JP2012526540A - 抗生物質耐性細菌を検出するための方法およびキット - Google Patents
抗生物質耐性細菌を検出するための方法およびキット Download PDFInfo
- Publication number
- JP2012526540A JP2012526540A JP2012510325A JP2012510325A JP2012526540A JP 2012526540 A JP2012526540 A JP 2012526540A JP 2012510325 A JP2012510325 A JP 2012510325A JP 2012510325 A JP2012510325 A JP 2012510325A JP 2012526540 A JP2012526540 A JP 2012526540A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- oxa
- seq
- group
- gene
- genes
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 58
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 title claims abstract description 28
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 title description 6
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 192
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims abstract description 109
- 108010068385 carbapenemase Proteins 0.000 claims abstract description 50
- YZBQHRLRFGPBSL-RXMQYKEDSA-N carbapenem Chemical compound C1C=CN2C(=O)C[C@H]21 YZBQHRLRFGPBSL-RXMQYKEDSA-N 0.000 claims abstract description 37
- 101000740458 Enterobacter cloacae Imipenem-hydrolyzing beta-lactamase Proteins 0.000 claims abstract description 22
- 101100337539 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) gim-1 gene Proteins 0.000 claims abstract description 22
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 20
- 101000740455 Klebsiella pneumoniae Metallo-beta-lactamase type 2 Proteins 0.000 claims abstract description 19
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 113
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 61
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 61
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 24
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 21
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 21
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 20
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 13
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 13
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 claims description 7
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 claims description 7
- 230000003044 adaptive effect Effects 0.000 claims description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 2
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 abstract description 3
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 154
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 19
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 10
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 8
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 7
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 7
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 6
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 6
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 6
- 238000002306 biochemical method Methods 0.000 description 6
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 6
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 6
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 6
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 6
- 241000589291 Acinetobacter Species 0.000 description 5
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 5
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 5
- 241000894007 species Species 0.000 description 5
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 5
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 5
- -1 EVA Green Chemical compound 0.000 description 4
- 241000589516 Pseudomonas Species 0.000 description 4
- 238000010170 biological method Methods 0.000 description 4
- 229960002260 meropenem Drugs 0.000 description 4
- DMJNNHOOLUXYBV-PQTSNVLCSA-N meropenem Chemical compound C=1([C@H](C)[C@@H]2[C@H](C(N2C=1C(O)=O)=O)[C@H](O)C)S[C@@H]1CN[C@H](C(=O)N(C)C)C1 DMJNNHOOLUXYBV-PQTSNVLCSA-N 0.000 description 4
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 4
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 3
- 241000588921 Enterobacteriaceae Species 0.000 description 3
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 3
- JUZNIMUFDBIJCM-ANEDZVCMSA-N Invanz Chemical compound O=C([C@H]1NC[C@H](C1)SC=1[C@H](C)[C@@H]2[C@H](C(N2C=1C(O)=O)=O)[C@H](O)C)NC1=CC=CC(C(O)=O)=C1 JUZNIMUFDBIJCM-ANEDZVCMSA-N 0.000 description 3
- 241000589517 Pseudomonas aeruginosa Species 0.000 description 3
- WKDDRNSBRWANNC-UHFFFAOYSA-N Thienamycin Natural products C1C(SCCN)=C(C(O)=O)N2C(=O)C(C(O)C)C21 WKDDRNSBRWANNC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 3
- 239000003782 beta lactam antibiotic agent Substances 0.000 description 3
- 102000006635 beta-lactamase Human genes 0.000 description 3
- 229940041011 carbapenems Drugs 0.000 description 3
- 229960002770 ertapenem Drugs 0.000 description 3
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 3
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 3
- ZSKVGTPCRGIANV-ZXFLCMHBSA-N imipenem Chemical compound C1C(SCC\N=C\N)=C(C(O)=O)N2C(=O)[C@H]([C@H](O)C)[C@H]21 ZSKVGTPCRGIANV-ZXFLCMHBSA-N 0.000 description 3
- 229960002182 imipenem Drugs 0.000 description 3
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 3
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 3
- 238000011880 melting curve analysis Methods 0.000 description 3
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 3
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 3
- 239000002132 β-lactam antibiotic Substances 0.000 description 3
- 229940124586 β-lactam antibiotics Drugs 0.000 description 3
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- 241000588626 Acinetobacter baumannii Species 0.000 description 2
- 108020004256 Beta-lactamase Proteins 0.000 description 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 2
