JP2023012549A - 改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株およびその使用 - Google Patents

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JP2023012549A JP2022180156A JP2022180156A JP2023012549A JP 2023012549 A JP2023012549 A JP 2023012549A JP 2022180156 A JP2022180156 A JP 2022180156A JP 2022180156 A JP2022180156 A JP 2022180156A JP 2023012549 A JP2023012549 A JP 2023012549A
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Abstract

【課題】改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株、および該分離株を培養することを含むエンデュラシジンの産生方法を提供する。【解決手段】一実施形態として、特定のアミノ酸配列と95%以上のアミノ酸配列同一性を有するOrf2798タンパク質をコードする改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株であって、該Orf2798タンパク質のアミノ酸配列は、アミノ酸2位にセリン残基を含み、野生型ストレプトマイセス・フンジシディカス菌株で得られるものと比較して、増強したエンデュラシジンの産生が前記改変ストレプトマイセス・フンジシディカスで得られる、分離株、ならびに該分離株を培養することを含むエンデュラシジンの産生方法である。【選択図】図1

Description

関連出願の相互参照
本出願は、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、2016年12月6日
に出願された米国特許仮出願第62/430455号の米国特許法第119(c)条に基
づく優先権を主張する。
本発明は、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス(Streptomyces
fungicidicus)分離株、これらの分離株を含む組成物、ならびにエンデュラ
シジン(エンラマイシン)を生物学的に合成するためにこのような分離株および組成物を
使用する方法に関する。本発明はさらに、エンデュラシジンを生物学的に合成し、より効
率的な様式でのエンラマイシンの製造を容易にする、改変ストレプトマイセス・フンジシ
ディカス分離株に関する。
エンラマイシンとしても知られており、MSD Animal Health社によっ
てEnradin(登録商標)として販売されているエンデュラシジンは、エンデュラシ
ジンを産生する天然生産者である細菌ストレプトマイセス・フンジシディカスによって生
合成および排出される天然の17アミノ酸リポデプシペプチド抗生物質である。
エンデュラシジンはエンデュラシジン類似体の一般名であり、エンデュラシジンA、B
、CおよびDを含む。ペプチドは、発酵ブロスおよび菌糸体から、主に結合した脂質鎖の
長さが1炭素異なるエンデュラシジンAとエンデュラシジンBの混合物として単離するこ
とができる。構造的には、エンデュラシジンは、アスパラギン酸残基にアミド結合によっ
て結合したC12またはC13の2Z,4E分岐脂肪酸部分、ならびにエンデュラシジン
、4-ヒドロキシフェニルグリシン、3,5-ジクロロ-4-ヒドロキシフェニルグリシ
ン、シトルリンおよびオルニチンのような多数の非タンパク質性アミノ酸残基の存在によ
って区別される。
エンデュラシジンは、クロストリジウム・パーフリンジェンス(Clostridiu
m perfringens)、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(Staphyloco
ccus aureus)(MRSA)およびバンコマイシン耐性腸球菌(Entero
coccus)(VRE)を含む広範囲のグラム陽性菌に対して強力なインビトロおよび
インビボ抗菌活性を示す。エンデュラシジンは、細菌細胞壁の前駆体である細胞外脂質I
Iと複合体を形成することによって細菌ペプチドグリカン細胞壁生合成を阻害する。エン
デュラシジンとの脂質II複合体形成の部位は、バンコマイシンによって認識される部位
とは異なり、バンコマイシン耐性菌に対するエンデュラシジンの作用を説明する。今日ま
で、エンデュラシジンと臨床的に使用されている抗生物質の交差耐性は文書化されておら
ず、発達、獲得または転移耐性の証拠はない。公知の形態の転移耐性機構の欠如、経口バ
イオアベイラビリティの欠如、その低い毒性、およびクロストリジウム属(Clostr
idium)種に対する有意な抗菌活性が、エンデュラシジンを家禽のクロストリジウム
性腸炎を制御するための重要な抗生物質にした。
したがって、家禽飼料で投与した場合、エンデュラシジンは、家禽の壊死性腸炎と成長
抑制の両方を引き起こす細菌の増殖を抑制する。エンデュラシジンはまた、休薬期間が0
時間である。さらに、エンデュラシジンは飼料およびペレット中で安定であり、非常に低
い投与量でニワトリに投与することができ、処理されたニワトリの肉および卵のいずれに
も残留物が見出されない。
長年の間に、これらのエンデュラシジン産生微生物の効率を改善するために改変された
、いくつかのストレプトマイセス・フンジシディカス分離株、例えばストレプトマイセス
・フンジシディカスB-5477(IFO-12439、ATCC-21013)および
ストレプトマイセス・フンジシディカスB-5477-m(IFO-12440、ATC
C-21014)が得られた[例えば、米国特許第3577530号明細書、米国特許第
3786142号明細書および米国特許第4465771号明細書参照]。しかしながら
、なおさらに効率的なエンデュラシジン産生微生物を作製するために、このような改変ス
トレプトマイセス・フンジシディカス分離株をさらに改善することに対する重大な必要性
が依然として存在する。
本明細書中の任意の参考文献の引用は、このような参考文献が本出願に対する「先行技
術」として利用可能であることの承認として解釈されるべきではない。
米国特許第3577530号明細書 米国特許第3786142号明細書 米国特許第4465771号明細書
したがって、本発明は、エンデュラシジンをより効率的に産生する新規な改変ストレプ
トマイセス・フンジシディカス分離株を提供する。一定の実施形態では、改変ストレプト
マイセス・フンジシディカス分離株は、以下の1以上、または全部をコードする:配列番
号2のアミノ酸配列と95%以上の同一性を有し、アミノ酸2位にセリン残基を保持する
Orf2798;配列番号4のアミノ酸配列と95%以上の同一性を有し、アミノ酸12
4位にトレオニン残基を保持するOrf3866;配列番号6のアミノ酸配列と95%以
上の同一性を有し、アミノ酸91位にセリン残基を保持するOrf5175;および配列
番号8のアミノ酸配列と95%以上の同一性を有し、アミノ酸164位にセリン残基を保
持するOrf5387。一定の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカ
ス分離株は、さらに、(i)配列番号23のヌクレオチド配列の代わりに配列番号9のヌ
クレオチド配列を含むOrf4755をコードする核酸を含む;および/または(ii)
機能的Orf682タンパク質を欠く;および/または(iii)機能的Orf4868
タンパク質を欠く。この種の特定の実施形態では、機能的Orf682タンパク質の欠如
および/または機能的Orf4868タンパク質の欠如は、Orf682タンパク質およ
び/またはOrf4868タンパク質をコードする遺伝子におけるフレームシフト突然変
異によるものである。
特定の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、以下の1
以上、または全部をコードする:配列番号2のアミノ酸配列と98%以上の同一性を有し
、アミノ酸2位にセリン残基を保持するOrf2798;配列番号4のアミノ酸配列と9
8%以上の同一性を有し、アミノ酸124位にトレオニン残基を保持するOrf3866
;配列番号6のアミノ酸配列と98%以上の同一性を有し、アミノ酸91位にセリン残基
を保持するOrf5175;および配列番号8のアミノ酸配列と98%以上の同一性を有
し、アミノ酸164位にセリン残基を保持するOrf5387。一定の実施形態では、改
変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、さらに、(i)配列番号23のヌク
レオチド配列の代わりに配列番号9のヌクレオチド配列を含むOrf4755をコードす
る核酸を含む;および/または(ii)機能的Orf682タンパク質を欠く;および/
または(iii)機能的Orf4868タンパク質を欠く。この種の特定の実施形態では
、機能的Orf682タンパク質の欠如および/または機能的Orf4868タンパク質
の欠如は、Orf682タンパク質および/またはOrf4868タンパク質をコードす
る遺伝子におけるフレームシフト突然変異によるものである。
さらに他の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、以下
の1以上、または全部をコードする:配列番号2のアミノ酸配列と99%以上の同一性を
有し、アミノ酸2位にセリン残基を保持するOrf2798;配列番号4のアミノ酸配列
と99%以上の同一性を有し、アミノ酸124位にトレオニン残基を保持するOrf38
66;配列番号6のアミノ酸配列と99%以上の同一性を有し、アミノ酸91位にセリン
残基を保持するOrf5175;および配列番号8のアミノ酸配列と99%以上の同一性
を有し、アミノ酸164位にセリン残基を保持するOrf5387。一定の実施形態では
、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、さらに、(i)配列番号23の
ヌクレオチド配列の代わりに配列番号9のヌクレオチド配列を含むOrf4755をコー
ドする核酸を含む;および/または(ii)機能的Orf682タンパク質を欠く;およ
び/または(iii)機能的Orf4868タンパク質を欠く。この種の特定の実施形態
では、機能的Orf682タンパク質の欠如および/または機能的Orf4868タンパ
ク質の欠如は、Orf682タンパク質および/またはOrf4868タンパク質をコー
ドする遺伝子におけるフレームシフト突然変異によるものである。
さらに他の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、以下
の1以上、または全部をコードする:配列番号2のアミノ酸配列を含むOrf2798、
配列番号4のアミノ酸配列を含むOrf3866、配列番号6のアミノ酸配列を含むOr
f5175、および配列番号8のアミノ酸配列を含むOrf5387。一定の実施形態で
は、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、さらに、(i)配列番号23
のヌクレオチド配列の代わりに配列番号9のヌクレオチド配列を含むOrf4755をコ
ードする核酸を含む;および/または(ii)機能的Orf682タンパク質を欠く;お
よび/または(iii)機能的Orf4868タンパク質を欠く。この種の特定の実施形
態では、機能的Orf682タンパク質の欠如および/または機能的Orf4868タン
パク質の欠如は、Orf682タンパク質および/またはOrf4868タンパク質をコ
ードする遺伝子におけるフレームシフト突然変異によるものである。
