JP2020503888A - 組換え酵母及びその使用 - Google Patents

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Abstract

ゲルマクレンAシンテターゼ又はその融合タンパク質を発現する組換え酵母を提供し、該融合タンパク質は、ゲルマクレンAシンテターゼとファルネシルピロ燐酸シンターゼの融合タンパク質である。該組換え酵母は、ゲルマクレンAの収量を改善し、またβ−エレメン及び/又はゲルマクレンAの工業生産に好適である。

Description

本発明は、生物化学産業分野、特に、組換え株及び組換え微生物法に従ったβ−エレメンの合成に関する。
β−エレメン(beta−elemene)は、チューリップの香りを有する揮発性セスキテルペン化合物であり、中国の第一種抗癌薬のための有効医薬成分(API)である。現在、主にハルウコン(Curcuma aromatica)やガジュツ(Curcuma zedoary)等の植物から分離抽出されるが、この方法には、低含量のβ−エレメンや植物間の大きな違い、難しい産物精製、植物の長い成長サイクル、及び生物学関連資源、特に野生資源への深刻なダメージ、といった多くの不利益がある。
合成生物学の原理を利用して、天然物を生産するための微生物株の設計、修飾は、最も有望な方法の一つとして国際的に認識されてきており、例えば、E.coliにおける、パクリタキセルの前駆体であるタキサジエンの収量は1000mg/Lに達し(Parayil KuMaran AjikuMarら、2010、Science、330:70-74)、ギンゴライドの前駆体であるレボピマラジエンは、操作したE.coliにおいて収量700mg/Lに達し(Effendi Leonardら、2010、PNAS、107(31):13654-13659)、アルテミシニンの前駆体であるアルテミシン酸の収量は操作した酵母において25g/Lに達し(Paddon CJら、2013、Nature、496(7446):528-531)、また、現在、中国において、アルテミシニン、パクリタキセル及びタンシノン等の薬物分子の生合成に関する関連研究がある。
自然界では、ファルネシルピロ燐酸(FPP)はゲルマクレンAシンテターゼ(GMAS)により触媒され、ゲルマクレンAを合成できる。ゲルマクレンAは熱的に不安定であり、分子内で熱的再構成を起こしやすくβ−エレメンを生ずる。現在、β−エレメンの前駆体であるゲルマクレンAの組換え株を用いた生産についていくつか研究が行われてきたが、その収量は低く、また産業利用の要請に応えることはできていない。例えば、Gao
Yunyunらは、E.coliにおいてゲルマクレンAの生合成経路を構築したが、得られた組換え株により合成されたゲルマクレンAの収量は最高でもわずか6.32mg/Lであり、工業化からは程遠い(β−エレメンの前駆体-ゲルマクレンA−の微生物生合成の研究、Gao Yunyun、2012、杭州師範大学)。
本発明の目的は、組換え株を提供することである。
本発明において提供する組換え株は、in vivoでゲルマクレンAシンテターゼ又はゲルマクレンAシンテターゼの融合タンパク質を含む又は発現する酵母である。
ゲルマクレンAシンテターゼの融合タンパク質は、ゲルマクレンAシンテターゼ及びファルネシルピロ燐酸シンターゼを含む。
上記組換え株は、融合タンパク質の遺伝子の宿主源によって1つ又は複数種に分類され、また、融合タンパク質をコードする核酸は、ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸及びファルネシルピロ燐酸シンターゼをコードする核酸を含む。
融合タンパク質は、1つ又は複数のコードする核酸を有する。
融合タンパク質をコードする複数の核酸のうち、ゲルマクレンAシンテターゼをコードする少なくとも2つの核酸は異なる宿主に由来し、また、ファルネシルピロ燐酸シンターゼをコードする少なくとも2つの核酸も異なる宿主に由来する。
本発明において、遺伝子が由来する異なる宿主とは、遺伝子が元来由来する宿主が異なることを意味する。本発明のゲルマクレンAシンテターゼの遺伝子は、ゲルマクレンAシンテターゼを含むことが知られる植物又は微生物からクローニングして取得可能であり、例えば、ヒマワリ(Helianthus annuus L.)、ナツシロギク(Tanacetum parthenium)、レタス(Lactuca sativa Linn.)、カワラニンジン(Artemisia carvifolia)、シアノバクテリア等から選択できる。ファルネシルピロ燐酸シンターゼ(farnesyl diphosphate synthase)の遺伝子は、ファルネシルピロ燐酸シンターゼを含むことが知られる植物又は微生物からクローニングして取得可能であり、例えば、タンジン(Salvia miltiorrhiza)、酵母、エゾウコギ(Acanthopanax senticosus(Rupr.Maxim.)Harms)、トチュウ(Eucommiaulmoides Oliv.)等から選択できる。
ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸は、配列番号3に示す核酸又は配列番号12の13位から1686位に示す核酸を含む。
ファルネシルピロ燐酸シンターゼをコードする核酸は、配列番号2に示す核酸又は配列番号11の1位から1056位に示す核酸を含む。
組換え株において、融合タンパク質は、ゲルマクレンAシンテターゼとファルネシルピロ燐酸シンターゼとを連結するためのリンカーペプチドをさらに含む。
リンカーペプチドは、GGGS、YGQ(3A001)、PGGH(4A001)、YRSQI(5A002)、VIPFIS(6A005)、FLYLKF(6B004)、WRFSPKLQ(8A005)又はHHVQESQCISTV(12A003)から選択される。
上記組換え株において、in vivoでゲルマクレンAシンテターゼ又はゲルマクレンAシンテターゼの融合タンパク質を含む又は発現することが、
ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸又は融合タンパク質をコードする核酸を酵母に導入することであり、
及び/又は、
ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸を酵母に導入することが、ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸を含む発現カセットを酵母に導入することであり、
融合タンパク質をコードする核酸を酵母に導入することが、融合タンパク質をコードする核酸を含む発現カセットを酵母に導入することであり、
及び/又は、
ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸を含む発現カセットは、プロモーター、ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸、及びターミネーターを含み、
及び/又は、
融合タンパク質をコードする核酸を含む発現カセットは、プロモーター、融合タンパク質をコードする核酸、及びターミネーターを含み、
又は
プロモーターは、TEF1もしくはMF1もしくはPGK1から選択され、ターミネー
ターがCYC1もしくはADH1であり、
又は
プロモーターがTEF1であり、またターミネーターがCYC1であり、
又は
プロモーターがMF1であり、またターミネーターがCYC1であり、
又は
プロモーターがPGK1であり、またターミネーターがADH1である。
以上、プロモーターTEF1は配列番号4に示す配列を含み、プロモーターMF1は配列番号1に示す配列を含み、またターミネーターCYC1は配列番号5に示す配列を含む。
上記組換え株において、組換え株は1つ又は複数のマーカー遺伝子をさらに発現、及び/又は該マーカー遺伝子がhis3もしくはtrp1から選択される。
上記組換え株において、ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸を含む発現カセットは、ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸の発現カセットを発現するベクターによって酵母に導入される。
融合タンパク質をコードする核酸を含む発現カセットは、融合タンパク質をコードする核酸を含む発現カセットを発現するベクターによって酵母に導入される。
上記組換え株において、ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸の発現カセットは、プラスミドの形で酵母に導入、
又は、融合タンパク質をコードする核酸の発現カセットは、プラスミドの形及び/又は染色体内に組み込まれた形で酵母内へ導入される。
本発明の実施例において、
融合タンパク質は以下のSynSmFPS−GGGS−STpGMAS、SynSmFPS−YGQ−STpGMAS、SynSmFPS−PGGH−STpGMAS、SynSmFPS−YRSQI−STpGMAS、SynSmFPS−VIPFIS−STpGMAS、SynSmFPS−FLYLKF−STpGMAS、SynSmFPS−WRFSPKLQ−STpGMAS、SynSmFPS−HHVQESQCISTV−STpGMAS、SynSmFPS−WRFSPKLQ−STpGMAS、ERG20−GGGS−LsLTC2の少なくとも一つから選択され;
融合タンパク質は好ましくはSynSmFPS−8A005−STpGMASであり、
