BR112019018313A2 - vacinas peptídicas - Google Patents

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Lisziewicz Julianna
Toth József
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Molnár Levente
Megyesi Mónika
Lorincz Orsolya
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Abstract

a divulgação refere-se a polipeptídeos e composições farmacêuticas compreendendo polipeptídeos que encontram uso na prevenção ou tratamento de câncer, em particular câncer de mama, câncer de ovário e câncer colorretal. a divulgação também se refere a métodos para induzir uma resposta de células t citotóxicas em um indivíduo ou tratar de câncer administrando-se composições farmacêuticas compreendendo os peptídeos, e métodos de diagnóstico complementares para identificar indivíduos para tratamento. os peptídeos compreendem epítopos de células t que são imunogênicos em uma alta porcentagem de pacientes.

Description

VACINAS
PEPTÍDICAS
Campo
[001]A divulgação refere-se a polipeptideos e vacinas que encontram uso na prevenção ou tratamento de câncer, em
particular a maioria dos cânceres de mama, cânceres de ovário
e cânceres colorretais.
Antecedentes
[002]0 câncer mata milhões de pessoas em todo o mundo,
pois os medicamentos existentes não permitem uma prevenção ou tratamento efetivos. As imunoterapias atuais de inibidores de ponto de verificação que reativam as respostas imunológicas existentes podem proporcionar benefícios clínicos para uma fração dos pacientes com câncer. As atuais vacinas contra câncer que induzem novas respostas imunes são pouco imunogênicas e não beneficiam a maioria dos pacientes.
[003]Análises recentes de 63.220 tumores únicos revelaram que as vacinas contra câncer precisam ser geradas especificamente para cada paciente, devido à extensa heterogeneidade genômica tumoral interindivíduos (Hartmaier et al. Genome Medicine 2017 9:16). Usando-se tecnologias de última geração, atualmente não é viável dimensionar vacinas contra câncer específicas para HLA para grandes populações.
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2/215
Sumário
[004]Nas células apresentadoras de antigenos APC (do inglês antigen-presenting cells), os antigenos proteicos são processados na forma de peptideos. Estes peptideos ligam-se às moléculas de antígeno leucocitário humano HLAs (do inglês human leukocyte antigen) e são apresentados na superfície celular como complexos peptídeo-HLA às células T. Diferentes indivíduos expressam diferentes moléculas de HLA e diferentes moléculas de HLA apresentam peptideos diferentes. Portanto, de acordo com o estado da técnica, um peptídeo, ou um fragmento de um polipeptídeo maior, é identificado como sendo imunogênico para um indivíduo humano específico se for apresentado por uma molécula de HLA que é expressa pelo indivíduo. Em outras palavras, o estado da técnica descreve peptideos imunogênicos como sendo epítopos restritos a HLA. No entanto, os epítopos restritos a HLA induzem respostas de células T em apenas uma fração dos indivíduos que expressam a molécula de HLA. Peptideos que ativam uma resposta de células T em um indivíduo são inativos em outros, apesar da correspondência de alelos de HLA. Portanto, não se sabia como as moléculas de HLA de um indivíduo apresentavam os epítopos derivados de antigenos que ativam positivamente respostas de células T.
[005]Conforme aqui proporcionado, múltiplos HLA expressos
Petição 870190111548, de 01/11/2019, pág. 8/249
3/215 por um indivíduo precisam apresentar o mesmo peptídeo para desencadear uma resposta de células T. Os fragmentos de um antígeno polipeptídico que são imunogênicos para um indivíduo específico são aqueles que podem se ligar a múltiplos HLAs de classe I (ativam células T citotóxicas) ou da classe II (ativam células T auxiliares) expressos por esse indivíduo. Por exemplo, os inventores descobriram que a presença de um epítopo de células T que se liga a pelo menos três HLA do tipo I de um indivíduo prediz uma resposta imune no indivíduo a um polipeptídeo.
[006]Com base nesta descoberta, os inventores identificaram os epítopos de células T a partir de antígenos polipeptídicos associados a certos cânceres de mama, ovário e/ou colorretal (antígenos de câncer/testículo (CTA)) que têm a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA de classe I em uma grande proporção de indivíduos. Esses epítopos de células T, ou fragmentos dos antígenos que compreendem os epítopos de células T, são úteis para induzir respostas imunes específicas contra células tumorais que expressam estes antígenos e para tratar ou prevenir o câncer.
[007]Em um primeiro aspecto, a divulgação proporciona um polipeptídeo que compreende um fragmento de até 50 aminoácidos consecutivos de
Petição 870190111548, de 01/11/2019, pág. 9/249
4/215 (a) um antígeno associado a câncer colorretal selecionado dentre TSP50, EpCAM, SPAG9, CAGEI, FBXO39, SURVIVINA, LEMD1, MAGE-A8, MAGE-A6 e MAGE-A3, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 21 a 40 e 234 a 250;
(b) um antígeno associado a câncer de ovário, selecionado dentre PIWIL-4, WT1, EpCAM, BORIS, AKAP-4, OY-TES-1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, SPAG9, PRAME, HIWI, SURVIVINA, e AKAP-3, em que o fragmento compreende a sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 272 a 301; e/ou (c) um antígeno associado a câncer de mama selecionado dentre PIWIL-2, AKAP-4, EpCAM, BORIS, HIWI, SPAG9, PLU-1, TSGA10, ODF-4, SP17, RHOXF-2, PRAME, NY-SAR-35, MAGE-A9, NYBR-1, SURVIVINA, MAGE-A11, HOM-TES-85 e NY-ESO-1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194 .
[008]Em alguns casos específicos, a divulgação proporciona um polipeptídeo que (a) é um fragmento de um antígeno associado a câncer colorretal selecionado dentre TSP50, EpCAM, SPAG9, CAGEI, FBXO39, SURVIVINA, MAGE-A8, MAGE-A6, MAGE-A3 e LEMD1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada
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5/215 a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 21 a 40 e 234 a 250; ou (b) compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antigenos associados a câncer colorretal selecionados dentre TSP50, EpCAM, SPAG9, CAGEI, FBXO39, SURVIVINA, MAGE-A8, MAGE-A6, MAGE-A3 e LEMD1, em que cada fragmento compreende um sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 21 a 40 e 234 a 250, em que, opcionalmente, os fragmentos se sobrepõem ou estão dispostos de extremidade a extremidade no polipeptideo; ou (c) é um fragmento de um antígeno associado a câncer de ovário selecionado dentre PIWIL-4, WT1, EpCAM, BORIS, AKAP-4, OY-TES-1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, SPAG9, PRAME, HIWI, SURVIVINA e AKAP-3, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 272 a 301; ou (d) compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a câncer de ovário selecionados dentre PIWIL-4, WT1, EpCAM, BORIS, AKAP-4, OY-TES-1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, SPAG9, PRAME, HIWI, SURVIVINA e AKAP-3, em que cada fragmento compreende um sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs:
Petição 870190111548, de 01/11/2019, pág. 11/249
6/215
272 a 301, em que, opcionalmente, os fragmentos se sobrepõem
ou estão dispostos de extremidade a extremidade no
polipeptideo; ou (e) é um fragmento de um antígeno associado a câncer de mama selecionado dentre SPAG9, AKAP-4, BORIS, NY-SAR-35, NYBR-1, SURVIVINA, MAGE-A11, PRAME, MAGE-A9, HOM-TES-85, PIWIL-
2, EpCAM, HIWI, PLU-1, TSGA10, ODF-4, SP17, RHOXF-2, em que o
fragmento compreende a sequência de aminoácidos a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194; ou (f) compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antigenos associados a câncer de mama selecionados
dentre SPAG9, AKAP-4, BORIS, NY-SAR-35, NY-BR-1, SURVIVINA,
MAGE-A11, PRAME, MAGE-A9, HOM-TES-8, PIWIL-2, EpCAM, HIWI, PLU1, TSGA10, ODF-4, SP17, RHOXF-2, em que cada fragmento compreende um sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194; em que, opcionalmente, os fragmentos se sobrepõem ou estão dispostos de extremidade a extremidade no polipeptideo.
[009]Em alguns casos específicos, o polipeptideo
compreende ou consiste em fragmentos de
(a) TSP50, EpCAM, SPAG9, CAGEI, FBXO39, SURVIVINA, MAGE-
A8, MAGE-A6, MAGE-A3 e LEMD1;
(b) PIWIL-4, WT1, EpCAM, BORIS, AKAP-4, OY-TES-1, SP17,
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PIWIL-2, PIWIL-3, SPAG9, PRAME, HIWI, SURVIVINA e AKAP-3; e/ou (c) SPAG9, AKAP-4, BORIS, NY-SAR-35, NY-BR-1, SURVIVINA, MAGE-A11, PRAME, MAGE-A9, HOM-TES-8, PIWIL-2, EpCAM, HIWI, PLU1, TSGA10, ODF-4, SP17, RHOXF-2;
[0010] Em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir das SEQ ID NOs: 21 a 40 e 234 a 250; SEQ ID NOs: 272 a 301; e/ou SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194.
[0011] Em alguns casos, o polipeptideo compreende ou consiste em uma ou mais sequências de aminoácidos selecionadas a partir de SEQ ID NOs: 41-80, 251 a 271, 302 a 331 e 196 a 233 .
[0012] Em alguns casos, o polipeptideo compreende ou consiste em uma ou mais sequências de aminoácidos selecionadas a partir de SEQ ID NOs: 41-80, 195-233, 251-271 e 302-331 ou selecionados das SEQ ID NOs: 81-142, 332-346, e 435-449.
[0013] Em um aspecto adicional, a divulgação proporciona um painel de dois ou mais polipeptideos, como descrito acima, em que cada peptideo compreende ou consiste em uma sequência de aminoácidos diferente selecionada das SEQ ID NOs: 21 a 40 e 234 a 250; o selecionada a partir das SEQ ID NOs: 272 a 301; ou selecionada a partir das SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194; ou selecionada a partir das SEQ ID NOs: 1
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8/215 a 40, 234 a 250, 272 a 301 e 172 a 194. Em alguns casos, ο painel de polipeptideos compreende ou consiste em um ou mais peptideos compreendendo ou consistindo nas sequências de
aminoácidos das SEQ ID NOs: 130, 121, 131, 124, 134 , 126 e/ou
SEQ ID NOs: 435-449.
[0014] Em um aspecto adicional, a divulgação
proporciona uma composição ou kit farmacêutico tendo um ou mais
polipeptideos ou painéis de peptideos, como descrito acima como ingredientes ativos, ou tendo um polipeptideo compreendendo pelo menos duas sequências de aminoácidos selecionadas a partir das SEQ ID NOs: 21 a 40 e 234 a 250; SEQ ID NOs: 272 a 301; e/ou SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194 como ingrediente ativo; ou selecionada a partir das SEQ ID NOs: 130, 121, 131, 124, 134, 126 e/ou 435-449 como ingrediente ativo.
[0015] Em um aspecto adicional, a divulgação proporciona um método para induzir respostas imunes (por exemplo, vacinação, fornecimento de imunoterapia ou indução de uma resposta de células T citotóxicas em um indivíduo), compreendendo o método administrar ao indivíduo uma composição farmacêutica, kit ou painel de polipeptideos como descrito acima. O método pode ser um método de tratamento de câncer, tal como câncer de mama, câncer de ovário ou câncer colorretal.
[0016] Em aspectos adicionais, a divulgação
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9/215 proporciona a composição farmacêutica, kit ou painel de polipeptideos descritos acima para uso em um método para induzir respostas imunes ou para uso em um método de tratamento de câncer, opcionalmente câncer de mama, câncer de ovário ou câncer colorretal; e uso de um peptideo ou de um painel de peptideos como descrito acima na fabricação de um medicamento para induzir respostas imunes ou para tratar câncer, opcionalmente câncer de mama, câncer de ovário ou câncer colorretal.
[0017] Em um aspecto adicional, a divulgação proporciona um método para identificar um indivíduo humano que provavelmente terá uma resposta de células T citotóxicas à administração de uma composição farmacêutica como descrito acima, compreendendo o método (i) determinar que o(s) polipeptídeo(s) do(s) ingrediente (s) ativo(s) da composição farmacêutica compreendem uma sequência que é um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo; e (ii) identificar que o indivíduo provavelmente tenha uma resposta de células T citotóxicas à administração da composição farmacêutica.
[0018] Em um aspecto adicional, a divulgação
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10/215 proporciona um método para identificar um individuo que provavelmente terá uma resposta clinica a um método de tratamento como descrito acima, compreendendo o método (i) determinar que o(s) polipeptideo (s) do(s) ingrediente (s) ativo(s) compreende(m) duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é
a. um epitopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de HLA de classe I do individuo; e
b. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso por células cancerígenas do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo como tendo probabilidade de ter uma resposta clínica ao método de tratamento.
[0019] Em um aspecto adicional, a divulgação proporciona um método para determinar a probabilidade de que um indivíduo humano específico terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com a reivindicação 10, em que um ou mais dos seguintes fatores correspondem a uma maior probabilidade de uma resposta clínica:
(a) presença no(s) polipeptideo (s) do(s) ingrediente (s) ativo (s) de um maior número de sequências de aminoácidos e/ou sequências de aminoácidos diferentes que são, cada uma, um epitopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo
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11/215 menos três HLA de classe I do indivíduo;
(b) um maior número de antigenos polipeptidicos-alvo, compreendendo pelo menos uma sequência de aminoácidos que tanto
A. esteja compreendida em um polipeptideo do(s) ingrediente(s) ativo(s); quanto
B. seja um epitopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do individuo;
em que, opcionalmente, os antigenos polipeptidicos-alvo são expressos no indivíduo, em que, opcionalmente, os antigenos polipeptidicos-alvo adicionalmente estão em uma ou mais amostras obtidas do indivíduo;
(c) uma maior probabilidade de que o indivíduo expresse antigenos polipeptidicos-alvo, opcionalmente um número limite dos antigenos polipeptídicos alvo e/ou opcionalmente antigenos polipeptidicos-alvo que se determinou que compreendam pelo menos uma sequência de aminoácidos que tanto
A. esteja compreendida em um polipeptideo do(s) ingrediente(s) ativo(s); quanto
B. seja um epitopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo;
e/ou (d) um maior número de antigenos polipeptidicos-alvo que se prediga que o indivíduo expresse, opcionalmente, um maior
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12/215 número de antigenos polipeptidicos-alvo que o indivíduo expresse com uma probabilidade limite, e/ou opcionalmente os antigenos polipeptidicos-alvo que se determinou que compreendem pelo menos uma sequência de aminoácidos que tanto
A. esteja compreendida em um polipeptídeo do(s) ingrediente(s) ativo(s); quanto
B. seja um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo.
[0020] Em alguns casos, os antigenos associados a câncer podem ser TSP50, EpCAM, SPAG9, CAGEI, FBXO39, SURVIVINA, LEMD1, MAGE-A8, MAGE-A6, MAGE-A3, PIWIL-4, WT1, BORIS, AKAP-4, OY-TES-1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, PRAME, HIWI, PLU-1, TSGA10, ODF-4, RHOXF-2, NY-SAR-35, MAGE-A9, NY-BR-1, MAGE-A11, HOMTES-85, NY-ESO-1 e AKAP-3. Em alguns casos, os métodos acima compreendem a etapa de se determinar que um ou mais antigenos associados a câncer sejam expressos pelas células cancerígenas do indivíduo. O(s) antígeno (s) associado(s) a câncer pode(m) estar presente (s) em uma ou mais amostras obtidas do indivíduo.
[0021] Em alguns casos, a administração da composição farmacêutica ou dos polipeptídeos do(s) ingrediente (s) ativo (s) do kit pode então ser selecionada como um método de tratamento para o indivíduo. O indivíduo pode adicionalmente ser tratado pela administração da composição farmacêutica ou
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13/215 dos polipeptideos do(s) ingrediente (s) ativo(s).
[0022]
Em um aspecto adicional, a divulgação proporciona um método de tratamento como descrito acima, em que se tenha identificado que o individuo provavelmente tenha uma resposta clínica ou esteja acima de uma probabilidade mínima limite para ter uma resposta clínica ao tratamento pelo método descrito acima.
[0023]
Em um aspecto adicional, a divulgação proporciona um método para identificar um indivíduo humano que provavelmente não terá uma resposta clínica a um método de tratamento como descrito acima, compreendendo o método polipeptídeo(s) ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica não compreendem duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo como tendo probabilidade de não ter uma resposta clínica ao método de tratamento.
[0024] Os métodos descritos acima podem compreender a etapa de se determinar o genótipo de HLA de classe I do indivíduo.
[0025] A divulgação será agora descrita em mais
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14/215 detalhes, a titulo de exemplo e não como limitação, e por referência aos desenhos em anexo. Muitas modificações e variações equivalentes ficarão aparentes para os especialistas na técnica quando lhes for dada esta divulgação. Consequentemente, os exemplos de modalidades da divulgação estabelecidos são considerados ilustrativos e não limitantes. Várias mudanças nas modalidades descritas podem ser feitas sem se afastar do escopo da divulgação. Todos os documentos aqui citados, supra ou infra, são expressamente incorporados por referência na sua totalidade.
[0026] A presente divulgação inclui a combinação dos aspectos e características preferidos descritos, exceto quando tal combinação for claramente inadmissível ou quando se declarar que devam ser expressamente evitados. Como usadas neste relatório descritivo e nas reivindicações anexas, as formas singulares um, uma, o e a também incluem referentes plurais, a menos que o conteúdo dite claramente o contrário. Assim, por exemplo, referência a um peptídeo inclui dois ou mais de tais peptídeos.
[0027] Os títulos das seções são usados aqui apenas por conveniência e não devem ser interpretados como limitativos de forma alguma.
Descrição das Figuras
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Fig. 1
[0028] Curva ROC de biomarcadores PEPI restritos a HLA.
Fig. 2
[0029] Curva ROC de Teste PEPI3+ H para a determinação da acurácia diagnostica.
Fig. 3
[0030] Distribuição de PEPI3+ de HLA de classe I em comparação com as respostas de células T CD8+ medidas por um ensaio de última geração entre os pools (pequenos conjuntos) de peptideos usados nos ensaios de resposta de células T CD8+. A: PEPI3+s restritos a HLA de classe I. O Percentual Geral de Concordância (OPA do inglês Overall Percent of Agreement) de 90% entre as respostas de células T e peptideos PEPI3+ demonstra a utilidade dos peptideos inventados na predição do conjunto de respostas de células T induzidas por vacina dos indivíduos. B: Epítopos restritos a HLA de classe I (PEPI1 + ) . A OPA entre os epítopos preditos e as respostas das células T CD8+ foi de 28% (não estatisticamente significante). No cinza mais escuro: Verdadeiro Positivo (VP), foram detectadas respostas tanto de peptideos quanto de células T; Em cinza claro: Falso Negativo (FN), foram detectadas apenas respostas de células T; No cinza mais claro: Falso Positivo (FP), foram detectados apenas peptideos; Em cinza escuro: Verdadeiro
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Negativo (VN): não foram detectadas respostas nem de peptideos nem de células T.
Fig. 4
[0031] Distribuição de PEPIs de HLA de classe II em comparação com as respostas de células T CD4+ medidas por um ensaio de última geração entre os pools de peptideos usados nos ensaios. A: PEPI4+S restritos a HLA de classe II. OPA de 67% entre as respostas de PEPI4+ e de células T CD4+ (p=0, 002) . B: Os epítopos restritos a HLA de classe II. A OPA entre os epítopos restritos a HLA de classe II e as respostas de células T CD4+ foi de 66% (não significante estatisticamente) . No cinza mais escuro: Verdadeiro Positivo (VP), foram detectadas respostas tanto de peptideos quanto de células T; Em cinza claro: Falso Negativo (FN), foram detectadas apenas respostas de células T; No cinza mais claro: Falso Positivo (FP), foram detectados apenas peptideos; Em cinza escuro: Verdadeiro Negativo (VN): não foram detectadas respostas nem de peptideos nem de células T.
Fig. 5
[0032] Múltiplos peptideos de ligação a HLA que definem o conjunto de respostas de células T específicas para a vacina de HPV-16 LPV de 18 pacientes com NIV-3 e 5 com câncer cervical. Contagens de PEPI3 restritos a HLA de classe I (A e B) e
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17/215 contagens de PEPI3 restritos a HLA de classe II (C e D) derivados a partir de antigenos LPV de cada paciente. Em cinza claro: respondedores imunes medidos após a vacinação no ensaio clinico; Em cinza escuro: Não respondedores imunes medidos após a vacinação no ensaio clinico. Os resultados mostram que peptideos de ligação a HLA de classe I =3 predizem reatividade das células T CD8+ e que peptideos de ligação a HLA classe II ^4 predizem reatividade das células T CD4+.
Fig. 6
[0033] Os peptideos que se ligam a múltiplos HLA de classe I que definem o conjunto de respostas de células T especificas para a vacina de HPV de 2 pacientes. A: Quatro antigenos de HPV na vacina de HPV. Os retângulos representam o comprimento das sequências de aminoácidos desde o N-terminal até o C-terminal. B: Processo para identificar os peptideos que se ligam a múltiplos HLA de classe I de duas pacientes: sequências de HLA das pacientes marcadas como genótipo de HLA de 4 dígitos diretamente a partir da ID da paciente. A localização do Io aminoácido dos epítopos 54 e 91 que podem se ligar a HLAs (PEPI1 + ) da paciente 12-11 e da paciente 14-5, respectivamente, são representadas com linhas. PEPI2 representa os peptideos selecionados a partir de PEPIl+s que podem se ligar a múltiplos HLAs de um paciente (PEPI2 + ) . PEPI3
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18/215 representa peptideos que podem se ligar a =3 HLAs de um paciente (PEPI3+). PEPI4 representa peptideos que podem se ligar a =4 HLAs de um paciente (PEPI4 + ) . PEPI5 representa peptideos que podem se ligar a =5 HLAs de um paciente (PEPI5 + ) . PEPI6 representa peptideos que podem se ligar a 6 HLAs de um paciente (PEPI6). C: 0 conjunto de PEPI3+ especifico da vacina de DNA de duas pacientes caracteriza suas respostas de células T específicas da vacina.
Fig. 7
[0034] Correlação entre o Escore de PEPI3+ ^1 e taxas de resposta de CTL de alvos peptídicos determinadas em ensaios clínicos.
Fig. 8
[0035] Correlação entre o Escore de PEPI3+ e a Taxa de Resposta Imune (TRI) clínica de vacinas de imunoterapia. Linhas tracejadas: faixa de confiança de 95%.
Fig. 9
[0036] Correlação entre o Escore de PEPI3+ ^2 e a Taxa de Controle da Doença (TCD) de vacinas de imunoterapia. Linhas tracejadas: faixa de confiança de 95%.
Fig. 10
[0037] Exemplo de análise hotspot de peptideos:
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Hotspot de antígeno PRAME em 433 pacientes da População Modelo. No eixo y, estão os 433 pacientes da População Modelo; no eixo x, está a sequência de aminoácidos do antígeno PRAME (CTA) . Cada ponto de dado representa um PEPI apresentado por HLA de classe I =3 de um paciente, começando na posição de aminoácido especificada. Os dois PEPIs mais frequentes (denominados bestEPIs) do antígeno PRAME estão destacados em cinza escuro (hotspots de peptídeos= Hotspots de PEPI).
Fig. 11
[0038] Curva de expressão de CTA calculada analisandose dados de frequência de expressão de antígenos específicos de tumores (CTAs) em tecidos de câncer de mama humanos. (Não foram incluídos quaisquer dados de linhagens celulares.)
Fig. 12
[0039] Distribuição da expressão de antígenos para câncer de mama com base no cálculo de respostas a multiantígenos a partir de frequências de expressão dos 10 CTAs diferentes selecionados. A: distribuição não cumulativa para calcular o valor esperado para o número de antígenos expressos (AG50). Este valor mostra que provavelmente 6,14 antígenos da vacina serão expressos por células de tumores de mama. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de antígenos expressos (curva de expressão de CTA) . Isto mostra que, no
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20/215 mínimo, 4 antigenos da vacina serão expressos com 95% de probabilidade nas células de câncer de mama (AG95).
Fig. 13
[0040] PEPI representando antigenos: distribuição de antigenos de CTA específicos da vacina contra câncer de mama com PEPI bl, denominada AP) na População Modelo (n=433) para vacina contra câncer de mama. A: distribuição não cumulativa de AP onde o número médio de AP é: AP50=5,30, o que significa que, em média, quase 6 CTAs terão PEPIs na População Modelo. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de APs na População Modelo (n=433). Isto mostra que pelo menos um antígeno da vacina terá PEPIs em 95% da População Modelo (n=433) (AP95=1).
Fig. 14
[0041] PEPI representou a distribuição de antigenos expressos (antigenos CTA específicos da vacina contra câncer de mama expressos pelo tumor, para os quais se prediz PEPI bl, denominada AGP) na população modelo (n=433) calculada com as taxas de expressão de CTA para câncer de mama. A: distribuição não cumulativa de AGP onde o valor esperado para CTA expressos em números representados por PEPI é AGP50=3,37. AGP50 é uma medida da efetividade da vacina contra câncer de mama divulgada em atacar o tumor de mama em uma população de pacientes não
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21/215 selecionados. AGP50=3,37 significa que pelo menos 3 CTAs da vacina provavelmente serão expressos pelas células do tumor de mama e apresentarão PEPIs na População Modelo. B: a curva de distribuição cumulativa do número mínimo de AGPs na População Modelo (n=433) mostra que pelo menos 1 dos CTAs da vacina apresentará PEPIs em 92% da população e os 8% restantes da população provavelmente não terão nenhum AGP (AGP95=0, AGP92=1).
Fig. 15
[0042] Curva de expressão de CTA calculada analisandose dados de frequência de expressão de antígenos específicos de tumores (CTAs) em tecidos de câncer colorretal humano. (Não foram incluídos quaisquer dados de linhagens celulares.)
Fig. 16
[0043] Distribuição da expressão de antígenos para câncer colorretal com base no cálculo de respostas a multiantígenos a partir de frequências de expressão dos 7 CTAs diferentes selecionados. A: distribuição não cumulativa para calcular o valor esperado para o número de antígenos da vacina expressos em cânceres colorretais (AG50). Este valor mostra que provavelmente 4,96 antígenos da vacina serão expressos por células de tumores colorretais. B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de antígenos expressos (curva de
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22/215 expressão de CTA). Isto mostra que no mínimo 3 antigenos serão expressos com 95% de probabilidade na célula de câncer colorretal (AG95).
Fig. 17
[0044] PEPI representou a distribuição de antigenos (antigenos CTA-especificos para a vacina contra câncer colorretal para os quais se prediz PEPI H. Denominada AP) na população modelo (n=433) para câncer colorretal. A: distribuição não cumulativa de AP onde o número médio de AP é: AP50=4,73, significando que, em média, 5 CTAs serão representados por PEPIs na população modelo B: curva de distribuição cumulativa do número mínimo de APs na população modelo (n=433) . Isto mostra que 2 ou mais antigenos serão representados por PEPIs em 95% da população modelo (n=433) (AP95=2).
Fig. 18
[0045] PEPI representou a distribuição de antigenos expressos (antigenos CTA-especificos para a vacina contra câncer colorretal expressos pelo tumor, para os quais se prediz PEPI H. Denominada AGP) na população modelo (n=433) calculada com taxas de expressão de CTA para câncer colorretal. A: distribuição não cumulativa de AGP onde o valor esperado para CTAs expressos em números representados por PEPI é
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AGP50=2,54. AGP50 é uma medida da efetividade da vacina divulgada contra câncer colorretal em atacar tumores colorretais em uma população de pacientes não selecionados. AGP50=2,54 significa que pelo menos 2-3 CTAs da vacina provavelmente serão expressos pelas células de tumores colorretais e apresentarão PEPIs na População Modelo. B: a curva de distribuição cumulativa do número mínimo de AGPs na População Modelo (n=433) mostra que pelo menos 1 dos CTAs da
vacina será expresso e também apresentará PEPIs em 93% da
população (AGP93=1).
Fig. 19
[0046] Esquema mostrando exemplos de posições de
aminoácidos em epítopos que se ligam a HLA de classe I e a HLA
de classe II em um peptídeo 30-mérico.
Fig. 20
[0047] Antigenicidade da vacina PoliPEPI1018 CRC em uma população geral. A antigenicidade de PoliPEPI1018 em um indivíduo é determinada pela contagem de AP, que indica o número de antígenos da vacina que induzem respostas de células T em um indivíduo. A contagem de AP de PoliPEPI1018 foi determinada em cada um dos 433 indivíduos na População Modelo usando-se o Teste PEPI, e a contagem de AP50 foi, então, calculada para o População Modelo. Ο AP50 de PoliPEPI1018 na
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População Modelo é de 4,73. 0 número médio de antigenos imunogênicos (isto é, antigenos com PEPI bl) em PoliPEPI1018 em uma população geral é de 4,73. Abreviações: AP = antigenos com PEPI bl. Painel da Esquerda: Curva de distribuição cumulativa. Painel da Direita: Curva de distribuição distinta.
Fig. 21
[0048] Efetividade da vacina P0ÜPEPIIOI8 CRC em uma população geral. As células T induzidas por vacina podem reconhecer e matar células tumorais se um PEPI na vacina for apresentado pela célula tumoral. O número de AGPs (antigenos
expressos com PEPI ) é um indicador da efetividade da vacina em
um indivíduo e depende tanto da potência e quanto da
antigenicidade de P0ÜPEPIIOI8 . 0 número médio de CTAs
imunogênicos (isto é, AP [antigenos expressos com PEPI bl]) em P0ÜPEPIIOI8 é de 2,54 na População Modelo. A probabilidade de P0ÜPEPIIOI8 induzir respostas de células T contra múltiplos antigenos em um indivíduo (isto é, mAGP) na População Modelo é de 77%.
Fig. 22
[0049] Probabilidade de expressão de antigenos da vacina nas células tumorais da paciente XYZ. Há uma probabilidade maior que 95% de que 5 dos 12 antígenos-alvo no regime de vacina sejam expressos no tumor da paciente.
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Consequentemente, as 12 vacinas de peptídeos, em conjunto, podem induzir respostas imunes contra pelo menos 5 antígenos de câncer de ovário com 95% de probabilidade (AGP95). Há 84% de probabilidade de que cada peptideo induzirá respostas imunes na paciente XYZ. AGP50 é a média (valor esperado)= 7,9 (é uma medida da efetividade da vacina em atacar o tumor da paciente XYZ) .
Fig. 23
[0050] Achados de imageamento por ressonância magnética da paciente XYZ tratada com vacina personalizada (PIT) . Nesta fase tardia, a paciente com câncer de ovário consideravelmente pré-tratada teve uma resposta objetiva inesperada após o tratamento com a vacina PIT. Estes achados de imageamento por ressonância magnética sugerem que a vacina PIT em combinação com quimioterapia reduziu significativamente sua carga tumoral. A paciente agora continua com o tratamento de vacina PIT.
Fig. 24
[0051] Probabilidade de expressão de antígenos da vacina nas células tumorais da paciente ABC. Há uma probabilidade maior que 95% de que 4 dos 13 antígenos-alvo na vacina sejam expressos no tumor da paciente. Consequentemente, as 12 vacinas de peptídeos, em conjunto, podem induzir
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26/215 respostas imunes contra, pelo menos, 4 antigenos de câncer de mama com 95% de probabilidade (AGP95). Há 84% de probabilidade de que cada peptideo induzirá respostas imunes na paciente ABC. AGP50 é a média (valor esperado) da distribuição de probabilidade discreta = 6,45 (é uma medida da efetividade da vacina em atacar o tumor da paciente ABC).
Descrição das Sequências
[0052] As SEQ ID NOs: 1 a 20 apresentam epitopos de células T 9-méricos descritos na Tabela 17.
[0053] As SEQ ID NOs: 21 a 40 apresentam epitopos de células T 9-méricos descritos na Tabela 20.
[0054] As SEQ ID NOs: 41 a 60 apresentam epitopos de células T 15-méricos descritos na Tabela 17.
[0055] As SEQ ID NOs: 61 a 80 apresentam epitopos de células T 15-méricos descritos na Tabela 20.
[0056] As SEQ ID NOs: 81 a 111 apresentam peptideos de vacina contra câncer de mama descritos na Tabela 18a.
[0057] As SEQ ID NOs 112 a 142 eapresentam peptideos de vacina contra câncer colorretal descritos na tabela 21a.
[0058] As SEQ ID NOs 143 a 158 apresentam antigenos associados a câncer de mama, câncer colorretal e/ou câncer de ovário.
[0059] As SEQ ID NOs 159 a 171 apresentam as sequências
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27/215 peptídicas adicionais descritas na Tabela 10.
[0060] As SEQ ID NOs 172 a 194 apresentam epítopos adicionais de células T 9-méricos descritos na Tabela 17.
[0061] As SEQ ID NOs 195 a 233 apresentam epítopos adicionais de células T 15-méricos descritos na Tabela 17.
[0062] As SEQ ID NOs 234 a 250 apresentam epítopos adicionais de células T 9-méricos descritos na Tabela 20.
[0063] As SEQ ID NOs 251 a 271 apresentam epítopos adicionais de células T 15-méricos descritos na Tabela 20.
[0064] As SEQ ID NOs: 272 a 301 apresentam epítopos de células T 9-méricos descritos na Tabela 23.
[0065] As SEQ ID NOs: 302 a 331 apresentam epítopos de células T 15-méricos descritos na Tabela 23.
[0066] As SEQ ID NOs: 332 a 346 apresentam peptideos da vacina contra câncer de ovário apresentados na Tabela 24.
[0067] As SEQ ID NOs: 347 a 361 apresentam antígenos adicionais associados a câncer de mama, câncer colorretal e/ou a câncer de ovário.
[0068] As SEQ ID NOs: 362 a 374 apresentam peptideos de vacina personalizados desenhados para a paciente XYZ descritos na Tabela 38.
[0069] As SEQ ID NOs: 375 a 386 apresentam peptideos de vacina personalizados desenhados para a paciente ABC
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28/215 descritos na Tabela 41.
[0070] As SEQ ID NOs 387 a 434 apresentam epitopos adicionais de células T 9-méricos descritos na tabela 32.
[0071] As SEQ ID NOs: 435 a 449 apresentam peptideos adicionais de vacina contra câncer de mama descritos na Tabela 18a.
Descrição Detalhada
Genótipos de HLA
[0072] Os HLAs são codificados pelos genes mais polimórficos do genoma humano. Cada pessoa tem um alelo materno e um paterno para as três moléculas de HLA de classe I (HLAA*, HLA-B*, HLA-C*) e quatro moléculas de HLA de classe II (HLA-DP*, HLA-DQ*, HLA-DRB1*, HLA-DRB3*/4 */5*) . Praticamente, cada pessoa expressa uma combinação diferente de 6 moléculas de HLA de classe I e 8 moléculas de HLA de classe II que apresentam epitopos diferentes do mesmo antígeno proteico. A função das moléculas de HLA é regular as respostas de células T. No entanto, até o momento, não se sabia como os HLAs de uma pessoa regulavam a ativação das células T.
[0073] A nomenclatura usada para designar a sequência de aminoácidos da molécula de HLA é a seguinte: nome do gene*alelo:número da proteína, podendo, por exemplo, parecerse com: HLA-A*02:25. Neste exemplo, 02 refere-se ao alelo.
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Na maioria dos casos, os alelos são definidos por sorotipos o que significa que as proteínas de um determinado alelo não reagirão entre si em ensaios sorológicos. Os números de proteínas (25 no exemplo acima) são atribuídos consecutivamente à medida que a proteína é descoberta. Um novo número de proteína é atribuído a qualquer proteína com uma sequência de aminoácidos diferente (por exemplo, mesmo uma mudança de um aminoácido na sequência é considerada um número de proteína diferente). Informações adicionais sobre a sequência de ácidos nucleicos de um determinado locus podem ser anexadas à nomenclatura de HLAs, mas tais informações não são necessárias para os métodos aqui descritos.
[0074] O genótipo de HLA de classe I ou o genótipo de HLA de classe II de um indivíduo pode referir-se à sequência de aminoácidos real de cada HLA de classe I ou da classe II de um indivíduo, ou pode referir-se à nomenclatura que, como descrito acima, designa minimamente o alelo e o número de proteína de cada gene de HLA. Um genótipo de HLA pode ser determinado usando-se qualquer método adequado. Por exemplo, a sequência pode ser determinada através de sequenciamento dos loci de genes de HLA usando-se métodos e protocolos conhecidos na técnica. Alternativamente, o conjunto de HLA de um indivíduo pode ser armazenado em uma base de dados e acessado usando-se
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30/215 métodos conhecidos na técnica.
[0075] Alguns indivíduos podem ter dois alelos de HLA que codificam a mesma molécula de HLA (por exemplo, duas cópias para HLA-A*02:25 em caso de homozigose) . As moléculas de HLA codificadas por estes alelos ligam-se todas aos mesmos epítopos de células T. Para os propósitos desta divulgação que se liga(m) a pelo menos duas moléculas de HLA do indivíduo, como aqui usado, inclui a ligação às moléculas de HLA codificadas por dois alelos de HLA idênticos em um único indivíduo. Em outras palavras, que se ligam a pelo menos duas moléculas de HLA do indivíduo e semelhantes poderíam, de outra forma, ser expressos como que se ligam a moléculas de HLA codificadas por pelo menos dois alelos de HLA do indivíduo.
Polipeptídeos
[0076] A divulgação refere-se a polipeptídeos que são derivados de CTAs e que são imunogênicos para uma grande proporção da população humana.
[0077] Como aqui usado, o termo polipeptideo referese a uma proteína de comprimento total, uma porção de uma proteína, ou um peptídeo caracterizado como sendo um cordão (string) de aminoácidos. Como aqui usado, o termo peptídeo refere-se a um polipeptideo curto compreendendo entre 2, ou 3, ou 4, ou 5, ou 6, ou 7, ou 8, ou 9, ou 10, ou 11, ou 12, ou
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13, ou 14, ou 15 e 10, ou 11, ou 12, ou 13, ou 14, ou 15, ou
20, ou 25, ou 30, ou 35, ou 40, ou 45, ou 50 ou 55 ou 60 aminoácidos .
[0078]
Os termos fragmento ou fragmento de polipeptídeo, conforme aqui usados, referem-se a um cordão de aminoácidos ou a uma sequência de aminoácidos tipicamente com um comprimento reduzido em relação ao ou a um polipeptídeo de referência e compreendendo, ao longo da porção comum, uma sequência de aminoácidos idêntica à do polipeptídeo de referência. Tal fragmento de acordo com a divulgação pode ser, quando apropriado, incluído em um polipeptídeo maior do qual é um constituinte. Em alguns casos, o fragmento pode compreender todo o comprimento do polipeptídeo, por exemplo, quando todo o polipeptídeo, tal como um peptídeo de 9 aminoácidos, for um único epítopo de células T. Em alguns casos, os fragmentos aos quais aqui se refere podem ter entre 2, ou 3, ou 4, ou 5 ou 6 ou 7 ou 8 ou 9 e 20, ou 25, ou 30, ou 35, ou 40, ou 45, ou 50 aminoácidos.
