JP2006518205A - グリホサート耐性テンサイ - Google Patents

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Abstract

本発明は、グリホサート耐性テンサイ植物、その植物材料および種子に関する。本発明の課題は、形質転換テンサイ植物−Eventを製造し、この場合、これらはグリホサートに対して高い耐性を有するが、他の本質的な作物的特性、たとえば成長、収率、品質、病原菌耐性等に影響することはない。

Description

本発明は、グリホサート耐性テンサイ植物、植物性材料および種子に関する。
テンサイ(Beta vulgaris)は、多くの国において商業的に有用な栽培植物として栽培され、その全収穫高は、240ミリオンメートルトンを上廻る。
一般にグリホサートとして呼称されるN−(ホスホノメチル)−グリシンは、広域除草剤であり、この場合、これらは、その高い効果、生分解性および動物およびヒトに対する少ない毒性により、広範囲の適用が見出されている。グリホサートは、アミノ酸およびビタミンを含む芳香族化合物の生合成を導くシキミ酸経路を阻害する。特にグリホサートは、酵素5−エノールピルビル−シキメート−3−ホスフェート−シンターゼ(EPSP−シンターゼまたはEPSPS)を阻害することによって、ホスホエノールピルビン酸およびシミメート−3−ホスフェートを5−エノールピルビル−シキメート−3−ホスフェートへの変換を阻害する。通常の植物をグリホサートで処理した場合には、植物は、成長および生育に必要不可欠な芳香族アミノ酸(たとえばフェニルアラニンおよびチロシン)を製造することができない。EPSPSは、すべての植物、細菌およびカビにおいて存在するが、動物ではその芳香族アミノ酸自体を合成することはないために存在しない。哺乳類、鳥類、魚類等において芳香族アミノ酸のための生合成経路は存在しないことから、一般に、グリホサートは、これらの生物に関しては専ら少ない毒性によって特徴付けられる。EPSPS酵素は、通常は、植物性および微生物性由来の食品において含有されるものである。
グリホサートは、除草剤、たとえばRoundup(R)の有効成分であり、Monsanto Company(USA)によって製造されている。通常は、これは水溶性の塩として、たとえばアンモニウム塩、アルキルアミン塩、アルカリ金属塩またはトリメチルスルホニウム塩として配合される。常用の配合物は、グリホサートのイソプロピルアミン塩であり、この場合、これらは、Roundup(R)除草剤中で用いられている形である。
グリホサート耐性植物は、グリホサート耐性のEPSP−シンターゼを製造する能力を有する、たとえば、アグロバクテリウム種、CP4菌株からの形成されるCP4−EPSPSを、植物ゲノム中に導入することによって、製造可能であることが見出された。
グリホサート−耐性テンサイ植物は、アグロバクテリウム介在形質転換法によって、グリホサート耐性EPSPS、たとえばCP4−EPSPSをコードする遺伝子を、植物ゲノム中に導入することによって製造することができる。CP4−EPSPSを発現するこのようなテンサイ植物は、WO99/23232に記載されている。しかしながら、これらの方法を用いて、CP4−EPSPSに関する遺伝子を用いて形質転換された細胞に由来するテンサイ植物は、その性質において極めて多様であり、それというのも、遺伝子が、植物ゲノム中の任意の箇所でインサートされるといった事実に帰因するためである。染色体上の定められた箇所への特定の形質転換遺伝子のインサートは、しばしば「偶発的」に生じる。「偶発的(event)」の用語はさらに、遺伝子技術により改変された栽培植物の変種と区別するために使用される。好ましい偶発性は極めて稀である。多くの偶発性は全く好ましくないものであり、それというのも、植物遺伝子中に導入された成長に対して重要な形質転換遺伝子は、遺伝子の分断を生じるか、あるいは、発現されることがないか、あるいは染色体の一部分に導入された形質転換遺伝子は、発現はされないかまたは発現されたとしても極めて低いためである。これらの理由から、導入遺伝子の十分な発現によって特徴付けられる偶発性を同定するために、より多くの数の偶然の事象(event)がスクリーニングされた。これらの方法は、極めて時間およびコスト消費的なものであって、かつ、十分な性質を有する植物を見出しうることを保証するものではなかった。
したがって、本発明の課題は、グリホサートに対して高い耐性を示すが、他の重要な作物特性、たとえば成長、収穫高、品質、病原菌耐性等についての欠点を示すことがない、テンサイ植物を提供することである。
本発明によるグリホサート耐性テンサイ植物は、
a)テンサイ植物が、NCIMB、Aberdeen(Schottland, V.K.)で寄託されたものであって、かつ、受託番号(accession number)NCIMB41158またはNCIMB41159を有する種子から得られ、および/または
b)630〜700bp、好ましくは664bpのDNAフラグメントが、テンサイ植物、その一部またはその種子のゲノムDNAから、配列番号1のヌクレオチド配列を有する第1プライマーと配列番号2のヌクレオチド配列を有する第2プライマーとを用いてのポリメラーゼ連鎖反応によって増幅することができ、および/または
c)3500〜3900bp、好ましくは3706bpのDNAフラグメントが、テンサイ植物、その一部またはその種子のゲノムDNAから、配列番号3のヌクレオチド配列を有する第1プライマーと配列番号4のヌクレオチド配列を有する第2プライマーとを用いてのポリメラーゼ連鎖反応によって増幅することができ、および/または
d)270〜300bp、好ましくは288bpのDNAフラグメントが、テンサイ植物、その一部またはその種子のゲノムDNAから、配列番号7のヌクレオチド配列を有する第1プライマーと配列番号8のヌクレオチド配列を有する第2プライマーとを用いてのポリメラーゼ連鎖反応によって増幅することができ、および/または
e)710〜790bp、好ましくは751bpのDNAフラグメントが、テンサイ植物、その一部またはその種子のゲノムDNAから、配列番号9のヌクレオチド配列を有する第1プライマーと配列番号10のヌクレオチド配列を有する第2プライマーとを用いてのポリメラーゼ連鎖反応によって増幅することができ、および/または
f)990〜1100bp、好ましくは1042bpのDNAフラグメントが、テンサイ植物、その一部またはその種子のゲノムDNAから、配列番号14のヌクレオチド配列を有する第1プライマーと配列番号16のヌクレオチド配列を有する第2プライマーとを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅することができることを特徴とする。
ポリマラーゼ連鎖反応(PCR)は、核酸分子を増幅するために使用されるよく知られた標準的方法である(たとえばUS46832020参照)。
本発明によるテンサイ植物(以下、“Event H7-1”とする)は、グリホサート除草剤に対して高い耐性を示す。さらに、Event H7−1の成長特性および他の作物特性は、形質転換工程によって影響を受けるものではない。EventH7−1は、アグロバクテリウム−CP4−EPSPS遺伝子を高いレベルで発現し、植物ゲノム中に安定に組み込むものであり、かつ植物にグリホサート耐性を付与するものである。植物は、アグロバクテリウム介在形質転換法によって、バイナリーベクターPV−BNGT08を用いて製造される。このベクターは、左と右とのボーダー領域間に以下の配列を含む:CP4−EPSPSコーディング配列と結合するシロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)EPSPSからの配列からの葉緑体−移行ペプチドコード配列から構成され、ゴマノハグサ−モザイクウイルス(Figwort mosaic virus)−プロモーター(pFMV)およびエンドウ(Pisum sativum)からのE9−p3’−転写終結配列で調節する。
