JP2022500630A - 免疫原性がん検診検査 - Google Patents

Abstract

本開示は、ヒト対象ががんを発症するリスクを決定するための方法であって、腫瘍関連抗原のアミノ酸配列中のＴ細胞エピトープに結合することができる対象のＨＬＡトリプレット（ＨＬＡＴ）を定量化することを含む、方法に関する。本開示は、がんを発症するリスクが高いと決定される対象を治療する方法にも関する。【選択図】なし

Description

分野
対象ががんを発症するリスクを、彼らのＨＬＡクラスＩ遺伝子型に基づいて決定するための方法が、本明細書中に提供される。がんを治療する方法、特に、がんを発症するリスクが高いと決定されている対象の予防的治療が、本明細書中に更に提供される。

背景
検診及び（可能な場合）早期診断は、転移性疾患を予防し、多くのがんについての予後を改善するために非常に重要である。

遺伝性変異はがんを発症するリスクを高め得るが、がん発症リスクへの遺伝的寄与は、既知の遺伝的要因によって完全には説明されていない。例えば、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２における変異は、一般集団における乳がん症例の５％で確認されているが、これらの症例の５０％近くが乳がんを発症した。過去１０年間に亘る、がんの発症の遺伝性の欠如を説明するための努力は、高リスク遺伝子の発見と、共通する遺伝的変異体の同定に焦点を合わせている。

しかしながら、がんを発症する遺伝的リスクが高い個人をよりよく特定する必ニーズが、当技術分野に残っている。

要旨
がん発生についての予測因子としての、対象のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）クラスＩ遺伝子型に関連する方法が、本明細書中に提供される。

抗原提示細胞（ＡＰＣ）においては、腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）を含むタンパク質抗原がペプチドにプロセシングされる。これらのペプチドはＨＬＡ分子に結合し、Ｔ細胞に対し、ペプチド−ＨＬＡ複合体として細胞表面に提示される。異なる個人は異なるＨＬＡ分子を発現し、異なるＨＬＡ分子は異なるペプチドを提示する。対象において発現した単一のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合するＴＡＡエピトープは、腫瘍特異的Ｔ細胞応答を誘導するには必須であるが、十分ではない。代わりに、腫瘍特異的Ｔ細胞応答は、ＴＡＡのエピトープが、個人の少なくとも３のＨＬＡクラスＩ遺伝子（本明細書ではＨＬＡトリプレット又は「ＨＬＡＴ」と称される）によってコードされるＨＬＡ分子によって認識及び提示されるときに最適に活性化される。（ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３１、ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３２、ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３０、ＥＰ３３７００６５及びＥＰ３３６９４３１）。

本発明者らは、がんを有する対象をバックグラウンド集団から分離することができるバイナリー分類子を開発した。この分類子を用いて、本発明者らは、ＨＬＡ遺伝子型とがんリスクとの明確な関連を実証することができた。これらの知見は、腫瘍増殖の制御における腫瘍特異的Ｔ細胞応答の中心的な役割を確認し、ＨＬＡ遺伝子型分析を用いて、がんを発症するリスクが高い対象を早期に特定するための診断試験が改善され得ることを意味する。

従って、第１の態様においては、本開示は、ヒト対象ががんを発症するリスクを決定するための方法であって、腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）のアミノ酸配列中のＴ細胞エピトープに結合することができる、対象のＨＬＡトリプレット（ＨＬＡＴ）を定量化し、ここでＨＬＡＴの各ＨＬＡは、同じＴ細胞エピトープに結合することができること、及び、対象ががんを発症するリスクを決定し、ここでＴＡＡに関して、ＴＡＡのＴ細胞エピトープに結合することができるＨＬＡＴの数がより少ないほど、対象ががんを発症するリスクが高いことに対応すること、を含む、方法を提供する。

本明細書中に記載の知見は、対象の免疫系を効果的に活性化して腫瘍細胞を殺すように個別化されたワクチンを用いることによって、がんのリスクを減らし得ることも示唆している。

従って、更なる態様においては、本開示は、対象におけるがんを治療する方法であって、対象が、上記方法を用いて、がんを発症するリスクが高いと決定されており、治療の方法が、対象に、（ｉ）ＴＡＡの断片である；且つ（ｉｉ）対象のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープを含む、アミノ酸配列を含む、１以上のペプチド、又は１以上のペプチドをコードする１以上のポリ核酸若しくはベクターを投与することを含む、方法を提供する。

更なる態様においては、本開示は、
−特定のヒト対象のがんを治療する方法における使用のためのペプチド、又はペプチドをコードするポリ核酸又はベクターであって、ペプチドが（ｉ）ＴＡＡの断片である；且つ（ｉｉ）対象のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープを含む、アミノ酸配列を含む、ペプチド、又はペプチドをコードするポリ核酸又はベクター；及び
−特定のヒト対象におけるがんを治療するための医薬の製造における使用のためのペプチド、又はペプチドをコードするポリ核酸又はベクターであって、ペプチドが、（ｉ）ＴＡＡの断片である；且つ（ｉｉ）対象のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープを含む、アミノ酸配列を含む、ペプチド、又はペプチドをコードするポリ核酸又はベクターを提供する。

更なる態様において、本開示は、ヒト対象ががんを発症するリスクを決定するためのシステムであって：
（ｉ）対象のＨＬＡクラスＩ遺伝子型及びＴＡＡのアミノ酸配列を含むデータを記憶するように構成された記憶モジュール；
（ｉｉ）ＴＡＡのアミノ酸配列中のＴ細胞エピトープに結合することができる、対象のＨＬＡＴを定量化するように構成された計算モジュールであって、ＨＬＡＴの各ＨＬＡは同じＴ細胞エピトープに結合することができる、モジュール；及び
（ｉｉｉ）対象ががんを発症するリスクの指標及び／又は対象について推奨される治療を表示するように構成された出力モジュール
（ｉｖ）
を含むシステムを提供する。

本開示の方法及び組成物は、限定ではなく例として、及び添付の図面を参照することによって、より詳細に説明される。本開示が与えられると、当業者には、多くの均等的改変及び変形が明らかになるであろう。従って、記載された開示の例示的な実施形態は、事例的であり、限定的ではないと見なされる。記載された実施形態に対する様々な変更は、本開示の範囲から逸脱することなく為され得る。本明細書で引用されるすべての文書は、上記又は下記を問わず、その全体が参照により明示的に組み込まれる。

本開示は、記載された態様及び好ましい特徴の組み合わせを、かかる組み合わせが明らかに許容されないか、又は明示的に回避されると述べられている場合を除いて含む。本明細書及び添付の特許請求の範囲で用いられる場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、内容が明確に別段の指示をしない限り、複数の指示対象を含む。従って、例えば、「ペプチド」への言及は、２以上のかかるペプチドを含む。

節の見出しは、便宜上本明細書中でのみ用いられており、決して限定的として解釈すべきではない。
図面の説明

図１ ＨＬＡ拘束性ＰＥＰＩバイオマーカーのＲＯＣ曲線。 図２ 診断精度の決定のための＞ＰＥＰＩ３＋試験のＲＯＣ曲線。ＡＵＣ＝０．７３は、ＰＥＰＩバイオマーカーの有望な診断値に分類される。 図３ 様々な民族集団における４８のＴＳＡの平均合計ＨＬＡＴスコア。極東アジア及び太平洋地域の民族グループは、世界（ｗｏｒｄ）の他の地域よりも明らかに高いＨＬＡＴ数を有している。国に関連付けられる民族を黒で強調表示する。ｙ軸上の符号：１：アイルランド人、２：北米人（Ｅｕ）、３：チェコ人、４：フィンランド人、５：ジョージア人、６：メキシコ人、７：ウガンダ人、８：北米人（Ｈｉ）、９：ニューデリー、１０：クルド人、１１：ブルガリア人、１２：ブラジル人（Ａｆ、Ｅｕ）、１３：アラブドルーズ族、１４：北米人（Ａｆ）、１５：タミル人、１６：アメリカインディアン、１７：ザンビア人、１８：ケニア人、１９：トゥバ人、２０：グアラニー・ナンデバ族、２１：ケニア低地人、２２：ショナ族、２３：グアラニー・カイオワ族、２４：ズールー族、２５：ドゴン族、２６：サイシャット族、２７：イスラエルユダヤ人、２８：カノンシート、２９：北米人（Ａｓ）、３０：朝鮮人、３１：グルートアイランド、３２：タロコ（Ｔｏｒｏｋｏ）族、３３：シラヤ族、３４：ヨーク岬、３５：沖縄人、３６：バリ族、３７：ケニア高地人、３８：客家、３９：アタヤル族、４０：中国人、４１：フィリピン人、４２：ミナン族、４３：ユピック族、４４：キンバリー、４５：ジャワ人（インドネシア人）、４６：イバタン族、４７：タイ人、４８：マレー人、４９：ツォウ族、５０：アミ族、５１：ブヌン族、５２：ユエンドゥーム族、５３：パゼ族、５４：サオ族、５５：アメリカ領サモア人、５６：ルカイ族、５７：パイワン族、５８：プユマ族、５９：ヤミ族 図４ ＨＬＡＴスコアが低い（ｓ＜７５）国及びＨＬＡＴスコアが高い（ｓ＞７５）国における発生率。平均を、水平の黒色のバーで示す。標準誤差を垂直のバーで示す。発生率の差は非常に有意である（ｐ＜０．０００１）。 図５ 一般集団と比較した黒色腫患者を分類する免疫学的予測因子（ＨＬＡＴスコア）のＲＯＣ曲線。ＡＵＣ＝０．６４５；黒色の実線はＲＯＣ曲線であり、ｘ＝ｙの線を、比較のために灰色の点線で示す。 図６ ５の同じ大きさの亜集団における、黒色腫を発症する相対的な免疫学的リスク。亜集団を定義するＨＬＡＴスコア範囲を横軸上に表示する。黒色のバーは９５％の信頼区間を示す。最初の亜群と最後の亜群間の差は有意である（ｐ＝０．００１）。 図７ ５の同じ大きさの亜集団における、がんを発症する相対的な免疫学的リスク。亜集団を定義するＨＬＡＴスコア範囲を横軸上に表示する。黒色のバーは９５％の信頼区間を示す。Ａ．非小細胞肺がん；Ｂ．腎細胞がん；Ｃ．結腸直腸がん。 図８ ５の同じ大きさの亜群における、黒色腫を発症する相対リスク（ＲＲ）。亜群を定義するＨＬＡスコアの範囲を、ｘ軸上に示す。黒色のバーは９５％の信頼区間を示す。最初の亜群と最後の亜群間の差は有意である（ｐ＜０．０５）。 図９ ワクチン特異的Ｔ細胞応答（１０人の患者）をもたらす抗原の数（ｎ＝７）と４８のＴＳＡのパネルについて算出したＨＬＡＴスコアとの間の正の相関。 図１０ 異なる５９か国及び民族集団における平均ＨＬＡスコア。国の支配的な民族として国に関連付けられる民族グループを黒で強調表示する。ｙ軸上に記号化した民族：１：アイルランド人、２：北米人（Ｅｕ）、３：チェコ人、４：フィンランド人、５：ブラジル人（Ａｆ、Ｅｕ）６：ジョージア人、７：アラブドルーズ族、８：グアラニー・カイオワ族、９：ウガンダ人、１０：北米人（Ｈｉ）、１１：ニューデリー、１２：ブルガリア人、１３：北米人（Ａｆ）、１４：グアラニー・ナンデバ族、１５：クルド人、１６：イスラエルユダヤ人、１７：メキシコ人、１８：タミル人、１９：ケニア人、２０：ケニア低地人、２１：ザンビア人、２２：ドゴン族、２３：アメリカインディアン、２４：ショナ族、２５：ケニア高地人、２６：ズールー族、２７：カノンシート、２８：トゥバ人、２９：サイシャット族、３０：ジャワ人（インドネシア人）、３１：フィリピン人、３２：北米人（Ａｓ）、３３：ヨーク岬、３４：マレー人、３５：朝鮮人、３６：タイ人、３７：客家、３８：沖縄人、３９：中国人、４０：グルートアイランド、４１：ミナン族、４２：イバタン族、４３：バリ族、４４：キンバリー（オーストラリア）、４５：タロコ（Ｔｏｒｏｋｏ）族、４６：ユエンドゥーム族、４７：アタヤル族、４８：シラヤ族、４９：アメリカ領サモア人、５０：ユピック族、５１：パゼ族、５２：ブヌン族、５３：ヤミ族、５４：ツォウ族、５５：アミ族、５６：サオ族、５７：ルカイ族、５８：パイワン族、５９：プユマ族。ここで、Ｅｕはヨーロッパ、非ヒスパニック系を意味し、Ｈｓはヒスパニック系を意味し、Ａｆはアフリカ系を意味し、Ａｓはアジア系を意味する。 図１１ 黒色腫の発生率と民族集団の平均ＨＬＡスコアとの相関。相関は有意である（ｐ＜０．００１、変換されたｔスコアは４．２５、ｄｆ＝１８）。ＡＳＲＷ：世界標準人口による年齢標準化率。 図１２ 単一のＨＬＡ対立遺伝子又は不完全なＨＬＡ遺伝子型では、遺伝子型ベースの、非ＵＮＰＣ集団からのＵＮＰＣ集団の分離において限界がある。Ａ^＊０２：０１／Ｂ^＊１８：０１ ＡＵＣ＝０．５５６（有意ではない）。 図１３ ＯＢＥＲＴＯ試験デザイン（ＮＣＴ０３３９１２３２） 図１４ ＯＢＥＲＴＯ試験のＣＲＣコホート（ｎ＝１０）における抗原発現。Ａ：２３９１生検に基づいて決定したＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ソース抗原の発現頻度。Ｂ：７のＴＳＡのうち３が９５％超の確率でＣＲＣ腫瘍で発現するように指定された、ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチンの設計。Ｃ：患者の腫瘍におけるＴＳＡの実際の発現を参照すると、平均して、１０人の患者のうち４人は、各標的抗原に対する既存の免疫応答を示した。Ｄ：１０人の患者のうち７人は、最低１のＴＳＡに対して、平均して３の異なるＴＳＡに対して既存の免疫応答を示した。 図１５ ＣＲＣ患者におけるＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８の免疫原性により、適切な標的抗原と標的ペプチドの選択が確認される。上部：ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチン組成物の標的ペプチド選択及びペプチド設計。代表的なモデル集団において支配的な９マーのＰＥＰＩ３＋を含有するように選択したＣＲＣ特異的ＣＴＡ（ＴＳＡ）からの２の１５マー。表：ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチンは、ＣＲＣコホートにおける前臨床試験中に後ろ向きに試験し、ＰＥＰＩ３＋を生じさせることにより、試験されたすべての個人において少なくとも１の抗原に対して免疫原性があることが証明された。ワクチンが含むペプチドについて特異的に測定したＩＦＮｙフルオロスポットアッセイにより試験したところ、患者の９０％において、少なくとも１の抗原に特異的な臨床免疫応答があり、多抗原免疫応答も、少なくとも２の抗原に対して患者の９０％において、また少なくとも３の抗原に対して患者の８０％において見出された。 図１６ ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８治療に対する臨床反応。Ａ：ＯＢＥＲＴＯ試験（ＮＣＴ０３３９１２３２）の臨床反応のスイマープロット。 図１６ ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８治療に対する臨床反応。Ｂ：無増悪生存期間（ＰＦＳ）とＡＧＰカウントとの関連。Ｃ：腫瘍体積とＡＧＰカウントとの関連。 図１７ 患者−Ａの腫瘍細胞におけるワクチン抗原発現の確率。ワクチン療法の１３の標的抗原のうち５が患者の腫瘍で発現する確率は９５％超ある。その結果、１３のペプチドワクチンを合わせると、少なくとも５の卵巣がん抗原に対する免疫応答を、９５％の確率で誘導できる（ＡＧＰ９５）。各ペプチドが患者−Ａにおいて免疫応答を誘発する確率は８４％である。ＡＧＰ５０は、平均（期待値）＝７．９である（これは、患者−Ａの腫瘍を攻撃する際のワクチンの有効性の尺度である）。 図１８ 患者−Ａの治療スケジュール。 図１９ 患者−ＡのＴ細胞応答。Ａ．左：ワクチンペプチド特異的Ｔ細胞応答（２０−マー）。右：ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答（９−マー）。予測されたＴ細胞応答はバイオアッセイによって確認する。 図２０ 個別化（ＰＩＴ）ワクチンで治療した患者−ＡのＭＲＩ所見。この後期段階で、高度に前治療された卵巣がん患者は、ＰＩＴワクチン治療後に予期しない客観的反応を示した。これらのＭＲＩ所見は、化学療法と組み合わせたＰＩＴワクチンが、彼女の腫瘍負荷を有意に減少させたことを示唆する。 図２１ 患者−Ｂの腫瘍細胞におけるワクチン抗原発現の確率と患者Ｂの治療スケジュール。Ａ：ワクチン中の１３の標的抗原のうち４が患者の腫瘍で発現する確率は９５％を超ある。Ｂ：その結果、１２のペプチドワクチンを合わせると、少なくとも４の乳がん抗原に対する免疫応答を、９５％の確率で誘発できる（ＡＧＰ９５）。各ペプチドが患者−Ｂにおいて免疫応答を誘導する確率は８４％である。ＡＧＰ５０＝６．４５；これは、患者−Ｂの腫瘍を攻撃する際のワクチンの有効性の尺度である。Ｃ：患者−Ｂの治療スケジュール。 図２２ 患者−ＡのＴ細胞応答。左：患者の、ワクチンペプチド特異的Ｔ細胞応答（２０−マー）。右：ワクチン特異的ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答（９−マー）の動態。予測されたＴ細胞応答はバイオアッセイによって確認する。 図２３ 患者−Ｃの治療スケジュール。 図２４ 患者−ＣのＴ細胞応答。Ａ：ワクチンペプチド特異的Ｔ細胞応答（２０−マー）。Ｂ：ワクチンペプチド特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答（９−マー）。Ｃ−Ｄ：それぞれ、ワクチン特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答（９−マー）の動態。ＣＤ４Ｔ細胞特異的及びＣＤ８Ｔ細胞特異的の両方の長期的な免疫応答が、１４ヶ月後に存在する。 図２５ 患者−Ｄの治療スケジュール。 図２６ ＰＩＴ治療に対する患者−Ｄの免疫応答。Ａ：ＣＤ４＋特異的Ｔ細胞応答（２０マー）及びＢ：ＣＤ８＋Ｔ細胞特異的Ｔ細胞応答（９マー）。０．５〜４ヶ月は、最後のワクチン接種後ＰＢＭＣサンプル収集までの期間を指す。

配列の説明
配列番号１〜１３は、患者−Ａの個別化ワクチンの配列を示し、表２３中に記載されている。
配列番号１４〜２５は、患者−Ｂの個別化ワクチンの配列を示し、表２５中に記載されている。
配列番号２６は、３０アミノ酸のＣＲＣ＿Ｐ３ペプチドを示している（図１５）。

詳細な説明
ＨＬＡ遺伝子型
ＨＬＡは、ヒトゲノムの最も多型の遺伝子によってコードされる。各人は、３のＨＬＡクラスＩ分子（ＨＬＡ−Ａ^＊、ＨＬＡ−Ｂ^＊、ＨＬＡ−Ｃ^＊）及び４のＨＬＡクラスＩＩ分子（ＨＬＡ−ＤＰ^＊、ＨＬＡ−ＤＱ^＊、ＨＬＡ−ＤＲＢ１^＊、ＨＬＡ−ＤＲＢ３^＊／４^＊／５^＊）についての母方及び父方の対立遺伝子を有する。実際には、各人は、異なる組み合わせの、同じタンパク質抗原からの異なるエピトープを提示する６のＨＬＡクラスＩ分子及び８のＨＬＡクラスＩＩ分子を発現する。