[0079]
Como aqui usado, o termo epítopo ou epítopo de células T refere-se a uma sequência de aminoácidos contíguos contidos em um antígeno proteico que possui uma afinidade de ligação por (tem a capacidade de se ligar a) um ou mais HLAs. Um epítopo é específico para HLA e para antígeno
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32/215 (pares HLA-epitopo, preditos com métodos conhecidos), mas não é específico para um indivíduo. Um epitopo, um epitopo de células T, um polipeptideo, um fragmento de um polipeptideo ou uma composição compreendendo um polipeptideo ou um fragmento do mesmo é imunogênico para um indivíduo humano específico se tiver a capacidade de induzir uma resposta de células T (uma resposta de células T citotóxicas ou uma resposta de células T auxiliares) nesse indivíduo. Em alguns casos, a resposta de células T auxiliares é uma resposta de células T auxiliares do tipo Thl. Em alguns casos, um epitopo, um epitopo de células T, um polipeptideo, um fragmento de um polipeptideo ou uma composição compreendendo um polipeptideo ou um fragmento do mesmo é imunogênico para um indivíduo humano específico se for mais provável que induza uma resposta de células T ou uma resposta imune no indivíduo do que um epitopo diferente de células T (ou, em alguns casos, dois epítopos diferentes de células T cada) que tenha a capacidade de se ligar a apenas uma molécula de HLA do indivíduo.
[0080] Os termos resposta de células T e resposta imune são aqui usados de forma intercambiável e referem-se à ativação de células T e/ou à indução de uma ou mais funções efetoras após o reconhecimento de um ou mais pares de ligação HLA-epítopo. Em alguns casos, uma resposta imune inclui uma
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33/215 resposta de anticorpos, pois as moléculas de HLA de classe II estimulam respostas auxiliares que estão envolvidas na indução tanto de respostas de CTL de longa duração quanto de respostas de anticorpos. As funções efetoras incluem citotoxicidade, produção de citocinas e proliferação. De acordo com a presente divulgação, um epitopo, um epitopo de células T, ou um fragmento de um polipeptideo é imunogênico para um individuo especifico se tiver a capacidade de se ligar a pelo menos dois ou, em alguns casos, a pelo menos três, HLAs de classe I ou a pelo menos dois ou, em alguns casos, a pelo menos três ou a pelo menos quatro HLAs de classe II do individuo.
[0081] Para os propósitos desta divulgação, cunhamos o termo epitopo pessoal, ou PEPI, para distinguir epítopos específicos de indivíduos dos epítopos específicos para HLA. Um PEPI é um fragmento de um polipeptideo consistindo em uma sequência de aminoácidos contíguos do polipeptideo que é um epitopo de células T que tem a capacidade de se ligar a uma ou mais moléculas de HLA de classe I de um indivíduo humano específico. Em outros casos, um PEPI é um fragmento de um polipeptideo consistindo em uma sequência de aminoácidos contíguos do polipeptideo que é um epitopo de células T que tem capacidade de se ligar a uma ou mais moléculas de HLA de classe II de um indivíduo humano específico. Em outras
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34/215 palavras, um PEPI é um epitopo de células T que é reconhecido pelo conjunto de HLA de um indivíduo específico e, consequentemente, é específico para o indivíduo em adição ao HLA e ao antígeno. Em contraste com um epitopo, que é específico apenas para o HLA e para o antígeno, PEPIs são específicos para um indivíduo, pois indivíduos diferentes têm moléculas de HLA diferentes, cada uma das quais ligando-se a diferentes epítopos de células T. Esta especificidade dos PEPIs para indivíduos permite fazer vacinas personalizadas contra câncer.
[0082] PEPI1, como aqui usado, refere-se a um peptídeo, ou a um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a uma molécula de HLA de classe I (ou, em contextos específicos, a uma molécula de HLA de classe II) de um indivíduo. PEPI1+ refere-se a um peptídeo, ou a um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a uma ou mais moléculas de HLA de classe I de um indivíduo.
[0083] PEPI2 refere-se a um peptídeo, ou a um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a duas moléculas de HLA de classe I (ou II) de um indivíduo. PEPI2+ refere-se a um peptídeo, ou a um fragmento de um polipeptídeo, que pode se ligar a duas ou mais moléculas de HLA de classe I (ou II) de um indivíduo, isto é, a um fragmento identificado
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35/215 de acordo com um método da divulgação.
a um peptideo, ou a um que pode se ligar a três
II) de um indivíduo. PEPI3+ fragmento de um polipeptideo, moléculas de HLA de classe I a um peptideo, ou a um que pode se ligar a quatro
II) de um indivíduo. PEPI4+ fragmento de um polipeptideo, is moléculas de HLA de classe ; a um peptideo, ou a um que pode se ligar a cinco
II) de um indivíduo. PEPI5+ fragmento de um polipeptideo, moléculas de HLA de classe I ; a um peptideo, ou a um pode se ligar a todas as seis seis de HLA de classe II) de
[0084] PEPI3 refere-S( fragmento de um polipeptideo, moléculas de HLA de classe I (ou refere-se a um peptideo, ou a um que pode se ligar a três ou mais (ou II) de um individuo.
[0085] PEPI4 refere-S( fragmento de um polipeptideo, moléculas de HLA de classe I (ou refere-se a um peptideo, ou a um que pode se ligar a quatro ou ma I (ou II) de um individuo.
[0086] PEPI5 refere-S( fragmento de um polipeptideo, moléculas de HLA de classe I (ou refere-se a um peptideo, ou a um que pode se ligar a cinco ou mais (ou II) de um individuo.
[0087] PEPI6 refere-se fragmento de um polipeptideo, que moléculas de HLA de classe I (ou um indivíduo.
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[0088] De um modo geral, os epitopos apresentados pelas moléculas de HLA de classe I têm um comprimento de cerca de nove aminoácidos e os epitopos apresentados pelas moléculas de HLA de classe II têm cerca de quinze aminoácidos de comprimento. Para os propósitos desta divulgação, no entanto, um epítopo pode ter mais ou menos do que nove (para HLA de classe I) ou mais ou menos do que quinze (para HLA de classe II) aminoácidos de comprimento, contanto que o epítopo tenha a capacidade de se ligar a HLA. Por exemplo, um epítopo que tem a capacidade de se ligar a HLA de classe I pode ter entre 7, ou 8 ou 9 e 9 ou 10 ou 11 aminoácidos de comprimento. Um epítopo
que tem a capacidade de se ligar a um HLA de classe II pode
ter entre 13, ou 14 ou 15 e 15 ou 16 ou 17 aminoácidos de
comprimento.
[0089] Um dado HLA de um indivíduo apenas apresentará
às células T um número limitado de peptídeos diferentes
produzidos pelo processamento de antigenos proteicos em uma APC. Como aqui usados, exibir ou apresentar, quando usados em relação a HLA, fazem referência à ligação entre um peptídeo (epítopo) e um HLA. Nesse sentido, exibir ou apresentar um peptídeo são sinônimos de ligar (-se) (a) um peptídeo.
[0090] Usando-se técnicas conhecidas na técnica, é possível determinar os epitopos que se ligarão a um HLA
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37/215 conhecido. Qualquer método adequado pode ser usado, contanto que o mesmo método seja usado para determinar múltiplos pares de ligação HLA-epítopo que são comparados diretamente. Por exemplo, podem ser usadas análises bioquímicas. Também é possível usar listas de epítopos que se sabe que sejam ligados por um determinado HLA. Também é possível usar software preditivo ou de modelagem para determinar quais epítopos podem ser ligados por um determinado HLA. São fornecidos exemplos na Tabela 1. Em alguns casos, um epitopo de células T tem a capacidade de se ligar a um dado HLA se tiver uma CI50 ou uma CI50 predita menor do que 5000 nM, menor do que 2000 nM, menor do que 1000 nM, ou menor do que 500 nM.
Tabela 1 - Exemplo de softwares para determinar a ligação epítopo-HLA
FERRAMENTAS DE PREDIÇÃO DE EPÍTOPOS ENDEREÇO NA WEB
BIMAS, NIH www- bimas.cit.nih.gov/molbio/hla bind/
PPAPROC, Tubingen Univ.
MHCPred, Edward Jenner Inst, of Vaccine Res.
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38/215
EpiJen, Edward Jenner Inst, of Vaccine Res. http ://www.ddg- pharmfac.net/epijen/EpiJen/EpiJen.ht m
NetMHC, Center for Biological Sequence Analysis http ://www.cbs.dtu.dk/services/NetMH 0/
SVMHC, Tubingen Univ. http://abi.inf.uni- tuebingen.de/Services/SVMHC/
SYFPEITHI, Biomedical Informatics, Heidelberg http ://www.syfpeithi.de/bin/MHCServe r.dll/EpitopePrediction.htm
ETK EPITOOLKIT, Tubingen Univ. http://etk.informatik. uni- tuebingen.de/epipred/
PREDEP, Hebrew Univ. Jerusalém http ://margalit.huj i.ac.il/Teppred/m hc-bind/index .html
RANKPEP, MIF Bioinformatics http://bio.dfci.harvard .edu/RANKPEP/
IEDB, Immune Epitope Database http://tools.immuneepitope .org/main/ html/tcell tools.html
EPITOPE DATABASES ENDEREÇO NA WEB
MHCBN, Institute of Microbial Technology, http ://www.imtech. res . in/raghava/mhc bn/
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39/215
Chandigarh, INDIA
SYFPEITHI, Biomedical Informatics, Heidelberg http ://www.syfpeithi.de/
AntiJen, Edward Jenner Inst, of Vaccine Res. http ://www.ddg- pharmfac. net/antij en/AntiJen/antij en homepage .htm
EPIMHC database of MHC ligands, MIE Bioinformatics http ://immunax.dfci . harvard .edu/epim he/
IEDB, Immune Epitope
Database http ://www.iedb.org/
[0091] Em algumas modalidades, os peptideos da divulgação podem compreender ou consistir em um ou mais fragmentos de um ou mais CTAs. Os CTAs não são tipicamente expressos após o desenvolvimento embrionário em células saudáveis. Em adultos saudáveis, a expressão de CTA está limitada a células germinativas masculinas que não expressam HLAs e não podem apresentar antígenos a células T. Portanto, os CTAs são considerados neoantígenos de expressão quando expressos em células cancerígenas.
[0092] Os CTAs são uma boa escolha para alvos de vacinas contra câncer porque sua expressão é (i) específica
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40/215 para células tumorais, (ii) mais frequente em metástases do que em tumores primários e (iii) conservada entre metástases do mesmo paciente (Gajewski ed. Targeted Therapeutics in Melanoma. Springer New York. 2012) .
[0093] Os peptídeos da divulgação podem compreender ou consistir em um ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a câncer de mama selecionados a partir de SPAG9 (SEQ ID NO: 143), AKAP-4 (SEQ ID NO: 144), BORIS (SEQ ID NO: 145), NY-SAR-35 (SEQ ID NO: 146), NY-BR-1 (SEQ ID NO: 147), SURVIVINA (SEQ ID NO: 148), MAGE-A11 (SEQ ID NO: 149), PRAME (SEQ ID NO: 150), MAGE-A9 (SEQ ID NO: 151), HOM-TES-85 (SEQ ID NO: 152), PIWIL-2 (SEQ ID NO: 349), EpCAM (SEQ ID NO: 154), HIWI (SEQ ID NO: 350), PLU-1 (SEQ ID NO: 351), TSGA10 (SEQ ID NO: 351), ODF4 (SEQ ID NO: 352), SP17 (SEQ ID NO:354), RHOXF-2 (SEQ ID NO: 355), e NY-ESO-1 (SEQ ID NO: 356); um ou mais antígenos associados a câncer de ovário selecionados dentre PIWIL-4 (SEQ ID NO: 357), WT1 (SEQ ID NO: 358), EpCAM (SEQ ID NO: 154), BORIS (SEQ ID NO: 145), AKAP-4 (SEQ ID NO: 144), OY-TES-1 (SEQ ID NO: 359), SP17 (SEQ ID NO: 354), PIWIL-2 (SEQ ID NO: 349), PIWIL-3 (SEQ ID NO: 360), SPAG9 (SEQ ID NO: 143), PRAME (SEQ ID NO: 150), HIWI (SEQ ID NO: 350), SURVIVINA (SEQ ID NO: 148), e AKAP-3 (SEQ ID NO: 361); e/ou um ou mais antígenos associados a câncer colorretal selecionados dentre TSP50 (SEQ ID NO: 153),
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EpCAM (SEQ ID NO: 154), SPAG9 (SEQ ID NO: 143), CAGE1 (SEQ ID NO: 155), FBXO39 (SEQ ID NO: 156), SURVIVINA (SEQ ID NO: 148), MAGE-A8 (SEQ ID NO 157), MAGE-A6 (SEQ ID NO: 158), LEMD1 (SEQ ID NO:348) e MAGE-A3 (SEQ ID NO: 347). Em alguns casos, ο peptideo compreende ou consiste em uma ou mais sequências de aminoácidos selecionadas a partir de SEQ ID NOs: 41-80, ou a partir das SEQ ID NOs: 41-80, 195-233, 251-271 e 302-331 que são otimizadas para ativação de células T/ligação a todos os tipos de HLA em toda a população.
[0094] Em alguns casos, a sequência de aminoácidos é flanqueada no N- e/ou no C-terminal por aminoácidos adicionais que não fazem parte da sequência do antígeno polipeptídicoalvo, em outras palavras, que não são a mesma sequência de aminoácidos consecutivos encontrados adjacentes aos fragmentos selecionados no antígeno polipeptídico-alvo. Em alguns casos, a sequência é flanqueada por até 41 ou 35 ou 30 ou 25 ou 20 ou 15 ou 10, ou 9 ou 8 ou 7 ou 6 ou 5 ou 4 ou 3 ou 2 ou 1 aminoácido adicional no N- e/ou no C-terminal ou entre fragmentos polipeptídicos-alvo. Em outros casos, cada polipeptideo ou consiste em um fragmento de um antígeno polipeptídico-alvo, ou consiste em dois ou mais de tais fragmentos dispostos de extremidade a extremidade (dispostos sequencialmente no peptídeo de extremidade a extremidade) ou sobrepondo-se em um
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42/215 único peptídeo (onde dois ou mais dos fragmentos compreendem sequências parcialmente sobrepostas, por exemplo, onde dois EPIs no mesmo polipeptídeo estão a 50 aminoácidos um do outro).
[0095] Quando fragmentos de diferentes polipeptídeos ou de diferentes regiões do mesmo polipeptídeo são unidos em um peptídeo engenheirado, existe o potencial de serem geraados neoepítopos em torno da união ou junção. Tais neoepítopos abrangem pelo menos um aminoácido de cada fragmento de cada lado da união ou junção e, aqui, pode-se referir a eles como sequências de aminoácidos juncionais. Os neoepítopos podem induzir respostas indesejadas de células T contra células saudáveis (autoimunidade). Os peptídeos podem ser desenhados, ou os peptídeos podem ser triados, para evitar, eliminar ou minimizar neoepítopos que correspondam a um fragmento de uma proteína expressa em células humanas saudáveis normais e/ou a neoepítopos que têm a capacidade de se ligar a pelo menos duas, ou, em alguns casos, a pelo menos três, ou a pelo menos quatro moléculas de HLA de classe I do indivíduo, ou, em alguns casos, a pelo menos duas, ou a pelo menos três ou quatro ou cinco moléculas de HLA de classe II do indivíduo. Em alguns casos, o peptídeo é desenhado, ou o polipeptídeo triado, para eliminar polipeptídeos tendo um neoepítopo juncional que tem a capacidade de se ligar a mais do que uma porcentagem limite de
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43/215 indivíduos humanos em uma população com intenção de tratar, a pelo menos duas moléculas de HLA de classe I expressas por indivíduos da população individualmente. Em alguns casos, o limite é de 20%, ou 15%, ou 10%, ou 5%, ou 2%, ou 1%, ou 0,5% da referida população. O alinhamento pode ser determinado usando-se métodos conhecidos, tais como algoritmos BLAST. O software para conduzir análises BLAST está disponível publicamente através do National Center for Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).
[0096] A presença em uma composição de vacina ou de imunoterapia de pelo menos dois fragmentos de polipeptídeos (epítopos) que podem se ligar a pelo menos três HLA de um indivíduo (PEPI3+ b2) foi determinada como sendo preditiva para uma resposta clínica. Em outras palavras, sePEPI3+ b2 puder ser identificado no(s) polipeptídeo (s) do(s) ingrediente (s) ativo(s) de uma composição de vacina ou de imunoterapia, então um indivíduo é um provável respondedor clínico. Os pelo menos dois PEPIs que se ligam a múltiplos HLA dos polipeptídeos de composição podem ambos ter como alvo um único antígeno (por exemplo, uma vacina polipeptídica compreendendo dois PEPIs que se ligam a múltiplos HLA derivados de um único antígeno associado ao tumor que é alvo da vacina) ou podem ter como alvo antigenos diferentes (por exemplo, uma vacina polipeptídica
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44/215 compreendendo um PEPI que se liga a múltiplos HLA derivado de um antígeno associado a um tumor e um segund PEPI que se liga a múltiplos HLA derivado de um antígeno associado a um tumor diferente).
[0097] Sem pretenderem estar limitados pela teoria, os inventores acreditam que uma razão para o aumento da probabilidade de se obter benefício clínico de uma vacina/imunoterapia compreendendo pelo menos dois PEPIs que se ligam a múltiplos HLA é que as populações de células doentes, tais como células cancerígenas ou tumorais ou células infectadas por vírus ou por patógenos tais como o HIV, geralmente são heterogêneas tanto em um mesmo quanto entre indivíduos afetados. Um paciente específico com câncer, por exemplo, pode ou não expressar ou superexpressar um antígeno polipeptídico-alvo de uma vacina associado a um câncer em particular, ou seu câncer pode compreender populações celulares heterogêneas, algumas das quais (super)expressam o antígeno e outras, não. Além disso, a probabilidade de se desenvolver resistência é diminuída quando mais PEPIs que se ligam a múltiplos HLA são incluídos por ou quando são alvos de uma vacina/imunoterapia, pois um paciente tem menor probabilidade de desenvolver resistência à composição por meio de mutação do(s) PEPI(s)-alvo.
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[0098] Atualmente, a maioria das vacinas e composições de imunoterapia tem como alvo apenas um único antígeno polipeptídico. No entanto, de acordo com a presente divulgação, em alguns casos é benéfico proporcionar uma composição farmacêutica que tem como alvos dois ou mais antígenos polipeptídicos diferentes. Por exemplo, a maioria dos cânceres ou tumores é heterogênea, o que significa que diferentes células cancerígenas ou tumorais de um indivíduo (super)expressam antígenos diferentes. As células tumorais de diferentes pacientes com câncer também expressam diferentes combinações de antígenos associados a tumores. As composições imunogênicas anticâncer que têm maior probabilidade de ser efetivas são as que têm como alvos múltiplos antígenos expressos pelo tumor e, portanto, mais células cancerígenas ou tumorais, em um indivíduo humano individualmente ou em uma população.
[0099] O efeito benéfico de se combinarem múltiplos bestEPIs em um único tratamento (administração de uma ou mais composições farmacêuticas que, em conjunto, compreendem múltiplos PEPIs) pode ser ilustrado pelos polipeptídeos de vacinas personalizados descritos nos Exemplos 15 e 16 abaixo. Exemplos de probabilidades de expressão de CTA em câncer de ovário são as seguintes: BAGE: 30%; MAGE A9: 37%; MAGE A4: 34%;
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MAGE A10: 52%. Se a paciente XYZ fosse tratada com uma vacina compreendendo PEPIs apenas em BAGE e MAGE A9, então a probabilidade de ter um mAGP (múltiplos antígenos expressos com PEPI) seria de 11%. Se a paciente XYZ fosse tratada com uma vacina compreendendo apenas PEPIs para os CTAs MAGE A4 e MAGE A10, então a probabilidade de ter um multiAGP seria de 19%. No entanto, se uma vacina contivesse todos estes 4 CTAs (BAGE, MAGE A9, MAGE A4 e MAGE A10), então a probabilidade de ter um mAGP seria de 50%. Em outras palavras, o efeito seria maior do que as probabilidades combinadas de mAGP para ambos os tratamentos com dois PEPI (probabilidade mAGP para BAGE/MAGE + probabilidade mAGP para MAGE A4 e MAGE A10). A vacina PIT da paciente XYZ descrita no Exemplo 21 contém 9 PEPIs adicionais e, portanto, a probabilidade de ter um mAGP é maior do que 99,95%.
[00100] Da mesma maneira, exemplos de probabilidades de expressão de CTA e câncer de mama são as seguintes: MAGE C2: 21%; MAGE Al: 37%; SPC1: 38%; MAGE A9: 44%. Tratamento da paciente ABC com uma vacina compreendendo PEPIs apenas em MAGE C2: 21% e MAGE Al tem uma probabilidade de mAGP de 7%. Tratamento da paciente ABC com uma vacina compreendendo PEPIs apenas em SPC1: 38%; O MAGE A9 tem uma probabilidade de mAGP de 11%. Tratamento da paciente ABC com uma vacina compreendendo
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PEPIs em MAGE C2: 21%; MAGE Al: 37%; SPC1: 38%; MAGE A9 tern uma probabilidade de mAGP de 44% (44 > 7 + 11) . A vacina PIT
da paciente ABC descrita no Exemplo 22 contém 8 PEPIs
adicionais e, portanto, a probabilidade de ter um mAGP é maior do que 99,93%.
[00101] Consequentemente, em alguns casos, ο polipeptídeo ou painel de polipeptideos da divulgação ou um polipeptídeo do(s) ingrediente (s) ativo(s) de uma composição farmacêutica ou kit da divulgação pode compreender ou consistir
em qualquer combinação de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8,
9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24
ou 25 fragmentos de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10,
11, , 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ou 25
do um ou mais antigenos associados a câncer, ou CTAs, tais como
o CTA discutido acima. Cada fragmento compreende ou consiste em um epítopo-alvo diferente tendo uma sequência de aminoácidos selecionada a partir das SEQ ID NOs: 1-40; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1 a 20; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 21 a 40; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1-20, 24 e 172-194; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 21-40 e 234-250; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 272-301; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1-40, 172-194 e 234-250; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 21-40, 234-250 e 272
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301; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1-20, 24, 172-194 e 272-301; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1-40, 172194, 234-250 e 272-301; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 41-60, 64 e 195-233; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 61-80 e 251-271; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 302331; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 41-80, 195-233 e 251-271; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 61-80, 251271 e 302 to 331; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 4160, 64, 191-233 e 302 a 331; ou selecionado a partir de SEQ ID NOs: 41-80, 195-233, 251-271 e 332-346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1-20, 24, 41-60, 64, 172-194 e 195-233; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 21-40, 61-80, 234-250 e 251-271; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 271-331; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1-80, 172-194, 195-233, 234-250 e 251-271; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 2140, 61-80, 234-250, 251-271, 272-301 e 302-331; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1-80, 172-233, 234-271 e 272-331; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 81-111 e 435-449; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 112-142; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 332-346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 81-142; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 112-142 e 332-346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 81111, 435-449 e 332-346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs:
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81-142 e 332-346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 4160, 64, 81-111, 435-449 e 195-233; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 61-80, 112-142 e 251-271; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 302-346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 41-142, 195-233 e 251-271; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 61-80, 112-142, 251-271 e 302-346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 41-60, 64, 81-111, 435-449, 195-233 e 302-346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 41-142, 195233, 251-271 e 302-346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1-20, 24, 41-60, 64, 81-111, 435-449 e 172-233; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 21-40, 61-80, 112-142, or 234-271; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 272-346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1-142 e 172-271; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 21-40, 61-80, 112-142 e 234-346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1-20, 24, 41-60, 64, 81-111, 435-449, 172-233 e 272 a 346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1-142 e 172-346; ou selecionado a partir das SEQ ID NOs: 1 a 2, ou a 3, ou 4, ou 5, ou 6, ou 7, ou 8, ou 9, ou 10, ou 11, ou 12, ou 13, ou 14, ou 15, ou 16, ou 17, ou 18, ou 19, ou SEQ ID NOs: 20 a 21, ou a 22, ou 23, ou 24, ou 25, ou 26, ou 27, ou 28, ou 29, ou 30, ou 31, ou 32, ou 33, ou 34, ou 35, ou 36, ou 37, ou 38, ou 39; ou sequências de aminoácidos diferentes selecionadas a partir das SEQ ID NOs: 41 a 80, ou SEQ ID NOs:
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50/215 a 60, ou SEQ ID NOs: 61-80; ou SEQ ID NOs: 41 a 42, ou a 43, ou a 44, ou a 45, ou a 46, ou a 47, ou a 48, ou a 49, ou 50, ou 51, ou 52, ou 53, ou 54, ou 55, ou 56, ou 57, ou 58, ou 59, SEQ ID NOs: 60 a 61, ou a 62, ou a 63, ou a 64, ou a 65, ou a 66, ou a 67, ou a 68, ou a 69, ou a 70, ou a 71, ou a 72, ou a 73, ou a 74, ou a 75, ou a 76, ou a 77, ou a 78, ou a 79; uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir das SEQ ID NOs: 81 a 142; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs: 81 a 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 105, 106, 107, 108, 109, 110, ou 111; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs: 81 a 105; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs: 99, 100, 92, 93, 101, 103, 104, 105 e 98; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs:
112 a 142 ; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs : 112 a 113,
114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 123, 124 , 125, 126,
127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136 , 137, 138,
139, 140, 141 ou 142; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs :
112 a 134 ; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs : 121, 124,
126, 127, 130, 131, 132, 133 e 134; ou selecionada a partir de
SEQ ID NOs : 1 a 2 , ou a 3, ou 4 , ou 5 , ou 6, ou 7 , ou 8 , ou 9
ou 10, ou 11, ou 12, ou 13, ou 14, ou 15, ou 16, ou 17, ou 18
ou 19, ou SEQ ID NOs : 20 a 21, ou a 22, ou 23, ou 24, ou 25
ou 26, ou 27, ou 28, ou 2 9, ou 30, ou 31, ou 32, ou 33, ou 34
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51/215 ou 35, ou 36, ou 37, ou 38, ou 39; ou uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir das SEQ ID NOs: 41 a 80, ou SEQ ID NOs: 41 a 60, ou SEQ ID NOs: 61-80; ou SEQ ID NOs: 41 a 42, ou a 43, ou a 44, ou a 45, ou a 46, ou a 47, ou a 48, ou a 49, ou 50, ou 51, ou 52, ou 53, ou 54, ou 55, ou 56, ou 57, ou 58, ou 59, SEQ ID NOs: 60 a 61, ou a 62, ou a 63, ou a 64, ou a 65, ou a 66, ou a 67, ou a 68, ou a 69, ou a 70, ou a 71, ou a 72, ou a 73, ou a 74, ou a 75, ou a 76, ou a 77, ou a 78, ou a 79; uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir das SEQ ID NOs: 81 a 142; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs: 81 a 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 105, 106, 107, 108, 109, 110, ou 111; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs: 81 a 105; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs: 99, 100, 92, 93, 101, 103, 104, 105 e 98; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs: 112 a 142; ou selecionada a partir de
SEQ ID NOs : 112 a 113 , 114 , 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121,
123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134,
135, 136, 137, 138, 139, 140, 141 ou 142; ou selecionada a
partir de SEQ ID NOs : 112 a 134; ou selecionada a partir de
SEQ ID NOs: 121, 124, 126, 127, 130, 131, 132, 133 e 134; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs: 130, 121, 131, 124, 134, 126; ou selecionada a partir de SEQ ID NOs: 435-449; ou
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52/215 selecionado a partir de qualquer um destes grupos de sequências, exceto as SEQ ID NOs: 12, 32, 19 e/ou 39, e/ou SEQ ID NOs: 21, 41, 23 e/ou 43 e/ou SEQ ID NOs: 172, 177, 195 e/ou 203, e/ou SEQ ID NOs: 1, 41 e/ou 197, e/ou SEQ ID NOs: 4, 44 e/ou 201, e/ou SEQ ID NOs: 1, 4, 44, 197 e/ou 201, e/ou SEQ ID NOs: 1, 41, 197, 184 e/ou 212, e/ou SEQ ID NOs: 3, 43 e/ou 200, e/ou SEQ ID NOs: 3, 43, 200, 7 e/ou 47, e/ou SEQ ID NOs: 10, e/ou 220, e/ou SEQ ID NOs: 24, 64 e/ou 202, e/ou SEQ ID NOs: 6, 46 e/ou 209, e/ou SEQ ID NOs: 182, 210, 185 e/ou 213, e/ou SEQ ID NOs: 14, 54, 225 e 226, e/ou SEQ ID NOs: 190, 218, 11, e/ou 219, e/ou SEQ ID NOs: 12, 224 e/ou 52, e/ou SEQ ID NOs:192, 227 e/ou 228, e/ou SEQ ID NOs:17, 229, 230 e/ou 57, e/ou SEQ ID NOs: 21, 252, 61 e/ou 253, e/ou SEQ ID NOs: 23, 63
e/ou 256, e/ou SEQ ID NOs: 21, 252, 61, 253, 23, 63 e/ou 256,
e/ou SEQ ID NOs: 237 e/ou 238, e/ou SEQ ID NOs: 26 e/ou 240,
e/ou SEQ ID NOs: 242, 244, 263 e/ou 265, e/ou SEQ ID NOs: 29,
69 e/ou 259, e/ou SEQ ID NOs: 24 , 64 e/ou 255, e/ou SEQ ID NOs :
236, 257 e/ou 258, e/ou SEQ ID NOs: 27, 67, 241 e/ou 262, e/ou SEQ ID NOs: 252, 249 e/ou 264, e/ou SEQ ID NOs: 35, 250 e/ou 75, e/ou SEQ ID NOs: 252, 249, 264, 35, 250 e/ou 75, e/ou SEQ ID NOs: 36, 266 e/ou 76, e/ou SEQ ID NOs: 36, 266, 76, 39 e/ou 79, e/ou SEQ ID NOs: 38, 268 e/ou 78, e/ou SEQ ID NOs: 38, 268, 78, 246 e/ou 270, e/ou SEQ ID NOs: 245, 269, e/ou 248 , e/ou
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SEQ ID NOs: 245, 269, 248, 40 e/ou 80, e/ou SEQ ID NOs: 272, 302, 281 e/ou 311, e/ou SEQ ID NOs: 276, 306, 300 e/ou 330, e/ou SEQ ID NOs: 276, 306, 289 e/ou 319, e/ou SEQ ID NOs: 277, 307, 283 e/ou 313, e/ou SEQ ID NOs: 277, 307, 290 e/ou 320, e/ou SEQ ID NOs: 282, 312, 297 e/ou 327, ou quaisquer outras combinações das sequências aqui divulgadas que estão entre 5060 aminoácidos um do outro em qualquer um ou mais dos antigenos de SEQ ID NOs: 143-158 e 347 to 351; e/ou SEQ ID NOs: 18, 19 e/ou 20 e/ou SEQ ID NOs: 34-40; e/ou SEQ ID NOs correspondendo aos peptideos mostrados na Tabela 17, 20 e/ou 23 tendo um valor de N%*B% menor do que 12% ou 13% ou 14% ou 17,6% ou 17,8% ou 18% ou 20% ou 21% ou 22% ou 22,2% ou 24% ou 25% ou 27% ou 28% ou 30% ou 31% ou 31,5% ou 32% ou 32,5 % ou 35%. Em alguns casos, o painel de peptideos compreende ou consiste em um ou mais polipeptideos compreendendo ou consistindo nas sequências de aminoácidos das SEQ ID NOs: 130, 121, 131, 124, 134, 126 e/ou SEQ ID NOs: 435-449.
[00102] Em alguns casos, a divulgação fornece um painel de quaisquer dois ou mais dos peptideos ou grupos de peptideos descritos acima. Por exemplo, o painel pode compreender 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 ou mais de tais peptideos. Em alguns casos, o painel compreende ou consiste em peptideos compreendendo ou
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54/215 consistindo em toda ou qualquer combinação das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 99, 100, 92, 93, 101, 103, 104, 105 e 98; ou das sequências de aminoácidos das SEQ ID NOs: 121, 124, 126, 127, 130, 131, 132, 133 e 134. Em alguns casos, o painel compreende ou consiste em peptideos compreendendo ou consistindo em toda ou qualquer combinação das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: As SEQ ID NOs: 130, 121, 131, 124, 134, 126 e/ou SEQ ID NOs: 435-449.
Composições Farmacêuticas, Métodos de Tratamento e Modos de Administração
[00103] Em alguns aspectos, a divulgação refere-se a uma composição farmacêutica, kit ou painéis de polipeptideos, conforme descritos acima, tendo um ou mais polipeptideos como ingrediente(s) ativo(s). Estes podem ser usados em um método para induzir uma resposta imune, tratar, vacinar ou proporcionar imunoterapia a um individuo, e a composição farmacêutica pode ser uma composição de vacina ou de imunoterapia. Tal tratamento compreende administrar um ou mais polipeptideos ou composições farmacêuticas que, em conjunto, compreendem todos os polipeptideos do(s) ingrediente(s) ativo(s) do tratamento ao individuo. Múltiplos polipeptideos ou composições farmacêuticas podem ser administrados juntos ou sequencialmente, por exemplo, todas as composições
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55/215 farmacêuticas ou polipeptídeos podem ser administrados ao indivíduo dentro de um período de 1 ano, 6 meses, ou 3 meses, ou 60 ou 50 ou 40 ou 30 dias.
[00104] O termo ingrediente ativo, conforme aqui usado, refere-se a um polipeptídeo que se destina a induzir uma resposta imune e pode incluir um produto polipeptídico de uma composição de vacina ou de imunoterapia que é produzida ín vivo após administração a um indivíduo. Para uma composição de imunoterapia de DNA ou RNA, o polipeptídeo pode ser produzido ín vivo pelas células de um indivíduo a quem a composição é administrada. Para uma composição baseada em células, o polipeptídeo pode ser processado e/ou apresentado por células da composição, por exemplo, células dendriticas autólogas ou células apresentadoras de antígeno pulsadas com o polipeptídeo ou compreendendo um construto de expressão que codifica o polipeptídeo. A composição farmacêutica pode compreender um polinucleotídeo ou célula que codificam um ou mais polipeptídeos do(s) ingrediente (s) ativo(s).
[00105] A composição/kit pode, opcional e adicionalmente, compreender pelo menos um diluente, veículo ou conservante farmaceuticamente aceitável e/ou polipeptídeos adicionais que não compreendam nenhum PEPI. Os polipeptídeos podem ser engenheirados ou de ocorrência não natural. O kit
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56/215 pode compreender um ou mais recipientes separados, cada um contendo um ou mais peptideos do(s) ingrediente(s) ativo(s). A composição/kit pode ser um medicamento personalizado para prevenir, diagnosticar, aliviar, tratar, ou curar uma doença de um indivíduo, tal como um câncer.
[00106] As composições ou kits, imunogênicos ou farmacêuticos, aqui descritos podem compreender, além de um ou mais peptideos imunogênicos, um excipiente, veículo, diluente, tampão, estabilizador, conservante, adjuvante ou outros materiais farmaceuticamente aceitáveis, bem conhecidos dos especialistas na técnica. Tais materiais são preferencialmente não tóxicos e preferencialmente não interferem na atividade farmacêutica do(s) ingrediente(s) ativo(s). O veículo ou diluente farmacêuticos podem ser, por exemplo, uma solução contendo água. A natureza precisa do veículo ou de outro material pode depender da via de administração, por exemplo, vias oral, intravenosa, cutânea ou subcutânea, nasal, intramuscular, intradérmica e intraperitoneal.
[00107] As composições farmacêuticas da divulgação podem compreender um ou mais veículos farmaceuticamente aceitáveis. Estes tipicamente são macromoléculas, grandes e metabolizadas lentamente, tais como proteínas, sacarídeos, ácidos poliláticos, ácidos poliglicólicos, aminoácidos
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57/215 poliméricos, copolimeros de aminoácidos, sacarose (Paoletti et al., 2001, Vaccine, 19:2118), trealose (WO 00/56365 ), lactose e agregados lipidicos (tais como goticulas de óleo ou lipossomos). Tais veículos são bem conhecidos dos especialistas na técnica. As composições farmacêuticas também podem conter diluentes, tais como água, solução salina, glicerol etc. Além disso, podem estar presentes substâncias auxiliares, tais como agentes molhantes ou emulsificantes, substâncias tamponantes de pH e semelhantes. A solução salina fisiológica tamponada com fosfato, isenta de pirógenos e estéril é um veículo típico (Gennaro, 2000, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20th edition, ISBN:0683306472).
[00108] As composições farmacêuticas da divulgação podem estar liofilizadas ou na forma aquosa, isto é, de soluções ou suspensões. Formulações líquidas deste tipo permitem que as composições sejam administradas diretamente a partir de sua forma embalada, sem a necessidade de reconstituição em meio aquoso, e são, portanto, ideais para injeção. As composições farmacêuticas podem ser apresentadas em frascos, ou podem ser apresentadas em seringas preenchidas prontas. As seringas podem ser fornecidas com ou sem agulhas. Uma seringa incluirá uma dose única, ao passo que um frasco pode incluir uma dose única ou várias doses.
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[00109] As formulações liquidas da divulgação também são adequadas para reconstituir outros medicamentos a partir de uma forma liofilizada. Quando uma composição farmacêutica for usada para tal reconstituição extemporânea, a divulgação proporciona um kit, o qual pode compreender dois frascos, ou o qual pode compreender uma seringa preenchida pronta e um frasco, com o conteúdo da seringa sendo usado para reconstituir o conteúdo do frasco antes da injeção.
[00110] As composições farmacêuticas da divulgação podem incluir um antimicrobiano, particularmente quando embaladas em um formato de dose múltipla. Podem ser usados antimicrobianos, tais como 2-fenoxietanol ou parabenos (metil, etil, propilparabenos). Qualquer conservante está preferencialmente presente em níveis baixos. O conservante pode ser adicionado exogenamente e/ou pode ser um componente dos antígenos em massa que são misturados para formar a composição (por exemplo, presente como conservante nos antígenos de pertússis) .
[00111] As composições farmacêuticas da divulgação podem compreender detergente, por exemplo, Tween (polissorbato), DMSO (dimetilsulfóxido), DMF (dimetilformamida). Os detergentes geralmente estão presentes em níveis baixos, por exemplo, <0,01%, mas também podem ser
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59/215 usados em níveis mais altos, por exemplo, 0,01 - 50%.
[00112] As composições farmacêuticas da divulgação podem incluir sais de sódio (por exemplo, cloreto de sódio) e ions fosfato livres em solução (por exemplo, pelo uso de um tampão fosfato).
[00113] Em certas modalidades, a composição farmacêutica pode ser encapsulada em um veículo adequado ou para distribuir os peptideos nas células apresentadoras de antígeno ou para aumentar a estabilidade. Como será entendido por um especialista na técnica, uma variedade de veículos é adequada para distribuir uma composição farmacêutica da divulgação. Exemplos não limitantes de sistemas de distribuição de fluidos estruturados adequados podem incluir nanopartícuias, lipossomos, microemulsões, micelas, dendrímeros e outros sistemas contendo fosfolipídios. São conhecidos na técnica métodos de incorporação de composições farmacêuticas em veículos de distribuição.
