JP2008072913A - イリノテカンの副作用の発生危険度を判定する方法およびそのためのキット - Google Patents
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Abstract
【解決手段】グルクロン酸抱合酵素遺伝子のプロモーター領域におけるTATAボックスの遺伝子多型を検出することにより、イリノテカンによる副作用の発生危険度を判定する方法。特定の塩基配列からなる核酸プローブからなる群から選択される少なくとも1の核酸プローブの組と被検者の生体試料由来のゲノムDNAを鋳型とする増幅反応によって得られた増幅核酸とを用いる核酸ハイブリダイゼーション法。
【選択図】図1
Description
(1)グルクロン酸抱合酵素遺伝子のプロモーター領域におけるTATAボックスの遺伝子多型を検出することにより、イリノテカンによる副作用の発生危険度を判定する方法であって、
以下のaおよびbの核酸プローブ、cおよびdの核酸プローブ、eおよびfの核酸プローブ、aおよびfの核酸プローブ、ならびにeおよびbの核酸プローブ:
a)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
b)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
c)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
d)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
e)配列番号1における439〜452番目の14塩基がTA×8の16塩基(TATATATATATATATA)に置換された塩基配列における該16塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
f)配列番号2における439〜450番目の12塩基がTA×5の10塩基(TATATATATA)に置換された塩基配列における該10塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
からなる群から選択される少なくとも1の核酸プローブの組と、被検者の生体試料由来のゲノムDNAを鋳型とする増幅反応によって得られた増幅核酸とを用いる核酸ハイブリダイゼーション法において、aの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とbの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、cの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とdの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、eの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とfの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、aの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とfの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、および/またはeの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とbの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比を測定することを特徴とする前記方法。
(2)被検者におけるイリノテカンによる副作用の発生危険度を判定する方法であって、
1)被検者の生体試料由来のゲノムDNAを鋳型として、グルクロン酸抱合酵素遺伝子のプロモーター領域におけるTATAボックスを含む領域を増幅する工程、
2)1の工程で得られた増幅核酸を、以下のaおよびbの核酸プローブ、cおよびdの核酸プローブ、eおよびfの核酸プローブ、aおよびfの核酸プローブ、ならびにeおよびbの核酸プローブ:
a)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
b)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
c)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
d)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
e)配列番号1における439〜452番目の14塩基がTA×8の16塩基(TATATATATATATATA)に置換された塩基配列における該16塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
f)配列番号2における439〜450番目の12塩基がTA×5の10塩基(TATATATATA)に置換された塩基配列における該10塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
からなる群から選択される少なくとも1の核酸プローブの組にハイブリダイズさせる工程、
3)aの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とbの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、cの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とdの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、eの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とfの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、aの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とfの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、および/またはeの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とbの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比を測定する工程
を含む、前記方法。
(3)aの核酸プローブが配列番号3で表される塩基配列を含み、かつbの核酸プローブが配列番号4もしくは17で表される塩基配列を含むか、または
aの核酸プローブが配列番号5で表される塩基配列を含み、かつbの核酸プローブが配列番号6で表される塩基配列を含む、
(1)または(2)記載の方法。
(4)cの核酸プローブが配列番号7で表される塩基配列を含み、かつdの核酸プローブが配列番号8で表される塩基配列を含むか、または
cの核酸プローブが配列番号9で表される塩基配列を含み、かつdの核酸プローブが配列番号10で表される塩基配列を含む、
(1)または(2)記載の方法。
(5)eの核酸プローブが配列番号18で表される塩基配列を含み、かつfの核酸プローブが配列番号19で表される塩基配列を含む、
