Q8N8S7.1	Endosic	alin Q9HCU0.1
ENO1	P06733.1	EN02	P09104 . 1	EN03	P13929.1	ENTPD5	075356.1
EpCAM	P16422.1	EPHA2	P29317.1	EPHA3	P29320.1	EPHB2	P29323.1
EPHB4	P54760.1	EPHB6	015197.1	EPSS	Q12929.1	ERBB3	P21860.1
ERBB4	Q15303.1	EREG	014944.1	ERG	P11308.1	ERVK-18 04 2043.1
ERVK-19	071037.1	ESR1	P03372.1	ETAA1	Q9NY74.1	ETS1	P14921.1

- 16 045702

ETS2	P15036.1	ETV1	P50549.1	ETV5	P41161.1	ETV6	P41212.1
EVI5	060447.1	EWSR1	Q01844.1	EYA2	000167.1	EZH2	Q15910.1
FABP7	015540.1	FAM133A Q8N9E0.1*	FAM13A	094988.1	FAM4 6D	Q8NEK8.1*
FAM58BP	P0C7Q3.1	FANCG	015287.1	FATEl	Q969F0.1*	FBXO39	Q8N4B4.1*
FBXW11	Q9UKB1.1	FCHSD2	094868.1	FER	P16591.1	FES	P07332.1
FEV	Q99581.1	FGF10	015520.1	FGF23	Q9GZV9.1	FGF3	P11487.1
FGF4	P08620.1	FGF5	P12034.1	FGFR1	P11362.1	FGFR2	P21802.1
FGFR3	P22607.1	FGFR4	P22455.1	FGR	P 0 9 7 6 9 . 1	FL II	Q01543.1
FLT3	P36888.1	FMNL1	0954 66.1	FMOD	Q06828.1	FMR1NB	Q8N0W7.1*
FN1	P02751.1	Fnl4	Q9NP84.1	FNIP2	Q9P27 8. 1	FOLRI	P15328.1
FOS	P01100.1	FosB	P53539.1	F0SL1	P15407.1	F0XM1	Q08050.1
FOXO1	Q12778.1	FOXO3	043524.1	FRAT1	Q92837.1	FRMD3	A2A2Y4.1
FSIP1	Q8NA03.1	FSIP2	Q5CZC0.1	FSTL3	095633.1	FTHL17	Q9BXU8.1*
FUNDC2	Q9BWH2.1	FUS	P35637.1	FUT1	P19526.1	FUT3	P21217.1
FYN	P06241.1	GAB 2	Q9UQC2.1	GADD45G 095257.1	GAGE-1	Q13065.1
GAGE12B/C/D/E A1L429.1	GAGE12F P0CL80.1	GAGE12G P0CL81.1	GAGE12H A6NDE8.1
GAGE12I	P0CL82.1	GAGE12 J A6NER3.1	GAGE-2	Q6NT46.1	GAGE-3	Q13067.1
GAGE-4	Q13068.1	GAGE-5	Q13069.1	GAGE-6	Q13070.1	GAGE-7	076087.1
GAGE-8	Q9UEU5.1	GALGT2	Q00973.1	GAS 7	060861.1	GASZ	Q8WWH4.1
GATA-3	P23771.1	GBU4-5	Q587J7.1	GCDFP-	15 P12273.1	GFAP	P14136.1
GFI1	Q9 96 84.1	Ghrelin Q9UBU3.1	GHSR	Q92847.1	GIPCl	014908.1
GITR	Q9Y5U5.1	GKAP1	Q5VSY0.1	GLI1	P08151.1	Glypican-3 P51654.1
GML	Q99445.1	GNA11	P29992.1	GNAQ	P50148.1	GNB2L1	P63244.1
GOLGA5	Q8TBA6.1	gp 10 0	P40967.1	gp7 5	P17643.1	Gp 9 6	P14625.1
GPAT2	Q6NUI2.1*	GPATCH2 Q9NW75.1*	GPC-3	P51654.1	GPNMB	Q14956.1
GPR143	P51810.1	GPR89A	B7ZAQ6.1	GRB2	P62993.1	GRP7 8	P11021.1
GUCY1A3	Q02108.1	H3F3A	P84243.1	HAGE	Q9NXZ2.1*	hANP	P01160.1
HBEGF	Q99075.1	hCG-beta P01233.1	HDAC1	Q13547.1	HDAC2	Q92769.1
HDAC3	015379.1	HDAC4	P56524.1	HDAC5	Q9UQL6.1	HDAC6	Q9UBN7.1
HDAC7	Q8WUI4.1	HDAC8	Q9BY41.1	HD AC 9	Q9UKV0.1	HEATRI	Q9H583.1
Hepsin	P05981.1	Her2/n	eu P04626.1	HERC2	095714.1	HERV-K104 P61576.1
HEXB	P07686.1	HEXIM1	094992.1	HGRG8	Q9Y5A9.1	HIPK2	Q9H2X6.1
HJURP	Q8NCD3.1	HMGB1	P09429.1	HM0X1	P09601.1	HNRPL	P14866.1
HOM-TES	-85 Q9P127.1*	HORMAD1 Q86X24.1*	HORMAD2 Q8N7B1.1*	HPSE	Q9Y251.1
HPV16 E	6 P03126.1	HPV16	E7 P03129.1	HPV18	16 P06463.1	HPV18	17 P06788.1
HRAS	P01112.1	HSD17B13 Q7Z5P4.1	HSP105	Q92598.1	HSP60	P10809.1
HSPA1A	P08107 . 1	HSPB9	Q9BQS6.1*	HST-2	P10767.1	HT001	Q2TB18.1
hTERT	014746.1	husi	060921.1	ICAM-1	P05362.1	IDH1	075874.1
IDO1	P14902.1	IER3	P4 66 95.1	IGF1R	P08069.1	IGFS11	Q5DX21.1*
IL13RA2	Q14627.1*	IMP-3	Q9NV31.1*	ING3	Q9NXR8.1	INPPL1	015357.1
INTS6	Q9UL03.1	IRF4	Q15306.1	IRS4	014654.1	ITGA5	P08648.1
ITGB8	P26012.1	ITPA	Q9BY32.1	ITPR2	Q14571.1	JAK 2	060674.1
JAK3	P52333.1	JARID1B Q9UGL1.1*	JAZF1	Q86VZ6.1	JNK1	P45983.1
JNK2	P45984.1	JNK3	P53779.1	JTB	076095.1	JUN	P05412.1
JUP	P14923.1	K19	P08727.1	KAAG1	Q9UBP8.1	Kallikrein 14 Q9P0G3.1
Kallikrein 4 Q9Y5K2.1	KAT 6 A	Q92794.1	KDM1A	060341.1	KDM5A	P29375.1
KIAA0100 Q14667.1*	KIAA0336 Q8IWJ2.1	KIAA1199 Q8WUJ3.1	KIAA1641 A6QL64.1
KIF11	P52732.1	KIF1B	060333.1	KIF20A	095235.1	KIT	P10721.1
KLF4	043474.1	KLHL41	06 0 6 62.1	KLK10	043240.1	KMT 2D	014686.1
koci	000425.1	K-ras	P01116.1	KRIT1	000522.1	KW-12	P62913.1
KW-2	Q96RS0.1	KW-5 (SEBD4) Q9H0Z9.1	KW-7	075475.1	LI CAM	P32004.1
L53	Q96EL3.1	L6	Q9BTT4.1	LAG3	P18627.1	Lage-l	075638.1*
LATS1	095835.1	LATS2	Q9NRM7.1	LCMT2	060294.1	LCP1	P13796.1
LDHC	P07864.1*	LDLR	P01130.1	LEMD1	Q68G75.1*	Lengsi	-i Q5TDP6.1
LETMD1	Q6P1Q0.1	LGALS3BP Q08380.1	LGALS8	000214.1	LIN7A	014910.1
LIPI	Q6XZB0.1*	LIV-1	Q13433.1	LLGL1	Q15334.1	LMOl	P25800.1
LMO2	P25791.1	LMP1	P03230.1	LMP2	P13285.1	LOC647107 Q8TAI5.1*
LOXL2	Q9Y4K0.1	LRP1	Q07954.1	LRRN2	075325.1	LTF	P02788.1
LTK	P29376.1	LZTS1	Q9Y250.1	LY6K	Q17RY6.1*	LYN	P07948.1

- 17 045702

LYPD6B	Q8NI32.1*	MAEA	Q7L5Y9.1	MAEL	Q96JY0.1*	MAF	075444.1
MAFF	Q9ULX9.1	MAFG	015525.1	MAFK	060675.1	MAGE-Al P43355.1*
MAGE-A1O P43363.1*	MAGE-All P43364.1*	MAGE-A12 P43365.1*	MAGE-A2 P43356.1*
MAGE-A2B Q6P448.1*	MAGE-АЗ P43357.1*	MAGE-A4	P43358.1*	MAGE-A5 P43359.1*
MAGE-A6	P43360.1*	MAGE-A8 P43361.1*	MAGE-A9	P43362.1*	MAGE-B1P43366.1*
MAGE-B2	015479.1*	MAGE-B3 015480.1*	MAGE-B4	015481.1*	MAGE-B5 Q9BZ81.1*
MAGE-B6	Q8N7X4.1*	MAGE-CI 060732.1*	MAGE-C2	Q9UBF1.1*	MAGE-C3 Q8TD91.1*
mammaglobin-A Q13296.1	MANF	P55145.1	MAP2K2	P36507.1	MAP2K7	014733.1
MAP3K7	043318.1	MAP4K5	Q9Y4K4.1	MARTI	Q16655.1	MART-2	Q5VTY9.1
MASI	P04201.1	MOIR	Q01726.1	MCAK	Q99661.1*	MCF2	P10911.1
MCF2L	015068.1	MCL1	Q07820.1	MCTS1	Q9ULC4.1	MCSP	Q6UVK1.1
MDK	P21741.1	MDM2	Q00987 .1	MDM4	015151.1	MEI	P48163.1
ME491	P08962.1	МЕСОМ	Q03112.1	MELK	Q14680.1	MEN1	000255.1
MERTK	Q12866.1	MET	P08581.1	MFGE8	Q08431.1	MFHAS1	Q9Y4C4.1
MFI2	P08582.1	MGAT5	Q09328.1	Midkine	P21741.1	MIF	P14174 .1
MKI67	P46013.1	MLH1	P40692.1	MLL	Q03164.1	MLLT1	Q03111.1
MLLT10	P55197.1	MLLT11	Q13015.1	MLLT3	P42568.1	MLLT4	P55196.1
MLLT6	P55198.1	MMP14	P50281.1	MMP2	P08253.1	MMP7	P09237.1
MMP9	P14780.1	MOB3B	Q86TA1.1	MORCl	Q86VD1.1*	MPHOSPHl Q96Q89.1*
MPL	P40238.1	MRAS	014807.1	MRP1	P33527.1	MRP3	015438.1
MRPL28	Q13084.1	MRPL30	Q8TCC3.1	MRPSll	P82912.1	MS LN	Q13421.1
MTA1	Q13330.1	MTA2	094776.1	MTA3	Q9BTC8.1	MTCP1	P56278.1
MTSS1	043312.1	MUC-1	P15941.1	MUG-2	Q02817.1	MUC-3	Q02505.1
MUC-4	Q99102.1	MUC-5AC P98088.1	MUC-6	Q6W4X9.1	MUM1	Q2TAK8.1
MUM2	Q9Y5R8.1	MYB	P10242.1	MYC	P01106. 1	MYCL	P12524.1
MYCLP1	P12525.1	MYCN	P04198.1	MYD88	Q99836.1	MYEOV	Q96EZ4.1
MYO1B	043795.1	NA88-A	P0C5K6.1*	NAE1	Q13564.1	Napsin	-A 096009.1
NAT 6	Q93015.1	NBAS	A2RRP1.1	NBPF12	Q5TAG4.1	NCOA4	Q13772.1
NDC80	014777.1	NDUFC2	095298.1	Nectin-	4 Q96NY8.1	NEK2	P51955.1
NEMF	060524.1	NENE	Q9UMX5.1	NEURL1	076050.1	NFIB	000712.1
NFKB2	Q00653.1	NF-X1	Q12986.1	NFYC	Q13952.1	NGAL	P80188.1
NGEP	Q6IWH7.1	NKG2D-	^1 Q9BZM6.1	NKG2D-L2 Q9BZM5.1	NKG2D-	L3 Q9BZM4.1
NKG2D-L4 Q8TD07.1	NKX3.1	Q99801.1	NLGN4X	Q8N0W4.1	NLRP4	Q96MN2.1*
NNMT	P40261.1	NOL4	094818.1*	N0TCH2	Q04721.1	N0TCH3	Q9UM47.1
NOTCH4	Q9 9466.1	NOV	P48745.1	NPM1	P06748.1	NR6A1	Q15406.1*
N-RAS	POllll. 1	NRCAM	Q92823.1	NRP1	014786.1	NSE1	Q96KN4.1
NSE2	Q96KN1.1	NTRK1	P04629.1	NUAK1	060285.1	NUGGC	Q68CJ6.1
NXF2	Q9GZY0.1*	NXF2B	Q5JRM6.1*	NY-BR-1	Q9BXX3.1	NYD-TSPG Q9BWV7.1
NY-ESO-	1 P78358.1*	NY-MEL	-1 P57729.1	0CA2	Q04671.1	ODFl	Q14990.1*
ODF2	Q5BJF6.1*	0DF3	Q96PU9.1*	ODF4	Q2M2E3.1*	OGGI	015527.1
OGT	015294.1	0IP5	043482.1*	0S9	Q13438.1	OTOA	Q05BM7.1*
0X4 0	P43489.1	OX40L	P23510.1	P53	P04637.1	P56-LCK P06239.1
PA2G4	Q9UQ80.1	PAGEl	075459.1*	PAGE 2	Q7Z2X2.1*	PAGE2B	Q5JRK9.1*
PAGE3	Q5JUK9.1*	PAGE 4	060829.1*	PAGE 5	Q96GU1.1*	PAK2	Q13177.1
PANO1	I0J062.1	PAP	Q06141.1	PAPOLG	Q9BWT3.1	PARK 2	060260.1
PARK 7	Q9 94 97.1	PARP12	Q9H0J9.1	PASDl	Q8IV76.1*	PAX3	P23760.1
PAX5	Q02548.1	PBF	P00751.1	PBK	Q96KB5.1*	PBX1	P40424.1
PCDC1	Q15116.1	PCM1	Q15154.1	PCNXL2	A6NKB5.1	PDGFB	P01127.1
PDGFRA	P16234.1	PEPP2	Q9HAU0.1*	PGF	P49763.1	PGK1	P00558.1
PHLDA3	Q9Y5J5.1	PHLPP1	060346.1	PIAS1	075925.1	PIAS2	075928.1
PIK3CA	P42336.1	PIK3CD	000329.1	PIK3R2	000459.1	PIM1	P11309.1
PIM2	Q9P1W9.1	PIM3	Q86V86.1	PIR	000625.1	PIWIL1	Q96J94.1*
PIWIL2	Q8TC59.1*	PIWIL3	Q7Z3Z3.1	PIWIL4	Q7Z3Z4 . 1	PKN3	Q6P5Z2.1
PLA2G16	P53816.1	PLACl	Q9HBJ0.1*	PLAG1	Q6DJT9.1	PLEKHG5 094827.1
PLK3	Q9H4B4.1	PLS3	P13797.1	PLVAP	Q9BX97.1	PLXNB1	043157.1
PLXNB2	015031.1	PML	P29590.1	PML-RAR	A Q96QH2.1	POTEA	Q6S8J7.1*
POTEB	Q6S5H4.1*	POTEC	B2RU33.1*	POTED	Q86YR6.1*	POTEE	Q6S8J3.1*
POTEG	Q6S5H5.1*	POTEH	Q6S545.1*	PP2A	P63151.1	PPAPDC1B Q8NEB5.1
PPFIA1	Q13136.1	PPIG	Q13427.1	PPP2R1B	P30154.1	FRAME	P78395.1*
PRDX5	P30044.1	PRKAA1	Q13131.1	PRKCI	P41743.1	PRMl	P04553.1*

- 18 045702

PRM2	P04554.1*	PRMT3	060678.1	PRMT6	Q96LA8.1	PDL1	Q9NZQ7.1
PROM1	043490.1	PRSS54	Q6PEW0.1*	PRSS55	Q6UWB4.1*	PRTN3	P24158.1
PRUNE	Q86TP1.1	PRUNE2	Q8WUY3.1	PSA	P07288.1	PSCA	D3DWI6.1
PSMA	Q04609.1	PSMD10	075832.1	PSGR	Q9H255.1	PSP-94	Q1L6U9.1
PTEN	P60484.1	PTH-rP	P12272.1	PTK6	Q13882.1	PTPN20A Q4JDL3.1*
PTPRK	Q15262.1	PTPRZ	P23471.1	PTTG-1	095997.1	PTTG2	Q9NZH5.1
PTTG3	Q9NZH4.1	PXDNL	A1KZ92.1	RAB11FI	P3 075154.1	RAB8A	P61006.1
RADI	060671.1	RAD17	075943.1	RAD51C	043502.1	RAFI	P04049.1
RAGE-1	Q9UQ07.1	RAP1A	P62834 .1	RARA	P10276.1	RASSF10 A6NK89.1
RBI	P06400.1	RBL2	Q08999 .1	RBM4 6	Q8TBY0.1*	RBP4	P02753.1
RCAS1	000559.1	RCVRN	P35243.1	RECQL4	094761.1	RET	P07949.1
RGS22	Q8NE09.1*	RGS5	015539.1	RHAMM	075330.1	RhoC	P08134.1
RHOXF2	Q9BQY4.1	RL31	P62888.1	RNASET2	000584.1	RNF4 3	Q68DV7.1
RNF8	076064.1	RON	Q04912.1	ROPN1A	Q9HAT0.1*	ROR1	Q01973.1
RPA1	095602.1	RPL10A	P62906 .1	RPL7A	P62424.1	RPS2	P15880.1
RPS6KA5	075582.1	RPSA	P08865.1	RQCDl	Q92600.1*	RRAS2	P62070.1
RSL1D1	076021.1	RTKN	Q9BST9 . 1	RUNX1	Q01196.1	RUNX2	Q13950.1
RYK	P34925.1	SAGEl	Q9NXZ1.1*	SART2	Q9UL01.1	SART3	Q15020.1
SASH1	094885.1	sCLU	P10909 .1	SCRN1	Q12765.1	SDCBP	000560.1
SDF-l	P48061.1	SDHD	014521.1	SEC31A	094 97 9 . 1	SEC63	Q9UGP8.1
Semapho	rin 4D	SEMGl	P04279.1*	SEN	P31947.1	SH2B2	014492.1
	Q92854.1
SH2D1B	014796.1	SH3BP1	Q9Y3L3.1	SHB	Q15464.1	SHC3	Q92529.1
SIRT2	Q8IXJ6.1	SIVA1	015304.1	SKI	P12755.1	SLBP	A9UHW6.1
SLC22A1	0 Q63ZE4.1	SLC25A47 Q6Q0C1.1	SLC35A4	Q96G79.1	SLC45A1	Q96JT2.1
SLC4A1AP Q9BWU0.1	SLC06A1 Q86UG4.1*	SLITRK6 Q9H5Y7.1	Sm23	P27701.1
SMAD5	Q99717.1	SMAD6	043541.1	SMO	Q99835.1	Smt3B	P61956.1
SNRPD1	P62314.1	SOSl	Q07889 .1	SOX-2	P48431.1	SOX-6	P35712.1
SOX-11	P35716 .1	SPA17	Q15506.1*	SPACA3	Q8IXA5.1*	SPAGl	Q07617.1*
SPAG17	Q6Q759.1*	SPAG4	Q9NPE6.1*	SPAG6	075602.1*	SPAG8	Q99932.1*
SPAG9	060271.1*	SPANXAl Q9NS26.1*	SPANXB	Q9NS25.1*	SPANXC	Q9NY87.1*
SPANXD	Q9BXN6.1*	SPANXE	Q8TAD1.1*	SPANXNl	Q5VSR9.1*	SPANXN2 Q5MJ10.1*
SPANXN3	Q5MJ09.1*	SPANXN4 Q5MJ08.1*	SPANXN5	Q5MJ07.1*	SPATA19 Q7Z5L4.1*
SPEF2	Q9C093.1*	SPI1	P17947 .1	SPINLWl	095925.1*	SP011	Q9Y5K1.1*
SRC	P12931.1	SSPN	Q14714 .1	SSX-1	Q16384.1*	SSX-2	Q16385.1*
SSX-3	Q99909.1*	SSX-4	060224.1*	SSX-5	060225.1*	SSX-6	Q7RTT6.1*
SSX-7	Q7RTT5.1*	SSX-9	Q7RTT3.1*	ST18	060284.1	STAT1	P42224.1
STEAPl	Q9UHE8.1	STKll	Q15831.1	STK25	000506.1	STK3	Q13188.1
STN	Q9H668.1	SUPT7L	094864.1	Survivi	n 015392.1	SUV39H1043463.1
SYCE1	Q8N0S2.1	SYCPl	Q15431.1	SYCP3	Q8IZU3.1	SYT	Q15532.1
TA-4	Q96RI8.1	TACC1	075410.1	TAF1B	Q53T94.1	TAF4	000268.1
TAF7L	Q5H9L4.1*	TAG-1	Q02246.1*	TALI	P17542.1	TAL2	Q16559.1
TAPBP	015533.1	TATI	P00995.1	TAX1BP3	014907.1	TBC1D3	Q8IZP1.1
TBP-1	P17980.1	TCL1A	P56279.1	TCL1B	095988.1	TDHP	Q9BT92.1
TDRD1	Q9BXT4.1*	TDRD4	Q9BXT8.1*	TDRD6	060522.1*	TEKT5	Q96M29.1*
TEX101	Q9BY14.1*	TEX14	Q8IWB6.1*	TEX15	Q9BXT5.1*	TEX38	Q6PEX7.1*
TF	P02787.1	TFDP3	Q5H9I0.1*	TFE3	P19532.1	TGFBR1	P36897.1
TGFBR2	P37173.1	THEG	Q9P2T0.1*	TIE2	Q02763.1	TIPRL	075663.1
TLR2	060603.1	TMEFFl	Q8IYR6.1*	TMEFF2	Q9UIK5.1*	TMEM108 Q6UXF1.1*
TMEM127	075204.1	TMPRSS12 Q86WS5.1*	TNG	P24821.1	TNFRSF17 Q02223.1
TNFSF15	095150.1	TNK2	Q07912.1	TOMM34	Q15785.1	T0P2A	P11388.1
TOP2B	Q02880.1	TOR3A	Q9H497 . 1	TP73	015350.1	TPA1	8N543.1
TPGS2	Q68CL5.1	TPI1	P60174 .1	TPL2	P41279.1	TPM4	P67936.1
TPO	P40225.1	TPPP2	P59282.1*	TPR	P12270.1	TPTE	P56180.1*
TRAF5	000463.1	TRAG-3	Q9Y5P2.1*	TRGC2	P03986.1	TRIM24	015164.1
TRIM37	094972.1	TRIM68	Q6AZZ1.1	TRPM8	Q7Z2W7.1	TSGA10	Q9BZW7.1*
TSP50	Q9OI38.1*	TSPAN6	043657.1	TSPYl	Q01534.1*	TSPY2	A6NKD2.1*
TSPY3	Q6B019.1*	TSPYL1	Q9H0U9.1	TSSK6	Q9BXA6.1*	TTC23	Q5W5X9.1
TTK	P33981.1*	TULP2	000295.1*	TUSC2	075896.1	TWEAK	043508.1
TXNIP	Q9H3M7.1	TYMS	P04818 .1	TYR	P14679.1	U2 snRNP В P08579.1
U2AF1	Q01081.1	UBD	015205.1	UBE2A	P49459.1	UBE2C	000762.1
UBE2V1	Q13404.1	UBE4B	095155.1	UBR5	095071.1	UBXD5	Q5T124.1
UFL1	094874.1	URI1	094763.1	URLC10	Q17RY6.1	UROCI	Q9 6N7 6.1
USP2	075604.1	USP4	Q13107.1	VAV1	P15498.1	VCX3A	Q9NNX9.1
VEGFR1	P17948.1	VEGFR2	P35968.1	VHL	P40337.1	VIM	P08670.1
VWA5A	000534.1	WHSC2	Q9H3P2.1	WISP1	095388.1	WNK2	Q9Y3S1.1
WNT10B	000744.1	WNT3	P56703.1	WNT-5a	P41221.1	WT1	P19544.1
WWP1	Q9H0M0.1	XAGE-l	Q9HD64.1*	XAGE-2	Q96GT9.1*	XAGE-3	Q8WTP9.1*
XAGE-4	Q8WWM0.1	XAGE-5	Q8WWM1.1*	XBP1	P17861.1	XP01	014980.1
XRCC3	043542.1	YB-1	P67809.1	YEATS4	095619.1	YES1	P07947 .1
YKL-40	P36222.1	ZBTB7A	095365.1	ZBTB7C	A1YPR0.1	ZEB1	P37275.1
ZFYVE19	Q96K21.1	ZNF165	P49910.1*	ZNF185	015231.1	ZNF217	075362.1
ZNF320	A2RRD8.1	ZNF395	Q9H8N7.1	ZNF645	Q8N7E2.1*	ZUBR1	Q5T4S7.1
ZW10	043264.1	ZWINT	095229.1

- 19 045702

Таблица 2

	5Т4	Q13641.1	A1BG	P04217.1	A3 3	Q99795.1
A4GALT	Q9NPC4.1	ААСТ	Р01011.1	AAG	Q9M6E9.1	AB 11	Q8IZP0.1
ABI2	Q9NYB9.1	ABL1	Р00519.1	ABL-BCR Q8WUG5.1	ABLIM3	094929.1
ABLL	Р42684.1	АВТВ1	Q969K4.1	АСАСА	Q13085.1	ACBD4	Q8NC06.1
АСО1	Р21399.1	ACRBP	Q8NEB7.1	ACTL6A	096019.1	ACTL8	Q9H568.1
ACTN4	043707.1	ACVR1	Q04771.1	ACVR1B	P36896.1	ACVR2B	Q13705.1
ACVRL1	Р37023.1	ACS2B	Q68CK6.1	ACSL5	Q9ULC5.1	ADAM-15 Q13444.1
ADAM17	Р78536.1	ADAM2	Q9 9 9 65.1	ADAM29	Q9UKF5.1	ADAM7	Q9H2U9.1
ADAP1	075689.1	ADFP	Q99541.1	ADGRA3	Q8IWK6.1	ADGRF1	Q5T601.1
ADGRF2	Q8IZF7.1	ADGRL2	095490.1	ADHFE1	Q8IWW8.1	AEN	Q8WTP8.1
AFF1	Р51825.1	AFF4	Q9UHB7.1	AFP	P02771.1	AGAP2	Q99490.1
AGO1	Q9UL18.1	AGO3	Q9H9G7.1	AGO4	Q9HCK5.1	AGR2	095994.1
AIFM2	Q9BRQ8.1	AIM2	014862.1	АКАР-13 Q12802.1	AKAP-3	075969.1
АКАР-4	Q5JQC9.1	AKIP1	Q9NQ31.1	АКТ1	P31749.1	AKT2	P31751.1
АКТЗ	Q9Y243.1	ALDH1A1	Р00352.1	ALK	Q9UM73.1	ALKBH1	Q13686.1
ALPK1	Q96QP1.1	AMIGO2	Q86SJ2.1	ANG2	015123.1	ANKRD45 Q5TZF3.1
ANO1	Q5XXA6.1	ANP32A	Р39687.1	ANXA2	P07355.1	APC	P25054.1
АРЕН	Р13798.1	АРОА2	Р02652.1	APOD	P05090.1	APOL1	014791.1
AR	Р10275.1	ARAF	Р10398.1	ARF4L	P49703.1	ARHGEF5 Q12774.1
ARID3A	Q9 9 8 5 6.1	ARID4A	Р29374.1	ARL6IP5 075915.1	ARMC3	B4DXS3.1
ARMC8	Q8IUR7.1	ARTC1	Р52961.1	ARX	Q96QS3.1	ATAD2	Q6PL18.1
ATIC	Р31939.1	AURKC	Q9UQB9.1	АХ INI	015169.1	AXL	P30530.1
ВААТ	Q14032.1	BAFF	Q9Y275.1	BAGE-1	Q13072.1	BAGE-2	Q86Y30.1
BAGE-3	Q86Y29.1	BAGE-4	Q86Y28.1	BAGE-5	Q86Y27.1	BAI1	014514.1
BAL	Р19835.1	BALF2	Р03227.1	BALF4	P03188.1	BALF5	P03198.1
BARF1	Р03228.1	BBRF1	Р03213.1	В CAN	Q96GW7.1	BCAP31	P51572.1
BCL-2	Р10415.1	BCL2L1	Q07817 .1	BCL6	P41182.1	BCL9	000512.1
BCR	Р11274.1	BCRF1	Р03180.1	BDLF3	P03224.1	BGLF4	P13288.1
BHLF1	Р03181.1	BHRF1	Р03182.1	BILF1	P03208.1	BILF2	P03218.1
BIN1	000499.1	BING-4	015213.1	BIRC7	Q96CA5.1	BLLF1	P03200.1
BLLF2	Р03199.1	BMI1	Р35226.1	BMLF1	Q04360.1	BMPR1B	000238.1
BMRF1	Р03191.1	BNLF2a	Р0С739.1	BNLF2b	Q8AZJ3.1	BNRF1	P03179.1
BRAF1	Р15056.1	BRD4	060885.1	BRDT	Q58F21.1	BRI3BP	Q8WY22.1
BRINP1	060477.1	BRLF1	Р03209.1	BTBD2	Q9BX70.1	BUB1B	06 0566.1
BVRF2	Р03234.1	BXLF1	Р03177.1	BZLF1	P03206.1	C15orf60 Q7Z4M0.1
СА 12-	5 Q8WXI7.1	СА 19-9	Q969X2.1	CA195	Q5TG92.1	CA9	Q16790.1
CABYR	075952.1	CADM4	Q8NFZ8.1	CAGE1	Q8CT20.1	CALCA	P01258.1
CALR3	Q96L12.1	CAN	Р35658.1	CASC3	015234.1	CASC5	Q8NG31.1
CASP5	Р51878.1	CASP8	Q14790.1	CBFA2T2 043439.1	CBFA2T3 075081.1
CBL	Р22681.1	CBLB	Q13191.1	CC3	Q9BUP3.1	CCDC110 Q8TBZ0.1
CCDC33	Q8N5R6.1	CCDC36	Q8IYA8.1	CCDC6	Q16204.1	CCDC62	Q6P9F0.1
CCDC68	Q9H2F9.1	CCDC83	Q8IWF9.1	CCL13	Q9 9 616.1	CCL2	P13500.1
CCL7	Р80098.1	CCNA1	Р78396.1	CCNA2	P20248.1	CCNB1	P14635.1

- 20 045702

CONDI	P24385.1	CCNE2	096020.1	CCNI	Q14094.1	CCNL1	Q9UK58.1
CCR2	P41597.1	CD105	P17813.1	CD123	P26951.1	CD13	P15144.1
CD133	043490.1	CD137	Q07011.1	CD138	P18827.1	CD157	Q10588.1
CD16A	P08637.1	CD178	P48023.1	CD19	P15391.1	CD194	P51679.1
CD2	P06729.1	CD20	P11836.1	CD21	P20023.1	CD22	P20273.1
CD229	Q9HBG7.1	CD23	P06734.1	CD27	P26842.1	CD28	P10747.1
CD30	P28908.1	CD317	Q10589.1	CD33	P20138.1	CD350	Q9ULW2.1
CD36	P16671.1	CD37	P11049 .1	CD4	P01730.1	CD40	P25942.1
CD40L	P29965.1	CD45	P08575.1	CD47	Q08722.1	CD51	P06756.1
CD52	P31358.1	CD55	P08174 .1	CD61	P05106.1	CD70	P32970.1
CD74	P08922.1	CD75	P15907.1	CD79B	P40259.1	CD80	P33681.1
CD86	P42081.1	CD8a	P01732.1	CD8b	P10966.1	CD95	P25445.1
CD98	P08195.1	CDC123	075794.1	CDC2	P06493.1	CDC27	P30260.1
CDC73	Q6P1J9.1	CDCA1	Q9BZD4.1	CDCP1	Q9H5V8.1	CDH3	P22223.1
CDK2AP1	014519.1	CDK4	P11802.1	CDK7	P50613.1	CDKN1A	P38936.1
CDKN2A	P42771.1	CEA	P06731.1	CEACAM1Q86UE4.1	CENPK	Q9BS16.1
CEP162	Q5TB80.1	CEP290	015078.1	CEP55	Q53EZ4.1	CFL1	P23528.1
CH3L2	Q15782.1	CHEK1	014757.1	CK2	P19784.1	CLCA2	Q9UQC9.1
CLOCK	015516.1	CLPP	Q16740 .1	CMC 4	P56277.1	CML6 6	Q96RS6.1
CO-029	P19075.1	COTL1	Q14019.1	COX2	P35354.1	COX6B2	Q6YFQ2.1
CPSF1	Q10570.1	CPXCR1	Q8N123.1	CREBL2	060519.1	CREG1	075629.1
Cripto	P13385.1	CRISP2	P16562.1	CRK	P46108.1	CRKL	P46109.1
CRLF2	Q9HC73.1	CSAGE	Q6PB30.1	CT45	Q5HYN5.1	CT45A2	Q5DJT8.1
CT45A3	Q8NHU0.1	CT45A4	Q8N7B7.1	CT45A5	Q6NSH3.1	CT45A6	P0DMU7.1
CT46	Q86X24.1	CT47	Q5JQC4.1	CT47B1	P0C2P7.1	CTAGE2	Q9 6RT6.1
CTAGE5	015320.1	CTCFL	Q8NI51.1	CTDSP2	014595.1	CTGF	P29279.1
CTLA4	P16410.1	CTNNA2	P26232.1	CTNNB1	P35222.1	CTNND1	060716.1
CTSH	PO9668.1	CTSP1	A0RZH4.1	CTTN	Q14247.1	CXCR4	P61073.1
CXorf48	Q8WUE5.1	CXorf61Q5H943.1	Cyclin-	E P24864.1	CYP1B1	Q16678.1
CypB	P23284.1	CYR61	000622.1	CSl	P28290.1	CSAGl	Q6PB30.1
CSDE1	075534.1	CSF1	P09603.1	CSF1R	P07333.1	CSF3R	Q99062.1
CSK	P41240.1	CSK23	Q8NEV1.1	DAPK3	043293.1	DAZ1	Q9NQZ3.1
DBPC	Q9Y2T7.1	DCAF12	Q5T6F0.1	DCT	P40126.1	DCUN1D1Q96GG9.1
DCUN1D3	Q8IWE4.1	DDR1	Q08345.1	DDX3X	000571.1	DDX6	P26196.1
DEDD	075618.1	DEK	P35659.1	DENR	043583.1	DEPDC1	Q5TB30.1
DFNA5	060443.1	DGAT2	Q96PD7.1	DHFR	P00374.1	DKK1	094907.1
DKK3	Q9UBP4.1	DKKL1	Q9UK85.1	DLEU1	043261.1	DMBT1	Q9UGM3.1
DMRT1	Q9Y5R6.1	DNAJB8	Q8NHS0.1	DNAJC8	075937.1	DNMT3A	Q9Y6K1.1
DPPA2	Q7Z7J5.1	DR4	000220.1	DR5	014763.1	DRG1	Q9Y295.1
DSCR8	Q96T75.1	E2F3	000716.1	E2F6	075461.1	E2F8	A0AVK6.1
EBNA1	P03211.1	EBNA2	P12978.1	EBNA3	P12977.1	EBNA4	P03203.1
EBNA6	P03204.1	EBNA-LP Q8AZK7.1	E-cadherin P12830.1	ECT2	Q9H8V3.1
ECTL2	Q008S8.1	EDAG	Q9BXL5.1	EEF2	P13639.1	EFNA1	P20827.1
EES	043281.1	EFTUD2	Q15029.1	EGFL7	Q9UHF1.1	EGER	p00533.1
EI24	014681.1	EIF4EBP1 Q13541.1	ELF3	P78545.1	ELF4	Q9 9 6 07.1
ELOVL4	Q9GZR5.1	EMP1	P54849.1	ENAH	Q8N8S7.1	Endosi	alin Q9HCU0.1
ENO1	P06733.1	EN02	P09104.1	EN03	P13929.1	ENTPD5	075356.1
EpCAM	P16422.1	EPHA2	P29317.1	EPHA3	P29320.1	EPHB2	P29323.1
EPHB4	P54760.1	EPHB6	015197.1	EPSS	Q12929.1	ERBB3	P21860.1
ERBB4	Q15303.1	EREG	014944.1	ERG	P11308.1	ERVK-18 04 2043.1
ERVK-19	071037.1	ESR1	P03372.1	ETAA1	Q9NY74.1	ETS1	P14921.1
ETS2	P15036.1	ETV1	P50549.1	ETV5	P41161.1	ETV6	P41212.1
EVI5	060447.1	EWSR1	Q01844 .1	EYA2	000167.1	EZH2	Q15910.1
FABP7	015540.1	FAM133A Q8N9E0.1	FAM13A	094988.1	FAM46D	Q8NEK8.1
FAM58BP	P0C7Q3.1	FANCG	015287.1	FATE1	Q969F0.1	FBXO39	Q8N4B4.1
FBXW11	Q9UKB1.1	FCHSD2	094868.1	FER	P16591.1	FES	P07332.1
FEV	Q99581.1	FGF10	015520.1	FGF23	Q9GZV9.1	FGF3	P11487.1

- 21 045702

FGF4	P08620.1	FGF5	P12034.1	FGFR1	P11362.1	FGFR2	P21802.1
FGFR3	P22607.1	FGFR4	P22455.1	FGR	P 0 9 7 6 9 . 1	FL II	Q01543.1
FLT3	P36888.1	FMNL1	0954 66.1	FMOD	Q06828.1	FMR1NB	Q8N0W7.1
FN1	P02751.1	Fnl4	Q9NP84.1	FNIP2	Q9P278.1	FOLRI	P15328.1
FOS	P01100.1	FosB	P53539.1	F0SL1	P15407.1	FOXM1	Q08050.1
FOXO1	Q12778.1	FOXO3	043524.1	FRAT1	Q92837.1	FRMD3	A2A2Y4.1
FSIP1	Q8NA03.1	FSIP2	Q5CZC0.1	FSTL3	095633.1	FTHL17	Q9BXU8.1
FUNDC2	Q9BWH2.1	FUS	P35637.1	FUT1	P19526.1	FUT3	P21217.1
FYN	P06241 .1	GAB 2	Q9UQC2.1	GADD45G 095257.1	GAGE-1	Q13065.1
GAGE12B	/C/D/E A1L429.1	GAGE12F P0CL80 . 1	GAGE12G P0CL81. 1	GAGE12H A6NDE8 . 1
GAGE12I	P0CL82.1	GAGE12 J A6NER3.1	GAGE-2	Q6NT46.1	GAGE-3	Q13067.1
GAGE-4	Q13068.1	GAGE-5	Q13069.1	GAGE-6	Q13070.1	GAGE-7	076087.1
GAGE-8	Q9UEU5.1	GALGT2	Q00973.1	GAS 7	060861.1	GASZ	Q8WWH4.1
GATA-3	P23771.1	GBU4-5	Q587J7.1	GCDFP-	15 P12273.1	GFAP	P14136.1
GFI1	Q9 9 6 84.1	Ghreli	n Q9UBU3.1	GHSR	Q92847.1	GIPC1	014908.1
GITR	Q9Y5U5.1	GKAP1	Q5VSY0.1	GLI1	P08151.1	Glypican-3 P51654.1
GML	Q99445.1	GNA11	P29992.1	GNAQ	P50148.1	GNB2L1	P63244.1
GOLGA5	Q8TBA6.1	gplOO	P40967 . 1	gp7 5	P17643.1	Gp9 6	P14625.1
GPAT2	Q6NUI2.1	GPATCH2 Q9NW75.1	GPC-3	P51654.1	GPNMB	Q14956.1
GPR143	P51810.1	GPR89A	B7ZAQ6.1	GRB2	P62993.1	GRP7 8	P11021.1
GUCY1A3	Q02108.1	H3F3A	P84243.1	HAGE	Q9NXZ2.1	hANP	P01160.1
HBEGF	Q99075.1	hCG-beta P01233.1	HDAC1	Q13547.1	HDAC2	Q927 69 . 1
HDAC3	015379.1	HDAC4	P56524.1	HDAC5	Q9UQL6.1	HDAC6	Q9UBN7.1
HDAC7	Q8WUI4.1	HDAC8	Q9BY41.1	HDAC9	Q9UKV0.1	HEATR1	Q9H583.1
Hepsin	P05981.1	Her2/n	eu P04626.1	HERO 2	095714.1	HERV-K104 P61576.1
HEXB	P07686.1	HEXIM1	094992.1	HGRG8	Q9Y5A9.1	HIPK2	Q9H2X6.1
HJURP	Q8NCD3.1	HMGB1	P09429.1	HM0X1	P09601.1	HNRPL	P14866 . 1
HOM-TES	-85 Q9P127.1	H0RMAD1Q86X24.1	H0RMAD2 Q8N7B1.1	HPSE	Q9Y251.1
HPV16 E6 P03126.1	HPV16	E7 P03129.1	HPV18	E6 P06463.1	HPV18	17 P06788 . 1
HRAS	P01112.1	HSD17B	13 Q7Z5P4. 1	HSP105	Q92598.1	HSP60	P10809 . 1
HSPA1A	P08107.1	HSPB9	Q9BQS6.1	HST-2	P10767 . 1	HT001	Q2TB18.1
hTERT	014746.1	husi	060921.1	ICAM-1	P05362.1	IDH1	075874.1
IDO1	P14902.1	IER3	P4 66 95.1	IGF1R	P08069.1	IGFS11	Q5DX21.1
IL13RA2	Q14627.1	IMP-3	Q9NV31.1	ING3	Q9NXR8.1	INPPL1	015357.1
INTS6	Q9UL03.1	IRF4	Q15306.1	IRS4	014654.1	ITGA5	P08648 . 1
ITGB8	P26012.1	ITPA	Q9BY32.1	PTPR2	Q14571.1	JAK 2	060674.1
JAK3	P52333.1	JARID1B Q9UGL1.1	JAZF1	Q86VZ6.1	JNK1	P45983.1
JNK2	P45984.1	JNK3	P53779.1	JTB	076095.1	JUN	P05412.1
JUP	P14923.1	K19	P08727.1	KAAG1	Q9UBP8.1	Kallikrein 14 Q9P0G3.1
Kallikrein 4 Q9Y5K2.1	KAT 6 A	Q92794.1	KDM1A	060341.1	KDM5A	P29375.1
KIAA010	0 Q14667 .1	KIAA0336 Q8IWJ2.1	KIAA1199 Q8WUJ3.1	KIAA1641 A6QL64.1
KIF11	P52732.1	KIF1B	060333.1	KIF20A	095235.1	KIT	P10721.1
KLF4	043474.1	KLHL41	06 06 62.1	KLK10	043240.1	KMT 2D	014686.1
KOGI	000425.1	K-ras	P01116.1	KRPT1	000522.1	KW-12	P62913.1
KW-2	Q96RS0.1	KW-5 (SEBD4) Q9H0Z9.1	KW-7	075475.1	LI CAM	P32004.1
L53	Q96EL3.1	L6	Q9BTT4.1	LAG3	P18627.1	Lage-1	075638.1
LATSl	095835.1	PATS 2	Q9NRM7.1	LCMT2	060294.1	LCPl	P13796.1
LDHC	P07864 .1	LDLR	P01130.1	LEMD1	Q68G75.1	Lengsi	q Q5TDP6.1
LETMD1	Q6P1Q0.1	LGALS3BP Q08380.1	LGALS 8	000214.1	LIN7A	014910.1

- 22 045702

LIPI	Q6XZB0.1	LIV-1	Q13433.1	LLGL1	Q15334.1	LM01	P25800.1
LMO2	P25791.1	LMP1	P03230.1	LMP2	P13285.1	LOC6471	07 Q8TAI5.1
LOXL2	Q9Y4K0.1	LRP1	Q07954.1	LRRN2	075325.1	LTF	P02788.1
LTK	P29376.1	LZTS1	Q9Y250.1	LY6K	Q17RY6.1	LYN	P07948.1
LYPD6B	Q8NI32.1	MAEA	Q7L5Y9.1	MAEL	Q96JYO.1	MAE	075444.1
MAFF	Q9ULX9.1	MAFG	015525.1	MAFK	060675.1	MAGE-Al	P43355.1
MAGE-Al	0 P43363.1	MAGE-Al	1 P43364.1	MAGE-Al	2 P43365.1	MAGE-A2	P43356.1
MAGE-A2B Q6P448.1	MAGE-A3	P43357.1	MAGE-A4	P43358.1	MAGE-A5	P43359.1
MAGE-A6	P43360.1	MAGE-A8	P43361.1	MAGE-A9	P43362.1	MAGE-B1	P43366.1
MAGE-B2	015479.1	MAGE-B3	015480.1	MAGE-B4	015481.1	MAGE-B5	Q9BZ81.1
MAGE-B6	Q8N7X4.1	MAGE-CI	060732.1	MAGE-C2	Q9UBF1.1	MAGE-C3	Q8TD91.1
mammaglobin-A Q13296.1	MANE	P55145.1	MAP2K2	P36507.1	MAP2K7	014733.1
MAP3K7	043318.1	MAP4K5	Q9Y4K4.1	MARTI	Q16655.1	MART-2	Q5VTY9.1
MASI	P04201.1	MC1R	Q01726.1	MCAK	Q9 9 6 61.1	MCF2	P10911.1
MCF2L	015068.1	MCL1	Q07820.1	MCTSl	Q9ULC4.1	MCSP	Q6UVK1.1
MDK	P21741.1	MDM2	Q00987.1	MDM4	015151.1	MEI	P48163.1
ME491	P08962.1	МЕСОМ	Q03112.1	MELK	Q14680. 1	MEN1	000255.1
MERTK	Q12866.1	MET	P08581.1	MFGE8	Q08431.1	MFHAS1	Q9Y4C4.1
MFI2	P08582.1	MGAT5	Q09328.1	Midkine	P21741.1	MIE	P14174 .1
MKI67	P46013.1	MLH1	P40692.1	MLL	Q03164.1	MLLT1	Q03111.1
MLLT10	P55197.1	MLLT11	Q13015.1	MLLT3	P42568.1	MLLT4	P55196.1
MLLT6	P55198.1	MMP14	P50281.1	MMP2	P08253.1	MMP7	P09237.1
MMP9	P14780 . 1	MOB3B	Q86TA1.1	MORC1	Q86VD1.1	MPH0SPH1 Q96Q89.1
MPL	P40238.1	MRAS	014807.1	MRP1	P33527.1	MRP3	015438.1
MRPL28	Q13084.1	MRPL30	Q8TCC3.1	MRPS11	P82912.1	MS LN	Q13421.1
MTA1	Q13330.1	MTA2	094776.1	MTA3	Q9BTC8.1	MTCP1	P56278.1
MTSS1	043312.1	MUC-1	P15941.1	MUG-2	Q02817.1	MUC-3	Q02505.1
MUG-4	Q99102.1	MUC-5AC	P98088.1	MUG-6	Q6W4X9.1	MUM1	Q2TAK8.1
MUM2	Q9Y5R8.1	MYB	P10242.1	MYC	P01106. 1	MYCL	P12524.1
MYCLP1	P12525.1	MYCN	P04198.1	MYD88	Q99836.1	MYEOV	Q96EZ4.1
MYO1B	043795.1	NAS8-A	P0C5K6.1	NAE1	Q13564.1	Napsin-	A 09 6 0 0 9.1
NAT 6	Q93015.1	NBAS	A2RRP1.1	NBPF12	Q5TAG4.1	NC0A4	Q13772.1
NDC80	014777.1	NDUFC2	095298.1	Nectin-	4 Q96NY8.1	NEK2	P51955.1
NEMF	060524.1	NENE	Q9UMX5.1	NEURL1	076050.1	NFIB	000712.1
NFKB2	Q00653.1	NF-X1	Q12986.1	NFYC	Q13952.1	NGAL	P80188.1
NGEP	Q6IWH7.1	NKG2D-L1 Q9BZM6.1	NKG2D-L2 Q9BZM5.1	NKG2D-L3 Q9BZM4.1
NKG2D-L4 Q8TD07.1	NKX3.1	Q99801.1	NLGN4X	Q8N0W4.1	NLRP4	Q96MN2.1
NNMT	P40261.1	N0L4	094818.1	N0TCH2	Q04721.1	N0TCH3	Q9UM47.1
NOTCH4	Q9 9466.1	NOV	P48745.1	NPM1	P06748. 1	NR6A1	Q15406.1
N-RAS	POllll. 1	NRCAM	Q92823.1	NRP1	014786.1	NSE1	Q96KN4.1
NSE2	Q96KN1.1	NTRK1	P04629.1	NUAK1	060285.1	NUGGC	Q68CJ6.1
NXF2	Q9GZY0.1	NXF2B	Q5JRM6.1	NY-BR-1	Q9BXX3.1	NYD-TSPG Q9BWV7.1
NY-ESO-	1 P78358.1	NY-MEL-	1 P57729.1	0CA2	Q04671. 1	0DF1	Q14990.1
0DF2	Q5BJF6.1	0DF3	Q96PU9.1	0DF4	Q2M2E3.1	OGGI	015527.1
OGT	015294.1	0IP5	043482.1	0S9	Q13438.1	OTOA	Q05BM7.1
0X4 0	P43489.1	OX40L	P23510.1	P53	P04637.1	P56-LCK	P06239.1
PA2G4	Q9UQ80.1	PAGEl	075459.1	PAGE 2	Q7Z2X2.1	PAGE2B	Q5JRK9.1
PAGE3	Q5JUK9.1	PAGE 4	060829.1	PAGE 5	Q96GU1.1	PAK2	Q13177.1
PANO1	I0J062.1	PAP	Q06141.1	PAPOLG	Q9BWT3.1	PARK 2	060260.1
PARK?	Q9 94 97 . 1	PARP12	Q9H0J9.1	PASDl	Q8IV76.1	PAX3	P23760.1
PAX5	Q02548.1	PBF	P00751.1	PBK	Q96KB5.1	PBX1	P40424.1

- 23 045702

PCDC1	Q15116.1	PCM1	Q15154.1	PCNXL2	A6NKB5.1	PDGFB	P01127.1
PDGFRA	P16234.1	PEPP2	Q9HAU0.1	PGF	P49763.1	PGK1	P00558.1
PHLDA3	Q9Y5J5.1	PHLPP1	060346.1	PIAS1	075925.1	PIAS2	075928.1
PIK3CA	P42336.1	PIK3CD	000329.1	PIK3R2	000459.1	PIM1	P11309.1
PIM2	Q9P1W9.1	PIM3	Q86V86.1	PIR	000625.1	PIWIL1	Q96J94.1
PIWIL2	Q8TC59.1	PIWIL3	Q7Z3Z3.1	PIWIL4	Q7Z3Z4 . 1	PKN3	Q6P5Z2.1
PLA2G16	P53816.1	PLAC1	Q9HBJ0.1	PLAG1	Q6DJT9.1	PLEKHG5 094827.1
PLK3	Q9H4B4.1	PLS3	P13797.1	PLVAP	Q9BX97.1	PLXNB1	043157.1
PLXNB2	015031.1	PML	P29590.1	PML-RARA Q96QH2.1	POTEA	Q6S8J7.1
POTEB	Q6S5H4.1	POTEG	B2RU33.1	POTED	Q86YR6.1	POTEE	Q6S8J3.1
POTEG	Q6S5H5.1	POTEH	Q6S545.1	PP2A	P63151.1	PPAPDC1B Q8NEB5.1
PPFIA1	Q13136.1	PPIG	Q13427.1	PPP2R1B P30154.1	FRAME	P78395.1
PRDX5	P30044.1	PRKAA1	Q13131.1	PRKCI	P41743.1	PRM1	P04553.1
PRM2	P04554.1	PRMT3	060678.1	PRMT6	Q96LA8.1	PDLl	Q9NZQ7.1
PROM1	043490.1	PRSS54	Q6PEW0.1	PRSS55	Q6UWB4.1	PRTN3	P24158.1
PRUNE	Q86TP1.1	PRUNE2	Q8WUY3.1	PSA	P07288.1	PSCA	D3DWI6.1
PSMA	Q04609.1	PSMD10	075832.1	PSGR	Q9H255.1	PSP-94	Q1L6U9.1
PTEN	P60484 .1	PTH-rP	P12272.1	PTK6	Q13882.1	PTPN20A Q4 JDL3.1
PTPRK	Q15262.1	PTPRZ	P23471.1	PTTG-1	095997.1	PTTG2	Q9NZH5.1
PTTG3	Q9NZH4.1	PXDNL	A1KZ92.1	RAB11FIP3 075154.1	RAB8A	P61006.1
RADI	060671.1	RAD17	075943.1	RAD51C	043502.1	RAFI	P04049.1
RAGE-1	Q9UQ07.1	RAP1A	P62834.1	RARA	P10276.1	RASSF10 A6NK89.1
RBI	P06400.1	RBL2	Q08999.1	RBM4 6	Q8TBY0.1	RBP4	P02753.1
RCAS1	000559.1	RCVRN	P35243.1	RECQL4	094761.1	RET	P07949.1
RGS22	Q8NE09.1	RGS5	015539.1	RHAMM	075330.1	RhoC	P08134.1
RHOXF2	Q9BQY4.1	RL31	P62888.1	RNASET2 000584.1	RNF4 3	Q68DV7.1
RNF8	076064.1	RON	Q04912.1	R0PN1A	Q9HAT0.1	R0R1	Q01973.1
RPA1	095602.1	RPL10A	P62906.1	RPL7A	P62424.1	RPS2	P15880.1
RPS6KA5	075582.1	RPSA	P08865.1	RQCD1	Q92600.1	RRAS2	P62070.1
RSL1D1	076021.1	RTKN	Q9BST9.1	RUNX1	Q01196. 1	RUNX2	Q13950.1
RYK	P34925.1	SAGE1	Q9NXZ1.1	SART2	Q9UL01.1	SART3	Q15020.1
SASH1	094885.1	sCLU	P10909.1	SCRN1	Q12765.1	SDCBP	000560.1
SDF-1	P48061.1	SDHD	014521.1	SEC31A	094 97 9. 1	SEC63	Q9UGP8.1
Semapho	rin 4D Q92854.1	SEMG1	P04279.1	SEN	P31947.1	SH2B2	014492.1
SH2D1B	014796.1	SH3BP1	Q9Y3L3.1	SHB	Q15464.1	SHC3	Q92529.1
SIRT2	Q8IXJ6.1	SIVA!	015304.1	SKI	P12755.1	SLBP	A9UHW6.1
SLC22A1	0 Q63ZE4.1	SLC25A47 Q6Q0C1.1	SLC35A4 Q96G79.1	SLC45A3 Q96JT2.1
SLC4A1AP Q9BWU0.1	SLC06A1Q86UG4.1	SLITRK6 Q9H5Y7.1	Sm23	P27701.1
SMAD5	Q99717 . 1	SMAD6	043541.1	SMO	Q99835.1	Smt3B	P61956.1
SNRPD1	P62314.1	SOSl	Q07889.1	SOX-2	P48431.1	SOX-6	P35712.1
SOX-11	P35716 .1	SPA17	Q15506.1	SPACA3	Q8IXA5.1	SPAG1	Q07617 .1
SPAG17	Q6Q7 59.1	SPAG4	Q9NPE6.1	SPAG6	075602.1	SPAG8	Q99932.1
SPAG9	060271.1	SPANXA1Q9NS26.1	S PANXB	Q9NS25.1	SPANXC	Q9NY87.1
SPANXD	Q9BXN6.1	SPANXE	Q8TAD1.1	SPANXN1Q5VSR9.1	SPANXN2 Q5MJ10.1
SPANXN3	Q5MJ09.1	SPANXN4 Q5MJ08.1	SPANXN5 Q5MJ07.1	SPATA19 Q7Z5L4.1
SPEF2	Q9C093.1	SPIl	P17947 .1	SPINLW1 095925.1	SPOll	Q9Y5K1.1
SRC	P12931.1	SSPN	Q14714 .1	SSX-1	Q16384.1	SSX-2	Q16385.1
SSX-3	Q99909.1	SSX-4	060224.1	SSX-5	060225.1	SSX-6	Q7RTT6.1
SSX-7	Q7RTT5.1	SSX-9	Q7RTT3.1	ST18	060284.1	STATl	P42224.1
STEAP1	Q9UHE8.1	STK11	Q15831.1	STK25	000506.1	STK3	Q13188.1
STN	Q9H668.1	SUPT7L	094864.1	Survivi	015392.1	SUV39H1043463.1
SYCE1	Q8N0S2.1	SYCP1	Q15431.1	SYCP3	Q8IZU3.1	SYT	Q15532.1
TA-4	Q96RI8.1	TACC1	075410.1	TAF1B	Q53T94.1	TAF4	000268.1
TAF7L	Q5H9L4.1	TAG-1	Q02246.1	TALI	P17542.1	TAL2	Q16559.1
TAPBP	015533.1	TATI	P00995.1	TAX1BP3 014907.1	TBC1D3	Q8IZP1.1

- 24 045702

ТВР-1	Р17980.1	TCL1A	Р56279.1	TCL1B	095988.1	TDHP	Q9BT92.1
TDRD1	Q9BXT4.1	TDRD4	Q9BXT8.1	TDRD6	060522.1	TEKT5	Q96M29.1
ТЕХ101	Q9BY14.1	ТЕХ14	Q8IWB6.1	ТЕХ15	Q9BXT5.1	TEX3 8	Q6PEX7.1
ТЕ	Р02787.1	TFDP3	Q5H9I0.1	TFE3	P19532.1	TGFBR1	P36897.1
TGFBR2	Р37173.1	THEG	Q9P2T0.1	TIE2	Q02763.1	TIPRL	075663.1
TLR2	060603.1	TMEFF1	Q8IYR6.1	TMEFF2	Q9UIK5.1	TMEM108 Q6UXF1.1
ТМЕМ127	075204.1	TMPRSS12 Q86WS5.1	TNG	P24821.1	TNFRSF17 Q02223.1
TNFSF15	095150.1	TNK2	Q07912.1	ТОММ34	Q15785.1	TOP2A	P11388.1
ТОР2В	Q02880.1	T0R3A	Q9H497.1	ТР73	015350.1	TPA1	8N543.1
TPGS2	Q68CL5.1	ТРИ	Р60174.1	TPL2	P41279.1	TPM4	P67936.1
ТРО	Р40225.1	ТРРР2	Р59282.1	TPR	P12270.1	TPTE	P56180.1
TRAF5	000463.1	TRAG-3	Q9Y5P2.1	TRGC2	P03986.1	TRIM24	015164.1
TRIM37	094972.1	TRIM68	Q6AZZ1.1	TRPM8	Q7Z2W7.1	TSGA10	Q9BZW7.1
TSP50	Q9UI38.1	TSPAN6	043657.1	TSPY1	Q01534.1	TSPY2	A6NKD2.1
TSPY3	Q6B019.1	TSPYL1	Q9H0U9.1	TSSK6	Q9BXA6.1	TTC23	Q5W5X9.1
ТТК	Р33981.1	TULP2	000295.1	TUSC2	075896.1	TWEAK	043508.1
TXNIP	Q9H3M7.1	TYMS	Р04818.1	TYR	P14679.1	U2 snRNP В P08579.1
U2AF1	Q01081.1	UBD	015205.1	UBE2A	P49459.1	UBE2C	000762.1
UBE2V1	Q13404.1	UBE4B	095155.1	UBR5	095071.1	UBXD5	Q5T124.1
UFL1	094874.1	URI1	094763.1	URLC10	Q17RY6.1	UROCI	Q9 6N7 6.1
USP2	075604.1	USP4	Q13107.1	VAV1	P15498.1	VCX3A	Q9NNX9.1
VEGFR1	Р17948.1	VEGFR2	Р35968.1	VHL	P40337.1	VIM	P08670.1
VWA5A	000534.1	WHSC2	Q9H3P2.1	WISP1	095388.1	WNK2	Q9Y3S1.1
WNT10B	000744.1	WNT3	Р56703.1	WNT-5a	P41221.1	WT1	P19544.1
WWP1	Q9H0M0.1	XAGE-1	Q9HD64.1	XAGE-2	Q96GT9.1	XAGE-3	Q8WTP9.1
XAGE-4	Q8WWM0.1	XAGE-5	Q8WWM1.1	ΧΕΡΙ	P17861.1	XPOl	014980.1
XRCC3	043542.1	YB-1	Р67809.1	YEATS4	095619.1	YES1	P07947 .1
YKL-40	Р36222.1	ZBTB7A	095365.1	ZBTB7C	A1YPR0.1	ZEB1	P37275.1
ZFYVE19	Q96K21.1	ZNF165	Р49910.1	ZNF185	015231.1	ZNF217	075362.1
ZNF320	A2RRD8.1	ZNF395	Q9H8N7.1	ZNF645	Q8N7E2.1	ZUBR1	Q5T4S7.1
ZW10	043264.1	ZWINT	095229.1