- 108090000204 Dipeptidase 1 Proteins 0.000 description 2
- 241000588697 Enterobacter cloacae Species 0.000 description 2
- 241000305071 Enterobacterales Species 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 241000588747 Klebsiella pneumoniae Species 0.000 description 2
- 229930182555 Penicillin Natural products 0.000 description 2
- 108010087702 Penicillinase Proteins 0.000 description 2
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 2
- 238000009635 antibiotic susceptibility testing Methods 0.000 description 2
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 230000008303 genetic mechanism Effects 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 2
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 description 2
- 108060004734 metallo-beta-lactamase Proteins 0.000 description 2
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 2
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 2
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 2
- 108010071437 oxacillinase Proteins 0.000 description 2
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 2
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 2
- 230000008261 resistance mechanism Effects 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 2
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 2
- 150000003952 β-lactams Chemical class 0.000 description 2
- 108010056874 AmpC beta-lactamases Proteins 0.000 description 1
- WZPBZJONDBGPKJ-UHFFFAOYSA-N Antibiotic SQ 26917 Natural products O=C1N(S(O)(=O)=O)C(C)C1NC(=O)C(=NOC(C)(C)C(O)=O)C1=CSC(N)=N1 WZPBZJONDBGPKJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930186147 Cephalosporin Natural products 0.000 description 1
- RURLVUZRUFHCJO-UHFFFAOYSA-N Chromomycin A3 Natural products COC(C1Cc2cc3cc(OC4CC(OC(=O)C)C(OC5CC(O)C(OC)C(C)O5)C(C)O4)c(C)c(O)c3c(O)c2C(=O)C1OC6CC(OC7CC(C)(O)C(OC(=O)C)C(C)O7)C(O)C(C)O6)C(=O)C(O)C(C)O RURLVUZRUFHCJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010011409 Cross infection Diseases 0.000 description 1
- 241000587112 Enterobacteriaceae sp. Species 0.000 description 1
- 241000588754 Klebsiella sp. Species 0.000 description 1
- 206010034133 Pathogen resistance Diseases 0.000 description 1
- JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N Penicillin G Chemical compound N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)CC1=CC=CC=C1 JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N 0.000 description 1
- ZYFVNVRFVHJEIU-UHFFFAOYSA-N PicoGreen Chemical compound CN(C)CCCN(CCCN(C)C)C1=CC(=CC2=[N+](C3=CC=CC=C3S2)C)C2=CC=CC=C2N1C1=CC=CC=C1 ZYFVNVRFVHJEIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010013381 Porins Proteins 0.000 description 1
- 241000589776 Pseudomonas putida Species 0.000 description 1
- ULHRKLSNHXXJLO-UHFFFAOYSA-L Yo-Pro-1 Chemical compound [I-].[I-].C1=CC=C2C(C=C3N(C4=CC=CC=C4O3)C)=CC=[N+](CCC[N+](C)(C)C)C2=C1 ULHRKLSNHXXJLO-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- DPKHZNPWBDQZCN-UHFFFAOYSA-N acridine orange free base Chemical compound C1=CC(N(C)C)=CC2=NC3=CC(N(C)C)=CC=C3C=C21 DPKHZNPWBDQZCN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WZPBZJONDBGPKJ-VEHQQRBSSA-N aztreonam Chemical compound O=C1N(S([O-])(=O)=O)[C@@H](C)[C@@H]1NC(=O)C(=N/OC(C)(C)C(O)=O)\C1=CSC([NH3+])=N1 WZPBZJONDBGPKJ-VEHQQRBSSA-N 0.000 description 1
- 229960003644 aztreonam Drugs 0.000 description 1
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N benzoquinolinylidene Natural products C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- XIURVHNZVLADCM-IUODEOHRSA-N cefalotin Chemical compound N([C@H]1[C@@H]2N(C1=O)C(=C(CS2)COC(=O)C)C(O)=O)C(=O)CC1=CC=CS1 XIURVHNZVLADCM-IUODEOHRSA-N 0.000 description 1
- 229960000603 cefalotin Drugs 0.000 description 1
- GPRBEKHLDVQUJE-VINNURBNSA-N cefotaxime Chemical compound N([C@@H]1C(N2C(=C(COC(C)=O)CS[C@@H]21)C(O)=O)=O)C(=O)/C(=N/OC)C1=CSC(N)=N1 GPRBEKHLDVQUJE-VINNURBNSA-N 0.000 description 1
- 229960004261 cefotaxime Drugs 0.000 description 1
- JFPVXVDWJQMJEE-IZRZKJBUSA-N cefuroxime Chemical compound N([C@@H]1C(N2C(=C(COC(N)=O)CS[C@@H]21)C(O)=O)=O)C(=O)\C(=N/OC)C1=CC=CO1 JFPVXVDWJQMJEE-IZRZKJBUSA-N 0.000 description 1
- 229960001668 cefuroxime Drugs 0.000 description 1
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 1
- 229940124587 cephalosporin Drugs 0.000 description 1
- 150000001780 cephalosporins Chemical class 0.000 description 1
- ZYVSOIYQKUDENJ-WKSBCEQHSA-N chromomycin A3 Chemical compound O([C@@H]1C[C@@H](O[C@H](C)[C@@H]1OC(C)=O)OC=1C=C2C=C3C[C@H]([C@@H](C(=O)C3=C(O)C2=C(O)C=1C)O[C@@H]1O[C@H](C)[C@@H](O)[C@H](O[C@@H]2O[C@H](C)[C@@H](O)[C@H](O[C@@H]3O[C@@H](C)[C@H](OC(C)=O)[C@@](C)(O)C3)C2)C1)[C@H](OC)C(=O)[C@@H](O)[C@@H](C)O)[C@@H]1C[C@@H](O)[C@@H](OC)[C@@H](C)O1 ZYVSOIYQKUDENJ-WKSBCEQHSA-N 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 1
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 1
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 1
- 238000013537 high throughput screening Methods 0.000 description 1
- 238000012188 high-throughput screening assay Methods 0.000 description 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 230000001678 irradiating effect Effects 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 238000004020 luminiscence type Methods 0.000 description 1
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 102000020235 metallo-beta-lactamase Human genes 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 230000009456 molecular mechanism Effects 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- 238000012261 overproduction Methods 0.000 description 1
- 229940049954 penicillin Drugs 0.000 description 1
- 229950009506 penicillinase Drugs 0.000 description 1