関連する実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカスは、(i)配列番
号23のヌクレオチド配列の代わりに配列番号9のヌクレオチド配列を含むOrf475
5をコードする核酸を含む;および/または(ii)機能的Orf682タンパク質を欠
く;および/または(iii)機能的Orf4868タンパク質を欠く。この種の特定の
実施形態では、機能的Orf682タンパク質の欠如および/または機能的Orf486
8タンパク質の欠如は、Orf682タンパク質および/またはOrf4868タンパク
質をコードする遺伝子におけるフレームシフト突然変異によるものである。
具体的な実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、ATC
C寄託番号PTA-122342を有する改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分
離株の免疫原性および/または物理的および/または遺伝的特徴を含む。より具体的な実
施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカスは、ATCC寄託番号PTA-
122342を有する分離株、あるいはATCC寄託番号PTA-122342を有する
分離株の子孫および/または誘導株である。関連する態様では、本発明の全ての改変スト
レプトマイセス・フンジシディカスはまた、単離された改変ストレプトマイセス・フンジ
シディカス分離株として提供される。
配列番号29および30;配列番号31および32;配列番号33および34;配列番
号35および36;配列番号37および38;配列番号39および40;配列番号41お
よび42;配列番号43および44;配列番号45および46;配列番号47および48
;配列番号49および50;ならびに/あるいはこれらの組み合わせのヌクレオチド配列
を有するプライマーセットも本発明に含まれる。さらに、1以上のこのようなプライマー
のセットを含むキットもまた本発明の一部である。さらに、本発明のストレプトマイセス
・フンジシディカスゲノムを同定するためのアッセイにおいてこれらのプライマー(類)
を使用することも本発明に含まれる。
本発明のこれらおよび他の態様は、図面、詳細な説明および実施例を参照することによ
ってよりよく理解されよう。
以下の実施例に記載されるPCRに基づくスクリーニングのための突然変異マーカーとして使用されたストレプトマイセス・フンジシディカスBM38ゲノム上の11の多型の位置を示す図である。
ヒト医学または農業用途などの商業用途のための細菌性二次代謝産物、または天然産物
の開発は、親/野生型生物からの低収量の所望の化合物を克服するなどの課題を提示する
。過去数十年にわたる天然産物生合成の理解の進歩は、二次代謝産物の産生がいくつかの
方法で調節および制御され得ることを明らかにした。ほとんどの場合、前駆体形成、構造
組立、組立後修飾、自己抵抗性および調節を担う遺伝子を含む細菌天然産物生合成のため
の遺伝子は、細菌染色体上に一緒に固まっている。天然産物の生合成は、経路特異的調節
因子または2つ以上の産物の産生を制御する多面発現性調節因子と相互作用する細胞外シ
グナル伝達分子と細胞内シグナル伝達分子の両方によって誘発され得る。これらの調節遺
伝子または系のいずれかに生じる突然変異は、抗生物質産生を増加させる、減少させる、
または廃止し得る。
菌株改善は、抗生物質または他の微生物二次代謝産物の費用効果の高い工業規模の製造
において役割を果たすことができる。特定の代謝産物の収量を増加させることができる突
然変異株は、ランダム突然変異を通して、特定の遺伝子の標的破壊によって、または生合
成経路におけるボトルネックを排除する遺伝子(類)の導入によって、生成することがで
きる。特定の二次代謝産物の過剰産生を生じさせるための調節遺伝子および生合成遺伝子
の遺伝子操作は、放線菌株改良の強力かつ成功した戦略であることが証明されている。本
発明の特定の態様では、改変および/または排除すると、商業目的のためのエンデュラシ
ジンの生合成および/または産生のための改善された特性を有する分離株をもたらすスト
レプトマイセス・フンジシディカスの重要なコード配列を同定した。
エンデュラシジン生合成遺伝子クラスターおよびその隣接領域を有する野生型ストレプ
トマイセス・フンジシディカスATCC 21013からの116キロ塩基対DNA配列
が以前に報告されており[全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第8188
245号明細書]、GenBank[寄託番号DQ403252]で入手可能である。以
下に示されるように、BM38-2の全ゲノム配列(ATCC番号PTA-122342
)を決定し、野生型ゲノムと比較した。この比較分析により、以下に示されるように、少
なくとも77の多型またはゲノム間の突然変異の差異の同定、およびATCC番号PTA
-122342の改善された特性に関連する7つの重要なオープンリーディングフレーム
の選択が可能になった。しかしながら、意外なことに、これら7つの重要なオープンリー
ディングフレームのいずれも、ストレプトマイセス・フンジシディカス染色体のエンデュ
ラシジン生合成遺伝子クラスターおよびその隣接領域に関連していない。しかしながら、
それでも、これら7つの重要なオープンリーディングフレームの改変は、標準的な組換え
技術により、以前に報告された分離株と同等またはさらに優れた特性を有する新規の改変
ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株の容易な構築を可能にする。
説明における便宜上の単数の用語の使用は、決してそのように限定することを意図する
ものではない。したがって、例えば、「分離株」への言及は、他に指定されない限り、1
以上のこのような分離株への言及を含む。特に指定しない限り、複数の用語の使用も限定
することを意図しない。
本明細書で使用する場合、「およそ」という用語は、「約」という用語と互換的に使用
され、一般に、特に指示しない限り、ある値が示される値の25%以内であることを意味
し、例えば、エンデュラシジン産生の「約」4倍の増加は3~5倍の増加であり得る。
本明細書で使用する場合、両方の配列のアミノ酸残基が同一である場合、1つのアミノ
酸配列は第2のアミノ酸配列と100%「同一」である。したがって、2つのアミノ酸配
列のアミノ酸残基の50%が同一である場合、あるアミノ酸配列は第2のアミノ酸配列と
50%「同一」である。配列比較は、所与のタンパク質、例えば比較されるタンパク質、
またはポリペプチドの一部に含まれるアミノ酸残基の連続ブロックにわたって行われる。
特定の実施形態では、2つのアミノ酸配列間の対応を変える可能性がある選択された欠失
または挿入が考慮される。
本明細書で使用する場合、ヌクレオチドおよびアミノ酸の配列同一性%は、アラインメ
ント・デフォルト・パラメータおよび同一性についてのデフォルトパラメータと共にC,
MacVector(MacVector,Inc.Cary、NC 27519)、V
ector NTI(Informax,Inc.MD)、Oxford Molecu
lar Group PLC(1996)およびClustal Wアルゴリズムを用い
て決定することができる。これらの市販のプログラムを使用して、同一または類似のデフ
ォルトパラメータを用いて配列類似性を決定することもできる。あるいは、例えば、デフ
ォルトパラメータを使用するGCG(Genetics Computer Group
、GCGパッケージ用プログラムマニュアル、バージョン7、マディソン、ウィスコンシ
ン州)パイルアッププログラムを使用して、デフォルトフィルター条件下でのAdvan
ced Blast検索を使用することができる。
本明細書で使用する場合、「機能的ポリペプチドの欠如」を含む、または「機能的ポリ
ペプチド(例えば、Orf682)を欠く」生物は、ポリペプチドを発現しない、および
/または、対応する野生型ポリペプチドの天然の生物学的機能のせいぜい10%を有する
改変ポリペプチド、例えば、同じ標準アッセイ条件下で、対応する野生型酵素について決
定される活性のせいぜい10%であるその天然基質に対する酵素活性(例えば、酵素効率
、すなわち、Vmax/Km)を有する切断型酵素を発現する生物である。特定の実施形
態では、生物における「機能的ポリペプチドの欠如」は、そのポリペプチドの特定の生物
学的機能が存在しないことと等価である。
本明細書で使用する場合、「ヌル化」したオープンリーディングフレームは、「ヌル化
」したオープンリーディングフレームを含む生物は、対応する野生型オープンリーディン
グフレームによってコードされるポリペプチドを全く発現しないおよび/または対応する
野生型ポリペプチドの天然の生物学的機能のせいぜい10%を有する改変ポリペプチドを
発現するように、例えば、インフレーム欠失、フレームシフト、挿入、および/または点
突然変異によって改変されている。特定の実施形態では、「ヌル化」したオープンリーデ
ィングフレームを含む生物において、対応する野生型オープンリーディングフレームによ
ってコードされるポリペプチドの特定の生物学的機能が存在しない。
本明細書で使用する場合、「遺伝子クラスター」は、染色体上に一緒にまとまっている
一組の遺伝要素であり、そのタンパク質産物は、天然産物生合成経路を形成するなどの関
連する機能を有する。
保存的置換は、一般に分子の活性(特異性または結合親和性)を実質的に変えないアミ
ノ酸置換である。典型的には保存的アミノ酸置換は、あるアミノ酸の類似の化学的特性(
例えば、電荷または疎水性)を有する別のアミノ酸への置換を含む。以下の表は、典型的
な保存的アミノ酸置換を示す:
Figure 2023012549000002
改変ストレプトマイセス・フンジシディカスの調製
開示される実施形態を実施するための適切な方法および材料を以下に記載する。さらに
、当業者に周知の任意の適切な方法または技術を開示される実施形態の実行に使用するこ
とができる。本開示に適用可能ないくつかの従来の方法および技術は、例えば、Samb
rookら,Molecular Cloning:A Laboratory Man
ual,2d ed.,Cold Spring Harbor Laboratory
Press,1989;Sambrookら,Molecular Cloning:
A Laboratory Manual,3d ed.,Cold Spring H
arbor Press,2001;Ausubelら,Current Protoc
ols in Molecular Biology,Greene Publishi
ng Associates,1992(and Supplements to 20
00);Ausubelら,Short Protocols in Molecula
r Biology:A Compendium of Methods from C
urrent Protocols in Molecular Biology,4t
h ed.,Wiley & Sons,1999;Harlow and Lane,
Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spri
ng Harbor Laboratory Press,1990;Harlow a
nd Lane,Using Antibodies:A Laboratory Ma
nual,Cold Spring Harbor Laboratory Press
,1999;およびKieser,T.,Bibb,M.J.,Buttner,M.J
.,Chater,K.F.,and Hopwood,D.A.:Practical
Streptomyces genetics,John Innes Centre
