JP2020500509A - 改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株およびその使用 - Google Patents

Abstract

本発明は、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株、これらの分離株を含む組成物、ならびにエンデュラシジン（エンラマイシン）を生物学的に合成するためにこのような分離株および組成物を使用する方法について書かれている。さらに、本発明は、エンデュラシジンを生物学的に合成し、より効率的な様式でのエンラマイシンの製造を容易にする、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株について書かれている。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１６年１２月６日に出願された米国特許仮出願第６２／４３０４５５号の米国特許法第１１９（ｃ）条に基づく優先権を主張する。

本発明は、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｆｕｎｇｉｃｉｄｉｃｕｓ）分離株、これらの分離株を含む組成物、ならびにエンデュラシジン（エンラマイシン）を生物学的に合成するためにこのような分離株および組成物を使用する方法に関する。本発明はさらに、エンデュラシジンを生物学的に合成し、より効率的な様式でのエンラマイシンの製造を容易にする、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株に関する。

エンラマイシンとしても知られており、ＭＳＤ Ａｎｉｍａｌ Ｈｅａｌｔｈ社によってＥｎｒａｄｉｎ（登録商標）として販売されているエンデュラシジンは、エンデュラシジンを産生する天然生産者である細菌ストレプトマイセス・フンジシディカスによって生合成および排出される天然の１７アミノ酸リポデプシペプチド抗生物質である。

エンデュラシジンはエンデュラシジン類似体の一般名であり、エンデュラシジンＡ、Ｂ、ＣおよびＤを含む。ペプチドは、発酵ブロスおよび菌糸体から、主に結合した脂質鎖の長さが１炭素異なるエンデュラシジンＡとエンデュラシジンＢの混合物として単離することができる。構造的には、エンデュラシジンは、アスパラギン酸残基にアミド結合によって結合したＣ_１２またはＣ_１３の２Ｚ，４Ｅ分岐脂肪酸部分、ならびにエンデュラシジン、４−ヒドロキシフェニルグリシン、３，５−ジクロロ−４−ヒドロキシフェニルグリシン、シトルリンおよびオルニチンのような多数の非タンパク質性アミノ酸残基の存在によって区別される。

エンデュラシジンは、クロストリジウム・パーフリンジェンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）（ＭＲＳＡ）およびバンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）（ＶＲＥ）を含む広範囲のグラム陽性菌に対して強力なインビトロおよびインビボ抗菌活性を示す。エンデュラシジンは、細菌細胞壁の前駆体である細胞外脂質ＩＩと複合体を形成することによって細菌ペプチドグリカン細胞壁生合成を阻害する。エンデュラシジンとの脂質ＩＩ複合体形成の部位は、バンコマイシンによって認識される部位とは異なり、バンコマイシン耐性菌に対するエンデュラシジンの作用を説明する。今日まで、エンデュラシジンと臨床的に使用されている抗生物質の交差耐性は文書化されておらず、発達、獲得または転移耐性の証拠はない。公知の形態の転移耐性機構の欠如、経口バイオアベイラビリティの欠如、その低い毒性、およびクロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種に対する有意な抗菌活性が、エンデュラシジンを家禽のクロストリジウム性腸炎を制御するための重要な抗生物質にした。

したがって、家禽飼料で投与した場合、エンデュラシジンは、家禽の壊死性腸炎と成長抑制の両方を引き起こす細菌の増殖を抑制する。エンデュラシジンはまた、休薬期間が０時間である。さらに、エンデュラシジンは飼料およびペレット中で安定であり、非常に低い投与量でニワトリに投与することができ、処理されたニワトリの肉および卵のいずれにも残留物が見出されない。

長年の間に、これらのエンデュラシジン産生微生物の効率を改善するために改変された、いくつかのストレプトマイセス・フンジシディカス分離株、例えばストレプトマイセス・フンジシディカスＢ−５４７７（ＩＦＯ−１２４３９、ＡＴＣＣ−２１０１３）およびストレプトマイセス・フンジシディカスＢ−５４７７−ｍ（ＩＦＯ−１２４４０、ＡＴＣＣ−２１０１４）が得られた［例えば、米国特許第３５７７５３０号明細書、米国特許第３７８６１４２号明細書および米国特許第４４６５７７１号明細書参照］。しかしながら、なおさらに効率的なエンデュラシジン産生微生物を作製するために、このような改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株をさらに改善することに対する重大な必要性が依然として存在する。

本明細書中の任意の参考文献の引用は、このような参考文献が本出願に対する「先行技術」として利用可能であることの承認として解釈されるべきではない。

米国特許第３５７７５３０号明細書 米国特許第３７８６１４２号明細書 米国特許第４４６５７７１号明細書

したがって、本発明は、エンデュラシジンをより効率的に産生する新規な改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株を提供する。一定の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、以下の１以上、または全部をコードする：配列番号２のアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有し、アミノ酸２位にセリン残基を保持するＯｒｆ２７９８；配列番号４のアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有し、アミノ酸１２４位にトレオニン残基を保持するＯｒｆ３８６６；配列番号６のアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有し、アミノ酸９１位にセリン残基を保持するＯｒｆ５１７５；および配列番号８のアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有し、アミノ酸１６４位にセリン残基を保持するＯｒｆ５３８７。一定の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、さらに、（ｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列の代わりに配列番号９のヌクレオチド配列を含むＯｒｆ４７５５をコードする核酸を含む；および／または（ｉｉ）機能的Ｏｒｆ６８２タンパク質を欠く；および／または（ｉｉｉ）機能的Ｏｒｆ４８６８タンパク質を欠く。この種の特定の実施形態では、機能的Ｏｒｆ６８２タンパク質の欠如および／または機能的Ｏｒｆ４８６８タンパク質の欠如は、Ｏｒｆ６８２タンパク質および／またはＯｒｆ４８６８タンパク質をコードする遺伝子におけるフレームシフト突然変異によるものである。

特定の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、以下の１以上、または全部をコードする：配列番号２のアミノ酸配列と９８％以上の同一性を有し、アミノ酸２位にセリン残基を保持するＯｒｆ２７９８；配列番号４のアミノ酸配列と９８％以上の同一性を有し、アミノ酸１２４位にトレオニン残基を保持するＯｒｆ３８６６；配列番号６のアミノ酸配列と９８％以上の同一性を有し、アミノ酸９１位にセリン残基を保持するＯｒｆ５１７５；および配列番号８のアミノ酸配列と９８％以上の同一性を有し、アミノ酸１６４位にセリン残基を保持するＯｒｆ５３８７。一定の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、さらに、（ｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列の代わりに配列番号９のヌクレオチド配列を含むＯｒｆ４７５５をコードする核酸を含む；および／または（ｉｉ）機能的Ｏｒｆ６８２タンパク質を欠く；および／または（ｉｉｉ）機能的Ｏｒｆ４８６８タンパク質を欠く。この種の特定の実施形態では、機能的Ｏｒｆ６８２タンパク質の欠如および／または機能的Ｏｒｆ４８６８タンパク質の欠如は、Ｏｒｆ６８２タンパク質および／またはＯｒｆ４８６８タンパク質をコードする遺伝子におけるフレームシフト突然変異によるものである。

さらに他の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、以下の１以上、または全部をコードする：配列番号２のアミノ酸配列と９９％以上の同一性を有し、アミノ酸２位にセリン残基を保持するＯｒｆ２７９８；配列番号４のアミノ酸配列と９９％以上の同一性を有し、アミノ酸１２４位にトレオニン残基を保持するＯｒｆ３８６６；配列番号６のアミノ酸配列と９９％以上の同一性を有し、アミノ酸９１位にセリン残基を保持するＯｒｆ５１７５；および配列番号８のアミノ酸配列と９９％以上の同一性を有し、アミノ酸１６４位にセリン残基を保持するＯｒｆ５３８７。一定の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、さらに、（ｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列の代わりに配列番号９のヌクレオチド配列を含むＯｒｆ４７５５をコードする核酸を含む；および／または（ｉｉ）機能的Ｏｒｆ６８２タンパク質を欠く；および／または（ｉｉｉ）機能的Ｏｒｆ４８６８タンパク質を欠く。この種の特定の実施形態では、機能的Ｏｒｆ６８２タンパク質の欠如および／または機能的Ｏｒｆ４８６８タンパク質の欠如は、Ｏｒｆ６８２タンパク質および／またはＯｒｆ４８６８タンパク質をコードする遺伝子におけるフレームシフト突然変異によるものである。

さらに他の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、以下の１以上、または全部をコードする：配列番号２のアミノ酸配列を含むＯｒｆ２７９８、配列番号４のアミノ酸配列を含むＯｒｆ３８６６、配列番号６のアミノ酸配列を含むＯｒｆ５１７５、および配列番号８のアミノ酸配列を含むＯｒｆ５３８７。一定の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、さらに、（ｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列の代わりに配列番号９のヌクレオチド配列を含むＯｒｆ４７５５をコードする核酸を含む；および／または（ｉｉ）機能的Ｏｒｆ６８２タンパク質を欠く；および／または（ｉｉｉ）機能的Ｏｒｆ４８６８タンパク質を欠く。この種の特定の実施形態では、機能的Ｏｒｆ６８２タンパク質の欠如および／または機能的Ｏｒｆ４８６８タンパク質の欠如は、Ｏｒｆ６８２タンパク質および／またはＯｒｆ４８６８タンパク質をコードする遺伝子におけるフレームシフト突然変異によるものである。

関連する実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカスは、（ｉ）配列番号２３のヌクレオチド配列の代わりに配列番号９のヌクレオチド配列を含むＯｒｆ４７５５をコードする核酸を含む；および／または（ｉｉ）機能的Ｏｒｆ６８２タンパク質を欠く；および／または（ｉｉｉ）機能的Ｏｒｆ４８６８タンパク質を欠く。この種の特定の実施形態では、機能的Ｏｒｆ６８２タンパク質の欠如および／または機能的Ｏｒｆ４８６８タンパク質の欠如は、Ｏｒｆ６８２タンパク質および／またはＯｒｆ４８６８タンパク質をコードする遺伝子におけるフレームシフト突然変異によるものである。

具体的な実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１２２３４２を有する改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株の免疫原性および／または物理的および／または遺伝的特徴を含む。より具体的な実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカスは、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１２２３４２を有する分離株、あるいはＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１２２３４２を有する分離株の子孫および／または誘導株である。関連する態様では、本発明の全ての改変ストレプトマイセス・フンジシディカスはまた、単離された改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株として提供される。

配列番号２９および３０；配列番号３１および３２；配列番号３３および３４；配列番号３５および３６；配列番号３７および３８；配列番号３９および４０；配列番号４１および４２；配列番号４３および４４；配列番号４５および４６；配列番号４７および４８；配列番号４９および５０；ならびに／あるいはこれらの組み合わせのヌクレオチド配列を有するプライマーセットも本発明に含まれる。さらに、１以上のこのようなプライマーのセットを含むキットもまた本発明の一部である。さらに、本発明のストレプトマイセス・フンジシディカスゲノムを同定するためのアッセイにおいてこれらのプライマー（類）を使用することも本発明に含まれる。

本発明のこれらおよび他の態様は、図面、詳細な説明および実施例を参照することによってよりよく理解されよう。

以下の実施例に記載されるＰＣＲに基づくスクリーニングのための突然変異マーカーとして使用されたストレプトマイセス・フンジシディカスＢＭ３８ゲノム上の１１の多型の位置を示す図である。

ヒト医学または農業用途などの商業用途のための細菌性二次代謝産物、または天然産物の開発は、親／野生型生物からの低収量の所望の化合物を克服するなどの課題を提示する。過去数十年にわたる天然産物生合成の理解の進歩は、二次代謝産物の産生がいくつかの方法で調節および制御され得ることを明らかにした。ほとんどの場合、前駆体形成、構造組立、組立後修飾、自己抵抗性および調節を担う遺伝子を含む細菌天然産物生合成のための遺伝子は、細菌染色体上に一緒に固まっている。天然産物の生合成は、経路特異的調節因子または２つ以上の産物の産生を制御する多面発現性調節因子と相互作用する細胞外シグナル伝達分子と細胞内シグナル伝達分子の両方によって誘発され得る。これらの調節遺伝子または系のいずれかに生じる突然変異は、抗生物質産生を増加させる、減少させる、または廃止し得る。