- 150000002960 penicillins Chemical class 0.000 description 1
- 230000035699 permeability Effects 0.000 description 1
- 238000007747 plating Methods 0.000 description 1
- 102000007739 porin activity proteins Human genes 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 238000011897 real-time detection Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 238000007423 screening assay Methods 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000003239 susceptibility assay Methods 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- ACOJCCLIDPZYJC-UHFFFAOYSA-M thiazole orange Chemical compound CC1=CC=C(S([O-])(=O)=O)C=C1.C1=CC=C2C(C=C3N(C4=CC=CC=C4S3)C)=CC=[N+](C)C2=C1 ACOJCCLIDPZYJC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- IEDVJHCEMCRBQM-UHFFFAOYSA-N trimethoprim Chemical compound COC1=C(OC)C(OC)=CC(CC=2C(=NC(N)=NC=2)N)=C1 IEDVJHCEMCRBQM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960001082 trimethoprim Drugs 0.000 description 1
- 241001148471 unidentified anaerobic bacterium Species 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
本発明は、細菌(すなわち、カルバペネム耐性細菌)においてカルバペネム耐性を引き起こすカルバペネマーゼ遺伝子を検出するための方法およびキットに関する。本発明はまた、その検出において使用することができるオリゴヌクレオチドプライマーに関する。
ペニシリンおよびケファロスポリン(kefalosporins)などのβ−ラクタム系抗生物質に対する耐性の増大は、グラム陰性桿菌によって引き起こされる感染の治療上の問題となっている。従って、β−ラクタム系抗生物質を広いスペクトルを有する抗生物質に置き換えていかなければならない。
これは核酸の単離を含み得る。これは一般に煮沸または抽出ロボットにより半自動的に行われる。サンプルはそのまま使用してもよいし、またはそのサンプルから調製された細菌の純粋培養物を使用してもよい。
a)ポリメラーゼおよびPCRバッファーを含んでなるマスターミックス、
b)ヌクレオシド3リン酸モノマー、
c)これらの反応のためのオリゴヌクレオチドプライマー、
d)サンプル由来の核酸鋳型、
e)増幅とその産物の解離曲線の分析。
これは好ましくはリアルタイムPCR装置によって行われる。
a)陽性対照および陰性対照の提供、
b)解離温度は多くの場合この機構の指標となり、その結果は、必要であれば、別の反応においてその産物の配列決定により確認することができ、
c)この試験は臨床種において開示されている本質的に総てのカルバペネマーゼ遺伝子を含んでいるので、陰性結果は高い確率のカルバペネマーゼを持って排除する。
大部分のサンプルは陰性であるので、このスクリーニング法はその性質において極めて効果的でハイスループットなものである。
VIM 1−22、IMP 1−24、OXA−48、KPC 1−7、GES 1−10、SPM、NMC−A、IMI 1−3、SME 1−3、GIM−1、およびSIM−1
を含んでなる群から選択される遺伝子または遺伝子ファミリーまたは遺伝子サブバリアントの検出のために設計される。
OXA−24−25、26、−40、−72、OXA−23、−27、OXA−50、OXA−51、64−66、68−71、75−78、83、84、86−89、−92、−94、−95、OXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62、SFC−1、およびCMY−1、−10
を含んでなる群から選択される遺伝子または遺伝子ファミリーまたはそれらのサブバリアントの検出のために設計される。
OXA−48、SME、GIM−1、VIM 1−22、SPM、GES 1−10、KPC 1−7、IMI 1−3/NMC−A、IMP 1−24
を含んでなる群から選択される遺伝子または遺伝子ファミリーまたはそれらのサブバリアントの検出のために設計される。
ISabalプロモーターを有するOXA−23群、OXA−24群、OXA−51群、ならびにOXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62、CMY 1、−10、−11、SFC−1、NDM−1およびSIM−1
を含んでなる群から選択される遺伝子または遺伝子ファミリーまたはそれらのサブバリアントの検出のために設計される。
マルチプレックス反応における反応条件は同じである。
1.生体サンプルにおいてカルバペネマーゼ遺伝子を検出する方法であって、下記工程を含んでなる方法:
生体サンプル由来の核酸鋳型と、プライマー(該プライマーは15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号1〜49を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなる)との存在下で増幅反応を行う工程、
それらの産物の解離曲線を分析する工程、および
その生体サンプルがカルバペネム耐性を引き起こすカルバペネマーゼ遺伝子を含んでなることを示す、耐性を引き起こすカルバペネマーゼ遺伝子の証拠であるポリヌクレオチドの存在を判定する工程。
配列番号3を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号4を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号5を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号6を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号7を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号8を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号9を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号10を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号11を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号12を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号13を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号14を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号15を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号16を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号17を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号18を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号19を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号20を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号21を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号22を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号23を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号24を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号25を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号26を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号27を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号28を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号29を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号30を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号31を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号32を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号33を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号34を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号35を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号36を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号37を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号38を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号39を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号40を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号41を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号42を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号43を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号44を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号45を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号46を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号47を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号48を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー
を含んでなる群から選択されるプライマー対を含んでなる、パラグラフ1〜3のいずれか一つに記載の方法。
KPC 1−7、OXA−48、VIM 1−22、GES 1−10およびIMP1−24
を含んでなる群から選択される1以上の遺伝子または遺伝子ファミリーを一反応内で検出することができる、パラグラフ1〜6のいずれか一つに記載の方法。
KPC 1−7、OXA−48、VIM 1−22、GES 1−10、IMP 1−24、SME 1−3、GIM−1、SPM、IMI 1−3/NMC−A