(1)または(2)記載の方法。
(6)aの核酸プローブが配列番号3において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつbの核酸プローブが配列番号4もしくは17において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなるか、または
aの核酸プローブが配列番号5において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつbの核酸プローブが配列番号6において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなる、
(1)または(2)記載の方法。
(7)cの核酸プローブが配列番号7において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつdの核酸プローブが配列番号8において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなるか、または
cの核酸プローブが配列番号9において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつdの核酸プローブが配列番号10において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなる、
(1)または(2)記載の方法。
(8)eの核酸プローブが配列番号18において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつfの核酸プローブが配列番号19において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなる、
(1)または(2)記載の方法。
(9)イリノテカンによる副作用を検出するためのキットであって、以下のaおよびbの核酸プローブ、cおよびdの核酸プローブ、eおよびfの核酸プローブ、aおよびfの核酸プローブ、ならびにeおよびbの核酸プローブ:
a)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
b)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
c)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
d)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
e)配列番号1における439〜452番目の14塩基がTA×8の16塩基(TATATATATATATATA)に置換された塩基配列における該16塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
f)配列番号2における439〜450番目の12塩基がTA×5の10塩基(TATATATATA)に置換された塩基配列における該10塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
からなる群から選択される少なくとも1の核酸プローブの組を含む、前記キット。
(10)核酸プローブが担体上に固定化されたマイクロアレイを含む、(9)記載のキット。
(11)aの核酸プローブが配列番号3で表される塩基配列を含み、かつbの核酸プローブが配列番号4もしくは17で表される塩基配列を含むか、または
aの核酸プローブが配列番号5で表される塩基配列を含み、かつbの核酸プローブが配列番号6で表される塩基配列を含む、
(9)または(10)記載のキット。
(12)cの核酸プローブが配列番号7で表される塩基配列を含み、かつdの核酸プローブが配列番号8で表される塩基配列を含むか、または
cの核酸プローブが配列番号9で表される塩基配列を含み、かつdの核酸プローブが配列番号10で表される塩基配列を含む、
(9)または(10)記載のキット。
(13)eの核酸プローブが配列番号18で表される塩基配列を含み、かつfの核酸プローブが配列番号19で表される塩基配列を含む、
(9)または(10)記載のキット。
(14)aの核酸プローブが配列番号3において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつbの核酸プローブが配列番号4もしくは17において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなるか、または
aの核酸プローブが配列番号5において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつbの核酸プローブが配列番号6において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなる、
(9)または(10)記載のキット。
(15)cの核酸プローブが配列番号7において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつdの核酸プローブが配列番号8において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなるか、または
cの核酸プローブが配列番号9において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつdの核酸プローブが配列番号10において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなる、
(9)または(10)記載のキット。
(16)eの核酸プローブが配列番号18において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつfの核酸プローブが配列番号19において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなる、
(9)または(10)記載のキット。
a)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基、好ましくは27〜33塩基、さらに好ましくは29〜31塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
b)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基、好ましくは27〜33塩基、さらに好ましくは29〜31塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
c)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基、好ましくは27〜33塩基、さらに好ましくは29〜31塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
d)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基、好ましくは27〜33塩基、さらに好ましくは29〜31塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
e)配列番号1における439〜452番目の14塩基がTA×8の16塩基(TATATATATATATATA)に置換された塩基配列における該16塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