Таблица 3

Список номеров доступа для вирусных антигенов из IEDB

	Q76R62.1	P03182.1	P09258.1	P09310.1	P03227.1	P8 94 66.1	P04601.1
P13285.1	P09991.1	P03468.1	A2T3Q0.1	P0C6X7.1	P89448.1	P12978.1	P09257.1
P50641.1	P14075.1	20178567.1	Q01023.1	P03188.1	P04585.1	P0C767 .1	P12977.1
P89467.1	Q9W850.1	Q00683.1	P04591.1	P03211.1	9628706.1	P03460.1	PO8666.1
P03485.1	Q04360.1	Q913Y7.1	P89449.1	Q81871.1	P03452.1	P17763.1	P89430.1
P03410.1	P04012.1	P27958.1	Q6WB99.1	P25212.1	Q9PZT1.1	P68593.1	P03203.1
P29996.1	9629374.1	P59633.1	042053.1	P0C6L3.1	P59635.1	Q9YZN9.1	Q6WB95.1
P10233.1	P89475.1	Q6WB98.1	Q6SW67.1	Q7TFA0.1	P0CK17.1	P59594.1	1980491.1
P14079.1	P15423.1	1891762.1	P09259.1	P09269.1	Q77Q38.1	Q786F2.1	Q6SW99.1
P24771.1	F5HB98.1	9629370.1	P68336.1	P03300.1	1980486.1	Q69027.1	P28284.1
P13290.1	9626585.1	P06923.1	P14076.1	P03346.1	042062.1	P07566.1	P03204.1
Q69091.1	P09255.1	P03206.1	036634.1	P10205.1	F5HCM1.1	P0CK16.1	Q6WB97.1
Q85601.1	P89468.1	Q6 94 67.1	P03218.1	Q786F3.1	P59637.1	1891763.1	Q6WB94.1
P03231.1	Q9IK92.1	Q6WBA1.1	P03466.1	P14335.1	P26670.1	Q9PZT0.1	1985356.1
Q2HR63.1	P59634.1	Q6SW59.1	P03277.1	P59595.1	Q69028.1	P03383.1	P03261.1
P03200.1	P04578.1	P06484 . 1	F5HC97.1	S5TC82.1	P18095.1	Q9 6 8 95.1	P18094.1
9629372.1	P50791.1	P03230.1	P13845.1	9629712.1	P03209.1	P03129.1	Q76R61.1
P03228.1	P0C206.1	Q9WMB5.1	P03226.1	Q9QR69.1	036633.1	042049.1	P03496.1
P03428.1	P03431.1	P0C0U1.1	P03433.1	P03508.1	1980456.1	P0C739.1	P69726.1
P69723.1	1980490.1	532129755.1	P03120.1	P04020.1	P06922.1	P03114.1	P03314.1
P06790.1	P06788.1	P06927.1	P03101.1	P03107.1	P06794 .1	530787712.1	P04013.1
Q80872.1	P04014 .1	P03126.1	P36811.1	P06463.1	P26554.1	P04016.1	P14078.1
P03191.1	1980471.1	P06821.1	P0C797.1	F5HF49.1	P0C045.1	P04296.1	P04485.1
P10230.1	P10221.1	P06487 .1	P10215.1	P04293.1	P10211.1	P10209.1	P10225.1
P10224.1	P10238.1	P10185.1	P08392.1	P10231.1	P06492.1	P04290.1	P08393.1
P08543.1	P10210.1	P08617 .1	F5HB53.1	P04019.1	P04015.1	P89442.1	P89452.1
P89462.1	P59632.1	036635.1	P07210.1	Q83884.1	Q8JUX5.1	P03089.1	Q6 6479.1
P03185.1	P0CAP6.1	P04618.1	56160929.1	1980519.1	PO8669.1	P14348.1	P03212.1
P03179.1	45617other.1	1511872.1	302317869.1	P69899.1	P09247.1	Q05127.1	P18272.1
Q9YMG2.1	Q05128.1	302371215.1	302371218.1	Q5XX08.1	302371214.1	P14336.1	138948other.1
P08292.1	1803956.1	P35253.1	1891726.1	P09308.1	P03189.1	667489389.1	P09272.1
34365530.1	Q05320.1	P59596.1	P32886.1	55097.1	P03316.1	P03276.1	Q81870.1
Q81862.1	64320.1	1933190.1

- 25 045702

Таблица 4

Список номеров доступа для бактериальных антигенов из IEDB

	B8ZUD1.1	Р09621.1	P9WPE5.1	Q2GI62.1	Р0А5В8.1	050443.1	Q5NEZ3.1
P9WQF5.1	P9WK95.1	005311.1	P9WQD7.1	P9WKG3.1	P9WHE5.1	P0CD83.1	P9WHB9.1
P9WH91.1	P9WHE3.1	P9WNK7.1	A0A0F3MKF3.1	A1JIP3.1	B2RKS6.1	P0A1D3.1	P0A6F5.1
P0C0Z7. 1	Р0С923.1	Р61439.1	Q9Z708.1	Р0А521.1	P9WPE7.1	Q79FJ2.1	B8ZR84.1
I6Y3P5.1	Q2FYP2.1	P9WG41.1	Р96890.1	006625.1	16X654.1	Q8YIE1.1	P9WQ81.1
I6XWA1.1	Р11311.1	053900.1	P9WIR7.1	P9WQB1.1	B8ZUC6.1	006802.1	P9WMK1.1
P9WG37.1	Q2FWC4.1	Q2GGE3.1	033347.1	P9WJ09.1	P9WJ11.1	P9WF23.1	069703.1
I6X4K0.1	B2RM93.1	Р71888.1	P9WFW3.1	P9WPV1.1	P9WPU7.1	P9WPV3.1	P9WPU5.1
050391.1	P9WID7.1	P9WPC3.1	Р96901.1	084848.1	Q2FUX4.1	A0A0M1YNY3.1	Р49944.1
P9WPQ9.1	Q45010.1	Q2FZK7.1	P9WMN3.1	P9WPQ1.1	Q45013.1	053666.1	Q5NEH1.1
P9WHR5.1	P9WIE5.1	Q5NEQ3.1	P9WNF3.1	F2QBN0.1	B8ZTB7.1	Р0С922.1	P9WMJ9.1
Q5NGW2.1	Р01556.1	Q8DMZ4.1	Р33768.1	Q2FUY2.1	Q5NG56.1	Х8СЕ55.1	Q5NGE4.1
Р94973.1	006827.1	Р96872.1	I6X9Y7.1	I6XFZ8.1	050442.1	053697.1	053978.1
Р95137.1	Р95144.1	053519.1	Q79FZ8.1	P9WJF5.1	Р71629.1	P9WJS3.1	P9WPB7.1
Q7D9T1.1	P9WHS1.1	006393.1	P9WP69.1	P9WPN5.1	P9WNX3.1	053380.1	I6YAU3.1
P0A4V2.1	P9WQP3.1	Р0С2Т2.1	P9WQP1.1	P9WQN9.1	053311.1	P9WIS7.1	006159.1
H2GU79.1	Q2G2Q0.1	P9WNV1.1	P9WNV5.1	Q8YE98.1	Q59191.1	P9WGY7.1	P9WGY9.1
Q2G2W1.1	P9WGH1.1	P9WNG9.1	P9WNG7.1	084591.1	Q9Z7A6.1	P9WGR1.1	Р96404 . 1
I6YGS0.1	Q6MX18.1	P9WNK5.1	053692.1	P9WNK3.1	P9WNK1.1	P9WNJ9.1	P9WNJ7.1
P9WNJ5.1	P9WNJ3.1	P9WNJ1.1	P9WNI9.1	Р96903.1	P9WNB1.1	P9WJE1.1	P9WJD9.1
P9WJD7.1	P9WJD3.1	P9WJC5.1	P9WJC3.1	P9WJC1.1	P9WNQ3.1	P9WJE5.1	P9WJC7.1
084646.1	I6YDV4.1	Р11439.1	Q5NFJ1.1	P9WNE5.1	Р14738.1	Р11089.1	H7C7G3.1
L7N6B9.1	I6XFI7.1	005578.1	Р96218.1	P9WN39.1	P9WN59.1	Q8YBI3.1	P9WN83.1
P9WJA9.1	P9WMY9.1	Q5NH51.1	053673.1	P9WIP9.1	Р0СЕ15.1	Р72041.1	Q5NEM8.1
Q5NI16.1	P9WJA3.1	P0A4Q1.1	P9WIP1.1	P9WIN9.1	P9WNF5.1	050846.1	Q59947.1
H7C7N8.1	Q5NEC6.1	084606.1	P9WQJ9.1	P9WQJ7.1	P9WQ71.1	053611.1	P9WKL1.1
P9WKJ7.1	D5V9Y8.1	Р0СС04 . 1	Р23700.1	P9WJN5.1	Q5NHJ0.1	Q5NEY9.1	Р15917.1
Q2G155.1	034094.1	Q8F8E1.1	069661.1	H6MMU4.1	P9WK61. 1	P9WK55.1	Q8YGS9.1
050811.1	P9WQ59.1	P9WIN7.1	P9WIR1.1	050430.1	D5VCH6.1	Q5NHI7.1	P9WFU9.1
I6XFY8.1	B2RH54.1	Q46409.1	Р30690.1	АОАОJ5IWN3.1	A0PSI5.1	А4ТАС4.1	В1МВ69.1
B2HSY2.1	B8ZSN3.1	E4WHS0.1	P9WK17.1	V5XE39.1	I6X7G8.1	I6Y461.1	I6YGB1.1
I6YC99.1	Q79FY7.1	I6X5Z8.1	I6Y479.1	I6YA32.1	005461.1	Q2G1E2.1	P9WK19.1
I6YAW3.1	Q5NGG4.1	051624.1	P9WJW5.1	Q50584.1	B2RHG1.1	Q5NFL7.1	P9WQN7.1
P9WHH3.1	084639.1	Q5NF24.1	P9WJH1.1	P9WJH5.1	053203.1	Р55969.1	050418.1
Q5NGE0.1	Н7С7К8.1	054584.1	G1UB30.1	Q5NH85.1	G1UB25.1	P0A3N8.1	E1X6Y5.1
Q5NEP7.1	Q8YHH0.1	Р38006.1	Р43838.1	Р43839.1	P0CL67.1	P0CL66.1	QOSLZO.1
Q07337.1	G5IXI6.1	007721.1	053254.1	Р75330.1	I6Y936.1	L7N649.1	L7N6 5 6.1
L7N693.1	Q79FK4.1	Q7 9FR3.1	Q79FR5.1	Q79G04.1	Q79FS8.1	Q6MWX1.1	Q79FV6.1
Q79FS5.1	Q79FQ7.1	Q7 9FP3.1	Q79FP2.1	Q79FK9.1	Q79FE6.1	I6XEF1.1	Q79FD4.1
Q6MX26.1	Q6MX50.1	L7N680.1	053695.1	I6X8R2.1	053246.1	I6Y0L1.1	Q2G282.1
Р14283.1	Р04977.1	P9WMX7.1	P9WFR1.1	P9WN09.1	086345.1	P9WGU1.1	P9WGT9.1
P9WGT7.1	P9WPF7.1	P9WIB3.1	P9WMM9.1	P9WHM5.1	P9WQE9.1	Q8DQ08.1	Q8DQ07.1
I6Y231.1	P9WHV9.1	005877.1	007236.1	086370.1	006404.1	006410.1	B8ZRL2.1
006807.1	033269.1	Q79FA9.1	Q79FK6.1	Q8VKN2.1	L7N675.1	Q79FK5.1	L0T7Y7.1
Q79FI9.1	Q79FE1.1	Q6MWX9.1	084616.1	084647.1	P9WQ27.1	084288.1	I6X9S5.1
P9WJW3.1	P9WPS9.1	Р95149.1	053632.1	I6Y293.1	L0T243.1	P9WP43.1	P9WKC9.1
Р96402.1	Р71810.1	006417.1	Р96365.1	L0T5B2.1	Р96264.1	P9WJK5.1	P9WJQ9.1
084419.1	084818.1	Q8YG32.1	006608.1	007175.1	P9WGA3.1	053323.1	Р96354.1
P9WIM9.1	B8ZRT2.1	P9WK93.1	Р13423.1	084583.1	P9WG63.1	P9WIM1.1	P9WKJ3.1
P9WNZ7.1	P9WK31.1	Q50701.1	P9WID3.1	Q8YC41.1	P9WPL3.1	P9WNI3.1	P9WNI7.1
P9WNI5.1	P9WQ49.1	P9WMG1.1	Q2GGR3.1	P9WK71.1	033192.1	P9WND5.1	P9WFL9.1
P9WMB7.1	P9WJ79.1	P9WND7.1	Q63RA7.1	Q63ID0.1	I6YET7.1	Q9S010.1	P9WGC9.1
Q50700.1	Q5NFR6.1	P9WGK3.1	P9WHI1.1	P9WHV3.1	Q5NIA7.1	P9WG27.1	P9WF73.1
P9WGA1.1	P9WIB9.1	P9WGL3.1	051381.1	P9WI83.1	P9WI79.1	P9WFT7.1	Q8YGS6.1
Р05788.1	Р17835.1	P9WIK9.1	Q5NHP7.1	P9WJU5.1	P9WGE7.1	Q2G2B2.1	Р04958.1
P9WG67.1	P9WKE1.1	007226.1	P9WJ13.1	P9WHF3.1	P9WF43.1	Q7D7L0.1	P9WMF9.1
P9WGN1.1	P9WKJ9.1	Р60230.1	P9WKH7.1	053699.1	P9WHT7.1	P9WJS5.1	Q5NII0.1
Q8YDZ3.1	Q9RPX7.1	P9WN67.1	005576.1	Q5NHL4.1	P9WN15.1	P9WMD5.1	P9WMF5.1
P9WG85.1	P9WJW7.1	P9WIH1.1	P9WIG1.1	P9WIG3.1	P9WIF5.1	P9WIF1.1	P9WIE7.1
P9WHW9.1	P9WI41.1	P9WI39.1	P9WI37.1	P9WI25.1	011031.1	P9WI47.1	P9WI23.1
P9WI19.1	P9WI11.1	P9WI45.1	P9WI07.1	P9WI05.1	Q79FH3.1	P9WI43.1	P9WHZ7.1
P9WHZ5.1	P9WHZ3.1	P9WHY9.1	P9WHY7.1	P9WHY5.1	Q6MX07.1	P9WHY3.1	Q6MWY2.1
Q50703.1	P9WHX3.1	Р96221.1	Q7D589.1	P9WMA3.1	P9WKW1.1	P9WKS9.1	P9WM29.1
P9WGC1.1	P9WLZ5.1	P9WLZ3.1	P9WLX1.1	P9WLV9.1	P9WLS7.1	P9WLQ1.1	P9WLJ1.1
P9WLH9.1	P9WLF3.1	P9WL97.1	P9WL87.1	P9WL85.1	P9WL83.1	P9WL67.1	P9WL63.1
P9WL51.1	P9WL47.1	P9WNH3.1	P9WGL7.1	P9WQM5.1	P9WPD9.1	A0A098A1N7.1	А0А098А2В0 . 1
A2RGM0.1	A5LVF6.1	A5MKZ9.1	B8ZQI8.1	B8ZQM3.1	B8ZQT5.1	B8ZR82.1	B8ZRH1.1
B8ZS71 .1	B8ZS85.1	B8ZS86 . 1	B8ZSJ5.1	B8ZSL3.1	B8ZSL7.1	B8ZSM6.1	B8ZT30.1
B8ZTD0.1	B8ZTS2.1	B8ZTV5.1	B8ZU53.1	B8ZUA4.1	B8ZUE5.1	B8ZUF0.1	B8ZUT6.1
B8ZUX6.1	C0R9U8.1	C6DPT8.1	C6DQ35.1	E1XJN6.1	G8W6L3.1	G8W6L7.1	G8W6U7.1
H6MNY3.1	H6MQD5.1	H8HRN0.1	H8HW90.1	H8L8K3.1	I6TQ53.1	I6TX52.1	Р0С5В9.1
Q1BYS7.1	R4MDK6.1	S5F815.1	W6GWM1.1	P9WFC9.1	P9WFJ9.1	Р14916.1	Рб9996.1
P9WFC5.1	Q8VKQ6.1	P9WHS3.1	A5MKI6.1

- 26 045702

Таблица 5

Список номеров доступа для грибковых антигенов из IEDB и UNIPROT

Q5ANA3.1	Q5A3P6.1	Q59VM7.1	Q5A1A9.1	Q5APF0.1	Q8J0P4. 1	Q4WHG0.1	Q4WQ87.1
Q59X67.1	Q59Z17.1	Q59ZI3.1	Q5AA33.1	B8N4Q9.1	Q4WAW6.1	Q4WAJ6.1	Q4X1V0.1
A0A1D8PQ86.1	Q59ZB1.1	Q873N2.1	Q59L72.1	B8NIF0.1	Р46075.1	Q4WCL1.1	Q4WRP2.1
Q59L12.1	Q59LC9.1	Р48989.1	Q5AFC2.1	B8N406.1	Q4WGL5.1	Q9HEQ8.1	Q4WVI6.1
Р46593.1	Р82611.1	Q5ADV5.1	Q59SG9.1	Р41750.1	000092.1	Q4WEN1.1	Q4WCV3.1
P0DJ06.1	094038.1	Q59WD3.1	Q59RQ0.1	B8NM71.1	Q4WLW8.1	Q4WI37.1	Q4WNI1.1
Р29717.1	Р46589.1	Q59W04.1	Q59RK9.1	B8MYS6.1	Q8X176.1	Q4WZS1.1	Q4WQH4.1
Q9UW14.1	Q5AF56.1	Q59VN0.1	Р31353.1	B8N8Q9.1	Q96UX3.1	Q4WDA4.1	Q4WDE1.1
Q92207.1	Р83773.1	Q59WB9.1	Q5ACM4.1	B8N8R3.1	Q4WPF5.1	Q4WLS7.1	Q4WJT7.1
Q5A8T7.1	Q59YU1.1	Q59P53.1	Q5ACI8.1	B8N417.1	Q92450.1	Q4WWM6.1	Q4WLG1.1
Q5A8T4.1	Q59YV2.1	Q5A432.1	Q5AB93.1	B8N8R0.1	Q4WAW9.1	Q4WP81.1	Q4WQR6.1
Р43076.1	Q5ABE5.1	Q5AK64.1	Q5ALL8.1	B8NM74.1	A4GYZ0 . 1	Q6MYT0.1	Q4WZS2.1
Q5AP53.1	Q59LF2.1	A0A1D8PNZ7.1	Q5A4X8.1	B8N106.1	Q4WAW3.1	Q4WTL0.1	Q4WXP0.1
Q5AL52.1	Q8NJN3.1	Q59Q30.1	Q5AD34.1	B8NIIY4 . 1	Q70J59.1	Q4WXV2.1	Q4WU59.1
Р43079.1	Q5ALN1.1	A0A1D8PN12.1	Q59V02.1	B8NJG8.1	Q4X1A4.1	Q4X0Z3.1	Q4WUG4.1
Q5AD07.1	Q59S72.1	Q5AK24.1	Q5AHC0.1	B8NM66.1	E9R876.1	Q4WN25.1	Q4WIK9.1
Q5A0E5.1	Q59K86.1	Q5AFT2.1	Q59Y11.1	B8MYL0.1	M4VQY9.1	Q4WN21.1	Q4WYP0.1
Q5AKU6.1	Q5AGD1.1	Q5A0W6.1	Q59QA5.1	B8NM62.1	Q4WF53.1	Q4X1N0.1	Q4X0B5.1
Q59RL7.1	Р79023.1	Р0СВ63.1	Q5AMJ5.1	B8NGT5.1	Q4WZ64.1	Q4WQV2.1	Q4WYK9.1
G1UB61.1	Q59LP6.1	Q59U11.1	Q5AMF7.1	B8NM64.1	Q4WAZ0.1	Q4WZP2.1	Q4WY33.1
Q5ABC6.1	Q5AP87.1	Р83775.1	Q5ABW2.1	B8NV37.1	Q4WR16.1	Q4WVK2.1	Q4X1F8.1
A0A1D8PQB9.1	Р22274.1	Q5APF2.1	Q5APJ9.1	B8N151.1	Q4WLB9.1	Q4WUA0.1	Q4WA45.1
Р87020.1	Q5AC48.1	Q59VP2.1	Q5AM72.1	B8NEJ3.1	Q4WQS0.1	A4DA84.1	Q4WKD7.1
P0CY27.1	Q5AP59.1	Q5AEE1.1	Q5ACU3.1	B8N8M2.1	Q4WEP7.1	Q4WJX0.1	Q4WCH5.1
Q59XX2.1	Q59MV1.1	Q5AMR5.1	Q5A1V3.1	B8MYV0.1	E9R9Y3.1	Q4WP38.1	Q4WXY3.1
Q59U10.1	Q5AL27.1	Q59SU5.1	Q59RF7.1	B8N7I7.1	Р41748.1	Q4X1D7.1	Q4WPL7.1
Q59RW5.1	Q5AJD2.1	Q59VP1.1	Q5ACN3.1	B8NJG3.1	Q4WYG3.1	Q4W9Z9.1	Q4X136.1

- 27 045702

Q59MQ0.1	P0CU38.1	Q5ADQ0.1	Q5AHE8.1	B8N8R1.1	P87184 . 1	Q4WE62.1	Q4WZ44.1
Q5ABU7.1	Q59QC5.1	Q5AK59.1	Q5AHA4.1	B8NJH2.1	Q4WBS1.1	Q4WZL3.1	Q4WTC7.1
Q9Y7F0.1	Q5A5N6.1	Q59RH5.1	Q5AEG7.1	B8NQ51.1	Q70DX9.1	Q4WB37.1	Q4WMK2.1
Q5AC08.1	Q5 9Q7 9.1	Q5ACW8.1	Q59V01.1	B8NM63.1	Q4WG16.1	Q4W9Z4.1	Q4WNC9.1
P30575.1	Q5AH38.1	Q5AGM0.1	Q5AK97.1	B8NM73.1	Q96X30.1	Q4WDD0.1	Q4WY67.1
Q5AAG6.1	Q5AMN3.1	Q59VN2.1	Q5A1B2.1	B8NYX0.1	Q4WV19.1	Q4WKB9.1	Q4WU12.1
074189.1	Q5A1Z5.1	09 4 0 6 9.1	Q5AJK6.1	B8N3P7.1	Q4WAZ6.1	Q4WU07.1	Q4WA61.1
Q59W62.1	Q5A6K2.1	P0CY20.1	Q5 9L96.1	B8NJH1.1	Q4W944.1	Q4WBL6.1	Q4WA58.1
P0CY34.1	Q59L25.1	Q59XQ1.1	Q59MD0.1	B8MXJ7.1	Q4WTV7.1	Q4WX13.1	Q4WA60.1
Q5A1D3.1	Q5A922.1	094048.1	Q5AG46.1	B8NJB0.1	Q4WMJ9.1	Q4WV71.1	Q4WX36.1
Q5AJU7.1	Q5AFG1.1	Q5ADX2.1	Q59VW6.1	B8NPS7.1	Q4WZ65.1	Q4X0C2.1	Q4WA62.1
Q5A4H5.1	Q5ALR8.1	P46586.1	Q5A8I6.1	B8N7Z8.1	A0A067Z9B6.1	Q4WRU4.1	Q4WA59.1
Q59Y31.1	Q5AEI2.1	P83776.1	Q9UW24.1	B8NSV5.1	Q66WM4.1	Q4WGS4.1	Q4WXQ7.1
P0CY29.1	Q5AI71.1	Q5A895.1	Q59Q38.1	B8MZA3.1	Q6T267.1	Q4WP13.1	Q4WVA0.1
Q5ANJ4.1	Q5ABA6.1	Q59PP0.1	Q5ADL0.1	B8NLY9.1	Q4WLW5.1	Q4WHG5.1	Q4WDN4.1
Q59NH8.1	Q5ABX0.1	Q5AHH4.1	Q5AH11.1	B8NR69.1	Q4WMJ0.1	Q4WPF7.1	Q4WK03.1
P0CY33.1	Q5A4N0.1	Q96UX5.1	Q5 9W55.1	B8MZ41.1	Q4WQU0.1	Q4WH83.1	Q4WCG2.1
Q00310.1	Q59TN9.1	P87206.1	Q5AC37.1	B8N7S7.1	Q4WMJ8.1	Q4WXW1.1	Q4WX99.1
Q5A0W9.1	Q5A5S7.1	Q5A029.1	Q5A7Q3.1	B8NR71.1	Q4WWN8.1	Q8NJM2.1	Q4WV10.1
Q5A4M8.1	Q59UG3.1	Q5A1E0.1	Q59PV6.1	A0A0D9MRV9.1	Q4WZ63.1	Q4WWD3.1	Q4WIS6.1
Q5AJC0.1	P0C075.1	Q59XL0.1	P0CH96.1	P55790.1	Q4WVN4.1	Q4WPU8.1	Q4WP65.1
Q59SU1.1	Q59R09.1	Q5A6U1.1	P83782.1	B8NM72.1	Q4WAY8.1	Q4WN99.1	Q4WUK1.1
Q5AG71.1	Q9B8D4.1	Q5A8I8.1	Q5A6 6 0.1	B8MW78.1	Q4WY07.1	P0C959.1	Q4WKN3.1
Q5AMT2.1	Q9B8D3.1	Q59PR9.1	Q59YT1.1	Q9P900.1	Q4WZ66.1	Q4X0S7.1	Q4WG58.1
Q59KY8.1	Q9B8D5.1	074261.1	P53709.1	B8NDE2.1	Q4WQZ5.1	Q4WPW2.1	Q4WXX9.1
Q59LY1.1	Q59LR2.1	Q96VB9.1	Q5ACX1.1	B8NJF4.1	042630.1	Q4X1U0.1	Q4WC37.1
Q59UT4.1	Q5AED9.1	Q5AQ47.1	Q5ADP9.1	B8NIV9.1	P0C7S9.1	Q4WP57.1	Q4X1Y0.1
Q5ABC5.1	Q5A4W8.1	Q5A985.1	Q92210.1	B8NG16.1	Q4WI46.1	Q4WPH9.1	Q4WZL8.1
Q59MV9.1	Q5ANH2.1	Q59ZW2.1	Q59MA3.1	B8NX60.1	Q4WQY4.1	Q4WDK5.1	Q4WR80.1
Q59MD2.1	Q5A649.1	P83784.1	Q5AFK3.1	B8NM75.1	Q4WAY3.1	Q4WI71.1	Q4WY53.1
Q5A8N2.1	Q5AI22.1	Q59P11.1	Q59S63.1	B8MZZ6.1	Q4WT66.1	Q4WYS7.1	Q4WL88.1
P40953.1	Q5A950.1	Q5ADN8.1	Q5A0Y2.1	B8NM67.1	Q6MY57.1	Q4WY08.1	Q4WGV9.1
Q5APR8.1	Q5ANC9.1	Q5A849.1	Q5ALW7.1	B8NRX2.1	P0C954.1	Q4WND3.1	Q4WC29.1
P10613.1	Q59UH7.1	Q5A7R7.1	Q59W52.1	B8NXJ2.1	Q4W946.1	Q4X1D2.1	Q4WKV8.1
Q5A5Q6.1	Q5ALX8.1	Q59XB0.1	Q59S42.1	B8NMD3.1	Q4WMJ5.1	Q6MY91.1	Q4WYA5.1
Q5A4F3.1	Q5AI37.1	Q59P96.1	Q5A961.1	B8NBI2.1	Q70GH4.1	Q4WRV2.1	Q4WCM6.1
P43094.1	Q5ABV4.1	Q59SR6.1	Q59ST6.1	B8NPA4.1	Q4WUL6.1	Q4WRX4.1	Q4WKB2.1
Q9P940.1	Q5AKU4.1	Q9P975.1	Q59N74.1	B8N803.1	P61832.1	Q4WP03.1	Q4WNG7.1
Q5AJY5.1	Q59VY1.1	094083.1	Q5A6P6.1	B8NPT0.1	Q4WG11.1	Q4WTA6.1	Q4WRE8.1
P39827.1	Q59Z51.1	Q5AIA4.1	Q59XM0.1	B8MXP5.1	Q4WYU4.1	Q4WZJO .1	Q9P8P4.1
Q59WF4.1	Q59LV8.1	Q59YF4.1	Q5A4N5.1	B8NIB8.1	Q4WYR6.1	Q4W9S8.1	Q4WJS4.1
P83774.1	Q59X11.1	Q59XW9.1	Q5A6M2.1	B8N9H4.1	Q4WNE1.1	Q4X054.1	Q4WHW1.1
Q5 9Q4 6.1	Q5ABQ7.1	Q59WU8.1	Q5A5M7.1	B8NNK9.1	Q4WQZ6.1	Q4X1I3.1	Q4WYG7.1
Q59X23.1	Q59PZ3.1	Q5AAR0.1	Q5A6N8.1	B8NI03.1	Q4WWC6.1	Q4W9V1.1	Q4WJH4.1
P46614 . 1	013332.1	Q5AQ62.1	Q9UVJ4.1	B8NM76.1	Q6Q487.1	Q4WDF1.1	Q4WJM6.1
Q5AQ33.1	Q5AHD6.1	Q59R35.1	Q59V88.1	B8NM79.1	P0C957.1	Q4WWN2.1	Q4WMB6.1
P82610.1	A0A1D8PPG4.1	Q5A847.1	Q59RA0.1	B8NJG9.1	Q4WM08.1	Q4WTH0.1	Q4WMU9.1
Q5AP80.1	Q5ADW3.1	Q5A6A4.1	Q59XU5.1	B8NPL7.1	Q4W9B8.1	Q4WJQ1.1	Q4WIF3.1
P46598.1	Q5AML6.1	Q5A4Q1.1	Q5AH12.1	B8NMR5.1	Q4WWJ1.1	Q4WKL7.1	Q4WEH7.1
Q5A506.1	Q5A846.1	P0CY22.1	Q59ZX3.1	B8NP65.1	E9RCR4.1	Q4WX90.1	Q4WT34.1
Q5A599.1	A0A1D8PPI5.1	P42800.1	Q5AB48.1	B8N5S6.1	Q4WM67.1	Q4WG69.1	Q4WT99.1
Q59NP5.1	P0CT51.1	Q59KI4.1	Q5A3Q0.1	B8NJ86.1	Q4WUN7.1	Q4WM32.1	Q4X0N1.1
Q5AHA0.1	Q59MA6.1	Q59JU3.1	Q5A6M0.1	P41747 . 1	E9QRF2.1	Q4WTI3.1	Q4WSA8.1
Q07730.1	Q5ALW2.1	P83777.1	Q5AL29.1	P41765.1	Q4WK60.1	Q4WHX4.1	Q4WLD1.1
Q5AD05.1	Q5ABU8.1	Q5A310.1	Q59KG2.1	B8N6V7.1	Q4WZ61.1	Q4WXE9.1	Q4WMU5.1
Q5AME2.1	Q5AEC6.1	Q59N80.1	042825.1	B8NKE9.1	Q4W945.1	Q4X0X6.1	013410.1
P41797 . 1	Q5A4X0.1	Q5AJ77.1	059931.1	B8NGU6.1	Q4WMA6.1	Q4W8Z9.1	Q4WG40.1
P0CY24.1	Q59LX9.1	Q59ZV4.1	Q5AM44.1	B8NBP9.1	Q4WNS8.1	Q4WEB4.1	Q4WLD5.1
Q5ACZ2.1	Q59PE7.1	Q59XA7.1	Q59RP7.1	B8N8R2.1	Q4WDE9.1	Q4WDH3.1	Q4WLD4.1
Q5ABE2.1	Q5ACL9.1	Q59L13.1	Q5AK94.1	B8NKI4.1	Q4WUR1.1	Q4X1N4.1	Q4WLD2.1
Q59M56.1	Q5ABT8.1	Q5AG97.1	Q5AKB1.1	B8NQQ7.1	Q4WQ08.1	Q4WMP0.1	Q4WLC9.1

- 28 045702

Q5AK51.1	Q5AMH3.1	Q5AB15.1	Q59VM4.1	B8NJH0.1	Q4WF61.1	A4D9B6.1	Q4WQ54.1
Q59UT5.1	Q5AEF0.1	Q59S66.1	Q5A246.1	B8NKB9.1	Q7LKT3.1	Q4WD45.1	Q4WAZ8.1
Q5AAF4.1	Q5AJC1.1	Q59KN8.1	Q5AJ92.1	B8NM78.1	Q4WQZ3.1	Q4WM95.1	Q4X161.1
G1UBC2.1	Q59VP0.1	Q5A8X9.1	Q5A2V2.1	B8NTP7.1	Q4WAZ3.1	Q4X0I8.1	Q4WB00.1
Q5ADT1.1	Q5AGC7.1	Q5AFP8.1	Q5ABP8.1	B8MWJ5.1	Q4WNV0.1	Q4WLV6.1	Q4WQ14.1
059923.1	Q5AQ12.1	Q9P8W1.1	Q5AAV3.1	B8N7G5.1	Q4WRZ5.1	Q4W9R2.1	Q4WP12.1
Q5AL03.1	Q59X94.1	Q9P8W0.1	Q59SN0.1	B8NER4.1	Q4WPF2.1	Q4WAW8.1	Q4WCR3.1
Q5A2Z7.1	Q5AFX2.1	Q9P4E7.1	Q5ACU6.1	B8NJH3.1	Q8TFZ1.1	Q4WMS0.1	Q4WAQ9.1
Q59VH7.1	Q5A1E3.1	Q9P8V9.1	Q9Y7C4.1	B8NDL1.1	Q4WB03.1	Q4WAW5.1	Q6MYX6.1
Q59KZ1.1	043101.1	Q5A7Q6.1	Q9HFQ7.1	B8NWY6.1	P40292.1	Q4WAX0.1	Q4WZJ6.1
Q5A960.1	Q59WU0.1	Q5A6N1.1	Q5A3JI .1	B8NC58.1	Q4WPN0.1	Q4WTQ4.1	Q4WP59.1
Q5AFA2.1	Q5A893.1	Q5AI58.1	P40910.1	B8NIM4.1	Q4X1D4.1	Q4WJ80.1	Q4WLC8.1
Q5A5U4.1	P43069.1	Q9P4E5.1	Q5AQ57.1	B8NXI4.1	Q4WBW4.1	Q4WD43.1	Q4WVM1.1
Q5AQ36.1	Q59LN9.1	P0CH67.1	Q5ACL4.1	B8NJG5.1	Q4X180.1	Q4WD44.1	Q4WLP9.1
Q9URB4.1	Q5AA40.1	Q5A387.1	Q5A449.1	B8NYD8.1	Q4WQZ4.1	Q4WD46.1	Q4WHD2.1
Q5AL36.1	Q59S45.1	Q59NB8.1	Q59S27.1	B8NYX1.1	Q4WZ69.1	Q4WD48.1	Q4W9T6.1
P86029.1	Q5AM60.1	Q92209.1	Q59VF9.1	B8NX76.1	Q4WFK4.1	Q4WD42.1	Q4WR79.1
013289.1	Q5AD67.1	Q5A7M3.1	Q5A7S5.1	B8NL00.1	Q4WUE0.1	Q4WAX1.1	Q4WHF8.1
P43063.1	Q59LV5.1	Q59QC4.1	042817.1	B8NSP6.1	Q4WHP6.1	Q4WY16.1	Q4WV23.1
Q5A651.1	Q5AG86.1	Q59PT4.1	Q5AJ85.1	B8N2I5.1	Q4WWC5.1	Q4WMJ1 . 1	Q4WYA1.1
Q59YH3.1	Q59ST8.1	Q5AKW3.1	Q59P44 . 1	B8NP78.1	Q4WTN9.1	Q4WBL2.1	Q6MY48.1
P82612.1	093803.1	Q9P4E8.1	Q59KC4.1	B8NE46.1	Q4WR17.1	Q4WIQ0 . 1	Q9UUZ6.1
P53705.1	Q5AFT3.1	Q9P4E6.1	Q59XV0.1	B8NMK3.1	Q4WA15.1	Q4WID9.1	Q4WRH5.1
Q5AMQ6.1	Q5A519.1	Q59MJ2.1	Q5ABV6.1	B8NG97.1	Q4WZ11.1	Q4WPG0.1	Q4WEU2.1
Q9Y7W4.1	074161.1	Q59LL4.1	Q59UH5.1	B8N316.1	E9RD40.1	Q4WDM5.1	Q8NKF4.1
Q5A688.1	Q59RN6.1	Q59S43.1	Q5A8 6 9.1	B8NYW9.1	A4DA85.1	Q4WYV0.1	Q9HGV0.1
P25997.1	Q5A3Z5.1	Q59P87.1	Q5AEF2.1	B8NBJ4.1	P54267.1	Q4WEY4.1	Q4X156.1
Q5AHG6.1	P31225.1	Q5AEN6.1	Q5A0W7.1	B8N7E5.1	P0C958.1	Q4WN24.1	Q4WXZ5.1
Q8TGH6.1	Q59QC6.1	Q59LF9.1	P83783.1	B8NM69.1	Q4WQZ7.1	Q4WQ21.1	Q4X1R1.1
Q5ABD0.1	Q9I589.1	Q5ADX5.1	Q59XP0.1	B8N306.1	Q9Y8D9.1	Q4WNN2.1	Q4WXX4.1
Q5AL16.1	Q5A8W9.1	P83778.1	Q5AP66.1	B8N7Z0.1	Q4WBR2.1	Q4WAH2.1	Q4WJE9.1
Q59RR0.1	Q5APG6.1	Q5AG31.1	Q5AGZ9.1	B8NJB2.1	Q4WL66.1	Q4WT40.1	P41746.1
Q59KM8.1	Q59YD9.1	Q5AHZ7.1	Q5AFE4.1	B8NWE1.1	Q4WVG8.1	Q4WFT3.1	Q4WDF7.1
Q5A220.1	Q5AEN1.1	Q5ACU4.1	Q59PE4.1	B8NIM7.1	Q4WZ68.1	Q4WQM4.1	Q4X0T4.1
Q92206.1	Q8X1E6.1	Q59PD6.1	Q59LF3.1	B8NKA3.1	Q8TGG8.1	Q4X0W8.1	Q4WNX1.1
Q59Z29.1	P56553.1	Q5A940.1	Q9P8E3.1	B8NK45.1	Q4X0A9.1	Q873N1.1	Q4WTM9.1
Q5AK66.1	Q59WI7.1	Q59M70.1	Q59S78.1	B8NBX4.1	Q4WHG1.1	Q4WR23.1	Q4WQM6.1
P46273.1	Q5ALY0.1	Q5A917.1	Q59L89.1	B8NVK8.1	Q4WVE3.1	Q4WEI5.1	Q4WV66.1
Q5AFI4.1	Q5A0A9.1	Q5ANA8.1	P46250.1	B8NI10.1	Q4X162.1	Q4WE68.1	Q4WKH9.1
Q5ALV2.1	Q5A884.1	Q5A3M6.1	Q5AQ76.1	B8NSW2.1	Q6A3P9.1	Q4WR21.1	Q4WI01.1
Q5A312.1	Q9B8D8.1	Q59MC8.1	Q5AI21.1	B8NA06.1	Q4WQI1.1	Q4WTC4.1	Q873W8.1
Q5A3V6.1	Q59PZ7.1	Q5A3K2.1	Q96W54.1	B8NLL0.1	043102.1	Q4WPV8.1	Q4WPW8.1
Q59TB2.1	Q9B1P9.1	Q5A644.1	P0CU35.1	B8NBB2.1	Q7Z8P9.1	Q4WYF1.1	Q4X1W8.1
Q59KI0.1	Q59MA9.1	Q59ZH9.1	094150.1	B8NBM3.1	Q4WAY4.1	Q4WJM7.1	Q4WV30.1
Q5APU2.1	Q5ACH7.1	Q71U11.1	Q5ADT9.1	B8NA66.1	Q4X1Q4.1	Q4WHP5.1	Q4WUG9.1
042766.1	P0C8K9.1	Q5AJF1.1	Q5A0L9.1	B8NUL8.1	Q4WJ90.1	Q4WHU1.1	Q4WYF4.1
Q5A446.1	Q59MF9.1	Q59YV0.1	Q5ACV9.1	B8N076.1	Q4X117.1	Q4WT68.1	Q4WK80.1
Q59UY7.1	Q5AI44.1	Q59S85.1	Q5A1D5.1	B8NVB7.1	Q4WBU0.1	Q4U3Y2.1	Q4WGU1.1
Q5A6T5.1	Q5AL10.1	Q59PP6.1	Q5A744.1	B8NBC2.1	Q4X228.1	Q4WSM6.1	Q4WYK1.1
G1UB63.1	Q5AED6.1	Q59X40.1	Q5A455.1	B8NJL4.1	Q6MYX3.1	Q4W9B9.1	Q4WNC1.1
Q59QC7.1	Q5AGE5.1	094030.1	Q5AAU3.1	B8NR70.1	Q4X084.1	Q4WHB7.1	Q4WQC5.1
P34948.1	Q59LQ5.1	Q5AL63.1	Q9C0L9.1	B8NGP8.1	Q4X251.1	Q4WNA1.1	Q4WJS7.1
P46592.1	P0C8L0.1	Q5A0Y8.1	Q5AFV3.1	B8NXS9.1	Q4WHZ9.1	Q4WHH4.1	Q4WHK3.1
Q5A872.1	Q5A301.1	Q5A723.1	Q5A3 6 0.1	B8NDZ1.1	Q4WLA7.1	Q4WA21.1	Q4X0M4.1
Q59QW5.1	Q59X26.1	Q5A1A0.1	Q5AI90.1	B8NW70.1	Q4WXH8.1	Q4WCP8.1	Q4WLI5.1
Q59WH0.1	Q5AML2.1	Q5A4G2.1	Q5AD73.1	B8MW97.1	Q4WAS9.1	Q4WVH0.1	Q4WP54.1
Q5A1N6.1	Q59W50.1	Q5A970.1	Q5AD77.1	B8N9M2.1	Q4WZ60.1	Q4WUJ6.1	Q4WNH8.1
Q5AAJ8.1	Q59ZG8.1	Q59Y46.1	P87219.1	B8N195.1	Q4WYG2.1	Q4WWP1.1	Q4WTT2.1
Q5AG40.1	Q59VC6.1	Q5AHC2.1	Q59QH6.1	B8MYS5.1	A4D9R3.1	Q4WS57.1	Q4WEL6.1
Q59P39.1	Q59ZY9.1	Q59V93.1	Q59PT6.1	B8NNI2.1	Q4WR20.1	Q4WVD9.1	Q4WI38.1
Q5AJB1.1	Q5AL13.1	Q59SI5.1	Q5A5N5.1	B8NJZ7.1	Q4WA22.1	Q4WK77.1	Q4WTT7.1

- 29 045702

Q59UP6.1	Q59NY7.1	Q59RR3.1	Q5ADL4.1	B8N6H2.1	Q4WM60.1	Q4WCL2.1	Q4WWS3.1
Q5AMH6.1	Q5AP89.1	Q5APQ8.1	Q5AM84.1	B8NIX4.1	Q0H904.1	Q4WN75.1	Q4WVH3.1
Q59SF7.1	Q59XY0.1	P87207.1	Q5AK73.1	B8NGC8.1	P78574.1	Q4WES5.1	Q4WD95.1
Q59VX8.1	Q5ADL9.1	Q59MZ9.1	Q5A4H9.1	B8N970.1	Q4WAR8.1	Q4WVT3.1	Q4WLP1.1
Q59WG7.1	P53698.1	Q59Y41.1	Q5ALX5.1	B8MY73.1	Q4WNK7.1	Q4WVV6.1	Q4WQI6.1
Q5AFN8.1	Q5AJX2.1	Q59S52.1	Q5A748.1	B8N6W5.1	P78746.1	Q4WP83.1	Q4WCJ7.1
Q59TP1.1	Q5APS5.1	Q59U73.1	Q5ALU2.1	B8N3L3.1	Q4WPF8.1	Q4WAY7.1	Q4WTT8.1
Q5AF39.1	Q59PG6.1	Q9Y872.1	Q5A2B9.1	B8NPS8.1	Q4WX43.1	Q4WX89.1	Q4WWR2.1
Q5AP97.1	Q59NP1.1	Q5AGA9.1	Q5ALX3.1	B8NTI4.1	Q4WQL4.1	Q4WYT0.1	Q4WWL0.1
Q5A5U9.1	Q59PD3.1	Q59VL7.1	Q5A1M3.1	B8MYS7.1	Q4WBE1.1	Q4WNT9.1	Q4WZT9.1
Q5AF41.1	Q5ACW2.1	Q59KJ7.1	Q5A4H4.1	B8NM70.1	Q4WQT2.1	Q4WVS4.1	Q4X0I7.1
013318.1	Q5ANB2.1	Q5AP90.1	Q5AA26.1	B8MYS8.1	Q4WBT5.1	A4D9J5.1	Q4WU00.1
Q5AA09.1	Q5AJD0.1	Q5AD72.1	Q5ANL6.1	B8N6M6.1	Q4WQZ2.1	Q4W9B7.1	Q4WRW0.1
Q5A762.1	Q5A4P9.1	Q59S59.1	P87218.1	B8NCU7.1	Q4WD47.1	Q4WNC6.1	Q4W9V0.1
P46587.1	P78599.1	Q5APM7.1	Q59KF3.1	B8N5T6.1	Q4WCZ8.1	Q4WJW8.1	Q4WYJ7.1
Q5A287.1	Q5APC8.1	Q5A2Z1.1	Q59N29.1	B8MVS3.1	Q4WB01.1	Q4WH96.1	Q4WHY5.1
Q59X49.1	Q59LU0.1	Q59TD3.1	Q5A0L7.1	B8NCM8.1	Q4WBK6.1	Q4X0I5.1	Q4WEP0.1
Q5ADM9.1	Q5APT8.1	P84149.1	Q59UG4.1	B8NW36.1	Q4WRQ7.1	Q4WMS9.1	Q4WXD3.1
Q5AH02.1	Q59PR3.1	Q5AI97.1	Q5AHK2.1	B8NJG7.1	Q4WTQ6.1	Q4WAH4.1	Q4WJ02.1
Q5A4X5.1	Q5A2W2.1	Q5A2A2.1	Q5ADP6.1	B8N7Z6.1	Q4WJ21.1	Q4WII3.1	Q4WP96.1
Q5A4E3.1	Q5A4E2.1	Q5A044.1	Q5AK62.1	B8NGU1.1	Q4WPQ8.1	Q4WJA1.1	Q4WN54.1
Q5A761.1	Q5A309.1	Q59P03.1	Q59YF0.1	B8NC10.1	Q4WR62.1	Q4W9R7.1	Q4WCW2.1
Q9UW23.1	A0A1D8PL26.1	Q59TU0.1	Q5AAJ7.1	B8N4P0.1	Q4WD56.1	Q4WPP2.1	Q4WPM6.1
P53704.1	P0CU37.1	Q5APK7.1	Q5A8H7.1	B8NPN0.1	Q4WIN6.1	Q4WNQ6.1	Q4WNW3.1
Q59VR1.1	Q5AF95.1	Q59ST1.1	Q59U81.1	B8NQ08.1	Q4U3E8.1	Q4WNI0.1	Q4WSI0.1
G1UB67.1	Q59MW2.1	Q5A7N3.1	Q5APB6.1	B8N3N5.1	Q4X195.1	Q4WDG1.1	Q4WNY4.1
P52496.1	Q59S50.1	Q5ANP2.1	Q59WD5.1	Q00049.1	P0C955.1	Q4X0Z7.1	Q4WVF4.1
Q9HEW1.1	Q5AD78.1	059933.1	Q5ABA2.1	B8NDP1.1	Q4WRH9.1	Q4WMS3.1	Q4WP02.1
Q5A6B6.1	Q5AMM4.1	Q3MPQ4.1	Q5A861.1	B8NEM4.1	Q4WVD1.1	Q4WN42.1	Q4WWH6.1
Q5A1W9.1	Q5AAW3.1	Q59MP1.1	Q5AH87.1	Q9P8Z9.1	Q4WID6.1	Q4WJH6.1	Q4WVE5.1
P30418.1	Q59MG1.1	Q59MB6.1	P33181.1	B8MZJ8.1	Q4WFX9.1	Q4WYS1.1	Q4WHP3.1
Q59SN6.1	Q5ACK7.1	Q5A216.1	Q59Q43.1	B8NX10.1	Q4WRE4.1	Q4WJ01.1	Q4WRE2.1
Q5A343.1	Q5A218.1	Q9UVL1.1	Q5A860.1	B8NV05.1	Q4WC60.1	Q4WGL2.1	Q4WYX0.1
Q5ABZ2.1	Q59SJ9.1	Q59YS7.1	Q59ZW9.1	B8NEI6.1	Q4WR18.1	Q4WP49.1	Q4WRB8.1
Q59MJ1.1	Q5AD49.1	Q5AGA0.1	A0A1D8PI78.1	B8MZI5.1	Q4WQY6.1	Q4WPE6.1	Q4WI88.1
Q5AJ71.1	Q59NX9.1	Q5A687.1	Q59R24.1	B8NSJO .1	Q4WXK4.1	Q4WWW9.1	Q4WQL0.1
074201.1	Q5A119.1	Q59R28.1	Q5AHJ5.1	B8NDR8.1	Q4WI96.1	Q4WKB5.1	Q4WDZ0.1
Q5AK54.1	Q59K07.1	Q5AJS6.1	P0C0X3.1	B8NDQ2.1	Q4WVH4.1	Q4WA38.1	Q4WA70.1
093852.1	Q5AKA5.1	Q5AD59.1	Q59KL6.1	B8N9M0.1	A4D9R2.1	Q4WHL1.1	Q4WQ82.1
Q5AIR7.1	Q59QC2.1	Q5AG73.1	P43072.1	B8NLN6.1	P0C956.1	Q4X1X0.1	Q4WMX7.1
Q5A8K2.1	Q5AL45.1	Q5AND1.1	Q5AF54.1	B8N9X2.1	Q4WR22.1	Q4WRX2.1	Q4X0V2.1
Q8TGB2.1	P0CY19.1	Q59NG5.1	Q59W44.1	B8NM08.1	Q4WQY8.1	Q4WDH9.1	Q4WI16.1
Q5A477.1	Q5AGC4.1	Q59N20.1	P48990.1	B8NSD4.1	Q4WJJ3.1	Q4WMG1.1	Q4WXA1.1
Q5AP95.1	Q5ALP1.1	Q59WJ5.1	Q5 9U67.1	B8N122.1	Q4X265.1	Q4WDE0.1	Q4WCV5.1
Q5AF03.1	Q5AK42.1	Q5AA50.1	Q5ANB7.1	B8NCF0.1	Q9UVX3.1	Q4WCX4.1	Q4W9M7.1
Q5AMQ4.1	Q5APG7.1	Q5A319.1	Q5A3Y5.1	B8NKS1.1	Q4WR19.1	Q4X122.1	Q4WQY9.1
Q5ANI6.1	Q59Y20.1	Q5AD27.1	Q59SI2.1	B8N3R8.1	Q4WTF3.1	Q4WZF1.1	Q4WX30.1
P78595.1	Q5ALL3.1	Q5AHI7.1	Q5APA2.1	B8NG55.1	Q4WLY1.1	Q4WMU1.1	Q4WUT7.1
Q874I4 . 1	Q5AAT0.1	Q5ANE3.1	P12461.1	B8N0Q7.1	Q4WMU3.1	Q4WGB7.1	Q4WIQ2.1
Q9UWF6.1	Q59QD6.1	Q59S06.1	Q59TN1.1	B8N513.1	Q4WQG5.1	A4DA73.1	Q4X022.1
Q9UW12.1	Q5AML1.1	P87185.1	Q5A416.1	B8N4F5.1	Q4WPE9.1	Q4WD81.1	Q4WQZ0.1
Q5AAL9.1	Q5ACM9.1	Q5AM50.1	043133.1	B8NT06.1	Q4WAZ4.1	Q4WHG0.1	Q4WE58.1
Q5AD56.1	Q59Z14.1	Q9B8C8.1	Q59MI8.1	B8NHF2.1	Q4WLN7.1	Q4WAJ6.1	Q4WJR4.1
Q5A7S7.1	Q5AAG1.1	Q9B8C9.1	Q5A302.1	B8MWR8.1	Q4WRB0.1	Q4WCL1.1	Q4WQZ1.1
P28870.1	Q59YL9.1	Q9B8D2.1	Q5AH60.1	B8N4G0.1	Q4WC55.1	Q9HEQ8.1	Q4WQY7.1
Q59NX5.1	Q59PL9.1	Q9B8D1.1	Q5A692.1	B8N9M5.1	Q4WMV5.1	Q4WEN1.1	Q4WQY5.1
Q5ABG1.1	Q59QL0.1	Q59M69.1	Q59Q39.1	Q00278.1	Q4WAZ2.1	Q4WI37.1	Q4WXT2.1
Q5AP52.1	Q5A1U8.1	Q59VX9.1	Q59NW5.1	B8NPX1.1	Q92197.1	Q4WZS1.1	Q8J130.1
P0CY31.1	074198.1	Q59YD8.1	Q5A6Q4.1	B8NYW8.1	Q4WSE8.1	Q4WDA4.1	Q4WJX5.1
P13649.1	Q5A013.1	Q59QH0.1	P43075.1	B8N219.1	Q4WX94 .1	Q4WLS7.1	Q4X1I8.1
Q5AG77.1	P87163.1	Q5A8A2.1	Q5 9Q3 6.1	B8NQK0.1	Q4WLD0.1	Q4WWM6.1	Q4WVW4 . 1

- 30 045702

Q9UW13.1	Q5AI86.1	Q9B8D7.1	Q92410.1	Q12732.1	Q4WUK5.1	Q4WP81.1	Q4WTH1.1
P0CU34.1	Q5AM80.1	Q9UW25.1	Q5A1M4.1	Q9HEY7.1	Q8TGG5.1	Q6MYT0.1	Q4WLI9.1
Р40954.1	Q5A6Q7.1	Q59XY9.1	Q5ANC8.1	Q6UEG8.1	Q4WTK9.1	Q4WTL0.1	Q4WQJ5.1
Q04802.1	Q5AGV4.1	Q5A2T0.1	Q5A4K7.1	042716.1	Q4WVU5.1	Q4WXV2.1	Q4WQJ2.1
P0CY35.1	Q5AJ82.1	Q5AGW8.1	Q5ADL8.1	Q9UW95.1	Q4WLM7.1	Q4X0Z3.1	Q4WK56.1
Q5AAU5.1	Q5AIA1.1	Q5ADS3.1	Q59RQ2.1	Q9Y8D9.1	Q4W9P4.1	Q4WN25.1	Q4WJS2.1
Q59VQ8.1	Q5A9Z6.1	Q5ACR4.1	Q5APC0.1	A2SZW8.1	Q4WIT0.1	Q4WN21.1	Q4WJT9.1
Q59VF4.1	Q5AGC1.1	P0CU36.1	Q5A931.1	Q2U2U3.1	Q4WQB9.1	Q4X1N0.1	Q4WUV8.1
Q5A0X8.1	Q59ZV5.1	Q5A2Y7.1	Q59VW7.1	Q00258.1	Q4WGK6.1	Q4WQV2.1	Q4WX68.1
013426.1	Q59VP7.1	Q5A3 6 8.1	Q5AKU5.1	Q12437.1	Q4WMR0.1	Q4WZP2.1	Q4WHN8.1
Q5A0M4.1	Q5A7P3.1	Q9B8D6.1	Q59MN0.1	E9QYP0.1	Q4WYE5.1	Q4WVK2.1	Q4WJU8.1
Q59PF9.1	Q5A6K8.1	Q9B8D0.1	Q59WH7.1	Q4WS76.1	Q4WZ01.1	Q4WUA0.1	Q4WBT4.1
Q5AFP3.1	Q5AD13.1	Q5A2K0.1	Q96WL3.1	Q4WMJ7.1	Q4W930.1	A4DA84.1	Q4WZV6.1
Q5AEK8.1	Q04782.1	Q5A1Q5.1	Q59ZX6.1	Р28296.1	Q4WBR0.1	Q4WJX0.1	Q4WUV9.1
Q5AFK0.1	Q5A0J9.1	Q5AEM5.1	Q59MU1.1	E9RAH5.1	Q4WHD1.1	Q4WP38.1	Q4WLV2.1
Q5APD4.1	Q59ZZ6.1	Q5AK25.1	Q5A0J0.1	Q4WW81.1	Q4WTB3.1	Q4X1D7.1	Q4WFS2.1
Q5ADQ9.1	Q5AH25.1	Q5AK10.1	Q59WK2.1	Q50EL0.1	Q4WRV9.1	Q4W9Z9.1	Q4WBM1.1
Р83779 .1	Q59XM1.1	Q5AI15.1	Р43073.1	Q4WY82.1	Q4X267.1	Q4WE62.1	Q4WAU7.1
Q5AAH2.1	Q59NN8.1	Q5AEM8.1	Р87220.1	Q4WSF6.1	Q4WVZ3.1	Q4WZL3.1	Q4WZS3.1
074254.1	Q5AP65.1	Q5A4 J4 . 1	Q5ABD9.1	E9RCK4.1	Q4WR24.1	Q4WB37.1	Q4WPU9.1
Q5AL49.1	Q5AFF7.1	Q59YK4.1	Р83781.1	Q4WZA8.1	Q4WPM8.1	Q4W9Z4.1	Q4WVZ0.1
Р53697.1	Q59VR3.1	Q59WV0.1	Q5ANB1.1	Q4WAW7.1	Q4WE86.1	Q4WDD0.1	Q4WCX9.1
Q5ACL7.1	Q5AFH3.1	Q5AHB1.1	Q5A0E2.1	Q92405.1	A4DA70.1	Q4WKB9.1	Q4WJ38.1
Q5AEM6.1	Р83780.1	Q5APK0.1	Q5AMG5.1	Q4WRY5.1	Q4WW45.1	Q4WU07.1	Q4WRC2.1
Q8TG40.1	Q5A4G9.1	Q59PW0.1	Q5A6T8.1	Q7Z7W6.1	Q4WVG2.1	Q4WBL6.1	Q4WWW5.1
Q59X38.1	Q59NQ9.1	074711.1	Q59WG5.1	Q4WZ67 . 1	Q4WQG9.1	Q4WX13.1	Q4WC84 . 1
Q59VQ3.1	A0A1D8PNP3.1	Q5ADN9.1	Q5AI80.1	Q4WZB3.1	Q4WQN1.1	Q4WV71.1	Q4WTW3.1
Q5A7Q2.1	Q5A9Z1.1	Q5ACP5.1	Q5AB49.1	Q4WLN1.1	Q4WCF1.1	Q4X0C2.1	Q4WFV6.1
Q5AJV5.1	A0A1D8PK89. 1	Q5A1E1.1	Q59R32.1	Q4WR82.1	Q4WZC3.1	Q4WRU4.1	Q4WKD9.1
Q5A3Z6.1	Q59WB3.1	Q5 9L86.1	Q5A061.1	014434.1	Q4WYX7.1	Q4WGS4.1	Q4WP10.1
Q5A201.1	Q59ZC8.1	Q5AD23.1	Q59P50.1	Q4WMK0.1	Q4X0A5.1	Q4WP13.1	С5JZM2.1
093827.1	Q5A1L6.1	Q5A5U6.1	Q59WC6.1	Q4WPX2.1	Q4WUD3.1	Q4WHG5.1	P0DJ06.1
Q5AAI8.1	A0A1D8PN14.1	Q5ADQ7.1	Q5AI48.1	043099.1	Q4WS49.1	Q4WPF7.1	Р46598.1
Q5A2J7 . 1	Q5A8X7.1	Q59WJ4.1	Q59ZU1.1	Q4WJ81.1	Q4WCX7.1	Q4WH83.1	Р87020.1
Р22011.1	Q59X39.1	Q5AGV7.1	Q5AG56.1	Р67875.1	Q4WXX5.1	Q4WXW1.1	Р38110.1
Q9HGT6.1	Q5ACW6.1	Q59NR8.1	Q59T36.1	Q4WZB4.1	Q4WNB5.1	Q8NJM2.1	C1GK29.1
Q9UW26.1	Р0СВ54.1	Q5A5K7.1	Q9P840.1	E9QUT3.1	042799.1	Q4WWD3.1
Q59LX5.1	A0A1D8PN88.1	Q5A210.1	Q5AHB8.1	Q4WAZ9.1	Q4WHA3.1	Q4WPU8.1
Q59PT0.1	A0A1D8PMB1.1	Q59N10.1	Q5AKU3.1	Q4WZ70.1	Q4W9M3.1	Q4WN99.1
Q3MNT0.1	Q5ABR2.1	Q5A1B3.1	Q59ZW4.1	E9RBR0.1	Q4WVH5.1	Р0С959.1

Таблица 6

Список номеров доступа для аллергенов из IEDB и ALLERGENONLINE

	Р19594.1	Р28335.1	Р29000.1	M5ECN9.1	Р38948.1	Р00709.1	Р79085.1
Р49148.1	Q6R4B4.1	Р42037.1	Q9HDT3.1	Р42058.1	P0C0Y4.1	Р27759.1	Q2KN25.1
Р00304.1	Q2KN24.1	Q2KN27.1	Р43174.1	Р10414.1	Q8L5L5.1	Q8GZP6.1	Q8H2B8.1
Q7Z1K3.1	A1IKL2.1	Q7M1X6.1	Р49372.1	Р00630.1	Р43238.1	Q45W87.1	Q6PSU2.1
082580.1	Q647G9.1	Q9SQH1.1	С7ЕЗТ4.1	H6VGI3.1	Q84ZX5.1	A0PJ16.1	Р67875.1
Р40292.1	Р28296.1	Р79017.1	Q96X30.1	Q4WWX5.1	060024.1	Q92450.1	Q09072.1
Q09097.1	Р04403.1	Р15494.1	Р25816.1	Р43187.1	Q39419.1	065002.1	Р05814.1
Р13916.1	Q9UAM5.1	Р54958.1	D0VNY7.1	Р54962.1	018598.1	Q1A7B3.1	Q9NG56.1
A0ERA8.1	Q8MUF6.1	A7IZE9.1	096870.1	Р02663.1	Р02666.1	Р02668.1	Q28133.1
Р00711.1	Р02754.1	Р02769.1	Р02662.1	018873.1	Р49822.1	Р09582.1	B5KVH4.1
Q14790.1	E9R5X9.1	Q96385.1	Q7M1E7.1	Р02229.1	Q7XCK6.1	Р40108.1	Р42039.1
Р42040.1	Р42059.1	P0C0Y5.1	Р02465.1	Q6IQX2.1	Р20023.1	Q08407.1	Q8S4P9 . 1
Q9ATH2.1	Q8W1C2.1	Р18632.1	Р43212.1	Q9SCG9.1	Q9M4S6.1	Q69CS2.1	Q96VP3.1
004701.1	004725.1	Р94092.1	Р04800.1	Q7M1X8.1	Q41183.1	Р93124.1	Р82946.1
004298.1	Q58A71.1	Q23939.1	Q967Z0.1	Q1M2P5.1	Q94507.1	Q8MVU3.1	Q86R84.1