特に好ましい融合タンパク質は、3種の融合タンパク質:SynSmFPS−WRFSPKLQ(8A005)−STpGMAS、ERG20−GGGS−LsLTC2、SynSmFPS−GGGS−STpGMASである。
融合タンパク質をコードする核酸を発現する発現カセットは以下の
TEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1
TEF1−SynSmFPS−YGQ−STpGMAS−TCYC1
TEF1−SynSmFPS−PGGH−STpGMAS−TCYC1
TEF1−SynSmFPS−YRSQI−STpGMAS−TCYC1
TEF1−SynSmFPS−VIPFIS−STpGMAS−TCYC1
TEF1−SynSmFPS−FLYLKF−STpGMAS−TCYC1
TEF1−SynSmFPS−WRFSPKLQ(8A005)−STpGMAS−TCYC1
TEF1−SynSmFPS−HHVQESQCISTV−STpGMAS−TCYC1又は
MF1−SynSmFPS−WRFSPKLQ(8A005)−STpGMAS−T
CYC1の少なくとも1つから選択される。
融合タンパク質をコードする核酸を発現する発現カセットは好ましくはPMF1−SynSmFPS−8A005−STpGMAS−TCYC1である。
融合タンパク質をコードする核酸を発現する特に好ましい発現カセットは以下の3種:PMF1−SynSmFPS−8A005−STpGMAS−TCYC1、PPGK1−ERG20−GGGS−LsLTC2−TADH1及びPTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1である。
ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸の発現カセットを発現するベクターは以下の
pRS313−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1
pRS425−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1から選択する。
ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸の発現カセットを発現するベクターは以下の
pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1
pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−YGQ−STpGMAS−TCYC1
pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−PGGH−STpGMAS−TCYC1
pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−YRSQI−STpGMAS−TCYC1
pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−VIPFIS−STpGMAS−TCYC1
pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−FLYLKF−STpGMAS−TCYC1
pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−WRFSPKLQ−STpGMAS−TCYC1、もしくは
pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−HHVQESQCISTV−STpGMAS−TCYC1、又は
pRS425−LEU2−PMF1−SynSmFPS−WRFSPKLQ−STpGMAS−TCYC1から選択する。
染色体に組み込まれた融合タンパク質の上記遺伝子発現カセットはPTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1およびPPGK1−ERG20−GGGS−LsLTC2−TADH1から選択する。
上記組換え株において、酵母は、元の酵母におけるアルコールデヒドロゲナーゼ、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ及びアセチル−CoAシンテターゼの含量及び/又は活性を増加させることにより得られる株である。
元の酵母におけるアルコールデヒドロゲナーゼ、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ及びアセチル−CoAシンテターゼの含量及び/又は活性を増加させることにより得られる株は、元の酵母におけるアルコールデヒドロゲナーゼをコードする核酸、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする核酸及びアセチル−CoAシンテターゼをコードする核酸のコピー数の増加に関する。
前記組換え株において、元の酵母におけるアルコールデヒドロゲナーゼをコードする核酸、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする核酸、及びアセチル−CoAシンテターゼをコードする核酸のコピー数の増加ことが、アルコールデヒドロゲナーゼをコード
する核酸の発現カセット、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする核酸の発現カセット、アセチル−CoAシンテターゼをコードする核酸の発現カセット、及び別の前記マーカー遺伝子(his3)を、相同組換えにより元の酵母に導入することである。
前記組換え株において、元の酵母はサッカロマイセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)及び/又は前記サッカロマイセス・セレビシエはSaccharomyces cerevisiae NK2−SQである。
マーカー遺伝子の一つはTRP1であり、もう一つのマーカー遺伝子HIS3である。
上記アルコールデヒドロゲナーゼの遺伝子ADH2は、配列番号6に示す配列を含み、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼの遺伝子ALD6は、配列番号7に示す配列を含み、またアセチル−CoAシンテターゼの遺伝子ACS1は、配列番号8に示す配列を含む。
本発明の組換え株並びにそれぞれ必要なベクター及び断片の構築を以下実施例に示す。
本発明の実施例において、組換え株は詳細には以下の通りである。
組換え株ELE−001は、pRS313−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1を酵母FPP−001に導入して得られる株である。
組換え株ELE−002は、pRS425−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1を酵母FPP−001に導入して得られる株である。
組換え株ELE−011は、pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1を酵母FPP−001に導入して得られる株である。
組換え株ELE−012は、pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−3A001−STpGMAS−TCYC1を酵母FPP−001に導入して得られる株である。
組換え株ELE−013は、pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−4A001−STpGMAS−TCYC1を酵母FPP−001に導入して得られる株である。
組換え株ELE−014は、pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−5A002−STpGMAS−TCYC1を酵母FPP−001に導入して得られる株である。
組換え株ELE−015は、pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−6A005−STpGMAS−TCYC1を酵母FPP−001に導入して得られる株である。
組換え株ELE−016は、pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−6B004−STpGMAS−TCYC1を酵母FPP−001に導入して得られる株である。
組換え株ELE−017はpRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−8A005−STpGMAS−TCYC1を酵母FPP−001に導入して得られる株である。
組換え株ELE−018は、pRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−12A003−STpGMAS−TCYC1を酵母FPP−001に導入して得られる株である。
組換え株ELE−019は、pRS425−LEU2−PMF1−SynSmFPS−8A005−STpGMAS−TCYC1を酵母FPP−001に導入して得られる株である。
組換え株ELE−020は、pRS425−LEU2−PMF1−SynSmFPS−8A005−STpGMAS−TCYC1、次いでPPGK1−ERG20−GGGS−
LsLTC2−TADH1、PTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1、rDNA−TRP1−up及びrDNA−TRP1−downを相同組換えにより、酵母FPP−001に導入して得られる株である。
