JP2013538565A - 体液中の疾患または症状のシグネチャを検出する方法 - Google Patents

体液中の疾患または症状のシグネチャを検出する方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、疾患または症状の診断、予後予測、またはモニタリングにおいて、無細胞体液および血液細胞を使用する方法を提供する。本発明はまた、無細胞体液および血液細胞を使用して疾患または症状のマーカーを同定する方法に関する。

Description

関連出願のデータ
本願は、２０１０年７月２３日に提出された米国特許仮出願第６１／３６７，００６号の優先権を主張するものであり、その全体が全ての目的のため、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の分野
本発明は概して、疾患または症状の診断、予後予測、またはモニタリングにおいて、無細胞体液および血液細胞を使用する方法に関する。本発明はまた、無細胞体液および血液細胞を使用して疾患または症状のマーカーを同定する方法に関する。
本発明の背景
多くの場合、疾患の早期診断により、その疾患の治療または治癒に成功する可能性が高くなる。しかしながら、現在の診断方法は、主として健康な個体から得られた集団由来の平均値に依存する。疾患を有することが分かっていない個体、または再発性の疾患を有する個体において、疾患または症状の存在についての診断、特に早期診断を可能にする、個別化された診断方法が必要とされる。
白血球は、骨髄中の多能性造血幹細胞として始まり、骨髄系（単球、マクロファージ、好中球、好酸球、および好塩基球）またはリンパ系（Ｔリンパ球およびＢリンパ球、ならびにナチュラルキラー細胞）のいずれかに発生する。骨髄系細胞（例えば、好中球およびマクロファージ）の主要な機能は、感染性生物、不要な損傷した生存細胞、老化細胞、および死細胞（アポトーシスおよびネクローシス）の貪食、ならびに細胞片の除去である。健康な動物の貪食細胞は複製せず、二倍体、すなわち、ＤＮＡ量は２ｎである。平均して、各細胞は、＜１０ｎｇのＤＮＡ、＜２０ｎｇのＲＮＡ、および＜３００ｎｇのタンパク質を含有する。非貪食細胞もまた二倍体であり、死細胞または感染性生物の内部移行に関与せず、ＤＮＡ指数（ＤＮＡ ｉｎｄｅｘ）が１である。
種々の白血球亜集団の寿命は、数日（例えば、好中球）から数か月（例えば、マクロファージ）まで様々である。他の細胞種と同様に、白血球は老化して、最後には死に至る。白血球の老化プロセスの間、ヒト血液由来の貪食細胞およびヒト組織由来の貪食細胞（例えば、好中球）は、カスパーゼの活性化、核濃縮、およびクロマチンの断片化を含む、プログラム細胞死（すなわち、アポトーシス）の典型的なマーカーのすべてを提示する。これらの細胞は、細胞膜の細胞外表面上に、多数の「イートミー（ｅａｔ−ｍｅ）」フラッグ（例えば、ホスファチジルセリン、糖類）も提示している。その結果、死につつある細胞および死んだ細胞、ならびにこれらの細胞内断片が、他の貪食細胞によって組織および血液から除去される。
本発明の１つの目的は、無細胞体液および血液細胞を用いることにより、疾患または症状に特異的なマーカー、例えば、核酸、タンパク質、炭水化物、および／または脂質などの検出を容易にすることができる診断方法を提供することである。本発明の別の目的は、疾患または症状に特異的なマーカーを同定する方法を提供し、さらに、該マーカーを単独で、または任意の既知のマーカーと組み合わせて、疾患または症状を診断するために使用することである。
本発明の概要
発明者らは、無細胞体液を、非貪食細胞またはＤＮＡ量が２ｎである貪食細胞（２ｎ貪食細胞）と併用することにより疾患または症状を検出／診断する新規で有用な方法を発明した。ある実施形態では、無細胞体液は、ＤＮＡおよび／またはタンパク質など、病気の細胞の成分を含有し、病気の細胞の代用物として働くが、非貪食細胞または。他の実施形態では、無細胞体液が病気の細胞の代用物として働き、２ｎ貪食細胞がコントロール細胞として働くことがある。
ある態様では、本発明は、（ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、（ｂ）非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および（ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、前記差異が対象における前記疾患または症状の存在を示す、対象における疾患または症状を診断または診断補助する方法を提供する。
別の態様では、本発明は、（ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、（ｂ）非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および（ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、前記差異が対象における前記疾患または症状が発症するリスクを示す、対象における疾患または症状が発症するリスクを評価する方法を提供する。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、（ｂ）非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および（ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、前記差異が対象における前記疾患または症状の予後を示す、対象における疾患または症状を予後予測または予後予測を補助する方法を提供する。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）治療前の対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること；前記治療前の対象の非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること；前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、（ｂ）治療後の前記対象の無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること；前記治療後の対象の非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること；前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、および（ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、前記同定された差異が前記対象における前記疾患または症状に対する治療の有効性を示す、対象における疾患または症状に対する治療の有効性を評価する方法を提供する。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）第１時点における対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること；第１時点における前記対象の非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること；前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、（ｂ）第２時点における前記対象の無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること；第２時点における前記対象の非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること；前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、および（ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、前記同定された差異が前記対象における前記疾患または症状の進行または軽減を示す、対象における疾患または症状の進行または軽減をモニターする方法を提供する。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）化合物を投与する前の対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること；前記化合物を投与する前の対象の非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること；前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、（ｂ）前記化合物を投与した後の前記対象の無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること；前記化合物を投与した後の前記対象の非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること；前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、および（ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、前記同定された差異が、前記化合物が前記対象における前記疾患または症状を改善または治療することができることを示す、対象における疾患または症状を改善または治療することができる化合物を同定する方法を提供する。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、（ｂ）無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および（ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、前記差異が前記対象における前記疾患または症状の存在を示す、対象における疾患または症状を診断または診断を補助する方法を提供する。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、（ｂ）２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および（ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、前記差異が対象における前記疾患または症状が発症するリスクを示す、対象における疾患または症状が発症するリスクを評価する方法を提供する。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、（ｂ）２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および（ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、前記差異が対象における前記疾患または症状の予後を示す、対象における疾患または症状を予後予測または予後予測を補助する方法を提供する。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）治療前の対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること；前記治療前の対象の２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること；前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、（ｂ）治療後の前記対象の無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること；前記治療後の対象の２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること；前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、および（ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、前記同定された差異が前記対象における前記疾患または症状に対する治療の有効性を示す、対象における疾患または症状に対する治療の有効性を評価する方法を提供する。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）第１時点における対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること；第１時点における前記対象の２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること；前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、（ｂ）第２時点における前記対象の無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること；第２時点における前記対象の２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること；前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、および（ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、前記同定された差異が前記対象における疾患または症状の進行または軽減を示す、対象における疾患または症状の進行または軽減をモニターする方法を提供する。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）化合物を投与する前の対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること；前記化合物を投与する前の対象の２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること；前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、（ｂ）前記化合物を投与した後の前記対象の無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること；前記化合物を投与した後の前記対象の２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること；前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、（ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、前記同定された差異が、前記化合物が前記対象における疾患または症状を改善または治療することができることを示す、対象における疾患または症状を改善または治療することができる化合物を同定する方法を提供する。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）疾患または症状を有する対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有する対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第２プロファイルを決定すること；第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、（ｂ）前記疾患または症状を有しないコントロール対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有しないコントロール対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第４プロファイルを決定すること；第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、（ｃ）第２差異セットと比較して第１差異セットに特異的である、１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状に対する１つまたは複数のマーカーを同定する方法を提供する。所望により、この方法は、（ｄ）前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第５プロファイルを得ること；前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第６プロファイルを得ること；第６プロファイルと比較して第５プロファイルに特異的である、第５プロファイルと第６プロファイルとの第３差異セットを同定すること、および（ｅ）第３差異セット中に存在する、（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）疾患または症状を有する対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有しないコントロール対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第２プロファイルを決定すること；第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、（ｂ）前記疾患または症状を有する対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有しないコントロール対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第４プロファイルを決定すること；第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、（ｃ）第２差異セットと比較して第１差異セットに特異的である、１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーを同定する方法を提供する。所望により、前記方法は、（ｄ）前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第５プロファイルを得ること；前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第６プロファイルを得ること；第６プロファイルと比較して第５プロファイルに特異的である、第５プロファイルと第６プロファイルとの第３差異セットを同定すること、および（ｅ）第３差異セット中に存在する、（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）疾患または症状を有する対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有しないコントロール対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第２プロファイルをデータマイニングにより得ること；第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、（ｂ）前記疾患または症状を有する対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有しないコントロール対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第４プロファイルをデータマイニングにより得ること；第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、および（ｃ）第２差異セットと比較して第１差異セットに特異的である、１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーを同定する方法を提供する。所望により、前記方法は、（ｄ）前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第５プロファイルをデータマイニングにより得ること；前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第６プロファイルをデータマイニングにより得ること；第６プロファイルと比較して第５プロファイルに特異的である、第５プロファイルと第６プロファイルとの第３差異セットを同定すること、および（ｅ）第３差異セット中に存在する、（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）疾患または症状を有する対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有する対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第２プロファイルを決定すること；第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、（ｂ）前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第４プロファイルを決定すること；第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、（ｃ）第１差異セットと第２差異セットの両方に存在する１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーを同定する方法を提供する。所望により、前記方法は、（ｄ）前記疾患または症状を有しないコントロール対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第５プロファイルを決定すること；第５プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第５プロファイルとの第３差異セットを同定すること、（ｅ）第３差異セット中に存在する、（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）疾患または症状を有する対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有する対象の２ｎ貪食細胞から、複数の被分析物についての第２プロファイルを決定すること；第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、（ｂ）前記疾患または症状を有しないコントロール対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有しないコントロール対象の２ｎ貪食細胞から、複数の被分析物についての第４プロファイルを決定すること；第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、および（ｃ）第２差異セットと比較して第１差異セットに特異的である、１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーを同定する方法を提供する。所望により、前記方法は、（ｄ）前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第５プロファイルを得ること；前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第６プロファイルを得ること；第６プロファイルと比較して第５プロファイルに特異的である、第５プロファイルと第６プロファイルとの第３差異セットを同定すること、および（ｅ）第３差異セット中に存在する、（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む。
ある実施形態では、マーカーまたは被分析物は、核酸（例えば、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド）、タンパク質（例えば、アミノ酸、ペプチド、酵素、抗原、抗体、サイトカイン、リポタンパク質、糖タンパク質、またはホルモン）、脂質（例えば、脂肪酸、リン脂質、コレステロール）、炭水化物（例えば、単糖類、二糖類、多糖類）、代謝物（例えば、ビタミン、一次代謝物、二次代謝物）、またはこれらの組合せである。
ある実施形態では、プロファイルは、核酸プロファイル（例えば、遺伝子型プロファイル、一塩基多型プロファイル、遺伝子変異プロファイル、遺伝子コピー数プロファイル、ＤＮＡメチル化プロファイル、ＤＮＡアセチル化プロファイル、染色体遺伝子量プロファイル、遺伝子発現プロファイル）、タンパク質プロファイル（例えば、タンパク質発現、タンパク質活性化）、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝物プロファイル、またはこれらの組合せである。ある実施形態では、プロファイルは、定性的アッセイ、定量的アッセイ、またはこれらの組合せにより決定される。
ある実施形態では、１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つは、非貪食細胞と比較して無細胞体液において上方制御または活性化されている。ある実施形態では、１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つは、非貪食細胞と比較して無細胞体液試料において下方制御または抑制されている。ある実施形態では、１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つは、２ｎ貪食細胞と比較して無細胞体液において上方制御または活性化されている。ある実施形態では、１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つは、２ｎ貪食細胞と比較して無細胞体液において下方制御または抑制されている。
ある実施形態では、第１プロファイル、第２プロファイル、第３プロファイル、第４プロファイル、第５プロファイル、または第６プロファイルには、１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つが欠如している。
ある実施形態では、差異は、少なくとも１．０５倍、１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍の差異である。
ある実施形態において、本発明の方法はまた、２ｎ貪食細胞および非貪食細胞を溶解すること、およびこれらの細胞から細胞内容物を抽出することを含む。ある実施形態において、本発明の方法は、無細胞体液から細胞内容物を抽出することを含む。ある実施形態では、無細胞体液は、生存している病気の細胞、死んだ病気の細胞、アポトーシスを起こした病気の細胞、循環腫瘍細胞、感染性因子、胎生細胞、栄養芽細胞、またはこれらの断片を含む。
ある実施形態では、無細胞体液の細胞内容物中に、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーうちの少なくとも１つが存在する。ある実施形態では、非貪食細胞または２ｎ貪食細胞の細胞内容物中に、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーは存在しない。
ある実施形態では、本発明の方法はまた、前記（ｃ）の同定された差異と、疾患または症状の１つまたは複数の既知のマーカーについてのリポジトリ（例えば、データマイニングにより得られたデータ）とを比較することを含む。
ある実施形態では、貪食細胞は、専門貪食細胞（例えば、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、泡沫細胞、マスト細胞、好酸球）、非専門貪食細胞（例えば、上皮細胞、内皮細胞、線維芽細胞、間葉細胞）、またはこれらの混合物である。ある実施形態では、非貪食細胞は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ヌル細胞、好塩基球、またはこれらの混合物である。
ある実施形態では、貪食細胞（例えば、２ｎ貪食細胞）および非貪食細胞が、対象の体液試料（例えば、血液、尿）、組織、または細胞（例えば、白血球、胎生細胞）から単離される。
ある実施形態では、抗体、フローサイトメトリー、蛍光標識細胞分取、濾過、密度勾配遠心分離法、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技術、蛍光磁気分離技術、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット顕微鏡プラットフォーム、またはこれらの組合せなどの標準的な／既知の細胞分離／単離／精製技術を用いて、体液、組織、または細胞から貪食細胞（例えば、２ｎ貪食細胞）および非貪食細胞が単離、あるいは２ｎ貪食細胞から＞２ｎ貪食細胞が分離される。
本発明はまた、本発明の方法で使用することができるマーカー、および本発明の方法により同定され得るマーカーを提供する。
本特許または出願ファイルは、カラーで作製された少なくとも１つの図面を含む。カラー図面を含む本特許または特許出願公開のコピーは、庁へ申請し、必要な料金を支払うことで提供されるであろう。本発明の、前述した特徴およびその他の特徴ならびに利点は、添付の図面とともに、具体的実施形態についての以下の詳細な説明により十分に理解されるであろう。
非貪食リンパ球から単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、および／または脂質から得られた患者特異的な内在的シグネチャを比較およびサブトラクションした後に、疾患／症状に特異的な、血漿内のＤＮＡシグネチャ、ＲＮＡシグネチャ、タンパク質シグネチャ、および／または脂質シグネチャが同定される方法案の概略図である。 癌患者の血漿で発現される腫瘍特異的シグネチャを同定するために用いられる分析方法の概略図である。 本発明の方法のある実施形態の一般的なフローチャートの概略図である。 本発明の方法の別の実施形態の一般的なフローチャートの概略図である。 本発明の方法のさらに別の実施形態の一般的なフローチャートの概略図である。 ＤＮＡ量が２ｎである白血球から単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、および／または脂質から得られた患者特異的な内在的シグネチャを比較およびサブトラクションした後に、疾患／症状に特異的な、血漿内のＤＮＡシグネチャ、ＲＮＡシグネチャ、タンパク質シグネチャ、および脂質シグネチャが同定される経路案の概略図である。 癌患者における腫瘍特異的シグネチャを同定するために用いられる分析手法の概略図である。 本発明の方法の別の実施形態の一般的なフローチャートの概略図である。 本発明の方法の別の実施形態の一般的なフローチャートの概略図である。 二倍体白血球の単離、およびこれらの細胞からの高品質ＲＮＡ（ＲＩＮ＝９．２）抽出の結果を示す、ヘキスト３３３４２で予め染色したヒト白血球のＦＡＣＳプロファイルを示す図である。 ＬＮＣａＰ細胞およびＬＬＣ１細胞から単離された全ＲＮＡのゲル電気泳動分析を示す図である。 マウス白血球細胞（ＷＢＣ）から得られたＲＮＡの収量および品質の一覧である。 ＬＮＣａＰ（ヒト前立腺癌）腫瘍を有するヌードマウスの好中球で検出された、７つの（２倍以上）上方制御された癌関連遺伝子を示すアレイの図である。（Ａ）ＬＮＣａＰ腫瘍。（Ｂ）ＬＮＣａＰ腫瘍を有するヌードマウスから得られた好中球（ＮＴ）。（Ｃ）ＬＮＣａＰ腫瘍を有するヌードマウスから得られたＴ細胞（ＴＴ）。（Ｄ）腫瘍を有しないヌードマウスから得られた好中球（ＮＮ）。丸で囲んだシグネチャは、（Ａ）腫瘍細胞、および（Ｂ）腫瘍を有するマウスの好中球で発現されたもの、ならびに（Ｄ）腫瘍を有しないマウスの好中球および（Ｃ）非貪食Ｔ細胞で最小限に発現されたものである。ＮＴにおける発現は、ＮＮおよびＴＴにおける発現の２倍以上であった。 ＬＮＣａＰ（ヒト前立腺癌）腫瘍を有するヌードマウスのマクロファージで検出された、３つの（２倍以上）上方制御された癌関連遺伝子示すアレイの図である。（Ａ）ＬＮＣａＰ腫瘍。（Ｂ）ＬＮＣａＰ腫瘍を有するヌードマウスから得られたマクロファージ（ＭＴ）。（Ｃ）ＬＮＣａＰ腫瘍を有するヌードマウスから得られたＴ細胞（ＴＴ）。（Ｄ）腫瘍を有しないヌードマウスから得られたマクロファージ（ＭＮ）。丸で囲んだシグネチャは、（Ａ）腫瘍細胞、および（Ｂ）腫瘍を有するマウスのマクロファージで発現されたもの、ならびに（Ｄ）腫瘍を有しないマウスのマクロファージ、および（Ｃ）非貪食Ｔ細胞で最小限に発現されたものである。ＭＴにおける発現は、ＭＮおよびＴＴにおける発現の２倍以上であった。 ＬＳ１７４Ｔ（ヒト結腸癌）腫瘍を有するヌードマウスの好中球で検出された、４つの（２倍以上）上方制御された癌関連遺伝子を示すアレイの図である。（Ａ）ＬＳ１７４Ｔ腫瘍。（Ｂ）ＬＳ１７４Ｔ腫瘍を有するヌードマウスから得られた好中球（ＮＴ）。（Ｃ）ＬＳ１７４Ｔ腫瘍を有するヌードマウスから得られたＴ細胞（ＴＴ）。（Ｄ）腫瘍を有しないヌードマウスから得られた好中球（ＮＮ）。丸で囲んだシグネチャは、（Ａ）腫瘍細胞、および（Ｂ）腫瘍を有するマウスの好中球で発現されたもの、ならびに（Ｄ）腫瘍を有しないマウスの好中球、および（Ｃ）非貪食Ｔ細胞で最小限に発現されたものである。ＮＴにおける発現は、ＮＮおよびＴＴにおける発現の２倍以上であった。 ＬＳ１７４Ｔ（ヒト結腸癌）腫瘍を有するヌードマウスのマクロファージで検出された、３つの（２倍以上）上方制御された癌関連遺伝子を示すアレイの図である。（Ａ）ＬＳ１７４Ｔ腫瘍。（Ｂ）ＬＳ１７４Ｔ腫瘍を有するヌードマウスから得られたマクロファージ（ＭＴ）。（Ｃ）ＬＳ１７４Ｔ腫瘍を有するヌードマウスから得られたＴ細胞（ＴＴ）。（Ｄ）腫瘍を有しないヌードマウスから得られたマクロファージ（ＭＮ）。丸で囲んだシグネチャは、（Ａ）腫瘍細胞、および（Ｂ）腫瘍を有するマウスのマクロファージで発現されたもの、ならびに（Ｄ）腫瘍を有しないマウスのマクロファージ、および（Ｃ）非貪食Ｔ細胞で最小限に発現されたものである。ＭＴにおける発現は、ＭＮおよびＴＴにおける発現の２倍以上であった。 ＬＬＣ１（マウス転移性肺癌）腫瘍を有するＣ５７／Ｂｌマウスの好中球で検出された、５つの（２倍以上）上方制御された癌関連遺伝子を示すアレイの図である。（Ａ）ＬＬＣ１腫瘍。（Ｂ）ＬＬＣ１腫瘍を有するＣ５７／Ｂｌマウスから得られた好中球（ＮＴ）。（Ｃ）ＬＬＣ１腫瘍を有するＣ５７／Ｂｌマウスから得られたＴ細胞（ＴＴ）。（Ｄ）腫瘍を有しないＣ５７／Ｂｌマウスから得られた好中球（ＮＮ）。丸で囲んだシグネチャは、（Ａ）腫瘍細胞、および（Ｂ）腫瘍を有するマウスの好中球で発現されたもの、ならびに（Ｄ）腫瘍を有しないマウスの好中球、および（Ｃ）非貪食Ｔ細胞で最小限に発現されたものである。ＮＴにおける発現は、ＮＮおよびＴＴにおける発現の２倍以上であった。 ＬＬＣ１（マウス転移性肺癌）腫瘍を有するＣ５７／Ｂｌマウスのマクロファージで検出された、２つの（２倍以上）上方制御された癌関連遺伝子を示すアレイの図である。（Ａ）ＬＬＣ１腫瘍。（Ｂ）ＬＬＣ１腫瘍を有するＣ５７／Ｂｌマウスから得られたマクロファージ（ＭＴ）。（Ｃ）ＬＬＣ１腫瘍を有するＣ５７／Ｂｌマウスから得られたＴ細胞（ＴＴ）。（Ｄ）腫瘍を有しないＣ５７／Ｂｌマウスから得られたマクロファージ（ＭＮ）。丸で囲んだシグネチャは、（Ａ）腫瘍細胞、および（Ｂ）腫瘍を有するマウスの好中球で発現されたもの、ならびに（Ｄ）腫瘍を有しないマウスの好中球、および（Ｃ）非貪食Ｔ細胞で最小限に発現されたものである。ＭＴにおける発現は、ＭＮおよびＴＴにおける発現の２倍以上であった。 Ｂ１６Ｆ１０（マウス転移性メラノーマ）腫瘍を有するＣ５７／Ｂｌマウスの好中球で検出された、２つの（２倍以上）上方制御された癌関連遺伝子を示すアレイの図である。（Ａ）Ｂ１６Ｆ１０腫瘍。（Ｂ）Ｂ１６Ｆ１０腫瘍を有するＣ５７／Ｂｌマウスから得られた好中球（ＮＴ）。（Ｃ）Ｂ１６Ｆ１０腫瘍を有するＣ５７／Ｂｌマウスから得られたＴ細胞（ＴＴ）。（Ｄ）腫瘍を有しないＣ５７／Ｂｌマウスから得られた好中球（ＮＮ）。丸で囲んだシグネチャは、（Ａ）腫瘍細胞、および（Ｂ）腫瘍を有するマウスの好中球で発現されたもの、ならびに（Ｄ）腫瘍を有しないマウスの好中球、および（Ｃ）非貪食Ｔ細胞で最小限に発現されたものである。ＮＴにおける発現は、ＮＮおよびＴＴにおける発現の２倍以上であった。 Ｂ１６Ｆ１０（マウス転移性メラノーマ）腫瘍を有するＣ５７／Ｂｌマウスのマクロファージで検出された、１つの（２倍以上）上方制御された癌関連遺伝子を示すアレイの図である。（Ａ）Ｂ１６Ｆ１０腫瘍。（Ｂ）Ｂ１６Ｆ１０腫瘍を有するＣ５７／Ｂｌマウスから得られたマクロファージ（ＭＴ）。（Ｃ）Ｂ１６Ｆ１０腫瘍を有するＣ５７／Ｂｌマウスから得られたＴ細胞（ＴＴ）。（Ｄ）腫瘍を有しないＣ５７／Ｂｌマウスから得られたマクロファージ（ＭＮ）。丸で囲んだシグネチャは、（Ａ）腫瘍細胞、および（Ｂ）腫瘍を有するマウスのマクロファージで発現されたもの、ならびに（Ｄ）腫瘍を有しないマウスのマクロファージ、および（Ｃ）非貪食Ｔ細胞で最小限に発現されたものである。ＭＴにおける発現は、ＭＮおよびＴＴにおける発現の２倍以上であった。 頭頸部癌（扁平上皮癌）を有する患者の好中球で検出された、５つの（２倍以上）上方制御された癌関連遺伝子を示すアレイの図である。（Ａ）正常組織（皮膚）生検。（Ｂ）腫瘍組織生検。（Ｃ）患者血液から得られた好中球（ＮＴ）。（Ｄ）患者血液から得られたＴ細胞（ＴＴ）。丸で囲んだシグネチャは、（Ｂ）腫瘍細胞、および（Ｃ）患者血液の好中球で発現されたもの、ならびに（Ａ）正常な皮膚、および（Ｄ）非貪食Ｔ細胞で最小限に発現されたかまたは発現されなかったものである。ＮＴにおける発現は、ＴＴおよび皮膚における発現の２倍以上であった。 卵巣癌（腺癌）を有する患者のマクロファージで検出された、２３個の（２倍以上）上方制御された癌関連遺伝子を示すアレイの図である。（Ａ）患者血液から得られたマクロファージ（ＭＴ）。（Ｂ）患者血液から得られたＴ細胞（ＴＴ）。丸で囲んだシグネチャは、（Ａ）患者のマクロファージで発現されたもの、および（Ｂ）非貪食Ｔ細胞で最小限に発現されたものである。ＭＴにおける発現は、ＴＴにおける発現の２倍以上であった。 貪食細胞中の腫瘍シグネチャを同定するために用いられる方法を示す図である。この例では、腫瘍を有する動物のマクロファージ（ＭＴ）での癌関連遺伝子の発現強度を、同じ動物のＴ細胞（ＴＴ）での癌関連遺伝子の発現強度と比較して定量化し、２倍超に過剰発現された癌関連遺伝子を同定した。次に、ＭＴにおける全ての発現遺伝子の強度を定量し、腫瘍を有しない動物から得られたマクロファージ（ＭＮＴ）における強度と比較し、２倍超に過剰発現された遺伝子を同定した。両リストに共通する遺伝子を選択し、同じ腫瘍により発現された遺伝子と比較した（網掛け領域）。 ＬＮＣａＰヒト前立腺腫瘍を有するヌードマウスから得られたマクロファージ（ＭＬＮＣａＰ）および同じ動物から得られたＴ細胞（Ｔ細胞ＬＮＣａＰ）における遺伝子発現強度の比較を示す図である。赤色で示した遺伝子は、２倍超に過剰発現されたものである。緑色で示した遺伝子は、１／２倍よりも低く過小発現されたものである。 ＭＬＮＣａＰおよび腫瘍を有しないマウスから得られたマクロファージ（Ｍｎｏｎ−ｔｕｍｏｒ）における遺伝子発現強度の比較を示す図である。赤色で示した遺伝子は、２倍超に過剰発現されたものである。緑色で示した遺伝子は、１／２倍よりも低く過小発現されたものである。 ＬＮＣａＰヒト前立腺腫瘍を有するヌードマウスから得られた好中球（ＮＬＮＣａＰ）および同じ動物から得られたＴ細胞（Ｔ細胞ＬＮＣａＰ）における遺伝子発現強度の比較を示す図である。赤色で示した遺伝子は、２倍超に過剰発現されたものである。緑色で示した遺伝子は、１／２倍よりも低く過小発現されたものである。 ＮＬＮＣａＰおよび腫瘍を有しないマウスから得られたマクロファージ（Ｎｎｏｎ−ｔｕｍｏｒ）における遺伝子発現強度の比較を示す図である。赤色で示した遺伝子は、２倍超に過剰発現されたものである。緑色で示した遺伝子は、１／２倍よりも低く過小発現されたものである。 貪食好中球（Ｎ）およびマクロファージ（Ｍ）内での癌関連遺伝子の発現のリストである。 非貪食Ｔ細胞と比較して、卵巣癌を有する患者の貪食マクロファージで（２倍超）上方制御されている癌関連遺伝子のリストである。 マウス白血球から得られたタンパク質試料（５．９μｇ）のＳＤＳゲル（１０％）電気泳動を示す図である。 腫瘍を有するマウスから得られたＴ細胞および単球／マクロファージ（Ｍ／Ｍ）における、ＴＡＧ−７２およびＰＳＡの発現のウェスタンブロット解析を示す図であり、貪食細胞にのみシグネチャが存在することを示す。