[00114] A fim de se aumentar a imunogenicidade da composição, as composições farmacológicas podem compreender um ou mais adjuvantes e/ou citocinas.
[00115] Os adjuvantes adequados incluem um sal de alumínio, tais como hidróxido de alumínio ou fosfato de alumínio, mas também pode ser um sal de cálcio, ferro ou zinco,
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60/215 ou pode ser uma suspensão insolúvel de tirosina acilada, ou açúcares acilados, ou podem ser sacarideos derivados catiônica ou anionicamente, polifosfazenos, microesferas biodegradáveis, monofosforil-lipídio A (MPL), derivados do lipidio A (por exemplo, de toxicidade reduzida), MPL 3-O-desacetilado [3DMPL] , quil A, Saponina, QS21, Adjuvante Incompleto de Freund (Difco Laboratories, Detroit, Michigan, EUA), Merck Adjuvant 65 (Merck and Company, Inc., Rahway, NJ, EUA) , AS-2 (SmithKline Beecham, Filadélfia, Pensilvânia, EUA), oligonucleotídeos de CpG, bioadesivos e mucoadesivos, microparticulas, lipossomos, formulações de éter de polioxietileno, formulações de ésteres de polioxietileno, peptídeos de muramil ou compostos de imidazoquinolona (por exemplo, imiquamod e seus homólogos). Também podem ser usados como adjuvantes imunomoduladores humanos adequados para uso como adjuvantes na divulgação que incluem citocinas, tais como interleucinas (por exemplo, IL-1, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL7, IL-12 etc.), fator estimulante de colônias de macrófagos (M-CSF), fator de necrose tumoral (TNF), fator estimulador de colônias de granulócitos e macrófagos (GM-CSF).
[00116] Em algumas modalidades, as composições compreendem um adjuvante selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51 (Seppic, Inc., Fairfield, NJ, Estados Unidos
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61/215 da América), QS-21 (Aquila Biopharmaceuticals, Inc., Lexington, Mass., Estados Unidos da América), GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisol, azimezona, isoprinisona, dinitroclorobenezeno (DNCB), hemocianinas de lapa (KLH, do inglês lapa do buraco da fechadura), adjuvante de Freund (completo e incompleto), géis de minerais, hidróxido de alumínio (Alúmen), lisolecitina, polióis plurônicos, poliânions, peptideos, emulsões de óleos, dinitrofenol, toxina da difteria (DT).
[00117] A título de exemplo, a citocina pode ser selecionada do grupo consistindo em um fator de crescimento transformador (TGF), tais como, mas não limitados a, TGF-α e TGF-β; fator de crescimento tipo insulina I e/ou fator de crescimento tipo insulina II; eritropoietina (EPO) ; um fator osteoindutor; um interferon, tais como mas não limitados a, interferon-α, -β e -γ; um fator estimulador de colônias (CSF), tais como mas não, limitados a, CSF de macrógagos (M-CSF); CSF de granulócitos-macrófagos (GM-CSF); e CSF de granulócitos (GCSF). Em algumas modalidades, a citocina é selecionada do grupo que consistindo em fatores de crescimento de nervos, tal como NGF-β; fator de crescimento de plaquetas; um fator de crescimento transformador (TGF), tais como, mas não limitados
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62/215 a, TGF-α e TGF-β; fator de crescimento tipo insulina I e fator de crescimento tipo insulina II; eritropoietina (EPO); um fator osteoindutor; um interferon (IFN), tais como, mas não limitados a, IFN-a, IFN-β e IFN-γ; um fator estimulador de colônias (CSF), como macrófago-CSF (M-CSF); CSF de granulócitosmacrófagos (GM-CSF); e CSF de granulócitos (G-CSF); uma interleucina (II), tais como, mas não limitadas a, IL-1, ILl.afa., IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-10, IL-11, IL-12; IL-13, IL-14, IL-15, IL-16, IL-17, IL-18; LIF; ligante do kit ou FLT-3; angiostatina; trombospondina; endostatina; um fator de necrose tumoral (TNF); e LT.
[00118] Espera-se que um adjuvante ou citocina possam ser adicionados em uma quantidade de cerca de 0,01 mg a cerca de 10 mg por dose, preferencialmente em uma quantidade de cerca de 0,2 mg a cerca de 5 mg por dose. Alternativamente, o adjuvante ou citocina podem estar a uma concentração de cerca de 0,01 a 50%, preferencialmente a uma concentração de cerca de 2% a 30%.
[00119] Em certos aspectos, as composições farmacêuticas da divulgação são preparadas misturando-se fisicamente o adjuvante e/ou a citocina com os peptideos da divulgação sob condições estéreis apropriadas, de acordo com técnicas conhecidas para se produzir o produto final.
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[00120] Exemplos de composições adequadas dos fragmentos polipeptidicos inventados e métodos de administração são fornecidos em Esseku e Adeyeye (2011) e Van den Mooter G. (2006). A preparação da composição de vacina e de imunoterapia é descrita em termos gerais em Vaccine Design (The subunit and adjuvant approach (eds Powell M. F. & Newman M. J. (1995) Plenum Press New York). O encapsulamento dentro dos lipossomos, que também está previsto, é descrito por Fullerton, Patente US 4.235.877.
[00121] Em algumas modalidades, as composições aqui divulgadas são preparadas como uma vacina de ácido nucleico. Em algumas modalidades, a vacina de ácido nucleico é uma vacina de DNA. Em algumas modalidades, as vacinas de DNA, ou vacinas de genes, compreendem um plasmideo com um promotor e elementos de controle de transcrição e de tradução apropriados e uma sequência de ácidos nucleicos que codifica um ou mais polipeptideos da divulgação. Em algumas modalidades, os plasmideos também incluem sequências para melhorar, por exemplo, níveis de expressão, direcionamento intracelular ou processamento proteassomal. Em algumas modalidades, as vacinas de DNA compreendem um vetor viral contendo uma sequência de ácidos nucleicos que codifica um ou mais polipeptideos da divulgação. Em aspectos adicionais, as composições aqui
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64/215 divulgadas compreendem um ou mais ácidos nucleicos que codificam peptideos que se determinou que têm imunorreatividade com uma amostra biológica. Por exemplo, em algumas modalidades, as composições compreendem uma ou mais sequências de nucleotideos que codificam 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, ou mais peptideos compreendendo um fragmento que é um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de HLA de classe I e/ou a pelo menos três moléculas de HLA de classe II de um paciente. Em algumas modalidades, os peptideos são derivados de um antígeno que é expresso no câncer. Em algumas modalidades, a vacina de DNA ou de genes também codifica moléculas imunomodulatórias para manipular as respostas imunes resultantes, tal como aumentar a potência da vacina, estimular o sistema imune ou reduzir a imunossupressão. Estratégias para melhorar a imunogenicidade de vacinas de DNA ou de genes incluem codificar versões xenogênicas de antigenos, a fusão de antigenos a moléculas que ativam células T ou desencadeiam o reconhecimento associativo, iniciando-se (priming) com vetores de DNA e prosseguindo-se com reforço (boosting) com vetor viral, e utilização de moléculas imunomodulatórias. Em algumas modalidades, a vacina de DNA é introduzida por uma agulha, uma pistola de genes, um injetor
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65/215 de aerossol, com adesivos, através de microagulhas, por abrasão, entre outras formas. Em algumas formas, a vacina de DNA é incorporada em lipossomos ou em outras formas de nanocorpos. Em algumas modalidades, a vacina de DNA inclui um sistema de distribuição selecionado do grupo consistindo em um agente de transfecção; protamina; um lipossomo de protamina; uma partícula de polissacarídeo; uma nanoemulsão catiônica; um polímero catiônico; um lipossomo catiônico de polímero; uma nanopartícuia catiônica; uma nanopartícuia catiônica de lipídios e colesterol; uma nanopartícuia catiônica de lipídios, colesterol e PEG; uma nanopartícuia de dendrímero. Em algumas modalidades, as vacinas de DNA são administradas por inalação ou ingestão. Em algumas modalidades, a vacina de DNA é introduzida no sangue, no timo, no pâncreas, na pele, no músculo, em um tumor ou em outros locais.
[00122] Em algumas modalidades, as composições aqui divulgadas são preparadas como uma vacina de RNA. Em algumas modalidades, o RNA é mRNA não replicante ou RNA autoamplificador derivado de vírus. Em algumas modalidades, o mRNA não replicante codifica os peptídeos aqui divulgados e contém regiões não traduzidas 5' e 3' (UTRs, do inglês untranslated regions). Em algumas modalidades, o RNA autoamplificador derivado de vírus codifica não apenas os
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66/215 peptideos aqui divulgados, mas também a maquinaria de replicação viral que permite a amplificação intracelular de RNA e expressão abundante de proteínas. Em algumas modalidades, o RNA é introduzido diretamente no indivíduo. Em algumas modalidades, o RNA é quimicamente sintetizado ou transcrito in vitro. Em algumas modalidades, o mRNA é produzido a partir de um molde linear de DNA usando-se uma polimerase de RNA de T7, T3 ou de fago Sp6, e o produto resultante contém uma fase de
leitura aberta que codifica os peptideos aqui divulgados,
flanqueando UTRs, um cap 5' e uma cauda de poli (A) . Em algumas
modalidades, várias versões de caps 5' são adicionadas
durante ou após a reação de transcrição usando-se uma enzima de adição do cap (capping) do vírus vaccinia ou incorporando-se análogos sintéticos do cap ou antirreversos do cap. Em algumas modalidades, um comprimento ideal da cauda de poli (A) é adicionado ao mRNA ou diretamente a partir do molde de DNA codificador ou usando-se a poli(A) polimerase. 0 RNA codifica um ou mais peptideos compreendendo um fragmento que é um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de HLA de classe I e/ou a pelo menos três moléculas de HLA de classe II de um paciente. Em algumas modalidades, os fragmentos são derivados de um antígeno que é expresso no câncer. Em algumas modalidades, o RNA inclui
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67/215 sinais para melhorar a estabilidade e a tradução. Em algumas modalidades, o RNA também inclui nucleotideos não naturais para aumentar a meia-vida ou nucleosideos modificados para alterar o perfil imunoestimulatório. Em algumas modalidades, os RNAs são introduzidos por uma agulha, uma pistola de genes, um injetor de aerossol, com adesivos, através de microagulhas, por abrasão, entre outras formas. Em algumas formas, a vacina de RNA é incorporada em lipossomos ou em outras formas de nanocorpos que facilitam a absorção celular de RNA e que o protegem da degradação. Em algumas modalidades, a vacina de RNA inclui um sistema de distribuição selecionado do grupo consistindo em um agente de transfecção; protamina; um lipossomo de protamina; uma partícula de polissacarídeo; uma nanoemulsão catiônica; um polímero catiônico; um lipossomo de polímero catiônico; uma nanopartícuia catiônica; uma nanopartícuia catiônica de lipídios e colesterol; uma nanopartícuia catiônica de lipídios, colesterol e PEG; uma nanopartícuia de dendrímero; e/ou mRNA nu; mRNA nu com eletroporação ín vivo; mRNA complexado com protamina; mRNA associado a uma nanoemulsão catiônica de óleo em água com carga positiva; mRNA associado a um dendrímero quimicamente modificado e complexado com polietilenoglicol ( PEG)-lipídio; mRNA complexado com protamina em uma nanopartícuia de PEG
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68/215 lipidio; mRNA associado a um polímero catiônico, tal como polietilenimina (PEI); mRNA associado a um polímero catiônico tai como PEI e um componente lipidico; mRNA associado a uma partícula ou gel de polissacarideo (por exemplo, quitosana); mRNA em uma nanoparticula catiônica de lipidios (por exemplo, lipidios de 1,2-dioleoilóxi-3-trimetilamoniopropano (DOTAP) ou de dioleoilfosfatidiletanolamina (DOPE)); mRNA complexado com lipidios catiônicos e colesterol; ou mRNA complexado com lipidios catiônicos, colesterol e PEG-lipidio. Em algumas modalidades, as vacinas de RNA são administradas por inalação ou ingestão. Em algumas modalidades, o RNA é introduzido no sangue, no timo, no pâncreas, na pele, no músculo, em um tumor, ou em outros locais, e/ou por uma via intradérmica, intramuscular, subcutânea, intranasal, intranodal, intravenosa, intraesplênica, intratumoral ou outra via de distribuição.
[00123] Os componentes polinucleotidicos ou oligonucleotidicos podem ser sequências nucleotidicas nuas, ou podem estar em combinação com lipidios, polímeros ou sistemas de direcionamento catiônicos. Eles podem ser liberados por qualquer técnica disponível. Por exemplo, o polinucleotideo ou oligonucleotideo pode ser introduzido por injeção com agulha, preferencialmente por via intradérmica, subcutânea ou
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69/215 intramuscular. Alternativamente, o polinucleotídeo ou oligonucleotídeo pode ser liberado diretamente através da pele usando-se um dispositivo de liberação, tal como liberação/distribuição de genes mediada por partículas. 0 polinucleotídeo ou oligonucleotídeo pode ser administrado topicamente à pele, ou às superfícies mucosas, por exemplo, por administração intranasal, oral ou intrarretal.
[00124] A absorção de construtos polinucleotídicos ou oligonucleotídicos pode ser melhorada por várias técnicas de transfecção conhecidas, por exemplo aquelas que incluem o uso de agentes de transfecção. Exemplos destes agentes incluem agentes catiônicos, por exemplo, fosfato de cálcio e DEAEDextran e lipofectantes, por exemplo, lipofectam e transfectam. A dosagem do polinucleotídeo ou oligonucleotídeo a ser administrado pode ser alterada.
[00125] A administração é tipicamente uma quantidade profilaticamente efetiva ou uma quantidade terapeuticamente efetiva (conforme o caso, embora profilaxia possa ser considerada terapia), sendo isto suficiente para resultar em uma resposta clínica ou mostrar benefício clínico ao indivíduo, por exemplo, uma quantidade efetiva para prevenir ou retardar o início da doença ou condição, melhorar um ou mais sintomas, induzir ou prolongar a remissão, ou retardar a recaída ou
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70/215 recorrência .
[00126] A dose pode ser determinada de acordo com vários parâmetros, especialmente de acordo com a substância usada; a idade, peso e condição do individuo a ser tratado; a via de administração; e o regime necessário. A quantidade de antígeno em cada dose é selecionada como uma quantidade que induz uma resposta imune. Um médico será capaz de determinar a via de administração e dosagem necessárias para qualquer doente em particular. A dose pode ser proporcionada como uma dose única ou pode ser proporcionada como doses múltiplas, por exemplo, tomadas em intervalos regulares, por exemplo 2, 3 ou 4 doses administradas por hora. Tipicamente, peptideos, polinucleotídeos ou oligonucleotídeos são tipicamente administrados na faixa de 1 pg a 1 mg, mais tipicamente 1 pg a 10 pg para liberação/distribuição mediada por partículas e 1 pg a 1 mg, mais tipicamente 1-100 pg, mais tipicamente 5-50 pg para outras vias. Geralmente, espera-se que cada dose compreenda 0,01-3 mg de antígeno. Uma quantidade ideal para uma vacina específica pode ser determinada por estudos envolvendo a observação de respostas imunes em indivíduos.
[00127] Exemplos das técnicas e protocolos mencionados acima podem ser encontrados em Remington's Pharmaceutical Sciences, 20th Edition, 2000, pub. Lippincott, Williams &
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Wilkins .
[00128] Em alguns casos, de acordo com a divulgação, são administrados mais de um peptideo ou composição de peptideos. Duas ou mais composições farmacêuticas podem ser administradas juntas/simultaneamente e/ou em momentos diferentes ou sequencialmente. Assim, a divulgação inclui conjuntos de composições farmacêuticas e usos dos mesmos. O uso da combinação de diferentes peptideos, tendo opcionalmente como alvos diferentes antígenos, é importante para superar os desafios da heterogeneidade genética de tumores e da heterogeneidade de HLA dos indivíduos. O uso de peptideos da divulgação em combinação expande o grupo de indivíduos que podem experimentar benefício clínico da vacinação. Várias composições farmacêuticas de peptideos da divulgação, fabricadas para uso em um regime, podem definir um produto com o fármaco.
[00129] As vias de administração incluem, mas não estão limitadas a, intranasal, oral, subcutânea, intradérmica, e intramuscular. A administração subcutânea é particularmente preferida. A administração subcutânea pode, por exemplo, ser por injeção no abdômen, aspectos laterais e anteriores do braço ou da coxa, área escapular das costas, ou área glútea ventrodorsal superior.
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[00130] As composições da divulgação também podem ser administradas em uma, ou mais doses, assim como por outras vias de administração. Por exemplo, essas outras vias incluem intracutânea, intravenosa, intravascular, intra-arterial, intraperitoneal, intratecal, intratraqueal, intracardíaca, intralobal, intramedular, intrapulmonar, e intravaginal. Dependendo da duração do tratamento desejada, as composições de acordo com a divulgação podem ser administradas uma ou várias vezes, também de forma intermitente, por exemplo, mensalmente durante vários meses ou anos e em diferentes dosagens.
[00131] As formas de dosagem sólidas para administração oral incluem cápsulas, comprimidos, cápsulas de gel (caplets), pílulas, pós, drágeas, e grânulos. Em tais formas de dosagem sólidas, o ingrediente ativo é normalmente combinado com um ou mais excipientes farmaceuticamente aceitáveis, cujos exemplos são detalhados acima. As preparações orais também podem ser administradas como suspensões aquosas, elixires, ou xaropes. Para estas, o ingrediente ativo pode ser combinado com vários agentes adoçantes ou aromatizantes, corantes e, se desejado, agentes emulsificantes e/ou de suspensão, assim como com diluentes tais como água, etanol, glicerina e uma combinações dos mesmos.
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[00132] Uma ou mais composições da divulgação podem ser administradas, ou os métodos e usos para o tratamento de acordo com a divulgação podem ser realizados, sozinhos ou em combinação, com outras composições farmacológicos ou tratamentos, por exemplo quimioterapia e/ou imunoterapia e/ou vacina. As outras composições terapêuticas ou tratamentos podem ser, por exemplo, um ou mais daqueles aqui discutidos e podem ser administrados quer simultânea quer sequencialmente com (antes ou depois) a composição ou tratamento da divulgação.
[00133] Em alguns casos, o tratamento pode ser administrado em combinação com terapia de bloqueio de ponto de verificação/inibidores de ponto de verificação, anticorpos coestimulatórios, quimioterapia citotóxica ou não citotóxica e/ou radioterapia, terapia direcionada ou terapia com anticorpos monoclonais. Foi demonstrado que a quimioterapia sensibiliza os tumores a serem mortos pelas células T citotóxicas específicas para tumores induzidas pela vacinação (Ramakrishnan et al. J Clin Invest. 2010; 120(4) :1111-1124) . Exemplos de inibidores de ponto de verificação são inibidores de CTLA-4, Ipilimumab e inibidores de sinalização de morte celular programada-l/ligante (ligand) de morte celular programada-1 (PD-1/PD-L1), Nibolumab, Pembrolizumab, Atezolizumab e Durvalumab. Exemplos de agentes quimioterápicos
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74/215 incluem agentes alquilantes, incluindo mostardas de nitrogênio, tais como mecloretamina (HN2), ciclofosfamida, ifosfamida, melfalano (L-sarcolisina) e clorambucil; antraciclinas; epotilonas; nitrosoureias, tais como carmustina (BCNU), lomustina (CCNU), semustina (metil-CCNU) e estreptozocina (estreptozotocina); triazenos, tal como a decarbazina (DTIC; dimetiltriazenoimidazol-carboxamida; etileniminas/metilmelaminas, tais como hexametilmelamina, tiotepa; alquilsulfonatos, tal como bussulfano; antimetabólitos incluindo análogos de ácido fólico, tal como metotrexato (ametopterina); agentes alquilantes, antimetabólitos, análogos de pirimidina, tais como fluorouracila (5-fluorouracila; 5-FU), floxuridina (fluorodeoxiuridina; FUdR) e citarabina (citosina arabinosídeo) ; análogos de purina e inibidores relacionados, tais como mercaptopurina (6-mercaptopurina; 6-MP), tioguanina (6-tioguanina; TG) e pentostatina (2'-desoxicoformicina); epipodofilotoxinas; enzimas, tal como L-asparaginase ; modificadores de resposta biológica, tais como IFNa, IL-2, GCSF e GM-CSF; complexos de coordenação de platina, tais como cisplatina (cis-DDP), oxaliplatina e carboplatina; antracenodionas, tais como mitoxantrona e antraciclina; ureia substituída, tal como hidroxiureia; derivados de metil
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75/215 hidrazina, incluindo procarbazina (N-metil-hidrazina, MIH) e procarbazina; supressores adrenocorticais, tais como mitotano (ο,ρ'-DDD) e aminoglutetimida; taxol e análogos/derivados; hormônios e agonistas/antagonistas, incluindo antagonistas de adrenocorticosteroides, tais como prednisona e equivalentes, dexametasona e aminoglutetimida, progestina, tai como caproato de hidroxiprogesterona, acetato de medroxiprogesterona e acetato de megestrol, estrogênio, tais como dietilestilbestrol e equivalentes de etinil estradiol, antiestrogênio, tai como tamoxifeno, andrógenos, incluindo propionato de testosterona e fluoximesterona/equivalentes, antiandrógenos, tai como flutamida, análogos do hormônio liberador de gonadotrofinas e leuprolida e antiandrógenos não esteroidais, tai como flutamida; produtos naturais, incluindo alcalóides da vinca, como vinblastina (VLB) e vincristina, epipodofilotoxinas, tais como etoposideo e teniposideo, antibióticos, tais como dactinomicina (actinomicina D), daunorrubicina (daunomicina; rubidomicina), doxorrubicina, bleomicina, plicamicina (mitramicina) e mitomicina (mitomicina C), enzimas, tal como a L-asparaginase, e modificadores de resposta biológica, taos como interferon alfenomas.
[00134] Em alguns casos, o método de tratamento é um método de vacinação ou um método de proporcionar imunoterapia.
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Como aqui usada, imunoterapia é o tratamento de uma doença ou condição ao se induzir ou melhorar uma resposta imune em um indivíduo. Em certas modalidades, imunoterapia refere-se a uma terapia que compreende a administração de um ou mais fármacos a um indivíduo para elicitar respostas de células T. Em uma modalidade específica, imunoterapia refere-se a uma terapia que compreende a administração ou expressão de polipeptídeos que contêm um ou mais PEPIs a um indivíduo para eliciar uma resposta de células T para reconhecer e matar células que exibem um ou mais PEPIs em sua superfície celular em conjunto com um HLA de classe I. Em uma outra modalidade específica, a imunoterapia compreende a administração de um ou mais PEPIs a um indivíduo para eliciar uma resposta de células T citotóxicas contra células que exibem antigenos associados a tumores (TAAs) ou antigenos de câncer/testículo (CTAs) compreendendo os um ou mais PEPIs em sua superfície celular. Em outra modalidade, imunoterapia refere-se a uma terapia que compreende a administração ou expressão de polipeptídeos que contêm um ou mais PEPIs apresentados por HLAs de classe II a um indivíduo para elicitar uma resposta de T auxiliares para proporcionar coestimulação a células T citotóxicas que reconhecem e matam células doentes que exibem o um ou mais PEPIs em sua superfície celular em conjunto com HLAs de classe I. Ainda em uma outra
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77/215 modalidade especifica, imunoterapia refere-se a uma terapia que compreende a administração de um ou mais fármacos a um indivíduo que reativam as células T existentes de modo que matem células-alvo. A teoria é que a resposta de células T citotóxicas eliminará as células que exibem um ou mais PEPIs, melhorando, assim, a condição clínica do indivíduo. Em alguns casos, a imunoterapia pode ser usada para tratar tumores. Em outros casos, a imunoterapia pode ser usada para tratar doenças ou transtornos intracelulares baseados em patógenos.
[00135] Em alguns casos, a divulgação refere-se ao tratamento de câncer ou ao tratamento de tumores sólidos. Em alguns casos, o tratamento é de câncer de mama, câncer de ovário ou câncer colorretal. Em outros casos, o tratamento pode ser de qualquer outro câncer ou tumor sólido que expresse um antígeno associado ao tumor-alvo dos peptideos presentes, como aqui descrito, ou qualquer câncer no qual tais antigenos polipeptídicos-alvo sejam expressos em alguns ou em uma alta porcentagem de indivíduos. O tratamento pode ser de cânceres ou tumores malignos ou benignos de qualquer tipo de célula, tecido ou órgão. O câncer pode ou não ser metastático. Exemplos de cânceres incluem carcinomas, sarcomas, linfomas, leucemias, tumores de células germinativas ou blastomas. O câncer pode ou não ser um câncer relacionado a ou dependente de hormônios (por
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78/215 exemplo, um câncer relacionado a estrogênio ou andrógeno).
Seleção de polipeptídeos e pacientes
[00136] Antígenos polipeptídicos específicos, e peptídeos particularmente curtos derivados de tais antígenos que são comumente usados em vacinação e imunoterapia, induzem respostas imunes em apenas uma fração dos indivíduos humanos. Os polipeptídeos da presente divulgação são selecionados especificamente para induzirem respostas imunes em uma grande proporção da população em geral, mas podem não ser eficazes em todos os indivíduos devido à heterogeneidade do genótipo de HLA. A heterogeneidade da população do genótipo de HLA significa que a taxa de resposta imune ou clínica às vacinas aqui descritas diferirá entre subpopulações humanas diferentes. Em alguns casos, as vacinas aqui descritas são para uso no tratamento de uma subpopulação específica ou alvo, por exemplo, uma população asiática, ou uma população vietnamita, chinesa e/ou japonesa.
[00137] A divulgação também proporciona um método para identificar um indivíduo humano que provavelmente terá uma resposta de células T citotóxicas à administração de uma composição farmacêutica compreendendo um peptídeo da divulgação (prováveis respondedores) ou para prever a probabilidade com que um indivíduo tenha uma resposta de
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79/215 células T citotóxicas.
[00138] Como aqui proporcionado, a apresentação de epitopos de células T por múltiplos HLAs de um indivíduo é geralmente necessária para desencadear uma resposta de células T. O melhor preditor de uma resposta de células T citotóxicas a um dado polipeptídeo, conforme determinado pelos inventores, é a presença de pelo menos um epítopo de células T que é apresentado por três ou mais moléculas de HLA de classe I de um indivíduo (PEPI3+ bl) . Consequentemente, a presença nos peptídeos do(s) ingrediente(s) ativo(s) de uma composição farmacêutica de um ou mais epitopos de células T que tenham a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA de um indivíduo é preditiva de que o indivíduo terá uma resposta de células T citotóxicas à administração da composição farmacêutica. O indivíduo é um provável respondedor imune.
[00139] Em alguns casos, o epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA d classe I do indivíduo tem a sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 40, ou SEQ ID NOs: 1 a 40, 172-194, 234-250 e 272-301. Em outros casos, o epítopo de células T pode ter uma sequência de aminoácidos diferente em um ou mais peptídeos da composição farmacêutica.
[00140] Os inventores descobriram adicionalmente que a
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80/215 presença em uma composição de vacina ou de imunoterapia de pelo menos dois epitopos que podem se ligar a pelo menos três HLA de um indivíduo é preditiva de uma resposta clínica. Em outras palavras, se um indivíduo tiver um total de PEPI3+ no(s) polipeptídeo (s) do(s) ingrediente (s) ativo(s) de uma composição de vacina ou de imunoterapia, e estes PEPI3+s forem derivados de sequências de antigenos que são, de fato, expressas no indivíduo (por exemplo, células do tumor-alvo do indivíduo expressam os antigenos associados ao tumor alvo), então o indivíduo é um provável respondedor clínico (isto é, um respondedor imune clinicamente relevante).
[00141] Consequentemente, alguns aspectos da divulgação referem-se a um método para identificar um indivíduo que provavelmente terá uma resposta clínica a um método de tratamento de acordo com a divulgação, ou para predizer a probabilidade de que um indivíduo terá uma resposta clínica. Uma resposta clínica ou benefício clínico, conforme aqui usados, podem ser a prevenção de ou um atraso no aparecimento de uma doença ou condição, a melhora de um ou mais sintomas, a indução ou prolongamento de remissão, ou o atraso de um recaída ou recorrência ou deterioração, ou qualquer outra melhora ou estabilização no status da doença de um indivíduo. Quando apropriado, uma resposta clínica pode se correlacionar com o
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81/215 controle da doença ou uma resposta objetiva, conforme definido pelas diretrizes dos Critérios de Avaliação de Resposta em Tumores Sólidos (RECIST, do inglês Response Evaluation Criteria In Solid Tumors).
[00142] Em algumas modalidades, o método compreende determinar que um ou mais antígenos associados a câncer selecionados dentre SPAG9, AKAP-4, BORIS, NY-SAR-35, NY-BR-1, SURVIVINA, MAGE-A11, PRAME, MAGE-A9, HOM-TES-85, TSP50, EpCAM, CAGEI, FBXO39, MAGE-A8 e MAGE-A6 são expressos por um câncer. Por exemplo, a expressão do antígeno associado a câncer pode ser detectada em uma amostra obtida do indivíduo, por exemplo, uma biópsia de tumor, usando-se métodos conhecidos na técnica.
[00143] Os inventores descobriram que não é suficiente que uma composição de vacina ou imunoterapia tenha como alvo um antígeno expresso por células cancerígenas ou tumorais de um paciente, nem que as sequências-alvo desse antígeno possam se ligar a HLA de classe I do paciente (epítopos restritos a HLA). A composição provavelmente é efetiva apenas em pacientes que tanto expressarem o antígeno-alvo quanto tiverem três ou mais HLA de classe I que se ligam a um único epítopo de células T do antígeno-alvo. Além disso, como descrito acima, pelo menos dois epítopos que se ligam a pelo menos 3 HLAs do paciente são geralmente necessários para se induzir uma resposta imune
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82/215 clinicamente relevante.
[00144] Portanto, o método compreende adicionalmente determinar que o(s) peptídeo(s) do(s) ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica compreende(m) duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é a) um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso por células cancerígenas do indivíduo, determinado como descrito acima; e b) um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA de classe I do indivíduo.
[00145] Em alguns casos, o epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA d classe I do indivíduo tem a sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 40, ou SEQ ID NOs: 1 a 40, 172-194, 234-250 e 272-301. Em outros casos, o epítopo de células T pode ter uma sequência de aminoácidos diferente em um ou mais peptideos da composição farmacêutica.
[00146] Em alguns casos, a probabilidade de um indivíduo ter uma resposta clínica a uma vacina peptídica ou composição de imunoterapia, tais como as descritas aqui, pode ser determinada sem se saber se os antígenos-alvo são expressos em células cancerígenas ou tumorais do indivíduo e/ou sem se determinar o genótipo de HLA de classe I do indivíduo. Frequências de expressão de antígeno conhecidas na doença (por
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83/215 exemplo, MAGE-A3 em um tipo de tumor como câncer de mama ou câncer colorretal) e/ou frequências conhecidas para o genótipo de HLA de classe I e da classe II de indivíduos na populaçãoalvo (por exemplo, população étnica, população em geral, população doente) podem ser usadas em seu lugar. Além disso, combinando-se peptideos que têm como alvos os PEPIs mais frequentemente apresentados em toda a população (BestEPIs) em múltiplos antígenos-alvo frequentemente expressos na doença, conforme identificados e descritos aqui, é possível desenhar um regime de vacina contra câncer que seja efetiva para uma grande proporção de pacientes. No entanto, usar os métodos de diagnóstico complementares aqui descritos para pré-selecionar pacientes com a maior probabilidade de ter uma resposta clínica aumentará as taxas de resposta clínica entre os pacientes tratados.
[00147] A probabilidade de que um indivíduo responderá ao tratamento é aumentada (i) pela presença de mais PEPIs que se ligam a múltiplos HLA nos polipeptídeos do(s) ingrediente(s) ativo (s); (ii) pela presença de PEPIs em mais antigenos polipeptídicos-alvo; e (iii) pela expressão dos antigenos polipeptídicos-alvo no indivíduo ou nas células doentes do indivíduo. Em alguns casos, a expressão dos antigenos polipeptídicos-alvo no indivíduo pode ser conhecida, por
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84/215 exemplo, se os antigenos polipeptidicos-alvo estiverem em uma amostra obtida do individuo. Em outros casos, a probabilidade de um individuo especifico, ou células doentes de um individuo especifico, (super)expressarem uma combinação específica ou qualquer combinação de antigenos polipeptidicos-alvo pode ser determinada usando-se dados de frequência de expressão na população, por exemplo, probabilidade de expressão de um antígeno em câncer de mama, câncer colorretal ou câncer de ovário. Os dados de frequência de expressão na população podem estar relacionados a uma população correspondente ao indivíduo e/ou à doença ou à população com intenção de tratar. Por exemplo, a frequência ou probabilidade de expressão de um antígeno em particular associado a câncer em um câncer em particular ou indivíduo tendo um câncer em particular, por exemplo, câncer de mama, pode ser determinada detectando-se o antígeno no tumor, por exemplo, em amostras de tumor de câncer de mama. Em alguns casos, tais frequências de expressão podem ser determinadas a partir de números publicados e publicações científicas. Em alguns casos, um método da invenção compreende uma etapa para determinar a frequência de expressão de um antígeno polipeptídico-alvo relevante em uma população relevante.
divulgada uma série de biomarcadores
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85/215 farmacodinâmicos para predizer a atividade/efeito de vacinas em indivíduos humanos individualmente, assim como em populações de indivíduos humanos. Estes biomarcadores agilizam o desenvolvimento de vacinas mais efetivas e também diminuem o custo de desenvolvimento e podem ser usados para avaliar e comparar diferentes composições. Exemplos de biomarcadores são os seguintes.
[0014 9] AG95 — potência de uma vacina: O número de antigenos em uma vacina contra câncer que um tipo específico de tumor expressa com 95% de probabilidade. O AG95 é um indicador da potência da vacina e é independente da imunogenicidade dos antigenos da vacina. O AG95 é calculado a partir dos dados da taxa de expressão de antigenos tumorais. Tais dados podem ser obtidos a partir de experimentos publicados em revistas científicas revisadas por pares. Tecnicamente, o AG95 é determinado a partir da distribuição binomial de antigenos na vacina levando-se em consideração todas as variações e taxas de expressão possíveis.
[00150] Contagem de PEPI3+ — imunogenicidade de uma vacina em um indivíduo: Os PEPI3+ derivados de uma vacina são epítopos pessoais que se ligam a pelo menos 3 HLAs de um indivíduo e induzem respostas de células T. Os PEPI3+ podem ser determinados usando-se o Teste PEPI3+ em indivíduos cujo
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86/215 genótipo HLA completo de 4 dígitos seja conhecido.
[00151] Contagem de AP — antigenicidade de uma vacina em um indivíduo: Número de antigenos da vacina com PEPI3+. As vacinas contêm sequências de antigenos polipeptidicos-alvo expressos por células doentes. A contagem de AP é o número de antigenos na vacina que contêm PEPI3+ e a contagem de AP representa o número de antigenos na vacina que podem induzir respostas de células T em um indivíduo. A contagem de AP caracteriza as respostas de células T específicas para os antigenos da vacina do indivíduo, uma vez ela que depende apenas do genótipo de HLA do indivíduo e é independente da doença, idade e medicação do indivíduo. O valor correto está entre 0 (nenhum PEPI apresentado pelo antígeno) e o número máximo de antigenos (todos os antigenos apresentam PEPIs).
[00152] AP50 — antigenicidade de uma vacina em uma população: O número médio de antigenos da vacina com um PEPI em uma população. Ο AP50 é adequado para a caracterização de respostas de células T específicas para os antigenos da vacina em uma dada população, uma vez que depende do genótipo de HLA dos indivíduos em uma população.
[00153] Contagem de AGP — efetividade de uma vacina em um indivíduo: Número de antigenos da vacina expressos no tumor com PEPI. A contagem de AGP indica o número de antigenos
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87/215 tumorais que a vacina reconhece e contra os quais induz uma resposta de células T (atingindo o alvo). A contagem de AGP depende da taxa de expressão de antigenos da vacina no tumor do indivíduo e no genótipo de HLA do indivíduo. 0 valor correto está entre 0 (nenhum PEPI apresentado pelo antígeno expresso) e o número máximo de antigenos (todos os antigenos são expressos e apresentam um PEPI).
[00154] AGP50 — efetividade de uma vacina contra câncer em um população: O número médio de antigenos da vacina expresso no tumor indicado com PEPI (isto é, AGP) em uma população. O AGP50 indica o número médio de antigenos tumorais que as respostas de células T induzidas pela vacina podem reconhecer. O AGP50 depende da taxa de expressão dos antigenos no tipo de tumor indicado e da imunogenicidade dos antigenos na populaçãoalvo. O AGP50 pode estimar a efetividade de uma vacina em diferentes populações e pode ser usado para comparar diferentes vacinas na mesma população. O cálculo do AGP50 é similar ao usado para o AG50, à exceção de que a expressão é ponderada pela ocorrência de PEPI3+ no indivíduo nos antigenos expressos da vacina. Em uma população teórica, na qual cada indivíduo tem um PEPI de cada antígeno da vacina, o AGP50 será igual a AG50. Em uma outra população teórica, na qual nenhum indivíduo tem um PEPI de qualquer antígeno da vacina, o AGP50 será 0. Em
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88/215 geral, é válida a seguinte declaração: 0 X AGP50 X AG50.
[00155] mAGP — um biomarcador candidato para a seleção de prováveis respondedores: Probabilidade de uma vacina contra câncer induzir respostas de células T contra múltiplos antígenos expressos no tumor indicado. O mAGP é calculado a partir das taxas de expressão de antígenos da vacina, por exemplo no tumor, e a presença de PEPIs derivados da vacina no indivíduo. Tecnicamente, com base na distribuição de AGP, o mAGP é a soma das probabilidades de múltiplos AGP (Ú2 AGPs).
[00156] Os resultados de uma predição, conforme estabelecido acima, podem ser usados para orientar as decisões de um médico sobre o tratamento do indivíduo. Consequentemente, em alguns casos, o método da divulgação prediz que um indivíduo terá ou que é provável que tenha uma resposta de células T e/ou uma resposta clínica a um tratamento, conforme aqui descrito, e o método compreende adicionalmente selecionar o tratamento para o indivíduo humano. Em alguns casos, um indivíduo é selecionado para tratamento se a probabilidade de uma resposta direcionada a um número predefinido de antígenos polipeptídicos-alvo, opcionalmente em que (se prediz que) os antígenos polipeptídicos-alvo são (sejam) expressos, estiver acima de um limite predeterminado Em alguns casos, o número de antígenos ou epítopos polipeptídicos-alvo é dois. Em alguns
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89/215 casos, o número de antígenos ou epítopos polipeptídicos-alvo é três, ou quatro, ou cinco, ou seis, ou sete, ou oito, ou nove, ou dez. 0 método pode adicionalmente compreender administrar o tratamento ao indivíduo humano. Alternativamente, o método pode predizer que o indivíduo não terá uma resposta imune e/ou uma resposta clínica e compreenderá adicionalmente selecionar um tratamento diferente para o indivíduo.