上記酵母FPP−001は、NDT80−HIS3−up、PPGK1−ADH2−TADH1、PTDH3−ACS1−TTPI1、PTEF1−ALD6−TCYC1及びNDT80−HIS3−downをサッカロマイセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)に導入して得られる株である。
ここで、組換え株ELE−020は、本発明の保護範囲内でもある、サッカロマイセス・セレビシエCGMCC No.14829である。
この組換え株ELE−020は、2017年10月20日付で中国科学院微生物研究所(the China General Microbiological Culture
Collection Center、CGMCC)に寄託してある。本寄託先の住所は中国北京市朝陽区北辰西路1号院3号楼である。本株名は、サッカロマイセス・セレビシエ、ラテン名がSaccharomyces cerevisiaeであり、またその寄託番号はCGMCC No.14829である。
β−エレメン及び/又はゲルマクレンA生産のための上記組換え株の使用もまた本発明の保護範囲内である。
本発明の第3の目的は、ゲルマクレンAの生産方法を提供することである。
本発明により提供される方法は、以下の工程を含む:上記組換え株を発酵してゲルマクレンAを得る。
本発明の第4の目的は、β−エレメンの生産方法を提供することである。
本発明により提供される方法は以下の
1)組換え株を発酵して発酵産物を取得する工程、
2)発酵産物を有機溶液で抽出し、有機相を回収する工程、及び
3)有機相を加熱してβ−エレメンを取得する工程、
を含む。
上記方法において、発酵は、まず組換え株を種培地にて培養して種液を得て、次いで、種液を発酵培地に接種して発酵培養を行い、さらに発酵培養の産物を発酵系として記録する、ことに関する。
上記方法において、発酵培養の間、流加培地を発酵系に加え、好ましくは、発酵系内溶存酸素値が60%を超える場合に、発酵系内グルコース濃度が5g/Lに達するまで、流加培地を発酵系に添加する。
上記方法において、種培地と発酵培地の調合物が、容量1Lにつき、25gのグルコース、15gの硫酸アンモニウム、6.15gの硫酸マグネシウム七水和物、0.72gの硫酸亜鉛七水塩、8gのリン酸二水素カリウム、2mLの塩化カルシウム母液、10mLの微量金属塩母液、12mLのビタミン母液、1gのトリプトファン、および残部の水を含む。
塩化カルシウム母液が、塩化カルシウム二水和物の19.2g/L水溶液である。
微量金属塩母液の調合物が、容量1Lにつき、19.1gのエチレンジアミン四酢酸二ナトリウム、10.2gの硫酸亜鉛七水塩、0.5gの塩化マンガン四水和物、0.86gの塩化コバルト六水和物、0.78gの硫酸銅五水和物、0.56gのモリブデン酸ナトリウム二水和物、5.12gの硫酸鉄七水和物(亜硫酸鉄7水和物)および残部の水を含む。
ビタミン母液の調合物が、容量1Lにつき、0.05gのビオチン、0.2gのp−アミノ安息香酸ナトリウム、1gのナイアシン、1gのパントテン酸カルシウム、1gの塩酸ピリドキシン、1gのチアミン塩酸塩、25gのイノシトールおよび残部の水を含む。
流加培地の調合物が、容量1Lにつき、800gのグルコース、5.125gの硫酸マグネシウム七水和物、3.5gの硫酸カリウム、0.28gの硫酸ナトリウム、9gのリン酸二水素カリウムと1gのトリプトファン、および残部の水を含む。
調合前に、以下の工程をさらに含む:
a)固体選択培地中の組換え株を活性化する工程、
b)液体選択培地中での振盪培養後、組換え株を種培地に移して培養し、種液を得る工程。
ここで固体又は液体選択培地は、SD−Ura−His−Leu培地である。
前記工程b)における培養条件は、30℃、250rpmであり、接種工程ではフレームループ接種を行う。
特に、上記調合法において、種液の培養方法では、組換え株を活性化した後、プレート上のモノクローナルコロニーを採取し、SD−Ura−His−Leu培地を含む試験管内に接種し、250rpmで振盪し、30℃で一晩培養、500μLの株培養物を50mLのSD−Ura−His−Leu培地を含む250mL容三角フラスコにピペッティングし、250rpmで振盪し30℃で24時間培養し、2mLの株培養物を100mLの種培地を含む3つの1L容三角フラスコにそれぞれピペッティングし、250rpmで振盪し、30℃で48時間培養する。
上記β−エレメンの生産方法において、有機溶媒はn−ドデカンであり、加熱条件は100〜380℃で1時間の加熱である。
ゲルマクレンAの生合成経路を示す。 GC−MS試験のクロマトマップ(chromatomap)である。
特に記載の無い限り、下記実施例にて用いた実験方法は従来の方法である。
特に記載の無い限り、下記実施例にて用いた材料、試薬その他は市販されているものである。
図1はゲルマクレンAの生合成経路を示す。
〔実施例1:使用する標的遺伝子及びプラスミドの調製〕
1.標的遺伝子の調製
(1)ADH2、ALD6、ASC1、MF1、TEF1及びCYC1の取得
酵母NK2−SQのゲノムDNA(China Journal of Chinese
Materia Medica、Lin Tingting、Wang Dong、Dai Zhubo、Zhang Xueli、Huang Luqi、2016、41(6):1008-1015)を鋳型として抽出し、表1における遺伝子増幅で必要とされるプライマーを用いて増幅し、所望サイズを有するADH2、ALD6、ASC1遺伝子断片、プロモーターMF1、TEF1およびターミネーターCYC1を得た。
PCR増幅キットTAKARA PrimeSTAR(登録商標)HS DNAポリメラーゼを用いて増幅系を構築した(TAKARA)。増幅系は、5×PS緩衝液(10μL)、dNTPMix(4μL)、プライマー(各1μL)、ゲノムDNA鋳型(1μL)、PrimeSTAR(登録商標)HSポリメラーゼ(2.5U/μL)(0.5μL)、及び総量50μLとなるよう添加する蒸留水を含む。増幅条件は、予備変性を98℃で3分(1サイクル)、変性を98℃で10秒、アニーリングを55℃で15秒、伸長を72℃で2.5分(30サイクル)、さらに伸長を72℃で10分(1サイクル)とした。
(2)タンジン(Salvia miltiorrhiza)由来ファルネシルピロ燐酸シンターゼ遺伝子SynSmFPS及びナツシロギク(Tanacetum parthenium)由来ゲルマクレンAシンテターゼ遺伝子STpGMAの取得
Nanjing GenScript Biotechnology Co.,Ltd.により、SynSmFPS(配列番号2、タンジン(Salvia miltiorrhiza)由来)及びSTpGMAS(配列番号3、ナツシロギク(Tanacetum parthenium)由来)遺伝子の配列に従って全長プライマーを設計し、さらに鋳型DNAをOVERLAP法を用いて形成した。SynSmFPS(配列番号2)及びSTpGMAS(配列番号3)の二重鎖DNAをPCR増幅法により得て、続いてPCR産物をクローニングベクターpUC57(Nanjing GenScript Biotechnology Co.,Ltd.)に形質転換、クローニングし、SynSmFPS遺伝子とSTpGMAS遺伝子をそれぞれ含むpUC57−SynSmFPSおよびpUC57−STpGMASクローニングプラスミドを構築した。
(3)酵母由来ファルネシルピロ燐酸シンターゼ遺伝子ERG20-GGGS及びレタス由来ゲルマクレンAシンテターゼ遺伝子GGGS−LsLTC2の取得
レタスの葉を200mg採取し、液体窒素で粉砕し、続いてその全RNAをCTAB法(臭化セチルトリメチルアンモニウム法)によって抽出した。すなわち、1mlの2×C
TAB抽出液(2%CTAB、100mMのTris−HCl、PH8.0、20mMのEDTA溶液(エチレンジアミン四酢酸)及び1.4MのNaCl溶液)を1.5mlの遠心分離管に加えた。65℃の予備加熱後、20μLの2-メルカプトエタノールを加え、少量のレタス葉粉末(約50mg)をこれに加え、続いてこれらをよく混合、65℃で10分維持し、5回振盪し、12、000rpmで10分、4℃で遠心分離した。得られた上清を取り除き、等量のクロロホルム/イソアミルアルコールで抽出し、12、000rpmで10分、4℃で遠心分離した。得られた上清を取り除き、等量のクロロホルム/イソアミルアルコールで抽出し、12、000rpmで10分、4℃で遠心分離した。得られた上清を取り除き、1/6量のクロロホルム/イソアミルアルコールで抽出し、15、000rpmで30分、4℃で遠心分離した。得られた上清を取り除き、これに1/4量の10mol/L LiClを加え、4℃で一晩維持し、15、000rpmで30分、4℃で遠心分離した。上清を廃棄し、得られた沈殿物を75%エタノールで2回洗浄し、無水エタノールで1回洗浄し、スーパークリーンベンチ上に15分(室温)置いた。これを20μLのmilliQ DEPC−処理水(この溶媒はmilliQ純水であり、溶質はピロ炭酸ジエチルであり、ピロ炭酸ジエチル:水の容積比は1:1000であった)に溶解し、これに対して1/10量の2mol/LのNaAC(pH4.0)と2容量の無水エタノールを加え、−20℃で2時間維持し、12、000rpmで10分、4℃で遠心分離した。得られた上清は廃棄し、得られた沈殿物を75%エタノールで2回洗浄し、無水エタノールで1回洗浄し、スーパークリーンベンチ上に15分(室温)置き、これに15μLのmilliQ DEPC−処理水を加え、沈殿物を完全に溶解させ、−70℃で保存した。