f)配列番号2における439〜450番目の12塩基がTA×5の10塩基(TATATATATA)に置換された塩基配列における該10塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
と、被検者(通常、ヒト被検者をさす)の生体試料由来のゲノムDNAを鋳型とする増幅反応によって得られた増幅核酸とを用いる核酸ハイブリダイゼーション法において、aの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とbの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、cの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とdの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、eの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とfの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、aの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とfの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、および/またはeの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とbの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比を測定することを特徴とする。以下、核酸プローブを単にプローブと称する場合もある。
1)被検者の生体試料由来のゲノムDNAを鋳型として、グルクロン酸抱合酵素遺伝子のプロモーター領域におけるTATAボックスを含む領域を増幅する工程、
2)1の工程で得られた増幅核酸を、上記のaおよびbの核酸プローブ、cおよびdの核酸プローブ、eおよびfの核酸プローブ、aおよびfの核酸プローブ、ならびに/またはeおよびbの核酸プローブにハイブリダイズさせる工程、および
3)aの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とbの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、cの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とdの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、eの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とfの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、aの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とfの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、および/またはeの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とbの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比を測定する工程
を含む。
1-1. 担体の作製
3mm角のシリコン基板にイオン化蒸着法を用いて、下記の条件で2層のダイヤモンドライクカーボン(DLC)層の製膜を行った。
グルクロン酸抱合酵素遺伝子(UGT1A1)のプロモーター領域の少なくともTATAボックスを含む部分配列であって、TATAボックスにおけるTAの繰り返し配列が6回または7回であり、その塩基長が20mer、30merまたは50merである塩基配列からなる核酸プローブをそれぞれ合成した。
50mer
プローブ1(TA×7): 5'-GTATCGATTGGTTTTTGCCATATATATATATATATAAGTAGGAGAGGGCG-3'(配列番号11)
プローブ2(TA×6): 5'-TGTATCGATTGGTTTTTGCCATATATATATATATAAGTAGGAGAGGGCGA-3'(配列番号12)
30mer
プローブ3(TA×7): 5'-TTTTGCCATATATATATATATATAAGTAGG-3'(配列番号3)
プローブ4(TA×6): 5'-TTTTGCCATATATATATATATAAGTAGGAG-3'(配列番号4)
20mer
プローブ5(TA×7): 5'-GCCATATATATATATATATA-3'(配列番号13)
プローブ6(TA×6): 5'-TTGCCATATATATATATATA-3'(配列番号14)
1-2で合成した各核酸プローブの溶液(10μM)を1-1で作製した担体上にスポッティングした。スポッティングした担体を80℃で1時間加熱後、2xSSC/0.2%SDS溶液で洗浄し、乾燥させることによりマイクロアレイを作製した。
それぞれ異なる遺伝子型を有する被検者の血液(サンプル1〜3)から採取したゲノムDNAを鋳型として、蛍光標識ヌクレオチドを用いたPCR反応を行うことにより、蛍光標識されたターゲットDNA(増幅核酸)を調製した。PCR反応に用いたプライマーは以下の通りである。
フォワードプライマー:5'-CCTTCTTCCTCTCTGGTAACAC-3'(配列番号15)
リバースプライマー:5'-CGTCAGGTGCTAGGACAACTAT-3'(配列番号16)
PCR反応条件を以下の表に示す。
ターゲットDNAを含むハイブリダイズ溶液(4xSSC溶液)を調製し、この溶液25μlに実施例1で作製したマイクロアレイを浸漬し、50℃で2時間ハイブリダイゼーション反応を実施した。マイクロアレイを洗浄後、蛍光スキャナー(FLA8000/富士写真フィルム)で蛍光画像を撮影した(図1)。
GenepixPro(アクソン)を用いて蛍光画像を解析し、各プローブが固定化されたスポットにおける蛍光強度を測定した。DNA量と蛍光強度の検量線を作成し、蛍光強度をDNA量(μM)に換算した。結果を図2に示す。各サンプルについて、TAの繰り返し配列が6回のプローブにハイブリダイズしたDNA量(TA6)とTAの繰り返し配列が7回のプローブにハイブリダイズしたDNA量(TA7)を棒グラフで示す。また、TAの繰り返し配列が6回のプローブにハイブリダイズしたDNA量(TA6)とTAの繰り返し配列が7回のプローブにハイブリダイズしたDNA量(TA7)との比(TA6/T7)を折れ線で示す。
2-1. マイクロアレイの作製
実施例1の1-1と同様にしてシリコン基板表面にDLC層および化学修飾基としてのN-ヒドロキシスクシイミド基を有する担体を作製した。
30merの別の部分配列
プローブ7(TA×7): 5'-ATTGGTTTTTGCCATATATATATATATATA-3'(配列番号5)
プローブ8(TA×6): 5'-CGATTGGTTTTTGCCATATATATATATATA-3'(配列番号6)
相補配列
プローブ9(TA×7): 5'-CCTACTTATATATATATATATATGGCAAAA-3'(配列番号7)
プローブ10(TA×7): 5'-CTCCTACTTATATATATATATATGGCAAAA-3'(配列番号8)
合成した各核酸プローブの溶液(10μM)を実施例1の1-3と同様に担体上にスポッティングすることによりマイクロアレイを作製した。
実施例1の1-4で調製したターゲットDNAを含むハイブリダイズ溶液(4xSSC溶液)を調製し、この溶液25μlに上記2-1で作製したマイクロアレイを浸漬し、50℃で2時間ハイブリダイゼーション反応を実施した。マイクロアレイを洗浄後、蛍光スキャナー(FLA8000/富士写真フィルム)で蛍光画像を撮影した(図3)。
GenepixPro(アクソン)を用いて蛍光画像を解析し、各プローブが固定化されたスポットにおける蛍光強度を測定した。DNA量と蛍光強度の検量線を作成し、蛍光強度をDNA量(μM)に換算した。結果を図4に示す。
3-1. マイクロアレイの作製
実施例1の1-1と同様にしてシリコン基板表面にDLC層および化学修飾基としてのN-ヒドロキシスクシイミド基を有する担体を作製した。
TAの繰り返し配列が6回または7回の塩基配列
プローブ3 (TA×7): 5'-TTTTGCCATATATATATATATATAAGTAGG-3'(配列番号3)
プローブ11(TA×6): 5'-GTTTTTGCCATATATATATATATAAGTAGG-3'(配列番号17)
TAの繰り返し配列が5回または8回の塩基配列
プローブ12(TA×8): 5'-TTGCCATATATATATATATATATAAGTAGG-3'(配列番号18)
プローブ13(TA×5): 5'-TGGTTTTTGCCATATATATATATAAGTAGG-3'(配列番号19)
合成した各核酸プローブの溶液(10μM)を実施例1の1-3と同様に担体上にスポッティングすることによりマイクロアレイを作製した。
実施例1の1-4で調製したターゲットDNAを含むハイブリダイズ溶液(4xSSC溶液)を調製し、この溶液25μlに上記3-1で作製したマイクロアレイを浸漬し、50℃で2時間ハイブリダイゼーション反応を実施した。マイクロアレイを洗浄後、蛍光スキャナー(FLA8000/富士写真フィルム)で蛍光画像を撮影した(図5)。
Claims (16)
- グルクロン酸抱合酵素遺伝子のプロモーター領域におけるTATAボックスの遺伝子多型を検出することにより、イリノテカンによる副作用の発生危険度を判定する方法であって、
以下のaおよびbの核酸プローブ、cおよびdの核酸プローブ、eおよびfの核酸プローブ、aおよびfの核酸プローブ、ならびにeおよびbの核酸プローブ:
a)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
b)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
c)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
d)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
e)配列番号1における439〜452番目の14塩基がTA×8の16塩基(TATATATATATATATA)に置換された塩基配列における該16塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
f)配列番号2における439〜450番目の12塩基がTA×5の10塩基(TATATATATA)に置換された塩基配列における該10塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
からなる群から選択される少なくとも1の核酸プローブの組と、被検者の生体試料由来のゲノムDNAを鋳型とする増幅反応によって得られた増幅核酸とを用いる核酸ハイブリダイゼーション法において、aの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とbの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、cの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とdの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、eの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とfの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、aの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とfの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、および/またはeの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とbの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比を測定することを特徴とする前記方法。 - 被検者におけるイリノテカンによる副作用の発生危険度を判定する方法であって、
1)被検者の生体試料由来のゲノムDNAを鋳型として、グルクロン酸抱合酵素遺伝子のプロモーター領域におけるTATAボックスを含む領域を増幅する工程、
2)1の工程で得られた増幅核酸を、以下のaおよびbの核酸プローブ、cおよびdの核酸プローブ、eおよびfの核酸プローブ、aおよびfの核酸プローブ、ならびにeおよびbの核酸プローブ:
a)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
b)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
c)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
d)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
e)配列番号1における439〜452番目の14塩基がTA×8の16塩基(TATATATATATATATA)に置換された塩基配列における該16塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
f)配列番号2における439〜450番目の12塩基がTA×5の10塩基(TATATATATA)に置換された塩基配列における該10塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
からなる群から選択される少なくとも1の核酸プローブの組にハイブリダイズさせる工程、
3)aの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とbの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、cの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とdの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、eの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とfの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、aの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とfの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比、および/またはeの核酸プローブにハイブリダイズした核酸とbの核酸プローブにハイブリダイズした核酸との比を測定する工程