- 31 045702

Q00855.1	Р49275.1	Q26456.1	Р08176.1	Q8N0N0.1	Р49278.1	Q2L7C5.1	Р39675.1
Q9Y197.1	Р14004.1	Р49273.1	Q7Z163.1	Q9UL01.1	015315.1	Р11388.1	Р30575.1
Q95182.1	Р41091.1	015371.1	Р25780.1	Q2PS07.1	Р49327.1	Р30438.1	Q5VFH6.1
Q7XAV4.1	Р04075.1	Q90YL0.1	Р01005.1	Р01012.1	Р19121.1	Р02230.1	Р02224.1
P02227.1	Q9NJQ6.1	065809.1	Р26987.1	Р04776.1	Р04347.1	Р04405.1	Р08238.1
P12031.1	Р15252.1	Q7Y1X1.1	Р52407.1	082803.1	Q39967.1	Р02877.1	Р62805.1
P43216.1	023972.1	Р24337.1	Q7Y1C1.1	Р93198.1	Q9SEW4.1	Q2TPW5.1	Р81294.1
P81295.1	064943.1	Р07498.1	Q84UI1.1	Р80384.1	Р31025.1	Q004B5.1	Р14946.1
Q7M1X5.1	Р14947.1	Р14948 .1	Q5TIW3.1	Q40237.1	Р14174 .1	Q5H786.1	Р30440.1
P11589.1	Р43211.1	Р40967.1	Q01726.1	Q16655.1	Q07932.1	Q9ZNZ4.1	Q9H009.1
P12036.1	Q15233.1	Q5RZZ3.1	Q8GZB0.1	Q8NFH4.1	Р19963.1	Q94G86.1	Р01014.1
P22895.1	Р43217.1	Р55958.1	B8PYF3.1	075475.1	024554.1	Q0IX90.1	Q52PJ2.1
K7VAC2.1	Q3Y8M6.1	Q9URR2.1	Q9P8G3.1	Α1ΚΥΖ2.1	Р23284.1	Q9TZR6.1	Q25641.1
P00433.1	Q41260.1	Р56164.1	Q40967 . 1	Q8H6L7.1	Р35079.1	Q9XG86.1	Р43214.1
Q5ZQK5.1	Q40960.1	Р43215.1	082040.1	Q8L5D8.1	Р82242.1	Q9HCM2.1	Q9ZP03.1
Q9FPR0.1	Β6Τ2Ζ8.1	Q9C5M8.1	Р15722.1	Р25788.1	Р81651.1	024248.1	Р82534.1
E3SH28.1	065457.1	B6RQS1.1	Р02761.1	Р67876.1	Q9Y4W2.1	Q9ULX3.1	Р83181.1
Q8L5K9.1	C1KEU0.1	Q91482.1	Q9XHP1.1	Р15322.1	Q15020.1	B9SA35.1	Р01267.1
000267.1	D2T2K3.1	Q9T0P1.1	Q07283.1	Q7M3Y8.1	Р25445.1	Q5NT95.1	Р07101.1
015205.1	000762.1	D2KFG9.1	Н9АХВЗ.1	Q8W3V4.1	Р49370.1	Q05110.1	Q9ULJ6.1
Q2VST0.1	ABL09307.1	ABL09312.1	AGC39172.1	AGC39173.1	AGC39174.1	Р00785.4	Р85204.1
AGC39168.1	САМЗ1908.1	АВВ77213.1	Р83958.1	AGC39176.1	СААЗ 4 4 8 6.1	АААЗ 2 6 2 9.1	Α5ΗΙΙ1.1
САМЗ1909.1	Р85206.1	Р86137.2	Р85524.1	CAI38795.2	ABQ42566.1	AAR92223.1	Р84527.1
AGC39164.1	AGC39165.1	AGC39166.1	AGC39167.1	4X9U В	AGC39169.1	AGC39170.1	AGC39171.1
ААС37218.1	Р50635.2	ХР_00165755 6. 2	Р18153.2	ААВ58417.1	ABF18122.1	ХР_00165346 2. 1	ХР_00165414 3 . 1
ХР_00165429 1. 1	ABF18258.1	ХР_00165594 8. 1	ХР_00165595 4 . 1	Р13080.1	Е37396	Q7M1X7	Q7M1X9
ААВ24432.1	САА7 6 8 31.1	ААВ47552.1	ААМ7 7 4 71.1	AAS75297.1	3V0R А	4AUD В	САА5 5 0 71.2
Р49148.1	Q6R4B4.1	Р78983.2	Q00002.2	ААВ48041.1	Р42037.1	Q9HDT3.2	Р42058.1
OWY50380.1	ААО91800.1	P0C0Y4.2	AGS80276.1	CAD38167.1	ΑΒΙ26088.1	АСР43298.1	AKV7 216 8.1
Р27759.1	Р27760.1	Р27761.1	Р28744.1	АААЗ 2 6 6 9.1	CBW30986.1	CBW30987.1	CBW30988.1
CBW30989.1	CBW30990.1	CBW30991.1	CBW30992.1	CBW30993.1	CBW30994.1	CBW30995.1	ААХ77686.1
Р27762.1	CBJ24286.1	СВК52317.1	СВК62693.1	СВК62694.1	СВК62695.1	СВК62697.1	СВК62698.1
СВК62699.1	004004.1	ААР15203.1	ААР15202.1	ААР15201.1	ААХ77687.1	ААХ77688.1	5ЕМ1 А
5EV0 В	ААХ77684.1	ААХ77685.1	АНА56102.1	5EGW В	Р00304.2	Р02878.1	ААА20065.1
ААА20067.1	ААА20064.1	ААА2 0 0 6 6.1	ААА2 0 0 6 8.1	Р10414.2	АЕК65120.1	ААМ73729.1	ААМ73730.2
AAN76862.1	AAL91665.1	023791.1	Q94JN2.1	CDZ09832.1	AGC60026.1	AGC60027.1	AGC60028.1
AGC60020.1	Q7Z1K3.1	AGC60035.1	AGC60036.1	ACZ95445.1	BAJ78220.1	BAJ78221.1	BAJ78222.1
BAJ78223.1	AGC60029.1	AGC60030.1	AGC60031.1	ВАТ62430.1	AAF75225.1	Q9NJA9.1	Q9NAS5.1
AEQ28167.1	Р83885.1	САК50389.1	BAF43534.1	ABL77410.1	BAF75681.1	BAF75704.1	BAF75705.1
BAF75706.1	BAF75707.1	BAF75708.1	BAF75709.1	BAF75710.1	BAF75711.1	BAF75712.1	ABV55106.1
САВ58171.1	G37396	Q7M1X6	Q7M1Y0	А59055	ААК09361.1	Q7M4I5.1	Р01502.1
Р00630.3	ABF21077.1	ABF21078.1	Q08169.1	ACI25605.1	Q5BLY5.1	САА2 6 0 3 8.1	ME НВ 2
ΝΡ_00111971 5. 1	ΝΡ_00103536 0 . 1	ABD51779.1	ΝΡ_00101156 4 . 1	ΑΑΥ21180.1	CAD56944.1	АНМ25038.1	АНМ25037.1
АНМ25036.1	АНМ25035.1	Р49372.1	Р92918.1	ACV04796.1	AAD29409.1	Р81943.3	Р86809.1
ААВ22817.1	Р43237.1	Р43238.1	ААТ00595.1	ААТ00594.1	ААТ00596.1	ADQ53858.1	3SMH А
3S7E А	B3EWP3.1	C0HJZ1.1	B3EWP4.1	ΑΑΝ77576.1	ААМ78596.1	ААК96887.1	ACN62248.1
ААС63045.1	AAD47382.1	ААМ4 6 9 5 8.1	ААМ93157.1	ΑΒΙ17154.1	АСН91862.1	3C3V А	ADQ53859.1
AAD55587.1	ADB96066.1	AGA84056.1	AAD56337.1	AAL37561.1	1W2Q А	Q647G9.1	AAD56719.1
ABW17159.1	AAQ91847.1	АВР97433.1	АСА79908.1	ABG85155.1	АВХ56711.1	АВХ75045.1	AAU21499.2
AAU21500.1	ΑΑΖ20276.1	Q45W86	CAG26895.1	2X45 А	AHF71021.1	AHF71022.1	AHF71023.1
AHF71024.1	AHF71025.1	AHF71026.1	ААО24900.1	САК50834.1	Р0С088.1	АСЕ07186.1	АСЕ07187.1
АСЕ07188.1	АСЕ07189.1	CAD12861.1	CAD12862.1	5ЕМ0 А	ААХ85388.1	ААХ85389.1	CAD23611.1
CAD23613.1	CAD23614.1	ВАН09387.1	AAD13644.1	AAD13645.1	AAD13647.1	AAD13649.1	AAD13650.1
AAD13651.1	AAD13652.1	ААВ93837.1	ААВ93839.1	AAD13646.1	ACN32322.1	ААВ26195.1	Q06811.2
2XV9 А	Р46436.3	Q9UVU3	САА06305.1	AAF86369.1	Р67875.1	САА59419.1	САВ44442.1
САА73782.1	ААВ07620.1	Р79017.2	ААК49451.1	Q96X30.3	ААМ4 3 9 0 9.1	Q8NKF4.2	CAI78448.1
CAI78449.1	CAI78450.1	ААВ95638.1	САМ5 4 0 6 6.1	САА04959.1	060024.2	САА83015.1	Р46075.3
ААВ60779.1	Q92450.3	042799.2	САВ64688.1	Q9UUZ6.2	САА11266.1	Q875I9.1	EAL89830.1

- 32 045702

Q4WB37.1	KEY81716.1	KEY78748.1	AAA32702.1	CAB06417.1	AAD13106.1	P0C1B3.1	AAA32708.1
P12547.2	ADE74975.1	P29600.1	P00780.1	AAG31026.1	BAA05540.1	BAF46896.1	AIV43661.1
BAH10149.1	P04403.2	AAO38859.1	A45786	CAA5 4 6 9 6.1	CAA54695.1	CAA54694.1	CAA96546.1
CAA96539.1	CAA96540.1	CAA96541.1	CAA96542.1	CAA96543.1	CAA96544.1	CAA96547.1	P43186.2
CAB02155.1	CAB02156.1	CAB02157.1	CAB02158.1	CAB02159.1	CAB02160.1	CAB02161.1	CAA96545.1
CAA05186.1	CAA05187.1	CAA05188.1	CAA05190.1	CAA07318.1	CAA07319.1	CAA07323.1	CAA07324.1
CAA07325.1	CAA07326.1	CAA07327.1	CAA07329.1	CAA07330.1	CAA04823.1	CAA04826.1	CAA04827.1
CAA04828.1	CAA04829.1	AAD26560.1	AAD26561.1	AAD26562.1	P43180.2	1QMR A	AAP37482.1
1LLT A	AAB20452.1	CAA07328.1	CAA07320.1	CAA5 4 4 8 8.1	1B6F A	4BK7 A	4B9R A
4BKC A	4BKD A	4BK6 В	CAA33887.1	CAA54482.1	CAA54483.1	CAA54484.1	CAA54487.1
CAA5 4 4 8 9.1	CAA5 4 4 21.1	CAA5 4 4 81.1	4BTZ A	4Z3L D	B45786	1CQA A	AAA16522.1
A4K9Z8.1	CAA55854.1	CAA60628.1	AAG22740.1	CAC84116.1	AHF71027.1	BAB21489.1	BAB21490.1
BAB21491.1	AAB25850.1	AAB25851.1	AJO53282.1	AAB29344.1	AAB29345.1	ACM24358.1	ABC86902.1
AAD13531.1	AAD13530.2	ABC68516.1	1YG9 A	ABP35603.1	AAA86744.1	3LIZ A	ACY40650.1
ACY40651.1	AAA87851.1	ABP04043.1	ACJ37389.1	ACF53836.1	ACF53837.1	ABP04044.1	AAB72147.1
ABB89296.1	ABB89297.1	ABB89298.1	AAF72534.1	ABX57814.1	AAK58415.1	AAQ24541.1	ABU97466.1
AAM83103.1	AAA78904.1	2MFK A	AAC80579.1	ABH06350.1	ABH06347.1	ABH06346.1	ABH06348.1
AAX34047.1	AAM10779.1	AAQ24542.1	AAQ24543.1	AAD10850.1	ABH06352.1	ABH06359.1	2JMH A
APU87558.1	APU87557.1	APU87556.1	APU87554.1	AAQ24545.1	ASX95438.1	AAP35069.1	ACV04860.1
Q7M4I6.1	Q7M4I3.1	P82971.1	P0CH88.1	ABB88514.1	XP_00590209 9 . 2	AAA62707.1	AAA30429.1
AAA30478.1	NP 851372.1	ABW98943.1	ABW98945.1	ABW98953.1	NP 776953.1	AAA30430.1	AAA30431.1
AAB29137.1	AAA30433.1	NP 776719.1	Q28133.1	Q28050.1	CAA29664.1	AAA30615.1	CAA32835.1
AAA30413.1	P02754.3	ACG59280.1	AAA51411.1	CAA7 6 8 4 7.1	NP 776945.1	NP 851341.1	P80207.1
P80208.1	S65144	S65145	AAN86249.1	ХР_01362321 3. 1	S65143	CAA46782.1	BAA09634.1
P69199.1	P81729.1	CAA5 7 3 4 2.1	AAN11300.1	P30575.1	AAC48794.1	CAD82911.1	CAD82912.1
AAC48795.1	AAB30434.1	CAA7 6 8 41.1	BAC10663.1	ACY38525.1	AHY24648.1	CAA68720.1	CCF72371.1
CCK33472.1	CAC34055.2	CAD10376.1	AAB02650.1	CAA47357.1	CAB02206.1	CAB02207.1	CAB02208.1
CAB02215.1	CAB02216.1	CAB02217.1	AAB20453.1	ABZ81044.1	ABZ81040.1	ABZ81043.1	ABZ81042.1
ABZ81041.1	AAB34907.1	AAB34908.1	AAB34909.1	CAA47366.1	CAB02209.1	CAB02213.1	CAA47367.1
AAO32314.1	ABW86978.1	ABW86979.1	ABV49590.1	5E1R F	ABM53030.1	CAD10374.1	ACJ23862.1
ACJ23861.1	ACJ23863.1	CAA64868.1	ADN39439.1	2MC9 A	P83507.1	CAX62129.1	CAX62130.1
BAA08246.1	Q7M1E7.1	BAF32143.1	AAF35431.1	AAL07319.1	AAL92870.1	ACR77509.1	AAL92871.1
A2V735.1	CAA09938.2	P02229.2	P02230.1	P02221.2	P84296.1	P02227.1	P12548.1
P84298.1	P12549.1	P12550.1	P02226.2	P02222.2	P02223.2	P02224.2	P02231.1
P02228.1	AAU43733.1	P84160.1	P84159.1	CAI23765.1	P84161.1	CAH03799.1	ADK47394.1
ABQ59329.1	CAQ72970.1	CAQ72971.1	CAQ72972.1	AAK67491.1	AAK67492.1	ACF19589.1	ABC88428.1
AGL34968.1	ADH10372.1	AGL34967.1	CAB39376.1	CAA50325.1	CAA50326.1	CAA50328.1	CAA96548.1
CAA96549.1	AAD48405.1	AAG40329.1	AAG40330.1	AAG40331.1	CAA50327.1	AAL86739.1	AAO67349.2
AAO65960.1	ACO56333.1	AAK01235.1	AAK01236.1	A4KA41.1	A4KA40.1	A4KA44.1	A4KA43.1
A4KA45.1	A4KA39.1	AAK28533.1	AAL73404.1	AHA36627.1	ACR43473.1	ACR43474.1	ACR43475.1
ACR43477.1	ACR43478.1	ACR43476.1	BAH10152.1	ARX70262.1	AAC61869.1	AAW81034.1	BAD77932.1
BAA05543.1	BAA05542.1	BAA07020.1	P43212.1	BAC23082.1	BAC23083.1	BAC23084.1	BAF32105.1
BAF32110.1	BAF32116.1	BAF32119.1	BAF32122.1	BAF32128.1	BAF32130.1	BAF32133.1	BAF32134.1
BAA06172.1	BAF45320.1	AAK27264.1	BAI94503.1	BAJ04354.1	BAF51970.1	BAA06905.1	CAD92666.1
AAW69549.1	P83834.1	ACB45874.1	AAP13533.2	CAB62551.1	CAC37790.2	ABK78766.1	ACY01951.1
CAC05258.1	AAF72625.1	AAF72626.1	AAF72627.1	AAF72628.1	AAF72629.1	AAR21074.1	AAR21073.1
AAB28566.1	AAB28567.1	AAB32317.1	AAF80379.2	AAK96255.1	AAL14077.1	AAL14078.1	AAL14079.1
AAB50734.2	CAA69670.1	CAA01909.1	CAA01910.1	CAA62634.1	AAS02108.1	CAC83658.1	CAC83659.1
CAD20406.1	AAP96759.1	2103117A	CAA10345.1	AAB42200.1	P82946.1	AAK62278.1	CAD20405.1
AEY79726.1	AAB01092.1	BAA13604.1	CAB03715.1	CAB03716.1	CAB06416.1	AAL76932.1	BAB88129.1
ADL32660.1	ADL32661.1	ADL32662.1	ADL32663.1	ADL32664.1	ADL32665.1	ADL32666.1	AAL76933.1
AEY79728.1	AEY79727.1	CAA5 5 0 7 2.2	CAA55067.2	CAA5 5 0 7 0.1	P42040.2	CAA5 5 0 6 8.1	AAO91801.1
AAX14379.1	P40918. 1	CAD42710.1	ABA42918.1	CAD38166.1	AT 108931.1	L7UZ85.1	AAP35078.1
AAD52672.1	AAM64112.1	AAP57094.1	ABU97470.1	AIO08850.1	AGI78542.1	AGC56216.1	AIO08860.1
AAP35082.1	AIO08851.1	AGC56218.1	AIO08848.1	AAP35065.1	AGC56219.1	AIO08870.1	AIO08861.1
BAX34757.1	BAE45865.1	AAP35068.1	ABO84970.1	ABO84971.1	ABO84972.1	ABO84973.1	P16311.2
BAC53948.1	ABA39436.1	ABU49605.1	AAP35075.1	AFJ68066.1	ADM52184.1	ABL84749.1	ABL84750.1
ABL84751.1	BAA04557.1	AAK39511.1	AIO08864.1	P39673.1	BAA04558.1	BAA01240.1	BAA01241.1
AAL47677.1	CAI05850.1	CAI05849.1	CAI05848.1	ABA39438.1	BAD74060.2	AAP35073.1	AFJ68072.1

- 33 045702

BAA01239.1	ABN14313.1	ААА99805.1	ABY28115.1	АСК76291.1	АСК76292.1	ВАА09920.1	ААВ27594.1
ACK76296.1	ACK76297.1	AAF28423.1	ААР35077.1	АСК76299.1	ΑΙΟ08853.1	ААМ19082.1	АВО84963.1
ABO84964.1	ABO84966.1	АВО84967.1	АВО84968.1	АВО84969.1	АНС94806.1	BAV90601.1	АНХ03180.1
AIP86946.1	AIP86945.1	AIP86944.1	AIP86943.1	AIP86942.1	ΑΙΡ86941.1	ΑΙΡ86940.1	ΑΙΡ86939.1
AJF93907.1	AAP35080.1	AIO08867.1	AIO08866.1	Р16312.1	ΑΤΙ08932.1	ΑΑΥ84565.1	ΑΑΥ84564.2
ACD50950.1	ALA65345.1	AAG02250.1	CAD38361.1	CAD38362.1	CAD38363.1	CAD38364.1	CAD38365.1
CAD38366.1	CAD38367.1	CAD38368.1	CAD38369.1	CAD38370.1	CAD38371.1	ААХ47076.1	2AS8 В
ABV66255.1	3F5V В	ACG58378.1	CAQ68250.1	ААА28296.1	ААВ60215.1	AFJ68065.1	АВА39435.1
AAB69424.1	САА7 5141.1	АВВ52642.1	ACI32128.1	ААО73464.1	ADK92390.1	ААМ21322.1	1KTJ А
CAD38372.1	CAD38373.1	CAD38374.1	CAD38375.1	CAD38376.1	CAD38377.1	CAD38378.1	CAD38379.1
CAD38381.1	CAD38382.1	CAD38383.1	АВА39437.1	САК22338.1	ABG76196.1	1A9V А	ΑΒΥ53034.1
AAF86462.1	CAQ68249.1	AFJ68070.1	AFJ68067.1	АВС73706.1	АСВ46292.1	4ZCE А	ALA22869.1
ALA22868.1	AAAI 9973.1	AAD38942.1	Р49274.1	ААВ32842.1	CAD69036.1	САА35692.1	Р49277.1
AAA80264.1	САС09234.1	ААВ35977.1	ААВ32224.1	ААХ37326.1	ΑΑΥ84563.1	АВС96702.1	ААА28303.1
P53357.1	САА4 7 3 41.1	ААА68279.1	ААА28301.1	ААА28302.1	Р83340.1	ААС48691.1	Р81216.1
P81217.1	САА52194.1	ААМ09530.3	BAF47268.1	BAF47269.1	ААО73305.1	АВО71783.1	BAF76431.1
BAF76430.1	ААС82351.1	ААС82352.1	ААС82350.1	ААС82349.1	ВАК09233.1	ВАК09232.1	ВАВ79444.1
BAO50872.1	ВАО50870.1	ААХ57578.1	АВС18306.1	023878.1	023880.1	Q9XFM4.1	ABQ10638.1
BAT21117.1	АВО93594.1	ADW27428.1	ABI32184.1	ACJ23865.1	ACJ23864.1	ACJ23866.1	ΑΑΖ76743.1
CAA4 4 3 4 3.1	САА4 4 3 4 4.1	Р30438.2	ААС37318.1	ΝΡ_00104161 8. 1	САА4 4 3 4 5.1	ААС41616.1	САА59279.1
AAL49391.1	AAS77253.1	ADK56160.1	ADM15668.1	AAS98889.1	AAS98890.1	AGT20779.1	АЕМ89226.1
ACD65080.1	ACD65081.1	CAJ85646.1	CAJ85644.1	CAJ85642.1	CAJ85641.1	ABD39049.1	АСХ47057.1
ACX47058.1	4С9С В	САС86258.1	AAY83342.1	ΑΑΥ83341.1	ΑΑΥ83345.1	AHL24661.1	AHL24660.1
AAQ83588.1	AAV7 4 3 4 3.1	AAQ08947.1	ВАН10153.1	ΑΑΝ73248.1	AAL79930.1	AAL79931.1	ΑΗΥ02994.1
P02622.1	ААК63086.1	ААК63087.1	САМ56785.1	САМ56786.1	B3A0L6.1	Р86980.1	ΝΡ 990450.1
P01005.1	ACJ04729.1	САА2 3 6 81.1	Р01012.2	САА23682.1	1JTI А	1UHG D	САА2 6 0 4 0.1
P02789.2	Р00698.1	ААА4 8 9 4 4.1	САА23711.1	САА4 3 0 9 8.1	ВАА13973.1	Р02604.3	САХ32963.1
ADD18879.1	ADD19985.1	ADD19989.1	AAF82096.1	ACS49840.1	Р24337.1	САА11755.1	ABU97472.1
CAA11756.1	САА4 2 6 4 6.1	СААЗ 5 6 91.1	АААЗ 3 9 4 7.1	ВАА23360.2	ААВ01374.1	ВАВ64303.1	ВАА74452.2
BAB64306.1	Р25974.1	САА2 67 23.1	ААА33966.1	САА26575.1	ВАА00154.1	САА33217.1	САА37044.1
CAA26478.1	ВАА74953.1	ААА33964.1	ААА33965.1	ВАВ15802.1	AAD09630.1	ΝΡ_00123844 3. 1	ACD36976.1
ACD36975.1	ACD36974.1	ACD36978.1	ВАВ21619.2	Р22895.1	ААВ09252.1	ВАА2 5 8 9 9.1	Р82947.1
CAA45777.1	САА45778.1	ААВ23464.1	ААВ23482.1	ААВ23483.1	САА56343.1	САА60533.1	САВ59976.1
CAB76459.1	AAQ54603.1	ВАН10148.1	BAJ61596.1	AAG08987.1	APG42675.1	САА75506.1	ААР47226.1
P23110.1	САВ38044.1	СААЗ 9 8 8 0.1	ААА16792.1	САВ53458.1	САС13961.1	САС42881.1	AAL25839.1
AAP37470.1	ADR82196.1	CCW27997.1	ААА87456.1	ААР87281.1	ΑΒΝ03965.1	ΑΒΝ03966.1	ΑΒΝ09653.1
ABN09654.1	ABN09655.1	ACY91851.1	ACZ74626.1	AEV41413.1	AFJ97275.1	AFJ97274.1	ААС82355.1
AAR98518.1	ААС49447.1	САА05978.1	1WKX А	ABW34946.1	ААС27724.1	САА11041.1	САА11042.1
AAF25553.1	САЕ85467.1	САА75312.1	1G5U А	AAF34341.1	AAF34342.1	AAF34343.1	САВ51914.1
CAB96215.1	САС00532.1	Q9LEI9.1	CAD24068.1	САА81610.1	САА93121.1	САА10140.1	Q7M262
CAB10766.1	САВ10765.1	AAG42255.1	ААС48288.1	ААС48287.1	Р32936.2	Р80198.1	САА51204.1
CAA42832.1	АААЗ 2 9 7 0.1	СААЗ 518 8.1	САА08836.1	САА41956.1	САА49555.1	САА45085.1	САА46705.1
AAP94213.1	ААР15200.1	ААР15199.1	ААМ54365.1	ААМ5 4 3 6 6.1	APR62629.1	ААВ41308.1	AAF18269.1
ACI47547.1	AAW29810.1	САС05582.1	Р81295.1	AAD03608.1	САС48400.1	ААС15474.2	AAR21072.1
AAR21071.1	Q9LD79.2	AAF80164.1	AAF80166.1	AAV97933.1	ААТ45383.1	ААХ35807.1	CAD87730.1
CAD87731.1	AAQ55550.1	САВ71342.1	САВ62213.1	CAD32313.1	CAD32314.1	2118249В	2118249А
AAQ73484.1	AAQ73486.1	AAQ73487.1	AAQ73488.1	AAQ73489.1	AAQ73490.1	AAQ73491.1	AAQ73492.1
CAA5 716 0.1	САА5 87 55.1	AAQ73493.1	AAQ73494.1	САВ62212.1	САВ65963.1	САР17694.1	САС84590.2
CAC84593.2	САА5 4 818.1	САА5 4 819.1	AAZ91659.1	BAW03243.1	BAW03242.1	AAL07320.1	АВС02750.1
ACM89179.1	АСВ38288.1	АВ 198020.1	АСС76803.1	Р14946.2	ААА63278.1	ААА63279.1	САВ63699.1
Q7M1X5.1	Р14947.1	САА51775.1	Р14948.1	САН92637.1	AAD20386.1	САВ64344.1	ААА33405.1
Q40240.2	CAI84850.2	Q53HY0.2	Q6EBC1.1	ABR21771.1	ABR21772.1	АСВ05815.1	F5B8W5.1
F5B8W4.1	F5B8W3.1	F5B8W2.1	F5B8W1.1	F5B8W0.1	F5B8V9.1	Β3Α0Ν2.1	ADC55380.1
AHA85706.1	Р86739.1	Р86741.1	Р86740.1	Р86742.1	ВАА32435.1	ВАА32436.1	AAD25927.1
CAA65341.1	CAD20981.3	CAD68071.1	CAI43283.4	САА09883.1	САА09884.1	САА09885.1	САА09886.2
CAA09887.4	CCU97864.1	CCV00099.1	CCU98198.1	CCU99457.1	SHO79205.1	CCU99206.1	САА96534.1
CAA96535.1	САА96536.1	САА96537.1	AAD13683.1	AAD26546.1	AAD26547.1	AAD26548.1	AAD26552.1
AAD26553.1	AAD26554.1	AAD26555.1	AAD26558.1	CAD32318.1	ААО25113.1	AAD29671.1	ААВ01362.1
CAA88833.1	САА5 8 6 4 6.1	ААК13029.1	ААК13030.1	ААК13027.1	ААВ35897.1	ААХ19848.1	ААХ19851.1

- 34 045702

Q9FSG7.1	CAT99612.1	CAT99611.1	AFM77001.1	AAC36740.1	029330.1	AAT80665.1	AAT80664.1
AAT80662.1	AAT80659.1	AAT80649.1	AAR22488.1	Q9M5X7.1	CAD46559.1	CAD46561.1	CAD46560.1
AAX19854.1	AAX19856.1	AAX19858.1	AAX19860.1	CAK93713.1	CAK93753.1	CAK93757.1	CAT99618.1
CAT99619.1	CAT99617.1	AAD29412.1	AAD29413.1	AAD29414.1	AAM55492.1	AEE98392.1	B3EWS0.1
B3EWE5.3	G5DC91.2	BAF47263.1	AGF86397.1	CAA73720.1	P86745.1	P86749.1	P86750.1
P86752.1	P86753.1	P86754.1	P86757.1	P86761.1	P86760.1	P02620.1	P86765.1
P86768.1	P86769.1	P86770.1	P86771.1	P86772.1	P86774.1	P86775.1	AAD55792.2
Q99MG7.1	AAA60330.1	AAG08989.1	AHW81906.1	AAV3 3 6 7 0.1	AAV3 3 6 7 2.1	P85894.1	P02762.2
CAA26953.1	A2BIM8.1	AAA39768.1	AAK54834.1	2CYG A	1Z3Q A	САС81811.1	AAB82772.2
BAD36780.1	AAB50883.1	CAA49760.1	2206305A	AAB36316.1	BAH10150.1	CAE17317.1	CAE17316.1
BAE54433.1	P19963.2	153806	E53806	F53806	C53806	A3 8968	G53806
B53806	H53806	CAA7 3 0 3 8.1	CAA73037.1	CAA7 3 0 3 6.1	AAB32652.2	AAO22133.1	AAO22132.1
AAN18044 . 1	AAQ10281.1	AAQ10280.1	AAQ10279.1	AAQ10278.1	AAQ10277.1	AAQ10276.1	AAQ10274.1
AAQ10271.1	AAQ10268.1	AAQ08190.1	ABP58632.1	ABP58633.1	ABP58635.1	ABP58636.1	ABP58637.1
AAL92578.1	AAY88919.1	ACZ57582.1	E1U332.1	E3SU11.1	024170.1	024171.1	A4GFC0.1
A4GFC3.1	CAA73035.1	AAD05375.1	AAO33897.1	P80740.2	CAD21706.2	ABP58627.1	ABX26131.1
ABX26132.1	ABX26134.1	ABX26138.1	ABX26139.1	ABX26140.1	ABX26141.1	ABX26143.1	ABX26145.1
ABX26147.1	ABX54842.1	ABX54844.1	ABX54849.1	ABX54855.1	ABX54859.1	ABX54862.1	ABX54864.1
ABX54866.1	ABX54869.1	ABX54876.1	ABX54877.1	AAB66909.1	P81430.2	AAF31152.1	AAF31151.1
AAK58515.1	2 JON A	BAE54432.1	Q25632.1	BAJ07603.1	P86431.1	P86432.1	BAF95206.1
AFV53352.1	AAG42806.1	AAG42802.1	Q948T6.2	AAA86533.1	AAF72991.1	BAB71741.1	Q40638.2
BAD13150.1	BAC20657.1	BAA01998.1	BAA01996.1	BAA07772.1	BAA07773.1	BAA07774.1	BAA07710.1
BAA07711.1	BAA07712.1	BAA07713.1	AAB99797.1	Q01882.2	Q01883.2	BAC19997.1	BAC20650.1
ADK3 9021.1	ACA96507.1	CBY17558.1	AAC38996.1	BAF47265.1	BAF47266.1	2008179A	CAA65123.1
CAA54587.1	CAI94601.1	CAA59370.1	CAA65122.1	P55958.1	Q9T0M8.1	Q9XG85.1	CCP19647.1
CAP05019.1	Q7M1E8	AAB36008.1	AAB36009.1	AAB36010.1	AAB36011.1	AAB36012.1	AAB46820.1
AAB46819.1	AKF12278.1	CBM42667.1	CBM42666.1	CBM42665.1	CBM42664.1	CBM42663.1	CBM42662.1
CBM42661.1	CBM42660.1	ACA23876.1	AAX37288.1	AAO15713.1	C7E3T4.1	ADV17342.1	ADV17343.1
AAX11194.1	AAF71379.1	AAG44693.2	AAF23726.1	AAM3 3 8 21.1	AAB34785.1	ADK27483.1	AAD25995.1
AAG44480.1	Q92260.1	AAK51201.1	AAR17475.1	AAD42074.1	ABB89950.1	ABM60783.1	AAD25926.1
AEX34122.1	AAG44478 .1	AKH04310.1	AKH04311.1	AAX33729.1	AEV23867.1	AAD19606.1	CAB38086.1
ACS14052.1	AAC34736.1	AAC34737.1	AAB82404.1	AAC34312.1	AAD13533.1	AAP13554.1	ADB92492.1
AAX33734.1	AAX33727.1	ADR82198.1	AAB09632.1	AAB62731.1	AAB63595.1	Q25641.1	ADB92493.1
ADD17628.1	AAX33728.1	3EBW A	ACJ37391.1	AAX33730.1	AAT77152.1	ACA00204.1	AAL86701.1
AAG08988.1	CAB01591.1	AAB27445.1	Q41260.1	P56164.1	P56165.1	P56166.1	P56167.1
ADC80502.1	ADC80503.1	CAA55390.1	CAA81613.1	1N10 A	CAG24374.1	2118271A	AAN32987.1
CAA7 0 6 0 9.1	ABG81289.1	ABG81290.1	ABG81291.1	ABG81292.1	ABG81293.1	ABG81294.1	ABG81295.1
CAA7 0 6 0 8.1	CAA5 4 6 8 6.1	CAB42886.1	CAA53529.1	CAD54670.2	CAF32567.2	CAF32566.2	CAQ55938.1
CAQ55939.1	CAQ55940.1	CAQ55941.1	3TSH A	CAD54671.2	CAA52753.1	S32101	S38584
Q7M1L8	2023228A	CAB05371.1	CAB05372.1	CAA50281.1	AAC16525.1	AAC16526.1	AAC16527.1
AAC16528.1	AAC25994.1	AAC25995.1	AAC25997.1	AAC25998.1	AAK25823.1	CAD38384.1	CAD38385.1
CAD38386.1	CAD38387.1	CAD38388.1	CAD38389.1	CAD38390.1	CAD38391.1	CAD38392.1	CAD38393.1
CAD38394.1	CAD38395.1	CAD38396.1	CAD38397.1	1L3P A	CAD87529.1	CAA81609.1	CCD28287.1
CAA7 6556.1	CAA7 65 57.1	CAA76558.1	1NLX N	CAA76887.1	3FT1 A	AGT28425.1	CAD10390.1
AHC94918.1	CEJ95862.1	CTQ87571.1	ABU42022.1	ABG73109.1	ABG73110.1	ABG73108.1	ABO36677.1
ABR29644.1	CAF25233.1	CAF25232.1	CAB82855.1	AJG44053.1	A0A158V755. 1	A0A158V976. 1	2N81_A
CAC41633.1	CAC41634.1	CAC41635.1	CAD80019.1	ABY21305.1	ABY21306.1	ALF39466.1	ALF00099.1
CAD20556.1	CAE52833.1	CAC85911.1	CBW45298.1	A60372	F37396	CAA10520.1	AAG42254.1
P22284.1	P22286.1	A60373	P22285.1	AAA29793.1	AAD52615.1	AAD52616.1	AAT95010.1
AAS67044.1	AAS67043.1	AAS67042.1	AAS67041.1	AAP37412.1	AAT95009.1	P35780.1	P83377.1
P83542.1	A2VBC4.1	ADT89774.1	ADL09135.1	P86687 . 1	ADD63684.1	P86686.1	Q7Z156.2
P05946.1	AGE44125.1	ABL89183.1	ABS12234.1	AFA45339.1	ACN87223.1	AKV72167.1	AHY24177.1
BAH59276.1	AAB97141.1	ADR66945.1	ADR66946.1	ADR66947.1	ADR66948.1	AAC02632.1	AAS47037.1
AAS47036.1	AAS47035.1	1H2O A	AAF26449.1	ADR66943.1	ADR66944.1	AAD29411.1	AAB38064.1
P82534.1	ACE80974.1	AAL91662.1	3EHK A	AGR27935.1	ADN39440.1	ADN39441.1	P82952.1
ACE80939.1	ACE80956.1	ACE80958.1	ACE80957.1	ACE80959.1	ACE80955.1	ACE80972.1	P83332.1
P83335.1	AEV57471.1	ABB78006.1	AJE61291.1	AJE61290.1	P81402.1	AAV4 0 8 5 0.1	ADR66939.1
AGW21344.1	CAD37201.1	CAD37202.1	P86888.1	BAH10154.1	COHKCO.1	AHB19227.1	AHB19226.1
AHB19225.1	AAF26451.1	AET05733.1	AET05732.1	AET05730.1	065200.1	AAD29410.1	AAC24001.1
ABZ81045.1	ABZ81047.1	ABZ81046.1	CAC83046.1	CAC95152.1	CAC83047.1	CAC95153.1	P02761.1

- 35 045702

Q63213	ААА41198.1	AIS82657.1	ААР30720.1	ААТ37679.1	САА38097.1	ABG54495.1	ABG54494.1
Q91483.3	ACI68103.1	САА66403.1	CBL79146.1	АСН70931.1	CBL79147.1	Ш_00113318 1. 1	AHL24657.1
ARS33724.1	ААТ99258.1	ААХ11261.1	ААХ11262.1	АСО34813.1	Р83181.1	АСО34814.1	ACS34771.1
AHL24658.1	ADK22841.1	ADK22842.1	САХ32966.1	САХ32967.1	SHD75397.1	ААО15613.1	AAS93669.1
AAS93674.1	AAS93675.1	AAS93676.1	ААО15607.1	ААХ37321.1	AGM48615.1	CAQ68366.1	ВАН10151.1
Q7M1Y1	С37396	D37396	ААР06493.1	ААС67308.1	ХР_00303059 1 . 1	BAW32538.1	BAW32537.1
BAW32536.1	BAW32535.1	ВАС66618.1	САХ32965.1	AFA45340.1	AFJ80778.1	ABS12233.1	CAQ72968.1
CAQ72969.1	ААВ37403.1	ААВ37406.1	ААВ34365.1	САН92630.1	САН92627.1	Q7M263	CBG76811.1
ВАЕ54429.1	ВАЕ54430.1	АСВ55491.1	ААК15088.1	ACI41244.1	AAD42943.1	ААК15089.1	AAG23840.1
АСН85188.1	AAD42942.1	AAD42944.1	ААК15087.1	САА62909.1	САА62910.1	САА62911.1	САА62912.1
САА62908.1	Р15322.2	ААХ77383.1	ААХ77384.1	ABU95411.1	ABU95412.1	ABU53681.1	Ш_00130688 3 . 1
Ш_00131612 3. 1	CAD10377.1	AAL29690.1	AAL75449.1	AAL75450.1	CAJ19705.1	ААВ42069.1	САА75803.1
АНС08074.1	АНС08073.1	АВА81885.1	АВВ16985.1	САА31575.1	САА2 7 5 71.1	САА2 7 5 8 8.1	АААЗ 3 819.1
Р15476.2	Р16348.1	Р20347.3	ААВ63099.1	ВАА04149.1	ВАН10156.1	AAF65312.1	AAF65313.1
ААС97370.1	ААС97369.1	ААВ36117.1	ААВ36119.1	ААВ36120.1	ААВ36121.1	ААТ95008.1	Р35775.1
ААВ65434.1	Р35776.2	Р35779.2	ADD74392.1	APL01319.1	APL01318.1	APL01316.1	APL01317.1
AIL01320.1	AIL01321.1	АСТ37324.1	1ESF В	CAJ43561.1	Р34071.1	Р20723.1	Р06886.1
ААТ66567.1	ABS29033.1	ААТб 6566.1	AAD46493.1	AAS75831.1	Р00791.3	АААЗ 0 9 8 8.1	Ш_00100520 8 . 1
Р58171.1	S43242	S43243	S43244	ADX78255.1	ADM18346.1	ADM18345.1	ADK47876.1
Р86360.1	СЕЕ03319.1	СЕЕ03318.1	ААК63089.1	ААК63088.1	CBL79145.1	Р86978.1	САХ62602.1
Р86979.1	ВАЕ54431.1	ВАЕ46763.1	ВАН10155.1	AAF07903.2	AAD52013.1	AAD52012.1	Q8J077.1
CAD23374.1	Р24296.2	САА42453.1	ACG59281.1	AKJ77988.1	AKJ77986.1	AKJ77987.1	CAI64398.1
AKJ77990.1	AKJ77985.1	САА35238.1	САА25593.1	САА26383.1	САА26384.1	САА26385.1	АААЗ 4 2 7 5.1
АААЗ 4 2 7 6.1	АААЗ 4 2 7 9.1	АААЗ 4 2 8 0.1	АААЗ 4 2 81.1	ААА34282.1	ААА34283.1	ААА34284.1	ВАА12318.1
Р81496.1	АСЕ82289.1	ВАЕ20328.1	CAR82265.1	CAR82266.1	CAR82267.1	ВАШ9067.1	CAI64397.1
CAI64396.1	Р08819.2	Р27357.1	АСЕ82291.1	САА61945.2	САА61943.2	САА61944.2	CAQ57979.1
СВА13560.1	АААЗ 4 2 7 2.1	АААЗ 4 2 7 4.1	АААЗ 4 2 8 8.1	АААЗ 4 2 8 9.1	ВАА11251.1	CAI78902.1	ВАШ9066.1
CAY54134.1	САВ96931.1	САА43331.1	САА31396.1	САА26847.1	САА24934.1	САА43361.1	ААВ02788.1
САА27052.1	САА24933.1	ВАШ9068.1	СААЗ 1395.4	AAZ23584.1	ВАС76688.1	CAI84642.1	САА35598.1
CAZ76052.1	СВА13559.1	САА35597.1	САС14917.1	АСЕ82290.1	Q6W8Q2.1	САА72273.1	САВ52710.1
CAZ76054.1	САА31685.1	САА30570.1	ААА34285.1	АААЗ 4 2 8 6.1	ААА34287.1	022116	САА59338.1
САА59339.1	САА59340.1	022108	CAI79052.1	АЕН31546.1	ВАШ9069.1	САА65313.1	ABS58503.1
Р82977.2	ССК33471.1	APY24042.1	СААЗ 4 7 0 9.1	СААЗ 9 0 9 9.1	САА36063.1	САА4 4 4 7 3.1	АААЗ 4 2 9 0.1
ААХ34057.1	ААХ34058.1	ААХ34059.1	AOD75395.1	AOD75396.1	AOD75399.1	ABQ96644.1	ABU97479.1
ААТ40866.1	AAU11502.1	АВМ53751.1	ABU97480.1	САА73221.1	ACL36923.1	ABZ81991.1	AGG10560.1
ААТ66607.1	ААТ66609.1	АСН42744.1	ААТ66610.1	ACJ65836.1	AGC36415.1	АСН42743.1	ACI44002.1
ABQ59259.1	ABQ59258.1	ABQ59255.1	ACJ54737.1	АСН42741.1	AGC36416.1	AKV7 216 6.1	AIV43662.1
ВАН10157.1	P0DMB5.1	P0DMB4.1	Р0СН87.1	Р35781.1	Р35782.1	CBY83816.1	CBY93636.1
Р81657.1	Р35783.1	CAJ28931.1	Р35784.1	CAJ28930.1	CAL59818.1	CAL59819.1	Р51528.1
Р35760.1	АВС73068.1	Р0СН89.1	Р35785.1	Р35786.1	Р0СН86.1	Р35787.1	ААВ48072.1
АААЗОЗЗЗ.1	САВ42887.1	1QNX А	Р49370.1	CAI77218.1	2АТМ А	АСА00159.1	ААХ19889.1
ABG02262.1	ABW23574.1	ВАА7 4 4 51.1	САА5 0 0 0 8.1	Р80273.2	Р80274.1	Р33556.1	CAR48256.1
ABD79096.1	ABD79097.1	ABD79098.1	АСХ37090.1	Р29022.1	2209273А	ААО45607.1	ААО45608.1
ААК56124.1	2HCZ X	ABD79094.1	ABD79095.1	ABF81661.1	ABF81662.1	Q1ZYQ8.2	P0C1Y5.1
ААВ86960.1	ABG81312.1	ABG81313.1	ABG81314.1	ABG81315.1	ABG81316.1	ABG81317.1	ABG81318.1
САА51718.1	САА51719.1	САА51720.1	AAG35601.1	5FEF А	ААА33493.1	ААА33494.1	САР64400.1
ААХ40948.1

Таблица 7

Список номеров доступа для аутоиммунных антигенов из IEDB

	P7HKY1.1	Q9P0J1.1	Р61604.1	Q9NUQ2.1	Q9P212.1	Р16885.1	Р09543.1
Р17980.1	Q9 9460.1	000231.1	000487.1	Р48556.1	Q61733.1	Р82909.1	Р21953.1
Q9CHK3.1	Q9BYD6.1	Q9BYC9.1	Q9 6А35.1	Q9P0J6.1	Р04035.1	Q99714.1	B2RLH8.1
Р62277.1	Р08708.1	Р62269.1	Р63220.1	Р62851.1	Р62273.1	Р62861.1	Р46781.1

- 36 045702

P08865.1	P17643.1	Q9H0D6.1	F5HCM1.1	E5RK45.1	A0A0B7JKK9 . 1	A1JIP3.1	B2RKS6.1
P0A6F5.1	P0C0Z7.1	Q49375.1	Q9Z708.1	P0A521.1	P42384.1	P0A520.1	P9WPE7.1
P10809.1	P10155.1	P05388.1	P05386.1	P05387.1	P27635.1	P62 90 6 . 1	P40429.1
P35268.1	A8MUS3.1	P62750.1	P61353.1	P46776.1	P46779.1	P47914 . 1	P39023.1
P62888.1	Q02878.1	P18124.1	P62917.1	P32969.1	Q6SW59.1	P08253.1	P11021.1
Q969T7.1	Q76LX8.1	C6AV76.1	Q2FWL5.1	B1RDC1.1	Q2G2D8.1	P42684.1	Q8IZT6.1
Q9Y4K1.1	P02709.1	P02710.1	P02711.1	P04756.1	P02708.1	P02712.1	P11230.1
Q07001.1	P02715.1	Q04844 .1	P07510.1	P13536.1	F1N690.1	M9YGB9.1	043427.1
P68133.1	P62736.1	P60709.1	P63261.1	Q9NQW6.1	015144.1	Q9H981.1	Q8N3C0.1
Q6VMQ6.1	Q6JQN1.1	Q5T8D3.1	P82987.1	Q6ZMM2.1	Q9NZK5.1	Q8IUX7.1	Q9NP61.1
Q9UJY4.1	043488.1	P07897 . 1	P16112.1	Q73ZL3.1	Q92667.1	P49588.1	09JKR2.1
F8ELD9.1	P15121.1	F5HF49.1	P05186.1	P55008.1	Q5STX8.1	P02763.1	P01009.1
P35368.1	P04217.1	P25100.1	P08697.1	P18825.1	P02765.1	P01023.1	P12814.1
043707.1	P35611.1	Q9UBT7.1	P61163.1	P02489.1	P02511.1	P06733.1	P06280.1
Q16352.1	Q96Q83.1	P37840.1	Q9UJX4.1	P01019.1	Q9P2G1.1	Q9H8Y5.1	Q8N6D5.1
H0YKS4.1	P04083.1	P50995.1	P07355.1	P08758.1	P08133.1	Q9NQ90.1	Q03518.1
P01008.1	Q10567.1	Q9BXS5.1	Q96CW1.1	000203.1	P02647.1	P02652.1	P06727.1
P04114.1	P02655.1	C9JX71.1	P05090.1	P02649.1	Q9BZR8.1	P03182.1	Q9BRQ8.1
Q9ATL6.1	P47863.1	P55087.1	P55064.1	P20292.1	Q15057.1	Q96P48. 1	P35869.1
Q5VUY2.1	P03928.1	P25705.1	P06576.1	P56385.1	Q9DB20.1	P18859.1	Q9BZC7.1
Q8WWZ7.1	Q9NUT2.1	P61221.1	P53396.1	A1JNN2.1	P0A6G7.1	Q9H2U1.1	Q14562.1
084848.1	P78508.1	Q99712.1	P17342.1	Q9 9 8 5 6.1	Q8IVW6.1	Q96GD4.1	Q8WXX7.1
015392.1	P02730.1	P98160.1	F8W034.1	P20749.1	P41182.1	Q9NYF8.1	Q6W2J9.1
Q8NFU0.1	P15291.1	P07550.1	P02749.1	P61769.1	Q13425.1	Q562R1.1	P42025.1
P13929.1	F0K2P6.1	043252.1	Q13057.1	Q8IUF8.1	Q8NFC6.1	P18577.1	Q5VSJ8.1
Q02161.1	P02663.1	P02769.1	Q9NWK9.1	095415.1	Q7Z569.1	Q99728.1	Q9P287.1
Q9NRL2.1	Q9UIF9.1	Q58F21.1	P25440.1	Q15059.1	060885.1	P18892.1	Q8NCU7.1
P04003.1	075844.1	P12830.1	P33151.1	Q8NE86.1	P62158.1	P07384.1	P17655.1
P20810.1	P27797.1	094985.1	P10644 . 1	P31321.1	P13861.1	070739.1	Q8QVL3.1
Q8QVL6.1	Q8QVL9.1	Q91CY5.1	Q91CZ6.1	Q98Y63.1	Q99AQ9.1	Q9DTD4.1	Q9DUB7.1
Q9DUC1.1	Q9JG76.1	Q9QU30.1	Q9QUB8.1	Q80AR5.1	Q80QT8.1	Q8UZK7.1	P14348.1
Q9H2A9.1	P00918.1	P16870.1	075339.1	015519.1	Q14790.1	P04040.1	P35221.1
P49913.1	P07858.1	P07339.1	P25774.1	Q03135.1	Q16663.1	Q9H9A5.1	Q9Y5K6.1
P09326.1	P14209.1	Q99741.1	000311.1	075794.1	P04637.1	B2RD01.1	Q03188.1
P49454.1	Q9HC77.1	Q02224.1	P00450.1	P08622.1	P35514.1	Q05980.1	P9WMJ9.1
Q9H444.1	P36222.1	000299.1	P05108.1	015335.1	Q6UVK1.1	Q9P2D1.1	P10645.1
075390.1	014503.1	Q00610.1	P09497 . 1	075508.1	P56750.1	Q9P2I0.1	Q7Z460.1
075122.1	075153.1	P10909.1	Q7Z401.1	P00451.1	P00488.1	P48444.1	P61923.1
E9PP50.1	P23528.1	Q8WUD4.1	Q49A88.1	Q16204.1	P38432.1	P02452.1	P02458.1
P05539.1	P02462.1	G1K238.1	Q7SIB2.1	P20908.1	Q02388.1	P27658.1	P12107.1
Q99715.1	Q05707.1	P39059.1	Q9UMD9.1	P08123.1	P08572.1	Q7SIB3.1	P05997.1
P12110.1	P13942.1	F1MZU6.1	Q01955.1	Ρ12111.1	P02745.1	P02746.1	P09871.1
P01024.1	P0C0L5.1	P01031.1	Q07021.1	P13671.1	P02748.1	P08603.1	Q03591.1
Q6PUV4.1	W1Q7Z5.1	Q15021.1	Q15003.1	P42695.1	Q14746.1	Q9NZB2.1	Q12860.1
Q02246.1	P78357.1	Q9UBW8.1	P36717.1	P02741.1	P12277.1	P06732.1	H0Y8U5.1
Q13618.1	Q86VP6.1	P25024.1	P16220.1	P06493.1	P11802.1	Q00534.1	P50750.1
P41002.1	P04080.1	P50238.1	P52943.1	014957.1	P20674.1	P10606. 1	P14854.1
P15954.1	P10176.1	Q16678.1	P10635.1	Q14008.1	Q9Y5Y2.1	Q96KP4.1	P14416.1
Q5QP82.1	P07585.1	E5RFJ0.1	Q86SQ9.1	Q9Y394.1	P4 93 66.1	Q5QJE6.1	P24855.1
Q02413.1	P32926.1	P15924.1	Q16760.1	P19572.1	A9NHS5.1	Q9JZ09.1	PO6959.1
P08461.1	P10515.1	P20285.1	P0AFG6.1	Q5F875.1	P19262.1	P36957.1	Q16555.1
P53634.1	Q14689.1	Q13443.1	Q12959.1	Q15398.1	Q16531.1	P40692.1	P43246.1
P09884 .1	P03198.1	P04293.1	Q9NRF9.1	Q9UGP5.1	P89471.1	Q13426.1	P49736.1
P33992.1	P11387.1	Q02880.1	Q9UBZ4.1	P24928.1	014802.1	Q9NW08.1	P31689.1
P25686.1	060216.1	095793.1	P55265.1	Q6P0N6.1	Q13202.1	Q8IVF4.1	E9PEB9.1
Q9UII4.1	piiiei. 1	Q14258.1	Q9ULT8.1	095714.1	Q7Z6Z7.1	Q9Y4L5.1	043567.1
Q63HN8.1	Q969K3.1	Q8IUQ4.1	P19474 . 1	Q6AZZ1.1	Q9C026.1	Q14 6 6 9.1	Q5T4S7.1
P18146.1	Q05BV3.1	Q6ZMW3.1	095967.1	P15502.1	Q9BY07.1	P13804.1	Q6PJG2.1
A6PW80.1	P68104 . 1	P13639.1	Q96RP9.1	Q9BW60.1	Q9UI08.1	P17813.1	Q9NZ08.1
P14625.1	Q14511.1	Q6P2E9.1	B2RLL7.1	084591.1	Q9Z7A6.1	P03188.1	P04578.1

- 37 045702

P14075.1	Q6SW67.1	Q92817.1	P12724.1	Q12929.1	Р61916.1	Р07099.1	Р03211.1
P12978.1	P12977.1	P03203.1	P03204.1	Q99808.1	Р27105.1	Р03372.1	Р32519.1
Q15723.1	P60842.1	Q14240.1	P38919.1	Р41567.1	Q14152.1	В5МЕ19.1	Р60228.1
075821.1	Q13347.1	Q9Y262.1	F1TIN3.1	Q96KP1.1	Q9 6А65.1	084646.1	Q01780.1
P30822.1	014980.1	P41180.1	P15311.1	Q08945.1	Р52907.1	Q9BXW9.1	Q14296.1
Q16658.1	Q7L8L6.1	Q7L5A8.1	P49327.1	Q8IX29.1	Q8TB52.1	Q7Z6M2.1	Q7L513.1
Q9BZ67.1	A1ZL39.1	P02792.1	P35555.1	Р02671.1	Р02675.1	Р02679.1	Q06828.1
P02751.1	Q4ZHG4.1	P20930.1	P21333.1	Р30043.1	075955.1	Q14254.1	Р49771.1
Q12841.1	Q13461.1	P32314.1	095954.1	Р04075.1	Р09972.1	Р07954.1	Q9H0Q3.1
Q7Z6J4.1	P30279.1	P30281.1	096020.1	095067.1	Р14078.1	Р51570.1	Q08380.1
000214.1	Q3B8N2.1	P34903.1	P09104 .1	A4D1B5.1	Р17900.1	Р 0 6 3 9 6 . 1	Q12789.1
Q8WUA4.1	P03300.1	P08292.1	P27958.1	Р03995.1	Р14136.1	Р47871. 1	Q8TDQ7.1
P35575.1	Q9NQR9.1	Q9Z186.1	P11413.1	Р06744.1	Р48318.1	Q99259.1	Р48320.1
Q05329.1	Q05683.1	P00367.1	Q05586.1	Q5VSF9.1	Q12879.1	S0G235.1	Р15104.1
Q06210.1	P35754.1	P18283.1	P09211.1	Р04406.1	Q9NPB8.1	Р11216.1	Р06737.1
P11217.1	Q31BS5.1	P04921.1	043292.1	Р30419.1	D6RB28.1	Q96S52.1	Q969N2.1
Q86SQ4.1	Q9HC97.1	K7EQ05.1	P28799.1	Р0А6Р5.1	Р44536.1	Q8WWP7.1	Р62826.1
P16520.1	P09471.1	Q9BVP2.1	Q9NVN8.1	Р00738.1	Q9Y6N9.1	Q96CS2.1	Р48723.1
Q0VDF9.1	P08107 .1	P34931.1	P11142.1	Р04792.1	Р07900.1	Q14568.1	Р08238.1
P54652.1	Q15477.1	P03452.1	Рб9905.1	Р68871.1	Р02042.1	Р69892.1	Р02790.1
Q14CZ8.1	P09651.1	Q32P51.1	Р14866.1	Q8WVV9.1	043390.1	Q1KMD3.1	088569.1
P22626.1	Q9Y241.1	095263.1	Р12314.1	Р09429.1	Р26583.1	Р25021.1	Р49773.1
Q9NQE9.1	P12081.1	Q9NVP2.1	Q8WUI4.1	Q9H0E3.1	Р07305.1	Q02539.1	Р16403.1
P16402.1	P10412.1	P16401.1	Р0СЕ15.1	Q92522.1	P0C0S8.1	P0C0S9. 1	Q93077.1
Q9BTM1.1	Q71UI9.1	P0C0S5.1	Р16104 . 1	Р62808.1	Р33778.1	Р62807.1	Р10853.1
P06899.1	060814.1	Q99877 . 1	Q16778.1	Q5QNW6.1	Р57053.1	Р68431.1	Р68432.1
Q16695.1	Q71DI3.1	P49450.1	Р62803.1	Р62805.1	Р62806.1	Q99525.1	Р02259.1
Q9NR48.1	P01892.1	P04439.1	Р16188.1	Р10314.1	Р01891.1	Р10316.1	Р13747.1
P30464.1	P03989.1	P30685.1	Р18463.1	Q95365.1	Р30480.1	Р30484.1	Р30486.1
P18464 .1	P30490.1	P30495.1	Р01889.1	Q31612.1	Р30460.1	Q07000.1	Q29960.1
F8W9Z8.1	Q29963.1	P10321.1	Р28068.1	Р20036.1	Р04440.1	Р01909.1	Р01906.1
E9PIB1.1	P01920.1	Q5Y7D6.1	Р01903.1	Р79483.1	Р13762.1	Q30154.1	Р04229.1
P20039.1	Q95IE3.1	Q5Y7A7.1	Р01911.1	Q29974.1	Р01912.1	Р13760.1	Q9GZN2.1
Q9H2X6.1	Q9H422.1	P51610.1	Р50502.1	295441875 . 1	295413967. 1	295413927 . 1	295413946 . 1
295441907	295441886	295413949	312192955	295413970	295413952.	295413922	295413835
. 1	. 1	. 1	. 1	. 1	1	. 1	. 1
295413838 . 1	295413935 . 1	295413976 . 1	Р01880.1	Q9Y6R7.1	Q9Y5U9.1	Q5VY09.1	014498.1
P78318.1	000410.1	P11314.1	Q9BY32.1	Р01317.1	A6XGL2.1	Р01308.1	F8WCM5.1
P01325.1	P01326.1	015503.1	Q13429.1	Р01344.1	Q9Y287.1	060478.1	Q8N201.1
P23229.1	Q13349.1	P08514.1	Р05106.1	Р16144 .1	Q9H0C8.1	Q14624.1	Q9UMF0.1
P01562.1	P01563.1	P01574.1	Р38484.1	Р14316.1	Q15306.1	Q13568.1	Р20591.1
P20592.1	Q9BYX4.1	014879.1	Q12905.1	Q12906.1	Р42701.1	Q5TF58.1	Q9NZM3.1
P03956.1	Q9Y547.1	Q13099.1	060306.1	084606.1	Q9Y283.1	Р10997.1	Q05084.1
Q9P266.1	Q53G59.1	P13645.1	Р02533.1	Р08779.1	Q04695.1	Р05783.1	Р35527.1
P04264.1	P35908.1	P12035.1	Р48668.1	Р08729.1	Q0 7 6 6 6.1	Q96EK5.1	Р52732.1
Q96Q89.1	Q9 9 6 61.1	P01042.1	Q6NY19.1	Q13601.1	Q04760.1	Р42166.1	Р19137.1
P11047 .1	043813.1	P0CC04.1	Р23700.1	Р46379.1	Q6SW84.1	Р13285.1	075845.1
P40126.1	Q99538.1	P29536.1	Р02750.1	Q15345.1	Q8NHL6.1	Q8NHJ6.1	Q6GTX8.1
Q9NPC1.1	Q14847 .1	P61968.1	Р11182.1	Р18428.1	Р50851.1	Р06858.1	Р0А5JO.1
P9WK61.1	Q86W92.1	P05451.1	Р23141.1	Р07195.1	Р31994.1	Р31995.1	Р01130.1
Q7Z4F1.1	A4QPB2.1	P20132.1	Р05455.1	Р18627.1	Q13094.1	Р01374.1	Q8NHM5.1
060341.1	P10253.1	000754.1	Р10619.1	Q13571.1	Р11279.1	Q9UQV4.1	Р22897.1
P14174 .1	P34810.1	Q8NDA8.1	Р06491.1	Р07199.1	F5HDQ6.1	Р03227.1	Q14764 .1
P08392.1	P40925.1	P40926.1	Q8N5Y2.1	Q9ULC4.1	Q96IJ6.1	НЗВТ46.1	Р11226.1
Q8WXG6.1	Q92585.1	P43243.1	Р50281.1	Р51512.1	Q9NPA2.1	Р03485.1	Q96RN5.1
A6ZJ87.1	Q99705.1	P40967.1	Q01726.1	Q16655.1	Р15529.1	190341000 . 1	F5HB52.1
000562.1	P16035.1	P56192.1	Q9UBB5.1	Q29983.1	Q16891.1	Р55082.1	Р55083.1
P46821.1	P27816.1	Q9UPY8.1	Q9Y2H9.1	Q504T8.1	Q8N183.1	Р03107.1	Р26539.1

