JP2017525698A - Sirp−アルファ免疫グロブリン融合タンパク質 - Google Patents

Sirp−アルファ免疫グロブリン融合タンパク質 Download PDF

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Abstract

本発明は、CD47および腫瘍細胞抗原の両方に結合するように設計される免疫グロブリン融合タンパク質を開示する。免疫グロブリン融合タンパク質は、CD47に結合するSIRPα部分および腫瘍細胞抗原についての抗原結合部位を含む。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、内容が参照により本明細書に組み込まれる2014年8月15日に出願された米国仮特許出願第62/038,196号の優先権および利益を主張する。
発明の分野
本発明は、一般に、疾患促進細胞、例えば、腫瘍細胞上のCD47および表面抗原に結合する能力を有する融合タンパク質に関する。
発明の背景
マクロファージは、食作用により疾患細胞、例えば、癌細胞を一掃する主要な食細胞である。マクロファージが標的細胞の食作用を行うか否かは、食作用促進および抗食作用シグナルの相対強度に依存する。
正常な健常細胞は、食作用を免れる。それというのも、正常細胞上でユビキタスに発現されるCD47は、マクロファージ上のシグナル調節タンパク質アルファ(SIRPα)と相互作用し、自己「ドント・イート・ミー(don’t eat me)」シグナルをトリガーするためである。
しかしながら、癌細胞はそれらの生存率を向上させるように適応するため、それらは、正常免疫制御機序を破壊してCD47を過剰発現することにより免疫サーベイランスを逃れ、それらをマクロファージに対して耐性とする。例えば、CD47は、食作用を回避するためにヒト白血病細胞上で上方調節されることが示されている(Jaiswal et al.,Cell,138:271-285,2009)。さらに、CD47は、ヒト急性骨髄性白血病(AML)幹細胞上で高度に発現され、予後不良因子である(Majeti et al,Cell,138:266-299,2009)。生存機序としてのCD47過剰発現は、抗体オプソニン化腫瘍細胞が免疫細胞上の活性化Fc受容体(FcR)にエンゲージして抗体依存性細胞食作用(ADCP)および抗体依存性細胞毒性(ADCC)を誘発すると予測されるという事実にもかかわらず、なぜ多くの治療抗体が制限された抗腫瘍効力を有するのかを部分的に説明する。
したがって、CD47の発現を介して食作用を回避する腫瘍細胞の能力を妨害する治療法が当技術分野において必要とされている。
発明の概要
本明細書において、腫瘍細胞抗原およびCD47の両方に特異的な免疫グロブリン融合タンパク質により腫瘍細胞を標的化する方法および組成物が記載される。具体的には、免疫グロブリン融合タンパク質は、腫瘍細胞抗原に特異的な免疫グロブリン部分を含み、CD47に特異的な第2の部分を有する。
一態様において、本発明は、SIRPα免疫グロブリン融合タンパク質を対象とする。融合タンパク質は、配列番号6の残基3〜115または配列番号8の3〜114に対して少なくとも80%同一であるアミノ酸配列を有するSIRPαまたはSIRPαバリアントのIgV細胞外ドメインを含む。融合タンパク質は、疾患促進細胞上の表面抗原に結合する免疫グロブリン分子またはその一部も含む。一実施形態において、疾患促進細胞は腫瘍細胞であり、表面抗原は腫瘍抗原である。
ある実施形態において、免疫グロブリン融合タンパク質は、配列番号6の残基3〜115または配列番号8の3〜114に対して少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を有するSIRPαバリアントを含む。
ある実施形態において、免疫グロブリン融合タンパク質は、配列番号6の残基1〜115または配列番号8の1〜114に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を有するSIRPαバリアントを含む。
一部の実施形態において、IgV細胞外ドメインは、配列番号6の残基1〜115である一方、他の実施形態において、IgV細胞外ドメインは、配列番号8の残基1〜114である。一部の実施形態において、IgV細胞外ドメインは、配列番号6の残基3〜115である一方、他の実施形態において、IgV細胞外ドメインは、配列番号8の残基3〜114である。さらに他の実施形態において、IgV細胞外ドメインは、配列番号193の残基1〜114または配列番号194の残基1〜115または配列番号195の残基1〜115または配列番号196の残基1〜115または配列番号197の残基1〜114または配列番号198の残基1〜114または配列番号199の残基1〜115または配列番号200の残基1〜114または配列番号190の残基1〜115である。
他の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号6の残基1〜343に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を有する。他の実施形態において、SIRPαのIgV細胞外ドメインは、野生型ヒトSIRPα IgV細胞外ドメインである。
他の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号193の残基1〜114または配列番号194の残基1〜115または配列番号195の残基1〜115または配列番号196の残基1〜115または配列番号197の残基1〜114または配列番号198の残基1〜114または配列番号199の残基1〜115または配列番号200の残基1〜114または配列番号190の残基1〜115に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を有する。
ある実施形態において、免疫グロブリン融合タンパク質のSIRPαバリアントは、配列番号6または8に対応する6、27、31、37、54、56、66、または72位の1つ以上におけるアミノ酸の改変を有する。改変は、アミノ酸の置換、欠失、または挿入であり得る。好ましい実施形態において、改変は、置換である。
ある実施形態において、免疫グロブリン融合タンパク質のSIRPαバリアントは、V6I、V27I、A27I、I31R、I3IT、Q37W、Q37H、E54P、H56P、S66Q、L66A、およびM72Rからなる群から選択される配列番号6または配列番号8の6、27、31、37、54、56、66、または72位に対応する位置における1つ以上の置換を含む。一実施形態において、置換は、V6Iに対応する。別の実施形態において、置換は、V27IまたはA27Iに対応する。別の実施形態において、置換は、I31Rに対応する。別の実施形態において、置換は、I31Tに対応する。別の実施形態において、置換は、Q37Wに対応する。別の実施形態において、置換は、Q37Hに対応する。別の実施形態において、置換は、E54Pに対応する。別の実施形態において、置換は、H56Pに対応する。別の実施形態において、置換は、S66QまたはL66Qに対応する。別の実施形態において、置換は、M72Rに対応する。
ある実施形態において、免疫グロブリン融合タンパク質のSIRPαバリアントは、配列番号6または配列番号8の4、6、27、31、35、37、47、52、53、54、56、66、67、68、72、92または94位に対応する位置の1つ以上におけるアミノ酸の改変を有する。改変は、アミノ酸の置換、欠失、または挿入であり得る。好ましい実施形態において、改変は、置換である。
ある実施形態において、免疫グロブリン融合タンパク質のSIRPαバリアントは、以下の置換の1つ以上を含む:
a.L4Vである、4位に対応する位置における置換;
b.V6A、V6C、V6D、V6E、V6G、V6I、V6L、V6M、V6N、V6Q、V6S、もしくはV6Tから選択される6位に対応する位置における置換;
c.A27C、A27D、A27G、A27H、A27I、A27K、A27L、A27N、A27Q、A27R、A27S、A27T、もしくはA27V;もしくはV27A、V27C、V27D、V27G、V27H、V27I、V27K、V27L、V27N、V27Q、V27R、V27S、もしくはV27Tから選択される27位に対応する位置における置換;
d.I31A、I31C、I3IE、I31K、I31Q、I31R、I31T、もしくはI31Vから選択される31位に対応する位置における置換;
e.P35A、P35C、P35E、P35G、P35N、P35Q、もしくはP35Sから選択される35位に対応する位置における置換;
f.Q37A、Q37C、Q37E、Q37G、Q37H、Q37K、Q37L、Q37M、Q37N、Q37R、Q37S、Q37T、もしくはQ37Wから選択される37位に対応する位置における置換;
g.E47A、E47C、E47D、E47F、E47G、E47H、E47I、E47K、E47L、E47M、E47N、E47Q、E47R、E47S、E47T、E47V、E47W、もしくはE47Yから選択される47位に対応する位置における置換;
h.Q52A、Q52C、Q52E、Q52HもしくはQ52Mから選択される52位に対応する位置における置換;
i.K53Rである、53位に対応する位置における置換;
j.E54DもしくはE54Pから選択される54位に対応する位置における置換;
k.H56A、H56C、H56D、H56E、H56F、H56G、H56I、H56K、H56L、H56M、H56N、H56P、H56Q、H56R、H56S、H56T、H56V、H56W、もしくはH56Yから選択される56位に対応する位置における置換;
l.L66A、L66C、L66D、L66E、L66F、L66G、L66H、L66I、L66K、L66M、L66N、L66P、L66Q、L66S、L66T、L66V、L66W、もしくはL66Y;もしくはS66A、S66C、S66D、S66E、S66F、S66G、S66H、S66I、S66K、S66L、S66M、S66N、S66P、S66Q、S66T、S66V、S66W、もしくはS66Yから選択される66位に対応する位置における置換;
m.T67A、T67C、T67D、T67E、T67F、T67G、T67H、T67I、T67L、T67M、T67N、T67Q、T67R、T67S、T67V、T67W、もしくはT67Yから選択される67位に対応する位置における置換;
n.K68Rである、68位に対応する位置における置換
o.M72A、M72C、M72D、M72E、M72F、M72G、M72H、M72I、M72K、M72L、M72N、M72Q、M72R、M72S、M72T、M72V、M72W、もしくはM72Yから選択される72位に対応する位置における置換;
p.V92A、V92C、V92D、V92E、V92G、V92I、V92M、V92N、V92Q、V92R、V92S、もしくはV92Tから選択される92位に対応する位置における置換;および/または
q.F94Lである、94位に対応する位置における置換。
一部の実施形態において、SIRPαバリアントは、野生型SIRPαと比較してCD47についてのSIRPαバリアントの結合親和性を減少させる改変、好ましくは、置換を有する。さらに他の実施形態において、SIRPαバリアントは、野生型SIRPαと比較してCD47についてのSIRPαバリアントの結合親和性を増加させる改変、好ましくは、置換を有する。
ある実施形態において、免疫グロブリン分子は、インタクト抗体である一方、他の実施形態において、免疫グロブリン分子は、抗体の抗原結合部分である。さらに別の実施形態において、免疫グロブリン分子は、抗体可変ドメインである抗体の一部である。一部の実施形態において、抗体可変ドメインは、抗原結合断片、例えば、Fab、Fab’、F(ab’)、Fv、scFv、単鎖抗体、ミニボディ(minibody)、ダイアボディ(diabody)、または単一ドメイン抗体(ナノボディ(nanobody))である。一実施形態において、インタクト抗体は、抗EGFR抗体、例えば、セツキシマブである。
他の実施形態において、免疫グロブリン分子は、Fc領域である抗体の抗原結合部分であり、Fc領域は、抗原結合部位、例えば、Fcab部分を含有するように遺伝子操作されている。一部の実施形態において、免疫グロブリン分子がFcabである場合、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、そのN末端により免疫グロブリン分子に連結されている一方、他の実施形態において、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、免疫グロブリン分子にそのC末端を介して連結されている。
一部の実施形態において、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、そのN末端により免疫グロブリン分子に連結されている一方、他の実施形態において、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、そのC末端を介して免疫グロブリン分子に連結されている。他の実施形態において、免疫グロブリン分子がインタクト抗体である場合、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、重鎖のC末端、または軽鎖のC末端に、場合により、リンカーを介して連結されている。他の実施形態において、免疫グロブリン分子がインタクト抗体である場合、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、重鎖のN末端、または軽鎖のN末端に、場合により、リンカーを介して連結されている。
さらに他の実施形態において、免疫グロブリン分子またはその一部は、SIRPαまたはSIRPαバリアントにリンカー部分を介して連結されている。リンカー部分は、SIRPαまたはSIRPαバリアントに、SIRPα部分のN末端またはC末端のいずれかにおいて融合させることができる。
さらに他の実施形態において、免疫グロブリン分子またはその一部は、そのN末端を介してSIRPαまたはSIRPαバリアントに、場合により、リンカー部分を介して連結されている一方、他の実施形態において、免疫グロブリン分子またはその一部は、そのC末端を介してSIRPαまたはSIRPαバリアントに、場合により、リンカー部分を介して連結されている。他の実施形態において、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、抗体軽鎖またはその一部のN末端に連結されている一方、別の実施形態において、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、抗体軽鎖またはその一部のC末端に連結されている。他の実施形態において、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、抗体重鎖またはその一部のN末端に連結されている一方、別の実施形態において、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、抗体重鎖またはその一部のC末端に連結されている。SIRPαまたはSIRPαバリアントおよび免疫グロブリン分子またはその一部間のリンカーは、一部の実施形態において企図される。
ある実施形態において、免疫グロブリン分子またはその一部が結合する腫瘍抗原は、HER2、HER3、EGFR、CD20、GD2、PD−L1、およびCD19から選択される。
別の実施形態において、本発明は、配列番号190の残基1〜115に対して少なくとも80%同一であるアミノ酸配列を有するSIRPαまたはSIRPαバリアントのIgV細胞外ドメイン;および疾患促進細胞上の表面抗原に結合する免疫グロブリン分子またはその一部を含むSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質を対象とする。疾患促進細胞は腫瘍細胞であり得、抗原は腫瘍抗原であり得る。
一実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号190の残基1〜115に対して少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を有する。
別の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号190の6、27、31、37、54、56、66、または72位に対応する1つ以上の位置におけるアミノ酸の改変を有する。さらなる実施形態において、改変は、V6I;V27I;A27I;I31R;I31T;Q37W;Q37H;E54P;H56P;S66Q;L66Q;およびM72Rからなる群から選択される。
別の実施形態において、本発明は、抗EGFR抗体またはその抗原結合部分および配列番号6の残基3〜115または配列番号8の3〜114に対して少なくとも80%同一であるアミノ酸配列を有するSIRPαまたはSIRPαバリアントのIgV細胞外ドメインを含むSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質を対象とする。
さらなる実施形態において、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、配列番号6の残基3〜115または配列番号8の3〜114に対して少なくとも85%同一、少なくとも90%同一、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を有する。
さらに別の実施形態において、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、配列番号6の残基1〜115または配列番号8の1〜114に対して少なくとも80%同一、少なくとも85%同一、少なくとも90%同一、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を有する。
さらなる実施形態において、抗EGFR抗体またはその抗原結合部分は、セツキシマブ、パニツムマブ、ニモツズマブ、マツズマブ、フツキシマブ(futuximab)、イムガツズマブ、またはネシツムマブから選択される抗体からの重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含有する。さらに別の実施形態において、抗EGFR抗体またはその抗原結合部分は、セツキシマブ、パニツムマブ、ニモツズマブ、マツズマブ、フツキシマブ、イムガツズマブ、またはネシツムマブから選択される抗体からの相補性決定領域を含有する。さらに別の実施形態において、抗EGFR抗体またはその抗原結合部分は、セツキシマブ、パニツムマブ、ニモツズマブ、マツズマブ、フツキシマブ、イムガツズマブ、またはネシツムマブから選択される抗体からの重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含有する。いっそうさらなる実施形態において、抗EGFR抗体は、セツキシマブ、パニツムマブ、ニモツズマブ、マツズマブ、フツキシマブ、イムガツズマブ、またはネシツムマブから選択される。別の実施形態において、抗EGFR抗体は、セツキシマブである。
別の実施形態において、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、抗EGFR抗体またはその抗原結合部分の重鎖または軽鎖のN末端に、場合により、リンカーを介して連結されている。別の実施形態において、SIRPαまたはSIRPαバリアントは、抗EGFR抗体またはその抗原結合部分の重鎖または軽鎖のC末端に、場合により、リンカーを介して連結されている。
さらなる実施形態において、SIRPα−抗EGFR免疫グロブリン融合タンパク質は、配列番号6または配列番号8の6、27、31、37、54、56、66または72位に対応する位置の1つ以上における改変を有するSIRPαまたはSIRPαバリアントのIgV細胞外ドメインを含む。一実施形態において、改変は、Q37Wに対応する置換である。別の実施形態において、改変は、V6I、C27I、A271、I31R、Q37W、Q37H、E54P、H56P、S66Q、L66Q、およびM72Rから選択される置換に対応する1つ以上の置換である。
さらなる実施形態において、本発明は、腫瘍細胞抗原に結合する免疫グロブリン分子またはその一部および配列番号6の残基3〜115または配列番号8の3〜114に対して少なくとも80%同一であるアミノ酸配列を有するSIRPαまたはSIRPαバリアントのIgV細胞外ドメインを含むCD47結合部分を有する免疫グロブリン融合タンパク質を対象とする。融合タンパク質は、抗CD47抗体に対する%赤血球(RBC)結合平均蛍光強度(MFI)を100%において較正する場合、35%以下の%RBC結合MFIを有する。抗CD47抗体は、B6H12/huIgG1である。融合タンパク質は、非赤血球上のCD47にも結合する。一実施形態において、非赤血球は、腫瘍細胞である。
一部の実施形態において、免疫グロブリン融合タンパク質は、配列番号6の残基3〜115または配列番号8の3〜114に対して少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を有するSIRPαまたはSIRPαバリアントのIgV細胞外ドメインを有する。
一部の実施形態において、免疫グロブリン融合タンパク質は、配列番号6の残基1〜115または配列番号8の1〜114に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を有するSIRPαまたはSIRPαバリアントのIgV細胞外ドメインを有する。
一部の実施形態において、腫瘍細胞抗原は、EGFRである。一部の実施形態において、免疫グロブリン分子は、インタクト抗体である。例えば、インタクト抗体は、一部の実施形態において抗EGFR抗体である一方、ある実施形態において、抗EGFR抗体は、セツキシマブである。
一実施形態において、融合タンパク質は、30%未満、25%未満、20%未満、15%未満、10%未満、5%未満、4%未満、3%未満、2%未満、または1%未満の%RBC結合MFIを有する。一実施形態において、%RBC結合MFIは、10%未満である。
さらに別の実施形態において、融合タンパク質は、0〜1%、0〜2%、0〜3%、0〜4%、1〜2%、1〜3%、1〜4%、2〜3%、2〜4%、3〜4%、3〜7%、3〜10%または5〜10%の%RBC結合MFIを有する。
さらに別の実施形態において、融合タンパク質は、5%以下、4%以下、3%以下、2%以下、または1%以下の%RBC結合MFIを有する。
さらなる実施形態において、抗体部分は、抗EGFR抗体である。例えば、抗EGFR抗体は、セツキシマブである一方、別の実施形態において、抗EGFR抗体は、パニツムマブ、ニモツズマブ、マツズマブ、フツキシマブ、イムガツズマブ、またはネシツムマブである。
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質をコードする核酸を含む。本明細書に記載の免疫グロブリン融合タンパク質は、2つ以上のペプチド鎖のアセンブリを要求し得るため、本発明は、発現時にアセンブルして融合タンパク質を形成する個々のペプチド鎖をコードするために要求される核酸を企図する。別の態様において、本発明は、本明細書に記載の免疫グロブリン融合タンパク質をコードする1つまたは複数の核酸を含む細胞を含む。さらに別の態様において、本発明は、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質をコードする1つまたは複数の核酸の発現を可能とする条件下でそのような細胞を維持することにより、免疫グロブリン融合タンパク質を産生する方法を含む。
さらなる態様において、本発明は、薬学的に許容可能な担体を含む、医薬有効量の本明細書に記載の免疫グロブリン融合タンパク質を含む医薬組成物を対象とする。
いっそうさらなる実施形態において、本発明は、有効量の本明細書に記載の免疫グロブリン融合タンパク質を投与することにより、癌を治療する方法を対象とする。治療することができる癌としては、乳癌、結腸直腸癌、肺癌、膵臓癌、子宮内膜癌、卵巣癌、胃癌、前立腺癌、腎臓癌、子宮頸癌、骨髄腫、リンパ腫、白血病、甲状腺癌、子宮癌、膀胱癌、神経内分泌癌、頭頸部癌、肝臓癌、鼻咽腔癌、精巣癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、黒色腫、基底細胞皮膚癌、扁平上皮皮膚癌、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、膠芽細胞腫、神経膠腫、肉腫、中皮腫、または骨髄異形成症候群が挙げられる。
図面の簡単な説明
図1A〜Oは、本発明の融合タンパク質の異なるDNAおよびタンパク質構築物を模式的に説明する。抗体−SIRPα融合タンパク質の発現のためのDNA構築物の2つの模式図を示す。DNA構築物1(上段)は、抗体の重鎖可変ドメイン(VH)、それに続く軽鎖定常ドメイン(CH1、ヒンジ(H)−CH2−CH3)が任意選択リンカー(L)を介して遺伝子的に融合しているSIRPαをコードする。DNA構築物2(下段)は、抗体の軽鎖可変ドメイン(VL)、それに続く軽鎖定常ドメイン(CL)をコードする。 2つのポリペプチド構成要素(すなわち、軽鎖および重鎖)が、図1Aに示されるDNA構築物によりそれぞれコードされる四量体構造を有する抗体−SIRPα融合タンパク質の模式図である。 Fc融合タンパク質の2つの模式図を示す。これらは左から右に(1)SIRPα−Fcおよび(2)Fc−SIRPαである。 四価二重特異的抗体の発現のための3つのDNA構築物を示す。DNA構築物1(上段)は、第1の抗体の重鎖可変ドメイン(VH(1))、それに続く重鎖定常ドメイン(CH1、ヒンジ(H)−CH2−CH3)が任意選択リンカー(L)を介して遺伝子的に融合している第2の抗体の軽鎖可変ドメイン(VL(2))、それに続く軽鎖定常ドメイン(CL)をコードする。DNA構築物2(中段)は、第1の抗体の軽鎖可変ドメイン(VL(1))、それに続く軽鎖定常ドメイン(CL)をコードする。DNA構築物3(下段)は、第2の抗体の重鎖可変ドメイン(VH(2))、それに続く重鎖定常ドメイン1(CH1)、およびアッパーヒンジ領域(H)をコードする。 3つのポリペプチド構成要素が図1Dに示されるDNA構築物によりコードされる六量体構造を有する四価二重特異的抗体(TetBiAb)の模式図である。 抗体−SIRPαの発現のためのDNA構築物の模式図である。DNA構築物1(上段)は、抗体の重鎖可変ドメイン(VH)、それに続く重鎖定常ドメイン(CH1、ヒンジ(H)−CH2−CH3)をコードする。DNA構築物2(下段)は、抗体の軽鎖可変ドメイン(VL)、それに続く軽鎖定常ドメイン(CL)が任意選択リンカー(L)を介して遺伝子的に融合しているSIRPαをコードする。 図1Fに示されるDNA構築物によりコードされる2つのポリペプチド構成要素を含む四量体構造を示す抗体−SIRPαの模式図である。 SIRPα−抗体の発現のためのDNA構築物の模式図である。DNA構築物1(上段)は、SIRPαが任意選択リンカー(L)を介して遺伝子的に融合している重鎖定常ドメイン(ヒンジ(H)−CH2−CH3)が任意選択リンカー(L)を介して遺伝子的に融合している抗体の重鎖可変ドメイン(VH)、それに続く重鎖定常ドメイン1(CH1)、およびアッパーヒンジ領域(H)をコードする。DNA構築物2(下段)は、抗体の軽鎖可変ドメイン(VL)、それに続く軽鎖定常ドメイン(CL)をコードする。 図1Hに示されるDNA構築物によりコードされる2つのポリペプチド構成要素を含む四量体構造を示すSIRPα−抗体の模式図である。 SIRPα−Fc−scFvの発現のためのDNA構築物の模式図である。DNA構築物は、SIRPαが任意選択リンカー(L)を介して遺伝子的に融合している重鎖定常ドメイン(ヒンジ(H)−CH2−CH3)が任意選択リンカー(L)を介して遺伝子的に融合している抗体の重鎖可変ドメイン(VH)が任意選択リンカー(L)を介して遺伝子的に融合している抗体の軽鎖可変ドメイン(VL)をコードする。 図1Jに示されるDNA構築物によりコードされるポリペプチド構成要素を含む二量体構造を示すSIRPα−Fc−scFvの模式図である。 scFv−Fc−SIRPαの発現のためのDNA構築物の模式図である。DNA構築物は、抗体の重鎖可変ドメイン(VH)が任意選択リンカー(L)を介して遺伝子的に融合している抗体の軽鎖可変ドメイン(VL)が任意選択リンカー(L)を介して遺伝子的に融合している重鎖定常ドメイン(ヒンジ(H)−CH2−CH3)が任意選択リンカー(L)を介して遺伝子的に融合しているSIRPαをコードする。 図1Lに示されるDNA構築物によりコードされるポリペプチド構成要素を含む二量体構造を示すscFv−Fc−SIRPαの模式図である。 SIRPα−Fcabの発現のためのDNA構築物の模式図である。DNA構築物は、SIRPαが任意選択リンカー(L)を介して遺伝子的に融合している、抗原に結合するように改変された定常ドメイン3を有する重鎖定常ドメイン(ヒンジ(H)−CH2−CH3)をコードする。 図1Nに示されるDNA構築物によりコードされるポリペプチド構成要素を含む二量体構造を示すSIRPα−Fcabの模式図である。鎖間ジスルフィド結合を、2つのポリペプチド鎖間の短いバーとして示す。リンカーは任意選択である。 カニクイザルにおける赤血球カウントに対する抗CD47B6H12の効果を示す棒グラフである。 カニクイザルにおけるヘマトクリットレベルに対する抗CD47B6H12の効果を示す棒グラフである。 実施例2に記載のSDS−PAGEによる抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の2つのポリペプチドの発現の分析を示す。 実施例2に記載のサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による完全四量体分子のアセンブリの分析を示す。 CD47を発現する細胞(CD47形質移入CHO細胞)への抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の結合を示す。 CD47を発現する細胞(白血球濃縮全血)への抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の結合を示す。 