第1鎖逆転写−PCR:RNaseフリーPCR管を用い、本系を第1鎖逆転写キット((TaKaRa Biotechnology(Dalian)Co.,Ltd.):Radom 6 Mers(2μL)、dNTP(1μL)、全RNA(1μL)(200ng)、HO(6μL)、全10μL)に従い構築した。一時遠心分離(transient centrifugation)を行った。PCRを65℃で5分行い、氷上で急冷してから、これを以下系(第1鎖逆転写キットに付随:5×プライマー緩衝液(4μL)、RNA阻害剤(0.5μL)、R−転写(1μL)、HO(4.5μL))に加えて反応させた。一時遠心分離を行い、PCR装置にて反応させた(30℃で10分、42℃で60分、70℃で15分、そして4℃で維持)。
NK2−SQゲノムDNAおよびレタスcDNAをそれぞれ鋳型として用い、表2のプライマーを用いて増幅し、約1068bpのERG20−GGGS(配列番号11中13位〜1686位の1つはERG20であった)および1688bpのGGGS−LsLTC2(配列番号12中1位〜1056位の1つはLsLTC2であった)を得た。
PCR増幅キット、Phusion High−Fidelity PCR Master MixとHF緩衝液(NEB Co.,Ltd(北京)から購入)によりこの系を構築した。増幅系は、5×Phusion HF緩衝液(10μL)、dNTP(各10mMのdNTP)(1μL)、DNA鋳型(20ng)、プライマー(10μM、各1.5μL)、Phusion High−Fidelity DNAポリメラーゼ(2.5U/μL)(0.5μL)、および総量50μLとなるよう添加する蒸留水を含む。増幅条件は、予備変性を98℃で3分(1サイクル)、変性を98℃で10秒、アニーリングを58℃で10秒、伸長を72℃で1分(30サイクル)さらに伸長を72℃で10分(1サイクル)とした。
2.組換えプラスミドの構築
(1)プラスミドpM2−ADH2
上記「1.標的遺伝子の調製」における増幅により得たADH2及びプラスミドpM2−tHMG1(中国特許ZL201310399947.Xに記載)をSexA1(NEB Co.,Ltd(北京)から購入)とAsc1(NEB Co.,Ltd(北京)から購入)を用いて二重酵素消化し、1052bpのADH2酵素消化産物及び4738bpの酵素消化プラスミドpM2−tHMG1基本骨格を得て、ADH2酵素消化産物を次いで酵素消化プラスミドpM2−tHMG1基本骨格にライゲートし、組換えプラスミドpM2−ADH2を得た。
(2)プラスミドpM4−ACS1
上記「1.標的遺伝子の調製」における増幅により得たACS1及びプラスミドpM4−AtCPR1(中国特許ZL201310399947.Xに記載)をSexA1とAsc1を用いて二重酵素消化し、2201bpのACS1酵素消化産物及び5061bpの酵素消化プラスミドpM4−AtCPR1基本骨格を得て、ACS1酵素消化産物を次いで酵素消化プラスミドpM4−AtCPR1基本骨格にライゲートし、組換えプラスミドpM4−ACS1を得た。
(3)プラスミドpM3−ALD6
上記「1.標的遺伝子の調製」における増幅により得たALD6及びプラスミドpM3−ERG9(中国特許ZL201310399947.Xに記載)をSexA1とAsc1を用いて二重酵素消化し、1511bpのALD6酵素消化産物及び4598bpの酵素消化プラスミドpM3−ERG9基本骨格を得て、ALD6酵素消化産物を次いで酵素消化プラスミドpM3−ERG9基本骨格にライゲートし、組換えプラスミドpM3−ALD6を得た。
(4)プラスミドpRS313−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1及びpRS425−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1の構築
上記「1.標的遺伝子の調製」における増幅により得たTEF1をSexA1を用いて酵素消化し、440bpのTEF1酵素消化産物を得た。
上記「1.標的遺伝子の調製」における増幅により得たCYC1をAsc1を用いて酵素消化し、322bpのCYC1酵素消化産物を得た。
pUC57−STpGMASをSexA1とAsc1を用いて酵素消化し、また1694bpのSTpGMASを回収した。
各50ngの酵素消化産物、TEF1、CYC1及びSTpGMASを、2μLの10×T4DNAリガーゼ反応緩衝液(NEB)、1μLのT4DNAリガーゼ(NEB、400,000付着端単位/ml)、20μLになるよう添加する蒸留水を含む、ライゲー
ション系に加えた。これらは室温で2時間反応させ、ライゲーション産物を得た。
1μLのライゲーション産物を、5×Phusion HF緩衝液(10μL)、dNTP(10mMの各dNTP、1μL)、DNA鋳型(20ng)、並びに表3のSac11−TEF1及びCYC1−Sac11プライマー(10μM、各1.5μL)、Phusion High−Fidelity DNAポリメラーゼ(2.5U/μL、0.5μL)、及び総量50μLとなるよう添加する蒸留水を含む、PCR系(Phusion
High−Fidelity PCR Master Mix with HF緩衝液キット、NEB)に加えた。増幅条件は、予備変性を98℃で3分(1サイクル)、変性を98℃で10秒、アニーリングを58℃で10秒、伸長を72℃で1.5分(30サイクル)さらに伸長を72℃で10分(1サイクル)とした。2456bpのPCR増幅産物が得られた。
増幅産物を精製してから、SacIIを用いて酵素消化を行った。標的断片SacII−TEF1−STpGMAS−CYC1−SacIIをゲルから回収し、調製して用いた。
プラスミドpRS313(Sikorski、R.S.及びHieter,P.1989、Genetics 122(1):19-27)及びpRS425(Sikorski、R.S.及びHieter,P.1989、Genetics122(1):19-27)を、それぞれSacIIを用いて酵素消化し、4967bpのpRS313ベクター断片及び6849bpのpRS425ベクター断片を得た。4μLのNEB緩衝液及び1μLのCIP脱リン酸化酵素 (NEB)を加え、蒸留水を添加して40μLとした。これを37℃で1時間処理し、最終濃度10μmolのEDTAを加えた。65℃で30分維持し、反応を終わらせ、pRS313−SacIIベクター断片及びpRS425−SacIIベクター断片をゲルから回収した。
上記工程「1.標的遺伝子の調製」における増幅において得た各50ngのベクター断片、pRS313−SacII、pRS425−SacII及びSacII−TEF1−STpGMAS−CYC1−SacIIをそれぞれ、2μLの10×T4DNAリガーゼ反応緩衝液(NEB))、1μLのT4DNAリガーゼ(NEB、400,000付着端単位/ml)、20μLとなるよう添加する蒸留水を含むライゲーション系に加えた。これらは室温で2時間反応させ、ライゲーション産物を得て、これをTrans10コンピテント細胞に導入し、配列決定により、プラスミドpRS313−HIS3−PTEF1−STpGMAS−TCYC1及びpRS425−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1の取得を確認した。
プラスミドpRS313−HIS3−PTEF1−STpGMAS−TCYC1を鋳型として用い、6692bpのプラスミドpRS313−TEF1−STpGMAS−CYC1基本骨格を、表3のプライマーを用いて増幅した。
pRS425を鋳型として用い、LEU2(1808bp)を表3のプライマーを用いて増幅した。
増幅系は、5×Phusion HF緩衝液(10μL)、dNTP(10mMの各dNTP、1μL)、DNA鋳型(20ng)、プライマー(10μM、各1.5μL)、Phusion High−Fidelity DNAポリメラーゼ(2.5U/μL、0.5μL)、及び総量50μLとなるように添加する蒸留水を含む。増幅条件は、予備変性を98℃で3分(1サイクル)、変性を98℃で10秒、アニーリングを58℃で10秒、伸長を72℃で4分(30サイクル)、さらに伸長を72℃で10分(1サイクル)
とした。
標的断片は、ゲルから精製した。2μLの10×T4 DNAリガーゼ反応緩衝液(NEB)及び1μLのT4ポリヌクレオチドキナーゼ(NEB)をLEU2断片の産物に加え、総量20μLとなるよう蒸留水を添加した。リン酸化を37℃で1時間行い、ゲルからの回収後、これをT4DNAリガーゼ(NEB)によりpRS313−PTEF1−STpGMAS−TCYC1にライゲートし、形質転換し、配列決定によってプラスミドpRS313−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1の取得を確認した。
(5)プラスミドpRS425-LEU2-PTEF1-SynSmFPS-GGGS-STpGMAS-TCYC1の構築
pUC57−SynSmFPS及びpUC57−STpGMASを鋳型として用い、1080bpのSynSmFPS−GGGS及び1704bpのGGGS−STpGMASを表4のプライマーを用いる増幅により得た。
増幅系は、5×Phusion HF緩衝液(10μL)、dNTP(10mMの各dNTP、1μL)、DNA鋳型(20ng)、プライマー(10μM、各1.5μL)、Phusion High−Fidelity DNAポリメラーゼ(2.5U/μL、0.5μL)及び総量50μLとなるよう添加する蒸留水を含む。増幅条件は、予備変性を98℃で3分(1サイクル)、変性を98℃で10秒、アニーリングを58℃で10秒、伸長を72℃で1分(30サイクル)、伸長を72℃で10分(1サイクル)とした。