- 38 045702

P36745.1	Р50799.1	Q81023.1	Q8TCT9.1	Q9H2D1.1	060830.1	094826.1	Q8IWA4.1
P28482.1	Q16584 .1	043318.1	043683.1	Q9Y3D0.1	Р08571.1	E7EWX8.1	Q99549.1
Q04360.1	Q96T58.1	Q8WXI7.1	Q9H8L6.1	Р11229.1	Р20309.1	Q5VZF2.1	000499.1
P01106.1	Р02687.1	Р25188.1	Р25274.1	Р81558.1	F7A0B0.1	Р02686.1	Р02689.1
P25189.1	Р60201.1	Р60202.1	Р20916.1	Q13875.1	E9PG44.1	Q16653.1	Q5SUK5.1
P24158.1	Р41218.1	Q969H8.1	Q8WXC6.1	Р05164.1	Q9NPC7.1	Q9H1R3.1	Р35749.1
P35579.1	Q09013.1	095248.1	014745.1	084639.1	Р15586.1	Р54450.1	Q8IXJ6.1
095167.1	095298.1	Р19404.1	075251.1	Q6N069.1	Q73WP1.1	Q86VF7.1	Q9BT67.1
075113.1	Q15843.1	Q13564.1	Q8IXH7.1	Р58400.1	Р58401.1	Q0 9 6 6 6.1	Р12036.1
P07196.1	Р07197 .1	Q8NEJ9.1	Q13491.1	Р59665.1	Р08246.1	Q9Y6K9.1	Q9NV10.1
P43490.1	Q14112.1	Q5JPE7.1	Р69849.1	095897.1	Q13253.1	Р05114.1	Р05204.1
P80272.1	Q15233.1	Р29597.1	Р23497.1	Р08651.1	Q14938.1	Q16236.1	Р19838.1
Q6P4R8.1	075694.1	Р52948.1	Р11654 .1	Q8TEM1.1	Q9QY81.1	B4DW92.1	Q9Y6Q9.1
Q9H1E3.1	Р67809.1	Q9H8H0.1	Р78316.1	000567.1	Q9Y2X3.1	Q9NR30.1	Р19338.1
075607.1	Q8NFH5.1	Р03466.1	Р0С025.1	Q99733.1	Q12830.1	Q96RS6.1	Q9H209.1
A6NMS3.1	Р23515.1	Q9HD40.1	295413917 . 1	295413964 . 1	295441897. 1	Q9PWU2.1	Р0С675.1
P11926.1	Р54368.1	Р10451.1	А2ТЗР5.1	А2ТЗТ2.1	Q8TAD7.1	Q9BXB4.1	Q9UBL9.1
P03262.1	Q96ST3.1	Р50897.1	Q8IXS6.1	Q6ZV29.1	Q6ZW49.1	Q9UBV8.1	Q15154.1
Об 0 6 64.1	Q01453.1	060437.1	Р32119.1	043808.1	Q13794.1	Q9H2J4.1	Q8IZ21.1
Q92903.1	095674.1	Q9UKL6.1	Р04180.1	Р30086.1	000329.1	Р42356.1	014986.1
Р57054.1	095394.1	E4NG02.1	Р00558.1	Р18669.1	Р15259.1	Q96FE7.1	Q9Y263.1
Q13393.1	Р26276.1	Q2FZ93.1	B2RID6.1	Q9Y617.1	Р05155.1	Р00747.1	025249.1
Р13796.1	Р07359.1	Р16234.1	Q96CS7 . 1	Q9H7P9.1	Q15149.1	043660.1	Q8IUK5.1
Q6UX71.1	Р09874 . 1	Q460N5.1	Q9UKK3.1	Q15365.1	Q15366.1	Q9BY77.1	A6Q6E9.1
B2RGP7.1	295413956 . 1	I6XH73.1	Q96FM1.1	043525.1	Р19156.1	Р18434.1	P0CG38.1
Q16633.1	084616.1	075915.1	084647.1	Р68950.1	Р02545.1	Q6P2Q9.1	043143.1
Q9HCS7.1	Q96IZ0 . 1	P9WQ27.1	084288.1	Q92841.1	Q15751.1	Q7Z333.1	084419.1
084818.1	B2RJ72.1	Q8N0Y7.1	060312.1	Q9UHA3.1	Р89479.1	Q9H3G5.1	Q02809.1
В07737.1	Q8WUM4.1	Q53EL6.1	Р49683.1	Р12004.1	Q9UQ80.1	Q7Z6L0.1	Q07954.1
Р13674.1	С9JIZ6.1	Q9H7Z7.1	Р40306.1	Р49720.1	Р28074.1	060678.1	014744.1
Р03189.1	Р78543.1	075629.1	084583.1	060888.1	Р30101.1	Q14554.1	Q96JJ7.1
Р03129.1	Q9H8V3.1	Q96PZ2.1	Q8WU58.1	Q96IP4.1	Q92636.1	Q96JP0.1	Q4ZG55.1
Q9ULI3.1	Q96ST2.1	Q7Z3U7.1	Р33215.1	Q8NHV4.1	Q9UFN0.1	060502.1	Q6UWS5.1
Q86U86.1	Р23297.1	Р60903.1	Р06702.1	Р04271.1	Q9UPN6.1	Q6PI26.1	Q6ZMD2.1
Q9BVV6.1	Р14079.1	Q8WUY1.1	Р50616.1	015027.1	Q15436.1	Q15437.1	D4ACF2.1
Q9QJ57.1	Q9QJ42.1	Q70J99.1	Q9GZT5.1	B1AQ67.1	Q9UM07.1	Р21980.1	Q92954.1
Q96JQ0.1	Q9JZQ0.1	A6NMY6.1	Q6FDV9.1	Q5VTE0.1	548558395. 1	Q2VIR3.1	Q58FF8.1
Q9HCE1.1	Р13985.1	A2RGE9.1	Q8IXJ9.1	Q6P2P2.1	D3HT40.1	Р42588.1	56160925. 1
Q53H96.1	Р08559.1	H0YD97.1	000330.1	Р14618.1	Q9BXR0.1	Q9H974.1	Q9H2M9.1
Р35241.1	Q14699.1	P0DJD1.1	Q9BYM8.1	A6NK89.1	Р61106.1	B2RHG7.1	Р04626.1
Q13546.1	Q92932.1	Q16849.1	Р78509.1	Р03209.1	Р35249.1	Р15927.1	Р27694.1
075678.1	Q14257 .1	Q9NQC3.1	Q9BZR6.1	Р10276.1	Р10826.1	Р49788.1	Q8TC12.1
Р10745.1	Р02753.1	Р52566.1	Q7Z6I6 . 1	Q9BRR9.1	Q15052.1	Q8IY67.1	Р11908.1
Q15418.1	Q9UK32.1	043159.1	Q9ULK6.1	Q7L0R7.1	Q9C0B0.1	Q9H0A0.1	000472.1
Р18333.1	Q6PD62.1	Q9NTZ6.1	Q5T481 . 1	Q96EV2.1	Q9BQ04.1	Р35637.1	Q9UKM9.1
Р22087.1	Q9Y230.1	Р31153.1	Q9NSC2.1	094885.1	Q93084.1	Р08168.1	Р10523.1
Q9BQB4.1	014828.1	Q13018.1	Q9UHJ6.1	Q9H4L4.1	Q9GZR1.1	Q15019.1	Q14141.1
015270.1	Q92743.1	043464.1	Р49842.1	Q9BZL6.1	015075.1	Q96GX5.1	Q8TD19.1
Q13153.1	F5GWT4.1	Р63151.1	A6PVN5.1	Q06190.1	Р53041.1	Q8N8A2.1	Q13315.1
Р49591.1	Q86SQ7.1	Р02787.1	Р36952.1	Q14140.1	B7WNR0.1	Р02768.1	Q9BYB0.1
Q5T123.1	Q9BZZ2.1	Р67812.1	Q9BY50.1	Р61009.1	Р37108.1	Р42224.1	Q92783.1
Q96FS4.1	Q9UIB8.1	075094.1	Q55732.1	000193.1	Q7Z3B0.1	Р62304.1	Р62306.1
Р62308.1	Р62314.1	Р62316.1	Р62318.1	Р63162.1	Р14678 .1	Р53814.1	Q13573.1
Q63008.1	Р05023.1	Q96K37.1	Q9NQZ2.1	Q96L92.1	Q14515.1	Q13813.1	Q01082.1
Р63208.1	Р21453.1	Р23246.1	М5JGM9.1	Q9NY15.1	Q7KZF4.1	Q9NQZ5.1	Р16949.1
Р05093.1	Р08686.1	Р36956.1	Q12772.1	Q7Z7C7.1	Q96BY9.1	Р38646.1	Р08254 .1
Q14683.1	095347.1	Q8IY18.1	Р07566.1	Р51649.1	Р14410.1	000391.1	075897.1

- 39 045702

Q8NDZ2.1	Р00441.1	014512.1	Q8IWZ8.1	Q6UWL2.1	Q8TAQ2.1	015056.1	Р60880.1
Q9UQF0.1	015400.1	Q9UNK0.1	B4DHN5.1	000560.1	Q16635.1	Q9Y490.1	Q8N9U0.1
095271.1	D3YTG3.1	Q7Z7G0.1	Q9ULW0.1	Р13686.1	Q86VP1.1	Q96F92.1	Q4KMP7.1
Q9UL17.1	Р01730.1	Q99832.1	F5H7V9.1	Р24821.1	Q9UKZ4.1	Q5VYS8.1	Q92563.1
Q8N6V9.1	Q9Y6M0.1	Р04958.1	Р05452.1	Q8NBS9.1	Q86V81.1	Q86YJ6.1	Q5W42.1
Р40225.1	РО7996.1	Р35442.1	Р04818.1	Р63313.1	Р62328.1	Р01266.1	H7C1F5.1
Р07202.1	Р16473.1	Р21463.1	Q07157.1	Q9NR96.1	J3KNT7.1	Q9Y2L5.1	Р03206.1
Р37837.1	Р20062.1	Р51532.1	Q14241.1	Q7KZ85.1	Р05412.1	A0AVK6.1	Q14469.1
Р31629.1	Р17275.1	Q8NHW3.1	Q9ULX9.1	Р35716.1	Q06945.1	Р57073.1	Q02447.1
Q02446 .1	015164.1	Q9BWW7.1	Q04726.1	Q04727.1	Р02786.1	Q9Y4A5.1	Р01137 . 1
Q15582.1	Р61586.1	Р37802.1	Р29401.1	Р69222.1	Q92616.1	Р51571.1	Q14956.1
Q96GE9.1	Р57088.1	Q9BXS4.1	Q9C0B7.1	Q9Y5L0.1	Р02766.1	Q13428.1	Q5T2D2.1
Q07283.1	Р22102.1	A2RCL1.1	Q8NDV7.1	Q6P9F5.1	Q6ZTA4.1	Р04295.1	014773.1
Q97HE9.1	Q9Y3I0.1	Р17752.1	Q8IWU9.1	Q0VAP8.1	Р68363.1	Q9BQE3.1	Р07437.1
Q9H4B7.1	Q13885.1	Q13509.1	Р04350.1	Р68371.1	Q9BUF5.1	Q14679.1	075347.1
014788.1	Р48023.1	Р43489.1	Р25445.1	Q8N726.1	Q99816.1	Q15672.1	Р14679.1
Р07101.1	Р23458.1	Q9Y2R2.1	Р29350.1	Р78324.1	Р08621.1	Р17133.1	Q62376.1
Р09012.1	Р09234.1	075643.1	Q9UMX0.1	Q9UHD9.1	Q9Y4E8.1	Q9UPT9.1	Q8NFA0.1
Q86T82.1	Q86UV5.1	015205.1	Р62979.1	H0Y5H6.1	Q14157.1	000762.1	Q96LR5.1
Р62253.1	Р22314.1	A0AVT1.1	Q15386.1	Q92575.1	I6ZLG2.1	015294.1	Q9DUC0.1
Q6ZRI6.1	Q9NSG2.1	Q9BWL3.1	Q9NZ63.1	Р0С727.1	Q9ZDE9.1	Q89882.1	Р39999.1
Q12965.1	А2А306.1	A2RGM0.1	A6NG79.1	B8ZS71.1	B8ZUA4.1	E7EPZ9.1	F8W7G7.1
H0Y335.1	J3KP29.1	М7РС26.1	M7PDR8.1	M7Q4Y3.1	Q5T8M8.1	Q7TWS5.1	S5U6K1.1
S5UMF6.1	S5USV8.1	W5Z3U0.1	Q9BSU1.1	Q49AR2.1	Р 6 9 9 9 6.1	Р06132.1	Q709C8.1
075436.1	Q9UBQ0.1	Q96AX1.1	Р32241.1	Q3ASL6.1	Q00341.1	Р08670.1	Р03180.1
Р02774.1	Р04004.1	Q01668.1	000555.1	Р27884.1	043497.1	Р04275.1	Q9Y279.1
Q16864.1	075348.1	Q2M389.1	075083.1	Q9UNX4.1	C9J016.1	Q8IWA0.1	Q6UXN9.1
Q2TAY7.1	Р13010.1	Р12956.1	Q9Y2T7.1	AlJUA3.1	095625.1	Q8NAP3.1	Q96K80.1
Q9Y6R6.1	Q01954.1	Q9P243.1	Q96KR1.1	Q8IWU4.1	Р25311.1

Прогнозирование иммунологического ответа индивида на полипептидный антиген.

Специфические полипептидные антигены индуцируют иммунные ответы только у части субъектовлюдей. В настоящее время не существует диагностического теста, который мог бы прогнозировать, может ли полипептидный антиген, вероятно, индуцировать иммунный ответ у индивида. В частности, существует потребность в тесте, который сможет прогнозировать, является ли человек пациентом с иммунным ответом на вакцину или иммунотерапевтическую композицию.

В соответствии с настоящим изобретением, полипептидный антиген-специфический Тлимфоцитарный ответ индивида определяется наличием в полипептиде одного или более фрагментов, которые могут быть презентированы множеством молекул HLA класса I или множеством молекул HLA класса II индивида.

В некоторых случаях изобретение обеспечивает способ прогнозирования того, будет ли субъект иметь иммунный ответ на введение полипептида, при этом иммунный ответ прогнозируется, если полипептид является иммуногенным, в соответствии с любым способом, описанным в настоящем документе. Ответ цитотоксического Т-лимфоцита прогнозируется, если полипептид содержит по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя молекулами HLA класса I субъекта. Ответ Т-хелпера прогнозируется, если полипептид содержит по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя молекулами HLA класса II субъекта. Прогнозируется отсутствие ответа цитотоксического Т-лимфоцита, если полипептид не содержит ни одной аминокислотной последовательности, которая представляет собой Тлимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя молекулами HLA класса I субъекта. Прогнозируется отсутствие ответа Т-хелпера, если полипептид не содержит ни одной аминокислотной последовательности, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя молекулами HLA класса II субъекта.

В некоторых случаях полипептид является активным компонентом фармацевтической композиции, при этом способ включает прогнозирование формирования или продуцирования антител к лекарственному препарату (ADA, anti-drug antibodies) к полипептиду. Фармацевтическая композиция может представлять собой лекарственный препарат, выбранный из тех, которые перечислены в табл. 8. Согласно настоящему изобретению, формирование ADA будет происходить, если или в той степени, в которой полипептид активного компонента распознается множеством молекул HLA класса II субъекта, что приводит к ответу Т-хелперов, чтобы поддерживать ответ антител на активный компонент. Наличие таких эпитопов (PEPI) может прогнозировать формирование ADA у субъекта. Способ может дополнительно включать выбор или рекомендацию для лечения путем введения субъекту специфической для субъектачеловека фармацевтической композиции, которая, как прогнозируется, индуцирует низкое или нулевое формирование ADA, и, при необходимости, дополнительного введения композиции субъекту. В других случаях способ прогнозирует, что фармацевтическая композиция будет индуцировать неприемлемые ADA, и способ дополнительно включает выбор или рекомендацию, или лечение субъекта с помощью другого лечения или терапии. Полипептид может представлять собой ингибитор контрольных точек. Способ может включать в себя прогнозирование того, ответит ли субъект на лечение ингибитором контрольных точек.

- 40 045702

Таблица 8

Примеры лекарственных препаратов, связанных с побочными эффектами, связанными с ADA

Лекарственный препарат	Побочные эффекты, связанные с ADA
Абциксимаб	анафилаксия
Адалимумаб	антитела к лекарственному препарату и неудача лечения
Базиликсимаб	анафилаксия
Цетуксимаб	иммуноглобулин Е, анафилаксия
Эпоэтин	Опосредованная антителами чистая эритроцитарная аплазия
Эритропоэтин	чистая эритроцитарная аплазия
Этанерцепт	не оказывает заметного влияния на безопасность
Фактор свертывания крови IX	анафилаксия
Инфликсимаб	анафилаксия
октз	анафилаксия
Пеглотиказа	антитела к лекарственному препарату, неудача лечения
rIFN-beta	анафилаксия
Рекомбинантный фактор VIII	анафилаксия
Громбопоэтин	громбоцитопения
Усте кину маб	антитела к устекинумабу, влияющие на эффективность лечения

В настоящее время также не существует теста, который мог бы прогнозировать вероятность того, что человек будет иметь клинический ответ или получит клиническую эффективность от вакцины или иммунотерапевтической композиции. Это важно, поскольку в настоящее время ответы Т-лимфоцитов, измеренные в группе индивидов, участвующих в клинических испытаниях вакцин или иммунотерапии, плохо коррелируют с клиническими ответами. Таким образом, субпопуляция пациентов с клиническим ответом существенно меньше, чем субпопуляция пациентов с иммунным ответом. Следовательно, для обеспечения возможности персонализации вакцин и иммунотерапии важно прогнозировать не только вероятность иммунного ответа у конкретного субъекта, но также то, будет ли иммунный ответ, вызванный лекарственным препаратом, клинически эффективным (например, может ли он убивать раковые клетки или инфицированные патогеном клетки или патогены).

Наличие в вакцине или иммунотерапевтической композиции по меньшей мере двух полипептидных фрагментов (эпитопов), которые могут связываться с по меньшей мере тремя HLA класса I индивида (> 2 PEPI3+), является прогностическим для клинического ответа. Иначе говоря, если > 2 PEPI3+ может быть идентифицировано в полипептиде (полипептидах) активного ингредиента вакцины или иммунотерапевтической композиции, то индивид, вероятно, будет пациентом с клиническим ответом. Термин клинический ответ или клиническая эффективность, используемый в настоящем документе, может означать профилактику или задержку возникновения заболевания или состояния, ослабление одного или более симптомов, возбуждение или продление ремиссии, или задержку повторения или рецидива, или ухудшения, или любое другое улучшение или стабилизацию состояния заболевания субъекта. В соответствующих случаях, клинический ответ может соотноситься с контролем заболевания или объективным ответом, как это определено в руководстве по критерию оценки ответа в солидных опухолях (RECIST, Response Evaluation Criteria In Solid Tumors).

В некоторых случаях изобретение обеспечивает способ прогнозирования того, будет ли субъект иметь клинический ответ на введение фармацевтической композиции, такой как вакцина или иммунотерапевтическая композиция, содержащая один или более полипептидов в качестве активных ингредиентов. Способ может включать определение того, содержат ли один или более полипептидов совместно по меньшей мере две разные последовательности, каждая из которых представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя или, в некоторых случаях по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта; и прогнозирование того, что субъект будет иметь клинический ответ на введение фармацевтической композиции, если один или более полипептидов совместно содержат по меньшей мере две разные последовательности, каждая из которых представляет собой Тлимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя, или в некоторых случаях по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта; или что субъект не будет иметь клинического ответа на введение фармацевтической композиции, если один или более полипептидов совместно содержат не более одной последовательности, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя, или в некоторых случаях по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта.

В контексте этого способа два Т-лимфоцитарных эпитопа отличаются друг от друга, если они

- 41 045702 имеют разные последовательности, а в некоторых случаях также, если они имеют ту же последовательность, которая повторяется в полипептидном антигене-мишени. В некоторых случаях разные Тлимфоцитарные эпитопы в полипептидном антигене-мишени не перекрываются друг с другом.

В контексте этого способа два Т-лимфоцитарных эпитопа отличаются друг от друга, если они имеют разные последовательности, а в некоторых случаях также, если они имеют ту же последовательность, которая повторяется в полипептидном антигене-мишени. В некоторых случаях разные Тлимфоцитарные эпитопы в полипептидном антигене-мишени не перекрываются друг с другом.

В некоторых случаях все фрагменты одного или более полипептидов или полипептидов активного ингредиента, которые являются иммуногенными для конкретного субъекта-человека, идентифицируют с использованием способов, описанных в настоящем документе. Идентификация по меньшей мере одного фрагмента полипептида (полипептидов), который представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта, позволяет предположить, что полипептид (полипептиды) будет индуцировать или, вероятно, индуцирует ответ цитотоксического Т-лимфоцита у субъекта. Идентификация по меньшей мере одного фрагмента полипептида (полипептидов), который представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя или по меньшей мере тремя, или по меньшей мере четырьмя молекулами HLA класса II субъекта, позволяет предположить, что полипептид (полипептиды) будет индуцировать или, вероятно, индуцирует ответ Т-хелпера у субъекта. Идентификация отсутствия фрагментов полипептида (полипептидов), которые представляют собой Т-лимфоцитарные эпитопы, способные связываться с по меньшей мере двумя или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта, позволяет предположить, что полипептид (полипептиды) не будет индуцировать или, вероятно, не индуцирует ответ цитотоксического Т-лимфоцита у субъекта. Идентификация отсутствия фрагментов полипептида (полипептидов), которые представляют собой Т-лимфоцитарные эпитопы, способные связываться с по меньшей мере двумя или по меньшей мере тремя, или по меньшей мере четырьмя молекулами HLA класса II субъекта, позволяет предположить, что полипептид (полипептиды) не будет индуцировать или, вероятно, не индуцирует ответ Т-хелперов у субъекта. Идентификация по меньшей мере двух фрагментов одного или более полипептидов активного ингредиента вакцины или иммунотерапевтической композиции, в которой каждый фрагмент представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта, позволяет предположить, что субъект, вероятнее всего, имеет или будет иметь клинический ответ на введение композиции. Идентификация меньше, чем двух фрагментов одного или более полипептидов, которые представляют собой Т-лимфоцитарные эпитопы, способные связываться с по меньшей мере двумя или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта, позволяет предположить, что субъект с меньшей вероятностью имеет или не будет иметь клинический ответ на введение композиции.

Без привязки к какой-либо теории, одной из причин повышенной вероятности получения клинической эффективности от вакцины/иммунотерапии, включающей по меньшей мере два PEPI, связывающихся с множеством HLA, является то, что популяция пораженных клеток, таких как раковые или опухолевые клетки, или клетки, инфицированные вирусами или патогенами, такими как ВИЧ, часто являются гетерогенными как у пораженных субъектов, так и среди них. Конкретный больной раком, например, может или не может экспрессировать или сверхэкспрессировать конкретный ассоциированный с раком полипептидный антиген-мишень вакцины, или рак может содержать гетерогенные клеточные популяции, некоторые из которых (сверх-)экспрессируют антиген, а некоторые не экспрессируют. Кроме того, вероятность развития резистентности снижается, когда большее количество PEPI, связывающихся с множеством HLA, включено или является мишенью вакцины/иммунотерапии, поскольку у пациента меньше вероятность формирования резистентности к композиции из-за мутации PEPI-мишени (мишеней).

Следовательно, вероятность того, что субъект будет реагировать на лечение, повышается благодаря (i) наличию большего количества PEPI, связывающихся с множеством HLA, в полипептидах активного ингредиента; (ii) наличию PEPI в большем количестве полипептидных антигенов-мишеней; и (iii) (сверх-)экспрессии полипептидных антигенов-мишеней у субъекта или в пораженных клетках субъекта. В некоторых случаях экспрессия полипептидных антигенов-мишеней у субъекта может быть известна, например, если полипептидные антигены-мишени находятся в образце, полученном от субъекта. В других случаях вероятность того, что конкретный субъект или пораженные клетки конкретного субъекта (сверх) экспрессируют специфическую или любую комбинацию полипептидных антигенов-мишеней, может быть определена с использованием данных о частоте экспрессии в популяции. Данные о частоте экспрессии в популяции могут относиться к популяции, соответствующей субъекту и/или заболеванию, или популяции, подлежащей лечению. Например, частота или вероятность экспрессии конкретного ассоциированного с раком антигена в конкретной злокачественной опухоли или субъектом, имеющим конкретную злокачественную опухоль, например рак молочной железы, может быть определена путем обнаружения антигена в опухоли, например образцах рака молочной железы. В некоторых случаях такие частоты экспрессии могут быть определены из опубликованных графических материалов и научных публикаций. В некоторых случаях способ согласно изобретению включает этап определения частоты экспрессии релевантного полипептидного антигена-мишени в соответствующей популяции.

- 42 045702

Раскрыт ряд фармакодинамических биомаркеров для прогнозирования активности/эффективности вакцин у отдельных субъектов-людей, а также в популяциях субъектов-людей. Биомаркеры были разработаны специально для противораковых вакцин, но аналогичные биомаркеры могут быть использованы для других вакцин или иммунотерапевтических композиций. Эти биомаркеры ускоряют разработку более эффективной вакцины, а также снижают стоимость разработки, и могут использоваться для оценки и сравнения различных композиций. Типичными являются следующие биомаркеры.

AG95 - эффективность вакцины: Количество антигенов в противораковой вакцине, которое специфический тип опухоли экспрессирует с вероятностью 95%. AG95 является показателем эффективности вакцины и не зависит от иммуногенности используемых для приготовления вакцины антигенов. AG95 вычисляют по данным частоты экспрессии опухолевого антигена. Такие данные могут быть получены из экспериментов, опубликованных в экспертных научных журналах. Технически, AG95 определяют по биномиальному распределению антигенов в вакцине, и он учитывает все возможные вариации и частоты экспрессии.

Количество PEPI3+ - иммуногенность вакцины у субъекта: Полученные из вакцины PEPI3+ представляют собой индивидуальные эпитопы, которые связываются с по меньшей мере 3 HLA субъекта и индуцируют Т-лимфоцитарные ответы. PEPI3+ можно определить с помощью теста PEPI3+ у субъектов, для которых известен полный 4-значный генотип HLA.

Количество АР - антигенность вакцины у субъекта: Количество используемых для приготовления вакцины антигенов с PEPI3+. Вакцины содержат последовательности из полипептидных антигеновмишеней, экспрессируемых пораженными клетками. Количество АР представляет собой количество антигенов в вакцине, которые содержат PEPI3+, и количество АР репрезентирует количество антигенов в вакцине, которые могут индуцировать Т-лимфоцитарные ответы у субъекта. Количество АР характеризует специфические для используемого для приготовления вакцины антигена Т-лимфоцитарные ответы субъекта, поскольку оно зависит только от генотипа HLA субъекта и не зависит от заболевания, возраста и лекарственного лечения субъекта. Правильное значение находится между 0 (отсутствие PEPI, презентируемого антигеном) и максимальным количеством антигенов (все антигены презентируют PEPI).

АР50 - антигенность вакцины в популяции: Среднее количество используемых для приготовления вакцины антигенов с PEPI в популяции. АР50 подходит для характеристики специфических для антигена, используемого для приготовления вакцины, ответов Т-лимфоцитов в данной популяции, поскольку они зависят от генотипа HLA у субъектов в популяции.

Количество AGP - эффективность вакцины у субъекта: Количество используемых для приготовления вакцины антигенов, экспрессируемых в опухоли с PEPI. Количество AGP указывает количество опухолевых антигенов, которые вакцина распознает, и индуцирует Т-лимфоцитарный ответ на них (поражение мишени). Количество AGP зависит от частоты экспрессии используемого для приготовления вакцины антигена в опухоли субъекта и генотипа HLA субъекта. Правильное значение находится между 0 (отсутствие PEPI, презентируемого экспрессируемым антигеном) и максимальным количеством антигенов (все антигены экспрессируются и презентируют PEPI).

AGP50 - эффективность противораковой вакцины в популяции: Среднее количество используемых для приготовления вакцины антигенов, экспрессируемых в указанной опухоли с PEPI (т. е. AGP) в популяции. AGP50 указывает среднее количество опухолевых антигенов, которые могут распознавать Тлимфоцитарные ответы, вызванные вакциной. AGP50 зависит от частоты экспрессии антигенов в показанном типе опухоли и иммуногенности антигенов в заданной популяции. AGP50 может оценивать эффективность вакцины в разных популяциях и может использоваться для сравнения разных вакцин в той же популяции. Вычисление

AGP50 аналогично вычислению, применяемому для AG50, за исключением того, что экспрессия взвешивается по распространенности PEPI3+ у субъекта на экспрессируемых антигенах, используемых для приготовления вакцины. В теоретической популяции, в которой каждый субъект имеет PEPI от каждого используемого для приготовления вакцины антигена, AGP50 будет равно AG50. В другой теоретической популяции, в которой ни один субъект не имеет PEPI от какого-либо используемого для приготовления вакцины антигена, AGP50 будет равно 0. В целом, справедливо следующее утверждение: 0 < AGP50 < AG50. mAGP - потенциальный биомаркер для выбора вероятных пациентов с ответом: Вероятность того, что противораковая вакцина индуцирует Т-лимфоцитарные ответы на множество антигенов, экспрессируемых в указанной опухоли. mAGP вычисляют по частотам экспрессии используемых для приготовления вакцины антигенов, например, в опухоли, и по наличию PEPI, происходящих из вакцины, у субъекта. Технически, основываясь на распределении AGP, mAGP является суммой вероятностей множества AGP (> 2 AGP).

Результаты прогноза, изложенные выше, могут быть использованы для обоснования решений врача относительно лечения субъекта. Соответственно, в некоторых случаях полипептид представляет собой активный ингредиент, например вакцину или иммунотерапевтическую композицию, при этом способ согласно изобретению прогнозирует, что субъект будет иметь, вероятно, будет иметь или имеет вероятность, большую минимальной пороговой вероятности, наличия иммунного ответа и/или клинического

- 43 045702 ответа на лечение, включающее введение полипептида активного ингредиента субъекту, и способ дополнительно включает выбор лечения или выбор вакцины или иммунотерапевтической композиции для лечения конкретного субъекта-человека. Также обеспечен способ лечения с помощью специфической для субъекта фармацевтической композиции, набора или панели полипептидов, содержащей один или более полипептидов в качестве активных ингредиентов, причем определено, что фармацевтическая композиция, набор или панель полипептидов имеют пороговую минимальную вероятность индуцирования клинического ответа у субъекта, при этом вероятность ответа была определена с использованием способа, описанного в настоящем документе. В некоторых случаях минимальный порог определяется одним или более фармакодинамических биомаркеров, описанных в настоящем документе, например, минимальным количеством PEPI3+ (например, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12, или более PEPI3+), минимальным количеством AGP (например, AGP=по меньшей мере 2 или по меньшей мере 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, или 12, или более) и/или минимальным mAGP (например, AGP=не менее 2 или не менее 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, или 12, или более). Например, в некоторых случаях субъекта выбирают для лечения, если его вероятность ответа таргетированного на предварительно определенное количество полипептидных антигеновмишеней, при этом полипептидные антигены-мишени (прогнозируемые) необязательно экспрессированы, превышает предварительно определенное пороговое значение (например, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12, или более). В качестве альтернативы, способ может прогнозировать, что один или более полипептид (полипептиды) композиции не будет индуцировать Т-лимфоцитарный ответ и/или клинический ответ у субъекта, и дополнительно включает выбор другого лечения для конкретного субъекта-человека.

Прогнозирование аутоиммунного или токсического иммунного ответа на полипептидный антиген.

Различия между HLA могут влиять на вероятность того, что субъект будет испытывать иммунотоксичность от лекарственного препарата или полипептида, вводимого субъекту. Токсический иммунный ответ может возникнуть, если полипептид, вводимый субъекту, содержит фрагмент, который соответствует фрагменту антигена, экспрессируемого в нормальных здоровых клетках субъекта, и который содержит аминокислоту, представляющую собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с множеством молекул HLA класса I субъекта. Таким образом, в некоторых случаях в соответствии с изобретением включается идентификация токсического иммуногенного участка или фрагмента полипептида или идентификация субъектов, которые могут испытывать иммунотоксичность в ответ на введение одного или более полипептидов или их фрагментов. Полипептид может представлять собой активный ингредиент вакцины или иммунотерапевтической композиции, как описано в настоящем документе.

Способ может включать определение того, содержит ли полипептид (полипептиды) последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя или, в других случаях, по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта. В некоторых случаях способ включает определение того, содержит ли полипептид последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере четырьмя или по меньшей мере пятью молекулами HLA класса I субъекта; или аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере четырьмя или по меньшей мере пятью, или по меньшей мере шестью, или по меньшей мере семью HLA класса II субъекта. Способ может дополнительно включать идентификацию указанной последовательности как токсической иммуногенной для субъекта или прогнозирование токсического иммунного ответа у субъекта. В других случаях идентифицируется отсутствие указанной аминокислотной последовательности, и способ дополнительно включает прогнозирование отсутствия токсического иммунного ответа у субъекта. Способ может дополнительно включать выбор или рекомендацию по лечению субъекта путем введения одного или более полипептидов или фармацевтической композиции, которая согласно прогнозу индуцирует отсутствие иммунотоксичности или низкую иммунотоксичность, и, при необходимости, дополнительного лечения субъекта путем введения полипептида. Изобретение также обеспечивает способ лечения субъекта, нуждающегося в этом, путем введения субъекту указанного полипептида или композиции.

В некоторых случаях способ, описанный в настоящем документе, дополнительно включает мутирование полипептида, который, по прогнозам, является иммуногенным для субъекта, или который, по прогнозам, является иммуногенным у части субъектов в популяции людей. Также обеспечен способ снижения иммуногенности полипептида, который был идентифицирован как иммуногенный для субъекта или для части популяции людей, как описано в настоящем документе. Полипептид может быть мутирован для уменьшения количества PEPI в полипептиде или для уменьшения у субъекта или указанной популяции количества молекул HLA класса I или класса II, которые связываются с фрагментом полипептида, идентифицированным как иммуногенный у субъекта или у части указанной популяции. В некоторых случаях мутация может снижать или предотвращать токсический иммунный ответ, или может повышать эффективность путем предотвращения формирования ADA у субъекта или у части указанной популяции. Мутированный полипептид может быть дополнительно выбран или рекомендован для лечения указанного субъекта или субъекта указанной популяции. Субъект может дополнительно получать лечение путем введения мутированного полипептида. Изобретение также обеспечивает способ лечения субъекта, нуждающегося в этом, путем введения субъекту такого мутированного полипептида.

- 44 045702

Прогнозирование иммунологического ответа популяции людей на полипептидный антиген.

Способы, описанные в настоящем документе, могут быть использованы для прогнозирования ответа или частоты ответа большей популяции людей на введение одного или более полипептидов или композиций, содержащих один или более полипептидов. В некоторых случаях способ согласно изобретению можно повторять для множества субъектов-людей, чтобы спрогнозировать ответ или частоту ответа у этих субъектов. В других случаях способ согласно изобретению можно повторять для каждого субъекта в соответствующей выборочной или смоделированной популяции субъектов, а результаты использовать для прогнозирования или определения ответа или частоты ответа в большей популяции людей, представленной выборочной или смоделированной популяцией. Выборочная/смоделированная популяция может соответствовать фармацевтической композиции, предназначенной для лечения популяции. Релевантная популяция представляет собой группу, являющуюся репрезентативной или похожей на популяцию, для которой или внутри которой должно проводиться лечение фармацевтической композицией. В некоторых случаях выборочная/смоделированная популяции является репрезентативной для всей человеческой расы. В других случаях выборочная/смоделированная популяция может соответствовать заболеванию или субъекту большей популяции (субпопуляции), например, по этнической принадлежности, географическому положению, полу, возрасту, заболеванию или раку, заболеванию или типу, или стадии рака, генотипу, экспрессии одного или более биомаркеров, частично по генотипу HLA (например, субъекты имеют один или более конкретных аллелей HLA). Например, выборочная/смоделированная популяция может иметь геномы HLA класса I и/или класса II, являющиеся репрезентативными для геномов, обнаруженных в мировой популяции, или у субъектов, имеющих конкретное заболевание или состояние, или этническое происхождение, из определенного географического местоположения, или имеющих определенный связанный с заболеванием биомаркер (например, женщины, имеющие мутацию BRCA для вакцины против рака молочной железы). В некоторых случаях выборочная/смоделированная популяция является репрезентативной по меньшей мере на 70%, или на 75%, или на 80%, или на 84%, или на 85%, или на 86%, или на 90%, или на 95% от более широкой популяции по разнообразию HLA и/или частоте HLA.

Способ может включать этап выбора или определения соответствующей выборочной или смоделированной популяции. Каждый субъект в выборочной/смоделированной популяции минимально определяется своим генотипом HLA класса I или класса II, например, полный 4-значный генотип HLA класса I. Данные, относящиеся к генотипу HLA выборочной/смоделированной популяции, могут храниться или записываться в базу данных или извлекаться из нее, или могут представлять собой смоделированную in silico популяцию людей.

В некоторых случаях способы, описанные в настоящем документе, могут быть использованы для проведения клинического испытания in silico, которое прогнозирует долю пациентов с иммунным ответом или долю пациентов с клиническим ответом в популяции для данного лекарственного препарата, такого как вакцина или иммунотерапевтическая композиция. Это полезно для предварительного выбора лекарств, которые, вероятно, будут иметь высокие показатели эффективности при прохождении клинических испытаний.

Популяция индивидов или субпопуляция индивидов может включать в себя исследуемую группу клинического испытания in silico, проводимого с лекарственным препаратом. Каждый индивид в исследуемой группе характеризуется собственным генотипом HLA. Можно рассчитать долю лиц в исследуемой группе, имеющих > 1 PEPI2+, или > 1 PEPI3+, или > 1 PEPI4^+, или > 1 PEPI5+, полученных из полипептидов лекарственного препарата. В контексте настоящего изобретения ее назвали показатель PEPI. Если не указано иное, показатель PEPI относится конкретно к оценке > 1 PEPI3+. Этот показатель PEPI прогнозирует долю субъектов с Т-лимфоцитарными ответами в клиническом испытании, проведенном с тем же лекарственным препаратом в соответствующей группе пациентов.

Настоящее изобретение относится к способу проведения испытания in silico для вакцины или иммунотерапевтической композиции, содержащей один или более полипептидных активных ингредиентов. Испытание in silico может спрогнозировать частоту ответа цитотоксического Т-лимфоцита в популяции людей. Способ может включать: (i) отбор или определение смоделированной in silico популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса I, при этом смоделированная in silico популяция людей может быть соответствующей или репрезентативной, или релевантной относительно подлежащей лечению указанной популяции людей, в которой должна быть спрогнозирована частота ответа цитотоксических Т-лимфоцитов; (ii) определение для каждого субъекта в смоделированной in silico популяции людей того, содержит ли один или более полипептидов активного ингредиента по меньшей мере одну последовательность, представляющую собой PEPI2+, PEPI3+, PEPI4+ или PEPI5+ (в зависимости от размера, пути введения и адъювантов композиции полипептида); и (iii) прогнозирование частоты ответа цитотоксических Т-лимфоцитов (указанной популяции людей), при этом более высокая доля смоделированной in silico популяции людей, которая соответствует требованиям этапа (ii), прогнозирует более высокую частоту ответа цитотоксических Т-лимфоцитов. Доля смоделированной in silico популяции людей, которая соответствует требованиям этапа (ii), может коррелиро

- 45 045702 вать или соответствовать прогнозируемой частоте ответа в популяции, подлежащей лечению.

Корреляция между наличием ограниченных по HLA эпитопов и частотой иммунного ответа и/или частотой клинического ответа не была продемонстрирована клиническими испытаниями предшествующего уровня техники. Это поднимает вопрос о механизме действия иммунотерапии. Представленные в настоящем документе примеры показывают, что для клинически значимого ответа может потребоваться активация цитотоксических Т-лимфоцитов (CTL, cytotoxic T lymphocyte) на множество мишеней, например, против гетерогенных опухолей. До настоящего времени ответы CTL, о которых сообщалось в клинических испытаниях, не учитывали ни множество мишеней, ни множество HLA. Например, пептидная вакцина против меланомы, мишенью которой являются два антигена (тирозиназа и gp100), вызывала ответы CTL у 52% пациентов, но только 12% имели клиническую эффективность. При использовании смоделированной in silico популяции из 433 субъектов, был определен показатель > 1 PEPI3+ 42% (у 42% мог быть идентифицирован по меньшей мере один эпитоп, полученный из вакцины, который может быть презентирован по меньшей мере тремя HLA класса I субъекта) и показатель > 2 PEPI3+ 6% (у 6% могли быть идентифицированы по меньшей мере два эпитопа, полученные из вакцины, которые могут быть презентированы по меньшей мере тремя HLA класса II субъекта). Это объясняет, почему клинические исследователи не обнаружили корреляции между частотой ответа CTL и частотой клинического ответа в своем исследовании: пептиды в вакцине показали плохие результаты в исследовании, поскольку имелось всего несколько пациентов, у которых оба из двух разных вакцинных пептидов могли активировать ответы CTL. Расхождение между результатами клинического испытания и нашего исследования in silico основано на разных популяциях, поскольку в каждой популяции были субъекты с разными генотипами HLA. Однако результаты частоты ответов, представленные в исследовании in silico на смоделированной популяции, являются хорошим прогнозом для результатов частоты ответов в популяции клинических испытаний.

Следовательно, настоящее изобретение представляет собой способ проведения испытания in silico для вакцины или иммунотерапевтической композиции, содержащей один или более полипептидов активных ингредиентов. Испытание in silico может спрогнозировать частоту клинического ответа в популяции людей. Способ может включать (i) отбор или определение смоделированной in silico популяции людей, включающей множество субъектов, определенных генотипом HLA класса I, при этом смоделированная in silico популяция может быть соответствующей или репрезентативной для указанной популяции людей (релевантной относительно подлежащей лечению популяции), в которой должна быть спрогнозирована частота клинического ответа; (ii) определение для каждого субъекта в смоделированной in silico популяции людей того, содержит ли один или более полипептидов активного ингредиента по меньшей мере две разные последовательности, каждая из которых представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя или по меньшей мере четырьмя, или по меньшей мере пятью HLA класса I субъекта; и (iii) прогнозирование частоты клинического ответа (указанной популяции людей), при этом более высокая доля смоделированной in silico популяции людей, которая соответствует требованиям этапа (ii), прогнозирует более высокую частоту ответа цитотоксических Тлимфоцитов. Доля смоделированной in silico популяции людей, которая соответствует требованиям этапа (ii), может коррелировать или соответствовать прогнозируемой частоте ответа в популяции, подлежащей лечению.

Эквивалентный способ может быть использован для прогнозирования, например, частоты иммунной токсичности, частоты ответа ингибитора контрольных точек, частоты формирования ADA или частоты ответа Т-хелперов популяции (или субпопуляции) людей на введение полипептида или фармацевтической композиции, содержащей один или более полипептидов в качестве активных ингредиентов.

В некоторых случаях способ может быть повторен для одного или более дополнительных полипептидов или их фрагментов, или вакцины, или фармацевтических, или иммунотерапевтических композиций. Полипептиды, фрагменты или композиции могут быть ранжированы в соответствии с прогнозируемыми частотами ответа в указанной популяции людей. Этот способ полезен для выбора наиболее эффективных или наиболее безопасных полипептидных лекарственных препаратов для проходящей лечение популяции.

Составление и получение фармацевтических композиций.

В некоторых аспектах изобретение обеспечивает способ составления или получения полипептида или полинуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид, для индуцирования иммунного ответа, ответа цитотоксического Т-лимфоцита, или ответа Т-хелпера у субъекта-человека (например, в заданной или намеченной для лечения популяции). Изобретение также обеспечивает иммуногенную композицию или фармацевтическую композицию, набор или панель пептидов, способы их составления или получения, композиции, которые могут быть получены этими способами, и их применение в способе индуцирования иммунного ответа, ответа цитотоксического Т-лимфоцита или ответа Т-хелпера у субъекта, или способ лечения, вакцинации или обеспечения иммунотерапии субъекту.

Способы включают идентификацию и/или выбор Т-лимфоцитарного эпитопа, который связывается с множеством, например, по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I отдельных субъектов в по

- 46 045702 пуляции-мишени с высокой частотой, и составление или/и получение полипептида, который содержит один или более таких эпитопов (PEPI3+). Такая популяция PEPI3+ с высокой частотой может упоминаться в настоящем документе как bestEPI. Согласно настоящему изобретению bestEPI индуцируют иммунные ответы у высокой доли субъектов-людей в конкретной или заданной популяции людей. Полипептид может представлять собой активный ингредиент в фармацевтической композиции или наборе, или панели полипептидов для применения в способе лечения субъекта конкретной или заданной популяции людей.

В некоторых случаях bestEPI способен связываться с множеством, например, с по меньшей мере тремя HLA класса I и/или с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II у высокого процента субъектов в выборочной или смоделированной популяции, такой как описанная в настоящем документе. В некоторых случаях высокий процент может быть по меньшей мере или не менее чем 1, 2, 5, 10, 12, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 или 50% соответствующей популяции или субпопуляции субъектов-людей. В некоторых случаях высокий процент относится к проценту субъектов в популяции, имеющих другие PEPI3+. Например, PEPI3+ может быть наиболее частым в популяции, или более частым, чем 50%, или 55%, или 60%, или 65%, или 70%, или 75%, или 80%, или 85%, или 90%, или 95%, или 97.% или 99% от всех PEPI3+ и/или PEPI4+, и/или PEPI4+ в одном или более контрольных полипептидных антигенов-мишеней.

В некоторых случаях вероятность того, что полипептидный антиген-мишень экспрессируется у субъекта конкретной или заданной популяции, учитывается для определения общей вероятности того, что bestEPI будет индуцировать иммунный ответ, который имеет мишенью полипептидный антиген, который экспрессируется субъектом конкретной или заданной популяции людей. В некоторых случаях прогнозируется, что bestEPI экспрессирует как релевантный полипептидный антиген-мишень, так и множество, например по меньшей мере три молекулы HLA класса I или по меньшей мере три молекулы HLA класса II, способные связываться с bestEPI по меньшей мере или не менее чем 1, 2, 5, 10, 12, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 или 50% соответствующей популяции субъектов-людей.

В некоторых случаях множество Т-лимфоцитарных эпитопов/РЕР13⁺ необязательно от одного или более полипептидных антигенов-мишеней могут быть ранжированы по проценту субъектов в смоделированной или подлежащей лечению популяции, имеющих множество, например, по меньшей мере три молекулы HLA класса I или по меньшей мере три молекулы HLA класса II, способные связываться с каждым фрагментом; или по проценту субъектов в смоделированной или подлежащей лечению популяции, которые, по прогнозу, экспрессируют как полипептидный антиген-мишень, содержащий фрагмент, так и множество, например, по меньшей мере три молекулы HLA класса I или по меньшей мере три молекулы HLA класса II, способные связываться с фрагментами. Пептид или композиция могут быть составлены таким образом, чтобы они содержали один или более PEPI3+, которые выбраны на основе рейтинга.

Обычно каждый bestEPI представляет собой фрагмент полипептидного антигена-мишени, а полипептиды, которые содержат один или более bestEPI, являются полипептидными антигенами-мишенями для лечения, вакцинации или иммунотерапии. Способ может включать этап идентификации одного или более подходящих полипептидных антигенов-мишеней. Обычно каждый полипептидный антигенмишень будет ассоциирован с одним и тем же заболеванием или состоянием, патогенным организмом или группой патогенных организмов, или вирусом, или типом рака.

Композиция, набор или панель могут содержать, или способ может включать выбор для каждого bestEPI последовательности до 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10 или 9 последовательных аминокислот полипептидного антигена-мишени, такого как полипептид, описанный в данном документе, причем указанные последовательные аминокислоты составляют аминокислотную последовательность bestEPI.

В некоторых случаях аминокислотная последовательность фланкирована на N- и/или С-конце дополнительными аминокислотами, которые не являются частью жесткой последовательности полипептидного антигена-мишени. В некоторых случаях последовательность фланкирована до 41, или 35, или 30, или 25, или 20, или 15, или 10, или 9, или 8, или 7, или 6, или 5, или 4, или 3, или 2, или 1 дополнительной аминокислотой на N- и/или С- конце или между фрагментами полипептидов-мишеней. В других случаях каждый полипептид либо состоит из фрагмента полипептидного антигена-мишени, либо состоит из двух или более таких фрагментов, расположенных конец в конец (расположенных последовательно в пептиде конец в конец) или перекрывающихся в одном пептиде (в котором два или более фрагментов содержат частично перекрывающиеся последовательности, например, когда два bestEPI в одном полипептиде находятся в пределах 50 аминокислот друг от друга).

Когда фрагменты разных полипептидов или из разных участков одного и того же полипептида составляют в сконструированный пептид, существует вероятность образования неоэпитопов вблизи соединения или стыка. Такие неоэпитопы охватывают по меньшей мере одну аминокислоту из каждого фрагмента с каждой стороны соединения или стыка, и могут упоминаться в настоящем документе как составные аминокислотные последовательности. Неоэпитопы могут индуцировать нежелательные Тлимфоцитарные ответы против здоровых клеток (аутоиммунитет). Пептиды могут быть составлены, или

- 47 045702 полипептиды могут быть подвергнуты скринингу, чтобы элиминировать или свести к минимуму неоэпитопы, которые соответствуют фрагменту белка, экспрессируемого в нормальных здоровых клетках человека, и/или неоэпитопы, которые способны связываться с по меньшей мере двумя, или в некоторых случаях с по меньшей мере тремя, или по меньшей мере четырьмя молекулами HLA класса I субъекта, или в некоторых случаях по меньшей мере двумя, или по меньшей мере тремя, четырьмя или пятью молекулами HLA класса II субъекта. В некоторых случаях пептид составляют или полипептид подвергают скринингу для элиминирования полипептидов, имеющих соединительный неооэпитоп, который способен связываться у субъектов-людей с более чем пороговым значением процента в конкретной, заданной или смоделированной популяции с по меньшей мере двумя молекулами HLA класса I, экспрессируемыми отдельными субъектами популяции. В некоторых случаях пороговое значение составляет 30%, или 20%, или 15%, или 10%, или 5%, или 2%, или 1%, или 0,5% указанной популяции. Способы согласно настоящему изобретению могут быть использованы для идентификации или скрининга таких неоэпитопов, как описано в настоящем документе. Выравнивание может быть определено с использованием известных методов, таких как алгоритмы BLAST. Программное обеспечение для проведения анализов BLAST общедоступно через Национальный центр биотехнологической информации (http://www.ncbi.nltn.nih.gov/).

По меньшей мере оба из двух bestEPI из полипептидов композиции могут иметь мишенью один антиген (например, полипептидная вакцина, содержащая два PEPI, связывающиеся с множеством HLA, полученные из одного антигена, например антигена, ассоциированного с опухолью, являющегося мишенью вакцины/иммунотерапии), или могут иметь целью разные антигены (например, полипептидная вакцина, содержащая один PEPI, связывающийся с множеством HLA, полученный из одного антигена, например, антигена, ассоциированного с опухолью, и второй PEPI, связывающийся с множеством HLA, полученный из другого антигена, например, другого антигена, ассоциированного с опухолью, оба из которых являются мишенью вакцины/иммунотерапии).

В некоторых случаях полипептид (полипептиды) активного ингредиента совместно содержат, или способ включает выбор всех или по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 или 40 или более разных bestEPI. BestEPI могут представлять собой фрагменты одного или более разных полипептидных антигеновмишеней. Путем идентификации специфических фрагментов каждого полипептидного антигена-мишени, которые являются иммуногенными для большой доли субъектов в заданной популяции, можно объединить множество таких фрагментов, необязательно из множества разных полипептидных антигеновмишеней, в одном полипептиде активного ингредиента или множестве полипептидов активного ингредиента, предназначенных для использования в комбинации, или максимизировать количество клонов Тлимфоцитов, которые могут быть активированы одним или более полипептидов определенной длины.

В настоящее время большинство вакцин и иммунотерапевтических композиций таргетировано только на один полипептидный антиген. Однако согласно настоящему изобретению в некоторых случаях полезно обеспечить фармацевтическую композицию или полипептид активного ингредиента, который имеет мишенью два или более разных полипептидных антигенов. Например, большинство раковых образований или опухолей являются гетерогенными, в том смысле, что разные раковые или опухолевые клетки субъекта (сверх-)экспрессируют разные антигены. Опухолевые клетки разных больных раком также экспрессируют разные комбинации ассоциированных с опухолью антигенов. Наиболее эффективными противораковыми иммуногенными композициями являются, вероятно, те, которые таргетированы на множество антигенов, экспрессируемых опухолью, и, следовательно, на большее количество раковых или опухолевых клеток у отдельного субъекта-человека или в популяции.

Благоприятный эффект от комбинирования множества PEPI в одном лечебном препарате (введение одной или более фармацевтических композиций, которые совместно содержат множество PEPI), можно проиллюстрировать с помощью персонализированных полипептидов вакцины, описанных ниже в примерах 17 и 18. Примеры вероятностей экспрессии СТА при раке яичников следующие: BAGE: 30%; MAGE A9: 37%; MAGE A4: 34%; MAGE A10: 52%. Если бы пациент XYZ получал вакцину, содержащую PEPI только в семействе В AGE и MAGE A9, то вероятность наличия mAGP (множество экспрессируемых антигенов с PEPI) составила бы 11%. Если бы пациент XYZ получал вакцину, содержащую только PEPI для СТА MAGE A4 и MAGE A10, то вероятность наличия множества AGP составила бы 19%. Однако если бы вакцина содержала все 4 из этих СТА (BAGE, MAGE A9, MAGE A4 и MAGE A10), то вероятность наличия mAGP составила бы 50%. Иначе говоря, эффективность будет больше, чем объединенные вероятности mAGP для обоих лекарственных препаратов с двумя PEPI (вероятность mAGP для BAGE/MAGE+ вероятность mAGP для MAGE A4 и MAGE A10). Вакцина PIT пациента XYZ, описанная в примере 17, содержит дополнительно 9 PEPI, и, таким образом, вероятность наличия mAGP составляет более 99,95%.

Аналогично, примеры вероятностей экспрессии СТА при раке молочной железы следующие: MAGE C2: 21%; MAGE A1: 37%; SPC1: 38%; MAGE A9: 44%. Лечение пациента ABC с помощью вакцины, содержащей PEPI только в MAGE C2: 21% и MAGE A1, имеет вероятность mAGP 7%. Лечение пациента ABC с помощью вакцины, содержащей PEPI только в SPC1: 38%; MAGE А9 имеет вероятность mAGP 11%. Лечение ABC пациента вакциной, содержащей PEPI в MAGE C2: 21%; MAGE A1: 37%;

- 48 045702

SPC1: 38%; MAGE A9 имеет вероятность mAGP 44% (44 > 7 + 11). Вакцина PIT пациента ABC, описанная в примере 18, содержит дополнительно 8 PEPI, и, таким образом, вероятность наличия mAGP составляет более 99,93%.

Соответственно, в некоторых случаях bestEPI полипептидов активного ингредиента происходят от двух или более разных полипептидных антигенов-мишеней, например, разных антигенов, ассоциированных с конкретным заболеванием или состоянием, например разных антигенов, ассоциированных с раком или опухолью, или антигенов, экспрессируемых патогеном-мишенью. В некоторых случаях PEPI происходят в общей сложности или по меньшей мере от 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 или 40 или более разных полипептидных антигенов-мишеней. Разные полипептидные антигены-мишени могут представлять собой какиелибо другие полипептиды, на которые полезно воздействовать, или на которые могут избирательно подвергаться воздействию разных PEPI3+. В некоторых случаях разные полипептидные антигены-мишени представляют собой не гомологи или не паралоги, или имеют идентичность последовательностей по всей длине каждого полипептида менее 95%, или 90%, или 85%, или 80%, или 75%, или 70%, или 60%, или 50%. В некоторых случаях разные полипептиды представляют собой полипептиды, которые не имеют общих PEPI3+. В качестве альтернативы, в некоторых случаях PEPI3+ происходят от разных полипептидных антигенов-мишеней, когда они не являются общими с другими полипептидными антигенами, которые являются мишенью полипептидов активного ингредиента.

В некоторых случаях один или более, или каждый из фрагментов иммуногенного полипептида происходит от полипептида, который имеется в образце, взятом у конкретного субъекта-человека (например, из заданной популяции). Это указывает на то, что полипептид экспрессируется у субъекта, например, антиген, ассоциированный с раком или опухолью, или раково-тестикулярный антиген, экспрессируемый раковыми клетками субъекта. В некоторых случаях один или более, или каждый из полипептидов представляет собой мутационный неоантиген или экспрессионный неоантиген субъекта. Один или более, или каждый фрагмент может содержать неоантиген-специфическую мутацию.

В других случаях один или более, или каждый из фрагментов иммуногенного полипептида происходит от полипептидного антигена-мишени, который обычно не экспрессируется или минимально экспрессируется в нормальных здоровых клетках или тканях, но экспрессируется в высокой пропорции (с высокой частотой у) субъектов или в пораженных клетках субъекта, имеющего конкретное заболевание или состояние, как описано выше. Способ может включать идентификацию или отбор такого полипептидного антигена-мишени. В некоторых случаях два или более, или каждый из фрагментов/bestEPI иммуногенного полипептида происходят от разных антигенов, ассоциированных с раком или опухолью, каждый из которых (сверх-)экспрессируется с высокой частотой у субъектов, имеющих тип рака или рак, производный от конкретного типа клетки или ткани. В некоторых случаях фрагменты иммуногенного полипептида происходят в общей сложности или по меньшей мере от 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 или 40 разных ассоциированных с раком или опухолью полипептидов. В некоторых случаях один или более, или каждый, или по меньшей мере один, по меньшей мере два, по меньшей мере три, по меньшей мере четыре, по меньшей мере пять, или по меньшей мере шесть, или по меньшей мере семь полипептидов выбраны из антигенов, перечисленных в любой из табл. 2-7.

В некоторых случаях один или более, или каждый из полипептидных антигенов-мишеней представляет собой раково-тестикулярный антиген (СТА). В некоторых случаях фрагменты/bestEPI иммуногенного полипептида имеют по меньшей мере 1 или по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 или 25 СТА, или из общего количества 3 или более разных полипептидных антигенов-мишеней, необязательно, в которых 1, 2 или все три или по меньшей мере три представляют собой СТА, или из 4 или более разных полипептидных антигенов, необязательно, в которых 1, 2, 3 или все четыре или по меньшей мере 1, 2, 3 или 4 представляют собой СТА, или из 5 или более разных полипептидных антигенов, необязательно, в которых 1, 2, 3, 4 или все пять или по меньшей мере 1, 2, 3, 4 или 5 представляют собой СТА или из 6 или более разных полипептидных антигенов, необязательно в которых 1, 2, 3, 4, 5 или все шесть или по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5 или 6 представляют собой СТА или 7 или более разных полипептидных антигенов, необязательно, в которых 1, 2, 3, 4, 5, 6 или все 7 или по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6 или 7 представляют собой СТА, или из 8 или более разных полипептидных антигенов, необязательно, в которых 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или все 8 или по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8 представляют собой СТА. В некоторых случаях один или более, или каждый из полипептидных антигенов-мишеней экспрессируется бактерией, вирусом или паразитом.

В некоторых случаях один или более полипептидных фрагментов содержит аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя или с по меньшей мере тремя HLA класса I у большого процента субъектов в популяции, и один или более полипептидных фрагментов содержит аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя, или с по меньшей мере тремя, или с по меньшей мере четырьмя HLA класса II субъекта у большого процента субъектов в популяции, причем фрагменты, связывающие HLA класса I и HLA класса II, могут

- 49 045702 необязательно перекрываться. Композиция, полученная таким способом, может индуцировать как ответ цитотоксического Т-лимфоцита, так и ответ Т-хелпера у субъекта.

Иммуногенные и фармацевтические композиции, способы лечения и способы введения

В некоторых аспектах изобретение относится к фармацевтической композиции, набору или панелям полипептидов, описанным выше, имеющим один или более полипептидов в качестве активного ингредиента (ингредиентов). Они могут быть использованы в способе индуцирования иммунного ответа, лечения, вакцинации или обеспечения иммунотерапии субъекту, и фармацевтическая композиция может представлять собой вакцину или иммунотерапевтическую композицию. Такое лечение включает введение субъекту одного или более полипептидов или фармацевтических композиций, которые совместно содержат все полипептиды активного ингредиента для лечения субъекта. Множество полипептидов или фармацевтических композиций могут быть введены совместно или последовательно, например, все фармацевтические композиции или полипептиды могут вводиться субъекту в течение периода 1 год, или 6 месяцев, или 3 месяца, или 60, или 50, или 40, или 30 дней.

Иммуногенные или фармацевтические композиции или наборы, описанные в настоящем документе, могут содержать, в дополнение к одному или более иммуногенных пептидов, фармацевтически приемлемый наполнитель, носитель, разбавитель, буфер, стабилизатор, консервант, адъювант или другие материалы, хорошо известные специалистам в данной области. Такие материалы предпочтительно являются нетоксичными и предпочтительно не влияют на фармацевтическую активность активного ингредиента (ингредиентов). Фармацевтический носитель или разбавитель может представлять собой, например, водосодержащие растворы. Точный характер носителя или другого материала может зависеть от способа введения, например, пероральный, внутривенный, кожный или подкожный, назальный, внутримышечный, внутрикожный и внутрибрюшинный пути.

Фармацевтические композиции согласно изобретению могут содержать один или более фармацевтически приемлемых носителей. Обычно это крупные медленно метаболизируемые макромолекулы, такие как белки, сахариды, полимолочные кислоты, полигликолевые кислоты, полимерные аминокислоты, аминокислотные сополимеры, сахароза (Paoletti e др., 2001, Vaccine, 19:2118), трегалоза (WO 00/56365), лактоза и липидные агрегаты (такие как капли масла или липосомы). Такие носители хорошо известны специалистам в данной области. Фармацевтические композиции также могут содержать разбавители, такие как вода, физиологический раствор, глицерин и т. п. Кроме того, могут иметься вспомогательные вещества, такие как смачивающие или эмульгирующие агенты, буферные вещества для поддержания уровня pH, и т. п. Стерильный апирогенный, фосфатно-солевой буфер представляет собой типичный носитель (Gennaro, 2000, Remington: The Science and Practice of Pharmacy (Наука и практика фармации), 20-е издание, ISBN: 0683306472).

Фармацевтические композиции согласно изобретению могут быть лиофилизированными или в водной форме, то есть в растворах или суспензиях. Жидкие композиции этого типа позволяют вводить композиции непосредственно из упакованной формы без необходимости восстановления в водной среде и, таким образом, являются идеальными для инъекций. Фармацевтические композиции могут быть представлены во флаконах или в готовых заполненных шприцах. Шприцы могут поставляться с иглами или без них. Шприц будет содержать одну дозу, тогда как флакон может содержать одну дозу или множество доз.

Жидкие композиции согласно изобретению также подходят для восстановления других лекарственных препаратов из лиофилизированной формы. Когда фармацевтическая композиция должна использоваться для такого немедленного восстановления, изобретение обеспечивает набор, который может содержать два флакона или может содержать один готовый заполненный шприц и один флакон, причем содержимое шприца используют для восстановления содержимого флакона перед инъекцией.

Фармацевтические композиции согласно настоящему изобретению могут содержать антимикробное средство, в частности, когда оно упаковано в форме множества доз. Могут быть использованы антимикробные препараты, такие как 2-феноксиэтанол или парабены (метил, этил, пропилпарабены). Какой-либо консервант предпочтительно имеется при низких уровнях. Консервант может быть добавлен экзогенно и/или может быть компонентом массы антигенов, которые смешаны для образования композиции (например, имеются в качестве консерванта в антигенах коклюша).

Фармацевтические композиции согласно изобретению могут содержать детергент, например Tween (полисорбат), DMSO (dimethyl sulfoxide, диметилсульфоксид), DMF (dimethylformamide, диметилформамид). Детергенты обычно имеются при низких уровнях, например < 0,01%, но также могут использоваться при более высоких уровнях, например 0,01-50%.

Фармацевтические композиции согласно изобретению могут содержать соли натрия (например хлорид натрия) и свободные фосфат-ионы в растворе (например, с использованием фосфатного буфера).

В некоторых вариантах осуществления фармацевтическая композиция может быть капсулирована в подходящем носителе либо для доставки пептидов в антигенпрезентирующие клетки, либо для повышения стабильности. Как будет понятно специалисту в данной области, для доставки фармацевтической композиции согласно изобретению подходят разнообразные носители. Не имеющие ограничительного характера примеры подходящих систем доставки структурированной текучей среды могут включать на

- 50 045702 ночастицы, липосомы, микроэмульсии, мицеллы, дендримеры и другие фосфолипидсодержащие системы. Способы введения фармацевтических композиций в носители для доставки известны в данной области.

Для повышения иммуногенности композиции фармакологические композиции могут содержать один или более адъювантов и/или цитокинов.

Подходящие адъюванты включают соль алюминия, такую как гидроксид алюминия или фосфат алюминия, но могут также представлять собой соль кальция, железа или цинка или могут представлять собой нерастворимую суспензию ацилированного тирозина или ацилированных Сахаров, или могут представлять собой катионно или анионно дериватизированные сахариды, полифосфазены, биоразлагаемые микросферы, монофосфориллипид A (MPL, monophosphoryl lipid), производные липида А (например, пониженной токсичности), 3-О-деацилированный MPL [3D-MPL], адъювант quil А, сапонин, QS21, неполный адъювант Фрейнда (Difco Laboratories, Detroit, Mich.), адъювант Merck Adjuvant 65 (Merck and Company, Inc., Rahway, NJ), AS-2 (Smith-Kline Beecham, Philadelphia, PA), CpG-олигонуклеотиды, биоадгезивы и мукоадгезивы, микрочастицы, липосомы, полиоксиэтиленовые эфирные композиции, композиции сложных полиоксиэтиленовых эфиров, мурамилпептиды или соединения имидазохинолонов (например, имиквамод и его гомологи). В качестве адъювантов также могут быть использованы иммуномодуляторы человека, подходящие для использования в качестве адъювантов в изобретении, включая цитокины, такие как интерлейкины (например, IL-1, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-12 и т. п.), макрофагальный колониестимулирующий фактор (M-CSF), фактор некроза опухолей (TNF), гранулоциты, макрофагальный колониестимулирующий фактор (GM-CSF).