菌株改善は、抗生物質または他の微生物二次代謝産物の費用効果の高い工業規模の製造において役割を果たすことができる。特定の代謝産物の収量を増加させることができる突然変異株は、ランダム突然変異を通して、特定の遺伝子の標的破壊によって、または生合成経路におけるボトルネックを排除する遺伝子（類）の導入によって、生成することができる。特定の二次代謝産物の過剰産生を生じさせるための調節遺伝子および生合成遺伝子の遺伝子操作は、放線菌株改良の強力かつ成功した戦略であることが証明されている。本発明の特定の態様では、改変および／または排除すると、商業目的のためのエンデュラシジンの生合成および／または産生のための改善された特性を有する分離株をもたらすストレプトマイセス・フンジシディカスの重要なコード配列を同定した。

エンデュラシジン生合成遺伝子クラスターおよびその隣接領域を有する野生型ストレプトマイセス・フンジシディカスＡＴＣＣ ２１０１３からの１１６キロ塩基対ＤＮＡ配列が以前に報告されており［全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第８１８８２４５号明細書］、ＧｅｎＢａｎｋ［寄託番号ＤＱ４０３２５２］で入手可能である。以下に示されるように、ＢＭ３８−２の全ゲノム配列（ＡＴＣＣ番号ＰＴＡ−１２２３４２）を決定し、野生型ゲノムと比較した。この比較分析により、以下に示されるように、少なくとも７７の多型またはゲノム間の突然変異の差異の同定、およびＡＴＣＣ番号ＰＴＡ−１２２３４２の改善された特性に関連する７つの重要なオープンリーディングフレームの選択が可能になった。しかしながら、意外なことに、これら７つの重要なオープンリーディングフレームのいずれも、ストレプトマイセス・フンジシディカス染色体のエンデュラシジン生合成遺伝子クラスターおよびその隣接領域に関連していない。しかしながら、それでも、これら７つの重要なオープンリーディングフレームの改変は、標準的な組換え技術により、以前に報告された分離株と同等またはさらに優れた特性を有する新規の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株の容易な構築を可能にする。

説明における便宜上の単数の用語の使用は、決してそのように限定することを意図するものではない。したがって、例えば、「分離株」への言及は、他に指定されない限り、１以上のこのような分離株への言及を含む。特に指定しない限り、複数の用語の使用も限定することを意図しない。

本明細書で使用する場合、「およそ」という用語は、「約」という用語と互換的に使用され、一般に、特に指示しない限り、ある値が示される値の２５％以内であることを意味し、例えば、エンデュラシジン産生の「約」４倍の増加は３〜５倍の増加であり得る。

本明細書で使用する場合、両方の配列のアミノ酸残基が同一である場合、１つのアミノ酸配列は第２のアミノ酸配列と１００％「同一」である。したがって、２つのアミノ酸配列のアミノ酸残基の５０％が同一である場合、あるアミノ酸配列は第２のアミノ酸配列と５０％「同一」である。配列比較は、所与のタンパク質、例えば比較されるタンパク質、またはポリペプチドの一部に含まれるアミノ酸残基の連続ブロックにわたって行われる。特定の実施形態では、２つのアミノ酸配列間の対応を変える可能性がある選択された欠失または挿入が考慮される。

本明細書で使用する場合、ヌクレオチドおよびアミノ酸の配列同一性％は、アラインメント・デフォルト・パラメータおよび同一性についてのデフォルトパラメータと共にＣ，ＭａｃＶｅｃｔｏｒ（ＭａｃＶｅｃｔｏｒ，Ｉｎｃ．Ｃａｒｙ、ＮＣ ２７５１９）、Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩ（Ｉｎｆｏｒｍａｘ，Ｉｎｃ．ＭＤ）、Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｒｏｕｐ ＰＬＣ（１９９６）およびＣｌｕｓｔａｌ Ｗアルゴリズムを用いて決定することができる。これらの市販のプログラムを使用して、同一または類似のデフォルトパラメータを用いて配列類似性を決定することもできる。あるいは、例えば、デフォルトパラメータを使用するＧＣＧ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、ＧＣＧパッケージ用プログラムマニュアル、バージョン７、マディソン、ウィスコンシン州）パイルアッププログラムを使用して、デフォルトフィルター条件下でのＡｄｖａｎｃｅｄ Ｂｌａｓｔ検索を使用することができる。

本明細書で使用する場合、「機能的ポリペプチドの欠如」を含む、または「機能的ポリペプチド（例えば、Ｏｒｆ６８２）を欠く」生物は、ポリペプチドを発現しない、および／または、対応する野生型ポリペプチドの天然の生物学的機能のせいぜい１０％を有する改変ポリペプチド、例えば、同じ標準アッセイ条件下で、対応する野生型酵素について決定される活性のせいぜい１０％であるその天然基質に対する酵素活性（例えば、酵素効率、すなわち、Ｖｍａｘ／Ｋｍ）を有する切断型酵素を発現する生物である。特定の実施形態では、生物における「機能的ポリペプチドの欠如」は、そのポリペプチドの特定の生物学的機能が存在しないことと等価である。

本明細書で使用する場合、「ヌル化」したオープンリーディングフレームは、「ヌル化」したオープンリーディングフレームを含む生物は、対応する野生型オープンリーディングフレームによってコードされるポリペプチドを全く発現しないおよび／または対応する野生型ポリペプチドの天然の生物学的機能のせいぜい１０％を有する改変ポリペプチドを発現するように、例えば、インフレーム欠失、フレームシフト、挿入、および／または点突然変異によって改変されている。特定の実施形態では、「ヌル化」したオープンリーディングフレームを含む生物において、対応する野生型オープンリーディングフレームによってコードされるポリペプチドの特定の生物学的機能が存在しない。

本明細書で使用する場合、「遺伝子クラスター」は、染色体上に一緒にまとまっている一組の遺伝要素であり、そのタンパク質産物は、天然産物生合成経路を形成するなどの関連する機能を有する。

保存的置換は、一般に分子の活性（特異性または結合親和性）を実質的に変えないアミノ酸置換である。典型的には保存的アミノ酸置換は、あるアミノ酸の類似の化学的特性（例えば、電荷または疎水性）を有する別のアミノ酸への置換を含む。以下の表は、典型的な保存的アミノ酸置換を示す：

改変ストレプトマイセス・フンジシディカスの調製
開示される実施形態を実施するための適切な方法および材料を以下に記載する。さらに、当業者に周知の任意の適切な方法または技術を開示される実施形態の実行に使用することができる。本開示に適用可能ないくつかの従来の方法および技術は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９８９；Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，２００１；Ａｕｓｕｂｅｌら，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，１９９２（ａｎｄ Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔｓ ｔｏ ２０００）；Ａｕｓｕｂｅｌら，Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ ｏｆ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｒｏｍ Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，４ｔｈ ｅｄ．，Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，１９９９；Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９０；Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９９；およびＫｉｅｓｅｒ，Ｔ．，Ｂｉｂｂ，Ｍ．Ｊ．，Ｂｕｔｔｎｅｒ，Ｍ．Ｊ．，Ｃｈａｔｅｒ，Ｋ．Ｆ．，ａｎｄ Ｈｏｐｗｏｏｄ，Ｄ．Ａ．：Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｊｏｈｎ Ｉｎｎｅｓ Ｃｅｎｔｒｅ，Ｎｏｒｗｉｃｈ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｃｏｌｎｅｙ，Ｎｏｒｗｉｃｈ ＮＲ４ ＆ＵＨ，Ｅｎｇｌａｎｄ，２０００に記載されている。

本発明の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株を作製する際に使用するために、組換えストレプトマイセス・フンジシディカス発現プラスミドベクターを調製することができる。いくつかの実施形態では、操作された組換えストレプトマイセス・フンジシディカスベクターは、ストレプトマイセス・フンジシディカスの少なくとも１つの選択されたオープンリーディングフレームを含む。一定の実施形態では、操作された組換えストレプトマイセス・フンジシディカスベクターは、プロモーターの制御下で発現するストレプトマイセス・フンジシディカスの少なくとも１つの選択されたオープンリーディングフレームを含む。他の実施形態では、プロモーターは、ベクターがストレプトマイセス・フンジシディカス菌株で発現されるとエンデュラシジンの産生増強をもたらす、強力な構成的ストレプトマイセス・プロモーターである。いくつかの実施形態では、オープンリーディングフレームは、それ自体の天然プロモーターの代わりに異種プロモーターに作動可能に連結されている。例えば、これが強力な構成的発現プロモーターなどの構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターに作動可能に連結されていてもよい。具体的な実施形態では、強力な構成的プロモーターは、エリスロマイシン産生者であるサッカロポリスポラ・エリスラエア（Ｓａｃｃｈａｒｏｐｏｌｙｓｐｏｒａ ｅｒｙｔｈｒａｅａ）のｅｒｍＥ＊ｐである。他では、誘導性プロモーターはチオストレプトン誘導性プロモーター、ｔｉｐＡである。さらに他の実施形態では、Ｐ（ｎｉｔＡ）−ＮｉｔＲ系［Ｈｅｒａｉら，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．，１０１（３９）：１４０３１−１４０３５ （２００４）］またはストレプトマイセス・プロモーターＳＦ１４が使用される。さらに他では、アプラマイシン耐性遺伝子ａｍＲｐの天然のプロモーターが使用される。さらに他では、Ｐ_ｈｒｄＢ、Ｐ_{ｔｃｐ８３０}および／またはＰｎｅｏｓが使用される。一定の実施形態では、操作された組換えベクターは、配列番号１のヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレームｏｒｆ２７９８および／またはヌル化したオープンリーディングフレームｏｒｆ６８２を含む。

したがって、野生型ストレプトマイセス・フンジシディカス菌株と比較して増強されたエンデュラシジン収量をもたらすことができる組換えストレプトマイセス・フンジシディカス菌株を構築することができる。一定の実施形態では、操作された組換えストレプトマイセス・フンジシディカス菌株は、染色体上に導入されて、操作された菌株中でのエンデュラシジンの産生増加をもたらす、強力な構成的ストレプトマイセス・プロモーターのようなプロモーターの制御下で発現されるストレプトマイセス・フンジシディカスの少なくとも１つの選択されたオープンリーディングフレームを含む。他の実施形態では、ストレプトマイセス・フンジシディカスにおける導入されたオープンリーディングフレームの発現は、それ自体の天然プロモーターの代わりに異種プロモーターによって駆動される。例えば、これが強力な構成的発現プロモーターのような構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターに作動可能に連結されていてもよい。いくつかの実施形態では、強力な構成的プロモーターはｅｒｍＥ^＊ｐである。他の実施形態では、誘導性プロモーターはｔｉｐＡである。いくつかの例では、Ｐ（ｎｉｔＡ）−ＮｉｔＲ系［上記参照］またはＳＦ１４プロモーターが使用される。さらに他の実施形態では、構成的発現プロモーターがａｍＲｐである。さらに他の実施形態では、Ｐ_ｈｒｄＢ、Ｐ_{ｔｃｐ８３０}および／またはＰｎｅｏｓプロモーターが使用される。

いくつかの実施形態では、操作された菌株は、ストレプトマイセス・フンジシディカスのオープンリーディングフレームｏｒｆ３８６６を含む。この種の特定の実施形態では、オープンリーディングフレームｏｒｆ３８６６は異種プロモーターに作動可能に連結されている。例えば、これは、ｅｒｍＥ^＊ｐのような強力な構成的プロモーターに連結され得る。他の例では、オープンリーディングフレームｏｒｆ３８６６は、プロモーターｔｉｐＡ、ＳＦ１４、ａｍＲｐ、Ｐ_ｈｒｄＢ、Ｐ_{ｔｃｐ８３０}および／またはＰｎｅｏｓに作動可能に連結されている。

他の実施形態では、操作された菌株は、改変されたオープンリーディングフレームｏｒｆ４８６８をコードする。オープンリーディングフレームｏｒｆ４８６８は、挿入破壊、インフレーム欠失、フレームシフトおよび／または点突然変異によってヌル化され得る。いくつかの例では、オープンリーディングフレームｏｒｆ４８６８は、インフレーム欠失によってヌル化される。一般に、ｏｒｆ４８６８にわたる内部インフレーム欠失は、その不完全性のためにｏｒｆ４８６８の機能欠損をもたらす。関連実施形態では、操作された菌株は、ストレプトマイセス・フンジシディカスの２、３、４、５、６、７またはそれ以上のオープンリーディングフレームを含む。