本発明の好ましい実施態様では、3706bp、664bp、288bp、751bpおよび1024bp−DNAフラグメントが、少なくとも95%、好ましくは少なくとも99%、特に好ましくは少なくとも99.9%の、配列番号6、配列番号13、配列番号11、配列番号12または配列番号17それぞれとの同一性を有する。たとえば、95%の同一性とは、たとえば、提供された配列のヌクレオチドの95%が、比較される配列と同一であることを意味する。この目的のために、配列は、BLASTプログラムを用いて整列され、かつ比較される(たとえば、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/bl2.html)。最も好ましくは、3706bpのDNAフラグメントが配列番号6のヌクレオチド配列を有し、664bpのDNAフラグメントが配列番号13のヌクレオチド配列を有し、288bpのDNAフラグメントが配列番号11のヌクレオチド配列を有し、751bpのDNAフラグメントが配列番号12のヌクレオチド配列を有し、および/または、1042bpのDNAフラグメントが配列番号17のヌクレオチド配列を有する。
さらに本発明は、NCIMBで、Aberdeen(Schottland V.K.)で寄託され、かつNCIMB41158またはNCIMB41159の受託番号を有する種子に関する。このような種子は、グリホサート耐性テンサイ植物を得るために使用することができる。種子を播くことができ、かつ成長した植物はグリホサート耐性である。
さらに本発明は、グリホサート耐性テンサイ植物の細胞、組織または一部に関する。
本発明の他の対象は、グリホサート耐性テンサイ植物を同定するための方法に関し、この場合、これらの方法は、以下の工程
a)テンサイ植物、その一部またはその種子のゲノムDNAから、配列番号1のヌクレオチド配列を有する第1プライマーと配列番号2のヌクレオチド配列を有する第2プライマーとを用いてのポリメラーゼ連鎖反応によって、630〜700bp、好ましくは664bpのDNAフラグメントを増幅し、および/または
b)テンサイ植物、その一部またはその種子のゲノムDNAから、配列番号3のヌクレオチド配列を有する第1プライマーと配列番号4のヌクレオチド配列を有する第2プライマーとを用いてのポリメラーゼ連鎖反応によって、3500〜3900bp、好ましくは3706bpのDNAフラグメントを増幅し、および/または
c)テンサイ植物、その一部またはその種子のゲノムDNAから、配列番号7のヌクレオチド配列を有する第1プライマーと配列番号8のヌクレオチド配列を有する第2プライマーとを用いてのポリメラーゼ連鎖反応によって、270〜300bp、好ましくは288bpのDNAフラグメントを増幅し、および/または
d)テンサイ植物、その一部またはその種子のゲノムDNAから、配列番号9のヌクレオチド配列を有する第1プライマーと配列番号10のヌクレオチド配列を有する第2プライマーとを用いてのポリメラーゼ連鎖反応によって、710〜790bp、好ましくは751bpのDNAフラグメントを増幅し、および/または
e)テンサイ植物、その一部またはその種子のゲノムDNAから、配列番号14のヌクレオチド配列を有する第1プライマーと配列番号16のヌクレオチド配列を有する第2プライマーとを用いてのポリメラーゼ連鎖反応によって、990〜1100bp、好ましくは1042bpのDNAフラグメントを増幅する、
を含む方法によって特徴付けられる。
この方法は、形質転換されたグリホサート耐性テンサイ植物の、分子生物学の標準的方法を用いての容易な検出を可能にする。
さらに本発明は、形質転換されたグリホサート耐性テンサイ植物またはその細胞、組織または一部を同定するために試験キットに関する。このキットは、ポリメラーゼ連鎖反応のための第1プライマーおよび第2プライマーのプライマー対を少なくとも1個含み、EventH7−1、その細胞、組織または部分を特異的に検出することを可能にする。
好ましくは、第1プライマーは、配列番号1または配列番号7または配列番号9または配列番号14のヌクレオチド配列を有し、かつ第2プライマーは、配列番号2または配列番号8または配列番号10または配列番号16のヌクレオチド配列を有する。
本発明の他の実施態様において、第1および第2プライマーは、それぞれ、配列番号5のヌクレオチド配列の一部分を形成するヌクレオチド配列を認識する。
以下の図は、本発明を説明するのに役立つものである:
図1 バイナリーベクターPV−BVGT08を示すマップ。
図2 PCR分析によるH7−1の同定を示す図。18個の植物からのDNA−試料を分析した。ネガティブコントロール=形質転換していないテンサイからのDNA、ポジティブコントロール=H7−1形質転換体からのDNA。
図3 マルチプレックスPCRによるEventH7−1の同定および遺伝子導入されたEventH7−1と非形質転換植物との差異を示す図。54個の植物からのDNA試料を分析した。
図4 制限酵素HindIII、XbaI、ClaI、PstIおよびBamHIの制限酵素部位を有するpFMV−ctp2−CP4−EPSPS−E9−3’−インサートを示す図。
図5 EventH7−1のインサート/コピー数分析を示す図。サザンブロッティングのために、H7−1ゲノムDNA10μgを、PstI、HindIII、XbaI、ClaIおよびBamHIで消化した(レーン3〜7)。ネガティブコントロールとしての形質転換されていないゲノムDNAをBamHIで消化した(レーン8)。ポジティブコントロールとしてのプラスミドPV−BVGT08をBamHIで消化した。レーン2および9はサイズマーカーである。ブロットは、32P−標識CP4−EPSPSのコーディング配列でプローブした。このプローブは、477〜1555bpを含むCP4−EPSPS−遺伝子の内在配列である。
図6 完全なctp2−CP4−EPSPSのコーディング領域を評価するためのH7−1のサザンブロッティング分析を示す図。10μgのH7−1ゲノムDNA、形質転換されていないコントロールDNAおよび形質転換されていないコントロールDNAとPV−BVGT08との混合物を、XbaIおよびHindIII/BamIIIで消化した。ブロットは、32P−標識CP4−EPSPS−PCR−フラグメントをプローブした。
図7 完全なプロモーター領域を評価するためのEventH7−1のサザンブロッティング分析を示す図。10μgのH7−1ゲノムDNA、形質転換されていないコントロールDNAおよび形質転換されていないコントロールDNAとPV−BVGT08との混合物を、HindIII、XbaIおよび/またはSacI/XhoIで消化した。ブロットは、32P−標識プロモーター−フラグメント(HindIII)(=PV−BVGT08−配列、bp7972−8583)または完全なプロモーター−ctp2−CP4−EPSPS−E9−3’−カセット(PmeI/XhoI)(=PV−BVGT08−配列、bp7985−2389)をプローブした。
図8 完全なポリアデニル化(ポリ−A)領域を評価するためのEventH7−1のサザンブロッティング分析を示す図。10μgのH7−1ゲノムDNA、形質転換されていないコントロールDNAおよび形質転換されていないコントロールDNAとPV−BVGT08との混合物を、EcoRI/PstI、XbaI、HindIIIおよびPstIで消化した。ブロットは、32P−標識E9−3’ポリ−A−フラグメント(BamHI/XhoI)(=PV−BVGT08−配列、Bp1702−2389)でプローブした。
図9 EventH7−1中の「骨格」−ベクターDNAを含まないことについて評価するための、プローブとして使用したフラグメントを示す図。
図10 EventH7−1中の「骨格」−ベクターDNAを含まないことについて評価するためのサザンブロット分析を示す図。10μgのH7−1ゲノムDNA、形質転換されていないコントロールDNAおよび形質転換されていないコントロールDNAとPV−BVGT08との混合物を、XbaIで消化した。ブロットは、PV−BVGT08の完全な「骨格」を含む32P−標識フラグメントでプローブした。
図11 PCR−配列とPV−BVGT08−配列との左ボーダー領域(LB)上での比較を示す図。
図12 PCR−配列とPV−BVGT08−配列との右ボーダー領域(RB)上での比較を示す図。
図13 インサートの右結合部位外側のゲノムDNA分析を示す図。それぞれ約50ngの、EventH7−1ゲノムDNA、形質転換されていないコントロールDNAまたは水をPCR−反応のために使用し、その際、2個のプライマーがインサートの外側に存在するプライマーの組合せP1、および一方のプライマーがインサートの内側に存在し、かつもう一方のプライマーがインサートの外側に存在するプライマーの組合せP3を使用した。