[00157] Modalidades adicionais da divulgação - (1)
1. Uma composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptideos, em que cada peptideo compreende um diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 112 a 142 .
2. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo 2 ou mais peptideos, 3 ou mais peptideos, 4 ou mais peptideos, 5 ou mais peptideos, ou 6 ou mais peptideos.
3. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo dois peptideos, em que cada peptideo compreende um diferente das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 121 e 124.
4. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo quatro peptideos, em que cada peptideo compreende um diferente das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 126, 130, 131, e 134 .
5. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo
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90/215 seis peptideos, em que cada peptideo compreende um diferente das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 121, 124, 126, 130, 131, e 134.
6. A composição farmacêutica do item 5, compreendendo adicionalmente pelo menos um peptideo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado dentre TSP50, EpCAM, SPAG9, CAGEI, FBXO39, SURVIVINA, MAGE-A8, e MAGE-A6.
7. A composição farmacêutica do item 5, compreendendo adicionalmente um ou mais peptideos adicionais, cada um do um ou mais peptideos adicionais compreendendo um diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 112120, 122, 123, 125, 127-129, 132, 133, e 135-142.
8. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo adicionalmente um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação dos mesmos.
9. A composição farmacêutica do item 8, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG) , corynbacterium parvum, levamisol, azimezona, isoprinisona, dinitroclorobenezeno (DNCB), hemocianinas de lapa (KLH), adjuvante de Freund (completo), adjuvante de Freund (incompleto), géis de minerais, hidróxido de alumínio (Alúmen), lisolecitina, polióis plurônicos, poliânions, peptideos,
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91/215 emulsões de óleos, dinitrofenol, toxina da difteria (DT) , e uma combinações dos mesmos.
10. Uma composição farmacêutica compreendendo uma ou mais moléculas de ácido nucleico codificando um ou mais peptídeos, em que cada peptideo compreende um diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 112 a 142 .
11. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta clínica à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 1, compreendendo o método (i) ensaiar uma amostra biológica do indivíduo para determinar o genótipo de HLA do indivíduo;
(ii) determinar que a composição farmacêutica compreende duas ou mais sequências que são um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de HLA de classe I do indivíduo;
(iii) determinar a probabilidade de um tumor do indivíduo expressar um ou mais antígeno correspondente aos epitopos de células T identificados na etapa (ii) usando-se dados de expressão populacional para cada antígeno, para identificar a probabilidade de o indivíduo ter uma resposta clínica à administração da composição farmacêutica, e
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92/215 (iv) administrar a composição do item 1 ao indivíduo identificado.
12. 0 método do item 11, em que o indivíduo tem câncer colorretal.
13. 0 método do item 11, em que a composição farmacêutica compreende 2 ou mais peptideos, 3 ou mais peptideos, 4 ou mais peptideos, 5 ou mais peptideos, ou 6 ou mais peptideos.
14. 0 método do item 11, em que a composição farmacêutica compreende dois peptideos, em que cada peptídeo compreende um diferente das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 121 e 124 .
15. 0 método do item 11, em que a composição farmacêutica compreende quatro peptideos, em que cada peptídeo compreende um diferente das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 126, 130, 131, e 134.
16. O método do item 11, em que a composição farmacêutica compreende seis peptideos, em que cada peptídeo compreende um diferente das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 121, 124, 126, 130, 131, e 134.
17. O método do item 11, em que a composição farmacêutica compreende adicionalmente pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado dentre TSP50, EpCAM, SPAG9, CAGEI, FBXO39, SURVIVINA, MAGE-A8, e MAGE
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A6 .
18. 0 método do item 11, em que a composição farmacêutica compreende adicionalmente um ou mais peptídeos adicionais, cada um do um ou mais peptídeos adicionais compreendendo um diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 112-120, 122, 123, 125, 127-129, 132, 133, e 135-142.
19. O método do item 11, em que a composição farmacêutica compreende adicionalmente um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação dos mesmos.
20. O método do item 19, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisol, azimezona, isoprinisona, dinitroclorobenezeno (DNCB), hemocianinas de lapa (KLH), adjuvante de Freund (completo), adjuvante de Freund (incompleto), géis de minerais, hidróxido de alumínio (Alúmen), lisolecitina, polióis plurônicos, poliânions, peptídeos, emulsões de óleos, dinitrofenol, toxina da difteria (DT), e uma combinações dos mesmos.
21. O método do item 11, compreendendo adicionalmente administrar um agente quimioterápico, um inibidor de ponto de verificação, uma terapia direcionada, radioterapia, uma outra
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94/215 imunoterapia, ou combinação dos mesmos ao indivíduo identificado.
22. 0 método do item 13, compreendendo adicionalmente antes da etapa de administração, (i) ensaiar uma amostra de tumor do indivíduo para determinar que os três ou mais peptideos da composição farmacêutica compreendem duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é
a. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso por células cancerígenas do indivíduo, conforme determinado na etapa (i); e
b. um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de HLA de classe I do indivíduo; e (ii) confirmar o indivíduo como tendo probabilidade de ter uma resposta clínica ao método de tratamento.
[00158] Modalidades adicionais da divulgação - (2)
[00159] Câncer de mama
1. Uma composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptideos, em que cada peptídeo compreende um diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 81 a 111 e 435 a 449.
2. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo 2
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95/215 ou mais peptideos, 3 ou mais peptideos, 4 ou mais peptideos, 5 ou mais peptideos, 6 ou mais peptideos, 7 ou mais peptideos, 8 ou mais peptideos, 9 ou mais peptideos, 10 ou mais peptideos, 11 ou mais peptideos, ou 12 ou mais peptideos.
3. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo 9 peptideos, em que cada peptídeo compreende um diferente das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 92, 93, 98, 99-101, e 103-105.
4. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo adicionalmente pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado dentre PIWIL-2, AKAP4, EpCAM, BORIS, HIWI, SPAG9, PLU-1, TSGA10, ODF-4, SP17, RHOXF-2, PRAME, NY-SAR-35, MAGE-A9, NY-BR-1, SURVIVINA, MAGEAll, HOM-TES-85 e NY-ESQ-1.
5. A composição farmacêutica do item 4, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194.
6. A composição farmacêutica do item 4, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 41-60 e 195-233.
7. A composição farmacêutica do item 1, compreendendo
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96/215 adicionalmente um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação dos mesmos.
8. A composição farmacêutica do item 7, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisol, azimezona, isoprinisona, dinitroclorobenezeno (DNCB), hemocianinas de lapa (KLH), adjuvante de Freund (completo), adjuvante de Freund (incompleto), géis de minerais, hidróxido de alumínio (Alúmen), lisolecitina, polióis plurônicos, poliânions, peptideos, emulsões de óleos, dinitrofenol, toxina da difteria (DT) , e uma combinações dos mesmos.
9. Uma composição farmacêutica compreendendo uma ou mais moléculas de ácido nucleico codificando um ou mais peptideos, em que cada peptídeo compreende um diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 81 a 111 e 435 a 449.
10. A composição farmacêutica do item 9, em que a uma ou mais moléculas de ácido nucleico codificam 2 ou mais peptideos, 3 ou mais peptideos, 4 ou mais peptideos, 5 ou mais peptideos, 6 ou mais peptideos, 7 ou mais peptideos, 8 ou mais peptideos, 9 ou mais peptideos, 10 ou mais peptideos, 11 ou mais peptideos, ou 12 ou mais peptideos.
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11. A composição farmacêutica do item 9, em que a uma ou mais moléculas de ácido nucleico codificam 9 peptideos, em que cada peptideo compreende um diferente das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 92, 93, 98, 99-101, e 103-105.
12. A composição farmacêutica do item 9, em que a uma ou mais moléculas de ácido nucleico codificam pelo menos um peptideo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado dentre PIWIL-2, AKAP-4, EpCAM, BORIS, HIWI, SPAG9,
PLU-1, TSGA10, ODF-4, SP17, RHOXF-2, PRAME, NY-SAR-35, MAGE-
A9, NY-BR-1 , SURVIVINA, MAGE-A11, HOM -TES-85 e NY-ESO-1 •
13. A composição farmacêutica do item 12, em que o
fragmento de um antígeno compreende uma sequência de
aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID
NOs: 1 a 20 , 24 e 172 a 194 .
14. A composição farmacêutica do item 12, em que o
fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 41-60 e 195-233.
15. A composição farmacêutica do item 9, compreendendo adicionalmente um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação dos mesmos.
16. A composição farmacêutica do item 15, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA
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51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisol, azimezona, isoprinisona, dinitroclorobenezeno (DNCB), hemocianinas de lapa (KLH), adjuvante de Freund (completo), adjuvante de Freund (incompleto), géis de minerais, hidróxido de alumínio (Alúmen), lisolecitina, polióis plurônicos, poliânions, peptideos, emulsões de óleos, dinitrofenol, toxina da difteria (DT) , e uma combinações dos mesmos.
17. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta clínica à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 1, compreendendo o método (i) ensaiar uma amostra biológica do indivíduo para determinar o genótipo de HLA do indivíduo;
(ii) determinar que a composição farmacêutica compreende duas ou mais sequências que são um epitopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de HLA de classe I do indivíduo;
(iii) determinar a probabilidade de um tumor do indivíduo expressar um ou mais antígeno correspondente aos epítopos de células T identificados na etapa (ii) usando-se dados de expressão populacional para cada antígeno, para identificar a probabilidade de o individuo ter uma resposta clínica à
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99/215 administração da composição farmacêutica, e (iv) administrar a composição do item 1 ao indivíduo identificado.
18. 0 método do item 17, em que o indivíduo tem câncer de mama.
19. 0 método do item 17, em que a composição compreende ou mais peptideos, 3 ou mais peptideos, 4 ou mais peptideos, ou mais peptideos, 6 ou mais peptideos, 7 ou mais peptideos, ou mais peptideos, 9 ou mais peptideos, 10 ou mais peptideos, ou mais peptideos, ou 12 ou mais peptideos.
20. O método do item 17, em que a composição farmacêutica compreende 9 peptideos, em que cada peptideo compreende um diferente das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 92, 93, 98, 99-101, e 103-105.
21. O método do item 17, em que a composição farmacêutica compreende adicionalmente pelo menos um peptideo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado dentre PIWIL-2, AKAP-4, EpCAM, BORIS, HIWI, SPAG9, PLU-1, TSGA10, ODF4, SP17, RHOXF-2, PRAME, NY-SAR-35, MAGE-A9, NY-BR-1,
SURVIVINA, MAGE-A11, HOM-TES-85 e NY-ESO-1.
22. O método do item 21, em que o fragmento de um antígeno compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194.
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23. O método do item 21, em que o fragmento de um antigeno compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 41-60 e 195-233.
24. O método do item 17, em que a composição farmacêutica compreende adicionalmente um adjuvante, diluente, veiculo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação dos mesmos.
25. O método do item 24, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisol, azimezona, isoprinisona, dinitroclorobenezeno (DNCB), hemocianinas de lapa (KLH), adjuvante de Freund (completo), adjuvante de Freund (incompleto), géis de minerais, hidróxido de alumínio (Alúmen), lisolecitina, polióis plurônicos, poliânions, peptideos, emulsões de óleos, dinitrofenol, toxina da difteria (DT) , e uma combinações dos mesmos.
26. O método do item 17, compreendendo adicionalmente administrar um agente quimioterápico, um inibidor de ponto de verificação, uma terapia direcionada, radioterapia, uma outra imunoterapia, ou combinação dos mesmos ao indivíduo identificado.
27. O método do item 17, compreendendo adicionalmente
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101/215 antes da etapa de administração, (iii)ensaiar uma amostra de tumor do indivíduo para determinar que os três ou mais peptideos da composição farmacêutica compreendem duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é
a. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso por células cancerígenas do indivíduo, conforme determinado na etapa (i); e
b. um epítopo de células T que tem a capacidade de se
ligar a pelo menos três moléculas de HLA de classe I do
indivíduo; e
(iv) confirmar o indivíduo como tendo probabilidade de
ter uma resposta clínica ao método de tratamento.
28. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta imune à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 1, compreendendo o método (i) ensaiar uma amostra biológica do indivíduo para determinar o genótipo de HLA do indivíduo;
(ii) determinar que a composição farmacêutica compreende
duas ou mais sequências que são um epítopo de células T que
tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de
HLA de classe I do indivíduo; e
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102/215 (iv) administrar a composição do item 1 ao indivíduo identificado.
29. Um kit compreendendo:
a. uma primeira composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptideos, em que cada peptideo compreende um diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 81-111 e 435 a 449; e
b. Uma segunda composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptideos, em que cada peptideo compreende um diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs:
81-111 e 435 a 449.
30 . Uma composição farmacêutica comp reendendo: uma
molécula de ácido nucleico expressando dois ou mais
polipeptideos, cada polipeptídeo compreendendo um fragmento de
até 50 aminoácidos consecutivos de um antígeno selecionado dentre PIWIL-2, AKAP-4, EpCAM, BORIS, HIWI, SPAG9, PLU-1, TSGA10, ODF-4, SP17, RHOXF-2, PRAME, NY-SAR-35, MAGE-A9, NYBR-1, SURVIVIN, MAGE-A11, HOM-TES-85 e NY-ESO-1, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 20, 24, e 172 a 194.
31. Uma composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptideos, em que cada peptideo compreende um diferente da
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103/215 sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 332346.
32. A composição farmacêutica do item 31, compreendendo 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos, 12 ou mais peptídeos, 13 ou mais peptídeos, 14 ou mais peptídeos, ou 15 ou mais peptídeos.
33. A composição farmacêutica do item 31, compreendendo 15 peptídeos, em que cada peptídeo compreende um diferente das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 332-346.
34. A composição farmacêutica do item 31, compreendendo adicionalmente pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado dentre PIWIL-4, WT1, EpCAM, BORIS, AKAP-4, OY-TES-1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, SPAG9, PRAME, HIWI, SURVIVINA, e AKAP-3.
35. A composição farmacêutica do item 34, em que o
fragmento de um antígeno compreende uma sequência de
aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID
NOs: 272-301.
36. A composição farmacêutica do item 34, em que o
fragmento de um antígeno compreende uma sequência de
aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID
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NOs: e 302-331.
37. A composição farmacêutica do item 31, compreendendo adicionalmente um adjuvante, diluente, veiculo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação dos mesmos.
38. A composição farmacêutica do item 37, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisol, azimezona, isoprinisona, dinitroclorobenezeno (DNCB), hemocianinas de lapa (KLH), adjuvante de Freund (completo), adjuvante de Freund (incompleto), géis de minerais, hidróxido de alumínio (Alúmen), lisolecitina, polióis plurônicos, poliânions, peptídeos, emulsões de óleos, dinitrofenol, toxina da difteria (DT) , e uma combinações dos mesmos.
39. Uma composição farmacêutica compreendendo uma ou mais moléculas de ácido nucleico codificando um ou mais peptídeos, em que cada peptídeo compreende um diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 332-346.
40. A composição farmacêutica do item 39, em que a uma ou mais moléculas de ácido nucleico codificam 2 ou mais peptídeos, 3 ou mais peptídeos, 4 ou mais peptídeos, 5 ou mais peptídeos, 6 ou mais peptídeos, 7 ou mais peptídeos, 8 ou mais peptídeos, 9 ou mais peptídeos, 10 ou mais peptídeos, 11 ou mais peptídeos,
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105/215 ou mais peptídeos, 13 ou mais peptídeos, 14 ou mais peptídeos, ou 15 ou mais peptídeos.
41. A composição farmacêutica do item 39, em que a uma ou mais moléculas de ácido nucleico codificam 15 peptídeos, em que cada peptídeo compreende um diferente das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 332-346.
42. A composição farmacêutica do item 39, em que a uma ou mais moléculas de ácido nucleico codificam pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragmento de um antígeno selecionado dentre PIWIL-4, WT1, EpCAM, BORIS, AKAP-4, OY-TES1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, SPAG9, PRAME, HIWI, SURVIVINA, e AKAP-3.
43. A composição farmacêutica do item 42, em que o
fragmento de um antígeno compreende uma sequência de
aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID
NOs: 272-301.
44. A composição farmacêutica do item 42, em que o
fragmento de um antígeno compreende uma sequência de
aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID
NOs: e 302-331.
45. A composição farmacêutica do item 39, compreendendo adicionalmente um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação dos mesmos.
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46. A composição farmacêutica do item 45, em que ο adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG) , corynbacterium parvum, levamisol, azimezona, isoprinisona, dinitroclorobenezeno (DNCB), hemocianinas de lapa (KLH), adjuvante de Freund (completo), adjuvante de Freund (incompleto), géis de minerais, hidróxido de alumínio (Alúmen), lisolecitina, polióis plurônicos, poliânions, peptídeos, emulsões de óleos, dinitrofenol, toxina da difteria (DT) , e uma combinações dos mesmos.
47. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta clínica à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 28, compreendendo o método (i) ensaiar uma amostra biológica do indivíduo para determinar o genótipo de HLA do indivíduo;
(ii) determinar que a composição farmacêutica compreende duas ou mais sequências que são um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de HLA de classe I do indivíduo;
(iii) determinar a probabilidade de um tumor do indivíduo expressar um ou mais antígeno correspondente aos epitopos de células T identificados na etapa (ii) usando-se dados de
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107/215 expressão populacional para cada antígeno, para identificar a probabilidade de o indivíduo ter uma resposta clínica à administração da composição farmacêutica.
(iv) administrar a composição do item 28 ao indivíduo identificado.
48. O método do item 47, em que o indivíduo tem câncer de ovário.
49. O método do item 47, em que a composição farmacêutica compreende 2 ou mais peptideos, 3 ou mais peptideos, 4 ou mais peptideos, 5 ou mais peptideos, 6 ou mais peptideos, 7 ou mais peptideos, 8 ou mais peptideos, 9 ou mais peptideos, 10 ou mais peptideos, 11 ou mais peptideos, 12 ou mais peptideos, 13 ou mais peptideos, 14 ou mais peptideos, ou 15 ou mais peptideos.
50. O método do item 47, em que a composição farmacêutica compreende 15 peptideos, em que cada peptídeo compreende um diferente das sequências de aminoácidos de SEQ ID NOs: 332346.
51. O método do item 47, em que a composição farmacêutica compreende adicionalmente pelo menos um peptídeo adicional compreendendo um fragPIWIL-4, WT1, EpCAM, BORIS, AKAP-4, OYTES-1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, SPAG9, PRAME, HIWI, SURVIVINA, e AKAP-3.
52. O método do item 51, em que o fragmento compreende
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108/215 uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 272-301.
53. O método do item 51, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 302-331.
54. O método do item 47, em que a composição farmacêutica compreende adicionalmente um adjuvante, diluente, veículo, conservante farmaceuticamente aceitáveis, ou combinação dos mesmos.
55. O método do item 54, em que o adjuvante é selecionado do grupo consistindo em Montanide ISA-51, QS-21, GM-CSF, ciclofosamida, bacilo Calmette-Guerin (BCG), corynbacterium parvum, levamisol, azimezona, isoprinisona, dinitroclorobenezeno (DNCB), hemocianinas de lapa (KLH), adjuvante de Freund (completo), adjuvante de Freund (incompleto), géis de minerais, hidróxido de alumínio (Alúmen), lisolecitina, polióis plurônicos, poliânions, peptideos, emulsões de óleos, dinitrofenol, toxina da difteria (DT) , e uma combinações dos mesmos.
56. O método do item 47, compreendendo adicionalmente administrar um agente quimioterápico, um inibidor de ponto de verificação, uma terapia direcionada, radioterapia, uma outra imunoterapia, ou combinação dos mesmos ao indivíduo
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109/215 identificado.
57. O método do item 47, compreendendo adicionalmente antes da etapa de administração, ensaiar uma amostra de tumor do indivíduo para determinar que os três ou mais peptideos da composição farmacêutica compreendem duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é
a. um fragmento de um antígeno associado a câncer expresso por células cancerígenas do indivíduo, conforme determinado na etapa (i); e
b. um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de HLA de classe I do indivíduo; e confirmar o indivíduo como tendo probabilidade de ter uma resposta clínica ao método de tratamento.
58. Um método para identificar e tratar um indivíduo humano tendo câncer que provavelmente terá uma resposta imune à administração de uma composição farmacêutica de acordo com o item 31, compreendendo o método (i) ensaiar uma amostra biológica do indivíduo para determinar o genótipo de HLA do indivíduo;
(ii) determinar que a composição farmacêutica compreende duas ou mais sequências que são um epítopo de células T que
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110/215 tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de HLA de classe I do indivíduo; e (iii) administrar a composição do item 31 ao indivíduo identificado.
59. Um kit compreendendo:
a. uma primeira composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptideos, em que cada peptídeo compreende um diferente da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 332-346; e
b. uma segunda composição farmacêutica compreendendo um ou mais peptideos, em que cada peptídeo compreende um diferente
da sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs :
332-346.
60 . Uma composição farmacêutica compreendendo: uma
molécula de ácido nucleico expressando dois ou mais
polipeptídeos, cada polipeptideo compreendendo um fragmento de até 50 aminoácidos consecutivos de um antígeno selecionado dentre PIWIL-4, WT1, EpCAM, BORIS, AKAP-4, OY-TES-1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, SPAG9, PRAME, HIWI, SURVIVINA, e AKAP-3, em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 272-301.
[00160] Exemplos
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[00161] Exemplo 1 - Processo e validação de predição de ligação a epítopos de HLA
[00162] A ligação predita entre um HLA em particular e epítopos (peptideos 9-méricos) baseou-se na ferramenta Immune Epitope Database para predição de epítopos (www.iedb.org).
[00163] 0 processo de predição de ligação a epítopos de HLA I foi validado por comparação com pares HLA I-epítopo determinados por experimentos de laboratório. Foi compilado um conjunto de dados de pares HLA I-epítopo relatados em publicações revisadas por pares ou em bases de dados imunológicos públicas.
[00164] A taxa de concordância com o conjunto de dados determinado experimentalmente (Tabela 2) foi determinada. Os
pares de ligação HLA-epítopo do conjunto de dados foram
preditos corretamente com uma probabilidade de 93% .
Coincidentemente, os pares HLA I- -epítopo que não se ligam
também foram preditos corretamente com uma probabilidade de 93% .
Tabela 2. Especificidade e sensibilidade analíticas do processo de predição de ligação HLA-epítopos.
Pares HLA-epítopo Epítopos verdadeiros (n=32 7) Epítopos falsos (n=100)
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(Correspondência de ligantes) (Correspondência de não ligantes)
HIV 91% (32) 82% (14)
Viral 100% (35) 100% (11)
Tumor 90% (172) 94% (32)
Outros (fungos, bactérias etc.) 100% (65) 95% (36)
Todos 93% (304) 93% (93)
[00165] Foi determinada a acurácia da predição de epitopos que se ligam a múltiplos HLA. Com base na especificidade e na sensibilidade analíticas e usando-se a probabilidade de 93% para a predição tanto de verdadeiros positivos e verdadeiros negativos e a probabilidade de 7% (= 100% - 93%) para a predição de falsos positivos e falsos negativos, pode ser calculada a probabilidade da existência de um epitopo que se liga a múltiplos HLA em uma pessoa. A probabilidade de ligação múltipla de HLA a um epitopo mostra a relação entre o número de HLAs que se ligam a um epitopo e o número mínimo esperado de ligações reais. Pela definição de PEPI, três é o número mínimo esperado de HLA que se liguem a um epitopo (negrito) .
Tabela 3. Acurácia de predições de múltiplos HLA que se ligam a epitopos.
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Número predito de HLAs que se ligam a um epitopo
0 1 2 3 4 5 6
1 35% 95% 100% 100% 100 100% 100%
2 6% 29% 90% 99% 100 100% 100%
3 1% 4% 22% 84% q8 100% 100%
4 0% 0% 2% 16% 78% 96% 99%
5 0% 0% 0% 1% 10% 71% 94%
6 0% 0% 0% 0% 0% 5% 65%
predição de ligação HLA-epítopo
[00166] 0 processo de validado foi usado para se determinarem todos os pares de ligação HLA-epítopo descritos nos Exemplos abaixo.
[00167] Exemplo 2 - A apresentação de epitopos por múltiplos HLA prediz a resposta de linfócitos T citotóxicos (CTL)
[00168] A apresentação de um ou mais epitopos de um antígeno polipeptídico por um ou mais HLA I de um indivíduo é preditiva de uma resposta de CTL foi determinada.
[00169] O estudo foi realizado por análise retrospectiva de seis ensaios clínicos, realizados em 71 pacientes com câncer e 9 pacientes infectados pelo HIV (Tabela ll)1-7. Os pacientes desses estudos foram tratados com uma vacina contra o HPV, três diferentes vacinas NY-ESO-1 específicas contra câncer, uma vacina contra HIV-1 e um anticorpo monoclonal específico para CTLA-4 (Ipilimumab) que demonstrou reativar CTLs contra o antígeno NY-ESO-1 em pacientes com melanoma. Todos estes ensaios clínicos mediram
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114/215 respostas de CTL CD8+-especificas para antigenos (imunogenicidade) nos indivíduos do estudo após a vacinação. Em alguns casos, foram relatadas correlações entre respostas de CTL e respostas clínicas.
[00170] Nenhum paciente foi excluído do estudo retroativo por qualquer outro motivo que não a disponibilidade de dados. Os 157 conjuntos de dados de pacientes (Tabela 4) foram aleatorizados com um gerador de números aleatórios padrão para criar duas coortes independentes para estudos de treinamento e de avaliação. Em alguns casos, as coortes continham vários conjuntos de dados do mesmo paciente, resultando em uma coorte de treinamento com 76 conjuntos de dados de 48 pacientes e uma coorte de teste/validação com 81 conjuntos de dados de 51 pacientes.
Tabela 4. Resumo dos conjuntos de dados dos pacientes
Ensai o clini CO Imunoterap ia Antigen o-Al vo Doença N° Paciente s * N° Conj unt os de dados |N° do antigen o x N° do pacient e) Imunoensa io realizado nos ensaios clínicos* Método de genotipagem de HLA Ref
1 VGX-3100 HPV16- E6 HPV16- E7 HPV18- E6 HPV18- E7 HPV16/1 8 Câncer cervical 17/18 5 x 17 IFN-γ ELISPOT SBT de alta resolução 1
2 Vacina HIVIS HIV-1 Gag HIV-1 AIDS 9/12 2x9 IFN-γ ELISPOT SSO de Baixa-Média Resolução 2
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RT
3 rNY-ESO-1 NY-ESO- 1 Cânceres de mama e de ovário, melanoma e sarcoma 18/18 1 x 18 ΙΕΝ-γ ELISPOT in vitro e ex vi vo SBT de alta resolução 3 4
4 Ipilimumab NY-ESO- 1 Melanoma metastáti CO 19/20 1 x 19 ICS após estimulaç ão de células T Tipagem de baixa a média resolução, SSP de DNA genômico, sequenciame nto de alta resolução 5
5 NY-ESO-lf NY-ESO- 1 (91- 110) Câncer de esôfago, câncer de pulmão de células não pequenas e câncer gástrico 10/10 1 x 10 ICS após estimulaç ão de células T Sondagem SSO e SSP de DNA genômico 6
6 Peptideos sobreposto s NY-ESO-1 NY-ESO- 1 (79- 173) Cânceres de esôfago e de pulmão, melanoma maligno 7/9 1x7 ICS após estimulaç ão de células T Sondagem SSO e SSP de DNA genômico 7
Total 6 7 80 157 N/D
*Número de pacientes usados na análise retrospectiva a partir do número original de pacientes dos ensaios clinicos. **Os imunoensaios são baseados na estimulação de células T com pools de peptideos específicos para antigenos e quantificam as citocinas liberadas por diferentes técnicas. CT: Ensaio clinico; SBT: Tipagem Baseada em Sequência; SSO: Oligonucleotideo especifico de sequência; ICS: Coloração intracelular de citocinas (do inglês Intracellular cytokine staining); SSP: Iniciação (priming) especifica de sequência
[00171] As respostas de CTL relatadas do conjunto de dados de treinamento foram comparadas com o perfil de restrição de HLA I de epitopos (9-méricos) dos antigenos da vacina. As sequências dos antigenos e o genótipo de HLA I de cada paciente foram obtidos a partir de bases de dados de sequências de proteínas disponíveis ao público ou de publicações revisadas por pares e o processo de predição de ligação HLA I-epítopo era cego para os dados clínicos de resposta de CTL dos
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116/215 pacientes. 0 número de epítopos de cada antígeno predito que se ligue a pelo menos 1 (PEPI1+), ou a pelo menos 2 (PEPI2+), ou a pelo menos 3 (PEPI3+), ou a pelo menos 4 (PEPI4+), ou a pelo menos 4 (PEPI4 + ) ou a pelo menos 5 (PEPI5+), ou a todas as 6 (PEPI6) moléculas de HLA de classe I de cada paciente foi determinado e o número de HLA ligados foram usados como classificadores para as respostas de CTL relatadas. A taxa de verdadeiros positivos (sensibilidade) e a taxa de verdadeiros negativos (especificidade) foram determinadas a partir do conjunto de dados de treinamento para cada ciassificador (número de HLA ligados) separadamente.
[00172] A análise ROC foi realizada para cada classificador. Em uma curva ROC, a taxa de verdadeiros positivos (Sensibilidade) foi plotada em função da taxa de falsos positivos (1-Especificidade) para diferentes pontos de corte (FIG. 1) . Cada ponto na curva ROC representa um par de sensibilidade/especificidade correspondente a um limite de decisão em particular (contagem de epítopos (PEPI)). A área sob a curva ROC (ASC) é uma medida de quão bem o classificador pode distinguir entre dois grupos diagnósticos (respondedor ou não respondedor a CTL).
[00173] A análise inesperadamente revelou que a apresentação de epítopos predita por múltiplos HLAs de classe
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I de um individuo (PEPI2+, PEPI3+, PEPI4+, PEPI5+, ou PEPI6) era, em todos os casos, um melhor preditor da resposta de CTL do que a apresentação de epitopos por meramente um ou mais HLA de classe I (PEPI1+, ASC = 0,48, Tabela 5).
Tabela 5. Determinação do valor diagnóstico do biomarcador PEPI por análise ROC
Classificadores AUC
PEPI1+ 0,48
PEPI2+ 0,51
PEPI3+ 0, 65
PEPI4+ 0,52
PEPI5+ 0,5
PEPI6+ 0,5
[00174] A resposta de CTL de um individuo foi melhor predita considerando-se os epitopos de um antígeno que poderíam ser apresentados por pelo menos 3 HLA de classe I de um indivíduo (PEPI3+, ASC = 0,65, Tabela 5). A contagem limite de PEPI3+ (número de epítopos específicos para antígenos apresentados por 3 ou mais HLA de um indivíduo) que melhor predisse uma resposta de CTL positiva foi de 1 (Tabela 6). Em outras palavras, pelo menos um epitopo derivado de antígeno é apresentado por pelo menos 3 HLA de classe I de um indivíduo (PEPI3+ hl), então o antígeno pode desencadear pelo menos um
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118/215 clone de CTL e o indivíduo é um provável respondedor a CTL. 0 uso do limite PEPI3+ hl para predizer prováveis respondedores a CTL (Teste PEPI3+ hl) resultou em 76% de sensibilidade diagnostica (Tabela 12) .
Tabela 6. Determinação do limite PEPI3+ hl para predizer prováveis respondedores a CTL no conjunto de dados de treinamento.
Contagem de PEPI3+
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Sensibilidade: 0,76 0, 60 0, 31 0,26 0, 14 0, 02 0 0 0 0 0 0
1-Especificidade: 0,59 0,24 0,21 0, 15 0, 09 0, 06 0, 06 0, 03 0, 03 0, 03 0, 03 0, 03
[00175] Exemplo 3 - Validação do teste PEPI3+ hl
[00176] A coorte de teste de 81 conjuntos de dados de 51 pacientes foi usada para validar o limite PEPI3+ hl para predizer uma resposta de CTL específica para antígenos. Para cada conjunto de dados na coorte de teste, foi determinado se o limite PEPI3+ hl foi atingido (pelo menos um epítopo derivado de antígeno apresentado por pelo menos três HLA de classe I do indivíduo). Isto foi comparado com as respostas de CTL determinadas experimentalmente relatadas nos ensaios clínicos (Tabela 7).
[00177] A validação clínica demonstrou que um peptideo PEPI3+ induz resposta de CTL em um indivíduo com 84% de probabilidade. 84% é o mesmo valor que foi determinado na validação analítica da predição de PEPI3+, epitopos que se
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119/215 ligam a pelo menos 3 HLAs de um indivíduo (Tabela 3) . Estes dados fornecem fortes evidências de que as respostas imunes são induzidas por PEPIs em indivíduos.
Tabela 7. Características de desempenho diagnóstico do
Teste PEPI3+ >1 (n=81).
Característica de desempenho
Descrição
Result ados
Valor preditivo positivo (VPP)
100% [A/ (A + B) ]
A probabilidade de um individuo que atinge o limite PEPI3+ >1 ter respostas de CTL especificas para os antigenos após o tratamento 84% com imunoterapia.
A proporção de individuos com
Sensibilida de
100% [A / (A+C) ] respostas de CTL especificas para os antigenos 75% após tratamento com imunoterapia e que atingem o limite de PEPI3+ ^1.
Especificid ade
100%[D / (B + D)]
A proporção de individuos sem respostas de CTL especificas para os antigenos após tratamento com imunoterapia e que não atingem o limite de 55% PEPI3+ >1.
Valor preditivo negativo (VPN)
100%[D/(C +D)]
A probabilidade de um individuo que não atinge o limite de PEPI3+ não ter respostas de CTL especificas para os antigenos após o tratamento com imunoterapia.
42%
Percentual
Geral de
Concordânci a (OPA)
100%[(A + D)/ N]
A porcentagem de predições com base no limite PEPI3+ que corresponde ao resultado determinado experimentalmente, quer positivo 70% quer negativo.
Exato de Fisher (p)
0,01
[00178] A análise ROC determinou a acurácia diagnostica, usando-se a contagem de PEPI3+ como valores de corte (Fig. 2). O valor da ASC = 0,73. Para a análise ROC, uma ASC de 0,7 a 0,8 é geralmente considerada como um bom diagnóstico.
[00179] Uma contagem de PEPI3+ de pelo menos 1 (PEPI3+ hl) foi a que melhor predisse uma resposta de CTL no conjunto
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120/215 de dados de teste (Tabela 8). Este resultado confirmou o limite determinado durante o treinamento (Tabela 5) .
Tabela 8. Confirmação do limite PEPI3+ hl para predizer prováveis respondedores de CTL no conjunto de dados de teste/de validação.
Contagem de PEPI3+
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Sensibilidade: 0,75 0, 52 0,26 0,23 0, 15 0, 13 0, 08 0, 05 0 0 0 0
1-Especificidade: 0,45 0, 15 0, 05 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[00180] Exemplo 4-0 Teste PEPI3+ bl prediz as reatividades de CTL CD8+
[00181] O Teste PEPI3+ bl foi comparado com um método relatado anteriormente para predizer a resposta de CTL de um indivíduo humano específico a antigenos peptídicos.
[00182] Os genótipos de HLA de 28 pacientes com câncer cervical e NIV-3 que receberam a vacina sintética de peptídeo longo (LPV) contra HPV-16 em dois ensaios clínicos diferentes foram determinados a partir de amostras de DNA8 8 9 10 . A LPV consiste em peptideos longos abrangendo as oncoproteínas virais E6 e E7 do HPV-16. A sequência de aminoácidos de LPV foi obtida destas publicações. As publicações também relatam as respostas de células T de cada paciente vacinada a pools de peptideos sobrepostos da vacina.
[00183] Para cada paciente, epítopos (9-méricos) do LPV que são apresentados por HLA classe da I de pelo menos três
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121/215 pacientes (PEPI3+s) foram identificados e a sua distribuição entre os pools de peptideos foi determinada. Foi predito que os peptideos que compreendessem pelo menos um PEPI3+ (PEPI3+ H) induziríam uma resposta de CTL. Foi predito que os peptideos que não contivessem PEPI3+ não induziríam uma resposta de CTL.
[00184] O Teste PEPI3+ H predisse corretamente 489 de 512 respostas negativas de CTL e 8 de 40 respostas positivas de CTL medidas após a vacinação (Fig. 3A) . Globalmente, a concordância entre o Teste PEPI3+ H e a reatividade das células T CD8+ determinada experimentalmente foi de 90% (p<0,001) .
[00185] Para cada paciente, também foi determinada a distribuição entre os pools de peptideos de epítopos que são apresentados por pelo menos um HLA de classe I do paciente (PEPI1+ H, predição de epítopos restritos a HLA, método da técnica anterior). PEPI1+ H predisse corretamente 116 de 512 respostas negativas de CTL e 37 de 40 respostas positivas de CTL medidas após a vacinação (FIG. 3B). Globalmente, a concordância entre a predição de epítopos restritos a HLA (PEPI1+ H) e a reatividade das células T CD8+ foi de 28% (não significativa).
[00186] Exemplo 5 - Predição de epítopos de células T
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122/215 auxiliares CD4+ restritos a HLA de classe II
[00187] As 28 pacientes com câncer cervical e NIV-3 que receberam a vacina de peptídeo longo sintética contra HPV-16 (LPV) em dois ensaios clínicos diferentes (conforme detalhado no Exemplo 4) foram investigadas quanto às respostas de T auxiliares CD4+ após a vacinação com LPV (FIG. 4). A sensibilidade da predição de epitopos restritos a HLA de classe II foi de 78%, uma vez que a ferramenta de última geração predisse 84 respostas positivas (reatividade positiva de células T CD4+ a um pool de peptideos para alelos de DP de uma pessoa) em 107 (sensibilidade = 78%). A especificidade foi de 22%, uma vez que foram excluídas 7 respostas negativas em 31. No geral, a concordância entre a predição de epitopos restritos a HLA de classe II e a reatividade de células T CD4+ foi de 66%, o que foi estatisticamente não significativo.
[00188] Exemplo 6-0 Teste PEPI3+ hl prediz respostas de células T a polipeptídeos de LPV de comprimento total
[00189] Usando-se os mesmos estudos relatados que os Exemplos 4 e 5, o Teste PEPI3+ hl foi usado para predizer as respostas das células T CD8+ e CD4+ de pacientes aos antigenos polipeptídicos E6 e E7 de comprimento total da vacina LPV. Os resultados foram comparados com as respostas determinadas experimentalmente. O Teste predisse corretamente a reatividade
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123/215 das células T CD8+ (ΡΕΡΙ3+) em 11 das 15 pacientes com NIV e resultados positivos nos testes de reatividade das células T CD8+ (sensibilidade de 73%, VPP de 85%) e em 2 das 5 pacientes com câncer cervical (sensibilidade de 40%, VPP de 100%) . As reatividades das células T CD4+ (PEPI4+) foram corretamente preditas em 100% tanto das pacientes com NIV-3 quanto das com câncer cervical (Fig. 5).
[00190] Observou-se também que a contagem de PEPI3+ restrita a HLA das classes I e II estava correlacionada com o beneficio clínico relatado para pacientes vacinadas com LPV. Pacientes com contagens mais altas de PEPI3+ tiveram ou uma resposta completa ou uma resposta parcial já após 3 meses.