一定の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、限定されるものではないが、ストレプトマイセス・フンジシディカスアメリカンティッシュカルチャーカンパニー（ＡＴＣＣ）番号２１０１３のような野生型親株に由来する。他の実施形態では、ストレプトマイセス・フンジシディカスの操作された菌株は、限定されるものではないが、ストレプトマイセス・フンジシディカスＡＴＣＣ３１７２９、ストレプトマイセス・フンジシディカスＡＴＣＣ３１７３０およびストレプトマイセス・フンジシディカスＡＴＣＣ３１７３１のような慣用的な突然変異株に由来する。

一定の実施形態では、エンデュラシジンの産生増強は、野生型ストレプトマイセス・フンジシディカス菌株と比較して、エンデュラシジン産生の少なくとも１．２倍、例えば少なくとも１．５倍、少なくとも２倍、少なくとも２．５倍、少なくとも３倍、少なくとも３．５倍、少なくとも４倍、少なくとも４．５倍の増加（限定されるものではないが、１．２〜１０倍の増加、１．２〜４．６倍の増加および約２〜５倍の増加を含む）である。

一定の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカスは、少なくとも１つのエンデュラシジン産生増強オープンリーディングフレームを含む組換えプラスミドをストレプトマイセス・フンジシディカスの親株の染色体に組み込むことによって構築され得る。組込みコンジュゲート（ｃｏｎｊｕｇａｌ）ベクターは、強力な構成的ストレプトマイセス・プロモーターを有し得るか、または有するように操作され得る。いくつかの実施形態では、プラスミドはストレプトマイセスレプリコンを欠いていてもよく、部位特異的単一交叉相同組換え（ｓｉｔｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｓｉｎｇｌｅ ｃｒｏｓｓｏｖｅｒ ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）によって染色体に組み込まれてもよい。他の実施形態では、プラスミドは遊離プラスミドとして存在し得る。いくつかの実施形態では、プラスミドインサートが部分的または完全に欠失した目的の遺伝子とその隣接領域を有するコンジュゲートベクターが操作され、これを二重交叉相同組換え後に染色体に組み込んでインフレーム欠失突然変異体を生成することができる。

ストレプトマイセス・フンジシディカスの組換え株からのエンデュラシジンの産生
本開示によって提供されるストレプトマイセス・フンジシディカスの組換え株は、増強されたレベルのエンデュラシジンを製造する方法を提供する。当技術分野におけるこの技術的進歩により、エンデュラシジンの製造に関連する大幅なコスト削減が可能になる。一定の実施形態では、エンデュラシジンを製造する方法は、開示されるストレプトマイセス・フンジシディカスの組換え株を、エンデュラシジンを産生するのに十分な条件下で培養するステップを含む。他の実施形態では、本方法は、培養後に培養培地からエンデュラシジンを単離するステップをさらに含む。さらに他の実施形態では、本方法は、指示微生物として黄色ブドウ球菌ＡＴＣＣ２９２１３または枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｉｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＡＴＣＣ６６３３を使用する、例えばＨＰＬＣ分析またはバイオアッセイによって、産生されたエンデュラシジンの抗菌活性を決定するステップをさらに含む。

いくつかの実施形態では、エンデュラシジンは、エンデュラシジンの産生について以前に記載されたような［Ｈｉｇａｓｈｉｄｅら，Ｊ． Ａｎｔｉｂｉｏｔ．２１：１２６−１３７ （１９６８）］発酵条件を利用することによって、開示されるストレプトマイセス・フンジシディカス菌株によって産生される。産生後、化合物を、ＨＰＬＣ分析を含めて精製および／または分析することができる。エンデュラシジンを製造し、この化合物を増殖培地から収穫する方法は、全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第４４６５７７１号明細書に見出すことができる。

特定の実施形態では、開示される本発明のストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、シェーカー上でトリプチケースソイブロス（ＴＳＢ）中で（例えば、２２５ｒｐｍおよび３０℃で４８時間）培養し、次いで、連続発酵のための期間、例えば少なくとも５日間で最大１１日間（５、６、７、８、９、１０または１１日間の連続発酵を含む）まで、エンデュラシジン産生培地（ＥＰＭ、以下の表１）に移す。さらに特定の実施形態では、野生型および誘導株によるエンデュラシジンの産生を自動発酵槽で行う。

生物学的寄託
以下の生物学的材料の培養物は、ブダペスト条約の要件を満たす条件下で、以下の国際寄託機関に寄託されている：アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（ＡＴＣＣ）１０８０１ユニバーシティ・ブルバード、マナッサス、バージニア州２０１１０−２２０９、米国。

生物 寄託番号 寄託日
ストレプトマイセス・フンジシディカス ＰＴＡ−１２２３４２ ２０１５年８月５日
（ＢＭ３８−２）

本発明は、本発明の例示として提供される以下の非限定的な実施例を参照することによってよりよく理解され得る。以下の実施例は、本発明の好ましい実施形態をさらに十分に説明するために提示される。しかしながら、これらは決して本発明の広い範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。

［実施例］
［実施例１］
改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株
エンデュラシジン生合成に使用するためのストレプトマイセス・フンジシディカスバイオマスの製造
ストレプトマイセス・フンジシディカスの発酵は、ｐＨ、温度、酸素、曝気および撹拌を監視および制御するための系を備えた深槽型衛生設計工業用発酵槽で完了することができる。ストレプトマイセス・フンジシディカスの各発酵バッチを、安全な場所に貯蔵され低温環境に保持された産生種の、特徴付けられ管理された作業原種から開始する。発酵工程は３段階で行われ、引き続いて下流で処理する：

段階Ｉ：
１０^７〜１０^１０個胞子／ｍＬを含有する作業種培養物を使用して発酵バッチを開始することができる。凍結種の１〜５本のバイアルを低温貯蔵庫から回収し、ベンチトップで自然に解凍するか、または内容物が解凍されるまで２８〜３２℃の水浴に入れる。解凍した培養物（類）を室温に保たれた８００〜１０００ｍＬの滅菌水に無菌的に移し、穏やかに混合して培養物を再懸濁する。

段階ＩＩ：
再懸濁培養物を種培地に無菌的に移す。種培地は、グルコース（０．５ｇ／Ｌ）、デキストリン（２．５ｇ／Ｌ）、コーンスティープリカー（１．０〜４．０ｍＬ／Ｌ）、大豆粉末（３．０ｇ／Ｌ）、硫酸アンモニウム（０．２５ｇ／Ｌ）、リン酸一カリウム（０．１３〜０．５４ｇ／Ｌ）、硫酸第一鉄（０．００〜０．５ｇ／Ｌ）、水酸化カリウム（０．１３ｍＬ／Ｌ）、沈降炭酸カルシウム（１．５ｇ／Ｌ）、シリコーン系消泡剤（０．１ｍＬ／Ｌ）、および水、適量で構成される。培地を１２５℃で４５分間滅菌し、次いで、２８℃に冷却する。培地の量を、滅菌水を用いて所望の作業量に調整する。ｐＨを６．６〜６．８に調整する。種スケールアップサイクルの操作パラメータには以下が含まれる：容器のサイズおよび形状に応じて、インキュベーション温度２８℃±２℃、内圧０．５〜１．５ｋｇ／ｃｍ^２、曝気速度２〜４Ｎｍ^３／分、および撹拌速度およそ８０ｒｐｍ。ｐＨ、酸素消費量および粘度を監視するが、制御はしない。培養物を主生産発酵槽に移す前に５０〜６０時間増殖させる。移動時の粘度は３５０〜６００ｃｐｓであるはずであり、ｐＨは６．０以下であるはずであり、酸素消費量が増加するはずである。種培養物を主発酵培地に無菌的に移して発酵サイクルを完了させる。

段階ＩＩＩ：
主生産発酵槽培地組成物は以下を含む：コーンフラワー（１３．０〜１５．０ｗ／ｖ％）、コーングルテンミール（３．０〜６．０ｗ／ｖ％）、綿実粉（０．３ｗ／ｖ％）、コーンスティープリカー（０〜０．６ｖ／ｖ％）、塩化ナトリウム（０．３ｗ／ｖ％）、硫酸アンモニウム（０．２５〜０．６ｗ／ｖ％）、乳酸（０〜０．５ｖ／ｖ％）、塩化亜鉛（０．０１ｗ／ｖ％）、硫酸第一鉄（０．０〜０．０２ｗ／ｖ％）、水酸化カリウム（０．２０〜０．５ｖ／ｖ％）、硫酸カルシウム（０．０〜０．５ｗ／ｖ％）、沈降炭酸カルシウム（０．５ｗ／ｖ％）、αアミラーゼ（０．０５６ｗ／ｖ％）、水酸化カリウム（０．０５ｖ／ｖ％）、大豆油（０．５〜２．０ｖ／ｖ％）、消泡剤、および水、適量。成分を列挙されている順序に従って添加する。αアミラーゼを通すように水を成分に添加し、次いで、得られた組成物を１５分間８０℃に加熱して酵素が複合炭水化物を分解するのを可能にする。次いで、残りの成分を添加し、ｐＨをｐＨ６．６〜６．８に調整し、水を適量添加する。培地を１２５℃で４５分間滅菌し、２８℃に冷却し、水を適量まで添加して所望の作業体積にする。

種発酵槽からの内容物を主発酵培地に移し、発酵槽を以下の条件に設定する：温度２８℃、曝気速度４０Ｎｍ^３／分、内圧０．５ｋｇ／ｃｍ^２、また撹拌速度相当を約１．８５ｋＷ／ｍ^３に設定する。発酵サイクルの開始から２時間後に、溶存酸素を１２．７５ｐｐｍに設定し、曝気を５０Ｎｍ^３／分に増加させ、内圧を０．７ｋｇ／ｃｍ^２に増加させることによって運転条件を変更する。その後、曝気速度、内圧および撹拌速度を調整して、溶存酸素が律速決定要因にならないようにする。溶存酸素が制限される点まで粘度が増加したら、滅菌水を培養物に添加する。サイクル全体を通して、発泡を慎重に制御して汚染または流出を防ぐ。酸素要求量が増加した約３時間後にｐＨの制御を開始する。発酵サイクルを通して、以下のパラメータを制御および／または監視する：ｐＨ、曝気、溶存酸素、ＣＯ_２、粘度、純度、撹拌速度、内圧および残留糖。細菌増殖が止まるまでｐＨを６．８で維持するが、その後は収穫まで自然に変化させる。典型的な発酵サイクルは２２０〜３００時間である。バイオアッセイ効力が５０００μｇ／Ｌを超え、ｐＨがｐＨ７．５以上に上昇し、粘度が低下し、酸素要求量がなくなるとき、培養物を収穫する準備が整う。培養物を３０分間７０℃に加熱して細菌を不活性化することによって発酵物を収穫し、次いで、収穫液を２５〜２８℃に冷却する。

下流処理：
水をバイオマスから除去し、バイオマスを乾燥させ、次いで、プレミックスに配合する。

［実施例２］
ストレプトマイセス・フンジシディカスのエンデュラシジン産生の最適化の効果
収量の改善は、親株の処理によって何年にもわたって行った（表３に列挙される）。菌株ＢＭ３８−２（ＰＴＡ−１２２３４２）が最も高いエンデュラシジン収量をもたらす。一連の培養および物理的処理を用いて、ＧＡＢ−４５３（ＡＴＣＣ ３１７２９）を処理することによって菌株を最適化した。