SynSmFPS−GGGS及びGGGS−STpGMASを共に鋳型として用いて、また表4のプライマー(SexA1−SynSmFPS及びSTpGMAS−Asc1)を用いた増幅により、2767bpのSynSmFPS−GGGS−STpGMAS断片を得た。
増幅系は、5×Phusion HF緩衝液(10μL)、dNTP(10mMの各dNTP、1μL)、DNA鋳型SynSmFPS−GGGS及びGGGS−STpGMAS(各20ng)、プライマー(10μM、各1.5μL)、Phusion High−Fidelity DNAポリメラーゼ(2.5U/μL、0.5μL)、及び総量50
μLとなるよう添加する蒸留水を含む。増幅条件は、予備変性を98℃で3分(1サイクル)、変性を98℃で10秒、アニーリングを58℃で10秒、伸長を72℃で2分(30サイクル)、伸長を72℃で10分(1サイクル)とした。
増幅産物を精製し、SexA1とAsc1で酵素消化し、標的断片SexA1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−Asc1(2760bp)をゲルから回収、調製して使用した。
上記項目(4)において構築したプラスミドpRS425−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1をSexA1とAsc1で酵素消化し、7602bpの大きな断片をゲルから回収した結果、ベクターpRS425−LEU2−PTEF1−...−TCYC1を得た。各50ngのベクターpRS425−LEU2−PTEF1−...−TCYC1及びSexA1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−Asc1を、2μLの10×T4DNAリガーゼ反応緩衝液(NEB)、1μLのT4DNAリガーゼ(NEB、400,000付着端単位/ml)、及び20μLとなるよう添加する蒸留水を含むライゲーション系に加えた。これらを室温で2時間反応させ、ライゲーション産物を得て、これをTrans10コンピテント細胞に導入し、プラスミドを抽出し配列決定によってプラスミドpRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1の取得を確認した。
(6)プラスミドpRS425−LEU2−PMF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1の構築
上記「1.標的遺伝子の調製」にて得たMF1及び上記項目(5)において構築したプラスミドpRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1をそれぞれ、BamH1(TaKaRaより購入)とSexA1を用いて二重酵素消化した。814bpの標的プロモーター遺伝子MF1及び9898bpのベクター断片pRS425−LEU2−...−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1をゲルから精製し、この2つ(各50ng)を、2μLの10×T4DNAリガーゼ反応緩衝液(NEB)、1μLのT4DNAリガーゼ(NEB、400,
000付着端単位/ml)、及び20μLとなるよう添加する蒸留水を含むライゲーション系に加えた。これらを室温で2時間反応させライゲーション産物を得て、Trans10コンピテント細胞を形質転換し、プラスミドを抽出、配列決定により確認した。得られたプラスミドで正しい配列と一致したものを、pRS425−LEU2−PMF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1と名付けた。
(7)プラスミドpM2−ERG20−GGGS−LsLTC2の構築
ERG20−GGGSとGGGS−LsLTC2を共に鋳型として用い、約2744bpのERG20−GGGS−LsLTC2断片を、表5のプライマー(SexA1−ERG20及びLsLTC2−Asc1)を用いる増幅により得た。
増幅系は、5×Phusion HF緩衝液(10μL)、dNTP(各10mMのdNTP、1μL)、DNA鋳型ERG20-GGGS及びGGGS−LsLTC2(各20ng)、プライマー(10μM、各1.5μL)、Phusion High−Fidelity DNAポリメラーゼ(2.5U/μL、0.5μL)、及び総量50μLとなるよう添加する蒸留水を含む。増幅条件は、予備変性を98℃で3分(1サイクル)、変性を98℃で10秒、アニーリングを58℃で10秒、伸長を72℃で2分(30サイクル)さらに伸長を72℃で10分(1サイクル)とした。
増幅産物を精製し、SexA1とAsc1で酵素消化し、標的断片SexA1−ERG20−GGGS−LsLTC2−Asc1(約2744bp)をゲルから回収し、酵素消化プラスミドベクターpM2−tHMG1基本骨格とライゲートして、組換えプラスミドpM2−ERG20−GGGS−LsLTC2を得た。
(8)プラスミドpEASY−NDT80−HIS3の構築
NK2−SQゲノムDNAとpRS313を鋳型として用い、1252bpのNDT80(配列番号13)及び1168bpのHIS3(配列番号14)を、表6のプライマーを用いる増幅によって得た。
増幅系は、5×Phusion HF緩衝液(10μL)、dNTP(各10mMのdNTP、1μL)、DNA鋳型(20ng)、プライマー(10μM、各1.5μL)、
Phusion High−Fidelity DNAポリメラーゼ(2.5U/μL、0.5μL)及び総量50μLとなるよう添加する蒸留水を含む。増幅条件は、予備変性を98℃で3分(1サイクル)、変性を98℃で10秒、アニーリングを58℃で10秒、伸長を72℃で1分(30サイクル)、さらに伸長を72℃で10分(1サイクル)とした。
増幅産物NDT80をpEASY−Blunt Simpleクローニングベクター(pEASYクローニングベクター、北京TransGen Biotech Co.,Ltd.)にクローニングし、Trans10コンピテント細胞を形質転換し、プラスミドを抽出、配列決定により確認したところ、プラスミドpEASY−NDT80が得られた。
pEASY−NDT80をPmeI(NEB Co.,Ltd.(北京)より購入)を用いて酵素消化し、5122bpの標的断片(30ng)をゲルから精製し、4μLのNEB緩衝液(反応緩衝液、NEB Co.,Ltd.(北京)より購入)及び1μLのCIP脱リン酸化酵素(NEB)を加え、蒸留水を40μLとなるまで添加した。これを37℃で1時間処理し、EDTAを最終濃度10μmolで加え、65℃で30分維持してから反応を終了させた。5122bpの標的断片pEASY−NDT80をゲルから回収、調製して使用した。
HIS3(30ng)をゲルから精製し、4μLの10×T4DNAリガーゼ反応緩衝液(NEB)と1μLのT4ポリヌクレオチドキナーゼ(NEB)を加え、蒸留水を40μLとなるまで添加し、これを37℃で1時間リン酸化した。ゲルからの回収後、T4DNAリガーゼ(NEB)を用いてpEASY−NDT80とライゲートし、これでTrans10コンピテント細胞を形質転換し、配列決定によってプラスミドpEASY−NDT80-HIS3の取得を確認した。
上述のように構築したプラスミドの情報を下表7に示す。
(9)プラスミドpEASY−rDNA−TRP1の構築
NK2−SQゲノムDNAとpRS314(Sikorski、R.S.及びHieter,P.1989,Genetics122(1):19-27)をそれぞれ鋳型として用い、表8のプライマーを用いる増幅によってrDNA(配列番号9)及びTRP1(配列番号10)を得た。
増幅系は、5×Phusion HF緩衝液(10μL)、dNTP(各10mMのdNTP、1μL)、DNA鋳型(20ng)、プライマー(10μM、各1.5μL)、Phusion High−Fidelity DNAポリメラーゼ(2.5U/μL、0.5μL)及び総量50μLとなるよう添加する蒸留水を含む。増幅条件は、予備変性を98℃で3分(1サイクル)、変性を98℃で10秒、アニーリングを58℃で10秒、伸長を72℃で1分(30サイクル)、さらに伸長を72℃で10分(1サイクル)とした。
増幅産物rDNAをpEASY−Blunt Simple クローニングベクターにクローニングし、Trans10コンピテント細胞を形質転換し、プラスミドを抽出、配列決定によってプラスミドpEASY−rDNAの取得を確認した。
pEASY−rDNAをPmeIを用いて酵素消化し、5122bpの標的断片(30ng)をゲルから精製し、4μLのNEB緩衝液と1μLのCIP脱リン酸化酵素(NEB)を加え、蒸留水を総量40μLとなるまで添加した。これを37℃で1時間処理し、これにEDTAを最終濃度10μmolで加え、65℃で30分維持してから反応を終了させた。5122bpの標的断片pEASY−rDNAをゲルから回収、調製して用いた。
TRP1(30ng)をゲルから精製し、4μLの10×T4DNAリガーゼ反応緩衝液(NEB)及び1μLのT4ポリヌクレオチドキナーゼ(NEB)を加え、蒸留水を総量40μLとなるまで添加し、これを37℃で1時間リン酸化した。ゲルからの回収後、T4DNAリガーゼ(NEB)を用いて、pEASY−rDNAとライゲートし、Trans10コンピテント細胞を形質転換し、配列決定によってプラスミドpEASY−rDNA−TRP1の取得を確認した。
〔実施例2:組換え株の構築〕
1.酵母コンピテント細胞の調製