[00191] Exemplo 7 - Estudo de Caso
[00192] pGX3001 é uma vacina de DNA baseada em HPV16 contendo antigenos E6 e E7 de comprimento total com um ligante (linker) entre eles. pGX3002 é uma vacina de DNA baseada em HPV18 contendo antigenos E6 e E7 de comprimento total com um ligante (linker) entre eles. Um ensaio clínico de fase II investigou as respostas das células T de 17 pacientes infectadas por HPV com câncer cervical que foram vacinadas tanto com pGX3001 quanto com pGX3002 (vacinação VGX-3100)1.
[00193] As Figs. 5-6 mostram, para duas pacientes a título de ilustração (paciente 12-11 e paciente 14-5), a
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124/215 posição de cada epitopo (9-mérico) apresentado por pelo menos 1 (PEPI1+), pelo menos 2 (PEPI2+), pelo menos 3 (PEPI3+), pelo menos 4 (PEPI4+), pelo menos 5 (PEPI5+) ou todos os 6 (PEPI6) HLA de classe I destas pacientes dentro da sequência de comprimento total dos dois antigenos de HPV-16 e dos dois de HPV-18.
[00194] A paciente 12-11 teve uma contagem global de 54 PEPI1+ para as vacinas combinadas (54 epitopos apresentados por um ou mais HLA de classe I) . A paciente 14-5 teve uma contagem de PEPI1+ de 91. Portanto, a paciente 14-5 tem uma contagem de PEPI1+ mais alta do que a paciente 12-11 em relação aos quatro antigenos de HPV. Os PEPIl+s representam os conjuntos distintos de epitopos restritos a HLA específicos para antigenos de vacina das pacientes 12-11 e 14-5. Apenas 27 PEPIl+s foram comuns entre estas duas pacientes.
[00195] Para as contagens de PEPI3+ (número de epitopos apresentados por três ou mais HLA de classe I de pacientes) , os resultados para as pacientes 12-11 e 14-5 estavam invertidos. A paciente 12-11 teve uma contagem de PEPI3+ de 8, incluindo pelo menos um PEPI3+ em cada um dos quatro antigenos de HPV16/18. A paciente 14-5 teve uma contagem de PEPI3+ de 0.
[00196] As respostas imunes relatadas destas duas pacientes corresponderam às contagens de PEPI3+, não às
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125/215 contagens de PEPI1+. A paciente 12-11 desenvolveu respostas imunes a cada um dos quatro antigenos pós-vacinação, conforme medido por ELISpot, enquanto a paciente 14-5 não desenvolveu respostas imunes a nenhum dos quatro antigenos das vacinas. Um padrão similar foi observado quando foram comparados os conjuntos de PEPI1+ e de PEPI3+ de todas as 17 pacientes no ensaio. Não houve correlação entre a contagem de PEPI1+ e as respostas de células T determinadas experimentalmente relatadas a partir do ensaio clínico. No entanto, foi observada correlação entre a imunidade de células T predita pelo Teste PEPI3+ hi e a imunidade de células T relatada. 0 Teste PEPI3+ 41 predisse as respondedoras imunes após vacina de DNA contra o HPV.
[00197] Além disso, a diversidade do conjunto de PEPI3+ da paciente assemelhava-se à diversidade de respostas de células T geralmente encontradas em ensaios de vacinas contra câncer. As pacientes 12-3 e 12-6, de modo similar à paciente 14-5, não tinham PEPI3+S que predissessem que a vacina contra o HPV podería não desencadear imunidade das células T. Todas as outras pacientes tinham pelo menos um PEPI3 predizendo a probabilidade de a vacina contra o HPV poder desencadear imunidade das células T. 11 pacientes tinham múltiplos PEPI3+, predizendo que a vacina contra HPV provavelmente desencadeia
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126/215 respostas policlonais de células T. As pacientes 15-2 e 15-3 puderam montar uma imunidade de células T de alta magnitude a E6 de ambos os HPV, mas uma baixa imunidade a E7. Outras pacientes, 15-1 e 12-11, tiveram a mesma resposta de magnitude a E7 de HPV18 e de HPV16, respectivamente.
[00198] Exemplo 8 - Desenho de uma População Modelo para conduzir ensaios clínicos ín sílíco e identificar alvos vacinais de precisão candidatos para uma grande população
[00199] Uma coorte ín sílíco de um ensaio com 433 indivíduos com genótipo completo de HLA de classe I de 4 dígitos (2 x HLA-A*xx:xx; 2 x HLA-B*xx:xx; 2 x HLA-C*xx:xx) e informações demográficas foram compiladas. Esta População Modelo tem indivíduos com etnia mista, tendo um total de 152 alelos de HLA diferentes que são representativos de > 85% dos grupos G de alelos atualmente conhecidos.
[00200] Também foi estabelecida uma base de dados de uma Grande População contendo 7.189 indivíduos caracterizados com genótipo de HLA de quatro dígitos e informações demográficas. A Grande População tem 328 alelos de HLA de classe I diferentes. A distribuição de alelos de HLA da População Modelo correlacionou-se significativamente com a Grande População (Tabela 16) (Pearson p <0,001) . Portanto, a População Modelo de 433 pacientes é representativa para uma
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127/215 população 16 vezes maior.
[00201] A População Modelo é representativa para 85% da raça humana, pela diversidade de HLA, assim como pela frequência de HLA.
Tabela 9. Análise estatística das distribuições de HLA na
População Modelo versus na Grande População.
Nome do grupo 1 Nome do grupo 2 Valor R de Pearson Correlação Valor-P
População Modelo de 433 Grande População de 7 . 189 0, 89 Forte P<0,001
[00202] Exemplo 9 - Ensaios clínicos in silica baseados na identificação de múltiplos epitopos que se ligam a HLA predizem as taxas de resposta de células T relatadas em ensaios clínicos
[00203] O objetivo deste estudo foi determinar se uma população modelo, tal como a descrita no Exemplo 8, podería ser usada para predizer as taxas de reatividade de CTL de vacinas, isto é, se podería ser usada em ensaios de eficácia in silica.
[00204] Doze vacinas de peptideos derivadas de antígenos de câncer que induziram respostas de células T em uma subpopulação de indivíduos foram identificadas em publicações revisadas por pares. Estes peptideos foram investigados em ensaios clínicos envolvendo um total de 172 pacientes (4 etnias). As respostas de células T induzidas pelos
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128/215 peptídeos da vacina foram determinadas a partir de amostras de sangue e relatadas. Foi determinada a taxa de resposta imune como a porcentagem de indivíduos do estudo com respostas positivas de células T medidas nos ensaios clínicos (FIG. 7).
Tabela 10. Ensaios clínicos realizados com vacinas de peptídeos.
Vacinas de peptídeos
Antígeno
Comprimento do peptídeo células T
Pop.
(n)
MMN LMQ P KT QQT YT YD
GRGSTTTNYLLDRDDYRNTSD
ADA 17
LKKGAADGGKLDGNAKLNRSLK
BAP31
FPPKDDHTLKFLYDDNQRPYPP
TOP2A
RYRKPDYTLDDGHGLLRFKST
Abl-2
QRPPFSQLHRFLADALNT
DDR1
ALDQCKTSCALMQQHYDQTSCFSSP
ITGB8
STAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPP
MUC-1
YLEPGPVTA gplOO
EUA
MTPGTQSPFFLLLLLTVLTW
MUC-1
SSKALQRPV
RMFPNAPYL
RMFPNAPYL (HLA-A*0201)
Bcr-Abl
WT-1
WT-1
ELISPOT
EUA
EUA
CEU
[00205]
Os 12 peptídeos foram investigados com o Teste
PEPI3+ >1 em cada um dos 433 indivíduos da População Modelo descrita no
Exemplo
Escore de PEPI3+ para cada peptídeo foi calculado como a proporção de indivíduos na
População
Modelo tendo pelo menos um epitopo derivado de vacina que podería se ligar a pelo menos três
HLA de classe I específicos para o indivíduo (PEPI3+ Ll)
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129/215 correspondente estratificava pacientes pela população de alelos de HLA, a População Modelo também era filtrada para
indivíduos com o(s) respectivo (s) alelo(s) (Exemplo: WT1, HLA-
A*0201) .
[00206] As taxas de resposta determinadas
experimentalmente relatadas a partir dos ensaios foram
comparadas com os Escores de PEPI3+ bl. o Percentual Geral de Concordância (OPA) foi calculado com base nos dados pareados (Tabela 11). Foi observada uma correlação linear entre Escore de PEPI3+ bl e taxa de resposta (R2 = 0,77) (FIG. 7) . Este resultado mostra que a identificação de peptideos que se prediz que se liguem a múltiplos HLAs de um indivíduo é útil para predizer, ín sílíco, o resultado de ensaios clínicos.
Tabela 11. Comparação de Escores de PEPI3+ bl e taxas de resposta de CTL de 12 vacinas de peptideos.
Vacina de peptídeo Antígeno de origem Taxa de resposta (Ensaios clínicos) Escore de PEPI3i >1* (População Modelo) OPA
MMN LMQ P KT QQT YT YD JUP 0% 22% NA
GRGSTTTNYLLDRDDYRNTSD ADA 17 11% 18% 61%
LKKGAADGGKLDGNAKLNRSLK BAP31 11% 7% 64%
FPPKDDHTLKFLYDDNQRPYPP TOP2A 11% 39% 28%
RYRKPDYTLDDGHGLLRFKST Abl-2 17% 12% 71%
QRPPFSQLHRFLADALNT DDR1 17% 5% 29%
ALDQCKTSCALMQQHYDQTSCFSSP ITGB8 28% 31% 90%
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130/215
STAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPP MUC-1 20% 2% 10%
YLEPGPVTA gplOO 28% 4% 14%
MTPGTQSPFFLLLLLTVLTW MUC-1 90% 95% 95%
SSKALQRPV Bcr-Abl 0% 0% 100%
RMFPNAPYL WT-1 100% 78% 78%
RMFPNAPYL (HLA-A* 02 01) WT-1 81% 61% 75%
*% de indivíduos na População Modelo com PEPI3+ derivado de vacir a êl
[00207] Exemplo 10. Exemplo 10 - Ensaios clínicos in silica baseados na identificação epitopos que se ligam a múltiplos HLA predizem as taxas de resposta de células T relatadas nos ensaios clínicos II
[00208] Foram identificados dezenove ensaios clínicos com taxas de resposta imune (TRI) publicadas realizados com peptideos ou vacinas baseadas em DNA (Tabela 19) . Estes ensaios envolveram 604 pacientes (9 etnias) e abrangeram 38 vacinas derivadas de antígenos tumorais e virais. As respostas de CTL específicas para os antígenos das vacinas foram medidas em cada paciente do estudo e a taxa de resposta nas populações do estudo clínico foi calculada e relatada.
[00209] Cada peptideo das vacinas dos 19 ensaios clínicos foi investigado com o Teste PEPI3+ hl em cada indivíduo da População Modelo. O Escore de PEPI3+ hl para cada peptideo foi calculado como a proporção de indivíduos na População Modelo tendo pelo menos um PEPI3+ derivado da vacina. As taxas de resposta determinadas experimentalmente relatadas
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131/215 nos ensaios foram comparadas com os Escores de PEPI, como no Exemplo 9 (Tabela 20) . Foi observada uma correlação linear entre a taxa de resposta e Escore de PEPI3+ H (R2 = 0,70) (FIG. 8) . Este resultado confirma que a identificação de peptideos preditos que se liguem a múltiplos HLAs de um individuo pode predizer respostas de células T de individuos e, em ensaios ín sílíco, pode predizer o resultado de ensaios clínicos.
Tabela 12. Taxas de resposta publicadas em ensaios clinicos.
Imunoterapia Tipo Ensaio de CTL Pop . (n) Raça/Etnia Ref.
StimuVax peptide o Proliferaçã o 80 canadense 13
vacina gplOO DNA Tetramérico 18 EUA 14
IMA901 fase I peptide o ELISPOT 64 CEU 19
IMA901 fase II peptide o Coloração de multimero 27 CEU
ICT107 peptide o ICC 15 EUA 20
ProstVac DNA ELISPOT 32 CEU87%, Afr. Am.12%, Hisp.1% 21
Synchrotope TA2M DNA Tetramérico 26 EUA 22
MELITAC 12.1 peptide ELISPOT 167 EUA 23
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132/215
o
vacina WT1 peptide o Tetramérico 22 j aponesa 24
Ipilimumab (NY- ESO-1) inibido r de ponto de verific ação** ICC 19 EUA 5
VGX-3100 DNA ELISPOT 17 EUA 1
HIVIS-1 DNA ELISPOT 12 CEU98%, Asiátical%, Hisp.1% 2
ImMucin peptide o Citotoxicid ade 10 israelense 15
NY-ESO-1 OLP peptide o IFN-gama 7 j aponesa 7
GVX301 peptide o Proliferaçã o 14 CEU 25
vacina WT1 peptide o ELISPOT 12 EUA 26
vacina WT1 peptide o ICC 18 CEU 18
DPX-0907* peptide o Coloração de multímero 18 canadense 12
Vacina de peptideos contra melanoma peptide o ELISPOT 26 Branca 27
Tabela 13. Correlação linear entre Escore de PEPI e taxa
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133/215 de resposta (R2 = 0,7).
Imunoterapia Taxa de Resposta de Ensaios Clinicos Escore de PEPI3+ >1* OPA
StimuVax (não demonstrou eficácia na Fase III) 20% 2% 10%
vacina gplOO 28% 4% 14%
IMA901 fase I 74% 48% 65%
IMA901 fase II 64% 48% 75%
ICT107 33% 52% 63%
ProstVac 45% 56% 80%
Synchrotope TA2M 46% 24% 52%
MELITAC 12.1 49% 47% 96%
vacina WT1 59% 78% 76%
Ipilimumab (NY-ESO-1*) 72% 84% 86%
VGX-3100 78% 87% 90%
HIVIS-1 80% 93% 86%
ImMucin 90% 95% 95%
NY-ESO-1 OLP 100% 84% 84%
GVX301 64% 65% 98%
vacina WT1 83% 80% 96%
vacina WT1 81% 61% 75%
DPX-0907 61% 58% 95%
Vacina de peptideos contra melanoma 52% 42% 81%
*% de indivíduos na População Modelo com PEPI3+ derivado de vacina =1
[00210] Exemplo 11 - Ensaio in silico baseado na identificação de epitopos que se ligam a múltiplos HLA em uma vacina multipeptídica prediz a taxa de resposta imune relatada em ensaios clínicos
[00211] IMA901 é uma vacina terapêutica para câncer de
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134/215 células renais (CRC) compreendendo 9 peptídeos derivados de peptídeos associados a tumores (TUMAPs) que são naturalmente apresentados no tecido de câncer humano. Um total de 96 indivíduos HLA-A*02+ com CRC avançado foram tratados com IMA901 em dois estudos clínicos independentes (fase I e fase II) . Cada um dos 9 peptídeos de IMA901 foi identificado na técnica anterior como sendo epítopos restritos para HLA-A2. Com base nos padrões atualmente aceitos, todos estes peptídeos são fortes candidatos para aumentar (boost) as respostas de células T contra o câncer renal nos indivíduos do ensaio, porque sua presença foi detectada em pacientes com câncer renal e porque os pacientes do ensaio foram especificamente selecionados de modo que tivessem pelo menos uma molécula de HLA que tivesse a capacidade de apresentar cada um dos peptídeos.
[00212] Para cada indivíduo na população Modelo, foram determinados quantos dos nove peptídeos da vacina IMA901 tiveram a capacidade de se ligar a três ou a mais HLA. Como cada peptídeo na vacina IMA901 é 9-mérico, isto corresponde à contagem de PEPI3+. Os resultados foram comparados com as taxas de resposta imune relatadas para os ensaios clínicos de Fase I e de Fase II (Tabela 14) .
Tabela 14. Taxas de Resposta Imune a IMA901 na População
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Modelo e em dois ensaios clínicos
Respostas imunes a TUMAPs População Modelo (HLA-A2+) (n-180) Fase I (n%7)* Fase II (n-64)*
Nenhum peptídeo 39% 25% 36%
1 peptídeo 34% 44% 38%
= 2 peptídeos 27% (Escore de MultiPEPI) 29% 26%
= 3 peptídeos 3% ND 3%
★ Número de pacientes avaliados quanto às respostas imunes
[00213] Os resultados dos estudos de fase I e fase II mostram a variabilidade das respostas imunes à mesma vacina em diferentes coortes dos ensaios. No geral, contudo, houve uma boa concordância entre as taxas de resposta preditas pelo Teste PEPI3+ h2 e as taxas de resposta clínica relatadas.
[00214] Em uma análise retrospectiva, os investigadores clínicos dos ensaios discutidos acima verificaram que a probabilidade de os indivíduos que responderam a múltiplos peptídeos da vacina IMA901 terem o controle da doença (doença estável, resposta parcial) foi significativamente (p = 0,019) maior do que a de os indivíduos que responderam apenas a um peptídeo ou dos que não tiveram resposta. 6 de 8 indivíduos (75%) que responderam a múltiplos peptídeos tiveram benefício clínico no ensaio, em contraste com 14% e 33% dos respondedores a 0 e 1 peptídeos, respectivamente. O estudo aleatorizado de fase II confirmou que as respostas imunes a múltiplos TUMAPs
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136/215 estavam associadas a uma maior sobrevida global.
[00215] Como a presença de PEPIs predisse com acurácia os respondedores aos TUMAPs, os respondedores clínicos a IMA901 são provavelmente pacientes que podem apresentar PEPIs Ú2 de TUMAPs. Esta subpopulação representa apenas 27% dos pacientes selecionados com HLA-A*02 e, de acordo com o resultado do ensaio clínico, espera-se que 75% dessa subpopulação tenha benefício clínico. Os mesmos resultados clínicos sugerem que 100% dos pacientes teriam benefício clínico se a seleção dos pacientes fosse baseada em PEPIs Ú3 de TUMAPs, embora esta população represente apenas 3% da população selecionada de pacientes com HLA-A*02. Estes resultados sugerem que a taxa de controle da doença (doença estável ou resposta parcial) está entre 3% e 27% na população de pacientes que foi investigada nos ensaios clínicos de IMA901. Na ausência de resposta completa, apenas uma porção destes pacientes experienciam benefícios de sobrevivência.
[00216] Esses achados explicam a ausência de melhora na sobrevida no estudo clínico de Fase III com IMA901. Estes resultados também demonstraram que o enriquecimento em HLAA*02 da população estudada não foi suficiente para atingir o objetivo primário de sobrevida global no ensaio de Fase III com IMA901. Como observaram os pesquisadores do estudo com
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IMA901, é necessário o desenvolvimento de um diagnóstico complementar (CDx) para selecionar prováveis respondedores a vacinas peptídicas. Estes achados também sugerem que a seleção de pacientes com PEPIs específicos para TUMAP 12 pode proporcionar suficiente enriquecimento para demonstrar benefício clínico significativo de IMA901.
[00217] Exemplo 12 - Ensaio ín sílíco baseado na identificação de epítopos que se ligam a múltiplos HLA derivados da vacina prediz taxas de resposta clínica experimental relatadas
[00218] Foi determinada uma correlação entre o Escore de PEPI3+ 12 das vacinas de imunoterapia determinada na População Modelo descrita no Exemplo 8 e a Taxa de Controle da Doença (TCD, proporção de pacientes com respostas completas e com respostas parciais e doença estável) relatada e determinada em ensaios clínicos.
[00219] Foram identificados em revistas científicas revisadas por pares dezessete ensaios clínicos, conduzidos com vacinas de imunoterapia contra câncer baseadas em peptideos e DNA, que publicaram Taxas de Controle da Doença (TCDs) ou taxa de resposta objetiva (TRO) (Tabela 15) . Estes ensaios envolveram 594 pacientes (5 etnias) e abrangeram 29 antígenos tumorais e virais. As TCDs foram determinadas de acordo com os
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Critérios de Avaliação de Resposta em Tumores Sólidos (RECIST), que é o padrão atual para ensaios clínicos, no qual as respostas clinicas são baseadas em mudanças nas dimensões transversais máximas42, 43, 44· Caso não houvesse dados de TCD disponíveis, foram usados dados da taxa de resposta objetiva (TRO), que também são definidos de acordo com as diretrizes do RECIST.
[00220] A Tabela 16 compara o Escore de PEPI3+ Ú2 para cada vacina na População Modelo e a TCD ou a TRO publicadas. Foi observada uma correlação entre a TCD predita e a medida, proporcionando-se evidências adicionais de que não apenas a imunogenicidade, mas também a potência das vacinas contra câncer depende das múltiplas sequências de HLA dos indivíduos (R2 = 0,76) (FIG. 9) .
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Tabela 15. Ensaios clínicos selecionados para predição da Taxa de Controle da
Ref. O CO 13, 30
Tempo de avaliaç ão (semana s) 12 (OR) tn
Cronograma de dosagem 8x em 10 semanas 7x em 5 semanas e 10x 3 semanas 4 x a cada 3 semanas 3 x a cada 3 semanas 3 x a cada 3 semanas 4 x a cada 3 semanas 6 x a cada 2 semanas 8x semanais e, então, a cada 6 semanas Ti c Ti e 0 w 3x3 semanas
Dose (mg) O CO H CD o“ o“ o“ o“
e 0 Π5 0 Ό t-ι g Ό Ti · 0 -Η Ό · — Ό 4-> Ti -H · H CO Q) —- Ό 0 -Η Ό · — Ό 4-> Ti -H · H CO Q) — Ό > •H 0 0 0 0 0 <fi · Ê •H 0
Restriç ão a HLA 0 »Ti c 0 »Ti c 0 »Ti c < 0 »Ti c 0 »Ti c 0 »Ti c 0 »Ti c
Pop. do estudo/ Etnia CEU CEU EUA CEU CEU EUA israele nse c (D Ό Ti c tí o o w EUA CEU
a — 0 c co S o vi in 2 CO 125 CXJ
Doença Câncer de células renais Câncer de células renais Melanoma g Câncer cervical relacionado ao HPV Melanoma Mieloma NSCLC Câncer cervical relacionado ao HPV CRC, NSCLC, carc. de
Patrocinad or (Sponsor ) Immatics Immatics MSKCC Universida de de Leiden Universida de de Leiden BMS VaxilBio Merck Inovio qj (D •H w 0 > •H C (D
Antigeno NY-ESO-1 5 η ω : ω gplOO Muc-1 Muc-1 HPV16&18 Timidila to
•H Qt Ti (D 0 c □ e H Ti (D w Ti (D w Ti Ipilimumab tr tr w 1 o 0 Ό -3 cl a (D σ> a Immucin StimuVax VGX-3100 0 Ό 0 (D TÍ Ό C Ή o a tí o > a
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cn lD CD Γ- *Montanide ISA51 VG como adjuvante **A resposta da doença foi avaliada de acordo com os critérios de resposta do International Myeloma Working Group45
12 (OR) 10 (OR) CD
2 ciclos 1, 8, 15, 22 dias e, então, a cada 2 semanas 8 x semanais e, então, a cada 4 semanas Ciclos : 5 x semanais e, então, 1 semana de descanso 1, 3, 5, 7, 14, 21, 35, 63 dias 14, 42, 90, 120, 150 dias 4x3 semanas 6 ciclos : 0, 7, 14, 28, 35, 42 dias
CD >—i co cd S S uo cd
0 0 ο CD -Η Ό · — □ 4-> D -H · H CO Q) — Ό 0 •H ω
< < O »c0 C O »c0 C < 0
j apones a j apones a j apones a j apones a EUA EUA EUA
S tn o
vesícula biliar, câncer de mama, e câncer gástrico Câncer pancreático metastático HNSCC Câncer colorretal metastático Câncer de prostata e renal Mieloma múltiplo CIN2/3 Melanoma
C0 c 0 •H Hospital de Chiba Tokushukai Universida de de Kumamoto Universida de de Kinki Universida de de Gênova Abramson Cancer Center University of Arkansas University of Virginia
sintase KIF20A 3 TAAs 7 TAAs hTERT ω o g HPV-16 E6 c 2 •H a W tji 0 •H CD
TSPP 0 o cd 0 1 C Ή CD oat CQ ¢) H > a 0 o CU co Ό C Ή o a C0 CD > Qt CD CD Ό Ό + cn Η O CD CD CO 4-> Ό C CD Ή •HD H> ο σ a D O CD > Ο Qj δ < c 1 CO ω -ι-i U 0 PepCan Vacina de peptídeos contra melanoma*
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Tabela 16. As Taxas de Controle da Doença (TCDs) e os
Escores de Multi-PEPI (TCD predita) em 17 ensaios clínicos.
Imunoterapia TCD (Escore de Multi-PEPI) (TCD predita) Percentual Geral Concordância de
IMA901 fase I 43% 27% 61%
IMA901 fase II 22% 27% 81%
Ipilimumab 60% 65% 92%
HPV-SLP 60% 70% 86%
HPV-SLP 62% 70% 89%
gplOO - 2 peptideos 15% 11% 73%
Immucin 73% 59% 81%
StimuVax 0% 0% 100%
VGX-3100 50% 56% 89%
Vacina de peptideo TSPP 48% 31% 65%
Vacina de peptideo KIF20A-66* 26% 7% 27%
Vacina de peptideo 27% 10% 37%
Vacina de coquetel de 7 peptideos* 10% 9% 90%
GVX301 29% 7% 24%
MAGE-A3 Trojan* 35% 10% 29%
PepCan 52% 26% 50%
Vacina de peptideos contra melanoma 12% 6% 50%
[00221] Exemplo 13 - Desenho de vacina contra câncer de mama para grande população e composição
[00222] Usamos o Teste PEPI3+ descrito acima para desenhar peptideos para uso em vacinas contra câncer de mama que sejam efetivas em uma grande porcentagem de pacientes,
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142/215 levando-se em consideração as heterogeneidades tanto dos antigenos tumorais quanto dos HLAs das pacientes.
[00223] Os CTAs de câncer de mama foram identificados e classificados com base nas frequências gerais de expressão de antigenos encontradas em amostras de tumor de câncer de mama, conforme relatadas em publicações revisadas por pares (Chen et al. Multiple Cancer/Testis Antigens Are Preferentially Expressed in Hormone-Receptor Negative and High-Grade Breast Cancers. Pios One 2011; 6(3): el7876.; Kanojia et al. SpermAssociated Antigen 9, a Novel Biomarker for Early Detection of Breast Cancer. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2009; 18(2):630 -639.; Saini et al. A Novel Cancer Testis Antigen, A-Kinase Anchor Protein 4 (AKAP4) Is a Potential Biomarker for Breast Cancer. Pios One 2013; 8 (2) : e57095) .
[00224] Com base na taxa de expressão classificada, selecionamos os CTA mais frequentemente expressos como antígenos-alvo da vacina contra câncer de mama. As taxas de expressão dos CTAs específicos para câncer de mama selecionados são ilustradas na Figura 11.
[00225] Para selecionar peptídeos imunogênicos a partir dos CTAs-alvo, usamos o Teste PEPI3+ e a População Modelo descrita no Exemplo 8 para identificar os epitopos 9-méricos (PEPI3+s) que são mais frequentemente apresentados por pelo
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143/215 menos 3HLAs dos indivíduos na População Modelo. Nós referimonos aqui a estes epitopos como bestEPIs. Um exemplo ilustrativo da análise PEPI3+ hotspot e identificação de bestEPI é mostrado na FIG. 10 para o antígeno PRAME.
[00226] Nós multiplicamos a frequência de expressão relatada para cada CTA (N%) pela frequência dos hotspots de PEPI3+ na População Modelo para identificar os epitopos de células T (9-méricos) que induzirão uma resposta de células T citotóxicas contra antigenos do câncer de mama na maior proporção de indivíduos (Tabela 17) Em seguida, selecionamos 15-meros que abrangem cada um dos 9-meros selecionados (Tabela 17) . Os 15-meros foram selecionados de modo a se ligarem à maioria dos alelos de HLA de classe II da maioria dos indivíduos, usando-se o processo descrito no Exemplo 19 abaixo. Estes 15-meros podem induzir respostas tanto de CTL quanto de T auxiliares na maior proporção de indivíduos.
[00227] Tabela 17. Lista de BestEPI (9 meros sublinhada) para se selecionarem peptideos de câncer de mama para a composição da vacina. N%: Frequência de expressão de antigenos em cânceres colorretais; B%: frequência de bestEPI, isto é, a porcentagem de indivíduos com epitopos que se ligam a pelo menos 3 HLA de classe I de indivíduos na população modelo (433 indivíduos); HLAII**: **Porcentagem de indivíduos tendo PEPI4+
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144/215 específicos para células T
CD4+ em doadores normais (n=400);
N%*B%: N% multiplicado por B%.
liSÊQllli ÍWGÍÍlLL íí9|ííí/í rr.éric L(L5Í%111Í rr.éricc 1 Anti genciiiiiiiiiiii/i BestEPI.sel5-rr.erc Otirr.ic aUciiiiiiiiiiiiiiiiiiiii
Antígeno 15-rr.éricc ctirr.. Pcsiçã c ctirr,. B% llHLAlil*; B'+N'
172 195 PIWIL-2 94% FVASINLTLTKWYSR 760 67% 93% 64%
173 196 PIWIL-2 94% RNFYDPTSAMVLQQH 341 60% 49% 57%
1 41 AKAP4 85% DQVNIDYLMNRPQNL 161 52% 46% 44%
1 197 AKAP4 85% VNIDYLMNRPQNLRL 163 52% 57% 44%
174 198 EpCam 84% RTYWIIIELKHKARE 140 51% 100% 43%
2 42 AKAP4 85% MMAYSDTTMMSDDID 1 49% 0% 41%
3 43 BORIS 71% MET S S RMS S FNRHMK 263 57% 66% 40%
3 199 BORIS 71% VCMFT S SRMS S FNRH 261 57% 96% 40%
175 200 HIWI 100% HAFDGTILFLP KRLQ 161 39% 83% 39%
4 201 AKAP4 85% S DLQKYALGFQHALS 116 46% 81% 39%
4 44 AKAP4 85% LQKYALGFQHALSPS 118 46% 88% 39%
24 64 SP AG 9 88% GTGKLGFSFVRITAL 1137 44% 94% 39%
24 202 SP AG 9 88% KLGFS FVRITALMVS 1140 44% 100% 39%
5 45 SP AG 9 88% AQKMSSLLPTMWLGA 962 43% 69% 38%
176 203 PIWIL-2 94% Y S RWFQMPHQEIVD 772 40% 77% 38%
177 204 HIWI 100% GFTTSILQYENSIML 251 37% 86% 37%
178 205 PLU-1 82% LRYRYTLDDLYPMMN 732 45% 84% 37%
179 206 TSGA10 70% YSSNAYHMSSTMKPN 653 48% 33% 34%
180 207 TSGA10 70% LQKVQFEKVSALADL 494 46% 97% 32%
181 208 PLU-1 82% NRTSYLHSPFSTGRS 1321 38% 37% 31%
6 46 SP AG 9 88% GNILDSFTVCNSHVL 779 36% 4% 31%
6 209 SP AG 9 88% LDSFTVCNSHVLCIA 782 36% 6% 31%
7 47 BORIS 71% NMAFVTSGELVRHRR 319 44% 75% 31%
182 210 ODF-4 63% N S P L PFQWRITHSFR 63 49% 35% 30%
183 211 SP17 47% AFAAAYFESLLEKRE 37 65% 100% 30%
184 212 AKAP4 85% DLSFYVNRLSSLVIQ 216 36% 100% 30%
185 213 ODF-4 63% QDGRLLSSTLSLSSN 41 47% 75% 29%
186 214 RHOXF-2 60% WEEAYTFEGARYYIN 62 48% 79% 29%
187 215 PLU-1 82% EKAMARLQELLTVSE 955 34% 69% 28%
188 216 HIWI 100% RSIAGEVASINEGMT 642 28% 57% 28%
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8 48 PRAME 53% L ERLAYL HARL RE L L 457 52% 100s 5 28%
189 217 RHOXF-2 60% SDYAVHPMSPVGRTS 132 43% 5% 26%
190 218 NY-SAR-35 55% MMQMFGLGAISLIL V 184 46% 69% 25%
11 51 NY-SAR-35 55% FSSSGTTSFKCFAPF 163 45% 0% 25%
11 219 NY-SAR-35 55% LRHKCCFSSSGTTSF 157 45% 1% 25%
9 49 SP AG 9 88% SGAVMSERVSGLAGS 16 28% 9% 25%
10 220 BORIS 71% RFTQSGTMKIHIL Q K 406 35% 69% 25%
10 50 BORIS 71% HTRFTQSGTMKIHIL 404 35% 80% 25%
191 221 EpCam 84% QTL IYYVDEKAPEFS 246 28% 34% 24%
13 222 NY-SAR-35 55% FVLANGHILPNSENA 97 42% 6% 23%
13 53 NY-SAR-35 55% CSGSSYFVLANGHIL 91 42% 78% 23%
13 223 NY-SAR-35 55% SSYFVLANGHILPNS 94 42% 85% 23%
12 224 MAGE-A9 44% FMFQEALKLKVAELV 102 49% 100s 5 22%
12 52 MAGE-A9 44% QLEFMFQEALKLKVA 99 49% 100s 5 22%
14 54 PRAME 53% RH S QT LKAMVQAWPF 64 37% 38% 20%
14 225 PRAME 53% H SQT LKAMVQAWPFT 65 37% 37% 20%
14 226 PRAME 53% QTL KAMVQAW P FT C L 67 37% 85% 20%
15 55 NY-BR-1 47% YSCDSRSLFESSAKI 424 39% 0% 18%
16 5 6 Survivina 66% TAKKVRRAIEQLAAM 127 26% 26% 17%
192 227 MAGE-A11 59% SHSYVLVTSLNLSYD 286 26% 100s 5 15%
192 228 MAGE-A11 59% TSHSYVLVTSLNLSY 285 26% 100s 5 15%
17 229 MAGE-A11 59% AMDAIFGSLSD E G S G 184 23% 0% 14%
17 230 MAGE-A11 59% E S F S P TAMPAIFGSL 178 23% 0% 14%
17 57 MAGE-A11 59% SPTAMDAIFGSLSDE 181 23% 0% 14%
18 58 HOM-TES-85 47% MASFRKLTLSEKVPP 1 29% 51% 13%
19 59 MAGE-A9 44% SSISVYYTLWS Q FD E 67 30% 97% 13%
20 231 NY-BR-1 47% KPSAFEPATEMQKSV 582 27% 0% 12%
20 60 NY-BR-1 47% P GK P SAFE PAT EMQ K 580 27% 0% 12%
193 232 NY-ESO-1 9% SRLLEFYLAMPFAT P 85 52% 98% 5%
194 233 NY-ESO-1 9% FYLAMPFATPMEAEL 90 51% 96% 5%
[00228] Em seguida, desenhamos trinta e um peptideos
30-méricos. (Tabela 18a). Os 30-meros podem consistir em dois fragmentos 15-méricos otimizados, em geral, a partir de CTAs frequentes diferentes, dispostos de extremidade a extremidade, cada fragmento compreendendo um dos 9-meros (BestEPIs) da
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Tabela 17. Nove destes peptideos 30-méricos foram selecionados para um painel de peptideos, a que se refere como PoliPEPI915 (Tabela 18b). As frequências de expressão para os 10 CTAs que são alvos de PoliPEPI915, individualmente e em combinação, são mostradas na FIG. 11.