CD20およびCD47の両方を発現する細胞(Raji細胞)への抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の結合を示す。 CD20およびCD47の両方を発現する細胞(Namalwa細胞)への抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の結合を示す。 Daudi細胞による注射および四価二重特異的抗CD20/抗CD47による処理後のマウスの生存率を示す。 Raji細胞による注射および四価二重特異的抗CD20/抗CD47による処理後のマウスの生存率を示す。 実施例4に記載のSDS−PAGEによる抗EGFR−huIgG1−SIRPαの2つのポリペプチドの発現の分析を示す。 実施例4に記載のサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による完全四量体分子のアセンブリの分析を示す。 実施例4に記載のサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による完全四量体分子のアセンブリの分析を示す。 CD47を発現する細胞(CD47形質移入CHO細胞)への抗EGFR−huIgG1−SIRPαタンパク質の結合を示す。 CD47を発現する細胞(白血球濃縮全血)への抗EGFR−huIgG1−SIRPαタンパク質の結合を示す。 EGFRおよびCD47の両方を発現する細胞(A549細胞)への抗EGFR−huIgG1−SIRPαタンパク質の結合を示す。 A549標的細胞および遺伝子操作Jurkatエフェクター細胞を使用するADCCアッセイにおける抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2のインビトロ活性を示す。 マウスにおける抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2の薬物動態分析を示す。 マウスにおける同所性A549肺腫瘍モデルにおける抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2による処理後のマウスの生存率を示す(逆向き黒色三角:アイソタイプ対照;黒色丸:抗EGFR;黒色三角:SIRPα−Fc;黒色菱形:抗EGFRおよびSIRPα−Fc;白色丸:抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2)。 実施例5に記載のSDS−PAGEによる抗HER2−huIgG1−SIRPαV2の2つのポリペプチドの発現の分析を示す。 実施例5に記載のサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による完全四量体分子のアセンブリの分析を示す。 CD47を発現する細胞(CD47形質移入CHO細胞)への抗HER2−huIgG1−SIRPαV2の結合を示す。 CD47を発現する細胞(白血球濃縮全血)への抗HER2−huIgG1−SIRPαV2の結合を示す。 HER2およびCD47の両方を発現する細胞(BT474細胞)への抗HER2−huIgG1−SIRPαV2の結合を示す。 実施例7に記載のSDS−PAGEによる抗PD−L1−huIgG1−muSIRPαの2つのポリペプチドの発現の分析を示す。 実施例7に記載のサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による完全四量体分子のアセンブリの分析を示す。 PD−L1およびCD47を発現するA20細胞への抗PD−L1−huIgG1−muSIRPαの結合を示す。 実施例8に記載のSDS−PAGEによる抗EGFR−huIgG1−SIRPα(N110Q)の2つのポリペプチドの発現の分析を示す。 実施例8に記載のサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による完全四量体分子のアセンブリの分析を示す。 CD47を発現する細胞(CD47形質移入CHO細胞)への抗EGFR−huIgG1−SIRPα(N110Q)の結合を示す。 実施例10に記載のSDS−PAGEによるSIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)の2つのポリペプチドの発現の分析を示す。 実施例10に記載のおよびサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による完全四量体分子のアセンブリの分析を示す。 実施例10に記載のCD47を発現する細胞(CD47形質移入CHO細胞)へのSIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)の結合を示す。 実施例10に記載のA549細胞および遺伝子操作Jurkatエフェクター細胞を使用するADCCアッセイにおけるSIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)のインビトロ活性を示す。 同所性A549肺腫瘍モデルにおけるSIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)による処理後のマウスの生存率を示す(逆向き黒色三角:アイソタイプ対照;黒色丸:抗EGFR;×:抗EGFRおよびSIRPα−Fc;白色丸:抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2;黒色菱形:SIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab))。 実施例15に記載のSDS−PAGEによるSIRPαV2−Fcab(HER2)のポリペプチドの発現の分析を示す。 実施例15に記載のサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による完全二量体分子のアセンブリの分析を示す。 CD47を発現する細胞(CD47形質移入CHO細胞)へのSIRPαV2−Fcab(HER2)の結合を示す。 HER2およびCD47の両方を発現する細胞(BT474細胞)へのSIRPαV2−Fcab(HER2)の結合を示す。 実施例9に記載のSDS−PAGEによる抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαV2の2つのポリペプチドの発現の分析を示す。 実施例9に記載のサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による完全四量体分子のアセンブリの分析を示す。 実施例9に記載のサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による完全四量体分子のアセンブリの分析を示す。 CD47を発現する細胞(CD47形質移入CHO細胞)への抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαV2の結合の分析を示す。 実施例18に記載のSDS−PAGEによる抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)の2つのポリペプチドの発現の分析を示す。 実施例18に記載のサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による完全四量体分子のアセンブリの分析を示す。 同所性A549肺腫瘍モデルにおける抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2または抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)による処理後のマウスの生存率を示す。 実施例19に記載のSDS−PAGEによる抗CD20−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)の2つのポリペプチドの発現の分析を示す。 実施例19に記載のサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による完全四量体分子のアセンブリの分析を示す。 Daudi播種性リンパ腫モデルにおける抗CD20およびFc−SIRPαV2またはFc−SIRPαV2(Q37W)の組合せによる処理後のマウスの生存率を示す。 既知ヒトSIRPαアレルのIgVドメイン:IgV(V1)(配列番号6の残基1〜115)、IgV(V2)(配列番号8)、IgV(V3)(配列番号193)、IgV(V4)(配列番号194)、IgV(V5)(配列番号195)、IgV(V6)(配列番号196)、IgV(V7)(配列番号197)、IgV(V8)(配列番号198)、IgV(V9)(配列番号199)、およびIgV(V10)(配列番号200)のアラインメントを示す。
発明の詳細な説明
本発明は、向上した腫瘍標的化およびエフェクター機能を有する免疫グロブリン融合タンパク質を対象とする。一般に、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、CD47結合剤部分および免疫グロブリン部分を含む。免疫グロブリン部分は、疾患促進細胞上の表面抗原に結合する一方、CD47結合剤部分は、同一細胞上のCD47に結合する。一実施形態において、本発明は、腫瘍特異的免疫グロブリン部分を、CD47に結合する部分に遺伝子的に結合させることを含む。好ましいCD47結合剤は、SIRPαまたはSIRPαのバリアントである。したがって、本発明のある実施形態は、CD47を発現する腫瘍細胞に結合する免疫グロブリン融合タンパク質を対象とする。
CD47は、全てのヒト細胞上でユビキタスに発現される。腫瘍細胞、特に癌幹細胞はより高レベルのCD47を発現するが、造血幹細胞もCD47を過剰発現する。したがって、SIRPα、SIRPαバリアント、またはCD47についての十分な結合親和性を有する別のCD47結合剤は、癌細胞および正常細胞、例として、50億個の細胞/mLにおいて循環中で存在し、血液容量の約半分を占める赤血球を区別する可能性が低い。したがって、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、腫瘍細胞上の腫瘍抗原への高い親和性結合およびCD47についての低い結合親和性を有するように設計される。これは、正常細胞上のCD47への免疫グロブリン融合タンパク質の弱い結合をもたらす。こうして、免疫グロブリン融合タンパク質は、正常細胞を標的化しないように設計され、それによりCD47のユビキタス発現から生じる正常細胞に対する毒性を避け、さらに正常細胞上でユビキタスに発現されるCD47が、そうでなければ抗体療法に典型的な週1回または2週1回レジメン(regiment)と不適合である不所望な薬物動態をもたらす抗CD47療法についての薬物シンク(drug sink)になるのを防止する。この理由のため、融合部分が低い親和性でCD47に結合する一方、SIRPαと相互作用するCD47の能力を依然として遮断することが好ましい。
本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、(1)腫瘍細胞上の腫瘍特異的抗原についての高い結合親和性を有し;(2)同一腫瘍細胞上のCD47への融合部分の低い親和性結合により提供される追加のアビディティを介して向上した腫瘍標的化を達成し;(3)CD47「ドント・イート・ミー」シグナルの遮断および免疫エフェクター細胞のFc依存性活性化の組合せを介して強力なADCPおよびADCCを誘発し;(4)正常細胞、例として、赤血球上のCD47への低い親和性結合により毒性を回避する。重要なことに、CD47結合剤、例えば、SIRPαまたはSIRPαバリアントが、FcRエンゲージメントに最適でない構成で抗体部分のFc領域に結合している場合、ADCC/ADCPにより誘導される正常細胞に対する毒性はさらに低下し、例えば、天然抗体と類似するアミノからカルボキシルへの向きを有するX−Fc構成は、Fc−X構成よりも高いADCC活性を誘発する。
本発明によれば、免疫グロブリン融合タンパク質の標的化特異性は、主として抗体部分の、ユビキタスに発現される抗原のCD47ではなくそのコグネイト腫瘍特異的抗原への結合によりドライブされる。さらに、標的化特異性は、腫瘍細胞上で過剰発現されるCD47への融合相手のシス結合により提供されるアビディティ効果によりさらに向上する。シスの良好な二重特異的標的化は、相対受容体密度および細胞表面上の2つの標的の物理的局在にかなり依存する。このような向上した腫瘍標的化は、抗CD47抗体および他のCD47遮断剤と比較して優れた効力および安全性の両方に関してより良好な治療指数を提供するはずである。
CD47結合剤
本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、CD47に結合し得る部分を含む。一実施形態において、CD47結合剤としては、CD47に対する抗体が挙げられる。他の実施形態において、CD47結合剤は、CD47についての結合親和性を有する非抗体タンパク質または分子、例えば、CD47受容体に結合するリガンドである。例えば、一実施形態において、融合タンパク質のCD47結合剤部分は、抗CD47抗体である。好ましい実施形態において、CD47結合剤は、SIRPα、SIRPαバリアント、またはSIRPαの親和性最適化バリアントである。
「SIRPα」は、野生型シグナル調節タンパク質アルファまたは野生型シグナル調節タンパク質アルファもしくはシグナル調節タンパク質アルファの天然または天然存在アレルバリアントのアミノ酸配列を有する組換えもしくは非組換えポリペプチドのアミノ酸配列を指す。一実施形態において、SIRPαは、野生型哺乳動物SIRPαである一方、好ましい実施形態において、SIRPαは、野生型ヒトSIRPαである。優性野生型ヒトSIRPα(SIRPαV1)の成熟形態についてのアミノ酸配列を、表4に配列番号6として提供する。一実施形態において、SIRPαは、シグナル配列を含む一方、別の態様において、SIRPαは、タンパク質の成熟形態を指す。
一実施形態によれば、SIRPαは、SIRPα細胞外ドメイン、すなわち、膜貫通および細胞ドメインを除外するように遺伝子操作されたSIRPαタンパク質である。別の実施形態において、SIRPαは、少なくとも細胞外ドメインを含む。一実施形態において、SIRPαタンパク質は、ヒトSIRPα細胞外ドメインである。野生型SIRPαV1の細胞外ドメインの配列は、配列番号6の残基1〜343である。
さらに別の実施形態において、SIRPαは、細胞外ドメインのSIRPα IgVドメインである。一実施形態において、SIRPα IgVドメインは、ヒトSIRPα IgVドメインである。例えば、一実施形態において、SIRPα IgVドメインは、配列番号6の残基1〜115である一方、別の実施形態において、SIRPα IgVは、配列番号8の残基1〜114である一方、さらに別の実施形態において、SIRPα IgVは、配列番号6の残基3〜115である一方、さらに別の実施形態において、SIRPα IgVは、配列番号8の残基3〜114である。別の実施形態において、SIRPα IgVドメインは、配列番号193の残基1〜114である。別の実施形態において、SIRPα IgVドメインは、配列番号194の残基1〜115である。別の実施形態において、SIRPα IgVドメインは、配列番号195の残基1〜115である。別の実施形態において、SIRPα IgVドメインは、配列番号196の残基1〜115である。別の実施形態において、SIRPα IgVドメインは、配列番号197の残基1〜114である。別の実施形態において、SIRPα IgVドメインは、配列番号198の残基1〜114である。別の実施形態において、SIRPα IgVドメインは、配列番号199の残基1〜155である。別の実施形態において、SIRPα IgVドメインは、配列番号200の残基1〜114である。さらに別の実施形態において、SIRPαは、少なくとも細胞外ドメインのSIRPα IgVドメインを含む。
本発明はまた、SIRPαの「バリアント」を含む。SIRPαの「バリアント」は、野生型SIRPαと比較して1つ以上のアミノ酸により変更されたSIRPαアミノ酸配列と定義される。バリアントは、置換されたアミノ酸が類似の構造または化学的特性を有する「保存的」変化、例えば、イソロイシンによるロイシンの置き換えを有し得る。より希に、バリアントは、「非保存的」変化、例えば、トリプトファンによるグリシンの置き換えを有し得る。類似のマイナーバリエーションとしては、アミノ酸欠失もしくは挿入、またはその両方を挙げることもできる。
一実施形態において、SIRPαバリアントは、野生型SIRPαと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。
別の実施形態において、SIRPαバリアントは、野生型SIRPα細胞外ドメインと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。一実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号6の残基1〜343と少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。
さらに別の実施形態において、SIRPαバリアントは、野生型SIRPα細胞外ドメインのIgVドメイン、例えば、一実施形態において配列番号6の残基1〜115、別の実施形態において配列番号8の残基1〜114、さらに別の実施形態において配列番号193の残基1〜114、さらに別の実施形態において配列番号194の1〜115、さらに別の実施形態において配列番号195の1〜115、さらに別の実施形態において配列番号196の1〜115、さらに別の実施形態において配列番号197の1〜114、さらに別の実施形態において配列番号198の1〜114、さらに別の実施形態において配列番号199の1〜115、またはさらに別の実施形態において配列番号200の1〜114と少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。1つの特定の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号6の残基1〜115のIgVドメインと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。別の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号8の残基1〜114のIgVドメインと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。別の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号193の残基1〜114のIgVドメインと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。別の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号194の残基1〜115のIgVドメインと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。別の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号195の残基1〜115のIgVドメインと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。別の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号196の残基1〜115のIgVドメインと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。別の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号197の残基1〜114のIgVドメインと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。別の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号198の残基1〜114のIgVドメインと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。別の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号199の残基1〜115のIgVドメインと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。別の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号200の残基1〜114のIgVドメインと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。別の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号190の残基1〜114のIgVドメインと少なくとも約70%、75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するポリペプチドを含む。配列番号190は、10の既知ヒトSIRPα IgVドメインのコンセンサス配列である。
2つのアミノ酸配列または2つの核酸の一致率を決定するため、配列を最適な比較目的のためにアラインする(例えば、第2のアミノ酸または核酸配列との最適なアラインメントのために第1のアミノ酸または核酸配列中にギャップを導入することができる)。2つの配列間の一致率は、それらの配列により共有される同一位置の数の関数である(すなわち、%相同性=(同一位置の数/位置の総数)×100)。2つの配列間の相同率の決定は、数学的アルゴリズムを使用して達成することができる。2つの配列の比較に利用される数学的アルゴリズムの非限定的な例は、Karlin and Altschul,(1993) Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:5873-77のとおり修正されたKarlin and Altschul,(1990) Proc.Natl.Acad.Sci.USA,87:2264-68のアルゴリズムである。このようなアルゴリズムは、Altschul et al.,(1990) J.Mol.Biol.,215:403-10のNBLASTおよびXBLASTプログラムに組み込まれる。BLASTヌクレオチド検索は、NBLASTプログラム、スコア=100、ワード長=12により実施することができる。BLASTタンパク質検索は、XBLASTプログラム、スコア=50、ワード長=3により実施することができる。比較目的のためにギャップ付きアラインメントを得るため、Gapped BLASTをAltschul et al.,(1997) Nucleic Acids Research,25(17):3389-3402に記載のとおり利用することができる。BLASTおよびGapped BLASTプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム(例えば、XBLASTおよびNBLAST)のデフォルトパラメータを使用することができる。
一部の実施形態において、SIRPαバリアントは、野生型SIRPαと比較して細胞外ドメインの可変ドメイン中の1つ以上の突然変異を含む。本発明により企図される突然変異を以下に記載し、以下の実施例6に見出される表1および2、ならびに以下の実施例17に見出される表3にも提供する。
一実施形態において、本発明のSIRPαバリアントは、配列番号6または配列番号8または配列番号190に対応する6、27、31、37、54、56、66、または72位の1つ以上に対応する位置におけるアミノ酸の改変を有する。改変は、欠失、置換、または挿入であり得る。好ましい実施形態において、改変は、置換である。他の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号6または配列番号8または配列番号190に対応する6、27、31、37、54、56、66、または72位に対応する2つ以上における、3つ以上における、4つ以上における、5つ以上における、6つ以上における、7つ以上における、または8つの位置におけるアミノ酸の改変を有する。
さらなる実施形態において、本発明のSIRPαバリアントは、以下の1つ以上の置換を有する:V6I、V27I、A27I、I31R、I3IT、Q37W、Q37H、E54P、H56P、S66Q、L66A、およびM72R。一実施形態において、置換は、V6Iに対応する。別の実施形態において、置換は、V27IまたはA27Iに対応する。別の実施形態において、置換は、I31Rに対応する。別の実施形態において、置換は、I31Tに対応する。別の実施形態において、置換は、Q37Wに対応する。別の実施形態において、置換は、Q37Hに対応する。別の実施形態において、置換は、E54Pに対応する。別の実施形態において、置換は、H56Pに対応する。別の実施形態において、置換は、S66QまたはL66Qに対応する。別の実施形態において、置換は、M72Rに対応する。
一実施形態において、本発明のSIRPαバリアントは、配列番号6または配列番号8または配列番号190の4、6、27、31、35、37、47、52、53、54、56、66、67、68、72、92または94位に対応する1つ以上の位置におけるアミノ酸の改変を有する。改変は、アミノ酸の欠失、置換、または挿入であり得る。好ましい実施形態において、改変は、置換である。他の実施形態において、SIRPαバリアントは、配列番号6または配列番号8または配列番号190の4、6、27、31、35、37、47、52、53、54、56、66、67、68、72、92または94位に対応する2つ以上における、3つ以上における、4つ以上における、5つ以上における、6つ以上における、7つ以上における、8つ以上における、9つ以上における、10以上における、11以上における、12以上における、13以上における、14以上における、15以上における、16以上における、または17の位置におけるアミノ酸の改変を有する。
さらなる実施形態において、本発明のSIRPαバリアントは、以下の1つ以上の置換を有する:
a.L4Vである、4位に対応する位置における置換;
b.V6A、V6C、V6D、V6E、V6G、V6I、V6L、V6M、V6N、V6Q、V6S、もしくはV6Tから選択される6位に対応する位置における置換;
c.A27C、A27D、A27G、A27H、A27I、A27K、A27L、A27N、A27Q、A27R、A27S、A27T、もしくはA27V;もしくはV27A、V27C、V27D、V27G、V27H、V27I、V27K、V27L、V27N、V27Q、V27R、V27S、もしくはV27Tから選択される27位に対応する位置における置換;
d.I31A、I31C、I3IE、I31K、I31Q、I31R、I31T、もしくはI31Vから選択される31位に対応する位置における置換;
e.P35A、P35C、P35E、P35G、P35N、P35Q、もしくはP35Sから選択される35位に対応する位置における置換;
f.Q37A、Q37C、Q37E、Q37G、Q37H、Q37K、Q37L、Q37M、Q37N、Q37R、Q37S、Q37T、もしくはQ37Wから選択される37位に対応する位置における置換;
g.E47A、E47C、E47D、E47F、E47G、E47H、E47I、E47K、E47L、E47M、E47N、E47Q、E47R、E47S、E47T、E47V、E47W、もしくはE47Yから選択される47位に対応する位置における置換;
h.Q52A、Q52C、Q52E、Q52HもしくはQ52Mから選択される52位に対応する位置における置換;
i.K53Rである、53位に対応する位置における置換;
j.E54DもしくはE54Pから選択される54位に対応する位置における置換;
k.H56A、H56C、H56D、H56E、H56F、H56G、H56I、H56K、H56L、H56M、H56N、H56P、H56Q、H56R、H56S、H56T、H56V、H56W、もしくはH56Yから選択される56位に対応する位置における置換;
l.L66A、L66C、L66D、L66E、L66F、L66G、L66H、L66I、L66K、L66M、L66N、L66P、L66Q、L66S、L66T、L66V、L66W、もしくはL66Y;もしくはS66A、S66C、S66D、S66E、S66F、S66G、S66H、S66I、S66K、S66L、S66M、S66N、S66P、S66Q、S66T、S66V、S66W、もしくはS66Yから選択される66位に対応する位置における置換;
m.T67A、T67C、T67D、T67E、T67F、T67G、T67H、T67I、T67L、T67M、T67N、T67Q、T67R、T67S、T67V、T67W、もしくはT67Yから選択される67位に対応する位置における置換;
n.K68Rである、68位に対応する位置における置換
o.M72A、M72C、M72D、M72E、M72F、M72G、M72H、M72I、M72K、M72L、M72N、M72Q、M72R、M72S、M72T、M72V、M72W、もしくはM72Yから選択される72位に対応する位置における置換;
p.V92A、V92C、V92D、V92E、V92G、V92I、V92M、V92N、V92Q、V92R、V92S、もしくはV92Tから選択される92位に対応する位置における置換;および/または
q.F94Lである、94位に対応する位置における置換。