本明細書中で特に定義しない限り、本願において使用される科学用語および技術用語は、当業者によって一般に理解されている意味を有するものとする。一般に、本明細書に記載の細胞培養および組織培養、分子生物学、細胞生物学および癌生物学、神経生物学、神経化学、ウイルス学、免疫学、微生物学、薬理学、遺伝学、ならびにタンパク質化学および核酸化学に関して用いられる用語、およびこれらの技術は、当技術分野において周知であり、一般に用いられるものである。
上記の全て、および本出願において引用されたすべての参考文献、特許、および特許出願公開は、具体的に参照により本明細書に組み込まれる。矛盾が生じる場合は、定義を含めて本明細書に従うものとする。
本明細書を通して、単語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」もしくは「含んでいる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などの変形は、明示的な整数（もしくは成分）または整数群（もしくは成分群）を包含することを意図するが、その他の整数（もしくは成分）または整数群（もしくは成分群）を排除することを意図するのではないことが理解されるであろう。
「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」の単数形は、文脈で明確に指示されない限り、複数形を含むものである。
用語「含む」は、「含むが限定されない」という意味で使用される。「含んでいる」および「含んでいるが限定されない」が、互換的に使用される。
「患者」、「対象」、または「個体」は、互換的に使用され、ヒトまたは非ヒト動物のいずれかを指す。これらの用語には、ヒト、霊長類、家畜動物（例えば、ウシ、ブタ）、愛玩動物（例えば、イヌ、ネコ）、およびげっ歯類（例えば、マウスおよびラット）などの哺乳類が含まれる。
本明細書において、コントロール対象は、アッセイされる疾患または症状を有すると診断されていない任意の個体を指す。同様に、用語「正常コントロール」、「健常コントロール」、および「病気でない細胞」は、アッセイされる症状または疾患を有せず、したがって測定される症状または障害のベースラインを決定するために使用することができる供給源（例えば、対象、コントロール対象、株化細胞）から採取された試料（例えば、細胞、血清、組織）を意味する。コントロール対象、正常コントロール、および健常コントロールは、標準として獲得および使用されるデータ、すなわち、複数の異なる対象に対して繰返し使用することができるデータを含むことも理解されよう。言い換えれば、例えば、対象試料をコントロール試料と比較した場合、コントロール試料のデータが異なる実験から得られたものであってもよく、例えば、対象のデータが取得されたときに実際に得られたものではない、多数の健康な対象から得られた平均値であってもよい。
本明細書における用語「診断」は、患者が所与の疾患または症状を患っているかどうかを、当業者が評価および／または判断できる方法を指す。多くの場合、当業者は、１つまたは複数の診断指標、例えば、マーカーに基づいて診断を行い、その存在、欠如、量、または量の変化により、症状の存在、重症度、または欠如が示される。
本明細書における用語「予後」は、疾患または症状の再発を含む、疾患または症状の進行の可能性を指す。
国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０３１３９５号の開示は、全ての目的のため参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の方法の説明
本発明は、同一個体から採取された無細胞体液と非貪食細胞との間で、または、同一個体から採取された無細胞体液と、血液由来の細胞もしくは細胞成分をまだ貪食していない貪食細胞、すなわち、ＤＮＡ量が２ｎである貪食細胞との間で、疾患または症状に関連するマーカー（例えば、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝物）のプロファイル（例えば、遺伝子／タンパク質／脂質／炭水化物発現プロファイル、遺伝子型、遺伝子コピー数、遺伝子量、ＤＮＡメチル化など）を比較することによって、疾患または症状を診断または診断補助する方法を提供する。
本発明はまた、疾患または症状を発症するリスクを評価する方法、疾患を予後予測する方法、疾患の進行または軽減をモニターする方法、治療の有効性を評価する方法、あるいは疾患または症状を改善もしくは治療することができる化合物を同定する方法を提供する。
このような対象特異的プロファイルの比較により、対象における特定の疾患または症状の検出または診断に誤りをもたらす可能性がある、特定の疾患または症状についての集団由来の平均プロファイルへの依存が排除される。本発明の方法により、個体に個別化された、検出、診断、および治療が可能となる。
本発明の方法により、（ｉ）高い特異性、感受性、および精度を有し、体液試料、細胞、または組織内に存在する疾患または症状に特異的なマーカーの検出が可能となり、（ｉｉ）内在的（例えば、年齢、性別、民族的背景、健康状態など）および時間的なマーカー発現の変動の結果として個体間で発生することが知られている「ベースラインの不等性」が排除される。したがって、ある態様では、本発明により、疾患または症状を早期に（すなわち、疾患が、従来の診断技術、例えば、画像化技術により診断可能になる前に）検出するための非侵襲的アッセイが提供され、その結果、このような疾患または症状を有する個体の介入治療、予防、および治療を行う必要性および方策に関連する意思決定を改善するための基礎が提供される。
本発明の方法は、身体検査、目視検査、生検、スキャニング、組織学検査、放射線検査、画像検査、超音波検査、市販のキットの使用、遺伝子検査、免疫学的検査、体液の分析、または神経活動のモニタリングなどの任意の既知の診断方法と共に用いることができる。
ある実施形態では、貪食細胞は、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、泡沫細胞、マスト細胞、または好酸球などの専門貪食細胞である。ある実施形態では、貪食細胞は、上皮細胞、内皮細胞、線維芽細胞、または間葉細胞などの非専門貪食細胞である。他の実施形態では、貪食細胞は、様々な種類の貪食細胞の混合物であってもよい。本発明で使用され得る非貪食細胞としては、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ヌル細胞、好塩基球、またはこれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書における「２ｎ貪食細胞」は、ＤＮＡ量が２ｎである貪食細胞を指す。本発明によれば、体液中に存在する、生存している／死につつある／死んだ病気の細胞もしくは断片、および／または疾患特異的な無細胞性の核酸、タンパク質、脂質、および／または炭水化物を貪食していない貪食細胞もある。この貪食細胞群のＤＮＡ量は、２ｎのままである。
本明細書において、疾患または症状のマーカーの「プロファイル」は、マーカーに関する任意の情報を広く指すことがある。この情報は、定性的情報（例えば、存在または欠如）、または定量的情報（例えば、レベル、コピー数、または量）のいずれであってもよい。ある実施形態では、マーカーのプロファイルによりこのマーカーの欠如が示されることがある。プロファイルは、核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝物プロファイル、またはこれらの組合せであってもよい。本明細書における「マーカー」は、一般に、貪食細胞で差次的に検出可能であり、疾患または症状の存在の指標となる被分析物を指す。貪食細胞において定量的または定性的に被分析物を区別することができる場合、この被分析物は、差次的に検出可能である。
本発明の方法は、様々な疾患または症状に適用可能である。
本発明の方法は、様々な疾患または症状に適用可能である。例示的な疾患または症状は、心血管系の疾患または症状、腎臓関連の疾患または症状、胎児期もしくは妊娠関連の疾患または症状、神経性もしくは精神神経性の疾患または症状、自己免疫もしくは免疫関連の疾患または症状、癌、感染性の疾患または症状、ミトコンドリア病、呼吸器胃腸管系の疾患または症状、生殖器系の疾患または症状、眼部の疾患または症状、筋骨格系の疾患または症状、あるいは皮膚の疾患または症状である。
本明細書における用語「心血管系の疾患または症状」は、心臓または血管系（動脈および静脈）を冒す任意の症状を指す。心血管系の疾患の例には、これらに限定されないが、心筋梗塞、冠動脈疾患、経皮的冠動脈形成術（ＰＴＣＡ）、冠動脈バイパス手術（ＣＡＢＧ）、再狭窄、末梢動脈疾患、脳卒中、腹部大動脈瘤、頭蓋内動脈瘤、大動脈アテローム硬化性脳卒中、心原性脳卒中、早発性心筋梗塞、心不全、肺塞栓症、急性冠症候群（ＡＣＳ）、狭心症、心肥大、動脈硬化症、心筋炎、汎心炎、心内膜炎、高血圧、鬱血性心不全、アテローム性硬化症、脳血管疾患、心臓の健康状態の低下、虚血性心疾患、心膜炎、心原性ショック、アルコール性心筋症、先天性心疾患、虚血性心筋症、高血圧性心筋症、弁膜性心筋症、炎症性心筋症、全身性代謝疾患に伴う二次性心筋症、拡張型心筋症、肥大型心筋症、不整脈原性右室心筋症、拘束性心筋症、非圧縮型心筋症、心臓弁膜症、高血圧性心疾患、心筋虚血性発作、不安定狭心症、心筋破裂、心原性ショック、塞栓症、深部静脈血栓症、不整脈、不整脈原性右室心筋症、糖尿病性心筋症、僧房弁逆流症、僧房弁逸脱症、末梢血管疾患、動脈疾患、頸動脈疾患、深部静脈血栓症、静脈疾患、脳血管性疾患、動脈瘤、左室肥大、高血圧性腎疾患、高血圧性網膜疾患、脈管炎、左主部病変、動脈血管疾患、静脈血管疾患、微小循環血栓症、一過性脳血管障害、虚血肢、動脈瘤、血栓症、表在性静脈血栓症、および深部静脈血栓症が含まれる。
本明細書における用語「腎臓関連の疾患または症状」は、腎臓または腎臓系を冒す任意の疾患または症状を指す。腎臓関連の疾患の例には、これらに限定されないが、慢性腎臓疾患、原発性腎臓疾患、非糖尿病性腎臓疾患、糸球体腎炎、間質性腎炎、糖尿病性腎臓疾患、糖尿病性腎症、糸球体硬化症、急速進行性糸球体腎炎、腎線維症、アルポート症候群、インスリン依存型糖尿病性（ＩＤＤＭ）腎炎、メサンギウム増殖性糸球体腎炎、膜性増殖性糸球体腎炎、半月体形成性糸球体腎炎、間質性腎線維症、巣状分節性糸球体硬化症、膜性腎症、微小変化型ネフローゼ症候群、ｐａｕｃｉ−ｉｍｍｕｎｅ型急速進行性糸球体腎炎、ＩｇＡ腎症、多発性嚢胞腎、デント病、腎シスチン蓄積症（ｎｅｐｈｒｏｃｙｔｉｎｏｓｉｓ）、ヘイマン腎炎、常染色体優性（成人性）多発性嚢胞腎、常染色体劣性（小児性）多発性嚢胞腎、急性腎障害、ネフローゼ症候群、腎虚血、ポドサイト疾患または障害、タンパク尿症、糸球体疾患、膜性糸球体腎炎、巣状分節性糸球体腎炎、子癇前症、子癇症、腎臓病変、膠原血管病、良性起立性（体位性）タンパク尿症、ＩｇＭ腎症、膜性腎症、サルコイドーシス、糖尿病、薬剤が原因の腎臓損傷、ファブリー病、アミノ酸尿、ファンコーニ症候群、高血圧性腎硬化症、間質性腎炎、鎌状赤血球症、ヘモグロビン尿症、ミオグロビン尿症、ウェゲナー肉芽腫症、１型糖原貯蔵障害、慢性腎臓疾患、慢性腎不全、低糸球体濾過率（ＧＦＲ）、腎血管硬化症、ループス腎炎、ＡＮＣＡ陽性ｐａｕｃｉ−ｉｍｍｕｎｅ型半月体形成性糸球体腎炎、慢性移植腎症、腎毒性、腎臓毒性、腎臓壊死、腎臓損傷、糸球体および尿細管の傷害、腎臓機能不全、腎炎症候群、急性腎不全、慢性腎不全、近位尿細管機能不全、急性腎移植拒絶反応、慢性腎臓移植拒絶反応、非ＩｇＡメサンギウム増殖性糸球体腎炎、感染後糸球体腎炎、任意の種類の腎障害を伴う血管炎、任意の遺伝性腎臓疾患、任意の間質性腎炎、腎臓移植不全、腎臓癌、その他の症状（例えば、高血圧、糖尿病、および自己免疫疾患）を伴う腎臓疾患、デント病、腎シスチン蓄積症（ｎｅｐｈｒｏｃｙｔｉｎｏｓｉｓ）、ヘイマン腎炎、原発性腎臓疾患、虚脱性糸球体症、デンス・デポジット病、クリオグロブリン血症関連糸球体腎炎、ヘノッホ・シェーンライン病、感染後糸球体腎炎、細菌性心内膜炎、顕微鏡的多発血管炎、チャーグ・シュトラウス症候群、抗ＧＢＭ抗体介在性の糸球体腎炎、アミロイドーシス、単クローン性免疫グロブリン沈着症、細線維性糸球体腎炎、イムノタクトイド糸球体症、虚血性尿細管傷害、薬剤誘発性尿細管間質性腎炎、中毒性尿細管間質性腎炎、感染性尿細管間質性腎炎、細菌性腎盂腎炎、ポリオーマウイルスまたはＨＩＶの感染に起因するウイルス感染性尿細管間質性腎炎、代謝誘導性尿細管間質性疾患、混合性結合組織病、円柱腎症、尿酸結晶もしくはシュウ酸結晶または薬剤誘発性結晶の沈着に起因しうる結晶性腎障害、急性細胞性尿細管間質性同種移植片拒絶反応、リンパ腫または移植後リンパ増殖性疾患に起因する腫瘍性浸潤性疾患、閉塞性腎臓疾患、血管疾患、血栓性微小血管症、腎血管硬化症、アテローム塞栓性疾患、混合性結合組織病、結節性多発動脈炎、カルシニューリン阻害剤誘導性血管疾患、急性細胞性血管同種移植片拒絶反応、急性液性同種移植片拒絶反応、早期腎機能低下症（ＥＲＦＤ）、末期腎疾患（ＥＳＲＤ）、腎静脈血栓症、急性尿細管壊死、急性間質性腎炎、既存の慢性腎臓病、腎動脈狭窄症、虚血性腎症、尿毒症、薬剤誘導性および毒物誘導性の慢性尿細管間質性腎炎、逆流腎症、腎結石、グッドパスチャー症候群、および水腎症が含まれる。
本明細書における用語「胎児期もしくは妊娠関連の疾患または症状」は、妊婦、胚、または胎児が罹患する、任意の疾患、障害、または症状を指す。胎児期または妊娠関連の症状はまた、妊娠に関連して、または妊娠の結果として、直接的または間接的に生じる、任意の疾患、障害、または症状を指す場合もある。これらの疾患または症状には、任意の全ての先天性欠損、先天性の症状、または遺伝性の疾患もしくは症状が含まれることがある。胎児期または妊娠関連の疾患の例には、これらに限定されないが、Ｒｈ血液型不適合、新生児の溶血性疾患、ベータサラセミア、性別判定、妊娠判定、遺伝性メンデル遺伝疾患、染色体異常、胎児染色体異数性、胎児染色体トリソミー、胎児染色体モノソミー、８番染色体トリソミー、１３番染色体トリソミー（パトー症候群）、１６番染色体トリソミー、１８番染色体トリソミー（エドワーズ症候群）、２１番染色体トリソミー（ダウン症）、Ｘ染色体連鎖疾患、Ｘ染色体トリソミー（ＸＸＸ症候群）、Ｘ染色体モノソミー（ターナー症候群）、ＸＸＹ症候群、ＸＹＹ症候群、ＸＹＹ症候群、ＸＸＸＹ症候群、ＸＸＹＹ症候群、ＸＹＹＹ症候群、ＸＸＸＸＸ症候群、ＸＸＸＸＹ症候群、ＸＸＸＹＹ症候群、ＸＸＹＹＹ症候群、脆弱Ｘ症候群、胎児発育遅延、嚢胞性線維症、ヘモグロビン症、胎児死亡、胎児アルコール症候群、鎌状赤血球貧血、血友病、クラインフェルター症候群、１７番染色体（ｐ１１．２ｐ１．２）重複症候群、子宮内膜症、ペリツェウス・メルツバッハー病、２２番染色体（ｑ１１．２ｑ１１．２）重複症候群、猫の目症候群、猫鳴き症候群、ウォルフ・ハーシュホーン症候群、ウィリアムズ・ビューレン症候群、シャルコー・マリー・トゥース病、圧迫性麻痺傾向を伴うニューロパチー、スミス・マゲニス症候群、神経線維腫症、アラジール症候群、口蓋心顔面症候群、ディジョージ症候群、ステロイドスルファターゼ欠損症、プラダー・ヴィリ症候群、カルマン症候群、線状皮膚欠損を伴う小眼球症、副腎低形成、グリセロールキナーゼ欠損症、ペリツェウス・メルツバッハー病、Ｙ染色体の精巣決定因子、無精子症（ａ因子）、無精子症（ｂ因子）、無精子症（ｃ因子）、１ｐ３６欠失、フェニルケトン尿症、テイ・サックス疾患、副腎過形成、ファンコーニ貧血、脊髄性筋委縮症、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ハンチントン病、筋緊張性ジストロフィー、ロバートソン転座、エンジェルマン症候群、結節性硬化症、毛細血管拡張性運動失調症、開放性二分脊椎、神経管欠損、腹壁欠損、胎内発育遅延、先天性サイトメガロウイルス感染症、軟骨無形性症、マルファン症候群、先天性甲状腺機能低下症、先天性トキソプラズマ症、ビオチナーゼ欠損症、ガラクトース血症、メープルシロップ尿症、ホモシスチン尿症、中位鎖アシルＣｏＡ脱水素酵素欠損症、構造的先天性欠損、心臓欠損、四肢異常、内反足、無脳症、無嗅脳症／全前脳胞症、水頭症、無眼球症／小眼球症、無耳症／小耳症、大血管転位症、ファロー四徴症、左心低形成症候群、大動脈縮窄、口唇裂を伴わない口蓋裂、口蓋裂を伴うまたは伴わない口唇裂、瘻孔を伴うまたは伴わない食道の閉鎖／狭窄、小腸の閉鎖／狭窄、肛門直腸の閉鎖／狭窄、尿道下裂、半陰陽、腎無形性、嚢胞性腎、軸前側多指症、肢欠損、横隔膜ヘルニア、盲目症、白内障、視覚障害、聴力損失、難聴、Ｘ連鎖副腎白質ジストロフィー、レット症候群、リソソーム病、脳性麻痺、自閉症、無舌症、白子症、眼白子症、眼皮膚白皮症、妊娠糖尿病、アーノルド・キアリ奇形、チャージ症候群、先天性横隔膜ヘルニア、短指症、無虹彩症、裂手裂足症、異色症、ドワーニアン耳症（Ｄｗａｒｎｉａｎ ｅａｒ）、エーラス・ダンロス症候群、表皮水疱症、ゴーラム病、橋本症候群、胎児水腫、緊張低下症、クリッペル・ファイル症候群、筋ジストロフィー、骨形成不全症、早老症、スミス・レムリ・オピッツ症候群、色視症（ｃｈｒｏｍａｔｅｌｏｐｓｉａ）、Ｘ連鎖リンパ増殖性疾患、臍帯ヘルニア、腹壁破裂、子癇前症、子癇症、早期産、早産、流産、子宮内胎児発育遅延、子宮外妊娠、妊娠亜阻、つわり、または誘発分娩の成功尤度が含まれる。
本明細書における用語「神経性もしくは精神神経性の疾患または症状」は、神経系を冒す任意の疾患または症状を指す。神経性もしくは精神神経性の疾患または症状の例には、これらに限定されないが、頭部外傷、脳卒中、脳卒中、虚血性脳卒中、出血性卒中、くも膜下出血、頭蓋内出血、一過性虚血性発作、血管性認知症、大脳皮質基底核神経節変性症、脳炎、てんかん、ランドー・クレフナー症候群、水頭症、偽性脳腫瘍、視床疾患、髄膜炎、脊髄炎、運動障害、本態性振戦、脊髄疾患、脊髄空洞症、アルツハイマー病（早発性）、アルツハイマー病（遅発性）、多発梗塞性認知症、ピック病、ハンチントン病、パーキンソン病、パーキンソン症候群、認知症、前頭側頭型認知症、大脳皮質基底核変性症、多系統委縮症、進行性核上性麻痺、レビー小体病、クロイツフェルト・ヤコブ病、ダンディー・ウォーカー症候群、フリードライヒ運動失調症、マシャド・ジョセフ病、偏頭痛、統合失調症、気分障害および鬱病、レビー小体型認知症（ＤＬＢ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、様々な形態の血管性認知症（ＶＤ）、皮質下血管性認知症（ビンスワンガー病）、自閉症、発達遅延、運動ニューロン病、筋委縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、神経もしくは脳の損傷、脳低酸素症、脳性麻痺（ＣＰ）、記憶障害、運動障害、大脳皮質基底核神経節変性症、様々な形態の多系統委縮症、脳卒中関連疾患、脳血管障害、痙攣を伴う放射線照射後脳症、血管性パーキンソニズム、視床脳血管障害、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー、アルコール関連認知症、意味性認知症、運動失調症、非定型パーキンソニズム、ジストニア、進行性核上性麻痺、本態性振戦、軽度認知障害、筋委縮性側索硬化症、多発性硬化症、ニューロパチー、ピック病、コンゴーレッド親和性血管障害、クロイツフェルト・ヤコブ病、エイズ認知症複合症、鬱病、不安障害、恐怖症、ベル麻痺、てんかん、脳炎、神経筋障害、神経腫瘍学的疾患、脳腫瘍、神経血管性障害、神経免疫学的障害、神経耳科疾患、脊椎損傷を含む神経外傷、神経因性疼痛を含む疼痛、小児性神経障害および精神神経障害、睡眠障害、トゥレット症候群、大脳皮質基底核神経節変性症、アルコール関連認知症、意味性認知症、多発梗塞性認知症を合併したアルツハイマー病、レビー小体認知症を合併したアルツハイマー病、レビー小体認知症を合併したパーキンソン病、レビー小体認知症を合併したアルツハイマー病およびパーキンソン病、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチーを合併した前頭側頭型認知症、注意欠陥多動性障害、統合失調症、強迫性障害、精神遅滞、自閉症スペクトラム障害、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群（ＯＭＳ）痙攣、構音障害、学習障害（すなわち、読みまたは計算）、言語能力または言語運用能力の欠陥、注意欠陥障害、アミロイド病、プリオン病、タウオパチー、αシヌクレイン病、コカイン、ニコチン、アルコール、食物、エクスタシー、チャット、カフェイン、アヘン、ヘロイン、マリファナ、アンフェタミン、メタンフェタミンまたはギャンブルのうちの少なくとも１つに起因する中毒症状、およびファブリー病が含まれる。
本明細書における用語「自己免疫もしくは免疫関連の疾患または症状」は、免疫系の機能に悪影響を及ぼす任意の疾患または症状を指す。自己免疫もしくは免疫関連の疾患または症状の例には、これらに限定されないが、抗リン脂質抗体症候群、全身性エリテマトーデス、リウマチ性関節炎、自己免疫性血管炎、セリアック病、自己免疫性甲状腺炎、輸血後免疫付与、母体胎児間不適合、輸血反応、ＩｇＡ欠損症などの免疫不全症、分類不能型免疫不全症、薬剤誘発性ループス、糖尿病、Ｉ型糖尿病、ＩＩ型糖尿病、若年発症糖尿病、若年性リウマチ性関節炎、乾癬性関節炎、多発性硬化症、免疫不全、アレルギー、喘息、乾癬、アトピー性皮膚炎、アレルギー性接触性皮膚炎、慢性皮膚疾患、筋委縮性側索硬化症、化学療法誘発性損傷、移植片対宿主病、骨髄移植拒絶反応、強直性脊椎炎、アトピー性湿疹、天疱瘡、ベーチェット病、慢性疲労症候群線維筋痛症、化学療法誘発性損傷、重症筋無力症、糸球体腎炎、アレルギー性網膜炎、全身性硬化症、亜急性皮膚エリテマトーデス、凍瘡状エリテマトーデスを含む皮膚エリテマトーデス、シェーグレン症候群、自己免疫性腎炎、自己免疫性血管炎、自己免疫性肝炎、自己免疫性心臓炎、自己免疫性脳炎、自己免疫介在性の血液疾患、ｌｃ−ＳＳｃ（限局皮膚硬化型強皮症）、ｄｃ−ＳＳｃ（びまん皮膚硬化型強皮症）、自己免疫性甲状腺炎（ＡＴ）、グレーブス病（ＧＤ）、重症筋無力症、多発性硬化症（ＭＳ）、強直性脊椎炎、移植拒絶反応、免疫老化、リウマチ性／自己免疫性疾患、混合性結合組織病、脊椎関節症、乾癬、乾癬性関節炎、筋炎、強皮症、皮膚筋炎、自己免疫性血管炎、混合性結合組織病、特発性血小板減少性紫斑病、クローン病、ヒト・アジュバント病、変形性関節炎、若年性慢性関節炎、脊椎関節症、特発性炎症性ミオパチー、全身性血管炎、サルコイドーシス、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性血小板減少症、甲状腺炎、免疫介在性の腎臓疾患、中枢神経系または末梢神経系の脱髄疾患、特発性脱髄性多発ニューロパチー、ギラン・バレー症候群、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー、肝胆道系疾患、感染性または自己免疫性の慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎、硬化性胆管炎、炎症性腸疾患、グルテン過敏性腸疾患、ウィップル病、自己免疫介在または免疫介在性の皮膚疾患、水疱性皮膚症、多形紅斑、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症、じん麻疹、肺の免疫疾患、好酸球性肺炎、特発性肺線維症、過敏性肺臓炎、移植関連疾患、移植片拒絶反応または移植片対宿主病、乾癬性関節炎、乾癬、皮膚炎、多発性筋炎／皮膚筋炎、中毒性表皮壊死症、全身性強皮症および硬化症、炎症性腸疾患関連反応、クローン病、潰瘍性大腸炎、呼吸窮迫症候群、成人性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、髄膜炎、脳炎、ぶどう膜炎、大腸炎、糸球体腎炎、アレルギー性病態、湿疹、喘息、Ｔ細胞浸潤および慢性炎症性反応を伴う症状、アテローム性硬化症、自己免疫性心筋炎、白血球接着異常症、アレルギー性脳脊髄炎、サイトカイン介在性およびＴリンパ球介在性の急性過敏および遅延性過敏を伴う免疫反応、結核、サルコイドーシス、ウェゲナー肉芽腫症を含む肉芽腫症、無顆粒球症、血管炎（ＡＮＣＡを含む）、再生不良性貧血、ダイアモンド・ブラックファン貧血、自己免疫性溶血性貧血（ＡＩＨＡ）を含む免疫性溶血性貧血、悪性貧血、赤芽球癆（ＰＲＣＡ）、第ＶＩＩＩ因子欠損、Ａ型血友病、自己免疫性好中球減少症、汎血球減少症、白血球減少症、白血球漏出を伴う疾患、中枢神経系（ＣＮＳ）炎症性疾患、多臓器損傷症候群、重症筋無力症、抗原抗体複合体介在性の疾患、抗糸球体基底膜抗体疾患、抗リン脂質抗体症候群、アレルギー性神経炎、ベーチェット病、キャッスルマン症候群、グッドパスチャー症候群、ランバート・イートン筋無力症症候群、レイノー症候群、シェーングレン症候群、スティーブンス・ジョンソン症候群、水疱性類天疱瘡、天疱瘡、自己免疫性多発性内分泌腺症、ライター病、スティッフマン症候群、巨細胞性動脈炎、免疫複合体腎炎、ＩｇＡ腎症、ＩｇＭ多発ニューロパチーまたはＩｇＭ介在性のニューロパチー、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、血栓性血小板減少性紫斑病（ＴＴＰ）、自己免疫性血小板減少症、自己免疫性精巣炎および自己免疫性卵巣炎を含む精巣および卵巣の自己免疫性疾患、原発性甲状腺機能低下症、自己免疫性甲状腺炎を含む自己免疫性内分泌疾患、慢性甲状腺炎（橋本病甲状腺炎）、亜急性甲状腺炎、特発性甲状腺機能低下症、アジソン病、グレーヴス病、自己免疫性多腺性症候群（または、多腺性内分泌障害症候群）、シーハン症候群、自己免疫性肝炎、リンパ性間質性肺炎（ＨＩＶ性）、閉塞性細気管支炎（非移植性）対ＮＳＩＰ、ギラン・バレー症候群、大血管炎（リウマチ性多発筋痛および巨細胞性（高安）動脈炎を含む）、中血管炎（川崎病および結節性多発動脈炎を含む）、強直性脊椎炎、ベルジェ病（ＩｇＡ腎症）、急速進行性糸球体腎炎、原発性胆汁性肝硬変、セリアック病（グルテン性腸疾患）、クリオグロブリン血症、および筋委縮性側索硬化症（ＡＬＳ）が含まれる。
本明細書における用語「癌」は、様々な種類の悪性新生物を指し、そのほとんどは、周囲の組織に浸潤することができ、様々な部位へ転移することがある（例えば、その全体が全ての目的のため参照により本明細書に組み込まれる、ＰＤＲ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ、１ｓｔ ｅｄｉｔｉｏｎ（１９９５）を参照のこと）。用語「新生物」および「腫瘍」は、細胞増殖によって正常よりも速く成長し、増殖を開始させた刺激が除去された後も成長を続ける異常組織を指す（同文献）。このような異常組織は、構造的な組織化および正常組織との機能的な協調が、部分的にまたは完全に失われており、これは良性（すなわち、良性腫瘍）であっても、悪性（すなわち、悪性腫瘍）であってもよい。癌の一般的な分類の例としては、これらに限定されないが、癌腫（すなわち、例えば、一般的な乳癌、前立腺癌、肺癌、および結腸癌などの上皮細胞由来の悪性腫瘍）、肉腫（すなわち、結合組織または間葉細胞由来の悪性腫瘍）、リンパ腫（すなわち、造血細胞由来の悪性病変）、白血病（すなわち、造血細胞由来の悪性病変）、胚細胞性腫瘍（すなわち、全能性細胞由来の腫瘍。成人では、精巣または卵巣で最も多く見られ、胎児、乳児、および幼児では、身体正中で、特に尾骨の先端で最も多く見られる）、および芽細胞性腫瘍（すなわち、未成熟組織または胚性組織に類似する、通常は悪性である腫瘍）などが挙げられる。本発明に包含されることが意図される新生物の種類の例としては、これらに限定されないが、神経組織癌、造血性組織癌、乳腺癌、皮膚癌、骨癌、前立腺癌、卵巣癌、子宮癌、子宮頸癌、肝臓癌、肺癌、脳癌、喉頭癌、胆嚢癌、膵臓癌、直腸癌、副甲状腺癌、甲状腺癌、副腎癌、免疫系の癌、頭頸部癌、結腸癌、胃癌、気管支癌、および／または腎臓癌と関連する新生物が挙げられる。
本明細書における用語「感染性因子」には、これらに限定されないが、ウイルス、細菌、真菌、寄生生物、感染性タンパク質などの病原性生物が含まれる。
ウイルスとしては、ＤＮＡ動物ウイルスまたはＲＮＡ動物ウイルスが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書におけるＲＮＡウイルスとしては、これらに限定されないが、ピコルナウイルス（例えば、ポリオイルス）、レオウイルス（例えば、ロタウイルス）、トガウイルス（例えば、脳炎ウイルス、黄熱病ウイルス、風疹ウイルス）、オルトミクソウイルス（例えば、インフルエンザウイルス）、パラミクソウイルス（例えば、呼吸器多核体ウイルスウイルス、麻疹ウイルス、ムンプスウイルス、パラインフルエンザウイルス）、ラブドウイルス（例えば、狂犬病ウイルス）、コロナウイルス、ブニヤウイルス、フラビウイルス、フィロウイルス、アレナウイルス、ブニヤウイルス、およびレトロウイルス（例えば、ヒトＴ細胞リンパ球向性ウイルス（ＨＴＬＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ））などのウイルスファミリーが挙げられる。本明細書におけるＤＮＡウイルスとしては、これらに限定されないが、パポバウイルス（例えば、パピローマウイルス）、アデノウイルス（例えば、アデノウイルス）、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス）、およびポックスウイルス（例えば、痘瘡ウイルス）などのウイルスファミリーが挙げられる。
細菌としては、グラム陽性細菌、グラム陰性細菌、および好酸菌などが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書におけるグラム陽性細菌としては、これらに限定されないが、アクチノマヅラ、アクチノミセス・イスラエリー、バチルス・アントラシス、バチルス・セレウス、クロストリジウム・ボツリヌス、クロストリジウム・ディフィシル、クロストリジウム・パーフリンジェンス、クロストリジウム・テタニ、コリネバクテリウム、エンテロコッカス・フェカリス、リステリア・モノサイトゲネス、ノカルジア、プロピオニバクテリウム・アクネス、スタフィロコッカス・アウレウス、スタフィロコッカス・エピデルミデス、ストレプトコッカス・ミュータンス、およびストレプトコッカス・ニューモニエなどが挙げられる。
本明細書におけるグラム陰性細菌としては、これらに限定されないが、アフピア・フェリス、バクテロイデス、バルトネラ・バシリホルミス、ボルタデラ・パーツシス、ボレリア・ブルグドルフェリ、ボレリア・レカレンチス、ブルセラ、カリマトバクテリウム・グラヌロマティス、カンピロバクター、エシェリキア・コリ、フランシセラ・ツラレンシス、ガードネレラ・バギナリス、ヘモフィルス・エジプチウス、ヘモフィルス・デュクレイ、ヘモフィルス・インフルエンザエ、ヘリコバクター・ピロリ、レジオネラ・ニューモフィラ、レプトスピラ・インターロガンス、ナイセリア・メニンギティディア、ポルフィロモナス・ジンジバリス、プロビデンシア・スチュアーティイ、シュードモナス・エルジノーサ、サルモネラ・エンテリティディス、サルモネラ・チフィ、セラチア・マルセセンス、シゲラ・ボイディ、ストレプトバチルス・モニリフォルミス、ストレプトコッカス・ピオゲネス、トレポネーマ・パリダム、ビブリオ・コレラエ、エルシニア・エンテロコリチカ、およびエルシニア・ペスチスなどが挙げられる。
本明細書における好酸菌としては、これらに限定されないが、マイオバクテリウム・アビウム、マイオバクテリウム・レプレ、およびマイオバクテリウム・ツベルクローシスなどが挙げられる。