,Norwich Research Park,Colney,Norwich NR
4 &UH,England,2000に記載されている。
本発明の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株を作製する際に使用するた
めに、組換えストレプトマイセス・フンジシディカス発現プラスミドベクターを調製する
ことができる。いくつかの実施形態では、操作された組換えストレプトマイセス・フンジ
シディカスベクターは、ストレプトマイセス・フンジシディカスの少なくとも1つの選択
されたオープンリーディングフレームを含む。一定の実施形態では、操作された組換えス
トレプトマイセス・フンジシディカスベクターは、プロモーターの制御下で発現するスト
レプトマイセス・フンジシディカスの少なくとも1つの選択されたオープンリーディング
フレームを含む。他の実施形態では、プロモーターは、ベクターがストレプトマイセス・
フンジシディカス菌株で発現されるとエンデュラシジンの産生増強をもたらす、強力な構
成的ストレプトマイセス・プロモーターである。いくつかの実施形態では、オープンリー
ディングフレームは、それ自体の天然プロモーターの代わりに異種プロモーターに作動可
能に連結されている。例えば、これが強力な構成的発現プロモーターなどの構成的プロモ
ーターまたは誘導性プロモーターに作動可能に連結されていてもよい。具体的な実施形態
では、強力な構成的プロモーターは、エリスロマイシン産生者であるサッカロポリスポラ
・エリスラエア(Saccharopolyspora erythraea)のerm
E*pである。他では、誘導性プロモーターはチオストレプトン誘導性プロモーター、t
ipAである。さらに他の実施形態では、P(nitA)-NitR系[Heraiら,
Proc Natl Acad Sci U S A.,101(39):14031-
14035 (2004)]またはストレプトマイセス・プロモーターSF14が使用さ
れる。さらに他では、アプラマイシン耐性遺伝子amRpの天然のプロモーターが使用さ
れる。さらに他では、PhrdB、Ptcp830および/またはPneosが使用され
る。一定の実施形態では、操作された組換えベクターは、配列番号1のヌクレオチド配列
を含むオープンリーディングフレームorf2798および/またはヌル化したオープン
リーディングフレームorf682を含む。
したがって、野生型ストレプトマイセス・フンジシディカス菌株と比較して増強された
エンデュラシジン収量をもたらすことができる組換えストレプトマイセス・フンジシディ
カス菌株を構築することができる。一定の実施形態では、操作された組換えストレプトマ
イセス・フンジシディカス菌株は、染色体上に導入されて、操作された菌株中でのエンデ
ュラシジンの産生増加をもたらす、強力な構成的ストレプトマイセス・プロモーターのよ
うなプロモーターの制御下で発現されるストレプトマイセス・フンジシディカスの少なく
とも1つの選択されたオープンリーディングフレームを含む。他の実施形態では、ストレ
プトマイセス・フンジシディカスにおける導入されたオープンリーディングフレームの発
現は、それ自体の天然プロモーターの代わりに異種プロモーターによって駆動される。例
えば、これが強力な構成的発現プロモーターのような構成的プロモーターまたは誘導性プ
ロモーターに作動可能に連結されていてもよい。いくつかの実施形態では、強力な構成的
プロモーターはermEpである。他の実施形態では、誘導性プロモーターはtipA
である。いくつかの例では、P(nitA)-NitR系[上記参照]またはSF14プ
ロモーターが使用される。さらに他の実施形態では、構成的発現プロモーターがamRp
である。さらに他の実施形態では、PhrdB、Ptcp830および/またはPneo
sプロモーターが使用される。
いくつかの実施形態では、操作された菌株は、ストレプトマイセス・フンジシディカス
のオープンリーディングフレームorf3866を含む。この種の特定の実施形態では、
オープンリーディングフレームorf3866は異種プロモーターに作動可能に連結され
ている。例えば、これは、ermEpのような強力な構成的プロモーターに連結され得
る。他の例では、オープンリーディングフレームorf3866は、プロモーターtip
A、SF14、amRp、PhrdB、Ptcp830および/またはPneosに作動
可能に連結されている。
他の実施形態では、操作された菌株は、改変されたオープンリーディングフレームor
f4868をコードする。オープンリーディングフレームorf4868は、挿入破壊、
インフレーム欠失、フレームシフトおよび/または点突然変異によってヌル化され得る。
いくつかの例では、オープンリーディングフレームorf4868は、インフレーム欠失
によってヌル化される。一般に、orf4868にわたる内部インフレーム欠失は、その
不完全性のためにorf4868の機能欠損をもたらす。関連実施形態では、操作された
菌株は、ストレプトマイセス・フンジシディカスの2、3、4、5、6、7またはそれ以
上のオープンリーディングフレームを含む。
一定の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株は、限定され
るものではないが、ストレプトマイセス・フンジシディカスアメリカンティッシュカルチ
ャーカンパニー(ATCC)番号21013のような野生型親株に由来する。他の実施形
態では、ストレプトマイセス・フンジシディカスの操作された菌株は、限定されるもので
はないが、ストレプトマイセス・フンジシディカスATCC31729、ストレプトマイ
セス・フンジシディカスATCC31730およびストレプトマイセス・フンジシディカ
スATCC31731のような慣用的な突然変異株に由来する。
一定の実施形態では、エンデュラシジンの産生増強は、野生型ストレプトマイセス・フ
ンジシディカス菌株と比較して、エンデュラシジン産生の少なくとも1.2倍、例えば少
なくとも1.5倍、少なくとも2倍、少なくとも2.5倍、少なくとも3倍、少なくとも
3.5倍、少なくとも4倍、少なくとも4.5倍の増加(限定されるものではないが、1
.2~10倍の増加、1.2~4.6倍の増加および約2~5倍の増加を含む)である。
一定の実施形態では、改変ストレプトマイセス・フンジシディカスは、少なくとも1つ
のエンデュラシジン産生増強オープンリーディングフレームを含む組換えプラスミドをス
トレプトマイセス・フンジシディカスの親株の染色体に組み込むことによって構築され得
る。組込みコンジュゲート(conjugal)ベクターは、強力な構成的ストレプトマ
イセス・プロモーターを有し得るか、または有するように操作され得る。いくつかの実施
形態では、プラスミドはストレプトマイセスレプリコンを欠いていてもよく、部位特異的
単一交叉相同組換え(site-specific single crossover
homologous recombination)によって染色体に組み込まれて
もよい。他の実施形態では、プラスミドは遊離プラスミドとして存在し得る。いくつかの
実施形態では、プラスミドインサートが部分的または完全に欠失した目的の遺伝子とその
隣接領域を有するコンジュゲートベクターが操作され、これを二重交叉相同組換え後に染
色体に組み込んでインフレーム欠失突然変異体を生成することができる。
ストレプトマイセス・フンジシディカスの組換え株からのエンデュラシジンの産生
本開示によって提供されるストレプトマイセス・フンジシディカスの組換え株は、増強
されたレベルのエンデュラシジンを製造する方法を提供する。当技術分野におけるこの技
術的進歩により、エンデュラシジンの製造に関連する大幅なコスト削減が可能になる。一
定の実施形態では、エンデュラシジンを製造する方法は、開示されるストレプトマイセス
・フンジシディカスの組換え株を、エンデュラシジンを産生するのに十分な条件下で培養
するステップを含む。他の実施形態では、本方法は、培養後に培養培地からエンデュラシ
ジンを単離するステップをさらに含む。さらに他の実施形態では、本方法は、指示微生物
として黄色ブドウ球菌ATCC29213または枯草菌(Bacillis subti
lis)ATCC6633を使用する、例えばHPLC分析またはバイオアッセイによっ
て、産生されたエンデュラシジンの抗菌活性を決定するステップをさらに含む。
いくつかの実施形態では、エンデュラシジンは、エンデュラシジンの産生について以前
に記載されたような[Higashideら,J. Antibiot.21:126-
137 (1968)]発酵条件を利用することによって、開示されるストレプトマイセ
ス・フンジシディカス菌株によって産生される。産生後、化合物を、HPLC分析を含め
て精製および/または分析することができる。エンデュラシジンを製造し、この化合物を
増殖培地から収穫する方法は、全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第44
65771号明細書に見出すことができる。
特定の実施形態では、開示される本発明のストレプトマイセス・フンジシディカス分離
株は、シェーカー上でトリプチケースソイブロス(TSB)中で(例えば、225rpm
および30℃で48時間)培養し、次いで、連続発酵のための期間、例えば少なくとも5
日間で最大11日間(5、6、7、8、9、10または11日間の連続発酵を含む)まで
、エンデュラシジン産生培地(EPM、以下の表1)に移す。さらに特定の実施形態では
、野生型および誘導株によるエンデュラシジンの産生を自動発酵槽で行う。
Figure 2023012549000003

Figure 2023012549000004
生物学的寄託
以下の生物学的材料の培養物は、ブダペスト条約の要件を満たす条件下で、以下の国際
寄託機関に寄託されている:アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション(ATCC
)10801ユニバーシティ・ブルバード、マナッサス、バージニア州20110-22
09、米国。
生物 寄託番号 寄託日
ストレプトマイセス・フンジシディカス PTA-122342 2015年8月5日
(BM38-2)
本発明は、本発明の例示として提供される以下の非限定的な実施例を参照することによ
ってよりよく理解され得る。以下の実施例は、本発明の好ましい実施形態をさらに十分に
説明するために提示される。しかしながら、これらは決して本発明の広い範囲を限定する
ものとして解釈されるべきではない。
[実施例]
[実施例1]
改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株
エンデュラシジン生合成に使用するためのストレプトマイセス・フンジシディカスバイ
オマスの製造
ストレプトマイセス・フンジシディカスの発酵は、pH、温度、酸素、曝気および撹拌
を監視および制御するための系を備えた深槽型衛生設計工業用発酵槽で完了することがで
きる。ストレプトマイセス・フンジシディカスの各発酵バッチを、安全な場所に貯蔵され
低温環境に保持された産生種の、特徴付けられ管理された作業原種から開始する。発酵工
程は3段階で行われ、引き続いて下流で処理する:
段階I:
10~1010個胞子/mLを含有する作業種培養物を使用して発酵バッチを開始す
ることができる。凍結種の1~5本のバイアルを低温貯蔵庫から回収し、ベンチトップで
自然に解凍するか、または内容物が解凍されるまで28~32℃の水浴に入れる。解凍し
た培養物(類)を室温に保たれた800~1000mLの滅菌水に無菌的に移し、穏やか
に混合して培養物を再懸濁する。
段階II:
再懸濁培養物を種培地に無菌的に移す。種培地は、グルコース(0.5g/L)、デキ
ストリン(2.5g/L)、コーンスティープリカー(1.0~4.0mL/L)、大豆
粉末(3.0g/L)、硫酸アンモニウム(0.25g/L)、リン酸一カリウム(0.