ＨＬＡ分子のアミノ酸配列を指定するために用いられる命名法は、以下：遺伝子名^＊対立遺伝子：タンパク質番号（例えば、ＨＬＡ−Ａ^＊０２：２５のように見える）の通りである。この例においては、「０２」は対立遺伝子を指す。殆どの場合においては、対立遺伝子は血清型によって定義される。これは、ある特定の対立遺伝子のタンパク質は、血清学的アッセイにおいては互いに反応しないことを意味する。タンパク質が発見されると、タンパク質番号（上記の例においては「２５」）が連続して割り当てられる。非自己抗原ペプチドへの結合特異性を決定する異なるアミノ酸配列を有する任意のタンパク質に対しては、新しいタンパク質番号が割り当てられる（例、配列中の１のアミノ酸変化でさえ異なるタンパク質番号と見なされる）。ある特定の遺伝子座の核酸配列に関する更なる情報は、ＨＬＡ命名法に付加され得るが、かかる情報は、本明細書に記載される方法には必要とされない。

個人のＨＬＡクラスＩ遺伝子型又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型は、個人の各クラスＩ又はクラスＩＩ ＨＬＡの実際のアミノ酸配列を指す場合があり、又は上記のように、各ＨＬＡ遺伝子の対立遺伝子及びタンパク質番号を最小限に指定する命名法を指す場合がある。いくつかの実施形態においては、個人のＨＬＡ遺伝子型は、個人からの生物学的サンプルをアッセイすることによって得られるか、又は決定される。生物学的サンプルには、典型的には、対象のＤＮＡが含まれている。生物学的サンプルは、例えば、血液、血清、血漿、唾液、尿、呼気、細胞又は組織サンプルであり得る。いくつかの実施形態においては、生物学的サンプルは唾液サンプルである。いくつかの実施形態においては、生物学的サンプルは頬スワブサンプルである。ＨＬＡ遺伝子型は、任意の好適な方法を用いて取得又は決定され得る。例えば、配列は、当該技術分野において公知の方法及びプロトコルを用いて、ＨＬＡ遺伝子座を配列決定することによって決定され得る。いくつかの実施形態においては、ＨＬＡ遺伝子型は、配列特異的プライマー（ＳＳＰ）技術を用いて決定される。いくつかの実施形態においては、ＨＬＡ遺伝子型は、配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）技術を用いて決定される。いくつかの実施形態においては、ＨＬＡ遺伝子型は、配列ベースのタイピング（ＳＢＴ）技術を用いて決定される。いくつかの実施形態においては、ＨＬＡ遺伝子型は、次世代シーケンシングを用いて決定される。代替的に、個人のＨＬＡセットは、当該技術分野において公知の方法を用いて、データベースに保存され、アクセスされ得る。

ＨＬＡ−エピトープ結合
対象のある特定のＨＬＡは、ＡＰＣにおけるタンパク質抗原のプロセシングによって産生される限られた数の異なるペプチドのみをＴ細胞に提示する。本明細書で用いられる場合、「表示する」又は「存在する」は、ＨＬＡに関連して使用される場合、ペプチド（エピトープ）とＨＬＡとの結合を指す。これに関して、ペプチドを「表示」又は「提示」することは、ペプチドを「結合する」ことと同義である。

本明細書で用いられる場合、用語「エピトープ」又は「Ｔ細胞エピトープ」は、１以上のＨＬＡに対する結合親和性を有する（結合することができる）、タンパク質抗原内に含まれる連続するアミノ酸の配列を指す。エピトープはＨＬＡ及び抗原に特異的である（ＨＬＡ−エピトープペア、公知の方法により予測）が、対象特異的ではない。

本明細書で用いられる場合、用語「個人エピトープ」又は「ＰＥＰＩ」は、対象特異的エピトープをＨＬＡ特異的エピトープから区別する。「ＰＥＰＩ」は、特定のヒト対象の１以上のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、ポリペプチドの連続するアミノ酸の配列からなる、ポリペプチドの断片である。言い換えれば、「ＰＥＰＩ」は、特定の個人のＨＬＡクラスＩセットによって認識されるＴ細胞エピトープである。「エピトープ」とは対照的に、ＰＥＰＩは個人に固有である。これは、異なる個人が異なるＨＬＡ分子を有し、それぞれが異なるＴ細胞エピトープに結合するためである。適切な場合において、「ＰＥＰＩ」は、特定のヒト対象の１以上のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、ポリペプチドの連続するアミノ酸の配列からなる、ポリペプチドの断片も指し得る。

本明細書で用いられる場合、「ＰＥＰＩ１」は、個人の１のＨＬＡクラスＩ分子（又は、特定の状況では、ＨＬＡクラスＩＩ分子）に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ１＋」は、個人の１以上のＨＬＡクラスＩ分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。

「ＰＥＰＩ２」は、個人の２のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ２＋」は、個人の２以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片、即ち本明細書に開示される方法に従って同定された断片を指す。

「ＰＥＰＩ３」は、個人の３のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ３＋」は、個人の３以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。

「ＰＥＰＩ４」は、個人の４のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ４＋」は、個人の４以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。

「ＰＥＰＩ５」は、個人の５のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ５＋」は、個人の５以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。

「ＰＥＰＩ６」は、個人の６のＨＬＡクラスＩ（又は６のＨＬＡクラスＩＩ）分子すべてに結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。

一般的に言えば、ＨＬＡクラスＩ分子によって提示されるエピトープは、約９アミノ酸の長さである。しかしながら、本開示の目的のために、エピトープがＨＬＡに結合することができる限り、エピトープは９アミノ酸の長さより長くても短くてもよい。例えば、１以上のＨＬＡクラスＩ分子によって提示される（結合する）ことができるエピトープは、７、又は８又は９〜９又は１０又は１１アミノ酸の長さであり得る。

当該技術分野における公知の技術を用いて、公知のＨＬＡに結合するエピトープを決定することが可能である。直接比較される複数のＨＬＡ−エピトープ結合ペアを決定するために同じ方法が用いられるという条件で、任意の好適な方法が用いられ得る。例えば、生化学的分析を用いられ得る。ある特定のＨＬＡが結合することが知られているエピトープのリストを用いることも可能である。予測ソフトウェア又はモデリングソフトウェアを用いて、ある特定のＨＬＡが結合し得るエピトープを決定することもできる。例を表１に示す。Ｔ細胞エピトープが５０００ｎＭ未満、２０００ｎＭ未満、１０００ｎＭ未満、又は５００ｎＭ未満のＩＣ５０又は予測ＩＣ５０を有している場合、ある特定のＨＬＡに結合できる場合がある。

ＨＬＡ分子はＴ細胞応答を調節する。最近まで、個々のエピトープに対する免疫応答の誘発は、単一のＨＬＡ対立遺伝子の産物によるエピトープ、即ちＨＬＡ拘束性エピトープの認識によって決定されると考えられていた。しかし、ＨＬＡ拘束性エピトープは、ごく一部の個人でのみＴ細胞応答を誘導する。ある個人でＴ細胞応答を活性化するペプチドは、ＨＬＡ対立遺伝子のマッチングにもかかわらず、他の個人では不活性である。従って、個人のＨＬＡ分子が、Ｔ細胞応答を積極的に活性化する抗原由来のエピトープをどのように提示するかは、以前は知られていなかった。

本明細書に記載されるように、個人が発現する複数のＨＬＡは、Ｔ細胞応答を誘発するために同じペプチドを提示する必要がある。従って、特定の個人に対して免疫原性であるポリペプチド抗原の断片（エピトープ）（ＰＥＰＩ）は、その個人が発現する複数のクラスＩ（細胞傷害性Ｔ細胞を活性化）又はクラスＩＩ（ヘルパーＴ細胞を活性化）ＨＬＡに結合できる断片である。この発見は、ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３１、ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３２、ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３０、ＥＰ３３７００６５及びＥＰ３３６９４３１に記載されている。

本明細書で言及される「ＨＬＡトリプレット」又は「ＨＬＡＴ」又は「任意の組み合わせＨＬＡＴ」は、ヒト対象が発現する６のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子のうちの３の任意の組み合わせである。トリプレットの３のＨＬＡ対立遺伝子すべてがＰＥＰＩに結合することができる場合、ＨＬＡＴは特定のＰＥＰＩに結合することができる。「ＨＬＡＴ数」は、１以上の定義されたポリペプチド又はポリペプチド断片、例えば、１以上の抗原又はＰＥＰＩに結合することができる、対象の３のＨＬＡ対立遺伝子の任意の組み合わせから構成されるＨＬＡＴの総数である。例えば、対象の６のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子のうち３が特定のＰＥＰＩに結合することができる場合、ＨＬＡＴ数は１である。対象の６のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子のうち４が特定のＰＥＰＩに結合することができる場合、ＨＬＡＴ数は４である（４の結合ＨＬＡ対立遺伝子のうちの任意の３の組み合わせが４）。対象の６のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子のうち５が特定のＰＥＰＩに結合することができる場合、ＨＬＡＴ数は１０である（５の結合ＨＬＡ対立遺伝子のうちの任意の３の組み合わせが１０）。対象の６のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子のうち３がポリペプチド中の第１のＰＥＰＩに結合することができ、対象の６のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子のうちの、同じ又は異なる組み合わせの３がポリペプチド中の第２のＰＥＰＩに結合することができる場合、ＨＬＡＴ数は２であり、そのように続く。

一部の対象は、同じＨＬＡ分子をコードする２のＨＬＡ対立遺伝子を有している場合がある（例えば、ホモ接合性の場合における、ＨＬＡ−Ａ＊０２：２５についての２のコピー）。これらの対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ分子は、同じＴ細胞エピトープのすべてに結合する。この開示の目的のために、異なる対立遺伝子によってコードされるＨＬＡは、たとえ２の対立遺伝子が同じであっても、異なるＨＬＡである。「言い換えれば、「対象の少なくとも３のＨＬＡ分子への結合」等は、そうでなければ、「対象の少なくとも３のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ分子への結合」として表現され得る。

がんリスクの決定
本明細書に提供されるのは、対象が彼らのＨＬＡクラスＩ遺伝子型及び腫瘍関連抗原を認識するその能力に基づいてがんを発症するリスクを決定するための方法である。ＨＬＡＴがＴ細胞応答を調節する方法であるため、対象のクラスＩ ＨＬＡ遺伝子型は、固有の遺伝的がんリスク決定因子を表し得る。親から特定のＨＬＡ遺伝子を受け継いだ一部の対象は、腫瘍細胞を効果的に殺す幅広いＴ細胞応答を開始できる。わずかな腫瘍抗原しか認識できないＨＬＡ遺伝子を有する他の人は、腫瘍細胞に対する防御が不十分である。受け継がれた６のＨＬＡ対立遺伝子に基づいて、親と子孫は異なるＨＬＡ対立遺伝子セットを有している。ＨＬＡＴ結合ＰＥＰＩが対象においてＴ細胞応答を誘導するため、親の腫瘍特異的Ｔ細胞応答は子孫に直接受け継がれない。

本開示によれば、ＴＡＡにおける、対象のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープ（ＰＥＰＩ）であるアミノ酸配列の存在は、対象におけるＴＡＡの発現がＴ細胞応答を誘発することを示す。ＴＡＡのエピトープに結合することができるＨＬＡＴの数が多いほど、ＴＡＡの発現に対する対象のＴ細胞応答はより効果的であり、対象は、ＴＡＡを発現するがん細胞を殺すことにおいてより効果的である。逆に、ＴＡＡのエピトープに結合することができるＨＬＡＴの数が少ないほど、ＴＡＡの発現に対する対象のＴ細胞応答の効果が低くなり、対象は、ＴＡＡを発現するがん細胞を殺すことにおいて、効果が低い。腫瘍は、ＴＡＡを発現するがん細胞が対象の免疫応答によって検出及び殺されない場合にのみ対象に発生する。従って、ＨＬＡ遺伝子型は、対象におけるがんの発症に対する遺伝的リスク因子又は保護因子のいずれかを表し得る。ＴＡＡのＴ細胞エピトープに結合することができるＨＬＡＴの数が多いほど、対象がＴＡＡを発現する腫瘍（がん）を発症するリスクが低くなり得る。ＴＡＡのＴ細胞エピトープに結合することができるＨＬＡＴの数が少ないほど、対象がＴＡＡを発現する腫瘍（がん）を発症するリスクが高くなり得る。

いくつかの場合においては、がんは特定の種類のがん又は組織の特定の細胞種のがんである。いくつかの場合においては、がんは固形腫瘍である。いくつかの場合においては、がんはがん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、胚細胞腫瘍、又は芽細胞腫である。がんは、ホルモン関連又は依存性のがん（例、エストロゲン又はアンドロゲン関連のがん）又は非ホルモン関連又は依存性のがんであり得る。腫瘍は悪性であっても良性であってもよい。がんは転移性であっても非転移性であってもよい。がんは、ウイルス感染又はウイルスがん遺伝子に関連している場合と関連していない場合がある。いくつかの場合においては、がんは、黒色腫、肺がん、腎細胞がん、結腸直腸がん、膀胱がん、神経膠腫、頭頸部がん、卵巣がん、非黒色腫皮膚がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、肝臓がん、子宮頸がん、食道がん、非ホジキンリンパ腫、白血病、膵臓がん、子宮体がん、唇がん、口腔がん、甲状腺がん、脳がん、神経系がん、胆嚢がん、喉頭がん、咽頭がん、骨髄腫、鼻咽頭がん、ホジキンリンパ腫、精巣がん、乳がん、胃がん、膀胱がん、結腸直腸がん、腎細胞がん、肝細胞がん、小児がん（ｐｅｄｉａｃｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、カポジ肉腫から選択される１以上である。

他の場合においては、方法は、対象が任意のがん、又は本明細書に開示されるがんの任意の組み合わせを発症するリスクを決定するために用いられ得る。

他の場合においては、方法は、対象が１以上の特定のＴＡＡを発現するがんを発症するリスクを決定するために用いられ得る。以下で更に説明するように、本開示の方法において用いるために、好適なＴＡＡが選択され得る。

本明細書で用いられる場合、用語「Ｔ細胞応答」及び「免疫応答」は、互換的に使用され、１以上のＨＬＡ−エピトープ結合対の認識後のＴ細胞の活性化及び／又は１以上のエフェクター機能の誘導を指す。いくつかの場合においては、ＨＬＡクラスＩＩ分子が、長続きするＣＴＬ応答及び抗体応答の両方の誘導に関与するヘルパー応答を刺激するため、「免疫応答」には抗体応答が含まれる。エフェクター機能には、細胞毒性、サイトカイン産生及び増殖が含まれる。

本開示の方法は、がんを発症する免疫学的リスクを決定するために用いられ得る。具体的には、本明細書に記載の方法は、対象の、ＴＡＡ又はそれらのＴＡＡを発現するがん細胞を認識し、及びそれらに対する免疫応答を開始する能力を決定するために用いられ得る。他の多くの要因が、対象の、がんを発症する全体的なリスクに寄与し得る。従って、いくつかの場合においては、本明細書に開示される方法は、他のリスク決定因子と組み合わされるか、又はがんリスク予測のためのより広範なモデルに組み込まれ得る。例えば、本開示の方法は、いくつかの実施形態においては、環境要因、ライフスタイル要因、他の遺伝的リスク要因、及び対象のがんを発症する全体的なリスクに寄与する他の任意の要因等の他のがんリスク要因を決定することを更に含む。

対象のすべてのＨＬＡＴ、及び／又はすべてのＴＡＡががんの免疫学的制御において等しく重要な役割を果たすわけではない場合がある。従って、いくつかの場合においては、本開示によれば、異なる重み付けは、異なるＨＬＡ対立遺伝子に（例えば、本明細書の実施例７〜９に記載される「ＨＬＡスコア」ベースの方法を用いて）、異なるＨＬＡＴに、及び／又は異なるＴＡＡのＴ細胞エピトープに結合することができるＨＬＡＴに（例えば、本明細書の実施例５及び６に記載される「ＨＬＡＴスコア」ベースの方法を用いて）適用され得る。本発明を例示するＨＬＡＴスコア及びＨＬＡスコアベースの方法は、技術的計算の点で異なるが、どちらの場合においても、ＴＳＡに対する免疫応答を生じさせる彼／彼女の予測能力が良好である場合、対象はより高いスコアを有する。どちらの方法も統計的学習アルゴリズムを用いる。ＨＬＡＴスコアの場合、学習アルゴリズムは、特定のがんと戦うためにＴＳＡに対する免疫応答がどれほど重要であるかに基づいてＴＳＡに重みを割り当てる。このとき、最終的なＨＬＡＴスコアは、対象がＴＳＡに対して生じさせられるＨＬＡトリプレットの加重和である。ＨＬＡスコアの場合、学習アルゴリズムは、ＨＬＡ対立遺伝子を保有する対象における、ＴＳＡに対してＨＬＡＴをどれだけ適切に生じさせられるかに基づいて、個々のＨＬＡ対立遺伝子にスコアを割り当てる。このとき、対象の最終的なＨＬＡスコアは、彼／彼女が所有するＨＬＡ対立遺伝子の重みの合計である。

いくつかの場合においては、適用される重み付けは経験的に決定され得る。例えば、いくつかの場合においては、特定のＴＡＡのＴ細胞エピトープに結合することができるＨＬＡＴに適用される重み付けは、本明細書に記載の方法を用いて、（前記）がんを有する対象を、（前記）がんを有さない対象から、又は（前記）がんを有する対象を含む対象のバックグラウンド集団から、独立して分離する各ＴＡＡの能力により、それに基づいて、又はそれに相関して、決定され得る。

代替的に、又は更に、特定のＴＡＡのＴ細胞エピトープに結合することができるＨＬＡＴに適用される重み付けは、ＴＡＡが、がん又はがんの種類に発現する頻度によって、それに基づいて、又はそれに相関して決定され得る。様々ながんにおけるＴＡＡの発現頻度は、公開された数値及び科学刊行物から決定され得る。

いくつかの場合においては、特定のＨＬＡＴに適用される重み付けは、ＨＬＡＴががんを有する対象、又はがんを有する対象及び／若しくはがんを有する対象の疾患にマッチする亜集団に存在する頻度によって、それに基づいて、又は相関して、決定され得る。

いくつかの場合においては、各ＴＡＡのＴ細胞エピトープに結合することができるＨＬＡＴに適用される重みは、以下の重み（ｗ（ｃ））：

（式中、ｔ（ｃ）は、がんあり又はなしの集団のＴＡＡ ｃのＨＬＡＴスコアに対する片側ｔ検定のｐ値を示し、Ｂはボンフェローニ補正（ＴＡＡの数）である）として、又はこれを用いて定義される。この重み付けは、本明細書に記載のＨＬＡＴスコアベースの方法のために用いられる。

いくつかの場合においては、ＨＬＡ対立遺伝子（ｈ）の有意性スコア（重み付け）は：

（式中、ｕ（ｈ）は、ＨＬＡＴ数が２の個人サブセット：一方のサブセットは個人がＨＬＡ ｈを有し、一方のサブセットは個人がＨＬＡ ｈを有していない、で異なるか否かを決定する、対立遺伝子ｈについての両側ｕ検定のｐ値である。Ｂはボンフェローニ補正であり、ｓｉｇｎ（ｈ）は、平均ＨＬＡＴ数が、ｈ対立遺伝子を有する亜集団の方が、ｈを有さない亜集団よりも多い場合、＋１であり、それ以外の場合は−１である。）と定義される。この重み付けは、本明細書に記載のＨＬＡスコアベースの方法のために用いられる。