本明細書における他の３つの分類に含まれないその他の細菌としては、これらに限定されないが、バルトネラ・ヘンセラ、クラミジア・シタッシ、クラミジア・トラコマチス、コクシエラ・ブルネッティ、マイコプラズマ・ニューモニエ、リケッチア・アカリ、リケッチア・プロワツェキイ、リケッチア・リケッチイ、リケッチア・ツツガムシ、リケッチア・チフィ、ウレアプラズマ・ウレアリチカム、ディプロコッカス・ニューモニエ、エーリキア・シャフェンシス、およびエンテロコッカス・フェシウム、髄膜炎菌などが挙げられる。
本明細書における真菌としては、これらに限定されないが、コウジカビ、カンジダ、カンジダ・アルビカンス、コクシジオイデス・イミチス、クリプトコッカス、およびこれらの組合せが挙げられる。
本明細書における寄生性微生物としては、これらに限定されないが、バランチジウム・コリ、クリプトスポリジウム・パルバム、シクロスポラ・カイエタネンシス、エンセファリトゾア、エントアメーバ・ヒストリチカ、エンテロシトゾーン・ビエヌーシ、ジアルジア・ランブリア、リーシュマニア、プラスモディ（Ｐｌａｓｍｏｄｉｉ）、トキソプラズマ・ゴンディ、トリパノソーマ、および台形状アメーバなどが挙げられる。
本明細書における寄生生物としては、虫類（例えば、蠕虫類）、特に、線形動物門（回虫、例えば、鞭虫類、鉤虫類、蟯虫類、回虫類、糸状虫類など）、条虫類（例えば、サナダムシ類）などの寄生性虫類が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書における疾患または症状の「治療」は、臨床的結果を含む、有益な結果または所望のを得るための手段を講じることを指す。有益な結果または所望の臨床的結果としては、疾患または症状と関連する１つまたは複数の症状の緩和または改善が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書において、対象に化合物または薬剤を「投与すること」またはその「投与」は、当業者に周知の様々な方法のうちの１つを用いて実行してもよい。例えば、化合物または薬剤を、静脈内投与、動脈投与、皮内投与、筋肉内投与、腹腔内投与、静脈内投与、皮下投与、眼投与、舌下投与、経口投与（摂取により）、鼻腔内投与（吸入により）、髄腔内投与、脳内投与、および経皮投与（例えば、皮膚導管を介した吸収により）してもよい。化合物または薬剤を、再充填可能または生分解性の高分子製デバイスもしくはその他のデバイス、例えばパッチおよびポンプにより適切に導入してもよく、化合物または薬剤を持続放出、放出遅延、または制御放出させる製剤により適切に導入してもよい。例えば、１回の投与、複数回の投与、および／または１回または複数回の長期間にわたる投与を実行してもよい。ある態様では、投与には、自己投与を含む直接投与、および薬品を処方する行為を含む間接投与の両方が含まれる。例えば、本明細書において、薬品を自己投与するように指導する医師、または他人に薬品を投与してもらうよう患者に指導する医師、および／または薬品の処方箋を患者に与える医師は、患者に薬品を投与している。ある実施形態では、例えば摂食により経口的に、または、例えば注射により静脈内に、化合物または薬剤が患者に投与される。ある実施形態では、経口投与された化合物または薬剤は、徐放性製剤または放出遅延製剤であるか、または、このような持続放出または放出遅延をもたらすデバイスを使用して投与される。
ある実施形態では、本発明の方法で使用されるマーカーは、非貪食細胞と比較して無細胞体液で上方制御または活性化されている。ある実施形態では、本発明の方法で使用されるマーカーは、非貪食細胞と比較して無細胞体液で下方制御または抑制されている。ある実施形態では、本発明の方法で使用されるマーカーは、２ｎ貪食細胞と比べて無細胞体液で上方制御または活性化されている。ある実施形態では、本発明の方法で使用されるマーカーは、２ｎ貪食細胞と比べて無細胞体液で下方制御または抑制されている。種々の疾患または症状が、種々のマーカーの上方制御（もしくは、活性化）、または下方制御（もしくは、抑制）と関連していることがある。本明細書における「上方制御または上方制御された」は、マーカーの発現レベル（例えば、遺伝子発現またはタンパク質発現）、遺伝子コピー数、遺伝子量、およびその他の定性的または定量的に検出可能な状態の増大を指すことがある。同様に、「下方制御または下方制御された」は、マーカーの発現レベル、遺伝子コピー数、遺伝子量、およびその他の定性的または定量的に検出可能な状態の増大を指すことがある。本明細書における「活性化または活性化された」は、マーカーの活性状態、例えば、リン酸化状態、ＤＮＡメチル化状態、またはＤＮＡアセチル化状態を指すことがある。同様に、「抑制または抑制された」は、マーカーの抑制状態または不活性化状態、例えば、脱リン酸化状態、ユビキチン化状態、ＤＮＡ脱メチル化状態を指すことがある。
ある実施形態では、本発明の方法はまた、無細胞体液からマーカーを抽出または濃縮することを含むことがある。本明細書では、任意の既知の抽出方法および濃縮方法を用いることができる。ある実施形態では、本発明の方法はまた、様々なプロファイルを判定する前に、（ｉ）非貪食細胞または２ｎ貪食細胞を溶解するステップ、（ｉｉ）溶解した非貪食細胞または溶解した２ｎ貪食細胞から細胞内容物を抽出するステップ、のうちの少なくとも１つを含む。本明細書では、任意の既知の細胞溶解方法および抽出方法を用いることができる。ある実施形態では、無細胞体液は、生存している病気の細胞、死んだ病気の細胞、アポトーシスを起こした病気の細胞、循環腫瘍細胞、感染性因子、胎生細胞、栄養芽細胞、またはこれらの断片など、貪食細胞に貪食された様々な種類の物質を含む。ある実施形態では、疾患または症状の少なくとも１つまたは複数のマーカーが無細胞体液中に存在する。ある実施形態では、非貪食細胞または２ｎ貪食細胞の細胞内容物中にはマーカーが存在しない。
ある実施形態では、本発明の方法は、疾患または症状に特異的なマーカーについて同定された差異を、当技術分野において周知の少なくとも１つのマーカーのリポジトリと比較することをさらに含む。このような比較により、疾患または症状の存在をさらに確認することができる。ある実施形態では、既知マーカーのリポジトリをデータマイニングによって得ることがある。本明細書における用語「データマイニング」は、データベースの既知データから導かれる新規なデータのパターン、関係、または相関を見い出し、将来的に利用可能な情報を抽出するプロセスを指す。一般に、データについてデータマイニングを実行するように（例えば、入力されたデータを分類するように）コンピュータベースのシステムをトレーニングし、その後、このシステムを新規に入力されたデータとともに用いて、トレーニングデータに基づく決定を行うことができる。このようなシステムとしては、これらに限定されないが、エキスパートシステム、ファジー論理、非線形回帰分析、多変量解析、決定木分類器、およびベイズの信念ネットワークが挙げられる。
ある実施形態では、無細胞体液は、体液試料に由来する。例示的な体液試料は、全血、尿、大便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られた体液、妊娠第２三半期の妊婦から得られた体液、妊娠第３三半期の妊婦から得られた体液、母体血、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚の体液、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および頸膣部液、間質液、または眼液であってもよい。ある実施形態では、無細胞体液は、抽出、遠心分離、および濾過などの当技術分野において周知の方法によって体液試料から細胞を分離することにより得られる。
ある実施形態では、２ｎ貪食細胞または非貪食細胞は、白血球から単離される。ある実施形態では、２ｎ貪食細胞は、貪食細胞集団から分離される。
ある実施形態では、ＤＮＡ量が２ｎである細胞を含む組織試料または体液試料は、静脈または動脈の穿刺とそれに続く血液の採取、組織生検、気管支肺胞洗浄、鼻洗浄、眼洗浄、腹腔洗浄、膣洗浄、膀胱洗浄、直腸洗浄、脊髄液の細針吸引、および滑液の吸引などにより得られた体液の非細胞画分を（例えば、遠心分離により）分離した後に得られる。無細胞体液は、静脈または動脈の穿刺とそれに続く血液の採取、組織生検、気管支肺胞洗浄、鼻洗浄、眼洗浄、腹腔洗浄、膣洗浄、膀胱洗浄、直腸洗浄、脊髄液の細針吸引、および滑液の吸引などにより得られた体液の細胞画分を（例えば、遠心分離により）分離した後に得られる。
本発明の方法では、細胞分離／単離／精製の方法を使用して、対象の体液試料、細胞、または組織から細胞集団が単離される。当業者は、任意の既知の細胞分離／単離／精製技術を用いて、体液から２ｎ貪食細胞または非貪食細胞を単離することができる。例示的な細胞抽出／分離／単離技術としては、これらに限定されないが、抗体の使用、フローサイトメトリー、蛍光標識細胞分取、濾過、密度勾配遠心分離法、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技術、蛍光磁気分離技術、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット顕微鏡プラットフォーム、またはこれらの組合せが挙げられる。
本明細書に記載の方法のある態様では、プロファイルされる被分析物としては、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝物、またはこれらの任意の組合せが挙げられる。本明細書に記載の方法のある態様では、マーカーとしては、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝物、またはこれらの任意の組合せが挙げられる。本明細書における用語「核酸」には、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）、ＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、およびヌクレオチド類似体を用いて生成されたＤＮＡまたはＲＮＡの類似体が含まれることが意図される。核酸分子は、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、多重鎖ＤＮＡ、相補ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、非コードＤＮＡ、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、リボソーマルＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ヘテロ核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）、または低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）であってもよい。
本明細書における用語「アミノ酸」には、塩基性アミノ基および酸性カルボキシル基の両方を含有する有機化合物が含まれる。天然アミノ酸（例えば、Ｌ−アミノ酸）、修飾アミノ酸および異常アミノ酸（例えば、Ｄ−アミノ酸およびβ−アミノ酸）、ならびに生物学的には遊離型または結合型で存在することが知られているが、タンパク質中には通常存在しないアミノ酸がこの用語の範囲に含まれる。天然タンパク質中に存在するアミノ酸としては、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グルタミン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リシン、メチオニン、フェニルアラニン、セリン、トレオニン、チロシン、トリプトファン、プロリン、およびバリンが挙げられる。非天然タンパク質のアミノ酸としては、アルギノコハク酸、シトルリン、システイン硫酸、３，４−ジヒドロキシフェニルアラニン、ホモシステイン、ホモセリン、オルニチン、３−モノヨードチロシン、３，５−ジヨードチロシン、３，５，５−トリヨードチロシ、および３，３’，５，５’−テトラヨードチロシンが挙げられる。修飾アミノ酸または異常アミノ酸としては、Ｄ−アミノ酸、ヒドロキシリシン、４−ヒドロキシプロリン、Ｎ−Ｃｂｚ−保護アミノ酸、２，４−ジアミノ酪酸、ホモアルギニン、ノルロイシン、Ｎ−メチルアミノ酪酸、ナフチルアラニン、フェニルグリシン、α−フェニルプロリン、ｔｅｒｔ−ロイシン、４−アミノシクロヘキシルアラニン、Ｎ−メチル−ノルロイシン、３，４−デヒドロプロリン、Ν，Ν−ジメチルアミノグリシン、Ｎ−メチルアミノグリシン、４−アミノピペリジン−４−カルボン酸、６−アミノカプロン酸、ｔｒａｎｓ−４−（アミノメチル）−シクロヘキサンカルボン酸、２−，３−，４−（アミノメチル）−安息香酸、１−アミノシクロペンタンカルボン酸、１−アミノシクロプロパンカルボン酸、および２−ベンジル−５−アミノペンタン酸が挙げられる。
本明細書における用語「ペプチド」には、ペプチド結合によって連結される２つまたは複数のアミノ酸からなる化合物が含まれる。ペプチドの分子量は、１０，０００ダルトン未満、５，０００ダルトン未満、または２，５００ダルトン未満であってもよい。用語「ペプチド」にはまた、ペプチド成分と、擬似ペプチド残基もしくはペプチド模倣残基またはその他の非アミノ酸成分などの非ペプチド成分との両方を含有する化合物が含まれる。ペプチド成分と非ペプチド成分の両方を含有するこのような化合物はまた、「ペプチド類似体」と呼ばれることがある。
本明細書における用語「タンパク質」には、直鎖状に配列され、隣接するアミノ酸残基のカルボキシル基とアミノ基との間のペプチド結合により連結されるアミノ酸からなる化合物が含まれる。本発明の方法で用いられるタンパク質としては、これらに限定されないが、アミノ酸、ペプチド、抗体、抗体断片、サイトカイン、リポタンパク質、または糖タンパク質が挙げられる。
本明細書における用語「抗体」には、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体（免疫グロブリンＦｃ領域を有する全長抗体を含む）、多重エピトープ特異性を有する抗体組成物、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体、二特異性抗体、および一本鎖分子、および抗体断片（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２、およびＦｖ）が含まれる。様々な種類の抗体の構造と特性については、例えば、Ｂａｓｉｃ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｄａｎｉｅｌ Ｐ．Ｓｔｉｅｓ，Ａｂｂａ Ｉ．Ｔｅｒｒ ａｎｄ Ｔｒｉｓｔｒａｍ Ｇ．Ｐａｒｓｏｌｗ（ｅｄｓ），Ａｐｐｌｅｔｏｎ＆Ｌａｎｇｅ，Ｎｏｒｗａｌｋ，Ｃｏｎｎ．，１９９４，７１ページおよび第６章を参照のこと。
本明細書における用語「サイトカイン」は、免疫系細胞の活性を調節する分泌タンパク質またはその活性断片もしくは変異体を指す。サイトカインの例としては、これらに限定されないが、インターロイキン、インターフェロン、ケモカイン、腫瘍壊死因子、および免疫細胞前駆体のコロニー刺激因子などが挙げられる。
本明細書における用語「リポタンパク質」には、遊離コレステロールおよびアポリポタンパク質が結合した両親媒性リン脂質の表面層で取り囲まれた、疎水性コレステリルエステルとトリグリセリドとのコアを含む負に帯電した組成物が含まれる。リポタンパク質は、そのサイズにより決定される、脂質とタンパク質との相対量である密度（例えば、超低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、および高密度リポタンパク質（ＨＤＬ））によって特徴づけられてもよい。リポタンパク質はまた、特定の修飾（例えば、酸化、アセチル化、または糖化）の有無によって特徴づけられてもよい。
本明細書における用語「糖タンパク質」には、ペプチドまたはタンパク質に共有結合した１つまたは複数のオリゴ糖または多糖を有する配糖体が含まれる。例示的な糖タンパク質としては、これらに限定されないが、免疫グロブリン、主要組織適合複合体のメンバー、コラーゲン、ムチン、糖タンパク質ＩＩｂ／ＩＩＩａ、糖タンパク質−４１（ｇｐ４１）および糖タンパク質−１２０（ｇｐ１２）、濾胞刺激ホルモン、α−フェトプロテイン、エリスロポエチン、トランスフェリン、アルカリホスファターゼ、およびレクチンを挙げることができる。
本明細書における用語「脂質」には、一般に両親媒性で生体適合性の、合成化合物または天然化合物が含まれる。脂質は、通常、親水性成分および疎水性成分を含む。例示的な脂質としては、これらに限定されないが、脂肪酸、中性脂肪、リン脂質、コレステロール、コレステロールエステル、トリグリセリド、糖脂質、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、ステロール脂質、プレノール脂質、サッカロ脂質、ポリケチド、コリングリセロリン脂質、エタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルセリン、リゾ−コリングリセロリン脂質、リゾ−エタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジン酸、リゾ−ホスファチジン酸、スフィンゴミエリン、ガラクトシルセラミド、グルコシルセラミド、スルファチド、遊離脂肪酸、プロスタグランジン、トリアシルグリセロール、ジアシルグリセロール、モノアシルグリセロール、アシル−ＣｏＡ、アシルカルニチン、オキシステロール、セラミド、カルジオリピン、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、スフィンゴシン、リゾ−スフィンゴミエリン、ガングリオシド、プラスマローゲン、スルファチド、セラミド、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、超低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、またはこれらの誘導体が挙げられる。
本明細書における用語「炭水化物」には、これらに限定されないが、酸素原子、水素原子、および炭素原子を含有する化合物、通常は（ＣＨ２Ｏ）ｎ（ｎは整数）が含まれる。例示的な炭水化物としては、これらに限定されないが、単糖類、二糖類、多糖類、またはオリゴ糖類が挙げられる。
本明細書における用語「代謝物」には、代謝において使用される任意の分子が含まれる。代謝物は、代謝プロセスにおける産物、基質、または中間産物であってもよい。一次代謝物、二次代謝物、有機代謝物、または無機代謝物がこの用語の範囲に含まれる。代謝物としては、これらに限定されないが、アミノ酸、ペプチド、アシルカルニチン、単糖類、脂質およびリン脂質、プロスタグランジン、ヒドロキシエイコサテトラエン酸、ヒドロキシオクタデカジエン酸、ステロイド類、胆汁酸、ならびに糖脂質およびリン脂質が挙げられる。例示的な代謝物は、スフィンゴ脂質、グリコスフィンゴ脂質、スフィンゴシン、セラミド、スフィンゴミエリン、スフィンゴシルホスフォリルコリン、ジヒドロスフィンゴシン、ホスファチジルコリン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルセリン、リゾホスファチジルコリン、リゾホスファチジルイノシトール、リゾホスファチジルセリン、プラスメニルホスファチジルコリン、プラスマニルホスファチジルコリン、タンパク質を構成するアミノ酸、アラニン、アスパラギン酸、グルタミン酸、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、ロイシン、イソロイシン、リシン、メチオニン、プロリン、アルギニン、セリン、トレオニン、バリン、トリプトファン、チロシン、非対称性ジメチルアルギニン、対称性ジメチルアルギニン、グルタミン、アスパラギン、ニトロチロシン、ヒドロキシプロリン、キヌレニン、３−ヒドロキシキヌレニン、タンパク質を構成しないアミノ酸、オルニチン、シトルリン、アシルカルニチン、カルニチン、遊離カルニチン、アシルカルニチン、ヒドロキシルアシルカルニチン、ジカルボキシルアシルカルニチン、還元単糖類、ヘキソース、ペントース、デオキシヘキソース、クレアチニン、クレアチン、スペルミジン スペルミン、プトレシン、ドーパミン、セロトニン、プロスタグランジン、ヒドロキシエイコサテトラエン酸、ヒドロキシオクタデカジエン酸、ロイコトリエン、トロンボキサン、胆汁酸、ステロール、コレステロール、ビタミンおよび補因子、薬物、ならびに薬物代謝物であってもよい。
本発明のある実施形態では、疾患または症状の少なくとも１つまたは複数のマーカーのプロファイルが比較される。この比較は、定量的であっても定性的であってもよい。定量的な測定は、本明細書に記載の任意のアッセイを用いて行うことができる。例えば、シークエンシング、ダイレクトシークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガー・ジデオキシターミネーションシークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動法、ゲル電気泳動法、二重鎖シークエンシング（ｄｕｐｌｅｘ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理シグネチャシークエンシング、エマルジョンＰＣＲ法、可逆的ダイターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアターム（ｎｅａｒ−ｔｅｒｍ）シークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成シークエンシング（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒを用いたシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）を用いたシークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）解析、定量的ＰＣＲ法、リアルタイムＰＣＲ法、蛍光アッセイ、比色アッセイ、化学発光アッセイ、またはこれらの組合せである。
定量的比較としては、ｔ検定、分散分析（ＡＮＯＶＡ）、クラスカル・ウォリス検定、ウィルコクソン検定、マン・ホイットニー検定、およびオッズ比などの統計解析を挙げることができる。定量的な差異としては、プロファイル間のマーカーレベルの差異、またはプロファイル間のマーカー存在数の差異、およびこれらの組合せを挙げることができる。マーカーレベルの例は、これらに限定されないが、遺伝子発現レベル、核酸レベル、タンパク質レベル、および脂質レベルなどであってもよい。定性的な差異としては、これらに限定されないが、活性化および不活化、タンパク質分解、核酸分解、ならびに共有結合修飾を挙げることができる。
本発明のある実施形態では、プロファイルは、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝物プロファイル、またはこれらの組合せである。プロファイルは、定性的または定量的に決定され得る。
核酸プロファイルは、これらに限定されないが、遺伝子型プロファイル、一塩基多型プロファイル、遺伝子変異プロファイル、遺伝子コピー数プロファイル、ＤＮＡメチル化プロファイル、ＤＮＡアセチル化プロファイル、染色体遺伝子量プロファイル、遺伝子発現プロファイル、またはこれらの組合せであってもよい。
核酸プロファイルは、遺伝子型、一塩基多型、遺伝子変異、遺伝子コピー数、ＤＮＡメチル化状態、ＤＮＡアセチル化状態、染色体遺伝子量を検出するための当技術分野において周知の任意の方法によって決定することができる。例示的な方法には、これらに限定されないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）解析、シークエンシング解析、電気泳動解析、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）解析、ノーザンブロット解析、定量的ＰＣＲ法、逆転写ＰＣＲ解析（ＲＴ−ＰＣＲ）、アレル特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション解析、比較ゲノムハイブリダイゼーション法、ヘテロ二重鎖移動度アッセイ（ＨＭＡ）、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）法、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）法、ＲＮＡａｓｅミスマッチ解析、質量分析法、タンデム質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、表面プラズモン共鳴法、サザンブロット解析、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法、蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）法、発色性ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）法、免疫組織化学（ＩＨＣ）法、マイクロアレイ法、比較ゲノムハイブリダイゼーション法、核型分析、多重ライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）法、短蛍光フラグメントの定量的多重ＰＣＲ（ＱＭＰＳＦ）法、顕微鏡法、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）アッセイ、ライゲーション仲介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮（ＨｐａＩＩ Ｔｉｎｙ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ ｂｙ Ｌｉｇａｔｉｏｎ−Ｍｅｄｉａｔｅｄ ＰＣＲ）（ＨＥＬＰ）アッセイ、放射性酢酸塩標識アッセイ、比色によるＤＮＡアセチル化アッセイ、マイクロアレイと組み合わせたクロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ−ｏｎ−ｃｈｉｐ）アッセイ、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング法、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）法、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性の分子切断光アッセイ、クロマトグラフィーによる分離、メチル化感受性制限酵素解析、バイサルファイトによる非メチル化シトシンのウラシルへの変換、メチル結合ＰＣＲ解析、またはこれらの組合せが含まれる。
本明細書における用語「シークエンシング」は、広い意味で使用され、核酸の少なくとも一部（これらに限定されないが、伸長産物またはベクターインサートの少なくとも一部を含む）において少なくともいくつかの連続するヌクレオチドの順序を同定することを可能にする、当技術分野において周知の任意の技術を指す。例示的なシークエンシング技術としては、ダイレクトシークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガー・ジデオキシターミネーションシークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動法、ゲル電気泳動法、二重鎖シークエンシング（ｄｕｐｌｅｘ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理シグネチャシークエンシング、エマルジョンＰＣＲ法、可逆的ダイターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアターム（ｎｅａｒ−ｔｅｒｍ）シークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成シークエンシング（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒを用いたシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）を用いたシークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析法、およびこれらの組合せが挙げられる。ある実施形態では、シークエンシングには、例えば、これらに限定されないが、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）３７７ＤＮＡシークエンサー、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）３１０、３１００、３１００−Ａｖａｎｔ、３７３０、または３７３０ｘＩジェネティック・アナライザー、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）３７００ＤＮＡアナライザー、またはアプライド・バイオシステムズソＳＯＬｉＤ（商標）システム（全てＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社製）、ゲノムシークエンサー２０システム（Ｒｏｃｈｅ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ社）、または質量分析計などの機器を使用してシークエンシング産物を検出することが含まれる。ある実施形態では、シークエンシングには、エマルジョンＰＣＲが含まれる。ある実施形態では、シークエンシングには、ハイスループットシークエンシング技術、例えば、これに限定されないが、大規模並列処理シグネチャシークエンシング（ＭＰＳＳ）が含まれる。
本発明のさらなる実施形態では、タンパク質プロファイルは、タンパク質発現プロファイル、タンパク質活性化プロファイル、またはこれらの組合せであってもよい。ある実施形態では、タンパク質活性化プロファイルには、リン酸化状態、ユビキチン化状態、ミリストイル化状態、またはタンパク質の立体構造状態を決定することが含まれていてもよい。
タンパク質プロファイルは、タンパク質発現レベル、タンパク質リン酸化状態、タンパク質ユビキチン化状態、タンパク質ミリストイル化状態、またはタンパク質立体構造状態を検出するための当技術分野において周知の任意の方法により検出することができる。ある実施形態では、タンパク質プロファイルを、免疫組織化学分アッセイ、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法、クロマトグラフィー法、液体クロマトグラフィー法、サイズ排除クロマトグラフィー法、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）法、ガスクロマトグラフィー法、質量分析法、タンデム質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、ラジオイムノアッセイ、顕微鏡法、マイクロ流体チップをベースにしたアッセイ、表面プラズモン共鳴法、シークエンシング、ウェスタンブロットアッセイ、またはこれらの組合せによって決定することができる。
本発明のある実施形態では、脂質プロファイルを、クロマトグラフィー法、液体クロマトグラフィー法、サイズ排除クロマトグラフィー法、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）法、ガスクロマトグラフィー法、質量分析法、タンデム質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、ラジオミムノアッセイ、マイクロ流体チップをベースにしたアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せによって決定することができる。生体試料中の脂質含量を分析するための別の方法は、当技術分野において周知である（例えば、Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．１１２８：２６７；Ｗｅｙｌａｎｄｔ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｌｉｐｉｄｓ ３１：９７７；Ｊ．Ｓｃｈｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２６７：４６；Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９８：４０５０；Ｓｃｈｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｐｒｏｇ．Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ．４３：４９９を参照のこと）。脂質分析の１つの例示的な方法としては、（例えば、０．００５％のブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ、抗酸化剤として）を含有するクロロホルム・メタノール（２：１、体積／体積）を用いて）生体試料から脂質を抽出し、（例えば、１４％ＢＦ３メタノール試薬を用いて）脂肪酸メチルエステルを調製し、（例えば、ＨＰＬＣ、ＴＬＣにより、市販のガスクロマトグラフ、質量分析計、および／またはガスクロマトグラフ／質量分析計の組み合わせを用いたガスクロマトグラフィー質量分光法によって）脂肪酸メチルエステルの定量化を行うことが挙げられる。脂肪酸の質量は、種々の分析された脂肪酸の領域を、一定濃度の内部標準の領域と比較することにより決定される。
本発明のある実施形態では、炭水化物プロファイルを、クロマトグラフィー法、液体クロマトグラフィー法、サイズ排除クロマトグラフィー法、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）法、ガスクロマトグラフィー法、質量分析法、タンデム質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析法（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析法（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析法（ＳＩＭＳ）法、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップをベースにしたアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せによって決定することができる。
本発明のある実施形態では、代謝物プロファイルを、クロマトグラフィー法、液体クロマトグラフィー法、サイズ排除クロマトグラフィー法、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）法、ガスクロマトグラフィー法、質量分析法、タンデム質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップをベースにしたアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せによって決定することができる。
本明細書において、本発明の方法により検出される種々のプロファイル間の「差異」とは、異なった遺伝子コピー数、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、脂質、または炭水化物の異なった発現レベル、異なったＤＮＡメチル化状態、異なったＤＮＡアセチル化状態、および異なったタンパク質修飾状態を指すことがある。差異は、１倍よりも大きい差異であってもよい。ある実施形態では、差異は、１．０５倍、１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍の差異である。ある実施形態では、差異は、１〜１０倍の間、２〜１０倍の間、５〜１０倍の間、１０〜２０倍の間、または１０〜１００倍の間の任意の差異である。