１．ＡＴＣＣ ２１０１３：武田により寄託されたストレプトマイセス・フンジシディカスのオリジナル野生株Ｂ−５４７７
２．ＡＴＣＣ ２１０１４：武田により寄託された、Ｂ−５４７７ｍとして示される菌株であるＢ−５４７７のγ線照射によって誘導された突然変異株
３．ＡＴＣＣ ３１７２９：武田により寄託された、ＧＡＢ−４５３として示される菌株であるＢ−５４７７のＵＶ照射によって誘導された突然変異株
４．ＡＴＣＣ ３１７３０：武田により寄託された、Ｅｍｔ−３６−３として示される突然変異株である、ｍ−フルオロ−ＤＬ−チロシン（ＭＦＴ）を含む寒天プレート上でＢ−５４７７を増殖させることによって得られた突然変異株
５．ＡＴＣＣ ３１７３１：武田により寄託された、ＧＡＢ−４５３を最初にＮ−メチル−Ｎ’−ニトロ−Ｎ−ニトロソクアニジン（ｎｉｔｒｏｓｏｑｕａｎｉｄｉｎｅ）、次いで、ｍ−フルオロ−ＤＬ−チロシン（ＭＦＴ）に供して、Ｅｍｔ２−１４０として示される突然変異株を得ることによって得られた二重突然変異株
６．ＡＴＣＣ ２１３８８：Ｓｑｕｉｂｂ ａｎｄ Ｓｏｎｓにより寄託された、ストレプトマイセス・フンジシディカス（ストレプトマイセス・マクロスポレウス（Ｓ．ｍａｃｒｏｓｐｏｒｅｕｓ））に密接に関連する菌株。

最高から最低のエンラマイシン生合成に関して：
ＡＴＣＣ番号ＰＴＡ−１２２３４２＞ＡＴＣＣ ３１７３１＞ＡＴＣＣ ３１７３０＞ＡＴＣＣ ３１７２９＞ＡＴＣＣ ２１０１３およびＡＴＣＣ ２１０１４。

特に、ＡＴＣＣ ＰＴＡ−１２２３４２を、次のより生産的な分離株と比較した場合にエンデュラシジンの２倍超の増強が得られ、ＡＴＣＣ ＰＴＡ−１２２３４２を野生型の親株と比較した場合にエンデュラシジンの１２倍超の増強が得られる。

［実施例３］
ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株のゲノム分析
ストレプトマイセス・フンジシディカス野生型菌株、ＡＴＣＣ２１０１３（Ｂ−５４７７）と、エンデュラシジン（エンラマイシン）生合成遺伝子クラスターの周りの領域を含む本発明の誘導株、ＢＭ３８−２との間で比較ゲノム分析を行った。

合計７７のＤＮＡ配列変異を同定し、親Ｂ−５４７７株の物理的および培養操作の効果を区別した。ゲノム分析から得られた情報により、突然変異マーカーとしてＢＭ３８−２ゲノム全体にわたって位置する１１の代表的な変異を選択することによって、迅速かつ決定的な菌株比較が可能になった（図１参照）。その後の配列決定および比較のために突然変異部位を含むＤＮＡ断片を増幅するであろう突然変異マーカーの各々に対してＰＣＲプライマーを設計した（表４参照）。

マーカー領域を標的とするＰＣＲプライマーを使用して、野生型および武田により寄託された突然変異株を含む、ＡＴＣＣを通して入手可能な５つのエンラマイシン産生株＋１つの密接に関連する菌株を分析し、ＢＭ３８−２株と比較した。表５は所見を要約し、１１の突然変異マーカーにおけるＤＮＡサインを示す。

表５Ａ〜５Ｂは、親株（ＡＴＣＣ ２１０１３ Ｂ−５４７７）と以前に報告された菌株との間の遺伝的差異を特定している。これらの以前に報告された菌株の大部分は、培養および／または物理的操作を通して得られたＡＴＣＣ ２１０１３ Ｂ−５４７７の誘導株である。最も劇的な遺伝的差異はＢＭ３８−２（ＡＴＣＣ番号ＰＴＡ−１２２３４２）に見られた。容易に明らかなように、表４のプライマーを使用して、他のストレプトマイセス・フンジシディカス菌株および／または密接に関連したストレプトマイセス属種からＢＭ３８−２（ＰＴＡ−１２２３４２）を明確に特定することもできる。

［実施例４］
ストレプトマイセス・フンジシディカスＢＭ３８−２における選択された突然変異の分析
ストレプトマイセス・フンジシディカスＡＴＣＣ番号ＰＴＡ−１２２３４２工業菌株を、反復したラウンドの突然変異誘発、引き続く高エンラマイシン産生突然変異株の選択を通して開発した。ＡＴＣＣ番号ＰＴＡ−１２２３４２に導入された、エンラマイシンの高収量に寄与し得る突然変異についての洞察を得るために、ＡＴＣＣ番号ＰＴＡ−１２２３４２の全ゲノム配列を決定し、その野生型ストレプトマイセス・フンジシディカス先祖の全ゲノム配列と比較した。この比較分析により、２つのゲノム間で少なくとも７７の多型または突然変異の差異が同定された。驚くべきことに、エンラマイシン生合成遺伝子クラスターを保有する染色体の領域においてただ１つの差異が検出された。この差異はｅｎｄＣ遺伝子の一塩基変化であった。ｅｎｄＣ遺伝子におけるＣからＴへのヌクレオチド６２６０３１７の突然変異は、ＣＴＣコドンからＣＴＴコドンへの変化をもたらすが、これは共にロイシンのコドンであるので、サイレント突然変異である。したがって、この突然変異がＢＭ３８−２で観察されたエンラマイシン収量の増加に重要な役割を果たす可能性は低い。エンラマイシン遺伝子クラスター内に他の突然変異が存在しないことは、ＢＭ３８−２におけるエンラマイシンの収量の増加の原因となる染色体変化は、多面発現性（非経路特異的）調節エレメントまたはゲノムの他の場所に位置する全体的調節遺伝子に存在し得ることを示す。

放線菌類のいくつかの応答調節因子は、２つ以上の経路で天然産物生合成をもたらすことが示されている。重要な例は、ストレプトマイセス・セリカラー（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）のＣＤＡ遺伝子クラスターに見られるａｂｓＡ１Ａ２遺伝子座であり、これは、ストレプトマイセス・フンジシディカスのエンラマイシン生合成遺伝子クラスターに見られるものと同様の二成分シグナル伝達系をコードする。ＡｂｓＡ２のリン酸化型は、ＣＤＡの経路特異的調節因子、アクチノロージンおよびウンデシルプロジギオシン生合成遺伝子クラスターの発現を直接妨害することによって抗生物質産生を阻害することが示されている。したがって、ＡｂｓＡ２キナーゼ活性を阻害する突然変異は、抗生物質産生を増強する。多面発現性調節の別の例は、ストレプトマイセス・クラブリゲルス（Ｓ．ｃｌａｖｕｌｉｇｅｒｕｓ）に見られ、ここではセファマイシンＣクラスター内に見られる遺伝子であるｃｃａＲが、セファマイシンＣ産生とクラブラン酸産生の両方を制御する調節タンパク質をコードする。

エンラマイシン収量の増加に関連する可能性が最も高いと思われるＡＴＣＣ番号ＰＴＡ−１２２３４２ゲノム中の突然変異は、多面発現性調節特性を有する可能性があるものを含む、調節産物をコードするバイオインフォマティクス分析によって予測される遺伝子に生じるものであり得る。野生型ストレプトマイセス・フンジシディカス菌株と比較して突然変異の差異を有するストレプトマイセス・フンジシディカスＢＭ３８−２ゲノムにおいて同定された推定調節遺伝子の例を以下に提供する。［以下の例のそれぞれにおける突然変異の差異を、欠けたアスタリスクによって強調しており、異なる／欠けている／挿入されたヌクレオチドを太字にしている］。

配列比較
ｏｒｆ６８２：ヘリックス−ターン−ヘリックス（ＨＴＨ）ＤＮＡ結合ドメインを含むＴｅｔＲファミリーの調節タンパク質をコードすると予測される。追加のＧをホモポリマートラックに挿入してフレームシフトを引き起こす。

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ＢＭ３８．２＿６８２ ＣＴＧＴＣＴＣＧＡＣＧＣＣＧＣＣＣＴＧＣＧＣＧＣＧＧＣＣＴＣＧＧＡＧＧＧＡＣＴＣＣＣＣＴＡＣＴＧＡ［配列番号１１］
ＷＴ＿６８２ ＣＴＧＴＣＴＣＧＡＣＧＣＣＧＣＣＣＴＧＣＧＣＧＣＧＧＣＣＴＣＧＧＡＧＧＧＡＣＴＣＣＣＣＴＡＣＴＧＡ［配列番号２５］
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＞ＷＴ＿６８２翻訳された遺伝子産物
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＞ＢＭ３８．２＿６８２翻訳された遺伝子産物
ＶＶＳＬＴＤＫＭＳＡＮＡＩＳＤＶＷＴＡＧＧＲＲＰＬＶＭＬＲＧＧＧＲＧＲＧＲＷＳＥＲＡＰＤＡＧ［配列番号１２］

ｏｒｆ２７９８：ＭｕｒＲ／ＲｐｉＲファミリーのＤＮＡ結合転写調節因子をコードすると予測される。これはヘリックス−ターン−ヘリックス（ＨＴＨ）および糖イソメラーゼ（ＳＩＳ）ドメインを含む。ＧからＡへの突然変異がＧｌｙからＳｅｒへの変化をもたらす。
ＢＭ３８．２＿２７９８ ＡＴＧＡＧＣＧＧＣＡＣＣＧＧＧＡＧＣＣＣＴＧＣＧＧＣＧＣＧＣＣＴＧＣＡＧＧＣＧＣＴＣＴＴＣＧＡＧＧＧＧＣＡＴＣＧＧＣＴＧ ＷＴ＿２７９８ ＡＴＧＧＧＣＧＧＣＡＣＣＧＧＧＡＧＣＣＣＴＧＣＧＧＣＧＣＧＣＣＴＧＣＡＧＧＣＧＣＴＣＴＴＣＧＡＧＧＧＧＣＡＴＣＧＧＣＴＧ
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ＢＭ３８．２＿２７９８ ＡＣＧＣＣＧＡＣＣＣＡＧＣＧＧＣＧＣＡＴＣＧＣＧＣＡＣＡＧＣＡＴＧＧＴＣＣＧＧＣＧＣＧＣＣＧＣＣＧＡＣＧＴＧＣＣＧＴＴＣ ＷＴ＿２７９８ ＡＣＧＣＣＧＡＣＣＣＡＧＣＧＧＣＧＣＡＴＣＧＣＧＣＡＣＡＧＣＡＴＧＧＴＣＣＧＧＣＧＣＧＣＣＧＣＣＧＡＣＧＴＧＣＣＧＴＴＣ
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ＢＭ３８．２＿２７９８ ＴＧＡ［配列番号１］
ＷＴ＿２７９８ ＴＧＡ［配列番号１５］
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＞ＷＴ＿２７９８翻訳された遺伝子産物
ＭＧＧＴＧＳＰＡＡＲＬＱＡＬＦＥＧＨＲＬＴＰＴＱＲＲＩＡＨＳＭＶＲＲＡＡＤＶＰＦＬＳＳＶＥＬＡＥＬＡＧＶＳＱＰＳＶＴＲＦＡＶＡＬＧＦＤＧＹＰＡＬＲＲＨＬＲＥＶＡＰＡＥＰＡＰＥＴＧＳＳＮＥＹＱＱＡＶＥＡＥＩＥＮＬＲＨＬＡＥＶＬＡＤＰＲＰＶＲＱＡＧＲＭＬＡＧＳＲＰＬＰＶＬＧＬＲＡＡＡＡＱＡＨＧＦＡＹＦＡＡＫＶＨＰＤＶＲＬＬＮＥＧＧＴＭＬＨＤＲＩＤＡＡＡＲＡＧＡＳＡＬＬＣＦＡＬＰＲＨＰＲＥＶＶＤＡＬＩＨＡＫＥＴＧＬＴＶＶＴＶＡＤＳＰＦＡＰＶＡＧＬＳＤＬＬＬＰＡＡＶＧＴＧＬＡＦＤＴＡＣＡＰＭＬＬＧＲＶＬＬＥＡＭＣＤＤＬＰＤＡＱＡＲＬＥＥＦＤＶＲＡＡＡＲＧＬＦＶＤ［配列番号１６］
＞ＢＭ３８．２＿２７９８翻訳された遺伝子産物
ＭＳＧＴＧＳＰＡＡＲＬＱＡＬＦＥＧＨＲＬＴＰＴＱＲＲＩＡＨＳＭＶＲＲＡＡＤＶＰＦＬＳＳＶＥＬＡＥＬＡＧＶＳＱＰＳＶＴＲＦＡＶＡＬＧＦＤＧＹＰＡＬＲＲＨＬＲＥＶＡＰＡＥＰＡＰＥＴＧＳＳＮＥＹＱＱＡＶＥＡＥＩＥＮＬＲＨＬＡＥＶＬＡＤＰＲＰＶＲＱＡＧＲＭＬＡＧＳＲＰＬＰＶＬＧＬＲＡＡＡＡＱＡＨＧＦＡＹＦＡＡＫＶＨＰＤＶＲＬＬＮＥＧＧＴＭＬＨＤＲＩＤＡＡＡＲＡＧＡＳＡＬＬＣＦＡＬＰＲＨＰＲＥＶＶＤＡＬＩＨＡＫＥＴＧＬＴＶＶＴＶＡＤＳＰＦＡＰＶＡＧＬＳＤＬＬＬＰＡＡＶＧＴＧＬＡＦＤＴＡＣＡＰＭＬＬＧＲＶＬＬＥＡＭＣＤＤＬＰＤＡＱＡＲＬＥＥＦＤＶＲＡＡＡＲＧＬＦＶＤ［配列番号２］