いくつかの場合においては、初期の重み付けは、当業者に公知の任意の好適な方法を用いて、更に最適化され得る。いくつかの場合においては、これらの有意性スコアの合計を用いて、対象ががんを発症するリスクが決定され、対象ががんを発症するリスクと相関する。

例えば、いくつかの場合においては、以下のＨＬＡＴスコア（ｓ（ｘ））：

（式中、ＣはＴＡＡのセットであり、ｃは特定のＴＡＡであり、ｗ（ｃ）はＴＡＡ ｃの重みであり、ｐ（ｘ、ｃ）は対象ｘにおけるＴＡＡ ｃのＨＬＡＴ数である）に、対象ががんを発症するリスクが相関し、又はこれを用いて対象ががんを発症するリスクが決定される。

本明細書の実施例に記載されているＨＬＡＴスコアベースの方法及びＨＬＡスコアベースの方法は、本発明による方法の２例である。個人のＨＬＡクラスＩ遺伝子型データを用いることにより、更なるスコアリングスキームが開発され得る。使用される具体的なスコアは、適応症及び事前データによって異なる。いくつかの場合においては、利用可能な試験データセットでの様々な計算のパフォーマンスに基づいて選択が行われる。パフォーマンスは、ＡＵＣ値（ＲＯＣ曲線の下の面積）又は当業者によって知られているパフォーマンススコアの任意の他の良さによって評価され得る。

腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）
がん又は腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）は、がん細胞又は腫瘍細胞において発現するタンパク質である。ＴＡＡの例としては、新しい抗原（腫瘍形成中に発現し、正常又は健康な細胞中の類似のタンパク質から変化する新抗原）、がん遺伝子及び腫瘍抑制遺伝子の産物、過剰発現又は異常に発現した細胞タンパク質（例えば、ＨＥＲ２、ＭＵＣ１）、発がん性ウイルス（例、ＥＢＶ、ＨＰＶ、ＨＣＶ、ＨＢＶ、ＨＴＬＶ）によって産生される抗原、がん精巣抗原（ＣＴＡ、例、ＭＡＧＥファミリー、ＮＹ−ＥＳＯ）、細胞種特異的分化抗原（例、ＭＡＲＴ−１）及び腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）が挙げられる。ＴＳＡは、特定の種類の腫瘍によって産生される抗原であり、腫瘍が発生した組織の正常細胞上には現れない。ＴＳＡには、共有抗原、新抗原、及び固有の抗原が含まれる。ＴＡＡ配列は、実験的に、又は公開された科学論文中、又はルードヴィヒがん研究所（Ｌｕｄｗｉｇ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）のデータベース（ｗｗｗ．ｃｔａ．ｌｎｃｃ．ｂｒ／）、Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｉｔｙデータベース（ｃａｎｃｅｒｉｍｍｕｎｉｔｙ．ｏｒｇ／ｐｅｐｔｉｄｅ）／）及びＴＡＮＴＩＧＥＮ腫瘍Ｔ細胞抗原データベース（ＴＡＮＴＩＧＥＮ Ｔｕｍｏｒ Ｔ ｃｅｌｌ ａｎｔｉｇｅｎ ｄａｔａｂａｓｅ）（ｃｖｃ．ｄｆｃｉ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ｔａｄｂ／）、等の公的に利用可能なデータベースを通じて見つけられ得る。例示的なＴＡＡを表２及び１１に列記する。

いくつかの場合においては、本明細書に記載の方法は、対象が１以上の特定のＴＡＡを発現するがんを発症する（ｔｈａｔ ｔｈａｔ）リスクを決定するために用いられる。他の場合においては、本方法は、対象が任意のがん又は特定の種類のがんを発症するリスクを決定するために用いられる。いくつかの場合においては、異なるＴＡＡが異なる種類のがんに関連し得るが、特定の種類のすべてのがんが同じＴＡＡの組み合わせを発現するわけではない。従って、いくつかの場合においては、エピトープ結合ＨＬＡＴが複数のＴＡＡ、いくつかの場合においては、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５又はそれ超のＴＡＡで定量化される。一般的に、ＴＡＡが、より高い割合のがん又はがん患者又は選択されたタイプのがんにおいて発現する場合、より少ないＴＡＡが用いられ得る。ＴＡＡが、より低い割合のがん又はがん患者又は選択された種類のがんにおいて発現する場合、より多くのＴＡＡが用いられ得る。いくつかの場合においては、がん、がん患者、又は選択された種類のがんの最小割合、例えば、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％以上で一緒に発現又は過剰発現する一連のＴＡＡが用いられ得る。様々ながんにおけるＴＡＡの発現頻度は、公表された数値及び科学刊行物から決定され得る。

本開示に従って用いるために選択されたＴＡＡは、典型的には、高い割合のがん又は特定の種類のがんで発現又は過剰発現するものである。いくつかの場合においては、１以上又はそれぞれのＴＡＡは、少なくとも１％、２％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％（ｏｒ）のがんにおいて、又は疾患のがん及び／若しくは対象がマッチするヒト集団において、発現又は過剰発現され得る。例えば、対象は、民族性、地理的位置、性別、年齢、疾患、疾患のタイプ又は段階、遺伝子型、１以上のバイオマーカー等の発現、又はそれらの任意の組み合わせによってマッチし得る。

いくつかの場合においては、１以上又はそれぞれのＴＡＡが腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）又はがん精巣抗原（ＣＴＡ）である。ＣＴＡは、典型的には、健康な細胞における胚発生を超えて発現はしない。健康な成人においては、ＣＴＡの発現は、ＨＬＡを発現せず、Ｔ細胞に抗原を提示できない男性の生殖細胞に限定される。従って、ＣＴＡは、がん細胞で発現した場合、発現性の新抗原と見なされる。ＣＴＡの発現は、（ｉ）腫瘍細胞に特異的であり、（ｉｉ）転移において原発腫瘍よりもより頻繁であり、（ｉｉｉ）同じ患者の転移間で保存されている（Ｇａｊｅｗｓｋｉ ｅｄ．Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ｉｎ Ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．２０１２）。

いくつかの場合においては、本方法は、本明細書に開示される方法において用いるための好適なＴＡＡ又は好適な一式のＴＡＡを選択及び／又は同定する工程を含む。

治療方法
いくつかの場合においては、本明細書に記載の方法は、対象におけるがんの治療の選択、準備、及び／又は実施を含む。対象は、本明細書に記載の方法を用いて、がんを発症するリスクが高いと判断されていてもよい。本明細書で用いられる場合、「治療」は、がんの発症を予防又は遅延させるため、１以上の症状又は合併症を改善するため、寛解を誘導又は延長するため、再発（ｒｅｌａｐｓｅ）、再発（ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅ）又は悪化を遅延させるため、又はその他の方法で対象の疾患状態又はがんのリスクを改善又は安定化させるために取られる任意の行為である。典型的には、治療は、がん又はがんに関連する任意の症状又は合併症の発症を遅延又は予防することを目的とした予防的治療である。治療は免疫療法又はワクチン接種であり得る。

本明細書で用いられる場合、用語「治療」は、いくつかの場合においては、対象ががん又はがんに関連する任意の症状又は合併症を発症するリスクを低減することを目的とする対象の行動、環境曝露又はライフスタイルに関する推奨を包含する場合がある。例えば、黒色腫を発症するリスクが高いと決定されている対象に関しては、治療には、対象の紫外線への曝露を減らすことを推奨することが含まれ得る。これには、例えば、人工紫外線源の回避、日光への曝露の低減、又は１日の特定の時間における日光への曝露の回避、適切な保護を提供する日焼け止めの塗布、保護服の着用、バーニングの回避、及び／又はビタミンＤの摂取が含まれる。他の例においては、治療には、栄養補助食品（例えば抗酸化サプリメント又はカルシウム摂取量の増加）の使用、薬物使用（タバコ及び／又はアルコールの消費量の削減を含む）、運動、潜在的な発がん物質、感染性物質及び／又は放射線への曝露を含む、食事に関連する推奨事項が含まれる場合がある。

他の場合においては、治療は、がんの早期診断を達成することを目的とした検診又は検査の追加又は頻度増加を含み得る。他の場合においては、治療には、アスピリン又は非ステロイド性抗炎症薬等の抗炎症薬の投与、又は免疫抑制薬の投与の回避又は削減が含まれる場合がある。いくつかの場合においては、治療には、肥満等の潜在的な危険因子である他の状態、又は潰瘍性大腸炎及びクローン病等の慢性炎症に関連する状態の管理への配慮の増加が含まれる場合がある。

他の場合においては、治療は、外科手術、化学療法、細胞毒性又は非細胞毒性化学療法、放射線療法、標的療法、ホルモン療法、又は標的化された小分子薬又は抗体（例、モノクローナル抗体又は共刺激抗体）の投与等、がんの任意の既知の治療的又は予防的治療であり得、本明細書に記載の任意のがん治療を含む。

がん細胞に対する対象の免疫応答を増強することを目的とする治療は、本明細書に記載の方法を用いてがんのリスクが高いと決定される対象におけるがんの発症を予防又は遅延させることにおいて特に効果的である可能性が高い。従って、いくつかの場合においては、治療は免疫療法又はチェックポイント遮断療法又はチェックポイント阻害剤療法であり得る。いくつかの場合においては、方法は、（ｉ）がんにおける発現に関連する抗原の断片である；及び（ｉｉ）対象のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む、以下に記載される通りの１以上のペプチド、又は１以上のペプチドをコードする１以上のポリ核酸若しくはベクターを対象に投与することを含む。

個別化治療方法
本開示によれば、対象のＨＬＡＴの、ＴＡＡを認識する能力は、対象ががんを発症するリスクを予測する。従って、対象のＨＬＡＴによって認識されるＴＡＡのエピトープに対応するペプチドを用いて対象の免疫応答を刺激することにより、対象のがんを発症するリスクが低減され得る。

従って、いくつかの場合においては、本開示は、がんの予防的治療の方法に関し、該方法は、（ｉ）ＴＡＡの断片である；且つ（ｉｉ）対象のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープ（即ち、ＰＥＰＩ３＋）である、アミノ酸配列を含む、１以上のペプチド、又は１以上のペプチドをコードする１以上のポリ核酸又はベクターを対象に投与することを含む。いくつかの場合においては、対象は、本明細書に記載の方法を用いて、がんを発症するリスクが高いと判断されている。

対象のＨＬＡＴに結合する１以上の好適なＴＡＡ及びＴＡＡ内の好適なエピトープは、本明細書に記載の通り選択され得る。いくつかの場合においては、方法は、好適なＴＡＡ、エピトープ及び／又はペプチドを同定及び／又は選択する工程を含み得る。典型的には、各ＴＡＡの１以上は、がん細胞で頻繁に発現するＴＡＡである。

いくつかの場合においては、対象は、がん細胞が特定のＴＡＡを発現するがんを発症するリスクが高いと決定される。これは、ＴＡＡが特定の対象についてのＰＥＰＩ３＋であるエピトープをほとんど含まない場合、又はＴＡＡのエピトープが対象のごく僅かなＨＬＡＴによって認識される場合に当てはまり得る。対象の治療は、（ｉ）そのＴＡＡの断片である、且つ（ｉｉ）対象の１以上のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープを含む、アミノ酸配列を含む、ペプチドの投与を含み得る。

他の場合においては、対象は、１以上の特定の種類のがん、例えば、本明細書に開示される任意の種類のがんを発症するリスクが高いと決定される。対象の治療は、（ｉ）そのがんの種類における発現に関連するＴＡＡの断片である、且つ（ｉｉ）対象の１以上のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープを含む、アミノ酸配列を含む、ペプチドの投与を含み得る。

いくつかの場合においては、ＴＡＡは対象のごく僅かなＨＬＡＴによって認識されるものである。かかる治療は、ＴＡＡに対するＴ細胞応答を強化する。他の場合においては、ＴＡＡは複数のＨＬＡＴによって認識されるものであり得る。対象は、一般的に、かかるＴＡＡに対して幅広いＴ細胞応答を既に開始することができる。これは特に、標的ＴＡＡを、対象のＨＬＡＴによってあまり認識されない場合がある他のＴＡＡと共に、頻繁に共発現するがん細胞を殺すのに役立ち得る。

ペプチドは、改変されたものでも、天然に存在しないものでもよい。断片及び／又はペプチドは、最大５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１４、１３、１２、１１、１０又は９アミノ酸の長さであり得る。典型的には、ペプチドは、１５又は２０〜３０又は３５アミノ酸の長さであり得る。いくつかの場合においては、ＴＡＡの連続配列の一部ではない追加のアミノ酸が、ＴＡＡの断片に対応するアミノ酸配列に、Ｎ末端及び／又はＣ末端で隣接している。いくつかの場合においては、最大４１又は３５又は３０又は２５又は２０又は１５又は１０、又は９又は８又は７又は６又は５又は４又は３又は２又は１の追加のアミノ酸が、配列に、Ｎ末端及び／又はＣ末端で隣接している。他の場合においては、各ペプチドは、ＴＡＡの断片からなるか、又は端から端まで配置された（ペプチドの端から端まで連続して配置された）又は単一のペプチドにおいてオーバーラップする２以上のかかる断片からなるかのいずれかであり得る。

いくつかの場合においては、治療方法は、少なくとも２、又は３、又は４、又は５、又は６、又は７、又は８、又は９、又は１０、又は１１、又は１２、又は１３、又は１４、又は１５、又は２０、又は２５、又は３０、又は３５、又は４０、又は４５、又は５０又はそれ超の異なるそれぞれ（ｉ）ＴＡＡの断片に含まれる、且つ（ｉｉ）対象のＨＬＡＴに結合することができる、Ｔ細胞エピトープ（ＰＥＰＩ）を含む、１以上のペプチド、又は１以上のペプチドをコードする１以上の核酸若しくはベクターを対象に投与することを含む。いくつかの場合においては、２以上のＰＥＰＩが、少なくとも２、又は３、又は４、又は５、又は６、又は７、又は８、又は９、又は１０、又は１１、又は１２又はそれ超の異なるＴＡＡの断片に含まれている。いくつかの場合においては、１以上又はそれぞれのＴＡＡはＴＳＡ及び／又はＣＴＡである。

いくつかの場合においては、ペプチド断片の１以上は、対象の少なくとも３又は少なくとも４のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む。かかる治療は、治療を受けている対象において、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答及びＣＤ４＋Ｔ細胞応答の両方を誘発し得る。

いくつかの場合においては、治療方法は、対象に任意の１以上のペプチド、又は１以上（ｏｎｅ ｏｆ ｍｏｒｅ ｏｆ）のペプチドをコードする１以上の核酸若しくはベクターを投与すること、或いはＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３１、ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３２、ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３０、ＥＰ３３７００６５及びＥＰ３３６９４３１のいずれか１に記載の通りの医薬組成物のいずれかを投与することを含む。いくつかの特定の場合においては、治療は、乳がん、卵巣がん、又は結腸直腸がんの予防のためであり、ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３０及び／又はＥＰ３３６９４３１に記載の組成物の投与を含む。

本明細書で用いられる場合、用語「ポリペプチド」は、全長タンパク質、タンパク質の一部分、又は一連のアミノ酸として特徴付けられるペプチドを指す。用語「ペプチド」は、短いポリペプチドを指す。本明細書で用いられる場合、用語「断片」又は「ポリペプチドの断片」は、参照ポリペプチドと比較して、典型的には短縮された長さの、共通部分にわたって参照ポリペプチドと同一のアミノ酸配列を含む、一連のアミノ酸又はアミノ酸配列を指す。本開示によるかかる断片は、適切な場合、それが構成要素であるより大きなポリペプチドに含められ得る。いくつかの、例えば、９アミノ酸ペプチド等のポリペプチド全体が単一のＴ細胞エピトープである場合においては、断片はポリペプチドの全長を含み得る。いくつかの場合においては、ペプチド又はポリペプチドの断片は、７、又は８、又は９、又は１０、又は１１、又は１２、又は１３、又は１４、又は１５〜１０、又は１１、又は１２、又は１３、又は１４、又は１５、又は２０、又は２５、又は３０、又は３５、又は４０、又は４５、又は５０アミノ酸の長さであり得る。

医薬組成物及び投与様式
いくつかの場合においては、本開示は、本明細書に記載の１以上のペプチドを対象に投与することを含む治療方法に関する。１以上のペプチドは、一緒に又は連続して対象に投与され得る。 例えば、治療は、例えば、最大１年の期間にわたるいくつかのペプチドの投与を含み得る。 いくつかの場合においては、免疫応答を高めるために、治療サイクルが繰り返される場合もある。

対象に投与するための医薬組成物は、１以上のペプチドに加えて、医薬的に許容される賦形剤、担体、希釈剤、緩衝液、安定剤、防腐剤、アジュバント、又は当業者に周知の他の材料を含み得る。かかる材料は、好ましくは無毒であり、好ましくは有効成分の医薬活性を妨害しない。医薬担体又は希釈剤は、例えば、水含有溶液であり得る。担体又は他の材料の正確な性質は、投与経路、例、経口、静脈内、皮膚又は皮下、経鼻、筋肉内、皮内、及び腹腔内の経路、に依存し得る。

組成物の免疫原性を高めるために、医薬組成物は、１以上のアジュバント及び／又はサイトカインを含み得る。

適切なアジュバントとしては、水酸化アルミニウム若しくはリン酸アルミニウム等のアルミニウム塩が挙げられるが、カルシウム、鉄若しくは亜鉛の塩であってもよく、又はアシル化チロシン又はアシル化糖の不溶性懸濁液であってよく、又はカチオン性若しくはアニオン性の誘導体化糖類、ポリホスファゼン、生分解性ミクロスフェア、モノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）、（例、毒性を低下させた）脂質Ａ誘導体、３−Ｏ−脱アシル化ＭＰＬ［３Ｄ−ＭＰＬ］、キルＡ、サポニン、ＱＳ２１、不完全フロイントアジュバント（Ｄｉｆｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｄｅｔｒｏｉｔ，Ｍｉｃｈ．）、Ｍｅｒｃｋ Ａｄｊｕｖａｎｔ ６５（Ｍｅｒｃｋ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｉｎｃ．、Ｒａｈｗａｙ，ＮＪ）、ＡＳ−２（Ｓｍｉｔｈ−Ｋｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ、Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、ＰＡ）、ＣｐＧオリゴヌクレオチド、生体接着剤及び粘膜接着剤、微粒子、リポソーム、ポリオキシエチレンエーテル製剤、ポリオキシエチレンエステル製剤、ムラミルペプチド又はイミダゾキノロン化合物（例、イミキモド（ｉｍｉｑｕａｍｏｄ）及びその同族体）であってよい。インターロイキン（例、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２等）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、顆粒球・マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）等のサイトカインを含む、本開示においてアジュバントとして用いるのに好適なヒト免疫調節剤もアジュバントとして使用され得る。

いくつかの実施形態においては、組成物は、モンタニドＩＳＡ−５１（Ｓｅｐｐｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｆａｉｒｆｉｅｌｄ，Ｎ．Ｊ．，Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ）、ＱＳ−２１（Ａｑｕｉｌａ Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ，Ｍａｓｓ．，Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ）、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド、カルメットゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム（ｃｏｒｙｎｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、レバミソール、アジメゾン、イソプリニソン、ジニトロクロロベンゼン（ｄｉｎｉｔｒｏｃｈｌｏｒｏｂｅｎｅｚｅｎｅ）（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全及び不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（アラム）、リゾレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、オイルエマルジョン、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）から成る群から選択されるアジュバントを含む。

