JP2004512499A5

JP2004512499A5 -

Info

Publication number: JP2004512499A5
Application number: JP2002509524A
Authority: JP
Filing date: 2001-07-06
Publication date: 2008-08-28
Anticipated expiration: 2021-07-06

Description

【特許請求の範囲】
【請求項１】試料溶液中の標的核酸の存在に関して試験するためのディップスティックであって、以下の：
試料溶液を接触させるための接触端を有するクロマトグラフィーストリップ、
接触端から離れたクロマトグラフィーストリップの捕捉帯に固定された捕捉プローブであって、標的核酸とハイブリダイズし得るか、あるいは標的核酸に結合されたフック（鈎針）捕捉プローブとハイブリダイズし得る捕捉プローブであり、捕捉プローブが捕捉プローブスペーサーに連結され、捕捉プローブスペーサーが捕捉帯に連結され、それにより捕捉帯に捕捉プローブを固定し、そして捕捉帯と捕捉プローブとの間に間隔を置く捕捉プローブを含み、
i)前記捕捉プローブスペーサーが捕捉プローブの一端に連結され、かつ前記捕捉プローブスペーサーに連結されない捕捉プローブの末端が、捕捉プローブが標的核酸とハイブリダイズしていた場合に標的核酸とハイブリダイズせず、あるいは捕捉プローブがフック捕捉プローブとハイブリダイズしていた場合にフック捕捉プローブとハイブリダイズしない１つまたはそれ以上のヌクレオチドと結合され；
ii)前記捕捉プローブスペーサーが捕捉プローブの末端間で捕捉プローブの一部に連結され、かつ前記捕捉プローブの一端または両端が、捕捉プローブが標的核酸とハイブリダイズしていた場合に標的核酸とハイブリダイズせず、あるいは捕捉プローブがフック捕捉プローブとハイブリダイズしていた場合にフック捕捉プローブとハイブリダイズしない１つまたはそれ以上のヌクレオチドと結合され；
iii) 前記捕捉プローブスペーサーが、標的核酸またはフック捕捉プローブとハイブリダイズしていた場合、生成された塩基対との積重ね相互作用を生じ得るヌクレオ塩基、３−ヒドロキシルホスフェート又はヘキサエチレングリコールホスフェートを含む非タンパク質を含む；又は
iv)前記捕捉プローブスペーサーが捕捉帯に直接吸着され、リンカーにより当該捕捉プローブに共有結合したタンパク質を含んでなる、
ことを特徴とするディップスティック。
【請求項２】前記捕捉プローブスペーサーがタンパク質をさらに含んで成り、ここで当該捕捉プローブは前記非タンパク質に結合され、当該非タンパク質は前記非タンパク質は前記タンパク質に結合され、それにより捕捉プローブとタンパク質との間に間隔を置く、請求項１記載のディップスティック。
【請求項３】非タンパク質がリンカーによりタンパク質に結合される請求項２記載のディップスティック。
【請求項４】非タンパク質が少なくとも３ヌクレオチドの長さである請求項１〜３のいずれかに記載のディップスティック。
【請求項５】非タンパク質がヌクレオチドを含む請求項１〜４のいずれかに記載のディップスティック。
【請求項６】非タンパク質が３−ヒドロキシプロピルホスフェートを含む請求項１〜５のいずれかに記載のディップスティック。
【請求項７】非タンパク質がヘキサエチレングリコールホスフェートを含む請求項１〜６のいずれかに記載のディップスティック。
【請求項８】非タンパク質が１つまたはそれ以上のヌクレオチドのみから成る請求項５記載のディップスティック。
【請求項９】タンパク質がＢＳＡ、チログロブリンまたはその誘導体である請求項１〜８のいずれかに記載のディップスティック。
【請求項１０】接触端およびクロマトグラフィーストリップの捕捉帯間に置かれたプローブ帯に放出可能的に固定された検出プローブであって、標的核酸とハイブリダイズして、標的核酸の検出を可能にし得る検出プローブをさらに含む請求項１〜９のいずれかに記載のディップスティック。
【請求項１１】検出プローブが標的核酸とハイブリダイズしていた場合に標的核酸の直接検出を可能にする標識と検出プローブが結合される請求項１０記載のディップスティック。
【請求項１２】検出プローブが標的核酸とハイブリダイズしていた場合に標的核酸の直接検出を可能にするために検出リガンド結合部分により結合され得る検出リガンドと検出プローブが結合される請求項１０記載のディップスティック。