13~0.54g/L)、硫酸第一鉄(0.00~0.5g/L)、水酸化カリウム(0
.13mL/L)、沈降炭酸カルシウム(1.5g/L)、シリコーン系消泡剤(0.1
mL/L)、および水、適量で構成される。培地を125℃で45分間滅菌し、次いで、
28℃に冷却する。培地の量を、滅菌水を用いて所望の作業量に調整する。pHを6.6
~6.8に調整する。種スケールアップサイクルの操作パラメータには以下が含まれる:
容器のサイズおよび形状に応じて、インキュベーション温度28℃±2℃、内圧0.5~
1.5kg/cm、曝気速度2~4Nm/分、および撹拌速度およそ80rpm。p
H、酸素消費量および粘度を監視するが、制御はしない。培養物を主生産発酵槽に移す前
に50~60時間増殖させる。移動時の粘度は350~600cpsであるはずであり、
pHは6.0以下であるはずであり、酸素消費量が増加するはずである。種培養物を主発
酵培地に無菌的に移して発酵サイクルを完了させる。
段階III:
主生産発酵槽培地組成物は以下を含む:コーンフラワー(13.0~15.0w/v%
)、コーングルテンミール(3.0~6.0w/v%)、綿実粉(0.3w/v%)、コ
ーンスティープリカー(0~0.6v/v%)、塩化ナトリウム(0.3w/v%)、硫
酸アンモニウム(0.25~0.6w/v%)、乳酸(0~0.5v/v%)、塩化亜鉛
(0.01w/v%)、硫酸第一鉄(0.0~0.02w/v%)、水酸化カリウム(0
.20~0.5v/v%)、硫酸カルシウム(0.0~0.5w/v%)、沈降炭酸カル
シウム(0.5w/v%)、αアミラーゼ(0.056w/v%)、水酸化カリウム(0
.05v/v%)、大豆油(0.5~2.0v/v%)、消泡剤、および水、適量。成分
を列挙されている順序に従って添加する。αアミラーゼを通すように水を成分に添加し、
次いで、得られた組成物を15分間80℃に加熱して酵素が複合炭水化物を分解するのを
可能にする。次いで、残りの成分を添加し、pHをpH6.6~6.8に調整し、水を適
量添加する。培地を125℃で45分間滅菌し、28℃に冷却し、水を適量まで添加して
所望の作業体積にする。
種発酵槽からの内容物を主発酵培地に移し、発酵槽を以下の条件に設定する:温度28
℃、曝気速度40Nm/分、内圧0.5kg/cm、また撹拌速度相当を約1.85
kW/mに設定する。発酵サイクルの開始から2時間後に、溶存酸素を12.75pp
mに設定し、曝気を50Nm/分に増加させ、内圧を0.7kg/cmに増加させる
ことによって運転条件を変更する。その後、曝気速度、内圧および撹拌速度を調整して、
溶存酸素が律速決定要因にならないようにする。溶存酸素が制限される点まで粘度が増加
したら、滅菌水を培養物に添加する。サイクル全体を通して、発泡を慎重に制御して汚染
または流出を防ぐ。酸素要求量が増加した約3時間後にpHの制御を開始する。発酵サイ
クルを通して、以下のパラメータを制御および/または監視する:pH、曝気、溶存酸素
、CO、粘度、純度、撹拌速度、内圧および残留糖。細菌増殖が止まるまでpHを6.
8で維持するが、その後は収穫まで自然に変化させる。典型的な発酵サイクルは220~
300時間である。バイオアッセイ効力が5000μg/Lを超え、pHがpH7.5以
上に上昇し、粘度が低下し、酸素要求量がなくなるとき、培養物を収穫する準備が整う。
培養物を30分間70℃に加熱して細菌を不活性化することによって発酵物を収穫し、次
いで、収穫液を25~28℃に冷却する。
下流処理:
水をバイオマスから除去し、バイオマスを乾燥させ、次いで、プレミックスに配合する
[実施例2]
ストレプトマイセス・フンジシディカスのエンデュラシジン産生の最適化の効果
収量の改善は、親株の処理によって何年にもわたって行った(表3に列挙される)。菌
株BM38-2(PTA-122342)が最も高いエンデュラシジン収量をもたらす。
一連の培養および物理的処理を用いて、GAB-453(ATCC 31729)を処理
することによって菌株を最適化した。
Figure 2023012549000005
1.ATCC 21013:武田により寄託されたストレプトマイセス・フンジシディ
カスのオリジナル野生株B-5477
2.ATCC 21014:武田により寄託された、B-5477mとして示される菌
株であるB-5477のγ線照射によって誘導された突然変異株
3.ATCC 31729:武田により寄託された、GAB-453として示される菌
株であるB-5477のUV照射によって誘導された突然変異株
4.ATCC 31730:武田により寄託された、Emt-36-3として示される
突然変異株である、m-フルオロ-DL-チロシン(MFT)を含む寒天プレート上でB
-5477を増殖させることによって得られた突然変異株
5.ATCC 31731:武田により寄託された、GAB-453を最初にN-メチ
ル-N’-ニトロ-N-ニトロソクアニジン(nitrosoquanidine)、次
いで、m-フルオロ-DL-チロシン(MFT)に供して、Emt2-140として示さ
れる突然変異株を得ることによって得られた二重突然変異株
6.ATCC 21388:Squibb and Sonsにより寄託された、スト
レプトマイセス・フンジシディカス(ストレプトマイセス・マクロスポレウス(S.ma
crosporeus))に密接に関連する菌株。
最高から最低のエンラマイシン生合成に関して:
ATCC番号PTA-122342>ATCC 31731>ATCC 31730>
ATCC 31729>ATCC 21013およびATCC 21014。
特に、ATCC PTA-122342を、次のより生産的な分離株と比較した場合に
エンデュラシジンの2倍超の増強が得られ、ATCC PTA-122342を野生型の
親株と比較した場合にエンデュラシジンの12倍超の増強が得られる。
[実施例3]
ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株のゲノム分析
ストレプトマイセス・フンジシディカス野生型菌株、ATCC21013(B-547
7)と、エンデュラシジン(エンラマイシン)生合成遺伝子クラスターの周りの領域を含
む本発明の誘導株、BM38-2との間で比較ゲノム分析を行った。
合計77のDNA配列変異を同定し、親B-5477株の物理的および培養操作の効果
を区別した。ゲノム分析から得られた情報により、突然変異マーカーとしてBM38-2
ゲノム全体にわたって位置する11の代表的な変異を選択することによって、迅速かつ決
定的な菌株比較が可能になった(図1参照)。その後の配列決定および比較のために突然
変異部位を含むDNA断片を増幅するであろう突然変異マーカーの各々に対してPCRプ
ライマーを設計した(表4参照)。
マーカー領域を標的とするPCRプライマーを使用して、野生型および武田により寄託
された突然変異株を含む、ATCCを通して入手可能な5つのエンラマイシン産生株+1
つの密接に関連する菌株を分析し、BM38-2株と比較した。表5は所見を要約し、1
1の突然変異マーカーにおけるDNAサインを示す。
Figure 2023012549000006

Figure 2023012549000007

Figure 2023012549000008
表5A~5Bは、親株(ATCC 21013 B-5477)と以前に報告された菌
株との間の遺伝的差異を特定している。これらの以前に報告された菌株の大部分は、培養
および/または物理的操作を通して得られたATCC 21013 B-5477の誘導
株である。最も劇的な遺伝的差異はBM38-2(ATCC番号PTA-122342)
に見られた。容易に明らかなように、表4のプライマーを使用して、他のストレプトマイ
セス・フンジシディカス菌株および/または密接に関連したストレプトマイセス属種から
BM38-2(PTA-122342)を明確に特定することもできる。
[実施例4]
ストレプトマイセス・フンジシディカスBM38-2における選択された突然変異の分

ストレプトマイセス・フンジシディカスATCC番号PTA-122342工業菌株を
、反復したラウンドの突然変異誘発、引き続く高エンラマイシン産生突然変異株の選択を
通して開発した。ATCC番号PTA-122342に導入された、エンラマイシンの高
収量に寄与し得る突然変異についての洞察を得るために、ATCC番号PTA-1223
42の全ゲノム配列を決定し、その野生型ストレプトマイセス・フンジシディカス先祖の
全ゲノム配列と比較した。この比較分析により、2つのゲノム間で少なくとも77の多型
または突然変異の差異が同定された。驚くべきことに、エンラマイシン生合成遺伝子クラ
スターを保有する染色体の領域においてただ1つの差異が検出された。この差異はend
C遺伝子の一塩基変化であった。endC遺伝子におけるCからTへのヌクレオチド62
60317の突然変異は、CTCコドンからCTTコドンへの変化をもたらすが、これは
共にロイシンのコドンであるので、サイレント突然変異である。したがって、この突然変
異がBM38-2で観察されたエンラマイシン収量の増加に重要な役割を果たす可能性は
低い。エンラマイシン遺伝子クラスター内に他の突然変異が存在しないことは、BM38
-2におけるエンラマイシンの収量の増加の原因となる染色体変化は、多面発現性(非経
路特異的)調節エレメントまたはゲノムの他の場所に位置する全体的調節遺伝子に存在し
得ることを示す。
放線菌類のいくつかの応答調節因子は、2つ以上の経路で天然産物生合成をもたらすこ
とが示されている。重要な例は、ストレプトマイセス・セリカラー(S.coelico
lor)のCDA遺伝子クラスターに見られるabsA1A2遺伝子座であり、これは、
ストレプトマイセス・フンジシディカスのエンラマイシン生合成遺伝子クラスターに見ら
れるものと同様の二成分シグナル伝達系をコードする。AbsA2のリン酸化型は、CD
Aの経路特異的調節因子、アクチノロージンおよびウンデシルプロジギオシン生合成遺伝
子クラスターの発現を直接妨害することによって抗生物質産生を阻害することが示されて
いる。したがって、AbsA2キナーゼ活性を阻害する突然変異は、抗生物質産生を増強
する。多面発現性調節の別の例は、ストレプトマイセス・クラブリゲルス(S.clav
uligerus)に見られ、ここではセファマイシンCクラスター内に見られる遺伝子
であるccaRが、セファマイシンC産生とクラブラン酸産生の両方を制御する調節タン
パク質をコードする。
エンラマイシン収量の増加に関連する可能性が最も高いと思われるATCC番号PTA
-122342ゲノム中の突然変異は、多面発現性調節特性を有する可能性があるものを
含む、調節産物をコードするバイオインフォマティクス分析によって予測される遺伝子に
生じるものであり得る。野生型ストレプトマイセス・フンジシディカス菌株と比較して突
然変異の差異を有するストレプトマイセス・フンジシディカスBM38-2ゲノムにおい
て同定された推定調節遺伝子の例を以下に提供する。[以下の例のそれぞれにおける突然
変異の差異を、欠けたアスタリスクによって強調しており、異なる/欠けている/挿入さ
れたヌクレオチドを太字にしている]。
配列比較
orf682:ヘリックス-ターン-ヘリックス(HTH)DNA結合ドメインを含む
TetRファミリーの調節タンパク質をコードすると予測される。追加のGをホモポリマ
ートラックに挿入してフレームシフトを引き起こす。
BM38.2_682 GTGGTGTCACTGACTGACAAGATGTCGG
CGAACGCCATTTCGGATGTGTGGACGGCGGGC WT_682
GTGGTGTCACTGACTGACAAGATGTCGGCGAACGCCATTT
CGGATGTGTGGACGGCGGGC
***************************************
*********************
BM38.2_682 GGACGGCGGCCCCTCGTTATGCTGCGGG
GGGGGGGCAGAGGACGGGGACGGTGGAGCGAG WT_682
GGACGGCGGCCCCTCGTTATGCTGCGGGGGGG-GGCAGAG
GACGGGGACGGTGGAGCGAG
******************************** ******
*********************
BM38.2_682 CGTGCGCCAGACGCCGGTTGAGGCACTG
CGGCAGGGGACGACGGGGGCCGGGGGCCTGTC WT_682
CGTGCGCCAGACGCCGGTTGAGGCACTGCGGCAGGGGACG
ACGGGGGCCGGGGGCCTGTC