図14 インサートの左結合部位の外側のゲノムDNAの分析を示す図。約50ngのH7−1ゲノムDNA、形質転換されていないコントロールDNAおよび水をPCR反応のために使用し、その際、2個のプライマーがインサートの外側に存在するプライマーの組合せP2、および一方のプライマーがインサートの内側に存在し、かつもう一方のプライマーがインサートの外側に存在するプライマーの組合せP4のプライマーを使用した。
図15 H7−1播種培養のための系統図。
図16 ゲノム中に挿入されたDNAが安定に組み込まれているかについて検出するための、Event H7−1のサザンブロット分析を示す図。H7−1のゲノムDNA 10μg(起源となるH7−1−1995形質転換体および3個の後代、H7−1−1996〜1998)および種々の由来からの形質転換されていないコントロールDNAsを、BamHI、XbaIおよびHindIIIで消化した。プロットを、PV−BVGT08(=447〜1555bp)の32P−標識CP4−EPSPS−プローブを用いておこなった。
本発明は、以下の実施例に基づいてさらに説明される。
略語のリストは以下に示す:
〜 約
℃ 摂氏度
bindest 2回に亘って蒸留された滅菌水
bp 塩基対
CTAB セチルトリメチルアンモニウムブロミド
DNA デオキシリボ核酸
E.Coli 大腸菌
EDTA エチレンジアミンテトラ酢酸
Fig. 図
h 時間
HCl 塩酸
kb キロ塩基対
Kg キログラム
M、mM モル、ミリモル
min 分
NaHPO/NaHPO リン酸ナトリウム
NaCl 塩化ナトリウム
NaOH 水酸化ナトリウム
nt ヌクレオチド
PCR ポリメラーゼ連鎖反応
pmol ピコモル
RNase リボ核酸−ヌクレアーゼ
RPM 回転数/分
RR Roundup Ready(R)
RT 室温
SDS ドデシル硫酸ナトリウム
sek 秒
SEVAG クロロホルム:イソアミルアルコール(24:1)
SSC クエン酸塩標準液
TE トリス−EDTA−緩衝液
TRIS トリス(ヒドロキシメチル)−アミノメタン。
例1:EventH7−1の同定
遺伝子型3S0057のテンサイ(Beta vulgaris)は遺伝的に改変され、CP4−5−エノル−ピルビル−シキメート−3−ホスフェート−シンターゼまたはCP4−EPSPSを発現し、これは、除草剤グリホサートに対する耐性を付与するものであって、さらに選択マーカーとしても使用されるものである。これらの形質転換系は、アグロバクテリウム−ツメファシエンス(Agrobacterium-tumefaciens)介在形質転換技術によって、バイナリーベクター PV−BVGT08を用いて製造した。テンサイ−形質転換に使用されたベクターのT−DNAは、以下の配列を左右ボーダー領域間に含む:CP4−EPSPSコーディング配列と結合するシロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)EPSPSからの配列からの葉緑体−移行ペプチドコード配列から構成されるコーディング配列、およびゴマノハグサ−モザイクウイルス(Figwort mosaic virus)−プロモーター(pFMV)およびエンドウ(Pisum sativum)からのE9−p3’−転写終結配列。
以下の方法を使用する。
I.DNA−抽出:
方法1:
新鮮な葉の組織または他の組織を捕集し(1.5ml容器中20〜100mg)、かつ400μl抽出バッファー(以下に示す)を添加した。この組織を、小さい乳鉢を用いて粉砕した。混合物を5秒間に亘ってボルテックスし、かつ室温で30〜60分に亘ってインキュベートした。その後に13000RPMで、1分間に亘って遠心分離をおこなった。DNAを含有する上清を、別の1.5ml反応容器中に注ぎ入れ、かつ320μlのイソプロパノールと一緒に混合した。混合物を、室温で2分間に亘ってインキュベートした。DNA−沈殿物がエタノールの添加によって形成された。13000RPMで、5分に亘っての遠心分離の後に、エタノールをデカントした。試料を空気乾燥させた。沈殿物を400μlのHOまたはTE−バッファー(以下に示す)中で再懸濁させた。
抽出バッファー(100ml):
20ml 1M トリス(pH7.5)
5ml 5M NaCl
5ml 0.5M EDTA
2.5ml 20%SDS
67.5ml H
TE−バッファー:
10mMトリス−HCl(pH8.0)
1mM EDTA
方法2:
新鮮な植物材料(20〜100mg)を、1.5ml−エッペンドルフ容器中に捕集し、かつ500μlのCTAB−バッファー(65℃)(以下に示す)を添加した。混合物を1〜1.5時間に亘って、65℃でインキュベートし、その後に5秒間に亘って遠心分離した。200μlのSEVAGを添加した。混合および13000RPMで10分に亘っての遠心分離の後に、上清を別の1.5ml容器に移した。イソプロパノール1回量(約400μl)を慎重に上清と混合した。その後に、13000RPMで10分に亘っての遠心分離をおこなった。70%エタノール 600μlを添加した。沈殿物を、反応容器を複数回反転させることによって洗浄した。再度、混合物を13000RPMで、2分間に亘って洗浄した。エタノールを慎重に取り除いた。反応容器を反転させ、かつ清浄な紙上で水切りをおこなった。試料を15分に亘って空気乾燥させた。沈殿物を50μlのHO(以下に示す)中で再懸濁した。
CTAB−バッファー:
1.4M NaCl
20mM EDTA
100mM トリス−HCl
2%(w/v)CTAB
SEVAG:
クロロホルム:イソアミルアルコール(24:1)
RNase−バッファー:
10mMトリス、15mMNaCl、pH7.5
RNaseA:
10mg RNase/ml RNase−バッファー
(5ml bidest+50mg RNaseA、アリコートを1.5ml容器中に入れ、この容器を100℃で30分に亘って加熱し、−20℃で保存した)
通常は方法1を使用した。これらの方法を用いて、一日当たり、多くの数のDNA試料を抽出することが可能になり、かつDNAの質は許容可能なものであった。方法2は、葉の材料が古い場合か、あるいは、試料のDNAの質に問題がある場合に使用される。方法2は複雑であって、長時間に亘って実施され、かつ少ないDNA収量であるが、高い品質を得ることができるものである。
通常、DNAの定量化は実施されず、かつ典型的にはPCR−反応で0.5〜1μlの濃縮されたDNA溶液を使用した。
II:PCR反応:
PCR−反応のために、バッファー+dNTPsの10xバッファー混合物を製造した。方法は以下の通りである:
Figure 2006518205
PCR反応(25μl):
DNA 0.5μl
プライマー1 1μl(20pmol)
プライマー2 1μl(20pmol)
Taq−ポリメラーゼ1 0.2μl(1U、Oncor Appligene S. A., heidelberg, Deutschland)
バッファー10x濃縮液 2.5μl
水 18.8μl
III.PCRによるH7−1の同定
H7−1の同定は、PCRによりEvent特異的プライマーを用いておこなった:
Figure 2006518205
上のプライマーは、インサートの外側に位置し、かつテンサイゲノムDNAの一部分である。下のプライマーは、導入されたCP4−EPSPS−遺伝子の内側に位置するものである。
PCR条件:
94℃、4分 工程1
95℃、30秒 工程2a
55℃、30秒 工程2b
72℃、2分 工程2c
72℃、5分 工程3
4℃、一晩 工程4
反応完了
工程2a〜cについては、34回に亘って繰り返した。
目的とするPCR産物は、664bpのDNAフラグメントである(配列番号13、図2参照)。
IV.マルチプレックスPCRによるH7−1の同定
形質転換植物と非形質転換植物とを識別するために、ホモ接合体であるか、あるいはヘミ/ヘテロ接合体であるかを、3個の異なるプライマーを用いてマルチプレックスPCRで試験した。以下のプライマーを使用した。
Figure 2006518205
PCR条件;
94℃、2分 工程1
94℃、1秒 工程2a