【請求項１３】標識または検出リガンドが検出プローブスペーサーに連結され、そして検出プローブスペーサーが検出プローブに連結されて、それにより標識または検出リガンドを検出プローブに結合させて、検出プローブと標識または検出リガンドとの間に間隔を置く請求項１１または１２記載のディップスティック。
【請求項１４】試料溶液中の標的核酸の存在に関して試験するためのディップスティックであって、以下の：
試料溶液を接触させるための接触端を有するクロマトグラフィーストリップ、
接触端から遠く離れた捕捉帯に固定された捕捉部分であって、標的核酸と直接または間接的に結合し得る捕捉部分、ならびに
接触端および捕捉帯間に置かれたプローブ帯に放出可能的に固定された検出プローブであって、標的核酸とハイブリダイズし得る、そして標識と結合されて、検出プローブを利用した標的核酸の直接的検出を可能にし、あるいは検出リガンドに結合されて検出プローブを利用した標的核酸の間接的検出を可能にする検出プローブ
を含み、標識または検出リガンドが検出プローブスペーサーに連結され、そして検出プローブスペーサーが検出プローブに連結されて、それにより標識または検出リガンドを検出プローブに結合し、そして標識または検出リガンドと検出プローブとの間に間隔を置き、
i)前記検出プローブスペーサーが検出プローブの一端に連結され、かつ前記検出プローブスペーサーに連結されない検出プローブの末端が、検出プローブが標的核酸とハイブリダイズしていた場合に標的核酸とハイブリダイズしない１つまたはそれ以上のヌクレオチドと結合され；
ii)前記検出プローブスペーサーが検出プローブの末端間で検出プローブの一部に連結され、かつ前記検出プローブの一端または両端が、検出プローブが標的核酸とハイブリダイズしていた場合に標的核酸とハイブリダイズしない１つまたはそれ以上のヌクレオチドと結合され；
iii) 前記検出プローブスペーサーが、標的核酸とハイブリダイズしていた場合、生成された塩基対との積重ね相互作用を生じ得るヌクレオ塩基、３−ヒドロキシルホスフェート又はヘキサエチレングリコールホスフェートを含む非タンパク質を含む；又は
iv)前記捕捉プローブスペーサーがタンパク質を含んでなる、
ことを特徴とするディップスティック。
【請求項１５】タンパク質がＢＳＡ、チログロブリンまたはその誘導体である請求項１４記載のディップスティック。
【請求項１６】標識または検出リガンドがビーズまたはビーズの一部に付着され、そしてタンパク質がビーズに直接吸着される請求項１４または１５記載のディップスティック。
【請求項１７】タンパク質がリンカーにより検出プローブに連結される請求項１４〜１６のいずれかに記載のディップスティック。
【請求項１８】検出プローブスペーサーが非タンパク質を含む請求項１４〜１７のいずれかに記載のディップスティック。
【請求項１９】検出プローブが非タンパク質に結合され、そして非タンパク質がタンパク質に結合されて、それにより検出プローブとタンパク質との間に間隔を置く請求項１８記載のディップスティック。
【請求項２０】非タンパク質がリンカーによりタンパク質に結合される請求項１９記載のディップスティック。
【請求項２１】非タンパク質が少なくとも３ヌクレオチド長である請求項１８〜２０のいずれかに記載のディップスティック。
【請求項２２】非タンパク質がヌクレオチドを含む請求項１８〜２１のいずれかに記載のディップスティック。
【請求項２３】非タンパク質が１つまたはそれ以上のヌクレオチドのみから成る請求項２２記載のディップスティック。
【請求項２４】捕捉部分が、標的核酸と、あるいは標的核酸に結合されたフック捕捉プローブとハイブリダイズし得る捕捉プローブを含む請求項１４〜２３のいずれかに記載のディップスティック。
【請求項２５】捕捉部分が、標的核酸に結合された捕捉プローブに結合された捕捉リガンドと結合し得る請求項１４〜２３のいずれかに記載のディップスティック。
【請求項２６】試料溶液中の標的核酸の存在に関する試験キットであって、以下の：
請求項１〜９のいずれかに記載のディップスティック、ならびに
標的核酸とハイブリダイズし、それにより検出プローブを利用した標的核酸の検出を可能にし得る検出プローブ
を含むキット。