CD47への結合についてのSIRPαバリアントの親和性を決定するため、表面プラズモン共鳴(SPR)を使用することができる。例示的なプロトコルにおいて、Biacore 4000装置(GE Healthcare)を使用してアミンカップリング化学反応を使用して精製ヤギ抗ヒトIgG Fc(Jackson Immuno Research Laboratories)をCM5チップ上に固定化する。Biacore CM-5チップ、エタノールアミン、NHS/EDCカップリング試薬および緩衝液を、Biacore(GE Healthcare)から入手する。固定化ステップを、HEPES緩衝液(20mMのHEPES、150mMのNaCl、3.4mMのEDTAおよび0.005%のP20界面活性剤)中で30μl/分の流速において実施する。センサ表面を、NHS(0.05M)およびEDC(0.2M)の混合物により7分間活性化させる。ヤギ抗ヒトIgG Fcを、10mMの酢酸ナトリウム、pH5.0中で約30μg/mlの濃度において7分間インジェクトする。エタノールアミン(1M、pH8.5)を7分間インジェクトしていかなる残留活性化基もブロックする。平均12,000応答単位(RU)の捕捉抗体をそれぞれのフローセル上に固定化する。同一のHEPES緩衝液(20mMのHEPES、150mMのNaCl、3.4mMのEDTAおよび0.005%のP20界面活性剤)を使用して動的結合実験を実施し、25℃において平衡化する。0.5および1μg/mlにおいてSIRPαバリアントを30μl/分の流速において2分間インジェクトし、次いで同一流速において30秒間緩衝液洗浄することにより、動的データを回収する。ヒトCD47−Hisを、異なる濃度において3分間結合させ、次いで解離ステップを30μl/分の流速において10分間行う。BIA評価ソフトウェアにより1:1ラングミュア結合モデルを使用してデータをフィットさせる。動的速度定数を会合および解離相のフィットから決定し、それらの定数の比からKを導出する。
CD47への結合についてのSIRPαバリアントのアビディティを決定する代替的な方法において、細胞結合アッセイを使用することができる。例示的なプロトコルにおいて、CD47により形質移入されたウェル当たり2×10個のチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度の抗体と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートする。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞をPBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定する。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析する。データをGraph Pad Prismによりシグモイド曲線(log(アゴニスト)対応答−変数傾斜(4つのパラメータ))にフィットさせることにより、EC50を計算する。
これらの突然変異をSIRPαまたはSIRPαを含む融合タンパク質中に導入する場合、得られるバリアントは、一般に、治療タンパク質として有用であるために十分なSIRPα生物学的活性を有する。一部の実施形態において、SIRPαバリアントの生物学的活性は、野生型SIRPαまたは野生型SIRPαを含む融合タンパク質の生物学的活性の少なくとも0.01倍、0.03倍、0.06倍、0.1倍、0.3倍、0.6倍、1倍、3倍、5倍、6倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍または100倍である。本発明のSIRPαバリアントの生物学的活性は、インビトロまたはインビボアッセイにおいて試験することができる。CD47を発現する細胞に対するSIRPαの生物学的活性を決定するためのインビトロアッセイは、当技術分野において十分確立されている。例えば、生物学的活性は、Liu et.al.(J.Mol.Bio.,365:680,2007)により記載されている白血球移動アッセイにおいて決定することができる。
免疫グロブリン部分
本明細書において使用される用語「抗体」は、インタクト抗体(例えば、インタクトモノクローナル抗体)を意味する。一部の実施形態において、「抗体」は、抗体の抗原結合断片を含む。抗原結合断片としては、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、単鎖抗体(例えば、scFv)、ミニボディ、ダイアボディ、および単一ドメイン抗体(「sdAb」または「ナノボディ」または「ラクダ科抗体(camelid)」)が挙げられる。さらに他の実施形態において、抗体は、最適化、遺伝子操作または化学コンジュゲートされたインタクト抗体または抗体の抗原結合断片(例えば、完全ヒト抗体を含むファージディスプレイ抗体、半合成抗体または完全合成抗体)を含む。最適化された抗体の例は、親和性成熟抗体である。遺伝子操作された抗体の例は、Fc最適化抗体、および多重特異的抗体(例えば、二重特異的抗体)である。毒素部分にコンジュゲートしている抗体は、化学コンジュゲート抗体の一例である。一部の実施形態において、抗体は、IgG1、IgG2、lgG3、IgG4、IgM、IgE、IgD、またはIgAであり得る。
本明細書において使用される用語「免疫グロブリン」または「免疫グロブリン分子」は、本明細書に定義される抗体または抗体の抗原結合断片を意味するが、抗体の一部、例えば、重鎖または軽鎖可変または定常領域も含む。免疫グロブリンの一部の例としては、CH1、CH2、CH3、ヒンジ、VH1、CLおよびVLドメインならびにFc領域が挙げられる。さらに、「免疫グロブリン」は、抗原結合部位を含むように遺伝子操作されたFc断片または領域(「Fcab」)を含む。例えば、一実施形態において、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、腫瘍抗原についての結合特異性を有する「Fcab」部分を含む。「Fcab」は、当技術分野において、例えば、国際公開第2008/003103号および国際公開第2012/007167号において考察されている。さらに、実施例15は、免疫グロブリン部分がHER2に対するFcabである本発明の免疫グロブリン融合タンパク質の一例を提供する。一部の実施形態において、「免疫グロブリン」は、さらなる可変もしくは定常重鎖もしくは軽鎖領域が、それがなければインタクトな抗体に付加された、または可変もしくは定常領域が元の位置から抗体内の新たな位置に再局在化または再配置された遺伝子操作抗体を含む。例えば、図1Eは、四価二重特異的抗体、すなわち、第2の可変領域を含むように遺伝子操作された抗体である免疫グロブリンを示す。再局在化または再配置の一例を、図1Iに示し、免疫グロブリン部分が、抗体の重鎖可変ドメイン(VH)、それに続く重鎖定常ドメイン1(CH1)、およびアッパーヒンジ領域(H)に融合しているFc領域である。
本発明によれば、融合部分、例えば、SIRPαは、腫瘍抗原への抗体の結合に悪影響を与えないように免疫グロブリンに遺伝子的に結合させることができる。好ましくは、融合部分は、FcRエンゲージメントに最適でない構成でFcに結合しており、正常細胞に対する縮小したADCC/ADCP活性をもたらす。一部の実施形態において、Fc領域は、改変FcR結合能力を保持し、または有する。ヒト抗体断片(例えば、親および最適化バリアント)は、規定のエフェクター機能(例えば、抗体依存性細胞毒性(ADCC))を有するある定常(すなわち、Fc)領域を含有するように遺伝子操作することができる。ヒト定常領域は、当技術分野において公知である。
全長抗体と同一または同等の結合特徴を有する抗体の断片も存在し得る。このような断片は、1つまたは両方のFab断片またはF(ab’)断片を含有し得る。抗体断片は、全長抗体の6つ全てのCDRを含有し得るが、全てよりも少ないそのような領域、例えば、3、4または5つのCDRを含有する断片も機能的である。
本発明によれば、一実施形態における免疫グロブリン融合タンパク質の免疫グロブリン部分は、インタクト抗体である。さらに別の実施形態において、免疫グロブリン部分は、四価二重特異的抗体である。この実施形態を、例えば、図1Eに例示する。ある実施形態において、SIRPα部分は、例えば、図1Bまたは図1Mにおいて重鎖のC末端に融合している一方、他の実施形態において、SIRPα部分は、例えば、図1Gにおいて軽鎖のC末端に融合している。SIRPα部分は、免疫グロブリン部分に任意選択のリンカーにより融合させることができる。
いっそうさらなる実施形態において、免疫グロブリン部分は、例えば、図1Iにおける、C末端においてVHおよびCH1ドメインを含むように遺伝子操作され、軽鎖が重鎖可変領域に結合しているFcである。一部の実施形態において、SIRPα部分は、Fc部分のN末端に、場合により、リンカーを介して融合している。他の実施形態において、SIRPα部分は、軽鎖のC末端または重鎖のC末端に、場合により、リンカーを介して融合している。
さらに別の実施形態において、免疫グロブリン部分は、そのC末端においてscFvに結合しているFc部分である。この実施形態を、例えば、図1Kに例示する。このような実施形態において、SIRPα部分は、Fc領域のN末端に、場合により、リンカーを介して融合させることができる。さらに別の実施形態において、免疫グロブリン部分は、そのC末端においてFc領域に結合しているscFvである。この実施形態を、例えば、図1Mに例示する。このような実施形態において、SIRPα部分は、Fc領域のC末端に、場合により、リンカーを介して融合させることができる。
さらなる実施形態において、免疫グロブリン部分は、抗原結合ドメインを含むように遺伝子操作されたFc領域である。例えば、一部の実施形態において、Fc領域は、例えば、CH3ドメイン中の抗原結合ドメインを含むように遺伝子操作されたFc領域であるFcab領域である。この実施形態を、例えば、図1Oに例示する。一部の実施形態において、SIRPα部分は、FcまたはFcab領域のN末端に、場合により、リンカーを介して融合させることができる一方、他の実施形態において、SIRPα部分は、そのC末端に、場合により、リンカーを介して融合させることができる。
さらに別の実施形態において、免疫グロブリン部分は、Fabである。さらに別の実施形態において、免疫グロブリン部分は、Fab’である。さらに別の実施形態において、免疫グロブリン部分は、F(ab’)2である。さらに別の実施形態において、免疫グロブリン部分は、Fvである。さらに別の実施形態において、免疫グロブリン部分は、scFvである。さらに別の実施形態において、免疫グロブリン部分は、ミニボディである。さらに別の実施形態において、免疫グロブリン部分は、ダイアボディである。いっそうさらなる実施形態において、免疫グロブリン部分は、単一ドメイン抗体(ナノボディ)である。
本明細書に開示の免疫グロブリン部分のいずれも、免疫グロブリン部分のN末端においてまたは免疫グロブリン部分のC末端においてCD47結合剤に結合させることができる。免疫グロブリン部分がインタクト抗体であり、または重鎖(または重鎖の一部)および軽鎖(または軽鎖の一部)の両方を含む実施形態において、CD47結合剤は、好ましくは、重鎖のC末端に付着しており;しかしながら、CD47結合剤は、軽鎖のC末端に、または重鎖のN末端に、または軽鎖のN末端に付着させることができることも企図される。免疫グロブリン部分がFcまたはFcabである実施形態において、CD47結合剤は、好ましくは、Fc部分のN末端に付着しているが、一部の実施形態において、CD47結合剤は、Fc部分のC末端に付着している。一実施形態において、CD47結合剤は、免疫グロブリン部分のN末端に融合している。別の実施形態において、CD47結合剤は、免疫グロブリン部分のC末端に融合している。
本発明の免疫グロブリン融合タンパク質の作出において有用であり得る当技術分野において公知の抗体としては、抗EGFR抗体、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、ニモツズマブ、マツズマブ、フツキシマブ、モドツキシマブ、イムガツズマブ、ネシツムマブ;抗CD20抗体、例えば、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、イブリツモマブ チウキセタン、オカラツズマブ、オクレリズマブ、トシツモマブI−131、ウブリツキシマブ、ベルツズマブ;および抗HER2抗体、例えば、トラスツズマブ、ペルツズマブ、マルゲツキジマブ;および抗PD−L1抗体、例えば、アテゾリズマブ、アベルマブ、およびダバルマブが挙げられる。別の実施形態において、本発明は、上記抗体の公知重鎖および/または軽鎖配列の改変を、それらの改変抗体がユニーク重鎖および軽鎖相補性決定領域または非改変抗体の抗原についての結合特異性を保持するために十分な相補性決定領域を保持する限り企図する。
リンカー配列
本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、融合タンパク質のCD47結合剤部分を、融合タンパク質の抗体または免疫グロブリン部分と結合させるリンカー配列を含み得る。好ましいリンカーは、変動長さのGlySerフレキシブルリンカーである。例えば、リンカー配列は、(GlySer)であり、種々の実施形態によれば、n=1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10である。一実施形態において、n=4である。変動長さのGlySerフレキシブルリンカーは、標的化およびエフェクター機能を最適化するために導入することができる。
一実施形態において、一実施形態においてSIRPαまたはSIRPαバリアントであり得るCD47結合剤は、抗体または免疫グロブリン部分に、CD47結合剤のN末端を融合タンパク質の免疫グロブリン部分の抗体のC末端と連結するポリペプチドリンカー配列を介して結合している。
別の実施形態において、一実施形態においてSIRPαまたはSIRPαバリアントであり得るCD47結合剤は、抗体または免疫グロブリン部分に、CD47結合剤のC末端を融合タンパク質の抗体または免疫グロブリン部分のN末端と連結するポリペプチドリンカー配列を介して結合している。
本発明はまた、融合タンパク質のCD47結合剤部分および融合タンパク質の抗体または免疫グロブリン部分が化学リンカーであることを企図する。
腫瘍細胞抗原
本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、CD47に特異的であるのに加え、腫瘍細胞抗原に特異的であるように設計される。上記のとおり、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、CD47および腫瘍細胞抗原の両方に二重特異的であることにより、健常細胞上のCD47への結合を回避する所望のアウトカムを達成し得る。したがって、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、任意の腫瘍抗原に特異的であり得る。例示的な腫瘍細胞抗原としては、限定されるものではないが、4−1BB、4F2、a−ルイスy、A2aR、AATK、ACKR、ACVR、ADCYAP1R1、ADIPOR1、ADIPOR2、ADORA1、ADORA2、ADORA3、ADR、AGTR、AHR、ALK、AMHR2、ANGPT1、ANGPT2、ANGPT4、APLNR、APRILR、AR、AVPR1A、AVPR1B、AVPR2、AXL、B7.1、B7.2、B7−DC、B7−H1、B7−H2、B7−H3、B7−H4、B7RP1、BAFF、BAFFR、BAI1、BAI2、BDKRB1、BDKRB2、BMPR1A、BMPR1B、BMPR2、BRD8、BRS3、BTLA、C3AR1、C5AR1、C5AR2、CALCR、CASR、CCKAR、CCKBR、CCR1、CCR10、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR6、CCR7、CCR8、CCR9、CCRL1、CCRL2、CD2、CD3、CD4、CD5、CD6、CD7、CD11、CD15、CD18、CD19、CD20、CD22、CD24、CD25、CD27、CD28、CD30、CD33、CD37、CD38、CD3E、CD40、CD40L、CD43、CD44、CD47、CD52、CD54、CD55、CD56、CD66、CD70、CD73、CD74、CD80、CD86、CD97、CD112、CD123、CD133、CD137、CD137L、CD152、CD154、CD155、CD161、CD163、CD166、CD172、CD200、CD200R、CD206、CD244、CD300、CEA、CEACAM3、CELSR、CHRM1、CHRM2、CHRM3、CHRM4、CHRM5、CIITA、CMKLR1、CNR1、CNR2、CNTFR、CRHR1、CRHR2、CRIM1、CRLF1、CRLF2、CRLF3、CSPG4、CSF1R、CSF2R、CSF3R、CTLA4、CX3CR1、CXCR1、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR5、CXCR6、CXCR7、CYSLTR1、CYSLTR2、Cripto、DARC、DDR1、DDR2、ジゴキシン、DII4、DRD1、DRD2、DRD3、DRD4、DRD5、DTR4、EDA2R、EDAR、ED−B、EDNRA、EDNRB、EGFR、EGFRvIII、ELTD1、EMR1、EMR2、EMR3、EMR4P、ENG、EPCAM、EPHR、エピシアリン、EPOR、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ESR1、ESR2、ESRR、F2R、F4/80、FAS、FCER2、FCGR1、FDF、FFAR、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FGFRL1、フィブリン、FKBP、FLT1、FLT3、FLT4、FN14、FOLR1、FPR1、FSHR、FZD1、FZD10、FZD2、FZD3、FZD4、FZD5、FZD6、FZD7、FZD8、FZD9、G−28、GABBR、GAL9、GALR、GCGR、GD2、GD3、GDNFR、GHR、GHRHR、GHSR、GIPR、GITR、GLP1R、GLP2R、GM3、GM−CSFR、GNRHR、GPBAR1、GPER、Gr−1、ハプテン、HCAR、HCRTR、HER1、HER2、HER3、HER4、HLA−DR10、HLA−DRB、HLA−G、HPV16、HPVE6、HPVE7、HMGB1、HMW−MAA、HRH、HTRl、HTR2、HTR3、HTR4、HTR5、HTR6、HTR7、HVEM、ICOS、IDO、IFNAR、IFNGR、IFNLR、IGF1R、IGF2R、IL10R、IL11R、IL12R、IL13R、IL15R、IL17R、IL18R1、IL18RAP、IL1R、IL1RL、IL20R、IL21R、IL22R、IL23R、IL27RA、IL28RA、IL2R、IL31RA、IL35R、IL3RA、IL4R、IL5RA、IL6R、IL7R、IL9R、ILT2、ILT3、ILT4、ILT5、INSR、INSRR、IRAK、IRP−2、ITGA1、ITGA10、ITGA11、ITGA2、ITGA2B、ITGA3、ITGA4、ITGA5、ITGA6、ITGA7、ITGA8、ITGA9、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAV、ITGAX、ITGB1、ITGB2、ITGB3、ITGB4、ITGB5、ITGB6、ITGB7、ITGB8、KAR、KIR、KISS1R、KIT、L6抗原、LAG3、LAIR1、LEPR、ルイスY、LGR4、LGR5、LGR6、LHCGR、LIFR、LIR、LMTK2、LMTK3、LPAR、LPHN、LTB4R、LTBR、LTK、リゾチーム、MAGE−1、MAGE−3、MAS1、MAS1L、MC1R、MC2R、MC3R、MC4R、MC5R、MCHR、MERTK、メソテリン、MET、MFG−E8、MIR、MIG、MLNR、MPL、MRGPRD、MRGPRE、MRGPRF、MRGPRG、MRGPRX1、MRGPRX2、MRGPRX3、MRGPRX4、MST1R、MTNR1、MUC1、MUC16、MUSK、NAIP、NCAM1、NGFR、NIP−cap、NKG2A、NKp46、NLRC、NLRP、NLRX1、NMBR、NMUR1、NMUR2、NODI、NOD2、NPBWR1、NPBWR2、NPFFR、NPR1、NPR2、NPR3、NPSR1、NPY1R、NPY2R、NPY4R、NPY5R、NPY6R、NR0B1、NR0B2、NR1D1、NR1D2、NR1H2、NR1H3、NR1H4、NR1H5P、NR1I2、NR1I3、NR2C1、NR2C2、NR2E1、NR2E3、NR2F1、NR2F2、NR2F6、NR3C1、NR3C2、NR4A1、NR4A2、NR4A3、NR5A1、NR5A2、NR6A1、NRP1、NRP2、NTRK、NTSR2、OGFR、OPR、OSMR、OX40、OX40L、OXER1、OXGR1、OXTR、P2RY、PD−1、PDGFR、PD−L1、PGR、PGRMC2、ホスファチジルセリン、PLAP、PLAUR、PLXN、PPAR、PRLHR、PRLR、PODXL、PROKR、PSCA、PSMA、PTAFR、PTGDR、PTGDS、PTGER、PTGFR、PTGIR、PTH1R、PTH2R、PTPR、QRFPR、RANK、RAR、RELT、RET、ROBO、ROR、ROS1、RXFP、RXR、RYK、S100A8、S100A9、SIPR、SCTR、SERPINB1、Siglec−F、SDC、SLAM7、SMO、SORT1、SPOCK2、SSEA−1、SSTR、ST2、STYK1、SUCN1、TAAR、TACR、TAG72、TBXA2R、TEK、TGFBR、THR、TIE1、TIGIT、TIM1、TIM2、TIM3、TIM4、TLR1、TLR10、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TNC、TNFRSF11A、TNFRSF11B、TNFRSF13B、TNFRSF14、TNFRSF17、TNFRSF19、TNFRSF1A、TNFRSF1B、TNFRSF21、TNFRSF25、TNFRSF6B、TPRA1、TRAIL−R1、TRAIL−R2、TRAIL−R3、TRAIL−R4、TRHR、TSHR、TUBB3、TWEAKR、TYRO3、UTS2R、VCAM1、VDR、VEGFR、VEGFR2、VIPR1、VIPR2、VISTA、およびXCR1が挙げられる。
腫瘍細胞抗原に対する抗体を調製する方法は当技術分野において公知であり、それとしては、ハイブリドーマベース法、ファージディスプレイベース法、および酵母ディスプレイが挙げられる。
さらに、公知の方法により任意の腫瘍細胞抗原に対する新たな抗体を作出し、それにより生成された抗体を使用して本発明の免疫グロブリン融合タンパク質を作出することが可能である。
免疫グロブリン融合タンパク質の特性
上記のとおり、免疫グロブリン融合タンパク質による任意のレベルのCD47結合が融合タンパク質の治療的使用について許容可能なレベルのままであるように、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、疾患産生細胞、例えば、腫瘍細胞上のCD47に結合する能力を有する一方、正常細胞、特に赤血球(red blood cell)(赤血球(erythrocyte))上のCD47に結合せず、または少なくとも許容可能に低いレベルにおいて結合することが望まれる。
したがって、本発明は、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質を、赤血球(red blood cell)(赤血球(erythrocyte))への対照の結合と比較した赤血球へのそれらの相対結合により特徴付けすることができることを企図する。エリスロサイトへの本発明の免疫グロブリン融合タンパク質の相対結合の試験の一例を、以下の実施例17に提供する。
例えば、対照としてのCD47抗体への%赤血球結合の平均蛍光強度(MFI)を同定するためにフローサイトメトリーのような技術を使用し、その値を100%に設定して、融合タンパク質の相対%赤血球結合MFIを計測することができる。一実施形態において、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、100%において較正されたRBC MFIを有する対照抗体と比較して35%未満、30%未満、25%未満、20%未満、15%未満、10%未満、9%未満、8%未満、7%未満、6%未満、5%未満、4%未満、3%未満、2%未満、または1%未満の赤血球結合MFIを有する。他の実施形態において、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質の%RBC MFIは、抗CD47抗体の%RBC MFIを100%において較正する場合、0〜1%、0〜2%、0〜3%、0〜4%、0〜5%、0〜6%、0〜7%、0〜8%、0〜9%、0〜10%、0〜15%、0〜20%、0〜25%、0〜30%、0〜35%、1〜2%、1〜3%、1〜4%、1〜5%、1〜6%、1〜7%、1〜8%、1〜9%、1〜10%、1〜15%、1〜20%、1〜25%、1〜30%、1〜35%、2〜3%、2〜4%、2〜5%、2〜6%、2〜7%、2〜8%、2〜9%、2〜10%、3〜4%、3〜5%、3〜6%、3〜7%、3〜8%、3〜9%、3〜10%、4〜5%、4〜6%、4〜7%、4〜8%、4〜9%、4〜10%、5〜6%、5〜7%、5〜8%、5〜9%、5〜10%、5〜15%、5〜20%、5〜25%、5〜30%、5〜35%、6〜7%、6〜8%、6〜9%、6〜10%、7〜8%、7〜9%、7〜10%、8〜9%、8〜10%、9〜10%、10〜15%、10〜20%、10〜25%、10〜30%、または10〜35%である。さらに別の実施形態において、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質の%RBC MFIは、抗CD47抗体の%RBC MFIを100%において較正する場合、35%以下、30%以下、25%以下、20%以下、15%以下、10%以下、9%以下、8%以下、7%以下、6%以下、5%以下、4%以下、3%以下、2%以下、または1%以下である。一実施形態において、対照として使用される抗CD47抗体は、軽鎖および重鎖アミノ酸配列が表4に配列番号146(軽鎖)および配列番号148(重鎖)として見出されるB6H12/huIgG1である。融合タンパク質は、非赤血球上のCD47にも結合する。非赤血球は、一実施形態において、腫瘍細胞である。
本発明はまた、本発明の融合タンパク質をそれらの赤血球凝集プロファイルに基づき同定する方法を企図する。赤血球に対する本発明の免疫グロブリン融合タンパク質の赤血球凝集を試験する一例を、以下の実施例18に提供する。
融合タンパク質の使用
本明細書に開示の融合タンパク質は、種々の形態の癌を治療するために使用することができる。治療するために本発明の免疫グロブリン融合タンパク質を使用することができる癌の非限定的なリストとしては、副腎癌、肛門癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、脳/CNS、基底細胞皮膚癌、乳癌、原発不明癌、キャッスルマン病、子宮頸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、隆起性皮膚線維肉腫、ユーイング腫瘍ファミリー、眼癌、胆嚢癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍(GIST)、胃癌、妊娠性絨毛性疾患、神経膠腫、膠芽細胞腫、頭頸部癌、ホジキン病、カポジ肉腫、腎臓癌、咽頭および下咽頭癌、白血病、急性リンパ球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、肝臓癌、肺癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肺カルチノイド腫瘍、肝臓癌、リンパ腫、皮膚のリンパ腫、悪性中皮腫、メルケル細胞癌、黒色腫、多発性骨髄腫、骨髄腫、骨髄異形成症候群、鼻腔および副鼻腔癌、鼻咽腔癌、神経内分泌癌、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、口腔および口腔咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、陰茎癌、下垂体癌、前立腺癌、腎臓癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫、肉腫−成人軟部肉腫、扁平上皮皮膚癌、小腸癌、胃癌、精巣癌、胸腺癌、甲状腺癌、子宮癌、子宮肉腫、膣癌、外陰癌、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症、およびウィルムス腫瘍が挙げられる。
癌細胞を、治療有効量の融合タンパク質に曝露させて癌細胞の増殖を阻害する。一部の実施形態において、融合タンパク質は、癌細胞増殖を少なくとも40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、98%、99%、または100%だけ阻害する。
一部の実施形態において、融合タンパク質を治療法において使用する。例えば、融合タンパク質を使用して哺乳動物(例えば、ヒト患者)における腫瘍成長を阻害することができる。一部の実施形態において、哺乳動物における腫瘍成長を阻害するための融合タンパク質の使用は、哺乳動物に治療有効量の融合タンパク質を投与することを含む。他の実施形態において、融合タンパク質は、腫瘍細胞の増殖を阻害するために使用することができる。
本明細書において使用される「治療する」、「治療すること」、および「治療」は、哺乳動物における、例えば、ヒトにおける疾患の治療を意味する。これとしては、(a)疾患を阻害すること、すなわち、その発症を停止させること;および(b)疾患を緩和させること、すなわち、病状の退行を引き起こすことが挙げられる。
一般に、治療有効量の活性構成要素は、0.1mg/kg〜100mg/kg、例えば、1mg/kg〜100mg/kg、例えば、1mg/kg〜10mg/kgの範囲内である。投与される量は、可変要素、例えば、治療すべき疾患または適応症のタイプおよび程度、患者の一般的健康状態、抗体のインビボ効能、医薬配合物、ならびに投与経路に依存する。初回投与量を上限レベルを超えて増加させて所望の血中レベルまたは組織レベルを急速に達成することができる。あるいは、初回投与量は、最適量よりも少なくてよく、投与量は、治療過程の間に徐々に増加させることができる。最適用量は、定型的な実験により決定することができる。非経口投与について、0.1mg/kg〜100mg/kgの間、あるいは0.5mg/kg〜50mg/kgの間、あるいは1mg/kg〜25mg/kgの間、あるいは2mg/kg〜10mg/kgの間、あるいは5mg/kg〜10mg/kgの間の用量を投与し、例えば、治療サイクル当たり週1回、隔週1回、3週1回、または月1回で与えることができる。