***************************************
*********************
BM38.2_682 CCTCGTCGAGCGCCGCAAGGCGGCACTG
CGCTTCGAGATCGCCTGCGCGGCGGTGCACTT WT_682
CCTCGTCGAGCGCCGCAAGGCGGCACTGCGCTTCGAGATC
GCCTGCGCGGCGGTGCACTT
***************************************
*********************
BM38.2_682 GTTCACCTCGCAGGGGGTCGCCGCCACG
ACGGGCGAACAGATCGCGCAGTCCGTGGGGAT WT_682
GTTCACCTCGCAGGGGGTCGCCGCCACGACGGGCGAACAG
ATCGCGCAGTCCGTGGGGAT
***************************************
*********************
BM38.2_682 CTCCTCCCGCACCCTGTGGCGCCATTTC
CCCACGAAGGAGAGCTGCGTCCTTCCCCTGCT WT_682
CTCCTCCCGCACCCTGTGGCGCCATTTCCCCACGAAGGAG
AGCTGCGTCCTTCCCCTGCT
***************************************
*********************
BM38.2_682 GACGGCGGCGCTCGACTTCGCCGTGGAC
CGCCTGCGTCACTGGCCGGCGGAGACGAGCCT WT_682
GACGGCGGCGCTCGACTTCGCCGTGGACCGCCTGCGTCAC
TGGCCGGCGGAGACGAGCCT
***************************************
*********************
BM38.2_682 GCTGGACTTCTTCGCCGAGACCTGCCGC
AAGGGTGACCTGCCCGCCGCCACCCCGGAGAT WT_682
GCTGGACTTCTTCGCCGAGACCTGCCGCAAGGGTGACCTG
CCCGCCGCCACCCCGGAGAT
***************************************
*********************
BM38.2_682 CCTCGACCTGATCCGCATGACCTCCACC
GAACCGGCCCTGCGCGCCGTGTGGCTCCAGGC WT_682
CCTCGACCTGATCCGCATGACCTCCACCGAACCGGCCCTG
CGCGCCGTGTGGCTCCAGGC
***************************************
*********************
BM38.2_682 CCACGACGACGCGCTTCCCGTCCTCGGC
GGGCTTCTCGCGCGGCGCTCCGGCGCCGATGC WT_682
CCACGACGACGCGCTTCCCGTCCTCGGCGGGCTTCTCGCG
CGGCGCTCCGGCGCCGATGC
***************************************
*********************
BM38.2_682 CGGCGACCTGAGGGTGACGGTGCACGCG
GCGACGCTGAACGGCGCCCTGCGGGCGGCGGT WT_682
CGGCGACCTGAGGGTGACGGTGCACGCGGCGACGCTGAAC
GGCGCCCTGCGGGCGGCGGT
***************************************
*********************
BM38.2_682 GGAGGACTTCGCCCGGCGGTACGCGGAC
CGGCCGGACGCCGCGGACGCCGAACTCGCCCG WT_682
GGAGGACTTCGCCCGGCGGTACGCGGACCGGCCGGACGCC
GCGGACGCCGAACTCGCCCG
***************************************
*********************
BM38.2_682 CTGTCTCGACGCCGCCCTGCGCGCGGCC
TCGGAGGGACTCCCCTACTGA[配列番号11]
WT_682 CTGTCTCGACGCCGCCCTGCGCGCGGCCTCGG
AGGGACTCCCCTACTGA[配列番号25]
***************************************
**********
>WT_682翻訳された遺伝子産物
VVSLTDKMSANAISDVWTAGGRRPLVMLRGGAEDGDGGA
SVRQTPVEALRQGTTGAGGLSLVERRKAALRFEIACAAVH
LFTSQGVAATTGEQIAQSVGISSRTLWRHFPTKESCVLPL
LTAALDFAVDRLRHWPAETSLLDFFAETCRKGDLPAATPE
ILDLIRMTSTEPALRAVWLQAHDDALPVLGGLLARRSGAD
AGDLRVTVHAATLNGALRAAVEDFARRYADRPDAADAELA
RCLDAALRAASEGLPY[配列番号26]
>BM38.2_682翻訳された遺伝子産物
VVSLTDKMSANAISDVWTAGGRRPLVMLRGGGRGRGRWS
ERAPDAG[配列番号12]
orf2798:MurR/RpiRファミリーのDNA結合転写調節因子をコードす
ると予測される。これはヘリックス-ターン-ヘリックス(HTH)および糖イソメラー
ゼ(SIS)ドメインを含む。GからAへの突然変異がGlyからSerへの変化をもた
らす。
BM38.2_2798 ATGAGCGGCACCGGGAGCCCTGCGGCG
CGCCTGCAGGCGCTCTTCGAGGGGCATCGGCTG WT_279
8 ATGGGCGGCACCGGGAGCCCTGCGGCGCGCCTGCAGGC
GCTCTTCGAGGGGCATCGGCTG
*** ***********************************
*********************
BM38.2_2798 ACGCCGACCCAGCGGCGCATCGCGCAC
AGCATGGTCCGGCGCGCCGCCGACGTGCCGTTC WT_279
8 ACGCCGACCCAGCGGCGCATCGCGCACAGCATGGTCCG
GCGCGCCGCCGACGTGCCGTTC
***************************************
*********************
BM38.2_2798 CTGTCCAGCGTGGAGCTGGCCGAGCTG
GCCGGGGTCAGCCAGCCGTCGGTGACCCGGTTC WT_279
8 CTGTCCAGCGTGGAGCTGGCCGAGCTGGCCGGGGTCAG
CCAGCCGTCGGTGACCCGGTTC
***************************************
********************* BM38.2_2798 GCCGTC
GCCCTCGGCTTCGACGGCTATCCGGCGCTGCGCCGGCACC
TGCGCGAGGTCGCG WT_2798 GCCGTCGCCCTCGGCTT
CGACGGCTATCCGGCGCTGCGCCGGCACCTGCGCGAGGTC
GCG
***************************************
*********************
BM38.2_2798 CCCGCCGAACCGGCGCCGGAGACCGGC
TCCTCCAACGAGTACCAGCAGGCCGTCGAGGCC WT_279
8 CCCGCCGAACCGGCGCCGGAGACCGGCTCCTCCAACGA
GTACCAGCAGGCCGTCGAGGCC
***************************************
*********************
BM38.2_2798 GAGATCGAGAACCTGCGGCATCTGGCG
GAGGTGCTGGCCGACCCCCGGCCGGTGCGGCAG WT_279
8 GAGATCGAGAACCTGCGGCATCTGGCGGAGGTGCTGGC
CGACCCCCGGCCGGTGCGGCAG
***************************************
*********************
BM38.2_2798 GCCGGGCGCATGCTGGCGGGGAGCCGG
CCGCTGCCCGTGCTGGGACTGCGGGCGGCGGCG WT_279
8 GCCGGGCGCATGCTGGCGGGGAGCCGGCCGCTGCCCGT
GCTGGGACTGCGGGCGGCGGCG
***************************************
*********************
BM38.2_2798 GCCCAGGCGCACGGCTTCGCGTACTTC
GCCGCCAAGGTCCATCCCGACGTACGGCTGCTC WT_279
8 GCCCAGGCGCACGGCTTCGCGTACTTCGCCGCCAAGGT
CCATCCCGACGTACGGCTGCTC
***************************************
*********************
BM38.2_2798 AACGAGGGCGGCACCATGCTCCACGAC
CGGATCGACGCCGCCGCGCGGGCCGGGGCGAGC WT_279
8 AACGAGGGCGGCACCATGCTCCACGACCGGATCGACGC
CGCCGCGCGGGCCGGGGCGAGC
***************************************
*********************
BM38.2_2798 GCCCTGCTGTGCTTCGCGCTGCCCCGC
CATCCCCGGGAGGTCGTCGACGCCCTCATCCAC WT_279
8 GCCCTGCTGTGCTTCGCGCTGCCCCGCCATCCCCGGGA
GGTCGTCGACGCCCTCATCCAC
***************************************
*********************
BM38.2_2798 GCCAAGGAGACGGGGCTGACCGTGGTC
ACCGTCGCCGACTCGCCGTTCGCGCCGGTCGCC WT_279
8 GCCAAGGAGACGGGGCTGACCGTGGTCACCGTCGCCGA
CTCGCCGTTCGCGCCGGTCGCC
***************************************
*********************
BM38.2_2798 GGGCTGTCCGACCTGCTGCTGCCCGCG
GCCGTCGGGACCGGCCTCGCCTTCGACACGGCG WT_279
8 GGGCTGTCCGACCTGCTGCTGCCCGCGGCCGTCGGGAC
CGGCCTCGCCTTCGACACGGCG
***************************************
*********************
BM38.2_2798 TGCGCGCCGATGCTGCTGGGCCGGGTG
CTGCTGGAGGCGATGTGCGACGACCTGCCCGAC WT_279
8 TGCGCGCCGATGCTGCTGGGCCGGGTGCTGCTGGAGGC
GATGTGCGACGACCTGCCCGAC
***************************************
*********************
BM38.2_2798 GCGCAGGCACGGCTGGAGGAGTTCGAC
GTGAGGGCGGCGGCGCGCGGACTGTTCGTGGAC WT_279
8 GCGCAGGCACGGCTGGAGGAGTTCGACGTGAGGGCGGC
GGCGCGCGGACTGTTCGTGGAC
***************************************
*********************
BM38.2_2798 TGA[配列番号1]
WT_2798 TGA[配列番号15]
***
>WT_2798翻訳された遺伝子産物