マーカーを検出するためのアッセイの一般的な原理としては、マーカー（例えば、１つまたは複数のＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、ポリペプチド、炭水化物、脂質、および代謝物など）、およびプローブを含有していてもよい試料または反応混合物を、適切な条件下にて、該マーカーおよびプローブが相互作用して結合するのに十分な時間で調製して、反応混合物中に取出しおよび／または検出が可能である複合体を形成することが挙げられる。このようなアッセイは、様々な方法で実施することができる。
例えば、このようなアッセイを実施する１つの方法としては、マーカーまたはプローブを、基材とも呼ばれる固相支持体上に固定して、固相上に固定された標的マーカー／プローブ複合体を反応終了時に検出することが挙げられる。このような方法のある実施形態では、担体または固相支持体上に、マーカーの存在および／または濃度についてのアッセイが行われる対象からの試料を固定してもよい。別の実施形態では、逆の状態も可能であり、その場合、プローブを固相に固定し、対象からの試料をこのアッセイの未固定成分として反応させてもよい。
アッセイ成分を固相へ固定するための多くの方法が確立されている。これらには、ビオチンおよびストレプトアビジンの結合によって固定化されるマーカーまたはプローブ分子が含まれるが、これらに限定されない。このようなビオチン化アッセイ成分は、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド）から当技術分野において周知の技術（例えば、ビオチン化キット、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ社、ロックフォード、イリノイ州）を用いて調製し、ストレプトアビジンでコートした９６ウェルプレート（Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ社）のウェル中に固定化することができる。ある実施形態では、固定化アッセイ成分を有する表面を予め作製し、保存しておくことができる。
このようなアッセイに適切なその他の担体または固相支持体としては、マーカーまたはプローブが属する種類の分子を結合することができる任意の材質が挙げられる。周知の支持体または担体としては、これらに限定されないが、ガラス、ポリスチレン、ナイロン、ポリプロピレン、ナイロン、ポリエチレン、デキストラン、アミラーゼ、天然セルロースおよび修飾セルロース、ポリアクリルアミド、斑れい岩、ならびにマグネタイトが挙げられる。
上記手法を用いたアッセイを実施するために、第二の成分が固定された固相に非固定化成分が添加される。反応完了後、形成された複合体がいずれも固相上に固定化されたままとなる条件下で、複合体を形成していない成分を（例えば、洗浄することにより）除去してもよい。固相に固定化されたマーカー／プローブ複合体の検出は、本明細書で概説する多数の方法によって行うことができる。
ある例示的な実施形態では、プローブが固定化されていないアッセイ成分である場合、プローブは、アッセイの検出および読み取りの目的で、本明細書で検討され当業者に周知である標識により、直接的または間接的に標識されることがある。
任意の成分（マーカーまたはプローブ）をさらに処置または標識することなく、例えば、蛍光エネルギー転移技術（例えば、米国特許第５，６３１，１６９号および同第４，８６８，１０３号を参照のこと）を利用することにより、マーカー／プローブ複合体の形成を直接的に検出することも可能である。第一の「ドナー」分子上のフルオロフォア標識は、適切な波長の入射光で励起された場合に、放出された蛍光エネルギーが第二の「アクセプター」分子上の蛍光標識によって吸収され、吸収されたエネルギーによって該分子が次に蛍光を発することができるように選択される。あるいは、「ドナー」タンパク質分子は、単にトリプトファン残基の天然の蛍光エネルギーを利用してもよい。標識は、「アクセプター」分子の標識を「ドナー」の標識と区別することができるように、異なる波長の光を発するものが選択される。標識間のエネルギー転移の効率が分子を隔てる距離と関連していることから、分子間の空間的な関係を評価することができる。分子間で結合が生じる状況では、このアッセイにおける「アクセプター」分子標識の蛍光発光が最大となるはずである。ＦＥＴ結合事象は、当技術分野において周知の標準的な蛍光定量的検出手段により（例えば、蛍光光度計を用いて、簡便に測定することができる。
別の実施形態では、プローブがマーカーを認識する能力の測定は、リアルタイム生体分子相互作用解析（ＢＩＡ）（例えば、Ｓｊｏｌａｎｄｅｒ，Ｓ．ａｎｄ Ｕｒｂａｎｉｃｚｋｙ，Ｃ，１９９１，Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６３：２３３８ ２３４５、およびＳｚａｂｏ ｅｔ ａｌ，１９９５，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．５：６９９ ７０５を参照のこと）などの技術を利用することにより、いずれのアッセイ成分（プローブまたはマーカー）も標識することなく行うことができる。本明細書における「ＢＩＡ」または「表面プラズモン共鳴」とは、相互作用物のいずれをも標識せずに、リアルタイムで生体分子特異的相互作用の研究を行うための技術である（例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ）。結合表面における質量の変化（結合事象の指標）によって表面付近での光の屈折率が変化し（表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）の光学現象）、生体分子間のリアルタイム反応の指標として用いることができる検出可能なシグナルが生じる。
あるいは、別の実施形態では、類似の診断アッセイおよび予後アッセイを、液相中の溶質としてマーカーおよびプローブを用いて実施することができる。このようなアッセイでは、数多くの標準的な技術のうちの任意の技術によって、複合体を形成したマーカーとプローブが、複合体を形成していない成分から分離される。前記技術としては、これらに限定されないが、分画遠心分離法、クロマトグラフィー法、電気泳動法、および免疫沈降法が挙げられる。分画遠心分離法では、サイズおよび密度の違いに基づいた複合体の沈降係数の相違により、一連の遠心分離により、マーカー／プローブ複合体を複合体を形成していないアッセイ成分から分離することができる（例えば、Ｒｉｖａｓ ａｎｄ Ｍｉｎｔｏｎ（１９９３）Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．１８：２８４を参照のこと）。標準的なクロマトグラフィー技術も、複合体を形成していない分子から複合体を形成した分子を分離するために用いることができる。例えば、ゲル濾過クロマトグラフィーは、サイズに基づいて分子を分離するものであり、適切なゲル濾過樹脂をカラムの形態で用いることにより、例えば、複合体を形成していない相対的に小さな成分から相対的に大きな複合体を分離することが可能である。同様に、複合体を形成していない成分と比較したマーカー／プローブ複合体の荷電特性の相対的差異を利用して、例えばイオン交換クロマトグラフィー樹脂を用いて、複合体を形成していない成分から複合体を分離することができる。このような樹脂およびクロマトグラフィー技術は、当業者に周知である（例えば、Ｈｅｅｇａａｒｄ（１９９８）Ｊ．ＭｏＩ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．１１：１４１；Ｈａｇｅ ａｎｄ Ｔｗｅｅｄ（１９９７）Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｓｃｉ．Ａｐｐｌ．１２：４９９を参照のこと）。ゲル電気泳動も、未結合成分から複合体を形成したアッセイ成分を分離するために利用することができる（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ，ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７ １９９９を参照のこと）。この技術では、タンパク質または核酸の複合体が、例えば、サイズまたは電荷に基づいて分離される。電気泳動プロセスの間、結合相互作用を維持するために、通常は非変性ゲルマトリックス材料が好ましく、還元剤が存在しない条件が好ましい。特定のアッセイに対する適切な条件およびその成分は、当業者に周知であるだろう。
ある例示的な実施形態では、マーカーに対応するｍＲＮＡのレベルを、当技術分野において周知の方法を用いて、生体試料中でｉｎ ｓｉｔｕ方式および／またはｉｎ ｖｉｔｒｏ方式のいずれかにより決定することができる。発現検出方法の多くが単離されたＲＮＡを用いる。ｉｎ ｖｉｔｒｏの方法では、ｍＲＮＡの単離に対しては選択されない任意のＲＮＡ単離技術を、血液細胞からのＲＮＡの精製に利用することができる（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ，ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ １９８７ １９９９を参照のこと）。さらに、例えば、ＣｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉのシングルステップＲＮＡ単離プロセス（１９８９年、米国特許第４，８４３，１５５号）などの当業者に周知の技術を用いて、大量の細胞および／または試料を容易に処理することができる。
単離されたｍＲＮＡは、これらに限定されないが、サザン解析またはノーザン解析、ポリメラーゼ連鎖反応解析、およびプローブアレイを含む、ハイブリダイゼーションアッセイまたは増幅アッセイに用いることができる。ある例示的な実施形態では、ｍＲＮＡレベルを検出するための診断方法としては、単離されたｍＲＮＡを、被検出遺伝子によってコードされたｍＲＮＡとハイブリダイズすることができる核酸分子（プローブ）に接触させることが挙げられる。核酸プローブは、例えば、完全長ｃＤＮＡ、あるいは少なくとも７、１５、３０、５０、１００、２５０、または５００ヌクレオチド長であり、本発明のマーカーをコードするｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡとストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズするのに十分であるオリゴヌクレオチドなど、完全長ｃＤＮＡの一部であってもよい。本発明の診断アッセイに用いるその他の適切なプローブについては、本明細書に記載される。ｍＲＮＡとプローブとのハイブリダイゼーションは、対象とするマーカーが発現していることを示すものである。
ある方式では、例えば、単離されたｍＲＮＡをアガロースゲル上で泳動し、このｍＲＮＡをゲルからニトロセルロースなどの膜に転写することによって、ｍＲＮＡを固相表面上に固定化してプローブと接触させる。別の方式では、例えば遺伝子チップアレイにおいて、プローブを固相表面上に固定化して、ｍＲＮＡをこのプローブと接触させる。当業者は、既知のｍＲＮＡ検出方法を適合させて、本発明のマーカーによってコードされるｍＲＮＡのレベルの検出に用いることができる。
試料中の本発明のマーカーに対応するｍＲＮＡのレベルを測定するための別の方法としては、例えば、ＲＴ−ＰＣＲ（米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号に記載の実施例）、ＣＯＬＤ−ＰＣＲ（Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１４：５７９）、リガーゼ連鎖反応（Ｂａｒａｎｙ，１９９１，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８８：１８９）、自家持続配列複製法（Ｇｕａｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，１９９０，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４）、転写増幅システム（Ｋｗｏｈ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３）、Ｑβレプリカーゼ法（Ｌｉｚａｒｄｉ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６：１１９７）、ローリングサークル複製法（米国特許第５，８５４，０３３号）による核酸増幅プロセス、またはその他の任意の核酸増幅方法が挙げられ、続いて、当業者に周知の技術を用いて増幅分子が検出される。これらの検出方法は、核酸分子の検出において、このような分子の存在数が非常に少ない場合に特に有用である。本明細書において、増幅プライマーは、遺伝子の５’領域または３’領域（それぞれ、プラス鎖およびマイナス鎖、または逆も同様）にアニールすることができ、中間に短い領域を含む一対の核酸分子と定義される。一般に、増幅プライマーは、約１０〜３０ヌクレオチド長であり、約５０〜２００ヌクレオチド長の領域に隣接する。適切な条件下で適切な試薬を用いて、このようなプライマーにより、プライマーに隣接するヌクレオチド配列を含む核酸分子が増幅される。
ｉｎ ｓｉｔｕ法では、検出の前に試料（例えば、体液（例えば、血液細胞））からｍＲＮＡを単離する必要がない。このような方法では、細胞試料または組織試料は、既知の組織学的方法を用いて調製／処理される。次に、この試料を、支持体（通常はスライドグラス）上に固定化して、マーカーをコードするｍＲＮＡとハイブリダイズ可能なプローブと接触させる。
マーカーの絶対的発現レベルに基づいて決定する変法として、標準化されたマーカー発現レベルに基づいて判定してもよい。発現レベルの標準化は、マーカーの発現を、例えば、恒常的に発現しているハウスキーピング遺伝子など、マーカーではない遺伝子の発現と比較することにより、マーカーの絶対的発現レベルを補正することによって行われる。標準化に適した遺伝子としては、アクチン遺伝子などのハウスキーピング遺伝子、または上皮細胞特異的遺伝子が挙げられる。この標準化により、ある供給源由来の患者試料中の発現レベルを別の供給源由来の患者試料と比較することが可能となり、例えば、個体の貪食血液細胞をその個体の非貪食血液細胞と比較することができる。
本発明のある実施形態では、マーカーに対応するタンパク質またはポリペプチドが検出される。ある実施形態では、タンパク質またはポリペプチドを検出するための薬剤は、ポリペプチドに結合することができる抗体、例えば、検出可能な標識を有する抗体などであってもよい。本明細書における用語「標識された」は、プローブまたは抗体に関して、検出可能な物質をプローブまたは抗体にカップリング（すなわち、物理的に連結）させることによりプローブまたは抗体を直接的に標識すること、および直接的に標識された別の試薬との反応性によってプローブまたは抗体を間接的に標識することを包含することを意図している。間接的な標識の例には、蛍光標識された二次抗体を用いて一次抗体を検出すること、および蛍光標識されたストレプトアビジンで検出できるよう、ビオチンによりＤＮＡプローブを末端標識することが含まれる。抗体は、ポリクローナルであってもモノクローナルであってもよい。完全長の抗体またはその断片（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）を用いてもよい。ある方式では、発現タンパク質を検出するためのウェスタンブロットまたは免疫蛍光法などの方法において、抗体または抗体断片を用いることができる。このような使用では、抗体またはタンパク質のいずれかを固形支持体上に固定化することが一般に好ましい。適切な固相支持体または担体としては、抗原または抗体に結合することができる任意の支持体が挙げられる。既知の支持体または担体としては、ガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然セルロースおよび修飾セルロース、ポリアクリルアミド、斑れい岩、およびマグネタイトなどが挙げられる。
種々の方式を用いて、試料が所与の抗体と結合するタンパク質を含有するかどうかを判定することができる。このような方式の例としては、これらに限定されないが、競合的イムノアッセイおよび非競合的イムノアッセイ、エンザイムイムノアッセイ（ＥＩＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、抗原捕捉アッセイ、二抗体サンドイッチアッセイ、ウェスタンブロット解析、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、平面アレイ、比色アッセイ、化学発光アッセイ、および蛍光アッセイなどが挙げられる。ラジオイムノアッセイおよび酵素結合イムノアッセイを含むイムノアッセイは、本発明の方法において有用である。当業者は、既知のタンパク質／抗体検出方法を容易に適合させて、細胞（例えば、血液細胞などの体液細胞）が本発明のマーカーを発現するかの判定に用いることができる。
当業者であれば、抗体または抗原を結合させるためのその他の多くの適切な担体を理解しており、そのような支持体を本発明での使用に適合させることができるであろう。例えば、細胞（例えば、血液細胞などの体液細胞）から単離されたタンパク質をポリアクリルアミドゲルで電気泳動して、ニトロセルロースなどの固相支持体上へ固定してもよい。次に、この支持体を適切なバッファーで洗浄し、続いて検出可能なように標識された抗体を用いて処理することができる。次に、この固相支持体をバッファーで再度洗浄し、未結合の抗体を除去することができる。次に、固相支持体上に結合した標識の量を、従来の手段で検出することができる。
ある例示的な実施形態では、診断、予後予測、疾患を発症するリスクの評価、治療の有効性の評価、疾患の進行または軽減のモニタリング、および疾患の改善または治療が可能な化合物の同定のためにアッセイが提供される。これらの方法の例示的な方法としては、試験対象から体液試料を得ること、および体液試料を、疾患または症状の１つまたは複数のマーカー、例えば、マーカー核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）、マーカーペプチド（例えば、ポリペプチドまたはタンパク質）、マーカー脂質（例えば、コレステロール）、またはマーカー代謝物（例えば、クレアチニン）を検出することができる化合物または薬剤と接触させてマーカーの存在を生体試料中で検出することが挙げられる。ある実施形態では、マーカーｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡを検出するための薬剤は、マーカーｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡとハイブリダイズすることができる標識核酸プローブである。核酸プローブは、例えば、完全長マーカー核酸、またはその一部であってもよい。本発明の診断アッセイに用いられるその他の適切なプローブは、本明細書に記載される。
本明細書において、疾患または症状を改善または治療することが可能な化合物としては、これらに限定されないが、症状または予後を改善、疾患または症状の進行を防止、疾患または症状の軽減を促進、あるいは疾患または症状を除去することができる任意の物質を挙げることができる。
本発明の方法はまた、マーカー遺伝子における遺伝的な変化を検出するために用いることもでき、それによって変化した遺伝子を有する対象が、癌および／または感染性因子に関連する疾患および／または障害、および／または癌などのマーカータンパク質活性もしくは核酸発現の誤制御を特徴とする本明細書に記載の１つまたは複数のその他の疾患を発症するリスクを有するかどうかを判定することができる。ある実施形態では、前記方法には、対象からの無細胞体液試料において、マーカーペプチドをコードする遺伝子および／またはマーカー遺伝子の完全性に影響を与える変化を特徴とする遺伝的変化の有無を検出することが含まれる。例えば、このような遺伝的変化は、（１）１つまたは複数のマーカー遺伝子からの１つまたは複数のヌクレオチドの欠失、（２）１つまたは複数のマーカー遺伝子への１つまたは複数のヌクレオチドの付加、（３）１つまたは複数のマーカー遺伝子の１つまたは複数のヌクレオチドの置換、（４）１つまたは複数のマーカー遺伝子の染色体再構築、（５）１つまたは複数のマーカー遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物のレベルの変化、（６）ゲノムＤＮＡのメチル化パターンの異常修飾など、１つまたは複数のマーカー遺伝子の異常修飾、（７）１つまたは複数のマーカー遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物の非野生型スプライシングパターンの存在、（８）非野生型レベルの１つまたは複数のマーカータンパク質、（９）１つまたは複数のマーカー遺伝子のアレル喪失、および（１０）１つまたは複数のマーカータンパク質の不適切な翻訳後修飾、の少なくとも１つの存在を確認することによって検出することができる。本明細書に記載のように、１つまたは複数のマーカー遺伝子の変化の検出に用いることができる当技術分野において周知のアッセイが数多く存在する。
ある実施形態では、変化の検出としては、例えば、リアルタイムＰＣＲ、ＣＯＬＤ−ＰＣＲ（Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１４：５７９）、アンカーＰＣＲ、反復ＰＣＲ、またはＲＡＣＥ ＰＣＲなどのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号、同第４，６８３，２０２号、および同第５，８５４，０３３号を参照のこと）において、あるいは、ライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、Ｌａｎｄｅｇｒａｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１０７７；Ｐｒｏｄｒｏｍｏｕ ａｎｄ Ｐｅａｒｌ（１９９２）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．５：８２７；およびＮａｋａｚａｗａ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：３６０を参照のこと）において、プローブ／プライマーを用いることが挙げられる。後者は、マーカー遺伝子における点変異の検出に特に有用である場合がある（Ａｂｒａｖａｙａ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２３：６７５を参照のこと）。この方法は、対象から無細胞体液試料を採取するステップ、試料から核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、または両方）を単離するステップ、核酸試料を、マーカー遺伝子と特異的にハイブリダイズする１つまたは複数のプライマーと、マーカー遺伝子（存在する場合）のハイブリダイゼーションおよび増幅が起こるような条件下で接触させるステップ、ならびに増幅産物の有無を検出するステップまたは増幅産物のサイズを検出してその長さをコントロール試料と比較するステップを含んでいてもよい。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲは、本明細書に記載の変異検出に用いられる任意の技術と組み合わせて、予備的増幅ステップとして用いることが望ましいことがあることが予想される。
別の増幅方法としては、自家持続配列複製法（Ｇｕａｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４）、転写増幅システム（Ｋｗｏｈ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３）、Ｑβレプリカーゼ法（Ｌｉｚａｒｄｉ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｂｉｏ−Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６：１１９７）、またはその他の任意の核酸増幅方法が挙げられ、続いて当業者に周知の技術を用いて増幅分子が検出される。これらの検出方式は、核酸分子の検出において、このような分子の存在数が非常に少ない場合に特に有用である。
別の実施形態では、試料の１つまたは複数のマーカー遺伝子における変異を、制限酵素切断パターンの変化によって同定することができる。例えば、試料ＤＮＡおよびコントロールＤＮＡを単離し、所望により増幅し、１つまたは複数の制限酵素で消化して、断片長さのサイズをゲル電気泳動で測定して比較する。試料およびコントロールＤＮＡの断片長さサイズの違いが、試料ＤＮＡにおける変異を示す。さらに、配列特異的リボザイムを使用することで（例えば、米国特許第５，４９８，５３１号を参照のこと）、リボザイム切断部位の発生または喪失によって特定の変異の存在をスコア化することができる。
他の実施形態では、本明細書に記載のマーカーの１つまたは複数における遺伝子変異は、ＤＮＡまたはＲＮＡなどの試料およびコントロール核酸を、数百または数千のオリゴヌクレオチドプローブを含む高密度アレイとハイブリダイズすることによって同定することができる（Ｃｒｏｎｉｎ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｈｕｍａｎ Ｍｕｔａｔｉｏｎ ７：２４４；Ｋｏｚａｌ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ２：７５３）。例えば、マーカー核酸における遺伝子変異は、Ｃｒｏｎｉｎ Ｍ．Ｔ．ｅｔ ａｌ．（上記文献）に記載のように、光発生ＤＮＡプローブ（ｌｉｇｈｔ−ｇｅｎｅｒａｔｅｄ ＤＮＡ ｐｒｏｂｅｓ）を含む二次元アレイで同定することができる。簡潔に述べると、プローブの第一のハイブリダイゼーションアレイを用いて、試料およびコントロール中のＤＮＡの長い範囲をスキャンし、連続的な重複プローブの直線配列を作成することにより配列間の塩基の変化を同定することができる。このステップにより、点変異の同定が可能となる。第二のハイブリダイゼーションアレイがこの工程に続き、これにより、検出された全ての異型または変異に相補的な低分子の特異的プローブアレイを用いて特定の変異の特性決定が可能となる。各々の変異アレイは、一方は野生型遺伝子に対して相補的であり、他方は変異遺伝子に対して相補的である並列プローブセットからなる。
さらに別の実施形態では、当技術分野において周知の種々のシークエンシング反応の任意の方法を用いて、マーカー遺伝子の配列を直接的に決定し、試料マーカー遺伝子の配列を対応する野生型（コントロール）配列と比較することにより変異を検出することができる。シークエンシング反応の例としては、Ｍａｘａｍ ａｎｄ Ｇｉｌｂｅｒｔ（（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７４：５６０）、またはＳａｎｇｅｒ（（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７４：５４６３）により開発された技術に基づく反応が挙げられる。また、診断アッセイを実施する際に、質量分析法によるシークエンシング（例えば、ＰＣＴ国際公開第９４／１６１０１号、Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．３６：１２７−１６２；およびＧｒｉｆｆｉｎ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３８：１４７を参照）を含む、種々の自動化シークエンシング方法のいずれをも用いることが出来ることも意図される（（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １９：４４８）。
マーカー遺伝子の変異を検出するその他の方法としては、切断薬剤からの保護を用いてＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ二重鎖のミスマッチ塩基を検出する方法が挙げられる（Ｍｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：１２４２）。一般的に、「ミスマッチ切断」という技術では、最初に、野生型マーカー配列を含む（標識された）ＲＮＡまたはＤＮＡを、組織試料から得られた、変異の可能性のあるＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズさせることにより形成されたヘテロ二重鎖を準備する。例えば、コントロール鎖と試料鎖との塩基対ミスマッチが原因で存在することがある二重鎖の一本鎖領域を切断する薬剤で、二本鎖の二重鎖を処理する。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖をＲＮａｓｅで処理し、ＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドをＳ１ヌクレアーゼで処理することにより、ミスマッチ領域を酵素切断することができる。他の実施形態では、ミスマッチ領域を消化するために、ＤＮＡ／ＤＮＡ二重鎖またはＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖のいずれかを、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウムで処理して、ピペリジンで処理することができる。ミスマッチ領域の消化後、次に、得られた物質を変性ポリアクリルアミドゲル上でサイズによって分離し、変異部位を決定する。例えば、Ｃｏｔｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：４３９７；Ｓａｌｅｅｂａ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６を参照のこと。ある実施形態では、コントロールＤＮＡまたはＲＮＡを検出のために標識してもよい。
さらに別の実施形態では、ミスマッチ切断反応は、細胞試料から得られたマーカーｃＤＮＡの点変異の検出およびマッピングを行うための限定された系において、二本鎖ＤＮＡ中のミスマッチ塩基対を認識する１つまたは複数のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素）を利用する。例えば、大腸菌のｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチにおいてＡを切断し、ＨｅＬａ細胞からのチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチにおいてＴを切断する（Ｈｓｕ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ １５：１６５７）。例示的な実施形態では、例えば、野生型マーカー配列などのマーカー配列に基づくプローブを、試験細胞からのｃＤＮＡまたはその他のＤＮＡ産物とハイブリダイズさせる。この二重鎖をＤＮＡミスマッチ修復酵素で処理し、切断産物が存在する場合は、これを電気泳動法などで検出することができる。例えば、米国特許第５，４５９，０３９号を参照のこと。
他の実施形態では、電気泳動移動度の変化を用いて、マーカー遺伝子の変異が同定される。例えば、一本鎖高次構造多型分析（ＳＳＣＰ）を用いて、変異型核酸と野生型核酸との電気泳動移動度の違いを検出することができる（Ｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：２７６６。Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５；およびＨａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３も参照のこと）。試料およびコントロールのマーカー核酸の一本鎖ＤＮＡ断片を変性し、復元させる。一本鎖核酸の二次構造は配列に応じて異なり、その結果生じる電気泳動移動度の変化により、単一塩基の変化でさえ検出することができる。ＤＮＡ断片を標識してもよく、標識したプローブで検出してもよい。アッセイの感度は、二次構造が配列の変化に対してより高感度であるＲＮＡを用いることで（ＤＮＡを用いるよりも）向上させることができる。ある実施形態では、本方法は、ヘテロ二重鎖分析を利用して、電気泳動移動度の変化に基づいて二本鎖ヘテロ二重鎖分子が分離される（Ｋｅｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．７：５）。
さらに別の実施形態では、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）（Ｍｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５）を用い、変性剤の濃度勾配を含むポリアクリルアミドゲル中での変異型断片または野生型断片の移動がアッセイされる。解析方法としてＤＧＧＥを用いる場合、例えば、およそ４０塩基対の高融点ＧＣリッチＤＮＡであるＧＣクランプをＰＣＲにより付加することによって、完全に変性されないことを確実にするようＤＮＡが修飾される。さらなる実施形態では、変性剤濃度勾配の代わりに温度勾配を用いて、コントロールＤＮＡおよび試料ＤＮＡの移動度の違いが同定される（Ｒｏｓｅｎｂａｕｍ ａｎｄ Ｒｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５３）。
点変異を検出するためのその他の技術の例には、これらに限定されないが、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長が含まれる。例えば、既知の変異を中央部に配置したオリゴヌクレオチドプライマーを作製し、次に、完全にマッチする場合にのみハイブリダイゼーションが可能である条件下にて標的ＤＮＡとハイブリダイズしてもよい（Ｓａｉｋｉ ｅｔ ａｌ．（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３２４：１６３；Ｓａｉｋｉ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：６２３０）。このようなアレル特異的オリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドがハイブリダイゼーションメンブレンと結合し、標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズする場合に、ＰＣＲで増幅された標的ＤＮＡまたは多数の異なった変異とハイブリダイズする。
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存したアレル特異的増幅技術を、本発明と組み合わせて用いることが可能である。特異的増幅のためのプライマーとして用いられるオリゴヌクレオチドは、分子の中央部に（それによって増幅が差次的ハイブリダイゼーションに依存するように）（Ｇｉｂｂｓ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１７：２４３７）対象となる変異を有していてもよく、適切な条件下にてミスマッチがポリメラーゼ伸長を阻止または低減することができる一方のプライマーの３’最末端に（Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）Ｔｉｂｔｅｃｈ １１：２３８）対象となる変異を有していてもよい。さらに、変異領域中に新規な制限部位を導入して切断に基づく検出を行うことが望ましい場合もある（Ｇａｓｐａｒｉｎｉ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｂｅｓ ６：１）。ある実施形態では、増幅用Ｔａｑリガーゼを用いて増幅を実行することも可能であると想定される（Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：１８９）。このような場合、５’配列の３’末端にて完全一致する場合にのみライゲーションが起こり、それにより、増幅の有無を調べることで特定部位における既知の変異の存在を検出することが可能となる。