60℃、45秒 工程2b
72℃、90秒 工程2c
72℃、5分 工程3
4℃、一晩 工程4
反応完了
工程2a〜cについては、34回に亘って繰り返した。
非形質転換植物は、約350bpの1つのPCRフラグメントのみを示した。ホモ接合体の形質転換植物は、約1042kbの1つのフラグメントのみを示した。ヘテロ接合体植物は双方のフラグメントを示した(図3参照)。
例2:EventH7−1の特徴付け
H7−1中に存在する組込まれたDNAを特徴付けするために、分子学的分析をおこなった。特に、インサートの数(テンサイゲノム内部の組込み箇所の数)、コピー数(1箇所でのDNAフラグメントの数)、挿入されたコーディング領域およびこれらの調節要素の完全性、pFMV−プロモーターおよびE9−3’−転写終結配列、形質転換に使用されたベクターの「骨格」配列不含であることおよびインサートの安定な遺伝性について測定した。さらに、DNA−インサートのフランキング配列を同定した。
テンサイ−形質転換体−EventsH7−1のインサートDNAを、サザンブロット、PCRおよび逆PCR−技術を用いて特徴付けした。ポジティブおよびネガティブコントロール(PV−BVGT08、非形質転換植物からのDNA)が含まれ、かつ試験物質(H7−1)と同様の方法で処理した。
DNAは、1997年に成長させたEvent−H7−1植物からのバッチ番号74903Hからのものを単離した。さらに、1995年の起源となる形質転換体H7−1/3S0057(=6401VH)および1996年、1997年および1998年のこれらの3つの後代から製造されたもの(H7−1/64801H、H7−1/74922HおよびH7−1/83002S)からDNAを単離した。
非形質転換テンサイ系3S0057をコントロール群として使用した。さらに、テンサイ系5R7150、8K1180および6S0085をネガティブコントロールとして使用した。これらの系は、通常のテンサイを栽培に使用される一般的な遺伝子導入されていない系である。
対照物質は、形質転換に使用されたプラスミドPV−BVGT08に相当する。プラスミドDNAおよびコントロール群のテンサイ系からのDNAを一緒に混合し、制限酵素で消化し、かつアガロースゲル上での電気泳動によって、試験物質と平行な形で分離した。プラスミドは、目的とするフラグメントのためのサイズマーカーとして、かつポジティブなハイブリダイゼーションコントロールとして役立った。プラスミドDNAを、植物ゲノムDNAと、サザンブロッティング法の感度を試験するために分析されるべき要素の1コピー未満を示す濃度で混合した(〜10μgゲノムDNAおよび〜28pg PV−BVGT08−DNA)。サイズを確認するために、分子量マーカーRAOULTM(ONCOR/Appligene、カタログ#160673)を使用した。
DNA−単離:
EventsH7−1のバッチ番号74903Hからの植物組織(1〜3g湿分重量)を、粉砕器および乳鉢を使用して、液体窒素中で、微細な粉末に粉砕した。この粉末を、50ml−オークリッジチューブに移し、かつ7.5mlの予め温められた(60℃)CTAB−バッファー(2%CTAB、100mMトリス−Hcl、20mMEDTA、pH8.0、1.4M NaClおよび0.2%メルカプトエタノール)を添加した。試料を、約30分に亘って65℃でインキュベートし、かつ断続的に混合した。クロロホルム:イソアミルアルコール(24:1 v/v)からの混合物の同量(8ml)を、RTで、試料に添加した。この懸濁液を逆混合し、かつ2個の相を遠心分離(10分、9000rpm)によって分離した。水相を、別の50mlのオークリッジチューブ中に移し、その後にDNAを5mlのイソプロパノールを添加することによって沈殿させた。DNAを、遠心分離(2分、9000rpm)によって沈殿し、かつ上清を除去した。沈殿したDNAを、76%エタノールおよび10mM酢酸アンモニウムからの洗浄溶液を用いて、約20分に亘ってインキュベートした。遠心分離および上清のデカント後に、DNAを真空乾燥させ、かつTE中にpH8.0で、4℃で一晩に亘って再懸濁した。
二者択一的に、DNAは、DNeasyプラントマキシキット(Qiqgen, Dusseldorf, Deutschland, Katalog # 68163)を用いて単離した。DNAの単離は、製造装置を用いて実施した。
付加的な二者択一的な方法として、DNAを、DNeasyプラントミニキット(Qiqgen, Dusseldorf, Deutschland, Katalog # 69103)を用いて単離した。DNA−単離は、製品マニュアルにしたがっておこなった。
DNAの定量化および制限酵素による消化:
DNAの定量化は、LKB BiochromUV/可視光スペクトルフォトメータ(Amersham Pharmacia, Freibung, Deutschland)を使用するか、あるいは、二者択一的に、アガロース−ゲル電気泳動後にプログラムRFLPスキャンプログラム(MWG-Biotech, Ebersberg, Deutschland)を用いておこなった。キャリブレーションスタンダードとして、高DNA質量ラダー(Gibco/Life Technologies (Karlsruhe, Deutschland)(Katalog# 10496-016))を使用した。制限酵素は、Boehringer Mannheim (Mannheim, Deutchland)、Stratagene (Amsterdam, Niederlande) または New England Biolabs (Frankfurt, Deutschland) のものを使用し、かつ製品マニュアルにしたがって使用した。
DNAプローブの製造:
PV−BVGT08−DNAは、E.Coli−カルチャーから単離した。CP4−EPSPSのコーディング領域と相同的なプローブテンプレート、35S−プロモーター、E9−3’−ポリ−A−領域、35S−ctp2−CP4−EPSPS−E9−3’−カセットおよび“骨格”−領域を、相当する制限酵素で消化し、その後に、アガロース−ゲル電気泳動による分離またはポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって製造した。生成物を、BIO 101からのGene Clean II キットを用いて精製した(La Jolla, CA)。プローブ(25pg)の32P−dCTPまたは32P−dATPでのラベリングは、MegaprimTM−DNA−ラベリング系を使用しておこなった(Amerscham-Pharmacia Biotech Europe (Freiburg, Deutschland))。
サザン−ブロッティング−分析:
制限酵素を用いて処理したDNA−プローブは、アガロース−ゲル電気泳動によって、〜15時間に亘って、〜35ボルトで分離した。ゲルの撮影後に、DNAは、0.25M HCl−溶液中に15分に亘ってゲルを浸漬することによって清浄化し、0.5M NaOH、1.5M NaClからの変性溶液中で、30分に亘って穏やかに振とうさせながら変性させ、その後に2時間に亘って、2M NaClおよび1M トリス−HCl、pH5.5から成る種々の容量の溶液中に浸漬することによって中和した。アガロースゲルからのDNAsは、StratageneからのPosiBlot Pressure Blotterを用いて、製品マニュアルにしたがって、Hybond−NTM−ナイロンメンブレン(Amerscham Pharmacia Biotech Eurrope, Freiburg, Duetschland)に転写した。フィルターを15分に亘って、2xSSPE(20xSSPE;3.6M NaCl、20mM EDTA、0.2M NaHPO/NaHPO、pH7.4)中で浸漬させた後に、DNAを、UV光を用いて(トランスイルミネーター、Pharmacia, Freiburg, Deuschland)、1分に亘って露光し、かつ80℃で1時間に亘って、メンブレンを真空オーブン中でベーキングすることによって固定化した。ブロットは、4時間に亘って、50%ホルムアルデヒド、5xSSC、0.1%ラウリルサルコシン、0.02%SDSおよび2%ブロッキング剤(Boehringer Mannheim, Deutschland, Katalog # 1096176)中でプレハイブリダイズした。ハイブリダイゼーションは、放射性標識したプローブを用いて、新鮮なハイブリダイゼーション溶液中で、16〜18時間に亘って42℃で実施した。ハイブリダイゼーション後にメンブレンを2xSSC中で42℃で5分に亘って、2xSSC中で1%SDSで65℃で20分に亘って、かつ、0.2SSC、0.1%SDSで68℃で15分間x2回に亘って洗浄した。ブロットからのオートラジオグラフィー画像は、ブロットを、Biomax−MSTM−フィルムを使用して、Kodak Biomax MSTM増感フィルターとの組合せで得られた。