В некоторых вариантах осуществления композиции содержат адъювант, выбранный из группы, состоящей из Montanide ISA-51 (Seppic, Inc., Fairfield, NJ, США), QS-21 (Aquila Biopharmaceuticals, Inc., Lexington, Mass., США), GM-CSF, циклофосамида, бациллы Кальмета-Герена (BCG), коринебактерии парвум, левамизола, азимезона, изопринизона, динитрохлорбензола (DNCB), гемоцианинов лимфы улитки (KLH, keyhole limpet hemocyanins), адъюванта Фрейнда (полный и неполный), минеральных гелей, гидроксида алюминия (квасцы), лизолецитина, плюрониловых полиолов, полианионов, масляных эмульсий, динитрофенола, токсина дифтерии (DT, diphtheria toxin).

В качестве примера, цитокин может быть выбран из группы, состоящей из трансформирующего фактора роста (TGF, transforming growth factor), такого как TGF-α и TGF-β, но не ограничиваясь ими; инсулиноподобного фактора роста-I и/или инсулиноподобного фактора роста-II; эритропоэтина (ЕРО, erythropoietin); остеоиндуктивного фактора; интерферона, такого как, но не ограничиваясь этим, интерферон -α, -β и -γ; колониестимулирующего фактора (CSF), такого как, но не ограничиваясь этим, макрофаг-CSF (M-CSF); гранулоцит-макрофаг-CSF (GM-CSF); и гранулоцит-CSF (G-CSF). В некоторых вариантах осуществления этот цитокин выбран из группы, состоящей из факторов роста нервов, таких как NGF-β; фактора роста тромбоцитов; трансформирующего фактора роста (TGF), такого как, но не ограничиваясь этим, TGF-α и TGF-β; инсулиноподобного фактора роста-I и инсулиноподобного фактора ростаII; эритропоэтина (ЕРО); остеоиндуктивного фактора; интерферона (IFN), такого как, но не ограничиваясь этим, IFN-α, IFN-β и IFN-γ; колониестимулирующего фактора (CSF), такого как макрофаг-CSF (МCSF); гранулоцит-макрофага-CSF (GM-CSF); и гранулоцита-CSF (G-CSF); интерлейкина (D), такого как, но не ограничиваясь ими, IL-1, IL-1.альфа, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-10, IL-11, IL-12; IL-13, IL-14, IL-15, IL-1.альфа, IL-17, IL-18; LIF; набора лигандов или FLT-3; ангиостатина; тромбоспондина; эндостатиан; фактора некроза опухоли (TNF, tumor necrosis factor); и LT.

Ожидается, что адъювант или цитокин можно добавлять в количестве примерно от 0,01 до 10 мг на дозу, предпочтительно в количестве примерно от 0,2 до 5 мг на дозу. В качестве альтернативы, адъювант или цитокин могут находиться в концентрации примерно от 0,01 до 50%, предпочтительно в концентрации примерно от 2 до 30%.

В определенных аспектах фармацевтические композиции согласно настоящему изобретению получают путем физического смешивания адъюванта и/или цитокина с PEPI в соответствующих стерильных условиях в соответствии с известными методиками для получения конечного продукта.

Примеры подходящих композиций полипептидных фрагментов и способов введения представлены в документах Esseku and Adeyeye (2011) и Van den Mooter G. (2006). Получение вакцин и иммунотерапевтических композиций в общем описано в Vaccine Design (The subunit and adjuvant approach (Метод субъединиц и адъювантов) (под ред. Powell MF & Newman MJ (1995), Plenum Press, Нью-Йорк). Инкапсуляция в липосомах, которая также предусмотрена, описана Fullerton, патент США 4235877.

В некоторых вариантах осуществления композиции, раскрытые в настоящем документе, получают в виде вакцины на основе нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления нуклеиновокислотная вакцина представляет собой ДНК-вакцину. В некоторых вариантах осуществления ДНКвакцины или генные вакцины содержат плазмиду с промотором и подходящими элементами регулирования транскрипции и трансляции и последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую один или более полипептидов согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления плазмиды также содержат последовательности для усиления, например, уровней экспрессии, внутриклеточного направле

- 51 045702 ния или протеасомального процессинга. В некоторых вариантах осуществления ДНК-вакцины содержат вирусный вектор, содержащий последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую один или более полипептидов согласно изобретению. В дополнительных аспектах композиции, раскрытые в настоящем документе, содержат одну или более нуклеиновых кислот, кодирующих пептиды, для которых определено, что они имеют иммунореактивность с биологическим образцом. Например, в некоторых вариантах осуществления композиции содержат одну или более нуклеотидных последовательностей, кодирующих 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 или более пептидов, содержащих фрагмент, который представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II пациента. В некоторых вариантах осуществления пептиды получены из антигена, который экспрессируется при раке. В некоторых вариантах осуществления ДНК или генная вакцина также кодирует иммуномодулирующие молекулы для манипулирования получающимися в результате иммунными реакциями, такими как повышение эффективности вакцины, стимуляция иммунной системы или снижение иммуносупрессии. Стратегии повышения иммуногенности ДНК или генных вакцин включают кодирование ксеногенных версий антигенов, слияние антигенов с молекулами, которые активируют Т-лимфоциты или запускают ассоциативное узнавание, праймирование ДНК-векторами с последующим усилением вирусным вектором и использование иммуномодулирующих молекул. В некоторых вариантах осуществления ДНК-вакцину вводят с помощью иглы, генной пушки, аэрозольного инжектора, с помощью пластырей, через микроиглы, путем абразии, среди других форм. В некоторых формах ДНК-вакцина включена в липосомы или другие формы нанотел. В некоторых вариантах осуществления ДНК-вакцина включает систему доставки, выбранную из группы, состоящей из агента для трансфекции; протамина; протаминовой липосомы; частиц полисахарида; катионной наноэмульсии; катионного полимера; катионной полимерной липосомы; катионной наночастицы; наночастицы катионного липида и холестерина; катионного липида, холестерина, и наночастицы PEG (polyethyleneglycol, полиэтиленгликоль); наночастицы дендримера. В некоторых вариантах осуществления ДНК-вакцины вводят путем ингаляции или приема внутрь. В некоторых вариантах осуществления ДНК-вакцину вводят в кровь, тимус, поджелудочную железу, кожу, мышцы, опухоль или другие участки.

В некоторых вариантах осуществления композиции, раскрытые в настоящем документе, получают в виде вакцины на основе РНК. В некоторых вариантах осуществления РНК представляет собой нереплицирующуюся мРНК или самоамплифицирующуюся РНК вирусного происхождения. В некоторых вариантах осуществления нереплицирующаяся мРНК кодирует пептиды, раскрытые в настоящем документе, и содержит 5'- и 3'-нетранслируемые области (UTR, untranslated regions). В некоторых вариантах осуществления самоамплифицирующаяся РНК вирусного происхождения кодирует не только пептиды, раскрытые в настоящем документе, но также механизм репликации вируса, который обеспечивает возможность амплификации внутриклеточной РНК и избыточной экспрессии белка. В некоторых вариантах осуществления РНК непосредственно вводят индивиду. В некоторых вариантах осуществления РНК химически синтезируется или транскрибируется in vitro. В некоторых вариантах осуществления мРНК получают из линейной ДНК-матрицы с использованием РНК-полимеразы фага Т7, Т3 или Sp6, и полученный продукт содержит открытую рамку считывания, которая кодирует раскрытые в настоящем документе пептиды, фланкирующие UTR, 5' кэп и поли-(А) хвост. В некоторых вариантах осуществления различные варианты 5' кэпов добавляют во время или после реакции транскрипции с использованием кэпирующего вирус коровьей оспы фермента, или путем включения аналогов синтетического кэпа или антиреверсивного кэпа. В некоторых вариантах осуществления оптимальная длина поли-(А) хвоста добавляется к мРНК либо непосредственно из кодирующей ДНК-матрицы, либо с использованием поли(А)полимеразы. РНК кодирует один или более пептидов, содержащих фрагмент, который представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II пациента. В некоторых вариантах осуществления фрагменты получены из антигена, который экспрессируется при раке. В некоторых вариантах осуществления РНК включает сигналы для усиления стабильности и трансляции. В некоторых вариантах осуществления РНК также включает нуклеотиды неприродного происхождения для увеличения времени полужизни или модифицированные нуклеозиды для изменения иммуностимулирующего профиля. В некоторых вариантах осуществления РНК вводят с помощью иглы, генной пушки, аэрозольного инжектора, с помощью пластырей, через микроиглы, путем абразии, среди других форм. В некоторых формах РНК-вакцина включена в липосомы или другие формы нанотел, которые облегчают клеточное поглощение РНК и защищают ее от деградации. В некоторых вариантах осуществления РНК-вакцина включает систему доставки, выбранную из группы, состоящей из агента для трансфекции; протамина; протаминовой липосомы; частицы полисахарида; катионной наноэмульсии; катионного полимера; катионной полимерной липосомы; катионной наночастицы; наночастицы катионного липида и холестерина; наночастицы катионного липида, холестерина и PEG; наночастицы дендримера; и/или оголенной мРНК; оголенной мРНК с электропорацией in vivo, мРНК с комплексом протамина; мРНК, связанной с положительно заряженной катионной наноэмульсией типа масло в воде; мРНК, связанной с химически модифицированным дендримером и образующей комплекс с полиэтиленгликоль (PEG)-липидом; мРНК с

- 52 045702 комплексом протамина в PEG-липидной наночастице; мРНК, связанной с катионным полимером, таким как полиэтиленимин (PEI, polyethylenimine); мРНК, связанной с катионным полимером, таким как PEI и липидный компонент; мРНК, связанной с полисахаридной (например, хитозан) частицей или гелем; мРНК в катионных липидных наночастицах (например, 1,2-диолеоилокси-3-триметиламмониумпропан (DOTAP, l,2-dioleoyloxy-3-trimethylammoniumpropane) или диолеоилфосфатидилэтаноламин (DOPE, dioleoylphosphatidylethanolamine) липиды); мРНК, образующей комплекс с катионными липидами и холестерином; или мРНК, образующей комплекс с катионными липидами, холестерином и PEG-липидом. В некоторых вариантах осуществления РНК-вакцины вводят путем ингаляции или приема внутрь. В некоторых вариантах осуществления РНК вводят в кровь, тимус, поджелудочную железу, кожу, мышцу, опухоль или другие участки и/или посредством внутрикожного, внутримышечного, подкожного, интраназального, интранодального, внутривенного, внутриселезеночного, внутриопухолевого или другого пути доставки.

Полинуклеотидные или олигонуклеотидные компоненты могут быть оголенными нуклеотидными последовательностями или находиться в комбинации с катионными липидами, полимерами или системами таргетирования. Они могут быть доставлены любым доступным способом. Например, полинуклеотид или олигонуклеотид может быть введен с помощью инъекции иглой, предпочтительно внутрикожно, подкожно или внутримышечно. В качестве альтернативы, полинуклеотид или олигонуклеотид может быть доставлен непосредственно через кожу с использованием устройства доставки, например, опосредованная частицами доставка гена. Полинуклеотид или олигонуклеотид может быть введен местно на кожу или на поверхности слизистой оболочки, например, путем интраназального, перорального или интраректального введения.

Поглощение полинуклеотидных или олигонуклеотидных конструкций может быть улучшено несколькими известными способами трансфекции, например, такими, которые включают использование агентов трансфекции. Примеры этих агентов включают катионные агенты, например, фосфат кальция и DEAE-декстран (диэтиламиноэтилдекстран), а также липофектанты, например липофектам и трансфектам. Дозировка вводимого полинуклеотида или олигонуклеотида может быть изменена.

Введение обычно осуществляют в профилактически эффективном количестве или терапевтически эффективном количестве (в зависимости от обстоятельств, хотя профилактику можно считать терапией), достаточном для того, чтобы привести к клиническому ответу или продемонстрировать клиническую эффективность для индивида, например в эффективном количестве для профилактики или задержки начала заболевания или состояния, для ослабления одного или более симптомов, для индуцирования или продления ремиссии, или для задержки повторения или рецидива.

Доза может быть определена в соответствии с различными параметрами, особенно в зависимости от используемого вещества; возраста, веса и состояния человека, подлежащего лечению; пути введения; и требуемого режима. Количество антигена в каждой дозе выбирают как количество, которое индуцирует иммунный ответ. Врач сможет определить необходимый путь введения и дозировку для какого-либо конкретного человека. Доза может быть доставлена в виде одной дозы или может быть доставлена в виде множества доз, например, принимаемых с регулярными интервалами, например, 2, 3 или 4 дозы, вводимых ежечасно. Обычные пептиды, полинуклеотиды или олигонуклеотиды обычно вводят в пределах от 1 пг до 1 мг, более типично от 1 пг до 10 мкг для опосредованной частицами доставки и от 1 мкг до 1 мг, более типично 1-100 мкг, более типично 5-50 мкг для других путей. Как правило, ожидается, что каждая доза будет содержать 0,01-3 мг антигена. Оптимальное количество для конкретной вакцины может быть установлено с помощью исследований, включающих наблюдение иммунных ответов у субъектов.

Примеры методов и протоколов, упомянутых выше, можно найти в Remington's Pharmaceutical Sciences, 20^th Edition, 2000, pub. Lippincott, Williams & Wilkins.

В некоторых случаях в соответствии с настоящим изобретением вводят больше, чем один пептид или композиция пептидов. Две или более фармацевтических композиций могут быть введены совместно/одновременно и/или в разное время или последовательно. Таким образом, изобретение включает в себя наборы фармацевтических композиций и их применение. Использование комбинации разных пептидов, необязательно таргетированных на разные антигены, важно для преодоления проблем генетической гетерогенности опухолей и гетерогенности HLA у индивидов. Использование пептидов согласно изобретению в комбинации расширяет группу людей, которые могут испытать клиническую эффективность от вакцинации. Множество фармацевтических композиций PEPI, изготовленных для применения в одной схеме, могут образовывать лекарственный продукт.

Пути введения включают, но не ограничиваются ими, интраназальный, пероральный, подкожный, внутрикожный и внутримышечный. Подкожное введение является особенно предпочтительным. Подкожное введение может быть, например, инъекцией в брюшной отдел, боковые и передние стороны плеча или бедра, лопаточную область спины или верхнюю вентродорсальную ягодичную область.

Композиции согласно изобретению также могут вводиться в виде одной или более доз, а также другими путями введения. Например, такие другие пути включают внутрикожный, внутривенный, внутрисосудистый, внутриартериальный, внутрибрюшинный, интратекальный, интратрахеальный, интракардиальный, интралобальный, интрамедуллярный, внутрилегочный и интравагинальный. В зависимости от

- 53 045702 желаемой продолжительности лечения, композиции согласно изобретению могут быть введены один или более раз, также периодически, например, ежемесячно в течение нескольких месяцев или лет, и в разных дозировках.

Твердые лекарственные формы для перорального введения включают капсулы, таблетки, таблетки в виде капсул, пилюли, порошки, шарики и гранулы. В таких твердых дозированных формах активный ингредиент обычно объединяют с одним или более фармацевтически приемлемых наполнителей, примеры которых подробно описаны выше. Пероральные препараты также могут быть введены в виде водных суспензий, эликсиров или сиропов. Для них активный ингредиент может быть объединен с различными подсластителями или ароматизаторами, красителями и, если это желательно, эмульгирующими и/или суспендирующими агентами, а также разбавителями, такими как вода, этанол, глицерин и их комбинации.

Может быть введена одна или более композиций согласно изобретению, или могут быть выполнены способы и применения для лечения в соответствии с изобретением, отдельно или в сочетании с другими фармакологическими композициями или методами лечения, например, химиотерапией и/или иммунотерапией, и/или вакциной. Другие терапевтические композиции или способы лечения могут, например, представлять собой один или более из описанных в настоящем документе, и могут быть введены либо одновременно, либо последовательно (до или после) композиции или лечения согласно настоящему изобретению.

В некоторых случаях лечение может назначаться в сочетании с терапией блокадой контрольных точек/ингибиторами контрольных точек, костимулирующими антителами, цитотоксической или нецитотоксической химиотерапией и/или радиотерапией, направленной терапией или терапией моноклональными антителами. Было продемонстрировано, что химиотерапия повышает чувствительность опухолей к уничтожению опухолеспецифическими цитотоксическими Т-лимфоцитами, индуцированными вакцинацией (Ramakrishnan et al., J Gin Invest. 2010; 120(4): 111 1-1124). Примеры химиотерапевтических агентов включают алкилирующие агенты, в том числе азотистые иприты, такие как мехлоретамин (HN2), циклофосфамид, ифосфамид, мелфалан (L-сарколизин) и хлорамбуцил; антрациклины; эпотилоны; нитрозомочевины, такие как кармустин (BCNU), ломустин (CCNU), семустин (метил-CCNU) и стрептозоцин (стрептозотоцин); триазены, такие как декарбазин (DTIC; dimethyltriazenoimidazole-carboxamide), диметилтриазеноимидазол-карбоксамид, этиленимины/метилмеламины, такие как гексаметилмеламин, тиотепа; алкилсульфонаты, такие как бусульфан, антиметаболиты, включая аналоги фолиевой кислоты, такие как метотрексат (аметоптерин); алкилирующие агенты, антиметаболиты, аналоги пиримидина, такие как фторурацил (5-фторурацил; 5-FU), флоксуридин (фтордезоксиуридин; FUdR) и цитарабин (цитозинарабинозид), аналоги пурина и родственные ингибиторы, такие как меркаптопурин (6-меркаптопурин; 6МР), тиогуанин (6-тиогуанин, TG) и пентостатин (2'-дезоксикоформицин); эпиподофилотоксины; ферменты, такие как L-аспарагиназа; модификаторы биологического ответа, такие как IFN6, IL-2, G-CSF и GM-CSF; координационные комплексы платины, такие как цисплатин (цис-DDP), оксалиплатин и карбоплатин; антрацендионы, такие как митоксантрон и антрациклин, замещенная мочевина, такая как гидроксимочевина, производные метилгидразина, включая прокарбазин (N-метилгидразин, MIH) и прокарбазин; адренокортикальные супрессанты, такие как митотан (o,p'-DDD) и аминоглутетимид; таксол и аналоги/производные; гормоны/гормональная терапия и агонисты/антагонисты, включая антагонисты адренокортикостероидных гормонов, такие как преднизон и его эквиваленты, дексаметазон и аминоглютетимид, прогестин, такие как гидроксипрогестерон капроит, медроксипрогестерон ацетат и мегестрол ацетат, эстроген, например, эквиваленты диэтилстильбэстрола и этинилэстрадиола, антиэстроген, например, тамоксифен, андрогены, включая тестостерона пропионат и флуоксиместерон/эквиваленты, антиандрогены, такие как флутамид, аналоги гонадотропин-высвобождающего гормона и лейпролид и нестероидные антиандрогены, такие как флутамид; натуральные продукты, включая алкалоиды барвинка, такие как винбластин (VLB) и винкристин, эпиподофиллотоксины, такие как этопозид и тенипозид, антибиотики, такие как дактиномицин (актиномицин D), даунорубицин (дауномицин; рубидомицин), доксорубицин, блеомицин, пликамицин (митрамицин) и митомицин (митомицин С), ферменты, такие как Lаспарагиназа, и модификаторы биологического ответа, такие как альфеномы интерферона.

В некоторых случаях способ лечения представляет собой способ вакцинации или способ обеспечения иммунотерапии. Используемый в настоящем документе термин иммунотерапия представляет собой лечение заболевания или состояния путем индуцирования или усиления иммунного ответа у индивида. В некоторых вариантах осуществления иммунотерапия относится к терапии, которая включает введение одного или более лекарственных препаратов индивиду для индуцирования Т-лимфоцитарных ответов. В конкретном варианте осуществления иммунотерапия относится к терапии, которая включает введение или экспрессию полипептидов, которые содержат один или более PEPI, индивиду, чтобы индуцировать Т-лимфоцитарный ответ, для распознавания и уничтожения клеток, которые представляют один или более PEPI на клеточной поверхности, в сочетании с HLA класса I. В другом конкретном варианте осуществления иммунотерапия включает введение одного или более PEPI индивиду для индуцирования ответа цитотоксического Т-лимфоцита на клетки, которые представляют антигены, ассоциированные с опухолью (ТАА), или раково-тестикулярные антигены (СТА), содержащие один или более PEPI на

- 54 045702 клеточной поверхности. В другом варианте осуществления иммунотерапия относится к терапии, включающей введение или экспрессию полипептидов, которые содержат один или более PEPI, представленных HLA класса II, индивиду, чтобы вызвать ответ Т-хелперов для обеспечения костимуляции цитотоксических Т-лимфоцитов, которые распознают и уничтожают пораженные клетки, представляющие один или более PEPI на клеточной поверхности в сочетании с HLA класса I. В еще одном конкретном варианте осуществления иммунотерапия относится к терапии, включающей введение индивиду одного или более лекарственных препаратов, которые повторно активируют существующие Т-лимфоциты для уничтожения клеток-мишеней. Теоретически считается, что ответ цитотоксического Т-лимфоцита будет элиминировать клетки, представляющие один или более PEPI, тем самым улучшая клиническое состояние индивида. В некоторых случаях иммунотерапия может использоваться для лечения опухолей. В других случаях иммунотерапия может использоваться для лечения внутриклеточных патогенных заболеваний или нарушений.

В некоторых случаях изобретение относится к лечению рака или лечению солидных опухолей. Лечение может быть направлено против рака или злокачественных или доброкачественных опухолей любого типа клеток, тканей или органов. Рак может быть или не быть метастатическим. Типичные виды раковых образований включают карциномы, саркомы, лимфомы, лейкемии, опухоли половых клеток или бластомы. Рак может быть или не быть гормонально связанным или зависимым раком (например, эстроген- или андроген-связанный рак).

В других случаях изобретение относится к лечению вирусной, бактериальной, грибковой или паразитарной инфекции, или любого другого заболевания или состояния, которое можно лечить с помощью иммунотерапии.

Системы.

Изобретение обеспечивает систему, содержащую модуль памяти, выполненный с возможностью хранения данных, содержащих генотипы HLA класса I и/или класса II каждого субъекта смоделированной популяции субъектов-людей; и аминокислотную последовательность одного или более тестируемых полипептидов; при этом смоделированная популяция является репрезентативной для тестируемой заданной популяции людей; и вычислительный модуль, выполненный с возможностью идентификации и/или количественного определения аминокислотных последовательностей в одном или более тестируемых полипептидов, которые способны связываться с множеством молекул HLA класса I каждого субъекта в смоделированной популяции и/или аминокислотными последовательностями в одном или более тестируемых полипептидов, которые способны связываться с множеством молекул HLA класса II каждого субъекта в смоделированной популяции. Система может дополнительно содержать модуль вывода данных, выполненный с возможностью отображения каких-либо выходных данных относительно прогнозирования или выбора, или рекомендаций по лечению, описанных в настоящем документе, или значения какого-либо фармодинамического биомаркера, описанного в настоящем документе.

Дополнительные варианты осуществления изобретения.

1. Фармацевтическая композиция для лечения заболевания или расстройства у субъекта из заданной популяции людей, содержащая один или более полипептидов, каждый из которых содержит по меньшей мере первый участок и второй участок, причем (a) первый участок длиной 10-50 аминокислот содержит первую аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, и (b) второй участок длиной 10-50 аминокислот содержит вторую аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции;

причем аминокислотная последовательность Т-лимфоцитарного эпитопа каждого из первого и второго участков содержит разные последовательности.

2. Фармацевтическая композиция по п.1, содержащая по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, или по меньшей мере 12 разных полипептидов.

3. Фармацевтическая композиция по п.1, содержащая 2-40 разных полипептидов.

4. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, содержит от 7 до 11 аминокислот, и/или Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, содержит от 13 до 17 аминокислот.

5. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой первый участок длиной 10-50 аминокислот происходит от антигена; и второй участок длиной 10-50 аминокислот происходит от такого же или другого антигена.

- 55 045702

6. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой эпитопы первого и второго участков происходят от одного антигена.

7. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой эпитопы первого и второго участков происходят от двух или более разных антигенов.

8. Фармацевтическая композиция по п.5, в которой антиген представляет собой антиген, ассоциированный с раком, антиген, ассоциированный с опухолью, или антиген, экспрессируемый патогенным организмом-мишенью, антиген, экспрессируемый вирусом, антиген, экспрессируемый бактерией, антиген, экспрессируемый грибком, антиген, ассоциированный с аутоиммунным заболеванием, или представляет собой аллерген.

9. Фармацевтическая композиция по п.5, в которой антиген выбран из антигенов, перечисленных в табл. 2-7.

10. Фармацевтическая композиция по п.6, в которой два или более разных антигенов выбраны из антигенов, перечисленных в табл. 2-7, и/или разных антигенов, ассоциированных с раком.

11. Фармацевтическая композиция по п.9, в которой один или более антигенов представляют собой раково-тестикулярные антигены (СТА).

12. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой одни или более полипептидов дополнительно содержат до 10 аминокислот, фланкирующих Т-лимфоцитарный эпитоп, которые не являются частью жесткой последовательности, фланкирующей эпитоп в соответствующем антигене.

13. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой один или более полипептидов были подвергнуты скринингу для элиминирования по существу всех неоэпитопов, которые охватывают соединение между первым участком и вторым участком, и которая (i) соответствует фрагменту полипептида человека, экспрессируемому в здоровых клетках; (ii) представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, или (iii) соответствует требованиям как (i), так и (ii).

14. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой заданная популяция представляет собой онкологических больных и в которой каждый из первого участка и второго участка содержит аминокислотную последовательность, представляющую собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с HLA класса I, и при этом для каждого Т-лимфоцитарного эпитопа (i) по меньшей мере 10% субъектов в заданной популяции экспрессируют ассоциированный с опухолью антиген, выбранный из антигенов, перечисленных в табл. 2, которые содержат Т-лимфоцитарный эпитоп; и (ii) по меньшей мере 10% субъектов в заданной популяции имеют по меньшей мере три молекулы HLA класса I, способные связываться с Т-лимфоцитарным эпитопом;

причем Т-лимфоцитарный эпитоп первого и второго участков отличаются один от другого.

15. Фармацевтическая композиция по п.1, дополнительно содержащая фармацевтически приемлемый адъювант, разбавитель, носитель, консервант или их комбинацию.

16. Фармацевтическая композиция по п.15, в которой адъювант выбран из группы, состоящей из Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, циклофосамида, бациллы Кальмета-Герена (BCG), коринебактерии парвум, левамизола, азимезона, изопринизона, динитрохлорбензола (DNCB), гемоцианинов лимфы улитки (KLH), адъюванта Фрейнда (полный), адъюванта Фрейнда (неполный), минеральных гелей, гидроксида алюминия (квасцы), лизолецитина, плюрониловых полиолов, полианионов, масляных эмульсий, динитрофенола, токсина дифтерии (DT, diphtheria toxin) и их комбинации.

17. Набор, содержащий одну или более отдельных емкостей, каждая из которых содержит:

(i) один или более полипептидов, содержащих по меньшей мере первый участок и второй участок, при этом (а) первый участок длиной 10-50 аминокислот содержит первую аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, и (b) второй участок длиной 10-50 аминокислот содержит вторую аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, при этом аминокислотная последовательность Т-лимфоцитарного эпитопа каждого из первого и второго участков содержит разные последовательности, и (ii) фармацевтически приемлемый адъювант, разбавитель, носитель, консервант или их комбинацию.

18. Набор по п.19, дополнительно содержащий упаковку-вкладыш.

19. Фармацевтическая композиция, содержащая: одну или более молекул нуклеиновой кислоты, экспрессирующих один или более полипептидов, содержащих по меньшей мере первый участок и второй участок, при этом (a) первый участок длиной 10-50 аминокислот содержит первую аминокислотную последователь

- 56 045702 ность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, и (b) второй участок длиной 10-50 аминокислот содержит вторую аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, при этом аминокислотная последовательность Т-лимфоцитарного эпитопа каждого из первого и второго участков содержит разные последовательности.

20. Способ получения полипептида или полинуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид, для использования в способе индуцирования иммунного ответа у субъекта в заданной популяции людей, при этом способ включает в себя:

(i) выбор:

(a) релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса I и/или генотипом HLA класса II, или (b) одной релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса I, и одной релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса П;

(ii) идентификацию фрагмента до 50 последовательных аминокислот антигена, который содержит:

(a) Т-лимфоцитарный эпитоп, способный у высокого процента субъектов смоделированной популяции, выбранной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса I, связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I отдельных субъектов смоделированной популяции;

(b) Т-лимфоцитарный эпитоп, способный у высокого процента субъектов смоделированной популяции, выбранной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса II, связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II отдельных субъектов смоделированной популяции; или (c) Т-лимфоцитарный эпитоп, способный, у большого процента субъектов смоделированной популяции, выбранной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса I, связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I отдельных субъектов смоделированной популяции, и Т-лимфоцитарный эпитоп, способный у большого процента субъектов смоделированной популяции, выбранной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса II, связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II отдельных субъектов смоделированной популяции, и (iii) получение полипептида или полинуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид, содержащий один или более фрагментов, идентифицированных на этапе (ii).

21. Способ по п.20, дополнительно включающий перед этапом (iii) выбор более длинного фрагмента антигена, если фрагмент, выбранный на этапе (ii), представляет собой эпитоп, связывающийся с HLA класса I, более длинный фрагмент которого содержит аминокислотную последовательность, которая (a) содержит фрагмент, выбранный на этапе (ii), и (b) представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с молекулой HLA класса II, у большого процента субъектов смоделированной популяции, выбранной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса II, связывающийся с по меньшей мере тремя или с наиболее возможными молекулами HLA класса II отдельных субъектов смоделированной популяции.

22. Способ по п.20, дополнительно включающий перед этапом (iii) повторение этапов (i)-(ii) для идентификации одной или более дополнительной аминокислотной последовательности из вплоть до 50 последовательных аминокислот того же или другого полипептида относительно первой аминокислотной последовательности.

23. Способ индуцирования иммунного ответа у субъекта заданной популяции людей, включающий: введение субъекту фармацевтической композиции, содержащей один или более полипептидов, содержащих по меньшей мере первый участок и второй участок, при этом (a) первый участок длиной 10-50 аминокислот содержит первую аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, и (b) второй участок длиной 10-50 аминокислот содержит вторую аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции;

24. Способ по п.23, дополнительно включающий перед этапом введения, определение того, может ли субъект иметь клинический ответ на введение фармацевтической композиции, посредством (i) анализ биологического образца субъекта для определения генотипа HLA субъекта;

(ii) определение того, содержит ли фармацевтическая композиция две или более последовательно

- 57 045702 сти, которые представляют собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта, и (iii) определение вероятности того, что опухоль субъекта экспрессирует один или более антигенов, соответствующих Т-лимфоцитарным эпитопам, идентифицированным на этапе (ii), с использованием данных об экспрессии в популяции для каждого антигена, чтобы определить вероятность того, что субъект будет иметь клинический ответ на введение фармацевтической композиции.

25. Способ по п.23, в котором первый участок длиной 10-50 аминокислот происходит от антигена; и второй участок длиной 10-50 аминокислот происходит от такого же или другого антигена.

26. Способ по п.23, в котором эпитопы первого и второго участков происходят от двух или более разных антигенов.

27. Способ по п.25, в котором антиген представляет собой антиген, ассоциированный с раком, антиген, ассоциированный с опухолью, или антиген, экспрессируемый патогенным организмом-мишенью, антиген, экспрессируемый вирусом, антиген, экспрессируемый бактерией, антиген, экспрессируемый грибком, антиген, связанный с аутоиммунным заболеванием, или представляет собой аллерген.

28. Способ по п.23, в котором Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, содержит от 7 до 11 аминокислот, и/или Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, содержит от 13 до 17 аминокислот.

29. Фармацевтическая композиция для лечения заболевания или нарушения у субъекта заданной популяции людей, содержащая (a) по меньшей мере два полипептида, каждый из которых длиной 10-50 аминокислот, содержащих аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, причем аминокислотная последовательность Т-лимфоцитарного эпитопа каждого из по меньшей мере двух полипептидов отличаются одна от другой, и (b) фармацевтически приемлемый адъювант.

30. Фармацевтическая композиция по п.29, содержащая по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, или по меньшей мере 12 разных полипептидов.

31. Фармацевтическая композиция по п.29, содержащая 3-40 разных полипептидов.

32. Фармацевтическая композиция по п.29, в которой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, содержит от 7 до 11 аминокислот, и/или Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, содержит от 13 до 17 аминокислот.

33. Фармацевтическая композиция по п.29, в которой эпитопы аминокислотных последовательностей по меньшей мере двух полипептидов происходят от одного антигена.

34. Фармацевтическая композиция по п.29, в которой эпитопы аминокислотных последовательностей по меньшей мере двух полипептидов происходят от двух или более разных антигенов.

35. Фармацевтическая композиция по п.33, в которой антиген представляет собой антиген, ассоциированный с раком, антиген, ассоциированный с опухолью, или антиген, экспрессируемый патогенным организмом-мишенью, антиген, экспрессируемый вирусом, антиген, экспрессируемый бактерией, антиген, экспрессируемый грибком, антиген, ассоциированный с аутоиммунным заболеванием, или представляет собой аллерген.

36. Фармацевтическая композиция по п.33, в которой антиген выбран из антигенов, перечисленных в табл. 2-7.

37. Фармацевтическая композиция по п.34, в которой два или более разных антигенов выбраны из антигенов, перечисленных в табл. 2-7, и/или разных антигенов, ассоциированных с раком.

38. Фармацевтическая композиция по п.37, в которой один или более антигенов представляют собой раково-тестикулярные антигены (СТА).

39. Фармацевтическая композиция по п.29, в которой каждый из по меньшей мере двух полипептидов, имеющих длину 10-50 аминокислот, происходит от такого же или другого антигена.

40. Фармацевтическая композиция по п.29, в которой по меньшей мере два разных полипептида дополнительно содержат до 10 аминокислот, фланкирующих Т-лимфоцитарный эпитоп, которые не являются частью жесткой последовательности, фланкирующей эпитоп в соответствующем антигене.

41. Фармацевтическая композиция по п.29, в которой два из по меньшей мере двух полипептидов расположены конец в конец или перекрываются в составном полипептиде.

42. Фармацевтическая композиция по п.41, содержащая два или более разных составных полипептида, в которой два или более разных составных полипептида содержат эпитопы, отличающиеся друг от друга.

- 58 045702

43. Фармацевтическая композиция по п.42, в которой составные полипептиды были подвергнуты скринингу для элиминирования по существу всех неоэпитопов, охватывающих соединение между двумя полипептидами, и которая (i) соответствует фрагменту полипептида человека, экспрессируемому в здоровых клетках;

(ii) представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, или (iii) соответствует требованиям как (i), так и (ii).

44. Фармацевтическая композиция по п.29, в которой заданная популяция представляет собой онкологических больных и в которой каждый полипептид содержит аминокислотную последовательность, представляющую собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с HLA класса I, и при этом для каждого Т-лимфоцитарного эпитопа (i) по меньшей мере 10% субъектов в заданной популяции экспрессируют ассоциированный с опухолью антиген, выбранный из антигенов, перечисленных в табл. 2, которые содержат Т-лимфоцитарный эпитоп; и (ii) по меньшей мере 10% субъектов в заданной популяции имеют по меньшей мере три молекулы HLA класса I, способные связываться с Т-лимфоцитарным эпитопом;

при этом Т-лимфоцитарный эпитоп по меньшей мере из двух полипептидов отличаются один от другого.

45. Фармацевтическая композиция по п.29, дополнительно содержащая фармацевтически приемлемый разбавитель, носитель, консервант или их комбинацию.

46. Фармацевтическая композиция по п.29, в которой адъювант выбран из группы, состоящей из Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, циклофосамида, бациллы Кальмета-Герена (BCG), коринебактерии парвум, левамизола, азимезона, изопринизона, динитрохлорбензола (DNCB), гемоцианинов лимфы улитки (KLH), адъюванта Фрейнда (полный), адъюванта Фрейнда (неполный), минеральных гелей, гидроксида алюминия (квасцы), лизолецитина, плюрониловых полиолов, полианионов, масляных эмульсий, динитрофенола, токсина дифтерии (DT, diphtheria toxin) и их комбинации.

47. Фармацевтическая композиция для лечения заболевания или нарушения у субъекта заданной популяции людей, содержащая (a) полипептид длиной из 10-50 аминокислот, содержащий первую аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, и (b) фармацевтически приемлемый адъювант.

48. Фармацевтическая композиция по п.47, содержащая по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11 или по меньшей мере 12 разных полипептидов, причем каждый из разных полипептидов длиной 10-50 аминокислот содержит Т-лимфоцитарный эпитоп, который связывается с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I у 10% субъектов в заданной популяции, и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II у 10% субъектов в заданной популяции, при этом аминокислотная последовательность Т-лимфоцитарного эпитопа каждого из разных полипептидов отличаются одна от другой.

49. Фармацевтическая композиция по п.48, содержащая 2-40 разных полипептидов.

50. Фармацевтическая композиция по п.47, в которой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта, содержит от 7 до 11 аминокислот, и/или Тлимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II, содержит от 13 до 17 аминокислот.

51. Фармацевтическая композиция по п.48, содержащая по меньшей мере два разных полипептида, в которой эпитопы по меньшей мере двух разных полипептидов происходят от одного антигена.

52. Фармацевтическая композиция по п.48, содержащая по меньшей мере два разных полипептида, в которой эпитопы по меньшей мере двух разных полипептидов происходят от двух или более антигенов.

53. Фармацевтическая композиция по п.51, в которой антиген представляет собой антиген, экспрессируемый раковой клеткой, неоантиген, экспрессируемый раковой клеткой, ассоциированный с раком антиген, ассоциированный с опухолью антиген, или антиген, экспрессируемый патогенным организмоммишенью, антиген, экспрессируемый вирусом, антиген, экспрессируемый бактерией, антиген, экспрессируемый грибком, антиген, ассоциированный с аутоиммунным расстройством, или представляет собой аллерген.

54. Специфическая для субъекта-человека фармацевтическая композиция по п.51, в которой антиген выбран из антигенов, перечисленных в табл. 2-7.

55. Специфическая для субъекта-человека фармацевтическая композиция по п.51, содержащая по меньшей мере два разных полипептида, в которой два из полипептидов расположены конец в конец или

- 59 045702 перекрываются в составном полипептиде.

56. Специфическая для субъекта-человека фармацевтическая композиция по п.47, в которой адъювант выбран из группы, состоящей из Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, циклофосамида, бациллы Кальмета-Герена (BCG), коринебактерии парвум, левамизола, азимезона, изопринизона, динитрохлорбензола (DNCB), гемоцианинов лимфы улитки (KLH), адъюванта Фрейнда (полный), адъюванта Фрейнда (неполный), минеральных гелей, гидроксида алюминия (квасцы), лизолецитина, плюрониловых полиолов, полианионов, масляных эмульсий, динитрофенола, токсина дифтерии (DT, diphtheria toxin) и их комбинации.

57. Специфическая для субъекта-человека фармацевтическая композиция по п.47, содержащая по меньшей мере два разных полипептида, в которой два из по меньшей мере двух полипептидов расположены конец в конец или перекрываются в составном полипептиде.

58. Специфическая для субъекта-человека фармацевтическая композиция по п.57, содержащая два или более разных составных полипептида, в которой два или более разных составных полипептида содержат эпитопы, отличающиеся друг от друга.

59. Специфическая для субъекта-человека фармацевтическая композиция по п.58, в которой составные полипептиды были подвергнуты скринингу для элиминирования по существу всех неоэпитопов, охватывающих соединение между двумя полипептидами, и которая (i) соответствует фрагменту полипептида человека, экспрессируемому в здоровых клетках субъекта;

(ii) представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя молекулами HLA класса I субъекта, или (iii) соответствует требованиям как (i), так и (ii).

60. Специфическая для субъекта-человека фармацевтическая композиция по п.48, в которой по меньшей мере два полипептида не содержат ни одной из аминокислотных последовательностей, которые (i) соответствуют фрагменту полипептида человека, экспрессируемому в здоровых клетках, или (ii) соответствуют фрагменту полипептида человека, экспрессируемому в здоровых клетках, и представляют собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере двумя молекулами HLA класса I субъекта.

61. Способ идентификации и лечения субъекта из заданной популяции онкологических больных, который, вероятно будет иметь клинический ответ на введение фармацевтической композиции согласно п.1, включающий (i) анализ биологического образца субъекта для определения генотипа HLA субъекта;

(ii) определение того, содержит ли фармацевтическая композиция две или более последовательности, которые представляют собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта;

(iii) определение вероятности того, что опухоль субъекта экспрессирует один или более антигенов, соответствующих Т-лимфоцитарным эпитопам, идентифицированным на этапе (ii), с использованием данных об экспрессии в популяции для каждого антигена, чтобы определить вероятность того, что субъект будет иметь клинический ответ на введение фармацевтической композиции, и (iv) введение композиции по п. 1 идентифицированному субъекту.

62. Способ по п.61, дополнительно включающий в себя перед этапом введения анализ образца опухоли от субъекта для определения того, содержат ли три или более пептидов фармацевтической композиции две или более разных аминокислотных последовательности, каждая из которых представляет собой

a) фрагмент ассоциированного с раком антигена, экспрессируемого раковыми клетками субъекта, как определено на этапе (i); и

b) Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта, и подтверждение того, что субъект, вероятно, будет иметь клинический ответ на способ лечения.

63. Способ по п.61, в котором композиция содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, или по меньшей мере 12 разных полипептидов.

64. Способ по п.61, в котором композиция содержит 2-40 разных полипептидов.

65. Способ по п.61, в котором Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, содержит от 7 до 11 аминокислот, и/или Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, содержит от 13 до 17 аминокислот.

66. Способ по п.61, в котором первый участок длиной 10-50 аминокислот происходит от антигена; и второй участок длиной 10-50 аминокислот происходит от такого же или другого антигена.

67. Способ по п.61, в котором эпитопы первого и второго участков происходят от одного антигена.

- 60 045702

68. Способ по п.61, в котором эпитопы первого и второго участков происходят от двух или более разных антигенов.

69. Способ по п.67, в котором антиген представляет собой ассоциированный с раком антиген или ассоциированный с опухолью антиген.

70. Способ по п.67, в котором антиген выбран из антигенов, перечисленных в табл. 2.

71. Способ по п.67, в котором два или более разных антигенов выбраны из антигенов, перечисленных в табл. 2, и/или разных антигенов, ассоциированных с раком.

72. Способ по п.71, в котором один или более антигенов представляют собой раково-тестикулярные антигены (СТА).

73. Способ по п.61, в котором одни или более полипептидов дополнительно содержат до 10 аминокислот, фланкирующих Т-лимфоцитарный эпитоп, которые не являются частью жесткой последовательности, фланкирующей эпитоп в соответствующем антигене.

74. Способ по п.61, в котором один или более полипептидов были подвергнуты скринингу для элиминирования по существу всех неоэпитопов, которые охватывают соединение между первым участком и вторым участком, и который (i) соответствует фрагменту полипептида человека, экспрессируемому в здоровых клетках;

75. Способ по п.61, в котором заданная популяция представляет собой онкологических больных, и при этом каждый из первого участка и второго участка содержит аминокислотную последовательность, представляющую собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с HLA класса I, и при этом для каждого Т-лимфоцитарного эпитопа (iv) по меньшей мере 10% субъектов в заданной популяции экспрессируют ассоциированный с опухолью антиген, выбранный из антигенов, перечисленных в табл. 2, которые содержат Т-лимфоцитарный эпитоп; и (v) по меньшей мере 10% субъектов в заданной популяции имеют по меньшей мере три молекулы HLA класса I, способные связываться с Т-лимфоцитарным эпитопом;

76. Способ по п.61, в котором композиция дополнительно содержит фармацевтически приемлемый адъювант, разбавитель, носитель, консервант или их комбинацию.

77. Способ по п.61, в котором адъювант выбран из группы, состоящей из Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, циклофосамида, бациллы Кальмета-Герена (BCG), коринебактерии парвум, левамизола, азимезона, изопринизона, динитрохлорбензола (DNCB), гемоцианинов лимфы улитки (KLH), адъюванта Фрейнда (полный), адъюванта Фрейнда (неполный), минеральных гелей, гидроксида алюминия (квасцы), лизолецитина, плюрониловых полиолов, полианионов, масляных эмульсий, динитрофенола, токсина дифтерии (DT, diphtheria toxin) и их комбинации.

78. Набор, содержащий:

(а) первую композицию, содержащую (i) первый полипептид длиной 10-50 аминокислот, и содержащую Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, и (ii) фармацевтически приемлемый адъювант;

(b) вторую композицию, содержащую (i) второй полипептид длиной 10-50 аминокислот, и содержащую Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, и (ii) фармацевтически приемлемый адъювант; при этом первый и второй полипептиды содержат разные Т-лимфоцитарные эпитопы.

79. Набор по п.78, в котором первая композиция и/или вторая композиция содержат один или более дополнительных полипептидов, причем каждый дополнительный полипептид длиной 10-50 аминокислот содержит аминокислотную последовательность, которая представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, связывающийся с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, при этом аминокислотные последовательности содержат разные Тлимфоцитарные эпитопы.

80. Способ идентификации и лечения субъекта из заданной популяции онкологических больных, которые, вероятно будут иметь иммунный ответ на введение фармацевтической композиции согласно п.1, включающий (i) анализ биологического образца субъекта для определения генотипа HLA субъекта;

(iii) введение композиции по п. 1 идентифицированному субъекту.

- 61 045702

81. Фармацевтическая композиция, содержащая: молекулу нуклеиновой кислоты, экспрессирующую два или более полипептида, причем каждый полипептид длиной 10-50 аминокислот содержит Тлимфоцитарный эпитоп, который связывается с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции и/или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере у 10% субъектов в заданной популяции, при этом каждый из двух или более полипептидов содержит другой Т-лимфоцитарный эпитоп, причем полипептиды не содержат аминокислотных последовательностей, которые являются смежными друг с другом в соответствующем антигене. Примеры.

Пример 1. Процесс прогнозирования и подтверждения связывания HLA-эпитопа.

Прогнозирование связывания между конкретными HLA и эпитопами (9-mer пептидами) было основано на инструменте База данных по иммунным эпитопам (Immune Epitope Database) для прогнозирования эпитопов (www.iedb.org).

Процесс прогнозирования связывания HLA I-эпитопа был подтвержден путем сравнения с парами HLA I-эпитоп, определенными в лабораторных экспериментах. Набор данных был составлен из пар HLA I-эпитоп, описанных в экспертных публикациях или общедоступных иммунологических базах данных.

Был определен показатель согласованности с экспериментально определенным набором данных (табл. 9). Связывание пар HLA I-эпитоп для набора данных было правильно спрогнозировано с вероятностью 93%. По случайному совпадению несвязанные пары HLA I-эпитоп также были правильно спрогнозированы с вероятностью 93%.

Таблица 9

Аналитическая специфичность и чувствительность процесса прогнозирования связывания HLA-эпитопа _______Пары HLA-эпитоп_______Истинные эпитопы (п=327) Ложные эпитопы (п=100)

	(Соответствие связывающегося)	(Соответствие не связывающегося)
ВИЧ	91 % (32)	82 % (14)
Вирусный	100% (35)	100 %(11)
Опухолевый	90% (172)	94 % (32)
Другое (грибки, бактерии и т. п.)	100% (65)	95 % (36)

Всего 93 % (304) 93 % (93)

Была определена точность прогнозирования эпитопов, связывающихся с множеством HLA. Основываясь на аналитической специфичности и чувствительности с использованием вероятности 93% для истинно положительного и истинно отрицательного прогноза и вероятности 7% (=100% - 93%) для ложноположительного и ложноотрицательного прогноза, может быть рассчитана вероятность существования эпитопа, связывающегося с множеством HLA у человека. Вероятность связывания множества HLA с эпитопом показывает взаимосвязь между количеством HLA, связывающихся с эпитопом, и ожидаемым минимальным количеством действительного связывания. Согласно определению PEPI, три - это ожидаемое минимальное количество HLA для связывания эпитопа (жирный шрифт).

Таблица 10

Точность прогнозирования эпитопов, связывающихся с множеством HLA

Ожидаемое минимальное	Прогнозируемое количество связываний HLA с эпитопом
0	1	2	3	4	5
количество реального связывания HLA
1	35 %	95 %	100 %	100 %	100 %	100 %
2	6%	29 %	90%	99 %	100 %	100 %
3	1 %	4%	22%	84 %	98 %	100 %
4	0%	0%	2%	16 %	78 %	96%
5	0%	0%	0%	1 %	10%	71 %
6	0%	0%	0%	0%	0%	5 %

Подтвержденный процесс прогнозирования связывания HLA-эпитопа использовали для определения всех связывающихся пар HLA-эпитоп, описанных в приведенных ниже примерах.

Пример 2. Презентирование эпитопа множеством HLA прогнозирует ответ цитотоксического Тлимфоцита (cytotoxic T lymphocyte, CTL).

Было определено, что презентирование одного или более эпитопов полипептидного антигена одним или более HLA I индивида является прогностическим для ответа CTL.

Исследование было проведено путем ретроспективного анализа шести клинических испытаний, проведенных на 71 пациенте с раковыми образованиями и 9 ВИЧ-инфицированных пациентах (табл. 11)^1-7. Пациентов из этих исследований лечили вакциной против HPV, тремя различными противораковыми

- 62 045702 вакцинами NY-ESO-1, одной вакциной против ВИЧ-1 и специфическим моноклональным антителом CTLA-4 (ипилимумаб), который, как было показано, реактивирует CTL против антигена NY-ESO-1 у пациентов с меланомой. Во всех указанных клинических испытаниях измеряли антиген-специфические ответы CD8⁺ CTL (иммуногенность) у субъектов исследования после вакцинации. В некоторых случаях регистрировалась корреляция между ответами CTL и клиническими ответами.

Ни один пациент не был исключен из ретроактивного исследования по какой-либо причине, кроме доступности данных. 157 наборов данных пациентов (табл. 11) были рандомизированы с помощью стандартного генератора случайных чисел для создания двух независимых групп для обучающих и оценочных исследований. В некоторых случаях группы содержали множество наборов данных от одного и того же пациента, что привело к обучающей группе из 76 наборов данных от 48 пациентов и тестовой/проверочной группе из 81 набора данных от 51 пациента.

Таблица 11

Сводная таблица наборов данных пациентов

Клиничес кое испытани	Иммунотерапи я	Антиген- ~ ~ [ Заоолевани мишень е	Количес тво пациенто	Количество наборов данных	Иммуноанали Способ з, генотипировани проведенный яНЕА	Ссылка
е			в*	(количество антигена х количество пациентов)	В клинических испытаниях**
1	VGX-3100	HPV16-E6 HPV16-E7 „ HPV18-E6 ^{Ракшеики} HPV18-E7 ^МаТКИ HPV16\|18	17\|18	5 х 17	IFN-y ELISPOT	SBT с высоким разрешением	1
2	Вакцина HIVIS	HIV-1 Gag ощд HIV-1 RT ^Д	9/12	2x9	IFN-y ELISPOT	SSO с низкимсредним разрешением	2
3	rNY-ESO-1	Рак молочной NY-ESO-1 ^№JK3bIHяичников, меланома и саркома	18/18	1 х 18	In vitro и Ex vivo IFN-y ELISPOT	SBT с высоким разрешением	3 4
4	Ипилимумаб	Метастатич NY-ESO-1 еская меланома	19/20	1 х 19	ICS после стимуляции Tлимфоцигов	Типирование с низкимсредним разрешением, SSP геномной ДНК, секвенировани е с высоким разрешением	5
5	NY-ESO-lf	Рак пищевода, NY -ESO-1 немелкоклет (91-110) очныйрак легкого и рак желудка	10/10	1 х 10	ICS после стимуляции Тлимфоцитов	SSO исследование и SSP геномной ДНК	6
6	Перекрывающ иеся пептиды NY-ESO-1	Рак пищевода NY-ESO-1 рак легкого, (79-173) злокачествен ная меланома	7/9	1x7	ICS после стимуляции Тлимфоцитов	SSO исследование и SSP геномной ДНК	7
Всего	6	7	80	157	Неприменимо

*Количество пациентов, использованных в ретроспективном анализе, от исходного количества пациентов из клинических испытаний.

**Иммуноанализы основаны на стимуляции Т-лимфоцитов антигенспецифическими пептидными пулами и определении количества высвобождаемых цитокинов различными методами.

СТ: клиническое испытание; SBT: типирование на основе последовательностей; SSO: специфический для последовательности олигонуклеотид; ICS: интрацеллюлярное окрашивание цитокинами; SSP: сайт-специфическое праймирование

-63 045702

Зарегистрированные ответы CTL обучающего набора данных сравнивали с профилем ограниченных по HLA I эпитопов (9-mers) антигенов, используемых для приготовления вакцины. Последовательности антигенов и генотип HLA I каждого пациента были получены из общедоступных баз данных о последовательностях белков или из экспертных публикаций, а процесс прогнозирования связывания HLA Iэпитопа выполнялся вслепую относительно клинических данных об ответе CTL пациентов. Было определено количество эпитопов от каждого антигена, по прогнозам, связанных с по меньшей мере 1 (PEPI1+), или по меньшей мере 2 (PEPI2+), или по меньшей мере 3 (PEPI3+), или по меньшей мере 4 (PEPI4+) или по меньшей мере 5 (PEPI5+), или всеми 6 (PEPI6) молекул HLA класса I каждого пациента, и количество связанных HLA было использовано в качестве классификаторов для зарегистрированных ответов CTL. Истинно положительный показатель (чувствительность) и истинно отрицательный показатель (специфичность) определяли из обучающего набора данных для каждого классификатора (количество связанных HLA) отдельно.

Для каждого классификатора выполнялся анализ ROC-кривой. На ROC-кривой истинно положительный показатель (чувствительность) был построена в зависимости от ложноположительного показателя (1-специфичность) для различных точек отсечки (фиг. 1). Каждая точка на ROC-кривой представляет собой пару чувствительность/специфичность, соответствующую определенному порогу принятия решения (количество эпитопов (PEPI)). Площадь под ROC-кривой (AUC) является мерой того, насколько хорошо классификатор может различать две диагностические группы (пациент с ответом CTL или пациент без ответа).

Анализ неожиданно выявил, что прогнозируемое презентирование эпитопа множеством HLA класса I субъекта (PEPI2+, PEPI3+, PEPI4+, PEPI5+ или PEPI6) в каждом случае было лучшим прогностическим параметром ответа CTL, чем презентирование эпитопа только одним или более HLA класса I (PEPI1+, AUC=0,48, табл. 12).

Таблица 12

Определение диагностической ценности биомаркера PEPI с помощью анализа ROC-кривой

Классификаторы	AUC
PEPI1+	0,48
PEPI2+	0,51
PEPI3+	0,65
PEPI4+	0,52
PEPI5+	0,5
PEPI6+	0,5

Ответ CTL индивида был лучше всего прогнозирован, с учетом эпитопов антигена, которые могут быть презентированы по меньшей мере 3 HLA класса I индивида (PEPI3+, AUC=0,65, табл. 12). Пороговое количество PEPI3+ (количество антиген-специфических эпитопов, презентированных 3 или более HLA индивида), которые наилучшим образом прогнозировали положительный ответ CTL, составляло 1 (табл. 13). Иначе говоря, когда по меньшей мере один производный от антигена эпитоп презентирован по меньшей мере 3 HLA класса I субъекта (> 1 PEPI3+), тогда антиген может инициировать формирование по меньшей мере одного клона CTL, и субъект, вероятно, будет пациентом с ответом CTL. Использование порогового значения > 1 PEPI3+ для прогнозирования вероятных пациентов с ответом CTL (тест > 1 PEPI3+) обеспечивало диагностическую чувствительность 76% (табл. 13).

Таблица 13

Определение порогового значения > 1 PEPI3+ для прогнозирования вероятных пациентов с ответом CTL в обучающем наборе данных

Количество PEPI3+
	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12
Чувствитель ность:	0,76	0,60	0,31	0,26	0,14	0,02	0	0	0	0	0	0
1- специфичнос ть:	0,59	0,24	0,21	0,15	0,09	0,06	0,06	0,03	0,03	0,03	0,03	0,03

Пример 3. Подтверждение теста > 1 PEPI3+.

Тестовая группа набора из 81 данных от 51 пациента была использована для проверки порогового значения > 1 PEPI3+ для прогнозирования антигенспецифического ответа CTL. Для каждого набора данных в тестовой группе определяли, было ли достигнуто пороговое значение > 1 PEPI3+ (по меньшей мере один производный от антигена эпитоп, презентированный по меньшей мере тремя HLA класса I индивида). Его сравнивали с экспериментально определенными ответами CTL, полученными в ходе клинических испытаний (табл. 14).

Клиническая проверка показала, что пептид PEPI3+ индуцирует ответ CTL у человека с вероятностью 84%. 84% - это то же значение, которое было определено при аналитическом подтверждении про

- 64 045702 гноза РЕР13⁺, эпитопов, которые связываются с по меньшей мере 3 HLA индивида (табл. 10). Эти данные являются убедительным доказательством того, что PEPI индуцируют иммунную реакцию у людей.

Таблица 14

Диагностические характеристики работоспособности теста > 1 РЕР13⁺ (п=81)

Характеристика работоспособности Описание Результат

Положительное прогнозируемое значение (Positive predictive value, PPV)	Вероятность того, что индивид, который 1 лао/г а//а о а соответствует пороговому значению > 1 PEPI3+, 1U(J/о АД А + В) , лт-т о4/о имеет антиген-специфические ответы С1L после лечения с помощью иммунотерапии. Доля субъектов с антиген-специфическими
Чувствительность	. пап / г * // * , ™а ответами CTL после лечения с помощью „ - „. 100%ГА/(А+С)] 75 % иммунотерапии, которые соответствуют пороговому значению > 1 PEPI3+. Доля субъектов без антиген-специфических
Специфичность	। лло/1 гл//о там ответов CTL после лечения с помощью .... 11)0 /о U/(d + U) ?? % иммунотерапии, которые не соответствуют пороговому значению > 1 PEPI3+.
Отрицательное прогнозируемое значение (Negative predictive value,	1 ало/ ГГА//^ ТАМ Вероятность ТОГО, ЧТО ИНДИВИД, который не , 10U/о[П/(С+D)J . _ncnn 42 /о соответствует пороговому значению > 1 РЕР13+, не будет иметь антиген-специфических ответов CTL после лечения с помощью иммунотерапии.

NPV)

Общий процент	Процентная доля прогнозов, основанных на
согласования (ОРА)	1ΑΑΟ/Γ/Λ । тл\/ пороговом значении > 1 ΡΕΡΙ3+, которые 1 (JU /о[(А + U)/ ₀₇ соответствуют экспериментально определенному /0 % ^J результату, будь то положительный или отрицательный.

Точный критерий Фишера (р) О,01

Анализ ROC-кривой определил диагностическую точность, с использованием количества РЕР13⁺ в качестве предельных значений (фиг. 2). Значение AUC = 0,73. Для анализа ROC-кривой значение AUC от 0,7 до 0,8 обычно считается достоверной диагностикой.

Количество PEPI3 не менее 1 (> 1 PEPI3 ) лучше всего прогнозирует ответ CTL в тестовом наборе данных (табл. 15). Этот результат подтвердил пороговое значение, определенное во время обучения (табл. 12).

Таблица 15

Подтверждение порогового значения > 1 PEPI3 для прогнозирования вероятных пациентов с ответом CTL в тестовом/подтверждающем наборе данных.

Количество РЕР13⁺

	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	И	12
Чувствительность	0,75	0,52	0,26	0,23	0,15	0,13	0,08	0,05	0	0	0	0
1 -специфичность:	0,45	0,15	0,05	0	0	0	0	0	0	0	0	0

Пример 4. Тест > 1 РЕР13⁺ прогнозирует реакционную способность CD8⁺ CTL.

Тест > 1 РЕР13⁺ сравнивали с ранее описанным способом для прогнозирования ответа CTL конкретного субъекта-человека на пептидные антигены.

Генотипы HLA у 28 пациентов с раком шейки матки и VIN-3, которые получали синтетическую длиннопептидную вакцину (long peptide vaccine, LPV) HPV-16 в двух разных клинических испытаниях, были определены на основе образцов ДНК^{8 9 10}. LPV состоит из длинных пептидов, охватывающих вирусные онкобелки Е6 и Е7 HPV-16. Аминокислотная последовательность LPV была получена из этих публикаций. В публикациях также сообщается о Т-лимфоцитарных ответах каждого вакцинированного пациента на пулы перекрывающихся пептидов вакцины.

Для каждого пациента были идентифицированы эпитопы (9 mers) LPV, которые презентированы по меньшей мере тремя HLA класса I (РЕР13⁺) пациента, и было определено их распределение среди пептидных пулов. Прогнозировалось, что пептиды, которые содержали по меньшей мере один PEPI3 (>1 РЕР13⁺), индуцировали ответ CTL. Прогнозировалось, что пептиды, которые не содержали РЕР13⁺, не индуцировали ответ CTL.

Тест > 1 РЕР13⁺ правильно спрогнозировал 489 из 512 отрицательных ответов CTL и 8 из 40 положительных ответов CTL, измеренных после вакцинации (фиг. ЗА). В целом, согласование между тестом

-65 045702 > 1 PEPI3+ и экспериментально определенной реакционной способностью CD8+ Т-лимфоцитов составило 90% (р < 0,001).

Для каждого пациента также было определено распределение среди пептидных пулов эпитопов, которые презентированы по меньшей мере одним HLA класса I (>1 PEPI1+, прогнозирование ограниченных по HLA эпитопов, метод предшествующего уровня техники). Тест > 1 PEPI1+ правильно спрогнозировал 116 из 512 отрицательных ответов CTL и 37 из 40 положительных ответов CTL, измеренных после вакцинации (фиг. 3В). В целом, согласование между прогнозом ограниченного по HLA эпитопа (> 1 PEPI1+) и реакционной способностью CD8+ Т-лимфоцитов составило 28% (не значимо).

Пример 5. Прогнозирование ограниченных по HLA класса II эпитопов CD4+ Т-хелперов.