を含む、前記方法。 - aの核酸プローブが配列番号3で表される塩基配列を含み、かつbの核酸プローブが配列番号4もしくは17で表される塩基配列を含むか、または
aの核酸プローブが配列番号5で表される塩基配列を含み、かつbの核酸プローブが配列番号6で表される塩基配列を含む、
請求項1または2記載の方法。 - cの核酸プローブが配列番号7で表される塩基配列を含み、かつdの核酸プローブが配列番号8で表される塩基配列を含むか、または
cの核酸プローブが配列番号9で表される塩基配列を含み、かつdの核酸プローブが配列番号10で表される塩基配列を含む、
請求項1または2記載の方法。 - eの核酸プローブが配列番号18で表される塩基配列を含み、かつfの核酸プローブが配列番号19で表される塩基配列を含む、
請求項1または2記載の方法。 - aの核酸プローブが配列番号3において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつbの核酸プローブが配列番号4もしくは17において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなるか、または
aの核酸プローブが配列番号5において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつbの核酸プローブが配列番号6において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなる、
請求項1または2記載の方法。 - cの核酸プローブが配列番号7において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつdの核酸プローブが配列番号8において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなるか、または
cの核酸プローブが配列番号9において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつdの核酸プローブが配列番号10において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなる、
請求項1または2記載の方法。 - eの核酸プローブが配列番号18において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつfの核酸プローブが配列番号19において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなる、
請求項1または2記載の方法。 - イリノテカンによる副作用を検出するためのキットであって、以下のaおよびbの核酸プローブ、cおよびdの核酸プローブ、eおよびfの核酸プローブ、aおよびfの核酸プローブ、ならびにeおよびbの核酸プローブ:
a)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
b)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
c)配列番号1における439〜452番目の14塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
d)配列番号2における439〜450番目の12塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸プローブ、
e)配列番号1における439〜452番目の14塩基がTA×8の16塩基(TATATATATATATATA)に置換された塩基配列における該16塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
f)配列番号2における439〜450番目の12塩基がTA×5の10塩基(TATATATATA)に置換された塩基配列における該10塩基を含む連続した25〜35塩基の塩基配列からなる核酸プローブ、
からなる群から選択される少なくとも1の核酸プローブの組を含む、前記キット。 - 核酸プローブが担体上に固定化されたマイクロアレイを含む、請求項9記載のキット。
- aの核酸プローブが配列番号3で表される塩基配列を含み、かつbの核酸プローブが配列番号4もしくは17で表される塩基配列を含むか、または
aの核酸プローブが配列番号5で表される塩基配列を含み、かつbの核酸プローブが配列番号6で表される塩基配列を含む、
請求項9または10記載のキット。 - cの核酸プローブが配列番号7で表される塩基配列を含み、かつdの核酸プローブが配列番号8で表される塩基配列を含むか、または
cの核酸プローブが配列番号9で表される塩基配列を含み、かつdの核酸プローブが配列番号10で表される塩基配列を含む、
請求項9または10記載のキット。 - eの核酸プローブが配列番号18で表される塩基配列を含み、かつfの核酸プローブが配列番号19で表される塩基配列を含む、
請求項9または10記載のキット。 - aの核酸プローブが配列番号3において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつbの核酸プローブが配列番号4もしくは17において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなるか、または
aの核酸プローブが配列番号5において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつbの核酸プローブが配列番号6において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなる、
請求項9または10記載のキット。 - cの核酸プローブが配列番号7において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつdの核酸プローブが配列番号8において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなるか、または
cの核酸プローブが配列番号9において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつdの核酸プローブが配列番号10において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなる、
請求項9または10記載のキット。 - eの核酸プローブが配列番号18において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなり、かつfの核酸プローブが配列番号19において3'末端および/または5'末端の1〜2塩基が欠失した塩基配列からなる、
請求項9または10記載のキット。
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