5’−および3’−ゲノムフランキング配列の同定
動物−および植物DNAの間の結合箇所は、逆PCR−技術を使用することによって同定した。ゲノムDNAは、前記のようにして精製した。DNA約1μgは、別個の反応中で制限エンドヌクレアーゼTaqI、AluI、NdeIIIまたはRsaIで消化した。消化したDNA−フラグメントを、T4−リガーゼによって一晩に亘って再度ライゲートし、その後にPCR−反応をおこなった。種々の逆プライマーの組合せは、Primer-Analysesoftware OLIGO(R)(NBI National Biosciences, Inc., Plymouth Michigan)を使用することによって達成された。
これらの逆−PCR−適用により得られたフラグメントは、ゲル電気泳動によって分離され、ゲルを切り出し、かつGene Clean IITMキットを使用して精製した。精製したフラグメントは、TOPOTMTA クローニング(R)キット(Invitrogen, Groningen, Niederlande)を用いて、ベクターpCR(R)2.1中にクローニングした。インサートを、MWG-Biotech(Ebersberg, Deutchland)を用いてシークエンシングした。得られたシークエンシングデータの分析は、DNA-Analysesoftware Mac Molly (R) Tetra(Soft Gene GmbH, Bochold, Deutschland)を使用しておこなった。
PCR−分析:
ゲノムDNAは、DNAeasy Plant Mini kit (Qiagen, Duesseldoef, deutschland)を用いて、製品マニュアルにしたがって製造した。約50ngのゲノムDNAを、PCRに使用した。反応を30秒に亘って95℃で、30秒に亘って55℃で、かつ2分に亘って72℃で、35サイクルに亘っておこなった。PCRは、PTC200−サイクラー(Biozym, Oldendorf, Deutschland)中で実施した。PCR生成物は、アガロースゲル電気泳動によって分析した。
1.インサート数:
インサートの数は、テンサイゲノム中への導入DNAの組み込み部位の数を、H7−1について測定した。インサートの数を測定するために、ゲノムDNAを、制限酵素HindIII、XbaIおよびBamHIを用いて消化した。形質転換されていないコントロール植物からのDNAはネガティブコントロールとして、この場合、これは、同様の遺伝的背景を有するものであるが、HindIIIを用いて消化した。ポジティブコントロールとして、形質転換ベクターのDNA(PV−BVGT08)を使用した。
XbaIおよびBamHIは、PV−BVGT08中で1箇所のみ切断し、かつ使用された標識CP4−EPSPS−プローブ内を切断するものではなかった(図4参照)。HindIIIは、PV−BVGT08中を3箇所に亘って切断するものであるが、しかしながら、3箇所すべてはプローブの外側に位置し、かつプローブに対して同様の側、5’側に位置する。したがって、それぞれの酵素は、CP4−EPSPS−プローブとハイブリダイズしうる単一のDNA−フラグメントを放出し、かつ、導入されたDNAの一部分および隣接するゲノム植物−DNAを含む。検出されたフラグメントの数は、この場合に存在するインサートの数を示した。結果は図5に示した。
酵素HindIII、XbaIまたはBamHIを用いての消化の後に、単一のハイブリダイゼーションフラグメントのみがそれぞれ見出された。HindIII−消化からの5.2kbのフラグメント(レーン4)、XbaI−消化からの4kb(レーン5)およびBamHI−消化からの約11kb(レーン7)のフラグメントは、形質転換体H7−1が単一の組み込みを有することを示した(図4)。レーン1中の強力なシグナルは、直鎖PV−BVGT08−プラスミドを示した。付加的な弱いシグナルは、未消化のPV−BVGT08のわずかな量および非特異的バックグランド−ハイブリダーゼーション−シグナルを示した。
2.コピー数
理論的には、1個の組み込み部位は、挿入されたDNAの1コピー以上から構成されうる。しかしながら、制限酵素分析のフラグメントの大きさに基づいて、これら不可能である。挿入されたDNAの1コピー以上がH7−1中に存在する場合には、付加的なフラフメントを検出することができる。これらは、さらに制限酵素PstIで消化することによって確認される。PstIは、2回に亘って左右ボーダー配列内部を切断する。制限酵素切断部位の一つは、CP4−EPSPSコーディング領域内部に存在し、したがって消化後に、CP4−EPSPS−プローブ含む2個のハイブリダイゼーションフラグメントが予測された。見込まれるフラグメントの一つは、約1.2kbの内部フラグメントに相当する。第2のフラグメントは、ボーダーフラグメントであってもよい。さらにここでは、1コピー以上存在する場合には、付加的なフラグメントが確認可能であってもよい。しかしながら、結果は、予測したようにPstIがDNAを切断した。この内部フラグメント1.2kbおよび付加的なフラグメント1個のみ4.9kbが検出された(図5、レーン3、図4)。
付加的な内部コントロールとして、DNAはClaIを用いて切断した(図5、レーン6、図4)。予想したように、2.4kbの単一フラグメントはハイブリダイズし、それというのもClaIは2回に亘って、使用されたCP4−EPSPSフラグメントの右および左側を切断するためである。これらの結果は、さらに組み込まれたDNA−フラグメントの完全性を証明し、かつ、以下の結果と合致することが明らかとなった。
プラスミドPV−BVGT08と、CP4−EPSPS−フラグメントとのハイブリダイゼーションは、予測どおり8.6kbのシグナルを示した(図5、レーン1(PV−BVGT08=8590bp))。第2の小さい極めて弱いバンドは、PV−BVGT08の不完全な制限酵素反応によって導かれたものである。
要するに、形質転換されたテンサイ系H7−1は、植物ゲノム中でPV−BVGT08のT−DNAの単一コピーの組み込みを包含するものである。
3.コーディング領域の完全性
個々の構成要素(P−FMV−プロモーター、ctp2−CP4−EPSPSのコーディング領域およびE9−3’−非翻訳領域)に対してのCP4−EPSPS−遺伝子カセットの完全性は、P−FMVに関しては酵素HindIIIで、ctp2−CP4−EPSPSに関してはHindIII+BamHIで、およびE9−3’−非翻訳領域に関してはEcoRIおよびPstIを用いて消化することによって測定した。付加的な試験は、SacIおよびXhoIを用いて、P−FMV−ctp2−CP4−EPSPS−領域およびE9−p3’−領域に関して実施した。プラスミド−DNAは、形質転換されていないテンサイ植物−DNAと一緒に混合し、かつ形質転換されていないテンサイ−DNAを単独で、ポジティブまたはネガティブコントロールとして、同様の酵素を用いて消化した。
これらの酵素は、左右のT−DNA−ボーダー(プラスミドマップ、図1参照)間に、存在するDNAインサートの内部で切断し、それぞれの構成要素が完全である場合には、ハイブリダイズしたフラグメントの大きさは、H7−1−DNAおよびPV−BVGT08−DNA中で同一である。
付加的なコントロールとして、DNAsはXbaIを用いて消化した。XbaIは、プロモーターとctp2−CP4−EPSPSコーディング領域との間で1回切断した。したがって、PV−BVGT08−DNAを含み、かつH7−1の場合には、PV−BVGT08−フラグメントと比較して異なる大きさを有するボーダーフラグメントを含む、8.6kbのフラグメントが予測された。この結果は、図6、7および8に示した。