MGGTGSPAARLQALFEGHRLTPTQRRIAHSMVRRAADVP
FLSSVELAELAGVSQPSVTRFAVALGFDGYPALRRHLREV
APAEPAPETGSSNEYQQAVEAEIENLRHLAEVLADPRPVR
QAGRMLAGSRPLPVLGLRAAAAQAHGFAYFAAKVHPDVRL
LNEGGTMLHDRIDAAARAGASALLCFALPRHPREVVDALI
HAKETGLTVVTVADSPFAPVAGLSDLLLPAAVGTGLAFDT
ACAPMLLGRVLLEAMCDDLPDAQARLEEFDVRAAARGLFV
D[配列番号16]
>BM38.2_2798翻訳された遺伝子産物
MSGTGSPAARLQALFEGHRLTPTQRRIAHSMVRRAADVP
FLSSVELAELAGVSQPSVTRFAVALGFDGYPALRRHLREV
APAEPAPETGSSNEYQQAVEAEIENLRHLAEVLADPRPVR
QAGRMLAGSRPLPVLGLRAAAAQAHGFAYFAAKVHPDVRL
LNEGGTMLHDRIDAAARAGASALLCFALPRHPREVVDALI
HAKETGLTVVTVADSPFAPVAGLSDLLLPAAVGTGLAFDT
ACAPMLLGRVLLEAMCDDLPDAQARLEEFDVRAAARGLFV
D[配列番号2]
orf3866:OmpRファミリーのDNA結合応答調節因子をコードすると予測さ
れる。これは、二成分系におけるセンサーパートナーからのシグナルを受信するRECド
メインおよびストレプトマイセス抗生物質調節タンパク質(SARP)に特徴的な翼状ヘ
リックス(wHTH)ドメインを含む。GからAへの突然変異が、AlaからThrへの
変化をもたらす。
BM38.2_3866 TTGCCGGCCCGCCAGGCGCAGGCGCGC
ACCGACCGAGAGCACACGAGGACTGAGAGCACC WT_386
6 TTGCCGGCCCGCCAGGCGCAGGCGCGCACCGACCGAGA
GCACACGAGGACTGAGAGCACC
***************************************
*********************
BM38.2_3866 GGGATGGCAGACCAGACCCACGTCCTG
TTCGTCGAGGACGACGACGTCATCCGCGAGGCC WT_386
6 GGGATGGCAGACCAGACCCACGTCCTGTTCGTCGAGGA
CGACGACGTCATCCGCGAGGCC
***************************************
*********************
BM38.2_3866 ACCCAGCTGGCCCTGGAGCGGGACGGC
TTCGCGGTCACCGCGAAGCCCGACGGGCTGTCG WT_386
6 ACCCAGCTGGCCCTGGAGCGGGACGGCTTCGCGGTCAC
CGCGAAGCCCGACGGGCTGTCG
***************************************
*********************
BM38.2_3866 GGCCTGGAGGCGTTCCACACCGACCGT
CCCGACATCGCGCTGCTGGACGTCATGGTCCCC WT_386
6 GGCCTGGAGGCGTTCCACACCGACCGTCCCGACATCGC
GCTGCTGGACGTCATGGTCCCC
***************************************
*********************
BM38.2_3866 GGTCTGGACGGGGTGAGCCTGTGCCGG
CGCATACGGGACGAGTCGATGGTGCCGGTGATC WT_386
6 GGTCTGGACGGGGTGAGCCTGTGCCGGCGCATACGGGA
CGAGTCGATGGTGCCGGTGATC
***************************************
*********************
BM38.2_3866 ATGCTGTCGGCGCGGGCCGACGCCATC
GACGTGGTGCTGGGCCTGGAGGCGGGCGCCGAC WT_386
6 ATGCTGTCGGCGCGGGCCGACGCCATCGACGTGGTGCT
GGGCCTGGAGGCGGGCGCCGAC
***************************************
*********************
BM38.2_3866 GACTATGTGACCAAGCCGTTCGACGGC
GCCGTGCTGGTGGCCCGGATCCGCGCGGTGCTG WT_386
6 GACTATGTGGCCAAGCCGTTCGACGGCGCCGTGCTGGT
GGCCCGGATCCGCGCGGTGCTG
********* *****************************
*********************
BM38.2_3866 CGCCGCTTCGGGCGGGCGAACGGCGGC
CGGGAGGAACCGGCGGCGGACGCCGGGGGTGTG WT_386
6 CGCCGCTTCGGGCGGGCGAACGGCGGCCGGGAGGAACC
GGCGGCGGACGCCGGGGGTGTG
***************************************
*********************
BM38.2_3866 CTGGCGTTCGGCGAACTGGAGATCGAC
ACCGGGGGCATGGAGGTGCGCCGGGCGGGGCAG WT_386
6 CTGGCGTTCGGCGAACTGGAGATCGACACCGGGGGCAT
GGAGGTGCGCCGGGCGGGGCAG
***************************************
*********************
BM38.2_3866 CCGGTGGCGCTGACGCCGACCGAGATG
CGGCTGCTGCTGGAGTTCTCGGCGGCGCCGGGC WT_386
6 CCGGTGGCGCTGACGCCGACCGAGATGCGGCTGCTGCT
GGAGTTCTCGGCGGCGCCGGGC
***************************************
*********************
BM38.2_3866 ACGGTGCTCTCCCGCGACAAGCTGCTC
GAACGGGTGTGGGAGTACGGCTGGGGCGGTGAC WT_386
6 ACGGTGCTCTCCCGCGACAAGCTGCTCGAACGGGTGTG
GGAGTACGGCTGGGGCGGTGAC
***************************************
*********************
BM38.2_3866 ACCCGGGTCGTCGACGTCCATGTGCAG
CGGCTGCGCACGAAGATCGGCCAGGACCGCATC WT_386
6 ACCCGGGTCGTCGACGTCCATGTGCAGCGGCTGCGCAC
GAAGATCGGCCAGGACCGCATC
***************************************
*********************
BM38.2_3866 GAGACGGTCCGCGGTTTCGGTTACAAG
CTGAAGGCCTGA[配列番号3]
WT_3866 GAGACGGTCCGCGGTTTCGGTTACAAGCTGA
AGGCCTGA[配列番号17]
***************************************
>WT_3866翻訳された遺伝子産物
LPARQAQARTDREHTRTESTGMADQTHVLFVEDDDVIRE
ATQLALERDGFAVTAKPDGLSGLEAFHTDRPDIALLDVMV
PGLDGVSLCRRIRDESMVPVIMLSARADAIDVVLGLEAGA
DDYVAKPFDGAVLVARIRAVLRRFGRANGGREEPAADAGG
VLAFGELEIDTGGMEVRRAGQPVALTPTEMRLLLEFSAAP
GTVLSRDKLLERVWEYGWGGDTRVVDVHVQRLRTKIGQDR
IETVRGFGYKLKA[配列番号18]
>BM38.2_3866翻訳された遺伝子産物
LPARQAQARTDREHTRTESTGMADQTHVLFVEDDDVIRE
ATQLALERDGFAVTAKPDGLSGLEAFHTDRPDIALLDVMV
PGLDGVSLCRRIRDESMVPVIMLSARADAIDVVLGLEAGA
DDYVTKPFDGAVLVARIRAVLRRFGRANGGREEPAADAGG
VLAFGELEIDTGGMEVRRAGQPVALTPTEMRLLLEFSAAP
GTVLSRDKLLERVWEYGWGGDTRVVDVHVQRLRTKIGQDR
IETVRGFGYKLKA[配列番号4]
orf4755:RNAポリメラーゼシグマ-70因子、シグマ-Eファミリーをコー
ドすると予測される。ArgコドンのTからGへの突然変異(CGT->CGG)は、サ
イレント突然変異である。
BM38.2_4755 TTGCACGGGAAGACCGAGACACCGGTG
GAGGGCATGACCGAGGAAGAGTTCGACGCTTTC WT_475
5 TTGCACGGGAAGACCGAGACACCGGTGGAGGGCATGAC
CGAGGAAGAGTTCGACGCTTTC
***************************************
*********************
BM38.2_4755 TACGCGGCCGCGTTCCCCCGCCTGACC
GGACAGTTGTACGTCTTCACCGGTGACCTCGGC WT_475
5 TACGCGGCCGCGTTCCCCCGCCTGACCGGACAGTTGTA
CGTCTTCACCGGTGACCTCGGC
***************************************
*********************
BM38.2_4755 GAGGCCCAGGACGTCGTCCAGGAGGCG
TTCGTACGGGCCTGGGACCGGCGCGGGAGGCTG WT_475
5 GAGGCCCAGGACGTCGTCCAGGAGGCGTTCGTACGGGC
CTGGGACCGGCGCGGGAGGCTG
***************************************
*********************
BM38.2_4755 ATCGCCGACGAGGCGCCCGAGGCGTGG
GTGCGCACCGTCGCCATGCGGCTCGCGGTGAGC WT_475
5 ATCGCCGACGAGGCGCCCGAGGCGTGGGTGCGCACCGT
CGCCATGCGGCTCGCGGTGAGC
***************************************
*********************
BM38.2_4755 CGCTGGCGCCGCGCGAAACGCTGGCTG
GAACTCGTACGGCACTCCCCGCCCCCGGAGACG WT_475
5 CGCTGGCGCCGCGCGAAACGCTGGCTGGAACTCGTACG
GCACTCCCCGCCCCCGGAGACG
***************************************
*********************
BM38.2_4755 ACCCCCGGCCCGGGCCCCGACCGCACC
GCCCTGGTCGCCGCGCTGCGCCAACTGCCCGAG WT_475
5 ACCCCCGGCCCGGGCCCCGACCGCACCGCCCTGGTCGC
CGCGCTGCGCCAACTGCCCGAG
***************************************
*********************
BM38.2_4755 CACCAGCGCATGGCCGTCGTCCTCCAT
CACCTGTGCGACCTCAGCGTCGAACAGGTAGCC WT_475
5 CACCAGCGCATGGCCGTCGTCCTCCATCACCTGTGCGA
CCTCAGCGTCGAACAGGTAGCC
***************************************
*********************
BM38.2_4755 TCCGAGACCGGCGCACCCGTGGGCACG