治療的使用のため、本発明の融合タンパク質を、好ましくは、薬学的に許容可能な担体と組み合わせる。本明細書において使用される「薬学的に許容可能な担体」は、過度の毒性も刺激もアレルギー応答も他の問題も合併症もなしで妥当な利益/リスク比に見合うヒトおよび動物の組織との接触における使用に好適な緩衝液、担体、および賦形剤を意味する。担体は、配合物の他の成分と適合性であり、レシピエントに有害でないという意味で「許容可能」であるべきである。薬学的に許容可能な担体としては、医薬投与と適合性である緩衝液、溶媒、分散媒、コーティング、等張および吸収遅延剤などが挙げられる。薬学的に活性な物質のためのこのような媒体および薬剤の使用は、当技術分野において公知である。
融合タンパク質、例えば、本明細書に開示のものを含有する医薬組成物は、単位剤形中で提供することができ、任意の好適な方法により調製することができる。医薬組成物は、その意図される投与経路と適合性であるように配合すべきである。投与経路の例は、静脈内(IV)、皮内、吸入、経皮、局所、経粘膜、および直腸投与である。医薬組成物は、治療的治療のための非経口、鼻腔内、局所、経口、または例えば、経皮手段による外用投与を目的とする。医薬組成物は、非経口的に(例えば、静脈内、筋肉内、または皮下注射により)、または経口摂取により、または血管もしくは癌病態を発症した区域における局所施与もしくは関節内注射により投与することができる。追加の投与経路としては、血管内、動脈内、腫瘍内、腹腔内、脳室内、硬膜外内(intraepidural)、ならびに鼻腔内、眼内、強膜内、眼窩内、直腸、局所、またはエアロゾル吸入投与が挙げられる。
本発明は、許容可能な担体、好ましくは、水性担体、例えば、水、緩衝水、生理食塩水、PBS中などで溶解または懸濁された上記薬剤を含む非経口投与のための組成物を提供する。組成物は、生理学的条件に近似させるために要求される薬学的に許容可能な助剤物質、例えば、pH調整および緩衝剤、張度調整剤、湿潤剤、洗浄剤などを含有し得る。本発明はまた、錠剤、カプセル剤などの配合のための不活性成分、例えば、結合剤または増量剤を含有し得る経口送達のための組成物を提供する。さらに、本発明は、クリーム剤、軟膏剤などの配合のための不活性成分、例えば、溶媒または乳化剤を含有し得る外用投与のための組成物を提供する。
融合タンパク質の好ましい投与経路は、IV注入である。有用な配合物は、薬学分野において周知の方法により調製することができる。例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences,18th ed.(Mack Publishing Company,1990)参照。非経口投与に好適な配合物構成要素としては、無菌希釈剤、例えば、注射用水、生理食塩水、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒;抗菌剤、例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン;酸化防止剤、例えば、アスコルビン酸または重亜硫酸ナトリウム;キレート剤、例えば、EDTA;緩衝液、例えば、酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩;および張度調整のための薬剤、例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロースが挙げられる。
静脈内投与について、好適な担体としては、生理食塩水、静菌水、Cremophor EL(商標)(BASF,Parsippany,NJ)またはリン酸緩衝生理食塩水(PBS)が挙げられる。担体は、製造および貯蔵の条件下で安定であるべきであり、微生物に対して保存すべきである。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体プロピレングリコール)、およびそれらの好適な混合物を含有する溶媒または分散媒であり得る。
医薬配合物は、好ましくは、無菌である。滅菌は、例えば、滅菌濾過膜を介する濾過により達成することができる。組成物を凍結乾燥する場合、フィルタ滅菌は、凍結乾燥および再構成の前または後に実施することができる。水溶液は、即時使用のために包装し、または凍結乾燥し、凍結乾燥調製物は、投与前に無菌水性担体と組み合わせる。調製物のpHは、典型的には、3〜11の間、より好ましくは、5〜9の間または6〜8の間、最も好ましくは、7〜8の間、例えば、7〜7.5である。固体形態で得られる組成物は、固定量の上記の1つまたは複数の薬剤をそれぞれ含有する複数の単一用量単位で、例えば、錠剤またはカプセル剤の密封包装で包装することができる。
融合タンパク質産生
本発明の免疫グロブリン融合タンパク質は、一般に、融合タンパク質を発現するように遺伝子操作された1つまたは複数の核酸を含有する哺乳動物細胞を使用して組換えにより産生する。本発明の免疫グロブリン融合タンパク質が、融合タンパク質のアセンブリのために2つ以上の発現させるべきポリペプチド鎖を要求する場合、本発明は、ポリペプチド鎖のそれぞれをコードする核酸を1つまたは複数の細胞内に含有させて免疫グロブリン融合タンパク質の組換え産生を容易にすることを企図する。例えば、一実施形態において、核酸は、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質の重鎖またはその一部をコードする一方、別の核酸は、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質の軽鎖またはその一部をコードする。重鎖もしくはその一部をコードする核酸または軽鎖もしくはその一部をコードする核酸のいずれかは、CD47結合部分、例えば、本明細書に記載のSIRPα部分をコードする核酸配列も含む。さらなる実施形態において、細胞は、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質の重鎖またはその一部をコードする核酸を含有し、本発明の免疫グロブリン融合タンパク質の軽鎖またはその一部をコードする核酸を含有する。本発明の免疫グロブリン融合タンパク質の重鎖もしくはその一部をコードする核酸またはその軽鎖もしくはその一部をコードする核酸のいずれかは、CD47結合部分、例えば、本明細書に記載のSIRPα部分をコードする核酸も含有する。
融合タンパク質発現および産生の例示的方法を、例えば、以下の実施例2および4に記載するが、広範な好適なベクター、細胞系およびタンパク質産生法を使用して生物医薬を産生し、本発明の融合タンパク質の合成において使用することができた。このような方法は当業者の知識の範囲内である。
実施例
実施例1:カニクイザルにおける赤血球に対する抗CD47 B6H12の効果
赤血球(RBC)に対する抗CD47 B6H12モノクローナル抗体(キメラB6H12−ヒトIgG4(Lindberg et al,JBC 269:1567,1994)のインビボ効果を、カニクイザルにおいて評価した。3匹のサルの群は、それぞれ12mg/kgにおけるB6H12の単一静脈内投与を0日目に受けた。血液試料を−10(ベースラインレベルを得るために注射10日前)、RBCカウントおよびヘマトクリット(HCT)決定のために単一静脈内投与の0、1、3、5および7日後に採取した。図2A〜Bは、5日目までの5.8×10個から3.7×10個のRBC/mLへの赤血球の強力な低減、すなわち、40%の減少(図2A)が、ヘマトクリットレベルの対応する低減(図2B)と一緒に存在したことを示す。したがって、抗CD47抗体による処理は、重症貧血をもたらし得る。
実施例2:抗CD20−huIgG1−SIRPα免疫グロブリン融合タンパク質
2(A)抗CD20−huIgG1−SIRPαの構築および発現
例示的な抗CD20−huIgG1−SIRPαの生成は、抗CD20 2B8(リツキシマブ)モノクローナル抗体(Reff et al,Blood 83:435,1994)およびSIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274: 559,1999)をベースとする。2B8についてのFab軽鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号1および配列番号2に提供する。2B8についてのFab重鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号3および配列番号4に提供する。SIRPαアレルV1のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号5および配列番号6に提供する。SIRPαアレルV2のIgVドメインのDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号7および配列番号8に提供する。抗CD20−huIgG1−SIRPαV2は、抗CD20重鎖ポリペプチドのC末端を、SIRPαV2のIgVドメインに(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成した。
抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の発現のため、図1Aにおけるように以下の2つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:(1)以下のエレメント:抗CD20重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3アイソタイプIgG1、それに続く(G4S)リンカーおよびSIRPαV2をコードする構築物VH(抗CD20)−CH1−H−CH2−CH3−(G4S)−SIRPαV2(配列番号11)ならびに(2)抗CD20軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメインをコードする構築物VL(抗CD20)−CL(配列番号1)。これら2つの例示的構築物についての対応するアミノ酸配列を、それぞれ配列番号12および配列番号2に示す。
抗CD20−huIgG1−SIRPαV2発現のための2つのベクターのセットを、Expi293細胞中にExpi293fectin(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して一過的に同時形質移入した。タンパク質を、プロテインA親和性クロマトグラフィーによる単一ステップで精製した。2つのポリペプチドの発現および完全四量体分子のアセンブリを、SDS−PAGEおよびSEC上で確認した。SDS−PAGEのため、精製タンパク質試料をDTTにより還元し、NuPAGE MES 4-12% Gel上で200Vにおいて35分間ランさせ、次いでクーマシー染色した。ゲル上の2つの主要バンドは、予測MWおよび正確な化学量論比を>95%純度で有した(図3A)。図3Aにおいて、レーン1は分子量(MW)マーカーを示し、レーン2は予測MW(63,23kDa)および抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示す。SECのため、精製タンパク質試料を、50mMのリン酸ナトリウム、400mMの過塩素酸ナトリウム、pH6.3+0.1および38+2.0mS/cmにより平衡化されたTSK-GEL Super SW3000SECカラム4.6×300mm(Tosoh Biosciences、東京、日本)上で分析した。サイズ排除クロマトグラフィーは、単量体抗CD20−huIgG1−SIRPαV2についての約172kDaの予測MWにおけるピークを示した(図3B)。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗CD20および抗CD47(抗CD20huIgGIおよび抗CD47huIgG1)ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2)(図1C)を対照として生成して抗CD20−huIgG1−SIRPαフォーマットと比較した。
2(B)(i)細胞上で発現されたCD47への抗CD20−huIgG1−SIRPaの結合
細胞表面上で発現されたCD47に結合する抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の能力を計測し、対照分子と比較した。CD47により形質移入されたウェル当たり2×10個のチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度のタンパク質と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、抗CD20−huIgG1−SIRPαV2、抗CD47、SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2がCD47形質移入CHO細胞上で発現されたCD47に結合したが、CD20は発現されないため抗CD20が結合しなかったことを示す(図4A)。Fc−SIRPαV2および抗CD47は類似のEC50(7〜8nM)で結合したが、SIRPαV2−Fcはより良好に結合した(EC50=3nM)。しかしながら、蛍光中央値は、抗CD47について最大であり、次いでSIRPαV2−Fcであり、Fc−SIRPαV2および抗CD20−huIgG1−SIRPαV2については最小であった。
血球の細胞表面上で発現されたCD47に結合する抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の能力を計測し、対照分子と比較した。健常ヒトドナーからの新鮮全血をデキストラン沈殿により白血球について濃縮し、PBS+1%のFBSにより洗浄した。ウェル当たり2×10個の白血球濃縮ヒト全血細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された50μg/mlのタンパク質と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、タンパク質検出およびフローサイトメトリーによる細胞ソーティングのために細胞をPBS+1%のFBS中1:200希釈のFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)、1:100希釈のPEマウス抗ヒトCD235a(BD Biosciences,San Jose,CA)、および1:100希釈のeFluor450マウス抗ヒトCD45(eBioscience,San Diego,CA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、抗CD47が赤血球および白血球上で発現されたCD47に結合したが、抗CD20−huIgG1−SIRPαV2、SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2が白血球上で発現されたCD47にのみ結合し、赤血球上で発現されたCD47に結合しなかったことを示す(図4B)。
2(B)(ii)細胞上で発現された両方の抗原への結合による抗CD20−huIgG1−SIRPαのアビディティの実証
CD20を過剰発現し、CD47を発現するヒトRamosB細胞リンパ腫細胞、およびCD47を過剰発現し、CD20を発現するヒトNamalwaB細胞リンパ腫細胞上で、細胞表面上のCD20およびCD47への抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の結合を計測した。ウェル当たり2×10個のRajiまたはNamalwa細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度のタンパク質と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、RajiおよびNamalwa細胞の両方への抗CD20−huIgG1−SIRPαV2結合が、対照分子と比較していくぶん向上したことを示し(図4C〜D)、アビディティ効果を示唆する。フルオロフォア標識がCD47へのSIRPαの結合を停止させたため、結合を抗Fc検出によりアッセイした。しかしながら、C末端に付着している追加のタンパク質部分を有するFc領域への抗Fc結合が、追加部分を有さない同一のFc領域と比較して縮小することが細胞結合アッセイにおいて既に見出されており(データ示さず)、理論により拘束されるものではないが、Fc融合タンパク質への抗Fc結合がそれに関して立体障害を受け得ることを示唆する。したがって、抗Fcによる抗CD20−huIgG1−SIRPαV2および抗CD20の類似結合の観察は、抗CD20−huIgG1−SIRPαV2細胞結合の量を過小評価する可能性が高く、実際、細胞への抗CD20−huIgG1−SIRPαV2結合についてのアビディティ効果を示唆する。同一細胞上の2つの腫瘍標的への結合により腫瘍細胞への結合のアビディティを利用する抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の能力は、より特異的な標的化およびより少ないインビボ副作用をもたらし得る。
実施例3:抗CD20/抗CD47二重特異的抗体
3(A)抗CD20/抗CD47の説明
CD20およびCD47に対する例示的な四価二重特異的抗体(TetBiAb)の生成は、抗CD20 2B8(リツキシマブ)モノクローナル抗体(Reff et al,Blood 83:435,1994)および抗CD47 B6H12モノクローナル抗体(Lindberg et al,JBC 269:1567,1994)をベースとする。CD20およびCD47に対する抗CD20/抗CD47TetBiAbにおいて、抗CD20重鎖ポリペプチドのC末端は、抗CD47Fab軽鎖のN末端にG4Sリンカーを介して結合している(図1D+E)。抗CD20/抗CD47の構築、発現、および結合特性は、国際特許出願公開の国際公開第2014/144357号に記載されている。
3(B)抗CD20/抗CD47のインビボ生物学的活性
抗CD20−huIgG1−SIRPαのための代用物としての抗CD20/抗CD47の有用性は、以下のインビボ実験により示された。播種性リンパ腫モデルSCIDマウスに、5×10個のCD20+ヒトDaudiリンパ腫細胞または1×10個のCD20+ヒトRajiリンパ腫細胞のいずれかを静脈内注射し、次いで25μg/マウスの抗体アイソタイプ対照、25μg/マウスの抗CD20、25μg/マウスの抗CD47、または等モル量の四価二重特異的抗体である42μg/マウスの抗CD20/抗CD47を腹腔内注射した。全ての群(n=10〜11)は、週2回の処理を3週間受け、結果を一般的健康状態、例えば、死亡前に10〜14日だけ生じる麻痺、およびマウスの生存率として報告した。抗CD20/抗CD47四価二重特異的抗体による処理は、Daudi(図5A)およびRaji(図5B)腫瘍モデルの両方で2つの単独療法よりも優れていることが見出された。類似の結果が、抗CD20−huIgG1−SIRPαについて予測される。
実施例4:抗EGFR−huIgG1−SIRPα免疫グロブリン融合タンパク質
4(A)抗EGFR−huIgG1−SIRPαの構築および発現
例示的な抗EGFR−huIgG1−SIRPαの生成は、抗EGFR C225(セツキシマブ)モノクローナル抗体(Kawamoto,PNAS 80:1337,1983)およびSIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274: 559,1999)をベースとする。C225についてのFab軽鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号13および配列番号14に提供する。C225についてのFab重鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号15および配列番号16に提供する。SIRPαアレルV1のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号5および配列番号6に提供する。SIRPαアレルV2のIgVドメインのDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号7および配列番号8に提供する。例示的な抗EGFR−huIgG1−SIRPαV1は、抗EGFR重鎖ポリペプチドのC末端を、SIRPαV1のIgVドメインに(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成した。例示的な抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2は、抗EGFR重鎖ポリペプチドのC末端を、SIRPαV2のIgVドメインに(G4S)、(G4S)、または(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成した。
抗EGFR−huIgG1−SIRPαV1の発現のため、図1Aにおけるように以下の2つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:(1)以下のエレメント:抗EGFR重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3アイソタイプIgG1、それに続く(G4S)リンカーおよびSIRPαV1のIgVドメインをコードする構築物VH(抗EGFR)−CH1−H−CH2−CH3−(G4S)−SIRPαV1(配列番号17)ならびに(2)抗EGFR軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメインをコードする構築物VL(抗EGFR)−CL(配列番号13)。これら2つの構築物についての対応するアミノ酸配列を、それぞれ配列番号18および配列番号14に示す。
変動リンカー長さを有する抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2の発現のため、図1Aにおけるように以下の4つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:(1)以下のエレメント:抗EGFR重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3アイソタイプIgG1、それに続く(G4S)3リンカーおよびSIRPαV2のIgVドメインをコードする構築物VH(抗EGFR)−CH1−H−CH2−CH3−(G4S)3−SIRPαV2(配列番号69)、(2)以下のエレメント:抗EGFR重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3アイソタイプIgG1、それに続く(G4S)4リンカーおよびSIRPαV2のIgVドメインをコードする構築物VH(抗EGFR)−CH1−H−CH2−CH3−(G4S)4−SIRPαV2(配列番号19)、(3)以下のエレメント:抗EGFR重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3アイソタイプIgG1、それに続く(G4S)5リンカーおよびSIRPαV2のIgVドメインをコードする構築物VH(抗EGFR)−CH1−H−CH2−CH3−(G4S)5−SIRPαV2(配列番号71)、ならびに(4)以下のエレメント:抗EGFR軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメインをコードする構築物VL(抗EGFR)−CL(配列番号13)。これら4つの構築物についての対応するアミノ酸配列を、それぞれ配列番号70、20、72および配列番号14に示す。
抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2発現のための2つのベクターのそれぞれのセットを、Expi293細胞中にExpi293fectin(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して一過的に同時形質移入した。タンパク質を、プロテインA親和性クロマトグラフィーによる単一ステップで精製した。2つのポリペプチドの発現および完全四量体分子のアセンブリを、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS−PAGE)およびサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)上で確認した。SDS−PAGEのため、精製タンパク質試料をDTTにより還元し、NuPAGE MES 4-12% Gel上で200Vにおいて35分間ランさせ、次いでクーマシー染色した。ゲル上の2つの主要バンドは、予測分子量(MW)および正確な化学量論比を>95%純度で有した(図6A)。図6Aにおいて、レーン1は分子量(MW)マーカーを示し、レーン2は予測MW(64,23kDa)および抗EGFR−huIgG1−SIRPαV1の2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示し、レーン3は予測MW(64,23kDa)および抗EGFR−huIgG1−(G4S)−SIRPαV2の2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示し、レーン4は予測MW(64,23kDa)および抗EGFR−huIgG1−(G4S)−SIRPαV2の2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示し、レーン5は予測MW(64,23kDa)および抗EGFR−huIgG1−(G4S)−SIRPαV2の2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示す。SECのため、精製タンパク質試料を、50mMのリン酸ナトリウム、400mMの過塩素酸ナトリウム、pH6.3+0.1および38+2.0mS/cm2により平衡化されたTSK-GEL Super SW3000SECカラム4.6_300mm(Tosoh Biosciences、東京、日本)上で分析した。サイズ排除クロマトグラフィーは、単量体抗EGFR−huIgG1−SIRPαタンパク質のそれぞれについての約173kDaの予測MWにおけるピークを示した(図6B(i)〜(iv))。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗EGFRおよび抗CD47(抗EGFR huIgG1および抗CD47 huIgG1)ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−Fc、Fc−SIRPαV2、およびFc−SIRPαV2CC)(図1C)を対照として生成して抗EGFR−huIgG1−SIRPαフォーマットと比較した。Fc−SIRPαV2CCは、SIRPαECD部分が、アレルV1のIgCドメインに連結されているアレルV2のIgVドメインを有するFc融合タンパク質である(配列番号192)。
4(B)(1)細胞上で発現されたCD47への抗EGFR−huIgG1−SIRPαの結合
細胞表面上で過剰発現されたCD47に結合する例示的な抗EGFR−huIgG1−SIRPαの能力を計測し、対照分子と比較した。CD47により形質移入されたウェル当たり2×10個のCHO細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度の抗体と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、抗EGFR−huIgG1−SIRPαタンパク質、抗CD47、SIRPα−FcV2およびFc−SIRPαV2がCD47形質移入CHO細胞上で発現されたCD47に結合したが、EGFRは発現されないため抗EGFRが結合しなかったことを示す(図7A)。抗EGFR−huIgG1−huSIRPαV2は、CHO細胞上で発現されたCD47に、抗EGFR−huIgG1−huSIRPαV1よりも良好に結合した。FcおよびSIRPα間のリンカーの長さによっては、細胞上で発現されたCD47についてのSIRPαの親和性は変化しなかった。SIRPα−FcV2はCD47形質移入CHO細胞上で発現されたCD47に、Fc−SIRPαV2よりも良好に結合し、それはFc−SIRPαV2CCよりも良好に結合したことも見出された(データ示さず)。
血球の細胞表面上で発現されたCD47に結合する例示的な抗EGFR−huIgG1−SIRPαの能力を計測し、対照分子と比較した。健常ヒトドナーからの新鮮全血をデキストラン沈殿により白血球について濃縮し、PBS+1%のFBSにより洗浄した。ウェル当たり2×10個の白血球濃縮ヒト全血細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された50μg/mlのタンパク質と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、タンパク質検出およびフローサイトメトリーによる細胞ソーティングのために細胞をPBS+1%のFBS中1:200希釈のFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)、1:100希釈のPEマウス抗ヒトCD235a(BD Biosciences,San Jose,CA)、および1:100希釈のeFluor450マウス抗ヒトCD45(eBioscience,San Diego,CA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、抗CD47が赤血球および白血球上で発現されたCD47に結合したが、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2、SIRPα−FcおよびFc−SIRPαが白血球上で発現されたCD47にのみ結合し、赤血球上で発現されたCD47に結合しなかったことを示す(図7B)。
4(B)(ii)細胞上で発現された両方の抗原への結合による抗EGFR−huIgG1−SIRPαのアビディティの実証
EGFRを過剰発現し、CD47を発現するヒトA549扁平上皮癌細胞上で、細胞表面上のEGFRおよびCD47にアビディティにより結合する例示的な抗EGFR−huIgG1−SIRPαの能力を計測した。ウェル当たり2×10個のA549細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度の抗体と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、A549細胞への抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2の結合が、抗EGFRのものと類似したことを示す(図7C)。抗Fc検出は、追加のC末端部分を有するFc融合タンパク質の細胞への結合を過小評価する可能性が高いため(実施例2B(ii)に記載のとおり)、抗EGFR−huIgG1−SIRPαおよび抗EGFRの類似結合の観察は、細胞への抗EGFR−huIgG1−SIRPα結合についてのそのアビディティ効果を示唆する。CHO細胞上で発現されたCD47への結合とは対照的に、A549腫瘍細胞上の内因性CD47への抗CD47の結合が、SIRPα−Fcよりもかなり良好であり、次いでそれはFc−SIRPαよりもかなり良好であったことは、注目に値する。さらに、理論により拘束されるものではないが、アビディティは、向上したインビトロADCC(図8)および向上したインビボ抗腫瘍活性(図9B)の両方に関して観察される抗EGFRと比較して増加した抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2融合タンパク質の生物学的活性に寄与する可能性が高い。同一細胞上の2つの腫瘍標的への結合により腫瘍細胞への結合のアビディティを利用する抗EGFR−hulgG1−SIRPαの能力は、より特異的な標的化およびより少ないインビボ副作用をもたらし得る。
4(C)抗EGFR−hulgG1−SIRPαの薬物動態分析
抗EGFR−hulgG1−SIRPαの薬物動態分析をマウス中への注射後に計測し、対照分子と比較した。Charles River Laboratoriesからの36匹の健常雌C57BL/6マウス(8週齢)を少なくとも3日間馴化させた。分子のそれぞれについての2つの投与レベル(単一IVボーラス)をマウスに100μL/マウス(マウス当たり20もしくは200μg、または約1もしくは10mg/kgに相当)の容量で与えた。投与日、36匹のマウスを6つの群に無作為に割り付け(N=6/群)、それぞれの群は1用量/1分子をマウス尾静脈を介して静脈内でそれぞれ受けた。マウス体重を記録した。同一用量/物品(N=6)を受けたマウスを、2つの下位群(n=3)にさらに分類した。4回の採血をそれぞれの下位群から行い、すなわち、ある下位群は、1時間、24時間、72時間および168時間である一方、別の下位群は7時間、48時間、120時間および240時間であった。示される時点において、ヘパリン化マイクロガラスキャピラリーを使用して少量の血液試料を採取し、凝固防止のためにヘパリンによりコートされたチューブ中で回収した。細胞を除去するための遠心分離後、血漿中のタンパク質の濃度をELISAにより決定し、抗ヒトIgG H+L(Jackson Immunoresearch,West Grove,PA)による捕捉によりアッセイし、次いで抗EGFR−huIgG1−SIRPαを検出するためのペルオキシダーゼコンジュゲート抗ヒトIgG Fc(Jackson Immunoresearch,West Grove,PA)により検出した。
結果は、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2が抗体と同様にクリアランスされたことを示す(図9A)。最初の時点における初回の分布相の2倍降下後、血漿濃度は、約8日間の循環半減期に従って線形的に下落した。曝露は用量依存的であり、10日後のAUCは20μg用量について2059hμg/mlであり、200μg用量について13164hμg/mlであった。クリアランスは用量依存的であり、20μg用量については0.49mL/h.kgであり、200μg用量については0.76mL/h.kgであった。
4(D)(i)抗EGFR−huIgG1−SIRPαのインビトロ生物学的活性
抗EGFR−huIgG1−SIRPαのインビトロ生物学的活性は、抗体依存性細胞媒介細胞毒性(ADCC)アッセイにおいて示される。6×10個のヒトA549扁平上皮癌細胞を、96ウェルプレートのそれぞれのウェルに移し、37℃において一晩インキュベートした。細胞からの培地を除去し、0.02〜1600ng/mlの濃度についての組換え抗体の段階希釈物により置き換えた。37℃における15〜30分のインキュベーション後、抗体およびA549細胞を含有するプレートのそれぞれのウェルに、1.5×10個のエフェクター細胞(FcγRIIIa受容体、V158(高親和性)バリアント、およびホタルルシフェラーゼの発現をドライブするNFAT応答エレメントを安定的に発現する遺伝子操作Jurkat細胞(Promega Madison,WI))を添加した(エフェクター細胞と標的細胞との比2.5:1)。24時間のインキュベーション後、Bio-Glo試薬(Promega Madison,WI)を添加し、15分間のインキュベーション後のルミネセンスを計測することにより、ルシフェラーゼ活性を介してADCC活性を計測した。
抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2は、抗EGFR、SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2よりも有意に高いADCC活性を有することが見出された(図8)。理論により拘束されるものではないが、抗EGFRと比較してかなり向上した抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2のインビトロ活性は、同一細胞上のEGFRおよび融合タンパク質間のより高い親和性の相互作用が生じたらCD47へのアビディティドライブ結合により引き起こされる可能性が最も高く、同一細胞上の2つの腫瘍標的の同時結合をもたらす。
4(D)(ii)抗EGFR−huIgG1−SIRPαのインビボ生物学的活性
抗EGFR−huIgG1−SIRPαの有用性は、インビボ実験により示される。同所性肺腫瘍モデルにおいて、NOD−SCIDマウスに、2.5×10個のヒトA549−luc扁平上皮癌細胞を静脈内注射し、次いで250μg/マウスの抗体アイソタイプ対照、250μg/マウスの抗EGFR、250μg/マウスの抗CD47、132μg/マウスのSIRPα−Fc、250μg/マウスの抗EGFRおよび132μg/マウスのSIRPα−Fcの組合せ、または等モル量の融合タンパク質である292μg/マウスの抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2を腹腔内注射した。全ての群(n=7)は、週2回の処理を3週間受け、結果を肺からの生物発光シグナル、一般的健康状態、例えば、死亡前に10〜14日だけ生じる麻痺、およびマウスの生存率として報告した。
抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2による処理は、2つの単独療法よりも優れていることが見出された(図9B)。具体的には、生存日数中央値に基づくと、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2は、抗EGFRよりも有意に有効であった(40日対31日、p=0.0175)。さらに、全生存率に基づくと、SIRPα−Fcが標的A549細胞にFc−SIRPαよりも良好に結合するという事実にもかかわらず、融合タンパク質は、2つの単独療法の組合せよりもいくぶん有効であった。理論により拘束されるものではないが、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2の向上した抗腫瘍活性は、同一細胞上のEGFRおよび融合タンパク質間のより高い親和性の相互作用が生じたらCD47へのアビディティドライブ結合により引き起こされる可能性が最も高く、向上したインビボADCPおよびADCCをもたらす。EGF/EGFRおよびSIRPα/CD47相互作用の両方を同時に遮断すること、したがって、これら2つの経路のシグナリングを防止することも、向上したインビボ抗腫瘍活性に寄与し得る。
実施例5:抗HER2−huIgG1−SIRPα免疫グロブリン融合タンパク質
5(A)抗HER2−huIgG1−SIRPαの構築および発現
例示的な抗HER2−huIgG1−SIRPαの生成は、抗HER2 4D5(トラスツズマブ)モノクローナル抗体(Carter et al,PNAS 89:4285,1992)およびSIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274: 559,1999)をベースとする。4D5についてのFab軽鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号21および配列番号22に提供する。4D5についてのFab重鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号23および配列番号24に提供する。SIRPαアレルV2のIgVドメインのDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号7および配列番号8に提供する。抗HER2−huIgG1−SIRPαV2は、抗HER2重鎖ポリペプチドのC末端を、SIRPαV2のIgVドメインに(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成した。
抗HER2−huIgG1−SIRPαV2の発現のため、図1Aにおけるように以下の2つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:(1)以下のエレメント:抗HER2重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3、それに続く(G4S)リンカーおよびSIRPαV2のIgVドメインをコードする構築物VH(抗HER2)−CH1−H−CH2−CH3−(G4S)−SIRPαV2(配列番号25)ならびに(2)以下のエレメント:抗HER2軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメインをコードする構築物VL(抗HER2)−CL(配列番号21)。これら2つの構築物についての対応するアミノ酸を、それぞれ配列番号26および配列番号22に示す。
抗HER2−huIgG1−SIRPαの発現のために、2つのベクターを、Expi293細胞中にExpi293fectin(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して一過的に同時形質移入した。タンパク質を、プロテインA親和性クロマトグラフィーによる単一ステップで精製した。2つのポリペプチドの発現および完全四量体分子のアセンブリを、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS−PAGE)およびサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)上で確認した。SDS−PAGEのため、精製タンパク質試料をDTTにより還元し、NuPAGE MES 4-12% Gel上で200Vにおいて35分間ランさせ、次いでクーマシー染色した。ゲル上の2つの主要バンドは、予測分子量(MW)および正確な化学量論比を>95%純度で有した(図10A)。図10Aにおいて、レーン1は分子量(MW)マーカーを示し、レーン2は予測MW(64,23kDa)および抗HER2−huIgG1−SIRPαV2の2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示す。SECのため、精製タンパク質試料を、50mMのリン酸ナトリウム、400mMの過塩素酸ナトリウム、pH6.3+0.1および38+2.0mS/cm2により平衡化されたTSK-GEL Super SW3000SECカラム4.6×300mm(Tosoh Biosciences、東京、日本)上で分析した。サイズ排除クロマトグラフィーは、単量体抗HER2−huIgG1−SIRPαV2についての約173kDaの予測MWにおけるピークを示した(図10B)。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗HER2および抗CD47(抗HER2 huIgG1および抗CD47 huIgG1)ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2)(図1C)を対照として生成して抗HER2−huIgG1−SIRPαフォーマットと比較した。
5(B)(i)細胞上で発現されたCD47への抗HER2−huIgG1−SIRPαの結合
細胞表面上で発現されたCD47に結合する抗HER2−huIgG1−SIRPαの能力を計測し、対照分子と比較した。CD47により形質移入されたウェル当たり2×10個のCHO細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度の抗体と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%FBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、抗HER2−huIgG1−SIRPαV2、抗CD47、SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2がCD47形質移入CHO細胞上で過剰発現されたCD47に結合したが、HER2は発現されないため抗HER2が結合しなかったことを示す(図11A)。ここでも、SIRPα−Fcは、Fc−SIRPαよりも高い蛍光中央値を示した。
血球の細胞表面上で発現されたCD47に結合する抗HER2−huIgG1−SIRPαの能力を計測し、対照分子と比較した。健常ヒトドナーからの新鮮な全血をデキストラン沈殿により白血球について濃縮し、PBS+1%のFBSにより洗浄した。ウェル当たり2×10個の白血球濃縮ヒト全血細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された50μg/mlのタンパク質と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、タンパク質検出およびフローサイトメトリーによる細胞ソーティングのために細胞をPBS+1%のFBS中1:200希釈のFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)、1:100希釈のPEマウス抗ヒトCD235a(BD Biosciences,San Jose,CA)、および1:100希釈のeFluor450マウス抗ヒトCD45(eBioscience,San Diego,CA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、抗CD47が赤血球および白血球上で発現されたCD47に結合したが、抗HER2−huIgG1−SIRPαV2、SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2が白血球上で発現されたCD47にのみ結合し、赤血球上で発現されたCD47に結合しなかったことを示す(図11B)。
5(B)(ii)両方の抗原を発現する細胞に対する抗HER2−huIgG1−SIRPαの結合アビディティ
HER2を過剰発現し、CD47を発現するヒトBT474乳腺/乳腺腺癌細胞上で、細胞表面上のHER2およびCD47にアビディティにより結合する抗HER2−huIgG1−SIRPαの能力を計測した。ウェル当たり2×10個のBT474細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度の抗HER2−huIgG1−SIRPα、Fc−SIRPα、抗HER2、および抗CD47と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、BT474細胞への抗HER2−huIgG1−SIRPαV2結合が、対照分子と比較して個々にまたは組合せのいずれでも向上することを示し(図11C)、アビディティについての証拠を提供する。上記実施例において説明されるとおり、抗Fcベース検出は、細胞への抗体−SIRPα融合タンパク質の結合を過小評価する可能性が高い。したがって、抗HER2−huIgG1−SIRPαV2および抗HER2の類似結合の観察は、細胞への抗HER2−huIgG1−SIRPα結合についてのアビディティ効果を示唆する。同一細胞上の2つの腫瘍標的への結合により腫瘍細胞への結合のアビディティを利用する抗HER2−hulgG1−SIRPαの能力は、より特異的な標的化およびより少ないインビボ副作用をもたらし得る。
実施例6:抗GD2−huIgG1−SIRPα免疫グロブリン融合タンパク質
例示的な抗GD2−huIgG1−SIRPαの生成は、抗GD2 14.18モノクローナル抗体(Hank et al,Clin. Cancer Re.15:5923,2009)およびSIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274:559,1999)をベースとする。14.18についてのFab軽鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号27および配列番号28に提供する。14.18についてのFab重鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号29および配列番号30に提供する。SIRPαアレルV2のIgVドメインのDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号7および配列番号8に提供する。抗GD2−huIgG1−SIRPαV2は、抗GD2重鎖ポリペプチドのC末端を、SIRPαV2に(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成する。
抗GD2−huIgG1−SIRPαV2の発現のため、図1Aにおけるように以下の2つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングする:(1)以下のエレメント:抗GD2重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3、それに続く(G4S)リンカーおよびSIRPαV2のIgVドメインをコードする構築物VH(抗GD2)−CH1−H−CH2−CH3−(G4S)−SIRPαV2(配列番号31)ならびに(2)以下のエレメント:抗GD2軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメインをコードする構築物VL(抗GD2)−CL(配列番号27)。これら2つの構築物についての対応するアミノ酸を、それぞれ配列番号32および配列番号28に示す。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗GD2および抗CD47(抗GD2 huIgG1および抗CD47 huIgG1)ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2)(図1C)を対照として生成して抗GD2−huIgG1−SIRPαフォーマットと比較する。
実施例7:抗PD−L1−huIgG1−SIRPα免疫グロブリン融合タンパク質
7(A)抗PD−L1−huIgG1−SIRPαの構築および発現
例示的な抗PD−L1−huIgG1−SIRPαの生成は、抗PD−L1モノクローナル抗体アベルマブ(国際特許出願公開の国際公開第2013/079174号)およびSIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274:559,1999)をベースとする。抗PD−L1についてのFab軽鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号33および配列番号34に提供する。抗PD−L1についてのFab重鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号35および配列番号36に提供する。SIRPαアレルV2のヒトIgVドメインのDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号7および配列番号8に提供する。ネズミSIRPαのDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号37および配列番号38に提供する。抗PD−L1−huIgG1−muSIRPαは、抗PD−L1重鎖ポリペプチドのC末端を、muSIRPαのIgVドメインに(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成した。
抗PD−L1−huIgG1−muSIRPαの発現のため、図1Aにおけるように以下の2つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:(1)以下のエレメント:抗PD−L1重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3、それに続く(G4S)リンカーおよびmuSIRPαのIgVドメインをコードする構築物VH(抗PD−L1)−CH1−H−CH2−CH3−(G4S)−muSIRPα(配列番号41)ならびに(2)以下のエレメント:抗PD−L1軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメインをコードする構築物VL(抗PD−L1)−CL(配列番号33)。これら2つの構築物についての対応するアミノ酸を、それぞれ配列番号42および配列番号34に示す。
抗PD−L1−huIgG1−muSIRPαの発現のため、2つのベクターを、Expi293細胞中にExpi293fectin(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して一過的に同時形質移入した。タンパク質を、プロテインA親和性クロマトグラフィーによる単一ステップで精製した。2つのポリペプチドの発現および完全四量体分子のアセンブリを、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS−PAGE)およびサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)上で確認した。SDS−PAGEのため、精製タンパク質試料をDTTにより還元し、NuPAGE MES 4-12% Gel上で200Vにおいて35分間ランさせ、次いでクーマシー染色した。ゲル上の2つの主要バンドは、予測分子量(MW)および正確な化学量論比を>95%純度で有した(図12A)。図12Aにおいて、レーン1は分子量(MW)マーカーを示し、レーン2は予測MW(64,23kDa)および抗PD−L1−huIgG1−muSIRPαの2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示す。SECのため、精製タンパク質試料を、50mMのリン酸ナトリウム、400mMの過塩素酸ナトリウム、pH6.3+0.1および38+2.0mS/cmにより平衡化されたTSK-GEL Super SW3000SECカラム4.6×300mm(Tosoh Biosciences、東京、日本)上で分析した。サイズ排除クロマトグラフィーは、単量体抗PD−L1−huIgG1−muSIRPαについての約173kDaの予測MWにおけるピークを示した(図12B)。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗PD−L1および抗CD47(抗PD−L1 IgG1および抗CD47 huIgG1)ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−Fc、Fc−huSIRPαV2、およびFc−muSIRPα)(図1C)を対照として生成して抗PD−L1−huIgG1−SIRPαフォーマットと比較する。
7(B)両方の抗原を発現する細胞上の抗PD−L1−huIgG1−SIRPαの結合アビディティ
PD−L1を過剰発現し、CD47を発現するマウスA20B細胞リンパ腫細胞上で、細胞表面上のPD−L1およびCD47にアビディティにより結合する抗PD−L1−huIgG1−muSIRPαの能力を計測した。ウェル当たり2×10個のA20細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度の抗PD−L1−huIgG1−muSIRPα、Fc−muSIRPα、および抗PD−L1と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、A20細胞への抗PD−L1−huIgG1−muSIRPα結合が、対照分子の結合と比較して一般に向上することを示し(図13C)、アビディティについての証拠を提供する。上記実施例において説明されるとおり、抗Fcベース検出は、細胞への抗体−SIRPα融合タンパク質の結合を過小評価する可能性が高い。したがって、抗PD−L1−huIgG1−muSIRPαおよび抗PD−L1の類似結合の観察は、細胞への抗PD−L1−huIgG1−muSIRPα結合についてのアビディティ効果を示唆する。同一細胞上の2つの腫瘍標的への結合により腫瘍細胞への結合をアビディティを利用する抗PD−L1−huIgG1−muSIRPαの能力は、より特異的な標的化およびより少ないインビボ副作用をもたらし得る。
実施例8:抗EGFR−huIgG1−SIRPα(非グリコシル化)免疫グロブリン融合タンパク質
8(A)抗EGFR−huIgG1−SIRPα(非グリコシル化)の構築および発現
例示的な抗EGFR−huIgG1−SIRPα(非グリコシル化)の生成は、抗EGFR C225(セツキシマブ)モノクローナル抗体(Kawamoto,PNAS 80: 1337,1983)およびN110Q突然変異を有するSIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274:559,1999)をベースとする。非グリコシル化SIRPαは、N110Qを介して、グリコシル化SIRPαよりも不良にCD47に結合することが示された(Ogura et al,JBC 279:13711,2004)。C225についてのFab軽鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号13および14に提供する。C225についてのFab重鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号15および16に提供する。SIRPαアレルV1のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号5および6に提供する。抗EGFR−huIgG1−SIRPαV1(N110Q)は、抗EGFR重鎖ポリペプチドのC末端を、SIRPαV1(N110Q)のIgVドメインに(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成する。
抗EGFR−huIgG1−SIRPαV1(N110Q)の発現のため、図1Aにおけるように以下の2つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:(1)以下のエレメント:抗EGFR重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3アイソタイプIgG1、それに続く(G4S)リンカーおよびSIRPαV1(N110Q)のIgVドメインをコードする構築物VH(抗EGFR)−CH1−H−CH2−CH3−(G4S)−SIRPαV1(N110Q)(配列番号43)、2)以下のエレメント:抗EGFR軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメインをコードする構築物VL(抗EGFR)−CL(配列番号13)。これら2つの構築物についての対応するアミノ酸配列を、それぞれ配列番号44および配列番号14に示す。
抗EGFR−huIgG1−SIRPαV1(N110Q)の発現のため、2つのベクターを、Expi293細胞中にExpi293fectin(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して一過的に同時形質移入した。タンパク質を、プロテインA親和性クロマトグラフィーによる単一ステップで精製した。2つのポリペプチドの発現および完全四量体分子のアセンブリを、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS−PAGE)およびサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)上で確認した。SDS−PAGEのため、精製タンパク質試料をDTTにより還元し、NuPAGE MES 4-12% Gel上で200Vにおいて35分間ランさせ、次いでクーマシー染色した。ゲル上の2つの主要バンドは、予測分子量(MW)および正確な化学量論比を>95%純度で有した(図14A)。図14Aにおいて、レーン1は分子量(MW)マーカーを示し、レーン2は予測MW(64,23kDa)および抗EGFR−huIgG1−SIRPαV1(N110Q)の2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示す。SECのため、精製タンパク質試料を、50mMのリン酸ナトリウム、400mMの過塩素酸ナトリウム、pH6.3+0.1および38+2.0mS/cmにより平衡化されたTSK-GEL Super SW3000SECカラム4.6×300mm(Tosoh Biosciences、東京、日本)上で分析した。サイズ排除クロマトグラフィーは、単量体抗EGFR−huIgG1−SIRPαV1(N110Q)についての約173kDaの予測MWにおけるピークを示した(図14B)。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗EGFRおよび抗CD47(抗EGFR huIgG1および抗CD47 huIgG1)ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2)(図1C)を対照として生成して抗EGFR−huIgG1−SIRPαフォーマットと比較する。
8(B)細胞上で発現されたCD47への抗EGFR−huIgG1−SIRPα(非グリコシル化)の結合
細胞表面上で過剰発現されたCD47に結合する抗EGFR−huIgG1−SIRPαV1(N110Q)の能力を計測し、対照分子と比較した。CD47により形質移入されたウェル当たり2×10個のCHO細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度の抗体と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV1(N110Q)が形質移入CHO細胞上で発現されたCD47に結合したことを示す(図15)。従来の報告(Ogura et al,JBC 279:13711,2004)とは異なり、抗EGFR−huIgG1−huSIRPαV1(N110Q)は、抗EGFR−huIgG1−huSIRPαV1と同様に十分にCD47に結合した。
実施例9:抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPα免疫グロブリン融合タンパク質
9(A)抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαの構築および発現
例示的な抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαの生成は、抗EGFR C225(セツキシマブ)モノクローナル抗体(Kawamoto,PNAS 80:1337,1983)およびSIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274:559,1999)をベースとする。C225についてのFab軽鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号13および配列番号14に提供する。C225についてのFab重鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号15および配列番号16に提供する。SIRPαアレルV1のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号5および配列番号6に提供し、SIRPαアレルV2のIgVドメインのDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号7および配列番号8に提供する。特定の実施形態において、抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαは、抗EGFR軽鎖ポリペプチドのC末端を、SIRPαV2のIgVドメインに(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成し、いかなるリンカーも用いず直接、または(GXS)(X、Y=0、1、2、3、4、5、6、7、8以上)を用いて融合させることもできる。
抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαV2の発現のため、図1Fにおけるように以下の2つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:(1)以下のエレメント:抗EGFR重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3アイソタイプIgGをコードする構築物VH(抗EGFR)−CH1−H−CH2−CH3(配列番号45)ならびに(2)以下のエレメント:抗EGFR軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメイン、それに続く(G4S)リンカーおよびSIRPαV2のIgVドメインをコードする構築物VL(抗EGFR)−CL−(G4S)−SIRPαV2(配列番号47)。これら2つの構築物についての対応するアミノ酸配列を、それぞれ配列番号46および配列番号48に示す。
抗EGFR−ds1−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαV2の発現のため、図1Fにおけるように以下の2つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:(1)以下のエレメント:軽鎖融合の脱安定化を補うための安定化突然変異(ds1:G44C)(Orcutt et al,PEDS 23:221,2010)を有する抗EGFR重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3アイソタイプIgGをコードする構築物VH(抗EGFR)(ds1−G44C)−CH1−H−CH2−CH3(配列番号73)ならびに(2)以下のエレメント:安定化突然変異(ds1:A100C)を有する抗EGFR軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメイン、それに続く(G4S)リンカーおよびSIRPαV2のIgVドメインをコードする構築物VL(抗EGFR)(ds1−A100C)−CL−(G4S)−SIRPαV2(配列番号77)。これら2つの構築物についての対応するアミノ酸配列を、それぞれ配列番号74および配列番号78に示す。
抗EGFR−ds2−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαの発現のため、図1Fにおけるように以下の2つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:(1)以下のエレメント:軽鎖融合の脱安定化を補うための安定化突然変異(ds2:Q105C(Orcutt et al,PEDS 23:221,2010)を有する抗EGFR重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3アイソタイプIgGをコードする構築物VH(抗EGFR)(ds2−Q105C)−CH1−H−CH2−CH3(配列番号75)ならびに(2)以下のエレメント:安定化突然変異(ds2:S43C)を有する抗EGFR軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメイン、それに続く(G4S)リンカーおよびSIRPαV2のIgVドメインをコードする構築物VL(抗EGFR)(ds2−S43C)−CL−(G4S)−SIRPαV2(配列番号79)。これら2つの構築物についての対応するアミノ酸配列を、それぞれ配列番号76および配列番号80に示す。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗EGFRおよび抗CD47(抗EGFR huIgG1および抗CD47 huIgG1)ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2)(図1C)を対照として生成して抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαフォーマットと比較する。
重鎖CH1ドメイン中の2つの突然変異(配列番号46のS131CおよびC222S)を導入することによりIgG4の重鎖および軽鎖ジスルフィド対合フォーマットを導入することにより、安定化の代替的方法を試験した。通常、重鎖C222と対合する軽鎖C末端システインは、目下、C131とジスルフィド結合を形成する。さらに、この突然変異重鎖は、よりいっそう高い安定性向上のためのds1またはds2突然変異のいずれかを有し得、それぞれの(ds1またはds2)軽鎖と対合している。
抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαの発現のため、2つのベクターのそれぞれを、Expi293細胞中にExpi293fectin(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して一過的に同時形質移入した。タンパク質をプロテインA親和性クロマトグラフィーによる単一ステップで精製した。2つのポリペプチドの発現および完全四量体分子のアセンブリを、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS−PAGE)およびサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)上で確認した。SDS−PAGEのため、精製タンパク質試料をDTTにより還元し、NuPAGE MES 4-12% Gel上で200Vにおいて35分間ランさせ、次いでクーマシー染色した。ゲル上の2つの主要バンドは、予測分子量(MW)および正確な化学量論比を>95%純度で有した(図21A)。図21Aにおいて、レーン1は分子量(MW)マーカーを示し、レーン2は予測MW(49,36kDa)および抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαの2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示し、レーン3は予測MW(49,36kDa)および抗EGFR−ds1−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαの2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示し、レーン4は予測MW(49,36kDa)および抗EGFR−ds2−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαの2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示す。VHおよびVLドメインの野生型配列は、ds1およびds2突然変異が軽鎖融合を安定化させるという予測とは異なり、SDS PAGE上の最小数の追加バンドを有した。SECのため、精製タンパク質試料を、50mMのリン酸ナトリウム、400mMの過塩素酸ナトリウム、pH6.3+0.1および38+2.0mS/cmにより平衡化されたTSK-GEL Super SW3000SECカラム4.6×300mm(Tosoh Biosciences、東京、日本)上で分析した。サイズ排除クロマトグラフィーは、単量体抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαについての約172kDaの予測MWにおけるピークを示した(図21B)。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗EGFRおよび抗CD47(抗EGFR huIgG1および抗CD47 huIgG1)ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2)(図1C)を対照として生成して抗EGFR−huIgG1−SIRPαフォーマットと比較する。
9(B)細胞上で発現されたCD47への抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαの結合
細胞表面上で過剰発現されたCD47に結合する抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαV2の能力を計測し、対照分子と比較した。CD47により形質移入されたウェル当たり2×10個のCHO細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度の抗体と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。結果は、抗EGFR−huIgG1/抗EGFR−LC−SIRPαV2が形質移入CHO細胞上で発現されたCD47に結合したが、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2ほど十分に結合しなかったことを示す(図21C)。
実施例10:SIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)免疫グロブリン融合タンパク質
10(A)SIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)の構築および発現
例示的なSIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)の生成は、抗EGFR C225(セツキシマブ)モノクローナル抗体(Kawamoto,PNAS 80:1337,1983)およびSIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274:559,1999)をベースとする。C225についてのFab軽鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号13および配列番号14に提供する。C225についてのFab重鎖のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号15および配列番号16に提供する。SIRPαアレルV2のIgVドメインのDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号7および配列番号8に提供する。SIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)は、SIRPαをFc重鎖のN末端に(G4S)リンカーを介して結合させ、次いで抗EGFR Fab重鎖をFc重鎖のC末端に(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成した。
SIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)の発現のため、図1Hにおけるように以下の2つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:(1)以下のエレメント:SIRPαV2のIgVドメイン、それに続く(G4S)リンカーおよびシステイン(軽鎖とのジスルフィド結合を天然に形成する)がセリンに突然変異しているヒト重鎖ヒンジ領域(EPKSS、配列番号50)、それに続く定常ドメイン2および3、それに続く(G4S)リンカー、および抗EGFR重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1、それに続くヒンジ領域(EPKSC、配列番号51、抗EGFR軽鎖とのジスルフィド架橋を可能とするため)をコードする構築物SIRPαV2−(G4S)−H−CH2−CH3−(G4S)−VH(抗EGFR)−CH1(配列番号49)ならびに(2)以下のエレメント:抗EGFR軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメインをコードする構築物VL(抗EGFR)−CL(配列番号13)。これら2つの構築物についての対応するアミノ酸配列を、それぞれ配列番号52および配列番号14に示す。
SIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)の発現のため、2つのベクターを、Expi293細胞中にExpi293fectin(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して一過的に同時形質移入した。タンパク質を、プロテインA親和性クロマトグラフィーによる単一ステップで精製した。2つのポリペプチドの発現および完全四量体分子のアセンブリを、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS−PAGE)およびサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)上で確認した。SDS−PAGEのため、精製タンパク質試料をDTTにより還元し、NuPAGE MES 4-12% Gel上で200Vにおいて35分間ランさせ、次いでクーマシー染色した。ゲル上の2つの主要バンドは、予測分子量(MW)および正確な化学量論比を>95%純度で有した(図16A)。図16Aにおいて、レーン1は分子量(MW)マーカーを示し、レーン2は予測MW(64,23kDa)およびSIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)の2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示す。SECのため、精製タンパク質試料を、50mMのリン酸ナトリウム、400mMの過塩素酸ナトリウム、pH6.3+0.1および38+2.0mS/cmにより平衡化されたTSK-GEL Super SW3000SECカラム4.6×300mm(Tosoh Biosciences、東京、日本)上で分析した。サイズ排除クロマトグラフィーは、単量体SIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)についての約173kDaの予測MWにおけるピークを示した(図16B)。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗EGFRおよび抗CD47(抗EGFR huIgG1および抗CD47 huIgG1)ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2)(図1C)を対照として生成してSIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)フォーマットと比較する。
10(B)細胞上で発現されたCD47へのSIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)の結合
細胞表面上で過剰発現されたCD47に結合するSIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)の能力を計測し、対照分子と比較した。CD47により形質移入されたウェル当たり2×10個のCHO細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度の抗体と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、SIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)がCD47形質移入CHO細胞上で発現されたCD47に結合したことを示す(図17A)。SiRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)または対照SIRPαV2−Fcの結合は、抗CD47のものと類似し、抗EGFR−huIgG1−huSIRPαV2またはFc−SIRPαV2のものよりも良好であった。
10(C)(i)SIRPa−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)のインビボ生物学的活性
SIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)のインビトロ生物学的活性は、抗体依存性細胞媒介細胞毒性(ADCC)アッセイにおいて示される。6×10個のヒトA549扁平上皮癌細胞を、96ウェルプレートのそれぞれのウェルに移し、37℃において一晩インキュベートした。細胞からの培地を除去し、0.02〜1600ng/mlの濃度についての組換え抗体の段階希釈物により置き換えた。37℃における15〜30分間のインキュベーション後、抗体およびA549細胞を含有するプレートのそれぞれのウェルに、1.5×10個のエフェクター細胞(FcγRIIIa受容体、V158(高親和性)バリアント、およびホタルルシフェラーゼの発現をドライブするNFAT応答エレメントを安定的に発現する遺伝子操作Jurkat細胞(Promega Madison,WI))を添加した(エフェクター細胞と標的細胞との比2.5:1)。24時間のインキュベーション後、Bio-Glo試薬(Promega Madison,WI)を添加し、15分間のインキュベーション後のルミネセンスを計測することにより、ルシフェラーゼ活性を介してADCC活性を計測した。
SIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)は、抗EGFRよりも低いADCC活性を有するが、Fc−SIRPαV2よりも高いADCC活性を有することが見出された(図17B)。Fcドメインに対する結合ドメインの向きは、ADCC活性を決定する。したがって、SIRPα−FcV2はFc−SIRPαV2(図17B)よりも高い活性を有し、抗EGFRはFc−抗EGFR(Fab)(データを示さないが、活性は観察されず)よりも高い活性を有する。理論により拘束されるものではないが、SIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)の抗EGFR(Fab)部分は細胞にSIRPα部分よりも高い親和性で結合したため、それは最適なADCC活性についての向きでFcを位置決めし得る。
10(C)(ii)SIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)のインビボ生物学的活性
SIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)の有用性は、インビボ実験により示される。同所性肺腫瘍モデルにおいて、NOD−SCIDマウスに、2.5×10個のヒトA549−luc扁平上皮癌細胞を静脈内注射し、次いで400μg/マウスの抗体アイソタイプ対照、250μg/マウスの抗EGFR、250μg/マウスの抗EGFRおよび136μg/マウスのSIRPαV2−Fcの組合せ、298μg/マウスの抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2、または等モル量の融合タンパク質である298μg/マウスのSIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)を腹腔内注射した。全ての群(n=7)は、週2回の処理を3週間受け、結果を肺からの生物発光シグナル、一般的健康状態、例えば、死亡前に10〜14日だけ生じる麻痺、およびマウスの生存率として報告した。
SIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)融合タンパク質による処理は、EGFRへの類似の結合およびCD47への優れた結合を有するにもかかわらず、組合せおよび抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2よりもわずかに劣ることが見出された(それぞれ、生存中央値40日、42日および43.5日、図18)。図17Bに示されるADCCの低減は、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2と比較して減少したSIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(Fab)の抗腫瘍効力の原因となり得る。
実施例11:SIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(scFv)免疫グロブリン融合タンパク質
例示的なSIRPα−Fc(huIgG1)−抗EGFR(scFv)の生成は、SIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274:559,1999)および抗EGFR(scFv)C225(米国特許第7,820,165号)をベースとする。SIRPαアレルV2のIgVドメインのDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号7および配列番号8に提供する。抗EGFR(scFv)C225のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号53および配列番号54に提供する。SIRPV2α−Fc(huIgG1)−抗EGFR(scFv)は、SIRPαのIgVドメインを、Fc重鎖のN末端に(G4S)リンカーを介して結合させ、次いで抗EGFR(scFv)をFc重鎖のC末端に(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成する。
SIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(scFv)C225の発現のため、図1Jにおけるように以下の遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:以下のエレメント:SIRPαV2のIgVドメイン、それに続く(G4S)リンカーおよびシステイン(軽鎖とのジスルフィド結合を天然に形成する)がセリンに突然変異しているヒト重鎖ヒンジ領域(EPKSS、配列番号50)、それに続く定常ドメイン2および3、それに続く(G4S)リンカーおよび抗EGFR重鎖可変ドメイン、それに続く(G4S)リンカーおよび抗EGFR軽鎖可変ドメインをコードする構築物SIRPαV2−(G4S)−H−CH2−CH3−(G4S)−C225(VH)−(G4S)−C225(VL)(配列番号55)。この構築物についての対応するアミノ酸配列を配列番号56に示す。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗EGFRおよび抗CD47(抗EGFR huIgG1および抗CD47 huIgG1)、scFvフォーマットの抗EGFR(抗EGFR(scFv))、ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2)(図1C)を対照として生成してSIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗EGFR(scFv)フォーマットと比較した。
実施例12:抗EGFR(scFv)−Fc(huIgG1)−SIRPα免疫グロブリン融合タンパク質
例示的な抗EGFR(scFv)−Fc(huIgG1)−SIRPαの生成は、抗EGFR(scFv)C225(米国特許第7,820,165号)およびSIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274:559,1999)をベースとする。抗EGFR(scFv)C225のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号53および配列番号54に提供する。SIRPαアレルV2のIgVドメインのDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号7および配列番号8に提供する。抗EGFR(scFv)−Fc(huIgG1)−SIRPαV2は、抗EGFR(scFv)をFc重鎖のN末端に(G4S)リンカーを介して結合させ、次いでSIRPαV2のIgVドメインをFc重鎖のC末端に(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成する。
抗EGFR(scFv)C225−Fc(huIgG1)−SIRPαV2の発現のため、図1Lにおけるように以下の遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:以下のエレメント:抗EGFR重鎖可変ドメイン、それに続く(G4S)リンカーおよび抗EGFR軽鎖可変ドメイン、それに続く(G4S)リンカーおよびシステイン(軽鎖とのジスルフィド結合を天然に形成する)がセリンに突然変異しているヒト重鎖ヒンジ領域(EPKSS、配列番号50)、それに続く定常ドメイン2および3、それに続く(G4S)リンカーおよびSIRPαV2のIgVドメインをコードする構築物C225(VH)−(G4S)−C225(VL)−(G4S)−H−CH2−CH3−(G4S)−SIRPαV2(配列番号57)。この構築物についての対応するアミノ酸配列を、配列番号58に示す。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗EGFRおよび抗CD47(抗EGFR huIgG1および抗CD47 huIgG1)、scFvフォーマットの抗EGFR(抗EGFR(scFv))、ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2)(図1C)を対照として生成して抗EGFR(scFv)−Fc(huIgG1)−SIRPαV2フォーマットと比較した。
実施例13:SIRPα−Fc(huIgG1)−抗CD19(scFv)免疫グロブリン融合タンパク質
SIRPα−Fc(huIgG1)−抗CD19(scFv)の生成は、SIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274:559,1999)および抗CD19(scFv)CHRI−19Fv1(Nicholson et al,Molecular Immunology 34:1157,1997)をベースとする。SIRPαアレルV2のIgVドメインのDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号7および配列番号8に提供する。CHRI−19Fv1のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号59および配列番号60に提供する。SIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗CD19(scFv)は、SIRPαV2のIgVドメインをFc重鎖のN末端に(G4S)リンカーを介して結合させ、次いで抗CD19(scFv)をFc重鎖のC末端に(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成する。
SIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗CD19(scFv)の発現のため、図1Jにおけるように以下の遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:以下のエレメント:SIRPαV2、それに続く(G4S)リンカーおよびシステイン(軽鎖とのジスルフィド結合を天然に形成する)がセリンに突然変異しているヒト重鎖ヒンジ領域(EPKSS、配列番号50)、それに続く定常ドメイン2および3、それに続く(G4S)リンカーおよび抗CD19重鎖可変ドメイン、それに続く(G4S)リンカーおよび抗CD19軽鎖可変ドメインをコードする構築物SIRPαV2−(G4S)−H−CH2−CH3−(G4S)−CHRI−19Fv1(VH)−リンカー−CHRI−19Fv1(VL)(配列番号61)。この構築物についての対応するアミノ酸配列を配列番号62に示す。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗CD47(抗CD47 huIgG1)、scFvフォーマットの抗CD19(抗CD19(scFv))、Fc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2)(図1C)を対照として生成してSIRPαV2−Fc(huIgG1)−抗CD19(scFv)フォーマットと比較する。
実施例14:抗CD19(scFv)−Fc(huIgG1)−SIRPα免疫グロブリン融合タンパク質
例示的な抗CD19(scFv)−Fc(huIgG1)−SIRPαの生成は、抗CD19(scFv)CHRI−19Fv1(Nicholson et al,Molecular Immunology 34:1157,1997)およびSIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274: 559,1999)をベースとする。CHRI−19Fv1のDNAおよびタンパク質配列をそれぞれ配列番号59および配列番号60に提供する。SIRPαアレルV2のIgVドメインのDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号7および配列番号8に提供する。抗CD19(scFv)−Fc(huIgG1)−SIRPαV2は、抗CD19(scFv)をFc重鎖のN末端に(G4S) リンカーを介して結合させ、次いでSIRPαV2のIgVドメインをFc重鎖のC末端に(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成する。
抗CD19(scFv)−Fc(huIgG1)−SIRPαV2の発現のため、図1Lにおけるように以下の遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:以下のエレメント:抗CD19重鎖可変ドメイン、それに続く(G4S)リンカーおよび抗CD19軽鎖可変ドメイン、それに続く(G4S)リンカーおよびシステイン(軽鎖とのジスルフィド結合を天然に形成する)がセリンに突然変異しているヒト重鎖ヒンジ領域(EPKSS、配列番号50)、それに続く定常ドメイン2および3、それに続く(G4S)リンカーおよびSIRPαV2のIgVドメインをコードする構築物CHRI−19Fv1(VH)−リンカー−CHRI−19Fvl(VL)−(G4S)−H−CH2−CH3−(G4S)−SIRPαV2(配列番号63)。この構築物についての対応するアミノ酸配列を配列番号64に示す。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗CD47(抗CD47 huIgG1)、scFvフォーマットの抗CD19(抗CD19(scFv))、およびFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2)(図1C)を対照として生成して抗CD19(scFv)−Fc(huIgG1)−SIRPαV2フォーマットと比較する。
実施例15:SIRPα−Fcab(HER2)免疫グロブリン融合タンパク質
15(A)SIRPα−Fcab(HER2)の構築および発現
例示的なSIRPα−Fcab(HER2)の生成は、SIRPαタンパク質(Jiang et al,JBC 274:559,1999)および抗HER2 Fcab H10−03−6(Wozniak-Knopp et al,PEDS 23:289,2010)をベースとする。SIRPαアレルV2のIgVドメインのDNAおよびタンパク質配列をそれぞれ配列番号7および配列番号8に提供する。Fcab(HER2)のDNAおよびタンパク質配列を、それぞれ配列番号65および配列番号66に提供する。SIRPαV2−Fcab(HER2)は、SIRPαV2のIgVドメインをFcab(HER2)のN末端に(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成する。
SIRPαV2−Fcab(HER2)の発現のため、図1Fにおけるように以下の遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:以下のエレメント:SIRPαV2、それに続く(G4S)リンカーおよびシステイン(軽鎖とのジスルフィド結合を天然に形成する)がセリンに突然変異しているヒト重鎖ヒンジ領域(EPKSS、配列番号50)、それに続くHER2にAB、CD、およびEFループを介して結合するように改変された定常ドメイン2および定常ドメイン3をコードする構築物SIRPαV2−(G4S)−H−CH2−CH3(抗HER2)(配列番号67)。この構築物についての対応するアミノ酸配列を配列番号68に示す。
SIRPαV2−Fcab(HER2)の発現のため、ベクターを、Expi293細胞中にExpi293fectin(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して一過的に形質移入した。タンパク質を、プロテインA親和性クロマトグラフィーによる単一ステップで精製した。分子の発現を、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS−PAGE)およびサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)上で確認した。SDS−PAGEのため、精製タンパク質試料をDTTにより還元し、NuPAGE MES 4-12% Gel上で200Vにおいて35分間ランさせ、次いでクーマシー染色した。ゲル中の主要バンドは、予測分子量(MW)を>95%純度で有した(図19A)。図19Aにおいて、レーン1は分子量(MW)マーカーを示し、レーン2はSIRPαV2−Fcab(HER2)の予測MW(40kDa)を示す。SECのため、精製タンパク質試料を、50mMのリン酸ナトリウム、400mMの過塩素酸ナトリウム、pH6.3+0.1および38+2.0mS/cmにより平衡化されたTSK-GEL Super SW3000SECカラム4.6×300mm(Tosoh Biosciences、東京、日本)上で分析した。サイズ排除クロマトグラフィーは、単量体SIRPαV2−Fcab(HER2)についての約80kDaの予測MWにおけるピークを示した(図19B)。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗HER2および抗CD47(抗HER2 huIgG1および抗CD47 huIgG1)、Fcab(HER2)、およびFc−融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−FcおよびFc−SIRPαV2)(図1C)を対照として生成してSIRPαV2−Fcab(HER2)フォーマットと比較した。
15(B)(i)細胞上で発現されたCD47へのSIRPα−Fcab(HER2)の結合
細胞表面上で発現されたCD47に結合するSIRPαV2−Fcab(HER2)の能力を計測し、対照分子と比較した。CD47により形質移入されたウェル当たり2×10個のCHO細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度の抗体と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、SIRPαV2−Fcab(HER2)、抗CD47、およびSIRPα−Fcが形質移入CHO細胞上で発現されたCD47に結合したが、HER2は発現されないため抗HER2およびFcab(HER2)が結合しなかったことを示す(図20A)。
15(B)(ii)両方の抗原を発現する細胞上のSIRPα−Fcab(HER2)の結合アビディティ
HER2を過剰発現し、CD47を発現するヒトBT474乳腺/乳腺腺癌細胞上で、細胞表面上のHER2およびCD47にアビディティにより結合するSIRPαV2−Fcab(HER2)の能力を計測した。ウェル当たり2×10個のBT474細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度のSIRPαV2−Fcab(HER2)、SIRPαV2−Fc、Fcab(HER2)、抗HER2、および抗CD47と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。
結果は、BT474細胞へのSIRPαV2−Fcab(HER2)結合が、特により低い濃度においてFcab(HER2)の結合と比較して向上したことを示し(図20B)、アビディティについての強力な証拠を提供する。同一細胞上の2つの腫瘍標的への結合により腫瘍細胞への結合をアビディティを利用するSIRPαV2−Fcab(HER2)の能力は、より特異的な標的化およびより少ないインビボ副作用をもたらし得る。
実施例16:CD47結合に影響を与えるSIRPα残基を同定するコンピュータ利用法
当業者が精通するコンピュータ利用法を使用してCD47へのSIRPαの結合に影響を与え得るSIRPα残基を同定し、CD47に対するSIRPαの結合親和性を減少または増加させる潜在性を有する突然変異を予測し、実験により追求する価値のある候補を同定した。手短に述べると、CD47/SIRPα複合体の結晶構造を分析してCD47結合に影響を与えることが予測されるSIRPα残基位置を同定した。
コンピュータによる突然変異誘発をSIRPα位置の選択セットに対して実施して野生型SIRPαと比較した種々の推定突然変異の結合エネルギーの差についての値を得、野生型SIRPαに対して低減したCD47についての親和性または増加した親和性のいずれかを有することが予測される突然変異を分類するために閾値を設定した。低減または増加した親和性SIRPαバリアントの指定のために設定する閾値が重複したため、表1および表2(以下参照)に列記されるコンピュータにより予測された突然変異の有意な重複も存在した。
主として表2からの単一点突然変異を含有する33のSIRPαバリアントを、さらなる実験による特徴付けのために選択した(実施例17の表3参照)。
実施例17:抗EGFR−huIgG1−SIRPαバリアント
17(A)抗EGFR−huIgG1−SIRPαバリアントの構築および発現
抗体−SIRPαバリアントを、実施例4に記載の抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2に関して生成した。SIRPαアレルV2のIgVドメイン中の突然変異を表3(配列番号8を参照)に列記する。抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2バリアントは、抗EGFR重鎖ポリペプチドのC末端をバリアントSIRPαV2のIgVドメインに(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成した。
抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2バリアントのそれぞれの発現のため、図1Aにおけるように以下の2つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:(1)それぞれのバリアントについて表3に列記される特定の突然変異をコードするように改変される配列を有する構築物VH(抗EGFR)−CH1−H−CH2−CH3−(G4S)−SIRPαV2(配列番号19);この構築物は、以下のエレメントをコードした:抗EGFR重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3アイソタイプIgG1、それに続く(G4S)リンカーおよびバリアントSIRPαV2のIgVドメインならびに(2)以下のエレメント:抗EGFR軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメインをコードする構築物VL(抗EGFR)−CL(配列番号13)。これら2つの構築物についての対応するアミノ酸配列を、それぞれ配列番号20(配列は、表3に列記される特定の突然変異を含むように改変しなければならない)および配列番号14に示す。
抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2バリアントのそれぞれの発現のため、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2バリアントのそれぞれについての2つのベクターのセットを、Expi293細胞中にExpi293fectin(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して一過的に同時形質移入した。タンパク質を、プロテインA親和性クロマトグラフィーによる単一ステップで精製した。2つのポリペプチドの発現および完全四量体分子のアセンブリを、サイズ排除クロマトグラフィー(SEC)上で確認した。SECのため、精製タンパク質試料を、50mMのリン酸ナトリウム、400mMの過塩素酸ナトリウム、pH6.3+0.1および38+2.0mS/cmにより平衡化されたTSK-GEL Super SW3000SECカラム4.6_300mm(Tosoh Biosciences、東京、日本)上で分析した。サイズ排除クロマトグラフィーは、単量体抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2についての約173kDaの予測MWにおけるピークを示した。全てのSECピークに対する単量体ピークの割合を表3のそれぞれのバリアントについて報告した。
さらに、野生型抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(「WT」)、キメラ抗体B6H12/huIgG1(「抗CD47」)、および複数の突然変異を有する抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(「1D4」(V27I/K53R/S66T/K68R/F103V)、(Weiskopf,Science 341:88,2013);「AS2」(K53R/S66T/K68R);および「AS1」(L4V/V27I/I31T/K53R/S66T/K68R/F94L))を陽性対照として生成し、抗EGFRを陰性対照として生成した。
17(B)(i)細胞上で発現されたCD47への抗EGFR−huIgG1−SIRPαバリアントの結合
細胞表面上で過剰発現されたCD47に結合する抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2バリアントの能力を計測し、対照分子と比較した。高レベルのCD47を発現するように形質移入されたウェル当たり2×10個のCHO細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度の抗体と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。それぞれのバリアントについて、CHO細胞上で発現されたCD47への結合について、Graph Pad Prismによりデータをシグモイド曲線(log(アゴニスト)対応答−変数傾斜(4つのパラメータ))にフィットさせることによりEC50を計算し、表3に報告した。
結果は、多くの抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2バリアント、例として、V6I、V27I、I31R、I31T、Q37H、Q37W、H56P、およびS66Qが、形質移入CHO細胞上で発現されたCD47に、野生型抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2よりも高い親和性で結合したことを示す(表3)一方、バリアントE54PおよびM72Rは類似の親和性で結合した。予測されるとおり、陽性対照の抗CD47、1D4、AS2、およびAS1もCD47により大きい親和性で結合し、陰性対照の抗EGFRは結合しなかった。それというのも、EGFRは発現されないためである。結果は、SIRPα中の単一点突然変異がCD47についてのSIRPαの親和性を増加させるために十分であることを示す。
固有結合親和性を比較するため、すなわち、高い受容体密度において生じる二価エンゲージメントに起因するアビディティ効果を最小化するため、低レベルのCD47を発現する細胞への抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2バリアントおよび対照分子の結合を決定した。ウェル当たり2×10個のCD47LOヒトRamosリンパ腫細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された変動濃度の抗体と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、細胞を、PBS+1%のFBS中で1:200希釈されたFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)と氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。それぞれのバリアントについて、Ramos細胞上で発現されたCD47への結合について、Graph Pad Prismによりデータをシグモイド曲線(log(アゴニスト)対応答−変数傾斜(4つのパラメータ))にフィットさせることによりEC50を計算し、表3に報告した。
結果は、多くの抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2バリアント、例として、V6I、V271、I31R、I31T、Q37H、Q37W、E54P、H56P、S66Q、およびM72RがRamos細胞上で発現されたCD47に、野生型抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2よりも高い親和性で結合したが(表3)、バリアント間のEC50値の差は、CD47HI細胞について見られる差と比較して大きかったことを示す。予測されるとおり、陽性対照の抗CD47、1D4、AS2、およびAS1もCD47により大きい親和性で結合し、陰性対照の抗EGFRはRamos細胞に結合しなかった。それというのも、EGFRは発現されないためである。
血球の細胞表面上で発現されたCD47に結合するより高い親和性の抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2バリアントの能力を計測し、対照分子と比較した。健常ヒトドナーからのウェル当たり2×10個の新鮮全血細胞を、PBS+1%のFBS中で希釈された50μg/mlのタンパク質と96ウェルプレート中で氷上で60分間インキュベートした。PBS+1%のFBSにより洗浄した後、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2バリアントの結合を検出するためのPBS+1%のFBS中1:200希釈のFITC F(ab’)2ヤギ抗ヒトIgG、Fcγ(Jackson ImmunoResearch,West Grove,PA)および赤血球を選択するための1:100の希釈のPEマウス抗ヒトCD235a(BD Biosciences,San Jose,CA)と細胞を氷上で60分間インキュベートした。再度洗浄した後、細胞をPBS中1%のホルムアルデヒドにより固定した。細胞をフローサイトメトリー(MACSQuant,Miltenyi Biotec,Cologne,Germany)により分析した。50μg/mlのそれぞれの抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2バリアントにおける蛍光強度中央値(MFI)を決定し、表3に報告した。さらに、赤血球への結合の程度を抗CD47 MFIの%((100×(タンパク質のMFI)/(抗CD47のMFI))として表現した。
結果は、既に示されたとおり(図7B)、抗CD47が赤血球上で発現されたCD47に結合するが、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2が結合しない(表3)ことを裏付けた。抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2バリアントのいくつか、例として、V6I、V27I、I31T、Q37H、E54P、およびM72Rは、野生型抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(抗CD47結合の3%以下)と同様に、赤血球への結合の欠落を保持した。しかしながら、他のバリアント、例として、I31RおよびS66Qは、陽性対照1D4(53%)、AS2(12%)、およびAS1(37%)と同様に、いくらかの赤血球への結合レベル(それぞれ、抗CD47結合の12%および21%)を有した。Q37WおよびH56Pのみが赤血球に弱く結合した(抗CD47結合の4%)。
癌の治療における抗EGFR−huIgG1−SIRPα融合タンパク質の治療指数を潜在的に改善するため、抗EGFR−huIgG1−SIRPαと比較してCD47HIおよびCD47LO細胞上のCD47への結合の最適な増加、および赤血球への結合の相対欠落(特に、抗CD47と比較して)を有する抗EGFR−huIgG1−SIRPαバリアントを選択することが望ましいことがある。例えば、野生型抗EGFR−huIgG1−SIRPαと比較して約5倍から約30倍のCD47LO細胞への結合の増加、および抗CD47と比較して約30%以下、約10%以下、約5%以下、または約3%以下の赤血球への結合を有するバリアントを選択することができる。このような基準を満たす場合、例示的バリアント抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)の生物学的活性をさらに特徴付けした。異なる腫瘍抗原、例えば、CD20またはHER2を標的化する抗体−SIRPα融合タンパク質の治療指数を改善するため、類似の基準を使用して最適なSIRPαバリアントを選択することができることが企図される。
実施例18:抗EGFR−huIgG1−SIRPα(Q37W)
18(A)抗EGFR−huIgG1−SIRPα(Q37W)の構築および発現
抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)の発現のため、実施例17からの抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)ベクターを、Expi293細胞中にExpi293fectin(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して一過的に同時形質移入した。タンパク質を、プロテインA親和性クロマトグラフィーによる単一ステップで精製した。2つのポリペプチドの発現および完全四量体分子のアセンブリを、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS−PAGE)およびサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)上で確認した。SDS−PAGEのため、精製タンパク質試料をDTTにより還元し、NuPAGE MES 4-12% Gel上で200Vにおいて35分間ランさせ、次いでクーマシー染色した。ゲル上の2つの主要バンドは、予測分子量(MW)および正確な化学量論比を>95%純度で有した(図22A)。図22Aにおいて、レーン1は分子量(MW)マーカーを示し、レーン2は予測MW(64,23kDa)および抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)の2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示す。SECのため、精製タンパク質試料を、50mMのリン酸ナトリウム、400mMの過塩素酸ナトリウム、pH6.3+0.1および38+2.0mS/cmにより平衡化されたTSK-GEL Super SW3000SECカラム4.6_300mm(Tosoh Biosciences、東京、日本)上で分析した。サイズ排除クロマトグラフィーは、単量体抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)についての約173kDaの予測MWにおけるピークを示した(図22B)。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗EGFRおよび抗CD47(抗EGFR huIgG1および抗CD47 huIgG1)ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−Fc、Fc−SIRPαV2、およびFc−SIRPαV2(Q37W))(図1C)ならびに野生型抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2を対照として生成して抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)と比較した。
18(B)抗EGFR−huIgG1−SIRPα(Q37W)のインビトロ生物学的活性
赤血球を赤血球凝集させる抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)の能力を決定し、対照分子と比較した。ウェル当たり30〜50μlの新鮮ヒト全血細胞を、100μlのHBSS+0.5%のBSAの総容量で1、3、10および30μg/mlの試験タンパク質と、96ウェルプレート中で37℃において2〜4時間インキュベートした。プレートを遠心分離し、上清を除去した。細胞ペレットを100μlのPBSにより再懸濁させた。ウェルを、RBCの完全可溶化(赤血球凝集なし)、部分的なペレットおよび可溶化(+赤血球凝集)および可溶化なしの細胞の緻密ペレット(++赤血球凝集)間で順位付けした。
結果は、抗CD47が赤血球を赤血球凝集させるが(3μg/mlにおいて+赤血球凝集、ならびに10および30μg/mlにおいて++赤血球凝集)、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2は全ての試験濃度において赤血球凝集させないことを裏付け、図7Bに示される赤血球結合の欠落と相関した(データ示さず)。赤血球への抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)の増加した結合にもかかわらず、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)も、全ての試験濃度において、赤血球を赤血球凝集させなかった。このデータは、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)が、赤血球関連毒性を増加させない結合の増加により、より良好な治療指数を達成し得るというさらなる補強証拠を提供する。
18(C)抗EGFR−huIgG1−SIRPα(Q37W)のインビボ生物学的活性
抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)の有用性は、インビボ実験により示される。同所性肺腫瘍モデルにおいて、NOD−SCIDマウスに、2.5×10個のヒトA549−luc扁平上皮癌細胞を静脈内注射し、次いで400μg/マウスの抗体アイソタイプ対照、250μg/マウスの抗EGFR、298μg/マウスの抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2、または等モル量の融合タンパク質である298μg/マウスの抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)を腹腔内注射した。全ての群(n=8)は、週2回の処理を3週間受け、結果を肺からの生物発光シグナル、一般的健康状態、例えば、死亡前に10〜14日だけ生じる麻痺、およびマウスの生存率として報告した。
抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)融合タンパク質による処理は、2つの単独療法および抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2よりも優れていることが見出された(図23)。融合タンパク質のSIRPαV2部分中の単一Q37W突然変異の導入は、生存日数中央値を、野生型抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2についての43.5日から55日に改善し、差は高度に有意である(p=0.0019)。結果は、CD47についてのSIRPαの親和性の増加が、向上した抗腫瘍効力をもたらしたことを明らかに示し、理論により拘束されるものではないが、それは向上したアビディティドライブCD47結合、および免疫細胞による排除のためのA549細胞の標的化により最も容易に説明することができる。次いで、野生型抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2は、抗EGFR抗体よりも有効であり、生存日数中央値を35.5日から43.5日に延長させ(p=0.0187)、事前の実験(図9B)において観察されたものを裏付けた。したがって、このデータは、抗EGFR−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)が、赤血球関連毒性を増加させない効力の改善により、より良好な治療指数を達成し得るというさらなる補強証拠を提供する。