を含んでなる群から選択される1以上の遺伝子または遺伝子ファミリーを一反応内で検出することができる、パラグラフ1〜7のいずれか一つに記載の方法。
VIM 1−22、IMP 1−24、OXA−48、KPC 1−7、GES 1−10、SPM、NMC−A、IMI 1−2、SME 1−3、GIM−1およびSIM−1
を含んでなる群から選択される1以上の遺伝子または遺伝子ファミリーを一反応内で検出することができる、パラグラフ1〜7のいずれか一つに記載の方法。
OXA−24、−25、26、−40、−72、OXA−23、−27、OXA−50、OXA−51、64−71、75−78、83−89、−92、−94、−95、OXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62、SFC−1およびCMY−1、−10、−11
を含んでなる群から選択される1以上の遺伝子または遺伝子ファミリーを一反応内で検出することができる、パラグラフ1〜11のいずれか一つに記載の方法。
ISabalプロモーターを有するOXA−23群、OXA−24群、OXA−51群、ならびにOXA−58およびNDM−1
を含んでなる群から選択される1以上の遺伝子または遺伝子ファミリーを検出することができる、パラグラフ1〜11のいずれか一つに記載の方法。
ISabalプロモーターを有するOXA−23群、OXA−24群、OXA−51群、ならびにOXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62、CMY−1、−10、SFC−1、NDM−1およびSIM−1
を含んでなる群から選択される1以上の遺伝子または遺伝子ファミリーを検出することができる、パラグラフ1〜11のいずれか一つに記載の方法。
配列番号3を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号4を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号5を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号6を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号7を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号8を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号9を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号10を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号11を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号12を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号13を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号14を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号15を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号16を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号17を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号18を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号19を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号20を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号21を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号22を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号23を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号24を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号25を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号26を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号27を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号28を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号29を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号30を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号31を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号32を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号33を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号34を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号35を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号36を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号37を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号38を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号39を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号40を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号41を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号42を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号43を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号44の第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号45を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号46を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー、
配列番号47を含んでなる第一のオリゴヌクレオチドプライマーと、配列番号48を含んでなる第二のオリゴヌクレオチドプライマー
を含んでなる群から選択されるプライマー対を含んでなる、パラグラフ12に記載のキット。
を含んでなる群から選択される1以上の遺伝子または遺伝子ファミリーまたは遺伝子サブバリアントを一反応内で同定するためのプライマー対を含んでなる、パラグラフ12または13に記載のキット。
を含んでなる群から選択される1以上の遺伝子または遺伝子ファミリーまたは遺伝子サブバリアントを一反応内で同定するためのプライマー対を含んでなる、パラグラフ12〜14のいずれか一つに記載のキット。
を含んでなる群から選択される1以上の遺伝子または遺伝子ファミリーまたは遺伝子サブバリアントを一反応内で同定するためのプライマー対を含んでなる、パラグラフ12〜14のいずれか一つに記載のキット。
OXA−24、−25、26、−40、−72、OXA−23、−27、OXA−50、OXA−51 、64−71、75−78、83−89、−92、−94、−95、OXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62、SFC−1およびCMY−1、−10、−11
を含んでなる群から選択される1以上の遺伝子または遺伝子ファミリーまたは遺伝子サブバリアントを一反応内で検出することができる、パラグラフ12〜18のいずれか一つに記載のキット。
ISabalプロモーターを有するOXA−23群、OXA−24群、OXA−51群、ならびにOXA−58、およびNDM−1
を含んでなる群から選択される1以上の遺伝子または遺伝子ファミリーまたは遺伝子サブバリアントを一反応内で検出することができる、パラグラフ12〜18のいずれか一つに記載のキット。
ISabalプロモーターを有するOXA−23群、OXA−24群、OXA−51群、ならびにOXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62、CMY−1、−10、SFC−1、NDM−1およびSIM−1
を含んでなる群から選択される1以上の遺伝子または遺伝子ファミリーまたは遺伝子サブバリアントを検出することができる、パラグラフ12〜20のいずれか一つに記載のキット。
KPC 1−7、OXA−48、SME 1−3、GIM−1、VIM 1−22、SPM、GES 1−10、IMP 1−24、NMC−A/IMI 1−2およびSIM−1、または
KPC 1−7、OXA−48、SME、GIM−1、VIM 1−22、SPM、GES 1−10、IMP 1−24、およびIMI 1−3/NMC−A
を含んでなる群から選択される1以上のまたは総ての遺伝子または遺伝子ファミリーおよび/または遺伝子サブバリアントが検出され、かつ、第二のマルチプレックス反応において、
OXA−24、−25、26、−40、−72、OXA−23、−27、OXA−50、OXA−51、64−71、75−78、83−89、−92、−94、−95、OXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62
を含んでなる群から選択される、または
ISabalプロモーターを有するOXA−23群、OXA−24群、OXA−51群、ならびにOXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62、NDM−1、およびSIM−1
を含んでなる群から選択される1以上のまたは総ての遺伝子または遺伝子ファミリーおよび/またはサブバリアントが検出される、カルバペネマーゼ遺伝子を同定するための構成。
生体サンプル由来の核酸鋳型とプライマー(該プライマーは15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号15と16、1、49、2、9、10、13、14、19、20、21、22を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列、または該配列の改変配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなる)の存在下で増幅反応を行う工程:
これらの産物の解離曲線を分析する工程、および
その生体サンプルが細菌においてカルバペネマーゼ耐性を引き起こすカルバペネマーゼ遺伝子を含んでなることを示す、カルバペネム耐性を担うKPC、OXA−48、VIM、GES、および/またはIMP遺伝子またはそれらのサブバリアントの存在を判定する工程
を含んでなる、方法。
1. Queenan AM, Bush K. Carbapenemases: the Versatile β-Lactamases, Clinical Microbiology Reviews, 2007 20(3), 440-458.
2. Poirel L, Pitout JD, Nordman P. Carbapenemases: molecular diversity and consequences, Future Microbiol. 2007 2(5), 501-512.
3. Giske CG, Redefining extended-spectrum {beta}-lactamases: balancing science and clinical need. J Antimicrob Chemother. 2009 63(1), 1-4. Epub 2008 Oct 28.