пациентов с раком шейки матки и VIN-3, которые получали синтетическую длиннопептидную вакцину (LPV) HPV-16 в двух разных клинических испытаниях (как подробно описано в примере 4), были исследованы на предмет ответов CD4+ Т хелперов после вакцинации LPV (фиг. 4). Чувствительность прогнозирования ограниченных по HLA класса II эпитопов составила 78%, поскольку инструмент существующего уровня техники спрогнозировал 84 положительных ответа (положительную реакционную способность CD4+ Т-лимфоцитов на пул пептидов для аллелей DP человека) из 107 (чувствительность=78%). Специфичность составила 22%, поскольку это могло исключить 7 отрицательных ответов из 31. В целом, согласование между прогнозом ограниченного по HLA класса II эпитопа и реакционной способностью CD4+ Т-лимфоцитов составило 66%, что статистически не значимо.

Пример 6. Тест > 1 PEPI3+ прогнозирует Т-лимфоцитарные ответы на полноразмерные полипептиды LPV.

Используя те же результаты исследований, что и в примерах 4 и 5, тест > 1 PEPI3+использовали для прогнозирования ответов Т-лимфоцитов CD8+ и CD4+ пациента на полноразмерные полипептидные антигены Е6 и Е7 вакцины LPV. Результаты сравнивали с экспериментально определенными ответами, о которых сообщалось. Тест правильно спрогнозировал реакционную способность (PEPI3+) CD8+ Тлимфоцитов у 11 из 15 пациентов с VIN-3 при положительных результатах теста реакционной способности CD8+ Т-лимфоцитов (чувствительность 73%, PPV 85%) и у 2 из 5 пациентов с раком шейки матки (чувствительность 40%, PPV 100%). Реакционная способность CD4+ Т-лимфоцитов (PEPI4+) была правильно спрогнозирована на 100%, как у пациентов с VIN-3, так и у пациентов с раком шейки матки (фиг. 5).

Также было отмечено, что количество PEPI3+, ограниченных по HLA класса I и класса II, согласуется с зарегистрированной клинической эффективностью для пациентов, вакцинированных LPV. Пациенты с более высокими количествами PEPI3+ имели полный или частичный ответ уже через 3 месяца.

Пример 7. Исследование конкретного случая.

pGX3001 - это ДНК-вакцина на основе HPV16, содержащая полноразмерные антигены Е6 и Е7 с линкером между ними. pGX3002 - это ДНК-вакцина на основе HPV18, содержащая полноразмерные антигены Е6 и Е7 с линкером между ними. В фазе II клинических испытаний изучали Т-лимфоцитарные ответы 17 HPV-инфицированных пациентов с раком шейки матки, которые были вакцинированы как pGX3001, так и pGX3002 (вакцинация VGX-3100)¹.

Фиг. 5, 6 иллюстрируют для двух показательных пациентов (пациент 12-11 и пациент 14-5) положение каждого эпитопа (9-mer), презентированного по меньшей мере 1 (PEPI1+), по меньшей мере 2 (PEPI2+), по меньшей мере 3 (PEPI3+), по меньшей мере 4 (PEPI4+), по меньшей мере 5 (PEPI5+) или всеми 6 (PEPI6) HLA класса I этих пациентов в полноразмерной последовательности двух антигенов HPV16 и двух HPV-18.

Пациент 12-11 имел общее количество PEPI1+ 54 для комбинированных вакцин (54 эпитопа, презентированные одним или более HLA класса I). Пациент 14-5 имел PEPI1+ в количестве 91. Следовательно, пациент 14-5 имеет большее количество PEPI1+, чем пациент 12-11 в отношении четырех антигенов HPV. PEPI1+ представляют собой наборы отличающихся вакцинных антиген-специфических ограниченных по HLA эпитопов пациентов 12-11 и 14-5. Только 27 PEPI1+ были общими для указанных двух пациентов.

Для количеств PEPI3+ (количество эпитопов, презентированных тремя или более HLA класса I пациентов), результаты для пациентов 12-11 и 14-5 были обратными. Пациент 12-11 имел PEPI3+ в количестве 8, включая по меньшей мере один PEPI3+ в каждом из четырех антигенов HPV16/18. Пациент 14-5 имел PEPI3+ в количестве 0.

Зарегистрированные иммунные ответы этих двух пациентов соответствовали количествам PEPI3+, а не количествам PEPI1+. У пациента 12-11 после вакцинации сформировались иммунные ответы на каждый из четырех антигенов, как измерено посредством ELISpot, в то время как у пациента 14-5 не сформировались иммунные ответы ни на один из четырех антигенов вакцин. Аналогичная картина наблюдалась при сравнении наборов PEPI1+ и PEPI3+ у всех 17 пациентов в испытании. Не наблюдалось никакого согласования между количеством PEPI1+ и экспериментально определенными Т-лимфоцитарными ответами, полученными из клинического испытания. Однако наблюдалась корреляция между Тлимфоцитарным иммунитетом, спрогнозированным с помощью теста >1 PEPI3+, и описанным Т

- 66 045702 лимфоцитарным иммунитетом. Тест >1 PEPI3+ спрогнозировал пациентов с иммунным ответом на ДНКвакцину против HPV.

Кроме того, разнообразие набора PEPI3+ пациента напоминало разнообразие Т-лимфоцитарных ответов, обычно обнаруживаемых в испытаниях противораковых вакцин. Пациенты 12-3 и 12-6, аналогично пациенту 14-5, не имели PEPI3+, позволяющих прогнозировать, что вакцина против HPV не может вызвать Т-лимфоцитарный иммунитет. У всех других пациентов имелся по меньшей мере один PEPI3, позволяющий прогнозировать вероятность того, что вакцина против HPV может вызвать Тлимфоцитарный иммунитет. У 11 пациентов имелось множество PEPI3+, позволяющих прогнозировать, что вакцина против HPV, вероятно, вызывает поликлональные Т-лимфоцитарные ответы. Пациенты 15-2 и 15-3 могли сформировать высокий уровень Т-лимфоцитарного иммунитета к Е6 обоих HPV, но имели плохой иммунитет к Е7. Другие пациенты 15-1 и 12-11 имели одинаковый уровень ответа на Е7 для HPV18 и HPV16, соответственно.

Пример 8. Разработка смоделированной популяции для проведения испытаний in silico и выявления потенциальных мишеней прецизионных вакцин для большой популяции.

Была составлена испытательная группа in silico из 433 субъектов-людей с полным 4-значным генотипом HLA класса I (2 х HLA-A*xx:xx; 2 х HLA-B*xx:xx; 2 х HLA-C*xx:xx) и демографической информацией. Указанная смоделированная популяция включает субъектов со смешанной этнической принадлежностью, имеющих в общей сложности 152 разных аллеля HLA, которые являются репрезентативными для более чем 85% известных в настоящее время аллельных G-групп.

Была также создана база данных большой популяции, содержащая 7189 субъектов, характеризующихся 4-значным генотипом HLA и демографической информацией. Большая популяция включает 328 различных аллелей HLA класса I. Распределение аллелей HLA в смоделированной популяции в значительной степени согласовывалось с большой популяцией (табл. 16) (Критерий согласия Пирсона р<0,001). Таким образом, смоделированная популяция из 433 пациентов является репрезентативной для большей в 16 раз популяции.

Смоделированная популяция является репрезентативной для 85% человеческой расы, что определяется разнообразием HLA и частотой HLA.

Таблица 16

Статистический анализ распределения HLA в смоделированной популяции в сравнении с большой

Название группы 1

Смоделированная популяция 433 популяцией

.. , Значение R _{э п}

Название группы 2 Пирсона Корреляция Значение Р

Большая популяция _0>89 Сильная _р<000|

Пример 9. Испытания in silico, основанные на идентификации множества связывающихся с HLA эпитопов, позволяют прогнозировать зарегистрированные частоты Т-лимфоцитарного ответа в клинических испытаниях.

Задача данного исследования заключалась в том, чтобы определить, может ли смоделированная популяция, такая как описанная в примере 8, использоваться для прогнозирования уровней реакционной способности CTL вакцин, т.е. используемых в испытаниях эффективности in silico.

Двенадцать пептидных вакцин, полученных из раковых антигенов, которые индуцировали Тлимфоцитарные ответы в субпопуляции субъектов, были идентифицированы по экспертным публикациям. Эти пептиды были исследованы в клинических испытаниях, в которых приняли участие 172 пациента (4 этнических группы). Т-лимфоцитарные ответы, индуцированные вакцинными пептидами, определяли по образцам крови и регистрировали. Определяли частоту иммунного ответа как процент субъектов исследования с положительными Т-лимфоцитарными ответами, измеренными в клинических испытаниях (фиг. 7).

- 67 045702

Таблица 17

Клинические испытания, проведенные с пептидными вакцинами

Пептидные вакцины	Исходны й антиген	Длина пептида	Анализ Tлимфоцита	Популяци я (п)	Этническая принадлежност ь	Ссылка
MMNLMQPKTQQTYTYD	JUP	16mer	Окрашивание мультимером	18	Канадцы	12
GRGSTTTNYLLDRDDYRNTSD	ADA17	21mer	Окрашивание мультимером	18	Канадцы	12
LKKGAADGGKLDGNAKLNRSLK	ВАР31	22mer	Окрашивание мультимером	18	Канадцы	12
FPPKDDHTLKFLYDDNQRPYPP	ТОР2А	22mer	Окрашивание мультимером	18	Канадцы	12
RYRKPDYTLDDGHGLLRFKST	АЫ-2	21mer	Окрашивание мультимером	18	Канадцы	12
QRPPFSQLHRFLADALNT	DDR1	18mer	Окрашивание мультимером	18	Канадцы	12
ALDQCKTSCALMQQHYDQTSCFSSP	ITGB8	25mer	Окрашивание мультимером	18	Канадцы	12
STAPP AHGVTSAPDTRPAPGSTAPP	MUC-1	25mer	Пролиферация	80	Канадцы	13
YLEPGPVTA	gplOO	9mer	Тетрамер	18	США	14
MTPGTQSPFFLLLLLTVLTVV	MUC-1	21mer	Цитотоксично сть	10	Израильтяне	15
SSKALQRPV	Всг-АЫ	9mer	ELISPOT (enzyme-linked immunospot, метод	4	США	16
			имму но ферме нтных пятен)
RMFPNAPYL	WT-1	9mer	Окрашивание мультимером	24	США	17
RMFPNAPYL (HLA-A*0201)	WT-1	9mer	Окрашивание цитокинами	18	CEU (Европейцы)	18

пептидов исследовали с помощью теста > 1 PEPI3+ у каждого из 433 субъектов смоделированной популяции, описанной в примере 8. Показатель > 1 PEPI3+ для каждого пептида вычисляли как долю субъектов в смоделированной популяции, имеющих по меньшей мере один эпитоп, полученный из вакцины, который может связываться с по меньшей мере тремя HLA класса I субъекта (> 1 PEPI3+). Если в соответствующем клиническом испытании стратифицировали пациентов по HLA-аллелю выбранной популяции, смоделированную популяцию также отфильтровывали для субъектов с соответствующим аллелем (аллелями) (пример: WT1, HLA-A*0201).

Экспериментально определенные частоты ответов, полученные в ходе испытаний, сравнивали с показателями > 1 PEPI3+. Общий процент согласования (ОРА) вычисляли на основе парных данных (табл. 18). Наблюдалась линейная корреляция между показателем > 1 PEPI3+ и частотой ответа (R=0,77) (фиг. 7). Данный результат показывает, что идентификация пептидов, которые, как прогнозируется, связываются с множеством HLA индивида, пригодна для прогнозирования результатов клинических испытаний in silico.

- 68 045702

Таблица 19

Сравнение показателей > 1 PEPI3+ и частот ответов CTL для 12 пептидных вакцин

Частота ответов Показатель > 1

Пептидная вакцина	Исходный антиген	(клиническ ие испытания )	PEPI3+* (смоделированная популяция)	ОРА
MMNLMQPKTQQTYTYD	JUP	0%	22%	Неприменимо
GRGSTTTNYLLDRDDYRNTSD	ADA 17	11 %	18%	61 %
LKKGAADGGKLDGNAKLNRSLK	ВАР31	11 %	7%	64%
FPPKDDHTLKFLYDDNQRPYPP	ТОР2А	11 %	39%	28 %
RYRKPDYTLDDGHGLLRFKST	АЫ-2	17%	12%	71 %
QRPPFSQLHRFLADALNT	DDR1	17%	5 %	29%
ALDQCKTSCALMQQHYDQTSCFSSP	ITGB8	28 %	31 %	90%
STAPP AHGVTSAPDTRPAPGSTAPP	MUC-1	20%	2%	10%
YLEPGPVTA	gplOO	28%	4%	14%
MTPGTQSPFFLLLLLTVLTVV	MUC-1	90%	95 %	95 %
SSKALQRPV	Всг-АЫ	0%	0%	100 %
RMFPNAPYL	WT-1	100 %	78%	78 %
RMFPNAPYL (HLA-A*0201)	WT-1	81 %	61 %	75 %

*% субъектов в смоделированной популяции с>1 вакцины, полученной из PEPI3+.

Пример 10. Испытания in silico, основанные на идентификации множества связывающихся с HLAэпитопов, позволяют прогнозировать зарегистрированные частоты Т-лимфоцитарного ответа в клинических испытаниях II

Было выявлено девятнадцать клинических испытаний с опубликованными частотами иммунного ответа (IRR, immune response rates), проведенных с использованием вакцин на основе пептидов или ДНК (табл. 19). В этих исследованиях приняли участие 604 пациента (9 этнических групп) и были охвачены 38 вакцин, полученных из опухолевых и вирусных антигенов. Ответы антиген-специфических CTL вакцины измеряли у каждого исследуемого пациента, а также вычисляли и регистрировали частоту ответов в популяциях клинического исследования.

Каждый пептид вакцины из 19 клинических испытаний был исследован с помощью теста > 1 PEPI3+ у каждого субъекта смоделированной популяции. Показатель > 1 PEPI3+ для каждого пептида вычисляли как долю субъектов в смоделированной популяции, имеющих по меньшей мере один PEPI3+, полученный из вакцины. Экспериментально определенные частоты ответов, полученные в ходе испытаний, сравнивали с показателями PEPI, как в примере 9 (табл. 20). Наблюдалась линейная корреляция между частотой ответа и показателем > 1 PEPI3+ (R=0,70) (фиг. 8). Этот результат подтверждает, что идентификация пептидов, которые, как спрогнозировано, связываются с множеством HLA индивида, может прогнозировать Т-лимфоцитарные ответы у субъектов, а испытания in silico могут прогнозировать результаты клинических испытаний.

- 69 045702

Таблица 20

Частоты ответов, опубликованные в клинических испытаниях

Иммунотерапия	Тип	Анализ CTL	Популяция (п)	Раса/ этническая принадлежность	Ссылка
StimuVax	пептид	Пролиферация	80	Канадцы	13
Вакцина gp 100	ДНК	Тетрамер	18	США	14
IMA901 фаза!	пептид	ELISPOT (enzymelinked immunospot, метод иммуноферментных пятен)	64	CEU (Европейцы)	19
IMA901 фаза II	пептид	Окрашивание мультимером	27	CEU (Европейцы)
ICT107	пептид	ICC	15	США	20
ProstVac	ДНК	ELISPOT (enzymelinked immunospot, метод иммуноферментных пятен)	32	CEU 87 %, Афр. Амер. 12 % Псп. 1 %	21
Synchrotope ТА2М	ДНК	Тетрамер	26	США	22
MELITAC 12.1	пептид	ELISPOT (enzyme-	167	США	23
		linked immunospot, метод иммуноферментных пятен)
Вакцина WT1	пептид	Тетрамер	22	Японцы	24
Ипилимумаб (NY-ESO-1)	ингибито Р контрольн ых точек **	ICC	19	США	5
VGX-3100	ДНК	ELISPOT (enzymelinked immunospot, метод иммуноферментных пятен)	17	США	1
HIVIS-1	ДНК	ELISPOT (enzymelinked immunospot, метод иммуноферментных пятен)	12	CEU98%, Азиаты 1 %, Псп. 1 %	2
ImMucin	пептид	Цитотоксичность	10	Израильтяне	15
NY-ESO-1 OLP	пептид	IFN-gamma	7	Японцы	7
GVX301	пептид	Пролиферация	14	CEU (Европейцы)	25
Вакцина WT1	пептид	ELISPOT (enzymelinked immunospot, метод иммуноферментных пятен)	12	США	26
Вакцина WT1	пептид	ICC	18	CEU (Европейцы)	18
DPX-0907*	пептид	Окрашивание мультимером	18	Канадцы	12
Пептидная вакцина против меланомы	пептид	ELISPOT (enzymelinked immunospot, метод иммуноферментных пятен)	26	Белые	27

- 70 045702

Таблица 21

Линейная корреляция между показателем PEPI и частотой ответов (R=0,7)

Иммунотерапия	Частота ответа клинических испытаний	Показатель >1 PEPI3+*	ОРА
StimuVax (не удалось показать эффективность в фазе III)	20%	2%	10 %
Вакцина gp 100	28 %	4%	14 %
IMA901 фаза!	74%	48 %	65 %
IMA901 фаза II	64%	48 %	75 %
ICT107	33 %	52%	63 %
Pro st Vac	45 %	56%	80 %
Synchrotope TA2M	46%	24%	52 %
MELITAC 12.1	49%	47%	96 %
Вакцина WT1	59%	78%	76 %
Ипилимумаб (NY-ESO-1 *)	72%	84%	86 %
VGX-3100	78%	87%	90 %
HIVIS-1	80%	93 %	86 %
ImMucin	90%	95 %	95 %
NY-ESO-1 OLP	100 %	84%	84 %
GVX301	64%	65 %	98 %
Вакцина WT1	83 %	80%	96 %
Вакцина WT1	81 %	61 %	75 %
DPX-0907	61 %	58%	95 %
Пептидная вакцина против меланомы	52%	42%	81 %

*% субъектов в смоделированной популяции с>1 вакцины, полученной из РЕР13⁺.

Пример 11. Испытание in silico, основанное на идентификации множества связывающихся с HLA эпитопов в мультипептидной вакцине, позволяет прогнозировать частоту иммунного ответа в клинических испытаниях IMA901 представляет собой терапевтическую вакцину против почечно-клеточного рака (RCC, renal cell cancer), содержащую 9 пептидов, полученных из опухолевоассоциированных пептидов (TUMAP, tumor-associated peptides), которые по природе присутствуют в раковой ткани человека. В общей сложности 96 пациентов с HLA-A*02+ с прогрессирующим RCC получали лечение IMA901 в двух независимых клинических испытаниях (фаза I и фаза II). Каждый из 9 пептидов IMA901 был идентифицирован в предшествующем уровне техники как ограниченные по HLA-A2 эпитопы. На основе принятых в настоящее время стандартов, все они являются устойчивыми потенциальными пептидами для усиления Т-лимфоцитарных ответов против рака почки у испытуемых, поскольку их присутствие было обнаружено у пациентов с раком почки, а также, поскольку были специально отобраны испытуемые пациенты, имеющие по меньшей мере одну молекулу HLA, способную презентировать каждый из пептидов.

Для каждого субъекта в смоделированной популяции было определено, сколько из девяти пептидов вакцины IMA901 было способно связываться с тремя или более HLA. Поскольку каждый пептид в вакцине IMA901 представляет собой 9 тег, это соответствует количеству РЕР13⁺. Результаты сравнивали с частотами иммунного ответа, зарегистрированными для фазы I и фазы II клинических испытаний (табл. 22).

Таблица 22

Частоты иммунного ответа в смоделированной популяции и в двух клинических испытаниях IMA901

Иммунные ответы к TUMAP	Смоделированная популяция (HLAА2+)(п=180)	Фаза I (п=27)*	Фаза II (п=64)*
Отсутствие пептидов	39%	25 %	36%
1 пептид	34%	44%	38 %
= 2 пептида	27 % (Показатель MultiPEPI)	29%	26%
= 3 пептида	3 %	Не обнаружено	3 %

*Отсутствуют пациенты, оцененные по иммунным ответам.

Результаты исследований фазы I и фазы II показывают вариабельность иммунных ответов на одну и ту же вакцину в разных группах испытаний. Однако в целом наблюдалось хорошее согласование между

-71 045702 частотами ответов, спрогнозированными с помощью теста > 2 PEPI3+, и зарегистрированными частотами клинического ответа.

В ретроспективном анализе клинические исследователи испытаний, описанных выше, обнаружили, что субъекты, имевшие ответ на множество пептидов вакцины IMA901, были подвержены значительно большему (р=0,019) контролю заболевания (стабилизация заболевания, частичный ответ), чем субъекты, которые имели ответ только на один пептид, или у которых ответ отсутствовал. 6 из 8 субъектов (75%) с ответом на множество пептидов испытывали клиническую эффективность в испытании, в отличие от 14% и 33%с ответом на 0 и 1 пептид, соответственно. Рандомизированные испытания фазы II подтвердили, что иммунные ответы на множество TUMAP были связаны с более длительной общей выживаемостью.

Поскольку наличие PEPI точно прогнозировало пациентов с ответом на TUMAP, клинические пациенты с ответом на IMA901 являются вероятными пациентами, которые могут представить > 2 PEPI из TUMAP. Данная субпопуляция составляет только 27% отобранных пациентов с HLA-A*02, и, согласно результатам клинических испытаний, ожидается, что 75% этой субпопуляции будут испытывать клиническую эффективность. Те же клинические результаты позволяют предположить, что 100% пациентов будут испытывать клиническую эффективность, если отбор пациентов будет основан на > 3 PEPI из TUMAP, хотя эта популяция будет составлять только 3% от выбранной группы пациентов HLA-A*02. Эти результаты позволяют предположить, что уровень контроля заболевания (стабилизация заболевания или частичный ответ) составляет от 3% до 27% в популяции пациентов, которая была исследована в клинических испытаниях IMA901. При отсутствии полного ответа только часть этих пациентов может испытать преимущество выживаемости.

Эти данные объясняют отсутствие улучшения выживаемости в клиническом испытании IMA901 фазы III. Эти результаты также продемонстрировали, что расширение HLA-A*02 исследуемой популяции было недостаточным для достижения основного предельного значения общей выживаемости в испытании IMA901 III фазы. Как отмечают исследователи испытания IMA901, существует необходимость в разработке сопутствующей диагностики (CDx, companion diagnostic) для выбора вероятных пациентов с ответом на введение пептидных вакцин. Эти данные также позволяют предположить, что отбор пациентов с > 2 PEPI, специфическими для TUMAP, может обеспечить достаточное расширение, чтобы продемонстрировать значительную клиническую эффективность от IMA901.

Пример 12. Испытание in silico, основанное на идентификации множества эпитопов вакцинного происхождения, связывающихся с HLA, позволяет прогнозировать описанные экспериментальные частоты клинического ответа.

Было определено согласование между показателем > 2 PEPI3+ для иммунотерапевтических вакцин, определенным в смоделированной популяции, описанной в примере 8, и описываемой частотой контроля заболеваний (DCR, Disease Control Rate, доля пациентов с полными ответами и частичными ответами и стабилизацией заболевания), определенной в клинических испытаниях.

Семнадцать клинических испытаний, проведенных с использованием пептидных и ДНК-вакцин для противораковой иммунотерапии, которые имели опубликованные частоты контроля заболеваний (DCR) или объективный коэффициент ответа (ORR, objective response rat), были идентифицированы по экспертным научным журналам (табл. 23). В этих испытаниях приняли участие 594 пациента (5 этнических групп) и были охвачены 29 опухолевых и вирусных антигенов. DCR определяли в соответствии с критериями оценки ответа в солидных опухолях (RECIST, Response Evaluation Criteria in Solid Tumors), являющимися действующим стандартом для клинических испытаний, в которых клинические ответы основаны на изменениях в максимальных размерах поперечного сечения^42,43,44. В случае отсутствия доступных данных DCR, использовали данные об объективном коэффициенте ответа (ORR), которые также определяли в соответствии с рекомендациями RECIST.

В табл. 24 сравнивается показатель > 2 PEPI3+ для каждой вакцины в смоделированной популяции и опубликованные DCR или ORR. Наблюдалось согласование между спрогнозированной и измеренной DCR, что является дополнительным доказательством того, что не только иммуногенность, но и эффективность противораковых вакцин зависит от множества последовательностей HLA индивидов (R2=0,76) (фиг. 9).

- 72 045702

Таблица 23

Клинические испытания, выбранные для прогнозирования частоты контроля заболеваний (DCR)

Иммунотер апия	Антиген	Спонсор	Заболевание	Популя ция (п)	Исследуемая популяция/ этническая принадлежность	Огра ниче ние по HLA	Форм а прием а	Доза (мг)	Схема приема	Время оценив ания (недели )	Ссылк а
IMA901 фаза!	9ТАА	Immatics	Почечноклеточный рак	28	CEU (Европейцы)	А02	внутр идерм ально	0,4	8х в 10 недель	12	19
IMA901 фаза II	9ТАА	Immatics	Почечноклеточный рак	68	CEU (Европейцы)	А02	внутр идерм ально	0,4	7х в 5 недель, затем Юх 3 недели	24	19
Ипилимума б	NY-ESO1	MSKCC	Меланома	19	США	нет	внутр иве нн о	о,з 10	4 х каждые 3 недели	24	5
HPV-SLP*	HPV-16 Е6, Е7	Лейденск ИЙ университ ет	VIN	20	CEU (Европейцы)	нет	ПОДКО жно	о,з	3 х каждые 3 недели	12	9
HPV-SLP*	Лейденск ИЙ университ ет	Рак шейки матки, вызванный вирусом папилломы человека	5	CEU (Европейцы)	нет	ПОДКО жно	о,з	3 х каждые 3 недели	12 (OR)	10
Пептиды gpl00-2*	gplOO	BMS	Меланома	136	США	А* 02 01	ПОДКО жно	1	4 х каждые 3 недели	12	28
Immucin	Muc-1	VaxilBio	Миелома	15	Израильтяне	нет	ПОДКО жно	ОД	6 х каждые 2 недели	12**	29
StimuVax	Muc-1	Merck	NSCLC (Nonsmall Cell Lung Cancer,	80	Канадцы	нет	ПОДКО жно	1	8х в неделю, затем каждые 6	12	13, 30
			немелкоклето чный рак легких)						недель
VGX-3100	HPV-16 и 18	Inovio	Рак шейки матки, вызванный вирусом папилломы человека	125	США	нет	внутр имыш ечно	6	0, 4, 12 недель	36	31
Пептидная вакцина TSPP	Тимидил атсинтаза	Сиенский университ ет	Колоректальн ая карцинома, немелкоклето чный рак легких, карцинома жёлчного пузыря., рак молочной железы, желудка	21	CEU (Европейцы)	нет	ПОДКО жно	0,1 0,2 о,з	3x3 недели	12	32
Пептидная вакцина KIF20A66*	KIF20A	Госпиталь Тибу Токушука й	Метастатичес кий рак поджелудочн ой железы	29	Японцы	А*24 02	ПОДКО жно	1 3	2 цикла 1, 8, 15, 22 дней, затем каждые 2 недели	12 (OR)	33
Пептидная вакцина*	3 ТАА	Универси тет Кумамото	HNSCC (плоскоклеточ ный рак органов головы и шеи, плоскоклеточ ный рак органов головы и шеи)	37	Японцы	А*24 02	ПОДКО жно	1	8 х еженедельн о, затем каждые 4 недели	12	34
Вакцина на основе	7ТАА	Универси тет Кинки	Метастатичес кий	30	Японцы	А*24 02	ПОДКО жно	1	Циклы: 5 х еженедельн	10 (OR)	35

-73 045702

сыворотки из 7пептидов*			колоректальн ый рак						о, затем каждые 1 неделю перерыв
GVX301*	hTERT	Универси тет Генуи	Рак простаты и почек	14	Японцы	А02	внутр идерм ально	0,5	1, 3, 5, 7, 14, 21, 35, 63 дней	12	25
MAGE-A3 Trojan*	MAGE- АЗ	Раковый центр Абрамсон а	Множественн ая миелома	26	США	нет	ПОДКО жно	о,з	14, 42, 90, 120, 150 дней	24	36
РерСап	HPV-16 Е6	Арканзасе кий университ ет	Дисплазия шейки матки .2/3	23	США	нет	внутр имыш ечно	0,05 0,1 0,25 0,5	4x3 недели	24	37
Пептидная вакцина против меланомы*	Тирозина за, gp 100	Вир джинс кий университ ет	Меланома	26	США	А1, А2 или АЗ	ПОДКО жно	0,1	6 циклов: 0, 7, 14, 28, 35, 42 дней	6	27

*Montanide ISA51 VG в качестве адъюванта.

**Реакция на заболевание оценивалась в соответствии с критериями ответа Международной рабочей группы по миеломе⁴⁵.

Таблица 24

Частоты контроля заболеваний (DCR) и оценки MultiPEPI (прогнозируемая DCR) в 17 клинических испытаниях

Иммунотерапия	DCR	Показатель MultiPEPI (Прогнозируемый DCR)	Общий процент согласования
IMA901 фаза!	43%	27%	61 %
IMA901 фаза II	22%	27%	81 %
Ипилимумаб	60%	65 %	92%
HPV-SLP	60%	70%	86 %
HPV-SLP	62%	70%	89%
gplOO - 2 пептида	15%	11 %	73 %о
Immucin	73%	59%	81 %о
StimuVax	0%	0%	100 %
VGX-3100	50%	56%	89%
Пептидная вакцина TSPP	48%	31 %	65%
Пептидная вакцина KIF20A-66	26%	7%	27%
Пептидная вакцина	27%	10%	37%
Вакцина на основе сыворотки из 7-пептидов	10%	9%	90 %
GVX301	29%	7%	24%
MAGE-АЗ Trojan	35%	10%	29%
РерСап	52%	26%	50 %
Пептидная вакцина против	12%	6%	50 %
меланомы

Пример 13. Испытания in silico, основанные на идентификации эпитопов, связывающихся с множеством HLA, позволяют прогнозировать описанные частоты клеточного иммунного ответа на вакцину, имеющую мишенью мутационный антиген.

Вариант III рецептора эпидермального фактора роста (EGFRvIII) представляет собой специфическую для опухоли мутацию, широко экспрессируемую в мультиформной глиобластоме (GBM, glioblastoma multiforme) и других новообразованиях. Мутация включает делецию внутри рамки считывания 801 bp из внеклеточного домена EGFR, которая расщепляет кодон и дает новый глицин на стыке слияния^1,2.

Указанная мутация кодирует конститутивно активную тирозинкиназу, которая увеличивает образование опухоли и миграцию опухолевых клеток и повышает резистентность к радиации и химиотерапии

3,4,5,6,7,8,9

Указанная инсерция дает опухолеспецифический эпитоп, который не обнаруживается в нормальных тканях взрослого человека, что делает EGFRvIII потенциально подходящей мишенью для противоопухолевой иммунотерапии¹⁰.

Rindopepimut представляет собой 13-аминокислотную пептидную вакцину (LEEKKGNYVVTDHC), охватывающую мутацию EGFRvIII с дополнительным С-концевым цистеиновым остатком¹¹.

В фазе II клинического исследования пептид, конъюгированный с гемоцианином лимфы улитки (KLH), вводили недавно диагностированным пациентам с GBM, экспрессирующей EGFRvIII. Первые три прививки делались раз в две недели, начиная с 4 недели после завершения облучения. Последующие вакцины вводились ежемесячно до рентгенологического подтверждения прогрессирования или отмирания опухоли. Все вакцины вводились внутрикожно в паховую область. Иммунологическая оценка показала, что только у 3 из 18 пациентов развился клеточный иммунный ответ, оцененный с помощью теста

- 74 045702 реакции гиперчувствительности замедленного типа (DTH, delayed-type hypersensitivity test).

Было проведено испытание in silico со смоделированной популяцией из 433 субъектов с последовательностью Rindopepimut. 4 из 433 субъектов имели РЕР13⁺, что подтверждает низкую иммуногенность, обнаруженную в исследовании фазы II (табл. 25).

Таблица 25

Результаты клинического испытания и исследования in silico

	Пациенты с ответом	Частота ответа
Клиническое испытание (Фаза II)	3/18	16,6 %
Исследование in silico (тест PEPI3+)	4/433	1 %

Карта HLA для риндопепимута на аллелях HLA субъектов в смоделированной популяции (фиг. 10) показывает, что очень немногие аллели HLA-A и HLA-С могут связываться с эпитопами вакцины, что объясняет отсутствие PEPI3 в группе in silico.

В недавнем клиническом исследовании III фазы неэффективность была дополнительно продемонстрирована, когда 745 пациентов были включены в исследование и произвольно отнесены к группе Rindopepimut и темозоломида (п=371) или к контрольной группе и группе темозоломида (п=374)¹². Испытание было прекращено из-за неэффективности после промежуточного анализа. Анализ не выявил существенных различий в общей выживаемости: средняя выживаемость составила 20,1 месяца (95% ДИ 18,522,1) в группе Риндопепимута против 20,0 месяцев (18,1-21,9) в контрольной группе (HR 1,01, 95% ДИ 0,79-1,30; р=0,93).

Ссылки для примера 13

Bigner et al. Characterization of the epidermal growth factor receptor in human glioma cell lines and xenografts. Cancer Res 1990;50: 8017-22.

Libermann et al. Amplification, enhanced expression and possible rearrangement of EGF receptor gene in primary human brain tumours of glial origin. Nature 1985;313: 144-7.

Chu et al. Receptor dimerization is not a factor in the signalling activity of a transforming variant epidermal growth factor receptor (EGFRvIII). Biochem J 1997; 324: 855-61.

Batra et al. Epidermal growth factor ligand-independent, unregulated, cell-transforming potential of a naturally occurring human mutant EGFRvIII gene. Cell Growth Differ 1995;6: 1251-9.

Nishikawa et al. A mutant epidermal growth factor receptor common in human glioma confers enhanced turnorigenicity. PNAS 1994; 91: 7727-31.

Lammering et al. Inhibition of the type III epidermal growth factor receptor variant mutant receptor by dominant-negative EGFR-CD533 enhances malignant glioma cell radiosensitivity. Clin Cancer Res 2004; 10: 6732-43.

Nagane et al. A common mutant epidermal growth factor receptor confers enhanced 15 turnorigenicity on human glioblastoma cells by increasing proliferation and reducing apoptosis. Cancer Res 1996; 56: 5079-86.

Lammering et al. Radiation-induced activation of a common variant of EGFR confers enhanced radioresistance. Radi other Oncol 2004; 72: 267-73.

Montgomery et al. Expression of oncogenic epidermal growth factor receptor family kinases induces paclitaxel resistance and alters β-tubulin isotype expression. J Biol Chem 2000; 275:17358-63.

Humphrey et al. Anti-synthetic peptide antibody reacting at the fusion junction of deletionmutant epidermal growth factor receptors in human glioblastoma. PNAS 1990; 87: 4207-11.

Sampson et al. Immunologic Escape After Prolonged Progression-Free Survival With 25 Epidermal Growth Factor Receptor Variant III Peptide Vaccination in Patients With Newly Diagnosed Glioblastoma. J Clin Oncol 28:4722-4729.

Weller at al. Rindopepimut with temozolomide for patients with newly diagnosed, EGFRvIIIexpressing glioblastoma (ACT IV): a randomised, double-blind, international phase 3 trial. Lancet Oncol 2017; 18(10): 1373-1385.

Пример 14. Множество связывающихся с HLA-пептидов индивидов позволяет прогнозировать иммунотоксичность.

Тромбопоэтин (ТРО, Thrombopoietin) представляет собой высокоиммуногенный белковый лекарственный препарат, вызывающий токсичность у многих пациентов. EpiVax/Genentech использовали существующий метод для идентификации эпитопов, ограниченных по HLA класса II, и обнаружили, что наиболее иммуногенная область ТРО находится на С-конце ТРО (US20040209324 А1).

-75 045702

В соответствии с настоящим изобретением мы определили эпитопы, связывающиеся с множеством HLA класса II (PEPI3+) из ТРО, в 400 генотипированных HLA класса II субъектов США. Большая часть пептидов PEPI3+ этих индивидов локализована в N-конце ТРО между 1-165 аминокислотами. PEPI3+ были спорадически идентифицированы у некоторых субъектов также в С-конце. Однако наши результаты отличались от состояния современного уровня техники.

В опубликованной литературе подтверждены раскрытые результаты, демонстрирующие экспериментальное доказательство того, что иммунотоксическая область локализована нa N-конечном участке ТРО^40,41. Большинство людей, получавших препарат ТРО, формировали антитела к лекарственному препарату (ADA) к этой области препарата. Эти антитела не только сводили к нулю терапевтическую эффективность лекарственного препарата, но также вызывали системные побочные эффекты, то есть иммунотоксичность, такую как антителозависимая цитотоксичность (ADCC, antibody-dependent cytotoxicity) и комплементзависимая цитотоксичность, ассоциированная с тромбоцитопенией, нейтропенией и анемией. Эти данные демонстрируют, что идентификация множества связывающихся с HLA пептидов индивидов позволяет прогнозировать иммунотоксичность ТРО. Таким образом, изобретение полезно для идентификации токсической иммуногенной области лекарств, для выявления субъектов, вероятно, испытывающих иммунотоксичность от лекарственных препаратов, для определения областей полипептидного лекарственного препарата, которые могут подвергаться воздействию ADA, и для выявления субъектов, которые, вероятно, испытывают формирование ADA.

Пример 15. Персонализированная иммунотерапевтическая композиция для лечения рака яичников.

В данном примере описано лечение пациентки с раком яичников с помощью персонализированной иммунотерапевтической композиции, причем композиция была специально разработана для пациентки на базе генотипа HLA пациентки на основании изобретения, описанного в настоящем документе. В данном примере и в примере 16, приведенном ниже, представлены клинические данные в поддержку принципов, касающихся связывания эпитопов с множеством HLA субъекта, чтобы индуцировать ответ цитотоксического Т-лимфоцита, на котором основано настоящее изобретение.

Генотип HLA класса I и II класса метастатического рака яичника у пациентки с аденокарциномой XYZ был определен из образца слюны.

Для создания персонализированной фармацевтической композиции для пациента XYZ было отобрано тринадцать пептидов, каждый из которых соответствовал следующим двум критериям: (i) получен от антигена, который экспрессируется при раке яичников, как сообщается в экспертных научных публикациях; и (ii) содержит фрагмент, представляющий собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя HLA класса I пациента XYZ (табл. 26). Кроме того, каждый пептид оптимизирован для связывания с максимальным количеством HLA класса II пациента.

Таблица 26

Персонализованная вакцина пациента XYZ с раком яичников

Вакцина для пациента XYZ	Антигенмишень	Экспрессия антигена	Пептиды 20mer	Макс. HLA класса I	Макс. HLA класса II
РОС01 Р1	АКАР4	89%	NSLQKQLQAVLQWIAASQFN	3	5
РОС01 Р2	BORIS	82%	SGDERSDEIVLTVSNSNVEE	4	2
РОС01 РЗ	SPAG9	76%	VQKEDGRVQAFGWSLPQKYK	3	3
РОС01 Р4	OY-TES-1	75%	EVESTPMIMENIQELIRSAQ	3	4
РОС01Р5	SP17	69%	AYFESLLEKREKTNFDPAEW	3	1
РОС01 Р6	WT1	63 %	PSQASSGQARMFPNAPYLPS	4	1
РОС01 Р7	HIWI	63 %	RRSIAGFVASINEGMTRWFS	3	4
РОС01 Р8	PRAME	60%	MQDIKMILKMVQLDSIEDLE	3	4
РОС01Р9	АКАР-3	58%	ANSVVSDMMVSIMKTLKIQV	3	4
РОС01 РЮ	MAGE-A4	37%	REALSNKVDELAHFLLRKYR	3	2
РОС01 Р11	MAGE-A9	37%	ETSYEKVINYLVMLNAREPI	3	4
РОС01 Р12а	MAGE-A10	52%	DVKEVDPTGHSFVLVTSLGL	3	4
РОС01 Р12Ь	BAGE	30%	SAQLLQARLMKEESPVVSWR	3	2

Одиннадцать пептидов PEPI3 в указанной иммунотерапевтической композиции могут индуцировать Т-лимфоцитарные ответы у пациента XYZ с вероятностью 84%, и два пептида PEPI4 (РОС01-Р2 и РОС01-Р5) - с вероятностью 98%, в соответствии с подтверждением для теста PEPI, показанного в табл. 10. Т-лимфоцитарные ответы направлены на 13 антигенов, экспрессируемых при раке яичников. Экспрессия этих раковых антигенов у пациента XYZ не тестировалась. Вместо этого была определена вероятность успешного уничтожения раковых клеток на основе вероятности экспрессии антигена в раковых клетках пациента и положительной прогностической ценности теста > 1 PEPI3+ (количество AGP). Количество AGP прогнозирует эффективность вакцины у субъекта: Количество используемых для приготовления вакцины антигенов, экспрессируемых в опухоли пациента (аденокарцинома яичника) с PEPI. Количество AGP указывает число опухолевых антигенов, которые вакцина распознает, и индуцирует Тлимфоцитарный ответ на опухоль пациента (поражение мишени). Количество AGP зависит от частоты

- 76 045702 экспрессии используемого для приготовления вакцины антигена в опухоли субъекта и генотипа HLA субъекта. Правильное значение должно находиться между 0 (отсутствие PEPI, презентируемого экспрессируемым антигеном) и максимальным количеством антигенов (все антигены экспрессируются и презентируют PEPI).

Вероятность того, что пациент XYZ будет экспрессировать один или более из 12 антигенов, показана на фиг. 11. AGP95=5, AGP50=7,9, mAGP=100%, АР=13.

Фармацевтическая композиция для пациента XYZ может содержать по меньшей мере 2 из 13 пептидов (табл. 26), поскольку наличие в вакцинной или иммунотерапевтической композиции по меньшей мере двух фрагментов полипептидов (эпитопов), которые могут связываться с по меньшей мере тремя HLA индивида (> 2 PEPI3+) было определено как прогностическое для клинического ответа. Перед инъекцией пептиды синтезируют, растворяют в фармацевтически приемлемом растворителе и смешивают с адъювантом. Желательно, чтобы пациент получал персонализированную иммунотерапию с по меньшей мере двумя пептидными вакцинами, но предпочтительно с большим количеством, чтобы увеличить вероятность уничтожения раковых клеток и уменьшить вероятность рецидива.

Для лечения пациента XYZ 12 пептидов составляли в виде 4x3/4 пептида (РОС01/1, РОС01/2, POC01/3, POC01/4). Один цикл лечения определяется как введение всех 13 пептидов в течение 30 дней.

История болезни.

Диагноз: метастатическая аденокарцинома яичника.

Возраст: 51 год.

Семейный анамнез: рак толстой кишки и яичника (мать) рак молочной железы (бабушка).

Опухолевая патология:

BRCAl-185delAG, BRAF-D594Y, MAP2K1-P293S, NOTCH1-S2450N.

2011 г.: первичный диагноз аденокарциномы яичника; операция Вертхайма и химиотерапия; удаление лимфатического узла.

2015г.: метастаз в перикардиальную жировую ткань, иссечение.

2016 г.: метастазы в печени.

2017 г.: забрюшинные и брыжеечные лимфатические узлы прогрессировали; начинающийся перитонеальный канцероз с небольшим сопутствующим асцитом.

Предшествующая терапия:

2012 г.: паклитаксел-карбоплатин (6x).

2014 г.: келикс-карбоплатин (1x).

2016-2017 (9 месяцев): Лимпарза (Олапариб) 2x400 мг/день, перорально.

2017 г.: гикамтин для инфузии 5x2,5 мг (3x одна серия/месяц).

Лечение вакциной PIT началось 21 апреля 2017 года.

Таблица 27

Схема лечения пептидом пациента XYZ

Лот №	Вакцинации
I^й цикл	ОЙ λ цикл	ой 3 цикл	Л Й 4 цикл
РОС01/1	N1727	21.04.2017	16.06.2017	30.08.2017	19.10.2017
РОС01/2	N1728	28.04.2017	31.05.2017
РОС01/3	N1732	16.06.2017	02.08.2017	20.09.2017
РОС01/4	N1736	15.05.2017	06.07.2017

Результаты компьютерной томографии опухоли пациента (базовый уровень 15 апреля 2016 г.).

Заболевание ограничивалось, прежде всего, печенью и лимфатическими узлами. Применение компьютерной томографии ограничивает обнаружение легочных (пульмональных) метастазов.

Май 2016 - январь 2017: лечение олапарибом.

декабря 2016 г. (до лечения вакциной PIT) Наблюдалось резкое снижение массы опухоли с подтверждением ответа, полученного на FU2.

Январь - март 2017 г. - протокол ТОРО (топоизомераза).

апреля 2017 г. FU3 продемонстрировал рост существующих патологических изменений и появление новых патологических изменений, приводящих к прогрессированию заболевания.

апреля 2017 года Начало применения PIT.

июля 2017 г. (после 2-го цикла PIT) FU4 продемонстрировал продолжающийся рост патологических изменений и общее увеличение поджелудочной железы и аномальный парапанкреатический сигнал наряду с увеличением асцита.

июля 2017 г. - CBP+Gem+авастин.

сентября 2017 г. (после 3 циклов PIT) FU5 продемонстрировал реверсирование роста патологического изменения и улучшил панкреатический/парапанкреатический сигнал. Полученные данные сви

- 77 045702 детельствуют о псевдо-прогрессии 28 ноября 2017 г. (после 4 циклов PIT) FU6 продемонстрировал лучший ответ с разрешением патологических изменений не-мишеней.

Данные компьютерной томографии для пациента XYZ показаны в табл. 28 и на фиг. 12.

Таблица 28

Сводная таблица ответов патологических изменений

Патолог ическое изменен ие / момент времени	Базовый уровень (%А от BL (Baseline, базовый уровень)	FU1 (%А от BL)	FU2 (%А от BL)	FU3 (%А от BL)	FU4 (%А от BL)	FU5 (%А от BL)	FU6 (%А от BL)	Цикл с лучшим ответом	Момен т времен и прогре ссиров ания заболев ания (PD, progres sive disease)
TL1	Неприменимо	-56,1	-44,4	-44,8	+109,3	-47,8	-67,3	FU6	FU4
TL2	Неприменимо	-100,0	-100,0	-47,1	-13,1	-100,0	-100,0	FU1	FU3
TL3	Неприменимо	-59,4	-62,3	-62,0	-30,9	-66,7	-75,9	FU6	FU4
TL4	Неприменимо	-65,8	-100,0	-100,0	-100,0	-100,0	-100,0	FU2	Непри менимо
Итог	Неприменимо	-66,3	-76,0	-68,9	-23,5	-78,2	-85,2	FU6	FU4

Пример 16. Разработка персонализированной иммунотерапевтической композиции для лечения рака молочной железы.

Генотип HLA I и II класса метастатического рака молочной железы у пациента ABC был определен из образца слюны. Для создания персонализированной фармацевтической композиции для пациента ABC было отобрано двенадцать пептидов, каждый из которых соответствовал следующим двум критериям: (i) получен от антигена, который экспрессируется при раке молочной железы, как сообщается в экспертных научных публикациях; и (ii) содержит фрагмент, представляющий собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя HLA класса I пациента ABC (табл. 29). Кроме того, каждый пептид оптимизирован для связывания с максимальным количеством HLA класса II пациента. Двенадцать пептидов направлены на двенадцать антигенов рака молочной железы. Вероятность того, что пациент ABC будет экспрессировать один или более из 12 антигенов, показана на фиг. 13.

Таблица 29 пептидов для пациента ABC с раком молочной железы

Пептиды вакцины BRC09	Антигенмишень	Экспресс ня антигена	Пептид 20 тег	Макс. HLA класса I	Макс. HLA класса II
PBRC01 сР1	FSIP1	49 %	ISDTKDYFMSKTLGIGRLKR	3	6
PBRC01 сР2	SPAG9	88 %	FDRNTESLFEELSSAGSGLI	3	2
PBRC01 сРЗ	АКАР4	85 %	SQKMDMSNIVLMLIQKLLNE	3	6
PBRC01 сР4	BORIS	71 %	SAVFHERYALIQHQKTHKNE	3	6
PBRC01 сР5	MAGE-АН	59 %	DVKEVDPTSHSYVLVTSLNL	3	4
PBRC01 сР6	NY-SAR-35	49 %	ENAHGQSLEEDSALEALLNF	3	2
PBRC01 сР7	HOM-TES-85	47%	MASFRKLTLSEKVPPNHPSR	3	5
PBRC01 сР8	NY-BR-1	47%	KRASQYSGQLKVLIAENTML	3	6
PBRC01 сР9	MAGE-A9	44 %	VDPAQLEFMFQEALKLKVAE	3	8
PBRC01 сРЮ	SCP-1	38 %	EYEREETRQVYMDLNNNIEK	3	3
PBRC01 сРН	MAGE-A1	37%	PEIFGKASESLQLVFGIDVK	3	3
PBRC01 сР12	MAGE-C2	21 %	D SES SFIYTLDEKVAELVEF	4	2

Прогнозируемая эффективность: AGP95=4; 95% вероятность того, что вакцина PIT индуцирует ответы CTL на 4 СТА, экспрессированных в клетках рака молочной железы BRC09. Дополнительные параметры эффективности: AGP50=6.3, mAGP=100%, АР=12.

Выявленная эффективность после 1-й вакцинации всеми 12 пептидами: снижение метаболической активности опухоли на 83% (данные PET CT (Позиционно эмиссионная томография-компьютерная томография)).

Для лечения пациента ABC 12 пептидов составляли в виде 4x3 пептидов (PBR01/1, PBR01/2, PBR01/3, PBR01/4). Один цикл лечения определяется как введение всех 12 разных вакцинных пептидов в течение 30 дней.

- 78 045702

История болезни.

Диагноз: двусторонняя метастатическая карцинома молочной железы: правая молочная железа является ER-положительной, PR-отрицательной, Her2-отрицательной; левая молочная железа - ER, PR и Her2 отрицательной. Первичный диагноз: 2013 год (за 4 года до лечения вакциной PIT).

2016 г.: обширное метастатическое заболевание с поражением узлов как над, так и под диафрагмой. Множественные метастазы в печени и легких.

Лечение 2016-2017 гг.: этрозол, ибранс (палбоциклиб) и золадекс.

Результаты.

марта 2017 г.: до лечения вакциной PIT.

Печеночный мультиметастатический процесс с действительно наружным сдавливанием начала желчного протока и массивной дилатацией всего внутрипеченочного желчного тракта. Целиакия, внутрипротоковая печеночная и забрюшинная аденопатия 26 мая 2017 г.: После 1 цикла PIT.

Выявленная эффективность:

83% снижение опухолевой метаболической активности (PET СТ) печени, лимфатических узлов легких и других метастазов. Обнаруженная безопасность: кожные реакции Местное воспаление в месте инъекций в течение 48 часов после введения вакцины

Последующие мероприятия:

BRC-09 лечили 5 циклами вакцины PIT. Она чувствовала себя очень хорошо, но в сентябре 2017 года отказалась от PET СТ. В ноябре у нее появились симптомы, PET CT показала прогрессирующее заболевание, но она отказалась от всех видов лечения. Кроме того, ее онколог узнал, что она не принимала палбоциклиб с весны/лета. Пациентка ABC скончалась в январе 2018 года.

Комбинация паблоциклиба и персонализированной вакцины, вероятно, была ответственна за замечательный ранний ответ, наблюдаемый после введения вакцины. Было показано, что палбоциклиб улучшает активность иммунотерапии за счет увеличения презентации СТА HLA и уменьшения пролиферации регуляторных Т-лимфоцитов: (Goel et al. Nature. 2017:471-475). Вакцина PIT может использоваться в качестве дополнения к современной терапии для достижения максимальной эффективности.

Пример 17. Разработка вакцины против рака молочной железы для большой популяции и композиции.

Мы использовали тест PEPI3+, описанный выше, для разработки пептидов для использования в вакцинах против рака молочной железы, которые эффективны у большого процента пациентов с учетом гетерогенности как опухолевых антигенов, так и HLA пациентов.

СТА рака молочной железы были идентифицированы и ранжированы на основе общих частот экспрессии антигенов, обнаруженных в образцах опухолей рака молочной железы, как сообщается в экспертных публикациях (Chen et al. Multiple Cancer/T estis Antigens Are Preferentially Expressed in HormoneReceptor Negative and High-Grade Breast Cancers. Plos One 2011; 6(3): e17876.; Kanojia et al. SpermAssociated Antigen 9, a Novel Biomarker for Early Detection of Breast Cancer. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2009; 18(2):630 -639.; Saini et al. ANovel Cancer Testis Antigen, A-Kinase Anchor Protein 4 (AKAP4) Is a Potential Biomarker for Breast Cancer. Plos One 2013; 8(2): e57095).

Для выбранных СТА мы использовали тест PEPI3+ и смоделированную популяцию, описанные в примере 8, чтобы идентифицировать 9-mer эпитопы (PEPI3+), которые чаще всего презентированы по меньшей мере 3 HLA индивидов в смоделированной популяции. Мы называем эти эпитопы в настоящем документе bestEPI. Иллюстративный пример анализа вариабельного участка PEPI3+ и идентификации bestEPI показан на фиг. 14 для антигена PRAME.

Мы умножили зарегистрированную частоту экспрессии для каждого СТА (N%) на частоту вариабельных участков PEPI3+ в смоделированной популяции (В%), чтобы идентифицировать Тлимфоцитарные эпитопы (9 mer), которые будут индуцировать иммунный ответ против антигенов рака молочной железы у самой высокой доли индивидов (табл. 30). Затем мы выбрали 15 mer, охватывающих каждый из выбранных 9 mer (табл. 30). 15 mer были выбраны для связывания с большей частью аллелей HLA класса II большинства субъектов с использованием процесса, описанного ниже в примере 22. Эти 15 mer могут индуцировать ответы как CTL, так и Т-хелперов у самой высокой доли субъектов.

Таблица 30

Список bestEPI для выбора пептидной вакцинной композиции против рака молочной железы

Информация об антигене	BestEPI
Ген длина Ntotal	N+	N%	Последовательность	Позиция	В%	N % * В %
АКАР-4 854 91	77	85 %	YLMNRPQNL	167	52%	44 %
АКАР-4 854 91	77	85 %	MMAYSDTTM	1	49%	41 %

- 79 045702

BORIS	663	58	41	71 %	FTSSRMSSF	264	57%	40 %
АКАР-4	854	91	77	85 %	YALGFQHAL	121	46%	39 %
SPAG9	1321	100	88	88 %	KMSSLLPTM	964	43 %	38 %
SPAG9	1321	100	88	88 %	FTVCNSHVL	785	36%	31 %
BORIS	663	58	41	71 %	MAFVTSGEL	320	44%	31 %
PRAME	509	100	55	55 %	YLHARLREL	462	52%	28 %
SPAG9	1321	100	88	88 %	VMSERVSGL	19	28 %	25 %
BORIS	663	58	41	71 %	FTQSGTMKI	407	35 %	25 %
NY-SAR-35	255	29	14	48 %	FSSSGTTSF	163	45 %	22 %
MAGE-A9	315	142	63	44%	FMFQEALKL	102	49%	22 %
NY-SAR-35	255	29	14	48 %	FVLANGHIL	97	42%	21 %
PRAME	509	100	55	55 %	KAMVQAWPF	70	37%	20 %
NY-BR-1	1341	131	61	47%	YSCDSRSLF	424	39%	18 %
Survivin	142	167	118	71 %	RAIEQLAAM	133	26%	18 %
MAGE-A11	429	135	79	59%	AMDAIFGSL	184	23 %	14 %
HOM-TES-85	313	100	47	47%	MASFRKLTL	1	29%	13 %
MAGE-A9	315	142	63	44%	SSISVYYTL	67	30%	13 %
NY-BR-1	1341	131	61	47%	SAFEPATEM	584	27%	12 %

Ntotal: количество образцов, проанализированных на экспрессию определенного антигена; N+: количество индивидов, экспрессирующих определенный антиген; N%: частота экспрессии определенного антигена; В%: частота bestEPI, т. е. процент индивидов, имеющих лучший bestEPI в смоделированной популяции; N% * В%: частота экспрессии, умноженная на частоту bestEPI.

Затем мы разработали 3130 тег пептидов. Каждый состоял из двух оптимизированных 15 тег фрагментов, главным образом, от разных часто встречающихся СТА, расположенных конец в конец, причем каждый фрагмент содержит один из 9 mer (BestEPI) из табл.ы 30. Девять из указанных 30 тег пептидов были выбраны для панели пептидов, называемой Ро1уРЕР1915 (табл. 31). Частоты экспрессии для 10 СТА, являющихся мишенью Ро1уРЕР1915, одиночных и комбинации, показаны на фиг. 15.

Таблица 31

Выбранные пептиды вакцины против рака молочной железы для панели/композиции Ро1уРЕР1915

TREOSID	Исходный антиген	Пептид (30mer)	HLAI* (CD8)	HLAII* * (CD4)
BCV900-4-1	SPAG9/AKAP4	GNILDSFTVCNSHVLLQKYALGFQHALSPS	53 %	75 %
BCV900-4-2	BORIS/NY-SAR-35 NMAFVTSGELVRHRRFSSSGTTSFKCFAPF	65 %	46 %
BCV900-3-3	NY-BR1/SURVIVIN	YSCDSRSLFES SAKITAKKVRRAIEQLAAM	55 %	11 %
BCV900-3-4	AKAP-4/BORIS	MMAYSDTTMMSDDIDHTRFTQSGTMKIHIL	72 %	45 %
BCV900-4-5	SPAG9/BORIS	AQKMS SLLPTMWLGAMFTS SRMSSFNRHMK	72 %	50 %
BCV900-5-6	HomTes85/MageAllMASFRKLTLSEKVPPSPTAMDAIFGSLSDE	45 %	16 %
BCV900-5-7	AKAP4/PRAME	DQVNIDYLMNRPQNLRHSQTLKAMVQAWPF	64 %	33 %
BCV900-5-8	NYSAR/SPAG9	CSGSSYFVLANGHILSGAVMSERVSGLAGS	46 %	48 %
BCV900-3-9	PRAME/MAGE-A9 LERLAYLHARLRELLQLEFMFQEALKLKVA	73 %	100 %
		PolyPEPI915 (всего 9 пептидов)	96 %	100 %

*Процентное отношение индивидов, имеющих специфические PEPI3⁺ CD8⁺ Т-лимфоцитов в смоделированной популяции (п=433).

**Процентное отношение индивидов, имеющих специфические PEPI4⁺ CD4⁺ Т-лимфоцитов в смоделированной популяции (п=433).

Определение характеристик Ро1уРЕР1915.

Гетерогенность опухоли может быть учтена путем включения пептидных последовательностей, которые имеют мишенью множество СТА, в режиме вакцины или иммунотерапии. Композиция Ро1уРЕР1915 имеет мишенью 10 разных СТА. Основываясь на частоте экспрессии антигена для указанных 10 СТА, мы смоделировали прогнозируемое среднее количество экспрессируемых антигенов (AG50) и минимальное количество экспрессируемых антигенов с вероятностью 95% (AG95) в раковых клетках. 95% индивидов экспрессировали минимум 4 из 10 антигенов-мишеней (AG95=4), как показано кривой экспрессии антигена на фиг. 16.

Описанные выше значения AG характеризуют вакцину независимо от заданной популяции пациентов. Их можно использовать для прогнозирования вероятности того, что конкретный рак (например, рак молочной железы) экспрессирует антигены, на которые таргетирована конкретная вакцина или иммунотерапевтическая композиция. Значения AG основаны на известной гетерогенности опухоли, но не учитывают гетерогенность HLA.

Гетерогенность HLA определенной популяции может быть охарактеризована с точки зрения иммунотерапевтической или вакцинной композиции по количеству антигенов, презентирующих РЕР13⁺. Это

-80045702 специфические для вакцины антигены СТА, для которых прогнозируется > 1 PEPI3+, называемое в настоящем документе АР. Среднее количество антигенов с PEPI3+ (АР50) показывает, как вакцина может индуцировать иммунный ответ против антигенов, на которые таргетирована композиция (специфический иммунный ответ вакцины против рака молочной железы). Композиция PolyPEPI915 может индуцировать иммунный ответ в среднем на 5,3 используемых для приготовления вакцины антигенов (АР50=5,30), и 95% смоделированной популяции могут индуцировать иммунный ответ по меньшей мере на один используемый для приготовления вакцины антиген (АР95=1) (фиг. 17).

Вакцины могут быть дополнительно охарактеризованы значениями AGP, которые относятся к антигенам с PEPI. Этот параметр является комбинацией двух предыдущих параметров: (1) AG зависит от частоты экспрессии антигена в конкретном типе опухоли, но не зависит от генотипа HLA у индивидов в популяции, и (2) АР зависит от генотипа HLA индивидов в популяции без учета частоты экспрессии антигена. AGP зависит как от частоты экспрессии используемых для приготовления вакцины антигенов при заболевании, так и от генотипа HLA индивидов в популяции.

Объединяя данные AG рака молочной железы и АР в смоделированной популяции, мы определили значение AGP PolyPEPI915, которое представляет распределение вероятности используемых для приготовления вакцины антигенов, которые вызывают иммунные ответы на антигены, экспрессируемые в опухолях молочной железы. Для PolyPEPI915 значение AGP50 в смоделированной популяции составляет 3,37. AGP92=1 означает, что 92% субъектов в смоделированной популяции индуцируют иммунные ответы по меньшей мере на один экспрессированныи антиген, используемый для приготовления вакцины (фиг. 18).

Пример 18. Выбор пациентов с вероятным ответом с использованием дополнительных диагностических тестов для вакцин.

Вероятность того, что конкретный пациент будет иметь иммунный ответ или клинический ответ на лечение одним или более пептидами противораковой вакцины, например, как описано выше, может быть определена на основании (i) идентификации PEPI3+ в вакцинном пептиде (пептидах) (9-mer эпитопы, способные связывать по меньшей мере три HLA пациента); и/или (ii) определения экспрессии антигенамишени в раковых клетках пациента, например, при измерении в биопсии опухоли. В некоторых случаях оба параметра определяются идеально, и для использования при лечении пациента выбирают оптимальную комбинацию вакцинных пептидов. Однако, если определение экспрессированных опухолевых антигенов, например, с помощью биопсии, невозможно, не рекомендуется или ненадежно из-за ошибки биопсии (т.е. образцы ткани биопсии, взятые из небольшой части опухоли или метастазирующих опухолей не представляют полный состав СТА, экспрессированных у пациента), может использоваться только анализ PEPI3+.

Пример 19. Сравнение Ро1уРЕР1915с конкурирующими вакцинами против рака молочной железы.

Мы использовали модель клинического испытания in silico, описанную выше, чтобы спрогнозировать уровни иммунного ответа конкурирующих вакцин против рака молочной железы, которые были исследованы в клинических испытаниях (табл. 32). Частота иммунного ответа этих продуктов составляла от 3 до 91%.

Отдельные пептидные вакцины были иммуногенными у 3-23% людей. Для сравнения, 30-mer пептиды, описанные в приведенном выше примере 18 (табл. 29), были иммуногенными для каждого из 4473% индивидов в одной и той же группе. Этот результат представляет значительное улучшение иммуногенности каждого пептида в PolyPEPI915.

Частоты иммунного ответа конкурирующих комбинированных пептидных продуктов находились между 10 и 62%. Комбинированный продукт PolyPEPI915 согласно изобретению составлял 96% в смоделированной популяции и 93% в популяции пациентов с раком молочной железы, что свидетельствует об улучшении иммуногенности.