Tabela 18a.
peptideos
30-méricos de vacina contra câncer de mama
SEQID TREOSID Antígeno de origem Peptideo (30-mérico) HLAI* (CD8) HLAII** (CD4)
81 BCV900-2-1 AKAP4 LQKYALGFQHALSPSMMAYSDTTMMSDDID 69% 88%
82 BCV900-2-2 BORIS/AKAP4 VCMFT S SRMSS FNRHVNIDYLMNRPQNLRL 76% 97%
83 BCV900-2-3 BORIS NMAFVT S GELVRHRRHT RFTQ S GTMKIΗIL 57% 92%
84 BCV900-2-4 SPAG9 LDSFTVCNSHVLCIAKLGFSFVRITALMVS 58% 100%
85 BCV900-2-5 SPAG9/NY-SAR-35 AQKMSSLLPTMWLGAMMQMFGLGAISLILV 66% 83%
86 BCV900-2-6 PRAME L E RLAYL HARL REL LQT L KAMVQAW P ET CL 71% 100%
87 BCV900-2-7 NY-SAR-35 SSYFVLANGHILPNSLRHKCCFSSSGTTSF 64% 85%
88 BCV900-2-8 Survivina/MAGE-A9 TAKKVRRAIEQLAAMQLEFMFQEALKLKVA 58% 100%
89 BCV900-2-9 MAGE-A11/NY-BR-1 TSHSYVLVTSLNLSYYSCDSRSLFESSAKI 65% 100%
90 BCV900-3-1 SPAG9/BORIS LDSFTVCNSHVLCIAVCMFTSSRMSSFNRH 65% 96%
91 BCV900-3-2 NY-SAR-35/PRAME LRHKCCFSSSGTTSFQTLKAMVQAWPFTCL 59% 85%
92 BCV900-3-3 NY-BR-l/SURVIVINA YSCDSRSLFESSAKITAKKVRRAIEQLAAM 55% 26%
93 BCV900-3-4 AKAP-4/BORIS MMAYSDTTMMSDDIDHTRFTQSGTMKIHIL 72% 80%
94 BCV900-3-5 SPAG9/AKAP-4 AQKMSSLLPTMWLGALQKYALGFQHALSPS 64% 92%
95 BCV900-3-6 MAGE-A11/BORIS T S H S YVLVT S LN L S YNMAFVT S GE LVRH RR 61% 100%
96 BCV900-3-7 NY-SAR-35/AKAP-4 MMQMFGLGAISLILWNIDYLMNRPQNLRL 71% 84%
97 BCV900-3-8 NY-SAR-3 5/S PAG-9 SSYFVLANGHILPNSKLGFSFVRITALMVS 65% 100%
98 BCV900-3-9 PRAME/MAGE-A9 LERLAYLHARLRELLQLEFMFQEALKLKVA 73% 100%
99 BCV900-4-1 SPAG9/AKAP4 GNILDSFTVCNSHVLLQKYALGFQHALSPS 53% 88%
100 BCV900-4-2 BORIS/NY-SAR-35 NMAFVTSGELVRHRRFSSSGTTSFKCFAPF 65% 75%
101 BCV900-4-5 SPAG9/BORIS AQKMSSLLPTMWLGAMFTSSRMSSFNRHMK 72% 87%
102 BCV900-4-6 MAGE-A11/PRAME TSHSYVLVTSLNLSYHSQTLKAMVQAWPFT 60% 100%
103 BCV900-5-6 HomTes85/MageAl1 MASFRKLTLSEKVPPSPTAMDAIFGSLSDE 45% 51%
104 BCV900-5-7 AKAP4/PRAME DQVNIDYLMNRPQNLRHSQTLKAMVQAWPF 64% 67%
105 BCV900-5-8 NYSAR/SPAG9 CSGSSYFVLANGHILSGAVMSERVSGLAGS 46% 78%
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147/215
106 BCV900-S-2 AKAP-4/MAGE-A9 DLSFYVNRLSSLVIQSSISVYYTLWSQFDE 60% 100%
107 BCV900-S-4 SPAG9/NY-ESO-1 SGAVMSERVSGLAGSSRLLEFYLAMPFATP 59% 98%
108 BCV900-S-6 HOM-TES-85/MAGE-A11 MASFRKLTLSEKVPPESFSPTAMDAIFGSL 46% 51%
109 BCV900-S-7 NY-ESO-l/NY-BR-1 FYLAMPFAT PMEAELKP SAFEPATEMQKSV 60% 96%
110 BCV900-T-27 MAGE-A11/PRAME AMDAIFGSLSDEGSGHSQTLKAMVQAWPFT 54% 37%
111 BCV900-T-28 NY-SAR-35/SPAG9 FVLANGHIL PN S ENAGT GKLGFS FVRITAL 61% 94%
435 BCV900-6-1 TSGA10 / PIWIL-2 YSSNAYHMSSTMKPNFVASINLTLTKWYSR 80% 95%
436 BCV900-6-2 PIWIL-2 / AKAP4 RNFYDPTSAMVLQQHMMAYSDTTMMSDDID 88% 49%
437 BCV900-6-3 PLU-1 / RHOXF-2 LRYRYTLDDLYPMMNSDYAVHPMSPVGRTS 67% 85%
438 BCV900-6-4 SPAG9 / EpCam SGAVMSERVSGLAGSRTYWIIIELKHKARE 60% 100%
439 BCV900-6-5 AKAP4 / PLU-1 DLSFYVNRLSSLVIQNRTSYLHSPFSTGRS 66% 100%
440 BCV900-6-6 AKAP4 / HIWI VNIDYLMNRPQNLRLHAFDGTILFLPKRLQ 70% 94%
441 BCV900-6-7 AKAP4 / PLU-1 SDLQKYALGFQHALSEKAMARLQELLTVSE 56% 92%
442 BCV900-6-8 HIWI / ODF-4 GFTTSILQYENSIMLQDGRLLSSTLSLSSN 61% 94%
443 BCV900-6-9 PIWIL-2 / BORIS YSRWFQMPHQEIVDNMAFVTSGELVRHRR 61% 85%
444 BCV900-6-10 SP17 / BORIS AFAAAYFESLLEKREMFTSSRMSSFNRHMK 82% 100%
445 BCV900-6-11 ODF-4 / HIWI NSPLPFQWRITHSFRRSIAGFVASINEGMT 60% 69%
446 BCV900-6-12 NY-SAR-35 / RHOXF-2 SSYFVLANGHILPNSWEEAYTFEGARYYIN 74% 93%
447 BCV900-6-13 TSGA10 / FRAME LQKVQFEKVSALADLLERLAYLHARLRELL 68% 100%
448 BCV900-6-14 MAGE-A11 / MAGE-A9 S H S YVLVT S LN L S YD FMFQ EAL KL KVAE LV 65% 100%
449 BCV900-6-15 BORIS / EpCam RFTQSGTMKIHILQKQTLIYYVDEKAPEFS 53% 80%
Tabela 18b
Peptideos Selecionados da Vacina contra
Câncer de Mama para o painel/composição de PoliPEPI915
SEQID TREOSID Antígeno de origem Peptídeo (30-mérico) HLAI* (CD8) HLAII** (CD4)
99 BCV900-4-1 SPAG9/AKAP4 GNILDSFTVCNSHVLLQKYALGFQHALSPS 53% 75%
100 BCV900-4-2 BORIS/NY-SAR-35 NMAFVT S GELVRHRRFS S S GTT S FKC FAP F 65% 46%
92 BCV900-3-3 NY-BR-l/SURVIVINA YSCDSRSLFESSAKITAKKVRRAIEQLAAM 55% 11%
93 BCV900-3-4 AKAP-4/BORIS MMAYSDTTMMSDDIDHTRFTQSGTMKIHIL 72% 45%
101 BCV900-4-5 SPAG9/BORIS AQKMSSLLPTMWLGAMFTSSRMSSFNRHMK 72% 50%
103 BCV900-5-6 HomTes85/MageAl1 MASFRKLTLSEKVPPSPTAMDAIFGSLSDE 45% 16%
104 BCV900-5-7 AKAP4/FRAME DQVNIDYLMNRPQNLRHSQTLKAMVQAWPF 64% 33%
105 BCV900-5-8 NYSAR/SPAG9 CSGSSYFVLANGHILSGAVMSERVSGLAGS 46% 48%
98 BCV900-3-9 PRAME/MAGE-A9 LERLAYLHARLRELLQLEFMFQEALKLKVA 73% 100%
PoliPEPI915 (9 peptideos em conjunto) 96% 100%
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148/215 *Porcentagem de indivíduos tendo PEPI3+ específicos para células T CD8+ na HLA de classe I População Modelo (n=433) . **Porcentagem de indivíduos tendo PEPI4+ específicos para células T CD4+ em doadores normais (n=400) .
[00229] Caracterização de PoliPEPI915
[00230] A heterogeneidade dos tumores pode ser abordada incluindo-se sequências peptídicas que têm como alvo múltiplos CTAs em um regime de vacina ou de imunoterapia. A composição PoliPEPI915 tem como alvo 10 CTAs diferentes. Com base nas taxas de expressão de antígenos para estes 10 CTAs, modelamos o número médio predito de antígenos expressos (AG50) e o número mínimo de antígenos expressos com probabilidade de 95% (AG95) nas células cancerígenas. 95% dos indivíduos expressaram no mínimo 4 dos 10 antígenos alvo (AG95 = 4), como mostrado pela curva de expressão de antígenos na FIG. 12.
[00231] Os valores de AG descritos acima caracterizam uma vacina independentemente da população de pacientes-alvo. Eles podem ser usados para predizer a probabilidade de um câncer específico (por exemplo, câncer de mama) expressar antígenos que são alvos de uma composição específica de vacina ou de imunoterapia. Os valores de AG são baseados na heterogeneidade conhecida dos tumores, mas não levam em consideração a heterogeneidade de HLA.
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149/215
[00232] A heterogeneidade de HLA de uma determinada população pode ser caracterizada do ponto de vista de uma composição de imunoterapia ou de vacina pelo número de antigenos representando PEPI3+. Estes são os antigenos de CTA específicos da vacina para os quais se prediz PEPI3+ Ll, aos quais aqui se refere como AP. O número médio de antigenos com PEPI3+ (AP50) mostra como a vacina pode induzir resposta imune contra os antigenos que são alvos da composição (resposta imune específica da vacina contra o câncer de mama). A composição PoliPEPI915 pode induzir resposta imune contra uma média de 5,3 antigenos da vacina (AP50=5,30) e 95% da População Modelo pode induzir resposta imune, contra pelo menos um antígeno da vacina (AP95 = 1) (FIG. 13) .
[00233] As vacinas podem ainda ser caracterizadas por valores de AGP que se referem a antigenos com PEPIs. Este parâmetro é a combinação dos dois parâmetros anteriores: (1) AG depende das frequências de expressão de antigenos no tipo de tumor específico, mas não do genótipo de HLA dos indivíduos da população, e (2) AP depende do genótipo de HLA dos indivíduos em uma população sem levar em consideração as frequências de expressão do antígeno. O AGP depende de ambos, das frequências de expressão dos antigenos vacinais na doença e do genótipo de HLA dos indivíduos em uma população.
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150/215
[00234] Combinando os dados de AG de câncer de mama e de AP na população modelo, determinamos o valor de AGP de PoliPEPI915 que representa a distribuição de probabilidades de antigenos da vacina que induzem respostas imunes contra antigenos expressos em tumores de mama. Para PoliPEPI915, o valor de AGP50 na População Modelo é de 3,37. O AGP92 = 1 significa que 92% dos indivíduos na População Modelo induzem respostas imunes contra, pelo menos, um antígeno de vacina expresso (FIG. 14).
[00235] Exemplo 14 - Seleção de pacientes usando-se testes diagnósticos complementares para vacina contra câncer de mama
[00236] A probabilidade de um paciente específico ter uma resposta imune ou uma resposta clínica ao tratamento com um ou mais peptideos da vacina contra câncer, por exemplo, como descrito acima, pode ser determinada com base (i) na identificação de PEPI3+ no(s) peptídeo(s) da vacina (epítopos 9-méricos que têm a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA do paciente); e/ou (ii) em uma determinação da expressão de antígenos-alvo em células cancerígenas do paciente, por exemplo, conforme medido em uma biópsia do(s) tumor(es). Idealmente, ambos os parâmetros são determinados e a combinação ideal de peptideos de vacina é selecionada para uso no
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151/215 tratamento do paciente. No entanto, a análise de PEPI3+ sozinha pode ser usada se uma determinação dos antigenos tumorais expressos, por exemplo por biópsia, não for possível, desaconselhada ou se não for confiável devido a erro de biópsia (isto é, amostras de tecido de biópsia retiradas de uma pequena porção do tumor ou de tumores metastatizados não representam o repertório completo de CTAs expressos no paciente).
[00237] Exemplo 15 - Comparação de PoliPEPI915 com as vacinas concorrentes contra câncer de mama
[00238] Nós usamos o modelo de ensaio clínico in silico descrito acima para predizer as taxas de resposta imune de vacinas concorrentes contra câncer de mama que tenham sido investigadas em ensaios clínicos (Tabela 19). A taxa de resposta imune destes produtos ficou entre 3% e 91%.
[00239] As vacinas de peptídeo único foram imunogênicas em 3% - 23% dos indivíduos. Em comparação, peptídeos tendo uma sequência de aminoácidos selecionada de SEQ ID NOs: 81-111 foram imunogênicos em 44% a 73% dos indivíduos nas mesmas coortes. Este resultado representa uma melhora substancial na imunogenicidade de cada peptídeo em PoliPEPI915.
[00240] As taxas de resposta imune dos produtos peptídicos combinados concorrentes ficaram entre 10-62%. O produto combinado PoliPEPI915 inventado foi de 96% na população
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152/215 modelo e de 93% em uma população de pacientes com câncer de mama, representando melhora na imunogenicidade.
Tabela 19. Taxas preditas de resposta imune de vacinas concorrentes contra câncer de mama
Vacinas contra Câncer de Mama Patrocinadores ( Sponsors) Antigenos- Alvo Taxas de resposta imune preditas*
433 doadores normais (População Modelo) 90 pacientes com câncer de mama
DPX0907 Multipeptideo ImmunoVaccine Tech. 7 58% 62%
Vacina multipeptidica University of Virginia 5 22% 31%
Ad-slg-hMUC-l/ecdCD40L Singapore CRI 1 91% 80%
NY-ESO-1 IDC-G305 Immune Design Corp. 1 84% 84%
DC pulsada com peptideo 6 HER2 University Pennsylvania 1 29% 36%
Peptideo de Células B HER-2 Ohio State University 1 18% 23%
Proteína HER-2/neu ID University Washington 1 10% 11%
Peptideo NeuVax Galena Biopharma 1 6% 3%
Peptideo StimuVax® (L-BLP25) EMD Serono 1 6% 8%
PoliPEPI915 Trees Bio 10 96% 93%
* Proporção de individuos com PEPI3+ =1
[00241] Uma outra melhoria em usar a vacina PoliPEPI915 é a menor chance de escape de tumor. Cada peptideo 30-mérico em PoliPEPI915 tem como alvos 2 antigenos tumorais. CTLs contra mais antigenos tumorais são mais efetivos contra células tumorais heterólogas do que CTLs contra um único antígeno tumoral.
[00242] Uma outra melhoria da vacina PoliPEPI915 é que indivíduos que provavelmente respondam à vacinação podem ser identificados com base em seus genótipos de HLA (sequência) e, opcionalmente, na expressão de antigenos em seus tumores, usando-se os métodos aqui descritos. As composições
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153/215 farmacêuticas com vacinas PoliPEPI não serão administradas a indivíduos cujo HLA não pode apresentar nenhum PEPI3 a partir das vacinas. Durante os ensaios clínicos, será feita correlação entre o mAGP ou o número de AGP no regime PoliPEPI915 e a duração das respostas do indivíduo. Uma combinação de vacina com AGP > 1 é mais provavelmente necessária para destruir células tumorais heterólogas.
[00243] As composições farmacêuticas com vacinas PoliPEPI não serão administradas a indivíduos cujo HLA não pode apresentar nenhum PEPI3 a partir das vacinas.
[00244] Exemplo 16 Desenho e composição de vacina contra câncer colorretal
[00245] Mostramos um outro exemplo para a composição da vacina colorretal usando o mesmo método de desenho demonstrado acima. Usamos o Teste PEPI3+ descrito acima para desenhar peptideos para uso em vacinas contra câncer colorretal que sejam efetivas em uma grande porcentagem de pacientes, levando em consideração as heterogeneidades tanto dos antigenos tumorais quanto dos HLAs dos pacientes.
[00246] Os CTAs de câncer colorretal foram identificados e classificados com base nas frequências gerais de expressão de antigenos encontrados em amostras de tumores de câncer colorretal, conforme relatado em publicações
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154/215 revisadas por pares (FIG. 15) (Choi J, Chang H. The expression of MAGE and SSX, and correlation of COX2, VEGF, and survivin in colorectal cancer. Anticancer Res 2012. 32(2):559-564.,Goossens-Beumer IJ, Zeestraten EC, Benard A, Christen T, Reimers MS, Keijzer R, Sier CF, Liefers GJ, Morreau H, Putter H, Vahrmeijer AL, van de Velde CJ, Kuppen PJ. Clinical prognostic value of combined analysis of Aldhl, Survivin, and EpCAM expression in colorectal cancer. Br J Cancer 2014. 110(12):2935-2944.,- Li M, Yuan YH, Han Y, Liu YX, Yan L, Wang Y, Gu J. Expression profile of cancer-testis genes in 121 human colorectal cancer tissue and adjacent normal tissue. Clinical Cancer Res 2005. 11(5):1809-1814).
[00247] Com base na taxa de expressão classificada, selecionamos os CTA mais frequentemente expressos como antígenos-alvo da vacina contra câncer colorretal. As taxas de expressão dos CTAs específicos para câncer de mama selecionados são ilustradas na Figura 15.
[00248] Para selecionar peptideos imunogênicos a partir dos CTAs de câncer colorretal mais frequentemente expressos, usamos o Teste PEPI3+ e a População Modelo descritos no Exemplo 8 para identificar os bestEPIs.
[00249] Nós multiplicamos a frequência de expressão relatada para cada CTA (N%) pela frequência dos hotspots de
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PEPI3+ na População Modelo (B%) para identificar os epitopos de células T (9-méricos) que induzirão uma resposta imune contra antigenos do câncer colorretal na maior proporção de indivíduos (Tabela 20) Em seguida, selecionamos 15-meros que abrangem cada um dos 9-meros selecionados (Tabela 20) . Os 15meros foram selecionados de modo a se ligarem à maioria dos alelos de HLA de classe II da maioria dos indivíduos, usandose o processo descrito no Exemplo 19 abaixo. Estes 15-meros podem induzir respostas tanto de CTL quanto de T auxiliares na maior proporção de indivíduos.
[00250] Tabela 20. Lista de BestEPI (9-meros sublinhados) para se selecionarem peptídeos de câncer colorretal para a composição da vacina. N%: Frequência de expressão de antigenos em cânceres colorretais; B%: frequência de bestEPI, isto é, a porcentagem de indivíduos com epitopos que se ligam a pelo menos 3 HLA de classe I de indivíduos na população modelo (433 indivíduos); HLAII**: **Porcentagem de indivíduos tendo PEPI4+ específicos para células T CD4+ em doadores normais (n=400); N%*B%: N% multiplicado por B%.
ίΟΕΪΪΪΪΪ néric //o//////////// liSEglilll ίϊΟίίϊϊϊ/ϊ /1Í5|//1/1 ir.éricc Antigene BestEPIsel5- me;ro//Utimi/z;ado//////////////////////////////////////////////////:
Antígeno Ν' /////lB-MeTO///otimv////////////// Pcsiçã c ctiii. B +N
234 251 TSP50 89% VCSMEGTWYLVGLVS 315 58% 72% 52%
21 252 TSP50 89% GFSYEQDPTLRDP EA 105 51% 0% 45%
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21 61 TSP50 89% RS CGFSYEQDPTLRD 102 51% 0% 45%
21 253 TSP50 89% YRSCGFSYEQDPTLR 101 51% 0% 45%
22 62 Ep CAM 88% VRTYWIIIELKHKAR 139 51% 100% 45%
235 254 Ep CAM 88% L LAAATAT FAAAQ Ε E 12 39% 28% 34%
24 255 SPAG9 74% KLGFSFVRITALMVS 1140 44% 100% 33%
23 63 TSP50 89% P STTMETQFPVSE GK 83 36% 0% 32%
24 64 SPAG9 74% GT GKL GESEVRITAL 1137 44% 94% 32%
23 256 TSP50 89% L P STTMETQFPVSE G 82 36% 0% 32%
25 65 SPAG9 74% AQKMSSLLPTMWL GA 962 43% 69% 32%
26 66 CAGE! 74% LASKMHSLLALMVGL 613 42% 99% 31%
27 67 FBXO39 39% K FMN P YNAVLT KK EQ 95 78% 43% 30%
28 68 CAGE! 74% PKSMTMMPALFKENR 759 37% 87% 27%
238 257 SPAG9 74% LDSFTVCNSHVLCIA 782 36% 6% 27%
236 258 SPAG9 74% GNILD SFTVCNSHVL 779 36% 4% 26%
29 69 Ep CAM 88% YVDEKAPEFSMQGLK 251 28% 0% 25%
29 259 Ep CAM 88% QTLIYYVDEKAPEFS 246 28% 34% 25%
30 70 FBXO39 39% FKKTMSTFHNLVSLN 216 58% 92% 23%
31 71 Survivina 86% TAKKVRRAIEQLAAM 127 26% 26% 22%
237 260 TSP50 89% S RT L LLALPLPLSLL 368 24% 100% 21%
32 72 SPAG9 74% S GAVMSERVSGLAGS 16 28% 9% 21%
238 260 TSP50 89% SRTLLLALPLPL S L L 368 23% 100% 20%
34 74 FBXO39 39% KVNEFEERIMKYERL 284 46% 100% 18%
33 73 TSP50 89% S RYRAQRFWSWVGQA 190 20% 88% 18%
239 261 LEMD1 56% FIIWFVYLT VEN K S 164 30% 97% 17%
240 66 CAGE! 74% LASKMHSLLALMVGL 613 22% 99% 16%
241 262 FBXO39 39% RN SIRSSFISSLSFF 142 40% 100% 16%
242 263 CAGE! 74% NIEN YSTNALIQPVD 97 21% 14% 16%
243 264 Survivina 86% MGAPTLPPAWQPFLK 1 17% 0% 15%
244 265 CAGE! 74% RQFETVCKFHWVEAF 119 18% 45% 13%
35 75 Survivina 86% KDHRISTFKNWPFLE 15 15% 83% 13%
36 266 MAGE-A8 44% P E EAIWEALSVMGL Y 220 20% 78% 9%
36 76 MAGE-A8 44% S RAP E EAIWEALSVM 217 20% 6% 9%
37 77 MAGE-A8 44% D EKVAELVRFLLRKY 113 18% 95% 8%
37 267 MAGE-A8 44% EKVAELVRFLLRKYQ 114 18% 99% 8%
38 268 MAGE-A6 28% KL LT Q YFVQENYLEY 244 27% 98% 8%
38 78 MAGE-A6 28% QYFVQENYLEYRQVP 248 27% 93% 8%
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157/215
40 80 MAGE-A6 28% IGHVYIFATCLGLSY 172 25% 82% 7%
39 79 MAGE-A8 44% E FLWGPRALAETSYV 273 16% 44% 7%
245 269 MAGE-A3 23% IGHLYIFATCLGLSY 172 28% 85% 6%
246 270 MAGE-A3 23% KL LT Q HFVQENYLEY 244 27% 77% 6%
247 271 MAGE-A8 44% ASSSSTLIMGTL Ε ΕV 39 14% 19% 6%
248 269 MAGE-A3 23% IGHLYIFATCLGLSY 172 25% 85% 6%
249 264 Survivina 86% MGAP TLPPAWQPFLK 1 5% 0% 4%
250 75 Survivina 86% KDHRISTFKNWPFLE 15 4% 83% 3%
[00251] Em seguida, desenhamos trinta e um peptídeos
30-méricos. (Tabela 21a). Cada um dos 30-meros consiste em dois fragmentos 15-méricos otimizados, em geral, de diferentes CTAs frequentes, cada 30-mero contendo, em geral, pelo menos um PEPI que se liga a HLA de classe II de alta frequência. Os fragmentos 15-méricos estão dispostos de extremidade a extremidade e cada um compreende um dos - meros (BestEPIs) da Tabela 20, como descrito acima. Nove destes peptídeos 30-méricos foram selecionados para um painel de vacinas de peptídeos, a que se refere como PoliPEPI915 (Tabela 21b). As frequências de expressão para os 8 CTAs que são alvos de PoliPEPI1015, individualmente e em combinação, são mostradas na FIG. 15.
Tabela 21a - peptídeos 30-méricos de vacina contra câncer colorretal
SEQ ID TREOSID Antígeno de origem Peptídeo (30-mérico) HLAI* (CD8) HLAII* * (CD4)
112 CCVlOOO-1-1 TSP50 VCSMEGTWYLVGLVSYRSCGFSYEQDPTLR 71% 72%
113 CCV1000-1-2 EpCAM/TSP50 VRTYWIIIELKHKARLPSTTMETQFPVSEG 62% 100%
114 CCV1000-1-4 Survivina TAKKVRRAIEQLAAMMGAPTLPPAWQPFLK 39% 26%
115 CCV1000-1-5 CAGEI LAS KMH SLLALMVGL P KSMTMMPAL FKENR 68% 99%
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158/215
116 CCV1000-1-6 Spag9 KLGFSFVRITALMVSLDSFTVCNSHVLCIA 58% 100%
117 CCV1000-1-7 FBXO39 KFMNPYNAVLTKKFQFKKTMSTFHNLVSLN 91% 92%
118 CCV1000-1-8 Spag9/FBXO39 AQKMSSLLPTMWLGAKVNFFFERIMKYERL 75% 100%
119 CCV1000-1-9 Survivina/Mage- A8 KDHRISTFKNWPFLEPEEAIWEALSVMGLY 39% 93%
120 CCV1000-2-1 TSP50 YRSCGFSYEQDPTLRVCSMEGTWYLVGLVS 71% 72%
121 CCV1000-2-2 EpCAM/Survivina VRTYW111ELKHKARTAKKVRRAIEQ LAAM 57% 100%
122 CCV1000-2-4 TSP50/Spag9 LPSTTMETQFPVSEGKLGFSFVRITALMVS 61% 100%
123 CCV1000-2-5 Survivina/Mage- A8 MGAPTLPPAWQPFLKPEEAIWEALSVMGLY 40% 78%
124 CCV1000-2-6 CAGEI/Survivina LASKMHSLLALMVGLKDHRISTFKNWPFLE 58% 99%
125 CCV1000-2-7 CAGE1/Spag9 PKSMTMMPALFKENRLDSFTVCNSHVLCIA 61% 87%
126 CCV1000-2-8 FBXO39 KFMNPYNAVLTKKFQKVNFFFERIMKYERL 90% 100%
127 CCV1000-2-9 Spag9/FBXO39 AQKMSSLLPTMWLGAFKKTMSTFHNLVSLN 67% 92%
128 CCV1000-3-1 TSP50 GFSYEQDPTLRDPEAVCSMEGTWYLVGLVS 71% 72%
129 CCV1000-3-7 CAGE1/Spag9 PKSMTMMPALFKENRGNILDSFTVCNSHVL 61% 87%
130 CCV1000-5-1 TSP50 PSTTMETQFPVSEGKSRYRAQRFWSWVGQA 53% 88%
131 CCV1000-5-3 EpCAM /Mage-A8 YVDEKAPEFSMQGLKDEKVAELVRFLLRKY 43% 95%
132 CCV1000-5-4 TSP50/Spag9 RSCGFSYEQDPTLRDGTGKLGFSFVRITAL 67% 94%
133 CCV1000-5-5 Mage-A8/Mage-A6 SRAPEEAIWEALSVMQYFVQENYLEYRQVP 45% 94%
134 CCV1000-5-7 CAGE1/Spag9 PKSMTMMPALFKENRSGAVMSERVSGLAGS 57% 87%
135 CCV1000-S-1 SPAG9/FBXO39 SGAVMSERVSGLAGSRNSIRSSFISSLSFF 64% 100%
136 CCV1000-S-2 CAGE1/MAGE-A8 NIENYSTNALIQPVDEKVAELVRFLLRKYQ 28% 99%
137 CCV1000-S-3 CAGE1/MAGE-A6 RQFETVCKFHWVEAFKLLTQYFVQENYLEY 46% 98%
138 CCV1000-S-5 MAGE-A8 /MAGE-A3 EFLWGPRALAETSYVKLLTQHFVQENYLEY 39% 91%
139 CCV1000-S-6 MAGE-A8/EpCAM ASSSSTLIMGTLEEVQTLIYYVDEKAPEFS 41% 41%
140 CCV1000-S-7 TSP50/MAGE-A3 SRTLLLALPLPLSLLIGHLYIFATCLGLSY 60% 100%
141 CCV1000-S-9 LEMD1/MAGE-A6 FIIWFVYLTVENKSIGHVYIFATCLGLSY 51% 99%
142 CCV1000-S-17 EPCAM LLAAATATFAAAQEEQTLIYYVDEKAPEFS 52% 54%
*Porcentagem de indivíduos tendo PEPI3+ específicos para células T CD8+ na População Modelo (n=433).
**Porcentagem de indivíduos tendo PEPI4+ específicos para células T CD4+ em doadores normais (n=400).
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159/215
Tabela 21b - Peptideos selecionados da Vacina contra
Câncer Colorretal para a composição PoliPEPI1015
SEQID TREOSID Antígeno de origem Peptideo (30-mérico) HLAI* (CD8) HLAII** (CD4)
130 CCV1000-5-1 TSP50 PSTTMETQFPVSEGKSRYRAQRFWSWVGQA 53% 53%
121 CCV1000-2-2 EpCAM/Survivina VRTYWIIIELKHKARTAKKVRRAIEQLAAM 57% 98%
131 CCV1000-5-3 EpCAM /Mage-A8 YVDEKAPEFSMQGLKDEKVAELVRFLLRKY 43% 72%
132 CCV1000-5-4 TSP50/Spag9 RSCGFSYEQDPTLRDGTGKLGFSFVRITAL 67% 82%
133 CCV1000-5-5 Mage-A8/Mage-A6 SRAPEEAIWEALSVMQYFVQENYLEYRQVP 45% 76%
124 CCV1000-2-6 CAGEI/Survivina LASKMHSLLALMVGLKDHRISTFKNWPFLE 58% 95%
134 CCV1000-5-7 CAGE1/Spag9 PKSMTMMPALFKENRSGAVMSERVSGLAGS 57% 57%
126 CCV1000-2-8 FBXO39 KFMNPYNAVLTKKFQKVNFFFERIMKYERL 90% 98%
127 CCV1000-2-9 Spag9/FBXO39 AQKMSSLLPTMWLGAFKKTMSTFHNLVSLN 67% 66%
PoliPEPI915 (9 peptideos em conjunto) 100% 99%
*Porcentagem de indivíduos tendo PEPI3+ específicos para
células T CD8+ na População Modelo (n=433).
**Porcentagem de indivíduos tendo PEPI4+ especí ficos para
células T CD4+ em doadores normais (n=400) .
[00252] Caracterização da vacina contra o câncer
colorretal PoliPEPI1015
[00253] Heterogeneidade do tumor : A composição
PoliPEPI915 tem como alvo 8 CTAs diferentes (Fig. 15). Com base nas taxas de expressão de antigenos para estes 8 CTAs, AG50 = 5,22 e AG95 = 3 FIG. 16.
[00254] Heterogeneidade do paciente: o AP50=4,73 e AP95 = 2 (AP95 = 2) (FIG. 17) . Heterogeneidade do tumor e do paciente: AGP50 = 3,16 e AGP95 = 1 (População Modelo) (FIG. 18) .
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[00255] Exemplo 17 - Comparação de peptideos de vacina contra câncer colorretal com vacinas contra câncer colorretal concorrentes
[00256] Nós usamos o modelo de ensaio clínico ín sílíco descrito acima para determinar a taxa de respondedores de células T a vacinas peptídicas contra CRC de última geração e atualmente disponíveis e comparamos com a de poliPEPI1015 (Tabela 22) . Nosso teste PEPI3+ demonstra que as vacinas concorrentes podem induzir respostas imunes contra um antígeno tumoral em uma fração dos indivíduos (2% - 77%). No entanto, a determinação da resposta multi-antigênica (multi-PEPI) para as 2 vacinas multi-antigênicas concorrentes resultou em nenhum ou 2% de respondedores. As *% de respondedores são a razão entre indivíduos da População Modelo e PEPI3+ lb para HLAI (respostas de células T CD8+) no caso de 1, ou para 2, 3, 4 ou 5 antigenos das composições de vacina. Como as respostas multi-PEPI se correlacionam com as respostas clínicas induzidas por vacinas contra tumores, é improvável que qualquer uma das vacinas concorrentes demonstre benefício clínico em 98% dos pacientes. Em contraste, predissemos respostas multi-PEPI em 95% dos indivíduos, sugerindo a probabilidade de benefício clínico na maioria dos pacientes.
[00257] Tabela 22 Taxas de resposta imune preditas de
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161/215 poliPEPI1015 e vacinas concorrentes contra câncer colorretal
Vacinas contra Câncer Colorretal Patrocinador (Sponsor) % de respondedores de células T CD8+ em 433 indivíduos*
Antígenos vacinais (Ags ) % de respondedores contra múltiplos Ags
1 Ag 2 Ags 3 Ags 4 Ags 5 Ags
Vacina peptídica Stimuvax® (L- BLP25) Universidade Johannes Gutenberg Mainz 1 6% - - - -
Vacina multipeptídica WT1 Universidade de Shinshu, Japão 1 79% - - - -
Vacina de Coquetel de Peptídeos Muitiepítopos Universidade de Kinki 7 5% 2% 0% 0% 0%
Vacina sintética de Peptídeo Longo p53 Centro Médico da Universidade de Leiden 1 77% - - - -
Vacina de Peptídeo de Células B HER2 Ohio State University Comprehensive Cancer Center 1 18% - - - -
Vacina de células dendríticas pulsadas com peptídeo NY- ESO-1 Jonsson Comprehensive Cancer Center 1 0% - - - -
OCV-C02 Otsuka Pharmaceutical Co., Ltd. 2 2% 0% - - -
PoliPEPI 1015 Treos Bio 8 100% 95% 87% 70% 54%
[00258] Exemplo 18 Desenho e composição de vacina contra câncer de ovário
[00259] Usamos o Teste PEPI3 + para desenhar peptídeos para uso em vacinas contra câncer de ovário, usando essencialmente o mesmo método de desenho descrito nos Exemplos 13 e 16 acima.
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162/215
[00260] Nós multiplicamos a frequência de expressão relatada para CTAs associados a câncer de ovário (N%) pela frequência dos hotspots de PEPI3+ na População Modelo (B%) para identificar os epitopos de células T (9-méricos) que induzirão uma resposta imune contra antigenos do câncer de ovário na maior proporção de indivíduos (Tabela 23) Em seguida, selecionamos 15-meros que abrangem cada um dos 9-meros selecionados (Tabela 23) . Os 15-meros foram selecionados de modo a se ligarem à maioria dos alelos de HLA de classe II da maioria dos indivíduos, usando-se o processo descrito no Exemplo 20 abaixo.
Tabela 23. Lista de BestEPI (9-meros sublinhados) para se selecionarem peptideos de câncer de ovário para a composição da vacina. N%: Frequência de expressão de antigenos em cânceres colorretais; B%: frequência de bestEPI, isto é, a porcentagem de indivíduos com epitopos que se ligam a pelo menos 3 HLA de classe I de indivíduos na população modelo (433 indivíduos); HLAII**: **Porcentagem de indivíduos tendo PEPI4+ específicos para células T CD4+ em doadores normais (n=400); N%*B%: N% multiplicado por B%.
lliíIDLllllllll Oís ϊ n.éric /í^iúiiiiiíiiiii rr.éricc Antígeno //;Be;st:EPT/s//;e//;I5—me;ro///Õbírni;zado/////////////////////////////////////;/
Antígeno Νΐ 1/115—Merc ctiu..1111111 Pcsiçã 101 OtílL. Βΐ ÍÍNÜAI®*1L B ΐ *N ΐ
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272 302 PIWIL-4 90% Q GMMMSIATKIAMQM 585 79% 72% 71%
273 303 PIWIL-4 90% KAKAFDGAILFLSQK 153 62% 80% 56%
274 304 WT1 63% S S GQARMFPNAPYLP 121 78% 0% 49%
275 305 EpCam 92% RTYWIIIELKHKARE 140 51% 100% 47%
276 306 BORIS 82% MFTSSRMSSFNRHMK 263 57% 66% 46%
277 307 AKAP4 88% QVNIDYLMNRPQNLR 162 52% 46% 46%
278 308 OY-TES-1 65% ST PMIMENIQELIRS 277 67% 82% 43%
279 309 AKAP4 88% MMAYSDTTMMS D DID 1 49% 0% 43%
280 310 SP17 65% AFAAAYFESLLΕ KRE 37 65% 100% 42%
281 311 PIWIL-4 90% RAIQQYVDPDVQLVM 534 46% 5% 42%
282 312 PIWIL-2 61% GFVASINLTLTKWYS 759 67% 93% 41%
283 313 AKAP4 88% D LQ KYALGFQHALSP 117 46% 82% 40%
284 314 PIWIL-3 88% GYVT SVLQYENSITL 266 44% 54% 39%
285 315 SPAG9 90% VRE EAQKMSSLLPTM 958 43% 1% 39%
286 316 PIWIL-3 88% MSLKGHLQSVTAPMG 523 42% 17% 37%
287 317 PIWIL-3 88% QKSIAGFVASTNAEL 663 42% 37% 37%
288 318 PIWIL-2 61% RNFYDPTSAMVLQQH 341 60% 49% 37%
289 319 BORIS 82% NMAFVTSGELVRHRR 319 44% 75% 36%
290 320 AKAP4 88% L S FYVNRLSSLVIQM 217 36% 100% 31%
291 321 PRAME 59% LERLAYLHARLRELL 457 52% 100% 30%
292 322 BORIS 82% RFTQSGTMKIHILQK 406 35% 69% 29%
293 323 HIWI 68% HAFDGTILFLP KRLQ 161 39% 83% 27%
294 324 EpCam 92% YVDEKAPEFSMQGLK 251 28% 0% 26%
295 325 SPAG9 90% S GAVMSERVSGLAGS 16 28% 9% 25%
296 326 HIWI 68% GFTT SILQYENSIML 251 37% 86% 25%
297 327 PIWIL-2 61% Y S RWFQMPHQEIVD 772 40% 77% 24%
298 328 PRAME 59% RH S QT LKAMVQAWPF 64 37% 38% 22%
299 329 Survivina 84% AKKVRRAIEQLAAMD 128 26% 25% 22%
300 330 BORIS 82% ERSDEIVLTVSN S NV 210 25% 2% 21%
301 331 WT1 63% RT PYSSDNLYQMTSQ 218 32% 0% 20%
[00261]
Em seguida, desenhamos 15 peptideos 30-méricos (Tabela 24) .
Tabela 24 peptideos
30-méricos de vacina contra câncer
Petição 870190111548, de 01/11/2019, pág. 169/249
164/215 de ovário
SEQID TREOSID Antígeno de origem Peptideo (30-mérico) HLAI* (CD8) HLAII** (CD4)
332 001212-01 OY-TES-1/PIWIL- 4 STPMIMENIQELIRSQGMMMSIATKLAMQM 94% 98%
333 001212-02 PIWIL-2/PIWIL-4 RNFYDPTSAMVLQQHKAKAFDGAILFLSQK 89% 90%
334 001212-03 BORIS/AKAP4 NMAFVTSGELVRHRRMMAYSDTTMMSDDID 68% 75%
335 001212-04 WT1/WT1 SSGQARMFPNAPYLPRTPYSSDNLYQMTSQ 84% 0%
336 001212-05 BORIS/HIWI MET S S RMS S FNRHMKHAFDGTIL FL PKRLQ 67% 94%
337 001212-06 PIWIL-2/EpCam YSRWFQMPHQEIVDRTYWIIIELKHKARE 67% 100%
338 001212-07 AKAP4/PIWIL-4 LSFYVNRLSSLVIQMRAIQQYVDPDVQLVM 71% 100%
339 001212-08 AKAP4/ SP17 QVNIDYLMNRPQNLRAFAAAYFESLLEKRE 78% 100%
340 001212-09 PIWIL-3/PIWIL-3 GYVTSVLQYENSITLQKSIAGFVASTNAEL 64% 65%
341 001212-10 SPAG9/BORIS VREEAQKMSSLLPTMRFTQSGTMKIHILQK 62% 69%
342 001212-11 PIWIL-2/EpCam GFVASINLTLTKWYSYVDEKAPEFSMQGLK 74% 93%
343 OC1212-12 PIWIL-3/SPAG9 MSLKGHLQSVTAPMGSGAVMSERVSGLAGS 52% 19%
344 OC1212-13 AKAP4/FRAME DLQKYALGFQHALSPLERLAYLHARLRELL 67% 100%
345 OC1212-14 HIWI/BORIS GFTTSILQYENSIMLERSDEIVLTVSNSNV 49% 86%
346 OC1212-15 FRAME/Survivina RHSQTLKAMVQAWP FAKKVRRAIEQLAAMD 48% 42%
*Porcentagem de individuos tendo PEPI3+ específicos para células T CD8+ na População Modelo (n=433). **Porcentagem de indivíduos tendo PEPI4+ específicos para células T CD4+ em doadores normais (n=400) .
[00262] Exemplo 19. Eficácia por procedimento de desenho exemplificada para a vacina PoliPEPI1018 contra câncer colorretal
[00263] A composição de vacina contra Câncer Colorretal (CRC) PoliPEPI1018 (PoliPEPIl018) é uma vacina peptídica destinada a ser usada como imunoterapia complementar às opções standard-of-care para CRC em pacientes identificados como prováveis respondedores ao usarem um teste diagnóstico
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165/215 complementar (CDx) in vitro. Estão sendo realizados ensaios clínicos nos EUA e na Itália para avaliar P0ÜPEPIIOI8 em pacientes com câncer colorretal metastático. 0 produto contém 6 peptídeos (6 dos peptídeos 30-méricos de PoliPEPI1015 descritos nos exemplos 16 e 17) misturados com o adjuvante Montanide. Os 6 peptídeos foram selecionados para induzir respostas de células T contra 12 epítopos de 7 antígenos de câncer/testículo (CTAs) que são mais frequentemente expressos em CRC. Os 6 peptídeos foram otimizados para induzir respostas duradouras de células T específicas para CRC. Pacientes que são respondedores prováveis com respostas de células T contra múltiplos CTAs expressos no tumor podem ser selecionados com um diagnóstico complementar (CDx). Este exemplo define o processo de precisão usado para desenhar P0IÍPEPIIOI8. Este processo pode ser aplicado para desenhar vacinas contra outros tipos de câncer e doenças.
A. Seleção de Múltiplos Antígenos como Alvos
[00264] A seleção de antígenos tumorais é essencial para a segurança e eficácia de vacinas contra o câncer. A característica de um bom antígeno é ter expressão restrita em tecidos normais, de modo a impedir a autoimunidade. Várias categorias de antígeno atendem a esse requisito, incluindo antígenos que sofreram mutação de maneira exclusiva (por
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166/215 exemplo, p53), antigenos virais (por exemplo, antigenos de papilomavirus humano no câncer cervical), e antigenos de diferenciação (por exemplo, CD20 no linfoma de células B).
[00265] Os inventores selecionaram múltiplos antigenos de câncer/testiculo (CTAs) como antigenos alvo, uma vez que são expressos em vários tipos de células tumorais e em células testiculares, mas não são expressos em outros tecidos ou células somáticas normais. CTAs são alvos desejáveis para vacinas pelo menos pelos seguintes motivos:
• tumores de maior grau histológico e estágio clinico posterior geralmente apresentam maior frequência de expressão de CTAs • apenas uma subpopulação de células tumorais expressa um determinado CTA • tipos diferentes de câncer são significativamente diferentes em sua frequência de expressão de CTAs • tumores positivos para um CTA geralmente mostram expressão simultânea de mais de um CTA • Nenhum dos CTAs parece ser antígeno de superfície celular, portanto, estes são alvos únicos para vacinas contra o câncer (não são alvos adequados para imunoterapias baseadas em anticorpos)
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167/215
[00266] Para identificar os CTAs-alvo de P0ÜPEPIIOI8 , os inventores construíram uma base de conhecimento de expressão de CTAs. Esta base de conhecimento contém CTAs que são expressos em CRC classificados por ordem da taxa de expressão. Os estudos de correlação conduzidos pelos inventores (ver Exemplo 11) sugerem que as vacinas que induzem respostas de CTL contra múltiplos antigenos que são expressos em células tumorais podem beneficiar pacientes. Portanto, sete CTAs com altas taxas de expressão em CRC foram selecionados para inclusão no desenvolvimento de P0ÜPEPIIOI8. Os detalhes são apresentados na Tabela 25.
Tabela 25 CTAs-alvo na vacina P0ÜPEPIIOI8 CRC
Nome do CTA Taxa de Expressão Caracterização
TSP50 89,47% Proteína 50 semelhante à Protease Específica para Testículo é um oncogene que induz a proliferação celular, invasão celular, e crescimento tumoral. Está frequentemente expressa em amostras de câncer gástrico, mamário, cervical e colorretal; e raramente expressa em tecidos humanos normais, exceto nos espermatócitos dos testículos.
EpCAM 88,35% Molécula de Adesão de Células Epiteliais é um antígeno associado a tumor, expressa em cânceres de cólon e superexpressa em vários carcinomas humanos. A alta expressão de EpCAM nas células-tronco iniciadoras de câncer faz dela um valioso alvo para vacinas contra câncer. EpCAM também é expressa em níveis baixos ou desprezíveis em células epiteliais normais, com exceção do epitélio escamoso, hepatócitos e queratinócitos.
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Survivina 87,28% Survivina (proteína 5 contendo repetição IA1 Baculoviral) é uma proteína multitarefa que promove proliferação celular e inibe apoptose. Embora seja fortemente expressa em tecidos fetais e necessária para o desenvolvimento normal, não é expressa na maioria dos tecidos adultos. Survivina é expressa em vários cânceres, incluindo carcinomas. Tecidos normais que expressam baixo nível de survivina incluem timo, células-tronco derivadas da medula óssea CD34+, e epitélio basal do cólon. A superexpressão dramática de survivina em comparação com os tecidos normais é observada em tumores no pulmão, mama, cólon, estômago, esôfago, pâncreas, bexiga, útero, ovários, linfoma de células grandes não Hodgkin, leucemias, neuroblastoma, melanoma e cânceres de pele não melanoma.
CAGEI 74,47% Proteína do gene 1 associada a câncer é um CTA típico, que pode desempenhar um papel na proliferação celular e na tumorigênese. CAGEI é altamente expressa em tecidos de câncer colorretal e fracamente expressa na mucosa colorretal normal adjacente. Além disso, a CAGEI é expressa em melanoma, hepatoma e tumores de mama. Nenhuma expressão de proteína CAGEI é detectada em tecidos humanos saudáveis, com exceção dos testículos.
SP AG 9 74,36% Antígeno 9 associado a esperma está envolvido na sinalização da quinase de N-terminal de c-Jun e funciona como uma proteína de esqueleto (scaffold), desempenhando, assim, um papel importante na sobrevivência celular, proliferação, apoptose e desenvolvimento de tumores. A expressão da SPAG9 foi detectada em pacientes com câncer epitelial de ovário (90%), câncer de mama (88%), câncer cervical (82%), câncer de células renais (88%) e câncer colorretal (74%) . Nenhum dos tecidos não cancerosos adjacentes mostrou expressão do antígeno. A expressão de SPAG9 é restrita ao testículo.
FBXO39 38,60% FBXO39 (BCP-20) é uma proteína específica do testículo e uma parte importante do complexo da ubiquitina ligase E3. Participa da ubiquitinação e tem um papel na regulação do ciclo celular, respostas imunes, sinalização e degradação proteassomal de proteínas. A FBXO39 é expressa em cânceres de cólon e de mama. A expressão de FBXO39 também foi detectada no ovário, placenta e pulmão. A expressão de FBXO39 é 100 vezes maior nos testículos e 1.000 vezes maior nos cânceres colorretais em comparação com o tecido normal.
MAGEA8 43,75% A função do antígeno 8 associado ao melanoma não é conhecida, embora possa desempenhar um papel no desenvolvimento embrionário e na transformação tumoral ou em aspectos da progressão tumoral. 0 gene MAGE-A8 é expresso em CRC e carcinoma hepatocelular. A expressão de MAGE-A8 em tecidos normais é restrita ao testículo e à placenta.
[00267] Β. Ο Direcionamento Preciso é Conseguido pelo
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169/215
Desenho de Vacinas Baseadas em Biomarcadores PEPI3+
[00268] Como descrito acima, o biomarcador PEPI3+ prediz respostas de células T induzidas pela vacina de um indivíduo. Os inventores desenvolveram e validaram um teste para identificar com acurácia os PEPIs a partir de sequências de antigenos e genótipos de HLA (Exemplos 1, 2, 3). O algoritmo do Teste PEPI foi usado para identificar os PEPIs dominantes (besEPIs) a partir dos 7 CTAs-alvo a serem incluídos na vacina POÜPEPI1018 CRC.
[00269] Os PEPIs dominantes identificados com o processo aqui descrito podem induzir respostas de CTL na maior proporção de indivíduos:
i. Identificação de todos os PEPIs que se ligam a HLA de classe I a partir dos 7 alvos de CTA em cada um dos 433 indivíduos na População Modelo ii. Identificação dos PEPIs dominantes (BestEPIs) que são PEPIs presentes na maior subpopulação.
[00270] Os 12 PEPIs dominantes que são derivados a partir dos 7 CTAs em PoliPEPI1018 são apresentados na tabela a seguir. A % de PEPI na População Modelo indica a proporção de 433 indivíduos com o PEPI indicado, ou seja, a proporção de indivíduos em que o PEPI indicado pode induzir respostas de CTL. Existe uma variabilidade muito alta (18% - 78%) nos PEPIs
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170/215 dominantes para induzir respostas de CTL, apesar das etapas de otimização usadas no processo de identificação.
Tabela 26 HLA de classe I específico para CRC que se liga a PEPIs dominantes em PoliPEPI1018
PEPI3 + dominante para cada um dos 7 CTAs em P0IÍPEPIIOI8 em pacientes com CRC
Peptídeos em P0IÍPEPIIOI8 Antigenos de CRC PEPI3+ dominante % de PEPI3+ na População Modelo
CRC-P1 TSP50 TTMETQFPV 36%
YRAQRFWSW 20%
CRC-P2 EpCAM RTYWIIIEL 51%
Survivina RAIEQLAAM 26%
CRC-P3 EpCAM YVDEKAPEF 28%
MAGE-A8 KVAELVRFL 18%
CRC-P6 CAGEI KMHSLLALM 42%
Survivina STFKNWPFL 15%
CRC-P7 CAGEI KSMTMMPAL 37%
SPAG9 VMSERVSGL 28%
CRC-P8 FBXO39 FMNPYNAVL 78%
FFFERIMKY 46%
[00271] Os inventores otimizaram cada PEPI dominante para se ligarem à maioria dos alelos de HLA de classe II da maioria dos indivíduos. Isto deve aumentar a eficácia, porque induzirá células T auxiliares CD4+ que podem aumentar as respostas de CTL CD8+ e contribuir para respostas duradouras de células T. O exemplo apresentado na Figura 4 demonstra que PEPIs que se ligam a =3 alelos de HLA de classe II muito provavelmente ativam células T auxiliares.
[00272] Os peptídeos 15-méricos selecionados com o processo aqui descrito contêm PEPIs dominantes que se ligam a
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HLA de classe I e da classe II. Portanto, estes peptídeos podem induzir respostas tanto de CTL quanto de T auxiliares na maior proporção de indivíduos.
[00273] Pocesso:
1. Identificação do genótipo de HLA de classe II de 400 doadores normais*
2. Extensão de cada PEPI dominante 9-mérico (Tabela 20) de ambos os lados com aminoácidos que correspondem ao antígeno fonte
3. Predição de PEPIs de HLA de classe II de 400 doadores normais usando-se um algoritmo IEDB
4 . Seleção do peptídeo 15-mérico com a maior proporção
de indivíduos tendo PEPIs que se ligam a HLA de cias se II
5 . Garantir a presença de um PEPI de HLA de classe II
dominante em cada peptídeo da vacina ao se unirem dois
peptídeos 15-méricos
[00274] Os 12 peptídeos 15-méricos otimizados derivados
a partir dos 7 CTAs em PoliPEPI1018 são apresentados na Tabela 27. Estes peptídeos têm diferentes características de ligação a HLA de classe II. Existe uma alta variabilidade (0% - 100%) na capacidade de geração de PEPI (ligação a =3 HLA) entre estes peptídeos, apesar de um desenho tão otimizado de vacinas personalizadas.
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Tabela 27 PEPIs que se ligam a HLA de classe II específicos para antigenos em PoliPEPI1018.
N° Antigenos de CRC Média de Alelos que se ligam a HLA de classe II % de individu os com =1 ligação a HLA de classe II % de individu os com =2 ligações a HLA de classe II % de individu d® Cd» !=3 ligaçde® a HLA dd class·® II % de individu os com =4 ligações a HLA de classe II
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CRC- P2 EPCAM(139153) 5 100% 100% 100% 98%
SURVIVINA(12 7-141) 2 84% 58% 26% 11%
CRO- PS EPCAM(251- 265) 0 0% 0% 0% 0%
MAGE-A8 (113127) 4 100% 100% 95% 72%
CRC- P6 CAGEI(613627) 5 100% 100% 99% 95%
SURVIVINA(15 -29) 3 100% 97% 83% 45%
CRC- P7 CAGEI(759773) 3 100% 98% 87% 56%
SPAG9(16-30) 1 66% 35% 9% 2%
CRC- P8 FBXO39(95109) 3 100% 94% 43% 13%
FBXO39(284298) 5 100% 100% 100% 98%
[00275] Os peptídeos 30-méricos da vacina têm as seguintes vantagens em comparação com peptídeos mais curtos:
(i) Múltiplos imunógenos específicos para tumores selecionados de maneira precisa: cada 30-mero contém dois peptídeos imunogênicos específicos para câncer selecionados de maneira precisa que têm a capacidade de induzir respostas de CTL e de T auxiliares na maioria da população relevante (similar à população modelo).
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173/215 (ii) Garantem a apresentação natural de antígenos. Polipeptideos com 30 meros de comprimento podem ser vistos como pró-fármacos: Eles não são biologicamente ativos por si mesmos, mas são processados em peptideos menores (de 9 a 15 aminoácidos de comprimento) para serem carregados nas moléculas de HLA de células apresentadoras de antígenos profissionais. A apresentação de antígenos resultante da vacinação com peptideos longos reflete as vias fisiológicas para a apresentação nas moléculas de HLA tanto da classe I quanto da classe II. Além disso, o processamento de peptideos longos nas células é muito mais eficiente do que o de proteínas grandes intactas.
(iii) Excluem indução de respostas de células T tolerantes. Os peptideos 9-méricos não requerem processamento por células apresentadoras de antígenos profissionais e, portanto, ligam-se exogenamente às moléculas de HLA de classe I. Assim, peptideos curtos injetados ligar-se-ão em grande número às moléculas de HLA de classe I de todas as células nucleadas que têm HLA de superfície da classe I. Em contraste, peptideos com > 20-meros de comprimento são processados por células apresentadoras de antígenos antes de se ligarem a HLA de classe I. Portanto, a vacinação com peptideos longos tem menos probabilidade de levar à tolerância e promoverá a atividade antitumoral desejada.
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174/215 (iv) Induzem respostas duradouras de células T, porque podem estimular respostas de T auxiliares ao se ligar a várias moléculas de HLA de classe II (v) Utilidade. A fabricação, formulação, controle de qualidade e administração BPF de um número menor de peptideos (cada um com todas as características acima) são mais viáveis do que um número maior de peptideos que fornecem características diferentes.
[00276] Cada peptídeo 30-mérico em P0ÜPEPIIOI8 consiste em 2 PEPIs dominantes que se ligam a HLA de classe I e pelo menos um PEPI forte que se liga a HLA de classe II. PEPIs que se ligam fortemente a 4 alelos de HLA de classe II em >50% dos indivíduos. Portanto, os peptideos da vacina são adaptados aos alelos de HLA tanto da classe I quanto da classe II de indivíduos em uma população geral (que é uma população relevante para o desenho da vacina contra CRC) .
[00277] Como demonstrado acima, a alta variabilidade do genótipo de HLA nos indivíduos resulta em alta variabilidade das respostas de células T induzidas por P0ÜPEPIIOI8 . Isto justifica o codesenvolvimento de um CDx gue determine prováveis respondedores. Os biomarcadores PEPI3+ e >2PEPI3+ poderíam predizer a resposta imune e respostas clínicas, respectivamente, de indivíduos vacinados com P0ÜPEPIIOI8,
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175/215 conforme detalhado nos Exemplos 11 e 12. Estes biomarcadores serão usados para codesenvolver um CDx que prediga respondedores prováveis à vacina PoliPEPI1018 CRC.
[00278] Exemplo 20 - Análise da composição e da imunogenicidade da vacina PoliPEPI1018 CRC
[00279] Os peptideos selecionados para a composição de PoliPEPI1018 são mostrados na Tabela 28.
Tabela 28 - Peptideos Selecionados da Vacina contra Câncer
Colorretal para a composição de P0IÍPEPIIOI8
SEQID TREOSID Antígeno de origem Peptideo (30-mérico) HIAI* (CD8) HIAII** (CD4)
130 CCV1000- 5-1 TSP50 PSTTMETQFPVSEGKSRYRAQRFWSWVGQA 53% 88%
121 CCV1000- 2-2 EpCAM/Survivina VRTYWIIIELKHKARTAKKVRRAIEQLAAM 57% 100%
131 CCV1000- 5-3 EpCAM /Mage-A8 YVDEKAPEFSMQGLKDEKVAELVRFLLRKY 43% 95%
124 CCV1000- 2-6 Cage/Survivina LASKMHSLIALMVGLKDHRISTFKNWPFLE 58% 99%
134 CCV1000- 5-7 Cage/Spag9 P KSMTMMPAL FKENRS GAVMS ERVS GLAGS 57% 87%
126 CCV1000- 2-8 FBXO39 KFMNPYNAVLTKKFQKVNFFFERIMKYERL 90% 100%
PoliPEPI1018 (6 peptideos em conjunto) 98% 100%
*Porcentagem de indivíduos tendo PEPI3+ que se ligam a HLA de classe I na População Modelo (n=433).
**Porcentagem de indivíduos tendo PEPI3+ que se ligam a HLA de classe II na População Modelo (n=433).
[00280] Os peptideos de P0IÍPEPIIOI8 são formulados em duas misturas, MIX1 contendo os peptideos de SEQ ID: 130, 131 e MIX2 contendo os peptideos de SEQ ID: 121, 124, 134, 126.
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MIX 1 e MIX 2 podem ser administradas sequencialmente.
[00281] Caracterização da imunogenicidade
[00282] Os inventores usaram o Teste PEPI3+ para caracterizar a imunogenicidade de PoliPEPI1018 em uma coorte de 37 pacientes com CRC com dados completos do genótipo de HLA. As respostas de células T foram preditas em cada paciente contra os mesmos peptideos 9-mérico que serão utilizados em ensaios clínicos. Estes peptideos representam os 12 PEPI3+ dominantes nos peptideos PoliPEPI1018. Os 9-meros são mostrados na Tabela 26.
[00283] A especificidade e a sensibilidade da predição de PEPI3+ dependem do número real de HLAs que se prediz que se liguem a um epítopo em particular. Especificamente, os inventores determinaram que a probabilidade de um epítopo restrito a HLA induza uma resposta de células T em um indivíduo é tipicamente de 4%, o que explica a baixa sensibilidade dos métodos de predição de última geração com base na predição de epítopos restritos a HLA. Aplicando a metodologia PEPI3+, os inventores determinaram a probabilidade com que a resposta de células T a cada um dos PEPI3+ dominantes específicos seria induzida por PoliPEPI1018 nos 37 pacientes com CRC. Os resultados desta análise estão resumidos na Tabela 29.
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177/215
Tabela 29: Probabilidade de PEPI Dominante nos 6 Peptídeos de P0ÜPEPIIOI8 em 37 ω ΐύ ο £ ο ο ω φ £ φ
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178/215
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CD8+ Induzidas por PoliPEPI1018.
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179/215
[00285] Em geral, estes resultados mostram que o peptideo mais imunogênico em PoliPEPI1018 é CRC-P8, que se prediz que se ligue a > 3 HLAs na maioria dos pacientes. O peptideo menos imunogênico, CRC-P3, liga-se a >1 HLA em muitos pacientes e tem 22% de chance de induzir respostas de células T. Como os bioensaios usados para detectar respostas de células T são menos precisos do que PEPI3 + , este cálculo pode ser a caracterização mais acurada das respostas de células T em pacientes com CRC. Embora MAGE-A8 e SPAG9 fossem imunogênicos na População Modelo usada para o desenho da vacina, PEPI3+ específicos para MAGE-A8 estavam ausentes nos 37 pacientes com CRC e apenas um paciente (3%) apresentou PEPI3+ específico para SPAG9.
[00286] Caracterização adicional da taxa de resposta predita de P0IÍPEPIIOI8 na população modelo descrita no Exemplo 8 e em 295 pacientes com CRC com genótipos conhecidos de HLA classe I são mostrados nas Tabelas 30 e 31.
Tabela 30 - Taxas de Resposta de P0IÍPEPIIOI8 na População
Modelo (433 doadores normais)
POÜPEPI1018 Taxas de Resposta >=1 >=2 >-3 >=4 >~5 >~6 >=Ί >=8 >~5
Multi-PEPI Multi- 98% 94% 83% 70% 52% 38% 27% 18% N/D 11%
98% 91% 73% 52% 30% 12% N/D N/D
Peptideo Multi-
N/D
98% 92% 72% 49% 31% 14% 6% N/D
Antígeno
179
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180/215
Tabela 31 - Taxas de Resposta de P0ÜPEPIIOI8 para 295 pacientes com CRC
PO1ÍPEPI1018 Taxas de Resposta >=1 >=2 >~3 >-4 >~5 >~6 >=Ί >=8 >~9
Multi-PEPI 99% 96% 92% 85% 69% 53% 40% 32% 25%
Multi- Peptídeo Multi- 99% 93% 86% 71% 49% 29% N/D N/D N/D
N/D
99% 93% tíb% 72% 49% 32% 13% N/D
Antígeno
[00287] Caracterização da toxicidade - immunoBLAST
[00288] Foi desenvolvido um método que pode ser
realizado com qualquer antígeno para se determinar seu
potencial de induzir reação imunotóxica, como autoimunidade. Refere-se aqui ao método como imunoBLAST. P0ÜPEPIIOI8 contém seis polipeptideos 30-méricos. Cada polipeptideo consiste em dois fragmentos de peptideo 15-méricos derivados de antigenos expressos em CRC. Os neoepítopos podem ser gerados na região da junção dos dois peptideos 15-méricos e podem induzir respostas indesejadas de células T contra células saudáveis (autoimunidade) . Isto foi avaliado usando-se a metodologia immunoBLAST.
[00289] Foi desenhado um peptideo 16-mérico para cada um dos componentes 30-méricos de P0ÜPEPIOI8. Cada 16-mero contém 8 aminoácidos da extremidade dos 15 primeiros resíduos do 30-mero e 8 aminoácidos do início dos segundos 15 resíduos do 30-mero - abrangendo, assim, com precisão, a região da
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181/215 junção dos dois 15-meros. Estes 16-meros são, então, analisados para identificar regiões reativas cruzadas de similaridade local com sequências humanas usando-se BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi), que compara sequências de proteínas a bases de dados de sequências e calcula a significância estatística das correspondências. Foram selecionados 8-meros dentro dos 16-meros como o comprimento de exame, pois esse comprimento representa o comprimento mínimo necessário para um peptídeo formar um epitopo e é a distância entre os pontos de ancoragem durante a ligação a HLA.
[00290] Como mostrado na Figura 19, as posições dos aminoácidos em um polipeptideo são numeradas. As posições iniciais de potenciais peptídeos 9-méricos que podem se ligar a HLAs e formar neoepítopos são os 8 aminoácidos nas posições 8-15. As posições iniciais dos peptídeos derivados de antígeno tumoral abrigadas pelos 15-meros que podem formar os epítopos farmaceuticamente ativos têm 7+7=14 aminoácidos nas posições 1-7 e 16-22. A razão entre possíveis peptídeos geradores de neoepítopos é de 36,4% (8/22).
[00291] 0 Teste PEPI3+ foi usado para identificar neoepítopos e neoPEPI entre os epítopos 9-méricos na região da junção. 0 risco de PoliPEPI1018 induzir respostas indesejadas
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182/215 de células T foi avaliado nos 433 indivíduos na População Modelo determinando-se a proporção de indivíduos com PEPI3+ entre os 9-meros na região da junção. 0 resultado da análise de neoepítopos/neoPEPI está resumido na Tabela 32. Nos 433 indivíduos da População Modelo, o número médio predito de epítopos que poderíam ser gerados por processamento intracelular foi de 40,12. Neoepítopos foram gerados frequentemente; 11,61 dos 40,12 (28,9%) epítopos são neoepítopos. A maioria dos peptideos pôde ser identificada como sendo um neoepítopo, mas o número de indivíduos que apresentam neoepítopos variou.
[00292] Os epítopos abrigados por PoliPEPI1018 criam uma média de 5,21 PEPI3+. Estes PEPIs podem ativar células T em um indivíduo. A quantidade de potenciais neoPEPIs foi muito menor do que neoepítopos (3,7%). Há uma possibilidade marginal de estes neoPEPIs competirem na ativação de células T com PEPIs em alguns indivíduos. É importante ressaltar que as células T específicas para neoPEPIs e ativadas não tinham quaisquer alvos no tecido saudável.
Tabela 32 - Identificação de Potenciais Neoepítopos de PoliPEPI1018
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PoliPEPI 1018 ID do Peptideo Neoepitopo Potencial Epítopo e ligação de PEPI3+ em 433 Indivíduos da População Modelo
Ligação de Epítopo (1 x HLA) Ligação de PEPI3+ (3 x HLA)
N° Ind. % Ind. NeoEPI NeoEPI contag em N° Ind. % Ind. NeoPEPI Contage m de NeoPEPI
CRC-P1 QFPVSEGKS 0 0, 0% 7 0 0, 0% 3
FPVSEGKSR 160 37,0% X 1 0,2% X
PVSEGKSRY 150 34,6% X 0 0, 0%
VSEGKSRYR 194 44, 8% X 1 0,2% X
SEGKSRYRA 113 26, 1% X 0 0, 0%
EGKSRYRAQ 77 17, 8% X 0 0, 0%
GKSRYRAQR 37 8, 5% X 0 0, 0%
KSRYRAQRF 337 77, 8% X 33 7, 6% X
CRC-P2 IELKHKART 32 7, 4% X 7 0 0, 0% 1
ELKHKARTA 63 14,5% X 0 0, 0%
LKHKARTAK 59 13, 6% X 0 0, 0%
KHKARTAKK 166 38,3% X 1 0,2% X
HKARTAKKV 0 0, 0% 0 0, 0%
KARTAKKVR 70 16,2% X 0 0, 0%
ARTAKKVRR 134 30, 9% X 0 0, 0%
RTAKKVRRA 41 9, 5% X 0 0, 0%
CRC-P3 EFSMQGLKD 0 0, 0% 5 0 0, 0% 1
FSMQGLKDE 188 43, 4% X 0 0, 0%
SMQGLKDEK 138 31, 9% X 0 0, 0%
MQGLKDEKV 16 3, 7% X 0 0, 0%
QGLKDEKVA 0 0, 0% 0 0, 0%
GLKDEKVAE 0 0, 0% 0 0, 0%
LKDEKVAEL 186 43, 0% X 3 0, 7% X
KDEKVAELV 51 11, 8% X 0 0, 0%
CRC-P6 LLALMVGLK 252 58,2% X 7 0 0, 0% 1
LALMVGLKD 86 19, 9% X 0 0, 0%
ALMVGLKDH 65 15, 0% X 0 0, 0%
LMVGLKDHR 97 22,4% X 0 0, 0%
MVGLKDHRI 67 15, 5% X 0 0, 0%
VGLKDHRIS 0 0, 0% 0 0, 0%
GLKDHRIST 4 0, 9% X 0 0, 0%
LKDHRISTF 195 45, 0% X 5 1,2% X
CRC-P7 PALFKENRS 0 0, 0% 5 0 0, 0% 1
ALFKENRSG 0 0, 0% 0 0, 0%
LFKENRSGA 41 9, 5% X 0 0, 0%
FKENRSGAV 114 26, 3% X 0 0, 0%
KENRSGAVM 261 60, 3% X 0 0, 0%
ENRSGAVMS 0 0, 0% 0 0, 0%
NRSGAVMSE 227 52,4% X 0 0, 0%
RSGAVMSER 197 45, 5% X 2 0, 5% X
CRC-P8 AVLTKKFQK 181 41, 8% X 7 0 0, 0% 3
VLTKKFQKV 208 48, 0% X 2 0, 5% X
LTKKFQKVN 0 0, 0% 0 0, 0%
TKKFQKVNF 25 5, 8% X 0 0, 0%
KKFQKVNFF 250 57,7% X 12 2,8% X
KFQKVNFFF 273 63, 0% X 23 5, 3% X
FQKVNFFFE 163 37,6% X 0 0, 0%
QKVNFFFER 110 25, 4% X 0 0, 0%
Abreviações: CRC = câncer colorretal; HLA = antígeno leucocitário humano; PEPI = epítopo pessoal
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184/215
[00293] Cada um dos peptideos 30-méricos em P0ÜPEPIIOI8 foi liberado para desenvolvimento clínico, uma vez que nenhum dos 8-meros nas regiões de junção correspondia a qualquer proteína humana, exceto aos CTAs-alvo.
[00294] Caracterização da atividade/eficácia
[00295] Os inventores desenvolveram biomarcadores farmacodinâmicos para predizer a atividade/efeito de vacinas em indivíduos humanos individuais, assim como em populações de indivíduos humanos. Estes biomarcadores agilizam o desenvolvimento de vacinas mais eficazes e também diminuem o custo de desenvolvimento. Os inventores têm as seguintes ferramentas:
[00296] Base de conhecimento de expressão de antigenos: Os inventores coletaram dados de experimentos publicados em revistas científicas revisadas por pares quanto aos antigenos tumorais expressos por células tumorais e organizados por tipo de tumor para criar uma base de dados de níveis de expressão de CTA - base de dados de CTA (CTADB) . Em abril de 2017, a CTADB continha dados de 145 CTAs de 41.132 amostras tumorais e foi organizada pelas frequências de expressão de CTA em diferentes tipos de câncer.
[00297] Populações de ensaios in silico: Os inventores também coletaram dados quanto aos genótipos HLA de várias
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185/215 populações modelo diferentes. Cada indivíduo nas populações tem dados completos do genótipo de HLA com quatro dígitos e de etnia. As populações estão sumarizadas na Tabela 33.
Tabela 33 Populações de ensaios in silico
População Número de Indivíduos Critérios de inclusão
População Modelo 433 Genótipo completo de HLA de classe I Etnia diversa
Pacientes com CRC 37 Genótipo completo de HLA de classe I Diagnóstico de CRC, etnia desconhecida
Grande População 7.189 Genótipo completo de HLA de classe I Etnia diversa
População chinesa 234 Genótipo completo de HLA de classe I Etnia chinesa
População irlandesa 9 9 9 Genótipo completo de HLA de classe I Etnia irlandesa
Abreviações: CRC = câncer colorretal; HLA = antígeno leucocitário humano
[00298] Usando-se estas ferramentas (ou bases de dados ou populações modelo potencialmente equivalentes), podem ser avaliados os seguintes marcadores:
[00299] AG95 - potência de uma vacina: O número de antigenos em uma vacina contra câncer que um tipo específico de tumor expressa com 95% de probabilidade. O AG95 é um indicador da potência da vacina e é independente da imunogenicidade dos antigenos da vacina. O AG95 é calculado a
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186/215 partir dos dados da taxa de expressão do antígeno tumoral, coletados na CTADB. Tecnicamente, o AG95 é determinado a partir da distribuição binomial dos CTAs e leva em consideração todas as possíveis variações e taxas de expressão. Neste estudo, o AG95 foi calculado cumulando-se as probabilidades de um certo número de antigenos expressos, pelo maior intervalo de antigenos em que a soma das probabilidades fosse menor ou igual a 95%. 0 valor correto está entre 0 (nenhuma expressão esperada com 95% de probabilidade) e o número máximo de antigenos (todos os antigenos expressos com 95% de probabilidade).
[00300] Contagem de PEPI3+ - imunogenicidade de uma vacina em um indivíduo: Ο PEPI3 + derivado da vacina é epítopo pessoal que induz respostas de células T em um indivíduo. Os PEPI3+ podem ser determinados usando-se o Teste PEPI3+ em indivíduos cujo genótipo HLA completo de 4 dígitos seja conhecido.
[00301] Contagem de AP - antigenicidade de uma vacina em um indivíduo: Número de antigenos da vacina com PEPI3+. Vacinas como PoliPEPI1018 contêm sequências de antigenos expressos em células tumorais. A contagem de AP é o número de antigenos na vacina que contêm PEPI3+ e a contagem de AP representa o número de antigenos na vacina que podem induzir respostas de células T em um indivíduo. A contagem de AP
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187/215 caracteriza as respostas de células T específicas para os antigenos da vacina do indivíduo, uma vez ela que depende apenas do genótipo de HLA do indivíduo e é independente da doença, idade e medicação do indivíduo. 0 valor correto está entre 0 (nenhum PEPI apresentado pelo antígeno) e o número máximo de antigenos (todos os antigenos apresentam PEPIs) .
[00302] AP50 - antigenicidade de uma vacina em um população: O número médio de antigenos da vacina com um PEPI em uma população. Ο AP50 é adequado para a caracterização de respostas de células T específicas para os antigenos da vacina em uma dada população, uma vez que depende do genótipo de HLA dos indivíduos em uma população. Tecnicamente, a contagem de AP foi calculada na População Modelo e a distribuição binomial do resultado foi usada para se calcular ο AP50.
[00303] Contagem de AGP - efetividade de uma vacina em um indivíduo: Número de antigenos da vacina expressos no tumor com PEPI. A contagem de AGP indica o número de antigenos tumorais que a vacina reconhece e contra os quais induz uma resposta de células T (atingindo o alvo). A contagem de AGP depende da taxa de expressão de antigenos da vacina no tumor do indivíduo e no genótipo de HLA do indivíduo. O valor correto está entre 0 (nenhum PEPI apresentado pelo antígeno expresso) e o número máximo de antigenos (todos os antigenos são
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188/215 expressos e apresentam um PEPI).
[00304] AGP50 - efetividade de uma vacina contra câncer em um população: 0 número médio de antígenos da vacina expresso no tumor indicado com PEPI (isto é, AGP) em uma população. O AGP50 indica o número médio de antígenos tumorais que as respostas de células T induzidas pela vacina podem reconhecer. O AGP50 depende da taxa de expressão dos antígenos no tipo de tumor indicado e da imunogenicidade dos antígenos na populaçãoalvo. O AGP50 pode estimar a efetividade de uma vacina em diferentes populações e pode ser usado para comparar diferentes vacinas na mesma população. O cálculo do AGP50 é similar ao usado para o AG50, à exceção de que a expressão é ponderada pela ocorrência de PEPI3+ no indivíduo nos antígenos expressos da vacina. Em uma população teórica, na qual cada indivíduo tem um PEPI de cada antígeno da vacina, o AGP50 será igual a AG50. Em uma outra população teórica, na qual nenhum indivíduo tem um PEPI de qualquer antígeno da vacina, o AGP50 será 0. Em geral, é válida a seguinte declaração: 0 i AGP50 i AG50.
[00305] mAGP - um biomarcador candidato para a seleção de prováveis respondedores: A probabilidade de uma vacina contra câncer induzir respostas de células T contra múltiplos antígenos expressos no tumor indicado. O mAGP é calculado a partir das taxas de expressão de antígenos da vacina em CRC e
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189/215 da presença de PEPIs derivados da vacina no individuo. Tecnicamente, com base na distribuição de AGP, o mAGP é a soma das probabilidades de múltiplos AGP (Ú2 AGPs).
[00306] Aplicação destes marcadores para avaliar a antigenicidade e a efetividade de PoliPEPI1018 em Pacientes Individuais com CRC
[00307] A Tabela 34 mostra a antigenicidade e a efetividade de P0ÜPEPIIOI8 em 37 pacientes com CRC usando-se AP e AGP50, respectivamente. Como esperado a partir da alta variabilidade das respostas de células T específicas para P0ÜPEPIIOI8 (vide Tabela 29) , o AP e o AGP50 têm alta variabilidade. O antígeno mais imunogênico em P0IÍPEPIIOI8 foi FOXO39; cada paciente teve um PEPI3+. No entanto, o FOXO39 é expresso em apenas 39% dos tumores de CRC, sugerindo que 61% dos pacientes terão respostas de células T específicas a FOXO39 que não reconhecem o tumor. O antígeno menos imunogênico foi MAGE-A8; nenhum dos 37 pacientes com CRC apresentou PEPI3+, apesar de o antígeno ser expresso em 44% dos tumores de CCR. Estes resultados ilustram que tanto a expressão quanto a imunogenicidade de antígenos podem ser levadas em consideração ao se determinar a efetividade de uma vacina contra câncer.
[00308] O AGP50 indica o número médio de antígenos expressos no tumor de CRC com PEPIs. Pacientes com valores mais
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190/215 altos de AGP50 têm maior probabilidade de responderem a P0ÜPEPIIOI8, pois valores mais altos de AGP50 indicam que a vacina pode induzir respostas de células T contra mais antigenos expressos em células de CRC.
[00309] A última coluna na Tabela 32 mostra a probabilidade de mAGP (múltiplos AGP; isto é, pelo menos 2 AGPs) em cada um dos 37 pacientes com CRC. O mAGP médio em pacientes com CRC é de 66%, sugerindo que há uma probabilidade de 66% de um paciente com CRC induzir respostas de células T contra múltiplos antigenos expressos no tumor.
[00310] Tabela 34 - Antigenicidade (contagem de AP), Efetividade (contagem de AGP50), e mAGP de P0ÜPEPIIOI8 em 37 pacientes com CRC
Antigenos (CTAs) eir PoliPEPIlOIS TSP50 EpCAM Survivina CAGEI SPAG9 FBXO39 MAGEA8 Número de AP (contageir AP) Número de AGP50 (contageir de AGP50) mAGP
Taxa de expressão 89% 88% 87% 74% 74% 39% 44%
Pacientes com CRC
CRC-01 0 0 0 1 1 iiiili 0 3 1,87 90%
CRC-02 0 0 0 iililil o iiiili 0 2 1,13 85%
CRC-03 1 1 0 1 o iiiili 0 4 2,91 97%
CRC-04 1 o 0 1 o iiiili 0 3 2,03 91%
CRC-05 o o o 1 o 1 0 2 1,13 78%
CRC-06 1 1 1 1 o 1 0 5 3,78 99%
CRC-07 o o o 1 0 iiiili 0 2 1,13 84%
CRC-08 o 1 1 1 0 iiiili 0 4 2,89 98%
CRC-09 1 i 1 iiiili 0 1 0 5 3,78 99%
CRC-IO 1 o o o 0 1 0 2 1,28 86%
CRC-11 o o o 1 0 1 0 2 1,13 79%
CRC-12 1 o o iiiili 0 1 0 3 2,03 88%
CRC-13 1 1 1 1 0 1 0 5 3,78 98%
CRC-14 1 o o 1 0 1 0 3 2,03 87%
CRC-15 1 o o iililil 0 iiiili 0 3 2,03 90%
CRC-16 1 0 0 iiiili 0 1 0 3 2,03 85%
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191/215
CRC-17 1 1 1 o 0 1 0 4 3,04 96%
CRC-18 1 1 1 i 0 iiiiii 0 5 3,78 98%
CRC-19 o o o 1 0 1 0 2 1,13 85%
CRC-20 1 1 1 Iililil 0 1 0 5 3,78 98%
CRC-21 0 lllllll 0 iililil 0 1 0 3 2,01 93%
CRC-22 1 1 o 1 0 1 0 4 2,91 97%
CRC-23 1 1 1 illlilll 0 1 0 5 3,78 99%
CRC-24 o o o 1 0 1 0 2 1,13 82%
CRC-25 1 o o 1 0 1 0 3 2,03 89%
[OiiOiiiii 1 1 o 1 0 iiiiii 0 4 2,91 95%
CRC-27 o o o iililil 0 iiiiii 0 2 1,13 78%
CRC-28 1 1 1 1 0 1 0 5 3,78 98%
CRC-29 1 o o iiiiii 0 1 0 3 2,03 92%
CRC-30 1 1 1 iiiiii 0 1 0 5 3,78 98%
CRC-31 1 o o o 0 1 0 2 1,28 80%
CRC-32 1 o 1 o 0 1 0 3 2,15 91%
CRC-33 1 1 1 1 0 1 0 5 3,78 98%
CRC-34 0 0 0 iiiiii 0 iiiiii 0 2 1,13 82%
CRC-35 0 0 0 0 0 1 0 1 0,39 55%
CRC-36 0 0 0 0 0 1 0 1 0,39 55%
CRC-37 0 0 0 0 0 iiiiii 0 1 0,39 55%
Abreviações: CRC = câncer colorretal; PEPI = epitopo pessoal; CTA = antigenos de câncer/testículo; AP = antigenos expressos com PEPI bl
[00311] Estes biomarcadores têm utilidade imediata no desenvolvimento de vacinas e na prática clínica de rotina, pois não requerem biópsias invasivas. Os dados de expressão de antigenos podem ser obtidos a partir de amostras de tumores e organizados em bases de dados. A genotipagem de HLA com quatro dígitos pode ser realizada a partir de uma amostra de saliva. É um teste validado realizado por laboratórios certificados em todo o mundo para transplante e testes de paternidade. Estas avaliações permitirão que desenvolvedores de fármacos e médicos obtenham insights mais profundos quanto à imunogenicidade e à atividade de resposta tumoral e quanto ao possível surgimento
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192/215 de resistência.