ｏｒｆ３８６６：ＯｍｐＲファミリーのＤＮＡ結合応答調節因子をコードすると予測される。これは、二成分系におけるセンサーパートナーからのシグナルを受信するＲＥＣドメインおよびストレプトマイセス抗生物質調節タンパク質（ＳＡＲＰ）に特徴的な翼状ヘリックス（ｗＨＴＨ）ドメインを含む。ＧからＡへの突然変異が、ＡｌａからＴｈｒへの変化をもたらす。
ＢＭ３８．２＿３８６６ ＴＴＧＣＣＧＧＣＣＣＧＣＣＡＧＧＣＧＣＡＧＧＣＧＣＧＣＡＣＣＧＡＣＣＧＡＧＡＧＣＡＣＡＣＧＡＧＧＡＣＴＧＡＧＡＧＣＡＣＣ ＷＴ＿３８６６ ＴＴＧＣＣＧＧＣＣＣＧＣＣＡＧＧＣＧＣＡＧＧＣＧＣＧＣＡＣＣＧＡＣＣＧＡＧＡＧＣＡＣＡＣＧＡＧＧＡＣＴＧＡＧＡＧＣＡＣＣ
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ＢＭ３８．２＿３８６６ ＧＧＴＣＴＧＧＡＣＧＧＧＧＴＧＡＧＣＣＴＧＴＧＣＣＧＧＣＧＣＡＴＡＣＧＧＧＡＣＧＡＧＴＣＧＡＴＧＧＴＧＣＣＧＧＴＧＡＴＣ ＷＴ＿３８６６ ＧＧＴＣＴＧＧＡＣＧＧＧＧＴＧＡＧＣＣＴＧＴＧＣＣＧＧＣＧＣＡＴＡＣＧＧＧＡＣＧＡＧＴＣＧＡＴＧＧＴＧＣＣＧＧＴＧＡＴＣ
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ＢＭ３８．２＿３８６６ ＡＴＧＣＴＧＴＣＧＧＣＧＣＧＧＧＣＣＧＡＣＧＣＣＡＴＣＧＡＣＧＴＧＧＴＧＣＴＧＧＧＣＣＴＧＧＡＧＧＣＧＧＧＣＧＣＣＧＡＣ ＷＴ＿３８６６ ＡＴＧＣＴＧＴＣＧＧＣＧＣＧＧＧＣＣＧＡＣＧＣＣＡＴＣＧＡＣＧＴＧＧＴＧＣＴＧＧＧＣＣＴＧＧＡＧＧＣＧＧＧＣＧＣＣＧＡＣ
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ＢＭ３８．２＿３８６６ ＣＴＧＧＣＧＴＴＣＧＧＣＧＡＡＣＴＧＧＡＧＡＴＣＧＡＣＡＣＣＧＧＧＧＧＣＡＴＧＧＡＧＧＴＧＣＧＣＣＧＧＧＣＧＧＧＧＣＡＧ ＷＴ＿３８６６ ＣＴＧＧＣＧＴＴＣＧＧＣＧＡＡＣＴＧＧＡＧＡＴＣＧＡＣＡＣＣＧＧＧＧＧＣＡＴＧＧＡＧＧＴＧＣＧＣＣＧＧＧＣＧＧＧＧＣＡＧ
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ＢＭ３８．２＿３８６６ ＣＣＧＧＴＧＧＣＧＣＴＧＡＣＧＣＣＧＡＣＣＧＡＧＡＴＧＣＧＧＣＴＧＣＴＧＣＴＧＧＡＧＴＴＣＴＣＧＧＣＧＧＣＧＣＣＧＧＧＣ ＷＴ＿３８６６ ＣＣＧＧＴＧＧＣＧＣＴＧＡＣＧＣＣＧＡＣＣＧＡＧＡＴＧＣＧＧＣＴＧＣＴＧＣＴＧＧＡＧＴＴＣＴＣＧＧＣＧＧＣＧＣＣＧＧＧＣ
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ＢＭ３８．２＿３８６６ ＡＣＧＧＴＧＣＴＣＴＣＣＣＧＣＧＡＣＡＡＧＣＴＧＣＴＣＧＡＡＣＧＧＧＴＧＴＧＧＧＡＧＴＡＣＧＧＣＴＧＧＧＧＣＧＧＴＧＡＣ ＷＴ＿３８６６ ＡＣＧＧＴＧＣＴＣＴＣＣＣＧＣＧＡＣＡＡＧＣＴＧＣＴＣＧＡＡＣＧＧＧＴＧＴＧＧＧＡＧＴＡＣＧＧＣＴＧＧＧＧＣＧＧＴＧＡＣ
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ＢＭ３８．２＿３８６６ ＡＣＣＣＧＧＧＴＣＧＴＣＧＡＣＧＴＣＣＡＴＧＴＧＣＡＧＣＧＧＣＴＧＣＧＣＡＣＧＡＡＧＡＴＣＧＧＣＣＡＧＧＡＣＣＧＣＡＴＣ ＷＴ＿３８６６ ＡＣＣＣＧＧＧＴＣＧＴＣＧＡＣＧＴＣＣＡＴＧＴＧＣＡＧＣＧＧＣＴＧＣＧＣＡＣＧＡＡＧＡＴＣＧＧＣＣＡＧＧＡＣＣＧＣＡＴＣ
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ＢＭ３８．２＿３８６６ ＧＡＧＡＣＧＧＴＣＣＧＣＧＧＴＴＴＣＧＧＴＴＡＣＡＡＧＣＴＧＡＡＧＧＣＣＴＧＡ［配列番号３］
ＷＴ＿３８６６ ＧＡＧＡＣＧＧＴＣＣＧＣＧＧＴＴＴＣＧＧＴＴＡＣＡＡＧＣＴＧＡＡＧＧＣＣＴＧＡ［配列番号１７］
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＞ＷＴ＿３８６６翻訳された遺伝子産物
ＬＰＡＲＱＡＱＡＲＴＤＲＥＨＴＲＴＥＳＴＧＭＡＤＱＴＨＶＬＦＶＥＤＤＤＶＩＲＥＡＴＱＬＡＬＥＲＤＧＦＡＶＴＡＫＰＤＧＬＳＧＬＥＡＦＨＴＤＲＰＤＩＡＬＬＤＶＭＶＰＧＬＤＧＶＳＬＣＲＲＩＲＤＥＳＭＶＰＶＩＭＬＳＡＲＡＤＡＩＤＶＶＬＧＬＥＡＧＡＤＤＹＶＡＫＰＦＤＧＡＶＬＶＡＲＩＲＡＶＬＲＲＦＧＲＡＮＧＧＲＥＥＰＡＡＤＡＧＧＶＬＡＦＧＥＬＥＩＤＴＧＧＭＥＶＲＲＡＧＱＰＶＡＬＴＰＴＥＭＲＬＬＬＥＦＳＡＡＰＧＴＶＬＳＲＤＫＬＬＥＲＶＷＥＹＧＷＧＧＤＴＲＶＶＤＶＨＶＱＲＬＲＴＫＩＧＱＤＲＩＥＴＶＲＧＦＧＹＫＬＫＡ［配列番号１８］
＞ＢＭ３８．２＿３８６６翻訳された遺伝子産物
ＬＰＡＲＱＡＱＡＲＴＤＲＥＨＴＲＴＥＳＴＧＭＡＤＱＴＨＶＬＦＶＥＤＤＤＶＩＲＥＡＴＱＬＡＬＥＲＤＧＦＡＶＴＡＫＰＤＧＬＳＧＬＥＡＦＨＴＤＲＰＤＩＡＬＬＤＶＭＶＰＧＬＤＧＶＳＬＣＲＲＩＲＤＥＳＭＶＰＶＩＭＬＳＡＲＡＤＡＩＤＶＶＬＧＬＥＡＧＡＤＤＹＶＴＫＰＦＤＧＡＶＬＶＡＲＩＲＡＶＬＲＲＦＧＲＡＮＧＧＲＥＥＰＡＡＤＡＧＧＶＬＡＦＧＥＬＥＩＤＴＧＧＭＥＶＲＲＡＧＱＰＶＡＬＴＰＴＥＭＲＬＬＬＥＦＳＡＡＰＧＴＶＬＳＲＤＫＬＬＥＲＶＷＥＹＧＷＧＧＤＴＲＶＶＤＶＨＶＱＲＬＲＴＫＩＧＱＤＲＩＥＴＶＲＧＦＧＹＫＬＫＡ［配列番号４］