リアルタイムPCRアッセイの設計は、二つのマルチプレックス反応に分割された。第一のマルチプレックスは、VIM 1−22、IMP 1−24、OXA−48、KPC 1−7、GES 1−10、SPM、NMC−A、IMI 1−2、SME 1−3、GIM−1およびSIM−1遺伝子を検出するように設計された。他方のマルチプレックスは、OXA−24、−25、26、−40、−72、OXA−23、−27、OXA−50、OXA−51、64−71、75−78、83−89、−92、−94、−95、OXA−55、OXA−58、OXA−60、およびOXA−62を含む、カルバペネマーゼ特性を有するOXA遺伝子のみに対して設計された。一反応内で多数の遺伝子の検出を可能とするようにSYBR Green化学を選択した。融解曲線分析を用いて陽性サンプルの推定分子機構を予備同定し、参照プライマーを用いて配列決定した。このアッセイをも用いて、推定ESBL株を体系的にスクリーニングした。さらに、このスクリーニングアッセイは、NLSI標準に従ってメロペネム、イミペネムまたはエルタペネムに対する感受性が低下した(メロペネムディスク径<23mm)、またはMIC(I/R)が低下した推定腸内細菌種をスクリーニングするための診断ルーチンの一部である。
250を超える推定ESBL株を体系的にスクリーニングしてカルバペネマーゼ産生株の分布を評価した。対照的に、IMI−2遺伝子を保有する高カルバペネム耐性エンテロバクター・クロアカエ(Enterobacter cloacae)株は、集中治療室の患者から単離された。このIMI−2陽性株は、メロペネム(MIC>32)、イミペネム(MIC>32)およびエルタペネム(MIC>256)に対して多高い耐性を有していたが、興味深いことに、第三世代のセファロスポリンまたはトリメトプリム/スルファに対しては耐性でなった。さらに、このアッセイを用い、OXA−23群および/またはOXA−51群、またはVIM−2カルバペネマーゼを保有する30を超える臨床アシネトバクター単離株の同定にも成功した。
実施例1に記載の方法を繰り返し、第一のマルチプレックス反応において、OXA−48、SME、GIM−1、VIM、SPM、GES、KPC、IMI 1−3/NMC−A、IMP−10、IMP−11を、そして第二のマルチプレックス反応において、ISabalプロモーターを有するOXA−23群、OXA−24群、OXA−51群、ならびにOXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62、CMY−1、−10、SFC−1、NDM−1およびSIM−1を検出した。
Claims (15)
- 生体サンプルにおいてカルバペネマーゼ遺伝子を検出する方法であって、下記工程を含んでなる方法:
生体サンプル由来の核酸鋳型と、プライマー(該プライマーは15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号15と16、および/または1もしくは49と2、および/または9と10、および/または13と14、および/または19と20と21と22を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するか、またはそれらを含んでなる)との存在下で増幅反応を行う工程、
これらの産物の解離曲線を分析する工程、および
その生体サンプルが細菌においてカルバペネマーゼ耐性を引き起こすカルバペネマーゼ遺伝子を含んでなることを示す、カルバペネム耐性を担うKPC、OXA−48、VIM、GES、および/またはIMP遺伝子またはそれらのサブバリアントの1以上の存在を判定する工程。 - 15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号3、4、5、6、7、8、11、12、17および18を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなる、SME、GIM−1、SIM−1、SPM、および/またはIMI/NMC−A/遺伝子またはそれらのサブバリアントの存在を判定するためのプライマーをさらに含んでなる、請求項1に記載の方法。
- 15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号3、4、5、6、11、12、17、および18を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなる、SME、GIM−1、SPM、および/またはIMI/NMC−Aの存在を判定するためのプライマーをさらに含んでなる、請求項1に記載の方法。
- 15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、および42を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなる、OXA−24、25、26、−40、−72、OXA−23、−27、OXA−50、OXA−51、64−71、75−78、83、84、86−89、−92、−94、−95、OXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62、SFC−1、および/またはCMY−1、−10、−11遺伝子またはそれらのサブバリアントの1以上の存在を判定するためのプライマーをさらに含んでなる、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
- 15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号25、26、43、44、45、46、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、47、および48を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなる、ISabalプロモーターを有するOXA−23群、OXA−24群、OXA−51群、ならびにOXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62、CMY−1、−10、−11、SFC−1、NDM−1、および/またはSIM−1遺伝子またはそれらのサブバリアントの1以上の存在を判定するためのプライマーをさらに含んでなる、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
- 反応が、共通の適合増幅条件を有する二つの独立したマルチプレックス反応で行われる、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 細菌においてカルバペネム耐性を引き起こすカルバペネマーゼ遺伝子を同定するための1セットのプライマー対を含んでなるキットであって、該プライマーが15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号15と16、1もしくは49と2、9と10、13と14、および/または19と20と21と22を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するか、またはそれらを含んでなる、KPC、OXA−48、VIM、GES、および/またはIMP遺伝子またはそれらのサブバリアントの1以上の存在を判定するためのものである、キット。
- 15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号3、4、5、6、7、8、11、12、17、および18を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなる、SME、GIM−1、SIM−1、SPM、IMI/NMC−A遺伝子またはそれらのサブバリアントの1以上の存在を判定するためのプライマーをさらに含んでなる、請求項7に記載のキット。
- 15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、3、4、5、6、11、12、17、および18を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなる、SME、GIM−1、SPM、および/またはIMI/NMC−A遺伝子またはそれらのサブバリアントの1以上の存在を判定するためのプライマーをさらに含んでなる、請求項7に記載のキット。
- 15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33および34、35、36、37、38、39、40、41、および42を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなる、OXA−24、25、26、−40、−72、OXA−23、−27、OXA−50、OXA−51、64−71、75−78、83、84、86−89、−92、−94、−95、OXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62、SFC−1および/またはCMY−1、−10、−11遺伝子またはそれらのサブバリアントの1以上の存在を判定するためのプライマーをさらに含んでなる、請求項7〜9のいずれか一項に記載のキット。
- 15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、25、26、43、44、45、46、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、47、および48を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなる、ISabalプロモーターを有するOXA−23群、OXA−24群、ならびにOXA−51群、OXA−55、OXA−58、OXA−60、OXA−62、CMY−1、−10、−11、SFC−1、NDM−1、および/またはSIM−1遺伝子またはそれらのサブバリアントの1以上の存在を判定するためのプライマーをさらに含んでなる、請求項7〜9のいずれか一項に記載のキット。
- カルバペネム耐性遺伝子を同定するためのオリゴヌクレオチドプライマー対であって、該オリゴヌクレオチドが15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号15と16、および/または1もしくは49と2、および/または9と10、および/または13と14、および/または19と20と21と22を含んでなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなる、オリゴヌクレオチドプライマー対。