元の株をそれぞれ対応する培地(表13)で30℃、250rpmで一晩培養した。1mLの培養懸濁液(OD約0.6〜10)を1.5mLのEP管に加え、10,000gで1分、4℃で遠心分離した。得られた上清を廃棄し、沈殿物を滅菌水で洗浄(4℃)し、同条件下で遠心分離し、得られた上清を廃棄した。1mLの処理溶液(10mMのLiAc(酢酸リチウム)、10mMのDTT(ジチオスレイトール)、0.6Mのソルビトール、10mMのTris−HCl(トリス(ヒドロキシメチル)アミノメタン塩酸塩緩衝液、pH7.5)、DTTを処理溶液使用直前に加えた)を酵母に加え、これを25℃で20分維持した。遠心分離後、上清を廃棄し、1mLの1Mソルビトール(0.22μmの水性膜を通してろ過、滅菌した)を再懸濁した酵母に加え、これを遠心分離し、最終容量が約90μLとなるまで上清を廃棄した(1Mソルビトールで2回再懸濁)。
2.FPP−001株の構築
1)NDT80−HIS3−up、PPGK1−ADH2−TADH1、PTDH3−ACS1−TTPI1、PTEF1−ALD6−TCYC1及びNDT80−HIS3−downの調製
PGK1−ADH2−TADH1、PTDH3−ACS1−TTPI1及びPTEF
−ALD6−TCYC1は、アルコールデヒドロゲナーゼ2、アセチル−CoAシンテターゼ1、及びアセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ6をそれぞれ担持する、発現カセットであり、NDT80−HIS3−up及びNDT80−HIS3−downは、それぞれHIS3の上流及び下流ホモロジーアームであり、断片はそれぞれ以下の方法に従って増幅した。
機能モジュールは、表9に記載のPCRの鋳型とプライマーを用いたPCRによりそれぞれ、698bpのM1(NDT80−HIS3−up)、2081bpのM2(PPGK1−ADH2−TADH1)、3519bpのM3(PTDH3−ACS1−TTPI1)、2376bpのM4(PTEF1−ALD6−TCYC1)、1835bpのM5(NDT80−HIS3−down)が得られた。
増幅系は、5×Phusion HF緩衝液(10μL)、dNTP(各10mMのdNTP、1μL)、DNA鋳型(20ng)、プライマー(10μM、各1.5μL)、Phusion High−Fidelity DNAポリメラーゼ(2.5U/μL、0.5μL)、及び総量50μLとなるよう添加する蒸留水を含む。増幅条件は、予備変性を98℃で3分(1サイクル)、変性を98℃で10秒、アニーリングを58℃で10秒、伸長を72℃で2分(30サイクル)さらに伸長を72℃で10分(1サイクル)とした。産物はゲルから回収し保存した。

2)FPP−001株の構築
元株サッカロマイセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)NK2−SQをSD−Ura液体培地(0.8%酵母選択培地SD−Ura−Trp−His(Beijing FunGenome Technology Co.,Ltd.)、2%グルコース、0.005%His、0.01%Trp)で一晩培養し、コンピテント細胞に調製した。次いで、表9の形質転換断片M1、M2、M3、M4及びM5を総量5μg(モル比=1:1:1:1:1)で加え、よく混合し電気ショックカップに移して、電気的なショックを2.7kvで5.7ms与え、これに1mLの1Mソルビトールを加え、30℃で1時間蘇生させ、SD−Ura−His培地上に広げ、30℃で36時間以上培養した。スクリーニング培地組成の成分は、0.8%酵母選択培地SD−Ura−Trp−His(Beijing FunGenome Technology Co.,Ltd.)、2%グルコース及び0.01%Trpであった。真陽性クローンはPCR
により同定しFPP−001株と名付けた。
3.ELE−001及びELE−002株の構築
元株サッカロマイセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)FPP−001をSD−Ura−His液体培地で一晩培養し、コンピテント細胞に調製した。次いで、プラスミドpRS313−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1及びpRS425−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1をそれぞれ加え、よく混合し電気ショックカップに移して、電気的なショックを2.7kvで5.7ms与え、これに1mLの1Mソルビトールを加え、30℃で1時間蘇生させ、SD−Ura−His−Leu培地上に広げて、30℃で36時間以上培養した。スクリーニング培地組成の成分は、0.8%酵母選択培地SD−Ura−Trp−His(Beijing FunGenome Technology Co.,Ltd.)、2%グルコース及び0.01%Trpであった。真陽性クローンはPCRにより同定し、それぞれELE−001株(これにプラスミドpRS313−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1を導入した)とELE−002株(これにプラスミドpRS425−LEU2−PTEF1−STpGMAS−TCYC1を導入した)と名付けた。
4.ELE−011株の構築
FPP−001コンピテント細胞を上記項目3の工程に従って調製した。次いで、これにプラスミドpRS425−LEU2−PTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1を加え、よく混合し電気ショックカップに移して、電気的なショックを2.7kvで5.7ms与え、これに1mLの1Mソルビトールを加え、30℃で1時間蘇生させ、SD−Ura−His−Leu培地上に広げ、30℃で36時間以上培養した。真陽性クローンはPCRにより同定しELE−011株と名付けた。
5.ELE−012〜ELE−019株の構築
プラスミドpRS425-LEU2-PTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1を鋳型として用い、PCR増幅を表11のプライマーを用いて行い、異なるプライマーに対応する増幅産物を得た。次いで、異なるプライマーに対応する増幅産物をそれぞれ酵母FPP-001に導入し、それ自身の相同組換えを実施し、組換え株ELE−012〜ELE−018をそれぞれ得た。ベクター中の融合タンパク質SynSmFPS−GGGS−STpGMASのリンカーペプチドGGGSは、それぞれ3A001、4A001、5A002、6A005、6B004、8A005、12A003と置換した(表10に示す通り)。
プラスミドpRS425−LEU2−PMF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1を鋳型として用い、PCR増幅を表10(表11)のプライマーと8A005のリンカーペプチドとを用いて行い、異なるプライマーに対応する増幅産物を得た。次いで異なるプライマーに対応する増幅産物をそれぞれ酵母FPP-001に導入し、それ自身の相同組換えを実施し、組換え株ELE−019を得た。ベクター中の融合タンパク質SynSmFPS−GGGS−STpGMASのリンカーペプチドGGGSは、8A005と置換した。
特定の反応条件は以下の通り。
上記増幅系は、5×Phusion HF緩衝液(10μL)、dNTP(各10mMのdNTP、1μL)、DNA鋳型(20ng)、プライマー(表11に示す)(10μM、各1.5μL)、Phusion High−Fidelity DNAポリメラーゼ(2.5U/μL、0.5μL)及び総量50μLとなるよう添加する蒸留水を含む。増幅条件は、予備変性を98℃で3分(1サイクル)、変性を98℃で10秒、アニーリングを58℃で10秒、伸長を72℃で5.5分(30サイクル)、さらに伸長を72℃で10分(1サイクル)とした。
増幅産物は、精製後にDpnI酵素(Fermentas Company)を用いて消化した。この系は5×Fast Digest Green緩衝液(4μL)、精製産物(34μL)、DpnI(2μL)を含む。酵素消化温度及び反応時間はそれぞれ37℃、1時間であった。最後にこれをゲルから回収し保存した。
FPP−001コンピテント細胞を上記項目3の工程に従って調製した。次いで、上記工程でゲルから回収して得た産物をそれぞれ加え、よく混合し、電気ショックカップに移して、電気的なショックを2.7kvで5.7ms与え、これに1mLの1Mソルビトールを加え、30℃で1時間蘇生させ、それぞれSD−Ura−His−Leu培地上に広げて30℃で36時間以上培養した。真陽性クローンはPCRにより同定し、それぞれELE−012株〜ELE−019株と名付けた。
6.組換え株ELE−020の構築
1)PPGK1−ERG20−GGGS−LsLTC2−TADH1、PTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1、rDNA−TRP1−up及びrDNA−TRP1−downの調製
PGK1−ERG20−GGGS−LsLTC2−TADH1およびPTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1は、酵母ファルネシルピロ燐酸
シンターゼとレタス由来ゲルマクレンAシンテターゼとの融合タンパク質、コドン最適化タンジン(Salvia miltiorrhiza)由来ファルネシルピロ燐酸シンターゼとコドン最適化ナツシロギク(Tanacetum parthenium)由来ゲルマクレンAシンテターゼとの融合タンパク質をそれぞれ担持する発現カセットであり、rDNA−TRP1−up及びrDNA−TRP1−downはそれぞれ、rDNAの上流及び下流相同アームであり、これら断片を、下記方法に従い増幅した。
機能モジュールはそれぞれ、表12に記載の鋳型及びプライマーを用いるPCRによって得た。