ｏｒｆ４７５５：ＲＮＡポリメラーゼシグマ−７０因子、シグマ−Ｅファミリーをコードすると予測される。ＡｒｇコドンのＴからＧへの突然変異（ＣＧＴ−＞ＣＧＧ）は、サイレント突然変異である。
ＢＭ３８．２＿４７５５ ＴＴＧＣＡＣＧＧＧＡＡＧＡＣＣＧＡＧＡＣＡＣＣＧＧＴＧＧＡＧＧＧＣＡＴＧＡＣＣＧＡＧＧＡＡＧＡＧＴＴＣＧＡＣＧＣＴＴＴＣ ＷＴ＿４７５５ ＴＴＧＣＡＣＧＧＧＡＡＧＡＣＣＧＡＧＡＣＡＣＣＧＧＴＧＧＡＧＧＧＣＡＴＧＡＣＣＧＡＧＧＡＡＧＡＧＴＴＣＧＡＣＧＣＴＴＴＣ
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ＢＭ３８．２＿４７５５ ＴＡＣＧＣＧＧＣＣＧＣＧＴＴＣＣＣＣＣＧＣＣＴＧＡＣＣＧＧＡＣＡＧＴＴＧＴＡＣＧＴＣＴＴＣＡＣＣＧＧＴＧＡＣＣＴＣＧＧＣ ＷＴ＿４７５５ ＴＡＣＧＣＧＧＣＣＧＣＧＴＴＣＣＣＣＣＧＣＣＴＧＡＣＣＧＧＡＣＡＧＴＴＧＴＡＣＧＴＣＴＴＣＡＣＣＧＧＴＧＡＣＣＴＣＧＧＣ
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ＢＭ３８．２＿４７５５ ＧＡＧＧＣＣＣＡＧＧＡＣＧＴＣＧＴＣＣＡＧＧＡＧＧＣＧＴＴＣＧＴＡＣＧＧＧＣＣＴＧＧＧＡＣＣＧＧＣＧＣＧＧＧＡＧＧＣＴＧ ＷＴ＿４７５５ ＧＡＧＧＣＣＣＡＧＧＡＣＧＴＣＧＴＣＣＡＧＧＡＧＧＣＧＴＴＣＧＴＡＣＧＧＧＣＣＴＧＧＧＡＣＣＧＧＣＧＣＧＧＧＡＧＧＣＴＧ
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ＢＭ３８．２＿４７５５ ＡＴＣＧＣＣＧＡＣＧＡＧＧＣＧＣＣＣＧＡＧＧＣＧＴＧＧＧＴＧＣＧＣＡＣＣＧＴＣＧＣＣＡＴＧＣＧＧＣＴＣＧＣＧＧＴＧＡＧＣ ＷＴ＿４７５５ ＡＴＣＧＣＣＧＡＣＧＡＧＧＣＧＣＣＣＧＡＧＧＣＧＴＧＧＧＴＧＣＧＣＡＣＣＧＴＣＧＣＣＡＴＧＣＧＧＣＴＣＧＣＧＧＴＧＡＧＣ
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ＢＭ３８．２＿４７５５ ＣＧＣＴＧＧＣＧＣＣＧＣＧＣＧＡＡＡＣＧＣＴＧＧＣＴＧＧＡＡＣＴＣＧＴＡＣＧＧＣＡＣＴＣＣＣＣＧＣＣＣＣＣＧＧＡＧＡＣＧ ＷＴ＿４７５５ ＣＧＣＴＧＧＣＧＣＣＧＣＧＣＧＡＡＡＣＧＣＴＧＧＣＴＧＧＡＡＣＴＣＧＴＡＣＧＧＣＡＣＴＣＣＣＣＧＣＣＣＣＣＧＧＡＧＡＣＧ
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ＢＭ３８．２＿４７５５ ＡＣＣＣＣＣＧＧＣＣＣＧＧＧＣＣＣＣＧＡＣＣＧＣＡＣＣＧＣＣＣＴＧＧＴＣＧＣＣＧＣＧＣＴＧＣＧＣＣＡＡＣＴＧＣＣＣＧＡＧ ＷＴ＿４７５５ ＡＣＣＣＣＣＧＧＣＣＣＧＧＧＣＣＣＣＧＡＣＣＧＣＡＣＣＧＣＣＣＴＧＧＴＣＧＣＣＧＣＧＣＴＧＣＧＣＣＡＡＣＴＧＣＣＣＧＡＧ
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ＢＭ３８．２＿４７５５ ＣＡＣＣＡＧＣＧＣＡＴＧＧＣＣＧＴＣＧＴＣＣＴＣＣＡＴＣＡＣＣＴＧＴＧＣＧＡＣＣＴＣＡＧＣＧＴＣＧＡＡＣＡＧＧＴＡＧＣＣ ＷＴ＿４７５５ ＣＡＣＣＡＧＣＧＣＡＴＧＧＣＣＧＴＣＧＴＣＣＴＣＣＡＴＣＡＣＣＴＧＴＧＣＧＡＣＣＴＣＡＧＣＧＴＣＧＡＡＣＡＧＧＴＡＧＣＣ
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ＢＭ３８．２＿４７５５ ＴＣＣＧＡＧＡＣＣＧＧＣＧＣＡＣＣＣＧＴＧＧＧＣＡＣＧＧＴＣＡＡＧＧＣＣＡＧＧＣＴＣＴＣＣＣＧＣＧＧＡＣＧＧＧＣＧＧＣＡ ＷＴ＿４７５５ ＴＣＣＧＡＧＡＣＣＧＧＣＧＣＡＣＣＣＧＴＧＧＧＣＡＣＧＧＴＣＡＡＧＧＣＣＡＧＧＣＴＣＴＣＣＣＧＣＧＧＡＣＧＧＧＣＧＧＣＡ
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ＢＭ３８．２＿４７５５ ＣＴＧＧＣＣＡＧＡＣＡＴＣＴＧＧＣＧＧＴＧＧＡＣＧＡＧＧＣＣＧＡＣＧＡＧＴＣＧＧＣＣＴＧＧＡＧＧＧＡＧＧＧＣＧＧＣＣＧＧ ＷＴ＿４７５５ ＣＴＧＧＣＣＡＧＡＣＡＴＣＴＧＧＣＧＧＴＧＧＡＣＧＡＧＧＣＣＧＡＣＧＡＧＴＣＧＧＣＣＴＧＧＡＧＧＧＡＧＧＧＣＧＧＣＣＧＴ
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ＢＭ３８．２＿４７５５ ＧＴＣＧＧＡＴＧＡ［配列番号９］
ＷＴ＿４７５５ ＧＴＣＧＧＡＴＧＡ［配列番号２３］
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＞ＷＴ＿４７５５翻訳された遺伝子産物
ＬＨＧＫＴＥＴＰＶＥＧＭＴＥＥＥＦＤＡＦＹＡＡＡＦＰＲＬＴＧＱＬＹＶＦＴＧＤＬＧＥＡＱＤＶＶＱＥＡＦＶＲＡＷＤＲＲＧＲＬＩＡＤＥＡＰＥＡＷＶＲＴＶＡＭＲＬＡＶＳＲＷＲＲＡＫＲＷＬＥＬＶＲＨＳＰＰＰＥＴＴＰＧＰＧＰＤＲＴＡＬＶＡＡＬＲＱＬＰＥＨＱＲＭＡＶＶＬＨＨＬＣＤＬＳＶＥＱＶＡＳＥＴＧＡＰＶＧＴＶＫＡＲＬＳＲＧＲＡＡＬＡＲＨＬＡＶＤＥＡＤＥＳＡＷＲＥＧＧＲＶＧ［配列番号２４］
＞ＢＭ３８．２＿４７５５翻訳された遺伝子産物
ＬＨＧＫＴＥＴＰＶＥＧＭＴＥＥＥＦＤＡＦＹＡＡＡＦＰＲＬＴＧＱＬＹＶＦＴＧＤＬＧＥＡＱＤＶＶＱＥＡＦＶＲＡＷＤＲＲＧＲＬＩＡＤＥＡＰＥＡＷＶＲＴＶＡＭＲＬＡＶＳＲＷＲＲＡＫＲＷＬＥＬＶＲＨＳＰＰＰＥＴＴＰＧＰＧＰＤＲＴＡＬＶＡＡＬＲＱＬＰＥＨＱＲＭＡＶＶＬＨＨＬＣＤＬＳＶＥＱＶＡＳＥＴＧＡＰＶＧＴＶＫＡＲＬＳＲＧＲＡＡＬＡＲＨＬＡＶＤＥＡＤＥＳＡＷＲＥＧＧＲＶＧ［配列番号１０］

ｏｒｆ４８６８：転写調節タンパク質をコードすると予測される。これは、二成分系におけるセンサーパートナーからのシグナルを受信するＲＥＣシグナルレシーバードメインを含む。タンデムリピート配列中の欠失（Ｃの喪失）はフレームシフト突然変異をもたらす。
ＢＭ３８．２＿４８６８ ＡＴＧＣＧＣＣＣＧＣＣＣＧＴＣＡＣＣＣＡＣＣＡＣＣＡＣＣＣＴＧＣＣＧＧＡＧＧＣＧＣＴＧＣＧＣＧＣＣＧＣＣＣＣＴＡＴＣＧＡ ＷＴ＿４８６８ ＡＴＧＣＧＣＣＣＧＣＣＣＧＴＣＡＣＣＣＡＣＣＡＣＣＡＣＣＣＴＧＣＣＧＧＡＧＧＣＧＣＴＧＣＧＣＧＣＣＧＣＣＣＣＴＡＴＣＧＡ
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ＢＭ３８．２＿４８６８ ＣＴＣＴＴＧＡＴＣＧＴＧＧＡＧＧＡＣＧＡＧＡＡＡＣＧＣＣＴＣＧＣＴＣＴＣＴＣＣＣＴＣＧＣＣＡＡＧＧＧＡＣＴＣＡＣＣＧＣＣ ＷＴ＿４８６８ ＣＴＣＴＴＧＡＴＣＧＴＧＧＡＧＧＡＣＧＡＧＡＡＡＣＧＣＣＴＣＧＣＴＣＴＣＴＣＣＣＴＣＧＣＣＡＡＧＧＧＡＣＴＣＡＣＣＧＣＣ
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ＢＭ３８．２＿４８６８ ＧＡＧＧＧＣＴＡＣＧＣＣＧＴＧＧＡＣＧＴＣＧＴＣＣＡＣＧＡＣＧＧＣＣＧＧＧＡＧＧＧＣＣＴＧＣＡＣＣＧＧＧＣＣＡＣＧＧＡＧ ＷＴ＿４８６８ ＧＡＧＧＧＣＴＡＣＧＣＣＧＴＧＧＡＣＧＴＣＧＴＣＣＡＣＧＡＣＧＧＣＣＧＧＧＡＧＧＧＣＣＴＧＣＡＣＣＧＧＧＣＣＡＣＧＧＡＧ
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ＢＭ３８．２＿４８６８ ＧＧＧＡＣＧＴＡＣＧＡＣＣＴＣＣＴＣＡＴＣＣＴＧＧＡＣＡＴＣＡＴＧＣＴＧＣＣＣＧＧＴＣＴＣＡＡＣＧＧＣＴＡＣＣＧＧＧＴＣ ＷＴ＿４８６８ ＧＧＧＡＣＧＴＡＣＧＡＣＣＴＣＣＴＣＡＴＣＣＴＧＧＡＣＡＴＣＡＴＧＣＴＧＣＣＣＧＧＴＣＴＣＡＡＣＧＧＣＴＡＣＣＧＧＧＴＣ
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ＢＭ３８．２＿４８６８ ＴＧＣＧＣＣＧＣＧＣＴＣＣＧＣＧＣＣＧＣＣＧＧＡＣＡＣＧＡＣＧＴＧＣＣＧＡＴＣＣＴＧＡＴＧＣＴＣＡＣＧＧＣＣＡＡＧＧＡＣ ＷＴ＿４８６８ ＴＧＣＧＣＣＧＣＧＣＴＣＣＧＣＧＣＣＧＣＣＧＧＡＣＡＣＧＡＣＧＴＧＣＣＧＡＴＣＣＴＧＡＴＧＣＴＣＡＣＧＧＣＣＡＡＧＧＡＣ
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ＢＭ３８．２＿４８６８ ＧＧＣＧＡＧＴＡＣＧＡＣＧＡＧＧＣＧＧＡＧＧＧＣＣＴＧＧＡＣＡＣＣＧＧＣＧＣＣＧＡＣＧＡＣＴＡＣＣＴＣＡＣＣＡＡＧＣＣＧ ＷＴ＿４８６８ ＧＧＣＧＡＧＴＡＣＧＡＣＧＡＧＧＣＧＧＡＧＧＧＣＣＴＧＧＡＣＡＣＣＧＧＣＧＣＣＧＡＣＧＡＣＴＡＣＣＴＣＡＣＣＡＡＧＣＣＧ
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ＢＭ３８．２＿４８６８ ＴＴＣＴＣＧＴＡＣＧＴＣＧＴＣＣＴＣＧＴＣＧＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡＧＧＣＧＣＴＧＣＴＧＣＧＣＣＧＣＣＧＧＣＣＧＧＣＣＧＧＧ ＷＴ＿４８６８ ＴＴＣＴＣＧＴＡＣＧＴＣＧＴＣＣＴＣＧＴＣＧＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡＧＧＣＧＣＴＧＣＴＧＣＧＣＣＧＣＣＧＧＣＣＧＧＣＣＧＧＧ
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ＢＭ３８．２＿４８６８ ＧＣＣＴＣＣＣＣ−ＡＴＣＣＡＴＧＴＣＣＡＣＧＧＣＧＡＣＣＴＣＡＡＧＧＴＧＧＡＣＡＣＣＧＣＣＧＣＣＣＧＣＣＧＣＧＴＣＴＴＣ ＷＴ＿４８６８ ＧＣＣＴＣＣＣＣＣＡＴＣＣＡＴＧＴＣＣＡＣＧＧＣＧＡＣＣＴＣＡＡＧＧＴＧＧＡＣＡＣＣＧＣＣＧＣＣＣＧＣＣＧＣＧＴＣＴＴＣ
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ＢＭ３８．２＿４８６８ ＣＴＧＧＧＣＧＡＧＧＡＣＧＡＡＧＴＧＧＣＧＣＴＧＡ［配列番号１３］
ＷＴ＿４８６８ ＣＴＧＧＧＣＧＡＧＧＡＣＧＡＡＧＴＧＧＣＧＣＴＧＡ［配列番号２７］
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＞ＷＴ＿４８６８翻訳された遺伝子産物
ＭＲＰＰＶＴＨＨＨＰＡＧＧＡＡＲＲＰＹＲＬＬＩＶＥＤＥＫＲＬＡＬＳＬＡＫＧＬＴＡＥＧＹＡＶＤＶＶＨＤＧＲＥＧＬＨＲＡＴＥＧＴＹＤＬＬＩＬＤＩＭＬＰＧＬＮＧＹＲＶＣＡＡＬＲＡＡＧＨＤＶＰＩＬＭＬＴＡＫＤＧＥＹＤＥＡＥＧＬＤＴＧＡＤＤＹＬＴＫＰＦＳＹＶＶＬＶＡＲＩＫＡＬＬＲＲＲＰＡＧＡＳＰＩＨＶＨＧＤＬＫＶＤＴＡＡＲＲＶＦＬＧＥＤＥＶＡＬ［配列番号２８］
＞ＢＭ３８．２＿４８６８翻訳された遺伝子産物
ＭＲＰＰＶＴＨＨＨＰＡＧＧＡＡＲＲＰＹＲＬＬＩＶＥＤＥＫＲＬＡＬＳＬＡＫＧＬＴＡＥＧＹＡＶＤＶＶＨＤＧＲＥＧＬＨＲＡＴＥＧＴＹＤＬＬＩＬＤＩＭＬＰＧＬＮＧＹＲＶＣＡＡＬＲＡＡＧＨＤＶＰＩＬＭＬＴＡＫＤＧＥＹＤＥＡＥＧＬＤＴＧＡＤＤＹＬＴＫＰＦＳＹＶＶＬＶＡＲＩＫＡＬＬＲＲＲＰＡＧＡＳＰＳＭＳＴＡＴＳＲＷＴＰＰＰＡＡＳＳ ＷＡＲＴＫＷＲ［配列番号１４］