ある態様では、本発明は、（ａ）疾患または症状を有する対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有する対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第２プロファイルを決定すること；第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、（ｂ）前記疾患または症状を有しないコントロール対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有しないコントロール対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第４プロファイルを決定すること；第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、（ｃ）第２差異セットと比較して第１差異セットに特異的である、１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状に対する１つまたは複数のマーカーを同定する方法を提供する。所望により、この方法は、（ｄ）前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第５プロファイルを得ること；前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第６プロファイルを得ること；第６プロファイルと比較して第５プロファイルに特異的である、第５プロファイルと第６プロファイルとの第３差異セットを同定すること、および（ｅ）第３差異セット中に存在する、（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）疾患または症状を有する対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有しないコントロール対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第２プロファイルを決定すること；第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、（ｂ）前記疾患または症状を有する対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有しないコントロール対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第４プロファイルを決定すること；第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、（ｃ）第２差異セットと比較して第１差異セットに特異的である、１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーを同定する方法を提供する。所望により、前記方法は、（ｄ）前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第５プロファイルを得ること；前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第６プロファイルを得ること；第６プロファイルと比較して第５プロファイルに特異的である、第５プロファイルと第６プロファイルとの第３差異セットを同定すること、および（ｅ）第３差異セット中に存在する、（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）疾患または症状を有する対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有しないコントロール対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第２プロファイルをデータマイニングにより得ること；第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、（ｂ）前記疾患または症状を有する対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有しないコントロール対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第４プロファイルをデータマイニングにより得ること；第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、および（ｃ）第２差異セットと比較して第１差異セットに特異的である、１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーを同定する方法を提供する。所望により、前記方法は、（ｄ）前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第５プロファイルをデータマイニングにより得ること；前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第６プロファイルをデータマイニングにより得ること；第６プロファイルと比較して第５プロファイルに特異的である、第５プロファイルと第６プロファイルとの第３差異セットを同定すること、および（ｅ）第３差異セット中に存在する、（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）疾患または症状を有する対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること：前記疾患または症状を有する対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第２プロファイルを決定すること；第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、（ｂ）前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第４プロファイルを決定すること；第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、（ｃ）第１差異セットと第２差異セットの両方に存在する１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーを同定する方法を提供する。所望により、前記方法は、（ｄ）前記疾患または症状を有しないコントロール対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第５プロファイルを決定すること；第５プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第５プロファイルとの第３差異セットを同定すること、（ｅ）第３差異セット中に存在する、（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む。
さらに別の態様では、本発明は、（ａ）疾患または症状を有する対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有する対象の２ｎ貪食細胞から、複数の被分析物についての第２プロファイルを決定すること；第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、（ｂ）前記疾患または症状を有しないコントロール対象の無細胞体液試料から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること；前記疾患または症状を有しないコントロール対象の２ｎ貪食細胞から、複数の被分析物についての第４プロファイルを決定すること；第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、および（ｃ）第２差異セットと比較して第１差異セットに特異的である、１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーを同定する方法を提供する。所望により、前記方法は、（ｄ）前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第５プロファイルを得ること；前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第６プロファイルを得ること；第６プロファイルと比較して第５プロファイルに特異的である、第５プロファイルと第６プロファイルとの第３差異セットを同定すること、および（ｅ）第３差異セット中に存在する、（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む。
本発明のマーカーに対応する被分析物（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、ポリペプチド、炭水化物、または脂質など）の有無を、生体試料において検出するための例示的な方法としては、試験対象から体液試料（例えば、血液）を採取すること、および該体液試料を１つまたは複数のマーカーを検出することができる化合物または薬剤と接触させることが挙げられる。本明細書に記載の検出方法を用いて、生体試料中の１つまたは複数のマーカーを、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏで検出することができる。例えば、ｍＲＮＡの検出のためのｉｎ ｖｉｔｒｏ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションが挙げられる。本発明のマーカーに対応するポリペプチドの検出のためのｉｎ ｖｉｔｒｏ技術としては、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット法、免疫沈降法、および免疫蛍光法が挙げられる。ゲノムＤＮＡの検出のためのｉｎ ｖｉｔｒｏ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。さらに、本発明のマーカーに対応するポリペプチドの検出のためのｉｎ ｖｉｖｏ技術としては、該ポリペプチドに対する標識抗体を対象に導入することが挙げられる。例えば、標準的なイメージング技術によって対象内での存在および局在を検出することができる放射性マーカーで、抗体を標識することができる。各々のマーカーもまた被分析物であるので、マーカーの有無を検出するための本明細書に記載の任意の方法を用いて被分析物の有無を検出することも可能である。
本発明の方法において有用なマーカーとしては、上記マーカーのいずれか１つにおける任意の変異を挙げることができる。変異部位および配列は、例えば、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｄａｔａｂａｓｅ（ｗｗｗ．ｈｇｍｄ．ｃｆ．ａｃ．ｕｋ）、Ｓｉｎｇｌｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ Ｄａｔａｂａｓｅ（ｄｂＳＮＰ、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｒｏｊｅｃｔｓ／ＳＮＰ）、およびＯｎｌｉｎｅ Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ ｉｎ Ｍａｎ（ＯＭＩＭ）ウェブサイト（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｏｍｉｍ）など、変異部位および配列の情報のデータベースおよびリポジトリにより同定することができる。
本発明の方法において有用なマーカーとしては、疾患または症状と関連があることが知られている任意のマーカーを挙げることができる。
ある実施形態では、非貪食白血球、生存している／死につつある／死んだ原核細胞および真核細胞ならびにその断片をまだ貪食していない／内部に取り込んでいない貪食白血球、およびＤＮＡ量が２ｎ（すなわち、ＤＮＡ指数が１）である白血球などの（例えば、血液、尿、および唾液から単離された）白血球（ＷＢＣ）亜集団は、評価を受ける個体の内在的なゲノムプロファイル、プロテオームプロファイル、メタボロームプロファイル、グリコームプロファイル、グリコプロテオームプロファイル、リピドームプロファイルおよび／またはリポプロテオームプロファイルを報告および排除するのに有用である。診断を受ける疾患、病状および／または症状に関係のない患者特異的シグネチャをこのように同定することにより、癌またはその他の疾患または障害または症状を有している疑いがある個体の無細胞体液内（全血、血漿、血清、尿、唾液、脳脊髄液、羊水、眼液、鼻汁、肺洗浄液、腹水、大便、およびリンパ液など）の腫瘍／その他の疾患／症状に特異的なシグネチャを同定および検出することが可能となる。したがって、無細胞体液（例えば、全血、血清、血漿、尿、唾液、脳脊髄液、羊水、眼液、鼻汁、肺洗浄液、腹水、大便、リンパ液）に存在する疾患または症状に特異的なマーカーのプロファイルを、任意の非貪食白血球または非侵襲的に（例えば、頬袋から擦り取ることにより）得ることができる細胞におけるプロファイルと比較することにより、あるいはＤＮＡ指数が１である任意の貪食白血球および／または非貪食白血球または非侵襲的に（例えば、頬袋から擦り取ることにより）得ることができる細胞におけるプロファイルと比較することにより、非貪食細胞において、あるいはＤＮＡ量が２である（すなわち、ＤＮＡ指数が１である）任意の白血球および／またはその他の体細胞において、発現していない、発現低下している、または診断もしくは検出される疾患もしくは症状の結果としてではなくこれらの細胞内で発現する（すなわち、個体の内在的なゲノムプロファイル、プロテオームプロファイル、およびエピジェネティックプロファイルに関連する）、患者特異的、且つ腫瘍特異的、疾患特異的、または症状特異的なシグネチャが同定されることになる。同様に、無細胞体液、および（ＤＮＡ量が２ｎである）非貪食白血球、ＤＮＡ量が２である（すなわち、ＤＮ指数が１である）任意の白血球、または非侵襲的に得ることができるＤＮＡ量が２ｎであるその他の任意の哺乳類細胞のタンパク質発現プロファイルにより、非貪食細胞、あるいはＤＮＡ量が２である（すなわち、ＤＮＡ指数が１である）任意の白血球および／またはその他の体細胞において、発現していない、発現低下している、または診断もしくは検出される疾患もしくは症状の結果としてではなくこれらの細胞において発現する（すなわち、個体の内在的なゲノムプロファイル、プロテオームプロファイル、およびエピジェネティックプロファイルに関連する）、体液内の腫瘍特異的、疾患特異的、または症状特異的なタンパク質シグネチャが同定および検出されることになる。さらに、無細胞体液、および（ＤＮＡ量が２ｎである）非貪食白血球、ＤＮＡ量が２である（すなわち、ＤＮＡ指数が１である）任意の白血球、または非侵襲的に得ることができるＤＮＡ量が２ｎであるその他の任意の哺乳類細胞の脂質プロファイルにより、非貪食細胞、あるいはＤＮＡ量が２である（すなわち、ＤＮＡ指数が１である）任意の白血球および／またはその他の体細胞において、発現していない、発現低下している、または診断もしくは検出される疾患もしくは症状の結果としてではなくこれらの細胞において発現する（すなわち、個体の内在的なゲノムプロファイル、プロテオームプロファイル、およびエピジェネティックプロファイルに関連する）、体液内の腫瘍特異的、疾患特異的、または症状特異的な脂質シグネチャが同定および検出されることになる。
本発明の方法において有用なマーカーとしては、疾患または症状と関連があることが知られている任意のマーカーを挙げることができる。本発明において使用することができるマーカーは、特定の疾患または症状と関連があるものとして特徴が明らかである任意のマーカー、または本発明の方法により同定された任意のマーカーであってもよい。
ある実施形態では、マーカーは、ＡＫＴ２、ＢＡＫ１、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＥＴＳ２、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＰ２、ＰＤＧＦＢ、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＮＣＧ、およびＳＰＰ１からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。ある実施形態では、１つまたは複数のマーカーは、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＢＡＫ２、ＣＤＣ２５Ａ、Ｅ２Ｆ１、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＰ２、ＮＦＫＢ１、ＰＤＧＦＢ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＮＮ、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＮＣＧ、ＳＰＰ１、ＴＥＲＴ、ＴＩＭＰ３、およびＴＰ５３からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。ある実施形態では、１つまたは複数のマーカーは、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＯＬ１８Ａ１、ＥＴＳ２、ＨＴＡＴＩＰ２、ＭＭＰ９、ＳＲＣ、およびＴＷＩＳＴ１からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。ある実施形態では、１つまたは複数のマーカーは、ＡＫＴ１、ＡＰＡＦ１、ＡＴＭ、ＣＤＣ２５Ａ、ＣＤＫＮ１Ａ、ＥＴＳ２、ＦＯＳ、ＩＬ８、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＰＬＡＵ、ＰＬＡＵＲ、ＲＡＦ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＹＫ、ＴＩＭＰ１、ＴＮＦ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａからなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。ある実施形態では、マーカーは、ＡＣＰ２、ＡＫ２、ＡＫＴ３、ＡＲＬ５Ｂ、ＡＴＰ２Ｂ３、ＢＧＮ、ＢＲＡＦ、ＢＴＧ２、ＣＡＭＫＫ２、ＣＡＰＧ、ＣＡＰＮ１２、ＣＰＬＸ２、ＤＥＮＮＤ５Ａ、ＤＮＡ２、ＦＡＭ１０４Ａ、ＦＮＩＰ１、ＧＦＲＡ４、ＧＬＵＤ１、ＧＮＡＱ、ＧＰ１ＢＢ、ＨＮＲＰＬＬ、ＨＯＸＡ２、ＨＰＳ３、ＩΝΡΡ４Α、ＩＴＧＡＶ、ＫＬＨＬ２３、ＬＡＮＣＬ２、ＬＹＰＤ６、ＭＡＰＫＡＰＫ３、ＭＥＦ２Ａ（ＥＧ：４２０５を含む）、ＭＥＦ２Ｃ、ＮＶＬ、ＰＣＹＴ１Ａ、ＰＧＬＹＲＰ４、ＰＬＯＤ１、ＰＰＰ１ＣＢ、ＰＲＫＡＢ２、ＰＲＯＳ１、ＰＴＰＲＥ、ＲＡＳＡ４（ＥＧ：１０１５６を含む）、ＲＢＭＳ２、ＲＢＰＪ、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＴＨＢＳ１、ＴＲＩＢ１、ＴＲＩＭ２、ＴＳＰＡＮ６、およびＺＤＨＨＣ２１からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。ある実施形態では、マーカーは、Ｂ４ＧＡＬＴ５、ＢＯＰ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＲＬ２、ＣＤ８３、ＣＬＥＣ４Ｇ、ＣＬＩＣ４、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＯ、ＣＸＣＬ１０、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＰＲ３、ＨＢＡ１、ＨＢＢ、ＬＲＭＰ、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ２、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＭＳＲ１、ＭＹＡＤＭＬ、ＮＩＤ１、ＰＦ４、ＰＩＯＮ、ＲＮＦ２１７、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、およびＳＰＡＲＣからなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。ある実施形態では、マーカーは、ＡＣＯＴ９、ＡＭＰＤ２、ＡＲＨＧＡＰ１５、ＢＡＴＦ２、Ｃ３ＡＲ１、Ｃ５ｏｒｆ４１、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＤ６３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＹ１、ＣＬＥＣ４Ｇ、ＣＴＳＺ、ＣＸｏｒｆ２１、ＣＹＴＨ４、ＣＹＴＩＰ、ＤＬＥＵ２、ＤＮＡＪＡ１、ＤＯＣＫ８、ＤＴＸ３Ｌ、ＤＵＳＰ６、ＥＰＳＴＩ１、ＥＲＦ、Ｆ２ＲＬ１、ＦＹＢ、ＧＡＢＲＢ２、ＧＢＰ５、ＧＬＲＸ、ＧＮＢ４、ＩＣＡＭ１、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１Ｒ１、ＩＲＦ１、ＩＴＧＡ５、ＬＡＰ３、ＬＡＰＴＭ５、ＬＣＰ２、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ２、ＭＩＣＡＬ２、ＭＴ１ＤＰ、ＭＴ１ＪＰ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ２Ａ、ＭＹＡＤＭＬ、ＮＥＫ６、ＮＩＮＪ２、ＮＮＭＴ、ＮＴ５Ｃ３Ｌ、ＮＵＢ１、ＰＤＥ４Ｂ、ＰＬＯＤ１、ＰＭＬ、ＰＲＫＣＢ、ＰＳＭＢ９、ＲＣＮ３、ＲＧＳ４、ＲＮＡＳＥ６、ＲＴＰ４、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＥＴＸ、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＫＩＬ、ＳＬＣ７Ａ７、ＳＮＯＲＡ２１、ＳＰ１００、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＳＦＡ２、ＳＴＡＴ２、ＳＴＫ１７Ｂ、ＳＴＫ３、ＴＤＲＤ７、ＴＭＣＣ１、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＰＭ１、ＴＲＩＭ２１、ＴＸＮＤＣ４、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＢＥ２Ｗ、ＵＳＰ１８、ＶＡＶ１、ＷＡＲＳ、ＷＩＰＦ１、およびＷＩＰＩ１からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。ある実施形態では、マーカーは、ＡＤＡＲ、ＡＤＭ、ＡＬＡＳ１、ＡＮＫＲＤ２２、ＡＲＨＧＡＰ２７、Ｂ３ＧＮＴ５、ＢＣＬ１０、Ｃ１２ｏｒｆ３５、Ｃ１５ｏｒｆ２９、Ｃ２ｏｒｆ５９、ＣＤ１７７、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＰＥＢ２、ＤＤＸ５８、Ｆ２ＲＬ１、ＧＤＰＤ３、ＧＮＡＩ３、ＨＩＳＴ２Ｈ３Ａ、ＨＩＳＴ２Ｈ３Ｄ、ＨＩＳＴ２Ｈ４Ａ、ＨＭＧＣＲ、ＨＳＰＡ６、ＨＳＰＣ１５９、ＩＬ４Ｒ、ＩＭＰＡ２、ＫＰＮＢ１、ＫＲＥＭＥＮ１、ＫＲＴ２３、ＬＤＬＲ、ＬＯＣ１００１３０９０４、ＬＴＢ４Ｒ、ＭＡＥＡ、ＭＡＲＫ２、ＭＢＯＡＴ２、ＭＰＺＬ３、Ｎ４ＢＰ１、ＮＢＥＡＬ２、ＮＭＩ、ＮＰＥＰＰＳ、ＰＡＲＰ１４、ＰＧＭ２、ＰＰＩＦ、ＰＸＮ、ＲＡＬＢＰ１、ＲＯＤ１、ＲＰＳ６ＫＡ１、Ｓ１００Ｐ、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ９Ａ１、ＳＬＰＩ、ＳＰ１１０、ＳＰＩＮＴ１、ＳＴ１４、ＴＢＣ１Ｄ３、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＲＩＭ２１、ＵＰＰ１、ＶＰＳ２４、ＺＢＴＢ３４、およびＺＮＦ２５６からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。
ある実施形態では、本発明の方法において有用である胎児期もしくは妊娠関連の疾患または症状のマーカーとしては、例えば、米国特許第７，６５５，３９９号、同第７，６５１，８３８号、同第６，６６０，４７７号、同第６，１７２，１９８号、同第５，５９４，６３７号、同第５，５１４，５９８号、同第６，２５８，５４０号、同第６，６６４，０５６号、同第７，２３５，３５９号、および同第７，６４５，５７６号、米国特許出願公開第２００９０１６２８４２号、同第２００９０１５５７７６号、同第２００７０２０７４６６号、同第２００６００１９２７８号、同第２００４００８６８６４号、同第２００２００４５１７６号、同第２００１００５１３４１号、同第２００２０１９２６４２号、同第２００４０００９５１８号、同第２００４０２０３０３７号、同第２００５０２８２１８５号、同第２００６０２５２０７１号、同第２００７０２７５４０２号、同第２００８０１５３０９０号、同第２００９０１７０１０２号、同第２００９００６１４２５号、同第２００２００４５１７６号、同第２００４０１３７４５２号、同第２００５０１６４２４１号、同第２００６００１９２７８号、同第２００６０２５２０６８号、同第２００６０２５２０７１号、同第２００６０２５７９０１号、同第２００７０１４１６２５号、同第２００７０２１８４６９号、同第２００７０２７５４０２号、同第２００９０１５５７７６号、同第２００９０１６２８４２号、同第２００９０１７０１０２号、同第２００９０３１７７９７号、同第２０１００１２００５６号、同第２０１００１２００７６号、および同第２０１００１３７２６３号、および国際特許出願公開第２００６／０２６０２０号、同第２００２／０６８６８５号、同第２００５／１１１６２６号、同第２００９／０５５４８７号、同第２００９／００１３９２号、および同第２００８／０１４５１６号において開示されるマーカーが挙げられる。
ある実施形態では、本発明の方法において有用である神経性もしくは精神神経性の疾患または症状のマーカーとしては、例えば、米国特許第７，７２３，１１７号、同第６，８６７，２３６号、米国特許出願公開第２００６０１１５８５４号、同第２００６０１１５８５５号、同第２００６０１６６２８３号、同第２００６０２３４３０１号、同第２００６０２５９９９０号、同第２００６０２５９９９１号、同第２００７０１６２９８３号、同第２００７０２６４１９７号、同第２００８００２６４０５号、同第２００８００３８７３０号、同第２００８００５１３３４号、同第２００８０１５２５８９号、同第２００８０２２００１３号、同第２００８０２６１２２６号、同第２００８０２６９１０３号、同第２００８０２８６２６３号、同第２００９００４１８６２号、同第２００９０２３９２４１号、同第２００９０２７５０４６号、同第２００９０３１８３５４号、同第２００９０３２４６１１号、同第２０１００００９３５２号、同第２０１０００２１９２９号、同第２０１０００２８３５６号、同第２０１０００５５７２２号、同第２０１０００６２４６３号、同第２０１０００７５８９１号、同第２０１００１０５６２３号、同第２０１００１２４７５６号、同第２０１００１５９４８６号、同第２０１００１６７９３７号、同第２０１００１６９９８８号、同第２０１００１６７３２０号、同第２０１００１１２５８７号、同第２０１０００９８７０５号、同第２０１０００６８７０５号、同第２０１００００９３５６号、同第２００９０３０５２６５号、同第２０１００１２４７４６号、同第２０１０００９２９８３号、同第２００７０１４８６６１号、同第２００７０１４１６２５号、同第２０１００１２００５０号、同第２００９０１５５２３０号、同第２００９０２７４７０９号、国際特許出願公開第２００４／０４００１６号、同第２００４／０７１２６９号、同第２００５／０３３３４１号、同第２００５／０５２５９２号、同第２００５／１０３７１２号、同第２００５／１１４２２２号、同第２００６／０２０２６９号、同第２００６／０４８７７８号、同第２００６／０５０４７５号、同第２００６／０６１６０９号、同第２００６／１０５９０７号、同第２００６／１３３４２３号、同第２００６／１３４３９０号、同第２００７／０９８５８５号、同第２００７／１１９１７９号、同第２００８／０１０６６０号、同第２００８／０１４３１４号、同第２００８／０２８２５７号、同第２００８／０４６５０９号、同第２００８／０４６５１０号、同第２００８／０４６５１１号、同第２００８／０４６５１２号、同第２００８／０６３３６９号、同第２００８／０８５０３５号、同第２００８／０９５２６１号、同第２００８／１００５９６号、同第２００８／１２０６８４号、同第２００８／１２５６５１号、同第２００８／１２７３１７号、同第２００８／１３２４６４号、同第２００９／０００５２０号、同第２００９／００１３９２号、同第２００９／０６８５９１号、同第２００９／０７４３３１号、同第２００９／１００１３１号、同第２０１０／００５７５０号、同第２０１０／０１１５０６号、同第２０１０／０１９５５３号、同第２０１０／０５９２４２号、同第２０１０／０６１２８３号、同第２０１０／０６３００９号、同第２０１０／０６６０００号、同第２００９／１２１１５２号、同第２００９／１２１９５１号、同第２００９／０９７４５０号、同第２００９／０９２３８２号、同第２００９／０７５５７９号、同第２００９／０５８１６８号、同第２００９／０５３５２３号、同第２００９／０３４４７０号、同第２００９／０３２７２２号、同第２００９／０１４６３９号、同第２００９／００３１４２号、同第２０１０／０４１０４６号、同第２００７／１３１３４５号、同第２００８／００３８２６号、および同第２００９／０７５５６号において開示されるマーカーが挙げられる。
ある実施形態では、本発明の方法において有用である心血管系の疾患または症状のマーカーとしては、例えば、米国特許第７，６７０，７６９号、同第７，４４５，８８６号、同第７，４３２，１０７号、同第７，１５７，２３５号、および同第７，００９，０３８号、米国特許出願公開第２０１００１６７３２０号、同第２０１００１１２５８７号、同第２０１０００９８７０５号、同第２０１０００６８７０５号、同第２０１００００９３５６号、同第２００９０３０５２６５号同、第２０１００１２４７４６号、同第２０１０００９２９８３号、同第２００７０１４８６６１号、同第２００７０１４１６２５号、同第２０１００１２００５０号、同第２００９０１５５２３０号、および同第２００９０２７４７０９号、および国際特許出願公開第２００９／１２１１５２号、同第２００９／１２１９５１号、同第２００９／０９７４５０号、同第２００９／０９２３８２号、同第２００９／０７５５７９号、同第２００９／０５８１６８号、同第２００９／０５３５２３号、同第２００９／０３４４７０号、同第２００９／０３２７２２号、同第２００９／０１４６３９号、同第２００９／００３１４２号、同第２０１０／０４１０４６号、同第２００７／１３１３４５号、同第２００８／００３８２６号、および同第２００９／０７５５６６号において開示されるマーカーが挙げられる。
ある実施形態では、本発明の方法において有用である腎臓関連の疾患または症状のマーカーとしては、例えば、米国特許第７，４８８，５８４号、同第７，４５９，２８０号、同第７，２９４，４６５号、および同第７，６６２，５７８号、米国特許出願公開第２０１００１４３９５１号、同第２０１００１２４７４６号、同第２０１００１２００５６号、同第２０１００１２００４１号、同第２０１０００８１１４２号、同第２００９０１５５２３０号、および同第２００９０２３９２４２号、国際特許出願公開第２０１０／０５９９９６号、同第２０１０／０５４３８９号、同第２０１０／０４８３４７号、同第２０１０／０４８４９７号、同第２０１０／０５４１６７号、同第２０１０／０４８３４６号、同第２０１０／０４６１３７号、同第２０１０／０２５４３４号、同第２０１０／０１８１８５号、同第２０１０／０１２３０６号、同第２００９／１２２３８７号、同第２００９／０８３９５０号、同第２００９／０８０７８０号、同第２００９／０６００３５号、同第２００９／０５９２５９号、同第２００８／１５４２３８号、同第２００８／０８９９３６号、同第２００８／０８４３３１号、同第２００８／０４２０１２号、同第２００７／１３１３４５号、同第２００５／０１２９０７号、同第２００４／０２４０９８号、同第２００３／０１９１９３号、同第２００７／１１２９９９号、同第２００７／０８２７３３号、同第２００６／０７３９４１号、同第２０１０／０６８６８６号、同第２０１０／０２２２１０号、および同第２００９／１２７６４４号において開示されるマーカーが挙げられる。
ある実施形態では、本発明の方法において有用である自己免疫もしくは免疫関連の疾患または症状のマーカーとしては、例えば、第７，６０４，９４８号、第７，６７０，７６４号、第６，９８６，９９５号、および第６，６３１，３３０号、米国特許出願公開第２００７０１４１６２５号、同第２００９０２６３４７４号、同第２０１０００７５８９１号、同第２０１００１０４５７９号、同第２０１００１０５０８６号、同第２０１００１３１２８６号、同第２００９０１７６２１７号、同第２００９０２０２４６９号、同第２００２０１１９１１８号、同第２００９０２５８０２５号、同第２０１００１３７３９３号、同第２０１００１２０６２９号、同第２００９０３１８３９２号、同第２００９０１９６９２７号、同第２００９００２３１６６号、同第２００８０２２７７０９号、同第２００８００３９４０２号、同第２００８００２６３７８号、同第２００７０２２４６３８号、同第２００７０２１８５１９号、同第２００６０２１０５６２号、同第２００５０２６６４３２号、同第２００５０１６４２３３号、同第２００５０１３０２４５号、同第２００９０１３０６８３号、同第２００９０１１０６６７号、同第２００９００５４３２１号、同第２００９００２３１６６号、および同第２００８０２７４１１８号、および国際特許出願公開第２００９／０４３８４８号、同第２０１０／０５３５８７号、同第２０１０／０４６５０３号、同第２０１０／０３９７１４号、同第２００９／１００３４２号、同第２００９／０５３５３７号、同第２００９／０１７４４４号、同第２００８／１５６８６７号、同第２００８／１４７９３８号、同第２００８／１２９２９６号、同第２００８／１３７８３５号、同第２００８／０８２５１９号、同第２００８／０６４３３６号、同第２００８／０４３７８２号、同第２００８／０４３７２５号、同第２００７／０４７９０７号、同第２００６／１２５１１７号、同第２００６／１１４６６１号、同第２００６／０２０８９９号、同第２００５／１１４２２２号、同第２００５／００７８３６号、同第２００４／０７６６３９号、同第２００４／０５０７０４号、および同第２００１／０１４８８１号において開示されるマーカーが挙げられる。
本発明はまた、本発明の方法によって同定される少なくとも１つまたは複数のマーカーを検出するマーカー検出剤を含むキットを提供する。本発明はまた、本発明の方法により同定される少なくとも１つまたは複数のマーカーの活性または発現を調節する薬剤を対象に投与することを含む、対象において疾患または症状を治療または予防する方法を提供する。
記載される本発明の実施形態は、単に本発明の原理のいくつかの応用を説明する例にすぎないこと理解されたい。当業者であれば、本明細書の教示に基づいて、本発明の真の趣旨および範囲から逸脱することなく、数多くの変更を行うことが可能である。
以下の実施例は、本発明を代表するものとして示すものである。これらの実施形態およびその他の対応する実施形態が、本発明の開示、図面、および添付の請求項に照らして明らかであることから、これらの実施例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。