ポリペプチド断片の好適な組成物及び投与方法の例は、Ｅｓｓｅｋｕ ａｎｄ Ａｄｅｙｅｙｅ（２０１１）及びＶａｎ ｄｅｎ Ｍｏｏｔｅｒ Ｇ．（２００６）中に提供されている。ワクチン及び免疫療法組成物の調製は、一般的に、Ｖａｃｃｉｎｅ Ｄｅｓｉｇｎ（“Ｔｈｅ ｓｕｂｕｎｉｔ ａｎｄ ａｄｊｕｖａｎｔ ａｐｐｒｏａｃｈ”（ｅｄｓ Ｐｏｗｅｌｌ Ｍ．Ｆ．＆ Ｎｅｗｍａｎ Ｍ．Ｊ．（１９９５）Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）に記載されている。リポソーム内のカプセル化も想定されており、米国のＦｕｌｌｅｒｔｏｎ，米国特許第４，２３５，８７７号により記載されている）。

治療方法は、本明細書に記載の１以上のペプチドを有効成分として含む医薬組成物を対象に投与することを含み得る。本明細書で用いられる場合、用語「有効成分」は、医薬組成物が投与され得る対象において免疫応答を誘導することが意図されるペプチドを指す。有効成分ペプチドは、いくつかの場合においては、対象への投与後にインビボで産生される、ワクチン又は免疫療法組成物のペプチド産物であり得る。ＤＮＡ又はＲＮＡ免疫療法組成物に関しては、ペプチドは、組成物が投与される対象の細胞によってインビボで産生され得る。細胞ベースの組成物に関しては、ポリペプチドは、組成物の細胞、例えば、ポリペプチドでパルスされた、又はポリペプチドをコードする発現コンストラクトを含む自己樹状細胞又は抗原提示細胞によってプロセシング及び／又は提示され得る。

いくつかの実施形態においては、本明細書に開示される組成物は、核酸ワクチンとして調製され得る。いくつかの実施形態においては、核酸ワクチンは、ＤＮＡワクチンである。いくつかの実施形態においては、ＤＮＡワクチン、又は遺伝子ワクチンは、プロモーター及び適切な転写及び翻訳制御エレメントを有するプラスミド、並びに本開示の１以上のポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態においては、プラスミドはまた、例えば、発現レベル、細胞内ターゲティング、又はプロテアソームプロセシングを増強するための配列も含む。いくつかの実施形態においては、ＤＮＡワクチンは、本開示の１以上のポリペプチドをコードする核酸配列を含有するウイルスベクターを含む。更なる態様においては、本明細書に開示される組成物は、生物学的サンプルと免疫反応性を有すると決定されたペプチドをコードする１以上の核酸を含む。例えば、いくつかの実施形態においては、組成物は、患者の少なくとも３のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、又はそれ超のペプチドをコードする１以上のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態においては、ＤＮＡ又は遺伝子ワクチンは、結果として生じる免疫応答を操作する（ワクチンの効力を増強する、免疫系を刺激する、又は免疫抑制を低減する等）ための免疫調節分子もコードする。ＤＮＡ又は遺伝子ワクチンの免疫原性を増強するための戦略としては、異種型の抗原のコード化、Ｔ細胞活性化又は結合認識を引き起こす分子への抗原の融合、ＤＮＡベクターによるプライミングと続くウイルスベクターによる追加免疫、及び免疫調節分子の利用が挙げられる。いくつかの実施形態においては、ＤＮＡワクチンは、他の形態の中でもとりわけ、針、遺伝子銃、エアロゾル注射器によって、パッチを用いて、マイクロニードルを介して、表皮剥脱によって導入される。いくつかの形態においては、ＤＮＡワクチンは、リポソーム又は他の形態のナノボディに組み込まれる。いくつかの実施形態においては、ＤＮＡワクチンは、トランスフェクション剤；プロタミン；プロタミンリポソーム；多糖類粒子；カチオン性ナノエマルジョン；カチオン性ポリマー；カチオン性ポリマーリポソーム；カチオン性ナノ粒子；カチオン性脂質及びコレステロールナノ粒子；カチオン性脂質、コレステロール、及びＰＥＧナノ粒子；デンドリマーナノ粒子からなる群から選択される送達システムを含む。いくつかの実施形態においては、ＤＮＡワクチンは、吸入又は摂取によって投与される。いくつかの実施形態においては、ＤＮＡワクチンは、血液、胸腺、膵臓、皮膚、筋肉、腫瘍、又は他の部位に導入される。

いくつかの実施形態においては、本明細書に開示される組成物は、ＲＮＡワクチンとして調製される。いくつかの実施形態においては、ＲＮＡは、非複製ｍＲＮＡ又はウイルス由来の自己増幅ＲＮＡである。いくつかの実施形態においては、非複製ｍＲＮＡは、本明細書に開示されるペプチドをコードし、５’及び３’非翻訳領域（ＵＴＲ）を含有する。いくつかの実施形態においては、ウイルス由来の自己増幅ＲＮＡは、本明細書に開示されるペプチドだけでなく、細胞内ＲＮＡ増幅及びタンパク質大量発現を可能にするウイルス複製機構もコードする。いくつかの実施形態においては、ＲＮＡは、個人に直接導入される。いくつかの実施形態においては、ＲＮＡは、インビトロで化学的に合成又は転写される。いくつかの実施形態においては、ｍＲＮＡは、Ｔ７、Ｔ３、又はＳｐ６ファージＲＮＡポリメラーゼを用いて線状ＤＮＡテンプレートから生成され、結果生じる産物は、本明細書に開示されるペプチドをコードするオープンリーディングフレーム、隣接するＵＴＲ、５’キャップ及びポリ（Ａ）テールを含有する。いくつかの実施形態においては、ワクシニアウイルスのキャッピング酵素を用いるか、又は合成キャップ若しくは抗リバースキャップアナログを組み込むことにより、転写反応中又は転写反応後に、様々な型の５’キャップが付加される。いくつかの実施形態においては、最適な長さのポリ（Ａ）テールは、コード化ＤＮＡテンプレートから直接か、又はポリ（Ａ）ポリメラーゼを用いることによるかのいずれかで、ｍＲＮＡに付加される。ＲＮＡは、患者の少なくとも３のＨＬＡクラスＩ分子に結合できるＴ細胞エピトープである断片を含む１以上のペプチドをコードする。いくつかの実施形態においては、ＲＮＡは、安定性及び翻訳を増強するためのシグナルを含む。いくつかの実施形態においては、ＲＮＡはまた、半減期を増加させるための非天然ヌクレオチド又は免疫刺激プロファイルを変化させるための修飾ヌクレオシドも含む。いくつかの実施形態においては、ＲＮＡは、他の形態の中でもとりわけ、針、遺伝子銃、エアロゾル注射器によって、パッチを用いて、マイクロニードルを介して、表皮剥脱によって導入される。いくつかの形態においては、ＲＮＡワクチンは、ＲＮＡの細胞取り込みを促進し、それを分解から保護するリポソーム又は他の形態のナノボディに組み込まれる。いくつかの実施形態においては、ＲＮＡワクチンは、トランスフェクション剤；プロタミン；プロタミンリポソーム；多糖類粒子；カチオン性ナノエマルジョン；カチオン性ポリマー；カチオン性ポリマーリポソーム；カチオン性ナノ粒子；カチオン性脂質及びコレステロールナノ粒子；カチオン性脂質、コレステロール、及びＰＥＧナノ粒子；デンドリマーナノ粒子；及び／又はネイキッドｍＲＮＡ；インビボエレクトロポレーションによるネイキッドｍＲＮＡ；プロタミン複合ｍＲＮＡ；正に帯電した水中油型カチオン性ナノエマルジョンに結合したｍＲＮＡ；化学的に修飾されたデンドリマーと結合し、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）−脂質と複合体を形成したｍＲＮＡ；ＰＥＧ−脂質ナノ粒子中のプロタミン複合ｍＲＮＡ；ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）等のカチオン性ポリマーと結合したｍＲＮＡ；ＰＥＩ及び脂質成分等のカチオン性ポリマーと結合したｍＲＮＡ；多糖類（例えば、キトサン）粒子又はゲルと結合したｍＲＮＡ；カチオン性脂質ナノ粒子（例えば、１，２−ジオレオイルオキシ−３−トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＡＰ）又はジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）脂質）中のｍＲＮＡ；カチオン性脂質及びコレステロールと複合体を形成したｍＲＮＡ；又はカチオン性脂質、コレステロール及びＰＥＧ−脂質と複合体を形成したｍＲＮＡからなる群から選択される送達システムを含む。いくつかの実施形態においては、ＲＮＡワクチンは、吸入又は摂取によって投与される。いくつかの実施形態においては、ＲＮＡは、血液、胸腺、膵臓、皮膚、筋肉、腫瘍、若しくは他の部位に、及び／又は皮内、筋肉内、皮下、鼻腔内、結節内、静脈内、脾臓内、腫瘍内又は他の送達経路によって導入される。

ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの成分は、ネイキッドヌクレオチド配列であり得るか、又はカチオン性脂質、ポリマー又は標的化システムと組み合わせられ得る。それらは、利用可能な任意の手法で送達され得る。例えば、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、針注射によって、好ましくは皮内、皮下又は筋肉内に導入される。あるいは、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、粒子媒介遺伝子送達（ｐａｒｔｉｃｌｅ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ）等の送達デバイスを用いて、皮膚をまたいで直接送達される。ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、例えば、鼻腔内、経口、又は直腸内投与によって、皮膚又は粘膜表面に局所的に投与され得る。

ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドコンストラクトの取り込みは、いくつかの既知のトランスフェクション技術、例えば、トランスフェクション剤の使用を含むものによって増強され得る。これらの剤の例としては、カチオン性剤、例えば、リン酸カルシウム及びＤＥＡＥ−デキストラン、並びにリポフェクタント、例えば、リポフェクタム及びトランスフェクタムが挙げられる。投与されるポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの投与量は変更され得る。

投与は、典型的には、「予防有効量」又は「治療有効量」（場合によっては、予防は治療法と見なされる場合もあるが）であり、これは、臨床反応をもたらすか、又は個人に臨床的利益を示すのに十分であり、例えば疾患又は状態の発症を予防又は遅延させる、１以上の症状を改善する、寛解を誘導又は延長する、又は再発（ｒｅｌａｐｓｅ）又は再発（ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅ）を遅延させるのに有効な量である。いくつかの場合においては、本開示による治療方法は、治癒した原発性がん疾患を有する人におけるがんの再発又は転移の予防のために行われ得る。

用量は、様々なパラメータに従って、特に使用される物質；治療される個人の年齢、体重及び状態；投与経路；そして必要な投与計画に従って決定され得る。各用量における抗原の量は、免疫応答を誘発する量として選択される。医師は、任意の特定の個人に必要な投与経路及び投与量を決定することができる。用量は、単回用量として提供されても、複数回用量として提供されてもよく、例えば、一定の間隔をとって、例えば、１時間に２、３、又は４回投与される。典型的には、ペプチド、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、粒子媒介送達のためには、典型的には１ｐｇ〜１ｍｇ、より典型的には１ｐｇ〜１０μｇの範囲で、及び他の経路のためには、１μｇ〜１ｍｇ、より典型的には１〜１００μｇ、より典型的には５〜５０μｇの範囲で投与される。一般的に、各用量は０．０１〜３ｍｇの抗原を含むと予想される。特定のワクチンについての最適量は、対象における免疫応答の観察を含む研究によって確認され得る。

上記の技術及びプロトコルの例は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，２０ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，２０００，ｐｕｂ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ， Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ中に見出され得る。

投与経路としては、鼻腔内、経口、皮下、皮内、及び筋肉内が挙げられるが、これらに限定されない。典型的には、投与は皮下である。皮下投与は、例えば、腹部、上腕若しくは大腿の側面及び前面、背中の肩甲骨領域、又は上部腹側臀部への注射によるものであり得る。

当業者は、組成物が１以上の用量で、及び他の投与経路によっても投与され得ることを認識する。例えば、かかる他の経路としては、皮内、静脈内、血管内、動脈内、腹腔内、髄腔内、気管内、心臓内、小葉内、髄内、肺内、及び膣内が挙げられる。治療の所望の期間に応じて、本開示による組成物は、１回又は数回、また断続的に、例えば、数ヶ月又は数年にわたって月ベースで、異なる投与量で投与され得る。

本開示による治療方法は、単独で、又は他の薬理学的組成物又は治療、例えば、行動若しくはライフスタイルの変化、化学療法、免疫療法、及び／又はワクチンと組み合わせて行われ得る。他の治療用組成物又は治療は、例えば、本明細書で検討されるものの１以上であり得、本開示の組成物又は治療と同時に又は順次（前若しくは後に）投与され得る。

いくつかの場合においては、治療は、手術、化学療法、細胞毒性又は非細胞毒性化学療法、放射線療法、標的療法、ホルモン療法、又は標的化された小分子薬又は抗体（例、モノクローナル抗体又は共刺激抗体）の投与と組み合わせて実施され得る。化学療法は、腫瘍を、ワクチン接種によって誘発された腫瘍特異的細胞傷害性Ｔ細胞によって殺されるように感作することが実証されている（Ｒａｍａｋｒｉｓｈｎａｎ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．２０１０；１２０（４）：１１１１−１１２４）。化学療法剤の例としては、メクロレタミン（ＨＮ２）、シクロホスファミド、イホスファミド、メルファラン（Ｌ−サルコリシン）、クロラムブシル等のナイトロジェンマスタードを含むアルキル化剤；アントラサイクリン；エポチロン；カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、セムスチン（メチル−ＣＣＮＵ）及びストレプトゾシン（ストレプトゾトシン）等のニトロソウレア；デカルバジン（ＤＴＩＣ；ジメチルトリアゼノイミダゾール−カルボキサミド等のトリアゼン；ヘキサメチルメラミン、チオテパ等のエチレンイミン／メチルメラミン；ブスルファン等のアルキルスルホネート；メトトレキサート（アメトプテリン）等の葉酸類似体を含む代謝拮抗剤；フルオロウラシル（アメトプテリン等）；アルキル化剤、代謝拮抗剤、フルオロウラシル（５−フルオロウラシル；５−ＦＵ）、フロクスウリシン（フルオロデオキシウリシン；ＦＵｄＲ）及びシタラビン（シトシンアラビノシド）等のピリミジン類似体；プリン類似体及びメルカプトプリン（６−メルカプトプリン；６−ＭＰ）、チオグアニン（６−チオグアニン；ＴＧ）及びペントスタチン（２’−デオキシコホルマイシン）等の関連阻害剤；エピポドフィロトキシン；Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素；ＩＦＮα、ＩＬ−２、Ｇ−ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ等の生物反応調節剤；シスプラチン（ｃｉｓ−ＤＤＰ）、オキサリプラチン及びカルボプラチン等の白金配位複合体；ミトキサントロン及びアントラシクリン等のアントラセンジオン；ヒドロキシ尿素等の置換尿素；プロカルバジン（Ｎ−メチルヒドラジン、ＭＩＨ）及びプロカルバジンを含むメチルヒドラジン誘導体；ミトタン（ｏ，ｐ’−ＤＤＤ）及びアミノグルテチミド等の副腎皮質抑制剤；タキソール及び類似体／誘導体；ホルモン／ホルモン療法及びアゴニスト／アンタゴニスト（プレドニソン及び同等物、デキサメタゾン並びにアミノグルテチミド等の副腎皮質ステロイドアンタゴニスト、ヒドロキシプロゲステロンカプロエート、酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン、ジエチルスチルベストロール及びエチニルエストラジオール同等物等のエストロゲン、タモキシフェン等の抗エストロゲン、プロピオン酸テストステロン及びフルオキシメステロン／同等物等のアンドロゲン、フルタミド、ゴナドトロピン放出ホルモン類似体及びロイプロリド等の抗アンドロゲン、並びにフルタミド等の非ステロイド性抗アンドロゲン；ビンブラスチン（ＶＬＢ）及びビンクリスチン等のビンカアルカロイド等の天然物、エトポシド及びテニポシド等のエピポドフィロトキシン、ダクチノマイシン（アクチノマイシンＤ）、ダウノルビシン（ダウノマイシン；ルビドマイシン）、ドキソルビシン、ブレオマイシン、プリカマイシン（ミトラマイシン）及びマイトマイシン（マイトマイシンＣ）等の抗生物質、Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素、並びにインターフェロンアルフェノーム等の生物反応調節剤が挙げられる。

システム
本開示はシステムを提供する。システムは、対象のＨＬＡクラスＩ遺伝子型及びＴＡＡのアミノ酸配列を含むデータを記憶するように構成された記憶モジュールを含み得る。システムは、ＴＡＡのアミノ酸配列中のＴ細胞エピトープに結合することができる、対象のＨＬＡＴを定量化するように構成された計算モジュールであって、ＨＬＡＴの各ＨＬＡは、同じＴ細胞エピトープに結合することができる、モジュールを含み得る。システムは、少なくとも１の対象から少なくとも１のサンプルを受領するためのモジュールを含み得る。システムは、対象のクラスＩ及び／又はクラスＩＩのＨＬＡ遺伝子型を決定するためのＨＬＡ遺伝子型決定モジュールを含み得る。記憶モジュールは、遺伝子型決定モジュールからのデータ出力を記憶するように構成され得る。ＨＬＡ遺伝子型決定モジュールは、対象から得られた生物学的サンプルを受領し、対象のクラスＩ及び／又はクラスＩＩのＨＬＡ遺伝子型を決定してよい。サンプルは、典型的には、対象のＤＮＡを含有する。サンプルは、例えば、血液、血清、血漿、唾液、尿、呼気、細胞又は組織サンプルであり得る。システムは、本明細書に記載されるように、対象ががんを発症するリスクの指標及び／又は対象について推奨される治療を表示するように構成された出力モジュールを更に含み得る。