ｏｒｆ５１７５：ヒスチジンキナーゼ転写調節タンパク質をコードすると予測される。これは、二成分系におけるセンサーパートナーからのシグナルを受信するＲＥＣシグナルレシーバードメインを有する。ＣからＴへの突然変異がＰｒｏからＳｅｒへの変化をもたらす。
ＢＭ３８．２＿５１７５ ＡＴＧＧＴＧＣＡＧＡＡＧＧＣＣＡＡＧＡＴＣＣＴＣＣＴＧＧＴＣＧＡＴＧＡＣＣＧＧＣＣＧＧＡＧＡＡＴＣＴＧＣＴＣＧＣＧＣＴＧ ＷＴ＿５１７５ ＡＴＧＧＴＧＣＡＧＡＡＧＧＣＣＡＡＧＡＴＣＣＴＣＣＴＧＧＴＣＧＡＴＧＡＣＣＧＧＣＣＧＧＡＧＡＡＴＣＴＧＣＴＣＧＣＧＣＴＧ
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ＢＭ３８．２＿５１７５ ＧＡＧＧＣＧＡＴＣＣＴＣＴＣＧＧＣＧＣＴＣＧＡＴＣＡＧＡＣＧＣＴＧＧＴＧＣＧＧＧＣＡＴＣＧＴＣＣＧＧＧＧＡＧＧＡＡＧＣＧ ＷＴ＿５１７５ ＧＡＧＧＣＧＡＴＣＣＴＣＴＣＧＧＣＧＣＴＣＧＡＴＣＡＧＡＣＧＣＴＧＧＴＧＣＧＧＧＣＡＴＣＧＴＣＣＧＧＧＧＡＧＧＡＡＧＣＧ
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ＢＭ３８．２＿５１７５ ＣＴＣＡＡＡＧＣＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＡＣＧＡＣＴＴＣＧＣＧＧＴＣＡＴＴＣＴＧＣＴＧＧＡＣＧＴＣＣＡＧＡＴＧＣＣＧＧＧＣ ＷＴ＿５１７５ ＣＴＣＡＡＡＧＣＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＡＣＧＡＣＴＴＣＧＣＧＧＴＣＡＴＴＣＴＧＣＴＧＧＡＣＧＴＣＣＡＧＡＴＧＣＣＧＧＧＣ
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ＢＭ３８．２＿５１７５ ＡＴＧＧＡＣＧＧＴＴＴＣＧＡＧＡＣＣＧＣＧＧＣＣＣＡＣＡＴＣＡＡＧＣＧＧＣＧＧＧＡＡＣＧＣＡＣＣＣＧＧＧＡＣＡＴＣＣＣＧ ＷＴ＿５１７５ ＡＴＧＧＡＣＧＧＴＴＴＣＧＡＧＡＣＣＧＣＧＧＣＣＣＡＣＡＴＣＡＡＧＣＧＧＣＧＧＧＡＡＣＧＣＡＣＣＣＧＧＧＡＣＡＴＣＣＣＧ
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ＢＭ３８．２＿５１７５ ＡＴＣＡＴＣＴＴＣＣＴＣＡＣＣＧＣＧＡＴＣＡＡＣＣＡＣＧＧＴＴＣＧＣＡＣＣＡＣＡＣＧＴＴＣＣＧＧＧＧＣＴＡＣＧＣＧＧＣＧ ＷＴ＿５１７５ ＡＴＣＡＴＣＴＴＣＣＴＣＡＣＣＧＣＧＡＴＣＡＡＣＣＡＣＧＧＴＣＣＧＣＡＣＣＡＣＡＣＧＴＴＣＣＧＧＧＧＣＴＡＣＧＣＧＧＣＧ
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ＢＭ３８．２＿５１７５ ＧＧＴＧＣＧＧＴＣＧＡＣＴＡＣＡＴＣＴＣＧＡＡＧＣＣＧＴＴＣＧＡＣＣＣＧＴＧＧＧＴＧＣＴＧＣＧＣＧＣＧＡＡＧＧＴＣＴＣＧ ＷＴ＿５１７５ ＧＧＴＧＣＧＧＴＣＧＡＣＴＡＣＡＴＣＴＣＧＡＡＧＣＣＧＴＴＣＧＡＣＣＣＧＴＧＧＧＴＧＣＴＧＣＧＣＧＣＧＡＡＧＧＴＣＴＣＧ
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ＢＭ３８．２＿５１７５ ＧＴＣＴＴＣＧＴＣＧＡＧＣＴＧＴＡＣＡＴＧＡＡＧＡＡＣＴＧＣＣＡＧＣＴＧＣＧＧＧＡＧＣＡＧＧＣＧＧＣＧＣＴＧＣＴＧＣＧＧ ＷＴ＿５１７５ ＧＴＣＴＴＣＧＴＣＧＡＧＣＴＧＴＡＣＡＴＧＡＡＧＡＡＣＴＧＣＣＡＧＣＴＧＣＧＧＧＡＧＣＡＧＧＣＧＧＣＧＣＴＧＣＴＧＣＧＧ
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ＢＭ３８．２＿５１７５ ＣＴＣＣＡＧＴＴＧＧＡＣＧＧＣＧＧＣＧＡＧＡＡＧＧＡＣＧＡＴＧＣＣＧＡＧＧＣＡＧＧＣＧＡＣＴＣＧＧＣＧＧＧＧＣＴＧＣＴＣ ＷＴ＿５１７５ ＣＴＣＣＡＧＴＴＧＧＡＣＧＧＣＧＧＣＧＡＧＡＡＧＧＡＣＧＡＴＧＣＣＧＡＧＧＣＡＧＧＣＧＡＣＴＣＧＧＣＧＧＧＧＣＴＧＣＴＣ
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ＢＭ３８．２＿５１７５ ＧＣＣＧＡＧＣＴＧＴＣＧＧＣＧＣＧＧＣＴＣＧＣＧＧＣＣＧＴＣＧＡＧＧＡＧＣＡＧＧＣＣＧＡＧＧＣＧＣＴＧＡＣＣＡＡＧＣＡＧ ＷＴ＿５１７５ ＧＣＣＧＡＧＣＴＧＴＣＧＧＣＧＣＧＧＣＴＣＧＣＧＧＣＣＧＴＣＧＡＧＧＡＧＣＡＧＧＣＣＧＡＧＧＣＧＣＴＧＡＣＣＡＡＧＣＡＧ
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ＢＭ３８．２＿５１７５ ＣＴＣＡＡＣＧＡＣＧＡＧＴＣＧＡＣＧＧＡＣＧＣＧＧＣＣＧＣＧＧＴＧＧＣＣＡＣＧＧＣＧＧＣＴＣＡＴＣＴＧＧＡＧＣＧＣＡＡＧ ＷＴ＿５１７５ ＣＴＣＡＡＣＧＡＣＧＡＧＴＣＧＡＣＧＧＡＣＧＣＧＧＣＣＧＣＧＧＴＧＧＣＣＡＣＧＧＣＧＧＣＴＣＡＴＣＴＧＧＡＧＣＧＣＡＡＧ
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ＢＭ３８．２＿５１７５ ＣＴＣＡＣＧＧＧＧＴＴＧＣＧＧＣＧＧＧＣＧＣＴＧＧＡＣＧＣＣＣＴＧＧＡＧＣＣＣＧＧＧＡＣＣＧＧＣＡＧＣＧＣＧＴＣＧＴＣＧ ＷＴ＿５１７５ ＣＴＣＡＣＧＧＧＧＴＴＧＣＧＧＣＧＧＧＣＧＣＴＧＧＡＣＧＣＣＣＴＧＧＡＧＣＣＣＧＧＧＡＣＣＧＧＣＡＧＣＧＣＧＴＣＧＴＣＧ
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ＢＭ３８．２＿５１７５ ＧＴＧＣＣＧＴＣＧＣＡＧＡＡＣＴＧＡ［配列番号５］
ＷＴ＿５１７５ ＧＴＧＣＣＧＴＣＧＣＡＧＡＡＣＴＧＡ［配列番号１９］
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＞ＷＴ＿５１７５翻訳された遺伝子産物
ＭＶＱＫＡＫＩＬＬＶＤＤＲＰＥＮＬＬＡＬＥＡＩＬＳＡＬＤＱＴＬＶＲＡＳＳＧＥＥＡＬＫＡＬＬＴＤＤＦＡＶＩＬＬＤＶＱＭＰＧＭＤＧＦＥＴＡＡＨＩＫＲＲＥＲＴＲＤＩＰＩＩＦＬＴＡＩＮＨＧＰＨＨＴＦＲＧＹＡＡＧＡＶＤＹＩＳＫＰＦＤＰＷＶＬＲＡＫＶＳＶＦＶＥＬＹＭＫＮＣＱＬＲＥＱＡＡＬＬＲＬＱＬＤＧＧＥＫＤＤＡＥＡＧＤＳＡＧＬＬＡＥＬＳＡＲＬＡＡＶＥＥＱＡＥＡＬＴＫＱＬＮＤＥＳＴＤＡＡＡＶＡＴＡＡＨＬＥＲＫＬＴＧＬＲＲＡＬＤＡＬＥＰＧＴＧＳＡＳＳＶＰＳＱＮ［配列番号２０］
＞ＢＭ３８．２＿５１７５翻訳された遺伝子産物
ＭＶＱＫＡＫＩＬＬＶＤＤＲＰＥＮＬＬＡＬＥＡＩＬＳＡＬＤＱＴＬＶＲＡＳＳＧＥＥＡＬＫＡＬＬＴＤＤＦＡＶＩＬＬＤＶＱＭＰＧＭＤＧＦＥＴＡＡＨＩＫＲＲＥＲＴＲＤＩＰＩＩＦＬＴＡＩＮＨＧＳＨＨＴＦＲＧＹＡＡＧＡＶＤＹＩＳＫＰＦＤＰＷＶＬＲＡＫＶＳＶＦＶＥＬＹＭＫＮＣＱＬＲＥＱＡＡＬＬＲＬＱＬＤＧＧＥＫＤＤＡＥＡＧＤＳＡＧＬＬＡＥＬＳＡＲＬＡＡＶＥＥＱＡＥＡＬＴＫＱＬＮＤＥＳＴＤＡＡＡＶＡＴＡＡＨＬＥＲＫＬＴＧＬＲＲＡＬＤＡＬＥＰＧＴＧＳＡＳＳＶＰＳＱＮ［配列番号６］

ｏｒｆ５３８７：ＭｅｒＲファミリーの転写調節因子をコードすると予測される。これは、ＨＴＨ ＤＮＡ結合ドメインおよび二成分系におけるセンサーパートナーからのシグナルを受信するＲＥＣドメインを有する。ＡからＣへの突然変異がＴｙｒからＳｅｒへの変化をもたらす。
ＢＭ３８．２＿５３８７ ＡＴＧＧＴＧＣＧＧＧＡＡＧＣＧＣＴＧＧＣＣＧＣＡＣＴＧＣＴＣＧＡＡＣＴＣＧＡＧＧＡＣＧＡＣＡＴＣＣＧＧＧＴＧＧＴＧＧＣＡ
ＷＴ＿５３８７ ＡＴＧＧＴＧＣＧＧＧＡＡＧＣＧＣＴＧＧＣＣＧＣＡＣＴＧＣＴＣＧＡＡＣＴＣＧＡＧＧＡＣＧＡＣＡＴＣＣＧＧＧＴＧＧＴＧＧＣＡ
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ＢＭ３８．２＿５３８７ ＧＡＡＧＴＣＧＧＣＴＣＣＧＧＴＧＡＧＧＡＣＧＴＡＣＴＣＧＡＣＧＣＧＧＣＣＡＧＧＧＧＡＡＣＡＣＧＴＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＴＧ
ＷＴ＿５３８７ ＧＡＡＧＴＣＧＧＣＴＣＣＧＧＴＧＡＧＧＡＣＧＴＡＣＴＣＧＡＣＧＣＧＧＣＣＡＧＧＧＧＡＡＣＡＣＧＴＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＴＧ
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ＢＭ３８．２＿５３８７ ＡＴＣＧＴＧＧＡＣＧＴＣＡＡＣＡＴＧＣＣＧＧＧＡＣＴＣＧＡＣＧＧＧＣＴＣＡＣＣＧＣＧＧＣＣＧＡＧＣＧＧＣＴＧＣＧＣＧＡＧ
ＷＴ＿５３８７ ＡＴＣＧＴＧＧＡＣＧＴＣＡＡＣＡＴＧＣＣＧＧＧＡＣＴＣＧＡＣＧＧＧＣＴＣＡＣＣＧＣＧＧＣＣＧＡＧＣＧＧＣＴＧＣＧＣＧＡＧ
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ＢＭ３８．２＿５３８７ ＣＡＧＣＴＧＣＣＣＧＡＣＴＣＣＣＧＣＡＴＣＣＴＧＧＴＧＣＴＧＡＣＣＧＴＣＣＴＧＧＡＣＧＣＧＣＣＣＡＡＣＧＴＣＣＴＧＣＧＣ
ＷＴ＿５３８７ ＣＡＧＣＴＧＣＣＣＧＡＣＴＣＣＣＧＣＡＴＣＣＴＧＧＴＧＣＴＧＡＣＣＧＴＣＣＴＧＧＡＣＧＣＧＣＣＣＡＡＣＧＴＣＣＴＧＣＧＣ
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ＢＭ３８．２＿５３８７ ＣＧＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＧＴＣＣＧＧＧＴＣＧＡＣＧＧＣＴＡＣＣＴＣＧＴＣＡＡＧＡＡＣＧＣＴＣＣＧＧＴＧＧＡＧＣＡＣＣＴＣ
ＷＴ＿５３８７ ＣＧＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＧＴＣＣＧＧＧＴＣＧＡＣＧＧＣＴＡＣＣＴＣＧＴＣＡＡＧＡＡＣＧＣＴＣＣＧＧＴＧＧＡＧＣＡＣＣＴＣ
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ＢＭ３８．２＿５３８７ ＧＴＣＡＡＧＧＣＣＧＴＧＣＧＣＣＡＧＡＴＣＡＴＧＧＣＣＧＧＧＧＡＡＣＧＣＧＴＣＡＴＣＴＣＡＣＣＧＧＡＧＣＴＧＧＣＧＣＴＧ
ＷＴ＿５３８７ ＧＴＣＡＡＧＧＣＣＧＴＧＣＧＣＣＡＧＡＴＣＡＴＧＧＣＣＧＧＧＧＡＡＣＧＣＧＴＣＡＴＣＴＣＡＣＣＧＧＡＧＣＴＧＧＣＧＣＴＧ
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ＢＭ３８．２＿５３８７ ＧＣＣＧＣＣＴＧＧＧＡＧＧＧＣＡＡＧＧＣＣＡＧＣＣＣＧＣＴＣＡＣＣＧＣＧＣＧＧＧＡＧＧＣＣＧＡＴＧＴＧＣＴＣＣＧＧＡＴＣ
ＷＴ＿５３８７ ＧＣＣＧＣＣＴＧＧＧＡＧＧＧＣＡＡＧＧＣＣＡＧＣＣＣＧＣＴＣＡＣＣＧＣＧＣＧＧＧＡＧＧＣＣＧＡＴＧＴＧＣＴＣＣＧＧＡＴＣ
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ＢＭ３８．２＿５３８７ ＧＣＧＧＣＧＧＣＣＧＧＣＧＣＧＧＡＧＡＣＣＧＣＣＧＡＧＡＴＣＧＣＣＧＡＧＴＡＣＣＴＧＣＡＴＣＴＴＴＣＡＣＣＧＧＧＣＡＣＧ
ＷＴ＿５３８７ ＧＣＧＧＣＧＧＣＣＧＧＣＧＣＧＧＡＧＡＣＣＧＣＣＧＡＧＡＴＣＧＣＣＧＡＧＴＡＣＣＴＧＣＡＴＣＴＴＴＣＡＣＣＧＧＧＣＡＣＧ
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ＢＭ３８．２＿５３８７ ＧＴＧＣＧＧＡＡＣＴＣＣＡＴＧＡＣＣＡＣＣＡＴＣＡＴＣＧＣＣＡＡＧＣＴＣＧＡＣＧＣＧＣＧＣＡＡＣＣＧＧＣＴＣＧＡＣＧＣＣ
ＷＴ＿５３８７ ＧＴＧＣＧＧＡＡＣＴＡＣＡＴＧＡＣＣＡＣＣＡＴＣＡＴＣＧＣＣＡＡＧＣＴＣＧＡＣＧＣＧＣＧＣＡＡＣＣＧＧＣＴＣＧＡＣＧＣＣ
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ＢＭ３８．２＿５３８７ ＡＴＣＣＧＣＡＴＣＧＣＡＣＧＣＧＡＣＧＣＣＧＧＧＴＧＧＣＴＣＣＴＣＡＡＣＴＣＣＴＧＡ［配列番号７］
ＷＴ＿５３８７ ＡＴＣＣＧＣＡＴＣＧＣＡＣＧＣＧＡＣＧＣＣＧＧＧＴＧＧＣＴＣＣＴＣＡＡＣＴＣＣＴＧＡ［配列番号２１］
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＞ＷＴ＿５３８７翻訳された遺伝子産物
ＭＶＲＥＡＬＡＡＬＬＥＬＥＤＤＩＲＶＶＡＥＶＧＳＧＥＤＶＬＤＡＡＲＧＴＲＰＤＬＶＩＶＤＶＮＭＰＧＬＤＧＬＴＡＡＥＲＬＲＥＱＬＰＤＳＲＩＬＶＬＴＶＬＤＡＰＮＶＬＲＲＡＱＤＶＲＶＤＧＹＬＶＫＮＡＰＶＥＨＬＶＫＡＶＲＱＩＭＡＧＥＲＶＩＳＰＥＬＡＬＡＡＷＥＧＫＡＳＰＬＴＡＲＥＡＤＶＬＲＩＡＡＡＧＡＥＴＡＥＩＡＥＹＬＨＬＳＰＧＴＶＲＮＹＭＴＴＩＩＡＫＬＤＡＲＮＲＬＤＡＩＲＩＡＲＤＡＧＷＬＬＮＳ［配列番号２２］

＞ＢＭ３８．２＿５３８７翻訳された遺伝子産物
ＭＶＲＥＡＬＡＡＬＬＥＬＥＤＤＩＲＶＶＡＥＶＧＳＧＥＤＶＬＤＡＡＲＧＴＲＰＤＬＶＩＶＤＶＮＭＰＧＬＤＧＬＴＡＡＥＲＬＲＥＱＬＰＤＳＲＩＬＶＬＴＶＬＤＡＰＮＶＬＲＲＡＱＤＶＲＶＤＧＹＬＶＫＮＡＰＶＥＨＬＶＫＡＶＲＱＩＭＡＧＥＲＶＩＳＰＥＬＡＬＡＡＷＥＧＫＡＳＰＬＴＡＲＥＡＤＶＬＲＩＡＡＡＧＡＥＴＡＥＩＡＥＹＬＨＬＳＰＧＴＶＲＮＳＭＴＴＩＩＡＫＬＤＡＲＮＲＬＤＡＩＲＩＡＲＤＡＧＷＬＬＮＳ［配列番号８］

本発明による核酸およびポリペプチドを記載するために提供される、全ての塩基サイズまたはアミノ酸サイズ、および全ての分子量または分子質量値は、従来の測定変動の範囲内で近似であることを理解すべきである。

Claims (15)

1. 配列番号２のアミノ酸配列と９５％以上のアミノ酸配列同一性を有するＯｒｆ２７９８タンパク質をコードする改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株であって；
   前記Ｏｒｆ２７９８タンパク質のアミノ酸配列は、アミノ酸２位にセリン残基を含み；そして
   ここで、野生型ストレプトマイセス・フンジシディカス菌株で得られるものと比較して、増強したエンデュラシジンの産生が前記改変ストレプトマイセス・フンジシディカスで得られる、分離株。
2. 前記Ｏｒｆ２７９８タンパク質が配列番号１のヌクレオチド配列によってコードされる、請求項１に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
3. 配列番号４のアミノ酸配列と９５％以上のアミノ酸配列同一性を有するＯｒｆ３８６６タンパク質をさらにコードし；ここで、前記Ｏｒｆ３８６６タンパク質のアミノ酸配列がアミノ酸１２４位にトレオニン残基を含む、請求項１または２に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
4. 前記Ｏｒｆ３８６６タンパク質が配列番号３のヌクレオチド配列によってコードされる、請求項３に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
5. 配列番号６のアミノ酸配列と９５％以上のアミノ酸配列同一性を有するＯｒｆ５１７５タンパク質をさらにコードし；ここで、前記Ｏｒｆ５１７５タンパク質のアミノ酸配列がアミノ酸９１位にセリン残基を含む、請求項１、２、３または４に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
6. 前記Ｏｒｆ５１７５タンパク質が配列番号５のヌクレオチド配列によってコードされる、請求項５に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
7. 配列番号８のアミノ酸配列と９５％以上のアミノ酸配列同一性を有するＯｒｆ５３８７タンパク質をさらにコードし；ここで、前記Ｏｒｆ５３８７タンパク質のアミノ酸配列がアミノ酸１６４位にセリン残基を含む、請求項１、２、３、４、５または６に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
8. 前記Ｏｒｆ５３８７タンパク質が配列番号７のヌクレオチド配列によってコードされる、請求項７に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
9. 配列番号９のヌクレオチド配列をさらに含むが、配列番号２３のヌクレオチド配列を含まない、請求項１、２、３、４、５、６、７または８に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
10. 機能的Ｏｒｆ６８２タンパク質をコードしない、請求項１、２、３、４、５、６、７、８または９に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
11. 機能的Ｏｒｆ６８２タンパク質の欠如が、前記Ｏｒｆ６８２タンパク質をコードする遺伝子中にフレームシフト突然変異を含む改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株によるものである、請求項１０に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
12. 機能的Ｏｒｆ４８６８タンパク質をコードしない、請求項１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０または１１に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
13. 機能的Ｏｒｆ４８６８タンパク質の欠如が、前記Ｏｒｆ４８６８タンパク質をコードする遺伝子中にフレームシフト突然変異を含む改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株によるものである、請求項１２に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
14. 請求項１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２または１３に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株を、エンデュラシジンを産生するのに十分な条件下、培養培地で培養することを含む、エンデュラシジンの産生方法。
15. 前記培養培地から前記エンデュラシジンを単離することをさらに含む、請求項１４に記載の方法。

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