- 第一および第二のマルチプレックス反応を含んでなり、第一のマルチプレックス反応において、KPC、OXA−48、VIM、GES、および/またはIMPを含んでなる群から選択される1以上のまたは総ての遺伝子、遺伝子ファミリー、および/または遺伝子サブバリアントが一反応内で検出され、該検出が、15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号15と16、および/または1もしくは49と2、および/または9と10、および/または13と14、および/または19と20と21と22を含んでなる群から選択されるプライマー対、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなるプライマーを使用することによって行われる、細菌においてカルバペネム耐性を引き起こすカルバペネマーゼ遺伝子を同定するための構成。
- マルチプレックス反応において、一反応内でSME、GIM−1、SPM、および/またはIMI/NMC−Aを含んでなる群から選択される遺伝子、遺伝子ファミリー、および/またはサブバリアントの1以上または全てがさらに検出され、該検出が、15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号3と4、および/または5と6、および/または11と12、および/または17と18を含んでなる群から選択されるプライマー対を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなるプライマーを用いることによって行われる、請求項13に記載の構成。
- 第二のマルチプレックス反応において、ISabalプロモーターを有するOXA−23群、OXA−24群、OXA−51群、ならびにNDM−1、OXA−58、CMY、SFC−1、および/またはSIM−1を含んでなる群から選択される1以上のまたは総ての遺伝子、遺伝子ファミリーおよび/またはサブバリアントが一反応内で検出され、該検出が、15〜50ヌクレオチド長であり、かつ、配列番号24と25、および/または43と44、および/または45と46、および/または47と48、および/または33と34、および/または39と40、および/または41と42、および/または7と8を含んでなる群から選択されるプライマー対、またはその改変配列を少なくとも部分的に有するかまたはそれらを含んでなるプライマーを使用することによって行われる、請求項13または14に記載の構成。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
FI20095544A FI20095544A0 (fi) | 2009-05-15 | 2009-05-15 | Menetelmä ja kitti antibioottiresistenttien bakteerien tunnistusta varten |
FI20095544 | 2009-05-15 | ||
PCT/FI2010/050395 WO2010130882A1 (en) | 2009-05-15 | 2010-05-17 | A method and kit for detecting antibiotic resistant bacteria |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016000276A Division JP6258360B2 (ja) | 2009-05-15 | 2016-01-04 | 抗生物質耐性細菌を検出するための方法およびキット |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2012526540A true JP2012526540A (ja) | 2012-11-01 |
JP6054178B2 JP6054178B2 (ja) | 2016-12-27 |
Family
ID=40680725
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2012510325A Active JP6054178B2 (ja) | 2009-05-15 | 2010-05-17 | 抗生物質耐性細菌を検出するための方法およびキット |
JP2016000276A Active JP6258360B2 (ja) | 2009-05-15 | 2016-01-04 | 抗生物質耐性細菌を検出するための方法およびキット |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016000276A Active JP6258360B2 (ja) | 2009-05-15 | 2016-01-04 | 抗生物質耐性細菌を検出するための方法およびキット |
Country Status (13)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US9593381B2 (ja) |
EP (1) | EP2430188B1 (ja) |
JP (2) | JP6054178B2 (ja) |
CN (1) | CN102482712B (ja) |
AU (1) | AU2010247321B2 (ja) |
CA (1) | CA2761915C (ja) |
DK (1) | DK2430188T5 (ja) |
ES (1) | ES2711534T3 (ja) |
FI (1) | FI20095544A0 (ja) |
PL (1) | PL2430188T3 (ja) |
PT (1) | PT2430188T (ja) |
TR (1) | TR201901862T4 (ja) |
WO (1) | WO2010130882A1 (ja) |
Families Citing this family (33)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20130273535A1 (en) * | 2010-08-17 | 2013-10-17 | Smiths Detection-Watford Ltd. | Ndm-1 polymerase chain reaction (pcr) assay |
CN102002528B (zh) * | 2010-11-22 | 2012-09-26 | 浙江省疾病预防控制中心 | 一种抗生素耐药ndm-1基因的荧光检测试剂盒及检测方法 |
CN102533961B (zh) * | 2010-12-30 | 2016-03-02 | 上海星耀医学科技发展有限公司 | 用于检测新德里金属β内酰胺酶-1基因的靶序列与试剂盒 |
CN102719519B (zh) * | 2011-03-30 | 2014-07-02 | 北京鑫诺美迪基因检测技术有限公司 | 用于检测Ⅰ型新德里金属β-内酰胺酶基因的组合物和试剂盒 |
CN102181543B (zh) * | 2011-04-08 | 2013-06-05 | 北京爱普益生物科技有限公司 | 用于检测blaNDM-1基因的引物、探针、试剂盒及其检测方法 |
CN102242197B (zh) * | 2011-05-19 | 2013-05-22 | 中国人民解放军疾病预防控制所 | 用于检测ndm-1基因的lamp试剂盒及其专用引物 |
WO2013011072A1 (en) * | 2011-07-20 | 2013-01-24 | INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) | Carbapenemase and antibacterial treatment |
KR101323575B1 (ko) | 2011-08-12 | 2013-10-30 | 연세대학교 산학협력단 | Ndm-1 유전자 및 x 유전자를 이용하여 항균 감수성 증강제를 스크리닝하는 방법 |
KR101323580B1 (ko) * | 2011-08-16 | 2013-10-30 | 연세대학교 산학협력단 | phnF 단백질 등을 이용하여 항균 감수성 증강제를 스크리닝하는 방법 |
CN102952875B (zh) * | 2011-08-31 | 2014-08-27 | 宁波市第二医院 | 细菌耐药基因检测方法、基因芯片和试剂盒 |
RU2012124221A (ru) * | 2012-06-13 | 2013-12-20 | Валерий Денисович Белокрылов | Способ и автоматизированное устройство для диагностики заболеваний пищевода, желудка и двенадцатиперстной кишки, инфицированных генами бактерий ndm-1 и их мутациями |
FR2993900B1 (fr) * | 2012-07-27 | 2016-03-25 | Biomerieux Sa | Procede de detection de bacteries productrices de carbapenemases de type oxa-48 |
CN102965377B (zh) * | 2012-08-30 | 2014-04-16 | 广东医学院 | 一种新德里金属β内酰胺酶1核酸适体及其筛选方法和应用 |
CN102899414A (zh) * | 2012-10-10 | 2013-01-30 | 南方医科大学 | 超级细菌ndm和kpc基因双重荧光定量pcr检测方法及其试剂盒 |
WO2014102761A2 (es) * | 2012-12-31 | 2014-07-03 | Conselleria De Sanitat | Cebadores para detección y tipificación de cepas bacterianas productoras de carbapenemasas, kit y método de detección |
CN103088144A (zh) * | 2013-01-30 | 2013-05-08 | 中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所 | 一种肺炎克雷伯菌kpc型碳青霉烯酶基因核酸检测试剂盒 |
CN103088146B (zh) * | 2013-02-06 | 2014-07-16 | 台州市立医院 | 一种检测含有kpc-15基因肺炎克雷伯菌的pcr试剂盒 |