図6:HindIIIおよびBamHIでの消化は、CP4−EPSPS−遺伝子を放出し、かつブロットは、PCRによって得られたCP4−EPSPS−フラグメントを用いてプローブした。ネガティブコントロール(レーン6)は、ハイブリダイゼーションバンドを示すことはなかった。EventH7−1からのゲノムDNAおよび非形質転換DNAと混合されたプラスミドPV−BVGT08の双方は、予測されるものに相当する約1.7kb−フラグメントを生じた。XbaIでの消化によって、線状PV−BVGT08の予測される8.6kb−フラグメントが得られた。EventH7−1に関しては、消化によって約4.0kb−ボーダーフラグメントが得られた(図4および図5参照)。また、ネガティブコントロールは、全くシグナルを示すことはなかった。
図7:HindIIIでの消化は、ゴマノハグサ−モザイクウイルス−プロモーターを放出し、かつブロットを、PCRによって得られたプロモーターフラグメントを用いてプローブした。このネガティブコントロール(レーン5)は、まったくハイブリダイゼーションシグナルを示すことはなかった。EventH7−1からのゲノムDNAおよび非形質転換DNAと混合したプラスミドPV−BVGT08の双方は、約0.6kbの大きさのハイブリダイゼーションフラグメントを生じた。このフラグメントは、プロモーターの予測された大きさに相当する(レーン4および6)。
XbaIでの消化によって、線状化PV−BVGT08の予測される8.6kb−フラグメントが得られ、かつ、約1.3kbの大きさのEventH7−1からの左ボーダーフラグメントが得られた(レーン1および3)。これらの1.3−kb−フラグメントは、EnentH7−1が導入遺伝子の単一のコピーのみを含有するといった付加的な証拠である。さらに、ネガティブコントロール(レーン2)はシグナルを示すことはない。
ScaI/XhoIでの消化によって、CP4−EPSPSコーディング領域およびポリアデニル化領域と一緒に、プロモーターを放出した。完全長のプロモーター−ctp2−CP4−EPSPS−ポリ−A−シグナルカセット(PmeI/XhoI−フラグメント)でのハイブリダイゼーションは、予測される2.3−kb−プロモーター−ctp2−CP4−EPSPS−および0.7kb−ポリ−A−シグナル−フラグメントの双方を生じ、その際、PV−BVGT08−DNAは、非形質転換DNAおよびH7−1ゲノムDNAと一緒に混合する(レーン9および11)。
図8:PstIおよびEcoRIでの消化によって、E9−3’−ポリアデニル化シグナルを放出し、かつブロットを、ポリアデニル化シグナルフラグメントを用いてプローブした。ネガティブコントロール(レーン3)は、全くハイブリダイゼーションバンドを示さなかった。非形質転換DNAと混合したプラスミドPV−BVGT08およびEventH7−1からのゲノムDNAの双方は、予測された大きさに相当する約0.6kbのフラグメントを生じる。XbaIでの消化によって、線状化されたPV−BVGT08の予測された8.6kb−フラグメントおよびEventH7−1を含む、約4.0kbのボーダーフラグメントが得られた。
PstIでの消化によって、E9−3’−ポリアデニル化シグナルを放出するが、この場合、これらは0.5kbの大きさのCP4−EPSPSコーディング領域の3’−末端と結合している。得られた1.2−kbフラグメントは、予測されたようにH7−1−ゲノムDNAおよびPV−BVGT08−DNAの双方を含んで検出可能である。
HindIIIでの消化によって、プロモーターフラグメントを差し引いた、線状化PV−BVGT08の8.0kb−フラグメント(レーン13)およびH7−1を含む5.2−kb−ボーダーフラグメント(レーン11)が得られた。HindIII−消化による単一の5.2kb−フラグメントおよびXbaI−消化による単一の4.0kb−フラグメントにより、EventH7−1が、挿入されたDNAの1つのコピーのみを含有するといった付加的な証拠を示した。また、ネガティブコントロールはいかなるシグナルも示さなかった。
要するに、ブロットの結果によって、トランスファーされたDNAのすべの構成要素が完全であり、かつEventH7−1が、その調節要素、pFMV−プロモーターおよびE9−3’−転写終結配列と一緒に、単一の完全なCTP2−CP4−EPSPSコーディング配列を含むことが確認された。
4.「骨格」−フラグメントを測定するための分析
Ti−プラスミドの「骨格」−領域は、T−DNAの外側領域として、左右のボーダー配列によって定められ、この場合、これらは、細菌増殖および細菌選択のためのori−遺伝子および選択遺伝子から構成され、かつアグロバクテリウム−介在形質転換によって、通常の方法で植物ゲノム中にトランスファーされる。「骨格」−ベクターDNAが、EventH7−1中に存在しないことを確認するために、H7−1からのゲノムDNA、形質転換されていないコントロールからのDNA、およびPV−BVGT08−DNAと混合したH7−1からのゲノムDNAを、制限酵素XbaIで消化し、かつ3個重複PCRで得られたプローブを用いて試験し、この場合、これらは、完全な「骨格」−配列を包含するものである。四分の一のプローブは、1個のフラグメント中で完全な「骨格」を構成するものである。
使用されたプローブは、「骨格」配列を示すものである(図9参照のこと):
1:bp2730−5370
2:bp5278−6419
3:bp6302−7851
4:bp2730−7851
図10は、サザンブロット分析の結果を示す。レーン6、10、14および18:完全骨格の骨格フラグメントでプローブされたH7−1ゲノムDNAの消化では、ハイブリダイゼーションバンドを示すことはなかった。レーン4、8、12、16および20のみ;PV−BVGT08−DNAと混合したH7−1ゲノムDNAは、予測したように8.6kbのバンドを示した。バンドは、線状化PV−BVGT08−DNAを示した。
レーン2および4:H7−1からのゲノムDNA、およびPV−BVGT08と混合されたH7−1ゲノムDNAを、CP4−EPSPS−フラグメントと一緒にハイブリダイズすることによって、ハイブリダイゼーションシグナルを生じた。レーン2中の4kbバンドは、右ボーダーフラグメントを示し、レーン4の2個のバンドは、また4.0kbの右ボーダーフラグメントおよび8.6kbの線状化PV−BVGT08プラスミドを示した。双方のバンドは同じ強さを示した。これらは、添加されたPV−BVGT08−DNAの濃度が、H7−1 DNA中でのCP4−EPSPS−要素の濃度に匹敵することを明らかに示すものである。使用されたプラスミド−DNAの濃度は、0.5コピーに相当する。「骨格」−配列が、H7−1−ゲノム中に組み込まれる場合には、明瞭なシグナルが検出可能であった。
これらの結果は、H7−1が、形質転換のために使用されたプラスミドの任意の検出可能な「骨格」−配列を含有しないことを証明するものである。これらの結果は、5’−および3’−ゲノムフランキング領域の分析データによってサポートされる(以下、参照)。
5.5’−および3’−ゲノムフランキング配列の同定
アグロバクテリウム−介在形質転換体は、通常の方法で、植物ゲノム中に左右ボーダー間のすべての配列の組み込みを導くものである。組み込まれたプラスミド−DNAの5’−末端および3’−末端は、それぞれ、左または右ボーダー配列の内部または近くに存在する。したがって逆−PCR−技術を使用し、これらの領域を同定する。クローニングされたPCR産物はシークエンシングされ、かつ配列データをPV−BVGT08−配列と比較する。
図11は、クローニングした逆−PCRフラグメント(D1U.RPT)(=ゲノムH7−1、上の配列)からの配列のためのアライメントを示し、この場合、これらは、左ボーダー領域の分析のためのプライマーを用いて、PV−BVGT08−配列(下の配列)に対して得られたものである。双方の配列の比較は、ホモロジーが正確にボーダー配列の内部に停止することを示した。
図12は、クローニングした逆PCR−フラグメント(B3UNI.RPT)(=ゲノムH7−1、上の配列)からの配列に対するアライメントを示し、この場合、これらは、PV−BVGT08−配列(下の配列)に対して、右ボーダー領域を分析するためのプライマーを用いて得られた。双方の配列の比較によって、ホモロジーはボーダー配列の前で、すでに18ヌクレオチドで停止することが示された。