実施例19:抗CD20−huIgG1−SIRPα(Q37W)
19(A)抗CD20−huIgG1−SIRPα(Q37W)の構築および発現
例示的な抗CD20−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)の生成は、実施例2に記載の抗CD20−huIgG1−SIRPαV2をベースとする。抗CD20−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)は、抗CD20重鎖ポリペプチドのC末端を、Q37W突然変異を含有するバリアントSIRPαV2のIgVドメインに(G4S)リンカーを介して結合させることにより生成した。
抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の発現のため、図1Aにおけるように以下の2つの遺伝子構築物を標準的な組換えDNA技術によりアセンブルし、哺乳動物発現ベクターpTT5(分泌のためのマウス軽鎖シグナルペプチド配列を含有)中にクローニングした:(1)以下のエレメント:抗CD20重鎖可変ドメイン、それに続くヒト重鎖定常ドメイン1〜3アイソタイプIgG1、それに続く(G4S)リンカーおよびQ37Wにおける突然変異を有するバリアントSIRPαV2のIgVドメインをコードする構築物VH(抗CD20)−CH1−H−CH2−CH3−(G4S)−SIRPαV2(Q37W)(突然変異Q37WをコードするSIRPαアレルV2により変更された配列番号11)ならびに(2)抗CD20軽鎖可変ドメイン、それに続くヒトカッパ軽鎖定常ドメインをコードする構築物VL(抗CD20)−CL(配列番号1)。これら2つの構築物についての対応するアミノ酸配列を、それぞれ、SIRPαアレルV2突然変異Q37Wをさらに含有する配列番号12および配列番号2に示す。
抗CD20−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)発現のための2つのベクターのセットを、Expi293細胞中にExpi293fectin(Life Technologies,Grand Island,NY)を使用して一過的に同時形質移入した。タンパク質を、プロテインA親和性クロマトグラフィーによる単一ステップで精製した。2つのポリペプチドの発現および完全四量体分子のアセンブリを、SDS−PAGEおよびSEC上で確認した。SDS−PAGEのため、精製タンパク質試料をDTTにより還元し、NuPAGE MES 4-12% Gel上で200Vにおいて35分間ランさせ、次いでクーマシー染色した。ゲル上の2つの主要バンドは、予測MWおよび正確な化学量論比を>95%純度で有した(図24A)。図24Aにおいて、レーン1は分子量(MW)マーカーを示し、レーン2は予測MW(63,23kDa)および抗CD20−huIgG1−SIRPαV2の2つのポリペプチドの正確な化学量論比(1:1)を示す。SECのため、精製タンパク質試料を、50mMのリン酸ナトリウム、400mMの過塩素酸ナトリウム、pH6.3+0.1および38+2.0mS/cm2により平衡化されたTSK-GEL Super SW3000SECカラム4.6×300mm(Tosoh Biosciences、東京、日本)上で分析した。サイズ排除クロマトグラフィーは、単量体抗CD20−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)についての約172kDaの予測MWにおけるピークを示した(図24B)。
さらに、標準的なモノクローナル抗体フォーマットの抗CD20および抗CD47(抗CD20 huIgG1および抗CD47 huIgG1)ならびにFc融合タンパク質フォーマットのSIRPα(SIRPαV2−Fc、Fc−SIRPαV2、およびFc−SIRPαV2(Q37W))(図1C)ならびに実施例2からの野生型抗CD20−huIgG1−SIRPαV2を対照として生成して抗CD20−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)と比較した。
19(B)抗CD20とFc−SIRPαV2(Q37W)との組合せのインビボ生物学的活性
抗CD20−huIgG1−SIRPαV2と比較して改善された抗CD20−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)の生物学的活性についての指標として、マウスにおける播種性リンパ腫モデルを使用して抗CD20と、Fc−SIRPαV2またはFc−SIRPαV2(Q37W)とのいずれかの組合せを試験した。SCIDマウスに、5×10個のCD20+ヒトDaudiリンパ腫細胞を静脈内注射し、次いで25μg/マウスの抗体アイソタイプ対照、25μg/マウスの抗CD20、25μg/マウスの抗CD20および14μg/マウスのFc−SIRPαV2の組合せ、または25μg/マウスの抗CD20および14μg/マウスのFc−SIRPαV2(Q37W)の組合せを腹腔内注射した。全ての群(n=10)は、週2回の処理を3週間受け、結果を一般的健康状態、例えば、死亡前に10〜14日だけ生じる麻痺、およびマウスの生存率として報告した。
本実験は依然として完了されていない一方、処理開始の100日後において、抗CD20およびFc−SIRPαV2(Q37W)の組合せにより処理された10匹のマウスの10匹、ならびに抗CD20およびFc−SIRPαV2の組合せにより処理された10匹のマウスの8匹が、抗CD20単独により処理された10匹のマウスの6匹と比較して依然として生存することが見出された(図25)。したがって、これまでのところ、抗CD20およびFc−SIRPαV2(Q37W)の組合せによる処理が、抗CD20およびFc−SIRPαV2の組合せよりも優れており、次いでそれは抗CD20単独療法よりも優れていることが見出された。抗CD20−huIgG1−SIRPαV2(Q37W)も、抗CD20−huIgG1−SIRPαV2と比較して改善された活性を有することが予測される。

Claims (71)

  1. SIRPα免疫グロブリン融合タンパク質であって、
    配列番号6の残基3〜115または配列番号8の残基3〜114に対して少なくとも80%同一であるアミノ酸配列を含むSIRPαまたはSIRPαバリアントのIgV細胞外ドメインと;
    疾患促進細胞上の表面抗原に結合する免疫グロブリン分子またはその一部と
    を含むSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質。
  2. 前記疾患促進細胞が腫瘍細胞であり、前記表面抗原が腫瘍抗原である、請求項1に記載のSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質。
  3. 前記SIRPαバリアントが、配列番号6の残基3〜115または配列番号8の残基3〜114に対して少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項1または2に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  4. 前記SIRPαバリアントが、配列番号6の残基1〜115または配列番号8の残基1〜114に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項1〜3に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  5. 前記SIRPαバリアントが、配列番号193の残基1〜114、配列番号194の残基1〜115、配列番号195の残基1〜115、配列番号196の残基1〜115、配列番号197の残基1〜114、配列番号198の残基1〜114、配列番号199の残基1〜115、配列番号200の残基1〜114、および配列番号190の残基1〜115からなる群から選択される配列に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  6. 前記IgV細胞外ドメインが、配列番号6の残基1〜115、配列番号8の残基1〜114、配列番号193の1〜114、配列番号194の残基1〜115、配列番号195の残基1〜115、配列番号196の残基1〜115、残基197の残基1〜114、配列番号198の残基1〜114、配列番号199の残基1〜115、配列番号200の残基1〜114、および配列番号190の残基1〜115からなる群から選択される配列を含む、請求項1に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  7. 前記SIRPαバリアントが、配列番号6の残基1〜343に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  8. 前記SIRPαバリアントが、配列番号6または配列番号8の6、27、31、37、54、56、66、または72位に対応する1つ以上の位置におけるアミノ酸の改変を含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  9. 前記改変が、V6I;V27I;A27I;I31R;I31T;Q37W;Q37H;E54P;H56P;S66Q;L66Q;およびM72Rからなる群から選択される置換である、請求項8に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  10. 前記改変が、V6Iである、請求項8に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  11. 前記改変が、V27IまたはA27Iである、請求項8に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  12. 前記改変が、I31Rである、請求項8に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  13. 前記改変が、I31Tである、請求項8に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  14. 前記改変が、Q37Wである、請求項8に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  15. 前記改変が、Q37Hである、請求項8に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  16. 前記改変が、E54Pである、請求項8に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  17. 前記改変が、H56Pである、請求項8に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  18. 前記改変が、S66QまたはL66Qである、請求項8に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  19. 前記改変が、M72Rである、請求項8に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  20. 前記SIRPαバリアントが、配列番号6または配列番号8の4、6、27、31、35、37、47、52、53、54、56、66、67、68、72、92、または94位に対応する1つ以上の位置におけるアミノ酸の改変を含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  21. 前記改変が、アミノ酸の置換、欠失、または挿入である、請求項20に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  22. 前記改変が置換である、請求項21に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  23. 前記置換が、
    a.L4Vである、4位に対応する位置における置換;
    b.V6A、V6C、V6D、V6E、V6G、V6I、V6L、V6M、V6N、V6Q、V6S、もしくはV6Tから選択される配列番号6もしくは配列番号8の6位に対応する位置における置換;
    c.A27C、A27D、A27G、A27H、A27I、A27L、A27N、A27K、A27Q、A27R、A27S、A27T、A27Vから選択される配列番号6の27位に対応する位置;もしくはV27A、V27C、V27D、V27G、V27H、V27I、V27K、V27L、V27N、V27Q、V27R、V27S、V27Tから選択される配列番号8の27位に対応する位置における置換;
    d.I31A、I31C、I3IE、I31K、I31Q、I31R、I31T、もしくはI31Vから選択される配列番号6もしくは配列番号8の31位に対応する位置における置換;
    e.P35A、P35C、P35E、P35G、P35N、P35Q、もしくはP35Sから選択される配列番号6もしくは配列番号8の35位に対応する位置における置換;
    f.Q37A、Q37C、Q37E、Q37G、Q37H、Q37K、Q37L、Q37M、Q37N、Q37R、Q37S、Q37T、もしくはQ37Wから選択される配列番号6もしくは配列番号8の37位に対応する位置における置換;
    g.E47A、E47C、E47D、E47F、E47G、E47H、E47I、E47K、E47L、E47M、E47N、E47Q、E47R、E47S、E47T、E47V、E47W、もしくはE47Yから選択される配列番号6もしくは配列番号8の47位に対応する位置における置換;
    h.Q52A、Q52C、Q52E、Q52H、もしくはQ52Mから選択される配列番号6もしくは配列番号8の52位に対応する位置における置換;
    i.K53Rである、53位に対応する位置における置換;
    j.E54DもしくはE54Pから選択される配列番号6もしくは配列番号8の54位に対応する位置における置換;
    k.H56A、H56C、H56D、H56E、H56F、H56G、H56I、H56K、H56L、H56M、H56N、H56P、H56Q、H56R、H56S、H56T、H56V、H56W、もしくはH56Yから選択される配列番号6もしくは配列番号8の56位に対応する位置における置換;
    l.L66A、L66C、L66D、L66E、L66F、L66G、L66H、L66I、L66K、L66M、L66N、L66P、L66Q、L66S、L66T、L66V、L66W、L66Yから選択される配列番号6の66位に対応する位置;もしくはS66A、S66C、S66D、S66E、S66F、S66G、S66H、S66I、S66I、S66K、S66L、S66M、S66N、S66P、S66Q、S66R、S66V、S66W、S66Yから選択される配列番号8の66位に対応する位置における置換;
    m.T67A、T67C、T67D、T67E、T67F、T67G、T67H、T67I、T67L、T67M、T67N、T67Q、T67R、T67S、T67V、T67W、もしくはT67Yから選択される配列番号6もしくは配列番号8の67位に対応する位置における置換;
    n.K68Rである、68位に対応する位置における置換;
    o.M72A、M72C、M72D、M72E、M72F、M72G、M72H、M72I、M72K、M72L、M72N、M72Q、M72R、M72S、M72T、M72V、M72W、もしくはM72Yから選択される配列番号6もしくは配列番号8の72位に対応する位置における置換;
    p.V92A、V92C、V92D、V92E、V92G、V92I、V92M、V92N、V92Q、V92R、V92S、もしくはV92Tから選択される配列番号6もしくは配列番号8の92位に対応する位置における置換;および/または
    q.F94Lである、94位に対応する位置における置換
    から選択される1つ以上である、請求項21または22に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  24. 前記免疫グロブリン分子またはその一部が、抗体可変ドメインを含む、請求項1〜23のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  25. 前記免疫グロブリン分子またはその一部が、抗原結合部位を含有するように遺伝子操作されたFc領域を含む、請求項1〜23のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  26. 抗原結合部位を含有するように遺伝子操作された前記Fc領域が、Fcab部分を含む、請求項25に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  27. 前記免疫グロブリン分子が、インタクト抗体を含む、請求項1〜23のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  28. 前記免疫グロブリン分子が、抗体の抗原結合部分を含む、請求項1〜23のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  29. 前記SIRPαまたはSIRPαバリアントが、抗体軽鎖またはその一部に連結されている、請求項1〜28のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  30. 前記SIRPαまたはSIRPαバリアントが、抗体重鎖またはその一部に連結されている、請求項1〜28のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  31. Fab抗体断片、F(ab’)2抗体断片、または単鎖抗体を含む免疫グロブリン分子の一部を含む、請求項1〜23のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  32. 前記免疫グロブリン分子またはその一部が、前記SIRPαまたはSIRPαバリアントにリンカー部分を介して連結されている、請求項1〜23のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  33. 前記SIRPαまたはSIRPαバリアントが、そのN末端において前記免疫グロブリン分子またはその一部に連結されている、請求項1〜32のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  34. 前記SIRPαまたはSIRPαバリアントが、そのC末端において前記免疫グロブリン分子またはその一部に連結されている、請求項1〜32のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  35. 前記SIRPαまたはSIRPαバリアントが、前記免疫グロブリン分子またはその一部のN末端に連結されている、請求項1〜32のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  36. 前記SIRPαまたはSIRPαバリアントが、前記免疫グロブリン分子またはその一部のC末端に連結されている、請求項1〜32のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  37. 前記腫瘍抗原が、HER2、HER3、EGFR、CD20、GD2、PD−L1、およびCD19からなる群から選択される、請求項1〜36のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  38. 前記抗体が、抗EGFR抗体である、請求項27に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  39. 前記抗EGFR抗体が、セツキシマブである、請求項38に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  40. 前記抗EGFR抗体が、セツキシマブの相補性決定領域を含む、請求項38に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  41. SIRPα免疫グロブリン融合タンパク質であって、
    配列番号190の残基1〜115に対して少なくとも80%同一であるアミノ酸配列を含むSIRPαまたはSIRPαバリアントのIgV細胞外ドメイン;および
    疾患促進細胞上の表面抗原に結合する免疫グロブリン分子またはその一部
    を含むSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質。
  42. 前記疾患促進細胞が、腫瘍細胞であり、前記表面抗原が、腫瘍抗原である、請求項41に記載のSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質。
  43. 前記SIRPαバリアントが、配列番号190の残基1〜115に対して少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項42に記載のSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質。
  44. 前記SIRPαバリアントが、配列番号190の6、27、31、37、54、56、66、または72位に対応する1つ以上の位置におけるアミノ酸の改変を含む、請求項41〜43のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  45. 前記改変が、V6I;V27I;A27I;I31R;I31T;Q37W;Q37H;E54P;H56P;S66Q;L66Q;およびM72Rからなる群から選択される、請求項44に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  46. SIRPα免疫グロブリン融合タンパク質であって、
    抗EGFR抗体またはその抗原結合部分;および
    配列番号6の残基1〜115または配列番号8の残基1〜114に対して少なくとも80%同一であるアミノ酸配列を含むSIRPαまたはSIRPαバリアントのIgV細胞外ドメイン
    を含むSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質。
  47. 前記抗EGFR抗体が、セツキシマブの重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含む、請求項46に記載のSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質。
  48. 前記抗EGFR抗体が、セツキシマブの相補性決定領域を含む、請求項46に記載のSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質。
  49. 前記抗EGFR抗体が、セツキシマブである、請求項46に記載のSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質。
  50. 前記EGFR抗体が、セツキシマブ、パニツムマブ、ニモツズマブ、マツズマブ、フツキシマブ、イムガツズマブおよびネシツムマブからなる群から選択される、請求項46に記載のSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質。
  51. 前記抗EGFR抗体が、セツキシマブ、パニツムマブ、ニモツズマブ、マツズマブ、フツキシマブ、イムガツズマブおよびネシツムマブから選択される抗体の相補性決定領域を含む、請求項50に記載のSIRPα免疫グロブリン融合タンパク質。
  52. 前記SIRPαバリアントが、配列番号6または配列番号8の6、27、31、37、54、56、66、または72位に対応する1つ以上の位置におけるアミノ酸の改変を含む、請求項46〜51のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  53. 前記改変が、V6I;V27I;A27I;I31R;I31T;Q37W;Q37H;E54P;H56P;S66Q;L66Q;およびM72Rからなる群から選択される置換である、請求項52に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  54. 前記SIRPαバリアントが、配列番号6または配列番号8の37位に対応する位置におけるアミノ酸の改変を含み、前記置換が、Q37Wである、請求項46〜53のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  55. 免疫グロブリン融合タンパク質であって、
    腫瘍細胞抗原に結合する免疫グロブリン分子またはその一部;および
    配列番号6の残基3〜115または配列番号8の3〜114に対して少なくとも80%同一であるアミノ酸配列を含むSIRPαまたはSIRPαバリアントのIgV細胞外ドメインを含むCD47結合部分
    を含み;
    抗CD47抗体に対する%赤血球(RBS)結合平均蛍光強度(MFI)を100%において較正する場合、35%以下の%RBC結合MFIを有し、前記抗CD47抗体は、B6H12/huIgG1であり、
    非赤血球上のCD47抗原にも結合する、
    免疫グロブリン融合タンパク質。
  56. SIRPαまたはSIRPαバリアントの前記IgV細胞外ドメインが、配列番号6の残基3〜115または配列番号8の3〜114に対して少なくとも85%同一、少なくとも90%同一、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項55に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  57. SIRPαまたはSIRPαバリアントの前記IgV細胞外ドメインが、配列番号6の1〜115または配列番号8の1〜114に対して少なくとも85%同一、少なくとも90%同一、または少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項55または56に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  58. 前記腫瘍細胞抗原が、EGFRである、請求項55〜57のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  59. 前記免疫グロブリン分子が、インタクト抗体である、請求項55〜58のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  60. 前記抗体が、抗EGFR抗体である、請求項59に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  61. 前記抗EGFR抗体が、セツキシマブである、請求項60に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  62. 30%未満、25%未満、20%未満、15%未満、10%未満、5%未満、4%未満、3%未満、2%未満、または1%未満の%RBC結合MFIを有する、請求項55〜61のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  63. 0〜1%、0〜2%、0〜3%、0〜4%、1〜2%、1〜3%、1〜4%、2〜3%、2〜4%、3〜4%、5〜10%、3〜7%、または3〜10%の%RBC結合MFIを有する、請求項55〜61のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  64. 5%以下、4%以下、3%以下、2%以下、または1%以下の%RBC結合MFIを有する、請求項55〜61のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  65. 前記非赤血球が、腫瘍細胞である、請求項55〜61のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質。
  66. 請求項1〜65のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質をコードする1つまたは複数の核酸。
  67. 請求項66に記載の1つまたは複数の核酸を含む細胞。
  68. 請求項67に記載の細胞を、請求項66に記載の1つまたは複数の核酸の発現を可能とする条件下で維持することにより免疫グロブリン融合タンパク質を産生する方法。
  69. 医薬有効量の請求項1〜65のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質および薬学的に許容可能な担体を含む医薬組成物。
  70. 有効量の請求項1〜65のいずれか一項に記載の免疫グロブリン融合タンパク質を癌の治療が必要とされる哺乳動物に投与することを含む、哺乳動物における癌を治療する方法。
  71. 前記癌が、乳癌、結腸直腸癌、肺癌、膵臓癌、子宮内膜癌、卵巣癌、胃癌、前立腺癌、腎臓癌、子宮頸癌、骨髄腫、リンパ腫、白血病、甲状腺癌、子宮癌、膀胱癌、神経内分泌癌、頭頸部癌、肝臓癌、鼻咽腔癌、精巣癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、黒色腫、基底細胞皮膚癌、扁平上皮皮膚癌、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、膠芽細胞腫、神経膠腫、肉腫、中皮腫、または骨髄異形成症候群である、請求項70に記載の方法。
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