開示の更なる実施形態
１．がんを発症するリスクがあるヒト対象を治療するための方法であって、
ａ．腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）のアミノ酸配列中のＴ細胞エピトープに結合することができる、対象のＨＬＡトリプレット（ＨＬＡＴ）を定量化し、ここでＨＬＡＴの各ＨＬＡは、同じＴ細胞エピトープに結合することができること
ｂ．対象ががんを発症するリスクを決定し、ここでＴＡＡに関して、ＴＡＡのＴ細胞エピトープに結合することができるＨＬＡＴの数がより少ないほど、対象ががんを発症するリスクが高いことに対応すること、
ｃ．対象に、
ｉ．ＴＡＡの断片である；且つ
ｉｉ．対象のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープを含む
アミノ酸配列を含む、ペプチド、又はペプチドをコードするポリ核酸若しくはベクターを投与すること
を含む、方法。
２．ＴＡＡの配列の一部ではない追加のアミノ酸が、ＴＡＡの断片に、Ｎ末端及び／又はＣ末端で隣接している、項１の方法。
３．がんが、黒色腫、肺がん、腎細胞がん、結腸がん、膀胱がん、神経膠腫、頭頸部がん、卵巣がん、非黒色腫皮膚がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、肝臓がん、子宮頸がん、食道がん、非ホジキンリンパ腫、白血病、膵臓がん、子宮体がん、唇がん、口腔がん、甲状腺がん、脳がん、神経系がん、胆嚢がん、喉頭がん、咽頭がん、骨髄腫、鼻咽頭がん、ホジキンリンパ腫、精巣がん、乳がん及びカポジ肉腫から選択される、項１〜２のいずれか１に記載の方法。
４．ＴＡＡが、表２又は表１１に列記されたもののいずれか１から選択される、請求項１の方法。
５．がんの治療を、それを必要とする個人において、がん治療によりするための方法であって：
腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）のアミノ酸配列中のＴ細胞エピトープに結合することができる、個人のＨＬＡトリプレット（ＨＬＡＴ）を決定するために、個人からの生物学的サンプルに対して定量化アッセイを実行し、ここでＨＬＡＴの各ＨＬＡは、同じＴ細胞エピトープに結合することができること；及び
個人のＴＡＡのＴ細胞エピトープに結合することができるＨＬＡＴの数が、対照の個人のコホートに由来する閾値よりも少ない場合、その個人にがん治療を施すこと
により、個人ががんを発症するリスクがより高いかどうかを決定することを含む、方法。
６．個人から生物学的サンプルを得ることを更に含む、項５の方法。
７．がんが、黒色腫、肺がん、腎細胞がん、結腸がん、膀胱がん、神経膠腫、頭頸部がん、卵巣がん、非黒色腫皮膚がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、肝臓がん、子宮頸がん、食道がん、非ホジキンリンパ腫、白血病、膵臓がん、子宮体がん、唇がん、口腔がん、甲状腺がん、脳がん、神経系がん、胆嚢がん、喉頭がん、咽頭がん、骨髄腫、鼻咽頭がん、ホジキンリンパ腫、精巣がん、乳がん及びカポジ肉腫から選択される、項５に記載の方法。
８．がんの治療が、個人に、
（ｉ）ＴＡＡの断片である；且つ
（ｉｉ）個人のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープを含む
アミノ酸配列を含む、ペプチド、又はペプチドをコードするポリ核酸若しくはベクターを投与することを含む、項５の方法。
９．ＴＡＡの配列の一部ではない追加のアミノ酸が、ＴＡＡの断片に、Ｎ末端及び／又はＣ末端で隣接している、項８の方法。
１０．ＴＡＡが、表２又は表１１に列記されたもののいずれか１から選択される、項５の方法。
１１．生物学的サンプルが、血液、血清、血漿、唾液、尿、呼気、細胞又は組織を含む、項５の方法。
１２．がんの治療を、それを必要とする個人においてするための方法であって：腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）のＴ細胞エピトープに結合することができるＨＬＡトリプレット（ＨＬＡＴ）の数が、対照の個人のコホートに由来する閾値よりも少ない個人にがん治療を施すことを含む、方法。
１３．がんの治療が、個人に、
（ｉ）ＴＡＡの断片である；且つ
（ｉｉ）個人のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープを含む
アミノ酸配列を含む、ペプチド、又はペプチドをコードするポリ核酸若しくはベクターを投与することを含み、
場合により、ＴＡＡの配列の一部ではない追加のアミノ酸が、ＴＡＡ断片に、Ｎ末端及び／又はＣ末端で隣接している、項１２の方法。
１４．ＴＡＡが、表２又は表１１に列記されたもののいずれか１から選択される、項１２の方法。
１５．がんが、黒色腫、肺がん、腎細胞がん、結腸がん、膀胱がん、神経膠腫、頭頸部がん、卵巣がん、非黒色腫皮膚がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、肝臓がん、子宮頸がん、食道がん、非ホジキンリンパ腫、白血病、膵臓がん、子宮体がん、唇がん、口腔がん、甲状腺がん、脳がん、神経系がん、胆嚢がん、喉頭がん、咽頭がん、骨髄腫、鼻咽頭がん、ホジキンリンパ腫、精巣がん、乳がん及びカポジ肉腫から選択される、態様１２に記載の方法。
１６．ヒト対象ががんを発症するリスクを決定するためのシステムであって：
（ｉ）対象のＨＬＡクラスＩ遺伝子型及びＴＡＡのアミノ酸配列を含むデータを記憶するように構成された記憶モジュール；
（ｉｉ）ＴＡＡのアミノ酸配列中のＴ細胞エピトープに結合することができる、対象のＨＬＡＴを定量化するように構成された計算モジュールであって、ＨＬＡＴの各ＨＬＡは同じＴ細胞エピトープに結合することができる、モジュール；及び
（ｉｉｉ）対象ががんを発症するリスクの指標及び／又は対象について推奨される治療を表示するように構成された出力モジュール
を含むシステム。

実施例
実施例１−ＨＬＡ−エピトープ結合予測過程及び検証
予測する、特定のＨＬＡとエピトープ（９マーペプチド）との結合は、エピトープ予測のためのＩｍｍｕｎｅ Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｄａｔａｂａｓｅツール（ｗｗｗ．ｉｅｄｂ．ｏｒｇ）に基づいて行った。

ＨＬＡ Ｉ−エピトープ結合予測過程を、実験室での実験によって決定したＨＬＡクラスＩ−エピトープペアとの比較によって検証した。データセットは、査読済みの刊行物又は公開の免疫学的データベースで報告されたＨＬＡ Ｉ−エピトープペアで編集した。

実験的に決定されたデータセットとの一致率を決定した（表３）。データセットの結合ＨＬＡ Ｉ−エピトープペアは、９３％の確率で正しく予測された。偶然にも、非結合ＨＬＡ Ｉ−エピトープペアも９３％の確率で正しく予測された。

複数のＨＬＡ結合エピトープの予測の精度も決定した（表４）。真陽性及び真陰性の両方の予測で９３％の確率、並びに偽陽性と偽陰性の予測で７％（＝１００％−９３％）の確率を用いる、分析の特異性及び感度に基づいて、人における、複数のＨＬＡ結合エピトープが存在する確率が算出され得る。複数のＨＬＡがエピトープに結合する確率は、エピトープに結合するＨＬＡの数と予想される実際の結合の最小数との関係を示している。ＰＥＰＩの定義によれば、３がエピトープに結合するＨＬＡの予想最小数である（太字）。

検証済みのＨＬＡ−エピトープ結合予測過程を用いて、以下の実施例において説明するすべてのＨＬＡ−エピトープ結合ペアを決定した。

実施例２−複数のＨＬＡによるエピトープ提示は、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答を予測する
本研究は、個人の１以上のＨＬＡクラスＩ分子によるポリペプチド抗原の１以上のエピトープの提示がＣＴＬ応答を予測するか否かを調査する。

本研究は、７１人のがん患者と９人のＨＩＶ感染患者を対象に行われた６の臨床試験の後ろ向き分析によって実施された（表５）。これらの研究の患者を、ＨＰＶワクチン、３の異なるＮＹ−ＥＳＯ−１特異的がんワクチン、１のＨＩＶ−１ワクチン、及び黒色腫患者のＮＹ−ＥＳＯ−１抗原に対してＣＴＬを再活性化することが示されたＣＴＬＡ−４特異的モノクローナル抗体（イピリムマブ）で治療した。これらの臨床試験はすべて、ワクチン接種後の、研究対象における抗原特異的ＣＤ８＋ＣＴＬ応答（免疫原性）を測定した。いくつかの場合においては、ＣＴＬ応答と臨床反応との相関関係が報告された。

データの入手可能性以外のいかなる理由によっても、患者は、該後ろ向き研究から除外されなかった。１５７人の患者データセット（表５）を、標準の乱数ジェネレーターを用いて無作為化し、トレーニング及び評価の研究のための２の独立したコホートを作成した。いくつかの場合においては、コホートに同じ患者からの複数のデータセットが含まれ、４８人の患者からの７６のデータセットのトレーニングコホートと５１人の患者からの８１個のデータセットの試験／検証コホートがもたらされた。

報告された、トレーニングデータセットのＣＤ８＋Ｔ細胞応答を、ワクチン抗原のエピトープ（９マー）のＨＬＡクラスＩ拘束性プロファイルと比較した。各患者の抗原配列及びＨＬＡクラスＩ遺伝子型は、公開されているタンパク質配列データベース又は査読済み刊行物から取得し、ＨＬＡ Ｉ−エピトープ結合予測過程を、ＣＤ８＋Ｔ細胞が、ワクチンペプチド（９マー）に特異的であるＩＦＮ−ｙを産生するＣＴＬである、患者の臨床ＣＤ８＋Ｔ細胞応答データに対して盲検にした。各患者の、少なくとも１（ＰＥＰＩ１＋）、又は少なくとも２（ＰＥＰＩ２＋）、又は少なくとも３（ＰＥＰＩ３＋）、又は少なくとも４（ＰＥＰＩ４＋）、又は少なくとも５（ＰＥＰＩ５＋）又は、６すべての（ＰＥＰＩ６）ＨＬＡクラスＩ分子に結合すると予測される各抗原からのエピトープの数を決定し、結合したＨＬＡ数を、報告されたＣＴＬ応答の分類子として用いた。真陽性率（感度）及び真陰性率（特異度）を、各分類子（結合したＨＬＡ数）についてのトレーニングデータセットから個別に決定した。

ＲＯＣ分析を、各分類子に対して行った。ＲＯＣ曲線においては、真陽性率（感度）を、様々なカットオフポイントについての偽陽性率（１−特異度）の関数としてプロットした（図１）。ＲＯＣ曲線の各ポイントは、特定の決定閾値（エピトープ（ＰＥＰＩ）数）に対応する感度／特異度のペアを表す。ＲＯＣ曲線の下の面積（ＡＵＣ）は、分類子が２の診断群（ＣＴＬ応答者又は非応答者）をどの程度良好に区別できるかの尺度である。

分析により、意外にも、対象の複数のクラスＩ ＨＬＡ（ＰＥＰＩ２＋、ＰＥＰＩ３＋、ＰＥＰＩ４＋、ＰＥＰＩ５＋、又はＰＥＰＩ６）による予測エピトープ提示は、すべての場合において、単に１以上のＨＬＡクラスＩによるエピトープ提示よりも、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答又はＣＴＬ応答の良好な予測因子であることが明らかになった。（ＰＥＰＩ１＋、ＡＵＣ＝０．４８、表６）。

個人のＣＴＬ応答は、個人の少なくとも３のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子によって提示され得る抗原のエピトープを考慮することにより、最も良好に予測された（ＰＥＰＩ３＋、ＡＵＣ＝０．６５、表７）。陽性のＣＴＬ応答を最も良好に予測したＰＥＰＩ３＋の閾値カウント（個人の３以上のＨＬＡによって提示された抗原特異的エピトープの数）は１であった（表７）。言い換えれば、少なくとも１の抗原由来エピトープが対象の少なくとも３のＨＬＡクラスＩによって提示され（＞１ＰＥＰＩ３＋）、その結果抗原が少なくとも１のＣＴＬクローンを誘発でき、対象はＣＴＬ応答し得る者である。ＣＴＬ応答し得る者を予測するために＞１ＰＥＰＩ３＋閾値を用いると（「＞１ＰＥＰＩ３＋試験」）、７６％の真陽性率（診断感度）が得られた（表７）。

後ろ向き分析においては、５１人の患者からの８１データセットの試験コホートを用いて、＞ＰＥＰＩ３＋閾値を検証し、抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答又はＣＴＬ応答を予測した。試験コホートにおける各データセットについて、＞ＰＥＰＩ３＋閾値が満たされているか否か（個人の少なくとも３のクラスＩ ＨＬＡによって提示される少なくとも１の抗原由来エピトープ）を決定した。これを、臨床試験から報告された、実験的に決定したＣＤ８＋Ｔ細胞応答（ＣＴＬ応答）と比較した（表８）。

後ろ向き検証により、ＰＥＰＩ３＋ペプチドは、８４％の確率で、個人においてＣＤ８＋Ｔ細胞応答（ＣＴＬ応答）を誘導することが実証された。８４％は、ＰＥＰＩ３＋予測（個人の少なくとも３のＨＬＡに結合するエピトープ）の分析的検証において決定された値と同じ値である（表４）。これらのデータは、免疫応答が個人におけるＰＥＰＩによって誘発されるという強力な証拠を提供する。

ＲＯＣ分析により、ＰＥＰＩ３＋カウントを用いて、診断精度をカットオフ値として決定した（図２）。ＡＵＣ値＝０．７３。ＲＯＣ分析に関しては、一般的に、０．７〜０．８のＡＵＣが有望な診断値と見なされる。

少なくとも１のＰＥＰＩ３＋カウント（＞１ＰＥＰＩ３＋）が、試験データセット中のＣＴＬ応答を最もよく予測した（表９）。この結果により、トレーニング中に決定された閾値が確認された（表６）。

ＰＥＰＩ３＋バイオマーカーに基づくワクチン設計は、ＯＢＥＲＴＯ第Ｉ／ＩＩ相臨床試験（ＮＣＴ０３３９１２３２）での転移性結腸直腸がん（ｍＣＲＣ）患者における第Ｉ相臨床試験で初めて試験された。我々は、本研究において、ｍＣＲＣの対象における維持療法への追加として、ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８の単回投与又は複数回投与の安全性、忍容性、及び免疫原性を評価した。ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８は、ｍＣＲＣにおいて頻繁に発現する７の保存されたＴＳＡに由来する１２の固有のエピトープを含有するペプチドワクチンである（ＷＯ２０１８１５８４５５ Ａ１）。これらのエピトープは、単一のＨＬＡによって提示されるエピトープよりもＴ細胞応答を誘導する可能性が高い少なくとも３の自己ＨＬＡ対立遺伝子に結合するように設計された（実施例２及び３を参照）。第１選択治療におけるｍＣＲＣ患者は、フルオロピリミジン及びベバシズマブによる維持療法への移行直後にワクチン（用量：０．２ｍｇ／ペプチド）を投与された。ワクチン特異的Ｔ細胞応答は、最初にインシリコでＰＥＰＩ３＋−を同定することによって予測され（患者の完全なＨＬＡ遺伝子型とＣＲＣに特異的な抗原発現率を使用）、次いでワクチン接種の１サイクル後にＥＬＩＳｐｏｔによって測定された（試験の第Ｉ相部分））。

１０人の患者からの７０のデータセット（第１相コホート及びＯＢＥＲＴＯ試験のデータセット）を用いて、ＰＥＰＩ３＋バイオマーカーが抗原特異的ＣＴＬ応答を予測することを前向きに検証した。各データセットについて、予測ＰＥＰＩ３＋−をインシリコで決定し、患者の血液からＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって測定したワクチン特異的免疫応答と比較した。次いで、この方法で決定した診断特性（陽性予測値、陰性予測値、全体一致率）を、実施例３で説明した後ろ向き検証結果と比較した。

全体一致率は６４％で、陽性予測値は７９％と高く、ＰＥＰＩ３＋が予測された患者が、分析した抗原に対してＣＤ８ Ｔ細胞特異的免疫応答を生じる確率は７９％であった。臨床試験データは後ろ向き試験結果と有意に相関し（ｐ＝０．０１）、患者の完全なＨＬＡ遺伝子型に基づいて抗原特異的Ｔ細胞応答を予測するための、ＰＥＰＩ試験によるＰＥＰＩ３＋算出を支持する証拠を提供する（表１０）。

実施例５−ＨＬＡクラスＩ遺伝子型は黒色腫のリスクを予測する（ＨＬＡＴスコアベースの方法）
想定される免疫防御腫瘍抗原の選択
自発的なＴＳＡ特異的Ｔ細胞応答を有するがん患者は好ましい臨床経過を有するため、腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）は免疫防御抗原であると仮定されている。防御的腫瘍特異的Ｔ細胞応答を研究するために、異なる種類の腫瘍で発現した４８のＴＳＡを選択した（表１１）。これらのＴＳＡは黒色腫及び他のがんで研究されており、自発的なＴ細胞応答を誘導することが示されている。

黒色腫の発生率は、黒色腫特異的Ｔ細胞応答の幅を示すＨＬＡＴ数と相関している
黒色腫の発生率が高い集団における４８のＴＳＡのＨＬＡＴ数は、発生率が高い集団よりも少ないと仮定されている。これを示すために、４８のＴＳＡのＨＬＡＴ数を、黒色腫の発生率が入手可能な様々な民族集団において決定した（図３）。

極東アジア／太平洋地域における対象は、ヨーロッパ又は米国出身の対象よりもはるかに高いＨＬＡＴ数を有していることがわかった（図３）。例えば、黒色腫の発生率は、米国内の台湾及びアジア太平洋島民の両方で１０万人あたり１．５であり、米国内全体よりも大幅に低い（年間１０万人あたり２１．１）。

ＨＬＡＴスコアは、様々な国における黒色腫の発生率と整合している（図４）。平均ＨＬＡＴスコアと発生率を計算するために、２０のデータポイントを取得した（発生率は国ごとに入手可能であり、ＨＬＡデータは民族ごとに入手可能であったため、ペアの実測値は、支配的な民族を有する国についてのみ取得できた）。図４は、平均ＨＬＡＴスコアが７５未満の国における発生率と、平均ＨＬＡＴスコアが７５超の国における発生率との有意差を示す。これらの結果は、対象のＨＬＡ遺伝子型が、様々な民族集団において、メラノーマの発生率に影響を与えることを示唆しており、ＨＬＡＴ数が対象のメラノーマ特異的Ｔ細胞応答を推定できることを示している。

対象のＨＬＡＴスコアは、ＨＬＡ遺伝子型に関連する、黒色腫の発症に関するリスク因子である。
ＨＬＡＴ数は、４８の選択されたＴＳＡに対するＴ細胞応答の幅を予測した。対象のすべてのＨＬＡＴが黒色腫の免疫学的制御において等しく重要な役割を果たすわけではないという仮説が立てられている。従って、ＨＬＡＴ（４８ ＴＳＡに関する）は、黒色腫患者を一般集団から分離する能力に基づいて重み付けされた。一般に、重みが大きいほど、対応するＴＳＡが重要になる。実際、ＡＵＣは、初期の重み（切り捨てられたｌｏｇ ｐ値）を用いて既に０．６超であった。

黒色腫患者をバックグラウンドから分離する際の二項分類子のパフォーマンス
本研究では、ｄｂＭＨＣデータセット（７，１８９人の患者コホート）からの米国の亜集団（ｎ＝１４００）を、二項分類子を用いて、やはり米国起源の黒色腫対象（ｎ＝５１３）と比較した（方法を参照）。図５は、ＨＬＡＴスコアを二項分類子として用いて達成されたＲＯＣ曲線を示す。ＨＬＡＴスコアは、対象が候補の２群：黒色腫がん群又はバックグラウンド集団、のどちらに属するかを予測する。ＲＯＣ曲線は、様々なＨＬＡＴスコア閾値設定での偽陽性率（ＦＰＲ）に対して真陽性率（ＴＰＲ）をプロットすることによって表示される。

得られたＡＵＣ値は０．６４５であった。この値は、特に黒色腫／がんの発生率の場合、区別の理由（ＨＬＡＴ等）が１つしかないわけではないため、２群間の有意な分離を示す。非常に意外なことに、Ｒｅａｄ ｅｔ ａｌ．により記載された、ブロンド又は赤毛、青い目とそばかす等の表現型、及び黒色腫に関連する高浸透度、３の中浸透度、１６の低浸透度遺伝子等の遺伝的要因（Ｊ． Ｍｅｄ． Ｇｅｎｅｔ． ２０１６； ５３（１）： １−１４）のように、日光曝露と屋内の日焼け曝露が、黒色腫のリスクの重要な決定要因である。実際、本研究において達成された１０．０６５の変換されたｚスコアは非常に有意である（ｐ＜０．００１）。