全部で、Ti−プラスミドPV−BVGT08の左右ボーダー領域間の配列が正確に組み込まれた。この配列は、ボーダーの内部かまたは直前で停止する。これらのデータは、「骨格」−分析の結果を指示するものであって、ボーダー領域外側の「骨格」の配列は、H7−1−ゲノム中に組み込まれない。
テンサイ−EventH7−1中の、インサートの右または左側のフランキング配列が、完全な植物のゲノム配列であるか否かについて測定するために、逆−PCR分析を、プライマーの組合せP1、P2、P3およびP4を用いて実施した。
プライマーの組合せP1およびP2のプライマーは、インサート外側に位置する。EventH7−1内部の挿入された位置のDNAが、形質転換されていないコントロールのDNAと同一である場合には、PCRによって2個のPCR−フラグメントが生じ、この場合、これらは、2個のプライマーの組合せからの合成を示すものである。プライマーP3およびP4のプライマーは、相当するプライマーの一つが、CP4−EPSPS−インサート内部に位置し、かつ他のプライマーがインサート外部、植物のゲノムDNAの内部に存在するようにデザインされる。したがって、PCRは、EventH7−1のDNAからのフラグメントのみを生じる。
逆−PCR−技術からの配列データは、PV−BVGT08−ベクターからのデータと一緒に組み合わせて、H7−1−インサート(PV−BVGT08配列)、右および左の結合領域および付加的なテンサイゲノムDNAを含む配列を生じる(配列番号5)。
植物ゲノム−DNA−結合位置に対する形質転換遺伝子の同定(Event−特異性の同定)およびインサートの左および右側位置でのゲノム−DNA−配列に関しては、以下のプライマーの組合わせを使用した:
P1−組合わせ(右ボーダー領域外側のゲノムDNAを分析するためのプライマー、配列番号18、配列番号19):
Figure 2006518205
P2−組合せ(左ボーダー領域外側のゲノムDNAを分析するためのプライマー、配列番号20、配列番号21):
Figure 2006518205
P3−組合わせ(植物ゲノムDNA−結合箇所に対する形質転換遺伝子を分析するためのプライマー、配列番号7、配列番号8)
Figure 2006518205
P4−組合せ(植物ゲノムDNA−結合箇所に対する形質転換遺伝子を分析するためのプライマー、配列番号9、配列番号10)
Figure 2006518205
EventH7−1および形質転換されていないコントロール植物からのDNAを用いてのPCR試験は、プライマーの組合せP3を用いておこない、この場合、このプライマーは、H7−1インサート内部に位置するものであって、EventsH7−1のDNAのみを含むフラグメントを生じうる。対照的に、PCR−試験は、インサートの外部の配列に対して同一遺伝子であるプライマー組合せP1を用いて、EventH7−1および形質転換されていないコントロールDNAを生じる。これらの結果については図13参照のこと。
結果は、形質転換されたEventH7−1DNA中および形質転換されていない植物からのDNA中で、インサートの右側結合部位の隣に配列が存在することを示す。これは、EventH7−1インサートの外側のこれらのDNAが、形質転換されていないゲノムDNAであると考察されてもよい。
PCR試験は、Event−H7−1DNAおよび形質転換されていないコントロール植物からのDNAで、プライマー組合せ物P4を用いて実施し、この場合、これらのプライマーは、CP4−EPSPS−インサートの内部に位置するプライマーの一つを有し、EventH7−1DNAのみを含むフラグメントを生じた。対照的に、プライマーの組合せP2を用いてのPCR試験は、インサートの外側の配列に対して同一遺伝子であり、Event H7−1および形質転換されていないコントロールDNAを含むフラグメントを生じる(図14)。
結果は、インサートの左結合部位隣の配列が、形質転換されたEventH7−1のDNA中および形質転換されていない植物のDNA中の双方に存在することを示した。これから、左結合部位外側のDNAが、非形質転換ゲノムDNAであることが考えられうる。
要するに、テンサイ−EventH7−1のインサート外側の配列が、非形質転換植物中に存在する配列と同一であることが示された。これによって、これらの配列が、形質転換のために使用された親系統および他の通常のテンサイ系において存在する、植物ゲノム配列であると考えられる。
6.世代を超えての安定性
組み込まれたDNAの安定化を試験するために、起源となる形質転換体−EventH7−1を、非形質転換テンサイ形との自己受粉により得られた系のその3つの後代(64801H、74922Hおよび83002S;図15参照)と比較した。この起源となる形質転換系および後代は、1995、1996、1997および1998年に製造されたものである。
コントロールとしては、4個の異なる非形質転換テンサイ系(3S0057、5R7150、8K1180、6S0085)を分析した。すべてのDNAsは、XbaI、HindIIIまたはBamHIでそれぞれ消化し、かつ標識化されたCP4−EPSPS−フラグメントとハイブリダイズした。T−DNAが、植物ゲノム中で安定に組み込まれることが示され、同様の制限酵素を用いて消化したH7−1後代のすべてのレーンは、正確に同様の大きさのバンドを示した。
H7−1後代からのDNAsレーン3〜6は、予測されたフラグメントを示し:BamHIを用いて消化されたDNAは、約11kbのバンドを生じ、XbaIでの消化により得られたフラグメント4.0kbおよびHindIII−制限酵素反応によって得られたバンド5.2kbを示した。同様の制限からのすべてのバンドは、異なる年代のものであるが、その大きさにおいて同一である。すべての形質転換されていない系は、全くシグナルを示すことがなかった(図16)。
これらの結果は、挿入された配列が、ゲノムDNA中に安定に組み込まれ、かつ安定に後代に受け継がれることを示す。
配列表(フリーテキスト)
配列番号5
<223>:3’−および5’−フランキング配列を有する挿入DNA
配列番号6
<223>:PCR産物
配列番号11
<223>:PCR産物
配列番号12
<223>:PCR産物
配列番号13
<223>:PCR産物
配列番号17
<223>:PCR産物
バイナリーベクターPV−BVGT08を示す図 PCR分析によるH7−1の同定を示す図 マルチプレックスPCRによるEventH7−1の同定および遺伝子導入されたEventH7−1と非形質転換植物との差異を示す図 制限酵素HindIII、XbaI、ClaI、PstIおよびBamHIの制限酵素部位を有するpFMV−ctp2−CP4−EPSPS−E9−3’−インサートを示す図 EventH7−1のインサート/コピー数分析を示す図 完全なctp2−CP4−EPSPSのコーディング領域を評価するためのH7−1のサザンブロッティング分析を示す図 完全なプロモーター領域を評価するためのEventH7−1のサザンブロッティング分析を示す図 完全なポリアデニル化(ポリ−A)領域を評価するためのEventH7−1のサザンブロッティング分析を示す図 EventH7−1中の「骨格」−ベクターDNAが存在しないことについて評価するための、プローブとして使用したフラグメントを示す図 EventH7−1中の「骨格」−ベクターDNAが存在しないことについて評価するためのサザンブロット分析を示す図 PCR−配列とPV−BVGT08−配列との左ボーダー領域(LB)上での比較を示す図 PCR−配列とPV−BVGT08−配列との右ボーダー領域(RB)上での比較を示す図 インサートの右結合部位外側のゲノムDNA分析を示す図 インサートの左結合部位の外側のゲノムDNAの分析を示す図 H7−1播種培養のための系統図 ゲノム中に挿入されたDNAが安定に組み込まれているかについて検出するための、Event H7−1のサザンブロット分析を示す図

Claims (14)

  1. グリホサート耐性テンサイ植物において、
    a)テンサイ植物が、NCIMBに、受託番号NCIMB41158またはNCIMB41159で寄託された種子から得られるか、および/または