US20150259729A1 (en) * | 2014-03-13 | 2015-09-17 | Opgen, Inc. | Methods of detecting multi-drug resistant organisms |
GB201419330D0 (en) * | 2014-10-30 | 2014-12-17 | Sec Dep For Health The | Detection method |
GB201503387D0 (en) * | 2015-02-27 | 2015-04-15 | ALERE TECHNOLOGIES GmbH | Anti-carbapenem antibodies and uses thereof |
EP3230467A1 (en) | 2014-12-12 | 2017-10-18 | ELITechGroup B.V. | Methods and compositions for detecting antibiotic resistant bacteria |
US9988670B2 (en) | 2014-12-12 | 2018-06-05 | Elitechgroup B.V. | Methods and compositions for detecting antibiotic resistant bacteria |
CN104774941A (zh) * | 2015-04-08 | 2015-07-15 | 中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所 | 碳青霉烯类抗生素耐药基因检测dna芯片的制备和用途 |
CN104774949B (zh) * | 2015-04-20 | 2017-08-11 | 海宁市疾病预防控制中心 | 一种肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶基因型检测方法 |
CN104975087B (zh) * | 2015-06-23 | 2019-02-01 | 中山大学 | 一种快速检测细菌超广谱β-内酰胺酶耐药基因SME的诊断方法 |
DE202015103615U1 (de) | 2015-07-09 | 2015-10-20 | Valeriy D. Belokrylov | Automatisiertes Gerät für eine Diagnose und die primäre Therapie in Echtzeit der Erkrankungen des Mastdarms infiziert Bakterien, die das GEN NDM-1 umfassen |
EP3472350B1 (en) | 2016-06-15 | 2022-08-17 | Streck, Inc. | Assays and methods for determining microbial resistance |
JP6298112B2 (ja) * | 2016-07-26 | 2018-03-20 | サミー株式会社 | 遊技機 |
WO2018232028A1 (en) * | 2017-06-14 | 2018-12-20 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Detection of blaimp antibacterial resistance genes |
CN109628620B (zh) * | 2019-01-22 | 2023-05-05 | 南方医科大学南方医院 | 全序列荧光pcr检测oxa-23家族和oxa-51家族基因型的引物、方法及试剂盒 |
WO2020243644A1 (en) * | 2019-05-31 | 2020-12-03 | Streck, Inc. | Detection of antibiotic resistance genes |
CN111996271A (zh) * | 2020-09-18 | 2020-11-27 | 山东省兽药质量检验所(山东省畜产品质量检测中心) | 超级细菌耐药基因ndm-1的rpa检测引物组、试剂盒和方法 |
CN114755420B (zh) * | 2022-05-30 | 2023-02-03 | 广东聚诚生物技术有限公司 | 碳青霉烯酶联合检测试剂盒 |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004531251A (ja) * | 2001-03-15 | 2004-10-14 | シュレンツェル,ジャック | メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(mrsa)の直接検出の方法 |
JP2005511055A (ja) * | 2001-11-30 | 2005-04-28 | ユニバーシティー オブ ロチェスター | マルチプレックスリアルタイム定量的pcr |
JP2006115811A (ja) * | 2004-10-25 | 2006-05-11 | Institute Of Physical & Chemical Research | 2型糖尿病に関連するヒトwnt5b遺伝子多型の検出方法及びキット |
WO2007140004A2 (en) * | 2006-05-25 | 2007-12-06 | Creighton University | Primers for use in detecting metallo-beta-lactamases |
Family Cites Families (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7045291B2 (en) * | 2002-05-17 | 2006-05-16 | Creighton University | Multiplex PCR for the detection of AmpC beta-lactamase genes |
US7449293B2 (en) * | 2003-09-26 | 2008-11-11 | Children's Hospital & Research Center At Oakland | Methods and compositions for detecting Bacillus species |
JP2009505651A (ja) * | 2005-08-26 | 2009-02-12 | コーニンクレッカ フィリップス エレクトロニクス エヌ ヴィ | 微生物および抗生物質耐性マーカーの検出の方法およびそのための核酸オリゴヌクレオチド |
JP2007195421A (ja) | 2006-01-24 | 2007-08-09 | Eiken Chem Co Ltd | メタロ−β−ラクタマーゼ遺伝子検出用のプライマー、メタロ−β−ラクタマーゼ遺伝子の検出方法及びβ−ラクタム薬耐性菌の検出方法 |
WO2008023461A1 (fr) * | 2006-08-21 | 2008-02-28 | Mitsuo Ebisawa | fer à braser, procédé de fabrication d'UN appareil électronique en utilisant celui-ci, et équipement de fabrication |
KR100868765B1 (ko) * | 2006-09-29 | 2008-11-17 | 삼성전자주식회사 | 항생제 내성 박테리아의 표적 서열을 증폭시킬 수 있는프라이머 세트, 박테리아의 표적 서열에 특이적으로혼성화하는 프로브 세트, 상기 프로브 세트가 고정화되어있는 마이크로어레이 및 상기 프로브 세트를 이용하여박테리아의 존재를 검출하는 방법 |
ATE534753T1 (de) * | 2007-04-06 | 2011-12-15 | Becton Dickinson Co | Zusammensetzungen und verfahren zur identifikation eines carbapenemase-gens |
-
2009
- 2009-05-15 FI FI20095544A patent/FI20095544A0/fi not_active Application Discontinuation
-
2010
- 2010-05-17 PT PT10723161T patent/PT2430188T/pt unknown
- 2010-05-17 WO PCT/FI2010/050395 patent/WO2010130882A1/en active Application Filing
- 2010-05-17 TR TR2019/01862T patent/TR201901862T4/tr unknown
- 2010-05-17 ES ES10723161T patent/ES2711534T3/es active Active
- 2010-05-17 JP JP2012510325A patent/JP6054178B2/ja active Active
- 2010-05-17 AU AU2010247321A patent/AU2010247321B2/en active Active
- 2010-05-17 CA CA2761915A patent/CA2761915C/en active Active
- 2010-05-17 CN CN201080021305.0A patent/CN102482712B/zh active Active
- 2010-05-17 DK DK10723161.5T patent/DK2430188T5/en active
- 2010-05-17 PL PL10723161T patent/PL2430188T3/pl unknown
- 2010-05-17 EP EP10723161.5A patent/EP2430188B1/en active Active
-
2011
- 2011-11-15 US US13/297,020 patent/US9593381B2/en active Active
-
2016
- 2016-01-04 JP JP2016000276A patent/JP6258360B2/ja active Active
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004531251A (ja) * | 2001-03-15 | 2004-10-14 | シュレンツェル,ジャック | メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(mrsa)の直接検出の方法 |