対象のＨＬＡＴスコアは、ＨＬＡ遺伝子型に関連する、黒色腫の発症に関するリスク因子である。
総試験集団（がん集団と混合したバックグラウンド集団と）を、ＨＬＡＴスコアに基づいて５の同じ大きさの群に分けた。各群における相対免疫学的リスク（ＲｉＲ）は、平均的な米国の集団におけるリスクと比較して決定した（図６）。例えば、最初の亜集団において黒色腫を発症するリスクは４．４％であるが、米国の平均は２．６％であるため、この亜群の相対的な免疫学的リスクは１．７である。ＨＬＡＴスコアが最も低い群は、がんを発症する免疫学的リスクが最も高い集団を表している。ＨＬＡＴスコアが最も高い群は、がんを発症する免疫学的リスクが最も低い集団を表している。最もリスクの高い亜群は、ＨＬＡＴスコアが２６未満の対象から成る。ＨＬＡＴスコアは、２番目にリスクの高い亜群中で２９から５１の間で変動する。中央の２０％においては、ＨＬＡＴスコアが５１以上８８未満で、ＲｉＲ＜１の対象であり、このことは、特定のＨＬＡＴスコアが黒色腫リスクの低下に関連することを示唆している。興味深いことに、５１〜８８のこのＨＬＡＴスコア範囲は、黒色腫についての発生率が低い集団と高い集団を分離し得るＨＬＡＴスコア（７５）に類似している（図６）。２番目に防御された亜集団では、ＨＬＡＴスコアは８８〜１６４である。最後に、最も防御された亜集団においては、各対象のＨＬＡＴスコアは少なくとも１６４である。これらの亜集団においては、黒色腫を発症する相対的な免疫学的リスクは図６に示すように単調に減少している。連続する群間で有意な変化はないが、最初の群と最後の群の間の差は有意である（ｐ＝０．００１）。

実施例６−ＨＬＡクラスＩ遺伝子型は、様々な種類のがんのリスクを予測する（ＨＬＡＴスコアベースの方法）
同様の分析を、他の６のがん適応症について行った。結果を表１２にまとめている。ＡＵＣ値は、黒色腫、肺がん、腎細胞がん、結腸直腸がん、膀胱がんについて有意であった。ｐ値は頭頸部がんについては有意ではない。しかし、頭頸部がんはウイルス性ＨＰＶ感染症に関連している。本研究ではＴＳＡのみを用い、ウイルスタンパク質は含められていなかった。頭頸部がん等、ウイルス感染に関連し得る特定のがんを発症するリスクは、分析にウイルス抗原を含めることでより良好に決定され得る。

我々は、ＨＬＡＴスコアに基づいて試験集団（がん集団と混合したバックグラウンド集団）を５の同じ大きさの亜群に分けることにより、非小細胞肺がん、腎細胞がん、及び結腸直腸がんの場合における、特定のＨＬＡＴスコアに関連した相対的な免疫学的リスクを算出できた（図７Ａ−Ｃ）。他の適応症については、亜集団内のがん対象の数が少なすぎて同様の分析を行えなかった。

相対免疫学的リスク比を、リスク亜集団（ＨＬＡＴスコアが最も低い試験集団の２０％）と防御亜集団（ＨＬＡＴスコアが最も高い試験集団の２０％）の間で、米国の平均的な集団におけるリスクと比較して算出した。例えば、特性解析した最もリスクの高い亜集団において黒色腫を発症するリスクは４．４％である。米国の平均は２．４％であるため、リスク群の相対的な免疫学的リスクは１．７である。防御群において黒色腫を発症するリスクは０．７％である。つまり、最も防御された群の相対的な免疫学的リスクは０．３１である。言い換えれば、この群は、黒色腫を発症するリスクが、平均的な集団と比較して、３分の１超低くなっている。黒色腫について得たリスク比は５．５３である（表１２）。

実施例５、６、及び１０のための方法
一般集団における対象のＨＬＡ遺伝子型データ
完全な４ディジットのＨＬＡ遺伝子型を有する７，１８９人の適格な対象がｄｂＭＨＣデータベースから特定された。各対象の民族性が示された。我々の分析により、異なる地理的的地域に由来する亜集団のＨＬＡバックグラウンドがかなり異なることが明らかになった。我々は、この地理的影響を排除するために、バックグラウンド（健常）集団としてアメリカの亜集団（１４００人の対象）を選択し、この亜集団のＨＬＡセットを、地理的／民族的にマッチするがん対象のＨＬＡセットと比較した。アメリカの亜集団は、白人、ヒスパニック、アジア系アメリカ人、アフリカ系アメリカ人、及び先住民族のすべてで構成されている。

がん患者のＨＬＡ遺伝子型データ
適格な患者は完全な４ディジットのＨＬＡクラスＩ遺伝子型を有していた。黒色腫の５１３人の患者からのデータを、以下の情報源から取得した：
４２９人の黒色腫対象が、３の査読済み刊行物（Ｓｎｙｄｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０１４；３７１（２３）：２１８９−９９；Ｖａｎ Ａｌｌｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１５；３５０（６２５７）：２０７−１１；Ｃｈｏｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１８；３５９（６３７５）：５８２−７）から完全な４ディジットのＨＬＡクラスＩ遺伝子型で利用可能であった。患者を、ニューヨークのスローンケタリング記念がんセンター（ＭＳＫＣＣ）において抗ＣＴＬＡ−４及び／又はＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１阻害剤で治療した。正常なＤＮＡからの高解像度ＨＬＡクラスＩ遺伝子型決定を、ＤＮＡ配列決定データ用いて行ったか、又は１７のステージＩＩＩ／ＩＶ黒色腫患者（ＬａｂＣｏｒｐ．）のＨＬＡ遺伝子型による臨床的に検証されたＨＬＡタイピングアッセイが、ＭＳＫＣＣの厚意により提供された。これらの患者を、ニューヨークのＭＳＫＣＣにおいてイピリムマブで治療した（Ｙｕａｎ ｅｔａｌ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．２０１１；１０８（４０）：１６７２３−８）。第３相の無作為化二重盲検多施設共同試験（ＣＡ１８４００７、ＮＣＴ００１３５４０８）並びに切除不能なステージＩＩＩ又はＩＶの悪性黒色腫の患者及びそれに対応する、以前に治療した切除不能なステージＩＩＩ又はステージＩＶの黒色腫の患者における第２相（ＣＡ１８４００２、ＮＣＴ０００９４６５３）の６５人の黒色腫患者。ニューヨークのＭＳＫＣＣで治療したこれらの６５人の患者は、ブリストルマイヤーズスクイブの厚意により提供されたＨＬＡ検査に利用できるサンプルを有していた。サンプルをＮＧＳＧグループの解像度で後ろ向きに試験し、ＨＬＡ対立遺伝子の解明を、ＩＭＧＴ／ＨＬＡデータベースバージョン３．１５に基づいて行った。ＨＬＡの結果を、必要な解像度を得るために、必要に応じて配列ベースのタイピング（ＳＢＴ）、配列特異的オリゴヌクレオチドプローブ（ＳＳＯＰ）、及び／又は配列特異的プライマー（ＳＳＰ）を用いて得た。ＨＬＡ試験は、米国のＬａｂＣｏｒｐによって行った。

非小細胞肺がん患者３７０人、腎細胞がん対象１２９人、膀胱がん対象８７人、神経膠腫対象８２人、頭頸部がん対象５８人のＨＬＡ遺伝子型データを、査読済みの刊行物（Ｃｈｏｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．）から収集した。

３７人の結腸直腸がん（ＣＲＣ）患者のＨＬＡ遺伝子型からのデータを、米国国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）のＳｅｑｕｅｎｃｅ Ｒｅａｄ Ａｒｃｈｉｖｅ，Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ ｄｅｏｘｙｒｉｂｏｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｅｌｅｍｅｎｔｓから取得した（Ｂｏｅｇｅｌ ｅｔ ａｌ． Ｏｎｃｏｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．２０１４；３（８）：ｅ９５４８９３）。２１１人のベトナム人及び８４人の白人（非ヒスパニック）のＣＲＣ患者からの血液サンプルを、Ａｓｔｅｒａｎｄ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅから入手し、ＨＬＡ遺伝子型をＬａｂＣｏｒｐ（Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ ＮＣ）によって特定した。

ＴＳＡ配列データ
４８のＴＳＡが選択された。これらの抗原のアミノ酸配列データはＵｎｉＰｒｏｔから入手した。

発生率
発生率はｈｔｔｐ：／／ｇｌｏｂｏｃａｎ．ｉａｒｃ．ｆｒ／Ｐａｇｅｓ／ｏｎｌｉｎｅ．ａｓｐｘから入手した。

ヒト白血球抗原トリプレット（ＨＬＡＴ）
ＨＬＡクラスＩ遺伝子はほとんどの細胞で発現し、Ｔ細胞受容体によって認識されるエピトープに結合する。人の６のＨＬＡ対立遺伝子の少なくとも３のＨＬＡ（ＨＬＡトリプレット又はＨＬＡＴ）に結合するエピトープは、Ｔ細胞応答を生じさせ得る。我々は、各ｊ＝１、２、…６について、エピトープにどれだけうまく結合できるかに基づいて対象の免疫系をスコアリングするスコアリングシステムを設定した。組み合わせ論に基づいて、特定のエピトープに対する、

のＨＬＡ対立遺伝子ｊセットの候補がある（式中、ｋはエピトープに結合できる自己ＨＬＡ対立遺伝子の数である）。我々がＨＬＡトリプレットに関心がある場合、ｊ＝３である。従って、対象の、抗原に対するＨＬＡＴ数は、ＨＬＡＴの合計として定義される。

対象のＨＬＡＴはＰＥＰＩ試験で特定され、９３％の精度でＨＬＡ結合エピトープを特定することが確認されている。

免疫遺伝学的予測因子：ＨＬＡＴスコア
対象ｘのＨＬＡＴスコアは：

（式中、ＣはＴＳＡのセットであり、ｃは特定のＴＳＡであり、ｗ（ｃ）はＴＳＡ ｃの重みであり、ｐ（ｘ、ｃ）は対象ｘにおけるＴＳＡ ｃのＨＬＡＴ数である）と定義される。

ＨＬＡＴスコアの重みの最適化
ＨＬＡＴスコアががん患者をバックグラウンド集団から有意に分離しなかった各ＴＳＡについての初期重みは０であった。我々は、ＨＬＡＴを有することががんを発症する可能性を上昇させないと想定したため、負でない重みのみを考慮した。初期の重みは：

（式中、ｔ（ｃ）は、がん及びバックグラウンドの集団のＴＳＡ ｃのＨＬＡＴスコアに対する片側ｔ検定のｐ値を示し、４８はボンフェローニ補正である）と定義される。

初期の重みを、パラレルテンパリングを用いて更に最適化した。６の並列マルコフ連鎖が温度ＲＴ＝０．００１、０．０１、０．０２、０．０４、０．１、０．２で適用されている。仮想エネルギーは、ＲｉＲＲ（相対免疫学的リスク比、以下を参照）とＡＵＣの合計の−１倍として定義した。最大の相対リスク比を提供する重みが報告されている。

相対免疫学的リスク（ＲｉＲ）
ＲｉＲを、９５％信頼区間（ＣＩ）で、亜集団と全試験集団（がん集団とバックグラウンド集団）とのリスクの比によって算出した。この目的のために、一般集団を、生涯リスクを考慮して、一般的な米国の集団における様々ながん患者の割合に似るように集めた。様々な種類のがんを発症する生涯リスクを、アメリカがん協会のウェブサイトから入手した。典型的には、男性と女性の生涯リスクは異なるため、我々は、それらの（調和）平均を取った。このようにして得たリスクは：黒色腫について１：３８、肺がんについて１：１６、腎細胞がんについて１：６１、結腸直腸がんについて１：２３、膀胱がんについて１：４１、頭頸部がんについて１：５５、神経膠腫について１：１６１である。ＲｉＲ＞１は、平均的な集団中の対象と比較して、対象が特定のがんを発症するリスクが高いことを示す。

ＲｉＲ比（ＲｉＲＲ）
ＲｉＲ比を、ＨＬＡＴスコアが最高と最低のグループ間の比率として算出した。

実施例７−ＨＬＡトリプレットに基づくＨＬＡスコアは、がん対象とバックグラウンド対象の間の最良の分離を提供する
ふるい分け試験を開発する際に、我々は、いくつかのスコアリングスキームを検討した。スコアリングスキームの候補は、対象のスコアに寄与すると考えられる１の特定のエピトープに結合するＨＬＡ対立遺伝子セットの最小サイズにおいて異なる。ＨＬＡ対立遺伝子サブセットｊ＝１、２、…、６の各サイズについて、我々は、特定のエピトープに結合するトレーニング対象のＨＬＡ ｊタプルに関与する頻度に基づいて、各対立遺伝子についての有意性スコアを計算した。簡単に述べると、我々は、ある特定のＨＬＡ対立遺伝子を有する対象が、該特定のＨＬＡ対立遺伝子を有さない対象よりも、ＨＬＡ ｊ−マーを有するエピトープが有意に多い場合、有意性スコアは正と見なした。該特定のＨＬＡ対立遺伝子を有する対象が、該特定のＨＬＡ対立遺伝子を有さない対象よりも、ＨＬＡ ｊ−マーを有するエピトープが有意に少ない場合、有意性スコアは負であった。我々は、次いで、各対象について、彼ら／彼女らのＨＬＡ対立遺伝子の有意性スコアを合計した。次に、我々は、受信者動作特性曲線の下の面積（ＲＯＣ−ＡＵＣ、ＡＵＣ）を計算することにより、これらの合計スコアが黒色腫対象とバックグラウンド対象とをどれだけうまく区別できるかを試験した。表１３によると、黒色腫集団とバックグラウンド集団との最良の分離は、ｊ＝２とｊ＝３について等しく達成された。１−セットとｊ−セット（ｊ＞１）との比較に基づく異なるスコアについてのＡＵＣ値間の顕著な違いは、複数のＨＬＡ対立遺伝子によるエピトープの提示は、効率的な抗腫瘍免疫応答の進展に重要な役割を果たし得ることを示唆している。更に、これらの結果は、ＨＬＡ遺伝子型の単一の対立遺伝子に基づく、がん対象とバックグラウンド（健常）対象との分離が困難であることを示唆している。ｊ＝６の場合のＡＵＣ値における低下は、対象の６のＨＬＡ対立遺伝子すべてがエピトープに結合できる、エピトープとＨＬＡ対立遺伝子との組み合わせの数が非常に限られているという事実で説明され得る。

実施例８−ＨＬＡスコアは黒色腫のリスク指標又は防御指標である（ＲｉＲ及びＲｉＲＲの説明による）
米国の黒色腫及びバックグラウンドの対象を比較したＡＵＣ値（０．６９）は、ＨＬＡスコアを用いて、２群間の有意な分離を示している。実際、変換されたｚスコアは１２．５７であり、これは非常に有意であった（ｐ＜０．００１）。これらの結果は、対象のＨＬＡ遺伝子型が黒色腫を発症する遺伝的リスクに影響を与えることを実証している。

ＨＬＡスコアに基づいて、バックグラウンドと黒色腫の集団を、それらのＨＬＡスコアに基づいて５の同じ大きさの亜群：ｓ＜３４、３４＜ｓ＜５５、５５＜ｓ＜７６、７６＜ｓ＜９６及び９６＜ｓに分けた。各亜群の相対リスク（ＲＲ）を計算した（図８）。我々は、黒色腫を発症する免疫学的リスクが最も高い対象（６．１％）は、ＨＬＡスコアが最も低い亜群（ｓ＜３４）中にいることを見出した。米国における黒色腫の平均リスクは２．６％であるため、ｓ＜３４亜群中の対象は、黒色腫についてのリスクが、平均的な米国の対象よりも２．３倍高い。対照的に、ＨＬＡスコアが最も高い亜群（９６＜ｓ）は、黒色腫を発症する免疫学的リスクが最も低い対象（１．１％）を表している。この亜群中の対象は、リスクが、米国における平均的な対象よりも０．４２倍低い。最初と最後の亜群間の差は有意であった（ｐ＜０．０５）。

我々は、最も防御された群と最もリスクの高い群の間のリスク比（ＲＲ_{ｅｘｔｒｅｍｉｔｉｅｓ}）を計算した。我々は、黒色腫についてのＲＲ_{ｅｘｔｒｅｍｉｔｉｅｓ}は５．６９であることを見出した。このことは、ＨＬＡスコアが３４未満の対象は、ＨＬＡスコアが９６超の対象と比較して、黒色腫を発症するリスクが約６倍高いことを示している（表１４）。

実施例９−様々な種類のがんを発症するリスクの予測因子としてのＨＬＡスコアのパフォーマンス
いくつかの場合においては、ＨＬＡ対立遺伝子（ｈ）の有意性スコアは次のように定義される。

（式中、ｕ（ｈ）は、ＨＬＡＴ数が２の個人サブセット：一方のサブセットは個人がＨＬＡ ｈを有し、一方のサブセットは個人がＨＬＡ ｈを有していない、で異なるか否かを決定する、対立遺伝子ｈについての両側ｕ検定のｐ値である。Ｂはボンフェローニ補正であり、ｓｉｇｎ（ｈ）は、平均ＨＬＡＴ数が、ｈ対立遺伝子を有する亜集団の方が、ｈを有さない亜集団よりも多い場合、＋１であり、それ以外の場合は−１である。）と定義される。いくつかの場合においては、この初期スコアは、当業者に知られている任意の好適な方法を用いて更に最適化され得る。いくつかの場合においては、これらの有意性スコアの合計は、対象ががんを発症するリスクを決定するために用いられ、対象ががんを発症するリスクと相関する。

使用される具体的なスコアは、適応症と事前データによって異なる。いくつかの場合においては、利用可能な試験データセットでの様々な計算のパフォーマンスに基づいて選択が行われる。パフォーマンスは、ＡＵＣ値（ＲＯＣ曲線の下の面積）又は当業者に公知の、任意の他の良好なパフォーマンススコアによって評価され得る。

我々は、非小細胞肺がん、腎細胞がん、結腸直腸がん、膀胱がん、頭頸部がん、及び神経膠腫について、黒色腫について説明したのと同じ方法を用いて、ＲＯＣ曲線、ＲＲ及びＲＲ_{ｅｘｔｒｅｍｉｔｉｅｓ}を決定した（表１４）。ＲＯＣ−ＡＵＣ値は、結腸直腸がんを除くすべての種類のがんについて有意であった。

研究されたがん適応症について、我々は２．３５〜５．６９のＲＲ_{ｅｘｔｒｅｍｉｔｉｅｓ}を得た。これは、様々な種類のがんに対する様々なレベルの免疫防御を示唆している（表１４）。ただし、すべてのがん適応症についてのＲＲ_{ｅｘｔｒｅｍｉｔｉｅｓ}＞２は、ＨＬＡ遺伝子型が、がんを発症する実質的な遺伝的リスクを表すことを示している。

実施例１０−ＣＲＣについての、患者−Ｄのためのリスク検診及びワクチン設計
本実施例は、実施例２０において説明した患者−ＤのＨＬＡＴスコアを計算する方法を示す。患者−Ｄは転移性結腸直腸がんと診断されている。患者−ＤのＨＬＡ遺伝子型を用いて、４８の選択されたＴＳＡ上のＰＥＰＩ３、ＰＥＰＩ４、ＰＥＰＩ５、及びＰＥＰＩ６エピトープの予測数を決定した（表１５）。統計に基づいて、各ＴＳＡについてのＨＬＡＴの総数（表１５の行６、１４、及び２２）及び各ＴＳＡについての加重スコア（表１５の行８、１６、及び２４）を計出した。この加重スコアは、ＨＬＡＴの総数とＴＳＡの重み（表１５の行７、１５、及び２３）の積にすぎない。重みは、実施例６の、「ＨＬＡＴスコアの重みの最適化」の節で説明した方法で取得した。合計された加重スコア（式（１）で説明）は４３．０９である。アメリカのＣＲＣとアメリカのバックグラウンド集団との比較に基づくと、患者−Ｄは、米国における平均的な人よりも、結腸直腸がんを発症するリスクが１．２６倍ある。米国でＣＲＣを発症するリスクは４．２％であるため、我々の結果に基づく患者−Ｄのリスクは５．３％である。