GTCAAGGCCAGGCTCTCCCGCGGACGGGCGGCA WT_475
5 TCCGAGACCGGCGCACCCGTGGGCACGGTCAAGGCCAG
GCTCTCCCGCGGACGGGCGGCA
***************************************
*********************
BM38.2_4755 CTGGCCAGACATCTGGCGGTGGACGAG
GCCGACGAGTCGGCCTGGAGGGAGGGCGGCCGG WT_475
5 CTGGCCAGACATCTGGCGGTGGACGAGGCCGACGAGTC
GGCCTGGAGGGAGGGCGGCCGT
***************************************
********************
BM38.2_4755 GTCGGATGA[配列番号9]
WT_4755 GTCGGATGA[配列番号23]
*********
>WT_4755翻訳された遺伝子産物
LHGKTETPVEGMTEEEFDAFYAAAFPRLTGQLYVFTGDL
GEAQDVVQEAFVRAWDRRGRLIADEAPEAWVRTVAMRLAV
SRWRRAKRWLELVRHSPPPETTPGPGPDRTALVAALRQLP
EHQRMAVVLHHLCDLSVEQVASETGAPVGTVKARLSRGRA
ALARHLAVDEADESAWREGGRVG[配列番号24]
>BM38.2_4755翻訳された遺伝子産物
LHGKTETPVEGMTEEEFDAFYAAAFPRLTGQLYVFTGDL
GEAQDVVQEAFVRAWDRRGRLIADEAPEAWVRTVAMRLAV
SRWRRAKRWLELVRHSPPPETTPGPGPDRTALVAALRQLP
EHQRMAVVLHHLCDLSVEQVASETGAPVGTVKARLSRGRA
ALARHLAVDEADESAWREGGRVG[配列番号10]
orf4868:転写調節タンパク質をコードすると予測される。これは、二成分系に
おけるセンサーパートナーからのシグナルを受信するRECシグナルレシーバードメイン
を含む。タンデムリピート配列中の欠失(Cの喪失)はフレームシフト突然変異をもたら
す。
BM38.2_4868 ATGCGCCCGCCCGTCACCCACCACCAC
CCTGCCGGAGGCGCTGCGCGCCGCCCCTATCGA WT_486
8 ATGCGCCCGCCCGTCACCCACCACCACCCTGCCGGAGG
CGCTGCGCGCCGCCCCTATCGA
***************************************
*********************
BM38.2_4868 CTCTTGATCGTGGAGGACGAGAAACGC
CTCGCTCTCTCCCTCGCCAAGGGACTCACCGCC WT_486
8 CTCTTGATCGTGGAGGACGAGAAACGCCTCGCTCTCTC
CCTCGCCAAGGGACTCACCGCC
***************************************
*********************
BM38.2_4868 GAGGGCTACGCCGTGGACGTCGTCCAC
GACGGCCGGGAGGGCCTGCACCGGGCCACGGAG WT_486
8 GAGGGCTACGCCGTGGACGTCGTCCACGACGGCCGGGA
GGGCCTGCACCGGGCCACGGAG
***************************************
*********************
BM38.2_4868 GGGACGTACGACCTCCTCATCCTGGAC
ATCATGCTGCCCGGTCTCAACGGCTACCGGGTC WT_486
8 GGGACGTACGACCTCCTCATCCTGGACATCATGCTGCC
CGGTCTCAACGGCTACCGGGTC
***************************************
*********************
BM38.2_4868 TGCGCCGCGCTCCGCGCCGCCGGACAC
GACGTGCCGATCCTGATGCTCACGGCCAAGGAC WT_486
8 TGCGCCGCGCTCCGCGCCGCCGGACACGACGTGCCGAT
CCTGATGCTCACGGCCAAGGAC
***************************************
*********************
BM38.2_4868 GGCGAGTACGACGAGGCGGAGGGCCTG
GACACCGGCGCCGACGACTACCTCACCAAGCCG WT_486
8 GGCGAGTACGACGAGGCGGAGGGCCTGGACACCGGCGC
CGACGACTACCTCACCAAGCCG
***************************************
*********************
BM38.2_4868 TTCTCGTACGTCGTCCTCGTCGCCAGG
ATCAAGGCGCTGCTGCGCCGCCGGCCGGCCGGG WT_486
8 TTCTCGTACGTCGTCCTCGTCGCCAGGATCAAGGCGCT
GCTGCGCCGCCGGCCGGCCGGG
***************************************
*********************
BM38.2_4868 GCCTCCCC-ATCCATGTCCACGGCGAC
CTCAAGGTGGACACCGCCGCCCGCCGCGTCTTC WT_486
8 GCCTCCCCCATCCATGTCCACGGCGACCTCAAGGTGGA
CACCGCCGCCCGCCGCGTCTTC
******** ******************************
*********************
BM38.2_4868 CTGGGCGAGGACGAAGTGGCGCTGA[配
列番号13]
WT_4868 CTGGGCGAGGACGAAGTGGCGCTGA[配列番号2
7]
*************************
>WT_4868翻訳された遺伝子産物
MRPPVTHHHPAGGAARRPYRLLIVEDEKRLALSLAKGLT
AEGYAVDVVHDGREGLHRATEGTYDLLILDIMLPGLNGYR
VCAALRAAGHDVPILMLTAKDGEYDEAEGLDTGADDYLTK
PFSYVVLVARIKALLRRRPAGASPIHVHGDLKVDTAARRV
FLGEDEVAL[配列番号28]
>BM38.2_4868翻訳された遺伝子産物
MRPPVTHHHPAGGAARRPYRLLIVEDEKRLALSLAKGLT
AEGYAVDVVHDGREGLHRATEGTYDLLILDIMLPGLNGYR
VCAALRAAGHDVPILMLTAKDGEYDEAEGLDTGADDYLTK
PFSYVVLVARIKALLRRRPAGASPSMSTATSRWTPPPAAS
S WARTKWR[配列番号14]
orf5175:ヒスチジンキナーゼ転写調節タンパク質をコードすると予測される。
これは、二成分系におけるセンサーパートナーからのシグナルを受信するRECシグナル
レシーバードメインを有する。CからTへの突然変異がProからSerへの変化をもた
らす。
BM38.2_5175 ATGGTGCAGAAGGCCAAGATCCTCCTG
GTCGATGACCGGCCGGAGAATCTGCTCGCGCTG WT_517
5 ATGGTGCAGAAGGCCAAGATCCTCCTGGTCGATGACCG
GCCGGAGAATCTGCTCGCGCTG
***************************************
*********************
BM38.2_5175 GAGGCGATCCTCTCGGCGCTCGATCAG
ACGCTGGTGCGGGCATCGTCCGGGGAGGAAGCG WT_517
5 GAGGCGATCCTCTCGGCGCTCGATCAGACGCTGGTGCG
GGCATCGTCCGGGGAGGAAGCG
***************************************
*********************
BM38.2_5175 CTCAAAGCGCTGCTGACGGACGACTTC
GCGGTCATTCTGCTGGACGTCCAGATGCCGGGC WT_517
5 CTCAAAGCGCTGCTGACGGACGACTTCGCGGTCATTCT
GCTGGACGTCCAGATGCCGGGC
***************************************
*********************
BM38.2_5175 ATGGACGGTTTCGAGACCGCGGCCCAC
ATCAAGCGGCGGGAACGCACCCGGGACATCCCG WT_517
5 ATGGACGGTTTCGAGACCGCGGCCCACATCAAGCGGCG
GGAACGCACCCGGGACATCCCG
***************************************
*********************
BM38.2_5175 ATCATCTTCCTCACCGCGATCAACCAC
GGTTCGCACCACACGTTCCGGGGCTACGCGGCG WT_517
5 ATCATCTTCCTCACCGCGATCAACCACGGTCCGCACCA
CACGTTCCGGGGCTACGCGGCG
****************************** ********
*********************
BM38.2_5175 GGTGCGGTCGACTACATCTCGAAGCCG
TTCGACCCGTGGGTGCTGCGCGCGAAGGTCTCG WT_517
5 GGTGCGGTCGACTACATCTCGAAGCCGTTCGACCCGTG
GGTGCTGCGCGCGAAGGTCTCG
***************************************
*********************
BM38.2_5175 GTCTTCGTCGAGCTGTACATGAAGAAC
TGCCAGCTGCGGGAGCAGGCGGCGCTGCTGCGG WT_517
5 GTCTTCGTCGAGCTGTACATGAAGAACTGCCAGCTGCG
GGAGCAGGCGGCGCTGCTGCGG
***************************************
*********************
BM38.2_5175 CTCCAGTTGGACGGCGGCGAGAAGGAC
GATGCCGAGGCAGGCGACTCGGCGGGGCTGCTC WT_517
5 CTCCAGTTGGACGGCGGCGAGAAGGACGATGCCGAGGC
AGGCGACTCGGCGGGGCTGCTC
***************************************
*********************
BM38.2_5175 GCCGAGCTGTCGGCGCGGCTCGCGGCC
GTCGAGGAGCAGGCCGAGGCGCTGACCAAGCAG WT_517
5 GCCGAGCTGTCGGCGCGGCTCGCGGCCGTCGAGGAGCA
GGCCGAGGCGCTGACCAAGCAG
***************************************
*********************
BM38.2_5175 CTCAACGACGAGTCGACGGACGCGGCC
GCGGTGGCCACGGCGGCTCATCTGGAGCGCAAG WT_517
5 CTCAACGACGAGTCGACGGACGCGGCCGCGGTGGCCAC
GGCGGCTCATCTGGAGCGCAAG
***************************************
*********************
BM38.2_5175 CTCACGGGGTTGCGGCGGGCGCTGGAC
GCCCTGGAGCCCGGGACCGGCAGCGCGTCGTCG WT_517
5 CTCACGGGGTTGCGGCGGGCGCTGGACGCCCTGGAGCC
CGGGACCGGCAGCGCGTCGTCG
***************************************
*********************
BM38.2_5175 GTGCCGTCGCAGAACTGA[配列番号5]
WT_5175 GTGCCGTCGCAGAACTGA[配列番号19]
******************
>WT_5175翻訳された遺伝子産物
MVQKAKILLVDDRPENLLALEAILSALDQTLVRASSGEE
ALKALLTDDFAVILLDVQMPGMDGFETAAHIKRRERTRDI
PIIFLTAINHGPHHTFRGYAAGAVDYISKPFDPWVLRAKV
SVFVELYMKNCQLREQAALLRLQLDGGEKDDAEAGDSAGL
LAELSARLAAVEEQAEALTKQLNDESTDAAAVATAAHLER
KLTGLRRALDALEPGTGSASSVPSQN[配列番号20]
>BM38.2_5175翻訳された遺伝子産物
MVQKAKILLVDDRPENLLALEAILSALDQTLVRASSGEE
ALKALLTDDFAVILLDVQMPGMDGFETAAHIKRRERTRDI
PIIFLTAINHGSHHTFRGYAAGAVDYISKPFDPWVLRAKV
SVFVELYMKNCQLREQAALLRLQLDGGEKDDAEAGDSAGL
LAELSARLAAVEEQAEALTKQLNDESTDAAAVATAAHLER
KLTGLRRALDALEPGTGSASSVPSQN[配列番号6]
orf5387:MerRファミリーの転写調節因子をコードすると予測される。これ
は、HTH DNA結合ドメインおよび二成分系におけるセンサーパートナーからのシグ
ナルを受信するRECドメインを有する。AからCへの突然変異がTyrからSerへの
変化をもたらす。
BM38.2_5387 ATGGTGCGGGAAGCGCTGGCCGCACTG
CTCGAACTCGAGGACGACATCCGGGTGGTGGCA
WT_5387 ATGGTGCGGGAAGCGCTGGCCGCACTGCTCG
AACTCGAGGACGACATCCGGGTGGTGGCA
***************************************
*********************
BM38.2_5387 GAAGTCGGCTCCGGTGAGGACGTACTC
GACGCGGCCAGGGGAACACGTCCCGACCTCGTG
WT_5387 GAAGTCGGCTCCGGTGAGGACGTACTCGACG
CGGCCAGGGGAACACGTCCCGACCTCGTG
***************************************
*********************
BM38.2_5387 ATCGTGGACGTCAACATGCCGGGACTC
GACGGGCTCACCGCGGCCGAGCGGCTGCGCGAG
WT_5387 ATCGTGGACGTCAACATGCCGGGACTCGACG
GGCTCACCGCGGCCGAGCGGCTGCGCGAG
***************************************
*********************
BM38.2_5387 CAGCTGCCCGACTCCCGCATCCTGGTG
CTGACCGTCCTGGACGCGCCCAACGTCCTGCGC
WT_5387 CAGCTGCCCGACTCCCGCATCCTGGTGCTGA
CCGTCCTGGACGCGCCCAACGTCCTGCGC
***************************************
*********************
BM38.2_5387 CGGGCGCAGGACGTCCGGGTCGACGGC
TACCTCGTCAAGAACGCTCCGGTGGAGCACCTC
WT_5387 CGGGCGCAGGACGTCCGGGTCGACGGCTACC
TCGTCAAGAACGCTCCGGTGGAGCACCTC
***************************************
*********************
BM38.2_5387 GTCAAGGCCGTGCGCCAGATCATGGCC
GGGGAACGCGTCATCTCACCGGAGCTGGCGCTG
WT_5387 GTCAAGGCCGTGCGCCAGATCATGGCCGGGG
AACGCGTCATCTCACCGGAGCTGGCGCTG
***************************************
*********************
BM38.2_5387 GCCGCCTGGGAGGGCAAGGCCAGCCCG
CTCACCGCGCGGGAGGCCGATGTGCTCCGGATC
WT_5387 GCCGCCTGGGAGGGCAAGGCCAGCCCGCTCA
CCGCGCGGGAGGCCGATGTGCTCCGGATC
***************************************
*********************
BM38.2_5387 GCGGCGGCCGGCGCGGAGACCGCCGAG
ATCGCCGAGTACCTGCATCTTTCACCGGGCACG
WT_5387 GCGGCGGCCGGCGCGGAGACCGCCGAGATCG
CCGAGTACCTGCATCTTTCACCGGGCACG
***************************************
*********************
BM38.2_5387 GTGCGGAACTCCATGACCACCATCATC
GCCAAGCTCGACGCGCGCAACCGGCTCGACGCC
WT_5387 GTGCGGAACTACATGACCACCATCATCGCCA
AGCTCGACGCGCGCAACCGGCTCGACGCC
********** ****************************
*********************
BM38.2_5387 ATCCGCATCGCACGCGACGCCGGGTGG
CTCCTCAACTCCTGA[配列番号7]
WT_5387 ATCCGCATCGCACGCGACGCCGGGTGGCTCC
TCAACTCCTGA[配列番号21]
***************************************
***
>WT_5387翻訳された遺伝子産物
MVREALAALLELEDDIRVVAEVGSGEDVLDAARGTRPDL
VIVDVNMPGLDGLTAAERLREQLPDSRILVLTVLDAPNVL
RRAQDVRVDGYLVKNAPVEHLVKAVRQIMAGERVISPELA
LAAWEGKASPLTAREADVLRIAAAGAETAEIAEYLHLSPG
TVRNYMTTIIAKLDARNRLDAIRIARDAGWLLNS[配列番号2
2]

>BM38.2_5387翻訳された遺伝子産物
MVREALAALLELEDDIRVVAEVGSGEDVLDAARGTRPDL
VIVDVNMPGLDGLTAAERLREQLPDSRILVLTVLDAPNVL
RRAQDVRVDGYLVKNAPVEHLVKAVRQIMAGERVISPELA
LAAWEGKASPLTAREADVLRIAAAGAETAEIAEYLHLSPG
TVRNSMTTIIAKLDARNRLDAIRIARDAGWLLNS[配列番号8
本発明による核酸およびポリペプチドを記載するために提供される、全ての塩基サイズ
またはアミノ酸サイズ、および全ての分子量または分子質量値は、従来の測定変動の範囲
内で近似であることを理解すべきである。

Claims (15)

  1. 配列番号2のアミノ酸配列と95%以上のアミノ酸配列同一性を有するOrf2798
    タンパク質をコードする改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株であって;
    前記Orf2798タンパク質のアミノ酸配列は、アミノ酸2位にセリン残基を含み;
    そして
    ここで、野生型ストレプトマイセス・フンジシディカス菌株で得られるものと比較して
    、増強したエンデュラシジンの産生が前記改変ストレプトマイセス・フンジシディカスで
    得られる、分離株。
  2. 前記Orf2798タンパク質が配列番号1のヌクレオチド配列によってコードされる
    、請求項1に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
  3. 配列番号4のアミノ酸配列と95%以上のアミノ酸配列同一性を有するOrf3866
    タンパク質をさらにコードし;ここで、前記Orf3866タンパク質のアミノ酸配列が
    アミノ酸124位にトレオニン残基を含む、請求項1または2に記載の改変ストレプトマ
    イセス・フンジシディカス分離株。
  4. 前記Orf3866タンパク質が配列番号3のヌクレオチド配列によってコードされる
    、請求項3に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
  5. 配列番号6のアミノ酸配列と95%以上のアミノ酸配列同一性を有するOrf5175
    タンパク質をさらにコードし;ここで、前記Orf5175タンパク質のアミノ酸配列が
    アミノ酸91位にセリン残基を含む、請求項1、2、3または4に記載の改変ストレプト
    マイセス・フンジシディカス分離株。
  6. 前記Orf5175タンパク質が配列番号5のヌクレオチド配列によってコードされる
    、請求項5に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
  7. 配列番号8のアミノ酸配列と95%以上のアミノ酸配列同一性を有するOrf5387
    タンパク質をさらにコードし;ここで、前記Orf5387タンパク質のアミノ酸配列が
    アミノ酸164位にセリン残基を含む、請求項1、2、3、4、5または6に記載の改変
    ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
  8. 前記Orf5387タンパク質が配列番号7のヌクレオチド配列によってコードされる
    、請求項7に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
  9. 配列番号9のヌクレオチド配列をさらに含むが、配列番号23のヌクレオチド配列を含
    まない、請求項1、2、3、4、5、6、7または8に記載の改変ストレプトマイセス・
    フンジシディカス分離株。
  10. 機能的Orf682タンパク質をコードしない、請求項1、2、3、4、5、6、7、
    8または9に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
  11. 機能的Orf682タンパク質の欠如が、前記Orf682タンパク質をコードする遺
    伝子中にフレームシフト突然変異を含む改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離
    株によるものである、請求項10に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分
    離株。
  12. 機能的Orf4868タンパク質をコードしない、請求項1、2、3、4、5、6、7
    、8、9、10または11に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株。
  13. 機能的Orf4868タンパク質の欠如が、前記Orf4868タンパク質をコードす
    る遺伝子中にフレームシフト突然変異を含む改変ストレプトマイセス・フンジシディカス
    分離株によるものである、請求項12に記載の改変ストレプトマイセス・フンジシディカ
    ス分離株。
  14. 請求項1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12または13に記載の改
    変ストレプトマイセス・フンジシディカス分離株を、エンデュラシジンを産生するのに十
    分な条件下、培養培地で培養することを含む、エンデュラシジンの産生方法。
  15. 前記培養培地から前記エンデュラシジンを単離することをさらに含む、請求項14に記
    載の方法。
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