- 81 045702

Таблица 32

Прогнозируемые частоты иммунного ответа конкурирующих вакцин против рака молочной железы Прогнозируемые частоты иммунного ответа*

Вакцины против рака молочной железы	Спонсоры	Антигены мишени	433 типичных донора (смоделированная популяция)	90 пациентов с раком молочной железы
	Immuno V accine
Мультипептид DPX0907	Tech.	7	58 %	62 %
Мультипептидная вакцина	Вирджинский университет Институт исследований	5	22 %	31 %

Ad-sig-hMUC-l/ecdCD40L	раковых заболеваний, CRI (Cancer Research Institute), Сингапур	1	91 %	80 %
NY-ESO-1 IDC-G305	Immune Design Corp.	. 1	84 %	84 %
Активированные пептидами	Университет штата	1	29 %	36 %
дендритные клетки 6 HER2	Пенсильвания
В клеточный пептид HER-2	Университет штата Огайо	1	18 %	23 %
HER-2/протеин с новыми	Университет Дж.	1	10 %	11 %
дендритными клетками	Вашингтона
Пептид NeuVax	Galena Biopharma	1	6%	3 %
Пептид StimuVax®(L-BLP25) EMD Serono	1	6%	8%
PolvPEPI915	Treos Bio	10	96 %	93 %

*Доля субъектов с>1 PEPI3+.

Еще одним улучшением от использования вакцины PolyPEPI915 является снижение вероятности прорастания опухоли. Каждый 30-mer пептид в PolyPEPI915 таргетирован на 2 опухолевых антигена. CTL, направленные на большее количество опухолевых антигенов, более эффективны против гетерологичных опухолевых клеток, чем CTL, направленные на один опухолевый антиген.

Другим улучшением является то, что вакцина PolyPEPI915 действует таким образом, что индивиды, которые, вероятно, отвечают на вакцинацию, могут быть идентифицированы на основе их генотипов (последовательности) HLA и, необязательно, экспрессии антигена в опухоли с использованием способов, описанных в настоящем документе. Фармацевтические композиции с вакцинами PolyPEPI не будут вводиться индивидам, HLA которых не может презентировать PEPI3 из вакцин. Во время клинических испытаний будет установлено согласование между mAGP или количеством AGP в режиме PolyPEPI915 и продолжительностью ответов индивидов. Скорее всего, для уничтожения гетерологичных опухолевых клеток необходима комбинация вакцин с > 1 AGP.

Пример 20. Разработка и композиция вакцины против колоректального рака.

Мы показываем другой пример для вакцинной композиции против колоректального рака с использованием того же способа составления, который был продемонстрирован выше. Мы использовали тест PEPI3+, описанный выше, для разработки пептидов для использования в вакцинах против колоректального рака, которые эффективны у большого процента пациентов с учетом гетерогенности как опухолевых антигенов, так и HLA пациента.

СТА колоректального рака были идентифицированы и ранжированы на основе всех частот экспрессии антигенов, обнаруженных в образцах опухолей колоректального рака, как сообщается в экспертных публикациях (фиг. 19) (Choi J, Chang H. The expression of MAGE and SSX, and correlation of COX2, VEGF, and survivin in colorectal cancer. Anticancer Res 2012. 32(2):559-564.; Goossens-Beumer IJ, Zeestraten EC, Benard A, Christen T, Reimers MS, Keijzer R, Sier CF, Liefers GJ, Morreau H, Putter H, Vahrmeijer AL, van de Velde CJ, Kuppen PJ. Clinical prognostic value of combined analysis of Aldhl, Survivin, and EpCAM expression in colorectal cancer. Br J Cancer 2014. 110(12):2935-2944.; Li M, Yuan YH, Han Y, Liu YX, Yan L, Wang Y, Gu J. Expression profile of cancer-testis genes in 121 human colorectal cancer tissue and adjacent normal tissue. Clinical Cancer Res 2005. 11(5): 1809-1814).

Для выбора наиболее часто экспрессируемых СТА колоректального рака мы использовали тест PEPI3+ и смоделированную популяцию, описанную в примере 8, для определения bestEPI.

Мы умножили зарегистрированную частоту экспрессии для каждого СТА (N%) на частоту вариабельных участков PEPI3+ в смоделированной популяции (В%), чтобы идентифицировать Тлимфоцитарные эпитопы (9 mer), которые будут индуцировать иммунный ответ против антигенов колоректального рака у самой высокой доли индивидов (табл. 33). Затем мы выбрали 15 mer, охватывающих

- 82 045702 каждый из выбранных 9 mer (табл. 33). 15 mer были выбраны для связывания с большей частью аллелей HLA класса II большинства субъектов с использованием процесса, описанного ниже в примере 22. Эти 15 mer могут индуцировать ответы как CTL, так и Т-хелперов у самой высокой доли субъектов.

Таблица 33

Список bestEPI для выбора пептидной вакцинной композиции против колоректального рака Информация об антигене BestEPI

Ген	ДЛИНА	Ntotal	N+	N%	Последовательное Позици ТЬ Я	B%	N%*B%
TSP50	385	95	85	89 %	FSYEQDPTL	106	51 %	45.7 %
ЕрСАМ	314	309	273	88 %	RTYWIIIEL	140	51 %	45.1 %
TSP50	385	95	85	89 %	TTMETQFPV	85	36 %	32.6 %
Spag9	1321	78	58	74 %	FSFVRITAL	1143	44 %	32.6 %
Spag9	1321	78	58	74 %	KMSSLLPTM	964	43 %	32.1 %
CAGE!	777	47	35	74 %	KMHSLLALM	616	42 %	31.5 %
FBXO39	442	57	22	39 %	FMNPYNAVL	96	78 %	30.1 %
CAGE1	777	47	35	74 %	KSMTMMPAL	760	37 %	27.3 %
ЕрСАМ	314	309	273	88 %	YVDEKAPEF	251	28 %	24.7 %
FBXO39	442	57	22	39 %	KTMSTFHNL	218	58 %	22.2 %
Survivin	142	309	267	86 %	RAIEQLAAM	133	26 %	22.2 %
Spag9	1321	78	58	74 %	VMSERVSGL	19	28 %	21.0 %
TSP50	385	95	85	89 %	YRAQRFWSW	192	20 %	17.8 %
FBXO39	442	57	22	39 %	FFFERIMKY	287	46 %	17.6 %
Survivin	142	309	267	86 %	STFKNWPFL	20	15 %	13.0 %
Mage-A8	318	80	35	44 %	AIWEALSVM	223	20 %	8.7 %
Mage-A8	318	80	35	44 %	KVAELVRFL	115	18 %	7.7 %
Mage-A6	314	250	69	28 %	FVQENYLEY	250	27 %	7.5 %
Mage-A8	318	80	35	44 %	RALAETSYV	279	16 %	7.1 %
Mage-A6	314	250	69	28 %	YIFATCLGL	176	25 %	6.9 %

Ntotal: количество образцов биопсии (экспрессия опухолеспецифического антигена в тканях колоректального рака человека), проанализированных на экспрессию определенного антигена; N+: количество индивидов, экспрессирующих определенный антиген; N%: частота экспрессии определенного антигена; В%: частота bestEPI, т.е. процент индивидов, имеющих bestEPI в смоделированной популяции; N% * В%: частота экспрессии, умноженная на частоту bestEPI.

Затем мы разработали 31 30 mer пептидов. Каждый состоял из двух оптимизированных 15 mer фрагментов, главным образом, от разных часто встречающихся СТА, причем 15 mer фрагменты расположены конец в конец, и каждый фрагмент содержит один из 9 mer (BestEPI), описанных выше. Девять из указанных 30 mer пептидов были выбраны для панели пептидных вакцин, называемой PolyPEPI1015 (табл. 34). Частоты экспрессии для 8 СТА, являющихся мишенью PolyPEPI1015, одиночных и комбинации, показаны на фиг. 19.

Таблица 34

Выбранные пептиды вакцины против колоректального рака для панели/композиции PolyPEPI1015

TREOSID	Исходный антиген	Пептид (30mer)	HL AI* (CD8)	HLAII** (CD4)
CCV1000-5-1	TSP50	PSTTMETQFPVSEGKSRYRAQRFWSWVGQA	53%	53 %
CCV1000-2-2	ЕрСАМ/Survivin	VRTYWIIIELKHKARTAKKVRRAIEQLAAM	57%	98%
CCV1000-5-3	ЕрСАМ /Mage-A8	YVDEKAPEFSMQGLKDEKVAELVRFLLRKY	43%	72%
CCV1000-5-4	TSP50/Spag9	RSCGFSYEQDPTLRDGTGKLGFSFVRITAL	67%	82%
CCV1000-5-5	Mage-A8/Mage-A6	SRAPEEAIWEALSVMQYFVQENYLEYRQVP	45%	76%
CCV1000-2-6	CAGEl/Survivin	LASKMHSLLALMVGLKDHRISTFKNWPFLE	58%	95%
CCV1000-5-7	CAGE1/Spag9	PKSMTMMPALFKENRSGAVMSERVSGLAGS	57%	57%
CCV1000-2-8	FBXO39	KFMNPYNAVLTKKFQKVNFFFERIMKYERL	90%	98%
CCV1000-2-9	Spag9/FBXO39	AQKMSSLLPTMWLGAFKKTMSTFHNLVSLN	67%	66%
		PolyPEPI1015 (всего 9 пептидов)	100 %	99%

*Процентное отношение индивидов, имеющих специфические PEPI3+ CD8+ Т-лимфоцитов в смоделированной популяции (n=433).

**Процентное отношение индивидов имеющих специфические PEPI4+ CD4⁺Т-лимфоцитов в смоделированной популяции (n=433).

Определение характеристик вакцины против колоректального рака PolyPEPI1015.

Гетерогенность опухоли: композиция PolyPEPI1015 имеет мишенью 8 разных СТА (фиг. 19).

На основании частот экспрессии антигена для указанных 8 СТА, AG50=5,22 и AG95=3 (фиг. 20).

- 83 045702

Гетерогенность пациента: АР50=4,73 и АР95=2 (АР95=2) (фиг. 21).

Гетерогенность как опухоли, так и пациента: AGP50=3,16 и AGP95=1 (смоделированная популяция) (фиг. 22).

Пример 21. Сравнение пептидов вакцины против колоректального рака с конкурирующими вакцинами против колоректального рака.

Мы использовали модель клинического испытания in silico, описанную выше, для определения частоты ответа Т-лимфоцитов на существующем уровне техники и разработанных в настоящее время пептидных вакцин CRC и сравнили с таковой для PolyPEPI1015 (табл. 34). Наш тест PEPI3¹ демонстрирует, что конкурирующие вакцины могут вызывать иммунные ответы против одного опухолевого антигена у части субъектов (2-77%). Однако определение ответа мульти-антигена (multi-PEPI) для 2 конкурирующих мульти-антигенных вакцин привело к отсутствию или 2% пациентов с ответом. *% пациентов с ответом - это соотношение субъектов из смоделированной популяции с 1 > PEPI3+ для HLAI (ответы CD8+ Т-лимфоцитов) в случае 1 или 2, 3, 4 или 5 антигенов вакцинных композиций. Поскольку ответы мультиPEPI коррелируют с клиническими реакциями, индуцированными противоопухолевыми вакцинами, маловероятно, что какая-либо из конкурирующих вакцин продемонстрирует клиническую эффективность у 98% пациентов. Напротив, мы прогнозировали ответы с мульти-PEPI у 95% пациентов, что указывает на вероятность клинической эффективности у большинства пациентов.

Таблица 35

Прогнозируемые частоты иммунного ответа polyPEPI1015 и конкурирующих вакцин против колоректального рака

Вакцины против колоректального рака	Спонсор	% пациентов с ответом CD8+ Т-лимфоцитов у 433 субъектов*
Вакцинн ые антигены (Ags)	% пациентов с ответом против множества Ags
1 Ag	2 Ags	3 Ags	4 Ags	5 Ags
Пептидная вакцина Stimuvax®(L-BLP25)	Университет Иоганна Гуттенберга, Майнц	1	6%	-	-	-	-
Мультипептидная вакцина WT1	Университет Шиншу, Япония	1	79%	-	-	-	-
Мультиэпитопная пептидная вакцинная смесь	Университет Кинки	7	5 %	2%	0%	0%	0%
Синтетическая длиннопептидная вакцина р53	Медицинский центр Лейденского университета	1	77%	-	-	-	-
В клеточная пептидная вакцина HER-2	Центр комплексных исследований раковых заболеваний Университета штата Огайо	1	18%	-	-	-	-
NY-ESO-1	Центр комплексных	1	0%	-	-	-	-
активированная пептидами вакцина на основе дендритных клеток	исследований раковых заболеваний им. Джонсона
OCV-C02	Otsuka Pharmaceutical Со., Ltd.	2	2%	0%	-	-	-
Вакцина TroVax (ОХВ-301)	Oxford BioMedica	1	94%	-	-	-	-
ImMucin	Vaxil Bio Theapeutics	1	95 %	-	-	-	-
PolyPEPI 1015	Treos Bio	8	100 %	95 %	87%	70%	54 %

Пример 22. Эффективность по методике разработки на примере вакцины против колоректального рака PolyPEPI1018.

Композиция вакцины PolyPEPI1018 против колоректального рака (Colorectal Cancer, CRC) (PolyPEPI1018) представляет собой пептидную вакцину, предназначенную для использования в качестве дополнительной иммунотерапии к стандартным вариантам лечения CRC у пациентов, которые определены как вероятные пациенты с ответом, с использованием сопутствующего диагностического теста (companion diagnostic test, CDx) in vitro. В США и Италии продолжаются клинические испытания для оценки PolyPEPI1018 у пациентов с метастатическим колоректальным раком. Продукт содержит 6 пептидов (6 из 30-mer пептидов PolyPEPI1015, описанных в примерах 18-20), смешанных с адъювантом Montanide. 6 пептидов были отобраны для индуцирования Т-лимфоцитарных ответов против 12 эпитопов от 7 раковотестикулярных антигенов (СТА), которые наиболее часто экспрессируются в CRC. 6 пептидов были оп

- 84 045702 тимизированы для индуцирования пролонгированных специфических для CRC Т-лимфоцитарных ответов. Вероятно, пациенты с Т-лимфоцитарными ответами на множество СТА, экспрессированных в опухоли, могут быть отобраны с помощью сопутствующей диагностики (CDx). Данный пример устанавливает точный процесс, используемый для разработки PolyPEPI1018. Данный способ может быть применен для разработки вакцин против других видов рака и заболеваний.

А. Выбор множества антигенов-мишеней.

Выбор опухолевых антигенов важен для безопасности и эффективности противораковых вакцин. Особенностью хорошего антигена является ограниченная экспрессия в нормальных тканях для предотвращения, таким образом, возникновения аутоиммунитета. Этому требованию отвечают несколько категорий антигенов, включая уникально мутированные антигены (например, р53), вирусные антигены (например, антигены вируса папилломы человека при раке шейки матки) и дифференцировочные антигены (например, CD20 при В-клеточной лимфоме).

Авторы изобретения выбрали множество раково-тестикулярных антигенов (СТА) в качестве антигенов-мишеней, поскольку они экспрессируются в различных типах опухолевых клеток и клеток тестикул, но не экспрессируются ни в каких других нормальных соматических тканях или клетках. СТА являются желательными мишенями для вакцин по меньшей мере по следующим причинам: опухоли с более высокой гистологической степенью и более поздней клинической стадией часто проявляют более высокую частоту экспрессии СТА только субпопуляция опухолевых клеток экспрессирует определенный СТА разные типы рака значительно отличаются по частоте экспрессии СТА опухоли, которые являются положительными для СТА, часто проявляют одновременную экспрессию более чем одного СТА

Ни один из СТА, по-видимому, не является антигеном клеточной поверхности, поэтому они являются уникальными мишенями для противораковых вакцин (они не являются подходящими мишенями для иммунотерапии на основе антител) Чтобы определить СТА-мишени для PolyPEPI1018, изобретатели создали базу данных об экспрессии СТА. Указанная база данных содержит СТА, которые экспрессированы в CRC и ранжированы по частоте экспрессии. Корреляционные исследования, проведенные авторами изобретения (см. пример 11), позволяют предположить, что вакцины, индуцирующие ответы CTL на множество антигенов, которые экспрессированы в опухолевых клетках, могут принести пользу пациентам. Таким образом, семь СТА с высокими показателями экспрессии в CRC были отобраны для включения в разработку PolyPEPI1018. Подробности приведены в табл. 36.

Таблица 36

СТА-мишени в вакцине PolyPEPI1018 против CRC Характеристика частоты экспрессии для названий СТА

Названи еСТА	Частота экспрессии	Характеристика
TSP50	89,4 %	Специфический тестикулярный протеаза подобный белок 50 представляет собой онкоген, который вызывает пролиферацию клеток, инвазию клеток и рост опухолей. Он часто экспрессируется в образцах рака желудка, молочной железы, шейки матки и колоректального рака; и редко экспрессируется в нормальных тканях человека, за исключением сперматоцитов тестикул.
ЕрСАМ	88,35 %	Молекула адгезии эпителиальных клеток представляет собой ассоциированный с опухолью антиген, который экспрессируется при раке толстой кишки и сверхэкспрессируется в различных карциномах человека. Высокая экспрессия ЕрСАМ в инициирующих рак стволовых клетках делает его ценной мишенью для противораковых вакцин. ЕрСАМ также экспрессируется с низкими или незначительными уровнями в нормальных эпителиальных клетках, за исключением плоского эпителия, гепатоцитов и кератиноцитов.
Survivin	87,28 %	Сурвивин (Survivin) (бакулоеирусный IAP-поетор-содержащий белок 5) представляет собой многозадачный белок, который способствует пролиферации клеток и ингибирует апоптоз. Хотя он сильно экспрессируется в тканях плода и необходим для нормального развития, он

- 85 045702

		не экспрессируется в большинстве тканей взрослого человека. Сурвивин экспрессируется при различных раковых заболеваниях, включая карциномы. Нормальные ткани, которые экспрессируют низкий уровень сурвивина, включают тимус, стволовые клетки CD34+ костномозгового происхождения, и базальный эпителий толстой кишки. Резкая сверхэкспрессия сурвивина по сравнению с нормальными тканями наблюдается в опухолях легких, молочной железы, толстой кишки, желудка, пищевода, поджелудочной железы, мочевого пузыря, матки, яичников, крупноклеточных неходжкинских лимфом, лейкозов, нейробластомы, меланомы и немеланомного рака кожи.
CAGE1	74,47 %	Связанный с раком белок гена 1 представляет собой типичный СТА, который может играть роль в пролиферации клеток и онкогенезе. CAGE1 сильно экспрессируется в тканях колоректального рака и слабо экспрессируется в соседней нормальной слизистой оболочке толстой и прямой кишки. Кроме того, CAGE1 экспрессируется при меланоме, гепатоме и опухолях молочной железы. Экспрессия белка CAGE1 не обнаружена в здоровых тканях человека, кроме тестикул.
SPAG9	74,36 %	Ассоциированный со спермой антиген 9 участвует в передаче сигналов c-Jun N-терминальной киназы и функционирует как каркасный белок, таким образом играя важную роль в выживании клеток, пролиферации, апоптозе и развитии опухолей. Экспрессия SPAG9 была обнаружена у эпителиального рака яичников (90 %), рака молочной железы (88 %), рака шейки матки (82 %), почечно-клеточного рака (88 %) и колоректального рака (74 %). Ни одна из соседних неопухолевых тканей не проявила экспрессию антигена. Экспрессия SPAG9 ограничена тестикулами.
FBXO39	38,60 %	FBXO39 (ВСР-20) представляет собой специфический для тестикул белок и является важной частью комплекса убиквитинлигазы ЕЗ. Он участвует в убиквитинировании и играет роль в регуляции клеточного цикла, иммунных реакциях, передаче сигналов и протеасомной деградации белков. FBXO39 экспрессируется при колоректальном раке и раке молочной железы. Экспрессия FBXO39 была также обнаружена в яичнике, плаценте и легких. Экспрессия FBXO39 в 100 раз выше в тестикулах и в 1000 раз выше при колоректальном раке по сравнению с нормальной тканью.
MAGEA8	43,75 %	Функция ассоциированного с меланомой антигена 8 неизвестна, хотя она может играть роль в эмбриональном развитии и трансформации опухоли или в аспектах прогрессирования опухоли. Ген MAGE-A8 экспрессируется в CRC и гепатоцеллюлярной карциноме. Экспрессия MAGE-A8 в нормальных тканях ограничена тестикулами и плацентой.

В. Точное таргетирование достигается с помощью разработки вакцины на основе биомаркера PEPI3+.

Как описано выше, биомаркер PEPI3+ прогнозирует индуцированные вакциной Т-лимфоцитарные ответы. Авторы изобретения разработали и подтвердили правильность теста для точной идентификации PEPI из последовательностей антигена и генотипов HLA (примеры 1, 2, 3). Алгоритм теста PEPI использовали для идентификации доминантных PEPI (besEPI) от 7 СТА-мишеней, которые должны быть включены в вакцину PolyPEPI1018 против CRC.

Доминантные PEPI, идентифицированные с помощью описанного в настоящем документе процесса, могут индуцировать ответы CTL у самой высокой доли субъектов:

i. Идентификация всех PEPI, связывающих HLA класса I из 7 СТА-мишеней у каждого из 433 субъектов в смоделированной популяции.

ii. Идентификация доминантных PEPI (bestEPI), которые являются PEPI, представленными в самой большой субпопуляции.

доминантных PEPI, производных от 7 СТА в PolyPEPI1018, представлены в следующей таблице.% PEPI в смоделированной популяции указывает долю от 433 субъектов с указанным PEPI, т. е. долю субъектов, у которых указанный PEPI может индуцировать ответы CTL. Существует очень высокая вариабельность (18-78%) в доминантных PEPI относительно индуцирования ответов CTL, несмотря на этапы оптимизации, используемые в процессе идентификации.

- 86 045702

Таблица 37

CRC-специфические доминантные PEPI, связывающие HLA класса I в PolyPEPI1018

Доминантные PEPI3+ для каждого из 7 СТА в Ро1уРЕРИ018 у пациентов с CRC

Пептиды вРо1уРЕРП018	Антигены CRC	Доминантный PEPI3+	% PEPI3+ в смоделированной популяции
CRC-P1	TSP50	TTMETQFPV	36 %
YRAQRFWSW	20 %
CRC-P2	ЕрСАМ	RTYWIIIEL	51 %
Survivin	RAIEQLAAM	26 %
CRC-P3	ЕрСАМ	YVDEKAPEF	28 %
MAGE-A8	KVAELVRFL	18 %
CRC-P6	CAGE1	KMHSLLALM	42 %
Survivin	STFKNWPFL	15 %
CRC-P7	CAGE1	KSMTMMPAL	37 %
SPAG9	VMSERVSGL	28 %
CRC-P8	FBXO39	FMNPYNAVL	78 %
FFFERIMKY	46 %

Авторы изобретения оптимизировали каждый доминантный PEPI для связывания с большинством аллелей HLA класса II большей части субъектов. Это должно повысить эффективность, поскольку будут индуцироваться CD4⁺ Т-хелперные клетки, которые могут усиливать ответы CD8⁺ CTL и вносить вклад в пролонгированные Т-лимфоцитарные ответы. Пример, представленный на фиг. 4, демонстрирует, что PEPI, которые связываются с>3 аллелями HLA класса II, наиболее вероятно, активируют Т-хелперные клетки.

15-mer пептиды, отобранные с помощью описанного в настоящем документе процесса, содержат доминантные PEPI, связывающиеся с HLA как класса I, так и класса II. Таким образом, указанные пептиды могут индуцировать ответы как CTL, так и Т-хелперов у самой высокой доли субъектов.

Способ.

1. Идентификация генотипа HLA класса II у 400 нормальных доноров*.

2. Удлинение каждого 9-mer доминантного PEPI (табл. 33) с обеих сторон аминокислотами, которые соответствуют исходному антигену.

3. Прогнозирование PEPI HLA класса II для 400 нормальных доноров с использованием алгоритма IEDB.

4. Выбор 15-mer пептида при наибольшей доле субъектов, имеющих PEPI, связывающиеся с HLA класса II.

5. Проверка наличия одного доминантного PEPI HLA класса II в каждом вакцинном пептиде при объединении двух 15-mer пептидов.

оптимизированных 15-mer пептидов, производных от 7 СТА в PolyPEPI1018, представлены в табл. 38. Эти пептиды имеют разные характеристики связывания с HLA класса II. Существует высокая вариабельность (0-100%) в способности генерирования PEPI (>3 HLA-связывания) среди этих пептидов, несмотря на такую оптимизированную схему персонализированной вакцины.

- 87 045702

Таблица 38

Антиген-специфические PEPI, связывающиеся с HLA класса II в PolyPEPI1018

№	Антигены CRC	Среднее количество связывающи x аллелей HLA класса II	% субъектов со связыванием = 1HLA класса II	% субъектов со связыванием = 2HLA класса II	% субъектов со связыванием = 3HLA класса II	% субъектов со связыванием = 4HLA класса II
CRC-P1	TSP50 (83-97)	0	0%	0%	0%	0%
TSP50 (190-204)	4	100 %	99%	88 %	53 %
CRC-P2	ЕРСАМ(139-153)	5	100 %	100 %	100 %	98 %
SURVIVIN(127141)	2	84%	58 %	26 %	11 %
CRC-P3	ЕРСАМ(251-265)	0	0%	0%	0%	0%
	MAGE-A8(113127)	4	100 %	100 %	95 %	72%
CRC-P6	CAGE(613-627)	5	100 %	100 %	99 %	95 %
SURVIVIN(15- 29)	3	100 %	97%	83 %	45 %
CRC-P7	CAGE(759-773)	3	100 %	98 %	87 %	56%
SPAG9(16-30)	1	66%	35 %	9%	2%
CRC-P8	FBXO39(95-109)	3	100 %	94%	43 %	13 %
	FBXO39(284298)	5	100 %	100 %	100 %	98 %

30-mer вакцинные пептиды имеют следующие преимущества по сравнению с более короткими пептидами:

(i) множество точно выбранных опухолеспецифических иммуногенов: каждый 30 mer содержит два точно выбранных специфических для рака иммуногенных пептида, которые способны индуцировать ответы CTL и Т-хелперов в большинстве соответствующей популяции (аналогично смоделированной популяции), (ii) обеспечивают естественную презентацию антигена. Полипептиды длиной 30-mer можно рассматривать как пролекарственные средства: они не являются биологически активными сами по себе, но подвергаются процессингу до более мелких пептидов (длиной от 9 до 15 аминокислот) для загрузки в молекулы HLA профессиональных антигенпрезентирующих клеток. Презентирование антигена, полученное в результате вакцинации длинными пептидами, отражает физиологические пути для презентации в молекулах HLA как класса I, так и класса II. Кроме того, процессинг длинных пептидов в клетках намного более эффективен, чем в крупных интактных белках, (iii) исключают индуцирование толерантных Т-лимфоцитарных ответов. 9-mer пептиды не требуют процессинга профессиональными антигенпрезентирующими клетками и поэтому экзогенно связываются с молекулами HLA класса I. Таким образом, инъецированные короткие пептиды будут в большом количестве связываться с молекулами HLA класса I всех ядросодержащих клеток, которые имеют поверхностный HLA класса I. Напротив, пептиды длиной > 20-mer процессируются антигенпрезентирующими клетками перед связыванием с HLA класса I. Таким образом, вакцинация длинными пептидами с меньшей вероятностью приведет к толерантности и будет способствовать желаемой противоопухолевой активности, (iv) индуцируют пролонгированные Т-лимфоцитарные ответы, поскольку могут стимулировать ответы Т-хелперов путем связывания с множеством молекул HLA класса II, (v) полезность. Надлежащая практика производства (GMP, Good Manufacturing Practice), составления, контроля качества и введения меньшего количества пептидов (каждый из которых обладает всеми вышеуказанными характеристиками) более целесообразна, чем большего количества пептидов, обладающих разными характеристиками.

Каждый 30-mer пептид в PolyPEPI1018 состоит из 2 доминантных PEPI, связывающихся с HLA класса I, и по меньшей мере одного активного PEPI, связывающегося с HLA класса II. Активные связывающие PEPIs связываются с 4 аллелями HLA класса II у > 50% индивидов. Таким образом, вакцинные пептиды подобраны для аллелей HLA как класса I, так и класса II отдельных субъектов в общей популяции (которая является релевантной популяцией для разработки вакцин против CRC).

Как показано выше, высокая вариабельность генотипа HLA у субъектов приводит к высокой вариабельности Т-лимфоцитарных ответов, индуцированных PolyPEPI1018. Это оправдывает совместную разработку CDx, которая определяет вероятных пациентов с ответом. Биомаркеры PEPI3+ и > 2PEPI3+ могут прогнозировать иммунный ответ и клинические ответы, соответственно, у субъектов, вакцинированных PolyPEPI1018, как подробно описано в примерах 11 и 12. Эти биомаркеры будут использоваться для со

- 88 045702 вместной разработки CDx, которая прогнозирует вероятные ответы на вакцину PolyPEPI1018 против CRC.

Пример 23. Анализ композиции и иммуногенности вакцины PolyPEPI1018 против CRC.

Выбранные пептиды для композиции PolyPEPI1018 показаны в табл. 39.

Таблица 39

Выбранные пептиды вакцины против колоректального рака для композиции PolyPEPI1018

ID последо вательн ости	TREOSID	Исходный антиген	Пептид (ЗОшег)	HLAI* (CD8)	HLAII** (CD4)
130	CCV1000-5-1	TSP50	PSTTMETQFPVSEGKSRYRAQRFWSWVGQA	53 %	88%
121	CCV1000-2-2	EpCAM/Survivin	VRTYWI1IELKHKARTAKKVRRA1EQLAAM	57%	100 %
131	CCV1OOO-5-3	ЕрСАМ/Mage-A8 YVDEKAPEFSMQGLKDEKVAELVRFLLRKY	43 %	95%
124	CCV1000-2-6	Cage/Survivin	LASKMHSLLALMVGLKDHRISTFKNWPFLE	58%	99%
134	CCV1000-5-7	Cage/Spag9	PKSMTMMPALFKENRSGAVMSERVSGLAGS	57%	87%
126	CCV1000-2-8	FBXO39	KFMNPYNAVLTKKFQKVNFFFERIMKYERL	90%	100 %
			Ро1уРЕРП018 (всего 6 пептидов)	98%	100 %

^Процентное отношение индивидов, имеющих специфические PEPI3+ CD8+ Т-лимфоцитов в смоделированной популяции (n=433).

**Процентное отношение индивидов, имеющих специфические PEPI4+ CD4+ Т-лимфоцитов у нормальных доноров (n=400).

Определение характеристик иммуногенности.

Авторы изобретения использовали тест PEPI3+ для определения характеристик иммуногенности PolyPEPI1018 в группе из 37 пациентов с CRC с полными данными генотипа HLA. Т-лимфоцитарные ответы были спрогнозированы у каждого пациента на те же 9-mer пептиды, которые будут использованы в клинических испытаниях. Эти пептиды представляют собой 12 доминантных PEPI3+ в пептидах PolyPEPI1018. 9 mer показаны в табл. 39.

Специфичность и чувствительность прогноза PEPI3+ зависит от фактического количества HLA, которые, по прогнозам, связываются с конкретным эпитопом. В частности, авторы изобретения определили, что вероятность того, что один ограниченный по HLA эпитоп индуцирует Т-лимфоцитарный ответ у субъекта, обычно составляет 4%, что объясняет низкую чувствительность современных методов прогнозирования, основанных на прогнозировании ограниченного по HLA эпитопа. С применением метода PEPI3+, авторы изобретения определили вероятность того, что Т-лимфоцитарный ответ на каждый из доминантных PEPI3+ -специфических факторов будет индуцирован PolyPEPI1018 у 37 пациентов с CRC. Результаты этого анализа приведены в табл. 40.

Таблица 40

Вероятность доминантного PEPI в 6 пептидах PolyPEPI1018 у 37 пациентов с CRC

Пациент с CRC	CRC-P1	CRC-P2	CRC-P3	CRC-P6	CRC-P7	CRC-P8	Ожидаемое количество PEPI
TSP50 (83-97)	TSP50 (190-204)	ЕрСАМ (139153)	Survivin (127-141)	ЕрСАМ (251-265)	MAGEA8 (113-127)	CAGE1 (613-627)	Survivin (15-29)	CAGE1 (759-773)	SPAG9 (16-30)	FBXO39 95-109)	FBXO39 284-298)
CRC-01	22%	4%	22%	4%	22%	22%	100 %	1 %	98%	84 %	100 %	22%	5,01
CRC-02	22%	1 %	22 %	22%	22 %	22%	100 %	1 %	98%	22 %	100 %	98%	5,29
CRC-03	84%	22%	84%	22%	22%	22%	84 %	22%	22%	22%	100 %	22%	5,29
CRC-04	22%	84 %	22%	4%	22%	4%	98 %	4%	4%	22%	100 %	84%	4,70
CRC-05	22%	22%	4%	4%	22%	4%	98 %	1 %	4%	4%	100 %	84%	3,68
CRC-06	84%	22%	4%	84 %	98%	4%	22%	4%	4%	4%	100 %	98%	5,27
CRC-07	22%	22%	22%	22%	22%	4%	98 %	1 %	22%	22%	100 %	84 %	4,41
CRC-08	22%	22%	22%	98 %	84%	22%	84 %	22%	22%	22%	100 %	84%	6,04
CRC-09	22%	84 %	84%	84 %	84%	22%	100 %	4%	22%	22%	98 %	84%	7,10
CRC-10	4%	98 %	22%	22%	4%	4%	4%	22%	22%	22%	98 %	84%	4,06
CRC-11	22%	22%	4%	4%	22%	4%	84%	1%	4%	4%	98%	84%	3,53
CRC-12	84%	22%	4%	22%	4%	4%	84 %	4%	84%	4%	100 %	22%	4,38
CRC-13	84%	22%	4%	22%	84%	4%	84 %	1 %	1 %	4%	100 %	98%	5,07
CRC-14	22%	84 %	4%	4%	22%	4%	84 %	1 %	4%	4%	100 %	84%	4,16
CRC-15	84%	22%	22%	22%	22%	4%	84 %	4%	22%	4%	100 %	84%	4,74
CRC-16	4%	84 %	4%	4%	22%	4%	84 %	1 %	4%	22%	100 %	84%	4,16
CRC-17	84%	84 %	4%	84 %	84%	4%	4%	4%	4%	4%	100 %	22%	4,82
CRC-18	84%	22%	22%	84 %	84%	4%	22%	22%	4%	4%	100 %	84%	5,36
CRC-19	22%	22%	22%	22%	22%	4%	98%	4%	22%	22%	100 %	84%	4,45
CRC-20	84%	22%	4%	22%	84%	4%	84 %	1 %	4%	4%	100 %	98%	5,10
CRC-21	22%	22%	22%	22%	84%	22%	98 %	4%	4%	22%	100 %	84%	5,06
CRC-22	22%	98 %	84%	4%	22%	22%	84 %	22%	84%	22%	98 %	22%	5,84
CRC-23	84 %	84 %	84 %	84 %	84 %	22%	84 %	84 %	84 %	4%	100 %	84 %	8,82
CRC-24	22%	22%	4%	4%	22%	4%	84 %	1 %	4%	4%	100 %	84 %	3,55
CRC-25	22%	84 %	22%	4%	22%	4%	84 %	4%	22%	4%	100 %	84 %	4,56
CRC-26	84%	22%	4%	22%	84%	4%	84 %	1 %	4%	4%	100 %	84 %	4,97
CRC-27	22%	22%	4%	4%	22%	4%	98%	1%	4%	4%	100 %	84%	3,68

- 89 045702

CRC-28	84%	22%	4%	22%	84%	4%	84 %	1 %	4%	4%	100 %	98 %	5,10
CRC-29	84%	84 %	4%	22%	22%	4%	84 %	1 %	22%	22 %	100 %	84 %	5,33
CRC-30	84%	22%	4%	22%	84%	4%	84 %	1 %	4%	4%	100 %	98 %	5,10
CRC-31	22%	84 %	22%	4%	4%	4%	22%	1 %	4%	4%	98 %	84 %	3,53
CRC-32	84%	84 %	4%	84 %	22%	4%	4%	4%	4%	4%	98 %	84 %	4,80
CRC-33	84%	22%	4%	22%	84%	4%	84 %	1 %	4%	4%	100 %	98 %	5,10
CRC-34	22%	22%	22%	22%	22%	4%	84 %	1 %	22%	4%	100 %	84 %	4,09
CRC-35	22%	4%	4%	1 %	22%	4%	4%	1%	4%	4%	84%	84%	2,37
CRC-36	22%	4%	4%	1 %	22%	4%	4%	1 %	4%	4%	84 %	84 %	2,37
CRC-37	22%	4%	4%	1 %	22%	4%	4%	1 %	4%	4%	84 %	84 %	2,37

Сокращения: СКС=колоректальный рак; РЕР1=персональный эпитоп.

Примечание: процентные отношения представляют вероятность ответов CD8+ Т-лимфоцитов, индуцированных Ро1уРЕРП018.

В целом, эти результаты показывают, что наиболее иммуногенным пептидом в Ро1уРЕРП018 является CRC-P8, который, по прогнозам, связывается с > 3 HLA у большинства пациентов. Наименее иммуногенный пептид, CRC-P3, связывается с > 1 HLA у многих пациентов и имеет 22% -ную вероятность индуцирования Т-лимфоцитарных ответов. Поскольку биологические анализы, используемые для выявления Т-лимфоцитарных ответов, менее точны, чем РЕР13⁺, этот расчет может быть наиболее точной характеристикой Т-лимфоцитарных ответов у пациентов с CRC. Хотя MAGE-A8 и SPAG9 были иммуногенными в смоделированной популяции, используемой для разработки вакцины, MAGE-A8специфический РЕР13⁺ отсутствовал у 37 пациентов с CRC, и только один пациент (3%) имел SPAG9специфический РЕР13⁺.

Определение характеристик токсичности - иммуно BLAST.

Был разработан способ, который можно выполнить для какого-либо антигена, для определения его способности вызывать токсическую иммунную реакцию, такую как аутоиммунитет. Способ упоминается в настоящем документе как иммуно BLAST. PolyPEPI1018 содержит шесть 30-mer полипептидов. Каждый полипептид состоит из двух 15-mer пептидных фрагментов, полученных из антигенов, экспрессируемых в CRC. Неоэпитопы могут генерироваться в области стыка двух 15-mer пептидов и могут вызывать нежелательные Т-лимфоцитарные ответы на здоровые клетки (аутоиммунитет). Это было оценено авторами изобретения с использованием методики иммуно BLAST.

Был составлен 16-mer пептид для каждого из 30-mer компонентов Ро1уРЕРЮ18. Каждый 16-mer содержит 8 аминокислот от конца первых 15 остатков 30-mer и 8 аминокислот от начала вторых 15 остатков 30-mer - таким образом, точно охватывает область стыка двух 15-mer. Затем указанные 16-mer анализировали для выявления перекрестно-реактивных областей локального сходства с человеческими последовательностями с использованием BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi), который сравнивает белковые последовательности с базами данных последовательностей и вычисляет статистическую значимость совпадений. В качестве исследуемой длины были выбраны 8-mer из 16-mer, так как эта длина представляет минимальную длину, необходимую пептиду для формирования эпитопа, и представляет собой расстояние между точками привязки во время связывания HLA.

Как показано на фиг. 23, положения аминокислот в полипептиде пронумерованы. Начальные положения потенциальных 9-mer пептидов, которые могут связываться с HLA и образовывать неоэпитопы, представляют собой 8 аминокислот в положениях 8-15. Начальные положения пептидов, полученных от опухолевого антигена, содержащихся в 15-mer, которые могут образовывать фармацевтически активные эпитопы, составляют 7+7=14 аминокислот в положениях 1-7 и 16-22. Соотношение возможных пептидов, генерирующих неоэпитоп, составляет 36,4% (8/22).

Тест РЕР13⁺ был использован для выявления неоэпитопов и неоРЕР! среди 9-mer эпитопов в области стыка. Риск того, что Ро1уРЕРП018 индуцирует нежелательные Т-лимфоцитарные ответы, был оценен у 433 субъектов в смоделированной популяции путем определения доли субъектов с РЕР13⁺ среди 9-mer в области стыка. Результаты анализа неоэпитопа/неоРЕР! приведены в табл. 41. У 433 субъектов смоделированной популяции среднее прогнозируемое количество эпитопов, которое может быть получено при внутриклеточном процессинге, составило 40,12. Неоэпитопы часто генерировались; 11,61 из 40,12 (28,9%) эпитопов представляют собой неоэпитопы. Большую часть пептидов можно было идентифицировать как неоэпитоп, но число субъектов, которые презентируют неоэпитопы, колебалось.

Эпитопы, содержащиеся в Ро1уРЕРП018, создают в среднем 5,21 РЕР13⁺. Указанные PEPI могут активировать Т-лимфоциты у субъекта. Количество потенциальных неоРЕР! было намного ниже, чем неоэпитопов (3,7%). Существует незначительная вероятность того, что эти неоРЕР! конкурируют за активацию Т-лимфоцитов с PEPI у некоторых субъектов. Важно отметить, что активированные неоРЕР!специфические Т-лимфоциты не имели мишеней на здоровых тканях.

-90045702

Таблица 41

Идентификация потенциальных неоэпитопов PolyPEPI1018

Идентифик атор пептида PolyPEPIl 018:	Потенциальн ый неоэпитоп	Связывание эпитопа и PEPI3+ у 433 субъектов смоделированной популяции
Связывание эпитопа (1 х HLA)	Связывание PEPI3+ (3 х HLA)
Количе ст во субъек ТОВ	% субъекте в	НеоЕР!	Количес тво неоЕР!	Количе ство субъект ов	% субъектов	НеоРЕР!	Количест во неоРЕР!
CRC-P1	QFPVSEGKS	0	0,0 %		7	0	0,0 %	3
FPVSEGKSR	160	37,0 %	X	1	0,2 %	X
PVSEGKSRY	150	34,6 %	X	0	0,0 %
VSEGKSRYR	194	44,8 %	X	1	0,2 %	X
SEGKSRYRA	113	26,1 %	X	0	0,0 %
EGKSRYRAQ	77	17,8 %	X	0	0,0 %
GKSRYRAQR	37	8,5 %	X	0	0,0 %
KSRYRAQRF	337	77,8 %	X	33	7,6 %	X
CRC-P2	IELKHKART	32	7,4 %	X	7	0	0,0 %	1
ELKHKARTA	63	14,5 %	X	0	0,0 %
LKHK ARTAK	59	13,6 %	X	0	0,0 %
KHKARTAKK	166	38,3 %	X	1	0,2 %	X
HKARTAKKV	0	0,0 %		0	0,0 %
KARTAKKVR	70	16,2 %	X	0	0,0 %
ARTAKKVRR	134	30,9 %	X	0	0,0 %
RTAKKVRRA	41	9,5 %	X		0	0,0 %
CRC-P3	EFSMQGLKD	0	0,0 %		5	0	0,0 %	1
FSMQGLKDE	188	43,4 %	X	0	0,0 %
SMQGLKDEK	138	31,9%	X	0	0,0 %
MQGLKDEKV	16	3,7 %	X	0	0,0 %
QGLKDEKVA	0	0,0 %		0	0,0 %
GLKDEKVAE	0	0,0 %		0	0,0 %
LKDEKVAEL	186	43,0 %	X	3	0,7 %	X
KDEKVAELV	51	11,8%	X	0	0,0 %
CRC-P6	LLALMVGLK	252	58,2 %	X	7	0	0,0 %	1
LALMVGLKD	86	19,9 %	X	0	0,0 %
ALMVGLKDH	65	15,0 %	X	0	0,0 %
LMVGLKDHR	97	22,4 %	X	0	0,0 %
MVGLKDHRI	67	15,5 %	X	0	0,0 %
VGLKDHRIS	0	0,0 %		0	0,0 %
GLKDHRIST	4	0,9 %	X	0	0,0 %
LKDHRISTF	195	45,0 %	X	5	1,2 %	X
CRC-P7	PALFKENRS	0	0,0 %		5	0	0,0 %	1
ALFKENRSG	0	0,0 %		0	0,0 %
LFKENRSGA	41	9,5 %	X	0	0,0 %
FKENRSGAV	114	26,3 %	X	0	0,0 %
KENRSGAVM	261	60,3 %	X	0	0,0 %
ENRSGAVMS	0	0,0 %		0	0,0 %
NRSGAVMSE	227	52,4 %	X	0	0,0 %
RSGAVMSER	197	45,5 %	X	2	0,5 %	X
CRC-P8	AVLTKKFQK	181	41,8%	X	7	0	0,0 %	3
VLTKKFQKV	208	48,0 %	X	2	0,5 %	X
LTKKFQKVN	0	0,0 %		0	0,0 %
TKKFQKVNF	25	5,8 %	X	0	0,0 %
KKFQKVNFF	250	57,7 %	X	12	2,8 %	X
KFQKVNFFF	273	63,0 %	X	23	5,3 %	X
FQKVNFFFE	163	37,6 %	X	0	0,0 %
QKVNFFFER	но	37,65	X	0	0,0 %

Сокращения: CRC=колоректальный рак; HLA=лейкоцитарный антиген человека;

PEPI=персональный эпитоп.

Каждый из 30-mer пептидов в PolyPEPI1018 был выпущен для клинической разработки, поскольку ни один из 8-mer в областях стыка не соответствовал ни одному человеческому белку, кроме СТАмишеней.

Определение характеристик активности/эффективности.

Авторы изобретения разработали фармакодинамические биомаркеры для прогнозирования активности/эффективности вакцин у отдельных субъектов-людей, а также в популяциях субъектов-людей. Эти биомаркеры ускоряют разработку более эффективных вакцин, а также снижают стоимость разработки. Авторы изобретения имеют следующие инструменты: База данных об экспрессии антигенов: Авторы изобретения собрали данные экспериментов, опубликованных в экспертных научных журналах, касающихся опухолевых антигенов, экспрессируемых опухолевыми клетками и упорядоченных по типу опухоли, для создания базы данных уровней экспрессии СТА - базы данных СТА (CTADB). По состоянию на апрель 2017 года CTADB содержала данные от 145 СТА из 41 132 образцов опухолей и была органи

- 91 045702 зована по частоте экспрессии СТА при различных типах рака.

Испытания популяций in silico: Авторы изобретения также собрали данные о генотипах HLA в нескольких разных смоделированных популяциях. Каждый индивид в популяции имеет полные данные о 4-значном генотипе HLA и этнической принадлежности. Популяции суммированы в табл. 42.

Таблица 42

Испытания популяций in silico

Популяция	Количество субъектов	Критерии включения
Смоделированная популяция	433	Полный генотип HLA класса I Разнообразная этническая принадлежность
Пациенты с CRC	37	Диагноз CRC полного генотипа HLA класса I, неизвестная этническая принадлежность
«Большая» популяция	7189	Полный генотип HLA класса I Разнообразная этническая принадлежность
Популяция китайцев	234	Полный генотип HLA класса I Этническая принадлежность - китайцы
Популяция ирландцев	999	Полный генотип HLA класса I Этническая принадлежность - ирландцы

Сокращения: CRC=колоректαльный рак; HLA=лейкоцитарный антиген человека.

Используя эти инструменты (или потенциально эквивалентные базы данных или смоделированные популяции), можно оценить следующие маркеры:

AG95 - эффективность вакцины: количество антигенов в противораковой вакцине, которое специфический тип опухоли экспрессирует с вероятностью 95%. AG95 является показателем эффективности вакцины и не зависит от иммуногенности используемых для приготовления вакцины антигенов. AG95 вычисляют по данным частоты экспрессии опухолевого антигена, которые включены в CTADB. Технически, AG95 определяют по биномиальному распределению СТА, и он учитывает все возможные вариации и частоты экспрессии. В данном исследовании AG95 рассчитывали путем кумуляции вероятностей определенного количества экспрессированных антигенов по самому широкому диапазону антигенов, в котором сумма вероятностей была меньше или равна 95%. Правильное значение находится между 0 (ожидается отсутствие экспрессии с вероятностью 95%) и максимальным количеством антигенов (все антигены экспрессированы с вероятностью 95%). Количество PEPI3+ - иммуногенность вакцины у субъекта: PEPI3+, полученные из вакцины, представляют собой персональные эпитопы, которые индуцируют Т-лимфоцитарные ответы у субъекта. PEPI3+ можно определить с помощью теста PEPI3+ у субъектов, для которых известен полный 4-значный генотип HLA. Количество АР - антигенность вакцины у субъекта: Количество используемых для приготовления вакцины антигенов с PEPI3+. Вакцины, подобные PolyPEPI1018, содержат последовательности из антигенов, экспрессируемых в опухолевых клетках. Количество АР представляет собой количество антигенов в вакцине, которые содержат PEPI3+, и количество АР репрезентирует количество антигенов в вакцине, которые могут индуцировать Т-лимфоцитарные ответы у субъекта. Количество АР характеризует специфические для используемого для приготовления вакцины антигена Т-лимфоцитарные ответы субъекта, поскольку оно зависит только от генотипа HLA субъекта и не зависит от заболевания, возраста и лекарственного лечения субъекта. Правильное значение находится между 0 (отсутствие PEPI, презентируемого антигеном) и максимальным количеством антигенов (все антигены презентируют PEPI).

АР50 - антигенность вакцины в популяции: Среднее количество используемых для приготовления вакцины антигенов с PEPI в популяции. АР50 подходит для характеристики специфических для антигена, используемого для приготовления вакцины, ответов Т-лимфоцитов в данной популяции, поскольку они зависят от генотипа HLA у субъектов в популяции. Технически количество АР было вычислено в смоделированной популяции, а биноминальное распределение результатов использовалось для вычисления АР50.

AGP50 - эффективность противораковой вакцины в популяции: Среднее количество используемых для приготовления вакцины антигенов, экспрессируемых в указанной опухоли с PEPI (т. е. AGP) в популяции. AGP50 указывает среднее количество опухолевых антигенов, которые могут распознавать Тлимфоцитарные ответы, вызванные вакциной. AGP50 зависит от частоты экспрессии антигенов в показанном типе опухоли и иммуногенности антигенов в заданной популяции. AGP50 может оценивать эффективность вакцины в разных популяциях и может использоваться для сравнения разных вакцин в той

- 92 045702 же популяции. Вычисление AGP50 аналогично вычислению, применяемому для AG50, за исключением того, что экспрессия взвешивается по распространенности PEPI3+ у субъекта на экспрессируемых антигенах, используемых для приготовления вакцины. В теоретической популяции, в которой каждый субъект имеет PEPI от каждого используемого для приготовления вакцины антигена, AGP50 будет равно AG50. В другой теоретической популяции, в которой ни один субъект не имеет PEPI от какого-либо используемого для приготовления вакцины антигена, AGP50 будет равно 0. В целом, справедливо следующее утверждение: 0<AGP50<AG50. mAGP - потенциальный биомаркер для выбора вероятных пациентов с ответом: Вероятность того, что противораковая вакцина индуцирует Т-лимфоцитарные ответы на множество антигенов, экспрессируемых в указанной опухоли. mAGP вычисляют по частотам экспрессии используемых для приготовления вакцины антигенов в CRC, и по наличию PEPI, происходящих из вакцины, у субъекта. Технически, основываясь на распределении AGP, mAGP является суммой вероятностей множества AGP (> 2 AGP).

Применение указанных маркеров для оценки антигенности и эффективности PolyPEPI1018 у отдельных пациентов с CRC.

В табл. 43 показана антигенность и эффективность PolyPEPI1018 у 37 пациентов с CRC с использованием АР и AGP50, соответственно. Как и ожидалось из-за высокой вариабельности специфических для PolyPEPI1018 Т-лимфоцитарных ответов (см. табл. 41), АР и AGP50 имеют высокую вариабельность. Наиболее иммуногенным антигеном в PolyPEPI1018 был FOXO39; у каждого пациента имелся PEPI3+. Однако FOXO39 экспрессируется только в 39% опухолей CRC, что позволяет предположить, что 61% пациентов будут иметь специфические для FOXO39 Т-лимфоцитарные ответы, которые не распознают опухоль. Наименее иммуногенным антигеном был MAGE-A8; ни у одного из 37 пациентов с CRC не было PEPI3+, несмотря на то, что антиген экспрессировался в 44% опухолей CRC. Эти результаты показывают, что как экспрессия, так и иммуногенность антигенов могут учитываться при определении эффективности противораковой вакцины. AGP50 указывает среднее число экспрессируемых антигенов в опухоли CRC с PEPI. Пациенты с более высокими значениями AGP50 с большей вероятностью реагируют на PolyPEPI1018, поскольку более высокие значения AGP50 указывают на то, что вакцина может индуцировать Т-лимфоцитарные ответы против большего количества антигенов, экспрессируемых в клетках CRC.

Последний столбец в табл. 43 показывает вероятность mAGP (множество AGP; т.е. по меньшей мере 2 AGP) у каждого из 37 пациентов с CRC. Среднее значение mAGP у пациентов с CRC составляет 66%, а это позволяет предположить 66% вероятность того, что пациент с CRC будет индуцировать Тлимфоцитарные ответы против множества антигенов, экспрессируемых в опухоли.

- 93 045702

Таблица 43

Антигенность (количество АР), эффективность (количество AGP50) и mAGP PolyPEPI1018 у 37 пациентов с CRC

Антигены (СТА) в Ро1уРЕР11018	TSP50	ЕрСАМ	Survivin	CAGE1	SPAG9	FBXO39	MAGEА8	Количество АР (подсчет АР)	Количество AGP50 (подсчет AGP50)	mAGP
Частота экспрессии	89 %	88 %	87%	74 %	74 %	39 %	44 %
Пациенты с CRC
CRC-01	0	0	0	1	1	1	0	3	1,87	90 %
CRC-02	0	0	0	1	0	1	0	2	1,13	85 %
CRC-03	1	1	0	1	0	1	0	4	2,91	97 %
CRC-04	1	0	0	1	0	1	0	3	2,03	91 %
CRC-05	0	0	0	1	0	1	0	2	1,13	78 %
CRC-06	1	1	1	1	0	1	0	5	3,78	99 %
CRC-07	0	0	0	1	0	1	0	2	1,13	84 %
CRC-08	0	1	1	1	0	1	0	4	2,89	98 %
CRC-09	1	1	1	1	0	1	0	5	3,78	99 %
CRC-10	1	0	0	0	0	1	0	2	1,28	86 %
CRC-11	0	0	0	1	0	1	0	2	1,13	79 %
CRC-12	1	0	0	1	0	1	0	3	2,03	88 %
CRC-13	1	1	1	1	0	1	0	5	3,78	98 %
CRC-14	1	0	0	1	0	1	0	3	2,03	87 %
CRC-15	1	0	0	1	0	1	0	3	2,03	90 %
CRC-16	1	0	0	1	0	1	0	3	2,03	85 %
CRC-17	1	1	1	0	0	1	0	4	3,04	96 %
CRC-18	1	1	1	1	0	1	0	5	3,78	98 %
CRC-19	0	0	0	1	0	1	0	2	1,13	85 %
CRC-20	1	1	1	1	0	1	0	5	3,78	98 %
CRC-21	0	1	0	1	0	1	0	3	2,01	93 %
CRC-22	1	1	0	1	0	1	0	4	2,91	97 %
CRC-23	1	1	1	1	0	1	0	5	3,78	99 %
CRC-24	0	0	0	1	0	1	0	2	1,13	82 %
CRC-25	1	0	0	1	0	1	0	3	2,03	89 %
CRC-26	1	1	0	1	0	1	0	4	2,91	95 %
CRC-27	0	0	0	1	0	1	0	2	1,13	78 %
CRC-28	1	1	1	1	0	1	0	5	3,78	98 %
CRC-29	1	0	0	1	0	1	0	3	2,03	92 %
CRC-30	1	1	1	1	0	1	0	5	3,78	98 %
CRC-31	1	0	0	0	0	1	0	2	1,28	80 %
CRC-32	1	0	1	0	0	1	0	3	2,15	91 %
CRC-33	1	1	1	1	0	1	0	5	3,78	98 %
CRC-34	0	0	0	1	0	1	0	2	1,13	82 %
CRC-35	0	0	0	0	0	1	0	1	0,39	55 %
CRC-36	0	0	0	0	0	1	0	1	0,39	55 %
CRC-01	0	0	0	1	1	1	0	3	1,87	90 %
CRC-02	0	0	0	1	0	1	0	2	1,13	85 %
CRC-03	1	1	0	1	0	1	0	4	2,91	97 %
CRC-04	1	0	0	1	0	1	0	3	2,03	91 %
CRC-05	0	0	0	1	0	1	0	2	1,13	78 %
CRC-06	1	1	1	1	0	1	0	5	3,78	99 %
CRC-07	0	0	0	1	0	1	0	2	1,13	84 %

- 94 045702

CRC-08	0	1	1	1	1	4	2,89	98 %
CRC-09	1	1	1	1	1	5	3,78	99 %
CRC-10	1	0	0	0	1	2	1,28	86 %
CRC-11	0	0	0	1	1	2	1,13	79 %
CRC-12	1	0	0	1	1	3	2,03	88 %
CRC-13	1	1	1	1	1	5	3,78	98 %
CRC-14	1	0	0	1	1	3	2,03	87 %
CRC-15	1	0	0	1	1	3	2,03	90 %
CRC-16	1	0	0	1	1	3	2,03	85 %
CRC-17	1	1	1	0	1	4	3,04	96 %
CRC-18	1	1	1	1	1	5	3,78	98 %
CRC-19	0	0	0	1	1	2	1,13	85 %
CRC-20	1	1	1	1	1	5	3,78	98 %
CRC-21	0	1	0	1	1	3	2,01	93 %
CRC-22	1	1	0	1	1	4	2,91	97 %
CRC-23	1	1	1	1	1	5	3,78	99 %
CRC-24	0	0	0	1	1	2	1,13	82 %
CRC-25	1	0	0	1	1	3	2,03	89 %
CRC-26	1	1	0	1	1	4	2,91	95 %
CRC-27	0	0	0	1	1	2	1,13	78 %
CRC-28	1	1	1	1	1	5	3,78	98 %
CRC-29	1	0	0	1	1	3	2,03	92 %
CRC-30	1	1	1	1	1	5	3,78	98 %
CRC-31	1	0	0	0	1	2	1,28	80 %
CRC-32	1	0	1	0	1	3	2,15	91 %
CRC-33	1	1	1	1	1	5	3,78	98 %
CRC-34	0	0	0	1	1	2	1,13	82 %
CRC-35	0	0	0	0	1	1	0,39	55 %
CRC-36	0	0	0	0	1	1	0,39	55 %

Сокращения: СКС=колоректальный рак; РЕР1=персональный эпитоп; АР=экспрессируемые антигены с > 1 РЕРЕ

СТА=раково-тестикулярный антиген.

Указанные биомаркеры имеют непосредственное применение в разработке вакцин и в обычной клинической практике, поскольку они не требуют инвазивной биопсии. Данные об экспрессии антигена могут быть получены из полученного образца опухоли и упорядочены в базах данных. Генотипирование 4-значного EILA может быть выполнено из образца слюны. Это проверенный тест, проводимый сертифицированными лабораториями по всему миру для трансплантации и тестирования отцовства. Эти оценки позволят разработчикам лекарственных средств и врачам глубже понять иммуногенность и активность опухолевого ответа и возможное возникновение резистентности.

Применение указанных маркеров для оценки антигенности и эффективности Ро1уРЕРП018 в популяциях.

Антигенность вакцины Ро1уРЕРП018 против CRC в общей популяции.

Антигенность Ро1уРЕРП018 у субъекта определяется количеством АР, которое указывает количество используемых для приготовления вакцины антигенов, индуцирующих Т-лимфоцитарные ответы у субъекта. Количество АР для Ро1уРЕРП018 было определено у каждого из 433 субъектов в смоделированной популяции с использованием теста PEPI, а количество АР50 затем было вычислено для смоделированной популяции. Как показано на фиг. 24, АР50 Ро1уРЕРП018 в смоделированной популяции составляет 3,62. Следовательно, среднее количество иммуногенных антигенов (т. е. антигенов с > 1 PEPI) в Ро1уРЕРП018 в общей популяции составляет 3,62.

Эффективность вакцины Ро1уРЕРП018 против CRC в общей популяции Индуцированные вакциной Т-лимфоциты могут распознавать и уничтожать опухолевые клетки, если PEPI в вакцине презентирован опухолевой клеткой. Количество AGP (экспрессируемых антигенов с PEPI) является показателем эффективности вакцины у индивида и зависит как от активности, так и от антигенности Ро1уРЕРП018. Как показано на фиг. 25, среднее количество иммуногенных СТА (т. е. АР [экспрессированных антигенов с > 1 PEPI]) в Ро1уРЕРП018 составляет 2,54 в смоделированной популяции. Вероятность того, что Ро1уРЕРП018 индуцирует Т-лимфоцитарные ответы против множества антигенов у субъекта (т. е. mAGP) в смоделированной популяции, составляет 77%.

Сравнение активности вакцины Ро1уРЕРП018 против CRC в разных популяциях В табл. 44 показано сравнение иммуногенности, антигенности и эффективности Ро1уРЕРП018 в разных популяциях.

-95 045702

Таблица 44

Сравнение иммуногенности, антигенности и активности PolyPEPI1018 в разных субпопуляциях

Популяции CRC Модель Большая Китайцы Ирландцы	Количество субъектов 37 433 7189 324 999	Количество PEPI3+	Количество АР	Количество AGP50
Среднее	SD	Среднее	SD	Среднее	SD
5,16	1,98	3,19	1,31	2,21	1,13
5,02	2,62	3,62	1,67	2,54	1,25
5,20	2,82	3,75	1,74	2,66	1,30
5,97	3,16	4,28	1,78	з,п	1,30
3,72	1,92	2,86	1,46	1,94	1,10

Сокращения: CRC=колоректальный рак; PEPI=персональный эпитоп; SD=стандартное отклонение; СТА=раково-тестикулярный антиген; АР=экспрессируемые антигены с > 1 PEPI.

Среднее количество результатов PEPI3+ и АР демонстрирует, что PolyPEPI1018 является высокоиммуногенной и антигенной во всех популяциях; PolyPEPI1018 может индуцировать в среднем 3,7-6,0 CRC-специфических клонов Т-лимфоцитов против 2,9-3,7 антигенов CRC. Иммуногенность PolyPEPI1018 была сходной у пациентов с CRC и средней популяции (р> 0,05), это сходство могло быть связано с небольшим размером выборки популяции CRC. Дополнительные анализы показывают, что PolyPEPI1018 является значительно более иммуногенной в китайской популяции по сравнению с ирландской или общей популяцией (р<0,0001). Различия в иммуногенности также отражаются в эффективности вакцины, характеризуемой AGP50; PolyPEPI1018 наиболее эффективна для популяции китайцев и менее эффективна для популяции ирландцев. Поскольку CDx будет использоваться для выбора вероятных пациентов с ответом к PolyPEPI1018, этнические различия будут отражаться только в более высоком проценте китайцев, которые могут быть выбраны для лечения, по сравнению с ирландцами.

Пример 24. Персонализированная иммунотерапевтическая композиция для лечения пациента с метастатическим раком молочной железы на поздней стадии.

У пациента BRC05 был диагностирован воспалительный рак молочной железы справа с обширным лимфогенным канцероматозом. Воспалительный рак молочной железы (IBC, Inflammatory breast cancer) является редкой, но агрессивной формой локально распространенного рака молочной железы. Его называют воспалительным раком молочной железы, потому что его основными симптомами являются отек и покраснение (грудь часто выглядит воспаленной). Большинство воспалительных форм рака молочной железы представляют собой инвазивные протоковые карциномы (начинаются в молочных протоках).

Этот тип рака молочной железы ассоциирован с высоким риском экспрессии онкопротеинов вируса папилломы человека¹. Действительно, в опухоли этого пациента была диагностирована ДНК HPV16.

Стадия пациента в 2011 году (за 6 лет до лечения вакциной PIT) Т4: опухоль некоторого размера с непосредственным распространением на стенку грудной клетки и/или на кожу (изъязвления или кожные узелки) pN3a: Метастазы в > 10 подмышечных лимфатических узлах (по меньшей мере 1 метастаз опухоли > 2,0 мм); или метастазы в подключичных (подмышечных лимфатических узлах III уровня) узлах.

Для вакцины BRC05 были разработаны и получены 14 вакцинных пептидов (табл. 45).

Для этого пациента пептиды PBRC05-P01-P10 были составлены на основе данных об экспрессии в популяции. Последние 3 пептида в табл. 45 (SSX-2, MORC, MAGE-B1) были составлены из антигенов, экспрессия которых измерялась непосредственно в опухоли пациента.

Таблица 45

Вакцинные пептиды для пациента BRC05

Вакцинные пептиды для BRC05	Антигенмишень	Экспрессия антигена	Пептид 20 тег	Макс. HLA класса I	Макс. HLA класса II
PBRC05 Р1	SPAG9	88%	хххххххххххххххххххх	3	4
PBRC05 Р2	АКАР4	85%	хххххххххххххххххххх	3	4
PBRC05 РЗ	MAGE-A11	59%	хххххххххххххххххххх	3	3
PBRC05P4	NY-SAR-35	49%	хххххххххххххххххххх	3	3
PBRC05 Р5	FSIP1	49%	хххххххххххххххххххх	3	3
PBRC05 Р6	NY-BR-1	47%	хххххххххххххххххххх	3	4
PBRC05 Р7	MAGE-A9	44%	хххххххххххххххххххх	3	3
PBRC05 Р8	SCP-1	38%	хххххххххххххххххххх	3	6
PBRC05 Р9	MAGE-A1	37%	хххххххххххххххххххх	3	3
PBRC05 РЮ	MAGE-C2	21 %	хххххххххххххххххххх	3	3
PBRC05 Р11	MAGE-A12	13 %	хххххххххххххххххххх	3	4
PBRC05 Р12	SSX-2	6%	хххххххххххххххххххх	3	1
PBRC05_P13	MORC	Не обнаружено	хххххххххххххххххххх	3	4
PBRC05P14	MAGE-B1	Не обнаружено	хххххххххххххххххххх	3	3

Примечание: жирный красный означает PEPI CD8, подчеркивание означает наилучшее связывание

- 96 045702 аллеля CD4.

Т-лимфоцитарные ответы измеряли в мононуклеарных клетках периферической крови через 2 недели после 1-й вакцинации смесью пептидов PBRC05P1, PBRC05P2, PBRC05P3, PBRC05P4, PBRC05P5, PBRC05P6, PBRC05P7.

Таблица 46

Антиген-специфические Т-лимфоцитарные ответы: количество пятен/300 000 РВМС

Антиген	Стимулятор	Пример 1	Пример 2	Среднее
SPAG9	PBRC05 Pl	2	1	1,5
AKAP4	PBRC05 P2	11	4	7,5
MAGE-A11	PBRC05 P3	26	32	29
NY-SAR-35	PBRC05 P4	472	497	484,5
FSIP1	PBRC05 P5	317	321	319
NY-BR-1	PBRC05 P6	8	12	10
MAGE-A9	PBRC05 P7	23	27	25
Нет	Отрицательный контроль (DMSO, dimethyl sulphoxide, диметилсульфоксид)	0	3	1,5

Результаты показывают, что однократная иммунизация 7 пептидами индуцировала сильные Тлимфоцитарные ответы на 3 из 7 пептидов, демонстрируя сильные специфические для MAGE-A11, NYSAR-35, FSIP1 и MAGE-A9 Т-лимфоцитарные ответы. Имелись слабые ответы против АКАР4 и NY-BR1 и отсутствовал ответ против SPAG9.

Ссылки.

¹ Bagarazzi et al. Immunotherapy against HPV16/18 generates potent TH1 and cytotoxic cellular immune responses. Science Translational Medicine. 2012; 4(155): 155ral38.

² Gudmundsdotter et al. Amplified antigen-specific immune responses in HIV-1 infected individuals in a double blind DNA immunization and therapy interruption trial. Vaccine. 2011; 29(33):5558-66.

³ Bioley et al. HLA class I - associated immunodominance affects CTL responsiveness to an ESO recombinant protein tumor antigen vaccine. Clin Cancer Res. 2009; 15(1):299-306.

⁴ Valmori et al. Vaccination with NY-ESO-1 protein and CpG in Montanide induces integrated antibody/Thl responses and CD8 T cells through cross-priming. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2007; 104(21):8947-52.

- 97 045702 ⁵ Yuan et al. Integrated NY-ESO-1 antibody and CD8+ T-cell responses correlate with clinical benefit in advanced melanoma patients treated with ipilimumab.Proc Natl Acad Sci USA. 2011;108(40):16723-16728.

⁶ Kakimi et al. A phase I study of vaccination with NY-ESO-lf peptide mixed with Picibanil OK432 and Montanide ISA-51 in patients with cancers expressing the NY-ESO-1 antigen.Int J Cancer. 2011;129(12):2836-46.

⁷ Wada et al. Vaccination with NY-ESO-1 overlapping peptides mixed with Picibanil OK-432 and montanide ISA-51 in patients with cancers expressing the NY-ESO-1 antigen. J Immunother. 2014;37(2):84-92.

⁸ Welters et al. Induction of tumor-specific CD4+ and CD8+ T-cell immunity in cervical cancer patients by a human papillomavirus type 16 E6 and E7 long peptides vaccine. Clin. Cancer Res. 2008; 14(1):178-87.

⁹ Kenter et al. Vaccination against HPV-16 oncoproteins for vulvar intraepithelial neoplasia. N Engl J Med. 2009; 361(19):1838-47.

¹⁰ Welters et al. Success or failure of vaccination for HPV16-positive vulvar lesions correlates with kinetics and phenotype of induced T-cell responses. PNAS. 2010; 107(26):11895-9.

¹¹ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proiects/gy/mhc/main.fcgi> cmd=initThe MHC database, NCBI (Accessed Mar 7, 2016).

¹² Karkada et al. Therapeutic vaccines and cancer: focus on DPX-0907. Biologies. 2014;8:27-38.

¹³ Butts et al. Randomized phase IIB trial of BLP25 liposome vaccine in stage IIIB and IV nonsmall-cell lung cancer. J Clin Oncol. 2005;23(27):6674-81.

¹⁴ Yuan et al.Safety and immunogenicity of a human and mouse gplOO DNA vaccine in a phase I trial of patients with melanoma.Cancer Immun. 2009;9:5.

¹⁵ Kovjazin et al. ImMucin: a novel therapeutic vaccine with promiscuous MHC binding for the treatment of MUC1-expressing tumors. Vaccine. 2011;29(29-30):4676-86.

¹⁶ Cathcart et al. Amultivalent bcr-abl fusion peptide vaccination trial in patients with chronic myeloid leukemia.Blood. 2004;103:1037-1042.

¹⁷ Chapuis et al. Transferred WT1-reactive CD8+ T cells can mediate antileukemic activity and persist in post-transplant patients. Sci Transl Med. 2013;5(174):174ra27.

¹⁸ Keilholz et al. A clinical and immunologic phase 2 trial of Wilms tumor gene product 1 (WT1) peptide vaccination in patients with AML and MDS. Blood; 2009; 113(26):6541-8.

¹⁹ Walter et al. Multipeptide immune response to cancer vaccine IMA901 after single-dose cyclophosphamide associates with longer patient survival. NatMed. 2012;18(8):1254-61.

²⁰ Phuphanich et al. Phase I trial of a multi-epitope-pulsed dendritic cell vaccine for patients with newly diagnosed glioblastoma. Cancer Immunol Immunother. 2013;62(l): 125-35.

²¹ Kantoff et al. Overall survival analysis of a phase II randomized controlled trial of a Poxviralbased PSA-targeted immunotherapy in metastatic castration-resistant prostate cancer. J Clin Oncol. 2010;28(7):1099-105.

²² Tagawa et al. Phase I study of intranodal delivery of a plasmid DNA vaccine for patients with Stage IV melanoma. Cancer. 2003;98(l): 144-54.

²³ Slingluff et al. Randomized multicenter trial of the effects of melanoma-associated helper peptides and cyclophosphamide on the immunogenicity of a multipeptide melanoma vaccine. J Clin Oncol. 2011;29(21):2924-32.

²⁴ Kaida et al. Phase 1 trial of Wilms tumor 1 (WT1) peptide vaccine and gemcitabine combination therapy in patients with advanced pancreatic or biliary tract cancer. J Immunother. 2011;34(1):929.

²⁵ Fenoglio et al. A multi-peptide, dual-adjuvant telomerase vaccine (GX301) is highly immunogenic in patients with prostate and renal cancer. Cancer Immunol Immunother; 2013; 62:1041-1052.

²⁶ Krug et al. WT1 peptide vaccinations induce CD4 and CD8 T cell immune responses in patients with mesothelioma and non-small cell lung cancer. Cancer Immunol Immunother; 2010;

59(10):1467-79.

- 98 045702 ²⁷ Slingluff et al. Clinical and immunologic results of a randomized phase II trial of vaccination using four melanoma peptides either administered in granulocyte-macrophage colony-stimulating factor in adjuvant or pulsed on dendritic cells. J Clin Oncol; 2003; 21(21):4016-26.²⁸Hodi et al. Improved survival with ipilimumab in patients with metastatic melanoma. N Engl J Med; 2010;363(8):711-23.

²⁹ Carmon et al. Phase Eli study exploring ImMucin, a pan-major histocompatibility complex, antiMUC1 signal peptide vaccine, in multiple myeloma patients. Br J Hematol. 2014; 169(1):4456.

³⁰ http://www.merckgroup.com/en/media/extNewsDetail.html> news!d=EB4A46A2AC4A52E7C 1257AD9001F3186&newsType=l (Accessed Mar 28, 2016) ³¹ Trimble et al. Safety, efficacy, and immunogenicity of VGX-3100, a therapeutic synthetic DNA vaccine targeting human papillomavirus 16 and 18 E6 and E7 proteins for cervical intraepithelial neoplasia 2/3: a randomised, double-blind, placebo-controlled phase 2b trial. Lancet.

2015;386(10008):2078-88.

³² Cusi et al. Phase I trial of thymidylate synthase poly epitope peptide (TSPP) vaccine in advanced cancer patients. Cancer Immunol Immunother; 2015; 64:1159-1173.

³³ Asahara et al. Phase Eli clinical trial using HLA-A24-restricted peptide vaccine derived from KIF20A for patients with advanced pancreatic cancer. J Transl Med; 2013; 11:291.

³⁴ Yoshitake et al. Phase II clinical trial of multiple peptide vaccination for advanced head and neck cancer patients revealed induction of immune responses and improved OS. Clin Cancer Res; 2014;21(2):312-21.

³⁵ Okuno et al. Clinical Trial of a 7-Peptide Cocktail Vaccine with Oral Chemotherapy for Patients with Metastatic Colorectal Cancer. Anticancer Res; 2014; 34: 3045-305.

³⁶ Rapoport et al. Combination Immunotherapy after ASCT for Multiple Myeloma Using MAGEA3/Poly-ICLC Immunizations Followed by Adoptive Transfer of Vaccine-Primed and Costimulated Autologous T Cells. Clin Cancer Res; 2014; 20(5): 1355-1365.

³⁷ Greenfield et al. A phase I dose-escalation clinical trial of a peptidebased human papillomavirus therapeutic vaccine with Candida skin test reagent as a novel vaccine adjuvant for treating women with biopsy-proven cervical intraepithelial neoplasia 2/3. Oncoimmunol; 2015; 4:10, el031439.

³⁸ Snyder et al. Genetic basis for clinical response to CTLA-4 blockade in melanoma. N Engl J Med. 2014; 371(23):2189-99.

³⁹ Van Allen et al. Genomic correlates of response to CTLA-4 blockade in metastatic melanoma. Science; 2015; 350:6257.

⁴⁰ Li et al. Thrombocytopenia caused by the development of antibodies to thrombopoietin. Blood; 2001; 98:3241-3248 ⁴¹ Takedatsu et al. Determination of Thrombopoietin-Derived Peptides Recognized by Both Cellular and Humoral Immunities in Healthy Donors and Patients with Thrombocytopenia. 2005; 23(7): 975982 ⁴² Eisenhauer et al. New response evaluation criteria in solid tumors: revised RECIST guideline (version 1.1). Eur J Cancer; 2009; 45(2):228-47.

⁴³ Therasse et al. New guidelines to evaluate the response to treatment in solid tumors: European Organization for Research and Treatment of Cancer, National Cancer Institute of the United States, National Cancer Institute of Canada. J Natl Cancer Inst; 2000; 92:205-216.

⁴⁴ Tsuchida & Therasse. Response evaluation criteria in solid tumors (RECIST): New guidelines. Med Pediatr Oncol. 2001; 37:1-3.

⁴⁵ Durie et al. International uniform response criteria for multiple myeloma. Leukemia; 2006;20:1467-1473.

- 99 045702

Перечень последовательностей < 110> TREOS BIO KFT < 120> Готовый к использованию < 130> N409650WO-A < 150> ЕР 17159242.1 < 151> 2017-03-03 < 150> ЕР 17159243.9 < 151> 2017-03-03 < 150> GB 1703809.2 < 151> 2017-03-09 < 160> 188 < 170> Патент в версии 3.5 < 210> 1 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9шег Т-лимфоцитарный эпитоп 1 < 400> 1

Туг Leu Met Asn Arg Pro Gin Asn Leu

5 < 210> 2 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 2 < 400> 2

Met Met Ala Tyr Ser Asp Thr Thr Met 1 5 < 210> 3 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность

- 100 045702 <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 3 < 400> 3

Phe Thr Ser Ser Arg Met Ser Ser Phe

5 < 210> 4 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 4 < 400> 4

Туг Ala Leu Gly Phe Gin His Ala Leu 1 5 < 210> 5 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 5 < 400> 5

Lys Met Ser Ser Leu Leu Pro Thr Met

5 < 210> 6 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 6 < 400> 6

Phe Thr Vai Cys Asn Ser His Vai Leu

5 <210> 7 <211> 9 <212> PRT

- 101 045702 < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9шег Т-лимфоцитарный эпитоп 8 < 400> 7

Met Ala Phe Vai Thr Ser Gly Glu Leu 1 5 < 210> 8 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 8 < 400> 8

Туг Leu His Ala Arg Leu Arg Glu Leu 1 5 < 210> 9 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 9 < 400> 9

Vai Met Ser Glu Arg Vai Ser Gly Leu

5 < 210> 10 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 10 < 400> 10

Phe Thr Gin Ser Gly Thr Met Lys He

5 <210> 11

- 102 045702 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 11 < 400> 11

Phe Ser Ser Ser Gly Thr Thr Ser Phe

5 < 210> 12 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 12 < 400> 12

Phe Met Phe Gin Glu Ala Leu Lys Leu

5 < 210> 13 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 13 < 400> 13

Phe Vai Leu Ala Asn Gly His lie Leu

5 < 210> 14 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 15 < 400> 14

Lys Ala Met Vai Gin Ala Trp Pro Phe

5

- 103 045702 <210> 15 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 15 < 400> 15

Туг Ser Cys Asp Ser Arg Ser Leu Phe

5 < 210> 16 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 16 < 400> 16

Arg Ala lie Glu Gin Leu Ala Ala Met 1 5 < 210> 17 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 17 < 400> 17

Ala Met Asp Ala lie Phe Gly Ser Leu 1 5 < 210> 18 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 18 < 400> 18

Met Ala Ser Phe Arg Lys Leu Thr Leu

- 104 045702 < 210> 19 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 19 < 400> 19

Ser Ser lie Ser Vai Tyr Tyr Thr Leu

5 < 210> 20 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 20 < 400> 20

Ser Ala Phe Glu Pro Ala Thr Glu Met

5 < 210> 21 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 21 < 400> 21

Phe Ser Tyr Glu Gin Asp Pro Thr Leu

5 < 210> 22 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 22 < 400> 22

- 105 045702

Arg Thr Туг Trp He He He Glu Leu 1 5 < 210> 23 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 23 < 400> 23

Thr Thr Met Glu Thr Gin Phe Pro Vai

5 < 210> 24 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 24 < 400> 24

Phe Ser Phe Vai Arg He Thr Ala Leu

5 < 210> 25 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 25 < 400> 25

Lys Met Ser Ser Leu Leu Pro Thr Met

5 <210> 26 <211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 26

- 106 045702 <400> 26

Lys Met His Ser Leu Leu Ala Leu Met

5 < 210> 27 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 27 < 400> 27

Phe Met Asn Pro Tyr Asn Ala Vai Leu 1 5 < 210> 28 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 28 < 400> 28

Lys Ser Met Thr Met Met Pro Ala Leu

5 < 210> 29 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 29 < 400> 29

Tyr Vai Asp Glu Lys Ala Pro Glu Phe 1 5 < 210> 30 <211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность

- 107 045702 <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 30 < 400> 30

Lys Thr Met Ser Thr Phe His Asn Leu

5 < 210> 31 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 31 < 400> 31

Arg Ala lie Glu Gin Leu Ala Ala Met 1 5 < 210> 32 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 32 < 400> 32

Vai Met Ser Glu Arg Vai Ser Gly Leu 1 5 < 210> 33 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 33 < 400> 33

Туг Arg Ala Gin Arg Phe Trp Ser Trp

5 <210> 34 <211> 9 <212> PRT

- 108 045702 < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9шег Т-лимфоцитарный эпитоп 34 < 400> 34

Phe Phe Phe Glu Arg He Met Lys Tyr

5 < 210> 35 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 35 < 400> 35

Ser Thr Phe Lys Asn Trp Pro Phe Leu

5 < 210> 36 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 36 < 400> 36

Ala He Trp Glu Ala Leu Ser Vai Met 1 5 < 210> 37 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 37 < 400> 37

Lys Vai Ala Glu Leu Vai Arg Phe Leu

5 <210> 38

- 109 045702 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 38 < 400> 38

Phe Vai Gin Glu Asn Tyr Leu Glu Tyr

5 <210> 39 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 39 < 400> 39

Arg Ala Leu Ala Glu Thr Ser Tyr Vai 1 5 < 210> 40 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> 9mer Т-лимфоцитарный эпитоп 40 < 400> 40

Tyr lie Phe Ala Thr Cys Leu Gly Leu

5 < 210> 41 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 1 <400> 41

Leu Gin Lys Туг Ala Leu Gly Phe Gin His Ala Leu Ser Pro Ser Met

10 15

- 110 045702

Met Ala Туг Ser Asp Thr Thr Met Met Ser Asp Asp lie Asp 20 25 30 <210> 42 <211> 30 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины для молочной железы 2 <400> 42

Vai Cys Met Phe Thr Ser Ser Arg Met Ser Ser Phe Asn Arg His Vai

10 15

Asn lie Asp Tyr Leu Met Asn Arg Pro Gin Asn Leu Arg Leu 20 25 30 <210> 43 <211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 3 < 400> 43

Asn Met Ala Phe Vai Thr Ser Gly Glu Leu Vai Arg His Arg Arg His

10 15

Thr Arg Phe Thr Gin Ser Gly Thr Met Lys lie His lie Leu 20 25 30 < 210> 44 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 4 < 400> 44

Leu Asp Ser Phe Thr Vai Cys Asn Ser His Vai Leu Cys Ue Ala Lys

10 15

- 111 045702

Leu Gly Phe Ser Phe Vai Arg lie Thr Ala Leu Met Vai Ser 20 25 30 < 210> 45 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 5 < 400> 45

Ala Gin Lys Met Ser Ser Leu Leu Pro Thr Met Trp Leu Gly Ala Met

10 15

Met Gin Met Phe Gly Leu Gly Ala lie Ser Leu lie Leu Vai 20 25 30 < 210> 46 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 6 < 400> 46

Leu Glu Arg Leu Ala Туг Leu His Ala Arg Leu Arg Glu Leu Leu Gin

10 15

Thr Leu Lys Ala Met Vai Gin Ala Trp Pro Phe Thr Cys Leu 20 25 30 < 210> 47 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 7 < 400> 47

Ser Ser Туг Phe Vai Leu Ala Asn Gly His lie Leu Pro Asn Ser Leu

10 15

- 112 045702

Arg His Lys Cys Cys Phe Ser Ser Ser Gly Thr Thr Ser Phe 20 25 30 < 210> 48 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 8 < 400> 48

Thr Ala Lys Lys Vai Arg Arg Ala lie Glu Gin Leu Ala Ala Met Gin

10 15

Leu Glu Phe Met Phe Gin Glu Ala Leu Lys Leu Lys Vai Ala 20 25 30 < 210> 49 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 9 < 400> 49

Thr Ser His Ser Туг Vai Leu Vai Thr Ser Leu Asn Leu Ser Tyr Tyr

10 15

Ser Cys Asp Ser Arg Ser Leu Phe Glu Ser Ser Ala Lys lie 20 25 30 < 210> 50 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 10 < 400> 50

Leu Asp Ser Phe Thr Vai Cys Asn Ser His Vai Leu Cys lie Ala Vai

10 15

- 113 045702

Cys Met Phe Thr Ser Ser Arg Met Ser Ser Phe Asn Arg His 20 25 30 < 210> 51 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 91 < 400> 51

Leu Arg His Lys Cys Cys Phe Ser Ser Ser Gly Thr Thr Ser Phe Gin

10 15

Thr Leu Lys Ala Met Vai Gin Ala Trp Pro Phe Thr Cys Leu 20 25 30 < 210> 52 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 12 < 400> 52

Туг Ser Cys Asp Ser Arg Ser Leu Phe Glu Ser Ser Ala Lys lie Thr

10 15

Ala Lys Lys Vai Arg Arg Ala lie Glu Gin Leu Ala Ala Met 20 25 30 < 210> 53 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины для молочной железы 13 <400> 53

Met Met Ala Туг Ser Asp Thr Thr Met Met Ser Asp Asp lie Asp His

10 15

- 114 045702

Thr Arg Phe Thr Gin Ser Gly Thr Met Lys lie His lie Leu 20 25 30 <210> 54 <211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 14

<400> 54	Trp	Leu Gly Ala Leu 15
Ala Gin Lys Met Ser	Ser Leu	Leu	Pro Thr Met 10
1	5
Gin Lys Tyr <210> 55 <211> 30 <212> PRT	Ala Leu 20	Gly Phe	Gin	His Ala Leu 25	Ser	Pro Ser 30

<213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины для молочной железы 15 <400> 55

Thr Ser His Ser Туг Vai Leu Vai Thr Ser Leu Asn Leu Ser Tyr Asn

10 15

Met Ala Phe Vai Thr Ser Gly Glu Leu Vai Arg His Arg Arg 20 25 30 <210> 56 <211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 16 < 400> 56

Met Met Gin Met Phe Gly Leu Gly Ala lie Ser Leu lie Leu Vai Vai

10 15

- 115 045702

Asn lie Asp Tyr Leu Met Asn Arg Pro Gin Asn Leu Arg Leu 20 25 30 < 210> 57 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид против рака молочной железы 17 < 400> 57

Ser Ser Туг Phe Vai Leu Ala Asn Gly His lie Leu Pro Asn Ser Lys

10 15

Leu Gly Phe Ser Phe Vai Arg lie Thr Ala Leu Met Vai Ser 20 25 30 < 210> 58 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 18 < 400> 58

Leu Glu Arg Leu Ala Tyr Leu His Ala Arg Leu Arg Glu Leu Leu Gin

10 15

Leu Glu Phe Met Phe Gin Glu Ala Leu Lys Leu Lys Vai Ala 20 25 30 < 210> 59 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины для молочной железы 19 <400> 59

Gly Asn lie Leu Asp Ser Phe Thr Vai Cys Asn Ser His Vai Leu Leu

10 15

- 116 045702

Gin Lys Туг Ala Leu Gly Phe Gin His Ala Leu Ser Pro Ser 20 25 30 <210> 60 <211> 30 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины для молочной железы 20 <400> 60

Asn Met Ala Phe Vai Thr Ser Gly Glu Leu Vai Arg His Arg Arg Phe

10 15

Ser Ser Ser Gly Thr Thr Ser Phe Lys Cys Phe Ala Pro Phe 20 25 30 <210> 61 <211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 21 < 400> 61

Ala Gin Lys Met Ser Ser Leu Leu Pro Thr Met Trp Leu Gly Ala Met

10 15

Phe Thr Ser Ser Arg Met Ser Ser Phe Asn Arg His Met Lys 20 25 30 < 210> 62 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины для молочной железы 22 <400> 62

Thr Ser His Ser Туг Vai Leu Vai Thr Ser Leu Asn Leu Ser Tyr His

10 15

- 117 045702

Ser Gin Thr Leu Lys Ala Met Vai Gin Ala Trp Pro Phe Thr 20 25 30 <210> 63 <211> 30 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины для молочной железы 23 <400> 63

Met Ala Ser Phe Arg Lys Leu Thr Leu Ser Glu Lys Vai Pro Pro Ser

10 15

Pro Thr Ala Met Asp Ala lie Phe Gly Ser Leu Ser Asp Glu 20 25 30 <210> 64 <211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 24 < 400> 64

Asp Gin Vai Asn lie Asp Tyr Leu Met Asn Arg Pro Gin Asn Leu Arg

10 15

His Ser Gin Thr Leu Lys Ala Met Vai Gin Ala Trp Pro Phe 20 25 30 < 210> 65 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины для молочной железы 25 <400> 65

Cys Ser Gly Ser Ser Tyr Phe Vai Leu Ala Asn Gly His lie Leu Ser

10 15

- 118 045702

Gly Ala Vai Met Ser Glu Arg Vai Ser Gly Leu Ala Gly Ser 20 25 30 <210> 66 <211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> вакцина для молочной железы 26 < 400> 66

Asp Leu Ser Phe Туг Vai Asn Arg Leu Ser Ser Leu Vai He Gin Ser

10 15

Ser He Ser Vai Tyr Tyr Thr Leu Trp Ser Gin Phe Asp Glu 20 25 30 < 210> 67 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 27 < 400> 67

Ser Gly Ala Vai Met Ser Glu Arg Vai Ser Gly Leu Ala Gly Ser Ser

10 15

Arg Leu Leu Glu Phe Tyr Leu Ala Met Pro Phe Ala Thr Pro 20 25 30 < 210> 68 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 28 < 400> 68

Met Ala Ser Phe Arg Lys Leu Thr Leu Ser Glu Lys Vai Pro Pro Glu

10 15

- 119 045702

Ser Phe Ser Pro Thr Ala Met Asp Ala lie Phe Gly Ser Leu 20 25 30 < 210> 69 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 29 < 400> 69

Phe Туг Leu Ala Met Pro Phe Ala Thr Pro Met Glu Ala Glu Leu Lys

10 15

Pro Ser Ala Phe Glu Pro Ala Thr Glu Met Gin Lys Ser Vai 20 25 30 < 210> 70 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 30 < 400> 70

Ala Met Asp Ala lie Phe Gly Ser Leu Ser Asp Glu Gly Ser Gly His

10 15

Ser Gin Thr Leu Lys Ala Met Vai Gin Ala Trp Pro Phe Thr 20 25 30 < 210> 71 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины для молочной железы 32 <400> 71

Phe Vai Leu Ala Asn Gly His lie Leu Pro Asn Ser Glu Asn Ala Gly

10 15

- 120 045702

Thr Gly Lys Leu Gly Phe Ser Phe Vai Arg Ue Thr Ala Leu 20 25 30 <210> 72 <211> 30 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины против колоректального рака 1 <400> 72

Vai Cys Ser Met Glu Gly Thr Trp Tyr Leu Vai Gly Leu Vai Ser Tyr

10 15

Arg Ser Cys Gly Phe Ser Tyr Glu Gin Asp Pro Thr Leu Arg 20 25 30 <210> 73 <211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 2 < 400> 73

Vai Arg Thr Туг Trp lie lie lie Glu Leu Lys His Lys Ala Arg Leu

10 15

Pro Ser Thr Thr Met Glu Thr Gin Phe Pro Vai Ser Glu Gly 20 25 30 < 210> 74 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 3 < 400> 74

Thr Ala Lys Lys Vai Arg Arg Ala lie Glu Gin Leu Ala Ala Met Met

10 15

- 121 045702

Gly Ala Pro Thr Leu Pro Pro Ala Trp Gin Pro Phe Leu Lys 20 25 30 < 210> 75 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 4 < 400> 75

Leu Ala Ser Lys Met His Ser Leu Leu Ala Leu Met Vai Gly Leu Pro

10 15

Lys Ser Met Thr Met Met Pro Ala Leu Phe Lys Glu Asn Arg 20 25 30 < 210> 76 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 5 < 400> 76

Lys Leu Gly Phe Ser Phe Vai Arg He Thr Ala Leu Met Vai Ser Leu

10 15

Asp Ser Phe Thr Vai Cys Asn Ser His Vai Leu Cys He Ala 20 25 30 < 210> 77 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 6 < 400> 77

Lys Phe Met Asn Pro Туг Asn Ala Vai Leu Thr Lys Lys Phe Gin Phe

10 15

- 122 045702

Lys Lys	Thr Met Ser Thr Phe His Asn Leu Vai Ser Leu 20 25	Asn 30
<210> <211> <212> <213>	78 30 PRT Искусственная последовательность
<220> <223>	пептид вакцины против колоректального рака 7
<400>	78
Ala Gin 1	। Lys Met Ser Ser Leu Leu Pro Thr Met Trp Leu 5 10	Gly	Ala 15	Lys
Vai Asn	i Phe Phe Phe Glu Arg lie Met Lys Tyr Glu Arg 20 25	Leu 30
<210> <211> <212> <213>	79 30 PRT Искусственная последовательность
<220> <223>	пептид вакцины против колоректального рака 8
<400>	79
Lys Asp 1	। His Arg lie Ser Thr Phe Lys Asn Trp Pro Phe 5 10	Leu	Glu 15	Pro
Glu Glu	i Ala lie Trp Glu Ala Leu Ser Vai Met Gly Leu 20 25	Tyr 30
<210> <211> <212> <213>	80 30 PRT Искусственная последовательность
<220> <223>	пептид вакцины против колоректального рака 9
<400>	80
Tyr Arg 1	; Ser Cys Gly Phe Ser Tyr Glu Gin Asp Pro Thr 5 10	Leu	Arg 15	Vai

- 123 045702

Cys Ser Met Glu Gly Thr Trp Tyr Leu Vai Gly Leu Vai Ser 20 25 30 <210> 81 <211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 10 < 400> 81

Vai Arg Thr Туг Trp lie lie lie Glu Leu Lys His Lys Ala Arg Thr

10 15

Ala Lys Lys Vai Arg Arg Ala lie Glu Gin Leu Ala Ala Met 20 25 30 < 210> 82 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 111 <400> 82

Leu Pro Ser Thr Thr Met Glu Thr Gin Phe Pro Vai Ser Glu Gly Lys

10 15

Leu Gly Phe Ser Phe Vai Arg lie Thr Ala Leu Met Vai Ser 20 25 30 <210> 83 <211> 30 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины против колоректального рака 12 <400> 83

Met Gly Ala Pro Thr Leu Pro Pro Ala Trp Gin Pro Phe Leu Lys Pro

10 15

- 124 045702

Glu Glu Ala lie Trp Glu Ala Leu Ser Vai Met Gly Leu Tyr 20 25 30 <210> 84 <211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 13 < 400> 84

Leu Ala Ser Lys Met His Ser Leu Leu Ala Leu Met Vai Gly Leu Lys

10 15

Asp His Arg lie Ser Thr Phe Lys Asn Trp Pro Phe Leu Glu 20 25 30 < 210> 85 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 14 < 400> 85

Pro Lys Ser Met Thr Met Met Pro Ala Leu Phe Lys Glu Asn Arg Leu

10 15

Asp Ser Phe Thr Vai Cys Asn Ser His Vai Leu Cys lie Ala 20 25 30 < 210> 86 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 15 <400> 86

Lys Phe Met Asn Pro Tyr Asn Ala Vai Leu Thr Lys Lys Phe Gin Lys

10 15

- 125 045702

Vai Asn Phe Phe Phe Glu Arg lie Met Lys Tyr Glu Arg Leu 20 25 30 <210> 87 <211> 30 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины против колоректального рака 16 <400> 87

Ala Gin Lys Met Ser Ser Leu Leu Pro Thr Met Trp Leu Gly Ala Phe

10 15

Lys Lys Thr Met Ser Thr Phe His Asn Leu Vai Ser Leu Asn 20 25 30 <210> 88 <211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 17 < 400> 88

Gly Phe Ser Туг Glu Gin Asp Pro Thr Leu Arg Asp Pro Glu Ala Vai

10 15

Cys Ser Met Glu Gly Thr Trp Tyr Leu Vai Gly Leu Vai Ser 20 25 30 < 210> 89 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 18 < 400> 89

Pro Lys Ser Met Thr Met Met Pro Ala Leu Phe Lys Glu Asn Arg Gly

10 15

- 126 045702

Asn lie Leu Asp Ser Phe Thr Vai Cys Asn Ser His Vai Leu 20 25 30 < 210> 90 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 19 < 400> 90

Pro Ser Thr Thr Met Glu Thr Gin Phe Pro Vai Ser Glu Gly Lys Ser

10 15

Arg Tyr Arg Ala Gin Arg Phe Trp Ser Trp Vai Gly Gin Ala 20 25 30 < 210> 91 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины против колоректального рака 20 <400> 91

Туг Vai Asp Glu Lys Ala Pro Glu Phe Ser Met Gin Gly Leu Lys Asp

10 15

Glu Lys Vai Ala Glu Leu Vai Arg Phe Leu Leu Arg Lys Tyr 20 25 30 <210> 92 <211> 30 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины против колоректального рака 21 <400> 92

Arg Ser Cys Gly Phe Ser Tyr Glu Gin Asp Pro Thr Leu Arg Asp Gly

10 15

- 127 045702

Thr Gly Lys Leu Gly Phe Ser Phe Vai Arg lie Thr Ala Leu 20 25 30 <210> 93 <211> 30 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины против колоректального рака 22 <400> 93

Ser Arg Ala Pro Glu Glu Ala lie Trp Glu Ala Leu Ser Vai Met Gin

10 15

Tyr Phe Vai Gin Glu Asn Tyr Leu Glu Tyr Arg Gin Vai Pro 20 25 30 <210> 94 <211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 23

<400> 94
Pro Lys Ser	Met	Thr	Met Met	Pro	Ala	Leu Phe	Lys Glu	Asn	Arg Ser
1		5				10			15
Gly Ala Vai	Met	Ser	Glu Arg	Vai	Ser	Gly Leu	Ala Gly	Ser
	20				25			30
<210> 95 <211> 30 <212> PRT

<213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины против колоректального рака 24 <400> 95

Ser Gly Ala Vai Met Ser Glu Arg Vai Ser Gly Leu Ala Gly Ser Arg

10 15

- 128 045702

Asn Ser lie Arg Ser Ser Phe lie Ser Ser Leu Ser Phe Phe 20 25 30 <210> 96 <211> 30 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины против колоректального рака 25 <400> 96

Asn lie Glu Asn Туг Ser Thr Asn Ala Leu He Gin Pro Vai Asp Glu

10 15

Lys Vai Ala Glu Leu Vai Arg Phe Leu Leu Arg Lys Tyr Gin 20 25 30 <210> 97 <211> 30 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины против колоректального рака 26 <400> 97

Arg Gin Phe Glu Thr Vai Cys Lys Phe His Trp Vai Glu Ala Phe Lys

10 15

Leu Leu Thr Gin Tyr Phe Vai Gin Glu Asn Tyr Leu Glu Tyr 20 25 30 <210> 98 <211> 30 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины против колоректального рака 27 <400> 98

Glu Phe Leu Trp Gly Pro Arg Ala Leu Ala Glu Thr Ser Tyr Vai Lys

10 15

- 129 045702

Leu Leu Thr Gin His Phe Vai Gin Glu Asn Tyr Leu Glu Tyr 20 25 30 <210> 99 <211> 30 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины против колоректального рака 28 <400> 99

Ala Ser Ser Ser Ser Thr Leu He Met Gly Thr Leu Glu Glu Vai Gin

10 15

Thr Leu He Tyr Tyr Vai Asp Glu Lys Ala Pro Glu Phe Ser 20 25 30 <210> 100 <211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 29 < 400> 100

Ser Arg Thr Leu Leu Leu Ala Leu Pro Leu Pro Leu Ser Leu Leu He

10 15

Gly His Leu Tyr He Phe Ala Thr Cys Leu Gly Leu Ser Tyr 20 25 30 < 210> 101 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> пептид вакцины против колоректального рака 30 < 400> 101

Phe Не Не Vai Vai Phe Vai Tyr Leu Thr Vai Glu Asn Lys Ser He

10 15

- 130 045702

Gly His Vai Tyr lie Phe Ala Thr Cys Leu Gly Leu Ser Tyr 20 25 30 < 210> 102 < 211> 30 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

<223> пептид вакцины против колоректального рака 31 <400> 102

Leu Leu Ala Ala Ala Thr Ala Thr Phe Ala Ala Ala Gin Glu Glu Gin

10 15

Thr Leu lie Tyr Tyr Vai Asp Glu Lys Ala Pro Glu Phe Ser 20 25 30 <210> 103 <211> 16 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> дополнительный пептид 1 <400> 103

Met Met Asn Leu Met Gin Pro Lys Thr Gin Gin Thr Tyr Thr Tyr Asp

10 15 <210> 104 <211> 21 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> дополнительный пептид 2 <400> 104

Gly Arg Gly Ser Thr Thr Thr Asn Tyr Leu Leu Asp Arg Asp Asp Tyr

10 15

Arg Asn Thr Ser Asp

- 131 045702 <210> 105 <211> 22 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> дополнительный пептид 3

<400>	105
Leu Lys 1	Lys	Gly	Ala 5	Ala Asp Gly Gly	Lys 10	Leu Asp Gly Asn Ala Lys 15
Leu Asn Arg	Ser 20	Leu	Lys
<210> <211> <212>	106 22 PRT

<213> Искусственная последовательность <220>

<223> дополнительный пептид 4

<400>	106
Phe Pro 1	Pro	Lys	Asp Asp His Thr Leu Lys 5 10	Phe Leu Tyr Asp Asp Asn 15
Gin Arg	Pro	Tyr 20	Pro Pro
<210> <211> <212>	107 21 PRT

<213> Искусственная последовательность <220>

<223> дополнительный пептид 5 <400> 107

Arg Туг Arg Lys Pro Asp Tyr Thr Leu Asp Asp Gly His Gly Leu Leu

10 15

Arg Phe Lys Ser Thr

- 132 045702 <210> 108 <211> 18 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> дополнительный пептид 6 <400> 108

Gin Arg Pro Pro Phe Ser Gin Leu His Arg Phe Leu Ala Asp Ala Leu

10 15

Asn Thr <210> 109 <211> 25 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> дополнительный пептид 7 <400> 109

Ala Leu Asp Gin Cys Lys Thr Ser Cys Ala Leu Met Gin Gin His Tyr

10 15

Asp Gin Thr Ser Cys Phe Ser Ser Pro 20 25 <210> 110 <211> 25 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> дополнительный пептид 8

<400>	110
Ser Thr	Ala Pro Pro Ala His Gly Vai Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg
1	5 10 15
Pro Ala	Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro
	20 25

- 133 045702 < 210> 111 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> дополнительный пептид 9 < 400> 111

Tyr Leu Glu Pro Gly Pro Vai Thr Ala

5 <210> 112 <211> 21 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> дополнительный пептид 10 < 400> 112

Met Thr Pro Gly Thr Gin Ser Pro Phe Phe Leu Leu Leu Leu Leu Thr

10 15

Vai Leu Thr Vai Vai < 210> 113 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> дополнительный пептид 11 < 400> 113

Ser Ser Lys Ala Leu Gin Arg Pro Vai

5 < 210> 114 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> дополнительный пептид 12

- 134 045702 <400> 114

Arg Met Phe Pro Asn Ala Pro Tyr Leu 1 5 < 210> 115 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

<223> дополнительный пептид 13 <400> 115

Arg Met Phe Pro Asn Ala Pro Tyr Leu 1 5 <210> 116 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> XYZ 1 <400> 116

Asn Ser Leu Gin Lys Gin Leu Gin Ala Vai Leu Gin Trp He Ala Ala

10 15

Ser Gin Phe Asn <210> 117 <211> 20 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> XYZ 2 < 400> 117

Ser Gly Asp Glu Arg Ser Asp Glu He Vai Leu Thr Vai Ser Asn Ser

10 15

Asn Vai Glu Glu

- 135 045702 < 210> 118 < 211> 20 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> XYZ 3 <400> 118

Vai Gin Lys Glu Asp Gly Arg Vai Gin Ala Phe Gly Trp Ser Leu Pro
1 5	10		15
Gin Lys Tyr Lys 20 <210> 119 <211> 20 < 212> PRT <213> Искусственная <220> < 223> XYZ 4 < 400> 119 Glu Vai Glu Ser Thr	последовательность Pro Met Ue Met Glu	Asn	Ue	Gin	Glu	Leu	lie
1 5 Arg Ser Ala Gin 20 <210> 120 <211> 20 < 212> PRT <213> Искусственная <220> < 223> XYZ 5 < 400> 120 Ala Tyr Phe Glu Ser	10 последовательность Leu Leu Glu Lys Arg	Glu	Lys	Thr	Asn	15 Phe	Asp
1 5	10					15

Pro Ala Glu Trp

- 136 045702 < 210> 121 < 211> 20 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

<223> XYZ 6 <400> 121

Pro Ser Gin Ala Ser Ser Gly Gin Ala Arg Met Phe Pro Asn Ala Pro

10 15

Tyr Leu Pro Ser <210> 122 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> XYZ 7 <400> 122

Arg Arg Ser lie Ala Gly Phe Vai Ala Ser lie Asn Glu Gly Met Thr 15 10 15

Arg Trp Phe Ser <210> 123 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> XYZ 8 <400> 123

Met Gin Asp lie Lys Met lie Leu Lys Met Vai Gin Leu Asp Ser lie

10 15

Glu Asp Leu Glu

- 137 045702 <210> 124 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> XYZ 9 <400> 124

Ala Asn Ser Vai Vai Ser Asp Met Met Vai Ser lie Met Lys Thr Leu

10 15

Lys lie Gin Vai <210> 125 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> XYZ 10 <400> 125

Arg Glu Ala Leu Ser Asn Lys Vai Asp Glu Leu Ala His Phe Leu Leu 15 10 15

Arg Lys Tyr Arg 20 <210> 126 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> XYZ 11 <400> 126

Glu Thr Ser Tyr Glu Lys Vai lie Asn Tyr Leu Vai Met Leu Asn Ala

10 15

Arg Glu Pro lie

- 138 045702 <210> 127 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> XYZ 12 <400> 127

Asp Vai Lys Glu Vai Asp Pro Thr Gly His Ser Phe Vai Leu Vai Thr

10 15

Ser Leu Gly Leu <210> 128 <211> 20 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> XYZ 13 < 400> 128

Ser Ala Gin Leu Leu Gin Ala Arg Leu Met Lys Glu Glu Ser Pro Vai

10 15

Vai Ser Trp Arg < 210> 129 < 211> 20 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> ABC 1 < 400> 129 lie Ser Asp Thr Lys Asp Tyr Phe Met Ser Lys Thr Leu Gly lie Gly

10 15

Arg Leu Lys Arg

- 139 045702 < 210> 130 < 211> 20 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> ABC 2 < 400> 130

Phe Asp Arg Asn Thr Glu Ser Leu Phe Glu Glu Leu Ser Ser Ala Gly

10 15

Ser Gly Leu lie < 210> 131 < 211> 20 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

<223> ABC 3 <400> 131

Ser Gin Lys Met Asp Met Ser Asn lie Vai Leu Met Leu lie Gin Lys

10 15

Leu Leu Asn Glu <210> 132 <211> 20 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> ABC 4 < 400> 132

Ser Ala Vai Phe His Glu Arg Tyr Ala Leu lie Gin His Gin Lys Thr

10 15

His Lys Asn Glu

- 140 045702 <210> 133 < 211> 20 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

<223> ABC 5 <400> 133

Asp Vai Lys Glu Vai Asp Pro Thr Ser His Ser Tyr Vai Leu Vai Thr

10 15

Ser Leu Asn Leu <210> 134 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> ABC 6 <400> 134

Glu Asn Ala His Gly Gin Ser Leu Glu Glu Asp Ser Ala Leu Glu Ala 15 10 15

Leu Leu Asn Phe <210> 135 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> ABC 7 <400> 135

Met Ala Ser Phe Arg Lys Leu Thr Leu Ser Glu Lys Vai Pro Pro Asn

10 15

His Pro Ser Arg

- 141 045702 <210> 136 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> ABC 8 <400> 136

Lys Arg Ala Ser Gin Tyr Ser Gly Gin Leu Lys Vai Leu lie Ala Glu

10 15

Asn Thr Met Leu <210> 137 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> ABC 9 <400> 137

Vai Asp Pro Ala Gin Leu Glu Phe Met Phe Gin Glu Ala Leu Lys Leu 15 10 15

Lys Vai Ala Glu <210> 138 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> ABC 10 <400> 138

Glu Tyr Glu Arg Glu Glu Thr Arg Gin Vai Tyr Met Asp Leu Asn Asn

10 15

Asn lie Glu Lys

- 142 045702 <210> 139 <211> 20 <212> PRT <213> Искусственная последовательность <220>

<223> ABC 11 <400> 139

Pro Glu He Phe Gly Lys Ala Ser Glu Ser Leu Gin Leu Vai Phe Gly

10 15

He Asp Vai Lys <210> 140 <211> 20 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> ABC 12 < 400> 140

Asp Ser Glu Ser Ser Phe Thr Tyr Thr Leu Asp Glu Lys Vai Ala Glu

10 15

Leu Vai Glu Phe < 210> 141 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P1 1 < 400> 141

Gin Phe Pro Vai Ser Glu Gly Lys Ser 1 5 <210> 142

- 143 045702 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P1 2 < 400> 142

Phe Pro Vai Ser Glu Gly Lys Ser Arg

5 < 210> 143 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P1 3 < 400> 143

Pro Vai Ser Glu Gly Lys Ser Arg Tyr

5 < 210> 144 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P1 4 < 400> 144

Vai Ser Glu Gly Lys Ser Arg Tyr Arg

5 < 210> 145 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P1 5 < 400> 145

Ser Glu Gly Lys Ser Arg Tyr Arg Ala

5

- 144 045702 <210> 146 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P1 6 < 400> 146

Glu Gly Lys Ser Arg Tyr Arg Ala Gin 1 5 < 210> 147 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P1 7 < 400> 147

Gly Lys Ser Arg Tyr Arg Ala Gin Arg 1 5 < 210> 148 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P1 8 < 400> 148

Lys Ser Arg Tyr Arg Ala Gin Arg Phe

5 < 210> 149 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P2 1 < 400> 149 lie Glu Leu Lys His Lys Ala Arg Thr

- 145 045702 < 210> 150 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P2 2 < 400> 150

Glu Leu Lys His Lys Ala Arg Thr Ala 1 5 < 210> 151 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P2 3 < 400> 151

Leu Lys His Lys Ala Arg Thr Ala Lys 1 5 < 210> 152 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P2 4 < 400> 152

Lys His Lys Ala Arg Thr Ala Lys Lys

5 < 210> 153 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P2 5 < 400> 153

- 146 045702

His Lys Ala Arg Thr Ala Lys Lys Vai
1	5
<210>	154
<211>	9
<212>	PRT

<213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P2 6 < 400> 154

Lys Ala Arg Thr Ala Lys Lys Vai Arg

5 < 210> 155 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P2 7 < 400> 155

Ala Arg Thr Ala Lys Lys Vai Arg Arg 1 5 < 210> 156 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P2 8 < 400> 156

Arg Thr Ala Lys Lys Vai Arg Arg Ala 1 5 < 210> 157 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P3 1

- 147 045702

<400>	157
Glu Phe	; Ser Met Gin Gly Leu Lys Asp
1	5
<210>	158
<211>	9
<212>	PRT

<213> Искусственная последовательность <220> <223> CRC-P3 2 < 400> 158

Phe Ser Met Gin Gly Leu Lys Asp Glu 1 5 < 210> 159 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> SMQGLKDEK < 400> 159

Ser Met Gin Gly Leu Lys Asp Glu Lys 1 5 < 210> 160 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P3 4 <400> 160

Met Gin Gly Leu Lys Asp Glu Lys Vai 1 5 <210> 161 <211> 9 <212> PRT <213> Искусственная последовательность

- 148 045702 <220>

<223> CRC-P3 5 <400> 161

Gin Gly Leu Lys Asp Glu Lys Vai Ala

5 < 210> 162 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220> <223> CRC-P3 6 < 400> 162

Gly Leu Lys Asp Glu Lys Vai Ala Glu 1 5 < 210> 163 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P3 7 < 400> 163

Leu Lys Asp Glu Lys Vai Ala Glu Leu

5 < 210> 164 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P3 8 < 400> 164

Lys Asp Glu Lys Vai Ala Glu Leu Vai

5 <210> 165 <211> 9 <212> PRT

- 149 045702 < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P6 1 < 400> 165

Leu Leu Ala Leu Met Vai Gly Leu Lys

5 < 210> 166 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P6 2 < 400> 166

Leu Ala Leu Met Vai Gly Leu Lys Asp

5 < 210> 167 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P6 3 < 400> 167

Ala Leu Met Vai Gly Leu Lys Asp His 1 5 < 210> 168 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P6 4 < 400> 168

Leu Met Vai Gly Leu Lys Asp His Arg

5 <210> 169

- 150 045702 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P6 5 < 400> 169

Met Vai Gly Leu Lys Asp His Arg lie 1 5 < 210> 170 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220> <223> CRC-P6 6 < 400> 170

Vai Gly Leu Lys Asp His Arg lie Ser 1 5 < 210> 171 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P6 7 < 400> 171

Gly Leu Lys Asp His Arg lie Ser Thr 1 5 < 210> 172 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P6 8 < 400> 172

Leu Lys Asp His Arg lie Ser Thr Phe

5

- 151 045702

<210> <211> <212> <213>

173 9 PRT Искусственная последовательность

<220> <223>	CRC-P7 1
<400>	173

Pro Ala Leu Phe Lys Glu Asn Arg Ser

1	5
<210> <211> <212> <213>	174 9 PRT Искусственная последовательность

<220> <223>	CRC-P7 2
<400>	174

Ala Leu Phe Lys Glu Asn Arg Ser Gly

1	5
<210> <211> <212> <213>	175 9 PRT Искусственная последовательность

<220> <223>	CRC-P7 3
<400>	175

Leu Phe Lys Glu Asn Arg Ser Gly Ala

1	5
<210> <211> <212> <213>	176 9 PRT Искусственная последовательность

<220> <223>	CRC-P7 4
<400>	176

Phe Lys Glu Asn Arg Ser Gly Ala Vai

- 152 045702

1	5
<210> <211> <212> <213>	177 9 PRT Искусственная последовательность

<220> <223>	CRC-P7 5
<400>	177

Lys Glu Asn Arg Ser Gly Ala Vai Met

1	5
<210> <211> <212> <213>	178 9 PRT Искусственная последовательность

<220> <223>	CRC-P7 6
<400>	178

Glu Asn Arg Ser Gly Ala Vai Met Ser

1	5
<210> <211> <212> <213>	179 9 PRT Искусственная последовательность

<220> <223>	CRC-P7 7
<400>	179

Asn Arg Ser Gly Ala Vai Met Ser Glu

1	5
<210> <211> <212> <213>	180 9 PRT Искусственная последовательность

<220> <223>	CRC-P7 8
<400>	180

- 153 045702

Arg Ser Gly Ala Vai Met Ser Glu Arg 1 5 <210> 181 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P8 1 < 400> 181

Ala Vai Leu Thr Lys Lys Phe Gin Lys 1 5 < 210> 182 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220> <223> CRC-P8 2 < 400> 182

Vai Leu Thr Lys Lys Phe Gin Lys Vai 1 5 < 210> 183 < 211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P8 3 < 400> 183

Leu Thr Lys Lys Phe Gin Lys Vai Asn

5 <210> 184 <211> 9 < 212> PRT < 213> Искусственная последовательность <220>

< 223> CRC-P8 4

- 154 045702

<400>

184

Thr Lys Lys Phe Gin Lys Vai Asn Phe

1	5
<210> <211> <212> <213>	185 9 PRT Искусственная последовательность

<220> <223>	CRC-P8 5
<400>	185

Lys Lys Phe Gin Lys Vai Asn Phe Phe

1	5
<210> <211> <212> <213>	186 9 PRT Искусственная последовательность

<220> <223>	CRC-P8 6
<400>	186

Lys Phe Gin Lys Vai Asn Phe Phe Phe

1	5
<210> <211> <212> <213>	187 9 PRT Искусственная последовательность

<220> <223>	CRC-P8 7
<400>	187

Phe Gin Lys Vai Asn Phe Phe Phe Glu

1	5
<210> <211> <212> <213>	188 9 PRT Искусственная последовательность

- 155 045702 <220>

<223> CRC-P8 8 <400> 188

Gin Lys Vai Asn Phe Phe Phe Glu Arg

5

Claims

1. Способ прогнозирования частоты ответа цитотоксических Т-лимфоцитов и/или частоты ответа Тхелперов конкретной или заданной популяции людей на введение полипептида или на введение фармацевтической композиции или фармацевтического набора, содержащих один или более полипептидов в качестве активных ингредиентов, который включает (i) выбор или определение релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса I и/или генотипом HLA класса II;

(ii) определение для каждого субъекта в смоделированной популяции людей того, будет ли полипептид или полипептиды совместно содержать (a) по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, которая представляет собой Тлимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта, и/или (b) по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, которая представляет собой Тлимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II субъекта, и (iii) прогнозирование того,

A) что частота ответа цитотоксических Т-лимфоцитов указанной популяции людей, в которой большая доля смоделированной популяции людей соответствует требованиям этапа (ii)(a), прогнозирует большую частоту ответа цитотоксических Т-лимфоцитов в указанной популяции людей; и/или

B) что частота ответов Т-хелперов указанной популяции людей, в которой большая доля смоделированной популяции людей соответствует требованиям этапа (ii)(b), прогнозирует большую частоту ответов Т-хелперов в указанной популяции людей.

2. Способ прогнозирования частоты клинического ответа конкретной или заданной популяции людей на введение фармацевтической композиции или фармацевтического набора, содержащих один или более полипептидов в качестве активных ингредиентов, который включает (i) выбор или определение релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса I;

(ii) определение (a) для каждого субъекта в смоделированной популяции людей, содержит ли один или более полипептидов активного ингредиента совместно по меньшей мере две разные аминокислотные последовательности, каждая из которых представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта, при этом необязательно по меньшей мере две разные аминокислотные последовательности содержатся в аминокислотной последовательности двух разных полипептидных антигенов, на которые таргетирован полипептид (полипептиды) активного ингредиента;

A) представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I отдельных субъектов в смоделированной популяции, и

B) содержится в аминокислотной последовательности полипептида (полипептидов) активного ингредиента, и/или (c) в смоделированной популяции среднего количества экспрессируемых полипептидных антигенов-мишеней, содержащих по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, которая

B) содержится в аминокислотной последовательности полипептида (полипептидов) активного ингредиента, и (iii ) прогнозирование частоты клинического ответа указанной популяции людей, при этом большая доля смоделированной популяции людей соответствует требованиям этапа (и)(а), или более высокое среднее количество полипептидов-мишеней на этапе (ii)(b), или более высокое среднее количество экспрессируемых полипептидов-мишеней на этапе (ii)(c) прогнозирует более высокую частоту клинического ответа в указанной популяции людей.

3. Способ по п.1 или 2, дополнительно включающий в себя повторение способа для одного или бо

- 156 045702 лее дополнительных полипептидов, фармацевтических композиций или фармацевтических наборов, и ранжирование полипептидов, фармацевтических композиций или фармацевтических наборов в соответствии с частотой их прогнозируемого ответа цитотоксического Т-лимфоцита, Т-хелпера и/или клинического ответа в указанной конкретной или заданной популяции людей.

4. Способ составления или получения полипептида или полинуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид, для использования в способе индуцирования иммунного ответа у субъекта в конкретной или заданной популяции людей, при этом способ включает в себя (i) выбор или определение (a) релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса I и/или генотипом HLA класса II, или (b) одной релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса I, и одной релевантной смоделированной популяции людей, включающей множество субъектов, каждый из которых определен генотипом HLA класса II;

А) Т-лимфоцитарный эпитоп, способный у высокого процента субъектов смоделированной популяции, выбранной или определенной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса I, связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I отдельных субъектов;

C) Т-лимфоцитарный эпитоп, способный у большого процента субъектов смоделированной популяции, отобранной или определенной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса I, связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I отдельных субъектов, и Т-лимфоцитарный эпитоп, способный у большого процента субъектов смоделированной популяции, отобранной или определенной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса II, связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II отдельных субъектов;

(iii) если полипептидный фрагмент, выбранный на этапе (ii), представляет собой эпитоп, связывающийся с HLA класса I, необязательно выбор более длинного фрагмента полипептидного антигенамишени, причем более длинный фрагмент содержит аминокислотную последовательность или состоит из аминокислотной последовательности, которая

A) содержит фрагмент, выбранный на этапе (ii), и

B) представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с молекулой HLA класса II, у высокого процента субъектов смоделированной популяции, выбранной или определенной на этапе (i), определяемых генотипом HLA класса II, связывающийся с по меньшей мере тремя или с наиболее возможными молекулами HLA класса II отдельных субъектов; и (iv) составление или получение полипептида или полинуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид, который содержит один или более фрагментов полипептида, идентифицированных на этапе (ii) или на этапе (iii), при этом необязательно фрагмент полипептида фланкирован на N- и/или С- конце дополнительными аминокислотами, не являющимися частью последовательности полипептидного антигена-мишени.

5. Способ по п.4, включающий идентификацию одного или более дополнительных фрагментов того же или одного или более других полипептидных антигенов-мишеней, в котором каждый фрагмент полипептида представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I или по меньшей мере тремя молекулами HLA класса II по меньшей мере одного субъекта в смоделированной популяции; и ранжирование фрагментов по (i) процентному отношению субъектов в смоделированной популяции, которые экспрессируют по меньшей мере три молекулы HLA класса I, способные связываться с фрагментом;

(ii) процентному отношению субъектов в смоделированной популяции, которые, как прогнозируется, экспрессируют как полипептидный антиген-мишень, содержащий фрагмент, так и по меньшей мере три молекулы HLA класса I, способные связываться с фрагментом;

(iii) процентному отношению субъектов в смоделированной популяции, которые экспрессируют по меньшей мере три молекулы HLA класса II, способные связываться с фрагментом;

(iv) процентному отношению субъектов в смоделированной популяции, которые, как прогнозируется, экспрессируют как полипептидный антиген-мишень, содержащий фрагмент, так и по меньшей мере три молекулы HLA класса II, способные связываться с фрагментом;

(v) процентному отношению субъектов в смоделированной популяции, которые экспрессируют по меньшей мере три молекулы HLA класса I и по меньшей мере три молекулы HLA класса II, способные связываться с фрагментом, или (vi) процентному отношению субъектов в смоделированной популяции, которые, как прогнозируется, экспрессируют как полипептидный антиген-мишень, содержащий фрагмент, так и по меньшей мере три молекулы HLA класса I и по меньшей мере три молекулы HLA класса II, способные связываться с

- 157 045702 фрагментом;

возможно где этот способ включает выбор одного или более фрагментов полипептида на основании их рейтинга, и составление или получение полипептида, включающего один или более выбранных фрагментов полипептида, или полинуклеиновой кислоты, кодирующей один или более выбранных фрагментов полипептида.

6. Способ по п.4 или 5, где (а) этот способ дополнительно включает составление или получение полипептида, фармацевтической композиции или фармацевтического набора, содержащего один или более полипептидов в качестве активных ингредиентов для использования в способе индуцирования иммунного ответа у субъекта конкретной или заданной популяции людей, при этом полипептид (полипептиды) или полипептиды активного ингредиента содержит по меньшей мере два фрагмента полипептида, необязательно между 2 и 15 фрагментами полипептида, выбранных в соответствии со способом по п.4 или 5;

(б) два или более, или каждый из фрагментов расположены в полипептиде конец в конец; возможно где этот способ дополнительно включает скрининг всех эпитопов, образованных на стыке между какимилибо двумя из выбранных фрагментов полипептидов, расположенных конец в конец в одном полипептиде, для элиминирования полипептидов, содержащих аминокислотную последовательность неоэпитопа, которая (i) соответствует фрагменту полипептида человека, экспрессируемому в здоровых клетках;

(ii) представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться, у большего, чем пороговый, процента субъектов-людей с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I, экспрессируемыми отдельными субъектами; или (iii) соответствует требованиям как (i), так и (ii); и(или) (в) один или более полипептидов были подвергнуты скринингу для элиминирования полипептидов, содержащих аминокислотную последовательность, которая (i) соответствует фрагменту полипептида человека, экспрессируемому в здоровых клетках, или (ii) соответствует фрагменту полипептида человека, экспрессируемому в здоровых клетках, и представляет собой Т-лимфоцитарный эпитоп, способный связываться с по меньшей мере тремя молекулами HLA класса I субъекта.

7. Способ по п.6, в котором два, или более, или каждый из фрагментов происходят от разных полипептидных антигенов-мишеней, выбранных из антигенов, приведенных в табл. 2-5, и/или разных ассоциированных с раком антигенов, необязательно, причем один, или более, или каждый из ассоциированных с раком антигенов представляют собой СТА.

8. Способ лечения или предотвращения рака или бактериальной, вирусной или грибковой инфекции у субъекта конкретной или заданной популяции людей, включающий составление или получение фармацевтической композиции или фармацевтического набора для применения в указанной конкретной или заданной популяции людей, в соответствии со способом по п.7, и введение указанной фармацевтической композиции или полипептидов активного ингредиента из фармацевтического набора указанному субъекту.