実施例１１−ＣＲＣ第Ｉ相試験結果：ＰＥＰＩとＨＬＡＴと免疫原性との比較
ＯＢＥＲＴＯ試験においては、我々は、７の抗原及び１１の対象の免疫応答を予測し、１０人の患者の検体における免疫応答も測定した。ワクチンの７の抗原は４８のＴＳＡの一部である。予測及び測定を表１６にまとめる。全体一致率は６４％である。

我々は、ＨＬＡＴスコア及び抗原の数を、測定された免疫応答と比較した（図９）。我々は、ＨＬＡＴスコアと免疫応答を伴う抗原の数との間に正の相関を見出した。しかし、我々はかかる少数の測定値（ｎ＝１０）では、また、ＨＬＡＴスコアは４８の抗原についての予測エピトープ結合を考慮しているのに対し、免疫応答は４８のうち７の抗原のみで測定されているため、有意な相関は予期しない。従って、本分析は、相関関係を示すことはできるが、統計的検出力は低くなる。）

実施例１２−ＨＬＡＴスコアベースの分類とＨＬＡスコアベースの分類との比較

理解できる通り、ＨＬＡＴスコアベースの分類は結腸直腸がんの場合に優れているが、ＨＬＡスコアベースの分類は頭頸部がんの場合に優れている。

実施例１３−民族集団における遺伝的差異とそのがんのリスクとの関連
ＨＬＡ遺伝子型が集団レベルでもがんを発症するリスクに影響を与えることを更に実証するために、我々は国別の発生率との関係を調査した。我々は、平均ＨＬＡスコア、つまり黒色腫の発生率が高い集団のがん特異的Ｔ細胞応答は、発生率が低い集団のＨＬＡスコアよりも大幅に低いと仮定した。従って、我々は、異なる５９カ国を代表する対象についてのＨＬＡスコアを決定した。我々は、極東アジア及び太平洋地域における対象は、かなり高いＨＬＡスコア（範囲７５〜１４０）及び低い発生率（範囲０．４〜３．４）を、ヨーロッパ又は米国起源の対象（範囲５０及び９０）（発生率は最も高い（範囲１２．６〜１３．８）よりも有していることを見出した（図１０）。米国の集団に注目すると、米国内の台湾及びアジア太平洋の島民の両方についての１０万人あたり１．５の発生率は、一般的な米国の集団（年間１０万人あたり２１．１）よりも大幅に低く、このことは我々の結果を確認している。発生率は国ごとに入手でき、ＨＬＡ遺伝子型データは民族別に入手できた。従って、我々は、支配的な民族を有する国についてのみ、観測値のペアを取得できた。支配的な民族からのＨＬＡ遺伝子型データ（図１０で黒で強調表示）を用いて２０か国を特定し、それらについて平均ＨＬＡスコアを決定して黒色腫の発生率と比較した。我々は、黒色腫の発生率と平均ＨＬＡスコアとの間に有意な相関関係があることを見出した（図１１）。相関係数Ｒ^２＝０．５００５は、一定数の点（ｎ＝２０；自由度、ｄｆ＝１８）で非常に有意である（ｐ＜０．００１）。黒色腫の発生率が低い国と高い国は、８０超の閾値の見かけのＨＬＡスコアによって十分に分離されている。これは、米国において低リスクと高リスクの対象を分離する閾値と一致している（ＨＬＡスコア＞９６、図１１）。

これらの結果は、対象のＨＬＡ遺伝子型が異なる民族集団における黒色腫の発生率に影響を及ぼすことを示唆し、ＨＬＡスコアを用いて黒色腫についての免疫遺伝学的リスクを決定し得ることを一貫して示唆している。

実施例１４−ＣＬＬ関連ＨＬＡのＨＬＡ−スコア。
Ａ^＊０２：０１、Ｃ^＊０５：０１、Ｃ^＊０７：０１は、ＣＬＬ（慢性リンパ性白血病）に関連するＨＬＡ対立遺伝子であり（Ｇｒａｇｅｒｔ ｅｔ ａｌ，２０１４）、これらのＨＬＡクラスＩ対立遺伝子のいずれかを有する対象はＣＬＬを発症するリスクが増加していることを意味する。我々は、ＨＬＡスコアのトレーニング中に、これらのＨＬＡのいずれかを有するトレーニング集団における対象は、これらのＨＬＡを有さない対象よりも、分析した４８のＴＳＡについてのＨＬＡＴが大幅に少ないことを認めた。表１９に、最も頻度の高い９のＨＬＡ対立遺伝子の場合の４８のＴＳＡについての平均ＨＬＡＴ数を示す。

しかし、これらの僅かなＨＬＡ対立遺伝子は、集団のごく一部にしか見出だせないため、がんとこれらの僅かな対立遺伝子との関連から得られ得る情報は、これらの対立遺伝子のいずれをも有さない対象については使用できない。一方、ＨＬＡスコア法は、すべての対象に有益なスコアを割り当てるため、集団全体を分類するために使用できる。従って、ＨＬＡスコア法は、個々のＨＬＡ対立遺伝子とがんとの関連に関する情報のみを用いる方法よりも優れた分類を提供する。

実施例-１５−１の対立遺伝子又は不完全なＨＬＡ遺伝子型は、遺伝的リスクを決定するのに適切ではない
エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）感染は未分化な鼻咽頭がん（ＵＮＰＣ）を誘導し得ることが知られている。Ｐａｓｉｎｉ ｅｔ ａｌ．は、同集団からの８２人のイタリア人ＵＮＰＣ患者と２８６人の骨髄ドナーを分析し、ある特定の領域においていくつかのＥＢＶエピトープに結合できる一部の保存された対立遺伝子、Ａ^＊０２０１、Ｂ^＊１８０１、及びＢ^＊３５０１ＨＬＡがＵＮＰＣ対象で過小評価されていることを観察した（Ｐａｓｉｎｉ Ｅ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ：１２５、１３５８−１３６４（２００９））。しかし、集団内の高頻度対立遺伝子の調査は、個人のＨＬＡＴプール分析のように、実際の標的ＨＬＡの組み合わせを誘導する免疫応答の調査とは完全に異なるアプローチである。後者は、疾患細胞を殺すＴ細胞レパートリーを生み出す、人の潜在力を示唆しているので、免疫遺伝学的な「進展」又はリスクを説明するメカニズムである。更に、彼らは保護ＨＬＡ対立遺伝子に対する相加効果を発見した。しかし、彼らは、これらのＨＬＡ対立遺伝子が異なるＥＢＶ抗原上の同じエピトープ又は異なるエピトープに結合できるか否かを推測しなかった。彼らはまた、ＵＮＰＣにポジティブに関連するＨＬＡ対立遺伝子を発見したが、ＥＢＶエピトープに結合するこれらのＨＬＡ対立遺伝子の能力の低下を測定できなかった。彼らはＥＢＶからの抗原のみを考慮したため、それらの方法を他のがんに一般化することはできない。最も頻度の高いＨＬＡ対立遺伝子でさえ、集団全体の限られた部分しかカバーしていないため、それらだけに基づいて診断デバイスを構築することはできない。例えば、Ａ^＊０２：０１対立遺伝子のみに基づくデバイスは、０．５７３のＡＵＣ値しか有し得ない（図１２）。組み合わされたハプロタイプＡ^＊０２：０１／Ｂ^＊１８：０１は更にまれであり、高いＯＲ値にもかかわらず、その単一の「ハプロタイプ」の分析に基づくデバイスのＡＵＣ値はたった０．５５６である。つまり、８２人のＵＮＰＣ患者からなる集団を２８６人の対象のバックグラウンドから有意に分離することはできず、変換されたＺ値は１．６５であり、対応するｐ値（片側検定の場合）は０．０６である。

実施例１６−ＯＢＥＲＴＯ第Ｉ／ＩＩ相臨床試験の試験設計及び予備的な安全性データ
ＯＢＥＲＴＯ試験は、転移性結腸直腸がんの治療のためのＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチンとＣＤｘの第Ｉ／ＩＩ相試験（ｔｒｉａ）である（ＮＣＴ０３３９１２３２）。研究設計を図１３に示す。

登録基準
・結腸又は直腸に由来する組織学的に確認された転移性腺がん
・ＲＥＣＩＳＴ１．１に準拠した少なくとも１の測定可能な参照病変の存在
・全身化学療法レジメンと１の生物学的療法レジメンによる一次治療中のＰＲ又は安定疾患
・フルオロピリミジン（５−フルオロウラシル又はカペシタビン）と、誘導時に用いたのと同じ生物学的薬剤（ベバシズマブ、セツキシマブ、又はパニツムマブ）による維持療法（治験薬による治療の初日の前に開始する予定）。
・最後のＣＴスキャンは治療初日の３週間以内

対象の撤退及び中断。

・最初の研究期間（１２Ｗ）中に、患者が疾患の進行を経験し、二次治療を開始する必要がある場合、患者は研究から撤退する。
・試験の第２部（２回目の投与後）中に、患者が疾患の進行を経験し、二次治療を開始する必要がある場合、患者は試験を継続し、予定どおりに３回目のワクチン接種を受け、完全なフォローアップを受ける。
・予想通り、ワクチン接種部位での一過性の局所紅斑及び浮腫、並びに軽度の発熱及び倦怠感を伴うインフルエンザ様症候群が観察された。これらの反応はペプチドワクチン接種に関して既に周知であり、発熱及びインフルエンザ様症候群が免疫応答の誘導の結果及び兆候であり得るため、通常は作用機序に関連している（これは小児ワクチン接種に関する典型的なワクチン反応として知られている）。
・ワクチンに「関連の可能性あり」の重篤な有害事象（ＳＡＥ）が１のみ記録された（表２０）。
・ワクチンとは関連性なしの１回の用量制限毒性（ＤＬＴ）が発生した（失神）。
安全性の結果は表１９にまとめられている。

実施例１７-ワクチン設計時における発現頻度に基づく標的抗原の選択とｍＣＲＣに対する臨床的検証
共有腫瘍抗原により、変異負荷の低いものも含め、すべての腫瘍タイプを正確にターゲティングできる。以前に２，３９１のＣＲＣ生検から収集された集団発現データは、世界中のＣＲＣ患者における抗原発現の変動性を表している（図１４Ａ）。

ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８は、ｍＣＲＣで頻繁に発現する７の保存された精巣特異的抗原（ＴＳＡ）に由来する１２の固有のエピトープを含有するように設計されたペプチドワクチンである。我々のモデルにおいては、ＣＲＣで頻繁に発現するＴＳＡを選択することにより、標的の同定が正確になり、腫瘍生検の必要性がなくなると想定した。我々は、７のＴＳＡのうち３が各腫瘍で発現する確率が９５％超であると算出した（図１４Ｂ）。

第Ｉ相試験においては、我々は、転移性結腸直腸がん（ｍＣＲＣ）の対象（ＮＣＴ０３３９１２３２）における維持療法の追加としてのＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８の安全性、忍容性、及び免疫原性を評価した（実施例４も参照）。

免疫原性の測定により、既存の免疫応答が証明され、患者における標的抗原の発現が間接的に確認された。免疫原性を、ワクチン接種前に単離されたＰＢＭＣサンプルから濃縮フルオロスポットアッセイ（ｅｎｒｉｃｈｅｄ Ｆｌｕｏｒｏｓｐｏｔ ａｓｓａｙ）（ＥＬＩＳＰＯＴ）を用いて測定し、ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８による１回の免疫後（ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ ａ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ）の様々な時点で、ワクチン誘導Ｔ細胞応答を確認した（ＰＢＭＣサンプルを、ワクチン特異的ペプチド（９マー及び３０マー）でインビトロ刺激して、ベースラインを超えるワクチン誘導性Ｔ細胞応答を決定した）。平均４人で、少なくとも２人の患者が、各標的抗原に対して既存のＣＤ８Ｔ細胞応答を示した（図１４Ｃ）。１０人の患者のうち７人は、少なくとも１（平均３）の抗原に対して既存の免疫応答を示した（図１４Ｄ）。ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチンによるワクチン接種前のＣＲＣ特異的標的ＴＳＡに対するＣＤ８＋Ｔ細胞応答により、分析された患者におけるその標的抗原の発現が確認されるため、これらの結果は適切な標的選択についての証拠を提供する。実際の（発現した）ＴＳＡを標的にすることは、効果的な腫瘍ワクチンの前提条件である。

実施例１８−ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチンの前臨床免疫原性及び臨床免疫原性は適切なペプチド選択を証明する
ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチンには６の３０マーペプチドが含有されており、それぞれが７のＴＳＡに由来する２の免疫原性１５マー断片（それぞれが９マーＰＥＰＩを含み、その結果設計により各３０マーに２のＰＥＰＩがある）を接合することによって設計されている（図１５）。これらの抗原は、２，３９１の生検の分析ベースで、ＣＲＣ腫瘍で頻繁に発現する（図１４）。

モデル集団（ｎ＝４３３）について、及びＣＲＣコホート（ｎ＝３７）について計算された前臨床免疫原性の結果は、ＰＥＰＩ試験予測に基づいて９８％及び１００％の予測免疫原性をもたらし、これは、ＯＢＥＲＴＯ試験（ｎ＝１０）において、患者の９０％で少なくとも１の抗原について測定された免疫応答により、臨床的に証明された。更に興味深いことに、患者の９０％は少なくとも２の抗原に対してワクチンペプチド特異的免疫応答を示し、８０％は３以上の異なるワクチン抗原に対してＣＤ８＋Ｔ細胞応答を示し、このことはＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８の設計中の適切な標的抗原の選択の証拠を示している。ＣＤ４＋Ｔ細胞特異的及びＣＤ８＋Ｔ細胞特異的臨床免疫原性を表２１において詳述する。ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の両方で、エフェクターＴ細胞及びメモリーエフェクターＴ細胞の両方で高い免疫応答率が見られ、１０人中９人の患者の免疫応答が増強されたか、又はワクチンによってｄｅ ｎｏｖｏで誘発された。また、ＣＲＣ反応性の多機能ＣＤ８＋Ｔ細胞及びＣＤ４＋Ｔ細胞の割合は、ワクチン接種後、患者のＰＢＭＣ中でそれぞれ２．５倍及び１３倍増加している。

実施例１９−ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８治療についての臨床反応
実施例４、１６、１７及び１８に更に記載されているＯＢＥＲＴＯ臨床試験（ＮＣＴ０３３９１２３２）を、予備的な客観的腫瘍寛解率（ＲＥＣＩＳＴ１．１）について分析した（図１６）。維持療法を受けている１１人のワクチン接種患者のうち、５人は予備分析（１２週間）の時点で安定疾患（ＳＤ）を有し、３人は治療（維持療法＋ワクチン接種）で観察された予期しない腫瘍寛解（部分寛解、ＰＲ）を経験し、３人はＲＥＣＩＳＴ１．１基準に従う進行疾患（ＰＤ）を有していた。維持療法（カペシタビン及びベバシズマブ）を受けている患者の６９％で、最良の反応としての安定疾患が達成された。患者０２０００４は１２週間後に持続的な治療効果があり、患者０１０００４は長期にわたる治療効果があり、治癒手術に適格となった。３回目のワクチン接種後、この患者は、図１６のスイマープロットに示されるように、疾患の証拠がなく、従って完全な寛解者であった。

１回のワクチン接種後、ＯＲＲは２７％、ＤＣＲは６３％であり、少なくとも２回の投与（３回の投与のうち）を受けた患者では、５人中２人がＯＲＲ（４０％）であり、ＤＣＲは８０％（ＳＤ＋５人中４人の患者におけるＰＲ＋ＣＲ）（表２２）に達した。

ＯＢＥＲＴＯ−１０１臨床試験においてＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチンを複数回投与された５人の患者のデータに基づくと、予備データは、ＡＧＰカウントが多い（＞２）とＰＦＳが長くなり、腫瘍サイズが縮小することを示唆している（図１４Ｂ及びＣ）。

実施例２０-卵巣がん、乳がん、及び結腸直腸がんに対する個別化免疫療法（ＰＩＴ）の設計及び治療
本実施例は、細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導するための、対象の複数のＨＬＡによるエピトープ結合の原理（本開示の一部は該原理に基づく）を裏付けするために、個別化免疫療法ワクチン組成物で治療した４人の転移性がん患者からの概念実証データを提供する。

ＰＯＣ０１−ＰＩＴによる卵巣がんの治療のための組成物（患者−Ａ）
本実施例は、個別化免疫療法組成物であって、本明細書に記載の開示に基づき、患者のＨＬＡ遺伝子型に基づいて彼女のために特別に設計された、組成物による卵巣がん患者の治療を説明する。

転移性卵巣腺がん患者（患者−Ａ）のＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ遺伝子型は、唾液サンプルから決定された。

患者−Ａのために個別化された医薬組成物を作製するために、１３のペプチドが選択され、それぞれが次の２の基準：（ｉ）査読済みの科学刊行物において報告された、卵巣がんで発現する抗原に由来する；及び（ｉｉ）患者−Ａの少なくとも３のＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む、を満たした（表２３）。更に、各ペプチドは、患者の最多数のＨＬＡクラスＩＩに結合するように最適化されている。

表４中に示すＰＥＰＩ試験の検証によると、この免疫療法組成物中の１１のＰＥＰＩ３ペプチドは、は８４％の確率で患者−ＡにＴ細胞応答を誘導でき、２のＰＥＰＩ４ペプチド（ＰＯＣ０１−Ｐ２及びＰＯＣ０１−Ｐ５）は９８％の確率でできる。Ｔ細胞応答は、卵巣がんで発現する１３の抗原を標的とする。患者−Ａにおけるこれらのがん抗原の発現は試験されてなかった。代わりに、がん細胞の殺傷が成功する確率は、患者のがん細胞における抗原発現の確率と、＞ＰＥＰＩ３＋試験（ＡＧＰカウント）の陽性予測値に基づいて決定された。ＡＧＰカウントは、対象におけるワクチンの有効性：ＰＥＰＩを用いて患者の腫瘍（卵巣腺がん）で発現したワクチン抗原の数、を予測する。ＡＧＰカウントは、ワクチンが認識し、患者の腫瘍に対するＴ細胞応答を誘導する（標的にヒットする）腫瘍抗原の数を示す。ＡＧＰカウントは、対象の腫瘍におけるワクチン抗原の発現率と対象のＨＬＡ遺伝子型に依存する。正しい値は、０（発現した任意の抗原によってＰＥＰＩが提示されない）から抗原の最大数（すべての抗原が発現し、ＰＥＰＩを提示する）の間である。

患者−Ａが１３の抗原の１以上を発現する確率を図１７中に示す。ＡＧＰ９５（９５％の確率のＡＧＰ）＝５、ＡＧＰ５０（離散確率分布の平均−期待値−）＝７．９、ｍＡＧＰ（ＡＧＰが少なくとも２である確率）＝１００％、ＡＰ＝１３。

患者−Ａのための医薬組成物は、１３のペプチドからの少なくとも２で構成され得る（表２３）。なぜなら、ワクチン又は免疫療法組成物中に、個人の少なくとも３のＨＬＡに結合できる少なくとも２のポリペプチド断片（エピトープ）（＞２ＰＥＰＩ３＋）の存在が、臨床反応を予測できると決定されたからである。ペプチドを合成し、医薬的に許容される溶媒中に溶解させ、注射前にアジュバントと混合する。患者が少なくとも２のペプチドワクチンを用いた個別化免疫療法を受けることが望ましいが、がん細胞を殺す可能性を高め、再発の可能性を減らすために、より多くが望ましい。

患者−Ａの治療のために、１３のペプチドを４ｘ３又は４ペプチド（ＰＯＣ０１／１、ＰＯＣ０１／２、ＰＯＣ０１／３、ＰＯＣ０１／４）として処方した。１治療サイクルは、３０日以内の、１３種類のペプチドすべての投与と定義する。