【請求項２７】検出プローブが、標的核酸とハイブリダイズされた標的検出プローブの直接的検出を可能にする標識と、あるいは検出リガンド結合部分により標的核酸とハイブリダイズされた検出プローブの間接的検出を可能にする検出リガンドと結合される請求項２６記載のキットであって、標識または検出リガンドが検出プローブスペーサーに連結され、そして検出プローブスペーサーが検出プローブに連結されて、それにより標識または検出リガンドを検出プローブに結合し、そして標識または検出リガンドと検出プローブとの間に間隔を置くキット。
【請求項２８】試料溶液中の標的核酸の存在に関する試験キットであって、以下の：
請求項２５記載のディップスティック、ならびに
標的核酸と、または標的核酸に結合されたフック捕捉プローブとハイブリダイズし得る捕捉プローブであって、捕捉部分により結合され得る捕捉リガンドに結合される捕捉プローブ
を含むキット。
【請求項２９】捕捉リガンドが捕捉プローブに連結され、そして捕捉プローブスペーサーが捕捉プローブに連結されて、それにより捕捉リガンドを捕捉プローブと結合し、そして捕捉リガンドと捕捉プローブの間に間隔を置く請求項２８記載のキット。
【請求項３０】試料溶液中の標的核酸の存在に関する試験キットであって、以下の：
試料溶液を接触させるための接触端を有するクロマトグラフィーストリップ、および標的核酸と、または標的核酸に結合されたフック捕捉プローブとハイブリダイズし得る捕捉プローブであって、接触端から遠く離れたクロマトグラフィーストリップの捕捉帯に固定されている捕捉プローブを含むディップスティック、ならびに
標的核酸とハイブリダイズし得る、標識に結合されて検出プローブを利用した標的核酸の直接検出を可能にし、あるいはリガンドに結合されて検出プローブを利用した標的核酸の間接的検出を可能にする検出プローブ
を含み、標識または検出リガンドが検出プローブスペーサーに連結され、そして検出プローブスペーサーが検出プローブに連結されて、それにより標識または検出リガンドを検出プローブに結合して、標識または検出リガンドと検出プローブとの間に間隔を置き、
i)前記検出プローブスペーサーが検出プローブの一端に連結され、かつ前記検出プローブスペーサーに連結されない検出プローブの末端が、検出プローブが標的核酸とハイブリダイズしていた場合に標的核酸とハイブリダイズしない１つまたはそれ以上のヌクレオチドと結合され；
ii)前記検出プローブスペーサーが検出プローブの末端間で検出プローブの一部に連結され、かつ前記検出プローブの一端または両端が、検出プローブが標的核酸とハイブリダイズしていた場合に標的核酸とハイブリダイズしない１つまたはそれ以上のヌクレオチドと結合され；
iii) 前記検出プローブスペーサーが、標的核酸とハイブリダイズしていた場合、生成された塩基対との積重ね相互作用を生じ得るヌクレオ塩基、３−ヒドロキシルホスフェート又はヘキサエチレングリコールホスフェートを含む非タンパク質を含む；又は
iv)前記捕捉プローブスペーサーがタンパク質を含んでなる、
ことを特徴とするキット。
【請求項３１】試料溶液中の標的核酸の存在に関する試験キットであって、以下の：
試料溶液を接触させるための接触端を有するクロマトグラフィーストリップ、および接触端から遠く離れたクロマトグラフィーストリップの捕捉帯に固定された捕捉部分であって、標的核酸と直接または間接的に結合し得る捕捉部分を含むディップスティック、
標的核酸と、または標的核酸に結合されたフック捕捉プローブとハイブリダイズし得る捕捉プローブであって、捕捉部分により結合され得る捕捉リガンドと結合される捕捉プローブ、ならびに
標的核酸とハイブリダイズし得る、標識に結合されて検出プローブを利用した標的核酸の直接検出を可能にし、あるいは検出リガンドに結合されて検出プローブを利用した標的核酸の間接的検出を可能にする検出プローブ
を含み、標識または検出リガンドが検出プローブスペーサーに連結され、そして検出プローブスペーサーが検出プローブに連結されて、それにより標識または検出リガンドを検出プローブに結合し、そして標識または検出リガンドと検出プローブとの間に間隔を置き、または捕捉プローブが捕捉プローブスペーサーに連結され、そして捕捉プローブスペーサーが捕捉リガンドに連結されて、それにより捕捉リガンドを捕捉プローブに結合し、捕捉リガンドと捕捉プローブとの間に間隔を置き、そして