実施例１
非貪食細胞からＤＮＡ量が２ｎである貪食細胞を分離し、発現プロファイルを解析するための代表的な方法Ｉ
１．血液試料を、血漿と白血球試料を含むバフィーコートとに分離する。白血球試料を入れるプレートをアビジンでコーティングする。
２．非貪食血液細胞（例えば、Ｔ細胞）に対するビオチン化抗体をウェルに添加し、室温で３０分間インキュベートし、ウェルを洗浄する。
３．磁性ビーズを添加する。
４．白血球血液試料を添加する。
５．３７℃でインキュベートする（３０分〜１時間）。
６．貪食細胞によるビーズの貪食、およびアビジン−ビオチン抗体の非貪食細胞への結合の後、プレートを磁石上に置き、洗浄する（磁性ビーズを内部へ取り込んだ貪食細胞および抗体と結合した非貪食細胞が残留し、その他の全ての細胞は洗い流される）。
７．磁石を取り除き、貪食細胞を回収して、ＤＮＡ量が２ｎである貪食細胞とＤＮＡ量が２ｎ超である貪食細胞とに分離する。ＤＮＡ量が２ｎである非貪食細胞および貪食細胞を、ＤＮＡ量が２ｎである細胞という。
８．血漿からＲＮＡを単離し、ＤＮＡ量が２ｎの貪食細胞からのＲＮＡおよび非貪食細胞のＲＮＡを単離し、ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡを調製し、これらを用いて血漿の遺伝子プロファイル（例えば、全遺伝子アレイ、および／または癌遺伝子アレイ）を、貪食細胞および／または非貪食細胞の遺伝子プロファイルと区別する。
９．血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞からＤＮＡを単離し、血漿に選択的に存在する（すなわち、非貪食細胞などのＤＮＡ量が２ｎである細胞には存在しない）腫瘍ＤＮＡシグネチャを同定し、プロファイル（例えば、貪食細胞および非貪食細胞で得られた、全遺伝子アレイ、ＤＮＡ変異、および／またはＳＮＰ）を比較する。
１０．血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞からタンパク質を単離し、ヒト腫瘍で過剰発現される既知のタンパク質（例えば、前立腺癌におけるＰＳＡおよびＰＳＭＡ、結腸癌におけるＣＥＡ、ならびに卵巣癌におけるＣＡ１２５）に対する抗体を用いてウェスタンブロットを行い、血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞で得られたプロファイルを比較する。あるいは、質量分析法を用いて、タンパク質を同定する。
１１．血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞から脂質を単離し、例えばＨＰＬＣを用いて、その量および質を比較する。
実施例２
非貪食細胞から貪食細胞を分離し、発現プロファイルを解析するための代表的な方法ＩＩ
１．血液試料を血漿と白血球試料を含むバフィーコートとに分離する。
２．スライドグラス上で白血球をサイトスピンにかける。
３．アセトン／メタノール中で細胞を固定する（−２０℃で５分間）。
４．ヘマトキシリン・エオシン染色液、および抗Ｔ細胞抗体で染色する。
５．レーザーキャプチャー顕微鏡法（ＬＣＭ）を用いて、Ｔ細胞（非貪食性）およびマクロファージ（貪食性）を単離する。ＤＮＡ量が２ｎである貪食細胞とＤＮＡ量が２ｎ超である貪食細胞とに分離する。ＤＮＡ量が２ｎである非貪食細胞および貪食細胞を、ＤＮＡ量が２ｎである細胞という。
６．血漿からＲＮＡを単離し、ＤＮＡ量が２ｎである貪食細胞からのＲＮＡおよび非貪食細胞のＲＮＡを単離し、ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡを調製し、これらを用いて血漿の遺伝子プロファイル（例えば、全遺伝子アレイ、および／または癌遺伝子アレイ）を、貪食細胞および／または非貪食細胞の遺伝子プロファイルと区別する。
７．血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞からＤＮＡを単離し、血漿に選択的に存在する（すなわち、非貪食細胞などのＤＮＡ量が２ｎである細胞には存在しない）腫瘍ＤＮＡシグネチャを同定し、プロファイル（例えば、貪食細胞および非貪食細胞で得られた、全遺伝子アレイ、ＤＮＡ変異、および／またはＳＮＰ）を比較する。
８．血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞からタンパク質を単離し、ヒト腫瘍で過剰発現される既知のタンパク質（例えば、前立腺癌におけるＰＳＡおよびＰＳＭＡ、結腸癌におけるＣＥＡ、ならびに卵巣癌におけるＣＡ１２５）に対する抗体を用いてウェスタンブロットを行い、血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞で得られたプロファイルを比較する。あるいは、質量分析法を用いて、タンパク質を同定する。
９．血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞から脂質を単離し、例えばＨＰＬＣを用いて、その量および質を比較する。
実施例３
非貪食細胞から貪食細胞を分離し、発現プロファイルを解析するための代表的な方法ＩＩＩ
１．全血から血漿を分離する。
２．磁性抗体結合ビーズを用いて、全血から非貪食細胞（例えば、Ｔ細胞）とおよび貪食細胞（例えば、好中球、および／またはマクロファージ、および／または単球）を単離する。ＤＮＡ量が２ｎである貪食細胞とＤＮＡ量が２ｎ超である貪食細胞とに分離する。ＤＮＡ量が２ｎである非貪食細胞および貪食細胞を、ＤＮＡ量が２ｎである細胞という。
３．血漿からＲＮＡを単離し、ＤＮＡ量が２ｎである貪食細胞からのＲＮＡおよび非貪食細胞のＲＮＡを単離し、ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡを調製し、これらを用いて血漿の遺伝子プロファイル（例えば、全遺伝子アレイ、および／または癌遺伝子アレイ）を、貪食細胞および／または非貪食細胞の遺伝子プロファイルと区別する。
４．血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞からＤＮＡを単離し、血漿に選択的に存在する（すなわち、非貪食細胞などのＤＮＡ量が２ｎである細胞には存在しない）腫瘍ＤＮＡシグネチャを同定し、プロファイル（例えば、貪食細胞および非貪食細胞で得られた、全遺伝子アレイ、ＤＮＡ変異、および／またはＳＮＰ）を比較する。
５．血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞からタンパク質を単離し、ヒト腫瘍で過剰発現される既知のタンパク質（例えば、前立腺癌におけるＰＳＡおよびＰＳＭＡ、結腸癌におけるＣＥＡ、ならびに卵巣癌におけるＣＡ１２５）に対する抗体を用いてウェスタンブロットを行い、血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞で得られたプロファイルを比較する。あるいは、質量分析法を用いて、タンパク質を同定する。
６．血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞から脂質を単離し、例えばＨＰＬＣを用いて、その量および質を比較する。
実施例４
非貪食細胞から貪食細胞を分離し、発現プロファイルを解析するための代表的な方法ＩＶ
１．血液試料を血漿と白血球試料を含むバフィーコートとに分離する。特定の細胞亜集団（例えば、好中球、マクロファージ、単球、およびＴ細胞など）に対して特異的な蛍光抗体およびＤＮＡ染色液（例えば、ヘキスト３３３４２、ヨウ化プロピジウム）で白血球を染色する。
２．（例えば、ＦＡＣＳにより）細胞を選別する。
３．血漿からＲＮＡを単離し、ＤＮＡ量が２ｎである貪食細胞からのＲＮＡおよび非貪食細胞のＲＮＡを単離し、ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡを調製し、これらを用いて血漿の遺伝子プロファイル（例えば、全遺伝子アレイ、および／または癌遺伝子アレイ）を、貪食細胞および／または非貪食細胞の遺伝子プロファイルと区別する。
４．血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞からＤＮＡを単離し、血漿に選択的に存在する（すなわち、非貪食細胞などのＤＮＡ量が２ｎである細胞には存在しない）腫瘍ＤＮＡシグネチャを同定し、プロファイル（例えば、貪食細胞および非貪食細胞で得られた、全遺伝子アレイ、ＤＮＡ変異、および／またはＳＮＰ）を比較する。
５．血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞からタンパク質を単離し、ヒト腫瘍で過剰発現される既知のタンパク質（例えば、前立腺癌におけるＰＳＡおよびＰＳＭＡ、結腸癌におけるＣＥＡ、ならびに卵巣癌におけるＣＡ１２５）に対する抗体を用いてウェスタンブロットを行い、血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞で得られたプロファイルを比較する。あるいは、質量分析法を用いて、タンパク質を同定する。
６．血漿およびＤＮＡ量が２ｎである細胞から脂質を単離し、例えばＨＰＬＣを用いて、その量および質を比較する。
実施例５
腫瘍を有するマウスから得られた無細胞体液中の腫瘍特異的遺伝子シグネチャの検出
本発明の実施形態によれば、無細胞体液中の「正常な非特異的ノイズ」と「腫瘍特異的」シグネチャおよび／または「疾患特異的」シグネチャおよび／または「症状特異的」シグネチャとを区別する方法が提供される。腫瘍を有するマウスの無細胞体液の遺伝子発現プロファイルを同じドナーマウスの非貪食Ｔ細胞の遺伝子発現プロファイルと比較して、同様の腫瘍を有するマウスおよび腫瘍を有しない動物の非貪食細胞中では発現されないかまたは著しく異なって発現される、無細胞体液内の腫瘍特異的シグネチャが同定される。
ヒト前立腺ＬＮＣａＰ癌細胞
胸腺欠損ヌードマウス（ｎ＝５）に、ヒト前立腺ＬＮＣａＰ癌細胞を皮下（ｓ．ｃ．）注射する。２７日後（腫瘍サイズ＝約０．４ｃｍ）、このマウスから心臓穿刺によりＥＤＴＡ含有チューブへ採血（約１ｍＬ／マウス）を行った後、これを遠心分離する。血漿が単離される。バフィーコートを単離して洗浄し、好中球、マクロファージ、およびＴ細胞を、それぞれ、抗マウス好中球−免疫磁性ダイナビーズ（ＤｙｎａＢｅａｄｓ）、抗マウスマクロファージ−免疫磁性ダイナビーズ、および抗マウスＴ細胞−免疫磁性ダイナビーズを用いて分離する。Ｔ細胞からＲＮＡを単離する（Ｔｒｉａｚｏｌ（登録商標））。ＲＮＡの品質を決定する。ｃＤＮＡおよびビオチン化ｃＲＮＡ（ｃＲＮＡ−Ｂ）を調製する。血漿からビオチン化ｃＲＮＡ（ｃＲＮＡ−Ｂ）を調製する。血漿からのｃＲＮＡ−Ｂ試料およびＴ細胞からのｃＲＮＡ−Ｂ試料を、別々に癌遺伝子ヒトマイクロアレイ（Ｏｌｉｇｏ ＧＥＡｒｒａｙ（登録商標）Ｈｕｍａｎ Ｃａｎｃｅｒ ＰａｔｈｗａｙＦｉｎｄｅｒ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ、ＯＨＳ−０３３、ＳｕｐｅｒＡｒｒａｙ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社）とインキュベートする。ハイブリダイゼーションの後、膜を洗浄し、アビジン結合アルカリホスファターゼで染色して、化学発光法（Ｘ線フィルム）を用いて遺伝子を検出する。Ｔ細胞から得られた遺伝子シグネチャと血漿から得られた遺伝子シグネチャとを比較する。血漿の遺伝子シグネチャからＴ細胞の遺伝子シグネチャを差し引くことにより、前立腺癌に関連する１つまたは複数のマーカーが患者特異的シグネチャに提供される。
ヒトＬＳ１７４Ｔ結腸腺癌腫瘍、ＬＬＣ１癌細胞、Ｂ１６Ｆ１０マウスメラノーマ細胞
ヒトＬＳ１７４Ｔ結腸腺癌腫瘍（腫瘍サイズ＝約０．３ｃｍ）を皮下注射した胸腺欠損ヌードマウス（ｎ＝５）、マウス・ルイス肺癌腫細胞ＬＬＣ１（腫瘍サイズ＝約０．６ｃｍ）を皮下注射したＣ５７Ｂｌマウス（ｎ＝５）、および１０６個のＢ１６Ｆ１０マウスメラノーマ細胞を皮下注射したＣ５７Ｂ１マウス（ｎ＝５）から単離された血漿および細胞を用いて同様の実験を行う（腫瘍細胞がマウス由来の場合、血漿およびＴ細胞のｃＲＮＡ−Ｂ試料は、Ｏｌｉｇｏ ＧＥＡｒｒａｙ（登録商標）Ｍｏｕｓｅ Ｃａｎｃｅｒ ＰａｔｈｗａｙＦｉｎｄｅｒ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ、ＯＭＭ−０３３、ＳｕｐｅｒＡｒｒａｙ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅとハイブリダイズする）。ＲＮＡは、指数関数的に増殖するＬＳ１７４Ｔ培養細胞、ＬＬＣ１培養細胞、Ｂ１６Ｆ１０培養細胞、およびＬＮＣａＰ培養細胞、ならびに腫瘍を有しないＣ５７Ｂｌマウスおよびヌードマウスから単離した血漿およびＴ細胞からも単離し、これらの癌関連遺伝子プロファイルを決定する。
本発明の態様によれば、ヒト前立腺腫瘍細胞または結腸腫瘍細胞を注射したマウスから得られた血漿、およびマウス肺癌またはメラノーマを有するマウスから得られた血漿は、種々の癌関連遺伝子シグネチャを有しており、該シグネチャは、これらに対応する腫瘍細胞でも見出される。別の態様によれば、癌関連遺伝子は、（ｉ）腫瘍を有するマウスから単離された非貪食Ｔ細胞、および（ｉｉ）腫瘍を有しないマウスから得られた貪食好中球およびマクロファージによって発現されないか、またはその発現は最小限である。
実施例８
癌患者から得られた無細胞体液における腫瘍特異的遺伝子シグネチャの検出
本発明のある実施形態によれば、癌患者からの無細胞体液の遺伝子発現プロファイルを同じドナー個体からの非貪食Ｔ細胞の遺伝子発現プロファイルと比較し、非貪食細胞中では発現されないかまたは著しく異なって発現される、無細胞体液内の腫瘍特異的シグネチャが同定された。
頭頸部腫瘍を有する患者
頸部扁平上皮癌を有することが分かっている患者から、１０ミリリットルの静脈血を（ＥＤＴＡ含有チューブへ）採取する。室温、２，０００ｒｐｍにて５分間の遠心分離を行った後、血漿を残してバフィーコートをチューブへ移し、ＰＢＳで洗浄する。
この細胞を、Ｔ細胞−ラット抗ヒト免疫磁性ダイナビーズ（登録商標）、好中球−ラット抗ヒト免疫磁性ダイナビーズ（登録商標）、およびマクロファージ／単球−ラット抗ヒト免疫磁性ダイナビーズ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（商標）社、カールスバッド、カリフォルニア州）を用いて分離する。基本的には、ビーズを白血球試料に連続的に添加し、個別に４℃にて３０分間インキュベーションした後、磁石を用いてＴ細胞−結合ビーズ、好中球−結合ビーズ、およびマクロファージ／単球−結合ビーズを単離し、ＰＢＳで３回洗浄する。
次に、（ＴＲＩＺＯＬ（登録商標）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（商標）社、カールスバッド、カリフォルニア州、を用いて）Ｔ細胞からＲＮＡを単離する。ＲＮＡの量および品質を測定し、ｃＤＮＡおよびビオチン化ｃＲＮＡ（ｃＲＮＡ−Ｂ）を調製する。血漿からビオチン化ｃＲＮＡ（ｃＲＮＡ−Ｂ）を調製する。血漿からのｃＲＮＡ−Ｂ試料およびＴ細胞からのｃＲＮＡ−Ｂ試料を、別々に癌遺伝子ヒトマイクロアレイ（Ｏｌｉｇｏ ＧＥＡｒｒａｙ（登録商標）Ｈｕｍａｎ Ｃａｎｃｅｒ ＰａｔｈｗａｙＦｉｎｄｅｒ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ、ＯＨＳ−０３３、ＳｕｐｅｒＡｒｒａｙ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社、フレデリック、メリーランド州）とインキュベートする（６０℃、一晩）。ハイブリダイゼーションの後、膜を洗浄し、アビジン複合体化アルカリホスファターゼで染色して、化学発光法（Ｘ線フィルム）を用いて遺伝子を検出する。Ｔ細胞から得られた遺伝子シグネチャと血漿から得られた遺伝子シグネチャとを比較する。血漿の遺伝子シグネチャからＴ細胞の遺伝子シグネチャを差し引くことにより、頭頸部癌に関連する１つまたは複数のマーカーが患者特異的シグネチャに提供される。
本発明の態様によれば、頭頸部癌の患者から得られた血漿は、種々の癌関連遺伝子シグネチャを有しており、該シグネチャは、これらに対応する腫瘍細胞でも見出される。以下の遺伝子、すなわち、Ｅ２６ウイルス癌遺伝子相同体（ＥＴＳ２）、ＨＩＶ−１ Ｔａｔ相互作用タンパク質（ＨＴＡＴ１Ｐ２）、ＩＬ８（好中球活性化および走化性）、Ｊｕｎ発癌遺伝子（ＪＵＮ）、およびマトリックスメタロプロテアーゼ９（ＭＭＰ９）を同定することができる。
別の態様によれば、これらの癌関連遺伝子は、非貪食Ｔ細胞によって発現されないか、またはその発現は最小限である。
卵巣癌患者
卵巣癌を有する患者から単離された血漿および細胞を用いて同様の実験を行う。血漿は、非貪食Ｔ細胞によって発現されないかまたはその発現が最小限である、多くの癌関連遺伝子を含む可能性がある。このような癌遺伝子としては、ＡＫＴ１、ＡＰＡＦ１、ＡＴＭ、ＣＤＣ２５Ａ、ＣＤＫＮ１Ａ、ＥＴＳ２、ＦＯＳ、ＩＬ８、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＰＬＡＵ、ＰＬＡＵＲ、ＲＡＦ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＹＫ、ＴＩＭＰ１、ＴＮＦ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、またはＴＮＦＲＳＦ１Ａのうちの１つまたは複数を挙げることができる。
実施例９
ヒト前立腺ＬＮＣａＰ腫瘍およびヒト結腸ＬＳ１７４Ｔ腫瘍を有するマウスから得られた無細胞体液における腫瘍特異的タンパク質シグネチャの検出
タンパク質精製キット（Ｎｏｒｇｅｎ社、製品番号２３５００）を用いて、マウス白血球、Ｔ細胞、およびマクロファージからタンパク質を単離し、精製する。このアッセイは非常に簡便で所要時間が短く（およそ３０分）、単離されたタンパク質は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ解析およびウェスタンブロットなどの多くの下流用途に用いることができる。
タンパク質試料は、ＬＮＣａＰ腫瘍およびＬＳ１７４Ｔ腫瘍を有するマウスから得られた血漿および非貪食細胞（Ｔ−リンパ球）より単離する。前者の細胞株はＰＳＡを発現し（Ｄｅｎｍｅａｄｅ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｐｒｏｓｔａｔｅ ４８：１；Ｌｉｎ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｊ．Ｕｒｏｌ．１６６：１９４３）、後者は高分子量ムチンである腫瘍特異的糖タンパク質（ＴＡＧ−７２）を提示する（Ｃｏｌｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９８１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７８：３１９９；Ｃｏｌｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９８４）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．４４：５７４４；Ｋａｓｓｉｓ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｊ．Ｎｕｃｌ．Ｍｅｄ．３７：３４３）からである。血漿からの精製タンパク質試料およびＴ細胞からの精製タンパク質試料１６μｇを各々用いてウェスタンブロット解析を行う。基本的には、各試料を２倍容量のＳＤＳローディングバッファーと混合し、未染色のプレシジョンｐｌｕｓプロテインスタンダード（ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ ｐｌｕｓ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｔａｎｄａｒｄｓ）（Ｂｉｏｒａｄ社）と共に、トリス−グリシン−ＳＤＳバッファー（ｐＨ８．４）中で１０％のＳＤＳ−ＰＡＧＥで２００ボルトにて泳動する。ミニトランスブロット（Ｍｉｎｉ Ｔｒａｎｓ−Ｂｌｏｔ）（Ｂｉｏｒａｄ社）装置、ならびに２５ｍＭトリス、ｐＨ８．４、１９２ｍＭグリシン、および２０％メタノールを含有する転写バッファーを用いて、タンパク質をニトロセルロース膜へ転写する（４℃にて一晩）。５％の脱脂粉乳を用いて膜をブロッキングし（室温（ＲＴ）で６０分）、抗ヒトＴＡＧ−７２マウスモノクローナル抗体であるＢ７２．３、または抗ヒトＰＳＡマウスモノクローナル抗体であるＥＲ−ＰＲ８のいずれかとインキュベートする（ＲＴで１時間）。ブロットを洗浄し、次に、マウスＩｇＧに特異的な二次抗体であるＩｍｍｕｎ−Ｓｔａｒヤギ抗マウス−ＨＲＰ複合体（Ｂｉｏｒａｄ社）とインキュベートし、ルミノール溶液と過酸化物バッファー（Ｂｉｏｒａｄ社）との１：１混合液と（ＲＴにて５分間）インキュベートして現像し、続いてオートラジオグラフィーを行う。
本発明のある態様によれば、ＬＮＣａＰ腫瘍を有するマウスからの血漿は、ＰＳＡに対して陽性である可能性があり、一方、このタンパク質は、同じ動物からの非貪食Ｔ細胞において検出されない。同様に、ＴＡＧ−７２は、ＬＳ１７４Ｔ腫瘍を有するマウスから得られた単球／マクロファージによって発現され、同じ動物からのＴ細胞において検出されない。
実施例１０
プロファイリング実験
血中貪食細胞の単離
患者から血液試料を採取する。血液（約５ｍＬ）を、５０μＬの０．５Ｍ ＥＤＴＡを含有する５０ｍＬチューブへ移す（ＥＤＴＡの最終濃度＝約４．８ｍＭ）。チューブを穏やかにボルテックス攪拌し、２５ｍＬのＲＢＣ溶解バッファー（Ｎｏｒｇｅｎ社）を添加する。チューブを再度穏やかにボルテックス攪拌し、溶液の色が明赤色に変わるまで室温にてインキュベートし（３〜５分間）、２，０００ｒｐｍにて３分間遠心分離する。上清を注意深く吸引した後、４０ｍＬのＣａ／Ｍｇフリー０．１Ｍ ＰＢＳ（２％ＦＢＳ、２ｍＭ ＥＤＴＡ、および２０ｍＭグルコースを含有）で白血球を洗浄し、次に、細胞（１０６個／ｍＬ）を、（ｉ）生細胞透過性ＤＮＡ染色液ヘキスト３３３４２（４μｇ／ｍＬ、Ｅｍ＝４８３ｎｍ）、（ｉｉ）循環単球／マクロファージによって発現されるヒトＦ４／８０抗原を認識する抗ヒト単球／マクロファージモノクローナル抗体（Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６４７複合体、Ｅｍ＝６６８ｎｍ）、および（ｉｉｉ）ヒト循環好中球を認識する抗ヒト好中球モノクローナル抗体（ＲＰＥ標識複合体、Ｅｍ＝５７８ｎｍ）を含有する細胞染色溶液と共にインキュベートする（暗所で４℃、３０分間）。次に、細胞を洗浄し、好中球（Ｎｎ＝２）、好中球（Ｎｎ＞２）、単球／マクロファージ（Ｍ／Ｍｎ＝２）、および単球／マクロファージ（Ｍ／Ｍｎ＞２）に選別する（ＢＤ ＦＡＣＳＡｒｉａ）。本発明の態様によれば、ＤＮＡ量が２ｎである細胞の内容物が、同じ個体から得られた血漿の内容物と比較される。
遺伝子プロファイリング
ヒト全ゲノム遺伝子プロファイリングを実施する。血漿、またはヒト腫瘍細胞、あるいは好中球（Ｎｎ＝２、Ｎｎ＞２）および単球／マクロファージ（Ｍ／Ｍｎ＝２、Ｍ／Ｍｎ＞２）から得られたＲＮＡ試料に対して、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）ヒトゲノムＵ１３３プラス２．０アレイ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社）を使用する。このアレイでは、３８，５００の十分に特徴づけられたヒト遺伝子を含む、４７，０００を超える転写産物およびバリアントの発現レベルが解析される。一般的には、上述のアレイを用いてヒト遺伝子の発現プロファイルを決定するために、抽出したＲＮＡが使用される。アレイの再現性を確実にするために、各試料を３連（ｔｒｉｐｌｉｃａｔｅ）でプロファイル化し、繰り返し実験を１回行う。マイクロアレイデータは、以下に記載するように、癌誘導関連遺伝子についてフィルタリングし、定量的リアルタイム逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を用いて確認する。
癌誘導関連遺伝子の上方制御／下方制御
Ｔｒｉａｚｏｌ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を用いてＲＮＡを単離し、このキットに付属のカートリッジを用いて精製する。ＲＮＡの質および量は、Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ ２１００（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、パロアルト、カリフォルニア州）およびＤｅｇｒａｄｏｍｅｔｅｒソフトウェア バージョン１．４１（ワールドワイドウェブ：ｄｎａａｒｒａｙｓ．ｏｒｇ）を用いて評価する。これらの実験結果は、腫瘍の存在により乱された分子経路を見分ける際の手助けとなる。
マイクロアレイ実験の解析
得られた大規模／ハイスループット分子発現データの解析は、（ｉ）血漿において異なって発現する遺伝子を同定する能力、（ｉｉ）同定された遺伝子をアノテートする能力、および（ｉｉｉ）アノテートされた遺伝子を特定の腫瘍によって特異的に発現される遺伝子へ割り当てる能力に大いに依存する。マイクロアレイデータの統計的解析は、例えば、「試料解析／比較」メニュー中のこの種の遺伝子リスト構築に容易に対応するｄＣｈｉｐパッケージを用いて行うことができる。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐｓを用いる場合、１つまたは複数のＧｅｎｅＣｈｉｐｓおよび関連する方法を適用して、マイクロアレイ生データの質を確認する（Ｇａｕｔｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２０：３０７）。さらに、種々のバックグランド補正および標準化の手順を利用して、（発現値を得るための）プローブセットの標準化および集計のために最適なプロトコルを得る（Ｈｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １８（Ｓｕｐｐｌ．１）：Ｓ９６、Ｗｕ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ９９：９０９、Ｓｅｏ ａｎｄ Ｈｏｆｆｍａｎ（２００６）ＢｉｏＭｅｄ Ｃｅｎｔｒａｌ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ７：３９５）。二段階フィルトレーション（ｔｗｏ−ｓｔｅｐ ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ）アプローチにおいて、発明者らは、Ｐｎ＝２の遺伝子プロファイルをＰｎ＞２の遺伝子プロファイルと比較して、発現された遺伝子のリストを構築し、次にＰｎ＝２遺伝子プロファイルをフィルタリングした後に、これらの遺伝子と各腫瘍細胞株に対して同定された腫瘍特異的遺伝子とを比較する。例えば、（ｉ）乳癌患者から血液を採取し、これを血漿と（Ｔ細胞が単離される）バフィーコートとに分離し、（ｉｉ）血漿とＴ細胞のそれぞれについて、３連（ｔｒｉｐｌｉｃａｔｅ）で遺伝子プロファイルを測定し、（ｉｉｉ）同定された各遺伝子の（３個の試料の）平均値および対応する標準誤差（ＳＥ）を各グループ（Ｎｎ＞２、およびＮｎ＝２）に対して計算し、（ｉｖ）次に、この２つのグループの遺伝子発現プロファイルを比較し、ウェルチの改良２標本ｔ検定に準じて、絶対値で２倍以上の対数の変化（ａｂｓｏｌｕｔｅ ≧２−ｆｏｌｄ ｌｏｇ ｃｈａｎｇｅ）（Ｎｎ＞２／Ｎｎ＝２）に基づいて発現遺伝子のリスト（Ｌ−１）を同定し、（ｖ）Ｎｎ＝２の遺伝子発現プロファイルおよび（腫瘍および正常乳腺組織生検から得られる）乳癌の遺伝子発現プロファイルを比較し、発現遺伝子のリスト（Ｌ−２）を同定し、（ｖｉ）Ｌ−１およびＬ−２の遺伝子を比較し（ｄＣｈｉｐの「試料解析／比較／比較の統合」）、共通の遺伝子をフィルタリングすることにより、Ｎｎ＞２によって獲得／発現された乳癌特異的遺伝子シグネチャを同定する。
タンパク質プロファイリング
血漿およびＴ細胞のそれぞれからの総タンパク質５０〜１００マイクログラムを変性し、トリス−（２−カルボキシエチル）ホスフィントリプシン（１ｍＭ）および０．０２％ドデシル硫酸ナトリウムを用いて、６０℃にて１時間還元する。続いてシステインをブロックし、総タンパク質をトリプシンで３７℃にて１２〜１６時間消化する。得られたペプチドを、１時間、（１１３〜１１９および１２１にタグを有する）ｉＴＲＡＱで標識する（比較する細胞型の数に応じて、４種類または８種類）。標識後、別々にタグ付けされた試料を１つにまとめ、強カチオンイオン交換カラム（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社、４．６×１００ 多孔性）を備えたＡｇｉｌｅｎｔ １２００シリーズＨＰＬＣシステムへ注入する。次に、９６個の回収した画分を１４個の画分へプールし、各画分を、逆相条件下にてＬＣ Ｐａｃｋｉｎｇｓ Ｕｌｔｉｍａｔｅ ＨＰＬＣシステム（ＬＣ Ｐａｃｋｉｎｇｓ社、１５ｃｍ×７５μｍ 分析カラム）へ注入し、２回目の分画を行う。ＬＣ Ｐａｃｋｉｎｇｓ Ｐｒｏｂｏｔを使用して逆相画分を標的プレート上に直接スポットし、質量分析（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ４８００ Ｐｌｕｓ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ａｎａｌｙｚｅｒ）によって分析する。データの取得後にＰｒｏｔｅｉｎＰｉｌｏｔソフトウェアパッケージ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ／ＭＤＳ Ｓｃｉｅｘ社）を用いてスペクトルを処理し、ＰｒｏｔｅｉｎＰｉｌｏｔ（商標）ソフトウェアを用いて血漿試料およびＴ細胞試料のそれぞれにおける個々のタンパク質をその相対的発現レベルと共に同定して、癌関連プロテオームシグネチャの解析および同定を実施する。

Claims (148)

  1. （ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    （ｂ）ＤＮＡ量が２ｎである貪食細胞（２ｎ貪食細胞）集団または非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および
    （ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、
    前記差異が、対象における前記疾患もしくは症状の存在、または対象における前記疾患もしくは症状が発症するリスク、または対象における前記疾患もしくは症状の予後を示す、対象における疾患もしくは症状を診断もしくは診断を補助する方法、または対象における疾患もしくは症状が発症するリスクを評価する方法、または対象における疾患もしくは症状を予後予測もしくは予後予測を補助する方法。
  2. （ａ）第１時点における対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    第１時点における前記対象の２ｎ貪食細胞集団または非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、
    （ｂ）第２時点における前記対象の無細胞体液試料から、それぞれ、第２時点もしくは化合物を投与した後における、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること、
    第２時点における前記対象の２ｎ貪食細胞集団または非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、および
    （ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、
    前記同定された差異が、対象における前記疾患もしくは症状に対する治療の有効性、または対象における前記疾患もしくは症状の進行もしくは軽減を示すか、または対象において前記化合物が前記疾患もしくは症状を改善もしくは治療することができることを示す、対象における疾患もしくは症状に対する治療の有効性を評価する方法、対象における疾患もしくは症状の進行もしくは軽減をモニターする方法、または対象における疾患もしくは症状を改善もしくは治療することができる化合物を同定する方法。
  3. （ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    （ｂ）非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および
    （ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、
    前記差異が対象における前記疾患または症状の存在を示す、対象における疾患または症状を診断または診断を補助する方法。
  4. （ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    （ｂ）非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および
    （ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、
    前記差異が対象における前記疾患または症状が発症するリスクを示す、対象における疾患または症状が発症するリスクを評価する方法。
  5. （ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    （ｂ）非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および
    （ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、
    前記同定された差異が対象における前記疾患または症状の予後を示す、対象における疾患または症状を予後予測または予後予測を補助する方法。
  6. （ａ）治療前の対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    前記治療前の対象の非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、
    （ｂ）治療後の前記対象の無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること、
    前記治療後の対象の非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、および
    （ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、
    前記同定された差異が、前記対象における前記疾患または症状に対する治療の有効性を示す、対象における疾患または症状に対する治療の有効性を評価する方法。
  7. （ａ）第１時点における対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    第１時点における前記対象の非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、
    （ｂ）第２時点における前記対象の無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること、
    第２時点における前記対象の非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、および