M1(rDNA−TRP1−up)、
M2(PPGK1−ERG20−GGGS−LsLTC2−TADH1)、
M3(PTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1)、
M4(rDNA−TRP1−down)。
増幅系は、5×Phusion HF緩衝液(10μL)、dNTP(各10mMのdNTP、1μL)、DNA鋳型(20ng)、プライマー(10μM、各1.5μL)、Phusion High−Fidelity DNAポリメラーゼ(2.5U/μL、0.5μL)及び総量50μLとなるよう添加する蒸留水を含む。増幅条件は、予備変性を98℃で3分(1サイクル)、変性を98℃で10秒、アニーリングを58℃で10秒、伸長を72℃で2分(30サイクル)さらに伸長を72℃で10分(1サイクル)とした。産物はゲルから回収し保存した。
元酵母(Saccharomyces cerevisiae)ELE−019株はSD−Ura−His−Leu液体培地で一晩培養し、コンピテント細胞に調製した。次いで、表12の形質転換断片M1、M2、M3及びM4を総量4μg(モル比=1:1:1:1)で加え、よく混合し電気ショックカップに移して、電気的なショックを2.7kvで5.7ms与え、これに1mLの1Mソルビトールを加え、30℃で1時間蘇生させ、SD−Ura−His−Leu−Trp培地上に広げ、30℃で36時間以上培養した。スクリーニング培地組成の成分は0.8%酵母選択培地SD−Ura−His−Leu−Trp(Beijing FunGenome Technology Co.,Ltd.)、2%グルコースであった。真陽性クローンはPCRにより同定しELE−020株と名付けた。
ELE−020組換え株は2017年10月20日付で中国科学院微生物研究所(the China General Microbiological Culture Collection Center、CGMCC)に寄託された。寄託先住所はBuilding 3、No.1 West Beichen Road、Chaoyang District、北京であった。本株名はサッカロマイセス・セレビシエ、ラテン名はSaccharomyces cerevisiaeであり、またその寄託番号はCGMCC No.14829であった。
全ての上記操作株の情報を表13に示す。
〔実施例3:β−エレメン生産における組換え株の適用〕
1.操作株培養物及び産物の抽出
実施例2にて調製した全操作酵母株を対応固形選択培地SD−Ura−His−Leuにて活性化し、種溶液を対応液体選択培地SD−Ura−His−Leu(30℃、25
0rpm、16h)にて調製し、15mLの対応液体選択培地を含む100mL容三角フラスコに1%量を接種し、250rpmで振盪し、30℃で1日培養した。次いで、1.5mLのn−ドデカンをこれに加え、振盪、培養を5日間継続して行った。最後に、三角フラスコ内の液体を50mLの遠心分離管に移し、遠心分離を5,000rpmで5分行い、有機相を回収して使用した。
2.β−エレメン変換並びにその定性及び定量分析
1)β−エレメン変換
上記有機相サンプルを通風室内の油槽中、100〜380℃(180℃)で1時間加熱し、変換材料を得た。
2)検出
変換材料をn-ヘキサンで10倍希釈し、有機ナイロン膜(0.22μm)でろ過し、GC-MSを用いて検出した。試験機器は、Agilent GCMSD Agilent 7890A/5975Cであり、GC-MS測定条件は、入口温度250℃、注入量1μL、スプリットレス、溶媒遅延3分であり、カラムはHP-5ms(30m×0.25mm)であり、クロマトグラフィー条件は、45℃で1分、10℃/分で300℃まで予熱し、5分維持し、MS条件は、Full Scanで50〜750amuであった。China National Institutes for Food and Drug Controlから購入した標準β−エレメン(Cat.No.100268)を用いて定性及び定量分析を行った。図2は、実施例2にて調製した全操作酵母株が産生したβ−エレメンのGC-MS試験のクロマトマップである。
その結果、6日間発酵後の各操作株の収量は以下の通りであった。
操作株ELE−001及びELE−002は、FPP−001に基づく低コピー数及び高コピー数のSTpGMASの導入により得られた。ここで、ELE−001のβ−エレメンの収量は9.3mg/Lに達し、またELE−002のβ−エレメンの収量は22.1mg/Lに達した。
操作株ELE−011は、FPP−001に基づく高コピー数の融合タンパク質遺伝子SynSmFPS−GGGS−STpGMASの導入により得られ、β−エレメンの収量は101.1mg/Lに達した。
操作株ELE−012〜ELE−019(そのプロモーターとリンカーはそれぞれ、TEF1と3A001、TEF1と4A001、TEF1と5A002、TEF1と6A005、TEF1と6B004、TEF1と8A005、TEF1と12A003、MF1と8A005)は、FPP−001に基づく高コピー数の融合タンパク質遺伝子SynSmFPS−Linker−STpGMASの導入により得られた。
操作株ELE−020は、ELE−019に基づく融合タンパク質遺伝子PPGK1−ERG20−GGGS−LsLTC2−TADH1及びPTEF1−SynSmFPS−GGGS−STpGMAS−TCYC1の組換え及び導入により得られた。
ELE−012〜ELE−020株を用いて生産されたβ−エレメンの収量はそれぞれ、2.2mg/L(培養液に対して)、35.5mg/L、110.4mg/L、108.6mg/L、73.6mg/L、109.7mg/L、48.3mg/L、158.1mg/L及び469mg/Lであった。
3.バイオリアクター発酵培養
1)培地の組成
塩化カルシウム母液:19.2g/Lの塩化カルシウム二水和物の水溶液。
微量金属塩母液:19.1g/Lのエチレンジアミン四酢酸二ナトリウム、10.2g/Lの硫酸亜鉛七水塩、0.5g/Lの塩化マンガン四水和物、0.86g/Lの塩化コバルト六水和物、0.78g/Lの硫酸銅五水和物、0.56g/Lのモリブデン酸ナトリウム二水和物及び5.12g/Lの亜硫酸鉄七水和物。
ビタミン母液:0.05g/Lのビオチン、0.2g/Lのp-アミノ安息香酸ナトリウム、1g/Lのナイアシン、1g/Lのパントテン酸カルシウム、1g/Lの塩酸ピリドキシン、1g/Lのチアミン塩酸塩及び25g/Lのイノシトール。
種培地及び発酵培地:25g/Lのグルコース、15g/Lの硫酸アンモニウム、6.15g/Lの硫酸マグネシウム七水和物、0.72g/Lの硫酸亜鉛七水塩、8g/Lのリン酸二水素カリウム、2mL/Lの塩化カルシウム母液、10mL/Lの微量金属塩母液、12mL/Lのビタミン母液、1g/Lのトリプトファン及び残部の水。
流加培地:800g/Lのグルコース、5.125g/Lの硫酸マグネシウム七水和物、3.5g/Lの硫酸カリウム、0.28g/Lの硫酸ナトリウム、9g/Lのリン酸二水素カリウム、1g/Lのトリプトファン及び残部の水。
2)操作株ELE−019の発酵
操作株ELE−019は、項目1の方法に従って活性化した。プレート上のモノクローナルコロニーを採取し、SD−Ura−His−Leu培地を含む試験管に接種し、250rpmで振盪し、30℃で一晩培養した。500μLの株培養物を、50mLのSD−Ura−His−Leu培地を含む250mL容の三角フラスコにピペッティングし、250rpmで振盪、30℃で24時間培養した。
2mLの株培養物を、それぞれ100mLの種培地を含む3つの1L容の三角フラスコにピペッティングし、250rpmで振盪し30℃で48時間培養した。最後に、フレーム接種ループ(Eppendorf Company、ドイツ、モデルNo.:BioFlo(登録商標)320)を用いて種溶液を3Lの発酵培地を含む7L容の発酵タンクに接種した。
発酵プロセスにおけるパラメーター設定は、温度30℃、pH5.0、溶存酸素30%、空気流量3〜20L/分、攪拌速度300〜1000rpmであり、溶存酸素は、攪拌速度と空気流に伴いカスケージングした。溶存酸素値が60%を超える場合、発酵液中グルコース濃度が5g/Lになるまで流加培地を発酵タンクに加えた。
発酵終了の3時間前に、n−ドデカンの10%(培養液量に対して)を加え、発酵終了後に、有機相を分離した。
項目2の変換及び検出方法に従って処理を行った後、定性及び定量分析を行った。操作株ELE−019の96時間の高密度発酵後、2g/L(培養液に対して)のβ−エレメンが得られ得る。本発明の目的に応じた組換え株は、表13に記載の特定の実験実施例に限られるものではなく、項目「3」に記載の発酵方法に従った発酵培養を行ってゲルマクレンAを得ることも可能である。
本発明の実験により、本発明において、ゲルマクレンAの収量を著しく改善することのできる、ゲルマクレンAシンテターゼ遺伝子又はその融合タンパク質遺伝子の宿主酵母における発現により組換え株が取得可能であることが確かめられた。これはβ−エレメン及
び/又はゲルマクレンAの工業生産に好適であり、抗癌原料β−エレメンの生合成に有望な株や研究基盤を提供する。

Claims (20)

  1. in vivoでゲルマクレンAシンテターゼ又はゲルマクレンAシンテターゼの融合タンパク質を含む又は発現する酵母であり、
    前記ゲルマクレンAシンテターゼの融合タンパク質が、ゲルマクレンAシンテターゼ及びファルネシルピロ燐酸シンターゼを含む、
    組換え株。
  2. 前記融合タンパク質をコードする核酸が前記ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸及び前記ファルネシルピロ燐酸シンターゼをコードする核酸を含み、