[00312] Aplicação destes marcadores para avaliar a antigenicidade e a efetividade de P0ÜPEPIIOI8 em populações
[00313] Antigenicidade da vacina P0ÜPEPIIOI8 CRC em uma população geral
[00314] A antigenicidade de P0ÜPEPIIOI8 em um indivíduo é determinada pela contagem de AP, que indica o número de antigenos da vacina que induzem respostas de células T em um indivíduo. A contagem de AP de P0ÜPEPIIOI8 foi determinada em cada um dos 433 indivíduos na População Modelo usando-se o Teste PEPI e a contagem de AP50 foi, então, calculada para a População Modelo.
[00315] Conforme mostrado na Figura 20, ο AP50 de P0ÜPEPIIOI8 na população modelo de é 3,62. Portanto, o número médio de antigenos imunogênicos (isto é, antigenos com PEPI hl) em P0ÜPEPIIOI8 em uma população geral é de 3,62.
[00316] Efetividade da vacina P0ÜPEPIIOI8 contra CRC em uma população geral
[00317] As células T induzidas por vacina podem reconhecer e matar células tumorais se um PEPI na vacina for apresentado pela célula tumoral. O número de AGPs (antigenos expressos com PEPI) é um indicador da efetividade da vacina em um indivíduo e depende tanto da potência e quanto da
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antigenicidade de POÜPEPI1018 . Conforme mostrado na Figura
21, o número médio de CTA imunogênicos (isto é, AP [antigenos
expressos com PEPI >1] ) em P0ÜPEPIIOI8 é de 2,54 na População
Modelo.
[00318] A probabilidade de POÜPEPI1018 induzir
respostas de células T contra múltiplos antigenos em um indivíduo (isto é, mAGP) na População Modelo é de 77%.
[00319] Comparação das atividades da vacina PoliPEPI1018 contra CRC em diferentes populações
[00320] As Tabelas 35 a 37 mostram a comparação da imunogenicidade, antigenicidade e efetividade de P0IÍPEPIIOI8 em diferentes populações.
[00321] Tabela 35 - Comparação de Imunogenicidade,
Antigenicidade e Efetividade de P0IÍPEPIIOI8 em diferentes subpopulações
População Número Individuo Número de PEPI3+ Número de AP Número de AGP50
Média DP Média DP Média DP
CRC 37 5,16 1, 98 3,19 1,31 2,21 1,13
Modelo 433 5,02 2, 62 3,62 1, 67 2,54 1,25
Grande 7,189 5,20 2,82 3,75 1,74 2, 66 1,30
Chinesa 324 5,97 3,16 4,28 1,78 3,11 1,30
Irlandesa 999 3,72 1, 92 2,86 1,46 1, 94 1,10
Abreviações: CRC = câncer colorretal; PEPI = epítopo pessoal; DP = desvio padrão; AP = antigenos expressos com PEPI >1
[00322] O número médio de resultados de PEPI3+ e AP
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194/215 demonstra que PoliPEPI1018 é altamente imunogênico e antigênico em todas as populações; P0IÍPEPIIOI8 pode induzir uma média de 3,7 - 6,0 clones de células T específicos para CRC contra 2,9 -3,7 antígenos de CRC. A imunogenicidade de PolyPEPI1018 foi similar em pacientes com CCR e na população média (p>0,05), essa similaridade pode ter sido por causa do pequeno tamanho da amostra da população com CRC. Análises adicionais sugerem que P0IÍPEPIIOI8 é significativamente mais imunogênico em uma população chinesa em comparação com uma população irlandesa ou geral (p<0,0001) . As diferenças na imunogenicidade também se refletem na efetividade da vacina, caracterizada por AGP50; P0IÍPEPIIOI8 é mais efetiva em uma população chinesa e menos efetiva em uma população irlandesa. Como será usado um CDx para selecionar prováveis respondedores a P0IPEPIIOI8, as diferenças étnicas serão refletidas apenas na porcentagem mais alta de indivíduos chineses que poderíam ser elegíveis para tratamento em comparação com indivíduos irlandeses.
Tabela 36 - Vacina contra CRC P0IÍPEPIIOI8, Taxas de Resposta Imune Preditas Contra Múltiplos Antígenos de CRC
População N° Indivíduos Respostas CTL MultiAG de PoliPEPI1018
= 3 = 4 = 5 ^6 7
Pacientes com CRC Vietnamita 211 91% 81% 56% 38% 17%
EUA 44 57% 34% 20% 5% 0%
Caucasiana 83 75% 51% 30% 17% 4%
Doadores EUA 400 61% 39% 25% 12% 3%
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195/215
Normais Europa 1.386 55% 30% 18% 7% 1%
Chinesa 324 84% 68% 45% 26% 15%
Okinawa (JP) 104 81% 57% 36% 16% 13%
Japonesa 45 77% 55% 34% 16% 13%
Tabela 37 - Vacina contra CRC P0ÜPEPIIOI8, Taxas de
Resposta Imune Preditas Contra Múltiplos Antigenos de CRC
População N° Indivídu os Número de PEPI Número de AP Número de AGP50
Médi a SD Médi a SD Médi a SD
Pacient es com CRC Vietnamit a 211 6,96 3,0 1 4, 81 1,5 8 3,47 1, 1 6
EUA 44 4,05 2,0 5 3,00 1,4 6 2,05 1, 1 2
Caucasian a 83 4,75 2,3 9 3,57 1,7 6 2,50 1,2 7
Doadore s Normais EUA 400 4,30 2,5 0 3,19 1,7 4 2,17 1,3 0
Europa 1.386 3,84 2,0 1 2, 94 1,5 1 2,00 1, 1 4
Chinesa 324 5,97 3,1 6 4,28 1,7 8 3,11 1,3 0
Okinawa (JP) 104 5,29 2,5 8 4, 01 1, 6 3 2, 91 1, 1 9
Japonesa 45 5,31 3,2 7 3, 67 1,7 7 2, 66 1,2 9
[00323] Exemplo 21 - Composição de Imunoterapia
Personalizada para Tratamento de Câncer de Ovário
[00324] Este exemplo descreve o tratamento de uma paciente com câncer de ovário com uma composição de imunoterapia personalizada, em que a composição foi desenhada especificamente para a paciente com base em seu genótipo de HLA com base na divulgação aqui descrita. Este Exemplo e o Exemplo 22 abaixo fornecem dados clínicos para apoiar os
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196/215 princípios relativos à ligação de epitopos por múltiplos HLA de um indivíduo para induzir uma resposta de células T citotóxicas na qual a presente divulgação se baseia.
[00325] O genótipo de HLA de classe I e da classe II da paciente com câncer adenocarcinoma de ovário metastático XYZ foi determinado a partir de uma amostra de saliva.
[00326] Para fazer uma composição farmacêutica personalizada para a paciente XYZ, foram selecionados treze peptideos, cada um dos quais atendeu aos dois critérios a seguir: (i) derivados de um antígeno que é expresso em câncer de ovário, conforme relatado em publicações científicas revisadas por pares; e (ii) compreendem um fragmento que é um epitopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA de classe I da paciente XYZ (Tabela 38) . Além disso, cada peptídeo é otimizado de modo a se ligar ao número máximo de HLA de classe II da paciente.
Tabela 38: Vacina personalizada da paciente XYZ com câncer de ovário
Vacina XYZ de Antígeno- Alvo Antígeno Expressão Peptideos 20-méricos MAX HLA classl MAX HLA classll
POC01 Pl AKAP4 89% NSLQKQLQAVLQWIAASQFN 3 5
POC01 P2 BORIS 82% SGDERSDEIVLTVSNSNVEE 4 2
POC01 P3 SP AG 9 76% VQKEDGRVQAFGWSLPQKYK 3 3
POC01 P4 OY-TES-1 75% EVESTPMIMENIQELIRSAQ 3 4
POC01 P5 SP17 69% AYFESLLEKREKTNFDPAEW 3 1
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197/215
POC01 P6 WT1 63% PSQASSGQARMFPNAPYLPS 4 1
POC01 P7 HIWI 63% RRSIAGFVASINEGMTRWFS 3 4
POC01 P8 PRAME 60% MQDIKMILKMVQLDSIEDLE 3 4
POC01 P9 AKAP-3 58% ANS WS DMMVSIMKT LKIQV 3 4
POC01 P10 MAGE-A4 37% REALSNKVDELAHFLLRKYR 3 2
POC01 P11 MAGE-A9 37% ETSYEKVINYLVMLNAREPI 3 4
POC01 P12a MAGE-A10 52% DVKEVDPTGHSFVLVTSLGL 3 4
POC01 P12b BAGE 30% SAQLLQARLMKEES PWS WR 3 2
[00327] Onze peptideos PEPI3 nesta composição de imunoterapia podem induzir respostas de células T em XYZ com probabilidade de 84% e os dois peptideos PEPI4 (POC01-P2 e POC01-P5), com 98% de probabilidade, de acordo com a validação do Teste de PEPI mostrado na Tabela 3. As respostas de células T têm como alvo 13 antigenos expressos em cânceres de ovário. A expressão destes antigenos de câncer na paciente XYZ não foi testada. Em vez disso, a probabilidade de sucesso em matar células cancerígenas foi determinada com base na probabilidade de expressão de antigenos nas células cancerígenas da paciente e no valor preditivo positivo do Teste PEPI3+ bl (contagem de AGP). A contagem de AGP prediz a efetividade de uma vacina em um indivíduo: Número de antigenos da vacina expressos no tumor da paciente (adenocarcinoma de ovário) com PEPI. A contagem de AGP indica o número de antigenos tumorais que a vacina reconhece e contra os quais induz uma resposta das células T contra o tumor da paciente (atingindo o alvo). A contagem de AGP depende da taxa de expressão de antigenos da vacina no
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198/215 tumor do individuo e no genótipo de HLA do individuo. 0 valor correto deve estar entre 0 (nenhum PEPI apresentado pelo antígeno expresso) e o número máximo de antígenos (todos os antígenos são expressos e apresentam PEPI).
[00328] A probabilidade de a paciente XYZ expressar um ou mais dos 12 antígenos é mostrada na Fig. 22. AGP95 = 5, AGP50 = 7,9, mAGP = 100%, AP = 13.
[00329] Uma composição farmacêutica para a paciente XYZ pode ser composta de pelo menos 2 dos 13 peptídeos (Tabela 38), pois a presença em uma composição de vacina ou de imunoterapia de pelo menos dois fragmentos de polipeptídeos (epítopos) que podem se ligar a pelo menos três HLA de um indivíduo (PEPI3+ Ú2) foi determinada como sendo preditiva de uma resposta clínica. Os peptídeos são sintetizados, dissolvidos em um solvente farmaceuticamente aceitável e misturados com um adjuvante antes da injeção. É desejável que o paciente receba imunoterapia personalizada com pelo menos duas vacinas peptídicas, mas é mais preferível aumentar a probabilidade de matar células cancerígenas e diminuir a chance de recaída.
[00330] Para o tratamento da paciente XYZ, os 12 peptídeos foram formulados como 4 x 3/4 de peptídeo (POC01/1, POCOl/2, POCOl/3, POCOl/4). Um ciclo de tratamento é definido como a administração de todos os 13 peptídeos dentro de 30
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199/215 dias .
[00331] Histórico da paciente:
[00332] Diagnóstico: Adenocarcinoma ovariano metastático
[00333] Idade: 51
[00334] Anamnese da familia: câncer de cólon e ovário (mãe), câncer de mama (avó)
[00335] Patologia do tumor:
[00336] BRCAl-185delAG, BRAF-D594Y, MAP2K1-P293S,
NOTCH1-S2450N
[00337] 2011: primeiro diagnóstico de adenocarcinoma de ovário; operação de Wertheim e quimioterapia; remoção de linfonodos
[00338] 2015: metástase no tecido adiposo pericárdico, excisada
[00339] 2016: metástases hepáticas
[00340] 2017: linfonodos retroperitoneais e mesentéricos progrediram; carcinose peritoneal incipiente com pequenas ascites acompanhantes
[00341] Terapia Anterior:
[00342] 2012: Paclitaxel-carboplatina (6x)
[00343] 2014: Caelyx-carboplatina (Ix)
[00344] 2016-2017 (9 meses): Lymparza (Olaparib) 2x400
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200/215 mg/dia, oral
[00345] 2017: Inf. Hycamtin 5x2,5 mg (3x uma seria/mês)
[00346] O tratamento com a vacina PIT começou em 21 de abril de 2017.
[00347] Tabela 39 Cronograma de tratamento da paciente
XYZ com peptídeos
N° lote Vacinações
1° ciclo 2o ciclo 3o ciclo 4o ciclo
POC01/1 N1727 21/04/2017 16/06/2017 30/08/2017 19/10/2017
POCOl/2 N1728 28/04/2017 31/05/2017
POCOl/3 N1732 16/06/2017 02/08/2017 20/09/2017
POCOl/4 N1736 15/05/2017 06/07/2017
[00348] Achados de imageamento por ressonância magnética do tumor da paciente (linha de base 15 de abril de 2016) • A doença estava confinada principalmente ao fígado e aos linfonodos. O uso de imageamento por ressonância magnética limita a detecção de metástases pulmonares • Maio de 2016 - Jan de 2017: Tratamento com olaparibe • 25/12/2016 (antes do tratamento com a vacina PIT) Houve drástica redução da carga tumoral com confirmação da resposta obtida em FU2 • Jan - Mar de 2017 - protocolo TOPO (topoisomerase) • FU3 de 6/abril/2017 demonstrou novo crescimento das lesões existentes e aparecimento de novas lesões levando à
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201/215 progressão da doença de abril de 2017 INICIAR PIT • FU4 de 21/jul/17 (após ο 2o Ciclo de PIT) demonstrou crescimento continuado das lesões e aumento geral do pâncreas e sinal para-pancreático anormal juntamente com ascites aumentadas
26/jul/17 - CBP+Gem+Avastin
FU5 de 20/set/17 (após 3 Ciclos de PIT) demonstrou reversão do crescimento da lesão e melhora do sinal pancreático/parapancreático. Os achados sugerem pseudo progressão • FU6 28/nov/17 (após 4 Ciclos de PIT) demonstrou a melhor resposta com resolução de lesões-não alvo
[00349] Os dados de imageamento por ressonância magnética para a paciente XYZ são mostrados na Tabela 40 e na Figura 23.
Tabela 40. Tabela Resumo das Respostas das Lesões
Lesão/Mo mento no Tempo Linha Base (%Δ em relação à LB) FUI (%Δ em relaçã o à LB) FU2 (%Δ em relaçã o à LB) FU3 (%Δ em relaçã o à LB) FU4 (%Δ em relaçã o à LB) FU5 (%Δ em relaçã o à LB) FU6 (%Δ em relação ã LB) Ciclo da Melhor Resposta Moment o no Tempo de DP
TL1 NA -56, 1 -44,4 -44, 8 + 109, 3 -47, 8 -67,3 FU6 FU 4
TL2 NA 100, 0 100, 0 -47, 1 -13, 1 100, 0 -100,0 FUI FU 3
TL3 NA -59, 4 -62,3 -62,0 -30, 9 -66, 7 -75, 9 FU6 FU 4
TL4 NA -65, 8 100, 0 100, 0 100, 0 100, 0 -100,0 FU2 NA
SUM NA -66, 3 -76, 0 -68, 9 -23,5 -78,2 -85,2 FU6 FU 4
[00350] Exemplo 22 Desenho de Composição de
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202/215
Imunoterapia Personalizada para Tratamento de Câncer de Mama
[00351] O genótipo de HLA de classe I e da classe II da paciente ABC com câncer de mama metastático foi determinado a partir de uma amostra de saliva. Para se fazer uma composição farmacêutica personalizada para a paciente ABC, foram selecionados doze peptideos, cada um dos quais atendeu aos dois critérios a seguir: (i) derivados de um antígeno que é expresso em câncer de ovário, conforme relatado em publicações científicas revisadas por pares; e (ii) compreendem um fragmento que é um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA de classe I da paciente ABC (Tabela 41). Além disso, cada peptideo é otimizado de modo a se ligar ao número máximo de HLA de classe II da paciente. Os doze peptideos têm como alvo doze antígenos de câncer de mama. A probabilidade de a paciente ABC expressar um ou mais dos 12 antígenos é mostrada na Fig. 24.
Tabela 41. 12 peptideos para a paciente ABC com câncer de mama
Peptideos da vacina BRC09 Antígeno- Alvo Expressão de Antígenos Peptideo 20-mérico MAXHLA Classe I MAXHLA Classe II
PBRC01 cPl FSIP1 49% ISDTKDYFMSKTLGIGRLKR 3 6
PBRC01 cP2 SP AG 9 88% FDRNTESLFEELSSAGSGLI 3 2
PBRC01 cP3 AKAP4 85% SQKMDMSNIVLMLIQKLLNE 3 6
PBRC01 cP4 BORIS 71% SAVFHERYALIQHQKTHKNE 3 6
PBRC01 cP5 MAGE-A11 59% DVKEVD P T S H S YVLVT S L NL 3 4
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203/215
PBRC01 cP6 NY-SAR-35 49% ENAHGQSLEEDSALEALLNF 3 2
PBRC01 _cP7 HOM-TES- 85 47% MASFRKLTLSEKVPPNHPSR 3 5
PBRC01 cP8 NY-BR-1 47% KRASQYSGQLKVLIAENTML 3 6
PBRC01 cP9 MAGE-A9 44% VDPAQLEFMFQEALKLKVAE 3 8
PBRC01 cP10 SCP-1 38% EYEREETRQVYMDLNNNIEK 3 3
PBRC01 cPll MAGE-A1 37% PEIFGKASESLQLVFGIDVK 3 3
PBRC01 _cP12 MAGE-C2 21% DSESSFTYTLDEKVAELVEF 4 2
[00352] Eficácia predita: AGP95=4; 95% de probabilidade de a Vacina PIT induzir respostas de CTL contra 4 CTAs expressos nas células de câncer de mama de BRC09. Parâmetros de eficácia adicionais: AGP50 = 6,3 , mAGP = 100%, AP = 12.
[00353] Eficácia detectada após a Ia vacinação com todos os 12 peptídeos: Redução de 83% da atividade metabólica do tumor (dados de PET CT).
[00354] Para o tratamento da paciente ABC, os 12 peptídeos foram formulados como peptídeo 4x3 (PBR01/1, PBR01/2, PBR01/3, PBR01/4). Um ciclo de tratamento é definido como sendo a administração de todas as 12 vacinas peptídicas diferentes dentro de 30 dias.
[00355] Histórico da paciente:
[00356] Diagnóstico: carcinoma de mama metastático bilateral: A mama direita é ER positiva, PR negativa, Her2 negativa; a mama esquerda é ER, PR e Her2 negativos.
[00357] Primeiro diagnóstico: 2013 (4 anos antes do tratamento com a vacina PIT)
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204/215
[00358] 2016: doença metastática extensa com envolvimento nodal tanto acima quanto abaixo do diafragma. Múltiplas metástases hepáticas e pulmonares.
[00359] Tratamento em 6-2017: Etrozol, Ibrance (Palbociclib) e Zoladex
[00360] Resultados
[00361] 7 de março de 2017: Tratamento prévio com a vacina PIT
[00362] Doença multimetastática hepática com compressão verdadeiramente extrinseca da origem do dueto colédoco e dilatação maciça de todo o trato biliar intra-hepático. Adenopatia celiaca, hilar hepática e retroperitoneal
[00363] 26 de maio de 2017: Após 1 ciclo de PIT
[00364] Eficácia detectada: Redução de 83% da atividade metabólica do tumor (PET CT), metástase no fígado, linfonodos pulmonares e outras metástases
[00365] Segurança detectada: Reações cutâneas
[00366] Inflamação local no local das injeções dentro de 48 horas após a administração da vacina
[00367] Acompanhamento:
[00368] BRC-09 foi tratada com 5 ciclos de vacina PIT.
Ela estava se sentindo muito bem e recusou um exame de PET CT em setembro de 2017. Em novembro, ela teve sintomas, o PET CT
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205/215 mostrou doença progressiva, mas ela recusou todos os tratamentos. Além disso, seu oncologista descobriu que ela tomava Palbociclib desde a primavera/verão. A paciente ABC faleceu em janeiro de 2018.
[00369] A combinação de pablocicliclib e da vacina personalizada provavelmente foi responsável pela notável resposta precoce observada após a administração da vacina. O palbocicliclib demonstrou melhorar a atividade das imunoterapias, aumentando a apresentação de CTA por HLAs e diminuindo a proliferação de Tregs: (Goel et al. Nature. 2 017:471-475) . A vacina PIT pode ser usada como complemento da terapia de última geração para se obter eficácia máxima.
[00370] Exemplo 23 - Composição de Imunoterapia Personalizada para tratamento de pacientes com câncer de mama metastático em estágio tardio A paciente BRC05 foi diagnosticada com câncer de mama inflamatório à direita com carcinomatose linfangiose extensa. Câncer de mama inflamatório (CMI) é uma forma rara, mas agressiva, de câncer de mama localmente avançada. É denominado câncer de mama inflamatório porque seus principais sintomas são inchaço e vermelhidão (a mama parece frequentemente inflamada). A maioria dos cânceres de mama inflamatórios são carcinomas ductais invasivos (que começam nos dutos de leite). Este tipo de câncer de mama está
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206/215
associado à expressão de oncoproteinas do Virus do Papiloma
Humano de alto risco. De fato, o DNA do HPV16 foi diagnosticado
no tumor desta paciente.
[00371] Estágio da paciente em 2011 (6 anos antes do
tratamento da vacina PIT)
[00372] T4: Tumor de qualquer tamanho, com extensão
direta à parede torácica e/ou à pele (ulceração ou nódulos
cutâneos)
[00373] pN3a: Metástases em b 10 linfonodos axilares
(pelo menos 1 depósito tumoral > 2,0 mm); ou metástases para os linfonodos infraclaviculares (linfonodos axilares de nivel III) .
[00374] 14 peptideos de vacina foram desenhados e preparados para a paciente BRC05 (Tabela 42) . Os peptideos PBRC05-P01-P10 foram feitos para esta paciente com base em dados de expressão populacional. Os últimos 3 peptideos na Tabela 42 (SSX-2, MORC, MAGE-B1) foram desenhados a partir de antigenos cuja expressão foi medida diretamente no tumor da paciente.
Tabela 42 - Peptideos da vacina para a paciente BRC05
Peptideos da vacina BRC05 Antigeno- Alvo Expressão de Antigenos Peptídeo 20-mérico MAXHLA Classe I MAXHLA Classe II
PBRCO5 P1 SP AG 9 88% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 4
PBRC05 P2 AKAP4 85% xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx 3 4
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PBRC05 P3 MAGE-A11 59% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
PBRC05 P4 NY-SAR-35 49% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
PBRC05 P5 FSIP1 49% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
PBRC05 P6 NY-BR-1 47% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 4
PBRC05 P7 MAGE-A9 44% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
PBRC05 P8 SCP-1 38% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 6
PBRC05 P9 MAGE-A1 37% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
PBRC05 P10 MAGE-C2 21% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
PBRCO5 P11 MAGE-A12 13% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 4
PBRC05 P12 SSX-2 6% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 1
PBRC05 P13 MORC ND XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 4
PBRC05 P14 MAGE-B1 ND XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
Nota: Negrito vermelho significa PEPI CD8, sublinhado significa o melhor alelo de ligação de CD4.
[00375] As respostas das células T foram medidas em células mononucleares periféricas 2 semanas após a Ia vacinação com a mistura de peptideos PBRC05 Pl, PBRC05 P2, PBRC05 P3, PBRC05 P4, PBRC05 P5, PBRC05 P6, PBRC05 P7.
Tabela 43 - Respostas de células T especificas para antigenos: Número de manchas (spots) / 300.000 PBMC
Antígeno Estimulante Expl Exp2 Média
SP AG 9 PBRCO5_P1 2 1 1,5
AKAP4 PBRC05 P2 11 4 7,5
MAGE-A11 PBRC05_P3 26 32 29
NY-SAR- 35 PBRC05_P4 472 497 484,5
FSIP1 PBRC05_P5 317 321 319
NY-BR-1 PBRC05 P6 8 12 10
MAGE-A9 PBRC05_P7 23 27 25
Nenhum Controle Negativo (DMSO) 0 3 1,5
[00376] Os resultados mostram que uma única imunização com 7 peptideos induziu respostas potentes de células T contra
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208/215 dos 7 peptideos demonstrando respostas potentes de células T especificas para MAGE-A11, NY-SAR-35, FSIP1 e MAGE-A9. Houve respostas fracas contra AKAP4 e NY-BR-1 e nenhuma resposta contra SPAG9.
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Claims (20)

1. Polipeptídeo caracterizado pelo fato de que compreende um fragmento de até 50 aminoácidos consecutivos de (a) um antígeno associado a câncer colorretal selecionado dentre TSP50, EpCAM, SPAG9, CAGEI, FBXO39, SURVIVIN, LEMD1, MAGE-A8, MAGE-A6 e MAGE-A3, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 21 a 40 e 234 a 250;
(b) um antígeno associado a câncer de ovário selecionado dentre PIWIL-4, WT1, EpCAM, BORIS, AKAP-4, OY-TES-1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, SPAG9, PRAME, HIWI, SURVIVIN, e AKAP-3, em que o fragmento compreende a sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 272 a 301; e/ou (c) um antígeno associado a câncer de mama selecionado dentre PIWIL-2, AKAP-4, EpCAM, BORIS, HIWI, SPAG9, PLU-1, TSGA10, ODF-4, SP17, RHOXF-2, PRAME, NY-SAR-35, MAGE-A9, NYBR-1, SURVIVIN, MAGE-A11, HOM-TES-85 e NY-ESO-1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194;
opcionalmente, em que o fragmento é flanqueado no N- e/ou no C-terminal por aminoácidos adicionais que não fazem parte da sequência do antígeno associado a câncer de mama, ovário ou
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2/12 colorretal.
2. Polipeptideo, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o polipeptideo
a. é um fragmento de um antigeno associado a câncer colorretal selecionado dentre TSP50, EpCAM, SPAG9, CAGEI, FBXO39, SURVIVIN, MAGE-A8, MAGE-A6, MAGE-A3 e LEMD1, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 21 a 40 e 234 a 250; ou
b. compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antigenos associados a câncer colorretal selecionados dentre TSP50, EpCAM, SPAG9, CAGEI, FBXO39, SURVIVIN, MAGE-A8, MAGE-A6, MAGE-A3 e LEMD1, em que cada fragmento compreende um sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 21 a 40 e 234 a 250, em que, opcionalmente, os fragmentos se sobrepõem ou estão dispostos extremidade a extremidade no polipeptideo; ou
c. é um fragmento de um antigeno associado a câncer de ovário selecionado dentre PIWIL-4, WT1, EpCAM, BORIS, AKAP-4, OY-TES-1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, SPAG9, PRAME, HIWI, SURVIVIN e AKAP-3, em que o fragmento compreende uma sequência de aminoácidos selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID
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3/12
NOs: 272 a 301; ou
d. compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a câncer de ovário selecionados dentre PIWIL-4, WT1, EpCAM, BORIS, AKAP-4, OY-TES-1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, SPAG9, FRAME, HIWI, SURVIVIN e AKAP-3, em que cada fragmento compreende um sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 272 a 301, em que, opcionalmente, os fragmentos se sobrepõem ou estão dispostos de extremidade a extremidade no polipeptídeo; ou
e. é um fragmento de um antígeno associado a câncer de mama selecionado dentre SPAG9, AKAP-4, BORIS, NY-SAR-35, NYBR-1, SURVIVIN, MAGE-A11, FRAME, MAGE-A9, HOM-TES-85, PIWIL-2, EpCAM, HIWI, PLU-1, TSGA10, ODF-4, SP17, RHOXF-2, em que o fragmento compreende a sequência de aminoácidos a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194; ou
f. compreende ou consiste em dois ou mais fragmentos de um ou mais antígenos associados a câncer de mama selecionados dentre SPAG9, AKAP-4, BORIS, NY-SAR-35, NY-BR-1, SURVIVIN, MAGE-A11, PRAME, MAGE-A9, HOM-TES-8, PIWIL-2, EpCAM, HIWI, ΡΕΕΙ, TSGA10, ODF-4, SP17, RHOXF-2, em que cada fragmento compreende um sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194,
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4/12 em que, opcionalmente, os fragmentos se sobrepõem ou estão dispostos de extremidade a extremidade no polipeptídeo.
3. Polipeptídeo, de acordo com a reivindicação 1 ou com a reivindicação 2, caracterizado pelo fato de que o polipeptídeo compreende ou consiste em fragmentos de pelo menos dois antigenos diferentes associados a câncer, em que os antigenos associados a câncer são selecionados dentre (a) TSP50, EpCAM, SPAG9, CAGEI, FBXO39, SURVIVIN, MAGEA8, MAGE-A6, MAGE-A3 e LEMD1;
(b) PIWIL-4, WT1, EpCAM, BORIS, AKAP-4, OY-TES-1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, SPAG9, PRAME, HIWI, SURVIVIN e AKAP-3; e/ou (c) SPAG9, AKAP-4, BORIS, NY-SAR-35, NY-BR-1, SURVIVIN, MAGE-A11, PRAME, MAGE-A9, HOM-TES-8, PIWIL-2, EpCAM, HIWI, PLU1, TSGA10, ODF-4, SP17, RHOXF-2;
em que cada fragmento compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir das SEQ ID NOs: 21 a 40 e 234 a 250; SEQ ID NOs: 272 a 301; e/ou SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194.
4. Polipeptídeo, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 3, caracterizado pelo fato de que compreende ou consiste em uma ou mais sequências de aminoácidos selecionadas a partir das SEQ ID NOs: 41-80, 251 a 271, 302 a 331 e 196 a 233.
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5/12
5. Polipetideo, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 4, caracterizado pelo fato de que compreende ou consiste na sequência de aminoácidos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 81 a 142, 332 a 346 e 435-449.
6. Painel de dois ou mais polipeptideos conforme definidos em qualquer uma das reivindicações 1 a 5 caracterizado pelo fato de que (a) cada polipeptideo compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir das SEQ ID NOs: 21 a 40 e 234 a 250; ou (b) cada polipeptideo compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir das SEQ ID NOs: 272 a 301; ou (c) cada peptídeo compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir das SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194; ou(c) cada peptídeo compreende uma sequência de aminoácidos diferente selecionada a partir das SEQ ID NOs: 1 a 40, 234 a 250, 272 a 301 e 172 a 194.
7. Painel de polipeptideos, de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que compreende seis peptídeos tendo as sequências de aminoácidos das SEQ ID NOs: 130, 121, 131, 124, 134, 126.
8. Composição farmacêutica ou kit tendo um ou mais
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6/12 polipeptídeos conforme definidos em qualquer uma das reivindicações 1 a 5, ou um painel de polipeptídeos, de acordo com a reivindicação 6 ou reivindicação 7, ou um polipeptídeo, caracterizado (a) pelo fato de que compreende pelo menos duas sequências de aminoácidos selecionadas de SEQ ID NOs: 21 a 40 e 234 a 250; SEQ ID NOs: 272 a 301; e/ou SEQ ID NOs: 1 a 20, 24 e 172 a 194 como ingrediente ativo.
9. Método de vacinação caracterizado pelo fato de que proporciona imunoterapia ou induz uma resposta de células T citotóxicas em um indivíduo, compreendendo o método administrar ao indivíduo uma composição farmacêutica como definida na reivindicação 8.
10. Método, de acordo com a reivindicação 9, caracterizado pelo fato de que é um método para tratamento de câncer, opcionalmente câncer colorretal, câncer de ovário ou câncer de mama.
11. Método para identificar um indivíduo humano que provavelmente terá uma resposta de células T citotóxicas à administração de uma composição farmacêutica conforme definida na reivindicação 8 caracterizado pelo fato de que o método compreende (i) Determinar que o(s) polipeptídeo(s) do(s) ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica
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7/12 compreende(m) uma sequência que é um epitopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de HLA da classe I do indivíduo; e (ii) identificar que o indivíduo provavelmente tenha uma resposta de células T citotóxicas à administração da composição farmacêutica.
12. Método, de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que compreende adicionalmente o uso de dados de expressão em uma população para cada antígeno que (a) é selecionado dentre TSP50, EpCAM, SPAG9, CAGEI, FBXO39, SURVIVIN, LEMD1, MAGE-A8, MAGE-A6, MAGE-A3, PIWIL-4, WT1, BORIS, AKAP-4, OY-TES-1, SP17, PIWIL-2, PIWIL-3, PRAME, HIWI, PLU-1, TSGA10, ODF-4, RHOXF-2, NY-SAR-35, MAGE-A9, NYBR-1, MAGE-A11, HOM-TES-85, NY-ESO-1 e AKAP-3; e (b) compreende uma sequência de aminoácidos que é
i. um fragmento de um peptídeo do(s) ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica; e ii. um epitopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de HLA da classe I do indivíduo;
determinar a probabilidade de o indivíduo ter uma resposta de células T citotóxicas que tenha como alvo um ou mais antigenos polipeptidicos que são expressos por células
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8/12 cancerosas do individuo.
13. Método para identificar um individuo que provavelmente terá uma resposta de clinicas a um método de tratamento conforme definido na reivindicação 10 caracterizado pelo fato de que o método compreende (i) determinar que o(s) polipeptideo(s) do(s) ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica compreende(m) duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada uma das quais é
a. um epitopo de células T que tem a capacidade de se
ligar a pelo menos três moléculas de HLA da classe I do individuo ; e b. um fragmento de um antigeno associado a câncer expresso por células cancerosas do individuo, em que,
opcionalmente, o antigeno associado a câncer está presente em uma amostra obtida do individuo; e (ii) identificar o individuo como tendo probabilidade de ter uma resposta clinica ao método de tratamento.
14. Método para determinar a probabilidade de um individuo humano especifico ter uma resposta clinica a um método de tratamento conforme definido na reivindicação 10, caracterizado pelo fato de que um ou mais dos seguintes fatores correspondem a uma maior probabilidade de uma resposta clinica:
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9/12 (a) presença no(s) polipeptideo(s) do(s) ingrediente (s) ativo(s) de um maior número de sequências de aminoácidos e/ou sequências de aminoácidos diferentes que são, cada uma, um epitopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA da classe I do individuo;
(b) um maior número de antígenos polipeptídicos-alvo, compreendendo pelo menos uma sequência de aminoácidos que tanto
A. esteja compreendida em um polipeptideo do(s) ingrediente(s) ativo(s); quanto
B. seja um epitopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA da classe I do indivíduo;
em que, opcionalmente, os antígenos polipeptídicos-alvo são expressos no indivíduo, em que, opcionalmente, os antígenos polipeptídicos-alvo adicionalmente estão em uma ou mais amostras obtidas do indivíduo;
(c) uma maior probabilidade de que o indivíduo expresse antígenos polipeptídicos-alvo, opcionalmente um número limite dos antígenos polipeptídicos alvo e/ou opcionalmente antígenos polipeptídicos-alvo que se determinou que compreendam pelo menos uma sequência de aminoácidos que tanto
A. esteja compreendida em um polipeptideo do(s) ingrediente(s) ativo(s); quanto
B. seja um epitopo de células T que tem a capacidade de
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10/12 se ligar a pelo menos três HLA da classe I do indivíduo;
e/ou (d) um maior número de antígenos polipeptídicos-alvo que se prediga que o indivíduo expresse, opcionalmente, um maior número de antígenos polipeptídicos-alvo que o indivíduo expresse com uma probabilidade limite, e/ou opcionalmente os antígenos polipeptídicos-alvo que se determinou que compreendem pelo menos uma sequência de aminoácidos que tanto
A. esteja compreendida em um polipeptídeo do(s) ingrediente(s) ativo(s); quanto
B. seja um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA da classe I do indivíduo.
15. Método, de acordo com a reivindicação 14, caracterizado pelo fato de que o método compreende (i) identificar quais antígenos polipeptídicos que são alvo do(s) polipeptídeo (s) do(s) ingrediente(s) ativo(s) compreendem uma sequência de aminoácidos que tanto
A. esteja compreendida em um polipeptídeo do(s) ingrediente(s) ativo(s); quanto
B. seja um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três HLA da classe I do indivíduo; (ü) usar dados de expressão na população para cada antígeno identificado na etapa (i) de modo a determinar a
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11/12 probabilidade de o indivíduo expressar um ou mais dos antigenos identificados na etapa (i) que, em conjunto, compreendem pelo menos duas sequências de aminoácidos diferentes da etapa (i); e (iii)determinar a probabilidade de que o indivíduo tenha uma resposta clínica à administração da composição farmacêutica, kit ou painel de polipeptídeos, em que uma maior probabilidade determinada na etapa (ii) corresponde a uma resposta clínica mais provável.
16. Método, de acordo com a reivindicação 15, caracterizado pelo fato de que as pelo menos duas sequências de aminoácidos diferentes estão compreendidas na sequência de aminoácidos de dois antigenos polipeptídicos diferentes que são alvo do(s) polipeptideo(s) do(s) ingrediente(s) ativo(s).
17. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 13 a 16, caracterizado pelo fato de que compreende adicionalmente selecionar ou recomendar a administração da composição farmacêutica como um método de tratamento para o indivíduo e, opcionalmente, o tratamento adicional do indivíduo administrando-se a composição farmacêutica.
18. Método de tratamento, de acordo com a reivindicação 10, caracterizado pelo fato de que se identificou que o indivíduo provavelmente terá uma resposta clínica ou que tem
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12/12 uma probabilidade mínima acima de um limite de ter uma resposta clinica ao tratamento por um método como definido em qualquer uma das reivindicações 13 a 16.
19. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 9, 10, 17 e 18, caracterizado pelo fato de que o tratamento é administrado em combinação com quimioterapia, terapia direcionada ou um inibidor de ponto de verificação.
20. Método caracterizado pelo fato de que é para identificar um indivíduo humano que provavelmente não terá uma resposta clínica a um método de tratamento, de acordo com a reivindicação 10, compreendendo o método (i) determinar que o(s) peptídeo(s) do(s) ingrediente(s) ativo(s) da composição farmacêutica não compreende(m) duas ou mais sequências de aminoácidos diferentes, cada um dos quais é um epítopo de células T que tem a capacidade de se ligar a pelo menos três moléculas de HLA da classe I do indivíduo; e (ii) identificar o indivíduo como tendo probabilidade de não ter uma resposta clínica ao método de tratamento.
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