    b)630〜700bp、好ましくは664bpのDNAフラグメントを、前記テンサイ植物、その部分または種子のゲノムDNAから、配列番号1のヌクレオチド配列を示す第1プライマーと、配列番号2のヌクレオチド配列を示す第2プライマーとを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅させることができるか、および/または
    c)3500〜3900、好ましくは3706bpのDNAフラグメントを、前記テンサイ植物、その部分または種子のゲノムから、配列番号3のヌクレオチド配列を示す第1プライマーと、配列番号4のヌクレオチド配列を示す第2プライマーとを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅させることができるか、および/または
    d)270〜300bp、好ましくは288bpのDNAフラグメントを、前記テンサイ植物、その部分または種子のゲノムから、配列番号7のヌクレオチド配列を示す第1プライマーと、配列番号8のヌクレオチド配列を示す第2プライマーとを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅させることができるか、および/または、
    e)710〜790bp、好ましくは751bpのDNAフラグメントを、前記テンサイ植物、その部分または種子のゲノムから、配列番号9のヌクレオチド配列を示す第1プライマーと、配列番号10のヌクレオチド配列を示す第2プライマーとを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅させることができるか、および/または、
    f)990〜1100bp、好ましくは1042bpのDNAフラグメントを、前記テンサイ植物、その一部または種子のゲノムから、配列番号14のヌクレオチド配列を示す第1プライマーと、配列番号16のヌクレオチド配列を示す第2プライマーとを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅させることができることを特徴とする、グリホサート耐性テンサイ植物。
  2. 3706bpのDNAフラグメントが、配列番号6のヌクレオチド配列を示すか、あるいは、配列番号6のヌクレオチド配列に対して少なくとも95%、好ましくは少なくとも99%、特に好ましくは少なくとも99.9%の同一性を有する、請求項1に記載のグリホサート耐性テンサイ植物。
  3. 664bpのDNAフラグメントが、配列番号13のヌクレオチド配列を示すか、あるいは、配列番号13のヌクレオチド配列に対して少なくとも95%、好ましくは少なくとも99%、特に好ましくは少なくとも99.9%の同一性を有する、請求項1に記載のグリホサート耐性テンサイ植物。
  4. 288bpのDNAフラグメントが、配列番号11のヌクレオチド配列を示すか、あるいは、配列番号11のヌクレオチド配列に対して少なくとも95%、好ましくは少なくとも99%、特に好ましくは少なくとも99.9%の同一性を有する、請求項1に記載のグリホサート耐性テンサイ植物。
  5. 751bpのDNAフラグメントが、配列番号12のヌクレオチド配列を示すか、あるいは、配列番号12のヌクレオチド配列に対して少なくとも95%、好ましくは少なくとも99%、特に好ましくは少なくとも99.9%の同一性を有する、請求項1に記載のグリホサート耐性テンサイ植物。
  6. 1042bpのDNAフラグメントが、配列番号17のヌクレオチド配列を示すか、あるいは、配列番号17のヌクレオチド配列に対して少なくとも95%、好ましくは少なくとも99%、特に好ましくは少なくとも99.9%の同一性を有する、請求項1に記載のグリホサート耐性テンサイ植物。
  7. 請求項1から6までのいずれか1項に記載の植物の種子。
  8. 請求項1から6までのいずれか1項に記載の植物の細胞、組織または部分。
  9. 受託番号NCIMB41158またはNCIMB41159で、NCIMBに寄託された、種子。
  10. 請求項9に記載の種子から得られた植物またはその一部。
  11. 方法が、
    a)630〜700bp、好ましくは664bpからのDNAフラグメントを、テンサイ植物、その一部または種子のゲノムDNAから、配列番号1のヌクレオチド配列を示す第1プライマーと、配列番号2のヌクレオチド配列を示す第2プライマーとを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅させ、および/または
    b)3500〜3900bp、好ましくは3706bpからのDNAフラグメントを、テンサイ植物、その一部または種子のゲノムDNAから、配列番号3のヌクレオチド配列を示す第1プライマーと、配列番号4のヌクレオチド配列を示す第2プライマーとを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅させ、および/または
    c)270〜300bp、好ましくは288bpからのDNAフラグメントを、テンサイ植物、その一部または種子のゲノムDNAから、配列番号7のヌクレオチド配列を示す第1プライマーと、配列番号8のヌクレオチド配列を示す第2プライマーとを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅させ、および/または
    d)710〜790bp、好ましくは751bpからのDNAフラグメントを、テンサイ植物、その一部または種子のゲノムDNAから、配列番号9のヌクレオチド配列を示す第1プライマーと、配列番号10のヌクレオチド配列を示す第2プライマーとを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅させ、および/または
    e)990〜1100bp、好ましくは1042bpからのDNAフラグメントを、テンサイ植物、その一部または種子のゲノムDNAから、配列番号14のヌクレオチド配列を示す第1プライマーと、配列番号16のヌクレオチド配列を示す第2プライマーとを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅させることを特徴とする、1個または複数個の工程を含む、グリホサート耐性テンサイ植物を同定するための方法。
  12. 形質転換されたグリホサート耐性テンサイ植物、その細胞、組織または一部を同定するために試験キットにおいて、この試験キットが、ポリメラーゼ連鎖反応のための第1プライマーおよび第2プライマーを有する少なくとも1個のプライマー対を含み、その際、第1プライマーは、前記植物ゲノム中に組み込まれた外来DNA中の配列を認識するものであって、かつ第2プライマーは、前記DNAの3’−または5’−フランキング領域中の配列を認識するものであり、その際、植物は、請求項1から6または10のいずれか1項に記載の植物であることを特徴とする、試験キット。
  13. ポリメラーゼ連鎖反応のための第1プライマーおよび第2プライマーを含む少なくとも1個のプライマー対を含み、その際、第1プライマーは、植物ゲノム中に組み込まれた外来DNA中の配列を認識するものであり、かつ第2プライマーは、DNAの3’−または5’−フランキング領域中の配列を認識するものである、グリホサート耐性テンサイ植物、その細胞、組織または一部を同定するための試験キットにおいて、
    a)第1プライマーが、配列番号1のヌクレオチド配列を示し、かつ第2プライマーが、配列番号2のヌクレオチド配列を示し、および/または
    b)第1プライマーが、配列番号7のヌクレオチド配列を示し、かつ第2プライマーが、配列番号8のヌクレオチド配列を示し、および/または
    c)第1プライマーが、配列番号9のヌクレオチド配列を示し、かつ第2プライマーが、配列番号10のヌクレオチド配列を示し、および/または
    d)第1プライマーが、配列番号14のヌクレオチド配列を示し、かつ第2プライマーが、配列番号16のヌクレオチド配列を示すことを特徴とする、試験キット。
  14. 第1プライマーおよび第2プライマーが、配列番号5のヌクレオチド配列の一部を形成するヌクレオチド配列を認識する、請求項12または13に記載の試験キット。
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