患者の病歴：
診断：転移性卵巣腺がん
年齢：５１歳
家族の既往歴：結腸がん及び卵巣がん（母親）乳がん（祖母）

腫瘍病理学：
２０１１年：卵巣腺がんの最初の診断；ヴェルトハイム手術と化学療法；リンパ節の除去
２０１５年：心膜脂肪組織における転移、切除
２０１６年：肝臓転移
２０１７年：後腹膜及び腸間膜リンパ節が進行。小量の腹水を伴う初期腹膜がん症

以前の治療：
２０１２年：パクリタキセル−カルボプラチン（６ｘ）
２０１４年：カエリックス−カルボプラチン（１ｘ）
２０１６−２０１７年（９ヶ月）：リンパルザ（オラパリブ）２ｘ４００ｍｇ／日、経口
２０１７年：ハイカムチン 注入。５ｘ２，５ｍｇ（３ｘ１連／月）

ＰＩＴワクチン治療を２０１７年４月２１日に開始した。図１８。
２０１７−２０１８年：患者−Ａは追加療法として８サイクルのワクチン接種を受容し、治療開始後１７ヶ月（５２８日）生存した。この期間中、３回目と４回目のワクチン治療後、彼女は最良の反応として部分寛解を経験した。彼女は２０１８年１０月に亡くなった。

インターフェロン（ＩＦＮ）−γＥＬＩＳＰＯＴバイオアッセイにより、１３のペプチドに対する患者−Ａの予測Ｔ細胞応答を確認した。陽性Ｔ細胞応答（＞対照の５倍超、又は＞対照の３倍超及び＞５０スポットとして定義）を、患者−Ａの最多ＨＬＡクラスＩ対立遺伝子へ結合することができる各ペプチドのＰＥＰＩの配列を有する１３の２０−マーペプチドすべて及び１３の９−マーペプチドすべてについて検出した（図１９）。

患者の腫瘍ＭＲＩ所見（ベースライン２０１６年４月１５日）（ＢＬ：図２０の腫瘍反応評価のベースライン）
疾患は主に肝臓とリンパ節に限局していた。ＭＲＩの使用は、肺（ｌｕｎｇ）（肺（ｐｕｌｍｏｎａｒｙ））転移の検出を制限する。
２０１６年５月-２０１７年１月：オラパリブ治療（ＦＵ１：図２０におけるフォローアップ１）
２０１６年１２月２５日（ＰＩＴワクチン治療前）（ＦＵ２：図２０におけるフォローアップ２）で得られた反応の確認により、腫瘍負荷が劇的に減少した。
２０１７年１月〜３月-ＴＯＰＯプロトコル（トポイソメラーゼ）
２０１７年４月６日（図２０におけるＦＵ３）は、既存の病変の再成長と、疾患の進行につながる新しい病変の出現を証明した。腹水の量が増加した腹膜がん腫症。進行性肝臓腫瘍及びリンパ節

２０１７年４月２１日ＰＩＴ開始
２０１７年７月２６日（ＰＩＴの第２サイクル後）：（図２０におけるＦＵ４）進行／偽進行
リンパ節、肝臓、後腹膜及び胸部の領域における急速な進行、相当量の胸水及び腹水。カルボプラチン、ゲムシタビン、アバスチンを開始する。
２０１７年９月２０日（ＰＩＴの３サイクル後）：（図２０におけるＦＵ５）部分寛解
胸膜領域／体液及び腹水における完全寛解
肝臓、後腹膜領域及びリンパ節における寛解
知見は、偽進行を示唆している。
２０１７年１１月２８日（ＰＩＴの４サイクル後）：（図２０におけるＦＵ６）部分寛解
胸部における完全寛解。肝臓、後腹膜領域及びリンパ節における寛解
２０１８年４月１３日：進行
胸部及び後腹膜領域における完全寛解。肝臓中枢及びリンパ節における進行
２０１８年６月１２日：安定疾患
胸部及び後腹膜領域における完全寛解。肝臓中枢及びリンパ節における僅かな退行
２０１８年７月：進行
２０１８年１０月：患者−Ａが死亡
患者−Ａの部分的ＭＲＩデータを表２４及び図２０中に示す。

転移性乳がんの治療のための個別化免疫療法組成物ＰＢＲＣ０１の設計、安全性及び免疫原性（患者−Ｂ）
転移性乳がん患者−ＢのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ遺伝子型を、唾液サンプルから決定した。患者−Ｂ用に個別化医薬組成物を作製するために、それぞれが以下の２の基準：（ｉ）査読済みの科学刊行物において報告されている、乳がんで発現する抗原に由来する；及び（ｉｉ）患者−Ｂの少なくとも３のＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む（表２５）、を満たす１２のペプチドが選択された。更に、各ペプチドは、患者の最多数のＨＬＡクラスＩＩに結合するように最適化される。１２のペプチドは１２の乳がん抗原を標的とする。患者−Ｂが１２の抗原のうちの１以上を発現する確率を図２１中に示す。

予測される効力：ＡＧＰ９５＝４；ＰＩＴワクチンが患者−Ｂの乳がん細胞において発現する４のＴＳＡに対してＣＴＬ応答を誘導する可能性は９５％。追加の有効性パラメータ：ＡＧＰ５０＝６．４５、ｍＡＧＰ＝１００％、ＡＰ＝１２。

患者−Ｂの治療のために、１２のペプチドを４ｘ３ペプチド
（ＰＢＲ０１／１、ＰＢＲ０１／２、ＰＢＲ０１／３、ＰＢＲ０１／４）として処方した。１の治療サイクルは、３０日以内の１２の異なるペプチドワクチンすべての投与として定義する（図２１Ｃ）。

患者の病歴：
２０１３年：診断：乳がんの診断；ＣＴスキャン及び骨スキャンにより転移性疾患は除外。
２０１４年：両側乳房切除術、術後化学療法
２０１６年：横隔膜の上下両方にリンパ節転移を伴う広範な転移性疾患。複数の肝臓転移及び肺転移。

治療：
２０１３〜２０１４年：アドリアマイシン−シクロホスファミド及びパクリタキセル
２０１７年：レトロゾール、パルボシクリブ及びゴセレリン（Ｇｏｓｏｒｅｌｉｎ）並びにＰＩＴワクチン
２０１８年：状態が悪化し、患者は１月に死亡した
２０１７年４月７日にＰＩＴワクチン治療を開始した。患者−Ｂの治療スケジュール及び疾患の主な特徴を表２６中に示す。

９５％の信頼度で、８〜１２のワクチンペプチドが患者−ＢにおいてＴ細胞応答を誘導すると予測した。ペプチド特異的Ｔ細胞応答を、インターフェロン（ＩＦＮ）−γＥＬＩＳＰＯＴバイオアッセイを用いて、利用可能なすべてのＰＢＭＣサンプルで測定した（図２２）。結果により予測が確認された：９のペプチドが陽性反応し、Ｔ細胞がＦＩＳＰ１、ＢＯＲＩＳ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、ＮＹ−ＢＲ−１、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＳＣＰ１、ＭＡＧＥ−Ａ１及びＭＡＧＥ−Ｃ２抗原を発現する患者−Ｂの腫瘍細胞を認識できることを示している。一部の腫瘍（例、ＭＡＧＥ−Ａ１）特異的Ｔ細胞は、１回目のワクチン接種後に存在し、追加の治療で追加免疫され、他（例、ＭＡＧＥ−Ａ９等）は追加免疫後に誘導された。かかる広範な腫瘍特異的Ｔ細胞応答は、後期がん患者において顕著である。

患者−Ｂの病歴及び結果
２０１７年３月７日：以前のＰＩＴワクチン治療
総胆管の起源の真に外因性の圧迫及び肝内胆管全体の大規模な拡張を伴う肝多転移性疾患。セリアック病、肝門及び後腹膜リンパ節腫脹
２０１７年３月：治療開始−レトロゾール、パルボシクリブ、ゴセレリン及びＰＩＴワクチン
２０１７年５月：薬物の中断
２０１７年５月２６日：１サイクルＰＩＴ後
肝臓、肺リンパ節及びその他の転移の腫瘍代謝活性（ＰＥＴ ＣＴ）の８３％の減少。
２０１７年６月：正規化された好中球の値が、患者が同意したパルボシクリブの中断を示す
腫瘍マーカーのリバウンドが４ヶ月遅延した
２０１７年３月〜５月：ＣＥＡ及びＣＡは、彼女の抗がん治療の結果と整合して上昇したままであった（Ｂａｎ，Ｆｕｔｕｒｅ Ｏｎｃｏｌ ２０１８）
２０１７年６月〜９月：ＣＥＡ及びＣＡは、免疫療法への反応の遅延とともに一貫して減少した
生活の質
２０１７年２月〜３月：不良、黄疸ありで入院
２０１７年４月〜１０月：良好
２０１７年１１月：状態悪化（腫瘍エスケープ？）
２０１８年１月：患者−Ｂ死亡。
免疫原性の結果を図２２中にまとめる。

患者の臨床結果測定：ＰＩＴワクチン治療開始の１ヶ月前に、ＰＥＴ ＣＴにより、横隔膜の上下両方にリンパ節転移を伴う広範なＤＦＧ高集積疾患を記録した（表２６）。彼女は進行性の多発性肝臓転移、多発性骨転移及び肺転移及び後腹膜リンパ節腫脹を有していた。彼女の肝臓内酵素は、ビリルビン及び黄疸の増加を伴う肝臓転移によって引き起こされた損傷と整合して上昇した。彼女は、レトロゾール、パルボシクリブ及びゴセレリンを抗がん治療として受諾した。ＰＩＴワクチン接種の開始から２ヶ月後、患者は非常に気分が良くなり、生活の質は正常化した。実際、彼女のＰＥＴ ＣＴは、肝臓、肺、骨及びリンパ節の転移において有意な形態代謝的退行を示した。横隔膜上段階では代謝性リンパ節腫脹は確認できなかった。

パルブロシクリブと個別化ワクチンの組み合わせは、ワクチンの投与後に観察された顕著な初期反応の原因である可能性が高かった。パルボシクリブは、ＨＬＡによるＴＳＡ提示を増加させ、Ｔｒｅｇの増殖を減少させることにより、免疫療法の活性を向上することが示されている（Ｇｏｅｌ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ．２０１７：４７１−４７５）。患者−Ｂの治療結果は、ＰＩＴワクチンを最先端の治療方法の追加として用いて最大の効果を得られ得ることを示唆している。

患者−Ｂの腫瘍バイオマーカーを追跡して、最先端の治療方法の効果をＰＩＴワクチンの効果から解明した。腫瘍マーカーは、治療の最初の２〜３ヶ月間は変化せず、その後急激に低下し、免疫療法に典型的な遅延効果を示唆した（表２６）。また、腫瘍バイオマーカーが低下した時点で、患者は既に自発的に治療を中断しており、好中球数の増加によって確認されていた。

５回目のＰＩＴ治療後、患者は症状を経験した。腫瘍マーカー及び肝臓酵素のレベルが再び増加した。最後のＰＩＴワクチン接種の３３日後、彼女のＰＥＴ ＣＴは、検査所見を確認して、肝臓、腹膜、骨格及び左副腎部位において有意な代謝的進行を示した。遠隔転移における別々の再発は、おそらく、ＰＩＴ誘導Ｔ細胞による腫瘍の認識を損なう、両方のＨＬＡの発現のダウンレギュレーションによって引き起こされる、潜在的な免疫抵抗性に起因し得る。しかし、ＰＥＴ ＣＴは、すべての腋窩及び縦隔腋窩横隔膜上標的の代謝的活性の完全な退行を検出していた（表２６）。これらの局所的な腫瘍反応は、抗がん剤治療の中断後に、これらの腫瘍部位が再発しない可能性が低いため、免疫療法に対する、既知の、遅延した持続的な反応とみなされ得る。

転移性乳がんの患者（患者−Ｃ）の治療のための個別化免疫療法組成物
患者−Ａ及び患者−Ｂについて説明したものと同様の設計のＰＩＴワクチンを、転移性乳がんの患者（患者−Ｃ）の治療のために調製した。ＰＩＴワクチンには１２のＰＥＰＩが含有されていた。ＰＩＴワクチンは、ＡＧＰ＝４の予測される効力を有する。患者の治療スケジュールは、図２３中に示す。

腫瘍病理学
２０１１年 原発性腫瘍：ＨＥＲ２−、ＥＲ＋、センチネルリンパ節陰性
２０１７年 複数の骨転移：ＥＲ＋、サイトケラチン７＋、サイトケラチン２０−、ＣＡ１２５−、ＴＴＦ１−、ＣＤＸ２−

治療
２０１１年 広範囲局所切除、センチネルリンパ節陰性；放射線療法
２０１７年−抗がん療法（Ｔｘ）：レトロゾール（２．５ｍｇ／日）、デノスマブ；
放射線（Ｒｘ）：骨１本
標準治療への追加としてのＰＩＴワクチン（３サイクル）

バイオアッセイにより、患者の最多ＨＬＡクラスＩ対立遺伝子に結合することができる各ペプチドのＰＥＰＩの配列を有する、ＰＩＴワクチンの１２の２０−マーペプチドのうち１１及び１２の９−マーペプチドのうち１１に対して陽性のＴ細胞応答（＞対照の５倍超、又は＞対照の３倍超及び＞５０スポットとして定義）が確認された（図２４）。最後のワクチン接種の１４ヶ月後に、長期にわたるメモリーＴ細胞応答を検出した（図２４Ｃ〜Ｄ）。

治療結果
患者−Ｃの治療の臨床結果を表２７中に示す。患者−Ｃは部分寛解及び骨転移の治癒の兆候がある。

免疫応答を図２４に示す。予測される免疫原性、ＰＥＰＩ＝１２（ＣＩ９５％［８，１２］
検出された免疫原性：３回のＰＩＴワクチン接種後の１１（２０−マー）及び１１（９−マー）の抗原特異的Ｔ細胞応答（図２４Ａ、Ｂ）。最後のワクチン接種の４．５、１１又は１４ヶ月後、依然としてＰＩＴワクチン特異的免疫応答を検出することができた（図２４Ｃ、Ｄ）。

転移性結腸直腸がんの患者（患者−Ｄ）の治療のための個別化免疫療法組成物
腫瘍病理学
２０１７年（２月）肝臓転移を伴うｍＣＲＣ（ＭＳＳ）、原発性腫瘍の手術（Ｓ状結腸中）。ｐＴ３ ｐＮ２ｂ（８／１６）Ｍ１。ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＴＰ５３−Ｃ１３５Ｙ、ＫＤＲ−Ｑ４７２Ｈ、ＭＥＴ−Ｔ１０１０Ｉ変異。ＳＡＴＢ２発現。ＥＧＦＲ ｗｔ、ＰＩＫ３ＣＡ−Ｉ３９１Ｍ（非ドライバー）。
２０１７年（６月）肝臓部分切除：ＫＲＡＳ−Ｇ１２Ｄ（３５Ｇ＞Ａ）ＮＲＡＳ ｗｔ、
２０１８年（５月）２回目の切除：ＳＡＴＢ２発現、肺転移３→２１

治療
２０１７年 ＦＯＬＦＯＸ−４（オキサリプラチン、フォリン酸Ｃａ、５−ＦＵ）→２回目の治療中にアレルギー反応
デグラモン（５−ＦＵ＋フォリン酸Ｃａ）
２０１８年（６月）→ＦＯＬＦＩＲＩとラムシルマブ、隔週；化学塞栓療法
２０１８年（１０月）標準治療への追加としてのＰＩＴワクチン接種（１３の患者特異的ペプチド、４回の投与）。
患者の治療スケジュールを図２５中に示す。

治療結果
全体的に良好な状態の患者、８ヶ月後、肺における疾患進行がＣＴにより確認。
ＰＩＴ誘導Ｔ細胞応答及び既存のＴ細胞応答の両方を、刺激のために９マー及び２０マーペプチドを用いて、ＰＢＭＣからの濃縮されたフルオロスポットによって測定した（図２６）。
免疫応答率及び免疫原性の結果のまとめにより、標的抗原の選択について、及びＣＤ４＋とＣＤ８＋の両方に特異的な、複数ペプチド標的化免疫応答誘導についての適切な設計が証明される。

Claims (9)

1. ヒト対象ががんを発症するリスクを決定するための方法であって、腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）のアミノ酸配列中のＴ細胞エピトープに結合することができる、対象のＨＬＡトリプレット（ＨＬＡＴ）を定量化し、ここでＨＬＡＴの各ＨＬＡは、同じＴ細胞エピトープに結合することができること、及び、対象ががんを発症するリスクを決定し、ここでＴＡＡに関して、ＴＡＡのＴ細胞エピトープに結合することができるＨＬＡＴの数がより少ないほど、対象ががんを発症するリスクが高いことに対応すること、を含む、方法。
2. がんが、黒色腫、肺がん、腎細胞がん、結腸がん、膀胱がん、神経膠腫、頭頸部がん、卵巣がん、非黒色腫皮膚がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、肝臓がん、子宮頸がん、食道がん、非ホジキンリンパ腫、白血病、膵臓がん、子宮体がん、唇がん、口腔がん、甲状腺がん、脳がん、神経系がん、胆嚢がん、喉頭がん、咽頭がん、骨髄腫、鼻咽頭がん、ホジキンリンパ腫、精巣がん、乳がん、胃がん、膀胱がん、結腸直腸がん、腎細胞がん、肝細胞がん、小児がん及びカポジ肉腫から選択される、請求項１に記載の方法。
3. 対象ががんを発症するリスクが高いと決定され、前記方法が、対象のためにがんの治療を選択することを更に含む、請求項１又は請求項２に記載の方法。
4. 治療が、対象に、
   （ａ）ＴＡＡの断片である；且つ
   （ｂ）対象のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープを含む
   アミノ酸配列を含む、ペプチド、又はペプチドをコードするポリ核酸若しくはベクターを投与することを含み、
   場合により、ＴＡＡの配列の一部ではない追加のアミノ酸が、ＴＡＡ断片に、Ｎ末端及び／又はＣ末端で隣接している、請求項３に記載の方法。
5. ＴＡＡが、表２又は表１１に列記されたものから選択される、請求項４に記載の方法。
6. 前記１以上のペプチド、ポリ核酸又はベクターを対象に投与することを更に含む、請求項４又は請求項５に記載の方法。
7. 対象におけるがんを治療する方法であって、対象が、請求項１又は請求項２に記載の方法を用いて、がんを発症するリスクが高いと決定されており、治療の方法が、対象に、
   （ｉ）ＴＡＡの断片である；且つ
   （ｉｉ）対象のＨＬＡＴに結合することができるＴ細胞エピトープを含む
   アミノ酸配列を含む、１以上のペプチド、又は１以上のペプチドをコードする１以上のポリ核酸若しくはベクターを投与することを含み、
   場合により、ＴＡＡの配列の一部ではない追加のアミノ酸が、ＴＡＡ断片に、Ｎ末端及び／又はＣ末端で隣接している、方法。
8. ＴＡＡが、表２又は表１１に列記されたものから選択される、請求項７に記載の方法。
9. ヒト対象ががんを発症するリスクを決定するためのシステムであって：
   （ａ）対象のＨＬＡクラスＩ遺伝子型及びＴＡＡのアミノ酸配列を含むデータを記憶するように構成された記憶モジュール；
   （ｂ）ＴＡＡのアミノ酸配列中のＴ細胞エピトープに結合することができる、対象のＨＬＡＴを定量化するように構成された計算モジュールであって、ＨＬＡＴの各ＨＬＡは同じＴ細胞エピトープに結合することができる、モジュール；及び
   （ｃ）対象ががんを発症するリスクの指標及び／又は対象について推奨される治療を表示するように構成された出力モジュール
   を含むシステム。

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