    （ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、
    前記同定された差異が前記対象における前記疾患または症状の進行または軽減を示す、対象における疾患または症状の進行または軽減をモニターする方法。
  8. （ａ）化合物を投与する前の対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    前記化合物を投与する前の対象の非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、
    （ｂ）前記化合物を投与した後の前記対象の無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること、
    前記化合物を投与した後の前記対象の非貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、および
    （ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、
    前記同定された差異が、前記化合物が前記対象における前記疾患または症状を改善または治療することができることを示す、対象における疾患または症状を改善または治療することができる化合物を同定する方法。
  9. （ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    （ｂ）ＤＮＡ量が２ｎである貪食細胞（２ｎ貪食細胞）集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および
    （ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、
    前記差異が前記対象における前記疾患または症状の存在を示す、対象における疾患または症状を診断または診断を補助する方法。
  10. （ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    （ｂ）２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および
    （ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、
    前記差異が対象における前記疾患または症状が発症するリスクを示す、対象における疾患または症状が発症するリスクを評価する方法。
  11. （ａ）無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    （ｂ）２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、および
    （ｃ）前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの差異を同定することを含み、
    前記差異が対象における前記疾患または症状の予後を示す、対象における疾患または症状の予後予測または予後予測を補助する方法。
  12. （ａ）治療前の対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    前記治療前の対象の２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、
    （ｂ）治療後の前記対象の無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること、
    前記治療後の対象の２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、および
    （ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、
    前記同定された差異が前記対象における前記疾患または症状に対する治療の有効性を示す、対象における疾患または症状に対する治療の有効性を評価する方法。
  13. （ａ）第１時点における対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    第１時点における前記対象の２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、
    （ｂ）第２時点における前記対象の無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること、
    第２時点における前記対象の２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、および
    （ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、
    前記同定された差異が前記対象における前記疾患または症状の進行または軽減を示す、対象における疾患または症状の進行または軽減をモニターする方法。
  14. （ａ）化合物を投与する前の対象の無細胞体液試料から、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーについての第１プロファイルを決定すること、
    前記化合物を投与する前の対象の２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第２プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異を同定すること、
    （ｂ）前記化合物を投与した後の前記対象の無細胞体液試料から、前記１つまたは複数のマーカーについての第３プロファイルを決定すること、
    前記化合物を投与した後の前記対象の２ｎ貪食細胞集団から、前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つについての第４プロファイルを決定すること、
    前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数について、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異を同定すること、
    （ｃ）第１差異と第２差異との差異を同定することを含み、
    前記同定された差異が、前記化合物が前記対象における前記疾患または症状を改善または治療することができることを示す、対象における疾患または症状を改善または治療することができる化合物を同定する方法。
  15. 前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記非貪食細胞と比較して前記無細胞体液試料において上方制御または活性化されている、請求項３〜８のいずれか１項に記載の方法。
  16. 前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記非貪食細胞と比較して前記無細胞体液試料において下方制御または抑制されている、請求項３〜８のいずれか１項に記載の方法。
  17. 前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記２ｎ貪食細胞と比較して前記無細胞体液試料において上方制御または活性化されている、請求項９〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  18. 前記１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記２ｎ貪食細胞と比較して前記無細胞体液試料において下方制御または抑制されている、請求項９〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  19. 第１プロファイルまたは第２プロファイルが、前記疾患または症状の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つの欠如を含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  20. 第３プロファイルまたは第４プロファイルが、前記疾患または症状の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つ欠如を含む、請求項６〜８および請求項１２〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  21. 前記無細胞体液試料から前記１つまたは複数のマーカーを抽出することをさらに含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  22. 前記（ａ）の前に前記非貪食細胞を溶解することをさらに含む、請求項３〜８のいずれか１項に記載の方法。
  23. 前記（ａ）の前に前記非貪食細胞から細胞内容物を抽出することをさらに含む、請求項３〜８および請求項２１のいずれか１項に記載の方法。
  24. 前記無細胞体液試料が、生存している病気の細胞、死んだ病気の細胞、アポトーシスを起こした病気の細胞、循環腫瘍細胞、感染性因子、胎生細胞、栄養芽細胞、またはこれらの断片を含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  25. 前記無細胞体液試料中に、前記疾患または症状の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つが存在する、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  26. 前記非貪食細胞の細胞内容物中に、前記疾患または症状の１つまたは複数のマーカーが存在しない、請求項２３に記載の方法。
  27. 前記（ａ）の前に前記２ｎ貪食細胞を溶解することをさらに含む、請求項９〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  28. 前記（ａ）の前に前記２ｎ貪食細胞から細胞内容物を抽出することをさらに含む、請求項９〜１４および請求項２７のいずれか１項に記載の方法。
  29. 前記２ｎ貪食細胞の細胞内容物中に、前記疾患または症状の１つまたは複数のマーカーが存在しない、請求項２８に記載の方法。
  30. 前記（ｃ）の同定された差異と前記疾患または症状の１つまたは複数の既知のマーカーについてのリポジトリとを比較することをさらに含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  31. 前記リポジトリがデータマイニングにより得られる、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記貪食細胞が、専門貪食細胞、非専門貪食細胞、またはこれらの混合物である、請求項９〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  33. 前記専門貪食細胞が、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、泡沫細胞、マスト細胞、好酸球、またはこれらの混合物である、請求項３２に記載の方法。
  34. 前記非専門貪食細胞が、上皮細胞、内皮細胞、線維芽細胞、間葉細胞、またはこれらの混合物である請求項３２に記載の方法。
  35. 前記非貪食細胞が、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ヌル細胞、好塩基球、またはこれらの混合物である、請求項３〜８のいずれか１項に記載の方法。
  36. 前記無細胞体液試料が体液試料から分離される、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  37. 前記体液試料が、血液、尿、大便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られた体液、妊娠第２三半期の妊婦から得られた体液、妊娠第３三半期の妊婦から得られた体液、母体血、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚の体液、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および頸膣部液、間質液、または眼液である、請求項３６に記載の方法。
  38. 前記無細胞体液試料が、濾過、遠心分離法、フローサイトメトリー、蛍光標識細胞分取、密度勾配遠心分離法、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技術、蛍光磁気分離技術、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット顕微鏡プラットフォーム、またはこれらの組合せにより分離される、請求項３６に記載の方法。
  39. 前記無細胞体液試料が、前記試料中に存在する物質を用いて分離される、請求項３６に記載の方法。
  40. 前記物質が前記疾患または症状のマーカーの産物である、請求項３９に記載の方法。
  41. 前記無細胞体液試料が血漿または血清である、請求項３６に記載の方法。
  42. 前記非貪食細胞が、前記対象の体液試料、組織、または細胞から単離される、請求項３〜８のいずれか１項に記載の方法。
  43. 前記体液試料が、血液、尿、大便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られた体液、妊娠第２三半期の妊婦から得られた体液、妊娠第３三半期の妊婦から得られた体液、母体血、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚の体液、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血、洗浄液および頸膣部液、間質液、または眼液である、請求項４２に記載の方法。
  44. 前記細胞が白血球である、請求項４２に記載の方法。
  45. 前記非貪食細胞が抗体を用いて単離される、請求項４２〜４４のいずれか１項に記載の方法。
  46. 前記非貪食細胞が、フローサイトメトリー、蛍光標識細胞分取、濾過、密度勾配遠心分離法、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技術、蛍光磁気分離技術、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット顕微鏡プラットフォーム、またはこれらの組合せにより単離される、請求項４２〜４４のいずれか１項に記載の方法。
  47. 前記２ｎ貪食細胞が、前記対象の体液試料、組織、または細胞から単離される、請求項９〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  48. 前記２ｎ貪食細胞が貪食細胞集団から単離される、請求項９〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  49. 前記２ｎ貪食細胞が、フローサイトメトリー、蛍光標識細胞分取、濾過、密度勾配遠心分離法、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技術、蛍光磁気分離技術、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット顕微鏡プラットフォーム、またはこれらの組合せにより貪食細胞集団から単離される、請求項４８に記載の方法。
  50. 前記食細胞集団が、前記対象の体液試料、組織、または細胞から単離される、請求項４８に記載の方法。
  51. 前記体液試料が、血液、尿、大便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られた体液、妊娠第２三半期の妊婦から得られた体液、妊娠第３三半期の妊婦から得られた体液、母体血、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚の体液、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および頸膣部液、間質液、または眼液である、請求項４７または請求項５０に記載の方法。
  52. 前記細胞が白血球である、請求項４７または請求項５０に記載の方法。
  53. 前記食細胞集団が抗体を用いて単離される、請求項４８および請求項５０〜５２のいずれか１項に記載の方法。
  54. 前記貪食細胞集団が、フローサイトメトリー、蛍光標識細胞分取、濾過、密度勾配遠心分離法、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技術、蛍光磁気分離技術、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット顕微鏡プラットフォーム、またはこれらの組合せにより単離される、請求項４８および請求項５０〜５２のいずれか１項に記載の方法。
  55. 前記１つまたは複数のマーカーが、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝物、またはこれらの組合せである、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  56. 前記核酸が、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドである、請求項５４に記載の方法。
  57. 前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、多重鎖ＤＮＡ、相補ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、または非コードＤＮＡである、請求項５６に記載の方法。
  58. 前記ＲＮＡが、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、リボソーマルＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ヘテロ核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）、または低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項５６に記載の方法。
  59. 前記タンパク質が、アミノ酸、ペプチド、酵素、抗原、抗体、サイトカイン、リポタンパク質、糖タンパク質、またはホルモンである、請求項５４に記載の方法。
  60. 前記脂質が、脂肪酸、中性脂肪、リン脂質、コレステロール、コレステロールエステル、トリグリセリド、糖脂質、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、ステロール脂質、プレノール脂質、サッカロ脂質、ポリケチド、コリングリセロリン脂質、エタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルセリン、リゾ−コリングリセロリン脂質、リゾ−エタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジン酸、リゾ−ホスファチジン酸、スフィンゴミエリン、ガラクトシルセラミド、グルコシルセラミド、遊離脂肪酸、プロスタグランジン、トリアシルグリセロール、ジアシルグリセロール、モノアシルグリセロール、アシル−ＣｏＡ、アシルカルニチン、オキシステロール、セラミド、カルジオリピン、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、スフィンゴシン、リゾ−スフィンゴミエリン、ガングリオシド、プラスマローゲン、スルファチド、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、超低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、またはこれらの誘導体である、請求項５４に記載の方法。
  61. 前記炭水化物が、単糖類、二糖類、多糖類、オリゴ糖類、またはこれらの誘導体である、請求項５４に記載の方法。
  62. 前記代謝物が、一次代謝物、二次代謝物、有機代謝物、無機代謝物、プロスタグランジン、ヒドロキシエイコサテトラエン酸、ヒドロキシオクタデカジエン酸、ステロイド類、胆汁酸、ビタミン、またはこれらの誘導体である、請求項５４に記載の方法。
  63. 前記プロファイルが、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝物プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  64. 前記プロファイルが、定性的アッセイ、定量的アッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、請求項６３に記載の方法。
  65. 前記定量的アッセイが、シークエンシング、ダイレクトシークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガー・ジデオキシターミネーションシークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動法、ゲル電気泳動法、二重鎖シークエンシング（ｄｕｐｌｅｘ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理シグネチャシークエンシング、エマルジョンＰＣＲ法、可逆的ダイターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアターム（ｎｅａｒ−ｔｅｒｍ）シークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成シークエンシング（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒを用いたシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）を用いたシークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）解析、定量的ＰＣＲ法、リアルタイムＰＣＲ法、蛍光アッセイ、比色アッセイ、化学発光アッセイ、またはこれらの組合せを用いる、請求項６４に記載の方法。
  66. 前記核酸プロファイルが、遺伝子型プロファイル、一塩基多型プロファイル、遺伝子変異プロファイル、遺伝子コピー数プロファイル、ＤＮＡメチル化プロファイル、ＤＮＡアセチル化プロファイル、染色体遺伝子量プロファイル、遺伝子発現プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項６３に記載の方法。
  67. 前記核酸プロファイルが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）解析、シークエンシング解析、電気泳動解析、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）解析、ノーザンブロット解析、定量的ＰＣＲ法、逆転写ＰＣＲ解析（ＲＴ−ＰＣＲ）、アレル特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション解析、比較ゲノムハイブリダイゼーション法、ヘテロ二重鎖移動度アッセイ（ＨＭＡ）、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）法、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）法、ＲＮＡａｓｅミスマッチ解析、質量分析法、タンデム質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、表面プラズモン共鳴法、サザンブロット解析、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法、蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）法、発色性ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）法、免疫組織化学（ＩＨＣ）法、マイクロアレイ法、比較ゲノムハイブリダイゼーション法、核型分析、多重ライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）法、短蛍光フラグメントの定量的多重ＰＣＲ（ＱＭＰＳＦ）法、顕微鏡法、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）アッセイ、ライゲーション仲介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮（ＨｐａＩＩ Ｔｉｎｙ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ ｂｙ Ｌｉｇａｔｉｏｎ−Ｍｅｄｉａｔｅｄ ＰＣＲ）（ＨＥＬＰ）アッセイ、放射性酢酸塩標識アッセイ、比色によるＤＮＡアセチル化アッセイ、マイクロアレイと組み合わせたクロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ−ｏｎ−ｃｈｉｐ）アッセイ、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング法、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）法、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性の分子切断光アッセイ、クロマトグラフィーによる分離、メチル化感受性制限酵素解析、バイサルファイトによる非メチル化シトシンのウラシルへの変換、メチル結合ＰＣＲ解析、またはこれらの組合せにより決定される、請求項６６に記載の方法。
  68. 前記核酸プロファイルが、ダイレクトシークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガー・ジデオキシターミネーションシークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動法、ゲル電気泳動法、二重鎖シークエンシング（ｄｕｐｌｅｘ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理シグネチャシークエンシング、エマルジョンＰＣＲ法、可逆的ダイターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアターム（ｎｅａｒ−ｔｅｒｍ）シークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成シークエンシング（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒを用いたシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）を用いたシークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析法、およびこれらの組合せからなる群より選択されるシークエンシング技術により決定される、請求項６６に記載の方法。
  69. 前記タンパク質プロファイルが、タンパク質発現プロファイル、タンパク質活性化プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項６３に記載の方法。
  70. 前記タンパク質プロファイルが、免疫組織化学アッセイ、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法、クロマトグラフィー法、液体クロマトグラフィー法、サイズ排除クロマトグラフィー法、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）法、ガスクロマトグラフィー法、質量分析法、タンデム質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、ラジオイムノアッセイ、顕微鏡法、マイクロ流体チップをベースにしたアッセイ、表面プラズモン共鳴法、シークエンシング、ウェスタンブロットアッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、請求項６９に記載の方法。
  71. 前記タンパク質活性化プロファイルが、前記１つまたは複数のマーカーのリン酸化状態、ユビキチン化状態、ミリストイル化状態、立体構造状態、またはこれらの組合せを決定することを含む、請求項６９に記載の方法。
  72. 前記脂質プロファイルが、クロマトグラフィー法、液体クロマトグラフィー法、サイズ排除クロマトグラフィー法、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）法、ガスクロマトグラフィー法、質量分析法、タンデム質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップをベースにしたアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定される、請求項６３に記載の方法。
  73. 前記炭水化物プロファイルが、クロマトグラフィー法、液体クロマトグラフィー法、サイズ排除クロマトグラフィー法、パルスドアンペロメトリー検出器を用いた高速陰イオン交換クロマトグラフィー（ＨＰＡＥＣ−ＰＡＤ）法、液体クロマトグラフィー法、ガスクロマトグラフィ法ー、蛍光アッセイ、質量分析法、タンデム質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップをベースにしたアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定される、請求項６３に記載の方法。
  74. 前記対象が、少なくとも２つの疾患または症状を有する、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  75. 前記対象が、少なくとも１つの胎児期または妊娠関連の疾患または症状を有する、請求項７４に記載の方法。
  76. 前記対象が、疾患または症状ではない少なくとも１つの疾患または症状を有する、請求項７４に記載の方法。
  77. 前記対象が哺乳類動物である、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  78. 前記対象がヒトである、請求項７７に記載の方法。
  79. 前記疾患または症状が、心血管系の疾患または症状、腎臓関連の疾患または症状、胎児期もしくは妊娠関連の疾患または症状、神経性もしくは精神神経性の疾患または症状、自己免疫もしくは免疫関連の疾患または症状、癌、感染性の疾患または症状、ミトコンドリア病、呼吸器胃腸管系の疾患または症状、生殖器系の疾患または症状、眼部の疾患または症状、筋骨格系の疾患または症状、あるいは皮膚の疾患または症状である、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  80. 前記差異が１倍よりも大きい、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  81. 前記差異が、少なくとも１．０５倍、１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍の差異である、請求項８０に記載の方法。
  82. （ａ）疾患または症状を有する対象の体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること、
    前記疾患または症状を有する対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第２プロファイルを決定すること、
    第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、
    （ｂ）前記疾患または症状を有しないコントロール対象の体液試料から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること、
    前記疾患または症状を有しないコントロール対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第４プロファイルを決定すること、
    第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、
    （ｃ）第２差異セットと比較して第１差異セットに特異的である、１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、
    前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状に対する１つまたは複数のマーカーを同定する方法。
  83. （ｄ）前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第５プロファイルを得ること、
    前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第６プロファイルを得ること、
    第６プロファイルと比較して第５プロファイルに特異的である、第５プロファイルと第６プロファイルとの第３差異セットを同定すること、および
    （ｅ）第３差異セット中に存在する、前記（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む、請求項８２に記載の方法。
  84. （ａ）疾患または症状を有する対象の体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること、
    前記疾患または症状を有しないコントロール対象の体液試料から、複数の被分析物についての第２プロファイルを決定すること、
    第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、
    （ｂ）前記疾患または症状を有する対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること、
    前記疾患または症状を有しないコントロール対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第４プロファイルを決定すること、
    第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、
    （ｃ）第２差異セットと比較して第１差異セットに特異的である、１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、
    前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーを同定する方法。
  85. （ｄ）前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第５プロファイルを得ること、
    前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第６プロファイルを得ること、
    第６プロファイルと比較して第５プロファイルに特異的である、第５プロファイルと第６プロファイルとの第３差異セットを同定すること、および
    （ｅ）第３差異セット中に存在する、前記（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む、請求項８４に記載の方法。