    前記融合タンパク質が1つ又は複数のコードする核酸を有し、
    前記融合タンパク質をコードする複数の核酸のうち、前記ゲルマクレンAシンテターゼをコードする少なくとも2つの核酸が異なる宿主に由来し、前記ファルネシルピロ燐酸シンターゼをコードする少なくとも2つの核酸が異なる宿主に由来する、
    請求項1に記載の組換え株。
  3. 前記ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸が、配列番号3に示す核酸又は配列番号12の13位から1686位に示す核酸を含み、
    前記ファルネシルピロ燐酸シンターゼをコードする核酸が、配列番号2に示す核酸又は配列番号11の1位から1056位に示す核酸を含む、
    請求項2に記載の組換え株。
  4. 前記融合タンパク質が、前記ゲルマクレンAシンテターゼと前記ファルネシルピロ燐酸シンターゼとを連結するためのリンカーペプチドをさらに含み、
    前記リンカーペプチドが、GGGS、YGQ、PGGH、YRSQI、VIPFIS、FLYLKF、WRFSPKLQ又はHHVQESQCISTVから選択される、
    請求項1〜3のいずれか一項に記載の組換え株。
  5. 請求項1〜4のいずれか一項に記載の組換え株であって、
    in vivoで前記ゲルマクレンAシンテターゼ又は前記ゲルマクレンAシンテターゼの融合タンパク質を含む又は発現することが、前記ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸又は前記融合タンパク質をコードする核酸を前記酵母に導入することであり、
    及び/又は、
    前記ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸を前記酵母に導入することが、前記ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸を含む発現カセットを前記酵母に導入することであり、
    前記融合タンパク質をコードする核酸を前記酵母に導入することが、前記融合タンパク質をコードする核酸を含む発現カセットを前記酵母に導入することであり、
    及び/又は
    前記ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸を含む前記発現カセットが、プロモーター、前記ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸、及びターミネーターを含み、
    及び/又は、
    前記融合タンパク質をコードする核酸を含む前記発現カセットが、プロモーター、前記融合タンパク質をコードする核酸、及びターミネーターを含み、
    又は、前記プロモーターは、TEF1もしくはMF1もしくはPGK1から選択され、前記ターミネーターがCYC1もしくはADH1であり、
    又は、前記プロモーターがTEF1であり、また前記ターミネーターがCYC1であり、
    又は、前記プロモーターがMF1であり、また前記ターミネーターがCYC1であり、
    又は、前記プロモーターがPGK1であり、また前記ターミネーターがADH1である、
    組換え株。
  6. 前記組換え株が1つ又は複数のマーカー遺伝子をさらに発現する、
    及び/又は
    前記マーカー遺伝子がhis3もしくはtrp1から選択される、
    請求項1〜5のいずれか一項に記載の組換え株。
  7. 前記ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸を含む前記発現カセットが、前記ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸を含む前記発現カセットを発現するベクターによって、前記酵母に導入され、
    前記融合タンパク質をコードする核酸を含む前記発現カセットが、前記融合タンパク質をコードする核酸を含む前記発現カセットを発現するベクターによって、前記酵母に導入される、
    請求項5又は6に記載の組換え株。
  8. 前記ゲルマクレンAシンテターゼをコードする核酸の前記発現カセットが、プラスミドの形で前記酵母に導入される、
    又は
    前記融合タンパク質をコードする核酸の前記発現カセットが、プラスミドの形及び/又は染色体に組み込まれた形で前記酵母に導入される、
    請求項5〜7のいずれか一項に記載の組換え株。
  9. 前記酵母が、元の酵母におけるアルコールデヒドロゲナーゼ、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ及びアセチル−CoAシンテターゼの含量及び/又は活性を増加させることによって得られる株である、
    請求項1〜8のいずれか一項に記載の組換え株。
  10. 請求項9に記載の組換え株であって、
    前記元の酵母におけるアルコールデヒドロゲナーゼ、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ及びアセチル−CoAシンテターゼの含量及び/又は活性を増加させることによって得られる前記株が、前記元の酵母におけるアルコールデヒドロゲナーゼをコードする核酸、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする核酸及びアセチル−CoAシンテターゼをコードする核酸のコピー数を増加させることに関する、
    及び/又は、前記元の酵母における前記アルコールデヒドロゲナーゼをコードする核酸、前記アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする核酸、及び前記アセチル−CoAシンテターゼをコードする核酸のコピー数を増加させることが、前記アルコールデヒドロゲナーゼをコードする核酸の発現カセット、前記アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする核酸の発現カセット、前記アセチル−CoAシンテターゼをコードする核酸の発現カセット、及び核酸をコードする別の前記マーカーを、相同組換えを用いて前記元の酵母に導入することである、
    組換え株。
  11. 前記元の酵母がサッカロマイセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)、及び/又は前記サッカロマイセス・セレビシエがSaccharomyces cerevisiae NK2−SQである、請求項9又は10に記載の組換え株。
  12. Saccharomyces cerevisiae CGMCC No.14829で
    ある、請求項11に記載の組換え株。
  13. β−エレメン及び/又はゲルマクレンAを生産するための、請求項1〜12のいずれか一項に記載の組換え株の使用。
  14. 請求項1〜12のいずれか一項に記載の組換え株を発酵してゲルマクレンAを得る工程を含む、ゲルマクレンAの生産方法。
  15. 1)請求項1〜12のいずれか一項に記載の組換え株を発酵して発酵産物を取得する工程、
    2)発酵産物を有機溶液で抽出し、有機相を回収する工程、及び
    3)工程2)の有機相を加熱してβ−エレメンを取得する工程、
    を含む、
    β−エレメンの生産方法。
  16. 前記発酵方法が、まず前記組換え株を種培地で培養して種液を得て、次いで種液を発酵培地に接種して発酵培養を行い、発酵培養の産物を発酵系として記録する、
    請求項14又は15に記載の方法。
  17. 前記発酵培養の間、流加培地を前記発酵系に加え、好ましくは、前記発酵系内溶存酸素値が60%を超える場合に、前記発酵系内グルコース濃度が5g/Lに達するまで、流加培地を前記発酵系に添加する、請求項16に記載の方法。
  18. 請求項16に記載の方法であって、
    前記種培地と前記発酵培地の調合物が、容量1Lにつき、25gのグルコース、15gの硫酸アンモニウム、6.15gの硫酸マグネシウム七水和物、0.72gの硫酸亜鉛七水塩、8gのリン酸二水素カリウム、2mLの塩化カルシウム母液、10mLの微量金属塩母液、12mLのビタミン母液、1gのトリプトファンを含み、
    前記塩化カルシウム母液が、塩化カルシウム二水和物の19.2g/L水溶液であり、
    前記微量金属塩母液の調合物が、容量1Lにつき、19.1gのエチレンジアミン四酢酸二ナトリウム、10.2gの硫酸亜鉛七水塩、0.5gの塩化マンガン四水和物、0.86gの塩化コバルト六水和物、0.78gの硫酸銅五水和物、0.56gのモリブデン酸ナトリウム二水和物、5.12gの亜硫酸鉄7水和物を含み、
    前記ビタミン母液の調合物が、容量1Lにつき、0.05gのビオチン、0.2gのp−アミノ安息香酸ナトリウム、1gのナイアシン、1gのパントテン酸カルシウム、1gの塩酸ピリドキシン、1gのチアミン塩酸塩、25gのイノシトールを含む、
    方法。
  19. 前記流加培地の調合物が、容量1Lにつき、800gのグルコース、5.125gの硫酸マグネシウム七水和物、3.5gの硫酸カリウム、0.28gの硫酸ナトリウム、9gのリン酸二水素カリウム及び1gのトリプトファンを含む、請求項17又は18に記載の方法。
  20. 前記有機溶媒がn−ドデカンであり、
    前記加熱条件が100〜380℃で1時間の加熱である、
    請求項15〜19のいずれか一項に記載の方法。
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