i)前記スペーサーがプローブの一端に連結され、かつ前記スペーサーに連結されないプローブの末端が、プローブが標的核酸又はフック捕捉プローブとハイブリダイズしていた場合に標的核酸とハイブリダイズしない１つまたはそれ以上のヌクレオチドと結合され；
ii)前記スペーサーがプローブの末端間でプローブの一部に連結され、かつ前記プローブの一端または両端が、プローブが標的核酸又はフック捕捉プローブとハイブリダイズしていた場合に標的核酸とハイブリダイズしない１つまたはそれ以上のヌクレオチドと結合され；
iii) 前記スペーサーが、標的核酸はフック捕捉プローブとハイブリダイズしていた場合、生成された塩基対との積重ね相互作用を生じ得るヌクレオ塩基、３−ヒドロキシルホスフェート又はヘキサエチレングリコールホスフェートを含む非タンパク質を含む；又は
iv)前記捕捉プローブスペーサーがタンパク質を含んでなる、
ことを特徴とするキット。
【請求項３２】ディップスティックアッセイにおいて標的核酸を検出又は捕捉するためのディップスティックアッセイプローブであって、当該プローブは標的核酸にハイブリダイズすることができる核酸又は核酸類似体と、当該プローブを使用して標的核酸の直接的な検出を可能にするラベル又は当該プローブを使用して標的核酸の間接的な検出を可能にするリガンドを含み、ここで当該ラベル又はリガンドスペーサーに結合され、そしてこのスペーサーは核酸又は核酸類似体に結合され、これにより当該ラベル又はリガンドは当該核酸又は核酸類似体とは間隔を置き、そして
i)前記スペーサーがプローブの一端に連結され、かつ前記スペーサーに連結されないプローブの末端が、プローブが標的核酸又はフック捕捉プローブとハイブリダイズしていた場合に標的核酸とハイブリダイズしない１つまたはそれ以上のヌクレオチドと結合され；
ii)前記スペーサーがプローブの末端間でプローブの一部に連結され、かつ前記プローブの一端または両端が、プローブが標的核酸又はフック捕捉プローブとハイブリダイズしていた場合に標的核酸とハイブリダイズしない１つまたはそれ以上のヌクレオチドと結合され；
iii) 前記スペーサーが、標的核酸はフック捕捉プローブとハイブリダイズしていた場合、生成された塩基対との積重ね相互作用を生じ得るヌクレオ塩基、３−ヒドロキシルホスフェート又はヘキサエチレングリコールホスフェートを含む非タンパク質を含む；又は
iv)前記捕捉プローブスペーサーがタンパク質を含んでなる、
ことを特徴とする、ディップスティックアッセイプローブ。
【請求項３３】請求項１〜２５のいずれかに記載のディップスティック、又は請求項２６〜３１のいずれかに記載のキット又は請求項３２記載のプローブを使用することを含んで成る、試料液中の標的核酸の存在を試験するための方法。
【請求項３４】固相にプローブを固定するための方法であって、タンパク質に結合されたプローブを提供し、そしてタンパク質を固相に吸着することを包含する方法。
【請求項３５】プローブをタンパク質に結合することをさらに包含する請求項３４記載の方法。
【請求項３６】プローブをリンカーに結合し、そしてリンカーをタンパク質に結合することをさらに包含する請求項３５記載の方法。
【請求項３７】リンカーがタンパク質に結合される前にプローブがリンカーに結合される請求項３６記載の方法。
【請求項３８】リンカーに付着されたホスホルアミダイト基とプローブのヒドロキシル基との反応により、あるいはリンカーのヒドロキシル基とプローブに付着されたホスホルアミダイト基との反応によりプローブがリンカーに結合される請求項３６または３７記載の方法。
【請求項３９】リンカーに付着された第一アミノ基とタンパク質のカルボキシル基との反応によりリンカーがタンパク質に結合される請求項３６〜３８のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】リンカーがプローブの非ヌクレオ塩基部分と結合される請求項３６〜３９のいずれかに記載の方法。
【請求項４１】固相が膜を含む請求項３４〜４０のいずれかに記載の方法。
【請求項４２】膜がニトロセルロース膜である請求項４１記載の方法。
【請求項４３】固相がビーズのような粒子を含む請求項３４〜４０のいずれかに記載の方法。
【請求項４４】プローブが核酸または核酸類似体を含む請求項３４〜４３のいずれかに記載の方法。
【請求項４５】プローブに結合されたタンパク質の固相への吸着により固相に固定されるプローブ。