  86. （ａ）疾患または症状を有する対象の体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること、
    前記疾患または症状を有しないコントロール対象の体液試料から、複数の被分析物についての第２プロファイルをデータマイニングにより得ること、
    第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、
    （ｂ）前記疾患または症状を有する対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること、
    前記疾患または症状を有しないコントロール対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第４プロファイルをデータマイニングにより得ること、
    第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、および
    （ｃ）第２差異セットと比較して第１差異セットに特異的である、１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、
    前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーを同定する方法。
  87. （ｄ）前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第５プロファイルをデータマイニングにより得ること、
    前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第６プロファイルをデータマイニングにより得ること、
    第６プロファイルと比較して第５プロファイルに特異的である、第５プロファイルと第６プロファイルとの第３差異セットを同定すること、および
    （ｅ）第３差異セット中に存在する、前記（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む、請求項８６に記載の方法。
  88. （ａ）疾患または症状を有する対象の体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること、
    前記疾患または症状を有する対象の非貪食細胞から、複数の被分析物についての第２プロファイルを決定すること、
    第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、
    （ｂ）前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること、
    前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第４プロファイルを決定すること、
    第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、
    （ｃ）第１差異セットと第２差異セットの両方に存在する１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、
    前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーを同定する方法。
  89. （ｄ）前記疾患または症状を有しないコントロール対象の体液試料から、複数の被分析物についての第５プロファイルを決定すること、
    第５プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第５プロファイルとの第３差異セットを同定すること、
    （ｅ）第３差異セット中に存在する、（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む、請求項８８に記載の方法。
  90. （ａ）疾患または症状を有する対象の体液試料から、複数の被分析物についての第１プロファイルを決定すること、
    前記疾患または症状を有する対象の２ｎ貪食細胞から、複数の被分析物についての第２プロファイルを決定すること、
    第２プロファイルと比較して第１プロファイルに特異的である、第１プロファイルと第２プロファイルとの第１差異セットを同定すること、
    （ｂ）前記疾患または症状を有しないコントロール対象の体液試料から、複数の被分析物についての第３プロファイルを決定すること、
    前記疾患または症状を有しないコントロール対象の２ｎ貪食細胞から、複数の被分析物についての第４プロファイルを決定すること、
    第４プロファイルと比較して第３プロファイルに特異的である、第３プロファイルと第４プロファイルとの第２差異セットを同定すること、および
    （ｃ）第２差異セットと比較して第１差異セットに特異的である、１つまたは複数の被分析物を同定することを含み、
    前記同定された被分析物が前記疾患または症状のマーカーである、疾患または症状の１つまたは複数のマーカーを同定する方法。
  91. （ｄ）前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒された細胞または組織から、複数の被分析物についての第５プロファイルを得ること、
    前記疾患または症状を有する対象の前記疾患または症状に冒されていない細胞または組織から、複数の被分析物についての第６プロファイルを得ること、
    第６プロファイルと比較して第５プロファイルに特異的である、第５プロファイルと第６プロファイルとの第３差異セットを同定すること、および
    （ｅ）第３差異セット中に存在する、（ｃ）の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定することをさらに含む、請求項９０の方法。
  92. 前記無細胞体液試料から前記１つまたは複数のマーカーを抽出することをさらに含む、請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  93. 前記（ａ）の前に前記非貪食細胞を溶解することをさらに含む、請求項８２〜８９のいずれか１項に記載の方法。
  94. 前記（ａ）の前に前記非貪食細胞から細胞内容物を抽出することをさらに含む、請求項８２〜８９および請求項９３のいずれか１項に記載の方法。
  95. 前記無細胞体液試料が、生存している病気の細胞、死んだ病気の細胞、アポトーシスを起こした病気の細胞、循環腫瘍細胞、感染性因子、胎生細胞、栄養芽細胞、またはこれらの断片を含む、請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  96. 前記無細胞体液試料中に、前記疾患または症状の１つまたは複数のマーカーのうちの少なくとも１つが存在する、請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  97. 前記非貪食細胞の細胞内容物中に、前記疾患または症状の１つまたは複数のマーカーが存在しない、請求項９４に記載の方法。
  98. 前記（ａ）の前に前記２ｎ貪食細胞を溶解することをさらに含む、請求項９０〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  99. 前記（ａ）の前に前記２ｎ貪食細胞から細胞内容物を抽出することをさらに含む、請求項９０〜９１および請求項９８のいずれか１項に記載の方法。
  100. 前記２ｎ貪食細胞の細胞内容物中に、前記疾患または症状の１つまたは複数のマーカーが存在しない、請求項９９に記載の方法。
  101. 前記（ｃ）の同定された差異と前記疾患または症状の１つまたは複数の既知のマーカーについてのリポジトリとを比較することをさらに含む、請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  102. 前記リポジトリがデータマイニングにより得られる、請求項１０１に記載の方法。
  103. 前記貪食細胞が、専門貪食細胞、非専門貪食細胞、またはこれらの混合物である、請求項９０〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  104. 前記専門貪食細胞が、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、泡沫細胞、マスト細胞、好酸球、またはこれらの混合物である、請求項１１１に記載の方法。
  105. 前記非専門貪食細胞が、上皮細胞、内皮細胞、線維芽細胞、間葉細胞、またはこれらの混合物である、請求項１１１に記載の方法。
  106. 前記非貪食細胞が、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ヌル細胞、好塩基球、またはこれらの混合物である、請求項８２〜８９のいずれか１項に記載の方法。
  107. 前記無細胞体液試料が体液試料から分離される、請求項９０〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  108. 前記体液試料が、血液、尿、大便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られた体液、妊娠第２三半期の妊婦から得られた体液、妊娠第３三半期の妊婦から得られた体液、母体血、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚の体液、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および頸膣部液、間質液、または眼液である、請求項１０７に記載の方法。
  109. 前記無細胞体液試料が、濾過、遠心分離法、フローサイトメトリー、蛍光標識細胞分取、密度勾配遠心分離法、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技術、蛍光磁気分離技術、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット顕微鏡プラットフォーム、またはこれらの組合せにより分離される、請求項１０７に記載の方法。
  110. 前記無細胞体液試料が、前記試料中に存在する物質を用いて分離される、請求項１０７に記載の方法。
  111. 前記１つまたは複数のマーカーが、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝物、またはこれらの組合せである、請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  112. 前記被分析物が、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝物、またはこれらの組合せである、請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  113. 前記核酸が、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドである、請求項１１１または請求項１１２に記載の方法。
  114. 前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、多重鎖ＤＮＡ、相補ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、または非コードＤＮＡである、請求項１１３に記載の方法。
  115. 前記ＲＮＡが、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、リボソーマルＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ヘテロ核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）または低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項１１３に記載の方法。
  116. 前記タンパク質が、アミノ酸、ペプチド、酵素、抗原、抗体、サイトカイン、リポタンパク質、糖タンパク質、またはホルモンである、請求項１１１または請求項１１２に記載の方法。
  117. 前記脂質が、脂肪酸、中性脂肪、リン脂質、コレステロール、コレステロールエステル、トリグリセリド、糖脂質、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、ステロール脂質、プレノール脂質、サッカロ脂質、ポリケチド、コリングリセロリン脂質、エタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルセリン、リゾ−コリングリセロリン脂質、リゾ−エタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジン酸、リゾ−ホスファチジン酸、スフィンゴミエリン、ガラクトシルセラミド、グルコシルセラミド、遊離脂肪酸、プロスタグランジン、トリアシルグリセロール、ジアシルグリセロール、モノアシルグリセロール、アシル−ＣｏＡ、アシルカルニチン、オキシステロール、セラミド、カルジオリピン、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、スフィンゴシン、リゾ−スフィンゴミエリン、ガングリオシド、プラスマローゲン、スルファチド、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、超低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、またはこれらの誘導体である、請求項１１１または請求項１１２に記載の方法。
  118. 前記炭水化物が、単糖類、二糖類、多糖類、オリゴ糖類、またはこれらの誘導体である、請求項１１１または請求項１１２に記載の方法。
  119. 前記代謝物が、一次代謝物、二次代謝物、有機代謝物、無機代謝物、プロスタグランジン、ヒドロキシエイコサテトラエン酸、ヒドロキシオクタデカジエン酸、ステロイド類、胆汁酸、ビタミン、またはこれらの誘導体である、請求項１１１または請求項１１２に記載の方法。
  120. 前記プロファイルが、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝物プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  121. 前記プロファイルが、定性的アッセイ、定量的アッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、請求項１２０に記載の方法。
  122. 前記定量的アッセイが、シークエンシング、ダイレクトシークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガー・ジデオキシターミネーションシークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動法、ゲル電気泳動法、二重鎖シークエンシング（ｄｕｐｌｅｘ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理シグネチャシークエンシング、エマルジョンＰＣＲ法、可逆的ダイターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアターム（ｎｅａｒ−ｔｅｒｍ）シークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成シークエンシング（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒを用いたシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）を用いたシークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）アッセイ、定量的ＰＣＲ法、リアルタイムＰＣＲ法、蛍光アッセイ、比色アッセイ、化学発光アッセイ、またはこれらの組合せを用いる、請求項１２１に記載の方法。
  123. 前記核酸プロファイルが、遺伝子型プロファイル、一塩基多型プロファイル、遺伝子変異プロファイル、遺伝子コピー数プロファイル、ＤＮＡメチル化プロファイル、ＤＮＡアセチル化プロファイル、染色体遺伝子量プロファイル、遺伝子発現プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項１２０に記載の方法。
  124. 前記核酸プロファイルが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）解析、シークエンシング解析、電気泳動解析、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）解析、ノーザンブロット解析、逆転写ＰＣＲ解析（ＲＴ−ＰＣＲ）、定量的ＰＣＲ法、定量的ＲＴ−ＰＣＲ法、アレル特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション解析、比較ゲノムハイブリダイゼーション法、ヘテロ二重鎖移動度アッセイ（ＨＭＡ）、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）法、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）法、ＲＮＡａｓｅミスマッチ解析、質量分析法、質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、サザンブロット解析、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法、蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）法、発色性ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）法、免疫組織化学（ＩＨＣ）法、マイクロアレイ法、比較ゲノムハイブリダイゼーション法、核型分析、多重ライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）法、短蛍光フラグメントの定量的多重ＰＣＲ（ＱＭＰＳＦ）法、顕微鏡法、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）アッセイ、ライゲーション仲介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮（ＨｐａＩＩ Ｔｉｎｙ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ ｂｙ Ｌｉｇａｔｉｏｎ−Ｍｅｄｉａｔｅｄ ＰＣＲ）（ＨＥＬＰ）アッセイ、放射性酢酸塩標識アッセイ、比色によるＤＮＡアセチル化アッセイ、マイクロアレイと組み合わせたクロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ−ｏｎ−ｃｈｉｐ）アッセイ、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング法、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）法、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性の分子切断光アッセイ、クロマトグラフィーによる分離、メチル化感受性制限酵素解析、表面プラズモン共鳴法、バイサルファイトによる非メチル化シトシンのウラシルへの変換、メチル結合ＰＣＲ解析、またはこれらの組合せにより決定される、請求項１２３に記載の方法。
  125. 前記核酸プロファイルが、ダイレクトシークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガー・ジデオキシターミネーションシークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動法、ゲル電気泳動法、二重鎖シークエンシング（ｄｕｐｌｅｘ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理シグネチャシークエンシング、エマルジョンＰＣＲ法、可逆的ダイターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアターム（ｎｅａｒ−ｔｅｒｍ）シークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成シークエンシング（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒを用いたシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）を用いたシークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析法、およびこれらの組合せから選択されるシークエンシング技術により決定される、請求項１２３に記載の方法。
  126. 前記タンパク質プロファイルが、タンパク質発現プロファイル、タンパク質活性化プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項１２０に記載の方法。
  127. 前記タンパク質活性化プロファイルが、前記１つまたは複数のマーカーのリン酸化状態、ユビキチン化状態、ミリストイル化状態、または立体構造状態を決定することを含む、請求項１２６に記載の方法。
  128. 前記タンパク質プロファイルが、免疫組織化学アッセイ、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、クロマトグラフィー法、液体クロマトグラフィー法、サイズ排除クロマトグラフィー法、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）法、ガスクロマトグラフィー法、質量分析法、タンデム質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ法）、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、ラジオイムノアッセイ、表面プラズモン共鳴法、マイクロ流体チップをベースにしたアッセイ、ウェスタンブロットアッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、請求項１２６に記載の方法。
  129. 前記脂質プロファイルが、クロマトグラフィー法、液体クロマトグラフィー法、サイズ排除クロマトグラフィー法、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）法、ガスクロマトグラフィー法、質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析法、タンデム質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップをベースにしたアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定される、請求項１２６に記載の方法。
  130. 前記炭水化物プロファイルが、クロマトグラフィー法、液体クロマトグラフィー法、サイズ排除クロマトグラフィー法、パルスドアンペロメトリー検出器を用いた高速陰イオン交換クロマトグラフィー（ＨＰＡＥＣ−ＰＡＤ）法、液体クロマトグラフィー法、ガスクロマトグラフィー法、蛍光アッセイ、質量分析法、タンデム質量分析法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析法、表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）型質量分析法、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）型質量分析法、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）法、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）法、マトリックス支援レーザー脱離イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）法、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）法、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップをベースにしたアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定される、請求項１２６に記載の方法。
  131. 前記対象が哺乳類動物である、請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  132. 前記対象がヒトである、請求項１３１に記載の方法。
  133. 前記疾患または症状が、心血管系の疾患または症状、腎臓関連の疾患または症状、胎児期もしくは妊娠関連の疾患または症状、神経性もしくは精神神経性の疾患または症状、自己免疫もしくは免疫関連の疾患または症状、癌、感染性の疾患または症状、ミトコンドリア病、呼吸器胃腸管系の疾患または症状、生殖器系の疾患または症状、眼部の疾患または症状、筋骨格系の疾患または症状、あるいは皮膚の疾患または症状である、請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  134. 前記差異が１倍よりも大きい、請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法。
  135. 前記差異が、少なくとも１．０５倍、１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍の差異である、請求項１３４に記載の方法。
  136. 前記疾患または症状の少なくとも１つの診断パラメーターを決定することをさらに含む、請求項３または請求項９に記載の方法。
  137. 前記診断パラメーターが、身体検査、目視検査、生検、スキャニング、組織学検査、放射線検査、画像検査、超音波検査、市販のキットの使用、遺伝検査、免疫学的検査、体液の分析、または神経活動のモニタリングにより決定される、請求項１３６に記載の方法。
  138. 前記１つまたは複数のマーカーが、ＡＫＴ２、ＢＡＫ１、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＥＴＳ２、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＰ２、ＰＤＧＦＢ、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＮＣＧ、およびＳＰＰ１からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  139. 前記１つまたは複数のマーカーが、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＢＡＫ２、ＣＤＣ２５Ａ、Ｅ２Ｆ１、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＰ２、ＮＦＫＢ１、ＰＤＧＦＢ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＮＮ、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＮＣＧ、ＳＰＰ１、ＴＥＲＴ、ＴＩＭＰ３、およびＴＰ５３からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  140. 前記１つまたは複数のマーカーが、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＯＬ１８Ａ１、ＥＴＳ２、ＨＴＡＴＩＰ２、ＭＭＰ９、ＳＲＣ、およびＴＷＩＳＴ１からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  141. 前記１つまたは複数のマーカーが、ＡＫＴ１、ＡＰＡＦ１、ＡＴＭ、ＣＤＣ２５Ａ、ＣＤＫＮ１Ａ、ＥＴＳ２、ＦＯＳ、ＩＬ８、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＮＦＫＢ１Ａ、ＰＬＡＵ、ＰＬＡＵＲ、ＲＡＦ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＹＫ、ＴＩＭＰ１、ＴＮＦ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａからなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  142. 前記１つまたは複数のマーカーが、ＡＣＰ２、ＡＫ２、ＡＫＴ３、ＡＲＬ５Ｂ、ＡＴＰ２Ｂ３、ＢＧＮ、ＢＲＡＦ、ＢＴＧ２、ＣＡＭＫＫ２、ＣＡＰＧ、ＣＡＰＮ１２、ＣＰＬＸ２、ＤＥＮＮＤ５Ａ、ＤＮＡ２、ＦＡＭ１０４Ａ、ＦＮＩＰ１、ＧＦＲＡ４、ＧＬＵＤ１、ＧＮＡＱ、ＧＰ１ＢＢ、ＨＮＲＰＬＬ、ＨＯＸＡ２、ＨＰＳ３、ＩΝΡΡ４Α、ＩＴＧＡＶ、ＫＬＨＬ２３、ＬＡＮＣＬ２、ＬＹＰＤ６、ＭＡＰＫＡＰＫ３、ＭＥＦ２Ａ（ＥＧ：４２０５を含む）、ＭＥＦ２Ｃ、ＮＶＬ、ＰＣＹＴ１Ａ、ＰＧＬＹＲＰ４、ＰＬＯＤ１、ＰＰＰ１ＣＢ、ＰＲＫＡＢ２、ＰＲＯＳ１、ＰＴＰＲＥ、ＲＡＳＡ４（ＥＧ：１０１５６を含む）、ＲＢＭＳ２、ＲＢＰＪ、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＴＨＢＳ１、ＴＲＩＢ１、ＴＲＩＭ２、ＴＳＰＡＮ６、およびＺＤＨＨＣ２１からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  143. 前記１つまたは複数のマーカーが、Ｂ４ＧＡＬＴ５、ＢＯＰ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＲＬ２、ＣＤ８３、ＣＬＥＣ４Ｇ、ＣＬＩＣ４、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＯ、ＣＸＣＬ１０、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＰＲ３、ＨＢＡ１、ＨＢＢ、ＬＲＭＰ、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ２、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＭＳＲ１、ＭＹＡＤＭＬ、ＮＩＤ１、ＰＦ４、ＰＩＯＮ、ＲＮＦ２１７、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、およびＳＰＡＲＣからなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  144. 前記１つまたは複数のマーカーが、ＡＣＯＴ９、ＡＭＰＤ２、ＡＲＨＧＡＰ１５、ＢＡＴＦ２、Ｃ３ＡＲ１、Ｃ５ｏｒｆ４１、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＤ６３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＹ１、ＣＬＥＣ４Ｇ、ＣＴＳＺ、ＣＸｏｒｆ２１、ＣＹＴＨ４、ＣＹＴＩＰ、ＤＬＥＵ２、ＤＮＡＪＡ１、ＤＯＣＫ８、ＤＴＸ３Ｌ、ＤＵＳＰ６、ＥＰＳＴＩ１、ＥＲＦ、Ｆ２ＲＬ１、ＦＹＢ、ＧＡＢＲＢ２、ＧＢＰ５、ＧＬＲＸ、ＧＮＢ４、ＩＣＡＭ１、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１Ｒ１、ＩＲＦ１、ＩＴＧＡ５、ＬＡＰ３、ＬＡＰＴＭ５、ＬＣＰ２、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ２、ＭＩＣＡＬ２、ＭＴ１ＤＰ、ＭＴ１ＪＰ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ２Ａ、ＭＹＡＤＭＬ、ＮＥＫ６、ＮＩＮＪ２、ＮＮＭＴ、ＮＴ５Ｃ３Ｌ、ＮＵＢ１、ＰＤＥ４Ｂ、ＰＬＯＤ１、ＰＭＬ、ＰＲＫＣＢ、ＰＳＭＢ９、ＲＣＮ３、ＲＧＳ４、ＲＮＡＳＥ６、ＲＴＰ４、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＥＴＸ、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＫＩＬ、ＳＬＣ７Ａ７、ＳＮＯＲＡ２１、ＳＰ１００、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＳＦＡ２、ＳＴＡＴ２、ＳＴＫ１７Ｂ、ＳＴＫ３、ＴＤＲＤ７、ＴＭＣＣ１、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＰＭ１、ＴＲＩＭ２１、ＴＸＮＤＣ４、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＢＥ２Ｗ、ＵＳＰ１８、ＶＡＶ１、ＷＡＲＳ、ＷＩＰＦ１、およびＷＩＰＩ１からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  145. 前記１つまたは複数のマーカーが、ＡＤＡＲ、ＡＤＭ、ＡＬＡＳ１、ＡＮＫＲＤ２２、ＡＲＨＧＡＰ２７、Ｂ３ＧＮＴ５、ＢＣＬ１０、Ｃ１２ｏｒｆ３５、Ｃ１５ｏｒｆ２９、Ｃ２ｏｒｆ５９、ＣＤ１７７、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＰＥＢ２、ＤＤＸ５８、Ｆ２ＲＬ１、ＧＤＰＤ３、ＧＮＡＩ３、ＨＩＳＴ２Ｈ３Ａ、ＨＩＳＴ２Ｈ３Ｄ、ＨＩＳＴ２Ｈ４Ａ、ＨＭＧＣＲ、ＨＳＰＡ６、ＨＳＰＣ１５９、ＩＬ４Ｒ、ＩＭＰＡ２、ＫＰＮＢ１、ＫＲＥＭＥＮ１、ＫＲＴ２３、ＬＤＬＲ、ＬＯＣ１００１３０９０４、ＬＴＢ４Ｒ、ＭＡＥＡ、ＭＡＲＫ２、ＭＢＯＡＴ２、ＭＰＺＬ３、Ｎ４ＢＰ１、ＮＢＥＡＬ２、ＮＭＩ、ＮＰＥＰＰＳ、ＰＡＲＰ１４、ＰＧＭ２、ＰＰＩＦ、ＰＸＮ、ＲＡＬＢＰ１、ＲＯＤ１、ＲＰＳ６ＫＡ１、Ｓ１００Ｐ、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ９Ａ１、ＳＬＰＩ、ＳＰ１１０、ＳＰＴＮＴ１、ＳＴ１４、ＴＢＣ１Ｄ３、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＲＩＭ２１、ＵＰＰ１、ＶＰＳ２４、ＺＢＴＢ３４、およびＺＮＦ２５６からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  146. 前記１つまたは複数のマーカーが、請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法により同定された前記マーカーのうちの少なくとも１つまたは複数を含む、請求項３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
  147. 請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法により同定されたマーカーのうちの少なくとも１つまたは複数を検出する複数のマーカー検出薬を含むキット。
  148. 請求項８２〜９１のいずれか１項に記載の方法により同定されたマーカーのうちの少なくとも１つまたは複数の活性または発現を調節する薬剤を対象に投与することを含む、対象において疾患または症状を治療または予防する方法。
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