JP2005511055A (ja) * | 2001-11-30 | 2005-04-28 | ユニバーシティー オブ ロチェスター | マルチプレックスリアルタイム定量的pcr |
JP2006115811A (ja) * | 2004-10-25 | 2006-05-11 | Institute Of Physical & Chemical Research | 2型糖尿病に関連するヒトwnt5b遺伝子多型の検出方法及びキット |
WO2007140004A2 (en) * | 2006-05-25 | 2007-12-06 | Creighton University | Primers for use in detecting metallo-beta-lactamases |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
JPN6014040057; Clin. Microbiol. Rev., 2007, Vol. 20, No. 3, pp. 440-458 * |
JPN6014040060; J. Antimicrob. Chemother., 2002, Vol. 49, No. 2, pp. 269-273 * |
JPN6014040061; Antimicrob. Agents Chemother., 2009.12, Vol. 53, No. 12, pp. 5046-5054, [Available online on 2009.09 * |
JPN6014040063; J. Antimicrob. Chemother., 2012, Vol. 67, No. 4, pp. 906-909 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
AU2010247321A1 (en) | 2012-01-19 |
CN102482712B (zh) | 2020-09-15 |
JP6054178B2 (ja) | 2016-12-27 |
US9593381B2 (en) | 2017-03-14 |
JP6258360B2 (ja) | 2018-01-10 |
AU2010247321B2 (en) | 2016-05-19 |
DK2430188T5 (en) | 2019-03-18 |
FI20095544A0 (fi) | 2009-05-15 |
CA2761915A1 (en) | 2010-11-18 |
US20120129180A1 (en) | 2012-05-24 |
DK2430188T3 (en) | 2019-03-11 |
EP2430188A1 (en) | 2012-03-21 |
ES2711534T3 (es) | 2019-05-06 |
EP2430188B1 (en) | 2018-11-14 |
PL2430188T3 (pl) | 2019-07-31 |
CN102482712A (zh) | 2012-05-30 |
WO2010130882A1 (en) | 2010-11-18 |
JP2016146818A (ja) | 2016-08-18 |
TR201901862T4 (tr) | 2019-03-21 |
CA2761915C (en) | 2019-01-08 |
PT2430188T (pt) | 2019-02-19 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6258360B2 (ja) | 抗生物質耐性細菌を検出するための方法およびキット | |
Lupo et al. | Non-phenotypic tests to detect and characterize antibiotic resistance mechanisms in Enterobacteriaceae | |
AU2008242250B2 (en) | Methods, compositions and kits for detection and analysis of antibiotic-resistant bacteria | |
EP3472350B1 (en) | Assays and methods for determining microbial resistance | |
RU2420595C2 (ru) | СПОСОБ КОЛИЧЕСТВЕННОГО АНАЛИЗА КОЛИЧЕСТВА КЛЕТОК ПРЕДСТАВЛЯЮЩЕЙ ИНТЕРЕС БАКТЕРИИ В ЖИВОМ СОСТОЯНИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ рРНК В КАЧЕСТВЕ МИШЕНИ | |
EP3204517B1 (en) | Polymerase chain reaction primers and probes for mycobacterium tuberculosis | |
JP6358753B2 (ja) | カルバペネム系薬耐性菌(KPCβ−ラクタマーゼ産生菌)の検出方法 | |
KR20170030746A (ko) | Lamp를 이용한 살모넬라 검출용 프라이머 및 그 용도 | |
WO2012032158A1 (en) | Method for detecting the presence of bacterial strains resistant to antibiotics in a biological sample | |
JP2013048619A (ja) | メチシリン耐性黄色ブドウ球菌を検出するためのプライマーおよびプローブ、ならびに、それらを用いたメチシリン耐性黄色ブドウ球菌の検出方法 | |
Endimiani et al. | The changing role of the clinical microbiology laboratory in defining resistance in Gram-negatives | |
CN116479148B (zh) | 一种碳青霉烯耐药基因检测试剂盒及其应用 | |
KR20170030190A (ko) | Lamp를 이용한 클로스트리디움 퍼프린젠스 검출용 프라이머 및 그 용도 | |
JP2007195421A (ja) | メタロ−β−ラクタマーゼ遺伝子検出用のプライマー、メタロ−β−ラクタマーゼ遺伝子の検出方法及びβ−ラクタム薬耐性菌の検出方法 | |
KR20150009539A (ko) | 어떤 중합효소 연장 활성의 민감한, 정량적 측정에 유용한 중합효소 활성을 측정하고 생육성 세포의 존재를 결정하는 방법 | |
Thuengern et al. | Genotypic detection of the blaCTX-M-1 gene among extended-spectrum β-lactamase-producing Enterobacteriaceae | |
KR20200048076A (ko) | 중증 열성 혈소판 감소 증후군(sfts) 바이러스 감염 질환 진단용 키트 | |
KR101437919B1 (ko) | 표준시료로 인위적 염기서열을 이용하는 정량적 실시간 pcr 및 이를 이용한 미생물의 정량방법 | |
WO2023107058A2 (en) | Direct carbapenemase triple (kpc-2, oxa-48, ndm-1) pcr diagnostic kit |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A711 | Notification of change in applicant |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A711 Effective date: 20130212 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20130212 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20130508 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20140919 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20141208 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20141215 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20150318 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20150901 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20160104 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20160204 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20160401 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20160630 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20160727 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20160930 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20161101 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20161130 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6054178 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313111 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
RD02 | Notification of acceptance of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R3D02 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |